ES2290973T3 - Clones infecciosos de virus de rna y vacunas y ensayos diagnosticos derivados de estos. - Google Patents

Clones infecciosos de virus de rna y vacunas y ensayos diagnosticos derivados de estos. Download PDF

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Abstract

LA INVENCION COMPRENDE UN PROCEDIMIENTO PARA GENERAR UN CLON INFECCIOSO, BASADO EN EL GENOMA DE UN VIRUS DE ARN DE HEBRA POSITIVA, QUE PRESENTA UN GENOMA DE AL MENOS APROX. 15 KB. LA INVENCION COMPRENDE ASIMISMO UN PROCEDIMIENTO PARA GENERAR UN CLON INFECCIOSO BASADO EN EL GENOMA DEL VIRUS DE ARN, CONSISTIENDO DICHO PROCEDIMIENTO EN SELECCIONAR CLONES INFECCIOSOS MEDIANTE TRANSFECCION DE UNA CELULA HUESPED CON DICHO ACIDO NUCLEICO RECOMBINANTE, DE FORMA QUE DICHA CELULA HUESPED NO SEA DE POR SI SUSCEPTIBLE A LA INFECCION POR DICHO VIRUS. LA INVENCION PROPORCIONA TAMBIEN VIRUS DE ARN MODIFICADOS Y VACUNAS Y ENSAYOS DIAGNOSTICOS DERIVADOS DE LOS MISMOS.

Description

Clones infecciosos de virus de RNA y vacunas y ensayos diagnósticos derivados de éstos.
La invención hace referencia al campo de los virus de RNA y clones infecciosos obtenidos de virus de RNA. Además, la invención hace referencia a las vacunas y ensayos diagnósticos obtenidos mediante el uso y modificación de tales clones infecciosos de virus de RNA.
La ingeniería genética comprende técnicas de biología molecular extremadamente variadas y potentes con la finalidad de modificar ácidos nucleicos a nivel de DNA y hace posible analizar y modificar genomas a nivel molecular. A este respecto los virus, debido al pequeño tamaño de su genoma, son particularmente aptos para tales manipulaciones. Sin embargo, la ingeniería genética no puede aplicarse inmediatamente a virus de RNA que no sean retrovirus debido a que estos no presentan una fase intermedia de DNA en su replicación. Para tales virus deben desarrollarse clones infecciosos, (por ejemplo, como una copia de DNA o como una copia de RNA transcrita in vitro o como derivada de éstos) previamente a la aplicación de técnicas de ingeniería genética a su genoma para producir virus modificados. Los clones infecciosos pueden obtenerse a partir de la construcción de un cDNA completo (longitud genómica) del virus estudiado, utilizado aquí en el sentido amplio de una copia de DNA del RNA y no en el sentido estricto de una copia de DNA del mRNA, tras la cual se sintetiza un transcrito infeccioso in vivo en células a las que se ha transfectado el cDNA completo, aunque los transcritos infecciosos pueden también obtenerse mediante transcripción in vitro a partir de fragmentos de cDNA de longitud parcial ligados in vitro que forman el genoma viral completo. En todos los casos, el RNA transcrito contiene todas las modificaciones que se han introducido en el cDNA y puede utilizarse para realizar más pases del virus modificado de este modo.
Se han generado clones de cDNA y transcritos in vitro infecciosos para un número elevado de virus de RNA de cadena positiva (para revisión véase Boyer y Haenni, Virology 198, 415-426) con un genoma de hasta 12 kb o ligeramente superior. El genoma viral de los pestivirusparece ser hasta el momento el genoma viral de RNA de cadena positiva más largo a partir del que se han preparado clones infecciosos (Moormann. et al., J. Vir. 70:763-770). Los problemas asociados a la longitud del genoma no residen sólo en la dificultad de obtención y mantenimiento de clones de cDNA largos y estables en bacterias, sino también en la infectividad del transcrito de RNA inicial, del que la replicación en la célula huésped se alcanza sin la ayuda de las proteínas virales normalmente asociadas vinculadas a la replicación viral. Para alcanzar una infección con éxito los transcritos virales deben interaccionar con proteínas codificadas por virus, más particularmente con la replicasa viral, y con componentes de la célula huésped tales como el mecanismo de traducción; en consecuencia la estructura de los transcritos virales tiene que mimetizar a la de los viriones de RNA lo mejor posible. Otros problemas pueden presentarse con aquellos virus de RNA de cadena positiva que se replican mediante mecanismos de RNA mensajeros subgenómicos transcritos a partir del extremo 3' del genoma y con aquellos virus de RNA de cadena positiva que generan durante la replicación partículas defectuosas obstructoras, tales como cápsides desnudas o procápsides, que abarcan varias estructuras proteicas, aunque son solamente una parte del genoma. La presencia de fragmentos de RNA viral incompletos o de, por ejemplo, proteínas de la matriz o de la nucleocápside que interfieren o interaccionan con el RNA viral que se transcribe o con RNA intermedio replicativo, y que alteran su estructura, impedirá la síntesis completa de cadenas de RNA y, de este modo, la obtención de virus infecciosos que contengan RNA de longitud genómica.
El virus Lelystad (LV), también denominado virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (VSRRP, longitud genómica de 15,2 Kb) es un miembro de la familia Arteriviridae que comprende también el virus de la arteritis equina (VAE, longitud genómica de 12,7 kb), el virus elevador de la lactato deshidrogenasa (LDV, de longitud genómica de al menos 14,2 kb) y el virus de la enfermedad hemorrágica del simio (SHFV, de longitud genómica aproximadamente de 15 kb) (Meulenberg et al., 1993a; Plagemann y Moennig, 1993).
Recientemente, el Comité Internacional de Taxonomía de Virus ha decidido incorporar esta familia en un nuevo orden de virus, el orden Nidovirales, junto con las familias Coronaviridae (longitud genómica de 28 a 30 kb) y Toroviridae (longitud genómica de 26 a 28 kb). El orden Nidovirales representa virus de RNA con envoltura que contienen una cadena positiva de RNA genómico y sintetizan una serie de RNA subgenómicos anidados en 3' durante la replicación. Los RNA subgenómicos de los coronavirus y los arterivirus contienen una secuencia líder derivada del extremo 5' del genoma viral (Spaan et al., 1988; Plagemann y Moennig, 1993). Los RNA subgenómicos de los torovirus carecen de secuencia líder (Snijder y Horzinek, 1993). Mientras que los ORF 1a y 1b, que codifican la RNA polimerasa dependiente de RNA, se expresan a partir del RNA genómico, los ORF más pequeños situados en el extremo 3' de los genomas de Nidovirales, que codifican proteínas estructurales, se expresan en los mRNA subgenómicos.
El VSRRP (virus Lelystad) fue asilado por primera vez por Wensvoort et al. (1991) y se demostró que era el agente causal de una nueva enfermedad, ahora conocida como el síndrome reproductivo y respiratorio porcino (SRRP). Los síntomas principales de la enfermedad son problemas respiratorios en cerdos y abortos en las cerdas. Aunque los brotes más importantes, como los observados al principio en EE. UU. en 1987 y en Europa en 1991, han disminuido, estos virus todavía causan pérdidas económicas en piaras en los EE. UU., Europa y Asia. El VSRRP se reproduce preferentemente en los macrófagos de los alvéolos pulmonares (Wensvoort et al., 1991). Unas pocas líneas celulares, tales como la CL2621 y otras clonadas a partir de la línea celular MA-104 del riñón del mono (Benfield et al., 1992; Collins et al., 1992; Kim et al., 1993) son también sensibles al virus. Algunas cepas bien conocidas de VSRRP se designan con los números de accesión CNCM I-1102, I-1140, I-1387, I-1388, ECACC V93070108 o ATCC VR 2332, VR 2385, VR 2386, VR 2429, VR 2474 y VR 2402. El genoma de VSRRP fue secuenciado completa o parcialmente (Conzelmann et al., 1993; Meulenberg et al.; 1993a, Murthaugh et al, 1995) y codifica, además de la RNA polimerasa dependiente de RNA (ORF 1a y 1b), seis proteínas estructurales de las cuales cuatro son glucoproteínas de envoltura denominadas GP_{2} (ORF2), GP_{3} (ORF3), GP_{4} (ORF4) y GP_{5} (ORF5), una proteína M de membrana no glucosilada (ORF6) y la proteína N de la nucleocápside (ORF 7) (Meulenberg et al. 1995, 1996; van Nieuwstadt et al., 1996). La caracterización inmunológica y la secuenciación de nucleótidos de cepas europeas y estadounidenses de VSRRP han identificado diferencias antigénicas mínimas en las proteínas virales estructurales entre diferentes cepas de VSRRP (Nelson et al., 1993; Wensvoort et al., 1992; Murtaugh et al., 1995).
Los cerdos pueden adquirir la infección por VSRRP por vía oronasal. El virus es fagocitado por los macrófagos alveolares en los pulmones y la replicación se completa en estas células al cabo de nueve horas. El VSRRP es transportado desde los pulmones hacia los ganglios linfáticos pulmonares en 12 horas y hacia los ganglios linfáticos periféricos, la médula ósea y el bazo en un periodo de tres días. En estos emplazamientos sólo algunas células resultan positivas al realizar una tinción para la detección de antígenos virales. El virus se encuentra presente en sangre durante al menos 21 días y con frecuencia más tiempo. Después de siete días pueden encontrarse anticuerpos contra VSRRP en sangre. La existencia conjunta de virus y anticuerpos en cerdos infectados por VSRRP demuestra que la infección viral puede persistir durante un largo período, aunque a niveles bajos, a pesar de la presencia del anticuerpo. Durante al menos siete semanas la población de células alveolares en los pulmones es diferente a la de los pulmones de animales libres de patógenos específicos.
EL VSRRP precisa su envoltura para infectar a los cerdos por vía oronasal de modo que la respuesta inmunitaria normal del cerdo conlleva, entre otras cosas, la producción de anticuerpos neutralizantes dirigidos contra una o varias proteínas de la envoltura; tales anticuerpos pueden convertir al virus en no infectivo. Sin embargo, una vez se encuentra en los macrófagos alveolares, el virus produce también cápsides desnudas, formadas por RNA encapsidado por proteínas M o N y que a veces contienen parcialmente cualquiera de las glucoproteínas. La presencia intra- o extracelular de estas partículas virales incompletas o cápsides (parcialmente) desnudas intra y extracelularmente puede demostrarse mediante microscopía electrónica. A veces se encuentran cápsides desnudas sin contenido de ácido nucleico. Las cápsides desnudas se distribuyen por el cuerpo mediante el torrente circulatorio y son fagocitadas por los macrófagos en el bazo, los ganglios linfáticos y la médula ósea. Estas cápsides virales desnudas, pero infecciosas, no pueden ser neutralizadas por los anticuerpos producidos por el cerdo y de este modo se explica la persistencia de la infección viral en presencia de anticuerpos. De esta manera, la generación de macrófagos procedentes de células infectadas de la médula ósea distribuye la infección viral a nuevos emplazamientos en el cuerpo. Debido a que no todas las células de la médula ósea precursoras de los macrófagos están infectadas, sólo una pequeña cantidad de macrófagos que llegan a tejidos periféricos están infectados y producen virus. Las cápsides del VSRRP formadas solamente por proteínas ORF7 pueden formarse en ausencia de otras proteínas virales, como por ejemplo mediante infección de macrófagos por un vector viral quimérico pseudorabia-ORF7 El virus PRV se manipuló genéticamente de manera que contuviera la información genética del ORF7. Después de 18 horas de la infección, el citoplasma de la célula infectada contiene una gran cantidad de pequeñas estructuras esféricas vacías del tamaño de la nucleocápside del virus SRRP.
La presente invención proporciona así un clon infeccioso derivado de un virus con una longitud genómica que excede con gran diferencia la longitud genómica máxima de los virus de RNA de cadena positiva de los que se han obtenido los clones infecciosos. La parte experimental de esta aplicación describe la generación de un clon infeccioso basado y derivado del VSRRP con una longitud genómica de 15,2 kb, pero tales clones pueden obtenerse también del LDV y del SHFV que poseen también una longitud genómica de aproximadamente 15 kb y del VAE, aunque su genoma es ligeramente más pequeño, y de virus de longitud genómica superior.
La invención proporciona también un método para generar clones infecciosos eludiendo los problemas que presenta la síntesis de cadenas de RNA viral asociados con la presencia de fragmentos incompletos de RNA viral o de, por ejemplo, proteínas de la matriz o de la nucleocápside que interfieren o interaccionan con el transcrito de RNA que se transcribe o con RNA intermedio replicativo y alteran su estructura, que impiden la síntesis de cadenas completas de RNA y, de este modo, la generación de virus infecciosos. La invención proporciona un método para generar clones infecciosos mediante la transfección de una célula huésped, que básicamente no es vulnerable a la infección por la cepa salvaje del virus, con un ácido nucleico recombinante derivado del genoma de dicho virus, seguido de la recuperación de la progenie de virus infecciosos de dicha célula huésped mediante la realización de pases o el cocultivo con células sensibles al virus. Las células que básicamente son insensibles al virus que se estudia pueden serlo sólo ligeramente o bien ser totalmente insensibles al virus, en comparación con las células utilizadas normalmente para la replicación del virus en cuestión, pero sí pueden ser totalmente sensibles a otras cepas del virus. La invención proporciona un método para generar clones infecciosos mediante la transfección de células huésped que no son vulnerables a la infección con el virus natural para, de esta forma, evitar la generación de cápsides desnudas o partículas virales incompletas formadas por fragmentos de RNA y proteínas de la matriz o la nucleocápside que interfieran en la síntesis de cadenas de RNA viral. Los virus infecciosos son recuperados de las células huésped transfectadas de este modo mediante pases en células que son sensibles al virus. En la parte experimental se describe cómo se obtiene de este modo un clon infeccioso del VSRRP, aunque el método es también aplicable a otros virus de RNA de cadena positiva de la familia Arteriviridae.
La presente invención proporciona ahora también la posibilidad de generar un clon infeccioso modificado a través de la aplicación de técnicas de ingeniería genética. Tales modificaciones pueden ser mutaciones simples o múltiples, sustituciones, deleciones o inserciones, o combinaciones de éstas, que pueden practicarse mediante cualquier método de ingeniería genética conocido en esta disciplina. La presente invención proporciona así virus de RNA modificados que pueden utilizarse para investigar virus de RNA y para preparar vacunas.
La presente invención proporciona ahora también clones infecciosos, derivados por ejemplo de los Arteriviridae, como el VSRRP, que pueden utilizarse como una vacuna monovalente contra la enfermedad causada por el virus en el que se basa el clon infeccioso. Por ejemplo, el clon infeccioso basado en el VSRRP puede utilizarse ahora para estudiar los marcadores de virulencia o marcadores serológicos del VSRRP. Los marcadores serológicos conocidos del VSRRP se encuentran por ejemplo en cualquier proteína estructural del VSRRP codificada por los ORF 1a y 1b. Los marcadores de virulencia están presentes en los ORF 1a y 1b que codifican las proteínas no estructurales del VSRRP, pero pueden hallarse en cualquiera de las proteínas codificadas por el ORF 2 al ORF 7. Modificando el genoma del clon infeccioso con respecto a estos marcadores es posible obtener VSRRP no virulento o mucho menos virulento que la cepa parental o VSRRP modificado mediante deleción o introduciendo marcadores serológicos que permitan una diferenciación serológica entre cerdos vacunados y cerdos infectados por los virus naturales. Tales modificaciones las proporcionan, por ejemplo, los clones infecciosos del VSRRP, en los que la secuencia de ácido nucleico del ORF7 que codifica la proteína N se sustituye por el ORF7 de la proteína del ATCC VR2332 o del LDV.
La presente invención proporciona ahora también clones infecciosos derivados de los Arteriviridae, tales como el VSRRP, que pueden utilizarse como sistema de administración o vacuna de vector viral para una gran variedad de antígenos. En tales clones se insertan las secuencias de ácido nucleico heterólogo que no corresponden a la secuencia del virus estudiado. Tales secuencias de ácido nucleico heterólogo pueden ser, por ejemplo, derivadas de secuencias que codifican cualquier antígeno que se elija. Este antígeno es una proteína o péptido que puede inducir la inmunidad frente a un microorganismo patógeno. Puesto que el virus infecta macrófagos y células precursoras de los macrófagos en la médula ósea, y el virus que contiene el antígeno se distribuye en las células de la progenie, esta vacuna de vector viral infecta las células más importantes del sistema inmunitario y puede presentar los antígenos para que siga el proceso. El vector vírico vacunal infecta las células presentadoras de antígeno, como los macrófagos dendríticos o las células de Kuppfer u otras células del sistema inmunitario, y puede hacerlo en forma de partícula viral con envoltura incompleta o como una partícula de cápside desnuda. Debido a que la infección por una cápside desnuda o una partícula viral incompleta asegura una infección persistente, el efecto de refuerzo inmunológico dará lugar a una inmunidad de por vida (gracias a la estimulación continua a niveles bajos) contra el microorganismo patógeno del que se seleccionaron los antígenos. Es posible utilizar el virus como vehículo de antígenos al construir en su interior la información para los epítopos de otros microorganismos o sustancias patógenos. Muchos de estos vectores víricos vacunales portadores de la información de los epítopos pueden mezclarse y administrarse al mismo tiempo. Esto hace posible la inmunidad activa contra varios antígenos diferentes de un microorganismo patógeno o la inmunidad activa contra varios microorganismos patógenos diferentes.
La presente invención proporciona ahora también clones infecciosos derivados de los Arteriviridae, tales como el VSRRP, que pueden ser utilizados como vacuna divalente. Por ejemplo, el clon infeccioso basado en el VSRRP puede usarse para elaborar una vacuna que proteja contra el VSRRP y contra otro microorganismo patógeno, combinando simplemente el desarrollo de la vacuna vector con el desarrollo dirigido hacia una vacuna monovalente contra el SRRP. Es posible desarrollar una vacuna divalente específica que proteja frente a la enfermedad respiratoria en los cerdos mediante la inserción de antígenos derivados de cualquiera, entre una amplia variedad, de los microorganismos patógenos del sistema respiratorio conocidos en la vacuna contra el SRRP.
La invención también proporciona vacunas, ya sean monovalentes, divalentes o vectores vacunales, que son seguras en el sentido de que las vacunas no pueden desecharse liberándolas al medio ambiente. La seguridad de una vacuna (no desechable) puede asegurarse mediante la eliminación de la información de las proteínas necesarias para producir virus infecciosos con envoltura. Estos virus deben propagarse en una línea celular que exprese la proteína de forma constitutiva. Los virus que se replican en esta línea celular complementaria poseen una envoltura completa y son capaces de infectar a los macrófagos en el cerdo. Después de un ciclo de replicación, la progenie del virus, que carece de la información para la proteína de la envoltura, no podrá infectar otras células como un virus con envoltura. Aun así, la infección de macrófagos en el cuerpo es posible todavía en forma de cápsides desnudas o partículas virales incompletas.
La invención proporciona también antígenos y proteínas virales que pueden ser obtenidos a partir de cultivos celulares infectados por los virus de RNA modificados de acuerdo con la invención. Tales antígenos pueden utilizarse en pruebas diagnósticas como el ELISA u otros tipos de pruebas diagnósticas conocidas por los expertos. Estas pruebas pueden utilizarse como pruebas únicas para el diagnóstico principal o como pruebas complementarias que se aplican en poblaciones animales que han sido vacunadas con una vacuna marcadora o discriminante basada en los virus de RNA modificados de acuerdo con la invención.
Parte experimental
La producción de clones de cDNA a partir de los cuales se transcriben RNA infecciosos in vitro se ha convertido en una herramienta esencial en el análisis genético molecular de los virus de RNA de cadena positiva. Esta tecnología se aplica a virus de RNA de cadena positiva, cuyos genomas de RNA pueden funcionar como mRNA e iniciar un ciclo infeccioso completo tras su introducción en el interior de células huésped adecuadas. Se han descrito clones infecciosos para varios virus que facilitan los estudios sobre la expresión genética, la replicación, la función de las proteínas virales y la recombinación de virus de RNA (para revisión véase Boyer y Haenni, 1994). Además, estos clones pueden contemplarse para el desarrollo de nuevos vectores virales y vacunas. Hasta el momento, no se ha descrito un clon infeccioso de cDNA de los Arterivirus. Presentamos aquí la generación de un clon infeccioso del VSRRP y su primera aplicación en la producción de virus VSRRP quiméricos.
Materiales y métodos Células y virus
La cepa Ter Huurne del VSRRP (o LV) (depositada con número de accesión I-1102 en la CNCM, París) se aisló en 1991 (Wensvoort et al., 1991) y se cultivó en macrófagos primarios alveolares o en células CL2621. En este estudio se empleó el pase número 6 de la cepa Ter Huurne (TH), así como el derivado de esta cepa, LV4.2.1, que se adaptó para su cultivo en células CL2621 mediante pases seriados. Los macrófagos alveolares se mantuvieron en medio de cultivo RPMI 1640 (Flow), mientras que las células CL2621 se mantuvieron en medio esencial mínimo de Hank (Gibco-BRL/Life technologies). Las células BHK-21 se mantuvieron en medio mínimo esencial Dulbecco. Para los experimentos de transfección, las células BHK-21 fueron cultivadas en medio mínimo esencial Glasgow (GIBCO-BRL/Life Technologies Ltd), de acuerdo con el método de Liljeström y Garoff (1993).
Aislamiento de RNA virales
El RNA intracelular se aisló de macrófagos alveolares o de células CL2621 24 horas después de la infección por VSRRP a una multiplicidad de infección de 1, como se ha descrito anteriormente (Meulenberg et al., 1993a). Para la obtención de RNA genómico de virión, se purificaron viriones en gradientes de sacarosa como fue descrito por van Nieuwstadt et al. (1996) y se resuspendieron en TNE (Tris-HCl 0,01 M, pH 7,2; NaCl 0,1 M; EDTA 1 mM). Se añadió 1 ml de tampón de Proteinasa K (Tris-Hcl 100 mM, pH 7,2, EDTA 25 mM, NaCl 300 mM, SDS 2% (p/v)) y 0,4 mg de Proteinasa K (Boehringer Mannheim) a 1 ml de viriones del VSRRP purificados (10^{8} TCID_{50}). Esta mezcla de reacción se incubó a 37ºC durante 30 minutos. El RNA se extrajo una vez con fenol/cloroformo (1:1) y se precipitó con etanol. El RNA se almacenó en etanol a -20ºC. Una décima parte de esta preparación de RNA se utilizó en reacciones de transcripción inversa (TI).
Clonación de los extremos 5' y 3' del genoma del VSRRP
El extremo 5' del genoma viral del VSRRP se clonó utilizando un procedimiento de ligación entre un ligando monocatenario modificado y un cDNA monocatenario (SLIC; Edwards et al., 1991). Una décima parte del RNA del virión, preparado como se ha descrito anteriormente, se utilizó en una reacción de TI con el cebador 11U113 (5' TACAGGTGCCTGATCCAAGA 3'), complementario a los nucleótidos del 1232 al 1251 del genoma. La reacción de TI se llevó a cabo con un volumen final de 20 \mul, como se ha descrito anteriormente (Meulenberg et al., 1993b). Posteriormente se añadieron 2 \mul de NaOH 6 M a la reacción de TI y el RNA se hidrolizó a 37ºC durante 30 minutos. El cDNA monocatenario se purificó utilizando el equipo "High Pure PCR Product Purification" de Boehringer Mannheim. El cDNA purificado se precipitó con etanol, se resuspendió en TE y se ligó a un cebador de anclaje ALG3 (5' CACGAATTCACTATCGATTCTGGATCCTTC 3'). Este cebador contiene un sitio EcoRI, ClaI y BamHI y su extremo 3' está modificado con un grupo amino bloqueante para impedir la autoligación. El producto de cDNA monocatenario se ligó a 4 pmol de ALG3 en Tris-HCl 50 mM (pH 8,0), MgCl_{2} 10 mM, BSA 10 \mug/ml, PEG 25%, cloruro de cobalto de hexamina 1,0 mM, ATP 40 \muM y RNA ligasa T4 0,5 \mul (10 U) (New England Biolabs) durante la noche a temperatura ambiente. Un tercio de la reacción de ligación se utilizó como molde en una PCR con los cebadores LV69 (5' AGGTCGTCGACGGGCCCCGTGATCGGGTACC 3') y ALG4 (5' GAAGGATCCAGAATCGATAG 3'). El cebador LV69 es complementario a los nucleótidos del 594 al 615 del genoma de LV, mientras que ALG4 es complementario al cebador de anclaje ALG3. Las condiciones en la PCR fueron las mismas que las descritas en Meulenberg et al. (1993b) y el producto obtenido fue digerido con EcoRI y SalI y se clonó en pGEM-4Z. Se utilizó una estrategia similar para clonar el extremo 5' del genoma de LV a partir de RNA intracelular del LV. Se utilizaron 10 \mug de RNA celular total aislado de las células CL2621 infectadas por LV. Los clones de cDNA 5' se secuenciaron y uno de los clones, pABV387, que contenía una extensión de 10 nucleótidos en comparación con la secuencia del VSRRP publicada (Meulenberg et al., 1993a), se utilizó en otros experimentos.
Un clon de cDNA 3' que contenía una cola de poli(A) larga se construyó mediante transcripción inversa de RNA del LV con un cebador LV76 (5' TCTAGGAATTCTAGACGATCG(T)_{40} 3') que contiene unos sitios EcoRI, XbaI y PvuI. Después de la reacción de transcripción inversa se continuó con una PCR utilizando cebadores LV75 (5' TCTAGGAATTCTAGACGATCGT 3'), que es idéntico al LV76 excepto por la secuencia poli (T) y 39U70R (5' GGAGTGGTTAACCTCGTCAA 3'), un cebador directo que corresponde a los nucleótidos del 14566 al 14585 del genoma del LV que contiene un sitio HpaI. Los productos resultantes de la PCR se digirieron con HpaI y EcoRI y se clonaron en un clon de cDNA pABV39 en el que se usaron las mismas enzimas de restricción (Fig. 1). Se utilizaron dos clones de cDNA que contenían un tramo de poli(A) de 45 A (pABV382) y 109 A (pABV392) y la secuencia de DNA genómica correcta, como se comprobó mediante la secuenciación de nucleótidos, para construir un clon de cDNA genómico completo.
Análisis de secuencias
Las secuencias de oligonucleótidos se determinaron mediante el equipo "PRISM^{TM} Ready Reaction Dye Deoxy^{TM} Terminator Cycle Sequencing" y el secuenciador automático de Applied Biosystems.
Construcción de clones del cDNA genómico completo del VSRRP
Los clones de cDNA generados anteriormente para determinar la secuencia de nucleótidos del genoma del LV (Meulenberg et al., 1993a) se ligaron conjuntamente a lugares de restricción adecuados, como se muestra en la figura 1. Se construyó un plásmido pABV254 a partir de los clones pABV 25, 11, 12 y 100 y se utilizó en un estudio previo (den Boon et al., 1996). Se llevaron a cabo procedimientos de clonación estándar de acuerdo con Sambrook et al. (1989). Éstos dieron como resultado tres plásmidos que contenían secuencias de cDNA del LV solapadas en un plásmido pGEM-4Z de elevado número de copias. Los plásmidos pABV331 y pABV369 estaban formados por los nucleótidos del 5 al 6015 del genoma del LV. Se encontró una diferencia en el nucleótido de la posición 3462 en una proporción de 1:1 en un conjunto de 6 clones de cDNA independientes que se secuenciaron en esta región. Esta diferencia en el nucleótido dio lugar a una sustitución de un aminoácido en la posición 1084 (Leu en vez de Pro). Puesto que no era posible predecir la influencia de este aminoácido en la infectividad, también se clonó el fragmento de DNA que codifica la Leu en el pABV331 mediante intercambio en los sitios EcoRV (nucleótido 3403) y SacII (nucleótido 3605), que dio como resultado el pABV369. El plásmido pABV384 está formado por los nucleótidos del 5168 al 9825 del genoma del LV. Puesto que no existía ningún clon de cDNA adecuado disponible aún que se hubiera solapado con los plásmidos pABV20 y pABV5 y pudiera fusionarse finalmente con las secuencias de cDNA de pABV331 y pABV369, se generaron dos nuevos fragmentos de cDNA mediante RT-PCR. El cebador directo LV59 (5' TCGGAATCTAGATCTCACGTGGTGCAGCTGCTG 3') que corresponde a los nucleótidos del 5169 al 5186 y el cebador inverso 61U303 (5' CATCAACACCTGTGCAGACC 3') complementario a los nucleótidos del 6078 al 6097 se utilizaron en una PCR. El cebador directo 61U526R (5' TTCCTTCTCTGGCGCATGAT 3') localizado en los nucleótidos del 5936 al 5955 y el LV60 (5' GTACTGGTACCGGATCCGTGAGGATGTTGC 3') complementario a los nucleótidos del 6727 al 6745 se utilizaron en otra PCR. Estos dos fragmentos de la PCR se ligaron conjuntamente en pABV20 utilizando el sitio XbaI incorporado en LV59, el sitio interno ApoI (nucleótido 6006) y el sitio BamHI en el nucleótido 6740, que se incorporó también en el cebador LV60. El nuevo fragmento de cDNA se secuenció completamente y no contenía ninguna mutación que diera como resultado una diferencia en los aminoácidos con respecto a la secuencia publicada (Meulenberg et al., 1993a). El plásmido pABV384 abarca los nucleótidos del 8274 al 13720 del genoma del VSRRP. Los insertos de pABV331/369, pABV384 y pABV368 se ligaron a los fragmentos 5' y 3' de cDNA en el pOK12 (Viera y Messing, 1991), ya que la ligación de fragmentos de ADNc en el pGEM-4Z dio lugar a clones inestables. Se asume que el vector plasmídico pOK12 es más apropiado para el clonaje de secuencias de cDNA foráneo de gran longitud, debido a que posee un número de copias inferior al pGEM-4Z. Los plásmidos se introdujeron por transformación de la cepa DH5a de Escherichia coli y las células se cultivaron a 32ºC en presencia de 15 \mug/ml de Kanamicina para mantener el número de copias lo más bajo posible. En primer lugar, los fragmentos de cDNA del pABV382 ((A)_{45}) y del pABV392 ((A)_{109}) se escindieron mediante digestión con EcoRI, se modificó este sitio con polimerasa Klenow (Pharmacia) hasta obtener un extremo romo y se digirió posteriormente con BamHI. Estos fragmentos fueron clonados en pOK12 digerido con BamHI y FspI, el último sitio también modificado hasta conseguir un extremo romo, dando lugar a pABV394 y pABV395. De esta manera se eliminó el promotor de la RNA polimerasa T7 presente en el pOK12. Posteriormente los fragmentos de cDNA de pABV368 y pABV384 se ligaron a los clones de cDNA del extremo 3' utilizando el sitio Bc1I (nucleótido 13394), el sitio ScaI (nucleótido 8657) y los sitios BamHI y Bg1II en secuencias flanqueantes o secuencias vector. Esto dio lugar a los plásmidos pABV401 y pABV402 (Fig. 1).
Un clon de cDNA 5' que contenía el promotor de la RNA polimerasa T7 directamente fusionado con el extremo 5' del genoma del LV se amplificó mediante PCR a partir de pABV387 con los cebadores LV83 (5' GAATTCACTAGT
TAATACGACTCACTATAGATGATGTGTAGGGTATTCC 3') y LV69. El LV83 está compuesto (en dirección 5' a 3') de un sitio EcoRI y SpeI, una secuencia promotora de la RNA polimerasa T7, una G para el inicio de la transcripción y los nucleótidos del 1 al 19 del genoma del LV. El fragmento de la PCR se clonó en los sitios EcoRI y SalI del pOK12, dando como resultado pABV396. La secuencia correcta del pABV396 se comprobó mediante secuenciación de oligonucleótidos. Posteriormente, los fragmentos cDNA del LV de pABV331 y pABV369 se escindieron con ApaI y BamHI y se ligaron a pABV396, digerido con ApaI y BamHI. Finalmente, los fragmentos de cDNA 5' resultantes se clonaron en el pABV401 y pABV402, utilizando el sitio SpeI en dirección 5' desde el promotor de la RNA polimerasa T7 y el único sitio Pm1I en la posición 5168 del genoma viral. De esta manera, se obtuvieron clones de cDNA de longitud igual al genoma, como corresponde a virus que se asemejan a la cepa parental y a virus quiméricos que constan de marcos de lectura abiertos foráneos.
Producción de virus mutantes que contienen un sitio PacI o SwaI
Para introducir un único sitio PacI en el clon de cDNA de longitud igual al genoma directamente en dirección 3' del gen ORF7 se reemplazaron la T y la A de los nucleótidos 14987 y 14988 por una A en una PCR utilizando el cebador directo LV108 (5' GGAGTGGTTAACCTCGTCAAGTATGGCCGGTAAAAACCAGAGCC 3') con el cebador inverso LV112 (5' CCATTCACCTGACTGTTTAATTAACTTGCACCCTGA 3'), y el cebador directo LV111 (5' TCAGGGTGCAAGTTAATTAAACAGTCAGGTGAATGG 3') con el LV75.
De forma similar, se creó un único sitio SwaI cambiando la G de la posición 14980 por una T y la T de la posición 14985 por una A mediante PCR usando los cebadores LV108 y LV110 (5' CCTGACTGTCAATTTAAATTGCACCC
TGAC 3') y los cebadores LV109 (5' GTCAGGGTGCAATTTAAATTGACAGTCAGG 3') y LV111. Los fragmentos de la PCR se ligaron en el pABV395 utilizando los sitios PacI y SwaI creados y los sitios flanqueantes HpaI y XbaI, dando como resultado pABV437 y pABV442 (véase la Fig. 4).
Para detectar la mutación marcadora en el virus recuperado de los transcritos de pABV437 y pABV422 se separó el RNA del sobrenadante de macrófagos alveolares porcinos infectados. Este RNA se utilizó en una PCR de transcripción inversa para amplificar un fragmento de aproximadamente 0,6 kb (tramo de nucleótidos comprendido entre el 14576 hasta la cola de poli(A) de longitud variable) con los cebadores LV76, LV75 y 39U70R. La presencia del marcador genético se detectó mediante la digestión de los fragmentos de PCR con PacI o SwaI.
Transcripción y transfección de RNA in vitro
Los plásmidos pABV414 y pABV416 que contienen el fragmento de cDNA genómico completo del LV se linearizaron con PvuI, el cual se localiza directamente en dirección 3' del tramo de poli(A). El plásmido pABV296, formado por el ORF4 del vector de expresión pSFV1 del virus Semliki Forest (SFV) (Meulenberg et al., 1997), se linearizó con SpeI y sirvió como control para experimentos de transcripción y transfección in vitro. Los plásmidos linearizados se precipitaron con etanol y 1,5 \mug de estos plásmidos se utilizaron para una transcripción in vitro con RNA polimerasa T7 (plásmidos pABV414 y pABV416) o RNA polimerasa Sp6 (pABV296), de acuerdo con los métodos descritos para el SFV por Liljeström y Garoff (1991 y 1993). El RNA transcrito in vitro se precipitó con isopropanol, se lavó con etanol al 70% y se almacenó a -20ºC hasta su uso. Se sembraron células BHK-21 en pocillos M6 (aproximadamente 10^{6} células / pocillo) y se transfectaron con 2,5 \mug de RNA mezclados con 10 \mul de lipofectina en optimem como describieron Liljeström y Garoff (1993). Alternativamente, se introdujo el RNA en las células BHK-21 mediante electroporación. En este caso, se transfectaron aproximadamente 10^{7} células BHK-21 con 10 \mug de RNA transcrito in vitro o 10 \mug de RNA intracelular del LV en condiciones de electroporación como las descritas por Liljeström y Garoff (16). El medio se recogió después de 24 horas de la transfección y fue transferido a células CL2621 para recuperar el virus infeccioso. En las células transfectadas e infectadas se determinó la expresión de proteínas específicas de LV mediante un ensayo de inmunoperoxidasa en monocapa (IPMA), básicamente como describieron Wensvoort et al., (1986). Los anticuerpos monoclonales (Mabs) 122.13, 122.59, 122.9 y 122.17, dirigidos contra las proteínas GP_{3,} GP_{4,} M y N (van Nieuwstadt et al., 1996)se usaron en la IPMA para la tinción.
Resultados Reconstrucción de la secuencia terminal del extremo 5' del RNA genómico del LV
Aunque se ha descrito la infectividad de los RNA transcritos in vitro con extremos 5' truncados (Davis et al. 1989; Klump et al., 1990) generalmente se admite que para obtener clones infecciosos se requiere toda la secuencia viral, incluidos los extremos 5' y 3' más externos. Para clonar el extremo 5' del genoma del LV se utilizó un procedimiento de ligación entre un ligando monocatenario modificado y un cDNA monocatenario (SLIC; Edwards et al., 1991). Ambos RNA intracelulares aislados de células CL2621 infectadas por el LV y por RNA de LV procedente de viriones purificados se sometieron a transcripción inversa utilizando un cebador LV69 complementario al extremo 5' de ORF1A. El primer producto de cadena cDNA se ligó a un cebador de anclaje ALG3 cuyo extremo 3'estaba bloqueado para evitar la autoligación. Los productos ligados se amplificaron mediante PCR y se clonaron. Se secuenciaron doce clones derivados de RNA intracelular de LV obtenidos de dos PCR independientes y catorce clones derivados del RNA de virión obtenidos mediante dos PCR independientes. De estos 26 clones de cDNA, 22 clones contenían una extensión de 10 nucleótidos (5' ATGATGTGTA 3') en comparación con la secuencia del DNA publicada anteriormente (Meulenberg et al., 1993a), mientras que cuatro clones que carecían de uno a tres nucleótidos en el extremo 5' de esta secuencia adicional (Tabla 1). Este hecho nos lleva a la conclusión de que estos 10 nucleótidos representan el extremo 5' más externo del genoma de LV y por lo tanto se incorporaron en el clon de cDNA de longitud genómica.
Construcción de clones del LV con cDNA de longitud genómica
Unos clones de cDNA aislados y secuenciados previamente (Meulenberg et al., 1993a) se unieron en los sitios compartidos para las enzimas de restricción, de acuerdo con la estrategia representada en la Figura 1, con el fin de construir un clon de cDNA de longitud genómica del LV. Además se generaron nuevos fragmentos de cDNA para ensamblar los clones de cDNA de longitud genómica. El fragmento de cDNA correspondiente al tramo de nucleótidos del 5168 al 6740 se creó mediante RT-PCR para hacer posible la ligación de secuencias de cDNA de los clones pABV5 y pABV20. Un promotor de la RNA polimerasa T7 para transcripción in vitro se unió directamente al extremo 5' del genoma del LV mediante PCR y este nuevo fragmento de ADNc, clonado en pABV396, se inserto en el clon de cDNA de longitud genómica. La resecuenciación de los nucleótidos del 3420 al 3725 en seis clones de cDNA nuevos e independientes indicaban que en el aminoácido 1084 del ORF1a la Leu y la Pro estaban presentes en una proporción de 1:1. Puesto que no era posible predecir la influencia de este aminoácido en la infectividad del RNA transcrito del clon final de cDNA de longitud genómica, se utilizaron ambos para construir el clon. En el extremo 3' se utilizaron dos clones diferentes de cDNA. Los autores habían aislado previamente clones de cDNA del extremo 3' que contenían colas de poli(A) de cómo máximo 20 A (Meulenberg et al., 1993a). Sin embargo, en vista de los estudios presentados sobre la longitud de las colas de poli(A) de virus relacionados, tales como el LDV (Chen et al., 1994), se preveía que la cola de poli(A) entera fuera mucho más larga. Por lo tanto, se generaron clones de cDNA del extremo 3' utilizando el cebador LV76 que contenía una secuencia de 40 residuos de T. Estos clones de cDNA se secuenciaron y contenían secuencias de 40 a 109 residuos de A. El clon de cDNA que contenía la secuencia de poli(A) más larga (109 residuos de A; pABV392) se utilizó para la creación del clon de cDNA de longitud genómica. Puesto que los tramos largos homopoliméricos podían interferir con la replicación de los plásmidos en E. coli (Den y Wu, 1981), los autores seleccionaron también un segundo clon, pABV382, que contenía 45 residuos de A para su uso en posteriores fases de la clonación. Se había observado previamente que el mantenimiento de clones de cDNA de longitud genómica en plásmidos de elevado número de copias da lugar a la acumulación de mutaciones o deleciones, lo que resulta en una pérdida de infectividad de los transcritos sintetizados a partir de estos clones (Lai et al., 1991; Rice et al.,1987; Sumiyoshi et al., 1992). Los autores también observaron la inestabilidad de los plásmidos al tratar de ligar los fragmentos de cDNA más largos de los clones pABV 331/369, 384 y 368 al extremo 5' y 3'en pGEM-4Z y en consecuencia los autores fusionaron finalmente estos clones entre ellos en vectores de bajo número de copias pOK12 (Viera y Messing, 1991). Esto resultó en los clones de cDNA de longitud genómica pABV414/415 y 416, los cuales podían propagarse de manera estable en E. coli en las condiciones de cultivo utilizadas. Entre los clones de cDNA de longitud genómica que contenían 45 o 109 residuos de A no se observó ninguna diferencia en la estabilidad.
Infectividad del RNA del LV
El LV se multiplica preferiblemente en los macrófagos alveolares porcinos. Hasta la fecha, la línea celular CL2621 u otros clones derivados de la línea celular MA104 del riñón del mono son líneas celulares que han demostrado que propagan el LV (Benfield et al. 1992; Collins et al.,1992; Kim et al., 1993). Por lo tanto, las células CL2621 se utilizaron para determinar las condiciones óptimas para la transfección del RNA de LV. El RNA aislado de las células CL2621 infectadas por LV se transfectó a células CL2621 en dosis diferentes utilizando métodos distintos, tales como la lipofectina, la lipofectamina, DEAE dextrano y electroporación. Se realizó una determinación sistemática del efecto citopático en las células y de halos de lisis hasta 7 días tras la transfección, aunque estos signos de los virus infecciosos no pudieron detectarse. Además, no se detectó ningún antígeno específico de LV en IPMA utilizando AcM específicos para LV. El RNA transcrito in vitro del pABV296 se utilizó como control en estos experimentos. El plásmido pABV296 está formado por el gen ORF4 que codifica la GP_{4} insertado en el vector de expresión pSFV1 (Meulenberg et al., 1997). La eficiencia de transfección del RNA de pABV296 se determinó mediante la tinción de las células transfectadas en IPMA con AcM específicos para GP_{4}. La eficiencia de transfección mayor, con un resultado positivo del 0,01% de células CL2621, se obtuvo mediante electroporación, mientras que el 80-90% de células positivas se obtuvieron utilizando condiciones similares con células BHK-21. Estos resultados indicaban que las células CL2621 no eran apropiadas para los experimentos de transfección, mientras que las células BHK-21 (no vulnerables a la infección por el virus natural) sorprendentemente parecían ser muy apropiadas. Por lo tanto, las células BHK-21 se utilizaron para determinar la infectividad del RNA del LV. Dos \mug de RNA aislado de las células CL2621 infectadas por LV se transfectaron a 10^{6} células BHK-21 aproximadamente con lipofectina de acuerdo con las condiciones descritas para el SFV por Liljeström y Garoff (1993). Pasadas 24 horas tras la transfección las células se tiñeron con el AcM 122.17 específico para LV dirigido contra la proteína N del LV. Entre 3 y 10 células individuales produjeron una tinción positiva, pero no se observaron centros infecciosos o halos de lisis que sugirieran una diseminación de una célula a otra. La transfección del RNA control transcrito de pABV296 resultó en un 60-70% de células BHK-21 positivas utilizando estas condiciones. El sobrenadante de las células BHK-21 transfectadas con RNA intracelular del LV y el RNA de pABV296 se transfirieron a células CL2621. Después de tres o cuatro días, se observaron halos de lisis en las células que se incubaron con el sobrenadante de las células BHK-21 transfectadas con RNA intracelular del LV, pero no en aquellas incubadas con sobrenadante de las células BHK-21 transfectadas con RNA de pABV296. Las placas produjeron una tinción positiva con AcM específicos para LV en IPMA. Se obtuvieron resultados similares al utilizar RNA aislado de viriones purificados de LV. Aún es más, el número de células con tinción positiva aumentó de dos a cuatro veces al transfectar las células mediante electroporación. Estos datos indican que el LV no puede infectar las células BHK-21, porque lo más probable es que éstas carezcan del receptor para el LV. Sin embargo, una vez se ha introducido el RNA genómico en las células BHK-21, se producen nuevas partículas de virus infecciosos y se excretan al medio. La reinfección de células BHK-21 ya transfectadas con estas partículas, ya sean cápsides desnudas o partículas con envoltura total o parcial, no es posible de nuevo.
Síntesis in vitro de RNA infeccioso
Ya que las células BHK-21 -básicamente no sensibles al VSRRP natural- fueron específicamente apropiadas para la recuperación de virus del RNA intracelular de LV y las células sensibles CL2621 no lo fueron, las células BHK-21 se utilizaron para determinar si el RNA transcrito de los clones de cDNA de longitud genómica era infeccioso. Los plásmidos pABV414/416 se linearizaron con PvuI y se transcribieron in vitro utilizando RNA polimerasa T7. El sitio PvuI se localiza directamente en dirección 3' del tramo de poli(A), de manera que el RNA transcrito contiene dos nucleótidos no virales en el extremo 3' (Fig. 2). Además, los transcritos deben contener una G no viral en el extremo 5' que es el sitio de inicio de la transcripción de la RNA polimerasa T7. Aproximadamente, se tranfectaron 2,5 \mug de RNA transcrito in vitro a células BHK-21 junto con 2 \mug de RNA intracelular de LV como control positivo para la subsiguiente recuperación de virus en células CL2621 y RNA de pABV296 como control positivo para la transfección de RNA a células BHK-21 y control negativo para la subsiguiente recuperación de virus en células CL2621. El sobrenadante de las células se recogió 24 horas después de la transfección y las células se fijaron y se tiñeron en IPMA con los AcM 122.17 específicos para la proteína N. Mientras que sólo se observaron unos pocos resultados de células positivas en los pocillos con las células BHK-21 que se transfectaron con RNA intracelular de LV, se observaron entre 800 y 2700 resultados de células positivas en pocillos con células BHK-21 transfectadas con RNA transcrito de pABV414/415. Con el fin de comprobar si el virus infeccioso era liberado de las células, se utilizaron los sobrenadantes para infectar células Cl2621. Se produjeron halos de lisis en los cultivos de CL2621 que se infectaron con el sobrenadante procedente de células BHK-21 transfectadas con RNA intracelular de LV y transcritos de pABV414/415. Los halos de lisis con tinción positiva en IMPA con AcM contra las proteínas N, M, GP_{4} y GP_{3} sugerían que todas estas proteínas se expresaban adecuadamente. En los cultivos de CL2621 incubados con el sobrenadante de las células BHK-21 transfectadas con el RNA transcrito de pABV296 no se observaron halos de lisis o tinción en IMPA. Por lo tanto, estos resultados muestran claramente que la transfección del RNA transcrito de los clones de cDNA de longitud genómica pABV414 y pABV416 a las células BHK-21 da lugar a la producción y liberación de LV infeccioso. Además, cuando los transcritos de pABV414 y pABV416 se transfectaron a las células BHK-21 mediante electroporación, en vez de lipofectina, se obtuvo un aumento de dos a cuatro veces en la cantidad de células que en presencia de AcM específicos para LV produjeron resultados positivos en la tinción. El título de los virus recombinantes en el sobrenadante de estas células BHK-21 electroporadas era de 10^{5} TCID_{50}/ml, aproximadamente.
Curvas de crecimiento de las copias infecciosas del virus en comparación con Ter Huurne y LV4.2.1 Características del crecimiento de los virus recuperados
Los experimentos iniciales de transfección e infección sugerían que los virus recombinantes recuperados, designados vABV414 y vABV416, infectan y crecen satisfactoriamente por igual en macrófagos alveolares porcinos, pero crecen más lentamente en células CL2621 que el virus recuperado de las células BHK-21 transfectadas con RNA intracelular de LV. Este RNA intracelular de LV, que se había adaptado para el cultivo en CL2621, se aisló de células CL2621 infectadas con LV4.2.1. Para estudiar las propiedades del crecimiento de vABV414 y vABV416 más a fondo se determinaron las curvas de crecimiento en células CL2621 y en macrófagos alveolares porcinos y se compararon con las del LV natural, del que solo se habían realizado pases en macrófagos alveolares porcinos (TH), y con las del LV4.2.1 cultivado en células CL2621. Las tasas de crecimiento de los dos virus recombinantes no diferían, presentaban un crecimiento satisfactorio equivalente, independientemente de si derivaban directamente de BHK-21 o de más pases en macrófagos alveolares porcinos (Fig. 3). Los títulos (7,1-7,9 TCID_{50}/ml) en macrófagos alveolares porcinos ofrecían un pico alrededor de las 32 h postinfección, mientras que los títulos en CL2621 crecieron más lentamente y no se registró un pico ni siquiera a las 96 horas postinfección. El virus TH presentaba características de crecimiento similar a las de los recombinantes. Por el contrario, los virus LV4.2.1 adaptados a CL2621 crecían más rápidamente en células CL2621 que los virus vABV414, vABV416 y TH (Fig. 3). En resumen, estos resultados demuestran que las propiedades de crecimiento de los virus recombinantes son similares a las de los virus TH. Este hecho era de prever, ya que
la secuencia de cDNA utilizada para construir los clones infecciosos derivaba del virus TH parental "no adaptado".
Introducción de un marcador genético en el clon infeccioso de LV
Para demostrar que el clon de longitud genómica puede utilizarse para generar virus LV mutantes se introdujo un único sitio PacI y SwaI directamente en dirección 3' del gen ORF7 mediante mutagénesis dirigida por PCR (Fig. 4). El virus infeccioso se produjo cuando el RNA transcrito del clon cDNA de longitud genómica pABV437 que contenía el sitio PacI y el pABV442 que contenía el sitio SwaI se transfectaron en las células BHK-21 y el sobrenadante se transfirió a macrófagos alveolares porcinos y a células CL2621 después de 24 h de la transfección. Los virus recuperados vABV437 y vABV442, poseían propiedades de crecimiento similar a las del virus parental vABV414 en macrófagos alveolares porcinos y en células CL2621 (datos omitidos). Una región específica de 0,6 kb aproximadamente (nucleótidos entre 14576 hasta la cola de poli(A)) se amplificó mediante transcripción inversa y PCR del RNA viral aislado del sobrenadante de macrófagos alveolares porcinos infectados por vABV414 y vABV416. La digestión con PacI mostró que, de hecho, este sitio de restricción estaba presente en el fragmento derivado de pABV437, pero faltaba del fragmento derivado de vABV414. De forma similar se demostró la presencia del sitio SwaI en vABV442 (datos omitidos). Los autores fueron capaces de excluir de este modo la posibilidad de una contaminación por el virus natural y por lo tanto confirmaron la identidad de vABV437 y vABV442.
Discusión
La ingeniería genética moderna nos permite analizar y modificar genomas a nivel molecular y, de este modo, adquirir una visión más profunda de su organización y expresión. En el caso de los virus de RNA se requiere la generación de clones de cDNA de longitud genómica, a partir de los cuales se pueden sintetizar transcritos infecciosos. En la mayoría de los casos un prerrequisito para la construcción de clones infecciosos es la identificación de las secuencias terminales de los genomas virales respectivos, que son cruciales probablemente para la replicación del RNA viral. En un estudio previo se demostró que el LV contiene una cola de poli(A) en el extremo 3' (Meulenberg et al., 1993a). En el trabajo actual se determinó exactamente el extremo 5' del genoma de LV. Aunque se han descrito varios métodos para determinar el extremo 5' de los RNA o mRNA genómicos virales, la mayoría de ellos tienen limitaciones importantes. Para los virus flavivirus y pestivirus se ha utilizado un método que está basado en la circularización del RNA genómico. Sin embargo, este método necesita análisis adicionales para definir el borde entre los extremos 5' y 3' del genoma. El método de amplificación rápida 5' de los extremos del cDNA (5' RACE) se basa en la adición de una cola homopolimérica en la primera hebra de la cadena de cDNA con una desoxirribonucleótido transferasa terminal (TdT). Sin embargo, la reacción de adición de la cola es bastante ineficiente y este método requiere también análisis adicionales, ya que no se puede concluir si el primer nucleótido de la cola representa la secuencia viral o bien ya formaba parte de la cola añadida enzimáticamente. Los autores han definido en este estudio el extremo 5' más externo del genoma viral mediante la ligación de un oligonucleótido que posee una secuencia especificada con un primer producto de extensión de la primera cadena por el cebador y la amplificación mediante PCR. Se encontró una extensión de diez nucleótidos (ATGATGTGTA) en varios clones independientes con respecto a la secuencia publicada y por lo tanto, se asumió que representaban los nucleótidos del extremo 5' más externos del genoma viral. En conjunto, esto da lugar a una secuencia líder de 221 nucleótidos, similar en longitud a la secuencia líder del VAE (207 nucleótidos; Chen et al., 1991) o SHFV (208 nucleótidos; Zeng et al., 1995), pero más larga que la secuencia líder del LDV (155 nucleótidos; Chen et al., 1994). Sin embargo, no existe una homología significativa entre las secuencias líder de estos arterivirus.
El extremo 5' más externo se incorporó en el cDNA para crear un clon infeccioso. Los problemas principales para la generación de clones infecciosos conciernen a la estabilidad de las secuencias del virus al clonarse en bacterias, así como a la generación de unas terminaciones 5' y 3' correctas. Aunque los intentos iniciales para ensamblar un clon de cDNA de longitud genómica en pGEM-4Z fracasaron, el fragmento de cDNA genómico del LV de 15207 nucleótidos de longitud permaneció estable en el plásmido de bajo número de copias pOK12, y es el clon infeccioso más largo de un virus de RNA de cadena positiva generado hasta el momento. Los transcritos de los clones de cDNA de longitud genómica contenían una estructura de casquete en 5', una G extra no viral en el extremo 5' y una CG no viral en el extremo 3', aunque estas extensiones no eliminaban su infectividad. Varios investigadores han descrito una infección inicial reducida de RNA transcrito a partir de clones de cDNA completo debida a secuencias ajenas y no auténticas, ya sea en el extremo 5' o 3', o a un proceso de encasquetamiento incompleto. Los transcritos de cDNA completo del LV que carecían de una estructura de casquete no eran infecciosos. Mientras que la infectividad de los transcritos de clones de cDNA infecciosos se ha determinado siempre en líneas celulares que son sensibles al virus, los autores fueron incapaces de demostrar la infectividad de los transcritos a partir de clones de cDNA de longitud genómica o RNA de LV aislado a partir de células CL2621 mediante transfección de estos RNA a células CL2621. Este hecho se debió a la escasa eficiencia de transfección en células CL2621, en las que la síntesis de cadenas de RNA viral es obstaculizada, probablemente por la interferencia o interacción de fragmentos de RNA incompletos o proteínas de la cápside resultantes de la reinfección de las células CL2621 por partículas defectuosas obstructoras, tales como las cápsides desnudas que contienen solamente fragmentos del genoma viral. Sin embargo, la transfección de transcritos de clones de cDNA completo y de RNA intracelular de LV en BHK-21 desembocó en la producción y liberación de virus infecciosos, que pudieron recuperarse en células CL2621. No es posible obtener la reinfección de células BHK-21 mediante cápsides desnudas y por lo tanto no se obstaculiza la síntesis de RNA viral completo. La infectividad específica era aproximadamente de 400 a 1500 células positivas por \mul de RNA transcrito in vitro, mientras que se obtuvieron de 2 a 5 células positivas por \mul de RNA intracelular de LV. Sin embargo, estas infectividades específicas no pueden compararse, ya que sólo una fracción muy pequeña del RNA intracelular aislado de células CL2621 infectadas por LV representan RNA genómico de LV. Aún es más, la cantidad de RNA genómico aislado a partir de viriones que se utilizó para las transfecciones era demasiado pequeña para permitir una determinación cuantitativa exacta.
Además, las células BHK-21 se puntuaron según la producción de antígeno en IPMA con AcM específicos para LV, que no está correlacionado necesariamente con la producción de virus infecciosos. Este hecho era evidente debido a que el sobrenadante de las células BHK-21 transfectadas con 2 \mug de RNA intracelular de LV contenía un título mayor de unidades formadoras de halos de lisis, obtenido en ensayo con células CL2621, que el sobrenadante de células BHK-21 transfectadas con 2,5 \mug de transcrito de clones de cDNA completo. Aunque se había demostrado previamente para varios virus que la longitud de la cola de poli(A) influía en la infectividad de los tránscritos virales (Holy y Abouhaidar, 1993; Sarow, 1989), no se observó ninguna diferencia en la infectividad entre transcritos de clones de cDNA genómico que contenían una cola de 45 o 109 residuos. Sería posible que una cola de 45 residuos de A estuviera por encima del límite de longitud por debajo del cual la estabilidad de los transcritos correspondientes se altera. Los autores encontraron una diferencia entre clones en el aminoácido 1084 del ORF1a, produciendo Pro y Leu en una proporción de 1:1. Este aminoácido no tenía influencia sobre la infectividad, ya que los transcritos de clones de cDNA completo que contenían este codón para Leu o Pro no manifestaban ninguna diferencia en la infectividad de células BHK-21.
El clon infeccioso de longitud genómica se utilizó para generar un virus quimérico que expresara la proteína de la nucleocápside de la cepa ATCC VR2332 del VSRRP. Además, el clon infeccioso de longitud genómica se utilizó para generar un virus quimérico que expresara la proteína de la nucleocápside del virus LDV del ratón. Los virus quiméricos pueden diferenciarse de los virus parentales empleando AcM, puesto que estos primeros no producen una tinción con anticuerpos monoclonales específicamente reactivos a la proteína N (ORF7) de la cepa Ter Huurne del VSRRP. Aún es más, el virus quimérico, en el cual la proteína N de VSRRP se substituye por la proteína N de LDV, no es reactivo a los anticuerpos del cerdo en fase convaleciente reactivos a la proteína N del VSRRP. Ya que todos los cerdos infectados por el VSRRP desarrollan anticuerpos dirigidos contra la proteína N del VSRRP, los virus quiméricos se utilizarán en proyectos futuros que usen bacterias vivas nuevas contra VSRRP y usen este virus como sistema vector dirigido específicamente hacia su célula huésped, el macrófago alveolar de los pulmones. A este respecto, debe mencionarse que los intentos iniciales de conferir protección con virus muertos o subunidades recombinantes defraudaron. Hasta la fecha, la única vacuna efectiva contra el SRRP disponible es una vacuna viva modificada, basada en una cepa estadounidense (Gorcyca, et al., 1995).
Sin embargo, los cerdos vacunados con este producto vivo modificado no pueden discriminarse de los cerdos infectados por el virus salvaje. El clon infeccioso del VSRRP provee de este modo la llamada vacuna marcadora mediante la mutagénesis dirigida del genoma, tal que los cerdos vacunados pueden ser distinguidos de los cerdos infectados por virus salvaje atendiendo a la diferencia en los anticuerpos séricos.
El clon infeccioso del LV descrito aquí es el clon infeccioso más largo desarrollado de un virus de RNA de cadena positiva y el primero de la familia Arteriviridae. La generación de este clon infeccioso del VSRRP abre nuevas oportunidades para los estudios dirigidos a la patogenia, tropismo por el huésped, replicación y transcripción del virus. Los arterivirus y coronavirus comparten un mecanismo de transcripción específico al que se hace referencia también como "leader primed transcription", que incluye la generación del llamado conjunto anidado de RNA subgenómicos que contienen un líder 5' común (Spaan et al., 1998; Plagemann y Moennig, 1991). Esta "leader primed transcription" es un proceso complejo, que todavía no se entiende totalmente. Los estudios de los virólogos sobre coronavirus para elucidar el mecanismo subyacente de la "leader primed transcription" se limitan a análisis y mutagénesis dirigida de cDNA de RNA defectuosos obstructores, ya que el gran tamaño del genoma (28 a 30 kb) ha impedido la construcción de un clon infeccioso. El clon infeccioso del VSRRP es útil como sistema modelo para estudiar y averiguar el fascinante mecanismo de la transcripción y la replicación de arterivirus y coronavirus.
Los clones infecciosos derivados del VSRRP pueden también utilizarse como un sistema de administración o como vector vírico vacunal para antígenos foráneos insertados en el genoma de VSRRP, ya que el virus infecta macrófagos y células precursoras de los macrófagos en la médula ósea y otras células del sistema inmunitario, y distribuye el virus que contiene el antígeno a través de su progenie celular. En el ejemplo específico de antígenos que contienen fragmentos del ORF7 o proteína N de Arterivirus o de VSRRP, estos antígenos serán (sobre)expresados en la parte externa de la membrana celular de la célula infectada, y por ello mejoran la respuesta inmunitaria. Tales efectos de refuerzo del sistema inmunitario producirán una inmunidad frente a patógenos de por vida (debido a la estimulación continua a bajo nivel). Es posible utilizar el virus como un portador de antígeno mediante la construcción de la información de epítopos o de otros organismos patógenos o sustancias en su interior. Varios virus del SRRP modificados portadores de información de epítopos foráneos pueden mezclarse y administrarse en una sola vez. Esto da lugar a la inmunidad activa contra varios epítopos diferentes de un patógeno, o a la inmunidad activa contra varios patógenos diferentes. La seguridad de las vacunas del VSRRP modificado (tales como las no desechables) puede asegurarse mediante la eliminación de la información de aquellas proteínas virales necesarias para producir virus infecciosos con envoltura. Este virus debe propagarse en una línea celular que exprese de forma constitutiva esa proteína de la envoltura. Los virus que se replican en esta línea celular complementaria poseen una envoltura completa y pueden infectar macrófagos en el cerdo. Después de un ciclo de replicación, los virus de la progenie, al carecer de la información para la proteína de la envoltura, ya no son capaces de infectar a otras células como un virus con envoltura completa. La infección de macrófagos en el cuerpo todavía es posible en forma de cápsides desnudas. De esta manera, la vacuna controlará la infección en el animal que ha sido vacunado y no se propagará a otros animales.
Leyenda de las figuras
Figura 1. Construcción de un clon de cDNA de longitud genómica del LV. La parte superior (A) muestra la fusión entre los clones de cDNA, que se han secuenciado previamente (Meulenberg et al., 1993a) en pGEM-4Z. Se indican los números de pABV de los clones y los sitios de restricción que se utilizaron. Los recuadros negros representan aquellas partes de los clones de cDNA que se fusionan en la siguiente fase de clonación. Los recuadros de color gris claro, indicados con R.T., son clones de cDNA nuevos generados mediante RT-PCR; el recuadro gris oscuro representa un clon de cDNA nuevo generado mediante PCR. La parte inferior (B) muestra el ensamblaje de los clones de cDNA de mayor tamaño pABV331/369, pABV384 y pABV368 con el clon del extremo 5' pABV396, que contiene un promotor de la RNA polimerasa T7, y el clon del extremo 3' pABV395, que contiene una cola de poli(A), en el vector de bajo número de copias pOK12. Se indican los sitios de restricción dentro y fuera del sitio de clonación multiple de pOK12. Los sitios de restricción para la endonucleasa son los siguientes: A, ApaI; Ap, ApoI; B, BamHI; Bg, BglII; Bs, BspE1; Bc, BclI; E, EcoRI; Ec, EcoRV; H, HindIII; K, KpnI; N, NarI; Nc, NcoI; S, SacII; Sp, SpeI; Sa, SalI; Sc, ScaI; P, PstI; Pm, PmlI; X, XbaI; Xh, XhoI.
Figura 2. Secuencias terminales de cDNA completo del LV y RNA infeccioso transcrito de este clon de cDNA. Se linearizaron clones de cDNA de longitud genómica con PvuI y se transcribieron en presencia del análogo sintético de casquete m^{7}G(5')ppp(5')G con la RNA polimerasa T7. El RNA resultante debe contener un nucleótido (G) extra en el extremo 5' y dos nucleótidos extra (GC) en el extremo 3'. Las flechas en el RNA indican los nucleótidos terminales 5'y 3' que corresponden a la secuencia de RNA del LV auténtica.
Figura 3. Curvas de crecimiento del virus natural TH del LV, LV4.2.1, y de los virus recombinantes vABV414 y vABV416 en macrófagos alveolares porcinos (A) y células CL2621 (B). Los virus recombinantes vABV414 y vABV416 producidos en células BHK-21 se utilizaron directamente (BHK), o se utilizaron después de la multiplicación en macrófagos alveolares porcinos (PAM), mientras que el LV4.2.1 se preparó en células CL2621 (CL). Los cultivos celulares se infectaron con los virus indicados a una MOI (multiplicidad de infección) de 0,05 y se recogieron en los intervalos de tiempo indicados. Los títulos de virus (TCID_{50}/ml) se determinaron en macrófagos alveolares porcinos o células CL2621 mediante diluciones finales.
Figura 4. Introducción de un único sitio PacI y SwaI en el clon de cDNA infeccioso de LV. Los sitios PacI y SwaI se crearon mediante mutagénesis dirigida por PCR, como se describe en detalle en Materiales y Métodos. Los fragmentos de cDNA que contienen los sitios PacI y SwaI se intercambiaron en pABV414 usando sus sitios únicos HpaI y XbaI, los cuales se indican. Esto dio como resultado pABV437 y pABV442, respectivamente.
Referencias
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TABLA 1 Secuencia de nucleótidos de los clones del extremo 5' de LV
100
1)
Los clones que se muestran representan secuencias adicionales aisladas y secuenciadas previamente, que no se encontraban en los clones de cDNA (Meulenberg et al., 1993a).
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
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(i)
SOLICITANTE:
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(A)
NOMBRE: Stichting Instituut voor Dierhouderij en Diergezondheid
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(B)
CALLE: Edelhertweg 15
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(C)
CIUDAD: Lelystad
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(D)
PROVINCIA: Lelystad
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(E)
PAÍS: HOLANDA
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(F)
CODIGO POSTAL (ZIP): 8219 PH
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(A)
NOMBRE: Johanna Jacoba Maria Meulenberg
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(B)
CALLE: Laagte Kadijk 17B
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(C)
CIUDAD: Amsterdam
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(D)
PROVINCIA: Holanda Septentrional
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(E)
PAÍS: Holanda
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(F)
CÓDIGO POSTAL (ZIP): 1018 BB
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(A)
NOMBRE: Johannes Maria Antonius Pol
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(B)
CALLE: Jol 30-05
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(C)
CIUDAD: Lelystad
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(D)
REGIÓN: Lelystad
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(E)
PAÍS: Holanda
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(F)
CÓDIGO POSTAL (ZIP): 8243 HA
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(A)
NOMBRE: Bos-de Ruijter, Judy Norma Aletta
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(B)
CALLE: Pymient Hof 45
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(C)
CIUDAD: Almere-Buiten
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(D)
ESTADO: Holanda Septentrional
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(E)
PAÍS: Holanda
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(F)
CÓDIGO POSTAL (ZIP): 1339 HD
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(ii)
TÍTULO DE LA INVENCIÓN: Clones infecciosos de virus de RNA y vacunas y ensayos diagnósticos derivados de éstos.
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(iii)
NÚMERO DE SECUENCIAS: 22
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(iv)
FORMATO DE LECTURA:
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(A)
TIPO: disquete extraíble
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(B)
ORDENADOR: compatible con ordenador IBM
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(C)
SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
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(D)
PROGRAMA: PatentIn Release #1.0, Versión #1.30 (EPO)
\vskip0.800000\baselineskip
(v)
DATOS DE SOLICITUD ACTUAL: NÚMERO DE SOLICITUD: NL PCT/NL97/00593
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(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 1:
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(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácidos nucleicos
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TACAGGTGCC TGATCCAAGA
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 30 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CACGAATTCA CTATCGATTC TGGATCCTTC
\hfill
30
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 31 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
AGGTCGTCGA CGGGCCCCGT GATCGGGTAC C
\hfill
31
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GAAGGATCCA GAATCGATAG
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 21 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCTAGGAATT CTAGACGATC G
\hfill
21
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 22 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 6:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCTAGGAATT CTAGACGATC GT
\hfill
22
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE ID. DE SEC. NÚM.: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GGAGTGGTTA ACCTCGTCAA
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 33 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCGGAATCTA GATCTCACGT GGTGCAGCTG CTG
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CATCAACACC TGTGCAGACC
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 10:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TTCCTTCTCT GGCGCATGAT
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 11:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 30 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 11:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GTACTGGTAC CGGATCCGTG AGGATGTTGC
\hfill
30
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 12:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 49 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GAATTCACTA GTTAATACGA CTCACTATAG ATGATGTGTA GGGTATTCC
\hfill
49
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID DE SEC. NÚM.: 13:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 44 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GGAGTGGTTA ACCTCGTCAA GTATGGCCGG TAAAAACCAG AGCC
\hfill
44
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 14:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCATTCACCT GACTGTTTAA TTAACTTGCA CCCTGA
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 15:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCAGGGTGCA AGTTAATTAA ACAGTCAGGT GAATGG
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 16:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 30 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCTGACTGTC AATTTAAATT GCACCCTGAC
\hfill
30
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 17:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 30 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GTCAGGGTGC AATTTAAATT GACAGTCAGG
\hfill
30
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 18:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 10 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 18:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ATGATGTGTA
\hfill
10
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 19:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 13 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 19:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ATGATGTGTA GGG
\hfill
13
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 20:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 12 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 20:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TGATGTGTAG GG
\hfill
12
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 21:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 11 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 21:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GATGTGTAGG G
\hfill
11
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DEL ID. DE SEC. NÚM.: 22:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 10 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
DISPOSICIÓN EN HEBRAS: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
HIPOTÉTICO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: ID. DE SEC. NÚM.: 22:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ATGTGTAGGG
\hfill
10

Claims (14)

1. Un método para generar un clon infeccioso en base al genoma de un virus de RNA de cadena positiva de la familia Arteriviridae, dicho método comprende la producción de un ácido nucleico recombinante que consta al menos de una copia completa de DNA o una copia de RNA transcrito in vitro de dicho virus de RNA de cadena positiva, además de la selección de clones infecciosos mediante la transfección de una célula huésped con dicho ácido nucleico recombinante, en que dicha célula huésped no es vulnerable a la infección por dicho virus.
2. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en que dicha célula huésped es una célula BHK-21.
3. Un ácido nucleico recombinante que comprende un clon infeccioso que es un clon infeccioso de cDNA obtenido mediante un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2.
4. Un ácido nucleico recombinante de acuerdo con la reivindicación 3, en que dicho virus es el VSRRP.
5. Una molécula de ácido nucleico que comprende un ácido nucleico de acuerdo con las reivindicaciones 3 o 4, en el se ha modificado una secuencia de ácido nucleico que codifica un marcador de virulencia o un marcador serológico.
6. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con la reivindicación 5, en la que la secuencia de ácido nucleico que codifica dicho marcador se ubica dentro de cualquiera de los marcos abiertos de lectura que codifican proteínas virales estructurales.
7. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con la reivindicación 6, en el que uno de los marcos de lectura es el ORF7 de cualquier miembro de la familia Arteriviridae.
8. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con las reivindicaciones 6 o 7, en la que un ORF7 de la familia Arteriviridae sustituye a un marco abierto de lectura.
9. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones de la 5 a la 8, en la que se inserta al menos una secuencia de ácido nucleico heterólogo adicional.
10. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con la reivindicación 9, en la que dicha secuencia de ácido nucleico heterólogo codifica un antígeno.
11. Una molécula de ácido nucleico recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones de la 5 a la 10, en la que se ha modificado un marco abierto de lectura.
12. Un virus de RNA modificado derivado de un ácido nucleico recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones de la 5 a la 11.
13. Una vacuna que comprende un virus de RNA modificado de acuerdo con la reivindicación 12.
14. Una célula infectada con un virus de RNA de acuerdo con la reivindicación 13.
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