ES2720763T3 - Uso de marcadores en el diagnóstico y tratamiento de cáncer de próstata - Google Patents

Uso de marcadores en el diagnóstico y tratamiento de cáncer de próstata Download PDF

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Abstract

Un método para diagnosticar el cáncer de próstata en un sujeto que comprende: (1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una muestra de suero del sujeto; y (2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra de suero con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un mayor nivel de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto.

Description

DESCRIPCIÓN
Uso de marcadores en el diagnóstico y tratamiento de cáncer de próstata
REFERENCIA CRUZADA A SOLICITUDES RELACIONADAS
Esta solicitud reivindica la prioridad a la solicitud provisional de Estados Unidos número 61/665201, presentada el 27 de junio de 2012; solicitud provisional de Estados Unidos número 61/672090, presentada el 16 de julio de 2012; solicitud provisional de Estados Unidos número 61/673094, presentada el 18 de junio de 2012; solicitud provisional de Estados Unidos número 61/702523, presentada el 18 de septiembre de 2012, solicitud provisional de Estados Unidos número de serie 61/718064, 61/718080, y 61/718081 presentada el 24 de octubre de 2012.
LISTADO DE SECUENCIAS
La presente solicitud contiene un listado de secuencias que ha sido presentado en formato ASCII a través de EFS-Web. Dicha copia ASCII, creada el 25 de junio de 2013, se denomina 119992-06620_SL.txt y tiene un tamaño de 461.537 bytes.
CAMPO DE LA INVENCIÓN
La invención se refiere al tratamiento, prevención, reducción, diagnóstico, seguimiento y pronóstico de estados anormales de la próstata, incluyendo hiperplasia prostática benigna y afecciones oncológicas, especialmente cáncer de próstata, en humanos utilizando filamina B, antígeno linfocito 9 (LY9), queratinas y tubulina, específicamente utilizando las queratinas 4, 7, 8, 15, 18, y 19 y tubulina beta-3, particularmente las queratinas 7, 15, o 19. La filamina B, el antígeno linfocito 9 (LY9), queratinas y tubulina además se pueden utilizar en conjunción con el antígeno prostático específico (PSA) para el tratamiento, prevención, reducción, diagnostico, seguimiento, y pronóstico de los estados anormales de la próstata, incluyendo la hiperplasia prostática benigna y afecciones oncológicas, especialmente el cáncer de próstata. La invención también se refiere a paneles y equipos para su uso en la puesta en práctica de los métodos de la invención.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN
Las enfermedades oncológicas, tales como el cáncer, actualmente son una de las principales causas de muerte en los países desarrollados y es una seria amenaza para la sociedad moderna. El cáncer se puede desarrollar en cualquier tejido de cualquier órgano a cualquier edad. En todo el mundo, más de 10 millones de personas son diagnosticadas con cáncer cada año y se estima que este número aumentará a 15 millones de nuevos casos cada año para el 2020. Se cree que el cáncer causa seis millones de muertes cada año o el 12% de las muertes en todo el mundo.
El cáncer de próstata es la forma de cáncer que se desarrolla en la próstata, una glándula en el sistema reproductor masculino. La mayoría de los cánceres de próstata son de lento crecimiento. Sin embargo, hay casos de cánceres de próstata agresivos. Las células cancerígenas pueden desarrollar metástasis desde la próstata a otras partes del cuerpo, particularmente en los huesos y nódulos linfáticos. El cáncer de próstata puede causar dolor, dificultad al orinar, problemas durante el coito, o disfunción eréctil. Otros síntomas se pueden desarrollar potencialmente durante las últimas etapas de la enfermedad.
Los índices de detección de los canceres de próstata varían ampliamente en todo el mundo, siendo los índices de detección en el sur y este de Asia más bajos que los de Europa, y, especialmente, que los de Estados Unidos. El cáncer de próstata tiende a desarrollarse en hombres de más de cincuenta años y, aunque es uno de los tipos más frecuentes de cáncer en los hombres, muchos nunca tienen síntomas o se someten a terapia para cáncer de próstata, y eventualmente mueren de otras causas. Además, el tratamiento para el cáncer de próstata puede dañar más al sujeto que el cáncer de próstata en sí mismo. La detección del antígeno prostático específico (PSA) ha llevado a un aumento significativo en el número de hombres diagnosticados con cáncer de próstata, con un incremento asociado de biopsias potencialmente innecesarias llevadas a cabo. A pesar de sus limitaciones, incluyendo un valor predictivo positivo de solamente un 25-40%, el PSA continúa siendo el único biomarcador generalmente aceptado para cáncer de próstata.
El cáncer de próstata es, en la mayoría de los casos, de lento crecimiento y asintomático. Además, puesto que los hombres con la condición son típicamente ancianos, con frecuencia los mismos mueren de causas no relacionadas con el cáncer de próstata, tales como una enfermedad del corazón/circulatoria, neumonía, otros canceres no relacionados, o vejez. Por otro lado, los canceres de próstata más agresivos son responsables de más muertes relacionadas con el cáncer entre los hombres en los Estados Unidos que cualquier otro cáncer excepto el cáncer de pulmón.
Aproximadamente dos tercios de los casos de cáncer de próstata son de lento crecimiento, mientras que otro tercio son más agresivos y de rápido desarrollo. Es importante ser capaz de distinguir entre las formas agresiva y no agresiva de la enfermedad, y, además, distinguir el cáncer de próstata de la hiperplasia prostática benigna (BPH). Las pruebas de diagnóstico comúnmente utilizadas, por ejemplo, para el antígeno prostático específico (PSA) no pueden distinguir entre cáncer de próstata y BPH.
El documento WO2012021969 se refiere a marcadores del tracto urogenital masculino.
El documento US2009215636 se refiere al diagnóstico de enfermedades y afecciones mediante el análisis de muestras biológicas procesadas histopatológicamente usando preparaciones de tejido líquidas.
Alaiya et al, 2011. Int J Oncol, 38, 1047-1057 se refiere a la firma basada en proteómica para la hiperplasia benigna de próstata humana y el adenocarcinoma de próstata.
El documento WO2008121307 se refiere a métodos y composiciones para identificar cáncer de próstata o una respuesta inmunitaria humoral contra cáncer de próstata.
El documento WO2004076614 se refiere a secuencias de ácido nucleico humanas obtenidas de carcinomas de próstata.
El documento WO2011149402 se refiere a biomarcadores de cáncer de próstata.
Higano et al, 2008, Cancer, 113(5), 975 - 984 se refiere al estudio del escalado de la dosis de fase 1/2 de una inmunoterapia celular alogénica, de secreción de GM-CSF para el cáncer de próstata metastásico refractario a la terapia hormonal.
Machado et al, 2005, Tumori, 91 (3), 248-252 se refiere a la expresión de la citoqueratina 19 mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en la sangre periférica de pacientes con cáncer de próstata. Panteleakou et al, 2009, Mol Med, 15(3-4), 101-104 se refiere a la detección de células tumorales circulantes en pacientes con cáncer de próstata: dificultades metodológicas y relevancia clínica.
El documento WO2007071947 se refiere a la prueba de diagnóstico del cáncer.
El documento US2011236903 se refiere a materiales y a métodos para determinar el diagnóstico y el pronóstico del cáncer de próstata.
RESUMEN DE LA INVENCIÓN
La presente invención se define por los siguientes puntos:
1. Un método para diagnosticar el cáncer de próstata en un sujeto que comprende:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una muestra de suero del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra de suero con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un mayor nivel de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto.
2. El método del punto 1, en donde ningún aumento en el nivel detectado de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de un estado de próstata normal en el sujeto.
3. El método del punto 1 o 2, que comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra de suero, que además comprende opcionalmente comparar el nivel de PSA en la muestra de suero con el nivel de PSA en una muestra de control normal.
4. El método de una cualquiera de los puntos 1-3, en donde el cáncer de próstata es cáncer de próstata dependiente de andrógenos, cáncer de próstata independiente de andrógenos, cáncer de próstata agresivo o cáncer de próstata no agresivo.
5. Un método para identificar a un sujeto que está en mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata, comprendiendo el método:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una muestra de suero del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra de suero con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un mayor nivel de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
6. El método del punto 5, que comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra de suero, que además comprende opcionalmente comparar el nivel de pSa en la muestra de suero con el nivel de PSA en una muestra de control normal.
7. El método de uno cualquiera de los puntos anteriores, en donde la muestra de control se selecciona del grupo que consiste en: una muestra obtenida del mismo sujeto en un punto de tiempo más temprano que la muestra de suero, una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH), una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata sensible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata insensible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata agresivo, y una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no agresivo.
8. El método de una cualquiera de los puntos 1-4, que además comprende diferenciar entre dos estados de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en: próstata normal y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y próstata normal, cáncer de próstata andrógeno dependiente y andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo, y cáncer de próstata metastásico y cáncer de próstata no metastásico.
9. El método de uno cualquiera de los puntos 1-4, en donde el método comprende además seleccionar un régimen de tratamiento para el sujeto basándose en el nivel del uno o más marcadores de cáncer de próstata, opcionalmente, en donde el régimen de tratamiento comprende uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, terapia con citoquinas y quimioterapia.
10. Un método para el seguimiento del cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo dicho método:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una primera muestra de suero obtenida en un primer momento de un sujeto que tiene cáncer de próstata; (2) determinar un nivel de expresión del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una segunda muestra de suero obtenida del sujeto en un segundo momento, en donde la segunda vez es posterior a la primera vez; y
(3) comparar el nivel del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra con el nivel del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, en donde un aumento en el nivel de queratina 19 en la segunda muestra en comparación con la primera muestra es indicativo de una progresión del cáncer de próstata en el sujeto.
11. El método del punto 10, en donde el sujeto se trata activamente para cáncer de próstata antes de obtener la segunda muestra.
12. El método del punto 10 u 11, que comprende además determinar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra de suero y la segunda muestra de suero, que, opcionalmente, comprende además comparar el nivel de PSA en la segunda muestra de suero con el nivel de PSA en la primera muestra de suero.
13. Un método para detectar un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, que comprende: (1) analizar una muestra de suero de un sujeto para determinar los niveles de dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, en donde el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden filamina B y queratina 19;
(2) detectar cada uno de los dos o más marcadores específicos de próstata en la muestra de suero, detectando de este modo el conjunto de biomarcadores relacionados con el cáncer de próstata.
14. Uso de un panel de reactivos para el diagnóstico de cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo dicho panel al menos un reactivo de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para la detección de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, y en donde el al menos un reactivo de detección comprende un reactivo de detección específico para la detección de queratina 19, y, opcionalmente, un reactivo de detección específico para la detección de PSA.
15. Uso de un equipo o kit para el diagnóstico o seguimiento del cáncer de próstata en un método de acuerdo con los puntos 1 -13, comprendiendo dicho equipo:
al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata, en donde al menos un reactivo de detección comprende un reactivo de detección específico para la detección de queratina 19, y, opcionalmente, un reactivo de detección específico para la detección de PSA.
16. Uso del equipo del punto 15, en donde el equipo comprende además instrucciones para el diagnóstico o seguimiento del cáncer de próstata basado en los niveles de queratina 19 detectados, y, opcionalmente, en donde el equipo comprende además instrucciones para el diagnóstico o seguimiento de cáncer de próstata basado en el nivel de PSA detectado.
17. El método de uno cualquiera de los puntos 1, 3, 4, 8 o 9, en donde el uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un nivel aumentado de filamina B en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto.
18. El método de uno cualquiera de los puntos 5-7, en donde el uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un nivel elevado de filamina B en la muestra de suero con respecto a la muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo en el sujeto de desarrollar cáncer de próstata.
19. El método de uno cualquiera de los puntos 10-12, en donde uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un aumento en el nivel de filamina B en la segunda muestra en comparación con la primera muestra es indicativo de una progresión del cáncer de próstata en el sujeto.
20. El método del punto 10, en donde el sujeto no ha sido tratado activamente para el cáncer de próstata antes de la obtención de la segunda muestra.
21. El uso del punto 14, en el que el panel de reactivos comprende además un reactivo de detección específico para la detección de Filamina B.
22. El uso del punto 15 o del punto 16, en el que el equipo comprende además un reactivo de detección específico para la detección de Filamina B.
La presente descripción describe el descubrimiento del solicitante de que las queratinas 4, 7, 8, 15, 18, y 19, tubulina-beta 3, filamina B (FLNB), y el antígeno linfocito 9 (LY9) se regulan de un modo diferente en las células con cáncer de próstata.
De acuerdo con esto, la descripción proporciona métodos para diagnosticar, supervisar (por ejemplo, del avance de la enfermedad o del tratamiento), pronosticar, tratar, aliviar síntomas de, inhibir el avance de, o prevenir, un estado de enfermedad oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata, en un mamífero. La invención proporciona además paneles y equipos para poner en práctica los métodos de la invención.
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para diagnosticar un estado anormal de la próstata en un sujeto que comprende:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3 en una muestra biológica del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica, con el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un nivel alterado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica, en relación a la muestra de control normal, es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionado del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización, ningún incremento en el nivel de expresión detectado de cada uno de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata, seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un estado normal de la próstata en el sujeto. En tales formas de realización, se pueden detectar niveles de uno, dos o la totalidad de los tres, de filamina B, LY9 y queratina 19. En los niveles de los marcadores detectados ninguno de los marcadores tenía niveles incrementados.
En ciertas formas de realización, el método comprende además detectar el nivel del antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica y preferiblemente comprende además comparar el nivel del PSA en la muestra biológica con el nivel del PSA en una muestra de control normal. En ciertas formas de realización, un incremento en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, tiene mayor valor predictivo del sujeto que tiene un estado anormal de la próstata, que el valor predictivo de un solo marcador únicamente. En ciertas formas de realización, ningún incremento en el nivel de expresión detectado de cada uno de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, tiene un mayor valor predictivo del sujeto que tiene un estado normal de la próstata que cualquier marcador individual únicamente.
En todos los métodos, equipos, y paneles de la descripción, uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 se entiende como cualquiera de filamina B, LY9; queratina 19; filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9 y queratina 19.
En la invención, el estado anormal de la próstata es el cáncer de próstata.
En la descripción, el cáncer de próstata es cáncer de próstata andrógeno-dependiente. En ciertas formas de realización de la invención, el cáncer de próstata es cáncer de próstata andrógeno-independiente. En ciertas formas de realización de la invención, el cáncer de próstata es cáncer de próstata agresivo. En ciertas formas de realización de la invención, el cáncer de próstata es un cáncer de próstata no agresivo.
En ciertas formas de realización de la invención, el estado anormal de la próstata es hiperplasia prostática benigna. En otro aspecto, la descripción proporciona un método para identificar un sujeto que está en mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata, el método comprende:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina-beta 3 en una muestra biológica del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica con el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un nivel alterado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización, uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, ningún incremento en el nivel de expresión detectado de cada uno de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, es indicativo de no haber mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización, el método comprende además detectar el nivel del antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica y preferiblemente comprende además comparar el nivel de PSA en la muestra biológica con el nivel de PSA en una muestra de control normal. En ciertas formas de realización, un incremento en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, tiene el mayor valor predictivo de un riesgo incrementado de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto, que un incremento solo en cualquiera de los marcadores individuales. En ciertas formas de realización, ningún incremento en el nivel de expresión detectado de cada uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en relación con la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, tiene mayor valor predictivo de no tener mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto que cualquier marcador individual solo.
En ejemplos de la descripción, uno o más marcadores del cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 es: filamina B; LY9; queratina 19; filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9 y queratina 19.
En ciertos ejemplos de los métodos de diagnóstico o pronóstico de la descripción, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3. En ciertos ejemplos, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 7, queratina 8 y queratina 15. En ciertos ejemplos, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 7 y queratina 15. En ciertos ejemplos, uno o más marcadores del cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 7, 15 y 19. En ciertas formas de realización, los métodos de diagnóstico y pronóstico de la invención comprenden además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica, y preferiblemente comprenden además comparar el nivel del PSA en la muestra biológica con un nivel de PSA en una muestra de control.
En ciertas formas de realización, la muestra de control del PSA es la misma muestra de control que para los otros marcadores relacionados con el cáncer de próstata de la invención. En ciertas formas de realización, la muestra de control del PSA es diferente a la de la muestra de control de los otros marcadores relacionados con el cáncer de próstata de la invención.
En ciertos ejemplos de los métodos de diagnóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de diagnóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de diagnóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un estado normal de la próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de diagnóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un estado normal de la próstata en el sujeto.
En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de no haber mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a una muestra de control normal es indicativo de no haber mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico de la invención, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, el método comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica, y preferiblemente comprende además comparar el nivel de PSA en la muestra biológica con el nivel de PSA en una muestra de control normal. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico de la invención, en donde uno o más marcadores relacionados con cáncer de próstata se seleccionan del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulinabeta 3, un incremento en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico de la invención, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, una disminución en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un estado anormal de la próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquier marcador individual solo. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico de la invención, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un estado normal de la próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico de la invención, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un estado normal de la próstata en el sujeto.
En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, el método comprende además detectar el nivel de antígeno prostético específico (PSA) en la muestra biológica, y preferiblemente comprende además comparar el nivel de PSA en la muestra biológica con el nivel de PSA en una muestra de control normal. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un incremento en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación al nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata del sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, una disminución en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un mayor riesgo del sujeto de desarrollar cáncer de próstata, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un riesgo disminuido o riesgo normal de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertos ejemplos de los métodos de pronóstico de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica en relación a la muestra de control normal, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la muestra biológica en comparación con el nivel de PSA en la muestra de control normal, es indicativo de un menor riesgo o riesgo normal de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronostico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de diagnóstico o pronóstico de la invención, el método puede comprender además comparar el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra biológica con el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control seleccionada del grupo que consiste en: una muestra obtenida del mismo sujeto en un instante más anterior al de la muestra biológica, una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH), una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no metastásico, una muestra de un sujeto con un cáncer de próstata metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata susceptible a los andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no susceptible a los andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata agresivo, y una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no agresivo. En tales formas de realización, la comparación con una o más muestras de control adicionales puede facilitar la diferenciación entre dos estados del cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en: próstata normal y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y próstata normal, cáncer de próstata andrógeno dependiente y andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo, y cáncer de próstata metastásico y cáncer de próstata no metastásico; o diferenciar entre cualquiera de dos o más de próstata normal, cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna, cáncer de próstata andrógeno dependiente, cáncer de próstata andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo, cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata metastásico, y cáncer de próstata no metastásico.
En ciertas formas de realización de la invención, cuando está presente un tumor, el método puede comprender además detectar el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y pronóstico de la invención, el método comprende además obtener una muestra de un sujeto.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y pronóstico de la invención, el método comprende además seleccionar un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de la invención, el método comprende además seleccionar un régimen de tratamiento para el sujeto en base al nivel de uno o más de los marcadores de cáncer de próstata. En ciertos ejemplos de la descripción, el método comprende además tratar al sujeto con un régimen de tratamiento basado en el nivel de uno o más de los marcadores de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, un régimen de tratamiento comprende uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, terapia con citoquinas, y quimioterapia.
En aún otro aspecto, la descripción proporciona métodos para el seguimiento del cáncer de próstata en un sujeto, el método comprende
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en una primera muestra biológica obtenida una primera vez de un sujeto que tiene cáncer de próstata;
(2) determinar el nivel de expresión de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una segunda muestra biológica obtenida del sujeto una segunda vez, en donde la segunda vez es después o posterior a, la primera vez; y
(3) comparar el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra con el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, en donde un cambio del nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en comparación con la primera muestra, es indicativo de un cambio en el estado cáncer de próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización, el sujeto se ha tratado activamente del cáncer de próstata antes de obtener la segunda muestra. Es decir, el sujeto ha estado recibiendo tratamiento activo contra el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, el sujeto no se ha tratado activamente contra el cáncer de próstata antes de obtener la segunda muestra. Es decir, se vigila la espera en observación del sujeto.
En ciertas formas de realización, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata, seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra biológica en comparación con la primera muestra biológica es indicativo del avance del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, ningún incremento en el nivel detectado de expresión de cada uno de los uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra biológica en comparación con la primera muestra biológica es indicativo de no haber avance del cáncer de próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización, los métodos comprenden además determinar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra biológica y la segunda muestra biológica y preferiblemente, comprende además comparar el nivel de PSA en la segunda muestra biológica con el nivel de PSA en la primera muestra biológica. En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra biológica en relación al nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra biológica, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la segunda muestra biológica en relación al nivel de PSA en la primera muestra biológica tiene mayor valor predictivo de avance del cáncer de próstata en el sujeto que cualquier marcador individual solo. En ciertas formas de realización, no hay un incremento en el nivel detectado de expresión de cada uno de los uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra biológica en relación al nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra biológica, en combinación con un nivel disminuido o igual de PSA en la segunda muestra biológica en relación al nivel de PSA en la primera muestra biológica tiene mayor valor predictivo de no avance del cáncer de próstata en el sujeto que cualquier marcador individual solo.
En ejemplos de la descripción, uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, y queratina 19 es: filamina B; LY9; queratina 19; filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9 y queratina 19.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, el uno o más marcadores de cáncer de próstata, se seleccionan del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina-beta 3. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, el uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata, se seleccionan del grupo que consiste en queratina 7, queratina 8 y queratina 15. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, el uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata, se seleccionan del grupo que consiste en queratina 7, queratina 15 y queratina 19. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, el uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata, se seleccionan del grupo que consiste en queratina 7 y queratina 15.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, los métodos comprenden además determinar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra biológica y la segunda muestra biológica, y preferiblemente comprende además comparar el nivel de PSA en la segunda muestra biológica con el nivel de PSA en la primera muestra biológica.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación a una primera muestra es indicativo del avance del tumor de la próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación con una primera muestra, es indicativo del avance del tumor de la próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda forma de realización en relación a una primera muestra, es indicativo de no haber avance del tumor de la próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel reducido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación con una primera muestra, es indicativo de no haber avance del tumor de la próstata en el sujeto.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, el método comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la segunda muestra, y preferiblemente comprende además comparar el nivel de PSA en la segunda muestra con el nivel de PSA en una primera muestra. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un incremento en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación a la primera muestra, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, es indicativo del avance del tumor de la próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en el grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, una disminución en el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación a la primera muestra, en combinación con un incremento en el nivel de PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, es indicativo del avance del tumor de la próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en el grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel disminuido o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación a la primera muestra, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, es indicativo de no haber avance del tumor de la próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, en donde uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, un nivel incrementado o normal de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra en relación con la primera muestra, en combinación con un nivel disminuido o normal de PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, es indicativo de no haber avance del tumor de la próstata en el sujeto, en donde el método tiene mayor valor de diagnóstico o pronóstico que el valor de cualquiera de los marcadores individuales solos.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, los métodos comprenden además comparar el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra biológica o la segunda muestra biológica, con el nivel de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control seleccionada del grupo que consiste en: una muestra de control normal, una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH), una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata susceptible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no susceptible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata agresivo, y una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no agresivo.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, los métodos comprenden además detectar el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento de la invención, los métodos comprenden además obtener una primera muestra y una segunda muestra del sujeto.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, los métodos comprenden además seleccionar y/o administrar un régimen de tratamiento diferente al sujeto en base al avance del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, los métodos comprenden además mantener un régimen de tratamiento en el sujeto en base al hecho de no haber avance del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, los regímenes de tratamiento comprenden uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en: cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, terapia con citoquinas, y quimioterapia.
En ciertos ejemplos de los métodos de seguimiento de la descripción, los métodos comprenden además retener un tratamiento activo del cáncer de próstata en el sujeto en base al no avance del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, el tratamiento activo es uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en: cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, terapia con citoquinas, y quimioterapia.
No obstante, en otro aspecto, la descripción proporciona métodos para detectar un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, el método comprende:
(1) analizar un nivel de dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata de una muestra biológica de un sujeto, de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, en donde el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(2) detectar cada uno de los dos o más marcadores específicos de la próstata en la muestra biológica, detectando así el conjunto de biomarcadores relacionados con el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, los dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son: filamina B y LY9, filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende queratina 7, queratina 8 y queratina 15. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende queratina 7, queratina 15 y queratina 19. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende queratina 7 y queratina 15.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende aislar un componente de la muestra biológica.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende etiquetar un componente de la muestra biológica.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende procesar la muestra biológica.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende poner en contacto un marcador relacionado con el cáncer de próstata a detectar con un agente de enlace del marcador relacionado con el cáncer de próstata.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende formar un complejo entre un marcador relacionado con el cáncer de próstata a detectar y un agente de enlace del marcador relacionado con el cáncer de próstata.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende poner en contacto cada uno más de uno de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata con un agente de enlace del marcador relacionado con el cáncer de próstata.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende formar un complejo entre cada uno de uno o más de los marcadores relacionados con el cáncer de próstata y un marcador relacionado con el cáncer de próstata.
En varias formas de realización de cualquiera de los métodos de la invención, la etapa de detectar o determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra biológica comprende anexar un marcador relacionado con el cáncer de próstata a detectar a una superficie sólida.
En otro aspecto más, la invención proporciona un panel de reactivos para ser utilizados en un método de detección, el panel comprende al menos dos reactivos de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para la detección de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, en donde el conjunto de marcadores específicos del cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3 y PSA. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores específicos de cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19. En ciertas formas de realización, los dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son: filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9 y queratina 19.
En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores específicos del cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores específicos del cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 7, queratina 8 y queratina 15. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores específicos del cáncer de próstata comprende queratina 7 y queratina 15. En ciertas formas de realización, el conjunto de marcadores específicos del cáncer de próstata comprende además PSA. En ciertas formas de realización, el panel de reactivos comprende un reactivo de detección específico para la detección de PSA.
En aún otro aspecto, la descripción proporciona el uso de cualquiera de los paneles precedentes de la invención en cualquiera de los métodos proporcionados por la invención.
No obstante, en otro aspecto, la descripción proporciona un equipo para el diagnóstico, supervisión o caracterización de un estado anormal de la próstata, que comprende: al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, filamina B y LY9.
En ciertas formas de realización, el equipo comprende además instrucciones para el diagnóstico, supervisión o caracterización de un estado anormal de la próstata en base al nivel de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina beta-3, filamina B y LY9 detectados.
En ciertas formas de realización, el equipo comprende además instrucciones para detectar el nivel de PSA en una muestra en la cual se detecta al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, filamina B, y LY9.
En ciertas formas de realización, el equipo comprende además al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de PSA.
En una forma de realización, el equipo comprende además al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B, y LY9 y al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de PSA.
Además, la descripción provee métodos para diagnosticar cáncer de próstata que comprenden determinar un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 7, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB), y antígeno linfocito 9 (LY9) en una muestra biológica obtenida de un sujeto; y comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de los correspondientes uno o más marcadores en una muestra de control, en donde una modulación en el nivel de expresión de uno o más marcadores en la muestra biológica es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, un incremento en el nivel de expresión de filamina B (FLNB), antígeno linfocito 9 (LY9), o queratina 19 en la muestra biológica en comparación con una muestra de control normal es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata.
La descripción proporciona además métodos para pronosticar si un sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata, el método comprende determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), presentes en una muestra biológica obtenida del sujeto; y comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores presentes en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de los correspondientes marcadores en una muestra de control, en donde una modulación en el nivel de expresión de uno o más marcadores en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión del correspondiente marcador en una muestra de control, es una indicación de que el sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, un incremento en el nivel de expresión de la filamina B (FLNB), antígeno linfocito 9 (LY9) o queratina 19 en la muestra biológica en comparación con una muestra de control normal, es una indicación de que el sujeto tiene predisposición al cáncer de próstata.
La descripción proporciona además métodos para la supervisión del tratamiento de cáncer de próstata en un sujeto, los métodos que comprenden determinar un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), presentes en una primera muestra obtenida del sujeto antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto; determinar un nivel de expresión de uno o más marcadores correspondientes en una segunda muestra obtenida del sujeto después de la administración de al menos una parte del régimen de tratamiento al sujeto; y comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores en la primera muestra con el nivel de expresión de uno o más marcadores correspondientes en la segunda muestra, en donde una modulación en el nivel de expresión de uno o más en la segunda muestra en comparación con uno o más marcadores en la primera muestra es una indicación de una modulación en el estado del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, una disminución en el nivel de expresión de filamina B (FLNB), antígeno linfocito 9 (LY9) o queratina 19 en la muestra biológica, en comparación con la muestra de control, es una indicación de que el sujeto está respondiendo al tratamiento para el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), incluyen además la detección del antígeno prostático específico (PSA) para el diagnóstico, pronóstico y seguimiento del tratamiento del cáncer de próstata.
La descripción también proporciona métodos para diagnosticar cáncer de próstata que comprende determinar un nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en una muestra biológica obtenida de un sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en una muestra de control, en donde una modulación en el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la muestra biológica, en comparación con la muestra de control, es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para pronosticar si un sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata, el método comprende determinar el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15, presente en una muestra biológica obtenida del sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15, presente en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en una muestra de control, en donde una modulación en el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en una muestra de control, es una indicación de que el sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para el seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata en un sujeto, los métodos comprenden determinar un nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15, presente en una primera muestra obtenida del sujeto antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto; determinar un nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en una segunda muestra obtenida del sujeto después de la administración de al menos una parte del régimen de tratamiento al sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la primera muestra con el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la segunda muestra, en donde una modulación en el nivel de expresión de la queratina 7 o queratina 15 en la segunda muestra en comparación con la queratina 7 o queratina 15 en la primera muestra es una indicación de que la terapia está modulando el cáncer de próstata en el sujeto.
La descripción también proporciona métodos para diagnosticar cáncer de próstata que comprenden determinar un nivel de expresión de la queratina 19 en una muestra biológica obtenida de un sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 19 en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 19 en una muestra de control, en donde un incremento en el nivel de expresión de la queratina 19 en la muestra biológica en comparación con una muestra de control normal es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para pronosticar si un sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata, el método comprende determinar el nivel de expresión de la queratina 19 presente en una muestra biológica obtenida del sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 19 presente en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 19 en una muestra de control, en donde una modulación en el nivel de expresión de la queratina 19 en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 19 en una muestra de control normal es una indicación de que el sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para el seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata en un sujeto, los métodos comprenden determinar un nivel de expresión de la queratina 19 presente en una primera muestra obtenida del sujeto antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto; determinar un nivel de expresión de la queratina 19 en una segunda muestra obtenida del sujeto después de la administración de al menos una parte del régimen de tratamiento al sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 19 en la primera muestra con el nivel de expresión de la queratina 19 en la segunda muestra, en donde una disminución en el nivel de expresión de la queratina 19 en la segunda muestra en comparación con la queratina 19 en la primera muestra es una indicación de que el sujeto está respondiendo al tratamiento contra el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de filamina B para el diagnóstico, pronóstico y seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento de cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de LY9 para el diagnóstico, pronóstico y seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento de cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de PSA para el diagnóstico, pronóstico y seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de filamina B para el diagnóstico, pronóstico y seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de queratina 4 para el diagnóstico, pronóstico o seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de queratina 8 para el diagnóstico, pronóstico o seguimiento el tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15 o 19 incluyen además la detección de queratina 18 para el diagnóstico, pronóstico o seguimiento el tratamiento de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de queratina 7, 15, o 19 incluyen además la detección de tubulina beta-3 para el diagnóstico, pronóstico o seguimiento el tratamiento de cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 7. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 15. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 19. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 7 y 15. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 7 y 19. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 15 y 19. En ciertas formas de realización, la queratina 7, 15 o 19 es queratina 7, 15, y 19.
En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es filamina B. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es LY9. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es queratina 19. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es filamina B y LY9. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es filamina B y queratina 19. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o la queratina 19 es LY9, y queratina 19. En ciertas formas de realización, la filamina B, LY9 o queratina 19 es filamina B, LY9 y queratina 19.
En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto normal o tejido normal. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra del mismo sujeto desde un instante más anterior al de la muestra biológica. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH).
En ciertas formas de realización, el diagnóstico incluye diferenciar entre próstata normal y cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, el diagnóstico incluye diferenciar entre hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para caracterizar el estado del cáncer de próstata en un sujeto, el método comprende determinar el nivel de expresión de uno o más (1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9) presentes en una muestra biológica obtenida del sujeto; y comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores presentes en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de uno o más marcadores en una muestra de control, en donde el nivel de expresión de uno o más marcadores en la muestra biológica obtenida del sujeto en comparación con el nivel de expresión del correspondiente marcadores en una muestra de control es una indicación del estado del cáncer de próstata en el sujeto.
La descripción proporciona métodos para caracterizar el estado del cáncer de próstata en un sujeto, el método comprende determinar el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 presentes en una muestra biológica obtenida del sujeto; y comparar el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 presentes en la muestra biológica obtenida del sujeto con el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 en una muestra de control, en donde el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 en la muestra biológica obtenida del sujeto en comparación con el nivel de expresión de queratina 7, 15 o 19 en una muestra de control es una indicación del estado del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización, los métodos comprenden además la detección del nivel de expresión del antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica en la cual el nivel de expresión de filamina B o LY9 es detectado en los métodos de caracterización del cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, el método incluye además comparar el nivel de expresión del PSA en la muestra biológica con el nivel de PSA en una muestra de control. En ciertas formas de realización, los resultados de la detección del nivel de expresión del PSA se utilizan en conjunción con los resultados de la detección del nivel de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en los métodos de caracterización del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto normal o tejido normal. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra del mismo sujeto de un instante anterior al de la muestra biológica. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH). En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con cáncer de próstata andrógeno dependiente. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con cáncer de próstata andrógeno independiente. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con un cáncer de próstata agresivo. En ciertas formas de realización, la muestra de control es una muestra de un sujeto con un cáncer de próstata no agresivo.
En ciertas formas de realización, la caracterización incluye diferenciar entre próstata normal y cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye diferenciar entre hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye diferenciar entre cáncer de próstata susceptible a andrógenos y no susceptible a andrógenos. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye diferenciar entre cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye diferenciar entre cualquiera de dos o más de próstata normal, cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna, cáncer de próstata susceptible a andrógenos, cáncer de próstata no susceptible a andrógenos, cáncer de próstata agresivo, cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata metastásico y cáncer de próstata no metastásico. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye detectar un cambio en el estado del cáncer de próstata andrógeno independiente respecto al cáncer de próstata andrógeno dependiente. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye detectar un cambio en el estado del cáncer de próstata andrógeno independiente respecto al cáncer de próstata andrógeno dependiente en respuesta anterior de un cambio en respuesta al tratamiento. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye detectar un cambio en el tamaño o agresividad relativa del cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, la caracterización incluye detectar un cambio del cáncer de próstata no metastásico a metastásico.
En ciertas formas de realización de la invención, un incremento en el nivel de expresión de la queratina 19 es una indicación de la patología incrementada de cáncer de próstata o probabilidad incrementada de desarrollar cáncer de próstata. En ciertas formas de realización de la invención, una disminución en el nivel de expresión de queratina 19 es una indicación de la patología disminuida de cáncer de próstata o probabilidad reducida de desarrollar cáncer de próstata. En ciertas formas de realización de la invención, la falta de un cambio significativo en el nivel de expresión de la queratina 19 es una indicación de no haber un cambio significativo en el estado del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de la invención, un incremento en el nivel de expresión de filamina B o LY9 es una indicación de la patología incrementada del cáncer de próstata o probabilidad incrementada de desarrollar cáncer de próstata. En ciertas formas de realización de la invención, una disminución en el nivel de expresión de filamina B o LY9 es una indicación de la patología disminuida de cáncer de próstata o probabilidad reducida de desarrollar cáncer de próstata. En ciertas formas de realización de la invención, la falta de un cambio significativo en el nivel de expresión de la filamina B o LY9 es una indicación de no haber un cambio significativo en el estado del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, los métodos de la invención comprenden además obtener una muestra biológica de un sujeto.
En ciertas formas de realización, los métodos de la invención comprenden además seleccionar un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, los métodos de la invención comprenden además la selección de un régimen para el tratamiento del sujeto que incluye uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, citoquinas y quimioterapia.
En ciertas formas de realización, el método comprende además la selección de uno o más regímenes de tratamiento específicos para el sujeto en base a los resultados de los métodos.
En ciertas formas de realización, el método comprende además cambiar el régimen de tratamiento del sujeto en base a los resultados de los métodos.
En ciertas formas de realización, el método comprende además un cambio en la terapia a base de hormonas con base en el seguimiento del sujeto en base a los resultados de los métodos.
En ciertas formas de realización, el método comprende además no tratar el sujeto con uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, citoquinas o quimioterapia durante un intervalo previo a la forma de realización de un subsecuente método de diagnóstico, pronóstico o seguimiento provisto en la presente.
La descripción proporciona métodos para tratar a un sujeto con cáncer de próstata al determinar el nivel de expresión de uno o más marcadores (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), presentes en una primera muestra obtenida del sujeto que tiene cáncer de próstata; determinar un nivel de expresión de uno o más marcadores en una segunda muestra obtenida del sujeto después de la administración de al menos una parte de un tratamiento para cáncer de próstata; comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores en la primera muestra con el nivel de expresión de uno o más marcadores en la segunda muestra, en donde un nivel de expresión modulado de uno o más marcadores en la segunda muestra en comparación con uno o más marcadores en la primera muestra es una indicación de que el sujeto es una indicación de la modulación del cáncer de próstata en el sujeto; y seleccionar un tratamiento para el sujeto en base al nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9). Por ejemplo, una disminución en el nivel de filamina B, LY9 o queratina 19 es una indicación de que el sujeto está respondiendo al tratamiento. Un incremento en el nivel de filamina B, LY9 o queratina 19 es una indicación de que el sujeto no está respondiendo al tratamiento.
Cuando se utiliza en la presente, modulación se entiende como un cambio en un nivel de expresión de un marcador, en particular un cambio estadísticamente significativo en un nivel de expresión de un marcador en comparación con un control apropiado. El significado de un incremento o una disminución en un nivel de expresión del marcador en comparación con un control depende, al menos, de la identidad específica del marcador y el control utilizados. Tales consideraciones son bien entendidas por aquellos expertos en la materia. El significado de la modulación en el(los) nivel(es) de expresión de los marcadores se pueden determinar en base a las enseñanzas provistas en la presente.
En ciertas formas de realización, el método de tratamiento comprende además determinar un nivel de expresión del PSA en una primera muestra y determinar un nivel de expresión del PSA en la segunda muestra. En ciertas formas de realización, el tratamiento del sujeto se mantiene después de la detección de una disminución en el nivel de expresión de al menos uno de filamina B, LY9 queratina 19, o PSA en la segunda muestra, que indica que el sujeto respondió al tratamiento. En ciertas formas de realización, el tratamiento del sujeto se interrumpe después de la detección de una disminución en el nivel de expresión de al menos uno de filamina B, LY9, queratina 19 o PSA en la segunda muestra, que indica que la enfermedad ya no está presente o se ha minimizado de tal forma que ya no requiere el tratamiento. En ciertas formas de realización, un nuevo tratamiento del sujeto se inicia después de la detección de una disminución en el nivel de expresión de al menos uno de filamina B, lY9, queratina 19 o PSA en la segunda muestra, por ejemplo, extirpación después del encogimiento del tumor. En ciertas formas de realización, el tratamiento del sujeto se interrumpe después de la detección de un incremento en el nivel de expresión de al menos uno de filamina B, LY9, queratina 19 o PSA en la segunda muestra, la indicación de una falta de respuesta o supresión de respuesta al tratamiento. En ciertas formas de realización, un nuevo tratamiento del sujeto se inicia después de la detección de un incremento en el nivel de expresión de al menos uno de filamina B, LY9, queratina 19 o PSA en la segunda muestra, por ejemplo, debido a la falta de respuesta o supresión de respuesta al tratamiento. Un experto en la materia puede elegir métodos de tratamiento apropiados para un sujeto en base, al menos en parte, a su respuesta, o no respuesta, a tratamientos que se utilizan según se determina por el nivel de expresión de los marcadores.
La descripción proporciona un método para seleccionar un sujeto con cáncer de próstata para la administración de un tratamiento activo, en lugar de una espera en observación, determinando un nivel de expresión de filamina B, LY9 o queratina 19, presentes en una primera muestra obtenida del sujeto que tiene cáncer de próstata en donde el sujeto no ha sido tratado activamente contra el cáncer de próstata; determinar un nivel de expresión de la filamina B, LY9 o queratina 19 en una segunda muestra obtenida del sujeto; comparar el nivel de expresión de filamina B, LY9 o queratina 19 en la primera muestra obtenida en un instante inicial con el nivel de expresión de filamina B, LY9 o queratina 19 en la segunda muestra; en donde un nivel de expresión disminuido de filamina B, LY9 o queratina 19 en la segunda muestra en comparación con la filamina B, LY9 o queratina 19 en la primera muestra es una indicación de que no deberá administrarse al sujeto un tratamiento activo contra el cáncer de próstata; y decidir en contra del tratamiento activo para el cáncer de próstata de un sujeto.
La descripción también proporciona métodos para seleccionar un sujeto con cáncer de próstata para su administración de tratamiento activo, determinando un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), presentes en una primera muestra obtenida del sujeto que tiene cáncer de próstata, en donde el sujeto no ha sido tratado activamente contra el cáncer de próstata; determinar un nivel de expresión de uno o más marcadores correspondientes en una segunda muestra obtenida del sujeto; comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores en la primera muestra obtenida en un instante inicial con el nivel de expresión de uno o más marcadores en la segunda muestra; en donde un nivel de expresión modulado de uno o más marcadores en la segunda muestra, en comparación con uno o más marcadores en la primera muestra, se considera para determinar si un sujeto deberá ser tratado activamente contra cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, el tratamiento activo del sujeto contra cáncer de próstata comprende tratar al sujeto con una o más terapias tales como terapia hormonal, quimioterapia, radioterapia y cirugía.
En ciertas formas de realización, los métodos de selección de sujeto comprenden además determinar un nivel de expresión del PSA en la primera muestra y determinar un nivel de expresión del PSA en la segunda muestra. En ciertas formas de realización, un nivel de expresión disminuido del PSA en la segunda muestra, en comparación con el nivel de expresión del PSA en la primera muestra, es una indicación de que no deberá administrarse al sujeto un tratamiento activo contra el cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, un nivel de expresión incrementado del PSA en la segunda muestra, en comparación con el nivel de expresión del PSA en la primera muestra, es una indicación de que se deberá administrar al sujeto el tratamiento contra el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la filamina B o LY9 se entiende como la filamina B y LY9. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la filamina B o LY9 se entiende como la filamina B. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la filamina B o LY9 se entiende como LY9.
En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 7. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 15. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 19. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 7 y 15. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 15 y 19. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 7 y 19. En ciertas formas de realización de cualquiera de los métodos proporcionados en la presente, la queratina 7, 15 o 19 se entiende como la queratina 7, 15 y 19.
En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 4. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 7. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 8. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 15. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 18. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la queratina 19. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la tubulina beta-3. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen la filamina B. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen LY9. En ciertas formas de realización, uno o más marcadores seleccionados de cualquier grupo provisto en la presente, no incluyen PSA.
En ciertas formas de realización, de cualquier de los métodos proporcionados en la presente, los métodos comprenden además obtener una muestra biológica del sujeto.
La descripción proporciona métodos para identificar un compuesto para tratar el cáncer de próstata que comprende obtener una célula de prueba; poner en contacto la célula de prueba con un compuesto de prueba; determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), en la célula de prueba; comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores en la célula de prueba con una célula de control no contactada por el compuesto de prueba; y seleccionar un compuesto de prueba que modula el nivel de expresión de uno o más marcadores en la célula de prueba, identificando así un compuesto para tratar una enfermedad en un sujeto. En ciertas formas de realización, los métodos incluyen además identificar un compuesto que modula el nivel de expresión del PSA.
La descripción proporciona métodos para identificar un compuesto para tratar la célula de prueba que comprende obtener una célula de prueba; determinar el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 en la célula de prueba; comparar el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 en la célula de prueba con una célula de control no contactada por el compuesto de prueba; y seleccionar un compuesto de prueba que modula el nivel de expresión de la queratina 7, 15 o 19 en la célula de prueba; identificando así un compuesto para tratar una afección en un sujeto. La descripción proporciona métodos para identificar un compuesto para tratar el cáncer de próstata que comprende obtener una célula de prueba; poner en contacto la célula de prueba con un compuesto de prueba; determinar el nivel de expresión de la filamina B o LY9 en la célula de prueba; comparar el nivel de expresión de la filamina B o LY9 en la célula de prueba con una célula de control no contactada por el compuesto de prueba; y seleccionar un compuesto de prueba que modula el nivel de expresión de filamina B o LY9 en la célula de prueba, identificando así un compuesto para tratar una afección en un sujeto.
En ciertas formas de realización, los métodos para identificar un compuesto para tratar el cáncer de próstata incluyen además identificar un compuesto que modula el nivel de expresión del PSA.
En ciertas formas de realización, la célula de prueba se pone en contacto con el agente in vitro.
En ciertas formas de realización, la célula de prueba se pone en contacto con el agente in vivo. En ciertas formas de realización, la célula de prueba está presente en un modelo xenogénico de cáncer. En ciertas formas de realización, la célula de prueba está presente en un modelo animal de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), se detecta en la célula de prueba mediante la detección del nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), en una muestra biológica en el organismo que contiene la célula de prueba.
La descripción proporciona equipos para el diagnóstico, seguimiento o caracterización del cáncer de próstata que comprende al menos un reactivo específico para la detección del nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9) en una muestra.
En ciertas formas de realización, el equipo o kit comprende además instrucciones para el diagnóstico, seguimiento o caracterización de cáncer de próstata en base al nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9). En ciertas formas de realización, el equipo incluye instrucciones para detectar el nivel de expresión del PSA en la misma muestra en la cual se detecta el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9). En ciertas formas de realización, el equipo incluye al menos un reactivo específico para la detección del nivel de expresión del PSA. En ciertas formas de realización, los equipos incluyen al menos un anticuerpo o ácido nucleico que se una a f uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9) para usarse en los métodos proporcionados en la presente. En ciertas formas de realización, el equipo incluye al menos un anticuerpo o ácido nucleico para unirse a la queratina 7 y un anticuerpo o ácido nucleico para unirse a la queratina 15. En ciertas formas de realización, el equipo incluye además al menos un anticuerpo o ácido nucleico para unirse al PSA para usarse en los métodos proporcionados en la presente. Los equipos pueden proporcionar además instrucciones para poner en práctica los métodos proporcionados en la presente.
Cuando sea aplicable o no específicamente renunciado, se contempla que cualquiera de las formas de realización descritas en la presente descripción se puede combinar con cualesquiera otra u otras formas de realización, incluso aunque las formas de realización se describan bajo diferentes aspectos de la invención.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
Figura 1: Esquema que representa los principios subyacentes de la Tecnología de Plataforma Interrogativa provista en WO 2012119129.
Figura 2A-2B: Asociaciones causales de Queratinas, que incluyen KRT8, KRT18 (A) y KRT19 (B) en células de cáncer de próstata humanas como son inferidas por la Tecnología de Plataforma Interrogativa.
Figuras 3A-1 a 3C: Perspectiva mecanicista en la regulación de las queratinas por medio de la función mitocondrial inferida por la Tecnología de Plataforma Interrogativa. (A) La asociación KRT8-KRT15 es suprimida después del tratamiento con ubidecaronona. Observar el cambio de dirección de la flecha entre y en las posiciones de KRT7 y KRT15 antes del tratamiento (A-1) y después del tratamiento (A-2). La tubulina beta-3 interactúa con una serie de proteínas. (C) Niveles de expresión de la queratina 19 en muestras biológicas de sujetos con cáncer de próstata o muestras de control.
Figura 4: Inferencia de la filamina B (FLNB) como un núcleo de actividad en el cáncer de próstata y como un biomarcador utilizando la Tecnología de Plataforma Interrogativa provista en WO 2012119129.
Figura 5: Porción de un mapa de inferencia que muestra que la filamina B está conectada directamente a LY9, el cual, a su vez, está conectado al menos a otro marcador.
Figura 6: Validación de los niveles de filamina B en muestras de suero humano. Los niveles de filamina B y PSA fueron elevados en las muestras de cáncer de próstata en comparación con el suero normal. Los datos representan el cambio porcentual promedio, con donantes normales ajustados al 100% en una escala logarítmica.
Figura 7: Validación de los niveles de LY9 en muestras de suero humano. Los niveles de LY9, fueron elevados en las muestras de cáncer de próstata en comparación con el suero normal. Los datos representan el cambio porcentual promedio, con donantes normales ajustados al 100% en una escala logarítmica.
Figura 8: Validación de niveles de filamina B, LY9, y PSA en muestras de suero humano. Los datos se muestran como ng/ml del marcador en suero.
Figuras 9A-9B: Análisis de curva ROC de sensibilidad e índice de falso positivo (FPR) o PSA, FLNB y la combinación de PSA y FLNB (A) y valores del área bajo la curva (AUC) calculados (B) en base al análisis. La combinación de PSA y FLNB fue más sensible que con cualquier marcador solo.
Figuras 10A-10B: Análisis de la curva ROC de PSA, FLNB, LY9 y combinaciones de PSA, FLNB, y LY9 utilizando funciones de puntuación lineal (A) y no lineal (B). La combinación de PSA, LY9, y FLNB fue más sensible que cualquier marcador solo.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN
Definiciones
Cuando se utiliza en la presente descripción, cada uno de los siguientes términos tiene el significado asociado con el mismo en esta sección.
Un “paciente” o “sujeto” a tratar mediante el método de la invención puede significar ya sea un animal humano o no humano, preferiblemente un mamífero. Por “sujeto” se entiende cualquier animal, incluyendo caballos, perros, gatos, cerdos, cabras, conejos, hámsteres, monos, cobayas, ratas, ratones, lagartijas, serpientes, ovejas, ganado, peces, y aves. Un sujeto humano puede referirse a un paciente. Se deberá observar que se hicieron observaciones clínicas con sujetos humanos descritas en la presente y, en al menos algunas formas de realización, los sujetos son humanos.
“Cantidad terapéuticamente efectiva” significa la cantidad de un compuesto que, cuando se administra a un paciente para tratar una enfermedad, es suficiente para efectuar dicho tratamiento para la enfermedad, por ejemplo, la cantidad de tal sustancia que produce cierto efecto local o sistémico deseado a una proporción razonable de beneficio/riesgo aplicable a cualquier tratamiento, por ejemplo, que es suficiente para aminorar al menos un signo o síntoma de la enfermedad, por ejemplo, para prevenir el avance de la enfermedad o condición, por ejemplo, prevenir el crecimiento de tumores, disminuir el tamaño del tumor, inducir la apoptosis celular, reducir la angiogénesis del tumor, prevenir la metástasis. Cuando se administra para prevenir una enfermedad, la cantidad es suficiente para evitar o retardar la aparición de la enfermedad. La “cantidad terapéuticamente efectiva” variará dependiendo del compuesto, su índice terapéutico, solubilidad, la enfermedad y su severidad y la edad, peso, etc., del paciente a tratar y similares. Por ejemplo, ciertos compuestos descubiertos por los métodos de la presente invención pueden administrarse en una cantidad suficiente para producir una proporción razonable de beneficio/riesgo aplicable a tal tratamiento. La administración de una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto puede requerir la administración de más de una dosis del compuesto.
“Prevenir” o “prevención” se refiere a una reducción en el riesgo de adquirir una afección o enfermedad (es decir, que causa al menos uno de los síntomas clínicos de la enfermedad no desarrollado en un paciente que puede estar expuesto a o tener predisposición a la enfermedad, aunque incluso no experimente o muestre síntomas de la enfermedad). La prevención no requiere que la enfermedad o condición nunca ocurra en el sujeto. La prevención incluye retrasar la aparición o severidad de la enfermedad o condición.
El término tratamiento “profiláctico” o “terapéutico” se refiere a la administración al sujeto de uno o más agentes o intervenciones para proporcionar el efecto clínico deseado. Si se administra antes de la manifestación clínica de la condición no deseada (por ejemplo, enfermedad u otro estado no deseable del animal huésped) entonces el tratamiento es profiláctico, es decir, el mismo protege al huésped contra el desarrollo de al menos un signo o síntoma de la condición no deseada, mientras que si se administra después de la manifestación de la condición no deseada, el tratamiento es terapéutico (es decir, se pretende disminuir, aminorar, o mantener al menos un signo o síntoma de la condición no deseada existente o efectos secundarios del mismo).
Cuando se utiliza en la presente, “tratamiento”, particularmente “tratamiento activo” se refiere a realizar una intervención para tratar el cáncer de próstata en un sujeto, por ejemplo, reducir al menos uno de entre la tasa de crecimiento, reducción de carga del tumor, reducir o mantener el tamaño del tumor o malignidad (por ejemplo, probabilidad de metástasis) del tumor; o incrementar la apoptosis en el tumor por uno o más de entre la administración de un agente terapéutico, por ejemplo, quimioterapia o terapia hormonal; administración de radioterapia (por ejemplo, implantación de gránulos, braquiterapia), o extirpación quirúrgica del tumor, o cualquier combinación de los mismos, apropiados para el tratamiento del sujeto en base al grado y etapa del tumor y otras consideraciones de rutina. El tratamiento activo se distingue de la “espera en observación” (es decir, sin tratamiento activo) en la cual el sujeto y tumor se someten a seguimiento, aunque no se realicen intervenciones que afecten al tumor. La espera en observación puede incluir la administración de agentes que alteren los efectos causados por el tumor (por ejemplo, incontinencia, disfunción eréctil) que no se administran para alterar el crecimiento o patología del tumor mismo.
El término “efecto terapéutico” se refiere a un efecto local o sistémico en animales, particularmente mamíferos, y más particularmente humanos causado por una sustancia farmacológicamente activa. El término por consiguiente significa cualquier sustancia prevista para ser utilizada en el diagnóstico, cura, alivio, tratamiento o prevención de la enfermedad, o en la mejora del desarrollo físico o mental deseable y condiciones en un animal o ser humano. Un efecto terapéutico se puede entender como una disminución en el crecimiento del tumor, disminución en la tasa de crecimiento del tumor, estabilización o disminución en la carga del tumor, estabilización o reducción en el tamaño del tumor, estabilización o disminución en la malignidad del tumor, incremento en la apoptosis del tumor y/o una disminución en la angiogénesis del tumor.
Los términos “afecciones”, “enfermedades”, y “estado anormal” se utilizan inclusivamente y se refieren a cualquier desviación de la estructura normal o función de cualquier parte, órgano o sistema del cuerpo (o cualquier combinación de los mismos). Una afección especifica se manifiesta por los síntomas y signos característicos, incluyendo cambios biológicos, químicos y físicos, y frecuentemente se asocia con una variedad de otros factores que incluyen, pero no están limitados a factores demográficos, ambientales, empleo, genética e historial médico. Ciertos signos, síntomas y factores relacionados característicos se pueden cuantificar a través de una variedad de métodos para producir información de diagnóstico importante. Cuando se utiliza en la presente la afección, enfermedad o estado anormal, es un estado anormal de la próstata, incluyendo hiperplasia prostética benigna y cáncer, particularmente cáncer de próstata. El estado anormal de la próstata del cáncer de próstata se puede subdividir adicionalmente en etapas y grados de cáncer de próstata como se establece, por ejemplo, en Prostate. In: Edge SB, Byrd DR, Compton c C, et al., eds.: AJCC Cancer Staging Manual. 7th ed. New York, Ny : Springer, 2010, pp 457-68 (incorporado en la presente como referencia). Además, los estados anormales de la próstata se pueden clasificar como uno o más de hiperplasia prostática benigna (BPH), cáncer de próstata susceptible a andrógenos, cáncer de próstata no susceptible o resistente a los andrógenos, cáncer de próstata agresivo, cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata metastásico, y cáncer de próstata no metastásico.
Un sujeto en “mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata” puede o no puede desarrollar cáncer de próstata. En la identificación de un sujeto en mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata se deberá realizar seguimiento de signos o síntomas adicionales de cáncer de próstata. Los métodos proporcionados en la presente para identificar a un sujeto con mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata se pueden utilizar en combinación con la evaluación de otros factores de riesgo o signos conocidos de cáncer de próstata que incluyen, pero no están limitados a disminución del chorro urinario, necesidad urgente de orinar, dificultad para orinar, nicturia, evacuación incompleta de la vejiga y la edad.
El término “expresión” que se utiliza en la presente significa el proceso mediante el cual se produce un polipéptido de ADN. El proceso involucra la transcripción del gen en ARNm y la traducción de este ARNm en un polipéptido. Dependiendo del contexto en el cual se utilice, “expresión” puede referirse a la producción de ARN o de proteína, o de ambos.
Los términos “nivel de expresión de un ge”, “nivel de expresión genética”, “nivel de un marcador”, y similares se refieren al nivel del ARNm, así como transcripto(s) nacientes de pre-ARNm, intermediarios del proceso de transcripción, ARNm(s) maduros y productos de degradación, o el nivel de proteína, codificada por el gen la célula.
El término “identificación específica” se entiende como la detección de un marcador de interés con fondo suficientemente bajo del ensayo y reactividad cruzada de los reactivos utilizados de modo tal que el método de detección sea diagnósticamente útil. En ciertas formas de realización, los reactivos para la identificación específica de un marcador se unen solo a una isoforma del marcador. En ciertas formas de realización, los reactivos para la identificación específica de un marcador se unen a más de una isoforma del marcador. En ciertas formas de realización, los reactivos para la identificación específica de un marcador se unen a todas las isoformas conocidas del marcador.
El término “modulación” se refiere a la sobre-regulación (es decir, activación o estimulación), sub-regulación (es decir, inhibición o supresión) de una respuesta, o las dos en combinación o por separado. Un “modulador” es un compuesto o molécula que modula, y puede ser, por ejemplo, un agonista, antagonista, activador, estimulador, supresor o inhibidor.
El término “muestra de control”, que se utiliza en la presente, se refiere a cualquier muestra comparativa clínicamente relevante, incluyendo, por ejemplo, una muestra de un sujeto saludable no enfermo de una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata, o una muestra de un sujeto de una etapa inicial, por ejemplo, antes del tratamiento, en un instante inicial de la evaluación del tumor, en una etapa inicial del tratamiento. Una muestra de control puede ser una muestra purificada, proteína y/o ácido nucleico proporcionada por un equipo o kit. Tales muestras de control se pueden diluir, por ejemplo, en una serie de diluciones para permitir la medición cuantitativa de niveles de analitos, por ejemplo, marcadores, en las muestras de prueba. Una muestra de control puede incluir una muestra derivada de uno o más sujetos. Una muestra de control también puede ser una muestra hecha en un instante inicial del sujeto a evaluar. Por ejemplo, la muestra de control podría ser una muestra tomada del sujeto a ser evaluado antes de la aparición de una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata, en una etapa inicial de la enfermedad, o antes de la administración del tratamiento o de una parte del tratamiento. La muestra de control también puede ser una muestra de un modelo animal, o de un tejido o líneas celulares derivadas del modelo animal de la afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata. El nivel de actividad o expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB), antígeno linfocito 9 (LY9) y PSA en una muestra de control que consiste de un grupo de mediciones puede determinarse, por ejemplo, en base a cualquier medida estadística apropiada, tal como, por ejemplo, medidas de tendencia central incluyendo valores promedio, medios o modales. A diferencia de un control, es preferiblemente estadísticamente significativamente diferente de un control.
El término “nivel de control” se refiere a un nivel aceptado o pre-determinado de un marcador en una muestra del sujeto. Un nivel de control puede ser un rango de valores. Los niveles del marcador se pueden comparar con un solo valor de control, con un rango de valores de control, con el nivel más alto del normal o con el nivel más bajo del normal, como sea más apropiado para el ensayo.
En una forma de realización, el control es un control estandarizado, tal como, por ejemplo, un control que se predetermina utilizando un promedio de los niveles de expresión de uno o más marcadores de una población de sujetos que no tiene cáncer, especialmente sujetos que no tienen cáncer de próstata. No obstante, en otras formas de realización de la invención, un nivel de control de un marcador en una muestra(s) no cancerosa(s) derivada(s) del sujeto que tiene cáncer. Por ejemplo, cuando una biopsia u otro procedimiento médico revelan la presencia de cáncer en una porción del tejido, el nivel de control de un marcador puede determinarse utilizando la porción no afectada del tejido, y este nivel de control puede compararse con el nivel del marcador en una porción afectada del tejido.
En ciertas formas de realización, el control puede ser de un sujeto o una población de sujetos, que tiene un estado anormal de la próstata. Por ejemplo, el control puede ser de un sujeto que padezca hiperplasia prostática benigna (BPH), cáncer de próstata susceptible a andrógenos, cáncer de próstata no susceptible o resistente a andrógenos, cáncer de próstata agresivo, cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata metastásico o cáncer de próstata no metastásico. Se entiende que no todos los marcadores tendrán diferentes niveles en cada uno de los estados anormales de la próstata listados. Se entiende que una combinación de niveles de marcador puede ser más útil para distinguir entre estados anormales de la próstata, posiblemente en combinación con otros métodos de diagnóstico. Además, los niveles de marcador en muestras biológicas se pueden comparar con más de una muestra de control (por ejemplo, normal, anormal, del mismo sujeto, de una población de control). Se pueden utilizar niveles del marcador en combinación con otros signos o síntomas de un estado anormal de la próstata para proporcionar un diagnóstico para el sujeto.
Un control también puede ser una muestra de un sujeto en un instante inicial, por ejemplo, un nivel basal previo a la presencia sospecha de la enfermedad, antes del diagnóstico de una enfermedad, en un instante inicial de evaluación durante una espera en observación, antes del tratamiento con un agente específico (por ejemplo, quimioterapia, terapia hormonal) o intervención (por ejemplo, radiación, cirugía). En ciertas formas de realización, un cambio en el nivel del marcador en un sujeto puede ser más significativo que el nivel absoluto de un marcador, por ejemplo, en comparación con el control.
Cuando se utiliza en la presente, una muestra obtenida en un “instante inicial” es una muestra que se obtuvo en un tiempo suficiente en el pasado de modo tal que pudiera obtenerse información clínicamente relevante en la muestra del instante inicial en comparación con el último instante o momento. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos cuatro semanas antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos seis semanas antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos dos meses antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos tres meses antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos seis meses antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos nueve meses antes. En ciertas formas de realización, un instante inicial es al menos un año antes. Se pueden obtener múltiples muestras del sujeto (por ejemplo, 3, 4, 5, 6, 7, o más) en intervalos regulares o irregulares con el transcurso del tiempo y analizar las tendencias de los cambios en los niveles de los marcadores. Los intervalos apropiados para analizar a un sujeto particular se pueden determinar por un experto en la materia en base a consideraciones ordinarias.
Cuando se utiliza en la presente, “cambió en comparación con un control” se entiende que la muestra o el sujeto tiene un nivel del analito o indicador de diagnóstico o terapéutico (por ejemplo, marcador) a detectar a un nivel que es estadísticamente diferente a una muestra de una muestra de control normal, no tratada, o en estado anormal. Cuando cambia en comparación con un control también puede incluir una diferencia en el índice de cambio del nivel de uno o más marcadores obtenidos en una serie de al menos dos muestras del sujeto obtenidas con el transcurso del tiempo. La determinación de la significación estadística está dentro de la capacidad de aquellos expertos en la materia, por ejemplo, el número de desviaciones estándar de la media que constituye un resultado positivo o negativo.
Cuando se utiliza en la presente, el término “obtener” se entiende en la presente como la fabricación, adquisición o de algún otro modo la posesión de.
Cuando se utiliza en la presente, “detectar”, “detección”, “determinación y similares se entiende que es realizado un ensayo para la identificación de un marcador específico en una muestra, por ejemplo, uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB), antígeno linfocito 9 (LY9) y PSA. La cantidad de la expresión o actividad del marcador detectado en la muestra puede ser ninguna o por debajo del nivel de detección del ensayo o método.
Cuando se utiliza en la presente, se entiende “valor predictivo mayor” como un ensayo en el que se tiene una susceptibilidad y/o especificidad significativamente mayor, de manera preferible una susceptibilidad y especificad mayor, respecto a la de la prueba en la cual el mismo se compara. El valor predictivo de una prueba se puede determinar utilizando un análisis ROC. En un análisis ROC una prueba que provee una perfecta discriminación o exactitud entre los estados normal y de enfermedad podría tener un área bajo la curva (AUC)=1, mientras que una prueba muy pobre que no proporciona una discriminación mejor a la de una probabilidad aleatoria podría tener una AUC=0,5. Como se utiliza en la presente, una prueba con un mayor valor predictivo tendrá una AUC estadísticamente mejorada en comparación con otro ensayo. Los ensayos se realizan en una población de sujetos apropiada.
El artículo “un”, “una” y “uno” se utilizan en la presente para referirse a uno o más de uno (es decir al menos a uno) del objeto gramatical o complemento directo del artículo. A modo de ejemplo, “un elemento” significa un elemento o más de un elemento.
El término “incluir” se utiliza en la presente para referirse a, y se utiliza intercambiablemente con, la frase “que incluye, pero no está limitado a”.
El término “o” se utiliza inclusivamente en la presente para referirse a, y se utiliza intercambiablemente con, el término “y/o”, a menos que el contexto indique claramente lo contrario. Por ejemplo, cuando se utiliza en la presente, filamina B o LY9 se entiende que incluye filamina B sola, LY9 solo y la combinación de filamina B y LY9.
El término “tal como” se utiliza en la presente para referirse a, y se utiliza intercambiablemente, con la frase “tal como pero no limitado a”.
A menos que se establezca específicamente o sea obvio a partir del contexto, cuando se utiliza en la presente, el término “aproximadamente” se entiende que está dentro de un rango de tolerancia normal en la técnica, por ejemplo, dentro de 2 desviaciones estándar de la media. Se puede entender que aproximadamente está dentro del 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5%, 0,1%, 0,05% o 0,01% del valor establecido. A menos que de otra manera sea claro a partir del contexto, todos los valores numéricos proporcionados en la presente se pueden modificar por el término aproximadamente.
La enumeración de un listado de grupo(s) químico(s) en cualquier definición de una variable en la presente incluye definiciones de esa variable como cualquier grupo individual o combinación de grupos listados. La enumeración de una forma de realización para una variable o aspecto en la presente incluye esa forma de realización como cualquier forma de realización individual o en combinación con cualquier otra forma de realización o partes de la misma. Cualquier composición o método provisto en la presente se puede combinar con uno o más de cualquiera de las otras composiciones y métodos proporcionados en la presente.
Se entiende que los rangos proporcionados en la presente se abrevien en todos los valores dentro del rango. Por ejemplo, se entiende que un rango de 1 a 50 incluye cualquier número, combinación de números, o sub-rango del grupo que consiste en 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 o 50.
Cuando se utiliza en la presente, “uno o más” se entiende que cada valor 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 y cualquier valor mayor a 10.
Ahora se hará referencia con detalle a las formas de realización ejemplares de la invención. Aunque la invención será descrita en conjunción con las formas de realización ejemplares, se entenderá que no se pretende limitar la invención a esas formas de realización. Por el contrario, se pretende cubrir las alternativas, modificaciones y equivalentes que pueden ser incluidas dentro del espíritu y alcance de la invención que se define por las reivindicaciones anexas.
Queratinas
Queratina 4
La queratina 4, también conocida como K4; CK4; CK-4; CYK4, es un miembro de la familia genética de las queratinas. Las citoqueratinas tipo II consisten de proteínas básicas o neutrales que están dispuestas en pares de cadenas de queratina heterotípicas co-expresadas durante la diferenciación de tejidos epiteliales simples y estratificados. Esta citoqueratina tipo II se expresa específicamente en capas diferenciadas del epitelio de la mucosa y esófago con el miembro de la familia KRT13. Las mutaciones en estos genes se han asociado con el Nevo de Esponja Blanca, caracterizado por leucoplaquia oral, esofágica y anal. Las citoqueratina tipo II se aglomeran en una región del cromosoma 12q12-q13.
Cuando se utiliza en la presente, la queratina 4 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente lo contrario. La ID del Gen de NCBI para la queratina 4 humana es 3851 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3851. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 4 de homo sapiens, Acceso GenBank Número NM_002272, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 1 y 2.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier fragmento de las secuencias de queratina 4 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de la queratina 4. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 4, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Queratina 7
La queratina 7, también conocida como CK7, K2C7, K7, SCL, CK-7; la citoqueratina 7; citoqueratina 7; queratina, citoesquelética tipo II 55K; queratina, epitelial simple tipo I, K7; queratina, citoesquelética 7 tipo II; queratina 7; sarcolectina; queratina K7 mesotelial tipo II; y queratina Kb7 tipo II, es un miembro de la familia genética de las queratinas. Las citoqueratinas tipo II consisten de proteínas básicas y neutrales que están dispuestas en pares de cadenas de queratinas heterotípicas co-expresadas durante la diferenciación de tejido epitelial simple y estratificado. Esta citoqueratina tipo II se expresa específicamente en el epitelio simple que reviste las cavidades de los órganos internos y en los conductos glandulares y vasos sanguíneos. Los genes que codifican las citoqueratinas tipo II se agrupan en una región del cromosoma 12q12-q13. El empalme alternativo puede dar como resultado diversas variantes de transcripción; sin embargo, no todas las variantes se han descrito por completo.
Cuando se utilice en la presente, queratina 7 se refiere tanto al gen como a la proteína, a menos que se indique por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para la queratina 7 humana es 3855 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3855. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 7 de homo sapiens, Acceso GenBank Número NM_005556, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 3 y 4.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier fragmento de secuencias de queratina 7, siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de queratina 7. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 7, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Queratina 8
La queratina 8, también conocida como K8; KO; CK8; CK-8; CYK8; K2C8; CARD2 es un miembro de la familia de queratinas tipo II agrupadas en la amplia cobertura del cromosoma 12. Las queratinas tipo I y tipo II se convierten en heteropolímeros para formar filamentos de tamaño intermedio en el citoplasma de las células epiteliales. El producto de este gen típicamente se convierte en dímero con la queratina 18 para forma un filamento intermedio en células epiteliales simples de una sola capa. Esta proteína juega un papel al mantener la integridad estructural celular y también funciona en la transducción de señales y diferenciación celular. Las mutaciones de este gen causan cirrosis criptógena. Se han encontrado variantes de transcripción alternativamente empalmadas en este gen.
Cuando se utiliza en la presente, queratina 8 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para la queratina 7 humana es 3856 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3856. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 8 de homo sapiens, variante 1, Acceso GenBank Número NM_001256282, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 5 y 6; y queratina 8 de homo sapiens, variante 3, Acceso GenBank Número NM_001256293, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 7 y 8.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquiera de o ambas de las variantes de queratina 8 provistas en el listado de secuencias y cualquier el fragmento de queratina 8 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de queratina 8. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 8, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Queratina 15
La queratina 15, también conocida como K15; CK15; K1CO; es un miembro de la familia genética de las queratinas. Las queratinas son proteínas de filamentos intermedios responsables de la integridad estructural de las células epiteliales y se subdividen en citoqueratinas y queratinas capilares. La mayoría de las citoqueratinas tipo I consisten de proteínas acídicas que están dispuestas en pares de cadenas de queratina heterotípica y se agrupan en una región en el cromosoma 17q21.2.
Cuando se utiliza en la presente, queratina 15 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para la queratina 15 humana es 3866 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3866. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 15 de homo sapiens, Acceso GenBank Número NM_002275, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 9 y 10.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier fragmento de secuencias de queratina 15 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de queratina 15. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 15, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Queratina 18
La queratina 18, también conocida como K18; CYK18; codifica la queratina 18 de cadena de filamentos intermedios tipo I. La queratina 18, junto con su socio de filamento la queratina 8, son quizás los miembros más comúnmente encontrados de la familia genética de filamentos intermedios. Las mismas se expresan en tejidos epiteliales de una sola capa del cuerpo. Las mutaciones en este gen se han vinculado con la cirrosis criptógena. Se han encontrado dos variantes de transcripción que codifican la misma proteína en este gen.
Cuando se utiliza en la presente, la queratina 15 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para la queratina 18 humana es 3875 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3875. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 18 de homo sapiens, variante 1, Acceso GenBank Número NM_000224, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 11 y 12, y secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 18 de homo sapiens, variante 2, Acceso GenBank Número 199187, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 13 y 14.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquiera de o ambas de las variantes de queratina 18 provistas en el listado de secuencias y cualquier fragmento de queratina 18 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de queratina 18. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 18, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Queratina 19
La queratina 19, también conocida como K19; CK19; K1CS; es un miembro de la familia genética de las queratinas. Las queratinas son proteínas de filamentos intermedios responsables de la integridad estructural de las células epiteliales y se subdividen en citoqueratinas y queratinas capilares. Las citoqueratinas tipo I consisten de proteínas de proteínas acídicas que se disponen en pares de cadenas de queratina heterotípica. A diferencia de sus miembros familiares relacionados, esta citoqueratina acídica conocida más pequeña no se dispone en pares con un citoqueratina básica en células epiteliales. La misma se expresa específicamente en el periderma, la capa temporalmente superficial que envuelve la epidermis en desarrollo. Las citoqueratinas tipo I se agrupan en una región en el cromosoma 17q12.q21.
Cuando se utiliza en la presente, la queratina 19 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para la queratina 19 humana es 3880 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3880. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la queratina 19 de homo sapiens, Acceso GenBank Número NM_002276, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 15 y 16.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier fragmento de secuencias de queratina 19 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de queratina 19. Además, que están presentes variantes que aparecen de manera natural de queratina 19, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Tubulina beta-3
La tubulina beta-3, también conocida como CDCBM; TUBB4; beta-4; CFEOM3A, es un miembro clase III de la familia de la proteína beta tubulina. Las beta-tubulinas son una de dos familias de proteína núcleo (tubulinas alfa y beta) que se convierten en heterodímeros y ensamblan para formar microtúbulos. Esta proteína se expresa principalmente en las neuronas y puede estar involucrada en la neurogénesis y en la guía y mantenimiento de axones. Las mutaciones de este gen son la causa de la fibrosis congénita de los músculos extra-oculares tipo 3. Un empalme alterno da como resultado múltiples variantes de transcripción. Un pseudogen de este gen se encuentra en el cromosoma 6.
Cuando se utiliza en la presente, Tubulina-beta 3 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente lo contrario. La ID del Gen NCBI para la Tubulina beta-3 humana es 10381 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10381. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la Tubulina beta-3 de homo sapiens, variante 2, Acceso GenBank Número NM_001197181, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 17 y 18. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la Tubulina beta-3 de homo sapiens, variante 1, Acceso GenBank Número NM_006086, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 19 y 20.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier fragmento de secuencias de Tubulina beta-3 siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de la Tubulina beta-3. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de Tubulina beta-3, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye en esta solicitud.
Filamina B
La filamina B también es conocida como filamina-3, beta-filamina, homólogo ABP-280, homologo 1 de filamina, autoantígeno tiroideo, proteína 278 de unión a la actina, proteína de tipo unión a la actina, síndrome 1 de Larsen (dominante autosomal), AOI; FH1; SCT; TAP; LRS1; TABP; FLN-B; FLN1L; ABP-278; y ABP-280. El gen codifica un miembro de la familia de las filaminas. La proteína codificada interactúa con la glicoproteína Ib alfa como parte del proceso de reparar lesiones vasculares. El complejo de glicoproteína Ib de las plaquetas incluye glicoproteína Ib alfa, y que se une al citoesqueleto de la actina. Las mutaciones en este gen se han encontrado en diversas condiciones: atelosteogénesis tipo 1 y tipo 3; displasia bumerang; síndrome de Larsen dominante autosomal; y síndrome de sinostosis espondilocarpotarsal. Se han descrito para este gen múltiples variantes de transcripción alternativamente empalmadas que codifican diferentes isoformas de la proteína.
Cuando se utiliza en la presente, la filamina B se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que se indique por el contexto claramente lo contrario. La ID del Gen NCBI para la filamina B es 2317 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2317.
Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la filamina B, beta (FLNB), RefSeqGene en el cromosoma 3, locus NG_012801 se muestra en la SEQ ID NO: 21. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la filamina B de homo sapiens, beta (FLNB), variante 1 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001164317.1, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 22 y 23. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la filamina B de homo sapiens, beta (FLNB), variante 3 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001164318.1, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 24 y 25. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la filamina B de homo sapiens, beta (FLNB), variante 4 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001164319.1, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 26 y 27. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos de la filamina B de homo sapiens, beta (FLNB), variante 2 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001457.3, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 28 y 29.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier combinación de una o más secuencias de filamina B proporcionadas en el listado de secuencias o cualquier fragmento de las mismas siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de la filamina B. Los métodos de la descripción y reactivos se pueden utilizar para detectar isoformas simples de filamina B, combinaciones de isoformas de filamina B o todas las isoformas de filamina B simultáneamente. A menos que se especifique, la filamina B se puede considerar que se refiere a una o más isoformas de filamina B, incluyendo la filamina B total. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de filamina B, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye la presente solicitud.
Antígeno Linfocito 9
El antígeno linfocito 9 (LY9) también conocido como RP11-312J18.1, CD229, SLAMF3, hly9, mLY9, antígeno Ly-9 de la superficie del linfocito T; y molécula Ly-9 de la superficie celular. LY9 pertenece a la familia SLAM de receptores inmuno-moduladores (ver SALMF1; MIM 603492) e interactúa con la molécula SAP adaptadora (SH2D1A; MIM 300490) (Graham et al., 2006).
Cuando se utiliza en la presente, LY9 se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que sea indicado por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para LY9 es 4063 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4063.
Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos del antígeno linfocito 9 (LY9) de homo sapiens, variante 2 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001033667, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 30 y 31. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos del antígeno linfocito 9 (LY9) de homo sapiens, variante 3 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001261456, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 32 y 33. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos del antígeno linfocito 9 (LY9) de homo sapiens, variante 4 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_001261457, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 34 y 35. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos del antígeno linfocito 9 (LY9) de homo sapiens, variante 1 de transcripción, Acceso GenBank Número NM_002348, respectivamente, se proporcionan en las SEQ ID NOs: 36 y 37.
Se entiende que la descripción incluye el uso de cualquier combinación de una o más secuencias de LY9 proporcionadas en el listado de secuencias o cualquier fragmento de las mismas siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de LY9. Los métodos de la descripción y reactivos se pueden utilizar para detectar isoformas simples de LY9, combinaciones de isoformas de LY9 o todas las isoformas de LY9 simultáneamente. A menos que se especifique, la LY9 se puede considerar que se refiere a una o más isoformas de LY9, incluyendo la LY9 total. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de LY9, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye la presente solicitud.
Antígeno Prostático Específico
El antígeno prostático específico (PSA) también conocido como calicreína-3, seminina, antígeno P-30, semenogelasa, gamma-seminoproteína, APS, hK3 y KLK2A1. Las calicreínas son un subgrupo de serina proteasas que tienen diversas funciones fisiológicas. La evidencia de crecimiento sugiere que muchas calicreínas están implicadas en la carcinogénesis y algunas tienen potencial como nuevos biomarcadores de cáncer y de otras enfermedades. Este gen es uno de los quince miembros de la subfamilia de las calicreínas ubicadas en un clúster en el cromosoma 19. Su producto proteínico es una proteasa presente en el plasma seminal. Se cree que funciona normalmente en la licuefacción del coágulo seminal, presumiblemente mediante la hidrólisis de la proteína de la vesícula seminal de alta masa molecular. El nivel de suero en esta proteína, denominada PSA en el ámbito clínico, es útil en el diagnóstico y seguimiento del carcinoma prostático. El empalme alterno de este gen genera diversas variantes de transcripción que codifican diferentes isoformas.
Cuando se utiliza en la presente, PSA se refiere tanto al gen como a la proteína a menos que sea indicado por el contexto claramente de otro modo. La ID del Gen NCBI para PSA es 354 y se puede encontrar información detallada en www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/354.
El PSA de homo sapiens está ubicado en el cromosoma 19 en la Secuencia 19 en 19q13.41: NC_000019.9 (51358171..51364020). Son conocidas cuatro variantes de empalme del PSA humano. La preproproteína o precursor de la pro-proteína de la isoterma 3 del antígeno prostático específico, NM_001030047.1, se proporciona en la Figura 16. La preproproteína de la isoterma 4 del antígeno prostático específico, NM_001030048.1, se proporciona en la Figura 17. La preproproteína de la isoterma 6 del antígeno prostático específico, NM_001030050.1, se proporciona en la Figura 18. La preproproteína de la isoforma 1 del antígeno prostático específico, NM_001648.2, se proporciona en la Figura 19.
Se entiende que la invención incluye el uso de cualquier combinación de una o más secuencias de PSA proporcionadas en el listado de secuencias o cualquier fragmento de las mismas siempre que el fragmento pueda permitir la identificación específica de PSA. Los métodos de la invención y reactivos se pueden utilizar para detectar isoformas simples de PSA, combinaciones de isoformas de PSA o todas las isoformas de PSA simultáneamente. A menos que se especifique, la PSA se puede considerar que se refiere a una o más isoformas de PSA, incluyendo el
PSA total. Además, se entiende que están presentes variantes que aparecen de manera natural de PSA, que pueden o no estar asociadas con un estado específico de la enfermedad, cuyo uso también se incluye la presente solicitud.
Tratamiento de los Estados de la Enfermedad
La presente descripción proporciona métodos para el uso de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratin 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9) para tratar los estados de la enfermedad en un sujeto, por ejemplo, un mamífero, por ejemplo, un ser humano.
La presente descripción también proporciona métodos para el tratamiento de un sujeto con cáncer de próstata con un agente terapéutico, por ejemplo, un agente terapéutico a base de ácido nucleico que modula la expresión o actividad de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9).
La descripción también proporciona métodos para la selección y/o administración de agentes de tratamiento conocidos, especialmente terapias a base de hormonas vs. terapias que no son a base de hormonas, y tratamiento agresivo o activo vs. “espera en observación”, dependiendo de la detección de un cambio en el nivel de uno o más
(por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), en comparación con un control. La selección de regímenes de tratamiento puede incluir además la detección del
PSA para ayudar en la sección de los métodos terapéuticos. La selección de métodos de tratamiento también puede incluir otras consideraciones de diagnóstico y características del paciente incluyendo los resultados de estudios de tomografía, tamaño del tumor o índices de crecimiento, riesgo de malos resultados, interrupción de actividades diarias y la edad.
Cuando se utiliza en la presente, el término “afección oncológica agresiva”, tal como cáncer de próstata agresivo, se refiere a una afección oncológica que involucra un tumor de crecimiento rápido. Una afección oncológica agresiva típicamente no responde, responde mal, o pierde respuesta al tratamiento terapéutico. Por ejemplo, un cáncer de próstata puede considerarse que se vuelve un cáncer de próstata agresivo después de la pérdida de respuesta a la terapia hormonal, necesitando tratamiento con quimioterapia, cirugía y/o radiación. Cuando se utiliza en la presente, un cáncer de próstata agresivo, por ejemplo, es uno que probablemente tenga o tiene metástasis. Cuando se utiliza en la presente, un cáncer de próstata agresivo es uno que ocasionará cambios significativos en la calidad de vida cuando el tumor crezca. Está terapéuticamente indicado el tratamiento activo para una afección oncológica agresiva, por ejemplo, cáncer de próstata agresivo.
Cuando se utiliza en la presente, el término “afección oncológica no agresiva” tal como un cáncer de próstata no agresivo, se refiere a una afección oncológica que involucra un tumor de crecimiento lento. Una afección oncológica no agresiva típicamente responde de manera favorable o moderada al tratamiento terapéutico o crece tan lentamente que no se justifica un tratamiento inmediato. Un tumor de la próstata no agresivo es uno en el que una persona experta en la materia, por ejemplo, un oncólogo, puede decidir no tratar activamente con intervenciones rutinarias en el tratamiento del cáncer, por ejemplo, quimioterapia, radiación, cirugía, puesto que el tratamiento activo
puede dañar más que la enfermedad, particularmente a un sujeto anciano. Un tumor de la próstata agresivo es uno en el que una persona experta en la materia puede decidir vigilar con “espera en observación” en vez de someter a la persona a cualquier intervención terapéutica activa para alterar la presencia o crecimiento del tumor (por ejemplo, radiación, cirugía, quimioterapia, terapia hormonal).
Usos de Diagnóstico/Pronóstico de la Invención
La descripción proporciona métodos para diagnosticar un estado anormal de la próstata, por ejemplo, BPH o un estado de enfermedad oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata, en un sujeto. La descripción proporciona además métodos para pronosticar o supervisar el avance o seguimiento de la respuesta de un estado anormal de la próstata, por ejemplo, BPH o cáncer de próstata, respecto a un tratamiento terapéutico durante un tratamiento activo o espera en observación.
La descripción proporciona, en una forma de realización, los métodos para diagnosticar una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata. Los métodos de la presente descripción se pueden practicar en conjunción con cualquier otro método utilizado por el profesional experto para pronosticar la aparición o reaparición de una afección oncológica y/o la supervivencia de un sujeto que es tratado por una afección oncológica. Los métodos de diagnóstico y pronóstico proporcionados en la presente se pueden utilizar para determinar si deberán realizarse pruebas adicionales y/o más invasivas o seguimiento en un sujeto. Se entiende que una enfermedad que se considera tan compleja como una afección oncológica, raramente es diagnosticada utilizando una sola prueba. Por lo tanto, se entiende que los métodos de diagnóstico, pronóstico y seguimiento de la presente típicamente se utilizan en conjunción con otros métodos conocidos en la materia. Por ejemplo, los métodos de la invención pueden realizarse en conjunción con un análisis morfológico o citológico de la muestra obtenida del sujeto, análisis de tomografía y/o exámenes físicos. Los métodos citológicos podrán incluir detección inmunohistoquímica o inmuno-fluorescencia (y cuantificación si es apropiado) de cualquier otro marcador molecular ya sea por sí solo o en conjunción con otros marcadores. Otros métodos podrían incluir la detección de otros marcadores mediante PCR in situ, o extraer tejido y cuantificar otros marcadores mediante PCR en tiempo real. La PCR se define como la reacción en cadena de la polimerasa.
También se proporcionan métodos para evaluar el avance el tumor durante una espera en observación o la eficacia de un régimen de tratamiento, por ejemplo, quimioterapia, radioterapia, cirugía, terapia hormonal, o cualquier otra metodología terapéutica útil para tratar una afección oncológica en un sujeto. En estos métodos se evalúa la cantidad de marcador en un par de muestras (una primera muestra obtenida del sujeto en un instante inicial o antes del régimen de tratamiento, y una segunda muestra obtenida del sujeto en un último instante, por ejemplo, en el último instante en el que el sujeto ha sido sometido al menos a una parte del régimen de tratamiento). Se entiende que los métodos de la invención incluyen obtener y analizar más de dos muestras (por ejemplo, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o más muestras) a intervalos regulares o irregulares para la evaluación de los niveles del marcador. Se pueden hacer comparaciones en pares entre muestras consecutivas o no consecutivas de sujetos. Las tendencias de los niveles del marcador e índices de cambio de los niveles del marcador se pueden analizar en cualquiera de las dos o más muestras consecutivas o no consecutivas del sujeto.
La descripción también proporciona un método para determinar si una afección oncológica, por ejemplo, el cáncer de próstata, es agresiva. El método comprende determinar la cantidad de un marcador presente en una muestra y comparar la cantidad con una cantidad de control del marcador presente en una o más muestras de control, que se especifican en las Definiciones, determinando de este modo si una afección oncológica es agresiva. Los niveles del marcador se pueden comparar con los niveles del marcador en las muestras obtenidas en diferentes momentos del mismo sujeto o niveles del marcador de sujetos con estados normal o anormal de la próstata. Un rápido incremento en el nivel del marcador puede ser indicativo de un cáncer más agresivo que un incremento lento o ningún incremento o cambio en el nivel del marcador.
Los métodos de la descripción también pueden utilizarse para seleccionar un compuesto que sea capaz de modular, es decir, disminuir, la agresividad de una afección oncológica, por ejemplo, el cáncer de próstata. En este método, una célula cancerígena se pone en contacto con un compuesto de prueba, y se determina la capacidad del compuesto de prueba de modular la expresión y/o actividad de un marcador en la invención en la célula cancerígena, seleccionando de este modo un compuesto que sea capaz de modular la agresividad de una afección oncológica.
Utilizando los métodos descritos en la presente, se puede detectar una variedad de moléculas con el fin de identificar las moléculas que modulen, por ejemplo, el incremento o disminución de la expresión y/o actividad de un marcador de la invención, es decir, la queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), opcionalmente en combinación con el PSA. Los compuestos así identificados se pueden proporcionar a un sujeto con el fin de inhibir la agresividad de una afección oncológica en el sujeto, para prevenir la reaparición de una afección oncológica en el sujeto, o para tratar una afección oncológica en el sujeto.
Marcadores
La descripción se refiere a marcadores (a partir de aquí “biomarcadores”, “marcadores” o “marcadores de la invención”). Los marcadores preferidos de la descripción son uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9). Los métodos de la descripción también incluyen el uso del marcador de PSA en conjunción con uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9).
La descripción proporciona ácidos nucleicos y proteínas (por ejemplo, ácidos nucleicos aislados y proteínas aisladas o fragmentos de los mismos) que son codificados por, o corresponden con, los marcadores (a partir de aquí “marcador de ácidos nucleicos” y “marcador de proteínas”, respectivamente). Estos marcadores son particularmente útiles para detectar la presencia de un estado alterado de la próstata, por ejemplo, BPH o cáncer de próstata, para evaluar la agresividad y potencial metastásico de una afección oncológica, evaluar el estado andrógeno dependiente de una afección oncológica, evaluar si un sujeto está enfermo de una afección oncológica, identificar una composición para tratar una afección oncológica, evaluar la eficacia de un compuesto para tratar una afección oncológica, supervisar el avance de una afección oncológica, pronosticar la agresividad de una afección oncológica, pronosticar la supervivencia de un sujeto con una afección oncológica, pronosticar la reaparición de una afección oncológica, y pronosticar si un sujeto tiene predisposición a desarrollar una afección oncológica.
En algunas formas de realización de la presente invención, se pueden utilizar otros biomarcadores en relación con los métodos de la presente invención. Cuando se utiliza en la presente, el término “uno o más biomarcadores” se pretende que se refiera a uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o 9) marcadores seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B (FLNB) y antígeno linfocito 9 (LY9), se evalúan, opcionalmente en combinación con el PSA, y, en varias formas de realización, pueden ser evaluados más de un biomarcador, tal como dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, o más biomarcadores en la lista. Uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y queratina 19 puede evaluarse en combinación con uno o más de filamina B, LY9, y PSA. La filamina B puede utilizarse en conjunción con uno o más biomarcadores, por ejemplo, LY9 o PSA, conocidos por estar asociados con el cáncer de próstata, el LY9 se puede utilizar en conjunción con uno o más biomarcadores, por ejemplo, filamina B o PSA, conocidos por estar asociados con el cáncer de próstata. Es decir, se puede utilizar cualquier combinación de biomarcadores de filamina B y LY9, opcionalmente con PSA, por ejemplo, filamina B; LY9; filamina B y PSA; filamina B y LY9; LY9 y PSA; filamina B, LY9 y PSA; todos los cuales opcionalmente se pueden combinar con otros marcadores, por ejemplo, uno o más de las queratinas, 4, 7, 8, 15, 18, 19, o tubulina beta-3.
Los métodos, equipos, y paneles proporcionados en la presente incluyen cualquier combinación de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 marcadores del conjunto de filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3. Tales combinaciones incluyen cualquiera de los siguientes conjuntos de marcadores:
Los conjuntos de marcadores con un miembro: filamina B; LY9; queratina 4, queratina 7; queratina 8; queratina 15; queratina 18; queratina 19; y tubulina beta-3. Se puede utilizar cualquier marcador solo en combinación con el PSA.
Los conjuntos de marcadores con dos miembros: filamina B, LY9; filamina B, queratina 4; filamina B, queratina 7; filamina B, queratina 8; filamina B, queratina 15; filamina B, queratina 18; filamina B, queratina 19; filamina B, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4; Ly 9, queratina 7; LY9, queratina 8; LY9, queratina 15; LY9, queratina 18; LY9, queratina 19; LY9, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7; queratina 4, queratina 8; queratina 4, queratina 15; queratina 4, queratina 18; queratina 4, queratina 19; queratina 4, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8; queratina 7, queratina 15; queratina 7, queratina 18; queratina 7, queratina 19; queratina 7, tubulina-beta 3; queratina 8, queratina 15; queratina 8, queratina 18; queratina 8, queratina 19; queratina 8, tubulina-beta 3; queratina 15, queratina 18; queratina 15, queratina 19; queratina 15, tubulina-beta 3; queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 18, queratina 19; y queratina 19, tubulina-beta 3. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con tres miembros: filamina B, LY9, queratina 4; filamina B, LY9, queratina 7; filamina B, LY9, queratina 8; filamina B, LY9, queratina 15; filamina B, LY9, queratina 18; filamina B, LY9, queratina 19; filamina B, LY9, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7; filamina B, queratina 4, queratina 8; filamina B, queratina 4, queratina 15; filamina B, queratina 4, queratina 18; filamina B, queratina 4, queratina 19; filamina B, queratina 4, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 7, queratina 8; filamina B, queratina 7, queratina 15; filamina B, queratina 7, queratina 18; filamina B, queratina 7, queratina 19; filamina B, queratina 7, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15; filamina B, queratina 8, queratina 18; filamina B, queratina 8, queratina 19; filamina B, queratina 8, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 15, queratina 18; filamina B, queratina 15, queratina 19; filamina B, queratina 15, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 19, tubulina-beta 3; lY9, queratina 4, queratina 7; LY9, queratina 4, queratina 8; LY9, queratina 4, queratina 15; LY9, queratina 4, queratina 18; LY9, queratina 4, queratina 19; LY9, queratina 4, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8; LY9, queratina 7, queratina 15; LY9, queratina 7, queratina 18; LY9, queratina 7, queratina 19; LY9, queratina 7, tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15; LY9, queratina 8, queratina 18; LY9, queratina 8, queratina 19; LY9, queratina 8, tubulina-beta 3; LY9, queratina 15, queratina 18; LY9, queratina 15, queratina 19; LY9, queratina 15, tubulina-beta 3; LY9, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8; queratina 4, queratina 7, queratina 15; queratina 4, queratina 7, queratina 18; queratina 4, queratina 7, queratina 19; queratina 4, queratina 7, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15; queratina 4, queratina 8, queratina 18; queratina 4, queratina 8, queratina 19; queratina 4, queratina 8, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 15, queratina 18; queratina 4, queratina 15, queratina 19; queratina 4, queratina 15, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15; queratina 7, queratina 8, queratina 18; queratina 7, queratina 8, queratina 19; queratina 7, queratina 8, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 15, queratina 18; queratina 7, queratina 15, queratina 19; queratina 7, queratina 15, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 18, queratina 19; queratina 7, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; y queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con cuatro miembros: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 8; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 15; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 18; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 15; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 18; filamina B, queratina 4, queratina 7, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 15; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 18; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 19; filamina B, queratina 7, queratina 8, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 19; filamina B, queratina 8, queratina 15, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 18; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 7, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 18; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 19; LY9, queratina 7, queratina 8, tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 19; LY9, queratina 8, queratina 15, tubulinabeta 3; LY9, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 19; queratina 4, queratina 7, queratina 8, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 19; queratina 4, queratina 8, queratina 15, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; y queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con cinco miembros: queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 15, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulinabeta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B,
LY9, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina
B, queratina 4, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina
15, queratina 18, queratina 19; filamina B queratina 7, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B queratina 7, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B queratina 7, queratina 15, queratina 18, tubulinabeta 3; filamina B queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; filamina B, queratina
8, queratina 15, queratina 18 tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 18, queratina 19 y tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta
3; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 7, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina
19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina
15, queratina 19 tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 7, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina
18, y tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19 tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 18, ubulin-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratin queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina
8, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina
15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, lY9, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina
B, queratina 4, queratina 7, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 4, queratina 8, queratina 19, tubulinabeta 3; filamina B, queratina 4, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 4, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina
4, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 19, tubulina-beta 3;
LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 18, queratina
19; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 18, tubulinabeta 3; lY9, queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina
8, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3;
LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina
19; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina
7, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina
19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; y queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con seis miembros: queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 19, y tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; lY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19; y LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con siete miembros: queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, lY9, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, lY9, queratina 4, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 18, queratina 19, y tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 19, y tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19; y filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el pSa .
Conjuntos de marcadores con ocho miembros: LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 19, tubulina-beta 3; filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, tubulina-beta 3; y filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19. Se puede utilizar cualquier conjunto de marcadores en combinación con el PSA.
Conjuntos de marcadores con nueve miembros: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina-beta 3.
Cualquier conjunto de marcadores se puede utilizar en combinación con el PSA.
La descripción proporciona el uso de varias combinaciones y sub-combinaciones de marcadores. Se entiende que cualquier marcador solo o combinación de los marcadores proporcionados en la presente se puede utilizar en la descripción a menos que se indique claramente lo contrario. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la invención en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 se entiende como cualquiera de: filamina B; LY9; queratina 19; filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9 y queratina 19; o filamina B, LY9, y queratina 19.
Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la invención en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, la combinación de la filamina B y LY9 con PSA se entiende como cualquiera de filamina B; LY9; filamina B y PSA; filamina B y LY9; LY9 y PSA; filamina B, LY9, y PSA.
En toda la solicitud, uno o más marcadores de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina
4, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, se entiende como cualquiera de queratina 4; queratina 7; queratina 8; queratina 15; queratina 18; tubulina beta-3; queratina 4 y queratina 7; queratina 4 y queratina 8; queratina 4 y queratina 15; queratina 4 y queratina 18; queratina 4 y tubulina beta-3; queratina 7 y queratina 8; queratina 7 y queratina 15; queratina 7 y queratina 18; queratina y tubulina beta-3; queratina 8 y queratina 15; queratina 8 y queratina 18; queratina 8 y tubulina beta-3; queratina 15 y queratina 18; queratina 15 y tubulina beta-3; queratina 18 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 7 y queratina 8; queratina 4, queratina 7 y queratina 15; queratina 4, queratina 7 y queratina 18; queratina 4, queratina 7 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 8 y queratina 15; queratina 4, queratina 8 y queratina 18; queratina 4, queratina 8 y tubulina beta-e; queratina 4, queratina 15 y queratina 18; queratina 4, queratina 15 y tubulina beta-e; queratina 4, queratina 18 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 7, queratina 8 y queratina 15; queratina 4, queratina 7, queratina 8 y queratina 18; queratina 4, queratina 7, queratina 8 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 8, queratina 15 y queratina 18; queratina 4, queratina 8, queratina 15 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15 y queratina 18; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 18, y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 7, queratina 15, queratina 18, y tubulina beta-3; queratina 4, queratina 8, queratina 15, queratina 18, y tubulina beta-3; o queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la descripción en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, uno o más marcadores de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina
7, 15 y 19, se entiende como cualquiera de queratina 7; queratina 15; queratina 19; queratina 7 y 15; queratina 7 y
19; queratina 15 y 19; y queratina 7, 15, y 19. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la descripción en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, uno o más marcadores de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina
7, 8 y 15, se entiende como cualquiera de queratina 7; queratina 8; queratina 15; queratina 7 y 8; queratina 7 y 15; queratina 8 y 15; y queratina 7, 8, y 15. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la descripción en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, uno o más marcadores de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina
7 y 15, se entiende como cualquiera de queratina 7; queratina 15; o queratina 7 y 15. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la descripción en conjunción con el PSA.
En toda la solicitud, uno o más marcadores de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina
B, LY9 o queratina 19, se entiende como cualquiera de filamina B; LY9; queratina 19; filamina B y LY9; filamina B y queratina 19; LY9, y queratina 19; y filamina B, LY9 y queratina 19. Además, se puede utilizar cualquier marcador individual o combinación de los marcadores de la descripción en conjunción con el PSA.
En ciertas formas de realización, los métodos para diagnosticar, pronosticar y supervisar el tratamiento del cáncer de próstata detectando el nivel de los conjuntos de marcadores incluyendo la queratina 7, 15, o 19 y filamina B; queratina 7, 15, 19 o LY9; queratina 7, 15, 19, o PSA; queratina 4, 7, 15, o 19; queratina 7, 8, 15, o 19; queratina 7, 15, 18, o 19; y queratina 7, 15, 19, o tubulina beta-3.
Un “marcador” es un gen cuyo nivel de expresión alterado en un tejido o célula de su nivel de expresión en tejido normal o saludable está asociado con un estado de la enfermedad, tal como un estado anormal de la próstata. En una forma de realización preferida, el marcador se detecta en una muestra de sangre, por ejemplo, suero o plasma. En una forma de realización, el marcador se detecta en suero. En una forma de realización, el marcador se detecta en plasma. En ciertas formas de realización, el suero o plasma se puede procesar adicionalmente para eliminar abundantes proteínas de la sangre (por ejemplo, albúmina) o proteínas que no son proteínas marcadoras antes de análisis. Un “ácido nucleico marcador” es un ácido nucleico (por ejemplo, ARNm, ADNc) codificado por o correspondiente a un marcador de la invención. Tales ácidos nucleicos marcadores incluyen ADN (por ejemplo, ADNc) que comprende la secuencia entera o una secuencia parcial de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico proporcionadas en la presente o el complemento de tal secuencia. Los ácidos nucleicos marcadores también incluyen el ARN que comprende la secuencia entera o una secuencia parcial de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico proporcionadas en la presente o el complemento de tal secuencia, en donde todos los residuos de timidina son remplazados con residuos de uridina. Una “proteína marcadora” es una proteína codificada por o correspondiente a un marcador de la invención. Una proteína marcadora comprende la secuencia entera o una secuencia parcial de cualquiera de las secuencias de aminoácidos provistas en la presente. Los términos “proteína” y “polipéptido” se utilizan intercambiablemente.
Una “muestra biológica” o una “muestra del sujeto” es un fluido corporal o tejido en el cual puede estar presente un marcador relacionado con el cáncer de próstata. En ciertas formas de realización la muestra es sangre o un producto de la sangre (por ejemplo, suero o plasma). En ciertas formas de realización, la muestra es una muestra de tejido, por ejemplo, una muestra de tejido del o cerca del sitio de la hiperplasia prostática o tumor, o la supuesta hiperplasia prostática o tumor. Una muestra de tejido se puede obtener, por ejemplo, durante la biopsia o extirpación quirúrgica de la próstata. Una muestra de tejido puede incluir uno o más de tejido normal, hiperplasia, y tejido canceroso. Los métodos para distinguir entre tales tipos de tejido son conocidos, por ejemplo, análisis histológico, análisis inmunohistoquímico. En ciertas formas de realización, la muestra de control puede ser una porción normal del tejido de muestra extraído de un sujeto.
Un fluido corporal “asociado con una afección oncológica” es un fluido que, cuando está en el cuerpo de un sujeto, hace contacto, o pasa a través de células oncológicas o de aquellas células o proteínas secretadas de las células oncológicas en las que es capaz de pasar. Los fluidos corporales asociados con una afección oncológica ejemplares incluyen fluidos sanguíneos (por ejemplo, sangre entera, plasma sanguíneo, sangre de la que se han extraído plaquetas), y se describen con más detalle a continuación. Muchos fluidos corporales asociados con una afección oncológica pueden tener células oncológicas en los mismos, particularmente cuando las células desarrollan metástasis. Los fluidos que contienen células que pueden contener células oncológicas incluyen, pero no están limitados a, sangre entera, sangre de la que se extrajeron plaquetas, linfa, fluido prostático, orina y semen.
El nivel de expresión “normal” de un marcador es el nivel de expresión del marcador en las células de un sujeto humano o paciente o una población de sujetos no enfermos de una afección oncológica o un estado anormal de la próstata, por ejemplo, BPH o cáncer de próstata.
Una “sobre-expresión”, “nivel de expresión más alto”, “nivel más alto”, y similares de un marcador se refiere a un nivel de expresión en una muestra de prueba que es mayor al error estándar del ensayo empleado para evaluar la expresión, y preferiblemente es al menos un 25% mayor, al menos un 50% mayor, al menos un 75% mayor, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, o al menos diez veces el nivel de expresión del marcador en una muestra de control (por ejemplo, la muestra de un sujeto saludable que no tiene la enfermedad asociada con el marcador, es decir, un estado anormal de la próstata) y preferiblemente, el nivel de expresión promedio del marcador o marcadores en varias muestras de control.
Un “nivel de expresión más bajo” o “nivel más bajo” de un marcador se refiere a un nivel de expresión en una muestra de prueba que es menor al 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, o 10% del nivel de expresión del marcador en una muestra de control (por ejemplo, la muestra de un sujeto saludable que no tiene la enfermedad asociada con el marcador, es decir, un estado anormal de la próstata) y preferiblemente, el nivel de expresión promedio del marcador en varias muestras de control.
Un “polinucleótido transcrito” o “transcrito o copia de nucleótidos” es un polinucleótido (por ejemplo, un ARNm, ARNhn, o ADNc, o un análogo de tal ARN o ADNc) que es complementario a o que tiene un alto porcentaje de identidad (por ejemplo, al menos 80% de identidad) con la totalidad o una porción de un ARNm maduro hecho por la transcripción de un marcador de la invención y el procesamiento de post-transcripción normal (por ejemplo, empalmado), si lo hay, de la transcripción de ARN y transcripción inversa del transcrito de ARN.
“Complementariedad” se refiere al amplio concepto de complementariedad de secuencias entre regiones de dos hebras de ácido nucleico o entre dos regiones de la misma hebra de ácido nucleico. Se sabe que un residuo de adenina de una primera región de ácido nucleico es capaz de formar uniones de hidrógeno específicas (“apareamiento base”) con un residuo de una segunda región de ácido nucleico que es anti-paralela a la primera región, si el residuo es timina o uracilo. De manera similar, se sabe que un residuo de citosina de una primera hebra de ácido nucleico tiene la capacidad de apareamiento de bases con un residuo de una segunda hebra de ácido nucleico que es anti-paralela a la primera hebra, si el residuo es guanina. Una primera región de un ácido nucleico es complementaria a una segunda región del mismo o diferente ácido nucleico si, cuando las dos regiones se disponen de un modo anti-paralelo, al menos un residuo de nucleótido de la primera región tiene la capacidad de apareamiento de bases con un residuo de la segunda región. Preferiblemente, la primera región comprende una primera porción y la segunda región comprende una segunda porción, mediante la cual, cuando la primera y segunda porciones se disponen de un modo anti-paralelo, al menos aproximadamente 50%, y de manera preferible al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 90%, o al menos aproximadamente 95% de los residuos de nucleótidos de la primera porción tienen la capacidad de apareamiento de bases con residuos de nucleótidos en la segunda porción. Más preferiblemente, todos los residuos de nucleótidos de la primera porción tienen la capacidad de apareamiento de bases con residuos de nucleótidos en la segunda porción.
“Idéntico” o “identidad” que se utilizan en la presente, se refieren a la similitud de la secuencia de nucleótidos entre dos regiones de la misma hebra de ácido nucleico o entre regiones de dos hebras de ácido nucleico diferentes. Cuando una posición del residuo de nucleótido en ambas regiones es ocupada por el mismo residuo de nucleótido, luego las regiones son idénticas en esa posición. Una primera región es idéntica a una segunda región si al menos una posición del residuo de nucleótido de cada región es ocupada por el mismo residuo. La identidad entre dos regiones es expresada en términos de la proporción de posiciones de residuos de nucleótidos de las dos regiones que están ocupadas por el mismo residuo de nucleótido. A manera de ejemplo, una región que tiene la secuencia de nucleótidos 5'- ATTGCC-3' y una región que tiene la secuencia de nucleótidos 5-TATGGC-3' comparten 50% de identidad. Preferiblemente, la primera región comprende una primera porción y la segunda región comprende una segunda porción, mediante la cual, al menos aproximadamente 50%, y de manera preferible al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 90%, o al menos aproximadamente 95% de las posiciones de residuos de nucleótidos de cada una de las porciones son ocupadas por el mismo residuo de nucleótido. Más preferiblemente, todas las posiciones de residuos de nucleótidos de cada una de las porciones son ocupadas por el mismo residuo de nucleótido.
“Proteínas de la descripción” abarca proteínas marcadoras y sus fragmentos; proteínas marcadoras variantes y sus fragmentos; péptidos y polipéptidos que comprenden al menos un segmento de 15 aminoácidos de un marcador o proteína marcadora variante; y proteínas de fusión que comprenden una proteína marcadora o marcadora variante, o al menos un segmento de 15 aminoácidos de una proteína marcador o marcador variante. En ciertas formas de realización, una proteína de la descripción es una secuencia de péptidos o epítope lo suficientemente largo para permitir la unión específica de un anticuerpo al marcador.
La descripción proporciona además anticuerpos, derivados de anticuerpos y fragmentos de anticuerpos que se unen específicamente con las proteínas marcadoras y fragmentos de las proteínas marcadoras de la presente descripción. A menos que se especifique lo contrario aquí en la presente, los términos “anticuerpo” y “anticuerpos” abarcan ampliamente las formas producidas de manera natural de anticuerpos (por ejemplo, IgG, IgA, IgM, IgE) y anticuerpos recombinantes tales como anticuerpos de una sola cadena, anticuerpos quiméricos y humanizados y anticuerpos multi-específicos, así como fragmentos y derivados de todos los citados anteriormente, cuyos fragmentos y derivados tienen al menos un sitio de unión antigénica. Los derivados de anticuerpos pueden comprender una proteína o porción química conjugada a un anticuerpo.
En ciertas formas de realización, el cambio de aumento positivo o negativo se refiere al de cualquier gen descrito en la presente.
Cuando se utiliza en la presente, “cambio de aumento positivo” se refiere a la “sobre-regulación” o “incremento (de expresión)” de un gen que se enumera en la presente.
Cuando se utiliza en la presente, “cambio de aumento negativo” se refiere a la “sub-regulación” o “disminución (de expresión)” de un gen que se enumera en la presente.
Varios aspectos de la invención se describen con más detalle en las siguientes subsecciones.
Moléculas de Ácido Nucleico Aisladas
Un aspecto de la descripción se refiere a moléculas de ácido nucleico aisladas, incluyendo ácidos nucleicos que codifican una proteína marcadora o una porción de la misma. Los ácidos nucleicos aislados de la descripción también incluyen moléculas de ácido nucleico suficientes para usarse como sondas de hibridación para identificar moléculas de ácido nucleico marcadoras, y fragmentos de moléculas de ácido nucleico marcadoras, por ejemplo, aquéllas adecuadas para utilizarse como cebadores de PCR para la amplificación de un producto específico o mutación de moléculas de ácido nucleico marcadoras. Cuando se utilizan en la presente, se entiende que el término “molécula de ácido nucleico” incluye moléculas de ADN (por ejemplo, ADNc o ADN genómico) y moléculas de ARN (por ejemplo, ARNm) y análogos del ADN o ARN generados utilizando análogos de nucleótidos. La molécula de ácido nucleico puede ser de una sola hebra, o de doble hebra, aunque preferiblemente es ADN de doble hebra. Una molécula de ácido nucleico “aislada” es una que se separa de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural de la molécula de ácido nucleico. En una forma de realización, una molécula de ácido nucleico “aislada” (preferiblemente una secuencia que codifica proteínas) está libre de secuencias que flanquean naturalmente el ácido nucleico (es decir, las secuencias ubicadas en los extremos 5' y 3' del ácido nucleico) en el ADN genómico del organismo del cual se deriva el ácido nucleico. Por ejemplo, en varias formas de realización, la molécula de ácido nucleico aislada puede contener menos de aproximadamente 5 kb, 4 kb, 3 kb, 2 kb, y 1 kb, 0,5 kb o 0,1 kb de secuencias de nucleótidos que naturalmente flanquean la molécula de ácido nucleico en el ADN genómico de la célula de la cual se deriva el ácido nucleico. En otra forma de realización, una molécula de ácido nucleico “aislada”, tal como una molécula de ADNc, puede estar sustancialmente libre de otro material celular, o medio de cultivo cuando se produce mediante técnicas recombinantes, o sustancialmente libre de precursores químicos u otras sustancias químicas cuando se sintetiza químicamente. Una molécula de ácido nucleico que está sustancialmente libre de material celular incluye preparaciones que tienen menos de aproximadamente 30%, 20%, 10%, o 5% de ácido nucleico heterólogo (también referido en la presente como un “ácido nucleico contaminante”). Una molécula de ácido nucleico de la presente descripción se puede aislar utilizando técnicas estándar de biología molecular y la información de la secuencia en los registros de las bases de datos descritos en la presente. Al utilizar todo o una porción de tales secuencias de ácido nucleico, las moléculas de ácido nucleico de la descripción se pueden aislar utilizando hibridación estándar y técnicas de clonación (por ejemplo, como se describe en Sambrook et al., ed., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989).
Una molécula de ácido nucleico de la descripción se puede amplificar utilizando ADNc, ARNm, o ADN genómico como una plantilla y cebadores de oligonucleótidos apropiados de acuerdo con las técnicas estándar de amplificación con PCR. El ácido nucleico amplificado así se puede clonar en un vector apropiado y caracterizarse mediante análisis de secuencia de ADN. Además, los nucleótidos correspondientes a toda o a una porción de una molécula de ácido nucleico de la descripción, se pueden preparar mediante técnicas sintéticas estándar, por ejemplo, utilizando un sintetizador de ADN automatizado.
En otra forma de realización preferida, una molécula de ácido nucleico aislada de la descripción comprende una molécula de ácido nucleico que tiene una complementariedad de secuencia de nucleótidos con la secuencia de nucleótidos de un ácido nucleico marcador o con la secuencia de nucleótidos de un ácido nucleico que codifica una proteína marcadora. Una molécula de ácido nucleico que es complementaria a una secuencia de nucleótidos dada es aquella que es lo suficientemente complementaria a la secuencia de nucleótidos dada que se puede hibridar con la secuencia de nucleótidos dada formando así un dúplex estable.
Además, una molécula de ácido nucleico de la descripción puede comprender solamente una porción de una secuencia de ácido nucleico, en donde la secuencia de ácido nucleico de longitud completa comprende un ácido nucleico marcador o que codifica una proteína marcadora. Tales ácidos nucleicos se pueden utilizar, por ejemplo, como una sonda o cebador. La sonda/cebador típicamente se utiliza como uno o más oligonucleótidos sustancialmente purificados. El oligonucleótido típicamente comprende una región de secuencia de nucleótidos que se hibrida bajo condiciones severas con al menos aproximadamente 15, más de manera preferible al menos aproximadamente 25, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 250, 300, 350, o 400 o más nucleótidos consecutivos de un ácido nucleico de la invención.
Las sondas basadas en la secuencia de una molécula de ácido nucleico de la descripción se pueden utilizar para detectar los transcritos o secuencias genómicas correspondientes a uno o más marcadores de la invención. En ciertas formas de realización, las sondas se hibridan con secuencias de ácido nucleico que atraviesan las uniones de los empalmes. La sonda comprende un grupo de etiquetas anexadas a la misma, por ejemplo, un radioisótopo, un compuesto fluorescente, una enzima, o un co-factor enzimático. Tales sondas se pueden utilizar como parte de un equipo para prueba de diagnóstico o panel para identificar células o tejidos que expresan o expresan mal la proteína, de forma tal como midiendo los niveles de una molécula de ácido nucleico que codifica la proteína en una muestra de células de un sujeto, por ejemplo, detectar niveles de ARNm o determinar si un gen que codifica la proteína o sus secuencias de control de translación se ha mutado o eliminado.
La descripción abarca además moléculas de ácido nucleico que difieren, debido a la degeneración del código genético, de la secuencia de nucleótidos de ácidos nucleicos que codifican una proteína marcadora (por ejemplo, la proteína que tiene la secuencia proporcionada en el listado de secuencias), y por consiguiente codifica la misma proteína.
Se apreciará por aquellos expertos en la materia que los polimorfismos de la secuencia de ADN que llevan a cambios en la secuencia de aminoácidos pueden existir dentro de una población (por ejemplo, la población humana). Tales polimorfismos genéticos pueden existir entre individuos dentro de una población debido a la variación alélica natural y los cambios conocidos que se presentan en el cáncer. Un alelo es uno de entre un grupo de genes que se presentan alternativamente en un locus genético dado. Además, se apreciará que también pueden existir polimorfismos de ADN que afectan los niveles de expresión del ARN que pueden afectar la totalidad del nivel de expresión de ese gen (por ejemplo, afectando la regulación o degradación).
Cuando se utiliza en la presente, la frase “variante alélica” se refiere a una secuencia de nucleótidos que ocurre en un locus dado o a un polipéptido codificado por la secuencia de nucleótidos.
Cuando se utilizan en la presente, los términos “gen” y “gen recombinante” se refieren a moléculas de ácido nucleico que comprenden un marco abierto de lectura que codifica un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención. Tales variaciones alélicas naturales típicamente pueden dar como resultado 1-5% de varianza en la secuencia de nucleótidos de un gen dado. Los alelos alternativos se pueden identificar secuenciando el gen de interés en un número de diferentes individuos. Esto se puede llevar a cabo fácilmente utilizando sondas de hibridación para identificar el mismo locus genético en una variedad de individuos. Se pretende que todas y cada una de tales variaciones de nucleótido y polimorfismo o variaciones de aminoácidos resultantes que son el resultado de la variación alélica natural y que no alteran la actividad funcional, estén dentro del alcance de la invención.
En otra forma de realización, una molécula de ácido nucleico aislada de la descripción es al menos de 15, 20, 25, 30, 40, 60, 80, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 550, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1400, 1600, 1800, 2000, 2200, 2400, 2600, 2800, 3000, 3500, 4000, 4500, o más nucleótidos de longitud y se hibrida bajo condiciones severas con un ácido nucleico marcador o con un ácido nucleico que codifica una proteína marcadora. Cuando se utiliza en la presente, el término “se hibrida bajo condiciones severas” se pretende describir condiciones para hibridación y lavado bajo las cuales las secuencias de nucleótidos al menos 60% (65%, 70%, y preferiblemente 75%) idénticas entre sí típicamente permanecen hibridadas entre sí. Tales condiciones severas son conocidas para aquellos que son expertos en la materia y se pueden encontrar en las secciones 6.3.1-6.3.6 de los Protocolos Actuales en la Biología Molecular, John Wiley & Sons, N.Y. (1989). Un ejemplo no limitativo preferido de condiciones de hibridación severas es hibridación en cloruro de sodio/citrato de sodio (SSC) 6X aproximadamente a 45°C, seguido por uno o más lavados en SSC 0,2X, SDS al 1% a 50-65°C.
Agentes Terapéuticos de Ácido Nucleico
Los agentes terapéuticos de ácido nucleico son bien conocidos en la técnica. Los agentes terapéuticos de ácido nucleico incluyen ácidos nucleicos tanto de una sola hebra como de doble hebra (es decir, agentes terapéuticos de ácido nucleico que tienen una región de complementariedad de al menos 15 nucleótidos de longitud que pueden ser una o dos hebras de ácido nucleico) que son complementarios a una secuencia objetivo en una célula. Los agentes terapéuticos de ácido nucleico se pueden suministrar en una célula en cultivo, por ejemplo, agregando el ácido nucleico al medio de cultivo ya sea solo o con un agente para propiciar la captación del ácido nucleico en la célula. Los agentes terapéuticos de ácido nucleico se pueden suministrar a una célula en un sujeto, es decir, in vivo, mediante cualquier vía de administración. La formulación específica dependerá de la vía de administración.
Cuando se utiliza en la presente, y a menos que se indique lo contrario, el término “complementario”, cuando se utiliza para describir una primera secuencia de nucleótidos en relación a una segunda secuencia de nucleótidos, se refiere a la capacidad de un oligonucleótido o polinucleótido que comprende la primera secuencia de nucleótidos para hibridar y formar una estructura dúplex bajo ciertas condiciones con un oligonucleótido o polinucleótido que comprende la segunda secuencia de nucleótidos, como será entendido por una persona experta. Tales condiciones, por ejemplo, pueden ser condiciones severas, donde las condiciones severas pueden incluir: NaCl 400 mM, PIPES 40 mM pH 6,4, EDTA 1 mM, 50°C o 70°C durante 12-16 horas seguido por lavado. Pueden aplicarse otras condiciones, tales como las condiciones fisiológicamente relevantes que pueden encontrarse dentro de un organismo. La persona experta será capaz de determinar el conjunto de condiciones más apropiadas para una prueba de complementariedad de dos secuencias de acuerdo con la última aplicación de los nucleótidos hibridados. Las secuencias pueden ser “totalmente complementarias” con respecto entre sí cuando hay un apareamiento de bases de los nucleótidos de la primera secuencia de nucleótidos con los nucleótidos de la segunda secuencia de nucleótidos en toda la longitud de la primera y segunda secuencias de nucleótidos. Sin embargo, cuando una primera secuencia se refiere como “sustancialmente complementaria” con respecto a una segunda secuencia de la presente, las dos secuencias pueden ser totalmente complementarias, o las mismas pueden formar uno o más, aunque generalmente no más de 4, 3 o 2 pares base mal apareados después de la hibridación, al mismo tiempo que mantiene la capacidad de hibridarse bajo las condiciones más relevantes para su última aplicación. Sin embargo, cuando se diseñan dos oligonucleótidos para formar, después de la hibridación, uno o más salientes de una sola hebra que es común en los agentes de ácidos nucleicos de doble hebra, tales salientes no deberán considerarse como incompatibilidades con respecto a la determinación de la complementariedad. Por ejemplo, un ARNds que comprende un oligonucleótido de 21 nucleótidos de longitud y otro oligonucleótido de 23 nucleótidos de longitud, en donde el oligonucleótido más largo comprende una secuencia de 21 nucleótidos que es totalmente complementaria con el oligonucleótido más corto, incluso puede referirse como “totalmente complementario” para los propósitos descritos en la presente.
Las secuencias “complementarias”, que se utilizan en la presente, también pueden incluir, o formarse completamente de, pares base que no son de Watson-Crick y/o pares base formados de nucleótidos no naturales y modificados, hasta el grado en el que los requerimientos anteriores con respecto a su capacidad de hibridarse sean cumplidos. Tales pares base que no son de Watson-Crick incluyen, pero no están limitados a, apareamiento de bases de G:U Wobble o Hoogstein.
Los términos “complementario”, “totalmente complementario”, y “sustancialmente complementario” de la presente pueden utilizarse con respecto al apareamiento de bases entre la hebra sentido y la hebra anti-sentido de un ARNds, o entre un ácido nucleico anti-sentido o la hebra anti-sentido de ARNds y una secuencia objetivo, serán entendidos a partir del contacto de su uso.
Cuando se utiliza en la presente, un polinucleótido que es “sustancialmente complementario al menos a una parte del ARN mensajero (ARNm) se refiere a un polinucleótido que es sustancialmente complementario a una porción contigua del ARNm de interés (por ejemplo, un ARNm que codifica la filamina B, LY9, una queratina, tubulina beta-3, o PSA) incluyendo un 5' UTR, marco abierto de lectura (ORF), o un 3' UTR. Por ejemplo, un polinucleótido es complementario al menos a una parte del ARNm de filamina B, LY9, una queratina, tubulina beta-3, o PSA si la secuencia es sustancialmente complementaria a una porción no interrumpida de un ARNm que codifica la filamina B, LY9, una queratina, tubulina beta-3 o PSA.
Los agentes terapéuticos de ácido nucleico típicamente incluyen modificaciones químicas para mejorar su estabilidad y para modular sus propiedades farmacocinéticas y farmacodinámicas. Por ejemplo, las modificaciones en los nucleótidos pueden incluir, aunque no están limitados a LNA, HNA, CeNA, 2'-metoxietilo, 2'-O-alquilo, 2'-O-alilo, 2'-C-alilo, 2'-fluoro, 2'-desoxi, 2'-hidroxilo y combinaciones de los mismos.
Los agentes terapéuticos de ácido nucleico pueden comprender además al menos un enlace inter-nucleótidos de fosforotioato o metilfosfonato. La modificación del enlace inter-nucleótidos de fosforotioato o metilfosfonato puede ocurrir en cualquier nucleótido de la hebra sentido o hebra anti-sentido o ambas (en los agentes terapéuticos de ácido nucleico que incluyen una hebra sentido) en cualquier posición de la hebra. Por ejemplo, la modificación del enlace inter-nucleótidos puede ocurrir en cada nucleótido en la hebra sentido o hebra anti-sentido; cada modificación del enlace inter-nucleótidos puede ocurrir en un patrón alternante en la hebra sentido o hebra anti-sentido; o la hebra sentido o hebra anti-sentido puede contener ambas modificaciones de enlace inter-nucleótidos en un patrón alternante. El patrón alternante de la modificación del enlace inter-nucleótidos en la hebra sentido puede ser igual o diferente a la hebra anti-sentido, y el patrón alternante de la modificación del enlace inter-nucleótidos en la hebra sentido puede tener un cambio relativo al patrón alternante de la modificación del enlace inter-nucleótidos en la hebra anti-sentido.
Agentes Terapéuticos de Ácido Nucleico de una Sola Hebra
Los agentes terapéuticos de ácido nucleico de una sola hebra del agente terapéutico de ácido nucleico anti-sentido, de manera típica de aproximadamente 16 a 30 nucleótidos de longitud y son complementarios de una secuencia de ácido nucleico objetivo en la célula objetivo, ya sea en cultivo o en un organismo.
Se proporcionan patentes dirigidas a ácidos nucleicos anti-sentido, modificaciones químicas y usos terapéuticos, por ejemplo, en la patente de Estados Unidos número 5.898.031 relacionada con los compuestos terapéuticos que contienen ARN químicamente modificado, y los métodos relacionados de la patente de Estados Unidos número 6.107.094 para utilizar estos compuestos como un agente terapéutico. La patente de Estados Unidos número 7.432.250 relacionada con los métodos para tratar pacientes administrando compuestos similares al ARN químicamente modificado de una sola hebra; y la patente de Estados Unidos número 7.432.249 relacionada con composiciones farmacéuticas que contienen compuestos similares a ARN modificado químicamente de una sola hebra. La patente de Estados Unidos número 7.629.321 está relacionada con métodos para escindir el ARNm objetivo utilizando un oligonucleótido de una sola hebra que tiene una pluralidad de nucleósidos de ARN y al menos una modificación química.
Agentes Terapéuticos de Ácido Nucleico de Doble Hebra
En muchas formas de realización, la región dúplex es de 15-30 pares de nucleótidos de longitud. En algunas formas de realización, la región dúplex es de 17-23 pares de nucleótidos de longitud, 17-25 pares de nucleótidos de longitud, 23-27 pares de nucleótidos de longitud, 19-21 pares de nucleótidos de longitud, o 21-23 pares de nucleótidos de longitud.
En ciertas formas de realización, cada hebra tiene 15-30 nucleótidos.
Los agentes de ARNi que se utilizan en los métodos de la descripción incluyen agentes con modificaciones químicas que se describen, por ejemplo, en las publicaciones WO 2009/073809 y w O/2012/0372544.
Un “agente de ARNi”, “agente de ARNi de doble hebra”, molécula de ARN de doble hebra (ARNds), también referida como “agente de ARNds”, “ARNds”, “ARNsi”, “agente de ARNi”, que se utilizan intercambiablemente en la presente, se refiere a un complejo de moléculas de ácido ribonucleico, que tiene una estructura dúplex que comprende dos hebras de ácido nucleico anti-paralelas y sustancialmente complementarias, que se definen más adelante. Cuando se utiliza en la presente, un agente de ARNi también puede incluir ARNdsi (ver, por ejemplo, la publicación de patente de Estados Unidos 20070104688). En general, la mayoría de nucleótidos de cada hebra son ribonucleótidos, aunque como se describe en la presente, cada una o ambas hebras también puede incluir uno o más noribonucleótidos, por ejemplo, un desoxirribonucleótido y/o un nucleótido modificado. Además, cuando se utiliza en esta especificación, un “agente de ARNi” puede incluir ribonucleótidos con modificaciones químicas; un agente de ARNi puede incluir modificaciones sustanciales en múltiples nucleótidos. Tales modificaciones pueden incluir todos los tipos de modificaciones descritas en la presente o conocidas en la técnica. Cualquiera de tales modificaciones, que se utilizan en una molécula tipo ARNsi, son abarcadas por el “agente de ARNi” para los propósitos de esta especificación y reivindicaciones.
Las dos hebras que forman la estructura dúplex pueden ser diferentes porciones de una molécula de ARN más grande, o las mismas pueden ser moléculas de ARN separadas. Cuando las dos hebras son parte de una molécula más grande, y, por lo tanto, se conectan mediante una cadena ininterrumpida de nucleótidos entre el extremo 3' de una hebra y el extremo 5' de otra hebra respectiva que forma la estructura dúplex, la cadena de ARN de conexión se refiere como un “estructura en horquilla”. Cuando las dos hebras se conectan covalentemente por medio de otra cadena ininterrumpida de nucleótidos entre el extremo 3' de una hebra y el extremo 5' de otra hebra respectiva que forma la estructura dúplex, la estructura de conexión se refiere como “enlace”. Las hebras de ARN pueden tener el mismo número o un número diferente de nucleótidos. El número máximo de pares base es el número de nucleótidos en la hebra más corta del ARNds menos cualquier saliente que esté presente en el dúplex. Además de la estructura dúplex, un agente de ARNi puede comprender una o más salientes de nucleótidos. El término “ARNsi” también se utiliza en la presente para referirse a un agente de ARNi como se describe anteriormente.
En otro aspecto, el agente es una molécula de ARN anti-sentido de una sola hebra. La molécula de ARN anti-sentido es complementaria a una secuencia dentro del ARNm objetivo. El ARN anti-sentido puede inhibir la traslación de una manera estequiométrica mediante un apareamiento de bases en el ARNm y obstruyendo físicamente la maquinaria de traslación, ver Dias, N. et al., (2002) Mol Cáncer Ther 1:347-355. La molécula de ARN anti-sentido puede tener aproximadamente 15-30 nucleótidos que son complementarios al ARNm objetivo. Por ejemplo, la molécula de ARN anti-sentido puede tener una secuencia de al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20 o más nucleótidos contiguos complementarios a las secuencias de filamina B o LY9 proporcionadas en la presente.
El término “hebra anti-sentido” se refiere a la hebra de un agente de ARNi de doble hebra que incluye una región que es sustancialmente complementaria a una secuencia objetivo (por ejemplo, un ARNm de TTR humana). Cuando se utiliza en la presente, el término “región complementaria a una parte de un ARNm que codifica la transtiretina” se refiere a una región en la hebra anti-sentido que es sustancialmente complementaria a parte de una secuencia de ARNm de TTR. Cuando la región de complementariedad no es totalmente complementaria a la secuencia objetivo, las incompatibilidades son más toleradas en las regiones terminales y, si está presente, generalmente están en una región terminal o regiones, por ejemplo, dentro de 6, 5, 4, 3, o 2 nucleótido del extremo terminal 5' y/o 3'.
El término “hebra sentido”, que se utiliza en la presente, se refiere a la hebra de un ARNds que incluye una región que es sustancialmente complementaria a una región de la hebra anti-sentido.
La descripción también incluye ácidos nucleicos referentes moleculares que tienen al menos una región que es complementaria a un ácido nucleico de la invención, de tal modo que el referente molecular sea útil para cuantificar la presencia del ácido nucleico de la invención en una muestra. Un ácido nucleico “referente molecular” es un ácido nucleico que comprende un par de regiones complementarias y que tiene un fluoróforo y un silenciador fluorescente asociado con los mismos. El fluoróforo y silenciador están asociados con diferentes porciones del ácido nucleico en tal orientación que cuando las regiones complementarias se hibriden entre sí, la difluorescencia del fluoróforo es apagada por el apagador. Cuando las regiones complementarias del ácido nucleico no se hibridan entre sí, la fluorescencia del fluoróforo se apaga en menor grado. Los ácidos nucleicos referentes moleculares se describen, por ejemplo, en la patente de Estados Unidos número 5.876.930.
Proteínas Aisladas y Anticuerpos
Un aspecto de la descripción pertenece a proteínas marcadoras aisladas y porciones biológicamente activas de las mismas, así como fragmentos de polipéptido adecuados para usarse como inmunógenos para aumentar los anticuerpos dirigidos contra una proteína marcadora o un fragmento de la misma. En una forma de realización, la proteína marcadora nativa se puede aislar de células o fuentes de tejido mediante un esquema de purificación apropiado utilizando técnicas estándar de purificación de proteínas. En otra forma de realización, se produce una proteína o péptido que comprende la totalidad o un segmento de la proteína marcadora mediante técnicas de ADN recombinantes. De manera alternativa a la expresión recombinante, tal proteína o péptido se puede sintetizar químicamente utilizando técnicas estándar de síntesis de péptidos.
Una proteína “aislada” o “purificada” o porción biológicamente activa de la misma está sustancialmente libre de material celular u otras proteínas contaminantes de la célula o fuente de tejido del cual se deriva la proteína, o sustancialmente libre de precursores químicos u otras sustancias químicas cuando se sintetizan químicamente. El lenguaje “sustancialmente libre de material celular” incluye preparaciones de proteína en las cuales la proteína se separa de componentes celulares de las células de las que la misma se aísla o se produce recombinantemente. Por consiguiente, la proteína que está sustancialmente libre de material celular incluye preparaciones de proteína que tienen menos de aproximadamente 30%, 20%, 10%, o 5% (en peso seco) de proteína heteróloga (también mencionada en la presente como una “proteína contaminante”). Cuando la proteína o porción biológicamente activa de la misma se produce recombinantemente, de manera preferible también está sustancialmente libre de medio de cultivo, es decir, el medio de cultivo representa menos de aproximadamente 20%, 10%, o 5% del volumen de la preparación de la proteína. Cuando la proteína se produce mediante síntesis química, de manera preferible sustancialmente está libre de precursores químicos u otras sustancias químicas, es decir, se separa de precursores químicos u otras sustancias químicas que están involucradas en la síntesis de la proteína. De acuerdo con esto tales preparaciones de la proteína tienen menos de aproximadamente 30%, 20%, 10%, 5% (en peso seco) de precursores químicos o compuestos distintos al polipéptido de interés.
Las porciones biológicamente activas de una proteína marcadora incluyen polipéptidos que comprenden secuencias de aminoácidos suficientemente idénticas a o derivadas de la secuencia de aminoácidos de la proteína marcadora, que incluyen menos aminoácidos que la proteína de longitud completa, y exhiben al menos una actividad de la correspondiente proteína de longitud completa. De manera típica, las porciones biológicamente activas comprenden un dominio o motivo con al menos una actividad de la correspondiente proteína de longitud completa. Una porción biológicamente activa de una proteína marcadora de la invención puede ser un polipéptido que, por ejemplo, es de 10, 25, 50, 100 o más aminoácidos de longitud. Además, otras porciones biológicamente activas, en las cuales se eliminan otras regiones de la proteína marcadora, se pueden preparar mediante técnicas recombinantes y evaluar una o más actividades funcionales de la forma nativa de la proteína marcadora.
Las proteínas marcadoras preferidas se codifican mediante secuencias de nucleótidos proporcionadas en el listado de secuencias. Otras proteínas útiles son sustancialmente idénticas (por ejemplo, al menos aproximadamente 40%, de manera preferible 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% o 99%) a una de estas secuencias y mantienen la actividad funcional de la correspondiente proteína marcadora producida de manera natural incluso difiere de la secuencia de aminoácidos debido a la variación alélica natural o mutagénesis.
Para determinar la identidad porcentual de dos o más secuencias de aminoácidos o de dos ácidos nucleicos, las secuencias se alinean para propósitos de comparación óptima (por ejemplo, se pueden introducir espacios vacíos en la secuencia de una primera secuencia de aminoácidos o ácido nucleico para su alineación óptima con una segunda secuencia de aminoácidos o ácido nucleico). Entonces se comparan los residuos de aminoácidos o nucleótidos en las correspondientes posiciones de aminoácidos o posiciones de nucleótidos. Cuando una posición en la primera secuencia es ocupada por el mismo residuo de aminoácido o nucleótido como la correspondiente posición en la segunda secuencia, entonces las moléculas son idénticas a esa posición. Preferiblemente, la identidad porcentual entre las dos secuencias se calcula utilizando una alienación global. Alternativamente, la identidad porcentual entre las dos secuencias se calcula utilizando una alineación local. La identidad porcentual entre las dos secuencias es una función del número de posiciones idénticas compartidas por las secuencias (es decir, % de identidad = # de posiciones idénticas/# total de posiciones (por ejemplo, posiciones superpuestas) x 100). En una forma de realización las dos secuencias son de la misma longitud. En otra forma de realización, las dos secuencias no son de la misma longitud.
La determinación de la identidad porcentual entre dos secuencias se puede lograr utilizando un algoritmo matemático. Un ejemplo preferido no limitativo de un algoritmo matemático utilizado para la comparación de dos secuencias es el algoritmo de Karlin y Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268, modificado como en Karlin y Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877. Tal algoritmo se incorpora en los programas BLASTN y BLASTX de Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410. Se pueden realizar búsquedas de nucleótidos BLAST con el programa BLASTN, puntuación = 100, longitud de palabra = 12 para obtener secuencias de nucleótidos homologas a una molécula de ácido nucleico de la invención. Se pueden realizar búsquedas de proteína BLAST con el programa BLASTP, puntuación = 50, longitud de palabra = 3 para obtener secuencias de aminoácidos homologas a una molécula de proteína de la invención. Para obtener alienaciones abiertas para propósitos de comparación, se puede utilizar una versión más reciente del algoritmo BLAST denominado Gapped BLAST como se describe en Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, que es capaz de realizar alineaciones locales abiertas para los programas BLASTN, BLASTP y BLASTX. Alternativamente, se puede utilizar el PSI-Blast para realizar una búsqueda iterada que detecte relaciones distantes entre las moléculas. Cuando se utilizan los programas BLAST, Gapped BLAST, y PSI-Blast, se pueden utilizar los parámetros predeterminados de los respectivos programas (por ejemplo, BLASTx y BLASTN). Ver http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Otro ejemplo no limitativo preferido de un algoritmo matemático utilizado para la comparación de secuencias es el algoritmo de Myers y Miller, (1988) CABIOS 4: 11-17. Tal algoritmo se incorpora en el programa ALIGN (versión 2.0) que es parte del paquete informático para alineación de secuencias. Cuando se utiliza el programa ALIGN para comparar secuencias de aminoácidos, se puede utilizar una tabla de residuos de peso PAM120, una penalidad de longitud de espacios vacíos de 12, y una penalidad de espacios vacíos de 4. Otro algoritmo más útil para identificar regiones de similitud y alineación de secuencia local es el algoritmo FASTA que se describe en Pearson y Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448. Cuando se utiliza el algoritmo FASTA para comparar secuencias de nucleótidos o aminoácidos, se puede utilizar una tabla de residuos de peso PAM120, por ejemplo, con un valor ^-tupla de 2.
La identidad porcentual entre dos secuencias se puede determinar utilizando técnicas similares a las descritas anteriormente, con o sin espacios vacíos permitidos. Para calcular la identidad porcentual, se cuantifican solo las búsquedas exactas.
Otro aspecto de la descripción se refiere a anticuerpos dirigidos contra una proteína de la invención. En formas de realización preferidas, los anticuerpos se unen específicamente a una proteína marcadora o un fragmento de la misma. Los términos “anticuerpo” y “anticuerpos” que se utilizan intercambiablemente en la presente, se refieren a moléculas de inmunoglobulina, así como fragmentos y derivados de las mismas que comprenden una porción inmunológicamente activa de una molécula de inmunoglobulina (es decir, tal porción contiene un sitio de unión al antígeno que se une específicamente a un antígeno, tal como una proteína marcadora, por ejemplo, un epítope de una proteína marcadora). Un anticuerpo que se une específicamente a una proteína de la invención es un anticuerpo que se une a la proteína, pero que no se une sustancialmente a otras moléculas en una muestra, por ejemplo, una muestra biológica, que contiene naturalmente la proteína. Los ejemplos de una porción inmunológicamente activa de una molécula de inmunoglobulina incluyen, pero no están limitados a, anticuerpos de una sola cadena (scAb), F(ab) y fragmentos F(ab')2.
Una proteína aislada de la descripción o un fragmento de la misma se puede utilizar como un inmunógeno para generar anticuerpos. La proteína de longitud completa se puede utilizar o, alternativamente, la descripción proporciona fragmentos de péptidos antigénicos para utilizarse como inmunógenos. El péptido antigénico de una proteína de la descripción comprende al menos 8 (preferiblemente 10, 15, 20, o 30 o más) residuos de aminoácidos de la secuencia de aminoácidos de una de las proteínas de la descripción, y abarca al menos un epítope de la proteína de tal modo que un anticuerpo aumentado contra el péptido forme un complejo inmune específico con la proteína. Los epítopes preferidos abarcados por el péptido antigénico son regiones que se ubican sobre la superficie de la proteína, por ejemplo, regiones hidrófilas. Puede utilizarse análisis del comportamiento hidrófobo de la secuencia, el análisis del comportamiento hidrófilo de la secuencia, o análisis similares para identificar regiones hidrófilas. En formas de realización preferidas, se utiliza como un inmunógeno una proteína marcadora aislada o fragmento de la misma.
La descripción proporciona anticuerpos policlonales y monoclonales. El término “anticuerpo monoclonal” o “composición del anticuerpo monoclonal”, que se utiliza en la presente, se refiere a una población de moléculas de anticuerpos que contiene solamente una especie de un sitio de unión al antígeno capaz de inmuno-reaccionar con un epítope particular. Las composiciones preferidas de anticuerpos policlonales y monoclonales son aquéllos que han sido seleccionados como anticuerpos dirigidos contra una proteína de la invención. Las preparaciones de anticuerpos policlonales y monoclonales particularmente preferidas son aquéllas que contienen solamente anticuerpos dirigidos contra una proteína marcadora o fragmento de la misma. Los métodos para hacer el anticuerpo policlonal, monoclonal y recombinante, y fragmentos de anticuerpos son bien conocidos en la técnica.
Medicina Predictiva
La presente descripción pertenece al campo de la medicina predictiva en la cual se utilizan ensayos de diagnóstico, ensayos de pronóstico, farmacogenómica y ensayos clínicos de seguimiento para propósitos de pronostico (predictivos) para tratar por ende a un individuo profilácticamente. De acuerdo con esto, un aspecto de la presente descripción se refiere a ensayos de diagnóstico para determinar el nivel de expresión de una o más proteínas marcadoras o ácidos nucleicos, a fin de determinar si un individuo está en riesgo de desarrollar una afección o enfermedad, tal como, sin limitación, una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata. Tales ensayos se pueden utilizar para propósitos de diagnóstico o pronóstico para tratar profilácticamente por ende a un individuo antes de la aparición de la afección.
Otro aspecto más de la descripción se refiere a supervisar la influencia de agentes (por ejemplo, fármacos u otros compuestos administrados ya sea para inhibir una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata, o para tratar o prevenir cualquier otra afección (es decir con el fin de entender cualquier efecto carcinógeno que tal tratamiento pueda tener)) en la expresión o actividad de un marcador de la invención en ensayos clínicos. Estos y otros agentes se describen con más detalle en las siguientes secciones.
A. Ensayos de Diagnóstico
Un método ejemplar para detectar la presencia o ausencia o cambio del nivel de expresión de una proteína marcadora o ácido nucleico en una muestra biológica, involucra obtener una muestra biológica (por ejemplo, un fluido corporal asociado con la afección oncológica) de un sujeto de prueba y poner en contacto la muestra biológica con un compuesto o un agente capaz de detectar el polipéptido o ácido nucleico (por ejemplo, ARNm, ADN genómico, o ADNc). Los métodos de detección de la invención, por consiguiente, se pueden utilizar para detectar el ARNm, proteína, ADNc, o ADN genómico, por ejemplo, en una muestra biológica in vitro, así como in vivo.
Los métodos proporcionados en la presente para detectar la presencia, ausencia, cambio del nivel de expresión de una proteína marcadora o ácido nucleico en una muestra biológica incluyen obtener una muestra biológica de una secuencia que puede o no contener la proteína marcadora o ácido nucleico a detectar, poner en contacto la muestra con un agente de unión al marcador específico (es decir, uno o más agentes de unión al marcador específico) que es capaz de formar un complejo con la proteína marcadora o ácido nucleico a detectar, y poner en contacto la muestra con un reactivo de detección para la detección del marcador-complejo de agente de unión al marcador específico, si se forma. Se entiende que los métodos proporcionados en la presente para detectar un nivel de expresión de un marcador en una muestra biológica incluyen las etapas para realizar el ensayo. En ciertas formas de realización de los métodos de detección, el nivel de la proteína marcadora o ácido nucleico en la muestra es ninguno en absoluto o está por debajo del umbral de detección.
Los métodos incluyen la formación de ya sea un complejo temporal o estable entre el marcador y el agente de unión al marcador específico. Los métodos requieren que el complejo, si se forma, se forme durante suficiente tiempo que permita a un reactivo de detección unirse al complejo y producir una señal detectable (por ejemplo, señal fluorescente, una señal de un producto de una reacción enzimática, por ejemplo, una reacción con peroxidasa, una reacción con fosfatasa, una reacción con beta-galactosidasa o una reacción de polimerasa).
En ciertas formas de realización, todos los marcadores se detectan utilizando el mismo método. En ciertas formas de realización, todos los marcadores se detectan utilizando la misma muestra biológica (por ejemplo, el mismo fluido corporal o tejido). En ciertas formas de realización, se detectan diferentes marcadores utilizando varios métodos. En ciertas formas de realización, se detectan en diferentes muestras biológicas.
1. Detección de proteína
En ciertas formas de realización de la invención, el marcador a detectar es una proteína. Las proteínas se detectan utilizando una serie de ensayos en los cuales un complejo entre la proteína marcadora a detectar y el agente de unión al marcador específico podría no ocurrir de manera natural, por ejemplo, debido a que uno de los componentes no es un compuesto que se produce de manera natural o el marcador para la detección y el agente de unión al marcador específico no son del mismo organismo (por ejemplo, por ejemplo, proteínas marcadoras humanas detectadas utilizando anticuerpos de unión a marcadores específicos de ratón, rata o cabra). En una forma de realización preferida de la invención, la proteína marcadora para la detección es una proteína marcadora humana. En ciertos ensayos de detección, los marcadores humanos para detección se unen mediante anticuerpos no humanos de marcadores específicos, por consiguiente, el complejo no debería formarse naturalmente. El complejo de la proteína marcadora se puede detectar directamente, por ejemplo, mediante el uso de un anticuerpo etiquetado del marcador específico que se une directamente al marcador, o uniendo un componente adicional al marcador-complejo del anticuerpo del marcador específico. En ciertas formas de realización, el componente adicional es un segundo anticuerpo de marcador específico capaz de unir el marcador al mismo tiempo como el primer anticuerpo de marcador específico. En ciertas formas de realización, el componente adicional es un anticuerpo secundario que se une a un anticuerpo de marcador específico, en donde el anticuerpo secundario preferiblemente se une a una etiqueta detectable (por ejemplo, etiqueta fluorescente, etiqueta enzimática, biotina). Cuando el anticuerpo secundario se enlaza a una etiqueta detectable enzimática (por ejemplo, una peroxidasa, una fosfatasa, una beta-galactosidasa), el anticuerpo secundario se detecta poniendo en contacto la etiqueta detectable enzimática con un substrato apropiado para producir un producto colorimétrico, fluorescente, u otro producto detectable, de manera preferible cuantitativamente. Los anticuerpos para ser utilizados en los métodos de la invención pueden ser policlonales, sin embargo, en una forma de realización preferida se utilizan anticuerpos monoclonales. Un anticuerpo intacto, o un fragmento o derivado del mismo (por ejemplo, Fab o F(ab')2 ) se puede utilizar en los métodos de la invención. Tales estrategias de la proteína marcadora se utilizan, por ejemplo, en ELISA, RIA, transferencia de Western, y métodos de ensayo con inmuno-fluorescencia.
En ciertos ensayos de detección, el marcador presente en la muestra biológica para la detección es una enzima y el reactivo de detección es un substrato enzimático. Por ejemplo, la enzima puede ser una proteasa y el substrato puede ser cualquier proteína que incluya un sitio de escisión de proteasa apropiado. Alternativamente, la enzima puede ser una cinasa y el substrato puede ser cualquier substrato para la cinasa. En formas de realización preferidas, el substrato que forma un complejo con la enzima marcadora a detectar no es el substrato para la enzima en un sujeto humano.
En ciertas formas de realización, el marcador-complejo del agente de unión al marcador específico se anexa a un soporte sólido para la detección del marcador. El complejo se puede formar en el substrato o formarse antes de su captura en el substrato. Por ejemplo, en un ELISA, RIA, ensayo con inmunoprecipitación, transferencia Western, ensayo con inmuno-fluorescencia, en ensayo enzimático en gel, el marcador para detección se anexa a un soporte sólido, ya sea directa o indirectamente. En un ELISA, RIA, o ensayo de inmuno-fluorescencia, el marcador de manera típica se anexa a un soporte sólido a través de un anticuerpo o proteína de unión. En una transferencia Western o ensayo con inmuno-fluorescencia, de manera típica el marcador se anexa directamente al soporte sólido. Para ensayos con enzimas en gel, al marcador se determina en un gel, típicamente un gel de acrilamida, en el cual se integra un substrato a la enzima.
2. Detección de ácidos nucleicos
En ciertas formas de realización de la invención, el marcador es un ácido nucleico. Los ácidos nucleicos se detectan utilizando una serie de ensayos en los cuales un complejo entre el ácido nucleico marcador a detectar y una sonda de un marcador específico podrían no ocurrir de manera natural, por ejemplo, debido a que uno de los componentes no es un compuesto que se produzca de manera natural. En ciertas formas de realización, el analito comprende un ácido nucleico y la sonda comprende una o más moléculas de ácido nucleico sintéticas de una sola hebra, por ejemplo, una molécula de ADN, un híbrido de ADN-ARN, un ANP, o una molécula de ácido nucleico modificada que contiene una o más bases artificiales, azucares o porciones estructurales. En ciertas formas de realización, el ácido nucleico sintético que es de una sola hebra, es una molécula de ADN que incluye una etiqueta fluorescente. En ciertas formas de realización, el ácido nucleico sintético es una molécula de oligonucleótido de una sola hebra de aproximadamente 12 hasta aproximadamente 50 nucleótidos de longitud. En ciertas formas de realización, el ácido nucleico a detectar es un ARNm y el complejo formado es un ARNm hibridado en una molécula de una sola hebra que es complementaria al ARNm. En ciertas formas de realización, un ARN se detecta mediante la generación de una molécula de ADN (es decir, una molécula de ADNc) primero de la plantilla de ARN utilizando el ADN de una sola hebra que se hibrida en el ARN como un cebador, por ejemplo, un cebador de poli-T general para transcribir el ARN de poli-A. El ADNc se puede utilizar entonces como una plantilla para una reacción de amplificación, por ejemplo, PCR, ensayo con extensión de cebadores, utilizando una sonda de marcador específico. En ciertas formas de realización, un ADN etiquetado de una sola hebra se puede hibridar en el ARN presente en la muestra para la detección del ARN mediante hibridación fluorescente in situ (FISH) o para la detección del ARN mediante transferencia Northern.
Por ejemplo, las técnicas in vitro para la detección de ARNm incluyen hibridaciones Northern, hibridaciones in situ, y PCRrt. Las técnicas in vitro para la detección de ADN genómico incluyen hibridaciones Southern. Las técnicas para la detección de ARNm incluyen PCR, hibridaciones Northern e hibridaciones in situ. Los métodos incluyen métodos tanto cualitativos como cuantitativos.
Un principio general de tales ensayos de diagnóstico, pronóstico y seguimiento involucra preparar una muestra o mezcla de reacción que pueda contener un marcador, y una sonda, bajo condiciones apropiadas y durante un tiempo suficiente para permitir al marcador y la sonda interactuar y unirse, formando así un complejo que se puede detectar y/o eliminar de la mezcla de reacción. Estos ensayos se pueden realizar en una variedad de maneras conocidas en la técnica, por ejemplo, ensayo ELISA, PCR, FISh .
3. Detección de niveles de expresión
Los niveles del marcador se pueden detectar en base al nivel de expresión absoluto o un nivel de expresión normalizado o relativo. La detección de niveles del marcador absolutos puede ser preferible cuando se supervisa el tratamiento de un sujeto o para determinar si hay un cambio en el estado del cáncer de próstata de un sujeto. Por ejemplo, el nivel de expresión de uno o más marcadores se puede supervisar en un sujeto que recibe tratamiento contra cáncer de próstata, por ejemplo, a intervalos regulares, tales como intervalos mensuales. Una modulación en el nivel de uno o más marcadores se puede supervisar con el transcurso del tiempo para observar las tendencias en los cambios en los niveles del marcador. Los niveles de expresión de uno o más de filamina B, LY9, o queratina 19 en el sujeto pueden ser más altos que el nivel de expresión de aquellos marcadores en una muestra normal, aunque pueden ser más bajos que el nivel de expresión previo, indicando así un beneficio del régimen de tratamiento para el sujeto. De manera similar, los índices de cambio de los niveles del marcador pueden ser importantes en un sujeto que no está sometido a un tratamiento activo contra el cáncer de próstata (por ejemplo, espera en observación). Los cambios o la falta de los mismos, en los niveles del marcador pueden ser más relevantes para las decisiones sobre el tratamiento del sujeto que los niveles del marcador presentes en la población. Los cambios rápidos en los niveles del marcador en un sujeto que de algún otro modo parece tener una próstata normal pueden ser indicativos de un estado anormal de la próstata, incluso si los marcadores están dentro de rangos normales para la población.
Como una alternativa para hacer determinaciones en base al nivel de expresión absoluto del marcador, las determinaciones pueden basarse en el nivel de expresión normalizado del marcador. Los niveles de expresión se normalizan corrigiendo el nivel de expresión absoluto de un marcador comparando su expresión con la expresión de un gen que no es un marcador, por ejemplo, un gen de mantenimiento que se expresa constitutivamente. Los genes adecuados para la normalización incluyen genes de mantenimiento tales como el gen de actina, o genes específicos de células epiteliales. Esta normalización permite la comparación del nivel de expresión en una muestra, por ejemplo, una muestra del paciente, con otra muestra, por ejemplo, una muestra no cancerígena, o entre muestras de diferentes fuentes.
Alternativamente, el nivel de expresión se puede proporcionar como un nivel de expresión relativo en comparación con un control apropiado, por ejemplo, control de población, control de tejido normal adyacente, control del instante inicial, etc. Preferiblemente, las muestras utilizadas en la determinación basal serán de células no cancerígenas. La elección de la fuente de células depende del uso del nivel de expresión relativo. El uso de la expresión encontrada en tejidos normales como una puntuación media de la expresión para validar si el marcador evaluado es específico del cáncer (versus células normales). Además, cuando se acumulan más datos, el valor medio de expresión se puede revisar, proporcionando mejores valores de expresión relativos en base a los datos acumulados. Los datos de expresión de las células cancerígenas proporcionan un medio para clasificar la severidad del estado del cáncer.
Métodos de Diagnóstico, Pronóstico y Tratamiento
La descripción proporciona métodos para detectar un estado anormal de la próstata en un sujeto
(1) poner en contacto una muestra biológica de un sujeto con un panel de uno o más reactivos de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína relacionada con el cáncer de próstata; en donde las proteínas relacionadas con el cáncer de próstata se seleccionan de la proteína relacionada con el cáncer de próstata establecida como sigue: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(2) medir la cantidad de cada marcador relacionado con el cáncer de próstata detectado en la muestra biológica mediante cada reactivo de detección; y
(3) comparar el nivel de expresión de una o más proteínas relacionadas con el cáncer de próstata en la muestra biológica obtenida del sujeto con un nivel de expresión de una o más proteínas relacionadas con el cáncer de próstata, en una muestra de control normal, detectando de este modo un estado anormal de la próstata.
En ciertas formas de realización, detectar un estado anormal de la próstata comprende diagnosticar el estado del cáncer de próstata en un sujeto. En ciertas formas de realización, un estado anormal de la próstata comprende identificar una predisposición a desarrollar cáncer de próstata.
La descripción proporciona métodos para el seguimiento del tratamiento de cáncer de próstata en un sujeto
(1) poner en contacto una primera muestra biológica obtenida del sujeto antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto con un panel de uno o más reactivos de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína relacionada con el cáncer de próstata; en donde las proteínas relacionadas con el cáncer de próstata se seleccionan de la proteína de la próstata establecida como sigue: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(2) poner en contacto una segunda muestra biológica obtenida del sujeto después de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto con un panel de uno o más reactivos de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína relacionada con el cáncer de próstata; en donde las proteínas relacionadas con el cáncer de próstata se seleccionan de la proteína de la próstata establecida como sigue: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(3) medir la cantidad del marcador relacionado con el cáncer de próstata detectado en cada una de la primera muestra biológica y la segunda muestra biológica mediante cada reactivo de detección; y
(4) comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra, supervisando así el tratamiento del cáncer de próstata en el sujeto.
La descripción proporciona un método para seleccionar la administración del tratamiento activo o contra la administración del tratamiento activo del cáncer de próstata en un sujeto
(1) poner en contacto una primera muestra biológica obtenida del sujeto antes de administrar el régimen de tratamiento al sujeto con un panel de uno o más reactivos de detección en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína relacionada con el cáncer de próstata; en donde las proteínas relacionadas con el cáncer de próstata se seleccionan de la proteína de la próstata establecida como sigue: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(2) poner en contacto una segunda muestra biológica obtenida del sujeto antes de administrar un régimen de tratamiento al sujeto con un panel de uno o más reactivos de detección en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína relacionada con el cáncer de próstata; en donde las proteínas relacionadas con el cáncer de próstata se seleccionan de la proteína de la próstata establecida como sigue: filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3;
(3) medir la cantidad del marcador relacionado con el cáncer de próstata detectado en cada una de la primera muestra biológica y la segunda muestra biológica mediante cada reactivo de detección; y
(4) comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra, en donde seleccionar la administración del tratamiento activo o contra la administración del tratamiento activo de cáncer de próstata se basa en la presencia o ausencia de los cambios en el nivel de expresión de uno o más marcadores entre la primera muestra y la segunda muestra.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son dos o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son tres o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son cuatro o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son cinco o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son seis o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son siete o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son ocho o más marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata son nueve o más marcadores.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico proporcionados en la presente, un incremento en el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico proporcionados en la presente, no hay incremento en el nivel de expresión detectado de uno o más de entre filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en comparación con el nivel de expresión en una muestra de control normal, es una indicación de que el sujeto está enfermo de cáncer de próstata o no tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico proporcionados en la presente, un incremento en el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la muestra biológica en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, es una indicación de que el sujeto tiene predisposición a desarrollar cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, no hay incremento en el nivel de expresión detectado de cualquiera de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, es una indicación de que la terapia es eficaz para tratar el cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, comprenden además comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra o el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra con la expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, un incremento en el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, es una indicación de la selección de un tratamiento activo del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, no hay incremento en el nivel de expresión detectado de cualquiera de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, es una indicación contra la selección del tratamiento activo del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, en donde un nivel de expresión incrementado de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra en comparación con el nivel de expresión en la primera muestra, es una indicación de que la terapia no es eficaz en el tratamiento del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo de queratina 7, queratina 8 y queratina 15. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo de queratina 7, queratina 15 y queratina 19. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata es queratina 7 o queratina 15. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata se selecciona del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3, en la muestra biológica se compara con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, siendo indicativo de una modulación en el estado del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, la modulación del nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la segunda muestra en comparación con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la primera muestra, es indicativo de un cambio en el estado del cáncer de próstata en respuesta al tratamiento del cáncer de próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización de los métodos de seguimiento proporcionados en la presente, los métodos comprenden además comparar el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la primera muestra; o el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la segunda muestra, con el nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal.
En ciertas formas de realización, los métodos de diagnóstico proporcionados en la presente comprenden además detectar el nivel de expresión del antígeno prostático específico (PSA) en la muestra biológica y preferiblemente comprenden además comparar el nivel de expresión del PSA en la muestra biológica con un nivel de expresión del PSA en una muestra de control normal. En ciertas formas de realización, la combinación del nivel de PSA con uno o más niveles del marcador de cáncer de próstata incrementa el valor predictivo del método.
En ciertas formas de realización, los métodos de seguimiento proporcionados en la presente comprenden además detectar el nivel de expresión del antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra y la segunda muestra, y preferiblemente comprenden además comparar el nivel de expresión del PSA en la primera muestra con el nivel de expresión del PSA en la segunda muestra. En ciertos métodos de seguimiento, el cambio en el nivel de PSA en combinación con el cambio el nivel del marcador de cáncer de próstata incrementa el valor predictivo del método.
En ciertas formas de realización, los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprende además comparar el nivel detectado de uno o más marcadores de próstata en las muestras biológicas con una o más muestras de control, en donde la muestra de control es una o más de una muestra del mismo sujeto en un instante más anterior a la muestra biológica, una muestra de un sujeto con hiperplasia prostética benigna (BPH), una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata susceptible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata agresivo y muestra obtenida de un sujeto con cáncer de próstata no agresivo. La comparación de los niveles del marcador en las muestras biológicas con las muestras de control de sujetos con varios estados normal y anormal de la próstata, facilita la diferenciación entre varios estados de la próstata incluyendo próstata normal y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y próstata normal, cáncer de próstata andrógeno dependiente y andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo, o entre cualquiera de dos o más estados de la próstata incluyendo próstata normal, cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna, cáncer de próstata andrógeno dependiente, cáncer de próstata andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo, cáncer de próstata no agresivo, cáncer de próstata metastásico y cáncer de próstata no metastásico.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprenden además detectar el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto. En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprenden además detectar un cambio en el tamaño o agresividad relativa del tumor. En ciertas formas de realización, el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto se detecta antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto. En ciertas formas de realización, el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto se detecta después de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto. Ciertos métodos de seguimiento, comprenden además comparar el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto antes de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto con el tamaño del tumor de la próstata en el sujeto después de administrar al menos una parte de un régimen de tratamiento al sujeto.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprenden además obtener una muestra del sujeto.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprenden además seleccionar un régimen de tratamiento para el sujeto en base al nivel de expresión de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata proporcionados en la reivindicación 1.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente comprenden además seleccionar un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados de la presente comprenden además tratar al sujeto con un régimen que incluye uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, citoquinas y quimioterapia.
En ciertas formas de realización los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados de la presente comprenden además seleccionar uno o más regímenes de tratamiento específicos para el sujeto en base a los resultados de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente. En ciertas formas de realización, el método de tratamiento se mantiene en base a los resultados de los métodos de diagnóstico o pronóstico, en ciertas formas de realización, el método de tratamiento se cambia en base a los resultados de los métodos de diagnóstico o pronóstico. En ciertas formas de realización, el método de tratamiento se cambia en base a los resultados de los métodos de diagnóstico o pronóstico.
En ciertas formas de realización, un cambio del régimen de tratamiento comprende cambiar un tratamiento con terapia a base de hormonas. En ciertas formas de realización, los tratamientos contra el cáncer de próstata incluyen uno o más de entre cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, citoquinas o quimioterapia, en base a los resultados de un método de cualquiera de las reivindicaciones 1-64, durante un intervalo previo, para realizar un subsecuente método de diagnóstico, pronóstico o seguimiento proporcionados en la presente.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende aislar un componente de la muestra biológica.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende etiquetar un componente de la muestra biológica.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende amplificar un componente de una muestra biológica.
En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende formar un complejo con una sonda y un componente de una muestra biológica. En ciertas formas de realización, la formación de un complejo con una sonda comprende formar un complejo con al menos un reactivo no presente de manera natural. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende procesar la muestra biológica. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel de al menos dos marcadores comprende un panel de marcadores. En ciertas formas de realización de los métodos de diagnóstico y seguimiento proporcionados en la presente, el método para detectar un nivel comprende anexar el marcador a detectar a una superficie sólida.
La descripción proporciona métodos para seleccionar la administración de un tratamiento activo o contra la administración del tratamiento activo de cáncer de próstata en un sujeto comprende:
(1) detectar un nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina-beta en una primera muestra obtenida del sujeto que tiene cáncer de próstata, en donde el sujeto no ha sido tratado activamente contra el cáncer de próstata;
(2) detectar un nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en una segunda muestra del sujeto;
(3) comparar el nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en la primera muestra, con el nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en la segunda muestra;
en donde la selección de la administración de un tratamiento activo o contra la administración de tratamiento activo del cáncer de próstata, se basa en la presencia o ausencia de cambios en el nivel de expresión de uno o más marcadores entre la primera muestra y la segunda muestra.
En ciertas formas de realización, el método comprende además obtener una tercera muestra obtenida del sujeto, detectar un nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en la tercera muestra, y comparar el nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 en la tercera muestra con el nivel de uno o más marcadores en la primera muestra o uno o más marcadores en la segunda muestra.
En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra, en comparación con el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra, es una indicación de que la terapia no es eficaz en el tratamiento del cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, un nivel incrementado de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra, en comparación con el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra, es una indicación de la selección de un tratamiento activo contra el cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, el método comprende además comparar el nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra o el nivel de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra, con el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en una muestra de control. En ciertas formas de realización, el método comprende detectar el nivel de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la primera muestra; detectar el nivel de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la segunda muestra; y comparar el nivel de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la segunda muestra, con uno o más del nivel de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la primera muestra. En ciertas formas de realización, el método comprende la detección de un subconjunto de queratinas tales como la queratina 7, queratina 8 y queratina 15; queratina 7, 15 y 19; y queratina 7 o queratina 15. En ciertas formas de realización, el método comprende además comparar el nivel de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la primera muestra; o el nivel de expresión de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en la segunda muestra, con el nivel de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18 y tubulina beta-3 en una muestra de control.
En ciertas formas de realización, ningún cambio en el nivel de expresión de uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3 entre la primera muestra y la segunda muestra, es una indicación para optar en contra del tratamiento activo de cáncer de próstata.
En ciertas formas de realización, los métodos comprenden además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra y la segunda muestra y, después, preferiblemente, comprende además comparar el nivel de PSA en la primera muestra con el nivel de PSA en la segunda muestra.
En ciertas formas de realización, una disminución en el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra, en comparación con el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra, en combinación con una disminución en el nivel de PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, tiene un mayor valor predictivo de que la terapia es eficaz para tratar el cáncer de próstata en el sujeto que el análisis de un marcador individual solo.
En ciertas formas de realización, una disminución en el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la segunda muestra en comparación con el nivel de uno o más de filamina B, LY9 y queratina 19 en la primera muestra, en combinación con una disminución en el nivel de expresión del PSA en la segunda muestra en comparación con el nivel de PSA en la primera muestra, tiene un mayor valor predictivo para optar en contra de un tratamiento activo del cáncer de próstata que el análisis de un marcador individual solo.
Ensayos Clínicos de Seguimiento
El seguimiento de la influencia de agentes (por ejemplo, compuestos de fármacos) en el nivel de expresión de un marcador de la descripción se puede aplicar no solamente en la detección con fármacos básicos o seguimiento del tratamiento de un solo sujeto, sino también en ensayos clínicos. Por ejemplo, la efectividad de un agente para afectar a la expresión del marcador se puede supervisar en ensayos clínicos de sujetos que reciben tratamiento durante una afección oncológica. En una forma de realización preferida, la presente invención proporciona un método para el seguimiento de la efectividad del tratamiento de un sujeto con un agente (por ejemplo, un agonista, antagonista, peptidomimético, proteína, péptido, ácido nucleico, molécula pequeña u otro candidato farmacéutico) que comprende las etapas de (i) obtener una muestra pre-administración de un sujeto antes de la administración del agente; (ii) detectar el nivel de expresión de uno o más marcadores de la invención seleccionados (por ejemplo, filamina B, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, opcionalmente en combinación con PSA) en la muestra pre-administración; (iii) obtener una o más muestras post­ administración del sujeto; (iv) detectar el nivel de expresión del(los) marcador(es) en las muestras post­ administración; (v) comparar el nivel de expresión del(los) marcador(es) en la muestra pre-administración con el nivel de expresión del(los) marcador(es) en la muestra o muestras post-administración; y (vi) alterar la administración del agente al sujeto de acuerdo con esto. Por ejemplo, una expresión incrementada del(los) gen(es) marcador(es) durante el transcurso del tratamiento puede indicar una dosificación ineficaz y la conveniencia de incrementar la dosificación. Por el contrario, expresión disminuida del(los) gen(es) marcador(es) puede indicar un tratamiento eficaz y no necesidad de cambio de dosificación.
Equipos o kits
La descripción también proporciona composiciones y equipos para diagnosticar, pronosticar o supervisar una afección o enfermedad, reaparición de una enfermedad o supervivencia de un sujeto que está siendo tratado contra una afección (por ejemplo, un estado anormal de la próstata, BPH, una afección oncológica, por ejemplo, cáncer de próstata). Estos equipos incluyen uno o más de los siguientes: un anticuerpo detectable que se une específicamente a un marcador de la invención, reactivos para obtener y/o preparar muestras de tejido del sujeto para su tinción, e instrucciones para su uso.
La descripción también abarca equipos para detectar la presencia de una proteína marcadora o ácido nucleico en una muestra biológica. Tales equipos se pueden utilizar para determinar si un sujeto está padeciendo o está en mayor riesgo de desarrollar un estado anormal de la próstata. Por ejemplo, el equipo puede comprender un compuesto o agente etiquetado capaz de detectar una proteína marcadora o ácido nucleico en una muestra biológica y medios para determinar la cantidad de la proteína o ARNm en la muestra (por ejemplo, un anticuerpo que se une a la proteína o un fragmento de la misma, o una sonda de oligonucleótidos que se une a ADN o ARNm, que codifica la proteína). Los equipos también pueden incluir instrucciones de uso del equipo para practicar cualquiera de los métodos proporcionados en la presente o interpretar los resultados obtenidos utilizando el equipo en base a las enseñanzas proporcionadas en la presente. Los equipos también pueden incluir reactivos para la detección de una proteína de control no relacionada con el estado anormal de la próstata en la muestra, por ejemplo, actina de muestras de tejido, albúmina en sangre o muestras derivadas de sangre, para la normalización de la cantidad del marcador presente en la muestra. El equipo también puede incluir el marcador purificado de detección, para ser usado como un control o para la cuantificación del ensayo realizado con el equipo.
Los equipos incluyen el panel de reactivos que se usa en un método para diagnosticar cáncer de próstata en un sujeto (o para identificar a un sujeto con predisposición a desarrollar cáncer de próstata, etc.), el panel comprende al menos dos reactivos de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para una proteína específica del cáncer de próstata, en donde dichas proteínas específicas del cáncer de próstata se seleccionan de los conjuntos de proteínas específicas del cáncer de próstata provistas en la presente.
Para equipos a base de anticuerpos, el equipo puede comprender, por ejemplo: (1) un primer anticuerpo (por ejemplo, anexado a un soporte sólido) que se une a una primera proteína marcadora; y, opcionalmente, (2) un segundo anticuerpo diferente que se une, ya sea a la primera proteína marcadora o al primer anticuerpo, y se conjuga con una etiqueta detectable. En ciertas formas de realización, el equipo incluye (1) un segundo anticuerpo (por ejemplo, anexado a un soporte sólido) que se une a una segunda proteína marcadora; y, opcionalmente, (2) un segundo anticuerpo diferente que se une, ya sea a la segunda proteína marcadora o al segundo anticuerpo y se conjuga con una etiqueta detectable. La primera y segunda proteínas marcadoras son diferentes. En una forma de realización, el primer y segundo marcadores son marcadores de la invención, por ejemplo, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B, LY9 y PSA. En ciertas formas de realización, ni el primer marcador ni el segundo marcador es PSA. En ciertas formas de realización, el equipo comprende un tercer anticuerpo que se une a una tercera proteína marcadora que es diferente a la primera y segunda proteínas marcadoras, y un segundo anticuerpo diferente que se une a ya sea la tercera proteína marcadora o al anticuerpo que se une a la tercera proteína marcadora, en donde la tercera proteína marcadora es diferente a la primera y segunda proteínas marcadoras.
Para equipos a base de oligonucleótidos, el kit puede comprender, por ejemplo: (1) un oligonucleótido, por ejemplo, un oligonucleótido detectablemente etiquetado, que se hibrida con una secuencia de ácido nucleico que codifica una proteína marcadora o (2) un par de cebadores útiles para amplificar una molécula de ácido nucleico marcadora. En ciertas formas de realización, el equipo puede incluir, además, por ejemplo: (1) un oligonucleótido, por ejemplo, un segundo oligonucleótido detectablemente etiquetado, que se hibrida con una secuencia de ácido nucleico que codifica una segunda proteína marcadora o (2) un par de cebadores útiles para amplificar la segunda molécula de ácido nucleico marcadora. El primero y segundo marcadores son diferentes. En una forma de realización, el primer y segundo marcadores son marcadores de la descripción, por ejemplo, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B, LY9 y PSA. En ciertas formas de realización, ni el primer marcador ni el segundo marcador es PSA. En ciertas formas de realización, el equipo puede incluir, además, por ejemplo: (1) un oligonucleótido, por ejemplo, un tercer oligonucleótido detectablemente etiquetado, que se hibrida con una secuencia de ácido nucleico que codifica una tercera proteína marcadora o (2) un par de cebadores útiles para amplificar la tercera molécula de ácido nucleico marcador, en donde el tercer marcador es diferente al primero y segundo marcadores. En ciertas formas de realización, el equipo incluye un tercer cebador específico para cada marcador de ácido nucleico que permite la detección utilizando métodos de PCR cuantitativa.
Para métodos de cromatografía, el equipo puede incluir marcadores, que incluyen marcadores etiquetados, para permitir la detección e identificación de uno o más marcadores de la invención, por ejemplo, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B, LY9, y opcionalmente PSA, mediante cromatografía. En ciertas formas de realización, los equipos para métodos de cromatografía incluyen compuestos para la derivación de uno o más marcadores de la invención. En ciertas formas de realización, los equipos para métodos de cromatografía incluyen columnas para determinar los marcadores del método.
Los reactivos específicos para la detección de un marcador de la descripción, por ejemplo, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B, LY9 y PSA, permiten la detección y cuantificación del marcador en una mezcla compleja, por ejemplo, suero, muestra de tejido. En ciertas formas de realización, los reactivos son de especies específicas. En ciertas formas de realización, los reactivos no son de especies específicas. En ciertas formas de realización, los reactivos son de isoformas específicas. En ciertas formas de realización, los reactivos no son de isoformas específicas. En ciertas formas de realización, los reactivos detectan la queratina 8 total, queratina 18, filamina B, PSA o LY9.
En ciertas formas de realización, los equipos para el diagnóstico, seguimiento o caracterización del cáncer de próstata comprenden al menos un reactivo específico para la detección del nivel de expresión de al menos un marcador seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina beta-3, filamina B y LY9. En ciertas formas de realización, los equipos comprenden además instrucciones para el diagnóstico, seguimiento o caracterización del cáncer de próstata en base al nivel de expresión de al menos un marcador seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina beta-3, filamina B y LY9. En ciertas formas de realización, los equipos comprenden además instrucciones para detectar el nivel de PSA en una muestra en la cual se detecta al menos un marcador seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina beta-3, filamina B, y LY9. En ciertas formas de realización, los equipos comprenden además al menos un reactivo para la detección específica de PSA.
La descripción proporciona equipos que comprenden al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de expresión de al menos un marcador seleccionado del grupo que consiste en queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, y tubulina beta-3, filamina B y LY9, y al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de expresión de PSA.
En ciertas formas de realización, los equipos también pueden comprender, por ejemplo, un agente amortiguador, un conservador, un agente estabilizante de proteínas, amortiguadores de reacción. El equipo puede comprender además componentes necesarios para detectar la etiqueta detectable (por ejemplo, una enzima o un substrato). El equipo también puede contener una muestra de control o una serie de muestras de control que se pueden evaluar y comparar con la muestra de prueba. Los controles pueden ser muestras de suero de control o muestras de control o proteínas purificadas o ácidos nucleicos, cuando sea apropiado, con niveles conocidos de marcadores objetivo. Cada componente del equipo se puede incluir dentro de un contenedor individual y todos los diversos contenedores pueden estar dentro de un paquete individual, junto con instrucciones para interpretar los resultados de los ensayos realizados utilizando el equipo.
Los equipos de la descripción opcionalmente pueden comprender componentes adicionales útiles para realizar los métodos de la invención.
Paneles
La descripción proporciona paneles de reactivos para la detección de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra del sujeto y al menos un reactivo de control. En ciertas formas de realización, el reactivo de control es para detectar el marcador para la detección en la muestra biológica, en donde el panel se proporciona con una muestra de control que contiene el marcador para ser utilizado como un control positivo y opcionalmente para cuantificar la cantidad del marcador presente en la muestra biológica. En ciertas formas de realización, el panel incluye un reactivo de detección para un marcador no relacionado con un estado anormal de la próstata que se sabe está presente o ausente en la muestra biológica, para proporcionar un control positivo o negativo, respectivamente. El panel se puede proporcionar con reactivos para la detección de una proteína de control en la muestra no relacionada con el estado anormal de la próstata, por ejemplo, actina para muestras de tejido, albúmina en sangre o muestras derivadas de la sangre, para la normalización de la cantidad del marcador presente en la muestra. El panel puede estar provisto con un marcador purificado para la detección, para su uso como un control o para la cuantificación del ensayo realizado con el panel.
En una forma de realización preferida, el panel incluye reactivos para la detección de dos o más marcadores de la invención (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9), preferiblemente en conjunción con un reactivo de control. En el panel, cada marcador se detecta mediante un reactivo específico para ese marcador. En ciertas formas de realización, el panel incluye además un reactivo para la detección de PSA. En ciertas formas de realización, el panel incluye duplicar cavidades, manchas o porciones para permitir el análisis de varias diluciones (por ejemplo, diluciones en serie) de muestras biológicas y muestras de control. En una forma de realización preferida, el panel permite la detección cuantitativa de uno o más marcadores de la invención.
En ciertas formas de realización, el panel es un chip proteínico para la detección de uno o más marcadores. En ciertas formas de realización, el panel es una placa ELISA para la detección de uno o más marcadores. En ciertas formas de realización, el panel es una placa de PCR cuantitativa para la detección de uno o más marcadores.
En ciertas formas de realización, el panel de reactivos de detección está provisto de un dispositivo individual que incluye un reactivo de detección de uno o más marcadores de la invención y al menos una muestra de control. En ciertas formas de realización, el panel de reactivos de detección está provisto de un dispositivo individual que incluye un reactivo de detección para dos o más marcadores de la invención y al menos una muestra de control. En ciertas formas de realización, los paneles múltiples para la detección de diferentes marcadores de la invención están provistos de al menos una muestra de control uniforme para facilitar la comparación de resultados entre los paneles.
Ensayos de Diagnóstico
La descripción también proporciona métodos (también referidos en la presente como “ensayos de diagnóstico”) para identificar moduladores, es decir, compuestos o agentes candidatos o de prueba (por ejemplo, proteínas, péptidos, peptidomiméticos, peptoides, moléculas pequeñas u otros fármacos), que modulan el estado de la célula enferma modulando la expresión y/o actividad de un marcador de la invención, es decir, la queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B o LY9, opcionalmente en combinación con PSA. Tales ensayos típicamente comprenden una reacción entre un marcador de la descripción y uno o más componentes de ensayo. Los otros componentes pueden ser bien el compuesto de prueba mismo, o una combinación de compuestos de prueba, y un socio de enlace natural de un marcador de la invención. Los compuestos identificados a través de ensayos tales como los descritos en la presente pueden ser útiles, por ejemplo, para modular, por ejemplo, inhibir, aminorar, tratar o prevenir la afección. Los compuestos identificados para modular el nivel de expresión de uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, filamina B o LY9, opcionalmente en combinación con PSA, preferiblemente se analizan además respecto a su actividad útil en el tratamiento del cáncer, preferiblemente cáncer de próstata, por ejemplo, en la inhibición del crecimiento de células tumorales, inhibición de la angiogénesis tumoral, inducción de la apoptosis de células tumorales, etc.
Los compuestos de prueba utilizados en los ensayos de diagnóstico de la presente descripción pueden ser obtenidos de cualquier fuente disponible incluyendo bancos sistemáticos de compuestos naturales y/o sintéticos. Los compuestos de prueba también pueden ser obtenidos de cualquiera de las numerosas metodologías en los métodos de bancos combinatorios conocidos en la técnica, incluyendo: bancos biológicos; bancos de peptoides (bancos de moléculas que tienen las funcionales de péptidos, aunque con una nueva estructura que no es peptídica que son resistentes a la degradación enzimática, aunque no obstante permanecen bioactivos; ver, por ejemplo, Zuckermann et al., 1994, J. Med. Chem. 37:2678-85); bancos de fase sólida paralela espacialmente direccionable o de fase de solución; métodos de bancos sintéticos que requieren deconvolución; el método de banco de 'un solo compuesto de una sola perla'; y métodos de bancos sintéticos utilizando selección con cromatografía por afinidad. Las metodologías de bancos biológicos y bancos de peptoides se limitan a bancos de péptidos, aunque las otras cuatro metodologías son aplicables a genotecas de péptidos, oligómeros de no péptidos y moléculas pequeñas de compuestos (Lam, 1997, Anticancer Drug Des. 12:145).
Los ejemplos de métodos para la síntesis de bancos moleculares se pueden encontrar en la técnica, por ejemplo, en: DeWitt et al. (1993) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 90:6909; Erb et al. (1994) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 91: 11422; Zuckermann et al. (1994). J. Med. Chem. 37:2678; Cho et al. (1993) Science 261: 1303; Carrell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059; Carell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061; y en Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37: 1233.
Los bancos de los compuestos pueden estar presentes en solución (ej., Houghten, 1992, Biotechniques 13:412-421), o en perlas (Lam, 1991, Nature 354:82-84), biochips (Fodor, 1993, Nature 364:555-556), bacterias y/o esporas, (Ladner, USP 5.223.409), plásmidos (Cull et al., 1992, Proc Nati Acad Sci USA 89: 1865-1869) o en fago (Scott y Smith, 1990, Science 249:386-390; Devlin, 1990, Science 249:404-406; Cwirla et al, 1990, Proc. Nati. Acad. Sci.
87:6378-6382; Felici, 1991, J. Mol. Biol. 222:301-310; Ladner, supra.).
Los métodos de diagnóstico de la descripción comprenden poner en contacto una célula, por ejemplo, una célula enferma, especialmente una célula de cáncer de próstata, con un compuesto de prueba y determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la expresión y/o actividad de filamina B, lY9, o queratina 19, opcionalmente en combinación con PSA, en la célula. La expresión y/o actividad de filamina B, LY9, o queratina 19; opcionalmente en combinación con PSA, se puede determinar utilizando cualquier método conocido en la técnica, tal como los descritos en la presente.
En otra forma de realización, la descripción proporciona ensayos para cribar compuestos candidato o de prueba que son substratos de un marcador de la descripción o porciones biológicamente activas de los mismos. En aún otra forma de realización, la descripción proporciona ensayos para cribar compuestos candidato o de prueba que se unen a un marcador de la descripción o porciones biológicamente activas de los mismos. La determinación de la capacidad del compuesto de prueba para unirse directamente a un marcador se puede lograr, por ejemplo, mediante cualquier método conocido en la técnica.
Esta descripción pertenece a nuevos agentes identificados por los ensayos de diagnóstico descritos anteriormente. De acuerdo con esto, está dentro del alcance de esta descripción utilizar además un agente identificado como se describe en la presente en un modelo animal apropiado. Por ejemplo, un agente capaz de modular la expresión y/o actividad de un marcador de la descripción, identificado como se describe en la presente, se puede utilizar en un modelo animal para determinar la eficacia, toxicidad o efectos secundarios del tratamiento con tal agente. Alternativamente, un agente identificado como se describe en la presente se puede utilizar en un modelo animal para determinar el mecanismo de acción de tal agente. Además, esta descripción se refiere a usos de nuevos agentes identificados por los ensayos de diagnóstico anteriormente descritos para el tratamiento, como se ha descrito anteriormente.
Esta invención se ilustra además mediante los siguientes ejemplos que no deberán interpretarse como limitantes. Ejemplificación de la Invención:
Esta invención se ilustra además por los siguientes ejemplos que no deberán interpretarse como limitantes.
Ejemplo 1 - Identificación de Queratinas y Tubulina como Marcadores de Cáncer de Próstata
Se sabe que las queratinas extracelulares influyen en la proliferación celular y metástasis de cánceres de próstata derivados epiteliales. Los cánceres de próstata resistentes exhiben queratina 8 (K8) de expresión diferencial cuando se comparan con tejido normal. La modulación y degradación de queratinas a su vez es mediada por la generación mitocondrial de Especies de Oxígeno Reactivo (ROS). A pesar de estos avances falta una metodología sistemática para el entendimiento de las queratinas y otras proteínas EC en la metástasis y proliferación del cáncer de próstata. La plataforma de detección basada en la biología con sistemas interrogativos descrita en WO 2012/119129 (incorporada en la presente como referencia), y que se muestra esquemáticamente en la Figura 1, proporciona nuevas perspectivas mecanicistas en el entendimiento del rol mitocondrial de las células de cáncer de próstata. La plataforma de detección implica el descubrimiento a través de una cadena jerárquica de sistemas que incluyen pacientes con cáncer de próstata, y la integración de datos subsiguientes y modelado matemático que emplea un módulo informático basado en Inteligencia Artificial (AI). Para modelos celulares, la línea celular LnCAP susceptible a andrógenos y la línea celular PCR resistente a andrógenos, fueron tratadas con ubidecarenona (coenzima Q10) a fin de involucrar a la maquinaria mitocondrial. Las signaturas proteómicas fueron capturadas utilizando una tecnología orbitrap LC-MS 2D. Las signaturas proteínas totales se ingresaron en un módulo informático a base de Al para generar redes de proteínas causales (Figuras 2A y 2B). Los ensayos de laboratorio en húmedo que miden específicamente la activación mitocondrial de ROS, ATP y caspasa 3, confirmaron cambios en los niveles intracelulares de estos marcadores. Se observaron varias interacciones causales proteínicas nuevas que regulan la inducción de la maquinaría mitocondrial por medio de ubidecarenona en células PC3. Los mapas de proteínas causales revelaron la asociación de las queratinas 8 y 15 en modelos PC3 y no en LnCAP. La asociación de la queratina 8/15 se perdió en el tratamiento con ubidecarenona, y se estableció una asociación directa de las queratinas 7 y 15 (Figuras 3A-1 a 3C). Estos resultados sugieren que un cambio en la interacción entre las queratinas 7, 8 y 15 es particularmente útil para demostrar una respuesta al tratamiento o un cambio en el estado del cáncer de próstata en un sujeto. Además, las queratinas 8 y 15 se asociaron diferencialmente en la línea celular PC3 metastásica, resistente a andrógenos y la línea celular LnCAP susceptible a andrógenos. Esto indica que las queratinas 8 y 15 podrían ser útiles para diferenciar entre estados de cáncer de próstata, por ejemplo, entre cáncer de próstata metastásico, resistente a andrógenos y susceptible a andrógenos.
Se confirmó un incremento en la expresión de la queratina 19 en relación al cáncer de próstata, utilizando un panel de muestras de suero de sujetos que padecen de cáncer de próstata en comparación con una población de control compatible apropiada.
Por consiguiente, la nueva perspectiva mecanicista en la proliferación y rol mitocondrial del cáncer de próstata se logró con una nueva metodología de sistemas químicos.
Los resultados proporcionados en la presente demuestran que por medio de la tecnología de plataforma se infiere la modulación de la queratina y su potencial asociación causal en el cáncer de próstata resistente a andrógenos. Esto proporciona un potencial mecanismo de regulación de queratinas, en respuesta a la modulación de la función mitocondrial, que ha sido descifrado mediante la tecnología de plataforma. Por consiguiente, se validaron nuevos controladores de la patofisiología del cáncer en muestras de suero del paciente.
Ejemplo 2 - Identificación de Filamina B como un Marcador de Cáncer de Próstata
Se utilizó una plataforma de descubrimiento en base a la biología con sistemas interrogativos para obtener perspectivas mecanicistas para entender el rol mitocondrial en el comportamiento de las células de cáncer de próstata. La tecnología de plataforma, que se describe en detalle en WO 2012119129, involucra el descubrimiento a través de una cadena jerárquica de sistemas que incluyen modelos a base de células humanas in vitro y muestras de suero humano de pacientes con cáncer de próstata, y la integración de datos subsiguientes y modelado matemático que emplea un módulo informático a base de Inteligencia Artificial (AI).
Los resultados proporcionados en la presente demuestran la modulación de la filamina B y LY9, y potencial asociación causal en cáncer de próstata resistente a andrógenos, que se dedujo utilizando la tecnología de plataforma. La solicitud proporciona potenciales mecanismos de regulación de filamina B y LY9 en respuesta a la modulación de la función mitocondrial descifrados mediante la tecnología de plataforma y proporciona la validación de los marcadores en muestras de suero del paciente.
Utilizando los métodos de plataforma, células PC3 de cáncer de próstata humano (metastásico y susceptible a andrógenos) y LnCap (susceptible a andrógenos) se modelaron en microambientes con cáncer incluyendo hipoxia, ambientes reducidos e hiperglicemia y en la presencia de coenzima Q10. Las células normales (fibroblastos dermales humanas (HDFa) y células de hígado humanas transformadas con SV40 (THLE2)) se modularon bajo las condiciones similares mencionadas anteriormente. La proteómica de proteínas celulares y proteínas secretadas en el sobrenadante se llevaron a cabo mediante LCMS. Los datos se ingresan en el algoritmo de Inferencia de Red Bayesiana (BNI) REFS™.
Asociaciones causales entre las proteínas fueron derivadas por el BNI. Se empleó un análisis de red diferencial para dilucidar los ejes de actividad en el cáncer de próstata en comparación con células normales en microambientes normales. La filamina B identificada como el eje de actividad diferencial en PC3, y no en LnCap y células normales. Es decir, se encontró que la Filamina B difiere entre la línea celular LnCAP susceptible a andrógenos y la línea celular PCR resistente a andrógenos metastásica. Esto indica que la Filamina B podría ser útil para diferenciar entre estados de cáncer de próstata, en la presente, entre cáncer de próstata susceptible a andrógenos y resistente a andrógenos metastásico. La matriz de interacción que coloca la filamina B en el centro de un eje de interacción se muestra en la Figura 4. La interacción de LY9 con filamina B se muestra en la Figura 5.
Ejemplo 3 - Validación de la filamina B como un Marcador de Cáncer de Próstata en Muestras Humanas Se ha identificado a la filamina B como un marcador de cáncer de próstata utilizando la tecnología de plataforma, se utilizaron muestras de suero humano de sujetos normales y sujetos con cáncer de próstata para confirmar la filamina B como un marcador de cáncer de próstata.
Específicamente, se obtuvieron muestras de suero humano de una empresa comercial que suministra suero humano. Veinte muestras de donantes normales y 20 muestras de pacientes diagnosticados con cáncer de próstata. Las muestras de cáncer de próstata eran de pacientes que presentaban diferente pronóstico y agresividad de canceres. Las características clínicas de los sujetos se proporcionan en la tabla.
Cáncer de Próstata Grupo de Control
Edad Promedio 61 (47-86) 58 (45-72)
Etnia
Caucásica 75% 85%
Afroamericana 15% 10%
Hispana 10% 5%
Etapa del Tumor
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Los análisis de filamina B y PSA con ELISA comercialmente disponible se obtuvieron de una fuente comercial. Los ensayos se realizaron utilizando las instrucciones del fabricante. Los resultados del ensayo se muestran en la Figura 6. Los resultados muestran los niveles diferenciales de FlnB y PSA en pacientes con un diagnóstico de cáncer de próstata en comparación con sujetos de control sin cáncer de próstata.
Como se muestra, se elevaron los niveles de filamina B y PSA en muestras de suero de pacientes diagnosticados con cáncer de próstata. La correlación entre PSA y expresión de FlnB en muestras de suero es de 0,20075, que indica una correlación relativamente baja entre las variables. Esto demuestra que la filamina B y PSA son útiles para la detección de cáncer de próstata en diferentes sujetos. Estos resultados demuestran que la filamina B es útil para el diagnóstico de cáncer de próstata, y que la filamina B es útil para mejorar la detección de cáncer de próstata mediante PSA. Se pueden analizar muestras adicionales para afinar aún más los resultados.
Ejemplo 4 - Estratificación de Sujetos con Cáncer de Próstata utilizando LY9
Las mismas muestras de suero humano utilizadas en el Ejemplo 4 se analizaron posteriormente para detectar la presencia de LY9. Se obtuvo una prueba de ELISA comercialmente disponible de LY9 de una fuente comercial. El ensayo se realizó utilizando las instrucciones del fabricante. Los resultantes del ensayo se muestran en la Figura 7. Los resultados muestran los niveles diferenciales de LY9 en pacientes diagnosticados con cáncer de próstata en comparación con sujetos de control sin cáncer de próstata. Como se muestra, se descubrió que las muestras de sujetos con cáncer de próstata tienen mayores niveles de LY9 en comparación con los sujetos normales. Los resultados de los ensayos de niveles de expresión tanto de filamina B y LY9 en suero humano con resultados expresados como ng/ml de proteína se muestran en la Figura 8. Las muestras adicionales se pueden analizar para afinar aún más los resultados.
Ejemplo 5 - Análisis de Niveles de Filamina B que Mejora la Detección de Cáncer de Próstata en Comparación con el PSA Solo
Se ha demostrado que el nivel de filamina B se incrementa en el suero de sujetos con cáncer de próstata, los resultados se analizaron en conjunto con el estudio de niveles de PSA en las mismas muestras para determinar que el valor predictivo de la filamina B y PSA conjuntamente fue mejor que cualquiera de los marcadores solos. Se generó un análisis de curva operativa característica del receptor de la susceptibilidad e índice de falso positivo (FPR) de PSA, filamina B, y la combinación de PSA y filamina B. Las curvas y el área bajo los valores de curva (AUC) se muestran en las Figuras 9A y 9B. La meta de este análisis es estimar el poder predictivo del análisis independientemente de un corte específico. Cuando se utiliza un análisis ROC, una prueba que proporciona una perfecta discriminación o exactitud entre el estado normal y estado de la enfermedad podría tener una AUC=1, mientras que una prueba muy deficiente que no proporciona mejor discriminación que la probabilidad aleatoria, podría tener AUC=0,5.
Como se demuestra mediante el análisis, la filamina B sola funciona muy bien y lo más importante de forma ligeramente ortogonal con el PSA. Se reporta que el PSA tiene un índice falto positivo muy alto, por ejemplo, aproximadamente 75% (como se reporta en, Gilligan, The new data on prostate cancer screening: What should we do now? Cleveland Clin. J. Med. 76: 446-448, 2009). Es decir, tiene una susceptibilidad elevada y baja especificidad. En el estudio específico presentado, la AUC de FLNB es más baja que la del PSA. Sin embargo, el nivel de correlación de 0,20075 determinado en el Ejemplo 3, indica una correlación relativamente baja entre las variables. Es decir, los sujetos identificados por tener un nivel elevado de filamina B no necesariamente tienen un nivel elevado de PSA, y lo opuesto también es cierto, sugiriendo que los marcadores en combinación pueden proporcionar una prueba predictiva mejor que cualquier marcador solo.
Esto fue confirmado en el análisis ROC. Como se muestra, se descubrió que la combinación de PSA y filamina B tiene una AUC más alta que indica una mejor discriminación de la prueba que con el PSA solo, y ser más predictiva que cualquiera de los marcadores solos. La combinación de PSA y filamina B es muy buena y proporciona un incremento drástico en la especificidad de la prueba del PSA, que es el problema principal de la prueba.
Ejemplo 6 - Análisis de los Niveles de Filamina B, LY9 y PSA Conjuntamente, que Mejora la Detección del Cáncer de Próstata en Comparación con Cualquier Marcador Solo
Se ha demostrado que cada filamina B, LY9 y PSA son todos elevados en las muestras de suero de sujetos con cáncer de próstata, el análisis de curva ROC se realizó comparando cada uno de los tres marcadores individualmente con la combinación de todos los tres marcadores utilizando una función de puntuación lineal, y comparando la combinación de filamina B y LY9, y la combinación de filamina B y PSA, contra la combinación de todos los tres marcadores utilizando una función de puntuación no lineal, para determinar qué combinaciones de marcadores eran más efectivas que cada marcador solo para la detección de cáncer de próstata en un sujeto. Como se muestra, la combinación de todos los tres marcadores fue más predictiva que cualquiera de los marcadores solos (Figura 10A). La combinación de filamina B con PSA, cualquiera, con o sin LY9, fue más predictiva que la combinación de filamina B con LY9 (Figura 10B). Se pueden analizar muestras adicionales para refinar aún más los resultados. Los resultados de la AUC se resumen en la tabla.
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Ejemplo 7 - Estratificación de Sujetos con Cáncer de Próstata utilizando Queratina 4, Queratina 7, Queratina 8, Queratina 15, Queratina 18, Queratina 19, Tubulina beta-3
Como se demuestra en los Ejemplos 3 y 4 respectivamente, se pueden utilizar niveles de filamina B y LY9 para distinguir sujetos que están o no padecimiento cáncer de próstata. Además, como se demuestra en los Ejemplos 6 y 7, el análisis tanto de filamina B como de PSA, opcionalmente además en combinación con LY9, es más sensible que un análisis basado en cualquier marcador solo.
Se obtuvo una serie de muestras del sujeto de una fuente apropiada, por ejemplo, una fuente comercial, en donde las muestras se obtuvieron de sujetos con diferentes etapas de cáncer de próstata, por ejemplo, cáncer de próstata agresivo, susceptible a andrógenos, no susceptible a andrógenos, metastásico; o de sujetos que no padecen cáncer de próstata, por ejemplo, sujetos con próstata normal o sujetos con BPH. Las muestras se analizaron por el nivel de expresión de al menos una de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos una de queratina 7, queratina 15, y queratina 19; y opcionalmente al menos además uno de filamina B, LY9, y PSA. El nivel de la expresión de los marcadores, solos y en varias combinaciones, se correlaciona con la presencia o ausencia de la enfermedad, y con la severidad del cáncer de próstata. Por ejemplo, un incremento en el nivel de expresión de uno o más de queratina 19, filamina B, LY9 y PSA, en comparación con una muestra normal de un sujeto que no padece cáncer de próstata, es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto. Los niveles de expresión de las queratinas 7, 8 y 15 también pueden ser particularmente útiles en la estratificación de sujetos con cáncer de próstata.
Ejemplo 8 - Seguimiento del Tratamiento del Cáncer de Próstata utilizando Queratina 4, Queratina 7, Queratina 8, Queratina 15, Queratina 18, Queratina 19, Tubulina beta-3
En el momento del diagnóstico con cáncer de próstata, se invitó a los sujetos a participar en un experimento. Se obtuvo una muestra del sujeto, por ejemplo, sangre. Periódicamente, en todo el seguimiento, espera en observación, o tratamiento activo del sujeto, por ejemplo, quimioterapia, radioterapia, cirugía, terapia hormonal, se obtuvo una nueva muestra del sujeto. Al final del estudio, se analiza el nivel de expresión de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, en todas las muestras del sujeto, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 15 y queratina 19; y opcionalmente además al menos uno de filamina B, LY9 y PSA. Las muestras del sujeto se comparan con los registros médicos de los sujetos para correlacionar los niveles de marcadores con el estado del cáncer de próstata en el momento del diagnóstico, índice de avance de la enfermedad, respuesta de los sujetos a una o más intervenciones y transiciones entre los estados dependiente e independiente a los andrógenos. Un incremento en el nivel de expresión de uno o más de queratina 19, filamina B, LY9 y PSA, en comparación con una muestra normal de un sujeto que no padece cáncer de próstata, es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto. Los niveles de expresión de las queratinas 7, 8, y 15 también pueden ser particularmente útiles en el diagnóstico y seguimiento de sujetos con cáncer de próstata.
Ejemplo 9 - Detección y Seguimiento del cáncer de próstata utilizando queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3
A pesar de sus limitaciones, incluir un valor predictivo positivo de solamente 25-40% de PSA sigue siendo el único biomarcador generalmente aceptado para cáncer de próstata. Además, puesto que en hombres de edad avanzada el cáncer de próstata es más comúnmente un tumor de lento crecimiento, el tratamiento del cáncer podría hacer más daño al sujeto que el tumor mismo. Por lo tanto, las prueba en su conjunto para el nivel de expresión de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 15 y queratina 19; y opcionalmente además al menos uno de filamina B, LY9 y PSA, se utilizan para la detección y el seguimiento del cáncer de próstata. El nivel de la expresión de los marcadores, solos y en varias combinaciones, que se utiliza en la detección, incluyendo en métodos de rutina, preventivos y de diagnóstico, en hombres que tienen un mayor riesgo de cáncer de próstata (por ejemplo, mayor edad, historial familiar, raza, etc.) o en el seguimiento de sujetos diagnosticados con cáncer de próstata antes de o durante el tratamiento, puede ser útil para identificar mejor a sujetos con necesidad de más pruebas de diagnóstico potencialmente más invasivas, por ejemplo, examen o biopsia de próstata, examen rectal digital; o tratamiento más agresivo. La detección de niveles de expresión de los marcadores, o varias combinaciones de los mismos, también puede ser indicativa de una buena o mala respuesta a un régimen de tratamiento específico con anterioridad a cambios en otros signos o síntomas, por ejemplo, la pérdida de respuesta del tumor a la terapia hormonal.
En los métodos de diagnóstico rutinarios del cáncer de próstata, se analiza en una muestra de suero el nivel de expresión de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de filamina B, LY9 y PSA de un sujeto. Los niveles se comparan con uno o más controles apropiados, por ejemplo, otros sujetos normales, sujetos con cáncer de próstata. La detección de un nivel anormal de uno o más de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 8, queratina 15 y queratina 19; indica que el sujeto podría ser considerado para más pruebas de presencia de cáncer de próstata. Los cambios en el nivel de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 8, queratina 15 y queratina 19, en el sujeto puede ser más indicativo de un cambio en el estado del cáncer de próstata en comparación con una población de control.
Para determinar un régimen terapéutico para un sujeto con cáncer de próstata que aún no está siendo tratado activamente del cáncer de próstata (es decir, espera en observación), se puede analizar en intervalos regulares para determinar si hay un cambio en el nivel de expresión de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 15 y queratina 19; y opcionalmente además al menos uno de filamina B, LY9 y PSA. Los niveles se comparan con uno o más controles apropiados, por ejemplo, otros sujetos normales, sujetos con cáncer de próstata. La detección de un nivel anormal de uno o más de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 8, queratina 15 y queratina 19; y opcionalmente además al menos uno de filamina B, LY9 y PSA, indica que el sujeto deberá ser considerado para más pruebas que realicen un seguimiento del cáncer de próstata y que deberán considerarse intervenciones terapéuticas más activas.
En un sujeto que recibe tratamiento contra cáncer de próstata (por ejemplo, terapia hormonal, quimioterapia, radioterapia, cirugía) se analiza, antes del inicio del tratamiento y durante y/o después del tratamiento, para determinar si el tratamiento da como resultado un incremento en el nivel de expresión de al menos uno de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, tubulina beta-3, preferiblemente al menos uno de queratina 7, queratina 15 y queratina 19; y opcionalmente además al menos uno de filamina B, LY9 y PSA. Una disminución en el nivel de queratina 19, filamina B, LY9 o PSA es indicativa de la respuesta al tratamiento. Los niveles de expresión de las queratinas 7, 8 y 15 también pueden ser particularmente útiles en el diagnóstico y seguimiento de sujetos con cáncer de próstata.
Ejemplo 10 - Estratificación de Sujetos con Cáncer de Próstata utilizando Filamina B, PSA o LY9
Como se demuestra en los Ejemplos 3 y 4 respectivamente, los niveles de filamina B y niveles de LY9 se pueden utilizar para distinguir sujetos que padezcan o no cáncer de próstata. Además, como se demuestra en los Ejemplos 6 y 7, el análisis tanto de filamina B como de PSA, opcionalmente además en combinación con LY9, es más sensible que un análisis a base de cualquier marcador solo.
Una serie de muestras de sujetos se obtiene de una fuente apropiada, por ejemplo, una fuente comercial, en donde las muestras se obtienen de sujetos con diferentes etapas de cáncer de próstata, por ejemplo, cáncer de próstata agresivo, susceptible a andrógenos, no susceptible a andrógenos, metastásico; o de sujetos que no padecen cáncer de próstata, por ejemplo, sujetos con próstata normal o sujetos con BPH. Se analiza el nivel de expresión de filamina B y PSA, y opcionalmente el nivel de LY9, y además con uno o más de queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente queratina 19 de las muestras. El nivel de filamina B, LY9 y PSA, sola y en varias combinaciones, opcionalmente con otros marcadores, por ejemplo, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente queratina 19, se correlacionan con la presencia o ausencia de la enfermedad, y con la severidad del cáncer de próstata.
Ejemplo 11 - Seguimiento del Tratamiento del Cáncer de Próstata utilizando Filamina B, PSA, o LY9
Al tiempo del diagnóstico con cáncer de próstata, se invita a los sujetos a participar en un experimento. Se obtiene una muestra del sujeto, por ejemplo, sangre. Periódicamente, en todo el seguimiento, espera en observación, o tratamiento activo del sujeto, por ejemplo, quimioterapia, radioterapia, cirugía, terapia hormonal, se obtiene una nueva muestra del sujeto. Al final del estudio, todas las muestras del sujeto se analizan respecto al nivel de filamina B, PSA, y opcionalmente en una posterior combinación con uno o más de LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina-beta 3. Las muestras del sujeto se comparan con los registros médicos de los sujetos para correlacionar los niveles de filamina B, PSA, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19, o tubulina beta-3, como sea apropiado, con el estado del cáncer de próstata al momento del diagnóstico, el índice de avance de la enfermedad, la respuesta de los sujetos a una o más intervenciones, y transiciones entre el estado dependiente e independiente a los andrógenos.
Ejemplo 12 - Detección y Seguimiento del Cáncer de Próstata utilizando Filamina B, PSA, o LY9
A pesar de sus limitaciones, incluyendo un valor predictivo positivo de solamente 25-40%, el PSA sigue siendo el único biomarcador generalmente aceptado para cáncer de próstata. Además, puesto que en los hombres de edad avanzada el cáncer de próstata es más comúnmente un tumor de lento crecimiento, el tratamiento del cáncer podría hacer más daño al sujeto que el tumor mismo. Como se demuestra en la presente, hay una lenta correlación entre los niveles elevados de filamina B y PSA en sujetos con cáncer de próstata. Además, se ha demostrado que los niveles elevados de LY9 están asociados con el cáncer de próstata. Por lo tanto, los análisis en su conjunto, particularmente la filamina B y PSA, opcionalmente en combinación con uno o más de LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente queratina 19, en la detección, que se incluye en los métodos de diagnóstico preventivos y rutinarios en hombres que tienen un mayor riesgo de cáncer de próstata (por ejemplo, mayor edad, historial familiar, raza, etc.) o en el seguimiento de sujetos diagnosticados con cáncer de próstata antes de o durante el tratamiento, pueden ser útiles para identificar mejor a sujetos con necesidad de posteriores pruebas de diagnóstico potencialmente más invasivas, por ejemplo, examen o biopsia de próstata, examen rectal digital; o tratamiento más agresivo. La detección de niveles de expresión de filamina B, PSA, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente queratina 19, también pueden ser indicativas de una buena o mala respuesta a un régimen de tratamiento específico previo a los cambios en otros signos o síntomas, por ejemplo, pérdida de respuesta del tumor a la terapia hormonal.
En métodos de diagnóstico rutinarios de cáncer de próstata, se analiza el nivel de expresión tanto de filamina B y PSA, y opcionalmente uno o más de LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente de queratina 19 de una muestra de suero de un sujeto. Los niveles se comparan con uno o más controles apropiados, por ejemplo, otros sujetos normales, sujetos con cáncer de próstata. La detección de un nivel anormal de uno o más de filamina B, PSA, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3, especialmente queratina 19 indica que el sujeto deberá ser considerado para más pruebas de la presencia de cáncer de próstata. Los cambios en el nivel de filamina B, opcionalmente en combinación con uno o más de PSA, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 o tubulina beta-3, especialmente queratina 19 con PSA en el sujeto, pueden ser indicativos de un cambio en el estado del cáncer de próstata en comparación con una población de control.
Para determinar un régimen terapéutico para un sujeto con cáncer de próstata que aún no está siendo tratado activamente contra cáncer de próstata (es decir, espera en observación) se puede analizar en intervalos regulares para determinar si hay un cambio en el nivel de expresión de filamina B, PSA, LY9, queratina 4, queratina 7, queratina 8, queratina 15, queratina 18, queratina 19 y tubulina beta-3. Un incremento en el nivel de filamina B, PSA,

Claims (22)

REIVINDICACIONES
1. Un método para diagnosticar el cáncer de próstata en un sujeto que comprende:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una muestra de suero del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra de suero con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un mayor nivel de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto.
2. El método de la reivindicación 1, en donde ningún aumento en el nivel detectado de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de un estado de próstata normal en el sujeto.
3. El método de la reivindicación 1 o 2, que comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra de suero, que además comprende opcionalmente comparar el nivel de PSA en la muestra de suero con el nivel de PSA en una muestra de control normal.
4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en donde el cáncer de próstata es cáncer de próstata andrógeno dependiente, cáncer de próstata andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo o cáncer de próstata no agresivo.
5. Un método para identificar a un sujeto que está en mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata, comprendiendo el método:
(1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una muestra de suero del sujeto; y
(2) comparar el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la muestra de suero con el nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una muestra de control normal, en donde un mayor nivel de queratina 19 en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
6. El método de la reivindicación 5, que comprende además detectar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la muestra de suero, que además comprende opcionalmente comparar el nivel de PSA en la muestra de suero con el nivel de PSA en una muestra de control normal.
7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde la muestra de control se selecciona del grupo que consiste en: una muestra obtenida del mismo sujeto en un punto de tiempo más temprano que la muestra de suero, una muestra de un sujeto con hiperplasia prostática benigna (BPH), una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata metastásico, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata sensible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata insensible a andrógenos, una muestra de un sujeto con cáncer de próstata agresivo, y una muestra de un sujeto con cáncer de próstata no agresivo.
8. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, que además comprende diferenciar entre dos estados de cáncer de próstata seleccionados del grupo que consiste en: próstata normal y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y cáncer de próstata, hiperplasia prostática benigna y próstata normal, cáncer de próstata andrógeno dependiente y andrógeno independiente, cáncer de próstata agresivo y cáncer de próstata no agresivo, y cáncer de próstata metastásico y cáncer de próstata no metastásico.
9. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en donde el método comprende además seleccionar un régimen de tratamiento para el sujeto basándose en el nivel del uno o más marcadores de cáncer de próstata, opcionalmente en donde el régimen de tratamiento comprende uno o más tratamientos seleccionados del grupo que consiste en cirugía, radiación, terapia hormonal, terapia con anticuerpos, terapia del factor de crecimiento, terapia con citoquinas y quimioterapia.
10. Un método para el seguimiento el cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo el método: (1) determinar un nivel de uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden queratina 19 en una primera muestra de suero obtenida en un primer momento de un sujeto que tiene cáncer de próstata;
(2) determinar un nivel de expresión del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en una segunda muestra de suero obtenida del sujeto en un segundo momento, en donde la segunda vez es posterior a la primera vez; y
(3) comparar el nivel del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la segunda muestra con el nivel del uno o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata en la primera muestra, en donde un aumento en el nivel de queratina 19 en la segunda muestra en comparación con la primera muestra es indicativo de una progresión del cáncer de próstata en el sujeto.
11. El método de la reivindicación 10, en donde el sujeto se trata activamente para cáncer de próstata antes de obtener la segunda muestra.
12. El método de la reivindicación 10 u 11, que comprende además determinar el nivel de antígeno prostático específico (PSA) en la primera muestra de suero y la segunda muestra de suero, que opcionalmente comprende además comparar el nivel de PSA en la segunda muestra de suero con el nivel de PSA en la primera muestra de suero.
13. Un método para detectar un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, que comprende:
(1) analizar una muestra de suero de un sujeto para determinar los niveles de dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, en donde el conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata comprende dos o más marcadores relacionados con el cáncer de próstata que comprenden filamina B y queratina 19;
(2) detectar cada uno de los dos o más marcadores específicos de próstata en la muestra de suero, detectando de este modo el conjunto de biomarcadores relacionados con el cáncer de próstata.
14. Uso de un panel de reactivos para el diagnóstico de cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo el panel al menos un reactivo de detección, en donde cada reactivo de detección es específico para la detección de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata de un conjunto de marcadores relacionados con el cáncer de próstata, y en donde el al menos un reactivo de detección comprende un reactivo de detección específico para la detección de queratina 19, y opcionalmente un reactivo de detección específico para la detección de PSA.
15. Uso de un equipo o kit para el diagnóstico o seguimiento del cáncer de próstata en un método de acuerdo con la reivindicación 1-13, comprendiendo dicho equipo:
al menos un reactivo específico para la detección de un nivel de al menos un marcador relacionado con el cáncer de próstata, en donde al menos un reactivo de detección comprende un reactivo de detección específico para la detección de queratina 19, y opcionalmente un reactivo de detección específico para la detección de PSA.
16. Uso del equipo de la reivindicación 15, en donde el equipo comprende además instrucciones para el diagnóstico o seguimiento del cáncer de próstata basado en los niveles de queratina 19 detectados, y opcionalmente en donde el equipo comprende además instrucciones para el diagnóstico o seguimiento de cáncer de próstata basado en el nivel de PSA detectado.
17. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 4, 8 o 9, en donde el uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un nivel aumentado de filamina B en la muestra de suero en relación con la muestra de control normal es indicativo de cáncer de próstata en el sujeto.
18. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 5-7, en donde el uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un nivel elevado de filamina B en la muestra de suero con respecto a la muestra de control normal es indicativo de un mayor riesgo de desarrollar cáncer de próstata en el sujeto.
19. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 10-12, en donde uno o más marcadores comprenden además filamina B, y en donde un aumento en el nivel de filamina B en la segunda muestra en comparación con la primera muestra es indicativo de una progresión del cáncer de próstata en el sujeto.
20. El método de la reivindicación 10, en donde el sujeto no ha sido tratado activamente para el cáncer de próstata antes de la obtención de la segunda muestra.
21. El uso de la reivindicación 14, en el que el panel de reactivos comprende además un reactivo de detección específico para la detección de filamina B.
22. El uso de la reivindicación 15 o la reivindicación 16, en el que el equipo comprende además un reactivo de detección específico para la detección de filamina B.
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