JP2002510505A - 位置特定可能な蛋白質アレイ - Google Patents

位置特定可能な蛋白質アレイ

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JP2002510505A JP2000542484A JP2000542484A JP2002510505A JP 2002510505 A JP2002510505 A JP 2002510505A JP 2000542484 A JP2000542484 A JP 2000542484A JP 2000542484 A JP2000542484 A JP 2000542484A JP 2002510505 A JP2002510505 A JP 2002510505A
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protein
fusion
array
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ロバート ジー． クイメリ
リチャード ワグナー
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フィロス インク．
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Abstract

(57)【要約】 非ヌクレオシドスペーサー基と、融合体（RNA-蛋白質融合体のような）が結合するオリゴヌクレオチド配列を含む捕獲プローブによって固相表面に固定された核酸-蛋白質融合体のアレイを本明細書において開示する。これらのアレイを固定する固相支持体と共に、それらの調製および使用法（例えば、蛋白質-治療化合物相互作用のような蛋白質化合物相互作用をスクリーニングする方法）も同様に本明細書において開示する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】発明の背景 本発明は核酸-蛋白質融合体、特に固相支持体上のRNA-蛋白質融合体の固定ア レイに関する。
【０００２】 蛋白質のような特定の巨大分子は、三次元形状およびそれらの分子の電子分布
に基づいて他の分子と特異的に相互作用することが知られている。例えば、蛋白
質は他の蛋白質、核酸、および小分子と選択的に相互作用する。現代の薬学研究
は、これらの相互作用に関する研究に依存しており；新薬の開発は、生物学的に
重要な分子に特異的に結合する化合物を発見することに依存している。
【０００３】 単一の候補薬剤を発見するためには、何千もの化合物をスクリーニングするこ
とが必要である。したがって、多数の化合物を迅速かつ効率よくスクリーニング
できることは重要である。多数の化合物をスクリーニングする一つの方法は、蛋
白質のような考えられる結合パートナーを固相支持体に固定することである。
【０００４】 しかし、多様な理由から単離蛋白質のアレイを固相支持体上に調製することは
困難である。中でも、蛋白質は、核酸マイクロチップのような、他の固定アレイ
を作製するために従来用いられている平面表面には必ずしも容易に付着できない
。より重要なことに、蛋白質はこれら支持体の表面上の官能基と相互作用しうる
ため、蛋白質が表面に対して近位にあれば、蛋白質構造の破壊に至ることがあり
得る。
【０００５】発明の概要 一般的に、本発明は、固定された捕獲プローブのアレイを含む固相支持体を特
徴とする；捕獲プローブのそれぞれは、非ヌクレオシドスペーサー基と核酸-蛋 白質融合体が結合（例えばハイブリダイズ、または共有結合）するオリゴヌクレ
オチド配列とを含む。好ましい態様において、核酸-蛋白質融合体はRNA-蛋白質 融合体であり、蛋白質成分は核酸（例えばRNA）によってコードされる。スペー サー基はポリアルキレンオキサイド、例えばポリエチレンオキサイドを含むこと
ができる。好ましいスペーサー基にはヘキサエチレンオキサイドが含まれる。捕
獲プローブはまた、光分解性のリンカーを含んでもよい。
【０００６】 オリゴヌクレオチド配列は、5-プロピンピリミジンのような修飾塩基を含むこ
とができる。またヌクレオチド間類似体（3'-ホスホルアミデート）または糖質 修飾（2'-O-メチル基のような）を含むことも可能である。核酸-蛋白質融合体は
、ハイブリダイゼーションタグ配列を含むことができる。ハイブリダイゼーショ
ンタグ配列もまた、修飾塩基、ヌクレオチド間類似体、または糖質修飾を含むこ
とができる。
【０００７】 好ましい態様において、捕獲プローブはさらに、１級アミノ基のような反応性
部分（例えば、求核性基）を含む。もう一つの好ましい態様において、核酸-蛋 白質融合体は捕獲プローブと共有結合している（例えば、光クロスリンクによっ
て）；一つの好ましいアプローチにおいて、これは捕獲プローブまたは捕獲プロ
ーブ融合体ハイブリダイゼーション反応混合物に１つまたは複数のソラレン部分
を含むことによって得られる。好ましい固相支持体はガラスまたはシリカ基剤の
チップである。
【０００８】 関連する局面において、本発明は固定された捕獲プローブのアレイを含む固相
支持体を特徴とする；捕獲プローブのそれぞれは、非ヌクレオシドスペーサー基
を通じて固相支持体の表面に付着しており、捕獲プローブのそれぞれは、核酸- 蛋白質融合体（例えば、RNA-蛋白質融合体）が結合（例えば、ハイブリダイズま
たは共有結合）するオリゴヌクレオチド配列を含む。
【０００９】 もう一つの関連する局面において、本発明は固定された捕獲プローブのアレイ
を含む固相支持体を特徴とする；捕獲プローブのそれぞれは、非ヌクレオシドス
ペーサー基と、リボソームディスプレイ粒子が結合（例えば、ハイブリダイズま
たは共有結合）するオリゴヌクレオチド配列とを含む。
【００１０】 さらにもう一つの関連する局面において、本発明は固相支持体を調製する方法
を特徴とする。本方法は以下の段階を含む；（a）スペーサー基をオリゴヌクレ オチド配列に連結させることによって、捕獲プローブを調製する段階；（b）捕 獲プローブを固相支持体に付着させる段階；および（c）核酸-蛋白質融合体（例
えば、RNA-蛋白質融合体）を捕獲プローブに結合（例えば、ハイブリダイズまた
は共有結合）させる段階。
【００１１】 本発明はまた、固相支持体を調製する第二の一般的な方法を特徴とする。本方
法は以下の段階を含む；（a）スペーサー基を固相支持体の表面に付着させる段 階；（b）双機能リンカーをスペーサー基に付着させる段階；（c）捕獲プローブ
を双機能リンカーに付着させる段階；および（d）核酸-蛋白質融合体（例えば、
RNA-蛋白質融合体）を捕獲プローブに結合（例えば、ハイブリダイズまたは共有
結合）させる段階。
【００１２】 第二の局面において、本発明は、蛋白質と化合物との相互作用を検出する方法
を特徴とする。本方法は以下の段階を含む；（a）捕獲プローブのそれぞれが、 非ヌクレオシドスペーサー基と核酸-蛋白質融合体が結合（例えば、ハイブリダ イズまたは共有結合）するオリゴヌクレオチド配列とを含む、固定された捕獲プ
ローブのアレイを含む固相支持体を提供する段階；（b）核酸-蛋白質融合体の蛋
白質部分と化合物との相互作用が起こる条件で、固相支持体を候補化合物と接触
させる段階；および（c）蛋白質と化合物との相互作用の指標として化合物の有 無に関して固相支持体を分析する段階。
【００１３】 または、本発明は蛋白質と化合物との相互作用を検出するもう一つの方法を特
徴とする；本方法は以下の段階を含む；（a）核酸-蛋白質融合体の集団を提供す
る段階；（b）核酸-蛋白質融合体の蛋白質部分と化合物との相互作用が起こる条
件で、核酸-蛋白質融合体の集団を候補化合物と接触させる段階；（c）捕獲プロ
ーブのそれぞれが非ヌクレオシドスペーサー基と核酸-蛋白質融合体が結合（例 えば、ハイブリダイズまたは共有結合）するオリゴヌクレオチド配列とを含む、
固定された捕獲プローブのアレイを含む固相支持体と段階（b）の産物を接触さ せる段階；および（d）蛋白質と化合物との相互作用の指標として化合物の有無 に関して固相支持体を分析する段階。
【００１４】 上記方法のそれぞれの好ましい態様において、核酸-蛋白質融合体はRNA-蛋白 質融合体である。もう一つの好ましい態様において、化合物は標識されている。
これらの方法を用いてスクリーニングすることができる化合物には、蛋白質、薬
剤、治療薬、酵素、および核酸が含まれるがこれらに限定されない。
【００１５】 第３の局面において、本発明は異なる融合体少なくとも102個/cm2を含む核酸-
蛋白質融合体のアレイ（例えば、位置特定可能アレイ）を特徴とする。好ましく
は核酸-蛋白質融合体はRNA-蛋白質融合体であり、アレイは異なる融合体少なく とも104個/cm2を含む。
【００１６】 関連する局面において、本発明は位置特定可能な分子アレイを作製する方法を
特徴とする。本方法は以下の段階を含む：（a）核酸分子のアレイが固定されて いる固相支持体を提供する段階；（b）固相支持体を位置特定可能な分子の集団 に接触させる段階；および（c）配列依存的認識および固定された核酸分子の結 合によって、位置特定可能な分子を固相支持体の方向に向ける段階。
【００１７】 本方法の好ましい態様において、位置特定可能な分子アレイは、核酸-蛋白質 融合体のアレイ（例えばRNA-蛋白質融合体のアレイ）であり；固定された核酸分
子との塩基対形成（例えば、ハイブリダイゼーション）によって、位置特定可能
分子を固相支持体の方向に向けられる；固相支持体はガラスまたはシリカ基剤の
チップであり；且つ固相支持体上に固定された核酸分子は捕獲プローブであり、
それぞれが非ヌクレオシドスペーサー基と位置特定可能な分子が結合するオリゴ
ヌクレオチド配列とを含む。
【００１８】 本明細書において用いられるように、「アレイ」とは、固相表面または膜上の
固定物体の固定されたパターンを意味する。典型的に、アレイはそれ自身固相表
面または膜に固定されている核酸配列を捕獲するように結合した核酸-蛋白質融 合分子（例えば、RNA-蛋白質融合分子）で構成される。アレイは好ましくは異な
る融合体を少なくとも102個、より好ましくは少なくとも103個、および最も好ま
しくは少なくとも104個を含み、これらの融合体は、好ましくは表面が125×80 m
m、より好ましくは10×10 mm上に配列される。「位置特定可能アレイ」とは、ア
レイのメンバー（例えば、核酸-蛋白質融合体）の固相支持体上の位置またはア ドレスが既知であることを意味する；アレイのメンバーを「位置特定可能分子」
と呼び、その後の分子相互作用をスクリーニングする方法において用いられる（
例えば、位置特定可能な核酸-蛋白質融合体と候補治療剤との相互作用をスクリ ーニングする）。
【００１９】 「核酸-蛋白質融合体」とは蛋白質と共有結合する核酸を意味する。「核酸」 とは、任意の２つまたはそれ以上が共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオチ
ド類似体もしくは誘導体を意味する。本明細書において用いるように、この用語
にはDNA、RNAおよびPNAが含まれるがこれらに限定されない。「蛋白質」とは、 長さまたは翻訳後修飾によらず、ペプチドまたはペプチド様結合によって結合し
た如何なる２つまたはそれ以上のアミノ酸、またはアミノ酸類似体もしくは誘導
体も意味する。本明細書において用いられるように、この用語は蛋白質、ペプチ
ド、およびポリペプチドを含むが、これらに限定されない。
【００２０】 「ハイブリダイゼーションタグ」とは、有意な交叉ハイブリダイゼーションが
起こらない所定の集団または反応混合液において、他の核酸配列とは配列が十分
に異なる非コードオリゴヌクレオチド配列を意味する。多数のハイブリダイゼー
ションタグを単一の反応混合液において用いる場合、これらのタグはまた、好ま
しくは、用いる条件下でそれぞれが独自の結合パートナーを有するように、互い
に配列が異なる。
【００２１】 「集団」とは１つ以上の分子を意味する。
【００２２】 「固相支持体」とは、チップ（例えば、シリカ基剤、ガラスまたは金チップ）
、スライドガラス、膜、ビーズ、固体粒子（例えば、アガロース、セファロース
、または磁気ビーズ）、カラム（またはカラム材料）、試験管、またはマイクロ
タイターディッシュを含むがこれらに限定されない如何なる固相表面も意味する
。
【００２３】好ましい態様の説明 本発明は、支持体に基づく位置特定可能な蛋白質アレイ、およびこれらのアレ
イを調製および用いる方法を特徴とする。アレイは、定義されたアレイにおいて
一つの支持体にオリゴヌクレオチド配列、すなわち捕獲プローブ（または捕獲オ
リゴ）を固定することによって調製する。次に捕獲プローブを用いて、RNA-蛋白
質融合体のような核酸-蛋白質融合体を結合させる。そのような結合は、融合体 の核酸成分と相補的捕獲プローブとの塩基対形成（例えば、ワトソン-クリック 塩基対形成、修飾塩基を含む偽ワトソン-クリック塩基対形成、もしくはフーグ スティーン型塩基対形成）を通じて起こってもよく、または捕獲プローブの如何
なるタイプの配列依存的認識および結合を通じて起こってもよい（ポリアミド媒
介核酸グルーブ結合または転写因子のような核酸結合蛋白質による特異的結合を
含むがこれらに限定されない）。融合体と捕獲プローブとが結合相互作用した結
果、固相支持体に結合した蛋白質の明確な位置特定可能アレイが得られる。
【００２４】 多様な材料を固相支持体として用いることができる。そのような材料の例には
ポリマー（例えば、プラスチック）、アミノ化表面、金コーティング表面、ナイ
ロン膜、固相表面に配置されたポリアクリルアミドパッド、シリコン、シリコン
ガラス（例えば、マイクロチップ）、シリコンウェーハ、およびガラス（例えば
、顕微鏡用スライドガラス）が含まれる。マイクロチップおよび特にガラスマイ
クロチップは好ましい固相支持体表面である。
【００２５】 表面がまだアミノ化されていない場合、アミノ基の層を提供するようにこれを
修飾することができる。例えば、顕微鏡用のスライドガラスは、トリアルコキシ
アミノシランのようなシリル化剤によって処理して、単層または分子３〜８個の
層として存在する一級アミノ基の表面を提供することができる。この反応を図１
に示す。次に、不連続な位置にオリゴヌクレオチドを付着させるホモ双機能的、
またはヘテロ双機能的リンカーによってシラン処理した表面を誘導体化する。フ
ェニレン1,4-ジイソチオシアネートは、有用なホモ双機能的リンカーである；こ
の試薬で誘導体化したアミノ表面はイソチオシアネート官能基を有し、これは図
１に示すように、安定なチオウレア結合を形成するために、オリゴヌクレオチド
の末端の一級アミノ基と共有結合的に反応するために用いることができる。
【００２６】 捕獲プローブは、すなわち表面に結合すべきオリゴヌクレオチド配列は、核酸
-蛋白質融合体（標的）の核酸成分の逆相補体から選択される。捕獲プローブは 好ましくは、５〜30ヌクレオチド単位、より好ましくは約20ヌクレオチド単位を
有する。特定の捕獲プローブの正確な配列を選択する際に検討することには、融
解温度（Tm）、競合する標的配列からの妨害、および標的配列について考えられ
る二次構造が含まれる。理想的には、それぞれの独自の捕獲プローブは同じTmを
有する、すなわちそれらは等エネルギーであり、全ての捕獲-標的対について単 一のハイブリダイゼーションおよび洗浄温度を首尾よく用いることができる。市
販のコンピュータープログラム（例えば、オリゴ4.0）を用いると、最も近い隣 接する処置に基づいて、類似の熱力学的特性を有する捕獲プローブのセットを同
定するのに役立つ。
【００２７】 捕獲プローブは、表面に付着させる前に修飾される。ポリエチレンオキサイド
のような１つまたは複数の非ヌクレオシドスペーサーをオリゴの末端に加える。
好ましくはスペーサー１〜20個、最も好ましくはスペーサー４個を用いる。これ
らのスペーサーは、オリゴヌクレオチドの5'末端または好ましくは3'末端のいず
れかに加えてもよい。次に、求核性部分をスペーサー基に付着させる。その結果
、図２に示すように誘導体化した捕獲プローブが得られる。好ましいスペーサー
モノマーにはヘキサエチレンオキサイドが含まれる。
【００２８】 非ヌクレオシドスペーサーは柔軟性がより大きいことから、非ヌクレオシドス
ペーサーはポリTのようなヌクレオシドスペーサーより好ましい。さらに、それ らの物理特性は比較的容易に形成することができ、特異的および非特異的核酸相
互作用を最小限にすることが可能である。
【００２９】 スペーサーはオリゴヌクレオチドと固体表面とを物理的に分離させ、蛋白質と
支持体表面との相互作用を防止する。この分離は、支持体に結合した捕獲プロー
ブと核酸-蛋白質融合体との有効なハイブリダイゼーションが確実に起こるため に重要である。さらに、分離は蛋白質の変性を最小限にするのに有用である；し
たがって、蛋白質は本来の折り畳み構造をとることができ、機能的となる。
【００３０】 または、捕獲プローブの代わりに、スペーサー基を固相支持体表面に直接結合
させることができる。例えば、スペーサー基は表面上のアミノ基に結合させるこ
とができる。次に、双機能リンカーをスペーサー基のもう一つの末端に付着させ
ることができる。
【００３１】 スペーサー基のほかに、捕獲プローブはそのハイブリダイゼーション特性およ
びミスマッチ識別を改善する修飾を含んでもよい。例えば、それらは、5-プロピ
ンピリミジンのような塩基類似体、塩基がペプチド様結合によって結合している
ペプチド核酸（PNA）のようなヌクレオチド間類似体、または糖質修飾を含んで もよい。
【００３２】 捕獲プローブはアルカリ水溶液に懸濁して、支持体表面の定義された位置に適
用される；捕獲プローブ末端の求核性部分は、双機能リンカーの活性部位と反応
して共有結合を形成する。捕獲プローブの密度は反応時間およびオリゴ濃度を調
節することによって制御することができる。または、密度は求核性部分を欠損す
る捕獲オリゴで溶液を処理することによって、またはアミン官能基を有する単純
な有機化合物で処理することによって制御することができる。
【００３３】 捕獲プローブは、インクジェット輸送、ロボットクイル輸送またはスポットの
ような液体沈着技術、および他の類似の沈着法を用いて適用することができる。
それらはまた、ピペッティングのような手動の方法を用いて適用することができ
る。捕獲プローブの特徴的な大きさは、１平方ミクロン（例えばロボット技術を
用いた場合）から１平方ミリメートル（例えば、0.2 マイクロリットルピペット
を用いる場合）の範囲となりうる。捕獲プローブを適用した結果、核酸配列の明
確な規則的なアレイが得られる。
【００３４】 十分な反応時間の後、過剰な捕獲プローブを洗浄して除き、残った未反応のイ
ソチオシアネート基を遮断する。希アンモニア水をブロッキング剤として用いる
ことができ、それによってフェニルチオウレア基の表面が得られる。ブロッキン
グ剤はまた、表面エネルギー、すなわち固相支持体表面の疎水性を改変するため
に選択することができる。固相支持体表面の疎水性は、それがバックグラウンド
のシグナルレベルおよび核酸-蛋白質融合体の蛋白質部分と表面との望ましくな い相互作用の程度に影響を及ぼすことから、重要である。疎水性を改変するブロ
ッキング剤の例はメチルアミン、アミノアルコール、および適したアミノ含有ポ
リエチレンオキサイド部分である。
【００３５】 融合体と固相支持体（例えばガラス）表面との非特異的相互作用をさらに最小
限にするために、非共有結合ブロッキング剤も用いることができる。そのような
ブロッキング剤の例には、BSAもしくはカゼインのような非特異的蛋白質、また は膜と共に用いられるように販売されている類似の市販のブロッキング試薬製剤
が含まれる。
【００３６】 次に、固相支持体表面に配置された捕獲プローブは、RNA-蛋白質融合体のよう
な核酸-蛋白質融合体と結合する（例えば、ハイブリダイゼーションによって） 。融合体混合物を含む溶液は適当な塩濃度に調節して、表面に適用し、捕獲プロ
ーブと標的配列との間に有効な結合（例えば、ハイブリダイゼーション）が起こ
るように適した温度でインキュベートする。溶液はまた、TWEEN-20、TRITON X-1
00、またはSDS（シグマケミカルカンパニー(Sigma Chemical Co.)）のような界 面活性剤を約0.02％〜約1.0％の濃度で含んでもよい；溶液はBSAのような非特異
的蛋白質も含んでもよい。
【００３７】 塩濃度、温度、およびハイブリダイゼーション時間という実験変数は、捕獲オ
リゴデザインの関数である。塩濃度の好ましい範囲は25 mM〜２ Mであり、約750
mMの濃度が特に好ましい。好ましい温度範囲は５℃〜70℃であり、30℃が特に 好ましい。好ましい反応時間は１〜24時間であり、３時間が特に好ましい。それ
ぞれの実験の変数は標準的な方法によって経験的に決定される。ハイブリダイゼ
ーション段階は、液体試料を含み、蒸発を防止する単純なチャンバー装置におい
て実施することができる。
【００３８】 RNA-蛋白質融合体を位置特定可能なアレイとして用いる場合、RNA部分のヌク レアーゼ分解を抑制するために、溶液はまた、１つまたは複数の成分を含んでも
よい。好ましい付加物には（a）濃度１〜10 mMの金属キレート剤（例えば、EDTA
、またはEGTA）、（b）濃度0.1〜１単位/μlの胎盤RNアーゼ阻害剤蛋白質（プロ
メガ社(Promega)）、および（c）濃度0.1〜１単位/μlの抗RNアーゼ蛋白質（ア ンビオン社(Ambion)）が含まれる。5'-エキソヌクレアーゼ分解を特異的に抑制 する別の戦略は、融合体RNAの5'-末端を結合分子によってキャッピングすること
を含む。キャッピング戦略は上記の１つまたは複数の成分と組みあわせて用いて
もよい。一つの特定のキャッピングアプローチにおいて、融合体RNAの5'末端と 相補的な本来のまたは類似体（例えば、PNA）核酸配列を加えて、5'末端で安定 な二本鎖を生じる。相補的配列は好ましくは長さが10〜50塩基であり、最も好ま
しくは長さが約20塩基である。この加えられた核酸配列はまた、懸垂(pendant) グルーブ結合、インターカレート、またはクロスリンク部分を含んでもよい。ま
たは、RNAの5'-末端と安定な分子間ヘアピン、テトラループ、または擬似結び目
(pseudoknok)二次構造を形成する、本来のまたは類似体核酸配列を加えてもよい
。後者の場合、これらの核酸は好ましくは長さが約20〜100塩基であり、約35塩 基が特に好ましい。
【００３９】 可能な程度に、核酸-蛋白質融合体の混合物は非融合核酸を含まないべきであ る。捕獲プローブと相補的な非融合核酸は融合体と結合に関して競合し、固相支
持体上に示すことができる所定の蛋白質の量を制限すると考えられる。好ましく
は核酸（例えばメッセンジャーRNA）の少なくとも１％が蛋白質に融合する。
【００４０】 捕獲プローブによって「捕獲される」ことを特に目的として、独自の非コード
領域を融合体の核酸成分に組み入れることができる；これらの非コード領域は「
ハイブリダイゼーションタグ配列」と呼ばれる。ハイブリダイゼーションタグ配
列は、捕獲プローブに関して先に記述したものと同じ類似体単位を含んでもよい
。場合によっては、捕獲プローブとタグ配列の双方が互いに選択的にハイブリダ
イズして、それによってコード融合配列による妨害を最小限にするように、捕獲
プローブとタグ配列を改変することができる。
【００４１】 結合段階の終了時に、非結合核酸-蛋白質融合体を、ハイブリダイゼーション 段階で用いられる緩衝液より高ストリンジェンシーで、低い塩濃度である緩衝液
によって洗浄して除去する。この場合も、最適な緩衝液組成物は標準的な方法に
よって経験的に決定する。洗浄終了時に残るものが、融合体の核酸成分と表面結
合捕獲オリゴとの配列依存的認識を通じて付着した固相表面上の位置特定可能な
蛋白質アレイである。それぞれの蛋白質の位置は、それぞれの融合体が相補的捕
獲プローブに対応するため明確に定められる。
【００４２】 さらに、望ましければ、融合体の核酸成分は固相支持体、リンカー、または捕
獲プローブの一部と共有結合してもよい。そのような共有結合した融合体は、特
に丈夫で可変性の位置特定可能なアレイを提供し、これを例えば本明細書に記載
のスクリーニング法に用いてもよい。共有結合した融合体アレイは標準的なアプ
ローチによって生じてもよい。一つの一般的な技術に従って、対応する捕獲プロ
ーブとのハイブリダイゼーションを通じて、融合体を固相表面上の特定の位置に
配置し、固相支持体上の融合体の位置を固定するために、化学クロスリンクまた
は付着反応を誘発する。そのような共有結合を得る一つの方法は、好ましくはア
デノシン塩基付近に位置する１つまたはそれ以上の懸垂ソラレン部分との化学合
成の際にDNA捕獲オリゴをより機能的にすることを含む。核酸-蛋白質融合体（例
えば、RNA-蛋白質融合体）を支持体結合捕獲オリゴとハイブリダイズさせた後、
表面を長波長のUV光（例えば350 nm）に暴露する。この波長の光は、ソラレンと
二本鎖領域において隣接するチミジンまたはウリジン塩基との間に光反応を誘発
して、シクロブタン結合を形成して、融合体を固相支持体に永続的に付着させる
。または、ソラレンそのもの（すなわち、捕獲プローブに連結していない）をハ
イブリダイゼーション溶液またはその後の異なる溶液に含めてもよい。ソラレン
分子は二本鎖領域において塩基間をインターカレートする。長波長のUV光を照射
すると、インターカレートしたソラレンが、双機能モードでチミジンまたはウリ
ジン塩基とクロスリンクして（鎖内および鎖間）、捕獲プローブと融合体の核酸
成分との間に共有結合を形成する。他の反応性クロスリンク剤もまた、それらの
試薬に適当な誘発条件と組みあわせてソラレンの代わりに用いてもよい。
【００４３】 順序を定められた位置特定可能なペプチド断片アレイも同様に調製することが
できる。これらのアレイを調製するために、短い合成DNA配列またはcDNAもしく はゲノムDNAの断片から融合ライブラリを作製する。もう一つの変法において、 ゴールド（Gold）らが国際公開公報第93/03172号に記述したように、リボソーム
ディスプレイ粒子を固相支持体とハイブリダイズさせて、蛋白質アレイを作製す
ることができる。この場合も、これらの粒子は捕獲オリゴと蛋白質コードRNAと のハイブリダイゼーション反応を通じて固相支持体に固定される。
【００４４】用途 本発明の位置特定可能な蛋白質アレイは多くの用途を有する。例えば、蛋白質
のライブラリをマイクロチップのような支持体上に表示することができる。次に
このマイクロチップを用いて、これまで未知の蛋白質-蛋白質相互作用を同定す ることができる。プローブ蛋白質は例えば、放射性同位元素、発色団、蛍光体、
または化学発光種によって検出可能に標識して、その後マイクロチップと共にイ
ンキュベートすることができる。過剰量のプローブ蛋白質を洗浄除去した後、チ
ップ表面を標識からのシグナルの有無に関して分析する。シグナルが検出されれ
ば、標識された蛋白質が、蛋白質ライブラリの１つまたは複数の独自のメンバー
と相互作用したことを示している。次に、プローブ蛋白質に結合することができ
る蛋白質の実体を、プローブとの結合によって標識されるようになるチップ上の
スポットの位置から決定することができる。同じアプローチをまた用いて、蛋白
質-リガンド相互作用および蛋白質-核酸相互作用の有無について蛋白質ライブラ
リをスクリーニングすることができる。
【００４５】 その他の方法を用いて、蛋白質-蛋白質、蛋白質-リガンド、または蛋白質-核 酸相互作用を検出することができる。例えば、蛋白質アレイを形成するために用
いられる固体表面が金の層である場合、表面プラズモン共鳴（SPR）を用いて、 表面の質量変化を検出することができる。金表面を用いる場合、オリゴヌクレオ
チド捕獲プローブ上の反応性部分はチオール基（アミノ基ではなくて）であり、
捕獲プローブを付着させるために金表面に官能基をつける必要はない。質量分析
（特に、マルディ-トフ(Maldi-Tof)）もまた、蛋白質ライブラリの独自のメンバ
ーに結合した種を分析するために用いることができる。
【００４６】 蛋白質アレイのもう一つの適用は、蛋白質キナーゼ、アシルトランスフェラー
ゼ、およびメチルトランスフェラーゼのような酵素を改変する作用を通じて化学
的に改変される蛋白質の迅速な定量である。蛋白質アレイを、関係する酵素およ
び放射性標識した基質と共にインキュベートし、その後洗浄およびオートラジオ
グラフィーを行うことによって、改変する酵素の基質であるそれらの蛋白質の位
置および従って実体を容易に決定してもよい。改変部位のさらなる位置特定は、
これらの蛋白質断片の順序をつけたディスプレイを用いて得ることができる。
【００４７】 蛋白質アレイはまた、治療的活性化合物の未知蛋白質標的を同定することがで
きる。例えば、治療化合物を細胞RNAに由来する蛋白質アレイに適用してもよい 。その結合した標識によって、または直接（例えば、質量分析または表面プラズ
モン共鳴によって）、捕獲された治療化合物が検出されれば、化合物の結合パー
トナー（１つまたは複数）が判明する。さらに、アレイはまた蛋白質に基づく診
断薬の開発に用いることができる。例えば、様々な疾患に関連した多様な蛋白質
を含む固相支持体を調製することができる。支持体結合蛋白質と相互作用すれば
特定の疾患であることが示される、１つまたは複数の蛋白質を含む１人の患者の
試料を支持体に接触させることができる。このように、単一の試料を用いて幾つ
かの疾患の有無を同時に検出、または疾患を識別することができる。または、位
置特定可能なアレイを用いて試料中の標的分子を定量してもよい。一つの特定の
試料において、一本鎖抗体または抗体模倣体の位置特定可能なアレイを、生体試
料において標的蛋白質（または複数の蛋白質）を定量するために用いてもよい。
アレイはまた、プロテオミクスおよび機能的ゲノミクスに関する新たな分野にお
いて用いることができる。
【００４８】 プローブ分子に特異的に結合するとして同定された特異的融合体は、支持体表
面から除去することができる。一つの方法において、融合体は捕獲プローブとの
ハイブリダイゼーションを破壊することによって放出される。一つの特定のアプ
ローチにおいて、特定の融合体を融合体の残りから物理的に分離して、その後化
学試薬のような変性剤または熱によって処理して捕獲オリゴとの塩基対を破壊す
る。次に放出された融合体を溶液から回収する。
【００４９】 または、捕獲プローブ全体を検出することができる。固相支持体調製の際に、
光感受性リンカーを用いて捕獲プローブを固体表面に付着させることができる。
活性融合体を同定した後、適当な波長のレーザー光線を用いてリンカーを切断し
、所望の融合体を放出する。上記方法のいずれかによって表面から放出した後、
融合体を、例えばPCRを用いて特異的に回収して操作し、その後特徴付けするこ とができる。
【００５０】 以下に本発明に係る蛋白質アレイ調製の特定の例を示す。これらの実施例は本
発明を説明する目的で提供され、制限するものと解釈してはならない。
【００５１】実施例１：ガラス表面のシリル化 選択等級の鉄含有量の低い予めきれいにした１×３インチの顕微鏡スライドガ
ラス（VWRサイエンティフィック社）を、１M塩酸または硝酸と共に70℃で30分加
熱することによって準備した。次にそれぞれの洗浄について新鮮な蒸留水を用い
てスライドに５分の洗浄を３回行う。アミノプロピルトリメトキシシラン（ゲレ
スト・インク(Gelest, Inc.)）１％の95％アセトン／５％水溶液を調製して少な
くとも５分加水分解させる。スライドガラスを加水分解したシラン溶液に緩く攪
拌しながら２〜20分浸す。毎回の洗浄に95％アセトン／５％水の新鮮な溶液を用
いて緩く攪拌して、スライドを５分間10回洗浄することによって過剰量のシラン
を除去する。次に、110℃で20〜45分加熱することによってスライドを硬化する 。
【００５２】実施例２：ホモ双機能的リンカーの誘導体化 実施例１のシラン処理したスライドを、新しく調製したフェニレン1,4-ジイソ
チオシアネート（アルドリッチケミカル社(Aldrich Chemical Co.)）0.2％の90 ％DMF／10％ピリジン溶液に、緩く攪拌しながら２時間浸す。スライドを90％DMF
／10％ピリジン、メタノール、およびアセトンによって連続的に洗浄する。風乾
させた後、官能基をつけたスライドを真空デシケーター内の無水硫酸カルシウム
上で０℃で保存する。
【００５３】実施例３：捕獲プローブの合成 オリゴヌクレオチドは、自動DNAシンセサイザーによって標準的なホスホルア ミダイトモノマーをカップリングさせることによって3'→5'方向に化学合成する
。典型的に、500オングストロームの制御された孔のガラス支持体を0.2マイクロ
モル尺度で用いる。所望のプローブ配列を集合させた後（A、G、CおよびTモノマ
ーを用いて）、ヘキサエチレンオキサイドホスホルアミダイトモノマー（グレン
リサーチ社(Glen Research)）を5'末端に加える。シンセサイザープログラムを 改変することによって、カップリング待ち時間を15分に延長する。さらなるヘキ
サエチレンオキサイドモノマー単位を同じように加える。次に、C-6アミノホス ホルアミダイト（グレンリサーチ社）を5'末端に加える；カップリング待ち時間
を再度15分に延長する。無水酢酸キャッピング段階および最後の酸性脱トリチル
化段階を省略する。捕獲プローブ配列を固相支持体から切断して、水酸化アンモ
ニウムによって脱保護して、濃縮乾固させて、エタノール中で沈殿させ、逆相HP
LCによって、トリエチルアンモニウム酢酸緩衝液中でアセトニトリル勾配を用い
て精製する。
【００５４】実施例４：捕獲プローブの付着 実施例３からの精製したアミン標識捕獲プローブを100 mM炭酸ナトリウム緩衝
液（pH 9.0）中で500 マイクロモル濃度に調整し、実施例２からの誘導体化ガラ
ス表面の決められた位置に適用する。手動で沈着させる場合、それぞれ0.2 マイ
クロリットルのアリコットをピペットマンで適用する。アレイを湿度飽和環境で
少なくとも２時間室温でインキュベートする。付着反応は、ガラス表面を１％ア
ンモニア水に緩く攪拌しながら５分浸すことによって終了させる。次に、ガラス
表面を、それぞれの洗浄について新鮮な蒸留水を用いて５分間３回洗浄する。次
にアレイを１Mリン酸緩衝生理食塩液（PBS）溶液に室温で２時間浸し、再度蒸留
水で５分間すすぐ。
【００５５】実施例５：表面の修飾 実施例４のアンモニア水を、異なる一級アミン含有分子の１〜５％水溶液に交
換する。必要であれば、メタノールまたはアセトニトリル共溶媒の少量（10％）
を加える。
【００５６】 次に、それぞれの洗浄について新鮮な蒸留水を用いて、ガラス表面に５分間の
洗浄を３回行う。表面を１Mリン酸緩衝生理食塩液（PBS）溶液に２時間浸して、
再度蒸留水で５分洗浄する。ガラス表面を希釈した蛋白質含有ブロッキング溶液
の水溶液に数分間浸し、次にそれぞれの洗浄について新鮮な蒸留水を用いて５分
の洗浄を３回行う。最後に表面を風乾させる。
【００５７】実施例６：融合体のハイブリダイゼーション RNA-蛋白質融合体を含み、25 mMトリス塩酸（pH 8.0）および100 mM塩化カリ ウムからなる溶液50 μlを、液体を入れて密封することができるチャンバー内で
ガラスマイクロチップ表面に適用する。溶液を特定の温度（捕獲オリゴデザイン
によって決定される）で少なくとも３時間維持する。過剰量のハイブリダイズし
ていないRNA-蛋白質融合体を、25 mMトリス塩酸（pH 8.0）および50 mM塩化カリ
ウムによってインキュベーション温度で数分洗浄することによって除去する。ハ
イブリダイゼーション反応に用いた緩衝液よりストリンジェントでより低い塩濃
度を含む緩衝液を用いて、蛋白質チップに15分の洗浄を２回行う。
【００５８】実施例７：一例としてのFLAGおよびHA11融合体チップの作製 本質的に上記と同じ技術を用いて、一例としてのFLAGおよびHA11融合体チップ
を以下のように作製した。
【００５９】 ガラスマイクロチップ表面をシリル化するため、予めきれいにした１×３イン
チの顕微鏡スライドガラス（ゴールドシール社(Goldseal)、#3010）をナノスト リップ（シアンテック社(Cyantek)）によって15分、10％NaOH水溶液で70℃で３ 分、および１％HCl水溶液で１分処理して、それぞれの溶液後脱イオン水で十分 に洗浄した。次にスライドを、真空のデシケーター内の無水硫酸カルシウム上で
数時間乾燥させた。アミノプロピルトリメトキシシラン（ゲレストインク）１％
の95％アセトン／５％水溶液を調製して、20分間加水分解させた。スライドガラ
スを緩く攪拌しながら加水分解したシラン溶液中に５分間浸した。毎回の洗浄時
に新鮮な95％アセトン／５％水を緩く攪拌しながら用いることによって、スライ
ドに５分の洗浄を10回行い、過剰量のシランを除去した。次にスライドを110℃ で20分加熱することによって硬化した。
【００６０】 ホモ双機能的リンカーを誘導体化するために、シラン処理したスライドを新し
く調製したフェニレン1,4-ジイソチオシアネート（アルドリッチケミカル社(Ald
rich Chemical Co.)）0.2％の90％DMF／10％ピリジン溶液に、緩く攪拌しながら
２時間浸した。スライドガラスを90％DMF／10％ピリジン、メタノール、および アセトンによって連続的に洗浄した。風乾させた後、官能基をつけたスライドを
真空デシケーター内の無水硫酸カルシウム上で０℃で保存した。
【００６１】 次に、捕獲オリゴを標準的な技術によってデザインおよび合成した。特に、FL
AGエピトープ融合体（全体でアミノ酸17個）を作製するために用いたRNAは5'-r （UAA UAC GAC UCA CUA UAG GGA CAA UUA CUA UUU ACA AUU ACA AUG GAC UAC AA
G GAC GAU GAC GAU AAG GGC GGC UGG UCC CAC CCC CAG UUC GAG AAG）（配列番 号：１）で構成された。HA11エピトープ融合体（全体でアミノ酸20個）を作製す
るために用いたRNAは、5'-r（UAA UAC GAC UCA CUA UAG GGA CAA UUA CUA UUU A
CA AUU ACA AUG UAC CCC UAC GAC GUG CCC GAC UAC GCC GGC GGC UGG UCC CAC C
CC CAG UUC GAG AAG）（配列番号：２）で構成された。さらに、それぞれの場合
について、その3'末端に必須ピューロマイシン部分を同様に含む以下のDNAリン カーを、メッセンジャーRNAの3'末端にライゲーションした：5'-d（AAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAACC）（配列番号：３）。
【００６２】 標的RNAに沿った特異的な非相互作用および熱力学的等エネルギー配列を同定 して捕獲点とした。ソフトウェアプログラム・ヒブシミュレータv2.2(HybSimula
tor v2.2)（アドバンスドジーンコンピューティングテクノロジー・インク(Adva
nced Gene Computing Technology, Inc.)）によって、可能性がある捕獲プロー ブの同定および分析が容易となった。それぞれのRNAに関して単一の特異的捕獲 プローブが最終的に同定された（CPflagおよびCPha11）。さらに、それぞれのRN
A（CPt7、CPtag）に共通する２つの配列も同定し陽性対照として用いた。非セン
ス配列４個（CPau1、CPau5、CPirs、CPkt3）も作製し陰性対照として用いた。全
体として、独自の配列８個を選択した。これらのオリゴヌクレオチドはそれらが
3'または5'末端のいずれかでチップ表面に付着するように調製された。したがっ
て、独自の配列８個を含む捕獲プローブ16個を調製した。以下はこれらの捕獲プ
ローブ配列（5'から3'）の一覧である（配列番号：４〜11）：
【００６３】 オリゴヌクレオチド捕獲プローブは自動DNAシンセサイザー（PEバイオシステ ムズエクスペダイト(ByoSystems Expedite) 8909）を用いて、標準的なホスホル
アミダイトモノマーのカップリングによって3'から5'方向に化学合成した。典型
的に、500オングストロームの制御された孔のガラス支持体を0.2マイクロモル尺
度で用いた。5'-付着の場合、所望のプローブ配列（A、G、C、およびTモノマー を用いて）を集合させた後に、ヘキサエチレンオキサイドホスホルアミダイトモ
ノマー４個（グレンリサーチ社）を5'-末端に加えた。シンセサイザープログラ ムを変更することによってカップリング待ち時間を15分に延長した。さらなるヘ
キサエチレンオキサイドモノマー単位を同じように加えた。次に、C-6アミノホ スホルアミダイト（グレンリサーチ社）を5'末端に加えた；カップリング待ち時
間を再度15分に延長した。無水酢酸キャッピング段階および最終的な酸の脱トリ
チル化を省略した。3'-付着の場合、オリゴヌクレオチド合成は、オルト保護さ れた一級ヒドロキシルおよびアミノ官能基（グレンリサーチ社）を有する制御さ
れた孔のガラス支持体で開始した。鎖の伸長はヒドロキシル基上で開始し、アミ
ノ基はオリゴマー集合の間は保護されたままであり、最終的な脱保護の際に出現
させた。加える最初の４つのモノマーはヘキサエチレンオキサイド単位であり、
これに標準的なA、G、C、およびTモノマーが続く。全ての捕獲オリゴ配列を固相
支持体から切断して水酸化アンモニウムによって脱保護して、濃縮乾固させ、エ
タノール中に沈殿させて、逆相HPLCによってトリエチルアンモニウム酢酸緩衝液
中でアセトニトリル勾配を用いて精製した。HPLCから適当な分画を回収して真空
遠心において蒸発乾固させ、その後少量の水と共に共蒸発させた。
【００６４】 精製したアミン標識捕獲オリゴを付着させるために、オリゴを10％グリセロー
ルを含む50 mM炭酸ナトリウム緩衝液（pH 9.0）において250 マイクロモル濃度 に調節した。次に、オリゴをロボットによって（マイクログリッド(MicroGrid) 、バイオロボティクス(BioRobotics)）、上記の誘導体化したガラス表面の、20 ×20 mm面積内で５×５×16アレイパターン（384スポット）の既定の位置に適用
した。これらの捕獲プローブの配置を図３に略図として示す。16-ピンツールを 用いて液体を移し、ピッチ600ミクロンの200ミクロン特徴を生じた。24スポット
のそれぞれのサブグリッドは単一の捕獲プローブを表した（すなわち二本ずつの
スポット24個）。アレイは室温の湿度飽和環境で12〜18時間インキュベートした
。付着反応は、ガラス表面を緩く攪拌しながら１％アンモニア水に５分間浸すこ
とによって終了させた。次にそれぞれの洗浄について新しい蒸留水を用いて、ガ
ラス表面に５分の洗浄を３回行った。次にアレイを10×PBS（リン酸緩衝生理食 塩液）溶液に室温で２時間浸し、その後蒸留水中で再度５分間すすいだ。
【００６５】 FLAGおよびHA11エピトープを含むペプチドとその対応するmRNAとのRNA-蛋白質
融合体は、スゾスタック（Szostak）ら（国際公開公報第98/31700号）およびロ バーツ＆スゾスタック（Roberts and Szostak）（Proc. Natl. Acad. Sci. USA
94：12297〜12302、1997）によって一般的に記述されたように生成した。Taqポ リメラーゼ（プロメガ社(Promega)）を用いたポリメラーゼ連鎖反応を用いて、 オリゴヌクレオチドプライマー5'-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA CAA TTA CTA T
TT ACA ATT（配列番号：14）および5'-AGCGGATGCCTTCTCGAACTGGGGGTGGGA（配列 番号：15）を用いて、FLAGおよびHA11に関してそれぞれ、配列5'-TAA TAC GAC T
CA CTA TAG GGA CAA TTA CTA TTT ACA ATT ACA ATG GAC TAC AAG GAC GAT GAC G
AT AAG GGC GGC TGG TCC CAC CCC CAG TTC GAG AAG（配列番号：12）および5'-T
AA TAC GAC TCA CTA TAG GGA CAA TTA CTA TTT ACA ATT ACA ATG TAC CCC TAC G
AC GTG CCC GAC TAC GCC GGC GGC TGG TCC CAC CCC CAG TTC GAG AAG（配列番号
：13）を増幅した。得られたPCR産物をインビトロでT7 RNAポリメラーゼ（アン ビオン社(Ambion)）を用いて転写し、FLAGおよびHA11エピトープのコード領域と
TMV非転写領域とを含むmRNAを産生した。このRNAを、それぞれが5'末端において
２つのビオチン部分を含む、以下の２つのDNAスプリント：5-TGCAACGACCAACTTTT
TTTTTTAGCGCATGC（配列番号：16）および5'-TGCAACGACCAACTTTTTTTTTNAGCGCATGC
（配列番号：17）の80：20混合物の存在下で、T4 DNAリガーゼ（Promega）によ って5'リン酸塩および3'ピューロマイシンを含むDNAリンカー5'-AAA AAA AAA AA
A AAA AAA AAA AAA AAA CC（配列番号：３）にライゲーションした。得られたRN
A-DNAキメラを固定ニュートルアビジン(NeutrAvidin)（ピアス社(Pierce)）に結
合させ、ライゲーションしていない材料を洗浄除去し、配列5'-GCATCCGCTAAAAAA
AAAAGTTGGTCGTTGC（配列番号：18）を用いた置換によって溶出することによって
精製した。その後の翻訳は、ピューロマイシンペプチド結合の形成を促進するた
めに、MgCl2（150 mM）およびKCl（425 mM）を30分後に加えたことを除いては、
製造元の説明書に従ってウサギ網状赤血球溶解物（アンビオン社(Ambion)）にお
いて実施した。次に、RNA-ペプチド融合体をオリゴdTアフィニティクロマトグラ
フィー（ファルマシア社(Pharmacia)）によって精製して、取り込まれた35Sメチ
オニン対加えた35Sメチオニン（アマシャム社(Amersham)）のシンチレーション 計数によって定量して、膜濾過（マイクロコン(MicroCon)）によって低容量に濃
縮した。
【００６６】 融合体の固定捕獲プローブへのハイブリダイゼーションに関しては、それぞれ
1.0 ピコモルに相当するFLAGおよびHA11融合体のそれぞれのアリコットを合わせ
て、容量20マイクロリットル中に５×SSC（クエン酸ナトリウム生理食塩液）＋0
.02％ツイーン-20となるように調整した。溶液を上記のガラスチップに適用して
、その上にカバーガラスを載せて、スライドガラスを室温の湿度飽和チャンバー
内に入れた。18時間後、カバーガラスを除いて、スライドガラスを１×SSC＋0.0
2％ツイーン-20、１×SSC＋0.02％ツイーン-20、および１×SSCそれぞれ500 mL ずつによって攪拌しながら連続的に５分ずつ洗浄し、その後0.2×SSCによって手
短に洗浄した。液体を除去した後スライドガラスを手短に風乾させた。
【００６７】 ハイブリダイゼーションを検出するために、FLAGおよびHA11-融合体チップを 、スクリーンとチップとを直接接触させることによってリン造影スクリーン（モ
レキュラー・ダイナミクス社(Molecular Dynamics)）に60時間暴露した。これに
よって、ペプチドがリン貯蔵スクリーンによって検出可能な35Sメチオニン放射 性標識を含むことから、ハイブリダイズした融合体を含む領域が同定された。図
４に示すように、リン画像の分析から、融合体がメッセンジャーRNAの特異的領 域（すなわちCPflagおよびCPha11）を標的とするそれぞれの捕獲プローブと首尾
よくハイブリダイズしたことが明らかになった。さらに、FLAGまたはHA11 RNAの
如何なる領域とも相補的でない４つの非センス捕獲プローブは、如何なる認識可
能なシグナルも生じなかった（すなわち、CPau1、CPau5、CPirs、CPkt3）。陽性
対照捕獲プローブCPtagは予想通りのシグナルを生じたが、対応する陽性対照捕 獲プローブCPt7は、おそらく標的とするRNAの5'-領域が分解（例えば、エキソヌ
クレアーゼの混入）したために、シグナルを生じなかった。これらの結果は、チ
ップ表面上の特定の位置にペプチドの混合物（融合体として）を配置させること
が実現可能であることを証明した。3'-結合捕獲プローブおよび5'-結合捕獲プロ
ーブのいずれも有効であった。
【００６８】 二本ずつのチップを、HA11エピトープを認識するモノクローナル抗体をプロー
ブとして調べた。以下の段階の全ては４℃で実施した。非特異的部位をまず、１
×PBS（リン酸緩衝生理食塩液）＋１％BSA（ウシ血清アルブミン、RNアーゼ不含
等級、アンビオン社）＋0.02％ツイーン20を含む溶液によって、カバーガラスを
載せて１時間ブロッキングした。ブロッキング溶液を除いて、HA.11モノクロー ナル抗体（100倍希釈液、バークレー・アンチボディ社(Berkeley Antibody Co.)
）の１×PBS＋0.02％ツイーン20溶液50マイクロリットルをカバーガラスの下の チップに加えた。２時間後、カバーガラスを除いて、チップを１×PBS＋0.02％ ツイーン20の50 mLずつを緩く攪拌しながら５分ずつ３回洗浄した。過剰量の液 体を除去して、Cy3-標識ヤギ抗マウスIgG（400倍希釈液、アマシャム・ファルマ
シア・バイオテック社(Amersham Pharmacia Biotech)）の１×PBS＋0.02％ツイ ーン20溶液50マイクロリットルをカバーガラスの下に加えた。１時間後、カバー
ガラスを除いて、チップを１×PBS＋0.02％ツイーン20の50 mLによって、緩く攪
拌しながら５分ずつ３回洗浄した。過剰量の液体を除去して、チップを室温で風
乾させた。次に、チップを共焦点レーザースキャナによって、Cy3蛍光体に調節 した既定の励起および放出波長を用いて、10ミクロンピクセルの解像度で分析し
た（スキャンアレイ(Scan Array)3000、ジェネラルスキャンニング社(General S
canning)）。図５に示すように、得られた蛍光画像をリン画像と一致させて、そ
のメッセンジャーRNAと共有結合してチップ表面に固定されたHA11エピトープが 、機能的であって、その結合パートナー（HA11モノクローナル抗体）と相互作用
しうることを証明した。その上、FLAG-融合体およびHA-11融合体はいずれもチッ
プ表面上に存在するが、HA11モノクローナル抗体は自身のエピトープに対して特
異的であった。さらに、3'-付着捕獲プローブは一般的に、5'-付着捕獲プローブ
より良好なシグナルを呈した。特定の理論に拘束されたくはないが、このことは
、エピトープがチップ表面から離れる方向に向いた場合に、より近づき易くなる
ことの表れであるかも知れない。
【００６９】実施例８：一例としてのMyc融合体チップの作製 本質的に上記と同じ技術を用いて、一例としてのMyc融合体チップを以下のよ うに作製した。
【００７０】 ガラス表面をシリル化するために、選択等級の鉄含有量の低いあらかじめきれ
いにした25×75 mmの顕微鏡スライドガラス（VWRサイエンティフィック社、#483
11-950）をそのまま使用した。アミノプロピルトリメトキシシラン（ゲレストイ
ンク(Gelest,Inc.)）１％の95％アセトン／５％水溶液を調製して、20分間加水 分解させた。ガラススライドを加水分解したシラン溶液中に緩く攪拌しながら５
分間浸した。毎回の洗浄時に新鮮な95％アセトン／５％水を緩く攪拌しながら用
いて、スライドガラスに５分の洗浄を10回行うことによって、過剰量のシランを
除去した。次にスライドガラスを110℃で20分加熱することによって硬化した。
【００７１】 ホモ双機能的リンカーを誘導体化するために、シラン処理したスライドガラス
を新しく調製したフェニレン1,4-ジイソチオシアネート（アルドリッチケミカル
社）0.2％の90％DMF／10％ピリジン溶液に、緩く攪拌しながら２時間浸した。ス
ライドガラスを90％DMF／10％ピリジン、メタノール、およびアセトンによって 連続的に洗浄した。風乾させた後、官能基をつけたスライドを真空デシケーター
内の無水硫酸カルシウム上で０℃で保存した。
【００７２】 捕獲オリゴはMyc配列に基づいて合成した。特に、c-myc融合体を作製するため
に用いたRNA（アミノ酸全体で33個）は以下の配列を含んだ：5'-r(UAAUACGACUCA
CUAUAGGGACAAUUACUAUUUACAAUUACAAUGGGGACAAUUACUAUUUACAAUUACAAUGGCUGAAGAACA
GAAACUGAUCUCUGAAGAAGACCUGCUGCGUAAACGUCGUGAACAGCUGAAACACAAACUGGAACAGCUGCG
UAACUCUUGCGCU)（配列番号：19）。さらに、必須ピューロマイシン部分を同様に
含む以下のDNAリンカーをメッセンジャーRNAの3'-末端にライゲーションした：5
'-d（AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC）（配列番号：３）。RNAに沿って３つの 非オーバーラップおよび熱力学的に等エネルギーの20量体配列を同定して、捕獲
点とした。さらに、dA25（ライゲーションしたDNA上）を第４の標的領域として 選択した。標的化配列はヌクレオチド位置１、33、80および125位（それぞれ、C
P01、CP33、CP80、およびCP125）で始まった。標的配列33に由来し、内部および
隣接するヌクレオチドミスマッチを含むミスマッチ配列もまたデザインした（CP
mm）。CP33の逆方向に対応する非センス配列もまた、陰性対照（CPns）として用
いた。以下は、用いた捕獲プローブ配列の一覧である（5'から3'）（配列番号：
20〜25）：
【００７３】 オリゴヌクレオチド捕獲プローブは、自動DNAシンセサイザー（PEバイオシス テムズエクスペダイト8909）によって、標準的なホスホルアミダイトモノマーの
カップリングによって3'から5'方向に化学合成した。典型的に、500オングスト ロームの制御された孔のガラス支持体を0.2マイクロモル尺度で用いた。所望の プローブ配列を集合させた後（A、G、CおよびTモノマーを用いて）、ヘキサエチ
レンオキサイドホスホルアミダイトモノマー（グレンリサーチ社）を5'末端に加
えた。シンセサイザープログラムを改変することによって、カップリング待ち時
間を15分に延長した。さらなるヘキサエチレンオキサイドモノマー単位を同じよ
うに加えた。次に、C-6アミノホスホルアミダイト（グレンリサーチ社）を5'末 端に加えた；カップリング待ち時間を再度15分に延長した。無水酢酸キャッピン
グ段階および最後の酸性脱トリチル化段階を省略した。捕獲オリゴ配列を固相支
持体から切断して、水酸化アンモニウムによって脱保護して、濃縮乾固させて、
エタノール中で沈殿させ、逆相HPLCによってトリエチルアンモニウム酢酸緩衝液
でのアセトニトリル勾配を用いて精製した。HPLCから適当な分画を回収して、真
空遠心管において蒸発乾固させて、少量の水と共に共蒸発させた。
【００７４】 これらの精製したアミン標識捕獲オリゴを付着させるために、オリゴを100 mM
炭酸ナトリウム緩衝液（pH9.0）中で500 マイクロモル濃度に調整して、誘導体 化したガラス表面の20×20 mm領域内の６×６アレイパターン（36スポット）の 定義された位置に適用した（図６に示すように）。CP01を位置A1、B1、C1および
A4、B4、C4に適用した。CP33を位置D1、E1、F1およびD4、E4、F4に適用した。CP
80はA2、B2、C2、およびA5、B5、C5に適用した。CP125は位置D2、E2、F2およびD
5、E5、F5に適用した。Cpmmは、位置A3、B3、C3およびA6、B6、C6に適用した。C
pnsは、位置D3、E3、F3およびD6、E6、F6に適用した。手動で配置する場合には 、それぞれ0.2 マイクロリットルのアリコットをピペットマンで適用した。アレ
イを室温の湿度飽和環境で12〜18時間インキュベートした。付着反応は、ガラス
表面を１％アンモニア水溶液に緩く攪拌しながら５分間浸すことによって終了さ
せた。次に、ガラス表面を、毎回の洗浄時に新鮮な蒸留水を用いて５分間の洗浄
を３回行った。次にアレイを10×PBS（リン酸緩衝生理食塩液）溶液に室温で２ 時間浸して、蒸留水で再度５分間すすいだ。
【００７５】 c-mycエピトープを含むアミノ酸33個のペプチドとそのmRNAとのRNA-蛋白質融 合体は、スゾスタック（Szostak）ら（国際公開公報第98/31700号）およびロバ ーツ＆スゾスタック（Roberts and Szostak）（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94
：12297〜12302、1997）によって記述されたように生成した。Taqポリメラーゼ （プロメガ社）を用いたポリメラーゼ連鎖反応を用いて、オリゴヌクレオチドプ
ライマー5'-AGC GCA AGA GTT ACG CAG CTG（配列番号：27）および5'-TAA TAC G
AC TCA CTA TAG GGA CAA TTA CTA TTT ACA ATT ACA ATG GCT GAA GAA CAG AAA C
T（配列番号：28）を用いて、配列5'-AGC GCA AGA GTT ACG CAG CTG TTC CAG TT
T GTG TTT CAG CTG TTC ACG ACG TTT ACG CAG CAG GTC TTC TTC AGA GAT CAG TT
T CTG TTC TTC AGC CAT（配列番号：26）を増幅した。得られたPCR産物をインビ
トロでT7 RNAポリメラーゼ（アンビオン社）を用いて転写して、c-mycエピトー プに対するコード領域とTMV非翻訳領域とを含むmRNAを生成した。このRNAを、配
列TTT TTT TTT TAG CGC AAG A（配列番号：29）を有するDNAスプリントの存在下
で、T4 DNAリガーゼ（プロメガ社）によって、5'リン酸塩と3'ピューロマイシン
とを含むDNAリンカー5'-AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA CC（配列番号：
３）にライゲーションした。得られた154量体のRNA-DNAキメラを、変性ポリアク
リルアミドゲル電気泳動（６％アクリルアミド）によって精製した。翻訳はウサ
ギ網状赤血球溶解物（アンビオン社）において、ピューロマイシンペプチド結合
の形成を促進するために、KCl（500 mM）を30分後に加えたことを除いては製造 元の説明書通りに実施した。RNA-ペプチド融合体をオリゴdTアフィニティクロマ
トグラフィー（ファルマシア社）によって精製して、取り込まれた35Sメチオニ ン対加えた35Sメチオニン（アマシャム社）のシンチレーション計数によって定 量し、ペレットになるまで乾燥させた。c-myc融合体2.5 pmolを生じた。
【００７６】 捕獲プローブをハイブリダイズするために、乾燥したmyc-融合体ペレットを５
×SSC（クエン酸ナトリウム生理食塩液）＋0.02％SDS 20マイクロリットルに溶 解して、混合し、手短に遠心した。溶液を上記のスライドガラスに適用してカバ
ーガラスを載せて、スライドガラスを室温の湿度飽和チャンバー内に入れた。18
時間後カバーガラスを除いて、スライドガラスを５×SSC＋0.02％SDS、2.5×SSC
＋0.01％SDS、2.5×SSC、および1.25×SSCそれぞれ500 mLずつによって攪拌しな
がら連続的に５分ずつ洗浄した。液体を除去した後スライドを短く風乾させた。
【００７７】 Myc融合体のハイブリダイゼーションを検出するために、ガラスチップを、ス クリーンとチップとを直接接触させることによってリン造影スクリーン（モレキ
ュラー・ダイナミクス社）に４時間暴露した。これによって、mycペプチドはリ ン貯蔵スクリーンによって検出可能な35Sメチオニン放射性標識を含むことから 、ハイブリダイズしたmyc融合体を含む領域が同定された。図７に示すように、 リン画像の分析から、myc融合体がmycメッセンジャーRNAおよびDNAリンカー配列
を標的とする４つの捕獲プローブのそれぞれと首尾よくハイブリダイズしたこと
が明らかになった。さらに、myc RNAの如何なる領域とも相補的でない非センス 捕獲プローブは、如何なる認識可能なシグナルも生じなかった。幾つかのミスマ
ッチを含む捕獲プローブ配列は少量のシグナルを生じたに過ぎなかった。これら
の結果は、チップ表面上の特定の位置にペプチド（融合体として）を配置させる
ことが可能であることを証明した。
【００７８】 リン画像化分析の後、同じチップをc-mycエピトープを認識するモノクローナ ル抗体をプローブとして調べた。以下の段階の全ては４℃で実施した。非特異的
部位をまず、１×PBS（リン酸緩衝生理食塩液）＋１％BSA（ウシ血清アルブミン
、シグマケミカル社）＋RNアーゼ阻害剤（アンビオン社）0.1単位/μlを含む溶 液によって、カバーガラスを載せて１時間ブロッキングした。ブロッキング溶液
を除いて、9E10モノクローナル抗体（400倍希釈液、バークレー・アンチボディ 社(Berkeley Antibody Co.)）の１×PBS溶液50マイクロリットルをカバーガラス
の下のチップに加えた。１時間後、カバーガラスを除いて、チップを１×PBSの5
0 mLによって緩く攪拌しながら５分ずつ３回洗浄した。過剰量の液体を除去して
、Cy3-標識ヤギ抗マウスIgG（400倍希釈液、アマシャム・ファルマシア・バイオ
テック社）の１×PBS溶液50マイクロリットルをカバーガラスの下に加えた。１ 時間後、カバーガラスを除いて、チップを１×PBSの50 mLによって、緩く攪拌し
ながら５分ずつ３回洗浄した。過剰量の液体を除去して、チップを室温で風乾さ
せた。次に、チップを共焦点レーザースキャナによって、Cy3蛍光体に調節した 既定の励起および放出波長を用いて、10ミクロンピクセルの解像度で分析した（
スキャンアレイ3000、ジェネラルスキャンニング社）。図８に示すように、得ら
れた蛍光画像をリン画像と一致させて、そのメッセンジャーRNAと共有結合して チップ表面に固定されたmycペプチドが、機能的であって、その結合パートナー （モノクローナル抗体）と相互作用することができることを証明した。
【００７９】 本明細書において言及した全ての論文および特許は、それぞれの個々の論文ま
たは特許が特におよび個別に参照として組み入れられることを示されるのと同じ
程度に、参照として本明細書に組み入れられる。
【００８０】その他の態様 上記の説明から、本明細書に記述の本発明には、それを様々な用途および条件
に適合させるように様々な変更および改変を行ってもよいことは明らかである。
そのような態様も以下の特許請求の範囲に含まれる。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図１】 ガラス表面のシリル化、得られたアミノ基の誘導体化、および修
飾された表面への捕獲プローブの付着を示す図である。
【図２】 非ヌクレオシドスペーサー基と反応性部分とを含む捕獲プローブ
を示す図である。
【図３】 図４および５において用いられるFLAGおよびHA11融合チップ捕獲
プローブのレイアウトを示す略図である。この図において、t7、tag、au1、au5 、flag、ha1、irs、およびkt3はそれぞれ、捕獲プローブCPt7（陽性対照）、CPt
ag（陽性対照）、CPau1（陰性対照）、CPau5（陰性対照）、CPflag、CPha11、CP
irs（陰性対照）およびCPkt3（陰性対照）を表す。
【図４】 核酸-蛋白質融合体（FLAGおよびHA11）とチップに固定した捕獲 プローブとのハイブリダイゼーションを示すリン画像である。
【図５】 核酸-蛋白質融合体（FLAGおよびHA11）とチップに固定した捕獲 プローブとのハイブリダイゼーションおよび抗HA11モノクローナル抗体によるそ
の後の認識を示す蛍光画像である。
【図６】 図７および８において用いられるMyc融合チップ捕獲プローブの レイアウトの略図である。この図において、捕獲プローブCP01、CP33、CP80、CP
125、CPmm、およびCPns（本明細書に記述）は、チップ上に以下のように配列し た：CP01の位置A1、B1、C1、A4、B4およびC4；CP33の位置、D1、E1、F1、D4、E4
、およびF4；CP80の位置、A2、B2、C2、A5、B5、およびC5；CP125の位置、D2、E
2、F2、D5、E5、およびF5；CPmmの位置、A3、B3、C3、A6、B6、およびC6；なら びにCPnsの位置、D3、E3、F3、D6、E6、およびF6。
【図７】 核酸-蛋白質融合体（Myc）とチップに固定した捕獲プローブとの
ハイブリダイゼーションを示すリン画像である。
【図８】 核酸-蛋白質融合体（Myc）とチップに固定した捕獲プローブとの
ハイブリダイゼーションおよび抗Mycモノクローナル抗体によるその後の認識を 示す蛍光画像である。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｇ０１Ｎ 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/68 33/68 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，Ｅ Ａ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，Ｇ Ｈ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ， ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，Ｍ Ｗ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ， ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ

Claims (34)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 それぞれの捕獲プローブが、非ヌクレオシドスペーサー基と
    核酸-蛋白質融合体が結合するオリゴヌクレオチド配列とを含む、固定された捕 獲プローブのアレイを含む固相支持体。
  2. 【請求項２】 上記捕獲プローブのそれぞれが、非ヌクレオシドスペーサー
    基を通じて上記固相支持体の表面に結合し、上記捕獲プローブのそれぞれが核酸
    -蛋白質融合体が結合するオリゴヌクレオチド配列を含む、固定された捕獲プロ ーブのアレイを含む固相支持体。
  3. 【請求項３】 上記捕獲プローブのそれぞれが、非ヌクレオシドスペーサー
    基とリボソームディスプレイ粒子が結合するオリゴヌクレオチド配列とを含む、
    固定された捕獲プローブのアレイを含む固相支持体。
  4. 【請求項４】 上記核酸-蛋白質融合体がRNA-蛋白質融合体である、請求項 １、２または３記載の固相支持体。
  5. 【請求項５】 上記捕獲プローブが塩基対形成によって上記核酸-蛋白質融 合体に結合する、請求項１、２または３記載の固相支持体。
  6. 【請求項６】 上記蛋白質が上記核酸によってコードされる、請求項１、２
    または３記載の固相支持体。
  7. 【請求項７】 上記スペーサー基がポリアルキレンオキサイド、ポリエチレ
    ンオキサイド、またはヘキサエチレンオキサイドを含む、請求項１、２または３
    記載の固相支持体。
  8. 【請求項８】 上記捕獲プローブが光分解可能なリンカーを含む、請求項１
    、２または３記載の固相支持体。
  9. 【請求項９】 上記オリゴヌクレオチド配列が修飾された塩基、ヌクレオチ
    ド間類似体、または糖質修飾を含む、請求項１、２または３記載の固相支持体。
  10. 【請求項１０】 上記の修飾された塩基が5-プロピンピリミジンである、上
    記ヌクレオチド間類似体が3'-ホスホロアミデート結合である、または上記糖質 修飾が2'-O-メチル基である、請求項９記載の固相支持体。
  11. 【請求項１１】 上記核酸-蛋白質融合体がハイブリダイゼーションタグ配 列を含む、請求項１、２または３記載の固相支持体。
  12. 【請求項１２】 上記ハイブリダイゼーションタグ配列が修飾塩基、ヌクレ
    オチド間類似体または糖質修飾を含む、請求項11記載の固相支持体。
  13. 【請求項１３】 上記捕獲プローブが反応性部分をさらに含む、請求項１、
    ２または３記載の固相支持体。
  14. 【請求項１４】 上記反応性部分が一級アミノ基である、請求項13記載の固
    相支持体。
  15. 【請求項１５】 上記固相支持体がガラスまたはシリカ基剤のチップである
    、請求項１、２または３記載の固相支持体。
  16. 【請求項１６】 上記核酸-蛋白質融合体が上記捕獲プローブと共有結合す る、請求項１、２または３記載の固相支持体。
  17. 【請求項１７】 上記捕獲プローブが１つまたは複数のソラレン部分を含む
    、請求項16記載の固相支持体。
  18. 【請求項１８】 以下の段階を含む、固相支持体を調製する方法： （a）スペーサー基をオリゴヌクレオチド配列に連結することによって捕獲プロ ーブを調製する段階； （b）上記捕獲プローブを固相支持体に付着させる段階；および （c）核酸-蛋白質融合体を上記捕獲プローブに結合させる段階。
  19. 【請求項１９】 以下の段階を含む、固相支持体を調製する方法： （a）スペーサー基を上記固相支持体の表面に付着させる段階； （b）双機能リンカーを上記スペーサー基に付着させる段階； （c）捕獲プローブを上記双機能リンカーに付着させる段階；および （d）核酸-蛋白質融合体を上記捕獲プローブに結合させる段階。
  20. 【請求項２０】 上記核酸-蛋白質融合体がRNA-蛋白質融合体である、請求 項18または19記載の方法。
  21. 【請求項２１】 以下の段階を含む、蛋白質と化合物との相互作用を検出す
    る方法： （a）上記捕獲プローブのそれぞれが、非ヌクレオシドスペーサー基と核酸-蛋白
    質融合体が結合するオリゴヌクレオチド配列とを含む、固定された捕獲プローブ
    のアレイを含む固相支持体を提供する段階； （b）上記核酸-蛋白質融合体の蛋白質部分と上記化合物との相互作用が起こる条
    件で、上記固相支持体を候補化合物と接触させる段階；および （c）上記蛋白質と上記化合物との相互作用の指標として上記化合物の有無に関 して上記固相支持体を分析する段階。
  22. 【請求項２２】 以下の段階を含む、蛋白質と化合物との相互作用を検出す
    る方法： （a）核酸-蛋白質融合体の集団を提供する段階； （b）上記核酸-蛋白質融合体の蛋白質部分と上記化合物との相互作用が起こる条
    件で、核酸-蛋白質融合体の集団と候補化合物とを接触させる段階； （c）上記捕獲プローブのそれぞれが、非オリゴヌクレオシドスペーサー基と核 酸-蛋白質融合体が結合するオリゴヌクレオチド配列とを含む、段階（b）の産物
    を、固定された捕獲プローブのアレイを含む固相支持体に接触させる段階；およ
    び （d）上記蛋白質と上記化合物との相互作用の指標として上記化合物の有無に関 して上記固相支持体を分析する段階。
  23. 【請求項２３】 上記核酸-蛋白質融合体がRNA-蛋白質融合体である、請求 項21または22記載の方法。
  24. 【請求項２４】 上記化合物が標識されている、請求項21または22記載の方
    法。
  25. 【請求項２５】 上記化合物が蛋白質、治療物質、酵素、または核酸である
    、請求項21または22記載の方法。
  26. 【請求項２６】 上記アレイが異なる融合体少なくとも102個/cm2を含む、 核酸-蛋白質融合体のアレイ。
  27. 【請求項２７】 上記アレイが異なる融合体少なくとも104個/cm2を含む、 請求項26記載のアレイ。
  28. 【請求項２８】 上記核酸-蛋白質融合体がRNA-蛋白質融合体である、請求 項26記載のアレイ。
  29. 【請求項２９】 以下の段階を含む、位置特定可能な分子アレイを作製する
    方法： （a）核酸分子のアレイを固定する固相支持体を提供する段階； （b）固相支持体を位置特定可能な分子の集団と接触させる段階；および （c）配列依存的認識および上記の固定された核酸分子との結合によって、上記 の位置特定可能分子を上記固相支持体の方向に向ける段階。
  30. 【請求項３０】 上記の位置特定可能な分子アレイが、核酸-蛋白質融合体 のアレイである、請求項２９記載の方法。
  31. 【請求項３１】 上記核酸-蛋白質融合体がRNA-蛋白質融合体である、請求 項30記載の方法。
  32. 【請求項３２】 上記配列依存的認識および結合が塩基対形成を含む、請求
    項29記載の方法。
  33. 【請求項３３】 上記固相支持体がガラスまたはシリカ基剤チップである、
    請求項29記載の方法。
  34. 【請求項３４】 それぞれが、非ヌクレオシドスペーサー基と、上記の位置
    特定可能な分子が結合するオリゴヌクレオチド配列とを含む、上記固相支持体に
    固定された上記核酸分子が捕獲プローブである、請求項29記載の方法。
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WO (1) WO1999051773A1 (ja)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004129651A (ja) * 2002-08-22 2004-04-30 Bioarray Solutions Ltd 分子構築体および生化学反応を検出するための使用法
JP2005200405A (ja) * 2003-12-02 2005-07-28 F Hoffmann La Roche Ag 分子ロッドを含むオリゴヌクレオチド
JP2007289153A (ja) * 2006-03-28 2007-11-08 Fujitsu Ltd 機能性分子およびその製造方法
JP2009545747A (ja) * 2006-08-02 2009-12-24 カリフォルニア インスティチュート オブ テクノロジー 標的を検出及び／又は選別する方法並びにシステム

Families Citing this family (320)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6458530B1 (en) * 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
CA2255599C (en) 1996-04-25 2006-09-05 Bioarray Solutions, Llc Light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces
US6990221B2 (en) * 1998-02-07 2006-01-24 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array image segmentation and analysis
US6349144B1 (en) * 1998-02-07 2002-02-19 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array segmentation and analysis
US6312927B1 (en) 1998-08-17 2001-11-06 Phylos, Inc. Methods for producing nucleic acids lacking 3'-untranslated regions and optimizing cellular RNA-protein fusion formation
US7115396B2 (en) 1998-12-10 2006-10-03 Compound Therapeutics, Inc. Protein scaffolds for antibody mimics and other binding proteins
US6818418B1 (en) * 1998-12-10 2004-11-16 Compound Therapeutics, Inc. Protein scaffolds for antibody mimics and other binding proteins
US6849397B2 (en) * 1999-05-04 2005-02-01 Wisconsin Alumni Research Foundation Label-free detection of nucleic acids via surface plasmon resonance
DE19923966C2 (de) * 1999-05-25 2003-04-24 Phylos Inc Erkennungssystem zur Auftrennung von Probenbestandteilen, seine Herstellung und Verwendung
CA2372795A1 (en) 1999-07-12 2001-01-18 Robert G. Kuimelis C-terminal protein tagging
ATE542916T1 (de) 1999-08-18 2012-02-15 Illumina Inc Methoden zur erzeugung von oligonukleotidlösungen
WO2001016352A1 (en) * 1999-08-27 2001-03-08 Phylos, Inc. Methods for encoding and sorting in vitro translated proteins
US6839454B1 (en) * 1999-09-30 2005-01-04 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically identifying sub-grids in a microarray
US6731781B1 (en) * 1999-09-30 2004-05-04 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
US7099502B2 (en) * 1999-10-12 2006-08-29 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
DE19959857C1 (de) * 1999-12-10 2001-06-28 Aventis Res & Tech Gmbh & Co Testsystem zum Nachweis von Analyten sowie ein Verfahren zur Herstellung und Verwendung
FR2802550B1 (fr) * 1999-12-17 2004-03-05 Centre Nat Rech Scient Biopuces, preparation et utilisations
AU3163101A (en) * 1999-12-21 2001-07-03 Vbc-Genomics Bioscience Research Gmbh Compound comprising a nucleic acid moiety and an organo-silane moiety
WO2001053539A1 (en) * 2000-01-24 2001-07-26 Phylos, Inc. Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis
US7022479B2 (en) 2000-01-24 2006-04-04 Compound Therapeutics, Inc. Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis
US7816098B2 (en) 2000-01-31 2010-10-19 Sense Proteomic Limited Methods of making and using a protein array
DE60142765D1 (de) * 2000-01-31 2010-09-23 Sense Proteomic Ltd Verfahren zur herstellung von protein expression arrays und anwendung derselben in schnellem screening
WO2001064882A2 (en) 2000-02-29 2001-09-07 Millennium Pharmaceuticals, Inc. 1983, 52881, 2398, 45449, 50289, and 52872, g protein-coupled receptors and uses therefor
GB2360282A (en) * 2000-03-17 2001-09-19 Bioinvent Int Ab Making and using micro-arrays of biological materials
EP1136567A1 (en) * 2000-03-24 2001-09-26 Advanced Array Technologies S.A. Method and kit for the screening, the detection and /or the quantification of transcriptional factors
US8288322B2 (en) 2000-04-17 2012-10-16 Dyax Corp. Methods of constructing libraries comprising displayed and/or expressed members of a diverse family of peptides, polypeptides or proteins and the novel libraries
US20020028455A1 (en) * 2000-05-03 2002-03-07 Laibinis Paul E. Methods and reagents for assembling molecules on solid supports
US6962781B1 (en) 2000-05-19 2005-11-08 Proteonova, Inc. In vitro evolution of nucleic acids and encoded polypeptide
US7410761B2 (en) 2000-05-19 2008-08-12 Proteonova, Inc. System for rapid identification and selection of nucleic acids and polypeptides, and method thereof
US20040229271A1 (en) 2000-05-19 2004-11-18 Williams Richard B. Compositions and methods for the identification and selection of nucleic acids and polypeptides
WO2001090414A1 (en) * 2000-05-19 2001-11-29 Williams Richard B In vitro evolution of nucleic acids and encoded polypeptide
US9709559B2 (en) 2000-06-21 2017-07-18 Bioarray Solutions, Ltd. Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays
US7270954B1 (en) * 2000-06-30 2007-09-18 Iris Biotechnologies, Inc. Hybridization of target DNA with immobilized nucleic acid analogs
GB0016836D0 (en) * 2000-07-07 2000-08-30 Lee Helen Improved dipstick assays (1)
DE10033194C2 (de) * 2000-07-07 2002-07-18 Aventis Res & Tech Gmbh & Co Biosonden und deren Verwendung
CA2418861A1 (en) * 2000-08-11 2002-02-21 Nanotype Gmbh Method and device for characterising and/or for detecting a bonding complex
US7094568B2 (en) 2000-08-17 2006-08-22 Sense Proteomic Ltd. Method for producing proteins tagged at the N- or C-terminus
CN1494589A (zh) * 2000-08-17 2004-05-05 �������ɭ 方法
US6539102B1 (en) 2000-09-01 2003-03-25 Large Scale Proteomics Reference database
US6980674B2 (en) 2000-09-01 2005-12-27 Large Scale Proteomics Corp. Reference database
AU2001292959A1 (en) * 2000-09-22 2002-04-02 Clontech Laboratories, Inc. Highly sensitive proteomic analysis methods and kits and systems for practicing the same
EP2141243A3 (en) 2000-10-16 2010-01-27 Brystol-Myers Squibb Company Protein scaffolds for antibody mimics and other binding proteins
US6897067B2 (en) 2000-11-03 2005-05-24 Regents Of The University Of Michigan Surface transfection and expression procedure
US6902933B2 (en) 2000-11-03 2005-06-07 Regents Of The University Of Michigan Surface transfection and expression procedure
JP2005505231A (ja) * 2000-11-03 2005-02-24 リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン 表面トランスフェクションおよび発現法
US7351575B2 (en) 2000-11-08 2008-04-01 Surface Logix, Inc. Methods for processing biological materials using peelable and resealable devices
US6803205B2 (en) 2000-11-08 2004-10-12 Surface Logix, Inc. Methods of measuring enzyme activity using peelable and resealable devices
US7001740B2 (en) 2000-11-08 2006-02-21 Surface Logix, Inc. Methods of arraying biological materials using peelable and resealable devices
US6967074B2 (en) 2000-11-08 2005-11-22 Surface Logix, Inc. Methods of detecting immobilized biomolecules
US7371563B2 (en) 2000-11-08 2008-05-13 Surface Logix, Inc. Peelable and resealable devices for biochemical assays
US7439056B2 (en) 2000-11-08 2008-10-21 Surface Logix Inc. Peelable and resealable devices for arraying materials
EP1348034B1 (en) * 2000-11-15 2016-07-20 Minerva Biotechnologies Corporation Oligonucleotide identifiers
US6905816B2 (en) 2000-11-27 2005-06-14 Intelligent Medical Devices, Inc. Clinically intelligent diagnostic devices and methods
WO2002059601A1 (en) 2001-01-23 2002-08-01 President And Fellows Of Harvard College Nucleic-acid programmable protein arrays
DE10126798A1 (de) * 2001-06-01 2002-12-19 Nanotype Gmbh Verfahren zur Bestimmung einer Probe
US7981842B2 (en) * 2001-06-08 2011-07-19 Panomics, Inc. Method for detecting transcription factor-protein interactions
US6924113B2 (en) * 2001-06-08 2005-08-02 Panomics, Inc. Method and kit for isolating DNA probes that bind to activated transcription factors
WO2002102820A1 (en) 2001-06-20 2002-12-27 Nuevolution A/S Nucleoside derivatives for library preparation
US6951725B2 (en) * 2001-06-21 2005-10-04 Compound Therapeutics, Inc. In vitro protein interaction detection systems
US7262063B2 (en) 2001-06-21 2007-08-28 Bio Array Solutions, Ltd. Directed assembly of functional heterostructures
US20040161741A1 (en) 2001-06-30 2004-08-19 Elazar Rabani Novel compositions and processes for analyte detection, quantification and amplification
US9777312B2 (en) 2001-06-30 2017-10-03 Enzo Life Sciences, Inc. Dual polarity analysis of nucleic acids
US7172905B2 (en) 2001-08-07 2007-02-06 The University Of Chicago Polypeptide immobilization
DE10145226A1 (de) * 2001-09-13 2003-04-10 Lifebits Ag Herstellung von trägergebundenen Molekülen
US20040142325A1 (en) 2001-09-14 2004-07-22 Liat Mintz Methods and systems for annotating biomolecular sequences
KR20040068122A (ko) 2001-10-15 2004-07-30 바이오어레이 솔루션스 리미티드 공동 검색과 효소-매개된 탐지에 의한 다형성 좌위의 다중분석
AU2002365404A1 (en) * 2001-11-27 2003-06-10 Compound Therapeutics, Inc. Solid-phase immobilization of proteins and peptides
WO2003064604A2 (en) * 2002-01-25 2003-08-07 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Translation profiling
US7413854B2 (en) 2002-03-15 2008-08-19 Nuevolution A/S Method for synthesising templated molecules
US20030228709A1 (en) * 2002-03-25 2003-12-11 Kozlowski Roland Zbignieiw Arrays
US6916621B2 (en) 2002-03-27 2005-07-12 Spectral Genomics, Inc. Methods for array-based comparitive binding assays
US20030194709A1 (en) * 2002-04-10 2003-10-16 Xing Yang Hydrophobic zone device
US7226771B2 (en) 2002-04-19 2007-06-05 Diversa Corporation Phospholipases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
EP1497418B1 (en) 2002-04-19 2012-10-17 Verenium Corporation Phospholipases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
JP2004028953A (ja) * 2002-06-28 2004-01-29 Dna Chip Research Inc 生体関連物質または化学物質固定化用基盤、生体関連物質または化学物質の固定化方法、及び基盤のコーティング方法
EP1521961A2 (en) * 2002-07-05 2005-04-13 The University of Chicago Characterization of biochips containing self-assembled monolayers with maldi-tof-ms
US10730906B2 (en) 2002-08-01 2020-08-04 Nuevolutions A/S Multi-step synthesis of templated molecules
US7512496B2 (en) * 2002-09-25 2009-03-31 Soheil Shams Apparatus, method, and computer program product for determining confidence measures and combined confidence measures for assessing the quality of microarrays
EP3299463B1 (en) 2002-10-30 2020-10-21 Nuevolution A/S Enzymatic encoding
US20030153013A1 (en) * 2002-11-07 2003-08-14 Ruo-Pan Huang Antibody-based protein array system
US7526114B2 (en) 2002-11-15 2009-04-28 Bioarray Solutions Ltd. Analysis, secure access to, and transmission of array images
JP2004184312A (ja) * 2002-12-05 2004-07-02 Yokogawa Electric Corp 生体高分子検出方法およびバイオチップ
EP1573044A4 (en) 2002-12-18 2006-07-05 Ciphergen Biosystems Inc SERUM BIOMARKERS OF LUNG CANCER
WO2004056994A2 (en) 2002-12-19 2004-07-08 Nuevolution A/S Quasirandom structure and function guided synthesis methods
US7785601B2 (en) 2002-12-31 2010-08-31 Sygnis Bioscience Gmbh & Co. Kg Methods of treating neurological conditions with hematopoietic growth factors
US7695723B2 (en) 2002-12-31 2010-04-13 Sygnis Bioscience Gmbh & Co. Kg Methods of treating neurological conditions with hematopoietic growth factors
ES2362424T3 (es) 2003-01-07 2011-07-05 Dyax Corporation Biblioteca del dominio kunitz.
JP4741458B2 (ja) 2003-01-16 2011-08-03 カプロテック・バイオアナリティクス・ゲゼルシャフト・ミット・ベシュレンクテル・ハフツング 捕獲化合物、その収集物ならびにプロテオームおよび複合組成物を分析するための方法
EP1597394A2 (en) * 2003-02-21 2005-11-23 Nuevolution A/S A method for obtaining structural information about an encoded molecule
WO2004074429A2 (en) 2003-02-21 2004-09-02 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
EP3023498B1 (en) 2003-03-06 2018-11-28 BASF Enzymes LLC Amylases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
MX295545B (es) 2003-03-07 2012-02-03 Diversa Corp Hidrolasas, acidos nucleicos que las codifican, y metodos para hacerlas y usarlas.
DE602004019764D1 (de) 2003-03-20 2009-04-16 Nuevolution As Ligationsvermittelnde codierung von kleinen molekülen
US7592434B2 (en) 2003-04-04 2009-09-22 Verenium Corporation Pectate lyases, nucleic encoding them and methods for making and using them
WO2004094460A2 (en) 2003-04-17 2004-11-04 Ciphergen Biosystems, Inc. Polypeptides related to natriuretic peptides and methods of their identification and use
EP2404931A1 (en) 2003-07-02 2012-01-11 Verenium Corporation Glucanases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
CA2534661A1 (en) 2003-08-08 2005-02-17 Genenews Inc. Osteoarthritis biomarkers and uses thereof
CA2535526C (en) 2003-08-11 2015-09-29 Diversa Corporation Laccases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
CN1882697A (zh) * 2003-08-12 2006-12-20 麻省理工学院 样品制备方法和装置
US20050277204A1 (en) * 2003-08-12 2005-12-15 Massachusetts Institute Of Technology Sample preparation methods and devices
WO2005026387A1 (en) 2003-09-18 2005-03-24 Nuevolution A/S A method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds
CA2539824C (en) 2003-09-22 2015-02-03 Xinwen Wang Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules
AU2004286252A1 (en) 2003-10-28 2005-05-12 Bioarray Solutions Ltd. Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes
JP4796967B2 (ja) 2003-11-07 2011-10-19 ヴァーミリオン インコーポレイテッド アルツハイマー病のためのバイオマーカー
KR20060129246A (ko) 2003-12-05 2006-12-15 컴파운드 쎄라퓨틱스, 인크. 타입 2 혈관 내피 성장 인자 수용체의 억제제
WO2005055812A2 (en) 2003-12-05 2005-06-23 Ciphergen Biosystems, Inc. Serum biomarkers for chagas disease
AU2005220746A1 (en) 2004-03-05 2005-09-22 Medical College Of Ohio Methods and compositions for assessing nucleic acids and alleles
EP1730277B1 (en) 2004-03-22 2009-10-28 Nuevolution A/S Ligational encoding using building block oligonucleotides
AU2005227785A1 (en) * 2004-03-31 2005-10-13 Takayuki Doi Labeling substance and chimera substance, process for preparing these substances, and method of biosubstance trapping, structural analysis or/and identification with use of the labeling substance
EP1745157A4 (en) 2004-04-12 2008-06-11 Ohio Med College METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING ANALYTES
WO2005108615A2 (en) * 2004-04-14 2005-11-17 President And Fellows Of Harvard College Nucleic-acid programmable protein arrays
EP2207033B1 (en) 2004-04-15 2014-06-18 University of Florida Research Foundation, Inc. Neural proteins as biomarkers for nervous system injury and other neural disorders
WO2005103281A2 (en) 2004-04-26 2005-11-03 Children's Medical Center Corporation Platelet biomarkers for the detection of disease
US7585859B2 (en) 2004-05-06 2009-09-08 Plexxikon, Inc. PDE4B inhibitors and uses therefor
CA2567627C (en) 2004-05-20 2014-09-30 Quest Diagnostics Investments Incorporated Single label comparative hybridization
AU2005264938B2 (en) 2004-06-16 2011-11-24 Verenium Corporation Compositions and methods for enzymatic decolorization of chlorophyll
US7498342B2 (en) 2004-06-17 2009-03-03 Plexxikon, Inc. Compounds modulating c-kit activity
US7848889B2 (en) 2004-08-02 2010-12-07 Bioarray Solutions, Ltd. Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification
EP1786813A2 (en) 2004-09-03 2007-05-23 Plexxikon, Inc. Bicyclic heteroaryl pde4b inhibitors
WO2006047417A2 (en) 2004-10-21 2006-05-04 University Of Florida Research Foundation, Inc. Detection of cannabinoid receptor biomarkers and uses thereof
WO2006074360A2 (en) 2005-01-06 2006-07-13 Eastern Virginia Medical School Apolipoprotein a-ii isoform as a biomarker for prostate cancer
DE602006018861D1 (de) 2005-01-27 2011-01-27 Quest Diagnostics Invest Inc Schnelle komparative genomhybridisierung
EP2520669A3 (en) 2005-02-07 2013-02-27 GeneNews Inc. Mild osteoathritis biomarkers and uses thereof
WO2006099207A2 (en) 2005-03-10 2006-09-21 Diversa Corporation Lyase enzymes, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
NZ594810A (en) 2005-03-15 2012-12-21 Verenium Corp Cellulases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
US8048638B2 (en) 2005-04-01 2011-11-01 University Of Florida Research Foundation, Inc. Biomarkers of liver injury
AU2006232370B2 (en) 2005-04-01 2011-10-06 Banyan Biomarkers Biomakers of liver injury
KR20080027775A (ko) 2005-05-17 2008-03-28 플렉시콘, 인코퍼레이티드 피롤(２,３-ｂ)피리딘 유도체 단백질 키나제 억제제
WO2007002527A2 (en) 2005-06-24 2007-01-04 Ciphergen Biosystems, Inc. BIOMARKERS FOR OVARIAN CANCER: β-2 MICROGLOBULIN
ATE518007T1 (de) 2005-10-21 2011-08-15 Genenews Inc Verfahren und vorrichtung zur korrelierung der ebenen von biomarker-produkten mit erkrankungen
EP1951906B1 (en) 2005-11-10 2010-12-22 Bristol-Myers Squibb Pharma Company Moesin, caveolin 1 and yes associated protein 1 as predictive markers of response to dasatinib in breast cancers
US8076074B2 (en) 2005-11-29 2011-12-13 Quest Diagnostics Investments Incorporated Balanced translocation in comparative hybridization
LT3305900T (lt) 2005-12-01 2021-11-10 Nuevolution A/S Fermentiniai kodavimo būdai didelių bibliotekų efektyviai sintezei
WO2007070809A2 (en) * 2005-12-12 2007-06-21 Mcgill University Biomarkers for babesia
AU2007277445A1 (en) * 2006-01-03 2008-01-31 Dana-Farber Cancer Institute Small molecule printing
WO2007092314A2 (en) 2006-02-02 2007-08-16 Verenium Corporation Esterases and related nucleic acids and methods
DK2450439T3 (da) 2006-02-10 2014-02-10 Verenium Corp Cellulosenedbrydende enzymer, nucleinsyrer, der koder for dem, og fremgangsmåder til at fremstille og benytte dem
EP2548955A1 (en) 2006-02-14 2013-01-23 Verenium Corporation Xylanases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
KR101588539B1 (ko) 2006-03-07 2016-01-25 바스프 엔자임스 엘엘씨 알돌라제, 이것을 코딩하는 핵산과 그 제조 방법 및 사용 방법
EP2112227B1 (en) 2006-03-07 2013-05-15 Cargill, Incorporated Aldolases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
WO2007106466A2 (en) 2006-03-11 2007-09-20 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Beta-2 microglobulin as a biomarker for peripheral artery disease
US8178316B2 (en) 2006-06-29 2012-05-15 President And Fellows Of Harvard College Evaluating proteins
TWI369402B (en) 2006-07-05 2012-08-01 Catalyst Biosciences Inc Protease screening methods and proteases identified thereby
US20100003189A1 (en) 2006-07-14 2010-01-07 The Regents Of The University Of California Cancer biomarkers and methods of use thereof
BRPI0714876B1 (pt) 2006-08-04 2022-04-19 Verenium Corporation Ácido nucleico isolado, sintético ou recombinante, cassete de expressão, vetor ou veículo de clonagem, célula bacteriana, fúngica ou de levedura transformada, polipeptídeo isolado, sintético ou recombinante, composição, bem como métodos de produção e de usos dos mesmos
WO2008036863A2 (en) 2006-09-21 2008-03-27 Verenium Corporation Phospholipases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
CN113789316A (zh) 2006-09-21 2021-12-14 巴斯夫酶有限责任公司 肌醇六磷酸酶、编码它们的核酸及制备和使用它们的方法
US20110143953A1 (en) * 2006-10-16 2011-06-16 Arizona Board Of Regents, A Body Corporate Of The State Of Arizona Synthetic Antibodies
US8618248B2 (en) 2006-10-31 2013-12-31 President And Fellows Of Harvard College Phosphopeptide compositions and anti-phosphopeptide antibody compositions and methods of detecting phosphorylated peptides
WO2008063888A2 (en) 2006-11-22 2008-05-29 Plexxikon, Inc. Compounds modulating c-fms and/or c-kit activity and uses therefor
AU2007325838B2 (en) 2006-11-22 2013-09-19 Bristol-Myers Squibb Company Targeted therapeutics based on engineered proteins for tyrosine kinases receptors, including IGF-IR
US8288110B2 (en) * 2006-12-04 2012-10-16 Perkinelmer Health Sciences, Inc. Biomarkers for detecting cancer
CA2673525C (en) 2006-12-21 2017-12-05 Verenium Corporation Amylases and glucoamylases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
CA2674721C (en) 2007-01-30 2018-04-03 Verenium Corporation Enzymes for the treatment of lignocellulosics, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
GB2447786C (en) 2007-03-22 2011-11-09 Heptares Therapeutics Ltd Mutant G-protein coupled receptor proteins and methods for selecting them
EP2210099A4 (en) 2007-03-27 2011-03-16 Vermillion Inc BIOMARKER FOR OVARIAL CARCINOMA
MX2009010997A (es) 2007-04-13 2009-11-02 Catalyst Biosciences Inc Polipeptidos modificados con el factor vii y usos de los mismos.
EP3196310B1 (en) 2007-04-27 2020-07-08 The Regents of The University of California Plant co2 sensors, nucleic acids encoding them, and methods for making and using them
EP2162552A4 (en) 2007-05-11 2010-06-30 Univ Johns Hopkins BIOMARKERS FOR MELANOMES
US20100190777A1 (en) 2007-07-17 2010-07-29 Plexxikon Inc. Compounds and methods for kinase modulation, and indications therefor
US7507539B2 (en) 2007-07-30 2009-03-24 Quest Diagnostics Investments Incorporated Substractive single label comparative hybridization
US20090099027A1 (en) * 2007-08-23 2009-04-16 Applied Biosystems Inc. Methods of Modifying Support Surfaces for the Immobilization of Particles and the Use of the Immobilized Particles for Analyzing Nucleic Acids
WO2009045627A2 (en) 2007-10-03 2009-04-09 Verenium Corporation Xylanases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
US7811810B2 (en) 2007-10-25 2010-10-12 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
US7767441B2 (en) * 2007-10-25 2010-08-03 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
EP3536336A1 (en) 2007-11-30 2019-09-11 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Adiponectin receptor fragments and methods of use
US8883146B2 (en) 2007-11-30 2014-11-11 Abbvie Inc. Protein formulations and methods of making same
CA2707483A1 (en) 2007-11-30 2009-06-11 Wolfgang Fraunhofer Protein formulations and methods of making same
WO2009075773A2 (en) 2007-12-07 2009-06-18 Goldstein Steven A Identification of toxin ligands
GB0724051D0 (en) * 2007-12-08 2008-01-16 Medical Res Council Mutant proteins and methods for producing them
GB0724860D0 (en) 2007-12-20 2008-01-30 Heptares Therapeutics Ltd Screening
ES2334084B1 (es) 2007-12-21 2011-01-24 Inst Cientifico Tecnol Navarra Marcadores geneticos para el pronostico de la esclerosis multiple.
JP5563990B2 (ja) 2008-01-03 2014-07-30 ヴェレニウム コーポレイション トランスフェラーゼおよびオキシドレダクターゼ、それらをコードする核酸並びにそれらを製造および使用する方法
TW200936156A (en) 2008-01-28 2009-09-01 Novartis Ag Methods and compositions using Klotho-FGF fusion polypeptides
US8420088B2 (en) 2008-01-28 2013-04-16 Novartis Ag Methods and compositions using FGF23 fusion polypeptides
GB0802474D0 (en) * 2008-02-11 2008-03-19 Heptares Therapeutics Ltd Mutant proteins and methods for selecting them
MX2010008874A (es) 2008-02-14 2010-09-22 Bristol Myers Squibb Co Terapeuticos dirigidos a base de proteinas manipuladas que se unen al receptor de factor de crecimiento epidermico.
DE08718604T1 (de) * 2008-03-05 2009-12-24 Medical Research Council Kristallstruktur
EP3156925A3 (en) 2008-03-10 2017-06-21 Lineagen, Inc. Copd biomarker signatures
US9873957B2 (en) 2008-03-13 2018-01-23 Dyax Corp. Libraries of genetic packages comprising novel HC CDR3 designs
CN101550441B (zh) * 2008-04-01 2011-11-23 博尔诚（北京）科技有限公司 含有生物标志物样本的高通量分析方法和样本库制备
EP2281078B1 (en) 2008-04-24 2014-10-22 Dyax Corporation Libraries of genetic packages comprising novel hc cdr1, cdr2, and cdr3 and novel lc cdr1, cdr2, and cdr3 designs
CA2722082C (en) 2008-04-25 2021-11-09 Christopher Tenhoor Fc receptor binding proteins
SG190572A1 (en) 2008-04-29 2013-06-28 Abbott Lab Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof
AR071874A1 (es) 2008-05-22 2010-07-21 Bristol Myers Squibb Co Proteinas de dominio de armazon basadas en fibronectina multivalentes
CA2726087A1 (en) 2008-06-03 2009-12-10 Tariq Ghayur Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof
WO2010123720A1 (en) 2009-04-23 2010-10-28 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Monomeric and dimeric forms of adiponectin receptor fragments and methods of use
US8173198B2 (en) * 2008-07-23 2012-05-08 Life Technologies Corporation Deposition of metal oxides onto surfaces as an immobilization vehicle for carboxylated or phophated particles or polymers
EP2316030B1 (en) 2008-07-25 2019-08-21 Wagner, Richard W. Protein screeing methods
US8198062B2 (en) 2008-08-29 2012-06-12 Dsm Ip Assets B.V. Hydrolases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them
JP5586607B2 (ja) 2008-08-29 2014-09-10 ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド ２０個の遺伝子パネルを用いて潰瘍性大腸炎及び関連疾患を評価し治療するためのマーカー及び方法
US20100093563A1 (en) 2008-09-22 2010-04-15 Robert Anthony Williamson Methods and vectors for display of molecules and displayed molecules and collections
CA2679750A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-23 Nexus Dx, Inc. Methods for detecting nucleic acids in a sample
EP2169078A1 (en) 2008-09-26 2010-03-31 Fundacion Gaiker Methods and kits for the diagnosis and the staging of colorectal cancer
TW201028432A (en) * 2008-09-30 2010-08-01 Abbott Lab Improved antibody libraries
CA2740440A1 (en) 2008-10-14 2010-04-22 Dyax Corp. Use of igf-ii/igf-iie binding proteins for the treatment and prevention of systemic sclerosis-associated pulmonary fibrosis
EP2352998A4 (en) 2008-11-07 2011-09-21 Centocor Ortho Biotech Inc MARKERS AND METHOD FOR THE STUDY AND TREATMENT OF LIGHT-SENSITIVELY LUPUS PATIENTS
TWI496582B (zh) 2008-11-24 2015-08-21 必治妥美雅史谷比公司 雙重專一性之ｅｇｆｒ／ｉｇｆｉｒ結合分子
US8349325B2 (en) 2008-12-23 2013-01-08 Abbott Laboratories Soluble FMS-like tyrosine kinase-1 (sFLT-1) antibody and related composition, kit, methods of using, and materials and method for making
JP5684724B2 (ja) 2008-12-30 2015-03-18 ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド 強直性脊椎炎を有する患者における抗−ＴＮＦα抗体に対する臨床応答を予測する血清マーカー
WO2010087985A2 (en) 2009-01-28 2010-08-05 Yale University Novel markers for detection of complications resulting from in utero encounters
EP2810652A3 (en) 2009-03-05 2015-03-11 AbbVie Inc. IL-17 binding proteins
EP2406399B1 (en) 2009-03-09 2018-02-14 Bioatla, LLC Mirac proteins
CR20170089A (es) 2009-04-03 2017-07-17 Plexxikon Inc Composiciones del acido propano-1--sulfonico {3-[5-(4-cloro-fenil)-1h-pirrolo [2,3-b] piridina-3-carbonil] -2,4-difluoro-fenil}-amida y el uso de las mismas
CN102459303B (zh) 2009-05-21 2016-06-29 巴斯夫酶有限责任公司 肌醇六磷酸酶、编码它们的核酸及制备和使用它们的方法
AU2010256880B2 (en) 2009-06-02 2015-01-22 Opko Health, Inc. Identification of small molecules recognized by antibodies in subjects with neurodegenerative diseases
GB0910725D0 (en) 2009-06-22 2009-08-05 Heptares Therapeutics Ltd Mutant proteins and methods for producing them
JP2013504602A (ja) 2009-09-14 2013-02-07 ダイアックス コーポレーション 新しく設計したｈｃｃｄｒ３を含む遺伝子パッケージライブラリー
US20110189183A1 (en) 2009-09-18 2011-08-04 Robert Anthony Williamson Antibodies against candida, collections thereof and methods of use
AU2010298000A1 (en) 2009-09-25 2012-04-05 Signature Genomics Laboratories Llc Multiplex (+/-) stranded arrays and assays for detecting chromosomal abnormalities associated with cancer and other diseases
UA111708C2 (uk) 2009-10-16 2016-06-10 Бандж Ойлз, Інк. Спосіб рафінування олії
UA109884C2 (uk) 2009-10-16 2015-10-26 Поліпептид, що має активність ферменту фосфатидилінозитол-специфічної фосфоліпази с, нуклеїнова кислота, що його кодує, та спосіб його виробництва і застосування
WO2011047257A1 (en) 2009-10-16 2011-04-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Compositions and methods for producing cyclic peptoid libraries
NZ599866A (en) 2009-11-06 2014-09-26 Plexxikon Inc Compounds and methods for kinase modulation, and indications therefor
SI2521568T1 (sl) 2010-01-06 2019-01-31 Dyax Corp. Proteini, ki vežejo plazemski kalikrein
EP2531224B1 (en) 2010-01-26 2019-06-05 Bioregency, Inc. Compositions and methods relating to argininosuccinate synthetase
MX2012009318A (es) 2010-02-10 2012-09-07 Novartis Ag Metodos y compuestos para el crecimiento muscular.
US20110229921A1 (en) 2010-03-18 2011-09-22 Abbott Laboratories METHODS OF ASSAYING URINARY NEUTROPHIL GELATINASE-ASSOCIATED LIPOCALIN (uNGAL) IN THE PROGNOSIS OF CADAVERIC KIDNEY TRANSPLANT FUNCTION IN A PATIENT, INCLUDING A PATIENT DIAGNOSED WITH DELAYED GRAFT FUNCTION (DGF), A METHOD OF ASSAYING uNGAL IN THE ASSESSMENT OF RISK OF DGF IN A PATIENT DIAGNOSED WITH EARLY GRAFT FUNCTION (EGF), AND RELATED KITS
US11225655B2 (en) 2010-04-16 2022-01-18 Nuevolution A/S Bi-functional complexes and methods for making and using such complexes
EP3508854A1 (en) 2010-04-27 2019-07-10 The Regents of The University of California Cancer biomarkers and methods of use thereof
TW201138808A (en) 2010-05-03 2011-11-16 Bristol Myers Squibb Co Serum albumin binding molecules
SI2571532T1 (sl) 2010-05-14 2017-10-30 Abbvie Inc. Proteini, ki vežejo IL-1
ES2573108T3 (es) 2010-05-26 2016-06-06 Bristol-Myers Squibb Company Proteínas de armazón a base de fibronectina que tienen estabilidad mejorada
US9551714B2 (en) 2010-06-25 2017-01-24 Abbott Laboratories Materials and methods for assay of anti-hepatitis C virus (HCV) antibodies
WO2012006500A2 (en) 2010-07-08 2012-01-12 Abbott Laboratories Monoclonal antibodies against hepatitis c virus core protein
UY33492A (es) 2010-07-09 2012-01-31 Abbott Lab Inmunoglobulinas con dominio variable dual y usos de las mismas
KR20130100118A (ko) 2010-08-03 2013-09-09 아비에 인코포레이티드 이원 가변 도메인 면역글로불린 및 이의 용도
US20130210663A1 (en) 2010-08-04 2013-08-15 Cizzle Biotechnology Limited Methods and compounds for the diagnosis and treatment of cancer
EP2428583A1 (en) 2010-09-10 2012-03-14 Bioftalmik, S.L. Method of prognosis for the success of filtering surgery and for determining the progress of cicatrization
BR112013008347A2 (pt) 2010-10-06 2016-06-14 Bp Corp North America Inc polipeptídeos de variantes cbh i
JP6071886B2 (ja) 2010-10-14 2017-02-01 ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティ 脳損傷のバイオマーカー
US20120115244A1 (en) 2010-11-09 2012-05-10 Abbott Laboratories Materials and methods for immunoassay of pterins
KR20130133247A (ko) 2010-12-21 2013-12-06 애브비 인코포레이티드 Ｉｌ-1-알파 및 -베타 이특이적 이원 가변 도메인 면역글로불린 및 이의 용도
WO2012092376A2 (en) 2010-12-31 2012-07-05 Short Jay M Comprehensive monoclonal antibody generation
MA34948B1 (fr) 2011-02-07 2014-03-01 Plexxikon Inc Composes et procedes de modulation de kinase, et leurs indications
TWI558702B (zh) 2011-02-21 2016-11-21 普雷辛肯公司 醫藥活性物質的固態形式
ES2926988T3 (es) 2011-03-15 2022-10-31 X Body Inc Métodos de cribado de anticuerpos
RU2013145890A (ru) 2011-03-15 2015-04-20 Юниверсити Оф Юта Рисерч Фаундейшн Способы диагностики и лечения сосудисто-ассоциированной макулопатии и ее симптомов
HUE033008T2 (hu) 2011-04-13 2017-11-28 Bristol Myers Squibb Co FC fúziós proteinek, amelyek tartalmaznak új linkereket
EP3418380B1 (en) 2011-04-28 2022-05-25 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Identification of polynucleotides associated with a sample
KR20140044329A (ko) 2011-05-12 2014-04-14 트래스래셔널 캔서 드럭스 파마 에스.엘. Kiaa1456 발현의 결장암 환자 생존에 대한 예측
EP2707389B1 (en) 2011-05-12 2019-10-30 The Johns Hopkins University Assay reagents for a neurogranin diagnostic kit
RU2631487C2 (ru) 2011-05-17 2017-09-22 Плексксикон Инк. Модуляция киназ и показания к её применению
EP2709669A1 (en) 2011-05-17 2014-03-26 Bristol-Myers Squibb Company Methods for maintaining pegylation of polypeptides
EP2714084B1 (en) 2011-06-02 2019-05-22 Dyax Corp. Fc RECEPTOR BINDING PROTEINS
WO2013027191A1 (en) 2011-08-25 2013-02-28 Novartis Ag Methods and compositions using fgf23 fusion polypeptides
MX2014004977A (es) 2011-10-24 2014-09-11 Abbvie Inc Inmunoaglutinantes dirigidos contra esclerostina.
RU2014121043A (ru) 2011-10-24 2015-12-10 Эббви Инк. Биспецифические иммуносвязывающие средства, направленные против tnf и il-17
US9522951B2 (en) 2011-10-31 2016-12-20 Bristol-Myers Squibb Company Fibronectin binding domains with reduced immunogenicity
AU2012344155A1 (en) 2011-11-28 2014-07-03 Fundacio Institut De Recerca Biomedica (Irb Barcelona) Methods and kits for the prognosis of colorectal cancer
TWI640537B (zh) 2011-12-05 2018-11-11 Ｘ 染色體有限公司 ＰＤＧＦ受體β結合多肽
WO2013092960A1 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Fundacion Gaiker Methods and kits for the diagnosis of colorectal cancer
US8993248B2 (en) 2011-12-31 2015-03-31 Abbott Laboratories Truncated human vitamin D binding protein and mutation and fusion thereof and related materials and methods of use
WO2013106886A1 (en) 2012-01-20 2013-07-25 Adelaide Research & Innovation Pty Ltd Biomarkers for gastric cancer and uses thereof
GB2500243A (en) * 2012-03-15 2013-09-18 Isogenica Ltd Identifying members of immobilised peptide libraries comprising protein-DNA complexes
US9150570B2 (en) 2012-05-31 2015-10-06 Plexxikon Inc. Synthesis of heterocyclic compounds
WO2013190081A1 (en) 2012-06-22 2013-12-27 Proyecto De Biomedicina Cima, S.L. Methods and reagents for the prognosis of cancer
WO2014011955A2 (en) 2012-07-12 2014-01-16 Abbvie, Inc. Il-1 binding proteins
US20150309036A1 (en) 2012-08-16 2015-10-29 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Diagnostic Markers of Indolent Prostate Cancer
MY172863A (en) 2012-09-13 2019-12-13 Bristol Myers Squibb Co Fibronectin based scaffold domain proteins that bind to myostatin
WO2014072517A1 (en) 2012-11-12 2014-05-15 Institució Catalana De Recerca I Estudis Avançats Methods and kits for the prognosis of colorectal cancer
EP2929351B1 (en) * 2012-12-10 2019-10-09 The University of Queensland Cell-free biofragment compositions and related systems, devices, and methods
AU2013202668B2 (en) 2012-12-24 2014-12-18 Adelaide Research & Innovation Pty Ltd Inhibition of cancer growth and metastasis
EP2951206A2 (en) 2013-02-01 2015-12-09 Bristol-Myers Squibb Company Fibronectin based scaffold proteins
EP2953968B1 (en) 2013-02-06 2018-07-25 Bristol-Myers Squibb Company Fibronectin type iii domain proteins with enhanced solubility
WO2014126884A1 (en) 2013-02-12 2014-08-21 Bristol-Myers Squibb Company High ph protein refolding methods
US9267171B2 (en) 2013-02-28 2016-02-23 New York University DNA photolithography with cinnamate crosslinkers
JP6739329B2 (ja) 2013-03-14 2020-08-12 アボット・ラボラトリーズＡｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｈｃｖコア脂質結合ドメインモノクローナル抗体
JP2016512241A (ja) 2013-03-14 2016-04-25 アボット・ラボラトリーズＡｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ 改良された抗体検出のためのｈｃｖｎｓ３組換え抗原およびこの突然変異体
EP2968526A4 (en) 2013-03-14 2016-11-09 Abbott Lab ANTIGEN-ANTIBODY COMBINATION ASSAY OF HEPATITIS C VIRUS AND METHODS AND COMPOSITIONS FOR USE THEREWITH
US9005901B2 (en) 2013-03-15 2015-04-14 Abbott Laboratories Assay with internal calibration
GB2584364A (en) 2013-03-15 2020-12-02 Abvitro Llc Single cell bar-coding for antibody discovery
US9157910B2 (en) 2013-03-15 2015-10-13 Abbott Laboratories Assay with increased dynamic range
EP4286853A3 (en) 2013-05-10 2024-03-06 Johns Hopkins University Compositions for ovarian cancer assessment having improved specificity
EP3739336B1 (en) 2013-06-28 2022-05-11 X-Body, Inc. Target antigen discovery, phenotypic screens and use thereof for identification of target cell specific target epitopes
EP3022322A4 (en) 2013-07-17 2017-05-17 The Johns Hopkins University A multi-protein biomarker assay for brain injury detection and outcome
CN105705947B (zh) 2013-09-23 2019-04-02 X博迪公司 用于生成对抗细胞表面抗原的结合剂的方法和组合物
CA2943241C (en) 2014-03-20 2023-09-19 Bristol-Myers Squibb Company Serum albumin-binding fibronectin type iii domains
DK3143138T3 (da) 2014-05-13 2022-04-25 Bioatla Inc Betinget aktive biologiske proteiner
CN107209188A (zh) 2014-06-27 2017-09-26 雅培制药有限公司 用于检测人Pegivirus 2 (HPgV‑2)的组合物和方法
US11111288B2 (en) 2014-08-28 2021-09-07 Bioatla, Inc. Conditionally active chimeric antigen receptors for modified t-cells
AU2015308818B2 (en) 2014-08-28 2021-02-25 Bioatla Llc Conditionally active chimeric antigen receptors for modified T-cells
CA2959786A1 (en) 2014-09-03 2016-03-10 Bioatla, Llc Discovering and producing conditionally active biologic proteins in the same eukaryotic cell production hosts
SG11201702060VA (en) 2014-09-15 2017-04-27 Abvitro Inc High-throughput nucleotide library sequencing
US10222386B2 (en) 2014-09-19 2019-03-05 The Johns Hopkins University Biomarkers of congnitive dysfunction
BR112017009029A2 (pt) 2014-10-29 2018-02-06 Abbott Lab ensaios de detecção de anticorpo anti-hcv de um indivíduo utilizando peptídeos de captura ns3
KR20170084332A (ko) 2014-12-04 2017-07-19 노파르티스 아게 Klotho 변이체 폴리펩티드를 사용하는 방법 및 조성물
US11543411B2 (en) 2014-12-05 2023-01-03 Prelude Corporation DCIS recurrence and invasive breast cancer
JP6383015B2 (ja) * 2015-01-22 2018-08-29 アークレイ株式会社 ターゲット分析チップおよびターゲット分析方法
EP3259594A4 (en) 2015-02-20 2018-12-26 The Johns Hopkins University Biomarkers of myocardial injury
CN107580603A (zh) 2015-02-24 2018-01-12 生物蛋白有限公司 条件活性生物蛋白
WO2016164641A1 (en) 2015-04-08 2016-10-13 Plexxikon Inc. Compounds and methods for kinase modulation, and indications therefor
AU2016291558A1 (en) 2015-07-10 2018-02-08 West Virginia University Markers of stroke and stroke severity
US10829484B2 (en) 2015-07-28 2020-11-10 Plexxikon Inc. Compounds and methods for kinase modulation, and indications therefor
KR20180056701A (ko) 2015-09-23 2018-05-29 브리스톨-마이어스 스큅 컴퍼니 패스트-오프 레이트 혈청 알부민 결합 피브로넥틴 유형 iii 도메인
SG11201804711RA (en) 2015-12-07 2018-07-30 Plexxikon Inc Compounds and methods for kinase modulation, and indications therefor
WO2017099829A1 (en) 2015-12-11 2017-06-15 The General Hospital Corporation Compositions and methods for treating drug-tolerant glioblastoma
WO2017126479A1 (ja) * 2016-01-22 2017-07-27 アークレイ株式会社 ターゲットの分析方法及びターゲット分析チップ
SI3455261T1 (sl) 2016-05-13 2023-01-31 Bioatla, Inc. Protitelesa proti ROR2, fragmenti protitelesa, njihovi imunokonjugati in uporabe le-teh
EP3246415A1 (en) 2016-05-18 2017-11-22 Asociación Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias - CIC bioGUNE Methods for the prognosis of prostate cancer
TW201815766A (zh) 2016-09-22 2018-05-01 美商普雷辛肯公司 用於ｉｄｏ及ｔｄｏ調節之化合物及方法以及其適應症
WO2018089764A1 (en) 2016-11-11 2018-05-17 Ascendant Dx, Llc Compositions and methods for diagnosing and differentiating systemic juvenile idiopathic arthritis and kawasaki disease
AU2017395023B2 (en) 2016-12-23 2022-04-07 Plexxikon Inc. Compounds and methods for CDK8 modulation and indications therefor
ES2688737A1 (es) 2017-05-04 2018-11-06 Universidad Del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea Método para diagnosticar placa ateroesclerótica inestable
CN111148849A (zh) 2017-05-26 2020-05-12 阿布维托有限责任公司 高通量多核苷酸文库测序和转录组分析
WO2018226846A1 (en) 2017-06-07 2018-12-13 Plexxikon Inc. Compounds and methods for kinase modulation
AU2018318435A1 (en) 2017-08-16 2020-04-02 Medimmune, Llc Compositions and methods for treatment of atopic dermatitis and treatment selection
WO2019051335A1 (en) 2017-09-07 2019-03-14 Juno Therapeutics, Inc. METHODS OF IDENTIFYING CELLULAR CHARACTERISTICS RELATED TO RESPONSES ASSOCIATED WITH CELL THERAPY
US11709156B2 (en) 2017-09-18 2023-07-25 Waters Technologies Corporation Use of vapor deposition coated flow paths for improved analytical analysis
US11709155B2 (en) 2017-09-18 2023-07-25 Waters Technologies Corporation Use of vapor deposition coated flow paths for improved chromatography of metal interacting analytes
WO2019236632A1 (en) 2018-06-04 2019-12-12 Avon Products. Inc. Protein biomarkers for identifying and treating aging skin and skin conditions
WO2020056338A1 (en) 2018-09-14 2020-03-19 Prelude Corporation Method of selection for treatment of subjects at risk of invasive breast cancer
US20220026444A1 (en) 2018-11-26 2022-01-27 Asociación Centro De Investigación Cooperativa En Biociencias-Cic Biogune Methods for diagnosing and/or treating acute or chronic liver, kidney or lung disease
EP3674421A1 (en) 2018-12-28 2020-07-01 Asociación Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias - CIC bioGUNE Methods for the prognosis of prostate cancer
CA3138367A1 (en) 2019-04-30 2020-11-05 Encodia, Inc. Methods for preparing analytes and related kits
CN111041025B (zh) 2019-12-17 2021-06-18 深圳市瑞吉生物科技有限公司 基于结合N-乙酰半乳糖胺多肽的mRNA靶向分子及其制备方法
US11918936B2 (en) 2020-01-17 2024-03-05 Waters Technologies Corporation Performance and dynamic range for oligonucleotide bioanalysis through reduction of non specific binding
CN111744019B (zh) 2020-07-01 2023-08-04 深圳瑞吉生物科技有限公司 基于甘露糖的mRNA靶向递送系统及其应用
WO2022003146A1 (en) 2020-07-03 2022-01-06 Fundació Institut D'investigació Biomèdica De Bellvitge (Idibell) Methods for predicting the risk of local invasion and/or metastasis induced by an antiangiogenic treatment
WO2023122723A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 The Broad Institute, Inc. Panels and methods for diagnosing and treating lung cancer

Family Cites Families (31)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4599303A (en) * 1983-12-12 1986-07-08 Hri Associates, Inc. Nucleic acid hybridization assay employing probes crosslinkable to target sequences
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
ES2118066T3 (es) 1989-10-05 1998-09-16 Optein Inc Sintesis y aislamiento, exentos de celulas, de nuevos genes y polipeptidos.
US5623065A (en) * 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5843701A (en) * 1990-08-02 1998-12-01 Nexstar Pharmaceticals, Inc. Systematic polypeptide evolution by reverse translation
US5545698A (en) * 1990-08-31 1996-08-13 University Of Minnesota Polyethylene glycol derivatives for solid-phase applications
DE69132843T2 (de) * 1990-12-06 2002-09-12 Affymetrix Inc N D Ges D Staat Identifizierung von Nukleinsäuren in Proben
EP0562025B1 (en) 1990-12-06 2001-02-07 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Compounds and their use in a binary synthesis strategy
AU2313392A (en) 1991-08-01 1993-03-02 University Research Corporation Systematic polypeptide evolution by reverse translation
WO1993020236A1 (en) * 1992-04-03 1993-10-14 Applied Biosystems, Inc. Probe composition and method
US5372930A (en) * 1992-09-16 1994-12-13 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Sensor for ultra-low concentration molecular recognition
EP1262564A3 (en) * 1993-01-07 2004-03-31 Sequenom, Inc. Dna sequencing by mass spectrometry
US5677196A (en) * 1993-05-18 1997-10-14 University Of Utah Research Foundation Apparatus and methods for multi-analyte homogeneous fluoro-immunoassays
US5635602A (en) 1993-08-13 1997-06-03 The Regents Of The University Of California Design and synthesis of bispecific DNA-antibody conjugates
US6156501A (en) * 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
JP3488465B2 (ja) * 1993-10-28 2004-01-19 ヒューストン・アドバンスド・リサーチ・センター 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置
AU8124694A (en) 1993-10-29 1995-05-22 Affymax Technologies N.V. In vitro peptide and antibody display libraries
US5561043A (en) 1994-01-31 1996-10-01 Trustees Of Boston University Self-assembling multimeric nucleic acid constructs
DK0744958T3 (da) 1994-01-31 2003-10-20 Univ Boston Polyklonale antistofbiblioteker
US5627024A (en) 1994-08-05 1997-05-06 The Scripps Research Institute Lambdoid bacteriophage vectors for expression and display of foreign proteins
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5559000A (en) 1995-01-18 1996-09-24 The Scripps Research Institute Encoded reaction cassette
US5545531A (en) * 1995-06-07 1996-08-13 Affymax Technologies N.V. Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays
AU2253397A (en) * 1996-01-23 1997-08-20 Affymetrix, Inc. Nucleic acid analysis techniques
US5935793A (en) * 1996-09-27 1999-08-10 The Chinese University Of Hong Kong Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers
WO1998031700A1 (en) 1997-01-21 1998-07-23 The General Hospital Corporation Selection of proteins using rna-protein fusions
US6261804B1 (en) 1997-01-21 2001-07-17 The General Hospital Corporation Selection of proteins using RNA-protein fusions
US5972615A (en) * 1998-01-21 1999-10-26 Urocor, Inc. Biomarkers and targets for diagnosis, prognosis and management of prostate disease
US5985575A (en) 1998-05-20 1999-11-16 Wisconsin Alumni Research Foundation Tethered function assay for protein function
AU1115200A (en) * 1998-10-13 2000-05-01 Clontech Laboratories, Inc. Nucleic acid arrays
WO2001016352A1 (en) * 1999-08-27 2001-03-08 Phylos, Inc. Methods for encoding and sorting in vitro translated proteins

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004129651A (ja) * 2002-08-22 2004-04-30 Bioarray Solutions Ltd 分子構築体および生化学反応を検出するための使用法
JP2005200405A (ja) * 2003-12-02 2005-07-28 F Hoffmann La Roche Ag 分子ロッドを含むオリゴヌクレオチド
JP2007289153A (ja) * 2006-03-28 2007-11-08 Fujitsu Ltd 機能性分子およびその製造方法
US9512171B2 (en) 2006-03-28 2016-12-06 Apta Biosciences Ltd Functional molecule and manufacturing method therefor
JP2009545747A (ja) * 2006-08-02 2009-12-24 カリフォルニア インスティチュート オブ テクノロジー 標的を検出及び／又は選別する方法並びにシステム

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