JP2019516680A - オリゴヌクレオチド組成物およびその方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物およびその方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、特に、選択設計のキラル制御されたオリゴヌクレオチドと、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、それらの作製方法および使用方法とに関する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物とは異なる核酸高分子の切断パターンをもたらす。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、核酸高分子の相補的配列内で単一部位の切断をもたらす。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に記載されている、任意の塩基配列、ならびに／または塩基修飾、糖修飾、骨格修飾、および／もしくは立体化学のパターン、またはこれらの要素の組み合わせを有する。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は２０１６年５月４日に出願された米国仮特許出願第６２／３３１，９６０号、２０１７年１月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／４４７，８３２号、および２０１６年７月２２日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０４３５４２号の優先権を主張するものであり、これらの文献の各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
オリゴヌクレオチドは、治療用途、診断用途、研究用途、およびナノマテリアル用途などの様々な用途に有用なものである。天然に存在する核酸（例えば、未修飾ＤＮＡまたは未修飾ＲＮＡ）を治療用途で使用することは、例えば、細胞外ヌクレアーゼおよび細胞内ヌクレアーゼに対するその不安定な性質、ならびに／またはその低い細胞透過性および不均一な細胞分布のために限定される場合がある。例えば、新規なアンチセンスやｓｉＲＮＡのオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物といった、新規であり、改良されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物が必要とされている。
本開示は、特に、塩基配列、化学修飾（例えば、糖、塩基および／またはヌクレオチド間結合の修飾、ならびにそれらのパターン）、および／または立体化学（例えば、骨格キラル中心（キラルなヌクレオチド間結合）の立体化学および／またはそのパターン）などのオリゴヌクレオチドの構成要素が、オリゴヌクレオチドの特性、例えば、活性に対して大きな影響を与え得るという認識を包含する。いくつかの実施形態において、本開示が明らかにするのは、制御された構成要素、例えば、制御された化学修飾および／または制御された骨格立体化学パターンを有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物が、本明細書に記載の特性を含むが、これらには限定されない予想外の特性をもたらすことである。いくつかの実施形態において、本開示は、化学修飾および立体化学の組み合わせが、予想外の大幅に改善された特性（例えば、生物活性、選択性など）をもたらし得ることを示す。いくつかの実施形態において、本開示は、塩基の特定の配列、および／または糖修飾のパターン（例えば、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＭＯＥなど）、および／または塩基修飾のパターン（例えば、５−メチルシトシン）、および／または骨格修飾のパターン（ホスホロチオエートまたは修飾ホスホロチオエート）、および／または骨格キラル中心の立体化学のパターン（例えば、各ホスホロチオエートがＳｐまたはＲｐである）を有するオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間結合の修飾により、修飾結合内のリン原子がキラル中心に変換され得る。例えば、ホスホロチオエート（ＰＳ）修飾において、リン（Ｐ）原子に結合した非架橋酸素（Ｏ）原子のうちの１つが硫黄（Ｓ）原子で置換される。オリゴヌクレオチド合成においてＰＳ修飾を用いると、結果としてリンでキラル中心が生じるが、これは「Ｓｐ」配置または「Ｒｐ」配置のいずれかを有し得るものである。例えば、１９個のＰＳ結合を有する従来のステレオランダムな（例えば、２０ヌクレオチド長、１９個のＰＳ修飾を有し、その各々がＰＳ修飾で２つの取り得る立体化学（ＳｐまたはＲｐ）を備えた）ＰＳ修飾オリゴヌクレオチド組成物は、５００，０００（２１９）を超える立体異性体のランダムな混合物であり、それぞれが同じヌクレオチド配列（例えば、塩基の配列）を有するが、それらの骨格に沿った立体化学が異なっており、こうした組成物は「ステレオランダムな」オリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態において、ステレオランダムな組成物とは対照的に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、組成物中の所定のレベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。いくつかの実施形態において、一部のオリゴヌクレオチド組成物はステレオ純粋（すなわち、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）であり、各ＰＳでの立体化学が定められている（ＳｐまたはＲｐ）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物において、様々なオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列、糖修飾の同じパターン（例えば、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＯＭｅなど）、塩基修飾の同じパターン（例えば、５−メチルシトシン）、および骨格修飾の同じパターン（ホスフェートまたはＰＳ）を有するが、骨格キラル中心の異なるパターンを有する場合があり、それらのレベルは、立体制御されていない合成のためにランダムとなる（キラル補助基を使用する本明細書に例示した特定の方法のように立体制御された合成によって予め決められるわけではない）。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドのステレオランダムな調製物よりも高い所望の生物活性（例えば、ＲＮＡ干渉またはＲＮａｓｅ Ｈ媒介経路における高い活性、効率など）を有し、かつ望まれていない活性（例えば、望まれていない免疫原性、毒性など）を減少させるように選択することができる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、変異型（ｍｕ）と野生型（ｗｔ）のＨＴＴ配列（単一のｎｔの相違を有する）を区別しやすくすることができる。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、例えば、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において、互いに異なる複数の別個の化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学が制御されていない場合、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物は、未確定のレベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されていない組成物を与える。これらの立体異性体は、同じ塩基配列および／または化学修飾を有する場合があるが、その異なる骨格立体化学に少なくとも起因して異なる化学的実体となり、本明細書に示されるように、異なる特性（例えば、生物活性など）を有する可能性がある。特に、本開示は、目的のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、または該立体異性体を含む新規な組成物を提供する。いくつかの実施形態において、特定の立体異性体は、例えば、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定められてもよい。当技術分野において理解されるように、いくつかの実施形態において、塩基配列は、オリゴヌクレオチド内の塩基残基の同一性および／もしくは修飾状態、ならびに／またはこうした残基のハイブリダイゼーション性（すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力）に言及することができる。
本開示は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および／または活性（例えば、機能特性および／または毒性特性）を示し得ることを明らかにする。さらに、本開示が明らかにするのは、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めることおよび／または配置することによってもたらされる安定性および／または活性の改善が、特定の骨格結合、残基修飾などの使用によって（例えば、特定のタイプの修飾されたホスフェート（例えば、ホスホロチオエート、置換されたホスホロチオエートなど）、糖の修飾（例えば、２’−修飾など）、および／または塩基の修飾（例えば、メチル化など）の使用によって）もたらされる改善に匹敵し得るか、またはそれよりさらに優るものになり得ることである。
特に、本開示は、いくつかの実施形態において、骨格のキラル中心のパターンを、オリゴヌクレオチドの１つまたは複数の他の特徴（例えば、結合パターン、ヌクレオシド修飾パターンなど）の調節／最適化と任意選択的に組み合わせて最適化することによって、オリゴヌクレオチドの特性（例えば、安定性および／または活性など）を調節可能であることを認めている。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの安定性および／または生物学的活性を予想外に大きく向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、活性の驚くべき増加をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性および活性の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドを利用して核酸高分子を切断する場合、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子の切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第２の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは切断部位の数を最小にし、それにより、そのオリゴヌクレオチドに相補的である標的核酸高分子の配列内のただ１つの部位で標的核酸高分子が切断されるようになる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）のみが異なる２つの標的配列間の切断選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉの構造を有する提供されるオリゴヌクレオチドのキラル中心などの骨格キラル中心のパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍであるか、またはこれらのうちの１つまたは複数のリピートを含む。本明細書に記載のいくつかの実施形態において、ｍは１〜５０であり、ｎは１〜１０であり、ｔは１〜５０である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むか、またはこれらである。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２）を含むか、またはこれらである。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれ以上連続している（Ｓｐ）位置を含む配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、少なくとも５個の連続している（Ｓｐ）位置を含む配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、少なくとも８個の連続している（Ｓｐ）位置を含む配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、少なくとも１０個の連続している（Ｓｐ）位置を含む配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、ＳＮＰの位置にあるかまたはそれに隣接する単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は１〜９ｎｔ長であり、コアは１〜１５ｎｔ長であり、３’末端の翼は１〜９ｎｔ長である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は５ｎｔ長であり、コアは１〜１５ｎｔ長であり、３’末端の翼は５ｎｔ長である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は１〜９ｎｔ長であり、コアは１０ｎｔ長であり、３’末端の翼は１〜９ｎｔ長である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は５ｎｔ長であり、コアは１０ｎｔ長であり、３’末端の翼は５ｎｔ長である。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は５ｎｔ長であり、コアは１０ｎｔ長であり、３’末端の翼は５ｎｔ長であり、少なくとも１つの翼は、２’−ＯＭｅ修飾を有するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、各翼は、２’−ＯＭｅ修飾を有する少なくとも１つのヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、両翼内の各ヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾を有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、単一の（Ｒｐ）を含み全てが（Ｓｐ）からなる配列であり、ここで、この分子は、翼−コア−翼フォーマットを有し、５’末端の翼は５ｎｔ長であり、コアは１０ｎｔ長であり、３’末端の翼は５ｎｔ長であり、各翼内の各ヌクレオチドは２’−ＯＭｅ修飾を有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは一本鎖であり、かつ翼−コア−翼フォーマットを有し、ここで、この分子の５’末端の翼は４〜８個のｎｔを含み、そのそれぞれが２’−ＯＭｅ修飾を有し、この分子の５’末端のｎｔは、Ｓｐ構造にホスホロチオエートを有し；コアは８〜１２個のｎｔを含み、そのそれぞれがＤＮＡ（２’−Ｈ）であり、それぞれが、Ｒｐ位置にホスホロチオエートを有する１個のｎｔを除いてＳｐ位置にホスホロチオエートを有し；この分子の３’末端の翼は、４〜８個のｎｔを含み、そのそれぞれが２’−ＯＭｅ修飾を有し、この分子の３’末端のｎｔはＳｐ構造にホスホロチオエートを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは一本鎖であり、かつ翼−コア−翼フォーマットを有し、ここで、この分子の５’末端の翼は６個のｎｔを含み、そのそれぞれが２’−ＯＭｅ修飾を有し、この分子の５’末端のｎｔは、Ｓｐ構造にホスホロチオエートを有し；コアは１０個のｎｔを含み、そのそれぞれがＤＮＡ（２’−Ｈ）であり、それぞれが、Ｒｐ位置にホスホロチオエートを有する１個のｎｔを除いてＳｐ位置にホスホロチオエートを有し；この分子の３’末端の翼は、６個のｎｔを含み、そのそれぞれが２’−ＯＭｅ修飾を有し、この分子の３’末端のｎｔはＳｐ構造にホスホロチオエートを含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、ヌクレオシドおよびヌクレオチド間結合の修飾などの化学修飾が、特性を向上させ得ることを認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、化学修飾および立体化学の組み合わせが、予想外の大幅に改善された特性（例えば、生物活性、選択性など）をもたらし得ることを示している。いくつかの実施形態において、糖、塩基、および／またはヌクレオチド間結合の修飾などの化合は、立体化学パターン、例えば、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍと組み合わせられて、驚くほどに改良された特性を有するオリゴヌクレオチドおよびその組成物を提供する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はキラル制御され、かつ１つまたは複数の糖部分の２’−修飾と、１個または複数の天然のホスフェート結合と、１個または複数のホスホロチオエート結合と、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２）の立体化学パターンとの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｏ−Ｉ：
Figure 2019516680
 の構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩を提供し、式中、
Ｒ５ｓは、Ｒ’もしくは−Ｙ−Ｒ’であり；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または、
２つ以上のＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、間に挟まれた原子に加えて０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい単環式、二環式、もしくは多環式の、飽和、部分不飽和、もしくはアリールの３〜３０員環を形成し；
各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−３０脂肪族、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員ヘテロアリール環、および１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員複素環から選択される置換されていてもよい基であるか；または、
２つ以上のＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、間に挟まれた原子に加えて０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい単環式、二環式、もしくは多環式の、飽和、部分不飽和、もしくはアリールの３〜３０員環を形成し；
Ｙは、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合であるか、またはＣ１−３０脂肪族および１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族基から選択される二価もしくは多価の、置換されていてもよい直鎖状もしくは分枝状の基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
−Ｃｙ−は、３〜３０員カルボシクリレン、６〜３０員アリーレン、１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員ヘテロアリーレン、および１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員ヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
ＢＡは、Ｃ１−３０脂環式、Ｃ６−３０アリール、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ３−３０ヘテロシクリル、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ５−３０ヘテロアリール、天然核酸塩基部分、および修飾された核酸塩基部分から選択される置換されていてもよい基であり
Figure 2019516680
 環Ａは、その間に挟まれた原子に加えて０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい多価の単環式、二環式、もしくは多環式の、飽和、部分不飽和、またはアリールの３〜３０員環であり；
それぞれのＲｓは独立して、Ｒ１、−Ｌ−Ｒ１、Ｒ’、または−Ｌ−Ｒ’であり；
ｔは０〜５であり；
ＳＵはＬ、または
Figure 2019516680
 であり、ここで、ＳＵはＣ３を介してＰＬに結合されており；
ＰＬは
Figure 2019516680
 であり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
ＸおよびＺのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｒ２ｓは、−Ｆ、−ＣＮ、−Ｎ３、−ＮＯ、−ＮＯ２、−Ｒ’−ＯＲ’、−ＳＲ’、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｏ−Ｌ−ＯＲ’、−Ｏ−Ｌ−ＳＲ’、若しくは−Ｏ−Ｌ−Ｎ（Ｒ’）２であり、又は、Ｒ２ｓは、Ｃ２とＣ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、若しくはＣ５とを結合するＬであり；
ｎは３より大きい整数であり；
Ｒ３ｓは、Ｒ’、−Ｙ−Ｒ’、−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−Ｒ’、または−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−固体支持体である。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのＰＬはキラル結合である。いくつかの実施形態において、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個のＰＬは独立して、リン原子が不斉であるという点において、キラル結合である。いくつかの実施形態において、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個のＰＬは、リン原子が不斉であるという点において、キラルである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも７個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも９個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１１個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１２個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１３個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個のＰＬは、キラルであり、連続している（間に非キラルのＰＬを含まない）。
いくつかの実施形態において、キラルＰＬは、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えるジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態において、それぞれのＰＬは独立して、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えるジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えるジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は５０％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は６０％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は７０％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は８０％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は８５％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９０％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９１％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９２％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９３％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９４％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９５％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９６％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９７％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９８％以上である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は９９％以上である。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのＰＬは天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個のＰＬは、天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個のＰＬは、天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、少なくとも２個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、少なくとも３個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、少なくとも４個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、少なくとも５個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、少なくとも６個の天然のホスフェート結合が連続している。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、連続した天然のホスフェート結合の１つまたは複数のストレッチを含み、各ストレッチが独立して、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれを超える天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各ストレッチは独立して、２個以上の複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各ストレッチは独立して、３個以上の複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各ストレッチは独立して、４個以上の複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各ストレッチは独立して、５個以上の複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各ストレッチは独立して、６個以上の複数の天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１０塩基対、１１塩基対、１２塩基対、１３塩基対、１４塩基対、１５塩基対、１６塩基対、１７塩基対、１８塩基対、１９塩基対、２０塩基対、２１塩基対、２２塩基対、２３塩基対、２４塩基対、２５塩基対、２６塩基対、２７塩基対、２８塩基対、２９塩基対、３０塩基対の、ＳＮＰを繋ぐ配列と、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、ＳＮＰは、ｍＨＴＴ、例えば、伸長ＣＡＧリピートと関連する本明細書に記載のものに関連している。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ある疾患（例えば、ハンチントン病の伸長ＣＡＰリピート）に関連する特徴的な配列と同一の対立遺伝子上のＳＮＰにマッチングする配列を含み、その結果、ある疾患に関連する転写物（例えば、伸長ＣＡＧリピート、変異などを含む転写物）のレベルが選択的に減少する。ＳＮＰの例、例えば、本開示に記載のＳＮＰは、当技術分野で広く知られており、本開示に基づいて標的とされ得る。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣの配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡの配列を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣと６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の同一性を共有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣのうちの少なくとも１５個の連続したｎｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のミスマッチを有するＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ｎは４〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは５〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは６〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは７〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは８〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは９〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１０〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１１〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１２〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１３〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１４〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１５〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１６〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１７〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１８〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１９〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは２０〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５から、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、または２００までである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、式Ｏ−Ｉの構造を有し、式中：
ｎは９〜１００であり；
オリゴヌクレオチドは少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、またはそれを超えるキラルＰＬを含み；
オリゴヌクレオチドは、連続した天然のホスフェート結合の１つまたは複数のストレッチを含み、天然のホスフェート結合の各ストレッチが独立して、少なくとも２個、３個、４個、またはそれを超える連続した天然のホスフェート結合を含み；
少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、またはそれを超えるキラルＰＬは独立して、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、またはそれを超えるジアステレオ純度を有する。
いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｏ−Ｉの構造を有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、その組成物は、該組成物における所定のレベルのオリゴヌクレオチドが同一の式Ｏ−Ｉの構造を有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｏ−Ｉの構造を有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、式Ｏ−Ｉの構造を有するオリゴヌクレオチドは、その組成物において１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えるジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態において、ジアステレオ純度は、（ＤＰＳ）ｎ、例えば、（８０％）ｎ、（８５％）ｎ、（９０％）ｎ、（９１％）ｎ、（９２％）ｎ、（９３％）ｎ、（９４％）ｎ、（９５％）ｎ、（９６％）ｎ、（９７％）ｎ、（９８％）ｎ、（９９％）ｎ、またはそれを超えるものであり、ｎはキラルＰＬの数であり、各ＤＰＳは独立してキラルＰＬのジアステレオ純度である。当業者に認識されるように、二量体（例えば、ＢＡ（ｘ）−ＰＬ−ＢＡ（ｘ＋１））から求めたＤＰＳを用いて、さらに長いオリゴヌクレオチド（例えば、ＢＡ（１）…ＢＡ（ｘ）−ＰＬ−ＢＡ（ｘ＋１）…ＢＡ（ｎ））のジアステレオ純度を計算することができる。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、または１５個のキラルＰＬを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、または１５個のキラルＰＬを含む。
いくつかの実施形態において、ＰＬのＰはＰ＊という不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかである。いくつかの実施形態において、ＰＬは式Ｉ
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、ＰＬは
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、ＰＬは式Ｉの構造を有し：
Figure 2019516680
 式中、
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
各Ｒ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環、もしくはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターンを有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、その組成物は、該組成物中の所定のレベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点において、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、その組成物は、該組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド構成要素（例えば、化学修飾、骨格結合、骨格キラル中心および／または骨格リン修飾のパターン）の組み合わせが、驚くほどに改善された生物活性などの特性を与え得ることを認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の翼領域および共通コア領域を備えた所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで：
各翼領域は独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して任意選択的に１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み；
コア領域は独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み、かつ共通コア領域が：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターンを有する。
いくつかの実施形態において、提供されたオリゴヌクレオチド、例えば、提供された組成物中のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、式Ｏ−Ｉの構造を有する。
いくつかの実施形態において、翼−コア−翼フォーマットを含むオリゴヌクレオチドにおいて、「翼」はコアの５’末端または３’末端にあるオリゴヌクレオチドの一部であり、「コア」（あるいは「ギャップ」と称される）は２つの翼の間にある。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、単一の翼と単一のコアとを有することができ；このような場合、翼は、オリゴヌクレオチドの５’末端または３’末端にある。翼およびコアは、いくつかの構成要素（例えば、糖、塩基、骨格の修飾もしくは修飾パターン、または骨格立体化学などの）のいずれかにより定められ得る。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、ヌクレオシド修飾により定められ、ここで、翼は、コア領域にはないヌクレオシド修飾を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾の翼−コア構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾のコア−翼構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾の翼−コア−翼構造を有する。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、糖部分の修飾により定められる。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、塩基部分の修飾により定められる。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は、コア領域には見られない同一の２’−修飾を有する。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は、コア領域のどの糖修飾とも異なる同一の２’−修飾を有する。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は、同一の２’−修飾を有し、コア領域は２’−修飾を持たない。いくつかの実施形態において、２つ以上の翼が存在する場合、翼領域内の各糖部分は同一の２’−修飾を有するが、第１の翼領域内の共通２’−修飾は、第２の翼領域内の共通２’−修飾と同一である場合もあり、異なる場合もある。
いくつかの実施形態において、各翼は、少なくとも１つのキラルなヌクレオチド間結合と、少なくとも１つの天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、各翼は、少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、各翼の糖部分は修飾されている。いくつかの実施形態において、翼の糖部分は、コア領域にはない修飾によって修飾されている。いくつかの実施形態において、翼領域のみが、その末端の一方または両方に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼領域のみが、その５’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼領域のみが、その３’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼領域のみが、その５’末端および３’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの５’末端に繋がり、翼のみがその５’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの５’末端に繋がり、翼のみがその３’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの５’末端に繋がり、翼のみがその５’末端と３’末端の両方に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの３’末端に繋がり、翼のみがその５’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの３’末端に繋がり、翼のみがその３’末端に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、翼はコアの３’末端に繋がり、翼のみがその５’末端と３’末端の両方に修飾ヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、１つの翼における糖部分もしくはヌクレオチド間結合への修飾（複数可）または他の修飾は、別の翼における修飾と異なり得る。
いくつかの実施形態において、コア領域内の各ヌクレオチド間結合は修飾されている。いくつかの実施形態において、コア領域内の各ヌクレオチド間結合はキラルである。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍの骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２）の骨格キラル中心のパターンを有する。特に、本開示は、いくつかの実施形態において、こうしたパターンが、標的配列（例えば、ＲＮＡ配列）の切断の制御をもたらすか、またはそれを高めることができることを示している。
いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、その組成物が個々のオリゴヌクレオチドタイプの所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドタイプは、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格のキラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターンによって定められるという点でキラル制御された、オリゴヌクレオチド組成物である。
いくつかの実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプは、
１Ａ）塩基同一性；
１Ｂ）塩基修飾のパターン；
１Ｃ）糖修飾のパターン；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格のキラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターンによって定められ得る。
したがって、いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同一の塩基を共有してもよいが、それらの塩基修飾および／または糖修飾のパターンが異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同一の塩基および塩基修飾のパターン（例えば、塩基修飾がない場合を含む）を共有してもよいが、糖修飾のパターンが異なっていてもよい。
いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列（長さを含む）、糖部分および塩基部分への化学修飾の同じパターン、骨格結合の同じパターン（例えば、天然のホスフェート結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびこれらの組み合わせのパターン）、骨格キラル中心の同じパターン（例えば、キラルなヌクレオチド間結合の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン）、ならびに骨格リン修飾の同じパターン（例えば、−Ｓ−、および式Ｉの−Ｌ−Ｒ１などのヌクレオチド間リン原子の修飾のパターン）を有するという点で化学的に同一である。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの配列は、表Ｎ１、表Ｎ２、表Ｎ３、表Ｎ４、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの配列は、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−９３７、ＷＶ−１９０、ＷＶ−１９０１、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−９３７の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１０９０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１０９１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１０８７の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３８０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１５１０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１９の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１４９７の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０２の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。
特に、本開示は、オリゴヌクレオチドの立体選択的な（ステレオランダムでもラセミでもない）調製の課題を認識している。本開示は、とりわけ、複数の（例えば、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超、または１０個超の）ヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドの立体選択的な調製のための、特に複数の（例えば、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超、または１０個超の）キラルなヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドの調製のための方法および試薬を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのステレオランダム調製またはラセミ調製において、少なくとも１個のキラルなヌクレオチド間結合が、９０：１０未満、９５：５未満、９６：４未満、９７：３未満、または９８：２未満のジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９０：１０超、９５：５超、９６：４超、９７：３超、または９８：２超のジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９５：５を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９６：４を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９７：３を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９８：２を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９９：１を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内のキラルなヌクレオチド間結合のジアステレオ選択性は、モデル反応、例えば、実質的に同じかまたは同等の条件下での二量体の生成により測定されてもよく、その条件では、二量体がキラルなヌクレオチド間結合と同じヌクレオチド間結合を有し、二量体の５’−ヌクレオシドがキラルなヌクレオチド間結合の５’−末端へのヌクレオシドと同じであり、二量体の３’−ヌクレオシドがキラルなヌクレオチド間結合の３’−末端へのヌクレオシドと同じである。
特に、驚いたことに、ある特定の提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列の切断、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈによる標的ＲＮＡの切断のこれまでにはない制御を実現することが明らかになっている。いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの化学特性および立体化学特性の正確な制御によって、立体化学特性が制御されていないがそれ以外は同等の調製物と比較して、オリゴヌクレオチド調製物の活性が改善することを示す。とりわけ、本開示は、具体的には、提供されるオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする核酸標的の切断速度、切断程度および／または切断特異性が改善されることを示している。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物の様々な使用を提供する。特に、本開示は、例えば、塩基配列、化学修飾、立体化学などのオリゴヌクレオチドの構成要素を制御することにより、オリゴヌクレオチドの特性を大幅に改善することができることを示す。例えば、いくつかの実施形態において、本開示は、標的核酸配列の転写物を高度に選択抑制するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、疾患を引き起こすコピー（例えば、疾患を引き起こす対立遺伝子）からの転写物を抑制することによって対象を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、標的配列の転写物を抑制する際に驚くほどに向上した活性および／または選択性を有するオリゴヌクレオチド組成物を設計および調製するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制をもたらすオリゴヌクレオチド組成物を設計および／または調製するための方法を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、該方法は、
核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子と、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程であって、該組成物が、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸高分子に見られる標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターンによって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている、該接触させる工程を備える。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子を、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させる際に観察される切断パターンを変更するための方法を提供し、この特定の塩基配列は、標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該方法は、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させることを含み、その組成物は、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；ならびに
３）骨格キラル中心の特定のパターンによって特徴付けられる単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、該特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の類似核酸配列が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を抑制する方法を提供し、その標的配列および類似配列のそれぞれが、類似配列に対して標的配列を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、標的核酸配列を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的核酸配列と類似核酸配列の両方の転写物を含む系と接触する場合、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点において特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の類似核酸配列が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を抑制する方法を提供し、その標的配列および類似配列のそれぞれが、類似配列に対して標的配列を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、標的核酸配列を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的核酸配列と類似核酸配列の両方の転写物を含む系と接触する場合、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点において特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、標的核酸配列の転写物は、類似核酸配列のいずれか１つに対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制される。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ核酸配列の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ核酸配列の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ遺伝子の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ遺伝子の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ遺伝子の別の対立遺伝子との両方の転写物を発現する系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物がないときよりも高いか；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いか；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物がないときよりも高いか；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いか；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的遺伝子の転写物を発現する系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物の発現が、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍か；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いか；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍であり、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的遺伝子の転写物を発現する系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物の発現が、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍か；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いか；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍であり、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的遺伝子の転写物を発現する系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物の発現が、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍か；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いか；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍であり、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的遺伝子の転写物を発現する系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物の発現が、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍か；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いか；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍であり、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチドの特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定める突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ヌクレオチドの特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定める点変異を含む。いくつかの実施形態において、ヌクレオチドの特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定めるＳＮＰを含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、特定の配列のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法を提供し、その組成物は、標的配列の転写物の選択的な抑制をもたらし、これには、
１）特定の配列と同じである共通の塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターンであって、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、
ｍは１〜５０であり；
ｎは１〜１０であり；
ｔは１〜５０であり；かつ
各Ｎｐは独立したＲｐまたはＳｐである）を備える共通パターンによって特徴付けられた、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することが含まれる。
通常、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド組成物の活性は、任意の適切なアッセイを用いて評価することができる。異なる組成物（例えば、立体制御された組成物対立体制御されていない組成物、および／または種々の立体制御された組成物）の相対的な活性は、通例望ましくは、同じアッセイにおいて測定され、いくつかの実施形態では実質的に同時に測定され、いくつかの実施形態では過去の結果を参照して測定される。
当業者は、特定のオリゴヌクレオチド組成物に適切なアッセイを把握しており、かつ／または容易に開発することができるはずである。本開示は、ある特定のアッセイを説明しており、そのアッセイは、例えば、標的配列のＲＮａｓｅ Ｈ切断に関するオリゴヌクレオチド組成物の挙動の１つまたは複数の特徴を評価するのに有用であり得るものである。
例えば、ＲＮａｓｅ Ｈ切断の１つまたは複数の特徴（例えば、切断の速度、切断程度および／または切断の選択性）の評価において有用であり得る特定のアッセイは、本明細書（例えば、実施例４、９〜１０、１２、１４、１７〜２０などのうちの１つまたは複数）に記載および／または例示される任意のアッセイに記載のアッセイを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、本開示は、塩基配列が、オリゴヌクレオチドの特性に影響を与え得ることを認めている。本開示は、設計された塩基配列と組み合わせた化学修飾および立体化学修飾が、予想外に改善された特性（例えば、驚くほどにより高い活性および／または選択性など）を有するオリゴヌクレオチド組成物をもたらし得ることを示す。いくつかの実施形態において、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な別の共通塩基配列と比べて、良好な活性をもたらす。いくつかの実施形態において、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な別の共通塩基配列と比べて、良好な選択性をもたらす。
いくつかの実施形態において、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物は、標的核酸配列の特徴的な配列要素に相補的な別の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの別の組成物と比べた場合、標的核酸配列からの転写物の切断速度が速くなり、かつ／または唯一の主要な切断部位を有する切断パターンをもたらし、その主要な切断部位は、ヌクレオチドの特徴的な配列内にあるか、または該配列に近接している。いくつかの実施形態において、相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物は、別の相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの別の組成物と比べた場合、標的核酸配列からの転写物の切断速度が速くなり、かつ唯一の主要な切断部位を有する切断パターンをもたらし、その主要な切断部位は、ヌクレオチドに特徴的な配列内にあるか、または該配列に近接している。いくつかの実施形態において、例えば、適した方法、例としてＲＮａｓｅ Ｈアッセイにより測定される場合、切断の５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、または９０％超が、１つの主要な切断部位で起こる。いくつかの実施形態において、相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物は、別の相補的な共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの別の組成物と比べた場合、標的核酸配列からの転写物の切断速度が速くなり、かつ唯一の主要な切断部位を有する切断パターンをもたらし、その主要な切断部位は、他の類似配列に対して標的配列を定める突然変異内またはＳＮＰ内にあるか、またはこれらに近接している。いくつかの実施形態において、突然変異は点変異である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、他の類似配列に対して標的配列を定める突然変異またはＳＮＰに隣接している。いくつかの実施形態において、各共通塩基配列は、標的核酸配列の特徴的な配列要素に対して１００％相補的である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、他の類似配列に対して標的配列を定める突然変異またはＳＮＰから５個未満、４個未満、３個未満、または１個未満のヌクレオチド間結合内にある。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、他の類似配列に対して標的配列を定める突然変異またはＳＮＰから５個未満、４個未満、３個未満、または１個未満のヌクレオチド間結合内にあり、同じ共通配列を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物および／または同じ共通配列を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドの組成物が使用される場合には、切断部位から５個未満、４個未満、３個未満、または１個未満のヌクレオチド間結合内にある。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、同じ共通配列を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物が使用される場合の切断部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、同じ共通配列を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物が使用される場合の主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、同じ共通配列を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドの組成物が使用される場合の切断部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、同じ共通配列を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドの組成物が使用される場合の主要な切断部位である。
いくつかの実施形態において、第１の共通塩基配列と第２の共通塩基配列の影響を比較するとき、第１の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物が、第２の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物と比較され得る。いくつかの実施形態において、ステレオランダム組成物は、共通塩基配列と、ヌクレオシド修飾の共通パターンと、骨格結合の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、ステレオランダム組成物は、共通塩基配列と、ヌクレオシド修飾の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドの組成物であり、各ヌクレオチド間結合がホスホロチオエートである。いくつかの実施形態において、第１の共通塩基配列と第２の共通塩基配列の影響を比較するとき、第１の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、第２の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較され得る。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列と、ヌクレオシド修飾の共通パターンと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンと、骨格リン修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、各ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートである。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド組成物および技術は、特にハンチントン病の治療に有用である。例えば、いくつかの実施形態において、本開示は、ハンチントン病に関連する核酸の切断（例えば、ＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断）を誘導する立体化学的に制御されたオリゴヌクレオチド組成物を定める。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、特定の標的配列の１つまたは複数の（例えば、全ての非ハンチントン病関連の）他の対立遺伝子と比べて、該標的配列のハンチントン病関連対立遺伝子の優先的な切断を誘導する。
ハンチントン病は、脳の神経細胞の進行性変性を引き起こし、対象の運動能力および認知能力に影響を与える可能性がある遺伝性疾患である。いくつかの実施形態において、ハンチントン病は常染色体優性障害である。いくつかの実施形態において、ハンチントン病は、ハンチンチン遺伝子の突然変異によって引き起こされる。正常なＨＴＴ遺伝子は、１０〜３５のＣＡＧトリヌクレオチドリピートを含む。４０以上のリピートを有する人は、障害を発症することが多い。いくつかの実施形態において、ＨＴＴ遺伝子の第１エクソン上の伸長ＣＡＧセグメントは、ハンチンチンタンパク質の異常に長いバージョン（伸長ポリグルタミン鎖）の産生をもたらし、このタンパク質は毒性のある小さいフラグメントに切断され、これらのフラグメントが結合してニューロンに蓄積し、細胞の正常な機能を乱すことになる。Ｗａｒｂｙら（Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ．２００９，８４（３），３５１−３６６）は、疾患の染色体に関連する、以前に報告されたものよりもＣＡＧ伸長との強い連鎖関連性を持つＳＮＰを多数報告した。ＣＡＧ伸長に強く関連する多くのＳＮＰは独立して分離しておらず、互いに連鎖不平衡にある。とりわけ、本開示は、特定のＳＮＰとＣＡＧ伸長染色体との間の強い関連性によって、例えば、アンチセンス療法によるハンチントン病の治療のための魅力的な治療機会が得られることを認めている。さらに、ＨＤ患者における高頻度のヘテロ接合性と組み合わさった特定のＳＮＰの関連性によって、変異遺伝子産物の対立遺伝子特異的ノックダウンに適した標的が得られる。参考文献の例として、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ ２，２０１３，４９１−５００；Ａｒｏｎｉｎ，Ｎｅｉｌ ａｎｄ Ｐｆｉｓｔｅｒ，Ｅｄｉｔｈ ＷＯ ２０１０／１１８２６３ Ａ１；Ｐｆｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００９，１９，７７４−７７８を参照されたい。
いくつかの実施形態において、本開示の標的ＳＮＰは、ＨＤにおいて高頻度のヘテロ接合性を有し、かつ、変異ＨＴＴ対立遺伝子に関連する特定の変異体を有する。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０７である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ７６８５６８６である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰは結合されていなくてもよいが、高いヘテロ接合の頻度を有してもよい。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２２６８（３’−ＵＴＲ領域）である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０６（３’−ＵＴＲ領域）である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ２５３０５９５である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３３１である。
いくつかの実施形態において、対象のハンチントン病を治療または予防するための提供される方法は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態において、対象のハンチントン病を治療または予防するための提供される方法は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
いくつかの実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の症状を寛解させる。いくつかの実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の発症を遅らせる。いくつかの実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の進行を遅らせる。
いくつかの実施形態において、本開示は、所与のオリゴヌクレオチド組成物に適した患者を識別するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、患者層別化のための方法を提供する。いくつかの実施形態において、提供される方法は、疾患を引き起こす対立遺伝子に関連する突然変異および／またはＳＮＰを同定することを含む。例えば、いくつかの実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病に関連するかまたはハンチントン病を引き起こす伸長ＣＡＧリピートに関連付けられるＳＮＰを、対象において同定することを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、対象のハンチンチン遺伝子にＳＮＰを有する。いくつかの実施形態において、対象はＳＮＰを有し、ここで、１つの対立遺伝子は、伸長ＣＡＧリピートに関連付けられる変異ハンチンチンである。いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１、またはｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、疾患を引き起こす対立遺伝子（変異）由来のＳＮＰを含む配列に相補的な配列を有し、その組成物は、疾患を引き起こす対立遺伝子からの発現を選択的に抑制する。
いくつかの実施形態において、提供される技術（化合物、組成物、方法など）におけるオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、該配列からなるか、または該配列である。いくつかの実施形態において、配列は、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、または表８から選択される。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３８０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１５１０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１９の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１４９７の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０２の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、脂質とオリゴヌクレオチドとを含む。いくつかの実施形態において、脂質は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと、以下のリストから選択される脂質とを含む：ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、ツルビナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸、およびジリノレイル。いくつかの実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと、以下のリストから選択される脂質とを含む：ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、ツルビナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイル。
いくつかの実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと、以下から選択される脂質とを含む：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、組成物はオリゴヌクレオチドと脂質とを含み、
その脂質は、１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換されていてもよい、Ｃ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらは、
１）共通の塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターン；
を共有し、ここで、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは、脂質に個別にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらは、
１）共通の塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターン；を共有し、
ここで、
その組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合において同じ立体化学を共有するという点で、キラル制御されており；
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは、脂質に個別にコンジュゲートされており；かつ
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは、標的化合物または標的部分に、任意選択的に個別にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、ヒト対象の細胞または組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法は、
（ａ）本明細書に記載の実施形態のいずれか１つに記載の組成物を提供することと；
（ｂ）オリゴヌクレオチドが対象の細胞または組織に送達されるように、組成物をヒト対象に投与することとを含む。
いくつかの実施形態において、細胞または組織にオリゴヌクレオチドを送達するための方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物を調製することと、細胞または組織を組成物と接触させることとを含む。
いくつかの実施形態において、細胞内の遺伝子の転写物または遺伝子産物のレベルを調節する方法であって、該方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物と細胞とを接触させる工程を含み、オリゴヌクレオチドは転写物または遺伝子産物のレベルを調節することができる。
いくつかの実施形態において、細胞または組織内の遺伝子の発現を阻害するための方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物を調製することと、細胞または組織を組成物で処理することとを含む。
いくつかの実施形態において、哺乳動物の細胞または組織内の遺伝子の発現を阻害するための方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物を調製することと、組成物を哺乳動物に投与することとを含む。
いくつかの実施形態において、対象の細胞または組織内の１つまたはいくつかのタンパク質の過剰発現によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、該方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物の対象への投与を含む。
いくつかの実施形態において、対象における１つまたはいくつかのタンパク質の発現が減少、抑制、または欠損することによって引き起こされる疾患を治療する方法であって、該方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物の対象への投与を含む。
いくつかの実施形態において、対象の免疫応答を惹起するための方法であって、該方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物の対象への投与を含み、その生物活性化合物が免疫調節核酸である。
いくつかの実施形態において、ハンチントン病の徴候および／または症状を治療するための方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つに記載の組成物を提供することと、その組成物を対象に投与することとによる。
いくつかの実施形態において、細胞内のＲＮａｓｅＨ媒介切断の量を調節する方法であって、該方法は、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物と細胞とを接触させる工程を含み、オリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅＨ媒介切断の量を調節することができる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドを、それを必要とする対象に投与する方法は、薬剤脂質を含む組成物を提供する工程と、その組成物を対象に投与する工程とを含み、薬剤は、本明細書に開示された任意の薬剤であり、脂質は、本明細書に開示された任意の脂質である。
いくつかの実施形態において、対象の疾患を治療する方法であって、該方法は、薬剤脂質を含む組成物を提供する工程と、治療上有効な量の組成物を対象に投与する工程とを含み、薬剤は、本明細書に開示された任意の薬剤であり、脂質は、本明細書に開示された任意の脂質であり、疾患は、本明細書に開示された任意の疾患である。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、非置換Ｃ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、１つ以下の置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、２つ以上の置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、三環式または多環式の部分を含まない。
いくつかの実施形態において、脂質は、Ｒ１−ＣＯＯＨ（式中、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖である）の構造を有する。
脂質がそのカルボキシル基によりコンジュゲートされている、請求項１６のいずれか１項に記載の組成物または方法。
脂質が、
Figure 2019516680
から選択される、本明細書に記載の実施形態のいずれか１つによる組成物または方法。
いくつかの実施形態において、脂質は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、脂質は、オリゴヌクレオチドに直接コンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、脂質は、リンカーを介してオリゴヌクレオチドとコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、リンカーは、電荷を帯びていないリンカー；電荷を帯びたリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐鎖リンカー；非分岐鎖リンカー；少なくとも１つの切断基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元切断基を含むリンカー；少なくとも１つのホスフェートベースの切断基を含むリンカー；少なくとも１つの酸切断基を含むリンカー；少なくとも１つのエステルベースの切断基を含むリンカー；および少なくとも１つのペプチドベースの切断基を含むリンカーから選択される。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドは、同じ位置の同じ脂質に個別にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、脂質は、リンカーによりオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは独立して、標的化合物または標的部分にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは独立して、脂質および標的化合物または標的部分にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数のオリゴヌクレオチドは独立して、一端で脂質に、他端で標的化合物または標的部分にコンジュゲートされている。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちのオリゴヌクレオチドは、同じ化学修飾パターンを共有する。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちのオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の塩基修飾を含む同じ化学修飾パターンを共有する。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドのうちのオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の糖修飾を含む同じ化学修飾パターンを共有する。
いくつかの実施形態において、共通の塩基配列は細胞内の転写物とハイブリダイズすることができ、この転写物は、ハンチントン病と関連がある突然変異を含むか、またはこの転写物のレベル、活性および／もしくは分布がハンチントン病と関連している。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは核酸である。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与するオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、疾患または障害はハンチントン病である。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ８０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基（各変数は独立して本明細書に定義され、記述されている）で、任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ８０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ８０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ６０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ６０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ６０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基（各変数は独立して本明細書に定義され、記述されている）で、任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ８０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ６０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基（各変数は独立して本明細書に定義され、記述されている）で、任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、脂質は、置換されていてもよいＣ１０−Ｃ４０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、組成物は、以下から選択される１つまたは複数の追加の成分をさらに含む：ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、色素、挿入剤、アクリジン、架橋剤、プソラレン、マイトマイシンＣ、ポルフィリン、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン、多環式芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、ＥＤＴＡ、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ、ＰＥＧ−４０Ｋ、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識したマーカー、酵素、ハプテン・ビオチン、輸送／吸収促進剤、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、コリガンドに対する特異親和性を有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子、選択性剤、または薬剤。いくつかの実施形態において、組成物は、以下から選択される１つまたは複数の追加の成分をさらに含む：ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、色素、挿入剤、アクリジン、架橋剤、プソラレン、マイトマイシンＣ、ポルフィリン、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン、多環式芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、ＥＤＴＡ、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ、ＰＥＧ−４０Ｋ、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識したマーカー、酵素、ハプテン・ビオチン、輸送／吸収促進剤、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、コリガンドに対する特異親和性を有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子、または薬剤。
いくつかの実施形態において、本開示は、選択性剤にコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、選択性剤を含むオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドタイプを備えた組成物を提供する。いくつかの実施形態において、選択性剤は、ドーパミントランスポーター（ＤＡＴ）、セロトニントランスポーター（ＳＥＲＴ）、およびノルエピネフリントランスポーター（ＮＥＴ）からなる群から選択される１つまたは複数の神経伝達物質トランスポーターに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、選択性剤は、ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取り込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、選択性剤は、トリプル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリン・ドーパミンダブル再取り込み阻害剤、セロトニンシングル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリンシングル再取り込み阻害剤、およびドーパミンシングル再取り込み阻害剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、選択性剤は、ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、選択性剤は、米国特許第９，０８４，８２５号および米国特許第９，１９３，９６９号、ならびに国際公開第２０１１１３１６９３号、国際公開第２０１４０６４２５８号に記載の選択性剤から選択される。
いくつかの実施形態において、脂質は、Ｃ１０−Ｃ８０の飽和または部分的に不飽和の直鎖脂肪族鎖を含む。
いくつかの実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと脂質とを結合するリンカーをさらに含み、ここで、リンカーは、以下から選択される：電荷を帯びていないリンカー；電荷を帯びたリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐鎖リンカー；非分岐鎖リンカー；少なくとも１つの切断基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元切断基を含むリンカー；少なくとも１つのホスフェートベースの切断基を含むリンカー；少なくとも１つの酸切断基を含むリンカー；少なくとも１つのエステルベースの切断基を含むリンカー；少なくとも１つのペプチドベースの切断基を含むリンカー。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物もしくはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらであり、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらであり、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、表４に列挙した任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらであり、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。
オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
疾患または障害がハンチントン病である、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
オリゴヌクレオチドが、変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示された任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、該配列からなるか、または該配列である、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
オリゴヌクレオチドが、野生型ハンチンチン対立遺伝子と変異ハンチンチン対立遺伝子を区別することができる、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
オリゴヌクレオチドが、変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
オリゴヌクレオチドが、表４に開示された任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、該配列からなるか、または該配列である、本明細書に記載の実施形態のいずれかに記載の組成物または方法。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物もしくはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらであり、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１のいずれかの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３７８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２３８０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１５１０の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１９の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１１の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−１４９７の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０２の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６１８の配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、ＷＶ−２６０１の配列を含むか、または該配列からなる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの配列は、塩基配列（長さを含む）；糖部分および塩基部分への化学修飾のパターン；骨格結合のパターン；天然のホスフェート結合のパターン、ホスホロチオエート結合のパターン、ホスホロチオエートトリエステル結合のパターン、およびこれらの組み合わせ；骨格のキラル中心のパターン；キラルなヌクレオチド間結合の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン；骨格のリン修飾のパターン；ヌクレオチド間リン原子の修飾のパターン（例えば、−Ｓ−、および式Ｉの−Ｌ−Ｒ１など）のうちの任意の１つまたは複数を含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０ヌクレオチドであり、骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含み、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、標的配列を含む塩基配列を有する核酸の切断のための方法を提供し、本方法は：
（ａ）標的配列を含む塩基配列を有する核酸を、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸内の標的配列に相補的である配列であるかまたは該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０ヌクレオチドであり、骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含み、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、標的配列を含む塩基配列を有する核酸の切断のための方法を提供し、該方法は、
（ａ）標的配列を含む塩基配列を有する核酸を、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸内の標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程であって、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０ヌクレオチドであり、骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含み、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む、接触させる工程と；
（ｂ）ＲＮａｓｅＨまたはＲＮＡ干渉機構によって媒介される、核酸を切断する工程とを含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物は、以下の群から選択される選択性剤をさらに含む：ドーパミントランスポーター（ＤＡＴ）、セロトニントランスポーター（ＳＥＲＴ）、およびノルエピネフリントランスポーター（ＮＥＴ）からなる群から選択される１つまたは複数の神経伝達物質トランスポーターに特異的に結合する化合物の群；ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取り込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群；トリプル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリン・ドーパミンダブル再取り込み阻害剤、セロトニンシングル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリンシングル再取り込み阻害剤、およびドーパミンシングル再取り込み阻害剤からなる群；ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群。
いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド、ならびにＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１のうちのいずれかの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３７８の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３８０の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１５１０の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１９の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１１の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１４９７の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０２の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１８の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０１の塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。
いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド、ならびにＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１のうちのいずれかの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３７８の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３８０の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１５１０の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１９の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１１の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１４９７の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０２の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１８の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０１の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。
いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンは、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド、ならびにＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、またはＷＶ−２６０１のうちのいずれかの塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３７８の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２３８０の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１５１０の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１９の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１１の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−１４９７の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０２の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６１８の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態において、提供される組成物はオリゴヌクレオチドを含み、そのオリゴヌクレオチドの塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンは、ＷＶ−２６０１の塩基配列、ならびに骨格結合のパターンおよび骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる。
定義
脂肪族：「脂肪族」または「脂肪族基」という用語は、本明細書で使用される場合、完全に飽和しているかまたは１つもしくは複数の不飽和単位を含有する直鎖（すなわち分岐していない）もしくは分岐の、置換炭化水素鎖もしくは非置換炭化水素鎖、あるいは、分子の残りの部分への単一の結合点を有する、完全に飽和しているかまたは１つもしくは複数の不飽和単位を含有するが芳香族ではない、単環式炭化水素もしくは二環式炭化水素もしくは多環式炭化水素（本明細書では、「炭素環」、「脂環式」または「シクロアルキル」とも呼ぶ）を意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は１〜５０個の脂肪族炭素原子を含む。特に明記しない限り、脂肪族基は１〜１０個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は１〜６個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は１〜５個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は１〜４個の脂肪族炭素原子を含む。さらに別の実施形態では、脂肪族基は１〜３個の脂肪族炭素原子を含み、さらに他の実施形態では、脂肪族基は１〜２個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態において、「脂環式」（または「炭素環」または「シクロアルキル」）は、分子の残りの部分への単一の結合点を有する、完全に飽和しているかまたは１つもしくは複数の不飽和単位を含有するが芳香族でない単環式もしくは二環式のＣ３−Ｃ１０炭化水素を表す。いくつかの実施形態において、「脂環式」（または「炭素環」または「シクロアルキル」）は、分子の残りの部分への単一の結合点を有する、完全に飽和しているかまたは１つもしくは複数の不飽和単位を含有するが芳香族でない単環式のＣ３−Ｃ６炭化水素を表す。適切な脂肪族基としては、以下に限定されないが、直鎖状または分岐状の、置換または非置換のアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、およびそれらの複合体（（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキル、または（シクロアルキル）アルケニルなど）が挙げられる。
アルキレン：「アルキレン」という用語は、二価アルキル基を表す。「アルキレン鎖」は、ポリメチレン基、すなわち−（ＣＨ２）ｎ−であり、式中、ｎは正整数、好ましくは、１〜６、１〜４、１〜３、１〜２、または２〜３である。置換アルキレン鎖は、１つまたは複数のメチレン水素原子が置換基で置き換えられているポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。
アルケニレン：「アルケニレン」という用語は、二価アルケニル基を表す。置換アルケニレン鎖は、１つまたは複数の水素原子が置換基で置き換えられている、少なくとも１つの二重結合を含有するポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。
動物：本明細書で使用される場合、「動物」という用語は、動物界の任意のメンバーを表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階におけるヒトを表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階における非ヒト動物を表す。特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類（例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、および／またはブタ）である。いくつかの実施形態では、動物として、以下に限定されないが、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、および／または蠕虫類が挙げられる。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子組み換え動物、および／またはクローンであり得る。
およそ：本明細書で使用される場合、数を表すときの「およそ」または「約」という用語は、一般に、特に明記しない限りまたは特に文脈から明白でない限り、該数のいずれかの方向（大きい方向または小さい方向）の５％、１０％、１５％、または２０％の範囲内に含まれる数を含むと解釈される（かかる数が、取り得る値の０％より小さいかまたは１００％を超える場合を除く）。いくつかの実施形態では、投与量に関して「約」という用語を使用する場合には、±５ｍｇ／ｋｇ／日を意味する。
アリール：単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」、もしくは「アリールオキシアルキル」などの大きな部分の一部として使用される「アリール」という用語は、全５〜１４環員を有する単環式および二環式の環系を表し、その系の少なくとも１つの環は芳香族であり、その系の各環は３〜７環員を含む。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示の特定の実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシルなどを含むがこれらに限定されない、１つまたは複数の置換基を有し得る芳香環系を表す。また、本明細書で使用される用語「アリール」の範囲内に含まれるのは、芳香環が１個又は複数の非芳香環に縮合している基、例えばインダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチル等である。
特徴的部分：本明細書で使用される場合、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」という語句は、全体でタンパク質またはポリペプチドの特徴を表す、アミノ酸のある連続するストレッチ、またはアミノ酸のある連続するストレッチの集合を含めるものである。かかる連続するストレッチはそれぞれ、一般に、少なくとも２つのアミノ酸を含むことになる。さらに、当業者は、通常、少なくとも５個、１０個、１５個、２０個、またはそれ以上のアミノ酸が、あるタンパク質の特徴を表すのに必要であることを認識するだろう。特徴的部分は一般に、上記で特定される配列固有性に加えて、少なくとも１つの機能的特徴を、関連するインタクトなタンパク質と共有している。
特徴的配列：「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーの全メンバーに見られる配列であり、したがって、該ファミリーのメンバーを定めるために当業者により使用され得る。
特徴的構造要素：「特徴的構造要素」という用語は、ポリペプチド、小分子、または核酸のファミリーの全メンバーに見られる、はっきりと区別できる構造要素（例えば、コア構造、ペンダント部分の集合、配列要素など）を表し、したがって、該ファミリーのメンバーを定めるために当業者により使用され得る。
同等：「同等」という用語は、得られた結果または観察された現象の比較が可能となるように、相互に十分類似している状態または環境の２つ（またはそれ以上）の設定を言い表すのに本明細書で使用されている。いくつかの実施形態において、状態または環境の同等の設定というのは、複数の実質的に同じ特徴と、１つまたは少数の異なる特徴とによって特徴付けられる。当業者であれば、異なる設定の状態または環境下で得られる結果または観察される現象の違いが、異なる特徴の相違を原因とするかまたは相違を示唆するという理にかなった結論を裏付けるのに十分な数と種類の実質的に同一の特徴があることによって、状態の設定が特徴付けられる場合に、その設定は互いに同等であることを認識するであろう。
投与計画：本明細書で使用される場合、「投与計画」または「治療レジメン」は、通常、ある期間により隔てられて、対象に個別に投与される１組の単位用量（通常、１つよりも多い）を表す。いくつかの実施形態では、所与の治療薬は、１つまたは複数の用量を含み得る推奨投与計画を有する。いくつかの実施形態では、投与計画は、その各々が、同じ長さの期間により互いに隔てられた複数の用量を含み、いくつかの実施形態では、投与計画は、複数の用量と、個々の用量を隔てる少なくとも２つの異なる期間とを含む。いくつかの実施形態では、投与計画内の全用量は、同じ単位投与量である。いくつかの実施形態では、投与計画内の異なる用量は、異なる量である。いくつかの実施形態では、投与計画は、第１の投与量における第１の用量と、その後に続く、第１の投与量と異なる第２の投与量における１つまたは複数の追加の用量を含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、第１の投与量における第１の用量と、その後に続く、第１の投与量と同一の第２の投与量における１つまたは複数の追加の用量を含む。
同等の薬剤：本開示を読んで、当業者は、本開示の文脈中の有用な薬剤の範囲が、本明細書で具体的に言及または例示されたものに限定されないことを認識するだろう。具体的には、当業者は、活性剤が、通常、コア部分および結合したペンダント部分からなる構造を有することを認識しており、さらに、かかるコア部分および／またはペンダント部分が多少変化しても、薬剤の活性が有意に変化しないことを理解するだろう。例えば、いくつかの実施形態では、同等の３次元構造および／または化学反応特性の基を有する１つまたは複数のペンダント部分を置換することにより、親の基準化合物または部分と同等の置換された化合物または部分が生じ得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数ペンダント部分の付加または除去により、親の基準化合物と同等の置換された化合物が生じ得る。いくつかの実施形態では、例えば、少数の結合（通常、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の結合、および多くの場合一重結合のみ）の付加または除去によるコア構造の変更により、親の基準化合物と同等の置換された化合物が生じ得る。多くの実施形態では、同等の化合物は、例えば、容易に入手可能な出発物質と、試薬と、従来の合成手順または提供される合成手順とを用いて、下記の一般反応スキームに示された方法により、またはその改良法により調製され得る。これらの反応において、それ自体既知ではあるが、本明細書で言及されていない変更型も利用可能である。
同等の投与量：「同等の投与量」という用語は、同じ生物学的結果をもたらす異なる薬剤的活性剤の投与量を比較するために、本明細書で使用されている。２つの異なる薬剤の投与量は、それらが同等レベルまたは同等程度の生物学的結果をもたらすならば、本開示において相互に「同等」であると見なされる。いくつかの実施形態では、本開示に従って使用される異なる医薬の同等の投与量は、本明細書で記載のインビトロアッセイおよび／またはインビボアッセイを用いて決定される。いくつかの実施形態では、本開示に従って使用される１つまたは複数リソソーム活性化剤は、基準リソソーム活性化剤の用量と同等の用量で利用され、いくつかのこうした実施形態では、かかる目的に適した基準リソソーム活性化剤は、小分子アロステリック活性化剤（例えば、ピラゾロピリミジン）、イミノ糖（例えば、イソファゴミン）、抗酸化剤（例えば、Ｎ−アセチルシステイン）、および細胞輸送調整剤（例えば、Ｒａｂ１ａポリペプチド）からなる群から選択される。
ヘテロ脂肪族：「ヘテロ脂肪族」という用語は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、またはＣＨ３から選択される１つまたは複数の単位が独立して、ヘテロ原子により置換されている脂肪族基を表す。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基はヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基はヘテロアルケニルである。
ヘテロアリール：「ヘテロアリール」および「ヘテロアル−」という用語は、単独で、または大きな部分、例えば、「ヘテロアラルキル」または「ヘテロアラルコシ」の一部として使用されており、５〜１０個の環原子、好ましくは、５個、６個、または９個の環原子を有する基；環状配列中で共有される６個、１０個、または１４個のπ電子を有する基；炭素原子に加えて１〜５個のヘテロ原子を有する基を表す。「ヘテロ原子」という用語は、窒素、酸素、または硫黄を表し、窒素もしくは硫黄の任意の酸化形態と、塩基性窒素の任意の四級化形態を含む。ヘテロアリール基には、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用される「ヘテロアリール」および「ヘテロアル−」という用語はまた、ヘテロ芳香環が１個もしくは複数のアリール環、脂環式環、またはヘテロシクリル環に縮合している基であって、そのラジカルまたは結合点がヘテロ芳香環上にある基を含む。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、およびピリド［２，３−ｂ］−１，４−オキサジン−３（４Ｈ）−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式または二環式であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」と互換的に使用されることができ、これらの用語のいずれかは、置換されていてもよい環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基で置換されたアルキル基を表し、そのアルキル部分およびヘテロアリール部分は独立して置換されていてもよい。
ヘテロ原子：「ヘテロ原子」という用語は、１つまたは複数の酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素、セレン、またはケイ素（窒素、ホウ素、セレン、硫黄、リン、もしくはケイ素の任意の酸化形態；任意の塩基性窒素の四級化形態または；複素環の置換可能な窒素、例えば、Ｎ（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ピロリル中）、ＮＨ（ピロリジニル中）、もしくはＮＲ＋（Ｎ−置換ピロリジニル中）を含む）を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素、またはケイ素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、またはケイ素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、またはケイ素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、またはリンである。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、または窒素である。
複素環：本明細書で使用される場合、「複素環（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｅ）」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、および「複素環（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｉｃ ｒｉｎｇ）」という用語は、互換的に使用され、飽和あるいは部分的に不飽和であり、炭素原子に加えて、上記に定義した１つまたは複数のヘテロ原子、好ましくは１〜４個のヘテロ原子を有する安定な３〜７員単環式部分または７〜１０員二環式複素環式部分を表す。用語「窒素」は、複素環の環原子に関して使用される場合、置換された窒素を含む。例として、酸素、硫黄又は窒素から選択される０〜３個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和の環において、窒素は（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ピロリル中の）Ｎ、（ピロリジニルの中の）ＮＨ、又は（Ｎ−置換ピロリジニル中の）＋ＮＲであることができる。
複素環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子または炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、環原子のうちのいずれかが置換されていてもよい。このような飽和または部分不飽和複素環式ラジカルの例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフェニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、およびキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、および「複素環式ラジカル」は、本明細書では互換的に使用され、また、ヘテロシクリル環が１つもしくは複数のアリール環、ヘテロアリール環、または脂環式環、例えばインドリニル、３Ｈ−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、もしくはテトラヒドロキノリニルに縮合した基であって、そのラジカルまたは結合点がヘテロ芳香環上にある基を含む。ヘテロシクリル基は、単環式または二環式であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルで置換されたアルキル基を指し、アルキル部分及びヘテロシクリル部分は、独立して置換されていてもよい。
腹腔内：本明細書で使用される場合、「腹腔内投与」および「腹腔内に投与された」という言い回しは、対象の腹膜中への化合物または組成物の投与を表す、その技術分野で理解される意味を有する。
インビトロ：本明細書で使用される場合、「インビトロ」という用語は、生物（例えば、動物、植物、および／または微生物）内ではなく、人工的環境、例えば、試験管または反応器中、細胞培養液中などで起こる事象を表す。
インビボ：本明細書で使用される場合、「インビボ」という語は、生物（例えば、動物、植物、および／または微生物）内で起こる事象を表す。
低級アルキル：「低級アルキル」という用語は、Ｃ１−４直鎖状または分岐状のアルキル基を表す。低級アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、およびｔｅｒｔ−ブチルである。
低級ハロアルキル：「低級ハロアルキル」という用語は、１つまたは複数のハロゲン原子で置換されたＣ１−４直鎖状または分岐状のアルキル基を表す。
置換されていてもよい：本明細書に記載されるように、本開示の化合物は、「置換されていてもよい」部分を含み得る。一般に、用語「置換された」は、用語「任意に」が前にあるか否かにかかわらず、指定された部分の１つ又は複数の水素が好適な置換基で置換されていることを意味する。特に指示がない限り、「置換されていてもよい」基は、基の各置換可能な位置に好適な置換基を有していてもよく、任意の所定の構造中の２つ以上の位置が特定の基から選択される２つ以上の置換基で置換され得る場合、その置換基はあらゆる位置で同じであってもまたは異なっていてもよい。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらす置換基である。本明細書で使用される用語「安定な」は、化合物の産生、検出、並びに、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される１つ又は複数の目的のためのそれらの回収、精製、及び使用を可能にする条件にさらされた場合に、実質的に改変されない化合物を指す。
「置換されていてもよい」基の置換可能な炭素原子における好適な一価置換基は、独立して、ハロゲン；−（ＣＨ２）０−４Ｒｏ；−（ＣＨ２）０−４ＯＲｏ；−Ｏ（ＣＨ２）０−４Ｒｏ、−Ｏ−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；−（ＣＨ２）０−４ＣＨ（ＯＲｏ）２；−（ＣＨ２）０−４ＳＲｏ；Ｒ°で置換され得る−（ＣＨ２）０−４Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る−（ＣＨ２）０−４Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る−ＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ°で置換され得る−（ＣＨ２）０−４Ｏ（ＣＨ２）０−１−ピリジル；−ＮＯ２；−ＣＮ；−Ｎ３；−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒｏ）２；−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒｏ；−Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｓ）Ｒｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｏ ２；Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｓ）ＮＲｏ ２；−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）ＯＲｏ；−Ｎ（Ｒｏ）Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒｏ；Ｎ（Ｒｏ）Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｏ ２；Ｎ（Ｒｏ）Ｎ（Ｒｏ）Ｃ（Ｏ）ＯＲｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）Ｒｏ；−Ｃ（Ｓ）Ｒｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＲｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＳＲｏ；（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉＲｏ ３；−（ＣＨ２）０−４ＯＣ（Ｏ）Ｒｏ；−ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０−４ＳＲ，−ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°；−（ＣＨ２）０−４ＳＣ（Ｏ）Ｒｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＮＲｏ ２；−Ｃ（Ｓ）ＮＲｏ ２；−Ｃ（Ｓ）ＳＲ°；−ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°，（ＣＨ２）０−４ＯＣ（Ｏ）ＮＲｏ ２；−Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲｏ）Ｒｏ；−Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒｏ；−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒｏ；−Ｃ（ＮＯＲｏ）Ｒｏ；（ＣＨ２）０−４ＳＳＲｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）２Ｒｏ；−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）２ＯＲｏ；−（ＣＨ２）０−４ＯＳ（Ｏ）２Ｒｏ；−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｏ ２；−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）Ｒｏ；−Ｎ（Ｒｏ）Ｓ（Ｏ）２ＮＲｏ ２；−Ｎ（Ｒｏ）Ｓ（Ｏ）２Ｒｏ；−Ｎ（ＯＲｏ）Ｒｏ；−Ｃ（ＮＨ）ＮＲｏ ２；−Ｐ（Ｏ）２Ｒｏ；−Ｐ（Ｏ）Ｒｏ ２；−ＯＰ（Ｏ）Ｒｏ ２；−ＯＰ（Ｏ）（ＯＲｏ）２；−ＳｉＲｏ ３；−（Ｃ１−４の直鎖状または分岐状のアルキレン）Ｏ−Ｎ（Ｒｏ）２；または−（Ｃ１−４の直鎖状または分岐状のアルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｎ（Ｒｏ）２であり、各Ｒｏは、以下に定義されるように置換される場合があり、独立して水素であるか、Ｃ１−６脂肪族であるか、−ＣＨ２Ｐｈであるか、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈであるか、−ＣＨ２−（５〜６員ヘテロアリール環）であるか、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環であり、または、上記定義にもかかわらず、独立して出現する２つのＲｏが、それらの間に挟まれた原子（複数可）と一緒になって、窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する３〜１２員の飽和、部分的に不飽和、もしくはアリールの単環式環もしくは二環式環を形成する。
Ｒｏ上の好適な一価置換基（または独立して出現する２つのＲｏがその間に挟まれた原子と一緒になって形成する環）は、独立して、ハロゲン、−（ＣＨ２）０−２Ｒ●、−（ハロＲ●）、−（ＣＨ２）０−２ＯＨ、−（ＣＨ２）０−２ＯＲ●、−（ＣＨ２）０−２ＣＨ（ＯＲ●）２；−Ｏ（ハロＲ●）、−ＣＮ、−Ｎ３、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、−（ＣＨ２）０−２ＳＲ●、−（ＣＨ２）０−２ＳＨ、−（ＣＨ２）０−２ＮＨ２、−（ＣＨ２）０−２ＮＨＲ●、−（ＣＨ２）０−２ＮＲ●２、−ＮＯ２、−ＳｉＲ●３、−ＯＳｉＲ●３、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、−（Ｃ１−４の直鎖もしくは分枝鎖のアルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、または−ＳＳＲ●（式中、各Ｒ●は、非置換であるか、または「ハロ」が前に付く場合には１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１−４脂肪族、−ＣＨ２Ｐｈ、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環から選択される）である。Ｒｏの飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、＝Ｏ及び＝Ｓを含む。
「置換されていてもよい」基の飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、以下を含む：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊ ２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、−Ｏ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２−３Ｏ−、または−Ｓ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２−３Ｓ−（式中、独立して出現する各Ｒ＊は、水素、以下に定義されるように置換され得るＣ１−６脂肪族、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環から選択される）を含む。「置換されていてもよい」基の隣接する置換可能な炭素に結合している好適な二価置換基は、−Ｏ（ＣＲ＊ ２）２−３Ｏ−（式中、独立して出現する各Ｒ＊は、水素、以下に定義されるように置換され得るＣ１−６脂肪族、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環から選択される）を含む。
Ｒ＊の脂肪族基上の好適な置換基は、ハロゲン、−Ｒ●、−（ハロＲ●）、−ＯＨ、−ＯＲ●、−Ｏ（ハロＲ●）、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、−ＮＨ２、−ＮＨＲ●、−ＮＲ●２、または−ＮＯ２（式中、各Ｒ●は、非置換であるか、または「ハロ」が前に付く場合には１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１−４脂肪族であるか、−ＣＨ２Ｐｈであるか、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈであるか、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環である）を含む。
「置換されていてもよい」基の置換可能な窒素上の好適な置換基は、−Ｒ†、−ＮＲ† ２、−Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、−Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、−Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２、または−Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†（式中、各Ｒ†は、独立して、水素であるか、下記に定義されるように置換され得るＣ１−６脂肪族であるか、非置換−ＯＰｈであるか、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環であり、または、上記の定義にかかわらず、独立して出現する２つのＲ†は、それらの間に挟まれた原子（複数可）と一緒になって、窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の３〜１２員の、飽和、部分不飽和、もしくはアリール単環式もしくは二環式環を形成する）を含む。
Ｒ†の脂肪族基上の好適な置換基は独立して、ハロゲン、−Ｒ●、−（ハロＲ●）、−ＯＨ、−ＯＲ●、−Ｏ（ハロＲ●）、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、−ＮＨ２、−ＮＨＲ●、−ＮＲ●２、または−ＮＯ２である（式中、各Ｒ●は、非置換であるか、または「ハロ」が前に付く場合には１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１−４脂肪族であるか、−ＣＨ２Ｐｈであるか、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈであるか、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の、飽和環、部分不飽和環、もしくはアリール環である）。
経口：本明細書で使用される場合、「経口投与」および「経口的に投与した」という言い回しは、化合物または組成物の口からの投与を表す、その技術分野で理解される意味を有する。
非経口：本明細書で使用される場合、「非経口投与」および「非経口的に投与した」という言い回しは、通例、経腸投与および局所的投与以外の注射による投与方法を表す、その技術分野で理解される意味を有し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、および胸骨内の注射および注入を含むが、これに限定されない。
部分不飽和：本明細書で使用される場合、用語「部分不飽和」は、少なくとも１つの二重結合または三重結合を含む環部分を表す。用語「部分不飽和」は、不飽和の複数の部位を有する環を含むことが意図されるが、本明細書で定義されるアリール部分やヘテロアリール部分を含むことを意図するものではない。
医薬組成物：本明細書で使用される場合、用語「医薬組成物」は、１つまたは複数の薬学的に許容可能な担体と合わせて製剤化された活性剤を表す。いくつかの実施形態では、活性剤は、適正な集団に投与された際に、所定の治療効果を達成する確率が統計的に有意である治療レジメンでの投与に適正な単位用量で含まれる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、投与用に固体形態または液体形態で特別に製剤化することができ、以下に適応したものを含む：経口投与（例えば、飲薬（水性または非水性の溶液または懸濁液）、錠剤（例えば、頬側吸収、舌下吸収、および全身吸収を対象としたもの）、ボーラス、粉末、顆粒、舌への適用用のペースト）、非経口投与（例えば、滅菌溶液もしくは懸濁液、または徐放性製剤としての皮下注射、筋肉内注射、静脈注射、または硬膜外注射）、局所適用（例えば、クリーム、軟膏、または皮膚、肺、もしくは口腔に適用される制御放出パッチもしくはスプレー）、腟内または直腸内投与（例えば、腟坐薬、クリーム、または泡）、舌下投与、眼内投与、経皮投与、または経鼻投与、肺投与、ならびに他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容可能：本明細書で使用される場合、「薬学的に許容可能」という言い回しは、健全な医学的判断内で、合理的な利益／リスク比に見合っており、過剰な有害性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症なしに、ヒトおよび動物の組織と接触して使用するのに適切な、化合物、物質、組成物、および／または剤形を表す。
薬学的に許容可能な担体：本明細書で使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」という語は、１つの器官または身体の一部から、別の器官または別の身体の一部に、対象の化合物を運搬または輸送することにかかわる、液体充填剤もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料などの薬学的に許容可能な材料、組成物、または媒体を意味する。各担体は、製剤の他成分と適合性があり、患者に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体として役立ち得る材料のいくつかの例としては、ラクトース、グルコース、およびショ糖などの糖類；コーンスターチおよびジャガイモデンプンなどのデンプン類；カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体；粉末トラガント；麦芽；ゼラチン；タルク；カカオ脂および坐薬蝋などの賦形剤；ピーナッツ油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、およびダイズ油などの油類；プロピレングリコールなどのグルコール類；グリセリン、ソルビトール、マニトールおよびポリエチレングリコールなどのポリオール類；オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル類；寒天；水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；アルギン酸；発熱物質フリー水；等張食塩水；リンゲル液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル類、ポリカーボネート類および／またはポリ酸無水物；ならびに医薬製剤で使用される他の非毒性適合物質が挙げられる。
薬学的に許容可能な塩：「薬学的に許容可能な塩」という用語は、本明細書で使用される場合、医薬品としての使用に適切な化合物の塩、すなわち、健全な医学的判断内で、合理的な利益／リスク比に見合っており、過度の有害性、刺激、アレルギー応答などがなく、ヒトおよび下等動物の組織と接触して使用するのに適切な塩を表す。薬学的に許容可能な塩は、当技術分野で周知である。例えば、Ｓ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅらは、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６６：１−１９（１９７７）で、詳細に薬学的に許容可能な塩について記載している。 いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な塩として、限定されるものではないが、非毒性の酸付加塩が挙げられ、これは、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸を用いて、または酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸などの有機酸を用いて、あるいはイオン交換などの当該技術分野において使用される他の方法を用いて形成されたアミノ基の塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な塩として、以下に限定されないが、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリ金属塩類またはアルカリ土類金属塩類は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、適宜、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１〜６個の炭素原子を有するアルキルスルホン酸塩およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて生成した、無害性のアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
プロドラッグ：一般的な「プロドラッグ」は、本明細書で使用される場合、当技術分野で理解されるように、生物に投与された際に、身体中で代謝されて、目的の活性剤（例えば、治療剤または診断剤）を送達する実体である。かかる代謝は通例、活性剤が形成されるように、少なくとも１つの「プロドラッグ部分」の除去を必要とする。「プロドラッグ」の様々な形態が、当技術分野で既知である。かかるプロドラッグ部分の例としては：
ａ） Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｐｒｏｄｒｕｇｓ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｈ．Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，１９８５）ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，４２：３０９−３９６，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｋ．Ｗｉｄｄｅｒ，ｅｔ ａｌ．（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８５）；
ｂ） Ｐｒｏｄｒｕｇｓ ａｎｄ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ ｂｙ Ｊ．Ｒａｕｔｉｏ（Ｗｉｌｅｙ，２０１１）；
ｃ） Ｐｒｏｄｒｕｇｓ ａｎｄ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ ｂｙ Ｊ．Ｒａｕｔｉｏ（Ｗｉｌｅｙ，２０１１）；
ｄ） Ａ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｋｒｏｇｓｇａａｒｄ−Ｌａｒｓｅｎ；
ｅ） Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，Ｃｈａｐｔｅｒ ５ “Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｄｒｕｇｓ”，ｂｙ Ｈ．Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，ｐ．１１３−１９１（１９９１）；
ｆ） Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ，８：１−３８（１９９２）；
ｇ） Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，７７：２８５（１９８８）；および
ｈ） Ｋａｋｅｙａ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｐｈａｒｍ．Ｂｕｌｌ．，３２：６９２（１９８４）。
本明細書に記載の他の化合物のように、プロドラッグは、任意の様々な形態、例えば、結晶形態、塩形態などで提供され得る。いくつかの実施形態では、プロドラッグは、その薬学的に許容可能な塩として提供される。
保護基：本明細書で使用される場合、用語「保護基」は、当該技術分野において周知であり、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９９に詳細に記載されるものを含んでおり、その文献の全体は参照により本明細書に組み込まれる。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｓｅｒｇｅ Ｌ．Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．０６／２０１２（第２章の全文は、参照することにより本明細書に組み込まれる）に記載のヌクレオシド化学およびヌクレオチド化学に特に適合した保護基も含まれる。好適なアミノ保護基として、メチルカルバメート、エチルカルバメート、９−フルオレニルメチルカルバメート（Ｆｍｏｃ）、９−（２−スルホ）フルオレニルメチルカルバメート、９−（２，７−ジブロモ）フルオレニルメチルカルバメート、２，７−ジ−ｔ−ブチル−［９−（１０，１０−ジオキソ−１０，１０，１０，１０−テトラヒドロチオキサンチル）］メチルカルバメート（ＤＢＤ−Ｔｍｏｃ）、４−メトキシフェナンシルカルバメート（Ｐｈｅｎｏｃ）、２，２，２−トリクロロエチルカルバメート（Ｔｒｏｃ）、２−トリメチルシリルエチルカルバメート（Ｔｅｏｃ）、２−フェニルエチルカルバメート（ｈＺ）、１−（１−アダマンチル）−１−メチルエチルカルバメート（Ａｄｐｏｃ）、１，１−ジメチル−２−ハロエチルカルバメート、１，１−ジメチル−２，２−ジブロモエチルカルバメート（ＤＢ−ｔ−ＢＯＣ）、１，１−ジメチル−２，２，２−トリクロロエチルカルバメート（ＴＣＢＯＣ）、１−メチル−１−（４−ビフェニリル）エチルカルバメート（Ｂｐｏｃ）、１−（３，５−ジ−ｔ−ブチルフェニル）−１−メチルエチルカルバメート（ｔ−Ｂｕｍｅｏｃ）、２−（２’−および４’−ピリジル）エチルカルバメート（Ｐｙｏｃ）、２−（Ｎ，Ｎ−ジシクロヘキシルカルボキサミド）エチルカルバメート、ｔ−ブチルカルバメート（ＢＯＣ）、１−アダマンチルカルバメート（Ａｄｏｃ）、ビニルカルバメート（Ｖｏｃ）、アリルカルバメート（Ａｌｌｏｃ）、１−イソプロピルアリルカルバメート（Ｉｐａｏｃ）、シンナミルカルバメート（Ｃｏｃ）、４−ニトロシンナミルカルバメート（Ｎｏｃ）、８−キノリルカルバメート、Ｎ−ヒドロキシピペリジニルカルバメート、アルキルジチオカルバメート、ベンジルカルバメート（Ｃｂｚ）、ｐ−メトキシベンジルカルバメート（Ｍｏｚ）、ｐ−ニトロベンジルカルバメート、ｐ−ブロモベンジルカルバメート、ｐ−クロロベンジルカルバメート、２，４−ジクロロベンジルカルバメート、４−メチルスルフィニルベンジルカルバメート（Ｍｓｚ）、９−アントリルメチルカルバメート、ジフェニルメチルカルバメート、２−メチルチオエチルカルバメート、２−メチルスルホニルエチルカルバメート、２−（ｐ−トルエンスルホニル）エチルカルバメート、［２−（１，３−ジチアニル）］メチルカルバメート（Ｄｍｏｃ）、４−メチルチオフェニルカルバメート（Ｍｔｐｃ）、２，４−ジメチルチオフェニルカルバメート（Ｂｍｐｃ）、２−ホスホニオエチルカルバメート（Ｐｅｏｃ）、２−トリフェニルホスホニオイソプロピルカルバメート（Ｐｐｏｃ）、１，１−ジメチル−２−シアノエチルカルバメート、ｍ−クロロ−ｐ−アクリロキシベンジルカルバメート、ｐ−（ジヒドロキシボリル）ベンジルカルバメート、５−ベンズイソオキサゾリルメチルカルバメート、２−（トリフルオロメチル）−６−クロモニルメチルカルバメート（Ｔｃｒｏｃ）、ｍ−ニトロフェニルカルバメート、３，５−ジメトキシベンジルカルバメート、ｏ−ニトロベンジルカルバメート、３，４−ジメトキシ−６−ニトロベンジルカルバメート、フェニル（ｏ−ニトロフェニル）メチルカルバメート、フェノチアジニル−（１０）−カルボニル誘導体、Ｎ’−ｐ−トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、Ｎ’−フェニルアミノチオカルボニル誘導体、ｔ−アミルカルバメート、Ｓ−ベンジルチオカルバメート、ｐ−シアノベンジルカルバメート、シクロブチルカルバメート、シクロヘキシルカルバメート、シクロペンチルカルバメート、シクロプロピルメチルカルバメート、ｐ−デシルオキシベンジルカルバメート、２，２−ジメトキシカルボニルビニルカルバメート、ｏ−（Ｎ，Ｎ−ジメチルカルボキサミド）ベンジルカルバメート、１，１−ジメチル−３−（Ｎ，Ｎ−ジメチルカルボキサミド）プロピルカルバメート、１，１−ジメチルプロピニルカルバメート、ジ（２−ピリジル）メチルカルバメート、２−フラニルメチルカルバメート、２−ヨードエチルカルバメート、イソボルニルカルバメート、イソブチルカルバメート、イソニコチニルカルバメート、ｐ−（ｐ’−メトキシフェニルアゾ）ベンジルカルバメート、１−メチルシクロブチルカルバメート、１−メチルシクロヘキシルカルバメート、１−メチル−１−シクロプロピルメチルカルバメート、１−メチル−１−（３，５−ジメトキシフェニル）エチルカルバメート、１−メチル−１−（ｐ−フェニルアゾフェニル）エチルカルバメート、１−メチル−１−フェニルエチルカルバメート、１−メチル−１−（４−ピリジル）エチルカルバメート、フェニルカルバメート、ｐ−（フェニルアゾ）ベンジルカルバメート、２，４，６−トリ−ｔ−ブチルフェニルカルバメート、４−（トリメチルアンモニウム）ベンジルカルバメート、２，４，６−トリメチルベンジルカルバメート、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、３−フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、３−ピリジルカルボキサミド、Ｎ−ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、ｐ−フェニルベンズアミド、ｏ−ニトロフェニルアセトアミド、ｏ−ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、（Ｎ’−ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ）アセトアミド、３−（ｐ−ヒドロキシフェニル）プロパンアミド、３−（ｏ−ニトロフェニル）プロパンアミド、２−メチル−２−（ｏ−ニトロフェノキシ）プロパンアミド、２−メチル−２−（ｏ−フェニルアゾフェノキシ）プロパンアミド、４−クロロブタンアミド、３−メチル−３−ニトロブタンアミド、ｏ−ニトロシンナミド、Ｎ−アセチルメチオニン誘導体、ｏ−ニトロベンズアミド、ｏ−（ベンゾイルオキシメチル）ベンズアミド、４，５−ジフェニル−３−オキサゾリン−２−オン、Ｎ−フタルイミド、Ｎ−ジチアコハク酸イミド（Ｄｔｓ）、Ｎ−２，３−ジフェニルマレイミド、Ｎ−２，５−ジメチルピロール、Ｎ−１，１，４，４−テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物（ＳＴＡＢＡＳＥ）、５−置換１，３−ジメチル−１，３，５−トリアザシクロヘキサン−２−オン、５−置換１，３−ジベンジル−１，３，５−トリアザシクロヘキサン−２−オン、１−置換３，５−ジニトロ−４−ピリドン、Ｎ−メチルアミン、Ｎ−アリルアミン、Ｎ−［２−（トリメチルシリル）エトキシ］メチルアミン（ＳＥＭ）、Ｎ−３−アセトキシプロピルアミン、Ｎ−（１−イソプロピル−４−ニトロ−２−オキソ−３−ピロオリン−３−イル）アミン、第四級アンモニウム塩類、Ｎ−ベンジルアミン、Ｎ−ジ（４−メトキシフェニル）メチルアミン、Ｎ−５−ジベンゾスベリルアミン、Ｎ−トリフェニルメチルアミン（Ｔｒ）、Ｎ−［（４−メトキシフェニル）ジフェニルメチル］アミン（ＭＭＴｒ）、Ｎ−９−フェニルフルオレニルアミン（ＰｈＦ）、Ｎ−２，７−ジクロロ−９−フルオレニルメチレンアミン、Ｎ−フェロセニルメチルアミノ（Ｆｃｍ）、Ｎ−２−ピコリルアミノＮ’−オキシド、Ｎ−１，１−ジメチルチオメチレンアミン、Ｎ−ベンジリデンアミン、Ｎ−ｐ−メトキシベンジリデンアミン、Ｎ−ジフェニルメチレンアミン、Ｎ−［（２−ピリジル）メシチル］メチレンアミン、Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノメチレン）アミン、Ｎ，Ｎ’−イソプロピリデンアミン、Ｎ−ｐ−ニトロベンジリデンアミン、Ｎ−サリシリデンアミン、Ｎ−５−クロロサリシリデンアミン、Ｎ−（５−クロロ−２−ヒドロキシフェニル）フェニルメチレンアミン、Ｎ−シクロヘキシリデンアミン、Ｎ−（５，５−ジメチル−３−オキソ−１−シクロヘキセニル）アミン、Ｎ−ボラン誘導体、Ｎ−ジフェニルボリン酸誘導体、Ｎ−［フェニル（ペンタカルボニルクロム−またはタングステン）カルボニル］アミン、Ｎ−銅キレート、Ｎ−亜鉛キレート、Ｎ−ニトロアミン、Ｎ−ニトロソアミン、アミンＮ−オキシド、ジフェニルホスフィンアミド（Ｄｐｐ）、ジメチルチオホスフィンアミド（Ｍｐｔ）、ジフェニルチオホスフィンアミド（Ｐｐｔ）、ジアルキルホスホロアミダート類、ジベンジルホスホロアミダート、ジフェニルホスホロアミダート、ベンゼンスルフェナミド、ｏ−ニトロベンゼンスルフェナミド（Ｎｐｓ）、２，４−ジニトロベンゼンスルフェナミド、ペンタクロロベンゼンスルフェナミド、２−ニトロ−４−メトキシベンゼンスルフェナミド、トリフェニルメチルスルフェナミド、３−ニトロピリジンスルフェナミド（Ｎｐｙｓ）、ｐ−トルエンスルホンアミド（Ｔｓ）、ベンゼンスルホンアミド、２，３，６，−トリメチル−４−メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｒ）、２，４，６−トリメトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｂ）、２，６−ジメチル−４−メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｐｍｅ）、２，３，５，６−テトラメチル−４−メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｅ）、４−メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｂｓ）、２，４，６−トリメチルベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｓ）、２，６−ジメトキシ−４−メチルベンゼンスルホンアミド（ｉＭｄｓ）、２，２，５，７，８−ペンタメチルクロマン−６−スルホンアミド（Ｐｍｃ）、メタンスルホンアミド（Ｍｓ）、β−トリメチルシリルエタンスルホンアミド（ＳＥＳ）、９−アントラセンスルホンアミド、４−（４’，８’−ジメトキシナフチルメチル）ベンゼンスルホンアミド（ＤＮＭＢＳ）、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、およびフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
適切に保護されたカルボン酸としては、シリル−、アルキル−、アルケニル−、アリール−、およびアリールアルキル−保護カルボン酸がさらに挙げられるが、これらに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。適切なアルキル基の例としては、メチル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、３，４−ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ−ブチル、テトラヒドロピラン−２−イルが挙げられる。適切なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、置換されていてもよい、フェニル、ビフェニル、またはナフチルが挙げられる。適切なアリールアルキル基の例としては、置換されていてもよい、ベンジル（例えば、ｐ−メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４−ジメトキシベンジル、Ｏ−ニトロベンジル、ｐ−ニトロベンジル、ｐ−ハロベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ｐ−シアノベンジル）、ならびに２−ピコリルおよび４−ピコリルが挙げられる。
適切なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシメチル（ＭＯＭ）、メチルチオメチル（ＭＴＭ）、ｔ−ブチルチオメチル、（フェニルジメチシリル）メトキシメチル（ＳＭＯＭ）、ベンジルオキシメチル（ＢＯＭ）、ｐ−メトキシベンジルオキシメチル（ＰＭＢＭ）、（４−メトキシフェノキシ）メチル（ｐ−ＡＯＭ）、グアヤコールメチル（ＧＵＭ）、ｔ−ブトキシメチル、４−ペンテニルオキシメチル（ＰＯＭ）、シロキシメチル、２−メトキシエトキシメチル（ＭＥＭ）、２，２，２−トリクロロエトキシメチル、ビス（２−クロロエトキシ）メチル、２−（トリメチルシリル）エトキシメチル（ＳＥＭＯＲ）、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、３−ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、１−メトキシシクロヘキシル、４−メトキシテトラヒドロピラニル（ＭＴＨＰ）、４−メトキシテトラヒドロチオピラニル、４−メトキシテトラヒドロチオピラニルＳ，Ｓ−ジオキシド、１−［（２−クロロ−４−メチル）フェニル］−４−メトキシピペラジン−４−イル（ＣＴＭＰ）、１，４−ジオキサン−２−イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、２，３，３ａ，４，５，６，７，７ａ−オクタヒドロ−７，８，８−トリメチル−４，７−メタノベンゾフラン−２−イル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、１−メチル−１−メトキシエチル、１−メチル−１−ベンジルオキシエチル、１−メチル−１−ベンジルオキシ−２−フルオロエチル、２，２，２−トリクロロエチル、２−トリメチルシリルエチル、２−（フェニルセレニル）エチル、ｔ−ブチル、アリル、ｐ−クロロフェニル、ｐ−メトキシフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、３，４−ジメトキシベンジル、ｏ−ニトロベンジル、ｐ−ニトロベンジル、ｐ−ハロベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ｐ−シアノベンジル、ｐ−フェニルベンジル、２−ピコリル、４−ピコリル、３−メチル−２−ピコリルＮ−オキシド、ジフェニルメチル、ｐ，ｐ’−ジニトロベンズヒドリル、５−ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α−ナフチルジフェニルメチル、ｐ−メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ（ｐ−メトキシフェニル）フェニルメチル、トリ（ｐ−メトキシフェニル）メチル、４−（４’−ブロモフェナシルオキシフェニル）ジフェニルメチル、４，４’，４’’−トリス（４，５−ジクロロフタルイミドフェニル）メチル、４，４’，４’’−トリス（レブリノイルオキシフェニル）メチル、４，４’，４’’−トリス（ベンゾイルオキシフェニル）メチル、３−（イミダゾール−１−イル）ビス（４’，４’’−ジメトキシフェニル）メチル、１，１−ビス（４−メトキシフェニル）−１’−ピレニルメチル、９−アントリル、９−（９−フェニル）キサンテニル、９−（９−フェニル−１０−オキソ）アントリル、１，３−ベンゾジチオラン−２−イル、ベンズイソチアゾリルＳ，Ｓ−ジオキシド、トリメチルシリル（ＴＭＳ）、トリエチルシリル（ＴＥＳ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）、ジメチルイソプロピルシリル（ＩＰＤＭＳ）、ジエチルイソプロピルシリル（ＤＥＩＰＳ）、ジメチルテキシルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、ｔ−ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）、トリベンジルシリル、トリ−ｐ−キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル（ＤＰＭＳ）、ｔ−ブチルメトキシフェニルシリル（ＴＢＭＰＳ）、ギ酸エステル、ベンゾイルギ酸エステル、酢酸エステル、クロロ酢酸エステル、ジクロロ酢酸エステル、トリクロロ酢酸エステル、トリフルオロ酢酸エステル、メトキシ酢酸エステル、トリフェニルメトキシ酢酸エステル、フェノキシ酢酸エステル、ｐ−クロロフェノキシ酢酸エステル、３−フェニルプロピオン酸エステル、４−オキソペンタン酸エステル（レブリン酸エステル）、４，４−（エチレンジチオ）ペンタン酸エステル（レブリノイルジチオアセタール）、ピバル酸エステル、アダマンテート、クロトン酸エステル、４−メトキシクロトン酸エステル、安息香酸エステル、ｐ−フェニル安息香酸エステル、２，４，６−トリメチル安息香酸エステル（メシトエート（ｍｅｓｉｔｏａｔｅ））、炭酸アルキルメチル、炭酸９−フルオレニルメチル（Ｆｍｏｃ）、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル２，２，２−トリクロロエチル（Ｔｒｏｃ）、炭酸２−（トリメチルシリル）エチル（ＴＭＳＥＣ）、炭酸２−（フェニルスルホニル）エチル（Ｐｓｅｃ）、炭酸２−（トリフェニルホスホニオ）エチル（Ｐｅｏｃ）、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルｐ−ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルｐ−メトキシベンジル、炭酸アルキル３，４−ジメトキシベンジル、炭酸アルキルｏ−ニトロベンジル、炭酸アルキルｐ−ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルＳ−ベンジル、炭酸４−エトキシ−１−ナフチル、ジチオ炭酸メチル、２−ヨード安息香酸エステル、４−アジド酪酸エステル、４−ニトロ−４−メチルペンタン酸エステル、ｏ−（ジブロモメチル）安息香酸エステル、２−ホルミルベンゼンスルホン酸エステル、２−（メチルチオメトキシ）エチル、４−（メチルチオメトキシ）酪酸エステル、２−（メチルチオメトキシメチル）安息香酸エステル、２，６−ジクロロ−４−メチルフェノキシ酢酸エステル、２，６−ジクロロ−４−（１，１，３，３−テトラメチルブチル）フェノキシ酢酸エステル、２，４−ビス（１，１−ジメチルプロピル）フェノキシ酢酸エステル、クロロジフェニル酢酸エステル、イソ酪酸エステル、モノコハク酸エステル、（Ｅ）−２−メチル−２−ブテン酸エステル、ｏ−（メトキシカルボニル）安息香酸エステル、α−ナフトエ酸、硝酸エステル、アルキルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルホスホロジアミダート、アルキルＮ−フェニルカルバメート、ホウ酸エステル、ジメチルホスフィノチオニル、アルキル２，４−ジニトロフェニルスルフェネート、硫酸エステル、メタンスルホン酸エステル（メシル酸エステル）、ベンジルスルホン酸エステル、およびトシレート（Ｔｓ）が挙げられる。１，２−ジオール類または１，３−ジオール類を保護するための保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、１−ｔ−ブチルエチリデンケタール、１−フェニルエチリデンケタール、（４−メトキシフェニル）エチリデンアセタール、２，２，２−トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、ｐ−メトキシベンジリデンアセタール、２，４−ジメトキシベンジリデンケタール、３，４−ジメトキシベンジリデンアセタール、２−ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、１−メトキシエチリデンオルトエステル、１−エトキシエチリデンオルトエステル、１，２−ジメトキシエチリデンオルトエステル、α−メトキシベンジリデンオルトエステル、１−（Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノ）エチリデン誘導体、α−（Ｎ，Ｎ’−ジメチルアミノ）ベンジリデン誘導体、２−オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ−ｔ−ブチルシリレン基（ＤＴＢＳ）、１，３−（１，１，３，３−テトライソプロピルジシロキサニリデン）誘導体（ＴＩＰＤＳ）、テトラ−ｔ−ブトキシジシロキサン−１，３−ジイリデン誘導体（ＴＢＤＳ）、環状炭酸エステル類、環状ボロン酸エステル類、ボロン酸エチル、およびボロン酸フェニルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、ｔ−ブチル、ｔ−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、２−トリメチルシリルエチル、ｐ−クロロフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、ｐ−フェニルベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ−ニトロベンジル、トリフェニルメチル（トリチル）、４，４’−ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、炭酸９−フルオレニルメチル、メシレート、トシレート、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、４，４’−ジメトキシトリチル、（ＤＭＴｒ）および４，４’，４’’−トリメトキシトリチル（ＴＭＴｒ）、２−シアノエチル（ＣＥまたはＣｎｅ）、２−（トリメチルシリル）エチル（ＴＳＥ）、２−（２−ニトロフェニル）エチル、２−（４−シアノフェニル）エチル２−（４−ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ）、２−（４−ニトロフェニルスルホニル）エチル、３，５−ジクロロフェニル、２，４−ジメチルフェニル、２−ニトロフェニル、４−ニトロフェニル、２，４，６−トリメチルフェニル、２−（２−ニトロフェニル）エチル、ブチルチオカルボニル、４，４’，４’’−トリス（ベンゾイルオキシ）トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、２−（ジブロモメチル）ベンゾイル（Ｄｂｍｂ）、２−（イソプロピルチオメトキシメチル）ベンゾイル（Ｐｔｍｔ）、９−フェニルキサンテン−９−イル（ｐｉｘｙｌ）または９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は独立して、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、および４，４’−ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチル、および４，４’−ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、リン保護基は、オリゴヌクレオチド合成の間にヌクレオチド間リン結合に結合した基である。いくつかの実施形態では、リン保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の硫黄原子に結合する。いくつかの実施形態では、リン保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、リン保護基は、ヌクレオチド間ホスフェート結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、リン保護基は、２−シアノエチル（ＣＥまたはＣｎｅ）、２−トリメチルシリルエチル、２−ニトロエチル、２−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ−ニトロベンジル、２−（ｐ−ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥまたはＮｐｅ）、２−フェニルエチル、３−（Ｎ−ｔｅｒｔ−ブチルカルボキサミド）−１−プロピル、４−オキソペンチル、４−メチルチオ−ｌ−ブチル、２−シアノ−１，１−ジメチルエチル、４−Ｎ−メチルアミノブチル、３−（２−ピリジル）−１−プロピル、２−［Ｎ−メチル−Ｎ−（２−ピリジル）］アミノエチル、２−（Ｎ−ホルミル，Ｎ−メチル）アミノエチル、４−［Ｎ−メチル−Ｎ−（２，２，２−トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。
タンパク質：本明細書で使用される場合、「タンパク質」という用語は、ポリペプチド（すなわち、ペプチド結合により相互に結合した少なくとも２つのアミノ酸の鎖）を表す。いくつかの実施形態では、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、１つまたは複数の天然に存在しないアミノ酸（例えば、隣接アミノ酸と１つまたは複数のペプチド結合を形成する部分）を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質鎖の１つまたは複数の残基は、非アミノ酸部分（例えば、グリカンなど）を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、例えば、１つまたは複数のジスルフィド結合により結合した、または他手段により会合した１つよりも多いポリペプチド鎖を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、Ｌ−アミノ酸、Ｄ−アミノ酸、またはその両方を含み、いくつかの実施形態では、タンパク質は、当技術分野で既知の１つまたは複数のアミノ酸修飾物または類似体を含む。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化などが挙げられる。「ペプチド」という用語は、一般に、約１００個未満のアミノ酸、約５０個未満のアミノ酸、２０個未満のアミノ酸、または１０個未満のアミノ酸の長さを有するポリペプチドを表すために使用される。いくつかの実施形態では、タンパク質は、抗体、抗体フラグメント、その生物学的活性部分、および／またはその特徴的部分である。
試料：本明細書において用いられる「試料」は、そこから得られる特定の生物または材料である。いくつかの実施形態において、試料は、本明細書に記載の、目的の供給源から得られる、またはそれに由来する生物試料である。いくつかの実施形態では、目的の供給源は、動物またはヒトなどの生物を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、生物組織または生体液を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、骨髄；血液；血液細胞；腹水；組織もしくは細針生検試料；細胞含有体液；浮遊核酸；痰；唾液：尿；脳脊髄液、腹水；胸水；糞便：リンパ液；婦人科液；皮膚スワブ；腟スワブ；口腔スワブ；鼻スワブ；導管洗浄液もしくは気管支肺胞洗浄液などの洗液もしくは洗浄液；吸引液；擦過；骨髄検体；組織生検検体；外科検体；糞便、他の体液、分泌液、および／もしくは排泄物；ならびに／またはそれらに由来する細胞などのうちのいずれか１つもしくは複数であるか、またはそれらを含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、個体から得られる細胞であるか、または該細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料は、任意の適切な手段により目的の供給源から直接得られる「一次試料」である。例えば、いくつかの実施形態では、一次生物試料は、生検（例えば、細針吸引または組織生検）、手術、体液（例えば、血液、リンパ液、糞便など）の収集などからなる群から選択される方法により得られる。いくつかの実施形態では、文脈から明白になるように、「試料」という語は、一次試料を処理することにより（例えば、その１つまたは複数の成分の除去および／またはそれへの１つまたは複数の薬剤の添加により）得られる調製物を表す。例えば、半透膜を用いる濾過がある。かかる「処理試料」は、例えば、試料から抽出されたか、または一次試料を、ｍＲＮＡの増幅もしくは逆転写、特定成分の単離、および／もしくは精製などの技術によって処理することにより得られた、核酸またはタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態において、試料は生物である。いくつかの実施形態において、試料は植物である。いくつかの実施形態において、試料は動物である。いくつかの実施形態において、試料はヒトである。いくつかの実施形態において、試料は、ヒト以外の生物である。
立体化学異性体：本明細書で使用される場合、「立体化学異性体」という言い回しは、同じ結合順序で結合された同じ原子で構成されているが、互換性がない異なる三次元構造を有する異なる化合物を表す。本開示のいくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、化合物の個々の立体化学異性体の純粋な調製物であり得るか、または該調製物を含み得；いくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、該化合物の２つ以上の立体化学異性体の混合物であり得るか、または該混合物を含み得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる立体化学異性体を含み、特定の実施形態では、かかる混合物は、異なる量の少なくとも２つの異なる立体化学異性体を含む。いくつかの実施形態では、化学組成物は、該化合物の全てのジアステレオマーおよび／または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の部分的なジアステレオマーおよび／または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の化合物の特定の鏡像異性体が所望される場合には、該鏡像異性体は、例えば、不斉合成により、またはキラル補助基を用いた誘導により調製することができるが、その場合、得られたジアステレオマー混合物を分離し、補助基を開裂して、純粋な所望の鏡像異性体を得る。あるいは、分子がアミノなどの塩基性官能基を含む場合、ジアステレオマー塩を、適切な光学活性酸を用いて生成し、例えば、分別結晶作用により分離する。
対象：本明細書で使用される場合、「対象」または「被験者」という用語は、提供される化合物または組成物が、例えば、実験、診断、予防、および／または治療目的用途で、本開示に従って投与される任意の生物を表す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、およびヒトなどの哺乳類；昆虫；蠕虫；他）および植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害、および／または症状を患っている、および／またはこれらにかかりやすい場合がある。
実質的：本明細書で使用される場合、「実質的」という用語は、対象としている特徴または特性の全部またはほとんど全部の範囲もしくは程度を示す定性的状態を表す。生物学技術分野の当業者は、生物学的および化学的現象が、完了することおよび／もしくは完了の域に到達すること、または絶対的な結果を達成もしくは回避することが、仮にあったとしても稀であることを理解するであろう。したがって、「実質的」という用語は、本明細書において、多くの生物学的および化学的現象に固有の潜在的な完全性の欠如を捉えるのに用いられる。
患っている：疾患、障害、および／または症状を「患っている」個体は、疾患、障害、および／または症状の１つまたは複数の症候を持つと診断されている、および／または該症候を示している。
かかりやすい：疾患、障害、および／または症状「にかかりやすい」個体は、一般の人々よりも、該疾患、障害、および／または症状を発病するリスクが高い個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または症状にかかりやすい個体は、該疾患、障害、および／または症状を持つと診断されない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または症状にかかりやすい個体は、該疾患、障害、および／または症状の症候を示し得る。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または症状にかかりやすい個体は、該疾患、障害、および／または症状の症候を示さない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または症状にかかりやすい個体は、該疾患、障害、および／または症状を発病することになる。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または症状にかかりやすい個体は、該疾患、障害、および／または症状を発病しないことになる。
全身的：本明細書で使用される場合、「全身的投与」、「全身的に投与された」、「末梢投与」、および「末梢的に投与された」という言い回しは、それが、レシピエントの系に入るように化合物または組成物を投与することを表す、その技術分野で理解される意味を有する。
互変異性体：本明細書で使用される場合、「互変異性体」という言い回しは、容易に転換可能な異なる異性体の有機化合物を言い表すために使用される。互変異性体は、一重結合と、隣接する二重結合との転換と合わせて起こる、水素原子またはプロトンのホルマール移動により特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、プロトン互変異性（すなわち、プロトンの再配置）からもたらされ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、原子価互変異性（すなわち、結合電子の急激な再配置）からもたらされ得る。かかる互変異性体の全てが、本開示の範囲内に含まれるものとする。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は互いに平衡移動状態で存在し、したがって、個別の物質を調製する試みによって混合物が形成される。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は、分離可能および単離可能な化合物である。本開示のいくつかの実施形態では、化合物の単一の互変異性体の純粋な調製物であるか、または該調製物を含む化学組成物が提供され得る。本開示のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の２つ以上の互変異性体の混合物として提供され得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる互変異性体を含み、特定の実施形態では、かかる混合物は、化合物の、異なる量の少なくとも２つの異なる互変異性体を含む。本開示のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全ての互変異性体を含み得る。本開示のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の部分的な互変異性体を含み得る。本開示のいくつかの実施形態では、化学組成物は、相互転換の結果として経時的に変化する量で、化合物の１つまたは複数の互変異性体を含み得る。本開示のいくつかの実施形態では、互変異性は、ケトエノール互変異性である。化学技術分野の当業者は、ケトエノール互変異性体を、化学技術分野で既知の任意の適切な試薬を用いて、「捕捉」（すなわち、「エノール」体を保持するように化学的に修飾）することができ、当技術分野で既知の１つまたは複数の適切な技術を用いて、引き続いて単離され得るエノール誘導体を得る。特に指示がない限り、本開示は、純粋な形態であるか、または相互に混合されている状態であるかにかかわらず、関連する化合物の全ての互変異性体を包含する。
治療薬：本明細書で使用される場合、「治療薬」という語句は、対象に投与されたとき、治療効果を有し、ならびに／または所望の生物学的効果および／もしくは薬理学的効果を誘発する任意の薬剤を表す。いくつかの実施形態では、治療薬は、疾患、障害、および／または症状の１つまたは複数の症候もしくは特徴を、軽減、寛解、緩和、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させるために使用され得る任意の物質である。
治療有効量：本明細書で使用される場合、「治療有効量」という用語とは、治療レジメンの一部として投与された際に所望の生物学的応答を誘発する物質（例えば、治療薬、組成物、および／または製剤）の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、および／または症状を患っているか、またはかかりやすい対象に投与するとき、該疾患、障害、および／または症状を治療、診断、予防、および／または発病遅延するのに十分な量である。当業者により認識されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的の細胞または組織などの要因に依存して変化し得る。例えば、疾患、障害、および／または症状を治療するための製剤中の化合物の有効量は、該疾患、障害、および／または症状の１つまたは複数の症候もしくは特徴を、軽減、寛解、緩和、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は単一用量で投与され；いくつかの実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要とされる。
治療：本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療」または「治療すること」という用語は、疾患、障害、および／または症状の１つまたは複数の症候もしくは特徴を、部分的にもしくは完全に、軽減、寛解、緩和、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させるために使用される任意の方法を表す。治療は、疾患、障害、および／または症状の徴候を示さない対象に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、例えば、疾患、障害、および／または症状に関連する病理を発病するリスクを低下させる目的で、治療が、該疾患、障害、および／または症状の初期徴候のみ示す対象に施され得る。
不飽和：本明細書で使用される場合、用語「不飽和」は、ある部分が１つまたは複数の不飽和単位を有することを意味する。
単位用量：本明細書で使用される場合、「単位用量」という表現は、医薬組成物の単回投与として、および／または物理的に別々単位で投与される量を表す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含む。いくつかの実施形態では、単位用量は、単一用量の薬剤全体を含む。いくつかの実施形態では、総単一用量に達するように、１つよりも多い単位用量が投与される。いくつかの実施形態では、複数の単位用量の投与が、意図された効果を達成するために必要であるか、または必要であると予測される。単位用量は、例えば、所定量の１つまたは複数の治療薬、固体形態の所定量の１つまたは複数の治療薬、または所定量の１つ以上の治療薬を含む徐放性製剤もしくは薬物送達装置などを含む、ある体積の液体（例えば、許容可能な担体）であり得る。当然のことながら、単位用量は、治療薬（複数可）に加えて、任意の様々な成分を含む製剤に含まれ得る。例えば、許容可能な担体（例えば、薬学的に許容可能な担体）、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤などが、下記のように含まれ得る。多くの実施形態では、特定治療薬の１日の適切な全投与量が、単位用量の一部分または複数の単位用量を含む場合があり、例えば、健全な医学的判断の範囲内で担当医により決定され得ることは、当業者により理解されるだろう。いくつかの実施形態では、任意の特定の対象または生物に適した治療有効量レベルは、治療される障害および障害の重症度；使用される特定の活性化合物の活性；使用される特定の組成物；対象の年齢、体重、一般的な健康状態、性別、および食事；投与時間、および使用される特定の活性化合物の排出速度；治療期間；使用される特定の化合物（複数可）と併用するか、または同時に用いる薬物および／または追加の療法、ならびに医療分野において周知の類似要因を含めた様々な要因に依存し得る。
野生型：本明細書で使用される場合、「野生型」という用語は、「正常な」（突然変異の、病気の、改変したなどとは対照的な）状態または文脈中において、自然界に見られる構造および／または活性を有する実体を表す、その技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子およびポリペプチドが、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することが多いことを認識するだろう。
核酸：用語「核酸」は、任意のヌクレオチド、その修飾変異体、その類似体、その重合体を含む。本明細書において使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドの多量体型である、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）もしくはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）、またはこれらの修飾変異体もしくは類似体のいずれかを表す。これらの用語は、該分子の一次構造を表し、したがって、二本鎖ＤＮＡおよび一本鎖ＤＮＡ、ならびに二本鎖ＲＮＡおよび一本鎖ＲＮＡを含む。これらの用語は、等価物として、以下に限定されないが、メチル化、保護化および／またはキャップされたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどのヌクレオチド類似体および修飾ポリヌクレオチドから作製された、ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれかの類似体を含む。該用語は、ポリリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチド（ＲＮＡ）およびポリデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基および／または修飾核酸塩基のＮ−グリコシド類またはＣ−グリコシド類由来のＲＮＡまたはＤＮＡ；糖類および／または修飾された糖類由来の核酸類；およびリン酸架橋および／または修飾リン原子架橋（本明細書中、「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ）由来の核酸類を包含する。該用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾された糖類、リン酸架橋、または修飾リン原子架橋のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、以下に限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。接頭語のポリ−は、２〜約１０，０００ヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を表し、接頭語オリゴ−は、２〜約２００ヌクレオチドモノマー単位を表す。
ヌクレオチド：本明細書で使用される場合、用語「ヌクレオチド」は、複素環式塩基、糖、および１つまたは複数のホスフェート基またはリン含有ヌクレオチド間結合からなるポリヌクレオチドのモノマー単位を表す。天然に存在する塩基（グアニン（Ｇ）、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ））は、プリンまたはピリミジンの誘導体であるが、天然および非天然の塩基類似体も含まれるものと理解されるべきである。天然に存在する糖は、ペントース（五炭糖）デオキシリボース（ＤＮＡを形成する）またはリボース（ＲＮＡを形成する）であるが、天然および非天然塩基類似体も含まれるものと理解されるべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して結合して、核酸、またはポリヌクレオチドを生成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で既知である（限定されないが、ホスフェート、ホスホロチオエート、ボラノリン酸など）。人工核酸としては、ＰＮＡ類（ペプチド核酸）、ホスホトリエステル類、ホスホロチオネート類、Ｈ−ホスホネート類、ホスホラミダイト、ボラノリン酸、メチルホスホン酸、ホスホノ酢酸、チオホスホノ酢酸、および本明細書に記載したものなどの天然核酸のリン酸骨格の他の変異体が挙げられる。他の類似体（例えば、人工核酸、または核酸もしくは人工核酸に取り込むことができる成分）には、ボラノホスフェートＲＮＡ、ＦＡＮＡ、固定化核酸（ＬＮＡ）、モルホリノ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、およびグリコール核酸（ＧＮＡ）が含まれる。当業者は、例えば、以下のいずれかに記載のものを含む、様々な修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を把握している：Ｇｒｙａｚｎｏｖ，Ｓ；Ｃｈｅｎ，Ｊ．−Ｋ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９４，１１６，３１４３；Ｈｅｎｄｒｉｘ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｅｕｒ．Ｊ．３：１１０；Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５；Ｊｅｐｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００４ Ｏｌｉｇｏ．１４：１３０−１４６；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３，５８，２９８３；Ｋｏｉｚｕｍｉ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３２６７−３２７３；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５４：３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．８：２２１９−２２２２；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．５： ５３０−５３１；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．ｅｔｔ．１３：２５３−２５６；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４，３３，２２６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００１ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｕｐｐ．１：２４１−２４２；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１２：７３−７６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２１１−２２２６；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．７３；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎｓ Ｔｒａｎｓｌ．１：３４２３−３４３３；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３８（５０）：８７３５−８；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３９：５４０１−５４０４；Ｐａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．４８：８１９５−８１９７；Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ ＴＲＥＮＤＳ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２１：７４−８１；Ｒａｊｗａｎｓｈｉ ｅｔ ａｌ．１９９９ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１３９５−１３９６；Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４： ２９６６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２００９ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５２：１０−１３；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３：８３０９−８３１８；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．７５：１５６９−１５８１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２：２９６−２９９；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ−Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．１，ｅ４７；Ｓｅｔｈ，Ｐｕｎｉｔ Ｐ；Ｓｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ａｎｄｒｅｗ；Ａｌｌｅｒｓｏｎ，Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒ；Ｖａｓｑｕｅｚ，Ｇｕｉｌｌｅｒｍｏ；Ｌｅｅ，Ｓａｍ；Ｐｒａｋａｓｈ，Ｔｈａｚｈａ Ｐ；Ｋｉｎｂｅｒｇｅｒ，Ｇａｒｔｈ；Ｍｉｇａｗａ，Ｍｉｃｈａｅｌ Ｔ；Ｇａｕｓ，Ｈａｎｓ；Ｂｈａｔ，Ｂａｌｋｒｉｓｈｅｎ；ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｍ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ（２００８），５２（１），５５３−５５４；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．１２４７−１２４８；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：１００３５−３９；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：６０７８−６０７９；Ｓｏｒｅｎｓｅｎ ２００３ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．２１３０−２１３１；Ｔｓ’ｏ ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９８８，５０７，２２０；Ｖａｎ Ａｅｒｓｃｈｏｔ ｅｔ ａｌ．１９９５ Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３４：１３３８；Ｖａｓｓｅｕｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９２，１１４，４００６；国際公開第２００７０９０００７１号；国際公開第２００７０９０００７１号；国際公開第２０１６／０７９１８１号。
ヌクレオシド：用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾された糖に共有結合されている部分を表す。
糖：用語「糖」は、閉形態および／または開形態の単糖を表す。糖類としては、リボース部分、デオキシリボース部分、ペントフラノース部分、ペントピラノース部分、およびヘキソピラノース部分が挙げられるが、これに限定されない。本明細書で使用される場合、該用語は、グリコールなどの通常の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含し、その重合体が核酸類似体、グリコール核酸（「ＧＮＡ」）の骨格を形成する。
修飾された糖：用語「修飾された糖」は、糖を置き換えることができる部分を表す。該修飾された糖は、ある糖の空間配置、電子状態、またはいくつかの他の物理化学的特性を模倣する。
核酸塩基：「核酸塩基」という用語は、配列特異的方法で、１つの核酸鎖を別の相補鎖と結合させる水素結合に関与する核酸部分を表す。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、およびチミン（Ｔ）である。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾核酸塩基」であり、例えば、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、およびチミン（Ｔ）以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、核酸塩基の空間配置、電子特性、またはいくつかの他の物理的化学的性質を模倣しており、配列特異的な方法で、１つの核酸鎖を別の相補鎖と結合させる水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞間酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二本鎖の活性に実質的に影響を与えることなく、該５つの天然に存在する塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン）の全てと対になることができる。
キラルリガンド：「キラルリガンド」または「キラル補助基」という用語は、キラルであり、特定の立体選択性を保って反応が実行され得るように、反応物中に組み込まれ得る部分を表す。
縮合試薬：縮合反応において、「縮合試薬」という用語は、反応性の低い部位を活性化し、別の試薬による作用感受性をより高くする試薬を表す。いくつかの実施形態では、かかる別の試薬は求核剤である。
ブロック基：「ブロック基」という用語は、官能基の反応性を遮蔽する基を表す。官能基は、続いて、ブロック基を除去することで遮蔽を解除され得る。いくつかの実施形態では、ブロック基は保護基である。
部分：「部分」という用語は、分子の特異的なセグメントまたは官能基を表す。化学的部分は、分子に組み込まれるか、または分子に付加される、よく認められた化学的実体である。
固体支持体：「固体支持体」という用語は、核酸の合成を可能にする任意の支持体を表す。いくつかの実施形態では、該用語は、核酸合成を実行する反応ステップで使用される媒体に不溶であり、かつ反応基を備えるように誘導体化されたガラスまたは重合体を表す。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度架橋ポリスチレン（ＨＣＰ）またはコントロールドポアガラス（ＣＰＧ）である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス（ＣＰＧ）である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス（ＣＰＧ）および高度架橋ポリスチレン（ＨＣＰ）の複合支持体である。
結合部分：「結合部分」という用語は、末端ヌクレオシドと固体支持体との間、または末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸との間に位置し得る任意の部分を表す。
ＤＮＡ分子：「ＤＮＡ分子」という用語は、その一本鎖形態または二本鎖ヘリックスにおけるデオキシリボヌクレオチド（アデニン、グアニン、チミン、またはシトシン）の重合形態を表す。本用語は、分子の一次構造および二次構造のみを表し、どの特定の三次形態にも限定することはない。したがって、本用語は、とりわけ、直鎖ＤＮＡ分子（例えば、制限フラグメント）、ウイルス、プラスミド、および染色体中に見られる二本鎖ＤＮＡを含むものである。特定の二本鎖ＤＮＡ分子構造を論じる際に、配列は、ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、ｍＲＮＡと相同配列を有する鎖）に沿って５’から３’の方向にのみ配列を与える通例に従って本明細書に記載され得る。
コード配列：ＤＮＡ「コード配列」または「コード領域」は、適切な発現制御配列の制御下に置かれた場合に、インビボでポリペプチドに転写および翻訳される二本鎖ＤＮＡ配列である。コード配列の境界（「オープンリーディングフレーム」または「ＯＲＦ」）は、５’（アミノ）末端での開始コドンおよび３’（カルボキシル）末端での翻訳終止コドンにより決定される。コード配列としては、以下に限定されないが、原核生物配列、真核生物のｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡ、真核生物（例えば、哺乳類）のＤＮＡ由来のゲノムＤＮＡ配列、および合成ＤＮＡ配列が挙げられ得る。ポリアデニル化シグナルおよび転写終止配列は、通常、コード配列の３’側に位置する。「非コード配列」または「非コード領域」という用語は、アミノ酸に翻訳されないポリヌクレオチド配列の領域（例えば、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域）を表す。
リーディングフレーム：「リーディングフレーム」という用語は、二本鎖ＤＮＡ分子の各方向に３つである計６つの考えられるリーディングフレームのうちの１つを表す。使用されるリーディングフレームは、ＤＮＡ分子のコード配列内のアミノ酸をコードするために、どのコドンを使用するかを決定するものである。
アンチセンス：本明細書で使用される場合、「アンチセンス」核酸分子は、「センス」核酸に相補的であるヌクレオチド配列を含み、これは、いくつかの実施形態において、例えば二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的なタンパク質、ｍＲＮＡ配列に相補的なタンパク質、または遺伝子のコード鎖に相補的なタンパク質をコードするものである。したがって、アンチセンス核酸分子は、センス核酸分子と水素結合を介して会合し得る。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドはＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断に関与するオリゴヌクレオチドであり、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列特異的な方法で、標的ｍＲＮＡの一部に、したがって、ＲＮａｓｅ Ｈで切断するためのｍＲＮＡを標的にしてハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的の野生型対立遺伝子と変異型対立遺伝子とを区別することができる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、変異対立遺伝子のＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断には大きく関与するが、野生型対立遺伝子のＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断には、はるかに少ない程度で関与する（例えば、標的の野生型対立遺伝子のＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断には有意に関与しない）。
ゆらぎ位置：本明細書で使用される場合、「ゆらぎ位置」はコドンの３番目の位置を表す。いくつかの実施形態では、コドンのゆらぎ位置内にあるＤＮＡ分子の突然変異は、アミノ酸レベルでサイレント変異または保存的変異をもたらす。例えば、グリシンをコードする４つのコドン、すなわち、ＧＧＵ、ＧＧＣ、ＧＧＡおよびＧＧＧがあり、したがって、任意のゆらぎ位置ヌクレオチドを、Ａ、Ｕ、ＣおよびＧから選択される他の任意のヌクレオチドへ変異させても、コードされるタンパク質のアミノ酸レベルでの変化が生じず、したがって、サイレント置換となる。
サイレント置換：「サイレント置換」または「サイレント変異」は、コドン内のヌクレオチドが変更されるが、該コドンによりコードされるアミノ酸残基の変化が生じないものである。例としては、ＡＧＧに変異した際にも依然としてＡｒｇをコードするコドン「ＣＧＧ」などの特定のコドンの１番目の位置だけでなく、コドンの３番目の位置における突然変異が挙げられる。
遺伝子：本明細書で使用される場合、「遺伝子」、「組み換え遺伝子」、および「遺伝子構築物」という用語は、タンパク質またはその部分をコードするＤＮＡ分子またはＤＮＡ分子部分を表す。ＤＮＡ分子は、タンパク質（エクソン配列として）をコードするオープンリーディングフレームを含み得、イントロン配列をさらに含み得る。本明細書で使用される場合、「イントロン」という用語は、タンパク質に翻訳されない所与の遺伝子中に存在し、全ての場合ではないが、一部の場合に、エクソン間に見られるＤＮＡ配列を表す。当技術分野で周知であるように、遺伝子は、１つまたは複数のプロモーター、エンハンサー、リプレッサー、および／または該遺伝子の活性または発現を調節する他の調節配列と、作動可能に結合する（または含み得る）ことが望ましい場合がある。
相補ＤＮＡ：本明細書で使用される場合、「相補ＤＮＡ」または「ｃＤＮＡ」は、ｍＲＮＡの逆転写により合成された組み換えポリヌクレオチドを含み、そこから、間に挟まれた配列（イントロン）が除去されている。
相同性：「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つの核酸分子間の配列類似性を表す。相同性および同一性はそれぞれ、比較目的でアライメントされ得る各配列の位置を比較することにより決定され得る。比較される配列の同位置が同じ塩基により占有される場合、分子はその位置で同一であり；同部位が、同じまたは類似の核酸残基（例えば、立体的性質および／または電子的性質において類似している残基）により占有される場合、分子はその位置で相同（類似）であると称することができる。相同性／類似性または同一性の百分率は、比較される配列により共有される位置での同一または類似の核酸の数の関数で表現される。「無関係」または「非相同」な配列は、本明細書に記載の配列と、４０％未満の同一性、３５％未満の同一性、３０％未満の同一性、または２５％未満の同一性を共有する。２つの配列を比較するとき、残基（アミノ酸または核酸）の欠如または余分な残基の存在はまた、同一性および相同性／類似性を低下させる。
いくつかの実施形態では、「相同性」という用語は、配列類似性の数学に基づいた比較を説明するものであり、類似の機能またはモチーフを有する遺伝子を特定するのに使用される。本明細書に記載の核酸配列は、公開データベースに対して検索実行するための「問い合わせ配列」として使用されて、例えば、他のファミリーメンバー、関連する配列または相同体を特定することができる。いくつかの実施形態では、かかる検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて行うことができる。いくつかの実施形態では、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本開示の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で実行され得る。いくつかの実施形態では、比較目的でギャップアライメントを得るために、ギャップＢＬＡＳＴを、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９−３４０２に記載されているように利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびギャップＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用することができる（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照されたい）。
同一性：本明細書で使用される場合、「同一性」は、２つ以上の配列の対応する位置における同一のヌクレオチド残基の百分率を意味し、その際、該配列を、配列マッチングが最大になるように、すなわち、ギャップおよび挿入を考慮してアライメントする。同一性は、以下に記載された方法を含めるがこれらに限定されない、既知の方法によって容易に計算することができる（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；およびＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；ａｎｄ Ｃａｒｉｌｌｏ，Ｈ．，ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．，ＳＩＡＭ Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８）。同一性を決定する方法は、被検配列間の一致が最大になるように設計されている。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムでコーディングされている。２つの配列間の同一性を決定するコンピュータープログラム方法としては、以下に限定されないが、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２（１）：３８７（１９８４）），ＢＬＡＳＴＰ，ＢＬＡＳＴＮ，ａｎｄ ＦＡＳＴＡ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（１９９０）、およびＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２（１９９７））が挙げられる。ＢＬＡＳＴ Ｘプログラムは、ＮＣＢＩおよび他出所から公的に入手可能である（ＢＬＡＳＴ Ｍａｎｕａｌ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，ＮＣＢＩ ＮＬＭ ＮＩＨ Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．２０８９４；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（１９９０）。周知のスミスウォーターマンアルゴリズムも、同一性決定に使用することができる。
非相同：ＤＮＡ配列の「非相同」領域は、自然界の比較的大きな配列に関連して見られるものではない、大きなＤＮＡ配列内の同定可能なＤＮＡセグメントである。したがって、非相同領域が哺乳類遺伝子をコードする場合、該遺伝子は通例、供給源の生物のゲノムにおける哺乳類ゲノムＤＮＡには隣接していないＤＮＡと隣接することができる。非相同性コード配列の別の例は、該コード配列自体が、自然界では見られない配列（例えば、ｃＤＮＡであって、そのゲノムコード配列が、未修飾遺伝子とは異なるコドンまたはモチーフを有するイントロンまたは合成配列を含むｃＤＮＡ）である。対立遺伝子変異または天然の突然変異事象は、本明細書に定義されているＤＮＡの非相同領域を生じさせない。
塩基転位型突然変異：「塩基転位型突然変異」という用語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ））が別のピリミジンにより置換されるか、またはプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ））が別のプリンにより置換される、ＤＮＡ配列中の塩基の変化を表す。
塩基転換型突然変異：「塩基転換型突然変異」という用語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ））がプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ））により置換されるか、またはプリンがピリミジンにより置換される、ＤＮＡ配列中の塩基の変化を表す。
オリゴヌクレオチド：「オリゴヌクレオチド」という用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾された糖、リン酸架橋、または修飾リン原子架橋（本明細書では、本明細書にも定義されている「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ）の任意の組み合わせを含むヌクレオチドモノマーの重合体またはオリゴマーを表す。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖であり得る。本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド鎖」という用語は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは二本鎖領域を有することができ、二本鎖オリゴヌクレオチドは、一本鎖領域を有することができる。オリゴヌクレオチドの例としては、以下に限定されないが、構造遺伝子、制御領域および終端領域を含む遺伝子、ウイルスまたはプラスミドＤＮＡなどの自己複製系、一本鎖および二本鎖ｓｉＲＮＡおよび他のＲＮＡ干渉剤（ＲＮＡｉ剤またはｉＲＮＡ剤）、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロＲＮＡ、マイクロＲＮＡ擬態、スーパーｍｉｒ（ｓｕｐｅｒｍｉｒ）、アプタマー、抗ｍｉｒ（ａｎｔｉｍｉｒ）、アンタゴｍｉｒ（ａｎｔａｇｏｍｉｒ）、Ｕｌアダプター、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、Ｇ−四重鎖オリゴヌクレオチド、ＲＮＡアクチベーター、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、およびデコイオリゴヌクレオチドが挙げられる。
ＲＮＡ干渉の誘導に有効である二本鎖オリゴヌクレオチドおよび一本鎖オリゴヌクレオチドは、本明細書中、ｓｉＲＮＡ、ＲＮＡｉ剤、またはｉＲＮＡ剤とも呼ぶ。いくつかの実施形態では、これらのＲＮＡ干渉誘導オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られる細胞質多タンパク質複合体と関連している。多くの実施形態では、一本鎖ＲＮＡｉ剤および二本鎖ＲＮＡｉ剤は、内因性分子（例えば、ダイサー）で切断することができるほどに十分に長く、比較的小さいオリゴヌクレオチドを産生して、それらがＲＩＳＣ機構に入り、標的配列、例えば、標的ｍＲＮＡのＲＩＳＣ介在切断に関与することができる。
本開示のオリゴヌクレオチドは、様々な長さを持ち得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約２〜約２００ヌクレオチド長さの範囲であり得る。様々な関連する実施形態では、一本鎖、二本鎖、および三本鎖のオリゴヌクレオチドは、約４〜約１０ヌクレオチド、約１０〜約５０ヌクレオチド、約２０〜約５０ヌクレオチド、約１５〜約３０ヌクレオチド、約２０〜約３０ヌクレオチドの長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、約９〜約３９ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも４ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも６ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも７ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも９ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１１ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも３０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。
ヌクレオチド間結合：本明細書中で使用される場合、「ヌクレオチド間結合」という言い回しは、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間のリン含有結合を表し、上記および本明細書中で用いられる「糖間結合」および「リン原子架橋」と同義である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然に存在するＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子中に見られるホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホジエステル結合の各酸素原子が、任意選択的に独立して、有機部分または無機部分により置換されている「修飾ヌクレオチド間結合」である。いくつかの実施形態では、かかる有機部分または無機部分は、＝Ｓ、＝Ｓｅ、＝ＮＲ’、−ＳＲ’、−ＳｅＲ’、−Ｎ（Ｒ’）２、Ｂ（Ｒ’）３、−Ｓ−、−Ｓｅ−、および−Ｎ（Ｒ’）−（式中、各Ｒ’は独立して、下記に定義され、記載される通りである）から選択されるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合
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 または修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。ヌクレオチド間結合が、結合の酸部分または塩基部分の存在により、所与のｐＨにおいてアニオンまたはカチオンとして存在し得ることは、当業者であれば理解していることである。
特に指定しない限り、ｓ、ｓ１、ｓ２、ｓ３、ｓ４、ｓ５、ｓ６、およびｓ７の各々は独立して、オリゴヌクレオチド配列と共に使用される場合、下記表１に示される以下の修飾ヌクレオチド間結合を表す。
表１ 修飾ヌクレオチド間結合の例
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例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓ１ＧＡは、１）ＴとＣとの間にホスホロチオエートヌクレオチド間結合
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 を有し、２）ＣとＧとの間に
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 の構造を有するホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を有する。特に指定しない限り、オリゴヌクレオチド配列の前のＲｐ／Ｓｐの表記は、オリゴヌクレオチド配列の５’から３’へ連続したヌクレオチド間結合内のキラル結合リン原子の立体配置を表す。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓ１ＧＡでは、ＴとＣ間の「ｓ」結合のリンは、Ｒｐ配置を有し、ＣとＧ間の「ｓ１」結合のリンは、Ｓｐ配置を有する。いくつかの実施形態では、「全（Ｒｐ）」または「全（Ｓｐ）」は、オリゴヌクレオチドの全キラル結合リン原子が、それぞれ、同じＲｐ配置またはＳｐ配置を有することを示すために使用される。例えば、全（Ｒｐ）−ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣは、オリゴヌクレオチドの全てのキラル結合リン原子が、Ｒｐ配置を有することを示し；全（Ｓｐ）−ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣは、オリゴヌクレオチドの全てのキラル結合リン原子が、Ｓｐ配置を有することを示す。
オリゴヌクレオチドタイプ：本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチドタイプ」という言い回しは、特定の塩基配列、骨格結合パターン（すなわち、ヌクレオチド間結合タイプのパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心のパターン（すなわち、結合リン立体化学のパターン（Ｒｐ／Ｓｐ））、および骨格リン修飾のパターン（例えば、式Ｉの「−ＸＬＲ１」基のパターン）を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。共通に表記された「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当業者であれば、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の合成の間、ある程度の制御を提供することで、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンにおける特定の立体化学、および／または結合リンにおける特定の修飾、および／または特定の塩基、および／または特定の糖を有するように、予め設計および／または選択可能であることを認識するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンにおいて特定の立体中心の組み合わせを有するように予め設計および／または選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンにおいて特定の修飾の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、塩基の特定の組み合わせを有するように設計および／または選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上記構造的特徴のうちの特定の１つまたは複数の組み合わせを有するように設計および／または選択される。本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか、または該分子からなる組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。いくつかの実施形態では、かかる全分子は、同じタイプである（すなわち、互いに構造的に同一である）。しかしながら、多くの実施形態では、提供される組成物は、通常、所定の相対量で、異なるタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
キラル制御：本明細書で使用される場合、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド鎖内の各キラル結合リンの立体化学指定を制御する能力を表す。「キラル制御されたオリゴヌクレオチド」という言い回しは、キラル結合リンに関して単一のジアステレオマー形態で存在するオリゴヌクレオチドを表す。キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成物から調製される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：本明細書で使用される場合、「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」という言い回しは、所定のレベルの個々のオリゴヌクレオチドタイプを含むオリゴヌクレオチド組成物を表す。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つよりも多いオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプの混合物を含む。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例が、本明細書でさらに説明される。
キラル純粋：本明細書で使用される場合、「キラル純粋」という言い回しは、オリゴヌクレオチドの全てが、結合リンに関して単一のジアステレオマー形態で存在するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を言い表すために使用される。
キラル均一：本明細書で使用される場合、「キラル均一」という言い回しは、全てのヌクレオチド単位が、結合リンにおいて、同じ立体化学を有するオリゴヌクレオチド分子またはタイプを言い表すために使用される。例えば、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位が全て、結合リンにおいてＲｐ立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。同様に、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位が全て、結合リンにおいてＳｐ立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。
所定の：所定とは、例えば、無作為に起こることまたは達成されることの反対語として、計画的に選択されることを意味する。当業者であれば本明細書を読んで理解するように、本開示は、提供される組成物を調製および／または包含するために特定のオリゴヌクレオチドタイプを選択できるようにし、さらに、任意選択的に、選択された特定の相対量で、選択された特定タイプのみの調製を制御できるようにし、それにより提供される組成物が調製される、新規の驚くべき技術を提供する。かかる提供される組成物は、本明細書に記載の「所定の」ものである。特定の個々のオリゴヌクレオチドタイプを含み得る組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプを意図的に生成するように制御することができないプロセスで作製されたため、「所定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、所定の組成物は、（例えば、制御されたプロセスの反復を通して）意図的に複製され得るものである。
結合リン：本明細書で定義される場合、「結合リン」という言い回しは、言及される特定のリン原子がヌクレオチド間結合中に存在するリン原子であり、該リン原子が、天然に存在するＤＮＡおよびＲＮＡに生じるヌクレオチド間結合のホスホジエステルのリン原子に対応することを示すために使用される。いくつかの実施形態では、結合リン原子は修飾ヌクレオチド間結合中にあり、ホスホジエステル結合の各酸素原子が、有機部分または無機部分で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、式ＩのＰ＊である。いくつかの実施形態では、結合リン原子はキラルである。いくつかの実施形態では、キラル結合リン原子は式ＩのＰ＊である。
Ｐ−修飾：本明細書で使用される場合、「Ｐ−修飾」という用語は、立体化学的修飾以外の結合リンにおける任意の修飾を表す。いくつかの実施形態では、Ｐ−修飾は、結合リンに共有結合したペンダント部分の付加、置換、または除去を含む。いくつかの実施形態では、「Ｐ−修飾」は、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１である（式中、Ｘ、Ｌ、およびＲ１はそれぞれ独立して、本明細書および下記に定義および記載される通りである）。
ブロックマー：本明細書で使用される場合、「ブロックマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖であって、その個別のヌクレオチド単位をそれぞれ特徴付ける構造的特徴のパターンが、ヌクレオチド間リン結合において共通の構造的特徴を共有する少なくとも２つの連続したヌクレオチド単位の存在により特徴付けられる、オリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴とは、結合リンにおける共通立体化学、または結合リンにおける共通の修飾を意味する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間リン結合における共通構造的特徴を共有する該少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「ブロック」と呼ばれる。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは「ステレオブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンにおいて同じ立体化学を有する。かかる少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「ステレオブロック」を形成する。例えば、（Ｓｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓ１ＧＡは、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位であるＴｓとＣｓ１とが結合リンにおいて同じ立体化学（両方Ｓｐ）を有するので、ステレオブロックマーである。同じオリゴヌクレオチド（Ｓｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓ１ＧＡでは、ＴｓＣｓ１はブロックを形成し、これはステレオブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは「Ｐ−修飾ブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は結合リンにおいて同じ修飾を有する。かかる少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「Ｐ−修飾ブロック」を形成する。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓＧＡは、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位であるＴｓとＣｓとが同じＰ−修飾（すなわち、両方がホスホロチオエートジエステルである）を有するので、Ｐ−修飾ブロックマーである。（Ｒｐ，Ｓｐ）−ＡＴｓＣｓＧＡの同じオリゴヌクレオチドでは、ＴｓＣｓはブロックを形成し、これはＰ−修飾ブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは「結合ブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンにおいて同じ立体化学と同じ修飾とを有する。少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。例えば、（Ｒｐ，Ｒｐ）−ＡＴｓＣｓＧＡは、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位であるＴｓとＣｓとが同じ立体化学（両方Ｒｐ）およびＰ−修飾（両方ホスホロチオエート）を有するので、結合ブロックマーである。（Ｒｐ，Ｒｐ）−ＡＴｓＣｓＧＡの同じオリゴヌクレオチドでは、ＴｓＣｓはブロックを形成し、これは結合ブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは独立して、ステレオブロック、Ｐ−修飾ブロック、および結合ブロックから選択される１つまたは複数のブロックを含む。いくつかの実施形態では、ブロックマーは、１つのブロックに対するステレオブロックマー、および／または別のブロックに対するＰ−修飾ブロックマー、および／またはさらに別のブロックに対する結合ブロックマーである。例えば、（Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）−ＡＡｓＴｓＣｓＧｓＡｓ１Ｔｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１ＡＴＣＧは、ステレオブロックＡｓＴｓＣｓＧｓＡｓ１（結合リンにおける全Ｒｐ）もしくはＴｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（結合リンにおける全Ｓｐ）に関してステレオブロックマーであるか、Ｐ−修飾ブロックＡｓＴｓＣｓＧｓ（全ｓ結合）もしくはＡｓ１Ｔｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（全ｓ１結合）に関してＰ−修飾ブロックマーであるか、または結合ブロックＡｓＴｓＣｓＧｓ（結合リンにおける全Ｒｐ、および全ｓ結合）もしくはＴｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（結合リンにおける全Ｓｐ、および全ｓ１結合）に関して結合ブロックマーである。
アルトマー（ａｌｔｍｅｒ）：本明細書で使用される場合、「アルトマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖であって、その個別のヌクレオチド単位をそれぞれ特徴付ける構造的特徴パターンが、オリゴヌクレオチド鎖のいかなる２つの連続するヌクレオチド単位もヌクレオチド間リン結合において特定の構造的特徴を共有していないという点で特徴付けられる、オリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが繰り返しパターンを含むように設計されている。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが繰り返しパターンを含まないように設計されている。
いくつかの実施形態では、アルトマーは「ステレオアルトマー」であり、例えば、いかなる２つ連続するヌクレオチド単位も結合リンにおいて同じ立体化学を有していない。例として、（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）−ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣがある。
いくつかの実施形態では、アルトマーは「Ｐ−修飾アルトマー」であり、例えば、いかなる２つの連続するヌクレオチド単位も結合リンにおいて同じ修飾を有していない。例えば、結合リンがそれぞれ、他と異なるＰ−修飾を有する、全（Ｓｐ）ＣＡｓ１ＧｓＴがある。
いくつかの実施形態では、アルトマーは「結合アルトマー」であり、例えば、いかなる２つの連続するヌクレオチド単位も結合リンにおいて同一の立体化学または同一の修飾を有していない。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，ＳｐＲｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）−ＧｓＣｓ１ＣｓＴｓ１ＣｓＡｓ１ＧｓＴｓ１ＣｓＴｓ１ＧｓＣｓ１ＴｓＴｓ２ＣｓＧｓ３ＣｓＡｓ４ＣｓＣがある。
ユニマー：本明細書で使用される場合、「ユニマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖であって、その個別のヌクレオチド単位をそれぞれ特徴付ける構造的特徴パターンが、鎖内の全ヌクレオチド単位がヌクレオチド間リン結合において少なくとも１つの共通構造的特徴を共有する、オリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴とは、結合リンにおける共通立体化学、または結合リンにおける共通の修飾を意味する。
いくつかの実施形態では、ユニマーは「ステレオユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は結合リンにおいて同じ立体化学を有する。例えば、該結合全てがＳｐリンを有する、全（Ｓｐ）−ＣｓＡｓ１ＧｓＴがある。
いくつかの実施形態では、ユニマーは「Ｐ−修飾ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は結合リンにおいて同じ修飾を有する。例として、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートジエステルである（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）−ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣがある。
いくつかの実施形態では、ユニマーは「結合ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は結合リンにおいて同じ立体化学および同じ修飾を有する。例えば、ヌクレオチド間結合の全てがＳｐ結合リンを有するホスホロチオエートジエステルである、全（Ｓｐ）−ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣがある。
ギャップマー：本明細書で使用される場合、「ギャップマー」という語は、オリゴヌクレオチド鎖の少なくとも１つのヌクレオチド間リン結合が、ホスフェートジエステル結合、例えば、天然に存在するＤＮＡまたはＲＮＡに見られる結合などであるという点で特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の２つ以上のヌクレオチド間リン結合は、天然に存在するＤＮＡまたはＲＮＡに見られる結合などのホスフェートジエステル結合である。例えば、ＣとＡ間のヌクレオチド間結合がホスフェートジエステル結合である、全（Ｓｐ）−ＣＡｓ１ＧｓＴがある。
スキップマー：本明細書で使用される場合、「スキップマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖の１つおきのヌクレオチド間リン結合が、ホスフェートジエステル結合、例えば、天然に存在するＤＮＡまたはＲＮＡ中に見られる結合などであり、オリゴヌクレオチド鎖の１つおきのヌクレオチド間リン結合が修飾ヌクレオチド間結合である、ギャップマーのタイプを表す。例えば、全（Ｓｐ）−ＡｓＴＣｓ１ＧＡｓ２ＴＣｓ３Ｇがある。
この開示では、化学元素は、元素の周期律表ＣＡＳ ｖｅｒｓｉｏｎ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃｓ，６７ｔｈ Ｅｄ．，１９８６−８７の内表紙に従って同定される。
本開示の化合物および組成物に関する本明細書に記載の方法および構造は、薬学的に許容可能酸付加塩または塩基付加塩、ならびにこれらの化合物および組成物の全ての立体異性体にも適用する。
ラット肝臓ホモジネートのインキュベーション後の逆相ＨＰＬＣを示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。ＯＮＴ−１５４のインビトロ代謝安定性は、２’−ＭＯＥ翼を有するＯＮＴ−８７と同様であることが明らかになり、いずれも、ステレオランダムである２’−ＭＯＥギャップマー（ＯＮＴ−４１、ミポメルセン）よりもはるかに良い安定性を有する。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン（ＯＮＴ−４１）の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Ｓｐヌクレオチド間結合の増加と共に、ヒトＡｐｏＢ配列ＯＮＴ−４１（ミポメルセン）のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。使用した組成物は、ＯＮＴ−４１、ＯＮＴ−７５、ＯＮＴ−７７、ＯＮＴ−８０、ＯＮＴ−８１、ＯＮＴ−８７、ＯＮＴ−８８、およびＯＮＴ−８９である。
ラット全肝臓ホモジネート中のマウスＡｐｏＢ配列（ＩＳＩＳ １４７７６４、ＯＮＴ−８３）の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Ｓｐヌクレオチド間結合の増加と共に、マウスＡｐｏＢ配列（ＯＮＴ−８３、２’−ＭＯＥギャップマー、ステレオランダムなホスホロチオエート）のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。使用した組成物は、ＯＮＴ−８２〜ＯＮＴ−８６である。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ＯＮＴ−７５の分解を２４時間にわたって示す図である。この図は、ラット全肝臓ホモジネート中のＯＮＴ−７５の安定性を示す。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ＯＮＴ−８１の分解を２４時間にわたって示す図である。この図は、ラット全肝臓ホモジネート中のＯＮＴ−８１の安定性を示す。
ＯＮＴ−８７、ＯＮＴ−８８、およびＯＮＴ−８９におけるノックダウンの期間を示す図である。立体異性体は、大幅に異なるノックダウンの期間を示し得る。ＯＮＴ−８７は、他の立体異性体よりも十分に長持ちする抑制をもたらす。ＯＮＴ−８７の長い作用持続時間が複数のインビボ試験で観察された。ＯＮＴ−８８は、特定のインビボ試験において、ＯＮＴ−４１（ミポメルセン）と同様の効果および回復プロファイルを示した。Ｈｕ ＡｐｏＢトランスジェニックマウス（ｎ＝４）に、１０ ｍｐｋ ＩＰボーラスを投与した（２回／週、３週間）。マウスを無作為化して群を調査し、各投与日に、投与する前に測定した個々のマウスの体重に基づいて、１０ｍｇ／ｋｇを腹腔内に（ＩＰ）投与した（１日目、４日目、８日目、１１日目、１５日目、１８日目、および２２日目）。０日目、１７日目、２４日目、３１日目、３８日目、４５日目、および５２日目に顎下（頬）で出血させて血液を採取し、５２日目に心穿刺により屠殺して血清処理した。ＡｐｏＢをＥＬＩＳＡにより測定した。強調表示部：投与３週後の維持されたノックダウン（７２％対３５％）。
いくつかのＲｐ、Ｓｐ、またはステレオランダムなホスホロチオエート結合を有するｓｉＲＮＡ二本鎖について、ヒト血清中で測定された代謝安定性の違いを表すＨＰＬＣプロファイルを示す図である。使用した組成物は、ＯＮＴ−１１４、ＯＮＴ−１１６、ＯＮＴ−１０９、ＯＮＴ−１０７、ＯＮＴ−１０８、およびＯＮＴ−１０６である。
ＲＮａｓｅ Ｈの活性に対する立体化学の影響を示す図である。オリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３７℃でインキュベートした。上から下へ（１２０分）：ＯＮＴ−８９、ＯＮＴ−７７、ＯＮＴ−８１、ＯＮＴ−８０、ＯＮＴ−７５、ＯＮＴ−４１、ＯＮＴ−８８、ＯＮＴ−１５４、ＯＮＴ−８７であり、ＯＮＴ−７７／１５４は互いに極めて近接している。
ヒトＡｐｏＢ ｍＲＮＡの同じ領域を標的にするホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの立体異性体の異なる調製物とハイブリダイズさせたときの、２０−ｍｅｒ ＲＮＡのヒトＲＮａｓｅ Ｈ１切断の分析を示す図である。切断の特異的部位は、個別の立体化学の強い影響を受ける。矢印は、切断位置（切断部位）を示す。産物をＵＰＬＣ／ＭＳで分析した。矢印の長さは反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出された切断産物が多い）。（Ａ）：切断地図の記号を説明する。（Ｂ）および（Ｃ）：オリゴヌクレオチドの切断地図を示す。図において：（┬）は、両方のＲＮａｓｅ Ｈ１切断フラグメント（５’−ホスフェート種ならびに５’−ＯＨ３’−ＯＨ種）が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’−ホスフェート種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’−ＯＨ３’−ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。使用した組成物は、ＯＮＴ−４１、ＯＮＴ−７５、ＯＮＴ−７７、ＯＮＴ−８０、ＯＮＴ−８１、ＯＮＴ−８７、ＯＮＴ−８８、ＯＮＴ−８８、およびＯＮＴ−１５４である。 同上。 同上。
異なるオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す（（Ａ）〜（Ｃ））。これら３つの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の異なる領域を標的にする。各配列を５つの異なる化学作用を用いて調査した。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で３０分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成されている。矢印は切断部位を示す。矢印の長さは反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い）。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡにより反応を止めた。使用した組成物は、ＯＮＴ−３１６、ＯＮＴ−３５５、ＯＮＴ−３６１、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−３７３、ＯＮＴ−３０２、ＯＮＴ−３５２、ＯＮＴ−３５８、ＯＮＴ−３６４、ＯＮＴ−３７０、ＯＮＴ−３１５、ＯＮＴ−３５４、ＯＮＴ−３６０、ＯＮＴ−３６６、およびＯＮＴ−３７２である。 同上。 同上。
異なる共通の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す図である（（Ａ）〜（Ｂ））。切断地図は、ステレオランダムなＤＮＡ組成物（上のパネル）と、立体化学的に純粋な、３つの別個のオリゴヌクレオチド組成物との比較を示す。データは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の結果と、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の異なる領域を標的にする２つのステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチド組成物（ＯＮＴ−３６６およびＯＮＴ−３６７）の結果とを比較している。各パネルは、ステレオランダムＤＮＡ（上のパネル）と、立体化学的に純粋な、３つの別個のオリゴヌクレオチド調製物との比較を示す。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で３０分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は切断部位を示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い）。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。使用した組成物は、ＯＮＴ−３６６、ＯＮＴ−３８９、ＯＮＴ−３９０、ＯＮＴ−３９１、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−３９２、ＯＮＴ−３９３、およびＯＮＴ−３９４である。 同上。
ＲＮａｓｅ Ｈの活性に対する立体化学の影響を示す図である。独立した２つの実験において、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３７℃でインキュベートした。全長ＲＮＡの消失を、ＲＰ−ＨＰＬＣを用いて、２５４ｎｍでのピーク面積から測定した。（Ａ）：上から下へ（６０分）：ＯＮＴ−３５５、ＯＮＴ−３１６、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−３９２、ＯＮＴ−３９３、およびＯＮＴ−３９４（残留するＲＮＡ基質の割合（％）は、６０分のとき、ＯＮＴ−３９３とＯＮＴ−３９４はほぼ同じであるが、５分のとき、ＯＮＴ−３９３の方が高かった）。（Ｂ）：上から下へ（６０分）：ＯＮＴ−３１５、ＯＮＴ−３５４、ＯＮＴ−３６６、ＯＮＴ−３９１、ＯＮＴ−３８９、およびＯＮＴ−３９０。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡにより反応を止めた。 同上。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのターンオーバーを示す図である。二本鎖を、６μＭに等しい各ＤＮＡ鎖濃度と、１００μＭのＲＮＡとで形成させた。これらの二本鎖を、０．０２μＭのＲＮａｓｅ Ｈ酵素と共にインキュベートし、全長ＲＮＡの消失を、ＲＰ−ＨＰＬＣを用いて、２５４ｎｍでのそのピーク面積から測定した。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡにより反応を止めた。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ−３１６、ＯＮＴ−３６７、およびＯＮＴ−３９２。
ステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチドと、同じＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ領域を標的にする立体化学的に純粋な、６つの別個のオリゴヌクレオチド調製物とを比較する切断地図を示す図である。使用した組成物は、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−３９２、ＯＮＴ−３９３、ＯＮＴ−３９４、ＯＮＴ−４００、ＯＮＴ−４０１、およびＯＮＴ−４０６である。
ＲＮａｓｅ Ｈの活性に対する立体化学の影響を示す図である。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３７℃でインキュベートした。ＲＮａｓｅ Ｈの活性への立体化学の依存性が観察された。同様に、ＯＮＴ−３６７（ステレオランダムなＤＮＡ）とＯＮＴ−３１６（５−１０−５ ２’−ＭＯＥギャップマー）との比較において明らかなことは、組成物の化学的性質がＲＮａｓｅ Ｈの活性に強く依存していることである。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ−３１６、ＯＮＴ−４２１、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−３９２、ＯＮＴ−３９４、ＯＮＴ−４１５、およびＯＮＴ−４２２（ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖内に残留するＲＮＡの割合（％）は、４０分のとき、ＯＮＴ−３９４／４１５／４２２は同等のレベルであるが、５分のとき、ＯＮＴ−４２２＞ＯＮＴ−３９４＞ＯＮＴ−４１５である）。
ＲＮａｓｅ Ｈの活性に対する立体化学の影響を示す図である。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３７℃でインキュベートした。ＲＮａｓｅ Ｈの活性に立体化学が依存していることが観察された。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ−３９６、ＯＮＴ−４０９、ＯＮＴ−４１４、ＯＮＴ−４０８（４０分のとき、ＯＮＴ−３９６／４０９／４１４／４０８は同等のレベルである）、ＯＮＴ−４０４、ＯＮＴ−４１０、ＯＮＴ−４０２（４０分のとき、ＯＮＴ−４０４／４１０／４０８は同等のレベルである）、ＯＮＴ−４０３、ＯＮＴ−４０７、ＯＮＴ−４０５、ＯＮＴ−４０１、ＯＮＴ−４０６、およびＯＮＴ−４００（４０分のとき、ＯＮＴ−４０１／４０５／４０６／４００は同等のレベルである）。
ＲＮａｓｅ Ｈの活性に対する立体化学の影響。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３７℃でインキュベートした。ＲＮａｓｅ Ｈの活性に立体化学が依存していることが観察された。ホスホジエステルオリゴヌクレオチドＯＮＴ−４１５の切断速度をわずかに上回る速度で、ＯＮＴ−４０６が、二本鎖ＲＮＡの切断を誘発することが観察された。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ−３９６、ＯＮＴ−４２１、ＯＮＴ−３９２、ＯＮＴ−３９４、ＯＮＴ−４１５、ＯＮＴ−４０６、およびＯＮＴ−４２２（ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖内に残留するＲＮＡの割合（％）は、４０分のとき、ＯＮＴ−３９４／４１５／４０６は同等のレベルであるが、５分のとき、ＯＮＴ−３９４＞ＯＮＴ−４１５＞ＯＮＴ−４０６である）。
ＲＮＡ（ＯＮＴ−３８８）をステレオランダムなＤＮＡ（ＯＮＴ−３６７）と二本鎖にしたとき（上）、および、ステレオ純粋なＤＮＡをリピートトリプレットモチーフ−３’−ＳＳＲ−５’（ＯＮＴ−３９４）と二本鎖にしたとき（下）に得られたＲＮＡ切断産物の例示的なＵＶクロマトグラムを示す図である。）。２．３５分：７ｍｅｒ；３．１６分：８ｍｅｒおよびｐ−６ｍｅｒ；４．４８分：Ｐ−７ｍｅｒ；５．８３分：Ｐ−８ｍｅｒ；６．８８分：１２ｍｅｒ；９．３２分：１３ｍｅｒ；１０．１３分：Ｐ−１１ｍｅｒ；１１．０分：Ｐ−１２ｍｅｒおよび１４ｍｅｒ；１１．９３分：Ｐ−１３ｍｅｒ；１３．１３分：Ｐ−１４ｍｅｒ。ＯＮＴ−３９４（下）のピークの帰属：４．５５分：ｐ−７ｍｅｒ；４．９７分：１０ｍｅｒ；９．５３分：１３ｍｅｒ。
ＲＮＡ切断産物のエレクトロスプレーイオン化スペクトルを示す図である。二本鎖を、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈと共に３０分間インキュベートしたときに、二本鎖ＯＮＴ−３８７、ＲＮＡ／ＯＮＴ−３５４、（７−６−７、ＤＮＡ−２’−ＯＭｅ−ＤＮＡ）（上）、およびＯＮＴ−３８７、ＲＮＡ／ＯＮＴ−３１５、（５−１０−５，２’−ＭＯＥギャップマー）（下）から得られたＲＮＡフラグメント。
ＲＮａｓｅ Ｈと共に３０分インキュベーションした後のＯＮＴ−４０６およびＯＮＴ−３８８二本鎖のＵＶクロマトグラムおよびＴＩＣを示す図である。
切断の候補の例を示す図である。提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、図示された通りに標的を切断することができる。
変異型ハンチンチンｍＲＮＡを標的とする対立遺伝子特異的切断の例。（Ａ）および（Ｂ）：オリゴヌクレオチドの例。（Ｃ）〜（Ｅ）：切断地図。（Ｆ）〜（Ｈ）：ＲＮＡ切断。変異ハンチンチンを対立遺伝子選択的に抑制する目的で一塩基多型を標的にするように、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製した。ＯＮＴ−４５３（変異型ＨＴＴ）とＯＮＴ−４５４（野生型ＨＴＴ）とを標的にするＯＮＴ−４５０（ステレオランダム）は、ＲＮＡ切断およびそれらの切断地図において、わずかな差異を示した。ＯＮＴ−４５３（変異型ＨＴＴ）とＯＮＴ−４５４（野生型ＨＴＴ）とを標的にし、ＲＮａｓｅ Ｈ認識部位内に３’−ＳＳＲ−５’モチーフの選択的な配置を有するキラル制御されたＯＮＴ−４５１は、ＲＮＡ切断速度において大きな差異を示した。切断地図において、ＲＮＡの５’−末端から読まれる場合に、ミスマッチ後である８位と９位の間に切断を導くように３’−ＳＳＲ−５’モチーフが配置されることは注目に値する。ＯＮＴ−４５３（変異型ＨＴＴ）およびＯＮＴ−４５４（野生型ＨＴＴ）を標的にし、ＲＮａｓｅ Ｈ認識部位内に３’−ＳＳＲ−５’モチーフの選択的な配置を有するＯＮＴ−４５２は、ＲＮＡ切断速度において中程度の差異を示した。ＲＮＡの５’−末端から読まれる場合にはミスマッチ前である７位および８位での切断を導くように３’−ＳＳＲ−５’モチーフが配置された。例示的なデータは、対立遺伝子特異的切断のために高度な識別を実現するには、３’−ＳＳＲ−５’モチーフの配置における位置が重要であることを示している。全ての切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成されている。矢印は切断部位を示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。使用した組成物は、ＯＮＴ−４５０〜ＯＮＴ−４５４である。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
（Ａ）〜（Ｃ）：ＦＯＸＯ１ｍＲＮＡを標的とする対立遺伝子特異的切断の例。 同上。 同上。
ＡｐｏＢオリゴヌクレオチドで処理した後のＡｐｏＢ ｍＲＮＡのインビトロ用量反応サイレンシング（ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｄｏｓｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ）を示す図である。２’−ＭＯＥ翼の存在下と非存在下で立体化学的に純粋なジアステレオマーは、ＯＮＴ−４１（ミポメルセン）と同様の効果を示す。使用した組成物は、ＯＮＴ−８７、ＯＮＴ−４１、およびＯＮＴ−１５４である。
ステレオランダムな組成物（ＯＮＴ−３６７）、およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（ＯＮＴ−４２１（全Ｓｐ）とＯＮＴ−４５５（全Ｒｐ））、およびＤＮＡ（ＯＮＴ−４１５）のＲＮａｓｅ Ｈ切断地図（Ａ）の比較およびＲＮＡ切断速度（Ｂ）を示す図である。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は切断部位を示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡにより反応を止める。 同上。
ＤＮＡの３’−末端から開始する位置の変更を伴う１つのＲｐを含む配列の切断地図を比較した図である。使用した組成物は、ＯＮＴ−３９６〜ＯＮＴ−４１４である。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。切断地図は、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は切断部位を示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。 同上。 同上。 同上。
（Ａ）ステレオ純粋なオリゴヌクレオチド（ＯＮＴ−４０６）、（ＯＮＴ−４０１）、（ＯＮＴ−４０４）、および（ＯＮＴ−４０８）のＲＮａｓｅ Ｈ切断速度の比較を示す図である。４つの配列は全て、１つのＲｐ結合を有するステレオ純粋なホスホロチオエートである。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。全ての二本鎖を、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃でインキュベーションした。定めた時点で、３０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡにより反応を止めた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。ＯＮＴ−４０６およびＯＮＴ−４０１は、優れた切断速度を有することが明らかになった。（Ｂ）ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ（１０μＭオリゴヌクレオチド）において切断されたＲＮＡ（％）と、インビトロアッセイ（２０ｎＭオリゴヌクレオチド）におけるｍＲＮＡノックダウン（％）との相関関係を示す図である。全ての配列が、ＦＯＸＯ１標的内のｍＲＮＡの同じ領域を標的にする。残留するＲＮＡの量は、同じ反応混合物中のＤＮＡに対して規格化したときのＲＮＡのＵＶピーク面積により算出される。上述の地図は全て、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。ＯＮＴ−３９６〜ＯＮＴ−４１４の全ての配列は、１つのＲｐホスホロチオエートを有し、これらの配列はＲｐの位置が異なる。ＯＮＴ−４２１（全Ｓｐ）ホスホロチオエートは、不活性なインビトロアッセイとなった。これは、ＯＮＴ−４２１を相補的ＲＮＡと二本鎖にしたときのＲＮａｓｅ ＨアッセイにおけるＲＮＡの低い切断速度に関係する。 同上。
単一のＲｐウォーク（ｗａｌｋ）ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−３９６〜ＯＮＴ−４１４）、ステレオランダムなＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−３６７）、全Ｓｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−４２１）、および全Ｒｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−４５５）のラット血清中の２日間の血清安定性アッセイを示す図である。ＯＮＴ−３９６およびＯＮＴ−４５５は、試験した時点で分解したことに留意されたい。使用した組成物は、ＯＮＴ−３９６〜ＯＮＴ−４１４、ＯＮＴ−３６７、ＯＮＴ−４２１、およびＯＮＴ−４５５である。
ヘミマーを含むオリゴヌクレオチドの例を示す図である。（Ａ）：切断地図。（Ｂ）：ＲＮＡ切断アッセイ。（Ｃ）：ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡノックダウン。ＯＮＴ−４４０、ＯＮＴ−４４１、およびＯＮＴ−３６７を使用する。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端への２’−修飾の導入によって、ＲＮａｓｅ Ｈの活性が維持されつつ、標的ＲＮＡとの結合の安定性が増加する。ＯＮＴ−３６７（ステレオランダムなホスホロチオエートＤＮＡ）およびＯＮＴ−４４０（５−１５、２’−Ｆ−ＤＮＡ）は、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ（１０μＭオリゴヌクレオチド）において同様の切断地図および同様のＲＮＡ切断速度を有する。いくつかの実施形態において、ＯＮＴ−４４０（５−１１、２’−Ｆ−ＤＮＡ）配列は、良好な細胞透過性を有し得る。いくつかの実施形態において、不斉２’−修飾によって、ＲＮａｓｅ Ｈの活性が維持されつつ、Ｔｍの優位性が得られる。ＲＳＳモチーフの導入によって、ヘミマーにおいてＲＮａｓｅ Ｈの効率がさらに向上し得る。切断地図は、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメントである５’−ホスフェート種ならびに５’−ＯＨ３’−ＯＨ種が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’−ホスフェート種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’−ＯＨ３’−ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’−ＯＨ３’−ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。 同上。 同上。
切断アッセイの質量分析データの例を示す図である。上：ＯＮＴ−３６７のデータ：２．３５分：７ｍｅｒ；３．１６分：８ｍｅｒおよびＰ−６ｍｅｒ；４．５８分：Ｐ−７ｍｅｒ；５．９１分：Ｐ−８ｍｅｒ；７．１９分：１２ｍｅｒ；９．５５分：１３ｍｅｒ；１０．１３分：Ｐ−１１ｍｅｒ；１１．１４分：Ｐ−１２ｍｅｒおよび１４ｍｅｒ；１２．１１分：Ｐ−１３ｍｅｒ；１３．２９分：Ｐ−１４ｍｅｒ；１４．８０分：全長ＲＮＡ（ＯＮＴ−３８８）、および１８．３３分：ステレオランダムＤＮＡ（ＯＮＴ−３６７）。下：ＯＮＴ−４０６のデータ：４．７２分：ｐ−ｒＡｒＵｒＧｒＧｒＣｒＵｒＡ、５’−リン酸化７ｍｅｒ ＲＮＡ；９．４６分：５’−ｒＧｒＵｒＧｒＡｒＧｒＣｒＡｒＧｒＣｒＵｒＧｒＣｒＡ、５’−ＯＨ３’−ＯＨ １３ｍｅｒＲＮＡ；１６．４５分：全長ＲＮＡ（ＯＮＴ−３８８）；１９．４８分および１９．４９分：ステレオ純粋なＤＮＡ（ＯＮＴ−４０６）。
ＲＮＡ切断速度の例を示す図である。二本鎖を、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃でインキュベーションした。定めた時点で、３０ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡの添加により反応を止めた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を測定することによって求めた。使用した組成物は、ＷＶ−９４４、ＷＶ−９４５、ＷＶ−９３６、ＷＶ−９０４、ＷＶ−９３７、ＷＶ−９０５、ＷＶ−９３８、ＷＶ−９０６、ＷＶ−９３９、ＷＶ−９０７、ＷＶ−９４０、ＷＶ−９０８、ＷＶ−９４１、およびＷＶ−９０９である。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
Ａ〜Ｎ：ｒｓ３６２３０７を標的にする特定の組成物のＲＮａｓｅ ＨアッセイにおけるＲＮＡ切断速度である。これらの組成物のいくつかはステレオランダムであり、いくつかはキラル制御されている。使用した組成物は、ＷＶ−１０８５、ＷＶ−１０８６、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０８８、ＷＶ−１０８９、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−９０５、ＷＶ−９４４、ＷＶ−９４５、ＷＶ−９１１、ＷＶ−９１７、ＷＶ−９３１、ＷＶ−９３７、およびＷＶ−１４９７である。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
Ａ：切断地図の例を示す図である。切断地図は、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。Ｂ：凡例を示す図である。矢印は切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメントである５’−ホスフェート種ならびに３’−ＯＨ種が同定されたことを示す。（┌）は、５’−ＯＨ３’−ＯＨ種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’−ホスフェート成分が検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在するフラグメントの量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’−ＯＨ３’−ＯＨフラグメントが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’−ホスフェート種ピークを定量化に用いた。使用した組成物は、ＷＶ−９４４、ＷＶ−９４５、ＷＶ−９０４、ＷＶ−９０５、ＷＶ−９０６、ＷＶ−９０７、ＷＶ−９０８、およびＷＶ−９０９である。 同上。
切断地図の例を示すである。切断地図の例を示すである。切断地図は、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃で３０分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。凡例は図３３を参照されたい。使用した組成物は、ＷＶ−９４４、ＷＶ−９４５、ＷＶ−９３６、ＷＶ−９３７、ＷＶ−９３８、ＷＶ−９３９、ＷＶ−９４０、ＷＶ−９４１、ＷＶ−１０８５、ＷＶ−１０８６、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０８８、ＷＶ−１０８９、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、およびＷＶ−１０９２である。 同上。 同上。
切断地図の例を示すである。凡例は図３３を参照されたい。使用した組成物は、ＷＶ−９４４、ＷＶ−９４５、ＷＶ−９０５、ＷＶ−９１１、ＷＶ−９１７、ＷＶ−９３１、およびＷＶ−９３７である。
野生型ＨＴＴ ＲＮＡ（ＷＶ−９４４、上のパネル）または変異型ＨＴＴ ＲＮＡ（ＷＶ−９４５、下のパネル）と二本鎖にしたときのＷＶ−９３７に関するＲＮａｓｅ Ｈ切断反応の全イオンクロマトグラムを示す図である。３０分後にＥＤＴＡ二ナトリウムを用いて酵素反応を停止した後、ＲＮａｓｅ Ｈ切断産物をクロマトグラフィーにより分離し、Ａｇｉｌｅｎｔ ６２３０ ＭＳ−ＴＯＦ質量分析計と組み合わせたＡｇｉｌｅｎｔ １２９０ ＵＰＬＣを用いて分析した。各同定ピークの高質量精度高分解能ＭＳスペクトルを抽出し、デコンボリューションした。デコンボリューションした平均質量を、予想されるＲＮＡ代謝産物の質量と比較することにより、切断位置を決定させる代謝産物の同定を行った。
ルシフェラーゼレポーターベースのスクリーニングを示す図である。
図３８Ａ〜図３８Ｉおよび図３９Ａ〜図３９Ｇは、様々なＨＴＴオリゴヌクレオチドの活性を示す図である。ｒｓ３６２３３１＿Ｔまたはｒｓ２５３０５９５＿ＴのＳＮＰを標的にするＡＳＯのトランスフェクション後の、ＣＯＳ７細胞のレポーターベースアッセイにおけるＨＴＴサイレンシングの用量反応曲線。ステレオ純粋な設計を加えることにより、有効性を著しく損なうことなく、ＡＳＯ特異性が向上する（特定の計算済ＩＣ５０）。データは、２つの独立した実験を表す。線は近似曲線を表し、エラーバーは標準偏差を表す。図にＳＮＰの位置を示している。図３８で評価された組成物は、ＷＶ−２０６７、ＷＶ−２４１６、ＷＶ−２０６９、ＷＶ−２４１７、ＷＶ−２０７２、ＷＶ−２４１８、ＷＶ−２０７６、ＷＶ−２４１９、ＷＶ−２６０５、ＷＶ−２５８９、ＷＶ−２６０６、ＷＶ−２５９０、ＷＶ−２６０７、ＷＶ−２５９１、ＷＶ−２６０８、ＷＶ−２５９２、ＷＶ−２６０９、ＷＶ−２５９３、ＷＶ−２６１０、ＷＶ−２５９４、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２６１２、ＷＶ−２５９６、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２６７１、ＷＶ−２６７２、ＷＶ−２６７３、ＷＶ−２６７５、ＷＶ−２６７４、ＷＶ−２６１３、ＷＶ−２５９７、ＷＶ−２６１４、ＷＶ−２５９８、ＷＶ−２６１５、ＷＶ−２５９９、ＷＶ−２６１６、ＷＶ−２６００、ＷＶ−２６１７、ＷＶ−２６０１、ＷＶ−２６１８、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２６２０、およびＷＶ−２６０４である。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
ＡＳＯのトランスフェクション後のＣＯＳ７細胞のレポーターベースアッセイにおけるＨＴＴサイレンシングの用量反応曲線である。評価された組成物は、ＷＶＥ１２０１０１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２６１１、およびＷＶ−２５９５である。ＩＣ５０データも示している。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
オリゴヌクレオチドの液体クロマトグラムデータと質量スペクトルデータとを示す図である：ＷＶ１０９２．２２（ＷＶ−１０９２）、ＷＶ２５９５．０１（ＷＶ−２５９５）、およびＷＶ２６０３．０１（ＷＶ−２６０３）。本明細書で使用される場合、（０１）、（０２）、．０１、．０２、．２２などの添字はバッチ番号を示している。 同上。 同上。 同上。
オリゴヌクレオチドの液体クロマトグラムデータと質量スペクトルデータとを示す図である：ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２３７８、およびＷＶ−２３８０。 同上。 同上。
合成オリゴヌクレオチドは、広範な用途に有用な分子ツールを提供する。例えば、オリゴヌクレオチドは、治療用途、診断用途、研究用途、およびナノマテリアル用途に有用である。天然に存在する核酸（例えば、未修飾ＤＮＡまたはＲＮＡ）の使用は、例えば、該核酸のエンドヌクレアーゼおよびエキソヌクレアーゼに対する感受性により制限される。したがって、これらの短所を回避するために、様々な合成同等物が開発されてきた。合成同等物には、それらの分子が分解されにくくなる骨格修飾を含む合成オリゴヌクレオチドが含まれる。構造的な観点から見ると、ヌクレオチド間のホスフェート結合に対するこうした修飾によって、キラリティーが導入される。オリゴヌクレオチドの特定の特性は、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の配置により影響を受ける可能性があることが明らかになっている。例えば、インビトロの研究では、結合親和性、相補的ＲＮＡとの配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性といったアンチセンスヌクレオチドの特性が、特に、骨格のキラリティー（例えば、リン原子の配置）によって影響を受けることが示されている。
とりわけ、本開示は、塩基配列、化学修飾（例えば、糖、塩基および／または、ヌクレオチド間結合の修飾ならびにこれらのパターン）、および／または立体化学（例えば、骨格キラル中心の立体化学（キラルなヌクレオチド間結合）および／またはそのパターン）などのオリゴヌクレオチドの構成要素が、オリゴヌクレオチドの特性、例えば、活性に対して大きな影響を与え得るという認識を包含する。いくつかの実施形態において、本開示は、制御された構成要素、例えば、制御された化学修飾および／または制御された骨格立体化学パターンを有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物が、本明細書に記載の特性を含むが、これらには限定されない予想外の特性をもたらすことを示す。いくつかの実施形態において、本開示は、化学的に同一である個々のオリゴヌクレオチドタイプの所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、例えば、オリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、ヌクレオシド修飾の同じパターン（存在する場合、糖部分および塩基部分への修飾）、骨格キラル中心の同じパターン、および骨格リン修飾の同じパターンを有する。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、例えば、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において互いに異なる複数の別個の化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学が制御されなければ、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物は、未確定レベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されていない組成物を与える。これらの立体異性体は、同じ塩基配列を有する場合があるが、その異なる骨格立体化学に少なくとも起因して異なる化学的実体となり、本明細書に示されるように、異なる特性、例えば、生物活性を有する可能性がある。ステレオ純粋な（または「キラル制御された」）オリゴヌクレオチド組成物または調製物は、ステレオランダムではあるがその他は同一である（例えば、ステレオ純粋バージョンおよびステレオランダムバージョンの両方が、同じ塩基配列、ならびに塩基修飾および糖修飾のパターンなどを有する）オリゴヌクレオチド調製物と比べて、生物活性が改善され得る。例えば、ステレオランダムなオリゴヌクレオチドＷＶ−１４９７組成物およびステレオ純粋なオリゴヌクレオチドＷＶ−１０９２組成物はいずれも、同じ塩基配列、ならびに糖修飾および骨格結合の同じパターンを有し、立体化学のみ異なる。しかしながら、高い濃度では、ステレオ純粋なＷＶ−１０９２組成物およびステレオランダムなＷＶ−１４９７組成物の野生型ＨＴＴと変異ＨＴＴ（ただ１つのｎｔが異なる）を区別する能力に顕著な差が存在した。高濃度では、いずれも変異ＨＴＴを大いにノックダウンし、これは望ましいことであるが；ステレオ純粋なＷＶ−１０９２が野生型ＨＴＴのわずかなノックダウンのみを示す一方、ＷＶ−１４９７は野生型ＨＴＴの有意に多いノックダウンを示し、これは場合によってはあまり望ましくない。
ＷＶＥ１２０１０１およびＷＶ−１０９２の両方のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、野生型とＳＮＰ ｒｓ３６２３０７の変異バージョン（１つのｎｔが異なる）とを区別することができ；ＷＶＥ１２０１０１およびＷＶ−１０９２のいずれも変異対立遺伝子を有意にノックダウンしたが、野生型は有意にノックダウンせず、一方、ステレオランダムなバージョンであるＷＶ−１４９７は、野生型対立遺伝子と変異対立遺伝子を有意に区別することができなかった（図３９Ｄを参照）。ＷＶＥ１２０１０１およびＷＶ−１０９２の修飾配列は同一である。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２３７８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２３８０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１５１０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１９のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１４９７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６０２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６０１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物またはＷＶ−２６０１に関する。
ＷＶ−２５９５のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同様にただ１つのｎｔで異なるＳＮＰ ｒｓ２５３０５９５のＣ対立遺伝子とＴ対立遺伝子とを区別することが可能であった。対立遺伝子を有意に区別することができなかったＷＶ−２６１１のステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物とは異なり、ステレオ純粋なＷＶ−２５９５は、Ｔ対立遺伝子を有意にノックダウンしたが、Ｃ対立遺伝子を有意にノックダウンしなかった（図３９Ｆを参照）。ＷＶ−２５９５の配列は、特定の立体化学情報を有する５’−ｍＧ＊ｍＧｍＧｍＵｍＣ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ−３’または５’−ｍＧ＊ＳｍＧｍＧｍＵｍＣ＊ＳＣ＊ＳＴ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ−３’である。
ＷＶ−２６０３のステレオ純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、同様にただ１つのｎｔで異なるＳＮＰ ｒｓ３６２３３１のＣ対立遺伝子とＴ対立遺伝子とを区別することが可能であった。対立遺伝子を有意に区別することができなかったＷＶ−２６１９のステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物とは異なり、ステレオ純粋なＷＶ−２６０３は、Ｔ対立遺伝子を有意にノックダウンしたが、Ｃ対立遺伝子を有意にノックダウンしなかった（図３９Ａ、図３９Ｂ、図３９Ｃ、および図３９Ｅを参照）。ＷＶ−２６０３の配列は、特定の立体化学情報を有する５’−ｍＧ＊ｍＵｍＧｍＣｍＡ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊ｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ｍＧ−３’または５’−ｍＧ＊ＳｍＵｍＧｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ＳｍＧ−３’である。
いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、表Ｎ１、表Ｎ２、表Ｎ３、表Ｎ４、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１０８７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１０９０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１０９１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−９３７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１０９２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２３７８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２３８０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１５１０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１９のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−１４９７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６０２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６１８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＷＶ−２６０１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物またはＷＶ−２６０１に関する。
ＨＴＴ配列を含む本明細書に記載の各オリゴヌクレオチドはＨＴＴオリゴヌクレオチドを表し、このＨＴＴオリゴヌクレオチドは、設計、構築され、また様々なアッセイで、いくつかの実施形態では１つまたは複数のインビトロアッセイで試験される。表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８のいずれかに列挙しているか、または本明細書の他の場所に記載の各ＨＴＴオリゴヌクレオチドを、設計、構築し、様々なアッセイで試験し、いくつかの実施形態では、１つまたは複数のインビトロアッセイで試験した。例えば、本明細書に記載のＨＴＴオリゴヌクレオチドをデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイで試験した。いくつかの実施形態において、ＨＴＴオリゴヌクレオチドを、本開示に記載の１つもしくは複数の他のアッセイおよび／または本開示による技術で試験した。いくつかの実施形態において、デュアルルシフェラーゼアッセイにおいて特に効果的であることが明らかになったＨＴＴオリゴヌクレオチドを、本開示によるさらなるインビトロおよびインビボのアッセイで試験した。
いくつかの実施形態において、ステレオ純粋な（キラル制御された）オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、塩基配列（長さを含む）；糖部分および塩基部分への化学修飾のパターン；骨格結合のパターン；天然のホスフェート結合のパターン、ホスホロチオエート結合のパターン、ホスホロチオエートトリエステル結合のパターン、およびこれらの組み合わせ；骨格のキラル中心のパターン；キラルなヌクレオチド間結合の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン；骨格のリン修飾のパターン；ヌクレオチド間リン原子の修飾パターン（例えば、−Ｓ−、および式Ｉの−Ｌ−Ｒ１）のうちの任意の１つまたは複数を含む。
特に、本開示は、目的のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、または該立体異性体を含む新規な組成物を提供する。いくつかの実施形態において、特定の立体異性体は、例えば、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定められ得る。当技術分野において理解されるように、いくつかの実施形態において、塩基配列は、オリゴヌクレオチド内のヌクレオシド残基（例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、およびウラシルなどの標準的な天然に存在するヌクレオチドと比べた場合の糖成分および／または塩基成分）の同一性、および／もしくは修飾状態、ならびに／またはこうした残基のハイブリダイゼーション性（すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズできる能力）に言及することができる。いくつかの実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、糖修飾、例えば翼領域の、例えば２’−修飾を含む。いくつかの実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、糖修飾を持たない中間の領域、例えばコア領域を含む。
本開示は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および／または活性（例えば、機能特性および／または毒性特性）を示し得ることを明らかにする。さらに、本開示が明らかにするのは、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めることおよび／または配置することによってもたらされる安定性および／または活性の改善は、特定の骨格結合、残基修飾などの使用によって（例えば、特定のタイプの修飾されたホスフェート（例えば、ホスホロチオエート、置換されたホスホロチオエートなど）、糖の修飾（例えば、２’−修飾など）、および／または塩基の修飾（例えば、メチル化など）の使用によって）もたらされる改善に匹敵し得るか、またはそれよりさらに優るものになり得ることである。
特に、本開示は、いくつかの実施形態において、骨格のキラル中心のパターンを、オリゴヌクレオチドの１つまたは複数の他の特徴（例えば、結合パターン、ヌクレオシド修飾パターンなど）の調節／最適化と任意選択的に組み合わせて最適化することによって、オリゴヌクレオチドの特性（例えば、安定性および／または活性など）を調節可能であることを認めている。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドが、ヌクレオシド修飾、キラルなヌクレオチド間結合、および天然のホスフェート結合を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、ＷＶ−１０９２は、２’−ＯＭｅ修飾と、その５’−翼領域および３’−翼領域内のホスフェート結合と、そのコア領域内のホスホロチオエート結合とを含む。
いくつかの実施形態において、本開示が明らかにするのは、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めることおよび／または配置することによって実現される安定性の改善が、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により（例えば、特定のタイプの修飾されたホスフェート、２’−修飾、塩基修飾などの使用により）実現される安定性の改善と同等か、またはそれよりもさらに優るものになり得ることである。本開示が明らかにするのは、いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めることおよび／または配置することによって実現される活性の改善が、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により（例えば、特定のタイプの修飾されたホスフェート、２’−修飾、塩基修飾などの使用により）実現される活性の改善と同等か、またはそれよりもさらに優るものになり得ることである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル結合を含めることおよび／または配置することにより、こうしたオリゴヌクレオチドを核酸高分子を切断するために用いる場合、該核酸高分子の切断パターンが驚くほど変わり得る。例えば、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、予想外に高い標的核酸高分子の切断効率をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、例えば、特定の既存の切断部位をブロックすることにより、切断部位をより少なくする。さらに予想外なことに、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断に利用されるオリゴヌクレオチドに相補的である配列内の標的核酸高分子のただ１つの部位での切断をもたらす。いくつかの実施形態において、切断部位の数を最小にするように骨格キラル中心のパターンを選択することにより、さらに高い切断効率が実現される。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの安定性および／または生物活性を予想外に大きく向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、活性の驚くべき増加をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性および活性の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドを利用して核酸高分子を切断する場合、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子の切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第２の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは切断部位の数を最小にし、それにより、オリゴヌクレオチドに相補的である標的核酸高分子の配列内のただ１つの部位で標的核酸高分子が切断されるようになる（例えば、他の部位での切断は、特定の方法で容易に検出することができず；いくつかの実施形態において、８５％超、９０％超、９１％超、９２％超、９３％超、９４％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超の切断が、こうした部位で起こる）。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）のみが異なる２つの標的配列間の切断選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物またはＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物の切断部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物またはＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物の主要な切断部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、このような部位は、骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、最も多いか、もしくは２番目、３番目、４番目もしくは５番目に多くの切断を有する部位であるか、または、切断の、５％超、１０％超、１５％超、２０％超、２５％超、３０％超、３５％超、４０％超、４５％超、５０％超、５５％超、６０％超、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超が起こる部位である場合、部位は主要な部位と見なされる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むか、またはこれらである。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２）を含むか、またはこれらである。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔ＞１であり、ｍ＞２である）を含むか、またはこれらである。いくつかの実施形態において、ｍ＞３である。いくつかの実施形態において、ｍ＞４である。
いくつかの実施形態において、本開示は、ヌクレオシドおよびヌクレオチド間結合の修飾などの化学修飾が、特性を向上させ得ることを認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、化学修飾および立体化学の組み合わせが、予想外の大幅に改善された特性（例えば、生物活性、選択性など）をもたらし得ることを示している。いくつかの実施形態において、糖、塩基、および／またはヌクレオチド間結合の修飾などの化合は、立体化学パターン、例えば、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍと組み合わせられて、驚くほどに改良された特性を有するオリゴヌクレオチドおよびその組成物をもたらす。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はキラル制御され、かつ１つまたは複数の糖部分の２’−修飾、１個または複数の天然のホスフェート結合、１個または複数のホスホロチオエート結合、および（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２）の立体化学パターンの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｔ＞１であり、ｍ＞２である。いくつかの実施形態において、ｍ＞３である。いくつかの実施形態において、ｍ＞４である。
いくつかの実施形態において、本開示は：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターンを有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、その組成物は、組成物中の所定のレベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点において、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さは、共通塩基配列と呼ばれることもある。いくつかの実施形態において、共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾、例えば糖修飾、塩基修飾などの同じパターンを有してもよい。いくつかの実施形態において、ヌクレオシド修飾のパターンは、位置および修飾の組み合わせによって表されてもよい。例えば、ＷＶ−１０９２では、ヌクレオシド修飾のパターンは、５’−末端から３’−末端まで、５×２’−ＯＭｅ（糖部分への２’−ＯＭｅ修飾）−ＤＮＡ（糖部分への２’−修飾なし）−５×２’−ＯＭｅである。いくつかの実施形態において、骨格結合のパターンは、各ヌクレオチド間結合の位置およびタイプ（例えば、ホスフェート、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエートなど）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、骨格結合の指定のパターンを有することができる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ｎＰＳ−ｎＰＯ−ｎＰＳ−ｎＰＯ−ｎＰＳ（式中、ＰＯはホスフェート（ホスホロジエステル）であり、ＰＳはホスホロチオエートであり、ｎは１〜１５であり、ｎのそれぞれの出現は同じでも異なっていてもよい）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのｎは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０よりも大きい。いくつかの実施形態において、ＰＳの少なくとも１つのｎは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０よりも大きい。いくつかの実施形態において、２つのＰＯ間のＰＳのｎは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０よりも大きい。いくつかの実施形態において、ｎは５より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは６より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは７より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは８より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは９より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１０より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１１より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１２より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１３より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１４より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１５より大きい。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（１〜５個のホスホロチオエート、１〜７個のホスフェート、５〜１５個のホスホロチオエート、１〜７個のホスフェート、および１〜５個のホスホロチオエートを意味する）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、５’から３’に、１ＰＳ−３ＰＯ−１１ＰＳ−３ＰＯ−１ＰＳ（１個のホスホロチオエート、３個のホスフェート、１１個のホスホロチオエート、３個のホスフェート、および１個のホスホロチオエートを意味し、これは、代わりにＰＳ１ＰＯ３ＰＳ１１ＰＯ３ＰＳ１と表すことができる）の骨格結合のパターンを有する。例えば、ＷＶ−１０９２では、骨格結合のパターンは、５’−末端から３’−末端に、１ＰＳ−３ＰＯ−１１ＰＳ−３ＰＯ−１ＰＳである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（式中、各ＰＳは、１つのＲｐを除いてＳｐである）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（式中、各ＰＳは、５番目から１５番目のＰＳの任意の位置の１つのＰＳがＲｐであることを除いてＳｐである）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（式中、各ＰＳは、５’末端から数えて１０番目のＰＳがＲｐであることを除いてＳｐである）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（式中、各ＰＳは、５’末端から数えて９番目のＰＳがＲｐであることを除いてＳｐである）の骨格結合のパターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１−５ＰＳ−１−７ＰＯ−５−１５ＰＳ−１−７ＰＯ−１−５ＰＳ（式中、各ＰＳは、５’末端から数えて１１番目のＰＳがＲｐであることを除いてＳｐである）の骨格結合のパターンを有する。オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、５’から３’の結合リン立体化学の組み合わせ（Ｒｐ／Ｓｐ）により指定することができる。例えば、ＷＶ−１０９２は、１Ｓ−３ＰＯ（ホスフェート）−８Ｓ−１Ｒ−２Ｓ−３ＰＯ−１Ｓのパターンを有し、ＷＶ−９３７は、１２Ｓ−１Ｒ−６Ｓのパターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンを記述するとき、全ての非キラル結合（例えば、ＰＯ）が省略されてもよい。上記に例示した通り、非キラル結合の位置は、例えば、骨格結合のパターンから得られてもよい。本明細書に開示される任意の配列は、本明細書に開示される骨格結合の任意のパターンおよび／または骨格キラル中心の任意のパターンと組み合わせることができる。塩基配列、骨格結合のパターン、立体化学のパターン（例えば、ＲｐまたはＳｐ）、塩基修飾のパターン、骨格キラル中心のパターンなどは、特に指示がない限り、５’から３’の方向で示されている。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物の例は、テトラエチルチウラムジスルフィドもしくは（ＴＥＴＤ）または３Ｈ−１、２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシド（ＢＤＴＤ）を用いて、一般的に用いられるホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成から得られるホスファイトトリエステルを硫化することによる（当技術分野で周知のプロセスである）、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は、実質的なラセミオリゴヌクレオチド組成物（またはキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。
当業者には理解されるように、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな調製物またはラセミの調製物は、典型的にはいかなるキラル補助基、キラル修飾試薬および／またはキラル触媒も使用することなく、ヌクレオチドモノマーの非立体選択的および／または低立体選択的なカップリングにより調製される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ（またはキラル制御されていない）調製物では、カップリングステップの全てまたはほとんどが、カップリングステップを特に立体選択性を向上させるようには行っていないという点で、キラル制御されていない。オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物の例は、テトラエチルチウラムジスルフィドもしくは（ＴＥＴＤ）または３Ｈ−１、２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシド（ＢＤＴＤ）を用いて、一般的に用いられるホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成から得られるホスファイトトリエステルを硫化することによる（当該技術分野で周知のプロセスである）、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は、実質的なラセミオリゴヌクレオチド組成物（またはキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも１つのカップリングが、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも２つのカップリングが、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも３つのカップリングが、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも４つのカップリングが、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも５つのカップリングが、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、ステレオランダムな調製物またはラセミの調製物において、少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのヌクレオチド間結合が、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも３つのヌクレオチド間結合が、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも４つのヌクレオチド間結合が、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも５つのヌクレオチド間結合が、約６０：４０未満、７０：３０未満、８０：２０未満、８５：１５未満、９０：１０未満、９１：９未満、９２：８未満、９７：３未満、９８：２未満、または９９：１未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約６０：４０未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約７０：３０未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約８０：２０未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９０：１０未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９１：９未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９２：８未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９３：７未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９４：６未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９５：５未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９６：４未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９７：３未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９８：２未満である。いくつかの実施形態において、ジアステレオ選択性は約９９：１未満である。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのカップリングは約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも２つのカップリングは約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも３つのカップリングは約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも４つのカップリングは約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも５つのカップリングは約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのヌクレオチド間結合は約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも２つのヌクレオチド間結合は約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも３つのヌクレオチド間結合は約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも４つのヌクレオチド間結合は約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも５つのヌクレオチド間結合は約９０：１０未満のジアステレオ選択性を有する。
当業者には理解されるように、いくつかの実施形態において、カップリングまたは結合のジアステレオ選択性は、二量体が、同じ５’−ヌクレオシドおよび３’−ヌクレオシドならびにヌクレオチド間結合を有する、同じ条件または同等の条件下での二量体形成物のジアステレオ選択性により評価することができる。例えば、ＷＶ−１０９２ ｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣにおける下線付きのカップリングまたは結合のジアステレオ選択性は、同じ条件または同等の条件（例えば、モノマー、キラル補助基、溶媒、活性化剤、温度など）下での２つのＧ部分のカップリングにより評価することができる。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチド組成物を提供し、その組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そこで、その組成物では、単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいる。いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そこで、その組成物では、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通のパターンを共有する単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいる。
いくつかの実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと、塩基修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと、ヌクレオシド修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、同一の構造を有する。
いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと糖修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと塩基修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンとヌクレオシド修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な調製物であり、ここで、該オリゴヌクレオチドタイプを含まない組成物中のオリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドタイプの調製プロセスで（場合によっては特定の精製手順の後に）生じる不純物である。
いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９２％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９４％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの約９９％超は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する組成物におけるオリゴヌクレオチドの割合として表され得る。
いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと、ヌクレオシド修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと糖修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと、塩基修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンと、ヌクレオシド修飾の共通パターンとを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列および長さと、骨格結合の共通パターンと、骨格キラル中心の共通パターンとを有するオリゴヌクレオチドは、同一である。
いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、共通の塩基配列は、あるオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、その組成物が個々のオリゴヌクレオチドタイプの所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドタイプが、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格のキラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターンによって定められるという点でキラル制御された、オリゴヌクレオチド組成物である。
上述し、また当技術分野において理解されるように、いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、オリゴヌクレオチド内のヌクレオシド残基（例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、およびウラシルなどの標準的な天然に存在するヌクレオチドと比べた場合の糖成分および／または塩基成分）の同一性、および／もしくは修飾状態、ならびに／またはこうした残基のハイブリダイゼーション性（すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズできる能力）に言及することができる。
いくつかの実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプは、
１Ａ）塩基同一性；
１Ｂ）塩基修飾のパターン；
１Ｃ）糖修飾のパターン；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格のキラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターンによって定められ得る。
したがって、いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同一の塩基を共有してもよいが、それらの塩基修飾および／または糖修飾のパターンが異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同一の塩基および塩基修飾のパターン（例えば、塩基修飾がない場合を含む）を共有してもよいが、糖修飾のパターンが異なっていてもよい。
いくつかの実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列（長さを含む）、糖部分および塩基部分への化学修飾の同じパターン、骨格結合の同じパターン（例えば、天然のホスフェート結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合のパターン、およびこれらの組み合わせ）、骨格キラル中心の同じパターン（例えば、キラルなヌクレオチド間結合の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン）、ならびに骨格リン修飾の同じパターン（例えば、−Ｓ−、および式Ｉの−Ｌ−Ｒ１などのヌクレオチド間リン原子への修飾のパターン）を有するという点で同一である。
いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、該オリゴヌクレオチドタイプである組成物中のオリゴヌクレオチドの割合として表される。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９２％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９４％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９６％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９７％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９８％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９９％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製プロセスにおける各カップリングステップの立体選択性によって制御され得る。いくつかの実施形態において、カップリングステップは、６０％の立体選択性（例えば、ジアステレオ選択性）を有する（カップリングステップにより形成される新たなヌクレオチド間結合の６０％が所定の立体化学を有する）。こうしたカップリングステップの後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、６０％の純度を有すると言う場合もある。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも６０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも７０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも８０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも８５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９１％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９２％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９３％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９４％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９６％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９７％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９８％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９９％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、少なくとも９９．５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各カップリングステップは、実質的に１００％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、カップリングステップは実質的に１００％の立体選択性を有し、ここで、分析法（例えば、ＮＭＲ、ＨＰＬＣなど）によって検出可能な、カップリングステップで生じる全ての産物は、所定の立体選択性を有する。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド構成要素（例えば、化学修飾、骨格結合、骨格キラル中心および／または骨格リン修飾のパターン）の組み合わせが、驚くほどに改善された生物活性などの特性を与え得ることを認めている。
いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の翼領域および共通コア領域を備えた所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで：
各翼領域は独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して任意選択的に１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み；
コア領域は独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み、かつ共通コア領域が：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通のパターンを有する。
いくつかの実施形態において、翼領域は、コア領域にはない構造的特徴を含む。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、任意の構成要素、例えば、塩基修飾（例えば、メチル化／非メチル化、１位のメチル化／２位のメチル化など）、糖修飾（例えば、修飾／非修飾、２’−修飾／別のタイプの修飾、１つのタイプの２’−修飾／別のタイプの２’−修飾など）、骨格結合タイプ（例えば、ホスフェート／ホスホロチオエート、ホスホロチオエート／置換ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心立体化学（例えば、全Ｓｐ／全Ｒｐ、（ＳｐＲｐ）リピート／全Ｒｐなど）、骨格リン修飾タイプ（例えば、ｓ１／ｓ２、ｓ１／ｓ３など）などにより定義することができる。
いくつかの実施形態において、翼およびコアはヌクレオシド修飾により定義され、ここで、翼は、コア領域にはないヌクレオシド修飾を含む。いくつかの実施形態において、翼およびコアは糖修飾により定義され、ここで、翼は、コア領域にはない糖修飾を含む。いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−修飾である。いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−ＯＲ１である。いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−ＯＭｅである。さらに、糖修飾の例が本開示に記載されている。
いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、翼−コア構造（ヘミマー）を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾の翼−コア構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、コア−翼構造（別のタイプのヘミマー）を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾のコア−翼構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、翼−コア−翼構造（ギャップマー）を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾の翼−コア−翼構造を有する。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、糖部分の修飾により定義される。いくつかの実施形態において、翼およびコアは、塩基部分の修飾により定義される。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は、コア領域には見られない同一の２’−修飾を有する。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は、コア領域のどの糖修飾とも異なる同一の２’−修飾を有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、糖修飾を持たない。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は同一の２’−修飾を有し、コア領域は２’−修飾を持たない。いくつかの実施形態において、２つ以上の翼が存在するとき、各翼は、それ自体の修飾により定義される。いくつかの実施形態において、各翼は、それ自体の特徴的な糖修飾を有する。いくつかの実施形態において、各翼は、それとコアを区別する同一の特徴的な糖修飾を有する。いくつかの実施形態において、各翼糖部分は、同一の修飾を有する。いくつかの実施形態において、各翼糖部分は、同一の２’−修飾を有する。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は同一の２’−修飾を有するが、第１の翼領域内の共通の２’−修飾は、第２の翼領域内の共通の２’−修飾と同じであっても、または異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は同一の２’−修飾を有し、第１の翼領域内の共通の２’−修飾は、第２の翼領域内の共通の２’−修飾と同じである。いくつかの実施形態において、翼領域内の各糖部分は同一の２’−修飾を有し、第１の翼領域内の共通の２’−修飾は、第２の翼領域内の共通の２’−修飾とは異なる。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎ）である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴｍｉｒ、マイクロＲＮＡ、プレマイクロＲＮｓ、抗ｍｉｒ、スーパーｍｉｒ、リボザイム、Ｕｌアダプター、ＲＮＡアクチベーター、ＲＮＡｉ剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、アプタマー、またはアジュバントであり得るオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンタゴｍｉｒオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、マイクロＲＮＡオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、プレマイクロＲＮＡオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、抗ｍｉｒオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、スーパーｍｉｒオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、リボザイムオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｕｌアダプターオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＲＮＡアクチベーターオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＲＮＡｉ剤オリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、デコイオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、三重鎖形成オリゴヌクレオチドオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アプタマーオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アジュバントオリゴヌクレオチドの組成物である。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、１つまたは複数の修飾された骨格結合、塩基、および／または糖を備えたオリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１個または複数のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、３個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、４個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、５個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、６個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、７個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、８個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、９個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１０個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１１個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１２個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１３個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１４個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１５個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１６個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１７個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１８個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１９個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２０個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２１個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２２個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２３個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２４個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２５個以上のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。こうしたキラルな修飾されたホスフェート結合の例は、上記および本明細書に記述される。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルな修飾されたホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約８０％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約８５％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９０％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９１％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９２％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９３％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９４％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９５％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９６％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９７％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９８％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９９％超の立体化学的純度のものである。
いくつかの実施形態において、キラルな修飾されたホスフェート結合は、キラルなホスホロチオエート結合、すなわち、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、全てのキラルな修飾されたホスフェート結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約１０％未満、２０％未満、３０％未満、４０％未満、５０％未満、６０％未満、７０％未満、８０％未満、または９０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約１０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約２０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約３０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約４０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約５０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約６０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約７０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約８０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約９０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約９５％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つのみのＲｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つのみのＲｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、そこで、全てのヌクレオチド間結合はキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合であり、ただ１つの結合がＲｐである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、１つまたは複数の修飾塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、修飾塩基を含まないオリゴヌクレオチドを含む。こうした修飾された塩基の例は、上記および本明細書に記述されている。
いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、１０個の天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも８個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも９個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１０個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１１個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１２個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１３個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１４個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１６個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１７個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１８個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１９個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２０個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２１個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２２個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２３個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２４個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、または７５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、糖部分で修飾される１つまたは複数の残基を備えたオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、糖部分の２’位で修飾される（本明細書では「２’−修飾」と呼ぶ）１つまたは複数の残基を備えたオリゴヌクレオチドを含む。こうした修飾の例は、上記および本明細書に記述されており、２’−ＯＭｅ、２’−ＭＯＥ、２’−ＬＮＡ、２’−Ｆ、ＦＲＮＡ、ＦＡＮＡ、Ｓ−ｃＥｔなどを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、２’−修飾される１つまたは複数の残基を備えたオリゴヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）−修飾残基である１つまたは複数の残基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、いかなる２’−修飾も含まないオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、いかなる２’−ＭＯＥ残基も含まないオリゴヌクレオチドである。すなわち、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＭＯＥ−修飾されていない。糖修飾の別の例は、本開示に記載されている。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、翼−コアまたはコア−翼（ヘミマー、本明細書では通例、それぞれＸ−ＹまたはＹ−Ｘとも表される）の一般的なモチーフを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、翼−コア−翼（ギャップマー、本明細書では通例、Ｘ−Ｙ−Ｘとも表される）の一般的なモチーフを含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、特定の修飾を有する１つまたは複数の残基を含み、この修飾はコア「Ｙ」部分にはない。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、特定のヌクレオシド修飾を有する１つまたは複数の残基を含み、この修飾はコア「Ｙ」部分にはない。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、特定の塩基修飾を有する１つまたは複数の残基を含み、この修飾はコア「Ｙ」部分にはない。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、特定の糖修飾を有する１つまたは複数の残基を含み、この修飾はコア「Ｙ」部分にはない。糖修飾の例は、当技術分野において広く知られている。いくつかの実施形態において、糖修飾は、米国特許第９００６１９８号に記載の修飾から選択される修飾であり、これらの糖修飾は、参照により本明細書に組み込まれる。糖修飾の別の例も本開示に記載されている。ある実施形態において、各翼は、コア部分には存在しない２’修飾を有する１つまたは複数の残基を含む。いくつかの実施形態において、２’−修飾は２’−ＯＲ１である（式中、Ｒ１は、本開示に定義および記述される通りである）。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙと表される翼−コアモチーフ、またはＹ−Ｘと表されるコア−翼モチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの糖修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの糖修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの糖修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの糖修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙと表される翼−コアモチーフ、またはＹ−Ｘと表されるコア−翼モチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの２’−修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙと表される翼−コアモチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの２’−修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｙ−Ｘと表されるコア−翼モチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの２’−修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同一の特定のタイプの２’−修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙと表される翼−コアモチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｙ−Ｘと表されるコア−翼モチーフを有し、ここで、「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、ある特定のタイプの２’−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−デオキシリボヌクレオシドである。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は２’−ＭＯＥ−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−ＭＯＥ−修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｘ−Ｙ−Ｘと表される翼−コア−翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は２’−ＭＯＥ−修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は２’−デオキシリボヌクレオシドである。こうしたＸ−Ｙ、Ｙ−Ｘおよび／またはＸ−Ｙ−Ｘモチーフの文脈において、上記および本明細書に記載される２’−修飾の全てが考慮されることを当業者は理解されよう。
いくつかの実施形態において、翼は、１塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、２塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、３塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、４塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、５塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、６塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、７塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、８塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、９塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１０塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１１塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１２塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１３塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１４塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１５塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１６塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１７塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１８塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１９塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１０塩基以上の長さを有する。
いくつかの実施形態において、翼は、１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、２塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、３塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、４塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、５塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、６塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、７塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、８塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、９塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１０塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１２塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１３塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１４塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１５塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１６塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１７塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１８塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１９塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、翼は、１０塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、翼は、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼は、１個または複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、翼は、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および１個または複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、翼は、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および２個以上の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、翼は、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および２個以上の天然のホスフェート結合を含み、ここで、２個以上の天然のホスフェート結合は連続している。いくつかの実施形態において、翼は、キラルなヌクレオチド間結合を含まない。いくつかの実施形態において、各翼結合は天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、翼は、ホスフェート結合を含まない。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、キラルなヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個または複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および１個または複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および２個以上の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合および２個以上の天然のホスフェート結合を含み、ここで、２個以上の天然のホスフェート結合は連続している。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも３個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも４個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも５個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも６個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも７個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも８個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも９個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１０個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１１個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１２個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１３個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１４個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１５個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１６個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１７個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１８個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１９個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２０個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、３個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、４個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、５個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、６個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、７個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、８個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、９個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１０個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１１個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１２個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１３個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１４個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１５個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１６個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１７個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１８個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１９個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２０個の連続しているキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１０個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２０個の天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１０個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１２個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１３個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１４個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１５個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１６個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１７個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１８個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１９個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２０個の天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも１９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、少なくとも２０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１１個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１２個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１３個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１４個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１５個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１６個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１７個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１８個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、１９個の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、各翼は独立して、２０個の連続している天然のホスフェート結合を含む。
いくつかの実施形態において、翼は、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、５’−末端翼は、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、５’−末端翼は、翼の５’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、５’−末端翼は、翼の５’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、キラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−末端翼は、翼の５’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、キラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、３’−末端翼は、翼の３’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、３’−末端翼は、翼の３’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、キラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、３’−末端翼は、翼の３’−末端に、１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、キラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。
いくつかの実施形態において、翼は、２個以上の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、翼内の全てのホスフェート結合が連続しており、翼内のどの２個のホスフェート結合の間にも非ホスフェート結合が存在しない。
いくつかの実施形態において、結合、例えば、結合化学、結合立体化学などを記述するとき、翼とコアを結ぶ結合は、コアの一部と見なされる。例えば、ＷＶ−１０９２である、ｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣにおいて、下線付きの結合はコア（太字）の一部と見なしてもよく、その５’−翼（糖部分に２’−ＯＭｅを有している）は、その５’−末端に単一のＳｐホスホロチオエート結合を有し、その３’−翼（糖部分に２’−ＯＭｅを有している）は、その３’−末端に１個のＳｐホスホロチオエート結合を有し、そのコアは糖に２’−修飾を持たない）。
いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した５’−ヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した５’−ヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した５’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した５’−ヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した５’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各５’−ヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各５’−ヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各５’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各５’−ヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各５’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。
いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各３’−ヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各３’−ヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各３’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した３’−ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。
いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した両方のヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した両方のヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した両方のヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した両方のヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した両方のヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各ヌクレオチド間結合は修飾結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各ヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各ヌクレオチド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各ヌクレオチド間結合は置換ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分に結合した各ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートトリエステル結合である。
いくつかの実施形態において、２’−修飾のない糖部分は、天然のＤＮＡヌクレオシドに見られる糖部分である。
いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、５’−末端翼は１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、５’−末端翼は、翼の５’末端に１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、３’−末端翼は１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、３’−末端翼は、翼の３’末端に１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、各翼は１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼構造について、各翼は１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、そこで、５’−末端翼は、その５’末端に１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含み、３’−末端翼は、その３’末端に１個のみのキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、５’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、３’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、３’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内および３’−翼内両方の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内および３’−翼内両方の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐであり、３’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐであり、３’−翼内の唯一のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。
いくつかの実施形態において、翼は、２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼は、２個のみのキラルなヌクレオチド間結合と、１個または複数の天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、翼は、２個のみのキラルなヌクレオチド間結合と、２個以上の天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、翼は、２個のみのキラルなヌクレオチド間結合と、２個以上の連続している天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、翼は、２個のみのキラルなヌクレオチド間結合と、２個の連続している天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、翼は、２個のみのキラルなヌクレオチド間結合と、３個の連続している天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、５’−翼（コアに対する）は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその５’末端に、他方はその３’末端にあり、１個または複数の天然のホスフェート結合がその間にある。いくつかの実施形態において、５’−翼（コアに対する）は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその５’末端に、他方はその３’末端にあり、２個以上の天然のホスフェート結合がその間にある。いくつかの実施形態において、３’−翼（コアに対する）は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその３’末端に、他方はその３’末端にあり、１個または複数の天然のホスフェート結合がその間にある。いくつかの実施形態において、３’−翼（コアに対する）は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその３’末端に、他方はその３’末端にあり、２個以上の天然のホスフェート結合がその間にある。
いくつかの実施形態において、５’−翼は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその５’末端に、他方はその３’末端にあり、１個または複数の天然のホスフェート結合がその間にあり、３’−翼は１個のみのヌクレオチド間結合をその３’末端に含む。いくつかの実施形態において、５’−翼（コアに対する）は、２個のみのキラルヌクレオチド間結合を含み、一方はその５’末端に、他方はその３’末端にあり、２個以上の天然のホスフェート結合がその間にあり、３’−翼は１個のみのヌクレオチド間結合をその３’末端に含む。いくつかの実施形態において、各キラルなヌクレオチド間結合は独立して、それ自体の立体化学を有する。いくつかの実施形態において、５’−翼内の両方のキラルなヌクレオチド間結合は、同じ立体化学を有する。いくつかの実施形態において、５’−翼内の両方のキラルなヌクレオチド間結合は、異なる立体化学を有する。いくつかの実施形態において、５’−翼内の両方のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内の両方のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内および３’−翼内のキラルなヌクレオチド間結合は、同じ立体化学を有する。いくつかの実施形態において、５’−翼内と３’−翼内のキラルなヌクレオチド間結合はＲｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内と３’−翼内のキラルなヌクレオチド間結合はＳｐである。いくつかの実施形態において、５’−翼内と３’−翼内のキラルなヌクレオチド間結合は、異なる立体化学を有する。
いくつかの実施形態において、コア領域は１塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は２塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は３塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は４塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は５塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は６塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は７塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は８塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は９塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は１０塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、１１塩基、１２塩基、１３塩基、１４塩基、１５塩基、１６塩基、１７塩基、１８塩基、１９塩基、２０塩基、２５塩基、またはそれを超える塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１１塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１２塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１３塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１４塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１５塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１６塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１７塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１８塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１９塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は２０塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は２０を超える塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は２塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は３塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は４塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は５塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は６塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は７塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は８塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は９塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１０塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１１塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１２塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１３塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１４塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１５塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１６塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１７塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１８塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は１９塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域は２０塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、コアは、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１個または複数の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは独立して、１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合と１個または複数の天然のホスフェート結合とを含む。いくつかの実施形態において、コアは、ホスフェート結合を含まない。いくつかの実施形態において、各コア結合はキラルなヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも１９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、少なくとも２０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、コアは、１個の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１１個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１２個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１３個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１４個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１５個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１６個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１７個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１８個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、１９個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コアは、２０個のキラルなヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ、ｎ、ｔ、およびＮｐの各々は独立して、本開示に定義され、記載される通りである）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（式中、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔ＞２、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。いくつかの実施形態において、コア領域は、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔ＞２、ｍ＞２であり、ｎは１である）を含む骨格キラル中心のパターンを有する。特に、本開示は、いくつかの実施形態において、こうしたパターンが、標的配列（例えば、ＲＮＡ配列）の切断の制御、切断速度の向上、選択性などをもたらすか、またはそれを高めることができることを示している。骨格キラル中心のパターンの例は、本開示に記載されている。
いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも６０％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも６５％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも６６％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも６７％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも７０％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも７５％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも８０％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも８５％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも９０％はＳｐである。いくつかの実施形態において、コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の少なくとも９５％はＳｐである。
いくつかの実施形態において、翼−コア−翼（すなわち、Ｘ−Ｙ−Ｘ）モチーフは、数字で、例えば、５−１０−４と表され、これは、コアの５’−末端への翼が５塩基長であり、コア領域が１０塩基長であり、コアの３’−末端への翼領域が４塩基長であることを意味する。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフは、例えば、２−１６−２、３−１４−３、４−１２−４、５−１０−５、２−９−６、３−９−３、３−９−４、３−９−５、４−７−４、４−９−３、４−９−４、４−９−５、４−１０−５、４−１１−４、４−１１−５、５−７−５、５−８−６、８−７−５、７−７−６、５−９−３、５−９−５、５−１０−４、５−１０−５、６−７−６、６−８−５、および６−９−２などのいずれかである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、５−１０−５である。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、７−７−６である。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、８−７−５である。
いくつかの実施形態において、翼−コアモチーフは、５−１５、６−１４、７−１３、８−１２、９−１２などである。いくつかの実施形態において、コア−翼モチーフは、５−１５、６−１４、７−１３、８−１２、９−１２などである。
いくつかの実施形態において、提供されるこうした翼−コア−翼（すなわち、Ｘ−Ｙ−Ｘ）モチーフのオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、全てキラルな修飾されたホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供されるこうした翼−コア−翼（すなわち、Ｘ−Ｙ−Ｘ）モチーフのオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、全てキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるこうした翼−コア−翼モチーフのオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、５０％、７０％、８０％、または９０％のキラルな修飾されたホスフェートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるこうした翼−コア−翼モチーフのオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるこうした翼−コア−翼モチーフのオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、５０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフの各翼領域は、任意選択的に、キラルな修飾されたホスフェートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフの各翼領域は、任意選択的に、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフの各翼領域は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフの２つの翼領域は、同じヌクレオチド間結合立体化学を有する。いくつかの実施形態において、２つの翼領域は、異なるヌクレオチド間結合立体化学を有する。いくつかの実施形態において、翼内の各ヌクレオチド間結合は独立して、キラルなヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、任意選択的に、キラルな修飾されたホスフェートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、任意選択的に、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有する。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含み、ここで、その繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含み、ここで、その繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含み、ここで、その繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含み、ここで、その繰り返しパターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは１〜５０）である。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、少なくとも３３％のＳ構造におけるヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、少なくとも５０％のＳ構造におけるヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、少なくとも６６％のＳ構造におけるヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、ＲｐＲｐＳｐおよびＳｐＳｐＲｐから選択される繰り返しトリプレットモチーフである。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、繰り返しＲｐＲｐＳｐである。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、その繰り返しパターンは、繰り返しＳｐＳｐＲｐである。
いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ｍは２である。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ｍは２である。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンがＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンがＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
本明細書において定義される通り、ｍは１〜５０である。いくつかの実施形態では、ｍは１である。いくつかの実施形態では、ｍは２〜５０である。いくつかの実施形態において、ｍは、２、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、６、７、または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、７または８である。いくつかの実施形態では、ｍは２である。いくつかの実施形態では、ｍは３である。いくつかの実施形態では、ｍは４である。いくつかの実施形態では、ｍは５である。いくつかの実施形態では、ｍは６である。いくつかの実施形態では、ｍは７である。いくつかの実施形態では、ｍは８である。いくつかの実施形態では、ｍは９である。いくつかの実施形態では、ｍは１０である。いくつかの実施形態では、ｍは１１である。いくつかの実施形態では、ｍは１２である。いくつかの実施形態では、ｍは１３である。いくつかの実施形態では、ｍは１４である。いくつかの実施形態では、ｍは１５である。いくつかの実施形態では、ｍは１６である。いくつかの実施形態では、ｍは１７である。いくつかの実施形態では、ｍは１８である。いくつかの実施形態では、ｍは１９である。いくつかの実施形態では、ｍは２０である。いくつかの実施形態では、ｍは２１である。いくつかの実施形態では、ｍは２２である。いくつかの実施形態では、ｍは２３である。いくつかの実施形態では、ｍは２４である。いくつかの実施形態では、ｍは２５である。いくつかの実施形態において、ｍは２５より大きい。
いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎである（式中、ｎは１〜１０であり、ｍは独立して上記に定義され、本明細書に記載される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍである（式中、ｎは１〜１０であり、ｍは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｒｐ）（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｎ（Ｒｐ）ｍは、（Ｓｐ）２（Ｒｐ）である。
いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔである（式中、ｎは１〜１０であり、ｔは１〜５０であり、ｍは上記に定義され、本明細書に記述される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍである（式中、ｎは１〜１０であり、ｔは１〜５０であり、ｍは、上記に定義され、本明細書に記述される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍである（式中、ｎは１〜１０であり、ｔは１〜５０であり、Ｎｐは独立して、ＲｐまたはＳｐであり、ｍは、上記に定義され、本明細書に記述される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔである（式中、ｎは１〜１０であり、ｔは１〜５０であり、Ｎｐは独立して、ＲｐまたはＳｐであり、ｍは、上記に定義され、本明細書に記述される通りである）。いくつかの実施形態において、本開示は、骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ＮｐはＲｐである。いくつかの実施形態では、ＮｐはＳｐである。いくつかの実施形態では、Ｎｐは全て同一である。いくつかの実施形態では、Ｎｐは全てＳｐである。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＮｐは、他のＮｐとは異なる。いくつかの実施形態では、ｔは２である。
本明細書において定義される通り、ｎは１〜１０である。いくつかの実施形態では、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは１である。いくつかの実施形態では、ｎは、２、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｎは、７または８である。いくつかの実施形態では、ｎは１である。いくつかの実施形態では、ｎは２である。いくつかの実施形態では、ｎは３である。いくつかの実施形態では、ｎは４である。いくつかの実施形態では、ｎは５である。いくつかの実施形態では、ｎは６である。いくつかの実施形態では、ｎは７である。いくつかの実施形態では、ｎは８である。いくつかの実施形態では、ｎは９である。いくつかの実施形態では、ｎは１０である。
本明細書において定義される通り、ｔは１〜５０である。いくつかの実施形態では、ｔは１である。いくつかの実施形態では、ｔは２〜５０である。いくつかの実施形態では、ｔは、２、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｔは、３、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｔは、４、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｔは、５、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｔは、６、７、または８である。いくつかの実施形態では、ｔは、７または８である。いくつかの実施形態では、ｔは２である。いくつかの実施形態では、ｔは３である。いくつかの実施形態では、ｔは４である。いくつかの実施形態では、ｔは５である。いくつかの実施形態では、ｔは６である。いくつかの実施形態では、ｔは７である。いくつかの実施形態では、ｔは８である。いくつかの実施形態では、ｔは９である。いくつかの実施形態では、ｔは１０である。いくつかの実施形態では、ｔは１１である。いくつかの実施形態では、ｔは１２である。いくつかの実施形態では、ｔは１３である。いくつかの実施形態では、ｔは１４である。いくつかの実施形態では、ｔは１５である。いくつかの実施形態では、ｔは１６である。いくつかの実施形態では、ｔは１７である。いくつかの実施形態では、ｔは１８である。いくつかの実施形態では、ｔは１９である。いくつかの実施形態では、ｔは２０である。いくつかの実施形態では、ｔは２１である。いくつかの実施形態では、ｔは２２である。いくつかの実施形態では、ｔは２３である。いくつかの実施形態では、ｔは２４である。いくつかの実施形態では、ｔは２５である。いくつかの実施形態において、ｔは２５より大きい。
いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１０より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２０より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２５より大きい。
いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１０より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、１９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのそれぞれは、２０より大きい。
いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１０より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１７より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１８より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、１９より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２０より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍとｔの合計は、２５より大きい。
いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｍとｔのうちの少なくとも１つは１より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｍとｔのそれぞれは独立して１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍ＞ｎかつｔ＞ｎである。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、ＳｐＲｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｎｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｎｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、ＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、ＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）ｍである。
いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、ＳｐＲｐＳｐＳｐである。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、ＳｐＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは、（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５である。
いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）ｍＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５である。
いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも１個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも１個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも１個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも１個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、１個のみのＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域モチーフは、少なくとも２個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも２個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも２個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも３個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも３個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも３個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも３個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、コア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼−コア−翼モチーフのコア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。
特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−修飾残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＯＲ１−修飾残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＭＯＥ−修飾残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＯＭｅ−修飾残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、コア領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシド残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、全てのヌクレオチド間結合はキラルなホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−修飾残基であり、コア領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、かつコア領域の全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＯＲ１−修飾残基であり、コア領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、かつコア領域の全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＭＯＥ−修飾残基であり、コア領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、かつコア領域の全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各翼領域の残基が２’−ＯＭｅ−修飾残基であり、コア領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、かつコア領域の全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエート結合である５−１０−５モチーフである。
いくつかの実施形態において、「Ｘ」翼領域の残基は２’−ＭＯＥ−修飾残基ではない。特定の実施形態では、翼−コアモチーフは、「Ｘ」翼領域の残基が、２’−ＭＯＥ−修飾残基ではないモチーフである。特定の実施形態では、コア−翼モチーフは、「Ｘ」翼領域の残基が、２’−ＭＯＥ−修飾残基ではないモチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’−ＭＯＥ−修飾残基ではないモチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’−ＭＯＥ−修飾残基ではない５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、コア「Ｙ」領域の残基が、２’−デオキシリボヌクレオシド残基である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートヌクレオチド間結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である５−１０−５モチーフである。特定の実施形態では、翼−コア−翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が２’−ＭＯＥ−修飾残基ではなく、コア「Ｙ」領域の残基が２’−デオキシリボヌクレオシドであり、かつ全てのヌクレオチド間結合がキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である５−１０−５モチーフである。
当業者には理解されるように、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は、特に多数の核酸高分子を標的にすることができる。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は、核酸配列の転写物を標的にしてもよく、ここで、オリゴヌクレオチドの共通塩基配列（例えば、オリゴヌクレオチドタイプの塩基配列）は、転写物の配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的の配列に相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的の配列に相補的な配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列である。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に対してある割合（％）相補的な配列である。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、コア内の共通塩基配列は、標的の配列に対して１００％相補的な配列である。
いくつかの実施形態において、本開示に記載の通り、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物が、新たな切断パターン、より高い切断速度、より高い切断程度、より高い切断選択性などをもたらし得る。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、ある対象内またはある集団内に存在する１つまたは複数の類似配列を有する標的核酸配列からの転写物を選択的に抑制する（例えば、切断する）ことができ、該標的配列およびその類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含む。いくつかの実施形態において、例えば、標的配列は、遺伝子の野生型対立遺伝子またはコピーであり、類似配列は、非常に似ている塩基配列を有する配列、例えば、ＳＮＰ、突然変異などを有する配列であり；いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素が、類似配列に対してその標的配列を定め：例えば、標的配列が、ｒｓ３６２３０７にＴ（対応するＲＮＡではＵ；非疾患関連対立遺伝子についてはＣ）を有するハンチントン病関連対立遺伝子である場合、特徴的な配列は、このＳＮＰを含む。
いくつかの実施形態において、類似配列は、標的配列と６０％超、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９１％超、９２％超、９３％超、９４％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超の配列相同性を有する。いくつかの実施形態において、標的配列は、１つまたは複数の突然変異および／またはＳＮＰを含む核酸配列の疾患を引き起こすコピーであり、類似配列は、疾患を引き起こさないコピー（野生型）である。いくつかの実施形態において、標的配列は突然変異を含み、ここで、類似配列は、対応する野生型配列である。いくつかの実施形態において、標的配列は変異対立遺伝子であり、類似配列は野生型対立遺伝子である。いくつかの実施形態において、標的配列は、疾患を引き起こす対立遺伝子に関連するＳＮＰを含み、類似配列は、疾患を引き起こす対立遺伝子に関連しない同一のＳＮＰを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に相補的である標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と６０％超、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９１％超、９２％超、９３％超、９４％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超の配列相同性を有する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に相補的である標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、５個未満、４個未満、３個未満、２個未満、または１個のみの塩基対で異なる。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に相補的である標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、変異部位またはＳＮＰ部位のみで異なる。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に相補的である標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、変異部位のみで異なる。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に相補的である標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、ＳＮＰ部位のみで異なる。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列である。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に相補的な配列である。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、あるコアにおける共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列である。
いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は、ある変異を含むか、該変異である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は、ある変異を含む。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は、ある変異である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は、点変異を含むか、または点変異である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は点変異を含む。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は点変異である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素は、ＳＮＰを含むか、またはＳＮＰである。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素はＳＮＰを含む。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素はＳＮＰである。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的配列と１００％一致するが、標的配列の類似配列とは１００％一致していない。例えば、いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的核酸配列の疾患を引き起こすコピーまたは対立遺伝子の突然変異と一致するが、突然変異部位の疾患を引き起こさないコピーまたは対立遺伝子とは一致しておらず；いくつかの他の実施形態において、共通塩基配列は、標的核酸配列の疾患を引き起こす対立遺伝子におけるＳＮＰと一致するが、対応する部位の疾患を引き起こさない対立遺伝子とは一致していない。いくつかの実施形態において、あるコア内の共通塩基配列は、標的配列と１００％一致するが、標的配列の類似配列とは１００％一致していない。例えば、ＷＶ−１０９２において、その共通塩基配列（およびそのコア内の共通塩基配列）は、ｒｓ３６２３０７での疾患関連のＵと一致するが、非疾患関連（野生型）のＣとは一致していない。
特に、本開示は、塩基配列が、オリゴヌクレオチドの特性に影響を及ぼし得ることを認めている。いくつかの実施形態において、塩基配列は、その塩基配列を有するオリゴヌクレオチドが標的を抑制するために利用される場合、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈが関与する経路を通じて、標的の切断パターンに影響を与えることができ、例えば、図３３は、異なる配列を有する構造的に類似した（全てホスホロチオエート結合、全てステレオランダムな）オリゴヌクレオチドが、異なる切断パターンを有し得ることを示す。いくつかの実施形態において、ステレオランダムではないオリゴヌクレオチド組成物（例えば、本開示において提供される特定のオリゴヌクレオチド組成物）の共通塩基配列は、ＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物（例えば、ＯＮＴ−４１５）またはステレオランダムな全ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド組成物（例えば、ＷＶ−９０５）に適用される場合、そのＤＮＡの切断パターン（ＤＮＡ切断パターン）および／またはステレオランダムな全ホスホロチオエート組成物の切断パターン（ステレオランダムな切断パターン）が、特徴的な配列要素内またはその近傍に切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、近傍内または近傍の切断部位は、共通配列のコア領域に相補的な配列内にある。いくつかの実施形態において、近傍内または近傍の切断部位は、共通配列のコア領域に対して１００％相補的な配列内にある。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素内またはその近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素内に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素の近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素の突然変異またはＳＮＰの近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、突然変異の近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰの近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素内またはその近傍に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素内に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素の近傍に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素の突然変異またはＳＮＰの近傍に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、突然変異の近傍に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰの近傍に、そのステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素の突然変異の近傍に、そのＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、突然変異の近傍に、そのＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、突然変異の近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、突然変異の近傍の切断部位は突然変異のところにあり、すなわち、切断部位は、変異ヌクレオチドのヌクレオチド間結合のところにある（例えば、突然変異が、ＧＧＧＡＣＧＴＣＴＴの標的配列内のＡにある場合、切断部位はＡとＣの間である）。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位であり、ここで、０個は突然変異部位での切断を意味する（例えば、突然変異が、ＧＧＧＡＣＧＴＣＴＴの標的配列内のＡにある場合、切断部位は、０個のヌクレオチド間結合だけ離れたＡとＣの間であり；突然変異から１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位は、突然変異から５’方向へのＧとＡの間、または突然変異から３’方向へのＣとＧの間である）。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方法へ、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、２個、または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、０個、１個、２個、または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個、１個、２個または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個、１個、または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、０個、１個、または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個、１個または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から０個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から５’方向へ、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、突然変異から３’方向へ、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、特徴的な配列要素のＳＮＰの近傍に、そのＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰの近傍に、そのＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰの近傍に、そのＤＮＡ切断パターンの切断部位を有する塩基配列である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰの近傍の切断部位はＳＮＰのところにあり、すなわち、切断部位は、ＳＮＰのヌクレオチドのヌクレオチド間結合のところにある（例えば、ＷＶ−９０５、Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｔ＊Ｃ（これは、ｒＵｒＵｒＵｒＧｒＧｒＡｒＡｒＧｒＵｒＣｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣｒＵｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣ（ｒｓ３６２３０７は太字で表示）を含む）の標的については、切断は、太字のｒＵと、その直後の下線付きのｒＧとの間である）。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位であり、ここで、０個は、ＳＮＰでの切断を意味する（例えば、ＷＶ−９０５、Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｔ＊Ｃ（これは、ｒＵｒＵｒＵｒＧｒＧｒＡｒＡｒＧｒＵｒＣｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣｒＵｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣ（ｒｓ３６２３０７は太字で表示）を含む）の標的については、切断は、太字のｒＵと、０個のヌクレオチド間結合だけ離れたその直後の下線付きのｒＧとの間であり；ＳＮＰから１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位は、ＳＮＰから５’方向へのｒＧとｒＵの間（下線部：ｒＵｒＵｒＵｒＧｒＧｒＡｒＡｒＧｒＵｒＣｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣｒＵｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣ）、またはＳＮＰの３’−末端へのｒＧとｒＣの間（下線部：ｒＵｒＵｒＵｒＧｒＧｒＡｒＡｒＧｒＵｒＣｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣｒＵｒＵｒＧｒＵｒＧｒＣｒＣｒＣ）にある）。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個、１個、２個、３個、または４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、２個、または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個、１個、２個、または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個、１個、２個、または３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個、１個、または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個、１個、または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個、１個、または２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、０個または１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから０個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから５’方向へ、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。いくつかの実施形態において、近傍の切断部位は、ＳＮＰから３’方向へ、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。例えば、図３３は、ＷＶ−９０５配列のステレオランダムな切断パターンが、ＳＮＰで（ＣＵＧＵとＧＣＣＣの間で）、２個のヌクレオチド間結合だけ離れたところで（ＧＵＣＵとＧＵＧＣの間およびＧＵＧＣとＣＣＵＵの間で）、３個のヌクレオチド間結合だけ離れたところで（ＵＧＣＣとＣＵＵＧの間で）；４個のヌクレオチド間結合だけ離れたところで（ＧＣＣＣとＵＵＧＵの間およびＡＡＧＵとＣＵＧＵの間で）、および５個のヌクレオチド間結合だけ離れたところで（ＣＣＣＵとＵＧＵＧの間で）切断部位を有することを示す。
いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素内またはその近傍、例えば、突然変異、ＳＮＰなどの近傍の切断部位は、ＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位は、ＤＮＡ切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位は、ステレオランダムな切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、突然変異の近傍の切断部位は、ＤＮＡ切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、突然変異の近傍の切断部位は、ステレオランダムな切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰの近傍の切断部位は、ＤＮＡ切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰの近傍の切断部位は、ステレオランダムな切断パターンの主要な切断部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、共通配列のコア領域に対して相補的な配列内にある。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、共通配列のコア領域に対して１００％相補的な配列内にある。
いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、最も多くの切断か、または２番目、３番目、４番目もしくは５番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、最も多くの切断か、または２番目、３番目、もしくは４番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、最も多くの切断か、または２番目もしくは３番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、最も多くの切断か、または２番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、最も多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、２番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、３番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、４番目に多くの切断を有する部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、５番目に多くの切断を有する部位である。
いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の５％超、１０％超、１５％超、２０％超、２５％超、３０％超、３５％超、４０％超、４５％超、５０％超、５５％超、６０％超、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の１０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の１５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の２０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の２５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の３０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の３５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の４０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の４５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の５０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の５５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の６０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の６５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の７０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の７５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の８０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の８５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９０％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９１％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９２％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９３％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９４％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９５％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９６％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９７％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９８％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の９９％超が生じる部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、切断の１００％が生じる部位である。
いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の５％超、１０％超、１５％超、２０％超、２５％超、３０％超、３５％超、４０％超、４５％超、５０％超、５５％超、６０％超、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の１０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の１５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の２０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の２５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の３０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の３５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の４０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の４５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の５０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の５５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の６０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の６５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の７０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の７５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の８０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の８５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９０％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９１％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９２％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９３％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９４％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９５％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９６％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９７％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９８％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の９９％超が切断される部位である。いくつかの実施形態において、主要な切断部位は、標的の１００％が切断される部位である。いくつかの実施形態において、絶対切断閾値レベルに達する部位がない場合、切断パターンは、主要な切断部位を持たないことがある。
当業者が理解するように、様々な方法が、切断パターンを生じさせるために有用であり、かつ／または主要な切断部位を含む切断部位を特定することができる。いくつかの実施形態において、こうしたアッセイの一例は、本明細書に記載のＲＮａｓｅ切断アッセイであり；結果の例については、図３３、図３４などを参照されたい。
いくつかの実施形態において、本開示は、特徴的な配列要素に対して相補的な配列モチーフの位置効果を認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、突然変異に対して相補的な配列モチーフの位置効果を認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、ＳＮＰに対して相補的な配列モチーフの位置効果を認めている。
いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位、１２位、または１３位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１２位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１３位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位、９位、または１０位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて９位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて１０位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位、７位、または８位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位、４位、または５位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位は、特徴的な配列要素と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位は、特徴的な配列要素と並んでいる。
いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位、１２位、または１３位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１２位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１３位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位、９位、または１０位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて９位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて１０位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位、７位、または８位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位、４位、または５位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位は、突然変異と並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位は、突然変異と並んでいる。
いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位、１２位、または１３位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１１位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１２位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の５’−末端から数えて１３位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位、９位、または１０位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて８位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて９位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、配列の３’−末端から数えて１０位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位、７位、または８位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位、４位、または５位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位は、ＳＮＰと並んでいる。いくつかの実施形態において、コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位は、ＳＮＰと並んでいる。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、核酸配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、核酸配列に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患を引き起こす核酸配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患を引き起こす核酸配列に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患を引き起こす核酸配列の特徴的な配列要素に対して相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、疾患を引き起こす核酸配列と、疾患を引き起こさない核酸配列とを区別する。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患を引き起こす核酸配列の特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、疾患を引き起こす核酸配列と、疾患を引き起こさない核酸配列とを区別する。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患関連核酸配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患関連核酸配列に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患関連核酸配列の特徴的な配列要素に対して相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、疾患関連核酸配列と、非疾患関連核酸配列とを区別する。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、疾患関連核酸配列の特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、疾患関連核酸配列と、非疾患関連核酸配列とを区別する。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、遺伝子に対して相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、遺伝子に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対して相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、該遺伝子と、その遺伝子との相同性を共有する類似配列とを区別する。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、該遺伝子と、その遺伝子との相同性を共有する類似配列とを区別する。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、該遺伝子の他のコピー、例えば、該遺伝子の野生型コピー、該遺伝子の別の変異コピーなどに見られない突然変異を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列を含むか、または該配列であり、この特徴的な配列は、該遺伝子の他のコピー、例えば、該遺伝子の野生型コピー、該遺伝子の別の変異コピーなどに見られない突然変異を含む。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰを含む配列に相補的な配列を含むか、または該配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＳＮＰを含む配列に相補的な配列を含むか、または該配列であり、共通塩基配列は、疾患に関連するＳＮＰに対して１００％相補的である。例えば、いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ハンチントン病関連（またはハンチントン病を引き起こす）対立遺伝子に関連するＳＮＰに対して１００％相補的である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１０８７の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１０９０の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１０９１の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−９３７の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２３７８の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２３８０の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１０９０の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１０９１の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１５１０の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−９３７の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２６１１の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−１４９７の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２６０２の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２６１８の配列である。いくつかの実施形態では、共通塩基配列はＷＶ−２６０１の配列である。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＷＶ−１０９２の配列であり、これは、多くのハンチントン病患者のｒｓ３６２３０７における疾患関連対立遺伝子に対して１００％相補的である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０７である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ７６８５６８６である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２２６８である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０６である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３３１である。いくつかの実施形態において、ＳＮＰはｒｓ２５３０５９５である。いくつかの実施形態において、他の例のＳＮＰ部位は、本開示に開示されているハンチンチン部位のいずれかであり得る。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに見られる配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに見られる配列を含み、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに見られる該配列は少なくとも１５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣである。
いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる配列を含み、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる該配列は少なくとも１５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣＣである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣＣＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣＣＡＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる配列を含み、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡに見られる該配列は少なくとも１５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡＣである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡＣＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＣＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡＣＡＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡＣＡＡＣである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＡＡＣＡＡＣＣである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡに見られる配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡに見られる配列を含み、ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡに見られる配列は少なくとも１５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＣＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＡである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＡＧである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＡＧＧである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＴＴＡＡＴＡＡＡＴＴＧＴＣＡＴＣＡＣＣに見られる配列を含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＴＴＡＡＴＡＡＡＴＴＧＴＣＡＴＣＡＣＣに見られる配列を含み、ＡＴＴＡＡＴＡＡＡＴＴＧＴＣＡＴＣＡＣＣに見られる該配列は少なくとも１５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＴＴＡＡＴＡＡＡＴＴＧＴＣＡＴＣＡＣＣである。いくつかの実施形態において、共通塩基配列は、ＡＴＴＡＡＴＡＡＡＴＴＧＴＣＡＴＣＡＣＣである。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータを提供する。すなわち、特に本開示は、オリゴヌクレオチド鎖に沿った異なる位置での立体化学構造が、例えば、該オリゴヌクレオチドと同種リガンドおよび／またはプロセシング酵素との相互作用への影響を含めた、オリゴヌクレオチドの安定性および／または活性に及ぼす影響を示す。本開示は、具体的には、オリゴヌクレオチドであって、その構造が設計パラメータを取り入れているか、または反映しているオリゴヌクレオチドを提供する。こうしたオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列および長さを有するステレオランダムな調製物に比べて新規な化学的実体である。
いくつかの実施形態において、本開示は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、具体的には、ＲＮａｓｅ Ｈにより結合および／または切断され得るオリゴヌクレオチドの設計パラメータを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、具体的には、例えば、ＤＩＣＥＲ、アルゴノートタンパク質（例えば、アルゴノート−１およびアルゴノート−２）などにより結合および／または切断され得るオリゴヌクレオチドの設計パラメータを提供する。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１つがキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも４個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも６個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも７個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも８個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも９個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの１個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの２個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの３個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの４個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの５個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの６個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの７個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの８個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの９個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの１０個がキラルである。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも４個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも６個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも７個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの１個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの２個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの３個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの４個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの５個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの６個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの７個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの８個がキラルである。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合がアキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合がアキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１１個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも２０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１１個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、２０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであることを除いて全てのヌクレオチド間結合がアキラルである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合がホスフェートである領域を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合がホスフェートである領域を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも２個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも３個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも４個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも５個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも６個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも７個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも８個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも９個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１０個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１１個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１２個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１３個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１４個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１５個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１６個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１７個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１８個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも１９個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、少なくとも２０個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、２個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、３個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、４個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、５個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、６個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、７個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、８個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、９個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１０個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１１個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１２個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１３個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１４個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１５個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１６個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１７個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１８個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、１９個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、２０個のヌクレオチド間結合はホスフェートである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであることを除いて全てのヌクレオチド間結合がホスフェートである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含み、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１０％がアキラルである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目、および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含み、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１０％がアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも４０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも６０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも７０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも８０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも９０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、その領域内の全てのヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５０％はアキラルである。いくつかの実施形態において、あるアキラルなヌクレオチド間結合はホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、それぞれのアキラルなヌクレオチド間結合はホスフェート結合である。
いくつかの実施形態において、領域の１番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の３番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の３番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の５番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の５番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の７番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の７番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の８番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の８番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の９番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の９番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１８番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１８番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１９番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１９番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２０番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２０番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、領域は、少なくとも２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、領域は、２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、２１塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、キラルなヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、キラルなヌクレオチド間結合はホスホロチオエートである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドにおけるキラルなヌクレオチド間結合の各々は独立して、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドにおけるキラルなヌクレオチド間結合の各々はホスホロチオエートである。
いくつかの実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾された塩基部分を含む。当業者には既知であり、本開示に記載される通り、様々な修飾を糖および／または部分に導入することができる。例えば、いくつかの実施形態において、修飾は、米国特許第９００６１９８号および国際公開第２０１４／０１２０８１号に記載された修飾であり、それらの特許文献の各々の糖修飾および塩基修飾は、参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−修飾である。一般に用いられる２’−修飾は、２’−ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない）を含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態において、修飾は２’−ＯＲ（式中、Ｒは、置換されていてもよい脂肪族）である。いくつかの実施形態において、修飾は２’−ＯＭｅである。いくつかの実施形態において、修飾は２’−ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、本開示が明らかにするのは、特定のキラル純粋なヌクレオチド間結合を含めることおよび／または配置することによって、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により実現される安定性の改善と同等か、それよりも優れた安定性の改善が得られることである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドは、糖に修飾を持たない。いくつかの実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドは、糖の２’−位に修飾を持たない（すなわち、２’−位の２つの基は、−Ｈ／−Ｈまたは−Ｈ／−ＯＨのいずれかである）。いくつかの実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドは、いかなる２’−ＭＯＥ修飾も持たない。
いくつかの実施形態において、２’−修飾は、糖部分の２’−炭素と、糖部分の別の炭素とを結合する−Ｏ−Ｌ−または−Ｌ−である。いくつかの実施形態において、２’−修飾は、糖部分の２’−炭素と、糖部分の４’−炭素とを結合する−Ｏ−Ｌ−または−Ｌ−である。いくつかの実施形態において、２’−修飾はＳ−ｃＥｔである。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分はＬＮＡ部分である。
いくつかの実施形態において、２’−修飾は−Ｆである。いくつかの実施形態において、２’−修飾はＦＡＮＡである。いくつかの実施形態において、２’−修飾はＦＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、糖修飾は５’−修飾であり、例えばＲ−５’−Ｍｅ、Ｓ−５’−Ｍｅなどである。
いくつかの実施形態において、糖修飾は、糖環のサイズを変化させる。いくつかの実施形態において、糖修飾は、ＦＨＮＡ内の糖部分である。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べて、アルゴノートタンパク質（例えば、ｈＡｇｏ−１およびｈＡｇｏ−２）に対する良好な基質である。本開示に記載のキラル純粋な結合の選択および／または位置は、ｓｉＲＮＡなどのタンパク質と相互作用するオリゴヌクレオチドに有用な設計パラメータである。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約２５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約３０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約３５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約４０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約４５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約５５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約６０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約６５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約７０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約７５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約８０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約８５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約９０％を有する。
いくつかの実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴｋＴｍＣｋ ｍＣｋ、ここで、後ろに下付き文字「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）−ｃＥｔ修飾を示し、ＲはＲｐホスホロチオエート結合であり、ＳはＳｐホスホロチオエート結合であり、ｍＣはそれぞれ５−メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、全てのヌクレオチド間結合は以下から選択される立体化学パターンを有するホスホロチオエート（ＰＳ）である：ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲ、およびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴＴｋ ｍＣｋ ｍＣｋ、ここで、後ろに下付き文字「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）−ｃＥｔ修飾を示し、ＲはＲｐホスホロチオエート結合であり、ＳはＳｐホスホロチオエート結合であり、ｍＣはそれぞれ５−メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、全てのコアヌクレオチド間結合は、以下から選択される立体化学パターンを有するホスホロチオエート（ＰＳ）である：ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲ、およびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ。
キラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物
本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドと、高い粗製純度および高ジアステレオマー純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドと、高い粗製純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドと、高ジアステレオマー純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な調製物であり、ここで、該オリゴヌクレオチドタイプを含まない組成物中のオリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドタイプの調製プロセスで（場合によっては特定の精製手順の後に）生じる不純物である。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル結合リンに関して、１つまたは複数のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの構造を有する１つまたは複数のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、キラル結合リンに関して１つまたは複数のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合と、１つまたは複数のホスフェートジエステル結合とを含む、オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの構造を有する１つまたは複数のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合と、１つまたは複数のホスフェートジエステル結合とを含む、オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉ−ｃの構造を有する１つまたは複数のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合と、１つまたは複数のホスフェートジエステル結合とを含む、オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、こうしたオリゴヌクレオチドは、本出願に記載される通り、立体選択的なオリゴヌクレオチド合成によって調製されて、キラル結合リンに関して予め設計されたジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を形成する。例えば、（Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ）−ｄ［ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓ１Ｃｓ１Ａｓ１ＣｓＣ］の一例のオリゴヌクレオチドにおいて、最初の３個のヌクレオチド間結合は従来のオリゴヌクレオチド合成方法を用いて構築されており、ジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合は本出願に記載されたように立体化学制御を用いて構築されている。式Ｉの構造を有する結合を含めた、ヌクレオチド間結合の例をさらに以下説明する。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なる立体化学および／または異なるＰ−修飾を有する。特定の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なるＰ−修飾を有する。特定の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なるＰ−修飾を有し、該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合を含む。特定の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なるＰ−修飾を有し、該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも１個のホスホロチオエートジエステルヌクレオチド間結合とを含む。特定の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なるＰ−修飾を有し、該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。特定の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なるＰ−修飾を有し、該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合とを含む。
特定の実施形態において、修飾ヌクレオチド間結合は式Ｉ：
Figure 2019516680
 の構造を有し、式中、各変数は以下に定義され、記載される通りである。いくつかの実施形態において、式Ｉの結合はキラルである。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含み、式Ｉの個々のヌクレオチド間結合が互いに対して異なるＰ−修飾を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含み、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のヌクレオチド間結合が互いに対して異なる−Ｘ−Ｌ−Ｒ１を有する、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含み、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のヌクレオチド間結合が互いに対して異なるＸを有する、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、式Ｉの１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含み、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のヌクレオチド間結合が互いに対して異なる−Ｌ−Ｒ１を有する、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチドタイプの組成物である提供される組成物のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有する提供される組成物のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なる立体化学および／または異なるＰ−修飾を有する。いくつかの実施形態において、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なる立体化学を有し、該キラル制御されたオリゴヌクレオチドの構造の少なくとも一部は、交互の立体化学構造の繰り返しパターンによって特徴付けられる。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は互いに対して異なるＰ−修飾を有し、そこで、それらは−ＸＬＲ１部分に異なるＸ原子を有し、および／またはそれらは−ＸＬＲ１部分に異なるＬ基を有し、および／またはそれらは−ＸＬＲ１部分に異なるＲ１原子を有する。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個は、互いに対して異なる立体化学および／または異なるＰ−修飾を有し、該オリゴヌクレオチドは次の式で表される構造を有し：
［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］
式中、
各ＲＢは独立して、結合リンにおいてＲ配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し；
各ＳＢは独立して、結合リンにおいてＳ配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し；
ｎ１〜ｎｙのそれぞれはゼロまたは整数であるが、オリゴヌクレオチドが互いに対して異なる立体化学を有する少なくとも２個の個々のヌクレオチド間結合を含むように、少なくとも１つの奇数ｎおよび少なくとも１つの偶数ｎがゼロ以外の数でなければならないという要件に従い；
ここで、ｎ１〜ｎｙの合計は、２〜２００であり、いくつかの実施形態においては、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、またはそれ以上からなる群から選択される下限と、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、および２００からなる群から選択される上限との間にあり、上限は下限より大きくなっている。
こうしたいくつかの実施形態において、各ｎは同じ値であり；いくつかの実施形態において、各偶数ｎは、他の偶数ｎの各々と同じ値であり；いくつかの実施形態において、各奇数ｎは、他の奇数ｎの各々と同じ値であり；いくつかの実施形態において、少なくとも２個の偶数ｎは互いに異なる値であり；いくつかの実施形態において、少なくとも２個の奇数ｎは互いに異なる値である。
いくつかの実施形態において、少なくとも２個の隣接するｎは互いに等しく、したがって、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのＳ立体化学結合とＲ立体化学結合の隣接ブロックを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのＳ立体化学結合とＲ立体化学結合の繰り返しブロックを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＳ立体化学結合とＲ立体化学結合の繰り返しブロックを含み、ここで、少なくとも２個のこうしたブロックは、互いに異なる長さを有し；いくつかのこうした実施形態において、各Ｓ立体化学ブロックは同じ長さを有し、任意選択的に互いに同じ長さを有し得る各Ｒ立体化学の長さとは異なる長さを有する。
いくつかの実施形態において、少なくとも２個の飛び飛びに隣接するｎは互いに等しく、したがって、提供されるオリゴヌクレオチドは、互いに長さが等しくかつ他の立体化学の結合のブロックによって隔てられている、第１立体化学の結合の少なくとも２個のブロックを含み、その隔てているブロックは、第１立体化学のブロックと同じ長さか、または異なる長さを持ち得る。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの末端で結合ブロックに会合しているｎは、同じ長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、同じ結合立体化学の末端ブロックを有する。いくつかのこうした実施形態において、末端ブロックは、別の結合立体化学の中間ブロックにより互いに隔てられる。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、上述したパターンのうちのいずれかのオリゴヌクレオチドであり、Ｐ−修飾のパターンをさらに含む。例えば、いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーおよびＰ−修飾スキップマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーおよびＰ−修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーおよびＰ−修飾ブロックマーである。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で表される提供されるオリゴヌクレオチドは、独立して式Ｉの構造を有する１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドである：
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの修飾ヌクレオチド間結合、例えば、式Ｏ−Ｉで表される提供されるオリゴヌクレオチドのＰＬは、式Ｉの構造を有し、式中、
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、本開示は、独立して式Ｉ：
Figure 2019516680
 の構造を有する１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、式中、
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｘ、Ｙ、およびＺのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは式Ｏ−Ｉの構造を有し、ここで各変数は独立して、本開示で定義され、記載される通りである。いくつかの実施形態において、１つまたは複数ＰＬは式Ｉの構造を有する。
いくつかの実施形態では、Ｒ５ｓは、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５ｓは−Ｙ−Ｒ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５ｓは水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ５ｓは、−ＯＨである。
いくつかの実施形態では、Ｒ’はＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は−Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は−ＣＯ２Ｒ。いくつかの実施形態では、Ｒ’は−ＳＯ２Ｒである。
いくつかの実施形態において、例えば、ヘテロ脂肪族基、複素環基、および／またはヘテロアリール基におけるヘテロ原子は、酸素、窒素、または硫黄である。いくつかの実施形態において、ヘテロ原子は、酸素、窒素、ケイ素、または硫黄である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素、リン、または硫黄である。いくつかの実施形態において、ヘテロ原子は、酸素、窒素、ホウ素、または硫黄である。いくつかの実施形態において、ヘテロ原子は、酸素、窒素、セレン、または硫黄である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素、ケイ素、ホウ素、リン、または硫黄である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素、ケイ素、ホウ素、リン、セレン、または硫黄である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環、もしくはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、環Ａは、その間に挟まれた原子に加えて０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい多価の単環式、二環式、もしくは多環式の、飽和、部分不飽和、またはアリールの３〜３０員環である。いくつかの実施形態では、環Ａは単環式である。いくつかの実施形態では、環Ａは二環式である。いくつかの実施形態では、環Ａは多環式である。いくつかの実施形態では、環Ａは飽和である。いくつかの実施形態では、環Ａは多飽和である。いくつかの実施形態では、環Ａはアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒｓへの結合は、Ｒｓが何であれ一価であると見なされる。いくつかの実施形態では、Ｒｓへの結合は、Ｒｓが水素でない場合に一価であると見なされる。
いくつかの実施形態では、各Ｒｓは独立して、Ｒ１、−Ｌ−Ｒ１、Ｒ’、または−Ｌ−Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲｓはＲ１である。いくつかの実施形態では、Ｒｓは−Ｌ−Ｒ１である。いくつかの実施形態では、ＲｓはＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒｓは−Ｌ−Ｒ’である。いくつかの実施形態では、Ｒｓは水素である。
いくつかの実施形態では、ｔは０〜５である。いくつかの実施形態では、ｔは１〜５である。いくつかの実施形態では、ｔは０である。いくつかの実施形態では、ｔは１である。いくつかの実施形態では、ｔは２である。いくつかの実施形態では、ｔは３である。いくつかの実施形態では、ｔは４である。いくつかの実施形態では、ｔは５である。
いくつかの実施形態では、ＳＵはＬである。いくつかの実施形態では、ＳＵは、単環式、二環式、または多環式のシクロヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、ＳＵは、１つまたは複数の酸素原子を有する単環式、二環式、または多環式のシクロヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、ＳＵは単環式である。いくつかの実施形態では、ＳＵは二環式である。いくつかの実施形態では、ＳＵは多環式である。いくつかの実施形態では、ＳＵはＬであり、ＬＮＡ糖に見られる部分である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2019516680
 であり、ここで、ＳＵはＣ３を介してＰＬと結合している。いくつかの実施形態では、
Figure 2019516680
 であり、ここで、ＳＵはＣ３とＣ５とを介してＰＬと結合し、Ｃ１を介してＢＡと結合している。
いくつかの実施形態では、ＳＵは、本開示で記載の糖部分である。いくつかの実施形態では、ＰＬは、本開示で記載のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、ＰＬは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、ＰＬは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、ＰＬは天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態では、Ｗ、Ｙ、ＺはＯであり、ＸはＳである。いくつかの実施形態では、Ｗ、Ｙ、ＺはＯであり、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は−ＳＨである。いくつかの実施形態では、ＰＬは、ＰＬにおけるリン原子がキラルであるという点でキラルである。いくつかの実施形態では、ＰＬは式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態では、ＰＬは、本開示に記載の修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、連続しているＰＬ基のストレッチは式Ｉの構造を有するキラルである。いくつかの実施形態では、連続しているＰＬ基のストレッチはホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、連続しているＰＬ基のストレッチは天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態では、ストレッチは２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれを超えるＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは２個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは３個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは４個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは５個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは６個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは７個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは８個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは９個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１０個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１１個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１２個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１３個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１４個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態では、ストレッチは１５個以上のＰＬ基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラルなＰＬ基の１個または複数のストレッチと、天然のホスフェート結合の１個または複数のストレッチとを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラルなＰＬ基の１個または複数のストレッチと、天然のホスフェート結合の２個以上のストレッチとを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラルなＰＬ基の一ストレッチと、天然のホスフェート結合の２個以上のストレッチとを含む。いくつかの実施形態において、キラルなＰＬ基のストレッチは、本開示に記載の結合リン立体化学パターン、例えば、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｔとｍのそれぞれは独立して２以上である。いくつかの実施形態において、ｔとｍのそれぞれは独立して２以上であり、ｔおよびｍの少なくとも１個は５以上である。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１個または複数の修飾されたヌクレオチド間リン結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、例えば、ホスホロチオエートまたはホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。こうした修飾されたヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間リン結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。こうした修飾されたヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含み、これは、例えば反応の立体選択性を制御するために用いられる。いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含まない。いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象に対して投与を行うまでおよび／または投与の間中、意図的に保持される。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固体支持体に結合されている。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断されている。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも２個の連続している修飾ヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも２個の連続しているホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合とを含む。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ−修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ−修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ−修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環、もしくはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかである。いくつかの実施形態において、Ｐ＊はＲｐである。別の実施形態において、Ｐ＊はＳｐである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊が独立してＲｐまたはＳｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を１つまたは複数含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊がＲｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を１つまたは複数含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊がＳｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を１つまたは複数含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｐ＊がＲｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を少なくとも１個含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｐ＊がＳｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を少なくとも１個含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｐ＊がＲｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を少なくとも１個含み、Ｐ＊がＳｐである式Ｉのヌクレオチド間結合を少なくとも１個含む。
いくつかの実施形態において、Ｗは、Ｏ、Ｓ、またはＳｅである。いくつかの実施形態において、ＷはＯである。いくつかの実施形態において、ＷはＳである。いくつかの実施形態において、ＷはＳｅである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含み、ＷはＯである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含み、ＷはＳである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含み、ＷはＳｅである。
いくつかの実施形態において、各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−３０脂肪族、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員ヘテロアリール環、および１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員複素環から選択される置換されていてもよい基であるか；または、
２つ以上のＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、間に挟まれた原子に加えて０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい単環式、二環式、もしくは多環式の、飽和、部分不飽和、またはアリールの３〜３０員環を形成する。
いくつかの実施形態において、各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態では、Ｒは水素である。いくつかの実施形態において、Ｒは、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のプロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいエチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいメチルである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒはフェニルである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいカルボシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいＣ３−Ｃ１０カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい単環式カルボシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいシクロヘプチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいシクロヘキシルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいシクロペンチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいシクロブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいシクロプロピルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい二環式カルボシクリルである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよい二環式アリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５〜６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されている５〜６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、非置換の５〜６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒは、１個の窒素原子と、硫黄または酸素から選択される追加のヘテロ原子とを有する、置換されていてもよい５員ヘテロアリール環である。例示的なＲ基としては、置換されていてもよいピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、またはイソオキサゾリルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、Ｒは、１〜３個の窒素原子を有する、６員ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒは、１〜２個の窒素原子を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、２個の窒素原子を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒは、１個の窒素を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。例示的なＲ基としては、置換されていてもよいピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい８〜１０員二環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいインドリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいアザビシクロ［３．２．１］オクタニルである。特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいアザインドリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいベンゾイミダゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいベンゾチアゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいベンゾオキサゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいインダゾリルである。特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。
特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいキノリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいイソキノリニルである。一態様によれば、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されている３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、非置換の３〜７員の飽和または部分不飽和複素環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員の部分不飽和複素環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、２個の酸素原子を有する置換されていてもよい６員の部分不飽和複素環である。
特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。特定の実施形態において、Ｒは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員の飽和または部分不飽和の複素環である。
特定の実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５〜６員の部分不飽和単環式環である。特定の実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい８〜１０員の二環式飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいインドリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよいイソインドリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよい１，２，３，４−テトラヒドロキノリンである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていてもよい１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリンである。
いくつかの実施形態において、各Ｒ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環、もしくはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成する。
いくつかの実施形態において、Ｒ’は、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。
いくつかの実施形態において、Ｒ’は−Ｒであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は水素である。
いくつかの実施形態において、Ｒ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｒであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ’は、−ＣＯ２Ｒであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ’は、−ＳＯ２Ｒであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。
いくつかの実施形態において、同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環またはヘテロアリール環を形成する。いくつかの実施形態において、同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、またはヘテロアリール環を形成する。
いくつかの実施形態において、−Ｃｙ−は、３〜３０員カルボシクリレン、６〜３０員アリーレン、１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員ヘテロアリーレン、および１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員ヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環である。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は単環式である。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は二環式である。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−で多環式ある。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよい二価の３〜３０員カルボシクリレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよい二価の６〜３０員アリーレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、１〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい二価の５〜３０員ヘテロアリーレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、１〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい二価の３〜３０員ヘテロシクリレンである
いくつかの実施形態において、−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される、置換されていてもよい二価の環である。
いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよいフェニレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよいカルボシクリレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよいアリーレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよいヘテロアリーレンである。いくつかの実施形態では、−Ｃｙ−は、置換されていてもよいヘテロシクリレンである。
いくつかの実施形態では、ＢＡは置換されていてもよいＣ１−３０脂環式である。いくつかの実施形態では、ＢＡは置換されていてもよいＣ６−３０アリールである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、１〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよいＣ３−３０ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、１〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよいＣ５−３０ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、ＢＡは置換されていてもよい天然核酸塩基部分である。いくつかの実施形態では、ＢＡは置換されていてもよい修飾された核酸塩基部分である。いくつかの実施形態では、ＢＡは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、ＢＡは、本開示に記載の核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、−ＳＵ（ＢＡ）−は置換されていてもよい天然ヌクレオシド部分である。いくつかの実施形態では、−ＳＵ（ＢＡ）−は天然ヌクレオシド部分である。いくつかの実施形態では、−ＳＵ（ＢＡ）−は、本開示に記載の核酸塩基と糖部分とを独立に有する、本開示に記載のヌクレオシド部分である。
いくつかの実施形態では、Ｘ、Ｙ、およびＺのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）、またはＬであり、ここで、ＬおよびＲ１のそれぞれは独立して、上記に定義され、本開示に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｏ−である。いくつかの実施形態では、Ｘは−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｏ−または−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含み、Ｘは−Ｏ−である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含み、Ｘは−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｘが−Ｏ−である式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合と、Ｘが−Ｓ−である式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｘが−Ｏ−である式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合と、Ｘが−Ｓ−である式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合と、Ｌが置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンである式Ｉの少なくとも１個のヌクレオチド間結合とを含み、そこでＬの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−である。いくつかの実施形態では、Ｘは、−Ｎ（Ｒ１）−である。いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｎ（Ｒ’）−である。いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｎ（Ｒ）−である。いくつかの実施形態において、Ｘは−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態において、ＸはＬである。いくつかの実施形態において、Ｘは共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｘは、さもなければ置換されていてもよい直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、Ｘは、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０アルキレンまたはＣ１−Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態では、Ｘはメチレンである。
いくつかの実施形態において、Ｙは−Ｏ−である。いくつかの実施形態では、Ｙは−Ｓ−である。
いくつかの実施形態において、Ｙは−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−である。いくつかの実施形態では、Ｙは−Ｎ（Ｒ１）−である。いくつかの実施形態において、Ｙは−Ｎ（Ｒ’）−である。いくつかの実施形態において、Ｙは−Ｎ（Ｒ）−である。いくつかの実施形態では、Ｙは−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態において、ＹはＬである。いくつかの実施形態において、Ｙは共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｙは、さもなければ置換されていてもよい直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、Ｙは、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０アルキレンまたはＣ１−Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態では、Ｙはメチレンである。
いくつかの実施形態において、Ｚは−Ｏ−である。いくつかの実施形態では、Ｚは−Ｓ−である。
いくつかの実施形態において、Ｚは−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−である。いくつかの実施形態において、Ｚは−Ｎ（Ｒ１）−である。いくつかの実施形態において、Ｚは−Ｎ（Ｒ’）−である。いくつかの実施形態において、Ｚは−Ｎ（Ｒ）−である。いくつかの実施形態では、Ｚは−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態において、ＺはＬである。いくつかの実施形態において、Ｚは共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｚは、さもなければ置換されていてもよい直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、Ｚは、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０アルキレンまたはＣ１−Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態では、Ｚはメチレンである。
いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは−Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは−ＯＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは−ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、Ｃ２と、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、またはＣ５とを結合している−Ｌ−である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、Ｃ２とＣ４とを結合している−Ｌ−である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、−Ｏ−ＣＨ２−である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−である。
いくつかの実施形態では、ｎは３より大きく、５００以下の整数である。いくつかの実施形態では、ｎは３より大きく、２００以下の整数である。いくつかの実施形態では、ｎは４〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは５〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは６〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは７〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは８〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは９〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１０〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１１〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１２〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１３〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１４〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１５〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１６〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１７〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１８〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは１９〜２００である。いくつかの実施形態では、ｎは２００以下である。いくつかの実施形態では、ｎは１５０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは１００以下である。いくつかの実施形態では、ｎは９０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは８０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは７０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは６０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは５０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは４０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは３０以下である。いくつかの実施形態では、ｎは２５以下である。
いくつかの実施形態では、Ｒ３ｓは、Ｒ’、−Ｙ−Ｒ’、−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−Ｒ’、または−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−固体支持体である。いくつかの実施形態では、Ｒ３ｓはＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ３ｓは−Ｙ−Ｒ’である。
いくつかの実施形態では、Ｒ３ｓは−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−Ｒ’である。いくつかの実施形態では、−Ｙ−Ｒ’は−ＯＨである。
いくつかの実施形態では、Ｒ３ｓは、−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−固体支持体である。当業者に認識されるように、多くの固体支持体（例えば、本開示に記載の固体支持体）を、本開示のオリゴヌクレオチド合成に使用することができる。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であるか、またはＣ１−３０脂肪族および１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族基から選択される二価もしくは多価の、置換されていてもよい直鎖状もしくは分枝状の基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＬはＳＵであり、Ｌは多価、例えば三価である。
いくつかの実施形態では、Ｌは共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｌは、置換されていてもよい直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｌ１−Ｖ−の構造を有し、式中、
Ｌ１は、
Figure 2019516680
 Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、カルボシクリレン、アリーレン、Ｃ１−Ｃ６ヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択される、置換されていてもよい基であり；
Ｖは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、Ｃ（Ｒ’）２、−Ｓ−Ｓ−、−Ｂ−Ｓ−Ｓ−Ｃ−、
Figure 2019516680
 または、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、アリーレン、Ｃ１−Ｃ６ヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択される置換されていてもよい基から選択されており；
Ａは、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＲ’、または＝Ｃ（Ｒ’）２であり；
ＢおよびＣのそれぞれは独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、−Ｃ（Ｒ’）２−、または、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロシクリレン、もしくはヘテロアリーレンから選択される置換されていてもよい基であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、Ｌ１は
Figure 2019516680
 であり、環Ｃｙ’は置換されていてもよいアリーレン、カルボシクリレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１は、置換されていてもよい
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態では、Ｌ１は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、Ｌ１はＸに結合している。いくつかの実施形態では、Ｌ１は、
Figure 2019516680
 から選択される置換されていてもよい基であり、その硫黄原子はＶに結合している。いくつかの実施形態では、Ｌ１は、
Figure 2019516680
 から選択される置換されていてもよい基であり、その炭素原子はＸに結合している。
いくつかの実施形態において、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成し；各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成している。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−である。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−である。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成し；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成し；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成し；各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成し；各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
Ｒ’は、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２−であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ−、＝Ｃ（Ｆ）−、＝Ｃ（Ｃｌ）−、＝Ｃ（Ｂｒ）−、＝Ｃ（Ｉ）−、＝Ｃ（ＣＮ）−、＝Ｃ（ＮＯ２）−、＝Ｃ（ＣＯ２−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族））−、または＝Ｃ（ＣＦ３）−であり；
Ｒ’は、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 ここで、フェニル環は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、フェニル環は置換されていない。いくつかの実施形態では、フェニル環は置換されている。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 ここで、フェニル環は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、フェニル環は置換されていない。いくつかの実施形態では、フェニル環は置換されている。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成している。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、
Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’であり；
Figure 2019516680
 は単結合または二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、Ｃ３−Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環、または複素環を形成している。
いくつかの実施形態において、Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＲ’−、または−Ｃ（Ｒ’）２であり、各Ｒは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’−である。いくつかの実施形態では、Ｅは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＨ−である。いくつかの実施形態では、Ｅは−Ｏ−である。いくつかの実施形態では、Ｅは−Ｓ−である。いくつかの実施形態では、Ｅは−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態において、Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’−であり、各Ｒは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｇは、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＨ−である。いくつかの実施形態では、Ｇは−Ｏ−である。いくつかの実施形態では、Ｇは−Ｓ−である。いくつかの実施形態では、Ｇは−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ３−Ｇ−であり、式中、
Ｌ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５アルキレンまたはアルケニレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または
Figure 2019516680
 で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｇ、Ｒ’、環Ｃｙ’はそれぞれ独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ３−Ｓ−であり、ここで、Ｌ３は、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ３−Ｏ−であり、ここで、Ｌ３は、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ３−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｌ３およびＲ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ３−ＮＨ−であり、ここで、Ｌ３およびＲ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ５アルキレンまたはアルケニレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または
Figure 2019516680
 で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’および環Ｃｙ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ５アルキレンである。いくつかの実施形態では、−Ｌ３−Ｇ−は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ４アルキレンまたはアルケニレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または
Figure 2019516680
 で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、−Ｌ３−Ｇ−は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ３アルキレンまたはアルケニレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または
Figure 2019516680
 で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、−Ｌ３−Ｇ−は、
Figure 2019516680
である。
いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ２アルキレンまたはアルケニレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ'）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ'）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または
Figure 2019516680
 で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ３−Ｇ−は
Figure 2019516680
 であり、ここで、ＧおよびＣｙ’のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４は置換されていてもよいＣ１−Ｃ２アルキレンであり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４は置換されていてもよいＣ１−Ｃ２アルキレンであり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４は置換されていてもよいメチレンであり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４はメチレンであり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４は置換されていてもよい−（ＣＨ２）２−であり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは−Ｌ４−Ｇ−であり、Ｌ４は−（ＣＨ２）２−であり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。
いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りであり、ＧはＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、その硫黄原子はＲ１に結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、その酸素原子はＲ１に結合している。
いくつかの実施形態において、Ｌは
Figure 2019516680
 であり、ここで、Ｇは、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよい直鎖状または分岐状のＣ１−Ｃ９アルキレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’および−Ｃｙ−のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンで、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ３は、置換されていてもよい、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルケニレン）−、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、−Ｓ−ＣＯ−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、または−Ｓ−ＣＯ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−である。
いくつかの実施形態では、Ｌは、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、上記および本明細書に記載のＬの実施形態における硫黄原子は、Ｘと結合している。いくつかの実施形態において、上記および本明細書に記載のＬの実施形態における硫黄原子は、Ｒ１に結合されている。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態では、Ｒ１はＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は−Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は−Ｃｌである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は−Ｂｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は−Ｉである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１はＲであり、Ｒは、上記に定義し、本明細書に記載した通りである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｃ１−Ｃ５０脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい、直鎖状または分岐状のプロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいエチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいメチルである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されているフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はフェニルである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいカルボシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ３−Ｃ１０カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい単環式カルボシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロヘプチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロヘキシルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロペンチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロプロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい二環式カルボシクリルである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０多環式炭化水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０多環式炭化水素であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい
Figure 2019516680
 。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい
Figure 2019516680
 。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、１つまたは複数の置換されていてもよい多環式炭化水素部分を含む、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、１つまたは複数の置換されていてもよい多環式炭化水素部分を含む、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、１つまたは複数の置換されていてもよい
Figure 2019516680
 を含む、置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい二環式アリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５〜６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されている５〜６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、非置換の５〜６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒ１は、１個の窒素原子と、硫黄または酸素から選択される追加のヘテロ原子とを有する、置換されていてもよい５員ヘテロアリール環である。例示的なＲ１基としては、置換されていてもよいピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、またはイソオキサゾリルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、１〜３個の窒素原子を有する、６員ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒ１は、１〜２個の窒素原子を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、２個の窒素原子を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒ１は、１個の窒素を有する、置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。例示的なＲ１基としては、置換されていてもよいピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい８〜１０員二環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいインドリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいアザビシクロ［３．２．１］オクタニルである。特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいアザインドリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいベンゾイミダゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいベンゾチアゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいベンゾオキサゾリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいインダゾリルである。特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５，６−縮合ヘテロアリール環である。
特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいキノリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいイソキノリニルである。一態様によれば、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６，６−縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、キナゾリンまたはキノキサリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されている３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、非置換の３〜７員の飽和または部分不飽和複素環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員の飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員の部分不飽和複素環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、２個の酸素原子を有する置換されていてもよい６員の部分不飽和複素環である。
特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、３〜７員の飽和または部分不飽和の複素環である。特定の実施形態において、Ｒ１は、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員の飽和または部分不飽和の複素環である。
特定の実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５〜６員の部分不飽和単環式環である。特定の実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい８〜１０員の二環式飽和または部分不飽和の複素環である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいインドリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいイソインドリニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい１，２，３，４−テトラヒドロキノリンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよい１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、任意選択的に、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ）’Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ１０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、任意選択的に、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ＣＨ３−、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｌに結合している、末端が置換されていてもよい−（ＣＨ２）２−部分を含む。こうしたＲ１基の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｌに結合している、末端が置換されていてもよい−（ＣＨ２）−部分を含む。こうしたＲ１基の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、Ｒ１は−Ｓ−ＲＬ２であり、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’および−Ｃｙ−のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、−Ｓ−ＲＬ２であり、その硫黄原子は、Ｌ基の硫黄原子と結合している。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は−Ｃ（Ｏ）ＲＬ２であり、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、Ｒ’および−Ｃｙ−のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ２であり、そのカルボニル基は、Ｌ基のＧと結合している。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ２であり、そのカルボニル基は、Ｌ基の硫黄原子と結合している。
いくつかの実施形態では、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族である。いくつかの実施形態では、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９アルキルである。いくつかの実施形態では、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９アルケニルである。いくつかの実施形態では、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９アルキニルである。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｃｙ−または−Ｃ（Ｏ）−で任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、−Ｃｙ−で任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよいヘテロシクリレンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよいアリーレンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよいヘテロアリーレンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ３−Ｃ１０カルボシクリレンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、２つのメチレン単位は、−Ｃｙ−または−Ｃ（Ｏ）−で任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、２つのメチレン単位は、−Ｃｙ−または−Ｃ（Ｏ）−で任意選択的に独立して置き換えられている。ＲＬ２基の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、水素であるか、または
Figure 2019516680
Figure 2019516680
−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）、Ｃ１−Ｃ１０脂肪族、アリール、Ｃ１−Ｃ６ヘテロアルキル、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
または−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６脂肪族）、Ｃ１−Ｃ１０脂肪族、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、およびヘテロアリールから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、上記および本明細書に記載のＲ１の実施形態における硫黄原子は、上記および本明細書に記載のＬの実施形態における硫黄原子、Ｇ、Ｅ、または−Ｃ（Ｏ）−部分と結合している。いくつかの実施形態において、上記および本明細書に記載のＲ１の実施形態における−Ｃ（Ｏ）−部分は、上記および本明細書に記載のＬの実施形態における硫黄原子、Ｇ、Ｅ、または−Ｃ（Ｏ）−部分と結合している。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、上記および本明細書に記載のＬの実施形態とＲ１の実施形態のいずれかの組み合わせである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−Ｌ３−Ｇ−Ｒ１であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−Ｌ４−Ｇ−Ｒ１であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−Ｌ３−Ｇ−Ｓ−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−Ｌ３−Ｇ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
であり、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ９脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ'）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ'）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ'）−、−Ｎ（Ｒ'）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ'）−、−Ｎ（Ｒ'）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ'）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ'）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ'）−、−Ｎ（Ｒ'）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており、各Ｇは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−ＲＬ３−Ｓ−Ｓ−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−ＲＬ３−Ｃ（Ｏ）−Ｓ−Ｓ−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、Ｌは以下の構造を有し、
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は以下の構造を有し、
Figure 2019516680
式中、
ここでフェニル環は、置換されていてもよく、
Ｒ１およびＸのそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、ＣＨ３−、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は、Ｘに結合された、末端が置換されていてもよい−（ＣＨ２）２−部分を含む。いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は、Ｘに結合された、末端−（ＣＨ２）２−部分を含む。こうした−Ｌ−Ｒ１部分の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は、Ｘに結合された、末端が置換されていてもよい−（ＣＨ２）−部分を含む。いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は、Ｘに結合された、末端−（ＣＨ２）−部分を含む。こうした−Ｌ−Ｒ１部分の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、ＣＨ３−、
Figure 2019516680
 であり、Ｘは−Ｓ−である。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は、
Figure 2019516680
 であり、Ｘは−Ｓ−であり、ＷはＯであり、Ｙは−Ｏ−であり、Ｚは−Ｏ−である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 または−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｏ−または−Ｓ−であり、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 または−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｏ−または−Ｓ−であり、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 −Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）、または−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ５０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｌは共有結合であり、−Ｌ−Ｒ１は、Ｒ１である。
いくつかの実施形態では、−Ｌ−Ｒ１は水素ではない。
いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１のＲ１は、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０脂肪族）、または−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ５０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 の構造を有し、式中、
Figure 2019516680
 部分は置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 の構造を有し、式中、Ｘ’はＯまたはＳであり、Ｙ’は−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＲ’−であり、
Figure 2019516680
 部分は置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、Ｙ’は、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＨ−である。いくつかの実施形態において、
Figure 2019516680
 は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、
Figure 2019516680
 は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、
Figure 2019516680
 は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 の構造を有し、式中、Ｘ’はＯまたはＳであり、
Figure 2019516680
 部分は置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、
Figure 2019516680
 は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 であり、式中、
Figure 2019516680
 は置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 であり、式中、
Figure 2019516680
 は置換されている。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 であり、式中、
Figure 2019516680
 は置換されていない。
いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は、Ｒ１−Ｃ（Ｏ）−Ｓ−Ｌｘ−Ｓ−であり、Ｌｘは、
Figure 2019516680
 から選択される置換されていてもよい基である。いくつかの実施形態において、Ｌｘは、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は、（ＣＨ３）３Ｃ−Ｓ−Ｓ−Ｌｘ−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は、Ｒ１−Ｃ（＝Ｘ’）−Ｙ’−Ｃ（Ｒ）２−Ｓ−Ｌｘ−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は、Ｒ−Ｃ（＝Ｘ’）−Ｙ’−ＣＨ２−Ｓ−Ｌｘ−Ｓ−である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は
Figure 2019516680
 である。
当業者によって理解されるように、本明細書に記載の−Ｘ−Ｌ−Ｒ１基の多くは、切断可能であり、対象に対して投与を行った後に−Ｘ−へ変換可能である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は切断可能である。いくつかの実施形態において、−Ｘ−Ｌ−Ｒ１は、−Ｓ−Ｌ−Ｒ１であり、対象に対して投与を行った後に−Ｓ−へ変換される。いくつかの実施形態において、対象の酵素により変換が促される。当業者によって理解されるように、−Ｓ−Ｌ−Ｒ１基が投与後に−Ｓ−に変換されるか否かを判定する方法は、当技術分野において、薬物代謝や薬物動態の研究に用いられるものを含めて公知であり、また実施されている。
いくつかの実施形態において、式Ｉの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、式Ｉのヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ａの構造を有し：
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、式Ｉのヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ｂの構造を有し：
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、式Ｉのヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ｃの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合であり：
Figure 2019516680
 式中、
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｌは、共有結合であるか、または置換されていてもよい直鎖状もしくは分岐状のＣ１−Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
Ｒ１は、ハロゲンであるか、Ｒであるか、または置換されていてもよいＣ１−Ｃ５０脂肪族であり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよい、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で、任意選択的に独立して置き換えられており；
それぞれのＲ’は独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環、もしくはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール環、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価の環であり；
各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；
各
Figure 2019516680
 は独立して、ヌクレオシドとの結合を表し；
Ｒ１は、Ｌが共有結合のとき、−Ｈ以外である。
いくつかの実施形態において、式Ｉの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、式Ｉ−ｃの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、１個または複数のホスフェートジエステル結合と、式Ｉ−ａ、式Ｉ−ｂ、または式Ｉ−ｃを有する１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、式Ｉ−ｃの構造を有する少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、式Ｉ−ｃの構造を有する少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、式Ｉ−ｃの構造を有する少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、式Ｉ−ｃの構造を有する少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、少なくとも１個のホスフェートジエステルヌクレオチド間結合と、式Ｉ−ｃの構造を有する少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合とを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと５０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと６０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと７０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと８０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと９０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該配列は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣと９５％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンを有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンを有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンを有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個の結合リンはＲｐである。当業者に理解されることには、キラル制御されたオリゴヌクレオチドがＲＮＡ配列を含む特定の実施形態においては、各Ｔは独立して任意選択的にＵと置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンはＲｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個の結合リンはＳｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンはＳｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはアルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合アルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合ユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはギャップマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはスキップマーである。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のシトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、ＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＴＴＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のヌクレオチドが、特定の状況下において「オートリリース」しやすいリン修飾を含むように設計されている。つまり、特定の条件下において、特定のリン修飾が、オリゴヌクレオチドから自己切断して、天然に存在するＤＮＡおよびＲＮＡ内に見られる、例えば、ホスフェートジエステルを与えるように設計されている。いくつかの実施形態において、こうしたリン修飾は、−Ｏ−Ｌ−Ｒ１の構造を有し、ＬおよびＲ１のそれぞれは独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、オートリリース基は、モルホリノ基を含む。いくつかの実施形態において、オートリリース基は、ヌクレオチド間リンリンカーに薬剤を送達する能力によって特徴付けられており、その薬剤は、例えば、脱硫などのリン原子のさらなる修飾を促進するものである。いくつかの実施形態において、薬剤は水であり、加水分解によりさらに修飾されて、天然に存在するＤＮＡおよびＲＮＡに見られるホスフェートジエステルを形成する。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列（非限定的な例として、任意の表に開示された任意の配列など）を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と５０％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と６０％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と７０％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と８０％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と９０％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列と９５％を超える同一性を有する配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合はキラル結合リンである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Ｉ−ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個のヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個の結合リンはＲｐである。当業者に理解されることには、キラル制御されたオリゴヌクレオチドがＲＮＡ配列を含む特定の実施形態においては、各Ｔは独立して任意選択的にＵと置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンはＲｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１個の結合リンはＳｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンはＳｐである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはアルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合アルトマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはＰ−修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドは結合ユニマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはギャップマーである。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、該オリゴヌクレオチドはスキップマーである。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも１つのシトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意の配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、５−メチルシトシンで任意選択的に独立して置換されている。
種々の実施形態において、本明細書に開示される任意の配列は、本明細書に開示されているか、または当技術分野で既知の、骨格結合のパターン；骨格キラル中心のパターン；骨格Ｐ−修飾のパターン；塩基修飾のパターン；糖修飾のパターン；骨格結合のパターン；骨格キラル中心のパターン；および骨格Ｐ−修飾のパターンうちの１つまたは複数と組み合わされ得る。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、得られる薬学的性質が、リンでの１つまたは複数の特定の修飾によって改善されるように設計されている。特定のオリゴヌクレオチドがヌクレアーゼによって急速に分解され、細胞質細胞膜による乏しい細胞取り込みを示すことは、当技術分野で十分に実証されている（Ｐｏｉｊａｒｖｉ−Ｖｉｒｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（２００６），１３（２８）；３４４１−６５；Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｒｅｖ．（２０００），２０（６）：４１７−５１；Ｐｅｙｒｏｔｔｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｎｉ Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（２００４），４（４）：３９５−４０８；Ｇｏｓｓｅｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９６），４３（１）：１９６−２０８；Ｂｏｌｏｇｎａ ｅｔ ａｌ．，（２００２），Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １２：３３−４１）。例えば、Ｖｉｖｅｓら（ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９９），２７（２０）：４０７１−７６）は、ｔｅｒｔ−ブチルＳＡＴＥプロ−オリゴヌクレオチドが、親オリゴヌクレオチドと比較した場合に、細胞透過性の著しい上昇を示すことを発見した。
いくつかの実施形態において、結合リンにおける修飾は、下記の表１Ａに列挙するものを含むがこれらに限定されない、１つまたは複数のエステラーゼ、ヌクレアーゼ、および／またはシトクロムＰ４５０酵素によって、例えば、天然のＤＮＡおよびＲＮＡ内に存在するホスフェートジエステルに変わる能力によって特徴付けられている。
表１Ａ 酵素の例
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、リンにおける修飾により、プロドラッグとして機能することを特徴とするＰ−修飾部分が生じ、例えば、Ｐ−修飾部分は、オリゴヌクレオチドを所望の位置へ送達することを促した後、除去される。例えば、いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、結合リンでのペグ化から生じる。関連技術の当業者は、種々のＰＥＧ鎖の長さが有用であり、鎖の長さは、一つには、ペグ化により実現しようとする結果によって選択決定されることを理解するであろう。例えば、いくつかの実施形態において、ペグ化は、ＲＥＳ取り込みを減少させ、オリゴヌクレオチドのインビボでの循環寿命を延ばすために行う。
いくつかの実施形態において、本開示に従って使用するペグ化試薬の分子量は、約３００ｇ／ｍｏｌ〜約１００，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約３００ｇ／ｍｏｌ〜約１０，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約３００ｇ／ｍｏｌ〜約５，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約５００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約１０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約３０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化試薬の分子量は、約５０００ｇ／ｍｏｌである。
特定の実施形態において、ペグ化試薬はＰＥＧ５００である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はＰＥＧ１０００である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はＰＥＧ３０００である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はＰＥＧ５０００である。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、例えば、脂質、ＰＥＧ化脂質などのＰＫエンハンサーとして機能することを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、膜破壊脂質またはペプチドなどの、細胞侵入および／またはエンドソーム回避を促進する薬剤として機能することを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、標的薬剤として機能することを特徴とする。いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、標的薬剤であるか、または標的薬剤を含む。ここでの「標的薬剤」という語句は、本明細書で使用される場合、目的ペイロードと会合（例えば、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と会合）し、また目的の標的部位と相互作用する実体であり、したがって、目的のペイロードが、標的薬剤と会合していない場合の同様条件下で観察されるよりも、実質的により大きい程度で標的薬剤と会合する場合には、目的のペイロードは目的の標的薬剤を標的とすることになる。標的薬剤は、例えば、小分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物など種々の化学的部分のいずれかであってもよいか、または該化学的部分を含んでいてもよい。標的薬剤は、さらにＡｄａｒｓｈらの「Ｏｒｇａｎｅｌｌｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ − Ａ Ｒｅｖｉｅｗ」Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２０１１，ｐ．８９５に記載されている。
こうした標的薬剤の例には、以下に限定するものではないが、タンパク質（例えば、トランスフェリン）、オリゴペプチド（例えば、環式および非環式のＲＧＤ含有オリゴペプチド）、抗体（モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、例えば、ＩｇＧ抗体、ＩｇＡ抗体、ＩｇＭ抗体、ＩｇＤ抗体、ＩｇＥ抗体）、糖／炭水化物（例えば、単糖および／またはオリゴ糖（マンノース、マンノース−６−リン酸、ガラクトースなど））、ビタミン（例えば、葉酸）、または別の小生体分子が含まれる。いくつかの実施形態において、標的部分は、ステロイド分子である（例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸；コルチゾン；ジゴキシゲニン；テストステロン；コレステロール；コルチゾン環の３位での二重結合を介して結合しているトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなどのカチオン性ステロイドなど）。いくつかの実施形態において、標的部分は、脂溶性分子（例えば、脂環式炭化水素、飽和および不飽和の脂肪酸、ワックス、テルペン、およびエナメル質およびバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素）である。いくつかの実施形態において、脂溶性分子は、ビタミンＡ，レチノイン酸、レチナール、またはデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。いくつかの実施形態において、標的部分はペプチドである。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、式−−Ｘ−Ｌ−Ｒ１で示される標的薬剤であり、Ｘ、Ｌ、およびＲ１のそれぞれは、上記の式Ｉに定義の通りである。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、細胞の特異的送達を促すことを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、上記に記載カテゴリーの中の１つまたは複数に含まれることを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、ＰＫエンハンサーおよび標的リガンドとして機能する。いくつかの実施形態において、Ｐ−修飾部分は、プロドラッグおよびエンドソーム回避剤として機能する。関連技術の当業者であれば、そのような組み合わせが他にも数多く可能であり、本開示によって考慮されることを理解するであろう。
核酸塩基
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドに含まれる核酸塩基は、自然の核酸塩基であるか、または自然の核酸塩基に由来する修飾された核酸塩基である。例としては、以下に限定するものではないが、それぞれのアミノ基がアシル保護基により保護されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニンと、２−フルオロウラシルと、２−フルオロシトシンと、５−ブロモウラシルと、５−ヨードウラシルと、２，６−ジアミノプリンと、アザシトシンと、シュードイソシトシンやシュードウラシルなどのピリミジン類似体と、８−置換プリン、キサンチン、またはヒポキサンチンなど（最後の２つは、自然分解産物）の他の修飾された核酸塩基とが挙げられる。修飾された核酸塩基の例は、Ｃｈｉｕ ａｎｄ Ｒａｎａ，ＲＮＡ，２００３，９，１０３４−１０４８、Ｌｉｍｂａｃｈ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９４，２２，２１８３−２１９６、およびＲｅｖａｎｋａｒ ａｎｄ Ｒａｏ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｖｏｌ．７，３１３に開示されている。
以下の一般式で表される化合物もまた、修飾された核酸塩基として考慮される：
Figure 2019516680
 式中、Ｒ８は、脂肪族、アリール、アラルキル、アリールオキシルアルキル、カルボシクリル、１〜１５個の炭素原子を有するヘテロシクリル基またはヘテロアリール基から選択される、置換されていてもよい直鎖状または分岐状の基であり、単なる例にすぎないが、メチル基、イソプロピル基、フェニル基、ベンジル基、またはフェノキシメチル基を含み；Ｒ９およびＲ１０はそれぞれ独立して、直鎖状または分岐状の脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロシクリル、およびヘテロアリールから選択される置換されていてもよい基である。
修飾された核酸塩基には、例えばフェニル環などの１つまたは複数のアリール環が加えられた、拡張されたサイズの核酸塩基も含まれる。Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈカタログ（ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ）；Ｋｒｕｅｇｅｒ ＡＴ ｅｔ ａｌ，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００７，４０，１４１−１５０；Ｋｏｏｌ，ＥＴ，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００２，３５，９３６−９４３；Ｂｅｎｎｅｒ Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．，２００５，６，５５３−５４３；Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ，Ｆ．Ｅ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００３，７，７２３−７３３；Ｈｉｒａｏ，Ｉ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００６，１０，６２２−６２７に記載されている核塩基置換は、本明細書に記載の核酸の合成に有用であると考えられる。これらの拡張されたサイズの核酸塩基の一部の例は、下記の通りである：
Figure 2019516680
ここで、修飾された核酸塩基は、核酸塩基とは見なされないが、例えば、コリン誘導環またはポルフィリン誘導環といった（これらに限定されない）別の部分である構造も包含する。ポルフィリン誘導塩基置換については、Ｍｏｒａｌｅｓ−Ｒｏｊａｓ，Ｈ ａｎｄ Ｋｏｏｌ，ＥＴ，Ｏｒｇ．Ｌｅｔｔ．，２００２，４，４３７７−４３８０に記載されている。塩基置換として使用することができるポルフィリン誘導環の一例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、以下の構造のいずれか１つを含み、置換されていてもよい：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、蛍光性である。こうした蛍光性の修飾された核酸塩基の例には、以下に示すフェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン（ｉｓｏｚａｎｔｈｏｐｔｅｒｉｎ）、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン（ｔｅｔｈｅｒｅｄ ｓｔｉｌｌｂｅｎｅ）、ベンゾ−ウラシル、およびナフト−ウラシルが含まれる：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は非置換である。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は置換されている。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、または蛍光部分に結合した結合部分、ビオチンもしくはアビジン部分、または別のタンパク質もしくはペプチドを含むように置換される。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、最も従来的な意味では核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。こうしたユニバーサル塩基の代表的な一例は、３−ニトロピロールである。
いくつかの実施形態において、別のヌクレオシドもまた、本明細書に開示されるプロセスで使用することができ、修飾された核酸塩基か、または修飾された糖に共有結合している核酸塩基を組み込んだヌクレオシドを含む。修飾された核酸塩基を組み込むヌクレオシドのいくつかの例には、４−アセチルシチジン；５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウリジン；２’−Ｏ−メチルシチジン；５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン；ベータＤ−ガラクトシルキューオシン（ｂｅｔａ，Ｄ−ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）；２’−Ｏ−メチルグアノシン；Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；１−メチルアデノシン；１−メチルプソイドウリジン；１−メチルグアノシン；ｌ−メチルイノシン；２，２−ジメチルグアノシン；２−メチルアデノシン；２−メチルグアノシン；Ｎ７−メチルグアノシン；３−メチル−シチジン；５−メチルシチジン；５−ヒドロキシメチルシチジン；５−ホルミルシトシン；５−カルボキシルシトシン；Ｎ６−メチルアデノシン；７−メチルグアノシン；５−メチルアミノエチルウリジン；５−メトキシアミノメチル−２−チオウリジン；ベータＤ−マンノシルキューオシン（ｂｅｔａ，Ｄ−ｍａｎｎｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）；５−メトキシカルボニルメチルウリジン；５−メトキシウリジン；２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；Ｎ−（（９−ベータ，Ｄ−リボフラノシル−２−メチルチオプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン；Ｎ−（（９−ベータ，Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）−Ｎ−メチルカルバモイル）トレオニン；ウリジン−５−オキシ酢酸メチルエステル；ウリジン−５−オキシ酢酸（ｖ）；プソイドウリジン；キューオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）；２−チオシチジン；５−メチル−２−チオウリジン；２−チオウリジン；４−チオウリジン；５−メチルウリジン；２’−Ｏ−メチル−５−メチルウリジン；および２’−Ｏ−メチルウリジンが含まれる。
いくつかの実施形態において、ヌクレオシドは、６’位に（Ｒ）または（Ｓ）のいずれかのキラリティーを有する６’−修飾二環式ヌクレオシド類似体を含み、また米国特許第７，３９９，８４５号に記載される類似体を含む。別の実施形態において、ヌクレオシドは、５’位に（Ｒ）または（Ｓ）のいずれかのキラリティーを有する５’−修飾二環式ヌクレオシド類似体を含み、また米国特許出願公開第２００７０２８７８３１号に記載される類似体を含む。
いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、例えば、抗体、抗体フラグメント、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、またはキレート部分などの１つまたは複数の生体分子結合部分を含む。他の実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、または２，６−ジアミノプリンである。いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、蛍光部分または生体分子結合部分の置換により修飾される。いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基上の置換基は、蛍光部分である。いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基上の置換基は、ビオチンまたはアビジンである。
上述の修飾された核酸塩基ならびに他の修飾された核酸塩基のうちのいくつかの調製法を教示する代表的な米国特許として、以下に限定されないが、上述の米国特許第３，６８７，８０８号、ならびに米国特許第４，８４５，２０５号；同第５，１３０，３０号；同第５，１３４，０６６号；同第５，１７５，２７３号；同第５，３６７，０６６号；同第５，４３２，２７２号；同第５，４５７，１８７号；同第５，４５７，１９１号；同第５，４５９，２５５号；同第５，４８４，９０８号；同第５，５０２，１７７号；同第５，５２５，７１１号；同第５，５５２，５４０号；同第５，５８７，４６９号；同第５，５９４，１２１号、５，５９６，０９１号；同第５，６１４，６１７号；同第５，６８１，９４１号；同第５，７５０，６９２号；同第６，０１５，８８６号；同第６，１４７，２００号；同第６，１６６，１９７号；同第６，２２２，０２５号；同第６，２３５，８８７号；同第６，３８０，３６８号；同第６，５２８，６４０号；同第６，６３９，０６２号；同第６，６１７，４３８号；同第７，０４５，６１０号；同第７，４２７，６７２号；および同第７，４９５，０８８号が挙げられ、これらの特許文献の各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態において、塩基は置換されていてもよいＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵであり、ここで、１つまたは複数の−ＮＨ２は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）３と置き換えられており、１つまたは複数の−ＮＨ−は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）２−と置き換えられており、１つまたは複数の＝Ｎ−は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）−と置き換えられており、１つまたは複数の＝ＣＨ−は独立して任意選択的に＝Ｎ−と置き換えられており、１つまたは複数の＝Ｏは独立して任意選択的に、＝Ｓ、＝Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）、または＝Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）２と置き換えられており、ここで、２つ以上の−Ｌ−Ｒ１は、その間に挟まれた原子と任意選択的に一緒になって、０〜１０個のヘテロ原子環原子を有する３〜３０員の二環式環または多環式環を形成する。いくつかの実施形態において、修飾された塩基は置換されていてもよいＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵであり、ここで、１つまたは複数の−ＮＨ２は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）３と置き換えられており、１つまたは複数の−ＮＨ−は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）２−と置き換えられており、１つまたは複数の＝Ｎ−は独立して任意選択的に−Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）−と置き換えられており、１つまたは複数の＝ＣＨ−は独立して任意選択的に＝Ｎ−と置き換えられており、１つまたは複数の＝Ｏは独立して任意選択的に、＝Ｓ、＝Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）、または＝Ｃ（−Ｌ−Ｒ１）２と置き換えられており、ここで、２つ以上の−Ｌ−Ｒ１は、その間に挟まれた原子と任意選択的に一緒になって、０〜１０個のヘテロ原子環原子を有する３〜３０員の二環式環または多環式環を形成し、修飾された塩基は天然のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、およびＵとは異なっている。いくつかの実施形態において、塩基は置換されていてもよいＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵである。いくつかの実施形態において、修飾された塩基は置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵであり、ここで、修飾された塩基は天然のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、およびＵとは異なっている。
いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体は、以下のうちのいずれかに記載されている任意の修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体である：Ｇｒｙａｚｎｏｖ，Ｓ；Ｃｈｅｎ，Ｊ．−Ｋ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９４，１１６，３１４３；Ｈｅｎｄｒｉｘ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｅｕｒ．Ｊ．３：１１０；Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５；Ｊｅｐｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００４ Ｏｌｉｇｏ．１４：１３０−１４６；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３，５８，２９８３；Ｋｏｉｚｕｍｉ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３２６７−３２７３；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５４：３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．８：２２１９−２２２２；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．５： ５３０−５３１；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１３：２５３−２５６；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４，３３，２２６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００１ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｕｐｐ．１：２４１−２４２；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１２：７３−７６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２１１−２２２６；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．７３；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎｓ Ｔｒａｎｓｌ．１：３４２３−３４３３；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３８（５０）：８７３５−８；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３９：５４０１−５４０４；Ｐａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．４８：８１９５−８１９７；Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ ＴＲＥＮＤＳ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２１：７４−８１；Ｒａｊｗａｎｓｈｉ ｅｔ ａｌ．１９９９ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１３９５−１３９６；Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４： ２９６６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２００９ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５２：１０−１３；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３：８３０９−８３１８；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．７５：１５６９−１５８１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２：２９６−２９９；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ−Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．１，ｅ４７；Ｓｅｔｈ，Ｐｕｎｉｔ Ｐ；Ｓｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ａｎｄｒｅｗ；Ａｌｌｅｒｓｏｎ，Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒ；Ｖａｓｑｕｅｚ，Ｇｕｉｌｌｅｒｍｏ；Ｌｅｅ，Ｓａｍ；Ｐｒａｋａｓｈ，Ｔｈａｚｈａ Ｐ；Ｋｉｎｂｅｒｇｅｒ，Ｇａｒｔｈ；Ｍｉｇａｗａ，Ｍｉｃｈａｅｌ Ｔ；Ｇａｕｓ，Ｈａｎｓ；Ｂｈａｔ，Ｂａｌｋｒｉｓｈｅｎ；ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｍ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ（２００８），５２（１），５５３−５５４；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．１２４７−１２４８；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：１００３５−３９；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：６０７８−６０７９；Ｓｏｒｅｎｓｅｎ ２００３ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．２１３０−２１３１；Ｔｓ’ｏ ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９８８，５０７，２２０；Ｖａｎ Ａｅｒｓｃｈｏｔ ｅｔ ａｌ．１９９５ Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３４：１３３８；Ｖａｓｓｅｕｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９２，１１４，４００６；国際公開第２００７０９０００７１号；国際公開第２００７０９０００７１号；または国際公開第２０１６／０７９１８１号。
糖
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然の糖部分の他に１つまたは複数の修飾された糖を含む。
最も一般的な天然に存在するヌクレオチドは、核酸塩基であるアデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、およびチミン（Ｔ）またはウラシル（Ｕ）に結合したリボース糖で構成されている。また、ヌクレオチド内のホスフェート基または結合リンが糖または修飾された糖の様々な位置に結合可能である、修飾ヌクレオチドも考慮される。非制限的な例としては、ホスフェート基または結合リンは、糖または修飾された糖の２’、３’、４’または５’ヒドロキシル部分に結合可能である。本明細書中で記載される修飾された核酸塩基を組み込むヌクレオチドもまた、この文脈で考慮される。いくつかの実施形態において、保護されていない−ＯＨ部分を含む、ヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドを、本開示の方法により使用している。
他の修飾された糖もまた、提供されるオリゴヌクレオチド内に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、以下のうちの１つを含めた１つまたは複数の置換基を２’位に含む：−Ｆ；−ＣＦ３、−ＣＮ、−Ｎ３、−ＮＯ、−ＮＯ２、−ＯＲ’、−ＳＲ’、もしくは−Ｎ（Ｒ’）２（式中、Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）；−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｎ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）２；−Ｏ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、−Ｓ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、−ＮＨ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、もしくは−Ｎ（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）２；−Ｏ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、−Ｓ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、−ＮＨ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、もしくは−Ｎ（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）２；または、−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−ＮＨ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）２、−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｎ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）（式中、アルキル、アルキレン、アルケニル、およびアルキニルは置換されていても、置換されていなくてもよい）。置換基の例としては、以下に限定するものではないが、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３および−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２（式中、ｎは１〜約１０である）、ＭＯＥ、ＤＭＡＯＥ、ならびにＤＭＡＥＯＥが挙げられる。本明細書ではまた、国際公開第２００１／０８８１９８号、およびＭａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４に記載されている修飾された糖が考慮される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換シリル基、ＲＮＡ切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、核酸の薬物動態特性を改善するための基、核酸の薬力学的特性を改善するための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される１つ又は複数の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、３’−末端ヌクレオチドの糖の３’位又は５’−末端ヌクレオチド５’位を含む、糖又は修飾された糖の２’、３’、４’、５’、又は６’位の１つ又は複数において修飾が行われる。
いくつかの実施形態において、リボースの２’−ＯＨは、以下のうちの１つを含む置換基で置き換えられている：−Ｈ；−Ｆ；−ＣＦ３、−ＣＮ、−Ｎ３、−ＮＯ、−ＮＯ２、−ＯＲ’、−ＳＲ’、もしくは−Ｎ（Ｒ’）２（式中、Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）；−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｎ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）２；−Ｏ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、−Ｓ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、−ＮＨ−（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）、もしくは−Ｎ（Ｃ２−Ｃ１０アルケニル）２；−Ｏ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、−Ｓ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、−ＮＨ−（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）、もしくは−Ｎ（Ｃ２−Ｃ１０アルキニル）２；または、−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−ＮＨ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）２、−ＮＨ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）、もしくは−Ｎ（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）−（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）（式中、アルキル、アルキレン、アルケニル、およびアルキニルは置換されていても、置換されていなくてもよい）。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨは−Ｈ（デオキシリボース）で置き換えられている。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨは−Ｆで置き換えられている。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨは−ＯＲ’で置き換えられている。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨは−ＯＭｅで置き換えられている。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨは−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅで置き換えられている。
修飾された糖は、ロックド核酸（ＬＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、糖炭素原子上の２つの置換基が一緒になって二価部分を形成する。いくつかの実施形態では、２つの置換基は、２個の異なる糖炭素原子上にある。いくつかの実施形態では、形成された二価部分は、本明細書で定義される−Ｌ−の構造を有する。いくつかの実施形態では、−Ｌ−は−Ｏ−ＣＨ２−であり、−ＣＨ２−は置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、−Ｌ−は−Ｏ−ＣＨ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｌ−は−Ｏ−ＣＨ（Ｅｔ）−である。いくつかの実施形態では、−Ｌ−は糖部分のＣ２とＣ４との間にある。いくつかの実施形態では、ロックド核酸は、以下に示す構造を有する。ロックド核酸の構造を以下に示す。Ｂａは本明細書に記載の核酸塩基又は修飾された核酸塩基を表し、Ｒ２ｓは−ＯＣＨ２Ｃ４’−である。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．２０１０ Ｏｃｔｏｂｅｒ ２７；１３２（４２）：１４９４２−１４９５０に記載されているＥＮＡである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、ＸＮＡ（ゼノ核酸）、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、２’−フルオロアラビノース、またはシクロヘキセンに見られる糖のいずれかである。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣物、例えばシクロブチル又はシクロペンチル部分等を含む。このような修飾された糖の構造の調製を教示する代表的な米国特許は、米国特許第４，９８１，９５７号、５，１１８，８００号、５，３１９，０８０号、及び５，３５９，０４４号であるが、これらに限定されない。考慮されるいくつかの修飾された糖は、リボース環内の酸素原子が窒素、硫黄、セレン、又は炭素で置換される糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、リボース環内の酸素原子が窒素で置き換えられている修飾されたリボースであり、その窒素はアルキル基（例えば、メチル、エチル、イソプロピルなど）で置換されていてもよい。
修飾された糖の非限定的な例として、グリセロールが挙げられ、このグリセロールはグリセロール核酸（ＧＮＡ）類似体を形成する。ＧＮＡ類似体の一例は、以下に示されており、Ｚｈａｎｇ，Ｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０，５８４６−５８４７；Ｚｈａｎｇ Ｌ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００５，１２７，４１７４−４１７５、およびＴｓａｉ ＣＨ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００７，１４５９８−１４６０３（Ｘ＝Ｏ−）に記載されている：
Figure 2019516680
ＧＮＡ誘導類似体の別の例である、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールを基にした可撓性核酸（ＦＮＡ）は、Ｊｏｙｃｅ ＧＦ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，１９８７，８４，４３９８−４４０２ ａｎｄ Ｈｅｕｂｅｒｇｅｒ ＢＤ ａｎｄ Ｓｗｉｔｚｅｒ Ｃ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０，４１２−４１３に記載されており、以下に示されている：
Figure 2019516680
修飾された糖のさらなる非限定的な例は、ヘキソピラノシル（６’〜４’）、ペントピラノシル（４’〜２’）、ペントピラノシル（４’〜３’）、またはテトロフラノシル（３’〜２’）の糖が挙げられる。いくつかの実施形態において、ヘキソピラノシル（６’〜４’）糖は、次式のうちのいずれか１つの糖であり：
Figure 2019516680
 式中、Ｘｓは、本明細書中に記載のＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りである。
いくつかの実施形態において、ペントピラノシル（４’〜２’）糖は、次式のうちのいずれか１つの糖であり：
Figure 2019516680
 式中、Ｘｓは、本明細書中に記載のＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りである。
いくつかの実施形態において、ペントピラノシル（４’〜３’）糖は、次式のうちのいずれか１つの糖であり：
Figure 2019516680
 式中、Ｘｓは、本明細書中に記載のＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りである。
いくつかの実施形態において、テトロフラノシル（３’〜２’）糖は、次式のうちのいずれかの糖であり：
Figure 2019516680
 式中、Ｘｓは、本明細書中に記載のＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りである。
いくつかの実施形態において、修飾された糖は、次式のうちのいずれか１つの糖であり：
Figure 2019516680
 式中、Ｘｓは、本明細書中に記載のＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りである。
いくつかの実施形態では、糖部分の１つまたは複数のヒドロキシル基は、ハロゲン、Ｒ’−Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’、または−ＳＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）で任意選択的に独立して置き換えられている。
いくつかの実施形態において、糖の模倣物は以下に示される通りであり、Ｘｓは本明細書に記載されているＰ−修飾基「−ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは本明細書に定義する通りであり、Ｘ１は、−Ｓ−、−Ｓｅ−、−ＣＨ２−、−ＮＭｅ−、−ＮＥｔ−または−ＮｉＰｒ−から選択される。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における糖の、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上（例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上）（それらの値を含む）が、修飾されている。いくつかの実施形態において、プリン残基のみが修飾されている（例えば、プリン残基の、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上（例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上）が修飾されている）。いくつかの実施形態において、ピリミジン残基のみが修飾されている（例えば、ピリミジン残基の、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上（例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上）が修飾されている）。いくつかの実施形態において、プリン残基およびピリミジン残基の両方が修飾されている。
修飾された糖および糖の模倣物を当技術分野で既知の方法で調製することができ、該方法には、以下に限定されないが、Ａ．Ｅｓｃｈｅｎｍｏｓｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９９），２８４：２１１８；Ｍ．Ｂｏｈｒｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ（１９９２），７５：１４１６−１４７７；Ｍ．Ｅｇｌｉ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（２００６），１２８（３３）：１０８４７−５６；Ａ．Ｅｓｃｈｅｎｍｏｓｅｒ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ｇｎｏｓｉｓ ｔｏ Ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ，Ｃ．Ｃｈａｔｇｉｌｉａｌｏｇｌｕ ａｎｄ Ｖ．Ｓｎｉｅｋｕｓ，Ｅｄ．，（Ｋｌｕｗｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ，１９９６），ｐ．２９３；Ｋ．−Ｕ．Ｓｃｈｏｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０００），２９０：１３４７−１３５１；Ａ．Ｅｓｃｈｅｎｍｏｓｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ（１９９２），７５：２１８；Ｊ．Ｈｕｎｚｉｋｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ（１９９３），７６：２５９；Ｇ．Ｏｔｔｉｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ（１９９３），７６：２７０１；Ｋ．Ｇｒｏｅｂｋｅ ｅｔ ａｌ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ（１９９８），８１：３７５；およびＡ．Ｅｓｃｈｅｎｍｏｓｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９９），２８４：２１１８が含まれる。２’への修飾は、Ｖｅｒｍａ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９９８，６７，９９−１３４と、その中の全ての参考文献に見いだすことができる。リボースへの特定の修飾は、以下の参考文献に見いだすことができる：２’−フルオロ（Ｋａｗａｓａｋｉ ｅｔ．ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，１９９３，３６，８３１− ８４１）、２’−ＭＯＥ（Ｍａｒｔｉｎ，Ｐ．Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ １９９６，７９，１９３０−１９３８）、「ＬＮＡ」（Ｗｅｎｇｅｌ，Ｊ．Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．１９９９，３２，３０１−３１０）。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、ＰＣＴ国際公開第２０１２／０３０６８３号（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもののいずれかであり、本出願の図２６〜図３０に記載されている。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、以下のうちのいずれかに記載されている任意の修飾された糖である：Ｇｒｙａｚｎｏｖ，Ｓ；Ｃｈｅｎ，Ｊ．−Ｋ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９４，１１６，３１４３；Ｈｅｎｄｒｉｘ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｅｕｒ．Ｊ．３：１１０；Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５；Ｊｅｐｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００４ Ｏｌｉｇｏ．１４：１３０−１４６；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３，５８，２９８３；Ｋｏｉｚｕｍｉ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３２６７−３２７３；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５４：３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．８：２２１９−２２２２；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．５： ５３０−５３１；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１３：２５３−２５６；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４，３３，２２６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００１ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｕｐｐ．１：２４１−２４２；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１２：７３−７６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２１１−２２２６；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．７３；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎｓ Ｔｒａｎｓｌ．１：３４２３−３４３３；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３８（５０）：８７３５−８；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３９：５４０１−５４０４；Ｐａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．４８：８１９５−８１９７；Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ ＴＲＥＮＤＳ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２１：７４−８１；Ｒａｊｗａｎｓｈｉ ｅｔ ａｌ．１９９９ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１３９５−１３９６；Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４： ２９６６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２００９ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５２：１０−１３；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３：８３０９−８３１８；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．７５：１５６９−１５８１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２：２９６−２９９；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ−Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．１，ｅ４７；Ｓｅｔｈ，Ｐｕｎｉｔ Ｐ；Ｓｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ａｎｄｒｅｗ；Ａｌｌｅｒｓｏｎ，Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒ；Ｖａｓｑｕｅｚ，Ｇｕｉｌｌｅｒｍｏ；Ｌｅｅ，Ｓａｍ；Ｐｒａｋａｓｈ，Ｔｈａｚｈａ Ｐ；Ｋｉｎｂｅｒｇｅｒ，Ｇａｒｔｈ；Ｍｉｇａｗａ，Ｍｉｃｈａｅｌ Ｔ；Ｇａｕｓ，Ｈａｎｓ；Ｂｈａｔ，Ｂａｌｋｒｉｓｈｅｎ；ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｍ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ（２００８），５２（１），５５３−５５４；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．１２４７−１２４８；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：１００３５−３９；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：６０７８−６０７９；Ｓｏｒｅｎｓｅｎ ２００３ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．２１３０−２１３１；Ｔｓ’ｏ ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９８８，５０７，２２０；Ｖａｎ Ａｅｒｓｃｈｏｔ ｅｔ ａｌ．１９９５ Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３４：１３３８；Ｖａｓｓｅｕｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９２，１１４，４００６；国際公開第２００７０９０００７１号；国際公開第２００７０９０００７１号；または国際公開第２０１６／０７９１８１号。
いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいペントース部分またはヘキソース部分である。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいペントース部分である。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいヘキソース部分である。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいリボース部分またはヘキシトール部分である。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいリボース部分である。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、置換されていてもよいヘキシトール部分である。
いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチド間結合および／または糖の例は、以下から選択される：
Figure 2019516680
Figure 2019516680
Figure 2019516680
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態において、Ｒ１は、定義され、記載されたＲである。いくつかの実施形態において、Ｒ２はＲである。いくつかの実施形態において、ＲｅはＲである。いくつかの実施形態において、Ｒｅは、Ｈ、ＣＨ３、Ｂｎ、ＣＯＣＦ３、ベンゾイル、ベンジル、ピレン−１−イルカルボニル、ピレン−１−イルメチル、２−アミノエチルである。いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチド間結合および／または糖の例は、以下に記載されたものから選択される：Ｔｓ’ｏ ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９８８，５０７，２２０；Ｇｒｙａｚｎｏｖ，Ｓ．；Ｃｈｅｎ，Ｊ．−Ｋ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９４，１１６，３１４３；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４，３３，２２６；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３，５８，２９８３；Ｖａｓｓｅｕｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９２，１１４，４００６；Ｖａｎ Ａｅｒｓｃｈｏｔ ｅｔ ａｌ．１９９５ Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３４：１３３８；Ｈｅｎｄｒｉｘ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｅｕｒ．Ｊ．３：１１０；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５４：３６０７−３６３０；Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．７３；Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．１９９６ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：２９６６；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３８（５０）：８７３５−８；Ｏｂｉｋａ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３９：５４０１−５４０４；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．１２４７−１２４８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．８：２２１９−２２２２；Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１９９７ Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎｓ Ｔｒａｎｓｌ．１：３４２３−３４３３；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：６０７８−６０７９；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．７５：１５６９−１５８１；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．１９９８ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：１００３５−３９；Ｓｏｒｅｎｓｅｎ ２００３ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．２１３０−２１３１；Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ ＴＲＥＮＤＳ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２１：７４−８１；Ｒａｊｗａｎｓｈｉ ｅｔ ａｌ．１９９９ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１３９５−１３９６；Ｊｅｐｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００４ Ｏｌｉｇｏ．１４：１３０−１４６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００１ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｕｐｐ．１：２４１−２４２；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１２：７３−７６；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２１１−２２２６；Ｋｏｉｚｕｍｉ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３２６７−３２７３；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．５： ５３０−５３１；Ｌａｕｒｉｔｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１３：２５３−２５６；国際公開第２００７０９０００７１号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ（２００８），５２（１），５５３−５５４；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２００９ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５２：１０−１３；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ−Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．１，ｅ４７；Ｐａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍ．４８：８１９５−８１９７；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１０ Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３：８３０９−８３１８；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｂｉｏｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２：２９６−２９９；国際公開第２０１６／０７９１８１号；米国特許第６，３２６，１９９号；米国特許第６，０６６，５００号；および米国特許第６，４４０，７３９号、これらの文献の各々の塩基修飾および糖修飾は参照により本明細書に組み込まれる。
オリゴヌクレオチド
いくつかの実施形態において、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルの１つまたは複数の個々のオリゴヌクレオチドタイプを含んでおり、オリゴヌクレオチドタイプは、１）塩基配列；２）骨格結合のパターン；３）骨格キラル中心のパターン；４）骨格Ｐ−修飾のパターンによって定められる。いくつかの実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプは、１Ａ）塩基同一性；１Ｂ）塩基修飾のパターン；１Ｃ）糖修飾のパターン；２）骨格結合のパターン；３）骨格キラル中心のパターン、４）骨格Ｐ−修飾のパターンによって定められ得る。いくつかの実施形態において、同一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。
本明細書に記載される通り、本開示は種々のオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、例えば、様々な表に一覧にしたオリゴヌクレオチドなどの提供されるオリゴヌクレオチドの例に見られる配列と、約５０％超、６０％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超の同一性を共有する配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−９３７である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９０である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９１である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０８７である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−９３７である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１１である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９２である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２５９５である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２３７８である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２３８０である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１５１０である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１９である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１１である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１４９７である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０１である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０２である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１８である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０３である。いくつかの実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドの例に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−９３７に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１０８７に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１０９０に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１０９１に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６１１に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−９３７に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１０９１に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１０９２に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２５９５に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６０３に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２３７８に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２３８０に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１５１０に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６１９に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６１１に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−１４９７に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６０２に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６１８に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＷＶ−２６０１に見られる配列を含むか、または該配列からなるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１個または複数の天然のホスフェート結合と１個または複数の修飾ヌクレオチド間結合とをさらに含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上の天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上の連続している天然のホスフェート結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、６個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、７個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、８個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、９個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１０個以上の連続している修飾ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個は、組成物内に同一の配列および化学修飾を有するオリゴヌクレオチドが、修飾ヌクレオチド間結合のキラルリン原子で、ＲｐまたはＳｐのいずれかの同じ配置を共有するという点で、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、少なくとも２個の修飾ヌクレオチド間結合はキラル制御されている。いくつかの実施形態において、連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合はキラル制御されている。いくつかの実施形態において、連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の少なくとも２個の修飾ヌクレオチド間結合はキラル制御されている。いくつかの実施形態において、連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の各修飾ヌクレオチド間結合はキラル制御されている。いくつかの実施形態において、各修飾ヌクレオチド間結合はキラル制御されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、（Ｓｐ）ｘＲｐ（Ｓｐ）ｙパターン（式中、ｘおよびｙのそれぞれは独立して１〜２０であり、ｘとｙの合計は１〜５０である）を含む。いくつかの実施形態において、ｘおよびｙのそれぞれは独立して２〜２０である。いくつかの実施形態において、ｘおよびｙのうちの少なくとも１つは、５超、６超、７超、８超、９超、または１０超である。いくつかの実施形態において、ｘとｙの合計は、５超、６超、７超、８超、９超、１０超、１１超、１２超、１３超、１４超、１５超、１６超、１７超、１８超、１９超、または２０超である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、提供されるオリゴヌクレオチドの一例に示されるように１つまたは複数の化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、提供されるオリゴヌクレオチドの一例に示されるように１つまたは複数の塩基修飾を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、提供されるオリゴヌクレオチドの一例に示されるように１つまたは複数の糖修飾を含む。いくつかの実施形態において、糖修飾は２’−修飾である。いくつかの実施形態において、糖修飾はＬＮＡである。いくつかの実施形態において、糖修飾はＥＮＡである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＰ−修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＲｐ配置のステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＳｐ配置のステレオユニマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアルトマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＰ−修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはステレオアルトマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはブロックマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＰ−修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはステレオブロックマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはギャップマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはスキップマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはヘミマーである。いくつかの実施形態において、ヘミマーはオリゴヌクレオチドであって、５’−末端または３’−末端が、そのオリゴヌクレオチドの残りの部分にはない構造的特徴を持つ配列を有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’−末端または３’−末端は、２〜２０個のヌクレオチドを有するか、または該ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、構造的特徴は塩基修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は糖修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴はＰ−修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、キラルなヌクレオチド間結合の立体化学である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、塩基修飾、糖修飾、Ｐ−修飾、もしくはキラルなヌクレオチド間結合の立体化学、またはそれらの組み合わせであるか、あるいは、これらを含む。いくつかの実施形態において、ヘミマーは、５’−末端配列の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ヘミマーは、３’−末端配列の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’末端配列または３’末端配列の共通の糖修飾は、オリゴヌクレオチド内のその他の任意の糖部分によって共有されていない。いくつかの実施形態において、ヘミマーの一例は、一方の末端に、置換または非置換の２’−Ｏ−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β−Ｄ−リボヌクレオシドまたはβ−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド（例えば、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシド、およびＬＮＡ（商標）またはＥＮＡ（商標）二環式糖修飾ヌクレオシド）の配列を含み、他方の末端に、異なる糖部分を持つヌクレオシド（置換または非置換の２’−Ｏ−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、または天然のヌクレオシドなど）の配列を含むオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマー、およびスキップマーのうちの１つまたは複数の組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、およびスキップマーのうちの１つまたは複数の組み合わせである。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーおよびギャップマーの両方である。いくつかの実施形態において、提供されるヌクレオチドは、ギャップマーおよびスキップマーの両方である。数多くの別のパターンの組み合わせが可能であり、それらは、本開示の方法により提供されるオリゴヌクレオチドを合成するために必要な成分の商業的入手可能性、および／または合成可能性によってのみ限定されることが、化学分野および合成分野の当業者により認識されるであろう。いくつかの実施形態において、ヘミマー構造は、図２９により例示される通り、有利な利益をもたらす。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を５’−末端配列に含む５’−ヘミマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾された２’−糖部分を５’−末端配列に含む５’−ヘミマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいＬＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよい核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよい天然の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよい修飾核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の５−メチルシチジン；５−ヒドロキシメチルシチジン、５−ホルミルシトシン、または５−カルボキシルシトシンを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の５−メチルシチジンを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよい糖を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよい、天然に存在するＤＮＡおよびＲＮＡに見られる糖を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいリボースまたはデオキシリボースを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいリボースまたはデオキシリボースを含み、そのリボース部分またはデオキシリボース部分の１つまたは複数のヒドロキシル基が、ハロゲン、Ｒ’、−Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’、または−ＳＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）で任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が、ハロゲン、Ｒ’、−Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’、または−ＳＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が、ハロゲンで任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が、１つまたは複数の−Ｆ（ハロゲン）で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が−ＯＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである）で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が−ＯＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６脂肪族である）で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が−ＯＲ’（式中、各Ｒ’は独立して、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキルである）で任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が、−ＯＭｅで任意選択的に独立して置換されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の置換されていてもよいデオキシリボースを含み、そのデオキシリボースの２’位が、−Ｏ−メトキシエチルで任意選択的に独立して置換されている。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、部分的にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、完全にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、三本鎖オリゴヌクレオチド（例えば、三重鎖）である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キメラである。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ−ＲＮＡキメラ、ＤＮＡ−ＬＮＡキメラなどである。
いくつかの実施形態において、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載されたオリゴヌクレオチドを含む構造のいずれか１つは、本開示の方法に基づき修飾されて、そのキラル制御された変異体を提供することができる。例えば、いくつかの実施形態において、キラル制御された変異体は、任意の１つまたは複数の結合リンで立体化学的な修飾を含み、および／または任意の１つまたは複数の結合リンでＰ−修飾を含む。例えば、いくつかの実施形態において、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載のオリゴヌクレオチドの特定のヌクレオチド単位は、そのヌクレオチド単位の結合リンで立体化学的に修飾されるように、および／またはそのヌクレオチド単位の結合リンでＰ−修飾されるように予め選択される。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、図２６〜３０に示される構造のうちのいずれか１つのオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、図２６〜３０に示される構造のうちのいずれか１つの変異体（例えば、修飾されたバージョン）である。国際公開第２０１２／０３０６８３号の開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは治療薬である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアンチジーンオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはデコイオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＤＮＡワクチンの一部である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫調節性オリゴヌクレオチド、例えば、免疫賦活性オリゴヌクレオチドおよび免疫抑制性オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアジュバントである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアプタマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはリボザイムである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはデオキシリボザイム（ＤＮＡザイムまたはＤＮＡ酵素）である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはｓｉＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはマイクロＲＮＡまたはｍｉＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはｎｃＲＮＡ（非コードＲＮＡ）であり、それには、長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、およびＰｉｗｉ結合ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）などの小分子非コードＲＮＡが含まれる。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、構造的ＲＮＡ、例えば、ｔＲＮＡに対して相補的である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸類似体、例えば、ＧＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、ＴＮＡ、ＧＮＡ、ＡＮＡ、ＦＡＮＡ、ＣｅＮＡ、ＨＮＡ、ＵＮＡ、ＺＮＡ、またはモルホリノである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはＰ−修飾プロドラッグである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはプライマーである。いくつかの実施形態において、プライマーは、核酸を増幅させるために、ポリメラーゼ連鎖反応（すなわちＰＣＲ）で使用するためのものである。いくつかの実施形態において、プライマーは、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）およびリアルタイムＰＣＲといった、ＰＣＲの公知のバリエーションのいずれかに使用するためのものである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅ Ｈ活性化を調節する能力を有することを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態において、ＲＮａｓｅ Ｈ活性化は、立体制御されたホスホロチオエート核酸類似体の存在により調節され、天然のＤＮＡ／ＲＮＡは、Ｒｐ立体異性体と比べて同等か、または高い感受性があり、対応するＳｐ立体異性体よりも高い感受性がある。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、タンパク質の活性、またはタンパク質の発現抑制もしくは発現促進を、間接的もしくは直接的に増大もしくは低下させる能力を有することを特徴とする。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、細胞の増殖、ウイルス複製、および／または別の細胞シグナル伝達過程の制御において有用である点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約１８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約１６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約１４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約１２０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約１００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約９０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約７０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約５０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２９ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２８ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２７ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２６ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２４ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２３ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２２ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２１ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２〜約２０ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約１８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約１６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約１４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約１２０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約１００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約９０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約７０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約５０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２９ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２８ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２７ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２６ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２４ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２３ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２２ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２１ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４〜約２０ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約５〜約１０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０〜約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約１５〜約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも７のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも９のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１１のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１６のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１７のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１９のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８のヌクレオチド単位の長さの相補鎖である二本鎖である。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１のヌクレオチド単位の長さの相補鎖である二本鎖である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの５’−末端および／または３’−末端は修飾されている。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの５’−末端および／または３’−末端は末端キャップ部分で修飾されている。末端キャップ部分を含むこうした修飾の例は、本明細書中や技術分野で広範に記載されており、例えば、以下に限定されるものではないが、米国特許出願公開第２００９／００２３６７５Ａ１に記載されたものがある。
いくつかの実施形態において、１）共通の塩基配列および長さと、２）骨格結合の共通パターンと、３）骨格キラル中心の共通パターンとによって特徴付けられるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、同一の化学構造を有する。例えば、これらは、同じ塩基配列、ヌクレオシド修飾の同じパターン、骨格結合の同じパターン（すなわち、ヌクレオチド間結合タイプのパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心の同じパターン（すなわち、結合リン立体化学のパターン（Ｒｐ／Ｓｐ））、および骨格リン修飾の同じパターン（例えば、式Ｉの「−ＸＬＲ１」基のパターン）を有する。
オリゴヌクレオチドおよび組成物の例
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ミポメルセンの配列またはミポメルセンの配列の一部を含む。ミポメルセンは、以下の塩基配列ＧＣＣＴ／ＵＣＡＧＴ／ＵＣＴ／ＵＧＣＴ／ＵＴ／ＵＣＧＣＡＣＣを基にしている。いくつかの実施形態において、ヌクレオチドまたは結合のいずれかのうちの１つまたは複数が、本開示に従って修飾され得る。いくつかの実施形態において、本開示は、３’→５’ホスホロチオエート結合を備えた以下の配列：Ｇ＊−Ｃ＊−Ｃ＊−Ｕ＊−Ｃ＊−ｄＡ−ｄＧ−ｄＴ−ｄＣ−ｄＴ−ｄＧ−ｄｍＣ−ｄＴ−ｄＴ−ｄｍＣ−Ｇ＊−Ｃ＊−Ａ＊−Ｃ＊−Ｃ＊（ｄ＝２’−デオキシ、＊＝２’−Ｏ−（２−メトキシエチル））を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。修飾されたミポメルセン配列の例は、本出願を通じて記載され、限定するものではないが、表２に記載されるものを含む。
特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはミポメルセンユニマーである。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｒｐ配置のミポメルセンユニマーである。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置のミポメルセンユニマーである。
ミポメルセンの配列またはミポメルセンの配列の一部を含む例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチドを、以下の表２に記載する。
表２．オリゴヌクレオチドの例
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いくつかの実施形態において、本開示は、ハンチントン病を治療するのに有用であり、例えば、以下から選択される、オリゴヌクレオチドおよび／またはオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
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表Ｎ１〜表Ｎ４では、＊のみはステレオランダムなホスホロチオエート結合を表し；＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、全てのラベルが付いていない結合は天然のホスフェート結合であり、塩基の前のｍは２’−ＯＭｅを表し、ｄ２ＡＰは２−アミノプリンを表し、ｄＤＡＰは２，６−ジアミノプリンを表す。
いくつかの実施形態において、本開示は、ハンチントン病を治療するのに有用であり、例えば、以下から選択される、オリゴヌクレオチドおよび／またはオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
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表Ｎ１Ａ〜表Ｎ４Ａでは、＊のみはステレオランダムなホスホロチオエート結合を表し；＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、全てのラベルが付いていない結合は天然のホスフェート結合であり、塩基の前のｍは２’−ＯＭｅを表し、ｄ２ＡＰは２−アミノプリンを表し、ｄＤＡＰは２，６−ジアミノプリンを表す。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、および表Ｎ４Ａに列挙したオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０８７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３７８の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３８０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１５１０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１９の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１４９７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０２の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１８の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０３の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９２の組成物である。ＨＴＴ配列を含む本明細書に記載の各オリゴヌクレオチドはＨＴＴオリゴヌクレオチドを表し、このＨＴＴオリゴヌクレオチドは、本開示に従って設計、構築され、また様々なアッセイで、例えばインビトロアッセイで試験される。例えば、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８のいずれかに列挙されているか、または本明細書の他の場所に記載されている各ＨＴＴオリゴヌクレオチドを、本開示に従って設計、構築し、インビトロで試験した。特に、本明細書に記載のあらゆるＨＴＴオリゴヌクレオチドを、デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイで試験した。いくつかの実施形態において、デュアルルシフェラーゼアッセイにおいて特に効果的であることが明らかになったＨＴＴオリゴヌクレオチドを、さらにインビトロおよびインビボで試験した。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６１８；ＷＶ−２６０１；ＷＶ−１４９７；ＷＶ−１０８７；ＷＶ−１０９０；ＷＶ−１０９１；ＷＶ−９３７；ＷＶ−２６１１；ＷＶＥ１２０１０１；ＷＶ−２６０３；ＷＶ−２５９５；ＷＶ−１５１０；ＷＶ−２３７８；およびＷＶ−２３８０から選択され、その各々は、例えば、本開示によるデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおいてインビトロで示されるように、極めて効果的であることが明らかになった。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０９２；ＷＶ−１４９７；ＷＶ−１０８５；ＷＶ−１０８６；ＯＮＴ−９０５；およびＷＶ−２６２３から選択され、その各々は、例えば、本開示によるデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおいてインビトロで示されるように、極めて効果的であることが明らかになった。さらなる種々のＨＴＴオリゴヌクレオチドも特に効果的であることが示された。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０８７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９２の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１４９７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０８５の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０８６の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＯＮＴ−９０５の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６２３の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０３の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９２の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３７８の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３８０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１５１０の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１９の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１１の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１４９７の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０２の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１８の組成物である。いくつかの実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０１の組成物である。本開示は、複数の提供されたオリゴヌクレオチドを含むか、または該オリゴヌクレオチドからなる組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。いくつかの実施形態において、こうした提供されるオリゴヌクレオチドの全てが同じタイプのオリゴヌクレオチドであり、すなわち、全てが、同一の塩基配列、骨格結合パターン（すなわち、ヌクレオチド間結合タイプのパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心のパターン（すなわち、結合リン立体化学のパターン（Ｒｐ／Ｓｐ））、および骨格リン修飾のパターン（例えば、式Ｉの「−ＸＬＲ１」基のパターン）を有する。いくつかの実施形態において、同じのタイプのオリゴヌクレオチドは全て同一である。しかしながら、多くの実施形態では、提供される組成物は、通例、所定の相対量で、複数のオリゴヌクレオチドタイプを含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物は、表から選択される、所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、表Ｎ１〜表Ｎ４から選択される、所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１０８７を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１０９０を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１０９１を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−９３７を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６１１を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−９３７を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６０１を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１０９２を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２５９５を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６０３を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２３７８を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２３８０を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１５１０を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６１９を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６１１を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−１４９７を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６０２を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６１８を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＷＶ−２６０１を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＣｍＵｍＵｍＣ＊ＳｍＣを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルのない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳＣを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ｍＵｍＧｍＣｍＡ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊ｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ｍＧを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊は非キラル制御されたホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ｍＧｍＧｍＵｍＣ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊は非キラル制御されたホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ｍＣを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊は非キラル制御されたホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＧｍＧｍＧｍＡ＊ＳｍＧを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルのない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＵ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＵ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ＳｍＧｍＧｍＵｍＣ＊ＳＣ＊ＳＴ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊Ｓ ｍＡを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。いくつかの実施形態において、提供される組成物は、所定のレベルのｍＧ＊ＳｍＵｍＧｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳｍＧｍＡｍＧｍＧ＊Ｓ ｍＧを含み、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、遊離の５’−ＯＨと３’−ＯＨとを有し、塩基の前のｍは、塩基を含むヌクレオシド内の２’−ＯＭｅ修飾を表し、＊ＳはＳｐホスホロチオエート結合を表し、＊ＲはＲｐホスホロチオエート結合を表し、ラベルが付いていない結合は全て天然のホスフェート結合である。
いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表される提供されるオリゴヌクレオチドは、表Ｎ１〜表Ｎ４および表８から選択されるオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０８７である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９０である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９１である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−９３７である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１１である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−９３７である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１０９２である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１４９７である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−１５１０である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２３７８である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２３８０である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２５９５である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０１である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０２である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６０３である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１１である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６６６１８である。いくつかの実施形態において、式Ｏ−Ｉで表されるオリゴヌクレオチドはＷＶ−２６１９である。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル的に純粋なミポメルセン組成物である。すなわち、いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、結合リンの配置に関して単一のジアステレオマーとしてミポメルセンを備える。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル的に均一なミポメルセン組成物である。つまり、いくつかの実施形態において、ミポメルセンのあらゆる結合リンはＲｐ配置で存在するか、またはミポメルセンのあらゆる結合リンは、Ｓｐ配置で存在する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つまたは複数の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドの１つまたは複数のタイプうちの各々の選択および量が、その組成物の使用目的によって決まることは、化学分野および医薬分野の当業者により認識されるであろう。つまり、関連技術分野の当業者は、組成物中に含まれる提供されるオリゴヌクレオチドの量およびタイプにより、組成物が全体としてある望ましい特性（例えば、生物学的に好ましい特性、治療上好ましい特性など）を有するようになるように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計するであろう。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、３個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、４個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、５個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、６個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、７個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、８個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、９個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１０個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１５個以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｒｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量とＳｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量との組み合わせである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｒｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量と、Ｓｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量と、所望のジアステレオマー形態の１つまたは複数のキラル的に純粋なミポメルセンの一定量との組み合わせである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０５０４０７に記載されたタイプから選択され、この特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０５０４０７に記載されるタイプから選択されるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドおよび組成物を調製するため方法の例
本開示は、１つまたは複数の特定のヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御された組成物の作製方法を提供する。いくつかの実施形態において、「オリゴヌクレオチドタイプ」という語句は、本明細書で使用される場合、特定の塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および骨格リン修飾のパターン（例えば、「−ＸＬＲ１」基）を有するオリゴヌクレオチドを定義する。一般的に指定される「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および骨格リン修飾のパターンに関して互いに構造的に同一である。いくつかの実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。
いくつかの実施形態において、本開示で提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド混合物の性質とは異なる性質を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド混合物の脂溶性とは異なる脂溶性を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ＨＰＬＣにおいて異なる保持時間を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド混合物のピーク保持時間とは有意に異なるピーク保持時間を有する場合がある。一般的に技術分野で実施されるようにＨＰＬＣを用いてオリゴヌクレオチドを精製する間に、特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドが、全てではないにせよ大部分失われる。一般的に技術分野で実施されるようにＨＰＬＣを用いてオリゴヌクレオチドを精製する間に、特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドが、全てではないにせよ大部分失われる。その結果の１つとして、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド混合物（特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド）の特定のジアステレオマーは、アッセイで試験されていないということがある。別の結果として、バッチごとに、不可避な機器的および人為的エラーにより、「純粋」であると推定されるステレオランダムなオリゴヌクレオチドは、組成物中のジアステレオマーとそれらの相対量および絶対量とがバッチごとで異なるという点で、一致しない組成を含むことになる。本開示で提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はこうした問題点を克服するが、これは、キラル制御されたオリゴヌクレオチドが、単一のジアステレオマーとしてキラル制御された方法で合成され、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、所定のレベルの１つまたは複数の個々のオリゴヌクレオチドタイプを含むためである。
化学分野および合成分野の当業者であれば、本開示の合成方法が、提供されるオリゴヌクレオチドの合成の各ステップ間で、ある程度の制御を提供し、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチド単位が、結合リンにおける特定の立体化学、および／または結合リンにおける特定の修飾、および／または特定の塩基、および／または特定の糖を有するように、予め設計および／または選択可能であることを認識するであろう。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合の結合リンにおいて立体中心の特定の組み合わせを有するように予め設計および／または選択される。
いくつかの実施形態において、本開示の方法を用いて作製された、提供されるオリゴヌクレオチドは、結合リン修飾の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本開示の方法を用いて作製された、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本開示の方法を用いて作製された、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本開示の方法を用いて作製された、提供されるオリゴヌクレオチドは、上記の構造的特性のうちの１つまたは複数の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。
本開示の方法は、高度のキラル制御を示すものである。例えば、本開示の方法は、提供されるオリゴヌクレオチド内で１個１個の結合リンの立体化学的な配置を制御しやすくする。いくつかの実施形態において、本開示の方法は、独立して式Ｉの構造を有する、１つまたは複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、ミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示の方法は、Ｒｐ配置のミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本開示の方法は、Ｓｐ配置のミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、すなわち、所定のレベルの個々のオリゴヌクレオチドタイプを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つよりも多いオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプを含む。本開示により作製されたキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例が、本明細書に記載されている。
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、結合リンの配置に関してキラル的に純粋なミポメルセン組成物を提供する。つまり、いくつかの実施形態において、本開示の方法は、ミポメルセンが結合リンの配置に関して単一のジアステレオマーの形態で組成物に含まれる、ミポメルセンの組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、結合リンの配置に関して、キラル的に均一なミポメルセン組成物を提供する。つまり、いくつかの実施形態において、本開示の方法は、全てのヌクレオチド単位が、結合リンの配置に関して同じ立体化学を有する、例えば、全てのヌクレオチド単位が、結合リンにおいてＲｐ配置であるか、または全てのヌクレオチド単位が結合リンにおいてＳｐ配置である、ミポメルセンの組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、５０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約５５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約６０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約６５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約７０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約７５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約８０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約８５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９１％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９２％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９３％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９４％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９６％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９７％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９８％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．６％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．７％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．８％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．９％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも約９９％以上純粋である。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、単一のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。特定の実施形態において、こうした組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約５５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約６０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約６５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約７０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約７５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約８０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約８５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９１％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９２％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９３％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９４％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９６％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９７％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９８％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９．５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９．６％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９．７％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９．８％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、約９９．９％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、こうした組成物は、少なくとも約９９％ジアステレオマー的に純粋である。
特に、本開示は、オリゴヌクレオチドの立体選択的な（ステレオランダムでもラセミでもない）調製の課題を認めている。とりわけ、本開示は、複数の（例えば、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超、または１０個超の）ヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドの立体選択的な調製のための、特に複数の（例えば、５個超、６個超、７個超、８個超、９個超、または１０個超の）キラルなヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドのための方法および試薬を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな調製またはラセミの調製において、少なくとも１個のキラルなヌクレオチド間結合が、９０：１０未満、９５：５未満、９６：４未満、９７：３未満、または９８：２未満のジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９０：１０超、９５：５超、９６：４超、９７：３超、または９８：２超のジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９５：５を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９６：４を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９７：３を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９８：２を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的な調製またはキラル制御された調製のために、各キラルなヌクレオチド間結合が、９９：１を超えるジアステレオ選択性で形成される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内のキラルなヌクレオチド間結合のジアステレオ選択性は、モデル反応、例えば、実質的に同じかまたは同等の条件下での二量体の生成により測定されてもよく、その条件では、二量体がキラルなヌクレオチド間結合と同じヌクレオチド間結合を有し、二量体の５’−ヌクレオシドがキラルなヌクレオチド間結合の５’−末端へのヌクレオシドと同じであり、二量体の３’−ヌクレオシドがキラルなヌクレオチド間結合の３’−末端へのヌクレオシドと同じである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。いくつかの実施形態において、本開示の方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドのライブラリの生成を可能にし、１つまたは複数の任意のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプの予め選択した量を、１つまたは複数の任意の他のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプと混合して、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を作製できるようにする。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプの予め選択された量は、上記に記載のジアステレオマー純度のいずれか１つを有する組成である。
いくつかの実施形態において、本開示は、
（１）カップリングステップと；
（２）キャッピングステップと；
（３）修飾ステップと；
（４）デブロッキングステップと；
（５）所望の長さが実現されるまでの（１）〜（４）の繰り返しステップと、を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを作製する方法を提供する。
「サイクル」という語は、提供される方法を記載する場合、当業者に理解される通常の意味を有する。いくつかの実施形態において、ステップ（１）〜（４）の一巡を一サイクルと呼ぶ。
いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を作製する方法であって、
（ａ）第１のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一定量を供給するステップと、
（ｂ）１つまたは複数のさらなるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一定量を任意選択的に供給するステップとを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態において、第１のキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載されるオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態において、１つまたは複数のさらなるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載される１つまたは複数のオリゴヌクレオチドタイプである。
関連する化学分野および合成分野の当業者は、本開示の方法を用いて合成する場合、提供されるオリゴヌクレオチドの構造的変形および立体化学的配置についての自由度と制御性を理解するであろう。例えば、第１のサイクル完了後、後続サイクルのために個々に選択されたヌクレオチド単位を使用して後続サイクルを行うことができ、該ヌクレオチド単位には、いくつかの実施形態では、第１サイクルの核酸塩基および／または糖とは異なる核酸塩基および／または糖が含まれる。同様に、後続サイクルのカップリングステップで用いられるキラル補助基は、第１サイクルで用いられるキラル補助基とは異なる場合があり、その結果、第２サイクルでは、異なった立体化学的な配置のリン結合が生じることになる。いくつかの実施形態において、新たに形成されたヌクレオチド間結合における結合リンの立体化学は、立体化学的に純粋なホスホラミダイトを使用して制御される。さらに、後続サイクルの修飾ステップで使用される修飾剤は、第１サイクルまたは前のサイクルで使用された修飾剤とは異なっていてもよい。この反復的な構築アプローチの累積効果として、提供されるオリゴヌクレオチドの各成分が、構造的および配置的に高度に目的に合うことができるようになる。本アプローチのさらなる利点は、キャッピングステップが、「ｎ−１」不純物の形成を最小限にすることであり、キャッピングステップがない場合には、提供されるオリゴヌクレオチドの単離、特に長さが長いオリゴヌクレオチドの単離が極めて難しくなるであろう。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを作製する方法のサイクルの例を、本開示に記載のスキームの例に示している。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを作製する方法のサイクルの例を、スキームＩに示している。いくつかの実施形態において、
Figure 2019516680
 は固体支持体を表し、その固体支持体に結合した、伸長しているキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一部を任意選択的に表す。例示的なキラル補助基は、式３−Ｉの構造を有し：
Figure 2019516680
 さらなる詳細を以下に記載している。「キャップ」は、キャッピングステップで窒素原子に導入される任意の化学部分であり、いくつかの実施形態においては、アミノ保護基である。第１サイクルでは、開始時に固体支持体に結合したヌクレオシドが１つのみである場合があり、任意選択的に、サイクルを終了してからデブロッキングしてもよいことを、当業者は理解するであろう。当業者により理解される通り、ＢＰＲＯは、オリゴヌクレオチド合成で使用される保護塩基である。スキームＩの上記に示したサイクルの各ステップを、さらに以下に記載する。
スキームＩキラル制御されたオリゴヌクレオチドの合成。
Figure 2019516680
 固体支持体上での合成
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの合成は固相上で行われる。いくつかの実施形態において、固体支持体上にある反応基は保護されている。いくつかの実施形態において、固体支持体上にある反応基は保護されていない。オリゴヌクレオチド合成の間、固体支持体を、数回の合成サイクルにおいて種々の試薬で処理して、個々のヌクレオチド単位で伸長するオリゴヌクレオチド鎖の段階的伸長を実現する。固体支持体に直接結合している、鎖の末端におけるヌクレオシド単位を、本明細書で使用する場合「第１ヌクレオシド」と呼ぶ。第１ヌクレオシドは、リンカー部分、つまりジラジカルを介して、ＣＰＧ、ポリマー、または別の固体支持体のいずれかとヌクレオシドとの間の共有結合により固体支持体に結合されている。リンカーは、オリゴヌクレオチド鎖を構築するために行われる合成サイクルの間インタクトなままであり、鎖の構築後に切り離されて、支持体からオリゴヌクレオチドを遊離させる。
固相核酸合成用の固体支持体として、例えば、米国特許第４，６５９，７７４号、同第５，１４１，８１３号、同第４，４５８，０６６号；Ｃａｒｕｔｈｅｒｓの米国特許第４，４１５，７３２、同第４，４５８，０６６号、同第４，５００，７０７号、同第４，６６８，７７７号、同第４，９７３，６７９号、および同第５，１３２，４１８号；Ａｎｄｒｕｓらの米国特許第５，０４７，５２４号、同第５，２６２，５３０号；ならびにＫｏｓｔｅｒの米国特許第４，７２５，６７７号（ＲＥ３４，０６９として再発行）に記載の支持体が挙げられる。いくつかの実施形態において、固相は有機ポリマー支持体である。いくつかの実施形態において、固相は無機ポリマー支持体である。いくつかの実施形態において、有機ポリマー支持体は、ポリスチレン、アミノメチルポリスチレン、ポリエチレングリコール−ポリスチレングラフト共重合体、ポリアクリルアミド、ポリメタクリレート、ポリビニルアルコール、高度に架橋したポリマー（ＨＣＰ）、または別の合成ポリマー、セルロースおよびデンプンなど炭水化物もしくは別の高分子炭水化物、または別の有機ポリマーおよび任意の共重合体、上記の無機材料もしくは有機材料の複合材料もしくは組み合わせである。いくつかの実施形態において、無機ポリマー支持体は、シリカ、アルミナ、シリカゲル支持体またはアミノプロピルＣＰＧなどの制御ポリグラス（ＣＰＧ）である。別の有用な固体支持体には、フルオラス固体支持体が含まれる（例えば、国際公開第２００５／０７０８５９号を参照）、長鎖アルキルアミン（ＬＣＡＡ）制御多孔性ガラス（ＣＰＧ）固体支持体（例えば、Ｓ．Ｐ．Ａｄａｍｓ，Ｋ．Ｓ．Ｋａｖｋａ，Ｅ．Ｊ．Ｗｙｋｅｓ，Ｓ．Ｂ．Ｈｏｌｄｅｒ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｇａｌｌｕｐｐｉ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１９８３，１０５，６６１−６６３；Ｇ．Ｒ．Ｇｏｕｇｈ，Ｍ．Ｊ．Ｂｒｕｄｅｎ ａｎｄ Ｐ．Ｔ．Ｇｉｌｈａｍ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９８１，２２，４１７７−４１８０を参照）。膜支持体およびポリマー膜（例えば、Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，ｃｈ ２１ ｐｐ １５７−１６２，１９９４，Ｅｄ．Ｒｏｇｅｒ Ｅｐｔｏｎおよび米国特許第４，９２３，９０１号を参照）もまた、核酸の合成に有用である。膜は、一旦形成されると、化学的に官能化されて、核酸合成において使用することができる。膜への官能基の結合に加えて、いくつかの実施形態では、膜に結合したリンカーまたはスペーサ基も、膜と合成鎖との間の立体障害を最小化するために用いられる。
別の好ましい固体支持体には、固相方法での使用に好適である、当技術分野で一般的に知られた支持体が含まれ、例えば、ＰｒｉｍｅｒＴＭ２００サポートとして販売されるガラス、制御多孔性ガラス（ＣＰＧ）、オキサリル−制御多孔性ガラス（例えば、Ａｌｕｌ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９１，１９，１５２７を参照）、ＴｅｎｔａＧｅｌサポート−アミノポリエチレングリコール誘導支持体（例えば、Ｗｒｉｇｈｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９３，３４，３３７３を参照）、およびポリスチレン／ジビニルベンゼンのＰｏｒｏｓ−共重合体が挙げられる。
表面が活性化されたポリマーは、種々の固体支持体媒体上に、天然および修飾された核酸やタンパク質を合成するのに用いられてきた。固体支持体材料は、好適には、多孔度が均一で、十分なアミン含有量を有し、かつ完全性を失うことなく付随の任意の操作に耐えるのに十分な可撓性を有する、任意のポリマーであってもよい。好適な選択される材料の例としては、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエステル、ポリテトラフルオロエチレン、ポリスチレン、ポリカーボネート、およびニトロセルロースが挙げられる。別の材料が、研究者の設計に応じて、固体支持体として機能し得る。一部の設計を考慮して、例えば、コーティングされた金属、特に金または白金が選択され得る（例えば、米国特許出願公開第２００１００５５７６１号を参照）。オリゴヌクレオチド合成の一実施形態において、例えば、ヌクレオシドは、ヒドロキシルまたはアミノ残基を用いて官能化された固体支持体に固定される。あるいは、固体支持体は誘導体化されて、トリメトキシトリチル基（ＴＭＴ）などの、酸に不安定なトリアルコキシトリチル基を提供する。理論に拘束されるものではないが、トリアルコキシトリチル保護基があることで、ＤＮＡ合成装置で一般的に使用される条件下で、脱トリチル化が開始できると考えられる。アンモニア水溶液中でオリゴヌクレオチド材料をさらに高速に切り離すために、ジグリコートリンカー（ｄｉｇｌｙｃｏａｔｅ ｌｉｎｋｅｒ）を支持体上に導入してもよい。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５’から３’方向に合成される。いくつかの実施形態において、核酸は、伸長する核酸の５′末端を介して、すなわち５′−ヌクレオシドホスホラミダイトを用いるか、または酵素反応（例えば、ヌクレオシド５′−三リン酸を用いたライゲーションおよび重合など）によって、固体支持体に結合され、したがってその３′基を反応に供する。５’から３’への合成を考慮する場合、本開示の反復ステップに変更はない（つまり、キラルリンにおけるキャッピングおよび修飾を行う）。
結合部分
固体支持体を遊離求核部分を含む化合物に結合させるために、結合部分またはリンカーを任意選択的に用いる。好適なリンカーとして知られているのは、固相合成技術において、固体支持体を初期ヌクレオシド分子の官能基（例えば、ヒドロキシル基）に結合させるように機能する短分子などである。いくつかの実施形態において、結合部分は、スクシンアミド酸リンカー、またはコハク酸リンカー（−ＣＯ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＣＯ−）、またはオキサリルリンカー（−ＣＯ−ＣＯ−）である。いくつかの実施形態において、結合部分およびヌクレオシドはエステル結合を介して合わせて結合される。いくつかの実施形態において、結合部分およびヌクレオシドはアミド結合を介して合わせて結合される。いくつかの実施形態において、結合部分はヌクレオシドを別のヌクレオチドまたは核酸に結合する。好適なリンカーは、例えば、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ Ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｅｋｓｔｅｉｎ，Ｆ．Ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．，１９９１，Ｃｈａｐｔｅｒ １ ａｎｄ Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ Ｓｕｐｐｏｒｔｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｐｏｎ，Ｒ．Ｔ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍ．，２０００，３．１．１−３．１．２８に開示されている。
リンカー部分は、遊離求核部分を含む化合物を、別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸に結合するために使用される。いくつかの実施形態において、結合部分はホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態において、結合部分はＨ−ホスホネート部分である。いくつかの実施形態において、結合部分は、本明細書中に記載される修飾されたリン結合である。いくつかの実施形態において、ユニバーサルリンカー（ユニリンカー（ＵｎｙＬｉｎｋｅｒ））を使用して、固体支持体にオリゴヌクレオチドを結合させる（Ｒａｖｉｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｐｒｏｃｅｓｓ Ｒｅｓ．Ｄｅｖ．，２００８，１２（３），３９９−４１０）。いくつかの実施形態において、他のユニバーサルリンカーが使用される（Ｐｏｎ，Ｒ．Ｔ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍ．，２０００，３．１．１−３．１．２８）。いくつかの実施形態において、種々の直交リンカー（例えば、ジスルフィドリンカー）が使用される（Ｐｏｎ，Ｒ．Ｔ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍ．，２０００，３．１．１−３．１．２８）。
特に、本開示は、リンカーが、オリゴヌクレオチド合成において用いられる一連の反応条件に適合するように選択または設計され得ることを認めている。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの分解を回避しかつ脱硫を回避するために、脱保護の前に補助基が選択的に除去される。いくつかの実施形態において、ＤＰＳＥ基は、Ｆ−イオンにより選択的に除去することができる。いくつかの実施形態において、本開示は、ＤＰＳＥ脱保護条件下（例えば、ＭｅＣＮ中の０．１Ｍ ＴＢＡＦ、ＴＨＦまたはＭｅＣＮ中の０．５Ｍ ＨＦ−Ｅｔ３Ｎなど）で安定であるリンカーを提供する。いくつかの実施形態において、提供されるリンカーはＳＰリンカーである。いくつかの実施形態において、本開示が明らかにするのは、ＳＰリンカーが、ＤＰＳＥ脱保護条件下（例えば、ＭｅＣＮ中の０．１Ｍ ＴＢＡＦ、ＴＨＦまたはＭｅＣＮ中の０．５Ｍ ＨＦ−Ｅｔ３Ｎなど）で安定であり；例えばＭｅＣＮ中のｏｍ１Ｍ ＤＢＵなどの無水塩基性条件化でも安定であることである。
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態において、リンカーの例は以下である：
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態において、スクシニルリンカー、Ｑ−リンカー、またはオキサリルリンカーは、Ｆ−を用いる１つまたは複数のＤＰＳＥ脱保護条件に対して安定ではない。
一般的な条件−合成用の溶媒
提供されるオリゴヌクレオチドの合成は、一般的に非プロトン性有機溶媒中で行われる。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、アセトニトリルなどのニトリル溶媒である。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、ピリジンなどの塩基性アミン溶媒である。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、テトラヒドロフランなどのエーテル溶媒である。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、ジクロロメタンなどのハロゲン化炭化水素である。いくつかの実施形態において、溶媒の混合物を使用する。特定の実施形態において、溶媒は、上記に記載の分類の溶媒のうちの任意の１つまたは複数の混合物である。
いくつかの実施形態において、非プロトン性有機溶媒が塩基性ではない場合、塩基が、反応ステップに含まれる。塩基が含まれるいくつかの実施形態において、塩基は、例えば、ピリジン、キノリン、またはＮ，Ｎ−ジメチルアニリンなどのアミン塩基である。他のアミン塩基の例として、ピロリジン、ピペリジン、Ｎ−メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、またはＮ，Ｎ−ジメチルアニリンが挙げられる。
いくつかの実施形態において、塩基はアミン塩基以外である。
いくつかの実施形態において、非プロトン性有機溶媒は無水である。いくつかの実施形態において、無水非プロトン性有機溶媒は新たに蒸留されている。いくつかの実施形態において、新たに蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、ピリジンなどの塩基性アミン溶媒である。いくつかの実施形態において、新たに蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、テトラヒドロフランなどのエーテル溶媒である。いくつかの実施形態において、新たに蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、アセトニトリルなどのニトリル溶媒である。
キラル試薬／キラル補助基
いくつかの実施形態において、キラル試薬を使用して、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの生成において立体選択性を与える。当業者によってまた本明細書においてキラル補助基とも称される様々なキラル試薬を、本開示の方法に従って使用してもよい。こうしたキラル試薬の例は、本明細書に記載され、ならびに上記に言及したＷａｄａ Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩに記載されている。特定の実施形態では、キラル試薬はＷａｄａ Ｉにより記述されている通りである。いくつかの実施形態において、本開示の方法に従って使用するためのキラル試薬は、以下の式３−Ｉの試薬である：
Figure 2019516680
 式中、Ｗ１およびＷ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＧ５−のいずれかであり、Ｕ１およびＵ３は、単結合か、二重結合か、または三重結合を介して、Ｕ２が存在する場合にはＵ２と結合する炭素原子、またはｒが０の場合には相互に結合する炭素原子である。Ｕ２は、−Ｃ−、−ＣＧ８−、−ＣＧ８Ｇ８−、−ＮＧ８−、−Ｎ−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり、ｒは０〜５の整数であり、２個を超えるヘテロ原子が隣接することはない。Ｕ２のいずれか１つがＣである場合、三重結合が、Ｃである別のＵ２の間で、またはＵ１もしくはＵ３のうちの１つに対して形成されなければならない。同様に、Ｕ２のいずれか１つがＣＧ８である場合、二重結合が、−ＣＧ８−もしくは−Ｎ−である別のＵ２の間で、または、Ｕ１もしくはＵ３のうちの１つに対して形成される。
いくつかの実施形態において、−Ｕ１（Ｇ３Ｇ４）−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３（Ｇ１Ｇ２）−は、−ＣＧ３Ｇ４−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３＝ＣＧ１−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−Ｃ≡Ｃ−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３＝ＣＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３Ｇ４−Ｏ−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３Ｇ４−ＮＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３Ｇ４−Ｎ−ＣＧ２−である。いくつかの実施形態において、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は、−ＣＧ３Ｇ４−Ｎ＝ＣＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。
本明細書に定義されるように、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、Ｇ５、およびＧ８は独立して水素であるか、もしくは、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基であるか；またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つが、Ｇ６である（一緒になって、置換されていてもよい、飽和、部分的に不飽和、もしくは不飽和の、単環式もしく多環式、および縮合もしくは非縮合である、最大約２０個の環原子の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成する）。いくつかの実施形態において、このように形成された環は、オキソ部分、チオキソ部分、アルキル部分、アルケニル部分、アルキニル部分、ヘテロアリール部分、またはアリール部分で置換されている。いくつかの実施形態において、２個のＧ６が一緒になることによって形成された環が置換される場合、それは、反応中に立体選択性を与えるのに十分かさ高い部分により置換される。
いくつかの実施形態において、２個のＧ６が一緒になることによって形成された環は、置換されていてもよい、シクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、またはピペラジニルである。いくつかの実施形態において、２個のＧ６が一緒になることによって形成された環は、置換されていてもよい、シクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、ピロリジニル、またはピペラジニルである。
いくつかの実施形態では、Ｇ１は置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｇ１はフェニルである。いくつかの実施形態において、Ｇ２はメチルまたは水素である。いくつかの実施形態において、Ｇ１は置換されていてもよいフェニルであり、Ｇ２はメチルである。いくつかの実施形態において、Ｇ１はフェニルであり、Ｇ２はメチルである。
いくつかの実施形態では、ｒは０である。
いくつかの実施形態において、Ｗ１は−ＮＧ５−である。いくつかの実施形態において、Ｇ３およびＧ４のいずれか１つは、Ｇ５と一緒になって置換されていてもよいピロリジニル環を形成する。いくつかの実施形態において、Ｇ３およびＧ４のうちの１つはＧ５と一緒になって、ピロリジニル環を形成する。
いくつかの実施形態では、Ｗ２は−Ｏ−である。
いくつかの実施形態において、キラル試薬は、式３−ＡＡの化合物である：
Figure 2019516680
 式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
式３ＡＡのいくつかの実施形態において、Ｗ１およびＷ２は独立して−ＮＧ５−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり；Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は独立して水素であるか、もしくは、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、もしくはアリールから選択される置換されていてもよい基であるか；またはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの２つがＧ６であり（一緒になって、置換されていてもよい、飽和、部分的に不飽和、もしくは不飽和の、単環式もしくは多環式、縮合もしくは非縮合である、最大約２０個の環原子の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成しており）、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のうちの４つ以下がＧ６である。式３−Ｉの化合物と同様に、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、またはＧ５のいずれかが、オキソ部分、チオキソ部分、アルキル部分、アルケニル部分、アルキニル部分、ヘテロアリール部分、またはアリール部分により置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、こうした置換は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの生成において立体選択性を生じさせる。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。
いくつかの実施形態において、Ｗ１は−ＮＧ５であり、Ｗ２はＯであり、Ｇ１およびＧ３の各々は独立して水素であるか、またはＣ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基であり、Ｇ２は−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、置換されていてもよい、飽和、部分的に不飽和、もしくは不飽和の、単環式もしくは多環式、縮合もしくは非縮合である、最大約２０個の環原子のヘテロ原子含有環を形成する。いくつかの実施形態において、各Ｒは独立して、水素であるか、または、Ｃ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。いくつかの実施形態において、Ｇ２は、−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３である（式中、−Ｃ（Ｒ）２−は、置換されていてもよい−ＣＨ２−であり、−Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは独立して、Ｃ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基である）。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは独立して、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは独立して、置換されていてもよいフェニルであり、他の２つのＲのそれぞれは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルであり、他の２つのＲのそれぞれは独立して、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、置換されていてもよい−ＣＨ２Ｓｉ（Ｐｈ）（Ｍｅ）２である。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、置換されていてもよい−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。いくつかの実施形態において、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、（Ｇ５が結合した）１個の窒素原子を含む置換されていてもよい飽和５〜６員環を形成する。いくつかの実施形態において、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、１個の窒素原子を含む置換されていてもよい飽和５員環を形成する。いくつかの実施形態では、Ｇ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｇ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｇ１とＧ３の両方が水素である。
いくつかの実施形態において、キラル試薬は、次式のうちの１つを有する：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、キラル試薬はアミノアルコールである。いくつかの実施形態において、キラル試薬はアミノチオールである。いくつかの実施形態において、キラル試薬はアミノフェノールである。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、（Ｓ）−および（Ｒ）−２−メチルアミノ−１−フェニルエタノール、（１Ｒ，２Ｓ）−エフェドリン、または（１Ｒ，２Ｓ）−２−メチルアミノ−１，２−ジフェニルエタノールである。
本開示のいくつかの実施形態において、キラル試薬は、以下の式のうちの１つの化合物である：
Figure 2019516680
本明細書に示す通り、キラルなヌクレオチド間結合の調製に使用する場合、立体選択性を得るために、一般に立体化学的に純粋なキラル試薬が利用される。特に、本開示は、記載されている構造を有する試薬を含む、立体化学的に純粋なキラル試薬を提供する。
キラル試薬、例えば、式Ｑまたはその立体異性体や、式Ｒによって表される異性体を選択することで、結合リンでのキラリティーの特異的な制御が可能になる。したがって、Ｒｐ配置またはＳｐ配置のいずれかを各合成サイクルにおいて選択することが可能であり、これにより、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの３次元構造全体を制御することが可能になる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全Ｒｐ立体中心を有する。本開示のいくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全Ｓｐ立体中心を有する。本開示のいくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド内の各結合リンは独立して、ＲｐまたはＳｐである。本開示のいくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの結合リンはそれぞれ独立してＲｐまたはＳｐであり、少なくとも１つはＲｐであり、少なくとも１つはＳｐである。いくつかの実施形態において、ＲｐおよびＳｐの中心は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドに対して特定の３次元超構造を与えるように選択される。こうした選択の例は、本明細書にさらに詳しく記述されている。
いくつかの実施形態において、本開示に従って使用するキラル試薬は、上述のサイクルの特定のステップで除去される能力により選択される。例えば、いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップの間に、キラル試薬を取り除くことが望ましい。いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップの前に、キラル試薬を取り除くことが望ましい。いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップの後に、キラル試薬を取り除くことが望ましい。いくつかの実施形態において、第２のカップリングの最中に、伸長するオリゴヌクレオチド上にキラル試薬が存在しないように、第１のカップリングステップを行った後であるが、第２カップリングステップを行う前にキラル試薬を取り除くことが望ましい（またさらにそれに続くカップリングステップについても同様である）。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、結合リンの修飾後であるが次に続くサイクルが始まる前に行われる「デブロッキング」反応中に除去される。除去のための方法および試薬の例が、本明細書に記載されている。
いくつかの実施形態において、スキームＩに記載される修飾および／またはデブロッキングステップを行う場合に、キラル補助基が除去される。修飾およびデブロッキングなどの他の変換と一緒にキラル補助基の除去を組み合わせることが有益となり得る。ステップ／変換を省略することにより、例えば特に、さらに長いオリゴヌクレオチドに対する収率および産物の純度に関して、合成の全体効率が高まる場合があることを当業者は理解するであろう。修飾および／またはデブロッキング中にキラル補助基が除去される一例が、スキームＩに記載されている。
いくつかの実施形態において、本開示の方法に従って使用するためのキラル試薬は、特定の条件下で除去可能であることを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態において、キラル試薬は、酸性条件下で除去される能力により選択される。特定の実施形態において、キラル試薬は、弱酸性条件下で除去される能力により選択される。特定の実施形態では、キラル試薬は、Ｅ１脱離反応によって除去される能力により選択される（例えば、酸性条件下でキラル試薬にカチオン中間体が生成して、キラル試薬がオリゴヌクレオチドから切断されることによって除去が生じる）。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、Ｅ１脱離反応に適応するかまたはそれを促進することが可能であるとして認識される構造を有することを特徴とする。どの構造がこうした脱離反応を起こす傾向があるとみなされるかを、関連技術分野の当業者は理解するであろう。
いくつかの実施形態において、キラル試薬は、求核剤を用いて除去される能力により選択される。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、アミン求核剤を用いて除去される能力により選択される。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の求核剤を用いて除去される能力により選択される。
いくつかの実施形態において、キラル試薬は、塩基を用いて除去される能力により選択される。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、アミンを用いて除去される能力により選択される。いくつかの実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の塩基を用いて除去される能力により選択される。
さらなるキラル補助基およびそれらの使用は、例えば、Ｗａｄａ Ｉ（日本特許第４３４８０７７号；国際公開第２００５／０１４６０９号；国際公開第２００５／０９２９０９号）、Ｗａｄａ ＩＩ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）、Ｗａｄａ ＩＩＩ（国際公開第２０１２／０３９４４８号）、Ｃｈｉｒａｌ Ｃｏｎｔｒｏｌ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）などに記載されている。
活性化
アキラルなＨ−ホスホネート部分を第１の活性化剤で処理して、第１の中間体を形成する。一実施形態では、第１の活性化剤を縮合ステップの間に反応混合物に加える。第１の活性化剤の使用は、反応に用いる溶媒などの反応条件次第である。第１の活性化剤の例としては、ホスゲン、クロロギ酸トリクロロメチル、ビス（トリクロロメチル）カーボネート（ＢＴＣ）、塩化オキサリル、Ｐｈ３ＰＣｌ２、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、１，３−ジメチル−２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、または３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）がある。
アキラルなＨ−ホスホネート部分の例としては、上記スキームに示されている化合物がある。ＤＢＵは１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エンを表す。Ｈ＋ＤＢＵは、例えば、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、ヘテロ芳香族イミニウムイオン、または複素環式イミニウムイオンであってもよく、そのいずれもが第１級、第２級、第３級、もしくは第４級であるか、または一価の金属イオンである。
キラル試薬との反応
第１の活性化ステップの後、活性化したアキラルなＨ−ホスホネート部分は、式（Ｚ−Ｉ）または式（Ｚ−Ｉ’）で表されるキラル試薬と反応して、式（Ｚ−Ｖａ）、式（Ｚ−Ｖｂ）、式（Ｚ−Ｖａ’）、または（Ｚ−Ｖｂ’）のキラル中間体を形成する。
立体特異的縮合ステップ
式Ｚ−Ｖａ（（Ｚ−Ｖｂ）、（Ｚ−Ｖａ’）、または（Ｚ−Ｖｂ’））のキラル中間体を第２の活性化試薬とヌクレオシドとで処理して縮合中間体を形成する。ヌクレオシドは固体支持体上にあってもよい。第２の活性化試薬の例としては、４，５−ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、４，５−ジクロロイミダゾール、１−フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンジミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、ベンゾトリアゾール（ｂｅｎｚｔｒｉａｚｏｌｅ）、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、５−エチルチオテトラゾール（ＥＴＴ）、５−ベンジルチオテトラゾール（ＢＴＴ）、５−（４−ニトロフェニル）テトラゾール、Ｎ−シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）、Ｎ−シアノメチルピペリジニウムトリフレート、Ｎ−シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートがある。式Ｚ−Ｖａ（（Ｚ−Ｖｂ）、（Ｚ−Ｖａ’）、または（Ｚ−Ｖｂ’））のキラル中間体はモノマーとして単離され得る。通常、Ｚ−Ｖａ（（Ｚ−Ｖｂ）、（Ｚ−Ｖａ’）、または（Ｚ−Ｖｂ’））のキラル中間体は単離されず、同じ容器の中でヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドと反応し、キラルホスファイト化合物、すなわち縮合中間体が得られる。他の実施形態では、本方法を固相合成によって実施する場合、化合物を含む固体支持体は濾過されて、副産物、不純物、および／または試薬を取り除く。
キャッピングステップ
最終的な核酸が二量体より大きい場合、未反応の−ＯＨ部分をブロック基でキャッピングし、化合物中のキラル補助基もまたブロック基でキャッピングして、キャッピングされた縮合中間体を形成してもよい。最終的な核酸が二量体である場合、キャッピングステップは必要ではない。
修飾ステップ
化合物は、求電子剤との反応によって修飾される。キャップされた縮合中間体に修飾ステップを行ってもよい。いくつかの実施形態では、修飾ステップを、硫黄求電子剤、セレン求電子剤、またはホウ素化剤を用いて実施する。修飾ステップの例としては、酸化および硫化のステップがある。
本方法のいくつかの実施形態では、硫黄求電子剤は、次の式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓ８（式Ｚ−Ｂ）、Ｚｚ１−Ｓ−Ｓ−Ｚｚ２、またはＺｚ１−Ｓ−Ｖｚ−Ｚｚ２；
式中、Ｚｚ１およびＺｚ２は独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであるか、または、Ｚｚ１およびＺｚ２は一緒になって３〜８員環の脂環式環または複素環を形成し、これらは置換されていても置換されていなくてもよく；Ｖｚは、ＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；Ｒｆは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
本方法のいくつかの実施形態では、硫黄求電子剤は次の式Ｚ−Ａ、式Ｚ−Ｂ、式Ｚ−Ｃ、式Ｚ−Ｄ、式Ｚ−Ｅ、または式Ｚ−Ｆの化合物である：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、硫化試薬は３−フェニル−１，２，４−ジチアゾリン−５−オンである。
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は、次の式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓｅ（式Ｚ−Ｇ）、Ｚｚ３−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚｚ４、またはＺｚ３−Ｓｅ−Ｖｚ−Ｚｚ４；
式中、Ｚｚ３およびＺｚ４は独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであるか、または、Ｚｚ３およびＺｚ４は一緒になって３〜８員環の脂環式環または複素環を形成し、これらは置換されていても置換されていなくてもよく；ＶｚはＳＯ２、Ｓ、Ｏ、またはＮＲｆであり；Ｒｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は式Ｚ−Ｇ、式Ｚ−Ｈ、式Ｚ−Ｉ、式Ｚ−Ｊ、式Ｚ−Ｋ、または式Ｚ−Ｌの化合物である。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、ホウ素化剤は、ボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３ ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３ Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３ ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３ Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフィイラン（ｔｅｔｒａｈｙｄｒｏｆｉｉｒａｎｅ）（ＢＨ３ ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３ Ｍｅ２Ｓ）である。
いくつかの実施形態において、修飾ステップの後、キラル補助基は伸長しているオリゴヌクレオチド鎖から脱落する。いくつかの実施形態では、修飾ステップの後に、キラル補助基がヌクレオチド間リン原子に接続したままになる。
本方法のいくつかの実施形態では、修飾ステップは酸化ステップである。本方法のいくつかの実施形態では、修飾ステップは、本出願において上記に記載した条件と同様の条件を用いた酸化ステップである。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、例えば特開２０１０−２６５３０４Ａ号および国際公開第２０１０／０６４１４６号に開示される通りである。
鎖伸長サイクルおよび脱保護ステップ
キャップされた縮合中間体をデブロッキングすることで、伸長している核酸鎖の５’−末端でブロック基を除去して、化合物を得る。化合物は、鎖伸長サイクルに再度入って、縮合中間体、キャップ済縮合中間体、修飾されたキャップ済縮合中間体、および５’−脱保護され修飾されたキャップ済中間体を形成してもよい。鎖伸長サイクルを少なくとも１周した後、５’−脱保護され修飾されたキャップ済中間体を、キラル補助基リガンドおよび他の保護基（例えば核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、および修飾された糖の保護基用）を除去することによってさらにデブロッキングして、核酸を得る。他の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、本明細書に記載されている前出の鎖伸長サイクル由来の中間体である。さらに別の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、別の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。固体支持体を用いる実施形態では、続いて、リン原子修飾核酸を固体支持体から切断する。特定の実施形態では、核酸を、精製目的のために固体支持体に結合したままとし、次いで、精製後に固体支持体から切断する。
さらに別の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、別の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。さらに別の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、本出願に記載されている別の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。なおも別の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、スキームＩに示す１つまたは複数のサイクルを含む別の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。なおも別の実施形態では、５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、スキームＩ−ｂ、Ｉ−ｃ、またはＩ−ｄに例示する１つまたは複数のサイクルを含む別の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。
いくつかの実施形態では、本開示は、出発材料として、安定でありかつ市販されている材料を用いるオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、アキラルな出発材料を用いた立体制御されたリン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を生成するためのオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、脱保護ステップで分解を引き起こさない。さらに本方法は、リン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を生成するために、特別なキャッピング剤を必要としない。
縮合試薬
本開示の方法に基づく有用な縮合試薬（ＣＲ）は、次の一般式のうちのいずれか１つの試薬である：
Figure 2019516680
 式中、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、およびＺ９は独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシから選択される置換されていてもよい基であるか、Ｚ２とＺ３、Ｚ５とＺ６、Ｚ７とＺ８、Ｚ８とＺ９、Ｚ９とＺ７、またはＺ７とＺ８とＺ９が一緒になって、３〜２０員の脂環式環または複素環を形成し、Ｑ−は対アニオンであり、ＬＧは脱離基である。
いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンは、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４ −、ＰＦ６ −、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６ −、ＣｌＯ４ −、またはＳｂＦ６ −であり、式中ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの脱離基はＦ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである。
本開示の方法に従って用いられる縮合試薬の例としては、ペンタフルオロベンゾイルクロリド、カルボニルジイミダゾール（ＣＤＩ）、１−メシチレンスルフォニル−３−ニトロトリアゾール（ＭＳＮＴ）、１−エチル−３−（３’−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミドヒドロクロリド（ＥＤＣＩ−ＨＣｌ）、ベンゾトリアゾール−１−イルオキシトリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢＯＰ）、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、２−（１Ｈ−７−アザベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、およびＯ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ）、ＤＩＰＣＤＩ；Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸ブロミド（ＢｏｐＢｒ）、１，３−ジメチル−２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢｒＯＰ）；Ｏ−（ベンゾトリアゾール−１−イル）−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート（ＴＢＴＵ）；ならびにテトラメチルフルオロホルムアミジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＴＦＦＨ）が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンは、Ｃｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４ −、ＰＦ６ −、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６ −、ＣｌＯ４ −、またはＳｂＦ６ −であり、式中ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。
いくつかの実施形態では、縮合試薬は、１−（２，４，６−トリイソプロピルベンゼンスルホニル）−５−（ピリジン−２−イル）テトラゾリド、ピバロイルクロリド、ブロモトリスピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、または２−クロロ−５，５−ジメチル−２−オキソ−１，３，２−ジオキサホスフィナンである。ある実施形態では、縮合試薬はＮ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）である。いくつかの実施形態では、縮合試薬は国際公開第２００６／０６６２６０号に記載の試薬から選択される。
いくつかの実施形態では、縮合試薬は１、３−ジメチル−２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、または３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）である：
Figure 2019516680
 ヌクレオシドカップリングパートナーの塩基および糖の選択
本明細書に記載される通り、本開示の方法に従って使用するためのヌクレオシドカップリングパートナーは、互いに同じでもよく、互いに異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成において用いられるヌクレオチドカップリングパートナーは、互いに同じ構造および／または立体化学的配置のものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成において用いられる各ヌクレオシドカップリングパートナーは、該オリゴヌクレオチドの特定の他のヌクレオシドカップリングパートナーと同じ構造および／または同じ立体化学的配置のものではない。本開示の方法に従って使用するための核酸塩基および糖の例は、本明細書に記載されている。関連する化学・合成技術分野の当業者は、本明細書に記載の核酸塩基および糖のどのような組み合わせも、本開示の方法による用途向けに考慮されることを認識するであろう。
カップリングステップ
本開示に従って使用するカップリング手順ならびにキラル試薬および縮合試薬の例は、特に、Ｗａｄａ Ｉ（日本特許第４３４８０７７号；国際公開第２００５／０１４６０９号；国際公開第２００５／０９２９０９号）、Ｗａｄａ ＩＩ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）、Ｗａｄａ ＩＩＩ（国際公開第２０１２／０３９４４８号）、およびＣｈｉｒａｌ Ｃｏｎｔｒｏｌ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）に概説されている。本開示に従って使用するキラルなヌクレオシドカップリングパートナーは、本明細書において「Ｗａｄａアミダイト」とも呼ぶ。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2019516680
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基である。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2019516680
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基である。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2019516680
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基であり、Ｒ１は本明細書に定義され、記述される通りである。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2019516680
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基であり、Ｒ１は本明細書に定義され、記述される通りである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１−６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はＭｅである。
カップリングパートナーとしてのキラルなホスホラミダイトの例を以下に示す：
Figure 2019516680
Figure 2019516680
さらなる例が、Ｃｈｉｒａｌ Ｃｏｎｔｒｏｌ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）に記載されている。
カップリングパートナーを合成するために用いる方法のうちの１つを下のスキームＩＩに示す。
スキームＩＩ カップリングパートナー合成の例。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、カップリングステップは、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の遊離ヒドロキシル基をヌクレオシドカップリングパートナーと適切な条件下で反応させて、カップリングをもたらすことを含む。いくつかの実施形態では、カップリングステップに先立ち、デブロッキングステップを行う。例えば、いくつかの実施形態では、伸長しているオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシル基はブロックされており（すなわち、保護されており）、続いてヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるためにデブロッキングされなければならない。
伸長しているオリゴヌクレオチドの適切なヒドロキシル基をデブロッキングした後、キラル試薬を含む溶液と活性化剤を含む溶液とを送り込むための準備として、支持体を洗浄し、乾燥する。いくつかの実施形態では、キラル試薬と活性化剤とを同時に送り込む。いくつかの実施形態では、同時の送り込みは、溶液（例えば、ホスホラミダイト溶液）中のキラル試薬の一定量と、溶液（例えば、ＣＭＰＴ溶液）中の活性化剤の一定量とを、ニトリル溶媒（例えば、アセトニトリル）などの極性非プロトン性溶媒で送り込むことを含む。
いくつかの実施形態では、カップリングステップは、キラルホスファイト産物が９５％超のジアステレオマー過剰率で存在する粗製産物の組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラルホスファイト産物が９６％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラルホスファイト産物が９７％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラルホスファイト産物が９８％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラルホスファイト産物が９９％超のジアステレオマー過剰率で存在する。
キャッピングステップ：
キラル制御されたオリゴヌクレオチドを作製するための提供される方法は、キャッピングのステップを含む。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは単一のステップである。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは２つのステップである。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは２つよりも多くのステップである。
いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは、キラル補助基の遊離アミンをキャッピングするステップと、任意の残留未反応５’ヒドロキシル基をキャッピングするステップとを含む。いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンと未反応５’ヒドロキシル基とは、同じキャッピング基でキャッピングされる。いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンと未反応５’ヒドロキシル基とは、異なるキャッピング基でキャッピングされる。特定の実施形態では、異なるキャッピング基でのキャッピングは、オリゴヌクレオチドの合成の間、１つのキャッピング基を他のキャッピング基よりも選択的に除去することを可能とする。いくつかの実施形態では、両方の基のキャッピングは同時に起こる。いくつかの実施形態では、両方の基のキャッピングは繰り返し起こる。
特定の実施形態では、キャッピングは繰り返し起こり、遊離アミンをキャッピングする第１ステップと、その後遊離５’ヒドロキシル基をキャッピングする第２ステップとを含み、遊離アミンと５’ヒドロキシル基の両方は同じキャッピング基でキャッピングされる。例えば、いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンを、無水物（例えばフェノキシ酢酸無水物、すなわちＰａｃ２Ｏ）を用いてキャッピングしてから、同じ無水物を用いて５’ヒドロキシル基をキャッピングする。特定の実施形態では、同じ無水物による５’ヒドロキシル基のキャッピングは異なる条件下（例えば、１つまたは複数の追加試薬の存在下）で行われる。いくつかの実施形態では、５’ヒドロキシル基のキャッピングは、エーテル性溶媒中のアミン塩基（例えば、ＴＨＦ中のＮＭＩ（Ｎ−メチルイミダゾール））の存在下で行われる。「キャッピング基」という語句は本明細書では、「保護基」および「ブロック基」という語句と互換的に用いられる。
いくつかの実施形態では、アミンキャッピング基は、中間体ホスファイト種の転位および／または分解を防ぐようにアミンを効果的にキャッピングすることを特徴とする。いくつかの実施形態では、キャッピング基は、ヌクレオチド間結合リンの分子内切断を防ぐことを目的とした、キラル補助基のアミンを保護する能力により選択される。
いくつかの実施形態では、５’ヒドロキシル基キャッピング基は、「ショートマー（ｓｈｏｒｔｍｅｒ）」例えば、「ｎ−ｍ」（ｍおよびｎは整数であり、ｍ＜ｎであり；ｎは標的オリゴヌクレオチドにおける塩基の数である）不純物という、第１サイクルで反応せずに次の１つまたは複数のサイクルで反応するオリゴヌクレオチド鎖の反応から生じる不純物の発生を防ぐように、ヒドロキシル基を効果的にキャッピングすることを特徴とする。かかるショートマー、特に「ｎ−１」の存在は、粗オリゴヌクレオチドの純度に有害な影響を及ぼし、オリゴヌクレオチドの最終的な精製を、時間がかかり概して低収率なものとする。
いくつかの実施形態では、特定のキャップは、特定の条件下で特定のタイプの反応を容易にする傾向に基づいて選択される。例えば、いくつかの実施形態では、キャッピング基はＥ１脱離反応を容易にする能力により選択されるが、この反応は、伸長しているオリゴヌクレオチドからキャップおよび／または補助基を切断するものである。いくつかの実施形態では、キャッピング基はＥ２脱離反応を容易にする能力により選択されるが、この反応は、伸長しているオリゴヌクレオチドからキャップおよび／または補助基を切断するものである。いくつかの実施形態では、キャッピング基はβ−脱離反応を容易にする能力により選択されるが、この反応は、伸長しているオリゴヌクレオチドからキャップおよび／または補助基を切断するものである。
修飾ステップ：
本明細書で使用される場合、「修飾ステップ（ｍｏｄｉｆｙｉｎｇ ｓｔｅｐ）」、「修飾ステップ（ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｓｔｅｐ）」、および「Ｐ−修飾ステップ」という語句は互換的に用いられ、修飾ヌクレオチド間結合を導入するように用いられる任意の１つまたは複数のステップを一般的に表す。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は式Ｉの構造を有する。本開示のＰ−修飾ステップは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築が完了した後ではなく、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の間に行われる。したがって、提供されるオリゴヌクレオチドの各ヌクレオチド単位は、ヌクレオチド単位が導入されるサイクルの間に、結合リンで個別に修飾され得る。
いくつかの実施形態では、適切なＰ−修飾試薬は硫黄求電子剤、セレン求電子剤、酸素求電子剤、ホウ素化試薬、またはアジド試薬である。
例えば、いくつかの実施形態では、セレン試薬は元素セレン、セレニウム塩、または置換ジセレニドである。いくつかの実施形態では、酸素求電子剤は元素酸素、ペルオキシド、または置換ペルオキシドである。いくつかの実施形態では、ホウ素化試薬は、ボラン−アミン（例えば、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ））、ボラン−エーテル試薬（例えば、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ））、ボラン−ジアルキルスルフィド試薬（例えば、ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）、アニリン−シアノボラン、またはトリフェニルホスフィン−カルボアルコキシボランである。いくつかの実施形態では、アジド試薬は、後に続く還元を経てアミン基を提供することができるアジド基を含む。
いくつかの実施形態では、Ｐ−修飾試薬は本明細書に記載の硫化試薬である。いくつかの実施形態では、修飾のステップは、リンを硫化してホスホロチオエート結合またはホスホロチオエートトリエステル結合を提供することを含む。いくつかの実施形態では、修飾のステップは式Ｉのヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、硫化試薬と、該試薬の作製方法と、該試薬の使用とを提供する。
いくつかの実施形態では、かかる硫化試薬はチオスルホン酸試薬である。いくつかの実施形態では、チオスルホン酸試薬は式Ｓ−Ｉの構造を有し：
Figure 2019516680
 式中、
Ｒｓ１はＲであり；
Ｒ、Ｌ、およびＲ１はそれぞれ独立して、上記および本明細書に定義され記載される通りである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はビス（チオスルホン酸）試薬である。いくつかの実施形態では、ビス（チオスルホン酸）試薬は式Ｓ−ＩＩの構造を有し：
Figure 2019516680
 式中、Ｒｓ１およびＬはそれぞれ独立して、上記および本明細書に定義され記載される通りである。
概して上記に定義される通り、Ｒｓ１はＲであり、Ｒは上記および本明細書に定義され記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよい脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、またはヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はシアノメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はニトロメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ−ニトロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ−メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ−クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｏ−クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は２，４，６−トリクロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はペンタフルオロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されていてもよいヘテロアリールである。
いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ＭＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ＴＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ＮＯ２ＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ｐ−ＣｌＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ｏ−ＣｌＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （２，４，６−ＴｒｉＣｌＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ＰＦＰｈｅＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＣＮＭＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＮＯ２ＭＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＣＦ３ＭＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＣＦ３ＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＣＨＦ２ＴＳ）である。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１−Ｓ（Ｏ）２Ｓ−は
Figure 2019516680
 （ａ−ＣＨ２ＦＴＳ）である。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｌは−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−である。いくつかの実施形態では、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキレンであり、１つまたは複数のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンにより任意選択的に独立して置き換えられている。いくつかの実施形態において、ＲＬ３は、置換されていてもよい、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルケニレン）−、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、−Ｓ−ＣＯ−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−、または−Ｓ−ＣＯ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−アリーレン−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−である。いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｌは−Ｓ−ＲＬ３−または−Ｓ−Ｃ（Ｏ）−ＲＬ３−であり、硫黄原子はＲ１に結合している。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｌはアルキレン、アルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｌは、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
であり、その硫黄原子はＲ１に結合している。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 2019516680
 であり、その硫黄原子はＬに結合している。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｌは、
Figure 2019516680
 であり、その硫黄原子はＲ１に結合しており；Ｒ１は、
Figure 2019516680
 であり、その硫黄原子はＬに結合している。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ−ＩまたはＳ−ＩＩの構造を有し、Ｒ１は−Ｓ−ＲＬ２であり、ＲＬ２は上記および本明細書に定義され記載される通りである。いくつかの実施形態では、ＲＬ２は−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−ヘテロシクリル、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルケニレン）−ヘテロシクリル、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−Ｎ（Ｒ’）３から選択される置換されていてもよい基であり、各Ｒ’は上に定義され本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−ＲＬ３−Ｓ−Ｓ−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、−Ｌ−Ｒ１は−ＲＬ３−Ｃ（Ｏ）−Ｓ−Ｓ−ＲＬ２であり、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。
式Ｓ−ＩＩのビス（チオスルホン酸）試薬の例を以下に示す：
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、硫化試薬は次の式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓ８、Ｒｓ２−Ｓ−Ｓ−Ｒｓ３、またはＲｓ２−Ｓ−Ｘｓ−Ｒｓ３、
式中、
Ｒｓ２およびＲｓ３のそれぞれは独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、またはチオカルボニルから選択される置換されていてもよい基であるか；または
Ｒｓ２およびＲｓ３はそれらが結合している原子と共に一緒になって、置換されていてもよい複素環またはヘテロアリール環を形成し；
Ｘｓは−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｏ−、または−Ｎ（Ｒ’）−であり；
Ｒ’は、上記および本明細書に定義され記載される通りである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬は、Ｓ８、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ８、
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、硫化試薬は
Figure 2019516680
 である。
硫黄試薬の例を以下の表５に示している。
表５．硫化試薬の例
Figure 2019516680
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、提供される硫化試薬を用いてＨ−ホスホネートを修飾する。例えば、いくつかの実施形態では、Ｈ−ホスホネートオリゴヌクレオチドは、例えば、Ｗａｄａ ＩまたはＷａｄａ ＩＩの方法を用いて合成され、式Ｓ−Ｉまたは式Ｓ−ＩＩの硫化試薬を用いて修飾される：
Figure 2019516680
 式中、ＲＳ１、Ｌ、およびＲ１のそれぞれは、上記および本明細書に記載され定義される通りである。
いくつかの実施形態では、本開示は、ホスホロチオエートトリエステルを合成するプロセスであって、
ｉ）以下の構造：
Figure 2019516680
 （式中、Ｗ、Ｙ、およびＺのそれぞれは上記および本明細書に記載され定義される通りである）のＨ−ホスホネートをシリル化試薬と反応させて、シリルオキシホスホネートを提供するステップと、
ｉｉ）シリルオキシホスホネートを構造Ｓ−Ｉまたは構造Ｓ−ＩＩ：
Figure 2019516680
 の硫化試薬と反応させて、ホスホロチオトリエステルを提供するステップと、を含むプロセスを提供する。
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤を硫化試薬の代わりに用いて、ヌクレオチド間結合への修飾を導入する。いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は以下の式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓｅ、Ｒｓ２−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｒｓ３、またはＲｓ２−Ｓｅ−Ｘｓ−Ｒｓ３、
式中、
Ｒｓ２およびＲｓ３は独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、またはチオカルボニルから選択される置換されていてもよい基であるか；または
Ｒｓ２およびＲｓ３はそれらが結合している原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環またはヘテロアリール環を形成し；
Ｘｓは、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｏ−、または−Ｎ（Ｒ’）−であり；
Ｒ’は、上記および本明細書に定義され記載される通りである。
他の実施形態では、セレン求電子剤は、Ｓｅ、ＫＳｅＣＮ、
Figure 2019516680
 の化合物である。いくつかの実施形態では、セレン求電子剤はＳｅまたは
Figure 2019516680
 である。
いくつかの実施形態では、本開示に従って使用する硫化試薬は、硫化の間にリンに転移される部分が単一硫黄原子（例えば、−Ｓ−または＝Ｓ）ではなく置換された硫黄（例えば、−ＳＲ）であることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本開示に従って使用する硫化試薬は、試薬の活性が、所定の電子吸引基または電子供与基で試薬を修飾することによって調節可能であることを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本開示に従って使用する硫化試薬は、それが結晶性であることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本開示に従って使用する硫化試薬は、それが高い結晶化度を有することを特徴とする。特定の実施形態では、本開示に従って使用する硫化試薬は、例えば再結晶によって試薬の精製が容易であることを特徴とする。特定の実施形態では、本開示に従って使用する硫化試薬は、それが硫黄含有不純物を実質的に含まないことを特徴とする。いくつかの実施形態では、硫黄含有不純物を実質的に含まない硫化試薬は効率の向上を示す。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは１つまたは複数のホスフェートジエステル結合を含む。かかるキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成するために、１つまたは複数の修飾ステップを酸化ステップに任意選択的に置き換えて、対応するホスフェートジエステル結合を導入してもよい。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、通常のオリゴヌクレオチド合成と同様に実施する。いくつかの実施形態では、酸化ステップはＩ２の使用を含む。いくつかの実施形態では、酸化ステップはＩ２およびピリジンの使用を含む。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、ＴＨＦ／ピリジン／水（７０：２０：１０−ｖ／ｖ／ｖ）共溶媒系に溶かした０．０２ＭのＩ２を使用することを含む。サイクルの例をスキームＩ−ｃに示す。
いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートは、硫化試薬、例えば、３−フェニル−１，２，４−ジチアゾリン−５−オンによる硫化により直接形成される。いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートを直接導入した後、キラル補助基は、ヌクレオチド間リン原子に結合したままである。いくつかの実施形態において、キラル補助基（例えば、ＴＢＡＦ、ＨＦ−Ｅｔ３Ｎなどを使用するＤＰＳＥタイプのキラル補助剤）を除去するために別の脱保護ステップが必要である。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体を用いて、ホスホロチオエート結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成する。いくつかの実施形態では、かかるホスホロチオエート前駆体は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、
Figure 2019516680
 は、サイクル終了後、標準の脱保護／放出手順の間、ホスホロチオエートジエステル結合へと変換される。例を以下にさらに示す。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のホスフェートジエステル結合と、１つまたは複数のホスホロチオエートジエステル結合とを含む。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のホスフェートジエステル結合と１つまたは複数のホスホロチオエートジエステル結合とを含み、少なくとも１つのホスフェートジエステル結合は、３’から５’に合成される場合に、全てのホスホロチオエートジエステル結合の後に導入される。かかるキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成するために、いくつかの実施形態では、１つまたは複数の修飾ステップを酸化ステップに任意選択的に置き換えて、対応するホスフェートジエステル結合を導入し、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合の各々のために導入する。いくつかの実施形態では、所望のオリゴヌクレオチド長を得た後、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合に変換する。いくつかの実施形態では、サイクル終了の間かサイクル終了後の脱保護／放出ステップにより、ホスホロチオエート前駆体がホスホロチオエートジエステル結合に変換される。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、それがβ脱離経路によって除去可能であることを特徴とする。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は
Figure 2019516680
 である。当業者に理解されるように、合成の間、ホスホロチオエート前駆体、例えば
Figure 2019516680
 を使用する利点のうちの１つは、
Figure 2019516680
 が特定の条件でホスホロチオエートよりも安定性が高いことである。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、本明細書に記載のリン保護基であり、例えば、２−シアノエチル（ＣＥまたはＣｎｅ）、２−トリメチルシリルエチル、２−ニトロエチル、２−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ−ニトロベンジル、２−（ｐ−ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥまたはＮｐｅ）、２−フェニルエチル、３−（Ｎ−ｔｅｒｔ−ブチルカルボキサミド）−１−プロピル、４−オキソペンチル、４−メチルチオ−ｌ−ブチル、２−シアノ−１，１−ジメチルエチル、４−Ｎ−メチルアミノブチル、３−（２−ピリジル）−１−プロピル、２−［Ｎ−メチル−Ｎ−（２−ピリジル）］アミノエチル、２−（Ｎ−ホルミル，Ｎ−メチル）アミノエチル、４−［Ｎ−メチル−Ｎ−（２，２，２−トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。例を以下にさらに示す。
所望の硫化試薬を合成する方法は、本明細書および実施例の項に記載されている。
上記の通り、いくつかの実施形態では、硫化は、伸長しているオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断する条件下で生じる。いくつかの実施形態では、硫化は、伸長しているオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断しない条件下で起こる。
いくつかの実施形態では、硫化試薬を適切な溶媒に溶解させ、カラムに送り込む。特定の実施形態では、溶媒は、ニトリル溶媒などの極性非プロトン性溶媒である。いくつかの実施形態では、溶媒はアセトニトリルである。いくつかの実施形態では、硫化試薬の溶液は、ニトリル溶媒（例えば、アセトニトリル）中で、硫化試薬（例えば、本明細書に記載されるチオスルホン酸誘導体）をＢＳＴＦＡ（Ｎ，Ｏ−ビス−トリメチルシリル−トリフルオロアセトアミド）と混合することによって調製される。いくつかの実施形態では、ＢＳＴＦＡを含まない。例えば、本発明者らは、一般式Ｒｓ２−Ｓ−Ｓ（Ｏ）２−Ｒｓ３のやや反応性が高い硫化試薬は、ＢＳＴＦＡがない場合にも硫化反応に問題なく関与できることが多いことを見いだした。一例を挙げると、発明者らは、Ｒｓ２がｐ−ニトロフェニルであり、Ｒｓ３がメチルである場合、ＢＳＴＦＡが必要ないことを示した。本開示を参考にすると、当業者は、ＢＳＴＦＡを必要としない他の状況および／または硫化試薬を容易に決定することできるはずである。
いくつかの実施形態では、硫化ステップを室温で実施する。いくつかの実施形態では、硫化ステップをより低い温度、例えば、約０℃、約５℃、約１０℃、または約１５℃で実施する。いくつかの実施形態では、硫化ステップを約２０℃より高い温度で実施する。
いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約１２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約９０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約６０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約３０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約２５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約１５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１分〜約１０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約５分〜約６０分間行う。
いくつかの実施形態では、硫化反応を約５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約１５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約２５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約３０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約３５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約４０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約４５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約５０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約５５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応を約６０分間行う。
本開示の方法に従って作製される硫化修飾産物のいくつかは予想外に安定であることを、期せずして見いだした。いくつかの実施形態では、予想外に安定な産物はホスホロチオエートトリエステルである。いくつかの実施形態では、予想外に安定な産物は、式Ｉ−ｃの構造を有する１つまたは複数のヌクレオチド間結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドである。
当業者は、本明細書に記載される硫化方法および本明細書に記載される硫化試薬はまた、Ｗａｄａ ＩＩ（国際公開第２０１０／０６４１４６号）に記載されるものなどの、修飾Ｈ−ホスホネートオリゴヌクレオチドに関連して有用であることを認識するであろう。
いくつかの実施形態では、硫化反応は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、または９８％の段階的硫化効率を有する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度９８％の粗ジヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度９０％の粗テトラヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度７０％の粗ドデカヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度５０％の粗イコサヌクレオチド産物組成物を提供する。
結合リンを修飾するステップが完了すると、オリゴヌクレオチドは、サイクルを再開するための準備として別のデブロッキングステップを経る。いくつかの実施形態では、キラル補助基は硫化後インタクトなままであり、続くデブロッキングステップの間にデブロッキングされ、このデブロッキングステップはサイクルを再開する前に必ず行われる。デブロッキング、カップリング、キャッピング、および修飾のプロセスは、伸長しているオリゴヌクレオチドが所望の長さに達するまで繰り返され、所望の長さに達した時点で、直ちにそのオリゴヌクレオチドを固体支持体から切断するか、または精製するために支持体に付けたままとし、後に切断することができる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の保護基がヌクレオチド塩基のうちの１つまたは複数に存在し、支持体からのオリゴヌクレオチドの切断および塩基の脱保護が単一ステップで行われる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の保護基がヌクレオチド塩基のうちの１つまたは複数に存在し、支持体からのオリゴヌクレオチドの切断および塩基の脱保護は、１つよりも多くのステップで行われる。いくつかの実施形態では、脱保護および支持体からの切断は、例えば、１つまたは複数のアミン塩基を用いた塩基性条件下で行われる。ある特定の実施形態では、１つまたは複数のアミン塩基はプロピルアミンを含む。ある特定の実施形態では、１つまたは複数のアミン塩基はピリジンを含む。
いくつかの実施形態では、支持体からの切断および／または脱保護は、約３０℃〜約９０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断および／または脱保護は、約４０℃〜約８０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断および／または脱保護は、約５０℃〜約７０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断および／または脱保護は約６０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断および／または脱保護は周囲温度で起こる。
例示的な精製手順は、本明細書に記載されており、および／または当技術分野で周知である。
注目すべきは、各サイクル中に伸長しているオリゴヌクレオチドからキラル補助基を除去することが、少なくとも次の理由で有利なことであり、その理由とは、（１）反応性が高い可能性のある官能基をリンに導入するオリゴヌクレオチド合成の最後に、別のステップで補助基を除去する必要がないこと、（２）副反応を起こしやすく、かつ／または後続化学作用を妨げやすい不安定なリン−補助基中間体を避けられることである。このようにして、各サイクル中のキラル補助基を除去することにより、合成全体がより効率的になる。
デブロッキングのステップをサイクルとの関連において上記に記載している一方、さらなる一般的な方法を以下に挙げる。
デブロッキングステップ
いくつかの実施形態では、カップリングのステップに先立ち、デブロッキングのステップを行う。例えば、いくつかの実施形態では、伸長しているオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシル基はブロックされており（すなわち、保護されており）、その後にヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるためにデブロッキングされなければならない。
いくつかの実施形態では、酸性化を用いてブロック基を除去する。いくつかの実施形態では、酸はブレンステッド酸またはルイス酸である。有用なブレンステッド酸は、有機溶媒中または水中（８０％酢酸の場合）でのｐＫａ（水中２５℃）値が−０．６（トリフルオロ酢酸）〜４．７６（酢酸）である、カルボン酸、アルキルスルホン酸、アリールスルホン酸、リン酸およびその誘導体、ホスホン酸およびその誘導体、アルキルホスホン酸およびそれらの誘導体、アリールホスホン酸およびそれらの誘導体、ホスフィン酸、ジアルキルホスフィン酸、ならびにジアリールホスフィン酸である。酸性化ステップで用いられる酸（１〜８０％）の濃度は酸の酸性度による。強酸性条件により、脱プリン／脱ピリミジンが生じ、プリニル塩基またはピリミジニル塩基がリボース環および／または他の糖環から切断されるので、酸強度を考慮に入れなければならない。いくつかの実施形態では、酸は、Ｒａ１ＣＯＯＨ、Ｒａ１ＳＯ３Ｈ、Ｒａ３ＳＯ３Ｈ、
Figure 2019516680
 から選択され、式中、Ｒａ１およびＲａ２のそれぞれは独立して、水素または置換されていてもよいアルキルもしくはアリールであり、Ｒａ３は置換されていてもよいアルキルまたはアリールである。
いくつかの実施形態では、酸性化は有機溶媒中のルイス酸によって成し遂げられる。こうした有用なルイス酸の例は、Ｚｎ（Ｘａ）２（式中、ＸａはＣｌ、Ｂｒ、Ｉ、またはＣＦ３ＳＯ３）である。
いくつかの実施形態では、酸性化のステップは、プリン部分を縮合中間体から除去することなくブロック基を除去するのに効果的なブレンステッド酸またはルイス酸の一定量を添加することを含む。
また、酸性化ステップに有用な酸としては、有機溶媒中１０％リン酸、有機溶媒中１０％塩酸、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸もしくはトリクロロ酢酸、または水中８０％酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。このステップで用いられる任意のブレンステッド酸またはルイス酸の濃度は、酸の濃度が糖部分から核酸塩基を切断させる濃度を超えないように選択される。
いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約０．１％〜約８％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の３％のジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約０．１％〜約１０％のジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約０．１％〜約１０％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、水中の８０％酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、水中の約５０％〜約９０％、または約５０％〜約８０％、約５０％〜約７０％、約５０％〜約６０％、約７０％〜約９０％の酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、酸性溶媒にカチオンスカベンジャーをさらに添加することを含む。ある特定の実施形態では、カチオンスカベンジャーはトリエチルシランまたはトリイソプロピルシランであり得る。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によってデブロッキングするが、これは有機溶媒中の１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によってデブロッキングするが、これは有機溶媒中の３％ジクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によってデブロッキングするが、これは有機溶媒中の３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によってデブロッキングするが、これはジクロロメタン中の３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。
ある特定の実施形態では、本開示の方法は合成装置によって完了し、伸長しているオリゴヌクレオチドのヒドロキシル基をデブロッキングするステップは、一定量の溶媒を合成装置カラムへ送り込むことを含み、このカラムはオリゴヌクレオチドが結合する固体支持体を含んでいる。いくつかの実施形態では、溶媒は、ハロゲン化溶媒（例えば、ジクロロメタン）である。ある特定の実施形態では、溶媒は一定量の酸を含む。いくつかの実施形態では、溶媒は、一定量の有機酸、例えばトリクロロ酢酸を含む。ある特定の実施形態では、酸は約１％〜約２０％（ｗ／ｖ）の量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％〜約１０％（ｗ／ｖ）の量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％〜約５％（ｗ／ｖ）の量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％〜約３％（ｗ／ｖ）の量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約３％（ｗ／ｖ）の量で存在する。ヒドロキシル基をデブロッキングする方法はさらに本明細書に記述されている。いくつかの実施形態では、酸はジクロロメタン中に３％（ｗ／ｖ）の量で存在する。
いくつかの実施形態では、キラル補助基はデブロッキングステップの前に除去する。いくつかの実施形態では、キラル補助基はデブロッキングステップの間に除去する。
いくつかの実施形態では、サイクルをデブロッキングステップの前に終了させる。いくつかの実施形態では、サイクルをデブロッキングステップの後に終了させる。
ブロック基／保護基除去の一般的条件
核酸塩基または糖部分にあるヒドロキシル部分またはアミノ部分などの官能基は、合成の間にブロック（保護）基（部分）で常にブロッキングされており、その後デブロッキングされる。一般に、ブロック基は、分子の化学官能基を特定の反応条件に対して不活性化し、分子の残部に実質的に損傷を与えることなく、こうした分子の官能基から除去することができる（例えば、Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，２ｎｄ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１を参照）。例えば、アミノ基は、フタルイミド、９−フルドレニルメトキシカルボニル（ｆｌｕｄｒｅｎｙｌｍｅｔｈｏｘｙｃａｒｂｏｎｙｌ）（ＦＭＯＣ）、トリフェニルメチルスルフェニル、ｔ−ＢＯＣ、４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）、４−メトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、トリチル（Ｔｒ）、または９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）などの窒素ブロック基でブロッキングされ得る。カルボキシル基はアセチル基として保護され得る。ヒドロキシ基は、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、ｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、１−［（２−クロロ−４−メチル）フェニル］−４−メトキシピペリジン−４−イル（Ｃｔｍｐ）、１−（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（Ｆｐｍｐ）、１−（２−クロロエトキシ）エチル、３−メトキシ−１，５−ジカルボメトキシペンタン−３−イル（ＭＤＰ）、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、トリイソプロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、１−（２−シアノエトキシ）エチル（ＣＥＥ）、２−シアノエトキシメチル（ＣＥＭ）、［４−（Ｎ−ジクロロアセチル−Ｎ−メチルアミノ）ベンジルオキシ］メチル、２−シアノエチル（ＣＮ）、ピバロイルオキシメチル（ＰｉｖＯＭ）、レヴュニルオキシメチル（ＡＬＥ）などとして保護され得る。他の代表的なヒドロキシルブロック基について説明されている（例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９２，４６，２２２３を参照）。いくつかの実施形態では、ヒドロキシルブロック基は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、９−フェニルキサンチン−９−イル（ピキシル）、および９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）などの酸に不安定な基である。化学官能基はまた、それらを前駆体形態で含むことによってブロッキングすることが可能である。したがって、アジド基は容易にアミンに変換されるので、アミンのブロッキング形態と見なすることができる。核酸合成において利用されるさらなる代表的保護基が知られている（例えば、Ａｇｒａｗａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ，Ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４，Ｖｏｌ．２６，ｐｐ．１−７２を参照）。
核酸からブロック基を除去する種々の方法が知られ、用いられている。いくつかの実施形態では、全てのブロック基を除去する。いくつかの実施形態では、ブロック基の一部を除去する。いくつかの実施形態では、反応条件は、所定のブロック基を選択的に除去するように調整可能である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合には、それは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、酸性試薬で切断可能である。ある実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合には、それは、酸性条件下でも塩基性条件下でも切断可能ではなく、例えば、フッ化物塩またはフッ化水素酸錯体で切断可能である。いくつかの実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合には、それは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、塩基または塩基性溶媒の存在下で切断可能である。ある特定の実施形態では、核酸塩基ブロック基のうちの１つまたは複数は、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、塩基または塩基性溶媒の存在下で切断可能であるが、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の間に起こる１つまたは複数の先行する脱保護ステップの特定の条件に対しては安定であることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、核酸塩基にブロック基は必要とされない。いくつかの実施形態では、核酸塩基にブロック基が必要とされる。いくつかの実施形態では、所定の核酸塩基は１つまたは複数のブロック基を必要とする一方、他の核酸塩基は１つまたは複数のブロック基を必要としない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、合成の後に固体支持体から切断される。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、ピリジン中の２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、無水ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、無水ピリジン中の２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、アセトニトリル、ＮＭＰ、ＤＭＳＯ、スルホン、および／またはルチジンなどの極性非プロトン性溶媒の使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、溶媒（例えば極性非プロトン性溶媒）の使用、ならびに１つもしくは複数の第１アミン（例えば、Ｃ１−１０アミン）の使用、ならびに／またはメトキシルアミン、ヒドラジン、および純無水アンモニアのうちの１つもしくは複数の使用を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、ピリジン中の２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、無水ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、無水ピリジン中の２０％プロピルアミンの使用を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、切断中に脱保護される。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、およそ室温で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３０℃超、４０℃超、５０℃超、６０℃超、７０℃超、８０℃超、９０℃超、または１００℃超で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、または１００℃で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約４０℃〜８０℃で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５０℃〜７０℃で実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で実施される。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、０．１時間超、１時間超、２時間超、５時間超、１０時間超、１５時間超、２０時間超、２４時間超、３０時間超、または４０時間超の間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約０．１〜５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３〜１０時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５〜１５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１０〜２０時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１５〜２５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２０〜４０時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１０時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１８時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２４時間実施される。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、０．１時間超、１時間超、２時間超、５時間超、１０時間超、１５時間超、２０時間超、２４時間超、３０時間超、または４０時間超の間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で約５〜４８時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で約１０〜２４時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で約１８時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で、０．１時間超、１時間超、２時間超、５時間超、１０時間超、１５時間超、２０時間超、２４時間超、３０時間超、または４０時間超の間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で約０．５〜５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で約０．５〜５時間実施される。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で約２時間実施される。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、プロピルアミンの使用を含み、室温または高温で、０．１時間超、１時間超、２時間超、５時間超、１０時間超、１５時間超、２０時間超、２４時間超、３０時間超、または４０時間超の間実施される。例示的な条件は、ピリジン中の２０％プロピルアミンで室温にて約１８時間、およびピリジン中の２０％プロピルアミンで６０℃にて約１８時間である。
いくつかの実施形態において、固体支持体からの切断の前に、キラル補助基が依然としてヌクレオチド間リン原子に結合している場合、キラル補助基を除去するために、あるステップを実施する。いくつかの実施形態において、例えば、１つまたは複数のＤＰＳＥタイプのキラル補助基は、オリゴヌクレオチド合成サイクルの間、ヌクレオチド間リン原子に結合したままである。残留するキラル補助基の除去に適した条件は、例えば、Ｗａｄａ Ｉ、Ｗａｄａ ＩＩ、Ｗａｄａ ＩＩＩ、Ｃｈｉｒａｌ Ｃｏｎｔｒｏｌに記載されている条件など、当技術分野において広く知られている。いくつかの実施形態において、ＤＰＳＥタイプのキラル補助基を除去するための条件は、例えば、ＭｅＣＮ中の０．１Ｍ ＴＢＡＦ、ＴＨＦまたはＭｅＣＮ中の０．５Ｍ ＨＦ−Ｅｔ３Ｎなどの、ＴＢＡＦまたはＨＦ−Ｅｔ３Ｎである。いくつかの実施形態において、本開示は、キラル補助基を除去するプロセスの間にリンカーが切断され得ることを認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、ＳＰリンカーなど、キラル補助基の除去の間に高い安定性をもたらすリンカーを提供する。とりわけ、本開示により提供される特定のリンカーにより、収率および／または純度が改善された。
いくつかの実施形態において、活性化剤は「Ｗａｄａ」活性化剤であり、すなわち、活性化剤は、上記に引用されるＷａｄａＩ、ＩＩ、またはＩＩＩ文書のいずれか１つに基づくものである。
活性化基の例を以下に示す：
Figure 2019516680
 いくつかの実施形態において、活性化剤は以下から選択される
Figure 2019516680
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、サイクルの例をスキームＩ−ｂに示す。
スキームＩ−ｂ．ホスホロチオエート結合の導入
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、サイクルの例をスキームＩ−ｃに示す。
スキームＩ−ｃ．キラル制御されたオリゴヌクレオチドにおけるホスフェートジエステルと修飾ヌクレオチド間結合の両方の導入。
Figure 2019516680
スキームＩ−ｃにおいて、固体支持体（Ｃ−１）上のオリゴヌクレオチド（またはヌクレオチド、または修飾ヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチド）は、ホスホラミダイトＣ−２とカップリングされる。カップリングとキャッピングの後に、酸化ステップを実施する。デブロッキングの後に、ホスフェートジエステル結合を形成する。サイクル産物Ｃ−３は、サイクルＣを再開始してさらなるホスフェートジエステル結合を導入するか、または他のサイクルを開始して他のタイプのヌクレオチド間結合を導入するか、またはサイクル終了へと進むかのいずれかを行うことができる。
いくつかの実施形態では、非キラル純粋ホスホラミダイトを、スキームＩ−ｃにおいてＣ−２の代わりに用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＭＴｒで保護したβ−シアノエチルホスホラミダイトを用いる。いくつかの実施形態では、用いられているホスホラミダイトはの構造を有する。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用により、合成の間、オリゴヌクレオチドの安定性が増加する。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用により、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の効率が向上する。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用により、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の収率が向上する。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用により、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の産物純度が高まる。
いくつかの実施形態では、上記の方法におけるホスホロチオエートジエステル前駆体は
Figure 2019516680
 である。いくつかの実施形態では、
Figure 2019516680
 は脱保護／放出の間、ホスホロチオエートジエステル結合に変換される。いくつかの実施形態において、サイクルの例をスキームＩ−ｄに示す。さらなる例を以下に示す。
スキームＩ−ｄ．キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成におけるホスホロチオエートジエステル前駆体。
Figure 2019516680
スキームＩ−ｄに示す通り、ホスホロチオエート結合とホスフェートジエステル結合の両方を、同じキラル制御されたオリゴヌクレオチドに組み入れることができる。当業者に理解される通り、提供される方法は、ホスホロチオエートジエステルとホスフェートジエステルが連続していることを必要とせず、両者間に他のヌクレオチド間結合が、上記に記載のサイクルを用いて形成され得る。スキームＩ−ｄにおいて、ホスホロチオエートジエステル前駆体、
Figure 2019516680
 はホスホロチオエートジエステル結合の場所に導入される。いくつかの実施形態では、かかる置換は、所定のステップ、例えば酸化ステップの間に、合成効率を向上させた。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用により、一般的に、合成および／または貯蔵の間のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの安定性が向上する。サイクル終了の後、脱保護／放出の間に、ホスホロチオエートジエステル前駆体がホスホロチオエートジエステル結合に変換される。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドにホスフェートジエステル結合が存在しない場合、または、合成の間に酸化ステップを必要としない場合であっても、ホスホロチオエートジエステル前駆体を用いることは有益である。
スキームＩ−ｃに示す通り、いくつかの実施形態では、非キラル純粋ホスホラミダイトを、酸化ステップを含むサイクルに用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＭＴｒで保護したβ−シアノエチルホスホラミダイトを用いる。いくつかの実施形態では、用いられているホスホラミダイトは
Figure 2019516680
 の構造を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、特定のオリゴヌクレオチドタイプに富むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約１０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約２０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約３０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約４０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約５０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約６０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約７０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約８０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約９０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約９５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。
いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約１％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約２％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約３％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約４％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約１０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約２０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約３０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約４０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約５０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約６０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約７０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約８０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約９０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約９５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。
いくつかの実施形態において、サイクルの例を以下のスキームＩ−ｅに示す。
スキームＩ−ｅ．ＰｈＭｅキラル補助基を使用するサイクルの例。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは２’−修飾である。いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは−ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない）である。いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは−ＯＲ１（式中、Ｒ１は置換されていてもよいＣ１−６アルキル）である。いくつかの実施形態において、ＸはＨである。いくつかの実施形態において、Ｘは−ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｘは、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｆである。
いくつかの実施形態において、サイクルの例をスキームＩ−ｆに示す。
スキームＩ−ｅ．ＤＰＳＥキラル補助基を使用するサイクルの例。
Figure 2019516680
いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは２’−修飾である。いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは−ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない）である。いくつかの実施形態において、ＸはＨまたは−ＯＲ１（式中、Ｒ１は置換されていてもよいＣ１−６アルキル）である。いくつかの実施形態において、ＸはＨである。いくつかの実施形態において、Ｘは−ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｘは、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態において、Ｘは−Ｆである。
オリゴヌクレオチドの化学修飾および立体化学を完全に制御するために、異なるタイプのサイクルを組み合わせてもよいことが当業者には理解される。いくつかの実施形態において、例えば、オリゴヌクレオチド合成プロセスは、１つまたは複数のサイクルＡ〜Ｆを含んでもよい。いくつかの実施形態において、提供される方法は、ＤＰＳＥタイプのキラル補助基を使用する少なくとも１つのサイクルを含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、提供される方法は、
Figure 2019516680
 の構造を有する提供されるキラル試薬を供給することを含み、式中、Ｗ１は−ＮＧ５であり、Ｗ２はＯであり、Ｇ１およびＧ３の各々は独立して水素であるか、またはＣ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基であり、Ｇ２は−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、置換されていてもよい、飽和、部分的に不飽和、もしくは不飽和の、単環式もしくは多環式、縮合もしくは非縮合である、最大約２０個の環原子のヘテロ原子含有環を形成し、各Ｒは独立して水素であるか、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル試薬は
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される方法は、
Figure 2019516680
 の構造を有するキラル試薬由来の部分を含むホスホラミダイトを供給することを含み、式中、−Ｗ１Ｈと−Ｗ２Ｈまたはヒドロキシル基とアミノ基が、ホスホラミダイトのリン原子と結合を形成する。いくつかの実施形態において、−Ｗ１Ｈと−Ｗ２Ｈ、またはヒドロキシル基とアミノ基は、例えば、
Figure 2019516680
 におけるホスホラミダイトのリン原子と結合を形成する。いくつかの実施形態において、ホスホラミダイトは、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
 の構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｒは保護基である。いくつかの実施形態では、Ｒは、ＤＭＴｒである。いくつかの実施形態において、Ｇ２は、−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３である（式中、−Ｃ（Ｒ）２−は、置換されていてもよい−ＣＨ２−であり、−Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは独立して、Ｃ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基である）。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは独立して、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは独立して、置換されていてもよいフェニルであり、他の２つのＲのそれぞれは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルである。いくつかの実施形態において、−Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは独立して、置換されていてもよいＣ１−１０アルキルであり、他の２つのＲのそれぞれは独立して、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、置換されていてもよい−ＣＨ２Ｓｉ（Ｐｈ）（Ｍｅ）２である。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、置換されていてもよい−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。いくつかの実施形態では、Ｇ２は、−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。いくつかの実施形態において、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、（Ｇ５が結合した）１個の窒素原子を含む置換されていてもよい飽和５〜６員環を形成する。いくつかの実施形態において、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、１個の窒素原子を含む置換されていてもよい飽和５員環を形成する。いくつかの実施形態では、Ｇ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｇ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｇ１とＧ３の両方が水素である。いくつかの実施形態において、Ｇ１とＧ３の両方は水素であり、Ｇ２は−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、式中、−Ｃ（Ｒ）２−は置換されていてもよい−ＣＨ２−であり、−Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは独立して、Ｃ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、およびアリールから選択される置換されていてもよい基であり、Ｇ４およびＧ５は一緒になって、１つの窒素原子を含む置換されていてもよい飽和の５員環を形成する。いくつかの実施形態において、提供される方法は、フルオロ含有試薬を供給することをさらに含む。いくつかの実施形態において、供給されるフルオロ含有試薬は、合成の後に、キラル試薬またはキラル試薬から生成される産物をオリゴヌクレオチドから除去する。様々な既知のフルオロ含有試薬は、−ＳｉＲ３基を除去するためのそのＦ−源を含めて、本開示に従って利用され得る（例えば、ＴＢＡＦ、ＨＦ３−Ｅｔ３Ｎなど）。いくつかの実施形態において、フルオロ含有試薬は、濃アンモニアなどの従来の方法と比べて、より良い結果、例えば、より短い処理時間、より低い温度、より少ない脱硫などをもたらす。いくつかの実施形態では、特定のフルオロ含有試薬に関して、本開示は、結果を改善させるリンカー、例えば、キラル試薬（またはオリゴヌクレオチド合成の間に試薬から生成される産物）の除去の間に支持体からオリゴヌクレオチドが切断されにくいリンカーを提供する。いくつかの実施形態において、提供されるリンカーはＳＰリンカーである。いくつかの実施形態において、本開示は、ＨＦ塩基錯体（例えばＨＦ−ＮＲ３など）を利用して、キラル試薬（またはオリゴヌクレオチド合成の間に試薬から生成される産物）の除去の間に切断を制御することができることを明らかにした。いくつかの実施形態において、ＨＦ−ＮＲ３はＨＦ−ＮＥｔ３である。いくつかの実施形態において、ＨＦ−ＮＲ３は、従来のリンカー、例えば、スクシニルリンカーの使用を可能にする。
生物学的用途および使用例
特に、本開示は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用することで、オリゴヌクレオチドの特性および活性が、その骨格キラル中心のパターンを最適化することによって調節され得ることを認めている。いくつかの実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、そのオリゴヌクレオチドは、その安定性および／または生物活性を向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性を予想外に増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに、活性を大幅に増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、安定性と活性との両方を増加させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドを利用して核酸高分子を切断する場合、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子の切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第２の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは切断部位の数を最小にし、それにより、そのオリゴヌクレオチドに相補的である標的核酸高分子の配列内のただ１つの部位で標的核酸高分子が切断されるようになる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、点変異または一塩基多型（ＳＮＰ）で異なる標的配列の間の切断選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、ただ１つの点変異または一塩基多型（ＳＮＰ）で異なる標的配列の間の切断選択性を増加させる。
特に、驚いたことに、特定の提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列の切断、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈによる標的ＲＮＡの切断のこれまでにはない制御を実現することが明らかになっている。いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの化学特性および立体化学特性を正確に制御することによって、立体化学特性が制御されない別の同等の調製物と比較して、オリゴヌクレオチド調製物の活性が改善することを示す。とりわけ、本開示は、具体的には、提供されるオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする核酸標的の切断速度、切断程度および／または切断特異性が改善されることを示している。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物の様々な使用を提供する。特に、本開示は、例えば、塩基配列、化学修飾、立体化学などのオリゴヌクレオチドの構成要素を制御することにより、オリゴヌクレオチドの特性を大幅に改善することができることを示す。例えば、いくつかの実施形態において、本開示は、標的核酸配列の転写物を高度に選択抑制するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、疾患を引き起こすコピー（例えば、疾患を引き起こす対立遺伝子）からの転写物を抑制することによって対象を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、標的配列の転写物を抑制する際に驚くほどに向上した活性および／または選択性を有するオリゴヌクレオチド組成物を設計および調製するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制をもたらすオリゴヌクレオチド組成物を設計および／または調製するための方法を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、該方法は、
核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子と、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程であって、該組成物が、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸高分子に見られる標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている、該接触させる工程を備える。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子を、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させる際に観察される切断パターンを変更するための方法を提供し、この特定の塩基配列は、標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該方法は、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させることを含み、その組成物は、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；ならびに
３）骨格キラル中心の特定のパターンによって特徴付けられる単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、該方法は、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸高分子に見られる配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することを含み、その組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり；
該核酸高分子は、キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物が提供される場合の切断パターンとは異なる切断パターンで切断される。
本明細書において使用される場合、核酸高分子の切断パターンは、切断部位の数、切断部位の位置、および各部位での切断割合により定められる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、複数の切断部位を有し、各部位での切断割合は異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、複数の切断部位を有し、各部位での切断割合は同じである。いくつかの実施形態において、切断パターンは、ただ１つの切断部位を有する。いくつかの実施形態において、切断パターンは、切断部位の数が異なるという点で、互いに異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、少なくとも１つの切断位置が異なるという点で、互いに異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、少なくとも１つの共通の切断部位での切断割合が異なるという点で、互いに異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、切断部位の数が異なり、かつ／または、少なくとも１つの切断位置が異なり、かつ／または、少なくとも１つの共通の切断部位での切断割合が異なるという点で、互いに異なる。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、本方法は、
核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子と、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程であって、該組成物が、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸高分子に見られる標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；ならびに
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、該接触させる工程が核酸高分子の切断が生じる条件下で実施される、該接触させる工程を備える。
いくつかの実施形態において、本開示は、第１のオリゴヌクレオチド組成物を用いることで生じる核酸高分子の第１の切断パターンを変える方法であって、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が核酸高分子に見られる配列に相補的である配列であるか、または該配列を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含む第２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することを含み、その組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり；
該核酸高分子は、第１の切断パターンとは異なる切断パターンで切断される、該方法を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む該核酸高分子を、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させる際に観察される切断パターンを変更するための方法を提供し、この特定の塩基配列は、標的配列に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該方法は、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させることを含み、その組成物は、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；ならびに
３）骨格キラル中心の特定のパターンによって特徴付けられる単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、
該接触は、核酸高分子の切断が生じる条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位の数を減少させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の単一部位の切断をもたらす。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位での切断速度を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位での効率を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸高分子の切断のターンオーバーを高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、特徴的な配列要素内またはその近傍の部位での切断割合を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、突然変異の近傍の部位での切断割合を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＳＮＰの近傍の部位での切断割合を高める。特徴的な配列要素内またはその近傍、突然変異の近傍、ＳＮＰの近傍の部位の例示的な実施形態は、本開示に記載されている。例えば、いくつかの実施形態では、近傍の切断部位は、変異から０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位であり、いくつかの他の実施形態では、近傍の切断部位は、ＳＮＰから０個、１個、２個、３個、４個、または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である。
いくつかの実施形態において、基準切断パターンとは異なる切断パターンで切断が生じる。いくつかの実施形態において、基準切断パターンは、核酸高分子を、同等の条件下で、基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察されるパターンである。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の共通の塩基配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない（例えば、ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である。
いくつかの実施形態において、核酸高分子はＲＮＡである。いくつかの実施形態において、核酸高分子はオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、核酸高分子はＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、核酸高分子は転写物である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、切断される核酸高分子と二本鎖を形成する。
いくつかの実施形態において、核酸高分子は、酵素により切断される。いくつかの実施形態において、酵素は、核酸高分子によって形成された二本鎖を切断する。いくつかの実施形態において、酵素はＲＮａｓｅ Ｈである。いくつかの実施形態において、酵素はＤｉｃｅｒである。いくつかの実施形態において、酵素はアルゴノートタンパク質である。いくつかの実施形態において、酵素はＡｇｏ２である。いくつかの実施形態において、酵素は、タンパク質複合体内にある。タンパク質複合体の例は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）である。
いくつかの実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドを含む、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、予想外に高い選択性をもたらし、したがって、標的領域内で配列に少ししか差異が見られない核酸高分子を選択的に標的することができるようにする。いくつかの実施形態において、核酸高分子は、対立遺伝子からの転写物である。いくつかの実施形態において、異なる対立遺伝子からの転写物は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によって選択的に標的にされ得る。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法によって、標的配列内の切断部位の正確な制御が可能になる。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の周辺である。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流および付近にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列上流の５塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列上流４塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列上流の３塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列上流の２塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列上流の１塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流および付近にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列下流の５塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列下流の４塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列下流の３塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列下流の２塩基対内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列下流の１塩基対内にある。したがって、特に、本開示は、標的配列内の切断部位の制御をもたらす。いくつかの実施形態において、切断の例を図２１に示す。いくつかの実施形態において、図２１に示す切断は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の２塩基対下流の部位での切断と称する。本開示に広範に記載されているように、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列は、（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔ、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｒｐ）ｍ（Ｓｐ）ｎ、（Ｓｐ）ｍＲｐ、および／またはＲｐ（Ｓｐ）ｍの単一の単位またはリピート単位に見い出すことができ、これらの各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流に新たな切断部位を生み出し（例えば、図２１を参照）、ここで、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合には、該新たな切断部位は存在しない（検出することができない）。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位での切断（例えば、図２１を参照）を増強させ、ここで、こうした部位での切断は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合よりも高い割合で生じる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物による、かかる部位での切断は、基準オリゴヌクレオチド組成物による切断の少なくとも、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、５００倍、または１０００倍である（例えば、部位での切断割合で測定される場合）。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合と比べて、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位での切断（例えば、図２１参照）を促進する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物による切断は、基準オリゴヌクレオチド組成物による切断よりも、少なくとも、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、５００倍、または１０００倍速い。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合の切断部位である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合の切断部位の１塩基対内にある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合の切断部位の２塩基対内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は３塩基対内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は４塩基対内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は５塩基対内にある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合の主要な切断部位のうちの１つである。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合、かかる部位は、切断割合が最も高い切断部位である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位は、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合の切断速度が高い切断部位のうちの１つである。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合、かかる部位は、切断速度が最も高い切断部位である。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、基準（例えば、キラル制御されていない／ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物に比べて、１つまたは複数の部位での切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されていない／ステレオランダムな）組成物に比べて、単一部位での切断を選択的に増強させる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高い切断速度をもたらすことによって、ある部位での切断を増強させる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高い切断割合を部位にもたらすことにより、該部位での切断を増強させる。部位での切断割合は、当技術分野において広く知られ、かつ、実施されている様々な方法により算出することができる。いくつかの実施形態において、部位での切断割合は、例えば、図１８、図１９、および図３０に示すＨＰＬＣ−ＭＳによる切断産物の分析によって算出される；図９、図１０、図１１、図１４、図２２、図２５、および図２６などの例示的な切断地図も参照されたい。いくつかの実施形態において、増強は、基準オリゴヌクレオチド組成物に対するものである。いくつかの実施形態において、増強は、別の切断部位に対するものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位である部位での切断を増強させる。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位、または好ましい切断部位の基は、１つまたは複数の他の切断部位と比べて切断割合が比較的高い１つまたは複数の部位である。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位は、酵素の選好を示し得る。例えば、ＲＮａｓｅ Ｈでは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられる場合、生じる切断部位は、ＲＮａｓｅ Ｈの選好を示すことがある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、酵素の好ましい切断部位となる部位での切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位ではない部位での切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の切断部位ではない部位での切断を増強させて、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合には存在していない新たな切断部位を効率的に作製する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的変異またはＳＮＰから５塩基対内の部位での切断を増強させて、それにより不要な標的オリゴヌクレオチドの選択切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的変異またはＳＮＰから４塩基対内の部位での切断を増強させて、それにより不要な標的オリゴヌクレオチドの選択切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的変異またはＳＮＰから３塩基対内の部位での切断を増強させて、それにより不要な標的オリゴヌクレオチドの選択切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的変異またはＳＮＰから２塩基対内の部位での切断を増強させて、それにより不要な標的オリゴヌクレオチドの選択切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的変異またはＳＮＰの直ぐ上流または直ぐ下流の部位での切断を増強させて、それにより不要な標的オリゴヌクレオチドの選択切断を増強させる（例えば、図２２、パネルＤ、ｍｕＲＮＡ）。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、基準（例えば、キラル制御されていない／ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物に比べて、１つまたは複数の部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されていない／ステレオランダムな）組成物に比べて、単一部位での切断を選択的に抑制する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、切断速度を低下させることより、ある部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ある部位での切断割合を低下させることにより、該部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、抑制は、基準オリゴヌクレオチド組成物に対するものである。いくつかの実施形態において、抑制は、別の切断部位に対するものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位となる部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位、または好ましい切断部位の基は、１つまたは複数の他の切断部位と比べて切断割合が比較的高い１つまたは複数の部位である。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位は、酵素の選好を示し得る。例えば、ＲＮａｓｅ Ｈでは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられる場合、生じる切断部位は、ＲＮａｓｅ Ｈの選好を示すことがある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、酵素の好ましい切断部位となる部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位ではない部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の全ての切断部位を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一般に、標的オリゴヌクレオチドの切断を増強させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一般に、非標的オリゴヌクレオチドの切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的オリゴヌクレオチドの切断を増強させ、非標的オリゴヌクレオチドの切断を抑制する。一例として、図２２のパネルＤを用いると、切断のための標的オリゴヌクレオチドはｍｕＲＮＡである一方、非標的オリゴヌクレオチドはｗｔＲＮＡである。突然変異またはＳＮＰを含む患部組織を備えた対象において、切断用の標的オリゴヌクレオチドは突然変異またはＳＮＰを有する転写物であり得る一方、非標的オリゴヌクレオチドは、健康な組織において発現される転写物など、突然変異またはＳＮＰのない正常な転写物であり得る。
いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物である。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、全てのホスフェート結合を有するＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記述される骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾塩基、修飾された糖、修飾骨格結合および任意のそれらの組み合わせを含んでもよい。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマー、およびスキップマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のユニマー部分、アルトマー部分、ブロックマー部分、ギャップマー部分、ヘミマー部分、もしくはスキップマー部分、または任意のそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、本明細書における骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドはヘミマーである。いくつかの実施形態において、本明細書における骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を有する５’−ヘミマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２’−修飾された糖部分を有する５’−ヘミマーである。好適な修飾は、当技術分野において広く知られており、例えば、本出願に記載の修飾がある。いくつかの実施形態において、修飾は２’−Ｆである。 いくつかの実施形態において、修飾は２’−ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、修飾はｓ−ｃＥｔである。
いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の類似核酸配列が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を抑制する方法を提供し、その標的配列および類似配列のそれぞれが、類似配列に対して標的配列を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、標的核酸配列を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的核酸配列と類似核酸配列の両方の転写物を含む系と接触する場合、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点において特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、１つまたは複数の類似核酸配列が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を抑制する方法を提供し、その標的配列および類似配列のそれぞれが、類似配列に対して標的配列を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、標的核酸配列を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的核酸配列と類似核酸配列の両方の転写物を含む系と接触する場合、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点において特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、共通の塩基配列は、特徴的な配列要素に対して１００％相補的な配列であるか、または該配列を含む。いくつかの実施形態において、抑制は、当業者には既知の様々な好適なアッセイにより評価することができる。いくつかの実施形態において、アッセイは、本開示に記載のＲＮａｓｅ Ｈアッセイであり、これは、特徴的な配列要素を含む標的核酸配列の転写物に見られる配列の切断と、類似配列の転写物に見られる配列の切断とを評価することによって抑制の評価を行うことができるものである。いくつかの実施形態において、標的核酸配列の転写物は、類似核酸配列のいずれか１つ関して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制される。いくつかの実施形態において、標的配列および類似配列の例は、本開示に記載されている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ核酸配列の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触している場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ核酸配列の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ核酸配列の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられており、
該接触させる工程は、組成物が特定の対立遺伝子の転写物を抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と接触する場合、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物がないときよりも高いか；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いか；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と接触している場合、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物がないときよりも高いか；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いか；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的核酸配列からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的核酸配列の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
その組成物は、該特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに対する共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と接触している場合、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物がないときよりも高いか；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いか；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられており、
該接触させる工程は、組成物が特定の対立遺伝子の転写物を抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、転写物は、該転写物の切断により抑制される。いくつかの実施形態において、特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素は、イントロン内にある。いくつかの実施形態において、特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素は、エクソン内にある。いくつかの実施形態において、特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素は、部分的にエクソン内に、部分的にイントロン内にある。いくつかの実施形態において、特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素は、ある対立遺伝子と他の対立遺伝子を区別する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は欠失である。いくつかの実施形態において、突然変異は挿入である。いくつかの実施形態において、突然変異は点変異である。いくつかの実施形態において、特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素は、ある対立遺伝子と他の対立遺伝子を区別する少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む。
いくつかの実施形態において、標的核酸配列は標的遺伝子である。
いくつかの実施形態において、本開示は、ある遺伝子の配列が少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む該遺伝子の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、該方法は、
１）共通の塩基配列および長さであって、該共通の塩基配列が、第１の対立遺伝子からの転写物に見られる配列に対して完全に相補的ではあるが、第２の対立遺伝子からの転写物に見られる対応する配列に対しては完全には相補的でない配列であるか、または該配列を含み、これらの転写物に見られる配列がＳＮＰ部位を含む、共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；を有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することを含み、その組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり；
ここで、第１の対立遺伝子からの転写物は、第２の対立遺伝子からの転写物よりも少なくとも５倍抑制される。
いくつかの実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が一集団内に存在する標的遺伝子からの転写物を、対立遺伝子特異的に抑制するための方法を提供し、その対立遺伝子のそれぞれは、同一の標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して該対立遺伝子を定める特定のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含み、該方法は、
標的遺伝子の転写物を含む試料と、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、
ここで、共通の塩基配列は、特定の対立遺伝子を定める特徴的な配列要素に相補的である配列であるか、または該配列を含み、該組成物は、標的対立遺伝子と、同じ遺伝子の別の対立遺伝子との両方の転写物を含む系と接触している場合、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子に対して観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるという点で特徴付けられている。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現する系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
一部の実施形態において、本開示は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は：
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
本明細書に記述の通り、一部の実施形態では、提供される方法において、接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。一部の実施形態において、接触は、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
一部の実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときよりも高いレベルでの抑制である。一部の実施形態において、組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍少ない量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍のレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．６倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．７倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．８倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．９倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも６倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも８倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも９倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１１倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１０００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５０００倍であるレベルでの抑制である。
一部の実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの抑制である。一部の実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも１．１倍高いレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．６倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．７倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．８倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１．９倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも６倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも８倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも９倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１１倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１２倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１３倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１４倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７５倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも２００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも３００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも４００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも７５０倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも１０００倍であるレベルでの抑制である。一部の実施形態において、少なくとも５０００倍であるレベルでの抑制である。
一部の実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときよりも高いレベルでの抑制、および、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの抑制である。一部の実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍であるレベルでの抑制、および、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも１．１倍高いレベルでの抑制である。一部の実施形態において、倍数はそれぞれ独立して、上述の通りである。
一部の実施形態において、系は、転写物を含む組成物である。一部の実施形態において、系は、異なる対立遺伝子からの転写物を含む組成物である。一部の実施形態において、系は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｎ ｖｉｔｒｏにすることができて、いずれの方法でも、１つまたは複数の細胞、組織、臓器または生物を含むことができる。一部の実施形態において、系は、１つまたは複数の細胞を含む。一部の実施形態において、系は、１つまたは複数の組織を含む。一部の実施形態において、系は、１つまたは複数の臓器を含む。一部の実施形態において、系は、１つまたは複数の生物を含む。一部の実施形態において、系は対象である。
一部の実施形態において、転写物の抑制、または転写物が転写される対立遺伝子の発現の抑制は、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイで測定することができる。一部の実施形態において、アッセイでは、全長の転写物の代わりに、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、転写物からの配列が用いられる（ｕｓｎｅｄ）。一部の実施形態において、アッセイは、生化学アッセイである。一部の実施形態において、アッセイは、核酸高分子、例えば、転写物、または、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、転写物からの配列が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の存在下で、酵素による切断について試験される生化学アッセイである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、対象に投与される。一部の実施形態において、対象は動物である。一部の実施形態において、対象は植物である。一部の実施形態において、対象はヒトである。
一部の実施形態において、特定の対立遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のために、転写物は、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素内の配列相違（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）、例えば、変異付近の部位で切断され、この配列相違は、特定の対立遺伝子からの転写物と他の対立遺伝子からの転写物を区別する。一部の実施形態において、転写物は、このような配列相違付近の部位で選択的に切断される。一部の実施形態において、転写物は、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物が用いられるときよりも（ｔｈａｔ）、このような配列相違付近の部位で高い割合で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素内の配列相違の部位でのみ切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流５塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流４塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流３塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流２塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流１塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流５塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流４塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流３塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流２塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の下流１塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の上流５塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の上流４塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の上流３塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の上流２塩基対以内の部位で切断される。一部の実施形態において、転写物は、配列相違の上流１塩基対以内の部位で切断される。このような切断パターンの正確な制御、および、その結果である、特定の対立遺伝子からの転写物の選択性の高い抑制は、本開示において出願人により提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法がなければ、可能ではないであろう。
一部の実施形態において、本開示は、特定の対立遺伝子からの転写物、例えば、疾患を引き起こす、または、引き起こす恐れのある対立遺伝子を特異的に抑制することにより、対象を治療するための方法、または、対象の疾患を予防するための方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患を引き起こす、または、疾患に寄与する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。一部の実施形態において、本開示は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。一部の実施形態において、本開示は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患に寄与する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。一部の実施形態において、本開示は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患に関連する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。一部の実施形態において、本開示は、疾患を引き起こす恐れのある特定の対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制することにより、対象の疾患を予防するための方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、対象の疾患のリスクを高める特定の対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制することにより、対象の疾患を予防するための方法を提供する。一部の実施形態において、提供される方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、医薬担体をさらに含む。
一部の実施形態において、ヌクレオチドに特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定義する突然変異を含む。一部の実施形態において、ヌクレオチドに特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定義する点変異を含む。一部の実施形態において、ヌクレオチドに特徴的な配列は、他の類似配列に対して標的配列を定義するＳＮＰを含む。
一部の実施形態において、本開示は、標的核酸配列の転写物の選択的抑制のためのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン（このパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ、ｎ、ｔ、Ｎｐのそれぞれは独立して、本明細書に定義および記述される通りである。）を含む。）によって特徴づけられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの所定レベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する工程を含み；
ここで、標的核酸配列は、類似核酸配列に対して標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素を含み；
共通塩基配列は、ＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンが、特徴的な配列要素内またはその近傍に切断部位を持つ、配列である。
一部の実施形態において、本開示は、標的核酸配列の転写物の選択的抑制のためのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン（このパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍ、ｎ、ｔ、Ｎｐのそれぞれは独立して、本明細書に定義および記述される通りである。）を含む。）によって特徴づけられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの所定レベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する工程を含み；
ここで、標的核酸配列は、類似核酸配列に対して標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素を含み；
共通塩基配列は、ＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンが、特徴的な配列要素内またはその近傍に主要切断部位を持つ、配列である。
一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、上述の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、または（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、上述の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、上述の（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、上述の（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、上述の（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態では、ｎは１である。一部の実施形態では、ｍ＞２である。一部の実施形態では、ｎは１でありｍ＞２である。一部の実施形態では、ｔ＞２である。一部の実施形態では、ｎは１であり、ｍ＞２、およびｔ＞２である。
一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、翼−コア構造を有する。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、コア−翼構造を有する。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、翼−コア−翼構造を有する。一部の実施形態において、翼領域の各糖部分は糖修飾を有する。一部の実施形態において、翼領域の各糖部分は２’−修飾を有する。一部の実施形態において、翼領域内の各糖部分は、２’−修飾を有し、ここで、２’−修飾は、２’−ＯＲ１（式中、Ｒ１は、任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである。）である。一部の実施形態において、翼領域内の各糖部分は、２’−ＯＭｅを有する。一部の実施形態において、各翼は独立して、キラルなインターヌクレオチド結合および天然のホスフェート結合を含む。一部の実施形態において、キラルなインターヌクレオチド結合はホスホロチオエートである。一部の実施形態では、翼−コア−翼構造において、ＷＶ−１０９２内のように、５’−翼は、その５’−および３’−末端のそれぞれのＳｐインターヌクレオチド結合ならびにその間のホスフェート結合を有し、３’−翼は、その３’−末端のＳｐインターヌクレオチド結合を有し、そのインターヌクレオチド結合の残りはホスフェートである。翼および／またはコアの別の実施形態、例えば、糖修飾、立体化学などは、本開示に記載されている。
ＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンが、標的核酸配列内またはその近傍に切断部位を有する配列である共通塩基配列は、本開示（ｄｉｓｃｌｏｓｅ）に広範に記載されている。一部の実施形態において、標的核酸配列内またはその近傍の切断部位は、その類似配列から標的配列を定義する突然変異の近傍の切断部位である。一部の実施形態において、標的核酸配列内またはその近傍の切断部位は、その類似配列から標的配列を定義するＳＮＰの近傍の切断部位である。一部の実施形態において、上述の通り、突然変異またはＳＮＰの近傍で、突然変異またはＳＮＰから、０個、１個、２個、３個、４個、５個のインターヌクレオチド結合だけ離れている。別の実施形態は、本開示において上述されている。
一部の実施形態において、共通塩基配列は、ＤＮＡ切断パターンおよび／またはステレオランダムな切断パターンが、標的核酸配列内またはその近傍に主要な切断部位を有する配列である。一部の実施形態において、主要な切断部位は、その部位での絶対的な切断により定義される（全標的配列に対するその部位での切断の％）。主要な切断部位の別の例の実施形態は、本開示に記載されている。一部の実施形態において、図３３により例示の通り、特徴的な配列要素に対して相補的な異なる配列の切断地図を比較することにより、共通塩基配列（Ｐ１２）が同定されてもよい。
一部の実施形態において、本開示は、特定の配列のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物（この組成物は標的配列の転写物の選択的抑制を提供する）を調製するための方法を提供し、本方法は、
１）特定の配列と同じである共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン（このパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む）によって特徴づけられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する工程を含むが、ここで；
各ｎおよびｔは独立して１、２、３、４、５、６、７または８であり；
ｍは２、３、４、５、６、７または８であり、
各Ｎｐは独立したＲｐまたはＳｐである。
疾患を引き起こす対立遺伝子に関わる疾患は、当技術分野において広く知られており、Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２−５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１３，４１（２１），９６３４−９６５０；Ｊｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３，３４２，１１１−１１４に記載のものを含むが、これらには限定されない。一部の実施形態において、疾患はハンチントン病である。いくつかの実施形態において、疾患はヒト肥大型心筋症（ＨＣＭ）である。一部の実施形態において、疾患は拡張型心筋症である。一部の実施形態において、疾患を引き起こす対立遺伝子は、ミオシン重鎖（ＭＨＣ）の対立遺伝子である。一部の実施形態において、疾患の例は、以下から選択される：
Figure 2019516680
Figure 2019516680
Figure 2019516680
一部の実施形態で、提供したキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法によって治療できる標的および疾患の例には以下を含む：
Figure 2019516680
Figure 2019516680
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一部の実施形態において、本明細書に記述されたオリゴヌクレオチド組成物および技術はハンチントン病の治療に特に有用である。例えば、一部の実施形態において、本開示は、ハンチントン病に関連する核酸の切断（例えば、ＲＮＡｓｅ Ｈ媒介切断）を導く立体化学的に制御されたオリゴヌクレオチド組成物を定義する。一部の実施形態において、このような組成物は、配列の１つまたは複数の（例えば、すべて非ハンチントン病関連の）他の対立遺伝子と比べて、特定の標的配列のハンチントン病関連対立遺伝子の優先的な切断を導く。
一部の実施形態において、以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与するステップを含む、対象のハンチントン病を治療または予防するための提供される方法であって、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されている。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。一部の実施形態において、提供される組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
ハンチントン病に関連するＳＮＰは、当技術分野において広く知られている。一部の実施形態において、共通塩基配列は、ハンチントン病に関連するＳＮＰを含む核酸配列に対して相補的である。一部の実施形態において、提供される組成物は、疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物を選択的に抑制する。一部の実施形態において、提供される組成物は、疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物を選択的に切断する。提供される組成物によって標的にされ得る例のＳＮＰ（標的ハンチンチン部位）は、本明細書に記述される。
一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位は、ｒｓ９９９３５４２＿Ｃ、ｒｓ３６２３１０＿Ｃ、ｒｓ３６２３０３＿Ｃ、ｒｓ１０４８８８４０＿Ｇ、ｒｓ３６３１２５＿Ｃ、ｒｓ３６３０７２＿Ａ、ｒｓ７６９４６８７＿Ｃ、ｒｓ３６３０６４＿Ｃ、ｒｓ３６３０９９＿Ｃ、ｒｓ３６３０８８＿Ａ、ｒｓ３４３１５８０６＿Ｃ、ｒｓ２２９８９６７＿Ｔ、ｒｓ３６２２７２＿Ｇ、ｒｓ３６２２７５＿Ｃ、ｒｓ３６２３０６＿Ｇ、ｒｓ３７７５０６１＿Ａ、ｒｓ１００６７９８＿Ａ、ｒｓ１６８４３８０４＿Ｃ、ｒｓ３１２１４１９＿Ｃ、ｒｓ３６２２７１＿Ｇ、ｒｓ３６２２７３＿Ａ、ｒｓ７６５９１４４＿Ｃ、ｒｓ３１２９３２２＿Ｔ、ｒｓ３１２１４１７＿Ｇ、ｒｓ３０９５０７４＿Ｇ、ｒｓ３６２２９６＿Ｃ、ｒｓ１０８８５０＿Ｃ、ｒｓ２０２４１１５＿Ａ、ｒｓ９１６１７１＿Ｃ、ｒｓ７６８５６８６＿Ａ、ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ、ｒｓ４６９００７３＿Ｇ、ｒｓ２２８５０８６＿Ａ、ｒｓ３６２３３１＿Ｔ、ｒｓ３６３０９２＿Ｃ、ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ、ｒｓ４６９００７２＿Ｔ、ｒｓ７６９１６２７＿Ｇ、ｒｓ２２９８９６９＿Ａ、ｒｓ２８５７９３６＿Ｃ、ｒｓ６４４６７２３＿Ｔ、ｒｓ７６２８５５＿Ａ、ｒｓ１２６３３０９＿Ｔ、ｒｓ２７９８２９６＿Ｇ、ｒｓ３６３０９６＿Ｔ、ｒｓ１００１５９７９＿Ｇ、ｒｓ１１７３１２３７＿Ｔ、ｒｓ３６３０８０＿Ｃ、ｒｓ２７９８２３５＿Ｇおよびｒｓ３６２３０７＿Ｔから選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位は、ｒｓ３４３１５８０６＿Ｃ、ｒｓ３６２２７３＿Ａ、ｒｓ３６２３３１＿Ｔ、ｒｓ３６３０９９＿Ｃ、ｒｓ７６８５６８６＿Ａ、ｒｓ３６２３０６＿Ｇ、ｒｓ３６３０６４＿Ｃ、ｒｓ３６３０７５＿Ｇ、ｒｓ２２７６８８１＿Ｇ、ｒｓ３６２２７１＿Ｇ、ｒｓ３６２３０３＿Ｃ、ｒｓ３６２３２２＿Ａ、ｒｓ３６３０８８＿Ａ、ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ、ｒｓ３０２５８３８＿Ｃ、ｒｓ３６３０８１＿Ｇ、ｒｓ３０２５８４９＿Ａ、ｒｓ３１２１４１９＿Ｃ、ｒｓ２２９８９６７＿Ｔ、ｒｓ２２９８９６９＿Ａ、ｒｓ１６８４３８０４＿Ｃ、ｒｓ４６９００７２＿Ｔ、ｒｓ３６２３１０＿Ｃ、ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ、ｒｓ２５３０５９５＿Ｃ、ｒｓ２５３０５９５＿Ｔおよびｒｓ２２８５０８６＿Ａから選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位は、ｒｓ３４３１５８０６＿Ｃ、ｒｓ３６２２７３＿Ａ、ｒｓ３６２３３１＿Ｔ、ｒｓ３６３０９９＿Ｃ、ｒｓ７６８５６８６＿Ａ、ｒｓ３６２３０６＿Ｇ、ｒｓ３６３０６４＿Ｃ、ｒｓ３６３０７５＿Ｇ、ｒｓ２２７６８８１＿Ｇ、ｒｓ３６２２７１＿Ｇ、ｒｓ３６２３０３＿Ｃ、ｒｓ３６２３２２＿Ａ、ｒｓ３６３０８８＿Ａ、ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ、ｒｓ３０２５８３８＿Ｃ、ｒｓ３６３０８１＿Ｇ、ｒｓ３０２５８４９＿Ａ、ｒｓ３１２１４１９＿Ｃ、ｒｓ２２９８９６７＿Ｔ、ｒｓ２２９８９６９＿Ａ、ｒｓ１６８４３８０４＿Ｃ、ｒｓ４６９００７２＿Ｔ、ｒｓ３６２３１０＿Ｃ、ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ、およびｒｓ２２８５０８６＿Ａから選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位はｒｓ３６２３３１＿Ｔ，ｒｓ７６８５６８６＿Ａ，ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ，ｒｓ２２９８９６９＿Ａ，ｒｓ４６９００７２＿Ｔ，ｒｓ２０２４１１５＿Ａ，ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ，ｒｓ２２８５０８６＿Ａ，ｒｓ３６３０９２＿Ｃ，ｒｓ７６９１６２７＿Ｇ，ｒｓ１００１５９７９＿Ｇ，ｒｓ９１６１７１＿Ｃ，ｒｓ６４４６７２３＿Ｔ，ｒｓ１１７３１２３７＿Ｔ，ｒｓ３６２２７２＿Ｇ，ｒｓ４６９００７３＿Ｇおよびｒｓ３６３０９６＿Ｔから選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位はｒｓ３６２２６７、ｒｓ６８４４８５９、ｒｓ１０６５７４６、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２３３１、ｒｓ３６２３３６、ｒｓ２０２４１１５、ｒｓ３６２２７５、ｒｓ３６２２７３、ｒｓ３６２２７２、ｒｓ３０２５８０５、ｒｓ３０２５８０６、ｒｓ３５８９２９１３、ｒｓ３６３１２５、ｒｓ１７７８１５５７、ｒｓ４６９００７２、ｒｓ４６９００７４、ｒｓ１５５７２１０、ｒｓ３６３０８８、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ３６２３０８、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ３６２３０６、ｒｓ３６２３０５、ｒｓ３６２３０４、ｒｓ３６２３０３、ｒｓ３６２３０２、ｒｓ３６３０７５、ｒｓ２５３０５９５、およびｒｓ２２９８９６９から選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチン部位はｒｓ３６２２６７、ｒｓ６８４４８５９、ｒｓ１０６５７４６、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２３３１、ｒｓ３６２３３６、ｒｓ２０２４１１５、ｒｓ３６２２７５、ｒｓ３６２２７３、ｒｓ３６２２７２、ｒｓ３０２５８０５、ｒｓ３０２５８０６、ｒｓ３５８９２９１３、ｒｓ３６３１２５、ｒｓ１７７８１５５７、ｒｓ４６９００７２、ｒｓ４６９００７４、ｒｓ１５５７２１０、ｒｓ３６３０８８、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ３６２３０８、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ３６２３０６、ｒｓ３６２３０５、ｒｓ３６２３０４、ｒｓ３６２３０３、ｒｓ３６２３０２、ｒｓ３６３０７５、およびｒｓ２２９８９６９から選択される。一部の実施形態において、標的ハンチンチンサイトは以下から選択される：
Figure 2019516680
Figure 2019516680
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は２つ以上の部位を標的とする。一部の実施形態において、標的となる２つ以上の部位が本明細書に列挙されている。一部の実施形態において、標的ＳＮＰは、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１またはｒｓ３６２３０６である。一部の実施形態において、標的ＳＮＰは、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、またはｒｓ３６２３０６である。一部の実施形態において、標的ＳＮＰは、ｒｓ３６２３０７である。一部の実施形態において、標的ＳＮＰは、ｒｓ７６８５６８６である。一部の実施形態において、標的ＳＮＰは、ｒｓ７６８５６８６ではない。一部の実施形態において、標的ＳＮＰはｒｓ３６２２６８である。一部の実施形態において、標的ＳＮＰはｒｓ３６２３０６である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、特定のＳＮＰの２つの対立遺伝子を区別することができる。
ＷＶＥ１２０１０１およびＷＶ−１０９２の両方のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ｗｔとＳＮＰ ｒｓ３６２３０７の変異バージョンとを区別することができた（これらは１つのｎｔが異なる。）；ＷＶＥ１２０１０１およびＷＶ−１０９２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はいずれも変異対立遺伝子を著しくノックダウンしたが、ｗｔはそうではなく、一方、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物であるＷＶ−１４９７は、ｗｔと変異対立遺伝子をさほど区別することはできなかった（図３９Ｄ参照）。
ＷＶ−２５９５のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物も、ＳＮＰ ｒｓ２５３０５９５のＣ対立遺伝子とＴ対立遺伝子を区別することができた（これらもただ１つのｎｔで異なる）。対立遺伝子をさほど区別することはできなかったＷＶ−２６１１のステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物とは異なり、キラル制御されたＷＶ−２５９５オリゴヌクレオチド組成物は、Ｔ対立遺伝子を著しくノックダウンしたが、Ｃ対立遺伝子はそうではなかった（図３９Ｆ参照）。
ＷＶ−２６０３のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＳＮＰ ｒｓ３６２３３１のＣ対立遺伝子とＴ対立遺伝子を区別することができた（これらもただ１つのｎｔで異なる）。対立遺伝子をさほど区別することはできなかったＷＶ−２６１９のステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物とは異なり、キラル制御されたＷＶ−２６０３オリゴヌクレオチド組成物は、Ｔ対立遺伝子を著しくノックダウンしたが、Ｃ対立遺伝子はそうではなかった（図３９Ａ、図３９Ｂ、図３９Ｃおよび図３９Ｅ参照）。
一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ１、表Ｎ２、表Ｎ３または表Ｎ４から選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ１から選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ２から選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ３から選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ４から選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａまたは表Ｎ４Ａから選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ１Ａから選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ２Ａから選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ３Ａから選択される。一部の実施形態において、ハンチントン病を治療するための提供される組成物は、表Ｎ４Ａから選択される。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０８７である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９０である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９１である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３７８である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２３８０である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１５１０である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１９である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１１である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１８である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１１である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０１である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６０３である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９０である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９１である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−１０９２である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−２６１８である。一部の実施形態において、提供される組成物はＷＶ−９３７である。一部の実施形態において、ＷＶ−９３７、ＷＶＥ１２０１０１、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−９３７、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２３７８、およびＷＶ−２３８０の配列を持つオリゴヌクレオチドから選択され、これらのそれぞれは、例えば、デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイのｉｎ ｖｉｔｒｏで示されたように、構築され非常に効果的であることが分かった。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−９３７、ＷＶＥ１２０１０１、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２３７８、またはＷＶ−２３８０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−９３７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０８７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０９０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０９１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１０９２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１５１０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２３７８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２３８０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２５９５のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６０３のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２３７８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２３８０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１５１０のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６１９のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６１１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−１４９７のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６０２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６１８のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＷＶ−２６０１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含む。
一部の実施形態において、提供される組成物は、ＯＮＴ−４５１、ＯＮＴ−４５２またはＯＮＴ−４５０の組成物ではない。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＯＮＴ−４５１の組成物ではない。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＯＮＴ−４５２の組成物ではない。一部の実施形態において、提供される組成物は、ＯＮＴ−４５０の組成物ではない。一部の実施形態において、組成物は、所定のレベルのＯＮＴ−４５１またはＯＮＴ−４５２を含まない。一部の実施形態において、組成物は、所定のレベルのＯＮＴ−４５１を含まない。一部の実施形態において、組成物は、所定のレベルのＯＮＴ−４５２を含まない。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプは、ＯＮＴ−４５１またはＯＮＴ−４５２ではない。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプは、ＯＮＴ−４５１ではない。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプは、ＯＮＴ−４５２ではない。一部の実施形態において、組成物は、ＯＮＴ−４５１またはＯＮＴ−４５２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ではない。一部の実施形態において、組成物は、ＯＮＴ−４５１のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ではない。一部の実施形態において、組成物は、ＯＮＴ−４５２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ではない。
一部の実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の症状を寛解する。一部の実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の発症を遅らせる。一部の実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の進行を遅らせる。一部の実施形態において、提供される方法は、ハンチントン病の進行を止める。一部の実施形態において、提供される方法は、臨床標準に従ってハンチントン病を治癒する。
一部の実施形態において、本開示は、所与のオリゴヌクレオチド組成物について、患者を同定するための方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、患者層別化のための方法を提供する。一部の実施形態において、提供される方法は、疾患を引き起こす対立遺伝子に関連する突然変異および／またはＳＮＰを同定するステップを含む。例えば、一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチントン病に関連するか、またはハンチントン病を引き起こす伸長ＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の３５を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の３６を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の３７を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の３８を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の３９を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象において、ハンチンチン内の４０を超えるＣＡＧリピートに関連するＳＮＰを同定するステップを含む。
一部の実施形態において、対象は、対象のハンチンチン遺伝子にＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象はＳＮＰを有し、ここで、１つの対立遺伝子は、伸長ＣＡＧリピートに関連する変異ハンチンチンである。一部の実施形態において、対象は、本明細書に記載のＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１またはｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、またはｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ３６２３０７から選択されるＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ７６８５６８６から選択されるＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ３６２２６８から選択されるＳＮＰを有する。一部の実施形態において、対象は、ｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する。
一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、疾患を引き起こす対立遺伝子（変異体）からのＳＮＰを含む配列に対して相補的な配列を持ち、組成物は疾患を引き起こす対立遺伝子からの発現を選択的に抑制する。一部の実施形態において、ＳＮＰは、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１またはｒｓ３６２３０６である。一部の実施形態において、ＳＮＰは、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８またはｒｓ３６２３０６である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０７である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ７６８５６８６である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２２６８である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３０６である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ２５３０５９５である。一部の実施形態において、ＳＮＰはｒｓ３６２３３１である。
当業者には理解されるように、様々な方法を用いて治療プロセスをモニターしてもよい。一部の実施形態において、変異ＨＴＴ（ｍＨＴＴ）が脳脊髄液から評価されてもよく（Ｗｉｌｄら、Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｎｔ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ ｆｒｏｍ Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１５；１２５（５）：１９７９−８６）、これを用いて治療をモニターしてもよい。一部の実施形態において、この手法を用いてレジメンを決定および／または最適化してもよく、薬力学的エンドポイントをモニターしてもよく、かつ／あるいは投与量および投与の頻度などを決定してもよい。
提供される方法は、ミスマッチを含む任意の同様の標的に当てはまることが当業者には理解される。一部の実施形態において、ミスマッチは、母系遺伝子と父系遺伝子の間にある。対立遺伝子特異的抑制および／またはノックダウンを含む、抑制および／またはノックダウンのための別の標的例は、任意の疾患に関連する任意の遺伝子異常（ｇｅｎｅｔｉｃ ａｂｎｏｒｍａｌｔｉｅｓ）、例えば、突然変異であり得る。一部の実施形態において、標的、または１組の標的は、例えば、Ｘｉｏｎｇら、Ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｃｏｄｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｎｅｗ ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ ｏｆ ｄｉｓｅａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｖｏｌ．３４７ ｎｏ．６２１８ ＤＯＩ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．１２５４８０６に開示されるように、疾患の遺伝的決定因子から選択される。一部の実施形態において、ミスマッチは、変異型と野生型の間にある。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、疾患において突然変異を有するオリゴヌクレオチドを選択的に抑制するために用いられる。一部の実施形態において、疾患は癌である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、癌において突然変異を有する転写物を選択的に抑制するために用いられる。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、ＫＲＡＳの転写物を抑制するために用いられる。標的ＫＲＡＳ部位の例は、Ｇ１２Ｖ＝ＧＧＵ→ＧＵＵ ２２７位 Ｇ→Ｕ、Ｇ１２Ｄ＝ＧＧＵ→ＧＡＵ ２２７位 Ｇ→ＡおよびＧ１３Ｄ＝ＧＧＣ→ＧＡＣ ２３０位 Ｇ→Ａを含む。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、生物において、転写物の対立遺伝子特異的抑制をもたらす。一部の実施形態において、生物は、２つ以上の対立遺伝子が存在する標的遺伝子を含む。例えば、対象は、その正常組織において野生型遺伝子を有する一方、同じ遺伝子は、腫瘍においてなど、患部組織において変異される。一部の実施形態において、本開示は、１つの対立遺伝子、例えば、突然変異またはＳＮＰを有する対立遺伝子を選択的に抑制するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、より高い効果および／または低い毒性、および／または本出願に記載の他の利益を有する治療を提供する。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、このような組成物を用いて、提供される方法は、１つを超える標的を標的にすることができる。一部の実施形態において、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上の標的を標的にする。一部の実施形態において、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のミスマッチを標的にする。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドタイプは、２つ以上の標的、例えば、突然変異を標的にする。一部の実施形態において、１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの標的領域は、２つの突然変異またはＳＮＰなど、２つ以上の「標的部位」を含む。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、任意選択で修飾塩基または糖を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾塩基または糖も持たない。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾塩基も持たない。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基および糖を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む。オリゴヌクレオチドの修飾塩基および糖は、当技術分野において広く知られており、本開示に記載のものを含むが、これらに限定されない。一部の実施形態において、修飾塩基は５−ｍＣである。一部の実施形態において、修飾糖は２’−修飾糖である。オリゴヌクレオチド糖の適切な２’−修飾は、当業者に広く知られている。一部の実施形態において、２’−修飾は２’−ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない。）を含むが、これに限定されない。一部の実施形態において、２’−修飾は２’−ＯＲ１（式中、Ｒ１は、置換されてもよいＣ１−６脂肪族である。）である。一部の実施形態において、２’−修飾は２’−ＭＯＥである。一部の実施形態において、修飾は２’−ハロゲンである。いくかの実施形態において、修飾は２’−Ｆである。一部の実施形態において、修飾塩基または糖は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の活性、安定性および／または選択性をさらに向上させてもよく、その組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、予想外の活性、安定性および／または選択性をもたらす。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾塩糖も持たない。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような２’−修飾糖も持たない。一部の実施形態において、本開示は、驚いたことに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を用いることにより、安定性、活性、および／または切断パターンの制御に修飾糖が必要ないことが明らかになった。さらに、一部の実施形態において、本開示は、驚いたことに、修飾糖を持たないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、安定性、活性、ターンオーバーおよび／または切断パターンの制御の点で、より良い特性を与えることが明らかになった。例えば、一部の実施形態において、驚いたことに、修飾糖を持たないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、修飾糖を持つオリゴヌクレオチドの組成物よりも、はるかに速く切断産物から解離し、大幅に高いターンオーバーをもたらすことが明らかになった。
一部の実施形態において、提供される方法に有用な、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、本開示に詳しく記載の構造を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、記載の翼−コア−翼構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍＲｐを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載のＲｐ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）２を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍＲｐ（Ｓｐ）ｔを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）ｍを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、ＳｐＲｐＳｐＳｐを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、ＳｐＲｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、ただ１つのＲｐを有し、他のヌクレオチド間結合はそれぞれ、Ｓｐである。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、本開示に記載の通り、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３２、３５、４０、４５または５０より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１０より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１１より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１２より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１３より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１４より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１５より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１６より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１７より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１８より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、１９より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２０より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２１より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２２より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２３より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２４より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２５より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２６より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２７より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２８より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、２９より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３０より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３１より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３２より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３３より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３４より長い。一部の実施形態において、共通塩基の長さは、３５より長い。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、高いターンオーバーをもたらす。一部の実施形態において、核酸高分子からの切断産物は、基準オリゴヌクレオチド組成物（例えば、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物）のオリゴヌクレオチドからの解離よりも速い速度で、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドから解離する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物よりも、少ない単位投与、および／または総投与量、および／または少ない服用で投与することができる。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物と比べたとき、その共通塩基配列に対して相補的である核酸高分子の配列、または、その共通塩基配列内の配列に、少ない切断部位をもたらす。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、その共通塩基配列に対して相補的である核酸高分子の配列に、より少ない切断部位をもたらす。一部の実施形態において、核酸高分子は、共通塩基配列に対して相補的である配列内の単一部位、または、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、共通塩基配列内の配列で、選択的に切断される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、共通塩基配列に対して相補的である配列内の切断部位、または、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、共通塩基配列内の配列で、より高い切断割合をもたらす。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対して相補的である配列内の切断部位で、より高い切断割合をもたらす。一部の実施形態において、より高い切断割合を有する部位は、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときの切断部位である。一部の実施形態において、より高い切断割合を有する部位は、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときに存在しない切断部位である。
驚いたことに、相補的配列の切断部位の数が減少すると、切断速度が予想外に高くなり、かつ／または、より高い切断割合が実現されることが明らかになっている。本開示の実施例に示される通り、標的核酸高分子の相補的な配列内に、より少ない切断部位を生じる、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、特に単一部位の切断をもたらすものは、はるかに高い切断速度、および、はるかに低いレベルの残留する未切断の核酸高分子をもたらす。このような結果は、切断速度を高めるために、より多くの切断部位が追求されてきた当技術分野の一般的な教示とは著しい対照をなす。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物と比べて、切断速度を１．５倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも２倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも３倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも４倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも５倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも６倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも７倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも８倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも９倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１１倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１２倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１３倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１４倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１５倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも２０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも３０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも４０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも５０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも６０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも７０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも８０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも９０倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも１００倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも２００倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも３００倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも４００倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも５００倍高める。一部の実施形態において、切断速度を少なくとも５００倍以上高める。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、低いレベルの残留する未切断の標的核酸高分子をもたらす。一部の実施形態において、残留するレベルは１．５倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも２倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも３倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも４倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも５倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも６倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも７倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも８倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも９倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１１倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１２倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１３倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１４倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１５倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも２０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも３０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも４０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも５０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも６０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも７０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも８０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも９０倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１００倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも２００倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも３００倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも４００倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも５００倍低い。一部の実施形態において、残留するレベルは少なくとも１０００倍低い。
本明細書に詳細に論じられる通り、本開示は他のことに加えてとりわけキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を提供し、このことはその組成物が少なくとも１つのタイプのオリゴヌクレオチドを複数含有することを意味する。特定の「タイプ」の各オリゴヌクレオチド分子は、（１）塩基配列、（２）骨格結合のパターン、（３）骨格キラル中心のパターン、及び（４）骨格Ｐ−修飾成分のパターン、の点から予め選択した（例えば、所定の）構造要素からなる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、単一の合成プロセスで調製されるオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、単一オリゴヌクレオチド分子（例えば、オリゴヌクレオチドに沿った複数の異なる残基が異なる立体化学を有する）内に１つより多いキラル構成を有するオリゴヌクレオチドを含有し；いくつかのかかる実施形態では、かかるオリゴヌクレオチドは、１つより多いキラル結合をもった個々のオリゴヌクレオチド分子を二次的な結合ステップで生成する必要なく、単一の合成プロセスで得ることができる。
本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、転写、翻訳、免疫応答、エピジェネティクス等を含み、但しこれらに限定されないいくつかの細胞関連のプロセス及び機構を調節する剤として用いることができる。加えて、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、研究及び／又は診断目的の試薬として用いることができる。当業者は、本明細書の本開示は、特定の使用に限定されないが、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましいどのような状況にも応用し得るということを容易に認識するものである。他のことに加えてとりわけ、提供される組成物は、治療、診断、農業、及び／又は研究の種々の用途において有用である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に詳細に記載される１つ又は複数の構造的修飾を含むオリゴヌクレオチド及び／又はその残基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、１つ又は複数の核酸類似体を含有するオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、固定化核酸（ＬＮＡ）、モルホリノ、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、アラビノース核酸（ＡＮＡ）、２’−フルオロアラビノース核酸（ＦＡＮＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、アンヒドロヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および／または非固定化核酸（ＵＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、および／またはゼノ核酸（ＸＮＡ）、ならびにこれらの任意の組み合わせを含むが、これらには限定されない１つまたは複数の人工核酸または残基（例えば、ヌクレオチド類似体）を含むオリゴヌクレオチドを含む。
いずれの実施形態においても本開示は、遺伝子発現、免疫応答等のオリゴヌクレオチドに基づく調節に有用である。したがって、本開示の立体的に規定されるオリゴヌクレオチド組成物は、所定のタイプの（即ち、キラル制御されており、任意でキラル純粋である）オリゴヌクレオチドを含有するものであり、従来の立体的にランダム又はキラル不純（ｃｈｉｒａｌｌｙ ｉｍｐｕｒｅ）な相当物の代わりに用いることができる。一部の実施形態では、提供される組成物は、意図する効果の増強及び／又は望ましくない副作用の低減を示す。本開示の生物学的用途及び臨床的／治療的用途のある特定の実施形態は、下に明示的に論じる。
種々の投与計画を利用して、提供されるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を投与することが可能である。一部の実施形態では、時間の間隔を空けて複数単位用量を投与する。一部の実施形態では、所与の組成物は推奨投与計画を有し、これには１回又は複数回の服用が関わりうる。一部の実施形態では、投与計画は、同じ長さの時間によってそれぞれ互いに隔てられる複数回の服用を含み；一部の実施形態では、投与計画は複数回の服用と、個々の服用を隔てる少なくとも２つの異なる時間とを含む。一部の実施形態では、投与計画内の全ての服用は、単位用量が同じである。一部の実施形態では、投与計画内の複数の異なる服用は、量が異なる 一部の実施形態では、投与計画は、第１の用量の第１の服用と、それに続く第１の用量とは異なる第２の用量の１回又は複数回の追加的服用を含む。一部の実施形態では、投与計画は、第１の用量の第１の服用と、それに続く第１の服用（又は前の別の服用）の量と同じか又は異なる第２の（又は後続の）用量の１回又は複数回の追加服用を含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも１日間に少なくとも１単位用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも１日の期間、時には１日より長い期間にわたって１回分より多い用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は少なくとも週の期間にわたって複数回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、期間は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間である。一部の実施形態では、投与計画は、１週間より長い間に、１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間に、１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、１回分の用量を２週間ごとに、２週間より長い期間投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３ ２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間にわたって、１回分の用量を２週間ごとに投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、１ヶ月間に１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、１ヶ月より長い間に、１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月、又はそれより長い間に１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約１０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約２０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約３０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、２６週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物、及び／又は、同じ配列の異なるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物に利用される投与計画とは異なる投与計画に従って投与する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物の投与計画に比べて低減された投与計画に従って投与し、これは、後者が所与の単位時間にわたってより低い総曝露量レベルを達成し、１回又は複数回のより低い単位用量を含み、かつ／又は、所与の単位時間にわたってより少ない数回の服用を含むということである。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物の投与計画よりも長い期間にわたる投与計画に従って投与する。 理論によって限定されることを望まないが、一部の実施形態では、より短期的な投与計画及び／又はより長い服用間隔は、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物の安定性、生物学的利用率、及び／又は有効性の向上によるものであり得る、ということを出願人は注記する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物に比べてより長い投与計画を有する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物に比べて、少なくとも２つの服用間の期間がより短い。理論によって限定されることを望まないが、一部の実施形態では、より長期的な投与計画及び／又はより短期的な服用間隔は、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物の安全性の向上によるものであり得る、ということを出願人は注記する。
単一用量は、用途によって望ましい適切な種々の量の一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有していてもよい。一部の実施形態では、単一用量は、約１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、又はそれ以上（例えば、約３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、又それ以上）ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約１ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約５ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約１０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約１５ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約２０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約１００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約１５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約２００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約２５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、単一用量は、約３００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が少ない量で投与する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、有効性が向上しているために、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が少ない量で投与する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が多い量で投与する。一部の実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、安全性が向上しているために、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が多い量で投与する。
生物活性オリゴヌクレオチド
本明細書で使用される、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖及び／又は複数鎖のオリゴヌクレオチドを含んでよい。一部の実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、使用される一本鎖オリゴヌクレオチドさえも少なくとも部分的に二本鎖の特性を有することができるように、関連条件下でハイブリダイズし得る自己相補性部分を含む。一部の実施形態では、提供される組成物に含まれるオリゴヌクレオチドは、一本鎖、二本鎖、又は三本鎖である。一部の実施形態では、提供される組成物に含まれるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に一本鎖部分及び複数鎖部分を含む。一部の実施形態では、上記のように、各々の一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域及び複数鎖領域を有することができる。
一部の実施形態では、提供される組成物は、構造遺伝子、遺伝子制御及び／又は終端領域、及び／又は自己複製系、例えばウイルス又はプラスミドＤＮＡの鎖に対して完全に又は部分的に相補的な１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、ｓｉＲＮＡ又は他のＲＮＡ干渉試薬（ＲＮＡｉ剤又はｉＲＮＡ剤）、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、自己開裂ＲＮＡ、リボザイム、その断片及び／又はその変異体（例えば、ペプチジルトランスフェラーゼ２３Ｓ ｒＲＮＡ、ＲＮａｓｅ Ｐ、グループＩ及びグループＩＩイントロン、ＧＩＲ１分岐リボザイム、レッドザイム、ヘアピンリボザイム、ハンマーヘッド型リボザイム、ＨＤＶリボザイム、哺乳動物ＣＰＥＢ３リボザイム、ＶＳリボザイム、ｇｌｍＳリボザイム、ＣｏＴＣリボザイム等）、マイクロＲＮＡ、マイクロＲＮＡミミック、スーパーｍｉｒ、アプタマー、アンチｍｉｒ、アンタゴニスト、アンタゴｍｉｒ、Ｕｌアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、ＲＮＡアクチベータ、長鎖非コーディングＲＮＡ、短鎖非コーディング（例えば、ｐｉＲＮＡｓ）、免疫調節オリゴヌクレオチド（免疫刺激オリゴヌクレオチド、免疫阻害オリゴヌクレオチド）、ＧＮＡ、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＴＮＡ、ＨＮＡ、ＴＮＡ、ＸＮＡ、ＨｅＮＡ、ＣｅＮＡ、モルフォルノ、Ｇ−四重鎖（ＲＮＡ及びＤＮＡ）、抗ウイルスオリゴヌクレオチド、及びデコイ・オリゴヌクレオチドである、又はそのようなものとして働く、１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される組成物は、１つ又は複数のハイブリッド（例えば、キメラ）オリゴヌクレオチドを含む。本開示の文脈において、「ハイブリッド」という用語は、オリゴヌクレオチドの混合構成成分を広く意味する。ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、例えば、（１）混合した種類のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド分子、例えば、単一分子（例えば、ＤＮＡ−ＲＮＡ）内の部分的ＤＮＡ及び部分的ＲＮＡ；（２）ＤＮＡ−ＲＮＡ塩基対形成が分子内又は分子間のいずれか、あるいはその両方で起こるような、異なった種類の核酸の相補対；（３）２つ以上の種類の骨格又は塩基間結合を有するオリゴヌクレオチドを意味し得る。
一部の実施形態では、提供される組成物は、単一分子内に１種類を超えるの核酸残基を含む１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含む。例えば、本明細書に記載の実施態様のいずれかでは、オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ部分及びＲＮＡ部分を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非修飾部分及び修飾部分を含み得る。
提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、例えば本明細書に記載の、さまざまな修飾のいずれかを含むオリゴヌクレオチドを含むことができる。一部の実施形態では、例えば意図した使用の点から特定の修飾が選択される。一部の実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチド（又は、一本鎖オリゴヌクレオチドの二本鎖部分）の１又は両鎖を修飾することが好ましい。一部の実施形態では、二本鎖（又は部分）は、異なった修飾を含む。一部の実施形態では、二本鎖は、同一の修飾を含む。当業者は、本発明の方法によって可能となる修飾の程度及び種類により、修飾の多数の順列の作成が可能になることを理解するだろう。このような修飾の例が本明細書に記載されているが、制限的であることを意図しない。
本明細書で使用される用語「アンチセンス鎖」は、対象の標的配列に実質的に又は１００％相補性であるオリゴヌクレオチドを意味する。「アンチセンス鎖」という用語は、２つの別々の鎖から形成される両オリゴヌクレオチドのアンチセンス領域、及びヘアピン又はダンベル型構造を形成することができる単分子オリゴヌクレオチドを含む。「アンチセンス」及び「ガイド鎖」という用語は本明細書で互換的に使用される。
「センス鎖」という用語は、全部又は一部において、メッセンジャーＲＮＡ又はＤＮＡの配列のような標的配列と同一のヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。「センス鎖」という用語及び「パッセンジャー鎖」は本明細書で互換的に使用される。
「標的配列」は、その発現又は活性が調節される任意の核酸配列を意味する。標的核酸は、ＤＮＡ又はＲＮＡ、例えば、内因性ＤＮＡもしくはＲＮＡ、ウイルスＤＮＡもしくはウイルスＲＮＡ、又は遺伝子によってコードされる他のＲＮＡ、ウイルス、細菌、真菌、哺乳動物、あるいは植物でよい。一部の実施形態では、標的配列は疾患又は障害に関連する。一部の実施形態において、標的配列は、ハンチンチン遺伝子の一部であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、標的配列は、ＳＮＰを含むハンチンチン遺伝子の一部であるか、またはこれを含む。
「特異的にバイブリダイズすることができる」及び「相補的」は、核酸が、典型的なワトソンクリック又は他の非典型型のいずれかによって、もう一つの核酸配列と水素結合（複数）を形成できることを意味する。本開示の核酸分子と関連して、核酸分子とその相補性配列との結合自由エネルギーは、核酸の関連機能を進行させる、例えば、ＲＮＡｉ活性、には十分である。核酸分子の結合自由エネルギーの決定は、当該分野では周知である（例えば、Ｔｕｒｎｅｒ 他，１９８７，ＣＳＨ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．ＬＩＴ ｐｐ．１２３−１３３；Ｆｒｉｅｒ他．，１９８６，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８３：９３７３−９３７７；Ｔｕｒｎｅｒ他，１９８７，／．Ａｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０９：３７８３−３７８５参照）。
相補性のパーセントは、第二の核酸配列との水素結合（例えば、ワトソンクリック塩基対）を形成できる核酸分子中の連続残基のパーセンテージを示す（例えば、１０個のうち５、６、７、８、９、１０個は、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、及び１００％相補性である）。「完全に相補性」又は１００％相補性は、核酸配列のすべての連続残基が同数の第２核酸配列中の連続残基と水素結合を形成することになる、ことを意味する。完全ではない相補性とは、２つの鎖のヌクレオシド単位の一部、但しすべてではない、が互いに水素結合を形成できる状態を意味する。「実質的に相補性」とは、非相補性であるように選択される、オーバーハングのようなポリヌクレオチド鎖領域を除いて、９０％以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖を意味する。特異的結合は、特異的結合が望ましい条件下、例えばｉｎ ｖｉｖｏアッセイ又は治療方法の場合、又はアッセイが行われる条件下でのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの場合の生理学的条件下で、オリゴマー化合物の非標的配列への非特異的結合を避けるために十分な相補性の程度を必要とする。一部の実施形態では、非標的配列は、対応する標的配列と少なくとも５個のヌクレオチドが異なる。
治療として使用されるとき、提供されるオリゴヌクレオチドは、医薬組成物として投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、その薬学的に許容可能な塩を含む提供されるオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容可能な塩の治療効果量、および薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、および薬学的に許容可能な担体から選択される少なくとも１つの薬学的に許容可能な不活性成分を含む。別の実施形態において、医薬組成物は、静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、眼投与、髄腔内投与または耳投与用に製剤化される。別の実施形態では、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与用に製剤化される。さらなる実施形態において、医薬組成物は、錠剤、ピル、カプセル、液体、吸入剤、鼻スプレー溶液、坐剤、懸濁液、ゲル、コロイド、分散物、懸濁液、溶液、乳濁液、軟膏、ローション、点眼剤、点耳剤、または人工脳脊髄液を含む調製物である。さらなる実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、液剤、乳剤、軟膏剤、ローション剤、点眼剤または点耳剤である。一部の実施形態において、医薬組成物は、脳脊髄液を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、人工脳脊髄液を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、オリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、ハンチンチン遺伝子の一部を標的にする配列を含む。一部の実施形態において、配列は、ＳＮＰを含むハンチンチン遺伝子の一部を標的にする。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターンおよび／または糖修飾のパターンは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターンおよび／または糖修飾のパターンであるか、またはこれらを含み、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の医薬組成物の任意の成分を含む医薬組成物に含まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ハンチンチン遺伝子（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子のＳＮＰ）を標的にし、オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターンおよび／または糖修飾のパターンは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターンおよび／または糖修飾のパターンであるか、またはこれらを含み、オリゴヌクレオチドは、人工脳脊髄液を含む医薬組成物に含まれ、医薬組成物は、髄腔内投与により投与される。
医薬組成物
治療として使用されるとき、本明細書に記載の提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、医薬組成物として投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容可能な塩の治療有効量、ならびに薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、および薬学的に許容可能な担体から選択される少なくとも１つの薬学的に許容可能な不活性成分を含む。一部の実施形態において、本開示は提供されるオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩を提供する。一部の実施形態において、提供される薬学的に許容可能な塩はナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供される薬学的に許容可能な塩は、全ナトリウム塩であり、ここで各酸性ヌクレオチド間結合はナトリウム塩として存在する（例えば、ＷＶ−１０９２には１９個のリン酸塩およびホスホロチオエート結合があるので、ＷＶ−１０９２については、オリゴヌクレオチドあたり１９個のＮａ＋）。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは：
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 もしくは
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 またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−１、Ｏ−Ｉ−２、Ｏ−Ｉ−３、Ｏ−Ｉ−４、Ｏ−Ｉ−５、Ｏ−Ｉ−６、Ｏ−Ｉ−７、またはＯ−Ｉ−８のナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−１、Ｏ−Ｉ−２、Ｏ−Ｉ−３、Ｏ−Ｉ−４、Ｏ−Ｉ−５、Ｏ−Ｉ−６、Ｏ−Ｉ−７、またはＯ−Ｉ−８の全ナトリウム塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−１またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−２またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−３またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−４またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−５またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−６またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−７またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−８またはその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−１の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−２の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−３の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−４の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−５の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−６の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−７の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。一部の実施形態において、式Ｏ−Ｉの提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｏ−Ｉ−８の全ナトリウム塩（１９個のＮａ＋）である。
一部の実施形態において、医薬組成物は、静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、眼投与、髄腔内投与または耳投与用に製剤化される。一部の実施形態において、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与用に製剤化される。一部の実施形態において、医薬組成物は、錠剤、ピル、カプセル、液体、吸入剤、鼻スプレー溶液、坐剤、懸濁液、ゲル、コロイド、分散物、懸濁液、溶液、乳濁液、軟膏、ローション、点眼剤、点耳剤、または人工脳脊髄液を含む調製物である。一部の実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、液剤、乳剤、軟膏剤、ローション剤、点眼剤または点耳剤である。一部の実施形態において、提供される組成物は、脳脊髄液を含む。一部の実施形態において、提供される組成物は、人工脳脊髄液を含む。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容可能な賦形剤と混合したその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者であれば、医薬組成物は、上記のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩、またはその組成物を含むことを認識するであろう。
様々な超分子ナノ担体が、核酸の送達のために使用され得る。ナノ担体の例としては、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体および様々な高分子が挙げられるが、これに限定されない。様々なポリカチオンと核酸の複合体形成は、細胞間送達のための別のアプローチであり；これには、ＰＥＧ化ポリカチオン、ポリエチレンアミン（ＰＥＩ）複合体、カチオン性ブロック共重合体、およびデンドリマーの使用を含む。ＰＥＩおよびポリアミドアミンデンドリマーを含むいくつかのカチオン性ナノ担体は、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他のアプローチとしては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドットおよびリポプレックスの使用が挙げられる。
さらなる核酸送達戦略が、本明細書に記載の送達戦略例に加えて知られている。
治療および／または診断応用では、本開示の化合物は、全身および局所または局部的投与を含む様々な投与方法のために製剤化され得る。技術および製剤は、一般に、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，（２０ｔｈ ｅｄ．２０００）中に見出される。
提供されるオリゴヌクレオチド、およびその組成物は、広い用量範囲に渡って有効である。例えば、成人治療では、１日に、約０．０１〜約１０００ｍｇ、約０．５〜約１００ｍｇ、約１〜約５０ｍｇ、および１日に、約５〜約１００ｍｇが、使用され得る用量の例である。正確な用量は、投与経路、化合物が投与される形態、被治療対象、被治療対象の体重、ならびに主治医の選好および経験に依存するだろう。
薬剤的に許容可能な塩は、一般に、当業者に周知であり、例えば、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、重酒石酸塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カルンシレート（ｃａｒｎｓｙｌａｔｅ）、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、エシレート、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコリルアルサニレート、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素、塩化水素、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、粘液酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩（エンボン酸塩）、パントテン酸塩、リン酸塩／二リン酸塩、ポリガラクツロ酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、またはテオクル酸塩が挙げられるが、これに限定されない。他の薬学的に許容可能な塩は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２０ｔｈ ｅｄ．２０００）で、見られ得る。好ましい薬剤的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素、塩化水素、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩（エンボン酸塩）、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、または酒石酸塩が挙げられる。
治療される特定の症状に応じて、かかる薬剤は、液体または固体剤形に製剤化され、全身的にまたは局所的に投与され得る。薬剤は、例えば、当業者に周知の時限的または持続的低放出形態で送達され得る。製剤技術および投与は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２０ｔｈ ｅｄ．２０００）で見出され得る。適当な経路としては、経口、口腔、吸入スプレー、舌下、直腸内、経皮、経膣、経粘膜、経鼻もしくは腸投与；筋肉内、皮下、くも膜下腔内、直接的脳（心）室内、静脈内、関節内、胸骨内、髄液包内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内、もしくは眼内注射だけでなく、髄内注射を含む非経口送達、または他の送達方法が挙げられ得る。
本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、髄腔内投与により投与される。本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、人工脳脊髄液を含み、かつ髄腔内投与により投与される。本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、人工脳脊髄液（例えば、ＮａＣｌ、ＮａＨＣＯ３、ＫＣｌ、ＮａＨ２ＰＯ４、ＭｇＣｌ２およびグルコース）の１つまたは複数の成分を含み、かつ髄腔内投与により投与される。本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、人工脳脊髄液（例えば、ＮａＣｌ、ＮａＨＣＯ３、ＫＣｌ、ＮａＨ２ＰＯ４、ＭｇＣｌ２およびグルコース）の１つまたは複数の成分を含み、かつ髄腔内投与により投与され、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、ハンチンチン遺伝子の一部を標的にする配列を含む。本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、人工脳脊髄液（例えば、ＮａＣｌ、ＮａＨＣＯ３、ＫＣｌ、ＮａＨ２ＰＯ４、ＭｇＣｌ２およびグルコース）の２つ以上の成分を含み、かつ髄腔内投与により投与され、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、ハンチンチン遺伝子の一部を標的にする配列を含む。本開示の方法または組成物の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、人工脳脊髄液（例えば、ＮａＣｌ、ＮａＨＣＯ３、ＫＣｌ、ＮａＨ２ＰＯ４、ＭｇＣｌ２およびグルコース）の３つ以上の成分を含み、かつ髄腔内投与により投与され、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、ハンチンチン遺伝子の一部を標的にする配列を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含む。一部の実施形態において、配列は、ＳＮＰを含むハンチンチン遺伝子の一部を標的にする。
注射用では、本開示の薬剤は、ハンクス液、リンゲル溶液、または生理食塩水などの生理的に適合した緩衝液中などの水溶液中に処方および希釈され得る。かかる経粘膜投与用では、浸透される関門に適切な浸透剤が、処方物に使用される。かかる浸透剤は、一般に、当分野で周知である。
本開示の実践のため開示された本明細書中の化合物を、全身投与に適した製剤に製剤化するための薬学的に許容可能な不活性担体の使用は、本発明の範囲内である。担体の適切な選択および適切な製造実践で、本開示の組成物、特に，液剤として製剤化されたものは、静脈内注射など、非経口投与され得る。
化合物は、当業者に周知の薬学的に許容可能な担体を使用して、経口投与用途に適切な製剤に容易に製剤化できる。かかる担体は、本開示の化合物を、被治療対象（例えば、患者）の経口摂取用途の錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤などとして製剤化することを可能にする。
経鼻または吸入送達用途では、本開示の薬剤は、当業者に周知の方法によっても処方することができ、例えば、生理食塩水などの可溶化、希釈、または分散物質、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤、およびフッ化炭素の例が挙げられるが、これに限定されない。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、ＣＮＳに送達される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、脳脊髄液に送達される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、脳実質に投与される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、髄腔内投与または脳室内投与によって動物／対象に送達される。中枢神経系内における、本明細書に記述されるオリゴヌクレオチドおよび組成物の広い分布は、実質内投与、髄腔内投与または脳室内投与により達成することができる。
特定の実施形態では、非経口投与は、例えば、シリンジ、ポンプなどによる注入による。特定の実施形態では、注入はボーラス注入である。特定の実施形態では、注入は、線条体、尾状核、皮質、海馬および小脳などの組織に直接実施される。
特定の実施形態では、ボーラス注入によるなど、医薬品を特異的に局在させる方法は、半有効濃度（ＥＣ５０）を２０分の１、２５分の１、３０分の１、３５分の１、４０分の１、４５分の１または５０分の１にする。特定の実施形態では、医薬品は本明細書にさらに記述されるアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、標的組織は脳組織である。特定の実施形態において、標的組織は線条体組織である。特定の実施形態では、ＥＣ５０を低下させることが望ましいが、その理由は、それを必要とする患者において薬理学的な結果を達成するのに必要な用量を減少させるからである。
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１カ月毎、２カ月毎、９０日毎、３カ月毎、６カ月毎に１回、１年に２回または１年に１回注入または輸注することにより送達される。
本開示の使用に適切な医薬組成物としては、活性成分がその意図される目的を達成するための有効量で含有される組成物が挙げられる。有効量の決定は、特に、本明細書で提供される詳細な開示に照らして、当業者なら十分に行うことができる。
活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、活性化合物を薬学的に使用され得る製剤へと処理することを促進する賦形剤および助剤を含む、適切な薬学的に許容可能な担体を含み得る。経口投与用に製剤化された製剤は、錠剤、糖衣剤、カプセル剤、または液剤の形態であり得る。
経口使用用途の医薬製剤は、活性化合物を固体賦形剤と混合し、結果として得られた混合物を随意に粉砕し、適当な助剤を添加した後、顆粒の今後物を処理して、必要に応じて、錠剤または糖衣錠コアを得ることによって得られ得る。適切な賦形剤は、特に、ラクトース、ショ糖、マンニトール、またはソルビトールを含む糖類；セルロース製剤、例えば、トウモロコシデンブン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）ナトリウム、および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ：ポビドン）などの充填剤である。必要に応じて、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣錠コアは、適当なコーティングと一緒に提供される。この目的のため、高濃度糖溶液を使用することができ、これは随意に、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、および／または二酸化チタン、ラッカー液、および適当な有機溶媒または溶媒混合物を含有してもよい。色素または顔料が、種々の組み合わせの活性化合物用量を識別または特徴付けするために、錠剤または糖衣錠コーティングに添加され得る。
経口的に使用され得る医薬製剤としては、ゼラチンで出来ているプッシュフィットカプセル剤、ならびにゼラチン、およびグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤で出来ている軟カプセル剤が挙げられる。プッシュフィットカプセル剤は、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤、および／またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、および任意選択で安定剤の混合物中に、活性成分を含み得る。軟カプセル剤中、活性化合物は、脂肪油、流動パラフィンまたは液体ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの適切な液体中に溶解または懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
治療または予防される特定の症状または病状に応じて、通常はその症状を治療または予防するために投与される追加的治療薬を、本開示のオリゴヌクレオチドと一緒に投与し得る。例えば、化学療法薬または他の抗増殖剤を、増殖性疾患および癌を治療するために、本発明のオリゴヌクレオチドと併用し得る。周知の化学療法薬の例としては、アドリアマイシン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、フルオロウラシル、トポテカン、タキソール、インターフェロン類、および白金誘導体が挙げられるが、これに限定されない。
本開示のこれらおよび他の実施形態の機能および利点は、下記実施例からもっと詳しく理解されるだろう。次の実施例は、本開示の利益を例示することを意図し、本発明の全範囲を例証するものではない。
脂質
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、１つまたは複数の脂質をさらに含む。一部の実施形態において、脂質は、組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドに結合している。一部の実施形態において、２つ以上の同じか、もしくは異なる脂質が、同じか、もしくは異なる化学的性質および／または位置によって、１つのオリゴヌクレオチドに結合することができる。一部の実施形態において、組成物は、本明細書に開示のオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチドの配列が、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、その配列からなるか、またはその配列であるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチドの配列が、表８または本明細書のその他の任意の表に開示の任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、その配列からなるか、またはその配列であるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物など）および脂質を含むことができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含み、脂質に結合している。一部の実施形態において、提供される組成物は、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドおよび脂質を含み、ここで、脂質は、オリゴヌクレオチドに結合している。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供する。本開示によって提供される技術において、多くの脂質を利用することができる。
一部の実施形態において、脂質はＲＬＤ基を含み、ここで、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ８０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２− −ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換され、ここで
各Ｒ’は独立して−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、若しくは−ＳＯ２Ｒである、又は：
２つのＲ’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意選択で置換されたアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換された二価の環であり；かつ
各Ｒは独立して、水素、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールもしくはヘテロシクリルから選択される任意選択で置換された基である。
一部の実施形態において、脂質はＲＬＤ基を含み、ここで、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２− −ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換され、ここで
各Ｒ’は独立して−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、若しくは−ＳＯ２Ｒである、又は：
２つのＲ’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意選択で置換されたアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換された二価の環であり；かつ
各Ｒは独立して、水素、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールもしくはヘテロシクリルから選択される任意選択で置換された基である。
一部の実施形態において、脂質はＲＬＤ基を含み、ここで、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ４０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２− −ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換され、ここで
各Ｒ’は独立して−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、若しくは−ＳＯ２Ｒである、又は：
２つのＲ’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意選択で置換されたアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換された二価の環であり；かつ
各Ｒは独立して、水素、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールもしくはヘテロシクリルから選択される任意選択で置換された基である。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ８０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、炭素原子および水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、炭素原子および水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ４０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族基であり、ここで、１つまたは複数のメチレン単位は、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−および−Ｃｙ−から選択される任意選択で置換された基で任意選択で独立して置換されている。一部の実施形態において、ＲＬＤは、炭素原子および水素原子からなる炭化水素基である。
ＲＬＤの脂肪族基は、様々な適切な長さであり得る。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ８０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ７５である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ７０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ６５である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ６０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ５０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ４０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ３５である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ３０である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２５である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２４である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２３である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２１である。一部の実施形態において、それはＣ１２−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１３−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１４−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１５−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１６−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１７−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１８−Ｃ２２である。一部の実施形態において、それはＣ１０−Ｃ２０である。一部の実施形態において、範囲の下端はＣ１０、Ｃ１１、Ｃ１２、Ｃ１３、Ｃ１４、Ｃ１５、Ｃ１６、Ｃ１７、またはＣ１８である。一部の実施形態において、範囲の上端はＣ１８、Ｃ１９、Ｃ２０、Ｃ２１、Ｃ２２、Ｃ２３、Ｃ２４、Ｃ２５、Ｃ２６、Ｃ２７、Ｃ２８、Ｃ２９、Ｃ３０、Ｃ３５、Ｃ４０、Ｃ４５、Ｃ５０、Ｃ５５、またはＣ６０である。一部の実施形態において、それはＣ１０である。一部の実施形態において、それはＣ１１である。一部の実施形態において、それはＣ１２である。一部の実施形態において、それはＣ１３である。一部の実施形態において、それはＣ１４である。一部の実施形態において、それはＣ１５である。一部の実施形態において、それはＣ１６である。一部の実施形態において、それはＣ１７である。一部の実施形態において、それはＣ１８である。一部の実施形態において、それはＣ１９である。一部の実施形態において、それはＣ２０である。一部の実施形態において、それはＣ２１である。一部の実施形態において、それはＣ２２である。一部の実施形態において、それはＣ２３である。一部の実施形態において、それはＣ２４である。一部の実施形態において、それはＣ２５である。一部の実施形態において、それはＣ３０である。一部の実施形態において、それはＣ３５である。一部の実施形態において、それはＣ４０である。一部の実施形態において、それはＣ４５である。一部の実施形態において、それはＣ５０である。一部の実施形態において、それはＣ５５である。一部の実施形態において、それはＣ６０である。
一部の実施形態において、脂質は、１つ以下のＲＬＤ基を含む。一部の実施形態において、脂質は、２つ以上のＲＬＤ基を含む。
一部の実施形態において、脂質は、ＲＬＤ基を含む部分として、任意選択でリンカーにより、生物活性剤と結合している。一部の実施形態において、脂質は、１つ以下のＲＬＤ基を含む部分として、任意選択でリンカーにより、生物活性剤と結合している。一部の実施形態において、脂質は、ＲＬＤ基として、任意選択でリンカーにより、生物活性剤と結合している。一部の実施形態において、脂質は、２つ以上のＲＬＤ基を含む部分として、任意選択でリンカーにより、生物活性剤と結合している。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を１つ以下含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を２つ以上含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を１つ以下含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を２つ以上含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和のＣ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のＣ１−２脂肪族基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で１つまたは複数のメチル基で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換の、飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を１つ以下含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖Ｃ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を２つ以上含む。
一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１０飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１０脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１１飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１１脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１２飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１２脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１３飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１３脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１４飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１４脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１５飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１５脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１６飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１６脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１７飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１７脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１８飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１８脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ１９飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ１９脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２０飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２０脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２１飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２１脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２２飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２２脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２３飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２３脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２４飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２４脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２５飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２５脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２６飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２６脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２７飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２７脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２８飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２８脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ２９飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ２９脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、直鎖のＣ３０飽和脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。一部の実施形態において、ＲＬＤは、部分的に不飽和の直鎖のＣ３０脂肪族鎖であるか、またはこれを含む。
一部の実施形態において、脂質は、ＲＬＤ−ＯＨの構造を有する。一部の実施形態において、脂質は、ＲＬＤ−Ｃ（Ｏ）ＯＨの構造を有する。一部の実施形態では、ＲＬＤは
Figure 2019516680
 である。
一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡまたはｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸およびジリノレイルである。一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡまたはｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイルである。一部の実施形態において、脂質は、以下の構造を有する：
Figure 2019516680
一部の実施形態において、脂質は、以下のいずれかであるか、いずれかを含むか、またはいずれかからなる：少なくとも部分的に疎水性または両親媒性の分子、リン脂質、トリグリセリド、ジグリセリド、モノグリセリド、脂溶性ビタミン、ステロール、脂肪およびワックス。一部の実施形態において、脂質は、以下のいずれかである：脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴリピド、ステロールリピド、プレノールリピド、サッカロリピド、ポリケチドおよび他の分子。
脂質は、本開示による多くのタイプの方法によって、提供される技術に取り込むことができる。一部の実施形態において、脂質は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合され、提供される組成物を形成する。一部の実施形態において、脂質は、オリゴヌクレオチドと化学的に結合している。
一部の実施形態において、提供される組成物は、２つ以上の脂質を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２つ以上の複合脂質を含む。一部の実施形態において、２つ以上の複合脂質は同じである。一部の実施形態において、２つ以上の複合脂質は異なる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以下の脂質を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なるタイプの複合脂質を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じタイプの脂質を含む。
脂質は、任意選択でリンカーにより、オリゴヌクレオチドに結合することができる。本開示に従って、当技術分野の様々なタイプのリンカーを利用することができる。一部の実施形態において、リンカーはホスフェート基を含み、これは、例えば、オリゴヌクレオチド合成において用いられる化学現象と同様の化学現象によって脂質を結合するために使用することができる。一部の実施形態において、リンカーは、アミド基、エステル基またはエーテル基を含む。一部の実施形態において、リンカーは、−Ｌ−の構造を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドとの結合後、脂質は、−Ｌ−ＲＬＤ（式中、ＬおよびＲＬＤのそれぞれは独立して、本明細書に定義および記述される通りである）の構造を有する部分を形成する。
一部の実施形態において、−Ｌ−は、二価の脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、−Ｌ−は、ホスフェート基を含む。一部の実施形態において、−Ｌ−は、ホスホロチオエート基を含む。一部の実施形態において、−Ｌ−は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−（ＣＨ２）６−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｓ−）−の構造を有する。
脂質は、任意選択でリンカーにより、様々な適した位置でオリゴヌクレオチドに結合することができる。一部の実施形態において、脂質は、５’−ＯＨ基により結合される。一部の実施形態において、脂質は、３’−ＯＨ基により結合される。一部の実施形態において、脂質は、１つまたは複数の糖部分により結合される。一部の実施形態において、脂質は、１つまたは複数の塩基により結合される。一部の実施形態において、脂質は、１つまたは複数のインターヌクレオチド結合により組み込まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、その５’−ＯＨ、３’−ＯＨ、糖部分、塩基部分および／またはインターヌクレオチド結合により独立して結合している複数の複合脂質を含んでもよい。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択でリンカー部分により、オリゴヌクレオチドと結合している。様々な技術を利用して、本開示によるオリゴヌクレオチドに脂質を結合することができることを当業者は理解する。例えば、カルボキシル基を含む脂質については、このような脂質をカルボキシル基により結合することができる。一部の実施形態において、脂質は、−Ｌ−の構造を有するリンカーを介して結合され、ここで、Ｌは、式Ｉにおいて定義され、式Ｉに記載される通りである。 一部の実施形態において、Ｌは、リン酸ジエステルまたは修飾されたリン酸ジエステル部分を含む。一部の実施形態において、脂質結合により形成される化合物は、（ＲＬＤ−Ｌ−）Ｘ−（オリゴヌクレオチド）（式中、Ｘは、１または１より大きい整数であり、ＲＬＤおよびＬのそれぞれは独立して、本明細書に定義および記述される通りである。）の構造を有する。一部の実施形態では、Ｘは１である。一部の実施形態において、Ｘは１より大きい。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオチドである。例えば、一部の実施形態において、複合体は以下の構造を持つ：
Figure 2019516680
一部の実施形態において、リンカーは、帯電していないリンカー；帯電したリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐したリンカー；分岐していないリンカー；少なくとも１つの開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのリン酸系の開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのエステル系の開裂基を含むリンカー；および少なくとも１つのペプチド系の開裂基を含むリンカーから選択される。
一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに結合していない。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、および飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む脂質を含む組成物に関連する組成物ならびに方法に関し、ここで、脂質は生物活性剤に結合している。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、および１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む脂質を含む組成物に関連する組成物ならびに方法に関し、ここで、脂質は生物活性剤に結合している。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、および飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む脂質を含む組成物に関連する組成物ならびに方法に関し、ここで、脂質は生物活性剤に結合していない。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、および１つまたは複数のＣ１−４脂肪族基で任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む脂質を含む組成物に関連する組成物ならびに方法に関し、ここで、脂質は生物活性剤に結合していない。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は生物活性剤に結合していない。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は生物活性剤に結合していない。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は生物活性剤に結合している。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は生物活性剤に結合している。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は、（脂質と生物活性剤の間に挿入されたリンカーなしで）生物活性剤に直接結合している。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は、（脂質と生物活性剤の間に挿入されたリンカーなしで）生物活性剤に直接結合している。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、アラキドン酸およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は、（脂質と生物活性剤の間に挿入されたリンカーで）生物活性剤に間接的に結合している。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、タービナル酸（ｔｕｒｂｉｎａｒｉｃ ａｃｉｄ）、およびジリノレイルから選択される脂質を含み、ここで、脂質は、（脂質と生物活性剤の間に挿入されたリンカーで）生物活性剤に間接的に結合している。
リンカーは、組成物の２つの部分を結合する部分であり；非限定的な例として、リンカーは、オリゴヌクレオチドを脂質に物理的に結合する。
適切なリンカーの非限定的な例としては、帯電していないリンカー；帯電したリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐したリンカー；分岐していないリンカー；少なくとも１つの開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのリン酸系の開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのエステル系の開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのペプチド系の開裂基を含むリンカーが挙げられる。
一部の実施形態において、リンカーは、電荷を帯びていないリンカー、または電荷を帯びたリンカーを含む。
一部の実施形態において、リンカーはアルキルを含む。
一部の実施形態において、リンカーはホスフェートを含む。様々な実施形態では、ホスフェートを、窒素（架橋ホスホロアミデート）、硫黄（架橋ホスホロチオエート）および炭素（架橋メチレンホスホネート）による架橋酸素（すなわち、ホスフェートをヌクレオシドに結合する酸素）の置換によって修飾することもできる。置換は、いずれかの結合酸素または両方の結合酸素で起こり得る。架橋酸素が、ヌクレオシドの３’−酸素であるとき、炭素で置換を行うことができる。架橋酸素が、ヌクレオシドの５’−酸素であるとき、窒素で置換を行うことができる。種々の実施形態において、ホスフェートを含むリンカーは、ホスホロジチオエート、ホスホラミデート、ボラノホスホノエート、または式（Ｉ）の化合物のいずれか１つまたは複数を含む：
Figure 2019516680
 式中、Ｒ３は、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２、ＢＨ３、ＣＨ３、Ｃ１−６アルキル、Ｃ６−１０アリール、Ｃ１−６アルコキシおよびＣ６−ｉｏアリールオキシから選択され、Ｃ１−６アルキルおよびＣ６−ｉｏアリールは、非置換であるか、またはハロ、ヒドロキシルおよびＮＨ２から独立して選択される１〜３個の基で任意選択で独立して置換され；Ｒ４は、Ｏ、Ｓ、ＮＨまたはＣＨ２から選択される。
一部の実施形態において、リンカーは、直接結合、または酸素もしくは硫黄などの原子、ＮＲ１、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ、ＳＯ、ＳＯ２、ＳＯ２ＮＨなどのユニット、または置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のアルケニル、置換もしくは非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、ａｌｋｙｌｈｅｒｅｒｏｃｙｃｌｙｌａｌｋｙｎｙｌ、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、ａｌｋｙｎｙｌｈｅｒｅｒｏａｒｙｌなどの原子鎖を含み、ここで、１つまたは複数のメチレンは、Ｏ、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２、Ｎ（Ｒ１）２、Ｃ（Ｏ）、切断可能な結合基、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換の複素環で中断もしくは終端されいてもよく；ここで、Ｒ１は、水素、アシル、脂肪族または置換脂肪族である。
一部の実施形態において、リンカーは分岐鎖リンカーである。一部の実施形態において、分岐鎖リンカーの分岐点は、少なくとも三価でもよいが、四価、五価または六価の原子、あるいはこのような複数の原子価を示す基でもよい。一部の実施形態において、分岐点は、−−Ｎ、−−Ｎ（Ｑ）−Ｃ、−−Ｏ−−Ｃ、−−Ｓ−−Ｃ、−−ＳＳ−−Ｃ、−−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｑ）−Ｃ、−−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｑ）−Ｃ、−−Ｎ（Ｑ）Ｃ（Ｏ）−−Ｃまたは−−Ｎ（Ｑ）Ｃ（Ｏ）Ｏ−−Ｃであり；ここで、Ｑは独立して、それぞれの出現について、Ｈまたは任意選択で置換されたアルキルである。他の実施形態において、分岐点は、グリセロールまたはグリセロール誘導体である。
１つの実施形態では、リンカーは、少なくとも１つの切断可能な結合基を含む。
非限定的な例として、切断可能な結合基は、細胞外で十分安定であり得るが、標的細胞に入ると切断されて、リンカーが結合している２つの部分を放出する。非限定的な例として、切断可能な結合基は、標的細胞内または第１の基準条件（これは、例えば、細胞内条件を模倣するか、またはその条件であるように選択することができる。）下で、対象の血液中または第２の基準条件（これは、例えば、血液または血清に見られる条件を模倣するか、その条件であるように選択することができる。）下よりも、少なくとも１０倍以上、少なくとも１００倍速く切断される。切断可能な結合基は、切断剤、例えば、ｐＨ、酸化還元電位または分解分子の存在に影響されやすい。概して、切断剤は、血清中または血液中よりも細胞内でより一般的であるか、あるいはより高いレベルまたは活性で見られる。このような分解剤の例には、以下が含まれる：酸化還元切断が可能な結合基を還元によって分解することができて、細胞内に存在する、例えば、酸化もしくは還元酵素、またはメルカプタンなどの還元剤を含む、特定の基質のために選択されるか、または基質特異性を持たない酸化還元剤；エステラーゼ；エンドソーム、または酸性環境を作り出すことができる薬剤、例えば、５以下のｐＨになるもの；一般酸として作用することによって酸切断可能な結合基を加水分解または分解することができる酵素、ペプチダーゼ（基質特異性であり得る）およびホスファターゼ。
非限定的な例として、ジスルフィド結合などの切断可能な結合基はｐＨに影響されやすい。ヒト血清のｐＨは７．４であるが、細胞内の平均ｐＨはわずかに低く、約７．１〜７．３の範囲である。エンドソームは５．５〜６．０の範囲のさらに酸性のｐＨを有し、リソソームは、およそ５．０のさらにいっそう酸性のｐＨを有する。一部のリンカーは、所望のｐＨで切断され、それによってリガンドからカチオン性脂質を細胞内または細胞の所望の区画内に放出する切断可能な結合基を有することになる。
非限定的な例として、リンカーは、特定の酵素によって切断可能である切断可能な結合基を含むことができる。リンカーに組み込まれる切断可能な結合基のタイプは、標的にされる細胞に依存し得る。例えば、肝臓を標的とするリガンドは、エステル基を含むリンカーにより、カチオン性脂質に結合することができる。肝細胞はエステラーゼが豊富であり、従って、リンカーは、エステラーゼが豊富でない細胞型よりも肝細胞ではより効率的に切断されることになる。エステラーゼが豊富な他の細胞型には、肺、腎皮質および精巣の細胞が含まれる。
非限定的な例として、リンカーは、ペプチド結合を含むことができ、これは、肝細胞および滑膜細胞など、ペプチダーゼが豊富な細胞型を標的にするときに利用することができる。
非限定的な例として、切断可能な結合基候補の適合性は、候補の結合基を切断する分解剤（または条件）の能力を試験することによって評価することができる。血液中の切断、または他の非標的組織と接触したときの切断に耐える能力について、切断可能な候補結合基を試験することも同様に望ましいであろう。従って、第１の条件と第２の条件の間の切断に対する相対的感受性を決定することができて、ここで、第１の条件は、標的細胞内の切断の指標となるよう選択され、第２の条件は、他の組織または生体液、例えば、血液または血清における切断の指標となるよう選択される。評価は、無細胞系、細胞中、細胞培養中、臓器または組織培養中、あるいは動物全体で実施することができる。無細胞条件または培養条件で初期評価を行い、動物全体でさらに評価することによって確認することが有用であり得る。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液もしくは血清（または細胞外条件を模倣するよう選択されたｉｎ ｖｉｔｒｏ条件下）と比べて、細胞内（または細胞内条件を模倣するよう選択されたｉｎ ｖｉｔｒｏ条件下）で、少なくとも２倍、４倍、１０倍または１００倍速く切断される。
一部の実施形態において、リンカーは、酸化還元切断可能な結合基を含む。非限定的な例として、切断可能な結合基の１つの種類は、還元時または酸化時に切断される、酸化還元切断が可能な結合基である。還元的に切断可能な結合基の非限定的な例はジスルフィド結合基（−−Ｓ−−Ｓ−−）である。候補の切断可能な結合基が、適した「還元的に切断可能な結合基」であるか、または、例えば、特定のｉＲＮＡ部分および特定の標的薬剤との使用に適しているかを決定するために、本明細書に記載の方法を調べることができる。非限定的な例として、候補物質は、細胞、例えば標的細胞において観察されるであろう切断速度を模倣する、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、または当分野で公知の試薬を使用する他の還元剤とのインキュベーションによって評価することができる。候補物質は、血液条件または血清条件を模倣するよう選択された条件下で評価することもできる。非限定的な例として、候補化合物は、血液中で最大で１０％まで切断される。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液（または細胞外条件を模倣するよう選択されたｉｎ ｖｉｔｒｏ条件下）と比べて、細胞内（または細胞内条件を模倣するよう選択されたｉｎ ｖｉｔｒｏ条件下）で、少なくとも２倍、４倍、１０倍または１００倍速く分解される。候補の化合物の切断速度は、細胞内媒体を模倣するよう選ばれた条件下で標準的な酵素反応速度論アッセイを使用して決定することができ、細胞外媒体を模倣するよう選ばれた条件と比べることができる。
一部の実施形態において、リン酸塩系の切断可能な結合基を含むリンカーは、リン酸塩基を分解または加水分解する剤によって切断される。細胞内のリン酸塩基を切断する薬剤の一例は、細胞内のホスファターゼなどの酵素である。ホスフェートベースの結合基の例は、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＳＲｋ）−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）−Ｓ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）−Ｓ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）−Ｓ−−である。別の非限定的な例は、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）−−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）−−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）−−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）−−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）−−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）−−Ｓ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）−−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）−−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（Ｈ）−−Ｏ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（Ｈ）−−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（Ｈ）−−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｓ）（Ｈ）−−Ｏ−−、−−Ｓ−−Ｐ（Ｏ）（Ｈ）−−Ｓ−−、−−Ｏ−−Ｐ（Ｓ）（Ｈ）−−Ｓ−−である。さらなる非限定的な例は−−Ｏ−−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）−−Ｏ−−である。
一部の実施形態では、リンカーは、酸性条件下で切断される結合基である酸切断可能な結合基を含有する。非限定的な例として、酸切断可能な結合基は、約６．５以下のｐＨを有する酸性環境下（たとえば約６．０、５．５、５．０以下）で切断されるか、または一般的な酸として作用し得る酵素などの薬剤により切断される。細胞内において、たとえばエンドソームおよびリソソームなどの特定の低ｐＨオルガネラは、酸切断可能な結合基に切断環境を提供することができる。酸切断可能な結合基の例には、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸のエステルが含まれるが、これらに限定されない。酸切断可能な基は、一般式−−Ｃ＝ＮＮ−−、Ｃ（Ｏ）Ｏまたは−−ＯＣ（Ｏ）を有することができる。別の非限定的な例において、エステルの酸素（アルコキシ基）に結合している炭素がアリール基、置換アルキル基、またはたとえばジメチルペンチルまたはｔ−ブチルなどの三級アルキル基に結合しているとき。
一部の実施形態において、リンカーは、エステル系の結合基を含む。非限定的な例として、エステル系の切断可能な結合基は、細胞内のエステラーゼおよびアミダーゼなどの酵素によって切断される。エステル系の切断可能な結合基の例には、アルキレン基、アルケニレン基およびアルキニレン基のエステルが含まれるが、これらに限定されない。エステル切断可能な結合基は、一般式−−Ｃ（Ｏ）Ｏ−−または−−ＯＣ（Ｏ）−−を有する。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
一部の実施形態において、リンカーは、ペプチド系の切断基を含む。ペプチド系の切断可能な結合基は、細胞内のペプチダーゼおよびプロテアーゼなどの酵素によって切断される。ペプチド系の切断可能な結合基は、アミノ酸の間で形成されて、オリゴペプチド（例えば、ジペプチド、トリペプチドなど）およびポリペプチドを与えるペプチド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミド基（−−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−−）を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンの間で形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチドおよびタンパク質を与える特別なタイプのアミド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチドおよびタンパク質を与えるペプチド結合（すなわち、アミド結合）に限定することができて、およびアミド官能基全体を含まない。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な結合基は、一般式の−−ＮＨＣＨＲＡＣ（Ｏ）ＮＨＣＨＲＢＣ（Ｏ）−−を有してもよく、式中、ＲＡおよびＲＢは、２個の隣接するアミノ酸のＲ基である。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
非限定的な例として、米国特許出願第２０１５０２６５７０８号明細書に記載のリンカーををはじめとする、当分野において報告された任意のリンカーを使用することができる。
脂質およびオリゴヌクレオチドを結合する方法の非限定的な例を実施例１に示す。
リンカーの非限定的な例はＣ６アミノリンカーである。
標的構成要素
一部の実施形態において、提供される組成物は、（化合物または部分を標的にする）標的化構成要素をさらに含む。標的構成要素は、脂質または生物活性剤に結合していてもよく、または結合していなくてもよい。一部の実施形態では、標的構成要素は、生物活性剤に結合される。一部の実施形態では、生物活性剤は、脂質と標的化構成要素の両方に結合される。本明細書に記載される場合、一部の実施形態では、生物活性剤は、提供されるオリゴヌクレオチドである。ゆえに一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、脂質とオリゴヌクレオチドに加えて、標的要素をさらに含有する。たとえば脂質、抗体、ペプチド、炭水化物などの様々な標的化構成要素が本開示に従い使用されることができる。
標的構成要素は、本開示従う多くの形式の方法によって、提供される技術に取り込まれることができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合され、提供される組成物を形成する。一部の実施形態では、標的構成要素は、オリゴヌクレオチドと化学的に結合される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、２個以上の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、２個以上の結合標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、２個以上の結合標的構成要素が、同じである。一部の実施形態では、２個以上の結合標的構成要素が、異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１個以下の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の結合標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的構成要素を含有する。
標的構成要素は、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合されうる。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用されることができる。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それをたとえば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学的性質による標的構成要素の結合に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−Ｌ−の構造を有する。標的構成要素は、脂質と比較し、同じまたは異なるリンカーのいずれかを介して結合されることができる。
標的構成要素は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドと結合されることができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、５’−ＯＨ基を介して結合される。一部の実施形態では、標的構成要素は、３’−ＯＨ基を介して結合される。一部の実施形態では、標的構成要素は、１個以上の糖部分を介して結合される。一部の実施形態では、標的構成要素は、１個以上の塩基を介して結合される。一部の実施形態では、標的構成要素は、１個以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、独立して、その５’−ＯＨ、３’−ＯＨ、糖部分、塩基部分、および／またはヌクレオチド間結合を介して結合される、複数の複合標的構成要素を含有してもよい。標的構成要素と脂質は、同じ位置、近傍の位置、および／または離れた位置のいずれかで結合することができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、オリゴヌクレオチドの一端で結合され、脂質は、他方の端で結合される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチド（複数可）はアンチセンスオリゴヌクレオチド（複数可）である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、票８に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅＨ介在性切断に関与するオリゴヌクレオチドである。たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは配列特異的な様式で標的ｍＲＮＡの一部にハイブリダイズし、それにより当該ｍＲＮＡは、ＲＮａｓｅＨによる切断の標的とされる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同じ遺伝子または標的の異なる対立遺伝子を区別することができる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的の野生型と変異対立遺伝子を識別することができる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、変異対立遺伝子のＲＮａｓｅＨ媒介切断には大きく関与するが、野生型対立遺伝子のＲＮａｓｅＨ媒介切断には、はるかに少ない程度に関与する（例えば、標的の野生型対立遺伝子のＲＮａｓｅＨ媒介切断には大きく関与しない）。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、突然変異を含む核酸のＲＮＡｓｅＨ媒介切断に関与することができる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、変異対立遺伝子を標的にする。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にする。
一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ハンチンチン遺伝子の野生型と標的の変異対立遺伝子とを区別することができる。
一部の実施形態において、本開示は以下に関する：
脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物を調製するステップ、および組成物を哺乳動物に投与するステップを含む、哺乳動物の変異ハンチンチン遺伝子の発現を阻害するための方法。
対象の変異ハンチンチン遺伝子の過剰発現によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物の投与を含む方法。
ハンチントン病を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物の投与を含む方法。
脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物を提供し、かつ組成物の治療有効量を対象に投与することにより、対象のハンチントン病の徴候および／または症状を治療するための方法。
それを必要とする対象にオリゴヌクレオチドを投与する方法であって、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物を投与するステップを含み、ここで生物活性化合物がオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）であり、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
対象の疾患を治療する方法であって、方法が、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物の治療有効量を投与するステップを含み、ここで生物活性化合物がオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）であり、脂質が本明細書に開示される任意の脂質であり、疾患が本明細書に開示される任意の疾患である方法。
哺乳動物の変異ハンチンチン遺伝子の発現を阻害するための方法であって、方法が、脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物を調製するステップ、および組成物を哺乳動物に投与するステップを含む方法。
それを必要とする対象に生物活性剤を投与する方法であって、生物活性剤および脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物を投与するステップを含み、ここで生物活性化合物がオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）であり、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
対象のハンチントン病を治療する方法であって、方法が、生物活性剤および脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物の治療有効量を投与するステップを含み、ここで生物活性化合物がオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）であり、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
哺乳動物の変異ハンチンチン遺伝子を含む核酸のＲＮＡｓｅＨ媒介切断を媒介するための方法であって、方法が、脂質およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物を調製するステップ、および組成物を哺乳動物に投与するステップを含む方法。
ハンチンチン遺伝子の突然変異によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与を含み、オリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる方法。
脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物を提供し、組成物の治療有効量を対象に投与することにより、対象のハンチントン病の徴候および／または症状を治療するための方法。
それを必要とする対象にオリゴヌクレオチドを投与する方法であって、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
対象のハンチントン病を治療する方法であって、疾患または障害が遺伝子の突然変異に関連しており、方法が、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物の治療有効量を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
哺乳動物の変異ハンチンチン遺伝子を含む核酸のＲＮＡｓｅＨ媒介切断を媒介するための方法であって、方法が、脂質およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物を調製するステップ、および組成物を哺乳動物に投与するステップを含む方法。
ハンチンチン遺伝子の突然変異に関連する疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与を含み、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる方法。
ハンチンチン遺伝子の突然変異によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与を含み、オリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる方法。
脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド）を含む組成物を提供し、組成物の治療有効量を対象に投与することにより、対象のハンチントン病の徴候および／または症状を治療するための方法。
それを必要とする対象にオリゴヌクレオチドを投与する方法であって、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
対象のハンチントン病を治療する方法であって、ハンチントン病がハンチンチン遺伝子の突然変異に関連しており、方法が、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物の治療有効量を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質である方法。
哺乳類の変異ハンチンチン遺伝子を含む核酸のＲＮＡｓｅＨ媒介切断を媒介する方法であって、方法が、脂質およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物を調製するステップ、および哺乳動物に組成物を投与するステップを含み、ここで脂質が、本明細書に開示される任意の脂質であり、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列が、本明細書（たとえば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含む方法。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表８）に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含む。
ハンチンチン遺伝子の突然変異に関連する疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含み、ここでアンチセンスオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ介在切断に関与することができ、脂質が、本明細書に開示される任意の脂質であり、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列が、本明細書（たとえば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する方法。
ハンチンチン遺伝子の突然変異によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、前記方法が、脂質およびオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ介在切断に関与することができ、脂質が、本明細書に開示される任意の脂質であり、オリゴヌクレオチドが、本明細書（たとえば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する方法。
脂質およびオリゴヌクレオチド（非限定的な例として、ハンチンチン遺伝子の変異対立遺伝子を標的とするアンチセンスヌクレオチド）を含む組成物を提供し、対象に組成物の治療有効量を投与することにより、対照のハンチントン病の兆候および／または症状を治療するための方法であって、ここで脂質が、本明細書に開示される任意の脂質であり、オリゴヌクレオチドの配列が、本明細書（たとえば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含む方法。
それを必要とする対象にオリゴヌクレオチドを投与する方法であって、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質であり、ここで脂質が本命最初に開示される任意の脂質であり、オリゴヌクレオチドの配列が、本明細書（例えば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含む方法。
対象のハンチントン病を治療する方法であって、ハンチントン病がハンチンチン遺伝子の突然変異に関連しており、方法が、オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物を提供するステップ、および対象に組成物の治療有効量を投与するステップを含み、ここでオリゴヌクレオチドが、突然変異を含む核酸のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、脂質が本明細書に開示される任意の脂質であり、オリゴヌクレオチドが本明細書（例えば、表８）に開示される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含む方法。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および／または化学修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾など）のパターンを含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらは以下を共有する：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターン；
ここで、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、脂質に個別に結合している。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらは以下を共有する：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターン；
ここで、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するという点でキラル制御されており、
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、脂質に個別に結合しており；かつ
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、標的化合物または部分に任意選択で個別に結合している。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中にある。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中にある。
様々なオリゴヌクレオチドが表８に列記される。これらの多くはヒトハンチンチン遺伝子のＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができ、これについては米国特許出願 第６２／１９５，７７９号（２０１５年７月２２日出願）、および米国特許出願 第６２／３３１，９６０号（２０１６年５月４日出願）（これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に提示のデータ、および本明細書に提示のデータに示されている。
ヒトハンチンチン遺伝子標的またはその変異バリアントのＲＮａｓｅＨ媒介切断に特に関与することができるさまざまなオリゴヌクレオチドには以下が含まれる：ＷＶ−１０８７、ＷＶ−９３７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−９３７、ＷＶ−２６０１、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１０９２、ＷＶＥ１２０１０１、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、およびＷＶ−２６０１、または本っ明細書に開示される任意のその他の核酸（限定されないが、表８に列記されるものなどが挙げられる）。一部の実施形態では、本開示は以下を提供する：

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＣｍＵｍＵｍＣ＊ＳｍＣ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＧｍＧｍＧｍＡ＊ＳｍＧ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
Ｇ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳＣ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ｍＣ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＧｍＵｍＣ＊ＳＣ＊ＳＴ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ｍＧｍＧｍＵｍＣ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ＳｍＵｍＧｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ＳｍＧ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＧ＊ｍＵｍＧｍＣｍＡ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊ｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ｍＧ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＣ＊ＳｍＡｍＣｍＡｍＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳｍＵｍＵｍＣｍＣ＊ＳｍＡ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＵ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド：
ｍＵ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、またはその薬学的に許容可能な塩、式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣを含み、
オリゴヌクレオチドの長さは５０塩基以下であり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

オリゴヌクレオチド、ここで
塩基配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣであり、
オリゴヌクレオチドは１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＣｍＵｍＵｍＣ＊ＳｍＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＧｍＧｍＧｍＡ＊ＳｍＧ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
Ｇ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＧｍＵｍＣ＊ＳＣ＊ＳＴ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ＳｍＵｍＧｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ＳｍＧ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＵ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表し、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＵ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ｍＣ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ｍＧｍＧｍＵｍＣ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ｍＵｍＧｍＣｍＡ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊ｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ｍＧ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンは以下のものであり：
ｍＣ＊ＳｍＡｍＣｍＡｍＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳｍＵｍＵｍＣｍＣ＊ＳｍＡ，
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳｍＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり
：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＣｍＵｍＵｍＣ＊ＳｍＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり
：
ｍＧ＊ＳｍＣｍＡｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳｍＧｍＧｍＧｍＡ＊ＳｍＧ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり
：
Ｇ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ＳＣ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり
：
ｍＧ＊ＳｍＧｍＧｍＵｍＣ＊ＳＣ＊ＳＴ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり：

ｍＧ＊ＳｍＵｍＧｍＣｍＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ＳｍＧ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり：

ｍＵ＊ＳｍＧｍＣｍＡｍＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＳＴ＊ＳＡ＊ＳＧ＊ＲＡ＊ＳＴ＊ＳＧ＊ＳｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ＳｍＡ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ、ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＵ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ｍＧｍＣｍＡｍＣ＊Ａ＊Ａ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＣｍＵｍＵ＊ｍＣ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり：
ｍＧ＊ｍＧｍＧｍＵｍＣ＊Ｃ＊Ｔ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊ｍＡｍＧｍＧｍＧ＊ｍＡ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
ここで、共通の塩基配列および長さならびに骨格結合の共通パターンは以下のものであり：
ｍＧ＊ｍＵｍＧｍＣｍＡ＊Ｃ＊Ａ＊Ｃ＊Ａ＊Ｇ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ＊Ａ＊Ｔ＊ｍＧｍＡｍＧｍＧ＊ｍＧ、
式中、
＊は、ホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、以下の共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり：
ｍＣ＊ＳｍＡｍＣｍＡｍＡ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＧ＊ＳＣ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＲＡ＊ＳＧ＊ＳＡ＊ＳＣ＊ＳｍＵｍＵｍＣｍＣ＊ＳｍＡ，
式中、
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、
＊Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、
ラベルのない各結合は天然のホスフェート結合であり、
塩基に先行するｍは２’−ＯＭｅを表す。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、組成物中の少なくとも
約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、
骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
ここで共通の塩基配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣを含み、長さは約５０塩基以下である。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣＡを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＵＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＧＧＵＣＣＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＧＧＧＡを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＣＡＣＡＣＡＧＴＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＧを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。

以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して濃縮されているという点でキラル制御されており、ここで、
共通塩基配列はＧＣＡＣＡＡＧＧＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵＣＣを含み、
長さは約５０ヌクレオチド以下であり、
骨格結合は少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、
骨格キラル中心のパターンは少なくとも１つのＲｐキラル中心および少なくとも１つのＳｐキラル中心を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される。
任意のオリゴヌクレオチドまたはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を、本明細書に開示の任意の方法または組成物（例えば、任意の医薬組成物、修飾、ならびに／または使用および／もしくは製造の方法）と組み合わせて使用することができる。
一部の実施形態では、本開示は、以下の実施形態を提供する。
１． 以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターンであって、その組成物は、組成物中の所定レベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
２． 以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して、濃縮されているという点でキラル制御されている。
３． 以下によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物が、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されており、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０個のヌクレオチドであり、骨格結合は、少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、かつ骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む。
４． 以下を持つことにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターンであって、その組成物は、組成物中の少なくとも約１０％のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、ならびに骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
５． オリゴヌクレオチドが１つまたは複数の翼領域および共通コア領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物：ここで、
各翼領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して、１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。
６． １つまたは複数の翼領域および１つの共通コア領域を含むオリゴヌクレオチドの所定レベルを含むオリゴヌクレオチド：ここで、
各翼領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含有し、共通コア領域は、以下を有する：
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン。
７． １つまたは複数の翼領域および１つの共通コア領域を含むオリゴヌクレオチドの所定レベルを含むオリゴヌクレオチド：ここで、
各翼領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含有し、コア領域は、以下を有する：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；および
４）骨格リン修飾の共通パターン。
８． オリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの翼領域および１つのコア領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物：ここで、
各翼領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して、１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含み、
翼領域内の少なくとも１つのヌクレオチドが、コア領域の少なくとも１つのヌクレオチドとは異なり、この差異が以下のうちの１つまたは複数である：
１）骨格結合；
２）骨格キラル中心のパターン；
３）糖修飾。
９． オリゴヌクレオチドが、骨格リン修飾の共通パターンを有することによって定義される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１０． 組成物が、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であり、ここで、オリゴヌクレオチドタイプは以下によって定義される：
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターン。
１１． 共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドが、塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および骨格リン修飾のパターンによって特徴付けられるオリゴヌクレオチドタイプと同じである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２． 組成物が、所定レベルの２つ以上の個々のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であり、ここで、オリゴヌクレオチドタイプは以下によって定義される：
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターン。
１３． 組成物が、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含有するという点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここでオリゴヌクレオチドタイプは以下によって定義される：
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；および
４）骨格リン修飾のパターン。
１４． 組成物が、２つ以上の個々のオリゴヌクレオチドタイプを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５． オリゴヌクレオチドタイプが、塩基同一性、塩基修飾のパターン、糖修飾のパターン、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、および骨格リン修飾のパターンによって定義される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６． 式Ｏ−Ｉの構造を持つオリゴヌクレオチドを含む組成物：
Figure 2019516680
 またはその塩であり、ここで、
Ｒ５ｓはＲ’または−Ｙ−Ｒ’であり；
それぞれのＲ’は独立して−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、若しくは−ＳＯ２Ｒである、または：
２つ以上のＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、介在する原子に加えて、０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されていてもよい単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、又はアリール３〜３０員環を形成し；
各Ｒは独立して水素であるか、またはＣ１−３０脂肪族、１〜１０個のヘテロ原子を持つＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、１〜１０個のヘテロ原子を持つヘテロアリール５〜３０員環、および１〜１０個のヘテロ原子を持つヘテロサイクリック３〜３０員環から選択される置換されていてもよい基である、または：
２つ以上のＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、介在する原子に加えて、０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、又はアリール３〜３０員環を形成し；
Ｙは−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり、；
Ｌは、共有結合であるか、またはＣ１−３０脂肪族、および、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族基から選択される二価の、置換されていてもよい、直鎖状若しくは分枝状の基であり、ここで、１つ若しくは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、又は−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、独立して置き換えられていてもよく；
Ｒ１ は、ハロゲン、Ｒ、またはＣ１〜Ｃ５０脂肪族であり、ここで、１つ若しくは複数のメチレン単位は、Ｃ１−６アルキレン、Ｃ１−６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、又は−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される置換されていてもよい基で、独立して置き換えられていてもよく；
−Ｃｙ−は、３〜３０員カルボシクリレン、６〜３０員アリーレン、１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員ヘテロアリーレン、および、１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員ヘテロシクリレン、から選択される置換されていてもよい二価の環であり；
ＢＡは、Ｃ１−３０脂環式、Ｃ６−３０アリール、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ３−３０ヘテロシクリル、１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ５−３０ヘテロアリール環、天然核酸塩基部分、および修飾された核酸塩基部分、から選択される置換されていてもよい基であり；
Figure 2019516680
 環Ａは、介在する原子に加えて、０〜１０個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい多価の単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、又はアリール３〜３０員環であり；
それぞれのＲｓは独立してＲ１、−Ｌ−Ｒ１、Ｒ’、または−Ｌ−Ｒ’であり；
ｔは０〜５であり；
ＳＵはＬ、または
Figure 2019516680
 であり、ここでＳＵはＣ３によりＰＬに結合されており；
ＰＬは
Figure 2019516680
 であり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
ＸおよびＺのそれぞれは、独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｒ２ｓは、−Ｆ、−ＣＮ、−Ｎ３、−ＮＯ、−ＮＯ２、−Ｒ’−ＯＲ’、−ＳＲ’、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｏ−Ｌ−ＯＲ’、−Ｏ−Ｌ−ＳＲ’、若しくは−Ｏ−Ｌ−Ｎ（Ｒ’）２であり、又は、Ｒ２ｓは、Ｃ２とＣ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、若しくはＣ５とを結合するＬであり；
ｎは３より大きな整数であり；
Ｒ３ｓはＲ’、−Ｙ−Ｒ’、−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−Ｒ’、または−ＳＵ（ＢＡ）−Ｙ−固体支持体である。
１７． オリゴヌクレオチドが、リン原子が非対称であるという点でキラルである少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個のＰＬを含む、実施形態１６に記載の組成物。
１８． 各キラルＰＬが独立して組成物内に８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上のジアステレオマー純度を持つ、実施形態１７に記載の組成物。
１９． 各キラルＰＬが独立して組成物内に９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上のアステレオマー純度を持つ、実施形態１７に記載の組成物。
２０． オリゴヌクレオチドが、式Ｏ−Ｉの構造である、実施形態１〜１５のいずれか１つに記載の組成物。
２１． 共通配列を有するオリゴヌクレオチドが、同一の構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２２． 同じオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同一の構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３． オリゴヌクレオチドが１つの翼を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２４． オリゴヌクレオチドが、翼−コアの構造を有するヘミマーである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２５． オリゴヌクレオチドが、コア−翼の構造を有するヘミマーである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６． オリゴヌクレオチドが２つの翼を有する、実施形態１〜２２のいずれか１つに記載の組成物。
２７． オリゴヌクレオチドが、翼−コア−翼の構造を有するギャップマーである、実施形態１〜２２のいずれか１つに記載の組成物。
２８． 翼が、キラルヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９． 各翼が独立して、キラルヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０． コアの５’−末端の方向の翼が、翼の５’−末端にキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態１〜２４および２６〜２９のいずれか１つに記載の組成物。
３１． コアの３’−末端への翼が、翼の３’−末端にキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態１〜２３および２５〜２９のいずれか１つに記載の組成物。
３２． 翼が１つのみのキラルヌクレオチド間結合を含み、翼のその他のヌクレオチド間結合はそれぞれ天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３． キラルヌクレオチド間結合が式Ｉの構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３４． キラルヌクレオチド間結合が式Ｉの構造を有し、ＸがＳであり、ＹおよびＺがＯである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３５． キラルヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
３６． キラルヌクレオチド間結合がＳｐである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
３７． 各キラルヌクレオチド間結合がＳｐである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
３８． キラルヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１〜３６のいずれか１つに記載の組成物。
３９． 各キラルヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１〜３５のいずれか１つに記載の組成物。
４０． 翼がＳｐホスホロチオエート結合を含む、実施形態１〜３８のいずれか１つに記載の組成物。
４１． 各翼が独立してＳｐホスホロチオエート結合を含む、実施形態１〜３８のいずれか１つに記載の組成物。
４２． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＳｐホスホロチオエート結合を有する、実施形態１〜２４、２６〜３８、および４０〜４１のいずれか１つに記載の組成物。
４３． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＳｐホスホロチオエート結合を翼の５’−末端に有する、実施形態１〜２４、２６〜３８、および４０〜４２のいずれか１つに記載の組成物。
４４． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＳｐホスホロチオエート結合を翼の５’−末端に有し、翼のその他のヌクレオチド間結合のそれぞれが天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 である、実施形態１〜２４、２６〜３８、および４０〜４３のいずれか１つに記載の組成物。
４５． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、翼がＳｐホスホロチオエート結合を翼の３’−末端に有する、実施形態１〜２３、２５〜３８および４０〜４１のいずれか１つに記載の組成物。
４６． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、翼が４５ｐホスホロチオエート結合を翼の３’−末端に有する、実施形態１〜２３、２５〜３８、４０〜４１および４５のいずれか１つに記載の組成物。
４７． １つの翼が共通コアの３’−末端の方向にあり、翼が４６ｐホスホロチオエート結合を翼の３’−末端に有し、翼のその他のヌクレオチド間結合のそれぞれが天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 である、実施形態２３〜２５、３８〜４０、４１〜４５および４５〜４６のいずれか１つに記載の組成物。
４８． 翼がＲｐホスホロチオエート結合を含む、実施形態１〜３６および３８〜４７のいずれか１つに記載の組成物。
４９． 各翼が独立してＲｐホスホロチオエート結合を含む、実施形態１〜３６および３８〜４７のいずれか１つに記載の組成物。
５０． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を有する、実施形態１〜２４、２６〜３６および３８〜４９のいずれか１つに記載の組成物。
５１． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を翼の５’−末端に有する、実施形態１〜２４、２６〜３６および３８〜５０のいずれか１つに記載の組成物。
５２． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を翼の５’−末端に有し、翼のその他のヌクレオチド間結合のそれぞれが天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 である、実施形態１〜２４、２６〜３６および３８〜５１のいずれか１つに記載の組成物。
５３． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を有する、実施形態１〜２３、２５〜３６および３８〜４９のいずれか１つに記載の組成物。
５４． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を翼の３’−末端に有する、実施形態１〜２３、２５〜３６および３８〜４９のいずれか１つに記載の組成物。
５５． １つの翼が共通コアの３’−末端の方向にあり、翼がＲｐホスホロチオエート結合を翼の３’−末端に有し、翼のその他のヌクレオチド間結合のそれぞれが天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 である、実施形態１〜２３、２５〜３６および３８〜４９のいずれか１つに記載の組成物。
５６． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、その５’−末端ヌクレオチド間結合がキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５のいずれか１つに記載の組成物。
５７． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、その５’−末端ヌクレオチド間結合がＳｐキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５のいずれか１つに記載の組成物。
５８． 翼がコアの５’−末端の方向にあり、その５’−末端ヌクレオチド間結合がＲｐキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５のいずれか１つに記載の組成物。
５９． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、その３’−末端ヌクレオチド間結合がキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５および５６〜５８のいずれか１つに記載の組成物。
６０． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、その３’−末端ヌクレオチド間結合がＳｐキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５および５６〜５８のいずれか１つに記載の組成物。
６１． 翼がコアの３’−末端の方向にあり、その３’−末端ヌクレオチド間結合がＲｐキラルヌクレオチド間結合である、実施形態１〜３５および５６〜５８のいずれか１つに記載の組成物。
６２． 各翼が独立して天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６３． 各翼が独立して２つ以上の天然のリン酸結合
Figure 2019516680
 を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６４． 各翼が独立して２つ以上の天然のリン酸結合を含み、すべての天然リン酸結合が連続している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６５． 翼が３塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６６． １つの翼が４塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６７． １つの翼が５塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６８． １つの翼が６塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
６９． １つの翼が７塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７０． １つの翼が８塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７１． １つの翼が９塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７２． １つの翼が１０塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７３． 各翼が独立して３塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７４． 各翼が独立して４塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７５． 各翼が独立して５塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７６． 各翼が独立して６塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７７． 各翼が独立して７塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７８． 各翼が独立して８塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
７９． 各翼が独立して９塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
８０． 各翼が独立して１０塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
８１． 翼が２塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８２． 翼が３塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８３． 翼が４塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８４． 翼が５塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８５． 翼が６塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８６． 翼が７塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８７． 翼が８塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８８． 翼が９塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
８９． 翼が１０塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９０． 翼が１１塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９１． 翼が１２塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９２． 翼が１３塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９３． 翼が１４塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９４． 翼が１５塩基の長さを有する、実施形態１〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
９５． 各翼が同じ長さを有する、実施形態１〜１８および２２〜８３のいずれか１つに記載の組成物。
９６． 翼が、コアに対する糖修飾によって規定される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
９７． 各翼が独立して、修飾された糖部分を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
９８． 各翼の糖部分が独立して、修飾された糖部分である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
９９． 修飾された糖部分が高親和性の糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１００． 修飾された糖部分が、２’−修飾を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１０１． 修飾された糖部分が二環式糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１０２． 修飾された糖部分が、２つの環炭素原子を接続する−Ｌ−または−Ｏ−Ｌ−架橋を有する二環式糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１０３． 修飾された糖部分が、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を有する二環式糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１０４． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＯＲ１である、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１０５． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＯＲ１であり、Ｒ１が、場合により置換されていてもよいＣ１−６アルキルである、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１０６． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＭＯＥである、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１０７． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＯＭｅである、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１０８． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾がＳ−ｃＥｔである、実施形態１〜１０３のいずれか１つに記載の組成物。
１０９． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾がＦＡＮＡである、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１１０． 修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾がＦＲＮＡである、実施形態１〜１００のいずれか１つに記載の組成物。
１１１． 修飾された糖部分が５’−修飾を有する、実施形態１〜９９のいずれか１つに記載の組成物。
１１２． 修飾された糖部分が、Ｒ−５’−Ｍｅ−ＤＮＡである、実施形態１〜９９のいずれか１つに記載の組成物。
１１３． 修飾された糖部分が、Ｓ−５’−Ｍｅ−ＤＮＡである、実施形態１〜９９のいずれか１つに記載の組成物。
１１４． 修飾された糖部分が、ＦＨＮＡである、実施形態１〜９９のいずれか１つに記載の組成物。
１１５． 各翼の糖部分が修飾されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１１６． 翼中の全ての修飾された翼の糖部分が、同じ修飾を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１１７． 全ての修飾された翼の糖部分が、同じ修飾を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１１８． 少なくとも１つの修飾された翼の糖部分が、別の修飾された翼の糖部分とは異なる、実施形態１〜１０８のいずれか１つに記載の組成物。
１１９． 翼が修飾された塩基を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２０． 翼が２Ｓ−ｄＴを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２１． コア領域が５塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２２． コア領域が６塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２３． コア領域が７塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２４． コア領域が８塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２５． コア領域が８塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２６． コア領域が１０塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２７． コア領域が１１塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２８． コア領域が１２塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１２９． コア領域が１３塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１３０． コア領域が１４塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１３１． コア領域が１５塩基以上の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１３２． コア領域が５塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３３． コア領域が６塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３４． コア領域が７塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３５． コア領域が８塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３６． コア領域が９塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３７． コア領域が１０塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３８． コア領域が１１塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１３９． コア領域が１２塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１４０． コア領域が１３塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１４１． コア領域が１４塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１４２． コア領域が１５塩基の長さを有する、実施形態１〜１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１４３． コア領域が、どのような２’−修飾も有していない、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４４． 各コアの糖部分が修飾されていない、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４５． コア領域のそれぞれの糖部分が天然のＤＮＡの糖部分である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４６． コア領域がキラルヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４７． コア領域のそれぞれのヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４８． コア領域のそれぞれのヌクレオチド間結合が、式Ｉの構造を有するキラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１４９． コア領域のそれぞれのヌクレオチド間結合が、式Ｉの構造を有するキラルヌクレオチド間結合であり、ＸがＳであり、ＹおよびＺがＯである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５０． コア領域のそれぞれのヌクレオチド間結合が、式Ｉの構造を有するキラルヌクレオチド間結合であり、１つの−Ｌ−Ｒ１が−Ｈではない、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５１． コア領域の各ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、実施形態１〜１４９のいずれか１つに記載の組成物。
１５２． コア領域が、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｍが１〜５０であり、ｎが１〜１０である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５３． コア領域が、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｍが１〜５０であり、ｎが１〜１０であり、ｍ＞ｎである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５４． コア領域が、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｍが２、３、４、５、６、７または８であり、ｎが１である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１５５． コア領域が、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｍが１〜５０であり、ｎが１〜１０である、実施形態１〜１５１のいずれか１つに記載の組成物。
１５６． コア領域が、Ｒｐ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｍが２、３、４、５、６、７または８である、実施形態１〜１５１および１５５のいずれか１つに記載の組成物。
１５７． コア領域が、Ｒｐ（Ｓｐ）２を含む骨格キラル中心のパターンを有する、実施形態１〜１５１および１５５〜１５６のいずれか１つに記載の組成物。
１５８． コア領域が、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｔが１〜１０であり、ｎが１〜１０であり、ｍが１〜５０であり、各Ｎｐが独立してＲｐまたはＳｐである、実施形態１〜１５１のいずれか１つに記載の組成物。
１５９． コア領域が、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む骨格キラル中心のパターンを有し、ｔが１〜１０であり、ｎが１〜１０であり、ｍが１〜５０である、実施形態１〜１５１および１５８のいずれか１つに記載の組成物。
１６０． ｎが１である、実施形態１〜１５１および１５８〜１５９のいずれか１つに記載の組成物。
１６１． ｔが２、３、４、５、６、７または８である、実施形態１〜１５１および１５８〜１６０のいずれか１つに記載の組成物。
１６２． ｍが２、３、４、５、６、７または８である、実施形態１〜１５１および１５８〜１６１のいずれか１つに記載の組成物。
１６３． ｔおよびｍの少なくとも１つが５よりも大きい、実施形態１〜１５１および１５８〜１６２のいずれか１つに記載の組成物。
１６４． コア領域が、ＳｐＳｐＲｐＳｐＳｐを含む骨格キラル中心のパターンを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６５． コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の５０％以上がＳｐ配置を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６６． コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の６０％以上がＳｐ配置を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６７． コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の７０％以上がＳｐ配置を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６８． コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の８０％以上がＳｐ配置を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１６９． コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の９０％以上がＳｐ配置を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７０． コア領域中のそれぞれのヌクレオチド間結合がキラルであり、コア領域が、ただ１つのＲｐを含み、コア領域中の他のヌクレオチド間結合のそれぞれがＳｐである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７１． コアのそれぞれの糖部分が修飾されていない、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７２． コア領域が、修飾された塩基を含む、実施形態１〜１７０のいずれか１つに記載の組成物。
１７３． コア領域が、修飾された塩基を含み、修飾された塩基が、置換されたＡ、Ｔ、ＣまたはＧである、実施形態１〜１７０のいずれか１つに記載の組成物。
１７４． コア領域中のそれぞれの塩基部分が、独立してＡ、Ｔ、ＣおよびＧから選択される、実施形態１〜１７１のいずれか１つに記載の組成物。
１７５． コア領域が、リン酸結合が独立してホスホロチオエート結合で置換されたＤＮＡ配列である、実施形態１〜１７０のいずれか１つに記載の組成物。
１７６． オリゴヌクレオチドが一本鎖である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７７． オリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴミア、マイクロＲＮＡ、プレ−マイクロＲＮ、アンチミル、スーパーミル、リボザイム、Ｕｌアダプター、ＲＮＡアクチベーター、ＲＮＡｉ剤、デコイオリゴヌクレオチド、トリプレックス形成オリゴヌクレオチド、アプタマーまたはアジュバントである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７８． オリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１７９． オリゴヌクレオチドが１０塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８０． オリゴヌクレオチドが１１塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８１． オリゴヌクレオチドが１２塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８２． オリゴヌクレオチドが１３塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８３． オリゴヌクレオチドが１４塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８４． オリゴヌクレオチドが１５塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８５． オリゴヌクレオチドが１６塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８６． オリゴヌクレオチドが１７塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８７． オリゴヌクレオチドが１８塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８８． オリゴヌクレオチドが１９塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１８９． オリゴヌクレオチドが２０塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９０． オリゴヌクレオチドが２１塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９１． オリゴヌクレオチドが２２塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９２． オリゴヌクレオチドが２３塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９３． オリゴヌクレオチドが２４塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９４． オリゴヌクレオチドが２５塩基よりも大きな長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
１９５． オリゴヌクレオチドが約２００塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１９６． オリゴヌクレオチドが約１５０塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１９７． オリゴヌクレオチドが約１００塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１９８． オリゴヌクレオチドが約５０塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
１９９． オリゴヌクレオチドが約４０塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２００． オリゴヌクレオチドが約３０塩基未満の長さを有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２０１． オリゴヌクレオチドが１０塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０２． オリゴヌクレオチドが１１塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０３． オリゴヌクレオチドが１２塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０４． オリゴヌクレオチドが１３塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０５． オリゴヌクレオチドが１４塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０６． オリゴヌクレオチドが１５塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０７． オリゴヌクレオチドが１６塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０８． オリゴヌクレオチドが１７塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２０９． オリゴヌクレオチドが１８塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１０． オリゴヌクレオチドが１９塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１１． オリゴヌクレオチドが２０塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１２． オリゴヌクレオチドが２１塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１３． オリゴヌクレオチドが２２塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１４． オリゴヌクレオチドが２３塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１５． オリゴヌクレオチドが２４塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１６． オリゴヌクレオチドが２５塩基の長さを有する、実施形態１〜１７８のいずれか１つに記載の組成物。
２１７． オリゴヌクレオチドのタイプが（Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ）−ｄ［５ｍＣｓ１Ａｓ１Ｇｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｇｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｇ］または（Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ）−Ｇｓ５ｍＣｓ５ｍＣｓＴｓ５ｍＣｓＡｓＧｓＴｓ５ｍＣｓＴｓＧｓ５ｍＣｓＴｓＴｓ５ｍＣｓＧｓ５ｍＣｓＡｓ５ｍＣｓ５ｍＣ（５Ｒ−（ＳＳＲ）３−５Ｒ）ではなく、下線を施したヌクレオチドが２’−ＭＯＥ修飾されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２１８． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：（Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ）−ｄ［５ｍＣｓ１Ａｓ１Ｇｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｇｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｇ］または（Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ）−Ｇｓ５ｍＣｓ５ｍＣｓＴｓ５ｍＣｓＡｓＧｓＴｓ５ｍＣｓＴｓＧｓ５ｍＣｓＴｓＴｓ５ｍＣｓＧｓ５ｍＣｓＡｓ５ｍＣｓ５ｍＣ（５Ｒ−（ＳＳＲ）３−５Ｒ）、ここで、下線を施したヌクレオチドは２’−ＭＯＥ修飾されている。
２１９． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
Figure 2019516680
 表中、小文字は、２’ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’ＯＨ ＲＮＡ残基を表す；太字および「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 2019516680
 表中、小文字は、２’−ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’−デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 2019516680
 表中、小文字は、２’−ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’−Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’−デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 2019516680
 表中、小文字は、２’−ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’−Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’−デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す。
Figure 2019516680
 ２２０． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
ｄ［ＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣＳＣＳＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣ］およびｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣ］、ここでＲはＲｐホスホロチオエート結合、およびＳはＳｐホスホロチオエート結合である。
２２１． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＧＧＡＲＴＳＧＲＴＳＴＲ ｍＣＳＴＣＧＡ、ＧＧＡＲＴＲＧＳＴＳＴＲ ｍＣＲＴＣＧＡ、ＧＧＡＳＴＳＧＲＴＲＴＳ ｍＣＳＴＣＧＡ、ここで、ＲはＲｐホスホロチオエート結合、ＳはＳｐホスホロチオエート結合、他のすべての結合はＰＯ、および各ｍＣは５−メチルシトシン修飾ヌクレオシドである。
２２２． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴｋＴｍＣｋ ｍＣｋ、ここで、下付き文字「ｋ」が続く各ヌクレオシドは（Ｓ）−ｃＥｔ修飾を示し、ＲはＲｐホスホロチオエート結合、ＳはＳｐホスホロチオエート結合、各ｍＣは５−メチルシトシン修飾ヌクレオシド、およびすべてのヌクレオシド間結合は、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲおよびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳから選択される立体化学パターンを有するホスホロチオエート（ＰＳ）である。
２２３． 骨格キラル中心の共通パターンが、ＳＳＲ、ＲＳＳ、ＳＳＲＳＳ、ＳＳＲＳＳＲ、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲまたはＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２２４． 骨格キラル中心の共通パターンが、ＳＳＲＳＳ、ＳＳＲＳＳＲ、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、またはＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２２５． 骨格キラル中心の共通パターンが、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、またはＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２２６． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋ ＡＧＴ ｍ ＣＡＴＧＡ ｍ ＣＴＴｋ ｍＣｋ ｍＣｋ、ここで、下付き文字「ｋ」が続く各ヌクレオシドは（Ｓ）−ｃＥｔ修飾を示し、ＲはＲｐホスホロチオエート結合、ＳはＳｐホスホロチオエート結合、各ｍＣは５−メチルシトシン修飾ヌクレオシド、および下線を施したコア内のすべてのヌクレオシド間結合は、以下から選択される立体化学パターンを有するホスホロチオエート（ＰＳ）である：ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲおよびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ．
２２７． （Ｓ）−ｃＥｔ修飾を含む各ヌクレオチドの各ホスホロチオエート部分が立体不規則的である、実施態様２１５または２１６に記載の組成物。
２２８． 塩基配列が標的配列に対して相補的である配列であるか、またはそれを含み、標的配列を含む核酸高分子と接触する時、組成物の切断パターンが基準オリゴヌクレオチド組成物からの基準切断パターンとは異なる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２２９． 核酸高分子がＲＮＡであり、基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３０． 核酸高分子がＲＮＡであり、基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３１． 変更された切断パターンが、基準切断パターンより少ない切断部位を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３２． 変更された切断パターンが、標的配列内に唯一の切断部位を有し、基準切断パターンが、標的配列内に２つ以上の切断部位を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３３． オリゴヌクレオチドの塩基配列が、母集団内に存在する同じ標的遺伝子の他の対立形質に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素と相補的な配列であるか、またはそれを含み、組成物が、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現するシステムと接触する時、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３４． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、オリゴヌクレオチドの塩基配列が、母集団内に存在する同じ標的遺伝子の他の対立形質に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素と相補的な配列であるか、またはそれを含み、組成物が、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現するシステムと接触する時、特定の対立遺伝子の転写物が、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
２３５． 塩基配列が、標的の特徴的な配列要素に対して相補的である配列を含み、特徴的な配列要素が、類似配列に対してその標的配列を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３６． コア領域の塩基配列が、標的の特徴的な配列要素に対して相補的である配列を含み、特徴的な配列要素が、類似配列に対してその標的配列を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３７． 標的配列が、突然変異を含む配列であり、類似配列が野生型配列である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３８． 特徴的な配列要素が、同じ標的配列の他の対立遺伝子に対して標的配列の特定の対立遺伝子を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２３９． 特徴的な配列要素が、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２４０． 配列が、特徴的な配列要素に対して１００％相補的である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２４１． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１１位、１２位または１３位が、特徴的な配列要素と並ぶ、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２４２． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１１位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４３． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１２位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４４． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１３位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４５． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの８位、９位または１０位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４６． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの８位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４７． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの９位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４８． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１０位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２４９． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位、７位または８位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５０． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５１． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５２． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５３． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位、４位または５位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５４． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５５． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５６． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位が、特徴的な配列要素と並ぶ、実施形態１〜２３７のいずれか１つに記載の組成物。
２５７． 共通塩基配列、またはオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列が、標的核酸配列の特徴的な配列要素内またはその近傍にＤＮＡ切断パターンが切断部位を有する配列である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２５８． ＤＮＡ切断パターンが、配列を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物の切断パターンであり、組成物中の各オリゴヌクレオチドが、同じ構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２５９． 共通塩基配列、またはオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列が、標的核酸配列の特徴的な配列要素内またはその近傍に立体不規則的な切断パターンが切断部位を有する配列である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６０． 立体不規則的な切断パターンが、配列を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物の切断パターンであり、各ヌクレオチド間結合がホスホロチオエートである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６１． 標的核酸配列の特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、コア領域内にある、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６２． 切断部位が、標的核酸配列の特徴的な配列要素内またはその近傍にある、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６３． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、０、１、２、３、４または５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６４． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、０個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６５． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、１個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６６． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６７． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、３個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６８． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、４個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２６９． 近傍の切断部位が、特徴的な配列要素から、５個のヌクレオチド間結合だけ離れた切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７０． 近傍の切断部位が、切断部位であり、切断部位の５’に位置する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７１． 近傍の切断部位が、切断部位であり、切断部位の３’に位置する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７２． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、主要な切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７３． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７４． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の４０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７５． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の５０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７６． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の６０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７７． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の７０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７８． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の８０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２７９． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の９０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８０． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の９５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８１． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全切断の１００％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８２． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８３． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の１０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８４． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の１５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８５． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の２０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８６． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の２５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８７． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の３０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８８． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の３５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２８９． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の４０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９０． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の４５％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９１． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の５０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９２． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の６０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９３． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の７０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９４． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の８０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９５． 特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位が、相対的な主要な切断部位であり、全標的の９０％超が、その部位で起こる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９６． 相対的または絶対的な主要な切断部位が、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイにより決定される、いずれか１つの先行する実施形態に記載の組成物。
２９７． 特徴的な配列要素が、一塩基多型（ＳＮＰ）または突然変異を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９８． 特徴的な配列要素が、一塩基多型を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
２９９． 特徴的な配列要素が、一塩基多型である先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３００． オリゴヌクレオチドが、ハンチンチン遺伝子の伸長ＣＡＧ反復体として同じ対立遺伝子上のＳＮＰと一致する配列を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０１． 一塩基多型が、ハンチントン病に関連する一塩基多型である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０２． 一塩基多型が、ハンチンチン遺伝子に見られる一塩基多型である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０３． オリゴヌクレオチドが、ハンチンチン遺伝子の伸長ＣＡＧ反復体として同じ対立遺伝子上のＳＮＰと一致する配列を含む、実施態様３０２の組成物。
３０４． 一塩基多型が、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１またはｒｓ３６２３０６から選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０５． 一塩基多型が、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８またはｒｓ３６２３０６から選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０６． 一塩基多型がｒｓ３６２３０７である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０７． 一塩基多型がｒｓ７６８５６８６である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０８． 一塩基多型がｒｓ３６２２６８である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３０９． 一塩基多型がｒｓ３６２３０６である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３１０． 一塩基多型がｒｓ２５３０５９５である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３１１． 一塩基多型がｒｓ３６２３３１である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３１２． 一塩基多型がエクソン内にある、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１３． 一塩基多型がイントロン内にある、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１４． 表Ｎ１、表Ｎ２、表Ｎ３、表Ｎ４および表８から選択される、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１５． 表Ｎ１、表Ｎ２、表Ｎ３および表Ｎ４から選択される、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１６． 組成物が表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａおよび表８から選択され、ＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、およびＷＶ−２６０１である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１７． 表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａおよび表Ｎ４Ａから選択される、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１８． 組成物がＷＶ−１０９２である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３１９． 組成物がＷＶ−２６０３である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２０． 組成物がＷＶ−２５９５である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２１． 組成物がＷＶ−２３７８である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２２． 組成物がＷＶ−２３８０である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２３． 組成物がＷＶ−１５１０である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２４． 組成物がＷＶ−２６１９である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２５． 組成物がＷＶ−２６１１である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２６． 組成物がＷＶ−１４９７である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２７． 組成物がＷＶ−２６０２である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２８． 組成物がＷＶ−２６１８である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３２９． 組成物がＷＶ−２６０１である、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３３０． 組成物がＯＮＴ−４５０、ＯＮＴ−４５１またはＯＮＴ−４５２ではない、実施形態１〜２９７のいずれか１つに記載の組成物。
３３１． 特徴的な配列要素が突然変異を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３２． 特徴的な配列要素が突然変異である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３３． オリゴヌクレオチドが、変異対立遺伝子に対して少なくとも９５％相補的である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３４． オリゴヌクレオチドが、変異対立遺伝子に対して１００％相補的である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３５． オリゴヌクレオチドが、標的配列に対して少なくとも９５％相補的であり、ＳＮＰが疾患に関連したものである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３６． オリゴヌクレオチドが、標的配列に対して１００％相補的であり、ＳＮＰが疾患に関連したものである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３７． 標的配列の塩基の長さが１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０またはそれを超える、実施態様３３６の組成物。
３３８． オリゴヌクレオチドが、変異対立遺伝子のＲＮＡレベルを選択的に低下させる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３３９． Ｒ５ｓが−ＯＲ’である、実施形態１６〜３３８のいずれか１つに記載の組成物。
３４０． Ｒ５ｓが−ＯＨである、実施形態１６〜３３８のいずれか１つに記載の組成物。
３４１． Ｙが−Ｏ−である、実施形態１６〜３４０のいずれか１つに記載の組成物。
３４２． ＢＡがＡ、Ｔ、Ｃ、ＵおよびＧから選択される任意に置換した核酸塩基である、実施形態１６〜３４１のいずれか１つに記載の組成物。
３４３． ＢＡがＡ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、Ｇおよび５ｍＣから選択される任意に置換した核酸塩基である、実施形態１６〜３４１のいずれか１つに記載の組成物。
３４４． ＢＡがＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇおよび５ｍＣから選択される任意に置換した核酸塩基である、実施形態１６〜３４１のいずれか１つに記載の組成物。
３４５． ＳＵが
Figure 2019516680
 であり、ＳＵがＣ３を通してＰＬと、およびＣ１を通してＢＡと結合する、実施形態１６〜３４４のいずれか１つに記載の組成物。
３４６． Ｒ２ｓが水素である、実施形態１６〜３４５のいずれか１つに記載の組成物。
３４７． Ｒ２ｓが−Ｆである、実施形態１６〜３４６のいずれか１つに記載の組成物。
３４８． Ｒ２ｓが−ＯＲ’である、実施形態１６〜３４７のいずれか１つに記載の組成物。
３４９． Ｒ２ｓが−ＯＭｅである、実施形態１６〜３４８のいずれか１つに記載の組成物。
３５０． Ｒ２ｓがＣ２をＣ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４又はＣ５と結合するＬである、実施形態１６〜３４９のいずれか１つに記載の組成物。
３５１． Ｒ２ｓがＣ２をＣ４と結合するＬである、実施形態１６〜３５０のいずれか１つに記載の組成物。
３５２． Ｒ２ｓがＣ２をＣ４と結合する−Ｏ−ＣＨ２である、実施形態１６〜３５１のいずれか１つに記載の組成物。
３５３． Ｒ２ｓがＣ２をＣ４と結合する−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３である、実施形態１６〜３５１のいずれか１つに記載の組成物。
３５４． 少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３５５． 少なくとも５つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３５６． 少なくとも６つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３５７． 少なくとも７つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３５８． 少なくとも８つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３５９． 少なくとも９つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３６０． 少なくとも１０つのＰＬが
Figure 2019516680
 であり、ＰＬ内のリンがキラルである、実施形態１６〜３５３のいずれか１つに記載の組成物。
３６１． キラルＰＬが連続的である、実施形態３５４〜３６０のいずれか１つに記載の組成物。
３６２． 少なくとも１つのＰＬが
Figure 2019516680
 である、実施形態１６〜３６１のいずれか１つに記載の組成物。
３６３． ＷがＯである、実施形態１６〜３６２のいずれか１つに記載の組成物。
３６４． Ｚが−Ｏ−である、実施形態１６〜３６３のいずれか１つに記載の組成物。
３６５． Ｘが−Ｓ−である、実施形態１６〜３６４のいずれか１つに記載の組成物。
３６６． ｎが４〜２００である、実施形態１６〜３６５のいずれか１つに記載の組成物。
３６７． ｎが９〜２００である、実施形態１６〜３６５のいずれか１つに記載の組成物。
３６８． ｎが１４〜２００である、実施形態１６〜３６５のいずれか１つに記載の組成物。
３６９． Ｒ３ｓが−ＳＵ（ＢＡ）−Ｌ−Ｒ’である、実施形態１６〜３６８のいずれか１つに記載の組成物。
３７０． Ｒ３ｓが−ＳＵ（ＢＡ）−ＯＨである、実施形態１６〜３６８のいずれか１つに記載の組成物。
３７１． Ｒ３ｓが−ＳＵ（ＢＡ）−Ｌ−固体担体である、実施形態１６〜３６８のいずれか１つに記載の組成物。
３７２． 各キラルＰＬが独立的に８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超えるジアステレオマー純度、実施形態１６〜３７１のいずれか１つに記載の組成物。
３７３． 各キラルＰＬが独立的に９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超えるジアステレオマー純度（キラルＰＬを含むダイマーの生成によって測定される）、実施形態１６〜３７１のいずれか１つに記載の組成物。
３７４． 少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のＰＬが天然のリン酸塩結合である、実施形態１６〜３７３のいずれか１つに記載の組成物。
３７５． 少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のＰＬが天然のリン酸塩結合である、実施形態１６〜３７３のいずれか１つに記載の組成物。
３７６． 少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のＰＬが天然のリン酸塩結合である、実施形態１６〜３７３のいずれか１つに記載の組成物。
３７７． オリゴヌクレオチドが１つ以上の連続している天然のリン酸塩結合の並びを含み、各並びが独立的に２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０の天然のリン酸塩結合を含む、実施形態１６〜３７６のいずれか１つに記載の組成物。
３７８． オリゴヌクレオチドが２つ以上の連続している天然のリン酸塩結合の並びを含み、各並びが独立的に２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０の天然のリン酸塩結合を含む、実施形態１６〜３７６のいずれか１つに記載の組成物。
３７９． オリゴヌクレオチドが２つ以上の連続している天然のリン酸塩結合の並びを含み、各並びが独立的に３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０の天然のリン酸塩結合を含む、実施形態１６〜３７６のいずれか１つに記載の組成物。
３８０． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物および医薬担体を含む医薬組成物。
３８１． 脳脊髄液をさらに含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８２． 脳脊髄液をさらに含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８３． オリゴヌクレオチドの塩を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８４． オリゴヌクレオチドの医薬品として容認できる塩を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８５． オリゴヌクレオチドのナトリウム塩を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８６． オリゴヌクレオチドが全ナトリウム塩として存在する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
３８７． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−１またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３８８． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−２またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３８９． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−３またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９０． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−４またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９１． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−５またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９２． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−６またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９３． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−７またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９４． オリゴヌクレオチドがＯ−Ｉ−８またはその医薬品として容認できる塩である、実施形態１〜３８２のいずれか１つに記載の組成物。
３９５． オリゴヌクレオチドがナトリウム塩である、実施形態３８７〜３９４のいずれか１つに記載の組成物。
３９６． オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチド１つ当たりｎ個のＮａ＋の全ナトリウム塩である、実施形態３８７〜３９４のいずれか１つに記載の組成物。
３９７． 核酸高分子の制御された切断のための方法であって、方法が以下の工程を含む：
核酸高分子のヌクレオチド配列が、以下を特徴とする特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を持つ標的配列を含む核酸高分子を接触させる工程：
１）核酸高分子に見られる標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
この組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御されている、方法。
３９８． 標的配列を含む塩基配列を有する核酸の切断のための方法であって：
（ａ）核酸高分子のヌクレオチド配列が、以下を特徴とする特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を持つ標的配列を含む塩基配列を有する核酸を接触させる工程であって、すなわち、
１）核酸内にある標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
によって特徴づけられ、この組成物が、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０個のヌクレオチドであり、骨格結合は、少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、かつ骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む工程を含む、方法。
３９９． 標的配列を含む塩基配列を有する核酸の切断のための方法であって：
（ａ）核酸高分子のヌクレオチド配列が、以下を特徴とする特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を持つ標的配列を含む塩基配列を有する核酸を接触させる工程であって、すなわち、
１）核酸内にある標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
によって特徴づけられ、この組成物が、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、オリゴヌクレオチドは変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ長さは約１０〜約５０個のヌクレオチドであり、骨格結合は、少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、かつ骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心を含む工程と、
（ｂ）ＲＮＡｓｅＨまたはＲＮＡ干渉機構によって媒介される、核酸を切断する工程とを含む、方法。
４００． 接触が、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される、実施態様３９９の方法。
４０１． 核酸高分子を、同等な条件下で、基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察される基準切断パターンとは異なる切断パターンで切断が起こる、実施形態３９９〜４００のいずれか１つに記載の方法。
４０２． ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子を、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察される切断パターンを変更するための方法であって、この特定の塩基配列が、標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、本方法が、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程を含み、この組成物が、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、単一のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドについて濃縮されるという点でキラル制御され、そのオリゴヌクレオチド型が、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；および
３）骨格キラル中心の特定のパターンを特徴とする工程を含む、方法。
４０３． 接触が、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される、実施態様４０２の方法。
４０４． 基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である、実施形態４０１〜４０３のいずれか１つに記載の方法。
４０５． 基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態４０１〜４０３のいずれか１つに記載の方法。
４０６． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、核酸高分子に見られる標的配列内に基準切断パターンよりも単一の切断部位を有する、実施形態４０１〜４０５のいずれか１つに記載の方法。
４０７． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、核酸高分子に見られる標的配列内に基準切断パターンよりも単一の切断部位を有する、実施態様４０６の方法。
４０８． 単一の切断部位が、基準切断パターンの切断部位である、実施形態４０７に記載の方法。
４０９． 単一の切断部位が、基準切断パターンの切断部位である、実施形態４０６に記載の方法。
４１０． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、切断部位での切断割合を高めるという点で基準切断パターンとは異なる、実施形態４０１〜４０５のいずれか１つに記載の方法。
４１１． 切断割合が増加した切断部位が、基準切断パターンの切断部位である、実施形態４１０に記載の方法。
４１２． 切断割合が増加した切断部位が、基準切断パターンではない切断部位である、実施形態４１０に記載の方法。
４１３． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、大きい標的核酸高分子の切断速度をもたらす、実施形態３９９〜４１２のいずれか１つに記載の方法。
４１４． 切断の割合が少なくとも５倍高い、実施形態３９９〜４１３のいずれか１つに記載の方法。
４１５． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、低いレベルの残留する未切断の標的核酸高分子をもたらす、実施形態３９９〜４１４のいずれか１つに記載の方法。
４１６． 残留する未切断の標的核酸高分子が少なくとも５倍少ない、実施形態３９９〜４１５のいずれか１つに記載の方法。
４１７． 核酸高分子からの切断産物が、基準オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドからの解離よりも速い速度で、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドから解離する、実施形態３９９〜４１６のいずれか１つに記載の方法。
４１８． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的核酸配列および類似核酸配列の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする。
４１９． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的核酸配列および類似核酸配列の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、標的核酸配列の転写物が、類似核酸配列において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４２０． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の標的配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４２１． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の標的配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４２２． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、その類似配列に対して特定の標的配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき：
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）類似のものにおいて観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、類似配列において観察される抑制のレベルよりも高い、レベルで特定の標的配列の転写物の抑制を示す、方法。
４２３． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、その類似配列に対して特定の標的配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき：
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）類似のものにおいて観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、類似配列において観察される抑制のレベルよりも高い、レベルで特定の標的配列の転写物の抑制を示す、方法。
４２４． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、特定の標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的核酸配列の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の標的核酸配列からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）類似配列において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の標的核酸配列からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、類似配列において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い、レベルで特定の標的配列の転写物の抑制を示す、方法。
４２５． １つまたは複数の類似核酸配列が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、標的配列および類似配列のそれぞれは、類似配列に対して標的配列を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の標的核酸配列からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）類似配列において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の標的核酸配列からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、類似配列において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い、レベルで特定の標的配列の転写物の抑制を示す、方法。
４２６． 標的配列が、突然変異を含む配列であり、類似配列が野生型配列である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４２７． 特徴的な配列要素が、同じ標的配列の他の対立遺伝子に対して標的配列の特定の対立遺伝子を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４２８． 特徴的な配列要素が、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４２９． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ核酸配列の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４３０． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、この組成物が、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドについての共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ核酸配列の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４３１． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４３２． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、この組成物が、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４３３． 接触が、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、実施形態４２９または４３１に記載の方法。
４３４． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、この組成物が、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現する系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
４３５． 接触が、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、実施形態４３４に記載の方法。
４３６． 特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍高いレベルで抑制される、実施形態４２９〜４３５のいずれか１つに記載の方法。
４３７． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通塩基配列および長さと、
２）骨格結合の共通パターンと、
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき：
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、方法。
４３８． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的核酸配列の転写物を含む試料を、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターンと、
３）骨格キラル中心の共通パターンと、
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、この組成物が、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドについての共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、方法。
４３９． ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子と、実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物とを接触させるステップを含む、核酸高分子の制御された切断のための方法。
４４０． １つ以上の類似した核酸配列が母集団内に存在し、標的配列および類似配列のそれぞれが、類似配列に対して相対的に標的配列を画定する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を、実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列を画定する特徴的な配列要素と相補的である配列であるかまたはそれを含む。
４４１． 多数の対立形質が母集団内に存在し、そのそれぞれが同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはそれを含む。
４４２． 多数の対立形質が母集団内に存在し、そのそれぞれが同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列を画定する特徴的な配列要素と相補的である配列であるかまたはそれを含み、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含むシステムと接触させた時に、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるということを特徴とする。
４４３． 多数の対立形質が母集団内に存在し、そのそれぞれが同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列を画定する特徴的な配列要素と相補的である配列であるかまたはそれを含み、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現するシステムと接触させた時に、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されるということを特徴とする。
４４４． 多数の対立形質が母集団内に存在し、そのそれぞれが同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列を画定する特徴的な配列要素と相補的である配列であるかまたはそれを含み、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、同一の標的核酸配列の転写物を含むシステムと接触させた時、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、方法。
４４５． 多数の対立形質が母集団内に存在し、そのそれぞれが同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料を実施形態６３８〜６８４のいずれか１つに記載されているオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列を画定する特徴的な配列要素と相補的である配列であるかまたはそれを含み、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、同一の標的核酸配列の転写物を発現するシステムと接触させた時、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、方法。
４４６． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通の塩基配列および長さ、ならびに
２）骨格結合の共通パターン；
を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、ここで、共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
４４７． 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法が、
標的遺伝子の転写物を含む試料を、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン；
以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程を含み、この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されているという点でキラル制御されており；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはこれを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
４４８． 組成物が不在の時に、存在する時に対して、特定の対立遺伝子からの転写物が２倍以上の量で検出される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４４９． 同じ遺伝子の別の対立遺伝子の転写物のレベルが、特定の対立遺伝子の転写物のレベルよりも少なくとも２倍高い、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５０． 特定の対立遺伝子からの転写物が、組成物が不在の時に、存在する時に対して、特定の対立遺伝子からの転写物が２倍以上の量で検出され、かつ同じ遺伝子の別の対立遺伝子の転写物のレベルが、特定の対立遺伝子の転写物のレベルよりも少なくとも２倍高い、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５１． 接触が、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５２． 接触が、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５３． 特定の対立遺伝子の転写物が、組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で、少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍であるレベルで抑制される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５４． 特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍高いレベルで抑制される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５５． 系が、インビトロまたはインビボの系である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５６． 方法が、インビトロまたはインビボの系で実施される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５７． 系が、１つまたは複数の細胞、組織または臓器を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５８． 系が、１つまたは複数の生物体を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４５９． 系が、１つまたは複数の対象を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６０． 特定の対立遺伝子の転写物が切断される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６１． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のイントロン内に存在する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６２． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のエクソン内に存在する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６３． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のエクソンおよびイントロンにまたがる、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６４． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が突然変異を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６５． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が突然変異である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６６． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素がＳＮＰを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６７． 特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素がＳＮＰである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６８． オリゴヌクレオチド組成物が、対象に投与される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４６９． 標的核酸高分子または転写物がオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７０． 標的核酸高分子または転写物がＲＮＡである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７１． 標的核酸高分子または転写物が新しく転写されたＲＮＡである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７２． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、核酸高分子または転写物と二本鎖を形成する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７３． 標的核酸高分子または転写物が酵素によって切断される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７４． 酵素がＲＮａｓｅ Ｈである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７５． ＳＮＰが、ハンチントン病に関連するＳＮＰである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７６． ＳＮＰが、ハンチンチン遺伝子に見られるＳＮＰである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７７． ＳＮＰが、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８またはｒｓ３６２３０６から選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４７８． ＳＮＰがｒｓ３６２３０７である、実施形態３９７〜４７７に記載の方法。
４７９． 一塩基多型ヌクレオチド多形性がｒｓ７６８５６８６である、実施形態３９７〜４７７に記載の方法。
４８０． 一塩基多型ヌクレオチド多形性がｒｓ３６２２６８である、実施形態３９７〜４７７に記載の方法。
４８１． 一塩基多型ヌクレオチド多形性がｒｓ３６２３０６である、実施形態３９７〜４７７に記載の方法。
４８２． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１１位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８３． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１２位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８４． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１３位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８５． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの８位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８６． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの９位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８７． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１０位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８１に記載の方法。
４８８． オリゴヌクレオチドが１つまたは複数のウィング領域および共通コア領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法であり、ここで
各ウィング領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して、１つまたは複数のキラル修飾ヌクレオチド間結合を含む。
４８９． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９０． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９１． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９２． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９３． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９４． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態３９７〜４８８のいずれか１つに記載の方法。
４９５． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法であり、ここで、
各ウィング領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合と、１つ以上の天然リン酸結合を含有し；および
コア領域が独立して、２塩基以上の長さを有し、ここで、コア領域の各ヌクレオチド間結合がキラルであり、コア領域のヌクレオチド間結合のうちのただ１つがＲｐであり、コア領域の他のヌクレオチド間結合のそれぞれがＳｐである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４９６． オリゴヌクレオチドが、ウィング−コアの構造を有するヘミマーである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
４９７． オリゴヌクレオチドが、コア−ウィングの構造を有するヘミマーである、実施形態３９７〜４９５のいずれか１つに記載の方法。
４９８． オリゴヌクレオチドが、ウィング−コア−ウィングの構造を有するギャップマーである、実施形態３９７〜４９５のいずれか１つに記載の方法。
４９９． 疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物のレベルが選択的に抑制される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
５００． 疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物から転写されたタンパク質のレベルが抑制される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
５０１． 対象のハンチントン病を治療または予防するための方法であり、
１）共通の塩基配列および長さ、ならびに
２）骨格結合の共通パターンを有する、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与するステップを含む。
５０２． 以下によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与するステップを含む、対象のハンチントン病を治療または予防するための提供される方法であって、
１）共通の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン；
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して、濃縮されているという点でキラル制御されている。
５０３． オリゴヌクレオチドが１つまたは複数のウィング領域および共通コア領域を含む、実施形態５０１または５０２に記載の方法であり、ここで
各ウィング領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立してかつ任意選択で１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含み、
コア領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して、１つまたは複数のキラルヌクレオチド間結合を含む。
５０４． 実施形態５０１〜５０３のいずれか１つに記載の方法であり、
各ウィング領域は独立して、２塩基以上の長さを有し、独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合と、１つ以上の天然リン酸結合を含有し；および
コア領域が独立して、２塩基以上の長さを有し、ここで、コア領域の各ヌクレオチド間結合がキラルであり、コア領域のヌクレオチド間結合のうちのただ１つがＲｐであり、コア領域の他のヌクレオチド間結合のそれぞれがＳｐである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
５０５． オリゴヌクレオチドが、ウィング−コアの構造を有するヘミマーである、実施形態５０１〜５０４のいずれか１つに記載の方法。
５０６． オリゴヌクレオチドが、コア−ウィングの構造を有するヘミマーである、実施形態５０１〜５０４のいずれか１つに記載の方法。
５０７． オリゴヌクレオチドが、ウィング−コア−ウィングの構造を有するギャップマーである、実施形態５０１〜５０４のいずれか１つに記載の方法。
５０８． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１１位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５０９． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１２位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１０． オリゴヌクレオチドの５’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１３位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１１． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの８位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１２． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの９位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１３． オリゴヌクレオチドの３’−末端から数えてオリゴヌクレオチドの１０位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１４． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の６位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１５． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の７位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１６． コア領域の５’−末端から数えてコア領域の８位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１７． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の３位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１８． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の４位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５１９． コア領域の３’−末端から数えてコア領域の５位が、一塩基多型と並ぶ、実施形態５０１〜５０７のいずれか１つに記載の方法。
５２０． 方法がハンチントン病の症状を改善する、実施形態５０１〜５１９のいずれか１つに記載の方法。
５２１． 方法がハンチントン病の発症を遅くする、実施形態５０１〜５１９のいずれか１つに記載の方法。
５２２． 方法がハンチントン病の進行を遅くする、実施形態５０１〜５１９のいずれか１つに記載の方法。
５２３． 被験者がハンチントン病に関連したＳＮＰを有する、実施形態５０１〜５２２のいずれか１つに記載の方法。
５２４． 被験者がそのハンチンチン遺伝子内にＳＮＰを有する、実施形態５０１〜５２３のいずれか１つに記載の方法。
５２５． 被験者がＳＮＰを有し、また１つの対立遺伝子が伸長ＣＡＧ反復体に関連した突然変異ハンチンチンであり、投与されるオリゴヌクレオチドの長さが５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０塩基であり、伸長ＣＡＧ反復体と同じ対立遺伝子上のＳＮＰを含む配列と１００％一致する配列を含む、実施形態５０１〜５２４のいずれか１つに記載の方法。
５２６． 被験者がＳＮＰを有し、また１つの対立遺伝子が伸長ＣＡＧ反復体に関連した突然変異ハンチンチンであり、投与されるオリゴヌクレオチドの長さが１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０塩基であり、伸長ＣＡＧ反復体と同じ対立遺伝子上のＳＮＰを含む配列と１００％一致する配列を含む、実施形態５０１〜５２４のいずれか１つに記載の方法。
５２７． 被験者がＳＮＰを有し、また１つの対立遺伝子が伸長ＣＡＧ反復体に関連した突然変異ハンチンチンであり、投与されるオリゴヌクレオチドの長さが１５、１６、１７、１８、１９または２０塩基であり、伸長ＣＡＧ反復体と同じ対立遺伝子上のＳＮＰを含む配列と１００％一致する配列を含む、実施形態５０１〜５２４のいずれか１つに記載の方法。
５２８． 対象がＳＮＰを有し、ここで、１つの対立遺伝子が、伸長ＣＡＧリピートに関連する変異ハンチンチンである、実施形態５０１〜５２７のいずれか１つに記載の方法。
５２９． 被験者がｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１、またはｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する、実施形態５０１〜５２８のいずれか１つに記載の方法。
５３０． 被験者がｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、またはｒｓ３６２３０６から選択されるＳＮＰを有する、実施形態５０１〜５２９のいずれか１つに記載の方法。
５３１． 被験者がＳＮＰ ｒｓ３６２３０７を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３２． 被験者がＳＮＰ ｒｓ７６８５６８６を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３３． 被験者がＳＮＰ ｒｓ３６２２６８を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３４． 被験者がＳＮＰ ｒｓ３６２３０６を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３５． 被験者がＳＮＰ ｒｓ２５３０５９５を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３６． 被験者がＳＮＰ ｒｓ３６２３３１を有する、実施形態５０１〜５３０のいずれか１つに記載の方法。
５３７． オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物が、非立体選択的な調製により調製される、実施形態１〜３９６のいずれかに記載の組成物。
５３８． オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物が、キラルなヌクレオチド間結合の形成のためにキラル補助剤が使用されない非立体選択的な調製により調製される、実施形態１〜３９６および５３７のいずれか１つに記載の組成物。
５３９． オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は８０：２０未満のジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６および５３７〜５３８のいずれか１つに記載の組成物。
５４０． オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は９０：１０未満のジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６および５３７〜５３９のいずれか１つに記載の組成物。
５４１． オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は９５：５未満のジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６および５３７〜５４０のいずれか１つに記載の組成物。
５４２． オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物は非立体選択的調製によって調製され、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は９７：３未満のジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６および５３７〜５４１のいずれか１つに記載の組成物。
５４３． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９０：１０を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６のいずれか１つに記載の組成物。
５４４． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９５：５を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６のいずれか１つに記載の組成物。
５４５． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９６：４を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６のいずれか１つに記載の組成物。
５４６． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９７：３を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６のいずれか１つに記載の組成物。
５４７． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９８：２を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３９６のいずれか１つに記載の組成物。
５４８． 各キラルなヌクレオチド間結合が、９８：２を超えるジアステレオマー選択性で形成される、実施形態１〜３０９のいずれか１つに記載の組成物。
５４９． キラルなヌクレオチド間結合を形成するためのジアステレオマー選択性が、キラルなヌクレオチド間結合およびキラルなヌクレオチド間結合の両側へのヌクレオシドを含む二量体のオリゴヌクレオチドを、同じか、または同等の反応条件下で生成することにより測定される、実施形態５３９〜５４８のいずれか１つに記載の組成物。
５５０． 標的核酸配列の転写物の選択的抑制のためのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン（このパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍまたは（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む）によって特徴づけられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを所定レベル含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する工程を含み、ここで；
ｍは１〜５０であり；
ｎは１〜１０であり；
ｔは１〜５０であり；
各Ｎｐは独立してＲｐまたはＳｐであり、
ここで、標的核酸配列は、類似核酸配列から標的核酸配列を定義する特徴的な配列要素を含み；
共通塩基配列は、ＤＮＡ切断パターンおよび／または立体不規則的な切断パターンが、標的核酸配列内またはその近傍に切断部位を持つ配列である、方法。
５５１． パターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む、実施態様６５８に記載の方法。
５５２． パターンが（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む、実施態様６５８に記載の方法。
５５３． パターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む、実施態様６５８に記載の方法。
５５４． パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む、実施態様６５８に記載の方法。
５５５． パターンが、実施形態１５２〜１６４のいずれか１つに記載のパターンである、実施態様６５８に記載の方法。
５５６． 切断部位が、実施形態２５７〜２９６のいずれか１つに記載されている、実施形態５５０〜５５４のいずれか１つに記載の方法。
５５７． オリゴヌクレオチド組成物が、実施形態１〜３９６および５３７〜５４９のいずれか１つに記載の組成物である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
５５８． キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物内のオリゴヌクレオチドの配列が、本明細書で説明した任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、その配列から成るか、もしくはその配列であるか、または表Ｎ１Ａ、Ｎ２Ａ、Ｎ３Ａ、Ｎ４Ａまたは８；またはＷＶ−９３７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、およびＷＶ−２６０１から選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５５９． 脂質およびオリゴヌクレオチドを含む組成物。
５６０． 組成物が、組成物内の１つ以上のオリゴヌクレオチドと複合化した１つ以上の脂質を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物。
５６１． オリゴヌクレオチド、およびラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、ツルビナル酸、アラキドン酸およびジリノレイルから選択される脂質を含む組成物。
５６２． オリゴヌクレオチド、およびラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸（ｃｉｓ−ＤＨＡ）、ツルビナル酸、およびジリノレイルから選択される脂質を含む組成物。
５６３． オリゴヌクレオチドおよび以下から選択される脂質を含む組成物：
Figure 2019516680
 ５６４． オリゴヌクレオチドおよび脂質を含む組成物であって、
ここで、脂質は、任意で１つ以上のＣ１−４脂肪族基で置換されるＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む。
５６５． 複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物であって：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターン；
ここで、複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、脂質に個別に結合している。
５６６． 複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって：
１）共通塩基配列；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格リン修飾の共通パターンを共有し、
ここで、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するという点でキラル制御されており、
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、脂質に個別に結合しており；かつ
複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、標的の化合物または部分に任意選択で個別に結合している。
５６７． ヒト被験者中の細胞または組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法であって、
（ａ）先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物を提供する工程と、
（ｂ）オリゴヌクレオチドが、被験者の細胞または組織に送達されるように、組成物をヒト被験者に投与する工程とを含む。
５６８． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物を調製する工程、および細胞または組織を組成物で処理する［組成物と接触させる］工程を含む、オリゴヌクレオチドを細胞または組織に送達するための方法。
５６９． 細胞内の遺伝子の転写物または遺伝子産物のレベルを調節する方法であって、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物と細胞とを接触させる工程を含み、オリゴヌクレオチドが転写物または遺伝子産物のレベルを調節することができる方法。
５７０． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物を調製する工程と、細胞または組織を組成物で処理する工程とを含む、細胞または組織内の遺伝子の発現を阻害するための方法。
５７１． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物を調製する工程と、組成物を哺乳動物に投与する工程とを含む、哺乳動物の細胞または組織内の遺伝子の発現を阻害するための方法。
５７２． 対象の細胞または組織内の１つまたはいくつかのタンパク質の過剰発現によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、前記方法は先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物の対象への投与を含む。
５７３． 対象の１つまたはいくつかのタンパク質の、減少した、抑制された、または欠損している発現によって引き起こされる疾患を治療する方法であって、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物の対象への投与を含む方法。
５７４． 対象の免疫応答を惹起するための方法であって、前記方法が、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物の対象への投与を含み、生物活性化合物が免疫調節核酸である方法。
５７５． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物を提供し、かつ組成物を対象に投与することにより、ハンチントン病の徴候および／または症状を治療するための方法。
５７６． 細胞内のＲＮａｓｅＨ媒介切断の量を調節する方法であって、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物と細胞とを接触させる工程を含み、オリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅＨ媒介切断の量を調節することができる方法。
５７７． 薬剤脂質を含む組成物を提供する工程および組成物を対象に投与する工程を含む、オリゴヌクレオチドを、それを必要とする対象に投与する方法であって、薬剤は、本明細書に開示の任意の薬剤であり、脂質は、本明細書に開示の任意の脂質である方法。
５７８． 対象の疾患を治療する方法であって、薬剤脂質を含む組成物を提供する工程、および治療上有効な量の組成物を対象に投与する工程を含み、薬剤は、本明細書に開示の任意の薬剤であり、脂質は、本明細書に開示の任意の脂質であり、疾患は、本明細書に開示の任意の疾患である方法。
５７９． 脂質が、任意で置換されるＣ１０−Ｃ４０の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８０． 脂質が、任意で置換されるＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８１． 脂質が、任意で１つ以上のＣ１−４脂肪族基で置換されるＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８２． 脂質が、非置換のＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８３． 脂質が、１個以下の任意で置換されるＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
５８４． 脂質が、２個以上の任意で置換されるＣ１０−Ｃ４０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８５． 脂質が、三環式または多環式の部分を含まない、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８６． 脂質は、Ｒ１−ＣＯＯＨの構造を有し、式中、Ｒ１は、任意で置換されるＣ１０−Ｃ４０の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８７． リピドがそのカルボキシル基を通して結合される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５８８． 脂質が、以下から選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法：
Figure 2019516680
５８９． 脂質が、オリゴヌクレオチドに結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９０． 脂質が、オリゴヌクレオチドに直接結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９１． 脂質が、リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９２． リンカーが、帯電していないリンカー；帯電したリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐したリンカー；分岐していないリンカー；少なくとも１つの開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのリン酸系の開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのエステル系の開裂基を含むリンカー；および少なくとも１つのペプチド系の開裂基を含むリンカーから選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９３． 複数のうちの各オリゴヌクレオチドが、同じ位置の同じ脂質に個別に結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９４． 脂質が、リンカーによりオリゴヌクレオチドに結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９５． 複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数が独立して標的の化合物または部分に結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９６． 複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数が独立して脂質および標的の化合物または部分に結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９７． 複数のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数が独立して、一端で脂質に、他端で標的の化合物または部分に結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９８． 複数のうちのオリゴヌクレオチドが、同じ化学修飾パターンを共有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
５９９． 複数のうちのオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の塩基修飾を含む同じ化学修飾パターンを共有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６００． 複数のうちのオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の糖修飾を含む同じ化学修飾パターンを共有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０１． 共通塩基配列が、細胞内の転写物とハイブリダイズすることができて、この転写物が、筋疾患と関連がある突然変異を含むか、あるいはそのレベル、活性および／または分布が、筋疾患と関連がある、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０２． オリゴヌクレオチドが核酸である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０３． オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０４． オリゴヌクレオチドが、エクソンスキッピングを媒介するオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０５． オリゴヌクレオチドが、エクソンスキッピングを媒介する、立体配置が確定したオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０６． 疾患または障害が、筋肉に関連する疾患または障害である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０７． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ８０飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つ以上のメチレン単位が、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意に置換した基で、任意かつ独立的に置換され、各変数が独立的に本明細書で定義され説明されたものである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０８． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ８０飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６０９． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ８０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１０． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ６０飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１１． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１２． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ４０飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１３． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１４． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ６０飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つ以上のメチレン単位が、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意に置換した基で、任意かつ独立的に置換され、各変数が独立的に本明細書で定義され説明されたものである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１５． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ８０飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１６． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ６０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１７． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１８． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ４０飽和または部分的に不飽和の脂肪族基を含み、１つ以上のメチレン単位が、Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、Ｃ１−Ｃ６ヘテロ脂肪族部分、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、および−Ｃ（Ｏ）Ｏ−から選択される任意に置換した基で、任意かつ独立的に置換され、各変数が独立的に本明細書で定義され説明されたものである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６１９． 脂質が、任意に置換したＣ１０−Ｃ４０飽和または部分的に不飽和の脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２０． 脂質が、任意選択で置換された飽和または部分的に不飽和の直鎖のＣ１０−Ｃ４０脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２１． 組成物が、ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、色素、挿入剤、アクリジン、架橋剤、プソラレン、マイトマイシンＣ、ポルフィリン、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン、多環式芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、ＥＤＴＡ、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ、ＰＥＧ−４０Ｋ、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識したマーカー、酵素、ハプテン・ビオチン、輸送／吸収促進剤、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、コリガンドに対する特異親和性を有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子または薬剤から選択される１つまたは複数の別の成分をさらに含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２２． 脂質が、Ｃ１０−Ｃ８０の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２３． 組成物がさらに、オリゴヌクレオチドと脂質をリンクするリンカーを含み、リンカーが、帯電していないリンカー；帯電したリンカー；アルキルを含むリンカー；ホスフェートを含むリンカー；分岐したリンカー；分岐していないリンカー；少なくとも１つの開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸化還元開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのリン酸系の開裂基を含むリンカー；少なくとも１つの酸開裂基を含むリンカー；少なくとも１つのエステル系の開裂基を含むリンカー；および少なくとも１つのペプチド系の開裂基を含むリンカーから選択される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２４． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２５． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれであり、オリゴヌクレオチドの配列が、本明細書で説明した任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、またはそれから成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２６． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれであり、オリゴヌクレオチドの配列が、表４にリストされた任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、またはそれから成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２７． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれであり、オリゴヌクレオチドの配列が、スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列を含むか、またはそれから成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２８． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれであり、オリゴヌクレオチドの配列が、ジストロフィン遺伝子内のエクソンをスキップするか、またはスキップを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドの配列を含むか、またはそれから成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６２９． オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３０． 疾患または障害が、ハンチントン病である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３１． オリゴヌクレオチドが、変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与する能力を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３２． オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示された任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、それから成るか、またはそれである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３３． オリゴヌクレオチドが、野生型対立遺伝子と変異ハンチンチン対立遺伝子を区別する能力を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３４． オリゴヌクレオチドが、変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与する能力を有する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３５． オリゴヌクレオチドが、表４に開示された任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、それから成るか、またはそれである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３６． オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むか、またはそれから成るか、またはそれであり、オリゴヌクレオチドの配列が、以下の配列を含むか、またはそれから成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法：ＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２６１９、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−２６０２、ＷＶ−２６１８、およびＷＶ−２６０１。
６３７． オリゴヌクレオチドの配列が、塩基配列（長さを含む）；糖部分および塩基部分への化学修飾のパターン；骨格結合のパターン；天然のホスフェート結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合およびこれらの組み合わせのパターン；骨格キラル中心のパターン；キラルなヌクレオチド間結合の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン；骨格リン修飾のパターン；−Ｓ−、および式Ｉの−Ｌ−Ｒ１などのインターヌクレオチドリン原子への修飾のパターンのいずれか１つまたは複数を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または方法。
６３８． 提供された例のオリゴヌクレオチドに見られる配列との約５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％を超える同一性を共有する配列を含むオリゴヌクレオチド。
６３９． オリゴヌクレオチドの配列が、提供された例のオリゴヌクレオチドの配列である、実施形態６３８に記載のオリゴヌクレオチド。
６４０． 提供された例のオリゴヌクレオチドが表Ｎ１Ａ、Ｎ２Ａ、Ｎ３Ａ、Ｎ４Ａまたは８から選択される、オリゴヌクレオチドである、実施態様６３８または６３９のオリゴヌクレオチド。
６４１． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−１０９２である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４２． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２５９５である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４３． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６０３である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４４． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２３７８である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４５． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２３８０である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４６． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−１５１０である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４７． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６１９である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４８． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６１１である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６４９． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−１４９７である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６５０． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６０２である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６５１． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６１８である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６５２． 提供された例のオリゴヌクレオチドがＷＶ−２６０１である、実施態様６３８のオリゴヌクレオチド。
６５３． オリゴヌクレオチドが提供された例のオリゴヌクレオチドにみられる配列を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６５４． オリゴヌクレオチドが提供された例のオリゴヌクレオチドにみられる配列から成る、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６５５． オリゴヌクレオチドが１つ以上の天然のリン酸塩結合および１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６５６． オリゴヌクレオチドが、実施形態６３８〜６５４のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施態様６５５のオリゴヌクレオチド。
６５７． オリゴヌクレオチドが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の天然のリン酸塩結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６５８． １個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６５９． ２個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６０． ３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個またはそれ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６１． ５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個またはそれ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６２． １０個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６３． 少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合が、組成物内に同一の配列および化学修飾を持つオリゴヌクレオチドが、修飾ヌクレオチド間結合のキラルリン原子で同一の配置（ＲｐまたはＳｐのいずれか）を共有するという点で、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６４． 少なくとも２個の修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６５． 少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個の修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６６． 連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６７． 連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の少なくとも２個の修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６８． 連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個の修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６６９． 連続している修飾ヌクレオチド間結合領域内のそれぞれの修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７０． それぞれの修飾ヌクレオチド間結合がキラル制御されている、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７１． 提供されるオリゴヌクレオチドが、（Ｓｐ）ｘＲｐ（Ｓｐ）ｙパターン（式中、ｘおよびｙのそれぞれは独立して１〜２０であり、ｘとｙの合計は１〜５０である）を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７２． ｘおよびｙのそれぞれが独立して２〜２０である、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７３． ｘおよびｙのうちの少なくとも１つが、５、６、７、８、９または１０よりも大きい、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７４． ｘとｙの合計が、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０よりも大きい、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７５． 提供されるオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の化学修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７６． 提供されるオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の塩基修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７７． 提供されるオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７８． 糖修飾が２’−修飾である、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６７９． 糖修飾がＬＮＡである、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６８０． 提供されるオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６８１． 標的成分に結合している、先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
６８２． 先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物。
６８３． 所定のレベルのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態６８２に記載の組成物。
６８４． 先行する実施形態のいずれか１つに記載の組成物または先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法の組成物はさらに、ドーパミントランスポーター（ＤＡＴ）、セロトニントランスポーター（ＳＥＲＴ）、およびノルエピネフリントランスポーター（ＮＥＴ）から成る群から選択される、１つ以上の神経伝達物質トランスポーターに特異的に結合される化合物の群と、ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取り込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）から成る群と、トリプル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリンとドーパミンのダブル再取り込み阻害剤、セロトニンの単独再取り込み阻害剤、ノルアドレナリンの単独再取り込み阻害剤、およびドーパミンの単独再取り込み阻害剤から成る群と、ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）から成る群、から選択される選択性薬剤を含む。
６８５． 先行する実施形態のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を対象に投与するステップを含む、対象のハンチントン病を治療または予防するための方法。
６８６． オリゴヌクレオチドまたは組成物が、髄腔内投与により投与される、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
６８７． 式３−ＡＡの構造を有するキラル試薬を提供するステップを含む、オリゴヌクレオチドを調製するための方法。
６８８．
Figure 2019516680
 の構造を有するキラル試薬を提供するステップを含む、オリゴヌクレオチドを調製するための方法。
６８９． キラル試薬がキラル純粋である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
６９０． オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、穿孔する実施形態のいずれか１つの構造を有するキラル試薬からの部分を含む化合物を提供する工程を含み、ここで−Ｗ１Ｈおよび−Ｗ２Ｈ、またはヒドロキシル基およびアミノ基が、ホスホラミダイトのリン原子との結合を形成する、方法。
６９１． 化合物が、
Figure 2019516680
Figure 2019516680
 の構造を持つ実施態様６９０の方法。
６９２． ５’−Ｏに結合されたＲがヒドロキシル保護基である、実施形態６９１に記載の方法。
６９３． ヒドロキシル保護基がＤＭＴｒである、実施形態６９２に記載の方法。
６９４． ＢＰＲＯが、保護された核酸塩基である、実施形態６９３に記載の方法。
６９５． 核酸塩基が、Ａ、Ｔ、ＣおよびＧから選択される任意選択で置換された核酸塩基である、実施形態６９４に記載の方法。
６９６． Ｗ１が−ＮＧ５であり、Ｗ２がＯである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
６９７． Ｇ１およびＧ３のそれぞれが独立的に水素であるか、またはＣ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリールおよびアリールから選択される任意に置換した基であり、Ｇ２が−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、およびＧ４およびＧ５がまとまって、単環式または多環式で、縮合または未縮合の最高約２０員環の原子からなる、任意に置換した、飽和、部分的に不飽和または不飽和のヘテロ原子を含む環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
６９８． 各Ｒが独立して、水素、またはＣ１−Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される任意選択で置換された基である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
６９９． Ｇ１が水素である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７００． Ｇ２が−Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であって、式中、−Ｃ（Ｒ）２−は、任意選択で置換された−ＣＨ２−であり、−Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは独立して、Ｃ１−１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリールおよびアリールから選択される任意選択で置換された基である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０１． −Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲが独立して、任意選択で置換されたＣ１−１０アルキルである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０２． −Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲが独立して、任意選択で置換されたフェニルである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０３． −Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲが独立して、任意選択で置換されたＣ１−１０アルキルであり、他の２つのＲのそれぞれが独立して、任意選択で置換されたフェニルである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０４． Ｇ２が、任意選択で置換された−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０５． Ｇ２が−ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０６． Ｇ３が水素である、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０７． Ｇ４およびＧ５が一緒になって、１個の窒素原子を含む任意選択で置換された飽和５員環〜６員環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７０８． Ｇ４およびＧ５が一緒になって、１個の窒素原子を含む任意選択で置換された飽和５員環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
Figure 2019516680
 ７０９． フルオロ含有試薬を提供するステップを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７１０． フルオロ含有試薬がＴＢＡＦである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７１１． キラル試薬を除去するためのＴＢＡＦ条件に対して安定であるリンカーを使用するステップを含む、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７１２． リンカーがＳＰリンカーである、先行する実施形態のいずれか１つに記載の方法。
７１３． フルオロ含有試薬がＨＦ−ＮＲ３である、実施形態６８７〜７０９のいずれか１つに記載の方法。
７１４． フルオロ含有試薬がＨＦ−ＮＥｔ３である、実施形態７１３に記載の方法。
７１５． キラル試薬を除去するためのＨＦ−ＮＲ３条件に対して安定であるリンカーを使用するステップを含む、実施形態７１３または７１４に記載の方法。
７１６． リンカーがスクシニルリンカーである、実施形態７１３〜７１５のいずれか１つに記載の方法。
上述したのは、本開示の一定の非限定的な実施形態の説明である。よって、本明細書で説明した開示の実施形態は、本開示の原理の適用の単なる例証である。説明する実施形態の詳細について、本明細書における言及は、請求の範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１。プレインキュベートしたラット全肝臓ホモジネートにおけるヒトＣｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓのインビトロ代謝安定性
本実施例は、ミポメルセン（立体化学的混合物）と、ミポメルセンのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（「ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ」）とのインビトロのラット全肝臓ホモジネート安定性の比較を示す。本方法は、とりわけ、インビボでの半減期を予測する化合物のスクリーニングにおいて有用である。
当技術分野において既知の通り、ミポメルセン（旧ＩＳＩＳ ３０１０１２、Ｋｙｎａｍｒｏという商品名で販売された）は、塩基配列がアポリポタンパク質Ｂ遺伝子の一部に対するアンチセンスである、２０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドである。ミポメルセンは、おそらくｍＲＮＡを標的にすることにより、アポリポタンパク質Ｂの遺伝子発現を抑制する。ミポメルセンは、以下の構造を有する：

Ｇ＊−Ｃ＊−Ｃ＊−Ｕ＊−Ｃ＊−ｄＡ−ｄＧ−ｄＴ−ｄＣ−ｄＴ−ｄＧ−ｄｍＣ−ｄＴ−ｄＴ−ｄｍＣ−Ｇ＊−Ｃ＊−Ａ＊−Ｃ＊−Ｃ＊
［ｄ＝２’−デオキシ、＊＝２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）］

３’→５’ホスホロチオエート結合を伴う。したがって、ミポメルセンは、２’−Ｏ−メトキシエチル−修飾リボース残基を両端に、デオキシリボース残基を中間に有する。
この実施例に記述される試験したキラル純粋なミポメルセンアナログは、３’→５’ホスホロチオエート結合を含んでいた。いくつかの実施形態では、試験したアナログは、１つまたは複数の２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）−修飾残基を含み；いくつかの実施形態では、試験したアナログは、２’−デオキシ残基のみを含む。試験した特定のアナログは、以下の表３および表４に記載の構造を有していた。
プロトコル：Ｇｅａｒｙらによって報告されているプロトコルをいくらか変更して利用した（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，Ｖｏｌｕｍｅ ２０，Ｎｕｍｂｅｒ ６，２０１０）。
試験系：６匹の雄のスプラーグドーリーラット（Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ）が、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州ホリスター）から供給され、ＳＮＢＬ ＵＳＡにて受領した。
組織採取：動物は、組織採取の前２日間にわたり研究室に慣れさせた。組織採取時、ペントバルビタールナトリウム溶液を腹腔内（ＩＰ）注射して動物を麻酔した。肝門脈から投与した５００ｍＬの冷却した飽和食塩水／動物を使用して、肝かん流を行った。かん流後、肝臓を解剖し、氷上で維持した。肝臓を小片に刻み、秤量した。
肝臓ホモジネート調製：刻んだ肝臓組織片を風袋を量った５０ｍＬ遠心管に移し、秤量した。冷却した均質化緩衝液（１００ｍＭトリス ｐＨ８．０、１ｍＭ酢酸マグネシウム、および抗菌−抗真菌剤）を各管に加え、管が１ｇの組織あたり５ｍＬの緩衝液を含有するようにした。ＱＩＡＧＥＮ ＴｉｓｓｕｅＲｕｐｔｏｒ組織ホモジナイザを使用して、肝臓／緩衝液混合物を均質化し、その間、管を氷上で維持した。肝臓ホモジネートプールのタンパク質濃度は、Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡタンパク質アッセイを用いて求めた。肝臓ホモジネートを５ｍＬの一定分量に分割して適切な大きさのラベル付き冷結保存バイアルに移し、−６０℃で保管した。
インキュベーション条件：冷凍した肝臓ホモジネート（タンパク質濃度＝２２．４８ｍｇ／ｍｌ）の一定分量５ｍｌを解凍し、３７℃で２４時間インキュベートした。表１の各オリゴマーについて、６本のエッペンドルフチューブ（２ｍｌ）を取り、４５０ｕｌのホモジネートを各チューブに加えた。５０ｕｌ ＡＳＯ（２００ｕＭ）を各チューブに加えた。混合直後に、１２５ｕｌの（５×）停止緩衝液（２．５％ ＩＧＥＰＡＬ、０．５Ｍ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ＝８．０）および１２．５ｕｌの２０ｍｇ／ｍｌプロテイナーゼＫ（Ａｍｂｉｏｎ、＃ＡＭ２５４６）を０時間の時点として１本のチューブに加えた。残りの反応混合物を、ＶＷＲインキュベーティングマイクロプレート振盪機で４００ｒｐｍで振盪しながら、３７℃でインキュベートした。指定の期間（１、２、３、４、および５日）のインキュベーション後、各混合物を、１２５ｕｌの（５×）停止緩衝液（２．５％ ＩＧＥＰＡＬ、０．５Ｍ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ＝８．０）および１２．５ｕｌの２０ｍｇ／ｍｌプロテイナーゼＫ（Ａｍｂｉｏｎ、＃ＡＭ２５４６）で処理した。
後処理および生物分析：ＩＳＩＳ ３５５８６８（５’−ＧＣＧＴＴＴＧＣＴＣＴＴＣＴＴＣＴＴＧＣＧＴＴＴＴＴＴ−３’）、２７−ｍｅｒのオリゴヌクレオチド（下線付きの塩基がＭＯＥ修飾される）を、ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓの定量のために内部標準として用いた。５０ｕｌの内部標準（２００ｕＭ）を各チューブに加え、続いて、２５０ｕｌの３０％水酸化アンモニウム、８００ｕｌのフェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）を加えた。混合して、６００ｒｐｇで遠心分離後、水層をｓｐｅｅｄ ｖａｃで１００ｕｌまで蒸発させ、Ｓｅｐ Ｐａｋカラム（Ｃ１８、１ｇ、ＷＡＴ０３６９０５）に負荷した。Ｓｅｐ Ｐａｋカラムのすべての水洗液（２×２０ｍｌ）を高速イオン交換法で試験し、そこで産物が見られないことを確かめた。５０％ ＡＣＮ（３．５ｍｌ）を使用して、オリゴヌクレオチドおよび代謝生成物を溶出し、７０％ ＣＡＮ（３．５）でカラムをさらに洗浄して、カラムに何も残らないようにした。各配列につき５つの分画を集めた。Ｖｉｓｉｐｒｅｐ ｓｙｓｔｅｍ（Ｓｉｇｍａ、部品番号：５７０３１−Ｕ）を用いて１、２、３、ＡＣＮ１および２を水洗。

イオン交換法
Figure 2019516680
 緩衝液Ａ＝１０ｍＭトリスＨＣｌ、５０％ＡＣＮ、ｐＨ＝８．０
緩衝液Ｂ＝Ａ＋８００ｍＭ ＮａＣｌＯ４
カラム＝ＤＮＡ ｐａｃ １００
カラム温度 ６０℃
各試験（Ｍ９−Ｅｘｐ２１に記載）の後、上述の同じ緩衝液および緩衝液ラインＣの５０：５０（メタノール：水）を用いて、洗浄方法を適用した。
Figure 2019516680
 アセトニトリル溶出液を濃縮して乾燥させ、１００ｕｌの水に溶解し、ＲＰＨＰＩＰＣを用いて分析した。
溶離液Ａ＝１０ｍＭトリブチルアンモニウム酢酸塩、ｐＨ＝７．０
溶離液Ｂ＝ＡＣＮ（ＨＰＬＣグレード、Ｂ＆Ｊ）
カラム：ＸＴｅｒｒａ ＭＳ Ｃ１８、３．５ｕｍ、４．６×５０ｍｍ、部品番号：１８６０００４３２
Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ製ガードカラム、部品番号：ＫＪ０−４２８２
カラム温度＝６０℃
ＨＰＬＣ勾配：
Figure 2019516680
 ＲＰ ＨＰＬＣ分析のために、この原液１０ｕｌを４０ｕｌの水に加え、４０ｕｌ注入した。
表３。
Figure 2019516680
考察：アンチセンスおよびｓｉＲＮＡｓにある２′修飾は、野生型のＤＮＡおよびｓｉＲＮＡｓと比較して、これらの分子を安定させ、プラズマおよび組織内での持続性を増大させることが予測される。
ミポメルセンにおける２’−ＭＯＥウィング−コア−ウィング設計。最初のアンチセンス臨床試験に用いられた第一世代のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、２’−デオキシリボヌクレオチド残基およびホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有していた。続いて、第二世代のアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製したが、これは、各末端の５個の残基が２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）−修飾残基、中間の１０個の残基が２’−デオキシリボヌクレオチドであったので、通常、本明細書において「５−１０−５ ２’−ＭＯＥウィング−コア−ウィング設計」と呼ぶものであった；このようなオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合はホスホロチオエートであった。このような「５−１０−５ ２’−ＭＯＥウィング−コア−ウィング」オリゴヌクレオチドは、第一世代に対して顕著な有効性の改善を示した（ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０３３８３７）。ヌクレアーゼに対するオリゴヌクレオチドの安定性を改善し、同時に、リボヌクレアーゼ活性のための十分なＤＮＡ構造を維持するために、２−１６−２、３−１４−３、４−１２−４、または５−１０−５のような同様のウィング−コア−ウィングモチーフが設計された。
キラル純粋なオリゴヌクレオチド。本開示は、キラル純粋なオリゴヌクレオチドを提供し、とりわけ、それ自体における、かつ、それ自体の立体化学の選択が、オリゴヌクレオチドの安定性を改善しうることを示す（すなわち、２’ＭＯＥ修飾などの残基修飾に依存しない）。実際、本開示は、キラル純粋なホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが、対応する立体不規則的な２’−修飾ホスホロチオエート化合物と同じか、それよりも良い安定性をもたらしうることを示す。
いくつかの実施形態では、試験したキラル的に純粋なオリゴヌクレオチドは、立体化学に関して一般構造Ｘ−Ｙ−Ｘのものであり、ここで、それらはウィング「Ｘ」領域（典型的に約１〜１０残基長）を含み、すべての残基は、立体化学が異なるコア「Ｙ」領域をフランキングする同一の立体化学を有する。数多くの実施形態において、試験済みのこうしたオリゴヌクレオチド内にあるヌクレオチドアナログのうち約２０−５０％は、ＲＮａｓｅ Ｈ用の基質ではない。ＤＮＡのホスホロチオエートの立体化学を制御できると、リボヌクレアーゼの活性部位を保持しながら、ヌクレアーゼによる分解からオリゴマーを保護することができる。これらの設計のうちの１つは、ＯＮＴ−１５４であり、ここで、オリゴヌクレオチドのウィングは、リボヌクレアーゼＨのより良い基質であるＲｐホスホロチオエートをほとんど保持しないＳｐホスホロチオエートの化学により、安定化されている（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ、２００７）。ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖と複合体を形成したヒトリボヌクレアーゼＨの結晶構造は、ＤＮＡの近接する４つのリン酸エステルと接触する酵素のリン酸結合ポケットを示す。最初の３つの接触は、４つ目の接触よりも強いようであり、Ｐｒｏ−Ｒ／Ｐｒｏ−Ｒ／Ｐｒｏ−Ｓの３つのリン酸エステルそれぞれの酸素原子を好む。Ｓｐ立体化学に由来する安定性の利点とリボヌクレアーゼＨの活性部位とを組み合わせて、２’−修飾と競争する／または２’−修飾を改良するいくつかの配列を設計することができる。ミポメルセン（ＯＮＴ−４１）と、われわれの２’−修飾ありとなしの合理的（キラル制御）設計（ＯＮＴ−８７およびＯＮＴ−１５４）とを比較するラット全肝臓ホモジネート安定性実験（表１および図１）から、２’−修飾を除去し、ＲｐおよびＳｐホスホロチオエートを注意深くキラル制御することにより、後にインビボでの効果に影響を与えるこれらのオリゴヌクレオチドの安定性をわれわれが改善できることは明らかである。
表４。ラット全肝臓（ｌｉｖｅ）ホモジネート安定性について調査したＨｕ ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ
Figure 2019516680
表５。ラット全肝臓（ｌｉｖｅ）ホモジネート安定性について調査したマウスｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ
Figure 2019516680
 実施例２。キラル制御されたｓｉＲＮＡ分子の例
Figure 2019516680
当技術分野の異なる教示にも関わらず、本発明は、ヌクレオチド間結合の立体化学を利用して、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、オリゴヌクレオチドの安定性および活性を増加することができることを認める。このようなキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本開示に示す通り、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらしうる。
ヒトＡｒｇｏｎａｕｔｅ−２タンパク質（ｈＡｇｏ２）と複合体を形成されたＲＮＡについては、次の２つの結晶構造が報告されている：ヒトＡｒｇｏｎａｕｔｅ−２の結晶構造（Ｓｃｉｅｎｃｅ、２０１２（ＰＤＢ−４ｅｉ３））、およびｍｉＲ−２０ａと複合体を形成したヒトＡｒｇｏｎａｕｔｅ−２の構造（細胞、２０１２（ＰＤＢ−４ｆ３ｔ））である。さらに、ヒトアルゴノート−１タンパク質（ｈＡｇｏ−１）と複合体を形成したＬｅｔ−７ ＲＮＡの結晶構造が１種類報告されている：スライサーの作製：ヒト Ａｒｇｏｎａｕｔｅ−１の活性化、Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１３（ＰＤＢ−４ｋｒｆ）．
これらの刊行物に含まれる情報に基づいて、ホスホジエステル結合が、ホスホロチオエートジエステル結合で置換される場合に、ヌクレオチド間のリン酸結合における立体化学に関する有利な選好について、いくつかの判断を行いうることが予想された。これらの利点は、大幅に改善された有効性、安定性および他の薬理特性に関連しうる。これを念頭に置いて、コンピュータプログラムＰｙｍｏｌを利用し、３つの構造すべてについて、結晶化したＲＮＡのタンパク質およびヌクレオチド間ホスホジエステル結合のすべての極性相互作用を突き止めた。３．５ Åを超える距離の極性相互作用は無視した。
この解析結果を表１にまとめた。ホスホロチオエートジエステルアナログにおいては、アミノ酸残基の極性基とそれぞれのリン酸エステルの酸素原子との間に、よく似た結合が形成されるであろうという仮定に基づいて、ＲＮＡ上のホスホジエステル骨格からの特定のリン原子は、Ｐｒｏ（Ｒ）またはＰｒｏ（Ｓ）配置と帰属された。したがって、非架橋酸素の代わりに、硫黄置換が、そのモチーフ内のリン原子に特有の立体化学（（Ｓｐ）または（Ｒｐ）絶対配置）を与えるであろう。
注目すべきは、ＲＮＡとの複合体のｈＡｇｏ−２の２つの構造が並外れて良く一致していることである。また、ＲＮＡとの複合体のｈＡｇｏ−１とｈＡｇｏ−２の構造が非常に良く一致しており、これは、ＲＮＡ分子が取る構造が、これら２つのタンパク質間で非常に良く保存されることを示す。したがって、この解析結果に基づいて導かれるどのような結論または規則も、両方のタンパク質分子において有効である可能性がある。
見て分かる通り、通常、どのホスホジエステル（ｐｈｏｓｐｏｄｉｅｓｔｅｒ）基にも１つを超える極性相互作用がある。ただし、９位および１０位リン酸エステルのホスホジエステルと、Ａｒｇ３５１およびＡｒｇ７１０それぞれとの結合を通じて排他的にＰｒｏ（Ｒｐ）を選好するｈＡｇｏ−２（Ｃｅｌｌ ２０１２）との間の極性相互作用を除く。
しかし、（より強い相互作用に対応する）より短い距離、ならびに、酸素あたりの結合の数は、Ｐｒｏ（Ｒｐ）酸素またはＰｒｏ（Ｓｐ）酸素における優勢な相互作用（したがって、優勢に１つの立体化学のタイプ、またはその他のものである、いくつかの相互作用を生じる）を示唆する可能性がある。この群内では、２位（Ｓｐ）、３位（Ｒｐ）、４位（Ｒｐ）、６位（Ｒｐ）、８位（Ｓｐ）、１９位（Ｒｐ）、２０位（Ｓｐ）および２１位（Ｓｐ）リン酸エステルのホスホジエステル間の相互作用である。
残りの相互作用については、他の立体化学に対して、特定の立体化学を取る選好はないように見受けられ、よって、好ましい立体化学は、（Ｓｐ）か（Ｒｐ）のいずれかでありうる。
この区分内では、５位（ＲｐまたはＳｐ）および７位（ＲｐまたはＳｐ）リン酸エステルのホスホジエステル間に生じる相互作用である。
他のリン酸エステル骨格での相互作用については、結晶構造の情報がなく、よって、これらの位置の立体化学は、実験データがそれ以外を示すまでは、同様に（Ｒｐ）または（Ｓｐ）のいずれかでありうる。
そこで、表６に、個々のホスホロチオエートジエステルモチーフでの立体化学に対するこの選好を利用することが想起される、非限定的で例示的なｓｉＲＮＡの一般的な構成体をいくつか示す。
表６。一般的なｓｉＲＮＡ構成体の例
Figure 2019516680
 ＊数字は、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖の５’末端からのリン酸エステルの位置を示す（例えば、＃２は、ヌクレオチド１と２の間に位置し、＃２１は、ヌクレオチド２０と２１の間に位置する）。（Ｓｐ）および（Ｒｐ）は、示した位置のホスホロチオエート（ＰＳ）ジエステルヌクレオチド間結合のリン原子の立体化学を表す。ＰＯは、示した位置のホスホジエステルヌクレオチド間結合を表す。
例示的なｓｉＲＮＡには、ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖の３’末端および５’末端のキラルなホスホロチオエートにおいてＳｐ配置を有するｓｉＲＮＡが含まれ、これは、ヒト血清中または生体液中で、これまでになく増加した安定性を与えるが、これに限定されない。ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖の３’末端および５’末端のキラルなホスホロチオエートにおけるその同じＳｐ配置は、Ａｇｏ２タンパク質に対する親和性が向上したことによってもたらされる、これまでになく向上した生物学的有効性を与え、ＲＩＳＣ ＲＮＡｉサイレンシング複合体内での活性の増加につながる。
１つの実施形態では、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
キラルｓｉＲＮＡ分子のｓｉＲＮＡトランスフェクション
Ｈｅｐ３ＢまたはＨｅＬａ細胞は、９６‐ウェルプレートにおいて２．０×１０４細胞／ウェルの密度で逆トランスフェクトされる。ｓｉＲＮＡのトランスフェクションは、メーカーのプロトコルを使用して、リポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１３７７８−１５０）を用いて実施されるが、ウェル当たり０．２ｕｌといった少ない量のリポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘを使用することを除く。１ｕＭから出発して、１２の１：３ ｓｉＲＮＡ二本鎖希釈液を作製する。次に１０μｌの１０×ｓｉＲＮＡ２本鎖を、９．８μｌの血清を含まない培地および１ウェルあたり０．２μｌのリポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘの調製混合物とリポプレックスにする。１０〜１５分のインキュベーション後、８０ｕｌの細胞増殖培地中の２．０×１０４細胞（ＡＴＣＣ、３０−２００３）を加え、最終的に１ウェルあたり体積１００ｕｌにする。各投与について、別々のトランスフェクション作業を２回行う。
トランスフェクションの２４時間後、Ｈｅｐ３ＢまたはＨｅＬａ細胞を溶解し、ＭａｇＭＡＸ（商標）−９６全ＲＮＡ単離キット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＡＭ１８３０）を用いて、ｓｉＲＮＡが標的にされるｍＲＮＡを精製する；リボヌクレアーゼ阻害剤を用いる高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、４３７４９６７）で１５ｕｌのｃＤＮＡを合成する。遺伝子発現は、Ｐｒｏｂｅｓ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｒｏｃｈｅ、０４ ７０７ ４９４ ００１）を用い、メーカーのプロトコルに従って、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ ４８０（Ｒｏｃｈｅ）でリアルタイムＰＣＲにより評価する。
ＩＣ５０およびデータ解析
デルタデルタＣｔ法を用いて値を計算する。試料はｈＧＡＰＤＨに規格化し、偽トランスフェクトした未処理の試料にあわせて校正する。立体不規則的な分子を対照として用いる。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて、２つの生物学的複製の平均としてデータを表す。相対的なＩＣ５０を計算するために、４パラメータの線形回帰曲線をデータにあてはめ、下端と上端を０と１００の定数にそれぞれ固定する。
本実施例は、本明細書において記載されるキラル制御したオリゴヌクレオチドからなるｓｉＲＮＡ薬剤を使用した標的遺伝子発現の阻害の成功を実証する。詳細には、この実施例は、本明細書において記載されるキラル制御した合成により調製される個々のオリゴヌクレオチド鎖のハイブリダイゼーションを記載し、２本鎖キラル制御ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド組成物を提供する。本実施例は、この薬剤での細胞のトランスフェクションの成功をさらに実証し、さらには、標的遺伝子発現の阻害の成功を実証する。
ヒト血清における立体制御ホスホロチオエートジエステル結合を有するヒトＰＣＳＫ９ ｓｉＲＮＡ２本鎖の生体外代謝安定性
１０μＭのｓｉＲＮＡ二本鎖を、９０％ヒト血清（５０μＬ、Ｓｉｇｍａ、Ｈ４５２２）中、３７℃で２４時間インキュベートした。０分時点（５０μＬ）ならびにＰＢＳ対照インキュベーション時点（５０μＬ）を調製し、ここで、１０μＭ ｓｉＲＮＡ二本鎖を９０％ １×ＰＢＳ中でインキュベートした（５０μＬ、３７℃で２４時間）。各時点までの培養が完了した後、１０μＬのＳｔｏｐ−Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（０．５ Ｍ ＮａＣｌ、５０ ｍＭトリス、５ ｍＭ ＥＤＴＡ、２．５％ ＩＧＥＰＡＬ）を加えた後、３．２μＬのタンパク質分解酵素Ｋ（２０ ｍｇ／ｍＬ、Ａｍｂｉｏｎ）を加えた。試料を６０ ℃で２０分間培養してから、２０００ ｒｐｍで１５分間遠心分離した。最終的な反応混合物を変性ＩＥＸ ＨＰＬＣ（注入量５０μＬ）で直接分析した。２４時間および０分の積分面積の比を用いて、各ｓｉＲＮＡの分解％を求めた。
ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖およびセンス鎖の両方において、ヒト血清中でのインキュベーション時に、２１位（３’末端）の単一のホスホロチオエートの立体化学配置が、二本鎖の安定性に極めて重要な影響を持つことが観察された（図１）。図１に示し、分解パターンの積分比に従って求められるように、（Ｒｐ、Ｒｐ）ｓｉＲＮＡ二本鎖は、２４時間後、５５．０％の著しい分解を示した。立体不規則的なｓｉＲＮＡ中のホスホロチオエートの立体不規則的な混合物は、２４時間後にわず２５.２％ の分解を示した。（Ｓｐ／Ｓｐ）ｓｉＲＮＡは、２４時間後にわずか７．３％の分解を示した。これは、ホスホロチオエートの立体化学が治療用ｓｉＲＮＡに与える多大な影響を示す。別の例示的なデータを図２、図３、図４および図５に提示した。
立体的に純粋な構成体はそれぞれ、骨格に沿ったホスホロチオエートモチーフの位置に応じて、異なる有効性（ＩＣ５０値）を示すことが観察される。また、任意の単一の位置のホスホロチオエートモチーフが（Ｓｐ）か（Ｒｐ）かによって異なるＩＣ５０値が得られることも観察される。安定性に対する立体化学の影響も同じく明確で、上述のヒト血清、あるいはヒト肝サイトゾル抽出物またはヘビ毒ホスホジエステラーゼ、あるいは単離されたエンドヌクレアーゼまたは単離されたエキソヌクレアーゼのいずれかを用いて差異を生じるものである。
上述の実施例で得られたデータに基づいて、特定の設計規則が定められてもよい。これらの設計情報は、下に例示の通り、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖内への複数のキラルなホスホロチオエート結合の導入に適用することができる。本開示は、適切な位置に導入され、適切な立体化学配置を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖内のキラルなホスホロチオエートの増量が、インビトロでの有効性および代謝安定性の点で大幅に改善されたｓｉＲＮＡ構成体−言い換えれば、薬理学的に大幅に向上した治療用ｓｉＲＮＡにつながることを認める。
ＰＣＳＫ９を標的とするキラル制御されたｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドの例
プロタンパク質コンバターゼサブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）は、コレステロール代謝に関わる酵素である。ＰＣＳＫ９は低密度リポタンパク（ＬＤＬ）の受容体に結合し、その破壊を誘引する。受容体が破壊される場合、受容体に随伴するＬＤＬも除去されるが、結合しているＰＣＳＫ９の正味の影響は、実際ＬＤＬレベルを増加させ、これは受容体がそうでなければ細胞表面へサイクルに戻り、より多くのコレステロールを除去するであろうからである。
いくつかの会社はＰＣＳＫ９を標的にする治療薬を開発している。本開示に特に関連する会社のうち、Ｉｓｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａｒｉｓ Ｐｈａｒｍａ、およびＡｌｎｙｌａｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓがそれぞれ、ＰＣＳＫ９を阻害する核酸薬剤を開発している。アンチセンスオリゴヌクレオチドであるＩｓｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ製品は、マウスにおいてＬＤＬＲの発現を増加させ、循環全コレステロールレベルを減少させることを示している（Ｇｒａｈａｍら ”Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／ｋｅｘｉｎ ｔｙｐｅ ９ ｒｅｄｕｃｅｓ ｓｅｒｕｍ ＬＤＬ ｉｎ ｈｙｐｅｒｌｉｐｉｄｅｍｉｃ ｍｉｃｅ”．Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．４８（４）：７６３−７，Ａｐｒｉｌ ２００７）。Ａｌｎｙｌａｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ製品のＡＬＮ‐ＰＣＳでの初期臨床試験では、ＲＮＡ干渉がＰＣＳＫ９を阻害する効果的な機構を与えることを明らかにしている（Ｆｒａｎｋ−Ｋａｍｅｎｅｔｓｋｙら ”Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ＲＮＡｉ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ＰＣＳＫ９ ａｃｕｔｅｌｙ ｌｏｗｅｒｓ ｐｌａｓｍａ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｉｎ ｒｏｄｅｎｔｓ ａｎｄ ＬＤＬ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｉｎ ｎｏｎｈｕｍａｎ ｐｒｉｍａｔｅｓ”．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０５（３３）：１１９１５−２０，Ａｕｇｕｓｔ ２００８）。
いくつかの実施形態では、それと反対の既知の結果にもかかわらず、本開示は、ある立体化学配置または別の立体化学配置のホスホロチオ酸モチーフは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によって効力、安定性およびその他の薬理学的性質の増大を利用できるように合理的に設計できることを認識している。この考え方を補強するために、表３に、ＰＣＳＫ９メッセンジャーＲＮＡを標的にするｓｉＲＮＡ配列に基づいた立体化学的に純粋な構成体の例を示す。
この実施形態例において、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
他の実施形態例において、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される一方、３’−（Ｓｐ）ホスホロチオ酸連鎖は保存される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、さらに別の８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
他の実施形態例において、複数のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、表７に示すコードに従って、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿ったいくつかの位置に導入される一方、３’−（Ｓｐ）ホスホロチオエート結合は保存される。
表７。ＰＣＳＫ−９センスおよびアンチセンスＲＮＡの実施例
Figure 2019516680
Figure 2019516680
注記：小文字は２’‐ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表し；大文字はＲＮＡ残基を表し；ｄ＝２’‐デオキシ残基であり；「ｓ」はホスホロチオエート部を示す。
いくつかのキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合、および全キラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有するヒトＰＣＳＫ９ ｓｉＲＮＡアンチセンス鎖の合成例。
Figure 2019516680
Figure 2019516680
注記：小文字は２’‐ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表し；大文字はＲＮＡ残基を表し；ｄ＝２’‐デオキシ残基であり；「ｓ」はホスホロチオエート部を示す。
実施例３。立体的に純粋なＦＯＸＯ−１アンチセンスアナログ。
合理的設計−キラル制御されたアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物
Ｓｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合のインビボおよびラット全肝臓ホモジネートモデルにおいて測定された、これまでにないヌクレアーゼ安定性は、新しいタイプのリボヌクレアーゼＨ基質ギャップマーの新規設計に適用され、これにより、外側面は、非修飾ＤＮＡから構成され、内側のギャップコアは、２’化学修飾（２’ＯＭｅ、２’ＭＯＥ、２’ＬＮＡ、２’Ｆなど）で修飾される。最終的に、この設計は、ホスホロチオエート骨格の注意深いキラル制御が、リボヌクレアーゼＨ治療用オリゴヌクレオチドの所望の薬理特性を与える、完全に非修飾のＤＮＡ治療用オリゴヌクレオチドに適用される。
ヒトリボヌクレアーゼＨの結晶構造を調査した後に設計されたトリプレット−リン酸エステル繰り返しモチーフの応用も同様に利用されてきた。リボヌクレアーゼＨの結晶構造は以前に公開されている（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＲＮＡ／ＤＮＡ Ｈｙｂｒｉｄ：Ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ＨＩＶ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ，Ｎｏｗｏｔｎｙら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ，Ｖｏｌｕｍｅ ２８，Ｉｓｓｕｅ ２，２６４−２７６，２００７，ｐｄｂ ｆｉｌｅ：２ｑｋｂ）。とりわけ、本開示は、例えば、本明細書の状況における、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合立体化学の重要性を認める。コンピュータによるこの構造の解析をプログラムＰｙｍｏｌを用いて実施したとき、出願人は、ヒトリボヌクレアーゼＨ１のリン酸結合ポケットが、複合体を形成したＤＮＡの近接する３つのリン酸エステルと極性の接触を持ち、Ｐｒｏ−Ｒ／Ｐｒｏ−Ｒ／Ｐｒｏ−Ｓ（または、Ｐｒｏ−Ｓ／Ｐｒｏ−Ｓ／Ｐｒｏ−Ｒ）のこれら３つのリン酸エステルそれぞれの各酸素原子と優先的に相互作用することを見出した。この観察に基づいて、われわれは、設計したリボヌクレアーゼＨ基質として、繰り返し（ＲＲＳ）および（ＳＳＲ）トリプレットホスホロチオエートモチーフを有する２つのキラルな構造を設計した。また、出願人は、他のヌクレオチド間結合立体化学パターンも設計した。本明細書に記載の結果の例により示される通り、特定の骨格ヌクレオチド間結合パターン（骨格キラル中心のパターンを形成する）を含むオリゴヌクレオチドタイプの提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、大幅に増加した活性および／または速度をもたらす。とりわけ、５’−ＲＳＳ−３’骨格キラル中心の配列は特に有用であり、本開示に記載の通り、予想外の結果をもたらす。
また、（酵素安定性および他の薬理学的に有利な特性のための）増加したＳｐキラルな骨格と、（リボヌクレアーゼＨ基質としての特性を向上させるための）（ＲＲＳ）または（ＳＳＲ）キラルな繰り返しトリプレット骨格モチーフとの組み合わせも、新規設計において利用される。；「Ｓ」は、Ｓｐホスホロチオエート結合を表し、「Ｒ」は、Ｒｐホスホロチオエート結合を表す。
別の代替設計は、伸長した繰り返しモチーフ、例えば：
（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ；
（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ；
（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ；ＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ；など、Ｓｐキラルホスホロチオ酸骨格の増加量に基づくものであり、ここでｎ＝０〜５０（それぞれのヌクレオチド間結合の数による）；「Ｓ」はＳｐ−ホスホロチオ酸連鎖を表し、「Ｒ」はＲｐ−ホスホロチオ酸連鎖を表す。一部の実施形態では、ｎは、０である。一部の実施形態では、Ｒは、１〜５０である。一部の実施形態では、Ｒは、１である。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、本明細書に記述されるモチーフを含む。いくつかの実施形態では、モチーフは、コア領域にある。一部の実施形態では、ｎは、０である。一部の実施形態では、Ｒは、１〜５０である。一部の実施形態では、Ｒは、１である。一部の実施形態では、ｎは、２である。一部の実施形態では、ｎは、３である。一部の実施形態では、ｎは、４である。一部の実施形態では、ｎは、５である。
別の代替設計は、ステレオ骨格の「反転」構造設計に基づいている（「ステレオインバートマー」）。これらは、キラルなホスホロチオエートの立体化学を反転させて配置し、オリゴヌクレオチドの５’および３’−末端ならびにオリゴヌクレオチドの中間部分でいくつかのＳｐに富むモチーフを露出させ、両側に倒立像で配置した繰り返し立体化学モチーフ、例えば：
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＳＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＲＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＳＲ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＲＳＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＳＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＲＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＳＲ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＲＳＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；など、
ここでｎ＝０〜５０（それぞれのヌクレオチド間結合の数による）である。「Ｓ」はＳｐ−ホスホロチオ酸連鎖を表し、「Ｒ」はＲｐ−ホスホロチオ酸連鎖を表す。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、本明細書に記述されるモチーフを含む。いくつかの実施形態では、モチーフは、コア領域にある。一部の実施形態では、ｎは０である。一部の実施形態では、ｎは１である。一部の実施形態では、ｎは、１〜５０である。一部の実施形態では、ｎは２である。一部の実施形態では、ｎは３である。一部の実施形態では、ｎは４である。一部の実施形態では、ｎは５である。

初期スクリーニング
合成：ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置ＭｅｒＭａｄｅ−１２でのオリゴヌクレオチド合成の概要（２’−デオキシおよび２’−ＯＭｅサイクル）
Figure 2019516680

ＤＮＡ−２’−ＯＭｅ−ＤＮＡ（７−６−７）設計を有する立体不規則的なＰＳオリゴヌクレオチド：

ＯＮＴ−１４１ ｄ（ＣｓＣｓＣｓＴｓＣｓＴｓＧｓ）ｇｓａｓｔｓｔｓｇｓａｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１４２ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ−１４３ ｄ（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｇｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣ）
ＯＮＴ−１４４ ｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ）ｇｓａｓｇｓｃｓｔｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ−１４５ ｄ（ＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１４６ ｄ（ＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓ）ａｓｇｓｃｓａｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧ）
ＯＮＴ−１４７ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓ）ｃｓａｓｔｓｔｓｇｓｃｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴ）
ＯＮＴ−１４８ ｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｇｓａｓｇｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴ）
ＯＮＴ−１４９ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＧｓＧｓＧｓＣｓ）ａｓｃｓｔｓｃｓａｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＴｓＧ）
ＯＮＴ−１５０ ｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓ）ａｓａｓｇｓｔｓｃｓａｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡ）
ＯＮＴ−１５１ ｄ（ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１５２ ｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓ）ｇｓａｓｇｓｃｓａｓｔｓｄ（ＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓＡ）
ＯＮＴ−１８３ ｄ（ＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓ）ｃｓｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴ）
ＯＮＴ−１８４ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓ）ｃｓｃｓａｓａｓｇｓｔｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ−１８５ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ）ｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ）
ＯＮＴ−１８６ ｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓ）ｃｓｔｓｔｓｃｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ−１８７ ｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｃｓｔｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＴｓＧｓＧｓＡ）
ＯＮＴ−１８８ ｄ（ＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓ）ａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣ）
ＯＮＴ−１８９ ｄ（ＧｓＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓ）ｇｓａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣ）
ＯＮＴ−１９０ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓ）ａｓｃｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣ）
ＯＮＴ−１９１ ｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓ）ｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１９２ ｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓ）ｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１９３ ｄ（ＴｓＧｓＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓ）ａｓｇｓａｓｔｓｇｓｃｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧ）
ＯＮＴ−１９４ ｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓ）ｔｓｃｓａｓｃｓｔｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴ）
ＯＮＴ−１９５ ｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｔｓｇｓｇｓｔｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡ）
ＯＮＴ−１９６ ｄ（ＣｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓｔｓｇｓａｓｇｓｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣ）
ＯＮＴ−１９７ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣ）
ＯＮＴ−１９８ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓｔｓｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ）
ＯＮＴ−１９９ ｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓ）ｃｓａｓｃｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴ）
ＯＮＴ−２００ ｄ（ＣｓＣｓＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ａｓｔｓｔｓｇｓａｓｇｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ−２０１ ｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓ）ａｓｇｓｃｓｔｓｔｓｃｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴ）
ＯＮＴ−２０２ ｄ（ＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓｔｓｔｓｃｓｔｓｄ（ＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓＧ）
ＯＮＴ−２０３ ｄ（ＣｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｃｓｃｓａｓａｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧ）
ＯＮＴ−２０４ ｄ（ＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓａｓｇｓｔｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧ）
ＯＮＴ−２０５ ｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓ）ａｓｔｓｇｓａｓｇｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣｓＣ）
ＯＮＴ−２０６ ｄ（ＡｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｃｓａｓｔｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＴｓＧｓＧｓＧ）
ＯＮＴ−２０７ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＧｓＴｓＴｓＣｓ）ｃｓｔｓｔｓｃｓａｓｔｓｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ−２０８ ｄ（ＣｓＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓ）ａｓｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣ）
ＯＮＴ−２０９ ｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓ）ｔｓｇｓａｓｇｓｃｓａｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−２１０ ｄ（ＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓａｓｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＡ）

初期ＤＮＡ−２’−ＯＭｅ−ＤＮＡ（７−６−７）設計のためのＨｅｐＧ２細胞における生物学ｉｎ ｖｉｔｒｏデータ：（ｄ大文字）＝ＤＮＡ；小文字＝２’−ＯＭｅ；ｓ＝ホスホロチオ酸。
ＦＯＸＯ１
２０ｎＭ時のレベル（％）ＳＤ
ＯＮＴ−１４１ ８９ ６
ＯＮＴ−１４２ ４５ １
ＯＮＴ−１４３ ９８ ２
ＯＮＴ−１４４ ８９ １
ＯＮＴ−１４５ ４６ ５
ＯＮＴ−１４６ ９９ １
ＯＮＴ−１４７ ６６ ６
ＯＮＴ−１４８ １０１ ２
ＯＮＴ−１４９ ９５ ６
ＯＮＴ−１５０ ５８ ４
ＯＮＴ−１５１ ４１ ５
ＯＮＴ−１５２ ８４ ５
ＯＮＴ−１８３ ９５ ２
ＯＮＴ−１８４ ５８ ４
ＯＮＴ−１８５ ４２ ２
ＯＮＴ−１８６ ９６ ４
ＯＮＴ−１８７ ９２ ３
ＯＮＴ−１８８ ４７ ５
ＯＮＴ−１８９ ６３ ５
ＯＮＴ−１９０ ８３ ２
ＯＮＴ−１９１ ５８ ４
ＯＮＴ−１９２ ４６ ２
ＯＮＴ−１９３ ５８ ２
ＯＮＴ−１９４ ７６ １
ＯＮＴ−１９５ ６６ ０
ＯＮＴ−１９６ ７７ ２
ＯＮＴ−１９７ ９０ ６
ＯＮＴ−１９８ ４２ ４
ＯＮＴ−１９９ ６８ １
ＯＮＴ−２００ ８９ ６
ＯＮＴ−２０１ ９１ ２
ＯＮＴ−２０２ ９４ ２
ＯＮＴ−２０３ ８６ １
ＯＮＴ−２０４ ５８ ２
ＯＮＴ−２０５ ７５ ３
ＯＮＴ−２０６ ９４ ５
ＯＮＴ−２０７ ９６ ０
ＯＮＴ−２０８ ５４ ０
ＯＮＴ−２０９ ８７ ４
ＯＮＴ−２１０ ９２ ４

ＦＯＸＯ１
２００ｎＭ時のレベル（％）ＳＤ
ＯＮＴ−１４１ ３７ ４
ＯＮＴ−１４２ ４５ ４
ＯＮＴ−１４３ ４６ ２
ＯＮＴ−１４４ ４２ ５
ＯＮＴ−１４５ ５３ ４
ＯＮＴ−１４６ ３１ ２
ＯＮＴ−１４７ ２８ ８
ＯＮＴ−１４８ ４５ ４
ＯＮＴ−１４９ ２９ ５
ＯＮＴ−１５０ ３２ ６
ＯＮＴ−１５１ ３８ ４
ＯＮＴ−１５２ ３０ ５
ＯＮＴ−１８３ ６０ ５
ＯＮＴ−１８４ ３４ ２
ＯＮＴ−１８５ ５０ ２
ＯＮＴ−１８６ ８６ ３
ＯＮＴ−１８７ ７６ ６
ＯＮＴ−１８８ ５０ ５
ＯＮＴ−１８９ ３８ ２
ＯＮＴ−１９０ ５１ １
ＯＮＴ−１９１ ４３ ５
ＯＮＴ−１９２ ５４ ７
ＯＮＴ−１９３ ４１ ６
ＯＮＴ−１９４ ５０ １
ＯＮＴ−１９５ ４３ ６
ＯＮＴ−１９６ ３３ ７
ＯＮＴ−１９７ ５７ ４
ＯＮＴ−１９８ ４０ ５
ＯＮＴ−１９９ ５０ ５
ＯＮＴ−２００ ２８ ９
ＯＮＴ−２０１ ４６ ６
ＯＮＴ−２０２ ５７ ９
ＯＮＴ−２０３ ２７ ７
ＯＮＴ−２０４ ３６ ６
ＯＮＴ−２０５ ２９ ５
ＯＮＴ−２０６ ８１ ０
ＯＮＴ−２０７ ３７ ４
ＯＮＴ−２０８ ４３ ３
ＯＮＴ−２０９ ３５ ４
ＯＮＴ−２１０ ４０ ４

２’−ＯＭｅ−ＤＮＡ−２’ＯＭｅ（３−１４−３）設計を有する立体不規則的ＰＳオリゴヌクレオチド：（ｄ大文字）＝ＤＮＡ；小文字＝２’−ＯＭｅ；ｓ＝ホスホロチオ酸。
ＯＮＴ−１２９ ｃｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ−１３０ ａｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ−１３１ ａｓｇｓｔｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓ）ｔｓｃｓｃ
ＯＮＴ−１３２ ｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ−１３３ ａｓｔｓａｓｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ｔｓｃｓａ
ＯＮＴ−１３４ ｔｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓ）ａｓａｓｇ
ＯＮＴ−１３５ ｃｓｃｓａｓｄ（ＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓ）ｇｓｃｓｔ
ＯＮＴ−１３６ ｇｓｔｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓ）ｃｓｃｓｔ
ＯＮＴ−１３７ ｃｓｃｓａｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＣｓＴｓＣｓＡｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ａｓｔｓｇ
ＯＮＴ−１３８ ｇｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓ）ｇｓｇｓａ
ＯＮＴ−１３９ ｇｓａｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓ）ａｓｃｓａ
ＯＮＴ−１４０ ｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓ）ｃｓａｓａ
ＯＮＴ−１５５ ｃｓａｓａｓｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓ）ｔｓｃｓｔ
ＯＮＴ−１５６ ａｓｔｓｇｓｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ−１５７ ａｓｔｓｇｓｄ（ＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ｃｓａｓｔ
ＯＮＴ−１５８ ｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ−１５９ ｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓ）ｇｓｇｓａ
ＯＮＴ−１６０ ｔｓｔｓａｓｄ（ＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓ）ｇｓｃｓｃ
ＯＮＴ−１６１ ｇｓｔｓｔｓｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓ）ｔｓｇｓｃ
ＯＮＴ−１６２ ｃｓｃｓａｓｄ（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｃ
ＯＮＴ−１６３ ａｓｇｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓ）ａｓｃｓａ
ＯＮＴ−１６４ ｔｓａｓｔｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ−１６５ ｔｓｇｓｔｓｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ｃｓｔｓｇ
ＯＮＴ−１６６ ａｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓｔ
ＯＮＴ−１６７ ｇｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓ）ｃｓａｓａ
ＯＮＴ−１６８ ｃｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＧｓＴｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｃ
ＯＮＴ−１６９ ａｓａｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｃｓｔｓｃ
ＯＮＴ−１７０ ｃｓｃｓａｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ）ｇｓａｓｇ
ＯＮＴ−１７１ ｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓ）ｃｓｔｓｔ
ＯＮＴ−１７２ ｃｓｃｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ−１７３ ａｓｃｓｔｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓ）ｇｓｇｓｔ
ＯＮＴ−１７４ ｃｓｔｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓ）ｇｓｔｓｇ
ＯＮＴ−１７５ ｃｓａｓｔｓｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｔｓｇ
ＯＮＴ−１７６ ｔｓｇｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｇ
ＯＮＴ−１７７ ｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＧｓＴｓＣｓＡｓＴｓ）ｔｓｃｓｃ
ＯＮＴ−１７８ ａｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＣｓＴｓＣｓＡｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＴｓ）ｇｓｇｓｇ
ＯＮＴ−１７９ ｃｓｃｓａｓｄ（ＧｓＴｓＴｓＣｓＣｓＴｓＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ−１８０ ｃｓａｓｔｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓｔｓｃ
ＯＮＴ−１８１ ｔｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ−１８２ ｇｓｇｓａｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓａ

初期ＤＮＡ−２’−ＯＭｅ−ＤＮＡ（３−１４−３）設計のためのＨｅｐＧ２細胞における生物学ｉｎ ｖｉｔｒｏデータ：
ＦＯＸＯ１
２０ｎＭ時のレベル（％）ＳＤ
ＯＮＴ−１２９ ８２ ５
ＯＮＴ−１３０ ４９ ４
ＯＮＴ−１３１ ９２ ３
ＯＮＴ−１３２ ９１ ２
ＯＮＴ−１３３ ５８ ３
ＯＮＴ−１３４ ７３ ２
ＯＮＴ−１３５ ６５ ５
ＯＮＴ−１３６ ９２ ２
ＯＮＴ−１３７ ９４ ２
ＯＮＴ−１３８ ７８ １
ＯＮＴ−１３９ ６１ １
ＯＮＴ−１４０ ８２ ４
ＯＮＴ−１５５ ９５ ２
ＯＮＴ−１５６ ７４ １
ＯＮＴ−１５７ ５６ ２
ＯＮＴ−１５８ ９３ １
ＯＮＴ−１５９ ９４ １
ＯＮＴ−１６０ ７１ １
ＯＮＴ−１６１ ６７ １
ＯＮＴ−１６２ ８９ １
ＯＮＴ−１６３ ５５ ７
ＯＮＴ−１６４ ６８ ４
ＯＮＴ−１６５ ７０ １
ＯＮＴ−１６６ ８９ ４
ＯＮＴ−１６７ ８１ ０
ＯＮＴ−１６８ ８１ ０
ＯＮＴ−１６９ ９４ ０
ＯＮＴ−１７０ ８８ １
ＯＮＴ−１７１ ９２ ４
ＯＮＴ−１７２ ８６ ２
ＯＮＴ−１７３ ９０ １
ＯＮＴ−１７４ ９３ ２
ＯＮＴ−１７５ ８４ １
ＯＮＴ−１７６ ８０ ２
ＯＮＴ−１７７ ８３ ２
ＯＮＴ−１７８ ９５ ２
ＯＮＴ−１７９ ９３ ８
ＯＮＴ−１８０ ６８ ７
ＯＮＴ−１８１ ８５ ５
ＯＮＴ−１８２ ８０ ５

ＦＯＸＯ１
２００ｎＭ時のレベル（％）ＳＤ
ＯＮＴ−１２９ ２７ １
ＯＮＴ−１３０ ４６ ４
ＯＮＴ−１３１ ５３ ９
ＯＮＴ−１３２ ５３ ２
ＯＮＴ−１３３ ４８ ６
ＯＮＴ−１３４ ３５ ９
ＯＮＴ−１３５ ４５ １５
ＯＮＴ−１３６ ４０ ７
ＯＮＴ−１３７ ５０ ４
ＯＮＴ−１３８ ８０ ３
ＯＮＴ−１３９ ４０ ３
ＯＮＴ−１４０ ３３ １３
ＯＮＴ−１５５ ５２ ２
ＯＮＴ−１５６ ３５ ４
ＯＮＴ−１５７ ３９ ２
ＯＮＴ−１５８ ８７ ６
ＯＮＴ−１５９ ８９ ５
ＯＮＴ−１６０ ３３ １０
ＯＮＴ−１６１ ４０ １１
ＯＮＴ−１６２ ６０ ７
ＯＮＴ−１６３ ４２ ８
ＯＮＴ−１６４ ３４ １０
ＯＮＴ−１６５ ３８ １
ＯＮＴ−１６６ ６２ ９
ＯＮＴ−１６７ ６４ １
ＯＮＴ−１６８ ３８ ２
ＯＮＴ−１６９ ６７ ３
ＯＮＴ−１７０ ７４ ８
ＯＮＴ−１７１ ６５ ５
ＯＮＴ−１７２ ３３ １８
ＯＮＴ−１７３ ７２ １５
ＯＮＴ−１７４ ６５ １５
ＯＮＴ−１７５ ３８ ２１
ＯＮＴ−１７６ ４８ ８
ＯＮＴ−１７７ ２８ ５
ＯＮＴ−１７８ ９７ １１
ＯＮＴ−１７９ ４７ ６
ＯＮＴ−１８０ ５６ １２
ＯＮＴ−１８１ ４５ ２６
ＯＮＴ−１８２ ３３ １７

Ｈｉｔの選択：
ＯＮＴ−１５１ ｄ（ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１９８ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓｔｓｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ）
ＯＮＴ−１８５ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ）ｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ）
ＯＮＴ−１４２ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ−１４５ ｄ（ＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１９２ ｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓ）ｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ−１８８ ｄ（ＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓ）ａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣ）

二次スクリーニング。化学および立体化学スクリーニング
ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置ＭｅｒＭａｄｅ−１２でのオリゴヌクレオチド合成の概要（立体化学が明確な（ｓｔｅｒｅｏｄｅｆｉｎｅｄ）ホスホロチオエート２’−デオキシおよび２’−ＯＭｅサイクル）
Figure 2019516680
ＦＯＸＯ１ Ｈｉｔ配列に適用した例：

例には、以下が含まれるが、これらに限定されない：
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ］（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ） ＯＭｅｄ［ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ］（ＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ） ＯＭｅ ｄ［ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ］（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ） ＬＮＡｄ［ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ］（ＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ） ＬＮＡ ｄ［ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
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実施例４。核酸高分子の抑制
とりわけ、本開示は、例えば、場合によって、核酸高分子の切断により、このような核酸高分子を抑制するために用いられるとき、予想外の結果をもたらすキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法を提供する。例には、本明細書に提示されているものが含まれるが、それらに限定されない。
ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ
ヌクレアーゼによる核酸高分子の切断速度、例えば、リボヌクレアーゼＨによるＲＮＡの切断速度は、アンチセンス技術などの治療技術におけるオリゴヌクレオチドの使用に関して重要である。われわれのアッセイを用いて、われわれは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが相補ＲＮＡに結合するときの切断速度を調査し、特定のオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（Ｐ−ジアステレオマー）の代謝産物を分析した。下記の結果も、本開示によって認識される切断パターンの重要性を例証するものである。
本明細書において用いられるリボヌクレアーゼＨは、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドのＲＮＡ鎖を加水分解する、普遍的に発現したエンドヌクレアーゼである。これは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの作用機序において重要な役割を果たす。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ基質が構成されるとき、リボヌクレアーゼＨ切断速度は大幅に小さくなる（Ｌｉｍａ，Ｗ．Ｆ．，Ｖｅｎｋａｔｒａｍａｎ，Ｍ．，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．Ｔｈｅ Ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｉｎｄｕｃｅｄ ＲＮＡ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２７２，Ｎｏ．２９，１８１９１−１８１９９，（１９９７））。さらに、２’−ＭＯＥギャップマー設計（５−１０−５）は、ＲＮＡ標的に対するより高い親和性をもたらし、最小限のアンチセンス鎖のターンオーバーにつながる。ウィング内の２’−ＭＯＥ修飾の存在も、リボヌクレアーゼＨ切断部位の数を減少させる。
ＲＮＡ切断速度を調査するために、本開示は、リボヌクレアーゼＨと共にインキュベーションした後に残留するＲＮＡの長さを定量する簡便なアッセイを提供する。提供される方法は、とりわけ、立体不規則的な２’−修飾ギャップマー、立体不規則的なＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物、および異なる標的の様々なオリゴマーのキラル純粋なＰ−ジアステレオマー（対応するオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）のリボヌクレアーゼＨ切断の相対速度をもたらす。２’−修飾領域およびＤＮＡコアの立体化学を変化させると、これらの領域の立体化学が、その基質に対するリボヌクレアーゼＨの相互作用にどのように影響を与えるかについての情報が得られる。異なる時点でのリボヌクレアーゼＨ反応混合物をＬＣＭＳで分析して切断パターンを求めた。本発明は、とりわけ、最適な活性、例えば、アンチセンス活性のための立体化学的核酸構造の設計に極めて重要な核酸高分子（例えば、ＲＮＡ）切断速度および切断パターン（地図）を提供する。
装置：
Ａｌｌｉａｎｃｅ ＨＰＬＣ、２４８９−ＴＵＶ、２６９５Ｅ−オートサンプラーを装備
Ｃａｒｙ１００（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）
方法：
ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖製剤：オリゴヌクレオチド濃度は、常水中２６０ｎｍでの吸光度を測定することにより決定される。ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖は、鎖の濃度が１０ｕＭの等モルのオリゴヌクレオチド溶液を混合して調製した。混合物は、水浴中、９０℃で２分間加熱し、数時間かけてゆっくりと冷却した。
ヒトＲＮａｓｅ Ｈタンパク質の発現および精製：ヒトＲＮａｓｅ ＨＣクローンは、ＮＩＨ ＢｅｔｈｅｓｄａのＰｒｏｆ．Ｗｅｉ Ｙａｎｇの研究室から入手した。このヒトリボヌクレアーゼＨＣ（残基１３６〜２８６）を得るためのプロトコルが記述されている（Ｎｏｗｏｔｎｙ，Ｍ．ら、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＲＮＡ／ＤＮＡ Ｈｙｂｒｉｄ：Ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ＨＩＶ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ２８，２６４−２７６，（２００７）。タンパク質の発現は、生じるタンパク質がＮ末端のＨｉｓ６タグを有していたことを除いて、報告されているプロトコルに従って行った。ＬＢ培地のＢＬ２１（ＤＥ３）Ｅ．ｃｏｌｉ細胞をタンパク質発現に用いた。細胞は、ＯＤ６００がおよそ０．７に達するまで３７℃で増殖させた。次に培地を冷まし、０．４ ｍＭのＩＰＴＧを加えて、タンパク質発現を１６℃で一晩誘発させた。大腸菌抽出物を、緩衝液Ａ（４０ ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ ７．０）、１ Ｍ ＮａＣｌ、５％ グリセロール、２．８ ｍＭ β−メルカプトエタノールおよび１０ ｍＭ イミダゾール）中で、プロテアーゼ阻害剤阻害剤（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を追加して、超音波処理により調製した。緩衝液Ａに６０ｍＭのイミダゾールを加えたものを用いて、Ｎｉアフィニティーカラムにより抽出物を精製した。６０〜３００ｍＭのイミダゾールの直線勾配でタンパク質を溶離した。タンパク質ピークを回収し、モノＳカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上で緩衝液Ｂ中ＮａＣｌの１００ ｍＭ〜５００ｍＭの勾配でさらに精製した。ＲＮａｓｅ ＨＣを含む分画を、貯蔵緩衝液（２０ ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ ７．０）、１００ｍＭ ＮａＣｌ、５％グリセロール、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、２ ｍＭ ＤＴＴ）中で０．３ ｍｇ／ｍｌまで濃縮し、−２０℃で貯蔵した。酵素濃度０．３ｍｇ／ｍｌは、その報告済の消光係数係数（３２０９５ ｃｍ−１Ｍ−１）およびＭＷ（１８９６３．３ Ｄａ単位）に基づき１７．４ｕＭに相当する。［１７］
ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ：リボヌクレアーゼＨアッセイ：９６ウェルプレートで、２５μＬ ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖（１０μＭ）に、５μＬの１０×リボヌクレアーゼＨ緩衝液、続いて、１５μＬの水を加えた。混合物を３７℃で数分間培養してから、０．１ μＭの酵素原液５ μＬを加えて、合計容積が５０ μＬであり、最終的な基質／酵素濃度を５ μＭ／０．０１ μＭ（５００：１）にし、さらに３７℃で培養した。様々な比のＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖：これらの条件を用いてリボヌクレアーゼＨタンパク質を調査し、速度の調査に最適な比を求めた。１０μＬの５００ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム水溶液を用いて、様々な時点で反応を停止した。ゼロ分の時点では、酵素を加える前に反応混合物にＥＤＴＡを加えた。対照を試験して、ＥＤＴＡが酵素活性を完全にうまく抑制できることを確かめた。すべての反応を停止した後、１０μＬの各反応混合物を分析用ＨＰＬＣカラム（ＸＢｒｉｄｇｅ Ｃ１８、３．５ｕｍ、４．６×１５０ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００３０３４）に注入した。Ｋｃａｔ／Ｋｍは、二重標識したＲＮＡを用いる依存型ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）リボヌクレアーゼＨアッセイなど、いくつかの方法で測定することができて、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘでモニターすることができる。
ＬＣＭＳ用サンプル調製の固相抽出カラムプロトコル：ＬＣＭＳ分析の前に、９６ウェルプレート（Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００２３２１）を用いて、リボヌクレアーゼＨ反応混合物をきれいにした。マニホールド（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ部品番号ＭＳＶ ＭＨＴＳ００）を利用して、弱い真空下、５００μＬのアセトニトリル、続いて水を用いてプレートを平衡にした。プレートを乾燥させないように注意した。約５０〜１００μＬのリボヌクレアーゼＨ反応混合物を各ウェルに入れ、続いて、弱い真空下、水洗浄（２ｍＬ）した。２×５００μＬの７０％ ＡＣＮ／水を用いて試料を回収した。回収した試料を２ｍＬ遠心分離管に移し、ｓｐｅｅｄ ｖａｃで濃縮乾固した。ＬＣＭＳ分析のために、乾燥した各試料を１００μＬの水で戻して、１０ μＬをＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣ＠ＯＳＴ Ｃ１８ １．７ｕｍ、２．１ｘ５０ｍｍ（ｐａｒｔ＃ １８６００３９４９）上に注入した。
質量分析のために、Ｃ１８ ９６ウェルプレート（Ｗａｔｅｒｓ）を用いて、反応停止後の反応混合物をきれいにした。オリゴマーを７０％アセトニトリル／水で溶離した。ｓｐｅｅｄｖａｃを用いてアセトニトリルを蒸発させ、生じた残留物を注入するため水で戻した。
溶離液Ａ＝５０ｍＭ酢酸トリエチルアンモニウム
溶離液Ｂ＝アセトニトリル
カラム温度＝６０℃
ＵＶを２５４ｎｍおよび２８０ｎｍで記録した
ＲＰ−ＨＰＬＣ勾配法
Figure 2019516680
ＨＰＬＣクロマトグラム上で、全長ＲＮＡオリゴマー（ＯＮＴ−２８）に対応するピーク面積を積分してＤＮＡピークを用いて規格化し、時間に対してプロットした（図８）。ＯＮＴ−８７は、二本鎖の形態のときの相補ＲＮＡにおいて、他の産物候補およびミポメルセンと比較して優れた切断を示した。このパネルのすべてのジアステレオマーは、リボヌクレアーゼＨ酵素を活性化しない２’−ＭＯＥ修飾ウィングを有するため、理論によって制限されることは意図しないが、活性はＤＮＡコアの立体化学の影響を受ける可能性があることに出願人は言及する。アンチセンス鎖にミポメルセンを含むＯＮＴ−７７からＯＮＴ−８１を有するヘテロ二本鎖は、非常に似たＲＮＡ切断速度を示す。交互のＳｐ／Ｒｐ立体化学を有するＯＮＴ−８９は、試験した条件下、試験した時間枠で最も低い活性を示した。ＭＯＥ修飾を有する試験したオリゴヌクレオチドのうち、アンチセンス鎖のＯＮＴ−８７およびＯＮＴ−８８単位は、残りのヘテロ二本鎖と比較して、活性の増加を示した。特に、ＯＮＴ−８７は驚いたことに、大きな切断速度および予想外に低レベルの残留標的ＲＮＡをもたらした。追加的なデータの例を図６および図２４に示す。
ｉｎ ｖｉｔｒｏオリゴヌクレオチドトランスフェクションアッセイ：トランスフェクションアッセイは、抗レトロウイルス療法において通常の技量を有する者によって広く知られ、実践されている。プロトコルの例が本明細書で説明されている。Ｈｅｐ３Ｂ細胞は、リポフェクタミン２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１１６６８−０１９）を用い、メーカーのプロトコルを用いて、９６ウェルプレートにおいて１８×１０３細胞／ウェルの密度でリバーストランスフェクトする。用量反応曲線のために、６０〜１００ｎＭから出発して８個の１／３連続希釈を用いる。２５μＬの６×オリゴヌクレオチド濃縮物は、０．４μＬのリポフェクタミン２０００と、１ウェルあたり２５μＬの血清を含まない培地Ｏｐｔｉ−ＭＥＭ培地（Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号３１９８５−０６２）との調製混合物と混合される。２０分のインキュベーション後、ＤＭＥＭ細胞培地（Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号１１９６５−０９２）中の１０％ ＦＢＳに懸濁させた１００μＬの１８０×１０３細胞／ｍＬを加え、最終的に１ウェルあたり体積１５０μＬにする。遺伝子導入後２４〜４８時間に、培養細胞用のＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ試料プロセッシングキット（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｃａｔ．Ｎｏ．ＱＳ０１０３）を使用して、７５ μＬの溶解混合物を０．５ｍｇ／ｍｌのタンパク質分解酵素Ｋと共に加えて、Ｈｅｐ３Ｂ細胞を溶解させた。細胞溶解物中の標的ｍＲＮＡおよびＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡ発現レベルは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ ２．０アッセイキット（カタログ番号ＱＳ００１１）を用い、メーカーのプロトコルに従って測定する。標的ｍＲＮＡ発現は、同じ試料からのＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡ発現に対して規格化する；相対的な標的／ＧＡＰＤＨレベルは、リポフェクタミン２０００のみ（オリゴヌクレオチドなし）の対照を用いるトランスフェクションと比較する。用量反応曲線は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６により、傾きが変化する（４パラメータ）反応曲線フィットに対する非線形回帰ログ（阻害剤）を用いて作成する。結果の例については、図２４、図２７および図２９を参照のこと。

実施例５。提供される組成物および方法は、切断パターンを制御する
本開示では、驚いたことに、ヌクレオチド間結合立体化学パターンが、核酸高分子の切断パターンに対して予想外の影響を与えることが明らかになった。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンを変化させることにより、驚いたことに、切断部位の数、切断部位での切断割合および／または切断部位の位置を単独でも組み合わせでも変更することができる。本明細書の実施例に記載の通り、提供される組成物および方法は、核酸高分子の切断パターンを制御することができる。
同様のアッセイ条件を用いて、異なるオリゴヌクレオチドタイプの様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を試験した。標的ＲＮＡ配列の切断パターンの例を図９に示す。ＯＮＴ−８７およびＯＮＴ−１５４のパターンなど、特定の骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに、標的配列にただ１つの切断部位を生じる。さらに、驚いたことに、ＯＮＴ−８７およびＯＮＴ−１５４など、単一の切断部位をもたらすオリゴヌクレオチドは、予想外に大きな切断速度および低レベルの残留標的核酸高分子をもたらすことが明らかになった。図８、図１０および図１１も参照。

実施例６。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの切断例
ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの異なる領域を標的にするオリゴヌクレオチド組成物を上述の通り切断アッセイにて試験した。それぞれの場合において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通塩基配列および長さを共有するキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物からの基準切断パターンと比べて、変更された切断パターンをもたらすことができることが示された。結果の例については、図１０および図１１を参照のこと。図１２に示す通り、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例は、キラル制御されない基準オリゴヌクレオチド組成物と比べたとき、著しく速い切断速度および予想外に低レベルの残留する基質の両方をもたらす。いくつかの実施形態では、図１１に示す通り、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列に関連する。いくつかの実施形態では、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐの２塩基対上流である。
オリゴヌクレオチド組成物の例は以下に挙げる通りである。
Figure 2019516680
実施例７。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例は、より高いターンオーバーをもたらす
オリゴヌクレオチドに切断された核酸高分子フラグメント（例えば、ＲＮＡフラグメント）のＴｍが生理的温度より高い場合、産物の解離が抑制されることがあり、オリゴヌクレオチドが解離できずに、他の標的鎖を見つけて二本鎖を形成し、標的鎖を切断させられないことがある。相補ＲＮＡに対するＯＮＴ−３１６（５−１０−５ ２’−ＭＯＥギャップマー）のＴｍは７６℃である。オリゴヌクレオチドに対して相補的なＲＮＡ配列における１回の切断または少数回の切断の後、２’−ＭＯＥフラグメントがＲＮＡと結合したままになることがあり、したがって、他の標的分子を切断させることができない。ＲＮＡと二本鎖にしたとき、ＤＮＡ鎖の熱融解温度は一般にはるかに低く、例えば、ＯＮＴ−３６７（６３℃）およびＯＮＴ−３９２（６０℃）である。さらに、ＤＮＡ配列の熱安定性は、２’−ＭＯＥ修飾オリゴヌクレオチドと比べて、比較的均一に分布することが多い。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥなどの２’−修飾を含まない。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥなどの２’−修飾を含まないが、２’−ＭＯＥなどの２’−修飾を有するオリゴヌクレオチドよりも、核酸高分子切断フラグメントから容易に解離し、ターンオーバーが高い。いくつかの実施形態では、本発明は、すべてのＤＮＡ設計を提供し、その設計ではオリゴヌクレオチドは２’−修飾を持たない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが２’−修飾を持たない、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高いヌクレアーゼ（ＲＮａｓｅ Ｈなど）のターンオーバーをもたらす。いくつかの実施形態では、切断後、提供されたキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のＲＮＡおよびオリゴヌクレオチドにより形成された二本鎖から、ＲＮａｓｅ Ｈがより簡単に分離される。上述の同様のプロトコルを用いて、２つのオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例ＯＮＴ−３６７およびＯＮＴ−３９２のターンオーバーは、実際、キラル制御されない基準オリゴヌクレオチド組成物よりも高いターンオーバー率を示した（図１３参照）。

実施例８。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの切断例
図１４に例示の通り、本開示のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法は、核酸高分子の制御された切断をもたらしうる。いくつかの実施形態では、本開示のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、切断部位の数、切断部位の位置、および／または相対的な切断部位の切断割合の点から変更された切断パターンを生じる。いくつかの実施形態では、ＯＮＴ−４０１およびＯＮＴ−４０６により例示の通り、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、単一部位の切断をもたらす。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ切断から、ただ１つの成分が検出された。理論によって制限されることは意図しないが、このような観察は、同じ二本鎖上で複数切断して、はるかに短い５’−ＯＨ ３’−ＯＨフラグメントを生じうるリボヌクレアーゼＨ酵素の加工性による可能性があることに出願人は言及する。
別のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をさらに試験した。上述の通り、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、切断速度、およびＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖に残留するＲＮＡ（％）の点から、予想外の結果をもたらす。図１５〜図１７を参照されたい。分析データの例を図１８〜２０に示す。理論によって制限されることは意図しないが、いくつかの実施形態では、切断が図２１に示す通り起こることがあることに出願人は言及する。図１７では、ＯＮＴ−４０６が、同じ塩基配列および長さを有する天然のＤＮＡオリゴヌクレオチドＯＮＴ−４１５の切断速度をわずかに上回る速度で二本鎖ＲＮＡの切断を誘発することが観察されたことに留意されたい。本開示において提供されるＯＮＴ−４０６のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、および他のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＯＮＴ−４１５組成物が持たない他の好ましい特性、例えば、インビトロおよび／またはインビボでのより良い安定性プロファイルを有することに出願人は言及する。追加的なデータの例を図２５に示す。また、当業者によって理解されるように、図２６および図２７に示すデータの例は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例が、特に、骨格キラル中心のパターンによって切断パターンを制御するよう設計されたときに、基準オリゴヌクレオチド組成物、例えば、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらしたことを裏づける。図２６に例示した通り、制御された骨格キラル中心のパターンは、とりわけ、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるとき、既存の切断部位での切断を選択的に増加および／または減少させることができて、あるいは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるときには存在しない、全く新しい切断部位を生み出す（図２５、ＯＮＴ−４１５参照）。一部の実施態様において、ＤＮＡオリゴヌクレオチドからの切断部位は、 ＲＮａｓｅ Ｈの内在的な切断の優先を示す。図２７により確認される通り、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的切断速度を調節することができる。いくつかの実施形態では、細胞活性の分散の約７５％は、骨格キラル中心のパターンによって制御されうる切断速度の差によって説明される。本出願において提供される通り、塩基修飾およびこれらのパターン、糖修飾およびこれらのパターン、ヌクレオチド間結合修飾およびこれらのパターン、ならびに／または任意のその組み合わせなどの別の構造的特徴と、骨格キラル中心のパターンとを組み合わせて、所望のオリゴヌクレオチドの特性をもたらすことができる。

実施例９。ｍＨＴＴの対立遺伝子特異的抑制の例
いくつかの実施形態では、本開示は、他の対立遺伝子よりも選択性を有する１つの特定の対立遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のためのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ｍＨＴＴの対立遺伝子特異的抑制を提供する。
図２２は、１つの対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制するが、他の対立遺伝子からの転写物は特異的に抑制しない、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例を示す。オリゴヌクレオチド４５１および４５２を、上述の生化学アッセイを用いて、例示した両方の対立遺伝子からの転写物で試験した。対立遺伝子特異的抑制も、以下に記載の同様の手順を用いて、細胞および動物モデルにおいて試験した。Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２−５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；および、Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１３，４１（２１），９６３４−９６５０。すべての場合において、標的対立遺伝子からの転写物は、他の対立遺伝子からの転写物よりも選択的に抑制される。また、当業者によって理解されるように、図２２に示すデータの例は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例が、特に、立体化学によって切断パターンを制御するよう設計されたときに、基準オリゴヌクレオチド組成物、この場合には、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらしたことを裏づける。図２２により確認できるとおり、骨格不斉中心のパターンは、切断パターンを劇的に変化させることができ（図２２Ｃ〜Ｅ）、また立体化学パターンを切断部位をミスマッチ部位に位置付けるために使用することができ（図２２Ｃ−Ｅ）、および／または突然変異体と野生型の間の選択性を劇的に改善できる（図２２Ｇ−Ｈ）。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的のｗｔＲＮＡおよびｍｕＲＮＡと共にインキュベートされ、両方の二本鎖は、リボヌクレアーゼＨと共にインキュベートされる。
ハンチンチン対立遺伝子のＴｍ
Figure 2019516680
実施例１０。ＦＯＸＯ１の対立遺伝子特異的抑制の例
いくつかの実施形態では、本開示は、ＦＯＸＯ１の対立遺伝子特異的抑制を提供する。
図２３は、１つの対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制するが、他の対立遺伝子からの転写物は特異的に抑制しない、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例を示す。オリゴヌクレオチドＯＮＴ−４００、ＯＮＴ−４０２およびＯＮＴ−４０６を、上述の生化学アッセイを用いて、例示した両方の対立遺伝子からの転写物で試験した。Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２−５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１３，４１（２１），９６３４−９６５０；および、Ｊｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３，３４２，１１１−１１４。標的対立遺伝子からの転写物は、他の対立遺伝子からの転写物よりも選択的に抑制される。場合によっては、ＯＮＴ−３８８からのミスマッチＯＮＴ−４４２（Ａ／Ｇ、７位）およびＯＮＴ−４４３（Ａ／Ｇ、１３位）を有する２つのＲＮＡが合成され、ＯＮＴ−３９６からＯＮＴ−４１４と二本鎖にされる。リボヌクレアーゼＨアッセイを実施して、切断速度および切断地図を得る。
実施例１１。オリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物の特定例
相補ＲＮＡと二本鎖にしたとき、熱融解温度を持つＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの３つの特異な領域を標的にする異なる２’置換化学を有する立体不規則的なオリゴヌクレオチド。各ストランドの濃度は、１Ｘ ＰＢＳ緩衝液中１ｕＭであった。
Figure 2019516680
追加的なオリゴヌクレオチド組成物の例は以下に挙げる通りである。
Figure 2019516680
RNAおよびDNAオリゴヌクレオチドの例は以下に挙げるとおりである。
Figure 2019516680
キラル純粋なオリゴヌクレオチドの例は以下に挙げるとおりである。いくつかの実施形態では、本開示は、以下のオリゴヌクレオチドの各例について対応するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
Figure 2019516680
Figure 2019516680
Figure 2019516680
Figure 2019516680
ＦＯＸＯ１を標的としたＴｍを伴う追加的なオリゴヌクレオチドの例は以下の通りである。いくつかの実施形態では、本開示は、以下のオリゴヌクレオチドの各例について対応するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
Figure 2019516680
実施例１２。提供されたキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物により制御された切断の追加的な例
当業者によって理解されるように、図２６に示すデータの例は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法が、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物などの基準組成物と比べて、予想外の結果をもたらしたことを裏づける。とりわけ、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、切断部位の位置、切断部位の数、および相対的な切断部位の切断割合の制御を含むが、これらには限定されない制御された切断パターンをもたらしうる。図２７に示されたデータの例も参照のこと。
実施例１３。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性
当業者によって理解されるように、図２６に示すデータの例は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性が、様々な骨格キラル中心のパターンによって調節されうることを裏づける。データの例については、図７および図２８を参照のこと。血清安定性実験を実施するためのプロトコルの例を以下で説明する。
プロトコル：Ｐ−立体化学的に純粋なＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−３９６−ＯＮＴ−４１４（３’末端から５’末端の単一のＲｐウォーク））、立体不規則的なＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−３６７）、全Ｓｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−４２１）および全Ｒｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ−４５５）をラット血清（Ｓｉｇｍａ、Ｒ９７５９）中でインキュベート（０時間および４８時間）し、ＩＥＸ−ＨＰＬＣで分析した。
インキュベーション方法：５μＬの２５０μＭの各ＤＮＡ溶液および４５μＬのラット血清を混合し、各時点（０時間および４８時間）について３７℃でインキュベートした。各時点において、２５μＬの１５０ｍＭ ＥＤＴＡ溶液、３０μＬの溶解緩衝液（ｅｒｐｉｃｅｎｔｒｅ、ＭＴＣ０９６Ｈ）および３μＬのプロテイナーゼＫ溶液（２０ｍｇ／ｍＬ）を加えて反応を停止した。混合物を６０℃で２０分間インキュベートし、次に、２０μＬの混合物をＩＥＸ−ＨＰＬＣに注入して分析した。
インキュベーション対照サンプル：絶対的定量を確認するために、５μＬの２５０μＭの各ＤＮＡ溶液および１０３μＬの１×ＰＢＳ緩衝液の混合物を調製し、対照として２０μＬの混合物をＩＥＸ−ＨＰＬＣで分析した。
分析方法の例：
ＩＥｘ−ＨＰＬＣ
Ａ：１０ｍＭ トリスＨＣｌ、５０％ＡＣＮ（ｐＨ８．０）
Ｂ：１０ｍＭ トリスＨＣｌ、８００ｍＭ ＮａＣｌ、５０％ＡＣＮ（ｐＨ８．０）
Ｃ：水−ＡＣＮ（１：１、ｖ／ｖ）
温度：６０℃
カラム：ＤＩＯＮＥＸ ＤＮＡＰａｃ ＰＡ−１００、２５０×４ｍｍ
勾配：
Figure 2019516680
 洗浄：
Figure 2019516680
 カラム温度：６０℃。
試料注入後に毎回洗浄を実施した。
ＨＰＬＣクロマトグラムの積分面積を用いて０時間から４８時間の比を解析し、残留ＰＳ ＤＮＡの割合を計算した。
実施例１４。分析結果の例（図１９）
図１９のピークの帰属（上のパネル、Ｍ１２−Ｅｘｐ１１ Ｂ１０、ＯＮＴ−３５４、３０分）
Figure 2019516680
Figure 2019516680
図１９のピーク指定（下部パネル、Ｍ１２−Ｅｘｐ１１ Ａ１０、ＯＮＴ−３１５、３０分）
Figure 2019516680
Figure 2019516680
実施例１５。分析結果の例（図３０）
図３０のピークの帰属（上のパネル、Ｍ１２−Ｅｘｐ１１ Ｄ２、ＯＮＴ−３６７、３０分）
Figure 2019516680
Figure 2019516680
図３０のピークの帰属（下のパネル、Ｍ１２−Ｅｘｐ２１ ＮＭプレート１（プール）Ｆ１１ ＯＮＴ−４０６ ３０分
Figure 2019516680
Figure 2019516680
実施例１６。リンカーの調製例
いくつかの実施形態では、以下のスキームに従ってＳＰリンカーを調製した：
Figure 2019516680
実施例１７。塩基配列の設計例
本開示に記載の通り、本開示は、例えば、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のための塩基配列の重要性を認める。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に例示の通り、アンチセンスオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドの塩基配列を設計するための方法を提供する。
いくつかの実施形態では、とりわけ、標的、例えば、ハンチントン病の疾患関連変異対立遺伝子のための配列を設計するためにバイオインフォマティクスが利用される。本実施例は、例えば、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ３６２３０６、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１、ｒｓ３６２３０７などのための設計アンチセンスオリゴヌクレオチドのために使用されてもよいステップ例を示す。いくつかの実施形態では、配列を調べるステップを含む、提供される方法は、標的部分、近接するＧｓ部分および反復する部分とのオフターゲットの結合親和性のための重要な役割を果たす。いくつかの実施形態では、ミスマッチの存在下でオフターゲット効果を調べるステップを含む、提供される方法。いくつかの実施形態では、例えば、突然変異、ＳＮＰなどの特徴的な配列要素を含み、かつ約１０〜１０００、例えば、約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０、約１３０、約１４０、約１５０、約２００、約２５０、約３００、約４００、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、約１０００、約２０００、約３０００、約４０００、約５０００などのヌクレオチド長を有する標的に見られる配列が、アッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ、レポーターアッセイなどにおいて使用される。いくつかの実施形態では、本実施例にあるように、ＳＮＰ、例えば、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ３６２３０６、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１、ｒｓ３６２３０７などのための４０−ｂｐフランキング配列を使用した。いくつかのこのような配列、例えば６〜１２は、提供される方法により、容易に評価することができた。試験した配列の例を以下に一覧にする：
Figure 2019516680
本開示に記載され、当業者には理解されるように、いくつかの実施形態では、アッセイ、例えば、本明細書に記述されるＲＮａｓｅ切断アッセイは、１つまたは複数の特徴（例えば、切断の速度、程度および／または選択性）の評価において有用である。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ切断アッセイは、オリゴヌクレオチド組成物の切断パターンを与える。いくつかの実施形態では、同じ配列を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドの組成物が使用され、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイが、配列のＤＮＡ切断パターンを与えてもよい。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ切断パターンを生じさせるために、組成物中のすべてのＤＮＡオリゴヌクレオチドが同一である。いくつかの実施形態では、同じ配列を有する全ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物が使用されるとき、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイが、配列の立体不規則的な切断パターンを与えてもよい。いくつかの実施形態では、立体不規則的な切断パターンを生じさせるために、立体不規則的な組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドが同一である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が使用されるとき、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の立体不規則的な切断パターンを与えてもよい。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の切断パターンを生じさせるために、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドが同一である。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは、切断速度情報を与える。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは、相対的な切断度、例えば、（ある部位での切断）／（すべての切断）を与える。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは、絶対的な切断度（ある部位で切断された標的）／（切断および非切断両方のすべての標的）を与える。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは選択性を与える。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは抑制レベル情報を与える。
いくつかの実施形態では、本明細書に例示の通り、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイは切断速度を与える。結果の例については、図３１を参照されたい。Ｐは、５’−末端からのオリゴヌクレオチド内のミスマッチの位置を表す。
ｒｓ３６２３０７ ＳＮＰを標的にする異なるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせたときの２５−ｍｅｒ ＲＮＡのヒトＲＮａｓｅ Ｈ１切断の分析を実施した。ＷＶ−９４４およびＷＶ−９４５は、ＷＴおよびｒｓ３６２３０７の突然変異体をそれぞれ含む２５ｍｅｒ ＲＮＡである。ＷＶ−９３６〜ＷＶ−９４１は、立体的に純粋なＤＮＡであり、ＷＶ−９０４〜ＷＶ−９０９は、すべて立体不規則的なＤＮＡである。すべての二本鎖を、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃でインキュベートした。反応を３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡによって固定した時点で停止させた。この反応混合物の１０分の１を逆相ＨＰＬＣに注入し、異なる時点の反応混合物中に残留する全長ＲＮＡについて、ピーク面積を測定した。切断速度は、それぞれの時点でこれらのピーク面積をプロットすることによって求めた。いくつかの実施形態では、ＷＴ ＲＮＡ対ｍｕ ＲＮＡの切断速度の差が観察された。
いくつかの実施形態では、図３１に示す通り、その５’−末端から数えて配列の１１位、１２位または１３位がＳＮＰと並ぶか、またはその３’−末端から数えて配列の８位、９位または１０位がＳＮＰと並ぶとき、より良い切断選択性が観察された。
実施例１８。ウィング、コア、ウィング−コア、コア−ウィングおよびウィング−コア−ウィング設計例
とりわけ、本開示は、ウィング、コア、ウィング−コア、コア−ウィングおよびウィング−コア−ウィング構造の様々な実施形態を提供する。いくつかの実施形態では、驚いたことに、ホスフェート結合を含むウィングおよびホスホロチオエート結合を含むコアを有するオリゴヌクレオチドは、予想外に向上した切断効率および選択性をもたらすことが明らかになった。例えば、図３２Ｃ、図３２Ｆ、図３２Ｇ、図３２Ｈなどを参照されたい。
ｒｓ３６２３０７ ＳＮＰを標的にする異なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とハイブリダイズさせたときの２５−ｍｅｒ ＲＮＡのヒトＲＮａｓｅ Ｈ１切断の分析。ＷＶ−９４４およびＷＶ−９４５は、ＷＴおよびｒｓ３６２３０７の突然変異体をそれぞれ含む２５ｍｅｒ ＲＮＡである。ＷＶ−１０８５〜ＷＶ−１０９２は、混合ＰＯ／ＰＳ骨格を有する、すべて立体的に純粋な２’−ＯＭｅ／ＤＮＡである。すべての二本鎖を、１×ＲＮａｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、ＲＮａｓｅ Ｈ１Ｃと共に３７℃でインキュベートした。反応を３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡによって固定した時点で停止させた。この反応混合物の１０分の１を逆相ＨＰＬＣに注入し、異なる時点の反応混合物中に残留する全長ＲＮＡについて、ピーク面積を測定した。切断速度は、それぞれの時点でこれらのピーク面積をプロットすることによって求めた。
いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断速度および／または選択性を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断速度または選択性を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断速度または選択性を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断速度を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、変異型および野生型対立遺伝子の両方の切断速度を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断の選択性を変化させる。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅホスフェートウィングは、切断パターンを変化させる。
いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合の取り込みは驚いたことに、切断速度および／または選択性を改善する。いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合の取り込みは驚いたことに、切断速度および選択性を改善する。いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合の取り込みは驚いたことに、切断速度または選択性を改善する。いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合の取り込みは驚いたことに、切断速度改善する。いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合は、変異型および野生型対立遺伝子の両方の切断速度を改善するが、野生型対立遺伝子よりも変異型においてレベルが高い。いくつかの実施形態では、ホスフェートヌクレオチド間結合の取り込みは驚いたことに、切断の選択性を改善する。
いくつかの実施形態では、本明細書に例示のデータによって示される通り、立体的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体不規則的な組成物と比べて、驚くほどに高い切断速度および／または選択性をもたらした；例えば、立体的に純粋なＷＶ−１４９７／立体不規則的なＷＶ−１０９２、９０５／９３７、９３１／１０８７などを参照されたい。
実施例１９。切断地図の例
本明細書で説明する通り、いくつかの実施形態では、アッセイ（ＲＮａｓｅ Ｈアッセイなど）は、立体不規則的またはキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を提供する。切断地図の例は図３３に図示されており、これは、複数の塩基配列の立体不規則的な切断パターンを例示する。別の切断地図を図３５に示す。これは、とりわけ、ヌクレオシド修飾を持たない塩基配列（ＷＶ−９０５）、ならびにヌクレオシド修飾を有する塩基配列の立体不規則的な切断パターンを例示する。
キラル制御された立体的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物の切断パターン例を図３４に示す。本開示に記載の通り、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイのようなアッセイによって、切断パターンから主要な切断部位が同定されてもよい。例えば、ＷＶ−９３７では、（部位での切断／全切断）により評価され、矢印の長さに反映される相対的な主要な切断部位は、野生型については、（ＳＮＰから、２個のヌクレオチド間結合だけ離れた）ＧＣＧＣとＣＣＵＵの間であり、変異については、（ＳＮＰ部位の、ＳＮＰから、０個のヌクレオチド間結合だけ離れた）ＣＵＧＵとＧＣＣＣの間である。いくつかの実施形態では、相対的な主要な切断部位は必ずしも絶対的な主要な切断部位ではなく、これには、特定の割合の全標的、この場合、ＲＮＡがその部位で切断される必要がある。例えば、いくつかの実施形態では、ＷＶ−９３７／野生型におけるＧＣＧＣとＣＣＵＵの間の部位は、ある部位が主要な切断部位と見なされるために、部位で全標的の２０％超が切断される必要がある場合は、主要な切断部位ではない（図３２、Ｍ参照）；ＷＶ−９３７／変異におけるＣＵＧＵとＧＣＣＣの間の部位は、主要な部位の閾値が、その部位で切断される全標的の２０％である場合、主要な切断部位のままである。
いくつかの実施形態では、異なるオリゴヌクレオチド組成物は、異なる切断速度を有する。いくつかの実施形態では、切断地図は異なる時点で作成される。例えば、より速い切断速度を有するオリゴヌクレオチド組成物については、その切断地図は、より遅い切断速度（例えば、３０分、４５分、６０分など）を有するオリゴヌクレオチド組成物よりも早い時点（例えば、５分、１０分、１５分など）で作成することができる。
いくつかの実施形態では、分析法、例えば、ＨＰＬＣ、ＨＰＬＣ−ＭＳなどにより、ただ１つの部位の切断産物が同定されるとき、対応する切断パターンは、単一の切断部位を有すると見なされる。いくつかの実施形態では、全切断の約９０％超、約９１％超、約９２％超、約９３％超、約９４％超、約９５％超、約９６％超、約９７％超、約９８％超、約９９％超または約９９．５％超が、ある部位で起こるとき、対応する切断パターンは単一の切断部位を有すると見なしてもよい。いくつかの実施形態では、当業者には理解されるように、例えば、細胞、組織、臓器、対象などにおける選択性は、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイにおいて観察される選択性よりも高くてもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイにおいて全切断の約９０％超、約９１％超、約９２％超、約９３％超、約９４％超、約９５％超、約９６％超、約９７％超、約９８％超、約９９％超または約９９．５％超を有する部位が、細胞、組織、臓器または対象において、より高い選択性を有してもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイにおいて全切断の約９０％超を有する部位が、細胞、組織、臓器または対象において、唯一の切断部位（例えば、約９９％超、約９９．５％超、１００％など）。
いくつかの実施形態では、選択性は、標的配列および類似配列（例えば、標的として突然変異体対立遺伝子の、および類似配列として野生型対立遺伝子のＲＮＡ、または代表的な合成配列など）の残りの転写物（またはその代表的配列、本明細書で説明した例で使用されているＲＮＡ配列など）の絶対値を比較することにより評価されうる。いくつかの実施形態では、出発量が同じとき、標的配列および類似配列の残留する転写物（または本明細書に記載の実施例において使用されるＲＮＡ配列など、これらの代表的な配列）の絶対量を比較することにより選択性が評価されてもよい。いくつかの実施形態では、標的配列および類似配列の転写物（または本明細書に記載の実施例において使用されるＲＮＡ配列など、これらの代表的な配列）の切断割合によって選択性が評価されてもよい。いくつかの実施形態では、切断および非切断転写物（または本明細書に記載の実施例において使用されるＲＮＡ配列など、これらの代表的な配列）の比を比較することにより選択性が評価されてもよい。
いくつかの実施形態では、選択性は、本明細書に例示の１つまたは複数のアッセイにより評価することができる。いくつかの実施形態では、選択性は、ＲＮａｓｅ Ｈ切断アッセイにより測定することができる。例えば、標的（例えば、変異対立遺伝子からのＲＮＡ）の選択的な切断は、生化学的ＲＮａｓｅ Ｈ切断アッセイにより測定することができて、ここで、変異標的配列の切断が野生型ＲＮＡ配列の切断と比較され、選択性は、切断速度、ある時点での切断された変異ＲＮＡと野生型ＲＮＡの比、またはある時点での残留する変異ＲＮＡと野生型ＲＮＡの比のいずれか、あるいはこれらの組み合わせによって表すことができる。いくつかの実施形態では、時点は、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、時点は１０分である。いくつかの実施形態では、時点は１５分である。いくつかの実施形態では、時点は２０分である。いくつかの実施形態では、時点は２５分である。いくつかの実施形態では、時点は３０分である。いくつかの実施形態では、時点は３５分である。いくつかの実施形態では、時点は４０分である。いくつかの実施形態では、時点は４５分である。いくつかの実施形態では、時点は５０分である。いくつかの実施形態では、時点は５５分である。いくつかの実施形態では、時点は６０分である。いくつかの実施形態では、時点は６０または分である。時点を選ぶ方法を当業者は理解し、例えば、図３２に示す切断については、５分、１０分、１５分、２０分、２０分、４５分および６０分のうちの１つまたは複数の時点を選んで選択性を評価することができる。いくつかの実施形態では、選択性は、例えば、細胞ベースのアッセイまたは動物モデルからの標的（例えば、変異）配列および非標的（例えば、野生型）配列のＩＣ５０の比により測定することができる。
ＨＰＬＣ−ＭＳトレースの例を図３６に示す。いくつかの実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈアッセイ条件の例を以下で説明した。
ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖製剤：オリゴヌクレオチド濃度は、常水中２６０ ｎｍでの吸光度を測定することにより決定される。ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖は、鎖の濃度が２０ μＭの等モルのオリゴヌクレオチド溶液を混合して調製した。混合物は、水浴中、９０℃で２分間加熱し、数時間かけてゆっくりと冷却した。
ヒトＲＮａｓｅ Ｈタンパク質の発現および精製：ヒトＲＮａｓｅ ＨＣクローンは、ＮＩＨ ＢｅｔｈｅｓｄａのＰｒｏｆ．Ｗｅｉ Ｙａｎｇの研究室から入手した。このヒトリボヌクレアーゼＨＣ（残基１３６〜２８６）を得るためのプロトコルが記述されている（Ｎｏｗｏｔｎｙ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＲＮＡ／ＤＮＡ Ｈｙｂｒｉｄ：Ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ＨＩＶ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ２８，２６４−２７６，（２００７））。タンパク質の発現は、生じるタンパク質がＮ末端のＨｉｓ６タグを有していたことを除いて、報告されているプロトコルに従って行った。ＬＢ培地のＢＬ２１（ＤＥ３）Ｅ．ｃｏｌｉ細胞をタンパク質発現に用いた。細胞は、ＯＤ６００ｎｍがおよそ０．７に達するまで３７℃で増殖させた。次に培地を冷まし、０．４ ｍＭのＩＰＴＧを加えて、タンパク質発現を１６℃で一晩誘発させた。大腸菌抽出物を、緩衝液Ａ（４０ ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ ７．０）、１ Ｍ ＮａＣｌ、５％ グリセロール、２．８ ｍＭ β−メルカプトエタノールおよび１０ ｍＭ イミダゾール）中で、プロテアーゼ阻害剤阻害剤（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を追加して、超音波処理により調製した。緩衝液Ａに６０ｍＭのイミダゾールを加えたものを用いて、Ｎｉアフィニティーカラムにより抽出物を精製した。６０〜３００ｍＭのイミダゾールの直線勾配でタンパク質を溶離した。タンパク質ピークを回収し、モノＳカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上で緩衝液Ｂ中ＮａＣｌの１００ ｍＭ〜５００ｍＭの勾配でさらに精製した。ＲＮａｓｅ ＨＣを含む分画を、貯蔵緩衝液（２０ ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ ７．０）、１００ｍＭ ＮａＣｌ、５％グリセロール、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、２ ｍＭ ＤＴＴ）中で０．３ ｍｇ／ｍｌまで濃縮し、−２０℃で貯蔵した。酵素濃度０．３ｍｇ／ｍｌは、その報告済の消光係数係数（３２０９５ ｃｍ−１Ｍ−１）およびＭＷ（１８９６３．３ Ｄａ単位）に基づき１７．４ μＭに相当する。
リボヌクレアーゼＨアッセイ：９６ウェルプレートで、５０ μＬ ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖（２０μＭ）に、１０μＬの１０×リボヌクレアーゼＨ緩衝液、続いて、３０μＬの水を加えた。混合物を３７℃で数分間培養してから、０．２ μＭの酵素原液１０ μＬを加えて、合計容積が１００ μＬであり、最終的な基質／酵素濃度を１０ μＭ／０．０２ μＭ（５００：１）にし、さらに３７℃で培養した。ＲＮａｓｅ Ｈタンパク質に対するＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖様々な比率が、動態学を研究するためのこの最適な比率（５００：１）を見出すために、これまでにこれらの条件を使用して研究されている。７μＬの５００ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム水溶液を用いて、様々な時点で反応を停止した。ゼロ分の時点では、酵素を加える前に反応混合物にＥＤＴＡを加えた。対照を試験して、ＥＤＴＡが酵素活性を完全に抑制できることを確かめた。すべての反応を停止した後、１０μＬまたは２０μＬの各反応混合物を、分析カラム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｐｏｒｏｓｈｅｌｌ １２０ ＥＣ−Ｃ１８ ２．７ ミクロン、２．１×１５０ ｍｍ、Ｐａｒｔ＃ ６９９７７５−９０２）。各反応混合物中のＤＮＡに対する残留する全長ＲＮＡのピーク面積の比を、ゼロ点反応におけるこの比に対して規格化し、残留する全長ＲＮＡの％を得た。
いくつかの実施形態では、ＨＰＬＣ条件の一例は以下の通りである：
溶離液Ａ＝８ｍＭ ＴＥＡ、２００ｍＭ ＨＦＩＰ水溶液
溶離液Ｂ＝５０：５０（溶離液Ａ：メタノール）
カラム温度＝５０℃
オートサンプラー温度＝４℃
ＵＶを２５４ｎｍおよび２８０ｎｍで記録した
ＬＣ勾配法
Figure 2019516680
実施例２０。オリゴヌクレオチドを評価するためのアッセイの例
いくつかの実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物の特性を評価するためのレポーターアッセイを提供する。いくつかの実施形態では、提供されるレポーターアッセイは、例えば、以下で説明するように、デュアル−ルシフェラーゼアッセイである。
Ｄｕａｌ Ｇｌｏルシフェラーゼシステムを使用したオリゴヌクレオチドによるｍＲＮＡ阻害の決定：ｐｓｉＣｈｅｃｋ２ベクトルシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ製）が、Ｐｈｏｔｉｎｕｓ ｐｙｒａｌｉｓおよびＲｅｎｉｌｌａ ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓの両方のルシフェラーゼ遺伝子を、ｍｉＲＮＡ標的部位（またはその他のクローン化された制御配列（標的３′ＵＴＲなど）を符号化するオリゴヌクレオチドを挿入するための、Ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼの３′ ＵＴＲ内の複数のクローニング部位を持つ、単一のプラスミド上に符号化する市販のベクトルである。対象となる標的領域およびその逆相補領域を含み、ｐｓｉＣｈｅｃｋベクターの消化に使用される（１つまたは複数の）制限酵素に対応する適切なオーバーハング塩基を有する２５０塩基対フラグメントを、ＮｏｔＩおよびＸｈｏＩ制限酵素部位の間のｐｓｉＣＨＥＣＫ−２ベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃ８０２１）にクローン化した。インサートを含むベクターの配列を決定してインサートの向きが正しいことを確認し、伸長させ、精製した。対象となるＳＮＰのための上述の設計を用いて、複数のベクターを作成した。典型的な同時トランスフェクション実験において、細胞が正しい密度（３０〜４０％の密集度）になった後、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いてオリゴヌクレオチドおよびベクターを逆トランスフェクトした。標的ｍＲＮＡに対するオリゴヌクレオチドの影響は、トランスフェクションから早くも２４時間後には見ることができ、４８時間後も依然として存在した。ｐｓｉＣｈｅｃｋベクターのトランスフェクションから２４時間後または４８時間後、ルシフェラーゼ活性について細胞をアッセイした。簡潔には、細胞をＰＢＳで洗浄し、受動的溶解緩衝液に溶解し、ルシフェリン試薬を加え、サンプルをＳｐｅｃｔｒａｍａｘ Ｍ５測定器（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）で読み取った。９６ウェルプレートの２０ｎｇ／ウェルのベクター濃度で測定を行った。様々なオリゴヌクレオチド濃度（３０、１０および３．３ｎＭ）および２つの時点（２４時間および４８時間）で実験を実施した。最大のウミシイタケのノックダウンを測定するために、未処理の細胞、およびウミシイタケ（ＷＶ−９７５）を標的にするオリゴヌクレオチドで処理した細胞について、ウミシイタケルシフェラーゼ対ホタルの相対的なレベルを測定した。Ｒ／Ｆレベルを規格化するために対照オリゴヌクレオチド（例えば、ＷＶ−４３７、ＷＶ−９９３など）を選んだ。いくつかの実施形態では、デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイを用いて、Ｃｏｓ７細胞株のオリゴヌクレオチドを評価した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、およびｒｓ３６２３０７（Ｔ）またはｒｓ３６２３０７（Ｃ）ＳＮＰを含むｐｓｉＣＨＥＣＫ２プラスミドのいずれかを用いて、細胞株を２４時間同時トランスフェクトした。いくつかの実施形態では、ｒｓ３６２３０７（Ｔ）およびｒｓ３６２３０７（Ｃ）をｍｕおよびｗｔと呼ぶ。
デュアル−ルシフェラーゼアッセイを用いて、様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物を３０ｎＭで試験した。同じ位置（例えば、５’−末端に対して８位、９位、１０位、１１位、１２位および１３位）にミスマッチを有するオリゴヌクレオチドについては、キラル制御された組成物は、高いレベルのワイドタイプの測定値を維持した。
いくつかの実施形態では、３０ｎＭで試験したとき、ＷＶ−１０９２は、デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイによって示される通り、２４時間および／または４８時間の変異配列の発現を選択的に抑制した。いくつかの実施形態では、ＷＶ−１０９２において、３０ｎＭ、２４時間および／または４８時間で観察された選択性は、他のオリゴヌクレオチド組成物、例えば、ＷＶ−９１７、ＷＶ−１４９７、特定のＰ１２立体的に純粋なオリゴヌクレオチドなどの数倍であった。いくつかの実施形態では、３０ｎＭ、４８時間で、ＷＶ−１０９２は、９０％超の野生型を維持し、変異を約３０％まで低下させ、一方、ＷＶ−９１７は、野生型を約６０％まで、変異を約３０％まで低下させた。オリゴヌクレオチドは、複数の条件（例えば、濃度、時点など）で試験され、改善された特性、例えば、活性、選択性などを示す。
当業者には理解されるように、オリゴヌクレオチドの特性、例えば、活性、選択性などが、多くの他のアッセイ、例えば、細胞ベースのアッセイ、動物モデルなどにより評価されてもよい。いくつかの実施形態では、対立遺伝子特異的抑制も、以下に記載の同様の手順を用いて、細胞および動物モデルにおいて試験されうる。Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２−５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；および、Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１３，４１（２１），９６３４−９６５０、Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３、３４２，１１１−１１４；およびＵＳ９００６１９８。いくつかの実施形態では、選択性は、野生型および変異対立遺伝子のＩＣ５０値により評価することができる。ハンチントン病に関連するＳＮＰを標的にするものを含む提供される組成物は、野生型対立遺伝子に対して疾患関連対立遺伝子を選択的に抑制する。
実施例２１。オリゴヌクレオチドおよび組成物を調製するための方法の例
略語
ＡＭＡ：濃度 ＮＨ３ − ４０％ ＭｅＮＨ２ ｉｎ Ｈ２Ｏ（１：１，ｖ／ｖ）
ＣＭＩＭＴ：Ｎ−シアノメチルイミダゾリウムトリフラート
ＤＢＵ：１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン
ＤＣＡ：ジクロロ酢酸
ＤＣＭ：ジクロロメタン、ＣＨ２Ｃｌ２
ＤＭＴｒ：４，４’−ジメトキシトリチル
ＤＶＢ：ジビニルベンゼン
ＨＣＰ：高度に架橋されたポリスチレン（５０％ ＤＶＢ、非膨潤性ポリスチレンを含む）
ＭｅＩｍ：Ｎ−メチルイミダゾール
ＭＱ：「Ｍｉｌｌｉ−Ｑ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ」から得られる水
ＰｈＩＭＴ：Ｎ−フェニルイミダゾリウムトリフラート
ＰＯＳ：３−フェニル−１，２，４−ジチアゾリン（ｄｉｔｈｉａｚｏｌｉｎｅ）−５−オン
ＰＳ２００：ｐｒｉｍｅｒ ｓｕｐｐｏｒｔ ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅから市販）
ＰＳ５Ｇ：ｐｒｉｍｅｒ ｓｕｐｐｏｒｔ ５Ｇ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅから市販）
ＴＢＡＦ：テトラブチルアンモニウムフルオリド
ＴＢＨＰ：ｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキシド
ＴＥＡＡ：酢酸トリエチルアンモニウム
固体担体：各種の固体担体（様々なヌクレオシド負荷量）が試験された。いくつかの実施形態では、ＨＣＰ＞ＰＳ５Ｇ≒ＰＳ２００≧ＣＰＧである。いくつかの実施形態では、担体はＨＣＰである。いくつかの実施形態では、担体はＰＳ５Ｇである。いくつかの実施形態では、担体はＰＳ２００である。いくつかの実施形態では、担体はＣＰＧである。ヌクレオシド負荷量については、様々な範囲（３０〜３００μｍｏｌ／ｇ）を試験した。いくつかの実施形態では、７０〜８０μｍｏｌ／ｇの負荷量が他の負荷量よりも優れていた。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド負荷量は７０〜８０μｍｏｌ／ｇである。ＣＰＧを、様々な供給業者（ＧｌｅｎＲｅｓｅａｃｈ、ＬｉｎｋＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、ＰｒｉｍｅＳｙｎｔｈｅｓｉｓおよび３−Ｐｒｉｍｅ）から購入した。
様々なリンカーを試験した。様々なリンカーを使用することができる。いくつかの実施形態では、ＤＰＳＥタイプの化学を用いて、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製する間、ＳＰリンカーを使用した。
様々な活性化剤を調製および／または購入し、評価した。いくつかの実施形態では、ＤＰＳＥタイプの化学については、ＣＭＩＭＴを使用した。
分析条件の例：
１） ＲＰ−ＵＰＬＣ−ＭＳ
□ システム：Ｗａｔｅｒｓ、Ａｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣ Ｉ−Ｃｌａｓｓ、Ｘｅｖｏ Ｇ２−Ｔｏｆ
□ カラム：Ｗａｔｅｒｓ、ＢＥＨ Ｃ１８，１．７ μｍ、２．１×１５０ ｍＭ
□ 温度 および流量：５５℃、０．３ ｍＬ／分
□ 緩衝液：Ａ：０．１Ｍ ＴＥＡＡ；Ｂ：ＭｅＣＮ
□ 勾配：％Ｂ：１〜３０％／３０分
２） ＡＥＸ−ＨＰＬＣ
□ システム：Ｗａｔｅｒｓ、Ａｌｌｉａｎｃｅ ｅ２６９５
□ カラム：Ｔｈｅｒｍｏ、ＤＮＡＰａｃ ＰＡ−２００、４×２５０ ｍｍ
□ 温度 および流量：５０℃、１ ｍＬ／分
□ 緩衝液：Ａ：２０ｍＭ ＮａＯＨ；Ｂ：Ａ ＋ １Ｍ ＮａＣｌＯ４
□ 勾配：％Ｂ：１０−５０％ ／ ３０分
キラルオリゴヌクレオチドの合成のための処置の例（１μモルスケール）：
本明細書に示すサイクル例に従って、キラルオリゴの自動固相合成を実施した。合成サイクルの後に、樹脂をＭｅＣＮ（１ｍＬ）中の０．１Ｍ ＴＢＡＦを用いて室温で２時間（通常３０分で十分）処理し、ＭｅＣＮで洗浄して乾燥し、ＡＭＡ（１ｍＬ）を４５℃で３０分間加えた。混合物を室温まで冷却し、樹脂を膜濾過により除去した。濾液を減圧下で約１ｍＬまで濃縮した。残留物を１ｍＬのＨ２Ｏで希釈し、ＡＥＸ−ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＵＰＬＣ−ＭＳ（条件例：分析条件を参照）により分析した。
Figure 2019516680
記載されるように、いくつかの実施形態では、ＴＢＡＦ処理は、より良い結果を与えることができる（例えば、脱硫がほとんどない）。いくつかの実施形態では、ＳＰリンカーは、理論によって制限されることは意図しないが、記載のキラル補助剤を除去する間のより良い安定性によって、より良い収率および／または純度を与えた。いくつかの実施形態では、理論によって制限されることは意図しないが、スクシニルリンカーがキラル補助基の除去中に少なめの切断によって使用される時に、ＨＦ−ＮＲ３（例、ＨＦ−ＴＥＡ（トリエチルアミン））などのフルオロ含有試薬がより高い収量および／または純度を提供した。いくつかの実施形態では、合成後、樹脂をＤＭＦ−Ｈ２Ｏ（３：１、ｖ／ｖ；１ ｍＬ）中で１Ｍ ＴＥＡ−ＨＦを用いて、５０℃で２時間処理した。ＰＳ５Ｇ支持体をＭｅＣＮ、Ｈ２Ｏで洗浄し、ＡＭＡ（濃度ＮＨ３ − ４０％ＭｅＮＨ２（１：１、ｖ／ｖ））（１ ｍＬ）を５０℃で４５分間にわたり加えた。混合物を室温まで冷まし、膜ろ過により樹脂を除去した（Ｈ２Ｏ、２ｍＬで洗浄）。濾液が約１ｍＬになるまで減圧下で濃縮した。残留物を１ｍＬのＨ２Ｏで希釈し、ＡＥＸ−ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＵＰＬＣ−ＭＳ（条件：分析条件を参照）により分析した。
キラルオリゴヌクレオチド（１μｍｏｌスケール）の精製のための手順の例：いくつかの実施形態では、未精製オリゴヌクレオチドを、以下の条件の例に従ってＡＥＸ−ＭＰＬＣによって精製した。
□ システム：ＡＫＴＡ Ｐｕｒｉｆｉｅｒ−１０
□ カラム：ＴＯＨＳＯＨ、ＤＮＡ ＳＴＡＴ、４．６×１００ ｍｍ
□ 温度 および流量：６０℃、０．５ ｍＬ／分
□ 緩衝液：Ａ：２０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ ９．０）＋２０％ ＭｅＣＮ、Ｂ：Ａ ＋ １．５Ｍ ＮａＣｌ
□ 勾配：％Ｂ：２０−７０％ ／ ２５ＣＶ（２％／ＣＶ）
すべての分画をＡＥＸ−ＨＰＬＣ分析により分析し、８０％を超える純度のキラルオリゴヌクレオチドを含む（ｃｏｎｔａｉｎｇ）分画を集め（ｃｏｒｒｅｃｔｅｄ）、Ｓｅｐ−Ｐａｋ Ｐｌｕｓ ｔＣ１８（ＷＡＴ０３６８００）により、以下の条件の例を用いて脱塩した：
１． Ｓｅｐ−Ｐａｋ ＰｌｕｓをＭｅＣＮの１５ ｍＬを調整する。
２． １５ｍＬの５０％ ＭｅＣＮ／ＭＱでカートリッジをすすぐ。
３． ３０ｍＬのＭＱでカートリッジを平衡化させる。
４． サンプルを負荷し、４０ｍＬのＭＱで洗浄する。
５． キラルオリゴヌクレオチドを１０ ｍＬの５０％ ＭｅＣＮ／ＭＱで溶離する。
溶離したサンプルを減圧下で蒸発させてＭｅＣＮを除去し、凍結乾燥した。生成物をＭＱ（１ｍＬ）に溶解し、０．２μｍメッシュのシリンジフィルターにより濾過して分析した。ＵＶ吸光度による収率計算の後、調製物を再び凍結乾燥した。
いくつかの実施形態では、粗製の脱保護したオリゴヌクレオチドを、陰イオン交換精製により処理した。脱保護した物質を陰イオン交換カラム（例えば、ＳｏｕｒｃｅＡ１５、ＧＥ）上に充填した。カラムを２０ ｍＭの水酸化ナトリウムで平衡化した。生成物を２０ ｍＭの水酸化ナトリウム中、２．５ Ｍの塩化ナトリウムの勾配で溶出した。分画を回収して、純度％を分析してプールした。プールした生成物を再生セルロース２ Ｋｄ膜上で接線流ろ過により脱塩し、常水に対してダイアフィルトレーションして、過剰な塩（ｓｌａｔ）を除去した。例えば、処置例において、ＭＷカットオフ２ｋを有する再生セルロース膜が、プールされたオリゴヌクレオチドの脱塩に使用された。脱塩の前に、プールされたオリゴヌクレオチドを、常水で１対１の割合で希釈し、この溶液を約１０倍に濃縮した。次に、溶液をおよそ１５容積について精製水でダイアフィルトレーションした。浸透線のＵＶおよび導電率を定期的に監視した。保持液について≦ ５０ μＳ／ｃｍの導電率で脱塩を完了させた。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩、例えば、ナトリウム塩として提供された。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、それぞれの酸性のリン酸塩および／またはホスホロチオエート結合がナトリウム塩として独立的に存在するという点で、全ナトリウム塩として提供された。
方法、条件および試薬の例は、例えば、特願２００２−３３４３６、国際公開第２００５／０９２９０９号パンフレット、国際公開第２０１０／０６４１４６号パンフレット、国際公開第２０１２／０３９４４８号パンフレット、国際公開第２０１１／１０８６８２号パンフレット、国際公開第２０１４／０１０２５０号パンフレット、国際公開第２０１４／０１０７８０号パンフレット、国際公開第２０１４／０１２０８１号パンフレットなどに記載されており、提供されるオリゴヌクレオチドおよび／または組成物を調製するために有用でありうる。
追加的なオリゴヌクレオチドの例が下記にリストされている。いくつかの実施形態では、以下のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数が対照として使用される。いくつかの実施形態では、以下のオリゴヌクレオチドのうちの１つまたは複数が、１つまたは複数のアッセイにおける切断標的としてのＲＮＡ配列である。
Figure 2019516680
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実施例２２。オリゴヌクレオチドの例。
追加的なオリゴヌクレオチドの例が下記の表８にリストされている。
表８。ＨＴＴ オリゴヌクレオチド．
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略語：
２￥’：２’
３￥’：３’
５￥’：５’
３０７：ＳＮＰ ｒｓ３６２３０７
Ｃ６：Ｃ６アミノリンカー
Ｆ、ｆ：２’−Ｆ
Ｈｔｔ，ＨＴＴ：ハンチンチン遺伝子またはハンチントン病
ラウリル酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ＤＨＡ、ツルビナル酸、ジリノール酸：それぞれ、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸、ツルビナル酸およびジリノール酸。
ｍｕＨｔｔまたはｍｕＨＴＴ：変異体ハンチンチン遺伝子または遺伝子産物
ＯＭｅ：２’−ＯＭｅ
Ｏ、ＰＯ：ホスホジエステル（リン酸塩）
＊、ＰＳ：ホスホロチオエート
Ｒ、Ｒｐ：Ｒｐ立体配置のホスホロチオエート
Ｓ、Ｓｐ：Ｓｐ立体配置のホスホロチオエート
ＷＶ：ＷＶ−
ＷＶ−：ＷＶ
Ｘ：ホスホロチオエート、立体不規則的

均等論
本開示のいくつかの例示的実施形態が記載されているが、上述は、単なる例示であって限定ではなく、例としてのみ提示されたものであることは、当分野の当業者には明白のはずである。多くの修正および他の例示的実施形態は、当分野の通常の技能のうちの１つの範囲内であり、本開示の範囲内であることが予期される。特に、本明細書中に提示される実施例の多くは、方法行為またはシステム要素の特定の組み合わせを含むが、これらの行為およびこれらの要素が、同じ目的を達成するための他の方法において、併用されうることを理解すべきである。１つの実施形態に関してのみ検討される行為、要素、および特徴は、他の実施形態における類似の役割から除外されることを意図されない。さらに、以下の請求の範囲中に列挙される１つ以上のミーンズプラスファンクションの限定（ｍｅａｎｓ−ｐｌｕｓ−ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓ）に関し、当該手段は、列挙される機能を実施するために、本明細書に開示される手段を限定することを意図せず、当該列挙機能の実施のための現在公知または将来的に開発されるいずれの手段も範囲に含むことが意図される。
本請求範囲の要素を修正するために、本請求の範囲中のたとえば「第一」、「第二」、「第三」などの通常の語の使用は、それ自体が、１つの請求の範囲の要素の任意の優先度、先行、または順序が、別の請求の範囲の要素を越えることを暗示するものではなく、または方法のその行為が行われる時間的順序を暗示するものでもないが、特定の名称を有する１つの請求の範囲の要素を、同じ名称を有する（しかし順序の用語の使用に関し）別の請求の範囲の要素と識別し、当該請求の範囲の要素を識別するための単なる標識として使用される。同様に、ａ）、ｂ）など、またはｉ）、ｉｉ）などの使用は、それ自体は、当該請求の範囲内の任意の工程の優先度、先行、または順序を暗示するものではない。同様に、本明細書におけるこれらの用語の使用は、それ自体は、任意の必要とされる優先度、先行、または順序も暗示するものではない。
上記明細書は、当分野の当業者が、本開示の実施を可能にするのに十分であるとみなされる。本開示は、提供される実施例によって範囲が限定されるものではなく、実施例は本開示の一態様の一つの解説と意図されるものであり、他の機能的均等な実施形態も、本開示の範囲内にある。本明細書中で示され、記載されたものに加えて、本開示の様々な修正は、先の明細書から当分野の当業者に明白となり、添付の請求の範囲の範囲内であろう。本開示の利益および目的は、本開示の各実施形態に必ずしも包含されない。

Claims (44)

  1. １）共通の塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；ならびに
    ３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、
    前記組成物は、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、同じ塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、前記オリゴヌクレオチドが変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ前記長さが約１０〜約５０ヌクレオチドであり、前記骨格結合が少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、前記骨格キラル中心のパターンが、少なくとも１つのＲｐキラル中心と、少なくとも１つのＳｐキラル中心とを含む、前記組成物。
  2. １）共通の塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；ならびに
    ３）骨格キラル中心の共通パターンを有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記組成物は、前記組成物中の所定のレベルの前記オリゴヌクレオチドが、前記共通の塩基配列および長さ、前記骨格結合の共通パターン、ならびに前記骨格キラル中心の共通パターンを有するという点において、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である、前記組成物か；または
    １）共通の塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；ならびに
    ３）骨格キラル中心の共通パターン；を有することにより定められるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記組成物は、前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記共通の塩基配列および長さ、前記骨格結合の共通パターン、ならびに前記骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である、前記組成物。
  3. 前記オリゴヌクレオチドが１個または複数の翼領域と、共通コア領域とを含み、
    各翼領域が独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して任意選択的に１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み；
    前記コア領域が独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含む、請求項１に記載の組成物。
  4. 前記オリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが少なくとも１個の翼領域と、コア領域とを含み、
    各翼領域が独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して任意選択的に１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み；
    前記コア領域が独立して２塩基以上の長さを有し、かつ独立して１個または複数のキラルなヌクレオチド間結合を含み；
    翼領域内の少なくとも１つのヌクレオチドが、前記コア領域の少なくとも１つのヌクレオチドとは異なっており、この差異が、
    １）骨格結合；
    ２）骨格キラル中心のパターン；
    ３）糖修飾、のうちの１つまたは複数における差異である、請求項１に記載の組成物。
  5. 前記同じオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが同一の構造を有する、請求項１に記載の組成物。
  6. 前記オリゴヌクレオチドが、１個または複数の天然のホスフェート結合
    Figure 2019516680
     と、１個または複数のホスホロチオエート結合とを含む、請求項１に記載の組成物。
  7. 前記オリゴヌクレオチドが翼−コア−翼の構造を含む、請求項１に記載の組成物。
  8. 翼がキラルなヌクレオチド間結合と天然のホスフェート結合
    Figure 2019516680
     とを含む、請求項７に記載の組成物。
  9. 前記コアが１個または複数のホスホロチオエート結合を含む、請求項８に記載の組成物。
  10. 前記オリゴヌクレオチドの各々が修飾された糖部分を含む、請求項６に記載の組成物。
  11. 前記修飾された糖部分が高親和性糖修飾を含む、請求項１０に記載の組成物。
  12. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を有する、請求項１０に記載の組成物。
  13. 前記修飾された糖部分が二環式糖修飾を含む、請求項１０に記載の組成物。
  14. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＯＲ１である（式中、Ｒ１は置換されていてもよいＣ１−６アルキルである）、請求項１０に記載の組成物。
  15. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＭＯＥである、請求項１０に記載の組成物。
  16. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、２’−修飾が２’−ＯＭｅである、請求項１０に記載の組成物。
  17. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、前記２’−修飾がＳ−ｃＥｔである、請求項１０に記載の組成物。
  18. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、前記２’−修飾がＦＡＮＡである、請求項１０に記載の組成物。
  19. 前記修飾された糖部分が２’−修飾を含み、前記２’−修飾がＦＲＮＡである、請求項１０に記載の組成物。
  20. 前記修飾された糖部分が５’−修飾を有する、請求項１０に記載の組成物。
  21. 前記オリゴヌクレオチドが、１個または複数の天然のホスフェート結合と、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔは２〜１０であり、ｎは１であり、ｍは２〜１０であり、ｔおよびｍのうちの少なくとも１つは５より大きい）を含む骨格キラル中心のパターンとを含む、請求項１または請求項２に記載の組成物。
  22. 前記オリゴヌクレオチドが、ＳＳＲ、ＲＳＳ、ＳＳＲＳＳ、ＳＳＲＳＳＲ、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、またはＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲを含む骨格キラル中心のパターンを含む、請求項６に記載の組成物。
  23. 前記オリゴヌクレオチドが、一塩基多型（ＳＮＰ）を含む変異ハンチンチン遺伝子を標的にする、請求項２２に記載の組成物。
  24. 前記一塩基多型が、ｒｓ３６２３０７、ｒｓ７６８５６８６、ｒｓ３６２２６８、ｒｓ２５３０５９５、ｒｓ３６２３３１、およびｒｓ３６２３０６から選択される、請求項２３に記載の組成物。
  25. 前記オリゴヌクレオチドが、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８、ならびにＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−２６１１、ＷＶ−２６０１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２５９５、およびＷＶ−２６０３から選択される構造を有する、請求項１に記載の組成物。
  26. 前記オリゴヌクレオチドがＷＶ−１０９２である、請求項１に記載の組成物。
  27. 前記オリゴヌクレオチドがＷＶ−２５９５である、請求項１に記載の組成物。
  28. 前記オリゴヌクレオチドがＷＶ−２６０３である、請求項１に記載の組成物。
  29. 核酸高分子の制御された切断のための方法であって、
    核酸高分子のヌクレオチド配列が標的配列を含む前記核酸高分子と、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させる工程であって、前記組成物が、
    １）共通の塩基配列および長さであって、前記共通の塩基配列が前記核酸高分子に見られる標的配列に対して相補的である配列であるか、または前記配列を含む、前記共通の塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；ならびに
    ３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    前記組成物は、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、前記特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されている、前記接触させる工程を備える、前記方法。
  30. 標的配列を含む塩基配列を有する核酸の切断のための方法であって、
    （ａ）標的配列を含む塩基配列を有する核酸を、
    １）共通の塩基配列および長さであって、前記共通の塩基配列が前記核酸内の前記標的配列に相補的である配列であるか、または前記配列を含む、前記共通の塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；ならびに
    ３）骨格キラル中心の共通パターン；によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と接触させる工程であって、
    前記組成物は、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、前記特定の塩基配列と長さとを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミの調製物に比べて富んでいるという点で、キラル制御されており、前記オリゴヌクレオチドが変異ハンチンチン遺伝子を標的にし、かつ前記長さが約１０〜約５０ヌクレオチドであり、前記骨格結合が少なくとも１つのホスホロチオエートを含み、前記骨格キラル中心のパターンが、Ｒｐ構造に少なくとも１つのキラル中心と、Ｓｐ構造に少なくとも１つのキラル中心とを含む、前記接触させる工程と；
    （ｂ）ＲＮａｓｅＨまたはＲＮＡ干渉機構によって媒介される、前記核酸を切断する工程とを含む、前記方法。
  31. 前記方法がインビトロまたはインビボで実施される、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記組成物が、ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、色素、挿入剤、アクリジン、架橋剤、プソラレン、マイトマイシンＣ、ポルフィリン、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン、多環式芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、ＥＤＴＡ、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ、ＰＥＧ−４０Ｋ、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識したマーカー、酵素、ハプテン・ビオチン、輸送／吸収促進剤、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、コリガンドに対する特異親和性を有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子、または薬剤から選択される１つまたは複数の追加の成分をさらに含む、請求項１に記載の組成物または請求項３０に記載の方法。
  33. 前記オリゴヌクレオチドが変異ハンチンチン遺伝子ｍＲＮＡのＲＮａｓｅＨ媒介切断に関与することができる、請求項１に記載の組成物または請求項２０に記載の方法。
  34. 前記オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンが、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド；ならびにＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２５９５、およびＷＶ−２６０３のうちのいずれかの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる、請求項１に記載の組成物または請求項２０に記載の方法。
  35. 前記オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンが、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド；ならびにＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２５９５、およびＷＶ−２６０３のうちのいずれかの塩基配列、ならびに骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる、請求項１に記載の組成物または請求項２０に記載の方法。
  36. 前記オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンが、表Ｎ１Ａ、表Ｎ２Ａ、表Ｎ３Ａ、表Ｎ４Ａ、および表８から選択される任意のオリゴヌクレオチド；ならびにＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２５９５、およびＷＶ−２６０３のうちのいずれかの塩基配列、ならびに骨格結合のパターン、および骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる、請求項１に記載の組成物または請求項２０に記載の方法。
  37. 前記オリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格キラル中心のパターンが、ＷＶ−９３７、ＷＶ−１０８７、ＷＶ−１０９０、ＷＶ−１０９１、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−２５９５、およびＷＶ−２６０３のいずれかの塩基配列、骨格結合のパターン、および／または骨格キラル中心のパターンを含むか、またはこれらからなる、請求項１に記載の組成物または請求項２０に記載の方法。
  38. 請求項１に記載の組成物と、以下の群：ドーパミントランスポーター（ＤＡＴ）、セロトニントランスポーター（ＳＥＲＴ）、およびノルエピネフリントランスポーター（ＮＥＴ）からなる群から選択される１つまたは複数の神経伝達物質トランスポーターに特異的に結合する化合物の群；ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取り込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群；トリプル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリン・ドーパミンダブル再取り込み阻害剤、セロトニンシングル再取り込み阻害剤、ノルアドレナリンシングル再取り込み阻害剤、およびドーパミンシングル再取り込み阻害剤からなる群；ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）からなる群、から選択される選択性剤とを含む、組成物。
  39. 対象におけるハンチントン病を予防かつ／または治療するための方法であって、請求項１に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
  40. 前記組成物が人工脳脊髄液をさらに含む、先行請求項のうちのいずれか１項に記載の組成物または方法。
  41. 前記オリゴヌクレオチドが、式Ｏ−Ｉの構造を有する、先行請求項のうちのいずれか１項に記載の組成物または方法。
  42. 前記オリゴヌクレオチドが、Ｏ−Ｉ−１、Ｏ−Ｉ−２、Ｏ−Ｉ−３、Ｏ−Ｉ−４、Ｏ−Ｉ−５、Ｏ−Ｉ−６、Ｏ−Ｉ−７、もしくはＯ−Ｉ−８、またはその薬学的に許容可能な塩の構造を有する、先行請求項のうちのいずれか１項に記載の組成物または方法。
  43. 前記オリゴヌクレオチドが、Ｏ−Ｉ−１、Ｏ−Ｉ−２、Ｏ−Ｉ−３、Ｏ−Ｉ−４、Ｏ−Ｉ−５、Ｏ−Ｉ−６、Ｏ−Ｉ−７、またはＯ−Ｉ−８の全ナトリウム塩である、先行請求項のうちのいずれか１項に記載の組成物または方法。
  44. 実施形態１から実施形態７１６から選択される、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、または方法。
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WAN, W. BRAD ET AL., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. 42, no. 22, JPN6020023028, 14 November 2014 (2014-11-14), pages 13456 - 13468, ISSN: 0004475817 *

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