JP2008518610A - トランスクリプトームマイクロアレイ技法およびそれを使用する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105479.2号、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105482.6号、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105483.4号、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105484.2号、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105507.0号、2004年11月3日に出願された欧州特許出願第04105485.9号、ならびに2005年3月14日に出願された米国仮特許出願第60/662,276号および2005年7月18日に出願された米国仮特許出願第60/700,293号に基づく優先権を主張するものである。
本発明は、遺伝子およびRNA発現アレイ技法の分野に関し、さらに詳細には患部組織に発現している転写物を有するアレイならびに診断および治療法の決定におけるそのアレイの使用に関する。
合計3枚の同一のCD−Rディスク(「コピー1」、「コピー2」、および「コピー3」のラベル付き)を本明細書と共に提出する。各CD−Rは、以下の電子テキストファイルを有する。これらのCD−Rディスクを2005年11月1日に作成し、各ファイルのサイズを次の通りかっこ内に挙げる。CD−Rディスク上のすべての電子ファイルは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
患部組織由来トランスクリプトームに対応する生体分子を有するアレイおよびそのアレイをアッセイに使用する方法が提供される。患部組織由来トランスクリプトームに対応する核酸分子を有するアレイおよびそのアレイをアッセイに使用する方法が、本明細書に記載される。患部組織のトランスクリプトームは、特定の患部組織に発現するコード核酸配列および非コード核酸配列の両方についての核酸転写物を集めたものである。患部組織由来のトランスクリプトームに対応する他の生体分子を有するアレイも、本明細書に記載される。当該生体分子には、タンパク質、ポリペプチドおよび抗体がある。このアレイは、患部組織の発現プロファイル全体を研究し罹患状態に関係する新規な転写物を同定する強力なツールを提供する。
トランスクリプトームアレイおよび使用方法が本明細書に提供される。アレイ形式に配列された、患部組織転写物由来核酸分子を有するトランスクリプトームアレイが記載される。このアレイ上の核酸分子は、患部組織試料由来の相補性核酸トランスクリプトーム配列とハイブリダイズする。疾患特異的トランスクリプトームは、本明細書において特異的患部組織中で転写されるコードおよび非コード転写物を集めたものと定義される。患部組織トランスクリプトーム由来転写物を表す、ポリペプチドまたは抗体などの他の生体分子を有する追加のアレイが本明細書に記載される。
本明細書に提供されるアレイを構成する核酸分子、核酸エレメント、またはポリヌクレオチドは、非限定的にRNA、DNA、ペプチド核酸、またはその混合物および/もしくは断片を含めた任意の型の核酸または核酸アナログのことがある。本明細書に使用される用語「断片」は、その断片が得られた配列全体に対する特異性および選択性をその断片に維持させておくのに十分なヌクレオチド配列を保持する、本明細書に提供される配列などの配列の部分であるヌクレオチド配列を表す。断片は配列全体に相補的なことがあり、配列全体に選択的にハイブリダイズする能力を保持する。この核酸分子は単離され、クローニングされ、または合成的に生産される。この核酸エレメントはベクター配列を含むことがあり、また、実質的に純粋なこともある。この核酸エレメントは、通常のハイブリダイゼーション条件で、転写物特異的分子または組織試料由来エレメントを含有する核酸試料中の相補的転写物にハイブリダイズすることができる。当業者は、ハイブリダイゼーション因子を調整して、与えられたハイブリダイゼーション手順について最適のハイブリダイゼーションおよびシグナル産生をもたらし、異なる遺伝子または異なるゲノム位置の間で要求される分割をもたらすことができる。
遺伝子リストA(配列番号1〜配列番号16,350)
結腸直腸組織に発現していると以前に同定された16,350個の転写物を集めたものが本明細書に提供される。
結腸直腸癌から作成された公的に入手できる発現配列タグ(EST)ライブラリーおよびGenbankでアノテーションされた遺伝子のどちらに対してもヒットしない2773個転写物のアセンブリを記載する。これらの遺伝子は本明細書で新たに同定されている。
罹患ヒト結腸直腸組織からcDNAライブラリーが作成され、高スループット配列分析により本明細書で1805個のヌクレオチド配列が同定された。この配列は、結腸直腸癌組織に発現していると以前に同定されたことはない。
プレmRNAの選択的スプライシングは、機能的に多様なタンパク質が単一遺伝子の一次転写物からしばしば組織特異的なパターンで発生することができる主要な細胞過程である。
罹患ヒト結腸直腸組織からcDNAライブラリーが作成され、10,556個のヌクレオチド配列が本明細書で同定された。この配列は、結腸直腸癌組織に発現していると以前に同定されたことはない。
罹患ヒト結腸直腸組織からcDNAライブラリーが作成され、7134個のヌクレオチド配列が本明細書で同定された。この配列は、アノテーションされた遺伝子として以前に同定されたことはない。
22,376個のヌクレオチド配列を集めたものが本明細書で同定され、この配列は結腸直腸癌組織に発現していると以前に同定されたことはない。
アンチセンスおよび対応する逆相補転写物を構成する5672個のヌクレオチド配列を集めたものが本明細書で新たに同定された。
遺伝子リストI(配列番号67,985〜配列番号104,415)
肺癌に関係付けられていることが以前に示された36,431個の転写物を集めたものが本明細書に提供される。
肺癌組織から作成された公的に入手できるESTライブラリーおよびGenbankでアノテーションされた遺伝子のどちらに対してもヒットしない24個の転写物のアセンブリが記載される。これらの遺伝子は本明細書で新たに同定されている。
肺組織に発現していることが以前に報告されたことのない、高スループット配列分析により同定された22個の発現配列タグを集めたものが本明細書で同定された。
以前にアノテーションされた肺癌関連遺伝子またはESTの顕著に改変(スプライシング)された形態として存在する配列を有するとして同定された9727個の転写物を集めたものが本明細書で新たに同定された。
罹患肺組織に発現していると同定された5208個のアノテーションされた遺伝子を集めたものが本明細書で新たに同定された。
肺癌組織に発現し、アノテーションされた遺伝子として以前に同定されたことのない452個の転写物を集めたものがシングレット(一重)ヌクレオチド配列として本明細書で同定された。
肺癌組織に発現している配列についてのアンチセンス転写物および対応する逆相補転写物を構成する42,790個の転写物を集めたものが本明細書で新たに同定された。
遺伝子リストP(配列番号162,639〜配列番号179,929)
乳癌組織に発現していることが以前に示された17,291個の発現配列タグを集めたものが本明細書に提供される。
乳癌組織から作成された公的に入手できるESTライブラリーおよびGenbankでアノテーションされた遺伝子のどちらに対してもヒットしない3278個の転写物のアセンブリが記載される。これらの遺伝子は本明細書で新たに同定されている。
罹患乳房組織に発現していることが以前に報告されたことのない、高スループット配列分析により同定された6915個の転写物のアセンブリが本明細書で同定された。
以前にアノテーションされた遺伝子またはESTの顕著に改変(スプライシング)された形態として罹患乳房組織に存在する配列を有するとして同定された4857個の転写物のアセンブリが本明細書で新たに同定された。
34,141個の転写物のアセンブリが乳房組織に発現しているとして本明細書で同定された。これらの転写物は、乳癌組織に発現しているとして以前に確認されていなかった。
シングレットヌクレオチド配列として3,911個の転写物のアセンブリが本明細書で同定され、この転写物は、乳癌組織に発現しており、アノテーションされた遺伝子として以前に同定されたことはない。
乳癌組織に発現する配列についてのアンチセンス転写物および対応するセンス転写物を構成する16,666個の転写物のアセンブリが本明細書で新たに同定された。
遺伝子リストW(配列番号249,698〜配列番号274,441)
肝炎を伴う肝臓組織に発現していると以前に同定された24,744個の転写物のアセンブリが本リストに提供される。
肝炎を伴う肝臓組織から作成された公的に入手できるESTライブラリーおよびGenbankでアノテーションされた遺伝子のどちらに対してもヒットしない13個の転写物のアセンブリが本明細書で記載される。これらの遺伝子は本明細書で新たに同定されている。
高スループットスクリーニングにより以前に同定されたが、肝炎を伴う肝臓組織に発現していることが以前に報告されたことのない32個の転写物のアセンブリが本明細書で同定された。
以前にアノテーションされた遺伝子またはESTの顕著に改変(スプライシング)された形態として存在し、肝炎を伴う肝臓組織に発現している6565個の転写物のアセンブリが本明細書で同定された。
14,789個の転写物のアセンブリが、肝炎を伴う肝臓組織に発現しているとして本明細書で新たに同定された。
11,851個の転写物のアセンブリがシングレットヌクレオチド配列として本明細書で同定され、その転写物は肝炎を伴う肝臓組織に発現しており、アノテーションされた遺伝子として以前に同定されたことはない。
肝炎を伴う肝臓組織に発現した配列についてのアンチセンス転写物および対応するセンス転写物を構成する39,979個の転写物のアセンブリが、本明細書で新たに同定された。
遺伝子リストDD(配列番号347,671〜配列番号380,945)
神経変性疾患を伴う脳組織に発現していると以前に同定された33,275個の転写物のアセンブリが本リストに提供される。
神経変性疾患を伴う脳組織から作成された公的に入手できるESTライブラリーおよびGenbankでアノテーションされた遺伝子のどちらに対してもヒットしない配列を有するとして、5個の転写物のアセンブリが本明細書で新たに同定された。これらの遺伝子は、本明細書で新たに同定されている。
高スループット配列分析により341個の転写物のアセンブリが本明細書で同定された。これらの転写物は、神経変性疾患を伴う脳組織に発現していることが以前に報告されたことはない。
以前にアノテーションされた遺伝子またはESTの顕著に改変(スプライシング)された形態として存在し、神経変性疾患を伴う脳組織に発現している、8486個の転写物のアセンブリが新たに同定された。
神経変性疾患を伴う脳組織に発現しているとして本明細書で新たに同定された、19,081個の転写物のアセンブリが提供される。
21,845個の転写物のアセンブリがシングレットヌクレオチド配列として本明細書で同定され、その転写物は神経変性疾患を伴う脳組織で発現し、アノテーションされた遺伝子として以前に同定されたことはない。
神経変性疾患を伴う脳組織で発現する配列についてのアンチセンス転写物および対応するセンス転写物を構成する53,293個の転写物のアセンブリが、本明細書において新たに同定された。
上記のように、本明細書に提供される転写物のリストを使用して、本明細書に提供される配列に相補的な核酸分子を用いた患部組織トランスクリプトームアレイを調製することができる。用語「アレイ」および「マイクロアレイ」は、本明細書において相互交換可能で使用される。後者の用語は、コンピュータチップを伴う微小アレイの1種を表すために当業者によって使用されることが多い。本明細書に使用される用語「組織特異的エレメント」は、罹患標的試料由来の転写物特異的エレメントに結合し、核酸、ポリペプチド、および抗体分子を含む、アレイ上の生体分子を表す。
タンパク質をコードしている核酸配列の発現を得るために、その配列は、核酸に作動可能に連結してその核酸の発現を制御する1つまたは複数の制御配列を有するベクターに組み込まれる。そのベクターは、場合により、挿入された核酸の発現を駆動するためにプロモーターもしくはエンハンサー、ペプチドが融合体として生成されるように核酸配列、および/または宿主細胞中で生成されるポリペプチドが細胞から分泌されるように分泌シグナルをコードしている核酸などの他の配列を含む。
プロモーター配列、ターミネーター断片、ポリアデニル化配列、エンハンサー配列、マーカー遺伝子および必要に応じて他の配列を非限定的に含めた適切な調節配列を有する適切なベクターを選択または構築することができる。
本明細書に記載されるトランスクリプトームアレイの設計および構築にポリヌクレオチドが使用される。一実施形態では、核酸エレメントを配列して単一トランスクリプトームアレイを生成する。もっとも、そのアレイは要求があれば複数のトランスクリプトームに対応する核酸エレメントを有することがある。そのトランスクリプトームは、1つの疾患または複数の疾患からの複数の患部組織転写物を含むことがある。疾患特異的アレイは、与えられた一疾患背景で転写される転写物を有する。
本明細書に記載される方法に患部組織試料として任意の適切な標的組織または細胞を使用することができる。用語「患部組織試料」には、日常的なスクリーニング検査の一部として分析される異常試料、罹患の疑いのある試料、および正常試料が含まれることは当業者により了解されるであろう。
本明細書に提供される方法では、患部組織試料由来の転写物特異的エレメントを、適切な程度の緊縮性を提供するために選択された条件でアレイにハイブリダイズする。当業者は、特定の試料について最もふさわしい程度の緊縮性を選択するためにハイブリダイゼーション条件を変動させる技法を十分に知っている。例えば、当業者は、非緊縮性洗浄緩衝液(6×SSPE、0.01%Tween20など)および緊縮性緩衝液(100mM MES、0.1M[Na+]、0.01%Tween20など)を使用して、それぞれの洗浄回数(典型的には0〜20回)、洗浄温度(典型的には15〜50℃)、およびハイブリダイゼーション温度(典型的には15〜50℃)を改変して最適なハイブリダイゼーションを実現することができる。ハイブリダイゼーション条件を最適化する方法は当業者に十分に公知である(例えばLABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY、第24巻:Hybridization With Nucleic Acid Probes、P. Tijssen編、Elsevier、ニューヨーク(1993年))。
本明細書に提供されるアレイの核酸エレメントにハイブリダイズした転写物特異的エレメントは、好ましくは患部組織試料由来の試料転写物特異的エレメントに付着した1つまたは複数の標識を検出することにより検出される。
別の実施形態では、タンパク質アレイが設計され、構築される。本明細書に使用される用語「タンパク質」および「ポリペプチド」は相互交換可能である。このアレイ中の組織特異的エレメントには、タンパク質、ペプチド、抗体、ペプチド−核酸などが含まれうる。罹患トランスクリプトームのコードされたポリペプチド分子に対して作成された抗体を慎重な位置でアレイ上に固定化して、その抗体に特異的な検出可能な標識と複合したポリペプチドと複合させることができる。標的試料由来のタンパク質単離物を、標識されたアレイと接触させることができ、固定化抗体からの標識されたタンパク質の任意の置換は、このアレイ上の慎重な位置での検出可能な標識の喪失により視覚化できるであろう。アレイ上のタンパク質置換のプロファイルを、そのアレイプロファイルを発現している個体の特異的治療剤に対する反応性または無反応性と相関させることができる。
患部組織試料中の転写物特異的エレメントの存在を検出またはそのエレメントを定量するためのキットも本明細書に提供される。例えば、このキットは、1つまたは複数の患部組織由来の1つまたは複数のトランスクリプトームのアレイを有することがある。そのアレイ上の分子は、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、ポリペプチド、または抗体分子のことがある。このキットは、場合により生体試料中の遺伝子産物の発現を検出することができる検出可能な標識または標識された化合物もしくは薬剤、ならびにその試料を標識するために必要な試薬およびそのアレイ上の相補的配列とのハイブリダイゼーションに作用するために必要な試薬もまた含む。このキットは、場合により比色チャートまたは装置などの、試料中の転写物の量を決定するための手段も含む。
予測医学の分野で上記アレイを使用する方法が提供される。この分野には、診断アッセイ、予後アッセイ、予測アッセイ、薬理ゲノミクス、および異なる疾患についての臨床試験の監視が含まれる。
本明細書に記載されるアレイを利用した診断アッセイが、タンパク質および/または核酸の発現ならびに生体試料(例えば、血液、血清、細胞、組織)中の活性を決定するために提供され、個体が疾患もしくは障害に冒されているかどうか、または発症前であり、異所性タンパク質、核酸の発現もしくは活性に関連する疾患もしくは障害を発現するリスクがあるかどうかが決定される。初期の診断は、治療を容易にし、治療法の成功を高め、医師に疾患もしくは障害の発症前でも個体を予防的に治療させるようにできる。
異所性タンパク質、核酸の発現または活性に関連する疾患または障害と診断された個体が、外科手術などの予備的医学的介入の不在下で、またはその介入後に回復または再発するであろうかどうかを決定するための予後アッセイも、本明細書に提供される。
個体を冒している疾患型または障害型を特異的に治療するために適切な治療剤または予防剤を選択するための予測アッセイも提供される。治療剤には、低分子化合物、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質(ペプチドおよび抗体または抗体断片を含む)、ペプチド模倣体、核酸、遺伝子治療ベクター、放射線療法剤、化学療法剤、および他の治療剤の候補があるが、それに限定されるわけではない。
本明細書に記載されるアレイは、個体が特定の薬剤に反応する能力を決定することにより、ふさわしい治療剤または予防剤(例えば薬物)をその個体に特異的に選択するための、抗体の遺伝子型に起因するタンパク質、核酸の発現または活性を決定するためのアッセイにも有用である(本明細書において「薬理ゲノミクス」と呼ばれる)。
本明細書に提供されるアレイを創薬方法および研究方法に使用することができる。例えば、このアレイを使用して、実験的治療剤、新たに合成された化合物、および対象となる他の薬剤に対するトランスクリプトームの1つまたは複数の転写物/遺伝子の反応を決定することができる。この薬剤は、治療的用途を有することが公知のこともあるし、また、新たに生み出された候補治療剤のこともある。
以下の方法を採用して、欧州特許出願EP04105479.2、EP04105482.6、EP04105483.4、EP04105484.2、EP04105507.0、およびEP04105485.9ならびに米国仮特許出願第60/662,276号および第60/700,293号に開示された予備的結腸直腸癌トランスクリプトームアレイ配列を得た。
公的データのフィルタリング
すべてのダウンロードされたライブラリーからのすべての公的な発現配列タグ(EST)をFASTA形式で検索し、全921ライブラリーを272,686個の単一ESTを有する単一配列ファイルに連結した。次に、これらのESTをParacel Filtering Package(PFP)(ウェブサイトwww.paracel.comから入手できる)内のフィルターの特異的組合せを使用してフィルタリングして、望まれない配列エレメントがアセンブル工程に入らないことを確実にした。低複雑度領域、ベクター配列、および反復配列をマスクする設定を選択した。混入大腸菌配列、ミトコンドリアDNA、またはリボソームRNAを有する配列をフィルタリングした。これらのフィルタリング段階の後で、以前の段階でマスクされた低品質末端領域および低複雑度反復から主になる任意の配列を、「trimjunk」アルゴリズム(Paracel Filtering Package)を使用して除去した。最後に、100個未満の良好な塩基からなる任意の配列をフィルタリング除去した。
ESTのフィルタリングを、FASTA形式の生配列ファイルよりもむしろ「Phred」出力ファイルに基づいて実施した。「Phred」ファイルは、配列についての質的情報、すなわち各ベースコールがどれほど統計的に有意であったかを有する。これによって、「qualclean」として知られている追加のフィルタリングアルゴリズムを使用することが可能になる。qualcleanは、配列ファイルの始まりおよび終わりから低品質の配列を削除する。使用されるその他のフィルタリングアルゴリズムは、公的データについてリスとされたアルゴリズムと同一であった。
Paracelソフトウェア「Paracel Transcript Assembler(PTA)」(ウェブサイトwww.paracel.com参照)を使用して、クラスター化閾値50を用いて公的データおよび施設内データの両方のアセンブリを実施した。一緒にアセンブルした配列(コンティグ)を、アノテーション目的で、および配列の方向を同定するためにGenbank NTデータベースに対してBLAST検索した。コンティグがGenbankでリストされた方向に比べて逆方向であると同定された場合、その配列を逆相補させ、両方の方向を最終的なデータセットに含めた。
公的データベースからの結腸直腸由来配列の再アセンブリ
結腸直腸組織で発現しうる配列を同定するために、結腸直腸組織、結腸直腸腫瘍組織、または結腸直腸由来細胞系から得られた配列情報について米国国立衛生研究所のウェブサイト(ウェブサイトcgap.nci.nih.gov参照)での癌ゲノム解剖プロジェクト(CGAP)ゲートウェイを調査した。921個のESTライブラリーの全リストをCGAPを用いて同定した。次に、これらのライブラリー自体をUniGeneデータベースから検索した。その情報を単一データベースで照合し、合計272,686個の個別の配列を作成した。続いてParacel転写物アセンブリツールを使用してこれらの個別の配列をアセンブルして合計18,721個のコンティグおよび41,023個のシングレットを作成した。次に、18,721個のコンティグを、下記の配列分析プロジェクトから作成されたコンティグと比較した。この比較は幾分限定された冗長性を明らかにし、最終的な数16,350個の公的に得られたコンティグが得られた。
正常であろうと悪性であろうと結腸直腸組織で発現しうる追加の転写物を同定するために、80個を超える正常および悪性結腸直腸腫瘍組織から得られたRNAプールからcDNAライブラリーを作成した。このRNAを逆転写してクローニングベクターに定方向的にクローニングした。得られたライブラリーを続いて細菌に形質転換し、平板に蒔いて個別のクローンを作成した。合計50,000個のクローンを選択し、配列分析してその同一性を決定した。50,000個のクローンを続いてアセンブルして、合計10,396個の独特な配列を作成し、それをアセンブルして4129個のコンティグおよび6267個のシングレットを得た。次に、その4129個のコンティグおよび6267個のシングレットから得られた配列情報を、Genbankを含めた公的に入手できるデータベースに対してBLAST検索し、完全に新規な配列を同定し、すべての公的に入手できる結腸組織ライブラリーから作成されたデータベースに対してBLAST検索して結腸直腸癌で発現していることが以前に報告されたことのない配列を同定した。この分析から、合計2773個の新規な配列を同定した。これらの配列は、アノテーションされた遺伝子またはESTとしてGenbankに以前に報告されたことがなかった。
公的に入手できる情報を有するマイクロアレイの検出を通じて、結腸直腸組織に発現した他の転写物を同定することにより追加の結腸直腸配列情報を得た。これらの配列は、予備的なトランスクリプトームアレイ配列情報を相補し、結腸直腸癌についてのトランスクリプトームを表している、より完全なアレイを提供する。
40個の結腸直腸組織(腫瘍27個および正常13個)由来のRNAを標識し、公的に入手できる情報を有するマイクロアレイにハイブリダイズさせた。それらの標的について、これらのアレイの少なくとも1つに存在し、バックグラウンドを上回るとコールされた転写物のリストをこれらのアレイから得た(すなわち結腸直腸試料の少なくとも1つに発現する転写物を同定した)。
内因性アンチセンスRNA転写物の役割への科学界の関心が高まっている中で、アンチセンス転写物の存在について結腸直腸癌データベースを調査した。
アセンブリに続いて、施設内および公的データコンティグの両方を、アノテーション目的で、および配列の方向を同定するためにGenbank NTデータベースに対してBLAST検索した。これらのコンティグがGenbankでリストされたコンティグに比べて逆方向と同定された場合、その配列を逆相補し、最終データセットに両方の方向を含めた。したがって、アンチセンスおよび対応するセンス転写物を組み合わせて、5672個の転写物の遺伝子リストを形成させた(遺伝子リストH)。
遺伝子リストIから遺伝子リストOに記載される肺癌トランスクリプトームアレイ配列を得るために採用された方法は、結腸直腸癌配列を得るときに使用された方法に類似していた。
公的データベースからの肺由来配列の再アセンブリ
肺組織に発現しうる配列を同定するために、肺組織、肺腫瘍組織、または肺腫瘍由来細胞系から得られた配列情報についてCGAPゲートウェイを調査した。301個のESTライブラリーの合計リストを、CGAPゲートウェイを用いて同定した。次に、これらのライブラリー自体をUniGeneデータベースから検索した。この情報を単一のデータベースに照合し、合計471,630個の個別配列を生成した。この個別の配列を続いてParacel転写物アセンブリツールを使用してアセンブルして36,431個のコンティグおよび19,195個のシングレットを作成した。
正常であろうと悪性であろうと、肺組織に発現していることのある追加の転写物を同定するために、80個を超える正常および悪性肺腫瘍組織から得られたRNAのプールからcDNAライブラリーを作成した。このRNAを逆転写してクローニングベクターに定方向クローニングした。このライブラリーを続いて細菌に形質転換し、平板に蒔いて個別のクローンを作成した。合計4032個のクローンを選択し、配列分析してその同一性を決定した。このクローンを続いてフィルタリングして合計3450個の独特の配列を作成し、それをフィルタリングして602個のコンティグおよび1589個のシングレットを得た。次に、このコンティグおよびシングレットから得られた配列情報を、Genbankを含めた公的に入手できるデータベースに対してBLAST検索して、完全に新規な配列を同定し、すべて公的に入手できる肺組織ライブラリーから作成されたデータベースに対してBLAST検索して、肺癌で発現していることが以前に報告されたことのない配列を同定した。この分析から、アノテーションされた遺伝子またはESTとして以前にGenbankで報告されたことのない合計24個の新規な配列を同定した。
遺伝子リストPから遺伝子リストVに記載された乳癌トランスクリプトームアレイ配列を得るために採用された方法は、結腸直腸癌配列および肺癌配列を得るときに使用された方法と類似していた。
公的データベースからの乳房由来配列の再アセンブリ
乳房組織に発現していることのある配列を同定するために、乳房組織、乳房腫瘍組織、または乳房腫瘍由来細胞系から得られた配列情報についてCGAPゲートウェイを調査した。1130個のESTライブラリーの合計リストを、CGAPゲートウェイを用いて同定した。次に、これらのライブラリー自体をUniGeneデータベースから検索した。この情報を単一のデータベースで照合して、合計288,854個の個別の配列を作成した。続いてこの個別の配列を、Paracel転写物アセンブリツールを用いてアセンブルして、合計17,291個のコンティグおよび24,178個のシングレットを作成した。
正常であろうと悪性であろうと乳房組織に発現しうる追加の転写物を同定するために、120個を超える正常および悪性乳房腫瘍組織から得られたRNAのプールからcDNAライブラリーを作成した。このRNAを逆転写してクローニングベクターに定方向クローニングした。このライブラリーを続いて細菌に形質転換し、平板に蒔いて個別のクローンを作成した。合計157,260個のクローンを選択し、配列分析してその同一性を決定した。このクローンを続いてフィルタリングして合計127,306個の独特の配列を作成し、それをアセンブルして14,489個のコンティグおよび24,308個のシングレットを得た。次に、このコンティグおよびシングレットから得られた配列情報を、Genbankを含めた公的に入手できるデータベースに対してBLAST検索して、完全に新規な配列を同定し、すべて公的に入手できる乳房組織ライブラリーから作成されたデータベースに対してBLAST検索して、乳癌で発現していることが以前に報告されたことのなかった配列を同定した。この分析から、アノテーションされた遺伝子またはESTとして以前にGenbankで報告されたことのなかった合計3278個の新規な配列を同定した。
遺伝子リストWから遺伝子リストCCに記載される肝炎を伴う肝臓組織についてのトランスクリプトームアレイ配列を得るために採用された方法は、結腸直腸癌配列および肺癌配列を得るときに使用された方法と類似していた。
公的データベースからの罹患肝臓配列の再アセンブリ
肝炎を伴う肝臓組織に発現していることのある配列を同定するために、肝臓組織、肝炎を伴う肝臓組織、または肝炎を伴う肝臓組織由来細胞系から得られた配列情報について公的データベースを調査した。63個のESTライブラリーの合計リストを同定した。次に、これらのライブラリー自体をUniGeneデータベースから検索した。この情報を単一のデータベースに照合して、合計326,079個の個別の配列を作成した。続いてこの個別の配列を、Paracel転写物アセンブリツールを用いてアセンブルして、合計24,744個のコンティグおよび37,503個のシングレットを作成した。次に、これらのコンティグを、下記の配列分析プロジェクトから作成されたコンティグと比較して、最終数24,744個の公的に得られたコンティグを得た。
肝炎を伴う肝臓組織に発現していることのある追加の転写物を同定するために、40個を超える正常および罹患肝臓組織試料から得られたRNAのプールからcDNAライブラリーを作成した。このRNAを逆転写してクローニングベクターに定方向クローニングした。このライブラリーを続いて細菌に形質転換し、平板に蒔いて個別のクローンを作成した。合計4944個のクローンを選択し、配列分析してその同一性を決定した。この配列を続いて量的フィルタリングして合計2869個の配列を作成し、それをアセンブルして45個のコンティグおよび2300個のシングレットを得た。次に、このコンティグおよびシングレットから得られた配列情報を、NCBI RefSeqコレクションを含めたを公的に入手できるデータベースに対してBLAST検索して、完全に新規な配列を同定し、すべて公的に入手できる肝臓組織ライブラリーから作成されたデータベースに対してBLAST検索して、肝炎を伴う肝臓組織で発現していることが以前に報告されたことのなかった配列を同定した。この分析から、アノテーションされた遺伝子またはESTとして以前にGenbankで報告されたことのなかった合計13個の新規な配列を同定した。
遺伝子リストDDから遺伝子リストJJに記載された神経変性を伴う脳組織についてのトランスクリプトームアレイ配列を得るために採用された方法は、結腸直腸癌配列および肺癌配列を得るときに使用された方法と類似していた。
公的データベースからの罹患脳組織配列の再アセンブリ
神経変性を伴う脳組織に発現していることのある配列を同定するために、脳組織、神経変性を伴う脳組織、または神経変性を伴う脳組織由来細胞系から得られた配列情報について公的データベースを調査した。674個のESTライブラリーの合計リストを公的データベースを用いて同定した。次に、これらのライブラリー自体をUniGeneデータベースから検索した。この情報を単一のデータベースに照合して、合計656,559個の個別の配列を作成した。続いてこの個別の配列を、Paracel転写物アセンブリツールを用いてアセンブルして、合計33,275個のコンティグおよび65,022個のシングレットを作成した。
神経変性を伴う脳組織に発現していることのある追加の転写物を同定するために、20個を超える正常および罹患脳組織試料から得られたRNAのプールからcDNAライブラリーを作成した。このRNAを逆転写してクローニングベクターに定方向クローニングした。このライブラリーを続いて細菌に形質転換し、平板に蒔いて個別のクローンを作成した。合計7200個のクローンを選択し、配列分析してその同一性を決定した。この配列を続いて量的フィルタリングして合計3115個の配列を作成し、それをアセンブルして346個のコンティグおよび1671個のシングレットを得た。次に、このコンティグおよびシングレットから得られた配列情報を、NCBI RefSeqコレクションを含めた公的に入手できるデータベースに対してBLAST検索して、完全に新規な配列を同定し、すべて公的に入手できる脳組織ライブラリーから作成されたデータベースに対してBLAST検索して、神経変性を伴う脳組織で発現していることが以前に報告されたことのなかった配列を同定した。この分析から、アノテーションされた遺伝子またはESTとして以前にGenbankで報告されたことのなかった合計5個の新規な配列を同定した。
結腸直腸腫瘍、前立腺腫瘍、および乳房腫瘍由来の配列を、共通発現配列について比較した。図2は、結腸、前立腺、および乳房組織についてすべての公的に入手できる配列のBLAST比較の略図をもたらす。これは、上に概説したように得られた公的に入手できる配列のアセンブリ後の全配列の比較である。これらの配列をBLAST検索するために使用されたパラメータは、カットオフE値0.1、同一率90%であった。標準カットオフ値は、数千の個別のBLAST結果の徒手検査および視覚化から得られた。これらの基準を満たしている一方で、配列間に存在する名目上の差について適正なマージンを見込んだヒットを、「同一」ヒットであると公正に分類することができる。この基準に適合できないヒットは、アレイ設計目的で同一とみなすことができない程度まで異なる。2つの値が各結果について得られる。「ゼロホモロジー」結果は、配列がBLAST検索されたデータベースと何であれホモロジーを有さない配列数を示す。第2の値は「ヒットなし」と定義され、この場合、クエリ鎖は50%未満の「カバー率」を有する。すなわち、クエリ配列は標的配列に表されるその長さの50%未満を有する。
Claims (19)
- 患部組織由来のトランスクリプトームを有するアレイ。
- 患部組織が、腫瘍性疾患、炎症疾患、または変性疾患に冒された組織を有する、請求項1に記載のアレイ。
- 患部組織が、結腸直腸癌、肺癌、または乳癌に冒された組織を有する、請求項1に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、罹患結腸直腸組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストB、遺伝子リストC、遺伝子リストD、遺伝子リストE、遺伝子リストF、遺伝子リストG、または遺伝子リストHに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、罹患肺組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストJ、遺伝子リストK、遺伝子リストL、遺伝子リストM、遺伝子リストN、または遺伝子リストOに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、罹患乳房組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストQ、遺伝子リストR、遺伝子リストS、遺伝子リストT、遺伝子リストU、または遺伝子リストVに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、罹患肝臓組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストX、遺伝子リストY、遺伝子リストZ、遺伝子リストAA、遺伝子リストBB、または遺伝子リストCCに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、罹患脳組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストEE、遺伝子リストFF、遺伝子リストGG、遺伝子リストHH、遺伝子リストII、または遺伝子リストJJに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、癌組織配列由来の転写物をそれぞれ表す1つまたは複数の組織特異的エレメントを有し、前記転写物のそれぞれが、遺伝子リストB、C、D、E、F、G、H、J、K、L、M、N、O、Q、R、S、T、U、またはVに列挙される転写物から独立して選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、少なくとも1つの前記遺伝子リストの転写物を表す組織特異的エレメントのうち70%を有する、請求項4から9のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、前記遺伝子リストのそれぞれの転写物を表す組織特異的エレメントのうち70%を有する、請求項10に記載のアレイ。
- 前記転写物を表す前記組織特異的エレメントが、前記転写物に相補的な配列を有する核酸分子である、請求項4から11のいずれか一項に記載のアレイ。
- 前記転写物を表す前記組織特異的エレメントが、前記転写物からコードされるポリペプチドである、請求項4から11のいずれか一項に記載のアレイ。
- 前記転写物を表す前記組織特異的エレメントが、前記転写物によりコードされるポリペプチドに特異的な抗体である、請求項4から11のいずれか一項に記載のアレイ。
- トランスクリプトームが、患部組織由来のコード転写物および非コード転写物から得られた核酸分子を有する、前記請求項のいずれか一項に記載のアレイ。
- a)アレイを、患者由来の生体試料由来の転写物特異的エレメントと接触させるステップ、および
b)転写物特異的エレメントとアレイとの結合を検出するステップ
を含み、結合の検出が前記病理学的状態の診断を示す、患者における病理学的状態を診断する方法における、前記請求項のいずれか一項に記載のアレイの使用。 - 疾患または障害を有すると診断された患者が予備的医学的介入後に回復または再発するであろうかどうかを決定する方法における、前記請求項のいずれか一項に記載のアレイの使用。
- a)アレイを、患者由来の生体試料由来の転写物特異的エレメントと接触させるステップ、および
b)転写物特異的エレメントとアレイとの結合を検出するステップ
を含み、結合の検出が、前記治療剤による治療に対する前記患者の前記病理学的状態の反応性を示す、病理学的状態の治療のための、前記病理学的状態に冒された患者の治療剤に対する反応性を決定する方法における、前記請求項のいずれか一項に記載のアレイの使用。 - ステップbにおいて結合の検出がハイブリダイゼーションの検出である、請求項12に従属する場合の請求項16、請求項17または請求項18に記載の使用。
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Cited By (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011080314A3 (en) * | 2009-12-31 | 2011-12-15 | Deutsches Krebsforschungszentrum | Novel modulators of trail signalling |
JP2012516688A (ja) * | 2009-02-02 | 2012-07-26 | セファイド | 敗血症の検出方法 |
JP2013066412A (ja) * | 2011-09-21 | 2013-04-18 | Nagase & Co Ltd | 肝機能障害の抑制又は改善に有効な物質のスクリーニング方法及びそれに用いるプライマーセット |
JP2013524769A (ja) * | 2009-05-01 | 2013-06-20 | クルナ・インコーポレーテッド | アポリポタンパク質−a1に対する天然アンチセンス転写物の抑制によるアポリポタンパク質−a1関連疾患の治療 |
US20140037599A1 (en) * | 2012-08-03 | 2014-02-06 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Compositions and Methods of Treating T Cell Deficiency |
WO2014077354A1 (ja) * | 2012-11-16 | 2014-05-22 | 国立大学法人 東京大学 | 抗癌治療に用いられる長鎖非コードrna |
WO2014168154A1 (ja) * | 2013-04-08 | 2014-10-16 | 三菱レイヨン株式会社 | 眼疾患を評価するためのマイクロアレイ及び眼疾患の評価方法 |
KR101506314B1 (ko) * | 2008-08-15 | 2015-04-06 | 후지쿠라 가세이 가부시키가이샤 | 동맥경화 진단용 폴리펩티드 마커, 및 상기 마커 등을 이용한 동맥 경화의 검출방법, 및 동맥경화 진단용 키트 |
US10316083B2 (en) | 2013-07-19 | 2019-06-11 | Cedars-Sinai Medical Center | Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway |
JP2019518934A (ja) * | 2016-04-05 | 2019-07-04 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | 単一細胞刺激摂動応答に基づく標的化療法のためのシステムおよび方法 |
US10633449B2 (en) | 2013-03-27 | 2020-04-28 | Cedars-Sinai Medical Center | Treatment and reversal of fibrosis and inflammation by inhibition of the TL1A-DR3 signaling pathway |
US11186872B2 (en) | 2016-03-17 | 2021-11-30 | Cedars-Sinai Medical Center | Methods of diagnosing inflammatory bowel disease through RNASET2 |
US11236393B2 (en) | 2008-11-26 | 2022-02-01 | Cedars-Sinai Medical Center | Methods of determining responsiveness to anti-TNFα therapy in inflammatory bowel disease |
Families Citing this family (150)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20060084082A1 (en) | 1997-03-07 | 2006-04-20 | Human Genome Sciences, Inc. | 186 human secreted proteins |
CN100358918C (zh) * | 2002-09-09 | 2008-01-02 | 上海睿星基因技术有限公司 | 肿瘤标志物及其用途 |
US20050272067A1 (en) * | 2004-03-10 | 2005-12-08 | Macina Roberto A | Compositions, splice variants and methods relating to cancer specific genes and proteins |
US7740861B2 (en) * | 2004-06-16 | 2010-06-22 | University Of Massachusetts | Drug delivery product and methods |
WO2006032039A2 (en) | 2004-09-17 | 2006-03-23 | University Of Massachusetts | Compositions and their uses for lysosomal enzyme deficiencies |
WO2007019670A1 (en) * | 2005-07-01 | 2007-02-22 | Graham, Robert | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cancers |
US7776551B2 (en) * | 2005-07-12 | 2010-08-17 | Ramot At Tel Aviv University Ltd. | Methods and kits for diagnosing and treating mental retardation |
EP1948245B1 (en) * | 2005-10-24 | 2011-10-05 | University of Massachusetts | Compositions and their uses for gene therapy of bone conditions |
EP1984400B1 (en) | 2006-01-05 | 2012-11-28 | Immune Disease Institute, Inc. | Regulators of nfat |
JP2007295822A (ja) * | 2006-04-28 | 2007-11-15 | Kusakabe Bio-Medical Research Laboratory Inc | 卵巣腫瘍のシスプラチン耐性マーカー |
WO2008042510A2 (en) * | 2006-08-17 | 2008-04-10 | Gwathmey. Inc. | Genes and gene products differentially expressed during heart failure |
WO2008028044A2 (en) | 2006-08-30 | 2008-03-06 | Centocor, Inc. | Markers and methods for assessing and treating ulcerative colitis and related disorders using 66 gene panel |
WO2008028250A1 (en) * | 2006-09-08 | 2008-03-13 | Autogen Research Pty Ltd | Therapeutic agents, targets and diagnostics |
WO2008048120A2 (en) * | 2006-10-17 | 2008-04-24 | Synergenz Bioscience Limited | Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders |
US8338109B2 (en) | 2006-11-02 | 2012-12-25 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Predicting cancer outcome |
NZ551157A (en) * | 2006-11-08 | 2008-06-30 | Rebecca Lee Roberts | Method of identifying individuals at risk of thiopurine drug resistance and intolerance - GMPS |
WO2008106709A1 (en) * | 2007-03-07 | 2008-09-12 | The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research | NOVEL HUMAN ssDNA BINDING PROTEINS AND METHODS OF CANCER DIAGNOSIS |
DK2157979T3 (en) * | 2007-05-24 | 2018-08-27 | Calcimedica Inc | CALCIUM CHANNEL PROTEINS AND APPLICATIONS THEREOF |
JP5435609B2 (ja) * | 2007-05-31 | 2014-03-05 | 独立行政法人理化学研究所 | 新規癌マーカーおよびその用途 |
CA2693941A1 (en) * | 2007-07-16 | 2009-01-22 | Pfizer Inc. | Methods of improving a genomic marker index of dairy animals and products |
JP2010535529A (ja) * | 2007-08-13 | 2010-11-25 | アルマック ダイアグノスティックス リミテッド | マイクロアレイ製造用3’ベースシークエンシング手法 |
AU2008293138A1 (en) * | 2007-08-28 | 2009-03-05 | Auckland Uniservices Limited | Cell marker of melanocyte cell lineage and uses thereof |
DE102007041657A1 (de) * | 2007-09-03 | 2009-03-05 | Protagen Ag | Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung |
MX2010002759A (es) * | 2007-09-12 | 2010-03-30 | Pfizer | Procedimientos de uso de marcadores geneticos e interacciones epistaticas relacionadas. |
AU2008307732A1 (en) * | 2007-10-03 | 2009-04-09 | Zoetis Llc | Genetic markers for horned and polled cattle and related methods |
US20100292094A1 (en) * | 2007-10-23 | 2010-11-18 | Clinical Genomics Pty. Ltd. | Method of diagnosing neoplasms |
EP2222283A2 (en) * | 2007-10-29 | 2010-09-01 | University of Massachusetts | Yeast cell wall protein (ycwp) encapsulated multilayered nanoparticles for nucleic acid delivery (sirna) |
US7550300B1 (en) * | 2007-11-29 | 2009-06-23 | Capgen Sciences, Inc. | Prediction of bare metal stent restenosis |
US20100324356A1 (en) * | 2007-12-17 | 2010-12-23 | Pfizer, Inc. | Methods for improving genetic profiles of dairy animals and products |
US8889597B2 (en) * | 2008-02-01 | 2014-11-18 | Washington University | Sequences associated with TDP-43 proteinopathies and methods of using the same |
AU2009213671A1 (en) * | 2008-02-11 | 2009-08-20 | Hadasit Medical Research Services & Development Limited | Colon cancer associated transcript 1 (CCAT1) as a cancer marker |
WO2009143391A2 (en) * | 2008-05-22 | 2009-11-26 | Isis Pharmaceuticals, Inc | Methods for modulation expression of creb |
EP2806054A1 (en) | 2008-05-28 | 2014-11-26 | Genomedx Biosciences Inc. | Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer |
US10407731B2 (en) | 2008-05-30 | 2019-09-10 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes |
US20090325212A1 (en) * | 2008-06-27 | 2009-12-31 | Microsoft Corporation | Data standard for biomaterials |
AU2013202419B2 (en) * | 2008-07-16 | 2014-11-27 | Institute For Research In Biomedicine | Human cytomegalovirus neutralizing antibodies and uses thereof |
US20120094338A1 (en) * | 2008-07-22 | 2012-04-19 | Li zhong kui | Continuous production and excretion of waxy products from photosynthetic organisms |
EP2329259B1 (en) * | 2008-08-29 | 2016-04-20 | Janssen Biotech, Inc. | Markers and methods for assessing and treating ulcerative colitis and related disorders using a 20 gene panel |
AU2009305636A1 (en) | 2008-10-15 | 2010-04-22 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | Modulation of Factor 11 expression |
US8835617B2 (en) | 2008-11-06 | 2014-09-16 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Polynucleotides encoding a human TRIM-Cyp fusion polypeptide, compositions thereof, and methods of using same |
WO2010065671A2 (en) | 2008-12-04 | 2010-06-10 | Curna, Inc. | Treatment of vascular endothelial growth factor (vegf) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to vegf |
US8039794B2 (en) * | 2008-12-16 | 2011-10-18 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Mass spectrometry assay for thiopurine-S-methyl transferase activity and products generated thereby |
US20100240049A1 (en) | 2009-01-16 | 2010-09-23 | Cepheid | Methods of Detecting Cervical Cancer |
EP2221066A1 (en) | 2009-02-18 | 2010-08-25 | Sanofi-Aventis | Use of VgII3 activity modulator for the modulation of adipogenesis |
US20100233704A1 (en) * | 2009-02-25 | 2010-09-16 | Cepheid | Methods of detecting lung cancer |
WO2010098682A1 (en) * | 2009-02-27 | 2010-09-02 | Auckland Uniservices Limited | Cell marker for melanocyte lineage and cancer cells and uses thereof |
WO2010107825A2 (en) | 2009-03-16 | 2010-09-23 | Pangu Biopharma Limited | Compositions and methods comprising histidyl-trna synthetase splice variants having non-canonical biological activities |
WO2010135786A1 (en) * | 2009-05-29 | 2010-12-02 | Clinical Genomics Pty. Ltd. | A method for diagnosing neoplasms and molecules for use therein |
JP5835772B2 (ja) * | 2009-08-06 | 2015-12-24 | 国立大学法人 長崎大学 | 骨芽細胞特異的発現を誘導するdna及びその塩基配列 |
US20130029339A1 (en) | 2009-09-09 | 2013-01-31 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in analyzing kras mutations |
WO2011031877A1 (en) | 2009-09-09 | 2011-03-17 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in analyzing nucleic acid profiles |
US8394778B1 (en) | 2009-10-08 | 2013-03-12 | Immune Disease Institute, Inc. | Regulators of NFAT and/or store-operated calcium entry |
KR101692063B1 (ko) * | 2009-12-09 | 2017-01-03 | 닛토덴코 가부시키가이샤 | hsp47 발현의 조절 |
CA2783731C (en) | 2009-12-11 | 2018-03-27 | Atyr Pharma, Inc. | Aminoacyl trna synthetases for modulating inflammation |
KR101323827B1 (ko) * | 2010-01-08 | 2013-10-31 | 키스트 유럽 에프게엠베하 | 강직성척추염 진단용 프라이머 및 이를 이용한 강직성 척추염 진단 방법 |
US9624547B2 (en) | 2010-02-10 | 2017-04-18 | The Regents Of The University Of California | Salivary transcriptomic and proteomic biomarkers for breast cancer detection |
BR112012027547B1 (pt) | 2010-04-29 | 2022-06-14 | Ionis Pharmaceuticals, Inc | Oligonucleotídeo modificado de fita simples, composição, e seus usos para tratar amiloidose transtirretina, reduzir os seus sintomas e para reduzir a expressão de mrna ou de proteína de transtirretina |
WO2011146411A1 (en) * | 2010-05-17 | 2011-11-24 | University Of Southern California | Grp78 gene polymorphism rs391957 is associated with tumor recurrence and survival in gastrointestinal cancer patients |
CA2836315A1 (en) | 2010-05-18 | 2011-11-24 | The Royal Institution For The Advancement Of Learning/Mcgill University | Method for treating brain cancer |
EP2388336A1 (en) * | 2010-05-19 | 2011-11-23 | Signature Diagnostics AG | Method and kits for diagnosing colorectal cancer |
WO2012021249A2 (en) | 2010-07-12 | 2012-02-16 | Atyr Pharma, Inc. | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of histidyl-trna synthetases |
ES2549752T3 (es) | 2010-07-19 | 2015-11-02 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Métodos y sistemas para el análisis de células individuales |
WO2012018881A2 (en) * | 2010-08-03 | 2012-02-09 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for the regulation of rna |
US20140045915A1 (en) | 2010-08-31 | 2014-02-13 | The General Hospital Corporation | Cancer-related biological materials in microvesicles |
JP2013537045A (ja) | 2010-09-15 | 2013-09-30 | アルマック ダイアグノスティックス リミテッド | 癌のための分子診断試験 |
US9567580B2 (en) | 2010-10-08 | 2017-02-14 | Anjana Rao | Regulators of NFAT and/or store-operated calcium entry |
US20120100157A1 (en) * | 2010-10-11 | 2012-04-26 | Van Andel Research Institute | Biomarker and Method for Predicting Sensitivity to MET Inhibitors |
US9107892B2 (en) | 2010-10-28 | 2015-08-18 | University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education | Identification of a novel retrovirus in patients with benign prostatic hyperplasia |
JP6219721B2 (ja) | 2010-11-10 | 2017-10-25 | エキソソーム ダイアグノスティックス インコーポレイテッド | 核酸含有粒子の単離および該粒子からの核酸の抽出のための方法 |
BR112013018924A2 (pt) | 2011-01-25 | 2018-05-08 | Almac Diagnostics Ltd | assinaturas de expressão gênica de câncer de cólon e métodos de uso |
AU2012211272A1 (en) | 2011-01-26 | 2013-08-15 | Cepheid | Methods of detecting lung cancer |
US20130136786A1 (en) * | 2011-02-10 | 2013-05-30 | Sanford-Burnham Medical Research Institute | Long non-coding rna spry4-it1 as a diagnostic and therapeutic agent |
EP2675919A4 (en) * | 2011-02-16 | 2015-06-17 | Compugen Ltd | GENETIC MARKERS FOR THE PROGNOSIS OF EFFICACY OF TREATMENT AGAINST RHEUMATOID ARTHRITIS |
US10260097B2 (en) | 2011-06-02 | 2019-04-16 | Almac Diagnostics Limited | Method of using a gene expression profile to determine cancer responsiveness to an anti-angiogenic agent |
CA2752947A1 (en) * | 2011-06-30 | 2012-12-30 | Benjamin J. Blencowe | Foxp1 splice variants and methods and uses thereof |
EP3597666A3 (en) | 2011-07-01 | 2020-04-22 | NGM Biopharmaceuticals, Inc. | Compositions, uses and methods for treatment of metabolic disorders and diseases |
US10513737B2 (en) | 2011-12-13 | 2019-12-24 | Decipher Biosciences, Inc. | Cancer diagnostics using non-coding transcripts |
US9873900B2 (en) * | 2012-02-10 | 2018-01-23 | Wisconsin Alumni Research Foundation | RNA-mediated gene assembly from DNA oligonucleotides |
EP2814514B1 (en) | 2012-02-16 | 2017-09-13 | Atyr Pharma, Inc. | Histidyl-trna synthetases for treating autoimmune and inflammatory diseases |
EP2819749A4 (en) * | 2012-03-01 | 2016-03-02 | Univ Columbia | BIOMARKERS ASSOCIATED WITH AUTISM AND USES THEREOF |
WO2013131083A1 (en) | 2012-03-02 | 2013-09-06 | Winthrop-University Hospital | METHOD FOR USING PROBE BASED PCR DETECTION TO MEASURE THE LEVELS OF CIRCULATING DEMETHYLATED β CELL DERIVED DNA AS A MEASURE OF β CELL LOSS IN DIABETES |
JP6482869B2 (ja) * | 2012-04-03 | 2019-03-13 | 国立研究開発法人国立成育医療研究センター | miR−140の発現を制御するDNA及び該DNAを利用した薬剤のスクリーニング方法 |
EP3222633B1 (en) * | 2012-05-21 | 2019-08-07 | The Penn State Research Foundation | Compositions and methods relating to dennd1a variant 2 and polycystic ovary syndrome |
ES2720763T3 (es) | 2012-06-27 | 2019-07-24 | Berg Llc | Uso de marcadores en el diagnóstico y tratamiento de cáncer de próstata |
US11035005B2 (en) | 2012-08-16 | 2021-06-15 | Decipher Biosciences, Inc. | Cancer diagnostics using biomarkers |
US20140162296A1 (en) * | 2012-10-14 | 2014-06-12 | Katherine E. Varley | Novel Read-Through Fusion Polynucleotides and Polypeptides and Uses Thereof |
EP2912186B1 (en) * | 2012-10-24 | 2021-01-06 | Platelet Targeted Therapeutics LLC | Platelet targeted treatment |
WO2014071200A1 (en) * | 2012-11-02 | 2014-05-08 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Beta blocker responder status assays and related materials and methods |
US9290557B2 (en) | 2012-11-28 | 2016-03-22 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising variants and fusions of FGF19 polypeptides |
NZ630484A (en) | 2012-11-28 | 2017-04-28 | Ngm Biopharmaceuticals Inc | Compositions and methods for treatment of metabolic disorders and diseases |
SG11201504023SA (en) | 2012-12-03 | 2015-06-29 | Almac Diagnostics Ltd | Molecular diagnostic test for cancer |
US9273107B2 (en) | 2012-12-27 | 2016-03-01 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Uses and methods for modulating bile acid homeostasis and treatment of bile acid disorders and diseases |
US9925242B2 (en) | 2012-12-27 | 2018-03-27 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Methods of using compositions comprising variants and fusions of FGF19 polypeptides for treatment of nonalcoholic steatohepatitis |
WO2014127266A1 (en) * | 2013-02-15 | 2014-08-21 | Exosome Diagnostics, Inc. | A novel egfr variant |
US9587235B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-07 | Atyr Pharma, Inc. | Histidyl-tRNA synthetase-Fc conjugates |
US9637738B2 (en) * | 2013-04-10 | 2017-05-02 | Reveragen Biopharma, Inc. | Methods and agents to increase therapeutic dystrophin expression in muscle |
WO2015031958A1 (en) * | 2013-09-06 | 2015-03-12 | Garvan Institute Of Medical Research | Regulatory molecules |
US10370776B2 (en) * | 2013-09-25 | 2019-08-06 | Idea Orchard, Llc | Antibody like protein |
US20160239620A1 (en) * | 2013-10-03 | 2016-08-18 | Yves André LUSSIER | System and method of predicting personal therapeutic response |
NZ630628A (en) | 2013-10-08 | 2015-04-24 | Seminis Vegetable Seeds Inc | Methods and compositions for peronospora resistance in spinach |
RU2707531C2 (ru) | 2013-10-28 | 2019-11-27 | ЭнДжиЭм БАЙОФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. | Модели рака и соответствующие способы |
AU2014353169A1 (en) | 2013-11-19 | 2016-05-26 | The Penn State Research Foundation | Compositions and methods for prophylaxis and/or therapy of disorders that correlate with DENND1A variant 2 |
EP2878678A1 (en) * | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der Angewandten Forschung e.V. | RNA-biomarkers for diagnosis of prostate cancer |
EP3738981A1 (en) | 2014-01-24 | 2020-11-18 | NGM Biopharmaceuticals, Inc. | Antibodies binding beta klotho domain 2 and methods of use thereof |
GB201409479D0 (en) | 2014-05-28 | 2014-07-09 | Almac Diagnostics Ltd | Molecular diagnostic test for cancer |
NZ630710A (en) | 2014-02-27 | 2016-03-31 | Seminis Vegetable Seeds Inc | Compositions and methods for peronospora resistance in spinach |
EP3546594B1 (en) * | 2014-03-21 | 2020-12-23 | Life Technologies Corporation | Multi-copy reference assay |
GB201408100D0 (en) * | 2014-05-07 | 2014-06-18 | Sec Dep For Health The | Detection method |
US10398758B2 (en) | 2014-05-28 | 2019-09-03 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising variants of FGF19 polypeptides and uses thereof for the treatment of hyperglycemic conditions |
AU2015277438B2 (en) | 2014-06-16 | 2020-02-27 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Methods and uses for modulating bile acid homeostasis and treatment of bile acid disorders and diseases |
CN114129709A (zh) | 2014-10-23 | 2022-03-04 | 恩格姆生物制药公司 | 包含肽变异体的药物组合物及其使用方法 |
WO2016073855A1 (en) | 2014-11-07 | 2016-05-12 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Methods for treatment of bile acid-related disorders and prediction of clinical sensitivity to treatment of bile acid-related disorders |
EP4242329A3 (en) | 2014-12-08 | 2023-10-25 | Berg LLC | Use of markers including filamin a in the diagnosis and treatment of prostate cancer |
US20160362463A1 (en) * | 2015-06-15 | 2016-12-15 | China Medical University | Pharmaceutical composition inhibiting interaction between MZF-1 and Elk-1 |
GB201510684D0 (en) | 2015-06-17 | 2015-08-05 | Almac Diagnostics Ltd | Gene signatures predictive of metastatic disease |
WO2017019957A2 (en) | 2015-07-29 | 2017-02-02 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Binding proteins and methods of use thereof |
AU2016343937B2 (en) | 2015-10-30 | 2023-01-19 | Exact Sciences Corporation | Multiplex amplification detection assay and isolation and detection of DNA from plasma |
EP3888672A1 (en) | 2015-11-09 | 2021-10-06 | NGM Biopharmaceuticals, Inc. | Methods for treatment of bile acid-related disorders |
US10920225B2 (en) * | 2016-05-03 | 2021-02-16 | Taichung Veterans General Hospital | Antisense oligonucleotide for splicing adjustment of mutant dopa decarboxylase gene and using method thereof |
WO2017192221A1 (en) | 2016-05-05 | 2017-11-09 | Exact Sciences Corporation | Detection of lung neoplasia by analysis of methylated dna |
US11549146B2 (en) | 2016-05-20 | 2023-01-10 | Cedars-Sinai Medical Center | Diagnosis of inflammatory bowel disease based on genes |
AU2017315425B2 (en) | 2016-08-24 | 2023-11-09 | The Regents Of The University Of Michigan | Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy |
CA3034399A1 (en) | 2016-08-26 | 2018-03-01 | Ngm Biopharmaceuticals, Inc. | Methods of treating fibroblast growth factor 19-mediated cancers and tumors |
WO2018044906A1 (en) * | 2016-08-30 | 2018-03-08 | Beth Israel Deaconess Medical Center | Compositions and methods for treating cancer |
SG10201609048RA (en) * | 2016-10-28 | 2018-05-30 | Agency Science Tech & Res | Antisense oligonucleotides |
WO2018096043A1 (en) * | 2016-11-23 | 2018-05-31 | Blutspende Zürich | DETERMINATION OF THE GENOTYPE UNDERLYING THE S-s-U- PHENOTYPE OF THE MNSs BLOOD GROUP SYSTEM |
US11208697B2 (en) | 2017-01-20 | 2021-12-28 | Decipher Biosciences, Inc. | Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer |
US11118228B2 (en) | 2017-01-27 | 2021-09-14 | Exact Sciences Development Company, Llc | Detection of colon neoplasia by analysis of methylated DNA |
MX2019009117A (es) | 2017-02-17 | 2019-09-13 | Bristol Myers Squibb Co | Anticuerpos anti alfa-sinucleina y usos de los mismos. |
CN110418648B (zh) * | 2017-02-22 | 2023-09-08 | 丁恩雨 | 一种编码人GM-CSF与多串连表位融合的mRNA癌症疫苗 |
CA3055925A1 (en) | 2017-03-09 | 2018-09-13 | Decipher Biosciences, Inc. | Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy |
WO2018175153A1 (en) * | 2017-03-19 | 2018-09-27 | Applied Stemcell, Inc. | Novel integration sites and uses thereof |
AU2018256435A1 (en) | 2017-04-20 | 2019-11-07 | Atyr Pharma, Inc. | Compositions and methods for treating lung inflammation |
US11078542B2 (en) | 2017-05-12 | 2021-08-03 | Decipher Biosciences, Inc. | Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor aggressiveness |
EP3456821B2 (en) * | 2017-09-19 | 2024-01-24 | Deutsches Krebsforschungszentrum | Non-integrating dna vectors for the genetic modification of cells |
US10648025B2 (en) | 2017-12-13 | 2020-05-12 | Exact Sciences Development Company, Llc | Multiplex amplification detection assay II |
IT201800003299A1 (it) * | 2018-03-06 | 2019-09-06 | Centro Di Sperimentazione Laimburg | Oligonucleotidi e metodi per il controllo interno di reazioni di amplificazione degli acidi nucleici. |
CN108148908B (zh) * | 2018-03-16 | 2020-05-12 | 中国人民解放军沈阳军区总医院 | 动脉粥样硬化性肾动脉狭窄诊断分子标记物的应用 |
CN108315472A (zh) * | 2018-04-27 | 2018-07-24 | 安徽省农业科学院植物保护与农产品质量安全研究所 | 一种用于链格孢菌lamp快速检测的引物组合物及其应用 |
BR112020020957B1 (pt) | 2018-05-09 | 2022-05-10 | Ionis Pharmaceuticals, Inc | Compostos oligoméricos, população e composição farmacêutica dos mesmos e seus usos |
US20210292841A1 (en) * | 2018-09-07 | 2021-09-23 | Juneau Biosciences, L.L.C. | Methods of using genetic markers associated with endometriosis |
CN110106180B (zh) * | 2019-05-29 | 2020-10-16 | 中国医科大学附属盛京医院 | 一种lncRNA分子及其在胶质瘤治疗/预后评估中的应用 |
WO2020252472A2 (en) * | 2019-06-14 | 2020-12-17 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Antibodies against muc1 and methods of use thereof |
WO2021011660A1 (en) * | 2019-07-15 | 2021-01-21 | Oncocyte Corporation | Methods and compositions for detection and treatment of lung cancer |
JP2022547023A (ja) * | 2019-09-03 | 2022-11-10 | ザ・リージエンツ・オブ・ザ・ユニバーシテイ・オブ・コロラド、ア・ボデイー・コーポレイト | 感染の宿主rnaバイオマーカーの迅速な早期検出及びヒトにおけるcovid-19コロナウイルス感染の早期同定のためのシステム、方法、及び組成物。 |
IL303978A (en) * | 2020-12-30 | 2023-08-01 | Mayo Found Medical Education & Res | Replacement-suppression gene therapy |
WO2023282900A1 (en) * | 2021-07-08 | 2023-01-12 | Morehouse School Of Medicine | Method and system of diagnosing and treating neurodegenerative disease and seizures |
WO2023014598A2 (en) * | 2021-08-03 | 2023-02-09 | Inflammatix, Inc. | Isothermal amplification-based diagnosis and treatment of acute infection |
WO2023090372A1 (ja) * | 2021-11-16 | 2023-05-25 | 学校法人東京薬科大学 | プロモーター活性化配列、そのプロモーター活性化配列を含む発現ベクター、及びその発現ベクターを含む哺乳動物細胞 |
WO2023242817A2 (en) * | 2022-06-18 | 2023-12-21 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Recombinant rna molecules comprising untranslated regions or segments encoding spike protein from the omicron strain of severe acute respiratory coronavirus-2 |
Family Cites Families (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0063810B1 (en) * | 1981-04-29 | 1986-03-05 | Ciba-Geigy Ag | New devices and kits for immunological analysis |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5800992A (en) * | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
US5474796A (en) * | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
US5830645A (en) * | 1994-12-09 | 1998-11-03 | The Regents Of The University Of California | Comparative fluorescence hybridization to nucleic acid arrays |
US5807552A (en) * | 1995-08-04 | 1998-09-15 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Compositions for conferring immunogenicity to a substance and uses thereof |
US20020031779A1 (en) * | 1998-10-06 | 2002-03-14 | Origene Technologies, Inc. | Rapid-screen cDNA library panels |
US20040241728A1 (en) * | 1999-01-06 | 2004-12-02 | Chondrogene Limited | Method for the detection of lung disease related gene transcripts in blood |
US6960439B2 (en) * | 1999-06-28 | 2005-11-01 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US6841351B2 (en) * | 1999-07-30 | 2005-01-11 | Agy Therapeutics, Inc. | High-throughput transcriptome and functional validation analysis |
AU1626101A (en) * | 1999-11-24 | 2001-06-04 | Johns Hopkins University, The | Human transcriptomes |
CA2402525A1 (en) * | 2000-03-31 | 2001-10-11 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for detecting and quantifying gene expression |
US6682888B1 (en) * | 2000-05-05 | 2004-01-27 | Incyte Corporation | Genes expressed in alzheimer's disease |
US20030203372A1 (en) * | 2000-12-08 | 2003-10-30 | Ward Neil Raymond | Analysis method |
US20030065157A1 (en) * | 2001-04-04 | 2003-04-03 | Lasek Amy W. | Genes expressed in lung cancer |
US7171311B2 (en) * | 2001-06-18 | 2007-01-30 | Rosetta Inpharmatics Llc | Methods of assigning treatment to breast cancer patients |
US20040241696A1 (en) * | 2001-09-06 | 2004-12-02 | Peinado Miguel A | Genetic analysis of biological samples in arrayed expanded representations of their nucleic acids |
US20040009495A1 (en) * | 2001-12-07 | 2004-01-15 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Methods and products related to drug screening using gene expression patterns |
KR20040101992A (ko) * | 2001-12-21 | 2004-12-03 | 엘지 바이오메디컬 인스티튜트 | 간 질환에서의 유전자 발현 프로파일 |
US20030124542A1 (en) * | 2001-12-28 | 2003-07-03 | Spectral Genomics, Inc. | Methods for mapping the chromosomal loci of genes expressed by a cell |
ES2486265T3 (es) * | 2002-03-13 | 2014-08-18 | Genomic Health, Inc. | Obtención de perfil de expresión génica en tejidos tumorales biopsiados |
AU2003261168A1 (en) * | 2002-07-19 | 2004-02-09 | Althea Technologies, Inc. | Strategies for gene expression analysis |
CA2514950A1 (en) * | 2003-01-30 | 2004-08-12 | Applera Corporation | Genetic polymorphisms associated with rheumatoid arthritis, methods of detection and uses thereof |
US20080014579A1 (en) * | 2003-02-11 | 2008-01-17 | Affymetrix, Inc. | Gene expression profiling in colon cancers |
US20040191783A1 (en) * | 2003-03-31 | 2004-09-30 | Guy Leclercq | Low density micro-array analysis in human breast cancer |
ES2488845T5 (es) * | 2003-06-24 | 2017-07-11 | Genomic Health, Inc. | Predicción de la probabilidad de recidiva de cáncer |
-
2005
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-
2009
- 2009-03-31 US US12/384,071 patent/US20090221437A1/en not_active Abandoned
Cited By (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101506314B1 (ko) * | 2008-08-15 | 2015-04-06 | 후지쿠라 가세이 가부시키가이샤 | 동맥경화 진단용 폴리펩티드 마커, 및 상기 마커 등을 이용한 동맥 경화의 검출방법, 및 동맥경화 진단용 키트 |
US11236393B2 (en) | 2008-11-26 | 2022-02-01 | Cedars-Sinai Medical Center | Methods of determining responsiveness to anti-TNFα therapy in inflammatory bowel disease |
JP2012516688A (ja) * | 2009-02-02 | 2012-07-26 | セファイド | 敗血症の検出方法 |
US9493832B2 (en) | 2009-02-02 | 2016-11-15 | Cepheid | Methods of detecting sepsis |
JP2013524769A (ja) * | 2009-05-01 | 2013-06-20 | クルナ・インコーポレーテッド | アポリポタンパク質−a1に対する天然アンチセンス転写物の抑制によるアポリポタンパク質−a1関連疾患の治療 |
WO2011080314A3 (en) * | 2009-12-31 | 2011-12-15 | Deutsches Krebsforschungszentrum | Novel modulators of trail signalling |
JP2013066412A (ja) * | 2011-09-21 | 2013-04-18 | Nagase & Co Ltd | 肝機能障害の抑制又は改善に有効な物質のスクリーニング方法及びそれに用いるプライマーセット |
US20140037599A1 (en) * | 2012-08-03 | 2014-02-06 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Compositions and Methods of Treating T Cell Deficiency |
JPWO2014077354A1 (ja) * | 2012-11-16 | 2017-01-05 | 国立大学法人 東京大学 | 抗癌治療に用いられる長鎖非コードrna |
WO2014077354A1 (ja) * | 2012-11-16 | 2014-05-22 | 国立大学法人 東京大学 | 抗癌治療に用いられる長鎖非コードrna |
US10633449B2 (en) | 2013-03-27 | 2020-04-28 | Cedars-Sinai Medical Center | Treatment and reversal of fibrosis and inflammation by inhibition of the TL1A-DR3 signaling pathway |
WO2014168154A1 (ja) * | 2013-04-08 | 2014-10-16 | 三菱レイヨン株式会社 | 眼疾患を評価するためのマイクロアレイ及び眼疾患の評価方法 |
JPWO2014168154A1 (ja) * | 2013-04-08 | 2017-02-16 | 三菱レイヨン株式会社 | 眼疾患を評価するためのマイクロアレイ及び眼疾患の評価方法 |
US10316083B2 (en) | 2013-07-19 | 2019-06-11 | Cedars-Sinai Medical Center | Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway |
US11312768B2 (en) | 2013-07-19 | 2022-04-26 | Cedars-Sinai Medical Center | Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway |
US11186872B2 (en) | 2016-03-17 | 2021-11-30 | Cedars-Sinai Medical Center | Methods of diagnosing inflammatory bowel disease through RNASET2 |
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