KR101692063B1 - hsp47 발현의 조절 - Google Patents
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Abstract
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자, 표적 유전자, 특히 열충격 단백질 47(hsp47)의 발현을 조절하기 위한 조성물, 방법 및 키트가 제공된다. 본 조성물, 방법 및 키트는 hsp47을 암호화하는 유전자, 예를 들어 인간 hsp47을 암호화하는 유전자를 조절하는 핵산 분자(예를 들어, 짧은 간섭 핵산(siNA), 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA), 마이크로-RNA(miRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA))를 포함할 수 있다. 본 명세서에서 개시된 조성물 및 방법은 또한 간 경화증, 폐 섬유증, 복막 섬유증 및 신장 섬유증과 같은 hsp47과 관련된 질환 및 장애를 치료하기 위해 사용될 수 있다.
Description
관련 특허출원
이 출원은 미국 가특허출원 제61/372,072호(출원일: 2010년 8월 9일), 제61/307,412호(2010년 2월 23일) 및 제61/285,149호(출원일: 2009년 12월 9일)(각각 발명의 명칭: "Modulation of HSP47 EXPRESSION")의 우선권을 주장하며, 이 기초출원은 본 명세서에 그것의 전문이 모든 목적을 위하여 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 ASCII 사본인 파일명 220 PCT1_ST25_07-Dec-10.txt의 서열 목록을 포함하며, 이는 2010년 12월 7일 만들어졌고, 용량이 533kb이며, 본 명세서에 그의 전체가 참조로 포함된다.
발명의 기술분야
본 명세서에서는 hsp47의 발현을 조절하는 조성물 및 방법이 제공된다.
Sato, Y. 등은 간 경변증 토끼 동물 모델에 대해 인간 열 충격 단백질 47(Heat Shock 단백질 47)의 토끼 상동체인 gp46에 대해 짧은 간섭 RNA(small interfering RNA: siRNA)를 전달하기 위한 비타민 A-결합 리포좀의 투여를 개시한다. 문헌[Sato, Y., et al., Nature Biotechnology, vol. 26(4), p. 431-442 (2008)].
Chen, J-J. 등은 인간 켈로이드 샘플을 HSP47-shRNA(짧은 헤어핀 RNA(small hairpin RNA))로 트랜스펙션하여 켈로이드 섬유아세포의 증식을 시험하는 것을 개시한다. 문헌[Chen, J-J., et al., British Journal of Dermatology, vol. 156, p. 1188-1195 (2007)].
PCT 특허 공개 WO 2006/068232호는 레티노이드 유도체 및/또는 비타민 A 유도체를 포함하는 성상세포 특이적 약물 담체를 개시한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자, 표적 유전자의 발현을 조절하기 위한 조성물, 방법 및 키트가 제공된다. 다양한 양태 및 구체예에서, 본 명세서에서 제공되는 조성물, 방법 및 키트는 SERPINH1로도 알려져 있는 열 충격 단백질(hsp47)의 발현을 조절한다. 본 조성물, 방법 및 키트는 hsp47을 암호화하는 뉴클레오티드 서열과 결합하는 핵산 분자(예를 들어 짧은 간섭 핵산(siNA), 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA), 마이크로-RNA(miRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)), 예를 들어 서열 번호: 1에 의해 예시되는 인간 hsp47에 대한 mRNA 코딩 서열의 사용을 수반한다. 어떤 바람직한 구체예에서, 본 명세서에 개시된 조성물, 방법 및 키트는 hsp47의 발현을 억제한다. 예를 들어, siNA 분자(예를 들어, RISC 길이 dsNA 분자 또는 Dicer 길이 dsNA 분자)는 hsp47 발현을 감소시키거나 억제하도록 제공된다. 또한 hsp47과 관련된 질병, 질환 또는 장애, 예컨대 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증을 포함하는 폐 섬유증(ILF를 포함), 임의의 질환(예를 들어, ESRD를 포함하는 CKD)으로부터 초래된 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상, 원섬유형성, 다른 기관의 섬유성 질병, 우연성 및 의원성(수술) 피부 손상의 모든 가능한 유형과 관련된 비정상적 흉터(켈로이드); 경피증; 심장섬유증, 녹내장 여과 수술의 실패; 및 장 유착증을 치료하고 및/또는 예방하기 위한 조성물, 방법 및 키트가 제공된다.
한 양태에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)가 제공되는데 (a) 핵산 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하며; (b) 핵산 분자의 각 가닥은 독립적으로 길이가 15 내지 49개의 뉴클레오티드이고; (c) 안티센스 가닥의 15 내지 49개의 뉴클레오티드 서열은 인간 hsp47(예를 들어, 서열 번호: 1)를 암호화하는 mRNA의 서열(예를 들어, 서열 번호: 1)과 상보적이며; (d) 센스 가닥의 15 내지 49개의 뉴클레오티드 서열은 안티센스 가닥의 서열과 상보적이고, 인간 hsp47(예를 들어, 서열 번호: 1)을 암호화하는 mRNA의 15 내지 49개의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
어떤 구체예에서, 인간 hsp47을 암호화하는 mRNA의 서열과 상보적인 안티센스 가닥의 서열은 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 600-800; 또는 801-899; 또는 900-1000; 또는 1001-1300; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 650-730; 또는 900-975와 상보적인 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, 안티센스 가닥은 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 674-693 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 698-716 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 698-722 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 701-720 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 920-939 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 963-982 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 947-972 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 948-966 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 945-969 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 945-963 또는 그의 부분에 대응하는 인간 hsp47을 암호화하는 mRNA의 서열과 상보적인 서열을 포함한다.
어떤 구체예에서, 본 명세서에 개시된 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 가닥은 서열 번호: 4 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 6 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 8 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 10 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 12 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 14 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 16 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 18 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 20 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 22 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 24 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 26 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 28 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 30 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 32 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 34 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 36 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 38 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 40 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 42 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 44 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 46 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 48 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 50 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 52 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 54 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 56 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 58 또는 그의 부분에 대응하는 서열을 포함한다. 어떤 구체예에서, 본 명세서에 개시된 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 센스 가닥은서열 번호: 3 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 5 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 7 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 9 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 11 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 13 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 15 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 17 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 19 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 21 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 23 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 25 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 27 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 29 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 31 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 33 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 35 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 37 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 39 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 41 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 43 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 45 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 47 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 49 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 51 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 53 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 55 또는 그의 부분; 또는 서열 번호: 57 또는 그의 부분에 대응하는 서열을 포함한다.
어떤 바람직한 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 가닥은 표 A-19에서 나타내는 안티센스 서열 중 임의의 하나에 대응하는 서열을 포함한다. 어떤 바람직한 구체예에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 표 A-19에서 나타낸 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서, 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 및 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서, 안티센스 및 센스 가닥 SERPINH1_4(서열 번호: 195 및 220), SERPINH1_12(서열 번호: 196 및 221), SERPINH1_30(서열 번호: 199 및 224), 및 SERPINH1_58(서열 번호: 208 및 233)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다.
일부 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4(서열 번호: 195 및 220)에서 제시된 서열 쌍을 포함한다. 일부 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 SERPINH1_12(서열 번호: 196 및 221)에서 제시된 서열 쌍의 안티센스 및 센스 가닥을 포함한다. 일부 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_30(서열 번호: 199 및 224)에서 제시된 서열 쌍을 포함한다. 일부 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 SERPINH1_58(서열 번호: 208 및 233)에서 제시된 서열 쌍의 안티센스 및 센스 가닥을 포함한다.
어떤 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 가닥은 표 B 또는 C 중 임의의 하나에서 나타내는 안티센스 서열 중 임의의 하나에 대응하는 서열을 포함한다.
어떤 바람직한 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 가닥은 표 A-18에서 나타내는 안티센스 중 임의의 하나에 대응하는 서열을 포함한다. 어떤 바람직한 구체예에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 표 A-18에서 나타내는 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_11(서열 번호: 68 및 135), SERPINH1_13(서열 번호: 69 및 136), SERPINH1_45(서열 번호: 97 및 164), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168), SERPINH1_52(서열 번호: 102 및 169) 또는 SERPINH1_86(서열 번호: 123 및 190)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된 안티센스 및 센스 가닥을 포함한다. 일부 바람직한 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), 및 SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다.
일부 바람직한 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된 안티센스 및 센스 가닥을 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130)에서 설명된 서열 쌍을 포함한다. 일부 구체예에서 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 SERPINH1_11(서열 번호: 68 및 135)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된 안티센스 및 센스 가닥을 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_13(서열 번호: 69 및 136)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_45(서열 번호: 97 및 164)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168)에서 제시된 서열 쌍이다.
어떤 구체예에서, 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 안티센스 가닥은 표 D 또는 E 중 임의의 하나에서 나타내는 안티센스 서열 중 임의의 하나와 대응하는 서열을 포함한다.
본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 다양한 구체예에서, 안티센스 가닥은 길이가 15 내지 49개의 뉴클레오티드(예를 들어, 길이가 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 또는 49개의 뉴클레오티드); 또는 길이가 17-35개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 17-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 15-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 18-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 18-23개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 19-21개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 25-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 26-28개의 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 일부 구체예에서, 안티센스 가닥은 길이가 19개의 뉴클레오티드일 수 있다. 유사하게 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 센스 가닥은 길이가 15 내지 49개의 뉴클레오티드(예를 들어, 길이가 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 또는 49개의 뉴클레오티드); 또는 길이가 17-35개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 17-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 15-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 18-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 18-23개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 19-21개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 25-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 26-28개의 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에서 개시되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 일부 구체예에서, 센스 가닥은 길이가 19개의 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 일부 구체예에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 길이가 19개의 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 듀플렉스(듀플렉스) 영역은 길이가 15-49개의 뉴클레오티드(예를 들어, 길이가 약 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 또는 49개의 뉴클레오티드), 15-35개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 15-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 약 15-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 17-25개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 17-23개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 17-21개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 25-30개의 뉴클레오티드; 또는 길이가 25-28개의 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 다양한 구체예에서, 듀플렉스 영역은 길이가 19개의 뉴클레오티드일 수 있다.
어떤 구체예에서, 본 명세서에 개시되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, an siNA 핵산 분자)의 센스 및 안티센스 가닥은 별개의 폴리뉴클레오티드 가닥이다. 일부 구체예에서, 별개의 안티센스 및 센스 스트랜드는 수소 결합을 통해 이중 가닥 구조, 예를 들어 왓슨-크릭(Watson-Crick) 염기 쌍을 형성한다. 일부 구체예에서, 센스 및 안티센스 가닥은 서로 공유 연결된 2개의 별개의 가닥이다. 다른 구체예에서, 센스 및 안티센스 가닥은 센스와 안티센스 영역을 둘 다 가지는 단일 폴리뉴클레오티드의 부분이며; 일부 바람직한 구체예에서 폴리뉴클레오티드 가닥은 헤어핀 구조를 가진다.
어떤 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 돌출부에 대해 대칭적인 이중 가닥 핵산(dsNA) 분자이며, 양 말단에 두 가닥 말단(blunt end)을 가진다. 다른 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 돌출부에 대해 대칭적인 이중 가닥 핵산 분자이며, dsNA 분자의 양 말단에 돌출부를 가지고; 바람직하게는 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개의 뉴클레오티드 돌출부를 가지며; 바람직하게는 분자는 2개의 뉴클레오티드 돌출부를 가진다. 일부 구체예에서 돌출부는 5' 돌출부이며; 대안의 구체예에서 돌출부는 3' 돌출부이다. 어떤 구체예에서, 돌출부 뉴클레오티드는 본 명세서에서 개시되는 변형으로 변형된다. 일부 구체예에서 돌출부 뉴클레오티드는 2'-데옥시뉴클레오티드이다.
어떤 바람직한 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 돌출부에 대해 비대칭적인 dsNA 분자이고, 분자의 한 말단 상에 두 가닥 말단을 가지며, 분자의 다른 말단에 돌출부를 가진다. 어떤 구체예에서 돌출부는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개의 뉴클레오티드이며; 바람직하게는 돌출부는 2개의 뉴클레오티드이다. 일부 바람직한 구체예에서 비대칭적 dsNA 분자는 센스 가닥이 생기는 듀플렉스의 한 측면 상에서 3'-돌출부(예를 들어 2개의 뉴클레오티드 3'-돌출부)를 가지고; 분자의 다른 측면 상에서 두 가닥 말단을 가진다. 일부 바람직한 구체예에서, 비대칭적 dsNA 분자는 센스 가닥에 생기는 듀플렉스의 한 측면 상에서 5'-돌출부(예를 들어 2개의 뉴클레오티드 5'-돌출부)를 가지며; 분자의 다른 측면 상에서 두 가닥 말단을 가진다. 다른 바람직한 구체예에서 비대칭적 dsNA 분자는 안티센스 가닥 상에서 생기는 듀플렉스의 한 측면에서 3'-돌출부(예를 들어 2개의 뉴클레오티드 3'-돌출부)를 가지며; 분자의 다른 측면 상에서 두 가닥 말단을 가진다. 일부 바람직한 구체예에서 비대칭적 dsNA 분자는 안티센스 가닥에 생기는 듀플렉스의 한 측면 상에 5'-돌출부(예를 들어 2개의 뉴클레오티드 5'-돌출부)를 가지며; 분자의 나머지 측면 상에 두 가닥 말단을 가진다. 어떤 바람직한 구체예에서, 돌출부는 2'-데옥시뉴클레오티드이다.
일부 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 한 말단에 루프 구조를 가지며, 다른 말단에 두 가닥 말단을 가지는 헤어핀 구조(폴리뉴클레오티드 상에 센스 가닥과 안티센스 가닥을 가짐)이다. 일부 구체예에서, 핵산 분자는 한 말단에 루프 구조를 가지며, 다른 말단에 돌출부(예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개의 뉴클레오티드 돌출부)를 가지는 헤어핀 구조를 가지며; 어떤 구체예에서, 돌출부는 3'-돌출부이고; 어떤 구체예에서, 돌출부는 5'-돌출부이며; 어떤 구체예에서 돌출부는 센스 가닥 상에 있고; 어떤 구체예에서 돌출부는 안티센스 가닥 상에 있다.
일부 바람직한 구체예에서, 핵산 분자는 표 1에서 나타내는 핵산 분자로부터 선택된다.
본 명세서에서 개시되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 본 명세서에서 설명되는 바와 같은 하나 이상의 변형 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에서 제공되는 바와 같은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 변형된 당을 가지는 변형된 뉴클레오티드; 변형된 뉴클레오염기를 가지는 변형된 뉴클레오티드; 또는 변형된 포스페이트 기를 가지는 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 유사하게, 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 변형된 포스포다이에스터 백본을 포함할 수 있고 및/또는 변형된 말단 포스페이트 기를 포함할 수 있다.
제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는, 예를 들어 본 명세서에서 설명되는 변형된 당 모이어티를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오티드를 가질 수 있다. 일부 바람직한 구체예에서, 변형된 당 모이어티는 2'-O-메틸, 2'-메톡시에톡시, 2'-데옥시, 2'-플루오로, 2'-알릴, 2'-O-[2-(메틸아미노)-2-옥소에틸], 4'-티오, 4'-(CH2)2-O-2'-가교, 2'-잠금 핵산(locked nucleic acid), 및 2'-O-(N-메틸카바메이트)로 이루어진 군으로부터 선택된다.
제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는, 예를 들어 본 명세서에서 설명되는 하나 이상의 변형된 뉴클레오염기(들)을 가질 수 있으며, 이는 바람직하게는 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 아데닌 및 구아닌의 6-메틸 및 다른 알킬 유도체, 아데닌 및 구아닌의 2-프로필 및 다른 알킬 유도체, 5-할로유라실 및 사이토신, 5-프로피닐 유라실 및 사이토신, 6-아조 유라실, 사이토신 및 티민, 5-유라실(슈도유라실), 4-티오유라실, 8-할로, 아미노, 티올, 티오알킬, 하이드록실 및 다른 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-트라이플루오로메틸 및 다른 5-치환된 유라실 및 사이토신, 7-메틸구아닌, 및 비고리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 것일 수 있다.
제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는, 예를 들어 본 명세서에서 설명되는 포스포다이에스터 백본에 대한 하나 이상의 변형을 가질 수 있다. 일부 바람직한 구체예에서 포스포다이에스터 결합은 포스포다이에스터 결합을 포스포로티오에이트, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 -5')티오-포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트, 포스포로셀레네이트, 3'-(또는 -5')데옥시 포스피네이트, 보라노 포스페이트, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 5'-)아미노 포스포르아미데이트, 수소 포스포네이트, 보라노 포스페이트 에스터, 포스포르아미데이트, 알킬 또는 아릴 포스포네이트 및 포스포트라이에스터 또는 포스포러스 결합으로 치환함으로써 변형된다.
다양한 구체예에서, 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 센스 가닥 내 하나 이상의 변형을 포함할 수 있지만, 안티센스 가닥에서는 그렇지 않다. 일부 구체예에서 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 안티센스 가닥에 하나 이상의 변형을 포함하지만 센스 가닥에서는 그렇지 않다. 일부 구체예에서 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 센스 가닥과 안티센스 가닥 둘 다에서 하나 이상의 변형을 포함한다.
제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)가 변형을 가지는 일부 구체예에서, 센스 가닥은 교차의 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드 패턴을 포함하며, 및/또는 안티센스 가닥은 교차의 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드 패턴을 포함하고; 이러한 구체예의 일부 바람직한 형태에서, 변형은 2'-O-메틸 (2' 메톡시 또는 2'OMe) 당 모이어티이다. 교차의 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드 패턴은 가닥 중 하나의 5' 말단 또는 3' 말단에서 변형된 뉴클레오티드로 출발할 수 있고; 예를 들어 교차의 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드의 패턴은 센스 가닥의 5' 말단 또는 3' 말단에서 변형된 뉴클레오티드로 출발할 수 있고 및/또는 교차의 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드 패턴은 상기 안티센스 가닥의 5' 말단 또는 3' 말단에서 변형된 뉴클레오티드로 출발할 수 있다. 안티센스 및 센스 가닥이 둘 다 교차의 변형된 뉴클레오티드 패턴을 포함할 때, 변형된 뉴클레오티드 패턴은 센스 가닥 내 변형된 뉴클레오티드가 안티센스 가닥 내 변형된 뉴클레오티드의 맞은편으로 구성될 수 있고; 또는 센스 가닥의 변형된 뉴클레오티드는 안티센스 가닥 내 비변형된 뉴클레오티드의 맞은 편으로 및 그 반대의 패턴으로 상 이동이 있을 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 센스 및/또는 안티센스 가닥의 3' 말단에서 1-3개의(즉, 1, 2 또는 3) 데옥시뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 센스 및/또는 안티센스 가닥의 5' 말단에서 포스페이트 기를 포함할 수 있다.
한 양태에서, 다음 구조(A1)을 가지는 이중 가닥 핵산 분자가 제공된다:
(A1)
상기 구조에서 각각의 N 및 N'은 비변형 또는 변형될 수 있는 뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티(unconventional moiety)이며;
각각의 (N)x 및 (N')y는 각각의 연속적인 N 또는 N'가 공유 결합에 의해 다음의 N 또는 N'에 결합된 올리고뉴클레오티드이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 없지만, 존재한다면 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1-5개의 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합을 포함하며;
z"는 존재하거나 없을 수 있지만, 존재한다면, (N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이고;
각각의 x 및 y는 독립적으로 18 내지 40의 정수이며;
(N')y의 서열은 (N')x의 서열에 상보적이고; (N)x는 서열 번호: 1에 대한 안티센스 서열을 포함한다. 일부 구체예에서 (N)x는 표 A-19에 존재하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다른 구체예에서 (N)x는 표 B 또는 C에 존재하는 안티센스 올리고뉴클레오티드로부터 선택된다.
일부 구체예에서 각각의 연속적 N 또는 N과 결합하는 공유결합은 포스포다이에스터 결합이다.
일부 구체예에서 x = y이며 각각의 x 및 y는 19, 20, 21, 22 또는 23이다. 다양한 구체예에서 x = y =19이다.
본 명세서에서 개시되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 일부 구체예에서, 이중 가닥의 핵산 분자는 siRNA, siNA 또는 miRNA이다.
일부 구체예에서, 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4(서열 번호: 195 및 220), SERPINH1_12(서열 번호: 196 및 221), SERPINH1_30(서열 번호: 199 및 224), 및 SERPINH1_58(서열 번호: 208 및 233)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4(서열 번호: 195 및 220)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_12(서열 번호: 196 및 221)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_30(서열 번호: 199 및 224)에서 제시된 서열 쌍이다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_58(서열 번호: 208 및 233)에서 제시된 서열 쌍이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 안티센스 가닥(5' 말단)의 위치 1에서 표적에 대한 DNA 모이어티 또는 미스매치를 포함한다. 이러한 구조는 본 명세서에서 설명된다. 한 구체예에 따라서 하기 제시하는 구조 A2를 가지는 변형된 핵산 분자가 제공된다:
[구조 A2]
각각의 N2, N 및 N'는 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이며;
각각의 (N)x 및 (N')y는 각각의 연속적 N 또는 N'가 공유 결합에 의해 인접한 N 또는 N'에 결합된 올리고뉴클레오티드이고;
각각의 x 및 y는 독립적으로 17 내지 39의 정수이며;
(N')y의 서열은 (N)x의 서열과 상보성을 가지고, (N)x는 표적 RNA의 연속적 서열과 상보성을 가지고;
N1은 (N)x에 공유 결합되며, 표적 RNA에 미스매치되고 또는 표적 RNA에 대한 상보적 DNA 모이어티이며;
N1은 천연 또는 변형된 유리딘, 데옥시리보유리딘, 리보티미딘, 데옥시리보티미딘, 아데노신 또는 데옥시아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택된 모이어티이고;
z"는 존재하거나 없을 수 있지만, 존재한다면 N2-(N')y에 공유 부착된 캡핑 모이어티이며;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 없지만, 존재한다면 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1-5개의 연속적 뉴클레오티드, 연속적 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이다.
일부 구체예에서, (N')y의 서열은 (N)x의 서열과 완전히 상보적이다. 다양한 구체예에서 N2-(N')y의 서열은 N1-(N)x와 상보적이다. 일부 구체예에서 (N)x는 표적 RNA 내 약 17 내지 약 39개의 연속적 뉴클레오티드에 완전히 상보적인 안티센스를 포함한다. 다른 구체예에서 (N)x는 표적 RNA에서 약 17 내지 약 39개의 연속적 뉴클레오티드에 실질적으로 상보적인 안티센스를 포함한다.
일부 구체예에서 N1 및 N2는 왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 일부 구체예에서 N1 및 N2는 비왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 일부 구체예에서 염기 쌍은 리보뉴클레오티드와 데옥시리보뉴클레오티드 사이에 형성된다.
일부 구체예에서 x=y=18, x=y=19 또는 x=y=20이다. 바람직한 구체예에서, x=y=18이다. N1-(N)x에서 x=18일 때, N1은 위치 1을 말하며, 위치 2-19는 (N)18에 포함된다. N2-(N')y에서 y=18일 때, N2는 위치 19를 말하며, 위치 1-18은 (N')18에 포함된다.
일부 구체예에서 N1은 (N)x에 공유 결합되며 표적 RNA에 미스매치된다. 다양한 구체예에서 N1은 (N)x에 공유 결합되며, 표적 RNA에 상보적인 DNA 모이어티이다.
일부 구체예에서 안티센스 가닥의 위치 1에서 유리딘은 아데노산, 데옥시아데노신, 데옥시유리딘(dU), 리보티미딘 또는 데옥시티미딘으로부터 선택된 N1으로 치환된다. 다양한 구체예에서 N1은 아데노신, 데옥시아데노신 또는 데옥시유리딘으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 안티센스 가닥의 위치 1에서 구아노신은 아데노신, 데옥시아데노신, 유리딘, 데옥시유리딘, 리보티미딘 또는옥시티미딘으로부터 선택된 N1으로 치환된다. 다양한 구체예에서 N1은 데노신, 데옥시아데노신, 유리딘 또는 데옥시유리딘으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 안티센스 가닥의 위치 1에서 시티딘은 데노신, 데옥시아데노신, 유리딘, 데옥시유리딘, 리보티미딘 또는 티미딘으로부터 선택된 N1으로 치환된다. 다양한 구체예에서 N1은 아데노신, 데옥시아데노신, 유리딘 또는 데옥시유리딘으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 안티센스 가닥의 위치 1에서 아데노신은 데옥시아데노신, 데옥시유리딘, 리보티미딘 또는 데옥시티미딘으로부터 선택된 N1으로 치환된다. 다양한 구체예에서 N1은 데옥시아데노신 또는 데옥시유리딘으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 N1 및 N2는 유리딘 또는 데옥시유리딘과 아데노신 또는 데옥시아데노신 사이의 염기 쌍을 형성한다. 다른 구체예에서 N1 및 N2는 데옥시유리딘과 아데노신 사이의 염기 쌍을 형성한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 siRNA, siNA 또는 miRNA이다. 본 명세서에서 제공되는 이중 가닥 핵산 분자는 또한 "듀플렉스"로 언급된다.
일부 구체예에서 (N)x는 표 A-18에 존재하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 N1-(N)x는 표 A-18에 존재하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=19 또는 x=y=20이다. 어떤 바람직한 구체예에서 x=y=18이다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 N1-(N)x 및 N2-(N')y의 서열은 표 A-18에서 제시된 올리고뉴클레오티드의 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 N1-(N)x 및 N2-(N')y의 서열은 표 D 및 E에서 제시된 올리고뉴크렐오티드의 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_11(서열 번호: 68 및 135), SERPINH1_13(서열 번호: 69 및 136), SERPINH1_45(서열 번호: 97 및 164), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168), SERPINH1_51a(서열 번호: 105 및 172), SERPINH1_52(서열 번호: 102 및 169) 또는 SERPINH1_86(서열 번호: 123 및 190)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 바람직한 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168) 및 SERPINH1_51a(서열 번호: 105 및 172)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다.
일부 바람직한 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_11(서열 번호: 68 및 135)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_13(서열 번호: 69 및 136)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_45(서열 번호: 97 및 164)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_51a(서열 번호: 105 및 172)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_52(서열 번호: 102 및 169)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_86(서열 번호: 123 및 190)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다. 일부 바람직한 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168) 및 SERPINH1_51a(서열 번호: 105 및 172)에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택된다.
일부 구체예에서 N1 및 N2는 왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 다른 구체예에서 N1 및 N2는 비왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 일부 구체예에서 N1은 변형된 리보아데노신 또는 변형된 리보유리딘이다.
일부 구체예에서 N1 및 N2는 왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 다른 구체예에서 N1 및 N2는 비왓슨-크릭 염기 쌍을 형성한다. 어떤 구체예에서 N1은 리보아데노신, 변형된 리보아데노신, 데옥시리보아데노신, 변형된 데옥시리보아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다른 구체예에서 N1은 리보유리딘, 데옥시리보유리딘, 변형된 리보유리딘, 및 변형된 데옥시리보유리딘으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
어떤 구체예에서, 안티센스 가닥(5' 말단)의 위치 1은 데옥시리보유리딘(dU) 또는 아데노신을 포함한다. 일부 구체예에서 N1은 리보아데노신, 변형된 리보아데노신, 데옥시리보아데노신, 변형된 데옥시리보아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택되며, N2는 리보유리딘, 데옥시리보유리딘, 변형된 리보유리딘, 및 변형된 데옥시리보유리딘으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 어떤 구체예에서 N1은 리보아데노신 및 변형된 리보아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택되며, N2는 리보유리딘 및 변형된 리보유리딘으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
어떤 구체예에서 N1은 리보유리딘, 데옥시리보유리딘, 변형된 리보유리딘, 및 변형된 데옥시리보유리딘으로 이루어진 군으로부터 선택되며, N2는 리보아데노신, 변형된 리보아데노신, 데옥시리보아데노신, 변형된 데옥시리보아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 어떤 구체예에서 N1은 리보유리딘 및 데옥시리보유리딘으로 이루어진 군으로부터 선택되고 N2는 리보아데노신 및 변형된 리보아데노신으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 어떤 구체예에서 N1은 리보유리딘이며 N2는 리보아데노신이다. 어떤 구체예에서 N1은 데옥시리보유리딘이며 N2는 리보아데노신이다.
구조 A2의 일부 구체예에서, N1은 2'OMe 당-변형된 리보유라실 또는 2'OMe 당-변형된 리보아데노신을 포함한다. 구조 (A)의 어떤 구체예에서, N2는 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 또는 데옥시리보뉴클레오티드를 포함한다.
구조 A2의 일부 구체예에서, N1은 2'OMe 당-변형된 리보유라실 또는 2'OMe 당-변형된 리보사이토신을 포함한다. 구조 A의 어떤 구체예에서, N2는 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서 각각의 N 및 N'는 비변형 뉴클레오티드이다. 일부 구체예에서 N 또는 N' 중 적어도 하나는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드 또는 비정형 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 비정형 모이어티는 거울 뉴클레오티드, 무염기성 리보스 모이어티 및 무염기성 데옥시리보스 모이어티로부터 선택된다. 일부 구체예에서 비정형 모이어티는 거울 뉴클레오티드, 바람직하게는 L-DNA 모이어티이다. 일부 구체예에서 N 또는 N' 중 적어도 하나는 2'OMe 당-변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서 (N')y의 서열은 (N)x의 서열과 완전히 상보적이다. 다른 구체예에서 (N')y의 서열은 (N)x의 서열과 실질적으로 상보적이다.
일부 구체예에서 (N)x는 표적 mRNA 중의 약 17 내지 약 39 연속적 뉴클레오티드와 완전히 상보적인 안티센스 서열을 포함한다. 다른 구체예에서 (N)x는 표적 mRNA 중의 약 17 내지 약 39 연속적 뉴클레오티드와 실질적으로 상보적인 안티센스 서열을 포함한다.
구조 A1 및 구조 A2의 일부 구체예에서, 화합물은 두 가닥 말단이며, 예를 들어 Z 및 Z'는 둘 다 없다. 대안의 구체예에서, Z 또는 Z' 중 적어도 하나는 존재한다. Z 및 Z' 독립적으로 하나 이상의 공유 연결된 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티, 예를 들어 역위 무염기성(inverted abasic) 데옥시리보스 모이어티 또는 무염기성 리보스 모이어티; 비뉴클레오티드 C3, C4 또는 C5 모이어티, 아미노-6 모이어티, 거울 뉴클레오티드 등을 포함하는 변형된 및/또는 비변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 C3 모이어티 또는 아미노-C6 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 Z'는 없고, Z는 존재하며, 비뉴클레오티드 C3 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 Z는 없고, Z'는 존재하며, 비뉴클레오티드 C3 모이어티를 포함한다.
구조 A1 및 구조 A2의 일부 구체예에서, 각각의 N은 비변형된 리보뉴클레오티드로 이루어진다. 구조 A1 및 구조 A2의 일부 구체예에서, 각각의 N은' 비변형된 뉴클레오티드로 이루어진다. 바람직한 구체예에서, N 및 N' 중 적어도 하나는 변형된 리보뉴클레오티드 또는 비정형 모이어티이다.
다른 구체예에서 구조 A1 또는 구조 A2의 화합물은 당 잔기에서 변형된 적어도 하나의 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 본 화합물은 당 잔기의 2' 위치에서 변형을 포함한다. 일부 구체예에서 2' 위치의 변형은 아미노, 플루오로, 알콕시 또는 알킬 모이어티를 포함한다. 어떤 구체예에서 2' 변형은 알콕시 모이어티를 포함한다. 바람직한 구체예에서 알콕시 모이어티는 메톡시 모이어티 (또한 2'-O-메틸; 2'OMe; 2'-OCH3로서 알려짐)이다. 일부 구체예에서 핵산 화합물은 안티센스 및 센스 가닥 중 하나 또는 둘 다에서 2'OMe 당 변형된 교차의 리보뉴클레오티드를 포함한다. 다른 구체예에서 화합물은 안티센스 가닥 내 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, (N)x 또는 N1-(N)x만을 포함한다. 어떤 구체예에서 안티센스 가닥의 중간 리보뉴클레오티드; 예를 들어 19-량체 가닥의 위치 10에서 리보뉴클레오티드 비변형된다. 다양한 구체예에서 핵산 화합물은 적어도 5개 교차의 2'OMe 당 변형된 및 비변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 추가적인 구체예에서, 구조 A1 또는 구조 A2의 화합물은 교차 위치에서 변형된 리보뉴클레오티드를 포함하되, (N)x 또는 N1-(N)x의 5' 및 3' 말단에서 각각의 리보뉴클레오티드는 그것의 당 잔기에서 변형되고, (N')y 또는 N2-(N')y의 5' 및 3' 말단에서 각각의 리보뉴클레오티드는 그것의 당 잔기에서 비변형된다.
일부 구체예에서 이중 가닥 분자는 다음의 변형 중 하나 이상을 포함한다
a) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 5, 6, 7, 8, 또는 9 중 적어도 하나에서 N은 2'5' 뉴클레오티드 또는 거울 뉴클레오티드로부터 선택되며;
b) 센스 가닥의 5'으로부터 위치 9 또는 10 중 적어도 하나에서 N'는 2'5' 뉴클레오티드 및 슈도유리딘으로부터 선택되고;
c) (N')y의 3' 말단 위치에서 4, 5, 또는 6 연속적 위치의 N'는 2'5' 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 분자는 다음의 변형의 조합을 포함한다
a) 안티센스 가닥은 5' 말단으로부터 위치 5, 6, 7, 8, 또는 9 중 적어도 하나에서 2'5' 뉴클레오티드 또는 거울 뉴클레오티드를 포함하며; 및
b) 센스 가닥은 5' 말단으로부터 위치 9 또는 10의 2'5' 뉴클레오티드 및 슈도유리딘 중 적어도 하나를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 분자는 다음의 변형의 조합을 포함하며
a) 안티센스 가닥은 5' 말단으로부터 위치 5, 6, 7, 8, 또는 9 중 적어도 하나에서 2'5' 뉴클레오티드 또는 거울 뉴클레오티드를 포함하며;
c) 센스 가닥은 3' 끝에서 두 번째 또는 3' 말단 위치에서 4, 5, 또는 6개의 연속적 2'5' 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서, 센스 가닥[(N)x 또는 N1-(N)x]는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, 안티센스 가닥은 위치 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17 및 19에서 2'OMe 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 다른 구체예에서 안티센스 가닥은 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 및 19에서 2'OMe 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 다른 구체예에서 안티센스 가닥은 위치 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 및 19에서 2'OMe 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥은 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘을 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥 중의 모든 피리미딘 뉴클레오티는 2'OMe 당 변형된다. 일부 구체예에서 센스 가닥은 2'OMe 당 변형된 피리미딘을 포함한다.
구조 A1 및 구조 A2의 일부 구체예에서, 센스 가닥도 안티센스 가닥도 3' 및 5' 말단에서 포스포릴화되지 않는다. 다른 구체예에서 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 중 하나 또는 둘 다는 3' 말단에서 포스포릴화된다.
일부 구체예에서 구조 A1 및 구조 A2(N')y는 거울 뉴클레오티드, 2'5' 뉴클레오티드 및 TNA로부터 선택된 적어도 하나의 비정형 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 비정형 모이어티는 거울 뉴클레오티드이다. 다양한 구체예에서 거울 뉴클레오티드는 L-리보뉴클레오티드(L-RNA) 및 L-데옥시리보뉴클레오티드(L-DNA)로부터 선택된다. 바람직한 구체예에서 거울 뉴클레오티드는 L-DNA이다. 어떤 구체예에서 센스 가닥은 위치 9 또는 10(5' 말단으로부터)에서 비정형 모이어티를 포함한다. 바람직한 구체예에서 센스 가닥은 위치 9(5' 말단으로부터)에서 비정형 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 센스 가닥은 길이가 19개의 뉴클레오티드이며, 위치 15(5' 말단으로부터)에서 4, 5, 또는 6개의 연속적 비정형 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 센스 가닥은 위치 15, 16, 17, 및 18에서 4개의 연속적 2'5' 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 센스 가닥은 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 5개의 연속적 2'5' 리보뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 구체예에서 센스 가닥은 추가로 Z'를 포함한다. 일부 구체예에서 Z'는 C3OH 모이어티 또는 C3Pi 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 구조 A1 (N')y는 적어도 하나의 L-DNA 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=19 및 (N')y는 위치 1-17 및 19에서 비변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 끝에서 두 번째 위치(위치 18)에서 하나의 L-DNA로 이루어진다. 다른 구체예에서 x=y=19 및 (N')y는 위치 1-16 및 19에서 비변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 끝에서 두 번째 위치(위치 17 및 18)에서 2개의 연속적 L-DNA로 이루어진다. 다양한 구체예에서 비정형 모이어티는 2'-5' 뉴클레오티드 간 포스페이트 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드이다. 다양한 구체예에 따라서 (N')y는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결된 3' 말단에서 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 연속적 리보뉴클레오티드를 포함한다. 한 구체예에서, (N')y의 3' 말단에서 4개의 연속적 뉴클레오티드는 3개의 2'-5' 포스포다이에스터 결합에 의해 결합되며, 2'-5' 포스포다이에스터 결합을 형성하는 포스포다이에스터 결합 중 하나 이상은 3'-O-메틸 (3'OMe) 당 변형을 추가로 포함한다. 바람직하게는 (N')y의 3' 말단 뉴클레오티드는 2'OMe 당 변형을 포함한다. 어떤 구체예에서 x=y=19 및 (N')y는 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 2 이상의 연속적 뉴클레오티드는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합(2'-5' 뉴클레오티드)에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 구체예에서 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합을 형성하는 뉴클레오티드는 3' 데옥시리보스 뉴클레오티드 또는 3' 메톡시 뉴클레오티드(3' OH 대신 3' H 또는 3'OMe)를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=19 및 (N')y는 위치 15, 16 및 17에서 2'-5' 뉴클레오티드를 포함하며 인접한 뉴클레오티드는 위치 15-16, 16-17 및 17-18의 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결되고; 또는 위치, 15, 16, 17, 18, 및 19에서 인접한 뉴클레오티드는 위치 15-16, 16-17, 17-18 및 18-19의 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결되며 3'OH는 3' 말단의 뉴클레오티드 또는 위치 16, 17 및 18에서 이용가능하며 인접한 뉴클레오티드는 위치 16-17, 17-18 및 18-19의 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결된다. 일부 구체예에서 x=y=19 및 (N')y는 위치 16 및 17에서 또는 위치 17 및 18에서 또는 위치 15 및 17에서 2'-5'뉴클레오티드를 포함하며 인접한 뉴클레오티드는 각각 위치 16-17과 17-18 사이 또는 위치 17-18 및 18-19 또는 위치 15-16 및 17-18에서 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결된다. 다른 구체예에서 (N')y의 피리미딘 리보뉴클레오티드(rU, rC)는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드로 치환된다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 또는 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되고, x=y=19 및 (N')y는 4개의 2'-5' 결합, 구체적으로 위치 15-16, 16-17, 17-18 및 18-19에서 뉴클레오티드 사이의 결합에 의해 결합된 3' 말단에서 5개의 연속적 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서 결합은 포스포다이에스터 결합을 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 또는 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=19이며, (N')y는 4개의 2'-5' 결합에 의해 결합된 3' 말단에서 5개의 연속적 뉴클레오티드를 포함하며, 선택적으로 역위 무염기성 모이어티 및 C3 알킬 [C3; 1,3-프로판다이올 모노(다이수소 포스페이트)] 캡으로부터 독립적으로 선택된 Z' 및 z'를 추가로 포함한다. C3 알킬 캡은 3' 또는 5' 말단의 뉴클레오티드에 공유 연결된다. 일부 구체예에서 3' C3 말단 캡은 3' 포스페이트를 추가로 포함한다. 일부 구체예에서 3' C3 말단 캡은 3' 말단의 하이드록시 기를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 또는 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=19이고 (N')y는 L-DNA 위치 18을 포함하고; (N')y는 선택적으로 역위 무염기성 모이어티 및 C3 알킬[C3; 1,3-프로판다이올 모노(다이수소 포스페이트)] 캡으로부터 독립적으로 선택된 Z' 및 z'를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서 (N')y는 3' 말단의 포스페이트를 포함한다. 일부 구체예에서 (N')y는 3' 말단의 하이드록실을 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 또는 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며 x=y=19이고 (N)x는 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 또는 위치 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 및 SERPINH1_88에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며 x=y=19이고 (N)x는 2'OMe 당 변형된 피리미딘을 포함한다. 일부 구체예에서 (N)x의 모든 피리미딘은 2'OMe 당 변형을 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPIN51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되고, x=y=18이며 N2는 리보아데노신 모이어티이다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPIN51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되고, x=y=18이며 N2-(N')y는 4개의 2'-5' 결합, 구체적으로 위치 15-16, 16-17, 17-18 및 18-19에서 뉴클레오티드 사이의 결합에 의해 결합된 3' 말단에서 5개의 연속적 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 결합은 포스포다이에스터 결합을 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되고, x=y=18이며 N2-(N')y는 4개의 2'-5' 결합에 의해 결합된 3' 말단에서 5개의 연속적 뉴클레오티드를 포함하며, 선택적으로 추가로 역위 무염기성 모이어티 및 C3 알킬[C3; 1,3-프로판다이올 모노(다이수소 포스페이트)] 캡으로부터 독립적으로 선택된 Z' 및 z'를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N2-(N')y는 L-DNA 위치 18을 포함하며; (N')y는 선택적으로 역위 무염기성 모이어티 및 C3 알킬[C3; 1,3-프로판다이올 모노(다이수소 포스페이트)] 캡로부터 독립적으로 선택된 Z' 및 z'를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서 N2-(N')y는 3' 말단의 포스페이트를 포함한다. 일부 구체예에서 N2-(N')y는 3' 말단의 하이드록실을 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N1-(N)x는 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 또는 위치 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 또는 위치 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17에서 또는 위치 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N1-(N)x는 위치 11, 13, 15, 17 및 19에서(5' 말단으로부터) 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1-45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N1-(N)x는 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 또는 위치 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N1-(N)x는 위치 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_11, SERPINH1_13, SERPINH1_45, SERPINH1_45a, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 또는 SERPINH1_86에서 제시된 서열 쌍으로부터 선택되며, x=y=18이고 N1-(N)x는 2'OMe 당 변형된 피리미딘을 포함한다. 일부 구체예에서 (N)x 중의 모든 피리미딘은 2'OMe 당 변형을 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥은 5, 6 또는 7 위치(5'>3')에서 L-DNA 또는 2'-5' 뉴클레오티드를 추가로 포함한다. 다른 구체예에서 안티센스 가닥은 위치 5-6 또는 6-7(5'>3')에서 리보뉴클레오티드 사이의 2'5' 뉴클레오티드 간 결합을 만드는 리보뉴클레오티드를 추가로 포함한다.
추가 구체예에서, N1-(N)x는 추가로 Z를 포함하되, Z는 비뉴클레오티드 돌출부를 포함한다. 일부 구체예에서 비뉴클레오티드 돌출부는 C3-C3[1,3-프로판다이올 모노(다이수소 포스페이트)]2이다.
구조 A2의 일부 구체예에서, (N')y는 적어도 하나의 L-DNA 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 (N')y는 위치 1-16 및 18에서 비변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 끝에서 두 번째 위치(위치 17)에서 하나의 L-DNA로 이루어진다. 다른 구체예에서 x=y=18 및 (N')y는 위치 1-15 및 18에서 및 3' 끝에서 두 번째 위치(위치 16 및 17)에서 2개의 연속적 L-DNA에서 비변형된 리보뉴클레오티드로 이루어진다. 다양한 구체예에서 비정형 모이어티는 2'-5' 뉴클레오티드 간 포스페이트 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드이다. 다양한 구체예에 따라서 (N')y는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 연결된 3' 말단에서 2, 3, 4, 5, 또는 6 연속적 리보뉴클레오티드를 포함한다. 한 구체예에서, (N')y의 3' 말단에서 4개의 연속적 뉴클레오티드는 3개의 2'-5' 포스포다이에스터 결합에 의해 결합되며, 2'-5' 포스포다이에스터 결합을 형성하는 2'-5' 뉴클레오티드 중 하나 이상은 3'-O-메틸 (3'OMe) 당 변형을 추가로 포함한다. 바람직하게는 (N')y의 3' 말단의 뉴클레오티드는 2'OMe 당 변형을 포함한다. 어떤 구체예에서 x=y=18이며 (N')y에서 위치 14, 15, 16, 17, 및 18의 2 이상의 연속적 뉴클레오티드는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 구체예에서 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합을 형성하는 뉴클레오티드는 3' 데옥시리보스 뉴클레오티드 또는 3' 메톡시 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 (N')y는 위치 15-16, 16-17 및 17-18 또는 위치 16-17 및 17-18의 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서 x=y=18이며 (N')y는 위치 14-15, 15-16, 16-17, 및 17-18 또는 위치 15-16, 16-17, 및 17-18 또는 위치 16-17 및 17-18 또는 위치 17-18 또는 위치 15-16 및 17-18의 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드를 포함한다. 다른 구체예에서 (N')y에서 피리미딘 리보뉴클레오티드(rU, rC)는 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드로 치환된다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 표 A-18에서 설명된 올리고뉴클레오티드 쌍으로부터 선택되고, 본 명세서에서 SERPINH1_2(서열 번호: 60 및 127), SERPINH1_6(서열 번호: 63 및 130), SERPINH1_45a(서열 번호: 98 및 165), SERPINH1_51(서열 번호: 101 및 168) 및 SERPINH1_51a(서열 번호: 105 및 172)로 확인된다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 서열 번호: 127에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 60에서 제시된 센스 가닥을 포함하며; 본 명세서에서 SERPINH1_2로 확인된다. 일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 하기 구조를 가지며
상기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1-5 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이고;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티일 수 있다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘 및/또는 퓨린, 위치 5, 6, 7 또는 8에서의 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단의 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 돌출부를 포함한다. 일부 구체예에서 센스 가닥(서열 번호: 60)은 3' 말단의 또는 끝에서 두 번째 위치에서 4 또는 5개의 연속적 2'5' 뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 다른 구체예에서 센스 가닥(서열 번호: 60)은 하나 이상의 2'OMe 피리미딘, 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하며; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 하기를 포함하는 센스 가닥으로부터 선택된다
a) 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, C3OH 3' 말단의 비뉴클레오티드 돌출부; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
b) 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단의 포스페이트; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
c) 위치(5'>3') 5, 7, 13, 및 16에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 18에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
d) 위치(5'>3') 7, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 9에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
e) 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에서 공유 부착된 C3-Pi 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: C3 3' 말단의 돌출부; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-C3OH, 3' 말단의 돌출부를 포함하며; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단의 포스페이트; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치(5'>3') 5, 7, 13, 및 16에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 18에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치(5'>3') 7, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함하며; 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에 공유 부착된 C3-Pi 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 제공되는 일부 구체예는 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 C3-C3 3' 말단의 돌출부를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치(5'>3') 7, 9, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 제공되는 일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 60)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단의 포스페이트 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며 안티센스 가닥(서열 번호: 127)은 다음으로부터 선택된 안티센스 가닥을 포함한다:
a) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 1, 3, 6, 8, 10, 12, 14, 17, 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서의 일부 구체예에서 서열 번호: 130에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 63에서 제시된 센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 핵산 분가 제공되며; SERPINH1_6로 본 명세서에서 확인된다. 일부 구체예에서 듀플렉스는 다음의 구조를 포함하며
여기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하고;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이며;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에서 공유 부착된 1-5 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이고;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면 N2-(N')y의 5' 말단에서 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘; 3' 말단의 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 돌출부; 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 3' 말단에서 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 또는 C3Pi 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 및 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택되며,
a) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 7, 9, 12, 13 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
c) 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
d) 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 1에서 dU; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 듀플렉스 올리고뉴클레오티드 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 14 및 18 및 선택적으로 위치 2에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 7, 9, 12, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3:Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 듀플렉스 올리고뉴클레오티드 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택된다
a) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 7, 9, 12, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 63)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 130)은 위치(5'>3') 1, 3, 5,7, 9, 12, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 C3Pi-C3OH 3' 말단의 돌출부를 포함한다.
일부 구체예에서 듀플렉스는 서열 번호: 165에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 98에서 제시된 센스 가닥을 포함하며; 본 명세서에서 SERPINH1_45a로 확인된다. 일부 구체예에서 듀플렉스는 하기 구조를 포함한다:
여기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1-5개의 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이며;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 센스 가닥(서열 번호: 98)은 위치(5'>3') 15, 16, 17, 및 18 또는 15, 16, 17, 18, 및 19에 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티, 및 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥(서열 번호: 165)은 2'OMe 당 변형된 피리딘 및/또는 퓨린, 5, 6, 7, 또는 8(5'>3')번 위치에 2'-5' 뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 센스 가닥(서열 번호: 98)은 위치(5'>3') 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: C3Pi 또는 C3-OH 3' 말단의 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 165)은 하기 중 하나로부터 선택된 안티센스 가닥을 포함한다:
a) 위치(5'>3') 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 3' 말단의 돌출부; 또는
b) 위치(5'>3') 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 3' 말단의 돌출부;
c) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 3' 말단의 돌출부; 또는
d) 위치(5'>3') 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH 3' 말단의 돌출부.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되명, 센스 가닥(서열 번호: 98)은 위치(5'>3') 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: C3-OH 3' 말단의 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 165)은 위치(5'>3') 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 C3Pi-COH 3' 말단의 돌출부를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 서열 번호: 168에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 101에서 제시된 센스 가닥을 포함하며; 본 명세서에서 SERPINH1_51로 확인된다. 일부 구체예에서 듀플렉스는 하기 구조를 포함하되,
여기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에서 공유 부착된 1-5 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이며;
z"는 존재하거나 또는 없을 수 있지만, 존재한다면 N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)은 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 위치 9 또는 10에 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 선택적으로 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 2'OMe 당 변형된 피리미딘 및/또는 퓨린, 위치 5, 6, 7, 또는 8(5'>3')에 2'-5' 뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 위치 9 또는 10에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi 또는 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택된다:
a) 위치(5'>3') 1, 8, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6 또는 7에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
b) 위치(5'>3') 1, 4, 8, 13 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6 또는 7에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
c) 위치(5'>3') 1, 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
d) 위치(5'>3') 1, 3, 8, 12, 13, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 선택적으로 위치 9에 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3-OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 위치(5'>3') 1, 8, 및 15에 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 선택적으로 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3-OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 위치(5'>3') 1, 4, 8, 13 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 위치(5'>3') 1, 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 101)는 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9의 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 위치(5'>3') 1, 3, 8, 12, 13, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 서열 번호: 168에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 101에서 제시된 센스 가닥을 포함하며; 본 명세서에서 SERPINH1_51a로 확인된다. 일부 구체예에서 듀플렉스는 하기 구조를 포함하되:
여기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1-5 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이며;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)은 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 위치 9 또는 10에서의 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 선택적으로 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥(서열 번호: 172)은 2'OMe 당 변형된 피리미딘 및/또는 퓨린, 위치 5, 6, 7, 또는 8(5'>3')의 2'-5' 뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 위치 9 또는 10에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 또는 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 172)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택된다:
a) 위치(5'>3') 8 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6 또는 7에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 4, 8, 13 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6 또는 7에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
c) 위치(5'>3') 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
d) 위치(5'>3') 3, 8, 12, 13, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 선택적으로 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3'에서 공유 부착된 C3-OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 172)는 위치(5'>3') 8, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)는 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 선택적으로 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3'에서 공유 부착된 C3-OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 172)는 위치(5'>3') 4, 8, 13 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)는 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 172)은 위치(5'>3') 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 105)은 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 172)은 위치(5'>3') 3, 8, 12, 13, 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 안티센스 및 센스 가닥은 표 A-19에서 제시된 올리고뉴클레오티드 쌍으로부터 선택되며, 본 명세서에서 SERPINH1_4(서열 번호: 195 및 220) 및 SERPINH1_12(서열 번호: 196 및 221)로 확인된다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 서열 번호: 220에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 194에서 제시된 센스 가닥을 포함하며; 본 명세서에서 SERPINH1_4로 확인된다. 일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자는 하기 구조를 가지며;
여기에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드 사이의 염기 쌍을 나타내며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, 독립적으로 그것의 존재하는 가닥의 3' 말단에서 공유 부착된 1-5 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이고;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면 N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)는 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 하기를 포함하는 센스 가닥으로부터 선택된다:
a) 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
b) 위치 15, 16, 17, 18 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단의 포스페이트; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
c) 위치(5'>3') 5, 7, 13, 및 16에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 18에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
d) 위치(5'>3') 7, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 9에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티; 또는
e) 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19의 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7의 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에 공유 부착된 C3 모이어티 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단의 포스페이트; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치(5'>3') 5, 7, 13, 및 16에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 18에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치(5'>3') 7, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하고; 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치(5'>3') 7, 9, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 195)은 위치 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단의 포스페이트 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고 안티센스 가닥(서열 번호: 220)은 하기 중 하나로부터 선택되는 안티센스 가닥을 포함한다:
a) 위치(5'>3') 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 1, 3, 6, 8, 10, 12, 14, 17, 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서의 일부 구체예에서 서열 번호: 130에서 제시된 안티센스 가닥 및 서열 번호: 63에서 제시된 센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며; 본 명세서에서 SERPINH1_12로 확인된다. 일부 구체예에서 듀플렉스는 하기 구조를 포함하되:
상기 구조에서 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G, U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면 독립적으로 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에서 공유 부착된 1-5개의 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 그것의 조합이고;
z"는 존재하거나 또는 없지만, 존재한다면, N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)는 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘; 3' 말단의 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 돌출부; 및 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 3' 말단에서 공유 부착된 하나 이상의 2'OMe 당 변형된 피리미딘, 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티, 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택된다:
a) 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 3, 5, 7, 9, 12, 13 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
일부 구체예에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 듀플렉스 올리고뉴클레오티드 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 및 선택적으로 위치 2에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 위치(5'>3') 3, 5, 7, 9, 12, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 듀플렉스 올리고뉴클레오티드 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택된다:
a) 위치(5'>3') 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티; 또는
b) 위치(5'>3') 3, 5, 7, 9, 12, 13 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
본 명세서에서 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥(서열 번호: 196)은 위치(5'>3') 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥(서열 번호: 221)은 위치(5'>3') 1, 3, 5,7, 9, 12, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함한다.
추가 구체예에서 구조 A1 및 A2(N')y는 1-8개의 변형된 리보뉴클레오티드를 포함하되, 변형된 리보뉴클레오티드는 DNA 뉴클레오티드이다. 어떤 구체예에서 (N')y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개 이하의 DNA 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 Z 또는 Z' 중 하나가 존재하며, 독립적으로 2개의 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
추가 구체예에서, Z 및 Z'가 존재하며, 각각 독립적으로 2개의 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 무염기성 모이어티, 예를 들어 데옥시리보무염기성 모이어티(본 명세서에서 "dAb"로 언급됨) 또는 리보무염기성 모이어티(본 명세서에서 "rAb"로 언급됨)를 포함한다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 2개의 공유 연결된 무염기성 모이어티를 포함하며, 예를 들어 dAb-dAb 또는 rAb-rAb 또는 dAb-rAb 또는 rAb-dAb이되, 각각의 모이어티는, 바람직하게는 포스포계 결합을 통해 인접한 모이어티에 공유 부착된다. 일부 구체예에서 포스포계 결합은 포스포로티오에이트, 포스포노아세테이트 또는 포스포다이에스터 결합을 포함한다. 바람직한 구체예에서 포스포계 결합은 포스포다이에스터 결합을 포함한다.
일부 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 독립적으로 알킬 모이어티, 선택적으로 프로판올(C3-OH) 및 프로판다이올("C3-3'Pi")의 포스포 유도체를 포함하는, 프로판[(CH2)3] 모이어티 (C3) 또는 그것의 유도체를 포함한다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 포스포다이에스터 또는 포스포로티오에이트 결합을 통해 안티센스 가닥 또는 센스 가닥의 3' 말단에 공유적으로 연결되고, 포스포다이에스터 또는 포스포로티오에이트 결합을 통해 서로 공유 연결된 2개의 알킬 모이어티이며, 일부 예에서, C3Pi-C3Pi 또는 C3Pi-C3OH이다. 안티센스 가닥의 3' 말단 및/또는 센스 가닥의 3' 말단은 포스포계 결합을 통해 C3 모이어티에 공유 부착되며, C3 모이어티는 포스포계 결합을 통해 C3-OH 모이어티에 공유적으로 컨쥬게이트된다. 일부 구체예에서 포스포계 결합은 포스포로티오에이트, 포스포노아세테이트 또는 포스포다이에스터 결합을 포함한다. 바람직한 구체예에서 포스포계 결합은 포스포다이에스터 결합을 포함한다.
구조 A1 또는 구조 A2의 다양한 구체예에서, Z 및 Z'는 없다. 다른 구체예에서 Z 또는 Z'는 존재한다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 독립적으로 C2, C3, C4, C5 또는 C6 알킬 모이어티, 선택적으로 C3[프로판, -(CH2)3-] 모이어티 또는 프로판올(C3-OH/C3OH)을 포함하는 그것의 유도체, 프로판다이올, 및 프로판다이올 ("C3Pi")의 포스포다이에스터 유도체를 포함한다. 바람직한 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 2개의 탄화수소 모이어티를 포함하며, 일부 예에서, C3Pi-C3OH 또는 C3Pi-C3Pi이다. 각각의 C3는 공유 결합을 통해, 바람직하게는 포스포계 결합을 통해 인접한 C3에 공유적으로 컨쥬게이트된다. 일부 구체예에서 포스포계 결합은 포스포로티오에이트, 포스포노아세테이트 또는 포스포다이에스터 결합이다.
특정 구체예에서 x=y=19이며 Z는 적어도 하나의 C3 알킬 돌출부를 포함한다. 일부 구체예에서 C3-C3 돌출부는 공유 결합, 바람직하게는 포스포다이에스터 결합을 통해 (N)x 또는 (N')y의 3' 말단에 공유 부착된다. 일부 구체예에서 제1 C3과 제2 C3 사이의 결합은 포스포다이에스터 결합이다. 일부 구체예에서 3' 비뉴클레오티드 돌출부는 C3Pi-C3Pi이다. 일부 구체예에서 3' 비뉴클레오티드 돌출부는 C3Pi-C3Ps이다. 일부 구체예에서 3' 비뉴클레오티드 돌출부는 C3Pi-C3OH(OH는 하이드록시이다). 일부 구체예에서 3' 비뉴클레오티드 돌출부는 C3Pi-C3OH이다.
다양한 구체예에서 알킬 모이어티는 말단의 하이드록실, 말단의 아미노, 또는 말단의 포스페이트 기를 포함하는 C3 알킬, C4 알킬, C5 알킬 또는 C6 알킬 모이어티를 포함하는 알킬 유도체를 포함한다. 일부 구체예에서 알킬 모이어티는 C3 알킬 또는 C3 알킬 유도체 모이어티이다. 일부 구체예에서 C3 알킬 모이어티는 프로판올, 프로필포스페이트, 프로필포스포로티오에이트 또는 그것의 조합을 포함한다. C3 알킬 모이어티는 포스포다이에스터 결합을 통해 (N')y의 3' 말단 및/또는 (N)x의 3' 말단에 공유 연결된다. 일부 구체예에서 알킬 모이어티는 프로판올, 프로필 포스페이트 또는 프로필 포스포로티오에이트를 포함한다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 프로판올, 프로필 포스페이트, 프로필 포스포로티오에이트, 그것의 조합 또는 그것의 다수, 특히 2 또는 3개의 공유 연결된 프로판올, 프로필 포스페이트, 프로필 포스포로티오에이트 또는 그것의 조합으로부터 독립적으로 선택된다. 일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 프로필 포스페이트, 프로필 포스포로티오에이트, 프로필 포스포노-프로판올; 프로필 포스포노-프로필 포스포로티오에이트; 프로필포스포노-프로필 포스페이트; (프로필 포스페이트)3, (프로필 포스페이트)2-프로판올, (프로필 포스페이트)2- 프로필 포스포로티오에이트로부터 독립적으로 선택된다. 임의의 프로판 또는 프로판올 컨쥬게이트된 모이어티는 Z 또는 Z'에 포함될 수 있다.
예시적인 3' 말단의 비뉴클레오티드 모이어티의 구조는 다음과 같다:
일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 프로판올, 프로필 포스페이트, 프로필 포스포로티오에이트, 그것의 조합 또는 그것의 다수로부터 독립적으로 선택된다.
일부 구체예에서 각각의 Z 및 Z'는 프로필 포스페이트, 프로필 포스포로티오에이트, 프로필 포스포노-프로판올; 프로필 포스포노-프로필 포스포로티오에이트; 프로필포스포노-프로필 포스페이트; (프로필 포스페이트)3, (프로필 포스페이트)2-프로판올, (프로필 포스페이트)2- 프로필 포스포로티오에이트로부터 독립적으로 선택된다. 임의의 프로판 또는 프로판올 컨쥬게이트된 모이어티는 Z 또는 Z'에 포함될 수 있다.
추가 구체예에서 각각의 Z 및/또는 Z'는 무염기성 모이어티 및 비변형된 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드의 조합 또는 수소 모이어티 및 비변형된 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드의 조합 또는 무염기성 모이어티(데옥시리보 또는 리보) 및 탄화수소 모이어티의 조합을 포함한다. 이러한 구체예에서, 각각의 Z 및/또는 Z'는 C3-rAb 또는 C3-dAb를 포함하되, 각각의 모이어티는 포스포계 결합, 바람직하게는 포스포다이에스터, 포스포로티오에이트 또는 포스포노아세테이트 결합을 통해 인접한 모이어티에 공유 결합된다.
본 명세서에서 개시된 어떤 구체예에서 핵산 분자는 Oligo #s 2-67 또는 68-92 중 임의의 하나로부터 선택된 센스 올리고뉴클레오티드 서열을 포함하며, 각각 표 A-18 및-19에서 나타낸다.
어떤 바람직한 구체예에서 제공된 화합물은 본 명세서에서 설명되는 바와 같은 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3, 화합물_4, 화합물_5, 화합물_6, 화합물_7, 화합물_8 및 화합물_9를 포함한다.
일부 구체예에서(예컨대, 본 명세서에서 설명되는 바와 같은 예를 들어, 화합물_1, 화합물_5 및 화합물_6) 19 량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이고 센스 가닥은 서열 번호: 60이다. 어떤 구체예에서, 19 량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이고, 위치 1, 5, 6, 또는 7 중 적어도 하나에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 센스 가닥은 서열 번호: 60이며 적어도 하나의 2'5' 리보뉴클레오티드 또는 2'OMe 변형된 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서, 19량체 이중 가닥의 핵산 분자가 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이며, 위치 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 및 19(5'>3')에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 3' 말단의 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 센스 가닥은 서열 번호: 60이며 3' 말단의 위치 15, 16, 17, 18, 및 19(5'>3')에서 5개의 연속적 2'5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 모이어티를 포함한다.
한 구체예에서 19량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_1이 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이고 위치 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 및 19(5'>3')에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 센스 가닥은 서열 번호: 60이며, 3' 말단의 위치 15, 16, 17, 18, 및 19(5'>3')에서 5개의 연속적 2'5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 모이어티를 포함하고; 추가로 안티센스 가닥의 위치 1에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다.
한 구체예에서, 19량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_6이 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이고 위치 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 및 19(5'>3')에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 센스 가닥은 서열 번호: 60이고 3' 말단의 위치 15, 16, 17, 18, 및 19(5'>3')에서 5개의 연속적 2'5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥의 위치 1에서 2'5' 리보뉴클레오티드를 추가로 포함한다.
한 구체예에서, 19량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_5가 제공되며, 안티센스 가닥은 서열 번호: 127이며 위치 1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 및 19(5'>3')에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 센스 가닥은 서열 번호: 60이며 위치(5'>3') 7, 13, 16 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9에서 2'5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서(예컨대, 본 명세서에서 설명되는 예를 들어, 화합물_2, 및 화합물_7) 19량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 63이고 안티센스 가닥은 서열 번호: 130이다. 일부 구체예에서 19-량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 63이고 2'OMe 당 변형된 피리미딘 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티; 및 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 130이며 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서 19-량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 63이며, 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티, 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 130이며 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 5, 6 또는 7 중 적어도 하나에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_2가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 63이고 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥은 서열 번호: 130이며 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 12, 13, 및 17 내의 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 5, 6 또는 7 중 적어도 하나에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_7이 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 63이고 위치(5'>3') 2, 14 및 18에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 모이어티; 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥은 서열 번호: 130이고 위치(5'>3') 1, 3, 5, 9, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
일부 구체예에서(예컨대, 본 명세서에서 설명되는 예를 들어, 화합물_3) 19 량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 98이고 안티센스 가닥은 서열 번호: 165이다. 일부 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 98이며 3' 말단에서 위치 내 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 165이며, 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 5, 6 또는 7 중 적어도 하나에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다. 한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_3이 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 98이며, 위치(5'>3') 15, 16, 17, 18, 및 19에서 2'-5' 리보뉴클레오티드: 3' 말단에서 공유 부착된 C3-OH 3' 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 165이며 위치(5'>3') 2, 4, 6, 8, 11, 13, 15, 17, 및 19에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드; 위치 7에서 2'-5' 리보뉴클레오티드 및 3' 말단에서 공유 부착된 C3Pi-C3OH를 포함한다.
일부 구체예에서 (예컨대, 본 명세서에서 설명된 예를 들어, 화합물_4, 화합물_8 및 화합물_9) 19-량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 101이고, 안티센스 가닥은 서열 번호: 168이다. 일부 구체예에서 19-량체 이중 가닥 핵산 분자가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 101이고, 2'OMe 당 변형된 피리미딘 리보뉴클레오티드, 위치 9 또는 10 중 하나에서 선택적 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥은 서열 번호: 168이고 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 5, 6, 또는 7 중 적어도 하나에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_4가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 101이고 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 9에서 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 168이며 위치(5'>3') 1, 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 3' C3Pi-C3OH 돌출부를 포함한다.
한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_8이 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 101이고 위치(5'>3') 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥은 서열 번호: 168이며, 위치(5'>3') 1, 4, 8, 13 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 및 3' 말단에서 공유 부착된 3' C3Pi-C3OH 돌출부를 포함한다.
한 구체예에서, 19-량체 이중 가닥 핵산 분자인 화합물_9가 제공되며, 센스 가닥은 서열 번호: 101이며 위치(5'>3') 2, 4, 11, 13, 및 17에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 3' 말단에서 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티 및 5' 말단에서 공유 부착된 역위 무염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하며; 안티센스 가닥은 서열 번호: 168이고 위치(5'>3') 1, 4, 8, 11 및 15에서 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 위치 6에서 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에서 공유 부착된 3' C3Pi-C3OH 비뉴클레오티드 모이어티를 포함한다.
다른 양태에서, hsp47의 발현을 감소시키는데 충분한 양으로 본 명세서에서 제공되는 바와 같은 세포에 핵산 분자를 도입함으로써 세포 내 hsp47의 발현을 감소시키기 위한 방법이 제공된다. 한 구체예에서, 세포는 간 성상세포이다. 다른 구체예에서, 세포는 신세포 또는 폐 조직 내 성상세포이다. 어떤 구체예에서, 본 방법은 시험관 내에서 수행되며, 다른 구체예에서, 본 방법은 생체 내에서 수행된다.
다른 양태에서, hsp47과 관련된 질병에 걸린 있는 개체를 치료하기 위한 방법이 제공된다. 본 방법은 hsp47의 발현을 감소시키기에 충분한 양으로 본 명세서에 제공된 것과 같은 핵산 분자를 개체에 투여하는 단계를 포함한다. 어떤 구체예에서 hsp47과 관련된 질병은 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증을 포함하는 폐 섬유증(ILF를 포함), 임의의 질환으로부터 초래된 신장 섬유증(예를 들어, ESRD를 포함하는 CKD), 복막 섬유증, 만성 간 손상, 원섬유형성, 다른 기관의 섬유성 질병, 피부 손상 사건 및 특발성의(수술) 모든 가능한 형태와 관련된 비정상적 흉터(켈로이드); 경피증; 심장섬유증, 녹내장 여과 수술의 실패; 및 장 유착증으로 이루어진 군으로부터 선택된 질병이다. 일부 구체예에서, 본 화합물은 기관-특이적 징후, 예를 들어 이하의 표 2에서 나타내는 것을 포함하는 징후를 치료하는데 유용할 수 있다.
기관 | 징후 |
피부 | 켈로이드 및 비대성 흉터와 같은 흉터 수술적 흉터 상처 흉터 켈로이드, 또는 신원성 섬유 피부질환(nephrogenic fibrosing dermatopathy) |
복막 | 복막 섬유증 부착 지속적 복막투석(continual ambulatory peritoneal dialysis: CAPD)과 관련된 복막 경화증 |
간 | C형 간염 후 간경변, 원발성 담즙성 간경변, 간 섬유증, 예를 들어 C형간염에서 간 섬유증의 예방은 주혈흡충증(schistomasomiasis)을 옮긴다 담관염 간 이식 후 C형 간염 또는 비알코올성 지방간(Non-Alcoholic Steatohepatitis: NASH)에 기인하는 간 경변증 |
췌장 | 소엽사이(주변) 소엽성 섬유증(예컨대 알코올성 만성 췌장염), 담관주위 섬유증(예컨대 유전적 췌장염), 관주위 및 소엽사이(예컨대 자가면역 췌장염), 미만성 소엽사이 및 소엽내 섬유증(예컨대 폐쇄성 만성 췌장염) |
신장 | 임의의 병인론의 만성 진장 질병(Chronic Kidney Disease: CKD), 당뇨병 환자의 조기 단계 CKD 치료(상승된 SCr)(신세포 기능의 추가적 악화를 "방지") 루프스 사구체경화증과 관련된 신장 섬유증 당뇨병성 신장 질환 |
심장 | 심부전 심내막심근섬유증 심장섬유증 심근경색증과 관련된 섬유증 |
폐 | 천식, 특발성 폐 섬유증(Idiopathic pulmonary fibrosis: IPF) 간질성 폐 섬유증(Interstitial lung fibrosis: ILF) 폐 섬유증을 유발하는 방사성 폐렴(예를 들어 암 치료 방사선에 기인) |
골수 | 골수증식성질환, 골수섬유증(Myelofibrosis: MF), 진성다혈구증(Polycythemia vera :PV), 특발성 혈소판증가증(Essential thrombocythemia: ET) 원발성 골수섬유증 약물 유발된 골수섬유증 |
눈 | 전안부: 각막 혼탁, 예를 들어 유전적 이상증, 헤르페스성각막염 또는 날개기부엽에 따라; 녹내장 후안부 섬유증 및 망막박리, 진행된 당뇨망막병증(diabetic retinopathy: DR)의 합병증; 망막에서 섬유혈관 흉터 및 신경교증; 망막하 섬유증, 예를 들어 출혈성 AMD와 관련된 망막하 출혈 이후 눈뒤 섬유증(retro-orbital fibrosis), 백내장 수술, 증식성 유리체망막병증, 안 반흔성 유천포창(Ocular cicatricial pemphigoid) |
장 | 장 섬유증, 크론병 |
성대 | 성대흉터, 성대 점막 섬유증, 후두 섬유증 |
혈관 | 아테롬성 동맥경화증, 혈관성형술 후 동맥 재협착 |
전신 | 경피적 전신 경화증; 다발성 섬유경화증; 골수이식 수용자에서 경피증성 이식편대숙주병 및 신성 전신성 섬유증(가돌리늄계 조영제에 노출, MRI의 30%) |
다양한 유래의 악성 종양 | 활성화된 종양 관련 근섬유아세포의 작용을 억제하는 것에 의하는 전이성 및 침습성 암 |
일부 구체예에서 바람직한 징후는, 간 이식 후 C형 간염에 기인하는 간 경변증; 비알코올성 지방간(NASH)에 기인하는 간 경변증; 특발성 폐 섬유증; 폐 섬유증을 유발하는 방사성 폐렴; 당뇨병성 신장질환; 지속적 복막투석(CAPD)과 관련된 복막 경화증 및 안 반흔성 유천포창을 포함한다.
섬유성 간 징후는 알코올성 간 경변증, B형 간염 간 경변증, C형 간염 간 경변증, 정위 간 이식(orthotopic liver transplant: OLTX) 후 C형 간염(Hep C) 간 경변증, NASH/NAFLD, 원발성 담즙성 간경변(PBC), 원발 경화성 담관염(PSC), 선천성담도폐쇄증, 알파1 항트립신 결핍증(A1AD), 구리저장병(윌슨병), 과당혈증, 갈락토스혈증, 글라이코겐 저장성 질병(특히 III, IV, VI, IX, 및 X형), 철 축적 증후군(혈색소침착증), 지질 이상(예를 들어, 고셰병), 페르옥시솜병(예를 들어, 젤웨거증후군), 티로신혈증, 선천성간 섬유증, 박테리아 감염(예를 들어, 브루셀라병), 기생충(예를 들어, 단방포충증), 버드-키아리 증후군(간성 정맥 폐쇄병)을 포함한다.
폐 징후는 특발성 폐 섬유증, 규폐증, 진폐증, 신생아 호흡 곤란 증후군 후 기관지폐 형성 이상, 블레오마이신/케모 폐 손상, 폐 이식 후 기관지 폐색증(BOS), 만성 폐쇄성 폐 장애(Chronic obstructive pulmonary disorder: COPD), 낭포성 섬유증, 천식을 포함한다.
심장 징후는 심근증, 아테롬성 동맥경화증(버거스병 등), 심내막심근섬유증, 심장세동, 심근경색증(MI) 후 흉터를 포함한다.
다른 흉관 징후는 조직화된 유방 이식물 주변의 방사선-유발된 캡슐 조직 반응 및 경구 점막하 섬유증을 포함한다.
신세포 징후는 상염색체 우성 다낭성 신종(Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease: ADPKD), 당뇨병성 신장질환(당뇨병성 사구체경화증), FSGS(붕괴 대 다른 조직학적 변이체), IgA 신증(버거스병), 루프스 신염, 베게너병, 경피증, 굿파스튜어 증후군, 신세노관 섬유증: 약물 유발된 (보호성) 페니실린, 세팔로스포린, 진통제성신증, 막증식성신염(MPGN), 헤노호-쉐라인 자반증, 선천적 신증; 수질낭포병, 과슬개증후군 및 알포트 증후군을 포함한다.
골수는 림프관평활근종증(lympangiolyomyositosis, LAM), 만성 이식편대숙주병, 진성다혈구증, 특발성 혈소판증가증, 골수섬유증을 포함한다.
눈 징후는 미숙아 망막병증(RoP), 흉터성 유사천포창, 눈물샘 섬유증, 망막부착 수술, 각막혼탁, 헤르페스성 각막염, 날개기부엽, 녹내장, 노인성 황반변성(AMD/ARMD), 진성 당뇨병(DM)과 관련된 망막 섬유증, 망막병증을 포함한다.
부인과 징후는 STD 섬유증/난관염 후 흉터 예방을 위한 호르몬 치료에 더해진 자궁내막증을 포함한다.
전신 징후는 뒤피트렌병(Dupuytren's disease), 수장 섬유종증, 페이로니병, 레더호스병, 켈로이드, 다발성 섬유경화증, 신성 전신성 섬유증, 신성 골수섬유증(빈혈증)을 포함한다.
상처 관련 섬유성 질병은 화상(화학적 화상을 포함) 유발된 피부 및 연조직 흉터 및 수축을 포함하며, 방사선은 암 치료적 방사선 치료 후 피부 및 기관 흉터, 켈로이드(피부)를 유발한다.
수술적 징후는 복막 투석 카테터 후 복막 섬유증, 각막 이식, 인공와우(cochlear implant), 다른 이식물, 유방 내 실리콘 이식물, 만성 부비동염; 부착; 투석 이식의 유사내막 이상증식(pseudointimal hyperplasia)을 포함한다.
다른 징후는 만성 췌장염을 포함한다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산분자의 유효량을 피험자에게 투여하는 단계를 포함함으로써 간 섬유증을 치료하는 단계를 포함하는, 간 섬유증에 걸린 피험자의 치료를 위한 방법이 제공된다. 일부 구체예에서 피험자는 간염에 기인하는 간 경변증에 걸려 있다. 일부 구체예에서 피험자는 NASH에 기인하는 간 경변증에 걸려 있다.
일부 구체예에서 간 섬유증을 치료하기 위한 약제의 제조를 위한 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 사용이 제공된다. 일부 구체예에서 간 섬유증은 간염에 기인한다. 일부 구체예에서 간 섬유증은 NASH에 기인한다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 필요한 피험자에게 투여함으로써, 흉터 조직을 고치는 것을 달성하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 일부 구체예에서 흉터 조직은 간에 있다. 일부 구체예에서 피험자는 간염에 기인하는 간 경변증에 걸려있다. 일부 구체예에서 피험자는 NASH에 기인하는 간 경변증에 걸려있다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 필요한 피험자에게 투여함으로써 섬유증 퇴행을 달성하는 단계를 포함하는, 섬유증 퇴행을 달성하기 위한 방법이 제공된다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 피험자에게 투여하여 흉터 조직을 감소시키는 단계를 포함하는 피험자에서 흉터 조직의 감소를 위한 방법이 제공된다. 일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 흉터 조직에 외용으로 도포하여 흉터 조직을 감소시키는 단계를 포함하는, 피험자에서 흉터 조직을 감소시키기 위한 방법이 제공된다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 흉터 조직에 국소적으로 도포하여 흉터 조직의 외관을 개선시키는 단계를 포함하는, 흉터 조직의 외관을 개선시키는 방법이 제공된다.
일부 구체예에서 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 유효량을 피험자에게 투여함으로써 폐 섬유증을 치료하는 단계를 포함하는, 폐 섬유증에 걸린 피험자의 치료를 위한 방법이 제공된다. 일부 구체예에서 피험자는 간질성 폐 섬유증(ILF)에 걸려있다. 일부 구체예에서 피험자는 폐 섬유증을 유발하는 방사선 폐렴에 걸려있다. 일부 구체예에서 피험자는 약물 유발된 폐 섬유증에 걸려있다.
일부 구체예에서 폐 섬유증을 치료하기 위한 약제의 제조를 위해 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 사용이 제공된다. 일부 구체예에서 폐 섬유증은 ILF이다. 일부 구체예에서 폐 섬유증은 약물- 또는 방사선 유발된 섬유증이다.
한 양태에서, 약제학적으로 허용가능한 담체 중에 본 명세서에서 설명하는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)를 포함하는 약제학적 조성물이 제공된다. 어떤 구체예에서, 약제학적 조제물은, 환자와 같은 개체에 핵산 분자(예를 들어 siNA 분자)를 전달하기 위한 적합한 전달 시스템; 예를 들어 이하에 더욱 상세하게 설명되는 전달 시스템을 포함하거나 수반한다.
관련 양태에서, 환자에 의한 사용을 위해 포장된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)를 포함하는 조성물 또는 키트가 제공된다. 이 포장은 라벨이 붙거나 또는 포장의 내용물을 표시하는 포장 라벨 또는 삽입물을 포함할 수 있고 핵산 분자가 환자에 의해 사용되어야 하거나 사용될 수 있는 방법에 관한 어떤 정보를 제공한다. 예를 들어 라벨은 투약 정보 및/또는 사용을 위한 지시사항을 포함할 수 있다. 어떤 구체예에서 라벨의 내용은 정부 기관, 예를 들어 미국식품의약국(United States Food and Drug administration)에 의해 규정된 형태로 주의사항을 함유할 것이다. 어떤 구체예에서, 라벨은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)가 hsp47과 관련된 질병에 걸린 환자를 치료하는 사용에 적합하다는 것을 나타낼 것이고; 예를 들어, 라벨은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)가 섬유증을 치료하는 사용에 적합하다는 것을 나타낼 수 있고; 또는 예를 들어 라벨은 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)가 섬유증, 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상 및 원섬유형성으로 이루어진 군으로부터 선택된 질병을 치료하는 사용에 적합하다는 것을 나타낼 수 있다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "열 충격 단백질 47" 또는 "hsp47" 또는 "HSP47"은 상호 호환적으로 사용되며, 임의의 열 충격 단백질 47, 펩티드, 또는 임의의 hsp47 단백질 활성을 가지는 폴리펩티드를 말한다. 열충격 단백질 47은 세린 프로테아제 억제제(세르핀)이며, 또한 예를 들어 세르핀 펩티다제 억제제, 클레이드 H, 멤버 1(SERPINH1), SERPINH2, 콜라겐 결합 단백질 1(CBP1), CBP2, gp46; 비소-전사활성된(transactivated) 단백질(AsTP3); HSP47; 증식 유발 유전자 14(PIG14); PPROM; 류마티스 관절염 항원-47(RA-A47); 콜리긴(colligin)-1; 및 콜리긴-2이다. 어떤 바람직한 구체예에서, "hsp47"는 인간 hsp47을 말한다. 열 충격 단백질 47(또는 더 구체적으로 인간 hsp47)은 SEQ ID NO. 2(도 7)와 동일한, 또는 실질적으로 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "hsp47을 암호화하는 뉴클레오티드 서열"은 hsp47 단백질 또는 그의 부분에 대해 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 의미한다. 용어 "hsp47을 암호화하는 뉴클레오티드 서열"은 또한 hsp47 암호화 서열, 예컨대 hsp47 아이소형(isoform), 돌연변이체 hsp47 유전자, hsp47 유전자의 스플라이스(splice) 변이체, 및 hsp47 유전자 다형체를 포함하는 것을 의미한다. hsp47을 암호화하는 핵산 서열은 hsp47을 암호화하는 mRNA 서열을 포함하는데, 이는 또한 "hsp47 mRNA"로 언급될 수 있다. 인간 hsp47 mRNA의 예시적인 서열은 SEQ ID. NO. 1이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "핵산 분자" 또는 "핵산"은 상호 호환적으로 사용되며, 올리고뉴클레오티드, 뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드를 말한다. "핵산 분자"의 변이체는 본 명세서에서 더욱 상세하게 설명된다. 핵산 분자는 본 명세서에서 설명되는 변형된 핵산 분자와 비변형된 핵산 분자를 둘 다 포함한다. 핵산 분자는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 유사체를 임의의 조합으로 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "뉴클레오티드"는 당을 가지는 화학적 모이어티(또는 그것의 유사체, 또는 변형된 당), 뉴클레오티드 염기(또는 그것의 유사체, 또는 변형된 염기), 및 포스페이트 기(또는 그것의 유사체, 또는 변형된 포스페이트 기)를 말한다. 뉴클레오티드는 본 명세서에서 설명되는 변형된 뉴클레오티드 또는 비변형된 뉴클레오티드들 둘 다 포함한다. 본 명세서에서 사용되는, 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드(예를 들어, 비변형된 데옥시리보뉴클레오티드), 리보뉴클레오티드(예를 들어, 비변형된 리보뉴클레오티드), 및 특히, 잠금 핵산 및 비잠금 핵산, 펩티드 핵산, L-뉴클레오티드(또한 거울 뉴클레오티드로 언급됨), 에틸렌-가교 핵산(ENA), 아라비노사이드, PACE, 6개의 탄소 당을 가지는 뉴클레오티드뿐만 아니라 종종 비뉴크렐오티드로 생각되는 뉴클레오티드 유사체(무염기성 뉴클레오티드를 포함)를 포함하는 변형된 뉴클레오티드 유사체를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 뉴클레오티드는 당, 뉴클레오티드 염기에서 및/또는 포스페이트 기에서 임의의 알려진 변형, 예컨대 본 명세서에서 설명되는 변형으로 변형될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 "폴리뉴클레오티드" 또는 "올리고뉴클레오티드"는 연결된 뉴클레오티드의 쇄를 말하며; 폴리뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드는 마찬가지로 당업계에 잘 알려진 및/또는 본 명세서에 개시된 뉴클레오티드 당, 뉴클레오티드 염기 및 포스페이트 백본 중의 변형을 가질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "짧은 간섭 핵산", "siNA", 또는 "짧은 간섭 핵산 분자"는 유전자 발현 또는 바이러스 복제를 조절할 수 있는 임의의 핵산 분자를 말한다. 바람직하게는 siNA는 유전자 발현 또는 바이러스 복제를 억제하거나 하향 조절한다. siNA는, 제한 없이, 서열 특이적 RNAi, 예를 들어 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA), 마이크로-RNA(miRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 짧은 간섭 올리고뉴클레오티드, 짧은 간섭 핵산, 짧은 간섭 변형된 올리고뉴클레오티드, 화학적으로 변형된 siRNA, 전사 후 유전자 침묵 RNA(ptgsRNA), 및 다른 것들을 매개할 수 있는 핵산 분자를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는, "짧은 간섭 핵산", "siNA", 또는 "짧은 간섭 핵산 분자"는 그 밖에 본 명세서에서 더욱 상세하게 설명되는 의미를 가진다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "상보적"은 핵산이 전통적인 왓슨 크릭 또는 다른 비전통적 형태에 의해 다른 핵산 서열과 수소 결합(들)을 형성할 수 있는 것을 의미한다. 본 명세서에서 개시된 핵산 분자에 대한 참고로, 핵산 분자와 그것의 상보적 서열에 대한 결합 자유 에너지는 핵산의 절절한 작용이, 예를 들어 RNAi 활성을 진행하도록 하기에 충분하다. 핵산 분자에 대한 결합 자유 에너지의 결정은 당업계에 잘 알려져 있다(예를 들어, 문헌[Turner et al., 1987, CSH Symp. Quant. Biol. LII pp. 123-133; Frier et al., 1986, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 83:9373-9377; Turner et al., 1987, J. Am. Chem. Soc. 109:3783-3785]를 참조). 상보성 백분율은 제2 핵산 서열과 수소 결합을 형성할 수 있는 핵산 분자의 연속적 잔기(예를 들어, 왓슨-크릭 염기 쌍)의 백분율을 나타낸다(예를 들어, 10개의 뉴클레오티드를 가지는 제2 핵산 서열과 짝지어지는 염기가 되는 제1 올리고뉴클레오티드 내 총 10개의 뉴클레오티드 이외의 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드는 각각 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 및 100% 상보성을 나타낸다). "완전히 상보적"은 핵산 서열의 모든 연속적 잔기가 제2 핵산 서열에서 동일한 수의 연속적 잔기와 수소 결합하는 것을 의미한다. 한 구체예에서, 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 상보적 내지 하나 이상의 표적 핵산 분자 또는 그의 부분인 약 15 내지 약 35 또는 그 이상(예를 들어, 약 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 또는 35 그 이상)을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "센스 영역"은 siNA 분자의 안티센스 영역에 대해 (부분적으로 또는 완전히) siNA 분자 상보적인 뉴클레오티드 서열을 말한다. siNA 분자의 센스 가닥은 표적 핵산 서열과 상동성을 가지는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는, "센스 가닥"은 센스 영역을 포함하고 또한 추가적인 뉴클레오티드를 포함할 수 있는 핵산 분자를 말한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "안티센스 영역"은 표적 핵산 서열과 (부분적으로 또는 완전히) siNA 분자 상보적인 뉴클레오티드 서열을 말한다. siNA 분자의 안티센스 가닥은 선택적으로 siNA 분자의 센스 영역과 상보적인 핵산 서열을 포함할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는, "안티센스 가닥"은 안티센스 영역을 포함하는 핵산 분자를 말하며, 또한 추가적인 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "RNA"는 적어도 하나의 리보뉴클레오티드 잔기를 포함하는 분자를 말한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "듀플렉스 영역"은 왓슨-크릭 염기쌍 또는 상보적 또는 실질적으로 상보적인 올리고뉴클레오티드 가닥 사이의 듀플렉스를 허용하는 다른 방식에 의해 서로 염기쌍을 형성하는 2개의 상보적 또는 실질적으로 상보적인 올리고뉴클레오티드 영역을 말한다. 예를 들어, 21개의 뉴클레오티드 단위를 가지는 올리고뉴클레오티드 가닥은 21개의 뉴클레오티드 단위의 다른 올리고뉴클레오티드와 염기쌍을 형성할 수 있으며, 또한 각 가닥 상의 19개 염기만이 상보적 또는 실질적으로 상보적이어서, "듀플렉스 영역"은 19개의 염기쌍을 이룬다. 남은 염기쌍은, 예를 들어 5' 및 3' 돌출부로 존재할 수 있다. 추가로, 듀플렉스 영역 내에서, 100% 상보성은 필요하지 않으며; 실질적인 상보성이 듀플렉스 영역 내에서 허용가능하다. 실질적인 상보성은 가닥 사이의 상보성을 말하며, 그것들은 생물학적 조건하에서 풀릴 수 있다. 2개의 가닥이 생물학적 조건 하에서 풀릴 수 있는지 여부를 경험적으로 결정하기 위한 기법은 당업계에 잘 알려져 있다. 대안으로, 2개의 가닥은 합성될 수 있고 그것들이 서로 풀리는지 여부를 결정하기 위한 생물학적 조건 하에서 함께 첨가될 수 있다. "짝지어지지 않은 뉴클레오티드 유사체"는, 이에 제한되는 것은 아니지만: 6 데스 아미노 아데노신(Nebularine), 4-Me-인돌, 3-나이트로피롤, 5-나이트로인돌, Ds, Pa, N3-Me 리보U, N3-Me 리보T, N3-Me dC, N3-Me-dT, N1-Me-dG, N1-Me-dA, N3-에틸-dC, N3-Me dC을 포함하는 비염기쌍 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드 유사체를 의미한다. 일부 구체예에서 비염기쌍 뉴클레오티드 유사체는 리보뉴클레오티드이다. 다른 구체예에서, 그것은 데옥시리보뉴클레오티드이다.
본 명세서에서 사용되는 용어, "말단의 작용기"는, 제한 없이, 할로겐, 알코올, 아민, 카복실, 에스터, 아미드, 알데하이드, 케톤, 에터 기를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 "무염기성 뉴클레오티드" 또는 "무염기성 뉴클레오티드 유사체"는 또한 종종 본 명세서 및 당업계에서 슈도(pseudo)-뉴클레오티드 또는 비정형 모이어티로 언급될 수 있다. 뉴클레오티드가 핵산의 모노머 단위이지만, 일반적으로 리보스 또는 데옥시리보스 당, 포스페이트, 및 염기(DNA 중의 아데닌, 구아닌, 티민, 또는 사이토신; RNA 중의 아데닌, 구아닌, 유라실, 또는 사이토신)으로 이루어진다. 무염기성 또는 유사-뉴클레오티드는 염기가 없으며, 따라서 엄격하게는 본 용어는 당업계에서 일반적으로 사용되는 뉴클레오티드가 아니다. 무염기성 데옥시리보스 모이어티는, 예를 들어, 무염기성 데옥시리보스-3'-포스페이트; 1,2-다이데옥시-D-리보푸라노스-3-포스페이트; 1,4-안하이드로-2-데옥시-D-리보톨-3-포스페이트를 포함한다. 역위 무염기성 데옥시리보스 모이어티는 역위 데옥시리보무염기성; 3',5' 역위 데옥시무염기성 5'-포스페이트를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "캡핑 모이어티" (z")는 (N')y의 5' 말단과 공유적으로 연결될 수 있는 모이어티를 포함하며, 무염기성 리보스 모이어티, 무염기성 데옥시리보스 모이어티, 2' O 알킬 변형을 포함하는 변형 무염기성 리보스 및 무염기성 데옥시리보스 모이어티; 역위 무염기성 리보스 및 무염기성 데옥시리보스 모이어티 및 그것의 변형; C6-이미노-Pi; L-DNA 및 L-RNA를 포함하는 거울 뉴클레오티드; 5'OMe 뉴클레오티드; 및 4',5'-메틸렌 뉴클레오티드를 포함하는 뉴클레오티드 유사체; 1-(β-D-에리트로푸라노실)뉴클레오티드; 4'-티오 뉴클레오티드, 카보사이클릭 뉴클레오티드; 5'-아미노-알킬 포스페이트; 1,3-다이아미노-2-프로필 포스페이트, 3-아미노프로필 포스페이트; 6-아미노헥실 포스페이트; 12-아미노도데실 포스페이트; 하이드록시프로필 포스페이트; 1,5-안하이드로헥시톨 뉴클레오티드; 알파-뉴클레오티드; 트레오-펜토푸라노실 뉴클레오티드; 비고리 3',4'-세코 뉴클레오티드; 3,4-다이하이드록시뷰틸 뉴클레오티드; 3,5-다이하이드록시펜틸 뉴클레오티드, 5'-5'-역위 무염기성 모이어티; 1,4-뷰탄다이올 포스페이트; 5'-아미노; 및 가교 또는 비가교 메틸포스포네이트 및 5'-머캅토 모이어티를 포함한다.
어떤 캡핑 모이어티는 무염기성 리보스 또는 무염기성 데옥시리보스 모이어티; 역위 무염기성 리보스 또는 무염기성 데옥시리보스 모이어티; C6-아미노-Pi; L-DNA 및 L-RNA를 포함하는 거울 뉴클레오티드일 수 있다. 본 명세서에 개시된 바와 같은 핵산 분자는 하나 이상의 역위 뉴클레오티드, 예를 들어 역위 티미딘 또는 역위 아데닌(예를 들어 문헌[Takei, et al., 2002. JBC 277(26):23800-06]를 참조)를 사용하여 합성될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "비정형 모이어티"는 무염기성 모이어티, 역위 무염기성 모이어티, 탄화수소(알킬) 모이어티 및 그것의 유도체를 포함하는 비뉴클레오티드 모이어티를 말하며, 추가로 데옥시리보뉴클레오티드, 변형된 데옥시리보뉴클레오티드, 거울 뉴클레오티드 (L-DNA or L-RNA), 비염기쌍 뉴클레오티드 유사체 및 2'-5' 뉴클레오티드 간 포스페이트 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드; LNA를 포함하는 가교 핵산 및 에틸렌 가교 핵산, 변형된 결합(예를 들어, PACE) 및 염기 변형된 뉴클레오티드뿐만 아니라 비정형 모이어티로서 본 명세서에서 명확하게 개시된 추가적인 모이어트를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "억제하다, "하향 조절하다", 또는 "감소하다"는 유전자의 발현, 또는 하나 이상의 단백질 또는 단백질 서브유닛(예를 들어, mRNA)을 암호화하는 RNA 분자 또는 동일한 RNA 분자의 수준, 또는 하나 이상의 단백질 또는 단백질 서브유닛의 활성이 억제 인자(예컨대, 핵산 분자, 예를 들어 본 명세서에서 설명되는 구조적 특징을 가지는 siNA)가 없을 때 관찰되는 것 이하로 감소되는 것을 의미하며; 예를 들어 발현은 억제제가 없을 때 관찰된 것보다 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5 또는 그 미만으로 감소될 수 있다.
도 1은 다양한 리포터 세포주 상에서 GFP siNA의 효과를 나타내는 막대 그래프. HEK293, 인간 섬유육종 세포주, 인간 HSC 주 hTERT 또는 NRK 세포주에 인간 hsp47 cDNA-GFP 또는 래트 GP46 cDNA-GFP 구성체의 렌티 바이러스 도입에 의해 세포주를 확립하였다. 음성 대조군 siNA 또는 GFP에 대한 siNA를 세포에 도입하였고, GFP 형광을 측정하였다. 결과는 GFP에 대한 siNA가 상이한 세포주에서 상이한 정도로 형광성을 녹다운(knock down)시키는 것을 나타내었다. 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주는 그것들이 트랜스펙션되는 것의 평이함 및 떨어진 형광성에 대한 민감도에 기인하여 siHsp47 스크리닝을 선택하였다.
도 2는 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주에서 다양한 siHsp47의 세포독성 및 떨어진 효율을 나타내는 일련의 막대 그래프. 결과는 siHsp47-C, siHsp47-2 및 siHsp47-2d이 실질적인 세포독성 없이 인간 hsp47 및 래트 GP46(인간 hsp47 상동체)를 둘 다 효율적으로 녹다운시켰다. GP46에 대한 siGp46A는 인간 hsp47을 떨어뜨리지 않는다. 추가적으로 새로 설계된 siHsp47는 래트 GP46를 녹다운에서 siGp46A을 능가한다.
도 3은 인간 HSC 세포주 hTERT를 사용하여 TaqMan(등록상표) qPCR에 의해 측정한 다양한 siHsp47의 효과를 녹다운시키는 것을 나타내는 막대 그래프. Y 축은 hsp47의 남아 있는 mRNA 수준을 나타낸다. HSP47-C는 시험한 모든 hsp47 siNA 중에서 가장 효과적이었다.
도 4는 hTERT 세포 상의 콜라겐 I 발현에서 상이한 hsp47 siNA의 효과를 나타내는 막대 그래프. 콜라겐 I mRNA 수준을 TaqMan(등록상표) 프로브를 사용하여 실시간 정량적 PCR로 측정하였다. Y축은 콜라겐 I의 남아있는 mRNA 발현 수준을 나타낸다. 결과는 콜라겐 I mRNA 수준이 일부의 후보(siHsp47-2, siHsp47-2d, 및siHsp47-1과 그것의 조합)로 처리한 세포 중에서 상당히 감소된 것을 나타낸다.
도 5는 siHSP47로 처리한 동물에서 간의 섬유증 영역의 감소를 나타낸 그래프.
도 6은 인간 hsp47 mRNA cDNA의 예시적인 핵산 서열(서열 번호: 1; GenBank 등록 번호: NM_001235에서 개시된 cDNA 에 기반함).
도 7은 인간 hsp47의 예시적인 핵산 서열(서열 번호: 2).
도 8은 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 230-1486에 대응하는 인간 hsp47 cDNA(서열 번호: 59)의 핵산 서열을 암호화하는 단백질.
도 9a 내지 도 9i는 각각 브롬화 에티듐 염색에 의해 검출되는 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3, 화합물_4, 화합물_5, 화합물_6, 화합물_7, 화합물_8 및 화합물_9의 혈장 안정성을 도시.
도 10a 내지 도 10i는 각각 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3, 화합물_4, 화합물_5, 화합물_6, 화합물_7, 화합물_8 및 화합물_9의 표적 상의/표적을 벗어난 활성을 도시. AS_CM은 완전한 매치 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 안티센스 가닥의 활성을 나타내며; AS_SM은 씨딩 서열 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 안티센스 가닥의 활성을 나타내고; S_CM은 완전한 매치 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 센스 가닥 활성을 나타낸다. 모든 분석은 래드 REF52 세포에서 수행된 도 10f에서 나타낸 데이터를 제외하고 인간 세포 중에서 수행하였다.
도 2는 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주에서 다양한 siHsp47의 세포독성 및 떨어진 효율을 나타내는 일련의 막대 그래프. 결과는 siHsp47-C, siHsp47-2 및 siHsp47-2d이 실질적인 세포독성 없이 인간 hsp47 및 래트 GP46(인간 hsp47 상동체)를 둘 다 효율적으로 녹다운시켰다. GP46에 대한 siGp46A는 인간 hsp47을 떨어뜨리지 않는다. 추가적으로 새로 설계된 siHsp47는 래트 GP46를 녹다운에서 siGp46A을 능가한다.
도 3은 인간 HSC 세포주 hTERT를 사용하여 TaqMan(등록상표) qPCR에 의해 측정한 다양한 siHsp47의 효과를 녹다운시키는 것을 나타내는 막대 그래프. Y 축은 hsp47의 남아 있는 mRNA 수준을 나타낸다. HSP47-C는 시험한 모든 hsp47 siNA 중에서 가장 효과적이었다.
도 4는 hTERT 세포 상의 콜라겐 I 발현에서 상이한 hsp47 siNA의 효과를 나타내는 막대 그래프. 콜라겐 I mRNA 수준을 TaqMan(등록상표) 프로브를 사용하여 실시간 정량적 PCR로 측정하였다. Y축은 콜라겐 I의 남아있는 mRNA 발현 수준을 나타낸다. 결과는 콜라겐 I mRNA 수준이 일부의 후보(siHsp47-2, siHsp47-2d, 및siHsp47-1과 그것의 조합)로 처리한 세포 중에서 상당히 감소된 것을 나타낸다.
도 5는 siHSP47로 처리한 동물에서 간의 섬유증 영역의 감소를 나타낸 그래프.
도 6은 인간 hsp47 mRNA cDNA의 예시적인 핵산 서열(서열 번호: 1; GenBank 등록 번호: NM_001235에서 개시된 cDNA 에 기반함).
도 7은 인간 hsp47의 예시적인 핵산 서열(서열 번호: 2).
도 8은 서열 번호: 1의 뉴클레오티드 230-1486에 대응하는 인간 hsp47 cDNA(서열 번호: 59)의 핵산 서열을 암호화하는 단백질.
도 9a 내지 도 9i는 각각 브롬화 에티듐 염색에 의해 검출되는 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3, 화합물_4, 화합물_5, 화합물_6, 화합물_7, 화합물_8 및 화합물_9의 혈장 안정성을 도시.
도 10a 내지 도 10i는 각각 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3, 화합물_4, 화합물_5, 화합물_6, 화합물_7, 화합물_8 및 화합물_9의 표적 상의/표적을 벗어난 활성을 도시. AS_CM은 완전한 매치 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 안티센스 가닥의 활성을 나타내며; AS_SM은 씨딩 서열 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 안티센스 가닥의 활성을 나타내고; S_CM은 완전한 매치 삽입물을 포함하는 플라스미드에 대한 화합물의 센스 가닥 활성을 나타낸다. 모든 분석은 래드 REF52 세포에서 수행된 도 10f에서 나타낸 데이터를 제외하고 인간 세포 중에서 수행하였다.
RNA 간섭 및
siNA
핵산 분자
RNA 간섭은 짧은 간섭 RNA(siRNA)에 의해 매개된 동물 내 서열 특이적 전사 후 유전자 침묵의 과정을 말한다(문헌[Zamore et al., 2000, Cell, 101, 25-33; Fire et al., 1998, Nature, 391, 806; Hamilton et al., 1999, Science, 286, 950-951; Lin et al., 1999, Nature, 402, 128-129; Sharp, 1999, Genes & Dev., 13:139-141; and Strauss, 1999, Science, 286, 886]). 식물에서 대응하는 과정(Heifetz et al., 국제특허출원 공개 WO 99/61631)은 종종 전사 후 유전자 침묵(PTGS) 또는 RNA 침묵으로 언급된다. 전사 후 유전자 침묵의 과정은 외래 유전자의 발현을 방지하기 위해 사용된 환경적으로 보존적인 세포 방어가 되는 것으로 생각된다(문헌[Fire et al., 1999, Trends Genet., 15, 358]). 외래 유전자 발현으로부터 이러한 보호는 바이러스 감염으로부터 또는 상동성 단일 가닥 RNA 또는 바이러스 게놈 RNA를 특이적으로 파괴하는 세포 반응을 통해 숙주 세포에 트랜스포손(transposon) 요소의 무작위 통합으로부터 유래된 이중 가닥 RNA(dsRNA)의 생성에 반응하여 발달될 수 있다. 세포 내 dsRNA의 존재는 또한 완전히 특징 지어진 메커니즘을 통해 RNAi 반응을 촉발한다. 이 메커니즘은 이중 가닥 RNA-특이적 리보뉴클레아제를 수반하는 다른 알려진 메커니즘, 예컨대 리보뉴클레아제 L에 의한 mRNA의 비특이적 절단을 초래하는 단백질 키나제 PKR 및 2',5'-올리고아데닐레이트 신시타제의 dsRNA-매개 활성화로부터 초래된 인터페론 반응과 상이한 것으로 나타난다(예를 들어 미국 특허 제6,107,094호; 제5,898,031호; 문헌[Clemens et al., 1997, J. Interferon & Cytokine Res., 17, 503-524; Adah et al., 2001, Curr. Med. Chem., 8, 1189] 참조).
세포 내 긴 dsRNA의 존재는 다이서(dicer)로서 언급되는 리보뉴클레아제 III 효소의 활성을 자극한다(문헌[Bass, 2000, Cell, 101, 235; Zamore et al., 2000, Cell, 101, 25-33; Hammond et al., 2000, Nature, 404, 293]). 다이서는 짧은 간섭 RNA(siRNA)로서 알려진 dsRNA의 짧은 조각에 dsRNA의 처리와 관련된다(문헌[[Zamore et al., 2000, Cell, 101, 25-33; Bass, 2000, Cell, 101, 235; Berstein et al., 2001, Nature, 409, 363]). 다이서 활성으로부터 유래된 짧은 간섭 RNA는 전형적으로 길이가 약 21 내지 약 23개의 뉴클레오티드이며, 약 19개의 염기쌍 듀플렉스를 포함한다(문헌[Zamore et al., 2000, Cell, 101, 25-33; Elbashir et al., 2001, Genes Dev., 15, 188]). 다이서는 또한 번역 대조군에 연루된 보존적 구조의 RNA 전구체로부터 21- 및 22-뉴클레오티드 짧은 제약 RNA(small temporal RNA: stRNA)의 절단에 연루되었다(문헌[Hutvagner et al., 2001, Science, 293, 834]). RNAi는 보통 RNA-유발 침묵 복합체(RNA-induced silencing complex: RISC)로 언급되는 엔도뉴클레아제 복합체를 특징으로 하는데, 이는 siRNA 듀플렉스의 안티센스 가닥에 상보적인 서열을 가지는 단일 가닥 RNA의 절단을 매개한다. 표적 RNA의 절단은 siRNA 듀플렉스의 안티센스 가닥에 상보적인 영역의 중간에 생긴다(문헌[Elbashir et al., 2001, Genes Dev., 15, 188]).
RNAi는 다양한 시스템에서 연구되었다. 문헌[Fire et al., 1998, Nature, 391, 806]에서 카에노르하브디티스 엘레간스(C. elegans) 내 RNAi가 처음으로 관찰되었다. 문헌[Bahramian and Zarbl, 1999, Molecular and Cellular Biology, 19, 274-283 및 Wianny and Goetz, 1999, Nature Cell Biol., 2, 70]는 포유류 시스템에서 dsRNA에 의해 매개되는 RNAi를 설명한다. 문헌[Hammond et al., 2000, Nature, 404, 293]는 dsRNA로 트랜스펙션된 초파리 세포 내 RNAi를 설명한다. 문헌[Elbashir et al., 2001, Nature, 411, 494 및 Tuschl et al., 국제특허출원 공개 WO 01/75164]는 인간 배야 신장 및 HeLa 세포를 포함하는 배양된 포유류 세포 내에서 합성 21-뉴클레오티드 RNA의 듀플렉스의 도입에 의해 유발된 RNAi를 설명한다. 초파리 배자 용해물에서 최근의 연구는(문헌[Elbashir et al., 2001, EMBO J., 20, 6877 및 Tuschl et al.,국제특허출원 공개 WO 01/75164호])는 siRNA 길이, 구조, 화학적 조성물, 및 효율적인 RNAi 활성을 매개하는데 필수적인 서열에 대한 어떤 필요조건을 나타내었다.
핵산 분자(예를 들어 본 명세서에서 개시되는 구조적 특징을 가짐)는 서열 특이적 방식으로 RNA 간섭 "RNAi" 또는 유전자 침묵을 매개함으로써 유전자 발현 또는 바이러스 복제를 억제하거나 또는 하향조절할 수 있다(예를 들어, 문헌[Zamore et al., 2000, Cell, 101, 25-33; Bass, 2001, Nature, 411, 428-429; Elbashir et al., 2001, Nature, 411, 494-498; 및 Kreutzer et al., 국제특허출원 WO 00/44895호; Zernicka-Goetz et al., 국제특허출원 WO 01/36646호; Fire, 국제특허출원 WO 99/32619호; Plaetinck et al., 국제특허출원 WO 00/01846; Mello and Fire, 국제특허출원 WO 01/29058호; Deschamps-Depaillette, 국제특허출원 WO 99/07409; 및 Li et al., 국제특허출원 WO 00/44914호; Allshire, 2002, Science, 297, 1818-1819; Volpe et al., 2002, Science, 297, 1833-1837; Jenuwein, 2002, Science, 297, 2215-2218; 및 Hall et al., 2002, Science, 297, 2232-2237; Hutvagner and Zamore, 2002, Science, 297, 2056-60; McManus et al., 2002, RNA, 8, 842-850; Reinhart et al., 2002, Gene & Dev., 16, 1616-1626; 및 Reinhart & Bartel, 2002, Science, 297, 1831]를 참조).
siNA 핵산 분자는 2개의 별개의 폴리뉴클레오티드 가닥으로부터 조립될 수 있으며, 하나의 가닥은 센스 가닥이며 나머지는 안티센스 가닥인데, 안티센스와 센스 가닥은 자기-상보적이고(즉, 각각의 가닥은 다른 가닥에서 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다); 예컨대 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 제공되는 핵산 분자에 대해 본 명세서에서 설명되는 임의의 길이 및 구조를 가지는 듀플렉스 또는 이중 가닥 구조를 형성하되, 예를 들어 이중 가닥 영역(듀플렉스 영역)은 약 15 내지 약 49(예를 들어, 약 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 또는 49개의 염기쌍)이며; 안티센스 가닥은 표적 핵산 분자 (즉, hsp47 mRNA) 또는 그의 부분에서 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 센스 가닥은 표적 핵산 서열 또는 그의 부분(예를 들어, 본 명세서에서 핵산 분자의 약 17 내지 약 49 또는 그 이상의 뉴클레오티는 표적 핵산 또는 그의 부분에 상보적이다)에 대응하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
어떤 양태 및 구체예에서, 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 "RISC 길이" 분자일 수 있고, 또는 이하에 더욱 상세하게 설명되는 다이서 기질일 수 있다.
siNA 핵산 분자는 별개의 센스 및 안티센스 서열 또는 영역을 포함할 수 있으며, 센스 및 안티센스 영역은 당업계에 알려진 바와 같은 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 링커 분자에 의해 공유적으로 연결되며, 또는 대안으로 이온성 상호작용, 수소 결합, 반데르발스 상호작용, 소수성 상호작용, 및/또는 스태킹(stacking) 상호작용에 의해 비공유 연결된다. 핵산 분자는 표적 유전자의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다. 핵산 분자는 표적 유전자의 발현 억제를 야기하는 방식으로 표적 유전자의 뉴클레오티드 서열과 상호작용할 수 있다.
대안으로, siNA 핵산 분자는 단일 폴리뉴클레오티드로부터 조립되며, 핵산 분자의 자기-상보적 센스 및 안티센스 영역은 핵산 염기화 또는 비핵산 염기화된 링커(들)에 의해 연결되며, 즉, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 듀플렉스 영역을 형성하도록(예를 들어, 당업계에 잘 알려진 바와 같은 "헤어핀" 구조를 형성하도록) 접히는 안티센스 영역 및 센스 영역을 가지는 하나의 단일 폴리뉴클레오티드의 부분이다. 이러한 siNA 핵산 분자는 듀플렉스, 비대칭 듀플렉스, 헤어핀 또는 비대칭 헤어핀 2차 구조를 가지는 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 자기-상보적 센스 및 안티센스 영역을 가지되, 안티센스 영역은 별개의 표적 핵산 분자 또는 그것이 부분에서 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열 및 표적 핵산 서열(예를 들어 hsp47 mRNA의 서열)에 대응하는 뉴클레오티드 서열을 가지는 센스 영역을 포함한다. 이러한 siNA 핵산 분자는 2이상의 루프 구조를 가지는 원형의 단일 가닥 폴리뉴클레오티드 및 자기-상보적 센스 및 안티센스 영역을 포함하는 스템(stem)일 수 있되, 안티센스 영역은 표적 핵산 분자 또는 그의 부분에서 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열 및 표적 핵산 서열 또는 그의 부분에 대응하는 뉴클레오티드 서열을 가지는 센스 영역을 포함하고, 원형의 폴리뉴클레오티드는 RNAi를 매개할 수 있는 활성 핵산 분자를 만들도록 생체 내 또는 시험관 내에서 처리될 수 있다.
다음의 명명법은 siNA 분자의 길이 및 돌출부를 설명하기 위하여 당업계에서 종종 사용되며, 본 명세서 및 실시예를 통해서 사용될 수 있다. 듀플렉스에 대해 주어진 명칭은 올리고머의 길이 및 돌출부의 존재 또는 부재를 나타낸다. 예를 들어, "21+2" 듀플렉스는 둘 다 길이가 21개의 뉴클레오티드이며, 또한 21-량체 siRNA 듀플렉스 또는 21-량체 핵산으로서 칭해지고, 2개의 뉴클레오티드 3'-돌출부를 가지는 2개의 핵산 가닥을 함유한다. "21-2" 설계는 2개의 뉴클레오티드 5'-돌출부를 가지는 21-량체 핵산 듀플렉스를 말한다. 21-0 설계는 돌출부(블런트)가 없는 21-량체 핵산 듀플렉스이다. "21+2UU"는 2-뉴클레오티드 3'-돌출부를 가지는 21-량체 듀플렉스이며, 3'-말단에서 말단의 2개의 뉴클레오티드는 둘 다 U잔기이다(이는 표적 서열과 미스매치를 초래할 수 있다). 앞서 언급한 명명법은 다양한 가닥의 길이, 듀플렉스 및 돌출부의 siNA 분자에 적용될 수 있다(예컨대 19-0, 21+2, 27+2, 등). 또 다르지만 유사한 명명법에서, "25/27"는 2-뉴클레오티드 3'-돌출부와 함께 25개의 염기 센스 가닥 및 27개의 염기 안티센스 가닥을 가지는 비대칭적 듀플렉스이다. "27/25"는 27개 염기 센스 가닥 및 25개 염기 안티센스 가닥을 가지는 비대칭적 듀플렉스이다.
화학적 변형
특정 양태 및 구체예에서, 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 하나 이상의 변형(또는 화학적 변형)을 포함한다. 어떤 구체예에서, 이러한 변형은 표준 리보뉴클레오티드 또는 RNA 분자(즉, 표준 아데노신, 사이토신, 유라실, 또는 구아노신 모이어티를 포함)보다는 상이한 분자를 만드는 핵산 분자 또는 폴리뉴클레오티드로 임의의 변화를 포함하는데; 이는 "비변형된" 리보뉴클레오티드 또는 비변형된 리보핵산으로 언급될 수 있다. 아데노신, 사이토신, 티민, 또는 구아노신 모이어티에 의해 표시되는 2'-데옥시 당을 가지는 전통적인 DNA 염기 및 폴리뉴클레오티드는 "비변형된 데옥시리보뉴클레오티드" 또는 "비변형된 데옥시리보핵산"로 언급될 수 있으며; 따라서, 본 명세서에서 사용된 용어 "비변형된 뉴클레오티드" 또는 "비변형된 핵산"은 반대로 명확하게 표시되지 않는다면 "비변형된 리보뉴클레오티드" 또는 "비변형된 리보핵산"을 말한다. 이러한 변형은 뉴클레오티드 당, 뉴클레오티드 염기, 뉴클레오티드 포스페이트 기 및/또는 폴리뉴클레오티드의 포스페이트 백본에 있을 수 있다.
어떤 구체예에서 본 명세서에서 개시되는 것과 같은 변형은 분자의 RNAi 활성을 증가시키기 위해 및/또는 분자의 생체 내 안정성, 특히 혈청 내 안정성을 증가시키기 위해, 및/또는 분자의 생체이용가능성을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 변형의 비제한적 예는, 제한 없이, 뉴클레오티드 간 또는 뉴클레오사이드 내 결합; 핵산 분자의 임의의 위치 및 가닥에서 데옥시뉴클레오티드 또는 다이데옥시리보뉴클레오티드; 아미노, 플루오로, 메톡시, 알콕시 및 알킬로부터 바람직하게 선택되는 2'-위치에서 변형이 있는 핵산(예를 들어, 리보핵산); 2'-데옥시리보뉴클레오티드, 2'-O-메틸 리보뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로 리보뉴클레오티드, "보편적 염기" 뉴클레오티드, "비고리" 뉴클레오티드, 5-C-메틸 뉴클레오티드, 바이오틴 기, 및 말단의 그라이세릴 및/또는 역위 데옥시 무염기성 잔기 포함, 입체적으로 방해된 분자, 예컨대 형광 분자 등을 포함한다. 다른 뉴클레오티드 변경유전자(modifier)는 3'-데옥시아데노신(코디세핀), 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT), 2',3'-다이데옥시이노신(ddI), 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC), 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T) 및 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT)의 모노포스페이트 뉴클레오티드, 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC) 및 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T)을 포함할 수 있었다. 다양한 변형에서 추가적인 세부사항은 이하에 더욱 상세하게 설명된다.
변형된 뉴클레오티드는 노던 형태(Northern conformation)(예를 들어, 노던 유사회전 주기, 예를 들어 문헌[Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag ed., 1984]를 참조)를 가지는 것을 포함한다. 노던 배치를 가지는 뉴클레오티드의 비제한적 예는 잠금 핵산(LNA) 뉴클레오티드(예를 들어, 2'-O, 4'-C-메틸렌-(D-리보푸라노실) 뉴클레오티드); 2'-메톡시에톡시 (MOE) 뉴클레오티드; 2'-메틸-티오-에틸, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-클로로 뉴클레오티드, 2'-아지도 뉴클레오티드, 및 2'-O-메틸 뉴클레오티드를 포함한다. 잠금 핵산, 또는 LNA이, 예를 들어, 문헌[Elman et al., 2005; Kurreck et al., 2002; Crinelli et al., 2002; Braasch and Corey, 2001; Bondensgaard et al., 2000; Wahlestedt et al., 2000; 및 국제특허 공개 WO 00/47599호, WO 99/14226호, 및 WO 98/39352호 및 WO 2004/083430호]에서 설명된다. 한 구체예에서, LNA는 센스 가닥의 5' 말단에 포함된다.
화학적 변형은 또한 비잠금 핵산, 또는 비뉴클레오티드인 UNA, C2'-C3' 결합이 존재하지 않는 비고리 유사체를 포함하며(UNA는 진짜 뉴클레오티드가 아니지만, 그것들은 본 명세서에서 고려되는 "변형된" 뉴클레오티드 또는 변형된 핵산의 범주에 포함된다). 특정 구체예에서, 돌출부를 가지는 핵산 분자는 돌출부 위치(즉, 2개의 뉴클레오티드 돌출부)에 UNA를 가지도록 변형될 수 있다. 다른 구체예에서, UNA는 3'- 또는 5'-말단에 포함된다. UNA는 핵산 가닥을 따라서, 즉 위치 7에서 어디에나 위치될 수 있다. 핵산 분자는 하나 이상의 UNA를 함유할 수 있다. 예시적인 UNA는 문헌[Nucleic acids Symposium Series No. 52 p. 133-134 (2008)]에서 개시된다. 어떤 구체예에서, 본 명세서에서 설명되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 하나 이상의 UNA; 또는 하나의 UNA를 포함한다. 일부 구체예에서, 3'-돌출부를 가지는 본 명세서에서 설명되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 3'-돌출부에서 하나 또는 두 개의 UNA를 포함한다. 일부 구체예에서 본 명세서에서 설명되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 안티센스 가닥에서; 예를 들어 안티센스 가닥의 위치 6 또는 7에서 UNA(예를 들어 하나의 UNA)를 포함한다. 화학적 변형은 또한, 예를 들어 본 명세서에 개시된 바와 같은 짝지어지지 않은 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 화학적 변형은 본 명세서에서 개시되는 바와 같은 비정형 모이어티를 포함한다.
화학적 변형은 또한 올리고뉴클레오티드의 5' 및/또는 3' 부분 상에서 말단의 변형을 포함하며, 또한 캡핑 모이어티로 알려져 있다. 이러한 말단의 변형은 뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드, 지질, 펩티드, 및 당으로부터 선택된다.
화학적 변형은 또한 6원의 "6원 고리 뉴클레오티드 유사체"를 포함한다. 6원 고리 뉴클레오티드 유사체의 예는 문헌[Allart, et al (Nucleosides & Nucleotide, 1998, 17:1523-1526,; 및 Perez-Perez, et al., 1996, Bioorg. and Medicinal Chem Letters 6:1457-1460)]에서 개시되며, 헥시톨 및 알트리톨 뉴클레오티드 모노머를 포함하는 6-원 고리 뉴클레오티드 유사체를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 국제특허출원 WO 2006/047842호에서 개시된다.
화학적 변형은 또한 보통의 자연적으로 발생하는 뉴클레오티드와 비교하여 반대의 키랄성을 가지는 "거울" 뉴클레오티드를 포함하며; 즉 거울 뉴클레오티드는 자연적으로 발생하는 D-뉴클레오티드의 "L-뉴클레오티드" 유사체일 수 있다(미국 특허 제6,602,858호 참조). 거울 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 또는 포스포네이트 모이어티와 같이 예를 들어 본 명세서에서 설명하는 것과 같은 적어도 하나의 당 또는 염기 변형 및/또는 백본 변형을 추가로 포함할 수 있다. 미국 특허 제 6,602,858호는 적어도 하나의 L-뉴클레오티드 치환을 포함하는 핵산 촉매를 개시한다. 거울 뉴클레오티드는, 예를 들어 L-DNA(L-데옥시리보아데노신-3'-포스페이트(거울 dA); L-데옥시리보사이티딘-3'-포스페이트(거울 dC); L-데옥시리보구아노신-3'-포스페이트(거울 dG); L-데옥시리보티미딘-3'-포스페이트(거울상 dT)) 및 L-RNA(L-리보아데노신-3'-포스페이트(거울 rA); L-리보시티딘-3'-포스페이트(거울 rC); L-리보구아노신-3'-포스페이트(거울 rG); L-리보유라실-3'-포스페이트(거울 dU)를 포함한다.
일부 구체예에서, 변형된 리보뉴클레오티드는 5' 말단의 위치(위치 번호 1)에서 뉴클레오티드로서 유용할 수 있는 변형된 데옥시리보뉴클레오티드, 예를 들어 5'OMe DNA(5-메틸-데옥시리보구아노신-3'-포스페이트); PACE(데옥시리보아데노신 3' 포스포노아세테이트, 데옥시리보시티딘 3' 포스포노아세테이트, 데옥시리보구아노신 3' 포스포노아세테이트, 데옥시리보티미딘 3' 포스포노아세테이트에서 뉴클레오티드를 포함한다.
변형은 본 명세서에서 개시된 핵산 분자의 하나 이상의 가닥, 예를 들어 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 가닥 둘 다에 존재할 수 있다. 어떤 구체예에서, 안티센스 가닥은 변형을 포함할 수 있고, 센스 가닥은 단지 비변형된 RNA를 포함할 수 있다.
뉴클레오염기
본 명세서에 개시한 핵산의 뉴클레오염기는 비변형된 리보뉴클레오티드(퓨린 및 피리미딘), 예컨대 아데닌, 구아닌, 사이토신, 유라실을 포함할 수 있다. 가닥 중 하나 또는 둘 다에서 뉴클레오염기는 천연 및 합성 뉴클레오염기, 예컨대 티민, 잔틴, 하이포잔틴, 이노신, 2-아미노아데닌, 6-메틸 및 아데닌 및 구아닌의 다른 알킬 유도체, 임의의 "보편적 염기" 뉴클레오티드; 2-프로필 및 아데닌 및 구아닌의 다른 알킬 유도체, 5-할로유라실 및 사이토신, 5-프로피닐 유라실 및 사이토신, 6-아조 유라실, 사이토신 및 티민, 5-유라실(슈도유라실(pseudouracil)), 4-티오유라실, 8-할로, 아미노, 티올, 티오알킬, 하이드록실 및 다른 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-트라이플루오로메틸 및 다른 5-치환된 유라실 및 사이토신s, 7-메틸구아닌, 데아자퓨린, 퓨린 및 피리미딘의 헤테로사이클릭 치환된 유사체, 예를 들어, 아미노에틸옥시 페녹사진, 퓨린 및 피리미딘의 유도체(예를 들어, 1-알킬-, 1-알케닐-, 헤테로방향족- 및 1-알키닐 유도체) 및 그것의 호변체, 8-옥소-N6-메틸아데닌, 7-다이아자잔틴, 5-메틸사이토신, 5-메틸유라실, 5-(1-프로핀일)유라실, 5-(1-프로핀일) 사이토신 및 4,4-에타노사이토신)로 변형될 수 있다. 다른 적당한 염기의 예는 비퓨리닌 및 비피리미딜 염기, 예컨대 2-아미노피리딘 및 트라이아진을 포함한다.
당
모이어티
본 명세서에서 개시된 핵산 내 당 모이어티는 임의의 변형 없이 2'-하이드록실-펜토푸라노실 당 모이어티를 포함할 수 있다. 대안으로, 당 모이어티는, 예컨대 2'-데옥시-펜토푸라노실 당 모이어티, D-리보스, 헥소스, 펜토푸라노실 당 모이어티의 2' 위치에서 변형, 예컨대 2'-O-알킬(2'-O-메틸 및 2'-O-에틸을 포함), 즉, 2'-알콕시, 2'-아미노, 2'-O-알릴, 2'-S-알킬, 2'-할로겐 (2'-플루오로, 클로로, 및 브로모를 포함), 2'-메톡시에톡시, 2'-O-메톡시에틸, 2'-O-2-메톡시에틸, 2'-알릴옥시(OCH2CH=CH2), 2'-프로파르길, 2'-프로필, 에티닐, 에테닐, 프로페닐, CF, 시아노, 이미다졸, 카복실레이트, 티오에이트, C1 내지 C10 저급 알킬, 치환된 저급 알킬, 알카릴 또는 아랄킬, OCF3, OCN, O-, S-, 또는 N- 알킬; O-, S, 또는 N-알케닐; SOCH3; SO2CH3; ONO2; NO2, N3; 헤테로사이클로알킬; 헤테로사이클로알카릴; 아미노알킬아미노; 그 중에서도 폴리알킬아미노 또는 치환된 실릴로, 예를 들어 EP 0 586 520 B1 또는 EP 0 618 925 B1에서 설명하는 바와 같이 변형될 수 있다.
알킬 기는 직쇄 알킬 기(예를 들어, 메틸, 에틸, 프로필, 뷰틸, 펜틸, 헥실, 헵틸, 옥틸, 노닐, 데실 등), 분지쇄 알킬 기(아이소프로필, tert-뷰틸, 아이소뷰틸, 등), 사이클로알킬(비고리) 기(사이클로프로필, 사이클로펜틸, 사이클로헥실, 사이클로헵틸, 사이클로옥틸), 알킬 치환된 사이클로알킬 기, 및 사이클로알킬 치환된 알킬 기를 포함하는 포화된 지방족 기를 포함한다. 어떤 구체예에서, 직쇄 또는 분지쇄 알킬은 그것의 백본에 6개 또는 더 소수의 탄소 원자(예를 들어, 직쇄에 대해 C1-C6, 분지쇄에 대해 C3-C6), 및 더 바람직하게는 4개 또는 더 소수를 가진다. 마찬가지로, 바람직한 사이클로알킬은 그것의 고리 구조 내에 3-8개의 탄소 원자, 및 더 바람직하게는 고리 구조 내에 5 또는 6개의 탄소를 가질 수 있다. 용어 C1-C6은 1 내지 6개의 탄소 원자를 함유하는 알킬 기를 포함한다. 알킬 기는 탄화수소 백본의 하나 이상의 탄소 상에 수소를 대체하는 치환기를 가지는 알킬 모이어티와 같은 치환된 알킬 기일 수 있다. 이러한 치환체는, 예를 들어 알케닐, 알키닐, 할로겐, 하이드록실, 알킬카보닐옥시, 아릴카보닐옥시, 알콕시카보닐옥시, 아릴옥시카보닐옥시, 아릴옥시카보닐옥시, 카복실레이트, 알킬카보닐, 아릴카보닐, 알콕시카보닐, 아미노카보닐, 알킬아미노카보닐, 다이알킬아미노카보닐, 알킬티오카보닐, 알콕실, 포스페이트, 포스포네이토, 포스피네이토, 시아노, 아미노(알킬 아미노, 다이알킬아미노, 아릴아미노, 다이아릴아미노, 및 알킬아릴아미노를 포함), 아실아미노(알킬카보닐아미노, 아릴카보닐아미노, 카바모일 및 우레이도를 포함), 아미디노, 이미노, 설프하이드릴, 알킬티오, 아릴티오, 티오카복실레이트, 설페이트, 알킬설피닐, 설포네이토, 설파모일, 설폰아미도, 나이트로, 트라이플루오로메틸, 시아노, 아지도, 헤테로사이클릴, 알킬아릴, 또는 방향족 또는 헤테로방향족 모이어티를 포함할 수 있다.
알콕시 기는 산소 원자에 공유적으로 연결된 치환된 및 비치환된 알킬, 알케닐, 및 알키닐 기를 포함한다. 알콕시 기의 예는 메톡시, 에톡시, 아이소프로필옥시, 프로폭시, 뷰톡시, 및 펜톡시 기를 포함한다. 치환된 알콕시 기의 예는 할로겐화된 알콕시 기를 포함한다. 알콕시 기는 알케닐, 알키닐, 할로겐, 하이드록실, 알킬카보닐옥시, 아릴카보닐옥시, 알콕시카보닐옥시, 아릴옥시카보닐옥시, 카복실레이트, 알킬카보닐, 아릴카보닐, 알콕시카보닐, 아미노카보닐, 알킬아미노카보닐, 다이알킬아미노카보닐, 알킬티오카보닐, 알콕실, 포스페이트, 포스포네이토, 포스피네이토, 시아노, 아미노(알킬 아미노, 다이알킬아미노, 아릴아미노, 다이아릴아미노, 및 알킬아릴아미노를 포함), 아실아미노(알킬카보닐아미노, 아릴카보닐아미노, 카바모일 및 우레이도를 포함), 아미디노, 이미노, 설프하이드릴, 알킬티오, 아릴티오, 티오카복실레이트, 설페이트, 알킬설피닐, 설포네이토, 설파모일, 설폰아미도, 나이트로, 트라이플루오로메틸, 시아노, 아지도, 헤테로사이클릴, 알킬아릴, 또는 방향족 또는 헤테로방향족 모이어티와 같은 기로 치환될 수 있다. 할로겐 치환된 알콕시 기의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 플루오로메톡시, 다이플루오로메톡시, 트라이플루오로메톡시, 클로로메톡시, 다이클로로메톡시, 트라이클로로메톡시 등을 포함한다.
일부 구체예에서, 펜타푸라노실 고리는 펜타푸라노실 고리의 C2'-C3'-결합이 없는 비고리 유도체로 치환될 수 있다. 예를 들어, 2-하이드록시에톡시메틸 기는 비고리뉴클레오티드는 보통 dNMP 중에 존재하는 2'-데옥시리보 푸라노실 당으로 치환될 수 있다.
할로겐은 플루오르, 브롬, 염소, 요오드를 포함한다.
백본
본 명세서에 개시된 핵산의 뉴클레오시드 서브유닛은 포스포다이에스터 결합에 의해 서로 연결될 수 있다. 포스포다이에스터 결합은 다른 결합으로 선택적으로 치환될 수 있다. 예를 들어, 포스포로티오에이트, 티오포스페이트-D-리보스 독립체, 트라이에스터, 티오에이트, 2'-5' 가교 백본(또한 5'-2' 또는 2'5' 뉴클레오티드 또는 2'5' 리보뉴클레오티드로 언급될 수 있다), PACE, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 -5')티오-포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트, 포스포로셀레네이트, 3'-(또는 -5')데옥시 포스피네이트, 보라노 포스페이트, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 5'-)아미노 포스포르아미데이트, 수소 포스포네이트, 포스포네이트, 보라노 포스페이트 에스터, 포스포르아미데이트, 알킬 또는 아릴 포스포네이트 및 포스포트라이에스터 변형, 예컨대 알킬포스포트라이에스터, 포스포트라이에스터 포스포러스 결합, 5'-에톡시포스포다이에스터, P-알킬옥시포스포트라이에스터, 메틸포스포네이트, 및 인을 함유하지 않는 결합, 예를 들어, 카보네이트, 카바메이트, 실릴, 황, 설포네이트, 설폰아미드, 포름아세탈, 티오포름아세틸, 옥심, 메틸렌이미노, 메틸렌메틸이미노, 메틸렌하이드라조, 메틸렌다이메틸하이드라조 및 메틸렌옥시메틸이미노 결합.
본 명세서에서 개시된 핵산 분자는 펩티드 핵산(PNA) 백본을 포함할 수 있다. PNA 백본은 펩티드 결합에 의해 연결된 반복적인 N-(2-아미노에틸)-글라이신 단위를 포함한다. 퓨린, 피리미딘, 천연 및 합성 염기와 같은 다양한 염기는 메틸렌 카보닐 결합에 의해 백본에 연결된다.
말단의
포스페이트
변형은 말단의 포스페이트 기에서 만들어질 수 있다. 상이한 안정화 화학반응의 비 제한적 예는, 예를 들어 (1) [3'-3']-역위의 데옥시리보스; (2) 데옥시리보뉴클레오티드; (3) [5'-3']-3'-데옥시리보뉴클레오티드; (4) [5'-3']-리보뉴클레오티드; (5) [5'-3']-3'-O-메틸 리보뉴클레오티드; (6) 3'-그라이세릴; (7) [3'-5']-3'-데옥시리보뉴클레오티드; (8) [3'-3']-데옥시리보뉴클레오티드; (9) [5'-2']-데옥시리보뉴클레오티드; 및 (10) [5'-3']-다이데옥시리보뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열의 3'-말단을 안정화시키기 위하여 사용될 수 있다. 추가로 비변형된 백본 화학반응은 본 명세서에서 설명되는 하나 이상의 상이한 백본 변형과 조합될 수 있다.
예시적인 화학적으로 변형된 말단의 포스페이트 기는 이하에 나타내는 것을 포함한다:
컨쥬게이트
본 명세서에서 제공되는 바와 같은 변형된 뉴클레오티드 및 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 컨쥬게이트, 예를 들어 화학적으로 변형된 핵산 분자에 공유 부착된 컨쥬게이트를 포함할 수 있다. 컨쥬게이트의 비제한적 예는 Vargeese 등의 미국 제10/427,160호에서 설명되는 컨쥬게이트 및 리간드를 포함한다. 컨쥬게이트는 생체분해가능한 링커를 통해 핵산 분자(예컨대 siNA 분자)에 공유 부착될 수 있다. 컨쥬게이트 분자는 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 화학적으로 변형된 핵산 분자의 가닥 둘 다의 3'-말단에 부착될 수 있다. 컨쥬게이트 분자는 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 화학적으로 변형된 핵산 분자의 가닥 둘 다의 5'-말단에 부착될 수 있다. 컨쥬게이트 분자는 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 화학적으로 변형된 핵산 분자 가닥 둘 다, 또는 임의의 그것의 조합의 3'-말단 및 5'-말단 둘 다에 부착될 수 있다. 한 구체예에서, 컨쥬게이트 분자는 생물학적 시스템, 예컨대 세포에 화학적으로 변형된 핵산 분자의 전달을 용이하게 하는 분자를 포함할 수 있다. 다른 구체예에서, 화학적으로 변형된 핵산 분자에 부착된 컨쥬게이트 분자는 폴리에틸렌 글라이콜, 인간 혈청 알부민, 또는 세포 흡수를 매개할 수 있는 세포 수용체에 대한 리간드이다. 화학적으로 변형된 핵산 분자에 부착될 수 있는 본 발명에 의해 고려되는 특이적 컨쥬게이트 분자의 예는 Vargeese 등의 미국 제10/201,394호에서 설명된다.
링커
본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA)는 핵산의 안티센스 영역에 대한 핵산의 센스 영역을 결합시키는 뉴클레오티드, 비뉴클레오티드, 또는 혼합된 뉴클레오티드/비뉴클레오티드 링커를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 링커는 길이가 ≥ 2의 뉴클레오티드, 예를 들어 길이가 약 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드의 링커일 수 있다. 뉴클레오티드 링커는 핵산 앱타머일 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 "앱타머" 또는 "핵산 앱타머"는 표적 분자에 특이적으로 결합하는 핵산 분자를 말하되, 핵산 분자는 그것의 천연 설정에서 표적 분자에 의해 인식되는 서열을 포함하는 서열을 가진다. 대안으로, 앱타머는 표적 분자(예컨대 hsp47 mRNA)에 결합하는 핵산 분자일 수 있으며, 표적 분자는 핵산과 자연적으로 결합하지 않는다. 예를 들어, 앱타머는 단백질의 리간드 결합 도메인에 결합함으로써, 단백질과 자연저긍로 발생하는 리간드의 상호작용을 방지하도록 사용될 수 있다. 이것은 비제한적 예이며, 당업자는 다른 구체예가 당업계에서 일반적으로 알려진 기법을 사용하여 용이하게 만들어질 수 있다는 것을 인식할 것이다. 예를 들어, 문헌[Gold et al.; 1995, Annu. Rev. Biochem., 64, 763; Brody and Gold, 2000, J. Biotechnol., 74, 5; Sun, 2000, Curr. Opin. Mol. Ther., 2, 100; Kusser, 2000, J. Biotechnol., 74, 27; Hermann and Patel, 2000, Science, 287, 820; 및 Jayasena, 1999, Clinical Chemistry, 45, 1628]을 참조한다.
비뉴클레오티드 링커는 무염기성 뉴클레오티드, 폴리에터, 폴리아민, 폴리아미드, 펩티드, 탄수화물, 지질, 고분자탄화수소(polyhydrocarbon) 또는 다른 폴리머 화합물(예를 들어, 2 내지 100개의 에틸렌 글라이콜 단위를 가지는 것과 같은 폴리에틸렌 글라이콜)을 포함할 수 있다. 특이적 예는 문헌[Seela and Kaiser, Nucleic acids Res. 1990, 18:6353 및 Nucleic acids Res. 1987, 15:3113; Cload and Schepartz, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113:6324; Richardson and Schepartz, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113:5109; Ma et al., Nucleic acids Res. 1993, 21:2585 and Biochemistry 1993, 32:1751; Durand et al., Nucleic acids Res. 1990, 18:6353; McCurdy et al., Nucleosides & Nucleotide 1991, 10:287; Jschke et al., Tetrahedron Lett. 1993, 34:301; Ono et al., Biochemistry 1991, 30:9914; Arnold et al., 국제특허 공개 WO 89/02439호; Usman et al., 국제특허 공개 WO 95/06731호; Dudycz et al., 국제특허 공개 WO 95/11910호 및 Ferentz and Verdine, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113:4000]에 의해 설명되는 것을 포함한다.
5' 말단, 3' 말단 및 돌출부
본 명세서에서 개시되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 양 측면의 두 가닥 말단일 수 있고, 양 측면에 돌출부 도는 두 가닥 및 돌출부 말단의 조합을 가질 수 있다. 돌출부는 센스 또는 안티센스 가닥의 5'- 또는 3'-말단 중 하나에서 생길 수 있다.
이중 가닥 핵산 분자(예를 들어, siNA)의 5'- 및/또는 3'-말단은 두 가닥 말단일 수 있고 또는 돌출부를 가진다. 5'-말단은 두 가닥 말단일 수 있고, 3'-말단은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 중 하나에 돌출부를 가진다. 다른 구체예에서, 3'-말단은 두 가닥 말단일 수 있고, 5'-말단은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 중 하나에 돌출부를 가진다. 또 다른 구체예에서, 5'- 및 3'-말단은 둘 다 두 가닥 말단이며 또는 5'- 및 3'-말단은 둘 다 돌출부를 가진다.
핵산 가닥의 하나의 또는 둘 다의 5'- 및/또는 3'-말단은 유리 하이드록실 기를 포함할 수 있다. 임의의 핵산 분자 가닥의 5'- 및/또는 3'-말단은 화학적 변형을 포함하도록 변형될 수 있다. 이러한 변형은 핵산 분자를 안정화시킬 수 있고, 예를 들어 3'-말단은 핵산 분자 변형의 존재에 기인하여 증가된 안정성을 가질 수 있다. 말단 변형(예를 들어, 말단의 캡)의 예는, 그 중에서도 유럽 특허 EP 586,520 및 EP 618,925에 설명된 것 및 본 명세서에 개시된 다른 변형으로서, 이에 제한되는 것은 아니지만, 무염기성, 데옥시 무염기성, 역위의 (데옥시) 무염기성, 글라이세릴, 다이뉴클레오티드, 비고리 뉴클레오티드, 아미노, 플루오로, 클로로, 브로모, CN, CF, 메톡시, 이미다졸, 카복실레이트, 티오에이트, C1 내지 C10 저급 알킬, 치환된 저급 알킬, 알카릴 또는 아랄킬, OCF3, OCN, O-, S-, 또는 N-알킬; O-, S-, 또는 N-알케닐; SOCH3; SO2CH3; ONO2; NO2, N3; 헤테로사이클로알킬; 헤테로사이클로알카릴; 아미노알킬아미노; 폴리알킬아미노 또는 치환된 실릴을 포함한다.
핵산 분자는 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 포함하지 않는 두 가닥 말단, 즉 말단들을 가지는 것을 포함한다. 핵산 분자는 하나 이상의 두 가닥 말단을 포함할 수 있다. 두 가닥 말단의 핵산 분자는 핵산 분자의 각 가닥에 존재하는 뉴클레오티드의 수와 동일한 다수의 염기쌍을 가진다. 핵산 분자는 하나의 두 가닥 밑단을 포함할 수 있으며, 예를 들어 안티센스 가닥의 5'-말단 및 센스 가닥의 3'-말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 핵산 분자는 하나의 두 가닥 말단을 포함하며, 예를 들어 안티센스 가닥의 3'-말단 및 센스 가닥의 5'-말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가진다. 핵산 분자는 2개의 두 가닥 말단을 포함하며, 예를 들어 안티센스 가닥의 3'-말단 및 센스 가닥의 5'-말단뿐만 아니라 안티센스 가닥의 5'-말단 및 센스 가닥의 3'-말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 두 가닥 말단의 핵산 분자에 존재하는 다른 뉴클레오티드는, 예를 들어 미스매치, 벌지(bulge), 루프 또는 동요 염기(wobble base)를 포함하여 RNA 간섭을 매개하는 핵산 분자의 활성을 조절할 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 어떤 구체예에서, 분자의 적어도 하나의 말단은 적어도 하나의 뉴클레오티드의 돌출부(예를 들어 1 내지 8개의 돌출부 뉴클레오티드)를 가진다. 예를 들어, 본 명세서에서 개시되는 이중 가닥 핵산 분자 가닥 중 하나 또는 둘 다는 5'-말단 또는 3'-말단에서 또는 둘 다에서 돌출부를 가질 수 있다. 돌출부는 핵산 분자의 센스 가닥 및 안티센스 가닥 중 하나 또는 둘 다에 존재할 수 있다. 돌출부의 길이는 하나의 뉴클레오티드만큼 짧고 1 내지 8개 또는 그 이상의 뉴클레오티드만큼 길 수 있고(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8 뉴클레오티드임); 일부 바람직한 구체예에서 돌출부는 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8 뉴클레오티드이며; 예를 들어 돌출부는 2개의 뉴클레오티드일 수 있다. 돌출부를 형성하는 뉴클레오티드(들)는 데옥시리보뉴클레오티드(들), 리보뉴클레오티드(들), 천연 및 비천연 뉴클레오티드, 본 명세서에서 개시된 것과 같은 당, 염기 또는 포스페이트 기에서 변형된 임의의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 이중 가닥 핵산 분자는 5'- 및 3'-돌출부를 둘 다 가질 수 있다. 5'- 및 3'-말단에서 돌출부는 상이한 길이를 가질 수 있다. 돌출부는 데옥시리보뉴클레오티드일 수 있는 적어도 하나의 핵산 변형을 포함할 수 있다. 하나 이상의 데옥시리보뉴클레오티드는 5'-말단에 있을 수 있다. 핵산 분자의 각각의 반대 가닥의 3'-말단은 돌출부를 가지지 않을 수 있고, 더 바람직하게는 데옥시리보뉴클레오티드 돌출부가 아니다. 하나 이상의 데옥시리보뉴클레오티드는 3'-말단에 있을 수 있다. dsRNA의 각각의 반대 가닥의 5'-말단은 돌출부를 가지지 않을 수 있고, 더 바람직하게는 데옥시리보뉴클레오티드 돌출부가 아니다. 가닥의 5'- 또는 3'-말단 중 하나에서 돌출부는 1 내지 8개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8)의 짝지어지지 않은 뉴클레오티드일 수 있으며, 바람직하게는 돌출부는 2-3개의 짝지어 지지 않은 뉴클레오티드; 더 바람직하게는 2개의 짝지어지지 않은 뉴클레오티드이다. 핵산 분자는 약 1 내지 약 20개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 1, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20); 바람직하게는 1-8개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8) 뉴클레오티드의 돌출부 말단을 가지는 듀플렉스 핵산 분자, 예를 들어 약 19개의 염기쌍 및 3'-말단의 모노뉴클레오티드, 다이뉴클레오티드, 또는 트라이뉴클레오티드 돌출부를 가지는 약 21-뉴클레오티드 듀플렉스를 포함할 수 있다. 본 명세서의 핵산 분자는 두 가닥 말단을 가지는 듀플렉스 핵산 분자를 포함할 수 있으며, 양 말단은 두 가닥 말단이며, 또는 대안으로, 말단 중 하나가 블런트이다. 본 명세서에서 개시된 핵산 분자는 하나 이상의 두 가닥 말단을 포함할 수 있으며, 두 가닥 말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 한 구체예에서, 두 가닥 말단의 핵산 분자는 핵산 분자의 각 가닥에 존재하는 뉴클레오티드의 수와 동일한 다수의 염기쌍을 가진다. 핵산 분자는 하나의 두 가닥 말단을 포함할 수 있으며, 예를 들어 안티센스 가닥의 5'-말단 및 센스 가닥의 3'-말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 핵산 분자는 하나의 두 가닥 말단을 포함할 수 있으며, 예를 들어 안티센스 가닥의 3'-말단 및 센스 가닥의 5'-말단은 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 핵산 분자는 2개의 두 가닥 말단을 포함할 수 있으며, 예를 들어 안티센스 가닥의 3'-말단 및 센스 가닥의 5'-말단뿐만 아니라 안티센스 가닥의 5'-말단 및 센스 가닥의 3'-말단은 임의의 돌출부 뉴클레오티드를 가지지 않는다. 어떤 바람직한 구체예에서 핵산 화합물은 두 가닥 말단이다. 두 가닥 말단의 siNA 분자에 존재하는 다른 뉴클레오티드는, 예를 들어 미스매치, 벌지, 루프 또는 동요 염기를 포함하여 RNA 간섭을 매개하는 핵산 분자의 활성을 조절할 수 있다.
다른 구체예에서, 본 명세서에서 설명하는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)의 돌출부 뉴클레오티드 중 하나 이상 또는 모두는 본 명세서에서 설명하는 바와 같이 변형되며; 예를 들어 뉴클레오티드 중 하나 도는 모두는 2'-데옥시뉴클레오티드일 수 있다.
변형의 양, 위치 및 패턴
본 명세서에서 개시된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 핵산 분자에 존재하는 뉴클레오티드의 총 수의 백분율로서 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 이와 같이, 핵산 분자는 약 5% 내지 약 100% 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 변형된 뉴클레오티드)를 포함할 수 있다. 주어진 핵산 분자에 존재하는 변형된 뉴클레오티드의 실제 백분율은 핵산에 존재하는 뉴클레오티드의 총 수에 의존할 것이다. 핵산 분자가 단일 가닥이라면, 변형 백분율은 단일 가닥 핵산 분자에 존재하는 뉴클레오티드의 총 수에 의존할 것이다. 마찬가지로, 핵산 분자가 이중 가닥이라면, 변형 백분율은 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 센스 및 안티센스 가닥 둘 다에 존재하는 뉴클레오티드의 총 수를 기준으로 할 수 있다.
본 명세서에서 개시된 핵산 분자는 핵산 분자 내 총 뉴클레오티드의 백분율로서 비변형된 RNA를 포함할 수 있다. 그것으로서, 핵산 분자는 약 5% 내지 약 100% 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 핵산 분자에 존재하는 총 뉴클레오티드의 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%)를 포함할 수 있다.
산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 약 1 내지 약 5개, 구체적으로 약 1, 2, 3, 4, 또는 5 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합, 및/또는 하나 이상의(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상) 보편적 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 선택적으로 3'-말단, 5'-말단, 또는 센스 가닥의 3'-과 5'-말단 둘 다에서 말단 캡 분자를 포함할 수 있으며; 안티센스 가닥은 약 1 내지 약 5개 이상, 구체적으로 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합, 및/또는 하나 이상의(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 이상) 2'-데옥시, 2'-O-메틸, 2'-데옥시-2'-플루오로, 및/또는 하나 이상의(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 이상) 보편적 염기 변형된 뉴클레오티드, 및 선택적으로 3'-말단, 5'-말단, 또는 안티센스 가닥의 3'-과 5'-말단 둘 다에서 말단 캡 분자를 포함할 수 있다. 핵산 분자는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 또는 그 이상을 포함할 수 있고, 센스 및/또는 안티센스 핵산 가닥의 피리미딘 뉴클레오티드는 3'-말단, 5'-말단, 또는 3'- 및 5'-말단 둘 다에서 약 1 내지 약 5개 이상, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합 및/또는 말단 캡 분자와 함께 또는 없이 2'-데옥시, 2'-O-메틸 및/또는 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오티드로 화학적으로 변형되며, 동일 또는 상이한 가닥이다.
핵산 분자는 핵산 분자의 각 가닥에서 약 1 내지 약 5개 또는 그 이상의(구체적으로 약 1, 2, 3, 4, 5 또는 그 이상)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함할 수 있다.
핵산 분자는, 예를 들어 하나 또는 둘 다의 핵산 서열 가닥의 3'-말단, 5'-말단 또는 3'-과 5'-말단 둘 다에서 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합을 포함할 수 있다. 게다가, 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합(들)은 하나 또는 둘 다의 핵산 서열 가닥 내 다양한 다른 위치에 존재할 수 있으며, 예를 들어 siNA 분자 중 하나 또는 둘 다의 가닥에서 피리미딘 뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 결합을 포함하는 예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 또는 그 이상은 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합을 포함할 수 있고, 또는 siNA 분자 중 하나 또는 둘 다의 가닥에서 퓨린 뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 이상은 2'-5' 뉴클레오티드 간 결합을 포함할 수 있다.
화학적으로 변형된 짧은 간섭 핵산(siNA) 분자는 안티센스 영역을 포함할 수 있으며, 안티센스 영역에 존재하는 임의의(예를 들어, 하나 이상의 또는 모두) 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고(예를 들어, 모든 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이다), 안티센스 영역에 존재하는 임의의(예를 들어, 하나 이상의 또는 모든) 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이다).
화학적으로 변형된 짧은 간섭 핵산(siNA) 분자는 안티센스 영역을 포함할 수 있으며, 안티센스 영역에 존재하는 임의의(예를 들어, 하나 이상의 또는 모두) 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고(예를 들어이며, 모든 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이다), 안티센스 영역에 존재하는 임의의(예를 들어, 하나 이상의 또는 모두) 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다).
세포 내부에서 또는 시험관 내 시스템에서 재구성된 hsp47에 대해 RNA 간섭(RNAi)을 매개할 수 있는 화학적으로 변형된 짧은 간섭 핵산(siNA) 분자는 센스 영역을 포함할 수 있으며, 센스 영역에 존재하는 하나 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고(예를 들어, 모든 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이다), 센스 영역에 존재하는 하나 이상의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 퓨린 뉴클레오티드이다), 및 안티센스 영역이며, 안티센스 영역에 존재하는 하나 이상의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이고(예를 들어, 모든 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 피리미딘 뉴클레오티드는 2'-데옥시-2'-플루오로 피리미딘 뉴클레오티드이며), 안티센스 영역에 존재하는 하나 이상의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다). 센스 영역 및/또는 안티센스 영역은 말단 캡 변형, 예컨대 임의의 변형을 가질 수 있으며, 선택적으로 센스 및/또는 안티센스 서열의 3'-말단, 5'-말단에서, 또는 3' 및 5'-말단 둘 다에 존재한다. 센스 및/또는 안티센스 영역은 선택적으로 약 1 내지 약 4개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 또는 4) 2'-데옥시뉴클레오티드를 가지는 3'-말단의 뉴클레오티드 돌출부를 추가로 포함할 수 있다. 돌출부 뉴클레오티드는 하나 이상의(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4 또는 그 이상) 포스포로티오에이트, 포스포노아세테이트, 및/또는 티오포스포노아세테이트 뉴클레오티드 간 결합을 추가로 포함할 수 있다. 동일 영역 내 퓨린 뉴클레오티드는 대안으로 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드일 수 있고(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드임) 안티센스 영역에 존재하는 하나 이상의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다). 센스 영역에서 하나 이상의 퓨린 뉴클레오티드는 대안으로 퓨린 리보뉴클레오티드일 수 있으며(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 퓨린 리보뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 퓨린 리보뉴클레오티드임) 안티센스 영역에 존재하는 임의의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 퓨린 뉴클레오티드이다). 센스 영역에서 및/또는 안티센스 영역에 존재하는 하나 이상의 퓨린 뉴클레오티드는 다르게는 2'-데옥시 뉴클레오티드, 잠금 핵산(LNA) 뉴클레오티드, 2'-메톡시에틸 뉴클레오티드, 4'-티오뉴클레오티드, 및 2'-O-메틸 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다(예를 들어, 모든 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 뉴클레오티드, 잠금 핵산(LNA) 뉴클레오티드, 2'-메톡시에틸 뉴클레오티드, 4'-티오뉴클레오티드, 및 2'-O-메틸 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되며 또는 대안으로 다수의 퓨린 뉴클레오티드는 2'-데옥시 뉴클레오티드, 잠금 핵산(LNA) 뉴클레오티드, 2'-메톡시에틸 뉴클레오티드, 4'-티오뉴클레오티드, 및2'-O-메틸 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된다).
일부 구체예에서, 본 명세서에서 설명되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 안티센스 가닥 내; 예를 들어 안티센스 가닥의 위치 6 또는 위치 7에서 변형된 뉴클레오티드(예를 들어 하나의 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다.
변형 패턴 및 교차 변형
본 명세서에 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 변형된 및 비변형된 핵산의 패턴을 가질 수 있다. 뉴클레오티드의 연속적 신장에서 뉴클레오티드의 변형 패턴은 표준 포스포다이에스터 결합을 통해 또는 적어도 부분적으로 포스포로티아에이트 결합을 통해 서로 공유 연결된 단일 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 군 내에 함유된 변형일 수 있다. 따라서 본 명세서에서 생각되는 "패턴"은 반복 단위가 있을 수는 있지만, 필수적으로 수반해야 할 필요는 없다. 본 명세서에 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)와 함께 사용될 수 있는 변형 패턴의 예는 Giese의 미국 특허 제7,452,987호에서 개시된 것을 포함한다. 예를 들어, 본 명세서에 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 Giese의 미국 특허 제7,452,987호의 도 2에서 다이어그램으로 나타낸 패턴과 유사하거나 동일한 변형 패턴을 가진 것을 포함한다.
변형된 뉴클레오티드 또는 변형된 뉴클레오티드의 군은 센스 또는 안티센스 가닥의 5'-말단 또는 3'-말단에 있을 수 있고, 옆에 있는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 군은 변형된 뉴클레오티드 또는 군의 양 측면에 배열되며, 옆에 있는 뉴클레오티드 또는 군은 비변형되거나 또는 선행하는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 군의 동일한 변형을 가지지 않는다. 그러나, 옆에 있는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 군은 상이한 변형을 가질 수 있다. 변형된 뉴클레오티드 또는 변형된 뉴클레오티드 군의 이런 서열 각각, 및 비변형된 또는 상이하게 변형된 뉴클레오티드 또는 비변형된 또는 상이하게 변형된 뉴클레오티드의 군은 1회 이상 반복될 수 있다.
일부 패턴에서, 가닥의 5'-말단의 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드인 한편, 다른 패턴에서 가닥의 5'-말단의 뉴클레오티드는 비변형된 뉴클레오티드이다. 일부 패턴에서, 가닥의 5'-말단은 변형된 뉴클레오티드의 기로 출발하는 한편, 다른 패턴에서, 5'-말단의 끝은 뉴클레오티드의 비변형된 기이다. 이 패턴은 핵산 분자의 제1 신장 또는 제2 신장 또는 둘 다에 있을 수 있다.
핵산 분자의 한 가닥의 변형된 뉴클레오티드는 변형된 또는 비변형된 뉴클레오티드 또는 다른 가닥의 뉴클레오티드의 기에 대한 위치에서 상보적일 수 있다.
다른 가닥의 변형 패턴에 대하여 하나의 가닥 상의 변형 또는 변형 패턴 사이의 상 이동이 있을 수 있으며, 변형 기는 중첩되지 않을 수 있다. 한 예에서, 센스 가닥의 뉴클레오티드의 변형 기가 안티센스 가닥의 뉴클레오티드의 비변형된 기에 대응하도록 또는 그 반대로 이동한다.
변형 기가 중첩되는 변형 패턴의 부분적 이동이 있을 수 있다. 임의의 주어진 가닥에서 변형된 뉴클레오티드는 선택적으로 동일한 길이일 수 있지만, 상이한 길이일 수도 있다. 유사하게, 임의의 주어진 가닥 내 비변형된 뉴클레오티드의 기는 선택적으로 동일한 길이 또는 상이한 길이일 수 있다.
일부 패턴에서, 가닥의 말단에서 제2(끝에서 두 번째) 뉴클레오티드는 비변형된 뉴클레오티드 또는 비변형된 뉴클레오티드 기의 시작이다. 바람직하게는, 이 비변형된 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 비변형된 기는 센스 및 안티센스 가닥 중 하나 또는 둘 다의 5'-말단 및 훨씬 바람직하게는 센스 가닥의 말단에 위치된다. 비변형된 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 비변형된 기는 센스 가닥의 5'-말단에 위치될 수 있다. 바람직한 구체예에서, 패턴은 교차의 단일 변형된 및 비변형된 뉴클레오티드를 이룬다.
일부 이중 가닥 핵산 분자에서, 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드 및 비-변형된 뉴클레오티드, 바람직하게는 2'-O-메틸 변형되지 않은 뉴클레오티드는 대안의 방식으로 양 가닥에 포함되어, 대안의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드 및 비변형된 또는 적어도 2'-O-메틸 변형을 포함하지 않는 뉴클레오티드의 패턴을 초래한다. 어떤 구체예에서, 2'-O-메틸 변형 및 비변형의 동일 서열은 제2 가닥에 존재하며; 다른 구체예에서 대안의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드는 센스 가닥에만 존재하며, 안티센스 가닥에는 존재하지 않고; 또 다른 구체예에서, 대안의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드는 안티센스 가닥에만 존재하며, 센스 가닥에는 존재하지 않는다. 어떤 구체예에서, 제2 가닥의 비변형된 뉴클레오티드(들)와 제1 가닥 염기쌍 상의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드 또는 그 반대로 두 가닥 사이의 상 이동이 있다. 이 특정 배열에서, 즉, 가닥 둘 다에서 2'-O-메틸 변형된 및 비-변형된 뉴클레오티드(들)의 염기쌍은 어떤 구체예에서 특히 바람직하다. 어떤 구체예에서, 대안의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드의 패턴은 완전한 핵산 분자; 완전한 듀플렉스 영역을 통해 존재한다. 다른 구체예에서 대안의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드의 패턴은 핵산의 일부; 또는 완전한 듀플렉스 영역에만 존재한다.
"상 이동" 패턴에서, 안티센스 가닥이 5' 말단에서 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드에 의해 출발한다면, 이에 의해 결과적으로 제2 뉴클레오티드가 비변형되고, 제3, 제4, 제7 등의 뉴클레오티드가 다시 2'-O-메틸 변형되는 반면, 제2, 제4, 제6, 제8 등의 뉴클레오티드는 비변형된 뉴클레오티드인 것이 바람직할 수 있다.
예시적인 변형 위치 및 패턴
예시적인 패턴은 이하에서 더욱 상세하게 설명되지만, 본 명세서에서 개시되고 당업계에 알려진 모든 가능한 핵산 분자의 특성을 가지는 패턴의 모든 교체가 생각된다(예를 들어, 제한되는 것은 아니지만, 센스 가닥의 길이, 안티센스 가닥의 길이, 듀플렉스 영역의 길이, 돌출부의 길이, 이중 가닥 핵산 분자 중 하나 또는 양 말단이 두 가닥 말단으로 되거나 돌출부를 가지는지 여부, 변형된 핵산의 위치, 변형된 핵산의 수, 변형 형태, 이중 돌출부 핵산 분자가 각 측면의 돌출부 상에서 동일한 또는 상이한 수의 뉴클레오티드를 가지는지 여부, 하나 이상의 한 형태의 변형이 핵산 분자 내에서 사용되는지 여부, 및 연속 변형된/비변형된 뉴크렐오티드의 수를 포함하는 특징). 이하에 제공하는 모든 상세한 실시예에 대하여, 듀플렉스 영역은 19개의 뉴클레오티드가 되는 것으로 나타났지만, 각각의 듀플렉스 영역의 가닥이 독립적으로 길이가 17-49개의 뉴클레오티드일 수 있기 때문에 본 명세서에서 제공된 핵산 분자는 길이가 1 내지 49개의 뉴클레오티드 범위의 듀플렉스 영역을 가질 수 있다. 예시적인 패턴이 본 명세서에 제공된다.
핵산 분자는 변형된 핵산의 단일 또는 연속 설정을 포함하는 양 말단에서 두 가닥 말단(n이 0일 때)을 가질 수 있다. 변형된 핵산은 센스 또는 안티센스 가닥 중 하나에 따라서 임의의 위치에 위치될 수 있다. 핵산 분자는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 또는 49개의 연속적 변형된 뉴클레오티드의 기를 포함할 수 있다. 변형된 핵산은 1%, 2%, 3%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98% 또는 100%의 핵산 가닥을 구성할 수 있다. 바로 하기의 예의 변형된 핵산은 센스 가닥만, 안티 센스 가닥만, 또는 센스 및 안티센스 가닥 둘 다에 있을 수 있다.
일반적 핵산 패턴은 이하에 나타내며, X = 듀플렉스 영역 내 센스 가닥 뉴클레오티드이고; Xa = 센스 가닥 내 5'-돌출부 뉴클레오티드; Xb = 센스 가닥 내 3'-돌출부 뉴클레오티드이고; Y = 듀플렉스 영역 내 안티센스 가닥 뉴클레오티드 이며; Ya = 안티센스 가닥 내 3'-돌출부 뉴클레오티드이고 ; Yb = 안티센스 가닥 내 5'-돌출부 뉴클레오티드이며; M = 듀플렉스 영역 내 변형된 뉴클레오티드이다. 각각의 a 및 b는 독립적으로 0 내지 8이다(예를 들어, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8). 각각의 X, Y, a 및 b는 독립적으로 변형되거나 또는 비변형된다. 센스 및 안티센스 가닥은 각각 독립적으로 길이가 17-49개의 뉴클레오티드이다. 이하에 제공된 예는 19 뉴클레오티드의 듀플렉스 영역을 가지지만; 그러나, 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 17 내지 49개의 뉴클레오티드 어디에서나 듀플렉스 영역을 가질 수 있고, 각각의 가닥은 독립적으로 길이가 17 내지 49개의 뉴클레오티드이다.
추가의 예시적인 핵산 분자 패턴은 이하에 나타내며, X = 비변형된 센스 가닥 뉴클레오티드이고; x = 센스 가닥 내 비변형된 돌출부 뉴클레오티드이며; Y = 비변형된 안티센스 가닥 뉴클레오티드이고; y = 안티센스 가닥 내 비변형된 돌출부 뉴클레오티드; M = 변형된 뉴클레오티드이다. 센스 및 안티센스 가닥은 각각 독립적으로 길이가 17-49개의 뉴클레오티드일 수 있다. 이하에 제공된 예는 19개의 뉴클레오티드의 듀플렉스 영역을 가지며; 그러나, 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 17 내지 49개의 뉴클레오티드 어디에서나 듀플렉스 영역을 가질 수 있고, 각각의 가닥은 독립적으로 길이가 17 내지 49개의 뉴클레오티드이다.
핵산 분자는 교차의 변형된 핵산을 가지는 양 말단에서 두 가닥 말단을 가질 수 있다. 변형된 핵산은 센스 또는 안티센스 가닥 중 하나에 따라서 임의의 위치에 위치될 수 있다.
단일의 변형된 핵산을 가지는 두 가닥 5'-말단 및 3'-말단 돌출부 끝을 가지는 핵산 분자.
단일의 변형된 핵산을 가지는 5'-말단 돌출부 및 두 가닥 3'-말단을 가지는 핵산 분자.
양 말단의 돌출부 및 모든 돌출부를 가지는 핵산 분자는 변형된 핵산이다. 바로 아래의 패턴에서, M은 변형된 핵산의 수 n이며, n은 0 내지 8의 정수(즉, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 및 8)이다.
양 말단의 돌출부를 가지는 핵산분자 및 일부 돌출부 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드이다. 바로 아래의 패턴에서, M은 변형된 핵산의 수 n이며, x는 센스 가닥 내 비형된 돌출부 뉴클레오티드 n이고, y는 안티센스 가닥 내 비변형된 돌출부 뉴클레오티드의 수 n이며, 각각의 N은 독립적으로 0 내지 8의 정수(즉, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 및 8)이고, 각각의 돌출부는 최대 20개의 뉴클레오티드이며; 바람직하게는 최대 8개의 뉴클레오티드(변형된 및/또는 비변형된)이다
센스 영역의 3' 말단에서 변형된 뉴클레오티드.
센스 영역의 5' 말단에서 돌출부.
안티센스 영역의 3' 말단에서 돌출부.
센스 영역 내 변형된 뉴클레오티드(들)
예시적인 핵산 분자는 상기 사용한 기호와 함께 일직선으로 동등한 일반 구조와 함께 이하에 제공된다
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19 뉴클레오티드(즉, 19량체) 듀플렉스 영역 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 및 래트 hsp47에 대한 siHSP47-C siRNA.
안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 인간 및 래트 hsp47에 대한 siHSP47-Cd siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 및 래트 hsp47 cDNA 719-737에 대한 siHSP47-1 siRNA.
센스 가닥의 3'-말단에서 두 가닥 말단이 있는 25-량체 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 인간 hsp47 cDNA 719-743에 대한 siHSP47-1d siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 469-487에 대한 siHSP47-2 siRNA.
센스 가닥의 3'-말단에서 두 가닥 말단이 있는 25-량체 듀플렉스 영역 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 인간 hsp47 cDNA 469-493에 대한 siHSP47-2d siRNA.
센스 가닥의 3'-말단에서 두 가닥 말단이 있는 25-량체 듀플렉스 영역 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 래트 Gp46 cDNA 466-490에 대한 siHSP47-2d.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 980-998에 대한 siHSP47-3 siRNA.
센스 가닥의 3'-말단에서 두 가닥 말단이 있는 25-량체 듀플렉스 영역 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 인간 hsp47 cDNA 980-1004에 대한 siHSP47-3d siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 735-753에 대한 siHSP47-4.
센스 가닥의 3'-말단에서 두 가닥 말단이 있는 25-량체 듀플렉스 영역 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 뉴클레오티드 돌출부 및 센스 가닥의 5'- 말단 및 끝에서 두 번째 위치에서 2개의 변형된 뉴클레오티드를 가지는 간 hsp47 cDNA 735-759에 대한 siHSP47-4d siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 621-639에 대한 siHSP47-5 siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 446-464에 대한 siHSP47-6 siRNA.
센스 및 안티센스 가닥의 3'-말단에서 19-량체 듀플렉스 영역, 및 변형된 2 뉴클레오티드(즉, 데옥시뉴클레오티드) 돌출부를 가지는 인간 hsp47 cDNA 692-710에 대한 siHSP47-7 siRNA.
핵산 가닥 내 틈(nick) 및 갭(Gap)
본 명세서에서 제공된 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 틈이 있거나 갭이 있는 가닥, 바람직하게는 센스 가닥을 가질 수 있다. 이와 같이, 핵산 분자는 3개 이상의 가닥, 예를 들어 국제 특허 출원 PCT/US07/081836에서 개시된 메로듀플렉스(meroduplex) RNA(mdRNA)를 가질 수 있다. 틈이 있거나 갭이 있는 가닥을 가지는 핵산 분자는 약 1-49개의 뉴클레오티드일 수 있으며, 또는 RISC 길이(예를 들어, 약 15 내지 25개의 뉴클레오티드) 또는 본 명세서에서 개시되는 것과 같은 다이서(Dicer) 기질 길이(예를 들어, 약 25 내지 30개의 뉴클레오티드)일 수 있다.
3개 이상의 가닥을 가지는 핵산 분자는, 예를 들어 'A'(안티센스) 가닥, 'S1'(제2) 가닥, 및 'S2'(제3) 가닥을 포함하며, 이때 'S1' 및 'S2' 가닥은 'A' 가닥(예를 들어, mdRNA는 A:S1S2의 형태를 가질 수 있다)의 비중첩 영역과 상보적이며, 비중첩 영역을 가지는 염기쌍을 형성한다. S1, S2, 또는 그 이상의 가닥들은 함께 센스 가닥, 'A' 안티센스 가닥에 대해 실질적으로 유사한 것을 형성한다. 'S1' 및 'A' 가닥의 풀림에 의해 형성된 이중 가닥 영역은 'S2' 및 'A' 가닥의 풀림에 의해 형성된 이중 가닥 영역과 다르며 비중첩이다. 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 "갭이 있는" 분자일 수 있으며, "갭"은 0 뉴클레오티드 내지 약 10개의 뉴클레오티드(예를 들어, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 뉴클레오티드)의 범위에 있는 것을 의미한다. 바람직하게는, 센스 가닥은 갭이 있다. 일부 구체예에서, A:S1 듀플렉스는 A:S1 듀플렉스와 A:S2 듀플렉스 사이에 위치된 'A' 가닥 내 적어도 하나의 짝지어 지지 않은 뉴클레오티드(약 10개 이하의 짝지어지지 않은 뉴클레오티드)로부터 초래되는 갭에 의해 A:S2 듀플렉스로부터 분리되며, 그것은 'A', 'S1', 또는 'S2 가닥 중 하나 이상의 3'-말단에서 임의의 하나 이상의 짝지어지지 않은 뉴클레오티드와 다르다. A:S1 듀플렉스는 A:S1 듀플렉스와 A:S2 듀플렉스 사이의 0개의 뉴클레오티드 갭(즉, 여기서 2개의 뉴클레오티드 사이의 포스포다이에스터 결합만이 폴리뉴클레오티드 분자 내에서 파괴되거나 상실된다)에 의해 A:B2 듀플렉스로부터 분리될 수 있는데, 이는 또한 틈이 있는 dsRNA(ndsRNA)로 언급될 수 있다. 예를 들어, A:S1S2는 총 약 14개 염기쌍 내지 약 40개 염기쌍이 조합된 적어도 2개의 이중 가닥 영역을 가지는 dsRNA를 포함할 수 있으며, 이중 가닥 영역은 선택적으로 두 가닥 말단을 가지는 약 0 내지 약 10개의 뉴클레오티드의 갭에 의해 분리되고, 또는 A:S1S2는 10개 이하의 뉴클레오티드의 갭에 의해 분리된 적어도 2개의 이중 가닥 영역을 가지는 dsRNA를 포함할 수 있고, 이중 가닥 영역 중 적어도 2개는 5개의 염기쌍 내지 13개의 염기쌍을 포함한다.
다이서
기질
본 명세서에서 제공된 어떤 구체예에서, 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)는 예를 들어 Rossi의 미국 특허출원. 20050244858호에서 설명된 바와 같은 활성 핵산 분자를 생성하기 위하여 생체 내에서 처리된 전구체 "다이서 기질" 분자, 예를 들어 이중 가닥 핵산일 수 있다. 특정 조건 및 상황에서, 예를 들어 약 25 내지 약 30개의 뉴클레오티드의 이런 상대적으로 더 긴 dsRNA siNA 종은 작용의 효능 및 지속에 대하여 예상치 못하게 효과적인 결과를 제공할 수 있다. 임의의 특정 이론에 구속되지 않고, 더 긴 dsRNA종은 세포의 세포질에서 효소 다이서에 대한 기질로 작용하는 것으로 생각된다. 이중 가닥 핵산을 더 짧은 절편으로 절단하는 것에 더하여, 다이서는 세포질 표적 유전자로부터유래된 파괴를 초래하는 RNA-유발 침묵 복합체(RISC 복합체)에 절단된 dsRNA으로부터 유래된 단일 가닥 절단 생성물의 도입을 용이하게 할 수 있다.
다이서 기질은 어떤 특징들을 가지는데, 이는 다이서에 의한 처리를 향상시킨다. 다이서 기질들은 충분한 길이를 가지며, 이는 다이서에 의해 처리되어 활성 핵산 분자를 만들고, 다음의 특성들 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다: (i) RNA는 비대칭이며, 예를 들어 제1 가닥(안티센스 가닥) 상에 3' 돌출부를 가지고 (ii) dsRNA는 다이서 결합의 배향 및 siRNA에 대한 dsRNA의 활성의 처리를 지시하는 제2 가닥(센스 가닥) 상의 변형된 3' 말단을 가진다.
다이서 기질은 대칭적 또는 비대칭적일 수 있다. 다이서 기질에서 센스 가닥은 22-28개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있고, 안티센스 가닥은 24-30개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있으며; 따라서, 일부 구체예에서 얻어진 다이서 기질은 안티센스 가닥의 3' 말단 상의 돌출부를 가질 수 있다. 다이서 기질은 2 염기 3'-돌출부가 있는 길이가 25 뉴클레오티드를 가지는 센스 가닥 및 길이가 27개의 뉴클레오티드를 가지는 안티센스 가닥을 가질 수 있다. 돌출부는 1-3개의 뉴클레오티드, 예를 들어 2개의 뉴클레오티드일 수 있다. 센스 가닥은 또한 5' 포스페이트를 가질 수 있다.
비대칭 다이서 기질은 2개의 리보뉴클레오티드 대신 센스 가닥의 3'-말단에서 2개의 데옥시뉴클레오티드를 추가로 함유할 수 있다. 일부 예시적인 다이서 기질 길이 및 구조는 21+0, 21+2, 21-2, 22+0, 22+1, 22-1, 23+0, 23+2, 23-2, 24+0, 24+2, 24-2, 25+0, 25+2, 25-2, 26+0, 26+2, 26-2, 27+0, 27+2, 및 27-2이다.
다이서 기질의 센스 가닥은 길이가 약 22 내지 약 30(예를 들어, 약 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30); 약 22 내지 약 28; 약 24 내지 약 30; 약 25 내지 약 30; 약 26 내지 약 30; 약 26 내지 29; 또는 약 27 내지 약 28 뉴클레오티드일 수 있다. 어떤 바람직한 구체예에서 다이서 기질은 센스 및 안티센스 가닥을 함유하며, 그것은 길이가 적어도 약 25개의 뉴클레오티드 및 길이가 약 30개 이하의 뉴클레오티드; 약 26 내지 29개의 뉴클레오티드; 또는 27개의 뉴클레오티드이다. 센스 및 안티센스 가닥은 동일한 길이(두 가닥 말단), 다른 길이(돌출부를 가짐), 또는 그것의 조합일 수 있다. 센스 및 안티센스 가닥은 동일한 폴리뉴클레오티드 또는 상이한 폴리뉴클레오티드 상에 존재할 수 있다. 다이서 기질은 약 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 또는 27개의 뉴클레오티드의 듀플렉스 영역을 가질 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 다른 siNA 분자와 마찬가지로, 다이서 기질의 안티센스 가닥은 생물학적 조건 하에서, 예컨대 진핵 세포의 원형질 내에서 안티센스 가닥을 푸는 임의의 서열을 가질 수 있다.
다이서 기질은 다른 핵산 분자(예컨대 siNA 분자)에 대해 당업계에 알려진 및/또는 본 명세서에서 설명되는 뉴클레오티드 염기, 당 또는 포스페이트 백본에 대한 임의의 변형을 가질 수 있다. 어떤 구체예에서, 다이서 기질은 센스 가닥의 3' 말단에 위치된 적당한 변경유전자에 의한 다이서 처리를 위해 변형된 센스 가닥을 가질 수 있으며, 즉 dsRNA는 다이서 결합 및 처리의 직접 배향을 지시하도록 설계된다. 적합한 변경유전자는 뉴클레오티드, 예컨대 데옥시리보뉴클레오티드, 다이데옥시리보뉴클레오티드, 비고리뉴클레오티드 등 및 입체적으로 방해된 분자, 예컨대 형광성 분자 등을 포함한다. 비고리뉴클레오티드는 2-하이드록시에톡시메틸 기를 dNMP 중에 보통 존재하는 2'-데옥시리보푸라노실 당으로 치환한다. 다이서 기질 siNA 분자 중에서 사용될 수 있는 다른 뉴클레오티드 변경유전자는 3'-데옥시아데노신(코르디세핀), 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT), 2',3'-다이데옥시이노신(ddI), 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC), 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T) 및 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT)의 모노포스페이트 뉴클레오티드, 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC) 및 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T)를 포함한다. 한 구체예에서, 데옥시뉴클레오티드는 변경유전자로서 사용된다. 뉴클레오티드 변경유전자가 이용될 때, 그것들은 리보뉴클레오티드로 대체될 수 있으며(예를 들어, 1-3 뉴클레오티드 변경유전자, 또는 2 뉴클레오티드 변경유전자는 센스 가닥의 3' 말단에서 리보뉴클레오티드로 치환된다), 다이서 기질의 길이는 변하지 않는다. 입체적으로 방해된 분자가 이용될 때, 그것들은 안티센스 가닥의 3' 말단에서 리보뉴클레오티드에 부착될 수 있다. 따라서, 어떤 구체예에서 가닥의 길이는 변경유전자의 포함으로 변하지 않는다. 어떤 구체예에서, dsRNA 내 2개의 DNA 염기는 안티센스 가닥의 다이서 처리의 배향을 지시하도록 치환된다. 추가 구체예에서, 2개의 말단 DNA 염기는 센스 가닥의 3' 말단 및 안티센스 가닥의 5' 말단 상의 듀플렉스의 두 가닥 말단을 형성하는 센스 가닥의 3'-말단 상의 2개의 리보뉴클레오티드로 치환되며, 2개의 뉴클레오티드 RNA 돌출부는 안티센스 가닥의 3'-말단 상에 위치되고, 이는 두 가닥 말단 상의 DNA 및 돌출부 말단 상의 RNA 염기를 가지는 비대칭 조성물이다.
어떤 구체예에서 변형의 다이서 기질에 포함되며, 변형은 핵산 분자가 다이서에 대한 기질로 작용하는 것을 막지 않는다. 한 구체예에서, 하나 이상의 변형은 다이서 기질의 다이서 처리를 향상시키도록 한다. 하나 이상의 변형은 더 효과적인 RNAi 생성을 초래하도록 할 수 있다. 하나 이상의 변형은 더 큰 RNAi 효과를 지지하도록 할 수 있다. 하나 이상의 변형은 각 다이서 기질 당 더 큰 효능이 세포에 전달되도록 초래하게 할 수 있다. 변형은 3'-말단의 영역, 5'-말단의 영역, 3'-말단과 5'-말단의 영역 둘 다에 또는 서열 내 다양한 위치에 포함될 수 있다. 변형이 핵산 분자가 다이서에 대한 기질로서 작용하는 것을 막는다면, 변형의 임의의 수 및 조합은 다이서 기질에 포함될 수 있다. 다양한 변형이 존재하는 경우, 그것들은 동일하거나 상이할 수 있다. 염기, 당 모이어티, 포스페이트 백본, 및 그것의 조합에 대한 변형이 생각된다. 5'-말단 중 하나는 포스포릴화될 수 있다.
다이서 기질 포스페이트 백본 변형의 예는 메틸포스포네이트, 포스포로티오에이트, 및 포스포트라이에스터 변형, 예컨대 알킬포스포트라이에스터 등을 포함하는, 포스포네이트를 포함한다. 다이서 기질 당 모이어티 변형의 예는 2'-알킬 피리미딘, 예컨대 2'-O-메틸, 2'-플루오로, 아미노, 및 데옥시 변형 등(예를 들어, 문헌[Amarzguioui et al., 2003]참조)를 포함한다. 다이서 기질 염기 기 변형의 예는 무염기성 당, 2'-O-알킬 변형된 피리미딘, 4-티오유라실, 5-브로모유라실, 5-요오도유라실, 및 5-(3-아미노알릴)-유라실 등을 포함한다. 잠금 핵산, 또는 LNA가 또한 포함될 수 있다.
센스 가닥은 센스 가닥의 3' 말단에 위치된 적합한 변경유전자에 의한 다이서 처리를 위해 변형될 수 있으며, 즉 다이서 기질은 다이서 결합 및 처리의 직접 배향을 지시하도록 설계된다. 적합한 변경유전자는 뉴클레오티드, 예컨대 데옥시리보뉴클레오티드, 다이데옥시리보뉴클레오티드, 비고리뉴클레오티드 등 및 입체적으로 방해된 분자, 예컨대 형광 분자 등을 포함한다. 비고리뉴클레오티드는 2-하이드록시에톡시메틸 기를 dNMP 내에 보통 존재하는 2'-데옥시리보푸라노실 당으로 치환된다. 다른 뉴클레오티드 변경유전자는 3'-데옥시아데노신(코르디세핀), 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT), 2',3'-다이데옥시이노신(ddI), 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC), 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T) 및 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT)의 모노포스페이트 뉴클레오티드, 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC) 및 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T)을 포함한다. 한 구체예에서, 데옥시뉴클레오티드는 변경유전자로서 사용된다. 뉴클레오티드 변경유전자가 이용될 때, 1-3 뉴클레오티드 변경유전자, 또는 2 뉴클레오티드 변경유전자는 센스 가닥의 3' 말단 상의 리보뉴클레오티드로 치환된다. 입체적으로 방해된 분자가 이용될 때, 그것들은 안티센스 가닥의 3' 말단에서 리보뉴클레오티드에 부착된다. 따라서, 가닥의 길이는 변경유전자의 포함으로 변하지 않는다. 다른 구체예에서, 본 발명은 안티센스 가닥의 다이서 처리의 배향을 지시하는 다이서 기질 내 2개의 DNA 염기를 치환하는 것을 고려한다. 본 발명의 추가 구체예에서, 2개 말단 DNA 염기는 센스 가닥의 3' 말단 및 안티센스 가닥의 5' 말단 상의 듀플렉스의 두 가닥 말단을 형성하는 센스 가닥의 3'-말단 상의 2개의 리보뉴클레오티드로 치환되며, 2개의 뉴클레오티드 RNA 돌출부는 안티센스 가닥의 3'-말단 상에 위치된다. 이것은 두 가닥 말단 상의 DNA 및 돌출부 말단 상의 RNA 염기를 가지는 비대칭 조성물이다.
안티센스 가닥은 안티센스 가닥의 3' 말단에 위치된 적합한 변경유전자에 의한 다이서 처리를 위해 변형될 수 있으며, 즉 dsRNA는 다이서 결합 및 처리의 배향을 지시하도록 설계된다. 적합한 변경유전자는 ㄴ뉴클레오티드, 예컨대 데옥시리보뉴클레오티드, 다이데옥시리보뉴클레오티드, 비고리뉴클레오티드 등 및 입체적으로 방해된 분자, 예컨대 형광 분자 등을 포함한다. 비고리뉴클레오티드는 2-하이드록시에톡시메틸 기를 dNMP 중에 보통 존재하는 2'-데옥시리보푸라노실 당으로 치환된다. 다른 뉴클레오티드 변경유전자는 3'-데옥시아데노신(코르디세핀), 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT), 2',3'-다이데옥시이노신(ddI), 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC), 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T) 및 3'-아지도-3'-데옥시티미딘(AZT)의 모노포스페이트 뉴클레오티드, 2',3'-다이데옥시-3'-티아시티딘(3TC) 및 2',3'-다이데하이드로-2',3'-다이데옥시티미딘(d4T)을 포함한다. 한 구체예에서, 데옥시뉴클레오티드는 변경유전자로서 사용된다. 뉴클레오티드 변경유전자가 이용될 때, 1-3 뉴클레오티드 변경유전자, 또는 2 뉴클레오티드 변경유전자는 센스 가닥의 3' 말단 상의 리보뉴클레오티드로 치환된다. 입체적으로 방해된 분자가 이용될 때, 그것들은 안티센스 가닥의 3' 말단에서 리보뉴클레오티드에 부착된다. 따라서, 가닥의 길이는 변경유전자의 포함으로 변하지 않는다. 다른 구체예에서, 본 발명은 안티센스 가닥의 다이서 처리의 배향을 지시하는 다이서 기질 내 2개의 DNA 염기를 치환하는 것을 고려한다. 본 발명의 추가 구체예에서, 2개 말단 DNA 염기는 센스 가닥의 3' 말단 및 안티센스 가닥의 5' 말단 상의 듀플렉스의 두 가닥 말단을 형성하는 센스 가닥의 3'-말단 상의 2개의 리보뉴클레오티드로 치환되며, 2개의 뉴클레오티드 RNA 돌출부는 안티센스 가닥의 3'-말단 상에 위치된다. 이것은 두 가닥 말단 상의 DNA 및 돌출부 말단 상의 RNA 염기를 가지는 비대칭 조성물이다.
센스 및 안티센스 가닥은 제3 구조에 의해 연결될 수 있다. 제3 구조는 다이서 기질 상의 다이서 활성을 차단하지 않을 것이고, 표적 유전자로부터 전사된 RNA의 지시된 파괴를 방해하지 않을 것이다. 제3 구조는 화학적 연결기일 수 있다. 적합한 화학적 연결기는 당업계에 알려져 있으며 사용될 수 있다. 대안으로, 제3 구조는 dsRNA의 다이서 기질을 구성하는 2개의 올리고뉴클레오티드의 풀림 시 헤어핀 구조가 생성되는 방식으로 2개의 올리고뉴클레오티드를 연결하는 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 헤어핀 구조는 바람직하게는 다이서 기질 상의 다이서 활성을 차단하지 않고 또는 표적 유전자로부터 전사된 RNA의 지시된 파괴를 방해하지 않는다.
다이서 기질의 센스 및 안티센스 가닥은 완전히 상보적이어야 할 것으로 요구되지 않는다. 그것들은 단지 생물학적 조건 하에서 풀리고, 표적 서열에 충분하게 상보적인 siRNA를 생성하는 다이서에 대한 기질을 제공하도록 실질적으로 상보적일 필요가 있다.
다이서 기질은 다이서에 의해 그것의 처리를 향상시키는 어떤 특성을 가질 수 있다. 다이서 기질은 활성 핵산 분자(예를 들어, siRNA)를 생성하기 위해 다이서에 의해 처리되는 충분한 길이를 가질 수 있고, 다음의 특성들 중 하나 이상을 가질 수 있다: (i) 다이서 기질은 비대칭적이며, 예를 들어 제1 가닥(안티센스 가닥)에서 3' 돌출부를 가지며, (ii) 다이서 기질은 제2 가닥(센스 가닥) 상에서 변형된 3' 말단을 가져서 다이서 결합의 배향 및 활성 siRNA에 다이서 기질의 처리를 지시한다. 다이서 기질은 비대칭적일 수 있으며, 센스 가닥은 22-28개의 뉴클레오티드를 포함하며, 안티센스 가닥은 24-30개의 뉴클레오티드를 포함한다. 따라서 얻어진 다이서 기질은 안티센스 가닥의 3' 말단 상에서 돌출부를 가진다. 돌출부는 1-3개의 뉴클레오티드, 예를 들어 2 뉴클레오티드이다. 센스 가닥은 도한 5' 포스페이트를 가질 수 있다.
다이서 기질은 안티센스 가닥의 3' 말단 상의 돌출부를 가질 수 있으며, 센스 가닥은 다이서 처리에 대해 변형된다. 센스 가닥의 5' 말단은 포스페이트를 가질 수 있다. 센스 및 안티센스 가닥은 생물학적 조건, 예컨대 세포의 세포질에서 발견되는 조건 하에서 풀릴 수 있다. 다이서 기질의 가닥, 특히 안티센스 가닥 중 한 영역은 적어도 19개의 뉴클레오티드의 서열 길이를 가질 수 있으며, 이 뉴클레오티드는 안티센스 가닥의 3' 말단에 인접한 21-뉴클레오티드 영역에 있으며, 표적 유전자로부터 생성된 RNA의 뉴클레오티드 서열에 충분히 상보적이다. 다이서 기질ㅇ느 또한 다음의 추가적인 특성 중 하나 이상을 가질 수 있다: (a) 안티센스 가닥은 대응하는 21-량체로부터 우측 이동을 가지며(즉, 안티센스 가닥은 대응하는 21-량체와 비교할 때, 분자의 우측 상에서 뉴클레오티드를 포함한다), (b) 가닥은 완전히 상보적이지 않을 수 있고, 즉 가닥은 단순한 미스매치 쌍을 함유할 수 있으며, (c) 잠금 핵산(들)과 같은 염기 변형은 센스 가닥의 5' 말단에 포함될 수 있다.
다이서 기질 핵산 분자의 안티센스 가닥은 5'-말단 상의 1-9 리보뉴클레오티드를 포함하도록 변형되어 22-28개의 뉴클레오티드의 길이를 제공할 수 있다. 안티센스 가닥이 21개의 뉴클레오티드의 길이를 가진다면, 1-7개의 리보뉴클레오티드 또는 2-5개의 리보뉴클레오티드 및 또는 4개의 리보뉴클레오티드는 3' 말단에 첨가될 수 있다. 첨가된 리보뉴클레오티드는 임의의 서열을 가질 수 있다. 첨가된 리보뉴클레오티드가 표적 유전자 서열에 대해 상보적일 수 있지만, 표적 서열과 안티센스 가닥 상이의 완전한 상보성은 필요하지 않다. 즉, 결과물 안티센스 가닥은 표적 서열과 충분히 상보적이다. 다음으로 센스 가닥은 24-30개의 뉴클레오티드를 가질 수 있다. 센스 가닥은 안티센스 가닥과 실질적으로 상보적이어서 생물학적 조건 하에서 안티센스 가닥이 풀릴 수 있다. 한 구체예에서, 안티센스 가닥은 변형된 3'-말단을 함유하도록 합성되어 다이서 처리를 지시할 수 있다. 센스 가닥은 3' 돌출부를 가질 수 있다. 안티센스 가닥은 다이서 결합 및 처리에 대해 변형된 3'-말단을 함유하도록 합성될 수 있으며, 센스 가닥은 3' 돌출부를 가진다.
열충격
단백질 47
열충격 단백질 47(HSP47)은 소포체 내 콜라겐-특이적 분자 카페론 및 잔기이다. 그것은 소포체로부터의 폴링, 풀림 및 수송의 과정 동안 프로콜라겐과 상호작용한다(문헌[Nagata Trends Biochem Sci 1996; 21:22?6; Razzaque et al. 2005; Contrib Nephrol 2005; 148: 57-69; Koide et al. 2006 J. Biol. Chem.; 281: 3432-38; Leivo et al. Dev. Biol. 1980; 76:100-114; Masuda et al. J. Clin. Invest. 1994; 94:2481-2488; Masuda et al. Cell Stress Chaperones 1998; 3:256-264]). HSP47은 다양한 조직 섬유증(Koide et al. J Biol Chem 1999; 274: 34523-26), 폐 섬유증(Razzaque et al. Virchows Arch 1998; 432:455?60; Kakugawa et al. Eur Respir J 2004; 24: 57-65), 및 사구체경화증(Moriyama et al. Kidney Int 1998; 54: 110-19)에서 비조절 발현을 가지는 것으로 보고되었다. 표적 인간 hsp47 cDNA의 예시적인 핵산 서열은 GenBank 등록번호: NM_001235 및 예를 들어 서열 번호: 1로 열거되는 대응하는 mRNA 서열에서 개시된다. 한 당업자는 따라서 주어진 서열이 본 명세서의 핵산 분자에서 시간에 따라 변할 수 있고, 임의의 필요한 변형을 포함할 수 있다는 것을 이해한다.
다양한 범위의 콜라겐 형태와 HSP47의 특이적 결합은 HSP47을 섬유증 치료를 위한 강력한 표적으로 만든다. hsp47 발현의 억제는 세포밖 콜라겐 I 분비를 막을 수 있다. 문헌[Sato et al. (Nat Biotechnol 2008; 26:431-442)]는 hsp47 발현의 억제를 위해 siRNA를 사용하고, 래트 내 간 섬유증의 진행을 방지하는 것에 의한 가능성을 탐구하였다. 유사하게 문헌[Chen et al. (Br J Dermatol 2007; 156: 1188-1195) 및 Wang et al. (Plast. Reconstr Surg 2003; 111: 1980-7)]는 RNA 간섭 기법에 의한 hsp47 발현의 억제를 조사하였다.
hsp47
을 억제하기 위한 방법 및 조성물
hsp47 유전자 발현에 대해 RNA 간섭을 매개할 수 있거나 매개하는 작은 핵산 분자, 예컨대 짧은 간섭 핵산 (siNA), 간섭 RNA(RNAi), 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA), 마이크로-RNA(miRNA), 및 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 분자를 사용함으로써 hsp47 발현을 억제하기 위한 조성물 및 방법이 제공된다. 본 방법에 개시된 조성물 및 방법은 또한 다양한 섬유증, 예컨대 간 섬유증, 폐 섬유증, 및 신장 섬유증을 치료하는데 유용하다.
본 발명의 핵산 분자(들) 및/또는 방법은, 예를 들어 Genbank 등록 NM_001235로 언급되는 RNA를 암호화하는 유전자(들)의 발현을 하향조절하기 위하여 사용된다.
본 명세서에서 제공되는 조성물, 방법 및 키트는 hsp47의 발현 단백질 및/또는 hsp47 단백질을 암호화하는 유전자, hsp47과 관련된 질병, 질환 또는 장애, 예컨대 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상 및 원섬유형성의 유지 및/또는 발생과 관련된 hsp47을 암호화하는 단백질 및/또는 유전자(예를 들어, GenBank 등록번호 NM_001235에 의해 언급되는 서열을 포함하는 유전자 암호화서열), 또는 유전자 또는 유전자 패밀리 서열이 서열 상동성을 공유하는 hsp47 유전자 패밀리 멤버를 독립적으로 또는 조합하여 조절하는(예를 들어 하향조절하는) 하나 이상의 핵산 분자(예를 들어, siNA)를 포함하는 방법 및 키트가 제공될 수 있다. 그러나 다양한 양태 및 구체예는 또한 다른 관련된 hsp47 유전자, 예컨대 어떤 hsp47 유전자와 관련된 상동체 유전자 및 전사 변이체, 및 다형체(예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형체, (SNPs))에 관한 것이다. 예컨대, 다양한 양태 및 구체예는 또한, 예를 들어 질병의 유지 또는 발생, 특징, 또는 본 명세서에서 설명된 조건에서 수반된 신호 변환 또는 유전자 발현의 hsp47 매개 경로에 수반된 다른 유전자와 관련된다. 이 추가 유전자는 본 명세서의 hsp47 유전자에 대해 설명된 방법을 사용하는 표적 자리에 대해 분석될 수 있다. 따라서, 다른 유전자의 조절 및 다른 유전자의 이러한 조절 효과가 본 명세서에서 설명된 바와 같이 수행되고, 결정되고, 측정될 수 있다.
한 구체예에서, 본 명세서에서 제공된 조성물 및 방법은 hsp47 유전자(예를 들어, 서열 번호: 1에 의해 예시된 인간 hsp47)의 발현을 하향조절하는 이중 가닥 짧은 간섭 핵산 (siNA) 분자를 포함하며, 핵산 분자는 약 15 내지 약 49개의 염기쌍을 포함한다.
한 구체예에서, 개시된 핵산은 hsp47 유전자 또는 hsp47 유전자 패밀리의 발현을 억제하기 위하여 사용될 수 있으며, 유전자 또는 유전자 패밀리 서열은 서열 상동성을 공유한다. 이러한 상동성 서열은 당업계에 알려진 바와 같이, 예를 들어 서열 정렬을 사용하여 확인될 수 있다. 핵산 분자는 완전히 상보적인 서열을 사용하여 또는 비정규(non-canonical) 염기쌍, 예를 들어 미스매치 및/또는 동요염기쌍을 포함함으로써 이러한 상동성 서열을 표적화하도록 설계될 수 있다. 미스매치가 확인된 예에서, 비정규 염기쌍(예를 들어, 미스매치 및/또는 동요염기)은 하나 이상의 유전자 서열을 표적화하는 핵산 분자를 만들기 위해 사용될 수 있다. 비제한적 예에서, UU 및 CC 염기쌍과 같은 비정규 염기쌍은 서열 상동성을 공유하는 hsp47 표적을 다르게 하기 위하여 서열을 표적화할 수 있는 핵산 분자를 만드는데 사용될 수 있다. 이와 같이, 본 명세서에 개시된 siNA를 사용하는 하나의 이점은 단일 핵산이 상동성 유전자 사이에 보존된 뉴클레오티드 서열에 상보적인 핵산 서열을 포함하도록 설계될 수 있다는 것이다. 이 접근에서, 단일 핵산은 상이한 유전자를 표적화하는 하나 이상의 핵산 분자를 하용하는 대신 하나 이상의 유전자의 발현을 억제하는데 사용될 수 있다.
핵산 분자는 hsp47 패밀리 유전자와 같은 유전자 패밀리 또는 유전자 패밀리에 대응하는 보존된 서열을 표적화하기 위해 사용될 수 있다. 이와 같이, 다양한 hsp47 표적을 표적화하는 핵산 분자는 증가된 치료적 효과를 제공할 수 있다. 게다가, 핵산은 다양한 용도로 유전자 작용 경로를 특징화하기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 핵산 분자는 유전자 작용 분석, mRNA 작용 분석, 또는 번역 분석에서 특징화되지 않은 유전자(들)의 작용을 결정하기 위한 경로에서 표적 유전자(들)의 활성을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 핵산 분자는 약제학적 개발에 대해 다양한 질병 및 질환에 수반된 잠재적 표적 유전자 경로를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 핵산 분자는, 예를 들어 간, 신장 또는 폐 섬유증과 같은 섬유증에 수반된 유전자 발현의 경로 및/또는 염증 및 증식 특성, 질병, 장애 및/또는 질환을 이해하기 위해 사용될 수 있다.
한 구체예에서, 본 명세서에 제공된 조성물 및 방법은 hsp47 RNA에 대해 RNAi 활성을 가지는 핵산 분자를 포함하며, 핵산 분자는 hsp47 암호화 서열을 가지는 임의의 RNA에 상보적인 서열, 예컨대 표 1에서 나타내는 바와 같은 서열을 가지는 서열을 포함한다. 다른 구체예에서, 핵산 분자는 hsp47 RNA에 대해 RNAi 활성을 가질 수 있으며, 핵산 분자는 변이체 hsp47 암호화 서열을 가지는 RNA에 상보적인 서열, 예를 들어 표 1에서 나타내지 않았지만 섬유증의 유지 및/또는 발생과 관련된 당업계에 알려진 다른 돌연변이체 hsp47 유전자를 포함한다. 표 1에서 나타내는 또 다르게는 본 명세서에서 설명되는 화학적 변형은 본 명세서에서 개시된 임의의 핵산 구성체에 적용될 수 있다. 다른 구체예에서, 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 hsp47 유전자의 뉴클레오티드 서열과 상요작용함으로써 hsp47 유전자 발현의 침묵을 매개할 수 있는 뉴클레오티드 서열을 포함하며, 예를 들어, 핵산 분자는 hsp47 유전자의 크로마틴 구조 또는 메틸화 패턴을 조절하는 세포 처리에 의한 hsp47 유전자 발현의 조절을 매개하고 hsp47 유전자의 전사를 방지한다.
본 명세서에 개시된 핵산 분자는 hsp47 RNA에 대한 RNAi 활성을 가질 수 있으며, 핵산 분자는 hsp47 암호화 서열을 가지는 임의의 RNA에 상보적인 서열, 예컨대 GenBank 등록번호 NM_001235를 가지는 서열을 포함한다. 핵산 분자는 hsp47 RNA에 대해 RNAi 활성을 가질 수 있으며, 핵산 분자는 변이체 hsp47 암호화 서열을 가지는 RNA에 상보적인 서열, 예를 들어 섬유증의 유지 및/또는 발생과 관련된 것으로 당업계에 알려진 다른 돌연변이체 hsp47 유전자를 포함한다. 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 hsp47 유전자의 뉴클레오티드 서열과 상호작용함으로써 hsp47 유전자 발현을 매개할 수 있는 뉴클레오티드 서열을 포함하며, 예를 들어, 핵산 분자는 자의 크로마틴 구조 또는 메틸화 패턴을 조절하는 세포 처리에 의해 hsp47 유전자 발현의 조절을 매개하며 hsp47 유전자의 전사를 방지한다.
치료 방법
다양한 범위의 콜라겐 유형과 HSP47의 특이적 결합은 섬유증의 치료를 위한 hsp47 표적을 만든다. hsp47 발현의 억제는 세포밖 콜라겐 I 분비를 방지할 수 있다. 문헌[Sato et al.(Nat Biotechnol 2008; 26:431-442)]은 hsp47 발현의 억제를 위해 siRNA을 사용하고 래트 내 간 섬유증의 진행을 방지하는 것에 의한 이 가능성을 탐구하였다. 마찬가지로, 문헌[Chen et al. (Br J Dermatol 2007; 156: 1188-1195) 및 Wang et al. (Plast. Reconstr Surg 2003; 111: 1980-7)]은 RNA 간섭 기술에 의한 hsp47 발현 억제를 조사하였다.
한 구체예에서, 핵산 분자는 질병 또는 질환(예를 들어, 섬유증)과 관련된 hsp47 및/또는 hsp47 단상형 다형체로부터 생기는 hsp47의 발현 및/또는 hsp47 단백질을 하향조절하거나 억제하기 위해 사용될 수 있다. hsp47 및/또는 hsp47 유전자, 또는 hsp47 및/또는 hsp47 단백질 또는 RNA 수준의 분석은 이러한 다형체가 있는 피험자 또는 본 명세서에서 설명된 특성, 질환, 또는 질병의 발생 위험에 있는 피험자를 확인하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 피험자는 치료, 예를 들어 본 명세서에 개시된 핵산 분자로 치료 및 hsp47 및/또는 hsp47 유전자 발현과 관련된 질병을 치료하는데 유용한 임의의 다른 조성물을 잘 받아들인다. 이와 같이 hsp47 및/또는 hsp47 단백질 또는 RNA 수준의 분석은 피험자를 치료하기 위한 치료 형태 및 치료 과정을 결정하기 위하여 사용될 수 있다. hsp47 및/또는 hsp47 단백질 또는 RNA 수준의 모니터링은 치료 결과를 예측하고, 특성, 질환, 또는 질병과 관련된 어떤 hsp47 및/또는 hsp47 단백질의 수준 및/또는 활성을 조절하는 화합물 및 조성물의 효능을 결정하기 위하여 사용될 수 있다.
hsp47 유전자 발현에 대해 RNA 간섭을 매개할 수 있거나 매개하는 작은 핵산 분자, 예컨대 짧은 간섭 핵산(siNA), 간섭 RNA(RNAi), 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중 가닥 RNA(dsRNA), 마이크로-RNA(miRNA), 및 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 분자를 사용함으로써 hsp47 발현을 억제하기 위한 조성물 및 방법이 제공된다. 본 방법에 개시된 조성물 및 방법은 또한 다양한 섬유증, 예컨대 간 섬유증, 폐 섬유증, 및 신장 섬유증을 치료하는데 유용하다.
본 명세서에서 제공되는 핵산 분자는 개별적으로, 또는 다른 약물과 조합하여 또는 함께, hsp47과 관련된 질병, 특성, 질환 또는 장애, 예컨대 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상 및 원섬유형성을 예방하거나 치료하기 위해 사용될 수 있다.
본 명세서에서 개시된 핵산 분자는 서열 특이적 방식으로 hsp47의 발현을 억제할 수 있다. 핵산 분자는 hsp47 mRNA에 적어도 부분적으로 상보적인(안티센스) 연속적 뉴클레오티드를 포함하는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, hsp47에 특이적인 dsRNA는 새로 합성된 단백질 예컨대, 칼넥신, 칼레티큘린, BiP의 폴딩을 보조하는 다른 분자 카페론에 특이적인 다른 dsRNA와 함께 사용될 수 있다(문헌[Bergeron et al. Trends Biochem. Sci. 1994; 19:124-128; Herbert et al. 1995; Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 60:405-415]).
섬유증은 본 명세서에 개시된 바와 같은 핵산 분자를 사용하여 RNA 간섭에 의해 치료될 수 있다. 예시적인 섬유증은 간 섬유증, 복막 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증을 예방하거나 치료하기 위해 사용될 수 있다. 본 명세서에 개시된 핵산 분자는 서열 특이적 방식으로 hsp47의 발현을 억제할 수 있다.
섬유증의 치료는 당업계에 알려진 적합한 기술을 사용하여, 예컨대 항콜라겐 I 항체를 사용하여 세포밖 콜라겐의 수준을 탈말단화하는 것에 의해 모니터링될 수 있다. 치료는 또한 영향받은 조직의 세포 내에서 hsp47 mRNA의 수준 또는 hsp47 단백질의 수준을 탈말단화함으로써 모니터링될 수 있다. 또한 치료는, 예컨대 컴퓨터 보조된 단층촬영 스캔, 자기 공명 탄성초음파영상(elastography) 스캔에 의해 영향받은 기관 또는 조직의 비침습성 스캔에 의해 모니터링될 수 있다.
피험자 또는 유기체에서 질병 또는 질환과 관련된 hsp47을 치료하거나 예방하는 방법은 피험자 또는 유기체 중의 hsp47 유전자의 발현을 조절하기에 적합한 조건 하에서 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자와 피험자 또는 유기체를 접촉하는 단계를 포함할 수 있다.
피험자 또는 유기체에서 섬유증을 치료하거나 예방하는 방법은 피험자 또는 유기체 중의 hsp47 유전자의 발현을 조절하기에 적합한 조건 하에서 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자와 피험자 또는 유기체를 접촉하는 단계를 포함할 수 있다.
피험자 또는 유기체에서 간 섬유증, 신장 섬유증, 및 폐 섬유증으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 섬유증을 치료하거나 예방하는 방법은 피험자 또는 유기체 중의 hsp47 유전자의 발현을 조절하기에 적합한 조건 하에서 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자와 피험자 또는 유기체를 접촉하는 단계를 포함할 수 있다.
섬유성 질병
섬유성 질병을 일반적으로 세포밖 매트릭스 내 섬유성 물질의 과량의 침착을 특징으로하며, 이는 조직 구조의 비정상적 변화에 기여하며, 정상 기관 작용을 방해한다.
외상에 의해 손상된 모든 조직은 상처치유 프로그램의 개시에 의해 반응한다. 과량의 흉터를 특징으로 하는 장애 형태인 섬유증은 상처 치유 반응의 정상적인 자기 제한 과정이 방해될 때 생기며, 콜라겐의 과량 생성 및 침착을 야가한다. 그 결과, 비정상 기관 조직은 흉터 조직을 대신하며, 결국 기관의 작용적 부전을 야기한다.
섬유증은 다양한 원인에 의해 다양한 기관에서 개시될 수 있다. 간 경변증, 폐 섬유증, 유육종증, 켈로이드 및 신장 섬유증은 모두 진행성 섬유증과 관련된 만성 질환이며, 이것에 의해 정상 조직 작용의 연속적 손실을 야기할 수 있다.
급성 섬유증(보통 짧은 지속기간의 갑잡스럽고 중증의 개시)은 우연적 상처(특히 척추 및 중추 신경계에 대한 상처), 감염, 수술, 허혈성 병(예를 들어, 심장 발작 후 심장 흉터), 화상, 환경적 오염물, 알코올 및/또는 독소 형태, 급성 호흡곤란 증후군, 방사선 및 화학치료제 처치를 포함하는 다양한 형태의 외상에 흔한 반응으로서 일어난다.
섬유증, 병리학과 관련된 섬유증 또는 세포내 단백질의 비정상적 가교와 관련된 병리학은 모두 본 명세서에서 개시되는 siRNA에 의해 치료될 수 있다. 섬유증이 명백한 섬유성 질병 또는 질병들(병리학과 관련된 섬유증)은 기관의 섬유증의 급성과 만성 형태를 둘 다 포함하며, 다음의 모든 병인적 변이체를 포함한다: 간질성 폐질환 및 섬유성 폐질환, 간 섬유증, 심근 섬유증을 포함하는 심장 섬유증, 만성 신부전을 포함하는 신장 섬유증, 경피증, 켈로이드 및 비대성 흉터를 포함하는 피부 섬유증; 뼈속질섬유증(골수 섬유증); 증식성 유리망막병증(PVR)을 포함하는 모든 형태의 눈 흉터 및 백내장 또는 녹내장을 치료하기 위한 수술로부터 초래된 흉터; 다양한 병인의 염증성 장질환, 황반변성, 그레이브스 안병증(Grave's ophthalmopathy), 약물 유발된 맥각중독증, 켈로이드 흉터, 경피증, 건선, Li-Fraumeni 증후군에서 교모세포종, 산발적 교모세포종, 골수성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 골수이형성증후군, 골수증식성 증후군, 부인과 암, 카포시 육종, 한센병 및 교원성 대장염.
다양한 구체예에서, 본 명세서에 개시된 바와 같은 화합물(핵산 분자)는, 예를 들어 본 명세서에 개시된 바와 같은 섬유성 질병뿐만 아니라 본 명세서에서 개시되는 것과 같은 섬유성 질병 이외의 다른 질병 및 질환을 치료하기 위하여 사용될 수 있다. 치료되는 다른 질환은 다른 기관의 섬유성 질병- 어떤 이유로 신장 섬유증(ESRD를 포함하는 CKD); 폐 섬유증(ILF를 포함); 골수섬유증, 우연하고 특발성인(수술) 피부 상처의 모든 가능한 형태와 관련된 비정상적 흉터(켈로이드); 경피증; 심장섬유증,녹내장 여과 수술의 실패; 장 유착증을 포함한다.
눈 수술 및 섬유성 합병증
눈 수술로부터 초래되는 흉터 조직의 수축이 종종 생길 수 있다. 새로운 배액 통로를 만들기 위한 녹내장 수술은 조직의 흉터 및 수축에 때문에 실패하며, 만들어진 배액 시스템은 차단되어 추가적인 수술 개입을 필요로 할 수 있다. 현재 흉터제거 섭생(미토마이신 C 또는 5FU)는 수반된 합병증(예를 들어 실명) 때문에 제한되며, 이에 관하여 예를 들어 문헌[Cordeiro MF, et al., Human anti-transforming growth factor-beta2 antibody: a new glaucoma anti-scarring agent Invest Ophthalmol Vis Sci. 1999 Sep;40(10):2225-34]를 참조한다. 또한 각막 외상 또는 각막 수술, 예를 들어 조직의 수축이 부정확한 결과를 야기할 수 있는 근시 또는 굴절이상에 대한 레이저 또는 수술 치료 후 형성된 흉터 조직의 수축일 수 있다. 흉터 조직은 유리체액 또는 망막 상에/중에 형성될 수 있으며, 예를 들어 일부 당뇨병에서 결국 실명을 야기할 수 있고, 증식성 유리체망막병증(proliferative vitreoretinopathy: PVR)으로 불리는 분리 수술 후 형성될 수 있다. PVR은 망막 분리 후 가장 흔한 합병증이며, 망막 구멍 또는 파괴와 관련된다. PVR은 유리체 공간(vitreous cavity) 내 및 망막색소상피(RPE) 세포를 함유하는 망막의 전면과 후면상 세포막의 성장을 말한다. 이 막들은, 본질적으로 흉터 조직이며, 망막 상의 견인을 발휘하며, 초기에 성공적인 망막 분리 과정 후 조차 망막 분리의 재발을 초래할 수 있다.
망막 조직은 사시, 안확 또는 안검 수술, 또는 갑상선 눈 질병 후 안확(orbit) 내에서 또는 눈 및 안검 근육에서 형성될 수 있으며, 결막의 흉터는 녹내장 수술 후 또는 흉터성 질병, 염증성 질병, 예를 들어 유사천포창(pemphigoid) 또는 감염성 질병, 트라코마 후 발생할 수 있다. 콜라겐 포함 조직의 수축과 관련된 추가적인 눈 문제는 백내장 추출 후 렌즈 캡슐의 혼탁화 및 수축이다. MMP에 중요한 역할은 상처 치유, 안구 건조증, 멸균 각막 궤양, 재발성 각막 미란(recurrent epithelial erosion), 각막신생혈관, 익상편, 결막이완증, 녹내장, PVR, 및 눈 섬유증을 포함하는 눈 질병에서 인식된다.
간 섬유증
간 섬유증(LF)은 일반적으로 몇몇 병인의 간 손상의 비가역적 결과이다. 서양에서, 주된 병인 카테고리는: 알코올성 간질환(30-50%), 바이러스성 간염(30%), 담즙성 질병(5-10%), 원발성 혈색소증(5%), 및 약물 관련 및 알려지지 않은 병인의 잠재성 간 경변증(10-15%)이다. 윌슨병, α1-항트립신 결핍증 및 다른 희귀병은 또한 증상들 중 하나로서 간 섬유증을 가진다. 간 섬유증의 마지막 단계인 간 경변증은 간 이식을 빈번하게 필요로 하며, 서양에서 사망 원인의 상위 10위 중에 있다.
신장 섬유증 및 관련 질환.
만성 신부전(
CRF
)
만성 신부전은 폐기물을 배설하고, 소변을 농축하고, 전해질을 보존하는 신장 기능의 점진적이고 진행적인 상실이다. CRF는 서서히 진행한다. 그것은 자주 신장 기능의 점진적 상실을 야기하는 임의의 질병으로부터 초래될 수 있고, 섬유증은 CRF를 만드는 주된 병인이다.
당뇨병성 신장질환
사구체경화증 및 요세뇨관사이질 섬유증을 특징으로 하는 당뇨병성 신장질환은 현대 마지막 단계의 신장 질환의 단일의 가장 일반적인 원인이며, 당뇨병 환자가 투석의 가장 큰 집단을 구성한다. 이러한 치료는 비용이 많이 들고, 최적과는 거리가 멀다. 이식은 더 양호한 결과를 제공하지만 이식제공자의 심각한 부족을 겪고 있다.
만성
신질환
만성 신질환(CKD)은 전세계적인 공중 보건 문제이며, 심혈관질병 및 만성신부전(CRF)의 증가된 위험과 관련된 흔한 질환으로 인식된다.
국립신장재단(National Kidney Foundation: NKF)의 신장병 관리(Kidney Disease Outcomes Quality Initiative: K/DOQI)는 3 또는 그 이상의 개월 동안 신장 손상 또는 감소된 신장 사구체 여과율(glomerular filtration rate: GFR)을 정의한다. CKD의 다른 마커가 또한 알려져 있고, 투석을 위해 사용된다. 일반적으로, 비가역적 경화증을 가지는 신장 덩어리의 파괴 및 네프론의 상실은 GFR의 진행성 하락을 야기한다. 최근에, K/DOQI는 다음과 같은 CKD의 단계 분류를 발행하였다:
단계 1: 정상 또는 증가된 GFR을 가지는 신장 손상(>90 ㎖/분/1.73 ㎡)
단계 2: GFR의 약간의 감소(60-89 ㎖/분/1.73 ㎡)
단계 3: GFR의 보통의 감소(30-59 ㎖/분/1.73 ㎡)
단계 4: GFR의 중증의 감소(15-29 ㎖/분/1.73 ㎡)
단계 5: 신부전(GFR <15 ㎖/분/1.73 ㎡ 또는 투석)
단계 1 및 2 CKD에서, GFR은 단독으로 진단을 확인하지 못한다. 혈액 또는 소변 조성의 이상 또는 이미징 시험의 이상을 포함하는 다른 신장 손상의 마커에 의존할 수 있다.
CKD의 병리 생리학
대략 백만개의 네프론이 각 신장에 존재하며, 각각은 전체 GFR에 기여한다.네프론의 진행성 파괴를 가지는 신장 손상의 병인에 개의치 않고, 신장은 남아있는 건강한 네프론의 초여과(hyperfiltration) 및 대상성 비대(compensatory hypertrophy)에 의해 GFR을 유지할 수 있다. 이 네프론 적응성은 혈장 용질의 계속된 정상 클리어런스를 허용하며, 따라서 우레아 및 크레아틴과 같은 물질은 신장예비력(renal reserve)이 고갈되었을 때, 전체 GFR이 50%로 감소된 후에만 혈장 수준의 유의한 증가를 나타내기 시작한다. 혈장 크레아틴 값은 GFR에서 50% 감소의 대략 2배이다. 따라서, 환자에서 0.6 ㎎/dL 내지 1.2 ㎎/dL의 기준선 값으로부터 혈장 크레아틴의 배가(doubling)는 기능적 네프론 질량의 50% 손실을 나타낸다.
잔여 네프론 초여과 및 비대는 주목한 이유에 대해서는 유리하지만, 진행성 신기능이상의 주된 원인을 나타내는 것으로 생각된다. 이는 증가된 사구 모세혈관 압력 때문에 생기는 것으로 믿어지는데, 모세관을 손상시키며, 초기에 국소 및 분절 사구체 경화증을 야기하며, 결국 전체적인 사구체 경화증을 야기한다. 이 가설은 CKD를 가지는 인간에서 관찰된 것과 동일한 병변을 발생시킨, 제5-제6의 신장적출 래트 연구를 기반으로 한다.
만성 신장 질병의 2가지 가장 흔한 원인은 당뇨병 및 고혈압이다. 다른 인자는 조영제를 포함하는 신세포독소로부터의 급성 상해(insult), 또는 감소된 관혈류; 단백질 우레아; 틈새 손상과 함께 증가된 신장 암모니아발생; 고지혈증; 칼슘 포스페이트 침착과 함께 고인산혈증; 감소된 수준의 산화 질호 및 흡연을 포함한다.
미국에서, CKD의 발병 및 유병율은 건강 시스템에서 불량한 결과 및 높은 비용을 발생시켰다. 신장병은 미국에서 사망의 9번째 유발 원인이다. 높은 사망률은 CKD를 중점으로 하는 장을 포함하는 문헌[US Surgeon General's mandate for america's citizenry, Healthy People 2010]과 연결된다. 이 장의 목적은 미국에서 만성 신장병의 유병률, 이환율, 사망률, 및 건강유지 비용을 감소시키기 위한 목표를 설명하고, 전략을 제공하기 위한 것이다.
말기 신질환(ESRD)의 유병률은 또한 1989년 이후로 국제적으로 꾸준히 증가되었다. 미국이 가장 높은 ESRD 유병률을 가지며, 다음은 일본이다. 일본은 백만명의 인구 당 가장 높은 이환율을 가지며, 다음은 미국이다.
혈액투석과 관련된 사망률은 현저하며, 혈액투석에 들어가는 환자의 수명 기대도는 현저하게 짧아진다. 모든 연령에서, 투석 중인 ESRD를 가지는 환자는 비투석 환자 및 신장병이 없는 개체와 비교할 때 상당히 증가된 사망률을 가진다. 60대에, 건강한 사람은 20년을 더 살 것으로 기대할 수 있는 반면, 혈액투석을 시작하는 60대 환자의 수명 기대도는 4년에 가깝다(Aurora and Verelli, May 21, 2009. Chronic Renal Failure: Treatment & Medication. Emedicine. http://emedicine.medscape.com/article/238798-treatment).
폐 섬유증
사이 폐 섬유증(IPF)은 무기엽 입자, 유기 먼지, 및 옥시던트 가스, 또는 알려지지 않은 원인(특발성 폐 섬유증)을 포함하는 다양한 들이마신 작용물질에 의해 야기되는 폐의 흉터이다. 이 질병은 전세계의 수백만명의 개체에 영향을 미치며, 효과적인 치료적 접근은 없다. 유용한 치료가 없는 주된 이유는 치료를 위한 적절한 표적을 설계하기 위해 충분히 정의된 질병의 분자적 메커니즘이 거의 없기 때문이다(문헌[Lasky JA., Brody AR. (2000), "Interstitial fibrosis and growth factors", Environ Health Perspect.;108 Suppl 4:751-62]).
심장 섬유증
심부전은 주된 심혈관 장애 중에서도 독특한데, 그것은 단독으로 유병률이 증가하였지만, 다른 질환의 현저한 감소가 있었다. 이중 일부는 미국 및 유럽의 인구 노령화에 기인하는 것일 수 있다. 심장 손상이 있는 환자를 구조하는 능력이 또한 주된 인자인데, 이 환자들은 심장의 해로운 리모델링에 기인하는 좌심실 기능장애의 진행이 발생할 수 있기 때문이다.
정상 심근은 다양한 세포, 심장 근세포 및 비심근세포로 구성되며, 이는 내피 및 혈관 평활근세포 및 섬유아세포를 포함한다.
심실 벽의 구조적 리모델링은 심장병에서 임상적 결과의 중요한 결정인자이다. 이러한 리모델링은 세포밖 매트릭스 단백질의 생성 및 파괴, 세포 증식 및 이동, 및 아포토시스 및 괴저성 세포 사멸을 수반한다. 심장 섬유아세포는 오토크라인 및 파라크라인 인자뿐만 아니라 세포밖 매트릭스 단백질 및 프로테이나제로 작용하는 성장 인자 및 사이토카인을 만드는 이 과정들에 결정적으로 수반된다. 최근의 연구는 심상 섬유아세포와 심근세포 사이의 상호작용이 새로운 효과가 심장 기능의 악화 및 심부전을 개시하는 심장 리모델링의 진행에 필수적이라는 것을 나타내었다(문헌[Manabe I, et al., (2002), "Gene expression in fibroblasts and fibrosis: involvement in cardiac hypertrophy", Circ Res. 13;91(12):1103-13]).
화상 및 흉터
특히 섬유성 질병에서 발생할 수 있는 특정 문제는 조직의 수축, 예를 들어 흉터의 수축이다. 세포밖 매트릭스 성분을 포함하는 조직, 특히 콜라겐-포함 조직의 수축은 다양한 병리적 조건과 함께 및 수술적 또는 미용적 방법과 함께 생길 수 있다. 예를 들어 흉터의 수축은 육체적 문제를 야기할 수 있는데, 이는 의학적 치료에 대한 필요를 야기할 수 있고, 또는 순수하게 미용적 특성의 문제를 야기할 수도 있다. 콜라겐은 흉터 및 다른 수축된 조직의 주된 성분이며, 가장 중요한 구성성분으로 고려된다. 그럼에도 불구하고, 흉터 및 다른 수축된 조직은 또한 다른 구조적 성분, 특히 다른 세포밖 매트릭스 성분들, 예를 들어 엘라스틴을 포함하며, 이는 또한 조직의 수축에 기여할 수 있다.
또한 다른 세포밖 매트릭스 성분을 포함할 수 있는 콜라겐 유발 조직의 수축은 화상의 치유 시 빈번하게 발생한다. 화상은 화학적, 열적 또는 방사선 화상일 수 있고, 눈, 피부 표면, 또는 피부 및 밑에 있는 조직일 수도 있다. 또한 예를 들어 방사선 치료에 의해 야기되는 조직 내의 화상의 경우가 있을 수 있다. 화상입은 조직의 수축은 종종 문제가 있으며, 생리적 및/또는 미용적 문제, 예를 들어 이동성의 상실 및/또는 손상을 유발할 수 있다.
다양한 이유로 피부 이식이 적용될 수 있고, 종종 적용 후 수축을 겪을 수 있다. 화상입은 조직의 치유 경우에 수축은 육체적 및 미용적 문제를 둘 다 야기할 수 있다. 많은 피부 이식이 필요한 경우, 예를 들어 심각한 화상의 경우, 특히 심각한 문제이다.
또한 수축은 인공 피부 생산의 문제가 있다. 진짜의 인공 피부를 만들기 위해서 내피 세포로 만들어진 표피 및 섬유아세포로 덧붙여진 콜라겐으로 만들어진 진피를 가질 필요가 있다. 세포의 형태를 둘 다 가지는 것이 중요한데, 그것들은 신호를 처리하며, 성장 인자를 사용하여 서로 자극하기 때문이다. 인공 피부의 콜라겐 성분은 섬유아세포에 의해 덧붙여질 때 종종 그것의 본래 영역의 1/10 미만으로 수축한다.
반흔조직 수축, 흉터의 섬유성 조직의 위축에 기인하는 수축이 흔하다. 일부 경우에, 수축은 심각한 변형을 야기하는 악성반흔, 흉터가 될 수 있다. 환자의 위는 위 궤양이 치유될 때 형성된 흉터 조직의 수척에 의해 모래시계형 수축(hour-glass contracture)으로 2개의 챔버로 효과적으로 분리될 수 있다. 통로 및 관의 폐색, 반흔조직 협착이 흉터 조직의 수축에 기인하여 발생할 수 있다. 혈관의 수축은 예를 들어 수술 또는 혈관형성술 후 원발성 폐색 또는 수술적 외상에 기인할 수 있다. 다른 공동 장기(hollow viscus), 예를 들어 요관의 협착증이 일어날 수 있다. 우연한 상처 또는 수술로부터 초래되는 것이든 아니든, 어떤 흉터 형성이 일어나는 경우 문제가 생길 수 있다. 콜라겐-포함 조직의 수축을 수반하는 피부 및 힘줄의 질환은 수술 또는 사고로부터 초래되는 외상 후 질환, 예를 들어 손 또는 발 힘줄 상처, 이식후 질환 및 병리학적 질환, 예컨대 경피증, 듀피트렝 구축(Dupuytren's contracture) 및 수포성 표피 박리증을 포함한다. 눈 조직의 흉터 및 수축은 다양한 질환, 예를 들어 망막 박리의 후유증 또는 당죠병성 눈 질병(상기 언급)에서 일어날 수 있다. 안구 및 안구 밖 근육 및 눈꺼풀을 포함하는 관련된 구조에 대해 두개골에서 발견된 안와(socket)의 수축은 외상 또는 염증성 손상이 있다면 생길 수 있다. 안와 내 조직 수축은 복시(double vision) 및 보기 흉한 외관을 포함하는 다양한 문제를 야기한다.
섬유증의 상이한 형태의 추가 정보에 대해 다음을 참조한다: 문헌[Molina V, et al., (2002), "Fibrotic diseases", Harefuah, 141(11): 973-8, 1009; Yu L, et al., (2002), "Therapeutic strategies to halt renal fibrosis", Curr Opin Pharmacol. 2(2):177-81; Keane WF and Lyle PA. (2003), "Recent advances in management of type 2 diabetes and nephropathy: lessons from the RENAAL study", Am J Kidney Dis. 41(3 Suppl 2): S22-5; Bohle A, et al., (1989), "The pathogenesis of chronic renal failure", Pathol Res Pract. 185(4):421-40; Kikkawa R, et al., (1997), "Mechanism of the progression of diabetic nephropathy to renal failure", Kidney Int Suppl. 62:S39-40; Bataller R, and Brenner DA. (2001), "Hepatic stellate cells as 표적 for treatment of liver fibrosis", Semin Liver Dis. 21(3):437-51; Gross TJ and Hunninghake GW, (2001) "Idiopathic pulmonary fibrosis", N Engl J Med. 345(7):517-25; Frohlich ED. (2001) "Fibrosis and ischemia: the real risks in hypertensive heart disease", Am J Hypertens;14(6 Pt 2):194S-199S; Friedman SL. (2003), "Liver fibrosis - from bench to bedside", J Hepatol. 38 Suppl 1:S38-53; Albanis E, et al., (2003), "Treatment of hepatic fibrosis: almost there", Curr Gastroenterol Rep. 5(1):48-56; (Weber KT. (2000), "Fibrosis and hypertensive heart disease", Curr Opin Cardiol. 15(4):264-72)].
핵산 분자 및 약제학적
조제물의
전달
핵산 분자는 단독으로 또는 다른 치료와 조합하여 세포 또는 조직 내 hsp47 수준과 관련되거나 또는 반응하는 섬유증(예를 들어, 간, 신장, 복막 및 폐) 질병, 특성, 질환 및/또는 장애, 및/또는 임의의 다른 특성, 질병, 장애 또는 질환을 예방하거나 치료하기 위한 사용에 적합할 수 있다. 핵산 분자는 피험자에 투여를 위해 리포좀을 포함하는 전달 비히클, 담체 및 희석제 및 그것의 염을 포함할 수 있으며, 및/또는 약제학적으로 허용가능한 조제물 중에 존재할 수 있다.
본 명세서에서 개시된 핵산 분자는 바이러스 벡터, 바이러스 입자, 리포좀 조제물, 리포펙틴 또는 침전제 등을 포함하여, 세포에 유입을 보조하거나, 촉진하거나 또는 용이하게 하도록 작용하는 임의의 전달 비히클이 아닌 담체 또는 희석제와 함께 직접 전달되거나 또는 투여될 수 있다.
핵산 분자는 바이러스 서열, 바이러스의 특정, 리포좀 조제물, 리포펙틴 또는 침전제 등을 포함하여 세포에 유입을 보조하거나, 촉진하거나 또는 용이하게 하도록 작용하는 담체 또는 희석제 또는 임의의 다른 전달 비히클과 함께 핵산 분자의 직접 적용에 의해 피험자에게 전달되거나 또는 투여될 수 있다. 미국출워ㅝㄴ 공개 20070155658호에서 설명된 것과 같이 원하는 피험자에 핵산의 도입을 용이하게 하는 폴리펩티드(예를 들어, 멜라민 유도체, 예컨대 2,4,6-트라이구아니디노 트라이아진 및 2,4,6-트라아미도사코실 멜라민, 폴리아르기닌 폴리펩티드 및 교차의 글루타민 및 아스파라긴 잔기를 포함하는 폴리펩티드).
핵산 분자의 전달 방법은 문헌[Akhtar et al., Trends Cell Bio., 2: 139 (1992); Delivery Strategies for 안티센스 올리고뉴클레오티드 Therapeutics, ed. Akhtar, (1995), Maurer et al., Mol. Membr. Biol., 16: 129-140 (1999); Hofland and Huang, Handb. Exp. Pharmacol., 137: 165-192 (1999); 및 Lee et al., ACS Symp. Ser., 752: 184-192 (2000); 미국 특허 제6,395,713호; 제6,235,310호; 제5,225,182호; 제5,169,383호; 제5,167,616호; 제4,959217호; 제4,925,678호; 제4,487,603호; 및 제4,486,194호 및 Sullivan 등의 국제특허출원 WO 94/02595; 국제특허출원 WO 00/03683 및 국제특허출원 WO 02/08754; 및 미국 특허출원 공개 2003077829호]에서 설명된다. 이 프로토콜은 사실상 임의의 핵산 분자의 전달에 이용될 수 있다. 핵산 분자는 당업자에게 알려진 다양한 방법에 의해 세포에 투여될 수 있다. 이에 제한되는 것은 아니지만, 리포좀 내로 캡슐화, 이온도입법, 또는 다른 비히클, 예컨대 생분해가능한 폴리머, 하이드로겔, 사이클로덱스트린(예를 들어, Gonzalez et al., Bioconjugate Chem., 10: 1068-1074 (1999); Wang et al., 국제특허출원 공개 WO 03/47518 및 WO 03/46185), 폴리(락틱-코-글라이콜)산(PLGA) 및 PLCA 마이크로스피어(예를 들어 미국 특허 6,447,796호 및 미국출원 공개 2002130430호), 생분해가능한 나노캡슐 및 생부착성 마이크로스피어, 또는 단백질성 벡터(O'Hare and Normand, 국제특허출원 WO 00/53722)에 포함에 의하는 것을 포함하여, 당업자에게 알려진 다양한 방법에 의해 세포에 투여될 수 있다. 대안으로, 핵산/비히클 조합은 직접 주사 또는 인퓨전 펌프의 사용에 의해 국소적으로 전달된다. 피하, 근육내, 또는 피내이든 아니든 본 발명의 핵산 분자의 직접 주사는 표준 바늘 및 주사기 방법을 사용하여, 또는 문헌[Conry et al., Clin. Cancer Res., 5: 2330-2337 (1999) 및 Barry et al., 국제특허출원 WO 99/31262]에서 설명된 것과 같은 무 바늘 기법에 의해 일어날 수 있다.
본 발명의 분자는 약제학적 약제로 사용될 수 있다. 약제학적 약제는 피험자의 질병 상태를 예방하고, 발생을 조절하거나, 치료한다(일정한 정도로 증상을, 바람직하게는 모든 증상을 완화한다).
핵산 분자는 리포좀 내에서 포장된 양이온성 지질과 복합체화 될 수 있고, 또 다르게는 표적 세포 또는 조직에 전달될 수 있다. 핵산 또는 핵산 복합체는 생폴리머 내 그것의 포함과 함께 또는 포함 없이 적절한 생체 밖 조직, 직접 피부 도포, 경피 도포, 또는 주사를 통해 생체 내에 국소적으로 투여될 수 있다. 본 발명의 핵산 분자는 표 1에 나타내는 서열을 포함할 수 있다. 이러한 핵산 분자의 예는 필수적으로 표 1에 제공된 서열로 이루어진다.
전달 시스템은 폴리(에틸렌 글라이콜)지질을 함유하는 표면-변형된 리포좀(PEG-변형된, 또는 장기 순환(long-circulating) 리포좀 또는 스텔스 리포좀)을 포함한다. 이 조제물은 표적 조직 내 약물 축적을 증가시키는 방법을 제공한다. 약물 담체의 이런 분류는 단핵세포 식세포 시스템(mononuclear phagocytic system: MPS 또는 RES)에 의한 옵소닌작용(opsonization) 및 제거에 저항하며, 이것에 의해 더 긴 혈액 순환 시간 및 캡슐화된 약물에 대한 향상된 조직 노출을 가능하게 한다(Lasic et al. Chem. Rev. 1995, 95, 2601-2627; Ishiwata et al., Chem. Pharm. Bull. 1995, 43, 1005-1011).
핵산 분자는, 예를 들어 폴리에틸렌이민-폴리에틸렌글라이콜-N-아세틸갈락토사민(PEI-PEG-GAL) 또는 폴리에틸렌이민-폴리에틸렌글라이콜-트라이-N-아세틸갈락토사민(PEI-PEG-triGAL) 유도체, 그래프트된 PEI, 예컨대 갈락토스 PEI, 콜레스테롤 PEI, 항체 유도체화된 PEI, 및 그것의 폴리에틸렌 글라이콜 PEI(PEG-PEI) 유도체를 포함하는 폴리에틸렌이민(예를 들어, 선형 또는 분지형 PEI) 및/또는 폴리에틸렌이민 유도체와 함께 조제되거나 복합체화될 수 있다(예를 들어 문헌[Ogris et al., 2001, AAPA PharmSci, 3, 1-11; Furgeson et al., 2003, Bioconjugate Chem., 14, 840-847; Kunath et al., 2002, Pharmaceutical Research, 19, 810-817; Choi et al., 2001, Bull. Korean Chem. Soc., 22, 46-52; Bettinger et al., 1999, Bioconjugate Chem., 10, 558-561; Peterson et al., 2002, Bioconjugate Chem., 13, 845-854; Erbacher et al., 1999, Journal of Gene Medicine Preprint, 1, 1-18; Godbey et al., 1999., PNAS USA, 96, 5177-5181; Godbey et al., 1999, Journal of Controlled Release, 60, 149-160; Diebold et al., 1999, Journal of Biological Chemistry, 274, 19087-19094; Thomas and Klibanov, 2002, PNAS USA, 99, 14640-14645; Sagara의 미국 특허출원 6,586,524 및 미국 특허출원 공개 20030077829호]를 참조).
핵산 분자는 미국 특허 공개 20010007666호에서 설명되는 것과 같은 막 파괴제와 함께 복합체화될 수 있다. 막 파괴제 또는 막파괴제들 및 핵산분자는 또한 양이온성 지질 또는 헬퍼 지질 분자, 예컨대 미국 특허 6,235,310호에 설명된 지질과 복합체화될 수 있다.
핵산 분자는 예컨대 흡입 장치 또는 분사기에 의해 투여되는 에어로졸 또는 분무 건조된 조제물의 흡입에 의한 폐 전달을 통해 투여되여, 적절한 폐 조직에 핵산 분자의 빠른 국소적 섭취를 제공할 수 있다. 마이크로화된 핵산 조성물의 호흡가능한 건조 입자를 함유하는 고체 미립자 조성물은 핵산 조성물을 분쇄 건조 또는 동결건조시킨 다음, 거대 덩어리를 파괴하거나 분리하기 위해 예를 들어 400 메쉬 스크린을 통해 마이크로화된 조성물을 통과시킴으로써 제조될 수 있다. 본 발명의 핵산 조성물을 포함하는 고체 미립자 조성물은 에어로졸뿐만 아니라 다른 치료적 화합물의 형성을 용이하게 하도록 작용하는 분산제를 선택적으로 함유할 수 있다. 적당한 분산제는 락토스이며, 이는 1 내지 1 중량비와 같은 임의의 적당한 비로 핵산 화합물과 배합될 수 있다.
액체 입자의 에어로졸은 본 명세서에 개시된 핵산 분자를 포함할 수 있으며, 분사기와 같은 임의의 적당한 수단에 의해 생성될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 제4,501,729호). 분사기는 압축된 기체, 전형적으로 공기 또는 산소의 가속에 의해, 좁은 벤투리(venturi) 오리피스(orifice)를 통해 또는 초음파 교반을 통해 치료적 에어로졸에 활성 성분의 용액 또는 현탁액을 변환시키는 상업적으로 이용가능한 장치이다. 분사기에서 사용을 위한 적합한 조제물은 조제물의 40% w/w 이하, 바람직하게는 20% w/w 미만의 양으로 액체 담체 내 활성 성분을 포함한다. 담체는 전형적으로 물 또는 희석 수성 알코올 용액이며, 바람직하게는 예를 들어 염화나트륨 또는 다른 적합한 염의 첨가에 의해 체액과 함께 등장성으로 만들어진다. 조제물이 멸균으로 제조되지 않는다면, 다른 첨가제는, 보존제, 예를 들어 메틸 하이드록시벤조에이트, 항산화제, 향미제, 휘발성 오일, 완충제 및 에멀젼화제 및 다른 조제물 계면활성제를 포함한다. 활성 조성물 및 계면활성제를 포함하는 고체 입자의 에어로졸은 마찬가지로 임의의 고체 미립자 에어로졸 발생기에 의해 생성될 수 있다. 고체 미립자 치료제를 피험자에 투여하기 위한 에어로졸 발생기는 상기 설명한 바와 같이 호흡할 수 있는 입자를 만들고, 인간 투여에 적당한 비율로 치료제 조성물의 사전결정된 정량을 함유하는 에어로졸 부피를 발생시킨다. 고체 미립자 에어로졸 발생기의 한 예시적 형태는 취입기이다. 취입에 의한 투여에 적당한 조제물은 취입기에 의해 전달될 수 있는 미세하게 세분된 분말을 포함한다. 취입기에서, 본 명세서에서 설명된 치료를 수행하기에 효과적인 분말, 예를 들어 그것의 정량은 전형적으로 젤라틴 또는 플라스틱으로 만들어지고, 인시츄로 구멍이 뚫기거나 개방된 캡슐 또는 카트리지, 및 흡입 시 장치를 통해 또는 수동으로 조작된 펌프에 의해 회수된 공기에 의해 전달되는 분말에 함유될 수 있다. 취입기에 사용된 분말은 단지 활성 성분 또는 활성 성분을 포함하는 분말 배합, 적당한 분말 희석제, 예컨대 락토스, 및 선택적 계면활성제로 이루어진다. 활성 성분은 전형적으로 0.1 내지 100% w/w의 조제물을 포함한다. 예시적 에어로졸 발생기의 두 번째 형태는 정량 흡입기이다. 정량 흡입기는 전형적으로 액화된 추진제 중의 활성 성분의 현탁액 또는 고체 조제물을 함유하는 기밀구조의 에어로졸 디스펜서이다. 이 장치의 사용 동안 활성 성분을 함유하는 미세한 입자 분무를 생성하는 계량된 부피를 전달하는데 적합한 밸브를 통해 조제물을 내보낸다. 적당한 추진제는 특정 클로로플루오로탄소 화합물, 예를 들어 다이클로로다이플루오로메탄, 트라이클로로플루오로메탄, 다이클로로테트라플루오로에탄 및 그것의 혼합물을 포함한다. 조제물은 추가적으로 하나 이상의 공용매, 예를 들어 에탄올, 에멀젼화제 및 다른 조제물 계면활성제, 예컨대 올레산 또는 소르비탄 트라이올레이트, 항산화제 및 적당한 향미제를 함유할 수 있다. 폐 투여를 위한 다른 방법은, 예를 들어 미국 특허출원 20040037780호, 및 미국 특허 제6,592,904호; 제6,582,728호; 제6,565,885호에서 설명된다. 국게 특허 공개 WO2008/132723호는 특히 호흡계에서 일반적으로 올리고뉴클레오티드, 및 siRNA의 에어로졸 전달에 관한 것이다.
핵산 분자는 중추신경계(CNS) 또는 말초신경계(PNS)에 투여될 수 있다. 실험은 뉴런에 의한 핵산의 생체 내 흡수 효율을 증명하였다. 이에 대하여, 예를 들어 문헌[Sommer et al., 1998, 안티센스 Nuc. Acid Drug Dev., 8, 75; Epa et al., 2000, 안티센스 Nuc. Acid Drug Dev., 10, 469; Broaddus et al., 1998, J. Neurosurg., 88(4), 734; Karle et al., 1997, Eur. J. Pharmocol., 340(2/3), 153; Bannai et al., 1998, Brain Research, 784(1,2), 304; Rajakumar et al., 1997, Synapse, 26(3), 199; Wu-pong et al., 1999, BioPharm, 12(1), 32; Bannai et al., 1998, Brain Res. Protoc., 3(1), 83; 및 Simantov et al., 1996, Neuroscience, 74(1), 39]를 참조한다. 따라서 핵산 분자는 CNS 및/또는 PNS에서 세포에 전달 및 세포에 의한 흡수를 잘 받아들인다.
CNS에 핵산 분자의 전달은 다양한 상이한 전략에 의해 제공된다. 사용될 수 있는 CNS 전달에 대한 전통적인 접근은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 척추강 및 뇌혈관 내 투여, 카테터의 이식 및 펌프, 직접 주사 또는 상처 또는 병변 자리에서 관류, 뇌 동맥계에 주사, 또는 혈액뇌장벽의 화학적 또는 삼투압 개방에 의하는 것을 포함한다. 다른 접근은, 예를 들어 컨쥬게이트 및 생분해가능한 폴리머의 사용을 통해 다양한 수송 및 담체 시스템의 사용을 포함할 수 있다. 더 나아가, 예를 들어 Kaplitt 등의 미국 특허 제6,180,613호 및 Davidson의 WO 04/013280에서 설명되는 것과 같은 유전자 치료 접근이 CNS에서 핵산 분자를 발현시키기 위해 사용될 수 있다.
전달 시스템은, 예를 들어 수성 및 비수성 겔, 크림, 다수의 에멀젼, 마이크로에멀전, 리포좀, 연고, 수성 및 비수성 용액, 로션, 에어로졸, 탄화수소계 및 분말을 포함할 수 있고, 부형제, 예컨대 가용화제, 침투 향상제(예를 들어, 지방산, 지방산 에스터, 지방 알코올 및 아미노산), 및 친수성 폴리머(예를 들어, 폴리카보필 및 폴리비닐피롤리돈)을 함유할 수 있다. 한 구체예에서, 약제학적으로 허용가능한 담체는 리포좀 또는 경피성 향상제이다. 본 발명에 사용될 수 있는 리포좀의 예는 다음을 포함한다: (1) 셀펙틴(CellFectin), N,NI,NII,NIII-테트라메틸-N,NI,NII,NIII-테트라팔미트-일-스페르민 및 다이올레오일 포스파티딜에탄올아민(DOPE)(GIBCO BRL)의 1:1.5(M/M) 리포좀 조제물; (2) 사이토펙틴 GSV, 양이온성 지질 및 DOPE(Glen Research)의 2:1(M/M) 리포좀 조제물; (3) DOTAP(N-[1-(2,3-다이올레오일)-N,N,N-트라이-메틸-암모늄메틸설페이트)(Boehringer Manheim); 및 (4) 리포펙타민, 폴리양이온성 지질 DOSPA의 3:1(M/M) 리포좀 조제물, 중성 지질 DOPE (GIBCO BRL) 및 다이-알킬화된 아미노산(DiLA2).
전달 시스템은 패치, 정제, 좌약, 페서리, 겔 및 크림을 포함할 수 있으며, 부형제, 예컨대 가용화제 및 향상제(예를 들어, 프로필렌 글라이콜, 담즙산 염 및 아미노산), 및 다른 비히클(예를 들어, 폴리에틸렌 글라이콜, 지방산 에스터 및 유도체, 및 친수성 폴리머, 예컨대 하이드록시프로필메틸셀룰로스 및 히알루론산)를 함유할 수 있다.
핵산 분자는 그래프트된 PEI, 예컨대 갈락토스 PEI, 콜레스테롤 PEI, 항체 유도체화된 PEI, 및 그것의 폴리에틸렌 글라이콜 PEI (PEG-PEI) 유도체를 포함하는 폴리에틸렌이민(예를 들어, 선형 또는 분지형 PEI) 및/또는 폴리에틸렌이민 유도체와 함께 조제되거나 복합체화될 수 있다(예를 들어 문헌[Ogris et al., 2001, AAPA PharmSci, 3, 1-11; Furgeson et al., 2003, Bioconjugate Chem., 14, 840-847; Kunath et al., 2002, Pharmaceutical Research, 19, 810-817; Choi et al., 2001, Bull. Korean Chem. Soc., 22, 46-52; Bettinger et al., 1999, Bioconjugate Chem., 10, 558-561; Peterson et al., 2002, Bioconjugate Chem., 13, 845-854; Erbacher et al., 1999, Journal of Gene Medicine Preprint, 1, 1-18; Godbey et al., 1999., PNAS USA, 96, 5177-5181; Godbey et al., 1999, Journal of Controlled Release, 60, 149-160; Diebold et al., 1999, Journal of Biological Chemistry, 274, 19087-19094; Thomas and Klibanov, 2002, PNAS USA, 99, 14640-14645; 및 Sagara의 미국 특허 제6,586,524호]를 참조한다).
핵산 분자는 바이오컨쥬게이트, 예를 들어 핵산 컨쥬게이트 Vargeese 등의 미국 특허 출원 제10/427,160호; 미국 특허 제6,528,631호; 미국 특허 제6,335,434호; 미국 특허 제6,235,886호; 미국 특허 제6,153,737호; 미국 특허 제5,214,136호; 미국 특허 제 5,138,045호에서 설명되는 핵산 컨쥬게이트를 포함할 수 있다.
본 명세서에 개시된 조성물, 방법 및 키트는 핵산 분자의 발현을 허용하는 방식으로 본 발명의 적어도 하나의 핵산 분자를 암호화하는 핵산 서열을 포함하는 발현 벡터를 포함할 수 있다. dsRNA의 가닥을 발현시킬 수 있는 핵산 분자 또는 하나 이상의 벡터를 세포 환경에 도입할 수 있는 방법은 세포 형태 및 그것의 구성 환경에 의존할 것이다. 핵산 분자 또는 벡터 구성체는 세포에 직접 도입될 수 있고(즉, 세포 내로); 또는 세포 밖으로 공동, 틈새 공간에 도입되며, 유기체의 순환에 경구로 도입되고, 또는 dsRNA를 함유하는 용액에서 유기체 또는 세포를 중탕함으로써 도입될 수 있다. 세포는 바람직하게는 포유류 세포; 더 바람직하게는 인간 세포이다. 발현 벡터의 핵산 분자는 센스 영역 및 안티센스 영역을 포함할 수 있다. 안티센스 영역은 hsp47을 암호화하는 RNA 또는 DNA 서열에 상보적인 서열을 포함할 수 있으며, 센스 영역은 안티센스 영역에 상보적인 서열을 포함할 수 있다. 핵산 분자는 상보적 센스 및 안티센스 영역을 가지는 2개의 별개의 가닥을 포함할 수 있다. 핵산 분자는 상보적 센스 및 안티센스 영역을 가지는 단일 가닥을 포함할 수 있다. 표적 RNA 분자와 상호작용하고 표적 RNA 분자(예를 들어, 본 명세서에서 Genbank 등록 번호에 의해 언급된 표적 RNA 분자)를 암호화하는 유전자를 하향 조절하는 핵산 분자는 DNA 또는 RNA 벡터에 삽입된 전사 단위로부터 발현될 수 있다. 재조합 벡터는 DNA 플라스미드 또는 바이러스 벡터일 수 있다. 바이러스 벡터를 발현시키는 핵산 분자는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 아데노-관련 바이러스, 레트로바이러스, 아데노바이러스 또는 알파바이러스에 기반하여 구성될 수 있다. 핵산 분자를 발현시킬 수 있는 재조합 벡터는 본 명세서에서 설명되는 바와 같이 전달될 수 있고, 표적 세포에서 지속될 수 있다. 대안으로, 바이러스 벡터는 핵산 분자의 일시적 발혐을 제공하도록 사용될 수 있다. 이러한 벡터는 필요하다면 반복적으로 투여될 수 있다. 일단 발현되면, 핵산 분자는 결합하고, RNA 간섭(RNAi)을 통해 유전자 작용 또는 발현을 하향조절한다. 벡터를 발현시키는 핵산 분자의 전달은 전신성, 예컨대 정맥내 또는 근육내 투여에 의해, 피험자로부터 외식된(ex-planted) 표적세포에 투여 후 피험자에 재도입에 의해, 또는 원하는 표적 세포에 도입시키는 임의의 다른 수단에 의할 수 있다.
발현 벡터는 핵산 분자의 발현을 허용하는 방식으로, 본 명세서에 개시된 적어도 하나의 핵산 분자를 암호화하는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 예를 들어, 벡터는 듀플렉스를 포함하는 핵산 분자의 양 가닥을 암호화하는 서열(들)을 함유할 수 있다. 벡터는 또한 자기 상보적인 단일 핵산 분자를 암호화하는 서열(들)을 함유하며 따라서 핵산 분자를 형성할 수 있다. 이러한 발현 벡터의 비제한적 예는, 문헌[Paul et al., 2002, Nature Biotechnology, 19, 505; Miyagishi and Taira, 2002, Nature Biotechnology, 19, 497; Lee et al., 2002, Nature Biotechnology, 19, 500; 및 Novina et al., 2002, Nature Medicine, advance online publication doi:10.1038/nm725]에서 설명된다. 발현 벡터는 또한 포유류(예를 들어, 인간) 세포에 포함될 수 있다.
발현 벡터는 동일 또는 상이할 수 있는 2 이상의 핵산 분자를 암호화하는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 발현 벡터는 Genbank 등록 번호 NM_001235, 예를 들어 표 1에서 제시된 것으로 언급된 핵산 분자에 상보적인 핵산 분자에 대한 서열을 포함할 수 있다.
발현 벡터는 핵산 듀플렉스의 하나 또는 양 가닥, 또는 핵산 듀플렉스로 ㅎ\자기 혼성화하는 단일의 자기-상보적 가닥을 암호화할 수 있다. 핵산 분자를 암호화하는 핵산 서열은 핵산 분자의 발현을 허용하는 방식으로 작동가능하게 연결된다(예를 들어 문헌[Paul et al., 2002, Nature Biotechnology, 19, 505; Miyagishi and Taira, 2002, Nature Biotechnology, 19, 497; Lee et al., 2002, Nature Biotechnology, 19, 500; 및 Novina et al., 2002, Nature Medicine, advance online publication doi:10.1038/nm725]를 참조한다).
발현 벡터는 다음 중 한 가지 이상을 포함할 수 있다: a) 전사 개시 영역(예를 들어, 진핵 pol I, II 또는 III 개시 영역); b) 전사 종결 영역(예를 들어, 진핵 pol I, II 또는 III 종결 영역); c) 인트론 및 d) 핵산 분자 중 적어도 하나를 암호화하는 핵산 서열, 상기 서열은 핵산 분자의 발현 및/또는 전달을 허용하는 방식으로 개시 영역 및 종결 영역에 작동가능하게 연결된다. 벡터는 핵산 분자를 암호화하는 서열의 5' 측 또는 3'-측 상에 작동가능하게 연결된 단백질에 대한 오픈 리딩 프레임(open reading frame: ORF)을 선택적으로 포함할 수 있다.
핵산 분자 서열의 전사는 진핵 RNA 폴리머라제 I(pol I), RNA 폴리머라제 II(pol II), 또는 RNA 폴리머라제 III(pol III)에 대한 프로모터로부터 구동될 수 있다. pol II 또는 pol III 프로모터로부터 전사는 모든 수준에서 높은 수준으로 발현되며; 주어신 세포 형태에서 주어진 pol II 프로모터의 수준은 근처에 존재하는 유전자 조절 서열(인핸서, 사일런서(silencer) 등)의 특성에 의존한다. 원핵 RNA 폴리머라제 프로모터가 또한 사용되며, 단 원핵 RNA 폴리머라제 효소는 적합한 세포 내에서 발현된다(Elroy-Stein and Moss, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 6743-7; Gao and Huang 1993, Nucleic acids Res., 21, 2867-72; Lieber et al., 1993, Methods Enzymol., 217, 47-66; Zhou et al., 1990, Mol. Cell. Biol., 10, 4529-37). 몇몇 연구원들은 이러한 프로모터로부터 발현된 핵산 분자가 포유류 세포에서 작용할 수 있다는 것을 증명하였다(예를 들어, Kashani-Sabet et al., 1992, Antisense Res. Dev., 2, 3-15; Ojwang et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 10802-6; Chen et al., 1992, Nucleic acids Res., 20, 4581-9; Yu et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90, 6340-4; L'Huillier et al., 1992, EMBO J., 11, 4411-8; Lisziewicz et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 90, 8000-4; Thompson et al., 1995, Nucleic acids Res., 23, 2259; Sullenger & Cech, 1993, Science, 262, 1566). 더 구체적으로, U6 소형 핵(snRNA), 운반 RNA(tRNA) 및 아데노바이러스 VA RNA를 암호화하는 유전자로부터 유래된 것과 같은 전사 단위는 원하는 RNA 분자, 예컨대 세포 내 siNA의 고농도를 만드는데 유용하다(Thompson et al., supra; Couture and Stinchcomb, 1996, supra; Noonberg et al., 1994, Nucleic acid Res., 22, 2830; Noonberg et al., U.S. Pat. No. 5,624,803; Good et al., 1997, Gene Ther., 4, 45; Beigelman et al., 국제특허출원 WO 96/18736). 상기 핵산 전사 단위는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 플라스미드 DNA 벡터, 바이러스 DNA 벡터(예컨대 아데노바이러스 또는 아데노-관련 바이러스 벡터), 또는 바이러스 RNA 벡터(예컨대 레트로바이러스 또는 알파바이러스 벡터)를 포함하는 포유류 세포에 도입을 위해 다양한 벡터에 포함될 수 있다(상술한 Couture and Stinchcomb, 1996 참조).
핵산 분자는 진핵 프로모터로부터 세포 내에서 발현될 수 있다(예를 들어, 문헌[Izant and Weintraub, 1985, Science, 229, 345; McGarry and Lindquist, 1986, Proc. Natl. Acad. Sci., USA 83, 399; Scanlon et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 10591-5; Kashani-Sabet et al., 1992, Antisense Res. Dev., 2, 3-15; Dropulic et al., 1992, J. Virol., 66, 1432-41; Weerasinghe et al., 1991, J. Virol., 65, 5531-4; Ojwang et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 10802-6; Chen et al., 1992, Nucleic acids Res., 20, 4581-9; Sarver et al., 1990 Science, 247, 1222-1225; Thompson et al., 1995, Nucleic acids Res., 23, 2259; Good et al., 1997, Gene Therapy, 4, 45]를 참조한다). 당업자는 임의의 핵산이 적절한 DNA/RNA 벡터로부터 유래된 진핵 세포 내에서 발현될 수 있다는 것을 인식한다. 이러한 핵산의 활성은 효소적 핵산에 의한 1차 전사로부터 그것들의 방출에 의해 증가될 수 있다(문헌[Draper et al., PCT WO 93/23569, and Sullivan et al., PCT WO 94/02595; Ohkawa et al., 1992, Nucleic acids Symp. Ser., 27, 15-6; Taira et al., 1991, Nucleic acids Res., 19, 5125-30; Ventura et al., 1993, Nucleic acids Res., 21, 3249-55; Chowrira et al., 1994, J. Biol. Chem., 269, 25856]).
바이러스 입자에 포장된 바이러스 구성체는 세포에 발현 구성체의 효율적인 도입과 발현 구성체에 의해 암호화된 dsRNA 구성체의 전사를 성취한다.
경구 도입을 위한 방법은 유기체의 먹이와 RNA의 직접 혼합뿐만 아니라 먹이로 사용된 종이 RNA를 발현시키도록 유전자조작된 다음, 영향받는 유기체에 공급되는 유전자 조작 접근을 포함한다. 세포에 핵산 분자 용액을 도입하기 위해 물리적 방법이 사용될 수 있다. 핵산을 도입하기 위한 물리적 방법은, 핵산 분자를 함유하는 용액, 핵산 분자에 의해 다뤄지지 않는 입자에 의한 충격, RNA 용액에서 세포 또는 유기체의 담지, 또는 핵산 분자의 존재 하에서 세포막의 전기천공법을 포함한다.
세포에 핵산을 도입하기 위해 당업계에 알려진 다른 방법은, 예컨대 지질-매개 담체 수송, 칼륨 포스페이트와 같은 화학물질 매개 수송 등으로 사용될 수 있다. 따라서 핵산 분자는 다음의 활성 중 한 가지 이상을 수행하는 성분과 함께 도입될 수 있다: 세포에 의한 RNA 흡수를 향상, 듀플렉스 가닥의 풀어짐을 촉진, 풀어진 가닥을 안정화, 또 다르게는 표적 유전자의 억제를 증가.
핵산 분자 또는 벡터 구성체는 적당한 조제물을 사용하여 세포에 도입될 수 있다. 하나의 바람직한 조제물은 Lipofectamine(상표명) 2000(미국 캘리포니아에 소재한 Invitrogen)과 같은 지질 조제물, 리포좀에 결합된 비타민 A(문헌[Sato et al. Nat Biotechnol 2008; 26:431-442, 국제특허출원 WO 2006/068232호])를 가진다. 지질 조제물은 또한 예컨대 정맥내, 근육내, 또는 복막내 주사에 의해, 또는 경구로 또는 흡입 또는 당업계에 알려진 다른 방법에 의해 동물에 투여될 수 있다. 조제물이, 예컨대 포유류 및 더 바람직하게는 인간에 투여를 위해 적합할 때, 조제물은 또한 약제학적으로 허용가능하다. 올리고뉴클레오티드에 대해 약제학적으로 허용가능한 조제물은 알려져 있고, 사용될 수 있다. 일부 예에서, 완충제 또는 식염수 용액 중에서 dsRNA를 조제하고, 난모세포에 의한 연구에서와 같이 조제된 dsRNA를 세포에 직접 주입하는 것은 바람직할 수 있다. dsRNA 듀플렉스의 직접 주입이 또한 행해질 수 있다. dsRNA의 동입에 적당한 방법에 대해, 본 명세서에 참고로 포함된 미국 특허 출원 제2004/0203145호, 제20070265220호를 참조한다.
폴리머 나노캡슐 또는 마이크로캡술은 캡슐화된 또는 결합된 dsRNA의 세포에 수송 및 방출을 용이하게 한다. 그들은 특히 폴리뷰틸시아노아크릴레이트를 포함하는 폴리머 및 폴리머 물질을 포함한다. 물질 및 제조 방법의 요약은 공개되어 있다(문헌[Kreuter, 1991]를 참조한다). 나노입자 제조의 당업자가 보통의 기술에 따라서 적절하게 선택할 수 있는 폴리머 분자의 분자량 및 분자량 분포에 따라서, 폴리머화/나노입자 발생 단계에서 모노머 및/또는 올리고머 전구체로부터 형성된 폴리머 물질은 선행기술로부터 그 자체가 알려져 있다.
핵산 분자는 마이크로에멀젼으로 조제될 수 있다. 마이크로에멀젼은 단일의 선택적으로 등장성이고 열역학적으로 안정한 액체 용액인 물, 오일 및 양쪽성의 시스템이다. 전형적으로, 마이크로에멀젼은 우선 수중유 계면활성제 용액을 분산시킨 다음 충분한 양의 4번째 성분, 일반적으로 중간체 쇄-길이 알코올을 첨가하여 투명한 시스템을 형성한다.
마이크로에멀젼의 제조에 사용될 수 있는 계면활성제는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 이온 계면활성제, 비이온성 계면활성제, Brij 96, 폴리옥시에틸렌 올레일 에테르, 폴리글라이세롤 지방산 에스터, 테트라글라이세롤 모노라우레이트(ML310), 테트라글라이세롤 모노올레이트(MO310), 헥사글라이세롤 모노올레이트(PO310), 헥사글라이세롤 펜타올레이트(PO500), 데카글라이세롤 모노카프레이트(MCA750), 데카글라이세롤 모노올레이트(MO750), 데카글라이세롤 세퀴올레이트(SO750), 데카글라이세롤 데카올레이트(DA0750)을 단독으로 또는 공계면활성제와 조합하여 포함한다. 공계면활성제, 보통 단쇄 알코올, 예컨대 에탄올, 1-프로판올, 및 1-뷰탄올은 계면활성제 막에 침투에 의해서, 및 계면활성제 분자 사이에 만들어진 간극 공간 때문에 장애가 있는 막을 만드는 것에 의해서 계면 유동성을 증가시키는 작용을 한다.
수용성의 가교된 폴리머
전달 조제물은 하나 이상의 분해가능한 가교 지질 모이어티, 하나 이상의 PEI 모이어티, 및/또는 하나 이상의 mPEG(메톡시폴리(에틸렌 글라이콜))를 포함하는 수용성의 분해가능한 가교된 폴리머를 포함할 수 있다.
분해가능한 지질 모이어티는 바람직하게는 다음의 구조적 모티프를 가지는 화합물을 포함한다:
[A]
상기 화학식에서, 에스터 결합은 생분해가능한 기이며, R은 상대적으로 소수성인 "리포" 기이고, 나타낸 구조적 모티프는 m배로 생기며, m은 약 1 내지 약 30의 범위에 있다. 예를 들어, 어떤 구체예에서 R은 C2-C50 알킬, C2-C50 헤테로알킬, C2-C50 알케닐, C2-C50 헤테로알케닐, C5-C50 아릴; C2-C50 헤테로아릴; C2-C50 알키닐알키닐, C2-C50 헤테로알키닐, C2-C50 카복시알케닐, 및 C2-C50 카복시헤테로알케닐로 이루어진 군으로부터 선택된다. 바람직한 구체예에서, R은 4 내지 30개의 탄소, 더 바람직하게는 8 내지 24개의 탄소 또는 스테롤, 바람직하게는 콜레스테릴 모이어티를 가지는 포화 또는 불포화된 알킬이다. 바람직한 구체예에서, R은 올레산, 라우르산, 미리스트산, 팔미트산, 마르가르산, 스테아르산, 아라키딘산, 베헤산 또는 리그노세르산이다. 가장 바람직한 구체예에서, R은 올레산이다.
화학식 (A)의 N은 전자쌍 또는 수소원자에 대한 결합을 가질 수 있다. N이 전자쌍을 가질 때, 반복 단위는 낮은 pH에서 양이온성일 수 있다.
분해가능한 가교성 지질 모이어티는 하기 반응식 A에서 나타내는 바와 같이 폴리에틸렌이민(PEI)과 반응될 수 있다.
반응식 A
반응식 A에서, R은 상기 설명한 것과 동일한 의미를 가진다. PEI는 화학식 B의 반복 단위를 함유할 수 있으며, 이때 x는 약 1 내지 약 100의 범위에 있는 정수이고, y는 약 1 내지 약 100의 범위에 있는 정수이다.
(화학식 B)
반응식 A에서 예시된 반응은 PEI 및 다이아크릴레이트 I을 에탄올, 메탄올 또는 다이클로로메탄과 같은 공통 용매(mutual solvent) 중에서 교반과 함께, 바람직하게는 몇 시간 동안 실온에서 내부 혼합한 다음, 용매를 증발시켜 얻어진 폴리머를 회수함으로써 수행될 수 있다. 임의의 특정 이론에 구속되는 것을 바라지는 않지만, PEI와 다이아크릴레이트 I 사이의 반응은 다이아크릴레이트의 이중 결합(들)을 가지는 PEI의 하나 이상의 아민들 사이의 마이클 반응(Michael reaction)을 수반한다(예를 들어, 문헌[J. March, Advanced Organic Chemistry 3rd Ed., pp. 711-712 (1985)]). 반응식 A에서 나타낸 다이아크릴레이트는 미국출원 제 11/216,986호(미국 공개 2006/0258751호)에서 설명하는 방식으로 제조될 수 있다.
PEI의 분자량은 바람직하게는 약 200 내지 25,000 달톤, 더 바람직하게는 400 내지 5,000 달톤, 또한 더 바람직하게는 600 내지 2000달톤의 범위에 있다. PEI는 분지형 또는 선형 중 하나일 수 있다.
PEI 대 다이아크릴레이트의 몰비는 바람직하게는 약 1:2 내지 약 1:20의 범위에 있다. 양이온성 리포폴리머의 중량평균분자량은 약 500 달톤 내지 약 1,000,000 달톤의 범위, 바람직하게는 약 2,000 달톤 내지 약 200,000 달톤의 범위에 있을 수 있다. 분자량은 PEG 표준을 사용하여 또는 아가로스 겔 전기영동에 의해 크기 배제 크로마토그래피에 의해 결정될 수 있다.
양이온성 리포폴리머는 바람직하게는 분해가능하며, 더 바람직하게는 생체분해가능하고, 예를 들어 가수분해, 효소 절단, 환원, 광-절단(photo-cleavage), 및 초음파로 이루어진 군으로부터 선택된 메커니즘에 의해 분해가능하다. 임의의 특정 이론에 구속되는 것을 바라지는 않지만, 세포 내 화학식 II의 양이온성 리포폴리머의 분해는 에스터 결합의 효소적 절단 및/또는 가수분해에 의해 진행되는 것으로 믿어진다.
합성은 상기 설명한 바와 같이 PEI 모이어티를 가지는 분해가능한 지질 모이어티를 반응시킴으로써 수행될 수 있다. 다음으로 mPEG(PEG(메톡시폴리(에틸렌 글라이콜)의 매탈 에터 유도체)가 첨가되어 분해가능한 가교된 폴리머를 형성한다. 바람직한 구체예에서, 반응은 실온에서 수행된다. 반응 생성물은 크로마토그래피 기법을 포함하는 당업계에 알려진 임의의 수단에 의해 분리될 수 있다. 바람직한 구체예에서, 반응 생성물은 침전 후 원심분리에 의해 제거될 수 있다.
투약량
투여되는 유용한 투약량 및 특정 투여 방식은 세포 형태, 또는 생체내 사용, 연력, 중량 및 특정 동물 및 치료되는 영역,사용되는 특정 핵산 및 전달 방법, 생각되는 치료적 또는 진단적 용도, 및 조제물의 형태, 예를 들어 현탁액, 에멀젼, 미셀 또는 리포좀과 같은 이러한 인자에 의존하여 다를 것이며, 이는 당업자에 의해 용이하게 명백할 것이다. 전형적으로, 투약략은 더 낮은 수준으로 투여되며 원하는 효과가 달성될 때까지 증가된다.
지질이 핵산을 전달하기 위해 사용될 때, 투여되는 지질 화합물의 양은 다를 수 있고, 일반적으로 투여되는 핵산의 양에 의존한다. 예를 들어, 지질 화합물 대 핵산의 중량비는 바람직하게는 약 1:1 내지 약 30:1이며, 약 5:1 내지 약 10:1의 중량비가 더 바람직하다.
핵산 분자의 적합한 투약량은 1일마다 수용인의 킬로그램 체중 당 0.001 내지 0.25 밀리그램의 범위, 또는 1일마다 킬로그램 체중 당 0.01 내지 20 마이크로그램의 범위, 1일마다 킬로그램 체중 당 0.01 내지 10마이크로그램의 범위 또는 1일마다 킬로그램 체중 당 0.10 내지 5 마이크로그램의 범위, 또는 1일마다 킬로그램 체중 당 0.1 내지 2.5 마이크로그램의 범위일 수 있다.
핵산 분자의 적당한 양이 도입될 수 있고, 이 양은 표준 방법을 사용하여 경험적으로 결정될 수 있다. 세포의 환경 내 개개의 핵산 분자 종의 효과적인 농도는 약 1 펨토몰, 약 50 펨토몰, 100 펨토몰, 1 피코몰, 1.5 피코몰, 2.5 피코몰, 5 피코몰, 10 피코몰, 25 피코몰, 50 피코몰, 100 피코몰, 500 피코몰, 1 나노몰, 2.5 나노몰, 5 나노몰, 10 나노몰, 25 나노몰, 50 나노몰, 100 나노몰, 500 나노몰, 1 마이크로몰, 2.5 마이크로몰, 5 마이크로몰, 10 마이크로몰, 100 마이크로몰 또는 그 이상일 수 있다.
투약량은 체중의 ㎏ 당 0.01 ㎍ 내지 1 g일 수 있다(예를 들어, ㎏ 당 0.1 ㎍, 0.25 ㎍, 0.5 ㎍, 0.75 ㎍, 1 ㎍, 2.5 ㎍, 5 ㎍, 10 ㎍, 25 ㎍, 50 ㎍, 100 ㎍, 250 ㎍, 500 ㎍, 1 ㎎, 2.5 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 25 ㎎, 50 ㎎, 100 ㎎, 250 ㎎, 또는 500 ㎎).
1일마다 체중의 킬로그램 당 약 0.1 ㎎ 내지 약 140 ㎎ 순서의 투약량 수준은 상기 표시한 조건의 치료에서 유용하다(1일마다 피험자당 약 0.5 mg 내지 약 7 g). 단일 제형(dosage form)을 만들기 위한 담체 재료와 조합될 수 있는 활성 성분의 양은 치료되는 숙주 및 특정 투여 방식에 의존하여 다르다. 제형 단위는 일반적으로 활성 성분의 약 1 ㎎ 내지 약 500 ㎎ 을 함유한다.
임의의 특정 피험자에 대한 구체적 용량 수준은 사용된 특정 화합물의 활성, 연령, 체중, 일반적 건강상태, 성별, 식이요법, 투여 시간, 투여경로, 및 배설 속도, 약물 조합 및 겪고 있는 특정 질병의 중증도를 포함하는 다양한 인자에 의존하는 것으로 이해된다.
본 명세서에 개시된 핵산분자를 포함하는 약제학적 조성물은 1일 1회, 1일 4회, 1일 3회, 1일 2회, 1일 1회 또는 의학적으로 적절한 임의의 간격 및 임의의 지속기간으로 투여될 수 있다. 그러나 치료제는 또한 하루종일 적절한 간격으로 투여된 2, 3, 4, 5, 6 또는 그 이상의 하위 용량을 함유하는 투약량 단위로 투여될 수 있다. 그 경우에, 각 하위-용량으로 함유된 핵산 분자는 전체 매일의 투약량 단위를 달성하기 위해서 대응적으로 더 작을 수 있다. 투약량 단위는 또한, 예를 들어 수일의 기간에 걸쳐 dsRNA의 지효성의 및 변함없는 방출을 제공하는 통상적인 지효성 방출 조제물을 사용하여, 수 일에 걸쳐 1회 용량에 대해 조제될 수 있다. 지효성 조제물은 당업계에 잘 알려져 있다. 제형은 대응하는 다수의 1일 용량을 함유할 수 있다. 조성물은 다양한 핵산 단위의 합이 충분한 용량을 함유하는 방식으로 조제될 수 있다.
약제학적 조성물,
키트
및 용기
환자에게 핵산분자를 투여하기 위해 또는 분배하기 위해 hsp47의 발현을 감소시키기 위한 본 명세서에서 제공되는 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)를 포함하는 조성물, 키트, 용기 및 조제물이 제공된다. 키트는 적어도 하나의 용기 및 적어도 하나의 라벨을 포함할 수 있다. 적당한 용기는, 예를 들어 보틀, 바이알, 주사기 및 테스트 튜브를 포함한다. 용기는 유리, 금속 또는 플라스틱과 같은 다양한 재로로부터 형성될 수 있다. 용기는 아미노산 서열(들), 소분자(들), 핵산 서열(들), 세포 집단(들) 및/또는 항체(들)을 보유할 수 있다. 한 구체예에서, 용기는 이 목적을 위해 사용된 시약과 함께 세포의 mRNA 발현 프로파일을 시험하는데 사용을 위한 폴리뉴클레오티드를 보유한다. 다른 구체예에서, 용기는 hsp47 단백질 발현 세포 및 조직을 평가하기 위한 사용을 위한, 또는 적절한 연구적, 예후적, 진단적, 예방적 및 치료적 목적을 위한 항체, 그것의 결합 단편 또는 특이적 결합 단백질을 포함하며; 이러한 사용을 위한 지시 및/또는 방향은 이러한 목적을 위해 사용될 수 있는 시약 및 다른 조성물 또는 도구로 이러한 용기 상에 또는 용기와 함께 포함될 수 있다. 키트는 관련된 지시 및/또는 방향을 추가로 포함할 수 있고; 이러한 목적을 위해 사용된 시약 및 다른 조성물 또는 도구가 또한 포함될 수 있다.
용기는 대안으로 질환을 치료, 진단, 예후 또는 예방하는데 효과적인 조성물을 보유할 수 있고 멸균 접근 포트(access port)를 가질 수 있다(예를 들어 용기는 정맥 용액 백 또는 피하주사기 바늘에 의해 뚫릴 수 있는 마개를 가지는 바이알일 수 있다. 조성물 내 활성제는 hsp47과 특이적으로 결합할 수 있고 및/또는 hsp47의 기능을 조절할 수 있는 핵산 분자일 수 있다.
키트는 인산염-완충 식염수, 링거 용액 및/또는 덱스트로스 용액과 같은 약제학적으로 허용가능한 완충제를 포함하는 제2 용기를 추가로 포함할 수 있다. 다른 완충제, 희석제, 필터, 교반제, 바늘, 주사기 및/또는 포장 삽입물을 포함하는 상업적 및 사용자의 견지로부터 바람직한 다른 재료를 사용을 위한 지시 및/또는 설명서와 함께 추가로 포함할 수 있다.
사용 전 핵산분자가 포장될 수 있는 단위 투약 앰플 또는 다회용량 용기는 폴리뉴클레오티드 또는 그것의 약제학적으로 효과적인 용량에 적합한 폴리뉴클레오티드를 함유하는 용액, 또는 다수의 효과적인 용량의 양을 포함하는 밀봉 차단된 용기를 포함할 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 멸균 조제물로 포장되며, 밀봉 차단된 용기는 사용까지 조제물의 무균상태를 보존하도록 설계된다.
세포 면역 반응 요소를 암호화하는 서열 또는 그것의 단편을 포함하는 폴리뉴클레오타이드가 함유되는 용기는 라벨링된 포장을 포함할 수 있고, 라벨은 정부 기관, 예를 들어 미국 식품의약국에 의해 규정된 형태로 주의를 포함할 수 있고, 이 주의는 연방법 하에서 인간 투여를 위한 폴리뉴클레오티드의 제조, 사용, 또는 판매의 기관에 의한 승인을 반영한다.
연방법은 인간 치료에서 약제학적 조성물의 사용이 연방 정부의 기관에 의해 승인될 것을 요구한다. 미국에서, 실시는 미국 식품의약국의 책임이며, 미국 식품의약품화장품법(21 U.S.C.) 301-392조에서 상술되는 확실한 이러한 승인의 적절한 규제를 발행한다. 동물 조직으로부터 만들어제는 생성물을 포함하는 생물학적 재료에 대한 조절은 안전음용수법(42 U.S.C.) 262조 하에서 제공된다. 유사한 승인이 대부분의 국가들에서 요구된다. 규정은 국가별로 다르지만, 개개의 절차는 당업자에게 잘 알려져 있고, 본 명세서에서 제공되는 조성물 및 방법은 바람직하게는 그것에 따른다.
투여되는 투약량은 치료되는 질환의 넓은 정도 및 피험자의 크기뿐만 아니라 치료 빈도 및 투여 경로에 의존한다. 용량 및 빈도를 포함하는 계속되는 치료를 위한 섭생은 초기 반응 및 임상적 판단에 의해 지도될 수 있다. 에어로졸 조제물의 흡입과 같은 다른 비경구 경로가 특정 투여에 필요할 수 있지만, 예를 들어 코, 목, 기관지 조직 또는 폐의 점막에 대한 것과 같은 조직의 틈새 공간에 대해 비경구 주입 경로가 바람직하다.
이와 같이, 약제학적으로 허용가능한 주사가능한 담체에서 용액 중에서 세포 면역 반응 요소 또는 그것의 단편을 암호화하는 서열을 포함하고, 조직 세포가 세포 면역 반응 요소 또는 그것의 단편을 발현시키도록 하는 조직에 대해 틈새로 도입에 적당한 폴리뉴클레오티드, 용액을 포함하는 용기, 및 약제의 제조, 사용 또는 판매를 규제하는 정부 기관에 의해 규정된 형태의 용기와 관련된 주의사항을 포함할 수 있으며, 주의사항은 인간 투여를 위한 폴리뉴클레오티드 용액의 제조, 사용 또는 판매의 기관에 의한 승인을 반영하는, 약제학적 제품이 본 명세서에서 제공된다.
징후
본 명세서에 개시된 핵산 분자는 hsp47과 관련된 질병, 질환 또는 장애, 예컨대 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상, 및 원섬유형성 및 세포 또는 조직 내 hsp47의 수준에 관련되거나 반응하는 임의의 다른 질병 또는 질환을 치료하기 위해 단독으로 또는 다른 치료제와 조합되어 사용될 수 있다. 이와 같이, 본 명세서에 개시된 조성물, 키트 및 방법은 라벨 또는 포장 삽입물을 포함하는 본 명세서에 개시된 핵산 분자의 포장을 포함할 수 있다. 라벨은 간 섬유증, 복막 섬유증, 신장 섬유증 및 폐 섬유증 및 세포 또는 조직 내 hsp47의 수준에 관련되거나 반응하는 임의의 다른 질병 또는 질환의 치료 또는 예방을 위한 사용과 같은 핵산 분자의 사용을 위한 징후를 포함할 수 있다. 표지는 hsp47 발현을 감소시키는 사용을 위한 징후를 포함할 수 있다. "포장 삽입물"은 치료적 제품의 상업적 포장에 관례상 포함되는 설명서를 말하는 것으로 사용되며, 지시사항, 용법, 투약량, 투여, 금기사항, 포장된 제품과 조합된 다른 치료 제품, 및/또는 이러한 치료 제품의 사용 등에 관한 경고를 함유한다.
당업자는 당업계에 알려진 다른 항섬유증 치료, 약물 및 치료제가 본 명세서의 핵산 분자(예를 들어, siNA 분자)와 용이하게 조합될 수 있고, 따라서 본 명세서에서 고려된다는 것을 인식할 것이다.
본 명세서에서 제공된 방법 및 조성물은 이제 다음의 비제한적 실시예에 대한 언급에 의해 이제 더욱 상세하게 설명될 것이다.
실시예
1
hsp47
핵산 분자 서열의 선택:
Hsp47에 대한 핵산 분자(예를 들어, siNA ≤ 25개의 뉴클레오티드)를 Whitehead(Whitehead Institute for Biomedical Research), IDT siRNA Design(Integrated DNA Technologies), BLOCK-iT RNAi Designer(Invitrogen), siDESIGN Center(Dharmacon), 및 BIOPREDsi(http://www.biopredsi.org/start.html로부터 이용가능한 Novartis Research Foundation의 부분인 Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research)에서 siRNA를 포함하는 몇몇 컴퓨터 프로그램을 사용하여 설계하였다. 이 프로그램으로부터 상부에 스코어링 된 siRNA의 서열을 인간과 래트 사이의 서열 동일성뿐만 아니라 알고리즘을 기반으로 비교하였고 선택하였다(표 1 참조). 후보 서열을 시험관내 녹다운 분석에 의해 타당성을 검사하였다.
핵산 분자(예를 들어, 21-량체 siRNA) 서열을 선택하기 위해 서열 변수를 고려하였다. 예시적인 변수는 하기를 포함한다:
1) 열동역학적 안정성(RISC는 덜 안정한 5' 말단을 가지는 가닥에 호의적이다)
2) 30-52% GC 함량
3) 위치적 뉴클레오티드 선호도:
(C/G)NNNNNNNN(A/U)10NNNNNNNN(A/U), 여기서 N은 임의의 뉴클레오티드이다
4) 추정상의 면역자극적 모티브 결여
5) 2-뉴클레오티드 3' 돌출부
6) 전사 내 siRNA의 위치(바람직하게는 cDNA 영역 내)
7) 서열 특이성(BLAST를 사용함으로써 확인)
8) SNP 데이터베이스를 확인하는 것에 의한 단일 뉴클레오티드 내 변형
≤ 25 뉴클레오티드를 가지는 siRNA 서열을 앞서 언급한 방법을 기준으로 설계하였다. 대응하는 다이서 기질 siRNA(예를 들어, ≥ 26 뉴클레오티드)를 더 작은 서열을 기반으로 설계하였고, 센스 가닥의 3'-말단에 대해 4개의 염기 및 안티센스 가닥의 5'-말단에 대해 6개의 염기를 첨가함으로써 ≤ 25개의 뉴클레오티드의 표적 자리를 연장한다. 일반적으로 만들어진 다이서 기질은 비대칭적 두 가닥 말단 및 3'-돌출부 분자를 가지는 25개의 염기 센스 가닥, 27개의 염기 안티센스 가닥을 가진다. 염기 변형(염기 서열)이 없고, 변형이 있는(실험적 서열) 센스 및 안티센스 가닥의 서열을 표 1에 제공한다.
실시예
2
인간 및 래트 hsp47 유전자 둘 다에 대한 다양한 siNA 분자의 효능을 위한 스크리닝을 위해서, 다양한 리포터 세포주를 293, HT1080, 인간 HSC주 hTERT, 또는 NRK 세포주에 인간 hsp47 cDNA-녹색 형광 단백질(GFP) 또는 래트 GP46 cDNA-GFP 구성체의 렌티-바이러스 유발에 의해 확립하였다. 이 세포주는 GFP에 대해 siRNA에 의해 추가로 평가하였다. 남은 형광 신호를 측정하였고, 스크램블된 siRNA(Ambion)로 정규하하였고, 후속하여 세포 생존율로 정규화하였다. 결과는 GFP에 대한 siRNA가 상이한 세포주에서 상이한 정도로 형광성을 녹다운 시킨다는 것을 나타내었다(도 1). 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주를 형광 녹다운에 대해 트랜스펙션 및 민감성에 대한 그것들의 용이성에 기인하여 siHsp47 스크리닝에 대해 선택하였다.
siRNA 트랜스펙션:
세포를 역트랜스펙션 방식으로 Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)를 사용하여 96-웰(well) 조직 배양물 플레이트 중에서 GFP에 대해 siNA의 웰 당 1.5 pmol로 트랜스펙션하였다. 세포를 웰 당 6,000 세포로 씨딩하였고, siNA 복합체와 혼합하였다. Synergy 2 Multi-Mode Microplate Reader(BioTek) 상에서 72시간 인큐베이션 후 형광성 판독을 하였다.
세포 생존율 분석:
siNA가 있거나 없는 처리한 세포를 매뉴얼(Promega)에 따라서 CellTiter-Glo 발광 세포 생존 분석 키트(Luminescent Cell Viability Assay Kit)를 사용하여 72시간 인큐베이션 후 생존도를 측정하였다. 스크램블된(scrambled) siNA 분자로 처리한 샘플에 대한 판독을 정규화하였다.
실시예
3
리포터 세포주에서
hsp47
발현 상의
siHsp47
의 억제 효율 평가
hsp47에 대한 siNA를 리포터 GFP로부터의 형광 신호 변화를 평가함으로써 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주 내 그것들의 억제 효율에 대해 평가하였다. 실험을 실시예 2에서 설명한 바와 같이 수행하였다. 형광 신호를 대조군으로 작용하는 스크램블된 siRNA(Ambion)로 처리한 세포로부터의 형광 신호에 대해 정규화하였다. 그러나, GP46 mRNA에 대한 siNA(문헌 [2008 Sato et al 논문]에서 공개된 바와 같음)는 단지 293_GP46-GFP 세포주에서 효과적이었다. 결과를 도 2 a-b에서 나타낸다.
hsp47 및 gp46에 대해 siRNA로 처리한 293_HSP47-GFP 및 293_GP46-GFP 세포주를 실시예 2에서 설명한 방법을 사용하여 생존률을 평가하였다. 세포 생존률을 스크램블된 siRNA(Ambion)로 처리한 세포로 정규화하였다. 결과는 세포 생존률이 siNA 분자로 처리에 의해 유의하게 영향받지 않는다는 것을 나타낸다. 그러나 상이한 hsp47 siNA 분자로 처리한 293_HSP47-GFP 세포주의 세포 생존률은 사용한 siNA 분자에 의존하여 다른 반면, 293_GP46-GFP 세포주의 생존률은 유사하였다. 293_HSP47-GFP 세포에 대한 생존률은 나머지보다 siHsp47-6 및 Hsp47-7 처리된 세포에 대해 더 낮았다. 결과를 도 2c-d에서 나타낸다.
실시예
4
TaqMan
(등록상표)
qPCR
에 의한
hsp47
mRN
상의
siHsp47
억제 효과의 평가
실시예 3에서, 리포터 세포주 내 siHsp47의 녹다운 효율을 형광 신호의 변화에 의해 평가하였다. mRNA 수준에서 결과를 입증하기 위하여, 내인성 hsp47을 표적화하는 siRNA를 실시예 2에서 설명한 역트랜스펙션 방식으로 Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)을 사용하여 인간 HSC 세포주 hTERT의 세포에 트랜스펙션하였다.
hsp47 mRNA 수준을 다양한 시험 siHsp47 siNA 분자의 녹다운 효율에 대해 평가하였다. 간략하게, mRNA를 RNeasy 미니 키트(Qiagen)를 사용하여 트랜스펙션 72 시간 후 hTERT 세포로부터 분리하였다. hsp47 mRNA의 수준을 TaqMan(등록상표) 프로브를 사용하여 정량적 PCR로 커플링한 역전사에 의해 결정하였다. 간략하게, cDNA 합성을 제조업자의 설명서에 따라서 고용량 cDNA 역전사 키트(ABI)를 사용하여 수행하였고 TaqMan 유전자 발현 분석(ABI, hsp47 분석 ID Hs01060395_g1)을 받게 하였다. hsp47 mRNA의 수준을 제조업자의 설명서(ABI)에 따라서 GAPDH mRNA 의 수준에 대해 정규화하였다. 결과는 siHsp47-C이 모든 hsp47 siRNAs 중에서 가장 효과적이며, siHsp47-2 및 siHsp47-2d는 그 다음으로 효과적이었다는 것을 나타낸다. siHsp47 1과 siHsp47-2 또는 siHsp47-1과 siHsp47-2d의 조합은 siHsp47-1 단독보다 더 효과적이었다. 결과를 도 3에 나타낸다.
실시예
5
단백질 수준에서
siHsp47
녹다운 효과의 입증
hsp47 mRNA 발현 상의 상이한 Hsp47 siNA 분자(siHsp47)의 억제 효과를 상이한 siHsp47로 트랜스펙션한 hTERT 세포 내 HSP47을 측정함으로써 단백질 수준에서 입증하였다. 상이한 siHsp47을 가지는 hTERT 세포의 트랜스펙션을 실시예 2에서 설명한 바와 같이 수행하였다. 트랜스펙션한 hTERT 세포를 용해하였고, 세포 용해물을 원심분리에 의해 정제하였다. 정제한 세포 용해물 내 단백질을 SDS 폴리아크릴아미드 전기영동법에 의해 분해하였다. 세포 용해물 내 hsp47 단백질 수준을 1차 항체로서 항-HSP47 항체(Assay Designs), 2차 항체로서 HRP로 컨쥬게이트된 염소 항-마우스 IgG(Millipore)를 사용하여 결정하였고, 후속하여 Supersignal West Pico 화학발광 키트(Pierce)에 의해 검출하였다. 항-액틴 항체(Anti-actin antibody: Abcam)을 단백질 장입 대조군으로 사용하였다. 결과는 siHsp47-C, siHsp47-2d를 단독으로 또는 siHsp47-2d와 함께 siHsp47-1의 조합으로 처리한 세포 내에서 hsp47 단백질 수준의 상당한 감소를 나타내었다.
실시예
6
hsp47
siRNA
에 의한 콜라겐 I 발현의 하향조절
콜라겐 I 발현 수준 상에서 siHsp47의 효과를 결정하기 위해서, hsp47에 대해 상이한 siRNA로 처리한 hTERT 세포 내 콜라겐 I mRNA 수준을 측정하였다. 간략하게, hTERT 세포를 실시예 2에서 설명한 바와 같은 상이한 siHsp47로 트랜스펙션하였다. 세포를 72시간 후 용해하였고, mRNA를 매뉴얼(Qiagen)에 따라서 RNeasy 미니 키트를 사용하여 분리하였다. 콜라겐 I mRNA의 수준을 TaqMan(등록상표) 프로브를 사용하여 정량적 PCR과 커플링한 역전사에 의해 결정하였다. 간략하게, cDNA 합성을 매뉴얼에 따라서 고용량 cDNA 역전사 키트(ABI)를 사용하여 수행하였고, TaqMan 유전자 발현 분석(ABI, COL1A1 assay ID Hs01076780_g1)을 받게 하였다. 콜라겐 I mRNA의 수준을 제조업자의 설명서(ABI)에 따라서 GAPDH mRNA의 수준에 대해 정규화하였다. 신호를 스크램블된 siNA로 트랜스펙션한 세포로부터 얻은 신호에 대해 정규화하였다. 결과는 콜라겐 I mRNA 수준이 후보 siHsp47-2, siHsp47-2d 및 그것들과 siHsp47-1의 조합의 일부로 처리한 세포에서 상당히 감소되었음을 나타내며, 도 4에서 제시한다.
실시예
7
hsp47
siRNA
처리된
hTERT
세포의
면역형광
염색
2개의 섬유증 마커 발현을 시각화하기 위하여, hTERT 세포 내에서 콜라겐 I 및 알파-평활근 액틴(SMA)을 siHsp47과 함께 또는 siHsp47 없이 트랜스펙션하였고, 세포를 토끼 항-콜라겐 I 항체(Abcam) 및 마우스 항-알파-SMA 항체(Sigma)로 염색하였다. Alexa Fluor 594 염소 항-마우스 IgG 및 Alexa Fluor 488 염소 항-토끼 IgG(Invitrogen(분자 프로브))를 제2 항체로 사용하여 콜라겐 I(녹색) 및 알파-SMA(적색)를 시각화하였다. Hoescht를 핵을 시각화하기 위해 사용하였다(파랑). 결과는 일부 표적 유전자의 siRNA 녹다운과 콜라겐/SMA 발현 사이의 상관관계를 나타낸다.
실시예
8
간 섬유증의 동물 모델에서
siHSP47
의
생체내
시험
래트 간 경변증 치료를 위한 siRNA
HSP47 (siHSP47C)에 대한 siRNA 듀플렉스 서열을 이하에 열거한다.
센스(5'->3') ggacaggccucuacaacuaTT
안티센스(5'->3') uaguuguagaggccuguccTT
10 ㎎/ml siRNA 저장액을 뉴클레아제가 없는 물에 용해함으로써 제조하였다(Ambion). 간경변 래트의 처치에 대해, 콜라겐을 생성하는 활성화된 간 성상 세포를 표적화하기 위하여 siRNA를 Sato et al(Sato Y. et al. Nature Biotechnology 2008. Vol.26, p431)에 의해 설명되는 바와 같은 비타민 A-커플링된 리포좀과 함께 조제하였다. 비타민 A(VA)-리포좀-siRNA 조제물은 5% 글루코스 용액 중에서 0.33 μmol/㎖의 VA, 0.33 μmol/㎖의 리포좀(Coatsome EL-01-D, NOF Corporation) 및 0.5 μg/㎕의 siRNA으로 이루어진다.
간 경변증 동물 모델은 Sato 등(Sato Y. et al. Nature Biotechnology 2008. Vol.26, p431)에 의해 보고되었다. 4주령 수컷 SD 래트는 인산염-완충 식염수(PBS) 중에서 0.5% 다이메틸나이트로소아민(DMN)(일본에 소재한 Wako Chemicals)에 의해 간 경변증이 유발되었다. 체중 당 2 ㎖/㎏의 용량을 제0, 2, 4, 7, 9, 11, 14, 16, 18, 21, 23, 25, 28, 30, 32, 34, 36, 38 및 40일에 주마다 연속 3일 동안 복강내로 투여하였다.
siRNA 처리: siRNA 처리를 제32일로부터 5회 정맥 주사로 수행하였다. 상세하게는, 래트를 제32, 34, 36, 38 및 40일에 siRNA로 처리하였다. 다음으로, 래트를 제42일 또는 제43일에 희생시켰다. 3가지 다른 siRNA 용량(㎏ 체중 당 1.5mg siRNA, ㎏ 체중 당 2.25mg siRNA, ㎏ 체중 당 3.0mg siRNA)을 시험하였다. 시험군의 세부사항 및 각 그룹의 동물 수는 다음과 같다:
1) 간 경변증을 DMN 주사에 의해 유발한 다음, 5% 글루코스를 siRNA 대신 주사하였다(n=10)
2) VA-Lip-siHSP47C 1.5 ㎎/㎏(n=10)
3) VA-Lip-siHSP47C 2.25 ㎎/㎏(n=10)
4) VA-Lip-siHSP47C 3.0 ㎎/㎏(n=10)
5) Sham(PBS를 DMN 대신 주사하였다. 5%글루코스를 siRNA 대신 주사하였다)(n=6)
6) 미처리 대조군(무결함)(n=6)
VA-Lip는 비타민 A-리포좀 복합체를 말한다.
치료적 효능의 평가: 제43일에, "병에 걸린 래트" 그룹에서 10마리 중 2마리의 동물 및 "VA-Lip-siHSP47C siRNA 1.5 ㎎/㎏"에서 10마리 중 1마리가 간 경변증의 진행 때문에 죽었다. 나머지 동물들은 생존하였다. 래트를 희생시킨 후, 간 조직을 10% 포르말린 중에서 고정시켰다. 다음으로, 각 간의 좌엽(left lobe)을 조직분석을 위해 파라핀에 끼워넣었다. 조직 슬라이드를 시리우스 레드(Sirius red), 및 헤마톡시린(hematoxylin) 및 에오신(HE)으로 염색하였다. 시리우스 레드 염색을 사용하여 콜라겐-침착물을 시각화하였고 간 경변증 수준을 결정하였다. 대조염색(counter-staining)으로 핵 및 세포질에 대해 HE 염색을 하였다. 각 슬라이드를 현미경(BZ-8000, 일본에 소재한 Keyence Corp.) 하에서 관찰하였고 슬라이드 당 시리우스 레드-염색된 영역의 백분율을 현미경에 부착된 이미지 분석 소프트웨어에 의해 결정하였다. 이미지 분석을 위해 각 간마다 적어도 4개의 슬라이드를 제조하였고, 각 슬라이드(간 슬라이드)의 전체 영역을 카메라에 의해 캡쳐하고 분석하였다. 통계 분석을 스튜던트 t-검정(Student's t-test)에 의해 수행하였다.
결과: 도 5는 섬유증 영역을 나타낸다. "병에 걸린 래트" 내 섬유증 영역은 "sham" 또는 "미처리 대조군" 그룹에서보다 더 높았다. 따라서, DMN 처리는 간에서 콜라겐 증착을 유발하였는데, 이는 간 섬유증의 전형적 관찰이었다. 그러나, 섬유증 영역은 "병에 걸린" 그룹과 비교하여, siRNA 표적화 hsp47 유전자의 치료에 의해 상당히 감소되었다(도 5). 이 결과는 본 명세서에서 개시된 siRNA가 실제 병에서 치료 효과를 가진다는 것을 나타낸다.
추가적인 siRNA 화합물을 간 섬유증 동물 모델에서 시험하였고, 간의 섬유화 영역을 감소시킨 것을 나타내었다.
실시예
9
HSP47 / SERPINH1 에 대한 활성 이중 가닥 RNA 화합물에 대한 서열의 발생 및 표 A-18, A-19, 및 B-E에서 나타낸 siRNA의 생성
등록상표인 알고리즘 및 표적 유전자의 알려진 서열을 사용하여, 다수의 잠재적 siRNA 서열을 만들었다. 이 방법을 사용하여 만든 서열은 대응하는 mRNA 서열에 상보적이다.
듀플렉스는 상보적 단일 가닥 올리고뉴클레오티드를 푸는 것에 의해 만들어진다. 청정공기후드(laminar flow hood)에서, 단일 가닥 뉴클레오티드의 ~500μM 저장액을 WFI(주사용 물(water for injection), Norbrook) 중에서 희석함으로써 제조하였다. 실제 ssRNA 농도를 WFI를 사용하여 각각 500μM ssRNA 1:200을 희석하고, Nano Drop을 사용하여 OD를 측정함으로써 결정한다. 본 방법을 3회 반복하고, 평균 농도를 계산한다. 다음으로 저장액을 250μM의 최종 농도로 희석하였다. 85℃로 가열함으로써 상보적 단일 가닥을 풀고, 적어도 45분에 걸쳐 실온으로 냉각시켰다. 완전한 풀림을 위해 20% 폴리아크릴아미드 겔 및 염색에서 5㎕를 시험함으로써 듀플렉스를 시험하였다. 샘플을 80℃에서 저장하였다.
표 A-18, A-19 및 B-E는 HSP47/SERPINH1에 대한 siRNA를 제공한다. 각 유전자에 대해 19-량체 siRNA 서열을 별개의 목록이 있으며, 이는 인간 유전자 발현을 표적화하기 위한 최고의 서열로서 등록상표인 알고리즘으로 그것의 스코어를 기준으로 우선적으로 처리된다.
다음의 약어는 본 명세서에서 표 A-18, A-19 및 B-E에서 사용된다. "다른 스펙 또는 Sp."는 다른 동물에 의한 교차 종 확인을 말한다: D-개, Rt-래트, Rb-토끼, Rh-붉은털원숭이, P-돼지, M-마우스; ORF: 오픈리딩 프레임. 19-량체, 및 18+1-량체는 각각 길이가 19 및 18+1의 올리고머(안티센스의 위치 1에서 U, 센스 가닥의 위치 19에서 A) 리보핵산을 말한다.
표적 유전자에 대한
siRNA
화합물의
시험관내
시험
인간 및 래트 센스 가닥 유전자와 관련된 siRNA 올리고에 대한 낮은-처리율-스크린(Low- Throughput- Screen: LTS).
세포주: 인간 전립선 선암종 PC3 세포(ATCC, Cat# CRL-1435)를 10% FBS 및 2mM L-글루타민으로 보충한 RPMI 배지 중에서 성장시켰고, 인간 상피 자궁경부암 HeLa 세포(ATCC, Cat#CCL-2)를 10% FBS, 2mM L-글루타민으로 보충한 둘베코 변형 이글 배지(Dulbecco's modified Eagle's medium: DMEM) 중에서 유지하였다. 세포를 5% CO2 중에서 37℃에서 유지하였다.
SERPINH1 유전자를 내인성으로 발현시키는 약 2 X 105개의 인간 PC-3 세포를 24시간 후 30-50% 컨플루언스(confluence)에 도달하기 위해서 1.5mL 성장 배지에 접종하였다. 세포를 Lipofectamine(상표명)2000 시약으로 트랜스펙션 세포 당 0.01-5 nM의 최종 농도로 트랜스펙션하였다. 세포를 48시간 동안 37±1℃, 5% CO2에서 인큐베이션하였다. siRNA 트랜스펙션 세포를 수확하였고, EZ-RNA 키트를 사용하여 RNA를 분리하였다[Biological Industries (#20-410-100)].
역 전사를 다음과 같이 수행하였다: cDNA의 합성을 수행하였고, 인간SERPINH1 mRNA 수준을 실시간 qPCR로 결정하였고, 각 샘플에 대해 사이클로필린 A(CYNA, PPIA) mRNA의 수준을 정규화하였다. siRNA-처리 샘플 대 비-트랜스펙션 대조군 샘플 내 SERPINH1 mRNA 양의 비를 기준으로 siRNA 활성을 결정하였다.
대부분의 활성 서열을 추가 분석으로부터 선택하였다. 표 A-18로부터 siRNA 화합물 SERPINH1_2, SERPINH1_6, SERPINH1_13, SERPINH1_45 SERPINH1_45a,, SERPINH1_51, SERPINH1_51a, SERPINH1_52 and SERPINH1_86를 바람직한 화합물로 선택하였다. 표 A-19로부터 siRNA 화합물 SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 및 SERPINH1_88을 바람직한 화합물로 선택하였다.
다른 바람직한 화합물은 SERPINH1_50, SERPINH1_67, SERPINH1_73, SERPINH1_74를 포함한다.
LTS에 선택된 SERPINH1 siRNA 올리고스에 대한 IC50 값
30-50% 컨플루언스에 도달하기 위하여 SERPINH1 유전자를 내인성으로 발현시키는 약 2 X 105개 인간 PC-3 또는 0.9 X 105 래트 REF52 세포를 1.5 mL 성장 배지 중에 접종하였다. Lipofectamine(상표명)2000 시약과 함께 SERPINH1 이중 가닥 RNA 화합물(i.e. SERPINH1_2, 4, 6, 12, 13, 18, 45, 51, 58, 88)으로 세포를 트랜스펙션하여 0.0029-100 nM 범위의 최종 트랜스펙션 농도에 도달하였다. 음성 대조군으로서 세포를 Lipofectamine(상표명)2000 시약 또는 합성의 무작위-서열, 비표적화 siRNA로 20-100 nM의 최종 농도에서 처리한다. Cy3-표지 siRNA 트랜스펙션된 세포를 트랜스펙션 효율에 대한 양성 대조군으로 사용하였다.
세포를 37±1℃, 5% CO2에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 트랜스펙션된 siRNA 세포를 수확하였고, RNA를 EZ-RNA 키트를 사용하여 분리하였다[Biological Industries (#20-410-100) 역 전자: cDNA의 합성을 수행하고, 인간 SERPINH1 mRNA 수준을 실시간 qPCR에dmlgo 결정하였고, 각 샘플에 대해 사이클로필린 A(CYNA, PPIA) mRNA 수준을 정규화하였다.
다양한 최종 siRNA 농도로 얻은 활성 결과를 사용하여 용량-반응 곡선을 구성함으로써 시험한 RNAi 활성의 IC50 값을 결정하였다. 용량 반응 곡선을 잔여 SERPINH1 mRNA의 상대적 양 대 트랜스펙션된 siRNA 농도의 로그로 플롯팅함으로써 구성하였다. 측정한 데이터에 대해 최대 S자형 곡선을 적합화함으로써 곡선을 계산한다. S자형 적합화를 위한 방법은 또한 3점 곡선 적합화로 알려져 있다.
상기 식에서 Y는 잔여 SERPINH1 mRNA 반응이며, X는 트랜스펙션된 siRNA 농도의 로그이고, Bot는 바닥 정체기(bottom plateau)에서 Y값이며, LogIC50은 Y가 바닥과 상부 정체기 사이의 중간일 때 X값이고, HillSlope는 곡선의 가파름이다.
특이적 siRNA를 사용하는 유전자 발현 억제%는 내인성 유전자를 발현시키는 세포에서 표적 유전자의 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 표 A-18, A-19 및 B-E 에 따르는 다른 siRNA 화합물을 시험관내에서 시험하였으며, 이는 이 siRNA 화합물이 유전자 발현을 억제한다는 것을 나타낸다. 활성을 잔여 mRNA%로 나타내며; 따라서, 더 낮은 값은 더 양호한 활성을 반영한다.
혈청 내 siRNA 화합물의 안정성을 시험하기 위하여, 특이적 siRNA 분자를 37℃에서 24시간 까지 4가지의 상이한 인간 혈청(100% 농도) 중에서 인큐베이션하였다. 샘플을 0.5, 1, 3, 6, 8, 10, 16 및 24 시간에 수집하였다. 표시로서 이동 패턴을 폴리아크릴아미드 겔 전기영동법(PAGE)에 의해 각 수집 시간에 결정하였다.
표 3은 표 A-18 및-19로부터 선택된 비변형된 이중 가닥 핵산 화합물(비변형된 센스 및 안티센스 가닥, dTdT 3' 말단의 돌출부)에 대한 인간 세포주에서 IC50을 나타낸다(또는 IC50은 계산되지 않는다).
siRNA
녹다운 활성:
SERPINH1 유전자를 내인성으로 발현시키는 약 2 x 105개의 인간 PC-3 세포를 6개의 웰 플레이트에서 웰마다 씨딩하였고, 약 14시간 동안 30-70% 컨플루언시로 약 24시간 동안 성장시켰다. 세포를 Lipofectamine(상표명)2000 시약(Invitrogen)을 사용하여 상이한 농도에서 시험한 siRNA로 트랜스펙션하였다. 세포를 48시간 또는 72시간 동안 5% CO2 인큐베이터 내 37℃에서 인큐베이션하였다. 트랜스펙션 후 48-72시간에 세포를 수확하였고, 세포 RNA를 추출하였다. Cy3-표지된 siRNA 듀플렉스를 트랜스펙션 효율에 대하 양성 대조군으로 사용하였다. Lipofectamine(상표명)2000 시약으로 처리한 Mock 세포를 "활성 샘플이 아닌 대조군"(음성 대조군)으로 정의하였고, 세포를 "대조군 활성 샘플"(양성 대조군)으로로 정의한 5nM의 최종 농도에서 알려진 활성 siRNA(HSP47-C)로 처리하였다. Z' 및 대조군 폴드{폴드=(음성)/평균(양성)}는 분석 효율을 설명하기 위한 의미이다.
시험함 각 siRNA에 의한 표적 유전자 발현의 억제%를 세포로부터 표적 mRNA의 qPCR 분석에 의해 결정하였다. 세포로부터의 cDNA를 합성하고, 실시간 qPCR에 의해 표적 유전자 mRNA 수준을 결정함으로써 역전사를 수행하였다. 측정한 세포 mRNA 수준을 각 샘플에 대한 사이클로필린 A(CYNA, PPIA) mRNA의 수준에 대해 정규화하였다. siRNA 활성을 표적 유전자 mRNA 양 siRNA-처리 샘플 대 비트랜스펙션된 대조군 샘플의 비를 기준으로 결정하였다. Z' 및 대조군 폴드{폴드 = 평균(음성)/평균(양성)}은 분석 효율을 설명하기 위한 평균이다.
qPCR 결과는 QC 표준을 통과한 것이며, 즉, 표준 곡선 기울기 값은 간격 [-4, -3], R2 >0.99으로 있으며, 프라이머 다이머는 없다. QC 조건을 통과하지 않은 결과를 분석으로부터 실격시켰다.
다양한 최종 siRNA 농도로 얻은 활성 결과를 사용하여 용량 반응 곡선을 구성함으로써 시험한 RNAi 활성의 IC50 값을 결정하였다. 용량 반응 곡선을 잔여 SERPINH1 mRNA의 상대적 양 대 트랜스펙션된 siRNA 농도의 로그를 플롯팅함으로써 구성하였다.
이중 가닥 RNA 분자의 표적 상(On-target) 및 표적을 벗어난(off-target) 시험
psiCHECK 시스템은 그것의 표적 서열 발현 수준의 변화를 모니터링함으로써 가이드 가닥(GS)(안티센스) 및 패신저 가닥(PS)(센스 가닥)이 표적화된(표적 상) 및 표적을 벗어난 효과를 유발하는 평가를 가능하게 한다. 각 시험 분자 및 GS 및 PS 가닥의 표적 활성 및 잠재적인 표적을 벗어난 활성의 평가를 위해 4개의 psiCHECK(상표명)-2-기반(Promega) 구성체를 제조하였다. 각 구성체에서, 전체 표적 또는 씨드-표적 서열의 1 복제 또는 3 복제를 3'-UTR 영역 내 레닐라 루시퍼라제(Renilla luciferase) 번역 정지 코돈의 하류에 위치된 다중 클로닝 자리에 클로닝하였다.
결과 벡터를 다음과 같이 칭하였다:
전체 표적 서열(시험 분자의 GS의 전체 19-염기 서열에 완전히 상보적인 뉴클레오티드 서열)을 함유하는 1-GS-CM(가이드 가닥, 완전-매치) 벡터;
전체 표적 서열(시험 분자의 PS의 전체 19-염기 서열에 완전히 상보적인 뉴클레오티드 서열)을 함유하는 2-PS-CM(패신저 가닥, 완전-매치) 벡터;
씨드 영역 표적 서열(시험 분자 GS의 뉴클레오티드 1-8에 상보적인 서열)의 1복제 또는 3복제를 함유하는 3-GS-SM(가이드 가닥, 씨드-매치) 벡터;
씨드 영역 표적 서열(시험 분자 PS의 뉴클레오티드 1-8에 상보적인 서열)의 1복제를 함유하는 4-PS-SM(패신저 가닥, 씨드-매치) 벡터.
명명법:
가이드 가닥: 상보적 RNA 서열의 RISC 복합체 및 가이드 절단/침묵에 유입하는 siRNA의 가닥
씨드 서열: 가이드 가닥의 5'말단으로부터 뉴클레오티드 2-8.
cm(완전 매치): siRNA의 가이드 가닥에 완전히 상보적인 DNA 단편. 이 DNA 단편은 리포터 유전자의 3'UTR에서 클로닝되고 직선 앞쪽의 RNA 침묵에 대한 표적으로 작용한다.
sm(씨드 매치): siRNA의 가이드 가닥 ns 2-8에 완전히 상보적인 뉴클레오티드 ns 12-18을 가지는 19-량체 DNA 단편. 이 DNA 단편은 리포터 유전자의 3'UTR에서 클로닝되고 "표적을 벗어난" 침묵에 대한 표적으로 작용한다.
X1: 리포터 유전자의 3'UTR에서 클로닝된 cm 또는 sm의 단일 복제.
X3 다른 것으로부터 4개의 뉴클레오티드 중 하나로 분리된 리포터 유전자의 3'UTR에서 클로닝된 cm 또는 sm의 3개 복제.
표적 서열을 제한 효소 자리에 양립가능한 XhoI 및 NotI를 사용하여 클로닝하였다. 풀림 혼합물을 단단하게 밀폐된 0.5 ㎖ 에펜도르프 튜브(Eppendorf tube)를 사용하여 클로닝하였고, 85℃로 수욕을 가열하였고, 끓는물 욕에 담그고, 최종적으로 실온으로 점진적으로 냉각시켰다.
결찰: 풀림 방법에 의해 생성한 이중 가닥 올리고뉴클레오티드를 결찰시켜 선형화하고(XhoI 및 NotI에 의함) psiCHECK(상표명)-2, 표준 기법을 사용하여 세포에 트랜스펙션하였다. 양성 콜로니를 확인하였고 삽입 서열의 확인을 위해 시퀀싱하였다. 표 5는 삽입된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
상기 설명한 적절한 가닥을 psiCHECK(상표명)-2 (Promega) 벡터에서 리포터 mRNA, 레닐라 루시퍼라제의 3'UTR 중에서 클로닝하였다. XhoI 및 NotI를 표준 분자 생물학 기법을 사용하여 클로닝 자리로서 사용하였다. 각 가닥을 화학적으로 합성하였고 100℃로 가열함으로써 풀고, 실온으로 냉각시켰다. 표준 분자 생물학 기법을 사용하여 3시간 동안 결찰을 수행하였고, 대장균(E. coli) DH5a 세포로 형질전환하였다. 얻은 콜로니를 적절한 프라이머를 사용하여 콜로니-PCR에 의해 플라스미드 구성체의 존재에 대해 스크리닝하였다. 각 플라스미드(벡터)를 하나의 양성 콜로니로부터 정제하였고, 그것의 서열을 확인하였다.
약 1.3 x 106 인간 HeLa 세포를 10cm 접시에 접종하였다. 다음으로 세포를 37±1℃, 5% CO2 인큐베이터에서 24시간 동안 인큐베이션하였다. 8㎖의 신선한 성장 배지에 의해 접종 1일 후 결과 배지를 대체하였고, 제조 프로토콜에 따라서 Lipofectamine(상표명)2000 시약을 사용하여 각 플레이트를 상기 언급한 플라스미드 중 하나로 트랜스펙션하였고, 37±1℃ 및 5% CO2에서 5시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 80㎕ 성장 배지 중에서 웰 당 5 x 103개 세포의 최종 농도에서 세포를 96-웰 플레이트에서 재플레이팅하였다. 16시간 후, 0.001nM 내지 5nM 범위의 상이한 농도에서 100㎕ 최종 부피로 세포를 Lipofectamine(상표명)2000 시약을 사용하여 SERPINH1 siRNA 분자로 트랜스펙션하였다. 대응하는 psiCHECK(상표명)-2 플라스미드와 함께 Lipofectamine(상표명)2000 시약으로 처리된 Mock 세포를 "활성 샘플이 아닌 대조군"(음성 대조군)으로 정의하고 5nM의 최종 농도에서 알려진 활성 siRNA(HSP47-C)로 처리된 세포를 "대조군 활성 샘플"(양성 대조군)로 정의한다. Z' 및 대조군 폴드{폴드=평균(음성)/평균(양성)}은 분석 효율을 설명하기 위한 평균이다.
다음으로 세포를 48시간 동안 37±1℃에서 인큐베이션하였고, Renilla 및 반딧불 루시퍼라제 활성을 Dual-Luciferase(등록상표) 분석 키트(Promega, Cat#E1960)를 사용하여 제조업자의 방법에 따라서 각각의 siRNA 트랜스펙션된 샘플 중에서 측정하였다. 이 표적 서열에 대한 합성 siRNA의 활성은 융합된 mRNA의 절단 및 이후의 분해 또는 암호화된 단백질의 번역 억제를 초래한다. 따라서 레닐라 루시퍼라제 활성 감소를 측정하는 것은 siRNA 효과를 모니터링하는 편리한 방법을 제공하는 한편, 레닐라 루시퍼라제 발현의 정규화를 허용한다. 레닐라 루시퍼라제 활성 값을 각 샘플에 대한 반딧불이 루시퍼라제 활성에 의해 나눈다(정규화). 레닐라 루시퍼라제 활성을 최종적으로 "활성 샘플이 아닌 대조군"에 대해 시험된 샘플 내 정규화된 활성의 백분율로 표현한다.
비변형된 또는 변형된 siRNA/Lipofectamine(상표명)2000에 노출된 말초혈액단핵세포(peripheral blood mononuclear cell:PMNC) 내 TNFα 및 IL-6 결과. 결과를 표준 곡선에 기반하여 계산한 pg/ml 값으로 제공한다. "대조군 Lipofec2000"는 트랜스펙션 시약, Lipofectamine(상표명)2000에 의해 유발된 사이토카인 분비 수준에 관한 것이다. 상기 사이토카인 TNFa 또는 IL6의 변형된 화합물 수준 중 어떤 것도 대조군 트랜스펙션 시약의 수준이 아니다.
인터페론(IFN) 반응 유전자, MX1 및 IFIT1, 비변형된 및 변형된 이중 가닥 핵산 화합물의 유발을 위한 데이터. 나타낸 결과는 인간 PMNC에서 시험한 잔여(세포로 처리한 대조군 Lipofectamine2000의 폴드) 인간 IFIT1 및 MX1 유전자이다. 데이터는 모든 변형된 화합물이 비변형된(_S709) 화합물과 비교하여, IFN 하류 유전자의 무시할만한 수준을 유발한다는 것을 나타낸다.
하기 표는 래트 세포에서 비변형된(_S709) 화합물과 비교하여 화합물_1, 화합물_2, 화합물_3 및 화합물_4의 활성을 나타낸다. 결과는 REF52 세포 내 래트 SERPINH1 유전자의 잔여 표적(대조군 Lipofectamine(상표명)2000 처리 세포의 %)로 나타낸다. 2개의 별개 실험 결과를 나타낸다. 래트 세포 내 표적 유전자에 대한 녹다운은 인간 질병의 동물 모델에서 시험 화합물에 적합하다.
혈청 안정성 분석
본 발명에 따르는 변형된 화합물을 다음과 같은 인간 혈청 또는 인간 조직 추출물 내 듀플렉스에 대해 시험한다:
7uM의 최종 농도에서 siRNA 분자를 100% 인간 혈청(Sigma Cat# H4522) 중의 37℃에서 인큐베이션한다(인간 혈청 1:14.29 또는 다양한 조직 형태로부터 인간 조직 추출물 중에서 희석된 siRNA 저장액 100uM). 5 ul(5㎕)를 15㎕ 1.5xTBE-장입 완충제에 상이한 시점에 첨가한다(예를 들어 0, 30분, 1시간, 3시간, 6시간, 8시간, 10시간, 16시간 및 24시간). 샘플을 즉시 액체 질소로 냉동시키고 -20℃에서 유지하였다.
각 샘플을 당업계에 알려진 방법에 따라서 제조한 비변성 20 아크릴아미드 겔에 장입한다. 올리고스를 UV 광 하에서 에티듐 브로마이드로 시각화하였다.
엑소뉴클레아제
안정성 분석
핵산 분자 센스 가닥 상의 3' 비뉴클레오티드 모이어티의 안정화 효과를 연구하기 위하여, 안티센스 가닥 및 풀린 siRNA 듀플렉스를 상이한 세포 형태로부터 제조한 사이토졸 추출물 중에서 인큐베이션한다.
추출물: HCT116 사이토졸 추출물(12㎎/㎖).
추출물 완충제: 37℃에서 25mM Hepes pH-7.3; 8mM MgCl; 1mM DTT를 가지는150mM NaCl을 사용 바로 전 신선하게 첨가하였다.
방법: 3.5ml의 시험 siRNA(100mM)를 120mg의 HCT116 사이토졸 추출물을 함유하는 46.5ml와 혼합하였다. 46.5ml는 12㎖의 HCT116 추출물, 및 DTT 및 프로테아제 억제제 칵테일/100(Calbiochem, setIII-539134)로 보충한 34.5㎖의 추출물 완충제로 이루어진다. 인큐베이션 튜브 내 siRNA의 최종 농도는 7mM이다. 샘플을 37℃에서 인큐베이션하였고 인큐베이션한 시점에 5㎖를 신선한 튜브에 이동시키고, 15㎖의 1XTBE-50% 글라이세롤 장입 완충제와 혼합하였고, 액체 N2로 순간에 냉동시켰다. 장입 완충제 내 siRNA의 최종 농도는 1.75mM(21ng siRNA/㎖)이었다. 천연 PAGE 및 EtBr 염색을 분석하기 위하여 레인 당 50 ng을 장입하였다. 노던 분석을 위해, 1ng의 시험 siRNA를 레인마다 장입하였다.
SERPINH1
siRNA
분자에 대한 고유 면역 반응:
신선한 인간 혈액(실온에서)을 실온에서 멸균 0.9% NaCl과 1:1 비로 혼합하였고, Ficoll(Lymphoprep, Axis-Shield cat# 1114547) 상에 부드럽게 장입하였다(1:2 비). 샘플을 30분 동안 활발한 원심분리로 실온에서(22℃, 800g) 원심분리하였고, RPMI1640 배지로 세척하였고 10분 동안 원심분리하였다(RT, 250 g). 세포를 계측하였고, 성장 배지(RPMI1640+10%FBS+2mM L-글루타민+ 1% Pen-Strep) 중에서 1.5 X 106 개 세포/㎖의 최종 농도에서 씨딩하였고, 1시간 동안 37℃에서 인큐베이션한 후 siRNA 처리하였다.
다음으로 세포를 siRNA로 처리하고 제조업자의 설명서에 따라서 Lipofectamine(상표명)2000 시약(Invitrogen)을 사용하여 상이한 농도에서 시험하였고, 24시간 동안 5% CO2 인큐베이터 내에서 37℃에서 인큐베이션하였다.
IFN 반응에 대한 양성 대조군으로서, 폴리(I:C), 0.25-5.0 μg/mL의 최종 농도로 TLR3 리간드(InvivoGen Cat# tlrl-pic) 또는 티아졸로퀴놀론(CLO75), 0.075-2 ㎍/㎖의 최종 농도로 TLR 7/8 리간드(InvivoGen Cat# tlrl-c75)인 이중 가닥 RNA(dsRNA)의 합성 유사체로 세포를 처리하였다. Lipofectamine(상표명)2000 시약으로 처리한 세포를 IFN 반응에 대한 음성(기준) 대조군으로 사용하였다.
인큐베이션 후 약 24 시간에, 세포를 수집하였고, 상청액을 새로운 튜브에 옮겼다. 샘플을 액체 질소 중에서 즉시 냉동시켰고 IL-6 및 TNF-α 사이토카인의 분비를 IL-6, DuoSet ELISA 키트(R&D System DY2060), 및 TNF-α, DuoSet ELISA 키트(R&D System DY210)를 사용하여 제조업자의 설명서에 따라서 시험하였다. RNA를 세포 펠렛으로부터 추출하였고, 인간 유전자 IFIT1(테트라트라이코펩티드 반복체 1로 인터페론 유발된 단백질) 및 MX1(믹소바이러스(인플루엔자 바이러스) 내성 1, 인터페론-유도성 단백질 p78)의 mRNA 수준을 qPCR에 의해 측정하였다. 측정한 mRNA 양을 기준 유전자 펩티딜프롤릴 아이소머라제 A(사이클로필린 A; 사이클로A)의 mRNA 정량을 위해 정규화하였다. IFN-신호의 유발을 IFIT1로부터의 mRNA 및 처리한 세포로부터의 MX1 유전자의 양을 미처리 세포 양에 대해 비교함으로써 평가하였다. qPCR 결과는 통과된 QC 표준, 즉 표준 곡선 기울기 값이 간격 [-4, -3], R2 >0.99이었으며, 프라이머 다이머가 없다는 것이다. QC 조건을 통과하지 않은 결과는 분석으로부터 부적격으로 간주된다.
표 6은 siSERPINH1 화합물을 나타낸다. 일부 화합물의 활성 및 안정성은 표 6에서 나타낸다. 센스 및 안티센스 가닥 구조에 대한 암호는 하기 표 7에 나타낸다.
암호 | 설명 |
rA | 리보아데노신-3'-포스페이트; 3'-아데닐산 |
rC | 리보시티딘-3'-포스페이트; 3'-시티딜산 |
rG | 리보구아노신-3'-포스페이트; 3'-구아닐산 |
rU | 리보유리딘-3'-포스페이트; 3'-우리딜산 |
mA | 2'-O-메틸아데노신-3'-포스페이트; 2'-O-메틸-3'-아데닐산 |
mC | 2'-O-메틸시티딘-3'-포스페이트;2'-O-메틸-3-시티딜산 |
mG | 2'-O-메틸구아노신-3'-포스페이트;2'-O-메틸-3-구아닐산 |
mU | 2'-O-메틸유리딘-3'-포스페이트;2'-O-메틸-3-우리딜산 |
dA | 데옥시리보아데노신-3'-포스페이트; 2'-데옥시리보-3'-아데닐산 |
dC | 데옥시리보시티딘-3'-포스페이트; 2'-데옥시리보-3'-시티딜산 |
dG | 데옥시리보구아노신-3'-포스페이트; 2'-데옥시리보-3'-구아닐산 |
dT | 티미딘신-3'-포스페이트; 3'-티미딜산 |
rA2p | 리보아데노신-2'-포스페이트; 2'-아데닐산(2'5'A) |
rC2p | 리보시티딘-2'-포스페이트; 2'-시티딜산(2'5'C) |
rG2p | 리보구아노신-2'-포스페이트; 2'-구아닐산(2'5'G) |
rU2p | 리보유리딘-2'-포스페이트; 2'-우리딜산(2'5'A) |
LdA | L-데옥시리보아데노신-3'-포스페이트(거울상 dA) |
Ldc | L-데옥시리보시티딘-3'-포스페이트(거울상 dC) |
LdG | L-데옥시리보구아노신-3'-포스페이트(거울상 dG) |
LdT | L-데옥시리보티미딘-3'-포스페이트(거울상 dT) |
dB | 무염기성 데옥시리보스-3'-포스페이트; 1,2-다이데옥시-D-리보푸라노스-3-포스페이트; 1,4-2-데옥시-D-리비톨-3-포스페이트 |
zidB | 역 무염기성 데옥시리보스-5'-포스페이트; 5' = 5'-5' idAb ; 3'= 3'-3' idAb |
z | 3'말단 또는 5' 말단에 공유 부착된 모이어티를 나타내는 접두사 |
psiU | 슈도유리딘 |
p | 5' 포스페이트 |
s | 5' 포스포로티오에이트 |
C3 | C3 비뉴클레오티드 |
$ | 3' 링커 결여(서열의 3' 끝에서 상기 뉴클레오티드와 함께 사용됨) |
이중 가닥 RNA 분자를 생성하는데 유용한 siRNA 올리고뉴클레오티드를 하기 표 A-18, A-19 및 B-E에서 개시한다.
siRNA 화합물의 제조에 유용한 SERPINH1 올리고뉴클레오티드 서열.
표 A-18
표 A-18 선택 siRNA
표 A-19
표 A-19 선택 siRNA
표 B: 추가적인 활성 19-량체 SERPINH1 siRNA
표 C: 교차-종 19-량체 SERPINH1 siRNA
표 D: SERPINH1 활성 18+1-량체 siRNA
표 E: SERPINH1 교차-종 18+1-량체 siRNA
실시예
10:
동물 모델
섬유증 질환의 모델 시스템
본 발명의 활성 siRNA의 시험을 예측 동물 모델에서 행할 수 있다. 신장 섬유증의 래트 당뇨병 및 노화 모델은 주커 당뇨병 지방(Zucker diabetic fatty: ZDF) 래트, 늙은 fa/fA(비만 Zucker) 래트, 늙은 스프레그 돌리(Sprague-Dawley: SD) 래트, 및 고토 카키자키(Goto Kakizaki: GK) 래트를 포함하며; GK 래트는 NIDDM(당뇨병 II)의 자발적 발생을 위해 선택된 위스터 래트로부터 유래된 근교계(inbred strain)이다. 신장 섬유증의 유발 모델은 건강한 비당뇨병 동물에서 발생하는 급성 장 섬유증 모델인 영구적인 일측 요관폐쇄(permanent unilateral ureteral obstruction: UUO) 모델을 포함하며; 신장 섬유증은 폐쇄 후 며칠 내에 발생한다. 다른 신장 섬유증 유발 모델은 5/6 신적출술(nephrectomy)이다.
래트 내 간 섬유증의 2가지 모델은 다음의 참고문헌에서 설명하는 바와 같이 대조군으로서 sham 작동, 및 CCl4 중독을 가지는 담즙관 결찰(BDL)이며, 대조군으로서 동물에게 올리브 오일을 공급하였다: 문헌[Lotersztajn S, et al Hepatic Fibrosis: Molecular Mechanisms and Drug Targets. Annu Rev Pharmacol Toxicol. 2004 Oct 07; Uchio K, et al., Down-regulation of connective tissue growth factor and type I collagen mRNA expression by connective tissue growth factor antisense oligonucleotide during experimental liver fibrosis. Wound Repair Regen. 2004 Jan-Feb;12(1):60-6; Xu XQ, et al., Molecular classification of liver cirrhosis in a rat model by proteomics and bioinformatics Proteomics. 2004 Oct;4(10):3235-45].
안구 흉터에 대한 모델은 당업계에, 예를 들어, 문헌[Sherwood MB et al., J Glaucoma. 2004 Oct;13(5):407-12. A new model of glaucoma filtering surgery in the rat; Miller MH et al., Ophthalmic Surg. 1989 May;20(5):350-7. Wound healing in an animal model of glaucoma fistulizing surgery in the Rb; vanBockxmeer FM et al., Retina. 1985 Fall-Winter; 5(4): 239-52. Models for assessing scar tissue inhibitors; Wiedemann P et al., J Pharmacol Methods. 1984 Aug; 12(1): 69-78. Proliferative vitreoretinopathy: the Rb cell injection model for screening of antiproliferative drugs] 잘 알려져 있다.
백내장의 모델은 다음의 간행물에서 설명된다: The role of Src family kinases in cortical cataract formation. Zhou J, Menko AS.Invest Ophthalmol Vis Sci. 2002 Jul;43(7):2293-300; Bioavailability and anticataract effects of a topical ocular drug delivery system containing disulfiram and hydroxypropyl-beta-cyclodextrin on selenite-treated rats. Wang S, et al. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15370367 Curr Eye Res. 2004 Jul;29(1):51-8; 및 Long-term organ culture system to study the effects of UV-A irradiation on lens transglutaminase. Weinreb O, Dovrat A.; Curr Eye Res. 2004 Jul;29(1):51-8].
표 A-18 및 표 A-19의 화합물은 섬유증 조건의 이 모델들에서 시험되며, 이는 간 섬유증 및 다른 섬유증 질환을 치료하는데 효과적인 것으로 발견되었다.
녹내장의 모델 시스템
녹내장을 치료하거나 예방하기 위한 본 발명의 활성 siRNA의 시험을 예를 들어 문헌[Maeda, K. et al., "A Novel Neuroprotectant against Retinal Ganglion Cell Damage in a Glaucoma Model and Optic Nerve Crush Model in the rat", Investigative Ophthalmology and visual Science(IOVS), March 2004, 45(3)851]에서 설명한 시신경 크러쉬(crush)를 위한 래트 동물 모델에서 수행한다. 구체적으로 시신경 횡단에 대해, 마취한 래트의 안와 시신경(ON)은 안와위 접근을 통해 노출되며, 수막을 자르고, ON 내 모든 액손을 10초 동안 겸자로 크러쉬 사상판(lamina cribrosa)으로부터 2㎜로 절단하였다.
본 명세서에 개시된 핵산 분자를 이 동물 모델에서 시험하고, 결과는 이 siRNA 화합물이 녹내장을 치료하고 및/또는 예방하는데 유용하다는 것을 나타낸다.
래트 시신경 크러쉬(ONC) 모델: 유리체 내 siRNA 전달 및 눈물 전달
시신경 절단을 위해 마취한 래트의 안와 시신경(ON)을 안와 위 접근을 통해 노출하였고, 뇌막을 분리하였고 ON 내 모든 액손을 10초 동안 겸자로 크러쉬 사상판으로부터 2㎜로 절단하였다.
siRNA 화합물을 단독으로 또는 눈물 5uL 부피(10ug/uL)와 조합하여 전달하였다. 시신경 크러쉬(ONC) 후 즉시, 20ug/10ul 시험 siRNA 또는 10ul PBS를 성체 위스터 래트의 눈 중 한쪽 또는 양쪽에 투여하고, 주사 후 5시간 및 1일에, 및 2일, 4일, 7일, 14일 및 21일 후 절단하고 순간 얼린 전체 망막을 취한 siRNA 수준을 결정한다. 유사한 실험을 눈물을 통해 투여한 siRNA의 활성 및 효능을 시험하기 위하여 수행한다.
래트에서
폐 이식 후 허혈
재관류
손상의 모델 시스템
폐 허혈/재관류 손상을 문헌[Mizobuchi et al., The Journal of Heart and Lung Transplantation, Vol 23 No. 7 (2004) and in Kazuhiro Yasufuku et al., Am. J. Respir. Cell Mol Biol, Vol 25, pp 26-34 (2001)]에서 설명하는 바와 같은 래트 동물 모델에서 달성한다.
구체적으로, 아이소플루오란으로 마취를 유발한 후, 기관에 14게이지 테플론 카테터로 캐뉼러를 삽입하고, 래트는 100% 산소를 사용하여, 분 당 70회 호흡속도로 및 2 cm H2O의 양종말호기압(positive end-respiratory pressure)으로 설치류 벤틸레이트에 의해 기계적으로 공기를 공급한다. 좌측 폐 동맥, 정맥 및 주기관지를 카스타네다 클램프(Castaneda clamp)로 차단한다. 수술 동안, 폐는 식염수로 수분을 유지하고, 절개는 증발 손실을 최소화하도록 다룬다. 허혈 기간은 60분이다. 허혈 기간의 마지막에, 클램프를 제거하고, 폐에 공기를 공급하고 폐 허혈의 유발 후 추가 4시간, 24시간 및 5일 동안 재관류시킨다. 실험의 마지막에, 폐를 조심스럽게 확보하고, RNA 추출을 위해 냉동시키거나 이후의 조직학적 분석을 위해 글루타르알데하이드 칵테일 중에서 고정시킨다.
특발성 폐 섬유증(
IPF
)에 대한 모델로서
블레오마이신
동물 모델
비타민 A-코트섬(Coatsome) 조제된 siRNA의 폐 및 간 전달의 가능성 시험은 건강한 마우스 및 블레오마이신-처리 마우스에 대한 siRNA-비타민A-코트섬 복합체의 정맥 주사 및 기관내 투여에 의해 투여하였다.
목적: 정상 및 섬유증 마우스 폐에 비타민 A-코트섬 조제된 siRNA 전달의 가능성에 대한 2가지 투여 경로를 시험하기 위함. 현재 연구에서 시험되는 주된 가설은 비타민 A-코트섬 조제된 변형된 siRNA의 전신 투여가 섬유증 및 정상 마우스 폐에서 효율적인 섭취 및 세포 특이적 분포를 제공하는지 여부이다. 비타민A-코트섬 조제된 변형된 siRNA의 기관내 경로는 병행하여 시험할 것이다. 폐 및 간에서 siRNA 검출 및 세포-특이적 분포는 인시츄 혼성화(in situ hybridization: ISH)에 의해 수행될 것이다.
배경: 폐 섬유증의 블레오마이신 모델은 잘 개발되었고, 최근 30년에 걸쳐 특성 규명되었다(Moeller, et al. Int J Biochem Cell Biol, 40:362-382, 2008; Chua et al., Am J Respir Cell Mol Biol 33:9-13, 2005). 조직학적 특징, 예컨대 폐포내 싹(bud), 콜라겐의 벽 도입 및 허파꽈리의 말소는 IPF 환자와 유사한 BLM-처리 동물에 존재한다. 초기 연구는 C57/Bl 마우스가 지속적으로 BLM-유발 폐 섬유증에 걸리기 쉬운 반면, Balb/C 마우스는 유전적으로 저항성이라는 것을 증명한다. 투여 경로에 의존하여, 상이한 섬유증 패턴이 발생한다. BLM의 기관내 투여는 기관지중심에 두드러진 섬유증을 초래한 반면, 정맥내 또는 복막내 투여는 인간 질병과 유사한 늑막 밑 흉터를 유발한다(Chua et al. ibid). 보통의 간질성 폐렴(UIP)의 동물 모델이 사용된다. 이 모델은 섬유증식의 이종성 분포를 나타내며, 주로 늑막 밑에 분포하고, 특발성 폐 섬유증(IPF)이 있는 환자의 폐에서 관찰되는 것과 유사한 병변을 형성한다(Onuma, et al., Tohoku J Exp Med 194: 147-156, 2001 and Yamaguchi and Ruoslahti, Nature 336: 244-246, 1988). 마우스 폐의 늑막및 섬유증식의 일정한 조성물에 대해 7일 동안 하루 걸러 블레오마이신의 복막내 주사에 의해 UIP를 유발할 것이다(Swiderski et al. Am J Pathol 152: 821-828, 1998 and Shimizukawa et al., Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol 284: L526-L532, 2003).
이전에 증명한 바와 같이, siRNA를 함유하는 비타민 A-장입된 리포좀은 레티놀 결합 단백질(RBP)과 상호작용하고, RBP 수용체를 통해 간 성상세포에 효율적인 전달을 제공한다(Sato et al. Nat Biotechnol 26:431-442, 2008). 이 연구는 vitA-코트섬(Coatsome)-siRNA 복합체가 블레오마이신 처리된 마우스의 폐에서 RBP 수용체-발현 활성화된 근육섬유모세포에 의해 효율적으로 취해지는지 여부를 시험하도록 계획된다. 게다가, 국소 투여 경로(기관내 점적)가 시험될 것이다.
일반적 연구 설계
마우스 - C57 Bl 수컷
출발 N(BLM I.P.)-40(제1 견본 그룹에 대해 6마리, 연구를 위해 34마리, 예상한 25% 사망률을 고려한 총계))
출발 N(총)-60
시험 siRNA: 본 명세서에서 개시한 SERPINHI 화합물.
그룹:
블레오마이신-유발된 폐 섬유증, 12주령 암컷 C57BL/6 마우스의 폐 섬유증을 블레오마이신 설페이트의 복막내 점적에 의해 유발할 것이다: 0.75 ㎎/㎏체중을 7일 동안 하루 걸러 제0, 2, 4 및 6일에 0.1㎖의 식염수 중에서 용해시켰다.
모델 사후관리(follow up) 및 모니터링. 마우스를 BLM 처리하기 전에 또한 연구 기간 동안 주 2회 칭량할 것이다.
섬유증 확립의 견본 평가. 마우스(N=30)는 제1 처리군(N=5)과 나머지 동물 사이에 1주 시간 간격으로 그룹 내에서 BLM 처리를 받았다. 제14일에, 제1군으로부터 2마리 마우스를 희생시키고 빠른 HE 염색 및 섬유증의 빠른 병리조직 평가를 위해 폐를 확보한다. 폐 섬유증이 확보될 때, 남은 래트를 그룹으로 분류하고 제1 BLM 처리 후 제14일에 siRNA로 처리한다. 충분하지 않은 섬유증이 제14일에 폐에서 발생한 경우, 제1 처리군으로부터 남은 마우스를 제21일에 희생시키고, 다음으로 섬유증의 빠른 병리조직 평가를 한다. 나머지 동물들을 BLM 처리 후 제21일로부터 출발하여 시험 siRNA 복합체로 처리한다.
siRNA 투여. 제1 BLM 투여 후 제14일 또는 제21일에(연구 동안 TBD, 섬유증 확보의 견본 평가를 기반으로 함), 동물을 BW에 따라서 분류한다. 1군 및 2군으로부터 동물을 4.5 ㎎/㎏ BW의 siRNA 농도에서 siRNA/비타민A/코트섬 복합체로 정맥내로(꼬리 정맥 주사) 투여한다. 동일 연령의 무결함 동물(그룹 5 및 6)을 동일한 방식으로 처리한다. BLM 처리 동물(그룹 9)을 비타민A-코트섬 비히클 대조군으로 사용할 것이다. 24시간에, 주사를 상기 모든 동물에 대해 반복한다.
그룹 3 및 4로부터 BLM 동물, 및 그룹 7 및 8로부터의 무결함 마우스를 아이소플루란으로 마취시키고 vitA-장입된 리포좀에서 조제된 2.25 ㎎/㎏ BW siRNA의 기관내 점적을 받게 한다. BLM 그룹 10으로부터 마우스에 vitA/코트섬 비히클만 투여한다. 기관내 점적을 24시간 후 반복한다.
연구 종결. 그룹 1, 3, 5, 7, 9로부터의 동물을 제2 siRNA 복합체 주사 또는 점적 2시간 후 희생시킨다. 그룹 2, 4, 6, 8, 10으로부터의 동물을 제2 siRNA 주사 또는 점적 24시간 후 희생시킨다.
동물 희생 시, 마우스를 10% 중화 완충된 포르말린으로 심장을 통해 관류시킨다. 폐를 0.8-1.0 ㎖의 10% NBF로 부풀리고, 기관을 결찰한다. 폐를 절단하고, 10% NBF 중에서 24시간 동안 고정한다. 각 동물로부터 간을 확보하였고, 24시간 동안 10% NBF 중에서 고정한다.
섹션화 및 평가. 결과 섹션을 폐 및 간으로부터 제조한다. 폐 및 간 형태의 평가를 위해 제1 결과 섹션을 헤마톡실린 및 에오신으로 염색하고, 제2 섹션을 시리우스 레드(트라이크롬)로 염색하여 콜라겐을 확인한다. 제3 결과 섹션을 siRNA의 검출을 위해 인시츄 혼성화(ISH)를 받게 한다.
본 명세서에서 설명되는 화합물을 이 동물 모델에서 시험하고 결과는 이 siRNA 화합물이 폐 섬유증을 치료하고 및/또는 방지하는데 유용하다는 것을 나타낸다.
본 명세서에 언급된 또는 인용된 논문, 특허 및 특허출원, 및 모든 다른 문헌 및 전자적으로 이용가능한 정보의 내용은 각 개개의 간행물이 구체적이고 개별적으로 참고로 포함되는 것으로 표시되는 것과 같이 본 명세서에 그것 전체가 동일한 정도로 참고로 포함된다.
출원인들은 임의의 이러한 논문, 특허, 특허 출원, 또는 다른 물리적 및 전자적 문헌에 물리적으로 포함하는 권리를 보유한다.
다양한 치환 및 변형이 본 발명의 범주 및 정신으로부터 벗어나지 않고 본 명세서에 개시된 본 발명으로 만들어질 수 있다는 것은 당업자에게 용이하게 명백하다. 따라서, 이러한 추가적인 구체예는 본 발명 및 다음의 특허청구범위 내에 있다. 본 발명은 당업자가 RNAi 활성을 매개하는 개선된 활성을 가지는 핵산 구성체를 만드는 것에 대해 다양한 조합 및/또는 치환을 시험하는 것을 교시한다. 이러한 개선된 활성은 세포 반응 매개 RNAi의 개선된 안정성, 개선된 생체이용가능성, 및/또는 개선된 활성화를 포함할 수 있다. 따라서, 본 명세서에서 설명되는 특정 구체예는 제한적이지 않으며, 당업자는 본 명세서에서 설명된 변형의 특정 조합이 개선된 RNAi 활성을 가지는 핵산 분자를 확인하는 것에 대한 지나친 실험 없이 시험될 수 있다는 것을 용이하게 인식할 것이다.
본 명세서에서 예시적으로 설명된 본 발명은 본 명세서에 구체적으로 개시되지 않은 임의의 구성요소 또는 구성요소들, 제한 또는 제한들의 부재하에서 적절하게 실행될 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본 발명을 설명하는 내용에서(특히 다음의 특허청구범위의 내용에서) 단수의 용어 및 유사한 언급은, 본 명세서에서 달리 표시되거나 문맥에 의해 명확하게 모순되지 않는다면, 단수와 복수를 둘 다 다루는 것으로 해석되어야 한다. 용어 "포함하는", "가지는", "포함하는", "함유하는" 등은 확장적으로 및 제한없이 해석될 것이다(예를 들어, "포함하지만 제한되지 않는다"). 본 명세서의 수치 범위의 인용은 달리 표시되지 않는다면, 각 별개의 수치가 범위 내에 속하는 것으로 개별적으로 언급되는 약칭 방법으로서 작용하는 것으로 의도되며, 각 별개의 값은 본 명세서에 개별적으로 인용되는 것과 같이 본 명세서에 포함된다. 본 명세서에서 설명된 모든 방법은 본 명세서에서 달리 표시되지 않는다면, 또 다르게는 문맥에 의해 명확하게 모순되지 않는다면 임의의 적당한 순서로 수행될 수 있다. 본 명세서에서 제공된 임의의 및 모든 실시예의 사용, 또는 예시적 언어(예를 들어 "예컨대")는 단지 본 발명을 더 분명히 하기 위한 의도이며, 달리 청구되지 않는다면, 본 발명의 범주를 제한하고자 하는 제안하는 것은 아니다. 본 명세서의 어떤 언어도 본 발명의 실행에 필수적인 것으로서 임의의 청구되지 않는 구성요소를 나타내는 것으로 해석되어서는 안 된다. 추가적으로, 본 명세서에서 사용된 용어 및 표현은 설명의 용어로서 사용되었고, 제한의 용어는 아니며, 나타내고 설명한 특징의 어떤 동등물 또는 그것의 일부를 제외하는 용어 및 표현의 사용으로 의도되지 않지만, 청구되는 본 발명의 범주 내에서 다양한 변형이 가능하다는 것이 인식된다. 따라서, 본 발명이 바람직한 구체예 및 선택적 특징에 의해 구체적으로 개시되지만, 개시된 본 명세서에 포함된 본 발명의 변형 및 변화는 당업자에 의해 재구분되며, 이러한 변형 및 변화는 이 발명의 범주 내인 것으로 생각되어야 한다는 것이 이해되어야 한다.
본 발명은 본 명세서에서 넓고 일반적으로 설명되었다. 일반적 개시 내에 속하는 각각의 더 좁은 종들 및 하위 그룹은 본 발명의 부분을 형성한다. 이는 절단된 물질이 본 명세서에 구체적으로 인용되는지 여부와는 관계없이, 속(genus)으로부터 임의의 대상 물질을 제거하는 조건부 또는 부정적 제한을 가지는 본 발명의 일반적 설명을 포함한다. 추가로 본 발명의 특징 또는 양태들이 마쿠시 군의 용어로 설명되는 경우, 당업자는 따라서 본 발명이 마쿠시 군의 임의의 개개 구성요소 또는 하위그룹의 구성요소에 대해 설명된다는 것을 인식할 것이다.
SEQUENCE LISTING
<110> Quark Pharmaceuticals, Inc.
Nitto Denko Corporation
<120> MODULATION OF HSP47 EXPRESSION
<130> WO/2011/072082
<140> PCT/US2010/059578
<141> 2010-12-08
<150> 61/285,149
<151> 2009-12-09
<150> 61/372,072
<151> 2009-08-09
<150> 61/307,412
<151> 2010-02-23
<160> 2845
<170> PatentIn version 2.0
<210> 1
<211> 2208
<212> RNA
<213> Homo_Sapiens
<400> 1
ucuuuggcuu uuuuuggcgg agcuggggcg cccuccggaa gcguuuccaa cuuuccagaa 60
guuucucggg acgggcagga gggggugggg acugccauau auagaucccg ggagcagggg 120
agcgggcuaa gaguagaauc gugucgcggc ucgagagcga gagucacguc ccggcgcuag 180
cccagcccga cccaggccca ccguggugca cgcaaaccac uuccuggcca ugcgcucccu 240
ccugcuucuc agcgccuucu gccuccugga ggcggcccug gccgccgagg ugaagaaacc 300
ugcagccgca gcagcuccug gcacugcgga gaaguugagc cccaaggcgg ccacgcuugc 360
cgagcgcagc gccggccugg ccuucagcuu guaccaggcc auggccaagg accaggcagu 420
ggagaacauc cuggugucac ccgugguggu ggccucgucg cuagggcucg ugucgcuggg 480
cggcaaggcg accacggcgu cgcaggccaa ggcagugcug agcgccgagc agcugcgcga 540
cgaggaggug cacgccggcc ugggcgagcu gcugcgcuca cucagcaacu ccacggcgcg 600
caacgugacc uggaagcugg gcagccgacu guacggaccc agcucaguga gcuucgcuga 660
ugacuucgug cgcagcagca agcagcacua caacugcgag cacuccaaga ucaacuuccg 720
cgacaagcgc agcgcgcugc aguccaucaa cgagugggcc gcgcagacca ccgacggcaa 780
gcugcccgag gucaccaagg acguggagcg cacggacggc gcccugcuag ucaacgccau 840
guucuucaag ccacacuggg augagaaauu ccaccacaag augguggaca accguggcuu 900
cauggugacu cgguccuaua ccgugggugu caugaugaug caccggacag gccucuacaa 960
cuacuacgac gacgagaagg aaaagcugca aaucguggag augccccugg cccacaagcu 1020
cuccagccuc aucauccuca ugccccauca cguggagccu cucgagcgcc uugaaaagcu 1080
gcuaaccaaa gagcagcuga agaucuggau ggggaagaug cagaagaagg cuguugccau 1140
cuccuugccc aagggugugg uggaggugac ccaugaccug cagaaacacc uggcugggcu 1200
gggccugacu gaggccauug acaagaacaa ggccgacuug ucacgcaugu caggcaagaa 1260
ggaccuguac cuggccagcg uguuccacgc caccgccuuu gaguuggaca cagauggcaa 1320
ccccuuugac caggacaucu acgggcgcga ggagcugcgc agccccaagc uguucuacgc 1380
cgaccacccc uucaucuucc uagugcggga cacccaaagc ggcucccugc uauucauugg 1440
gcgccugguc cggccuaagg gugacaagau gcgagacgag uuauagggcc ucagggugca 1500
cacaggaugg caggaggcau ccaaaggcuc cugagacaca ugggugcuau ugggguuggg 1560
ggggagguga gguaccagcc uuggauacuc cauggggugg ggguggaaaa acagaccggg 1620
guucccgugu gccugagcgg accuucccag cuagaauuca cuccacuugg acaugggccc 1680
cagauaccau gaugcugagc ccggaaacuc cacauccugu gggaccuggg ccauagucau 1740
ucugccugcc cugaaagucc cagaucaagc cugccucaau caguauucau auuuauagcc 1800
agguaccuuc ucaccuguga gaccaaauug agcuaggggg gucagccagc ccucuucuga 1860
cacuaaaaca ccucagcugc cuccccagcu cuaucccaac cucucccaac uauaaaacua 1920
ggugcugcag ccccugggac caggcacccc cagaaugacc uggccgcagu gaggcggauu 1980
gagaaggagc ucccaggagg ggcuucuggg cagacucugg ucaagaagca ucgugucugg 2040
cguugugggg augaacuuuu uguuuuguuu cuuccuuuuu uaguucuuca aagauaggga 2100
gggaaggggg aacaugagcc uuuguugcua ucaauccaag aacuuauuug uacauuuuuu 2160
uuuucaauaa aacuuuucca augacauuuu guuggagcgu ggaaaaaa 2208
<210> 2
<211> 418
<212> PRT
<213> Homo_Sapiens
<400> 2
Met Arg Ser Leu Leu Leu Leu Ser Ala Phe Cys Leu Leu Glu Ala Ala
1 5 10 15
Leu Ala Ala Glu Val Lys Lys Pro Ala Ala Ala Ala Ala Pro Gly Thr
20 25 30
Ala Glu Lys Leu Ser Pro Lys Ala Ala Thr Leu Ala Glu Arg Ser Ala
35 40 45
Gly Leu Ala Phe Ser Leu Tyr Gln Ala Met Ala Lys Asp Gln Ala Val
50 55 60
Glu Asn Ile Leu Val Ser Pro Val Val Val Ala Ser Ser Leu Gly Leu
65 70 75 80
Val Ser Leu Gly Gly Lys Ala Thr Thr Ala Ser Gln Ala Lys Ala Val
85 90 95
Leu Ser Ala Glu Gln Leu Arg Asp Glu Glu Val His Ala Gly Leu Gly
100 105 110
Glu Leu Leu Arg Ser Leu Ser Asn Ser Thr Ala Arg Asn Val Thr Trp
115 120 125
Lys Leu Gly Ser Arg Leu Tyr Gly Pro Ser Ser Val Ser Phe Ala Asp
130 135 140
Asp Phe Val Arg Ser Ser Lys Gln His Tyr Asn Cys Glu His Ser Lys
145 150 155 160
Ile Asn Phe Arg Asp Lys Arg Ser Ala Leu Gln Ser Ile Asn Glu Trp
165 170 175
Ala Ala Gln Thr Thr Asp Gly Lys Leu Pro Glu Val Thr Lys Asp Val
180 185 190
Glu Arg Thr Asp Gly Ala Leu Leu Val Asn Ala Met Phe Phe Lys Pro
195 200 205
His Trp Asp Glu Lys Phe His His Lys Met Val Asp Asn Arg Gly Phe
210 215 220
Met Val Thr Arg Ser Tyr Thr Val Gly Val Met Met Met His Arg Thr
225 230 235 240
Gly Leu Tyr Asn Tyr Tyr Asp Asp Glu Lys Glu Lys Leu Gln Ile Val
245 250 255
Glu Met Pro Leu Ala His Lys Leu Ser Ser Leu Ile Ile Leu Met Pro
260 265 270
His His Val Glu Pro Leu Glu Arg Leu Glu Lys Leu Leu Thr Lys Glu
275 280 285
Gln Leu Lys Ile Trp Met Gly Lys Met Gln Lys Lys Ala Val Ala Ile
290 295 300
Ser Leu Pro Lys Gly Val Val Glu Val Thr His Asp Leu Gln Lys His
305 310 315 320
Leu Ala Gly Leu Gly Leu Thr Glu Ala Ile Asp Lys Asn Lys Ala Asp
325 330 335
Leu Ser Arg Met Ser Gly Lys Lys Asp Leu Tyr Leu Ala Ser Val Phe
340 345 350
His Ala Thr Ala Phe Glu Leu Asp Thr Asp Gly Asn Pro Phe Asp Gln
355 360 365
Asp Ile Tyr Gly Arg Glu Glu Leu Arg Ser Pro Lys Leu Phe Tyr Ala
370 375 380
Asp His Pro Phe Ile Phe Leu Val Arg Asp Thr Gln Ser Gly Ser Leu
385 390 395 400
Leu Phe Ile Gly Arg Leu Val Arg Pro Lys Gly Asp Lys Met Arg Asp
405 410 415
Glu Leu
<210> 3
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 3
ggacaggccu cuacaacuau u 21
<210> 4
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 4
uaguuguaga ggccuguccu u 21
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 5
ggacaggccu cuacaacuat t 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 6
uaguuguaga ggccugucct t 21
<210> 7
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 7
ggacaggccu cuacaacuac uacga 25
<210> 8
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 8
ucguaguagu uguagaggcc uguccuu 27
<210> 9
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 9
ggacaggccu cuacaacuac uacdgda 27
<210> 10
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 10
ucguaguagu uguagaggcc uguccuu 27
<210> 11
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 11
caggccucua caacuacuau u 21
<210> 12
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 12
uaguaguugu agaggccugu u 21
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 13
caggccucua caacuacuat t 21
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 14
uaguaguugu agaggccugt t 21
<210> 15
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 15
caggccucua caacuacuac gacga 25
<210> 16
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 16
ucgucguagu aguuguagag gccuguu 27
<210> 17
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 17
caggccucua caacuacuac gacdgda 27
<210> 18
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 18
ucgucguagu aguuguagag gccuguu 27
<210> 19
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 19
gagcacucca agaucaacuu u 21
<210> 20
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 20
aguugaucuu ggagugcucu u 21
<210> 21
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 21
gagcacucca agaucaacut t 21
<210> 22
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 22
aguugaucuu ggagugcuct t 21
<210> 23
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 23
gagcacucca agaucaacuu ccgcg 25
<210> 24
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 24
cgcggaaguu gaucuuggag ugcucuu 27
<210> 25
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 25
gagcacucca agaucaacuu ccgdcdg 27
<210> 26
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 26
cgcggaaguu gaucuuggag ugcucuu 27
<210> 27
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 27
gaacacucca agaucaacuu ccgag 25
<210> 28
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 28
cucggaaguu gaucuuggag uguucuu 27
<210> 29
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 29
gaacacucca agaucaacuu ccgdadg 27
<210> 30
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 30
cucggaaguu gaucuuggag uguucuu 27
<210> 31
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 31
cugaggccau ugacaagaau u 21
<210> 32
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 32
uucuugucaa uggccucagu u 21
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 33
cugaggccau ugacaagaat t 21
<210> 34
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 34
uucuugucaa uggccucagt t 21
<210> 35
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 35
cugaggccau ugacaagaac aaggc 25
<210> 36
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 36
gccuuguucu ugucaauggc cucaguu 27
<210> 37
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 37
cugaggccau ugacaagaac aagdgdc 27
<210> 38
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 38
gccuuguucu ugucaauggc cucaguu 27
<210> 39
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 39
cuacgacgac gagaaggaau u 21
<210> 40
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 40
uuccuucucg ucgucguagu u 21
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 41
cuacgacgac gagaaggaat t 21
<210> 42
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 42
uuccuucucg ucgucguagt t 21
<210> 43
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 43
cuacgacgac gagaaggaaa agcug 25
<210> 44
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 44
cagcuuuucc uucucgucgu cguaguu 27
<210> 45
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 45
cuacgacgac gagaaggaaa agctg 25
<210> 46
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 46
cagcuuuucc uucucgucgu cguaguu 27
<210> 47
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 47
gccacacugg gaugagaaau u 21
<210> 48
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 48
uuucucaucc caguguggcu u 21
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 49
gccacacugg gaugagaaat t 21
<210> 50
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 50
uuucucaucc caguguggct t 21
<210> 51
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 51
gcagcaagca gcacuacaau u 21
<210> 52
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 52
uuguagugcu gcuugcugcu u 21
<210> 53
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 53
gcagcaagca gcacuacaat t 21
<210> 54
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 55
ccgugggugu caugaugauu u 21
<210> 56
<211> 21
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<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 56
aucaucauga cacccacggu u 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 57
ccgugggugu caugaugaut t 21
<210> 58
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 58
aucaucauga cacccacggt t 21
<210> 59
<211> 1244
<212> RNA
<213> Homo sapiens
<400> 59
augcgcuccc uccugcuucu cagcgccuuc ugccuccugg aggcggcccu ggccgccgag 60
gugaagaaac cugcagccgc agcagcuccu ggcacugcgg agaaguugag ccccaaggcg 120
gccacgcuug ccgagcgcag cgccggccug gccuucagcu uguaccaggc cauggccaag 180
gaccaggcag uggagaaauc cuggugucac ccgugguggu ggccucgucg cuagggcucg 240
ugucgcuggg cggcaaggcg accacggcgu cgcaggccaa ggcagugcug agcgccgagc 300
agcugcgcga cgaggaggug cacgccggcu gggcgagcug cugcgcucac ucagcaacuc 360
cacggcgcgc aacgugaccu ggaagcuggg cagccacugu acggacccag cucagugagc 420
uucgcugaug acuucgugcg cagcagcaag cagcacuaca augcgagcac uccaagauca 480
acuuccgcga caagcgcagc gcgcugcagu ccaucaacga gugggcccgc agaccaccga 540
cggcaagcug cccgagguca ccaaggacgu ggagcgcacg gacggcgccc ugcagucaac 600
gccauguucu ucaagccaca cugggaugag aaauuccacc acaagauggu ggacaaccgg 660
gcuucauggu gacucggucc uauaccgugg gugucaugau gaugcaccgg acaggccucu 720
acaacacuac gacgacgaga aggaaaagcu gcaaaucgug gagaugcccc uggcccacaa 780
gcucuccagc cucaucaucc ucaugcccca ucacguggag ccucucgagc gccuugaaaa 840
gcugcuaacc aaagagcagc ugaagaucug gauggggaag augcagagaa ggcuguugcc 900
aucuccuugc ccaagggugu gguggaggug acccaugacc ugcagaaaca ccggcugggc 960
ugggccugac ugaggccauu gacaagaaca aggccgacuu gucacgcaug ucaggcaaaa 1020
ggaccuguac cuggccagcg uguuccacgc caccgccuuu gaguuggaca cagauggcaa 1080
ccccuuugac caggacaucu acgggcgcga ggagcugcgc agccccaagc uguucuacgc 1140
cgaccacccc ucaucuuccu agugcgggac acccaaagcg gcucccugcu auucauuggg 1200
cgccuggucc ggccuagggu gacaagaugc gagacgaguu auag 1244
<210> 60
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 60
gagacacaug ggugcuaua 19
<210> 61
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 61
gggaagaugc agaagaaga 19
<210> 62
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 62
gaagaaggcu guugccaua 19
<210> 63
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 63
acaagaugcg agacgagua 19
<210> 64
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 64
ggacaaccgu ggcuucaua 19
<210> 65
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 65
ugcaguccau caacgagua 19
<210> 66
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 66
gccucaucau ccucaugca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 67
cgcgcugcag uccaucaaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 68
cggacaggcc ucuacaaca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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ugacaagaug cgagacgaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 70
ccagccucau cauccucaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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gcugcagucc aucaacgaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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gcagcgcgcu gcaguccaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 73
ugagacacau gggugcuaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 74
gguggaggug acccaugaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 75
cuuugaccag gacaucuaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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ggaggugacc caugaccua 19
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<213> artificial
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cuccugagac acaugggua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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agaagaaggc uguugccaa 19
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<213> artificial
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agcucuccag ccucaucaa 19
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<212> RNA
<213> artificial
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cugcagucca ucaacgaga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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ccggacaggc cucuacaaa 19
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<212> RNA
<213> artificial
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gcaccggaca ggccucuaa 19
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<212> RNA
<213> artificial
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gcagaagaag gcuguugca 19
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<213> artificial
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agaaggcugu ugccaucua 19
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<213> artificial
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agcgcagcgc gcugcagua 19
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<211> 19
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<213> artificial
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gacacauggg ugcuauuga 19
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<213> artificial
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gggccugacu gaggccaua 19
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<211> 19
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<213> artificial
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agacacaugg gugcuauua 19
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<211> 19
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<213> artificial
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ccaugaccug cagaaacaa 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 90
agaugcagaa gaaggcuga 19
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<212> RNA
<213> artificial
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caagcucucc agccucaua 19
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 92
ugcagaagaa ggcuguuga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 93
cagccucauc auccucaua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 94
gacaggccuc uacaacuaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 95
gaugcagaag aaggcugua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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acccaugacc ugcagaaaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 97
acuccaagau caacuucca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 98
acuccaagau caacuuccu 19
<210> 99
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 99
aggccucuac aacuacuaa 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 100
cacuccaaga ucaacuuca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 101
uccugagaca cauggguga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 102
gacaagaugc gagacgaga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 103
ggugacccau gaccugcaa 19
<210> 104
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 104
ccgaggugaa gaaaccuga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 105
uccugagaca caugggugu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 106
gcacuccaag aucaacuua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 107
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<400> 108
gccgagguga agaaaccua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 109
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 110
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<400> 117
ugaugaugca ccggacaga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 118
cccuuugacc aggacauca 19
<210> 119
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 119
caguccauca acgagugga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<400> 122
gcaguccauc aacgaguga 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 123
acaggccucu acaacuaca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 124
aagaugcaga agaaggcua 19
<210> 125
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 125
cagcgcgcug caguccaua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 126
gcgcagcgcg cugcaguca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 127
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 128
ucuucuucug caucuuccc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 129
uauggcaaca gccuucuuc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 130
uacucgucuc gcaucuugu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 132
uacucguuga uggacugca 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 133
ugcaugagga ugaugaggc 19
<210> 134
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 134
uuugauggac ugcagcgcg 19
<210> 135
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 135
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 137
uugaggauga ugaggcugg 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 138
uucguugaug gacugcagc 19
<210> 139
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 139
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 140
uuagcaccca ugugucuca 19
<210> 141
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 141
uucauggguc accuccacc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 142
uuagaugucc uggucaaag 19
<210> 143
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 143
uaggucaugg gucaccucc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 144
uacccaugug ucucaggag 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 145
uuggcaacag ccuucuucu 19
<210> 146
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 146
uugaugaggc uggagagcu 19
<210> 147
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 147
ucucguugau ggacugcag 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 148
uuuguagagg ccuguccgg 19
<210> 149
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 149
uuagaggccu guccggugc 19
<210> 150
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 150
ugcaacagcc uucuucugc 19
<210> 151
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 151
uagauggcaa cagccuucu 19
<210> 152
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 152
uacugcagcg cgcugcgcu 19
<210> 153
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 153
ucaauagcac ccauguguc 19
<210> 154
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 154
uauggccuca gucaggccc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 155
uaauagcacc caugugucu 19
<210> 156
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 156
uuguuucugc aggucaugg 19
<210> 157
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 157
ucagccuucu ucugcaucu 19
<210> 158
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 158
uaugaggcug gagagcuug 19
<210> 159
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 159
ucaacagccu ucuucugca 19
<210> 160
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 160
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<210> 161
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 161
uuaguuguag aggccuguc 19
<210> 162
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 162
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<210> 163
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 163
uuuucugcag gucaugggu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 164
uggaaguuga ucuuggagu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 165
aggaaguuga ucuuggagu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 166
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 167
ugaaguugau cuuggagug 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 168
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
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<213> artificial
<220>
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<400> 174
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
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<213> artificial
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<400> 177
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 178
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 182
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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ugccuucuuc ugcaucuuc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 184
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 186
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 187
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 188
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<213> Artificial Sequence
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<212> RNA
<213> artificial
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<400> 194
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 195
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 196
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 197
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 198
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 200
accggacagg ccucuacaa 19
<210> 201
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 201
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 203
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 203
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<210> 204
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 204
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<210> 205
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 205
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 206
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 208
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 208
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 209
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<210> 210
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 210
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<210> 211
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 211
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<210> 212
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 212
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<210> 213
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 214
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 214
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<210> 215
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 215
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<210> 216
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 216
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<210> 217
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 218
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<210> 220
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 220
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<210> 221
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 221
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<210> 222
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 222
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<210> 223
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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uuucugcagg ucauggguc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 224
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<210> 225
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 225
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<210> 227
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 230
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<210> 232
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 233
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<210> 234
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 235
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 235
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<210> 237
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 237
acagccuucu ucugcaucu 19
<210> 238
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 238
ugauggacug cagcgcgcu 19
<210> 239
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 239
gccuucuucu gcaucuucc 19
<210> 240
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 240
gauggcaaca gccuucuuc 19
<210> 241
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 241
cacucguuga uggacugca 19
<210> 242
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 242
agcacccaug ugucucagg 19
<210> 243
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Chemically synthesized
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uggacugcag cgcgcugcg 19
<210> 244
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 244
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<210> 245
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 245
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<210> 246
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 246
agccuuuguu gcuaucaau 19
<210> 247
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 247
ccauguucuu caagccaca 19
<210> 248
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 248
cccucuucug acacuaaaa 19
<210> 249
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 249
ccucaaucag uauucauau 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 250
gagacacaug ggugcuauu 19
<210> 251
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 251
gugacaagau gcgagacga 19
<210> 252
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 252
gccacacugg gaugagaaa 19
<210> 253
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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agaugcgaga cgaguuaua 19
<210> 254
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 254
acgacgacga gaaggaaaa 19
<210> 255
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 255
gccucuacaa cuacuacga 19
<210> 256
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 256
agaucaacuu ccgcgacaa 19
<210> 257
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 257
acuacuacga cgacgagaa 19
<210> 258
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 258
agcccucuuc ugacacuaa 19
<210> 259
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 259
acaagaugcg agacgaguu 19
<210> 260
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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ccagcccucu ucugacacu 19
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<212> RNA
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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ccuggcacug cggagaagu 19
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<211> 19
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<213> artificial
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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cccacaagcu cuccagccu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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cucuucugac acuaaaaca 19
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<211> 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 468
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<213> artificial
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<400> 469
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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uggucucaca ggugagaag 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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uccacugccu gguccuugg 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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uucuagcugg gaagguccg 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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uuaggccgga ccaggcgcc 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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agugucagaa gagggcugg 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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uccuucucgu cgucguagu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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ugcaucauca ugacaccca 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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agcccagcca gguguuucu 19
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
<220>
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
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<400> 1164
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<212> RNA
<213> artificial
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<211> 19
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<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1167
agauggcaac agccuucuu 19
<210> 1168
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1170
ggucaugggu caccuccac 19
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1171
gguuguccac caucuugug 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<400> 1174
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1175
gcuugaagaa cauggcguu 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1176
gcuggccagg uacaggucc 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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gcgugcaccu ccucgucgc 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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gugaccucgg gcagcuugc 19
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<213> artificial
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ccacguccuu ggugaccuc 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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ccagguacag guccuucuu 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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ccaugaagcc acgguuguc 19
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1183
uggccucagu caggcccag 19
<210> 1184
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1184
gcggaaguug aucuuggag 19
<210> 1185
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1185
gcgcuugucg cggaaguug 19
<210> 1186
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1186
cccaaugaau agcagggag 19
<210> 1187
<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 1188
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1287
gaccuuccca gcuagaaua 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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gcccaagggu gugguggaa 19
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<213> artificial
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agaacaaggc cgacuugua 19
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<213> artificial
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guggcuucau ggugacuca 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
<400> 1390
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 1391
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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ccggaaacuc cacauccua 19
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<400> 1488
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<213> artificial
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<211> 19
<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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agcuagaauu cacuccaca 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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ccugggccau agucauuca 19
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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agucccagau caagccuga 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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gccagcccuc uucugacaa 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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gcuguugcca ucuccuuga 19
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<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<223> Chemically synthesized
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<212> RNA
<213> artificial
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<212> RNA
<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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ccaccgacgg caagcugca 19
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<213> artificial
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<213> artificial
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<400> 2702
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
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<213> artificial
<220>
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<212> RNA
<213> artificial
<220>
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<211> 19
<212> RNA
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<211> 26
<212> DNA
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<212> DNA
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<211> 33
<212> DNA
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ctcgagtata gcacccatgt gtctcgcggc cgc 33
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<211> 33
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
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ctcgaggcga tacaaactgt gtctagcggc cgc 33
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<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
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ctcgagtctc aaacgttgtg ctatcttcct ctcaaacgtt gtgctatctt cctctcaaac 60
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<211> 79
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
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ctcgaggcga tacaaactgt gtctattccg cgatacaaac tgtgtctatt ccgcgataca 60
aactgtgtct agcggccgc 79
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2740
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2741
tcgagattcc cttaagctac aaccgc 26
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2742
ggccgcagga caggaagagc accacggaaa ggacaggaag agcaccacgg aaaggacagg 60
aagagcacca cc 72
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2743
tcgaggtggt gctcttcctg tcctttccgt ggtgctcttc ctgtcctttc cgtggtgctc 60
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2744
ggccgcggtt gtagcttaag ggaatggaag gttgtagctt aagggaatgg aaggttgtag 60
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2745
tcgagattcc cttaagctac aaccttccat tcccttaagc tacaaccttc cattccctta 60
agctacaacc gc 72
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2746
ggccgccgga caggcctcta caactc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2747
tcgagagttg tagaggcctg tccggc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2748
ggccgcagtt gtagaggcct gtccgc 26
<210> 2749
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2749
tcgagcggac aggcctctac aactgc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2750
ggccgcgaga cacatgggtg ctatac 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2751
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<210> 2752
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2752
ggccgctata gcacccatgt gtctcc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2753
tcgaggagac acatgggtgc tatagc 26
<210> 2754
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2754
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2755
tcgaggcgat acaaactgtg tctagc 26
<210> 2756
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2756
ggccgcgata gcacaacgtt tgagac 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2757
tcgagtctca aacgttgtgc tatcgc 26
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2758
ggccgctaga cacagtttgt atcgcggaat agacacagtt tgtatcgcgg aatagacaca 60
gtttgtatcg cc 72
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2759
tcgaggcgat acaaactgtg tctattccgc gatacaaact gtgtctattc cgcgatacaa 60
actgtgtcta gc 72
<210> 2760
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2760
ggccgcgata gcacaacgtt tgagaggaag atagcacaac gtttgagagg aagatagcac 60
aacgtttgag ac 72
<210> 2761
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2761
tcgagtctca aacgttgtgc tatcttcctc tcaaacgttg tgctatcttc ctctcaaacg 60
ttgtgctatc gc 72
<210> 2762
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2762
ggccgcgaga cacatgggtg ctattc 26
<210> 2763
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2763
tcgagaatag cacccatgtg tctcgc 26
<210> 2764
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2764
ggccgcaata gcacccatgt gtctcc 26
<210> 2765
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2765
tcgaggagac acatgggtgc tattgc 26
<210> 2766
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2766
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<210> 2767
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2767
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<210> 2768
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2768
ggccgctact cgtctcgcat cttgtc 26
<210> 2769
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2769
tcgagacaag atgcgagacg agtagc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2770
ggccgcccaa gatgatctaa tctgcc 26
<210> 2771
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2771
tcgaggcaga ttagatcatc ttgggc 26
<210> 2772
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2772
ggccgcgact cgtcgatact aggtgc 26
<210> 2773
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2773
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<210> 2774
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2774
tcgaggcaga ttagatcatc ttggttccgc agattagatc atcttggttc cgcagattag 60
atcatcttgg gc 72
<210> 2775
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2775
ggccgcccaa gatgatctaa tctgcggaac caagatgatc taatctgcgg aaccaagatg 60
atctaatctg cc 72
<210> 2776
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2776
ggccgcgact cgtcgatact aggtgggaag actcgtcgat actaggtggg aagactcgtc 60
gatactaggt gc 72
<210> 2777
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2777
tcgagcacct agtatcgacg agtcttccca cctagtatcg acgagtcttc ccacctagta 60
tcgacgagtc gc 72
<210> 2778
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2778
ggccgcacaa gatgcgagac gagttc 26
<210> 2779
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2779
tcgagaactc gtctcgcatc ttgtgc 26
<210> 2780
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2780
ggccgcaact cgtctcgcat cttgtc 26
<210> 2781
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2781
tcgagacaag atgcgagacg agttgc 26
<210> 2782
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2782
ggccgcactc caagatcaac ttcctc 26
<210> 2783
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2783
tcgagaggaa gttgatcttg gagtgc 26
<210> 2784
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2784
ggccgcagga agttgatctt ggagtc 26
<210> 2785
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2785
tcgagactcc aagatcaact tcctgc 26
<210> 2786
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2786
ggccgccctc caagcgacca tgaagc 26
<210> 2787
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2787
tcgagcttca tggtcgcttg gagggc 26
<210> 2788
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2788
ggccgccgga agtttcgatg ttctgc 26
<210> 2789
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2789
tcgagcagaa catcgaaact tccggc 26
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2790
ggccgccctc caagcgacca tgaagggaac ctccaagcga ccatgaaggg aacctccaag 60
cgaccatgaa gc 72
<210> 2791
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2791
tcgagcttca tggtcgcttg gaggttccct tcatggtcgc ttggaggttc ccttcatggt 60
cgcttggagg gc 72
<210> 2792
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2792
ggccgccgga agtttcgatg ttctgggaac ggaagtttcg atgttctggg aacggaagtt 60
tcgatgttct gc 72
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<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2793
tcgagcagaa catcgaaact tccgttccca gaacatcgaa acttccgttc ccagaacatc 60
gaaacttccg gc 72
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2794
ggccgctcct gagacacatg ggtgac 26
<210> 2795
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2795
tcgagtcacc catgtgtctc aggagc 26
<210> 2796
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2796
ggccgctcac ccatgtgtct caggac 26
<210> 2797
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2797
tcgagtcctg agacacatgg gtgagc 26
<210> 2798
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2798
ggccgcgcct gagaacacgt gtgtcc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2799
tcgaggacac acgtgttctc aggcgc 26
<210> 2800
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2800
ggccgcgcac ccattgtgat acttcc 26
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<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2801
tcgaggaagt atcacaatgg gtgcgc 26
<210> 2802
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2802
ggccgcgcct gagaacacgt gtgtcggaag cctgagaaca cgtgtgtcgg aagcctgaga 60
acacgtgtgt cc 72
<210> 2803
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2803
tcgaggacac acgtgttctc aggcttccga cacacgtgtt ctcaggcttc cgacacacgt 60
gttctcaggc gc 72
<210> 2804
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2804
ggccgcgcac ccattgtgat acttcggaag cacccattgt gatacttcgg aagcacccat 60
tgtgatactt cc 72
<210> 2805
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2805
tcgaggaagt atcacaatgg gtgcttccga agtatcacaa tgggtgcttc cgaagtatca 60
caatgggtgc gc 72
<210> 2806
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2806
ggccgcacag gcctctacaa ctacac 26
<210> 2807
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2807
tcgagtgtag ttgtagaggc ctgtgc 26
<210> 2808
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2808
ggccgctgta gttgtagagg cctgtc 26
<210> 2809
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2809
tcgagacagg cctctacaac tacagc 26
<210> 2810
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2810
ggccgcacag gcctagcaca agcacc 26
<210> 2811
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2811
tcgaggtgct tgtgctaggc ctgtgc 26
<210> 2812
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2812
ggccgcggta gttggctctg aagtgc 26
<210> 2813
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2813
tcgagcactt cagagccaac taccgc 26
<210> 2814
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2814
ggccgcacag gcctagcaca agcacggaaa caggcctagc acaagcacgg aaacaggcct 60
agcacaagca cc 72
<210> 2815
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2815
tcgaggtgct tgtgctaggc ctgtttccgt gcttgtgcta ggcctgtttc cgtgcttgtg 60
ctaggcctgt gc 72
<210> 2816
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2816
ggccgcggta gttggctctg aagtgggaag gtagttggct ctgaagtggg aaggtagttg 60
gctctgaagt gc 72
<210> 2817
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2817
tcgagcactt cagagccaac taccttccca cttcagagcc aactaccttc ccacttcaga 60
gccaactacc gc 72
<210> 2818
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2818
ggccgcgaca agatgcgaga cgagac 26
<210> 2819
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2819
tcgagtctcg tctcgcatct tgtcgc 26
<210> 2820
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2820
ggccgctctc gtctcgcatc ttgtcc 26
<210> 2821
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2821
tcgaggacaa gatgcgagac gagagc 26
<210> 2822
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2822
ggccgctaca agattatctc atctcc 26
<210> 2823
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2823
tcgaggagat gagataatct tgtagc 26
<210> 2824
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2824
ggccgcgctc gtctatacta ggtgac 26
<210> 2825
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2825
tcgagtcacc tagtatagac gagcgc 26
<210> 2826
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2826
ggccgctaca agattatctc atctcggaat acaagattat ctcatctcgg aatacaagat 60
tatctcatct cc 72
<210> 2827
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2827
tcgaggagat gagataatct tgtattccga gatgagataa tcttgtattc cgagatgaga 60
taatcttgta gc 72
<210> 2828
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2828
ggccgcgctc gtctatacta ggtgaggaag ctcgtctata ctaggtgagg aagctcgtct 60
atactaggtg ac 72
<210> 2829
<211> 72
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2829
tcgagtcacc tagtatagac gagcttcctc acctagtata gacgagcttc ctcacctagt 60
atagacgagc gc 72
<210> 2830
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2830
ggccgcgaca agatgcgaga cgagtc 26
<210> 2831
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2831
tcgagactcg tctcgcatct tgtcgc 26
<210> 2832
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2832
ggccgcactc gtctcgcatc ttgtcc 26
<210> 2833
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2833
tcgaggacaa gatgcgagac gagtgc 26
<210> 2834
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2834
ggccgcactc caagatcaac ttccgc 26
<210> 2835
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2835
tcgagcggaa gttgatcttg gagtgc 26
<210> 2836
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2836
ggccgccgga agttgatctt ggagtc 26
<210> 2837
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2837
tcgagactcc aagatcaact tccggc 26
<210> 2838
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2838
ggccgctcct gagacacatg ggtgcc 26
<210> 2839
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2839
tcgaggcacc catgtgtctc aggagc 26
<210> 2840
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2840
ggccgcgcac ccatgtgtct caggac 26
<210> 2841
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2841
tcgagtcctg agacacatgg gtgcgc 26
<210> 2842
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2842
ggccgcacag gcctctacaa ctactc 26
<210> 2843
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2843
tcgagagtag ttgtagaggc ctgtgc 26
<210> 2844
<211> 26
<212> DNA
<213> CHEMICALLY_SYNTHESIZED
<400> 2844
ggccgcagta gttgtagagg cctgtc 26
<210> 2845
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Chemically synthesized
<400> 2845
tcgagacagg cctctacaac tactgc 26
Claims (38)
- 하기 구조 A2를 가진 이중 가닥 핵산 분자:
(A2)
상기 구조 중, 각각의 N2, N 및 N'는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티(unconventional moiety)이며;
각각의 (N)x 및 (N')y는 각각의 연속적 N 또는 N'가 공유 결합에 의해 인접한 N 또는 N'에 결합된 올리고뉴클레오티드이고;
각각의 x 및 y는 독립적으로 17 내지 39의 정수이며;
(N')y의 서열은 (N)x의 서열과 상보성을 가지고, (N)x의 서열은 hsp47 mRNA 내의 연속적 서열과 상보성을 가지며;
N1은 (N)x에 공유 결합되며, hsp47 mRNA 서열에 미스매치되거나; 또는 hsp47 mRNA 서열에 대한 상보적 DNA 모이어티이고;
N1은 천연 또는 변형된 유리딘, 데옥시리보유리딘, 리보티미딘, 데옥시리보티미딘, 아데노신 또는 데옥시아데노신으로부터 선택된 모이어티이며;
z"는 부재하거나, 또는 N2-(N')y의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이고;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 부재하거나, 또는 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1 내지 5개의 연속적 뉴클레오티드, 연속적 비뉴클레오티드 모이어티 또는 이들의 조합이며;
상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 SERPINH1_51(서열번호: 101 및 168)로서 기재된 올리고뉴클레오티드를 포함한다. - 삭제
- 제1항에 있어서, N1, N2, N 및 N'의 각각은 비변형된 리보뉴클레오티드이고, z", Z 및 Z'는 부재하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제1항에 있어서, Z 및 Z'의 모두가 존재하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제4항에 있어서, Z 및 Z'의 각각은 독립적으로 뉴클레오티드 돌출부 또는 비-뉴클레오티드 돌출부를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제5항에 있어서, Z 및 Z'의 각각은 독립적으로 비-뉴클레오티드 돌출부를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제6항에 있어서, 상기 비-뉴클레오티드 돌출부는 알킬 모이어티를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제7항에 있어서, 상기 비-뉴클레오티드 돌출부는 C3OH, C3Pi, C3Pi-C3OH, C3Pi-C3Pi 및 C3Pi-C3P-C3OH로 이루어진 군으로부터 선택된, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제1항에 있어서, z"는 존재하고 상기 센스 가닥의 5' 말단에 공유 부착된 캐핑 모이어티를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제9항에 있어서, 상기 모이어티는 무염기성 리보스 모이어티, 역위 무염기성(inverted abasic) 리보스 모이어티, 역위 무염기성 데옥시리보스 모이어티, 무염기성 데옥시리보스 모이어티 및 이들의 변형; C6-이미노-Pi; 거울 뉴클레오티드(mirror nucleotide); 5'OMe 뉴클레오티드; 4',5'-메틸렌 뉴클레오티드; 1-(β-D-에리트로푸라노실)뉴클레오티드; 4'-티오 뉴클레오티드, 카보사이클릭 뉴클레오티드; 5'-아미노-알킬 포스페이트; 1,3-다이아미노-2-프로필 포스페이트, 3-아미노프로필 포스페이트; 6-아미노헥실 포스페이트; 12-아미노도데실 포스페이트; 하이드록시프로필 포스페이트; 1,5-안하이드로헥시톨 뉴클레오티드; 알파-뉴클레오티드; 트레오-펜토푸라노실 뉴클레오티드; 비고리 3',4'-세코 뉴클레오티드; 3,4-다이하이드록시뷰틸 뉴클레오티드; 3,5-다이하이드록시펜틸 뉴클레오티드, 5'-5'-역위 무염기성 모이어티; 1,4-뷰탄다이올 포스페이트; 5'-아미노; 및 가교 또는 비가교 메틸포스포네이트 및 5'-머캅토 모이어티로부터 선택되는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제10항에 있어서, 상기 캐핑 모이어티는 역위 무염기성 데옥시리보스 모이어티를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제1항에 있어서, 하기 구조를 가진, 이중 가닥 핵산 분자:
상기 구조 중, 각각의 "│"는 리보뉴클레오티드들 사이의 염기 짝짓기를 표시하며;
각각의 A, C, G 및 U는 독립적으로 비변형된 또는 변형된 리보뉴클레오티드, 또는 비정형 모이어티이고;
각각의 A, C, G 및 U는 공유 결합에 의해 인접한 A, C, G 또는 U에 결합되며;
각각의 Z 및 Z'는 독립적으로 부재하거나, 또는 그것이 존재하는 가닥의 3' 말단에 공유 부착된 1 내지 5개의 연속적 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 또는 이들의 조합이고;
z"는 부재하거나, 또는 상기 센스 가닥의 5' 말단에 공유 부착된 캡핑 모이어티이다. - 제1항에 있어서, N1, N2, N 및/또는 N'는 변형된 또는 비변형된 뉴클레오티드를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제13항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당 모이어티를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제14항에 있어서, 상기 변형된 당 모이어티는 독립적으로 2'-O-메틸, 2'-메톡시에톡시, 2'-데옥시, 2'-플루오로, 2'-알릴, 2'-O-[2-(메틸아미노)-2-옥소에틸], 4'-티오, 4'-(CH2)2-O-2'-브리지, 2'-잠금 핵산, 또는 2'-O-(N-메틸카바메이트)로 이루어진 군으로부터 선택된, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제13항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오염기를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제16항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오염기는 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 아데닌 및 구아닌의 6-메틸 및 다른 알킬 유도체, 아데닌 및 구아닌의 2-프로필 및 다른 알킬 유도체, 5-할로유라실 및 사이토신, 5-프로피닐 유라실 및 사이토신, 6-아조 유라실, 사이토신 및 티민, 5-유라실(슈도유라실), 4-티오유라실, 8-할로, 아미노, 티올, 티오알킬, 하이드록실 및 다른 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-트라이플루오로메틸 및 다른 5-치환된 유라실 및 사이토신, 7-메틸구아닌, 및 비고리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제13항에 있어서, 상기 변형은 포스포다이에스터 백본에 대한 변형을 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제18항에 있어서, 상기 포스포다이에스터 백본에 대한 변형은 포스포로티오에이트, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 -5')티오-포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트, 포스포로셀레네이트, 3'-(또는 -5')데옥시 포스피네이트, 보라노 포스페이트, 3'-(또는 -5')데옥시-3'-(또는 5'-)아미노 포스포르아미데이트, 수소 포스포네이트, 보라노 포스페이트 에스터, 포스포르아미데이트, 알킬 또는 아릴 포스포네이트 및 포스포트라이에스터 또는 포스포러스 결합으로 이루어진 군으로부터 선택된, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제1항에 있어서, 상기 비정형 모이어티는 무염기성 모이어티, 역위 무염기성 모이어티, 탄화수소 모이어티 및 그의 유도체, 데옥시리보뉴클레오티드, 변형된 데옥시리보뉴클레오티드, 거울 뉴클레오티드, 비염기 짝짓기 뉴클레오티드 유사체 및 2'-5' 뉴클레오티드간 포스페이트 결합에 의해 인접한 뉴클레오티드에 결합된 뉴클레오티드; 가교 핵산, 결합 변형된 뉴클레오티드 및 염기 변형된 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된, 이중 가닥 핵산 분자.
- 삭제
- 삭제
- 삭제
- 제12항에 있어서,
상기 센스 가닥(서열 번호: 101)은 2'-O-Me 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 9 또는 10번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 선택적으로 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하거나;
상기 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 2'-O-Me 당 변형된 피리미딘 및/또는 퓨린, 5'에서 3' 방향으로 5, 6, 7, 또는 8번 위치에 2'5' 뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하거나;
상기 센스 가닥(서열 번호: 101)은 2'-O-Me 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 9 또는 10번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드; 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티 및 선택적으로 5' 말단에 공유 부착된 캡 모이어티를 포함하고, 상기 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 2'-O-Me 당 변형된 피리미딘 및/또는 퓨린, 5'에서 3' 방향으로 5, 6, 7, 또는 8번 위치에 2'5' 뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 뉴클레오티드 또는 비뉴클레오티드 모이어티를 포함하는 것인, 이중 가닥 핵산 분자. - 제24항에 있어서, 상기 센스 가닥(서열 번호: 101)은 5'에서 3' 방향으로 4, 11, 13, 및 17번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 피리미딘, 선택적으로 9 또는 10번 위치에 2'-5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi 또는 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티, 및 5' 말단에 공유 부착된 역위 비염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 상기 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 하기를 포함하는 안티센스 가닥으로부터 선택되는, 이중 가닥 핵산 분자:
a) 5'에서 3' 방향으로 1, 8, 및 15번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 리보뉴클레오티드, 6 또는 7번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
b) 5'에서 3' 방향으로 1, 4, 8, 13 및 15번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 리보뉴클레오티드, 6 또는 7번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
c) 5'에서 3' 방향으로 1, 4, 8, 11 및 15번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 리보뉴클레오티드, 6번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 돌출부; 또는
d) 5'에서 3' 방향으로 1, 3, 8, 12, 13, 및 15번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 리보뉴클레오티드, 6번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티. - 제25항에 있어서, 상기 센스 가닥(서열 번호: 101)은 5'에서 3' 방향으로 4, 11, 13, 및 17번 위치에 2'-O-Me 당 변형된 리보뉴클레오티드, 9번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 3' 말단에 공유 부착된 C3OH 비뉴클레오티드 모이어티, 및 5' 말단에 공유적 부착된 역위 비염기성 데옥시리보뉴클레오티드 모이어티를 포함하고; 안티센스 가닥(서열 번호: 168)은 5'에서 3' 방향으로 1, 4, 8, 및 15번 위치에 2'OMe 당 변형된 리보뉴클레오티드, 6번 위치에 2'5' 리보뉴클레오티드, 및 3' 말단에 공유 부착된 C3Pi-C3OH 모이어티를 포함하는, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제12항에 있어서, 상기 인접한 A, C, G 또는 U에 결합된 각 A, C, G 및 U를 연결하는 각 공유 결합은 포스포다이에스터 결합인, 이중 가닥 핵산 분자.
- 제1항, 제3항 내지 제20항 및 제24항 내지 제27항 중 어느 한 항의 이중 가닥 핵산 분자를 포함하는, hsp47과 관련된 질병의 치료를 위한 조성물로서, 상기 질병은 섬유성 질병, 염증성 장질환, 황반변성, 그레이브스 안병증(Grave's ophthalmopathy), 맥각중독증, 건선, 교모세포종, 골수성 백혈병, 골수이형성증후군, 골수증식성 증후군, 암, 카포시 육종, 한센병 및 교원성 대장염을 포함하는 것인 조성물.
- 제28항에 있어서, 상기 hsp47과 관련된 질병이 섬유증인, 조성물.
- 제29항에 있어서, 상기 섬유증은 간 섬유증, 간 경변증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 복막 섬유증, 만성 간 손상, 심장섬유증, 망막 섬유증, 눈뒤 섬유증(retro-orbital fibrosis), 눈물샘 섬유증, 골수섬유증, 장 섬유증, 성대 점막 섬유증, 후두 섬유증, 신성 전신성 섬유증, 선천성 간 섬유증 및 경구 점막하 섬유증으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 조성물.
- 제30항에 있어서, 상기 섬유증은 간 경변증, 간 섬유증, 폐 섬유증, 신장 섬유증, 골수섬유증 및 장 섬유증을 포함하는, 조성물.
- 제29항에 있어서, 상기 섬유증은 피부, 복막, 간, 췌장, 신장, 심장, 폐, 골수, 눈, 장, 성대 및/또는 혈관의 섬유증인, 조성물.
- 제28항에 있어서, 상기 hsp47과 관련된 질병은 원섬유형성, 비정상적 흉터, 경피증, 신원성 섬유 피부질환(nephrogenic fibrosing dermatopathy), 복막 경화증, 비알코올성 지방간, 각막 혼탁, 망막에서의 섬유혈관 흉터 및 신경교증, 증식성 유리체망막병증, 안 반흔성 유천포창(Ocular cicatricial pemphigoid), 녹내장 여과 수술의 실패, 장 유착증, 심근증, 심근경색증 후 흉터, 아테롬성 동맥경화증, 동맥 재협착, 전신 경화증, 다발성 섬유경화증, 경피증성 이식편대숙주병 및 종양 관련 근섬유아세포와 관련된 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택되는 조성물.
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