JP2012531202A5

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Publication number: JP2012531202A5
Application number: JP2012517553A
Authority: JP
Filing date: 2010-06-04
Publication date: 2014-10-23

Claims

試料中のＴＣＲＢまたはＩＧＨＣＤＲ３配列の多様性を決定するための組成物であって、
ａ）複数のＶセグメントプライマーと
ｂ）複数のＪセグメントプライマーと
を含み、
前記複数のＶセグメントプライマーおよび前記複数のＪセグメントプライマーの各々が、１５〜５０ヌクレオチドから構成され、
前記複数のＶセグメントプライマーが、ＴＣＲＢＶセグメントプライマーまたはＩＧＨＶセグメントプライマーを含み、
前記複数のＪセグメントプライマーが、ＴＣＲＢＪセグメントプライマーまたはＩＧＨＪセグメントプライマーを含み、
前記複数のＶセグメントプライマーの各々が、第一の配列および第二の配列を含み、前記第一の配列がＴＣＲＢＶ領域セグメントまたは免疫グロブリン重鎖（ＩＧＨ）Ｖ領域セグメントの第一領域の一部と相補性であり、前記第一領域は、ＴＣＲＢまたはＩＧＨ遺伝子の再構成の間に鋳型とならない欠失が生じる前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨＶ領域セグメントの第二領域の５’側の直上に位置し、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨＶ領域セグメントの前記第二領域は、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨＶ領域セグメントのＶ組換えシグナル配列（Ｖ−ＲＳＳ）の５’側に隣接し、前記第一の配列は、前記Ｖセグメントプライマー上の前記第二の配列の３’側に位置し、
前記ＴＣＲＢＶセグメントプライマーの各々の前記第二の配列は、前記ＴＣＲＢＶ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記ＩＧＨＶセグメントプライマーの各々の前記第二の配列は、前記ＩＧＨＶ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記複数のＪセグメントプライマーの各々が、第一の配列および第二の配列を有し、前記第一の配列がＴＣＲＢＪ領域セグメントまたはＩＧＨＪ領域セグメントの第一領域の一部と相補性であり、前記第一領域は、ＴＣＲＢまたはＩＧＨ遺伝子の再構成の間に鋳型とならない欠失が生じる前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨＪ領域セグメントの第二領域の３’側の直下に位置し、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨＪ領域セグメントの前記第二領域は、前記ＴＣＲＢＪ領域セグメントまたは前記ＩＧＨＪ領域セグメントのＪ組換えシグナル配列（Ｊ−ＲＳＳ）の３’側に隣接し、前記第一の配列は、前記Ｊセグメントプライマー上の前記第二の配列の３’側に位置し、
前記ＴＣＲＢＪセグメントプライマーの前記第二の配列は、前記ＴＣＲＢＪ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記ＩＧＨＪセグメントプライマーの前記第二の配列は、前記ＩＧＨＪ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
哺乳類の対象から得られたリンパ球を含む試料から、再構成された核酸分子を前記Ｖセグメントプライマーおよび前記Ｊセグメントプライマーを用いた単回の多重ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅することが、前記試料中に存在する再構成されたＴＣＲＢまたはＩＧＨＣＤＲ３配列の多様性に相当する少なくとも１０^６の異なった増幅産物を産生する、組成物。
前記複数のＶセグメントプライマーが類似したアニーリング強度を有する、請求項１に記載の組成物。
全てのＪセグメントプライマーが同じ保存フレームワーク領域モチーフにアニールする、請求項１に記載の組成物。
保存されたモチーフから開始し、ＣＤＲ３ジャンクションを含み、前記Ｖセグメントに及ぶ配列を前記増幅産物が含み、かつ前記Ｊ−セグメントを診断によって同定するために前記増幅産物の使用が可能である、請求項１に記載の組成物。
１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドをさらに含み、
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、前記Ｖセグメントプライマーの前記第二の配列および前記Ｊセグメントプライマーの前記第二の配列と相補性である、請求項１に記載の組成物。
前記増幅産物の各々がＶ−Ｄ−Ｊジャンクションに跨る、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＶセグメントプライマーがそれぞれ、複数のＶ領域セグメントにハイブリダイズ可能であり、前記複数のＪセグメントプライマーがそれぞれ、複数のＪ領域セグメントにハイブリダイズ可能である、請求項１に記載の組成物。
ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成させるためのユニバーサルＣセグメントプライマーをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
前記Ｖセグメントプライマーの各々の３’末端が、前記組換えシグナル配列（Ｖ−ＲＳＳ）に対して前記ＴＣＲＢＶ領域セグメント中の位置−４３で固定される、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＶセグメントプライマーが、１４種の異なるＴＣＲＢＶ遺伝子に対して特異的な少なくとも１４種のプライマーから構成される、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＶセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号１〜４５からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＶセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号５８〜１０２からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
Ｖセグメントがそれぞれ、少なくとも１つのＶセグメントプライマーと相補性である、請求項１に記載の組成物。
前記プライマーがイントロン／エクソン境界を越えない、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＪセグメントプライマーが、前記ＴＣＲＢＪ領域の保存エレメントとハイブリダイズし、かつ、類似したアニーリング強度を有する、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＪセグメントプライマーが、５種の異なるＴＣＲＢＪ遺伝子に対して特異的な少なくとも５種のプライマーから構成される、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＪセグメントプライマーが、配列番号４６〜５７および配列番号４８３からなる群から選択される配列を有する、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＪセグメントプライマーが、配列番号１０３〜１１３、配列番号４６８および４８４からなる群から選択される配列を有する、請求項１に記載の組成物。
各ＴＣＲＢＪ領域セグメントのためのＴＣＲＢＪセグメントプライマーが存在する、請求項１に記載の組成物。
前記増幅されたＴＣＲＢＪ領域セグメントがそれぞれ、前記Ｊ−ＲＳＳ部位の下流の位置＋１１〜＋１４で独自の４個の塩基タグを有する、請求項１に記載の組成物。
前記Ｊ−ＲＳＳ部位の下流の位置＋１１〜＋１４の前記増幅されたＴＣＲＢＪ領域セグメント内の４個の塩基タグに隣接してハイブリダイズする１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項２０に記載の組成物。
前記１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２０に記載の組成物。
前記試料が、前記哺乳類の対象から得られたゲノムＤＮＡを含む、請求項１に記載の組成物。
前記試料が、前記哺乳類の対象から得られたｍＲＮＡから転写されたｃＤＮＡを含む、請求項１に記載の組成物。
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項５に記載の組成物。
前記Ｖセグメントプライマーの各々の前記第二の配列が、シーケンシングオリゴヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２６に記載の組成物。
前記Ｊセグメントプライマーの各々の前記第二の配列が、シーケンシングオリゴヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
前記シーケンシングオリゴヌクレオチド配列が、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２８に記載の組成物。
前記Ｖセグメントの前記第一領域が、前記Ｖ−ＲＳＳの５’末端のコンセンサスモチーフから少なくとも４０塩基の位置である、請求項１に記載の組成物。
前記Ｊセグメントプライマーの各々が、前記Ｊ−ＲＳＳの３’末端のコンセンサスモチーフから少なくとも１４塩基対の位置にある３’末端を有する、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＶセグメントプライマーおよび前記複数のＪセグメントプライマーから産生される増幅産物が約２００塩基の長さである、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＶセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号１〜４５から構成される、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＴＣＲＢＶセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号５８〜１０２から構成される、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＩＧＨＶセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号４４３〜４５１からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
前記複数のＩＧＨＪセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号４２１〜４３１からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。