CN104583422A - 标志物在诊断和治疗前列腺癌中的用途 - Google Patents

标志物在诊断和治疗前列腺癌中的用途 Download PDF

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Abstract

本发明提供使用角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9中的一种或多种及PSA诊断、监测和预后前列腺癌的方法。本发明提供用于实施本发明的方法的试剂盒。

Description

标志物在诊断和治疗前列腺癌中的用途
相关申请的交叉引用
本申请要求2012年6月27日提交的美国临时申请系列号61/665201、2012年7月16日提交的美国临时申请系列号61/672090、2012年7月18日提交的美国临时申请系列号61/673094、2012年9月18日提交的美国临时申请系列号61/702523和均于2012年10月24日提交的美国临时申请系列号61/718064、61/718080和61/718081的优先权。各申请整体通过引用结合于此。
序列表
本申请包含以ASCII格式通过EFS-Web提交的序列表并整体通过引用结合于此。建立于2013年6月25日的所述ASCII拷贝名称为119992-06620_SL.txt且大于为461,537字节。
发明领域
本发明涉及使用细丝蛋白B、淋巴细胞抗原9(LY9)、角蛋白和微管蛋白，特别地使用角蛋白4、7、8、15、18和19及微管蛋白-β3，特别是角蛋白7、15或19治疗、预防、减轻、诊断和预后人类的异常前列腺状态，包括良性前列腺增生和肿瘤病症，特别是前列腺癌。细丝蛋白B、淋巴细胞抗原9(LY9)、角蛋白和微管蛋白可以进一步与前列腺特异性抗原(PSA)结合以用于治疗、预防、减轻、诊断和预后异常前列腺状态，包括良性前列腺增生和肿瘤病症，特别是前列腺癌。本发明还涉及用于实施本发明的方法的组合(panel)和试剂盒。
发明背景
肿瘤病症如癌症当前是发达国家中主要死亡原因之一且是对现代社会的重大威胁。癌症可以在任何年龄下任何器官的任何组织中发生。世界上，每年超过1千万人诊断为患有癌症，且估计这一数字到2020将增加到每年1千5百万新病例。据信癌症引起每年六百万人死亡或世界上12％的死亡。
前列腺癌是在前列腺(男性生殖系统中的腺体)中发生的癌症。大多数前列腺癌生长缓慢。但是，具有侵袭性前列腺癌的病例。癌细胞可以从前列腺转移到身体的其它部分，特别是转移到骨和淋巴结。前列腺癌可以引起疼痛、排尿困难、性交过程中的问题或勃起功能障碍。其它症状可能潜在地在疾病的晚期发生。
前列腺癌的检测率在世界范围内变化较大，其中检测率在东南亚比在欧洲和更特别地比在美国低。前列腺癌倾向于在50岁以上的男性中发生且虽然它是男性中最普遍的癌症类型之一，但许多人从来没有症状或进行过前列腺癌的治疗，且最终死于其它原因。此外，前列腺癌的治疗可能对受试者造成比前列腺癌本身更多的伤害。前列腺特异性抗原(PSA)筛选已经导致诊断为患有前列腺癌的男性人数显著升高，使得所进行的潜在不必要的活组织检查的伴随增加。尽管有其局限，包括仅25-40％的阳性预测值，PSA仍然是前列腺癌的一般公认的标志物。
在大多数情况中，前列腺癌是生长缓慢的和无症状的。而且，因为具有该病症的男性通常是老年人，他们常常死于与前列腺癌不相关的原因如心脏/循环系统疾病、肺炎、其它不相关的癌症或年老。另一方面，更高侵袭性的前列腺癌在美国男性中比肺癌以外的任何其它癌症造成更多的癌症相关的死亡。
约三分之二的前列腺癌病例生长缓慢，而其它三分之一是更侵袭性的且快速发展。重要的是能够区分疾病的侵袭性和非侵袭性形式，且进一步区分前列腺癌与良性前列腺增生(BPH)。通常使用的筛选测试，例如对于前列腺特异性抗原(PSA)的筛选测试，不能区分前列腺癌和BPH。
发明内容
本发明至少部分地基于申请人发现角蛋白4、7、8、15、18和19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)、和淋巴细胞抗原9(LY9)在前列腺癌细胞中差异地调节。
因此，本发明提供一种用于在哺乳动物中肿瘤疾病状态(例如，前列腺癌)的诊断、监测(例如，疾病进展或治疗)、预后、治疗、减轻其症状、抑制其进展或预防的方法。本发明进一步提供用于实施本发明的方法的组合和试剂盒。
在一个方面中，本发明提供用于诊断受试者的异常前列腺状态的方法，包括：
(1)测定来自所述受试者的生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；和
(2)将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与正常对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的改变指示所述受试者中的异常前列腺状态。
在某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高指示所述受试者中的异常前列腺状态。
在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高指示所述受试者中的正常前列腺状态。在这样的实施方式中，细丝蛋白B、LY9和角蛋白19中一种、两种或所有三种的水平可以被检测。对于所检测的标志物水平。没有一种标志物具有提高的水平。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平且优选进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品中的PSA水平进行比较。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中的PSA水平相对于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合对于患有异常前列腺状态的受试者具有比单独的任何单一标志物的预测值更高的预测值。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的降低或正常结合对于患有异常前列腺状态的受试者具有比单独的任何单一标志物的预测值更高的预测值。
在本发明的整个方法、试剂盒和组合中，细丝蛋白B、LY9和角蛋白19中的一种或多种理解为细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19中的任一个。
在本发明的某些实施方式中，异常前列腺状态是前列腺癌。
在本发明的某些实施方式中，前列腺癌是雄激素依赖性前列腺癌。在本发明的某些实施方式中，前列腺癌是非雄激素依赖性前列腺癌。在本发明的某些实施方式中，前列腺癌是侵袭性前列腺癌。在本发明的某些实施方式中，前列腺癌是非侵袭性前列腺癌。
在本发明的某些实施方式中，异常前列腺状态是良性前列腺增生。
在另一个方面中，本发明提供用于鉴别受试者为具有发生前列腺癌的提高的风险的方法，该方法包括：
(1)测定来自所述受试者的生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；和
(2)将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与正常对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述对照样品的改变指示所述受试者中发生前列腺癌的提高的风险。
在某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高指示所述受试者中发生前列腺癌的风险提高。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高指示所述受试者中发生前列腺癌的风险没有提高。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平和优选进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品中的PSA水平进行比较。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合对于受试者中发生前列腺癌的提高的风险具有比单独的任何单一标志物的提高的预测值更高的预测值。在某些实施方式中，所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的降低或正常结合对于受试者中发生前列腺癌的风险没有提高具有比单独的任何单一标志物的预测值更高的预测值。
在本发明的实施方式中，所述选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌标志物是：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
在本发明的诊断或预后方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。在某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。在某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7和角蛋白15。在某些实施方式中，一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白7、15和19。在某些实施方式中，本发明的诊断和预后方法进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与对照样品中的PSA水平进行比较。
在某些实施方式中，对于PSA的对照样品是与对于本发明的其它前列腺癌相关标志物相同的对照样品。在某些实施方式中，对于PSA的对照样品是与对于本发明的其它前列腺癌相关标志物不同的对照样品。
在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于正常对照样品的提高指示所述受试者中的异常前列腺状态。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物相对于正常对照样品的降低或正常的水平指示所述受试者中的异常前列腺状态。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于正常对照样品的提高指示所述受试者中的正常前列腺状态。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物相对于正常对照样品的降低或正常的水平指示所述受试者中的正常前列腺状态。
在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于正常对照样品的提高指示所述受试者中发生前列腺癌的提高的风险。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物相对于正常对照样品的降低或正常的水平指示所述受试者中发生前列腺癌的提高的风险。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于正常对照样品的提高指示所述受试者中发生前列腺癌的风险没有提高。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物相对于正常对照样品的降低或正常的水平指示所述受试者中发生前列腺癌的风险没有提高。
在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述方法进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品的PSA水平进行比较。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中的异常前列腺状态，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的降低与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中的异常前列腺状态，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的降低或正常与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中的正常前列腺状态。在本发明的诊断方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高或正常与相比于所述正常对照样品的PSA水平所述生物样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中的正常前列腺状态。
在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述方法进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品PSA的水平进行比较。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者发生前列腺癌的提高的风险，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的降低与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者发生前列腺癌的提高的风险，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的降低或正常与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中发生前列腺癌的降低或正常的风险，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。在本发明的预后方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高或正常与所述生物样品中的PSA水平相比于所述正常对照样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中发生前列腺癌的降低或正常的风险，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物的诊断或预测值更高的值。
在本发明的任何诊断或预后方法的各种实施方式中，该方法可以进一步包括将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与选自以下的对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较：在比所述生物样品更早的时间点从相同受试者获得的样品、来自患有良性前列腺增生(BPH)的受试者的样品、来自患有非转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素不敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品和来自患有非侵袭性前列腺癌的受试者的样品。在这样的实施方式中，与一个或多个另外的对照样品比较可以帮助区分选自以下的两种前列腺癌状态：正常前列腺和前列腺癌、良性前列腺增生和前列腺癌、良性前列腺增生和正常前列腺、雄激素依赖性和非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌和非侵袭性前列腺癌、及转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌；或区分正常前列腺、前列腺癌、良性前列腺增生、雄激素依赖性前列腺癌、非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌中的任何两种或更多种。
在本发明的某些实施方式中，当肿瘤存在时，所述方法进一步包括检测所述受试者中前列腺肿瘤的尺寸。
在本发明的诊断或预后方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括从受试者获得样品。
在本发明的诊断或预后方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括选择患有或疑似患有前列腺癌的受试者。
在本发明的某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述一种或多种前列腺癌标志物的水平选择用于所述受试者的治疗方案。在本发明的某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述一种或多种前列腺癌标志物的水平用治疗方案治疗所述受试者。在某些实施方式中，治疗方案包括选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗。
在仍另一方面中，本发明提供监测受试者中的前列腺癌的方法，所述方法包括：
(1)测定在第一时间从患有前列腺癌的受试者获得的第一生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；
(2)测定在第二时间从所述受试者获得的第二生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平，其中所述第二时间晚于或后于所述第一时间；和
(3)将所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与所述第一样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相比于所述第一样品的改变指示所述受试者中前列腺癌状态的改变。
在某些实施方式中，所述受试者在获得所述第二样品之前进行前列腺癌的积极治疗。即，所述受试者正在进行前列腺癌的积极治疗。
在某些实施方式中，所述受试者在获得所述第二样品之前不进行前列腺癌的积极治疗。即，所述受试者正在使用观察等待(watchful waiting)进行监测。
在某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相比于所述第一生物样品的提高指示所述受试者中前列腺癌的进展。在某些实施方式中，所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相比于所述第一生物样品没有提高指示所述受试者中前列腺癌的非进展。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括测定所述第一生物样品和所述第二生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述第二生物样品中的PSA水平与所述第一生物样品中的PSA水平进行比较。在某些实施方式中，所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述第一生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的提高与所述第二生物样品中PSA水平相对于所述第一生物样品中PSA水平的提高结合对于所述受试者中前列腺癌的进展具有比单独地任何单一标志物更高的预测值。在某些实施方式中，所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述第一生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平没有提高与所述第二生物样品中的PSA水平相对于所述第一生物样品中PSA水平的降低或相同结合对于所述受试者中前列腺癌的非进展具有比单独地任何单一标志物更高的预测值。
在本发明的实施方式中，所述选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌标志物是：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19。在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7和角蛋白15。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，该方法进一步包括测定所述第一生物样品和所述第二生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述第二生物样品中的PSA水平与所述第一生物样品中的PSA水平进行比较。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于第一样品的提高指示所述受试者中前列腺肿瘤的进展。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于第一样品的降低或正常指示所述受试者中前列腺肿瘤的进展。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于第一样品的提高指示所述受试者中前列腺肿瘤没有进展。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于第一样品的降低或正常指示所述受试者中前列腺肿瘤没有进展。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述方法进一步包括检测所述第二样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且优选地进一步包括将所述第二样品中的PSA水平与第一样品中的PSA水平进行比较。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌标志物的水平相对于所述第一样品的提高与相比于所述第一样品中PSA水平所述第二样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中前列腺肿瘤的进展，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物更高的诊断和预测值。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌标志物的水平相对于所述第一样品的降低与所述第二样品中的PSA水平相比于所述第一样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中前列腺肿瘤的进展，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物更高的诊断和预测值，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物更高的诊断和预测值。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中一种或多种前列腺癌标志物的水平相对于所述第一样品的降低或正常与所述第二样品中的PSA水平相比于所述第一样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中前列腺肿瘤没有进展。在本发明的监测方法的某些实施方式中，其中一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3，所述第二样品中一种或多种前列腺癌标志物的水平相对于所述第一样品的提高或正常与所述第二样品中的PSA水平相比于所述第一样品中PSA水平的降低或正常结合指示所述受试者中前列腺肿瘤没有进展，其中所述方法具有比单独的任何单个标志物更高的诊断和预测值。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括将所述第一生物样品或所述第二生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与选自以下的对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较：正常对照样品、从患有良性前列腺增生(BPH)的受试者获得的样品、来自患有非转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素不敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品和来自患有非侵袭性前列腺癌的受试者的样品。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括检测所述受试者中前列腺肿瘤的尺寸。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括从受试者获得第一样品和第二样品。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述受试者中所述前列腺癌的进展对于所述受试者选择和/或施用不同治疗方案。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述受试者中所述前列腺癌的非进展对于所述受试者维持治疗方案。
在某些实施方式中，所述治疗方案包括选自外科手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗。
在本发明的监测方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述受试者中所述前列腺癌的非进展停止所述受试者中所述前列腺癌的积极治疗。在某些实施方式中，所述积极治疗是选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗。
在再另一方面中，本发明提供用于检测一组前列腺癌相关标志物的方法，该方法包括：
(1)分析来自受试者的生物样品的一组前列腺癌相关标志物中两种或更多种前列腺癌相关标志物的水平，其中所述前列腺癌相关标志物组包括细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(2)检测所述生物样品中两种或更多种前列腺癌特异性标志物中的各标志物，从而检测所述前列腺癌相关生物标志物组。
在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组包括细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组中的所述两种或更多种前列腺癌相关标志物是：细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19。在某些实施方式中，所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白7和角蛋白15。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括分离所述生物样品的组分。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括标记所述生物样品的组分。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括处理所述生物样品。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括将待检测的前列腺癌相关标志物与前列腺癌相关标志物结合剂接触。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括形成待检测的前列腺癌相关标志物和前列腺癌相关标志物结合剂之间的复合物。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括将所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自与前列腺癌相关标志物结合剂接触。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括形成所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自和前列腺癌相关标志物结合剂之间的复合物。
在本发明的任何方法的各种实施方式中，所述检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的步骤包括将待检测的前列腺癌相关标志物连接于固体表面。
在仍另一方面中，本发明提供用于检测方法中的试剂组合，所述组合包含至少两种检测试剂，其中各检测试剂对于一组前列腺癌相关标志物中至少一种前列腺癌相关标志物的检测是特异性的，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3和PSA的两种或更多种前列腺癌相关标志物。
在某些实施方式中，所述前列腺癌特异性标志物组包括选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的两种或更多种前列腺癌相关标志物。在某些实施方式中，所述两种或更多种前列腺癌相关标志物是：细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
在某些实施方式中，所述前列腺癌特异性标志物组包括选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的两种或更多种前列腺癌相关标志物。在某些实施方式中，所述前列腺癌特异性标志物组包括选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15的两种或更多种前列腺癌相关标志物。在某些实施方式中，所述前列腺癌特异性标志物组包括角蛋白7和角蛋白15。
在某些实施方式中，所述前列腺癌特异性标志物组进一步包括PSA。在某些实施方式中，所述试剂组合包括对于PSA的检测特异性的检测试剂。
在仍另一方面中，本发明提供本发明的任何前述组合用于本发明提供的任何方法中的用途。
在再另一方面中，本发明提供用于异常前列腺状态的诊断、监测或表征的试剂盒，包括：对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物水平的检测特异性的至少一种试剂。
在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括基于所检测的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物的水平诊断、监测或表征异常前列腺状态的说明。
在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括检测其中所述选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物被检测的样品中的PSA水平的说明。
在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括对于PSA水平的检测特异性的至少一种试剂。
在一个实施方式中，本发明提供一种试剂盒，包括对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物的水平的检测特异性的至少一种试剂及对于PSA水平的检测特异性的至少一种试剂。
此外，本发明提供用于诊断前列腺癌的方法，包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的所述一种或多种标志物的表达水平与对照样品中相应的一种或多种标志物的表达水平进行比较，其中所述生物样品中所述一种或多种标志物的表达水平的调节是所述受试者患有前列腺癌的指示。在某些实施方式中，所述生物样品中细丝蛋白B(FLNB)、淋巴细胞抗原9(LY9)或角蛋白19的表达水平相比于正常对照样品的提高是所述受试者患有前列腺癌的指示。
本发明进一步提供预测受试者是否易于发生前列腺癌的方法，该方法包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的所述一种或多种标志物的表达水平与对照样品中相应标志物的表达水平进行比较，其中从所述受试者获得的所述生物样品中所述一种或多种标志物的表达水平与对照样品中相应标志物的表达水平的调节是所述受试者易于发生前列腺癌的指示。在某些实施方式中，所述生物样品中细丝蛋白B(FLNB)、淋巴细胞抗原9(LY9)或角蛋白19的表达水平相比于正常对照样品的提高是所述受试者易于发生前列腺癌的指示。
本发明进一步提供用于监测受试者中前列腺癌的治疗的方法，该方法包括测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之前从所述受试者获得的第一样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之后从所述受试者获得的第二样品中相应的一种或多种标志物的表达水平；和将所述第一样品中所述一种或多种标志物的表达水平与所述第二样品中相应的一种或多种标志物的表达水平进行比较，其中所述第二样品中一种或多种标志物的表达水平相比于所述第一样品中所述一种或多种标志物的调节是所述受试者中前列腺癌状态调节的指示。在某些实施方式中，所述生物样品中细丝蛋白B(FLNB)、淋巴细胞抗原9(LY9)或角蛋白19的表达水平相比于所述对照样品的降低是所述受试者对前列腺癌的治疗有反应的指示。
在某些实施方式中，通过检测选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测前列腺特异性抗原(PSA)以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。
本发明还提供用于诊断前列腺癌的方法，包括测定从受试者获得的生物样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平与对照样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平进行比较，其中所述生物样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平相比于所述对照样品的调节是所述受试者患有前列腺癌的指示。
本发明提供预测受试者是否易于发生前列腺癌的方法，该方法包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白7或角蛋白15的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白7或角蛋白15的表达水平与对照样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平进行比较，其中从所述受试者获得的生物样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平与对照样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平的调节是所述受试者是否易于发生前列腺癌的指示。
本发明提供用于监测受试者中前列腺癌的治疗的方法，该方法包括测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之前从所述受试者获得的第一样品中存在的角蛋白7或角蛋白15的表达水平；测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之后从所述受试者获得的第二样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平；和将所述第一样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平与所述第二样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平进行比较，其中所述第二样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平相比于所述第一样品中角蛋白7或角蛋白15的表达水平的调节是所述受试者中所述治疗调节前列腺癌的指示。
本发明还提供用于诊断前列腺癌的方法，包括测定从受试者获得的生物样品中角蛋白19的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中角蛋白19的表达水平与对照样品中角蛋白19的表达水平进行比较，其中所述生物样品中角蛋白19的表达水平相比于正常对照样品的提高是所述受试者患有前列腺癌的指示。
本发明提供预测受试者是否易于发生前列腺癌的方法，该方法包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白19的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白19的表达水平与对照样品中角蛋白19的表达水平进行比较，其中从所述受试者获得的生物样品中角蛋白19的表达水平与正常对照样品中角蛋白19的表达水平的调节是所述受试者是否易于发生前列腺癌的指示。
本发明提供用于监测受试者中前列腺癌的治疗的方法，该方法包括测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之前从所述受试者获得的第一样品中存在的角蛋白19的表达水平；测定在向所述受试者施用至少一部分治疗方案之后从所述受试者获得的第二样品中角蛋白19的表达水平；和将所述第一样品中角蛋白19的表达水平与所述第二样品中角蛋白19的表达水平进行比较，其中所述第二样品中角蛋白19的表达水平相比于所述第一样品中角蛋白19的表达水平的降低是所述受试者对前列腺癌的治疗有反应的指示。
在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测细丝蛋白B以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测LY9以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测PSA以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测细丝蛋白B以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测角蛋白4以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测角蛋白8以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测角蛋白18以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。在某些实施方式中，通过检测角蛋白7、15或19的水平诊断、预后和监测前列腺癌的治疗的方法进一步包括检测微管蛋白-β3以用于诊断、预后和监测前列腺癌的治疗。
在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白7。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白15。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白19。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白7和15。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白7和19。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白15和19。在某些实施方式中，角蛋白7、15或19是角蛋白7、15和19。
在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是细丝蛋白B。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是LY9。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是角蛋白19。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是细丝蛋白B和LY9。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是细丝蛋白B和角蛋白19。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是LY9和角蛋白19。在某些实施方式中，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19是细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
在某些实施方式中，对照样品是来自正常受试者或正常组织的样品。在某些实施方式中，对照样品是在比所述生物样品更早的时间点来自相同受试者的样品。在某些实施方式中，对照样品是从患有良性前列腺增生(BPH)的受试者获得的样品。
在某些实施方式中，诊断包括区分正常前列腺和前列腺癌。在某些实施方式中，诊断包括区分良性前列腺增生和前列腺癌。
本发明提供表征受试者中的前列腺癌状态的方法，该方法包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的所述一种或多种标志物的表达水平与对照样品中所述标志物的表达水平进行比较，其中相对于对照样品中相应标志物的表达水平，从所述受试者获得的生物样品中所述一种或多种标志物的表达水平是所述受试者中前列腺癌状态的指示。
本发明提供表征受试者中的前列腺癌状态的方法，该方法包括测定从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白7、15或19的表达水平；和将从所述受试者获得的生物样品中存在的角蛋白7、15或19的表达水平与对照样品中角蛋白7、15或19的表达水平进行比较，其中相比于对照样品中角蛋白7、15或19的表达水平，从所述受试者获得的生物样品中角蛋白7、15或19的表达水平是所述受试者中前列腺癌状态的指示。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括检测在表征前列腺癌的方法中检测细丝蛋白B或LY9的表达水平的生物样品中的前列腺特异性抗原(PSA)的表达水平。在某些实施方式中，所述方法进一步包括将所述生物样品中PSA的表达水平与对照样品中PSA的水平进行比较。在某些实施方式中，来自PSA表达水平的检测的结果与在表征前列腺癌的方法中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7)标志物的水平的检测结合使用。
在某些实施方式中，对照样品是来自正常受试者或正常组织的样品。在某些实施方式中，对照样品是在比所述生物样品更早的时间点来自相同受试者的样品。在某些实施方式中，对照样品是从患有良性前列腺增生(BPH)的受试者获得的样品。在某些实施方式中，对照样品中是来自患有雄激素依赖性前列腺癌的受试者的样品。在某些实施方式中，对照样品是来自患有非雄激素依赖性前列腺癌的受试者的样品。在某些实施方式中，对照样品是来自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品。在某些实施方式中，对照样品是来自患有非侵袭性前列腺癌的受试者的样品。
在本发明的某些实施方式中，表征包括区分正常前列腺和前列腺癌。在某些实施方式中，表征包括区分良性前列腺增生和前列腺癌。在某些实施方式中，表征包括区分雄激素敏感的和雄激素不敏感的前列腺癌。在某些实施方式中，表征包括区分侵袭性前列腺癌和非侵袭性前列腺癌。在某些实施方式中，表征包括区分正常前列腺、前列腺癌、良性前列腺增生、雄激素敏感的前列腺癌、雄激素不敏感的前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌中的任何两种或更多种。在某些实施方式中，表征包括检测从非雄激素依赖性前列腺癌到雄激素依赖性前列腺癌的状态的改变。在某些实施方式中，表征包括检测响应于治疗从非雄激素依赖性前列腺癌到雄激素依赖性前列腺癌的状态的改变。在某些实施方式中，表征包括检测前列腺癌的大小或相对侵袭性的改变。在某些实施方式中，表征包括检测从非转移性前列腺癌到转移性前列腺癌的改变。
在本发明的某些实施方式中，角蛋白19的表达水平的提高是前列腺癌病理加重或发生前列腺癌的可能性增加的指示。在本发明的某些实施方式中，角蛋白19的表达水平的降低是前列腺癌病理减轻或发生前列腺癌的可能性降低的指示。在本发明的某些实施方式中，角蛋白19的表达水平没有显著变化是前列腺癌状态没有显著变化的指示。
在本发明的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9的表达水平的提高是前列腺癌病理加重或发生前列腺癌的可能性增加的指示。在本发明的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9的表达水平的降低是前列腺癌病理减轻或发生前列腺癌的可能性降低的指示。在本发明的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9的表达水平没有显著变化是前列腺癌状态没有显著变化的指示。
在某些实施方式中，本发明的方法进一步包括从受试者获得生物样品。
在某些实施方式中，本发明的方法进一步包括选择患有或疑似患有前列腺癌的受试者。
在某些实施方式中，本发明的方法进一步包括用于治疗受试者的治疗方案，包括选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子、细胞因子的疗法和化疗的一种或多种治疗。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述方法的结果选择用于受试者的一种或多种特定治疗方案。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述方法的结果改变受试者的治疗方案。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括基于所述方法的结果根据受试者的监测改变基于激素的疗法。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括在进行本文中提供的后续诊断、预后或监测方法之前的一个间期内受试者不用选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子、细胞因子的疗法和化疗的一种或多种治疗来治疗。
本发明提供通过测定从患有前列腺癌的受试者获得的第一样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；测定在施用至少一部分前列腺癌的治疗之后从所述受试者获得的第二样品中一种或多种标志物的表达水平；将所述第一样品中所述一种或多种标志物的表达水平与所述第二样品中一种或多种标志物的表达水平进行比较，其中所述第二样品中一种或多种标志物的表达水平相比于所述第一样品中的所述一种或多种标志物的调节是所述受试者中前列腺癌调节的指示；和基于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平选择受试者的治疗。例如，细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的水平的降低是受试者对治疗有反应的指示。细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的水平的提高是受试者对治疗没有反应的指示。
如本文中使用的，调节理解为标志物表达水平的改变，特别是相比于适宜的对照的标志物表达水平的统计显著的改变。相比于对照的标志物表达水平的提高或降低至少取决于标志物的特定身份和所使用的对照。这些考虑本领域技术人员很好理解。标志物表达水平的调节的含义可以基于本文中提供的教导确定。
在某些实施方式中，治疗方法进一步包括测定第一样品中PSA的表达水平和测定第二样品中PSA的表达水平。在某些实施方式中，受试者的治疗在检测到第二样品中细丝蛋白B、LY9、角蛋白19或PSA的至少一种的表达水平降低而表明受试者对治疗有反应时维持。在某些实施方式中，受试者的治疗在检测到第二样品中细丝蛋白B、LY9、角蛋白19或PSA的至少一种的表达水平提高而表明疾病不再存在或最小化以使得治疗不再需要时中止。在某些实施方式中，受试者的新治疗在检测到第二样品中细丝蛋白B、LY9、角蛋白19或PSA的至少一种的表达水平降低时开始，例如，在肿瘤萎缩后切除。在某些实施方式中，受试者的治疗在检测到第二样品中细丝蛋白B、LY9、角蛋白19或PSA的至少一种的表达水平提高而指示对治疗的反应缺乏或反应停止时中止。在某些实施方式中，受试者的新治疗在检测到第二样品中细丝蛋白B、LY9、角蛋白19或PSA的至少一种的表达水平提高(例如，由于对治疗的反应缺乏或反应停止)时开始。本领域技术人员可以至少部分地基于如通过标志物表达水平确定的受试者对于使用的治疗的反应或无反应选择受试者的适宜治疗方法。
本发明提供施用观察等待以外的积极治疗的患有前列腺癌的受试者的方法，其是通过测定从患有前列腺癌的受试者(其中所述受试者未进行前列腺癌的积极治疗)获得的第一样品中存在的细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的表达水平；测定从受试者获得的第二样品中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的表达水平；将较早时间点获得的第一样品中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的表达水平与第二样品中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的表达水平进行比较；其中第二样品中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的表达水平相比于第一样品中的细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的降低指示受试者不应施用前列腺癌的积极治疗；和针对受试者的前列腺癌积极治疗进行选择。
本发明还提供选择施用积极治疗的患有前列腺癌的受试者的方法，其是通过测定从患有前列腺癌的受试者(其中所述受试者未进行前列腺癌的积极治疗)获得的第一样品中存在的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；测定从受试者获得的第二样品中相应的一种或多种标志物的表达水平；将较早时间点获得的第一样品中一种或多种标志物的表达水平与第二样品中一种或多种标志物的表达水平进行比较；其中第二样品中一种或多种标志物的表达水平相比于第一样品中的一种或多种标志物的调节被认为确定受试者是否应当针对前列腺癌进行积极治疗。
在某些实施方式中，受试者针对前列腺癌进行积极治疗包括用一种或多种治疗如激素疗法、化疗、放疗和外科手术进行治疗。
在某些实施方式中，受试者选择的方法进一步包括测定第一样品中PSA的表达水平和测定第二样品中PSA的表达水平。在某些实施方式中，第二样品中的PSA表达水平相比于第一样品中PSA表达水平的降低是受试者不应当施用前列腺癌的积极治疗的指示。在某些实施方式中，第二样品中的PSA表达水平相比于第一样品中PSA表达水平的提高是受试者应当施用前列腺癌的积极治疗的指示。
在本文提供的任何方法的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9理解为细丝蛋白B和LY9。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9理解为细丝蛋白B。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，细丝蛋白B或LY9理解为LY9。
在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白7。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白15。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白19。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白7和15。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白15和19。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白7和19。在本文提供的任何方法的某些实施方式中，角蛋白7、15或19理解为角蛋白7、15和19。
在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白4。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白7。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白8。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白15。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白18。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括角蛋白19。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括微管蛋白-β3。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括细丝蛋白B。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括LY9。在某些实施方式中，选自本文提供的任何组的一种或多种标志物不包括PSA。
在本文提供的任何方法的某些实施方式中，所述方法进一步包括从受试者获得生物样品。
本发明提供鉴定用于治疗前列腺癌的化合物的方法，包括获得测试细胞；使测试细胞与测试化合物接触；测定测试细胞中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平；将测试细胞中一种或多种标志物的表达水平与未与测试化合物接触的对照细胞进行比较；和选择调节测试细胞中一种或多种标志物的表达水平的测试化合物，从而鉴定用于治疗受试者的病症的化合物。在某些实施方式中，所述方法进一步包括鉴定调节PSA的表达水平的化合物。
本发明提供鉴定用于治疗前列腺癌的化合物的方法，包括获得测试细胞；使测试细胞与测试化合物接触；测定测试细胞中角蛋白7、15或19的表达水平；将测试细胞中角蛋白7、15或19的表达水平与未与测试化合物接触的对照细胞进行比较；和选择调节测试细胞中角蛋白7、15或19的表达水平的测试化合物，从而鉴定用于治疗受试者的病症的化合物。
本发明提供鉴定用于治疗前列腺癌的化合物的方法，包括获得测试细胞；使测试细胞与测试化合物接触；测定测试细胞中细丝蛋白B或LY9的表达水平；将测试细胞中细丝蛋白B或LY9的表达水平与未与测试化合物接触的对照细胞进行比较；和选择调节测试细胞中细丝蛋白B或LY9的表达水平的测试化合物，从而鉴定用于治疗受试者的病症的化合物。
在某些实施方式中，鉴定用于治疗前列腺癌的化合物的方法进一步包括鉴定调节PSA的表达水平的化合物。
在某些实施方式中，测试细胞在体外与所述试剂接触。
在某些实施方式中，测试细胞在体内与所述试剂接触。在某些实施方式中，测试细胞存在于癌症的异种模型中。在某些实施方式中，测试细胞存在于前列腺癌的动物模型中。在某些实施方式中，选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平通过检测包含测试细胞的生物体中的生物样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物表达水平而在测试细胞中进行检测。
本发明提供用于诊断、监测或表征前列腺癌的试剂盒，其包括对于样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平的检测特异性的至少一种试验。
在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括基于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平诊断、监测或表征前列腺癌的说明。在某些实施方式中，所述试剂盒包括检测在选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达水平被检测的相同样品中PSA的表达水平的说明。在某些实施方式中，所述试剂盒包括对于PSA的表达水平的检测特异性的至少一种试剂。在某些实施方式中，所述试剂盒包括用于结合选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物以用于本文提供的方法中的至少一种抗体或核酸。在某些实施方式中，所述试剂盒包括用于结合角蛋白7的至少一种抗体或核酸和用于结合角蛋白15的一种抗体或核酸。在某些实施方式中，所述试剂盒包括用于结合PSA以用于本文提供的方法中的至少一种抗体或核酸。所述试剂盒可以进一步提供用于实施本文提供的方法的说明。
在适用和非特别否认的情况下，本文中描述的任何一个实施方式设想能够与其它的任何一个或多个实施方式组合，尽管实施方式在本发明的不同方面下描述。
附图简要说明
图1：WO2012119129中提供的探询式平台技术的基本原理的示意性图示。
图2A-B：如通过探询式平台技术推论的人前列腺癌细胞中角蛋白(包括KRT8、KRT18(A)和KRT19(B))的因果关系。
图3A-C：通过探询式平台技术推论的线粒体功能对角蛋白的调节的机械认识。(A)KRT8-KRT15关系在泛癸利酮(ubidecaronone)处理时取消。注意在处理前(A-1)和处理后(A-2)KRT7和KRT15位置之间箭头方向的改变。(B)微管蛋白-β3与多种蛋白质相互作用。(C)来自患有前列腺癌的生物样品或对照样品中角蛋白19的表达水平。
图4：使用WO2012119129中提供的探询式平台技术，细丝蛋白B(FLNB)作为前列腺癌中的活性中枢和作为生物标志物的推论。
图5：显示细丝蛋白B与LY9直接连接的推导图谱(inference map)的部分，LY9又与至少一个另外的标志物连接。
图6：人血清样品中细丝蛋白B水平的验证。细丝蛋白B和PSA的水平在与正常血清比较时在前列腺癌样品中升高。数据代表百分平均改变，将正常供体在对数标度上设定为100％。
图7：人血清样品中LY9水平的验证。LY9的水平在与正常血清比较时在前列腺癌样品中升高。数据代表百分平均改变，将正常供体在对数标度上设定为100％。
图8：人血清样品中细丝蛋白B、LY9和PSA水平的验证。数据显示为血清中标志物的ng/ml。
图9A-B：PSA、FLNB及PSA和FLNB的组合的灵敏度和假阳性率(FPR)的ROC曲线分析(A)和基于该分析计算的曲线值下面积(AUC)(B)。PSA和FLNB的组合比任一单独标志物更灵敏。
图10A-B：使用线性(A)和非线性(B)评分功能的PSA、FLNB、LY9及PSA、FLNB和LY9的组合的ROC曲线分析。PSA、LY9和FLNB的组合比任何单独标志物更灵敏。
本发明的详细说明
定义
如本文中所使用的，下列术语的每一个具有在该部分中与其相关的意义。
通过本发明的方法治疗的“患者”或“受试者”可以表示人或非人动物，优选哺乳动物。“受试者”是指任何动物，包括马、狗、猫、猪、山羊、兔、仓鼠、猴、豚鼠、大鼠、小鼠、蜥蜴、蛇、绵羊、牛、鱼和鸟。人类受试者可以称为患者。应注意本文中描述的临床观察对于人类受试者进行，且在至少一些实施方式中，所述受试者是人。
“治疗有效量”意指当对患者施用以治疗疾病时足以对所述疾病实现这样的治疗的化合物的量，例如，以适用于任何治疗的合理的利益/风险比产生一些所需的局部或系统效应的这种物质的量，例如，足以缓解疾病的至少一种征兆或症状，例如，防止疾病或状况的进展，例如，防止肿瘤生长、减小肿瘤尺寸、诱导肿瘤细胞凋亡、减少肿瘤血管生成、防止转移。当为了预防疾病施用时，所述量足以避免或延迟疾病的发作。“治疗有效量”将根据所述化合物、其治疗指数、溶解度、疾病和其严重性以及待治疗的患者的年龄、体重等而变化。例如，通过本发明的方法发现的某些化合物可以足够量施用以产生适用于这种治疗的合理的利益/风险比。治疗有效量的化合物的施用可能需要多于一个剂量的该化合物的施用。
“预防”或“防止”是指获得疾病或病症的风险(即，引起尚未在可遭受或易患的疾病但仍未经历或展示疾病的症状的患者中发生的疾病的至少一个临床症状)的降低。预防不需要疾病或病症从不在患者中发生。预防包括延迟疾病或病症的发作或严重性。
术语“预防性”或“治疗性”治疗是指给受试者施用一种或多种试剂或干预以提供所需的临床效应。如果其在不期望的病状(例如，宿主动物的疾病或其他不期望的状态)的临床表现之前施用，则治疗是预防性的，即，其保护宿主免于发生不期望的病状的至少一个征兆或症状，然而如果在不期望的病状表现之后施用，则治疗是治疗性的(即，其旨在减轻、改善或维持现有的不期望的病状或由此导致的副作用)。
如本文中使用的，“治疗”，特别是“积极治疗”是指进行干预以治疗受试者的前列腺癌，例如降低肿瘤的生长率、降低肿瘤负荷、减小或维持肿瘤大小或肿瘤恶性(例如，转移的可能性)中的至少一种；或通过施用治疗剂(例如，化疗)或激素疗法中的一种或多种增加肿瘤中的细胞凋亡；施用放疗(例如，弹丸剂植入法，近距放射疗法)或肿瘤的手术切除或基于肿瘤的分级和分期及其它常规考虑对受试者治疗适宜的其任何组合。积极治疗与其中受试者和肿瘤进行监测但不进行干预以影响肿瘤的“观察等待”(即，非积极治疗)区别开。观察等待可以包括施用改变肿瘤引起的效应(例如，失禁、勃起功能障碍)而非施用以改变肿瘤本身的生长或病理的试剂。
术语“治疗效应”是指由药理活性物质引起的动物，特别是哺乳动物，更特别是人中的局部或系统效应。所述术语因此意指意欲用于诊断、治愈、缓和、治疗或预防疾病或用于促进动物或人中期望的身体或心理发展和状态的任何物质。治疗效应可以理解为肿瘤生长的降低、肿瘤生长率的降低、肿瘤负荷的稳定或降低、肿瘤尺寸的稳定或降低、肿瘤恶性的稳定或降低、肿瘤细胞凋亡的增加和/或肿瘤血管生成的减少。
术语“障碍”、“疾病”和“异常状态”被包含地使用并且是指与身体的任何部分、器官或系统(或其任何组合)的正常结构或功能的任何偏差。具体的疾病表现在特征性症状和征兆(包括生物、化学和物理变化)，并且通常与多个其他因素(包括但不限于人口统计学、环境、职业、遗传和医疗史因素)相关。可通过多种方法量化某些特征性征兆、症状和相关因素以产生重要诊断信息。如本文中使用的，障碍、疾病和异常状态是异常前列腺状态，包括良性前列腺增生和癌症，特别是前列腺癌。前列腺癌的异常前列腺状态可以进一步细分成如所提供的前列腺癌分期和分级，例如在Prostate.Edge SB,ByrdDR,Compton CC等编辑:AJCC Cancer Staging Manual.7th ed.New York,NY:Springer,2010,pp 457-68(通过引用合并到本文中)中。此外，异常前列腺状态可以分类为良性前列腺增生(BPH)、雄激素敏感的前列腺癌、雄激素不敏感的或抗性的前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌中的一种或多种。
具有“发生前列腺癌的增加的风险”的受试者可能发生或不发生前列腺癌。具有发生前列腺癌的增加的风险的受试者的鉴别应当监测前列腺癌的另外的征兆或症状。本文中提供的用于鉴别具有发生前列腺癌的增加的风险的受试者的方法可以结合前列腺癌的其它已知风险因子或征兆(包括，但不限于降低的尿线(urinary stream)、尿急、排尿犹豫、夜尿症、不完全的膀胱排空和年龄)的评估结合来使用。
术语″表达″在本文中用于表示籍以从DNA产生多肽的过程。所述过程包括基因至mRNA的转录和该mRNA至多肽的翻译。取决于其所使用的背景，“表达”可以指RNA或蛋白质或两者的产生。
术语″基因的表达水平″、″基因表达水平″、“标志物的水平”等是指由细胞中基因编码的mRNA以及前mRNA新生转录物、转录物加工中间体、成熟mRNA和降解产物的水平。
术语“特异性鉴别”理解为以足够低的分析背景和所使用试剂的交叉反应性检测目标标志物以使得检测方法可用于诊断。在某些实施方式中，用于标志物特异性检测的试剂仅结合标志物的一种异形体。在某些实施方式中，用于标志物特异性检测的试剂结合标志物的超过一种异形体。在某些实施方式中，用于标志物特异性检测的试剂结合标志物的所有已知的异形体。
术语“调节”是指反应的上调(即，激活或刺激)、下调(即，抑制或遏抑)，或者两者的组合或分开的两者。“调节剂”是调节的化合物或分子，并且可以是例如激动剂、拮抗剂、活化剂、刺激剂、遏抑剂或抑制剂。
如本文中使用的术语“对照样品”是指任何临床的对比样品，包括例如来自未患肿瘤病症(例如，前列腺癌)的健康受试者的样品或在较早时间点(例如，治疗前、较早的肿瘤评估时间点、较早的治疗阶段)来自受试者的样品。对照样品可以是试剂盒中提供的纯化的样品、蛋白质和/或核酸。这类对照样品可以例如按稀释系列稀释以允许定量测量测试样品中的分析物(例如，标志物)水平。对照样品可以包括源自或多个受试者的样品。对照样品也可以是在较早时间点从待评估的受试者制得的样品。例如，对照样品可以是在肿瘤病症(例如，前列腺癌)发作前、在疾病的早期阶段或在施用治疗或一部分治疗前从待评估的受试者获取的样品。对照样品也可以是来自动物模型或来自来源于肿瘤病症(例如，前列腺癌)的动物模型的组织或细胞系和样品。由一组测量组成的对照样品中选自于角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)、淋巴细胞抗原9(LY9)和PSA的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的活性或表达水平可以例如基于任何合适的统计测量如，例如，中心趋势的测量(包括平均值、中值或模式值(modalvalue))。与对照不同优选的是与对照统计学显著不同。
术语“对照水平”是指受试者样品中公认的或预定的标志物水平。对照水平可以是值的范围。标志物水平可以如对于分析法适宜地与单一对照值比较、与对照值的范围比较、与正常的上限水平比较或与正常的下限水平比较。
在一个实施方式中，对照是标准化的对照如，例如，使用来自未患癌症的受试者群体(特别是未患前列腺癌的受试者)的一种或多种标志物的表达水平的平均预先确定的对照。在本发明再其它的实施方式中，源自患有癌症的受试者的非癌性样品中标志物的对照水平。例如，当活检或其它医学过程揭示一部分组织中癌症的存在时，标志物的对照水平可以使用组织的非影响部分确定，且这一对照水平可以与组织的影响部分中标志物的水平比较。
在某些实施方式中，对照可以来自具有异常前列腺状态的受试者或受试者群体。例如，对照可以来自患有良性前列腺增生(BPH)、雄激素敏感的前列腺癌、雄激素不敏感的或抗性的前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌或非转移性前列腺癌的受试者。应理解，不是所有的标志物对于所列的各异常前列腺状态具有不同的水平。应理解，标志物水平的组合可以最有利地区分异常前列腺状态，可能与其它诊断方法结合。此外，生物样品中的标志物水平可以与超过一个对照样品(例如，正常的、异常的、来自相同受试者的、来自群体对照的)比较。标志物水平可以与异常前列腺状态的其它征兆或症状组合使用以提供受试者的诊断。
对照也可以是在较早时间点来自于受试者的样品，例如，在疾病疑似存在之前的基线水平、在疾病的诊断之前、在观察等待期间的较早评估时间点、在用特定试剂(例如化疗、激素疗法)或干预(例如放疗、手术)治疗之前。在某些实施方式中，受试者中标志物水平的变化可能比标志物的绝对水平更有意义，例如，与对照相比的。
如本文中所用的，在“较早时间点”获得的样品是在过去的足够时间获得的样品以使得临床相关的信息可以如与较晚时间点相比的较早时间点的样品中获得。在某些实施方式中，较早时间点早至少四周。在某些实施方式中，较早时间点早至少六周。在某些实施方式中，较早时间点早至少两个月。在某些实施方式中，较早时间点早至少三个月。在某些实施方式中，较早时间点早至少六个月。在某些实施方式中，较早时间点早至少九个月。在某些实施方式中，较早时间点早至少一年。多个受试者样品(例如，3、4、5、6、7或更多个)可以随时间以规则的或不规则的时间间隔获得并分析标志物水平改变的趋势。对于特定受试者的适宜测试间隔可以由本领域技术人员基于一般的考虑确定。
如本文中所用的，“与对照相比改变的”样品或受试者被理解为具有与正常的、未处理的或异常状态的对照样品统计上不同的水平下待检测的分析物或者诊断或治疗指示物(例如，标志物)的水平。与对照相比改变的也可以包括在一系列随时间获取的至少两个受试者样品中获得的一种或多种标志物的水平的改变率的差异。统计学显著性的确定在本领域技术人员的能力范围内，例如，由构成阳性或阴性结果的平均值得到的标准偏差数。
如本文中所用的，术语“获得”在本文中理解为制造、购买或以其它方式拥有。
如本文中所用的，“检测”、“检查”、“测定”等理解为用于鉴别样品中特定标志物(例如，选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)、淋巴细胞抗原9(LY9)和PSA的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种))进行的分析。样品中检测的标志物表达或活性的量可以为无或低于分析或方法的检测水平。
如本文中所用的，“较高的预测值”理解为具有显著更高的灵敏度和/或特异性，优选地比与其比较的测试更高的灵敏度和/或特异性的分析。测试的预测值可以使用ROC分析确定。在ROC分析中，提供正常和疾病状态之间的完美辨别或精确性的测试具有的曲线下面积(AUC)＝1，而提供不比随机的机会更佳的辨别的非常差的测试具有AUC＝0.5。如本文中所用的，具有更高预测值的测试与另一分析相比具有统计上改善的AUC。分析在适宜的受试者群体中进行。
冠词“一种”和“一个”在本文中是指一个或超过一个(即，至少一个)所述冠词的语法宾语。例如，“一个元素”意指一个元件或超过一个元件。
术语“包括”在本文中用于意指短语“包括但不限于”，并且可与所述短语互换使用。
除非本文中明确地另外指出，否则术语“或”在本文中包含地用于意指术语“和/或”，并且可与所述术语互换使用。例如，如本文中所用的，细丝蛋白B或LY9理解为包括单独的细丝蛋白B、单独的LY9及细丝蛋白B和LY9的组合。
术语“例如”在本文中用于意指术语“例如但不限于”，并且可与所述术语互换使用。
除非明确指明或从上下文显而易见的，如本文中所用的，术语“大约”理解为在本领域的正常公差的范围内，例如在平均值的2个标准偏差内。大约可以理解为所述值的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％或0.01％内。除非从上下文明确地不同的，本文中提供的所有数值可以由术语大约修饰。
本文中变量的任何定义中化学基团列表的陈述包括该变量为所列基团的任何单一基团或组合的定义。本文中变量或方面的实施方式的陈述包括该实施方式为任何单一实施方式或与任何其它实施方式或其部分的组合。
本文中提供的任何组合物或方法可以与本文中提供的任何其它组合物和方法的一个或多个组合。
本文中提供的范围理解为范围内所有值记载在内。例如，1-50的范围理解为包括选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50的任何数字、数字的组合或子范围。
如本文中所用的，“一个或多个”理解为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10的各值及大于10的任何值。
现将详细地参考本发明的示例性实施方案。虽然结合示例性实施方案描述本发明，但应理解其无意将本发明限制于那些实施方案。相反地，其意欲覆盖选择、变化和等同物，如可包括在通过所附权利要求限定的本发明的精神和范围内。
角蛋白
角蛋白4
角蛋白4，也称为K4、CK4、CK-4、CYK4，是角蛋白基因家族的成员。II型细胞角蛋白由碱性或中性蛋白质组成，所述碱性或中性蛋白质以在简单和复层上皮组织的分化过程中共表达的异型角蛋白链的对排列。这种II型细胞角蛋白特别地在具有家族成员KRT13的粘膜和食管上皮的分化层中表达。这些基因中的突变与粘膜白色海绵状痣(White Sponge Nevus)相关，其特征在于口腔、食管和肛门白斑病。II型细胞角蛋白簇集在染色体12q12-q13的区域中。
如本文中所用的，角蛋白4是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白4的NCBI Gene ID是3851且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3851处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白4,GenBankAccession No.NM_002272的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:1和2中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括任何角蛋白4序列的片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白4。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白4的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
角蛋白7
角蛋白7，也称为CK7、K2C7、K7、SCL、CK-7；细胞角蛋白7；细胞角蛋白-7；角蛋白，55K II型细胞骨架；角蛋白，简单上皮I型,K7；角蛋白，II型细胞骨架7；角蛋白-7；sarcolectin；II型间皮角蛋白K7；和II-型角蛋白Kb7，是角蛋白基因家族的成员。II型细胞角蛋白由碱性或中性蛋白质组成，所述碱性或中性蛋白质以在简单和复层上皮组织的分化过程中共表达的异型角蛋白链的对排列。这一II型细胞角蛋白特别地在内衬内脏器官的腔的简单上皮中及在腺管和血管中表达，编码II型细胞角蛋白的基因簇集在染色体12q12-q13的区域中。选择性剪接可以产生几种转录物变体；但是，不是所有变体得到完全描述。
如本文中所用的，角蛋白7是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白7的NCBI Gene ID是3855且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3855处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白7,GenBankAccession No.NM_005556的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:3和4中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括任何角蛋白7序列的片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白7。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白7的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
角蛋白8
角蛋白8，也称为K8；KO；CK8；CK-8；CYK8；K2C8；CARD2是簇集在染色体12的长臂上的II型角蛋白家族的成员。I型和II型角蛋白异聚合以在上皮细胞的细胞质中形成中等大小的细丝。这一基因的产物通常与角蛋白18二聚化以在单层的上皮细胞中形成中间丝。这一蛋白质发挥维持细胞结构完整性的作用且也起到信号转导和细胞分化的功能。这一基因中的突变引起隐源性肝硬化。对于这一基因已经发现可选剪接的转录物变体。
如本文中所用的，角蛋白8是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白8的NCBI Gene ID是3856且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3856处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白8，变体1，GenBank Accession No.NM_001256282的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:5和6中；和人角蛋白8，变体3，GenBank Acession No.NM_001256293的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:7和8中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括序列表中提供的角蛋白8的变体中任一或两者及角蛋白8序列的任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白8。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白8的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
角蛋白15
角蛋白15，也称为K15；CK15；K1CO，是角蛋白基因家族的成员。角蛋白是负责上皮细胞的结构完整性的中间丝蛋白且细分成细胞角蛋白和头发角蛋白。大多数的I型细胞角蛋白由排列成异型角蛋白链的对的酸性蛋白质组成并簇集在染色体17q21.2上的区域中。
如本文中所用的，角蛋白15是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白15的NCBI Gene ID是3866且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3866处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白15，GenBankAccession No.NM_002275的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:9和10中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括任何角蛋白15序列的片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白15。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白15的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
角蛋白18
角蛋白18，也称为K18；CYK18，编码I型中间丝链角蛋白18。角蛋白18，与其细丝伴体角蛋白8，或许是最常发现的中间丝基因家族的成员。它们在身体的单层上皮组织中表达。这一基因中的突变与隐源性肝硬化关联。对于这一基因已经发现编码相同蛋白质的两种转录物变体。
如本文中所用的，角蛋白15是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白18的NCBI Gene ID是3875且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3875处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白18，变体1，GenBank Accession No.NM_000224的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:11和12中，和人角蛋白18，变体2，GenBank Accession No.199187的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:13和14中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括序列表中提供的角蛋白18的变体中任一或两者及角蛋白8序列的任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白18。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白18的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
角蛋白19
角蛋白19，也称为K19；CK19；K1CS，是角蛋白基因家族的成员。角蛋白是负责上皮细胞的结构完整性的中间丝蛋白且细分成细胞角蛋白和头发角蛋白。I型细胞角蛋白由排列成异型角蛋白链的对的酸性蛋白质组成。与其相关家族成员不同，这一最小的已知酸性细胞角蛋白在上皮细胞中不与碱性细胞角蛋白配对。它特别地在外层(包封发育的表皮的暂时表面层)中表达。I型细胞角蛋白簇集在染色体17q12-q21的区域中。
如本文中所用的，角蛋白19是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人角蛋白19的NCBI Gene ID是3880且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3880处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人角蛋白19，GenBankAccession No.NM_002276的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:15和16中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括任何角蛋白19序列的片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别角蛋白19。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的角蛋白19的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
微管蛋白-β3
微管蛋白-β3，也称为CDCBM；TUBB4；β-4；CFEOM3A是β微管蛋白家族的III类成员。β微管蛋白是异聚合和组装以形成微管的两个核心蛋白家族(α和β微管)之一。这一蛋白主要在神经元中表达且可以参与神经形成及轴突导向和维持。这一基因中的突变是眼外肌3型的先天性纤维化的原因。选择性剪接产生多个转录物变体。这一基因的假基因发现在染色体6上。
如本文中所用的，微管蛋白-β3是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。人微管蛋白-β3的NCBI Gene ID是10381且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10381处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。人微管蛋白-β3，变体2，GenBank Accession No.NM_001197181的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:17和18中。人微管蛋白-β3，变体1，GenBankAccession No.NM_006086的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:19和20中。(GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括微管蛋白-β3序列的任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别微管蛋白-β3。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的微管蛋白-β3的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
细丝蛋白B
细丝蛋白B也称为细丝蛋白-3、β-细丝蛋白、ABP-280同源物、细丝蛋白同源物1、甲状腺自身抗原、肌动蛋白结合蛋白278、肌动蛋白结合样蛋白、拉尔森综合征1(常染色体显性的)、AOI；FH1；SCT；TAP；LRS1；TABP；FLN-B；FLN1L；ABP-278；和ABP-280。该基因编码细丝蛋白家族的成员。编码的蛋白质作为修复血管损伤的过程的部分与糖蛋白Ibα相互作用。血小板糖蛋白Ib复合物包括糖蛋白Ibα，且其结合肌动蛋白细胞骨架。这一基因中的突变在几种病症中发现：1型和3型骨发育不全症；boomerang发育不全；常染色体显性拉尔森综合征；和spondylocarpotarsalsynostosis综合征。编码不同蛋白质异形体的多个选择性剪接的转录物变体已这一基因描述。
如本文中所用的，细丝蛋白B是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。细丝蛋白B的NCBI gene ID是2317且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2317处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。
人细丝蛋白B,β(FLNB),染色体3上的RefSeqGene,基因座NG_012801显示于SEQ ID NO:21中。人细丝蛋白B,β(FLNB),转录物变体1,GenBank Accession No.NM_001164317.1的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:22和23中。人细丝蛋白B,β(FLNB),转录物变体3,GenBank Accession No.NM_001164318.1的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:24和25中。人细丝蛋白B,β(FLNB),转录物变体4,GenBank Accession No.NM_001164319.1的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:26和27。人细丝蛋白B,β(FLNB),转录物变体2,GenBankAccession No.NM_001457.3的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ IDNO:28和29中。(各GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括序列表中提供的细丝蛋白B序列的一种或多种的任何组合及其任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别细丝蛋白B。本发明的方法和试剂可以用于检测细丝蛋白B的单一异形体、细丝蛋白B异形体的组合或同时检测所有细丝蛋白B异形体。除非指明，细丝蛋白B可以认为是指细丝蛋白B的一种或多种异形体，包括总细丝蛋白B。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的细丝蛋白B的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
淋巴细胞抗原9
淋巴细胞抗原9(LY9)也称为RP11-312J18.1、CD229、SLAMF3、hly9、mLY9、T-淋巴细胞表面抗原Ly-9；和细胞表面分子Ly-9。LY9属于免疫调节受体的SLAM家族(参见SLAMF1；MIM 603492)并与衔接分子SAP(SH2D1A；MIM 300490)相互作用(Graham等,2006)。
如本文中所用的，LY9是指基因和蛋白质两者，除非通过上下文明确指示其它的情况。LY9的NCBI gene ID是4063且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4063处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。
人淋巴细胞抗原9(LY9),转录物变体2,GenBank Accession No.NM_001033667的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:30和31中。人淋巴细胞抗原9(LY9),转录物变体3,GenBank Accession No.NM_001261456的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:32和33中。人淋巴细胞抗原9(LY9),转录物变体4,GenBank Accession No.NM_001261457的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:34和35中。人淋巴细胞抗原9(LY9),转录物变体1,GenBank Accession No.NM_002348是显示的氨基酸和核苷酸序列，分别提供在SEQ ID NO:36和37中。(各GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括序列表中提供的LY9序列的一种或多种的任何组合及其任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别LY9。本发明的方法和试剂可以用于检测LY9的单一异形体、LY9异形体的组合或同时检测所有LY9异形体。除非指明，LY9可以认为是指LY9的一种或多种异形体，包括总LY9。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的LY9的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
前列腺特异性抗原
前列腺特异性抗原(PSA)也称为激肽释放酶-3、精囊蛋白酶、P-30抗原、semenogelase、γ-精液蛋白、APS、hK3和KLK2A1。激肽释放酶是具有多种多样的生理功能的丝氨酸蛋白酶的亚组。越来越多的证据表明许多激肽释放酶牵涉到癌发生且一些具有作为新型癌症和其它疾病生物标志物的潜力。这一基因是位于染色体19上的簇中的十五种激肽释放酶亚家族成员之一。其蛋白质产物是精清中存在的蛋白酶，据认为其在精液凝结物(seminalcoagulum)的液化中正常地发挥功能，据推测是通过高分子量精囊蛋白的水解。这一蛋白(在临床环境中称为PSA)的血清水平可用于前列腺癌的诊断和监测中。这一基因的选择性剪接产生编码不同异形体的几种转录物变体。
如本文中所用的，PSA是指基因和蛋白质两者，为加工或未加工的形式，除非通过上下文明确指示其它的情况。PSA的NCBI gene ID是354且详细的信息可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/354处找到(通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中)。
人PSA位于染色体19上19q13.41Sequence处:NC_000019.9(51358171..51364020)。人PSA的四种剪接变体是已知的。前列腺特异性抗原异形体3前蛋白原,NM_001030047.1,提供于图16中。前列腺特异性抗原异形体4前蛋白原,NM_001030048.1,提供于图17中。前列腺特异性抗原异形体6前蛋白原,NM_001030050.1,提供于图18中。前列腺特异性抗原异形体1前蛋白原,NM_001648.2,提供于图19中。(各GenBank号通过引用以可在本申请要求优先权的申请的提交日可得的版本并入本文中。)
应理解，本发明包括序列表中提供的PSA序列的一种或多种的任何组合及其任何片段的使用，只要该片段可以允许特异性地鉴别PSA。本发明的方法和试剂可以用于检测PSA的单一异形体、PSA异形体的组合或同时检测所有PSA异形体。除非指明，PSA可以认为是指PSA的一种或多种异形体，包括总PSA。而且，应理解存在可能与特定疾病状态相关或不相关的PSA的天然存在的变体，其使用也包括在本申请中。
疾病状态的治疗
本发明提供使用选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物治疗受试者(例如，哺乳动物，如人)的疾病状态的方法。
本发明还提供用调节选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物的表达或活性剂(例如核酸基治疗剂)治疗患有前列腺癌的受试者的方法。
本发明还提供根据与对照相比的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物水平的改变选择和/或施用已知治疗试剂，特别是基于激素的疗法vs.非基于激素的疗法及侵袭性或积极治疗vs.“观察等待”。治疗方案的选择可以进一步包括检测PSA以有助于治疗方法的选择。治疗方法的选择也可以包括其它诊断考虑和患者特征，包括来自成像研究的结果、肿瘤尺寸或生长率、不良结果的风险、日常活动的破坏和年龄。
如本文中所用的，术语“侵袭性肿瘤病症”如侵袭性前列腺癌是涉及快速生长的肿瘤的肿瘤病症。侵袭性肿瘤病症对于治疗性治疗通常无反应、反应较差或丧失反应。例如，前列腺癌在丧失对激素疗法的反应而有必要用化疗、手术和/或放疗治疗时可以被认为变成侵袭性前列腺癌。如本文中所用的，侵袭性前列腺癌,例如，是很可能或已经转移的前列腺癌。如本文中所用的，侵袭性前列腺癌是随着肿瘤生长导致生活质量的显著改变的前列腺癌。积极治疗对于侵袭性肿瘤病症例如侵袭性前列腺癌治疗上是需要的。
如本文中所用的，术语“非侵袭性肿瘤病症”如非侵袭性前列腺癌是指涉及慢性生长的肿瘤的肿瘤病症。非侵袭性肿瘤病症通常对于治疗性治疗的反应有利或中等或者生长如此缓慢以使得直接治疗不能证明。非侵袭性前列腺肿瘤是本领域技术人员如肿瘤学家可能决定不用癌症治疗的常规干预(例如，化疗、放疗、手术)积极治疗的前列腺肿瘤，因为积极治疗可能造成比疾病更多的伤害，特别是在老年受试者中。非侵袭性前列腺肿瘤是本领域技术人员可能决定用“观察等待”监测而不使人进行任何改变肿瘤的存在或生长的治疗干预(例如，放疗、手术、化疗、激素疗法)的前列腺肿瘤。
本发明的诊断/预后用途
本发明提供用于诊断受试者的异常前列腺状态如BPH或肿瘤疾病状态如前列腺癌的方法。本发明进一步提供用于预后或监测异常前列腺状态如BPH或前列腺癌的进展或在积极治疗或观察等待期间监测其对治疗性治疗的反应的方法。
在一个实施方式中，本发明提供用于诊断肿瘤病症如前列腺癌的方法。本发明的方法可以与专业的实施者使用的任何其它方法结合实施以预后肿瘤病症的发生或复发和/或针对肿瘤病症治疗的受试者的存活，本文中提供的诊断和预后方法可以用于确定是否另外的和/或更多的侵入性测试或监测应当对受试者进行。应理解复杂如肿瘤病症的疾病很少使用单一测试诊断。因此，应理解本文中提供的诊断、预后和监测方法通常与本领域中已知的其它方法结合使用。例如，本发明的方法可以与得自受试者的样品的形态学或细胞学分析、成像分析和/或身体检查结合进行。细胞学方法包括任何其它分子标志物本身、与其它标志物结合的免疫组织化学或免疫荧光检测(及定量，如果适宜的话)。其它方法包括通过原位PCR或通过用实时PCR提取组织和定量其它标志物来检测其它标志物。PCR定义为聚合酶链式反应。
也提供用于评估观察等待期间肿瘤进展或治疗方案例如化疗、放疗、手术、激素疗法或任何其它可用于治疗受试者的肿瘤病症的治疗途径的效力。在这些方法中，评估一对样品(在较早时间点或在治疗方案之前从受试者获得的第一样品和在较晚时间点，例如在受试者已经经历至少一部分治疗方案的较晚时间点从受试者获得的第二样品)。应理解本发明的方法包括获得和分析规则或不规则间隔的多于两个样品(例如，3、4、5、6、7、8、9或更多个样品)用于评估标志物水平。成对比较可以在连续的或非连续的受试者样品进行。标志物水平的趋势和标志物水平的改变率可以对于任何两个或更多个连续的或非连续的受试者样品进行分析。
本发明还提供用于确定肿瘤病症，例如前列腺癌是否是侵袭性的方法。该方法包括测定样品中存在的标志物的量并将该量与一个或多个如定义中限定的对照样品中存在的对照量比较，从而确定肿瘤病症是否是侵袭性的。标志物水平可以与在不同时间从相同受试者获得的样品中的标志物水平或者正常或异常前列腺状态受试者的标志物水平比较。标志物水平的快速提高可以比标志物水平的慢速提高或没有提高或改变指示更高侵袭性的癌症。
本发明的方法也可以用于选择能够调节(即降低)肿瘤病症，例如前列腺癌的侵袭性的化合物。在这一方法中，癌细胞与测试化合物接触，且测定测试化合物在癌细胞中调节本发明的标志物的表达和/或活性的能力，从而选择能够调节肿瘤病症的侵袭性的化合物。
使用本文中描述的方法，可以筛选多种分子以鉴别调节(例如提高或降低)本发明的标志物(即，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9))(任选地与PSA组合)的表达和/或活性的分子。如此鉴别的化合物可以对受试者提供以抑制受试者中肿瘤病症的侵袭性，防止受试者中肿瘤病症的复发或治疗受试者的肿瘤病症。
本发明的标志物
本发明涉及标志物(在下文中“生物标志物”、“标志物”或“本发明的标志物”)。本发明的优选的标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物。本发明的方法也包括标志物PSA与选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物结合的用途。
本发明提供由标志物编码的或对应于标志物的核酸和蛋白质(例如，分离的核酸和分离的蛋白质或其片段)(在下文中分别“标志物核酸”和“标志物蛋白质”)。这些标志物特别可用于筛选改变的前列腺状态(例如，BPH或前列腺癌)的存在，评估肿瘤病症的侵袭性和转移潜力，评估肿瘤病症的雄激素依赖性状态，评估受试者是否患有肿瘤病症，鉴别用于治疗肿瘤病症的组合物，评估治疗肿瘤病症的化合物的效力，监测肿瘤病症的进展，预后肿瘤病症的侵袭性，预后患有肿瘤病症的受试者的生存，预后肿瘤病症的复发和预后受试者是否倾向于发生肿瘤病症。
在本发明的一些实施方式中，其它生物标志物可以结合本发明的方法使用。如本文中所用的，术语“一种或多种生物标志物”意指选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B(FLNB)和淋巴细胞抗原9(LY9)的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9种)标志物被分析，任选地与PSA结合，且在各种实施方式中，可以分析超过一种其它的生物标志物，如可以分析列表中的两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或更多种。角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和角蛋白19的一种或多种可以与细丝蛋白B、LY9和PSA的一种或多种组合分析。细丝蛋白B可以与一种或多种已知与前列腺癌相关的其它的生物标志物(例如，LY9或PSA)结合使用。LY9可以与一种或多种已知与前列腺癌相关的其它的生物标志物(例如，细丝蛋白B或PSA)结合使用。也就是说，可以使用细丝蛋白B和LY9生物标志物任选地与PSA的任何组合，例如，细丝蛋白B；LY9；细丝蛋白B和PSA；细丝蛋白B和LY9；LY9和PSA；细丝蛋白B、LY9和PSA；其全部可以任选地与其它标志物组合，例如，角蛋白4、7、8、15、18、19或微管蛋白-β3的一种或多种。
本文中提供的方法、试剂盒和组合包括细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的组的1、2、3、4、5、6、7、8或9种标志物的任何组合。这样的组合包括任何以下标志物组：
具有一个成员的标志物组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3。任何单一标志物可以与PSA组合使用。
具有两个成员的标志物组：细丝蛋白B、LY9；细丝蛋白B、角蛋白4；细丝蛋白B、角蛋白7；细丝蛋白B、角蛋白8；细丝蛋白B、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白19；细丝蛋白B、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4；LY9、角蛋白7；LY9、角蛋白8；LY9、角蛋白15；LY9、角蛋白18；LY9,角蛋白19；LY9、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7；角蛋白4、角蛋白8；角蛋白4、角蛋白15；角蛋白4、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白19；角蛋白4、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8；角蛋白7、角蛋白15；角蛋白7、角蛋白18；角蛋白7、角蛋白19；角蛋白7、微管蛋白-β3；角蛋白8、角蛋白15；角蛋白8、角蛋白18；角蛋白8、角蛋白19；角蛋白8、微管蛋白-β3；角蛋白15、角蛋白18；角蛋白15、角蛋白19；角蛋白15、微管蛋白-β3；角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白18、角蛋白19；和角蛋白19、微管蛋白-β3。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有三个成员的标志物组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7；细丝蛋白B、LY9、角蛋白8；细丝蛋白B、LY9、角蛋白15；细丝蛋白B、LY9、角蛋白18；细丝蛋白B、LY9、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白8；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白4、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白7、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白8、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白15、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白15、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白15、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7；LY9、角蛋白4、角蛋白8；LY9、角蛋白4、角蛋白15；LY9、角蛋白4、角蛋白18；LY9、角蛋白4、角蛋白19；LY9、角蛋白4、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8；LY9、角蛋白7、角蛋白15；LY9、角蛋白7、角蛋白18；LY9、角蛋白7、角蛋白19；LY9、角蛋白7、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15；LY9、角蛋白8、角蛋白18；LY9、角蛋白8、角蛋白19；LY9、角蛋白8、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白15、角蛋白18；LY9、角蛋白15、角蛋白19；LY9、角蛋白15、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白7、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白8、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白15、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19；角蛋白7、角蛋白8、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18；角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19；角蛋白7、角蛋白15、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白7、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；和角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有四个成员的标志物组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白15；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白18；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白7、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19；LY9、角蛋白7、角蛋白8、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19；LY9、角蛋白8、角蛋白15、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；及角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有五个成员的标志物组：角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、LY9、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamenB、LY9、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白4、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamenB、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、LY9、角蛋白4、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白4、角蛋白18、ubulin-β3；filamen B、LY9、角蛋白4、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、LY9、角蛋白7、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白7、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19；filamenB、LY9、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、LY9、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、LY9、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；filamen B、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；及角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有六个成员的标志物组：角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19和微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19；及LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有七个成员的标志物组：角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白19和微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19；及细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有八个成员的标志物组：LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9,角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白19、微管蛋白-β3；细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、微管蛋白-β3；及细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19。任何标志物组可以与PSA组合使用。
具有九个成员的标志物组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3。
任何标志物组可以与PSA组合使用。
本发明提供标志物的各种组合和子组合的用途。应理解本文中提供的任何单一标志物或标志物的组合可以用于本发明中，除非明确指明其它的情况。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种理解为以下任一：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，细丝蛋白B和LY9与PSA的组合理解为细丝蛋白B；LY9；细丝蛋白B和PSA；细丝蛋白B和LY9；LY9和PSA；细丝蛋白B、LY9和PSA的任一种。
在整个申请中，选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌标志物理解为角蛋白4；角蛋白7；角蛋白8；角蛋白15；角蛋白18；微管蛋白β-3；角蛋白4和角蛋白7；角蛋白4和角蛋白8；角蛋白4和角蛋白15；角蛋白4和角蛋白18；角蛋白4和微管蛋白β-3；角蛋白7和角蛋白8；角蛋白7和角蛋白15；角蛋白7和角蛋白18；角蛋白和微管蛋白β-3；角蛋白8和角蛋白15；角蛋白8和角蛋白18；角蛋白8和微管蛋白β-3；角蛋白15和角蛋白18；角蛋白15和微管蛋白β-3；角蛋白18和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白7和角蛋白8；角蛋白4、角蛋白7和角蛋白15；角蛋白4、角蛋白7和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白7和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白8和角蛋白15；角蛋白4、角蛋白8和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白8和微管蛋白β-e；角蛋白4、角蛋白15和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白15和微管蛋白β-e；角蛋白4、角蛋白18和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15和角蛋白18；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白18和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白7、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3；角蛋白4、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3；或角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的任一种。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，选自角蛋白7、15和19的一种或多种前列腺癌标志物理解为角蛋白7；角蛋白15；角蛋白19；角蛋白7和15；角蛋白7和19；角蛋白15和19；及角蛋白7、15和19的任一种。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，选自角蛋白7、8和15的一种或多种前列腺癌标志物理解为角蛋白7；角蛋白8；角蛋白15；角蛋白7和8；角蛋白7和15；角蛋白8和15；及角蛋白7、8和15的任一种。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，选自角蛋白7和15的一种或多种前列腺癌标志物理解为角蛋白7；角蛋白15；或角蛋白7和15的任一种。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在整个申请中，选自细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的一种或多种前列腺癌标志物理解为细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；及细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的任一种。此外，本发明的任何单一标志物或标志物的组合可以与PSA结合使用。
在某些实施方式中，通过检测标志物组的水平诊断、预后和监测前列腺癌治疗的方法，该标志物组包括角蛋白7、15或19和细丝蛋白B；角蛋白7、15、19或LY9；角蛋白7、15、19或PSA；角蛋白4、7、15或19；角蛋白7、8、15或19；角蛋白7、15、18或19；及角蛋白7、15、19或微管蛋白-β3。
“标志物”是其在组织或细胞中相对于正常或健康组织或细胞中的表达水平改变的表达水平与疾病状态如异常前列腺状态相关的基因。在优选的实施方式中，标志物在血液样品如血清或血浆中检测。在一个实施方式中，标志物在血清中检测。在一个实施方式中，标志物在血浆中检测。在某些实施方式中，血清或血浆可以进一步处理以在分析之前除去丰富的血液蛋白质(例如，白蛋白)或非标志物蛋白的蛋白质。“标志物核酸”是通过本发明的标志物编码的或对应于本发明的标志物的核酸(例如，mRNA、cDNA)。这样的标志物核酸包括包含本文中提供的任何核酸序列的整个或部分序列或者这种序列的互补序列的DNA(例如，cDNA)。标志物核酸也包括包含本文中提供的任何核酸序列的整个或部分序列或者这种序列的互补序列的RNA，其中所有胸苷残基被尿苷残基替代。“标志物蛋白”是通过本发明的标志物编码的或对应于本发明的标志物的蛋白质。标志物蛋白包括本文中提供的任何氨基酸序列的整个或部分序列。术语“蛋白质”和“多肽”可互换地使用。
“生物样品”或“受试者样品”是其中前列腺癌相关标志物可能存在的体液或组织。在某些实施方式中，样品是血液或血液产品(例如，血清或血浆)。在某些实施方式中，样品是组织样品，例如来自前列腺增生或肿瘤或者疑似前列腺增生或肿瘤处或附近的组织样品。例如，组织样品可以在活检或前列腺的手术切除期间获得。组织样品可以包括正常组织、增生和癌性组织的一种或多种。区分这些组织类型的方法是已知的，例如组织学分析、免疫组织化学分析。在某些实施方式中，对照样品可以是从受试者移除的样品组织的正常部分。
“肿瘤病症相关的”体液是在受试者的身体中时接触或经过肿瘤细胞的流体或从肿瘤细胞脱落的细胞或蛋白质能够进入其中的流体。示例性的肿瘤病症相关的体液包括血液流体(例如，全血、血清、血小板从其中除去的血液)且在下面更详细地描述。许多肿瘤病症相关的体液在其中可以具有肿瘤细胞，特别是当细胞正在转移时。可以包含肿瘤细胞的含细胞流体包括，但不限于全血、血小板从其中除去的血液、淋巴、前列腺液、尿液和精液。
标志物的“正常”表达水平是人类受试者或患者或未患肿瘤病症或异常前列腺状态(例如，BPH或前列腺癌)的受试者群体的细胞中标志物的表达水平。
标志物的“过表达”、“较高表达水平”、“较高水平”等是指测试样品中高于用于评估表达的测定法的标准误的表达水平，且优选为高至少25％、高至少50％、高至少75％、至少两倍、至少三倍、至少四倍、至少五倍、至少六倍、至少七倍、至少八倍、至少九倍或至少十倍的对照样品(例如，来自未患标志物相关疾病，即异常前列腺状态的健康受试者的样品)中标志物的表达水平和优选地几个对照样品中一种或多种标志物的平均表达水平。
标志物的“较低表达水平”或“较低水平”是指测试样品中低于对照样品(例如，来自未患标志物相关疾病，即异常前列腺状态的健康受试者的样品)中标志物的表达水平和优选地几个对照样品中标志物的平均表达水平的90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％或10％。
“转录的多核苷酸”或“核苷酸转录物”是与通过本发明的标志物的转录及RNA转录物的正常转录后加工(例如，剪接)(如果存在)和RNA转录物的反向转录产生的成熟mRNA的全部或一部分互补的或具有高同一性百分比(例如，至少80％同一性)的多核苷酸(例如，mRNA、hnRNA、cDNA或者这种RNA或cDNA的类似物)。
“互补的”是指两个核酸链的区域之间或核酸链的两个区域之间序列互补性的宽泛概念。已知的是第一核酸区域的腺嘌呤残基能够与反平行于第一区域的第二核酸区域的残基(如果该残基是胸腺嘧啶或尿嘧啶)形成特定的氢键(“碱基配对”)。类似地，已知第一核酸链的胞嘧啶残基能够与反平行于第一链的第二核酸链的残基(如果该残基是鸟嘌呤)碱基配对。如果在核酸的第一区域和相同或不同核酸的第二区域以反平行方式排列时第一区域的至少一个核苷酸残基能够与第二区域的残基碱基配对，则第一区域与互补。优选地，第一区域包含第一部分和第二区域包含第二部分，从而当第一部分和第二部分反平行方式排列时，至少约50％和优选至少约75％、至少约90％或至少约95％的第一部分的核苷酸残基能够与第二部分的核苷酸残基碱基配对。更优选地，第一部分的所有核苷酸残基能够与第二部分的核苷酸残基碱基配对。
如本文中所用的，“相同”或“同一性”是指相同核酸链的两个区域之间或两个不同核酸链的区域之间的核苷酸序列相似性。当两个区域中的核苷酸位置被相同核苷酸残基占据时，则所述区域在该位置处相同。如果各区域的至少一个核苷酸残基被相同残基上扬，则第一区域与第二区域相同。两个区域之间的同一性以两个区域的被相同核苷酸残基占据的核苷酸残基位置的比例表示。举例来说，具有核苷酸序列5'-ATTGCC-3'的区域和具有核苷酸序列5'-TATGGC-3'的区域共有50％的同一性。优选地，第一区域包含包含第一部分和第二区域包含第二部分，从而至少约50％和优选至少约75％、至少约90％或至少约95％的各部分的核苷酸残基位置被相同核苷酸残基占据。更优选地，各部分的所有核苷酸残基位置被相同核苷酸残基占据。
“本发明的蛋白质”包括标志物蛋白质及其片段；变体标志物蛋白质及其片段；包含标志物或变体标志物蛋白质的至少15氨基酸的节段的肽和多肽；和包含标志物或变体标志物蛋白质或者标志物或变体标志物蛋白质的至少15氨基酸的节段的融合蛋白。在某些实施方式中，本发明的蛋白质是足够大以允许抗体与标志物特异性结合的肽序列或表位。
本发明进一步提供与本发明的标志物蛋白质和标志物蛋白质的片段特异性结合的抗体、抗体衍生物和抗体片段。除非本文中另外指明，术语“抗体”和“多种抗体”广泛地包括天然存在的抗体形式(例如，IgG、IgA、IgM、IgE)和重组抗体如单链抗体、嵌合和人源化抗体和多特异性抗体以及所有前述各类的片段和衍生物，该片段和衍生物具有至少抗原结合位点。抗体衍生物可以包含与抗体偶联的蛋白质或化学部分。
在某些实施方式中，正或负倍数改变是指本文中描述的任何基因的正或负倍数改变。
如本文中所用的，“正倍数改变”是指本文中所列的基因的“上调”或“(表达的)增加”。
如本文中所用的，“负倍数改变”是指本文中所列的基因的“下调”或“(表达的)减少”。
本发明的各个方面在以下分段中更详细地描述。
分离的核酸分子
本发明的一个方面涉及分离的核酸分子，包括编码标志物蛋白质或其部分的核酸。本发明的分离的核酸也包括足以用作杂交探针以鉴别标志物核酸分子及标志物核酸分子的片段(例如，适合用作用于扩增标志物核酸分子的特定产物或突变的PCR引物的那些)的核酸分子。如本文中所用的，术语“核酸分子”意在包括DNA分子(例如，cDNA或基因组DNA)和RNA分子(例如，mRNA)及使用核苷酸类似物产生的DNA或RNA。核酸分子可以是单链的或双链的，但优选是双链的DNA。
“分离的”核酸分子是与该核酸分子的天然来源中存在的其它核酸分子分开的核酸分子。在一个实施方式中，“分离的”核酸分子(优选蛋白质编码序列)不含核酸所来源的生物体的基因组DNA中天然侧邻该核酸的序列(即，位于该核酸的5’和3’末端的序列)。例如，在各种实施方式中，分离的核酸分子可以包含少于约5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或0.1kb的核酸所来源的细胞的基因组DNA中天然侧邻该核酸的序列。在另一实施方式中，“分离的”核酸分子如DNA分子可以基本上不含其它细胞物质或在通过重组技术产生时不含培养基，或者在化学合成时基本上不含化学前体或其它化学物质。基本上不含细胞物质的核酸分子包括具有少于约30％、20％、10％或5％的异源核酸(本文中也称为“污染核酸”)的制剂。
本发明的核酸分子可以使用标准分子生物学技术和本文中描述的数据库记录中的序列信息分离。使用所有或一部分这类核酸序列，本发明的核酸分子可以使用标准杂交和克隆技术(例如，如Sambrook等,ed.,MolecularCloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989中描述的)分离。
本发明的核酸分子可以使用cDNA、mRNA或基因组DNA作为模板和适宜的寡核苷酸引物按照标准的PCR扩增技术扩增。如此扩增的核酸可以克隆到适宜的载体中且通过DNA序列分析表征。此外，对应于所有或一部分本发明的核酸分子的核苷酸可以通过标准合成技术例如使用自动化DNA合成仪制备。
在另一优选的实施方式中，本发明的分离的核酸分子包含具有与标志物核酸的核苷酸序列或编码标志物蛋白质的核酸的核苷酸序列互补的核苷酸序列的核酸分子。与给定核苷酸序列互补的核酸分子是与给定核苷酸序列充分地互补以使得它可以与给定核苷酸序列杂交从而形成稳定的双链体的核酸分子。
而且，本发明的核酸分子可以包含仅一部分核酸序列，其中全长核酸序列包含标志物核酸或其编码标志物蛋白质。这类核酸可以用作例如探针或引物。探针/引物通常作为一个或多个基本上纯化的寡核苷酸使用。寡核苷酸通常包含在严格条件下与本发明核酸的至少约15个，更优选至少约25、50、75、100、125、150、175、200、250、300、350或400个或更多个连续核苷酸杂交的核苷酸序列的区域。
基于本发明的核酸分子的探针可以用于检测对应于本发明的一个或多个标志物的转录物或基因组序列的探针。在某些实施方式中，探针与横越剪接接合点的核酸序列杂交。探针包含与其连接的标记基团，例如，放射性同位素、荧光化合物、酶、或酶辅因子。这类探针可以用作诊断测试试剂盒或用于鉴别表达或错误表达蛋白质的组合的部分，如通过测量来自受试者的细胞样品中编码蛋白质的核酸分子的水平，例如，检测mRNA水平或确定编码蛋白质或其转录控制序列的基因是否已经突变或删除。
本发明进一步包括由于遗传密码的简并性而与编码标志物蛋白质(例如，具有序列表中提供的序列的蛋白质)的核酸的核苷酸序列不同的核酸分子。
本领域技术人员理解，导致氨基酸序列改变的DNA序列多态性可以存在于群体(例如，人类群体)内。这样的遗传多态性可以由于天然的等位基因变异和已知发生于癌症中的改变而存在于群体内的个体之间。等位基因是择一地存在于给定遗传基因座的一组基因之一。另外，应理解，影响RNA表达水平的DNA多态性也可以存在，其影响该基因的总体表达水平(例如，通过影响调节或降解)。
如本文中所用的，短语“等位基因变体”是指存在于给定基因座的核苷酸序列或指由该核苷酸序列编码的多肽。
如本文中所用的，术语“基因”和“重组基因”是指编码对应于本发明的标志物的多肽的包含开放阅读框的核酸分子。这样的天然等位基因变异通常可以导致给定基因中1-5％的变异性。可选的等位基因可以通过测序大量不同个体中的目的基因鉴别。这可以容易地通过使用杂交探针完成以鉴别多个个体中的相同遗传基因座。任何和所有这类核苷酸变异及作为天然等位基因变异的结果和不改变功能活性的所得的氨基酸多态性或变异意在本发明的范围内。
在另一实施方式中，本发明的分离的核酸分子长度是至少15、20、25、30、40、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、550、650、700、800、900、1000、1200、1400、1600、1800、2000、2200、2400、2600、2800、3000、3500、4000、4500或更多个核苷酸并在严格条件下与标志物核酸或标志物蛋白质的核酸杂交。如本文中所用的，术语“严格条件下杂交”意在描述彼此至少60％(65％、70％，优选75％)相同的核苷酸序列保持彼此杂交的用于杂交和洗涤的条件。这样的严格条件是本领域技术人员已知的且可以在Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989)的6.3.1-6.3.6节中找到。严格杂交条件的优选的非限制性实例是6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中约45℃下杂交，之后在0.2X SSC,0.1％SDS中50-65℃下一次或多次洗涤。
核酸治疗剂
核酸治疗剂是本领域中公知的。核酸治疗剂包括在细胞中与靶序列互补的单链和双链(即，可能是一个或两个核酸链的具有长度至少15个核苷酸的互补区域的核酸治疗剂)核酸。核酸治疗剂可以递送到培养物中的细胞，例如，通过单独的或与促进核酸到细胞中的摄取的试剂添加核酸到培养基中。核酸治疗剂可以通过任何施用途径递送到受试者的细胞，即，体内。特定制剂取决于施用途径。
如本文中所用的且除非另外表明，术语“互补的”当用于第二核苷酸序列描述第一核苷酸序列时是指包含第一核苷酸序列的寡核苷酸或多核苷酸在特定条件下与包含第二核苷酸序列的寡核苷酸或多核苷酸和形成双链结构的能力，如本领域技术人员理解的。这样的条件可以，例如，是严格条件，其中严格条件可以包括：400mM NaCl,40mM PIPES pH 6.4,1mM EDTA,50℃或70℃下12-16小时，之后洗涤。可以应用其它条件如生理相关条件(如可在生物体内遇到的)。技术人员能够根据杂交的核苷酸的最终应用确定最适合于两个序列的互补性测试的一组条件。
当第一核苷酸序列的核苷酸与第二核苷酸序列的核苷酸序列在第一和第二核苷酸序列的整个长度上存在碱基配对时，序列可以彼此“完全互补”。但是，在本文中第一序列称为相对于第二序列“基本上互补”的情况中，两个序列可以完全互补或它们可以在杂交时形成一个或多个但一般不超过4、3或2个错配的碱基对而同时保持在与其最终应用最相关的条件下杂交的能力。但是，在两个寡核苷酸设计为在杂交时形成一个或多个如在双链核酸治疗剂常见的单链的突出端的情况中，这样的突出端应不认为是对于互补性确定的错配。例如，包含长度21个核苷酸的一个寡核苷酸和长度23个核苷酸的另一寡核苷酸的dsRNA(其中较长的寡核苷酸包含与较短寡核苷酸完全互补的21个核苷酸的序列)也可以对于本文中描述的目的称为“完全互补”。
如本文中所用的，“互补的”序列也可以包括非Watson-Crick碱基对和/或由非天然和修饰的核苷酸形成的碱基或者整体由这类碱基对形成，只要满足针对其杂交的能力的上述要求。这样的非Watson-Crick碱基对包括，但不限于G:U摆动或Hoogstein碱基配对。
术语“互补的”、“完全互补的”和“基本上互补的”在本文中可以针对dsRNA的有义链和反义链之间或者dsRNA的有义链或反义链与靶序列之间的碱基匹配使用，如从其使用的上下文理解的。
如本文中所用的，“与信使RNA(mRNA)的至少部分基本上互补的”多核苷酸是指与目的mRNA(例如，编码细丝蛋白B、LY9、角蛋白、微管蛋白-β3或PSA的mRNA)的连续部分基本上互补的多核苷酸，包括5’UTR、开放阅读框(ORF)或3’UTR。例如，如果多核苷酸序列与编码细丝蛋白B、LY9、角蛋白、微管蛋白-β3或PSA的mRNA的非中断部分基本上互补，则多核苷酸与细丝蛋白B、LY9、角蛋白、微管蛋白-β3或PSA mRNA的至少一部分互补。
核酸治疗剂通常包括化学修饰以改善其能力和调节其药代动力学和药效学性质。例如，核苷酸上的修饰可以包括，但不限于LNA、HNA、CeNA、2′-甲氧基乙基、2′-O-烷基、2′-O-烯丙基、2′-C-烯丙基、2′-氟、2′-脱氧、2’-羟基及其组合。
核酸治疗剂可以进一步包含至少一个硫代磷酸酯或甲基膦酸酯核苷间键。硫代磷酸酯或甲基膦酸酯核苷间键修饰可以在链的任何位置存在于有义链或反义链或两者(在包括有义链的核酸治疗剂中)的任何核苷酸上。例如，核苷间键修饰可以存在于有义链或反义链的每一核苷酸上；各核苷间键修饰可以以交替模式存在于有义链或反义链上；或者有义链或反义链可以以交替模式包含核苷间键修饰。有义链上核苷间键修饰的交替模式与反义链可以相同或不同，且有义链上核苷间键修饰的交替模式可以具有相对于反义链上核苷间键修饰的交替模式的偏移。
单链核酸治疗剂
反义核酸治疗剂试剂的单链核酸治疗剂通常长度约16-30个核苷酸且与培养物中或生物体中的靶细胞中的靶核酸序列互补。
涉及反义核酸、化学修饰和治疗用途的专利提供于例如与化学修饰的含RNA治疗化合物相关的U.S.专利No.5,898,031和与使用这些化合物作为治疗剂的方法相关的U.S.专利No.6,107,094中。U.S.专利No.7,432,250与通过施用单链的化学修饰的RNA样化合物治疗患者的方法；和U.S.专利No.7,432,249与包含单链的化学修饰的RNA样化合物的药物组合物相关。U.S.专利No.7,629,321与使用具有多个RNA核苷和至少一个化学修饰的单链寡核苷酸切割靶mRNA的方法相关。本段中所列的各专利通过引用合并到本文中。
双链核酸治疗剂
在许多实施方式中，双链体区域长度是15-30个核苷酸对。在一些实施方式中，双链体区域长度是17-23个核苷酸对，长度是17-25个核苷酸对，长度是23-27个核苷酸对，长度是19-21个核苷酸对或长度是21-23个核苷酸对。
在某些实施方式中，各链具有15-30个核苷酸。
用于本发明的方法中的RNAi剂包括如在例如公开WO 2009/073809和WO/2012/037254中公开的具有化学修饰的试剂，其各自的全部内容通过引用合并到本文中。
在此可互换使用的“RNAi剂”、“双链RNAi剂”、双链RNA(dsRNA)分子，也称为“dsRNA剂”、“dsRNA”、“siRNA”、“iRNA剂”，是指核糖核酸分子的复合物，具有包含两条反平行的且基本互补(如下定义)的核酸链的双链结构。如本文中使用的，RNAi剂也可以包括dsiRNA(参见，例如US专利公开20070104688，通过引用并入此文)。一般地，各链的大部分核苷酸是核糖核苷酸，但如在此所述，各链或两条链也可以包括一个或多个非核糖核苷酸，例如脱氧核糖核苷酸和/或修饰的核苷酸。此外，如本说明书中使用的，“RNAi剂”可以包括带有化学修饰的核糖核苷酸；RNAi剂可以包括在多个核苷酸处的实质性修饰。这种修饰可以包括在此所公开的或本领域已知的所有类型的修饰。任何此类修饰，如在siRNA型分子中使用的，为本说明书和权利要求的目的被包括在“RNAi剂”内。
形成双链体结构的两条链可以是一个较大RNA分子的不同部分，或它们可以是独立的RNA分子。在其中两条链是一个较大分子的部分且因此通过形成双链体结构的一条链的3’末端与相应的另一链的5’末端之间的未中断核苷酸链连接的情况中，连接的RNA链称为“发夹环”。在其中两条链通过形成双链体结构的一条链的3’末端与相应的另一链的5’末端之间的未中断核苷酸链以外的方式共价连接的情况中，连接的结构称为“连接体”。RNA链可以具有相同或不同数目的核苷酸。碱基对的最大数目是dsRNA的最短链的数目减去双链体中存在的任何突出端。除了双链体结构外，RNAi剂可以包含一个或多个核苷酸突出端。术语“siRNA”在本文中也用于指如上所述的RNAi剂。
在另一个方面中，所述试剂是单链反义RNA分子。反义RNA分子与靶mRNA内的序列互补。反义RNA可以通过与mRNA碱基配对和物理阻碍翻译机构以化学计量方式抑制翻译，参见Dias,N.等,(2002)Mol CancerTher 1:347-355。反义RNA分子可以具有与靶mRNA互补的约15-30个核苷酸。例如，反义RNA分子可以具有与本文中提供的细丝蛋白B或LY9序列互补的至少15、16、17、18、19、20或更多个连续核苷酸的序列。
术语“反义链”是指包括与靶序列(例如，人TTR mRNA)基本上互补的区域的双链RNAi剂的链。如本文中所用的，术语“与编码运甲状腺素蛋白的mRNA的部分互补的区域”是指基本上与TTR mRNA序列的部分互补的反义链的区域。在互补的区域不与靶序列的部分完全互补的情况中，错配在开端区域中最耐受且(如果存在)一般在一个或多个末端区域中，例如，在5’和/或3’末端的6、5、4、3或2个核苷酸内。
如本文中所用的，术语“有义链”是指包括基本上与反义链的区域互补的区域的dsRNA的链。
本发明还包括具有至少一个与本发明的核酸互补的区域的分子信标核酸，以使得分子信标可用于定量样品中本发明的核酸的存在。“分子信标”核酸是包含一对互补区域且具有荧光团和与其相关的荧光猝灭剂的核酸。荧光团和猝灭剂与核酸的不同部分结合，其定向使得当互补区域相互退火时，荧光团的荧光被猝灭剂猝灭。当核酸的互补区域未彼此退火时，荧光团的荧光被猝灭的程度较低。分子信标核酸描述于例如U.S.专利5,876,930中。
分离的蛋白质和抗体
本发明的一个方面涉及分离的标志物蛋白质及其生物活性部分以及适合用作免疫原以产生针对标志物蛋白质及其片段的抗体的多肽片段。在一个实施方式中，原始标志物蛋白质可以通过适宜的纯化方案使用标准蛋白质纯化技术从细胞或组织来源分离。在另一实施方式中，包含标志物蛋白质的全部或分段的蛋白质或肽通过重组DNA技术产生。作为重组表达的替代，这种蛋白质或肽可以使用标准肽合成技术化学地合成。
“分离的”或“纯化的”蛋白质或其生物活性部分基本上不含来自蛋白质所来源的细胞或组织来源的细胞物质或其它污染蛋白质。语言“基本上不含细胞物质”包括其中蛋白质与蛋白质从其分离或重组产生的细胞的细胞成分分离的蛋白质制剂。因此，基本上不含细胞物质的蛋白质包括具有少于约30％、20％、10％或5％(干重)的异源蛋白质(本文中也称为“污染蛋白质”)的蛋白质制剂。当蛋白质或其生物活性部分重组20％、10％或5％。当蛋白质通过化学合成产生时，优选的是基本上不含化学前体或其它化学物质，即，它与参与蛋白质合成的化学前体或其它化学物质分离。因此，这样的蛋白质制剂具有少于约30％、20％、10％或5％(干重)的目的多肽以外的化学前体或化合物。
标志物蛋白质包括包含与标志物蛋白质的氨基酸序列充分相同或源自标志物蛋白质的氨基酸序列的氨基酸序列的多肽，其包括比全长蛋白质更少的氨基酸，并表现出相应全长蛋白质的至少一种活性。通常，生物活性部分包含具有应全长蛋白质的至少一种活性的结构域或基序。本发明标志物蛋白质的生物活性部分可以是长度例如10、25、50、100或更多个氨基酸的多肽。而且，其中标志物蛋白质的其它区域删除的其它生物活性部分可以通过重组技术制备并评价原始形式的标志物蛋白质的一种或多种功能活性。
优选的标志物蛋白质通过序列表中提供的核苷酸序列编码。其它有用的蛋白质与这些序列之一基本上相同(例如，至少约40％，优选50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)并保持相应的天然存在标志物蛋白质的功能活性而由于等位基因变异或诱变导致氨基酸序列不同。
为了确定两个氨基酸序列或两个核酸的百分同一性，序列为最佳比较的目的而进行比对(例如，空位可以被引入第一氨基酸或核酸序列的序列中以与第二氨基酸或核酸序列最优比对)。然后比较相应的氨基酸位置或核苷酸位置处的氨基酸残基或核苷酸。当第一序列中的位置由与第二序列中的相应位置中的相同氨基酸残基或核苷酸占据时，则分子在该位置上是相同的。优选地，使用全局比对计算两个序列之间的百分同一性。或者，使用局部比对计算两个序列之间的百分同一性。在两个序列之间的百分同一性是序列所共有的相同位置数的函数(即，％同一性＝相同位置#/总的位置#(例如，重叠的位置)×100)。在一个实施方式中，两个序列是相同的长度。在另一个实施方式中，两个序列不是相同的长度。
可以使用数学算法来完成两个序列之间的百分同一性的确定。用于比较两个序列的数学算法的一种优选的非限制性的例子是Karlin和Altschul(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2264-2268的算法，其在Karlin和Altschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873-5877中改进。这样的算法被整合入Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410的BLASTN和BLASTX程序中。可以用BLASTN程序(得分＝100，字长＝12)执行BLAST核苷酸检索以得到与本发明的核酸分子同源的核苷酸序列。可以用BLASTP程序(得分＝50，字长＝3)进行BLAST蛋白质检索以得到与本发明的蛋白质分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的带空位比对，可以使用称为带空位BLAST的新版BLAST算法，如Altschul等(1997)NucleicAcids Res.25:3389-3402中所描述的，其能够执行用于程序BLASTN、BLASTP和BLASTX的带空位局部比对。或者，可以使用PSI-Blast执行迭代搜索，其检测分子之间的远缘关系。当利用BLAST、带空位BLAST和PSI-Blast程序时，可以使用的相应程序(例如，BLASTX和BLASTN)的默认参数。见http://www.ncbi.nlm.nih.gov。用于序列比较的数学算法的另一个优选的非限制性的例子是Myers和Miller，(1988)CABIOS 4:11-17的算法。这样的算法被整合到ALIGN程序(版本2.0)中，这是GCG序列比对软件包的部分。当将ALIGN程序用于比较氨基酸序列时，可以使用PAM120权重残差表(weight residue table)，12的空位长度罚分和4的空位罚分。用于确定局部序列相似性和比对的区域的再另一种有用的算法是FASTA算法，如Pearson和Lipman(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444-2448中所描述的。当将FASTA算法用于比较核苷酸或氨基酸序列时，PAM120权重残差表可以用于，例如，2的k-重值。
可以使用与上述类似的技术在有或没有允许的空位的情况下确定两个序列之间的百分同一性。在计算百分同一性中，仅计算精确的匹配。
本发明的另一个方面涉及针对本发明蛋白质的抗体。在优选的实施方式中，所述抗体特异性结合标志物的蛋白质或其片段。本文中可互换使用的术语“抗体”和“多个抗体”指免疫球蛋白分子及包含免疫球蛋白分子的免疫学活性部分的其片段和衍生物(即，这样的部分含有特异性结合抗原如标志物蛋白质(例如标志物蛋白质的表位)的抗原结合位点)。特异性结合本发明蛋白质的抗体是结合该蛋白质但基本上不结合天然含有该蛋白质的样品(例如，生物样品)中的其它分子的抗体。免疫球蛋白分子的免疫活性部分的例子包括，但不限于，单链抗体(scAb)、F(ab)和F(ab')2片段。
本发明的分离的蛋白质或其片段可用作免疫原以产生抗体。可以使用全长蛋白质，或可替代地，本发明提供用作免疫原的抗原性肽片段。本发明蛋白质的抗原性肽包含本发明的蛋白质之一的氨基酸序列的至少8个(优选为10、15、20或30个或更多个)氨基酸残基，和包括至少一个蛋白质的表位，以至于针对该肽产生的抗体与该蛋白质形成特异性的免疫复合物。抗原性肽所包含的优选表位是位于蛋白质表面上的区域，例如，亲水性区域。可以使用疏水性序列分析、亲水性序列分析或类似分析来识别亲水性区域。在优选的实施方式中，分离的标志物蛋白质或其片段用作免疫原。
本发明提供了多克隆抗体和单克隆抗体。如本文中所用的术语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”是指抗体分子群体，其只包含能够与特定表位免疫反应的一类抗原结合位点。优选的多克隆抗体和单克隆抗体组合物是已被选择为针对本发明蛋白质的抗体的组合物。特别优选的多克隆抗体和单克隆抗体制剂是只含有针对标志物蛋白质或其片段的抗体的制剂。制备多克隆、单克隆和重组抗体及抗体片段是本领域公知的。
预测医学
本发明涉及预测医学领域，其中诊断分析、预后分析、药物基因组学和监测临床试验被用于预后(预测)的目的，从而预防性地治疗个体。因此，本发明的一个方面涉及用于测定一种或多种标志物蛋白质或核酸的表达水平的诊断分析，以确定个体是否有发生疾病或病症(例如，但不限于肿瘤病症如前列腺癌)的危险。这些分析可用于预后或预测的目的，从而在疾病发病前预防性地治疗个体。
本发明的再另一个方面涉及在临床试验中监测试剂(例如，施用以抑制肿瘤病症如前列腺癌或者治疗或预防任何其它病症的药物或其他化合物(即，为了了解这种治疗可能有的任何致癌效应))对本发明的标志物的表达或活性的影响。在下面的章节中更详细地描述这些和其它试剂。
A.诊断分析
用于检测在生物样品中标志物蛋白质或核酸存在或不存在或表达水平改变的示例性方法包括从测试受试者获得生物样品(例如，肿瘤病症相关的体液)和将生物样品与能够检测多肽或核酸(例如，mRNA、基因组DNA或cDNA)的化合物或试剂相接触。因此，本发明的检测方法可以用于，例如，在体外生物样品中以及在体内检测mRNA、蛋白质、cDNA或基因组DNA。
本文中提供的用于检测在生物样品中标志物蛋白质或核酸存在、不存在、表达水平的方法包括从受试者获得可能含有或不含待检测的标志物蛋白质或核酸的生物样品，使样品接触能够与待检测的标志物蛋白质或核酸形成复合物的标志物特异性结合剂(即，一种或多种特异性结合剂)，和使样品接触用于检测标志物-标志物特异性结合剂复合物(如果形成)的检测试剂。应理解，本文中提供的用于检测生物样品中标志物表达水平的方法包括执行分析的步骤。在检测方法的某些实施方式中，样品中标志物蛋白质或核酸的水平不存在或低于检测阈值。
方法包括形成标志物和标志物特异性结合剂之间的暂时或稳定的复合物。方法需要形成复合物(如果形成)足够的时间以允许检测试剂结合复合物和产生可检测的信号(例如，荧光信号、来自酶反应产物的信号，例如过氧化物酶反应、磷酸酶反应、β-半乳糖苷酶反应或聚合酶反应)。
在某些实施方式中，所有标志物使用相同的方法检测。在某些实施方式中，所有标志物使用相同的生物样品(例如，相同的体液或组织)检测。在某些实施方式中，不同的标志物使用各种不同方法检测。在某些实施方式中，标志物在不同生物样品中检测。
1.蛋白质检测
在本发明的某些实施方式中，待检测的标志物是蛋白质。蛋白质使用多种分析检测，其中待检测的标志物蛋白质和标志物特异性结合剂之间的复合物不是天然地发生，例如，由于成分之一不是天然存在的化合物或用于检测的标志物和标志物特异性结合剂不是来自相同生物体(例如，使用来自小鼠、大鼠或山羊的标志物特异性结合抗体检测的人标志物蛋白质)。在本发明的优选实施方式中，用于检测的标志物蛋白质是人标志物蛋白质。在某些检测分析中，用于检测的人标志物被标志物特异性的非人抗体结合，因此复合物不在自然界中形成。标志物蛋白质的复合物可以直接检测，例如通过使用直接结合标志物的标记的标志物特异性抗体或通过将进一步的成分与标志物-标志物特异性抗体复合物结合。在某些实施方式中，进一步的成分是能够与第一标志物特异性抗体同时结合标志物的第二标志物特异性抗体。在某些实施方式中，进一步的成分是结合标志物特异性抗体的第二抗体，其中第二抗体优选连接可检测标记(例如，荧光标记、酶标记、生物素)。当第二抗体连接酶检测标记(例如，过氧化物酶、磷酸酶、β-半乳糖苷酶)时，第二抗体通过使酶检测标记接触适宜的底物以产生显色、荧光或其它可检测的、优选可定量检测的产物来检测。用于本发明的方法中的抗体可以是多克隆的，但是在优选的实施方式中使用单克隆抗体。完整抗体或其片段或衍生物(例如，Fab或F(ab')2)可以用于本发明的方法中。这样的标志物蛋白质检测策略用于例如ELISA、RIA、western印迹和免疫荧光分析方法中。
在某些检测分析中，用于检测的生物样品中存在的标志物是酶和检测试剂是酶底物。例如，酶可以是蛋白酶和底物可以是包括适宜的蛋白酶切割位点的任何蛋白质。或者，酶可以是激酶和底物可以是任何激酶的底物。在优选的实施方式中，与待检测的标志物酶形成复合物的底物不是用于人受试者中酶的底物。
在某些实施方式中，标志物-标志物特异性结合剂复合物连接于用于检测标志物的固体载体。复合物可以在基质上形成或在捕获于基质上之前形成。例如，在ELISA、RIA、免疫沉淀分析、western印迹、免疫荧光分析、凝胶中酶分析中，用于检测的标志物直接或间接地连接于固体载体。在ELISA、RIA或免疫荧光分析中，标志物通常通过抗体或结合蛋白质间接连接于固体载体。在western印迹或免疫荧光分析中，标志物通常直接连接于固体载体。对于凝胶中酶分析，标志物在凝胶(通常丙烯酰胺凝胶)中解析，酶的底物整合在凝胶中。
2.核酸检测
在本发明的某些实施方式中，标志物是核酸。核酸使用多种分析检测，其中待检测的标志物核酸和标志物特异性探针之间的复合物不是天然存在的，例如，因为成分之一不是天然存在的化合物。在某些实施方式中，分析物包含核酸和探针包含一个或多个合成的单链核酸分子，例如，DNA分子、DNA-RNA杂合体、PNA或包含一个或多个人工碱基、糖或骨架部分的修饰的核酸分子。在某些实施方式中，合成的核酸是单链的，是包括荧光标记的DNA分子。在某些实施方式中，合成的核酸是长度约12至约50个核苷酸的单链的寡核苷酸分子。在某些实施方式中，待检测的核酸是mRNA和所形成的复合物是与单链的DNA分子杂交的mRNA，该单链的DNA分子与mRNA互补。在某些实施方式中，RNA是通过使用与作为引物的RNA杂交的单链DNA首先从RNA模板生成DNA分子(即，cDNA分子)来检测，例如通用聚-T引物以转录聚-A RNA。cDNA然后可以使用标志物特异性探针用作扩增反应(例如，PCR、引物延伸分析)的模板。在某些实施方式中，标记的单链DNA可以与样品中存在的RNA杂交以用于通过荧光原位杂交(FISH)检测RNA或通过northern印迹检测RNA。
例如，用于检测mRNA的体外技术包括northern杂交、原位杂交和rtPCR。用于检测基因组DNA的体外技术包括Southern杂交。用于检测mRNA的技术包括PCR、northern杂交和原位杂交。方法包括定性和定量方法。
这类诊断、预后和监测分析的一般原理包括在适宜的条件下和充分的时间内制备可能包含标志物和探针的样品或反应混合物以允许标志物和探针相互作用和结合，因此形成可以除去和/或在反应混合物中检测的复合物。这些分析可以以本领域中已知的多种方式进行，例如，ELISA分析、PCR、FISH。
3.表达水平的检测
标志物水平可以基于绝对表达水平或者标准化或相对表达水平来检测。绝对标志物水平的检测在监测受试者的治疗时或在确定是否存在受试者前列腺癌状态的变化中可能是优选的。例如，一种或多种标志物的表达水平可能在经历前列腺癌治疗的受试者中监测，例如，以规律的间隔，如每月的间隔。一种或多种标志物的水平的调节可能随时间监测以观察标志物水平变化的趋势。受试者中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19的一种或多种的表达水平可能高于正常样品中那些标志物的表达水平，但可以低于先前的表达水平，因此表明治疗方案对于受试者的益处。类似地，标志物水平的变化率在未进行前列腺癌的积极治疗(例如，观察等待)的受试者中是重要的。标志物水平的改变或不改变可能与治疗决策比群体中存在的标志物水平更相关。其它方面表现为具有正常前列腺的受试者中标志物水平的快速改变可以是异常前列腺状态的指示，即使标志物在群体的正常范围内。
作为基于标志物的绝对表达水平进行确定的替代方式，确定可以是基于标志物的标准化表达水平。表达水平通过将其表达与不是标志物的基因(例如，组成型表达的管家基因)的表达校正标志物的表达水平进行标准化。用于标准化的的合适基因包括管家基因如肌动蛋白基因或上皮细胞特异性基因。这种标准化允许一个样品(例如，患者样品)与另一样品(例如，非癌症样品)中或来自不同来源的样品之间表达水平的比较。
或者，表达水平可以提供为与适宜对照(例如，群体对照、邻近正常组织对照、较早时间点对照等)相比的相对表达水平。优选地，基线测定中使用的样品来自非癌症细胞。细胞来源的选择依赖于相对表达水平的使用。使用正常组织中的表达作为平均表达评分有助于验证所分析的标志物是否是癌症特异性的(相对于正常细胞)。另外，随着积累更多的数据，平均表达值可以校对，从而基于积累的数据提供改进的相对表达值。癌细胞的表达数据提供用于癌症状态严重性分级的手段。
诊断、预后和治疗方法
本发明提供通过以下步骤用于检测受试者中异常前列腺状态的方法：
(1)使来自受试者的生物样品与一种或多种检测试剂的组合接触，其中各检测试剂对于一种前列腺癌相关蛋白质是特异性的；其中前列腺癌相关蛋白质选自如下的前列腺癌相关蛋白质组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(2)通过各检测试剂测量生物样品中检测的各前列腺癌相关标志物的量；和
(3)比较从受试者获得的生物样品中一种或多种前列腺癌相关蛋白质的表达水平与正常对照样品中一种或多种前列腺癌相关蛋白质的表达水平，从而检测异常前列腺状态。
在某些实施方式中，检测异常前列腺状态包括诊断受试者中的前列腺癌状态。在某些实施方式中，异常前列腺状态包括确定发生前列腺癌的易感性。
本发明提供用于通过以下步骤监测受试者中前列腺癌的治疗的方法：
(1)使在施用至少一部分治疗方案于受试者之前从受试者获得的第一生物样品接触一种或多种检测试剂的组合，其中各检测试剂对于一种前列腺癌相关蛋白质是特异性的；其中前列腺癌相关蛋白质选自以下的前列腺蛋白质组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(2)使在施用至少一部分治疗方案于受试者之后从受试者获得的第二生物样品接触一种或多种检测试剂的组合，其中各检测试剂对于一种前列腺癌相关蛋白质是特异性的；其中前列腺癌相关蛋白质选自以下的前列腺蛋白质组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(3)通过各检测试剂测量第一生物样品和第二生物样品中各自检测的前列腺癌相关标志物的量；和
(4)比较第一样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与第二样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平，从而监测受试者中前列腺癌的治疗。
本发明提供通过以下步骤选择施用前列腺癌的积极治疗或反对积极治疗的施用的方法：
(1)使在施用治疗方案于受试者之前从受试者获得的第一生物样品接触一种或多种检测试剂的组合，其中各检测试剂对于一种前列腺癌相关蛋白质是特异性的；其中前列腺癌相关蛋白质选自以下的前列腺蛋白质组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(2)使在施用治疗方案于受试者之前从受试者获得的第二生物样品接触一种或多种检测试剂的组合，其中各检测试剂对于一种前列腺癌相关蛋白质是特异性的；其中前列腺癌相关蛋白质选自以下的前列腺蛋白质组：细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(3)通过各检测试剂测量第一生物样品和第二生物样品中各自检测的前列腺癌相关标志物的量；和
(4)比较第一样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与第二样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平，其中选择前列腺癌的积极治疗的施用或反对积极治疗的施用是基于第一样品和第二样品之间一种或多种标志物的表达水平改变的存在或不存在。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是两种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是三种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是四种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是五种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是六种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是七种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是八种或更多种标志物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是九种或更多种标志物。
在本文中提供的诊断方法的某些实施方式中，生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与正常对照样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比的提高指示受试者患有前列腺癌。在本文中提供的诊断方法的某些实施方式中，生物样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的检测表达水平与正常对照样品中表达水平相比没有提高指示受试者未患前列腺癌或不易于发生前列腺癌。
在本文中提供的诊断方法的某些实施方式中，生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与正常对照样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比的提高指示受试者易于发生前列腺癌。
在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物任一的检测表达水平与第一样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比没有提高指示疗法对于受试者中前列腺癌的治疗是有效的。在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，进一步包括比较第一样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平或第二样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与对照样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达。
在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，第二样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与第一样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比的提高指示受试者中前列腺癌积极治疗的选择。在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，第二样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物中任一的检测表达水平与第一样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比没有提高指示反对受试者中前列腺癌积极治疗的选择。在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，其中第二样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的表达水平与第一样品中表达水平相比提高指示疗法在前列腺癌的治疗中不是有效的。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，一种或多种前列腺癌相关标志物是角蛋白7或角蛋白15。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，生物样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌相关标志物与正常对照样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相比指示前列腺癌状态的调节。
在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，第二样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与第一样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平相比的调节指示受试者中响应于前列腺癌的治疗的前列腺癌状态的改变。在本文中提供的监测方法的某些实施方式中，方法进一步包括比较第一样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平或第二样品中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平与正常对照样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断方法进一步包括检测生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的表达水平且优选地进一步包括比较生物样品中PSA的表达水平与正常对照样品中的PSA表达水平。在某些实施方式中，PSA水平与一种或多种前列腺癌标志物水平的组合提高该方法的预测值。
在某些实施方式中，本文中提供的监测方法进一步包括检测第一样品和第二样品中前列腺特异性抗原(PSA)的表达水平，且优选地进一步包括比较第一样品中PSA的表达水平与第二样品中PSA的表达水平。在某些实施方式中，PSA水平的改变与I前列腺癌标志物水平的改变的组合提高该方法的预测值。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括比较生物样品与或多个对照样品中一种或多种前列腺标志物的检测水平，其中对照样品是在比所述生物样品较早的时间点来自相同受试者的样品、来自患有良性前列腺增生(BPH)的受试者的样品、来自患有非转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素不敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品和从患有非侵袭性前列腺癌的受试者获得的样品一种或多种。生物样品中的标志物水平与来自具有各种正常和异常前列腺状态的受试者的比较有助于区分各种前列腺状态，包括正常前列腺和前列腺癌、良性前列腺增生和前列腺癌、良性前列腺增生和正常前列腺、雄激素依赖性和非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌和非侵袭性前列腺癌、侵袭性前列腺癌和非侵袭性前列腺癌，或者区分任何两种或更多种前列腺状态，包括正常前列腺、前列腺癌、良性前列腺增生、雄激素依赖性前列腺癌、非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括检测受试者中前列腺肿瘤的大小。在某些实施方式中，本文中提供的监测方法进一步包括检测肿瘤尺寸的改变或相对侵袭性。在某些实施方式中，受试者中前列腺肿瘤的大小在施用至少一部分治疗方案于受试者之前检测。在某些实施方式中，受试者中前列腺肿瘤的大小在施用至少一部分治疗方案于受试者之后检测。某些监测方法进一步包括比较在施用至少一部分治疗方案于受试者之前受试者中前列腺肿瘤的大小与在施用至少一部分治疗方案于受试者之后受试者中前列腺肿瘤的大小。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括获得受试者样品。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括基于权利要求1中提供的一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平选择受试者的治疗方案。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括选择患有或疑似患有前列腺癌的受试者。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括用疗法治疗受试者，包括选自手术、放疗、激素治疗、抗体治疗、生长激素细胞因子的治疗和化疗的一种或多种治疗。
在某些实施方式中，本文中提供的诊断和监测方法进一步包括基于本文中提供的诊断和监测方法的结果选择受试者的一种或多种特定的治疗方案。在某些实施方式中，治疗方法基于诊断或预后方法的结果维持。在某些实施方式中，治疗方法基于诊断或预后方法的结果改变。
在某些实施方式中，治疗方案的改变包括改变基于激素的治疗方法。在某些实施方式中，前列腺癌的治疗包括在进行本文中提供的后续诊断、预后或监测方法之前的一个间隔基于权利要求1－64中任一项的方法的结果的手术、放疗、激素治疗、抗体治疗、生长激素细胞因子的治疗或化疗的一种或多种。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括分离生物样品的成分。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括标记生物样品的成分。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括扩增生物样品的成分。
在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括与探针和生物样品的成分形成复合物。在某些实施方式中，与探针形成复合物包括与至少一种非天然存在的试剂形成复合物。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括处理生物样品。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测至少两种标志物的水平的方法包括标志物的组合。在本文中提供的诊断和监测方法的某些实施方式中，检测水平的方法包括将待检测的标志物连接于固体表面。
本发明提供选择在受试者中施用前列腺癌的积极治疗或反对积极治疗的施用的方法，包括：
(1)检测从患有前列腺癌的受试者获得的第一样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β的一种或多种标志物的水平，其中受试者未积极地治疗前列腺癌；
(2)检测来自受试者的第二样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种标志物的水平；
(3)比较第一样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种标志物的水平与第二样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种标志物的水平；
其中选择施用前列腺癌的积极治疗或反对积极治疗的施用是基于第一样品和第二样品之间一种或多种标志物的表达水平的改变的存在或不存在。
在某些实施方式中，该方法进一步包括从受试者获得第三样品，检测第三样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种标志物的水平，和比较第三样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种标志物的水平与第一样品中一种或多种标志物或第二样品中一种或多种标志物的水平。
在某些实施方式中，第二样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平与第一样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平相比的提高是疗法在前列腺癌的治疗中无效的指示。
在某些实施方式中，第二样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种与第一样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平相比的提高是选择前列腺癌的积极治疗的指示。
在某些实施方式中，方法进一步包括比较第一样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平或第二样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平与对照样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平。在某些实施方式中，方法包括检测第一样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平；检测第二样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平；和比较第二样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平与第一样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平。在某些实施方式中，方法包括检测角蛋白的亚集，如角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15；角蛋白7、15和19；及角蛋白7或角蛋白15。在某些实施方式中，方法进一步包括比较第一样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平或第二样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的表达水平与对照样品中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的一种或多种的水平。
在某些实施方式中，第一样品和第二样品之间选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种的表达水平没有改变是选择反对前列腺癌的积极治疗的指示。
在某些实施方式中，方法进一步包括检测第一样品和第二样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平，且然后优选进一步包括比较第一样品中PSA的水平与第二样品中PSA的水平。
在某些实施方式中，第二样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平与第一样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平相比的降低与第二样品中PSA的水平与第一样品中PSA的水平相比的降低结合具有的疗法在治疗受试者的前列腺癌中有效的预测值比单独的单一标志物的分析更高。
在某些实施方式中，第二样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平与第一样品中细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种的水平相比的降低与第二样品中PSA的表达水平与第一样品中PSA的水平相比的降低结合具有的选择反对前列腺癌的积极治疗的预测值比单独的单一标志物的分析更高。
监测临床试验
监测药剂(例如，药物化合物)对本发明的标志物的表达水平的影响不仅可以被应用于基本的药物筛选或监测单一受试者的治疗，而且可以应用于临床试验。例如，可以在接受肿瘤病症的治疗的受试者的临床试验中，监测试剂影响标志物表达的有效性。在优选的实施方式中，本发明提供了用于监测用药剂(例如，激动剂、拮抗剂、拟肽、蛋白质、肽、核酸、小分子或其他的药物候选物)治疗受试者的有效性的方法，包括以下步骤：(i)在施用药剂前，从受试者获得给药前样品；(ii)检测给药前样品中本发明的一种或多种选择的标志物的表达水平(例如，细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3，任选地与PSA结合)；(iii)从受试者获得一个或多个给药后样品；(iv)检测给药后样品中标志物的表达水平；(v)将给药前样品中标志物的表达水平与一个或多个给药后样品中标志物的表达水平相比较；及(vi)相应地改变药剂对受试者的施用。例如，在治疗过程中增加的标志物基因的表达可以表明无效的剂量和提高剂量的适应性。相反，标志物基因的表达下降可以表明有效的治疗和无需改变剂量。
试剂盒
本发明还提供用于诊断、预后或监测疾病或病症、病症的复发或者对于病症(例如，异常前列腺状态、BPH、肿瘤病症，如前列腺癌)治疗的受试者的存活。这些试剂盒包括以下的一种或多种：特异性结合本发明的标志物可检测抗体、特异性结合本发明的标志物可检测抗体、用于获得和/或制备受试者组织样品以染色的试剂及使用说明。
本发明还包括用于检测生物样品中标志物蛋白质或核酸的存在的试剂盒。这样的试剂盒可以用于确定受试者是否患有异常前列腺状态或具有提高的发生异常前列腺状态的风险。例如，试剂盒可以包含标记的化合物或能够检测生物样品中的标志物蛋白质或核酸的试剂和用于测定样品中蛋白质或mRNA的量的手段(例如，结合蛋白质或其片段的抗体或者结合编码蛋白质的DNA或mRNA的寡核苷酸)。试剂盒也可以包括基于本文中提供的教导用于实施本文中提供的任何方法或解释使用试剂盒获得的结果的使用说明。试剂盒也可以包括用于检测样品中非与异常前列腺状态相关的对照蛋白质，例如用于样品中存在的标志物的量的标准化的对于组织样品的肌动蛋白、血液或血液衍生样品中的白蛋白。试剂盒也可以包括用于用作对照的检测或用于采用该试剂盒进行的分析的定量的纯化标志物。
试剂盒包括用于诊断受试者的前列腺癌(或鉴别易于发生前列腺癌等的受试者)的试剂组合，该组合包含至少两种检测试剂，其中各检测试剂对于一种前列腺癌特异性蛋白质是特异性的，其中所述前列腺癌特异性蛋白质选自本文中提供的前列腺癌特异性蛋白质组。
对于基于抗体的试剂盒，试剂盒可以包括，例如：(1)结合第一标志物蛋白质的第一抗体(例如，连接于固体载体)；和任选地(2)结合第一标志物蛋白质或第一抗体且偶联于可检测标记的第二不同抗体。在某些实施方式中，试剂盒包括(1)结合第二标志物蛋白质的第二抗体(例如，连接于固体载体)；和任选地(2)结合第二标志物蛋白质或第二抗体且偶联于可检测标记的第二不同抗体。第一和第二标志物蛋白质是本发明的标志物，例如，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B、LY9和PSA。在某些实施方式中，第一标志物和第二标志物都不是PSA。在某些实施方式中，试剂盒包含结合不同于第一和第二标志物蛋白质的第三标志物蛋白质的第三抗体，和结合第三标志物蛋白质或与第三标志物蛋白质结合的抗体的第二不同抗体，其中第三标志物蛋白质与第一和第二标志物蛋白质不同。
对于基于寡核苷酸的试剂盒，试剂盒可以包含，例如：(1)寡核苷酸，例如可检测地标记的寡核苷酸，其与编码标志物蛋白质的核酸序列杂交，或(2)可用于扩增标志物核酸分子的一对引物。在某些实施方式中，试剂盒可以包括，例如：(1)寡核苷酸，例如第二可检测地标记的寡核苷酸，其与编码第二标志物蛋白质的核酸序列杂交，或(2)可用于扩增第二标志物核酸分子的一对引物。第一和第二标志物是不同的。在一个实施方式中，第一和第二标志物是本发明的标志物，例如，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B、LY9和PSA。在某些实施方式中，第一标志物和第二标志物都不是PSA。在某些实施方式中，试剂盒可以进一步包括，例如：(1)寡核苷酸，例如第三可检测地标记的寡核苷酸，其与编码第三标志物蛋白质的核酸序列杂交，或(2)可用于扩增第三标志物核酸分子的一对引物，其中第三标志物不同于第一和第二标志物。在某些实施方式中，试剂盒包括对于各核酸标志物特异性的第三引物以允许使用定量PCR方法进行检测。
对于色谱方法，试剂盒可以包括标志物，包括标记的标志物，以允许通过色谱法检测或鉴别本发明的一种或多种标志物，例如，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B、LY9和任选地PSA。在某些实施方式中，用于色谱方法的试剂盒包括用于本发明的一种或多种标志物的衍生化的化合物。在某些实施方式中，用于色谱方法的试剂盒包括用于解析该方法的标志物的柱。
本发明标志物(例如角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B、LY9和PSA)的检测特异性的试剂允许检测和定量复合物混合物(例如，血清、组织样品)中的标志物。在某些实施方式中，试剂是物种特异性的。在某些实施方式中，试剂不是物种特异性的。在某些实施方式中，试剂是异形体特异性的。在某些实施方式中，试剂不是异形体特异性的。在某些实施方式中，试剂检测总角蛋白8、角蛋白18、细丝蛋白B、PSA或LY9。
在某些实施方式中，用于诊断、监测或表征前列腺癌的试剂盒包含至少一种对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种标志物的表达水平特异性的试剂。在某些实施方式中，试剂盒进一步包含用于基于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种标志物的表达水平诊断、监测或表征前列腺癌的说明。在某些实施方式中，试剂盒进一步包含检测其中选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种标志物被检测的样品中PSA的水平的说明。在某些实施方式中，试剂盒进一步包含至少一种用于特异性检测PSA的试剂。
本发明提供包含至少一种对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种标志物的表达水平的检测特异性的试剂和至少一种对于PSA的表达水平的检测特异性的试剂。
在某些实施方式中，试剂盒还可以包含例如缓冲剂、防腐剂、蛋白质稳定剂、反应缓冲剂。该试剂盒可以进一步包含用于检测可检测标记所需的成分(例如，酶或底物)。该试剂盒还可以包含可进行测定和与测试样品比较的对照样品或一系列对照样品。对照可以是对照血清样品或在适宜情况下纯化蛋白质或核酸的对照样品及已知水平的靶标志物。试剂盒的各种成分可以封闭在单个容器中，且所有的各种不同容器可以与用于解释使用试剂盒进行的分析的结果的说明一起置于单一包装内。
本发明的试剂盒可以任选地包含可用于进行本发明的方法的另外的成分。
组合
本发明提供用于检测受试者样品中一种或多种前列腺相关标志物的试剂组合和至少一种对照试剂。在某些实施方式中，对照试剂用于检测生物样品中检测的标志物(其中所述组合提供有包含用作阳性对照的标志物的对照样品)和任选地定量生物样品中存在的标志物的量。在某些实施方式中，组合包括用于已知存在或不存在于生物样品中的不与异常前列腺状态相关的标志物的检测试剂以分别提供阳性对照或阴性对照。组合可以提供有用于检测样品中不与异常前列腺状态相关的对照蛋白(例如，用于样品中存在的标志物的量标准化的对于组织样品的肌动蛋白、血液或血液衍生样品中白蛋白)的试剂。组合可以提供有用于用作对照的检测或用于以该组合进行的分析的定量的纯化标志物。
在优选的实施方式中，组合包括用于检测两种或更多种本发明标志物(例如，2、3、4、5、6、7、8、9种)的试剂，优选与对照试剂结合。在该组合中，各标志物通过对该标志物特异性的试剂检测。在某些实施方式中，该组合进一步包括用于检测PSA的试剂。在某些实施方式中，该组合包括重复的孔、点或部分以允许分析生物样品和对照样品的各种稀释(例如，系列稀释)。在优选的实施方式中，该组合允许定量检测一种或多种本发明的标志物。
在某些实施方式中，该组合是用于检测一种或多种标志物的蛋白质芯片。在某些实施方式中，该组合是用于检测一种或多种标志物的ELISA板。在某些实施方式中，该组合是用于检测一种或多种标志物的定量PCR的板。
在某些实施方式中，检测试剂的组合提供在单一装置上，其包括用于一种或多种本发明的标志物的检测试剂和至少一个对照样品。在某些实施方式中，检测试剂的组合提供在单一装置上，其包括用于两种或更多种本发明的标志物的检测试剂和至少一个对照样品。在某些实施方式中，用于检测不同的本发明标志物的多个组合提供有至少一个均一对照样品以利于组合之间结果的比较。
筛选分析
本发明还提供用于鉴别通过调节本发明的标志物(即，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B或LY9；任选地与PSA组合)的表达和/或活性调节疾病细胞的状态的调节剂，即候选或测试化合物或试剂(例如，蛋白质、肽、肽模拟物、类肽、小分子或其它药物)的方法(本文中也称为“筛选分析”)。这类分析通常包括本发明的标志物与一种或多种分析成分之间的反应。其它成分可以是测试化合物本身或测试化合物与本发明标志物的天然结合伴体的组合。通过如本文中描述的那些分析鉴别的化合物可用于例如调节(例如，抑制、缓解、治疗或预防)疾病。鉴别用于调节角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B或LY9的一种(任选地与PSA组合)的表达水平的化合物优选地进一步测试可用于癌症(优选前列腺癌)治疗的活性，例如，抑制肿瘤细胞生长、抑制肿瘤血管生成、诱导肿瘤细胞凋亡，等。
用于本发明的筛选分析中的测试化合物可以从任何可得来源得到，包括天然和/或合成化合物的系统文库。测试化合物也可以通过本领域中已知的组合文库方法中的众多途径中的任何一种获得，包括：生物学文库、类肽文库(具有肽的功能性，但具有新型的非肽主链的分子的文库，该非肽主链具有对酶降解的抗性但仍然保持为生物活性的；见，例如，Zuckermann等，1994,J.Med.Chem.37:2678-85)；可空间定址的平行固相或液相文库；需要去卷积的合成文库方法；“一珠一化合物”文库方法；和采用亲和色谱选择的合成文库方法。生物学文库和类肽文库途径限于肽文库，而其他四个途径适用于肽、非肽低聚物或化合物的小分子文库(Lam,1997,Anticancer Drug Des.12:145)。
可以在现有技术中找到用于分子文库合成的方法的例子，例如：DeWitt等(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:6909；Erb等(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:11422；Zuckermann等(1994).J.Med.Chem.37:2678；Cho等(1993)Science 261:1303；Carrell等(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2059；Carell等(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2061；和Gallop等(1994)J.Med.Chem.37:1233。
化合物的文库可以存在于溶液中(例如，Houghten，1992,Biotechniques 13:412-421)或珠(Lam,1991,Nature 354:82-84)、芯片(Fodor,1993,Nature 364:555-556)、细菌和/或孢子(Ladner的5,223,409号美国专利)、质粒(Cull等1992,Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869)或噬菌体(Scott和Smith，1990,Science 249:386-390；Devlin,1990,Science249:404-406；Cwirla等，1990,Proc.Natl.Acad.Sci.87:6378-6382；Felici,1991,J.Mol.Biol.222:301-310；Ladner，同上)上。
本发明的筛选方法包括将细胞(例如，疾病细胞，特别是前列腺癌细胞)与测试化合物接触，并确定测试化合物调节细胞中细丝蛋白B、LY9或角蛋白19(任选地与PSA组合)的表达和/或活性的能力。细丝蛋白B、LY9或角蛋白19(任选地与PSA组合)的表达和/或活性可使用本领域中已知的任何方法如本文所述的那些测定。
在另一个实施方式中，本发明提供了用于筛选候选物或测试化合物的分析方法，其是本发明标志物或其生物活性部分的底物。在再另一实施方式中，本发明提供用于筛选候选物或测试化合物的分析方法，该候选物或测试化合物结合本发明的标志物或其生物活性部分。可以例如通过本领域中已知的任何方法完成测试化合物直接结合标志物的能力的测定。
本发明还涉及由上述筛选分析鉴别的新型药剂。因此，进一步在适当的动物模型中使用如本文所述的鉴别的试剂在本发明的范围之内。例如，可以在动物模型中使用如本文所述地鉴别的能够调节本发明标志物的表达和/或活性的试剂，以确定用该试剂进行治疗的疗效、毒性或副作用。或者，可以在动物模型中使用如本文所述被鉴别的试剂以确定这种试剂的作用机制。此外，本发明涉及通过如上所述的方法鉴别的新型药剂用于如上所述的治疗。
本发明进一步通过以下实施例说明，该实施例不应认为是限制。整个申请中引用的所有参考文献及公开的专利和专利申请的内容通过合并入本文。
本发明的示例：
本发明进一步通过以下实施例说明，该实施例不应认为是限制。整个申请中引用的所有参考文献、GenBank Accession和Gene号及公开的专利和专利申请的内容通过合并入本文。
实施例1–角蛋白和微管蛋白作为前列腺癌标志物的鉴别
细胞外角蛋白已知影响细胞增殖和上皮来源前列腺癌的转移。雄激素难治的前列腺癌在与正常组织相比时表现出差异的角蛋白8(K8)表达。角蛋白的调节和降解随之通过反应性氧物质(ROS)的线粒体产生介导。尽管具有这些进展，仍缺乏理解前列腺癌转移和增殖中角蛋白和其它EC蛋白质的理解的系统途径。公开于WO2012119129(通过引用合并到本文中)中和显示于图1中的基于探询式系统生物学的发现平台提供了前列腺癌细胞的行为中线粒体作用的理解的新的机械的深入认识。发现平台涉及跨系统层级(包括基于体外人细胞的模型和来自前列腺癌患者的人血清样品)的发现及下游数据整合和采用基于人工智能(AI)的信息学模块的数学建模。对于细胞模型，雄激素敏感的LnCAP细胞系和转移的雄激素难治的PC3细胞系用泛癸利酮(辅酶Q10)处理以参与线粒体机制。蛋白质组学印记使用2D LC-MSorbitrap技术捕获。总蛋白质印记输入到基于AI的信息学模块以生成因果蛋白质网络(图2)。特别地测量线粒体ROS、ATP和胱天蛋白酶3激活的湿式实验室分析确认这些标志物的细胞内水平的改变。观察到PC3细胞中通过泛癸利酮控制线粒体机制的诱导的几种新型蛋白质因果相互作用。因果蛋白质图谱揭示PC3模型而不是LnCAP中角蛋白8和15的相关性。角蛋白8/15相关性在用泛癸利酮处理时丧失，且角蛋白7和15的直接相关性确立(图3)。这些结果表明角蛋白7、8和15之间的相互作用的改变特别可用于证明受试者中对治疗的反应和前列腺癌状态的改变。此外，角蛋白8和15在雄激素难治的转移PC3细胞系和雄激素敏感的LnCAP细胞系中差异地关联。这表示角蛋白8和15可能可用于区分前列腺癌状态，例如雄激素敏感的和转移的，雄激素难治的前列腺癌。
角蛋白19表达与前列腺癌相关的提高使用来自患有前列腺癌的受试者的一组血清样品确认，如与适当匹配的对照群体对比。
因此对前列腺癌增殖和在调节转移中的线粒体作用的新的机械的深入认识用新型化学系统生物学途径获得。
本文中提供的结果证明角蛋白的调节和通过平台技术推导的雄激素难治的前列腺癌中的潜在因果相关性。这提供了通过平台技术解译的响应于线粒体功能调控的角蛋白调节的潜在机制。因此，癌症病理生理学的新的驱动子在患者血清样品中验证。
实施例2–细丝蛋白B作为前列腺癌标志物的鉴别
基于探询式系统生物学的发现平台用于获得理解前列腺癌细胞的行为中线粒体作用的机械的深入认识。WO2012119129中详细描述的平台技术涉及跨系统层级(包括基于体外人细胞的模型和来自前列腺癌患者的人血清样品)的发现及下游数据整合和采用基于人工智能(AI)的信息学模块的数学建模。
本文中提供的结果证明细丝蛋白B和LY9的调节和通过平台技术推导的雄激素难治的前列腺癌中的潜在因果相关性。本申请提供了通过平台技术解译的响应于线粒体功能调控的细丝蛋白B和LY9调节的潜在机制和提供了标志物在患者血清样品中的验证。
使用平台方法，人前列腺癌细胞PC3(雄激素不敏感的，转移的)和LnCap(雄激素敏感的)在癌症微环境中模拟，包括低氧和辅酶Q10的存在。正常细胞(人皮肤成纤维细胞(HDFa)和SV40转化的人肝细胞(THLE2))在以上提及的类似条件下模拟。细胞蛋白质和上清液中分泌的蛋白质的蛋白质组学通过LCMS完成。数据输入到Bayesian Network Inference(BNI)算法REFSTM中。
蛋白质之间的因果相关性通过BNI得到。采用差异网络分析以弄清楚与正常微环境中的正常细胞相比时前列腺癌中的活性中枢。细丝蛋白B鉴别为PC3中而不是LnCap和正常细胞中的差异活性中枢。即，细丝蛋白B发现为在雄激素敏感的LnCAP细胞系和转移的、雄激素难治的PC3细胞系之间不同。这表示细丝蛋白B可能可用于区分前列腺癌状态，例如雄激素敏感的和转移的，雄激素难治的前列腺癌。将细丝蛋白B置于相互作用中枢的中心的相互作用矩阵显示于图4中。LY9与细丝蛋白B的相互作用显示于图5中。
实施例3–细丝蛋白B作为人类样品中前列腺癌标志物的验证
虽然已经使用平台技术鉴别细丝蛋白B为前列腺癌标志物，来自正常受试者的患有前列腺癌的受试者的人血清样品用于确认细丝蛋白B作为前列腺癌标志物。
特别地，人血清样品从具有人血清来源的商业供应商获得。20个样品来自正常供体和20个样品来自诊断患有前列腺癌的患者。前列腺癌样品来自具有不同诊断和报告的癌症侵袭性的患者。受试者的临床特征提供在表中。
用于细丝蛋白B和PSA的商业可得的ELISA测试从商业来源获得。分析使用制造商的说明进行。分析的结果显示于图6中，结果显示具有前列腺癌诊断的患者中未患前列腺癌的对照受试者相比的FlnB和PSA的差异水平。
如所示的，细丝蛋白B和PSA两者的水平在来自诊断有前列腺癌的患者的血清样品中升高。血清样品中PSA和FlnB表达之间的相关性是0.20075，表明变量之间的相对低的相关性。这证明细丝蛋白B和PSA可用于检测不同受试者中的前列腺癌。这些结果证明细丝蛋白B可用于诊断前列腺癌，和细丝蛋白B可用于改善PSA对前列腺癌的检测。另外的样品可进行分析以进一步优化结果。
实施例4–使用LY9对患有前列腺癌的受试者分层
实施例4使用的相同人血清样品进一步测试以检测LY9的存在。用于LY9的商业可得的ELISA测试从商业来源获得。分析使用制造商的说明进行。分析的结果显示于图7中。结果显示具有前列腺癌诊断的患者中与未患前列腺癌的对照受试者相比的LY9的差异水平。如所示的，来自患有前列腺癌的受试者的样品发现具有与正常受试者相比的更高LY9水平。来自人血清中细丝蛋白B和LY9两者的表达水平分析的结果与表示为ng/ml蛋白质的结果显示于图8中。另外的样品可进行分析以进一步优化结果。
实施例5–细丝蛋白B水平的分析与单独的PSA相比改善前列腺癌的检测
虽然已经证明细丝蛋白B的水平在患有前列腺癌的受试者的血清中提高，结果与相同样品中PSA水平的研究结合以确定细丝蛋白B和PSA一起的预测值好于任一单独标志物。产生了PSA、细丝蛋白B及PSA和细丝蛋白B组合的灵敏度和假阳性率(FPR)的接受者工作特征(ROC)曲线分析。曲线和曲线下面积(AUC)值显示于图9A和B中。这一分析的目标是度量独立于特定截止值的测试的预测能力。当使用ROC分析时，提供正常和疾病状态之间的完美区分或精确度的测试具有AUC＝1，而没有提供好于随机机会的区分的非常差的测试具有AUC＝0.5。
如通过分析证明的，单独的细丝蛋白B进行得非常好且最重要地在一定程度上优于PSA。PSA报告为具有非常高的假阳性率，例如，约75％(如在Gilligan,The new data on prostate cancer screening:What should we do now？Cleveland Clin.J.Med.76:446-448,2009中报告的，通过引用合并在本文中)。即，它具有高灵敏度和低特异性。在呈现的特定研究中，FLNB的AUC低于PSA的AUC。但是，实施例3中确定的0.20075的相关性水平表明变量之间的相对低的相关性。也就是说，确认为具有升高的细丝蛋白B水平有受试者不必然具有高PSA水平，且相反的情况也是真实的，表明组合的标志物可以提供优于任一单独的标志物的预测测试。
这在ROC分析中确认。如所示的，PSA和细丝蛋白B的组合发现具有较高的AUC(其表明比PSA单独更好的测试的区分)和比任一单独标志物更高的预测性。PSA和细丝蛋白B的组合是非常好的且提供急剧提高的PSA测试特异性，其是该测试的主要问题。
实施例6–细丝蛋白B、LY9和PSA水平一起的分析与任何单独标志物相比改善前列腺癌的检测
虽然已经证明各细丝蛋白B、LY9和PSA在来自患有前列腺癌的受试者的血清样品中升高，进行了ROC曲线分析，使用线性评分函数单独地比较三个标志物中各标志物与所有三个标志物的组合和使用非线性评分函数针对所有三个标志物的组合比较细丝蛋白B和LY9的组合及细丝蛋白B和PSA的组合，从而确定哪些标志物组合对于受试者中前列腺癌的检测比各单一标志物更有效。如所显示的，所有三个标志物的组合比任何单独的标志物具有更高预测性(图10A)。细丝蛋白B与PSA的组合，及具有或没有LY9，比细丝蛋白B与LY的组合9具有更高预测性(图10B)。另外的样品可以分析以进一步优化结果。AUC结果总结于表中。
标志物 AUC
LY9 0.85
FLNB 0.78
PSA 0.87
LY9+FLNB+PSA 0.98
实施例7–使用角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的患有前列腺癌的受试者的分层
如分别在实施例3和4中证明的，细丝蛋白B水平和LY9水平可用于区分患有或未患前列腺癌的受试者。进一步，如实施例6和7中证明的，细丝蛋白B和PSA两者任选地进一步与LY9组合的分析比基于任一单独标志物的分析更灵敏。
一系列受试者样品从适宜的来源(例如，商业来源)获得，其中样品从患有不同阶段的前列腺癌(例如，侵袭性前列腺癌，雄激素敏感的，雄激素不敏感的，转移的)的受试者，或从未患前列腺癌的受试者(例如，具有正常前列腺的受试者或具有BPH的受试者)获得。样品分析角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平。标志物单独和各种组合的表达水平与疾病的存在或不存在相关及与前列腺癌的严重性相关。例如，角蛋白19、细丝蛋白B、LY9和PSA的一种或多种的表达水平与来自未患前列腺癌的受试者的正常样品相比的提高指示受试者中的前列腺癌。角蛋白7、8和15的表达水平也可以特别地用于患有前列腺癌的患者的分层。
实施例8–使用角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3监测前列腺癌治疗
在诊断患有前列腺癌时，邀请受试者参与试验。获得受试者样品(例如，血液)。定期地，在受试者的整个监测、观察等待或积极治疗(例如，化疗、放疗、外科手术、激素疗法)中，获得新的受试者样品。在研究结束时，所有受试者样品测试角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地进一步细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平。受试者样品与受试者的医学记录匹配以将标志物与诊断时的前列腺癌状态、疾病的进展率、受试者对一种或多种干预的反应和雄激素依赖性和非依赖性状态之间的转变相关。角蛋白19、细丝蛋白B、LY9和PSA的一种或多种的表达水平与来自未患前列腺癌的受试者的正常样品相比的提高指示受试者中的前列腺癌。角蛋白7、8和15的表达水平也可以特别地用于诊断和监测患有前列腺癌的受试者。
实施例9–使用角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3检测和监测前列腺癌
尽管存在其限制，包括仅25-40％的阳性预测值，PSA仍然是唯一的一般公认的前列腺癌生物标志物。而且，由于前列腺癌是老年男性中最常见的慢生长肿瘤，癌症的治疗可能不对受试者造成超过肿瘤本身的伤害。因此，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平的测试一起用于检测和监测前列腺癌。单独或各种组合的标志物的表达水平在检测中，包括在具有前列腺癌的提高的风险(例如，增加的年龄、家族史、人种等)的男性中的例行的预防性筛选方法中，或在经诊断患有前列腺癌的受试者在治疗前或治疗过程中的监测中可能可用于更好地鉴别需要进一步的潜在更具侵入性的诊断检验(例如，前列腺检查或活检、直肠指检)或更高侵袭性的治疗的受试者。标志物或其各种组合的表达水平的检测也可以指示在其它征兆或症状的改变之前对特定治疗方案的良好或不良反应，例如，对激素治疗的肿瘤反应的丧失。
在前列腺癌的例行筛选方法中，来自受试者的血清样品测试角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平。该水平与一种或多种适宜的对照相比，例如，其它正常受试者、患有前列腺癌的受试者。角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种中一种或多种的异常水平的检测表明受试者应当考虑进一步测试前列腺癌的存在。受试者中角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种的水平的改变可以与群体对照相比更多地指示前列腺癌状态的改变。
在对于患有前列腺癌但仍未对前列腺癌积极治疗(即，观察等待)的受试者确定治疗方案中，可以以规律的间隔测试以确定是否存在角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平的改变。角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的水平的调节表明受试者应当考虑进一步测试以监测前列腺癌且应当考虑更积极的治疗干预。
在进行前列腺癌治疗(例如，激素疗法、化疗、放疗、手术)的受试者中，在治疗开始前和在治疗过程中和/或之后进行测试以确定是否治疗导致角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3的至少一种，优选地角蛋白7、角蛋白15和角蛋白19的至少一种及任选地细丝蛋白B、LY9和PSA的至少一种的表达水平的降低。角蛋白19、细丝蛋白B、LY9或PSA的水平的降低指示对治疗的反应。角蛋白7、8和15的表达水平也可以特别地用于诊断和监测患有前列腺癌的受试者。
实施例10–使用细丝蛋白B、PSA或LY9的患有前列腺癌的患者的分层
分别如实施例3和4中证明的，细丝蛋白B水平和LY9水平可用于区分患有或未患前列腺癌的受试者。进一步，如实施例6和7中证明的，细丝蛋白B和PSA两者任选地进一步与LY9组合的分析比基于任一单独标志物的分析更灵敏。
一系列受试者样品从适宜的来源(例如，商业来源)获得，其中样品从患有不同阶段的前列腺癌(例如，侵袭性前列腺癌，雄激素敏感的，雄激素不敏感的，转移的)的受试者，或从未患前列腺癌的受试者(例如，具有正常前列腺的受试者或具有BPH的受试者)获得。样品分析细丝蛋白B和PSA的表达水平及任选地LY9的水平，且进一步与角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19。细丝蛋白B、LY9和PSA单独和任选地与其它标志物(例如，角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3，特别是角蛋白19)的各种组合的水平与疾病的存在或不存在相关及与前列腺癌的严重性相关。
实施例11–使用细丝蛋白B、PSA或LY9监测前列腺癌治疗
在诊断患有前列腺癌时，邀请受试者参与试验。获得受试者样品(例如，血液)。定期地，在受试者的整个监测、观察等待或积极治疗(例如，化疗、放疗、手术、激素疗法)中，获得新的受试者样品。在研究结束时，所有受试者样品测试细丝蛋白B、PSA的水平和任选地进一步与LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种组合。受试者样品与受试者的医学记录匹配以将细丝蛋白B、PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19或微管蛋白-β3水平(如果适宜)与诊断时的前列腺癌状态、疾病的进展率、受试者对一种或多种干预的反应及雄激素依赖性和非依赖性状态之间的转变相关联。
实施例12–使用细丝蛋白B、PSA或LY9检测和监测前列腺癌
尽管存在其限制，包括仅25-40％的阳性预测值，PSA仍然是唯一的一般公认的前列腺癌生物标志物。而且，由于前列腺癌是老年男性中最常见的慢生长肿瘤，癌症的治疗可能不对受试者造成超过肿瘤本身的伤害。如本文中证明的，在受试者中升高的细丝蛋白B和PSA水平与前列腺癌之间具有低相关性。此外，升高的LY9水平已证明与前列腺癌相关。因此，在具有前列腺癌的提高的风险(例如，增加的年龄、家族史、人种等)的男性中的检测(包括例行的预防性筛选方法)或在经诊断患有前列腺癌的受试者在治疗前或治疗过程中的监测中测试一起(特别地细丝蛋白B和PSA，任选地与LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19组合)可能可用于更好地鉴别需要进一步的潜在更具侵入性的诊断检验(例如，前列腺检查或活检、直肠指检)或更高侵袭性的治疗的受试者。细丝蛋白B、PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19的表达水平的检测也可以指示在其它征兆或症状的改变之前对特定治疗方案的良好或不良反应，例如，对激素治疗的肿瘤反应的丧失。
在前列腺癌的例行筛选方法中，来自受试者的血清样品测试细丝蛋白B和PSA两者及任选地LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19的表达水平。该水平与一种或多种适宜的对照相比，例如，其它正常受试者、患有前列腺癌的受试者。细丝蛋白B、PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19的异常水平的检测表明受试者应当考虑进一步测试前列腺癌的存在。受试者中细丝蛋白B的水平的改变任选地与PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19或微管蛋白-β3的一种或多种，特别是角蛋白19组合及PSA可以与群体对照相比更进一步指示前列腺癌状态的改变。
在对于患有前列腺癌但仍未对前列腺癌积极治疗(即，观察等待)的受试者确定治疗方案中，可以以规律的间隔测试以确定是否存在细丝蛋白B、PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的表达水平的改变。细丝蛋白B、PSA、角蛋白19或LY9的水平的提高表明受试者应当考虑进一步测试以监测前列腺癌且应当考虑更积极的治疗干预。
在进行前列腺癌治疗(例如，激素疗法、化疗、放疗、手术)的受试者中，在治疗开始前和在治疗过程中和/或之后进行测试以确定是否治疗导致细丝蛋白B、PSA、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种的表达水平的改变。细丝蛋白B、PSA、角蛋白19或LY9的水平的降低指示对治疗的反应。
等同
本领域技术人员将认识到或能够仅使用常规试验确定本文中描述的特定实施方式和方法的等同。这类等同意在被以下权利要求的范围涵盖。

Claims (89)

1.一种用于诊断受试者的异常前列腺状态的方法，包括：
(1)测定来自所述受试者的生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；和
(2)将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与正常对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的改变指示所述受试者中的异常前列腺状态。
2.权利要求1的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
3.权利要求1或2的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高指示所述受试者中的异常前列腺状态。
4.权利要求1或2的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测水平相对于所述正常对照样品没有提高指示所述受试者中的正常前列腺状态。
5.权利要求1-4任一项的方法，进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平。
6.权利要求5的方法，进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品中的PSA水平进行比较。
7.权利要求6的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中PSA的水平相对于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中的异常前列腺状态。
8.权利要求7的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高与所述生物样品中相比于所述正常对照样品中的PSA水平降低或正常的PSA水平结合指示所述受试者中的正常前列腺状态。
9.权利要求2-8任一项的方法，其中所述选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌标志物是：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
10.权利要求1-3、5-7和9任一项的方法，其中所述异常前列腺状态是前列腺癌。
11.权利要求10的方法，其中所述前列腺癌是雄激素依赖性前列腺癌。
12.权利要求10的方法，其中所述前列腺癌是非雄激素依赖性前列腺癌。
13.权利要求10的方法，其中所述前列腺癌是侵袭性前列腺癌.
14.权利要求10的方法，其中所述前列腺癌是非侵袭性前列腺癌。
15.权利要求1-3、5-7和9任一项的方法，其中所述异常前列腺状态是良性前列腺增生。
16.一种用于鉴别发生前列腺癌的风险提高的受试者的方法，该方法包括：
(1)测定来自所述受试者的生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；和
(2)将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与正常对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的改变指示所述受试者中发生前列腺癌的风险提高。
17.权利要求16的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
18.权利要求16或17的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高指示所述受试者中发生前列腺癌的风险提高。
19.权利要求16或17的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测水平相对于所述正常对照样品没有提高指示所述受试者中发生前列腺癌的风险没有提高。
20.权利要求16-19任一项的方法，进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平。
21.权利要求20的方法，进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品中的PSA水平进行比较。
22.权利要求21的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述正常对照样品的提高与所述生物样品中的PSA水平相对于所述正常对照样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中发生前列腺癌的风险提高。
23.权利要求21的方法，其中所述生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述正常对照样品没有提高与所述生物样品中相比于所述正常对照样品中的PSA水平降低或正常的PSA水平结合指示所述受试者中发生前列腺癌的风险没有提高。
24.权利要求17-23任一项的方法，其中所述选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的一种或多种前列腺癌相关标志物是：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
25.权利要求1或16的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。
26.权利要求1或16的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。
27.权利要求1或16的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7和角蛋白15。
28.权利要求25-27任一项的方法，进一步包括检测所述生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平。
29.权利要求28的方法，进一步包括将所述生物样品中的PSA水平与正常对照样品中的PSA水平进行比较。
30.前述权利要求任一项的方法，进一步包括将所述生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与选自以下的对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较：在比所述生物样品更早的时间点从相同受试者获得的样品、来自患有良性前列腺增生(BPH)的受试者的样品、来自患有非转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素不敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品和来自患有非侵袭性前列腺癌的受试者的样品。
31.权利要求1-15任一项的方法，进一步包括区分选自以下的两种前列腺癌状态：正常前列腺与前列腺癌、良性前列腺增生与前列腺癌、良性前列腺增生与正常前列腺、雄激素依赖性与非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌与非侵袭性前列腺癌、及转移性前列腺癌与非转移性前列腺癌。
32.权利要求1-3、5-7和9-15任一项的方法，进一步包括区分正常前列腺、前列腺癌、良性前列腺增生、雄激素依赖性前列腺癌、非雄激素依赖性前列腺癌、侵袭性前列腺癌、非侵袭性前列腺癌、转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌中的任何两种或更多种。
33.权利要求1-15任一项的方法，进一步包括检测所述受试者中前列腺肿瘤的大小。
34.前述权利要求任一项的方法，进一步包括从受试者获得样品。
35.权利要求1-15任一项的方法，其中所述方法进一步包括选择患有或疑似患有前列腺癌的受试者。
36.权利要求1-3、5-7和9-15任一项的方法，其中所述方法进一步包括基于所述一种或多种前列腺癌标志物的水平选择用于所述受试者的治疗方案。
37.权利要求1-3、5-7和9-15任一项的方法，其中所述方法进一步包括用包含选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗的治疗方案治疗所述受试者。
38.一种监测受试者中的前列腺癌的方法，所述方法包括：
(1)测定在第一时间从患有前列腺癌的受试者获得的第一生物样品中选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3的一种或多种前列腺癌相关标志物的水平；
(2)测定在第二时间从所述受试者获得的第二生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的表达水平，其中所述第二时间晚于所述第一时间；和
(3)将所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与所述第一样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较，其中所述第二样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相比于所述第一样品的改变指示所述受试者中前列腺癌状态的改变。
39.权利要求38的方法，其中所述受试者在获得所述第二样品之前进行积极治疗。
40.权利要求38的方法，其中所述受试者在获得所述第二样品之前不进行积极治疗。
41.权利要求38-40任一项的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
42.权利要求38-41任一项的方法，其中所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相比于所述第一生物样品的提高指示所述受试者中前列腺癌的进展。
43.权利要求38-41任一项的方法，其中所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相比于所述第一生物样品没有提高指示所述受试者中前列腺癌的非进展。
44.权利要求38-41任一项的方法，进一步包括测定所述第一生物样品和所述第二生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平。
45.权利要求44的方法，进一步包括将所述第二生物样品中的PSA水平与所述第一生物样品中的PSA水平进行比较。
46.权利要求45的方法，其中所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平相对于所述第一生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平的提高与所述第二生物样品中的PSA水平相对于所述第一生物样品中PSA水平的提高结合指示所述受试者中前列腺癌的进展。
47.权利要求45的方法，其中所述第二生物样品中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自的检测表达水平相对于所述第一生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平没有提高与所述第二生物样品中的PSA水平相对于所述第一生物样品中PSA水平的降低或相同结合指示所述受试者中前列腺癌的非进展。
48.权利要求38-47任一项的方法，其中选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的所述一种或多种前列腺癌标志物是：细丝蛋白B；LY9；角蛋白19；细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
49.权利要求38-40任一项的方法，其中所述一种或多种前列腺癌标志物选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。
50.权利要求38-40任一项的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。
51.权利要求38-40任一项的方法，其中所述一种或多种前列腺癌相关标志物选自角蛋白7和角蛋白15。
52.权利要求49-51任一项的方法，进一步包括检测所述第一生物样品和所述第二生物样品中前列腺特异性抗原(PSA)的水平。
53.权利要求52的方法，进一步包括将所述第二生物样品中的PSA水平与所述第一生物样品中的PSA水平进行比较。
54.权利要求38-53任一项的方法，进一步包括将所述第一生物样品或所述第二生物样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平与选自以下的对照样品中所述一种或多种前列腺癌相关标志物的水平进行比较：正常对照样品、来自患有良性前列腺增生(BPH)的受试者的样品、来自患有非转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有转移性前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素敏感的前列腺癌的受试者的样品、来自患有雄激素不敏感的前列腺癌的受试者的样品、自患有侵袭性前列腺癌的受试者的样品和来自患有非侵袭性前列腺癌的受试者的样品。
55.权利要求38-54任一项的方法，进一步包括检测所述受试者中前列腺肿瘤的大小。
56.权利要求38-54任一项的方法，进一步包括从受试者获得第一样品和第二样品。
57.权利要求42的方法，其中所述方法进一步包括基于所述受试者中前列腺癌的进展对于所述受试者选择和/或施用不同治疗方案。
58.权利要求43的方法，其中所述方法进一步包括基于所述受试者中前列腺癌的非进展对于所述受试者维持治疗方案。
59.权利要求57或58的方法，其中所述治疗方案包括选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗。
60.权利要求43的方法，其中所述方法进一步包括基于所述受试者中前列腺癌的非进展停止所述受试者中前列腺癌的积极治疗。
61.权利要求60的方法，其中所述积极治疗包括选自手术、放疗、激素疗法、抗体疗法、生长因子疗法、细胞因子疗法和化疗的一种或多种治疗。
62.一种用于检测一组前列腺癌相关标志物的方法，该方法包括：
(1)分析来自受试者的生物样品的一组前列腺癌相关标志物中两种或更多种前列腺癌相关标志物的水平，其中所述前列腺癌相关标志物组包括细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19和微管蛋白-β3；
(2)检测所述生物样品中所述两种或更多种前列腺癌特异性标志物中的各标志物，从而检测所述前列腺癌相关生物标志物组。
63.权利要求62的方法，其中所述前列腺癌相关标志物组包括细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
64.权利要求63的方法，其中所述前列腺癌相关标志物组中的所述两种或更多种前列腺癌相关标志物是：细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
65.权利要求62的方法，其中所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3。
66.权利要求62的方法，其中所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15。
67.权利要求62的方法，其中所述前列腺癌相关标志物组包括角蛋白7和角蛋白15。
68.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括分离所述生物样品的组分。
69.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括标记所述生物样品的组分。
70.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括处理所述生物样品。
71.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括将待检测的前列腺癌相关标志物与前列腺癌相关标志物结合剂接触。
72.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括形成待检测的前列腺癌相关标志物和前列腺癌相关标志物结合剂之间的复合物。
73.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括将所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自与前列腺癌相关标志物结合剂接触。
74.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品中一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括形成所述一种或多种前列腺癌相关标志物各自和前列腺癌相关标志物结合剂之间的复合物。
75.权利要求1-67任一项的方法，其中检测或测定生物样品一种或多种前列腺癌相关标志物的水平包括将待检测的前列腺癌相关标志物连接于固体表面。
76.用于检测方法中的试剂组合，所述组合包含至少两种检测试剂，其中各检测试剂对于一组前列腺癌相关标志物中的至少一种前列腺癌相关标志物的检测是特异性的，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括选自细丝蛋白B、LY9、角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3和PSA的两种或更多种前列腺癌相关标志物。
77.权利要求76的组合，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括选自细丝蛋白B、LY9和角蛋白19的两种或更多种前列腺癌相关标志物。
78.权利要求77的组合，其中所述两种或更多种前列腺癌相关标志物是：细丝蛋白B和LY9；细丝蛋白B和角蛋白19；LY9和角蛋白19；或细丝蛋白B、LY9和角蛋白19。
79.权利要求76的组合，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18和微管蛋白β-3的两种或更多种前列腺癌相关标志物。
80.权利要求76的组合，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括选自角蛋白7、角蛋白8和角蛋白15的两种或更多种前列腺癌相关标志物。
81.权利要求76的组合，其中所述前列腺癌特异性标志物组包括角蛋白7和角蛋白15。
82.权利要求77-81任一项的组合，其中所述前列腺癌特异性标志物组进一步包括PSA。
83.权利要求82的组合，其中所述试剂组合包括对于PSA的检测特异性的检测试剂。
84.权利要求76-83任一项的组合用于权利要求1-75任一项的方法中的用途。
85.一种用于异常前列腺状态的诊断、监测或表征的试剂盒，包括：
对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物的水平的检测特异性的至少一种试剂。
86.权利要求85的试剂盒，其中所述试剂盒进一步包括基于所检测的选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物的水平诊断、监测或表征异常前列腺状态的说明。
87.权利要求85或86的试剂盒，其中所述试剂盒进一步包括在其中所述选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、及微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物被检测的样品中检测PSA水平的说明。
88.权利要求85-87任一项的试剂盒，进一步包括对于PSA水平的检测特异性的至少一种试剂。
89.一种试剂盒，包括对于选自角蛋白4、角蛋白7、角蛋白8、角蛋白15、角蛋白18、角蛋白19、微管蛋白-β3、细丝蛋白B和LY9的至少一种前列腺癌相关标志物的水平的检测特异性的至少一种试剂及对于PSA水平的检测特异性的至少一种试剂。
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