JP2021094022A - 抗ly6g6d抗体及び使用方法 - Google Patents

抗ly6g6d抗体及び使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】癌治療用の組成物である抗Ly6G6D(リンパ球抗原6複合体、遺伝子座G61)抗体及びそれを使用する方法を提供する。【解決手段】抗リンパ球抗原6ファミリーメンバーG6D(LY6G6D)に結合する単離された抗体であって、ここで、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、前記H1及び前記L1は、特定のアミノ酸配列を含む相補性決定領域(CDR)を含む、抗体である。【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。2020年12月11日に作成された前記ASCIIコピーであって、名前は50474−184JP2_Sequence_Listing_12.11.20_ST25で、サイズは146,127バイトである。
発明の分野
本明細書に提供されるのは、抗Ly6G6D(リンパ球抗原6複合体、遺伝子座G61)抗体及びそれを使用する方法である。
癌は依然として、ヒトの健康を脅かす最も致命的な脅威の一つである。米国では、癌は毎年170万人以上の新規患者に影響を及ぼし、心臓病に次いで2番目多い死因であり、約4人に1人が死亡している。特に結腸直腸癌(CRC)は、米国における癌死亡原因の第3位であり、進行CRC患者の5年生存率は低い。CRCのような癌は、社会的な脅威と負担を大きく増大させている。
癌治療への長期的なアプローチとしては、化学療法、放射線療法、固形腫瘍を除去する手術が含まれる。最近では、二重特異性抗体を用いた免疫療法が開発されている。このような二重特異性抗体は、細胞傷害性細胞及び腫瘍細胞上の細胞表面抗原を同時に結合することができ、結合した細胞傷害性細胞が結合した腫瘍細胞を破壊することを目的とする。
この分野では、癌(例えば、CRC)治療において使用する効果的な二重特異性抗体をベースとする免疫療法(例えば、双二重特異性抗LY6G6D抗体ベースの免疫療法)を開発するためのアンメットニーズが、存在している。
本発明は、癌治療用の組成物を提供する。また、製剤及び使用方法も提供される。
第1の態様において、本発明は、抗リンパ球抗原6ファミリーメンバーG6D(LY6G6D)に結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む:(a)配列番号4又は配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5、配列番号112、又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、前記L1は、以下のCDRを含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む:(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;(f)配列番号3のアミノ酸配列又は配列番号99−107のいずれかを含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、前記L1は、以下のCDRを含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む:(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、前記L1は、以下のCDRを含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む:(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号99−107のいずれか1つのアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む:(a)配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、前記L1は、以下のCDRを含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む:(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号112又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、L1は、以下のCDRを含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む:(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、(a)前記VH1は、配列番号10のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;(b)前記VL1は、配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;又は、(c)前記抗体は、(a)のVH1と(b)のVL1を含む。
いくつかの態様において、前記VH1は、以下のフレームワーク領域(FR)を含む:(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号35のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4。いくつかの態様において、前記VH1は、配列番号10のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記VH1は、以下のFRを含む:(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号58のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4。いくつかの態様において、前記VH1は、配列番号59のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記VL1は、以下のFRを含む:(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)(配列番号39のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4。いくつかの態様において、前記VL1は、配列番号11のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記VL1は、以下のFRを含む:(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号61のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4。いくつかの態様において、前記VL1は、配列番号60のアミノ酸配列を含む:
別の態様において、前記開示は、LY6G6Dに結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、配列番号10のアミノ酸配列を含むVHドメイン(VH1)を含み、前記L1は、配列番号11のアミノ酸配列を含むVLドメイン(VL1)を含む。
別の態様において、前記開示は、LY6G6Dに結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)及び軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン(VH1)を含み、前記L1は、配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメイン(VL1)を含む。
いくつかの態様において、前記抗体は、BIAcoreアッセイを用いて測定したように、37℃で約100pMから約10nMの間のKでヒトLY6G6Dポリペプチドと結合する。いくつかの態様において、前記抗体は、6.0 nM又はそれ以下;4 nM又はそれ以下;又は2 nM又はそれ以下のKでヒトLY6G6Dポリペプチドと結合する。
いくつかの態様において、前記抗体は、モノクローナル、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体である。
いくつかの態様において、前記抗体は、LY6G6Dを結合する抗体断片である。いくつかの態様において、前記抗体断片は、Fab、Fab’−SH、Fv、scFv、及び(Fab’)断片からなる群から選択される。
いくつかの態様において、前記抗体は完全長抗体又はIgG抗体である。
いくつかの態様において、前記抗体は、単特異制抗体、多特異性抗体、又は二重特異性抗体である。
いくつかの態様において、前記二重特異制抗体は、分化抗原群3(CD3)に結合し、重鎖ポリペプチド(H2)及び軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み、ここで、H2はVHドメイン(VH2)を含み、L2はVLドメイン(VL2)を含む。
いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、ヒトCD3ポリペプチド又はカニクイザルCD3ポリペプチドに結合することができる。いくつかの態様において、前記ヒトCD3ポリペプチド又は前記カニクイザルCD3ポリペプチドは、それぞれ、ヒトCD3εポリペプチド又はカニクイザルCD3εポリペプチドである。いくつかの態様において、前記ヒトCD3ポリペプチド又は前記カニクイザルCD3ポリペプチドは、それぞれ、ヒトCD3γポリペプチド又はカニクイザルCD3γポリペプチドである。
いくつかの実施形態において、前記抗体は、BIAcoreアッセイを用いて測定したように、37℃で約1nMから約500nMの間のKでヒトCD3εポリペプチドと結合する。いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、250nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する。いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、100nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する。いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、15nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する。いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、10nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する。いくつかの態様において、前記CD3結合ドメインは、5nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する。
いくつかの態様において、前記VH2は、以下のCDRを含む:(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、VL2は、以下のCDRを含む:(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)S配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;(b)前記VL2は、配列番号21のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;又は、(c)前記抗体は、(a)のVH2及び、(b)のVL2を含む。いくつかの態様において、前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記VL2は、配列番号21のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記VH2は、以下のCDRを含む:(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び、(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;及び、前記VL2は、以下のCDRを含む:(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;
いくつかの態様において、(a)前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;(b)前記VL2は、配列番号55のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;、又は、(c)前記抗体は、(a)のVH2及び、(b)のVL2を含む。いくつかの態様において、前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記VL2は、配列番号55のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記VH2は、以下のFRを含む:(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4。
いくつかの態様において、前記VH2は、以下のFRを含む:(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4。
いくつかの態様において、前記VL2は以下のFRを含む:(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4。
いくつかの態様において、前記VL2は以下のFRを含む:(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4。
いくつかの態様において、前記H1及びH2はそれぞれ、さらに重鎖定常ドメイン(CH1)を含み、前記L1及びL2はそれぞれ、さらに軽鎖定常ドメイン(CL)を含む。いくつかの態様において、H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。いくつかの態様において、H1の前記CH1はS183K突然変異を含み、L1の前記CLはV133E突然変異を含む。いくつかの態様において、H2の前記CH1はS183E突然変異を含み、L2の前記CLはV133K突然変異を含む。いくつかの態様において、H1の前記CH1はS183E突然変異を含み、L1の前記CLはV133K突然変異を含む。いくつかの態様において、H2の前記CH1はS183K突然変異を含み、L2の前記CLはV133E突然変異を含む。
別の態様において、前記開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、ここで、前記二重特異性抗体は、以下を含む:重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインと、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインとを有し、ここで、各H1及びH2は、重鎖可変ドメイン(VH)及び重鎖定常ドメイン(CH1)を含み、各L1及びL2は、軽鎖可変ドメイン(VL)及び軽鎖定常ドメイン(CL)を含み、ここで:(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4又は配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5、配列番号112又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列又は配列番号99−107のいずれかのアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の本CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。;及び、(d)H1の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。いくつかの態様において、(a)本LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)本CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の本CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。;及び、(d)H1の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。
(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号99〜107のいずれか1つのアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の本CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。;及び、(d)H1の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。
いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;及び、(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の本CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。;及び、(d)H1の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号112又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の本CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。;及び、(d)H1の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含み、及び/又は、H2の本VHが位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の本VLが位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。
別の態様において、本発明は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、ここで、前記二重特異性抗体が、以下を含む:重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインと、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメイン、ここで、各H1及びH2は、重鎖可変ドメイン(VH)及び重鎖定常ドメイン(CH1)を含み、各L1及びL2は、軽鎖可変ドメイン(VL)及び軽鎖定常ドメイン(CL)を含み、ここで:(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4又は配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5、配列番号112又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号NO.6を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列又は配列番号99〜107のいずれかのアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む;及び、(d)H1の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む;及び、(d)H1の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバトナンバリング)。いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号99−107のいずれか1つのアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む;及び、(d)H1の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。
いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む;及び、(d)H1の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。いくつかの態様において、(a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号112又は113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDRを含む:(i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;(c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む;及び、(d)H1の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHが位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLが位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)。
いくつかの態様において、H1の前記VHは、Q39(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記VLは、Q38(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。いくつかの態様において、H2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含む。いくつかの態様において、H2の前記VHは、位置Q39(Kabat番号)でのアミノ酸置換をさらに含み、L2の前記VLは、位置Q38(Kabat番号)でのアミノ酸置換をさらに含む。いくつかの態様において、H1の前記CH1は、S183K突然変異(EUナンバリング)を含み、L1の前記CLは、V133E突然変異(EUナンバリング)を含み、H2の前記CH1は、S183E突然変異(EUナンバリング)を含み、L2の前記CLは、V133K突然変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、H1の前記VHはQ39E(カバットナンバリング)突然変異を含み、L1の前記VLはQ38K突然変異を含み、H2の前記VHはQ39K突然変異を含み、L2の前記VLはQ38E突然変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、H1の前記CH1は、S183E突然変異(EUナンバリング)を含み、L1の前記CLは、V133K突然変異(EUナンバリング)を含み、H2の前記CH1は、S183K突然変異(EUナンバリング)を含み、L2の前記CLは、V133E突然変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、H1の前記VHはQ39K突然変異(カバットナンバリング)を含み、L1の前記VLはQ38E突然変異(カバットナンバリング)を含み、H2の前記VHはQ39E突然変異(カバットナンバリング)を含み、L2の前記VLはQ38K突然変異(カバットナンバリング)を含む。
いくつかの態様において、H2の前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含み、及び/又はL2の前記VLは、配列番号21のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、H1の前記VHは、配列番号10のアミノ酸配列を含み、L1の前記VLは、配列番号11のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、H2の前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含み、L2の前記VLは、配列番号55のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、H1の前記VHは、配列番号10のアミノ酸配列を含み、L1の前記VLは、配列番号11のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記H1のFc領域の第1のCH3ドメイン(CH3)及び前記H2のFc領域の第2のCH3ドメイン(CH3)は、それぞれ、突起又は空洞を含み、及びここで、前記CH31における突起又は空洞が、前記CH32における空洞又は突起にそれぞれ位置決め可能である。いくつかの態様において、CH3及びCH3は、突起と空洞との間の界面で会合する。
いくつかの態様において、前記H1の前記Fc領域の前記CH31は突起を含み、前記H2の前記Fc領域の前記CH32は空洞を含む。いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、又はY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)、又はそれらの組み合わせを含む空洞を含む;又は(c)(a)及び(b)の両方を含む。
いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む;又は、(c)(a)及び(b)の両方を含む。いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含み、及び、(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む;又は、(c)(a)及び(b)の両方を含む。
いくつかの態様において、前記H1の前記Fc領域の前記CH3は空洞を含み、前記H2の前記Fc領域の前記CH3は突起を含む。いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、又はY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)又はそれらの組み合わせを含む空洞を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;又は、(c)(a)及び(b)の両方を含む。いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;又は、(c)(a)及び(b)の両方を含む。いくつかの態様において、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含み、及び、(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む。
いくつかの態様において、前記Fc領域は、ヒトIgGアイソタイプFc領域、又はそのFc領域の変異体である。いくつかの態様において、前記Fc領域は、ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体である。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体は、それぞれ、グリコシル化の欠如をもたらすアミノ酸残基N297(EUナンバリング)の突然変異を含む。いくつかの態様において、前記アミノ酸残基N297での変異は置換変異である。いくつかの態様において、前記アミノ酸残基N297の変異はFc領域のエフェクター機能を低下させる。
いくつかの態様において、前記置換変異はN297G又はN297Aの変異である。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体はそれぞれN297G変異を含む。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体は、それぞれFc領域のエフェクター機能を低下させる変異を含む。
いくつかの態様において、前記Fc領域のエフェクター機能を低下させる変異は置換変異である。いくつかの態様において、前記置換変異は、アミノ酸残基E233、L234、L235、D265、及び/又はP329(EUナンバリング)にある。いくつかの態様において、前記置換変異は、E233P、L234A、L234V、L235A、D265A、又はP329G変異である。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体はそれぞれP329G変異を含む。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体はそれぞれN297G及びP329Gを含む。
いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、ヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが、L234A又はL235A変異をさらに含む。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、ヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが、L234A及びL235Aの変異をさらに含む。
いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、ヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であって、それぞれが、以下の置換変異E233P、L234V及びL235A(EUナンバリング)及び残基G236の欠失(EUナンバリング)をさらに含む。いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、ヒトIgG1アイソタイプFc領域の変異体である。
いくつかの態様において、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、ヒトIgG4アイソタイプFc領域変異体であって、それぞれが、以下の置換変異E233P、F234V、及びL235A(EUナンバリング)、及び残基G236の欠失(EUナンバリング)を含む。
いくつかの態様において、前記Fc複合体の前記Fc領域は、エフェクターレスFc領域である。
いくつかの態様において、前記H1は配列番号7のアミノ酸配列を含み、L2は配列番号9のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、L2は配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、L2は配列番号57のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号7のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号9のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号19のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号64のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号65のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号69のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号70のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号8のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号9のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号67のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号19のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号66のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号65のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号68のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号70のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号7のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号9のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号57のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号64のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号65のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号69のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号73のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号8のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号9のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号67のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号57のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体を特徴とし、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、及び、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み。ここで:(a)H1は配列番号66のアミノ酸配列を含み、(b)L1は配列番号65のアミノ酸配列を含み、(c)H2は配列番号68のアミノ酸配列を含み、及び、(d)L2は配列番号73のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、前記抗体は、約10ml/kg/日から約35ml/kg/日の間の静脈注射後のクリアランスを有する。
別の態様において、本開示は、前記いずれかの態様の前記抗体をコードする1つ以上の単離された核酸、又はLY6G6Dに結合する結合ドメインを含むその一部を特徴とする。
別の態様において、本開示は、前記の態様の1つ以上の単離された核酸を含む1以上のベクターを特徴とする。
別の態様において、本開示は、前記の態様の1つ以上のベクターを含む1つ以上の宿主細胞を特徴とする。
いくつかの態様において、前記1つ以上の宿主細胞は、1つ以上の哺乳類宿主細胞である。いくつかの態様において、前記1つ以上の哺乳動物宿主細胞は、1つ以上のチャイニーズハムスター卵巣(CHO)宿主細胞である。
いくつかの態様において、前記1つ以上の宿主細胞は、1つ以上の原核生物宿主細胞である。いくつかの態様において、前記1つ以上の原核生物宿主細胞は、1つ以上の大腸菌宿主細胞である。
別の態様において、本開示は、前記のいずれかの態様の前記抗体を製造する方法を特徴とし、前記方法は、前記のいずれかの態様の1以上の宿主細胞を培地中で培養することを含む。いくつかの態様において、本方法は、1以上の宿主細胞又は培養培地から抗LY6G6D抗体を回収することをさらに含む。
別の態様において、本開示は、前記のいずれかの態様の前記抗体を含む組成物を特徴とする。いくつかの態様において、前記組成物はさらに、製薬学的に許容される賦形剤又は希釈剤を含む。いくつかの態様において、前記製薬学的に許容される賦形剤は、緩衝剤、担体、安定剤、又は防腐剤である。いくつかの態様において、前記組成物は医薬組成物である。
別の態様において、本開示は、医薬として使用するための前記の態様のいずれかの前記抗体を特徴とする。
別の態様において、本開示は、それを必要とする被験者におけるLY6G6D陽性癌の治療又は進行の遅延に使用するための、前記の態様のいずれか1つの前記抗体又は前記の態様のいずれか1つの前記組成物を特徴とする。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は結腸直腸癌である。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は、マイクロサテライト安定性(MSS)又は低頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−L)のマイクロサテライト不安定性(MSI)ステータスを有する。
別の態様において、本開示は、被験者におけるLY6G6D陽性癌の治療又は進行を遅延させるための医薬の製造において、前記のいずれかの態様の前記抗体又は前記いずれかの態様の前記組成物を使用することを特徴とする。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は結腸直腸癌である。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は、MSS又はMSI−LのMSIステータスを有する。
別の態様において、本開示は、LY6G6D陽性癌を治療又は進行を遅延させる方法であって、前記方法は、前記いずれかの態様の前記抗体又は前記いずれかの態様の前記組成物を前記被験者に投与することを含むことを特徴とする。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は結腸直腸癌である。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は、MSS又はMSI−LのMSIステータスを有する。
別の態様において、本開示は、前記の態様のいずれかの前記抗体を含むキットと、被験者におけるLY6G6D陽性癌の治療又は進行を遅延させるために前記抗体を使用するための指示書を含むパッケージインサートを含むことを特徴とする。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は結腸直腸癌である。いくつかの態様において、前記LY6G6D陽性癌は、MSS又はMSI−LのMSIステータスを有する。いくつかの態様において、前記被験者はヒトである。
別の態様において、本開示は、CD3に結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、以下のCDRを含む結合ドメインを含む。(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、以下を含む:(a)配列番号20のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH;(b)配列番号21のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL;又は、(c)(a)のようなVHと(b)のようなVL。いくつかの態様において、前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記VLは、配列番号21のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、CD3に結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、以下のCDRを含む結合ドメインを含む。(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、前記抗体は、以下を含む:(a)配列番号20のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH;(b)配列番号55のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL;又は、(c)(a)のようなVHと(b)のようなVL。いくつかの態様において、前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、前記VLは、配列番号55のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、前記VHは以下のFRを含む:(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4。
いくつかの実施形態において、前記VHは以下のFRを含む:(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び、(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4。
いくつかの実施形態において、(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4。
いくつかの実施形態において、(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び、(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4。
いくつかの実施形態において、前記抗体は、BIAcoreアッセイを用いて測定した場合に、37℃で約1nMから約500nMの間のKでヒトCD3εポリペプチドと結合する。いくつかの実施形態において、前記抗体は、Kが250nM以下、100nM以下、15nM以下、10nM以下、又は5nM以下のヒトCD3εポリペプチドに結合する。
いくつかの態様において、前記抗体は、モノクローナル、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体である。
いくつかの実施形態において、前記抗体がCD3に結合する抗体断片である。いくつかの実施形態において、前記抗体断片が、Fab、Fab’−SH、Fv、scFv、及び(Fab’)断片からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、前記抗体が完全長抗体である。
いくつかの実施形態において、前記抗体がIgG抗体である。
いくつかの実施形態において、前記抗CD3抗体が単一特異性抗体である。
別の態様において、本開示は、LY6G6Dに結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、以下の相補性決定領域(CDR)を含む結合ドメインである。(a)配列番号27のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号28のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号29のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号24のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号25のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号26のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、前記抗体は、以下を含む:(a)配列番号32のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH;(b)配列番号33のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL;又は、(c)(a)のようなVHと(b)のようなVL。いくつかの実施形態において、前記VHは、配列番号32のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記VLは、配列番号33のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本開示は、LY6G6Dに結合する単離された抗体を特徴とし、ここで、前記抗体は、配列番号30のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号31のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも1つの図面が含まれている。本特許又は特許出願のカラー図面付きの写しは,申請に応じて、申し込みと必要な手数料を支払うことにより、特許庁から提供される。
図1Aは、癌ゲノムアトラス(TCGA)のキロベースミリオンあたりの正規化された読み取り(nRPKM)における正常(黒)及び腫瘍(赤)組織でのLY6G6D及びLY6G6Fの発現を示すプロットである。LY6G6Dは大腸腫瘍組織で有意に過剰発現している。 図1Bは、公開GTExプロジェクトデータのnRPKMの正常組織におけるLY6G6D及びLY6G6Fの発現を示すプロットである。 図1Cは、マイクロサテライト安定性(MSS)、低頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−L)、又は高頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−H)のマイクロサテライト不安定性(MSI)ステータスを有する結腸直腸癌(CRC)におけるnRPKMにおけるLY6G6Dの発現を示すボックスプロットの集合である。CRCのMSI状態と予後の関連を示した。 図2Aは、LY6G6Dに対する免疫組織化学(IHC)染色を示す正常な大腸組織の顕微鏡写真である。 図2Bは、LY6G6Dに対し弱度(1+)IHC染色を示す原発性大腸腫瘍の顕微鏡写真である。 図2Cは、LY6G6Dに対し中度(2+)IHC染色を示す原発性大腸腫瘍の顕微鏡写真である。 図2Dは、LY6G6Dに対し強度(3+)IHC染色を示す原発性大腸腫瘍の顕微鏡写真である。 図3Aは、抗LY6G6D1G4アーム及び抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D T細胞依存性二重特異性抗体(TDB)による、ドナー#1又はドナー#2からの10XヒトPBMCを補充したHT55細胞(ヒト大腸癌細胞株)のインビトロ殺傷を示す一対のグラフである。各TDBのEC50値が一覧表示される。 図3Bは、抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 40G5c又は38E4v1アームを含むLY6G6D TDBで処理した後の、NSG(商標)マウスにおける異種移植HT55腫瘍の腫瘍体積(mm)を示す一連のグラフである。マウスは、健康なドナーPBMCを用いてヒト化した。送達ビヒクル及びPMBCを含むか、又はLY6G6D TDBを含むがPMBCを含まない治療が対照として提供される。 図3Cは、キメラ又はヒト化された抗LY6G6D 1G4アーム及び抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBによる、ヒトPBMCを補充したHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフ及び、BIAcoreアッセイにおけるキメラ又はヒト化された1G4アームの親和性を示す別表である。 図3Dは、キメラ又はヒト化された抗LY6G6D 1G4アーム及び抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBで処理した後のNSG(商標)マウスの異種移植HT55腫瘍の腫瘍体積(mm)を示す一連のグラフである。マウスは、健康なドナーPBMCを用いてヒト化した。送達ビヒクル及びPMBCを含むか、又はLY6G6D TDBを含むがPMBCを含まない治療が対照として提供される。 図4Aは、LY6G6Dポリペプチドの構造的相同性モデルにおける操作されたグリコシル化部位(赤丸、ピンク丸、緑丸、及び青丸)の位置を示すリボン図である。グリコシル化部位は、抗体結合への影響に基づいて色分けされている。赤丸で示された部位でのグリコシル化は、1G4の結合を阻害した。ピンク丸で示された部位でのグリコシル化は、16D7の結合を阻害した。青丸で示された部位でのグリコシル化は、1G4又は16D7の結合を阻害しなかった。緑丸は、Fcへのリンカーのグリコシル化部位をマークしている。 図4Bは、示された残基に操作されたグリコシル化部位を含むLY6G6Dポリペプチドへの候補抗LY6G6D抗体の結合を示すチャートである。Xでマークされた細胞は、結合が検出されなかったことを示している。Wでマークされた細胞は、結合が有意に減少したことを示している。 図4Cは、LY6G6Dポリペプチドの第1配向及び180°回転された第2配向における構造的相同性モデルにおける操作されたグリコシル化部位の位置を示す一対の図である。図4Aのビン1、ビン2、ビン3、ビン4の抗体の結合を阻害したグリコシル化部位は、それぞれ緑、紫、青、オレンジの丸で示されている。 図4Dは、注釈付きのLY6G6Dポリペプチド配列であり、グリコシル化変異の影響を受けるアミノ酸残基は図4Cのように色分けされ、図4Aのビン1、2、3、及び4は下線で示されている。 図4Eは、4つの異なるエピトープビンに配置されたウサギ抗LY6G6D抗体クローンを示す図である。ビン1は、3つの配列群を含み、20A12、rf.1G4、6E10、及び4H7を含む。ビン2は、6つの配列群を含み、f.16D7を含む。ビン3と4は、それぞれ3つの配列グループを含んでいる。 図4Fは、図4Eのビン1、2、3又は4からの示された抗LY6G6Dアームと抗CD3 40G5cアームを含むウサギ抗ヒトLY6G6D TDBのHT55細胞(ヒト大腸癌細胞株)への結合を示すグラフである。結合は、平均蛍光強度(MFI)として測定される。 図4Gは、図4Eのビン1、2、3又は4からの抗LY6G6Dアームと抗CD3 40G5cアームを含むLY6G6D TDBによる、ヒトPBMCを補充したHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。 図4Hは、BIAcoreアッセイを使用して測定された、Ly6G6Dポリペプチドへの1G4及びウサギ抗LY6G6D抗体6E10、20A12、及び4H7の結合を示す一連のグラフである。ウサギ抗体は、ウサギ可変ドメインとヒト定常ドメインを有するキメラ抗原結合断片(Fabs)として発現させた。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でFabをフロースルーした。各グラフの下にKDを表示している。 図5Aは、20A12.QNTv12(2セル)(配列番号22)の重鎖可変領域のアミノ酸配列をKabat番号順に示す図である。相補性決定領域(CDR)CDR H1、CDR H2、CDR H3が示されている。カバットナンバリングシステムに従ったCDR配列には、下線が引かれている。 図5Bは、20A12.QNTv12(2セル)(配列番号23)の軽鎖可変領域のアミノ酸配列をKabat番号順に示す図である。CDRのCDR H1、CDR H2、CDR H3が示されている。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図5Cは、フレームワーク領域(FR)2(配列番号10)におけるQ39Eのアミノ酸置換変異(ボックス)を含む20A12.QNTv12(1セル)の重鎖可変領域のアミノ酸配列を示す図である。この重鎖可変領域配列は、TDBの単細胞製造に特に有用である。相補性決定領域(CDR)のCDR H1、CDR H2、CDR H3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示されている。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図5Dは、FR2(配列番号11)におけるQ38K変異(ボックス)を含む20A12.QNTv12(1セル)の軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す図である。この軽鎖可変領域配列は、TDBの単細胞製造に特に有用である。相補性決定領域(CDR)のCDR H1、CDR H2、CDR H3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示されている。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図6Aは、LY6G6D(RDCYLGDLCN;配列番号78)のアミノ酸残基94〜103を含むポリペプチドに結合した20A12.QNTv12抗体の断片抗原結合領域(Fab)を示すタンパク質構造モデルである。 図6Bは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体のFabを含む10個のオーバーレイ複合体を示すタンパク質構造モデルの領域である。20A12.QNTv12をリボン図として示す。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示し、アミノ酸残基を標識した。 図6Cは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体の重鎖(HC;ピンク)及び軽鎖(LC;緑)を示すタンパク質構造モデルの領域である。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示し、アミノ酸残基を標識した。 図6Dは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体のHC(ピンク)及びLC(緑)を示すタンパク質構造モデルの領域である。LY6G6D残基94−103を含むポリペプチドは、1.0σ(青)で輪郭が描かれた2Fo−Fc電子密度マップを備えたスティック図として示されている。 図6Eは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体を示すタンパク質構造モデルの領域である。20A12.QNTv12の重鎖可変領域のCDR H1、CDR H2、CDR H3(それぞれH1、H2、H3)と、20A12.QNTv12の軽鎖可変領域のCDR L1、CDR L2、CDR L3(それぞれL1、L2、L3)は、リボンモデルでラベル付けされ、色で示されている。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示す。 図6Fは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体を示すタンパク質構造モデルの領域である。20A12.QNTv12は、空間充填モデルとして示されている。20A12.QNTv12の重鎖可変領域のCDR H1、CDR H2、CDR H3(それぞれH1、H2、H3)と、20A12.QNTv12の軽鎖可変領域のCDR L1、CDR L2、CDR L3(それぞれL1、L2、L3)を標識している。20A12.QNTv12の選択された残基が標識され、20A12.QNTv12とLY6G6Dポリペプチドとの相互作用が赤い破線で示されている。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示す。 図7Aは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した1G4抗体を示すタンパク質構造モデルの領域である。1G4の重鎖可変領域のCDR H1、CDR H2、CDR H3と、1G4の軽鎖可変領域のCDR L1、CDR L2、CDR L3は、リボンモデルでラベル付けされ、色で示されている。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示す。 図7Bは、LY6G6Dのアミノ酸残基94〜103に結合した20A12.QNTv12抗体を示すタンパク質構造モデルの領域である。20A12.QNTv12の重鎖可変領域のCDR H1、CDR H2、CDR H3と、20A12.QNTv12の軽鎖可変領域のCDR L1、CDR L2、CDR L3は、リボンモデルでラベル付けされ、色で示されている。LY6G6D残基94〜103を含むポリペプチドを棒グラフで示す。 図7Cは、LY6G6D(HRDCYLGDLCNS;配列番号87)のアミノ酸残基93〜104を含むポリペプチドに結合した20A12.QNTv12抗体の断片抗原結合領域(Fab)の重鎖(配列番号96)及び軽鎖(配列番号97)を示すタンパク質構造モデルであり、20A12.QNTv12が相互作用する特定の残基(オレンジ色及び下線)を示すLY6G6D残基93〜104の配列図である。これらの各残基は、Fabから5Å以内に配置されている。 図7Dは、LY6G6Dのアミノ酸残基93〜104を含むポリペプチド(HRDCYLGDLCNS;配列番号87)に結合した20A12.QNTv12抗体の断片抗原結合領域(Fab)の重鎖(配列番号96)及び軽鎖(配列番号97)を示すタンパク質構造モデルの領域である。LY6G6Dポリペプチドと相互作用する20A12.QNTv12の残基が標識されている。HCは残基が20A12.QNTv12重鎖にあることを示し、LCは残基が20A12.QNTv12軽鎖にあることを示す。 図7Eは、LY6G6D(HRDCYLGDLCNS;配列番号87)のアミノ酸残基93〜104を含むポリペプチドに結合した1G4抗体の断片抗原結合領域(Fab)の重鎖(配列番号94)及び軽鎖(配列番号95)を示すタンパク質構造モデルであり、1G4が相互作用する特定の残基(オレンジ色及び下線)を示すLY6G6D残基93〜104の配列図である。これらの各残基は、Fabから5Å以内に配置されている。 図7Fは、LY6G6Dのアミノ酸残基93〜104を含むポリペプチド(HRDCYLGDLCNS;配列番号87)に結合した1G4抗体の断片抗原結合領域(Fab)の重鎖(配列番号94)及び軽鎖(配列番号95)を示すタンパク質構造モデルの領域である。LY6G6Dポリペプチドと相互作用する1G4の残基が標識されている。HCは残基が1G4重鎖にあることを示し、LCは残基が1G4軽鎖にあることを示す。 図8Aは、「ホール」領域を形成するT366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異とN297G変異を有するFc領域とを含む抗CD3 38E4v1アームを有するLY6G6D TDBの製造を示す概略図であり、「ノブ」領域を形成するT366Wアミノ酸置換変異及びN297G変異を有するFc領域を含む抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)とペアになり、ここで、抗CD3アーム及び抗LY6G6Dアームは、完全長IgG1 TDBを形成する。 図8Bは、2つの宿主細胞株(2セル技術)を用いた二重特異性抗体の製造ワークフローを示す模式図である。ホール領域を含む抗体の第1のアームは、第1の宿主細胞株で生成され、ノブ領域を含む抗体の第2のアームは、第2の宿主細胞株で生成される。抗体のアームは宿主細胞株から精製され、インビトロで組み立てられる。 図8Cは、単一の宿主細胞株(1セル技術)を用いた二重特異性抗体の製造のワークフローを示す模式図である。ホール領域を含む抗体の第1のアームとノブ領域を含む抗体の第二のアームは、単一の宿主細胞株から産生され、精製される。抗体の第1のアーム及び第2のアームは、図8D又は図8Eに示すようなアミノ酸置換変異を含む。 図8Dは、単一の細胞株を用いて作製された二重特異性抗体を示す図である。電荷対を導入するアミノ酸置換変異を示す。電荷対は、以下を含む:第1のアームのVHにおけるQ39K置換変異と第1のアームのVLにおけるQ38E置換変異;第1のアームのCH1におけるS183E置換変異と第1のアームのCLにおけるV133K置換変異;第2のアームのVHにおけるQ39E置換変異及び第2のアームのVLにおけるQ38K置換変異;ならびに第2のアームのCH1におけるS183K置換変異及び第2のアームのCLにおけるV133E置換変異。 図8Eは、単一の細胞株を用いて作製された二重特異性抗体を示す図である。アミノ酸置換変異を示す。電荷対を導入するアミノ酸置換変異を示す。電荷対は、以下を含む:第1のアームのVHのQ39E置換変異と第1のアームのVLのQ38E置換変異;第2のアームのVHのQ39K置換変異と第2のアームのVLのQ38E置換変異;及び第2のアームのCH1のS183E置換変異と第2のアームのCLのV133K置換変異。この抗体はまた、第1のアームのCH1におけるロゼッタYT65変異A141I、F170S、S181M、S183A、及びV185A変異と、第1アームのCLにおけるF116A、L135V、S174A、S176F、及びT178V変異、を含む。 図9Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。TDBは0.01〜10,000ng/mLの間の濃度で提供された。 図9Bは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化は、蛍光活性化細胞ソーティング(FACS)を用いて測定した。 図9Cは、抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12(2セル)と抗CD3アーム38E4v1又は40G5cを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図10Aは、抗LY6G6D 20A12.v1アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、又は抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。TDBは0.01〜10,000ng/mLの間の濃度で提供された。 図10Bは、抗LY6G6D 20A12.v1アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、又は抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図10Cは、抗LY6G6D 20A12.v1アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、又は抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図10Dは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、抗LY6G6D 20A12.SNVv12アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアーム、又は抗LY6G6D 6E10.v23アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むLY6G6D TDBによるHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。 図11Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBによるColo320DM、HT55、及びLS1034細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。 図11Bは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBのColo320DM、HT55及びLS1034細胞に対する抗原結合能をFACSにより測定した一連のグラフである。 図11Cは、細胞ペレット及び異種移植腫瘍サンプルにおけるIHC染色を示す一連の顕微鏡写真である。 図11Dは、健康なドナーからのヒトPBMCを補充したHT55細胞を、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1もしくは40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによって、又は抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4v1もしくは40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによって、24時間後に殺傷することを示すグラフである。 図11Eは、健康なドナーからのヒトPBMCを補充したHT55細胞を、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1もしくは40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによって、又は抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4v1もしくは40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによって、48時間後に殺傷することを示すグラフである。各TDBのKは括弧内に示されている。 図11Fは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBによる、10人のドナーからのヒトPBMCを補充したHT55細胞のin vitroでの死滅を示すグラフである。 図11Gは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図11Hは、10人のPBMCドナーの細胞殺傷とCD8+T細胞活性化のEC50値を示す表である。 図11Iは、Colo320DM、HT55、及びLS1034細胞における抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図12は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBで処理した後のマウスの異種移植COLO320DM腫瘍の腫瘍体積(mm)を示すグラフである。マウスは、健康なドナー末梢血単核細胞(PBMC)を用いてヒト化した。対照として、デリバリービークルとPMBCを含む処理、又はTDBを含み、PMBCを含まない処理が提供されている。 図13Aは、抗LY6G6Dアームrb6E、rb11A11、rb5D3、rb7F2、rb20F12、rb20A12、rb5E4、rb3A4、rb17F11、rb4H7、rb3D3、又はヒト化1G4と、抗CD3 40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図13Bは、抗LY6G6Dアームrb6E、rb11A11、rb5D3、rb7F2、rb20F12、rb20A12、rb5E4、rb3A4、rb17F11、rb4H7、rb3D3、又はヒト化1G4と抗CD3 40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図13Cは、抗LY6G6Dアームrb6E、rb11A11、rb5D3、rb7F2、rb20F12、rb20A12、rb5E4、rb3A4、rb17F11、rb4H7、rb3D3、又はヒト化1G4と抗CD3 40G5cアームを含むLY6G6D TDBによる、ドナー#2からのPMBCを補充したHT55細胞のインビトロでの殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。 図13Dは、抗LY6G6Dアームrb6E、rb11A11、rb5D3、rb7F2、rb20F12、rb20A12、rb5E4、rb3A4、rb17F11、rb4H7、rb3D3、又はヒト化1G4と、抗CD3 40G5cアームとを含むLY6G6D TDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図13Eは、抗LY6G6Dアームrb6E、rb11A11、rb5D3、rb7F2、rb20F12、rb20A12、rb5E4、rb3A4、rb17F11、rb4H7、rb3D3、又はヒト化1G4と抗CD3アーム40G5cとを含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図14Aは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セルシステム)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(1セル)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、38E4.v1 MD4、又は38E4.v1(WT)を含むTDBによるドナー#1からのPMBCを補充されたHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。WT 38E4.v1配列に対して相対的に変異したMD2、MD3及びMD4の特定の残基を括弧内に示す。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。 図14Bは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セルシステム)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)及び抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、38E4.v1 MD4、又は38E4.v1(WT)を含むTDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図14Cは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セルシステム)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)と、抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、38E4.v1 MD4、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図15Aは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セルシステム)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(1セル)と抗CD3アーム38E4.v1MD1、38E4.v1MD2、38E4.v1MD3、38E4.v1MD4、又は38E4.v1(WT)を含むTDBによる、ドナー#2からのPMBCを補充されたHT55細胞のインビトロ殺傷を示すグラフである。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおける細胞毒性の%として定量化される。 図15Bは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、38E4.v1 MD4、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDBによるCD4+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD4+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図15Cは、2セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDB、及び1セルシステムを用いて組み立てられ、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)と、抗CD3アーム38E4.v1 MD1、38E4.v1 MD2、38E4.v1 MD3、38E4.v1 MD4、又は38E4.v1(WT)を含むLY6G6D TDBによるCD8+T細胞のインビトロ活性化を示すグラフである。CD8+T細胞活性化をFACSを用いて測定した。 図16Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBでの処理後のNSG(商標)マウスにおける異種移植LS1034腫瘍の腫瘍体積(mm)を示すグラフである。マウスは、健康なドナー末梢血単核細胞(PBMC)を用いてヒト化した。送達ビヒクル及びPMBCを含むか、又はLY6G6D TDBを含むがPMBCを含まない治療が対照として提供される。「3+」は、細胞株のLY6G6D IHCスコアを示す。 図16Bは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むTDBの単回投与後のLS1034 NSG(商標)マウスにおけるLY6G6D TDBの血清濃度(μg/mL単位)を示すグラフである。 図16Cは、図16Aに示された腫瘍体積アッセイのための生データを示す一連のグラフである。 図17Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBでの処理後のNSG(商標)マウスにおける異種移植HT55腫瘍の腫瘍体積(mm)を示すグラフである。マウスは、健康なドナーPBMCを用いてヒト化した。対照として、デリバリービークルとPMBCを含む処理、又はTDBを含み、PMBCを含まない処理が提供されている。「2+」は、細胞株のLY6G6D IHCスコアを示す。 図17Bは、図17Aに示された腫瘍体積アッセイのための生データを示す一連のグラフである。 図17Cは、ジェネリック免疫グロブリン薬物動態(GRIP)ELISAを用いて測定した、抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むTDBの単回投与後のHTT55NSG(商標)マウスにおけるLY6G6D TDBの血清濃度(μg/mL)を示すグラフである。 図18は、抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12(2セル)と抗CD3アーム40G5c又は38E4.v1と抗GD B56抗体を含むLY6G6D TDBの5mg/kg単回静脈内投与後の重症複合免疫不全(SCID)マウスにおける血清濃度(μg/mL単位)を示すグラフ及び表である。Cmax:最大血清濃度;AUC0−28:曲線下面積;CL:クリアランス率;t1/2:半減期。 図19は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの毒性試験をサイノモルグス猿(cyno)を用いて実施した場合の概略図と表である。 図20Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量で静脈内投与した後のカニクイザルにおける血清濃度(μg/mL)を示すグラフである。 図20Bは、1mg/kgのTDBを単回静脈内投与した後の、抗CD3 38E4v1又は405Gcアームと組み合わせた様々な腫瘍標的化アームを含むTDBの血清濃度(単位:μg/mL)及びクリアランス(CL)を示すグラフ及び表である。 図21は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBを15mg/kgで投与した動物No.6003の脳内の血管周囲/血管単核浸潤を示す一連の顕微鏡写真である。左上のパネルは、コントロール(正常)の髄膜血管を示している。左下のパネルは、動物No.6003の髄膜血管の異常を示している。右図は、異常な髄膜血管の拡大図である。 図22Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のサイトカインG−CSF、IL−1Ra、MCP−1、TNF−a、IL−13、及びIL−8(pg/mL)の濃度を示す一連のグラフ、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示す一連のグラフである。 図22Bは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のC反応性タンパク質(CRP;pg/mL)の濃度、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示す散布図である。 図23Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のフローサイトメトリーアッセイにおいてCD3+/ CD4+/ CD5+CD25発現Tヘルパー(Th)リンパ球(左パネル)及びCD3+/ CD8+/ CD5+CD25発現T細胞毒性(Tc)リンパ球(右パネル)としてゲートされた細胞のパーセント、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示す一対のグラフである。測定は、処理前(Day−7)及び処理当日(Day 1 Pre)の7日間で行い、平均化した(プレドーズ平均)。輸液終了(EOI)後、2時間後、6時間後、24時間後、168時間後に測定をした。軽度のT細胞活性化を示すピークが矢印で示されている。 図23Bは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のフローサイトメトリーアッセイにおいてCD45+/CD3+Tリンパ球としてゲートされた細胞のパーセント、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示すグラフである。T細胞の回復を示すピークを矢印で示す。 図23Cは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のフフローサイトメトリーアッセイにおいてCD45+/CD20+Bリンパ球としてゲートされた細胞のパーセント、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示すグラフである。B細胞の回復を示すピークを矢印で示す。 図23Dは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回投与量を指示された投与量でサイノモルグスサルに投与した後のフローサイトメトリーアッセイにおいてCD45+/CD16+ナチュラルキラー(NK)細胞としてゲーティングされた細胞のパーセント、及び対照(未処理)のサイノモルグスサルにおけるサイトカインの濃度を示すグラフである。 図24Aは、BIAcoreアッセイを用いて測定された、ヒト(左パネル)及びカニクイザル(右パネル)のLy6G6Dポリペプチドに対する抗Ly6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLy6G6D TDBの結合を示す一対のグラフである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図24Bは、BIAcoreアッセイを用いて測定された、ヒト(左パネル)及びカニクイザル(右パネル)のLy6G6Dポリペプチドに対する抗Ly6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 40G5cアームを含む6G6D TDBの結合を示す一対のグラフである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図24Cは、BIAcoreアッセイを用いて測定された、ヒト(左パネル)及びカニクイザル(右パネル)のLy6G6Dポリペプチドに対する抗Ly6G6D 1G4アーム及び抗CD3 38E4.v1アームを含むLy6G6D TDBの結合を示す一対のグラフである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図24Dは、BIAcoreアッセイを用いて測定された、ヒト(左パネル)及びカニクイザル(右パネル)のLy6G6Dポリペプチドに対する抗Ly6G6D 1G4アーム及び抗CD3 40G5cアームを含むLy6G6D TDBの結合を示す一対のグラフである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図25は、BIAコアアッセイを用いて測定されたヒトLY6G6Dポリペプチドに対する抗LY6G6D20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3アーム38E4.v1(左パネル)を含むLY6G6D TDB、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)及び抗CD3アーム38E4.v1 MD1(中央パネル)、又は抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)及び抗CD3アーム38E4.v1 MD4(右パネルの結合を示す一連のグラフである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図26Aは、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)及び抗CD3アーム38E4v1 MD1、38E4v1 MD4、又は38E4v1(WT)を含む1セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDB、及び抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)及び抗CD3 38E4v1アーム(WT)を含む、2セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDBでの処理後のNSG(商標)マウスにおける異種移植HT55腫瘍の腫瘍体積(mm2)を示すグラフである。対照として、デリバリービークルとPMBCを含む処理、又はTDBを含み、PMBCを含まない処理が提供されている。 図26Bは、図26Aに示された腫瘍体積アッセイのための生データを示す一連のグラフである。 図27は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1アーム(WT)を含む、2セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDB、及び抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)と抗CD3 38E4v1 MD1又は38E4v1 MD4アームを含む1セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDBsの血清濃度(μg/mL単位)を示すグラフである。 図28は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(1セル)と抗CD3 38E4v1 MD1又は38E4v1 MD4アームを含む1セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDB、及び抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム(2セル)と抗CD3 38E4v1アーム(WT)を含む2セルシステムを用いて組み立てられたLY6G6D TDBの血清濃度(μg/mL単位)を示すグラフである。 図29Aは、抗CD3クローン38E4v1、40G5c、38E4v1 MD1(MD1)、及び38E4v1 MD4(MD4)のVLのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示される。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図29Bは、抗CD3クローン38E4v1、40G5c、38E4v1 MD1(MD1)、及び38E4v1 MD4(MD4)のVHのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示される。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図29Cは、抗CD3 38E4v1、MD1、38E4v1.S43P、38E4v1.T51A、38E4v1.K55E、及び38E4v1.K89Tアームを含む一過性トランスフェクション産生アッセイの結果を示すグラフである。 図29Dは、抗LY6G6Dアーム又は抗FcRH5アームと、標的アーム軽鎖(LC)DNAと抗CD3アームDNAとの比率(標的アームLC:CD3 LC)を変化させた単一アミノ酸置換(括弧内に示す)を有する抗CD3アーム38E4v1(WT)、MD1、又は変異体38E4v1アームとを含むLY6G6D TDBに対して産生された適切に対になった二重特異性抗体のパーセントを示すグラフである。 図29Eは、抗CD3アーム38E4v1、40G5c、MD1、MD4、又は38E4v1 K55Eを含む単一特異性2価抗CD3抗体を、CB−17 SCIDマウスに5mg/kgの単回投与した後の血清濃度(μg/mL)を示すグラフである(時間点ごとにn=3)。抗gD抗体を対照として示す。個々のデータポイント(記号)は、接続された平均値(実線)とともに示す。 図29Fは、フレームワーク領域(FR)2におけるQ38Eのアミノ酸置換変異(ボックス)を含む抗CD3クローン38E4v1、40G5c、MD1、MD4のVLのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。この軽鎖可変領域配列は、TDBの単細胞製造に特に有用である。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示される。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図29Gは、フレームワーク領域(FR)2におけるQ39Kのアミノ酸置換変異(ボックス)を含む抗CD3クローン38E4v1、40G5c、MD1、MD4のVHのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。この重鎖可変領域配列は、TDBの単細胞製造に特に有用である。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3は、コンタクト、チョーシア、カバットの定義に従って示される。カバットの定義に従ったCDR配列には下線が引かれている。 図30は、抗LY6G6D1G4アームの2つの製造レプリケートについての一過性トランスフェクション生産アッセイの結果を示すグラフである。抗CD3アーム38E4v1及び抗GFR1アームを対照として提供する。 図31Aは、CDR−L3のグリコシル化部位、及びCDR−H1とCDR−L2の2つのシステイン残基の間のジスルフィド結合を示すウサギクローン20A12の軽鎖(LC)及び重鎖(HC)の図表である。 図31Bは、ウサギ20A12のCDRを含む抗LY6G6Dアーム20A12の変種と、ヒト軽鎖フレームワーク領域であるhIGKV.1−5、hIGKV.1−39、及びhIGKV.4−1、ならびにヒト重鎖フレームワーク領域であるhIGHV.3−23及びhIGHV.3−30の結合をBIAcoreアッセイを用いて測定した一連のグラフである。ヒト生殖細胞配列のrb.20A12配列に対するパーセントの同一性、及び各変異体におけるVernier位置の数を示す。 図31Cは、rb.20A12配列に対する種々のヒトVL生殖細胞配列のパーセント同一性;各ヒト生殖細胞配列におけるVernier位置の数;及びヒトにおける生殖細胞配列の有病率を示す表である。 図31Dは、rb.20A12配列に対する種々のヒトVH生殖細胞配列のパーセント同一性;各ヒト生殖細胞配列におけるVernier位置の数;及びヒトにおける生殖細胞配列の有病率を示す表である。
図32Aは、CDR−L3のグリコシル化部位、及びCDR−H1とCDR−L2の2つのシステイン残基の間のジスルフィド結合を示すウサギクローン20A12の軽鎖(LC)及び重鎖(HC)の図である。 図32Bは、CDR−L3におけるグリコシル化部位、及びCDR−H1及びCDR−L2の2つのシステイン残基間のジスルフィド結合を除去するC35S及びC50Aアミノ酸置換変異を示す、ヒト化された20A12変異体20A12.v1のLC及びHCの図である。20A12.v1は、hIGHV.3−23のVHフレームワーク領域とhIGKV.1−39のVLフレームワーク領域を含む。ヒトフレームワーク領域は、20A12ウサギ配列に由来するVernier残基を含むように、9つの位置(丸)で改変されている。 図32Cは、CDR−L3におけるグリコシル化部位、及びCDR−H1及びCDR−L2の2つのシステイン残基間のジスルフィド結合を除去するC35S及びC50Aアミノ酸置換変異を示す、洗練されたヒト化20A12変異体のLC及びHCの図である。洗練された変形体20A12は、hIGHV.3〜23のVHフレームワーク領域とhIGKV.1〜5のVLフレームワーク領域を含む。ヒトフレームワーク領域は、20A12ウサギ配列に由来するVernier残基を含むように、4つの位置(丸)で修飾されている。 図32Dは、一対の図であり、rb.20A12及びその様々なヒト化変異体のKDを示す表である。中央の欄は、hIGHV.3−23のヒトフレームワーク領域重鎖(H)配列とヒトフレームワーク領域軽鎖(L)配列との相対的なアミノ酸置換変異で、アミノ酸位置をウサギのVernier残基に戻す変異を示す。 図33Aは、rb.6E10配列に対する種々のヒトVL生殖細胞配列のパーセント同一性;各ヒト生殖細胞配列におけるVernier位置の数;及びヒトにおける生殖細胞配列の有病率を示す表である。 図33Bは、rb.6E10配列に対する種々のヒトVH生殖細胞配列のパーセント同一性;各ヒト生殖細胞配列におけるVernier位置の数;及びヒトにおける生殖細胞配列の有病率を示す表である。 図34Aは、BIAcoreアッセイを使用して測定された、rb.20A12及びrb.20A12可変ドメイン及びヒト定常領域を有する様々なキメラFabのLy6G6Dポリペプチドへの結合を示す一連のグラフである。キメラFabsの各々は、以下のように、CDR−H1のC35及びCDR−H2のC50)の各々におけるアミノ酸変異を含む:C35S−C50A(SA)、C35S−C50S(SS)、C35I−C50A(IA)、C35I−C50S(IS)、及びC35I−C50I(II)。各キメラFabのKDを示す。 図34Bは、配列NNTを有するrb.20A12のCDR−L3におけるグリコシル化部位を示す配列図であり、LY6G6Dへの結合のためのBIAコアアッセイを用いて測定された、グリコシル化部位にアミノ酸置換変異を有する上述の洗練されたヒト化20A12軽鎖配列の変異体のKDを示す表である。 図34Cは、BIAcoreアッセイを用いて測定されたウサギ20A12のFab変種、図34Bのグリコシル化部位でのQNTアミノ酸置換変異を有する、C35I及びC50A(IA)変異を含むウサギ20A12、及びLY6G6Dへの図34Bのグリコシル化部位でのQNTアミノ酸置換変異を有する洗練されたヒト化20A12のFab変種の結合を示す一連のグラフである。Ly6G6D−FcをProtein Aチップに捕捉し、37℃でFabを流した。 図34Dは、図34Bのグリコシル化部位におけるQNV、SNV、GNT、及びSNAアミノ酸置換変異を有する洗練されたヒト化20A12軽鎖配列のFab変種のLy6G6Dポリペプチドへの結合を示す一連のグラフであり、BIAcoreアッセイを用いて測定される。Ly6G6D−FcをProtein Aチップに捕捉し、37℃でFabを流した。 図35Aは、図32Aのウサギ20A12を示す図であり、BIAcoreアッセイを用いて測定した場合の、LY6G6Dに対する図示された抗体の結合を示すグラフである。 図35Bは、洗練されたヒト化20A12変異体20A12.QNTv12を示す図であり、BIAcoreアッセイを用いて測定されたような、LY6G6Dへの図示された抗体の結合を示すグラフである。 図36は、20A12.QNTv12、6E10.v114、及び1G4のヒト及びcyno LY6G6Dポリペプチドへの結合を示すグラフと、BIAcoreアッセイを用いて測定された各アッセイのKDを要約した表のセットである。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。 図37は、抗LY6G6D 20A12.QNTv.1及び20A12.QNTv12アームについての一過性トランスフェクション産生アッセイの結果を示すグラフである。コントロールとして、抗CD3アーム38E4v1と抗FGFR1アームが用意されている。 図38は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12(洗練された20A12.ver1)アームに対する非特異的クリアランスのためのバキュロウイルス(BV)ELISAアッセイの結果を示す表である。 図39は、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4v1又は40G5cアームを含むTDBの分子評価(MA)解析結果を示す表である。緑色の着色は、明らかな問題が確認されなかったアッセイを示している。 図40Aは、rb.20A12のCDRと、ヒト生殖細胞配列hIGHV.3−23又はhIGHV.3−30のVHフレームワーク領域と、ヒト生殖細胞配列hIGHV.1−5、hIGKV.1−39又はhIGKV.4−1のVLフレームワーク領域を含むヒト化変異体20A12のアミノ酸配列を示す配列アラインメントであり、それぞれがウサギのVernier残基を有する。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図40Bは、rb.20A12とヒト化変異体20A12.QNTv.1及び20A12.QNTv12のアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図40Cは、ヒト生殖細胞配列hIGHV.3−23のVH、ヒト生殖細胞配列hIGHV.1−5のVL、及びヒト化20A12変異体20A12.QNTv.1及び20A12.QNTv12のVH及びVLのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。20A12.QNTv.1及び20A12.QNTv12に存在するラビットVernier残基を楕円で示す。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図41は、6E10v1 Fabの分子評価(MA)分析結果を示す表である。緑のカラーリングは明らかな問題点が確認されなかったアッセイを示し、赤のカラーリングは問題点が確認されたことを示している。 図42は、BIAコアアッセイを用いて測定された、ウサギ6E10のCDR及びヒト生殖細胞配列hIGHV.3−53、hIGHV.4−4、又はhIGHV.3−48のVHフレームワーク領域と、ヒト生殖細胞配列hIGHV.1−5、hIGKV.3−20、又はhIGKV.4−1のVLフレームワーク領域とを含む抗LY6G6Dアーム6E10の変異体の結合を示す一連のグラフである。各変異体のVernier位置の数を表示している。 図43Aは、rb.6E10のCDRとヒト生殖細胞配列hIGHV.3−53、hIGHV.4−4、又はhIGHV.3−48のVHフレームワーク領域と、ヒト生殖細胞配列hIGHV.1−5、hIGKV.3−20、又はhIGKV.4−1のVLフレームワーク領域とを含む6E10のヒト化変異体のアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図43Bは、rb.6E10及びヒト化変異体6E10.v23及び6E10.v114のアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図43Cは、ヒト生殖細胞配列hIGHV.3−53*01のVH、ヒト生殖細胞配列hIGHV.3−20*01のVL、及びrb.6E10及びヒト化6E10変異体6E10.v114のVH及びVLのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。rb.6E10及び6E10.v114に存在するラビットVernier残基を楕円で示す。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。 図43Dは、ヒト生殖細胞配列hIGHV.3−48*01のVH、ヒト生殖細胞配列hIGHV.1−5*01のVL、及びrb.6E10及びヒト化6E10変異体6E10.v23のVH及びVLのアミノ酸配列を示す配列アラインメントである。rb.6E10及び6E10.v23に存在するラビットVernier残基を楕円で示す。相補性決定領域(CDR)CDR L1、CDR L2、CDR L3を示す。配列間で異なる残基が強調表示されている。
発明の詳細な説明
I.定義
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者であれば容易に理解するそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書において、値又はパラメータについての「約」の参照は、それ自体がその値又はパラメータに向けられた側面を含む(及び説明する)。
本明細書に記載された本発明の態様において、「含む」、「からなる」、及び「本質的にからなる」などの側面を含むことが理解される。
本明細書で使用される用語「Ly6G6D」又は「リンパ球抗原6複合体、遺伝子座G61」は、別段の指示がない限り、霊長類(例えば、ヒト)及びげっ歯類(例えば、マウス及びラット)のような哺乳類を含む、任意の脊椎動物由来の任意のネイティブLy6G6Dを指し、「完全長」であり、未処理のLy6G6D、ならびに細胞内での処理から生じる任意の形態のLy6G6Dを包含する。この用語はまた、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を含む、Ly6G6Dの自然発生的な変異体も包含する。Ly6G6Dは、G6D、Ly6−D、C6orf23、巨核球強化遺伝子転写体1(MEGT1)、及びNG25とも呼ばれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7,951,546号にTAT201として開示されており、配列番号75のアミノ酸配列及び配列番号76のヌクレオチド配列であるDNA234441を有する。Ly6G6Dは、例えば、133アミノ酸の長さを有するヒトLy6G6Dタンパク質(NCBI RefSeq No.NP_067079.2)を含む。
用語「抗LY6G6D抗体」及び「LY6G6Dに結合する抗体」とは、LY6G6Dを標的とする際の診断及び/又は治療剤として有用であるような充分な親和性を有して、LY6G6Dに結合可能である抗体を指す。一実施形態において、抗LY6G6D抗体が非関連非LY6G6Dタンパク質に結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)によって測定される、抗体のLY6G6Dへの結合の約10%未満である。特定の実施形態において、LY6G6Dに結合する抗体は、解離定数(K)が≦1μM、≦250nM、≦100nM、≦15nM、≦10nM、≦6nM、≦4nM、≦2nM、≦1nM、≦0.1nM、≦0.01nM、又は≦0.001nM(例えば、10−8M以下、例えば、10−8Mから10−13Mまで、例えば、10−9Mから10−13Mまで)である。特定の実施形態において、抗LY6G6D抗体は、異なる種のLY6G6D間で保存されているLY6G6Dのエピトープに結合する。
本明細書で使用されるように、「分化クラスター3」又は「CD3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(例えば、ヒト)及びげっ歯類(例えば、マウス及びラット)のような哺乳類を含む、任意の脊椎動物由来の任意のネイティブCD3を指し、例えば、CD3ε、CD3γ、CD3α、及びCD3β鎖を含む。「完全長」この用語は、未処理のCD3(例えば、未処理又は未修飾CD3ε又はCD3γ)、及び細胞内での処理から生じるCD3の任意の形態を包含する。この用語はまた、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を含む、CD3の自然発生的な変異体を包含する。CD3としては、例えば、長さ207アミノ酸であるヒトCD3εタンパク質(NCBI RefSeq No.NP_000724)、長さ182アミノ酸であるヒトCD3γタンパク質(NCBI RefSeq No.NP_000064)などが挙げられる。
用語「抗CD3抗体」及び「CD3に結合する抗体」とは、CD3を標的とする診断及び/又は治療剤として有用であるような充分な親和性を有して、CD3に結合可能である抗体を指す。一実施形態において、抗CD3抗体が非関連非CD3タンパク質に結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)によって測定される、抗体のCD3への結合の約10%未満である。特定の実施形態において、CD3に結合する抗体は、≦1μM、≦250nM、≦100nM、≦15nM、≦10nM、≦5nM、≦1nM、≦0.1nM、≦0.01nM、又は≦0.001nMの解離定数(K)を有する(例えば、10−8M以下、例えば、10−8Mから10−13M、例えば、10−9Mから10−13M)。特定の実施形態では、抗CD3抗体は、異なる種のCD3間で保存されているCD3のエピトープに結合する。
本明細書において、「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、及び抗体断片(例えば、ビスFab)を含むがこれらに限定されない様々な抗体構造を包含する。
「親和性」は、分子(例えば、抗体)の単一の結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)との間の、合計の非共有性相互作用の強度を指す。特に明記しない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」は、結合対(例えば、抗体と抗原)のメンバー間の1:1相互作用を反映する特異的結合親和性を指す。分子XのパートナーYに対する親和性は、一般に、解離定数(K)によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載するものを含め、当該技術分野で一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例示的及び例示的な態様は、以下に記載される。
「親和性成熟」抗体とは、改変などを有しない親抗体と比較して、1つ以上の超可変領域(HVR)に1つ以上の改変を有し、そのような改変により抗体の抗原に対する親和性が改善される抗体を指す。
用語「完全長抗体」、「インタクト抗体」、及び「全抗体」とは、本明細書で、ネイティブ抗体構造と実質的に同様の構造を有するか、又は本明細書に定義されるFc領域を含有する重鎖を有する抗体を指すように同義に使用される。
「抗体断片」は、インタクト抗体が結合する抗原を結合するインタクト抗体の一部を含むインタクト抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、ビス−Fab;Fv;Fab;Fab、Fab’−SH;F(ab’);ダイアボディ;線状抗体;一本鎖抗体分子(例えば、scFv、scFab);及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
「単一ドメイン抗体」とは、抗体の重鎖可変ドメインの全部又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全部又は一部を含む抗体断片を指す。特定の態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である(例えば、米国特許第6,248,516号B1を参照されたい)。シングルドメイン抗体の例としては、VHHが挙げられるが、これらに限定されない。
「Fab」断片は、抗体のパパイン消化によって生成された抗原結合断片であり、H鎖(VH)の可変領域ドメイン、及び1重鎖(CH1)の第1の定常ドメインとともにL鎖全体からなる。抗体のパパイン消化により、2つの同一のFab断片が生成される。抗体のペプシン処理は、2価の抗原結合活性を有する2つのジスルフィド連結Fab断片におおよそ対応する単一の大きなF(ab’)断片を産出し、抗原を架橋することができる。Fab’断片は、抗体ヒンジ領域からの1つ以上のシステインを含むCH1ドメインのカルボキシ末端に付加的な数個の残基を有することにより、Fab断片とは異なる。Fab’−SHは、定常ドメインのシステイン残基(複数可)が、遊離チオール基を持つFab’の本明細書での呼称である。F(ab’)抗体断片は、元々、それらの間にヒンジシステインを有するFab’断片のペアとして産生された。抗体断片の他の化学的カップリングも既知である。
「Fv」は、密接な非共有結合にある1つの重鎖可変領域ドメイン及び1つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。これらの2つのドメインの折り畳みにより、抗原結合のためのアミノ酸残基を提供し、かつ抗原結合特異性を抗体に与える6つの超可変ループ(H鎖及びL鎖から各3つループ)が生じる。しかしながら、単一の可変ドメイン(又は抗原に特異的な3つのCDRのみを含むFvの半分)であっても、しばしば結合部位全体よりも低い親和性ではあるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
本明細書における「Fc領域」という用語は、ネイティブ配列Fc領域及び変異体Fc領域を含む、免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するために使用される。免疫グロブリン重鎖のFc領域の境界は異なるかもしれないが、ヒトIgG重鎖のFc領域は、通常、Cys226の位置にあるアミノ酸残基から、又はPro230の位置にあるアミノ酸残基から、そのカルボキシル末端まで伸びるように定義される。Fc領域のC末端リジン(EUナンバリングシステムによる残基447)は、例えば、抗体の製造又は精製中に、又は抗体の重鎖をコードする核酸を組換えエンジニアリングすることによって、除去されてもよい。従って、無傷抗体の組成物は、全Lys447残基が除去された抗体集団、除去されたLys447残基がない抗体集団、及びLys447残基を有する抗体と有しない抗体との混合物を有する抗体集団を含んでもよい。
「機能的Fc領域」は、ネイティブ配列Fc領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、C1q結合;CDC;Fc受容体結合;ADCC;ファゴサイトーシス;細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体;BCR)のダウンレギュレーションなどが含まれる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Fc領域が結合ドメイン(例えば、抗体可変ドメイン)と結合することを必要とし、そして、例えば、本明細書の定義に開示されているように、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「ネイティブ配列Fc領域」は、ネイティブに見出されるFc領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。固有配列ヒトFc領域には、固有配列ヒトIgG l Fc領域(非A及びAのアロタイプ);固有配列ヒトIgG 2 Fc領域;固有配列ヒトIgG 3 Fc領域;及び固有配列ヒトIgG 4 Fc領域、ならびにそれらのネイティブに存在する変種が含まれる。
「変異体Fc領域」は、少なくとも1つのアミノ酸修飾、好ましくは1つ以上のアミノ酸置換によってネイティブ配列Fc領域のものとは異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異体Fc領域は、ネイティブ配列Fc領域又は親ポリペプチドのFc領域と比較して少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば、約1から約10のアミノ酸置換、より好ましくは、ネイティブ配列Fc領域又は親ポリペプチドのFc領域と比較して約1から約5のアミノ酸置換を有する。本明細書の変異体Fc領域は、好ましくは、ネイティブ配列のFc領域及び/又は親ポリペプチドのFc領域との少なくとも約80%の相同性、好ましくは少なくとも約90%の相同性、又はより好ましくは少なくとも約95%の相同性を有するであろう。
本明細書で使用される「Fc複合体」とは、二量体を形成するために共に相互作用する2つのFc領域のCH3ドメイン、又は特定の態様において、2つのFc領域が二量体を形成するために相互作用し、ここで、ヒンジ領域のシステイン残基及び/又はCH3ドメインは、結合及び/又は力(例えば、ファンデルワールス、疎水性力、水素結合、静電力、又はジスルフィド結合)を介して相互作用することを指す。
本明細書で使用される「Fc成分」とは、Fc領域のヒンジ領域、CH2ドメイン又はCH3ドメインを指す。
「ヒンジ領域」は、一般に、IgG(EUナンバリング)の約残基216から約230まで、IgG(カバットナンバリング)の約残基226から約243まで、又はIgG(IMGTユニークナンバリング)の約残基1から約15までの間で延びていると定義される。
Fc領域の「下部ヒンジ領域」は、通常、ヒンジ領域のすぐC末端の残基、すなわち、Fc領域の残基233〜239(EUナンバリング)の伸長として定義される。
「変異体Fc領域」は、少なくとも1つのアミノ酸修飾、好ましくは1つ以上のアミノ酸置換によってネイティブ配列Fc領域のものとは異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異体Fc領域は、ネイティブ配列Fc領域又は親ポリペプチドのFc領域と比較して少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば、約1から約10のアミノ酸置換、より好ましくは、ネイティブ配列Fc領域又は親ポリペプチドのFc領域と比較して約1から約5のアミノ酸置換を有する。本明細書における変異体Fc領域は、好ましくは、ネイティブ配列Fc領域及び/又は親ポリペプチドのFc領域と少なくとも約80%の相同性、及び最も好ましくは、それらと少なくとも約90%の相同性、より好ましくは、それらと少なくとも約95%の相同性を保有する。
「Fc受容体」又は 「FcR」は、抗体のFc領域に結合する受容体を表している。好ましいFcRは、ネイティブ配列のヒトFcRである。さらに、好ましいFcRは、IgG抗体(ガンマ受容体)に結合するものであり、これらの受容体のアレル変異形及び代替としてはスプライシング形態を含め、FcγRI、FcγRII、及びFcγRIIIサブクラスの受容体を含む。FcγRII受容体としては、FcγRIIA(「活性化受容体」)及びFcγRIIB(「阻害受容体」)が挙げられ、これらは、主にそれらの細胞質ドメインの点で異なる同様のアミノ酸配列を有する。活性化受容体FcγRIIAは、その細胞質側ドメイン内に免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)を含有する。阻害受容体FcγRIIBは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベースの阻害モチーフ(ITIM)を含む(レビューM.in Daeron,Annu.Rev.Immunol.15:203−234(1997)を参照されたい)。FcRは、Ravetch and Kinet、Annu.Rev.Immunol.9:457−492(1991);Capelら、Immunomethods 4:25−34(1994);及びde Haas et al.,J.Lab.Clin.Med.126:330−41(1995)をレビューされている.今後特定されるものを含む他のFcRは、本明細書において「FcR」という用語により包含されている。この用語には、母体のIgGの胎児への移行に関与する新生児受容体FcRnも含まれる(Guyer et al.,J.Immunol.117:587(1976)and Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))。
本明細書で言及される「ノブ−イントゥ−ホール」又は「KnH」技術という用語は、それらが相互作用する界面において、一方のポリペプチドに突起(ノブ)を導入し、他方のポリペプチドに空洞(ホール)を導入することによって、インビトロ又はインビボで2つのポリペプチドを共にペアリングすることを指示する技術を指す。例えば、KnHは、抗体のFc:Fc相互作用界面、CL:CH1界面又はVH/VL界面に導入されている(例えば、US2007/0178552,WO 96/027011,WO 98/050431 and Zhu et al.(1997)Protein Science 6:781−788)。これは、多重特異性抗体の製造中に、2つの異なる重鎖のペアリングを一緒に駆動するのに特に有用である。例えば、Fc領域にKnHを有する多重特異性抗体は、各Fc領域に連結された単一の可変ドメインをさらに構成してもよいし、同一、類似、又は異なる軽鎖可変ドメインと対をなす異なる重鎖可変ドメインをさらに構成してもよい。KnH技術はまた、2つの異なる受容体細胞外ドメインを一緒にペアリングするために、又は異なる標的認識配列を構成する任意の他のポリペプチド配列を使用することができる。
「フレームワーク」又は「FR」は、超可変領域(HVR)残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのFRは、一般に4つのFRドメインから構成されている:FR1,FR2,FR3,and FR4.従って、HVR配列及びFR配列は、一般に、VH(又はVL)における次の配列において現れる。FR1−H1(L1)−FR2−H2(L2)−FR3−H3(L3)−FR4.
「CH1領域」又は「CH1ドメイン」は、IgG(EUナンバリング)の残基約118から残基215まで、IgG(カバットナンバリング)の残基約114から残基223まで、又はIgG(IMGTユニークナンバリング)の残基約1.4から残基121までの残基の伸長を含む(Lefranc M−P,Giudicelli V,Duroux P,Jabado−Michaloud J,Folch G,Aouinti S,Carillon E,Duvergey H,Houles A,Paysan−Lafosse T,Hadi−Saljoqi S,Sasorith S,Lefranc G,Kossida S.IMGT(登録商標),the international ImMunoGeneTics information system(登録商標)25 years on.Nucleic Acids Res.2015 Jan;43(Database issue):D413−22)。IL−15ポリペプチド又はIL−15Rαポリペプチドは、CH1ドメインの第1の残基に直接共有結合されていてもよく、又は代替的に、CH1の第1の残基に対してC末端の位置にある残基に共有結合されていてもよい。代替的な態様において、IL−15ポリペプチド又はIL−15Rαポリペプチドは、本明細書で定義されるようにリンカーを介してCH1に共有結合されていてもよい。
ヒトIgG Fc領域の「CH2ドメイン」は、通常、IgGの約残基244から約360まで(カバットナンバリング)、IgGの約残基231から約340まで(EUナンバリング)、又はIgGの約1.6から約125まで(IGMTユニークナンバリング)に及ぶ。CH2ドメインは、他のドメインと密接に対になっていないという点でユニークである。むしろ、インタクトネイティブIgG分子の2つのCH2ドメインの間には、2つのN−linked分岐炭水化物鎖が介在している。炭水化物は、ドメインとドメインのペアリングの代わりを提供し、CH2ドメインの安定化を助けることが推測されている。Burton,Molec.Immunol.22:161−206(1985).
「CH3ドメイン」は、Fc領域のC末端残基からCH2ドメインへの伸長(すなわち、IgG(カバットナンバリング)の約361から約478のアミノ酸残基まで、IgG(EUナンバリング)の約341から約447のアミノ酸残基まで、又はIgG(IGMTユニークナンバリング)の約1.4から約130のアミノ酸残基まで)を含む。
「CLドメイン」又は「定常軽ドメイン」は、C末端残基の光鎖可変ドメイン(VL)への延伸を含む。抗体の軽鎖は、κ(κ)(「Cκ」)又はλ(λ)(「Cλ」)の軽鎖領域であってもよい。Cκ領域は、一般に、IgG(Kabat又はEUナンバリング)の約108から約214の残基まで、又はIgG(IMGTユニークナンバリング)の約1.4から約126の残基まで延びている。C残基は、一般に、約107a残基から約215残基(カバットナンバリング)まで、又は約1.5残基から約127残基(IMGTユニークナンバリング)まで延びる(Lefranc M−P,Giudicelli V,Duroux P,Jabado−Michaloud J,Folch G,Aouinti S,Carillon E,Duvergey H,Houles A,Paysan−Lafosse T,Hadi−Saljoqi S,Sasorith S,Lefranc G,Kossida S.IMGT(登録商標),the international ImMunoGeneTics information system(登録商標)25 years on.Nucleic Acids Res.2015 Jan;43(Database issue):D413−22)。
あらゆる脊椎動物種からの軽鎖(LC)は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ及びラムダと呼ばれる2つの明確に区別されたタイプのいずれかに割り当てることができる。それらの重鎖(CH)の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは、異なるクラス又はアイソタイプに割り当てることができる。免疫グロブリンには5つのクラスがある:それぞれα、δ、γ、ε、μと指定された重鎖を有するIgA、IgD、IgE、IgG、及びIgM。γ及びαクラスは、CHの配列及び機能の比較的軽微な違いに基づいて、さらにサブクラスに分かれ、例えば、ヒトは以下のサブクラスを発現する:IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、及びIgA2。
本明細書で使用されるように、用語「荷電領域」とは、荷電領域とそのコグナート荷電領域とが反対の全体的な相対的な電荷を有する場合に、1以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10)の塩基性アミノ酸又は酸性アミノ酸を有するコグナート荷電領域と電荷対を形成することができる、1以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10)の塩基性アミノ酸又は酸性アミノ酸を含むポリペプチドの位置を指す。
本明細書で使用されるように、「電荷ペア」という用語は、全体的に反対の電荷を持つ2つの荷電領域の間に形成される結合を指す。
用語「キメラ」抗体とは、重鎖及び/又は軽鎖の一部が特定の供給源又は種に由来し、重鎖及び/又は軽鎖の残りの部分が異なる供給源又は種に由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」とは、抗体の重鎖が持つ一定ドメインや一定領域の種類を指す。抗体には大きく分けて5つのクラスがある:IgA、IgD、IgE、IgG、及びIgMであり、これらのいくつかは、さらにサブクラス(アイソタイプ)、例えば、IgG、IgG、IgG、IgG、IgA、及びIgAに分かれてもよい。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、又はμと呼ばれる。
「ヒト抗体」とは、ヒト又はヒト細胞が産生した抗体、又はヒト抗体レパートリーなどのヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト由来の抗体に対応するアミノ酸配列を有するものを指す。このヒト抗体の定義では、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体は特に除外されている。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリーを含む、当技術分野で知られている様々な技術を用いて作製することができる。Hoogenboom and Winter.J.Mol.Biol.227:381,1991;Marks et al.J.Mol.Biol.222:581,1991。また、ヒトモノクローナル抗体の調製には、Cole et al.Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,p.77(1985);Boerner et al.J.Immunol.,147(1):86−95,1991.See also van Dijk and van de Winkel.Curr.Opin.Pharmacol.5:368−74,2001に記載されている方法が利用可能である。ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してそのような抗体を産生するように改変されているが、その内因性遺伝子座が無効化されているトランスジェニック動物、例えば免疫化されたキセノマウスに抗原を投与することによって調製することができる(例えば、XENOMOUSE(商標)技術に関して米国特許第 6,075,181号および第6,150,584号を参照されたい)。また、例えば、Li et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA.103:3557−3562,2006 regarding human antibodies generated via a human B−cell hybridoma technologyも参照されたい。
「ヒトコンセンサスフレームワーク」とは、ヒト免疫グロブリンVL又はVHフレームワーク配列の中から選択されたものの中で、最も一般的に発生するアミノ酸残基を表すフレームワークのことである。一般に、ヒト免疫グロブリンVL又はVH配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループから行われる。一般に、シーケンスのサブグループは、カバット et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,NIH Publication 91−3242,Bethesda MD(1991),vols.1−3で記述のように、サブグループである。一態様において、VLの場合、サブグループは、カバット et al.supraで記述のように、サブグループカッパIである。一態様において、VHの場合、サブグループは、カバット et al.supraで記述のように、サブグループカッパIIIである。
「ヒト化」抗体は、非ヒトHVRからのアミノ酸残基及びヒトFRからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。特定の態様において、ヒト化抗体は、実質的に少なくとも1つ、典型的には2つの可変ドメインのすべてを含み、ここで、すべて又は実質的にすべてのHVR(例えば、CDR)は、非ヒト抗体のものに対応し、そしてすべて又は 実質的にすべてのFRはヒト抗体のFRに対応する。ヒト化抗体のFRのすべて又は実質的にすべてのFRがヒト抗体のFRに対応する特定の態様において、ヒト化抗体のFRのいずれかは、非ヒトFR(複数可)からの1つ以上のアミノ酸残基(例えば、FRの1つ以上のVernier位置残基)を含んでいてもよい。ヒト化抗体は、任意に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。抗体の「ヒト化形態」とは、例えば非ヒト抗体のように、ヒト化を受けた抗体を指す。
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」とは、抗体の抗原への結合に関与する抗体重鎖又は軽鎖のドメインを指す。ネイティブ抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン(VH及びVL)は、一般的に類似した構造を有しており、各ドメインは4つの保存フレームワーク領域(FR)と3つのハイパーバリアブル領域(HVR)を含む。(例えば、Kindt et al.Kuby Immunology,6th ed.W.H.Freeman and Co.,page 91(2007).を参照されたい)単一のVH又はVLドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であるかもしれない。さらに、特定の抗原を結合する抗体から、相補的なVLドメイン又はVHドメインのライブラリーをスクリーニングするために、抗原を結合する抗体からVHドメイン又はVLドメインを用いて、それぞれ単離してもよい。例えば、Portolano et al.J.Immunol.150:880−887,1993;Clarkson et al.Nature 352:624−628,1991.を参照されたい。
本明細書で使用される「ハイパーバリアブル領域」又は「HVR」という用語は、抗体可変ドメインの各領域のうち、配列がハイパーバリアブルである領域(「相補性決定領域」又は「CDR」)を指す。一般的に抗体はVHに3つ(CDR−H1、CDR−H2、CDR−H3)、VLに3つ(CDR−L1、CDR−L2、CDR−L3)の6つのCDRを含む。例示的なCDRは、本明細書では以下のものを含む:
(a)アミノ酸残基26〜32(L1)、50〜52(L2)、91〜96(L3)、26〜32(H1)、53〜55(H2)、及び96〜101(H3)に存在するCDR(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901−917,1987);
(b)アミノ酸残基24〜34(L1)、50〜56(L2)、89〜97(L3)、31〜35b(H1)、50〜65(H2)、及び95〜102(H3)に存在するCDR(カバット et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991));及び、
(c)アミノ酸残基27c〜36(L1)、46〜55(L2)、89〜96(L3)、30〜35b(H1)、47〜58(H2)、及び93〜101(H3)で発生する抗原接触(MacCallum et al.J.Mol.Biol.262:732−745,1996)。
別段の指示がない限り、HVR残基及び可変ドメイン内の他の残基(例えば、FR残基)は、本明細書において、カバット et al.supraに準じてナンバリングされている。
「sFv」又は「scFv」とも略される「一本鎖Fv」は、単一のポリペプチド鎖に接続されたVH及びVL抗体ドメインを含む抗体断片である。好ましくは、scFvポリペプチドは、VHドメインとVLドメインの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、これによりscFvが抗原結合のための所望の構造を形成することができる。scFvのレビューについては、Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer−Verlag,New York,pp.269−315(1994);Malmborg et al.,J.Immunol.Methods 183:7−13,1995を参照されたい。
「ターゲティングドメイン」とは、標的エピトープ、抗原、リガンド、受容体に特異的に結合する化合物又は分子の一部を指す。標的化ドメインには、抗体(例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト化抗体、及びキメラ抗体)、抗体断片又はその一部(例えば、ビス−Fab断片、Fab断片、F(ab’)、scFab、scFv抗体、SMIP、単一ドメイン抗体、ダイアボディ、ミニボディ、scFv−Fc、アフィボディ、ナノボディ、及び抗体のVH及び/又はVLドメイン)、受容体、リガンド、アプタマー、ペプチド標的化ドメイン(例えば、システイン結び目タンパク質(CKP)など)、及び同定された結合パートナーを有する他の分子が含まれるが、これらに限定されない。ターゲティングドメインは、それが結合する抗原を標的化し、遮断し、作動し、又は拮抗することができる。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体、すなわち、集団を構成する個々の抗体が同一であり、及び/又は同一のエピトープを結合している抗体を指すが、例えば、自然に生じる突然変異を含むか、又はモノクローナル抗体調製物の製造中に生じる可能性のある変異体抗体を除いて、そのような変異体は、一般的に微量に存在する。典型的には、異なる決定基(エピトープ)に対して向けられた異なる抗体を含むポリクローナル抗体製剤とは対照的に、モノクローナル抗体製剤の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して向けられている。このように、修飾子「モノクローナル」は、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体の性質を示しており、特定の方法による抗体の生産を必要とすると解釈されるものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えDNA法、ファージディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含むがこれらに限定されない様々な技術によって作製することができ、そのような方法及び本明細書に記載されているモノクローナル抗体を作製するための他の例示的な方法を含むがこれらに限定されない。
用語「多重特異性抗体」は、最も広い意味で使用され、具体的には、多エピトピック特異性を有する抗体を対象とする。一つの態様において、多重特異性抗体は、2つの異なる標的(例えば、二重特異性抗体)に結合する。このような多特異性抗体としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されるものではない:重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む抗体であって、VH/VLユニットが多エピトープ特異性を有するもの;各VH/VLユニットが異なるエピトープに結合する2つ以上のVL及びVHドメインを有する抗体;各単一可変ドメインが異なるエピトープに結合している、2つ以上の単一可変ドメインを有する抗体;完全長抗体;Fab、Fv、dsFv、scFv、ジアボディ、二重特異性ジアボディ及びトライアボディなどの抗体断片;共有結合又は非共有結合で連結された抗体断片。「ポリエピトープ特異性」とは、同じターゲット又は異なるターゲット上の2つ以上の異なるエピトープに特異的に結合する能力を指す。「単特異性」とは、1つの抗原のみを結合する能力を指す。一つの態様において、単特異性ビエピトープ抗体は、同じ標的/抗原上の2つの異なるエピトープを結合する。一つの態様において、単特異性ポリエピトープ抗体は、同じ標的/抗原の複数の異なるエピトープに結合する。ある態様において、多重特異性抗体は、5μΜ〜0.001 pM、3μΜ〜0.001 pM、1μΜ〜0.001 pM、0.5μΜ〜0.001 pM、又は0.1μΜ〜0.001 pMの親和性を有する各エピトープに結合するIgG抗体である。
「ネイキッド抗体」とは、異種部位(例えば、細胞毒性部位)又は放射性標識に結合していない抗体を指す。ネイキッド抗体は、医薬製剤中に存在していてもよい。
「ネイティブ抗体」とは、様々な構造を持つネイティブに存在する免疫グロブリン分子を指す。例えば、ネイティブIgG抗体は、2本の同一の軽鎖と2本の同一の重鎖がジスルフィド結合したものを含む、約15万ダルトンのヘテロテトラメリック糖タンパク質である。N末端からC末端までの各重鎖は、可変重ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域(VH)を有し、これに3つの定常ドメイン(CH1、CH2、及びCH3)が続く。同様に、N末端からC末端までの各軽鎖は、可変軽領域(VL)を有し、可変軽領域又は軽鎖可変領域とも呼ばれ、その後に一定軽領域(CL)が続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、κ(カッパ)、λ(ラムダ)と呼ばれる2種類のいずれかに割り当てられてもよい。
本明細書で使用されるように、用語「免疫アドヘキシン」は、異種タンパク質(「アドヘキシン」)の結合特異性と免疫グロブリン定常ドメインのエフェクター機能とを組み合わせた分子を指す。構造的には、免疫アドヒシンは、抗体の抗原認識結合部位以外のアミノ酸配列である所望の結合特異性を有するアミノ酸配列(すなわち、抗体の定常領域と比較して「異種」である)と、免疫グロブリン定常ドメイン配列(例えば、IgGのCH2及び/又はCH3配列)とが融合して含む。アドヘシン及び免疫グロブリン定常ドメインは、必要に応じてアミノ酸スペーサーによって分離され得る。例示的なアドヒーシン配列は、受容体の一部又は関心のあるタンパク質に結合するリガンドを構成する連続したアミノ酸配列を含む。アドヒーシン配列はまた、関心のあるタンパク質を結合する配列であってもよいが、受容体又はリガンド配列ではない配列(例えば、ペプチボディ中のアドヒーシン配列)である。このようなポリペプチド配列は、様々な方法で選択又は同定することができ、ファージディスプレイ技術やハイスループットソーティング法などが含まれる。免疫アドヘキシン中の免疫グロブリン定常ドメイン配列は、任意のf免疫グロブリン、例えばIgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4サブタイプ、IgA(IgA1及びIgA2を含む)、IgE、IgD、又はIgMから得ることができる。
「化学療法剤」には、癌の治療に有用な化合物が含まれている。化学療法剤の例としては、以下及びその製薬学的に許容される塩、酸及び前記のいずれかの誘導体が挙げられる:エルロチニブ(TARCEVA(登録商標)、Genentech/OSI Pharm)、ボルテゾミブ(VELCADE(登録商標)、Millennium Pharm.)、ジスルフィラム、エピガロカテキンガレート、サリノスポラミドA、カーフィルゾミブ、17−AAG(ゲルダナマイシン)、ラジコール、乳酸脱水素酵素A(LDH−A)、フルベストラント(FASLODEX(登録商標)アストラゼネカ社)、スニチブ(SUTENT(登録商標)、ファイザー/スーゲン)、レトロゾール(FEMARA(登録商標)、ノバルティス)、メシル酸イマチニブ(GLEEVEC(登録商標)、ノバルティス)、フィナサン酸塩(VATALANIB(登録商標)、ノバルティス)。オキサリプラチン(ELOXATIN(登録商標)、サノフィ)、5−FU(5−フルオロウラシル)、ロイコボリン、ラパマイシン(シロリムス、RAPAMUNE(登録商標)、ワイエス)、ラパチニブ(TYKERB(登録商標)、GSK572016、グラクソ・スミス・クライン)。ロナファミブ(SCH 66336)、ソラフェニブ(NEXAVAR(登録商標)、Bayer Labs)、ゲフィチニブ(IRESSA(登録商標)、AstraZeneca)、AG1478、チオテパ、CYTOXAN(登録商標)シクロホスファミドなどのアルキル化剤 ブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファンなどのアルキルスルホン酸塩;ベンゾドパ、カルボクロン、メトレドパ、ウレドパなどのアジリジン類;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスファミド、トリエチレンチオホスファミド、トリメチルメラミンなどのエチレンイミン類及びメチルメラミン類;アセトジェニン類(特にブラータシン及びブラータシノン);カンプトテシン類(トポテカン及びイリノテカン;ブリオスタチン;カリースタチン;CC−1065(そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシンの合成アナログを含む);クリプトフィシン(特にクリプトフィシン1及びクリプトフィシン8);副腎皮質ステロイド(プレドニゾン及びプレドニゾロンを含む);酢酸シプロテロン;フィナステリド及びデュタステリドを含む5α−リダクターゼ);ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタットドラスタチン;アルデスロイキン、タルクデュオカルマイシン(合成アナログ、KW−2189及びCB1−TM1を含む);エレタロビン;パンクラチスタチン;サルコジクチン;スポンギスタチン。クロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレスタミン、メクロレスタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタードなどの窒素マスタード。カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチンのようなニトロソウレア;エニジン系抗生物質のような抗生物質(例えば、E.g.,カリチェマイシン、特にカリチェマイシンγ1I及びカリチェマイシンω1I(Angew Chem.Intl.Ed.Engl.1994 33:183−186);ダイネマイシンAを含むダイネマイシン;クロドロネートなどのビスホスホネート;エスパーマイシン。同様に、ネオカルジノスタチン発色団及び関連する発色団エンジイン抗生物質発色団)、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン。カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6−ジアゾ−5−オキソ−L−ノルロイシン、アドリアマイシン(ドキソルビシン)、モルホリノドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、2−ピロリノ−ドキソルビシン、デオキシドキソルビシン)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンCなどのマイトマイシン、マイコフェノール酸、ノガラマイシン。オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピュロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトゾシン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン メトトレキサート及び5−フルオロウラシル(5−FU)などの抗メタボローム剤;デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸アナログ;フルダラビン、6−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリンアナログ。アンシタビン、アザシチジン、6−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフリジン、エノシタビン、フロクスリジンなどのピリミジンアナログ;カルステロン、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、エピチオスタノール、メピチオステイン、テストラクトンなどのアンドロゲン;アミノグルテチミド、ミトタン、トリロステインなどの抗アドレナール。フロリン酸などの葉酸補充剤;エースグラトン;アルドホスファミド配糖体;アミノレブリン酸;エニルラシル;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトラキサート;デフォファミン;デメコルシン;ジアジキオン;エルフォミチン;酢酸エリプティニウム;エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシ尿素;レンティナン;ロニダイニン;メイタンシンやアンサミトシンなどのメイタンシノイド;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダムノール;ニトラエリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ロソキサントロン;ポドフィリン酸;2−エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK(登録商標)多糖複合体(JHSナチュラルプロダクツ、ユージーン、オレゴン);ラゾキサン;リゾキシン;シゾフラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジキオン;2,2’,2’’−トリクロロトリエチルアミン;トリコテセン(特にT−2毒素、ベラキュリンA、ロリジンA及びアングイジン)。ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;マイトブロニトール;マイトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシド(「Ara−C」);シクロホスファミド;チオテパ;タキソイド、例えば、タクソール(パクリタキセル;ブリストル・マイヤーズ・スクイブ・オンコロジー、プリンストン、N.J.)、ABRAXANE(登録商標)(クレモフォフリー)、パクリタキセルのアルブミン設計ナノ粒子製剤(アメリカン・ファーマシューティカル・パートナーズ、シャウンバーグ、イリノイ州)、及びTAXOTERE(登録商標)(パクリタキセル;ブリストル・マイヤーズ・スクイブ・オンコロジー、プリンストン、N.J.)。)、及びTAXOTERE(登録商標)(ドセタキセル、ドキセタキセル、サノフィ−アベンティス)、クロランブシル、GEMZAR(登録商標)(ゲムシタビン)、6−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、シスプラチンやカルボプラチンなどのプラチナアナログ、ビンブラスチン、エトポシド(VP−16)、イフォスファミド、マイトキサントロン、ビンクリスチン;ナベルバイン(ビノレルビン);ノバンドロン;テニポシド;エダトレキサート;ダウノマイシン;アミノプテリン;カペシタビン(ゼローダ);イバンドロネート;CPT−11;トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイン酸などのレチノイド類。
化学療法剤はまた、以下を含む:(i)抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)など、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、タモキシフェン(NOLVADEX(登録商標)を含む、タモキシフェン(クエン酸タモキシフェンを含む)、ラロキシフェン、ドロキシフェン、ヨードキシフェン、4−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、及びファレストン(クエン酸トレミフィ ン);(ii)副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、例えば、4(5)−イミダゾール、アミノグルテチミド、MEGASE(登録商標)(酢酸メグストロール)、AROMASIN(登録商標)(エクセメスタン。ファイザー)、フォルメスタニー、ファドロゾール、リビソール(登録商標)(ボロゾール)、フェマーラ(登録商標)(レトロゾール;ノバルティス)、及びアリミデックス(登録商標)(アナストロゾール;アストラゼネカ);(iii)フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロライド及びゴセレリンのような抗アンドロゲン剤;ブセレリン、トリプテレリン、メドロキシプロゲステロン酢酸塩、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、全トランスレチオン酸、フェンレチニド及びトロキサシタビン(1,3−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体);(iv)プロテインキナーゼ阻害剤;(v)リピドキナーゼ阻害剤;vi)アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常細胞増殖に関与するシグナル伝達経路の遺伝子の発現を阻害するもの、例えば、PKC−α、Ralf及びH−Ras;(vii)VEGF発現阻害剤(例えば、ANGIOZYME(登録商標))、HER2発現阻害剤などのリボザイム;(viii)遺伝子治療ワクチンなどのワクチン、例えばアロベクチン(登録商標)、ロイベクチン(登録商標)、VAXID(登録商標);プロロイキン(登録商標)、rIL−2;LURTOTECAN(登録商標)などのトポイソメラーゼ1阻害剤;ABARELIX(登録商標)rmRH;及び(ix)前記のいずれかの製薬学的に許容される塩、酸及び誘導体。
化学療法剤には、アレムツズマブ(Campath)、ベバシズマブ(AVASTIN(登録商標)、Genentech)、セツキシマブ(ERBITUX(登録商標)、Imclone)などの抗体も含み、パニツムズマブ(VECTIBIX(登録商標)、Amgen)、リツキシマブ(RITUXAN(登録商標)、Genentech/Biogen Idec)、ペルツズマブ(OMNITARG(登録商標)、2C4、Genentech)、トラスツズマブ(HERCEPTIN(登録商標)、Genentech)、トシツモマブ(Bexxar、Corixia)、及び抗体医薬複合体であるゲムツズマブオゾガミシン(MYLOTARG(登録商標)、Wyeth)も含む。本発明の化合物と組み合わせた薬剤としての治療可能性を有する追加のヒト化モノクローナル抗体には、以下のものが含まれる:アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピヌズマブ、ビバツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ、セロリズマブペゴール、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ。エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マッツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ。ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクセリズマブ、ペクセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レスリビズマブ、ロベリズマブ、ルピズマブ、シブロツズマブ シプリズマブ、ソントゥズマブ、タカタツズマブテトラキセタン、タドキシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモレウキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビジリズマブ、及びインターロイキン−12 p40タンパク質を認識するように遺伝子組換えされた、ヒト配列のみの完全長IgG1λ抗体である抗インターロイキン−12(ABT−874/J695、ワイスリサーチ、アボットラボラトリーズ)。
化学療法剤はまた、「EGFR阻害剤」を含み、これは、EGFRに結合するか、又はそうでなければEGFRと直接相互作用し、EGFRのシグナル伝達活性を阻害又は低減する化合物を指し、「EGFR拮抗剤」と代替的に呼ばれる。このような薬剤の例としては、EGFRに結合する抗体や低分子が挙げられる。EGFRに結合する抗体の例としては、以下のものが挙げられる:MAb 579(ATCC CRL HB 8506)、MAb 455(ATCC CRL HB8507)、MAb 225(ATCC CRL 8508)、MAb 528(ATCC CRL 8509)(米国特許第4,943,533号、Mendelsohn et al.を参照されたい)及びその変種、例えばキメラ化された225(C225又はセツキシマブ;ERBUTIX)及びリシェイプされたヒト225(H225)(参照、WO 96/40210、Imclone Systems Inc.);IMC−11F8、完全ヒト型EGFR標的抗体(イムクローン);II型変異型EGFRを結合する抗体(米国特許第5,212,290号);米国特許第5,891,996号に記載されているようなEGFRを結合するヒト化抗体及びキメラ抗体;及びABX−EGF又はパニツムマブ(WO98/50433、Abgenix/Amgenを参照されたい)などのEGFRを結合するヒト抗体;EMD 55900(Stragliotto et al.Eur.J.Cancer 32A:636−640(1996)を参照されたい);EMD7200(マツズマブ)(EGFとTGF−αの両方のEGFR結合を競合させるEGFRに対するヒト化EGFR抗体(EMD/Merck);ヒトEGFR抗体、HuMax−EGFR(GenMab);1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3およびE7.6.3として知られ、米国特許第6,235,883号に記載の完全ヒト抗体;MDX−447(Medarex Inc);及びmAb806又はヒト化mAb806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375−30384(2004)).抗EGFR抗体は、細胞毒性剤に抱合され、それにより免疫抱合体を生成し得る(例えば、欧州特許第659,439号A2,Merck Patent GmbHを参照されたい)。EGFR拮抗剤としては、米国特許第5,616,582号、同第5,457,105号、同第5,475,001号、同第5,654,307号、同第5,679,683号、同第6,084,095号、同第6,265,410号、同第6,455,534号、同第6,521,620号、同第6,596,726号、同第6,713,484号、同第5,770,599号、同第6,140,332号、同第5,866,572号、同第6,399,602号、同第6,344,459号、同第6,602,863号、同第6,391,874号、同第6,344,455号、同第5,760,041号、同第6,002,008号、及び同第5,747,498号、ならびに以下のPCT公報:WO98/14451、WO98/50038、WO99/09016、及びWO99/24037に記載の化合物等の小分子を含む。特定の小分子EGFR拮抗剤としては、OSI−774(CP−358774、エルロチニブ、TARCEVA(登録商標) Genentech/OSI Pharmaceuticals);PD 183805(CI 1033、2−プロペンアミド、N−[4−[(3−クロロ−4−フルオロフェニル)アミノ]−7−[3−(4−モルホリニル)プロポキシ]−6−キナゾリニル]−、ジヒドロクロリド、Pfizer Inc.);ZD1839、ゲフィチニブ(IRESSA(登録商標))4−(3’−クロロ−4’−フルオロアニリノ)−7−メトキシ−6−(3−モルホリノプロポキシ)キナゾリン、AstraZeneca);ZM105180((6−アミノ−4−(3−メチルフェニル−アミノ)−キナゾリン、Zeneca);BIBX−1382(N8−(3−クロロ−4−フルオロ−フェニル)−N2−(1−メチル−ピペリジン−4−イル)−ピリミド[5,4−d]ピリミジン−2,8−ジアミン、Boehringer Ingelheim);PKI−166((R)−4−[4−[(1−フェニルエチル)アミノ]−1H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−6−イル]−フェノール);(R)−6−(4−ヒドロキシフェニル)−4−[(1−フェニルエチル)アミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン);CL−387785(N−[4−[(3−ブロモフェニル)アミノ]−6−キナゾリニル]−2−ブチンアミド);EKB−569(N−[4−[(3−クロロ−4−フルオロフェニル)アミノ]−3−シアノ−7−エトキシ−6−キナゾリニル]−4−(ジメチルアミノ)−2−ブチンアミド)(Wyeth);AG1478(Pfizer);AG1571(SU 5271、Pfizer);及び二重EGFR/HER2チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ラパチニブ(TYKERB(登録商標)、GSK572016又はN−[3−クロロ−4−[(3−フルオロフェニル)メトキシ]フェニル]−6[5[[[2メチルスルホニル)エチル]アミノ]メチル]−2−フラニル]−4−キナゾリンアミン)が挙げられる。
化学療法剤としては、「チロシンキナーゼ阻害剤」、例えば、前段落に記載のEGFR標的薬物;小分子HER2チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、Takedaから入手可能なTAK165;ErbB2受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤であるCP−724,714(Pfizer及びOSI);二重HER阻害剤、例えば、EGFRに優先的に結合するが、HER2及びEGFR過剰発現細胞の両方を阻害するEKB−569(Wyethから入手可能);ラパチニブ(GSK572016、Glaxo−SmithKlineから入手可能);経口HER2及びEGFRチロシンキナーゼ阻害剤;PKI−166(Novartisから入手可能);pan−HER阻害剤、例えば、カネルチニブ(CI−1033、Pharmacia);Raf−1阻害剤、例えば、Raf−1シグナル伝達を阻害するISIS Pharmaceuticalsから入手可能なアンチセンス薬剤ISIS−5132;非HER標的TK阻害剤、例えば、メシル酸イマチニブ(GLEEVEC(登録商標)、Glaxo SmithKlineから入手可能);多標的チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、スニチニブ(SUTENT(登録商標)、Pfizerから入手可能);VEGF受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、バタラニブ(PTK787/ZK222584、Novartis/Schering AGから入手可能);MAPK細胞外制御キナーゼI阻害剤CI−1040(Pharmaciaから入手可能);キナゾリン、例えば、PD 153035,4−(3−クロロアニリノ)キナゾリン;ピリドピリミジン;ピリミドピリミジン;ピロロピリミジン、例えば、CGP 59326、CGP 60261、及びCGP 62706;ピラゾロピリミジン、4−(フェニルアミノ)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン;クルクミン(ジフェルロイルメタン、4,5−ビス(4−フルオロアニリノ)フタルイミド);ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン;PD−0183805(Warner−Lamber);アンチセンス分子(例えば、HERコード核酸に結合するもの)、キノキサリン(米国特許第5,804,396号);トリホスチン(tryphostin)(米国特許第5,804,396号);ZD6474(Astra Zeneca);PTK−787(Novartis/Schering AG);pan−HER阻害剤、例えば、CI−1033(Pfizer);Affinitac(ISIS 3521、Isis/Lilly);メシル酸イマチニブ(GLEEVEC(登録商標));PKI 166(Novartis);GW2016(Glaxo SmithKline);CI−1033(Pfizer);EKB−569(Wyeth);セマキシニブ(Pfizer);ZD6474(AstraZeneca);PTK−787(Novartis/Schering AG);INC−1C11(Imclone)、ラパマイシン(シロリムス、RAPAMUNE(登録商標);又は以下の特許公報:米国特許第5,804,396号、WO1999/09016(American Cyanamid)、WO1998/43960(American Cyanamid)、WO1997/38983(Warner Lambert)、WO1999/06378(Warner Lambert)、WO1999/06396(Warner Lambert)、WO1996/30347(Pfizer,Inc)、WO1996/33978(Zeneca)、WO1996/3397(Zeneca)、及びWO1996/33980(Zeneca)のいずれかに記載されるものが挙げられる。
化学療法剤としては、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、BCG生、ベバシズマブ、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンアルファ、エルロチニブ、フィルグラスチム、酢酸ヒストレリン、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ−2a、インターフェロンアルファ−2b、レナリドミド、レバミゾール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペグアスパラガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、VM−26、6−TG、トレミフェン、トレチノイン、ATRA、バルルビシン、ゾレドロネート、及びゾレドロン酸、ならびにそれらの製薬学的に許容される塩も挙げられる。
化学療法剤としては、ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、酢酸コルチゾン、ピバリン酸チクソコルトール、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンアルコール、モメタゾン、アムシノニド、ブデソニド、デソニド、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、ベタメタゾン、リン酸ベタメタゾンナトリウム、デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、フルオコルトロン、ヒドロコルチゾン−17−ブチレート、ヒドロコルチゾン−17−バレレート、プロピオン酸アクロメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、プレドニカルベート、クロベタゾン−17−ブチレート、クロベタゾン−17−プロピオネート、カプロン酸フルオコルトロン、ピバリン酸フルオコルトロン及び酢酸フルプレドニデン;免疫選択的抗炎症ペプチド(ImSAIDs)、例えばフェニルアラニン−グルタミン−グリシン(FEG)及びそのD体形態(feG)(IMULAN BioTherapeutics,LLC);抗リウマチ薬、例えばアザチオプリン、シクロスポリン(シクロスポリンA)、D−ペニシラミン、金塩、ヒドロキシクロロキン、レフルノミドミノシクリン、スルファサラジン、腫瘍壊死因子アルファ(TNFα)遮断剤、例えばエタネルセプト(ENBREL(登録商標)インフリキシマブ(REMICADE(登録商標))、アダリムマブ(HUMIRA(登録商標))、セトリズマブペゴール(CIMZIA(登録商標))、ゴリムマブ(SIMPONI(登録商標))、インターロイキン1(IL−1)遮断剤、例えばアナキンラ(KINERET(登録商標))、T細胞共刺激遮断剤、例えばアバタセプト(ORENCIA(登録商標))、インターロイキン6(IL−6)遮断剤、トシリズマブ(ACTEMERA(登録商標));インターロイキン13(IL−13)遮断剤、例えばレブリキズマブ;インターフェロンアルファ(IFN)遮断剤、例えばロンタリズマブ;ベータ7インテグリン遮断剤、例えばrhuMAb Beta7;IgE経路遮断剤、例えば抗M1プライム;分泌ホモ三量体LTa3及び膜結合ヘテロ三量体LTa1/β2遮断剤、例えば抗リンホトキシンアルファ(LTa);放射性同位体(例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、及びLuの放射性同位体);種々の調査剤、例えばチオプラチン、PS−341、フェニルブチレート、ET−18−OCH3、及びファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(L−739749、L−744832);ポリフェノール、例えばケルセチン、レスベラトロール、ピセアタンノール、没食子酸エピガロカテキン、テアフラビン、フラバノール、プロシアニジン、ベツリン酸及びその誘導体;オートファジー阻害剤、例えばクロロキン;デルタ−9−テトラヒドロカンナビノール(ドロナビノール、MARINOL(登録商標));ベータ−ラパコン;ラパコール;コルチシン;ベツリン酸;アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、及び9−アミノカンプトテシン);ポドフィロトキシン;テガフール(UFTORAL(登録商標));ベキサロテン(TARGRETIN(登録商標));ビスホスホネート、例えばクロドロネート(例えば、BONEFOS(登録商標)又はOSTAC(登録商標))、エチドロネート(DIDROCAL(登録商標))、NE−58095、ゾレドロン酸/ゾレドロネート(ZOMETA(登録商標))、アレンドロネート(FOSAMAX(登録商標))、パミドロネート(AREDIA(登録商標))、チルドロネート(SKELID(登録商標))、又はリセドロネート(ACTONEL(登録商標));ならびに上皮成長因子受容体(EGF−R);ワクチン、例えばTHERATOPE(登録商標)ワクチン;ペリフォシン、COX−2阻害剤(例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ)、プロテオソーム阻害剤(例えば、PS341);CCI−779;チピファニブ(R11577);オラフェニブ、ABT510;オブリメルセンナトリウム(GENASENSE(登録商標))などのBcl−2阻害剤;ピクサントロン;ロナファルニブ(SCH 6636、SARASAR(商標))などのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤;ならびに前記のうちのいずれかの製薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体;ならびに前記のうち2つ以上の組み合わせが挙げられる。
また、化学療法剤には、鎮痛作用、解熱作用、抗炎症作用を有する非ステロイド性抗炎症剤も含まれる。NSAIDsには、酵素シクロオキシゲナーゼの非選択的阻害剤を含む。非ステロイド性抗炎症薬の具体例としては、アスピリン、イブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、ナプロキセンなどのプロピオン酸誘導体、インドメタシン、スルリンダック、エトドラック、ジクロフェナクなどの酢酸誘導体、ピロキシカム、メロキシカムなどのエノリック酸誘導体。テノキシカム、ドロキシカム、ローノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸などのフェナム酸誘導体、セレコキシブ、エトリコキシブ、ルミラコキシブ、パレコキシブ、ロフェコキシブ、バルデコキシブなどのCOX−2阻害剤が挙げられる。非ステロイド性抗炎症薬は、関節リウマチ、変形性関節炎、炎症性関節症、強直性脊椎炎、乾癬性関節炎、ライター症候群、急性痛風、月経困難症、転移性骨痛、頭痛や片頭痛、術後の痛み、炎症や組織損傷による軽度から中等度の痛み、発熱、イレウス、腎疝痛などの症状の緩和に適応となる。
本明細書で使用される「細胞毒性剤」という用語は、細胞の機能を阻害又は防止し、及び/又は細胞の死滅又は破壊を引き起こす物質を意味する。細胞毒性剤には、以下が含まれるが、これらに限定されるものではない:放射性同位体(例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、及びLuの放射性同位体);化学療法剤又は薬物(例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド)、ドキソルビン、メルファラン、ミトマイシンC メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド)、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の介在剤);成長阻害剤;核分解酵素などの酵素及びその断片。抗生物質;その断片及び/又は変種を含む、細菌、真菌、植物又は動物由来の低分子毒素又は酵素的に活性な毒素のような毒素;及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤。
「疾患」とは、問題の疾患に哺乳動物を素因付けるそれらの病理学的条件を含むが、これらに限定されない慢性及び急性の疾患又は疾患を含むが、治療から利益を得るであろうあらゆる状態である。ある態様において、疾患は、癌、例えば、結腸直腸癌である。
「細胞増殖性疾患」及び「増殖性疾患」という用語は、ある程度の細胞の異常増殖を伴う疾患を指す。ある態様では、細胞増殖疾患は癌である。ある態様において、細胞増殖性疾患は、腫瘍である。
本明細書で使用される「腫瘍」とは、悪性であるか良性であるかを問わず、すべての新芽細胞の増殖及び増殖、ならびにすべての前癌性及び癌性の細胞及び組織を指す。本明細書で言及される「癌」、「癌性」、「細胞増殖性疾患」、「増殖性疾患」及び「腫瘍」という用語は、相互に排他的ではない。
「癌」及び「癌性」という用語は、制御されていない細胞増殖/増殖によって典型的に特徴付けられる哺乳類の生理的状態を指すか、又は説明する。癌の態様としては、固形腫瘍癌と非固形腫瘍癌がある。固形癌腫瘍には、結腸直腸癌、黒色腫、乳癌、肺癌、頭頸部癌、膀胱癌、腎臓癌、卵巣癌、膵臓癌、又は前立腺癌、又はそれらの転移形態が含まれるが、これらに限定されない。癌はLY6G6D陽性の癌である可能性がある。
ある態様において、癌は結腸直腸癌である。本明細書で使用されるように、「結腸直腸癌」、「CRC」、「大腸癌」、又は「腸癌」という用語は、大腸、例えば結腸又は直腸から発生する癌を指す。いくつかの態様において、CRCは、左側の腫瘍、すなわち、遠位結腸(例えば、横結腸の遠位3分の1、脾臓屈曲部、下行結腸、シグモイド結腸、又は直腸)に発生する腫瘍である。他の態様において、CRCは、右側の腫瘍、すなわち、近位結腸(例えば、横結腸の近位3分の2、上行結腸、及び盲腸)に発生する腫瘍である。右側部腫瘍はOSの低下と関連している可能性がある。ある態様において、CRCは転移性である。いくつかの態様において、CRCは、「マイクロサテライト安定」(「MSS」)又は「低頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−L」)のマイクロサテライト不安定性ステータスを有している。他の態様において、CRCは、「高頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−H」)のマイクロサテライト不安定性ステータスを有している。ある態様において、このCRCはLY6G6D陽性(LY6G6D+)のCRCである。
本明細書で使用されるように、「マイクロサテライト不安定性状態」又は「MSI状態」は、患者の腫瘍組織におけるマイクロサテライトの安定性の特徴付けを意味する。患者の腫瘍組織は、「高頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−H」)、「低頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−L」)、又は「マイクロサテライト安定性」(「MSS」)として特徴付けられ得る。MSI状態は、例えば、MSI分析システム(Promega、Madison、WI)のようなPCRベースのアプローチを使用して評価することができ、これは、MSIを検出するための5つの擬単形性モノヌクレオチドリピート(BAT−25、BAT−26、NR−21、NR−24、及びMONO−27)、及び正常サンプルと腫瘍サンプル間の同一性を確認するための2つのペンタヌクレオチド座(PentaC及びPendaD)を含む。各マイクロサテライト座の塩基の大きさは、例えば、ゲル電気泳動によって決定することができ、2つ以上のモノヌクレオチド座が生殖細胞DNAと比較して長さが異なる場合、腫瘍はMSI−Hと指定されることがある。例えば、Le et al.NEJM 372:2509−2520,2015を参照されたい。
ある態様において、CRCの病期は、米国癌合同委員会(AJCC)/国際癌対策連合(UICC)の悪性腫瘍のTNM分類システムに従って評価される。TNMシステムでは、癌はT(腫瘍の大きさ)、N(触診可能な結節)、及び/又はM(転移)の文字で指定される。T1、T2、T3、及びT4は、原発病変の大きさの増大を記述する。T1、T2、T3、及びT4は、さらに、癌の状態、例えば局所進行についてのさらなる情報を提供するために、a又はb(例えば、T4a又はT4b)に分類されてもよい。N0、N1、N2、N3は結節浸潤が進行していることを示す;M0及びM1は遠隔転移の有無を反映している。いくつかの態様において、個体のCRCは、ステージI、ステージII、又はステージIIIのCRC、例えば、ステージI、ステージII、又はステージIIIの大腸癌である。ある態様において、個体はIV期のCRCを有していない。ある態様において、個体は転移性CRCを有していない。ある態様において、基準集団における個体のCRCは、I期、II期、III期、又はIV期のCRC、例えば、I期、II期、III期、又はIV期の大腸癌である。
ある態様において、癌は乳癌である。乳癌のさらなる態様には、ホルモン受容体陽性(HR+)乳癌、例えば、エストロゲン受容体陽性(ER+)乳癌、プロゲステロン受容体陽性(PR+)乳癌、又はER+/PR+乳癌を含む。乳癌の他の態様には、HER2陽性(HER2+)の乳癌を含む。また乳癌のさらなる態様には、トリプルネガティブ乳癌(TNBC)を含む。ある態様において、乳癌は初期の乳癌である。ある態様において、癌は肺癌である。肺癌のさらなる態様には、表皮成長因子受容体陽性(EGFR+)肺癌を含む。肺癌の他の態様には、表皮成長因子受容体陰性(EGFR−)肺癌を含む。肺癌の他の態様には、非小細胞肺癌、例えば扁平上皮肺癌又は非扁平上皮肺癌を含む。肺癌の他の態様には、小細胞肺癌を含む。ある態様において、癌は頭頸部癌である。頭頸部癌のさらなる態様には、頭頸部扁平上皮癌(SCCHN)を含む。ある態様において、癌は膀胱癌である。膀胱癌のさらなる態様には、尿路上皮性膀胱癌(UBC)、筋浸潤性膀胱癌(MIBC)、又は非筋浸潤性膀胱癌(NMIBC)を含む。ある態様において、癌は腎臓癌である。腎臓癌のさらなる態様には、腎細胞癌を含む。ある態様において、癌は肝臓癌である。肝臓癌のさらなる態様には、肝細胞癌を含む。ある態様において、癌は前立腺癌である。前立腺癌のさらなる態様には、去勢抵抗性前立腺癌を含む。ある態様において、癌は転移性固形癌である。ある態様において、転移性固形癌とは、転移性のメラノーマ、乳癌、結腸直腸癌、肺癌、頭頸部癌、膀胱癌、腎臓癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌などである。ある態様において、癌は非固形癌である。非固形癌には、血液学的癌、例えばB細胞リンパ腫が含まれるが、これらに限定されない。B細胞リンパ腫のさらなる態様には、例えば、慢性リンパ性白血病(CLL)、びまん性大細胞B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫、骨髄異形成症候群(MDS)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病(AML)、又は菌状息肉腫(MF)を含む。
「エフェクター機能」とは、抗体のFc領域に起因する生物学的活性のことで、抗体のアイソタイプによって異なる。抗体エフェクター機能の例としては、以下のものが挙げられる:C1q結合及び補体依存性細胞毒性(CDC);Fc受容体結合;抗体依存性細胞媒介性細胞毒性(ADCC);貪食;細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体)のダウンレギュレーション;及びB細胞活性化。
「補体依存性細胞毒性」又は「CDC」とは、補体の存在下で標的細胞を溶解することを指す。古典的な補体経路の活性化は、補体系の第1構成要素(C1q)が、(適切なサブクラスの)抗体に結合することによって開始される。補体活性化を評価するには、例えば、Gazzano−Santoro et al.,J.Immunol.Methods 202:163(1996)に記載されているようなアッセイを行うことができる。
「抗体依存性細胞媒介性細胞毒性」又は「ADCC」とは、特定の細胞傷害性細胞(例えば、ナチュラルキラー(NK)細胞、好中球、マクロファージ)に存在するFc受容体(FcR)に結合した分泌されたIgが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原を含む標的細胞に特異的に結合し、その後、細胞傷害剤で標的細胞を殺すことを可能にする細胞傷害性の一形態を指す。抗体は細胞傷害性細胞を「武装」させ、そのような殺傷には絶対に必要なものである。ADCCを媒介する一次細胞であるNK細胞はFcγRIIIのみを発現するが、単球はFcγRI、FcγRII、FcγRIIIを発現する。造血細胞におけるFcRの発現は、Ravetch and Kinet.Annu.Rev.Immunol.9:457−92,1991の464ページの表3にまとめられている。目的の分子のADCC活性を評価するために、米国特許第5,500,362号又は第5,821,337号に記載されているようなインビトロADCCアッセイを実施することができる。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核球(PBMC)及びナチュラルキラー(NK)細胞が含まれる。代替的又は追加的に、目的の分子のADCC活性は、例えば、Clynes et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA.95:652−656,1998に開示されているインビボにての動物モデルで評価することができる。
本明細書で使用される「複合体」又は「複 合 体」とは、ペプチド結合ではない結合及び/又は力(例えば、ファンデルワールス、疎水性、親水性の力)を介して互いに相互作用する2つ以上の分子の結合を指す。ある態様において、複合体はヘテロ多量体である。本明細書で使用される「タンパク質複合体」又は「ポリペプチド複合体」という用語は、タンパク質複合体中のタンパク質に共役した非タンパク質実体を有する複合体(例えば、毒素又は検出剤のような化学分子を含むが、これらに限定されない)を含むことが理解されるべきである。
本明細書で使用されるように、疾患又は疾患の「進行を遅らせる」とは、疾患又は疾患(例えば、細胞増殖性疾患、例えば、癌)の発生を延期する、妨げる、遅らせる、遅らせる、安定化させる、及び/又は延期することを指す。この遅延は、病歴及び/又は治療を受けている個人に応じて、様々な長さの時間を持つことができる。当技術に熟練した者には明らかなように、十分な遅延又は有意な遅延は、実質的には、個人が病気を発症しないという予防を包含することができる。例えば、転移の発生などの末期癌では、転移の発生が遅れることがある。
化合物の「有効量」は、例えば、本発明の抗LY6G6D抗体又はその組成物(例えば、医薬組成物)の「有効量」は、特定の疾患(例えば、細胞増殖性疾患、例えば、癌)の測定可能な改善又は予防のような所望の治療的又は予防的結果を達成するために必要な最小量である。本明細書における有効量は、患者の病状、年齢、性別、体重などの要因、及び個人における所望の応答を引き出す抗体の能力に応じて変化し得る。有効量はまた、治療の毒性又は有害な効果が治療上有益な効果よりも重要である量である。予防的使用のための有益な又は所望の結果には、疾患の生化学的、組織学的及び/又は行動学的症状、その合併症、及び疾患の発症中に現れる中間的な病理学的表現型を含む、リスクの除去又は軽減、重症度の軽減、又は疾患の発症の遅延などの結果が含まれる。治療的使用のために、有益な又は所望の結果は、疾患に起因する1つ以上の症状の減少、疾患に苦しんでいる人の生活の質の向上、疾患の治療に必要な他の薬剤の用量の減少、標的化のような他の薬剤の効果の増強、疾患の進行の遅延、及び/又は生存期間の延長のような臨床的結果を含む。癌又は腫瘍の場合、有効量は、癌細胞の数を減少させる効果;腫瘍の大きさを減少させる効果;癌細胞の末梢器官への浸潤を阻害する(すなわち、ある程度まで遅くする、又は好ましくは停止させる)効果;腫瘍の転移を阻害する(すなわち、ある程度まで遅くする、又は好ましくは停止させる)効果;腫瘍の成長をある程度まで阻害する(すなわち、ある程度まで遅くする、又は好ましくは停止させる)効果;及び/又は疾患に関連する症状のうちの1つ以上をある程度まで緩和する効果を有する。有効量は、1回の投与でも、複数回の投与でもよい。本発明の目的のために、薬剤、化合物、又は医薬組成物の有効量とは、直接的又は間接的に予防的又は治療的治療を達成するのに十分な量である。臨床で理解されるように、薬物、化合物、又は医薬組成物の有効量は、別の薬物、化合物、又は医薬組成物と組み合わせて達成されてもよいし、達成されなくてもよい。このように、「有効量」は、1つ又は複数の治療剤を投与する文脈で考えられ、1つ又は複数の他の薬剤と組み合わせて、望ましい結果が得られるか、又は達成される場合には、単一の薬剤が有効量で投与されると考えられ得る。
エピトープ」という用語は、抗体が結合する抗原分子上の特定の部位を指す。いくつかの態様において、抗体が結合する抗原分子上の特定の部位は、ヒドロキシルラジカルフットプリントによって決定される。いくつかの態様において、抗体が結合する抗原分子上の特定の部位は、結晶学的に決定される。
本明細書で使用される場合、「成長阻害剤」とは、インビトロ又はインビボで細胞の成長を阻害する化合物又は組成物を指す。ある態様において、成長阻害剤は、抗体が結合する抗原を発現する細胞の増殖を阻害又は減少させる成長阻害抗体である。別の態様において、成長阻害剤は、S期の細胞の割合を有意に減少させるものであってもよい。成長阻害剤の態様としては、細胞周期の進行を(S相以外の場所で)阻害する薬剤、例えばG1停止やM相停止を誘導する薬剤などが挙げられる。古典的なM相遮断薬としては、ビンカス(ビンクリスチン及びビンブラスチン)、タキサン、及びトポイソメラーゼII阻害薬(例えば、ドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシン)が挙げられる。G1を停止させる薬剤は、S期停止にも波及し、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレスタミン、シスプラチン、メトトレキサート、5−フルオロウラシル、及びアラCなどのDNAアルキル化剤である。さらなる情報は、Mendelsohn and Israel,eds.,The Molecular Basis of Cancer,Chapter 1,entitled “Cell cycle regulation,oncogenes,and antineoplastic drugs” by Murakami et al.(W.B.Saunders,Philadelphia,1995)、例えば、13頁に記載されている。タキサン類(パクリタキセルとドセタキセル)は、いずれもイチイの木に由来する抗癌剤である。ヨーロッパのイチイ由来のドセタキセル(TAXOTERE(登録商標),Rhone−Poulenc Rorer)は、パクリタキセル(TAXOL(登録商標),Bristol−Myers Squibb)の半合成類似体である。パクリタキセルとドセタキセルは、チューブリン二量体からの微小管の集合を促進し、脱重合を防ぐことで微小管を安定化させ、その結果、細胞の有糸分裂を阻害する。
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」は互換的に使用され、外因性核酸が導入された細胞、及びそのような細胞の子孫を含む細胞を指す。宿主細胞には「形質転換体」及び「形質転換細胞」が含まれ、これらの細胞には、一次形質転換細胞及びそれに由来する子孫が、継代数に関係なく含まれる。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではなくても、突然変異を含んでいる可能性がある。元々形質転換された細胞においてスクリーニング又は選択されたものと同じ機能又は生物学的活性を有する変異体の子孫は、本明細書に含まれる。
本明細書で使用されるように、「ベクター」という用語は、それが連結された別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。用語には、自己複製核酸構造体としてのベクター、及びそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターが含まれる。ある種のベクターは、それらが操作的に連結された核酸の発現を指示することができる。そのようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。
「免疫接合体」とは、細胞疾患剤を含むがこれらに限定されない、1つ以上の異種分子に接合された抗体のことである。
「免疫調節剤」という用語は、免疫系の応答又は免疫系の機能を修飾する分子のクラスを指す。免疫調節剤には、PD−1軸結合拮抗剤、T細胞依存性二重特異性抗体、及びmRNAベースの個別化癌ワクチン、ならびにサリドマイド(α−N−フタルイミド−グルタルイミド)及びその類似体、OTEZLA(登録商標)(アプレミラスト)、REVLIMID(登録商標)(レナリドマイド)及びACTI−MID(商標)(ポマリドマイド)、ならびにそれらの製薬学的に許容される塩又は酸が含まれるが、これらに限定されるものではない。
「被験者」や「個体」とは、哺乳類のことである。哺乳類としては、家畜化動物(例えば、牛、羊、猫、犬、馬など)、霊長類(例えば、ヒト、サルなどの非ヒト霊長類)、ウサギ、げっ歯類(例えば、マウス、ラットなど)などが挙げられるが、これらに限定されるものではない。ある態様において、被験者や個体はヒトである。
「単離された」タンパク質又はペプチドは、その自然環境の構成要素から分離されたものである。いくつかの態様において、タンパク質又はペプチドは、例えば、電気泳動(例えば、SDS−PAGE、等電点集束(IEF)、キャピラリー電気泳動)又はクロマトグラフィー(例えば、イオン交換又は逆相HPLC)によって決定されるように、95%以上又は99%以上の純度に精製される。
「単離された」核酸とは、核酸分子が自然環境の構成要素から分離されたものを指す。単離核酸には、通常核酸分子を含む細胞内に含まれる核酸分子が、染色体外に存在するか、又は本来の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する核酸分子が含まれる。
用語「PD−1軸結合拮抗剤」とは、PD−1シグナル伝達軸上のシグナル伝達に起因するT細胞の機能不全を除去するように、PD−1軸結合パートナーとその結合パートナーのいずれか1つ以上との相互作用を阻害する分子を意味し、その結果、T細胞の機能(例えば、増殖、サイトカイン産生、標的細胞殺傷)を回復又は増強することになる。本明細書で使用されるように、PD−1軸結合拮抗剤は、PD−1結合拮抗剤、PD−L1結合拮抗剤、及びPD−L2結合拮抗剤を含む。
用語「PD−1結合拮抗剤」とは、PD−1と、PD−L1、PD−L2などの1つ以上の結合パートナーとの相互作用の結果として生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、侵害、又は妨害する分子を指す。いくつかの態様において、PD−1結合拮抗剤は、PD−1の1つ以上の結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−1結合拮抗剤は、PD−1のPD−L1及び/又はPD−L2への結合を阻害する。例えば、PD−1結合拮抗剤には、抗PD−1抗体、その抗原結合断片、免疫アドヘキシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及びPD−1とPD−L1及び/又はPD−L2との相互作用に起因するシグナル伝達を減少、遮断、阻害、侵害、又は妨害する他の分子が含まれる。一つの態様において、PD−1結合拮抗剤は、機能不全T細胞をより機能不全に陥らせないように(例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強するように)、PD−1を介してシグナル伝達を媒介するTリンパ球上に発現された細胞表面タンパク質によって媒介される、又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを減少させる。いくつかの態様において、PD−1結合拮抗剤は、抗PD−1抗体である。特定の態様において、PD−1結合拮抗剤は、MDX−1106(ニボルマブ)である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤は、MK−3475(ペムブロリズマブ)である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤は、AMP−224である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤は、MED1−0680である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤はPDR001である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤はREGN2810である。別の特定の態様において、PD−1結合拮抗剤はBGB−108である。
「PD−L1結合拮抗剤」という用語は、PD−L1とその結合パートナーのうちのいずれか1つ以上、例えば、PD−1、B7−1との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、又は妨害する分子を指す。いくつかの態様において、PD−L1結合拮抗剤は、PD−L1の結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−L1結合拮抗剤は、PD−L1のPD−1及び/又はB7−1への結合を阻害する。いくつかの態様において、PD−L1結合拮抗剤は、抗PD−L1抗体、その抗原結合断片、免疫アデシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及びPD−L1とPD−1、B7−1などの1つ以上の結合パートナーとの相互作用に起因するシグナル伝達を減少、遮断、阻害、侵害、又は妨害する他の分子を含む。一つの態様において、PD−L1結合拮抗剤は、機能不全T細胞をより機能不全に陥らないように(例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強するように)するために、PD−L1を介してシグナル伝達を媒介するTリンパ球上に発現された細胞表面タンパク質によって媒介される、又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを減少させる。いくつかの態様において、PD−L1結合拮抗剤は、抗PD−L1抗体である。さらに別の特定の態様では、抗PD−L1抗体はMPDL3280A(アテゾリズマブ、WHO医薬品情報(医薬品国際固有名称)とともにTECENTRIQ(商標)として販売、おすすめのINN:List 74,Vol.29,No.3,2015(page 387を参照されたい))である。特定の態様において、抗PD−L1抗体は、YW243.55.S70である。別の特定の態様において、抗PD−L1抗体は、MDX−1105である。別の特定の態様において、抗PD−L1抗体はMSB0015718Cである。依然として別の特定の態様において、抗PD−L1抗体はMEDI4736である。
用語「PD−L2結合拮抗剤」とは、PD−L2とPD−1などの1つ以上の結合パートナーのいずれかとの相互作用の結果として生じるシグナル伝達を減少させたり、遮断したり、阻害したり、妨害したりする分子を指す。いくつかの態様において、PD−L2結合拮抗剤は、PD−L2の1つ以上の結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−L2結合拮抗剤は、PD−L2のPD−1への結合を阻害する。いくつかの態様において、PD−L2拮抗剤は、抗PD−L2抗体、その抗原結合断片、免疫アデシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及びPD−L2とPD−1などの1つ以上の結合パートナーのいずれかとの相互作用に起因するシグナル伝達を減少させる、ブロックする、阻害する、侵害する、又は妨害する他の分子を含む。一つの態様において、PD−L2結合拮抗剤は、機能不全T細胞をより機能不全に陥らせないように(例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強するように)、PD−L2を介してシグナル伝達を媒介するTリンパ球上に発現された細胞表面タンパク質によって媒介される、又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを減少させる。いくつかの態様において、PD−L2結合拮抗剤は、免疫アドヘキシンである。
本明細書で使用される「タンパク質」という用語は、別段の記載がない限り、霊長類(例えば、ヒト)及びげっ歯類(例えば、マウス及びラット)のような哺乳類を含む、任意の脊椎動物源からの任意のネイティブタンパク質を指す。この用語には、「完全長」、未処理のタンパク質、及び細胞内での処理から生じるタンパク質のあらゆる形態が含む。この用語はまた、タンパク質の自然に発生する変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。
参照ポリペプチド配列に関する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性 」は、最大パーセントの配列同一性を達成するために配列をアラインメントし、必要に応じてギャップを導入した後、保存的置換を配列同一性の一部として考慮しないで、参照ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列のアミノ酸残基の割合として定義される。パーセントのアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当技術分野の熟練の範囲内である様々な方法で、例えば、BLAST、BLAST−2、ALIGN又はMegalign(DNASTAR)ソフトウェアのような公知のコンピュータソフトウェアを使用して達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列のアラインメントのための適切なパラメータを決定することができる。しかし、本明細書の目的のために、%アミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムALIGN−2を用いて生成される。ALIGN−2配列比較コンピュータプログラムは、Genentech,Inc.によって作成され、ソースコードは、米国著作権庁、ワシントンD.C.、20559にユーザードキュメントと共に提出され、ここでは、米国著作権登録番号TXU510087に基づいて登録されている。ALIGN−2プログラムは、カリフォルニア州南サンフランシスコのGenentech,Inc.から公開されていますが、ソースコードからコンパイルすることもできる。ALIGN−2プログラムは、デジタルUNIX V4.0Dを含むUNIXオペレーティングシステム上で使用するためにコンパイルされなければならない。すべてのシーケンス比較パラメータはALIGN−2プログラムによって設定され、変化しない。
ALIGN−2がアミノ酸配列の比較に使用される状況では、特定のアミノ酸配列B(又は、特定のアミノ酸として表現することもできます)に対する、特定のアミノ酸配列Aの%アミノ酸配列同一性 所与のアミノ酸配列B)と、それとともに、又はそれに対して特定の%アミノ酸配列同一性を有する又は含む配列Aは、以下のように計算される:
100掛ける分数X/Y、
ここで、Xは、A及びBの配列アライメントプログラムALIGN−2によって同一の一致としてスコアされたアミノ酸残基の数であり、Yは、Bのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Aの長さがアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、AからBの%アミノ酸配列同一性は、BからAの%アミノ酸配列同一性と等しくないことが理解されるであろう。特に明記されない限り、本明細書で使用されるすべての%アミノ酸配列同一性値は、ALIGN−2コンピュータプログラムを使用して、直前の段落に記載されているように得られる。
用語「医薬品製剤」とは、そこに含まれる有効成分の生物学的活性が有効であることを可能にするような形態であり、かつ、製剤が投与されるであろう被験者に許容できない毒性を有する追加成分を含まない製剤をいう。
「製薬学的に許容される担体」とは、有効成分以外の医薬製剤中の成分であって、被験者に無毒であるものを指す。製薬学的に許容される担体には、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は防腐剤が含まれるが、これらに限定されない。
「放射線療法」とは、細胞の正常な機能を制限したり、細胞を完全に破壊したりする能力を制限するために、細胞に十分な損傷を誘発するために、指向性ガンマ線又はベータ線を使用すること指す。治療の投与量及び期間を決定するために、当技術分野で知られている多くの方法が存在することが理解されるであろう。代表的な治療法は1回投与で、代表的な投与量は1日10〜200単位(グレイズ)である。
本明細書で使用されるように、「治療」(及び「治療」又は「治療」のようなその文法的なバリエーション)は、治療される個体の自然な経過を変化させる試みの臨床的介入を意味し、予防のために、又は臨床病理学の経過中に実施することができる。治療の望ましい効果としては、疾患の発生又は再発の防止、症状の軽減、疾患の直接的又は間接的な病理学的影響の軽減、転移の防止、疾患の進行速度の低下、疾患状態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善が挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの態様において、本発明の抗体(例えば、本発明の抗LY6G6D抗体)は、疾患の発生を遅らせるため、又は疾患の進行を遅らせるために使用される。
「減らす」又は「抑制する」ということは、全体的な減少、例えば20%以上、50%以上、又は75%、85%、90%、95%、又はそれ以上の減少を引き起こす能力を指す。特定の態様において、還元又は阻害は、抗体Fc領域によって媒介される抗体のエフェクター機能を指すことができ、そのようなエフェクター機能は、具体的には、相補体依存性細胞毒性(CDC)、抗体依存性細胞毒性(ADCC)、及び抗体依存性細胞貪食(ADCP)を含む。
本発明によれば、「ワクチン」という用語は、投与により免疫応答、特に細胞性免疫応答を誘導し、病原体又は癌細胞のような疾患細胞を認識して攻撃する医薬製剤(医薬組成物)又は製品に関する。ワクチンは、病気の予防や治療のために使用されることがある。ワクチンは癌ワクチンかもしらない。本明細書で使用される「癌ワクチン」は、癌に対する被験者の免疫応答を刺激する組成物である。癌ワクチンは、典型的には、癌に関連する物質又は細胞(抗原)の供給源から構成されており、それは、被験者に対して自己由来(自己由来)又は他者由来(他者由来)であり、抗原に対する免疫応答をさらに刺激し、増強するための他の成分(例えば、アジュバント)とともに、被験者に投与される。癌ワクチンは、対象の免疫系を刺激して、1つ又は複数の特定の抗原に対する抗体を産生し、及び/又はそれらの抗原を有する癌細胞を攻撃するためのキラーT細胞を産生する結果となり得る。
用語「個別化癌ワクチン」(「PCV」)とは、個々の癌患者のニーズや特別な状況に適応した癌ワクチンを指す。いくつかの態様において、例えば、PCT Pub.Nos.WO2014/082729 and WO2012/159754に記載されているように、PCVは、患者の癌細胞に存在する1つ以上の癌特異的な体細胞変異に対する免疫応答を刺激する。癌特異的体細胞変異は、患者の任意の癌細胞、例えば、腫瘍細胞、例えば、循環腫瘍細胞に存在してもよい。いくつかの態様において、次世代シークエンシングを用いて癌特異的な体細胞変異が発見される。いくつかの態様において、癌特異的体細胞変異を構成するポリペプチド又は癌特異的体細胞変異を構成するポリペプチドをコードする核酸(例えば、RNA、例えば、インビトロ転写RNA)を患者に投与して、患者の免疫応答を刺激する。
本明細書で使用されるように、「投与」とは、化合物(例えば、本発明の抗LY6G6D抗体)の投与量を被験者に与える方法を指す。いくつかの態様において、本明細書の方法で利用される組成物は、静脈内投与される。本明細書に記載の方法で利用される組成物は、例えば、筋肉内、静脈内、皮内、経皮、動脈内、腹腔内、腹腔内、頭蓋内、関節内、胸腔内、気管内、鼻腔内、静脈内、静脈内、膣内、直腸内、局所的に投与することができる。腫瘍内、腹膜内、腹膜下、皮下、結膜下、静脈内、粘膜内、腹腔内、眼内、口腔内、局所、吸入、注射、注入、連続注入、標的細胞を直接局所的に灌流浴、カテーテル、搾り取り、クリーム、又は脂質組成物で投与する。投与方法は、様々な要因(例えば、投与される化合物又は組成物、及び治療される状態、疾患又は疾患の重症度)に依存して変化し得る。
II.組成物及び方法
一つの態様において、本発明は、部分的には、抗リンパ球抗原6複合体、遺伝子座G61(抗LY6G6D)抗体に基づく。抗LY6G6D抗体は、多重特異性(例えば、二重特異性)であり、LY6G6D又はその断片に加えて、第二の生物学的分子、例えば、T細胞の表面抗原、例えば、クラスター分化3(CD3)に結合する。本発明の抗体は、例えば、細胞増殖性疾患、例えば癌、例えば結腸直腸癌(CRC)(例えばLY6G6D陽性CRC)の治療又は進行を遅らせるため、又はそのような疾患を有する被験者における免疫機能を増強するために有用である。
A.例示的な抗LY6G6D抗体
一つの態様において、本発明は、LY6G6Dに結合する単離抗体を提供する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、ヒトLY6G6Dポリペプチド(配列番号75)又はカニクイザル(cyno)LY6G6Dポリペプチド(配列番号 77)に結合する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、LY6G6D(例えば、ヒトLY6G6D)のアミノ酸93〜104(配列番号87)、94〜103(配列番号78)、又は99〜101(配列番号79)を含む、又はその中にあるエピトープに結合する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、LY6G6Dの残基Arg94、Leu101、Cys102、及びAsn103のうちの1つ、2つ、3つ、又はすべての4つの残基に結合する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、LY6G6Dの残基Arg94、Asp95、Cys96、Tyr97、Leu98、Gly99、Asp100、Leu101、Cys102及びAsn103を含むエピトープに結合する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、LY6G6Dの残基Arg94、Asp95、Cys96、Tyr97、Leu98、Gly99、Asp100、Leu101、Cys102及びAsn103を含むエピトープに結合する。
LY6G6Dエピトープは、抗LY6G6D抗体のLY6G6D結合ドメインがエピトープのペプチド断片に結合することによって決定されてもよい。LY6G6Dエピトープは、アラニン走査突然変異誘発により決定されてもよい。一つの実施形態では、LY6G6D結合ドメインの変異したLY6G6Dに対する結合の20%、30%、50%、80%以上の減少は、アラニンスキャニング変異誘発アッセイで変異したLY6G6Dのアミノ酸残基がLY6G6D結合ドメインのエピトープ残基であることを示す。代替的に、LY6G6Dエピトープを質量分析によって決定してもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、結晶学的手法(例えば、結晶学的手法)によって決定される。
いくつかの実施形態では、LY6G6Dエピトープは、特定の条件(例えば、0.15M NaCl、25mM tris、10mg/mlでpH7.5)で溶解した抗LY6G6D抗体Fabを、LY6G6Dペプチドのモル過剰(例えば、2倍モル過剰)と組み合わせて、座位又は垂下ドロップ蒸気拡散フォーマットで沈殿物のマトリックスを最初にスクリーニングすることによって、結晶学的方法によって決定されてもよい。最適化された結晶は、例えば、70% v/vメチルペンタンジオールを含むリザーバー溶液と、pH7.5で0.1 M HEPES緩衝液との1:1混合物から成長させてもよい。リザーバーは、凍結防止剤として使用することができる。また、液体窒素中に急激に浸漬することにより、結晶を極低温に移行させてもよい。
結晶の回折データは、ビームラインで収集してもよい。記録された回折は、HKL2000のようなプログラムを使用して統合され、スケーリングされてもよい。
この構造は、例えば、Phaserのようなプログラムを用いて、分子置換(MR)によって段階的に行われてもよい。例えば、MR検索モデルは、HGFA/Fab複合体の結晶構造(PDBコード:2R0L)に由来するFabサブユニットである。LY6G6Dペプチドは、Fo−Fcマップに基づいて構造に組み込まれている。続いて、最尤目標関数、異方性個別B因子精緻化法、TLS精緻化法を用いたプログラムREFMAC5及びPHENIXで構造を精緻化し、収束を達成してもよい。
いくつかの態様において、本発明は、以下から選ばれる少なくとも1種、2種、3種、4種、5種又は6種のCDRを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列又は配列番号99〜107のいずれかのアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4又は配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5、配列番号112、又は配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3又は配列番号:99〜107のいずれかのアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号99のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号100のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号101のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号102のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号103のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号104のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号105のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号106のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号107のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号111のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2、及び(f)3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号112のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、本発明は、以下の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体を提供する:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号113のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの事例では、抗LY6G6D抗体は、配列番号10もしくはその配列に対する少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するアミノ酸配列を含むVHドメイン、及び/又は配列番号11もしくはその配列に対する少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するアミノ酸配列を含むVLドメインを有し得る。特定の事例では、抗LY6G6D抗体は、20A12.QNTv12(1セル及び2セル製造変異体を含む)、又はその誘導体もしくはクローン親族であり得る。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン又は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメインを有する。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン又は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメインを有する。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号35のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでいてもよい。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号39のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでいてもよい。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号35のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4の4つのすべてを含み、及び/又は、(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号39のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号10のアミノ酸配列を含むVHドメイン及び/又は配列番号11のアミノ酸配列を含むVLドメインを有していてもよい。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号58のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでいてもよい。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号61のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでいてもよい。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号58のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4の4つのすべてを含み、及び/又は、(a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号61のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン及び/又は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメインを有していてもよい。
前記のいずれかの態様において、抗LY6G6D抗体はヒト化されていてもよい。一つの実施形態では、抗LY6G6D抗体は、前記の実施形態のいずれかと同様にCDRを含み、さらにアクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
本発明のさらなる態様において、前記の実施形態のいずれかに従った抗LY6G6D抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、キメラ抗体又はヒト抗体である。一つの態様において、抗LY6G6D抗体は、抗体断片、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ジアボディ、又はF(ab’)断片である。別の態様において、抗体は、完全長抗体、例えば、インタクトIgG抗体(例えば、インタクトIgG1抗体)、又は本明細書で定義されるような他の抗体クラス又はアイソタイプである。
さらなる態様において、前記の実施形態のいずれかに従った抗LY6G6D抗体は、以下のセクション1〜8に記載されているように、単独で又は組み合わせて、いずれかの特徴を組み込んでもよい。
B.例示的な抗CD3抗体
別の態様において、本発明は、分化クラスター3(CD3)(例えば、CD3ε及び/又はCD3γ)に結合する単離された抗体を提供し、以下の6つのCDR配列を有する。(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13又は配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び、(f)配列番号14又は配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3、配列番号21、55、90又は92のアミノ酸配列を含むVL配列、配列番号21又は55と20のアミノ酸配列をそれぞれ含むVL配列及びVH配列、又は配列番号90又は92と89のアミノ酸配列をそれぞれ含むVL配列及びVH配列。いくつかの事例では、抗CD3抗体は、ヒトCD3ポリペプチド又はカニクイザル(cyno)CD3ポリペプチドに結合する。いくつかの事例では、ヒトCD3ポリペプチド又はカニクイザルCD3ポリペプチドは、それぞれ、ヒトCD3εポリペプチド(配列番号80)又はカニクイザルCD3εポリペプチド(配列番号81)である。いくつかの事例では、ヒトCD3ポリペプチド又はカニクイザルCD3ポリペプチドは、それぞれ、ヒトCD3γポリペプチド(配列番号82)又はカニクイザルCD3γポリペプチド(配列番号83)である。いくつかの事例では、抗CD3抗体は、ヒトCD3εのアミノ酸1−26(配列番号84)又は1−27(配列番号85)からなるCD3断片(例えば、ヒトCD3ε)内のエピトープに結合する。
いくつかの態様において、本発明は、(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗CD3抗体を提供する。
いくつかの態様において、本発明は、(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3の6つのすべてを含む結合ドメインを有する抗CD3抗体を提供する。
いくつかの事例では、抗CD3抗体は、配列番号20又は89の配列を有するアミノ酸配列を含むVHドメインと、配列番号21又は90の配列を有するアミノ酸配列を含むVLドメインを有していてもよい。特定の事例では、抗CD3抗体は、38E4.v1 MD1、又はその誘導体もしくはクローン親戚であり得る。
いくつかの事例では、抗CD3抗体は、配列番号20又は89の配列を有するアミノ酸配列を含むVHドメインと、配列番号55又は92の配列を有するアミノ酸配列を含むVLドメインを有していてもよい。特定の事例では、抗CD3抗体は、38E4.v1 MD4又はその誘導体もしくはクローン親戚であり得る。
いくつかの態様において、抗CD3抗体は、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43又は配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでもよく、及び/又は、(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47又は配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3又は4)を含んでいてもよい。
いくつかの態様において、抗CD3抗体は、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの4つのすべてを含み、及び/又は(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。
いくつかの態様において、抗CD3抗体は、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの4つのすべてを含み、及び/又は(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。
前記の実施形態のいずれかでは、抗CD3抗体は、ヒト化されていてもよい。一つの実施形態では、抗CD3抗体は、前記の実施形態のいずれかと同様にCDRを含み、さらに、アクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
別の態様において、抗CD3抗体が提供され、ここで、抗体は、前記のいずれかの実施形態のようなVH及び前記のいずれかの実施形態のようなVLを含み、ここで、可変ドメイン配列の一方又は両方が翻訳後修飾を含む。
さらなる態様において、本発明は、本明細書で提供される抗CD3抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。例えば、特定の実施形態では、配列番号20のVH配列及び配列番号21のVL配列を含む抗CD3抗体、又は配列番号20のVH配列及び配列番号55のVL配列を含む抗CD3抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。特定の実施形態では、ヒトCD3εのアミノ酸1−26(配列番号84)又は1−27(配列番号85)からなるCD3断片(例えば、ヒトCD3ε)内のエピトープに結合する抗体が提供される。
本発明のさらなる態様において、前記の実施形態のいずれかに従った抗CD3抗体は、モノクローナル抗体である。他の実施形態では、抗CD3抗体はキメラ抗体又はヒト抗体である。一つの実施形態では、抗CD3抗体は、抗体断片、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ダイアボディ、又はF(ab’)断片である。別の実施形態では、抗体は、完全長抗体、例えば、インタクトIgG抗体(例えば、インタクトIgG1抗体)、又は本明細書で定義される他の抗体クラス又はアイソタイプである。
さらなる態様において、前記の実施形態のいずれかに従った抗CD3抗体は、以下のセクション1〜8に記載されているように、単独で又は組み合わせて、いずれかの特徴を組み込んでもよい。
1.抗体親和性
特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、≦1μM、≦250nM、≦100nM、≦15nM、≦10nM、≦6nM、≦4nM、≦2nM、≦1nM、≦0.1nM、≦0.01nM、又は≦0.001nM(例えば、10−8M以下、例えば、10−8Mから10−13Mまで、例えば、10−9Mから10−13Mまで)の解離定数(K)を有する。
一つの実施形態では、Kは、放射性標識抗原結合アッセイ(RIA)によって測定される。一つの実施形態では、RIAは、関心のある抗体のFabバージョンとその抗原を用いて実行される。例えば、抗原に対するFabの溶液結合親和性は、標識されていない抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の(125I)標識された抗原でFabを平衡化し、次いで、抗Fab抗体でコーティングされたプレートで結合した抗原を捕捉することによって測定される(例えば、Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865−881(1999)を参照されたい)。アッセイのための条件を確立するために、MICROTITER(登録商標)マルチウェルプレート(サーモサイエンティフィック)は、50mM炭酸ナトリウム(pH9.6)で捕捉抗Fab抗体(Cappel Labs)の5μg/mlで一晩コーティングされ、その後、室温(約23℃)で2〜5時間、PBS中の2%(w / v)ウシ血清アルブミンでブロックされている。非吸着性プレート(Nunc#269620)中で、100pM又は26pMの[125I]−抗原を、関心のあるFabの連続希釈物と混合する(例えば、Presta et al.,Cancer Res.57:4593−4599(1997)における抗VEGF抗体Fab−12の評価と一致する)。次いで、関心のあるFabを一晩インキュベートする;しかしながら、平衡に達することを達するために、インキュベーションをより長い期間(例えば、約65時間)継続してもよい。その後、混合物は、室温でのインキュベーションのためのキャプチャープレートに移される(例えば、1時間)。その後、溶液を除去し、プレートをPBS中の0.1%ポリソルベート20(TWEEN−20(登録商標))で8回洗浄した。プレートが乾燥したときに、シンチラント(MICROSCINT−20(商標);Packard)の150μl/ウェルを添加し、プレートを10分間TOPCOUNT(商標)ガンマカウンター(Packard)でカウントする。競合結合アッセイでの使用のために、最大結合の20%以下を与える各Fabの濃度が選択されている。
別の実施形態によれば、KはBIACORE(登録商標)表面プラズモン共鳴アッセイを用いて測定される。例えば、BIACORE(登録商標)−2000又はBIACORE(登録商標)−3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)を用いたアッセイは、固定化抗原CM5チップを用いて37℃で約10応答単位(RU)で実施する。一つの実施形態では、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ(CM5、BIACORE社)を、当業者の指示に従って、N−エチル−N’−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)及びN−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)で活性化する。抗原を10mM酢酸ナトリウム、pH4.8で希釈し、5μl/分の流量で注入する前に5μg/ml(約0.2μM)に希釈して、結合タンパク質の約10応答単位(RU)を達成する。抗原の注入に続いて、未反応基をブロックするために1Mエタノールアミンを注入する。キネティクス測定のために、Fab(0.78 nM〜500 nM)の2倍のシリアル希釈は、約25μl/分の流量で37℃で0.05%ポリソルベート20(TWEEN−20(商標))界面活性剤(PBST)とPBSに注入される。結合率(kon、又はk)と解離率(koff、又はKd)は、単純な1対1のLangmuir結合モデル(BIACORE(登録商標)評価ソフトウェアバージョン3.2)を使用して、同時に結合と解離センサーグラムをフィッティングすることによって計算される。平衡解離定数(K)は、比koff/konとして計算される。例えば、Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865−881(1999).を参照されたい。表面プラズモン共鳴アッセイでオンレートが10−1−1を超える場合、オン率は、ストップフローを装備した分光光度計(Aviv Instruments)又は攪拌キュベットを備えた8000シリーズSLM−AMINCO(商標)分光光度計(ThermoSpectronic)のような分光光度計で測定されるように増加する濃度の抗原の存在下で、PBS、pH7.2.中の20nM抗原抗体(Fab形式)の37℃における蛍光発光強度(励起=295 nm、発光=340 nm、16 nmバンドパス)の増加又は減少を測定する蛍光消光法を使用して決定することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される抗LY6G6D抗体は、例えば、BIAcoreアッセイを用いて測定した37℃で約1nMから約500nMの間のKでヒトLY6G6Dポリペプチドを結合する。は、≦1μM、≦250 nM、≦100 nM、≦40 nM、≦30 nM、≦15 nM、≦10 nM、≦6 nM、≦4 nM、≦2 nM、≦1 nM、≦0.1 nM、≦0.01 nM、又は≦0.001 nMのKDでヒトLY6G6Dを結合する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される抗LY6G6D抗体は、約100nMと0.01nMの間;約50nMと5nMの間;約40nMと10nMの間;約35nMと15nMの間;又は約30nMと20nMの間のKでヒトLY6G6Dポリペプチドを結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される抗CD3抗体は、BIAcoreアッセイを用いて測定される場合に、37℃で約100pMから約10nMの間のKDでヒトCD3ポリペプチドを結合する。(例えば、≦ 1μM、≦ 250 nM、≦ 100 nM、≦ 40 nM、≦ 30 nM、≦ 15 nM、≦ 10 nM、≦ 5 nM、≦ 2 nM、≦ 1 nM、≦ 0.1 nM、≦ 0.01 nM、又は≦ 0.001 nM の KD で人 CD3 と結合する)いくつかの実施形態では、本明細書で提供される抗CD3抗体は、約100nMと0.01nMの間;約50nMと5nMの間;約40nMと10nMの間;約35nMと15nMの間;又は約30nMと20nMの間のKDでヒトCD3ポリペプチドを結合する。
2.抗体断片
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体(例えば、抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体)は、抗体断片である。抗体断片としては、Fab、Fab’、Fab’−SH、F(ab’)、Fv、及びscFv断片、及び以下に記載する他の断片が挙げられるがこれらに限定されない。特定の抗体断片のレビューとしては、Hudson et al.Nat.Med.9:129−134(2003)を参照されたい。scFv断片の参照には、例えばPluckthuen,in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,(Springer−Verlag,New York),pp.269−315(1994)を参照されたい;また、WO 93/16185を参照されたい;及び米国特許第5,571,894号及び同第5,587,458号も参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を構成し、かつインビボ半減期を増加させたFab及びF(ab’)断片の議論については、米国特許第5,869,046号を参照されたい。
ダイアボディは、二価または二特異性であり得る2つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第404,097号、WO1993/01161、Hudsonら,Nat.Med.9:129−134(2003)、及びHollingerら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−6448(1993)を参照されたい。トリアボディ及びテトラボディはまた、Hudsonら.,Nat.Med.9:129−134(2003)においても説明されている。
シングルドメイン抗体とは、抗体の重鎖可変ドメインの全部又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全部又は一部を含む抗体断片である。特定の実施形態では、シングルドメイン抗体は、ヒトシングルドメイン抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA;see,e.g.,U.S.Patent No.6,248,516 B1)である。
抗体断片は、本明細書に記載されているように、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、及び組換え宿主細胞(例えば、大腸菌又はファージ)による生産を含むがこれらに限定されない様々な技術によって作製することができる。
3.キメラ抗体及びヒト化抗体
特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体(例えば、抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体)は、キメラ抗体である。特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第4,816,567号;及びMorrison et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851−6855(1984))に記載されている。一つの例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域(例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域)とヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のそれから変更された「クラス切り替え」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
特定の実施形態では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、例えば、HVR(又はその一部)が非ヒト抗体に由来し、FR(又はその一部)がヒト抗体配列に由来する1つ以上の可変ドメインを含む。任意にヒト化抗体はまた、ヒト定常領域の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体中のいくつかのFR残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復又は改善するために、非ヒト抗体(例えば、HVR残基が由来する抗体)からの対応する残基で置換される。
ヒト化された抗体及びその作製方法については、Almagro and Fransson,Front.Biosci.13:1619−1633(2008)でレビューし、さらに以下に記載する:Riechmann et al.,Nature 332:323−329(1988);Queen et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86:10029−10033(1989);米国特許第5,821,337号、第7,527,791号、第6,982,321号及び第7,087,409号;Kashmiri et al.,Methods 36:25−34(2005)(特異性決定領域(SDR)グラフトの記述);Padlan,Mol.Immunol.28:489−498(1991)(リサーフェシングについての記述);Dall’Acqua et al.,Methods 36:43−60(2005)(FRシャッフルについての記述);and Osbourn et al.,Methods 36:61−68(2005)and Klimka et al.,Br.J.Cancer,83:252−260(2000)(FRシャッフルの「ガイド付き選択」アプローチの記述)。
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、以下のものが含まれるが、これらに限定されるものではない:「ベストフィット」法を用いて選択されたフレームワーク領域(例えば、Sims et al.J.Immunol.151:2296(1993)を参照されたい);軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域(例えば、Carter et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992);and Presta et al.J.Immunol.,151:2623(1993)を参照された);ヒト成熟(体細胞変異)フレームワーク領域又はヒト生殖細胞フレームワーク領域(例えば、Almagro and Fransson,Front.Biosci.13:1619−1633(2008)を参照されたい);及びFRライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域(例えば、Baca et al.,J.Biol.Chem.272:10678−10684(1997)and Rosok et al.,J.Biol.Chem.271:22611−22618(1996)を参照されたい)。
4.ヒト抗体
特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体(例えば、抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体)は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で知られている様々な技術を用いて作製することができる。ヒト抗体は、van Dijk and van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368−74(2001)and Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450−459(2008)で一般的に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座に取って代わるヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべて又は一部を含むか、又は染色体外に存在するか、又は動物の染色体にランダムに統合されている。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法のレビューについては、Lonberg,Nat.Biotech.23:1117−1125(2005)を参照されたい。例えば、XENOMOUSE(商標)技術を記載した米国特許第6,075,181号及び第6,150,584号;HuMab(登録商標)技術を記載した米国特許第5,770,429号;K−M MOUSE(登録商標)技術を記載した米国特許第7,041,870号;及びVelociMouse(登録商標)技術を記載した米国特許出願公開第2007/0061900号も参照されたい。このような動物によって生成された無傷の抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに改変されてもよい。
また、ヒト抗体は、ハイブリドーマを用いた方法で作製することができる。ヒトモノクローナル抗体を産生するためのヒト骨髄腫細胞株及びマウス−ヒト異種骨髄腫細胞株が記載されている。(例えば、Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984);Brodeur et al.,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,pp.51−63(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987);及びBoerner et al.,J.Immunol.,147:86(1991)を参照されたい)。ヒトB細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体もまた、Li et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557−3562(2006)に記載されている。追加の方法は、例えば、米国特許第7,189,826号(ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトIgM抗体の産生を記載)及びNi,Xiandai Mianyixue,26(4):265−268(2006)(ヒト−ヒトハイブリドーマを記載)に記載されているものを含む。ヒトハイブリドーマ技術(トリオーマ技術)はまた、Vollmers and Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927−937(2005)及びVollmers and Brandlein,Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185−91(2005)に記載されている。
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたFvクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成されてもよい。そのような可変ドメイン配列は、次に、所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術を以下に記載する。
5.ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体(例えば、抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体)は、所望の活性又は活性を有する抗体のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が当技術分野で知られている。そのような方法については、例えば、Hoogenboom et al.,Methods in Molecular Biology 178:1−37(O’Brien et al.,ed.,Human Press,Totowa,NJ,2001)でレビューし、さらに下に記載されている:McCafferty et al.,Nature 348:552−554;Clackson et al.,Nature 352:624−628(1991);Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581−597(1992);Marks and Bradbury,in Methods in Molecular Biology 248:161−175(Lo,ed.,Human Press,Totowa,NJ,2003);Sidhu et al.,J.Mol.Biol.338(2):299−310(2004);Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073−1093(2004);Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467−12472(2004);及びLee et al.,J.Immunol.Methods 284(1−2):119−132(2004)。
特定のファージディスプレイ方法において、VH及びVL遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって別々にクローニングされ、ファージライブラリー中でランダムに再結合され、次いで、Winter et al.,Ann.Rev.Immunol.,12:433−455(1994)に記載されているように抗原結合ファージのスクリーニングを行うことができる。ファージは、典型的には、単鎖Fv(scFv)断片として、又はFab断片として、抗体断片をディスプレイする。免疫源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対する高親和性抗体を提供する。代替的に、ナイーブレパートリーは、Griffiths et al.,EMBO J,12:725−734(1993)によって記載されているように、免疫化を行わずに、広範囲の非自己抗原及びまた自己抗原に対する抗体の単一の供給源を提供するために、(例えば、ヒトから)クローン化することができる。最後に、ナイーブライブラリーは、幹細胞から再配列されていないV遺伝子セグメントをクローニングし、ランダムな配列を含むPCRプライマーを使用して、非常に可変的なCDR3領域をコードし、Hoogenboom and Winter,J.Mol.Biol.,227:381−388(1992)に記載されているように、インビトロで再配列を達成することによって、合成的に作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載している特許公報には、例えば、以下のようなものがある:米国特許第5,750,373号、及び米国特許公開第2005/0079574号、2005/0119455号、2005/0266000号、2007/0117126号、2007/0160598号、2007/0237764号、2007/0292936号、及び2009/0002360号。
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書ではヒト抗体又はヒト抗体断片とみなされる。
6.多重特異性抗体
前記のいずれかの態様において、本明細書で提供される抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。も2つの異なる部位に対する結合特異性を有する抗体(例えば、モノクローナル抗体)である。いくつかの態様において、二重特異性抗体は、LY6G6Dの2つの異なるエピトープに結合してもよい。いくつかの態様において、結合特異性の一方はLY6G6Dに対するものであり、他方は任意の他の抗原(例えば、第二の生物学的分子、例えば、T細胞の表面抗原、例えば、CD3)に対するものである。いくつかの態様において、結合特異性の一方は、CD3に対するものであり、他方は、任意の他の抗原(例えば、第2の生物学的分子、例えば、細胞表面抗原、例えば、腫瘍抗原)に対するものである。いくつかの態様において、結合特異性の一方はLY6G6Dに対するものであり、他方はCD3に対するものである。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、(a)重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含む重鎖ポリペプチド(H1)と、軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインと、(b)重鎖可変(VH)ドメイン(VH2)を含む重鎖ポリペプチド(H2)と、軽鎖可変(VL)ドメイン(VL2)を含む軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを有する。
いくつかの側面において、以下を含む第1の結合ドメインを有する抗CD3抗体は、免疫エフェクター細胞以外の標的細胞上の細胞表面抗原(例えば、腫瘍抗原、例えば、LY6G6D)に結合する第2の結合ドメインを有していてもよい:(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13又は配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号14又は配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3、例えば38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4。
いくつかの態様において、細胞表面抗原は、標的細胞上で低コピー数で発現してもよい。例えば、いくつかの態様において、細胞表面抗原は、標的細胞あたり35,000コピー未満で発現又は存在する。いくつかの態様において、低コピー数細胞表面抗原は、標的細胞あたり100と35,000コピーの間;標的細胞あたり100と30,000コピーの間;標的細胞あたり100と25,000コピーの間;標的細胞あたり100と20,000コピーの間;標的細胞あたり100と15,000コピーの間;標的細胞あたり100と10,000コピーの間;標的細胞あたり100と5,000コピーの間;標的細胞あたり100と2,000コピーの間;標的細胞あたり100と1,000コピーの間;又は標的細胞あたり100と500コピーの間に存在する。細胞表面抗原のコピー数は、例えば、標準的なスカチャードプロットを用いて決定することができる。
例えば、いくつかの側面において、以下の6つすべてを含む結合ドメインを有する抗LY6G6D抗体は、CD3に結合する第2の結合ドメインを有していてもよい:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3。いくつかの態様において、LY6G6Dを結合する第1の結合ドメインは、それぞれ配列番号34〜37の配列を含む重鎖フレームワーク領域FR−H1、FR−H2、FR−H3、及びFR−H4の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)、及び/又はそれぞれ配列番号38〜41の配列を含む軽鎖フレームワーク領域FR−L1、FR−L2、FR−L3、及びFR−L4の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)を含む。他の態様において、LY6G6Dを結合する第1の結合ドメインは、それぞれ配列番号34、58、36、及び37の配列を含む重鎖フレームワーク領域FR−H1、FR−H2、FR−H3、及びFR−H4の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)を含み、及び/又は、38、61、40及び41の配列を含む軽鎖フレームワーク領域FR−L1、FR−L2、FR−L3、及びFR−L4の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)を含む。いくつかの側面において、LY6G6Dに結合する第1の結合ドメインは、例えば、本明細書に記載の抗LY6G6D抗体20A12.QNTv12が有するような以下のものを含んでもよい:a)配列番号10の配列を有するか、又はその配列を有する、少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するアミノ酸配列を含むVH1ドメイン、及び b)配列番号11の配列を有するか、又は有する少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するアミノ酸配列を含むVL1ドメイン。いくつかの態様において、LY6G6Dに結合する第1の結合ドメインは、(a)配列番号59の配列を有するアミノ酸配列を含むVH1ドメインと、(b)配列番号60の配列を有するアミノ酸配列を含むVL1ドメインを含む。
CD3に結合する第2の結合ドメインを有する前記抗LY6G6D抗体のいくつかの態様において、CD3に結合する第2のドメインは、以下から選択される少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つのCDRを含む:a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;e)配列番号13又は配列番号:50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び f)配列番号14又は配列番号:51のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、CD3に結合する第2のドメインは、以下の6つのすべてを含む:(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの態様において、CD3に結合する第2のドメインは、以下の6つすべてを含む結合ドメインを含む:(a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3。
いくつかの事例では、CD3に結合する第2のドメインは、配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するか、又は配列番号20の配列を有するアミノ酸配列を含むVH2ドメインを含み、及び/又は、少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するか、又は配列番号21の配列を有するアミノ酸配列を含むVL2ドメインを含む。特定の事例では、抗CD3抗体は、38E4.v1 MD1、又はその誘導体もしくはクローン親戚であり得る。
いくつかの事例では、CD3に結合する第2のドメインは、配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するか、又は配列番号20の配列を有するアミノ酸配列を含むVH2ドメイン、及び/又は、配列番号55の配列と少なくとも90%の配列同一性(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性)を有するか、又は配列番号55の配列を有するアミノ酸配列を含むVL2ドメインを有していてもよい特定の事例では、抗CD3抗体は、38E4.v1 MD4又はその誘導体もしくはクローン親戚であり得る。
いくつかの態様において、CD3に結合する第2のドメインは、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43又は配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)を含んでいてもよく、及び/又は、(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47また配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの少なくとも1つ(例えば、1、2、3、又は4)を含んでいてもよい。
いくつかの態様において、抗CD3抗体は、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの4つのすべてを含み、及び/又は(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号20のアミノ酸配列を含むVH2ドメイン及び/又は配列番号21のアミノ酸配列を含むVL2ドメインを有していてもよい。他の態様において、抗LY6G6D抗体は、配列番号20のアミノ酸配列を含むVH2ドメイン及び/又は配列番号55のアミノ酸配列を含むVL2ドメインを有していてもよい。
いくつかの態様において、抗CD3抗体は、(a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;(b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;(c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び(d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4のうちの4つのすべてを含み、及び/又は(a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;(b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;(c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び(d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4のうちの4つのすべてを含む。
いくつかの実施形態では、二重特異性抗体は、腫瘍抗原、例えばLy6G6Dを発現する細胞に細胞疾患性薬剤を局在化するために使用されてもよい。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体を作製するための技術には、異なる特異性を有する2つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現(Milstein and Cuello,Nature 305:537(1983),WO 93/08829,及びTraunecker et al.,EMBO J.10:3655(1991)を参照されたい)、及び「ノブインホール」エンジニアリング(例えば、米国特許第5,731,168号を参照されたい)が含まれるが、これらに限定されるものではない。多重特異性抗体の 「ノブインホール」エンジニアリングは、ノブを含む第1のアームと、第1のアームのノブが結合するホールを含む第2のアームを生成するために利用されてもよい。本発明の多重特異性抗体のノブは、一実施形態では抗CD3アームであってもよい。代替的に、本発明の多重特異性抗体のノブは、一実施形態では、抗標的/抗原アームであってもよい。本発明の多重特異性抗体のホールは、一実施形態では抗CD3アームであってもよい。代替的に、本発明の多重特異性抗体のホールは、一実施形態では、抗標的/抗原アームであってもよい。多重特異性抗体はまた、免疫グロブリンクロスオーバー(Fabドメイン交換又はCrossMabフォーマットとしても知られている)技術を用いて工学的に作製されてもよい(例えば、WO2009/080253;Schaefer et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,108:11187−11192(2011)を参照されたい)。多特異性抗体はまた、以下の方法により製造することができる:抗体Fcヘテロ二量体分子を製造するための静電ステアリング効果をエンジニアリング的に利用する方法(WO 2009/089004A1);2個以上の抗体又は断片を架橋する方法(例えば、米国特許第4,676,980号、及びBrennan et al.,Science,229:81(1985)を参照されたい);二重特異性抗体を製造するためにロイシンジッパーを利用する方法(例えば、Kostelny et al.,J.Immunol.,148(5):1547−1553(1992)を参照されたい);二重特異性抗体断片を製造するために「ダイアボディ」技術を利用する方法(例えば、Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444−6448(1993)を参照されたい);及び単鎖Fv(sFv)二量体を利用する方法(例えば、Gruber et al.,J.Immunol.,152:5368(1994)を参照されたい);及び、例えば、Tutt et al.J.Immunol.147:60(1991)に記載されているように三重特異性抗体を調製する方法。
「オクトパス抗体」を含む、3つ以上の機能性抗原結合部位を有する設計された抗体もまた、ここに含まれる。(例えば、US 2006/0025576A1を参照されたい)
本明細書における抗体又は断片は、CD3、ならびに別の異なる抗原(例えば、第2の生物学的分子)に結合する抗原結合部位を含む「二重作用FAb」又は「DAF」も含む(例えば、US2008/0069820を参照されたい)。
7.抗体変異体
いくつかの態様において、本発明の抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体のアミノ酸配列変異体(例えば、LY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、例えば高親和性(例えば、20A12.QNTv12)、及び第二の生物学的分子、例えばCD3、本発明のTDB抗体又はその変種など)が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び/又は他の生物学的特性を向上させることが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することにより、又はペプチド合成により調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び/又は挿入、及び/又は置換を含む。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせは、最終的な構築物が所望の特性、例えば抗原結合性を有することを条件として、最終的な構成体に到達するために行うことができる。
a.置換、挿入、及び欠失変異体
特定の実施形態では、1つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換変異誘発に関心のある部位には、CDR及びFRが含まれる。保守的な置換は、「好ましい置換」の見出しの下で表1に示されている。より実質的な変化は、「例示的な置換」の見出しの下で、及びアミノ酸側鎖クラスに関して以下でさらに説明されるように、表1に提供されている。アミノ酸置換は、関心のある抗体に導入して、所望の活性、例えば、抗原結合の保持/改善、免疫原性の低下、又は改善されたADCC又はCDCのためにスクリーニングされた生成物を得ることができる。
Figure 2021094022
アミノ酸は、一般的な側鎖の特性に従ってグループ化できる。
(1)疎水性:ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile;
(2)中性親水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
(3)酸性:Asp、Glu;
(4)塩基性:His、Lys、Arg;
(5)鎖の配向に影響を与える残基:Gly,Pro;
(6)芳香族:Trp,Tyr,Phe.
保守的でない代用は、これらのクラスの1つのメンバーを別のクラスに交換することを意味する。
ある種の置換変異体は、親抗体(例えば、ヒト化抗体又はヒト抗体)の1つ以上の超可変領域残基を置換することを含む。一般的に、さらなる研究のために選択された結果の変異体は、親抗体と比較して特定の生物学的特性(例えば、親和性の増加、免疫原性の低下)において修飾(例えば、改善)を有し、及び/又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。例示的な置換変異体は、本明細書に記載されているようなファージディスプレイベースのアフィニティー成熟技術を使用して、例えば便利に生成され得るアフィニティー成熟抗体である。簡単に言えば、1つ以上のCDR残基が変異され、そしてファージ上に表示された変異体抗体が、特定の生物学的活性(例えば、結合親和性)のためにスクリーニングされる。
抗体親和性を向上させるために、例えば、CDRにおいて改変(例えば、置換)を行ってもよい。そのような改変は、CDR「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス(例えば、Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179−196(2008)を参照されたい)中に高頻度で突然変異を受けるコドンによってコードされる残基、及び/又は抗原に接触する残基で行われてもよく、結果として生じる変異体VH又はVLは、結合親和性について試験される。二次ライブラリからの構築と再選択による親和性成熟化はここに記載されている。(例えば、Hoogenboom et al.in Methods in Molecular Biology 178:1−37(O’Brien et al.,ed.,Human Press,Totowa,NJ,(2001))親和性成熟のいくつかの実施形態では、多様性は、様々な方法(例えば、エラーを起こしやすいPCR、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド指示突然変異誘発など)のいずれかによって、成熟のために選択された可変遺伝子に導入される。その後、セカンダリライブラリが作成される。その後、ライブラリーをスクリーニングして、所望の親和性を有する抗体変異体を同定する。多様性を導入する別の方法は、いくつかのCDR残基(例えば、一度に4〜6残基)がランダム化されるCDR指向アプローチを含む。抗原結合に関与するCDR残基は、例えば、アラニン走査突然変異誘発又はモデル化を用いて、特異的に同定され得る。特にCDR−H3とCDR−L3が狙われることが多い。
特定の実施形態では、置換、挿入、又は欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、1つ以上のCDR内で起こり得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保守的な改変(例えば、本明細書で提供されるような保守的な置換)は、CDRにおいて行われてもよい。そのような改変は、例えば、CDR中の抗原接触残基の外側であってもよい。前記で提供された変異体VH及びVL配列の特定の実施形態では、各CDRは、改変されていないか、又は1以上、2以上、又は3以上のアミノ酸置換を含まない。
突然変異誘発の標的となり得る抗体の残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham and Wells(1989)Science、244:1081−1085に記載されているように「アラニン走査突然変異誘発」と呼ばれている。この方法では、標的残基(例えば、arg、asp、his、lys、及びgluなどの荷電残基)の残基又はグループを同定し、中性又は負に荷電したアミノ酸(例えば、アラニン又はポリアラニン)で置換して、抗体と抗原との相互作用が影響を受けるかどうかを決定する。さらなる置換は、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入されてもよい。代替的に又は追加的に、抗体と抗原の間の接触点を特定するための抗原−抗体複合体の結晶構造。このような接触残基や隣接する残基は、置換候補として標的化されてもよいし、排除されてもよい。変異体は、所望の特性を含むかどうかを判断するためにスクリーニングされることがある。
アミノ酸配列挿入には、1残基から100個以上の残基を含むポリペプチドまでの長さのアミノ及び/又はカルボキシル末端融合、ならびに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例としては、N末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入変異体には、抗体のN末端又はC末端と酵素(例えば、ADEPTの場合)又は抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドとの融合が含まれる。
a.グリコシル化変異体
特定の実施形態では、本発明の抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体(例えば、好ましくはLY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)、及び第二の生物学的分子、例えば、CD3)は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように変更することができる。本発明の抗LY6G6D抗体へのグリコシル化部位の追加又は欠失は、1つ又は複数のグリコシル化部位が生成又は除去されるようにアミノ酸配列を変更することによって便利に達成され得る。
抗体がFc領域を構成する場合、抗体に付着している糖質を変化させてもよい。哺乳動物細胞によって産生されるネイティブ抗体は、典型的には、Fc領域のCH2ドメインのAsn297へのN−連結によって一般的に結合された分岐したバイアンテナリーオリゴ糖を含む。例えば、Wright et al.TIBTECH 15:26−32(1997)を参照されたい。オリゴ糖は、種々の炭水化物、例えば、マンノース、N−アセチルグルコサミン(GlcNac)、ガラクトース、及びシアル酸、ならびにバイアンテナリーオリゴ糖構造の「茎」のGlcNacに付着したフコースを含んでもよい。いくつかの実施形態では、本発明の抗体中のオリゴ糖の改変は、特定の改良された特性を有する抗体変異体を作成するために行われてもよい。
一実施形態では、抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体変異体は、Fc領域に(直接又は間接的に)付着したフコースを欠く炭水化物構造を有するものが提供される。このような抗体中のフコースの量は、例えば、1%以上80%以下、1%以上65%以下、5%以上65%以下、又は20%以上40%以下であってもよい。フコースの量は、例えば、WO2008/077546に記載されているように、MALDI−TOF質量分析法によって測定されたように、Asn297(例えば、複合体構造、ハイブリッド構造、及び高マンノース構造)に付着したすべての糖鎖構造の合計に対するAsn297における糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Asn297は、Fc領域の約297位に位置するアスパラギン残基を指す(Fc領域残基のEUナンバリング);ただし、Asn297はまた、抗体のマイナーな配列変化のために、位置297の上流又は下流、すなわち位置294と300の間の約±3個のアミノ酸に位置していてもよい。このようなフコシル化変異体は、ADCCの機能を改善している可能性がある。例えば、米国特許出願公開第2003/0157108号(Presta,L.);同第2004/0093621号(協和発酵工業株式会社)を参照されたい。「デフコシル化」又は「フコース欠乏症」抗体変異体に関連する公報の例としては、以下のものが挙げられる:US 2003/0157108;WO 2000/61739;WO 2001/29246;US 2003/0115614;US 2002/0164328;US 2004/0093621;US 2004/0132140;US 2004/0110704;US 2004/0110282;US 2004/0109865;WO 2003/085119;WO 2003/084570;WO 2005/035586;WO 2005/035778;WO2005/053742;WO2002/031140;Okazaki et al.J.Mol.Biol.336:1239−1249(2004);Yamane−Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004).デフコシル化抗体を産生することができる細胞株の例としては、以下のものが挙げられる:Lec13 CHO cells deficient in protein fucosylation(Ripka et al.Arch.Biochem.Biophys.249:533−545(1986);US Pat Appl No US 2003/0157108 A1,Presta,L;and WO2004/056312 A1,Adams et al.,especially at Example 11),and knockout cell lines,such as alpha−1,6−fucosyltransferase gene,FUT8,knockout CHO cells(see,e.g.,Yamane−Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004);Kanda,Y.et al.,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680−688(2006);and WO2003/085107)。
抗LY6G6D抗体及び抗CD3抗体変異体は、例えば、抗体のFc領域に付着したバイアンテナリーオリゴ糖がGlcNAcによって二分されているような二分されたオリゴ糖をさらに提供する。そのような抗体変異体は、低減されたフコシル化及び/又は改善されたADCC機能を有していてもよい。そのような抗体変異体の例は、例えば、WO 2003/011878(Jean−Mairet et al.);米国特許第6,602,684号(Umana et al.);及び米国2005/0123546(Umana et al.)に記載されている。Fc領域に付着したオリゴ糖の少なくとも1つのガラクトース残基を有する抗体変異体も提供される。このような抗体変異体は、CDCの機能を改善している可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、WO 1997/30087(Patel et al.);WO 1998/58964(Raju,S.);及びWO 1999/22764(Raju,S.)に記載されている。
b.Fc領域変異体
特定の実施形態では、本発明の抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体のFc領域に、1つ以上のアミノ酸修飾を導入してもよい(例えば、LY6G6Dに結合する、好ましくは高親和性を有する、本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体(例えば、20A12.QNTv12)、及び第二の生物学的分子、例えばCD3、それによってFc領域の変異体を生成する(例えば、US 2012/0251531を参照されたい)。Fc領域変異体は、1つ以上のアミノ酸位置でのアミノ酸修飾(例えば、置換)を含むヒトFc領域配列(例えば、ヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4 Fc領域)を含んでいてもよい。
特定の実施形態では、本発明は、いくつかの、しかしすべてではないがエフェクター機能を有する抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体変異体を企図しており、これは、抗体のインビボでの半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能(補体及びADCCなど)が不要であるか、又は劇症的である用途には望ましい候補とするものである。CDC及び/又はADCC活性の低下/消失を確認するために、インビトロ及び/又はインビボの細胞毒性アッセイを実施することができる。例えば、Fc受容体(FcR)結合アッセイは、抗体がFcγR結合を欠いている(従ってADCC活性を欠いている可能性が高い)が、FcRn結合能力を保持していることを確認するために実施することができる。ADCCを媒介する一次細胞であるNK細胞はFcγRIIIのみを発現するのに対し、単球はFcγRI、FcγRII、FcγRIIIを発現する。造血細胞におけるFcRの発現については、Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457−492(1991)のページ464の表3にまとめてある。関心分子のADCC活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第5,500,362号(例えば、Hellstrom,I.et al.Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059−7063(1986)を参照されたい)及びHellstrom,I et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82:1499−1502(1985);5,821,337(Bruggemann,M.et al.,J.Exp.Med.166:1351−1361(1987)を参照されたい)に記載されている。代替的に、非放射性アッセイ法を採用してもよい(ACTI(商標)フローサイトメトリー用非放射性細胞毒性試験法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA)、及び CytoTox 96(登録商標)非放射性細胞毒性試験法(Promega,Madison,WI))。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核球(PBMC)及びナチュラルキラー(NK)細胞が含まれる。代替的又は追加的に、関心のある分子のADCC活性は、インビボ、例えば、Clynes et al.Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 95:652−656(1998)に開示されているような動物モデルで評価することができる。また、抗体がC1qに結合することができず、CDC活性を欠いていることを確認するために、C1q結合アッセイを実施してもよい。例えば、WO 2006/029879及びWO 2005/100402のC1q及びC3c結合ELISAを参照されたい。補体活性化を評価するために、CDCアッセイを行うことができる。例えば、Gazzano−Santoro et al.J.Immunol.Methods 202:163(1996);Cragg,M.S.et al.Blood.101:1045−1052(2003);and Cragg,M.S.and M.J.Glennie Blood.103:2738−2743(2004)を参照されたい)FcRn結合及びインビボクリアランス/半減期の決定はまた、当技術分野で知られている方法を用いて行うことができる(例えば、Petkova,S.B.et al.Int’l.Immunol.18(12):1759−1769(2006))。
エフェクター機能が低下した抗体には、Fc領域残基238、265、269、270、297、327及び329の1つ以上が置換されたものが含まれる(米国特許第6,737,056号及び第8,219,149号)。このようなFc変異体には、アミノ酸位置265、269、270、297、及び327のうちの2つ以上のアミノ酸位置で置換されたFc変異体が含まれ、残基265及び297がアラニンに置換された、いわゆる「DANA」Fc変異体が含まれる(米国特許第7,332,581号及び第8,219,149号)。
特定の実施形態では、抗体中の野生型ヒトFc領域の位置329のプロリンは、Fcのプロリン329とFcgRIII(Sondermann et al.Nature.406,267−273,2000)のトリプトファン残基Trp87及びTrp110との間に形成されるFc/Fc.γ.受容体界面内のプロリンサンドイッチを破壊するのに十分な大きさのアミノ酸残基、又はグリシンもしくはアルギニンで置換される。特定の実施形態では、抗体は、少なくとも1つのアミノ酸置換をさらに含む。一実施形態では、さらなるアミノ酸置換は、S228P、E233P、L234A、L235A、L235E、N297A、N297D、又はP331Sであり、さらに別の実施形態では、少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換は、ヒトIgG1 Fc領域のL234A及びL235A、又はヒトIgG4 Fc領域のS228P及びL235Eであり(例えば、米国2012/0251531を参照されたい)、そしてまだ別の実施形態では、少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換は、ヒトIgG1 Fc領域のL234A及びL235A及びP329Gである。
FcRへの結合が改善又は減少した特定の抗体変異体が記載されている。(例えば、米国特許第6,737,056号;WO 2004/056312,及びShields et al.,J.Biol.Chem.9(2):6591−6604(2001)を参照されたい。)
ある特定の実施形態では、抗体変異形は、ADCCを改善する1つ以上のアミノ酸置換、例えば、Fc領域の298、333、及び/又は334位(残基のEUナンバリング)での置換を有するFc領域を含む。
いくつかの実施形態では、改変は、例えば、米国特許第6,194,551号、WO 99/51642、Idusogie et al.J.Immunol.164:4178−4184(2000)に記載されているように、改変された(すなわち、改善された又は減少した)C1q結合及び/又は補体依存性細胞毒性(CDC)をもたらすFc領域において行われる。
半減期が増加し、母体のIgGの胎児への移行に関与する新生児Fc受容体(FcRn)への結合が改善された抗体(Guyer et al.,J.Immunol.117:587(1976)and Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))は、US2005/0014934A1(Hinton et al.)に記載されている。それらの抗体は、Fc領域とFcRnとの結合を改善する1つ又は複数の置換をそこに有するFc領域を含む。このようなFc変異体には、Fc領域の残基の1つ以上に置換を有するものが含まれる:238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424又は434、例えばFc領域残基434の置換(米国特許第7,371,826号)。
Fc領域の変種の他の例に関して、Duncan&Winter,Nature 322:738−40(1988);米国特許第5,648,260号;米国特許第5,624,821号;及びWO 94/29351も参照されたい。
いくつかの態様において、抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体(例えば、二重特異性抗LY6G6D抗体)は、N297G変異を含むFc領域を含む。いくつかの実施形態では、N297G変異を含む抗LY6G6D抗体は、以下の6つのCDRを含む第1の結合ドメインを含む抗LY6G6Dアームを含む:(a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;(b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;(c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;(d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;(e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び(f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;及び 抗CD3アーム。
いくつかの実施形態では、N297G変異を含む抗LY6G6D抗体は、以下を含む第一の結合ドメインを含む抗CD3アームを含む:(a)配列番号10のアミノ酸配列を含むVHドメイン、(b)配列番号11のアミノ酸配列を含むVLドメイン、及び抗CD3のアーム。他の実施形態では、N297G変異を含む抗LY6G6D抗体は、以下を含む第一の結合ドメインを含む抗CD3アームを含む:a)配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン、(b)配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメイン、及び抗CD3アーム。
いくつかの実施形態では、N297G変異を含む抗LY6G6D抗体は、1つ以上の重鎖定常ドメインを含み、ここで、1つ以上の重鎖定常ドメインは、第1のCH1(CH1)ドメイン、第1のCH2(CH2)ドメイン、第1のCH3(CH3)ドメイン、第2のCH1(CH1)ドメイン、第2のCH2(CH2)ドメイン、及び第2のCH3(CH3)ドメインから選択される。いくつかの態様において、1つ以上の重鎖定常ドメインの少なくとも1つは、別の重鎖定常ドメインと対になっている。いくつかの態様において、CH3及びCH3ドメインはそれぞれ、突起又は空洞を構成し、CH3ドメインにおける突起又は空洞が、CH3ドメインにおける空洞又は突起にそれぞれ位置決め可能である。いくつかの態様において、CH3及びCH3ドメインは、前記突起と空洞との間の界面で会合する。いくつかの態様において、CH2及びCH2ドメインはそれぞれ、突起又は空洞を構成し、ここで、CH2ドメインにおける突起又は空洞が、CH2ドメインにおける空洞又は突起にそれぞれ位置決め可能である。他の実施形態では、CH2及びCH2ドメインは、前記突起と空洞との間の界面で会合する。ある態様において、抗LY6G6D抗体は、IgG1抗体である。
いくつかの実施形態では、N297G変異を含む抗CD3抗体は、以下のような第1の結合ドメインを含む抗LY6G6Dアームを含む:(a)配列番号10又は配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン、及び(b)配列番号11又は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメイン、及び抗CD3アーム、ここで、(a)抗LY6G6Dアームは、T366S、L368A、Y407V、及びN297G置換変異を含み、(b)抗CD3アームは、T366W及びN297G置換変異を含む。
いくつかの実施形態では、N297G変異を含む抗CD3抗体は、以下のような第1の結合ドメインを含む抗LY6G6Dアームを含む:(a)配列番号10又は配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン、及び(b)配列番号11又は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメイン、及び抗CD3アーム、ここで、(a)抗LY6G6Dアームは、T366W、及びN297G置換変異を含み、(b)抗CD3アームは、T366S、L368A、Y407V、及びN297G置換変異を含む。
c.システイン改変抗体変異体
特定の実施形態では、抗体の1つ以上の残基がシステイン残基で置換されているシステイン人工抗体、例えば、「thioMAbs」を作成することが望ましいかもしれない。特定の実施形態では、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。これらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書にさらに記載されるように、抗体を薬物部位やリンカー薬物部位などのような他の部位にコンジュゲートするために使用することができる。特定の実施形態では、以下の残基のうちの任意の1つ以上がシステインで置換されていてもよい:軽鎖のV205(カバットナンバリング);ヘビーチェーンのA118(EUナンバリング);及び 重鎖Fc領域のS400(EUナンバリング)。システイン人工抗体は、例えば、米国特許第7,521,541号に記載されているように生成することができる。
d.抗体誘導体
特定の実施形態では、本明細書で提供される本発明の抗LY6G6D抗体(例えば、LY6G6Dに好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)で結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体)、及び第二の生物学的分子、例えば、CD3)は、当技術分野で知られており、かつ容易に入手可能な非保護性部位をさらに含むように改変されていてもよい。抗体の誘導体化に適した部位としては、水溶性ポリマーが挙げられるが、これらに限定されるものではない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない:ポリエチレングリコール(PEG)、エチレングリコール/プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−1,3−ジオキソラン、ポリ−1,3,6−トリオキサン、エチレン/無水マレイン酸共重合体。ポリアミノ酸(ホモポリマー又はランダムコポリマーのいずれか)、及びデキストラン又はポリ(N−ビニルピロリドン)ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリプロピレンオキサイド/エチレンオキサイドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール(例えば g.,グリセロール)、ポリビニルアルコール、及びそれらの混合物。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中での安定性のため、製造上の利点があるかもしれない。ポリマーは、任意の分子量であってもよく、分岐していても、分岐していなくてもよい。抗体に付着しているポリマーの数は様々であり、複数のポリマーが付着している場合には、同じ分子であっても異なった分子であってもよい。一般に、誘導体化のために使用されるポリマーの数及び/又はタイプは、改良される抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が定義された条件下で治療に使用されるかどうかなどの考慮事項に基づいて決定することができるが、これらに限定されるものではない。
別の実施形態では、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体及び非保護性部位のコンジュゲートが提供される。一実施形態では、非保護性部分はカーボンナノチューブである(Kam et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600−11605(2005))。放射線は、任意の波長であってもよく、通常の細胞に害を与えないが、抗体非保護性部位に近位の細胞が死滅する温度まで非保護性部位を加熱する波長を含むが、これらに限定されない。
8.荷電領域
いくつかの態様において、LY6G6D又はCD3を結合する結合ドメインは、荷電領域(CR)を含むVH1と荷電領域(CR)を含むVL1を含み、VH1中のCRはVL1中のCRと電荷対を形成する。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CRは酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRはQ39K置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ39K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはQ38E置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ38E置換変異からなる。いくつかの態様において、CD3を結合する第2の結合ドメインは、荷電領域(CR)を含むVH2と荷電領域(CR)を含むVL2を含み、VL2のCRはVH2のCRと電荷対を形成している。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を構成し、CR3は酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRはQ38K置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ38K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはQ39E置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ39E置換変異からなる。いくつかの態様において、VL1ドメインは軽鎖定常ドメイン(CL1)ドメインに連結され、VH1は第1重鎖定常ドメイン(CH1)に連結され、ここで、CL1は荷電領域(CR)を有し、CH1は荷電領域(CR)を有し、ここで、CL1のCRはCH1のCR6と電荷対を形成している。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CRは酸性残基を含む。いくつかの態様において、CRはV133K置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはV133K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRは、S183E置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはS183E置換変異からなる。
他の態様において、VL2ドメインはCLドメイン(CL2)に連結され、VH2はCH1ドメイン(CH1)に連結され、CL2は荷電領域(CR)を構成し、CH1は荷電領域(CR)を構成し、CH1のCRはCL2のCRと電荷対を形成する。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CRは酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRは、S183K置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはS183K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはV133E置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CR7はV133E置換変異からなる。
他の態様において、VL2ドメインはCLドメイン(CL2)に連結され、VH2はCH1ドメイン(CH1)に連結され、ここで、(a)CL2は、アミノ酸残基F116、L135、S174、S176、及び/又はT178(EUナンバリング)における1つ以上の変異を含み、(b)CH1は、アミノ酸残基A141、F170、S181、S183、及び/又はV185(EUナンバリング)における1つ以上の変異を含む。いくつかの態様において、CL2は以下の置換変異のうちの1つ以上を含む:F116A、L135V、S174A、S176F、及び/又はT178V。いくつかの態様において、CL2は以下の置換変異を含む。F116A、L135V、S174A、S176F、及び/又はT178V。いくつかの態様において、CH1は以下の置換変異のうちの1つ以上を含む。A141I、F170S、S181M、S183A、及び/又はV185A。いくつかの態様において、CH1は以下の置換変異からなる。A141I、F170S、S181M、S183A、及び/又はV185A。
他の態様において、LY6G6D又はCD3を結合する結合ドメインは、荷電領域(CR)を含むVHドメイン(VH1)と、荷電領域(CR)を含むVLドメイン(VL1)を含み、VL1中のCRはVH1中のCRと電荷対を形成する。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CRは酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRはQ38K置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ38K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはQ39E置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ39E置換変異からなる。いくつかの態様において、CD3を結合する第2の結合ドメインは、荷電領域(CR)を含むVHドメイン(VH2)と荷電領域(CR)を含むVLドメイン(VL2)を含み、VH2のCRはVL2のCRと電荷対を形成している。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CR4は酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRはQ39K置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ39K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはQ38E置換変異(カバットナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはQ38E置換変異からなる。いくつかの態様において、VL1ドメインは軽鎖定常ドメイン(CL1)に連結され、VH1は第1の重鎖定常ドメイン(CH1)に連結され、ここで、CL1は荷電領域(CR)を含み、CH1は荷電領域(CR)を含み、CH1のCR6はCLのCRと電荷対を形成する。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を含み、CRは酸性アミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、CRはS183K置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはS183K置換変異からなる。いくつかの態様において、CRはV133E置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはV133E置換変異からなる。
他の態様において、VL2ドメインはCLドメイン(CL2)に連結され、VH2はCH1ドメイン(CH1)に連結され、CL2は荷電領域(CR)を含み、CH12は荷電領域(CR)を含み、CL2のCRはCH1のCRと荷電対を形成する。いくつかの態様において、CRは塩基性アミノ酸残基を構成し、C8は酸性残基を含む。いくつかの態様において、CRはV133K置換変異(EUナンバリングを含む。いくつかの態様において、CRはV133K置換変異からなる。いくつかの態様において、CR8はS183E置換変異(EUナンバリング)を含む。いくつかの態様において、CRはS183E置換変異からなる。
他の態様において、VL2ドメインはCLドメイン(CL2)に連結され、VH2はCH1ドメイン(CH1)に連結され、ここで、(a)CL2は、アミノ酸残基F116、L135、S174、S176、及び/又はT178(EUナンバリング)における1つ以上の変異を含み、(b)CH1は、アミノ酸残基A141、F170、S181、S183、及び/又はV185(EUナンバリング)における1つ以上の変異を含む。いくつかの態様において、CL2は以下の置換変異のうちの1つ以上を含む:F116A、L135V、S174A、S176F、及び/又はT178V。いくつかの態様において、CL2は以下の置換変異を含む。F116A、L135V、S174A、S176F、及び/又はT178V。いくつかの態様において、CH1は以下の置換変異のうちの1つ以上を含む:A141I、F170S、S181M、S183A、及び/又はV185A。いくつかの態様において、CH1は以下の置換変異を含む:A141I、F170S、S181M、S183A、及び/又はV185A。いくつかの態様において、抗FcRH5抗体は、1つ以上の重鎖定常ドメインを含み、ここで、1つ以上の重鎖定常ドメインは、第1のCH2ドメイン(CH2)、第1のCH3ドメイン(CH3)、第2のCH2ドメイン(CH2)、及び第2のCH3ドメイン(CH3)を含む。いくつかの態様において、1つ以上の重鎖定常ドメインの少なくとも1つは、別の重鎖定常ドメインと対になっている。いくつかの態様において、いくつかの側面において、CH3及びCH3はそれぞれ、突起(P)又は空洞(C)を含み、ここで、CH3におけるP又はCは、CH3におけるC又はPにそれぞれ位置決め可能である。いくつかの態様において、CH3及びCH3は、PとCとの間の界面で会合する。いくつかの態様において、CH2及びCH2はそれぞれ、(P)又は空洞(C)を構成し、CH2におけるP又はCは、CH2におけるC又はPにそれぞれ位置決め可能である。いくつかの態様において、CH2及びCH2は、PとCとの間の界面で会合する。
B.組換え方法及び組成物
本発明の抗LY6G6D抗体(例えば、好ましくはLY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)、及び第二の生物学的分子、例えば、CD3)及び/又は本発明の抗CD3抗体(例えば、38E4v1 MD1(MD1)、38E4v1 MD4(MD4))は、例えば米国特許第4,816,567号に記載されているような組換え方法及び組成物を用いて製造することができる。一実施形態では、本明細書に記載の抗LY6G6D抗体をコードする単離核酸が提供される。このような核酸は、抗体のVLを含むアミノ酸配列及び/又は抗体のVHを構成するアミノ酸配列(例えば、抗体の軽鎖及び/又は重鎖)をコードしていてもよい。別の実施形態では、本明細書に記載の抗CD3抗体をコードする単離核酸が提供される。このような核酸は、抗体のVLを含むアミノ酸配列及び/又は抗体のVHを構成するアミノ酸配列(例えば、抗体の軽鎖及び/又は重鎖)をコードしていてもよい。さらなる実施形態では、そのような核酸を含む1つ以上のベクター(例えば、発現ベクター)が提供される。さらなる実施形態では、このような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような一実施形態では、宿主細胞は、(例えば、形質転換された)以下を含む:(1)抗体のVLを含むアミノ酸配列をコードする核酸と、抗体のVHを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は(2)抗体のVLを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第1のベクターと、抗体のVHを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第2のベクターとを含むベクター。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞又はリンパ球細胞(例えば、Y0、NS0、Sp20細胞)である。一実施形態では、抗LY6G6D抗体を作製する方法が提供され、ここで、方法は、前記のように、抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に適した条件下で培養すること、及び任意に宿主細胞(又は宿主細胞培養培地)から抗体を回収することを含む。
抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体の組換え生産のために、例えば、上述したように、抗体をコードする核酸を単離し、宿主細胞でのさらなるクローニング及び/又は発現のために、抗体をコードする核酸を1つ以上のベクターに挿入する。そのような核酸は、従来の手順(例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって)を使用して容易に単離され、配列決定され得る。
1.二重特異性抗体を製造するための2セル法
いくつかの態様において、本発明の抗体(例えば、LY6G6D TDB、例えば、抗CD3アーム及び抗LY6G6Dアームを有するLY6G6D TDB(例えば、20A12.QNTv12))は、2つの宿主細胞株を含む方法を用いて製造される。いくつかの態様において、抗体の第1のアーム(例えば、ホール領域を含む第1のアーム)が第1の宿主細胞株で産生され、抗体の第2のアーム(例えば、ノブ領域を構成する第2のアーム)が第2の宿主細胞株で産生される。抗体のアームは宿主細胞株から精製され、インビトロで組み立てられる。
2.二重特異性抗体を製造するための1セル法
いくつかの態様において、本発明の抗体(例えば、LY6G6D TDB、例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)は、単一の宿主細胞株を含む方法を用いて製造される。いくつかの態様において、抗体の第1のアーム(例えば、ホール領域を構成する第1のアーム)及び抗体の第2のアーム(例えば、ノブ領域を構成する第2のアーム)は、単一の宿主細胞株中で産生され、そして単一の宿主細胞株から精製される。好ましくは、第1のアーム及び第2のアームは、宿主細胞において同等のレベルで発現され、例えば、両方とも宿主細胞において高レベルで発現される。類似のレベルの発現は、効率的なTDB生産の可能性を高め、TDB成分の軽鎖(LC)ミスペアリングの可能性を低下させる。抗体の第1のアーム及び第2のアームは、それぞれ、本明細書のセクションIIB(8)に記載されているように、電荷対を導入するアミノ酸置換変異をさらに含んでいてもよい。電荷対は、二重特異性抗体の各アームの重鎖と軽鎖のコグナート対のペアリングを促進し、ミスペアリングを最小限に抑えることができる。
3.宿主細胞
抗体コード化ベクターのクローニング又は発現のための好適な宿主細胞には、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特に糖鎖修飾やFcエフェクター機能を必要としない場合には、細菌中で産生されてもよい。バクテリアにおける抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第5,648,237号、第5,789,199号、及び第5,840,523号を参照されたい。(Charlton,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,NJ,2003),pp.245−254,describing expression of antibody fragments in E.coli.も参照されたい)発現後、本発明の抗体は、細菌細胞ペーストから可溶性画分で単離されてもよく、さらに精製されてもよい。
原核生物に加えて、糸状菌や酵母などの真核生物は、抗体をコードするベクターのクローニング又は発現宿主として適しており、その中には、グリコシル化経路が「ヒト化」された菌株や酵母株が含まれ、その結果、部分的又は完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体が産生される。Gerngross,Nat.Biotech.22:1409−1414(2004),and Li et al.,Nat.Biotech.24:210−215(2006)を参照されたい。
また、グリコシル化抗体を発現させるのに適した宿主細胞は、多細胞生物(無脊椎動物及び脊椎動物)に由来する。無脊椎動物の細胞の例としては、植物細胞、昆虫細胞などが挙げられる。多数のバキュロウイルス株が同定されており、昆虫細胞と組み合わせて使用することができ、特にSpodoptera frugiperda細胞のトランスフェクションに使用することができる。
植物細胞培養物も宿主として利用することができる。例えば、米国特許第5,959,177号、第6,040,498号、第6,420,548号、第7,125,978号、及び第6,417,429号(トランスジェニック植物で抗体を産生するためのPLANTIBODIES(商標)技術を記載)を参照されたい。
また、脊椎動物の細胞を宿主として用いることもできる。例えば、懸濁液中での生育に適応した哺乳動物細胞株が有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、以下のものがある:SV40(COS−7)により形質転換されたサル腎臓CV1株;ヒト胚性腎臓株(例えば、Graham et al.,J.Gen Virol.36:59(1977)記載の293又は293細胞);ベビーハムスター腎細胞(BHK);マウスセルトリ細胞(例えば、Mather,Biol.Reprod.23:243−251(1980)記載のTM4細胞);サル腎臓細胞(CV1);アフリカ緑猿腎臓細胞(VERO−76);ヒト子宮頸癌細胞(HELA);イヌ腎臓細胞(MDCK);水牛ラット肝臓細胞(BRL3A);ヒト肺細胞(W138);ヒト肝細胞(Hep G2);マウス乳腺腫瘍(MMT 060562);例えば、Mather et al.,Annals N.Y.Acad.Sci.383:44−68(1982)記載のTRI細胞;MRC 5細胞;及びFS4細胞。他の有用な哺乳動物宿主細胞株としては、DHFR−CHO細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞(Urlaub et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216(1980));及びY0、NS0及びSp2/0などの骨髄腫細胞株が挙げられる。抗体産生に適した特定の哺乳類宿主細胞株のレビューについては、例えば、Yazaki and Wu,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,NJ),pp.255−268(2003)。
C.アッセイ
本明細書で提供される本発明の抗LY6G6D抗体(例えば、LY6G6Dに、好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)で結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、及び第二の生物学的分子、例えばCD3、本発明のTDB抗体又はその変種)は、当技術分野で知られている様々なアッセイによって、それらの物理的/化学的特性及び/又は生物学的活性を同定し、スクリーニングし、又は特徴付けることができる。
1.結合アッセイ及び他のアッセイ
一態様において、本発明の抗LY6G6D抗体又は抗CD3抗体は、その抗原結合活性について、例えばELISA、ウエスタンブロットなどの公知の方法によって試験される。
別の態様において、競合アッセイは、LY6G6Dに結合するために本発明の抗LY6G6D抗体と競合する抗体を同定するため、又はCD3に結合するために本発明の抗CD3抗体と競合する抗体を同定するために使用されてもよい。
例示的な競合アッセイにおいて、固定化されたLY6G6Dは、LY6G6Dに結合する第1の標識抗体と、LY6G6Dに結合するために第1の抗体と競合する能力について試験されている第2の非標識抗体とを含む溶液中でインキュベートされる。第2の抗体は、ハイブリドーマ上清中に存在していてもよい。コントロールとして、固定化されたLY6G6Dは、第1の標識抗体を含む溶液中でインキュベートされるが、第2の非標識抗体を含む溶液中ではインキュベートされない。第一抗体のLY6G6Dへの結合を許容する条件下でインキュベーションした後、過剰の未結合抗体を除去し、固定化されたLY6G6Dに関連するラベルの量を測定する。固定化されたLY6G6Dに関連するラベルの量が、対照試料と比較して試験試料中で実質的に減少している場合、それは、第2の抗体がLY6G6Dへの結合のために第1の抗体と競合していることを示している。例えば、Harlow and Lane(1988)Antibodies:A Laboratory Manual.Ch.14(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY)を参照されたい。別の例示的な競合アッセイは、固定化されたCD3と、CD3に結合する第1の標識抗体とを含み、ここで、アッセイは、上述のように実行される。
2.活性測定
一つの態様において、生物学的活性を有するその抗LY6G6D抗体を同定するためのアッセイが提供される。生物学的活性は、例えば、LY6G6D(例えば、腫瘍の表面上のLY6G6D)、又はそのペプチド断片に結合することを、インビボ、インビトロ、又はエクスビボのいずれかで含むことができる。本発明の多重特異性(例えば、二重特異性)抗LY6G6D抗体(例えば、1つの抗LY6G6Dアーム、例えば20A12.QNTv12、及び第2の生物学的分子、例えば細胞表面抗原、例えばCD3を認識する1つのアームを有するTDB抗体)の場合、生物学的活性はまた、例えば、エフェクター細胞の活性化(例えば、T細胞(例えば、CD8+及び/又はCD4+T細胞)活性化)、エフェクター細胞集団の拡大(すなわち、T細胞数の増加)、標的細胞集団の減少(すなわち、細胞表面でLY6G6Dを発現する細胞の集団の減少)、及び/又は標的細胞殺傷を含むことができる。インビボ及び/又はインビトロでそのような生物学的活性を有する抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書の実施例に詳細に記載されているように、本発明の抗体は、そのような生物学的活性について試験される。
さらに、細胞は、GlutaMax、ペニシリン、ストレプトマイシンを添加した10%FBSを含むRPMI培地で洗浄し、96ウェルU底プレートに約20万個の浮遊細胞を添加する。細胞は、10%FBSを添加したRPMI1640を37℃で加湿した標準細胞培養インキュベーター中で培養してもよい。BJAB細胞殺傷アッセイのために、20,000 BJAB細胞は、24時間のTDB抗体の様々な濃度の存在下で、アッセイあたりの比率を示すように、huPBMCs又は精製されたT細胞のいずれかとして、エフェクター細胞とインキュベートすることができる。
D.免疫接合体
本発明はまた、化学療法剤又は薬剤、成長阻害剤、毒素(例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素、又はその断片)、又は放射性同位体のような1つ又は複数の細胞傷害性薬剤にコンジュゲートした、本明細書では抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体を含む免疫複合体を提供する。
一実施形態では、免疫コンジュゲートは、抗体が1種以上の薬剤にコンジュゲートされた抗体−薬物コンジュゲート(ADC)であり、この中には、抗体が、以下を含むがこれらに限定されない:メイタンシノイド(米国特許第5,208,020号、第5,416,064号及び欧州特許EP 0 425 235 B1を参照されたい);モノメチルオーリスタチン薬物部位DE及びDF(MMAE及びMMAF)のようなオーリスタチン(米国特許第5,635,483号及び第5,780,588、ならびに第7,498,298号を参照されたい);ドラスタチン;カリケアマイシン又はその誘導体(米国特許第5,712,374号、第5,714,586号、第5,739,116号、第5,767,285号、第5,770,701号、第5,770,710号、第5,773,001号及び第5,877,296号;Hinman et al.,Cancer Res.53:3336−3342(1993);Lode et al.,Cancer Res.58:2925−2928(1998)を参照されたい);ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン(Kratz et al.,Current Med.Chem.13:477−523(2006);Jeffrey et al.,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358−362(2006);Torgov et al.,Bioconj.Chem.16:717−721(2005);Nagy et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829−834(2000);Dubowchik et al.,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529−1532(2002);King et al.,J.Med.Chem.45:4336−4343(2002);及び米国特許第6,630,579号);メトトレキサート;ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルのようなタキサン;トリコテセン;及びCC1065。
別の実施形態では、免疫複合体は、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素A鎖(Pseudomonas aeruginosaからの)、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデシンA鎖、アルファ−サルシン、Aleurites fordiiタンパク質、ジアンシンタンパク質、Phytolaca americanaタンパク質(PAPI、PAPII、及びPAP−S)、momordica charantia阻害剤、クルシン、クロチン、sapaonaria officinalis阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、及びトリコテセンを含むが、これらに限定されない、酵素的活性毒素又はその断片に複合体化される、本明細書に記載される抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体を含む。
別の実施形態では、免疫複合体は、放射性原子にコンジュゲートされた本明細書に記載されているような抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体を含み、放射性物質を形成する。放射性物質の製造には、様々な放射性同位体が利用可能である。例としてはAt211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、及びLuの放射性同位体が挙げられる。放射性物質が検出のために使用される場合、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えばtc99m又はI123、又は核磁気共鳴(NMR)イメージング(磁気共鳴イメージング、MRIとも呼ばれる)のためのスピンラベル、例えば再びヨウ素123、ヨウ素131、インジウム111、フッ素19、炭素13、窒素15、酸素17、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含んでいてもよい。
抗体と細胞疾患剤のコンジュゲートは、例えば、各種の二官能性タンパク質カップリング剤を用いて作製することができる:N−スクシンイミジル−3−(2−ピリジルジチオ)プロピオネート(SPDP)、スクシンイミジル−4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート(SMCC)、イミノチオラン(IT)、イミドエステルの二官能性誘導体(ジメチルアジピミデートHClなど)、活性エステル(スベリン酸ジスクシンイミジルなど)、アルデヒド(グルタルアルデヒドなど)、ビスアジド化合物(ビス(p−アジドベンゾイル)ヘキサンジアミンなど)、ビス−ジアゾニウム誘導体(ビス−(p−ジアゾニウムベンゾイル)−エチレンジアミンなど)、ジイソシアネート(トルエン2,6−ジイソシアネートなど)、及び二活性フッ素化合物(1,5−ジフルオロ−2,4−ジニトロベンゼンなど)例えば、Vitetta et al.,Science 238:1098(1987)に記載されているように、リシン免疫トキシンを調製することができる。炭素14標識1−イソチオシアナトベンジル−3−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸(MX−DTPA)は、抗体にラジヌクレオチドを共役させるための例示的なキレート剤である。WO94/11026を参照されたい。リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬物の放出を促進する「開裂性リンカー」であってもよい。例えば、酸−ラビリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、フォトラビリンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー(Chari et al.,Cancer Res.52:127−131(1992);米国特許第5,208,020号)を使用することができる。
本明細書に記載の免疫複合体又はADCは、市販されている(例えば、Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)以下のものを含むがこれらに限定されない架橋試薬を用いて調製されたそのような複合体を明示的に想起する:BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC−SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、スルホ−EMCS、スルホ−GMBS、スルホ−KMUS、スルホ−MBS、スルホ−SIAB、スルホ−SMCC、及びスルホ−SMPB、及びSVSB(スクシンイミジル−(4−ビニルスルホン)ベンゾエート)
E.診断及び検出のための方法及び組成物
特定の実施形態では、本発明の抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体のいずれか(例えば、LY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)であり、第二の生物学的分子、例えばCD3)は、生物学的試料中のLY6G6D及び/又はCD3の存在を検出するのに有用である。本明細書で使用される「検出」という用語は、定量的又は定性的な検出を包含する。特定の実施形態では、生物学的試料は細胞又は組織を含む。
一実施形態では、診断又は検出の方法で使用するための抗LY6G6D抗体が提供される。さらなる態様において、生物学的試料中のLY6G6Dの存在を検出する方法が提供される。特定の実施形態では、方法は、抗LY6G6D抗体とLY6G6Dとの結合を許容する条件下で、生物学的試料を本明細書に記載の抗LY6G6D抗体と接触させ、抗LY6G6D抗体とLY6G6Dとの間に複合体が形成されているかどうかを検出することを含む。このような方法は、インビトロ法又はインビボ法であってもよい。
別の実施形態では、診断又は検出の方法で使用するための抗CD3抗体が提供される。さらなる態様において、生物学的試料中のCD3の存在を検出する方法が提供される。特定の実施形態では、本方法は、抗CD3抗体とCD3との結合を許容する条件下で、生物学的試料を本明細書に記載の抗CD3抗体と接触させ、抗CD3抗体とCD3との間に複合体が形成されているかどうかを検出することを含む。このような方法は、インビトロ法又はインビボ法であってもよい。
特定の実施形態では、標識された抗LY6G6D及び/又は抗CD3抗体が提供される。ラベルには、直接検出されるラベル又は部位(例えば、蛍光ラベル、発色性ラベル、電子密度ラベル、化学発光ラベル、放射性ラベルなど)、及び酵素反応又は分子間相互作用を介して間接的に検出される部位(例えば、酵素又はリガンドなど)が含まれるが、これらに限定されるものではない。例示的なラベルには、以下のものが含まれる:放射性同位元素32P、14C、125I、H及び131I、希土類キレート又はフルオレセイン及びその誘導体のようなフルオロフォア、ローダミン及びその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼ、例えば ホタルルシフェラーゼ及び細菌性ルシフェラーゼ(米国特許第4,737,456号)、ルシフェリン、2,3−ジヒドロフタラジンジオン、ワサビペルオキシダーゼ(HRP)、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ、例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼのような複素環オキシダーゼ、HRP、ラクトペルオキシダーゼ、又はマイクロペルオキシダーゼのような色素前駆体を酸化するために過酸化水素を用いる酵素、ビオチン/アビジン、スピンラベル、バクテリオファージラベル、安定したフリーラジカル、及びそのようなものと結合したもの。
F.医薬品製剤
本発明の抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体(例えば、LY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、好ましくは高親和性(例えば。20A12.QNTv12)、及び第二の生物学的分子、例えばCD3)を、所望の程度の純度を有するそのような抗体を、1つ以上の任意の製薬学的に許容される担体と混合することによって調製する(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.1980))の形態で、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で調製される。製薬学的に許容される担体は、一般的に、採用される用量及び濃度において受領者に無毒であり、以下を含むが、これらに限定されるものではない:リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸のような緩衝剤;アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤;防腐剤(例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム;塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル又はベンジルアルコール;メチル又はプロピルパラベンなどのアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3−ペンタノール;及びm−クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド。血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジンなどのアミノ酸。単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、又はデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAのようなキレート剤;ショ糖、マンニトール、トレハロース又はソルビトールのような糖類;ナトリウムのような塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn−タンパク質錯体);及び/又はポリエチレングリコール(PEG)などの非イオン性界面活性剤。本明細書において例示的な製薬学的に許容される担体は、可溶性中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質(sHASEGP)、例えば、ヒト可溶性PH−20ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えば、rHuPH20(HYLENEX(登録商標)、Baxter International、Inc)のような初期薬物分散剤をさらに含む。rHuPH20を含む特定の例示的なsHASEGP及び使用方法は、米国特許公開第2005/0260186号及び2006/0104968号に記載されている。一態様において、sHASEGPは、コンドロイチナーゼのような1つ以上の付加的なグリコサミノグリカナーゼと組み合わせられる。
例示的な凍結乾燥抗体製剤は、米国特許第6,267,958号に記載されている。水性抗体製剤は、米国特許第6,171,586号及びWO2006/044908号に記載されているものを含み、後者の製剤は、ヒスチジン酢酸緩衝液を含む。
本明細書の製剤はまた、治療される特定の適応症に必要に応じて2以上の活性成分を含んでもよく、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有するものを含んでもよい。例えば、追加の治療剤(例えば、化学療法剤、細胞疾患剤、成長阻害剤、及び/又は抗ホルモン剤、例えば、上述の本明細書で言及されているようなもの)をさらに提供することが好ましい場合がある。このような有効成分は、意図された目的に有効な量で配合されているのが好適である。
活性成分は、コロイド薬物送達システム(例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフィア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル)中、又はマクロエマルジョン中にそれぞれ、例えば、共保存技術によって又は界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ(メチルメタシル酸塩)マイクロカプセル中に捕捉されていてもよい。そのような技術が、Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.(1980)に開示されている。
持続放出性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例としては、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透膜性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは、例えば、成形品、フィルム、又はマイクロカプセルの形態である。
インビボ投与に使用する製剤は、一般に無菌である。無菌化は、例えば、無菌濾過膜を通した濾過によって容易に達成され得る。
G.治療方法及び組成物
本発明の抗LY6G6D抗体及び/又は抗CD3抗体のいずれか(例えば、好ましくはLY6G6Dに結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体、好ましくは高親和性(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D抗体、及び第二の生物学的分子、例えばCD3、好ましくは高親和性、例えば20A12.QNTv12などの抗LY6G6Dアーム、及び38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4などの抗CD3アームを有するLY6G6D TDB)を治療方法に使用することができる。
一つの態様において、医薬として使用するための抗LY6G6D抗体が提供される。さらなる態様において、細胞増殖性疾患(例えば、癌、例えば、結腸直腸癌)の治療又は進行を遅らせるための使用のための抗LY6G6D抗体、例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB、が提供される。いくつかの実施形態では、癌はLY6G6D陽性癌(例えば、LY6G6D陽性結腸直腸癌)である。特定の実施形態では、治療方法で使用するための抗LY6G6D抗体が提供される。特定の実施形態において、本発明は、抗LY6G6D抗体(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)を提供し、抗LY6G6D抗体の有効量を個体に投与することを含む細胞増殖性疾患を有する個体を治療する方法において使用するための方法を提供する。そのような一実施形態では、方法はさらに、例えば以下に記載されるような、少なくとも1つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することを含む。さらなる実施形態では、本発明は、細胞増殖性疾患を有する個体における免疫機能を増強するための使用のための抗LY6G6D抗体(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)を提供する。特定の実施形態において、本発明は、抗LY6G6D抗体(例えば、第二の生物学的分子、例えばCD3に結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体)(例えば、エフェクター細胞(例えば、T細胞、例えば、CD8+及び/又はCD4+T細胞)を活性化させる)の有効量を個体に投与し、エフェクター細胞集団を拡大(増加)させ、標的細胞(例えば、本発明の抗LY6G6D抗体によって認識された第二の生体分子を発現する細胞、例えば、本発明の二重特異性TDB抗体)集団を減少させ、及び/又は標的細胞(例えば、標的腫瘍細胞)を殺すことを含む、細胞増殖性疾患を有する個体における免疫機能を増強する方法における使用のための抗LY6G6D抗体を提供する。前記の実施形態のいずれかに従った「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様において、本発明は、医薬品の製造又は調製における抗LY6G6D抗体の使用を提供する。一実施形態では、本発明の医薬は、細胞増殖性疾患(例えば、癌、例えば、結腸直腸癌)の治療のためのものである。いくつかの実施形態では、癌はLY6G6D陽性癌(例えば、LY6G6D陽性結腸直腸癌)である。さらなる実施形態では、本発明の薬剤は、細胞増殖性疾患を有する個体に薬剤の有効量を投与することを含む、細胞増殖性疾患を治療する方法における使用のためのものである。そのような一実施形態では、方法はさらに、例えば以下に記載されるような、少なくとも1つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することを含む。さらなる実施形態では、本発明の薬剤は、エフェクター細胞(例えば、T細胞、例えば、CD8+及び/又はCD4+T細胞)を活性化し、エフェクター細胞集団を拡大(増加)し、標的細胞集団(例えば、LY6G6Dを発現する細胞の集団)を減少させ、及び/又は個体内の標的細胞(例えば、標的腫瘍細胞)を殺すためのものである。さらなる実施形態において、本発明の薬剤は、エフェクター細胞(例えば、T細胞、例えば、CD8+及び/又はCD4+T細胞)を活性化し、エフェクター細胞集団を拡大(増加)し、標的細胞集団(例えば、LY6G6Dを発現する細胞集団)を減少させ、及び/又は標的細胞(例えば、標的腫瘍細胞)を死滅させるために、薬剤の有効量を個人に投与することを含む、細胞増殖性疾患を有する個人における免疫機能を増強する方法における使用のためのものである。前記の実施形態のいずれかに従った「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様において、本発明は、細胞増殖性疾患(例えば、癌、例えば、結腸直腸癌)を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、癌はLY6G6D陽性癌(例えば、LY6G6D陽性結腸直腸癌)である。一実施形態では、方法は、そのような細胞増殖性疾患を有する個体に、抗LY6G6D抗体、例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDBの有効量を投与することを含む。そのような一実施形態では、方法はさらに、例えば以下に記載されるような、少なくとも1つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することを含む。前記の実施形態のいずれかに従った「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様において、本発明は、細胞増殖性疾患を有する個体における免疫機能を増強する方法を提供する。一実施形態では、方法は、エフェクター細胞(例えば、T細胞、例えば、CD8+及び/又はCD4+T細胞)を活性化し、エフェクター細胞集団を拡大(増加)し、標的細胞集団を減少させ(例えば、LY6G6Dを発現する細胞の集団)、及び/又は標的細胞(例えば、標的腫瘍細胞)を殺すために、抗LY6G6D抗体(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)の有効量を個体に投与することを含む。一実施形態では、「個体」は、ヒトである。
さらなる態様において、本発明は、本発明の抗LY6G6D抗体の有効量を投与することにより、結腸直腸癌、食道癌、胃癌、小腸癌、大小腸癌、又は転移性腺癌(例えば、転移性結腸直腸腺癌、転移性胃腺癌、転移性膵臓腺癌)であってもよい腺癌(例えば、転移性結腸直腸腺癌、転移性胃腺癌、転移性膵臓腺癌)を治療する方法を提供する、例えば、本発明の二重特異性TDB抗体、例えば、抗LY6G6DターゲティングTDB、例えば、高親和性抗CD3アームを有するLY6G6D TDB、例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4のような抗Ly6G6Dアーム、及び20A12.QNTv12のような抗Ly6G6Dアームを有する抗Ly6G6D TDBが挙げられる。ある態様において、癌は、「マイクロサテライト安定型」(「MSS」)又は「低頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−L」)のマイクロサテライト不安定性ステータスを有する。他の態様において、この癌は「高頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−H」)というマイクロサテライト不安定性のステータスを有する。ある態様において、LY6G6D陽性の癌である。
いくつかの局面において、本発明は、本発明の抗LY6G6D抗体、例えば本発明のTDBを標的とした抗Ly6G6Dなど、高親和性抗CD3アームを有するLy6G6D TDBなど、38E4.v1 MD1や38E4.v1 MD4のようなものと抗Ly6G6Dアームなど、20A12.QNTv12などの二重特異性TDB抗体のような有効量を投与することにより、大腸癌、例えば、「マイクロサテライト安定」(「MSS」)又は「低頻度マイクロサテライト不安定性」(「MSI−L」)のマイクロサテライト不安定性ステータスを有する結腸直腸癌、を治療する方法を提供する。
さらなる態様において、本発明は、例えば、前記の治療方法のいずれかで使用するために、本明細書で提供される抗LY6G6D抗体のいずれか(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)を含む医薬製剤を提供する。一実施形態では、医薬製剤は、本明細書で提供される抗LY6G6D抗体のいずれかと、製薬学的に許容される担体を含む。別の実施形態では、医薬製剤は、本明細書に提供される抗LY6G6D抗体のいずれかと、例えば本明細書に記載されるような少なくとも1つの追加の治療剤を含む。
本発明の抗体(及び/又は任意の追加治療剤)は、非経口投与、肺内投与、鼻腔内投与、及び局所治療のために所望される場合には鼻腔内投与を含む任意の適切な手段によって投与することができる。非経口輸液には、筋肉内投与、静脈内投与、動脈内投与、腹腔内投与、皮下投与などがある。いくつかの実施形態では、抗体は静脈内投与によって投与される。他の実施形態では、抗体は皮下投与によって投与される。いくつかの実施形態では、皮下注射によって投与された抗LY6G6D抗体は、静脈注射によって投与された同じ抗LY6G6D抗体よりも患者において毒性の低い応答を示す。投与は、投与が短期間であるか慢性的であるかに部分的に依存して、例えば、静脈内注射又は皮下注射のような注射によって、任意の好適な経路によって行うことができる。本明細書では、様々な時点での単回又は複数回の投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むがこれらに限定されない様々な投与スケジュールが企図されている。
本発明の抗体は、良好な医療行為と一致した方法で製剤化され、投与され、投与されるであろう。この文脈で考慮すべき因子には、治療される特定の疾患、治療される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、疾患の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与のスケジュール、及び当業者に知られている他の因子が含まれる。抗体は、当該疾患を予防又は治療するために現在使用されている1種以上の薬剤と一緒に製剤化されている必要はないが、任意に製剤化される。このような他剤の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、疾患の種類や治療法など、上述した他の要因に依存する。これらは、一般に、本明細書に記載されている投与量と同じ投与量で、又は本明細書に記載されている投与量の約1〜約99%、又は経験的/臨床的に適切であると判断される任意の投与量で、及び任意の投与経路で使用される。
疾患の予防又は治療のために、本発明の抗体の適切な投与量(例えば、抗LY6G6D抗体、例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)(単独で又は1つ以上の他の追加の治療剤と組み合わせて使用される場合)は、治療すべき疾患の種類、抗体の種類、疾患の重症度及び経過、予防又は治療目的で抗体を投与するかどうか、以前の治療法、患者の臨床歴及び抗体に対する反応、及び主治医の裁量に依存する。本発明の抗体は、好適には、患者に一度に又は一連の治療にわたって投与される。
一般的な提案として、ヒトに投与される抗LY6G6D抗体(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)の治療的に有効な量は、1つ以上の投与であっても、患者体重の約0.01〜約100mg/kgの範囲内である。いくつかの実施形態では、使用される抗体は、約0.01〜約45mg/kg、約0.01〜約40mg/kg、約0.01〜約35mg/kg、約0.01〜約30mg/kg、約0.01〜約25mg/kg、約0.01〜約20mg/kg、約0.01〜約15mg/kg、約0.01〜約10mg/kg、約0.01〜約5mg/kg、又は約0.01〜約1mg/kgを、例えば1日に投与する。一実施形態では、本明細書に記載の抗LY6G6D抗体は、21日サイクルの1日目に、約100mg、約200mg、約300mg、約400mg、約500mg、約600mg、約700mg、約800mg、約900mg、約1000mg、約1100mg、約1200mg、約1300mg、又は約1400mgの用量でヒトに投与される。投与は、単回投与でもよいし、輸液等の複数回投与(例えば、2回又は3回)でもよい。数日以上の繰り返し投与の場合、状態にもよるが、一般的には疾患症状の所望の抑制が起こるまで治療を継続することになる。抗体の1つの例示的な投与量は、約0.05mg/kgから約10mg/kgの範囲であろう。従って、約0.5mg/kg、約2.0mg/kg、約4.0mg/kg、又は約10mg/kg(又はそれらの任意の組み合わせ)の1つ又は複数の用量を患者に投与することができる。そのような用量は、間欠的に、例えば、毎週又は3週間ごとに投与してもよい(例えば、患者が約2回から約20回、又は例えば約6回の抗LY6G6D抗体の用量を受けるように)。最初の高負荷用量を投与し、その後、1つ又は複数の低負荷用量を投与してもよい。この治療の進行状況は、従来の技術やアッセイで簡単にモニターすることができる。
H.その他の治療薬
本発明の抗体は、単独で、又は他の薬剤と組み合わせて治療に用いることができる。例えば、本発明の抗体は、少なくとも1つの追加の治療剤と共投与されてもよい。特定の実施形態では、追加の治療剤は、以下の通りである:化学療法剤、成長阻害剤、細胞毒性剤、放射線療法で使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、又は他の薬剤、例えば、上皮成長因子受容体(EGFR)拮抗剤(例えば、チロシンキナーゼ阻害剤)、HER1/EGFR阻害剤(例えば、エルロチニブ(TARCEVA(商標))、血小板由来成長因子阻害剤(例えば、GLEEVEC(商標)(イマチニブメシル酸塩))、COX−2阻害剤(例えば celecoxib)、インターフェロン、サイトカイン、本発明の抗CD3抗体以外の抗体、例えば、ErbB2、ErbB3、ErbB4、PDGFR−β、BlyS、APRIL、BCMA VEGF、又はVEGF受容体の1つ又は複数に結合する抗体、TRAIL/Apo2、PD−1、PD−L1、PD−L2、又は別の生理活性又は有機化学物質。
上述したそのような併用療法は、併用投与(ここでは、2つ以上の治療剤が同一又は別個の製剤中に含まれる)及び別個の投与を包含し、この場合、本発明の抗体の投与は、追加の治療剤又は薬剤の投与に先立って、同時に、及び/又はそれに続いて、行われ得る。一実施形態では、抗LY6G6D抗体の投与及び追加の治療剤の投与は、約1ヶ月以内、又は約1、2、3週間以内、又は約1、2、3、4、5、又は6日以内に、互いに発生する。本発明の抗LY6G6D抗体(例えば、第二の生体分子、例えばCD3に結合する本発明の二重特異性抗LY6G6D抗体)もまた、放射線治療と組み合わせて使用することができる。いくつかの実施形態では、追加の治療は、手術、遺伝子治療、DNA治療、ウイルス治療、RNA治療、免疫療法、骨髄移植、ナノ療法、モノクローナル抗体療法、又は前記の組み合わせであってもよい。さらなる療法は、アジュバント療法又はネオアジュバント療法の形態であり得る。いくつかの実施形態では、追加の治療は、低分子酵素阻害剤又は抗転移剤の投与である。いくつかの実施形態では、追加の治療は、副作用制限剤(例えば、抗吐き気剤などのような、治療の副作用の発生及び/又は重症度を軽減することを意図した剤)の投与である。いくつかの実施形態では、追加の治療は手術である。いくつかの実施形態では、追加の治療は、放射線治療及び手術の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、LY6G6D TDB(例えば、抗CD3アーム(例えば、38E4.v1 MD1又は38E4.v1 MD4)及び抗LY6G6Dアーム(例えば、20A12.QNTv12)を有するLY6G6D TDB)は、以下の任意の1つ又は複数の組成物(例えば。製剤))を、以下のいずれかの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、又はすべての11種のような1種又はそれ以上の追加の治療剤と一緒に投与される:FOLFOX(オキサリプラチン(ELOXATIN(商標))と5−フルオロウラシルとロイコボリンの併用)、カペシタビン(XELODA(登録商標))、5−フルオロウラシル(5−FU)、ケープオックス(XELOX.カペシタビンとオキサリプラチンの併用)、ロイコボリン(フォリン酸)、ベバシズマブ(AVASTIN(登録商標))、セツキシマブ(ERBITUX(登録商標))、パニツムマブ(VECTIBIX(登録商標))、レゴラフェニブ(STIVARGA(登録商標))、イリノテカン(CPT−11;CAMPTOSAR(登録商標))、及びFLOX(5−フルオロウラシルとオキサリプラチンの併用)。他の実施形態では、Ly6G6D TDBは、1つ以上の追加の治療剤、例えば、以下のいずれか1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10つ、又はすべての11つの追加の治療剤の前に投与される:FOLFOX(オキサリプラチン(ELOXATIN(商標))と5−フルオロウラシルとロイコボリンの併用)、カペシタビン(XELODA(登録商標))、5−フルオロウラシル(5−FU)、ケープオックス(XELOX.カペシタビンとオキサリプラチンの併用)、ロイコボリン(フォリン酸)、ベバシズマブ(AVASTIN(登録商標))、セツキシマブ(ERBITUX(登録商標))、パニツムマブ(VECTIBIX(登録商標))、レゴラフェニブ(STIVARGA(登録商標))、イリノテカン(CPT−11;CAMPTOSAR(登録商標))、及びFLOX(5−フルオロウラシルとオキサリプラチンの併用)。他の実施形態では、Ly6G6D TDBは、1つ以上の追加の治療剤、例えば、以下のいずれか1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10つ、又はすべての11つの追加の治療剤の後に投与される:FOLFOX(オキサリプラチン(ELOXATIN(商標))と5−フルオロウラシルとロイコボリンの併用)、カペシタビン(XELODA(登録商標))、5−フルオロウラシル(5−FU)、ケープオックス(XELOX.カペシタビンとオキサリプラチンの併用)、ロイコボリン(フォリン酸)、ベバシズマブ(AVASTIN(登録商標))、セツキシマブ(ERBITUX(登録商標))、パニツムマブ(VECTIBIX(登録商標))、レゴラフェニブ(STIVARGA(登録商標))、イリノテカン(CPT−11;CAMPTOSAR(登録商標))、及びFLOX(5−フルオロウラシルとオキサリプラチンの併用)。
i.成長阻害剤
いくつかの態様において、追加の治療剤は、成長阻害剤である。例示的な成長阻害剤には、S相以外の場所で細胞周期の進行を阻害する剤、例えば、G1停止を誘導する剤(例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、5−フルオロウラシル、又はアラCなどのDNAアルキル化剤)又はM相停止(例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、タキサン類(例えば、パクリタキセル及びドセタキセル)、ドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、又はブレオマイシン)を誘導する薬剤が挙げられる。
ii.放射線治療
いくつかの態様において、追加の治療剤は、放射線治療である。放射線療法には、細胞が正常に機能する能力を制限するか、又は細胞を完全に破壊するために、細胞に十分な損傷を誘発するために、指向性ガンマ線又はベータ線を使用することが含まれる。代表的な治療法は1回投与で、代表的な投与量は1日10〜200単位(グレイ(Gy))である。
iii.細胞疾患性薬剤
いくつかの態様において、追加の治療剤は、細胞毒性剤、例えば、細胞機能を阻害又は防止する物質、及び/又は細胞死又は細胞破壊を引き起こす物質である。細胞毒性剤には、以下のものが含まれるが、これらに限定されない:放射性同位体(例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、及びLuの放射性同位体);化学療法剤又は薬剤(例えば、以下のものが含まれる。メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド)、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の介在剤);成長阻害剤;核分解酵素などの酵素及びその断片。抗生物質;その断片及び/又は変種を含む、細菌、真菌、植物又は動物由来の低分子毒素又は酵素的に活性な毒素のような毒素;及び抗腫瘍剤又は抗癌剤。
iv.免疫調節剤
いくつかの局面において、追加の治療剤は、免疫調節剤、例えば、PD−L1軸結合拮抗剤であり、これは、PD−1結合拮抗剤、PD−L1結合拮抗剤、又はPD−L2結合拮抗剤であってもよい。PD−1(プログラム細胞死1)は、本技術において、「プログラム細胞死1」、「PDCD1」、「CD279」、及び 「SLEB2」とも呼ばれる。例示的なヒトPD−1は、UniProtKB/Swiss−Prot Accession No.Q15116に示されている。PD−L1(プログラム細胞死リガンド1)は、本技術において、「プログラム細胞死1リガンド1」、「PDCD1LG1」、「CD274」、「B7−H」、及び 「PDL1」とも呼ばれる。例示的なヒトPD−L1はUniProtKB/Swiss−Prot Accession No.Q9NZQ7.1に示されている。PD−L2(プログラム細胞死リガンド2)は、当技術分野では、「プログラム細胞死1リガンド2」、「PDCD1LG2」、「CD273」、「B7−DC」、「Btdc」、及び 「PDL2」とも呼ばれている。例示的なヒトPD−L2は、UniProtKB/Swiss−Prot Accession No.Q9BQ51に示されている。いくつかの実施形態では、PD−1、PD−L1、及びPD−L2は、ヒトPD−1、PD−L1、及びPD−L2である。
いくつかの態様において、PD−1結合拮抗剤は、PD−1のリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−1リガンド結合パートナーは、PD−L1及び/又はPD−L2である。別の例では、PD−L1結合拮抗剤は、PD−L1の結合リガンドへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−L1結合パートナーは、PD−1及び/又はB7−1である。別の例では、PD−L2結合拮抗剤は、そのリガンド結合パートナーへのPD−L2の結合を阻害する分子である。特定の態様において、PD−L2結合リガンドパートナーは、PD−1である。拮抗剤は、抗体、その抗原結合断片、免疫アデシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドであってもよい。
いくつかの態様において、PD−1結合拮抗剤は、抗PD−1抗体(例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体)である。
いくつかの態様において、PD−L1結合拮抗剤は、抗PD−L1抗体、例えば以下に記載されるような抗体である。いくつかの態様において、抗PD−L1抗体は、PD−L1とPD−1との間、及び/又はPD−L1とB7−1との間の結合を阻害することができる。いくつかの態様において、抗PD−L1抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの態様において、抗PD−L1抗体は、Fab、Fab’−SH、Fv、scFv、及び(Fab’)断片からなる群から選択される抗体断片である。いくつかの態様において、抗PD−L1抗体はヒト化抗体である。いくつかの態様において、抗PD−L1抗体はヒト抗体である。
いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、共抑制分子(例えば、CTLA−4拮抗剤(例えば、抗CTLA−4抗体)、TIM−3拮抗剤(例えば、抗TIM−3抗体)、又はLAG−3拮抗剤(例えば、抗LAG−3抗体))に対して指示された拮抗剤、又はそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、TIGITに対して向けられた拮抗剤(例えば、抗TIGIT抗体)である。
いくつかの態様において、いくつかの局面において、追加の治療剤は、以下の通りである:5−フルオロウラシル(5−FU);イリノテカン;カペシタビン;オキサリプラチン;セツキシマブ;ベバシズマブ;パニツムマブ;アフリベルセプト、レゴラフェニブ;ラムシルマブ、TAS−102(トリフルリジン及びチピラシル);ペムブロリズマブ;ニボルマブ;ニボルマブ及びイピリムマブ;ベムラフェニブ;FOLFOXIRI及びベバシズマブは、BRAF及び/又はMEK阻害剤と組み合わせた抗EGFR療法であり、必要に応じて細胞毒性薬を含む。FOLFOX / FOLFIRI及び抗EGFR療法;又はFOLFOX/FOLFIRI/FOLFOXIRI及びベバシズマブ。
I.製造品目
本発明の別の態様において、上述の疾患の治療、予防及び/又は診断に有用な材料を含む製造物品が提供される。製造品は、容器と、容器上の又は容器に関連付けられたラベル又はパッケージインサートを含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、IV溶液バッグなどが挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチックなどの様々な材料から形成されてもよい。容器は、状態を治療、予防、及び/又は診断するのに有効な別の組成物と単独で又は組み合わせて使用される組成物を保持し、無菌アクセスポートを有していてもよい(例えば、容器は、静脈内溶液バッグ又は皮下注射針によって穿孔可能なストッパーを有するバイアルであってもよい)。組成物中の少なくとも1つの活性剤は、本発明の抗体である。ラベル又はパッケージの挿入物は、組成物が選択された状態を治療するために使用されることを示す。さらに、製造品は、(a)組成物を含む第1の容器を含み、この組成物は本発明の抗体を含み、(b)組成物を含む第2の容器を含み、この組成物は細胞疾患性又は他の治療剤をさらに含む。本発明の本実施形態における製造物品は、組成物が特定の状態を治療するために使用され得ることを示すパッケージインサートをさらに含んでいてもよい。代替的に又は追加的に、製造物品は、注射用静菌水(BWFI)、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液などの薬剤学的に許容される緩衝剤を含む第2の(又は第3の)容器をさらに含んでもよい。他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、注射器など、商業的及び使用者の観点から望ましい他の材料をさらに含んでいてもよい。
III.実施例
以下に、本発明の方法及び組成物の例を示す。前記で提供された一般的な説明から、他の様々な側面が実施され得ることが理解され、実施例は、特許請求の範囲を限定することを意図していない。
実施例1.LY6G6Dは結腸直腸癌細胞の表面マーカーであり、正常組織での発現は限られている。
ヒト正常組織及び腫瘍組織におけるリンパ球抗原6ファミリーメンバーG6D(LY6G6D)(配列番号75)の発現を、The Cancer Genome Atlas(TCGA)(Grossman et al.,New England Journal of Medicine,375(12):1109−1112)及びGenotype−Tissue Expression Project(GTEx)data(Pierson et al.,PLoS Comput Biol,11,e1004220,2015)及び免疫組織化学(IHC)を用いて評価した。
A.LY6G6Dの発現
図1Aは、TCGAデータにおけるヒト組織の正常組織及び腫瘍組織におけるLY6G6D及びリンパ球抗原6ファミリーメンバーG6F(LY6G6F)の発現を示す図である。腫瘍組織では、LY6G6Dの発現が最も高い適応症は大腸であり、LY6G6Dは大腸腫瘍組織でのみ有意に過剰発現している。正常な大腸組織は、はるかに低いレベルではあるが、LY6G6Dの発現を示す。LY6G6Fの注目すべき発現(>1 nRPKM)は、ほとんどの場合、大腸腫瘍組織に見られる。図1Bは、GTExプロジェクトの公開データにおける正常組織におけるLY6G6D及びLY6G6Fの発現を示す。LY6G6Dは、前立腺、精巣、子宮頸部、膣組織で最も高発現しており、正常な大腸組織や皮膚サンプルのサブセットでもかなりの発現が認められる。LY6G6Fは血液中に最も多く発現し、次いで精巣、脾臓、甲状腺、肺組織と続く。
B.MSS及びMSI−L CRCにおけるLY6G6Dの発現
LY6G6D は、マイクロサテライト不安定性(MSI)の状態がマイクロサテライト安定(MSS)、低頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−L)、高頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−H)の結腸直腸癌(CRC)で最も高発現しており、MSS の CRC は予後が悪い(図 1C)。
C.LY6G6DのIHC染色
ヒトCRC腫瘍をLY6G6Dで染色した。原発性CRCの約20%がIHCによりLY6G6D陽性と同定された。141の組織マイクロアレイ(TMA)原発性大腸腫瘍を評価した。21個の腫瘍が弱(1+)IHC染色(14%)を示し、5個が中(2+)染色を示し、4個が強(3+)染色を示した(合計6−7%)(図2A)。図。2B−2Dは、原発性大腸腫瘍組織におけるLY6G6Dの弱い(1+)、中程度(2+)、及び強い(3+)IHC染色を示している。
実施例2.抗LY6G6D 1G4アーム、抗LY6G6Dクローン生成、エピトープマッピング、ヒト化における製造ライアビリティー
A.抗LY6G6D 1G4アームの製造ライアビリティー
キメラ抗LY6G6D 1G4アームと抗CD3 38E4.v1アームを含む抗LY6G6D TDBは、HT55細胞(ヒト大腸癌細胞株)をインビトロで殺傷し(図3A)、NSG(商標)マウスの異種移植LS1034及びHT55腫瘍に対するin vivo活性を示した(図3B)。1G4はマウスハイブリドーマ抗体であり、キメラ1G4(ch1G4)は、1G4のマウス可変ドメイン(VH、VL)を、CH2にN297Gのアミノ酸置換変異を持ち「ホール」領域を構成するヒト重鎖定常ドメイン(CH1、CH2、CH3)とヒト軽鎖定常ドメイン(CL)にそれぞれ遺伝的に融合させたマウス/ヒトキメラ抗体である。1G4アームのヒト化バージョンを生成し、インビトロ及びインビボでの有効性を示した(図3C及び3D)。
ヒト化1G4軽鎖(LC)CDR2(WASTRIS;配列番号110)のアミノ酸残基W50について、分子評価(MA)ライアビリティーが確認された。簡潔に言えば、ヒト化IG4を、フリーラジカルを発生させることが知られている低分子であるAAPH(2,2−アゾビス(2−アミジノプロパン)ジヒドロクロライド)を用いた化学的条件下でのストレス試験(例えば、Ji et al.,J.Pharm.Sci.98(12):4485−4500,2009を参照されたい)、及び変化するpHでの熱的条件下でのストレス試験(40℃、pH5.5での2週間の熱的ストレス試験)を実施した。軽鎖残基W50は、AAPHストレス後に酸化が増加した(72.0%酸化)ことが確認された。
熱応力測定は、製品の保存期間にわたる安定性を模倣している。サンプルを20mM酢酸His、240mMスクロース、pH5.5に緩衝交換し、1mg/mLの濃度に希釈した。各サンプルの1 mLを40℃で2週間ストレスをかけ、2番目のサンプルを対照として−70℃で保存した。その後、両方のサンプルをトリプシンで消化し、液体クロマトグラフィー(LC)−質量分析(MS)分析を使用して分析可能なペプチドを作成した。試料中の各ペプチドについて、保持時間(液体クロマトグラフィーを用いて測定したもの)、高分解能の正確な質量及びペプチドイオン断片化情報(アミノ酸配列情報)を取得した。抽出イオンクロマトグラム(XIC)は、データセットからの関心のあるペプチド(例えば、ネイティブ及び修飾ペプチドイオン)について、+/−10 ppmのウィンドウで生成され、ピークは面積を決定するために統合された。各サンプルの相対的な修飾割合は、修飾ペプチドの面積を修飾ペプチドの面積とネイティブペプチドの面積で割ったから100を掛け、その値を取ることによって計算された。
さらに、1G4アームは、生産のための一過性のトランスフェクションアッセイに失敗した(図30)。W50は18個の代替アミノ酸(Cysを除く)すべてで置換されたが、結合親和性は置換によって影響を受けるようであった。最後に、図3Aに示すように、1G4アームは、高親和性38E4.v1アームとペアリングした場合にのみ有効であるが、低親和性40G5cとペアリングした場合には有効ではない。このようにして、抗LY6G6D抗体の新たな発見キャンペーンが行われた。
B.ウサギ抗huLY6G6D mAbsの生成
抗ヒトLY6G6D(huLY6G6D)モノクローナル抗体(mAbs)をウサギで作製した。ニュージーランド白ウサギをヒトLy6G6Dで免疫し、Offner et al.PLoS ONE,9(2),2014の改変プロトコールを用いて、免疫したウサギから単一B細胞を単離した。この修飾されたワークフローは、IgG+huLy6G6D+B細胞の単一ウェルへの直接FACSソーティングを含んだ。B細胞培養上清を、ヒトLy6G6D及び無関係な対照タンパク質との結合についてELISAでアッセイを行った。Ly6G6D特異的B細胞を溶解し、直ちに−80℃で凍結保存し、分子クローニングまで保存した。各ウサギB細胞モノクローナル抗体の可変領域(VH及びVL)を、前記のように抽出したmRNAから発現ベクターにクローニングした(Offner et al.PloS ONE,9(2),2014)。個々の組換えウサギ抗体をExpi293細胞で発現させた後、プロテインAで精製した。精製した抗Ly6G6D抗体を、機能活性アッセイと速度論的スクリーニングに供した。約280の抗Ly6G6D ELISA+クローンが生成された。96個のクローンは、その後、以下に記載されるように、4つの異なるエピトープビニンググループにビンニングされた。
C.糖鎖設計されたLY6G6Dを用いた速度論的解析と抗LY6G6Dエピトープビニング
アレイベースのSPRイメージングシステム(Carterra(登録商標)、米国)は、1G4を含む96のウサギ抗huLY6G6Dモノクローナル抗体のパネルのキネティクステストとエピトープのビニングのために使用された。エピトープビニングのために、LY6G6Dポリペプチドは、分子の表面全体にグリコシル化部位を導入するように設計された(図4A及び4B)。サイトは、ネイティブ配列からの破壊を最小限に抑えてグリコシル化サイトを追加しやすいように選択した。候補の抗LY6G6D抗体を、グリコエンジニアリングされたLY6G6Dポリペプチドとの相互作用について試験した(図4B)。精製した抗体を10mM酢酸ナトリウム緩衝液(pH4.5)で10μg/mlに希釈した。アミンカップリングを用いて、SPRセンサープリズムCMD 200Mチップ(XanTec Bioanalytics、ドイツ)にSPRi−Continuous Flow Microspotter(商標)(Carterra(登録商標)、米国)を用いて抗体を直接固定化し、96個の抗体のアレイを作成した。分析には、IBIS MX96 SPRi(Carterra(登録商標),USA)を使用し、固定化リガンドとの結合を評価した。キネティック解析のために、ヒトLy6G6Dを0〜300nMの3倍希釈で3分間注入し、その後、10分間の解離期間を経た。エピトープビニングのために、ヒトLy6G6Dの各グリコシル化変異体を最初に50nMで4分間注入し、次いで、10μg/mlでの個々のモノクローナル抗体の第2の4分間注入を行った。サイクル間のpH1.5で10mMグリシンで表面を再生した。実験は、HBS−T緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、0.05%界面活性剤P20)のランニングバッファー中で25℃で行った。キネティックデータはScrubber 2.0(BioLogic Software)を用いて処理し、エピトープビニングデータはWasatchビニングソフトウェアツール(Carterra(登録商標),USA)を用いて処理した。
G99N.L101Sアミノ酸置換変異を有する糖質改変LY6G6Dポリペプチドにおいて、1G4及びウサギ抗LY6G6D抗体20A12のLY6G6Dポリペプチドへの結合が阻害された(図4B)。他のウサギ抗LY6G6D抗体の結合は、P60A.P61S、A73N.H75S、V80S、V80N、T82N、又はD87Nのアミノ酸置換変異によって様々に阻害された(図4B)。ウサギ抗体クローン及び1G4を、グリコエンジニアリングアッセイの結果に基づいて、4つの異なるエピトープビンに配置した(図4E)。ビン1は3群の配列を含み、1G4、20A12、6E10、及び4H7を含み、ビン4は6群の配列を含み、f.16D7を含み、ビン3及び4はそれぞれ3群の配列を含む。グリコシル化変異によって影響を受けるアミノ酸残基は色分けされ、ビン1、2、3、及び4は図4D(配列番号88)において下線で示されている。図4Cに示すように、抗LY6G6D抗体1G4及び16D7は、抗原の反対側にあるエピトープを結合する。
D.細胞ベースの細胞毒性アッセイ
Ly6G6D陽性腫瘍細胞株を標的とするウサギ抗体の新しいパネルの能力を評価するために、抗CD3 40G5cアームと異なるウサギ抗LY6G6Dアームとのペアを含む二重特異性T細胞依存性抗体(TDB)を作製した。各エピトープビン(ビン1、ビン2、ビン3及びビン4)からの代表的なウサギ抗体を、「ノブ」領域を含むFc領域、キメラウサギ可変ドメイン、及びN297G及びT366Wの変異を有するヒト定常ドメインを有するハーフ抗体に再フォーマットした。精製後、「ノブ 」抗LY6G6Dアームを、「ホール 」領域を構成するFc領域を有する抗CD3 40G5cアームでアニーリングし、HT55細胞への結合及びインビトロでの殺傷についてアッセイを行った(図4F、4G、及び13A〜13E)。1G4を含むビン1(例えば、20A12及び6E10)からのウサギ抗体は、HT55細胞の結合及び殺傷の両方において最も効果的であることがわかった。
E.キネティック解析
抗LY6G6Dウサギ抗体のLY6G6Dに対する結合親和性は、BIAcore(商標)T200マシン(GEヘルスケアライフサイエンス社)を用いて決定した。簡単に言えば、BIAcore(商標)リサーチグレードCM5チップは、サプライヤーの指示に従って、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド(EDC)及びN−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)試薬で活性化された。キネティクス測定のために、Ly6G6Dタンパク質をチップに結合して、各フローセル内で約100の応答単位(RU)を達成した。未反応のカップリング基は1Mエタノールアミンでブロックした。ウサギ抗体は、ウサギ可変ドメインとヒト定常ドメインを有するキメラ抗原結合断片(Fabs)として発現させた。Fabsの10倍連続希釈液を37℃のHBS−P緩衝液中に30μL/minの流量で注入した。結合率(ka)及び解離率(kd)は、1:1 Langmuir結合モデル(BIAcore(商標)T200評価ソフトウェアバージョン2.0)を用いて計算した。平衡解離定数(K)は、比kd/kaとして算出した(図4H)。
F.ウサギ抗体のヒト化
Bin 1ウサギモノクローナル抗体20A12及び6E10は、後述するようにヒト化した。残留数はKabat et al.,Sequences of proteins of immunological interest,5th Ed.,Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991)による。
20A12のヒト化
ウサギ抗体のヒト化における一つの課題は、ウサギの配列とヒトの配列の違いが、げっ歯類の配列とヒトの配列の違いよりも大きいことである。このようにして、20A12のヒト化には複数のフレームワークが適用された。
ウサギ抗体の超可変領域、すなわちVLドメインの24−34位(L1)、50−56位(L2)、89−97位(L3)、及びVHドメインの26−35位(H1)、50−65位(H2)、及び95−102位(H3)を、それぞれ2つのヒトアクセプターフレームワークにグラフトした。ヒト軽鎖生殖細胞配列hIGHV.1−5、hIGKV.1−39、及びhIGKV.4−1に基づいてrb.20A12軽鎖の変異体を生成し、ヒト重鎖生殖細胞配列hIGHV.3−23及びhIGHV.3−30に基づいてrb.20A12重鎖の変異体を生成した(図31B、31C、及び40A)。これらの生殖細胞配列は、それらの高い血清有病率及びrb.20A12との高い配列同一性に基づいて選択された(図31C及び31D)。VL CDR KV1−5*01とVH CDR HV3−23*01を選択して解析を行った。完全ヒトフレームワーク領域を構成する配列20A12は、図32DのL2H10として示されている。
ヒト化20A12変異体をFabsとして評価した。ヒト生殖細胞フレームワーク(VL及びVH)は、各Vernier位置がウサギ抗体配列(すなわち、rb20A12)に存在するアミノ酸を構成するように、すべての推定ウサギVernier位置で改変された。ウサギのVernier位置は、既知の齧歯類のVernier位置に基づいて特定された。すべての重鎖及び軽鎖のVernier位置がウサギのアミノ酸に戻された変異体は、図32DにおいてL1H1(hu20A12.L1H1)と呼ばれる。重鎖及び軽鎖ウサギのVernier位置がすべてヒトアミノ酸を構成する変異体をL2H10という。各ウサギのVernier位置が抗体又はhuLY6G6Dの結合親和性に影響を与えるかどうかを評価するために、ウサギのVernier位置を、対応するヒト配列のアミノ酸、すなわちKV1−5*01又はHV3−23*01に個別に戻した。軽鎖変種L2が1つ、重鎖変種H2−H9が8つ追加で作られた。L2は、KV1−5*01配列に対するP43Aアミノ酸置換変異を含む。H2〜H9は、それぞれ、HV3−23*01配列に対するQ2V、I48V、A49S、K71R、S73N、V78L、F91Y、P105Rのアミノ酸置換変異を含む。変異体抗体の結合親和性を、BIAcoreアッセイを用いて、完全ヒトフレームワーク配列を含む親クローン(L2H10)の結合親和性と比較した(図32D)。ウサギ重鎖残基S73、T76、V78、P105は、上述した変異体抗体の結合親和性評価に基づいて、キーとなるウサギのVernier残基と決定した。
図32Cは、ウサギ重鎖残基S73、T76、V78、及びP105と、他のすべてのウサギのVernier位置におけるヒト残基とを含むヒト化20A12の洗練バージョンを示す。磨かれたヒト化20A12はまた、後述するように、C35S又はC35IとC50Aのアミノ酸置換を含むように改変された。また、S73、V78、P105ウサギのVernier残基、追加のウサギのVernier残基T76、及びC35SとC50Aのアミノ酸置換をヒト生殖細胞HV3−30*1にグラフトし、さらにヒト化された洗練版rb.20A12を生成した。
ウサギ抗体の約20〜40%は余分なシステイン残基を含んでいる。例えば、ウサギ20A12クローンは、CDR−H1及びCDR−H2にシステイン対を含む(CDR−H1におけるC35及びCDR−H2におけるC50)(図31A;図40B)。この2つの位置のシステインは共通して存在し、ジスルフィド結合を形成していると考えられる。このシステイン対を除去するために、rb.20A12のC35とC50を同時にC35S−C50A、C35S−C50S、C35I−C50A、C35I−C50S、C35I−C50I、及びC35G−C50Tに変異させ、変異体をLY6G6Dに結合するかどうかを評価した。それぞれの変異体は、ウサギの可変ドメイン及びヒトの定常領域を有するキメラFabsの形で評価された。変異体rb20A12.IA(C35I−C50A)は、親和性のほとんどを保持していることがわかった(KD 0.86 nM)(図34A及び34C)。このようにして、C35I−C50Aの変異は、上述した研磨されたヒト化20A12重鎖配列に含まれていた。
さらに、ウサギ20A12軽鎖配列には、CDR3にグリコシル化モチーフ(NNT)が含まれており(図32A及び図40B)、この部位がグリコシル化されていることが確認された。このグリコシル化部位を除去するために、ウサギ/ヒトキメラのバックボーンに一連の変異体が作られた。NNTは、QNT、QNV、SNA、SNV、ANT、GNT、NNV、又はNNAに置き換えられた(図34B)。QNT、QNV、SNV、GNT、及びSNAの置換を、前記で説明した研磨ヒト化20A12軽鎖配列に組み込み、LY6G6Dへの結合についてアッセイを行った(図34B〜34D)。
20A12.QNTv12
ヒト化されたrb.20A12抗体として20A12.QNTv12変異体を選択した。20A12.QNTv12
20A12.QNTv12は、KV1−5*01のVLフレームワーク領域、アミノ酸置換S73、T76、V78、P105で修飾されたCDR HV3−23*01のVHフレームワーク領域(ウサギのVernier位置に由来)、及びrb.20A12のCDR(CDR−H1及びCDR−H2のシステイン残基をそれぞれI及びAで置換し、CDR−L3のグリコシル化部位におけるNNTからQNTへの変異を有する)(図32A、40B、及び40C)を含む。Kはrb.20A12では0.23nM、20A12.QNTv12では0.14nMである。
LY6G6Dへの結合
ヒト化されたrb.20A12変異体20A12.QNTv12、ヒト化されたrb.6E10変異体6E10.v114、及び抗LY6G6D 1G4アームをTDBとして抗CD3 38E4v1又は40G5cアームとペアにし、BIAcore(登録商標)アッセイでヒト及びサイノモルグスLY6G6Dに対する親和性を試験した。ウサギ20A12、ウサギ6E10、及びヒト化20A12.QNTv12及び20A12.SNVv12を、抗原結合断片(Fabs)として結合するために追加的にアッセイを行った。rb6E10 Fabを除き、LY6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、25℃でアッセイを行いTDBを37℃で流した。結果を以下の表2に示す。
Figure 2021094022
2つのヒト化rb.20A12変異体、20A12.QNTv1及び20A12.QNTv12を、一過性トランスフェクション産生アッセイで評価した。チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞へのトランスフェクションの1日後に、増殖培地を独自の生産培地に交換した。生産培地を添加した1日後に上清を採取し、Fc結合ELISAを用いて抗体価を評価した。生産量は38E4v1に対して正規化された。コントロールとして、aFGFR1.ノブが設けられている。20A12.QNTv.1及び20A12.QNTv12はいずれも許容可能な収率を有していた(図37)。
20A12.v1、20A12.v1.polished(20A12.QNTv12)、及び1G4はすべて、38E4v1又は40G5c抗CD3アームのいずれかと対になった場合に、BV ELISAアッセイ(非定型クリアランスのリスクに関するインビトロテスト;Hotzel et al.,MAbs,4:753−760,2012)において良好な結果を示した(図38)。結果は BV ELISA 法における高結合シグナルのコントロールとして使用された抗体である抗 Lye6E で正規化したものである。
抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12と抗CD3アーム38E4v1又は40G5cを含むLY6G6D TDBについて、熱応力試験及びAAPH酸化応力試験を用いて分子評価ライアビリティーを評価した。ライアビリティーは特定なかった(図39)。
ヒト化されたrb.20A12変異体20A12.QNTv12、ヒト化されたrb.6E10変異体6E10.v114、及び抗LY6G6D 1G4アームをTDBとして抗CD3 38E4v1アームとペアにし、BIAcore(登録商標)アッセイでヒト及びサイノモルグスLY6G6Dに対する親和性を試験した。LY6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。1G4アームを構成するTDBのKDは、ヒト及びcyno LY6G6Dの両方において、20A12.QNTv12アーム又は6E10.v114アームのKDよりも実質的に高かった(図36)。
rb.6E10のヒト化
6E10のヒト化には複数のフレームワークを適用した。rb6E10 VL CDRをヒト生殖細胞配列KV1−5*01及びKV3−20*01にグラフトし、VH CDRをヒト生殖細胞配列HV3−53*01及びHV3−48*01にグラフトした(図43A)。これらの生殖細胞配列は、それらの高い血清有病率及びrb.6E10との高い配列同一性に基づいて選択された(図33A及び33B)。20A12について上述したように、ウサギ抗体からのすべてのVL及びVHVernier位置を、それぞれのヒト生殖細胞フレームワークにグラフトした。全てのウサギのアミノ酸がVernier位置にあるグラフトをバージョン1(KV1−5/HV3−53のためのhu.6E10.v1a;KV1−5/HV3−48のためのhu.6E10.v1b;及びK3−20/HV3−53のためのhu.6E10.v1c)と称する。各生殖細胞に対して軽鎖変異体を5種類追加し(KV1−5:L2−L6、KV3−20:L2−L6)、HV3−53に対して重鎖変異体(H2−H11)を10種類追加した。KV1−5軽鎖については、前記の変異体抗体の結合親和性評価に基づいて、Ala2、Phe36及びArg43(L3)をウサギVernier残基のキー残基と決定した(データは示さない)。同様に、KV3−20軽鎖についても、Ala2、Phe36及びVal58(L4)が、ウサギのVernier残基の鍵となることが決定された。重鎖については、HV3−53*01(H11)へのCDRグラフトは、huLy6G6Dへの親和性を維持するのに十分であることが確認された。ウサギのVernier位置は含まれない。生殖細胞HV3−48*01(3−48H2)に追加のCDRグラフトを作製した。重鎖H11は6E10v114としてKV3−20.L4と対になった。重鎖HV3−48.H2を6E10v23としてKV1−5.L3と対にした(図43A−43D)。
6E10v1変異体の分子評価(MA)アッセイの結果を図41に示す。CDR−H2中のD(54)G及びD(58)Yは、2週間で30.2%の異性化の増加を有する不安定なものであることが判明した。
実施例3.抗LY6G6D抗体hu.20A12.QNTv12の配列と結晶構造
実施例2に記載したように、1G4(実施例2)と重複するエピトープを有するヒト化ウサギ抗体20A12.QNTv12は、強力な抗LY6G6D抗体として同定された。20A12.QNTv12は、37℃でTDBとしてヒトLy6G6Dに対して高い結合親和性を示し(KDは約2nM、1G4では約16nM)、ヒト及びカニクイザルLY6G6Dと同等の結合親和性を示し、BV ELISA法、発現試験、分子評価(MA)熱酸化試験において良好な結果を示した。1セル製造のための電荷対を構成するように修飾された変異体を含む20A12.QNTv12のアミノ酸配列、及びLY6G6Dに結合した20A12.QNTv12の結晶構造を以下に記載する。
A.20A12.QNTv12のアミノ酸配列
20A12.QNTv12の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を図5A及び図5Bに示す(配列番号22及び23)。1セル製造のための電荷対を構成するように改変された20A12.QNTv12の亜種の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を図5C及び5Dに示す(配列番号10及び11)。
B.LY6G6Dに結合した20A12.QNTv12抗体の結晶構造解析
LY6G6Dに結合した20A12.QNTv12の結晶構造を決定するために、LY6G6Dのアミノ酸93〜104を含むポリペプチド(配列番号 78)を、20A12.QNTv12抗体の断片抗原結合領域(Fab)と共結晶化した(図6A〜6F)。20A12.QNTv12−LY6G6D複合体の結晶構造を2.2Å,R/Rfree 19.9/24.3%に分解した(P1スペースグループ:82,138,139,68,75,90.)。10個の20A12.QNTv12 Fabをテストした。LY6G6D残基94〜103は、全10コピーに結合して分解された。このLy6G6D 94−103ポリペプチドは、抗Ly6G6D 1G4の結晶構造において二量体を形成し、20A12.QNTv12とモノマーとして結合していた。
C.20A12.QNTv12対1G4の結晶構造
また、LY6G6Dのアミノ酸93〜104を含むポリペプチド(配列番号87)を、20A12.QNTv12抗体(配列番号96〜97)の断片抗原結合領域(Fab)又は1G4のFab(配列番号94、95)と共結晶化した。ペプチドバックボーンのコンフォメーションは、ジスルフィドステープルによる1G4構造と20A12.QNTv12構造の間で類似していたが、側鎖は有意なコンフォメーション移動度を示した(図7A及び7B)。20A12.QNTv12及び1G4は、図7C〜7F及び表3及び4に示すように、LY6G6Dペプチドの異なる残基に結合していることがわかった。
図7C及び7Dは、20A12.QNTv12とLY6G6Dとの相互作用を示す。LY6G6Dと相互作用する20A12.QNTv12の残基は、図7Dで標識されている。表3は、20A12.QNTv12 Fab:LY6G6D複合体の界面残基をまとめたものである。ヒトLY6G6D上の20A12.QNTv12 Fabのエピトープは、残基Arg94、Asp95、Cys96、Tyr97、Leu98、Gly99、Asp100、Leu101、Cys102及びAsn103からなる(RDCYLGDLCN)。これらの各残基は、Fabから5Å以内に配置されている。20A12.QNTv12 Fabは、CDRH1からの重鎖残基Asn31、Asn32、Ala33、Met34、CDRH2からのSer52、及びCDRH3からのArg98、Gly99、及びAsp100を利用し、CDRL3からの軽鎖残基Thr91、Ser92、Phe93、及びArg94を利用してLY6G6Dと相互作用する。
Figure 2021094022
図7E及び7Fは、1G4とLY6G6Dとの相互作用を示す。LY6G6Dと相互作用する1G4の残基は、図7Fで標識されている。表4は、1G4 Fab:LY6G6D複合体の界面残基をまとめたものである。ヒトLY6G6D上の1G4 Fabのエピトープは、残基His93、Asp95、Cys96、Tyr97、Leu98、Gly99及びAsp100で構成されており、これらの残基はそれぞれFabの5Å以内に位置している。20A12.QNTv12とは異なり、1G4はLY6G6D残基Arg94、Leu101、Cys102、又はAsn103と相互作用することが見出されなかった。従って、LY6G6D残基Arg94、Leu101、Cys102、及びAsn103は、20A12.QNTv12によって一意に結合されるエピトープ残基である。
1G4 Fabは、CDRH1からの重鎖残基Thr31、Tyr3、Val33、CDRH3からのArg99、Asn100、CDRL3からの軽鎖残基Ser97、Tyr98、Ser99、Ala100を利用してLY6G6Dと相互作用する。
Figure 2021094022
実施例4.インビトロTDB活性アッセイ
細胞毒性、細胞結合、T細胞活性化、及び細胞殺傷
抗CD3アーム38E4v1又は40G5cのいずれかと対になったLY6G6D TDB(例えば、抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12又はその変種を有するLY6G6D TDB)を、中程度のLY6G6Dを内因性に発現するHT55細胞(ヒト大腸癌細胞株)を用いて、インビトロ活性について試験を行った(図9A−9C、10A−10D、及び11F−11H)。40G5c及び38E4v1は、ヒトCD3εのN末端27アミノ酸にまたがるKLH(keyhole limpet hemocyanin)結合ペプチドで免疫したマウスから得られたヒト化ハイブリドーマ抗体である。40G5cは、CD3に対して比較的低い親和性を有することが以前に観察されているが、38E4v1は高い親和性を有することが観察されている(米国公開第2015−0166661号)。
ヒト末梢血単核細胞(PBMC)は、健常者ドナーの全血からフィコール勾配により単離し、エフェクター細胞として使用した。ヒトPBMC及びHT55細胞(E:T=10:1)の共培養物を、LY6G6D TDBの様々な濃度の存在下でインキュベートした。72時間のインキュベーション後、標的細胞の殺傷及びT細胞の活性化を測定した。標的細胞殺傷は、CellTiter−GLO(登録商標)アッセイにおける発光強度(RLU)を測定することにより、パーセント細胞毒性として定量化した。標的細胞殺傷の割合は、以下の式を用いて算出した。
標的細胞殺傷%率={(非処理ウェル中のRLU−TDB処理ウェル中のRLU)/(非処理ウェル中のRLU)}×100。
CD4+T細胞及びCD8+T細胞の活性化を、蛍光活性化細胞ソーティング(FACS)を用いて測定した。CD8+T細胞については、CD69及びCD25の表面発現を検出し、CD69+CD25+であったCD8+T細胞の割合をCD8+T細胞活性化として報告した。
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4v1アームを含むLY6G6D TDBは、用量依存的にHT55に対してインビトロでT細胞活性化(図9B、9C、10B、10C、11G、11I)及び標的細胞殺傷(図9A、10A、10D、11D−11F、11H)を誘導するのに強力であった。高親和性抗CD3アーム38E4v1と対になった場合、20A12.QNTv12は1G4と同等のインビトロ細胞殺傷力を有していた。20A12.QNTv12アームと低親和性抗CD3アーム40G5cアームを対にした場合、38E4v1アームよりも細胞殺傷力は低いが、20A12.QNTv12アームと40G5cアームを含むTDBは、1G4アームと40G5cアームを含むTDBよりも大きな細胞殺傷力を有していた。(図11D及び11E)。また、ウサギ20A12は、1G4よりもHT55細胞に対して高い結合親和性を示した(図4F)。
10名の健康なヒトドナーからのPMBCを用いたアッセイにおいて、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4v1アームを含むTDBによる平均細胞死EC50は約1.04 ng/ml(7 pM)であり、平均CD8+T細胞活性化EC50は約87 ng/ml(583 pM)であった(図11F−11H)。細胞殺傷及びCD8+T細胞活性化はまた、異なるレベルのLY6G6Dを発現するColo320DM(ヒトDukes’タイプC、結腸直腸腺癌細胞株)及びLS1034(ヒトDukes’タイプC、大腸腺癌細胞株)細胞(図11A)において試験された(図11B及び図11I)。
実施例5.In vivoでのTDB活性とクリアランスアッセイ
A.腫瘍体積
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含む候補LY6G6D TDBを、NSG(商標)マウスの異種移植LS1034及びHT55腫瘍に対するin vivo活性について試験した(図16A−16C 17A−17C)。マウスは、健康なドナー末梢血単核細胞(PBMC)を用いてヒト化した。対照として、デリバリービークルとPMBCを含む処理、又はTDBを含み、PMBCを含まない処理を行った。TDBの血清濃度は、TDBの単回投与後、ジェネリック免疫グロブリン薬物動態(GRIP)ELISAアッセイ(Yang et al.,J.Immunol.Methods,8−20,2008)を使用して測定した。
LS1034腫瘍(LY6G6D IHCスコア3+)及びHT55腫瘍(LY6G6D IHCスコア2+)に対する、抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム及び抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBのin vivoでの有効性が確立された。LS1034及びHT55腫瘍モデルでは、高親和性抗CD3 38E4.v1アーム(1mg/kg、単回投与、IV、D0)を含むTDBの方がより大きな有効性が観察された(図16A及び17A)。有効性及びPKは、38E4.v1を含むLY6G6D TDBでは用量依存性を示し、38E4v1を含むLY6G6D TDBと40G5cを含むLY6G6D TDBでは血清中のPKにわずかな差が認められた(図16A−16C及び図17A−17C)。抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBのin vivoでの有効性もまた、Colo320DM腫瘍に対して試験された(図11J)。
B.SCIDマウスのクリアランス
抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12と抗CD3 40G5c又は38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBのクリアランスを、重症複合免疫不全(SCID)マウスを用いて、GRIP ELISA法を用いて5mg/kgの抗体を単回静脈内投与した後に測定した(図18)。クリアランス率(7.67mL/日/kg)は、38E4v1抗CD3抗体群と対になった他のTDBと同等であった。クリアランスレートは8.6〜16mL/kg/日であった。20A12.QNTv12と38E4v1を含むTDBは、SCIDマウスにおいて許容可能な薬物動態(PK)を示し、対照抗体である抗gD 5B6と比較して、全身性CLに2倍以下の差を示した。LY6G6Dの20A12.QNTv12と38E4v1のアームを含むTDBは、非結合種ではPKライアビリティー(非定型PK)は認められなかった。すべての投与溶液は、公称投与量の±20%以内に回収された。
実施例6.カニクイザルの安全性アッセイ
A.カニクイザルの毒性試験
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの毒性試験をカニクイザル(cyno)を用いて実施した。この研究は、反復群と時差投与群による適応がなされていた(図19)。グループ2は、1日目(D1)にLY6G6D TDBを単回投与(1mg/kg)で点滴静注した。第3群、第4群、第5群には単回投与(それぞれ2、4、8mg/kg)の点滴静注を行い、第6群には単回投与(15mg/kg)の点滴静注を行った。D8については、病理組織学的評価のために末期壊死を行った(図19)。本研究の目的は、健康な動物を対象にLY6G6Dのリスクを軽減し、投与量の範囲を試験することである。過去のTDBでの経験に基づき、PK/PD及び標準毒性のエンドポイントが含まれていた。
静脈内PKは、GRIP ELISA法を用いて全治療群で評価した。その結果、用量に比例した全身被曝(用量正規化AUC0−7)よりも大きな被曝が認められた。クリアランス(CL)はTDBの用量(4 mg/kg以上)の増加に伴い減少し、これらの用量では標的媒介性薬物処分(TMDD)が飽和していることが示唆された(CD3媒介、末梢血中)(図20A;表5)。1mg/kg用量でのPKは、cynoにおける他のTDBの過去のデータと同等であった、例えば、約20mL/kg/日のCLを示したgD/38E4v1 TDB(図20A及び20B)。投与溶液は公称値の±20%以内で回収された。
Figure 2021094022
抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12と抗CD3 38E4.v1アームを含むLY6G6D TDBの単回静脈内投与は、15mg/kgまでの用量で良好な忍容性を示した。臨床観察では、獣医師による治療は行われておらず、死亡率、体重、食物摂取に影響はなかった。15mg/kgの投与では、動物番号6001で嘔吐(中等度)が認められ、動物番号6003では投与後4−5時間目にのみ顔面蒼白と震え(軽度)が認められた。臨床病理学的には炎症や肝疾患の証拠はなく、軽度のC反応性蛋白(CRP)上昇が認められた(図22B)。解剖病理学的には、15mg/kgの投与で1匹の動物(動物番号6003、軽度の振戦が認められた)の脳に血管周囲/血管性単核浸潤が認められた(図21)。
サイトカインG−CSF、IL−1Ra、MCP−1、TNF−a、IL−13、IL−8及びC反応性タンパク質(CRP)の濃度を、処理後に測定した(図22A及び22B)。いくつかのサイトカインは、1mg/kg以上の用量で軽度の濃度上昇を示した。用量反応関係は明らかではなかった。MCP−1 atの軽度の増加は、>4mg/kgで観察された(図22A)。すべての変化は、治療後24時間でベースラインに戻っていた。
Tヘルパー(Th)リンパ球を発現するCD3+/CD4+/CD5+CD25、T細胞傷害性(Tc)リンパ球を発現するCD3+/CD8+/CD5+CD25、CD45+/CD3+Tリンパ球、CD45+/CD20+Bリンパ球、及びCD45+/CD16+ナチュラルキラー細胞の数をフローサイトメトリーにより測定した(図23A〜23D)。測定は、治療前(Day−7)及び治療当日(Day 1 Pre)の7日間で行い、平均化してプレドーズ平均を提供した。輸液終了後、2時間後、6時間後、24時間後、168時間後に測定した。軽度のT細胞活性化(図23A)、T細胞回復(図23B)、B細胞回復(図23C)を示すピークが観察された。
実施例7.親和性測定のためのBIAcoreアッセイ
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム及び抗CD3 38E4.v1アーム(図24A)又は40G5Cアーム(図24B)を含むTDBを、BIAcoreアッセイを用いて、ヒト及びcyno Ly6G6Dポリペプチドに対する親和性をアッセイした。Ly6G6D−Fcをチップ上に直接固定化し、37℃でTDBを流した。抗LY6G6D1G4アームおよび抗CD3 38E4.v1アーム(図24C)または40G5Cアーム(図24D)を含むTDBについて同様のアッセイを行った。これらのアッセイの結果を表6に示す。
Figure 2021094022
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4.v1アームを含む2セルシステムを用いて製造されたLY6G6D TDBは、ヒト及びカニクイザルLY6G6Dポリペプチド及びヒト及びカニクイザルCD3の細胞外ドメイン(ECD)に対して高い結合親和性を有していた(表7)。
Figure 2021094022
抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12及び抗CD3 38E4.v1(左側パネル、2セル生産方式で生産)、38E4.v1 MD1(中央パネル、1セル生産方式で生産)、又は38E4.v1 MD4アーム(右側パネル、1セル生産方式で生産)を含むTDBを、BIAcoreアッセイを用いて、ヒトLy6G6Dポリペプチドに対する親和性についてアッセイした(図25)。これらのアッセイの結果を表8に示す。
Figure 2021094022
実施例8.1セル製造のためのMD1及びMD4抗CD3アームの開発
A.1セル、2セルの製造システム
抗LY6G6D抗体(例えば、20A12.QNTv12)は、図8Aに示すように、抗LY6G6D特異性を有する第1のアームと抗CD3特異性を有する第2のアームを有するLY6G6D T細胞依存性二重特異性抗体(LY6G6D TDB)として製造された。TDBは、2セルシステム(図8B)又は1セルシステム(図8C)のいずれかを用いて製造した。1セル製造のためには、第一アーム及び第二アームが宿主細胞内で同等のレベルで発現されることが重要である:発現レベルの大きな差は、軽鎖(LC)のミスペアリングの可能性を高め、TDBの正しいペアリングの可能性を低下させる。抗CD3 38E4v1アームは相対的に発現が悪いのに対し、抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12は高度に発現している(図37)。TDBアセンブリを評価するための過渡トランスフェクションアッセイにおいて、38E4v1アームと20A12.QNTv12アームを含むLY6G6D TDBは、それぞれのアームをコードするDNAの比率を1:16の比率に変更しても、80%を超える正しいペアリングに到達しなかった(図29D)。
抗CD3 38E4v1アームの2つの変種、38E4v1 MD1(MD1)及び38E4v1 MD4(MD4)は、38E4v1よりも改善された発現を有するように開発され、従って、1セルフォーマットLY6G6D TDB(例えば、抗LY6G6Dアーム20A12.QNTv12を有する1セルフォーマットLY6G6D TDB)の改善された製造を可能にした。MD1及びMD4は、好ましいLC−ミスペア不純物比(すなわち、正しく形成されたLY6G6D TDBの高純度)を有すること、及び野生型38E4v1と同等のインビトロ効力、in vivo効力、及びPKを有することが見出された。
1セルシステムを用いて製造されたTDBは、図8D又は8Eに示すように、本明細書に記載されているように、電荷対を導入するアミノ酸置換変異を含むように追加的に改変された。
B.20A12.QNTv12の1セル変異体
1セルシステムでの製造を容易にするために、20A12.QNTv12アームの重鎖及び軽鎖配列は、電荷対を導入するアミノ酸置換変異を構成するように改変された(図5C、5D、及び8A−8E)。
C.38E4v1発現変異体MD1及びMD4の生成
1セルシステムでの製造に適した38E4v1の発現改善変異体を作製するために、38E4v1のVL配列を、後述するように、38E4v1よりも優れた発現を有する抗CD3抗体である40G5cからの残基で修飾した。2つの38E4v1変異体38E4v1 MD1(MD1)及び38E4v1 MD4(MD4)は、マウスの野生型(WT)38E4v1と比較して、良好なLC−ミスペア不純物比とインビトロ効力、in vivo効力、及びPKを有する。
低親和性抗CD3抗体40G5cの軽鎖配列に由来する1つ以上のアミノ酸置換を含む38E4v1軽鎖可変領域(VL)の変異体を生成した(図29A)。38E4v1 MD1 VLは、38E4v1:S43P、T51A、K55EおよびK89Tの配列に対して4つのアミノ酸置換を含む(図29A)。MD4 VLは、S43PとT51Aの置換のみを含む(図29A)。また、S43P、T51A、K55E、又はK89Tのアミノ酸置換のみを含む変異体も生成された。すべての38E4v1変異体は、38E4v1の重鎖可変領域(VH)配列を含んでいた(図29B)。
C.一過性のトランスフェクションアッセイ
38E4v1、MD1、及び38E4v1に対するS43P、T51A、K55E、又はK89Tアミノ酸置換のみを含む変異体の発現レベルを、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)11−9宿主細胞における一過性トランスフェクションアッセイで評価した。
トランスフェクションの1日後に、増殖培地を生産培地に交換した。生産培地を添加した1日後に上清を採取し、Fc結合ELISAを用いて抗体価を評価した。生産量は38E4v1に対して正規化された。38E4v1軽鎖は、抗体発現の収量を制限しているように見える。意外なことに、38E4v1軽鎖の個々の位置を、より低親和性の抗CD3抗体40G5c(S43P、T51A、又はK89T)からの残基で置き換えることは、収率のわずかな改善をもたらし(図29C)、これらの変更を、S43P、T51A、K55E、K89Tアミノ酸置換のすべてを含むMD1変異体で組み合わせたとき、収率のより実質的な増加が観察された(図29A及び29C)。
TDBアセンブリのための一過性のトランスフェクションアッセイにおいて、発現が改善された38E4v1変異体MD1及びMD4は、標的アーム(抗LY6G6D)軽鎖(LC)DNAと抗CD3アームDNAの比率が1:4の場合、インタクトな抗体の95%のアセンブリに達したのに対し、38E4v1は、LC DNAと抗CD3アームDNAの比率が1:16の場合でも、80%を超える適切なペアリングに達しなかった(図29D)。成功した細胞株開発クローンxFcRH5を対照として提供する。従って、MD1及びMD4は、適切にペアリングされた二重特異性抗体を高い割合で生成することができる。
D.バインディングキネティクスアッセイ
38E4v1 MD1及びMD4アームの結合速度は、高親和性野生型抗CD3 38E4v1アーム(WT)に匹敵するヒト及びcyno CD3リガンドへの親和性を示した(表9)。このようにして、MD1及びMD4変異体は、38E4v1の高い親和性を保持した。アッセイでは、BIAcore T200を用いて行った:27merヒト及びcyno CD3ポリペプチドをビオチンにコンジュゲートし、SA CM5チップ上に固定化し、TDBを37℃で100μl/分で流した。
Figure 2021094022
E.薬物動態アッセイ
様々な抗CD3アームの薬物動態(PK)を評価するために、38E4v1、40G5c、MD1、MD4及び38E4v1.K55EのPKプロファイルを、各変異体の単回投与後のCB−17 SCIDマウスで測定した。抗gD抗体をコントロールとして使用した。抗gD抗体は、単純ヘルペスウイルスの糖タンパク質Dエピトープを標的とした非結合性コントロールIgGである。すべての抗体は、FcγR媒介エフェクター機能を減衰させるために、N297G変異を有するヒトIgG1アイソタイプを有する単特異的な二価の抗CD3抗体として試験された。
雌のCB−17.SCIDマウスの6群(群あたりn=12;チャールズリバーラボラトリーズ、251)を、各抗体を5mg/kgの用量で単回静脈内投与した。便宜上、雌マウスを使用した。歴史的に見ても、雄マウスと雌マウスを用いたPK試験では違いは観察されていない。血液サンプルは、最大21日間、選択された時点(各時間点について3回のレプリケート)で大腿静脈を介して収集された。血清中の総抗体濃度は、検出限界15.6 ng/mLのGRIP ELISA(抗ヒトIgGでコートし、抗ヒトIgGで検出したプレート)で測定し、PK評価に使用した。投与液回収率は、抗GD、38E4v1、40G5c、MD1、MD4、及び38E4v1.K55Eについて、それぞれ111%、110%、106%、97.8%、103%、及び106%であった。投与量の回収率は20%以内であった;従って、さらなる分析には公称投与量が使用された。
PKプロファイルは、異なる時点で異なるマウスからプールされた。データ分析には、公称サンプル採取時間と実際の用量溶液濃度を使用した。ノンコンパートメント分析(NCA)のパラメータは、スパースサンプリングとIVボーラス入力を用いて、Phoenix WinNonlin(登録商標)64を用いて推定した。標準誤差値を提供した。マウスは、イソフルラン(5%イソフルラン、O2を2L/minで)で麻酔した後、安楽死させた。すべての手順は、GenentechのInstitutional Animal Care and Use Committee(IACUC)によって設定されたガイドラインと原則に準拠し、Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care Internationalによって認定された施設で実施された。
抗CD3抗体変異体はマウスCD3と交差反応しないため、抗CD3抗体変異体を含むTDBのマウスPKプロファイルは、標的結合がない場合の変異体のPKと非特異的消去率を比較する機会を提供した。抗CD3抗体変異体の血清濃度−時間プロファイルを、抗gD対照(図29E)とともに評価した。各群のPKデータをNCA(表10)で特徴づけた。
抗CD3抗体変異体を投与された群と比較して、抗GDを投与された群が最も高い曝露量を示した。40G5c投与群は、そのAUClast値に基づく曝露量が抗gD投与群と比較してわずかに低く、他の抗CD3抗体変異体と比較して最も高い曝露量を示した。一方、38E4v1は、他の抗CD3抗体変異体と比較して、そのAUClastに基づく曝露量が最も低かった。
MD1、MD4、K55Eの3つの変異体のうち、MD1はそのAUClastに基づく曝露量が最も高く、そのPKプロファイルは40G5c投与群と同様であった。MD4投与群は3つの変異体の中でAUClastに基づく曝露量が最も低く、PKプロファイルは38E4v1投与群と同様であった。さらに、MD1はマウスのAUCinfに基づいて38E4v1の曝露を〜3倍改善した。さらに、抗gD、40G5c及び38E4v1.MD1投与群のVss値は、38E4v1、MD4及びK55E投与群のVss値と比較して約2倍低い値を示した(表10)。
Figure 2021094022
標準誤差の値は、該当する場合に提供されている。Cmax=観察された最大血清濃度、AUClast=時刻0から28日目の最後に測定された時間点までの血清濃度時間曲線の下の面積。AUCinf=時刻0から無限大に外挿した血清濃度時間曲線下の面積。CL=クリアランス。Vss=定常状態での分布の体積 t1/2=終末半減期。
38E4v1が40G5cと比較して低曝露であることを考慮して、次に、観察された低曝露に非特異的に寄与しうるCD3群の特徴があるかどうかを評価した。カニクイザルにおける抗体クリアランスの理論的リスク評価を提供する配列ベースの計算ツールであるin silico Clearance Assessment Tool(iCAT)を用いて、38E4v1及び40G5cの抗体可変領域(Fv)電荷及び疎水性を推定した(Sharma et al.,Proc Natl Acad Sci USA,111:18601−6,2014)。この評価は、Fvドメイン配列から計算されたパラメータに基づいている。抗CD3 2価抗体について、iCATスコアを評価した。38E4v1の計算されたFv電荷は、許容可能なin vivoクリアランスの範囲外である+7.6であった(許容範囲はFv電荷≧0及び≦+6.2を含む)一方、40G5cの計算されたFv電荷は+5.6で許容範囲内であった。計算されたFv電荷は、MD1は+4.7、MD4は+7.6であった。このように、MD1は38E4v1と比較してFv電荷が改善され、サイノモルグス猿でのクリアランスのための許容可能な理論上のリスクを有していた。
さらに、抗CD3変異体をバキュロウイルス(BV)ELISAを用いて試験した。BV ELISAは、非特異的クリアランスの評価に使用されるインビトロツールである(Hotzel et al.,MAbs,4:753−760,2012)。この評価は、バキュロウイルス粒子への非特異的結合のELISA検出に基づいており、迅速なクリアランスのためにリスクの高い抗体を識別することができる。38E4v1のBV ELISAスコアは1.15であり、許容可能なin vivoクリアランスの予測範囲外であった(BV ELISAスコアが1.0を超えると、高速クリアランスの可能性が高いことを示す)。一方、BV ELISAスコアはMD1が0.15、MD4が0.72であり、MD1、MD4ともに許容範囲内であった。興味深いことに、MD4はin vivoでのさらなる試験のためのBV ELISA試験に合格したが、in vivoマウスのPKデータは、MD1と比較してMD4は38E4v1の曝露を改善しなかったことを示した。
実施例9.1セルシステムで産生された抗体のTDB活性アッセイ
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4v1 MD1(MD1)、38E4v1 MD4(MD4)、又は38E4v1(WT)アームを含む1細胞系(図8C〜8E)を用いて組み立てられた候補LY6G6D TDBを、インビトロ活性、インビボ活性、及びCD3ポリペプチドとの親和性について試験した。抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと抗CD3 38E4v1アームを含む2細胞系(図8B)を用いて組み立てられたTDBをコントロールとして使用した。
A.インビトロでの細胞毒性、細胞結合、T細胞活性化
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アーム及び抗CD3 38E4v1 MD1、38E4v1 MD4、又は38E4v1アーム(WT)を含む1細胞系を用いて組み立てられたLY6G6D TDBを、健康なドナーからのPBMCを補充したHT55細胞におけるインビトロ活性、CD4+T細胞の活性化、及びCD8+T細胞の活性化について試験した(図14A−14C及び15A−15C)。殺傷は、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイにおけるパーセント細胞毒性として定量化し、CD4+T細胞及びCD8+T細胞は、実施例2に記載したように、蛍光活性化細胞ソーティング(FACS)を用いて測定した。TDBはすべて1mg/kgで投与した。変異体38E4v1アームを含むLY6G6D TDBは、HT55に対するインビトロでのT細胞活性化(図14B、14C、15B、15C)及び標的細胞殺傷(図14A及び15A)の誘導において強力であった。MD1及びMD4変異体は、このようにして38E4v1のインビトロでの高い効力を維持しながら、1セルシステムでの製造性を向上させている。
B.インビボ活性
抗LY6G6D 20A12.QNTv12アームと、1セルシステムを用いて組み立てられた変異体38E4v1抗CD3アームを含むLY6G6D TDBを、NSG(商標)マウスの異種移植HT55腫瘍に対するin vivo活性について試験した(図26A及び26B)。マウスは、健康なドナー末梢血単核細胞(PBMC)を用いてヒト化した。対照として、デリバリービークルとPMBCを含む処理、又はTDBを含み、PMBCを含まない処理を行った。抗CD3 38E4v1 MD1又は38E4v1 MD4アームを含む1セル変異体は、2細胞のLY6G6D TDBと同等の腫瘍退縮を示した。
TDBのクリアランスは、HT55腫瘍モデルマウス及びSCIDマウスにおいて、GRIP ELISA法を用いて抗体の単回投与後に測定した(図27及び28)。抗CD3 38E4v1 MD1又は38E4v1 MD4アームを含む1細胞変異体のPKは、2セルTDBと同等であった。1細胞TDB変異体については、PKライアビリティー(例えば、非定型PK)は同定されなかった。投与溶液は公称値の±20%以内で回収された。
C.CD3への親和性のアッセイ
抗CD3 38E4v1 MD1又は38E4v1 MD4アームで構成された1細胞システムを用いて構築された候補LY6G6D TDBは、抗CD3 38E4v1アームで構成された1細胞システム又は2細胞システムを用いて構築されたTDBと同等のCD3に対する親和性を有していた:したがって、MD1および MD4は、38E4v1と同様に、高親和性の抗CD3アームであった(表11)。アッセイは、BIAcore T200を用いて行った。27merヒト及びcyno CD3ポリペプチドをビオチンにコンジュゲートし、SA CM5チップ上に固定化した。LY6G6D TDBを37℃で流した。
Figure 2021094022
前述の本発明は、理解を明確にする目的で、図示及び例示の方法によりある程度詳細に説明されてきたが、これらの説明及び例示は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に引用されたすべての特許文献及び科学文献の開示は、参照によりその全体が明示的に組み込まれている。

Claims (166)

  1. 抗リンパ球抗原6ファミリーメンバーG6D(LY6G6D)に結合する単離された抗体であって、ここで、前記抗体は、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は、以下の相補性決定領域(CDR):
    (a)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (b)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び
    (c)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    を含む重鎖可変(VH)ドメイン(VH1)を含み、前記L1は、以下のCDR:
    (d)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (e)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (f)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3、
    を含む軽鎖可変(VL)ドメイン(VL1)を含む、抗体。
  2. 請求項1に記載の抗体であって、ここで、(a)VH1が、配列番号10のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;(b)VL1が、配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む;又は(c)抗体が、(a)のVH1と(b)のVL1を含む、抗体。
  3. 請求項1又は2に記載の抗体であって、ここで、前記VH1は、以下のフレームワーク領域(FR):
    (a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号35のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  4. 請求項1〜3のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VH1は、配列番号10のアミノ酸配列を含む、抗体。
  5. 請求項1又は2に記載の抗体であって、ここで、前記VH1は、以下のFR:
    (a)配列番号34のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号58のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号36のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号37のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  6. 請求項1、2及び5のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VH1は、配列番号59のアミノ酸配列を含む、抗体。
  7. 請求項1〜4のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VL1は以下のFR:
    (a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号39のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  8. 請求項1〜4及び7のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VL1が、配列番号11のアミノ酸配列を含む、抗体。
  9. 請求項1、2、5及び6のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VL1は以下のFR:
    (a)配列番号38のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号61のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号40のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号41のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  10. 請求項1、2、5、6及び9のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VL1は、配列番号60のアミノ酸配列を含む、抗体。
  11. LY6G6Dに結合する単離された抗体であって、ここで、前記抗体は重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は配列番号10のアミノ酸配列を含むVHドメイン(VH1)を含み、L1は配列番号11のアミノ酸配列を含むVLドメイン(VL1)を含む、抗体。
  12. LY6G6Dに結合する単離された抗体であって、ここで、前記抗体は重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)を含むLY6G6D結合ドメインを含み、ここで、前記H1は配列番号59のアミノ酸配列を含むVHドメイン(VH1)を含み、L1は配列番号60のアミノ酸配列を含むVLドメイン(VL1)を含む、抗体。
  13. 請求項1〜12のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、BIAcoreアッセイを用いて測定した場合に、37℃で約100pMと10nMの間のKでヒトLY6G6Dポリペプチドに結合する、抗体。
  14. 請求項13に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が6.0 nM以下のKでヒトLY6G6Dポリペプチドに結合する、抗体。
  15. 請求項14に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が4 nM以下のKでヒトLY6G6Dポリペプチドに結合する、抗体。
  16. 請求項15に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が2 nM以下のKでヒトLY6G6Dポリペプチドに結合する、抗体。
  17. 請求項1〜16のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体がモノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体である、抗体。
  18. 請求項1〜17のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体がLY6G6Dに結合する抗体断片である、抗体。
  19. 請求項18に記載の抗体であって、ここで、前記抗体断片が、Fab、Fab’−SH、Fv、scFv、及び(Fab’)断片からなる群から選択される、抗体。
  20. 請求項1〜17のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が完全長抗体である、抗体。
  21. 請求項1〜17及び20のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体がIgG抗体である、抗体。
  22. 請求項1〜21のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が単一特異性抗体である、抗体。
  23. 請求項1〜21のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が多重特異性抗体である、抗体。
  24. 請求項23に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が二重特異性抗体である、抗体。
  25. 請求項24に記載の抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体は、分化抗原群(cluster of differentiation)3(CD3)に結合し、重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み、ここで、H2はVHドメイン(VH2)を含み、L2はVLドメイン(VL2)を含む、抗体。
  26. 請求項25に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインは、ヒトCD3ポリペプチド又はカニクイザルCD3ポリペプチドに結合することができる、抗体。
  27. 請求項26に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトCD3ポリペプチド又は前記カニクイザルCD3ポリペプチドが、それぞれ、ヒトCD3εポリペプチド又はカニクイザルCD3εポリペプチドである、抗体。
  28. 請求項26に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトCD3ポリペプチド又は前記カニクイザルCD3ポリペプチドが、それぞれ、ヒトCD3γポリペプチド又はカニクイザルCD3γポリペプチドである、抗体。
  29. 請求項25〜28のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体は、BIAcoreアッセイを用いて測定した場合に、37℃で約1nMから500nMの間のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  30. 請求項29に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインが、250nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  31. 請求項30に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインが、100nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  32. 請求項31に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインは、15nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  33. 請求項32に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインは、10nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  34. 請求項33に記載の抗体であって、ここで、前記CD3結合ドメインは、5nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  35. 請求項25〜34のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記VH2は、以下のCDR:
    (a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び
    (c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    を含み、前記VL2は以下のCDR:
    (d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (f)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3、
    を含む、抗体。
  36. 請求項35に記載の抗体であって、ここで、(a)前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;(b)前記VL2は、配列番号21のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む;又は(c)前記抗体が、(a)のVH2と(b)のVL2を含む、抗体。
  37. 請求項35又は36に記載の抗体であって、ここで、前記VH2は、配列番号20のアミノ酸配列を含む、抗体。
  38. 請求項35〜37のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記VL2は、配列番号21のアミノ酸配列を含む、抗体。
  39. 請求項25〜34のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記VH2は、以下のCDR:
    (a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;及び
    (c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    を含み、前記VL2は以下のCDR:
    (d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3、抗体、
    を含む、抗体。
  40. 前記結合ドメインが、(a)配列番号20のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH2、(b)配列番号55のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL2、又は(c)(a)と同様のVH2及び(b)と同様のVL2、を含む、請求項39に記載の抗体。
  41. 請求項39又は40に記載の抗体であって、ここで、前記VH2が配列番号20のアミノ酸配列を含む、抗体。
  42. 請求項39〜41のいずれか1項に記載の抗体であって、前記VL2が、配列番号55のアミノ酸配列を含む、抗体。
  43. 請求項35、36、39、及び40のいずれか1項に記載の抗体であって、前記VH2が以下のFR:
    (a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  44. 請求項35、36、39、及び40のいずれか1項に記載の抗体であって、前記VH2が以下のFR:
    (a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  45. 請求項35、36、39、40及び43のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記VL2は以下のFR:
    (a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  46. 請求項35、36、39、40及び44のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記VL2は以下のFR:
    (a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  47. 請求項25〜46のいずれか一項に記載の抗体であって、前記H1及びH2がそれぞれ重鎖定常ドメイン(CH1)をさらに含み、前記L1及びL2がそれぞれ軽鎖定常ドメイン(CL)をさらに含む、抗体。
  48. 請求項47に記載の抗体であって、ここで、H1の前記CH1はS183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換基を含み、L1の前記CLはV133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換基を含む、抗体。
  49. 請求項47又は48に記載の抗体であって、ここで、H1の前記CH1はS183K突然変異を含み、L1の前記CLはV133E突然変異を含む、抗体。
  50. 請求項49に記載の抗体であって、ここで、H2の前記CH1はS183E突然変異を含み、L2の前記CLはV133K突然変異を含む、抗体。
  51. 請求項47又は48に記載の抗体であって、ここで、H1の前記CH1はS183E突然変異を含み、L1の前記CLはV133K突然変異を含む、抗体。
  52. 請求項51に記載の抗体であって、ここで、H2の前記CH1はS183K突然変異を含み、L2の前記CLはV133E突然変異を含む、抗体。
  53. LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで前記二重特異性抗体は以下:重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで、各H1及びH2は、重鎖可変ドメイン(VH)及び重鎖定常ドメイン(CH1)を含み、各L1及びL2は、軽鎖可変ドメイン(VL)及び軽鎖定常ドメイン(CL)を含み、ここで:
    (a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDR:
    (i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;
    を含み、
    (b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDR:
    (i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (v)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (vi)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3;
    を含み、
    (c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、かつ/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み;かつ
    (d)H1の前記VHは位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L1の前記VLは位置Q38でのアミノ酸置換を含み、かつ/又はH2の前記VHは位置Q39でのアミノ酸置換を含み、L2の前記VLは位置Q38でのアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)、抗体。
  54. LY6G6D及びCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで前記二重特異性抗体は以下:重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで、各H1及びH2は、重鎖可変ドメイン(VH)及び重鎖定常ドメイン(CH1)を含み、各L1及びL2は、軽鎖可変ドメイン(VL)及び軽鎖定常ドメイン(CL)を含み、ここで:
    (a)前記LY6G6D結合ドメインは、以下の6つのCDR:
    (i)配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (ii)配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (iii)配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (iv)配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (v)配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (vi)配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR−L3;
    を含み、
    (b)前記CD3結合ドメインは、以下の6つのCDR:
    (i)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (ii)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (iii)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (iv)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (v)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (vi)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3;
    を含み、
    (c)H1の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L1の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、かつ/又はH2の前記CH1は、S183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記CLは、V133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換を含み;かつ
    (d)H1の前記VHは位置Q39でアミノ酸置換を含み、L1の前記VLは位置Q38でアミノ酸置換を含み、及び/又はH2の前記VHは位置Q39でアミノ酸置換を含み、L2の前記VLは位置Q38でアミノ酸置換を含む(すべてカバットナンバリング)、抗体。
  55. 請求項53又は54に記載の抗体であって、ここで、H1の前記VHはQ39(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換基を含み、L1の前記VLはQ38(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換基を含む、抗体。
  56. 請求項55に記載の抗体であって、ここで、H2の前記CH1はS183(EUナンバリング)でのアミノ酸置換基を含み、L2の前記CLはV133(EUナンバリング)でのアミノ酸置換基を含む、抗体。
  57. 請求項56に記載の抗体であって、ここで、H2の前記VHは、さらに位置Q39(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換を含み、L2の前記VLは、さらに位置Q38(カバットナンバリング)でのアミノ酸置換を含む、抗体。
  58. 請求項57に記載の抗体であって、ここで、H1の前記CH1がS183K突然変異(EUナンバリング)を含み、L1の前記CLがV133E突然変異(EUナンバリング)を含み、H2の前記CH1がS183E突然変異(EUナンバリング)を含み、L2の前記CLがV133K突然変異(EUナンバリング)を含む、抗体。
  59. 請求項58に記載の抗体であって、ここで、H1の前記VHはQ39E(カバットナンバリング)変異を含み、L1の前記VLはQ38K変異を含み、H2の前記VHはQ39K変異を含み、L2の前記VLはQ38E変異(カバットナンバリング)を含む、抗体。
  60. 請求項57に記載の抗体であって、ここで、H1の前記CH1はS183E突然変異(EUナンバリング)を含み、L1の前記CLはV133K突然変異(EUナンバリング)を含み、H2の前記CH1はS183K突然変異(EUナンバリング)を含み、L2の前記CLはV133E突然変異(EUナンバリング)を含む、抗体。
  61. 請求項60に記載の抗体であって、ここで、H1の前記VHはQ39K突然変異(カバットナンバリング)を含み、L1の前記VLはQ38E突然変異(カバットナンバリング)を含み、H2の前記VHはQ39E突然変異(カバットナンバリング)を含み、L2の前記VLはQ38K突然変異(カバットナンバリング)を含む、抗体。
  62. 請求項53及び55〜61のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、H2の前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含み、かつ/又はL2の前記VLは、配列番号21のアミノ酸配列を含む、抗体。
  63. 請求項62に記載の抗体であって、ここで、H1の前記VHは配列番号10のアミノ酸配列を含み、L1の前記VLは配列番号11のアミノ酸配列を含む、抗体。
  64. 請求項54〜61のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、H2の前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含み、かつ/又はL2の前記VLは、配列番号55のアミノ酸配列を含む、抗体。
  65. 請求項64に記載の抗体であって、ここで、H1の前記VHは配列番号10のアミノ酸配列を含み、L1の前記VLは配列番号11のアミノ酸配列を含む、抗体。
  66. 請求項25〜65のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記H1のFc領域の第1のCH3ドメイン(CH3)及び前記H2のFc領域の第2のCH3ドメイン(CH3)は、それぞれ突起又は空洞を含み、かつ、ここで、前記CH3の前記突起又は前記空洞が、前記CH3の前記空洞又は前記突起内にそれぞれ位置することが可能であることを特徴とする、抗体。
  67. 請求項66に記載の抗体であって、ここで、前記CH3と前記CH3が、前記突起と前記空洞との間の界面で会合する、抗体。
  68. 請求項66又は67に記載の抗体であって、ここで、前記H1の前記Fc領域の前記CH3は突起を含み、前記H2の前記Fc領域の前記CH3は空洞を含む、抗体。
  69. 請求項66〜68のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;(b)前記前記H2のFc領域の前記CH3は、T366S、L368A、又はY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)、又はその組み合わせを含む空洞を含む;又は(c)(a)と(b)の両方である、抗体。
  70. 請求項69に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む;又は、(c)(a)と(b)の両方である、抗体。
  71. 請求項70に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含み、(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vのアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む、抗体。
  72. 請求項66又は67に記載の抗体であって、ここで、前記H1の前記Fc領域の前記CH3は空洞を含み、前記H2の前記Fc領域の前記CH3は突起を含む、抗体。
  73. 請求項66、67、又は72のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、又はY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)、又はそれらの組み合わせを含む空洞を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;又は(c)(a)と(b)の両方である、抗体。
  74. 請求項73に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含む;(b)前記H2の前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む;又は(c)(a)と(b)の両方である、抗体。
  75. 請求項74に記載の抗体であって、ここで、(a)前記H1の前記Fc領域の前記CH3は、T366S、L368A、及びY407Vのアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む空洞を含み、(b)前記第2重鎖ポリペプチドの前記Fc領域の前記CH3は、T366Wアミノ酸置換変異(EUナンバリング)を含む突起を含む、抗体。
  76. 請求項66〜75のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記Fc領域は、ヒトIgGアイソタイプFc領域、又はそのFc領域変異体である、抗体。
  77. 請求項76に記載の抗体であって、ここで、前記Fc領域がヒトIgGアイソタイプFc領域変異体である、抗体。
  78. 請求項77に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体は、それぞれ、グリコシル化の非存在をもたらすアミノ酸残基N297(EUナンバリング)での変異を含む、抗体。
  79. 請求項78に記載の抗体であって、ここで、アミノ酸残基N297における前記変異が置換変異である、抗体。
  80. 請求項78又は79に記載の抗体であって、ここで、アミノ酸残基N297における前記変異が、前記Fc領域のエフェクター機能を低下させる、抗体。
  81. 請求項79又は80に記載の抗体であって、ここで、前記置換変異がN297G又はN297Aの変異である、抗体。
  82. 請求項81に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体はそれぞれN297G変異を含む、抗体。
  83. 請求項77〜82のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体は、それぞれ、前記Fc領域のエフェクター機能を低下させる変異を含む、抗体。
  84. 請求項83に記載の抗体であって、ここで、Fc領域のエフェクター機能を低下させる前記変異が置換変異である、抗体。
  85. 請求項84に記載の抗体であって、ここで、前記置換変異がアミノ酸残基E233、L234、L235、D265、及び/又はP329(EUナンバリング)にある、抗体。
  86. 請求項85に記載の抗体であって、ここで、前記置換変異がE233P、L234A、L234V、L235A、D265A、又はP329G変異である、抗体。
  87. 請求項86に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域の変異体はそれぞれP329G変異を含む、抗体。
  88. 請求項82〜87のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体は、それぞれN297G及びP329Gの変異を含む、抗体。
  89. 請求項82〜88のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体がヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが前記L234A又はL235A変異をさらに含む、抗体。
  90. 請求項89に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体がヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが前記L234A及びL235Aの変異をさらに含む、抗体。
  91. 請求項82〜88のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体がヒトIgG1又はIgG3アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが、以下の置換変異E233P、L234V及びL235A(EUナンバリング)、及び残基G236の欠失(EUナンバリング)をさらに含む、抗体。
  92. 請求項91に記載の抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体がヒトIgG1アイソタイプFc領域変異体である、抗体。
  93. 請求項82〜88のいずれか一項に記載に抗体であって、ここで、前記ヒトIgGアイソタイプFc領域変異体がヒトIgG4アイソタイプFc領域変異体であり、それぞれが、以下の置換変異E233P、F234V、及びL235A(EUナンバリング)、及び残基G236の欠失(EUナンバリング)をさらに含む、抗体。
  94. 請求項89〜93のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記Fc複合体のFc領域がエフェクターレスFc領域である、抗体。
  95. 請求項66〜94のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記H1は配列番号7のアミノ酸配列を含み、前記L2は配列番号9のアミノ酸配列を含む、抗体。
  96. 請求項95に記載の抗体であって、ここで、前記H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、前記L2は配列番号19のアミノ酸配列を含む、抗体。
  97. 請求項95に記載の抗体であって、ここで、前記H2は配列番号18のアミノ酸配列を含み、前記L2は配列番号57のアミノ酸配列を含む、抗体。
  98. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号7のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号9のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号18のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号19のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  99. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号64のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号65のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号69のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号70のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  100. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号8のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号9のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号67のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号19のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  101. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号66のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号65のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号68のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号70のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  102. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号7のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号9のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号18のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号57のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  103. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)を含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号64のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号65のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号69のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号73のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  104. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号8のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号9のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号67のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号57のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  105. LY6G6DとCD3に結合する二重特異性抗体であって、ここで、前記二重特異性抗体が、重鎖ポリペプチド(H1)と軽鎖ポリペプチド(L1)とを含むLY6G6D結合ドメイン、および重鎖ポリペプチド(H2)と軽鎖ポリペプチド(L2)とを含むCD3結合ドメインを含み、ここで:
    (a)H1は、配列番号66のアミノ酸配列を含み;
    (b)L1は、配列番号65のアミノ酸配列を含み;
    (c)H2は、配列番号68のアミノ酸配列を含み;かつ
    (d)L2は、配列番号73のアミノ酸配列を含む、二重特異性抗体。
  106. 請求項1〜105のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体は、約10ml/kg/日から約35ml/kg/日の間の静脈内注射後のクリアランスを有する、抗体。
  107. 請求項1〜106のいずれか1項に記載の抗体をコードする1つ以上の単離された核酸、又はLY6G6Dに結合する結合ドメインを含むその一部分。
  108. 請求項107に記載の1つ以上の単離された核酸を含む1つ以上のベクター。
  109. 請求項108に記載の1つ以上のベクターを含む1つ以上の宿主細胞。
  110. 請求項109に記載の1つ以上の宿主細胞であって、ここで、前記1つ以上の宿主細胞が、1つ以上の哺乳類宿主細胞である、宿主細胞。
  111. 請求項110に記載の1つ以上の宿主細胞であって、ここで、前記1つ以上の哺乳動物宿主細胞は、1つ以上のチャイニーズハムスター卵巣(CHO)宿主細胞である、宿主細胞。
  112. 請求項109に記載の1つ以上の宿主細胞であって、ここで、前記1つ以上の宿主細胞が、1つ以上の原核生物宿主細胞である、宿主細胞。
  113. 請求項112に記載の1つ以上の宿主細胞であって、ここで、前記1つ以上の原核生物宿主細胞が、1つ以上の大腸菌宿主細胞である、宿主細胞。
  114. 請求項1〜106のいずれか1項に記載の抗体を製造する方法であって、請求項109に記載の1つ以上の宿主細胞を培養液中で培養することを含む、方法。
  115. 請求項114に記載の方法であって、前記抗LY6G6D抗体を前記1つ以上の宿主細胞又は前記培養液から回収することをさらに含む、方法。
  116. 請求項1〜106のいずれか1項に記載の抗体を含む組成物。
  117. 請求項116に記載の組成物であって、製薬学的に許容される賦形剤又は希釈剤をさらに含む、組成物。
  118. 請求項117に記載の組成物であって、ここで、前記製薬学的に許容される賦形剤が緩衝剤、担体、安定剤、又は防腐剤である、組成物。
  119. 請求項118に記載の組成物であって、ここで、前記組成物が医薬組成物である、組成物。
  120. 医薬として使用するための請求項1〜106のいずれか一項に記載の抗体。
  121. それを必要とする被験者におけるLY6G6D陽性癌の治療すること又は進行を遅延させることにおける使用のための、請求項1〜106のいずれか一項に記載の抗体又は請求項116〜119のいずれか一項に記載の組成物。
  122. 請求項121の使用のための前記抗体又は組成物であって、ここで、前記LY6G6D陽性癌が結腸直腸癌である、抗体又は組成物。
  123. 請求項122の使用のための前記抗体又は組成物であって、ここで、前記LY6G6D陽性癌は、マイクロサテライト安定型(MSS)又は低頻度マイクロサテライト不安定性(MSI−L)のマイクロサテライト不安定性(MSI)ステータスを有する、抗体又は組成物。
  124. 被験者におけるLY6G6D陽性癌の進行を治療又は遅延させるための医薬の製造における、請求項1〜106及び120のいずれか一項に記載の抗体又は請求項116〜119のいずれか一項に記載の組成物の使用。
  125. 請求項124に記載の使用であって、ここで、前記LY6G6D陽性の癌は結腸直腸癌である、使用。
  126. 請求項125に記載の使用であって、ここで、前記LY6G6D陽性の癌はMSS又はMSI−LのMSIステータスを有する、使用。
  127. それを必要とする被験者におけるLY6G6D陽性癌の進行を治療又は遅延させる方法であって、請求項1〜106のいずれか一項に記載の抗体又は請求項116〜119のいずれか一項に記載の組成物を前記被験者に投与することを含む、方法。
  128. 請求項127に記載の方法であって、ここで、前記LY6G6D陽性の癌は結腸直腸癌である、方法。
  129. 請求項128に記載の方法であって、ここで、前記LY6G6D陽性の癌はMSS又はMSI−LのMSIステータスを有する、方法。
  130. 請求項1〜106のいずれか1項に記載の抗体と、被験者におけるLY6G6D陽性癌の治療又は進行を遅延させるための前記抗体の使用に関する説明書を含むパッケージインサートとを含むキット。
  131. 請求項130に記載のキットであって、ここで、前記LY6G6D陽性癌が結腸直腸癌である、キット。
  132. 請求項131に記載のキットであって、ここで、前記LY6G6D陽性の癌はMSS又はMSI−LのMSIステータスを有する、キット。
  133. 請求項130〜132のいずれか一項に記載のキットであって、ここで、前記被験者がヒトである、キット。
  134. CD3に結合する単離された抗体であって、以下のCDR:
    (a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (e)配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (f)配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR−L3、
    を含む結合ドメインを含む、抗体。
  135. 請求項134に記載の抗体であって、ここで、前記抗体は以下:(a)配列番号20のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH;(b)配列番号21のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL;又は(c)(a)のVHと(b)のVL、を含む、抗体。
  136. 請求項134又は135に記載の抗体であって、ここで、前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含む、抗体。
  137. 請求項134〜136のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VLが配列番号21のアミノ酸配列を含む、抗体。
  138. CD3に結合する単離された抗体であって、以下のCDR:
    (a)配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR−H1;
    (b)配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR−H2;
    (c)配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR−H3;
    (d)配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR−L1;
    (e)配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR−L2;及び
    (f)配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR−L3、
    を含む結合ドメインを含む、抗体。
  139. 請求項138に記載の抗体であって、ここで、前記抗体は以下:(a)配列番号20のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH;(b)配列番号55のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL;又は(c)(a)のVHと(b)のVL、を含む、抗体。
  140. 請求項138又は139に記載の抗体であって、ここで、前記VHは、配列番号20のアミノ酸配列を含む、抗体。
  141. 請求項138〜140のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VLが配列番号55のアミノ酸配列を含む、抗体。
  142. 請求項134、135、138、及び139のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VHが以下のFR:
    (a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号43のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  143. 請求項134、135、138、及び139のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VHが以下のFR:
    (a)配列番号42のアミノ酸配列を含むFR−H1;
    (b)配列番号62のアミノ酸配列を含むFR−H2;
    (c)配列番号44のアミノ酸配列を含むFR−H3;及び
    (d)配列番号45のアミノ酸配列を含むFR−H4、
    を含む、抗体。
  144. 請求項134、135、138、139、及び142のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VLが以下のFR:
    (a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号47のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  145. 請求項134、135、138、139、及び143のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記VLが以下のFR:
    (a)配列番号46のアミノ酸配列を含むFR−L1;
    (b)配列番号63のアミノ酸配列を含むFR−L2;
    (c)配列番号48のアミノ酸配列を含むFR−L3;及び
    (d)配列番号49のアミノ酸配列を含むFR−L4、
    を含む、抗体。
  146. 請求項134〜145のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、BIAcoreアッセイを用いて測定した場合に、37℃で約1nMから約500nMの間のKでヒトCD3εポリペプチドを結合する、抗体。
  147. 請求項146に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、250nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  148. 請求項147に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、100nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  149. 請求項148に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、15nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  150. 請求項149に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、10nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  151. 請求項150に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、5nM以下のKでヒトCD3εポリペプチドに結合する、抗体。
  152. 請求項134〜151のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が、モノクローナル、ヒト、ヒト化又はキメラである、抗体。
  153. 請求項134〜152のいずれか1項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体がCD3に結合する抗体断片である、抗体。
  154. 請求項153に記載の抗体であって、ここで、前記抗体断片が、Fab、Fab’−SH、Fv、scFv、及び(Fab’)断片からなる群から選択される、抗体。
  155. 請求項134〜152のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体が完全長抗体である、抗体。
  156. 請求項134〜155のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗体がIgG抗体である、抗体。
  157. 請求項134〜156のいずれか一項に記載の抗体であって、ここで、前記抗CD3抗体が単一特異性抗体である、抗体。
  158. 請求項134〜157のいずれか一項に記載の抗体をコードする単離核酸、又はCD3に結合する結合ドメインを含むその一部分。
  159. 請求項158に記載の単離核酸を含むベクター。
  160. 請求項159に記載のベクターを含む宿主細胞。
  161. 請求項160に記載の宿主細胞であって、ここで、前記宿主細胞が哺乳類宿主細胞である、宿主細胞。
  162. 請求項161に記載の宿主細胞であって、ここで、前記哺乳動物宿主細胞がチャイニーズハムスター卵巣(CHO)宿主細胞である、宿主細胞。
  163. 請求項160に記載の宿主細胞であって、ここで、前記宿主細胞が原核生物宿主細胞である、宿主細胞。
  164. 請求項163に記載の宿主細胞であって、ここで、前記原核宿主細胞が大腸菌宿主細胞である、宿主細胞。
  165. 請求項134〜157のいずれか一項に記載の抗体の製造方法であって、前記方法は、請求項160に記載の宿主細胞を培養液中で培養することを含む、方法。
  166. 請求項165に記載の方法であって、ここで、前記方法はさらに、前記抗LY6G6D抗体を前記宿主細胞又は前記培養液から回収することを含む、方法。
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