ES2523683T3 - Marcadores para cáncer endometrial - Google Patents
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Abstract
Un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende detectar el nivel del biomarcador P4HB en una muestra de una paciente en el que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial
Description
Marcadores para cáncer endometrial
Campo de la invención
La invención se refiere al diagnóstico de detección, y al pronóstico de cáncer uterino. La invención se refiere al sorprendente hallazgo de que los biomarcadores correspondientes a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN se expresan de manera diferencial en muestras de control en comparación con muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial y, por lo tanto, son útiles para detectar cáncer endometrial. En particular, estos biomarcadores que tienen excelente sensibilidad, especificidad, y/o la capacidad de separar personas afectadas de no afectadas. Además, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona con su nivel de expresión en muestras de fluido uterino en comparación con valores de control. Por tanto, estos biomarcadores son robustos ya que se encuentra que se expresan de manera diferencial en varios tipos diferentes de muestras de personas y afectadas.
Cada año en Europa hay aproximadamente 150.000 nuevos casos de cáncer endometrial y aproximadamente 46.000 mujeres mueren a partir de la enfermedad (Ferlay et al. (2007) Ann. Onc. 18:581-592). En los Estados Unidos, se diagnostican cada año aproximadamente 41.000 nuevos casos de carcinoma endometrial y 7.300 mujeres mueren cada año (véanse las estadísticas de la American Cancer Society disponibles en Internet). Las tasas de incidencia y de mortalidad del cáncer endometrial están en aumento.
El cáncer endometrial (CE) es el tumor invasivo más frecuente del aparato genital femenino y el cuarto más común en mujeres en los países occidentales (Jemal et al. (2008) CA Cancer J. Clin. 58:71-96). Se necesitan nuevos procedimientos para el diagnóstico, pronóstico, y clasificación del cáncer endometrial para combatir esta enfermedad mortal.
A menudo, el cáncer endometrial se detecta de forma precoz, en sus fases iniciales, por la presentación de síntomas relacionados con la enfermedad. Desafortunadamente, un 20 % de las pacientes afrontan una invasión miometrial y/o afectación de los ganglios linfáticos, que son indicadores principales relacionados con un mal pronóstico, una disminución en la tasa de supervivencia, y una enfermedad más avanzada. La modalidad terapéutica primaria para el cáncer endometrial es el tratamiento quirúrgico.
Los síntomas comunes del cáncer uterino (por ejemplo, cáncer endometrial) incluyen hemorragia o leucorrea inusual, dificultad para orinar, dolor pélvico, y dolor durante el coito. El cáncer uterino se produce normalmente después de la menopausia. Otros factores de riesgo para el cáncer endometrial incluyen ser obeso, tomar un tratamiento de reemplazo hormonal sólo de estrógenos, tratamiento con tamixofeno y tener una predisposición genética al cáncer (por ejemplo, síndrome de Lynch). El tratamiento estándar para el cáncer endometrial varía dependiendo de la fase de la enfermedad. Normalmente, el tratamiento implica cirugía para extirpar el útero, lo que se denomina histerectomía, aunque otras opciones incluyen tratamiento hormonal y radioterapia.
Los procedimientos usados de forma rutinaria en la clínica para diagnosticar el cáncer endometrial incluyen biopsia seguido de análisis citológico y/o ecografía transvaginal. Normalmente, el diagnóstico del carcinoma endometrial se realiza por examen anatomopatológico de un aspirado endometrial (20-30 %), y por histeroscopia con biopsia dirigida (70-80 %). La tasa de éxito del diagnóstico con histeroscopia es más del 90 %, con positivos falsos en el caso de lesiones precursoras del adenocarcinoma endometrial (hiperplasias); pólipos endometriales, que presentan un grado no despreciable de neoplasia maligna (0-4,8 %) y que se deben extirpar a pesar de su apariencia benigna y asintomática; o en el caso de formas difusas de adenocarcinomas endometriales que son difíciles de diferenciar de una hiperplasia endometrial. Por tanto, existe una necesidad de obtener una prueba de diagnóstico menos invasiva basada en marcadores moleculares. Una prueba menos invasiva basada en marcadores moleculares de este tipo permitiría un cribado más rutinario del cáncer uterino. Una prueba de diagnóstico basada en marcadores moleculares obtenida de un modo menos invasivo y que tenga una sensibilidad y especificidad comparables a las de la biopsia endometrial puede evitar una histeroscopia innecesaria.
Los carcinomas endometriales se pueden clasificar en de escasa malignidad (tipo I) y de gran malignidad (tipo 2). El cáncer endometrial endometrioide de tipo I (a veces denominado dependiente de estrógenos), que representan aproximadamente el 80 % de los nuevos casos, son tumores de gran malignidad asociados con una estimulación de estrógenos, desarrollados normalmente en mujeres peri-o posmenopáusicas, y están precedidos normalmente de hiperplasia endometrial con o sin atipia. El cáncer endometrial no endometrioide de tipo II afecta normalmente a mujeres mayores, son menos diferenciados y de peor pronóstico, no están asociados con estimulación de estrógenos, y están relacionados con un endometrio atrófico o, de forma ocasional, con pólipos endometriales.
Típicamente, los cánceres de tipo I son conocidos porque tienen alteraciones en PTEN, KRAS2, defectos en la reparación de los errores de emparejamiento del ADN, CTNNB1, y tienen un cariotipo casi diploide. Típicamente, los cánceres de tipo II tienen mutaciones de TP53 y sobreexpresión de ErBB2 y son mayormente no diploides. Sugiyama
et al. ((2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600) informaron de que determinados genes se regulan por incremento o por disminución de forma selectiva en cánceres endometriales de tipo I frente a los de tipo II. Por ejemplo, descubrieron que MLH1 se regulaba por disminución en cánceres de tipo I así como otros genes relacionados con la señalización y reparación de lesiones en el ADN como O6-metil-guanina-ADN metiltransferasa, subunidad catalítica de ADN polimerasa α, y antígeno Ku (p70/p80). Se descubrió que VEGF-C se regulaba por incremento en cánceres de tipo I en el nivel de proteína y ARNm en comparación con los cánceres de tipo II. Se descubrió que KRAS se regulaba por incremento en cánceres de tipo II. STAT1 se regulaba por incremento en cánceres de tipo I y STAT2 se regulaba por incremento en cánceres de tipo II. Konecny et al. ((2009) British Journal of Cancer 100, 89-95) informa que la tasa de amplificación del gen HER2 medida por hibridación in situ con fluorescencia fue mayor en cánceres de tipo II mientras que la expresión de EGFR medida por técnicas de IHC fue significativamente menor en cánceres de tipo II. Deng et al. ((2005) Clin. Can. Res. Vol. 11, n.º 23:8258-8264) informan que EIG121 es un marcador para cánceres asociados con estrógenos de tipo I.
Los cánceres uterinos también se clasifican histológicamente de acuerdo con tipo de célula. El tipo de célula más común se denomina endometrioide y representa alrededor del 80 % de los casos recién diagnosticados. Otros cánceres uterinos menos comunes se denominan carcinomas de células serosas y de células claras. La mayoría de los cánceres de tipo I son del tipo celular endometrioide mientras que lo más probable es que los cánceres de tipo II sean cánceres uterinos no endometrioides. Lo más probable es que los cánceres de tipo II metastaticen y tengan un pronóstico peor que los cánceres de tipo I. Típicamente, los cánceres de tipo I tienen un mejor pronóstico y responden mejor al tratamiento.
Varios estudios han examinado los perfiles de expresión génica para clasificar los cánceres uterinos. Sugiyama et al. ((2003) Clin. Canc. Res. 9:5589-5600) informan de que entre los cánceres de tipo I y II se expresaron altamente 45 genes en cánceres de tipo I y se expresaron altamente 24 en cánceres de tipo I. Risinger et al. ((2003) Canc. Res. 63:6-11) informan de que el análisis con micromatrices de diferentes subtipos histológicos de cáncer endometrial tienen distintos perfiles de expresión génica. Descubrieron que 191 genes presentaron una diferencia de más de 2 veces en la expresión entre cánceres endometriales endometrioides y no endometrioides.
Se han identificado varios biomarcadores de cáncer endometrial para el cáncer endometrial. Los niveles elevados de CA 125, CA 15-3, y CA 19-9 están asociados con un tiempo de supervivencia más corto. CA 125 se correlaciona con el tamaño y la fase del tumor y es un factor predisponente independiente de la diseminación extrauterina.
En la literatura se ha informado de marcadores séricos para la detección de cáncer uterino. Yurkovetsky et al. ((2007) Gyn. Onc. 107:58-65) identificaron que la prolactina es un biomarcador sérico con sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial. Descubrieron que los CA 125, CA 15-3 y CEA séricos son mayores en pacientes con la enfermedad en fase III en comparación con la fase I. Un panel de cinco biomarcadores de prolactina, GH, eotaxina, E-selectina, y TSH distinguió el cáncer endometrial del cáncer ovárico y de mama.
Otra cuestión importante para los médicos para el diagnóstico de cáncer endometrial se refiere a cánceres sincrónicos. Guirguis et al. (Gyn. Onc. (2008) 108:370-376) han informado de que el 10 % de las pacientes con cáncer ovárico tienen un tumor en el endometrio y el 5-25 % de las pacientes con cáncer endometrial también tienen un tumor en el ovario. La determinación de la localización primaria de un cáncer tiene importantes implicaciones en el tratamiento. El carcinoma endometrial de fase III se trata con cirugía seguido de quimioterapia y/o radiación; mientras que los cánceres ovárico y endometrial de fase I primarios tienen un pronóstico mejor y puede que no requieran un tratamiento posquirúrgico.
Los procedimientos actuales de diagnóstico de cáncer endometrial a menudo crean malestar a la paciente y a veces se basan en la interpretación subjetiva de imágenes visuales. Existe una necesidad de obtener procedimientos menos invasivos de cribado para detección precoz del cáncer endometrial que sean menos subjetivos en su interpretación. Además, existe una necesidad de obtener nuevos marcadores que sean útiles para una detección precoz del cáncer endometrial. Los procedimientos actuales para detectar el cáncer endometrial incluyen el procedimiento de dilatación y legrado que se considera el estándar de referencia, pero este procedimiento es invasivo, puede provocar un malestar significativo, y puede requerir de un anatomopatólogo preparado para su interpretación, y por tanto no es adecuado como herramienta de cribado general. Otro procedimiento menos invasivo para diagnosticar el cáncer endometrial implica la ecografía transvaginal que mide el grosor del endometrio. En un estudio de pacientes que tienen hemorragia posmenopáusica, usando un valor de corte de 4 mm, se descubrió que la ecografía transvaginal tuvo una sensibilidad del 100 % y una especificidad del 60 % especificidad (Gull et al. (2003) Am. J. Obstet. Gynecol. 188(2):401-408). En mujeres sin hemorragia vaginal, la sensibilidad de la medida del grosor endometrial fue del 17 % para un valor umbral de 6 mm y del 33 % para un valor umbral de 5 mm (Fleischer et al. (2001) Am. J. Obstet. Gynecol. 184:70-75). La ETV tiene una tasa alta de positivos falsos puesto que otras afecciones además del cáncer endometrial pueden producir un endometrio más grueso. Un problema potencial con el uso de la ETV en mujeres pre-y perimenopáusicas es que el grosor del endometrio varía en función de la fase del ciclo menstrual. Además, las mujeres que toman tamoxifeno también tienen un endometrio más grueso. Por lo tanto, existe una necesidad de obtener técnicas y marcadores que puedan complementar y/o mejorar la capacidad de ETV en el diagnóstico del cáncer endometrial.
El documento NM_000918 de la base de datos GenBank, Pallet et al ("Response of human renal tubular cells to cyclosporine and sirolimus: A toxicogenomic study", Toxicology and applied pharmacology, p. 184-196, ), la
micromatriz genómica Affymetrix Human Genome U133A, y Meng et al ("Increased expression of collagen prolyl 4-hydroxylases in Chinese patients with hereditary gingival fibromatosis", Archives of oral biology, p. 1209-1214, ) divulgan la secuencia de ácido nucleico de P4HB y procedimientos para detectar P4HB. Estos documentos no están relacionados con el diagnóstico de cáncer endometrial. El documento WO98/42865 propone metaloproteínas de matriz para detectar la presencia de cáncer endometrial. Fiegl et al ("Methylated DNA collected by tampons-a new tool to detect endometrial cancer", Cancer epidemiology, biomarkers and prevention, p. 882-888, ) sugiere que se podría usar la metilación aberrante de genes marcadores para detectar cáncer endometrial. Ni el documento WO98/42865 ni Fiegl et al divulgan el uso de P4HB en el diagnóstico de cáncer endometrial. El documento WO2009/126969 propone varias proteínas expresadas de forma diferente en el diagnóstico de una enfermedad endometrial. Además, el documento WO2007/072220 propone marcadores para el diagnóstico de cáncer ovárico.
Es evidente que hay margen para una mejora en las herramientas disponibles actualmente para el cribado para detección precoz del cáncer endometrial.
La invención se refiere a los modos de realización como se define en las reivindicaciones.
La invención se refiere al sorprendente hallazgo de que los biomarcadores correspondientes a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN se expresan de manera diferencial en muestras de control en comparación con muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial y, por lo tanto, son útiles para detectar cáncer endometrial. En particular, estos biomarcadores que tienen excelente sensibilidad, especificidad, y/o la capacidad de separar personas afectadas de no afectadas. Además, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona con su nivel de expresión en muestras de fluido uterino en comparación con valores de control. Por tanto, estos biomarcadores son robustos ya que se encuentra que se expresan de manera diferencial en varios tipos diferentes de muestras de personas afectadas en comparación con personas no afectadas.
Por lo tanto, la presente invención se refiere a un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende detectar el nivel de P4HB, en una muestra de una paciente en la que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial.
Se descubrió que los biomarcadores de la tabla 1 se expresan de forma diferencial entre muestras de cáncer endometrial y muestras normales como se determina por estudios de micromatrices (véase la tabla 1 en la Descripción detallada de la invención). Los inventores han descubierto que cada uno de los marcadores de la tabla 1, individualmente, tiene un valor pronóstico para el diagnóstico de cáncer endometrial. Además, los niveles de combinaciones de marcadores de la tabla 1 tienen un valor pronóstico adicional para el diagnóstico de cáncer endometrial (véase el ejemplo 5). Por ejemplo, los inventores han descubierto sorprendentemente que los subgrupos de los biomarcadores de la tabla 1 que tienen de 2-20 biomarcadores en varias combinaciones para dar patrones de identificación genética tiene un valor pronóstico excelente para el diagnóstico o la detección de cáncer endometrial. En general, si en una muestra se expresan de forma diferencial más de uno de los biomarcadores de la tabla 1, esto incrementa la probabilidad de que la persona tenga cáncer endometrial. Además, los inventores también han descubierto que la adición de otros biomarcadores además de los enumerados en la tabla 1, al patrón de identificación genética también puede incrementar el valor pronóstico, y puede ser útil para clasificar cánceres endometriales, para el diagnóstico diferencial de enfermedades distintas del cáncer endometrial, y para el pronóstico de cáncer endometrial. La tabla 1 enumera los números de acceso ENSEMBL para los genes, ARNm, y proteínas correspondientes a los biomarcadores de la invención. Algunos de los biomarcadores tienen transcritos alternativos. La invención como se define en las reivindicaciones se refiere a la determinación de la expresión diferencial de cualquiera de estos transcritos alternativos (o isoformas de proteína) siempre que su expresión esté correlacionada con la ausencia o presencia de cáncer endometrial. Los transcritos preferentes (o isoformas de proteína) para detectar el cáncer endometrial son los que se detectaron con las sondas de matriz como se indica en los ejemplos.
Los inventores también han descubierto que los marcadores de la tabla 1 se pueden detectar en muestras de fluido uterino y que el nivel de expresión de estos marcadores está correlacionado en el tumor primario y el fluido uterino (por ejemplo, obtenido por un lavado o aspiración uterina).
Por lo tanto, la presente divulgación proporciona procedimientos para determinar el nivel de desde 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1 en una muestra de prueba. El procedimiento puede comprender determinar el nivel de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1 en la muestra de prueba de la paciente; y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la(s) muestra(s) de prueba con un valor de control (por ejemplo, muestra de control, valor de control o puntuación de control). Un mayor nivel de biomarcador(es) que se descubrió que se sobreexpresada en cáncer endometrial como se muestra en la tabla 1 en la muestra de prueba obtenida de la paciente en comparación con el valor de control (por ejemplo, muestra de control, valor de control y/o puntuación de control) indica el cáncer endometrial, un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial, y/o una afección precancerosa (por ejemplo, hiperplasia endometrial). Un menor nivel de biomarcador(es) que se descubrió que se sobreexpresaba en cáncer
endometrial como se muestra en la tabla 1 en la muestra de prueba obtenida de la paciente en comparación con el valor de control (por ejemplo, muestra de control, valor de control y/o puntuación de control) indica el cáncer endometrial, un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial, y/o una afección precancerosa (por ejemplo, hiperplasia endometrial). Se puede determinar el nivel del/de los biomarcador(es) usando ensayos apropiados, incluyendo RT-PCR, PCR cuantitativa, PCR múltiple, hibridación Northern, análisis de micromatrices, ensayos de dos híbridos tales como ensayos basados en el dominio de unión a ADN de GAL4, ensayos basados en anticuerpos, EIA, inmunoensayos, ensayos de tipo sándwich, y similares. Se puede determinar el nivel de los biomarcadores de la tabla 1 en fluidos y tejidos corporales para el diagnóstico de cáncer endometrial. Se puede determinar el nivel de los biomarcadores de la tabla 1 en tejido tumoral obtenido por biopsia, por ejemplo. Se puede determinar el nivel de los biomarcadores de la tabla 1 en muestras obtenidas de aspirados y/o fluido uterino. Se puede determinar el nivel de los biomarcadores de la tabla 1 en sangre, suero o plasma.
Los biomarcadores de la tabla 1 incluyen ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, y TJP3, que se descubrió que se regulaban por incremento en el cáncer endometrial y DCN, SOCS2, y EFEMP2 que se descubrió que se regulaban por disminución en el cáncer endometrial en estos estudios. Los biomarcadores para su uso en el procedimiento divulgado en el presente documento para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial incluyen de 1 a 17 de los biomarcadores regulados por incremento enumerados en la tabla 1 y de 1 a 3 de los marcadores regulados por disminución enumerados en la tabla 1.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN en una muestra de una persona en la que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En consecuencia, en el presente documento se divulga un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende
- (1)
- detectar el nivel de uno o más biomarcador(es) elegidos de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, y TJP3 en una muestra de una paciente en la que un incremento en el nivel de dichos uno o más biomarcadores en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial y/o
- (2)
- detectar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de EFEMP2, SOCS2, y DCN, en los que una disminución en el nivel de EFEMP2, SOCS2, y/o DCN en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial.
En el presente documento se divulga un procedimiento de diagnóstico in vivo para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende
- (1)
- detectar el nivel de desde 1 a 17 biomarcador(es) elegidos de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, y TJP3 en una muestra de una paciente en la que un incremento en el nivel de dichos de 1 a 17 biomarcadores en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial y/o
- (2)
- detectar el nivel de desde 1 a 3 biomarcadores elegidos de EFEMP2, SOCS2, y DCN, en los que una disminución en el nivel de EFEMP2, SOCS2, y/o DCN en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial.
En un modo de realización, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende detectar el nivel de P4HB.
De acuerdo con el procedimiento de diagnóstico in vitro de la invención, se puede detectar el nivel de uno o más de GMIP, IKBKE, o EFEMP2 además de P4HB.
También se contempla que el procedimiento de diagnóstico in vitro pueda comprender además detectar el nivel de FASTKD1, DDR1, SIRT6, y/o PHKG2. El procedimiento de diagnóstico in vivo también puede comprender detectar el nivel de desde 1 a 12 biomarcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, SOCS2, y DCN.
En un modo de realización, la paciente tiene un factor de riesgo para el cáncer endometrial o se la está sometiendo a un cribado para detección precoz del cáncer endometrial. Además, la muestra de la paciente puede ser de una paciente con hemorragia uterina anormal.
La muestra de dicha paciente también puede ser de una paciente que tiene un endometrio con un incremento del
grosor.
La muestra de la paciente puede ser de una paciente premenopáusica, perimenopáusica, o posmenopáusica.
La muestra puede ser una muestra de tejido, sangre y/o suero, y/o de fluido uterino.
En un modo de realización, la muestra es una muestra de fluido uterino. La muestra de fluido uterino se puede obtener
por aspiración.
En un modo de realización, el nivel de los biomarcadores se determina con un anticuerpo de acuerdo con la presente
invención. El nivel del/de los biomarcador(es) también se puede determinar por RT-PCR.
Los siguientes marcadores se pueden detectar de acuerdo con el procedimiento de diagnóstico in vitro de la presente
invención: P4HB, IKBKE, EFEMP2, SOCS2, FASTKD1, GMIP, DDR1, SIRT6, PHKG2, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4,
RASSF7, y/o TJP3. Además, los siguientes marcadores se pueden detectar de acuerdo con el procedimiento de
diagnóstico in vivo de la presente invención: P4HB, IKBKE, SOCS2, GMIP, DDR1, SIRT6, PHKG2, EPS8L2,
PPP1R16A, P2RX4, RASSF7, y/o TJP3.
Los marcadores que se van a detectar pueden ser P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, y/o SOCS2. Los marcadores que
se van a detectar también pueden ser P4HB, RASSF7, RNF183 y/o IKBKE.
En un modo de realización, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende la detección de desde 2 a 20
marcadores.
Preferentemente, se detecta la combinación de los siguientes marcadores: P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, FASTKD1
y DDR1. También es preferente la detección de una combinación de los siguientes marcadores: P4HB, EFEMP2,
SIRT6, GMIP, FASTKD1 y PHKG2. También es preferente la detección de una combinación de los siguientes
marcadores: P4HB, EFEMP2, SIRT6, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, PPFIBP2 y PPP1R16A,
Preferentemente, también se detectan las siguientes combinaciones de marcadores de acuerdo con la presente
invención:
GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2;
DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, EFEMP2;
P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, FASTKD1.
En el contexto de la presente invención, las combinaciones de marcadores que incluyen una combinación con P4HB
(es decir, conjuntos de marcadores que incluyen P4HB) son particularmente preferentes.
También se contempla en el presente documento la detección de la siguiente combinación de marcadores:
DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, EFEMP2; SOCS2;
P4HB, SOCS2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, DDR1;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, AP1M2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EFEMP2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, P2RX4;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PPFIB2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PPP1R16A;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1, FASTKD1;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1, PHKG2;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1,SIRT6;
GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2;
Se puede detectar uno o más biomarcadores adicionales de acuerdo con el procedimiento de diagnóstico in vitro divulgado en el presente documento. El uno o más biomarcadores adicionales se pueden elegir de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un modo de realización, el uno o más biomarcadores adicionales se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial.
El uno o más biomarcadores auxiliares se pueden elegir de marcadores de pronóstico. El uno o más biomarcadores auxiliares se pueden elegir de marcadores de la clasificación de cáncer endometrial.
En otro modo de realización, la presente invención se refiere al uso de un ácido nucleico que es ARNm de P4HB ADNc de P4HB, o un complementario del mismo para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
La invención también se refiere al uso de un ácido nucleico que es un cebador para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
En un modo de realización, la invención se refiere al uso de un ácido nucleico que es una sonda para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
Además, en el contexto de la presente invención se contempla el uso de un kit que comprende dos o más de las sondas descritas en el presente documento para diagnosticar cáncer endometrial in vitro. Además, en el contexto de la presente invención se contempla el uso de un kit que comprende un cebador para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
En otro modo de realización, la presente invención se refiere al uso de un anticuerpo para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
En consecuencia, se contempla el uso de un kit que comprende anticuerpos para diagnosticar cáncer endometrial in vitro. En el presente documento se divulga el uso de un kit para obtener fluido uterino para diagnosticar cáncer endometrial evaluando los niveles de desde 1-20 biomarcadores como se define y se describe en el presente documento.
El procedimiento de diagnóstico in vivo de la presente invención puede comprender determinar/detectar el nivel de 2 biomarcadores, 3 biomarcadores, 4 biomarcadores, 5 biomarcadores, 7 biomarcadores, 10 biomarcadores, 15 biomarcadores o 20 biomarcadores.
En el presente documento se divulga un procedimiento de diagnóstico in vivo para diagnosticar cáncer endometrial que comprende obtener una muestra de aspirado de fluido uterino de una paciente que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer endometrial y determinar el nivel de desde 1 a 100 biomarcadores marcadores que se expresan de manera diferencial en cáncer endometrial en comparación con valores de control representativos de personas no afectadas por cáncer endometrial, en el que (1) si los niveles de 1 a 100 biomarcadores se regulan por incremento en la muestra de aspirado endometrial en la paciente y en el valor de control, entonces la paciente tiene un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial y en el que (2) si los niveles de los 1 a 100 biomarcadores se regula por disminución en la muestra de aspirado y, entonces la paciente tiene un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
Se divulga adicionalmente en el presente documento un ácido nucleico elegido de
ARNm, ADNc de ACAA1, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de AP1M2, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de CGN, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de FASTKD1, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de P2RX4, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de RASSF7, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de RNF183, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de PHKG2, o un complemento del mismo;
ARNm, ADNc de PPFIBP2, o un complemento del mismo, ARNm, ADNc de SIRT6, o un complemento del mismo, ARNm, ADNc de TJP3, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de EFEMP2, o un complemento del mismo; y
5 ARNm, ADNc de DCN, o un complemento del mismo, para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un ácido nucleico elegido de cebadores para ACAA1; cebadores para AP1M2;
10 cebadores para CGN; cebadores para FASTKD1; cebadores para P2RX4; cebadores para RASSSF7; cebadores para RNF183;
15 cebadores para SIRT6; cebadores para PPFIBP2; cebadores para PHKG2; cebadores para TJP3; cebadores para EFEMP2;y
20 cebadores para DCN; para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un ácido nucleico elegido de sonda para ACAA1; sonda para AP1M2;
25 sonda para CGN; sonda para FASTKD1; sonda para P2RX4; sonda para RASSF7; sonda para RNF183;
30 sonda para SIRT6; sonda para PPFIBP2; sonda para PKHG2; sonda para TJP3; sonda para EFEMP2; y
35 sonda para DCN, para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial.
En el presente documento se divulga un anticuerpo elegido de
un anticuerpo para ACAA 1;
un anticuerpo para AP1M2;
un anticuerpo para CGN;
un anticuerpo para FASTKD1;
un anticuerpo para P2RX4;
un anticuerpo para RASSF7;
un anticuerpo para RNF183;
un anticuerpo para SIRT6;
un anticuerpo para PPFIBP2;
un anticuerpo para PKHG2;
un anticuerpo para TJP3;
un anticuerpo para EFEMP2; y
un anticuerpo para DCN,
para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial.
El/Los anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador(es)/par(es) de cebadores, y/o kit(s) descritos y
definidos en el presente documento son útiles en el diagnóstico de cáncer endometrial de acuerdo con la presente invención. Por lo tanto, el/los anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador(es)/par(es) de cebadores, y/o kit(s) descritos y definidos en el presente documento son para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial. De forma similar, también se contempla el uso del/de los anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador(es)/par(es) de cebadores, y/o kit(s) para la preparación de una composición de diagnóstico para diagnosticar cáncer endometrial. Además, en el contexto de la presente invención se contempla una composición de diagnóstico para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial y que comprende el/los anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador(es)/par(es) de cebadores, y/o kit(s) descritos y definidos en el presente documento.
En este contexto, el diagnóstico de cáncer endometrial puede comprender o relacionarse con un procedimiento de diagnóstico practicado en un cuerpo humano o de animal que comprende o incluye las características relacionadas con
- (i)
- el diagnóstico con fines curativos, en sentido estricto, que representa la fase de decisión médica o veterinaria deductiva como ejercicio puramente intelectual,
- (ii)
- las etapas anteriores que son constitutivas para realizar ese diagnóstico, y
(iii) las interacciones específicas con el cuerpo humano o de animal que se producen cuando se llevan a cabo entre esas etapas anteriores que son de naturaleza técnica.
En el presente documento se divulga un procedimiento de diagnóstico in vivo para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de expresión de ARN de desde 2 a 9 biomarcadores elegidos de P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, PKHG2, y SOCS2 por PCR cuantitativa en una muestra de fluido uterino de una paciente humana que tiene un síntoma o factor de riesgo para un cáncer ginecológico en el que un incremento en el nivel de desde 1 a 7 biomarcadores elegidos de P4HB, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1,SIRT6, y PKHG2 y/o una disminución en el nivel de EFEMP2 o SOCS2 en comparación con el control indica la existencia de cáncer endometrial. Preferentemente, el cáncer ginecológico es cáncer endometrial.
En un modo de realización, se puede determinar el nivel de expresión de 2 a 8 biomarcadores elegidos de P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1,SIRT6, y PKHG2. Los 2 a 8 biomarcadores también se pueden elegir de P4HB, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1,SIRT6, PKHG2, y SOCS2.
La detección del nivel puede comprender poner en contacto dichos uno o más biomarcadores con cebadores y reactivos que pueden amplificar específicamente dichos uno o más biomarcadores y detectar el nivel de dichos uno o más biomarcadores amplificados con una sonda o sondas que se hibridan a dicho biomarcador amplificado. La sonda se hibrida específicamente a dichos biomarcadores amplificados.
En particular, se pueden detectar las siguientes combinaciones de biomarcadores de acuerdo con el procedimiento de
la presente invención: P4HB y EFEMP2; P4HB y IKBKE; P4HB y GMIP; EFEMP2 y P4HB; P4HB, GMIP, y IKBKE, P4HB, GMIP, y IKBKE.
Además, se puede detectar la siguiente combinación de marcadores de acuerdo con el presente procedimiento, en el que dicha combinación comprende IKBKE y P4HB; P4HB y SOCS2; GMIP y P4HB; GMIP, SOCS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, y P4HB; IKBKE,P4HB, y SOCS2; GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2; GMIP, SOCS2, P4HB, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EPS8L2; IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, y RASSF7; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y DDR1; DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, y SOCS2; o DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, RNF183 y SOCS2.
Además, se puede detectar la siguiente combinación de marcadores de acuerdo con el presente procedimiento, en el que dicha combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1 y FASTKD1;GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2 y FASTKD1;GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6 y FASTKD1;ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1,PHKG2, SIRT6, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; o P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1.
Además, se puede detectar la siguiente combinación de marcadores de acuerdo con el presente procedimiento, en el que dicha combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y FASTKD1;GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2 y FASTKD1; o GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, SIRT6 y FASTKD1.
Los procedimientos divulgados en el presente documento pueden comprender además proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o una jeringuilla en los que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino; determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a de 1 a 20 biomarcadores descritos en el presente documento (preferentemente 2 a 8 marcadores) y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de desde 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores descritos en el presente documento con el uno o más genes endógenos; comparar el nivel normalizado de los de 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores con un valor de control en el que la expresión diferencial de desde 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) de los biomarcadores indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.
La presente divulgación se refiere además a un procedimiento de diagnóstico in vitro que comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino; determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a de 1 a 20 marcadores descritos en el presente documento (preferentemente 2 a 8 marcadores) y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de desde 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores descritos en el presente documento con los uno o más genes endógenos; comparar el nivel normalizado de los desde 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores con un valor de control en el que la expresión diferencial de desde 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) de los biomarcadores indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.
Los uno o más genes endógenos se pueden elegir de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende obtener una muestra de una persona y determinar el nivel de desde 1-17 biomarcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, y/o de 1 a 3 biomarcadores elegidos de EFEMP2, SOCS2, y DCN en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico, cuando el nivel de desde 1 a 17 biomarcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, se incrementa con relación a un valor de control y/o el nivel de 1 a 3 biomarcadores elegidos de EFEMP2, SOCS2, y DCN disminuye con relación al valor de control, entonces esto indica cáncer endometrial o un incremento en la posibilidad de tener cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la
muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con otro aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
Entre los biomarcadores de la tabla 1, se descubrió que los niveles de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183, y TJP3, tenían el mayor nivel medio de sobreexpresión en los estudios de RT-PCR en comparación con su expresión en muestras normales (por ejemplo, que no tienen cáncer endometrial). Por tanto, puesto que los experimentos de RT-PCR demostraron un alto nivel de sobreexpresión de manera estadísticamente significativa (todos los valores p son menores de 0,0001 para el conjunto de muestras estudiado) para estos marcadores, representan marcadores preferentes para el diagnóstico de cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. Por lo tanto, los niveles de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183, y TJP3 son excelentes predictores de cáncer endometrial y/o de un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. Es menos probable que los niveles de estos marcadores den un positivo falso en comparación con otros marcadores con niveles de expresión que no son tan altos y/o tan significativos. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183, y TJP3 en una muestra de una persona en el que si uno o más de dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer. Los perfiles de expresión/patrones de identificación genética que tienen de 1-7 biomarcadores elegidos de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183, y TJP3 y de 1-13 biomarcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, DDR1, EPS8L2, FASTKD1,GMIP, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, SIRT6, EFEMP2, SOCS2, y DCN, son un ejemplo de un conjunto de perfiles preferentes para diagnosticar y/o predecir un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Los ejemplos específicos de dichos perfiles se describen a continuación. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino
- o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
Entre los biomarcadores de la tabla 1, se descubrió que el nivel de algunos biomarcadores podía diferenciar muestras de pacientes que tienen cáncer en comparación con muestras normales (o control) y muestras de pacientes en la fase secretora del ciclo menstrual. Por lo tanto, los niveles de ACAA1, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, RASSF7, SIRT6, TJP3, SOCS2, y DCN son excelentes predictores de cáncer endometrial en mujeres pre-y posmenopáusicas y en mujeres perimenopáusicas, es menos probable que los niveles de estos marcadores den un positivo falso en comparación con otros marcadores con un nivel de expresión que varía en función del ciclo. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de ACAA1, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, LSR, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, RASSF7, SIRT6, TJP3, SOCS2, y DCN en una muestra de una persona en el que de uno o más de dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Los perfiles de expresión/patrones de identificación digital que tienen de 1-15 marcadores elegidos de ACAA1, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, SOCS2, y DCN y de 1 a 5 marcadores elegidos de AP1M2, CGN, FASTKD1, RNF183, y EFEMP2 son un ejemplo de un conjunto de perfiles preferentes para diagnosticar y/o predecir un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial puesto que el nivel de expresión de al menos uno de los marcadores en el perfil no varía en función de la fase del ciclo menstrual. Los ejemplos específicos de dichos perfiles se describen a continuación. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino
- o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de IKBKE, P4HB, SOCS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, PHKG2, RASSF7, SIRT6, TJP3, AP1M2, RNF183, y DCN en una muestra de una persona en el que si uno o más de dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de uno o más biomarcadores elegidos de IKBKE, P4HB, SOCS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, PHKG2, RASSF7, SIRT6, y TJP3 en una muestra de una persona, en el que si uno o más de dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al
biomarcador.
En un aspecto divulgado en el presente documento, los biomarcadores preferentes para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial son IKBKE, P4HB, SOCS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, y PPP1R16A. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en un tumor primario. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en sangre, plasma o suero. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en fluido uterino. Por tanto, el procedimiento de acuerdo con este aspecto comprende determinar el nivel de desde 1 a 7 biomarcadores elegidos de IKBKE, P4HB, SOCS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, y PPP1R16A en una muestra en el que la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor de control indica cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto, se determina y/o se estima el nivel en proteína del biomarcador. En otro aspecto, se determina y/o se estima el nivel de expresión en ARNm.
En un aspecto divulgado en el presente documento, los biomarcadores preferentes para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial incluyen GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y SOCS2. Se descubrió que GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y SOCS2 tenían excelentes valores de AUROC y por tanto, son clasificadores inesperadamente buenos en el conjunto de muestras estudiado. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en un tumor primario. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en sangre, plasma o suero. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en fluido uterino. Por tanto, el procedimiento de acuerdo con este aspecto comprende determinar el nivel de desde 1 a 8 biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y SOCS2 en una muestra en el que la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor de control indica cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto, se determina y/o se estima el nivel en proteína del biomarcador. En otro aspecto, se determina y/o se estima el nivel de expresión en ARNm.
Como se divulga en el presente documento, los biomarcadores preferentes para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial incluyen P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y SOCS2. Como resultado de estos estudios, se descubrió que P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y SOCS2 tienen excelente especificidad para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en un tumor primario. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en sangre, plasma o suero. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en fluido uterino. Por tanto, el procedimiento de acuerdo con este aspecto comprende determinar el nivel de desde 1 a 5 biomarcadores elegidos de P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y SOCS2 en una muestra en el que la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor de control indica cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto, se determina y/o se estima el nivel en proteína del biomarcador. En otro aspecto, se determina y/o se estima el nivel de expresión en ARNm.
Como se divulga en el presente documento, los biomarcadores preferentes para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial incluyen IKBKE, P4HB, RASSF7, y RNF183. Como resultado de estos estudios, se descubrió que IKBKE, P4HB, RASSF7, y RNF183 tienen excelente sensibilidad para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en un tumor primario. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en sangre, plasma o suero. En un aspecto, se determina el nivel del biomarcador en fluido uterino. Por tanto, el procedimiento de acuerdo con este aspecto, comprende determinar el nivel de desde 1 a 4 biomarcadores elegidos de IKBKE, P4HB, RASSF7, y RNF183 en una muestra en el que la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor de control indica cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto, se determina y/o se estima el nivel en proteína del biomarcador. En otro aspecto, se determina y/o se estima el nivel de expresión en ARNm.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende obtener una muestra de una persona y determinar el nivel de desde 2 a 7 biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y TJP3 en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Como resultado de los estudios divulgados en el presente documento, se descubrió sorprendentemente que las combinaciones (por ejemplo, perfiles y/o patrones de identificación genética) de los biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y TJP3 tienen excelente sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial y los valores de AUROC para varias combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores para separar pacientes que tienen cáncer endometrial de las que no tienen cáncer endometrial.
De acuerdo con un aspecto de este procedimiento, la muestra se elige de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de desde 2 a 9 biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EFEMP2, PHKG2,
SIRT6, DDR1, y FASTKD1 en una muestra de una persona, en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Como resultado de los estudios divulgados en el presente documento, se descubrió sorprendentemente que las combinaciones (por ejemplo, perfiles y/o patrones de identificación genética) de los biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 tienen excelente sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial y los valores de AUROC para varias combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores para separar pacientes que tienen cáncer endometrial de las que no tienen cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador. En un aspecto específico, el procedimiento de diagnóstico in vivo comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino; determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a dichos de 2 a 9 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de dichos de 2 a 9 biomarcadores con los uno o más genes endógenos; comparar el nivel normalizado de los de 2 a 9 biomarcadores con un valor de control en el que la expresión diferencial de desde 2 a 9 de los biomarcadores indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de este procedimiento, dichos uno o más genes endógenos se eligen de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de desde 2 a 8 biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Como resultado de los estudios divulgados en el presente documento, se descubrió sorprendentemente que las combinaciones (por ejemplo, perfiles y/o patrones de identificación genética) de los biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 tienen excelente sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial y los valores de AUROC para varias combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores para separar pacientes que tienen cáncer endometrial de las que no tienen cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de 2 a 8 biomarcadores por PCR cuantitativa. En un aspecto específico, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino; determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a dichos de 2 a 9 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de dichos de 2 a 8 biomarcadores con los uno o más genes endógenos; comparar el nivel normalizado de los de 2 a 8 biomarcadores con un valor de control en el que la expresión diferencial de desde 2 a 8 de los biomarcadores indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de este procedimiento, dichos uno o más genes endógenos se eligen de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN 1.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de desde 2 a 8 biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Como resultado de los estudios divulgados en el presente documento, se descubrió sorprendentemente que las combinaciones (por ejemplo, perfiles y/o patrones de identificación genética) de los biomarcadores elegidos de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 tienen excelente sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial y los valores de AUROC para varias combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores para separar pacientes que tienen cáncer endometrial de las que no tienen cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de 2 a 8 biomarcadores por PCR cuantitativa. En un aspecto específico, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino; determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a dichos de 2 a 8 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de dichos de 2 a 8 biomarcadores con los uno o más genes endógenos; comparar el nivel normalizado de los de 2 a 8 biomarcadores
con un valor de control en el que la expresión diferencial de desde 2 a 8 de los biomarcadores indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de este procedimiento, dichos uno o más genes endógenos se eligen de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En el presente documento, se divulga un procedimiento para caracterizar una muestra obtenida de una paciente para usos de pronóstico, de diagnóstico y/o farmacogenómicos. Se puede usar la caracterización de una muestra obtenida de una paciente determinando los niveles de uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 para proporcionar información relativa al diagnóstico de cáncer endometrial, evolución de la enfermedad, diagnóstico de tipo (y/o subtipo) de cáncer endometrial, y selección de un tratamiento terapéutico apropiado. De acuerdo con el procedimiento divulgado, se obtiene una muestra de una persona. La persona puede ser una persona sana, una persona diagnosticada con cáncer, una persona que se sospecha que tiene cáncer, una persona que presenta uno o más síntomas de cáncer y/o una persona que desea someterse a un cribado para detección precoz del cáncer. El procedimiento comprende la etapa de determinar el nivel del/de los biomarcador(es) de la tabla 1 en una muestra obtenida de una paciente. En estos procedimientos se pueden usar procedimientos alternativo para determinar los biomarcadores en el ARN y/o proteína (IHC, análisis de expresión de ARNm, etc). La detección de un incremento en los niveles de los desde 1 a 17 biomarcadores de la tabla 1 que se descubrió que se regulaban por incremento en cáncer endometrial y/o la detección de una disminución en los niveles de desde 1 a 3 biomarcadores que se descubrió que se regulaban por disminución en cáncer endometrial, en comparación con un valor de control, indica que la paciente tiene un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En el presente documento, se divulga un procedimiento para diagnosticar un cáncer ginecológico que comprende el uso de reactivos de diagnóstico para someter a ensayo o detectar de 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto más específico de este procedimiento, los reactivos de diagnóstico se usan para detectar el nivel de desde 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1, para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto más específico los reactivos de diagnóstico se usan para detectar el nivel de desde 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1, para la detección de cáncer endometrial. En un aspecto, se determina el nivel del ARNm correspondiente a de 1 a 20 biomarcadores. En un aspecto, se determina el nivel del ARNm correspondiente a de 2 a 17 biomarcadores. En un aspecto, se determina el nivel del ARNm correspondiente a de 3 a 15 biomarcadores. En un aspecto, se determina el nivel de una proteína o polipéptido correspondiente a de 1 a 20 biomarcadores. En un aspecto, se determina el nivel de una proteína o polipéptido correspondiente a de 2 a 17 biomarcadores. En un aspecto, se determina el nivel de una proteína o polipéptido correspondiente a de 3 a 15 biomarcadores. En un aspecto, la muestra que se analiza es una muestra de tumor. En un aspecto, la muestra que se analiza es una muestra de fluido uterino. En un aspecto, la muestra que se analiza es una muestra de suero, sangre, o plasma. En un aspecto, la muestra que se usa se obtiene usando un dispositivo similar a una cánula, blando (Pipelle) que se usa para retirar por succión una pequeña muestra de endometrio del útero (por ejemplo, fluido uterino). En un aspecto, la muestra se obtiene usando una herramienta de borde afilado denominada legra para raspar una pequeña muestra y recogerla con una jeringuilla o con succión (por ejemplo, dilatación y legrado). En un aspecto, la muestra se obtiene usando un dispositivo de succión electrónico (por ejemplo, aspiración de Vabra). En un aspecto, la muestra se obtiene usando una pulverización de líquido (irrigación por chorro) para retirar por lavado parte del tejido que recubre el útero. En algunos aspectos, se puede usar un cepillo para retirar parte del endometrio antes de que se realice el lavado. En un aspecto, se analiza una muestra de sangre, suero o plasma, para de 1 a 20 de los biomarcadores de la divulgación.
En estudios de micromatrices, se descubrió que GMIP se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de GMIP se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, GMIP es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen GMIP se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.
En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de GMIP y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, GMIP solo tiene un valor de AUROC en la tabla 6 de 0,88, IKBKE solo tiene un valor de AUROC de 0,90, cuando estos dos marcadores se combinan juntos en un perfil, el valor de AUROC es 0,92 con un incremento sustancial en la especificidad (incremento del valor AUROC indica incremento en la capacidad para separar la población). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que IKBKE se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no
afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de IKBKE se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, IKBKE es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen IKBKE se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende obtener una muestra de una persona y determinar el nivel de IKBKE y de 2 a 19 biomarcadores elegidos de la tabla 1, en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, IKBKE solo tiene un valor de AUROC en la tabla 6 de 0,90, P4HB solo tiene un valor de AUROC de 0,97, cuando estos dos marcadores se combinan juntos en un perfil, el valor de AUROC es 0,98 con un incremento sustancial en la especificidad al 100 % (incremento del valor de AUROC indica incremento en la capacidad para separar la población). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que P4HB se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de P4HB se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, P4HB es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen P4HB se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de P4HB y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, P4HB solo tiene un valor de AUROC en la tabla 6 de 0,97, SOCS2 solo tiene un valor de AUROC de 0,93, cuando estos dos marcadores se combinan juntos en un perfil, el valor de AUROC es 1 con un incremento sustancial en la especificidad al 100 % (incremento del valor de AUROC indica incremento en la capacidad para separar la población). De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, la muestra se elige de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que SOCS2 se subexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de SOCS2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, SOCS2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen SOCS2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de SOCS2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, SOCS2 solo tiene un valor de AUROC en la tabla 6 de 0,93, GMIP solo tiene un valor de AUROC de 0,88, cuando estos dos marcadores se combinan juntos en un perfil, el valor de AUROC es 0.999 con un incremento sustancial en la sensibilidad al 100 % (incremento del valor de AUROC indica incremento en la capacidad para separar la población). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que EPS8L2 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0.002 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de EPS8L2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, EPS8L2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen EPS8L2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un
procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de EPS8L2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando EPS8L2 se combina con GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es casi del 96 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que RASSF7 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0005 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de RASSF7 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, RASSF7 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen RASSF7 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de RASSF7 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando RASSF7 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3 y SOCS2 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que DDR1 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,02 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de DDR1 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, DDR1 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen DDR1 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de DDR1 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando DDR1 se combina con EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, SOCS2, y RNF183 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que PPP1R16A se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de PPP1R16A se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, PPP1R16A es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen PPP1R16A se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de PPP1R16A y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una paciente en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando PPP1R16A se combina con GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2 el valor de AUROC es casi 1 y la sensibilidad es casi del 92 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al
biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que PHKG2 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de PHKG2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, PHKG2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen PHKG2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de PHKG2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando PHKG2 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, SOCS2, y RNF183 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que P2RX4 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0005 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de P2RX4 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, P2RX4 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen P2RX4 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de P2RX4 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando P2RX4 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, SOCS2, y RNF183 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que ACAA1 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de ACAA1 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, ACAA1 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen ACAA1 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de ACAA1 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que AP1M2 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de AP1M2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, AP1M2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen AP1M2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que
comprende determinar el nivel de AP1M2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que CGN se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de CGN se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, CGN es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen CGN se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar una muestra de una persona el nivel de CGN y de 2 a 19 de otros biomarcadores elegidos de la tabla 1, en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que FASTKD1 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de FASTKD1 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, FASTKD1 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen FASTKD1 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de FASTKD1 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que PPFIBP2 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,02 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de PPFIBP2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, PPFIBP2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen PPFIBP2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de PPFIBP2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que RNF183 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de RNF183 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, RNF183 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen RNF183 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de RNF183 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de
control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando RNF183 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3 y SOCS2 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que SIRT6 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de SIRT6 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, SIRT6 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen SIRT6 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de SIRT6 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando SIRT6 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, TJP3, SOCS2, y RNF183 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que TJP3 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de TJP3 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, TJP3 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen TJP3 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de TJP3 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando TJP3 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, SOCS2, y RNF183 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es del 100 % y la especificidad es del 100 % (véase la tabla 11). De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que EFEMP2 se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0,0001 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de EFEMP2 se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, EFEMP2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen EFEMP2 se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de EFEMP2 y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En estudios de micromatrices, se descubrió que DCN se sobreexpresaba en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores normales (no afectadas). En estudios de RT-PCR, se confirmó este resultado y se obtuvo un valor p de menos de 0.005 para comparaciones de muestras de aspirado de personas no afectadas frente a aspirados de personas que tienen cáncer endometrial. También se descubrió que la expresión de DCN se correlacionaba en tumor primario y fluido uterino. Por tanto, DCN es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Además, los perfiles/patrones de identificación genética que tienen DCN se espera que sean útiles para diagnosticar cáncer endometrial y/o un
incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En el presente documento se divulga un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de DCN y de 2 a 19 otros biomarcadores elegidos de la tabla 1 en una muestra de una persona en el que si dichos marcadores se expresan de manera diferencial en comparación con un valor de control, entonces la persona se diagnostica con cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto, se elige la muestra de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador.
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial, que comprende detectar el nivel de biomarcador P4HB en una muestra de una paciente, en el que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica un diagnóstico de cáncer endometrial o incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.
En un aspecto preferente, el procedimiento divulgado de diagnóstico de cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial implica usar uno o más biomarcadores regulados por incremento y uno o más biomarcadores regulados por disminución de acuerdo con la tabla 1.
En un aspecto de este procedimiento, la paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o se la está sometiendo a un cribado para detección precoz del cáncer endometrial.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra de dicha paciente se obtiene de una paciente con hemorragia uterina anormal.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra de dicha paciente se obtiene de una paciente que tiene un endometrio con un incremento en el grosor.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra de dicha paciente se obtiene de una paciente premenopáusica, perimenopáusica o posmenopáusica.
En un aspecto de este procedimiento, la paciente es premenopáusica.
En un aspecto de este procedimiento, la paciente es perimenopáusica.
En un aspecto de este procedimiento, la paciente es postmenopáusica.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra se elige de una muestra de tejido, sangre y/o suero, y fluido uterino.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra es una muestra de fluido uterino.
En un aspecto de este procedimiento, la muestra de fluido uterino se obtiene por aspiración.
En un aspecto de este procedimiento, el nivel del/de los biomarcador(es) se determina con un anticuerpo.
En un aspecto de este procedimiento, el nivel del/de los biomarcador(es) se determina por RT-PCR. En un aspecto específico, el nivel del biomarcador se determina por RT-PCR cuantitativa.
En un aspecto de este procedimiento, se detectan de 2 a 20 marcadores.
En un aspecto de este procedimiento, se detectan uno o más biomarcadores auxiliares adicionales.
En un aspecto de este procedimiento, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores adicionales para detectar cáncer endometrial.
En un aspecto de este procedimiento, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial.
En un aspecto de este procedimiento, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de marcadores de pronóstico.
En un aspecto de este procedimiento, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de marcadores de clasificación de cáncer endometrial.
En un aspecto de este procedimiento, la invención proporciona el uso de un ácido nucleico elegido de ARNm, ADNc de P4HB, o un complemento del mismo para diagnosticar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de la presente divulgación, se proporciona un ácido nucleico que se elige de ARNm, ADNc de ACAA1,
o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de AP1M2, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de CGN, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de P2RX4, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de PPFIBP2, o un
complemento del mismo; ARNm, ADNc de RASSF7, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de TJP3, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de DCN, o un complemento del mismo; y ARNm, ADNc de RNF183, o un complemento del mismo, para su uso para diagnosticar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporciona un ácido nucleico que se elige de ARNm, ADNc de EFEMP2, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de PHKG2, o un complemento del mismo; ARNm, ADNc de SIRT6, o un complemento del mismo; y ARNm, ADNc de FASTKD1, o un complemento del mismo, para su uso para diagnosticar cáncer endometrial
o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de este modo de realización, la invención proporciona cebadores para P4HB para su uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporcionan cebadores que se eligen de cebadores para ACAA1; cebadores para AP1M2; cebadores para CGN; cebadores para P2RX4; cebadores para PPFIBP2; cebadores para RASSF7; cebadores para RNF183; cebadores para TJP3; y cebadores para DCN; para su uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. En un aspecto, se proporcionan cebadores que se eligen de cebadores para EFEMP2; cebadores para SIRT6; cebadores para PHKG2; y cebadores para FASTKD1; para su uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de este modo de realización, la invención proporciona el uso de un ácido nucleico que es una sonda para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporciona un ácido nucleico que se elige de sonda para ACAA1; sonda para AP1M2; sonda para CGN; sonda para P2RX4; sonda para PPFIBP2; sonda para RASSF7; sonda para RNF183; sonda para TJP3; y sonda para DCN, para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporciona un ácido nucleico que se elige de sonda para EFEMP2; sonda para FASTKD1; sonda para SIRT6; sonda para GMIP; y sonda para PHKG2, para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En el presente documento, se divulga un kit que comprende dos o más sondas para los 1 a 20 biomarcadores como se define en el presente documento, para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer.
En el presente documento, se divulga un kit que comprende cebadores para dos o más de los 1-20 biomarcadores como se define en el presente documento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer.
En un aspecto de este modo de realización, la invención proporciona el uso de un anticuerpo para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporciona un anticuerpo que se elige de un anticuerpo para ACAA1; un anticuerpo para AP1M2; un anticuerpo para CGN; un anticuerpo para P2RX4; un anticuerpo para PPFIBP2; un anticuerpo para RASSF7; un anticuerpo para RNF183; un anticuerpo para TJP3; y un anticuerpo para DCN, para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto, se proporciona un anticuerpo que se elige de un anticuerpo para EFEMP2; un anticuerpo para FASTKD1; un anticuerpo para SIRT6; un anticuerpo para GMIP; y un anticuerpo para PHKG2; para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En el presente documento se divulga un kit que comprende anticuerpos para dos o más biomarcadores de la tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer.
En el presente documento, se divulga un kit para obtener fluido uterino para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial evaluando los niveles de desde 1-20 biomarcadores de la tabla 1.
En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro divulgado comprende determinar el nivel de 2 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 3 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 4 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 5 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 5 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 7 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 10 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 15 biomarcadores de la divulgación. En un aspecto, el procedimiento de diagnóstico in vitro comprende determinar el nivel de 20 biomarcadores de la divulgación.
A menos que se defina de otro modo, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que entiende comúnmente un experto en la técnica a la que pertenece la presente invención. Aunque se pueden usar procedimientos y materiales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento en la práctica o la prueba de la presente invención, los procedimientos y materiales adecuados se describen a continuación. En caso de conflicto, la presente memoria descriptiva, incluyendo las definiciones, se controlará. Además, los materiales, procedimientos y ejemplos son sólo ilustrativos y no se pretende que sean limitantes.
Otras características y ventajas de la invención serán evidentes a partir de la siguiente descripción detallada, y a partir de las reivindicaciones.
La FIG. 1 muestra la correlación del nivel de expresión de los biomarcadores en tumor primario y en fluido uterino para los biomarcadores incluyendo los de la invención. Para detalles, véase el ejemplo 3.
Las FIG. 2A y 2B son diagramas de cajas y bigotes que representan la cantidad relativa de ARN (RQ) presente en las muestras de aspirado de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con las muestras de control para cada gen determinados por RT-PCR. En los gráficos se consideraron 30 muestras de tumor y 24 controles. Las cajas representan la amplitud intercuartílica para cada gen y los bigotes van desde el percentil 10 al 90 de los valores RQ para cada gen. La barra en las cajas representa la mediana de RQ. Las cajas blancas representan los valores para las muestras de tumor de cada gen y las cajas sombreadas los valores para las muestras de control. Para detalles, véase el ejemplo 4.
La FIG. 3 muestra un ejemplo del nivel de expresión de RNF183 determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (RNF183_T), normales en fase secretora (RNF183_S), normales que no tienen cáncer endometrial (RNF183_N), y todos los normales juntos (RNF183_Nt).
La FIG. 4 muestra un ejemplo del nivel de expresión de AP1M2 determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (AP1M2_T), normales en fase secretora (AP1M2_S), normales que no tienen cáncer endometrial (AP1M2_N), y todos los normales juntos (AP1M2_Nt).
La FIG. 5 muestra un ejemplo del nivel de expresión de CGN determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (CGN_T), normales en fase secretora (CGN_S), normales que no tienen cáncer endometrial (CGN_N), y todos los normales juntos (CGN_Nt).
La FIG. 6 muestra un ejemplo del nivel de expresión de FASTKD1 determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (FASTKD1_T), normales en fase secretora (FASTKD1_S), normales que no tienen cáncer endometrial (FASTKD1_N), y todos los normales juntos (FASTKD1_Nt).
La FIG. 7 muestra un ejemplo del nivel de expresión de IKBKE determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (IKBKE_T), normales en fase secretora (IKBKE_S), normales que no tienen cáncer endometrial (IKBKE_N), y todos los normales juntos (IKBKE_Nt).
La FIG. 8 muestra un ejemplo del nivel de expresión de P4HB determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (P4HB_T), normales en fase secretora (P4HB_S), normales que no tienen cáncer endometrial (P4HB_N), y todos los normales juntos (P4HB_Nt).
La FIG. 9 muestra un ejemplo del nivel de expresión de SOCS2 determinado por RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tienen cáncer endometrial (SOCS2_T), normales en fase secretora (SOCS2_S), normales que no tienen cáncer endometrial (SOCS2_N), y todos los normales juntos (SOCS2_Nt).
La FIG. 10 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: P4HB. Las muestras sometidas a prueba incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos de tumor (T). Los tejidos normales y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 11 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: AP1M2. Las muestras sometidas a prueba incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos de tumor (T) de 4 pacientes diferentes. Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 12 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: IKBKE. Las muestras sometidas a prueba incluyen un tejido normal (N) y un tejido de tumor (T). Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 13 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: EPS8L2. Las muestras sometidas a prueba incluyen 3 tejidos normales (N) y 3 tejidos de tumor (T) de
3 pacientes diferentes. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial. Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 14 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: DDR1. Las muestras sometidas a prueba incluyen un tejido normal (N) y un tejido de tumor (T). Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 15 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: CGN. Las muestras sometidas a prueba incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos de tumor
(T) de cuatro pacientes diferentes. Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 16 muestra una transferencia Western de tejido de cáncer endometrial con anticuerpo frente a un biomarcador de la invención: TJP3. Las muestras sometidas a prueba incluyen un tejido normal (N) y un tejido de tumor (T). Los tejidos normales emparejados y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. Véase el ejemplo 6.
La FIG. 17 muestra el riesgo de cáncer calculado usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras de tumor usando los ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, EFEMP2. Véase el ejemplo 5.
La FIG. 18 muestra el riesgo de cáncer calculado usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras de tumor usando los FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, y PHKG2. Véase el ejemplo 5.
La FIG. 19 muestra el riesgo de cáncer calculado usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras de tumor usando los FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, DDR1, y SIRT6. Véase el ejemplo 5.
Descripción detallada de la invención
La presente invención se basa en el descubrimiento de la asociación de alteraciones en los niveles de expresión de ARNm de los biomarcadores enumerados en la tabla 1 en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores de control (por ejemplo, tejido normal (no afectado) o valor normal). Por lo tanto, estos biomarcadores representan biomarcadores de cáncer endometrial. Adicionalmente, los inventores descubrieron sorprendentemente que las muestras obtenidas de fluido uterino de pacientes con cáncer endometrial presentan perfiles de expresión para los biomarcadores enumerados en la tabla 1 que, en general, se correlacionaron con los perfiles de expresión del tumor primario. Además, varios de los marcadores descubiertos por los inventores se espera que se encuentren sobre las superficies celulares y/o en la sangre como marcadores vinculados a la sangre (o en otros fluidos corporales como el fluido uterino). Como se muestra en el ejemplo 6, se demostró que los biomarcadores regulados por incremento de la tabla 1 se sobreexpresaban en el nivel de proteína en tejido primario en comparación con tejido normal no afectado. Por ejemplo, el nivel de proteína de P4HB por análisis de transferencia Western, reveló que este biomarcador también se sobreexpresa en un nivel de proteína. Las FIG. 11 a FIG. 16 muestran la sobreexpresión, en el nivel de proteína, de AP1M2, IKBKE, EPS8L2, DDR1, CGN, y TJP3. Además, P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 presentaron una expresión citoplásmica específica dentro de las células tumorales en todos los tipos y grados histológicos de carcinoma, y una ausencia de o leve tinción citoplásmica dentro de las glándulas epiteliales normales determinada por inmunohistoquímica (IHC) de micromatrices de tejido (TMA).
Estos estudios proporcionan biomarcadores de diagnóstico de cáncer endometrial con excelente valor predictivo, solos o en combinaciones, que se pueden detectar usando procedimientos que son menos invasivos en comparación con el procedimiento de diagnóstico actual. Además, los inventores han identificado subconjuntos específicos de biomarcadores que pueden distinguir, en muestras de aspirados endometriales, pacientes afectadas de cáncer endometrial de diferentes subgrupos de pacientes no afectadas. Varios de los estudios usados para identificar (micromatriz de expresión) y validar (RT-PCR) los biomarcadores de la invención se describen en resumen a continuación y con más detalle en la sección de Ejemplo.
Más específicamente, los inventores realizaron análisis de expresión génica en micromatrices de expresión para detectar genes que se expresan de manera diferencial en cáncer endometrial en comparación con tejidos normales. Los estudios de micromatrices de expresión génica divulgados en el presente documento revelaron que varios genes en muestras de cáncer endometrial se sobreexpresaron en comparación con tejido endometrial normal. Se descubrió que ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, y TJP3, se sobreexpresaron en muestras de cáncer endometrial y EFEMP2, SOCS2, y DCN se subexpresaron, en comparación con sus respectivos niveles en tejido endometrial normal usando una estrategia experimental de micromatrices. Estos resultados se resumen en la tabla 1, que tiene la abreviatura común para el gen, los números de acceso ENSMBL (correspondientes al gen, transcrito(s), y proteína relacionados con los biomarcadores de la invención), los valores de cambio múltiplo (fold change) y los valores de p para significación estadística.
Tabla 1: Expresión diferencial de biomarcadores de cáncer endometrial en tumor primario en comparación con valores de control (obtenidos de una reserva de tejido no afectado, véase el ejemplo 1).
- Datos de matriz
- Nombre
- Gen Transcrito Proteína Cambio múltiplo valor p
- RASSF7
- ENSG00000099849 ENST00000397583 ENST00000397582 ENSP00000380713 ENSP00000380712 1,94 0,07
- CGN
- ENSG00000143375 ENST00000271636 ENSP00000271636 1,79 0,22
- AP1M2
- ENSG00000129354 ENST00000250244 ENSP00000250244 1,71 0,11
- PHKG2
- ENSG00000156873 ENST00000328273 ENSP00000329968 1,34 0,09
- PPP1R16A
- ENSG00000160972 ENST00000292539 ENSP00000292539 1,44 0,10
- DDR1
- ENSG00000137332 ENST00000259875 ENST00000400414 ENST00000400411 ENSP00000259875 ENSP00000383265 ENSP00000383262 1,93 0,13
- ENST00000400410
- ENSP00000383261
- P4HB
- ENSG00000185624 ENST00000331483 ENSP00000327801 1,90 0,13
- RNF183
- ENSG00000165188 ENST00000297894 ENSP00000297894 1,73 0,19
- IKBKE
- ENSG00000143466 ENST00000367120 ENSP00000356087 1,37 0,17
- EPS8L2
- ENSG00000177106 ENST00000318562 ENSP00000320828 1,34 0,20
- TJP3
- ENSG00000105289 ENST00000262968 ENST00000382008 ENSP00000262968 ENSP00000371438 1,57 0,17
- SIRT6
- ENSG00000077463 ENST00000269860 ENST00000305232 ENST00000337491 ENSP00000269860 ENSP00000305310 ENSP00000337332 1,27 0,15
- GMIP
- ENSG00000089639 ENST00000203556 ENSP00000203556 1,42 0,05
- ACAA1
- ENSG00000060971 ENST00000333167 ENST00000301810 ENSP00000333664 ENSP00000301810 1,26 0,11
- FASTKD1
- ENSG00000138399 ENST00000260971 ENST00000361619 ENSP00000260971 ENSP00000354598 1,71 0,06
- DCN
- ENSG00000011465 ENST00000052754 ENST00000228329 ENST00000303320 ENSP00000052754 ENSP00000228329 ENSP00000302031 -2,55 0,06
- SOCS2
- ENSG00000120833 ENST00000340600 ENSP00000339428 -1,69 0,06
- EFEMP2
- ENSG00000172638 ENST00000307998 ENSP00000309953 -1,22 0,08
- P2RX4
- ENSG00000135124 ENST00000337233 ENST00000359949 ENSP00000336607 ENSP00000353032 1,70 0,12
- PPFIBP2
- ENSG00000166387 ENST00000299492 ENSP00000299492 1,52 0,11
Como se muestra en la FIG. 1, también se descubrió que los marcadores de la tabla 1 se expresaban diferencialmente en muestras obtenidas de fluido uterino en pacientes que tienen cáncer endometrial. Los marcadores que no estaban altamente correlacionados decaen o caen más lejos de la línea de correlación en la FIG. 1.
5 La sobreexpresión de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, y TJP3, y la subexpresión de DCN, SOCS2, y EFEMP2 en cáncer endometrial se validó por RT-PCR usando un conjunto independiente de muestras. Las muestras usadas en este estudio se obtuvieron de fluido uterino de personas que tienen cáncer endometrial y de pacientes que no tienen cáncer endometrial. Estos resultados se resumen en la tabla 2 y se ilustran en la FIG. 2A y FIG. 2B. Estos resultados
10 demuestran que estos marcadores representan una expresión diferencial estadísticamente significativa en muestras de cáncer endometrial en muestras de personas que tienen cáncer endometrial en comparación con personas y/o muestras normales (por ejemplo, valor de control).
Tabla 2: Expresión diferencial de biomarcadores en muestras de aspirado de pacientes que tienen cáncer endometrial
en comparación con aspirados de pacientes que no tienen cáncer endometrial.
ACAA1 AP1M2 CGN DCN DDR1 EFEMP2 EPS8L2 FASTKD1 GMIP IKBKE P2RX4 P4HB PHKG2 PPFIBP2 PPP1R16A RASSF7 RNF183 SIRT6 SOCS2 TJP3
- RQ media
- EEM Valor p
- 1,472
- 0,476 < 0,0001
- 1,688
- 0,422 < 0,0001
- 2,348
- 1,312 < 0,0001
- 0,246
- 0,196 0,002
- 1,515
- 0,534 0,0167
- 0,414
- 0,289 < 0,0001
- 1,646
- 0,559 0,0016
- 1,693
- 0,662 < 0,0001
- 1,338
- 0,491 < 0,0001
- 2,877
- 1,617 < 0,0001
- 1,544
- 0,504 0,0002
- 1,998
- 0,647 < 0,0001
- 1,557
- 0,378 < 0,0001
- 1,540
- 0,725 0,0094
- 1,915
- 0,789 < 0,0001
- 1,848
- 0,770 0,0001
- 3,648
- 2,368 < 0,0001
- 1,611
- 0,550 < 0,0001
- 0,265
- 0,177 < 0,0001
- 2,088
- 0,928 < 0,0001
Los valores de p se calcularon usando una prueba Mann-Whitney no paramétrica. La RQ media se refiere a cantidad relativa, y EEM se refiere a error estándar de la media.
El hallazgo de la correlación de los niveles de expresión de estos biomarcadores en tejido primario y fluido uterino fue sorprendente dada la heterogeneidad del fluido uterino y los hallazgos en los estudios de micromatrices iniciales. Se cree que es la primera vez que se demuestra que los niveles de los biomarcadores en cáncer endometrial primario se correlacionan de manera estadísticamente significativa con los hallados en el fluido uterino y, por lo tanto, esto proporciona un procedimiento menos invasivo y más estandarizado de cribado para la detección precoz del cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de cáncer endometrial. Por lo tanto, la invención proporciona un procedimiento como se define en las reivindicaciones para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino y determinando el nivel de biomarcadores expresados de manera diferencial en cáncer endometrial en comparación con el valor de control. En un aspecto, la muestra de fluido uterino se obtiene por aspiración. En un aspecto, la muestra de fluido uterino se obtiene lavando y/o aclarando con cuidado la cavidad uterina. En un aspecto, se determina el nivel de ARNm. En un aspecto, se determina el nivel de proteína. En un aspecto, los biomarcadores se eligen de los 20 enumerados en la tabla 1.
Sorprendentemente, los valores p para los biomarcadores individuales en la tabla 1 determinados en los estudios de micromatrices con un conjunto de muestras se mejoraron significativamente con respecto a cuando los mismos biomarcadores se analizaron por una técnica diferente (RT-PCR cuantitativa) usando un conjunto diferente de muestras, obtenidas de la paciente por un procedimiento diferente. En general los valores p se mejoraron más de 100 veces en comparación con los estudios de micromatrices.
Los inventores han descubierto que cada uno de los marcadores de la tabla 1, individualmente, tiene un valor pronóstico para el diagnóstico de cáncer endometrial. Además, las combinaciones de estos biomarcadores tiene un valor predictivo adicional para el diagnóstico de cáncer endometrial. Por ejemplo, los inventores han descubierto sorprendentemente que numerosos subgrupos de los biomarcadores de la tabla 1 que tienen de 2-20 biomarcadores en varias combinaciones dan patrones de identificación genética que tienen un excelente valor predictivo para el diagnóstico o la detección de cáncer endometrial. Adicionalmente, los inventores también han contemplado que la adición de otros biomarcadores además de los enumerados en la tabla 1, al patrón de identificación genética también puede incrementar el valor pronóstico, y puede ser útil para clasificar cánceres endometriales, para el diagnóstico diferencial de enfermedades distintas del cáncer endometrial, y para el pronóstico de cáncer endometrial.
En el presente documento, se divulga un procedimiento para caracterizar una muestra obtenida de una paciente para usos de pronóstico, de diagnóstico y/o farmacogenómicos. Se puede usar la caracterización de una muestra obtenida de una paciente de acuerdo con los niveles de uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 para proporcionar
información relacionada con la evolución de la enfermedad, diagnóstico de tipo (y/o subtipo) de cáncer endometrial, y selección de un tratamiento terapéutico apropiado. De acuerdo con este procedimiento de la invención, se obtiene una muestra de una persona. La persona puede ser una persona sana, una persona diagnosticada con cáncer, una persona que se sospecha que tiene cáncer, una persona que presenta uno o más síntomas de cáncer y/o una persona que desea someterse a un cribado para detección precoz del cáncer. El procedimiento comprende la etapa de determinar el nivel del/de los biomarcador(es) de la tabla 1 en una muestra obtenida para una paciente. En estos procedimientos se pueden usar procedimientos alternativos para determinar los biomarcadores (IHC, análisis de expresión de ARNm, etc).
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de biomarcador P4HB de la tabla 1 en la muestra. Si el nivel de P4HB se incrementa con relación al valor de control, entonces la paciente tiene un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de biomarcador P4HB de la tabla 1 en una muestra de una paciente que tiene un síntoma de cáncer endometrial. En un aspecto de este modo de realización, el síntoma de cáncer endometrial se elige de hemorragia vaginal y/o oligometrorragia en mujeres postmenopáusicas, hemorragia uterina anormal, periodos menstruales anormales, hemorragia entre periodos normales en mujeres premenopáusicas en mujeres de más de 40, episodios extremadamente largos, abundantes o frecuentes de hemorragia, anemia provocada por pérdida de sangre crónica, dolor abdominal inferior o dismenorrea, leucorrea transparente o blanca poco densa en mujeres postmenopáusicas, y síntomas sospechosos en perimenopáusicas. Por tanto, en un aspecto de este modo de realización, la invención se refiere a un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de P4HB en una muestra de una persona que tiene hemorragia vaginal y/o oligometrorragia en mujeres postmenopáusicas, hemorragia uterina anormal, periodos menstruales anormales, hemorragia entre periodos normales en mujeres premenopáusicas en mujeres de más de 40, episodios extremadamente largos, abundantes, o frecuentes de hemorragia, anemia provocada por pérdida de sangre crónica, dolor abdominal inferior o dismenorrea, leucorrea transparente o blanca poco densa en mujeres postmenopáusicas, o síntomas sospechosos en perimenopáusicas, en el que si dicho marcador se incrementa con relación a un valor de control, entonces esto indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, los niveles de los uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial se normalizan para uno o más biomarcadores o genes endógenos. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, la muestra se elige de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador.
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de biomarcador P4HB de la tabla 1 en una muestra de una paciente que tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial. En un aspecto de este modo de realización, el factor de riesgo para cáncer endometrial se elige de niveles altos de estrógeno, hiperplasia endometrial, obesidad, hipertensión, síndrome del ovario poliquístico, nuliparidad, esterilidad, menarquía precoz, menopausia tardía, pólipos endometriales u otras neoplasias benignas del endometrio uterino, diabetes, exposición a tamoxifeno, hiperplasia, ingesta alta de grasa animal, radioterapia pélvica, cáncer de mama, cáncer de ovario, consumo de alcohol diario excesivo, antecedentes familiares de cáncer, antecedentes familiares de HNPCC, y ser un portador de la mutación HNPCC. En un aspecto de este modo de realización, se seleccionan los biomarcadores para distinguir las pacientes que tienen tumor de las que están en fase secretora del ciclo menstrual. Por tanto, en un aspecto de este modo de realización, la invención se refiere a un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de biomarcador P4HB en una muestra de una persona que tiene un factor de riesgo para el cáncer que es niveles altos de estrógeno, hiperplasia endometrial, obesidad, hipertensión, síndrome del ovario poliquístico, nuliparidad, esterilidad, menarquía precoz, menopausia tardía, pólipos endometriales u otras neoplasias benignas del endometrio uterino, diabetes, exposición a tamoxifeno, hiperplasia, ingesta alta de grasa animal, radioterapia pélvica, cáncer de mama, cáncer de ovario, consumo de alcohol diario excesivo, antecedentes familiares de cáncer, antecedentes familiares de HNPCC, o ser un portador de la mutación HNPCC, en el que si el nivel de P4HB, se incrementa con relación a un valor de control, entonces esto indica cáncer endometrial o un incremento en la posibilidad de tener cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, los niveles de los uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial se normalizan para uno o más biomarcadores o genes endógenos. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, la muestra se elige de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador. En un aspecto preferente de este modo de realización, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 1-17 biomarcadores regulados por incremento de la tabla 1 y de 1-3 marcadores regulados por disminución de la tabla 1 por PCR cuantitativa en una muestra de fluido uterino.
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que
comprende determinar el nivel de P4HB en una muestra de una paciente que tiene un incremento en el grosor del endometrio. En un aspecto de este modo de realización, el grosor del endometrio se mide por ecografía transvaginal. "Incremento en el grosor" se refiere a un grosor por encima de un valor común empleado en la técnica para identificar a pacientes que necesitan pruebas complementarias o investigación adicionales. El procedimiento de este modo de realización implica determinar el nivel de P4HB en una muestra obtenida de una paciente que tiene un incremento en el grosor del endometrio. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, la muestra es una muestra de fluido uterino. En otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de desde 1-20 biomarcadores de ARNm. En otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de desde 1-20 biomarcadores de proteína. En un aspecto de este modo de realización, los biomarcadores se eligen de los que pueden distinguir muestras de pacientes afectadas de cáncer endometrial y las de pacientes que tienen otra afección que incrementa el grosor del endometrio. Las afecciones que incrementan el grosor del endometrio pero que no están necesariamente presentes en pacientes con cáncer endometrial incluyen, pero no se limitan a, exposición a tamoxifeno, exposición a hormonas, fase del ciclo menstrual (en general, el grosor del endometrio se incrementa al pasar de la fase proliferativa a la secretora). Algunos biomarcadores preferentes que obtuvieron buenos resultados en la separación de muestras de pacientes afectadas con cáncer endometrial de las pacientes no afectadas con cáncer endometrial en la fase secretora se muestran en la tabla 9 en los ejemplos. Por tanto, en un aspecto de este modo de realización, la invención se refiere a un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de P4HB en una muestra de una persona que tiene un incremento en el grosor endometrial, en el que si el nivel de P4HB se incrementa con relación a un valor de control, entonces esto indica cáncer endometrial o un incremento en la posibilidad de tener cáncer endometrial. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, los niveles de los uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial se normalizan para uno o más biomarcadores o genes endógenos.
De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, la muestra se elige de una muestra de tejido y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. De acuerdo con un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador. De acuerdo con otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de proteína correspondiente al biomarcador. En un aspecto preferente de este modo de realización, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 1-17 biomarcadores regulados por incremento de la tabla 1 y de 1-3 marcadores regulados por disminución de la tabla 1 por PCR cuantitativa en una muestra de fluido uterino.
Perfiles, patrones de identificación genética, y combinaciones
Los estudios de micromatrices iniciales divulgados en el presente documento demostraron que cada uno de los biomarcadores de la tabla 1, como biomarcadores independientes, tienen un valor predictivo para diagnosticar cáncer endometrial. Además, se descubrió que las combinaciones de marcadores (por ejemplo, perfiles o patrones de identificación genética) han incrementado el valor predictivo para el cáncer endometrial. Por tanto, además de usar estos marcadores como marcadores individuales, se pueden usar en combinaciones de 2 a 20 biomarcadores para diagnosticar cáncer endometrial. En algunos modos de realización, se pueden incluir marcadores adicionales en el perfil o patrón de identificación genética para propósitos de diagnóstico diferencial (excluir o confirmar una enfermedad
o afecciones distintas del cáncer endometrial (por ejemplo, hiperplasia endometrial, endometriosis, cáncer de ovario, fibroides, etc.)), clasificación de tipo de cáncer endometrial (por ejemplo, tipo I frente al tipo II), clasificación de tipo celular de cáncer endometrial, y pronóstico.
En el presente documento se divulgan perfiles y/o patrones de identificación genética que tienen 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, se determina el nivel de ARNm correspondiente a los biomarcadores en el perfil para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto, se determina el nivel de proteína correspondiente a los biomarcadores en el perfil para su uso en el diagnóstico de cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto, se determina el nivel de los biomarcadores en una muestra obtenida de fluido uterino. En un aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de los biomarcadores en una muestra obtenida de suero, sangre, o plasma.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador ACAA1 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen ACAA1 son ACAA1 y AP1M2; ACAA1 y CGN; ACAA1 y DDR1; ACAA1 y EPS8L2; ACAA1 y FASTKD1; ACAA1 y GMIP; ACAA1 y IKBKE; ACAA1 y P2RX4; ACAA1 y P4HB; ACAA1 y PHKG2; ACAA1 y PPFIBP2; ACAA1 y PPP1R16A; ACAA1 y RASSF7; ACAA1 y RNF183; ACAA1 y SIRT6; ACAA1 y TJP3; ACAA1 y EFEMP2; ACAA1 y SOCS2; o ACAA1 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro
aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador AP1M2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen AP1M2 son AP1M2 y ACAA1; AP1M2 y CGN; AP1M2 y DDR1; AP1M2 y EPS8L2; AP1M2 y FASTKD1; AP1M2 y GMIP; AP1M2 y IKBKE; AP1M2 y P2RX4; AP1M2 y P4HB; AP1M2 y PHKG2; AP1M2 y PPFIBP2; AP1M2 y PPP1R16A; AP1M2 y RASSF7; AP1M2 y RNF183; AP1M2 y SIRT6; AP1M2 y TJP3; AP1M2 y EFEMP2; AP1M2 y SOCS2; o AP1M2 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador CGN en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen CGN son CGN y AP1M2; ACAA1 y CGN; CGN y DDR1; CGN y EPS8L2; CGN y FASTKD1; CGN y GMIP; CGN y IKBKE; CGN y P2RX4; CGN y P4HB; CGN y PHKG2; CGN y PPFIBP2; CGN y PPP1R16A; CGN y RASSF7; CGN y RNF183; CGN y SIRT6; CGN y TJP3; CGN y EFEMP2; CGN y SOCS2; o CGN y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador DDR1 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es DDR1 y P4HB; DDR1 y GMIP; DDR1 y IKBKE; DDR1 y EFEMP2; DDR1 y SOCS2; DDR1, P4HB, y GMIP; DDR1, P4HB, GMIP, y IKBKE; DDR1, P4HB, GMIP, IKBKE, y EFEMP2; o DDR1, GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador EPS8L2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las
combinaciones o subcombinaciones que incluyen EPS8L2 son EPS8L2 y AP1M2; EPS8L2 y CGN; EPS8L2 y DDR1; EPS8L2 y EPS8L2; EPS8L2 y FASTKD1; EPS8L2 y GMIP; EPS8L2 y IKBKE; EPS8L2 y P2RX4; EPS8L2 y P4HB; EPS8L2 y PHKG2; EPS8L2 y PPFIBP2; EPS8L2and PPP1R16A; EPS8L2 y RASSF7; EPS8L2 y RNF183; EPS8L2 y SIRT6; EPS8L2 y TJP3; EPS8L2 y EFEMP2; EPS8L2 y SOCS2; EPS8L2 y ACAA1; o EPS8L2 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador FASTKD1 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, lo uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es FASTD1 y P4HB; FASTKD1 y GMIP; FASTKD1 y IKBKE; FASTKD1 y EFEMP2; FASTKD1 y SOCS2; FASTD1 y DDR1; FASTKD1 y SIRT6; FASTKD1 y PHKG2; FASTKD1, P4HB, y GMIP; FASTKD1, P4HB y IKBKE; FASTKD1, P4HB, y EFEMP2; FASTKD1, P4HB, EFEMP2, IKBKE, y GMIP; FASTKD1, P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1, y GMIP; o FASTKD1, P4HB, EFEMP2, SIRT6, PHKG2, y GMIP. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador GMIP en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es GMIP y P4HB; FASTKD1 y GMIP; GMIP y IKBKE; GMIP y EFEMP2; GMIP y SOCS2; GMIP, y DDR1; GMIP, y SIRT6; GMIP y PHKG2; GMIP, P4HB, y IKBKE; GMIP, SOCS2, y IKBKE; GMIP, SOCS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2; GMIP, P4HB, EFEMP2, IKBKE, y FASTKD1; GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1; o GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, PHKG2, y FASTKD1. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador IKBKE en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es IKBKE y P4HB; IKBKE y GMIP; IKBKE y FASTKD1; IKBKE y EFEMP2; IKBKE y SOCS2; IKBKE y DDR1; IKBKE y SIRT6; IKBKE y PHKG2 ; IKBKE, P4HB, y GMIP; IKBKE, P4HB, y EFEMP2; IKBKE, GMIP, y EFEMP2; IKBKE, P4HB, y SOCS2; IKBKE, GMIP, P4HB, y SOCKS2; IKBKE, GMIP, P4HB, y EFEMP2; IKBKE, P4HB, EFEMP2, GMIP, y FASTKD1; o IKBKE, DDR1, GMIP, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el/los nivel(es) de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero
o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador P2RX4 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen P2RX4 son P2RX4 y AP1M2; P2RX4 y CGN; P2RX4 y DDR1; P2RX4 y EPS8L2; P2RX4 y FASTKD1; P2RX4 y GMIP; P2RX4 y IKBKE; P2RX4 y P4HB; P2RX4 y PHKG2; P2RX4 y PPFIBP2; P2RX4 y PPP1R16A; P2RX4 y RASSF7; P2RX4 y RNF183; P2RX4 y SIRT6; P2RX4 y TJP3; P2RX4 y EFEMP2; P2RX4 y SOCS2; P2RX4 y ACAA1;
o P2RX4 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En un modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador P4HB en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de este modo de realización, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de este modo de realización, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de este modo de realización, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es FASTD1 y P4HB; P4HB y GMIP; P4HB y IKBKE; P4HB y EFEMP2; P4HB y SOCS2; P4HB y DDR1; P4HB y SIRT6; P4HB y PHKG2; P4HB, GMIP, y IKBKE; P4HB, GMIP, y SOCS2; P4HB, GMIP, y EFEMP2; P4HB, IKBKE, GMIP, y SOCS2; P4HB, IKBKE, GMIP, y EFEMP2; P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, DDR1, y FASTKD1; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, PHKG2, y FASTKD1; o DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto de este modo de realización, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto de este modo de realización, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto de este modo de realización, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto de este modo de realización, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto de este modo de realización, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador PHKG2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es PHKG2 y P4HB; PHKG2 y GMIP; PHKG2 y IKBKE; PHKG2 y EFEMP2; PHKG2 y SOCS2; PHKG2 y DDR1; PHKG2 y SIRT6; FASTKD1 y PHKG2; PHKG2, P4HB, y EFEMP2; PHKG2, P4HB, GMIP; PHKG2, P4HB, IKBKE, y EFEMP2; PHKG2, P4HB, IKBKE, y SOCS2; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, PHKG2, y FASTKD1; o DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador PPFIBP2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores
útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen PPFIBP2 son PPFIBP2 y AP1M2; PPFIBP2 y CGN; PPFIBP2 y DDR1; PPFIBP2 y EPS8L2; PPFIBP2 y FASTKD1; PPFIBP2 y GMIP; PPFIBP2 y IKBKE; PPFIBP2 y P2RX4; PPFIBP2 y P4HB; PPFIBP2 y PHKG2; PPFIBP2 y PPP1R16A; PPFIBP2 y RASSF7; PPFIBP2 y RNF183; PPFIBP2 y SIRT6; PPFIBP2 y TJP3; PPFIBP2 y EFEMP2; PPFIBP2 y SOCS2; PPFIBP2 y ACAA1; o PPFIBP2 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador PPP1R16A en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno
o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen PPP1R16A son PPP1R16A y AP1M2; PPP1R16A y CGN; PPP1R16A y DDR1; PPP1R16A y EPS8L2; PPP1R16A y FASTKD1; PPP1R16A y GMIP; PPP1R16A y IKBKE; PPP1R16A y P2RX4; PPP1R16A y P4HB; PPP1R16A y PHKG2; PPFIBP2 y PPP1R16A; PPP1R16A y RASSF7; PPP1R16A y RNF183; PPP1R16A y SIRT6; PPP1R16A y TJP3; PPP1R16A y EFEMP2; PPP1R16A y SOCS2; PPP1R16A y ACAA1; o PPP1R16A y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador RASSF7 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen RASSF7 son RASSF7 y AP1M2; RASSF7 y CGN; RASSF7 y DDR1; RASSF7 y EPS8L2; RASSF7 y FASTKD1; RASSF7 y GMIP; RASSF7 y IKBKE; RASSF7 y P2RX4; RASSF7 y P4HB; RASSF7 y PHKG2; RASSF7 y PPP1R16A; RASSF7 y RNF183; RASSF7 y SIRT6; RASSF7 y TJP3; RASSF7 y EFEMP2; RASSF7 y SOCS2; RASSF7 y ACAA1; o RASSF7 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador RNF183 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Los combinaciones o subcombinaciones que incluyen RNF183 son RNF183 y AP1M2; RNF183 y CGN; RNF183 y DDR1; RNF183 y EPS8L2; RNF183 y FASTKD1; RNF183 y GMIP; RNF183 y IKBKE; RNF183 y P2RX4; RNF183 y P4HB; RNF183 y PHKG2; RNF183 y PPP1R16A; RASSF7 y RNF183; RNF183 y SIRT6; RNF183 y TJP3; RNF183 y EFEMP2; RNF183 y SOCS2; RNF183 y ACAA1; o RNF183 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador SIRT6 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es SIRT6 y P4HB; SIRT6 y GMIP; SIRT6 y IKBKE; SIRT6 y EFEMP2; SIRT6 y SOCS2; SIRT6 y DDR1; FASTKD1 y SIRT6; SIRT6 y PHKG2; SIRT6, P4HB, y EFEMP2; SIRT6, P4HB, y IKBKE; SIRT6, IKBKE, y EFEMP2; SIRT6, P4HB, y SOCS2; SIRT6, P4HB, IKBKE, y GMIP; SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, DDR1, y FASTKD1; SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, PHKG2, y FASTKD1; o SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, PHKG2, DDR1, y FASTKD1. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador TJP3 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, EFEMP2, SOCS2, y DCN. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen TJP3 son TJP3 y AP1M2; TJP3 y CGN; TJP3 y DDR1; TJP3 y EPS8L2; TJP3 y FASTKD1; TJP3 y GMIP; TJP3 y IKBKE; TJP3 y P2RX4; TJP3 y P4HB; TJP3 y PHKG2; TJP3 y PPP1R16A; TJP3 y RNF183; TJP3 y SIRT6; TJP3 y RASSF7;TJP3 y EFEMP2; TJP3 y SOCS2; TJP3 y ACAA1; o TJP3 y DCN. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador EFEMP2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, SOCS2, y DCN. Una combinación o subcombinación preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es EFEMP2 y P4HB; EFEMP2 y GMIP; EFEMP2 y IKBKE; FASTKD1 y EFEMP2; EFEMP2 y SOCS2; EFEMP2 y DDR1; EFEMP2 y SIRT6; EFEMP2 y PHKG2; EFEMP2, P4HB, y IKBKE; EFEMP2, IKBKE, y GMIP; EFEMP2, IKBKE, y FASTKD1; EFEMP2, GMIP, y DDR1; EFEMP2, SIRT6, y FASTKD1; EFEMP2, IKBKE, GMIP, y P4HB; EFEMP2, P4HB, IKBKE, GMIP, y FASTKD1; EFEMP2, P4HB, SIRT6, DDR1, GMIP, y FASTKD1; EFEMP2, P4HB, SIRT6, PHKG2, GMIP, y FASTKD1; o EFEMP2, P4HB, IKBKE, GMIP, DDR1, PHKG2, SIRT6, y FASTKD1. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador SOCS2 en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, y DCN. Una combinación o subcombinación
preferente útil para detectar cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial es SOCS2 y P4HB; SOCS2 y GMIP; SOCS2 y IKBKE; SOCS2 y EFEMP2; FASTKD1 y SOCS2; SOCS2 y DDR1; SOCS2 y SIRT6; SOCS21 y PHKG2; SOCS2, P4HB, y IKBKE; SOCS2, GMIP, y P4HB; SOCS2, P4HB, y IKBKE; GMIP, P4HB, IKBKE, y SOCS2; SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y DDR1; o SOCS2, DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
Se proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de un biomarcador DCN en combinación con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico, los uno o más biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto, los uno o más biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se eligen de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP33, EFEMP2, y SOCS2. Las combinaciones o subcombinaciones que incluyen DCN son DCN y AP1M2; DCN y CGN; DCN y DDR1; DCN y EPS8L2; DCN y FASTKD1; DCN y GMIP; DCN e IKBKE; DCN y P2RX4; DCN y P4HB; DCN y PHKG2; DCN y PPP1R16A; DCN y RNF183; DCN y SIRT6; DCN y RASSF7; DCN y EFEMP2; DCN y SOCS2; o DCN y ACAA1. En un aspecto, se determina(n) el/los nivel(es) de expresión génica del biomarcador. En otro aspecto, se determina el nivel de expresión de proteína. En un aspecto, se analiza una muestra tumoral o muestra sospechosa. En otro aspecto, se analiza una muestra de fluido. En otro aspecto, se analiza una muestra obtenida de fluido uterino. Aún en otro aspecto, se analiza una muestra de suero o muestras de sangre. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En un aspecto preferente del procedimiento de diagnóstico in vitro de la invención, se detectan los niveles de una combinación de marcadores, en el que dicha combinación comprende IKBKE y P4HB; P4HB y SOCS2; GMIP y P4HB; GMIP, SOCS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, y P4HB; IKBKE,P4HB, y SOCS2; GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2; GMIP, SOCS2, P4HB, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EPS8L2; IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, y RASSF7; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y DDR1; DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, y SOCS2; o DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, RNF183 y SOCS2.
En otro aspecto preferente del procedimiento de diagnóstico in vitro de la invención, se detectan los niveles de una combinación de marcadores en el que dicha combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6 y FASTKD1; ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; o P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1.
Aún en otro aspecto preferente del procedimiento de diagnóstico in vitro de la invención, se detectan los niveles de una combinación de marcadores en el que dicha combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2 y FASTKD1; o GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, SIRT6 y FASTKD1.
Biomarcadores auxiliares
"Biomarcadores auxiliares" se refiere a biomarcadores que se pueden usar conjuntamente con los uno o más biomarcadores de la tabla 1. Los biomarcadores auxiliares se pueden usar en los procedimientos de la invención para proporcionar una caracterización adicional de una enfermedad o afección que puede tener una paciente.
Los biomarcadores de diagnóstico diferencial son útiles para distinguir entre enfermedades que se pueden presentar con síntomas clínicos similares. Por ejemplo, un paciente puede tener síntomas de cáncer endometrial (por ejemplo, hemorragia vaginal y/o dolor pélvico) pero estos síntomas también pueden estar provocados por diferentes enfermedades (por ejemplo, cáncer de ovario). Por lo tanto, los biomarcadores de diagnóstico diferencial proporcionan información para la caracterización de una enfermedad. Los ejemplos de enfermedades que pueden presentar síntomas similares al cáncer endometrial incluye fibroides uterinos, endometriosis, hiperplasia endometrial, sarcoma
uterino (otro tipo de cáncer de útero, liomiomas uterinos, pólipo endometrial (tipo de pólipo), cáncer cervical, endometrio atrófico, adenomiosis, vaginitis atrófica, tumor de ovario, liomiosarcoma, y proliferación endometrial.
De acuerdo con el descubrimiento de los inventores de que el nivel de biomarcadores en tejido de cáncer endometrial primario puede estar correlacionado con sus niveles en el fluido uterino, se contempla que se pueden usar muestras de fluido uterino para el diagnóstico diferencial de afecciones distintas del cáncer endometrial. Por tanto, en un aspecto, se divulga un procedimiento para el diagnóstico diferencial de cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino de una paciente y determinando el nivel de uno o más biomarcadores que pueden distinguir el cáncer endometrial del cáncer no endometrial. Los biomarcadores de diagnóstico diferencial para endometriosis son útiles para distinguir la endometriosis del cáncer endometrial. Los biomarcadores de diagnóstico diferencial para cáncer de ovario son útiles para distinguir el cáncer de ovario del cáncer endometrial. Los ejemplos de biomarcadores útiles para distinguir el cáncer endometrial del cáncer de ovario incluyen, pero no se limitan a, los descritos en Yurkovetsky et al. (Gyn. Onc. (2007) 107:58-65) donde informan de un panel de cinco biomarcadores de prolactina, GH, eotaxina, E-selectina, y TSH para discriminar el cáncer endometrial del cáncer de ovario y de mama.
Se han identificado varios biomarcadores de cáncer endometrial. CA 125 se correlaciona con el tamaño y la fase del tumor y es un factor predisponente independiente de la diseminación extrauterina. En la literatura se ha informado de marcadores séricos para la detección de cáncer uterino.
Biomarcadores de pronóstico: Los niveles elevados de CA 125, CA 15-3, y CA 19-9 están asociados con un tiempo de supervivencia más corto. Descubrieron que los CA 125 CA 15-3 y CEA séricos son mayores en pacientes con la enfermedad en fase III en comparación con la fase I. Otro grupo de marcadores de pronóstico incluyen receptor de estrógeno, receptor de progesterona, y HER2.
Los biomarcadores para clasificar el cáncer endometrial incluyen los usados para estimar la fase del cáncer, tipo de célula, y/o tipo de cáncer endometrial (por ejemplo, tipo I frente al tipo II). Los ejemplos de biomarcadores para clasificar el cáncer endometrial incluyen, pero no se limitan a, los descritos en Sugiyama et al. (2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600. Los genes que muestran mayor expresión en el tipo I en comparación con el tipo II incluyen MMP11, RHOG, y precursor de la subunidad del factor de crecimiento derivado de plaquetas B, STAT2, factor de transcripción de unión a octámero 1, y GATA-6, precursor del factor de crecimiento VEGF-C, caspasa (caspasa 1/enzima convertidora de IL-1 β). Los genes que muestran una mayor expresión en el tipo II en comparación con el tipo I incluyeron PIRIN, EGR1, STAT1, factor regulador de IFN 1, y KRAS. Konecny et al. ((2009) British Journal of Cancer 100, 89-95) informa que la tasa de amplificación del gen HER2 medida por hibridación in situ con fluorescencia fue mayor en cánceres de tipo II mientras que la expresión de EGFR medida por técnicas de IHC fue significativamente menor en cánceres de tipo II. Deng et al. ((2005) Clin. Can. Res. vol. 11, n.º 23:8258-8264) informan que EIG121 es un marcador para cánceres asociados con estrógenos de tipo I. Los marcadores para clasificar el cáncer endometrial también se pueden usar para distinguir diferentes tipos histológicos de cáncer endometrial como cánceres serosos y endometrioides. Risinger et al. ((2003) Canc. Res. 63:6-11) identificaron biomarcadores que podían distinguir los cánceres serosos papilares de los cánceres endometrioides. Por ejemplo, se descubrió que AGR2, TFF3, DUSP6, IGF2, FOLR1, y UCHL1 se expresaban de manera diferencial entre cánceres serosos papilares y endometrioides descubierto por micromatriz y validado por RT-PCR. Se descubrió que AGR2, TFF3, DUSP6 se regulaban por incremento en cánceres de tipo endometrioide mientras que IGF2, FOLR1 y UCHL1 se regulaban por incremento en cánceres serosos papilares.
De acuerdo con el descubrimiento del inventor de que el nivel de biomarcadores en tejido de cáncer endometrial primario puede estar correlacionado con sus niveles en fluido uterino, se contempla que se pueden usar muestras de fluido uterino para clasificar el tipo de cáncer endometrial. Clasificar el tipo de cáncer endometrial se puede referir a distinguir los cánceres de tipo I y de tipo II. Clasificar el tipo de cáncer endometrial también se puede referir a determinar el tipo y/o subtipo histológico de cáncer endometrial. Por tanto, en un aspecto, se divulga un procedimiento para clasificar un cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino de una paciente y determinando el nivel de uno o más biomarcadores que pueden clasificar un cáncer endometrial.
"Biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial" se refiere a biomarcadores que se pueden usar además de los biomarcadores de la tabla 1 para el diagnóstico de cáncer endometrial y/o un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial: Yurkovetsky et al. (Gyn. Onc. (2007) 107:58-65) identificaron que la prolactina es un biomarcador sérico con sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial. Yurkovetsky et al. descubrieron que prolactina, GH, eotaxina, E-selectina, y TSH eran marcadores útiles para diagnosticar cáncer endometrial.
En algunos aspectos de estos procedimientos divulgados, se examinan uno o más biomarcadores auxiliares para determinar alteraciones en una muestra de una paciente que se sospecha que tiene cáncer endometrial. En un aspecto específico, los biomarcadores auxiliares se eligen de biomarcadores séricos. En un aspecto más específico, los biomarcadores séricos son una o más proteínas elegidas de CA 125, CA 15-3, CA 19-9, CEA, AFP, CA 72-4, VEGF, bFGF, IGFBPI, HGF, ErbB2, EGFR, TGF α, Fas, FasL, Cyfra 21-1, MMP-1, MMP-2, MMP-3, MMP-7, MMP-8, MMP-9, MMP-12, MMP-13, tPAI, sICAM, sVCAM, sE-selectina, adiponectina, resistina, IL-6, IL-8, TNF a, TNFR I, G-CSF, CD40L, IL-2R, IP-10, MCP-1, MIP-1α, MIP-1β, MIF, eotaxina, RANTES, FSH, LH, TSH, ACTH, prolactina, GH, βHCG, hK8, hK10, PAI-1 activa, ULBP-1, ULBP-2, ULBP-3, MICA, angiostatina, SCC, amiloide A sérica, TTR, S100, mesotelina, y mieloperoxidasa (MPO). En un aspecto más específico, los biomarcadores séricos se eligen de
prolactina, GH, eotaxina, e-selectina y FSH. En un aspecto aún más específico, el biomarcador sérico es prolactina. En algunos aspectos, el/los biomarcador(es) auxiliar(es) se pueden examinar en aspirados uterinos (por ejemplo, nivel de ARNm y/o niveles de proteína).
Muestras
La presente divulgación se refiere a la caracterización de uno o más biomarcadores de la tabla 1, de una muestra de una paciente que se sospecha que tiene cáncer endometrial o que desea someterse a un cribado para detección precoz del cáncer. Los ejemplos de dichas muestras que se pueden usar son muestras de fluido, tejido, y/o células. Dependiendo del marcador específico, los procedimientos usados para caracterizar los biomarcadores pueden incluir, por ejemplo, examinar el número de copias de ADN del gen correspondiente al biomarcador, detectar la proteína relacionada con el biomarcador, determinar los niveles de expresión de ARNm del biomarcador, etc. Los procedimientos divulgados son útiles para varias aplicaciones incluyendo diagnóstico, pronóstico, estadificación, predicción de respuesta al tratamiento. Los inventores han descubierto pruebas de la expresión diferencial de los biomarcadores de la tabla 1 en varias muestras diferentes incluyendo ARNm en tumor primario, proteína en tumor primario y ARNm en aspirados, y proteína en aspirados. Los biomarcadores de la tabla 1 incluyen los que se sobreexpresan en muestras de pacientes con cáncer endometrial en comparación con los niveles normales. Adicionalmente, algunos de los biomarcadores de la tabla 1 se subexpresan en muestras de pacientes con cáncer endometrial en comparación con los niveles normales.
La divulgación, en algunos aspectos, se refiere a la caracterización de uno o más de los biomarcadores de la tabla 1, de una muestra de paciente (por ejemplo, tumor, célula cancerosa, muestra sospechosa de cáncer, fluido corporal (por ejemplo, fluido uterino), sangre, suero, plasma, y hemorragia vaginal/leucorrea) y/o de una célula "normal", de una persona (o, de manera alternativa, se puede usar un valor de control en lugar del valor normal de la célula).
En un aspecto, la muestra que se va a analizar se obtiene de una paciente que tiene factores de riesgo para el cáncer endometrial. Los factores de riesgo para el cáncer endometrial incluyen, pero no se limitan a, tener síndrome de Lynch, estar relacionado genéticamente con una persona que tiene el síndrome de Lynch, ser obeso, tomar tratamiento de reemplazo hormonal sólo de estrógenos, y previo tratamiento con tamixofeno.
En un aspecto, la muestra que se analiza es una muestra de fluido uterino. En un aspecto, la muestra que se usa se obtiene usando un dispositivo similar a una cánula, blando (Pipelle) para retirar por succión una pequeña muestra de endometrio del útero. En un aspecto, la muestra se obtiene usando una herramienta de borde afilado denominada legra para raspar una pequeña muestra y recogerla con una jeringuilla o con succión (por ejemplo, dilatación y legrado). En un aspecto, la muestra se obtiene usando un dispositivo de succión electrónico (por ejemplo, aspiración de Vabra). En un aspecto, la muestra se obtiene usando una pulverización de líquido (irrigación por chorro) para retirar por lavado parte del tejido que recubre el útero. En algunos aspectos, se puede usar un cepillo para retirar parte del endometrio antes de que se realice el lavado.
En un aspecto, la muestra para analizar los biomarcadores se obtiene usando una jeringuilla o dispositivo de tipo Pipelle. En un aspecto, el dispositivo para recogida de la muestra de fluido uterino de una cavidad interna (por ejemplo, útero) de una paciente, comprende un cilindro que tiene una abertura en un extremo del mismo, un émbolo que puede funcionar axialmente dentro del cilindro, definiendo el cilindro y el émbolo una cámara de fluido que tiene un volumen que varía con el movimiento axial del émbolo dentro del cilindro, y un tubo alargado, hueco, que se extiende desde la cámara de fluido a la abertura en el cilindro, estando el tubo en acoplamiento de funcionamiento con el émbolo para un movimiento axial para extender y retraer el tubo dentro con respecto al cilindro con el movimiento axial del émbolo, y estando el tubo en comunicación fluida con la cámara de fluido para proporcionar una ruta de flujo de fluido hacia y desde la cámara de fluido al tubo hueco. En un aspecto, después de que se obtenga la muestra usando el dispositivo, se almacena en un agente que preserve la integridad de los biomarcadores de interés. Por ejemplo, cuando el biomarcador que se está analizando es un ácido nucleico como ARN, la muestra se puede almacenar en un agente que prevenga la degradación de las moléculas de ARN en la muestra, o si el biomarcador es una proteína, la muestra se puede almacenar, por ejemplo, en un agente que preserve la proteína. El ejemplo de agentes que previenen la degradación de las moléculas de ARN en una muestra son inhibidores de RNasa (por ejemplo, RNeasy de Qiagen, SUPERase•In™ de Ambion o inhibidor de RNasa ScriptGuard™ de Epicenter Biotechnologies) o moléculas que separan por precipitación el ARN de las soluciones biológicas (por ejemplo, tintes de trifenilmetano (por ejemplo, verde de metilo, violeta cristal, y pararosanilina), violeta de cresilo, poliaminas, e iones cobalto). El ejemplo de agentes que previenen la degradación de proteína es inhibidores de proteasas (por ejemplo, PMSF (fluoruro de fenilmetanosulfonilo, cóctel inhibidor de proteasas Complete de Roche, o Pepstatina) o agentes que fijan los tejidos (formalina).
Por tanto, la divulgación proporciona en un aspecto, un procedimiento de diagnóstico in vitro para el cáncer endometrial que comprende determinar el nivel de biomarcadores en una muestra de aspirado de fluido uterino de una paciente que tiene un síntoma o factor de riesgo para el cáncer endometrial, en el que los biomarcadores se expresan de manera diferencial en cáncer endometrial en comparación con valores de control representativos de personas no afectadas por cáncer endometrial, en el que (1) si el nivel de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SKIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNT183 o TJP3 se regula por incremento en la muestra de aspirado endometrial en la paciente, entonces la paciente tiene un incremento en la probabilidad de
tener cáncer endometrial y en el que (2) si el nivel de EFEMP2, SOCS2 o DCN se regula por disminución en la muestra de aspirado, entonces la paciente tiene un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. Los biomarcadores de este aspecto pueden ser cualquier biomarcador que se represente de manera diferencial en muestras de pacientes con cáncer endometrial en comparación con muestras de pacientes no afectadas con cáncer endometrial y son útiles para el diagnóstico de cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Los biomarcadores preferentes son los 1-20 descritos en el presente documento en la tabla 1.
Procedimientos de detección de biomarcadores
La invención se refiere a la identificación de biomarcadores que son útiles para diagnosticar el cáncer endometrial. La divulgación proporciona procedimientos para detectar uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial. El procedimiento de la divulgación se puede usar para detectar una o más proteínas correspondientes a los biomarcadores de la tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial. El procedimiento de la divulgación se puede usar para detectar uno o más ARNm correspondientes a los biomarcadores de la tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial. Los biomarcadores se pueden detectar en una muestra obtenida de una paciente, por ejemplo, una muestra obtenida de tejido uterino, fluido uterino, o sangre.
En algunos aspectos, el procedimiento de la divulgación implica obtener una muestra y determinar el nivel de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la tabla 1 en la muestra. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 2 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 3 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 4 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 5 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 6 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 7 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 8 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 9 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 10 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 11 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 12 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 13 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 14 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 15 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 5 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de desde 10 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de menos de 500 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de menos de 250 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de menos de 100 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de menos de 50 biomarcadores diferentes. El incremento en los niveles de uno o más biomarcadores de la tabla 1 que se sobreexpresan y/o la disminución en los niveles de uno o más biomarcadores de la tabla 1 que se subexpresan indica que existe un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.
Se entiende que, en algunos aspectos, los biomarcadores analizados incluyen más de los enumerados en la tabla 1.
En algunos aspectos, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 2 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 3 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 4 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 5 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 6 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 7 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 8 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 9 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 10 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 11 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 12 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel
de ARNm de 13 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 14 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 15 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 5 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de desde 10 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de menos de 500 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de menos de 250 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de menos de 100 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de ARNm de menos de 50 biomarcadores diferentes. El incremento en los niveles de uno o más ARNm correspondientes a los biomarcadores de la tabla 1 que se sobreexpresan y/o la disminución en los niveles de uno o más biomarcadores de la tabla 1 que se subexpresan indica que existe un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Se entiende que, en algunos aspectos de este modo de realización, los biomarcadores analizados incluyen más de los enumerados en la tabla 1.
En algunos aspectos, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 2 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 3 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 4 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 5 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 6 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 7 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 8 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 9 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 10 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 11 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 12 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 13 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 14 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 15 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 5 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 10 a 17 de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de menos de 500 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de menos de 250 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de menos de 100 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de menos de 50 biomarcadores diferentes. En un aspecto, el procedimiento implica determinar el nivel de proteína de desde 1 a 10 biomarcadores diferentes. El incremento en los niveles de una o más proteínas correspondientes a los biomarcadores de la tabla 1 indica que existe un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. Se entiende que, en algunos aspectos de este modo de realización, los biomarcadores analizados incluyen más de los enumerados en la tabla 1.
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento para detectar uno o más biomarcadores de proteínas en suero, sangre, y/o plasma. En un aspecto específico de este modo de realización, el procedimiento comprende detectar el nivel de P4HB.
En algunos aspectos, el procedimiento divulgado implica determinar el nivel de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, o 50 o más de los biomarcadores además de P4HB o más de los enumerados en la tabla 1. Estos marcadores pueden ser aquellos en los que se sabe que sus niveles de expresión están alterados en pacientes que tienen cáncer endometrial. De forma alternativa, los biomarcadores adicionales se pueden usar para el diagnóstico diferencial de otras enfermedades (por ejemplo, endometriosis, cáncer de ovario, y
fibroides), para clasificar el tipo de cáncer, información de pronóstico y/o para proporcionar información para seleccionar un tratamiento. En un aspecto específico, los biomarcadores adicionales se analizan en muestras de fluido uterino.
En un aspecto específico de la divulgación, el biomarcador P4HB o más biomarcadores enumerados en la tabla 1 se detectan en una matriz que tiene diferentes sondas en la matriz, que son oligonucleótidos que tienen de aproximadamente 5 a 200 bases de longitud. En otro aspecto específico, cada una de las diferentes sondas en la matriz es un oligonucleótido que tiene de aproximadamente 15 a 200, 15 a 150, 15 a 100, 15 a 75, 15 a 60, o 20 a 55 bases de longitud. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 2 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 3 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 4 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 5 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 6 o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para 7 o más biomarcadores enumerados en la tabla
1. En un aspecto, la matriz tiene sondas para menos de 1000 genes diferentes. En un aspecto, la matriz tiene sondas para menos de 500 genes diferentes. En un aspecto, la matriz tiene sondas para menos de 100 genes diferentes.
En algunos aspectos, se determina el número de copias del biomarcador P4HB o más biomarcadores enumerados en la tabla 1. En otro aspecto, para detectar el cáncer endometrial se determina el perfil del número de copias de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20 de los biomarcadores de la tabla 1 (o locus correspondientes al biomarcador).
En un aspecto, se proporcionan cebadores que se pueden hibridar a un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador enumerado en la tabla 1 y se pueden usar para amplificar un ácido nucleico o fragmento del mismo correspondiente a dicho biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial de acuerdo con los procedimientos de la invención. En un aspecto más específico, se diseñan los cebadores para amplificar uno o más exones del biomarcador. En otro aspecto, se diseñan los cebadores para amplificar un fragmento de uno o más exones del biomarcador. En un aspecto, los cebadores son adecuados para el análisis RT-PCR. En un aspecto, el procedimiento de la divulgación implica el uso de cebadores para amplificar un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador de la tabla 1, y la detección de un producto de amplificación con una sonda para el producto de amplificación. En otro aspecto, el procedimiento de la divulgación implica el uso de cebadores para amplificar un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador de la tabla 1, y detectar el producto de amplificación con un colorante que permite la cuantificación del producto de amplificación.
En un aspecto, se proporcionan sondas para los biomarcadores de la tabla 1 para detectar un ácido nucleico o fragmento del mismo correspondiente al biomarcador. Las sondas se pueden usar en los procedimientos de la invención por ejemplo, para diagnosticar cáncer endometrial. En un aspecto específico, la sonda es para el biomarcador ARNm o un ácido nucleico, se obtiene del ARNm correspondiente al biomarcador. En un aspecto específico, la sonda corresponde a dos exones contiguos del biomarcador de la tabla 1, (o fragmentos de dos o más exones contiguos). En un aspecto específico, la sonda corresponde a un exón del biomarcador o un fragmento del mismo. En un aspecto específico, la sonda corresponde a al menos una porción de la región promotora del biomarcador y al menos una porción de exón 1 del biomarcador.
En un aspecto, se usa un ensayo de PCR múltiple para evaluar los niveles de desde 2 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1 para detectar la presencia o ausencia de cáncer endometrial. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 3 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 4 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 5 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 6 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 7 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 8 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 9 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 10 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 15 a 20 biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple. En un aspecto más específico, se evalúan los niveles de desde 20 de los biomarcadores de la tabla 1 por PCR múltiple.
PCR cuantitativa
En algunos aspectos, el procedimiento se basa en PCR cuantitativa para determinar el nivel de uno o más biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto específico, el procedimiento de PCR cuantitativa es RT-PCR cuantitativa. Los procedimientos pueden ser semicuantitativos o completamente cuantitativos.
Los procedimientos para detectar los biomarcadores divulgados pueden comprender PCR cuantitativa competitiva o PCR cuantitativa en tiempo real, ambas estiman la concentración del gen diana en una muestra por comparación con curvas estándar construidas a partir de amplificaciones de diluciones en serie de ADN estándar. La PCR cuantitativa o la PCR cuantitativa en tiempo real difieren sustancialmente en cómo se generan las curvas estándar. En QPCR competitiva, se añade un ADN competidor interno en una concentración conocida tanto a muestras estándar diluidas en serie como muestras desconocidas (por ejemplo, obtenidas de una paciente). Después de la coamplificación, se
calculan las proporciones del competidor interno y los productos de PCR diana tanto para diluciones estándar como para muestras desconocidas, y se construye una curva estándar que representa las proporciones de competidor-producto de PCR diana frente a la concentración de ADN diana inicial de las diluciones estándar. Dada la igualdad de eficacia de amplificación de competidor y ADN diana, la concentración del último en muestras de paciente se puede extrapolar a partir de esta curva estándar.
En QPCR en tiempo real, la acumulación del producto de amplificación se mide de forma continua tanto en diluciones estándar de ADN diana como en muestras que contienen cantidades desconocidas de ADN diana. Se construye una curva estándar correlacionando la concentración de molde inicial en las muestras estándar con el número de ciclos de PCR (Ct) necesarios para producir una concentración umbral específica de producto. En las muestras de prueba, se mide la acumulación de producto de PCR diana después del mismo Ct, lo que permite la interpolación de la concentración de ADN diana a partir de la curva estándar. Aunque la QPCR en tiempo real permite una medida más rápida y simple del ADN diana durante análisis rutinarios, la QPCR competitiva sigue siendo una alternativa importante para la cuantificación diana en muestras ambientales. La coamplificación de una cantidad conocida de ADN competidor con ADN diana es una forma intuitiva de corregir una variación de muestra-a-muestra de la eficacia de la amplificación debido a la presencia de sustratos inhibidores y grandes cantidades de ADN de fondo que, obviamente están ausentes de las diluciones estándar.
Otro tipo de QPCR es PCR aplicada cuantitativamente. A menudo denominada "PCR cuantitativa relativa", este procedimiento determina las concentraciones relativas de ácidos nucleicos específicos. En el contexto de la presente invención, la RT-PCR se realiza en especies de ARNm aisladas de pacientes. Al determinar la concentración de una especie de ARNm específico, se puede determinar si el gen que codifica la especie de ARNm específica se expresa de manera diferencial.
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra de prueba de células, tejido, o fluido de un paciente; y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la muestra con el nivel esperado para una muestra normal (o valor de control).
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más biomarcadores enumerados en la tabla 1 en una muestra de tumor sospechosa de una paciente; y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la muestra con el nivel esperado para una muestra no afectada normal (o valor de control).
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una célula comprendida en una muestra de una paciente y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la célula con el nivel esperado para una célula no afectada normal (o valor de control).
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra de prueba de fluido de un paciente; y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la muestra con el nivel esperado para una muestra no afectada normal. En un aspecto, el fluido es fluido uterino obtenido por aspiración. En un aspecto, el fluido es fluido uterino obtenido por aspiración con una Pipelle de Cornier. En un aspecto, el fluido es fluido uterino. En otro aspecto, el fluido es leucorrea. En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra de prueba de una muestra de sangre o suero de una paciente; y comparar el nivel del/de los biomarcador(es) en la muestra con el nivel esperado para una muestra no afectada normal.
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra de prueba de la orina de una paciente; y comparar el nivel de los biomarcadores en la orina con el nivel esperado para un valor de control.
En un aspecto, la divulgación proporciona un procedimiento que comprende detectar el nivel de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 en una muestra de prueba del útero de una paciente usando un cepillo; y comparar el nivel de los biomarcadores en la muestra con el nivel esperado para una muestra normal.
La presencia de un incremento en los niveles de uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 puede indicar cáncer endometrial o una afección precancerosa en el tejido, por ejemplo, hiperplasia endometrial. En un aspecto, el procedimiento implica identificar un paciente que necesita análisis de P4HB o más biomarcadores de la tabla 1.
En otro aspecto, la presente invención proporciona procedimientos para diagnosticar o predecir un cáncer endometrial. El procedimiento de este aspecto puede comprender detectar o medir tanto en una muestra de prueba de células, tejido, y/o fluido como en una muestra de control de células, tejido, o fluido que es normal, o un valor de control normal el nivel de uno o más transcritos de ARNm correspondientes a P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1. Si el nivel de P4HB o más transcritos es mayor en la muestra de prueba que en la muestra de control, esto indica cáncer endometrial (y/o y un incremento en el riesgo de tener cáncer endometrial) o una afección precancerosa en las células o tejido de muestra de prueba. En otro aspecto, la muestra de control se puede obtener de una persona diferente o puede ser un valor normalizado basado en datos de referencia obtenidos de una población. En un aspecto, el procedimiento implica identificar un paciente que necesita un análisis de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla
1. En un aspecto, la paciente que necesita un análisis de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 es una que está en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha que tiene cáncer endometrial, o y/o se está sometiendo a cribado.
Aún en otro aspecto, el procedimiento comprende detectar en número de copias de ADN de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 ((por ejemplo, por célula) en una muestra de prueba de células, tejido, o fluido; y comparar el número de copias de ADN detectadas (por ejemplo, cuantitativamente y/o cualitativamente) en la muestra con una muestra de control o un valor conocido (o un valor de control), determinando de este modo si el número de copias del/de los biomarcador(es) se amplifica en la muestra de prueba. En un aspecto, el procedimiento implica identificar un paciente que necesita un análisis de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, la paciente que necesita un análisis de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1 es una que está en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha que tiene cáncer endometrial, o y/o se está sometiendo a cribado.
Aún en otro aspecto, el procedimiento comprende poner en contacto una muestra de prueba de células, tejido, o fluido con un anticuerpo para una proteína o fragmento del mismo correspondiente a P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1, y detectar en la muestra de prueba, el nivel del/de los biomarcador(es), en el que un incremento en el nivel del/de los biomarcador(es), en comparación con un valor de control indica que la paciente puede tener una afección precancerosa o cancerosa. En otro aspecto, el valor de control se puede obtener de una persona diferente o puede ser un valor normalizado basado en datos de referencia obtenidos de una población. De forma alternativa, como valor de control se puede usar un nivel dado de un biomarcador, representativo de la población sin cáncer endometrial, que se ha establecido previamente en base a medidas de pacientes sin cáncer endometrial, normales. Como valor de control también se puede usar una función de datos de control de una base de datos de referencia, en base a datos obtenidos de muestras de control representativas de una población sin cáncer endometrial. En un aspecto de este modo de realización, el procedimiento implica identificar un paciente que necesita un análisis de P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, la paciente que necesita un análisis del/de los biomarcador(es) es una que está en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha que tiene cáncer endometrial, o y/o se está sometiendo a cribado.
En algunos aspectos, el procedimiento divulgado implica comparar la expresión de un biomarcador divulgado con un biomarcador endógeno. Por ejemplo, el nivel de expresión de P4HB o más de los biomarcadores enumerados en la tabla 1 se normalizan con el nivel de expresión de un biomarcador endógeno. Por tanto, en un aspecto específico, el biomarcador endógeno se elige de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1. Los números de referencia de ENSMBL se dan a continuación para estos biomarcadores endógenos.
- Nombre
- Gene Transcrito Proteína
- POLR2A
- ENSG00000181222 ENST00000322644 ENSP00000314949
- B2M PFN1
- ENSG00000166710 ENSG00000108518 ENST00000349264 ENST00000225655 ENSP00000340858 ENSP00000225655
- CGPD
- ENSG00000160211 ENST00000393562 ENSP00000377192
- PABPN1
- ENSG00000100836 ENST00000216727 ENSP00000216727
Reactivos de diagnóstico y pronóstico
En el presente documento se divulgan reactivos para detectar los biomarcadores de la invención (por ejemplo, los de la tabla 1). Los reactivos son útiles para detectar los niveles de proteína y ácido nucleico de los biomarcadores de la tabla 1, para detectar y/o diagnosticar cáncer endometrial. Los reactivos a continuación se pueden usar para detectar combinaciones de los biomarcadores para diagnosticar cáncer endometrial. Los ejemplos específicos de ácidos nucleicos, sondas, cebadores, etc. relacionados con cada uno de los biomarcadores individuales se dan en los ejemplos.
Se proporciona un ácido nucleico de ACAA1 para detectar cáncer endometrial. Se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de ACAA1 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de ACAA1 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de ACAA1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de ACAA1 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de ACAA1 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de AP1M2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de AP1M2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de AP1M2 para detectar
cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de AP1M2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de AP1M2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de AP1M2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de CGN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de CGN para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de CGN para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de CGN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de CGN para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de CGN para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de DDR1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de DDR1 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de DDR1 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de DDR1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de DDR1 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de DDR1 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de EPS8L2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de EPS8L2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de EPS8L2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de EPS8L2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de EPS8L2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de EPS8L2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de FASTKD1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de FASTKD1 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de FASTKD1 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de FASTKD1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de FASTKD1 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de FASTKD1 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de GMIP para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de GMIP para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de GMIP para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de GMIP para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de GMIP para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de GMIP para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de IKBKE para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de IKBKE para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de IKBKE para detectar cáncer endometrial.
Se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de IKBKE para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de IKBKE para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de IKBKE para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de P2RX4 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se
proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de P2RX4 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de P2RX4 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de P2RX4 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de P2RX4 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de P2RX4 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se divulga un ácido nucleico de P4HB para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se divulgan cebadores para amplificar un ácido nucleico de P4HB para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se divulga una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de P4HB para detectar cáncer endometrial.
Se divulga un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de P4HB para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de P4HB para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de P4HB para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de PHKG2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de PHKG2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de PHKG2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de PHKG2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PHKG2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PHKG2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PPFIBP2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PPFIBP2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de PPP1R16A para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de PPP1R16A para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de PPP1R16A para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de PPP1R16A para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PPP1R16A para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de PPP1R16A para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de RASSF7 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de RASSF7 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de RASSF7 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de RASSF7 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de RASSF7 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de RASSF7 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de RNF183 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de RNF183 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de RNF183 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de RNF183 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de RNF183 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de RNF183 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
En un modo de realización, se proporciona un ácido nucleico de SIRT6 para detectar cáncer endometrial. En un
aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de SIRT6 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de SIRT6 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de SIRT6 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de SIRT6 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de SIRT6 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de TJP3 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de TJP3 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de TJP3 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de TJP3 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de TJP3 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de TJP3 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de EFEMP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de EFEMP2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de EFEMP2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de EFEMP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de EFEMP2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de EFEMP2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
En un modo de realización, se proporciona un ácido nucleico de SOCS2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de SOCS2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de SOCS2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de SOCS2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de SOCS2 para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de SOCS2 para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Se proporciona un ácido nucleico de DCN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporcionan cebadores para amplificar un ácido nucleico de DCN para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado, se proporciona una sonda que se puede hibridar a un ácido nucleico de DCN para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, se proporciona un anticuerpo que se une inmunológicamente a una proteína de DCN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de DCN para generar un anticuerpo. Aún en otro aspecto relacionado, se proporciona un polipéptido de DCN para generar una respuesta inmunitaria frente al marcador.
Kits
Se divulgan kits para detectar P4HB o más de los biomarcadores de la tabla 1. El kit es útil para detectar y/o diagnosticar un cáncer ginecológico. En un aspecto, el kit es útil para detectar y/o diagnosticar cáncer endometrial. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar CGN. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar CGN. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar AP1M2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar AP1M2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar EPS8L2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar EPS8L2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar IKBKE. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar IKBKE. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PPP1R16A. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PPP1R16A. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar RASSF7. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar RASSF7. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar TJP3. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar TJP3. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar P2RX4. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar P2RX4. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar RNF183. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar RNF183. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar GMIP. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar GMIP. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PHKG2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PHKG2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar P4HB. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar P4HB. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PPFIBP2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PPFIBP2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar FASTKD1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar FASTKD1. En un aspecto, el kit contiene
reactivos para detectar DDR1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar DDR1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar SIRT6. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar SIRT6. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar ACAA1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar ACAA1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar DCN. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar DCN. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar SOCS2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar SOCS2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar EFEMP2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar EFEMP2.
En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 2 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 2 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 3 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 3 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 4 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 4 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 5 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 5 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 6 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 6 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 7 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 7 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 8 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 8 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 9 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 9 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 10 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 10 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 15 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación de RT-PCR de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación de RT-PCR de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación de micromatrices de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación de micromatrices de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación basada en anticuerpos de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación basada en anticuerpos de desde 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit tiene reactivos para detectar biomarcadores diferentes además de uno o más de los enumerados en la tabla 1. En un aspecto, el kit tiene medios para detectar biomarcadores diferentes además de los 1 a 20 de los enumerados en la tabla 1. En un aspecto, el kit tiene reactivos para PCR múltiple de desde 2 a 20 marcadores de la tabla 1. En un aspecto, el kit tiene medios para PCR múltiple de desde 2 a 20 marcadores de la tabla 1.
En algunos aspectos, el kit tiene un dispositivo para obtener una muestra para análisis. En un aspecto, el dispositivo es un Pipelle. En otro aspecto, es dispositivo es como se describe en la patente de EE. UU. N.º 7.207.951, concedida el 24 de abril de 2007.
En otro aspecto, el dispositivo es de legrado. En otro aspecto, el dispositivo es un cepillo. Un ejemplo de un dispositivo de cepillo es el cepillo Tao.
En algunos aspectos, el kit tiene un agente para estabilizar las muestras obtenidas de la paciente. Por ejemplo, en un aspecto específico, el agente es un tampón para estabilizar la muestra obtenida de la paciente que comprende una solución que conserva el ARN. En otro aspecto, el agente es útil para estabilizar muestras de sangre o suero.
Anticuerpos de diagnóstico para los biomarcadores de la tabla 1
Los anticuerpos de diagnóstico para uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 (también denominados una proteína diana) para usos de diagnóstico se pueden obtener de varias formas. Además, los anticuerpos para algunos de los biomarcadores de la tabla 1 están comercialmente disponibles o se describen en la literatura. Estos anticuerpos conocidos se pueden usar en los procedimientos de la invención y/o como la base de la fabricación de nuevos anticuerpos. Se pueden usar técnicas de presentación en fagos para generar anticuerpos para uno o más de los biomarcadores de la tabla 1. Se pueden usar tecnologías de hibridoma estándar para generar anticuerpos para uno o más de los biomarcadores de la tabla 1. Los anticuerpos para algunos de los biomarcadores de la tabla 1 son conocidos en la técnica, véanse los ejemplos. En algunos aspectos, el anticuerpo para uno o más de los biomarcadores de la tabla 1 se deriva de una fuente animal (por ejemplo, ratón, rata, o conejo).
Anticuerpos policlonales
Los anticuerpos de proteínas diana pueden comprender anticuerpos policlonales. Los procedimientos de preparación de anticuerpos policlonales son conocidos para el experto. Los anticuerpos policlonales se pueden aumentar en un mamífero, por ejemplo, por una o más inyecciones de un agente inmunizante y, si se desea, un coadyuvante. Típicamente, el agente inmunizante y/o coadyuvante se inyectará en el mamífero por múltiples inyecciones subcutáneas o intraperitoneales. El agente inmunizante puede incluir el polipéptido de proteína diana (o fragmento del mismo) o una proteína de fusión del mismo. Puede que sea útil conjugar el agente inmunizante a una proteína
conocida por ser inmunógena en el mamífero que se está inmunizando. Los ejemplos de dichas proteínas inmunógenas incluyen pero no se limitan a hemocianina de lapa californiana, seroalbúmina, tiroglobulina bovina, e inhibidor de tripsina de la soja. Los ejemplos de coadyuvantes que se pueden emplear incluyen coadyuvante completo de Freund y coadyuvante M PL-TDM (monofosforil lípido A, dicorinomicolato de trehalosa sintético). El protocolo de inmunización se puede seleccionar por un experto en la técnica sin experimentación indebida.
Anticuerpos monoclonales
Los anticuerpos de proteína diana pueden ser, de forma alternativa, anticuerpos monoclonales. Los anticuerpos monoclonales se pueden preparar usando procedimientos de hibridoma, tales como los descritos por Kohler y Milstein (1975) Nature 256:495. En un procedimiento de hibridoma, un ratón, hámster, u otro animal huésped apropiado, se inmuniza típicamente con un agente inmunizante para provocar linfocitos que producen o que pueden producir anticuerpos que se unirán específicamente al agente inmunizante. De forma alternativa, los linfocitos se pueden inmunizar in vitro.
Típicamente, el agente inmunizante incluirá el polipéptido de proteína diana (o fragmento del mismo) o una proteína de fusión del mismo. En general, se usan linfocitos de sangre periférica ("PBL") si se desean células de origen humano, o bien se usan células del bazo o células de ganglios linfáticos si se desean fuentes de mamífero no humano. A continuación, los linfocitos se fusionan con una línea celular inmortalizada usando un agente de fusión adecuado, tal como polietilenglicol, para formar una célula de hibridoma (Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) p. 59-103). Las líneas celulares inmortalizadas se transforman normalmente en célula de mamífero, en particular en células de mieloma de origen roedor, bovino y humano. Normalmente, se emplean líneas celulares de mieloma de rata o ratón. Las células de hibridoma se pueden cultivar en un medio de cultivo adecuado que contiene preferentemente una o más sustancias que inhiben el crecimiento o la supervivencia de las células inmortalizadas, no fusionadas. Por ejemplo, si las células originales carecen de la enzima hipoxantina guanina fosforibosiltransferasa (HGPRT o HPRT), el medio de cultivo para los hibridomas incluirá típicamente hipoxantina, aminopterina y timidina ("medio HAT"), sustancias que impiden el crecimiento de células deficitarias en HGPRT.
Las líneas celulares inmortalizadas preferentes son las que se fusionan eficazmente, soportan una expresión de alto nivel estable de anticuerpo por las células productoras de anticuerpo seleccionadas y son sensibles a un medio tal como el medio HAT. Las líneas celulares inmortalizadas más preferentes son líneas de mieloma murino, que se pueden obtener, por ejemplo, del Salk Institute Cell Distribution Center, San Diego, Calif. y del American Type Culture Collection, Manassas, Va. También se han descrito líneas celulares de mieloma humano y heteromieloma humano y de ratón para la producción de anticuerpos monoclonales humanos (Kozbor (1984) J. Immunol. 133:3001; Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) p. 51-63).
A continuación, el medio de cultivo en el que se cultivan las células de hibridoma se puede someter a ensayo para determinar la presencia de anticuerpos monoclonales dirigidos contra la proteína diana. Preferentemente, se determina la especificidad de unión de anticuerpos monoclonales producidos por células de hibridoma por inmunoprecipitación o por un ensayo de unión in vitro, tal como radioinmunoensayo (RIA) o enzimoinmunoanálisis de adsorción (ELISA). Dichas técnicas y ensayos son conocidos en la técnica. La afinidad de unión del anticuerpo monoclonal se puede determinar, por ejemplo, por el análisis de Scatchard de Munson y Pollard (1980) Anal. Biochem.
107:220.
Después que se identifican las células de hibridoma deseadas, se pueden subclonar los clones por procedimientos de dilución limitantes y se pueden hacer crecer por procedimientos estándar [Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) p. 59-103]. Los medios de cultivo adecuados para este propósito incluyen, por ejemplo, medio Eagle modificado de Dulbecco y medio RPMI-1640. De forma alternativa, las células de hibridoma se pueden hacer crecer in vivo como ascitis en un mamífero.
Los anticuerpos monoclonales secretados por los subclones se pueden aislar o purificar del medio de cultivo o líquido ascítico por procedimientos de purificación de inmunoglobulina convencionales, tales como, por ejemplo, proteína A-Sepharosa, cromatografía de hidroxilapatita, electroforesis en gel, diálisis, o cromatografía de afinidad.
Los anticuerpos monoclonales también se pueden fabricar por procedimientos de ADN recombinante, tales como los descritos en la patente de los EE. UU. N.º 4.816.567. El ADN que codifica los anticuerpos monoclonales se aísla y se secuencia fácilmente usando procedimientos convencionales (por ejemplo, usando sondas oligonucleotídicas que pueden unirse específicamente a genes que codifican las cadenas pesadas y ligeras de anticuerpos murinos). Las células de hibridoma sirven como una fuente preferente de dicho ADN. Una vez aislado, el ADN se puede situar en vectores de expresión, que después se transfectan en células huésped tales como células COS de simio, células de ovario de hámster chino (CHO), o células de mieloma que no producen de otro modo proteína inmunoglobulina, para obtener la síntesis de anticuerpos monoclonales en las células huésped recombinantes. El ADN también se puede modificar, por ejemplo, sustituyendo la secuencia codificante para dominios constantes de cadena pesada y ligera humanos en lugar de las secuencias murinas homólogas [patente de los EE. UU. N.º 4.816.567; Morrison et al., supra]
o uniendo covalentemente a la secuencia codificante de inmunoglobulina toda o parte de la secuencia codificante para un polipéptido no inmunoglobulínico. Un polipéptido no inmunoglobulínico de este tipo se puede sustituir por los dominios constantes de un anticuerpo o se puede sustituir por los dominios variables de un sitio de combinación de
antígeno de un anticuerpo para crear un anticuerpo bivalente quimérico.
Los anticuerpos pueden ser anticuerpos monovalentes. Los procedimientos para preparar anticuerpos monovalentes son bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, un procedimiento implica la expresión recombinante de la cadena pesada modificada y la cadena ligera de inmunoglobulina. En general, la cadena pesada se trunca en cualquier punto en la región Fc para evitar la reticulación de las cadenas pesadas. De forma alternativa, los residuos de cisteína relevantes se sustituyen con otro residuo aminoacídico o se eliminan para evitar la reticulación.
Los procedimientos in vitro también son adecuados para preparar anticuerpos monovalentes. La digestión de anticuerpos para producir fragmentos de los mismos, en particular fragmentos Fab, se puede lograr usando técnicas rutinarias conocidas en la técnica.
Presentación en fagos
Los anticuerpos para los biomarcadores de la invención también se pueden preparar usando colecciones combinatorias para someter a cribado clones de anticuerpos sintéticos con la actividad o actividades deseadas. En principio, se seleccionan clones de anticuerpos sintéticos cribando colecciones de fagos que contienen fagos que presentan varios fragmentos de la región variable del anticuerpo (Fv) fusionados a la proteína de cubierta del fago. Dichas colecciones de fagos se seleccionar por cromatografía de afinidad frente al antígeno deseado. Los clones que expresan los fragmentos Fv que se pueden unir al antígeno deseado se adsorben al antígeno y, por tanto, se separan de los clones que no se unen en la colección. A continuación, los clones de unión se eluyen del antígeno, y se pueden enriquecer además por ciclos adicionales de adsorción/elución de antígeno. Los anticuerpos para los biomarcadores de la invención se pueden obtener diseñando un procedimiento de cribado de antígeno adecuado para seleccionar el clon del fago de interés seguido de la construcción de un clon de anticuerpo de longitud completa usando secuencias de Fv del clon del fago de interés y secuencias de la región constante (Fc) adecuadas descritas en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, quinta edición, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vol. 1-3.
Conjugados de anticuerpos
Los anticuerpos divulgados (y fragmentos de los mismos) se pueden conjugar a moléculas para propósitos de diagnóstico. Por ejemplo, un anticuerpo para un biomarcador de la tabla 1 se puede conjugar a una etiqueta detectable (por ejemplo, para propósitos de formación de imágenes) para diagnosticar o detectar cáncer endometrial. Los marcadores detectables adecuados incluyen, pero no se limitan a, un radioisótopo, una nanopartícula, un compuesto fluorescente, un compuesto bioluminescente, compuesto quimioluminiscente, un quelante metálico o una enzima. Las técnicas para conjugar agentes de diagnóstico con anticuerpos son bien conocidas (Holmes et al. (2001) Curr Protoc Cytom. Mayo; Capítulo 4:Unidad 4.2; Kumar et al (2008) ACS Nano. Mar;2(3):449-56; Rosenthal et al. (2006) Laryngoscope Sep;116(9):1636-41). Adicionalmente, están comercialmente disponibles kits para conjugar agentes a anticuerpos de diagnóstico.
Datos e información
En un aspecto, se divulgan procedimientos para comparar y compilar datos, en los que los datos se almacenan en formato electrónico o impreso. El formato electrónico se puede seleccionar del grupo que consiste en correo electrónico, disco, disco compacto (CD), disco versátil digital (DVD), tarjeta de memoria, microprocesador de memoria, ROM o RAM, disco óptico magnético, cinta, video, videoclip, microfilme, Internet, red compartida, servidor compartido y similares; en el que los datos se visualizan, se transmiten o se analizan por medio de una transmisión electrónica, visualización de video, telecomunicación, o usando cualquiera de los formatos almacenados anteriores; en el que los datos se comparan y se compilan en el sitio de los especímenes de muestreo o en un lugar en el que los datos se transportan siguiendo un procedimiento como se describe anteriormente. Los datos son información relativa a los resultados del análisis de los biomarcadores de la tabla 1.
Los biomarcadores, reactivos, objetivos, ensayos, pruebas, consultas y metodologías descritos en el presente documento se pueden emplear en una variedad de contextos, incluyendo descubrimiento del diagnóstico, desarrollo del diagnóstico, seguimiento con seguridad y eficacia, estudios comparativos, comercialización y similares. La información proporcionada por la invención se puede comunicar a reguladores, médicos y otros profesionales sanitarios, fabricantes, propietarios, inversores, pacientes, y/o a la población general. Esta información y similares se pueden usar en investigación preparatoria, ámbitos preclínicos y clínicos, etiquetado, producción, publicidad y ventas, por ejemplo.
Definiciones
Como se usa en el presente documento un "biomarcador ACAA1" se refiere a un "ácido nucleico de ACAA1" o una "proteína de ACAA1" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de ACAA1 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen ACAA1 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de ACAA1 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de ACAA1. Una proteína de ACAA1 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada
o expresada por el gen ACAA1. Los ejemplos de biomarcadores ACAA1 se dan en los ejemplos así como algunos
reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de ACAA1.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador AP1M2" se refiere a un "ácido nucleico de AP1M2" o una "proteína de AP1M2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de AP1M2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen AP1M2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de AP1M2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de AP1M2. Una proteína de AP1M2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada
o expresada por el gen AP1M2. Los ejemplos de biomarcadores AP1M2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de AP1M2.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador CGN" se refiere a un "ácido nucleico de CGN" o una "proteína de CGN" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de CGN puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen CGN humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de CGN puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de CGN. Una proteína de CGN se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen CGN. Los ejemplos de biomarcadores CGN se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de CGN.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador DDR1" se refiere a un "ácido nucleico de DDR1" o una "proteína de DDR1" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de DDR1 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen DDR1 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de DDR1 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de DDR1. Una proteína de DDR1 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen DDR1. Los ejemplos de biomarcadores DDR1 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de DDR1.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador EPS8L2" se refiere a un "ácido nucleico de EPS8L2" o una "proteína de EPS8L2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de EPS8L2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen EPS8L2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de EPS8L2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de EPS8L2. Una proteína de EPS8L2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen EPS8L2. Los ejemplos de biomarcadores EPS8L2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de EPS8L2.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador FASTKD1" se refiere a un "ácido nucleico de FASTKD1" o una "proteína de FASTKD1" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de FASTKD1 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen FASTKD1 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de FASTKD1 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de FASTKD1. Una proteína de FASTKD1 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen FASTKD1. Los ejemplos de biomarcadores FASTKD1 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de FASTKD1.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador GMIP" se refiere a un "ácido nucleico de GMIP" o una "proteína de GMIP" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de GMIP puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen GMIP humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de GMIP puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de GMIP. Una proteína de GMIP se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen GMIP. Los ejemplos de biomarcadores GMIP se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de GMIP.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador IKBKE" se refiere a un "ácido nucleico de IKBKE" o una "proteína de IKBKE" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de IKBKE puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen IKBKE humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de IKBKE puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de IKBKE. Una proteína de IKBKE se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen IKBKE. Los ejemplos de biomarcadores IKBKE se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de IKBKE.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador P2RX4" se refiere a un "ácido nucleico de P2RX4" o una "proteína de P2RX4" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de P2RX4 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen P2RX4 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de P2RX4 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de P2RX4. Una proteína de P2RX4 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen P2RX4. Los ejemplos de biomarcadores P2RX4 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de P2RX4.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador P4HB" se refiere a un "ácido nucleico de P4HB" o una "proteína de P4HB" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de P4HB puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen P4HB humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de P4HB puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de P4HB. Una proteína de P4HB se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen P4HB. Los ejemplos de biomarcadores P4HB se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de P4HB.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador PHKG2" se refiere a un "ácido nucleico de PHKG2" o una "proteína de PHKG2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de PHKG2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen PHKG2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de PHKG2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de PHKG2. Una proteína de PHKG2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada
o expresada por el gen PHKG2. Los ejemplos de biomarcadores PHKG2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de PHKG2.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador PPFIBP2" se refiere a un "ácido nucleico de biomarcador PPFIBP2" o una "proteína de biomarcador PPFIBP2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de biomarcador PPFIBP2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen biomarcador PPFIBP2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de biomarcador biomarcador PPFIBP2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de biomarcador PPFIBP2. Una proteína de biomarcador biomarcador PPFIBP2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen biomarcador biomarcador PPFIBP2. Los ejemplos de biomarcadores de biomarcador biomarcador PPFIBP2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de biomarcador biomarcador PPFIBP2.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador PPP1R16A" se refiere a un "ácido nucleico de PPP1R16A" o una "proteína de PPP1R16A" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de PPP1R16A puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen PPP1R16A humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de PPP1R16A puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de PPP1R16A. Una proteína de PPP1R16A se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen PPP1R16A. Los ejemplos de biomarcadores PPP1R16A se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de PPP1R16A.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador TJP3" se refiere a un "ácido nucleico de TJP3" o una "proteína de TJP3" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de TJP3 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen TJP3 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de TJP3 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de TJP3. Una proteína de TJP3 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen TJP3. Los ejemplos de biomarcadores TJP3 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de TJP3.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador RASSF7" se refiere a un "ácido nucleico de RASSF7" o una "proteína de RASSF7" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de RASSF7 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen RASSF7 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de RASSF7 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de RASSF7. Una proteína de RASSF7 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen RASSF7. Los ejemplos de biomarcadores RASSF7 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de RASSF7.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador RNF183" se refiere a un "ácido nucleico de RNF183" o una "proteína de RNF183" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de RNF183 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen RNF183 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de RNF183 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de RNF183. Una proteína de RNF183 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen RNF183. Los ejemplos de biomarcadores RNF183 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de RNF183.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador SIRT6" se refiere a un "ácido nucleico de SIRT6" o una "proteína de SIRT6" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de SIRT6 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen SIRT6 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de SIRT6 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de SIRT6. Una proteína de SIRT6 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen SIRT6. Los ejemplos de biomarcadores SIRT6 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de SIRT6.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador DCN" se refiere a un "ácido nucleico de DCN" o una "proteína de DCN" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de DCN puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen DCN humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de DCN puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de DCN. Una proteína de DCN se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen DCN. Los ejemplos de biomarcadores DCN se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de DCN.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador SOCS2" se refiere a un "ácido nucleico de SOCS2" o una "proteína de SOCS2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de SOCS2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen SOCS2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de SOCS2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de SOCS2. Una proteína de SOCS2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada
o expresada por el gen SOCS2. Los ejemplos de biomarcadores SOCS2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de SOCS2.
Como se usa en el presente documento un "biomarcador EFEMP2" se refiere a un "ácido nucleico de EFEMP2" o una "proteína de EFEMP2" que se puede detectar específicamente. Un ácido nucleico de EFEMP2 puede ser una molécula de ARN, una molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen EFEMP2 humano o un fragmento del mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de EFEMP2 puede ser un ADNc, o fragmento del mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de EFEMP2. Una proteína de EFEMP2 se refiere a una proteína (o fragmento de la misma) codificada o expresada por el gen EFEMP2. Los ejemplos de biomarcadores EFEMP2 se dan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores, ácidos nucleicos, y proteínas de EFEMP2.
Como se usa en el presente documento, el término "sensibilidad" se refiere a la proporción de sujetos positivos en la prueba de referencia (enfermos) que dieron positivo con la prueba de cribado.
Como se usa en el presente documento, el término "especificidad" se refiere a la proporción de sujetos negativos en la prueba de referencia (sanos) que dieron negativo con la prueba de cribado.
Como se usa en el presente documento, el término "fase secretora" se refiere a una fase del ciclo menstrual que es distinguible de las otras fases del ciclo menstrual usando procedimientos estándar en la técnica, por ejemplo, examen patológico de tejido obtenido del endometrio o útero. La fase secretora está asociada con hemorragia (menstruación).
Como se usa en el presente documento, el término "ROC" o "curva de eficacia diagnóstica (receiver operator characteristic)" se refiere a una representación gráfica de la sensibilidad frente a (1-especificidad) o en otras palabras, una representación de una tasa de positivos verdaderos frente a la fracción de positivos falsos. El área bajo la curva ROC, o AUROC, puede variar de 0 a 1. Un área bajo la curva ROC de 1 es una separación de grupos o prueba perfecta, mientras que un área bajo la curva ROC de 0,5 indica que el clasificador no puede separar, esencialmente, los grupos y, por tanto, no es útil.
Un "cáncer" en un animal se refiere a la presencia de células que poseen características típicas de células cancerígenas, por ejemplo, proliferación incontrolada, pérdida de funciones especializadas, inmortalidad, potencial metastásico significativo, incremento significativo en la actividad antiapoptósica, tasa de crecimiento y proliferación rápidas, y determinados marcadores celulares y de morfología característicos.
La expresión "detectar un cáncer" o "diagnosticar un cáncer" se refiere a determinar la presencia o ausencia de cáncer
o una afección precancerosa en un animal. "Detectar un cáncer" también se puede referir a obtener pruebas relacionadas con la probabilidad de la presencia de células precancerosas o cancerosas en el animal o evaluar la predisposición de un paciente al desarrollo de un cáncer. Detectar un cáncer se puede lograr usando los procedimientos de la presente invención solos, en combinación con otros procedimientos, o en vista de otra información relacionada con el estado de salud del animal.
Un "tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a todo crecimiento y proliferación celular neoplásico, ya sea maligno o benigno, y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos.
El término "precanceroso" se refiere a células o tejidos que tienen características relacionadas con cambios que pueden dar lugar a neoplasia maligna o cáncer.
En general, un "gen" es una región en el genoma que puede transcribirse a un ARN que tiene una función reguladora, una función catalítica y/o bien codifica una proteína. Típicamente, un gen eucariota tiene intrones y exones, que se pueden organizar para producir diferentes variantes de ayuste en el ARN que codifica versiones alternativas de una proteína madura. El experto en la técnica apreciará que la presente invención engloba todos los transcritos codificantes que se pueden encontrar, incluyendo variantes de ayuste, variantes alélicas y transcritos que se producen debido a sitios promotores alternativos o sitios de poliadenilación alternativos de los biomarcadores enumerados en la tabla 1. Un ARN o gen "de longitud completa", por tanto, engloba cualquiera de las variantes de ayuste naturales, variantes alélicas, otros transcritos alternativos, variantes de ayuste generadas por tecnologías recombinantes que
llevan la misma función que las variantes naturales, y las moléculas de ARN resultantes. Un "fragmento" de un gen, incluyendo un oncogén, puede ser cualquier porción del gen, que puede o no representar un dominio funcional, por ejemplo, un dominio catalítico, un dominio de unión a ADN, etc. Preferentemente, un fragmento puede incluir secuencias de nucleótidos que codifican al menos 25 aminoácidos contiguos, y preferentemente al menos aproximadamente 30, 40, 50, 60, 65, 70, 75 o más aminoácidos contiguos o cualquier número entero alrededor de los mismos o entre los mismos. En algunos aspectos , el experto reconoce que el término gen se usa de manera intercambiable con el término "locus", que se refiere de forma más genérica a una región de ADN genómico independientemente de si codifica ARN, proteína, o un elemento regulador.
Un "transcrito de gen expresado de manera diferencial", como se usa en el presente documento, se refiere a un transcrito, de gen, que se encuentra en un nivel diferente en diferentes tipos de células o tejidos de un organismo que tiene un tumor o cáncer, en comparación con el nivel o estado del transcrito de gen encontrado en las células del mismo tejido en un organismo sano, o en las células del mismo tejido en el mismo organismo. Se pueden encontrar múltiples copias de transcritos de gen en un organismo que tiene el tumor o cáncer, mientras que se encuentran menos copias del mismo transcrito de gen en un organismo sano o células sanas del mismo tejido en el mismo organismo, o viceversa para genes subexpresados. En general, los transcritos expresados de manera diferencial son los que, cuando se miden en una muestra afectada o una muestra de una paciente afectada, tienen un nivel de expresión detectablemente diferente en comparación con un valor de control que es representativo de una muestra no afectada o una muestra de una paciente no afectada. Los ejemplos de expresión diferencial incluyen un cambio del 10 % o más, 20 % o más 30 % o más, 40 % o más, o 50 % o más en afectada en comparación con no afectada.
Como se usa en el presente documento, el término "polipéptido" quiere decir una secuencia de aminoácidos unida entre sí por enlaces peptídicos. La secuencia de aminoácidos del polipéptido se puede determinar por la secuencia de las bases de ADN que codifican los aminoácidos de la cadena polipeptídica. Los polipéptidos descritos en el presente documento incluyen, pero no se limitan a, proteínas completas, fragmentos de proteínas completas, epítopos de proteínas, etc. Como se usa en el presente documento, el término polipéptido, péptido, y proteína se refieren a una molécula que tiene dos o más residuos aminoacídicos (naturales o no naturales) unidos entre sí con uno o más enlaces peptídicos.
Un "gen expresado de manera diferencial" puede ser un gen diana, identificador o de ruta. Por ejemplo, un "gen identificador", como se usa en el presente documento, se refiere a un gen expresado de manera diferencial con un patrón de expresión que se puede usar como marcador de pronóstico o diagnóstico para la evaluación de tumores y cánceres, o que se puede usar para identificar compuestos útiles para el tratamiento de tumores y cánceres, por ejemplo, cáncer endometrial. Los genes identificadores pueden ser uno o más genes (o biomarcadores correspondientes, por ejemplo, proteína) correspondientes a los biomarcadores de la tabla 1.
Un "patrón de identificación genética", como se usa en el presente documento, se refiere a un patrón generado cuando se determina el patrón de expresión de una serie (que puede variar de dos hasta todos los genes identificadores que existen para un estado dado) de genes identificadores. Un patrón de identificación genética también se puede denominar "perfil". Un patrón de identificación genética o perfil de expresión que tiene de 1 a 20 de los biomarcadores de la tabla 1 se puede usar en los mismos procedimientos de diagnóstico, pronóstico y procedimientos divulgados.
Los "genes de ruta", como se usa en el presente documento, son genes que codifican proteínas o polipéptidos que interaccionan con otros productos génicos implicados en tumores y cánceres. Los genes de ruta también pueden presentar características de genes diana y/o genes identificadores.
Un nivel de expresión de ARN "detectable", como se usa en el presente documento, quiere decir un nivel que es detectable por técnicas estándar actualmente conocidas en la técnica o las que se convertirán en estándar en algún momento futuro, e incluyen, por ejemplo, presentación diferencial, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) acoplada a RT (transcriptasa inversa), transferencia Northern, y/o análisis de protección de RNasa.
Las moléculas de ácido nucleico, como se define en el presente documento, por ejemplo, las correspondientes a P4HB
o más biomarcadores de la tabla 1, y sus subsecuencias/transcritos alternativos, se pueden insertar en un vector, como se describe a continuación, lo que facilitará la expresión de la inserción. Las moléculas de ácido nucleico y los polipéptidos que codifican se pueden usar directamente como agentes de diagnóstico, o se pueden usar (directamente en el caso del polipéptido o indirectamente en el caso de una molécula de ácido nucleico) para generar anticuerpos que, a su vez, son clínicamente útiles como agente de diagnóstico. En consecuencia, los vectores que contienen los ácidos nucleicos, como se define en el presente documento, las células transfectadas con estos vectores, los polipéptidos expresados, y anticuerpos generados frente al polipéptido completo o bien un fragmento antigénico del mismo, están entre los aspectos de la divulgación.
Una "molécula de ADN aislada" es un fragmento de ADN que se ha separado del ADN cromosómico o genómico de un organismo. El aislamiento también se define para connotar un grado de separación de la fuente original o del entorno.
"ADN complementario" (ADNc), a menudo de denomina "ADN de copia", es una molécula de ADN monocatenario que se forma a partir de un molde de ARNm por la enzima transcriptasa inversa. Los expertos en la técnica también usan el término "ADNc" para hacer referencia a una molécula de ADN bicatenario que comprende una molécula de ADN
monocatenario de este tipo y su hebra de ADN de complemento.
El término "expresión" se refiere a la biosíntesis de un producto génico.
Un "vector de clonación" es una molécula de ácido nucleico, por ejemplo, un plásmido, cósmido o bacteriófago, que tiene la capacidad de duplicarse de forma autónoma en una célula huésped. Típicamente los vectores de clonación contienen (i) uno o un pequeño número de sitios de reconocimiento de endonucleasa de restricción en los que se puede insertar secuencias de ADN exógeno de una forma determinable sin pérdida de ninguna función biológica esencial del vector, y (ii) un gen marcador que sea adecuado para su uso en la identificación y selección de células transformadas o transfectadas con el vector de clonación. Los genes marcadores incluyen, pero no se limitan a, genes que proporcionan resistencia a tetraciclina o resistencia a ampicillina.
Un "vector de expresión" es una construcción de ácido nucleico, generada de forma recombinante o sintética, que lleva una serie de elementos de ácido nucleico especificados que permiten la transcripción de un gen particular en una célula huésped. Típicamente, la expresión génica se sitúa bajo el control de determinados elementos reguladores, incluyendo promotores constitutivos o inducibles, elementos reguladores preferentes de tejido, y potenciadores.
Un "huésped recombinante" puede ser cualquier célula procariota o eucariota que contenga un vector de clonación o bien un vector de expresión. Este término también incluye las células procariotas o eucariotas que se han genomanipulado para contener el/los gen(es) clonado(s) en el cromosoma o genoma de la célula huésped.
El término "operativamente ligado" se usa para describir la conexión entre elementos reguladores y un gen o su región codificante. Esto es, típicamente la expresión génica se sitúa bajo el control de determinados elementos reguladores, incluyendo promotores constitutivos o inducibles, elementos reguladores específicos de tejido, y potenciadores. Se dice que un gen o región codificante de este tipo está "ligado de forma funcional a" o "ligado funcionalmente a" o "asociado de forma funcional con" los elementos reguladores, queriendo decir que el gen o región codificante está controlado o influenciado por el elemento regulador.
"Homología de secuencia" se usa para describir las relaciones de secuencia entre dos o más ácidos nucleicos, polinucleótidos, proteínas, o polipéptidos, y se entiende en el contexto de y conjuntamente con los términos que incluyen: (a) secuencia de referencia, (b) ventana de comparación, (c) identidad de secuencia, (d) porcentaje de identidad de secuencia, e (e) "homólogo" o identidad sustancial.
Una "secuencia de referencia" es una secuencia definida usada como base para una comparación de secuencias. Una secuencia de referencia puede ser un subconjunto de o la totalidad de una secuencia especificada; por ejemplo, un segmento de una secuencia del gen o ADNc de longitud completa, la secuencia del gen o ADNc completa. Para polipéptidos, la longitud de la secuencia polipeptídica de referencia se puede elegir de al menos aproximadamente 16 aminoácidos, al menos aproximadamente 20 aminoácidos, al menos aproximadamente 25 aminoácidos, y aproximadamente 35 aminoácidos, aproximadamente 50 aminoácidos, o aproximadamente 100 aminoácidos. Para ácidos nucleicos, la longitud de la secuencia de ácido nucleico de referencia se puede elegir de al menos aproximadamente 50 nucleótidos, al menos aproximadamente 60 nucleótidos, al menos aproximadamente 75 nucleótidos, y aproximadamente 100 nucleótidos o aproximadamente 300 nucleótidos o cualquier número entero alrededor de los mismos o entre los mismos.
Una "ventana de comparación" incluye la referencia a un segmento contiguo y especificado de una secuencia polinucleotídica, en la que la secuencia polinucleotídica se puede comparar con una secuencia de referencia y en la que la porción de la secuencia polinucleotídica en la ventana de comparación puede comprender adiciones, sustituciones o deleciones (es decir, huecos) en comparación con la secuencia de referencia (que no comprende adiciones, sustituciones o deleciones) para la alineación óptima de las dos secuencias. En general, la ventana de comparación es de al menos 20 nucleótidos contiguos de longitud, y opcionalmente puede ser de 30, 40, 50, 100, o mayor. Los expertos en la técnica entienden que para evitar una similitud equivocadamente alta con una secuencia de referencia debido a la inclusión de huecos en la secuencia polinucleotídica, típicamente se introduce una penalización por hueco y se resta del número de emparejamientos.
Los procedimientos de alineación de secuencias para su comparación son bien conocidos en la técnica. La alineación óptima de secuencias para su comparación se puede llevar a cabo por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (1981) Adv. Appl. Math., 2: 482; por el algoritmo de alineación de homología de Needleman y Wunsch (1970) J. Mol. Biol., 48: 443; por el procedimiento de búsqueda de similitud de Pearson y Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 8: 2444; por implementaciones computerizadas de estos algoritmos, incluyendo, pero sin limitarse a: CLUSTAL en el programa PC/Gene de Intelligenetics, Mountain View, Calif., GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA, y TFASTA en el Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 7 Science Dr., Madison, Wisc., USA; el programa CLUSTAL está bien descrito por Higgins y Sharp (1988) Gene 73: 237-244; Corpet et al. (1988) Nucleic Acids Research, 16:881-90; Huang, et al., Computer Applications in the Biosciences, 8:1-6, 1992; y Pearson, et al. (1994) Methods in Molecular Biology, 24:7-331. La familia de programas BLAST que se puede usar para búsquedas de similitud de bases de datos incluye: BLASTN para secuencias de consulta de nucleótidos frente a secuencias de bases de datos de nucleótidos; BLASTX para secuencias de consulta de nucleótidos frente a secuencias de bases de datos de proteínas; BLASTP para secuencias de consulta de proteínas frente a secuencias de
bases de datos de proteínas; TBLASTN para secuencias de consulta de proteínas frente a secuencias de bases de datos de nucleótidos; y TBLASTX para secuencias de consulta de nucleótidos frente a secuencias de bases de datos de nucleótidos. Véase, Current Protocols in Molecular Biology, capítulo 19, Ausubel, et al., Eds., Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York, 1995. Indudablemente, en el futuro estarán disponibles nuevas versiones de los programas anteriores o nuevos programas en conjunto, y se podrán usar con la presente invención.
A menos que se establezca de otro modo, los valores de identidad de secuencia/similitud proporcionados en el presente documento hacen referencia al valor obtenido usando el conjunto de programas BLAST 2.0, o sus sucesores, usando parámetros por defecto. Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res, 2:3389-3402. Se debe entender que los ajustes por defecto de estos parámetros se pueden cambiar fácilmente según se necesite en el futuro.
Como entenderán los expertos en la técnica, las búsquedas de BLAST asumen que las proteínas se pueden modelar como secuencias aleatorias. Sin embargo, muchas proteínas verdaderas comprenden regiones de secuencias no aleatorias que pueden ser vías homopoliméricas, repeticiones de periodo corto, o regiones enriquecidas en uno o más aminoácidos. Dichas regiones de baja complejidad pueden estar alineadas entre proteínas no relacionadas aún cuando otras regiones de la proteína sean completamente disímiles. Se pueden emplear varios programas de filtro de baja complejidad para reducir dichas alineaciones de baja complejidad. Por ejemplo, los filtros de baja complejidad SEG (Wooten y Federhen, (1993) Comput. Chem. 17:149-163) y XNU (Claverie y States (1993) Comput. Chem., 17:191-1) se pueden emplear solos o en combinación.
"Identidad de secuencia" o "identidad" en el contexto de dos secuencias de ácidos nucleicos o polipéptidos incluye la referencia a los residuos en las dos secuencias que son las mismas cuando se alinean para una correspondencia máxima sobre una ventana de comparación especificada, y puede tener en consideración adiciones, deleciones y sustituciones. Cuando se usa el porcentaje de identidad de secuencia en referencia a proteínas, se reconoce que las posiciones de los residuos que no son idénticas a menudo difieren por sustituciones de aminoácidos conservadoras, en las que los residuos aminoacídicos están sustituidos por otros residuos aminoacídicos con propiedades químicas similares (por ejemplo, carga o hidrofobicidad) y, por tanto, no cambian de forma perjudicial las propiedades funcionales de la molécula. Cuando las secuencias difieren en sustituciones conservadoras, el porcentaje de identidad de secuencia se puede ajustar al alza para corregir la naturaleza conservadora de la sustitución. Se dice que las secuencias que difieren por dichas sustituciones conservadoras tienen similitud de secuencia. Los enfoques para realizar este ajuste son bien conocidos por los expertos en la técnica. Típicamente, esto implica puntuar una sustitución conservadora como emparejamiento erróneo parcial en lugar de total, incrementando de este modo el porcentaje de identidad de secuencia. Por tanto, por ejemplo, cuando a un aminoácido idéntico se le da una puntuación de 1 y a una sustitución no conservadora se le da una puntuación de cero, a una sustitución conservadora se le da una puntuación entre cero y 1. La puntuación de las sustituciones conservadoras se calcula, por ejemplo, de acuerdo con el algoritmo de Meyers y Miller (1988) Computer Applic. Biol. Sci., 4: 11-17, por ejemplo, implementado en el programa PC/GENE (Intelligenetics, Mountain View, Calif., EE. UU.).
"Porcentaje de identidad de secuencia" quiere decir el valor determinado comparando dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, en el que la porción de la secuencia polinucleotídica en la ventana de comparación puede comprender adiciones, sustituciones, o deleciones (es decir, huecos) en comparación con la secuencia de referencia (que no comprende adiciones, sustituciones, o deleciones) para una alineación óptima de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando el número de posiciones a las que se produce el residuo aminoacídico o base de ácido nucleico idéntico en ambas secuencias para proporcionar el número de posiciones emparejadas, dividiendo el número de posiciones emparejadas entre el número total de posiciones en la ventana de comparación y multiplicando el resultado por 100 para proporcionar el porcentaje de identidad de secuencia.
El término "identidad sustancial" u "homólogo" en sus diferentes formas gramaticales en el contexto de polinucleótidos quiere decir que un polinucleótido comprende una secuencia que tiene una identidad deseada, por ejemplo, una identidad al menos del 60 %, preferentemente una identidad de secuencia al menos del 70 %, más preferentemente al menos del 80 %, incluso más preferentemente al menos del 90 % y aún más preferentemente al menos del 95 %, en comparación con una secuencia de referencia usando uno de los programas de alineación descritos usando parámetros estándar. Un experto reconocerá que estos valores se pueden ajustar apropiadamente para determinar la correspondiente identidad de las proteínas codificadas por dos secuencias de nucleótidos teniendo en cuenta la redundancia de codones, similitud de aminoácidos, posición del marco de lectura y similares. La identidad sustancial de las secuencias de aminoácidos para estos propósitos normalmente quiere decir la identidad de secuencia de al menos el 60 %, más preferentemente al menos el 70 %, 80 %, 90 %, y aún más preferentemente al menos el 95 %.
Otro indicio de que las secuencias de nucleótidos son sustancialmente idénticas es si dos moléculas hibridan entre sí bajo condiciones restrictivas. Sin embargo, los ácidos nucleicos que no hibridan entre sí bajo condiciones restrictivas aún son sustancialmente idénticos si los polipéptidos que codifican son sustancialmente idénticos. Esto se puede producir, por ejemplo, cuando se crea una copia de un ácido nucleico usando la redundancia de codones máxima permitida por el código genético. Un indicio de que dos secuencias de ácidos nucleicos son sustancialmente idénticas es que el polipéptido que codifica el primer ácido nucleico presenta reacción inmunológicamente cruzada con el polipéptido codificado por el segundo ácido nucleico, aunque no se requiere dicha reactividad cruzada para dos polipéptidos que se considera que son sustancialmente idénticos.
El término "identidad sustancial" u "homólogo" en sus diferentes formas gramaticales en el contexto de péptidos indica que un péptido comprende una secuencia que tiene una identidad deseada, por ejemplo, una identidad al menos del 60 %, preferentemente una identidad de secuencia al menos del 70 % con una secuencia de referencia, más preferentemente una identidad de secuencia del 80 %, todavía más preferentemente del 85 %, aún más preferentemente al menos del 90 % o del 95 % con la secuencia de referencia sobre una ventana de comparación especificada. Preferentemente, la alineación óptima se lleva a cabo usando el algoritmo de alineación de homología de Needleman y Wunsch (1970) J. Mol. Biol., 48:443. Un indicio de que dos secuencias peptídicas son sustancialmente idénticas es que un péptido es inmunológicamente reactivo con anticuerpos que aumentan frente al segundo péptido, aunque no se requiere dicha reactividad cruzada para dos polipéptidos que se considera que son sustancialmente idénticos. Por tanto, un péptido es sustancialmente idéntico a un segundo péptido, por ejemplo, cuando los dos péptidos difieren sólo por una sustitución conservadora. Los péptidos que son "sustancialmente similares" comparten secuencias como se indica anteriormente excepto porque las posiciones de residuos que no son idénticas pueden diferir por cambios en aminoácidos conservadores Típicamente, las sustituciones conservadoras incluyen, pero no se limitan a, sustituciones dentro de los siguientes grupos: glicina y alanina; valina, isoleucina, y leucina; ácido aspártico y ácido glutámico; asparagina y glutamina; serina y treonina; lisina y arginina; y fenilalanina y tirosina, y otros conocidos por el experto en la técnica.
"Sujeto biológico", como se usa en el presente documento, se refiere a un objeto biológico diana obtenido, logrado, o recogido in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene o que se sospecha que contiene ácidos nucleicos o polipéptidos correspondientes a un biomarcador de la tabla 1.
"Muestra biológica", como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra obtenida de un sujeto biológico, incluyendo muestra de fluido o tejido de origen biológico, obtenida, lograda, o recogida in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene o que se sospecha que contiene ácidos nucleicos o polipéptidos correspondientes a un biomarcador de la tabla 1. Una muestra biológica también incluye muestras de una región de un sujeto biológico que contiene tejidos o células precancerosas o de cáncer. Dichas muestras pueden ser, pero no se limitan a, órganos, tejidos, fracciones y células aisladas de mamíferos incluyendo, seres humanos tales como una paciente. Las muestras biológicas también pueden incluir secciones de la muestra biológica incluyendo tejidos, por ejemplo, secciones congeladas tomadas para propósitos histológicos. Una muestra biológica, como se describe en el presente documento, puede ser: un "control" o una "muestra de control" o una "muestra de prueba". Una muestra biológica se puede obtener del útero usando prácticas clínicas empleadas comúnmente (por ejemplo, aspiración, cepillado, legrado, o histeroscopia).
Un "control" o "valor de control" se refiere a un valor representativo de un sujeto biológico sin cáncer endometrial, sano,
- o valor de información obtenida de una persona diferente o un valor normalizado, que puede estar basado en datos de valores de referencia obtenidos de una población u otras fuentes aceptables. Un control también puede hacer referencia a un nivel dado de un biomarcador de la tabla 1, representativo de la población sin cáncer endometrial, que se ha establecido previamente en base a medidas de personas sin cáncer endometrial, normales. Un control también puede ser un punto de datos de referencia en una base de datos basada en datos obtenidos de muestras de control representativas de una población sin cáncer. Además, un control se puede establecer por una edad, sexo, etnia específicos u otros parámetros demográficos. En algunos contextos, el control está implícito en la medida particular. Un valor de control o control también se puede referir a una "puntuación de control". Las puntuaciones de control pueden ser valores obtenidos de la determinación del nivel de expresión de uno o más biomarcadores de la invención. Por ejemplo, están comercialmente disponibles diferentes programas y algoritmos para generar fórmulas que proporcionen un valor de puntuación basado en la medida de los niveles de uno o más biomarcadores, que pueden indicar si es probable que una persona tenga o no una afección. En otro ejemplo, una puntuación por encima o por debajo de un determinado valor umbral puede indicar un incremento (o una disminución) en la probabilidad de tener la enfermedad. Un valor de puntuación de control puede estar basado en un único marcador o una combinación de marcadores.
Una "muestra de control" se refiere a una muestra de material biológico representativo de animales sin cáncer, sanos,
- o un sujeto biológico normal obtenido de una población sin cáncer. El nivel de un biomarcador de la tabla 1, en una muestra de control es típico de forma deseable de la población general de animales sin cáncer, normales, de la misma especie. Esta muestra se puede recoger de un animal para el propósito de usarse en los procedimientos descritos en la presente invención o bien puede ser cualquier material biológico representativos de animales sin cáncer, normales, adecuado para su uso en los procedimientos de la presente invención. Una muestra de control también se puede obtener de tejido normal del animal que tiene cáncer o que se sospecha que tiene cáncer.
Una "muestra de prueba", como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra biológica, incluyendo muestra de fluido o tejido de origen biológico, obtenida, lograda, o recogida in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene o que se sospecha que contiene ácidos nucleicos o polipéptidos correspondientes a un biomarcador de la tabla 1. Una muestra de prueba también incluye muestras biológicas que contienen tejidos o células precancerosos o de cáncer. Una muestra biológica también puede incluir secciones de la muestra biológica incluyendo tejidos, por ejemplo, secciones congeladas tomadas para propósitos histológicos.
"Proporcionar un sujeto biológico, una muestra biológica, o una muestra de prueba" quiere decir obtener un sujeto biológico in vivo, ex vivo, o in situ, incluyendo muestra de tejido o célula para su uso en los procedimientos descritos en la presente invención. Lo más a menudo, esto se realizará retirando una muestra de células de un animal, pero
también se puede lograr in vivo, ex vivo, o in situ, o usando previamente células aisladas (por ejemplo, aisladas de otra persona, en otro momento, y/o por otro propósito). La muestra también se puede obtener de fuentes tales como sangre, suero, y fluido uterino.
"Datos" incluye, pero no se limita a, información obtenida que se refiere a "muestra biológica", "muestra de prueba", "muestra de control", y/o "control", como se describe anteriormente, en los que la información se aplica en la generación de un nivel de prueba para uso diagnóstico, de prevención, de seguimiento o terapéutico. La presente invención se refiere a procedimientos para comparar y compilar datos en los que los datos se almacenan en formatos electrónicos o impresos. El formato electrónico se puede seleccionar del grupo que consiste en correo electrónico, disco, disco compacto (CD), disco versátil digital (DVD), tarjeta de memoria, microprocesador de memoria, ROM o RAM, disco óptico magnético, cinta, video, videoclip, microfilme, Internet, red compartida, servidor compartido y similares; en el que los datos se visualizan, se transmiten o se analizan por medio de una transmisión electrónica, visualización de video, telecomunicación, o usando cualquiera de los formatos almacenados anteriores; en el que los datos se comparan y se compilan en el sitio de los especímenes de muestreo o en un lugar en el que los datos se transportan siguiendo un procedimiento como se describe anteriormente.
"Sobreexpresión" de un gen o un "incremento" o "elevación" del nivel de un ribonucleótido o proteína se refiere a un nivel del gen, ribonucleótido o polipéptido que, en comparación con un nivel/valor de control del gen, ribonucleótido o polipéptido, es detectablemente mayor. Se puede llevar a cabo la comparación por análisis estadísticos sobre medidas numéricas de la expresión; o, se puede realizar a través del examen visual de los resultados experimentales por investigadores cualificados. Los ejemplos de sobreexpresión incluyen un cambio del 10 % o más, 20 % o más 30 % o más, 40 % o más, o 50 % o más en afectada en comparación con no afectada.
"Subexpresión" de un gen o una "disminución" o "reducción" del nivel de un ribonucleótido o proteína se refiere a un nivel del gen, ribonucleótido o polipéptido que, en comparación con un nivel de control del gen, ribonucleótido o polipéptido, es detectablemente menor. Se puede llevar a cabo la comparación por análisis estadísticos sobre medidas numéricas de la expresión; o, se puede realizar a través del examen visual de los resultados experimentales por investigadores cualificados. Los ejemplos de subexpresión incluyen un cambio del 10 % o más, 20 % o más 30 % o más, 40 % o más, o 50 % o más en afectada en comparación con no afectada.
Un nivel de ribonucleótido o polipéptido, que se "espera" en una muestra de control se refiere a un nivel que representa una muestra sin cáncer, típica, y de la que se puede distinguir una presencia elevada o de diagnóstico, del polipéptido
o polinucleótido. Preferentemente, un nivel "esperado" se controlará por dichos factores como la edad, sexo, antecedentes médicos, etc. del mamífero, así como por el sujeto biológico particular que se está sometido a prueba.
Los términos "aislado", "purificado" o "biológicamente puro" se refieren a un material que está libre en diferentes grados de componentes que normalmente lo acompañan como se encuentra en su estado natural. "Aislar" indica un grado de separación de la fuente original o entorno. "Purificar" indica un grado de separación que es mayor que el aislamiento. Una proteína "purificada" o "biológicamente pura" está suficientemente libre de otros materiales de modo que cualquier impureza no afecta materialmente a las propiedades biológicas de la proteína ni provoca otras consecuencias adversas. Esto es, un ácido nucleico o péptido de la presente invención se purifica si está sustancialmente libre de material celular, material vírico, o medio de cultivo cuando se produce por técnicas de ADN recombinante, o precursores químicos u otros productos químicos cuando se sintetiza químicamente. Típicamente, la pureza y la homogeneidad se determinan usando técnicas de química analítica, por ejemplo, electroforesis en gel de poliacrilamida o cromatografía líquida de alta resolución. El término "purificado" puede indicar que un ácido nucleico o una proteína da lugar esencialmente a una banda en un gel electroforético. Para una proteína que se puede someter a modificaciones, por ejemplo, fosforilación o glucosilación, diferentes modificaciones pueden dar lugar a diferentes proteínas aisladas, que se pueden purificar de forma separada. Se pueden aplicar varios niveles de pureza según sea necesario de acuerdo con la presente invención en las diferentes metodologías establecidas en el presente documento; se pueden usar los estándares de pureza habituales conocidos en la técnica si no se especifica de otro modo ningún estándar.
Una "molécula de ácido nucleico aislada" puede hacer referencia a una molécula de ácido nucleico, dependiendo de la circunstancia, que está separada de las secuencias codificantes 5’ y 3’ de genes o fragmentos de genes contiguos en el genoma natural de un organismo. El término "molécula de ácido nucleico aislada" también incluye moléculas de ácido nucleico que no son naturales, por ejemplo, moléculas de ácido nucleico creadas por técnicas de ADN recombinante.
"Ácido Nucleico" se refiere a desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos y polímeros de los mismos en forma monocatenaria o bien bicatenaria. El término engloba ácidos nucleicos que contienen análogos de nucleótidos conocidos o residuos del esqueleto modificado o engarces, que son sintéticos, naturales, y no naturales, que tienen propiedades de unión similares al ácido nucleico de referencia, y que se metabolizan de manera similar a los nucleótidos de referencia. Los ejemplos de dichos análogos incluyen, sin limitación, fosforotioatos, fosforamidatos, metilfosfonatos, metilfosfonatos quirales, 2-O-metilrribonucleótidos, y ácidos péptidonucleicos (PNA).
A menos que se indique de otro modo, una secuencia de ácido nucleico particular también engloba implícitamente de forma conservadora, variantes modificadas del mismo (por ejemplo, sustituciones de codón degenerativas) y
secuencias complementarias, así como la secuencia indicada explícitamente. Específicamente, las sustituciones de codón degenerativas se pueden lograr generando secuencias en las que la tercera posición de uno o más codones seleccionados (o todos) se sustituye con residuos de desoxiiosina y/o base mezclados adecuados (Batzer et al. (1991) Nucleic Acid Res, 19:081; Ohtsuka et al. (1985) J. Biol. Chem., 260:2600-2608; Rossolini et al. (1994) Mol. Cell Probes, 8:91-98). El término ácido nucleico se puede usar de manera intercambiable con gen, ADNc, ARNm, oligonucleótido y polinucleótido.
Una "etiqueta" o un "resto detectable" es una composición que cuando se enlaza con la molécula de ácido nucleico o proteína de interés hace que ésta sea detectable, por medios espectroscópicos, fotoquímicos, bioquímicos, inmunoquímicos, o químicos. Por ejemplo, etiquetas útiles incluyen isótopos radioactivos, perlas magnéticas, perlas metálicas, partículas coloidales, tintes fluorescentes, reactivos electrodensos, enzimas (por ejemplo, como se usa comúnmente en un ELISA), biotina, digoxigenina o haptenos. Una "sonda de ácido nucleico u oligonucleótido etiquetada" es una que se une, de forma covalente, a través de un enlazador o un enlace químico, o bien de forma no covalente, a través de enlaces iónicos, fuerzas de van der Waals, atracciones electrostáticas, interacciones hidrófobas, o enlaces de hidrógeno, a una etiqueta de modo que se puede detectar la presencia del ácido nucleico o sonda detectando la presencia de la etiqueta unida al ácido nucleico o sonda.
Como se usa en el presente documento, una "sonda de ácido nucleico u oligonucleótido" se define como un ácido nucleico que se puede unir a un ácido nucleico diana de secuencia complementaria a través de uno o más tipos de enlaces químicos, normalmente a través de emparejamiento de bases complementarias, normalmente a través de la formación de enlaces de hidrógeno. Como se usa en el presente documento, una sonda puede incluir bases naturales (es decir, A, G, C, o T) o modificadas (7-desazaguanosina, inosina, etc.). Además, las bases en una sonda se pueden unir por un engarce distinto de un enlace fosfodiéster, siempre que no interfiera excesivamente con la hibridación. Se entenderá por un experto en la técnica que las sondas se pueden unir a secuencias diana que carecen de complementariedad completa con la secuencia de la sonda dependiendo de la restricción de las condiciones de hibridación. Preferentemente, las sondas se etiquetan directamente con isótopos, por ejemplo, cromóforos, lumíforos, cromógenos, o se etiquetan indirectamente con biotina a la que después se puede unir un complejo de estreptavidina. Al someter a ensayo la presencia o ausencia de la sonda, se puede detectar la presencia o ausencia de un gen diana de interés.
La expresión "hibrida selectivamente (o específicamente) a" se refiere a la unión, duplicación, o hibridación de una molécula sólo con una secuencia de nucleótidos particular bajo condiciones de hibridación restrictivas cuando esa secuencia está presente en una mezcla compleja (por ejemplo, ADN o ARN de colección o celular total).
La frase "condiciones de hibridación restrictivas" se refiere a las condiciones bajo las que se hibridará una sonda a su secuencia complementaria diana, típicamente en una mezcla compleja de ácidos nucleicos, pero no a otras secuencias. Las condiciones restrictivas son dependientes de las secuencias y dependientes de las circunstancias; por ejemplo, las secuencias más largas se pueden hibridar con especificidad a temperaturas más altas. Una guía extensa para la hibridación de ácidos nucleicos se encuentra en Tijssen (1993) Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Probes, "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid assays". En el contexto de la presente invención, como se usa en el presente documento, el término "hibrida bajo condiciones restrictivas" pretende describir condiciones para hibridación y lavado bajo las que, típicamente permanecen hibridadas entre sí secuencias de nucleótidos homólogas entre sí al menos en un 60 %. Preferentemente, las condiciones son tales que las secuencias homólogas entre sí al menos aproximadamente en un 65 %, más preferentemente al menos aproximadamente en un 70 %, y aún más preferentemente al menos aproximadamente en un 75 % o más, típicamente permanecen hibridadas entre sí.
En general, las condiciones restrictivas se seleccionan de modo que sean aproximadamente de 5 a 10 ºC menores que el punto de fusión térmica (Tf) para la secuencia específica a una fuerza iónica y pH definidos. La Tf es la temperatura (bajo fuerza iónica, pH y concentración nucleica definidos) a la que el 50 % de las sondas complementarias a la diana se hibridan a la secuencia diana en el equilibrio (ya que las secuencias diana están presentes en exceso, a Tf, el 50 % de las sondas están ocupadas en el equilibrio). Las condiciones restrictivas serán en las que la concentración de sal sea menor de una concentración de iones de sodio de aproximadamente 1,0 M, típicamente, una concentración de iones de sodio de aproximadamente 0,01 a 1,0 M (u otras sales) a pH de 7,0 a 8,3 y la temperatura es al menos de aproximadamente 30 ºC para sondas cortas (por ejemplo, de 10 a 50 nucleótidos) y al menos de aproximadamente 60 ºC para sondas largas (por ejemplo, mayores de 50 nucleótidos). Las condiciones restrictivas también se pueden lograr con la adición de agentes desestabilizantes, por ejemplo, formamida. Para la hibridación específica o selectiva, una señal positiva es al menos dos veces la hibridación de fondo, preferentemente 10 veces la hibridación de fondo.
Las condiciones de hibridación restrictivas de ejemplo pueden ser las siguientes, por ejemplo: formamida al 50 %, 5xSSC y SDS al 1 %, incubación a 42 ºC, o 5xSSC y SDS al 1 %, incubación a 65 ºC., con lavado en 0,2xSSC y SDS al 0,1 % a 65 ºC. Las condiciones alternativas incluyen, por ejemplo, condiciones al menos tan restrictivas como hibridación a 68 ºC durante 20 horas, seguido de lavado en 2xSSC, SDS al 0,1 %, dos veces durante 30 minutos a 55 ºC y tres veces durante 15 minutos a 60 ºC. Otro conjunto alternativo de condiciones es hibridación en 6xSSC aproximadamente a 45 ºC, seguido de uno o más lavados en 0,2xSSC, SDS al 0,1 % a 50-65 ºC. Para PCR, una temperatura de aproximadamente 36 ºC es típica para amplificación de restricción baja, aunque las temperaturas de hibridación pueden variar entre aproximadamente 32 ºC y 48 ºC dependiendo de la longitud del cebador. Para una
amplificación de PCR de restricción alta, es típica una temperatura de aproximadamente 62 ºC, aunque las temperaturas de hibridación de restricción alta pueden variar de aproximadamente 50 ºC a aproximadamente 65 ºC, dependiendo de la longitud y especificidad del cebador. Las condiciones de ciclo típicas para amplificaciones de restricción tanto alta como baja incluyen una fase de desnaturalización de 90 ºC a 95 ºC durante de 30 s a 2 min., una fase de hibridación que dura de 30 s a 2 min., y una fase de extensión de aproximadamente 72 ºC durante de 1 a 2 min.
Los ácidos nucleicos que no se hibridan entre sí bajo condiciones restrictivas aún son sustancialmente idénticos si los polipéptidos que codifican son sustancialmente idénticos. Esto se produce, por ejemplo, cuando se crea una copia de un ácido nucleico usando la redundancia de codones máxima permitida por el código genético. En estos casos, típicamente, los ácidos nucleicos se hibridan bajo condiciones de hibridación moderadamente restrictivas. Las "condiciones de hibridación moderadamente restrictivas" incluyen una hibridación en un tampón de formamida al 40 %, NaCl 1 M, SDS al 1 % a 37 ºC, y un lavado en 1xSS a 45 ºC. Una hibridación positiva es al menos dos veces la hibridación de fondo. Los expertos reconocerán fácilmente que las condiciones de hibridación y lavado alternativas se pueden utilizar para proporcionar condiciones de restricción similares.
El término "gen diana" o "biomarcador diana" o "ácido nucleico diana" o "proteína diana" puede hacer referencia a un ácido nucleico (ADN y ARN) o proteína (o polipéptido) diana, (por ejemplo, correspondiente a los biomarcadores en la tabla 1) y puede incluir sus variantes polimórficas, alelos, mutantes, y homólogos entre especies que tienen (i) una homología de secuencia de nucleótidos sustancial (por ejemplo, una identidad al menos del 60 %, preferentemente una identidad de secuencia al menos del 70 %, más preferentemente al menos el 80 %, todavía más preferentemente al menos del 90 % y aún más preferentemente al menos del 95 %) con la secuencia de nucleótidos indicada en la base de datos Ensembl para el número ID indicado; o (ii) una homología de secuencia al menos del 65 % con la secuencia de aminoácidos indicada en el registro de Ensembl; o (iii) una homología de secuencia de nucleótidos sustancial (por ejemplo, una identidad al menos del 60 %, preferentemente una identidad de secuencia al menos del 70 %, más preferentemente al menos del 80 %, todavía más preferentemente al menos del 90 % y aún más preferentemente al menos del 95 %) con la secuencia de nucleótidos como se establece en el registro de Ensembl con la homología de secuencia sustancial con la secuencia de aminoácidos codificada. Como se usa en el presente documento, y a menos que se especifique de otro modo, estos términos se refieren a toda la secuencia génica, secuencia de ARNm y/o secuencia de proteína así como a fragmentos de estas secuencias. En una definición más específica, estos términos se refieren a la cantidad mínima de secuencia de ácidos nucleicos o aminoácidos que se puede usar para identificar el biomarcador de una manera específica. El experto reconoce que los genes/biomarcador diana pueden tener numerosas formas y variantes de ayuste. Cuando se hace referencia a un gen diana o locus específico por un número de referencia (por ejemplo, Entrez gene ID o Ensembl), todas las formas y variantes de ayuste están incluidas en los diversos modos de realización de la invención. El gen/biomarcador diana también puede comprender un elemento regulador. Estas secuencias son representativas de una persona particular en la población de humanos. Los humanos se diferencian entre sí en sus secuencias génicas. Estas variaciones son muy mínimas, produciéndose a veces a una frecuencia de aproximadamente 1 a 10 nucleótidos por gen. Las formas diferentes de cualquier gen particular existen dentro de la población humana. Estas formas diferentes se denominan variantes alélicas. A menudo, las variantes alélicas no cambian la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada; dichas variantes se denominan sinónimos. Aún cuando no cambian el aminoácido codificado (no sinónimo), típicamente la función de la proteína no se ve afectada. Dichos cambios son evolutiva o funcionalmente neutros. Cuando se hace referencia a un ID génico (por ejemplo, GenBank o Ensembl) en la presente solicitud, se pretende que todas las variantes alélicas estén englobadas por el término. Las secuencias de ID génica dadas para un biomarcador se proporcionan simplemente como ejemplos representativos de una secuencia humana natural. La invención no está limitada a una única forma alélica de los genes
o regiones amplificados (y proteínas que codifican).
Ejemplos
Los siguientes ejemplos se incluyen para demostrar los modos de realización preferentes de la invención. Se debe apreciar por los expertos en la técnica que las técnicas divulgadas en los ejemplos que siguen representan técnicas usadas por el inventor para el buen funcionamiento en la práctica de la invención, y por tanto, se puede considerar que constituyen modos preferentes para esta práctica.
Ejemplo 1: Identificación de biomarcadores de cáncer endometrial
Para identificar biomarcadores para predecir y/o diagnosticar el cáncer endometrial, se compararon niveles de expresión génica de cincuenta y seis tumores primarios endometriales en diversas fases de diferenciación con 10 tejidos endometriales normales (es decir, que no tienen cáncer endometrial) por una técnica de micromatrices de ADN. Esta técnica permite comprobar la expresión de todo el genoma en un tipo particular de célula, tejido, órgano, o en este caso, comprobar la expresión génica diferencial entre cáncer endometrial y tejido endometrial sano. Un chip de micromatriz contiene secuencias de ADN pequeñas dispuestas en un patrón regular con direcciones específicas para sondas, típicamente para miles de genes.
La cantidad de ARNm específicos en una muestra se puede estimar por la señal de hibridación en la matriz.
Descripción de muestra
Se obtuvieron muestras de tumor de pacientes que se sometieron a intervención quirúrgica y se obtuvo tejido de control de regiones no afectadas de tejido endometrial de las mismas pacientes. Durante la preparación de los especímenes, se tuvo cuidado al diseccionar macroscópicamente el cáncer lejos de cualquier miometrio adyacente.
Se usaron diez muestras de control (nueve de ellas se emparejaron con sus correspondientes muestras tumorales y la décima era de un endometrio atrófico) y las características básicas de las otras muestras de prueba se resumen en la tabla 3 a continuación.
Tabla 3. Muestras afectadas usadas en estudios de micromatrices
- Muestras
- Diagnóstico de muestra Grado de tumor Fase FIGO
- 1
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 2
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 3
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 4
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 5
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 6
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 7
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 8
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 9
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 10
- Carcinoma endometrioide G2 IIIa
- 11
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 12
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 13
- Carcinoma endometrioide G2 Ia
- 14
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 15
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 16
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 17
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 18
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 19
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 20
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 21
- Carcinoma endometrioide G2 IVb
- 22
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 23
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 24
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 25
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
(continuación)
- Muestras
- Diagnóstico de muestra Grado de tumor Fase FIGO
- 26
- Carcinoma endometrioide G2 Ic
- 27
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 28
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 29
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 30
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 31
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 32
- Carcinoma endometrioide G3 IIIa
- 33
- Carcinoma endometrioide G3 IIb
- 34
- Carcinoma endometrioide G3 IIb
- 35
- Carcinoma endometrioide G3 Ib
- 36
- Carcinoma endometrioide G3 IIa
- 37
- Carcinoma endometrioide G3 IIa
- 38
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 40
- HIPERPLASIA ATÍPICA
- 41
- HIPERPLASIA ATÍPICA
- 42
- HIPERPLASIA ATÍPICA
- 43
- Carcinoma seroso G3 IIIc
- 44
- Carcinoma seroso G3 IIIc
- 45
- Carcinoma seroso G3 Ib
- 46
- Carcinoma seroso G3 Ib
- 47
- Carcinoma seroso G3 IIIa
- 48
- Tipo de células claras G3 IIIc
- 49
- No diferenciado G3 IIb
- 50
- No diferenciado G3 IIIa
- 51
- Viloglandular G3 Ib
- 52
- Viloglandular G2 Ib
- 53
- Adenoescamoso G2 Ib
- 54
- Adenoescamoso G2 IIb
- 55
- Adenoescamoso G3 Ic
- 56
- Tipo mucinoso G3 IIIa
Se extrajo ARN total con el mini kit RNeasy (Qiagen, Hilden, Alemania), siguiendo las instrucciones proporcionadas por el fabricante. Se midieron la cantidad y calidad del ARN obtenido con un Nanodrop (Nandrop ND-1000, Agilent 2100 Bioanalyzer) y se desechó el ARN de baja calidad del procedimiento de hibridación de matrices.
Diseño de micromatrices
Se diseñaron micromatrices para expresión génica por el algoritmo Tetis usando la base de datos de ENSEMBL. Para las secuencias a las que no se les encontraron sondas de alta calidad, se complementó el diseño con sondas Oryzon Optimized Agilent. Se externalizó la síntesis de micromatrices de ADN a Agilent.
La matriz de expresión génica del genoma completo contiene:
- •
- 20148 sondas Oryzon High Quality de la base de datos ENSEMBL.
- •
- 5698 sondas Oryzon Tm optimized Agilent.
El número total de sondas fue de 25846.
Marcaje de ARNa
Se produjo ARNa etiquetado con Cy3 y Cy5 usando el kit MessageAmplification de Ambion (Ref: 1819 para el kit 96x o Ref: 1751 para el kit 20x). Estos kits se usan con algunas modificaciones introducidas por Oryzon Genomics. Se realizó el marcaje de ARN usando esencialmente el protocolo Eberwine (Van Gelder, 1992) comercializado por Ambion con el kit MessageAmplification (Ambion/Applied Biosystems) con modificaciones menores. Se transcribieron de forma inversa 500 ng de ARN total en presencia de oligo(dT)24, se generó la síntesis se la segunda hebra y se preparó la transcripción de este ADNds usando CTP_Cy3 o CTP_Cy5 (PerkinElmer). Se cuantificó el ARNc amplificado por Nanodrop ND-1000 y se controló la calidad del ARNc con el Agilent RNA Bionalyzer 2100.
Hibridación de micromatrices
Se realizó la hibridación de micromatrices a 60 ºC y con un tiempo de hibridación de 17 horas de acuerdo con las indicaciones de Agilent, usando juntas de Agilent (G2534-60002), cámaras de hibridación de Agilent (G2534A) y en un horno de hibridación de ADN de Agilent (G2545A). También se usan los controles de hibridación de Oryzon en el procedimiento de hibridación. En todos los análisis se incluyeron los controles para el procedimiento de hibridación correspondiente a 3 clones de ADNc de maíz (Xet, Zm42,Exp). Se usa Exp como control de espiga negativo y no se amplificó ni se etiquetó. Para Xet y Zm42 se generaron fragmentos de PCR por amplificación por PCR del vector con cebadores universales y se generó ARNc usando sistemas de transcripción in vitro (kit T7 o T3 Megascript; Ambion) con CTP_Cy3 o CTP_Cy5 (PerkinElmer). Ambos controles de espiga positivos Xet y Zm42 fueron con ambos fluoróforos Cy5 y Cy3.
Adquisición de datos
Se obtuvieron los datos sin procesar iniciales usando un escáner de micromatrices de ADN Agilent (G2505B) y el programa informático de adquisición de Agilent (Feature Extraction Software). El protocolo de extracción realizado no usa la resta del fondo, cómputo de sesgos de colorante y corrección de la proporción.
Análisis de los datos
Se incluyeron un gran número de controles en los diseños de micromatrices para el seguimiento del escáner y el rendimiento de las matrices y para controlar la homogeneidad espacial y corregir las desviaciones. De esta forma, se puede estimar el error global sobre las medidas de datos de micromatrices por el análisis de propagación de los datos de los controles.
La media del cambio múltiplo o los valores de M se puede clasificar en base a la probabilidad de que sea diferente de 0, de acuerdo con el valor absoluto de la t estadística regularizada (Baldi y Long, 2001) que usa un marco de lectura Bayesian para derivar un valor estadístico de la t de Student modificado y mejorado. Para realizar la selección basada en el cambio múltiplo, se usó la media de la distribución de M. Esta distribución se ajusta a una distribución normal y se usa un procedimiento iterativo para definir la media de los números de M que están fuera de la distribución. Se elige el punto de corte como n veces las desviaciones estándar (σ) de la media. Este procedimiento genera una media y desviación estándar consistentes y permite ajustar dinámicamente el valor de corte a la distribución de ruido de los datos. Típicamente, se seleccionaron valores con media FC>3σ o media FC<-3σ de la distribución de datos de muestra.
Se obtuvo una comparación del análisis indirecto donde se compararon los niveles de expresión de biomarcadores particulares en muestras tumorales con un conjunto de ARN de referencia, de un grupo de más de 20 líneas celulares (líneas celulares de melanoma, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer de colon, y varias no cancerosas). Se comparó el nivel de expresión de genes particulares en las muestras normales (controles) con el mismo conjunto de referencia y se generaron los cambios múltiplos de expresión finales entre tejido endometrial tumoral y normal por ordenador eliminando el conjunto de referencia.
Se seleccionaron genes candidatos como biomarcadores para cáncer endometrial en base a la sobreexpresión múltiple, valor p, y otros factores. La tabla 1 en la descripción detallada de la invención muestra 17 genes sobreexpresados y 3 genes subexpresados identificados usando estos procedimientos. Se validó la sobreexpresión de estos genes por RT-PCR como se describe en los siguientes ejemplos.
Los resultados de los estudios de micromatrices se resumen en la tabla 1 en la descripción detallada de la invención, que muestra la abreviatura común usada para el gen, los números de acceso de ENSMBL de gen, transcrito y proteína junto con la sobreexpresión múltiple y los valores p calculados.
Ejemplo 2: Preparación de muestra de fluido uterino
Se recogieron aspirados endometriales con la ayuda de una Pipelle de Cornier, después de obtener el consentimiento informado completo de todas las pacientes. El aspirado (fluido uterino) se transfirió de inmediato a un tubo Eppendorf que contenía 500 microlitros de solución de conservación de ARN (ARN later, Ambion). Se centrifugó la muestra y se procesó adicionalmente el sedimento que contenía una población representativa de células de la cavidad uterina para la extracción de ARN (Qiagen). Se realizaron pruebas de calidad (Bioanalyzer) antes del análisis de la expresión génica por tecnología Taqman para los marcadores seleccionados de carcinoma endometrial.
Ejemplo 3: Correlación de biomarcadores en tumor primario y en fluido uterino
Se compararon los niveles de biomarcadores de la muestra de tumor primario y la muestra de fluido uterino obtenida por el procedimiento del ejemplo 2 por RT-PCR siguiendo el protocolo de RT-PCR general como se describe en el ejemplo 4. Los biomarcadores en este estudio incluyeron ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN con un nivel de expresión que se descubrió que se correlacionaba sorprendentemente entre los aspirados de tumor primario y endometrial (fluido uterino). Véase la figura 1. Como se puede observar en la figura 1, el nivel de expresión de varios biomarcadores de cáncer endometrial se correlaciona en fluido uterino y tumor primario. En particular, se descubrió que existía un alto nivel de correlación de la expresión de biomarcadores correspondiente a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN en la muestra de tumor y en muestras obtenidas de fluido uterino. Por tanto, los inventores han descubierto sorprendentemente un grupo de genes que se pueden usar para el diagnóstico o para predecir un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial en base a sus niveles de expresión en muestras obtenidas de fluido uterino. Además, los inventores han demostrado que se puede usar fluido uterino para evaluar biomarcadores para cáncer endometrial. Por ejemplo, los biomarcadores de pronóstico para cáncer endometrial, biomarcadores para estadificación del cáncer endometrial, biomarcadores para determinar el tipo de cáncer endometrial (por ejemplo, tipo 1 frente a tipo II) o tipo (endometrioide, células claras, seroso, etc.), biomarcadores de diagnóstico auxiliar, biomarcadores de diagnóstico diferencial, se pueden someter a ensayo en fluido uterino para caracterizar el cáncer.
Ejemplo 4: Confirmación de la sobreexpresión de biomarcadores por RT-PCR cuantitativa
Una vez se obtuvieron los datos de matrices, se seleccionaron en parte un grupo de genes regulados por incremento y regulados por disminución en muestras tumorales en comparación con tejido normal en base a sus valores p y desviaciones estándar. Estos candidatos se seleccionaron para determinar sus niveles de expresión por una técnica independiente usando un conjunto diferente de muestras tumorales.
Se usaron placas microfluídicas (MFC) de Applied Biosystems para realizar la RT-PCR con ARN aislado de muestras de tejido endometrial de tumor y normal. En este caso, se obtuvieron ambos tipos de tejidos, sanos y carcinógenos de la misma paciente por procedimientos de microdisección. Estos estudios confirmaron los resultados de micromatrices para la mayoría de los marcadores de la tabla 1. Se realizó otro conjunto de estudios RT-PCT usando aspirados obtenidos de pacientes con cáncer endometrial (confirmado) y aspirados de personas no afectadas. Estos estudios usando muestras de aspirados se describen con más detalle a continuación.
Se obtuvieron muestras de aspirado siguiendo un procedimiento similar al descrito en el ejemplo 2. La descripción de las características de la paciente para las muestras afectadas y no afectadas se dan en la tabla 4 y tabla 5 a continuación.
En resumen, los pocillos de las placas microfluídicas contienen ensayos de nucleasa 5' fluorogénicos de Applied Biosystems que detectan la amplificación en tiempo real de las dianas seleccionadas de matrices. Se determinan los niveles relativos de expresión génica a partir de los datos de fluorescencia generados durante la PCR usando el programa informático de cuantificación relativa ABI PRISM® 7900HT Sequence Detection System (7900HT SDS).
Se realizó el análisis de datos usando el procedimiento de ΔΔCt comparativo de cuantificación relativa. Los genes expresados de manera diferencial se confirmaron por análisis estadístico minucioso usando la prueba de la T modificada.
Las muestras usadas para el estudio descrito en este ejemplo incluyeron:
muestras de 30 pacientes que tienen cáncer endometrial: 25 adenocarcinomas endometrioides con 9 en G3, 9 en G2 y 7 en G1. Y 5 muestras tumorales con diferentes carcinomas de tipo II (4 en G3 y 1 en G2).
Muestras de 24 pacientes que no tienen cáncer endometrial ("controles" o "normales"). Estas fueron una mezcla heterogénea de muestras, algunas de ellas de pacientes con otras patologías no tumorales como pólipos: 4 muestras
de pacientes con endometrio atrófico, 4 muestras normales, dos de pacientes que tienen pólipos de mujeres postmenopáusicas y 11 muestras de mujeres premenopáusicas (7 de ellas en la fase secretora y 4 en la fase proliferativa del ciclo). Véanse las tablas a continuación para un resumen de las muestras.
Tabla 4: Muestras afectadas para estudios de RT-PCR
- Aspirados de mujeres con un tumor
- Diagnóstico de muestra Grado de tumor Fase FIGO
- 1
- Carcinoma endometrioide G1 IIb
- 2
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 3
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 4
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 5
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 6
- Carcinoma endometrioide G1 Ia
- 7
- Carcinoma endometrioide G1 Ib
- 8
- Carcinoma endometrioide G2 IIb
- 9
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 10
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 11
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 12
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 13
- Carcinoma endometrioide G2 Ia
- 14
- Carcinoma endometrioide G2 Ia
- 15
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 16
- Carcinoma endometrioide G2 Ib
- 17
- Carcinoma endometrioide G3 IIb
- 18
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 19
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 20
- Carcinoma endometrioide G3 Ib
- 21
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 22
- Carcinoma endometrioide G3 Ib
- 23
- Carcinoma endometrioide G3 Ib
- 24
- Carcinoma endometrioide G3 Ib
- 25
- Carcinoma endometrioide G3 Ic
- 26
- Tipo de células claras G3 IIb
- 27
- Tipo de células claras G3 IIIc
- 28
- Adenoescamoso G3 IIIa
- 29
- No diferenciado G3 IIIc
- 30
- escamoso transicional G2 Ib
Tabla 5: Muestras no afectadas para estudios de RT-PCR
Aspirados de control
7 de mujeres premenopáusicas fase secretora 6 de mujeres premenopáusicas en fase proliferativa 11 aspirados de mujeres postmenopáusicas
Procedimientos experimentales
10 Se aislaron muestras de ARN de muestras de aspirado siguiendo el procedimiento anteriormente descrito y se realizó un control de calidad previamente a la selección de muestra final. Se recogieron muestras de aspirado como se describe en el ejemplo 2.
Se realizó la RT-PCR siguiendo el protocolo estándar de Applied Biosystems para el sistema 7900HT. El protocolo consistió en un procedimiento de dos etapas en el que la primera etapa es la generación de ADNc de las muestras de
15 ARN usando un kit de ADNc High Capacity y la segunda etapa es la amplificación de ADNc, una vez se ha cargado en la MFC, por el sistema ABI PRISM® 7900 HT.
Se recogieron los datos de RT-PCR para un conjunto de 20 genes identificados en el ejemplo 1 y se cuantificaron con relación a los niveles de POLR2A. Los valores RQ para los aspirados correspondientes a las 30 muestras tumorales y las 24 muestras que no eran de cáncer endometrial (normales) se ilustran en una representación de cajas y bigotes, véase la figura 2A y 2B. La tabla 2 en la descripción detallada de la invención da un resumen de la media de los valores 5 de RQ, error estándar de la media y valores p calculados para estos marcadores en este conjunto de muestras. Como se puede observar, los valores p obtenidos usando el conjunto de muestras de control en los estudios de micromatrices (Tabla 1) se mejoraron significativamente en un conjunto de muestras diferente usando técnicas diferentes (micromatrices frente a RT-PCR) y fuentes de muestra diferentes (aspirados frente a tumor primario). En la mayoría de los casos, el valor p mejoró más de 100 veces para los biomarcadores. Esto está en parte relacionado con
10 la naturaleza consistente del diseño experimental de las micromatrices y la selección consistente de los marcadores en base a los criterios de los inventores.
La siguiente tabla muestra la sensibilidad y especificidad para cada gen individual en la solicitud de patente y el área bajo la curva ROC (AUROC) para cada gen cuando se comparan los valores de RQ de las 30 muestras tumorales y las 24 muestras de control. Se usó un programa de máquina de vectores soporte (SVM) para calcular los datos. Como se
15 puede observar en la tabla a continuación, los marcadores identificados en estos estudios tienen excelente sensibilidad y/o especificidad para predecir un incremento en la probabilidad y/o diagnóstico de cáncer endometrial. Además, los valores de AUROC para estos biomarcadores indican que estos marcadores son muy útiles para el diagnóstico de cáncer endometrial.
Tabla 6: Sensibilidad, especificidad y valores de AUROC para los biomarcadores de la invención determinados a partir 20 de muestras de aspirados en personas afectadas (cáncer endometrial) y no afectadas.
- GEN
- Sensibilidad Especificidad AUROC
- ACAA1
- 66,67 % 90,00 % 0,81
- AP1M2
- 58,33 % 86,67 % 0,83
- CGN
- 79,17 % 76,67 % 0,81
- DDR1
- 79,17 % 90,00 % 0,89
- EPS8L2
- 70,83 % 86,67 % 0,81
- FASTKD1
- 70,83 % 76,67 % 0,84
- GMIP
- 75,00 % 83,33 % 0,88
- IKBKE
- 83,33 % 73,33 % 0,90
- P2RX4
- 62,50 % 96,67 % 0,82
- P4HB
- 91,67 % 96,67 % 0,97
- PHKG2
- 70,83 % 93,33 % 0,84
- PPFIBP2
- 58,33 % 96,67 % 0,78
- PPP1R16A
- 75,00 % 80,00 % 0,85
- RASSF7
- 100,00 % 60,00 % 0,89
- RNF183
- 95,83 % 73,33 % 0,88
- SIRT6
- 79,17 % 73,33 % 0,84
- TJP3
- 79,17 % 76,67 % 0,82
- EFEMP2
- 66,67 % 83,33 % 0,88
- SOCS2
- 79,17 % 93,33 % 0,93
- DCN
- 66,67 % 90,00 % 0,85
Las muestras de control fueron un grupo heterogéneo con mujeres pre y post-menopáusicas. Al mismo tiempo, se pudieron dividir los aspirados de mujeres premenopáusicas en dos categorías dependiendo de la fase del ciclo
25 endometrial uterino en la que se tomó la muestra: proliferativa o secretora. La caracterización de las pacientes en fase secretora frente a fase proliferativa se llevó a cabo por un anatomopatólogo usando técnicas estándar.
Algunos de los genes sometidos a prueba pudieron dar un resultado positivo falso para cáncer endometrial si se tomó el aspirado de mujeres premenopáusicas en fase secretora. Para comprobar qué genes pudieron dar positivos falsos dependiendo de la fase del ciclo o qué genes pudieron distinguir entre muestras tumorales y fase secretora, se realizó
30 un análisis estadístico comparando tumores con diferentes grupos de control.
- •
- tumores frente a muestras de control (todas las muestras de control: 24 muestras)
- •
- tumores frente a muestras de control menos las de fase secretora: 17 muestras
- •
- muestras de tumores frente a muestras de control en fase secretora: 7 muestras
- •
- muestras de tumores frente a muestras de control de mujeres postmenopáusicas: 11 muestras
Se calculó el área de ROC para cada comparación usando el programa GraphPad Prism y se aplicó la prueba de ANOVA para ver si las diferencias entre esos grupos eran significativas.
5 En las tablas a continuación, se usan las siguientes abreviaturas para los valores p:
*** p<0,0001
** p<0,001
*p<0,01
ns ( no significativo).
10 Como se muestra en las tablas, hay genes, como P4HB o SOCS2, que separan las muestras de tumores del control independientemente de la naturaleza de las muestras de control (postmenopáusica, premenopáusica en fase secretora o en proliferativa). Otros genes como P2RX4 o PPFIBP2, pudieron distinguir entre una muestra tumoral (afectada) y una muestra en fase secretora mejor en comparación con controles de mujeres postmenopáusicas.
Esta observación abre la posibilidad de usar diferentes algoritmos y/o diferentes conjuntos de genes dependiendo de si
15 la prueba es interrogar a mujeres premenopáusicas o postmenopáusicas. Además, una modalidad primaria para el cribado para detección precoz de problemas endometriales es la ecografía transvaginal, que se usa para estimar el grosor endometrial cuando las pacientes que tienen un endometrio más grueso (sobre un determinado valor umbral) probablemente tengan cáncer endometrial u otra enfermedad o afección. El grosor del endometrio también varía en función de la fase del ciclo menstrual, teniendo las personas en fase secretora un endometrio más grueso en
20 comparación con personas en fase proliferativa. Por tanto, estos hallazgos indican que se pueden usar los procedimientos y biomarcadores de la invención para ayudar y mejorar la capacidad de la ecografía transvaginal para identificar cáncer endometrial.
Tabla 7: Resumen de datos para los estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectadas con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de personas todas pacientes no
25 afectadas con cáncer endometrial (24).
- Comparación por 30T/ 24Crtl
- ROC 30T vs 24Ctrl Anova
- P4HB
- 0,974 ***
- SOCS2
- 0,955 ***
- IKBKE
- 0,897 ***
- RNF183
- 0,883 ***
- EFEMP2
- 0,881 ***
- PHKG2
- 0,875 ***
- DCN
- 0,854 ***
- PPP1R16A
- 0,846 ***
- AP1M2
- 0,843 ***
- FASTKD1
- 0,838 ***
- SIRT6
- 0,836 ***
- CGN
- 0,829 ***
- GMIP
- 0,824 ***
- TJP3
- 0,824 ***
- RASSF7
- 0,817 ***
- ACAA1
- 0,817 ***
- EPS8L2
- 0,813 ***
- P2RX4
- 0,807 ***
- DDR1
- 0,769 **
- PPFIBP2
- 0,745 *
endometrial de aspirado de todas las pacientes no afectadas de control con valores altos de ROC y/o excelente significación estadística.
Tabla 8: Resumen de datos para los estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectadas con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes individuales no afectadas con cáncer endometrial y que no estaban en fase secretora (17).
- Comparación 30T/17 Ctrl
- ROC 30T vs 17Ctrl Anova
- P4HB
- 0,963 ***
- SOCS2
- 0,936 ***
- RNF183
- 0,904 ***
- EFEMP2
- 0,900 ***
- FASTKD1
- 0,863 ***
- AP1M2
- 0,859 ***
- IKBKE
- 0,858 ***
- PHKG2
- 0,845 ***
- CGN
- 0,832 ***
- SIRT6
- 0,828 **
- PPP1R16A
- 0,817 **
- DCN
- 0,801 **
- TJP3
- 0,8 **
- GMIP
- 0,798 ***
- RASSF7
- 0,798 **
- ACAA1
- 0,784 **
- EPS8L2
- 0,767 **
- P2RX4
- 0,728 *
- DDR1
- 0,680 ns
- PPFIBP2
- 0,644 ns
La tabla 8 muestra la clasificación de 20 biomarcadores de la invención que pueden distinguir aspirados de pacientes afectadas con cáncer endometrial de aspirados de todas las pacientes no afectadas de control excluyendo las pacientes en la fase secretora. La tabla 7 muestra que los biomarcadores de la invención tienen valores altos de ROC
10 y/o excelente significación estadística para separar estas poblaciones.
Tabla 9: Resumen de datos para los estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectadas con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes individuales no afectadas con cáncer endometrial y que estaban en fase secretora (7).
- Comparación 30T/ 7 Sec
- ROC 30T vs 7 Sec Anova
- P4HB
- 1 **
- SOCS2
- 1,000 ***
- P2RX4
- 1 ***
- IKBKE
- 0,991 ***
- PPFIBP2
- 0,991 **
- DDR1
- 0,986 **
- DCN
- 0,981 **
- PHKG2
- 0,948 **
- EPS8L2
- 0,924 *
- PPP1R16A
- 0,917 **
- GMIP
- 0,9 *
- ACAA1
- 0,895 *
- TJP3
- 0,881 *
- RASSF7
- 0,864 *
- SIRT6
- 0,857 *
- EFEMP2
- 0,833 ns
- RNF183
- 0,831 ns
- CGN
- 0,82 ns
- AP1M2
- 0,805 ns
- FASTKD1
- 0,779 ns
Como se puede observar en la tabla 9, los marcadores preferentes que pueden distinguir aspirados de pacientes afectadas con cáncer endometrial de aspirados de pacientes no afectadas con cáncer endometrial en fase secretora incluyen P4HB, SOCS2 P2RX4, IKBKE, PPFIB2, DDR1 y DCN, que tienen valores altos de ROC y/o excelente significación estadística.
10 Como se observa de los datos en las tablas 7 y 9 anteriores, los ejemplos de genes que pueden diferenciar entre aspirados de pacientes que tienen tumor y aspirados de todas las pacientes no afectadas (incluyendo en fase secretora) y/o entre aspirados de pacientes que tienen tumor y aspirados de pacientes no afectadas en fase secretora incluyen P4HB, SOCS2, y IKBKE, que tienen alta significación estadística y valores de ROC altos.
Tabla 10: Resumen de datos para los estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores
15 en aspirados (30) de pacientes afectadas con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes postmenopáusicas no afectadas con cáncer endometrial (11).
- Clasificación por 30T/ 11N
- ROC 30T vs 11crtl postm Anova
- PHKG2
- 0,9476 *
- P4HB
- 0,9424 ***
- EFEMP2
- 0,903 ***
- RNF183
- 0,8909 ***
- SOCS2
- 0,8667 *
- FASTKD1
- 0,8439 **
- GMIP
- 0,8394 **
- SIRT6
- 0,8364 **
- AP1M2
- 0,8182 *
- IKBKE
- 0,7955 ns
- CGN
- 0,7864 *
- PPP1R16A
- 0,7652 ns
- TJP3
- 0,7515 ns
- RASSF7
- 0,7515 ns
- ACAA1
- 0,7242 ns
- DCN
- 0,7167 ns
- EPS8L2
- 0,697 ns
- P2RX4
- 0,6303 ns
- DDR1
- 0,5879 ns
- PPFIBP2
- 0,5318 ns
Como se puede observar en la tabla 10, los marcadores preferentes que pueden distinguir aspirados de pacientes afectadas con cáncer endometrial de aspirado de pacientes no afectadas con cáncer endometrial postmenopáusicas 5 incluyen PHKG2, P4HB, EFEMP2, RNF183, y SOCS2 que tienen valores altos de ROC y/o excelente significación estadística.
En referencia a la figura 2A y 2B (representación de cajas y bigotes), RQ: cantidad relativa, es la cantidad relativa de ARN para un gen específico presente en las muestras de tumores muestras referida a la cantidad presente en la muestra de control para el mismo gen.
10 Para calcular la EQ, los valores de Ct se normalizaron con respecto al Ct del gen endógeno para obtener el delta Ct. Se usó la fórmula 2-(deltaCt) para el cálculo de RQ.
Se pueden usar varios genes endógenos como control para la normalización así como otros controles para la normalización. En un ejemplo, un gen endógeno preferente tiene las siguientes características: es un gene expresado constitutivamente en el mismo tejido bajo diferentes circunstancias como, por ejemplo, desarrollo de cáncer. Por tanto,
15 se podría usar para normalizar las diferencias en la cantidad de ADNc cuando se cargan las muestras o las variaciones debidas a razones experimentales para la qRT-PCR.
Se han sometido a prueba cuatro genes constitutivos diferentes como posibles genes endógenos para propósitos de normalización: 18S, B2M, PFN-1 y POLR2A. Finalmente, POLR2A fue el gen más estable de todos y todos los cálculos y estadísticas se realizaron usándolo como endógeno. Su nivel de expresión es similar a los genes cuestionados en
20 esta prueba y diferente en comparación con 18 S que tiene una expresión bastante alta en comparación con los genes seleccionados para la prueba. Se contempla que se pueden usar biomarcadores endógenos tales como POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, o PABPN1 u otro gen estable, para propósitos de normalización en los procedimientos de la invención si se requieren.
Ejemplo 5: Perfiles para diagnosticar cáncer endometrial
Se usó un algoritmo basado en la máquina de vectores soporte para identificar combinaciones de marcadores de la tabla 1 que son útiles para predecir cáncer endometrial y/o un incremento en la probabilidad de tener cáncer endometrial. En particular, se usó el programa, programa públicamente disponible, para analizar los datos (véase la 5 www en DTREG.COM).
Se puede usar el algoritmo de máquina de vectores soporte para muchas aplicaciones incluyendo la identificación de perfiles de expresión génica para separar poblaciones que tienen características fenotípicas diferentes. La idea que respalda el algoritmo es una representación multidimensional de los datos, por ejemplo, cada marcador se representa en una dimensión diferente y se busca un plano a través de esta representación multidimensional de los datos que 10 pueda separar los fenotipos. El plano por el "medio" se denomina hiperplano de separación y representa una solución: las respuestas (por ejemplo, nivel de expresión sobre un valor umbral dado) que entran en un lado de la línea entran dentro de una categoría (por ejemplo, cáncer) y las respuestas (por ejemplo, nivel de expresión sobre un valor umbral dado) que siguen en el otro lado de la línea corresponden a la otra categoría (por ejemplo, sin cáncer). Para cada conjunto de datos puede ser posible varios hiperplanos de separación. La pregunta es cuál es el mejor hiperplano de
15 separación. En la teoría de máxima de vectores soporte, la mejor solución se denomina hiperplano de margen máximo. Este hiperplano de margen máximo es el que separa los dos grupos y adopta la distancia máxima de uno cualquiera de los perfiles de expresión dados.
Aunque los genes individuales muestran una alta sensibilidad y especificidad, estos parámetros son aún mayores cuando se combinan varios genes. Algunos ejemplos de sensibilidad, especificidad y AUROC combinaron genes de
20 dos en dos, de tres en tres, de cuatro en cuatro, de cinco en cinco, de seis en seis, de siete en siete y todos ellos juntos. Véase la tabla a continuación para un resumen de los datos.
Tabla 11: Datos que resumen los valores predictivos para las combinaciones
- Combinaciones
- Sensibilidad Especificidad AUROC
- IKBKE+P4HB
- 91,67 % 100,00 % 0,978
- IKBKE+SOCS2
- 79,17 % 96,67 % 0,951
- P4HB+SOCS2
- 91,67 % 100,00 % 1
- GMIP+IKBKE
- 79,17 % 90,00 % 0,915
- GMIP+P4HB
- 95,83 % 96,67 % 0,982
- GMIP+SOCS2
- 100,00 % 96,67 % 0,999
- GMIP+SOCS2+IKBKE
- 95,83 % 100,00 % 1
- GMIP+SOCS2+P4HB
- 91,67 % 100,00 % 0,983
- GMIP+IKBKE+P4HB
- 91,67 % 100,00 % 0,978
- IKBKE+P4HB+SOCS2
- 91,67 % 100,00 % 0,981
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2
- 100,00 % 100,00 % 1
- GMIP+SOCS2+IKBKE+EPS8L2
- 91,67 % 100,00 % 0,993
- GMIP+SOCS2+P4HB+EPS8L2
- 91,67 % 100,00 % 0,976
- GMIP+IKBKE+P4HB+EPS8L2
- 91,67 % 100,00 % 0,976
- IKBKE+P4HB+SOCS2+EPS8L2
- 87,60 % 100,00 % 0,981
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+DDR1
- 91,67 % 100,00 % 1
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+EPS8L2+PPP1R18A
- 91,67 % 100,00 % 0,999
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+PHKG2+RASSF7
- 85,83 % 100,00 % 1
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+DDR1+EPS8L2
- 96,83 % 100,00 % 1
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+EPS8L1+PPP1R16A+DDR1
- 95,83 % 100,00 % 1
- OOR1+EPS8L2+GMIP+IKBKE+P2RX4+P4HB+PHKG2+PPP1R16A+RASSF7+SIRT6+7JP3+SOCS2
- 100,00 % 100,00 % 1
- DDR1+EPS8L2+GMIP+IKBKE+P2RX4+P4HB+PHKG2+PPP1R16A+RASSF7+SIRT6+TJP3+SOCS2+RNF183
- 100,00 % 100,00 % 1
- TODOS JUNTOS: 20 GENES
- 100,00 % 100,00 % 1
Como se puede observar en la tabla anterior, se obtuvieron sensibilidades y especificidades muy altas para las combinaciones de los biomarcadores de la invención y los valores de AUROC son muy altos. Por tanto, estos resultados muestran que las combinaciones de 2 o más marcadores elegidos de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, 5 EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN dan una sensibilidad y especificidad inesperadamente buenas para predecir un incremento en la probabilidad y/o diagnóstico de cáncer endometrial. Estos resultados se obtuvieron a partir de muestras de fluido uterino e indican que las combinaciones de biomarcadores detectadas en fluido uterino pueden ser útiles para diagnosticar y/o caracterizar cáncer endometrial. Además, estos resultados se obtuvieron en muestras de mujeres pre 10 y postmenopáusicas y, por tanto, representan un conjunto de marcadores que se pueden examinar de entre estos tipos de pacientes. Cabe destacar que se pueden usar diferentes programas y algoritmos para generar perfiles o patrones de identificación genética. La invención está destinada a englobar perfiles y/o patrones de identificación genética usando programas y algoritmos distintos de DTREG como se usa en el presente documento. Los he perfiles identificados en la tabla 11 son ejemplos no limitantes usados para ilustrar que las combinaciones de los
15 biomarcadores de la tabla 1 tienen excelente sensibilidad y especificidad para el cáncer endometrial.
Combinaciones adicionales
Los valores de sensibilidad y especificidad aunque definen totalmente la validez de una prueba de diagnóstico tienen la desventaja de no proporcionar información relevante cuando se toma una decisión clínica para un resultado de prueba particular. Sin embargo, tienen la ventaja de ser propiedades intrínsecas a la prueba y definen su validez
20 independientemente de la prevalencia de la enfermedad en la población a la que se aplica.
Sensibilidad
Es la probabilidad de clasificar correctamente una paciente individual o la probabilidad de que una persona con cáncer obtenga un resultado positivo cuando se aplica la prueba de diagnóstico
Especificidad
25 Es la probabilidad de clasificar correctamente una persona sana o la probabilidad de que una persona sana obtenga un resultado negativo cuando se aplica la prueba de diagnóstico. Por lo tanto, la sensibilidad y especificidad pueden evaluar la validez de una prueba de diagnóstico. Sin embargo, estos conceptos no son de mucha ayuda en la práctica clínica. Cuando una paciente se somete a una prueba de diagnóstico, el doctor no tiene información a priori sobre su diagnóstico por lo que se plantea una cuestión para la siguiente: ¿ha dado positivo (o negativo) en la prueba? ¿Cuál es
30 la probabilidad de que la persona sometida a prueba tenga (o no) la enfermedad? Estas probabilidades son conocidas como valor predictivo positivo y valor predictivo negativo de una prueba particular. El valor predictivo positivo es la probabilidad de tener la enfermedad si la persona tiene un resultado positivo cuando se aplica la prueba de diagnóstico. El valor predictivo negativo es la probabilidad de que una persona que ha obtenido un resultado negativo en la prueba, esté realmente sana. Los médicos prefieren pruebas de diagnóstico con un alto valor predictivo negativo
35 ya que no pueden permitir que las personas con cáncer reciban un diagnóstico erróneo. Por este motivo se han priorizado estas combinaciones que dan los mayores valores predictivos negativos.
Los siguientes valores en la tabla 12 se calcularon usando los marcadores indicados determinados por RT-PCR en muestras de fluido uterino.
Tabla 12
- DTREG-SVM
- Combinaciones
- Sensibilidad Especificidad AUROC NPV PPV
- P4HB+SOCS2
- 91,67 % 100,00 % 1 93,76 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+FASTKD1
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+DDR1
- 95,83 % 100,00 % 1 96,77 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+PHKG2
- 91,67 % 100,00 % 1 93,75 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+SIRT6
- 91,67 % 100,00 % 1 93,76 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+ACAA1
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+AP1M2
- 91,67 % 96,67 % 0,979 93,65 % 95,65 %
(continuación)
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+EFEMP2
- 91,67 % 100,00 % 1 93,76 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+EPS8L2
- 91,67 % 100,00 % 1 93,76 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+P2RX4
- 83,33 % 96,67 % 0,964 87,88 % 95,24 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+PPFIBP2
- 91,67 % 96,67 % 0,979 93,55 % 95,65 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+PPP1R16A
- 95,83 % 100,00 % 1 96,77 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+ACAA1+FASTKD1
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+FASTKD1+PHKG2
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+SOCS2+FASTKD1+SIRT6
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- ACAA1+AP1M2+EPS8L2+IKBKE+P2RX4+P4HB+PPFIBP2+PPP1R16A+SIRT6+EFEMP2
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- GMIP+IKBKE+P4HB+EFEMP2
- 100,00 % 93,33 % 0,999 100,00 % 92,31 %
- DDR1+FASTKD1+GMIP+IKBKE+P4HB+PHKG2+SIRT6+EFEMP2+SOCS2
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- DDR1+FASTKD1+GMIP+IKBKE+P4HB+PHKG2+SIRT6+EFEMP2
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
- P4HB+EFEMP2+IKBKE+GMIP+FASTKD1
- 100,00 % 100,00 % 1 100,00 % 100,00 %
Las combinaciones mostradas en la FIG. 18 (P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1, GMIP, y FASTKD1) y FIG. 19 (P4HB, EFEMP2, SIRT6, PHKG2, GMIP, y FASTKD1), y la combinación de los 20 marcadores tienen sensibilidades, especificidades, NPV, y PPV del 100 % y AUROC de 1.
Maximización del valor predictivo negativo: Nuevas muestras: tres nuevas muestras de cáncer y 24 muestras sin tumor que dan una cantidad total de muestras en el siguiente análisis (33T y 48 no tumorales) teniendo la muestra adicional las siguientes características:
- Aspirados de mujeres con un tumor
- Diagnóstico de muestra Grado de tumor Fase FIGO
- 31 32 33
- Carcinoma endometrioide Carcinoma endometrioide Endometrioide/escamoso transicional G1 G2 G3 IA IB IA
- Aspirados de control
- 4 de mujeres premenopáusicas fase secretora 5 de mujeres premenopáusicas en fase proliferativa 4 de premenopáusicas (fase del ciclo desconocida) 11 aspirados de mujeres postmenopáusicas
Se calculó el riesgo de cáncer para 48 muestras sin tumor y 33 con tumor usando la siguiente combinación de genes ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2, el resultado se muestra en la FIG. 17.
15 La FIG. 18 muestra el riesgo calculado de cáncer para las 48 muestras sin tumor y 33 con tumor usando FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, DDR1, y SIRT6.
La FIG. 19 muestra el riesgo calculado de cáncer para las 48 muestras sin tumor y 33 con tumor usando FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, PHKG2, y SIRT6.
Como se muestra en la FIG. 17, la primera combinación puede clasificar todas las muestras correctamente pero el 20 porcentaje de algunas muestras sanas de tener cáncer está muy próximo al 50 %: algunas muestras de cáncer están demasiado próximas a clasificarse erróneamente cuando se usa esta combinación. En resumen, el riesgo de clasificar erróneamente a pacientes con cáncer con un diagnóstico falso. Aunque las combinaciones en la FIG. 18 y FIG. 19 clasifican erróneamente una y dos muestras de pacientes sanas respectivamente, ambas clasificadas correctamente todas las pacientes con cáncer y lo hacen con un mayor porcentaje de riesgo de cáncer que la combinación previa. Por este motivo, estas combinaciones son valiosas desde un punto de vista clínico.
Ejemplo 6: Detección de proteína correspondiente a los biomarcadores de la tabla 1
La detección de proteína correspondiente a los biomarcadores de la tabla 1 se puede llevar a cabo por varios medios disponibles para el experto. De acuerdo con este procedimiento, se obtienen muestras de controles (o se establece un valor de control) y personas afectadas (por ejemplo, suero, tejido, y fluido uterino) y se investiga con anticuerpos selectivos o específicos para el biomarcador particular. Un procedimiento para detectar las proteínas es por análisis de transferencia Western y se ejemplifica como en el caso de P4HB.
Análisis de transferencia Western de muestras humanas a partir de tejido endometrial normal y tejidos de cáncer endometrial tumorales para someter a prueba el nivel de proteína de P4HB (aproximadamente 60 kDa) en estas muestras.
Se cargaron los geles con 40 ug de extractos de proteína total de cada muestra. Como se puede observar en la figura 10, las muestras de tumor se tiñeron mucho más fuertemente para P4HB en comparación con tejido normal.
Las muestras sometidas a prueba incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos de tumor (T). Los tejidos normales y de tumor se obtuvieron de la misma paciente. Como control positivo: extracto de proteína total de la línea celular de tumor endometrial Isikawa. El anticuerpo usado: LS-C38385 de LifeSpan.
Los resultados confirman para el nivel de proteína los resultados obtenidos en la matriz y los experimentos TaqMan.
Se realizó el análisis de transferencia Western para AP1M2, IKBKE, EPS8L2, DDR1, CGN, y TJP3. Véase FIG.X a FIG.X. Estos resultados confirman para el nivel de proteína los resultados obtenidos en la matriz y los experimentos TaqMan para estos biomarcadores .
Para la validación de inmunohistoquímica, se construyeron micromatrices de tejido. Para cubrir el intervalo completo de tejido normal a diferentes tipos y grados de carcinomas endometriales, se seleccionaron cuidadosamente y se marcaron en bloques de parafina individuales áreas representativas de 70 carcinomas incrustados en parafina (56 endometrioides, 6 papilomas serosos, 1 mucinosos, 4 carcinomas de células claras, 3 carcinosarcomas), y 11 de endometrio no neoplásico (4 atróficas, 3 proliferativas, 1 endometrial secretora y 3 hiperplasias). Se obtuvieron dos núcleos de tejido de 1 mm de diámetro de cada bloque de parafina y se agruparon con precisión en un nuevo bloque de parafina. Se obtuvieron secciones de 5 mm de todos los bloques de parafina de micromatrices de tejido. El protocolo se aprobó por el Institutional Review Board en Hospital Vall D’Hebron, y se obtuvo el consentimiento informado de todas las pacientes. Se detectaron P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 por el ensayo indirecto con inmunoperoxidasa con tampón citrato pH 7,3 para la recuperación de antígenos. Se incubaron secciones con anticuerpos primarios frente a P4HB (LS-C38385) y PPP1R16A (H00084988-M06) durante 1 h a temperatura ambiente usando una dilución 1:500 y 1:100, respectivamente, y EPS8L2 (H00064787-B01) durante la noche a una dilución de 1:100. A continuación, se incubaron secciones con inmunoglobulina anti-ratón de cabra conjugada con peroxidasa (EnVision Dual sistema, DAKO, Glostrup, Dinamarca). Se desactivó la actividad de peroxidasa endógena con H2O2 al 3 %. Se lavaron las secciones , y se desarrollaron las reacciones con diaminobencidina, seguido de contratinción con hematoxilina. Se realizó la evaluación semicuantitativa de las proteínas por tres investigadores independientes, que clasificaron la intensidad de la tinción y el porcentaje de células positivas.
La inmunohistoquímica de TMA confirmó la expresión diferencial de las tres proteínas en las glándulas tumorales cuando se comparó con las glándulas endometriales normales. P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 presentaron una expresión citoplásmica específica dentro de las células tumorales en todos los tipos y grados histológicos de carcinoma, y una ausencia o falta de tinción citoplásmica dentro de las glándulas epiteliales normales. Estos resultados confirman para el nivel de proteína los resultados obtenidos para estas proteínas en la micromatriz y los experimentos de PCR cuantitativa descritos en el presente documento. Ejemplo 7: ACAA1
Se descubrió que ACAA1 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que ACAA1 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que ACAA1 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por los procedimientos descritos en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que ACAA1 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a ACAA1 se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENST00000333167 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:1
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000333664 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:2
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ACAA1 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar ACAA1 incluyen aquellos en
10 Directo, SEQ ID NO:3 GAGCTTCTCTCGGCAGTCAT Inverso, SEQ ID NO:4 CTCAGAAACTGGGCGATTC
Directo, SEQ ID NO:5 GCAATCATGGCCCGAATC
Inverso, SEQ ID NO:6 CCCCGACGAACACTGTCTAT
15 Directo, SEQ ID NO:7 GTGCCTTTGTCCACTGTCAA Inverso, SEQ ID NO:8 ACAGGCCATGCCAATGTC
Directo, SEQ ID NO:9 TCACGGGAGAAGCAGGATAC 20 Inverso, SEQ ID NO:10 CTCTTGGTGCCCTTGTCATC
Directo, SEQ ID NO:11 GGCTGACAGTGAGTGACGTG
Inverso, SEQ ID NO: 12 AGGGGGTTCACCTTCTCAG
25 Directo, SEQ ID NO: 13 GTGGCATCAGAAATGGGTCT Inverso, SEQ ID NO: 14 CTCTGGCCTTCTCCTTCTCC
Directo, SEQ ID NO:15 ATTACTTCGCGCTTGATGGA Inverso, SEQ ID NO:16 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT
Directo, SEQ ID NO:17 GCCTGCCTTCAAGAAAGATG Inverso, SEQ ID NO:18 TAAGACCTCAGGACCCCAAG
Directo, SEQ ID NO: 19 TGGGGTCCTGAGGTCTTATG Inverso, SEQ ID NO:20 TCTCGAAGATGTCCACGTCA
Directo, SEQ ID NO:21 GTGGCATCAGAAATGGGTCT Inverso, SEQ ID NO:22 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT
Directo, SEQ ID NO:23 TGACCCAGGATGAGGGTATC Inverso, SEQ ID NO:24 TCTCGAAGATGTCCACGTCA
Directo, SEQ ID NO:25 GGAGACTGTGCCTTTGTCCA Inverso, SEQ ID NO:26 CTCTGTCAGCCAGGGACAT
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar ACAA1 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:27 CGGTTCTCAAGGACGTGAAT SEQ ID NO:28 AGTGACATCCCGGAGACTGT SEQ ID NO:29 GTGGCATCAGAAATGGGTCT SEQ ID NO:30 AGCTGAGATTGTGCCTGTGA SEQ ID NO:31 ATCAATGAGGCCTTTGCAAG SEQ ID NO:32 ACAGAGGGAACCCTGGAAAT SEQ ID NO:33 GATTGCCTGATTCCTATGGG SEQ ID NO:34 GTCCAAGGCAGAAGAGTTGG SEQ ID NO:35 ATGCCATCCCAGTAGCTTTG SEQ ID NO:36 GCCTGTGGGATAACCTCTGA SEQ ID NO:37 AAACTGAAGCCTGCCTTCAA SEQ ID NO:38 ATAGACAGTGTTCGTCGGGG
Una sonda para detectar un ácido nucleico de ACAA1 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:39 GCTACGCAGACAGTCCTGCTGCTCTAGCAGCAAGGCAGTAACACCACAAAA GCAAAACCA
Otros sondas para ACAA1 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a ACAA1 incluyen, pero no se limitan a, anti-ACAA1 policlonal de conejo, n.º cat. HPA006764 de Atlas Antibodies (sólo reconoce el primer transcrito); y anticuerpo policlonal de ratón que aumentan frente a una proteína de ACAA1 humana de longitud completa. N.º catálogo: H00000030-B01 de Abnova (MaxPab).
Ejemplo 8: AP1M2
Se descubrió que AP1M2 (complejo proteínico relacionado con adaptadores 1, subunidad mu 2) también conocido como D9Ertd818e, HSMU1B, MU-1B, MU1B) se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que AP1M2 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que AP1M2 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descritos en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que AP1M2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
AP1M2 es una subunidad del complejo proteínico relacionado con adaptadores de clatrina heterotetrámero 1 (AP-1), que desempeña funciones fundamentales de muchas rutas de circulación vesiculares dentro de la célula. Esta proteína puede interaccionar con señales de clasificación a base de tirosina. AP1 se expresa exclusivamente en células epiteliales. Todos los complejos de AP comprenden dos subunidades grandes de 100-130 kDa (α y β1 en API), una subunidad media de 50 kDa (μl en API), y una subunidad pequeña de 17-20 kDa (α1 en AP1). PMID: 10338135 En vesículas recubiertas con clatrina, AP-2 se sitúa entre la bicapa lipídica y la red de clatrina, y presumiblemente está anclando la clatrina a la membrana. AP1M2 es miembro de la familia de cadena media del adaptador denominada Mu1B, que se expresa específicamente en células epiteliales polarizadas y algunas células exocrinas. Mu1B está lo más estrechamente relacionado con la subunidad MulA expresada ubicuamente de AP-1 (identidad del 79 % en el nivel de aminoácidos).
La secuencia de un ARNm correspondiente a AP1M2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000250244 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:40
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000250244 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:41
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000250244 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc.
20 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar AP1M2 incluyen:
Directo, SEQ ID NO:42 CGCCACCATGTCCGCCTCGGCTG
Inverso, SEQ ID NO:43 GCTCAATCTTGCTCATGGCCAC (EX2)
25 Directo, SEQ ID NO:44 CAGGTCCACTTCCTATGGATC (EX2) Inverso, SEQ ID NO:45 CAAAGTTGTCCCGGATGCTC (EX4)
Directo, SEQ ID NO:46 CGCTCCGAGGGTATCAAG (EX5) Inverso, SEQ ID NO:47 CTTGCTGCGGCCAGTGAGC (EX6-7) 30 Directo, SEQ ID NO:48 GACTTTGAGCTCATGTCATACC (EX7)
Inverso, SEQ ID NO:49 CTTAATACTCCAAATCACGACG (EX9)
Directo, SEQ ID NO:50 GTTTGAGATCCCCTACTTC (EX10) Inverso, SEQ ID NO:51 GCCTGGTAACCACTTTTCTCAATG (EX11)
Directo, SEQ ID NO:52 CTGGGTTCGCTACATCACC (EX11) Inverso, SEQ ID NO:53 GCCCCGTGTTCAAGC (EX12)
Directo, SEQ ID NO:54 CATGCCTTTGCTGGTACAG (EX2) Inverso, SEQ ID NO:55 GAGTACACCAGGGAGGCATTG (EX3)
Directo, SEQ ID NO:56 CTCCCTGGTGTACTCCTTC (EX3) Inverso, SEQ ID NO:57 GCTGTCGGTGGTCTGCGGGAA G (EX4)
Directo, SEQ ID NO:58 CAGCAAGATCCTGCAGGAG (EX4-5) Inverso, SEQ ID NO:59 CAGGTTGACAGACTCTATG (EX5)
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar AP1M2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Ejemplos de sondas incluyen:
SEQ ID NO:60 ATGAAGAAATAGAAGAGGGGCTTGAAGTCCTCCTCGCGAGTGCCTTCTTGCA ATTACCTG
SEQ ID NO:61 CCAGGTCCACTTCCTATGGATCAAACACAGCAACCTCTACTTGGTGGCCACC ACATCG
SEQ ID NO:62 GACAATAGAGGTATTCTGCGAATACTTCAAGGAGCTGGAGGAG
SEQ ID NO:63 CAATGACCGCGTGCTCTTCGAGCTCACTGGCCGCAGCAAGAACAAATCAGT AGA
SEQ ID NO:64 TTTCCCGGGGGGCAAGGAGTACTTGATGCGAGCCCACTTTGGCCTCCCCAGT GTGG
Otros sondas para AP1M2 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a AP1M2 incluyen, pero no se limitan a, Proteintech Group, Inc. N.º cat. 10618-1-AP que es un anticuerpo policlonal de conejo purificado por afinidad con un antígeno que era una proteína AP1M2 recombinante que incluía los aminoácidos 1-320 de la proteína y de Abnova, n.º cat. H00010053-B01, que es un anticuerpo policlonal de ratón frente a la proteína de longitud completa.
Ejemplo 9: CGN
Se descubrió que CGN (también conocido como DKFZp779N1112, FLJ39281, y KIAA1319) se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que CGN se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que CGN se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que CGN se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a CGN se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000271636 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:65
ENSG00000143375: gen, sólo un transcrito
ENST00000271636
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000271636 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:66
5 Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia CGN usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc. Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar CGN incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:67 GCTTTAGCCGTTCTCGTCA 10 Inverso, SEQ ID NO:68 CTGGTCTCGAAGGAGGTCTG
Directo, SEQ ID NO:69 CAGACCTCCTTCGAGACCAG
Inverso, SEQ ID NO:70 TTCCTCCTCACAGAGGTTTCA
15 Directo, SEQ ID NO:71 TACAGCGAAAGCTGGATGAA Inverso, SEQ ID NO:72 AGTCGGCTGCACTCTTCTGT
Directo, SEQ ID NO:73 TGCAGAACAAGCTGAAACAT
Inverso, SEQ ID NO:74 GCTGCTCCTCTACTCGCTGT
20 Directo, SEQ ID NO:75 GGGCATTGGCAGAGTATGTT Inverso, SEQ ID NO:76 TTCCATCTCCTCCTTCTCCA
Directo, SEQ ID NO:77 CAGCAACTGCGACAGGACT 25 Inverso, SEQ ID NO:78 CATTTTCCTCCTGGGTCTCC
Directo, SEQ ID NO:79: CTGAGCTGGAGGAGCAGAAG
Inverso, SEQ ID NO:80 TGCAGGGCTTGCTTAGAGTC
30 Directo, SEQ ID NO:81 TGGAGCAAGAGGCAGAGAAC Inverso, SEQ ID NO:82 ACTCTGTTTCCAGCCGTGAG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
35 Se pueden derivar sondas para detectar CGN a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:83 CAGGACTGGGTCCTTCAGAG
40 SEQ ID NO:84 CAGGCAGTGTGGACCATATG SEQ ID NO:85 GCTAGAGCCATCCCAAGTTG SEQ ID NO:86 TGAGCCTGCTAAGGAGGTGT SEQ ID NO:87 TAGAGCCACCAAGCAGGAAC SEQ ID NO:88 TTCCAAGGCTAAGATGGTGG SEQ ID NO:89 GACAGGACTGTGGACCGACT SEQ ID NO:90 TGAAGGGTCTCGAGGAAAAA
Sonda de la matriz SEQ ID NO:91 GGGAAGAGGTAAGGGGGATGATTCACCTCCATATTTCCTAAGCAGGTTGTAT AGGGAGCC
Los anticuerpos para CGN incluyen, pero no se limitan a, policlonal anti-cingulina humana de conejo (CGN), no conjugado, n.º cat. LS-C22229-100, de Lifespan Bioscience (región C-terminal); y monoclonal anti-cingulina humana de ratón (CGN), no conjugado, Clon 6a40, n.º cat. LS-C22230-100, de Lifespan Bioscience (región C-terminal).
Ejemplo 10: DDR1
Se descubrió que DDR1 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que DDR1 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que DDR1 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que DDR1 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a DDR1 se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENST00000376570 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:92
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso EP0000365754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:93
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia DDR1 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
10 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar DDR1 incluyen aquellos en Directo, SEQ ID NO:94 CATCTCTGCTTCCAGCTCCT Inverso, SEQ ID NO:95 TACTCCTCCTCCTTGGGAAA
15 Directo, SEQ ID NO:96 AGCTACCGGCTGCGTTACT Inverso, SEQ ID NO:97 CTTCAGCACCACTCCCTCAG
Directo, SEQ ID NO:98 CGTCTGTCTGCGGGTAGAG
Inverso, SEQ ID NO:99 CCGTCATAGGTGGAGTCGTT
20 Directo, SEQ ID NO:100 CAACGACTCCACCTATGACG Inverso, SEQ ID NO: 101TGCTCCATCCCACATAGTCA
Directo, SEQ ID NO:102 TGACTATGTGGGATGGAGCA 25 Inverso, SEQ ID NO:103 CCAGCGTGTGCATGTTGTTA
Directo, SEQ ID NO:104 TGTCTCAGTGCCCCTTGG
Inverso, SEQ ID NO:105 GTGCCGGAGAGGAATTGTT
Directo, SEQ ID NO:106 ACCTCCCACCAACTTCAGC Inverso, SEQ ID NO: 107 CAGCAGGAGCAGGATGATG
Directo, SEQ ID NO:108 CATCATCCTGCTCCTGCTG Inverso, SEQ ID NO:109 CCAGGGACAGAGAGGTGAAC
Directo, SEQ ID NO:110 ACCGCCCAGGTCCTAGAG Inverso, SEQ ID NO: 111 CGGTAGGCTGGATTGGAGA
Directo, SEQ ID NO: 112 CACCCTTTGCTGGTAGCTGT Inverso, SEQ ID NO:113 CGAATGATGTTTGGGTCCTT
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar DDR1 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:114 ACAGCAGGTTGGAGAGCAGT SEQ ID NO:115 GTCAGGAGGTGATCTCAGGC SEQ ID NO:116 CTCTATGGCTGCCTCTGGAG SEQ ID NO: 117 GTGGGGCTGGATGACTTTAG SEQ ID NO:118 AGTTTGAGTTTGACCGGCTG SEQ ID NO: 119 CCCTGGTTACTCTTCAGCGA SEQ ID NO:120 CTTGGAGCTGGAGCCCAG SEQ ID NO: 121 AGGGTGTTGGAAGAGGAGCT SEQ ID NO:122 ACTCTGCTCCCTGTGTCCC SEQ ID NO:123 GCCAGGAATGATTTCCTGAA
Una sonda usada para detectar el ácido nucleico de DDR1 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 124
ATTGGGATTGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCATAGCCTTGGGGTTGGACAT CTCTAG
Otros sondas para DDR1 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a DDR1 incluyen, pero no se limitan a, anticuerpo policlonal de conejo para MCK10 de Abeam, n.º cat. ab5508 epítopo: aa31-47; y anticuerpo policlonal anti-DDR1 humano de ratón, no conjugado, de Abnova, n.º cat. H00000780-A01 frente a longitud completa.
Ejemplo 11: EPS8L2
Se descubrió que EPS8L2 (EPS8-tipo 2 también conocido como AI042819, AW545405, Eps812_predicted, Eps812 predicted, EPS8R2, FLJ16738, FLJ21935, FLJ22171, MGC126530, MGC3088) se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que EPS8L2 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que EPS8L2 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que EPS8L2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
El gen EPS8L2 codifica una proteína que está relacionada con el sustrato para la ruta del receptor del factor de crecimiento epidérmico 8 (EPS8), un sustrato para el receptor del factor de crecimiento epidérmico. El eps8Ls define una familia novedosa de proteínas responsable del exceso funcional en la ruta de señalización activada por RTK que da lugar a la remodelación de actina. Los miembros de esta familia unen la estimulación del factor de crecimiento a la organización de actina. Los miembros de la familia eps8 comparten una organización modular que consiste en un dominio de PTB putativo, un dominio SH3 central y una región efectora C-terminal. Los dominios SH3 de eps8Ls presentan preferencias de unión únicas para péptidos que contienen una secuencia consenso prolina-X-X-aspartato-tirosina (pXXDY) y constituyen una subfamilia filogenéticamente distinta dentro de la familia de dominios SH3. (PMID: 14565974).
Aunque se desconoce la función de EPS8L2, los análisis de expresión génica de cánceres de mama y tiroides identificaron Eps8, otro miembro de la familia, como un oncogén putativo novedoso y también estaba implicado en la migración de células tumorales en las células de fibrosarcoma. (PMID: 16618726) (PMID: 17075124) (PMID: 15289329)
La secuencia de un ARNm correspondiente a EPS8L2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000318562 y SEQ ID NO: 125
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de 10 micromatriz.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000320828 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:126
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000318562 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3. Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar EPS8L2 incluyen:
Directo, SEQ ID NO:127 GAG ACC TGG CGC CCC GGC (EX1) Inverso, SEQ ID NO: 128 GTG GCC CCG GTC TGA GGC (EX2)
Directo, SEQ ID NO:129 GAG CCA GTC CGG GGC CGT G (EX2) Inverso, SEQ ID NO: 130 CTT GGG GCT CAT CTT GGC (EX3)
Directo, SEQ ID NO: 131 CGA CGG TGT GGC CAA GAT GAG (EX3) Inverso, SEQ ID NO:132 CGT GGT ACT GCG AGG TC (EX4)
Directo, SEQ ID NO:33 CTCCAACGTCATCATGCAC (EX4) Inverso, SEQ ID NO:134 GATGGCGTCGTCCACAGAC (EX5)
Directo, SEQ ID NO:135 CAGTCGCTGCGGCTGCTGG (EX5) Inverso, SEQ ID NO:136 GGACCGTCTGGCTGCGCTG (EX6)
Directo, SEQ ID NO:137 GATGTCCACTTCTTCCACTGC (EX6) Inverso, SEQ ID NO:138 CCGAATCTTCTCCTGGTGTC (EX8)
Directo, SEQ ID NO: 139 GAGGCCAAGAATCGCGTGGGC (EX8) Inverso, SEQ ID NO:140 GTCCAGGGCGCAGTTGAGG (EX10)
Directo, SEQ ID NO:141 CGACTGCTTCCAGAAAATC (EX11) Inverso, SEQ ID NO:142 CGAAGAGGAAGTGCACGAG (EX12)
Directo, SEQ ID NO:143 GATGTCGCTGTGGGAGTCAC (EX13) Inverso, SEQ ID NO:144 GAGGGGCACCTGTGGCTC (EX14)
Directo, SEQ ID NO:145 GGTGGAGGGGCTGGCGTC (EX14) Inverso, SEQ ID NO: 146 GGCTCTGAAGTG GGGCTGTG (EX15)
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar EPS8L2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Ejemplos de sondas incluyen:
SEQ ID NO: 147 GCTTCCCGGGGAACAAAGACGAGCTCATGCAGCACATGGACGAGGTCAACG ACGAGCTCA
SEQ ID NO:148 GCAGAGCTGGTGCACGAGGACATCGAGAGCGCGTTGGCCGACTGCCGG
SEQ ID NO:149 GCCGTCGGGAGTCGCAGGAGGAGCCGCGGGCCGTGCTGGCTCAGAAGATAG
SEQ ID NO:150 GCTCGTGTGCCAGGACTCGGAGCAGAGCAAGCCGGATGTCCAC
SEQ ID NO:151 GTACAGCCAGCTCACCATGCAGAAGGCCTTCCTGGAGAAGCAGCAAAG
Otros sondas para EPS8L2 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a EPS8L2 incluyen, pero no se limitan a, Abnova, n.º cat. H00064787-M01, que es un anticuerpo monoclonal de ratón que aumenta frente a un EPS8L2 recombinante parcial (615 a.a. ~ 715 a.a) y Abnova n.º cat. H00064787-B01, que es un anticuerpo policlonal de ratón que aumenta frente a una proteína EPS8L2 humana de longitud completa.
Ejemplo 12: FASTKD1
Se descubrió que FASTKD1 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que FASTKD1 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que FASTKD1 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que FASTKD1 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a FASTKD1 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000260971 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 152 La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000260971 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 153
Se pueden diseñar cebadores para amplificar una secuencia de ácido nucleico de FASTKD1 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar un ácido nucleico de FASTKD1 incluyen aquellos en
Directo: SEQ ID NO:154 TGAATGACGATACCCTGGTG Inverso: SEQ ID NO: 155 AGCCTTCTCCATGCTTCTGT
Directo: SEQ ID NO: 156 CCATGACCCGCTAGTTGAAG Inverso: SEQ ID NO:157 TGATCTGCTAGGCAAGAGGAA
Directo: SEQ ID NO:158 TTCCTCTTGCCTAGCAGATCA Inverso: SEQ ID NO: 159 TGTTGACCATCAAGACAGACA
Directo: SEQ ID NO: 160 TCCTCTGTGTAATCATCCTGCT Inverso: SEQ ID NO:161 CTCGCCAGTTAGGTCCTCTG
Directo: SEQ ID NO: 162 GGAGCAATGGGAGATATGGA Inverso: SEQ ID NO: 163 TTCCTTTGGAAATGCAGAAAA
Directo: SEQ ID NO:164 TGCATTTCCAAAGGAAGGAG Inverso: SEQ ID NO:165 CAAGTGAGGAGAAGGGAGCA
Directo: SEQ ID NO:166 AAATGTTGGGGAGATTGCAT Inverso: SEQ ID NO:167 TCAATACGCTGAATGGACGA
Directo: SEQ ID NO:168 GATCCACCTCAAAGGGATGA Inverso: SEQ ID NO: 169 GGCCAAAGAGAAACCAAGAA
Directo: SEQ ID NO:170 GTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGG Inverso: SEQ ID NO: 171 CTGTTGTGTTCCATCCATGC
Directo: SEQ ID NO:172 GCATTGGGACAACTACCAGAA Inverso: SEQ ID NO: 173 GTATGGGAGCGCAAAAGAAG
Directo: SEQ ID NO:174 TGTGTTGCTTCATATTTGTACCC Inverso: SEQ ID NO: 175 CATAGCAGATTTTCCTTTCATGTG
Directo: SEQ ID NO:176 TGACCGCTTCTGTCAACAAT Inverso: SEQ ID NO: 177 TGAATCCAAAAATTCCAAAGC
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar FASTKD1 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:178 GACCCGCTAGTTGAAGCACT SEQ ID NO: 179 ACAGAAGCATGGAGAAGGCT SEQ ID NO: 180 GAACTTGGAAACCACACAGGA SEQ ID NO:181 TTGTAGCATTGGGACCCATT SEQ ID NO: 182 TGCATAAACATTTGGATGGC SEQ ID NO:183 TTCTGGTCCGTGCTATTTCC SEQ ID NO:184 GTGGCTGTTCAGCAGATTGA SEQ ID NO:185 GAACTTGCGTGCAACATCTT SEQ ID NO: 186 CCAGAAGATCTGCTAAAGGCA SEQ ID NO: 187 TGCCCTGGGAATCAAATATC SEQ ID NO: 188 GGATTGCTTTGGAATTTTTGG SEQ ID NO: 189 ATGGATGGAACACAACAGCA
Una sonda para detectar un ácido nucleico de FASTKD1 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 190 TGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAAGGATGCTCGGATGGACTACCTG AGAGA
Otros sondas para FASTKD1 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a FASTKD1 incluyen, pero no se limitan a, anticuerpo policlonal anti-FLJ21901 humano de ratón n.º cat. H00079675-A01 frente a una de N-terminal (de aa 2-100).
Ejemplo 13: IKBKE
Se descubrió que IKBKE (inhibidor del potenciador del gen del polipéptido ligero kappa en linfocitos B, cinasa épsilon) también conocido como IKK-I; IKKE; IKKI; KIAA0151; MGC125294; MGC125295; MGC125297, se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que IKBKE se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que IKBKE se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que IKBKE se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
IKBKE es un miembro del complejo IκB cinasa grande que puede fosforilar IκB. IKK fosforila sólo uno de los dos residuos de serina en IκBa necesarios para la ubiquitinación y degradación de IκBα. Sin embargo, la degradación de IκBα expone las señales de localización nuclear en NF-kB, lo que da lugar a su translocación al núcleo, donde se une a promotores específicos y activa la transcripción. (PMID: 10882136).
La secuencia de un ARNm correspondiente a IKBKE se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000367120 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:191 Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000356087 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 192
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000367120 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar IKBKE incluyen: Directo, SEQ ID NO: 193 GTGCCACAGACAGAAAGCATAAC (EX2) Inverso, SEQ ID NO:194 GGCTGTGCTCTGCATCTC (EX3)
Directo, SEQ ID NO:195 GGGGCCACTGCCAGTGTG (EX3)
Inverso, SEQ ID NO:196 GCAGGTAGCTGGTAGTGTTGAAG (EX4) Directo, SEQ ID NO:197 GAGGTCCTGCGGAAGCTGAAC (EX4) Inverso, SEQ ID NO:198 CACTCAGCAGGCTCCCACTG (EX5)
Directo, SEQ ID NO:199 CCTGAGGATGAGTTCCTGGTG (EX5)
Inverso, SEQ ID NO:200 GTCGCGATGCACAATGCCGTTC (EX6) Directo, SEQ ID NO:201 GGATGATGATGAGAAGTTCGTCTC Inverso, SEQ ID NO:202 GAACGCTTTTTGCTGGGGC (EX7)
Directo, SEQ ID NO:203 CATCCCCTTTGGTGGGCCAC (EX7)
Inverso, SEQ ID NO:204 CCGTTCTCCCGCCTCTGG (EX8) Directo, SEQ ID NO:205 CCTGGAGTGGAGCTACACC (EX8) Inverso, SEQ ID NO:206 CACTTGGCCTGCTCCACCTC (EX9)
Directo, SEQ ID NO:207 GTCCCAGGCAGTCCTGCAC (EX9)
Inverso, SEQ ID NO:208 GACGCTGGGCTCGAGGACAC (EX10) Directo, SEQ ID NO:209 GACCCTCTTCAGCACAGCCAT C Inverso, SEQ ID NO:210 GCCGCAGGGCCTGGTAGC (EX12)
Directo, SEQ ID NO:211 GATCCAGGAACTGAAGGCGGC (EX14) Inverso, SEQ ID NO:212 CCTGATCCCGGCTCTTCAC (EX15)
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar IKBKE a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado
(por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO:213
CTCCTGTTCTTTCTATGCTTGGTCTGACTGAGCCTAAAGTTGAGAAAATGGG TGGCCAAG SEQ ID NO:214
CATCACCTGCCAGCTGTCACTGGGGCTGCAGAGCC SEQ ID NO:215
CTATATCCATGCCCACAACACGATAGCCATTTTCC
SEQ ID NO:216
5 GGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGGCG
SEQ ID NO:217
GGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAGCTCCTGGAAGAGCTATCTCAC
10 Otros sondas para IKBKE son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a IKBKE incluyen, pero no se limitan a, Abcam n.º cat. ab37596 que es un anticuerpo policlonal de conejo con un antígeno que era un péptido sintético conjugado a KLH seleccionado dentro de los a.a. 700-800 de IKKE humano; y Abeam n.º cat. ab12142 que es un anticuerpo monoclonal de ratón frente a un péptido sintético
15 correspondiente a los residuos a.a. 175-188, 525-540, o 567-580 de IKK iota/IKK épsilon humano.
Ejemplo 14: PHKG2
Se descubrió que PHKG2 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido
20 endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR demostraron que PHKG2 se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que PHKG2 se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que PHKG2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente
25 poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a PHKG2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000328273 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:218
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita.
35 La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000329968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:219
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia PHKG2 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PHKG2 incluyen aquellos en
directo SEQ ID NO:220 CCGCCAAAGAGTTTTACCAG inverso SEQ ID NO:221 TCCATAATCTTCACCGCAAA
directo SEQ ID NO:222 GGCGAGAGACACACATCCTT inverso SEQ ID NO:223 CAAACACCAGGAACATGAAGC
directo SEQ ID NO:224 GCTTCATGTTCCTGGTGTTTG inverso SEQ ID NO:225 TTTTCAGAGAGGGCCACCTT
directo SEQ ID NO:226 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT inverso SEQ ID NO:227 TGTTGTTGGCATGGAGAAAG
directo SEQ ID NO:228 TCAGATTTCGGGTTCTCCTG inverso SEQ ID NO:229 ATAGCCTGGGTGGGTTTCAT
directo SEQ ID NO:230 ATGAAACCCACCCAGGCTAT inverso SEQ ID NO:231 TGCGTAACATCAGGATCTGC
directo SEQ ID NO:232 CGTTCCAGCACTGTCAAAGA inverso: SEQ ID NO:233 CCTTCACAACGCTCAAAGAA
directo SEQ ID NO:234 ACCCCTTCTTTGAGCGTTGT inverso SEQ ID NO:235 CGTACACGATGGGTGCTTAG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar PHKG2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:236 CCGTTGTGTTCATCGAGCTA SEQ ID NO:237 CATCACCCTCATCGATTCCT SEQ ID NO:238 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT SEQ ID NO:239 AGGAAACCAGGTCCATCATG SEQ ID NO:240 CAGGGTATCTAGCGCCAGAG SEQ ID NO:241 CCTGTGGGGTGATCTTGTTC SEQ ID NO:242 ACAGCTGAGCAGGCCCTAC SEQ ID NO:243 GTTGTGGCAGTGTGGACAGT
Una sonda para detectar un ácido nucleico de PHKG2 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 244
CTCAACCCCAGGGATTCCCAGGAAGCAGAACTCTCCAGAAGAAGGGTTTTGATCA TTCCA
Otros sondas para PHKG2 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a PHKG2 incluyen, pero no se limitan a, anticuerpo monoclonal de ratón Anti-PHKG2 frente a proteína de longitud completa n.º cat. WH0005261M1 de SIGMA; anticuerpo PHKG2 -N-terminal n.º cat. ab71129 de Abcam; y anticuerpo PHKG2 n.º cat. ab28642 frente a una región entre aminoácidos 8-57 de PHKG2 humano de Abcam.
Se descubrió que P4HB se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usaron RT-PCR
5 demostraron que P4HB se sobreexpresó en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal y se descubrió sorprendentemente que P4HB se sobreexpresó en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en los ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que P4HB se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
10 La secuencia de un ARNm correspondiente a P4HB se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000331483 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:245
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz. La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000327801 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:246
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia de P4HB usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar P4HB incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:247: GCTGCGGAAAAGCAACTTC Inverso, SEQ ID NO:248 CTGATCTCGGAACCTTCTGC
Directo, SEQ ID NO:249 GGCTATCCCACCATCAAGTT Inverso, SEQ ID NO:250 TCTTCAGCCAGTTCACGATG
Directo, SEQ ID NO:251 GCAGAGTCCTTGGTGGAGTC Inverso, SEQ ID NO:252 TGGAAGTGATCCCAAATGGT
Directo, SEQ ID NO:253 ACCATTTGGGATCACTTCCA Inverso, SEQ ID NO:254 GGTGACCTCCCCTTCAAAGT
Directo, SEQ ID NO:255 CCCCTTGTCATCGAGTTCAC Inverso, SEQ ID NO:256 TGCTCAGTTTGCCGTCATAG
Directo, SEQ ID NO:257 TCACATCCTGCTGTTCTTGC Inverso, SEQ ID NO:258 GTCGCTGTCGATGAAGATGA
Directo, SEQ ID NO:259 GACGGCAGAGAGGATCACAG Inverso, SEQ ID NO:260 TTCTTCCCAACAAGCACCTT
Directo, SEQ ID NO:261 AGCCTGTCAAGGTGCTTGTT Inverso, SEQ ID NO:262 CAAATGGGAGCCAACTGTTT
Directo, SEQ ID NO:263 ACAGCTTCCCCACACTCAAG Inverso, SEQ ID NO:264 CACCGCTCTCCAGGAATTT
Directo, SEQ ID NO:265 GCACGCTGGATGGTTTTAAG Inverso, SEQ ID NO:266 TCATCGTCTTCCTCCATGTCT
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar P4HB a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:267 CACAAGTACCTGCTGGTGGA SEQ ID NO:268 GGCTTCCCCCAAGGAATATA SEQ ID NO:269 GCTTCTTCAAGGACGTGGAG SEQ ID NO:270 CTCGACAAAGATGGGGTTGT SEQ ID NO:271 TCACATCCTGCTGTTCTTGC SEQ ID NO:272 CTATGACGGCAAACTGAGCA SEQ ID NO:273 AAAATCAAGCCCCACCTGAT SEQ ID NO:274 TGAAGACGTGGCTTTTGATG SEQ ID NO:275 GGTCATTGATTACAACGGGG SEQ ID NO:276 ATGACGATCTCGAGGACCTG
Una sonda para detectar un ácido nucleico de P4HB que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en
SEQ ID NO:277
GGCATTTCTATTTCACAATCGAATTGAACACATTGGCCAAATAAAGTTGAAATTT
TCCCC
5 Otros sondas para P4HB son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a P4HB incluyen, pero no se limitan a, anti P4HB n.º cat. ab31811 de Abcam (policlonal de conejo) frente a residuos 400 a 500; y anticuerpo monoclonal anti-humano de ratón PDI (P4HB) de Lifespan Biosciences n.º cat. LS-C38385.
10 Ejemplo 16: P2RX4
Se descubrió que P2RX4 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR
15 demostraron que P2RX4 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que P2RX4 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que P2RX4 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
20 P2RX4 (también conocido como P2X4; P2X4R; P2RX4) Purinorreceptor P2X 4 (P2X4)(receptor ATP)(receptor purinérgico
25 ENSG00000135124
La secuencia de un ARNm correspondiente a P2RX4 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000337233 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:278 Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz. La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000336607 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:279
ENST00000359949 ENSP00000353032
SEQ ID NO:280
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar P2RX4 incluyen:
15 Directo, SEQ ID NO:281 AACTGCTCATCCTGGCCTAC Inverso, SEQ ID NO:282 GTCGTAACGGAGCTGACCAC
Directo, SEQ ID NO:283 GGATGTGGCGGATTATGTG 20 Inverso, SEQ ID NO:284 CCTGTGTCTGGTTCATGGTG
Directo, SEQ ID NO:285 AGATTCCAGATGCGACCACT
Inverso, SEQ ID NO:286 CAGACCCGTTGAAAGCTACG
25 Directo, SEQ ID NO:287 TCTGTCAAGACGTGTGAGGTG Inverso, SEQ ID NO:288 CCAAAAGAGTGAAGTTTTCTGC
Directo, SEQ ID NO:289 TTTTGGTTAAGAACAACATCTGG
Inverso, SEQ ID NO:290 ATATGGGGCAGAAGGGATCT
30 Directo, SEQ ID NO:291 CGCTTCGACATCATTGTGTT Inverso, SEQ ID NO:292 TAGCAGTGCCAGGCCAGAG
Directo, SEQ ID NO:293 GAAAAGACTCTACTATCGGGAGAA 35 Inverso, SEQ ID NO:294 CTGTTCTTTGATGGGGCTGT
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar P2RX4 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado 40 (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Otros ejemplos de sondas incluyen:
SEQ ID NO:295 TTGTGTGGGAAAAGGGCTAC
45 SEQ ID NO:296 TTCGTCATGACCAACGTGAT SEQ ID NO:297 TCAGATGCCAGCTGTACTGC SEQ ID NO:298 GTGGAGGATGACACACACGT SEQ ID NO:299 TCCTTCCCAACATCACCACT SEQ ID NO:300 GAAGGCAGGGAAATTTGACA
50 SEQ ID NO:301 GGGTCTTGCTAGTGAGCTGG Una sonda para detectar un ácido nucleico de P2RX4 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en
SEQ ID NO:302 CTCCTCAGAGAAGCGCTGTGCTAAGGTGATCGAGGACCAGACATTAAAGCGTGA TTTTCT
Otros sondas para P2RX4 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto. Los anticuerpos para P2RX4, incluyen, pero no se limitan a, policlonal anti-P2RX4 humano de ratón Maxpab, no conjugado de Novus Biologicals, proteína humana de longitud completa P2RX4 (1 a.a. ~ 388 a.a), H00005025-B01, y policlonal anti-P2RX4 de cabra, no conjugado de Novus Biologicals, NBP1-00141, péptido sintético, SEQ ID NO:303 YREKKYKY-VEDYEQ, que representa el extremo C-terminal de la secuencia de acuerdo con NP_002551.2
Ejemplo 17: PPFIBP2
Se descubrió que PPFIBP2 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que PPFIBP2 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que PPFIBP2 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que PPFIBP2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a PPPFIBP2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000299492 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:304
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000299492 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:305
10 Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000299492 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PPFIBP2 incluyen: 15 1) Directo, SEQ ID NO:306 GCTAGTCATGCGCTGGAAG Inverso, SEQ ID NO:307 GAAGCTCCAGCATCTCCAAG
2) Directo, SEQ ID NO:308 CCCAGGTAAACCACCACAGT 20 Inverso, SEQ ID NO:309 CTGGTGTCCTTCCAGACACA
3) Directo, SEQ ID NO:310 TGTGTCTGGAAGGACACCAG
Inverso, SEQ ID NO:311 TCCTCCTGCTCTCTCTGCTC
25 4) Directo, SEQ ID NO:312 AAGAGCTCAGGCACCTCAAA Inverso, SEQ ID NO:313 CTCACTGTGGAGAGCTGCTG
5) Directo, SEQ ID NO:314 AAACTTTGCTGCTTGCCAAT Inverso, SEQ ID NO:315 TTGAGTGACCATCACAATCTCC 30 6) Directo, SEQ ID NO:316 TCTCTCAATCAATGAAGAAGAACC Inverso, SEQ ID NO:317 TCCAGTGATTTCTGTGGCAAT
7) Directo, SEQ ID NO:318 GCCTCCAAGATGTAGCTCTCC 35 Inverso, SEQ ID NO:319 TCCACAGATTCACTTCTCAAGTC
8) Directo, SEQ ID NO:320 CGGAGCACAAATATCCCACT
Inverso, SEQ ID NO:321 CTTTGGGATTCCGTTTACCA
40 9) Directo, SEQ ID NO:322 TGGTAAACGGAATCCCAAAG Inverso, SEQ ID NO:323 TTGGAGTCCCTGGTCCTAGA
10) Directo, SEQ ID NO:324 TCTAGGACCAGGGACTCCAA Inverso, SEQ ID NO:325 GGGTGGCTGTCAATAAGGTG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar PPFIBP2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Otros ejemplos de sondas incluyen:
Sonda:
SEQ ID NO:326 CAGGCACTAAAACAGGTGCA SEQ ID NO:327 AGGGGATAAGGAGTCCCTCA SEQ ID NO:328 TTGAGACCCAGAAGCTCGAT SEQ ID NO:329 GAAATTGAGCGTCTGCACAG SEQ ID NO:330 TTACGGGGCTGTTAAACCAG SEQ ID NO:331 CAGCAAGTGGAACGCTACAA SEQ ID NO:332 TGCCACAGAAATCACTGGAA SEQ ID NO:333 ACACAGAAAGTGGCTGGGAC SEQ ID NO:334 TTCTACACTGACACGCTGGG SEQ ID NO:335 GGCCTGGCTCAGTATGTGAT
Una sonda para detectar un ácido nucleico de PPFIBP2 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:336 AGATCAAAGGGATGAGCAACAGGGACTTCTGCCACAGTGACAATGGAATTGTGTTGTGCC
Otros sondas para PPFIBP2 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
1) Anticuerpos:
2) anticuerpo monoclonal anti-PPFIBP2 humano de ratón, no conjugado, Clon 3A5, Abnova Corporation, proteína recombinante parcial PPFIBP2 (NP_003612, 1 a.a. ~ 101 a.a) con identificador GST. El PM del identificador GST solo es de 26 KDa.
3) Anticuerpo policlonal MaxPab anti-PPFIBP2 humano de conejo purificado, no conjugado, Abnova Corporation, proteína humana de longitud completa PPFIBP2 (NP_003612,1, 1 a.a. ~ 876 a.a).
Ejemplo 18: PPP1R16A
Se descubrió que PPP1R16A (proteína fosfatasa 1, subunidad 16A reguladora (inhibidora)) también conocido como MGC14333 y MYPT3 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que PPP1R16A se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que PPP1R16A se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que PPP1R16A se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
PPP1R16A, también denominada subunidad dirigida a miosina fosfatasa 3 (MYPT3) es una proteína situada en la membrana que tiene 524 residuos aminoacídicos, en la que cinco repeticiones de anquirina y un sitio de unión PP1 de consenso están situados dentro de los 300 residuos aminoacídicos N-terminales. La región C-terminal con 224 residuos contiene dos posibles sitios de unión de homología 3 de Src y un motivo de prenilación (CaaX). Estas características estructurales sugieren que R16A podría ser una proteína estructural que regula las interacciones proteína-proteína así como la señalización celular. (PMID: 18202305)
La secuencia de un ARNm correspondiente a PPP1R16A se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000292539 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:337 Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000292539 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:338
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000292539 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
15 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PPP1R16A incluyen:
Directo, SEQ ID NO:339 GTGTTGTCCTTCTGGAGGCCG (EX2)
Inverso, SEQ ID NO:340 GCCGTCAGGCCGTCCTCGTTG (EX3) Directo, SEQ ID NO:341 GCTGCCCGAAATGACCTGG (EX3) Inverso, SEQ ID NO:342 CGGAAATCATCAATGCAGC (EX5)
Directo, SEQ ID NO:343 GACGCCTCTGCATGCTGCGG (EX5) Inverso, SEQ ID NO:344 CACAGGTCATAGGGCATGTTC (EX6)
Directo, SEQ ID NO:345 GATGAGCAGACGCTGGACTG (EX6) Inverso, SEQ ID NO:346 CTCCGGATGTCGTCCAGC (EX7)
Directo, SEQ ID NO:347 CAGGCCGGGGCAGACCTC Inverso, SEQ ID NO:348 GGCTCGGTGTTCCAGCAGCAG
Directo, SEQ ID NO:349 GGGAGCCGCTGCACGCC Inverso, SEQ ID NO:350 CCCGCACCTCCTCGTCCC
Directo, SEQ ID NO:351 CTGCGCGCCCAGAGCCGC Inverso, SEQ ID NO:352 GCGTGCTGCTTGCGGTAC
Directo, SEQ ID NO:353 GCCAGACAGGCGCAGAGCTC Inverso, SEQ ID NO:354 CTACTCGGCCATTGTGCG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar PPP1R16A a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Otros ejemplos de sondas incluyen:
SEQ ID NO:355 TCTACTGTACAGGACACTGGCCCCTCTCAGGTCAGAAGACATGCCTGGAGGG ATGTCTGGCTGCAAAGACTATTTTTATCC
SEQ ID NO:356 CTGACGGCCCTGCACCAGTGCTGCATTGATGATTTCC
SEQ ID NO:357 GACTGCCATGGCCGACCGTGGCATCACCCAG
SEQ ID NO:358 GCTCGTGGCGCACGGGGCCGACCTGAACGC
SEQ ID NO:359 GCGCCGGCAGCCGCGGGAAGGTGGTGAGG
Otros sondas para PPFIBP2 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a PPP1R16A incluyen, pero no se limitan a, Abnova Corporation n.º cat. H00084988-M06 que es un anticuerpo monoclonal de ratón que aumenta frente a una PPP1R16A recombinante parcial: 429 a.a. -529 a.a; y de Abnova n.º cat. H00084988-B01 que es un policlonal de ratón que aumenta frente a una proteína PPP1R16A humana de longitud completa.
Ejemplo 19: RASSF7
Se descubrió que RASSF7, miembro 7 de la familia (N-terminal) de dominios de asociación a Ras (RalGDS/AF-6) también conocido como 2400009B11RIK, AW210608, C110RF13, HRAS1, HRC1, MGC126069, MGC126070, y RGD1306244 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que RASSF7 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que RASSF7 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que RASSF7 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
RASSF7 es un miembro de una nueva familia efectora de Ras caracterizada por la presencia de un dominio RA en su secuencia. Aunque interaccionan directa o bien indirectamente con Ras activado, su papel en la mediación de sus efectos biológicos sigue siendo poco claro. Lo que está claro que es parece que modulan algunas de las respuestas inhibidoras del crecimiento mediadas por Ras y pueden servir como genes supresores tumorales. De hecho, se ha descrito que los miembros de la familia están silenciados en tumores por metilación de sus promotores. (PMID: 17692468).
La secuencia de un ARNm correspondiente a RASSF7 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000344375 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:360
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000344226 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:361
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000344375 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
20 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar RASSF7 incluyen:
Directo, SEQ ID NO:362 CTGCCAGGAAGTGGTCAT C (EX1)
Inverso, SEQ ID NO:363 GCCGCTGCACAAGCACA (EX2)
25 Directo, SEQ ID NO:364 CATGGAGCTGAAGGTG (EX1) Inverso, SEQ ID NO:365 CTCAGGACAAACTGGAC (EX2)
Directo, SEQ ID NO:366 GCCACTGAGCGCCTGC (EX2)
Inverso, SEQ ID NO:367 GTCTGCTGGATGAACTG (EX3)
30 Directo, SEQ ID NO:368 CAG CAG AGC GAG CCT TGC AG Inverso, SEQ ID NO:369 CTG AGT GCC AGG AGG GC (EX3)
Directo, SEQ ID NO:370 CAC GGC CTG ACA GGG GCC (EX3) 35 Inverso, SEQ ID NO:371 GCC TAG GCT GGG CAC (EX4) Directo, SEQ ID NO:372 CTCTGAGTCCCATGCTGG (EX4) Inverso, SEQ ID NO:373 GACACCACTCTGGGGC (EX5)
Directo, SEQ ID NO:374 TGCCCAGCCTAGGCCC (EX4) Inverso, SEQ ID NO:375 GCCAGAGGACACCACTC (EX5)
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica. Se pueden derivar sondas para detectar RASSF7 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen:
SEQ ID NO:376 GAGAGGTCCTTCACTGTGTGTACACAGCAAGAGCATGTGTGTGCCACTTC
SEQ ID NO:377 AGTGTCCTCCGAGCCAGGACAGGCATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAG
SEQ ID NO:378 GAGCCGGGCCCTGGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAGGCTCAGGCTCAGGA GCTG
SEQ ID NO:379 CGGCCTGACAGGGGCCCTCCTGGCACTCAGGGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAG AGGAG
SEQ ID NO:380 GAGGAGCTGGGCCATGAGGCCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCCGGGAGCAG GCCCGGGAG
Otros sondas para RASSF7 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a RASSF7 incluyen, pero no se limitan a, LifeSpan BioSciences. n.º cat. LS-C31793-100 que es un anticuerpo policlonal de conejo; y de Novus Biologicals n.º cat.NB100-93434 , que es un anti-RASSF7 policlonal de cabra frente al epítopo SEQ ID NO:381 CTDLRGLELRVQRN.
Ejemplo 20: RNF183
Se descubrió que RNF183 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que RNF183 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que RNF183 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que RNF183 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a RNF183 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000297894 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:382 La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000297894 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:383
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia RNF183 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar RNF183 incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:384 GAGAAGCTGGGCTGGAG (EXON3)
Inverso, SEQ ID NO:385 CAGCCACACACGGGGA (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:386 CAGCTGTGTGCTAAGAACAAAG (EXON3)
Inverso, SEQ ID NO:387 GCCCTGCTGCTCAGCCATC (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:388 GCAGAAGGCAGCGAGGAC (EXON3)
Inverso, SEQ ID NO:389 GGCAGCAATCCAGCATTTTG (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:390 CTGCGTGGAATGTCTGGCC (EXON4)
Inverso, SEQ ID NO:391 CAAGTCAGTGACAGGCTGC (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:392 GTCTACACGCTGGACCTTG (EXON4)
Inverso, SEQ ID NO:393 GATGCGGAACTGAGGGTTG (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:394 CTACCTGATGGCCGTCATC (EXON4)
Inverso, SEQ ID NO:395 CCAGCAGCAACCGAAAAAG (EXON4)
Directo, SEQ ID NO:396 CATGCGTGCAGGGCTGCA (EXON1)
Inverso, SEQ ID NO:397 GTGCTGCTCTCCCAGGG (EXON2)
Directo, SEQ ID NO:398 CCG TGGAATCGATTCCCAG (EXON2)
Inverso, SEQ ID NO:399 CTGTTTCTCATATGGGTCATTCG (EXON3)
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar RNF183 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso
deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de
sondas incluyen
SEQ ID NO:400 ATGGCTGAGCAGCAGGGCCGGGAGCTTGAGGCTGAGTGCCC SEQ ID NO:401 GCCCACGGACACTGCCATGCTCGCCCTGCTCC SEQ ID NO:402 GGACCAGCCCAAGAGCCGCTACTTCCTGCGCCAGCCT SEQ ID NO:403 CGCTGGACCTTGGCCCCCAGCCTGGGGGCCAG SEQ ID NO:404 GTTCCTTTGGGGTGTGGGGTGAGTGCTG Una sonda para detectar un ácido nucleico de RNF183 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en
SEQ ID NO:405
CAGTGGTATCCAGGAACCTGACTAGCCCAAATAGCAAGTTGCATTTCTCACT GGAGCTGC Otros sondas para RNF183 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto. Ejemplo 21: SIRT6 Se descubrió que SIRT6 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido
endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que SIRT6 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que SIRT6 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que SIRT6 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial. La secuencia de un ARNm correspondiente a SIRT6 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000269860 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:406
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz. La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000269860 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:407
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia de SIRT6 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
20 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar SIRT6 incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:408 TTGTGGAAGAATGTGCCAAG
Inverso, SEQ ID NO:409CCTTAGCCACGGTGCAGAG
25 Directo, SEQ ID NO:410 TCTTCCAGTGTGGTGTTCCA Inverso, SEQ ID NO:411 TTGGCACATTCTTCCACAAA
Directo, SEQ ID NO:412 AGCTGAGGGACACCATCCTA
Inverso, SEQ ID NO:413 GCAGGTTGACGATGACCAG
30 Directo, SEQ ID NO:414 GCTTCCTGGTCAGCCAGA Inverso, SEQ ID NO:415 ATGTACCCAGCGTGATGGAC
Directo, SEQ ID NO:416 GCTTCCTGGTCAGCCAGA 35 Inverso, SEQ ID NO:417 CTAGGATGGTGTCCCTCAGC
Directo, SEQ ID NO:418 GAGAGCTGAGGGACACCATC Inverso, SEQ ID NO:419 GTACCCAGCGTGATGGACAG
Directo, SEQ ID NO:420 AGGATGTCGGTGAATTACGC Inverso, SEQ ID NO:421 AAAGGTGGTGTCGAACTTGG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar SIRT6 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
SEQ ID NO:422 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO:423 GACTTCAGGGACAAACTGGC SEQ ID NO:424 ACTGGGAGGACTCCCTGC SEQ ID NO:425 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO:426 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO:427 TAGACTGGGAGGACTCCCTG SEQ ID NO:428 GAGTCTGGACCATGGAGGAG
Una sonda para detectar un ácido nucleico de SIRT6 que se usó en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:429 GAAGTGGGGGATCAGTAGAGGCTTGCACTGCCTTTGGGGCTGGAGGGAGA
Otros sondas para SIRT6 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos frente a SIRT6 incluyen, pero no se limitan a, anti-SIRT6 policlonal de conejo frente a una de C-terminal n.º cat. 2590 de Cell Signalling Technology; y anticuerpo monoclonal de ratón que aumenta frente a una SIRT6 recombinante parcial de 141 a.a. ~ 251 a.a, n.º catálogo: H00051548-M01 de Abnova.
Ejemplo 22: TJP3
Se descubrió que TJP3, proteína de unión de oclusión 3 (zónula ocluyente 3) también conocida como MGC119546, ZO-3, ZO3 se sobreexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que TJP3 se sobreexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que TJP3 se sobreexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que TJP3 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
TJP3 (ZO-3) se identificó por primera vez como una proteína de 130 kDa que coinmunoprecipita con ZO-1. Es un miembro de las proteínas MAGUK (homólogos de tipo guanilato cinasa asociada a membrana). Estas proteínas están implicadas en la formación y mantenimiento de los complejos supramoleculares en áreas específicas de la superficie celular denominadas uniones de oclusión. Las uniones de oclusión se sitúan en la parte más apical de las membranas laterales de células epiteliales sencillas, y se considera que están implicadas en funciones separadoras y protectoras.
La clonación y la secuenciación de ADNc que codifican proteínas MAGUK mostraron que todas tienen tres dominios PDZ (PDZ1 a -3), un dominio SH3, y un dominio de tipo guanilato cinasa (GUK) en este orden desde sus extremos NH2 (PMID: 10966866). Entre estos dominios, los dominios PDZ se unen a los extremos COOH-terminales de diversas proteínas, en especial proteínas integrantes de membrana, de las que la mayoría terminan en valina. Por tanto, las MAGUK pueden reticular múltiples proteínas integrantes de membrana en la superficie citoplásmica de las membranas plasmáticas para establecer dominios de membrana especializados. También se ha informado de que ZO-3 se asocia con ZO-1, pero no con ZO-2, aunque los dominios responsables para la interacción ZO-3/ZO-1 permanecen sin identificar. También se ha demostrado que ZO-3 se une directamente al dominio citoplásmico de ocludina (Haskins et al. 1998).
La secuencia de un ARNm correspondiente a TJP3 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000262968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:430 La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000262968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:431
Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia ENST00000262968 usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar TJP3 incluyen: Directo, SEQ ID NO:432 CCCTCGACCAGGTGGCTGAC (Exon1) Inverso, SEQ ID NO:433 CCTCCAGAGATCGCAATGC (Exon2)
Directo, SEQ ID NO:434 GTATCTGACGTGGTACCTG (Exon2)
Inverso, SEQ ID NO:435 GGCAAACGCGGAGGTGGCATT C (Exon3) Directo, SEQ ID NO:436 CGGGGTTTCCATGGAGAATG (Exon3) Inverso, SEQ ID NO:437 GCGGGCAGGTGGATCCTCC (Exon4)
Directo, SEQ ID NO:438 GCAGGACGTGCAGATGAAGC (Exon4)
Inverso, SEQ ID NO:439 CCCGAATCTGTAATGTGCTTG (Exon5) Directo, SEQ ID NO:440 GTGGGCTGCAGGAAGGAGATC (Exon5) Inverso, SEQ ID NO:441 GAACTGCCCACGATCTCTCAGC (Exon6)
Directo, SEQ ID NO:442 GATCGTGGGCAGTTCCTGG (Exon6)
Inverso, SEQ ID NO:443 GATGTCTGCAGGGGGAGAGG (Exon7) Directo, SEQ ID NO:444 CACCCCGGCATGCTCAGCG (Exon7) Inverso, SEQ ID NO:445 CCGAGATGGTTCTGGAATC (Exon8)
Directo, SEQ ID NO:446 GAGTCCCCGGCTTCGGCGG (Exon8)
Inverso, SEQ ID NO:447 CGATCCTCCATGCTCTGACTG (Exon9) Directo, SEQ ID NO:448 GTG CAG GCG GGC AGC CCG (Exon10) Inverso, SEQ ID NO:449 GTC CTG CTT CCT CTG CGT C (Exon11)
Directo, SEQ ID NO:450 CGAGAGCAGCAGACGCGGCC Inverso, SEQ ID NO:451 GAGGTCAGCGGAGCTGTCG
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar TJP3 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado
(por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados).
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO:452
CAGGGACAGTGGCGACAGGACAGCATGCGAACCTATGAACGGGAAGCCCTG AAGAAAAAG SEQ ID NO:453 GAACAGCACACGGCCACACTGTCCAAGGACCCCCGCCGGGGC
SEQ ID NO:454 ACCAAGATGGCCAACATCACAGTGAAACGTCCCCGGAGGATCCACCTGCCC GCC
SEQ ID NO:455 CAGTGACAGCGACAGCTCGCCATTGGAGGAAGGCGTGACCATGGCTGATGA GAT
SEQ ID NO:456 CGAGTGGTGTTGCGAGAAGCCAGTTTCAAGCGCCCGGTAGTGATCCTGGGA CCC
Otros sondas para TJP3 son conocidas en la técnica y/o se pueden diseñar fácilmente por el experto.
Los anticuerpos en contra incluyen, pero no se limitan a, TJP3 que están comercialmente disponibles de, por ejemplo, Abnova n.º cat. H00027134-A01 que es un anticuerpo policlonal de ratón que aumenta frente una TJP3 recombinante parcial que tiene la secuencia SEQ ID NO:457 DEPPAPALARSSEPVQADESQSPRDRGRISAHQGAQVDSRHPQGQWRQDS MRTYEREALKKKFM-RVHDAESSDEDGYDWGPATDL (NP_055243, 868 a.a. ~ 953 a.a); de LifeSpanBiosciences n.º cat. LS-C18593 que es un policlonal de conejo frente a un péptido sintético derivado del extremo C-terminal de la proteína TJP3 (ZO-3) humana; y de LifeSpanBiosciences n.º cat.LS-C50518 que es un policlonal de conejo frente a un péptido sintético derivado del extremo C-terminal de la proteína TJP3 (ZO-3) humana.
Ejemplo 23: EFEMP2
Se descubrió que EFEMP2 también conocido como FBLN4, MBP1, y UPH1 se subexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que EFEMP2 se subexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que EFEMP2 se subexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que EFEMP2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
ENSG00000172638: Sólo un transcrito
La secuencia de un ARNm correspondiente a EFEMP2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000307998 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:458. GGGGCG La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000309953 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:459
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar EFEMP2 incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:460 TGCTCTTGGGATCAGCTTCT Inverso, SEQ ID NO:461 CCTCAGGGATGGTCAGACAC
Directo, SEQ ID NO:462 TGCCCACCAGGCTATGAG Inverso, SEQ ID NO:463 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC
Directo, SEQ ID NO:464 AACTTGCCTGGCTCCTATCA Inverso, SEQ ID NO:465 GTGCTGGCAGTAGCGGTAG
Directo, SEQ ID NO:466 GGCCTAACAACCGCTCCT Inverso, SEQ ID NO:467 CGACACAGGAAGGTCCCATA
Directo, SEQ ID NO:468 TATGGGACCTTCCTGTGTCG Inverso, SEQ ID NO:469 GATGCAGCGGTACTGACAGA
Directo, SEQ ID NO:470 GTCAGTACCGCTGCATCAAC Inverso, SEQ ID NO:471 CGCACCAGACTCACACTCAT
Directo, SEQ ID NO:472 GTGGAGCCCTACATCCAGGT Inverso, SEQ ID NO:473 TCCGAGGTGATGGTCATGTA
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar EFEMP2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
La sonda usada en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:474 TTCATCCATTGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCGTGC SEQ ID NO:475 GAAGAGCCCGACAGCTACAC SEQ ID NO:476 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC SEQ ID NO:477 CCTGATGGTTACCGCAAGAT SEQ ID NO:478 GTGAACGAGTGTGACATGGG SEQ ID NO:479 ATGGCTTCTCCTGCAGTGAT SEQ ID NO:480 ACGCCTCTGCCAAGACATT SEQ ID NO:481 ATGTCGAGAGCAGCCTTCAT
Los anticuerpos para EFEMP2 incluyen anticuerpo policlonal MaxPab® anti-EFEMP2 humana de ratón, no conjugado, n.º cat. H00030008-B01 frente a EFEMP2 humana de longitud completa; anticuerpo monoclonal anti-EFEMP2, no conjugado, clon 2C8, n.º cat. H00030008-M01 frente a una proteína parcial, 26aa-443aa; y anticuerpo policlonal anti-EFEMP2 humana de conejo, no conjugado, n.º cat. ab74873 frente a un péptido sintético derivado de una región interna de EFEMP2 humana.
Ejemplo 24: SOCS2
Se descubrió que SOCS2, también conocido como CIS2, Cish2, SOCS-2, SSI-2, SSI2, y STATI2 se subexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que SOCS2 se subexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que SOCS2 se subexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que SOCS2 se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a SOCS2 se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000340600 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:482
Los codones de iniciación y terminación se indican en negrita.
10 La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000339428 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:483
15 Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar SOCS2 incluyen aquellos en
Directo, SEQ ID NO:484 AGTCACCAAGCCCCTTCC
Inverso, SEQ ID NO:485 GCTCTTTCTCCCCAGATCCT
20 Directo, SEQ ID NO:486 GGGACTGCCTTTACCAACAA Inverso, SEQ ID NO:487 TTTACATAGCTGCATTCGGAGA Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica (por ejemplo, usando Oligo Calc y/o Primer 3).
Se pueden derivar sondas para detectar SOCS2 a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
La sonda usada en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:488 AGTGTGGTTCATCTGATCGACTACTATGTTCAGATGTGCAAGGATAAGCGGA CAGGTCCA SEQ ID NO:489 GACTTTGTCATCCGTCCTCC SEQ ID NO:490 ACTTGGAAGAATATAAATTCCAGGT
Los anticuerpos para SOCS2 incluyen, pero no se limitan a, anticuerpo policlonal anti-SOCS2 humana de ratón, no conjugado, n.º cat. H00008835-A01 frente a una proteína parcial: 99aa-198aa; anticuerpo monoclonal anti-SOCS2 humana de ratón, no conjugado, clon 3E7, n.º cat. H00008835-M01 frente a una proteína parcial: 99aa-198aa; anticuerpo policlonal anti-SOCS2 humana de conejo, no conjugado, n.º cat. ab74533 frente a la parte C-terminal de la proteína.
Ejemplo 25: DCN
Se descubrió que DCN, también conocido como CSCD, DSPG2, PG40, PGII, PGS2, y SLRR1B, se subexpresaba en tejido primario de cáncer endometrial en comparación con tejido endometrial normal por el experimento de micromatrices descrito en el ejemplo 1. Otros estudios que usan RT-PCR demostraron que DCN se subexpresaba en tejido de cáncer endometrial primario en comparación con tejido endometrial normal como se describe en el ejemplo 2. Se descubrió sorprendentemente que DCN se subexpresaba en muestras obtenidas de fluido uterino (por ejemplo, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el procedimiento descrito en el ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que DCN se puede combinar con otros biomarcadores para dar un excelente poder predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial.
Seis transcritos de gen ENSG00000011465 pero sólo 4 de ellos hibridan con la sonda de la matriz de la invención, los siguientes:
La secuencia de un ARNm correspondiente a DCN se da en ENSEMBL con el número de acceso ENST00000052754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:491
El codón de terminación se indica en negrita así como la posición correspondiente a la sonda de micromatriz.
La secuencia de aminoácidos correspondiente se da en ENSEMBL con el n.º de acceso ENSP00000052754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:492
10 Se pueden diseñar cebadores para amplificar la secuencia de DCN usando un programa informático de diseño de cebadores tal como Oligo Calc y/o Primer 3. Ejemplos de pares de cebadores para amplificar DCN incluyen aquellos en
15 Directo, SEQ ID NO:493 AGCTTTGAGGGCTCCTGTG Inverso, SEQ ID NO:494 GCAAGCAGAAGGAGGATGAT
Directo, SEQ ID NO:495 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Inverso, SEQ ID NO:496 TGCAGGTCTAGCAGAGTTGTG
Directo, SEQ ID NO:497 AACCGAAATCAAAGATGGAGA Inverso, SEQ ID NO:498 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC
Directo, SEQ ID NO:499 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Inverso, SEQ ID NO:500 CTGCTGATTTTGTTGCCATC
Directo, SEQ ID NO:501 TGGCAACAAAATCAGCAGAG Inverso, SEQ ID NO:502 GCCATTGTCAACAGCAGAGA
Directo, SEQ ID NO:503 GGGCTGGCAGAGCATAAGTA Inverso, SEQ ID NO:504 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC
Directo, SEQ ID NO:505 AACCGAAATCAAAGATGGAGA Inverso, SEQ ID NO:506 CCAAAGGTGTAAATGCTCCAG
Directo, SEQ ID NO:507 GAGATCACCAAAGTGCGAAA Inverso, SEQ ID NO:508 AAAGCCCCATTTTCAATTCC
Directo, SEQ ID NO:509 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Inverso SEQ ID N0:510 AAAGCCCCATTTTCAATTCC
Otros conjuntos de cebadores se pueden diseñar fácilmente por el experto y/o son conocidos en la técnica.
Se pueden derivar sondas para detectar DCN a partir de cualquier número de fuentes dependiendo del uso deseado (por ejemplo, usando los cebadores descritos anteriormente y reactivos apropiados). Otros ejemplos de sondas incluyen
La sonda usada en la micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:511 TTTAACTGTGCTATGGAGTAGAAGCAGGAGGTTTTCAACCTAGTCACAGAGCAGC ACC SEQ ID NO:512 TTCCCGGATTAAAAGGTTCC SEQ ID NO:513 AAGTGCCAAAGGATCTTCCC SEQ ID NO:514 CCTGAAGAACCTTCACGTTG SEQ ID NO:515 TCCTCCTTCCCTTACGGAAT SEQ ID NO:516 ATGCAGCTAGCCTGAAAGGA SEQ ID NO:517 CATCCAGGTTGTCTACCTTCA SEQ ID NO:518 TGAAGAACCTTCACGCATTG SEQ ID NO:519 TGTCATAGAACTGGGCACCA SEQ ID NO:520 GTTCTGATTTGGAACTGGGC
Los anticuerpos para DCN incluyen, pero no se limitan a, anticuerpo monoclonal anti-decorina humana de ratón, no conjugado, n.º cat. ab54728, frente a proteína de longitud completa recombinante; y anticuerpo monoclonal anti-DCN, no conjugado, clon 2B5-G5, n.º cat. H00001634-M02, frente a proteína de longitud completa recombinante.
Cebadores adicionales para los biomarcadores de la invención:
ACAA1 SEQ ID NO:521 tcacgggagaagcaggatac SEQ ID NO:522 cttgctctgggctcttgc
SEQ ID NO:523 ccagagattgcctgattcct SEQ ID NO:524 cctgcttctcccgtgaaat
SEQ ID NO:525 agctgggggacatctgtgt SEQ ID NO:526 cactcagaaactgggcgatt
AP1M2 SEQ ID NO:527 cacatcgaagaatgccaatg SEQ ID NO:528 gctccttgaagtattcgcaga
SEQ ID NO:529 tgctcttcgagctcactgg SEQ ID NO:530 cacgcactggtggaatttt
SEQ ID NO:531 gttcgctacatcacccagagt SEQ ID NO:532 gtaaggaagccccgtgttc
CGN SEQ ID NO:533 gagcttacccgaaaagtgga SEQ ID NO:534 tctagcttctgccgcttctt
SEQ ID NO:535 ggagatactcgccaggttga SEQ ID NO:536 ccttaagctcctcctgtgtcc
SEQ ID NO:537 cctctgtgaggaggaaggttag SEQ ID NO:538 ttagtagaaccagaagaaaccatcac
DDR1 SEQ ID NO:539 tagagagccacccccgta SEQ ID NO:540 ccatatagtccccactgtaggc
SEQ ID NO:541 ccactctgctccctgtgtc SEQ ID NO:542 ctggcttctcaggctccata
SEQ ID NO:543 tggggactattaccgtgtgc SEQ ID NO:544 acgtcactcgcagtcgtg
EPS8L2 SEQ ID NO:545 gcagctcttctccctcaaca SEQ ID NO:546 cccactttgctgcttctcc
SEQ ID NO:547 caagatgagccccaaggac SEQ ID NO:548 tgatgacgttggagttggaa
SEQ ID NO:549 caaggatgaggtcctagaggtg SEQ ID NO:550 gatgttgcagggcacgta
FASTKD1 SEQ ID NO:551 tggaaattctggggtatcgt SEQ ID NO:552 gcatcctttgttgacagtgc
SEQ ID NO:553 cctgggaatcaaatatcgaaatag SEQ ID NO:554 ccaaaaattccaaagcaatcc
SEQ ID NO:555 aagaattaacttttctgcatttcca SEQ ID NO:556 cagaacagacacctcagttggt
GMIP SEQ ID NO:557 aaccctggccatggagac SEQ ID NO:558 ccgccacttctcaatctcag
SEQ ID NO:559 cccagcaccacagtaccc SEQ ID NO:560 ctctgtggagttggaatctcg
SEQ ID NO:561 ctggtggcccatctgttc SEQ ID NO:562 ggttgttggcagacatcttgt
IKBKE SEQ ID NO:563 acagttcaagaagtctaggatgagg SEQ ID NO:564 tggctaaatgactgaaattcacc
SEQ ID NO:565 ggacatccctcctctacctca SEQ ID NO:566 ggatctcaggcgttccag
SEQ ID NO:567 ctgcctgaggatgagttcct SEQ ID NO:568 gatgcacaatgccgttctc
P2RX4 SEQ ID NO:569 ccgttacgaccaaggtcaag SEQ ID NO:570 tgacgaagagggagttttcc
SEQ ID NO:571 tctgtcaagacgtgtgaggtg SEQ ID NO:572 agtgaagttttctgcagccttta
SEQ ID NO:573 tctcctggctacaatttcagg SEQ ID NO:574 atgccataggccttgatgag
P4HB SEQ ID NO:575 gcttcccccaaggaatataca SEQ ID NO:576 tcttcagccagttcacgatg
SEQ ID NO:577 gcaggggatgatgacgat SEQ ID NO:578 cgtcttcctccatgtctgg
SEQ ID NO:579 ctggagggcaaaatcaagc SEQ ID NO:580 ttcttcccaacaagcacctt
PHKG2 SEQ ID NO:581 gcagatccgactttcagatttc SEQ ID NO:582 ggggtcccacacaactctc
SEQ ID NO:583 ttccagcactgtcaaagacct SEQ ID NO:584 aaagaaggggtgctgtaggg
SEQ ID NO:585 aggctatggcaaggaggtc SEQ ID NO:586 tgcgtaacatcaggatctgc
PPFIBP2 SEQ ID NO:587 aggggataaggagtccctca SEQ ID NO:588 ctggtgtccttccagacaca
SEQ ID NO:589 gaatggaagctaaaggccact SEQ ID NO:590 atctttcagggccacctgtt
SEQ ID NO:591 aatcttcgagggagtggagtc SEQ ID NO:592 cagggtgtccccagtgaa
PPP1R16A SEQ ID NO:593 ccctcccagtgttgtcctt SEQ ID NO:594 ccccactcccaaggaact
SEQ ID NO:595 gagtgctggacgcctctg SEQ ID NO:596 ttgaccgccaggagattg
SEQ ID NO:597 atgccctatgacctgtgtgat SEQ ID NO:598 gatgctgtcctgggtgatg
RASSF7 SEQ ID NO:599 cactagcccaagcaataggc SEQ ID NO:600 cactcttgtggcagcaactg
SEQ ID NO:601 cagcctggctctggtgag SEQ ID NO:602 ggagctctcggttcagctc
SEQ ID NO:603 tctgcctccagccagaga SEQ ID NO:604 ctccaggagttctgcgtcat
RNF183 SEQ ID NO:605 tccagagtagtctgcctgacc SEQ ID NO:606 catcctcagccacacacg
SEQ ID NO:607 tccagagtagtctgcctgacc SEQ ID NO:608 tgttgttgaaggggttccag SEQ ID NO:609 tctgccaccgtgtctacg SEQ ID NO:610cggaaacactccctcaaa
SIRT6 SEQ ID NO:611 agctgagggacaccatccta SEQ ID NO:612 atgtacccagcgtgatggac
SEQ ID NO:613 aggatgtcggtgaattacgc SEQ ID NO:614 agaccagcctcgccagtt
SEQ ID NO:615 ggtcagccagaacgtgga SEQ ID NO:616 gtggagctctgccagtttgt
TJP3 SEQ ID NO:617 gtgggcatcttcgtgtcc SEQ ID NO:618 gaatggcacgtcattcacc
SEQ ID NO:619 atctggacggcggaagat SEQ ID NO:620 ggtgagggaggtctaggttgt
SEQ ID NO:621 tcatcaagcacattacagattcg SEQ ID NO:622 ggctagacaccccgttgat
EFEMP2 SEQ ID NO:623 actcgcagggggacttttac SEQ ID NO:624 catgagggaattcatggtga
SEQ ID NO:625 atcgggatggcttctcct SEQ ID NO:626 tgatgcagcggtactgaca
SEQ ID NO:627 agtaccgctgcatcaacga SEQ ID NO:628 cgcaccagactcacactcat
SOCS2 SEQ ID NO:629 ggagctcggtcagacagg SEQ ID NO:630 ctaatcaagaaagttccttctggtg
SEQ ID NO:631 cagtcaccaagccccttc SEQ ID NO:632 aagggatggggctctttct
SEQ ID NO:633 ggagctcggtcagacagg SEQ ID NO:634 gttccttctggtgcctctttt
DCN SEQ ID NO:635 ggagactttaagaacctgaagaacc SEQ ID NO:636 cgttccaacttcaccaaagg
SEQ ID NO:637 ctgtcaatgccatcttcgag SEQ ID NO:638 gatcctttggcactttgtcc
SEQ ID NO:639 caatatcaccagcattcctcaag SEQ ID NO:640 ctgctgattttgttgccatc
Aunque se ha descrito la invención anterior con algo de detalle a modo de ilustración y ejemplo por fines de claridad de entendimiento, será obvio que se pueden practicar determinados cambios y modificaciones dentro del alcance de las reivindicaciones adjuntas.
- Listado de secuencias
- <110> Geadic Biotec, AIE.
- 5
- <120> Marcadores para cáncer endometrial
- <130> R2321 PCT S3
- 10
- <150> EP 09 16 6398.9 <151> 2009-07-24
- <160> 640
- 15 20
- <170> PatentIn versión 3.4 <210> 1 <211> 1695 <212> ADN <213> Homo Sapiens <400> 1
<210> 2
<211> 424
<212> PRT
<213> Homo Sapiens
<400> 2
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<211> 20
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<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína ACAA1"
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<213> Secuencia artificial
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<221> Fuente
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<213> Secuencia artificial
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<221> Fuente
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<211> 20
<212> ADN
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<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<221> Fuente
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
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<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
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<210> 301
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Sonda para detectar una molécula de nucleótido que tiene una secuencia de ácido nucleico que codifica la proteína P2RX4"
<210> 302
<211> 60
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Sonda para detectar una molécula de nucleótido que tiene una secuencia de ácido nucleico que codifica la proteína P2RX4"
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5 <211> 14
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<213> Secuencia artificial
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<211> 19
<212> ADN
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<220>
<221> Fuente
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<210> 307
<211> 20
<212> ADN
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<220>
<221> Fuente
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<210> 308
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
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<210> 309
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 310
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 311
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 312
<211> 20
<212> ADN
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<221> Fuente
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<210> 313
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 314
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que
codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 315
<211> 22
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 316
<211> 24
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 317
<211> 21
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 318
<211> 21
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína PPFIBP2"
<210> 319
<211> 23
<212> ADN
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
<213> Homo Sapiens
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<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente 10 <223> Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína SIRT6
<210> 409 15 <211> 19
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador inverso para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína SIRT6"
<210> 410
<211> 20
<212> ADN
<213> Secuencia artificial
<220>
<221> Fuente
<223> /note="Descripción de secuencia artificial: Cebador directo para amplificar la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína SIRT6"
<210> 411
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<212> ADN
<213> Secuencia artificial
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Claims (29)
- REIVINDICACIONES
- 1.
- Un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende detectar el nivel del biomarcador P4HB en una muestra de una paciente en el que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial.
-
- 2.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de GMIP, IKBKE, o EFEMP2.
-
- 3.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de FASTKD1.
-
- 4.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de DDR1.
-
- 5.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de SIRT6.
-
- 6.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de PHKG2.
-
- 7.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, SOCS2, y DCN.
-
- 8.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que dicha paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o se la está sometiendo a un cribado para cáncer endometrial.
-
- 9.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente con hemorragia uterina anormal.
-
- 10.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente que tiene un incremento en el grosor del endometrio.
-
- 11.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente premenopáusica, perimenopáusica, o posmenopáusica.
-
- 12.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 11, en el que dicha paciente es posmenopáusica.
-
- 13.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, en el que dicha muestra se elige de una muestra de tejido, sangre y/o suero, y fluido uterino.
-
- 14.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 13, en el que dicha muestra es una muestra de fluido uterino.
-
- 15.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 14, en el que dicha muestra de fluido uterino se obtiene por aspiración.
-
- 16.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que el nivel del biomarcador P4HB, y opcionalmente, un biomarcador elegido de GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN, se determina con un anticuerpo.
-
- 17.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que el nivel del biomarcador P4HB, y opcionalmente, un biomarcador elegido de GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN, se determina por RT-PCR.
-
- 18.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 2 a 17, en el que se detectan de 2 a 20 marcadores.
-
- 19.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 18, en el que se detectan uno o más biomarcadores adicionales.
-
- 20.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 19, en el que dichos uno o más biomarcadores adicionales se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial.
-
- 21.
- El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15 y 17 a 20, que comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla, en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial;
poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino;determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, con los unoo más genes endógenos;comparar el nivel normalizado de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, con un valor de control en el que la expresión diferencial de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial. -
- 22.
- El procedimiento de la reivindicación 21, en el que dichos uno o más genes endógenos se eligen de POLR2A, B2M y PFN1.
-
- 23.
- Uso de un ácido nucleico que es ARNm de P4HB, ADNc, o un complementario del mismo para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 24.
- Uso de un ácido nucleico que es un cebador para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 25.
- Uso de un ácido nucleico que es una sonda para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 26.
- Uso de un anticuerpo para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 27.
- Uso de un kit que comprende un cebador para P4HB como se define en la reivindicación 24, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 28.
- Uso de un kit que comprende la sonda como se define en la reivindicación 25, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
-
- 29.
- Uso de un kit que comprende el anticuerpo como se define en la reivindicación 26, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.
FIG. 1Expresión génica de aspirados frente a tumores primariosCalculado usando RT-PCR con 64 genes en 9 muestrasMedia de expresión génica relativa a aspirado□ Media de la expresión \ Regresión lineal Media de la expresiónFIG. 2AGENFIG. 2BGENFIG. 3 Datos de RNF183FIG. 4 AP1M2FIG. 5 CGNFIG. 6 FASTKD1FIG. 7 IKBKEFIG. 8 P4HBFIG. 9 SOCS2FIG. 10FIG. 11FIG. 12FIG. 13FIG. 14FIG. 15FIG. 16FIG. 17FIG. 18FIG. 19
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