CN110383070A - 癌生物标记 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌症、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤，所述方法包括确定体液样品内糖胺聚糖(GAGs)硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)、和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成，其中已经从所述受试者获得所述样品。

Description

癌生物标记
本发明涉及癌症的生物标记物并涉及筛查癌症的方法。这类方法涉及确定指示受试者中癌症的某些生物标记物的水平和/或组成。
预测癌症病例数近期大幅度升高。渐增的患癌症人群决定了迫切需要改进当前的癌症诊断现状。尤其，需要实惠和可行的癌症诊断学工具来辅助医疗卫生专业人士早期检测高风险癌症，这一般与更有利的临床结局相关，或指导治疗当前癌症患者。
循环型生物标记物是可以在个体的可及体液(例如，血液或尿中)测量并且其水平可用于辅助诊断和/或预后和/或预测治疗反应的分子。广泛使用的生物标记物的例子是用于前列腺癌的前列腺特异性抗原(PSA)、用于结直肠癌的癌胚抗原(CEA)和用于卵巢癌的糖抗原125。但是，这些生物标记物诊断癌症的临床价值存在高度争议。例如，假定临界值等于4ng/ml时在面临平均风险的50岁以上男性中检测前列腺腺癌的标准PSA试验具有分别等于21％(对于Gleason评分大于或等于8的高级别病变，51％)和91％的常见灵敏度值和特异性值(Wolf等人,2010)。
本领域需要是新的癌症(例如，诊断癌症)筛查方法。鉴定新生物标记物癌症可能潜在地对众多患者有临床意义并且将是重要的临床进展。在此，发明人为可以在高度特异性和敏感测定法中用于检测癌症的血液和/或尿中癌症标志物提供证据。因此有利地，这类方法无侵入性并且对轻易可获得的样品进行，以及高度准确。发明人还已经观察到，某些基因的表达水平指示癌症。
这类试验的可用性也对众多医疗决策具有价值，例如，确定新诊断的癌症中进展的风险；在临床风险不确定的癌症患者中指导治疗选项；在手术或药物治疗之前和之后监测的癌症；在一般宣称患者治愈后的较长时间段期间排除疾病复发；在面临风险的群体(如具有遗传素质的个体或展示风险因子的个体或展示症状的个体)中评估癌症出现情况；确定转移是否是归因于特定癌症；在早期癌症患者中预测再次出现或复发；区分怀疑为癌症的病变与非恶性疾病；或在一般群体中筛查癌症。
在这个方面、发明人已经确定：与对照受试者相比，某些糖胺聚糖(GAG)即硫酸软骨素(CS)，硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)和所述GAG的化学组成以差异性水平存在于来自癌症患者的体液样品中。GAG CS或HS或HA的这些差异性水平或GAG CS或HS或HA的差异性化学组成(GAG谱)可以充当癌症的生物标记物并且因此可用于筛查受试者中的癌症。发明人已经因此确定，来自可及体液的GAG谱适合作为癌症的生物标记物/诊断标志物使用。
令人惊讶和有利地，发明人已经发现，在癌症患者的可及体液中观察到GAG CS和HS和HA水平的变化并且这些GAG谱适合作为癌症的生物标记物使用。发明人也已经显示，除CS和HS和HA的总(总)水平或浓度之外，也在癌样品和正常样品之间观察到化学组成的其他变化，例如CS和HS的特定二糖硫酸化样式，并且这可以非常有效地用来诊断癌症。
显然，发现可以在来自受试者的可及体液样品(例如，血液或尿)中实施癌症诊断研究结果是极端有利的。因此，发明人已经观察到伴同癌症存在的GAG组成的全身性改变。
有利地，发明人也已经显示，提醒癌症出现并基于可及体液中量值所计算的已鉴定标志物是疾病的精确和稳健预测物。
因此，在一个方面，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌症、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌症、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤，所述方法包括确定体液样品内糖胺聚糖(GAGs)、硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成，其中已经从所述受试者获得所述样品。
除非从上下文另外显而易见，否则本文后续对“癌症”的提及指上述段落中所述的20个类型癌症中的一者或多者。
在一个方面，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌(oesophageal cancer)、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌，所述方法包括确定体液样品内糖胺聚糖(GAGs)、硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成，其中已经从所述受试者获得所述样品。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查受试者中前列腺癌、肺癌、头颈癌或膀胱癌的方法。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查前列腺癌、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤或葡萄膜黑素瘤)、皮肤癌、结肠癌或直肠癌(可以统称为结直肠癌)、神经内分泌肿瘤(例如，胃肠道神经内分泌肿瘤)、血癌(例如，慢性淋巴样白血病或非霍奇金淋巴瘤)、膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫癌(例如，子宫内膜癌或宫颈癌)、脑癌(例如，弥漫性胶质瘤)和肺癌的方法。
在一个特别优选的实施方案中，本发明提供一种筛查受试者中前列腺癌的方法。因此，在优选的方面，本发明提供一种筛查受试者中前列腺癌的方法，所述方法包括确定体液样品内糖胺聚糖(GAGs)、硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成，其中已经从所述受试者获得所述样品。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、直肠癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，未筛查乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肺癌和/或子宫癌。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、直肠癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，未筛查乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肺癌和/或子宫癌。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、血癌和卵巢癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是皮肤癌、肺癌、脑癌或乳腺癌。
在一些实施方案中，本发明提供一种筛查癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、血癌、卵巢癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是皮肤癌、肺癌、脑癌或乳腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是头颈癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是头颈癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、直肠癌、膀胱癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是血癌、脑癌、子宫癌、胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、肺癌或前列腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、直肠癌、膀胱癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是血癌、脑癌、子宫癌、胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、肺癌或前列腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是胃癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是胃癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是结肠癌、直肠癌、胰腺癌或胃癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是结肠癌、直肠癌、胰腺癌或胃癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是乳腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是乳腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是结肠癌或直肠癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是结肠癌或直肠癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是前列腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是前列腺癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是膀胱癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是膀胱癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是血癌、卵巢癌、乳腺癌或结肠癌。
在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是血癌、卵巢癌、乳腺癌或结肠癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、子宫癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是肝癌、前列腺癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、膀胱癌、直肠癌、卵巢癌或结肠癌。
在一些实施方案中，癌症选自甲状腺癌、子宫癌、胆管癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤。因此，在一些实施方案中，癌症不是肝癌、前列腺癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、膀胱癌、直肠癌、卵巢癌或结肠癌。
在本发明的优选方法中，与对照水平和/或组成相比，所述样品中硫酸软骨素(CS)和/或硫酸类肝素(HS)和/或透明质酸(HA)的水平和/或组成改变指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在本发明的优选方法中，确定水平和化学组成二者。在本发明的其他优选方法中，单独确定化学组成，或在其他的优选方法中，单独确定CS和/或HS和/或HA的水平(总水平或总浓度)。
如前所述，本发明的方法包括确定体液样品中糖胺聚糖(GAGs)、硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定所述GAG之一的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定硫酸软骨素(CS)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定硫酸类肝素(HS)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定透明质酸(HA)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定所述GAG中两者的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定硫酸软骨素(CS)和硫酸类肝素(HS)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定硫酸软骨素(CS)和透明质酸(HA)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定透明质酸(HA)和硫酸类肝素(HS)的水平和/或化学组成。在一些实施方案中，确定所述GAG中全部三者的水平和/或化学组成，即确定硫酸软骨素(CS)和硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)的水平和/或化学组成。
糖胺聚糖(GAG)是含有分子的糖，其在丝氨酸残基上与蛋白质接合，即可以形成蛋白聚糖的部分。它们从可以硫酸化的线型或不分枝单糖链(即是多糖)形成。硫酸类肝素(HS)，硫酸软骨素(CS)，硫酸角质素(KS)、透明质酸(HA)和肝素是常见类型的GAG，其中HS和CS是硫酸化GAG的例子。不同类型的GAG依据不同的重复性二糖单元区分。但是，全部类型均具有与蛋白质的丝氨酸残基接合的相同四糖芯部。
因此，例如，CS和HS是分享与核心蛋白联系的共同生物合成途径的GAG，但是此后，它们在其聚合方面差异，在于CS重复性二糖由重复性N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)和葡糖醛酸残基(GIcA)组成，而HS中的重复性二糖一般由重复性N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)和葡糖醛酸(GIcA)残基组成。每个单糖由特异性酶接合，从而允许多层次调节GAG合成。
如本文提到的“HS或CS或HA水平”通常指样品中存在的HS或CS或HA的总水平或量(例如，浓度)。可以通过原本在本领域熟知并且描述的任何适宜方法测量或测定样品中的CS和/或HS和/或HA水平。优选的方法包括电泳、尤其毛细管电泳法，例如，采用荧光检测，例如(激光诱导荧光检测)的毛细管电泳法。其他合适的方法是凝胶电泳，例如，琼脂糖凝胶电泳(例如，FACE、荧光团辅助糖电泳)或质谱法或液相色谱，例如，HPLC，任选地与质谱法(HPLC-MS)组合。便利地，这些水平可以计量为浓度，例如，作为数值微克/ml(μg/ml)。但是，再次可以使用水平的任何适宜测量。
在本发明的方法中，分别地或单独确定HS或CS或HA的水平。换句话说，所述方法不涉及测量样品中的总GAG水平或联合存在的全部GAG的总水平，而是涉及测量各个GAG HS或CS或HA中一者或多者的水平。
在具体的实施方案中，可以在例如血液样品或尿样品中确定CS和/或HS和/或HA的水平(例如，总水平或浓度)。
在本发明的一些实施方案中，尿样中升高的CS水平(或浓度)和/或尿样中升高的HS水平(或浓度)和/或尿样中升高的HA水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)并且可以用来筛查、诊断等如本文他处描述的受试者。
在本发明的一些实施方案中，血液样品中升高的HS水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)并且可以用来筛查、诊断等如本文他处描述的受试者。
在具体的实施方案中，尿样中升高的CS水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在具体的实施方案中，血液样品中降低的CS水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在具体的实施方案中，血液样品中升高的HS水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在具体的实施方案中，尿样中升高的HS水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在具体的实施方案中，尿样中升高的HA水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
在具体的实施方案中，血液样品中升高的HA水平(或浓度)指示所述受试者中的癌症(例如，前列腺癌)。
构成CS和HS的各个单糖单位可以具有就硫酸酯分子的位置和硫酸酯分子的量/数目而言不同的硫酸化样式。对于CS，硫酸化可以最常见地发生在GIcA的位置2和GalNAc的位置4和6中的一者或多者处。对于HS，硫酸化可以发生在差向异构化成IdoA(艾杜糖酸)后GIcA的位置2、GlcNAc的位置3和6中一者或多者处和GlcNAc的N-硫酸化。因此，GAG链中的每个单独二糖可以具有0个(即非硫酸化)、1、2、3或4种(仅在HS中)硫酸化形式并且这转而产生就硫酸化水平和特定二糖硫酸化样式而言不同的GAG链总体化学组成。
如本文他处描述，本发明的优选实施方案涉及确定1、2或3种CS、HS和HA的化学组成。如本文所用的术语“化学组成”可以指GAG水平以及GAG的二糖硫酸化组成。尤其，该术语包括确定构成CS或HSGAG的二糖的一种或多种具体形式，例如，硫酸化形式。换句话说，术语“化学组成”涉及多种硫酸化形式和/或非硫酸化形式的CS或HS二糖中一者或多者的量或水平，以及，例如，存在的单独GAG的某些其他特性，如总HS或CS或HA GAG水平，或如本文他处进一步所述的与GAG硫酸化相关的其他特性，如HS电荷或CS电荷。在本发明中分析或确定的这种化学组成也可以在本文中称作GAG谱、GAG形式、GAG特征或GAG特性。在这个方面，在一些实施方案中，可以在本发明的方法中测量多达22个如下文更详细描述的不同GAG特性(包含多达20个独立特性)，并且从特定样品取得的这些量值(例如，两者或更多者)的集合或群组可以称作GAG谱。在本发明的一些优选实施方案中，如下文更详细描述，可以测量多达21个不同GAG特性(包含多达19个独立特性)。
因此，例如，如本文所用的术语“化学组成”可以指确定或分析构成CS和/或HS的二糖的硫酸化样式(例如，一种或多种硫酸化形式)。
例如，对于CS，存在8个主要硫酸化形式和非硫酸化形式(硫酸化样式、二糖硫酸化形式)，它们是：0s CS(也称作非硫酸化的CS或CS O单位)、2s CS(也称作软骨素-2-硫酸)、4s CS(也称作软骨素-4-硫酸或CS A单位)、6s CS(也称作软骨素-6-硫酸或CS C单位)、2s4s CS(也称作软骨素-2-4-硫酸)、2s6s CS(也称作软骨素-2-6-硫酸或CS D单位)、4s6sCS(也称作软骨素-4-6-硫酸或CS E单位)和Tris CS(也称作软骨素-2-4-6-硫酸或三硫酸化CS)。
以上每者是一种可以在本发明方法中测量的CS GAG的形式(CS GAG形式或特性)。可以测量这些形式的一种或多种，例如可以测量这些硫酸化形式的多达8种，例如，1、2、3、4、5、6、7种或全部8种。在一些实施方案中，优选测量全部8种这些硫酸化形式。对于CS，可以在本发明方法中测量的另一个GAG特性是CS总浓度(本文也称作总CS或总CS或总CS)或CS总水平。这一般作为浓度测量，例如，以μg/ml计，如本文他处描述。在其中测量CS总浓度作为GAG特性之一的本发明实施方案中，优选测量至少一个其他GAG特性或CS特性，例如，这样的特性，其不基于存在的其他独立GAG的总水平(例如，不基于总HS或总HA)。在一些实施方案中，不测量CS总浓度。在一些实施方案中，优选测量一种或多种CS GAG特性。
“电荷CS”是另一个可以在本发明方法中测量的GAG形式或特性，例如，作为GAG谱的部分。“电荷CS”指硫酸化二糖CS的总分数，即样品中存在或测量的总CS二糖中的在样品中存在或测量的硫酸化CS二糖的分数(即硫酸化CS二糖/硫酸化+非硫酸化CS二糖)。
例如，除了非硫酸化形式的CS(0s CS)之外，在样品是血液样品的情况下，也可以将4s CS作为主要的硫酸化形式测量(例如，替代测量全部硫酸化形式的CS)以计算电荷CS(4s CS/4s CS+0s CS)。备选地，例如，除了非硫酸化形式的CS(0s CS)之外，在样品是尿样的情况下，也可以将4s CS和6s CS作为主要的硫酸化形式测量(例如，替代测量全部硫酸化形式的CS)以计算电荷CS(4s CS+6s CS/4s CS+6s CS+0s CS)。
由于测量“电荷CS”依赖于测量其他特性，即，测量硫酸化和非硫酸化CS二糖的水平，故本文中这个特性不称作独立的GAG特性或CS特性。因此，可以在本发明的方法中测量多达9个独立CS特性，它们是上文所列的8个硫酸化形式和非硫酸化形式，连同总CS。在一些实施方案中，测量全部9个这些独立CS特性。
在一些实施方案中，优选测量多达8个(例如，1、2、3、4、5、6、7或8个)或全部8个CS硫酸化形式(即，硫酸化形式和非硫酸化形式)，连同总CS和电荷CS。
例如，对于HS，存在8个主要硫酸化形式和非硫酸化形式(硫酸化样式、二糖硫酸化形式)，它们是：0s HS(也称作非硫酸化HS)、2s HS(其在GIcA的2-位置硫酸化)、Ns HS(其在GlcNAc的N-位置硫酸化)、6s HS(其在GlcNAc的6-位置硫酸化)、2s6s HS(其在GIcA的2-位置和GlcNAc的6-位置硫酸化)、Ns6s HS(其在GlcNAc的6-位置和N-位置硫酸化)、Ns2s HS(其在GIcA的2-位置和GlcNAc的N-位置硫酸化)、Tris HS(其在GIcA的2-位置和GlcNAc的6-位置和N-位置硫酸化，也称作三硫酸化HS)。注意在GlcNAc的位置3处硫酸化也有可能，但罕见观察到。
以上每者是一种可以在本发明方法中测量或测定的HS GAG的形式(HS GAG形式或特性)。但是，归因于其稀有性，在本发明的优选实施方案中，不测量其中在GlcNAc的位置3硫酸化的硫酸化形式。因此，在本发明的方法中，可以测量这9种(或优选地8种)形式中的一者或多者，例如，可以测量多达9种(或优选地多达8种)，例如，1、2、3、4、5、6、7、8种或全部9种这些硫酸化形式。在一些实施方案中，优选测量全部8种这些硫酸化形式(排除其中在GlcNAc的位置3硫酸化的硫酸化形式)。对于HS，可以在本发明方法中测量的另一个GAG特性是HS总浓度(本文也称作总HS(HS tot)或总HS(Tot HS)或总HS)或HS总水平。这一般作为浓度测量，例如，以μg/ml计，如本文他处描述。在其中测量HS总浓度作为GAG特性之一的本发明实施方案中，优选测量至少一个其他GAG特性或HS特性，例如，这样的特性，其不基于存在的其他独立GAG的总水平(例如，不基于总CS或总HA)。在一些实施方案中，不测量HS总浓度。在本发明的方法中优选测量一种或多种HS GAG特性，例如，其中样品是血液或尿的情况下，尤其其中样品是尿样的情况下。
“电荷HS”是另一个可以在本发明方法中测量的GAG形式或特性，例如，作为GAG谱的部分。“电荷HS”指硫酸化二糖HS的总分数，即样品中存在或测量的总HS二糖(即硫酸化HS二糖/硫酸化+非硫酸化HS二糖)中的在样品中存在或测量的硫酸化HS二糖的分数。
以举例方式，除了非硫酸化形式的HS(0s HS)之外，在样品是血液样品的情况下，也可以将Ns HS和/或6s HS作为主要的硫酸化形式测量(例如，替代测量全部硫酸化形式的HS)以计算电荷HS(Ns HS+6s HS/Ns HS+6s HS+0s HS)。
由于测量“电荷HS”依赖于测量其他特性，即，测量硫酸化和非硫酸化HS二糖，故本文中这个特性不称作独立的GAG特性或HS特性。因此，可以在本发明的方法中测量多达10个独立HS特性，它们是上文所列的9个硫酸化形式和非硫酸化形式(优选地，排除其中在GlcNAc的位置3硫酸化的硫酸化形式)，连同总HS。因此，在一些实施方案中，测量9个独立HS特性(8个主要硫酸化和非硫酸化HS形成外加总HS)。
在一些实施方案中，优选测量上文所列的多达8个(例如，1、2、3、4、5、6、7或8个)或全部8个HS主要硫酸化形式(即，硫酸化形式和非硫酸化形式，不包括其中在GlcNAc的位置3硫酸化的硫酸化形式)，连同总HS和电荷HS。
因此，在一些实施方案中，测量9个独立HS特性(8个主要硫酸化和非硫酸化HS形成外加总HS)和9个独立CS特性，即18个独立GAG特性。
如上所述，在一些实施方案中，可以确定体液样品中透明质酸(HA)的水平和/或化学组成。透明质酸(HA)一般不硫酸化。因此，当根据本发明测量HA时，它一般和优选地是测量HA的水平(总水平或总浓度)(本文也称作总HA(HA tot)或总HA(Tot HA)或总HA(HA))。这一般作为浓度测量，例如，以μg/ml计，如本文他处描述。在其中测量HA总浓度作为GAG特性之一的本发明的一些实施方案中，优选测量至少一个其他GAG特性(例如，CS和/或HS特性)，例如，这样的特性，其不基于存在的其他独立GAG的总水平(例如，不基于总CS或总HS)。在一些实施方案中，不测量HA。在一些实施方案中，不测量尿中的HA。在一些实施方案中，不测量血液中的HA。
因此，在一些实施方案中，测量9个独立HS特性(8个主要硫酸化和非硫酸化HS形成外加总HS)和9个独立CS特性，并测量总HA，即19个独立GAG特性。
这些GAG特性或GAG形式，例如，二糖硫酸化形式(例外是总CS或总HS)可以作为分数大小或分数或比例或相对量值测量，而非作为绝对水平或浓度测量，例如，取决于样品中测量的全部硫酸化形式(或全部主要硫酸化形式)的水平，作为小于1的值给出或针对1归一化。换句话说，独立测量每种所需硫酸化形式的水平并且随后针对1归一化。换句话说，独立测量每种所需硫酸化形式的水平并且随后计算其质量分数或体积分数或摩尔分数。这些分数也可以表述为百分数。换句话说，这些分数也可以针对100归一化。例如，在一些实施方案中，可以通过以下方式确定给定硫酸化CS形式或非硫酸化CS形式的分数大小：测量给定硫酸化CS形式或非硫酸化CS形式的水平并将这个水平除以样品中测量(或存在)的全部CS硫酸化形式(或全部的主要硫酸化形式)和非硫酸化CS形式的水平的总和。在一些实施方案中，可以通过以下方式确定给定硫酸化HS形式或非硫酸化HS形式的分数大小：测量给定硫酸化HS形式或非硫酸化HS形式的水平并将这个水平除以样品中测量(或存在)的全部HS硫酸化形式(主要硫酸化形式)和非硫酸化HS形式的水平的总和。当计算这类分数时，优选至少测量CS或HS的主要硫酸化形式，以便能够将特定的独立硫酸化形式的分数针对1归一化。在一些实施方案中，优选地至少将HS或CS的非硫酸化形式作为主要硫酸化形式测量。除非硫酸化形式的CS之外，其中样品是血液样品的情况下，也可以将4s CS作为主要硫酸化形式测量。除非硫酸化形式的CS之外，其中样品是尿样的情况下，也可以将4s CS和6s CS作为主要硫酸化形式测量。除非硫酸化形式的HS之外，其中样品是血液样品或尿样的情况下，也可以将Ns HS和/或6s HS作为主要硫酸化形式测量。
以举例方式，独立测量样品中0s CS、4s CS和6s CS的水平并且随后除以三个量值的总和，以获得分数的量值。通常优选相对量值，因为它们更易解读，例如，0s CS量值0.6表示60％的CS二糖为非硫酸化。但是，也可以测量绝对水平。
在本发明的一些优选实施方案中，测量或测定构成CS和/或HS的一种或多种二糖的二糖组成(例如，特定硫酸化样式(例如，硫酸化形式))。在更优选的实施方案中，测量或测定CS和/或HS的一种或多种硫酸化特性或形式，如上文所概述的那些(例如，0s CS、2s CS等)。实现这点的适宜方法将是本领域技术人员熟知并且可以使用这些方法中的任一者。但是，实现对二糖组成或适宜CS或HS特性或形式的这种定量(和二糖形式的分离)的便利方法是使用电泳、尤其毛细管电泳法、和优选地采用荧光检测的毛细管电泳法，例如，采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳法(CE-LIF)。备选方法是液相色谱、优选地HPLC(高效液相色谱)，例如SAX HPLC。优选地还使用质谱法(例如，HPLC-MS)，例如电喷雾电离质谱法(ESI-MS)。备选地，可以在无色谱(例如，液相色谱)的情况下使用质谱法。实施例中略述特别优选的方法。特别优选的方法的一个例子是采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳。特别优选的方法的另一个例子是HPLC ESI-MS。
在其中测量一种或多种独立二糖形式的水平的本发明的一些方法中，GAG经受处理步骤，例如片段化或剪切或消化步骤，例如，通过化学消化或酶处理(例如，借助软骨素酶ABC或软骨素酶B)，以获得随后分析的二糖单位。
在本发明的一些方法中，样品中的GAG经受(例如，使用蛋白酶如蛋白酶K)提取和/或(例如，使用阴离子交换树脂)纯化步骤。
在本发明的一些方法中，样品中的GAG(例如，样品中各种不同的GAG形式)是经受分离和/或定量步骤，如本文他处描述。
本领域已知可能使用的其他方法。但是，例子是涉及使用针对各种GAG形式的抗体的分析技术，例如，诸如蛋白质印迹法、ELISA或FACS的技术，或涉及琼脂糖凝胶电泳(例如，荧光团辅助糖电泳(FACE))或聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法。
本发明的优选方法提供一种筛查受试者中癌症(例如，前列腺癌)的方法，所述方法包括确定或测量体液样品中多种硫酸化形式和/或非硫酸化形式的CS或HS二糖中一者或多者的量或水平(换而言之，确定GAG硫酸化样式)、HS或CS的硫酸化二糖(即电荷HS或电荷CS)的总分数、或CS或HS或HA总浓度。对于CS，这可以涉及确定一种或多种(或全部)选自以下的CS形式：电荷CS、总CS、0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS和TrisCS。对于HS，这可以涉及确定一种或多种(或全部)选自以下的HS形式：电荷HS、总HS、0s HS、2s HS、6s HS、2s6s HS、Ns HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。对于HA，这可以包括确定HA总浓度，即总HA。
因此，在一些实施方案中，可以在本发明的方法中测量或测定多达22个选自0sCS、2s CS、4s CS、6s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS、在GlcNAc的位置3处的HS硫酸化、总HS、电荷HS、总HA的GAG特性。如本文他处描述，优选地不测量或不测定在GlcNAc的位置3处的HS硫酸化。因此，在一些实施方案中，可以在本发明的方法中测量或测定多达21个选自0s CS、2s CS、4s CS、6s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、0s HS、2s HS、NsHS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS、总HS、电荷HS、总HA的GAG特性。在一些实施方案中，可以测量或测定一种或多种以下GAG特性：4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4sCS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0sCS/4s CS反比率)。因此，在一些实施方案中，可以测量或测定多达25个GAG特性或多达24个GAG特性。
在一些实施方案中，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：0s CS、6sCS、4s CS/6s CS比率、电荷CS、Ns HS、4s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、0s HS、电荷HS。
在一些实施方案中，对于血液样品，可以测量或测定一种或多种以下GAG特性：0sCS、6s CS、4s CS/6s CS比率、电荷CS、Ns HS。
在一些实施方案中，对于尿样，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：4s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、0s HS、电荷HS。
在一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，6s CS或电荷CS中一者或多者(或两者)的水平升高指示所述受试者中的癌症。
在一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平降低指示所述受试者中的癌症：0s CS、4s CS/6s CS比率或Ns HS。
在一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，电荷HS的水平升高指示所述受试者中的癌症。
在一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平降低指示所述受试者中的癌症：4s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率或0s HS。
在一些实施方案中，对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/6s CS比率、0s CS。
在一些实施方案中，对于尿样，可以测量或测定一种或多种(或两个)以下GAG特性：Ns2s HS、4s CS。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG形式：电荷CS、总CS或总HS。在一些实施方案中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的癌症：电荷CS、总CS或总HS。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG形式：0s CS、4s CS或6s CS。在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，0s CS、4s CS或6s CS中一者或多者(或全部)的水平改变指示所述受试者中的癌症。在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，0s CS的水平降低指示所述受试者中的癌症。在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，4s CS或6sCS中一者(或两者)的水平升高指示所述受试者中的癌症。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：电荷CS、总CS、6s CS、4s CS、2s HS、0s Hs。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定以下GAG特性：6s CS/4sCS+6s CS比率(或4s CS+6s CS/6s CS反比率)或2s HS相对于0s HS的相对水平(例如，2sHS/0s HS比率或0s HS/2s HS反比率)。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定以下GAG特性：2s HS相对于0s HS的相对水平(例如，2s HS/0s HS比率或0s HS/2s HS反比率)。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定2s HS。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：总CS、6s CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)或2s HS相对于0s HS的相对水平(例如，2s HS/0s HS比率或0s HS/2sHS反比率)。在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：总CS、6s CS、电荷CS或4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)。
在一些实施方案中，对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：电荷CS、总CS、总HS、0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平的改变指示所述受试者中的癌症：电荷CS、总CS、总HS、0s CS、2s CS、6sCS、4s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的癌症：电荷CS、总CS、总HS、6s CS、4s CS、6s CS/0s CS比率或4s CS/0s CS比率。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平降低指示所述受试者中的癌症：0s CS、2s CS或4s CS/6s CS比率。
在一些实施方案中，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：6s CS、6sCS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或总HS。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，可以测量或测定一种或多种(或全部)以下GAG特性：6s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或总HS。
在一些实施方案中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平的改变指示所述受试者中的癌症：6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或总HS。
在一些实施方案中，例如对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平的改变指示所述受试者中的癌症：6s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6sCS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或总HS。
在一些实施方案中，不测定总CS、0s CS、4s CS和/或6s CS。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是头颈癌，则不测定总CS、0s CS、4s CS和/或6s CS。
在一些实施方案中，不测定总CS、0s CS、4s CS、6s CS和/或总HS。在一些实施方案中，不测定总CS、0s CS、4s CS、6s CS、总HS和/或总HA。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是血癌、脑癌、子宫癌、胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、肺癌或前列腺癌，则不测定总CS、0s CS、4s CS、6s CS和/或总HS。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是血癌、脑癌、子宫癌、胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、肺癌或前列腺癌，则不测定总CS、0s CS、4sCS、6s CS、总HS和/或总HA。
在一些实施方案中，不测定0s CS、4s CS、6s CS、总CS和/或总HA。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是结肠癌、直肠癌、胃癌或胰腺癌，则不测定0s CS、4s CS、6s CS、总CS和/或总HA。
在一些实施方案中，不测定总CS和/或总HA。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是乳腺癌，则不测定总CS和/或总HA。
在一些实施方案中，不测定总CS和/或总HS。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是结肠癌或直肠癌，则不测定总CS和/或总HS。
在一些实施方案中，不测定总HS、总CS和/或总HA。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是膀胱癌，则不测定总HS、总CS和/或总HA。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是血癌、卵巢癌、乳腺癌或结肠癌，则不测定总HS、总CS和/或总HA。
在一些实施方案中，不测定总CS、4s CS、6s CS、总HS和/或总HA。在一些实施方案中，如果癌症是前列腺癌，则不测定总CS、4s CS、6s CS、总HS和/或总HA。
在一些实施方案中，不测定总CS、0s CS、4s CS、6s CS、总HS和/或总HA。
在一些实施方案中，对于血液样品，测定0s CS。
如上文所示，根据本发明特别优选的癌症是前列腺癌。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，不测定Ns HS和/或0s HS。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，不测定0s Hs。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，不测定2s6s HS。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，例如与对照水平相比，所述样品中以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、6s CS、2s6sCS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、总HA、Tris HS、Ns2s HS、6s HS、电荷HS和总HS。在一些实施方案中，例如与对照水平相比，所述样品中0s HS的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，例如与对照水平相比，所述样品中Ns2s HS的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌。
在本发明筛查前列腺癌的方法中待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：4s CS、0s CS、总HA和Ns2s HS。
在本发明方法(例如，筛查前列腺癌的方法)中待测量的其他优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
在本发明方法(例如，筛查前列腺癌的方法)中待测量或测定的其他优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：0s CS、4s CS、Ns2s HS、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。在本发明方法(例如，筛查前列腺癌的方法)中待测量的其他优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总HA、总CS、2s CS、6s CS、4s6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6sCS反比率)、Tris HS、Ns6s HS、0s HS、电荷HS、总HS。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，对于血液样品例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、6s CS、4sCS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总HA、Tris HS、Ns2s HS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌：0s CS、4s CS/6sCS比率、总CS、Ns6s HS、Ns HS、2s6s HS和0s HS。
对于血液样品，在优选的实施方案中，本发明筛查前列腺癌的方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或反比率4s CS/6sCS)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4sCS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
对于血液样品，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，一种或多种(或全部)硫酸化形式的CS或总CS的升高指示前列腺癌。特别地，以下一者或多者(或全部)升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)。对于血液样品，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，以下一者或多者(或两者)下降指示所述受试者中的前列腺癌：0s CS或总CS。因此，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，一种或多种硫酸化形式的CS或总CS的改变指示前列腺癌。
对于血液样品，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，4s CS相对于6s CS(例如，4s CS/6s CS比率)的相对水平下降指示所述受试者中的前列腺癌。在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，0s CS相对于6s CS的相对水平(例如，0s CS/6s CS比率)或0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)下降也指示所述受试者中的前列腺癌。
因此，这些标志物可以单独用于本发明的方法(例如，筛查前列腺癌的方法)中，不过它们也可以组合使用，例如，以多标志物测定法的形式使用。这些比率是特别优选的标志物(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4sCS比率)。在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS)是优选的标志物。
对于血液样品，在本发明筛查前列腺癌的方法的优选实施方案中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：Tris HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS或总HS。尤其，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，以下一者或多者的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：Tris HS、Ns2s HS、6s HS或总HS。备选地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，2s6s HS的水平下降指示所述受试者中的前列腺癌。在本发明的一些实施方案(例如，筛查前列腺癌的方法)中，方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：Tris HS、Ns2s HS和总HS。在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，一种或多种硫酸化形式的HS或总HS的改变指示前列腺癌。这些标志物可以单独用于本发明的方法(例如，筛查前列腺癌的方法)中，不过它们也可以组合使用，例如，以多标志物测定法的形式使用。
对于血液样品，在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以测量总HA(HA tot)。在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，总HA的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，对于尿样例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：0s CS、2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、总HA、总CS、Tris HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Ns HS、2s6sHS、6s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查前列腺癌的方法中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平降低指示所述受试者中的癌症：4s CS、4s CS/6s CS比率、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、2s HS和0s HS。
对于尿样，在筛查前列腺癌的方法的优选实施方案中、这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：4s CS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、总CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。在一些优选的实施方案中，这些方法(例如，筛查前列腺癌的方法)包括测定4s CS。
例如，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，在尿样中，例如与对照水平相比，一种或多种硫酸化形式的CS或总CS的水平升高指示前列腺癌。特别地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、总CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)或0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)。备选地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，尿样中一种或多种硫酸化形式的CS的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌。特别地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(全部)的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌：4s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)。因此，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，一种或多种硫酸化形式的CS或总CS的改变指示前列腺癌。
这些标志物可以单独用于本发明的方法中，不过它们也可以组合使用，例如，以多标志物测定法的形式使用。这些比率是特别优选的标志物。
对于尿样，在本发明筛查前列腺癌的方法的优选实施方案中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：电荷HS、总HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。在本发明的一些实施方案中(例如，筛查前列腺癌的方法)，这些方法涉及测定以下一者或多者：TrisHS、Ns6s HS、Ns2s HS和电荷HS。在本发明的一些优选实施方案中(例如，筛查前列腺癌的方法)，这些方法涉及测定Ns2s HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，在尿样中，例如与对照水平相比，一种或多种硫酸化形式的HS或总HS的水平升高指示前列腺癌。尤其，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：电荷HS、总HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。备选地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，尿样中一种或多种硫酸化形式的HS的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌。特别地，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，2s HS的水平下降指示所述受试者中的前列腺癌。因此，在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，一种或多种硫酸化形式的HS或总HS的改变指示前列腺癌。
这些标志物可以单独用于本发明的方法中，不过它们也可以组合使用，例如，以多标志物测定法的形式使用。
对于尿样，在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以测量总HA(总HA)。在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如与对照水平相比，总HA的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌。
在一些实施方案中，测定单一GAG形式(GAG特性)的水平。例如，在筛查前列腺癌的方法的一个实施方案中，该方法包括测定样品中以下一种或多种GAG特征(GAG特性)的水平，所述GAG特征在本文表B中鉴定为前列腺癌样品和健康样品之间显著改变，即“ROPE(实际等效区)％”小于5.00的那些特征。
在本发明的其他实施方案中，测定多于一个GAG形式(GAG特性)的水平(例如，测定两个或更多个GAG形式、或三个或更多个GAG形式、或四个或更多个GAG形式、或五个或更多个GAG形式的水平)。“多于一个”意指2、3、4、5、6、7、8、9、10个等...21、22、24或25个(包括在2和21或者2和22或者2和24或者2和25之间的全部整数)。在本文提供的标志物或GAG特性的任何列表中，测量全部是优选的实施方案。另外，可以进行对GAG形式的每个和每种可能组合的水平的测定。
因此，在一些实施方案中，开展多标志物方法。测定多个GAG形式(多重生物标记物)的水平可以改善筛查(例如，诊断)准确度。
在一个优选实施方案中，确定所述GAG形式中两者的水平。在另一个优选实施方案中，确定所述GAG形式中三者的水平。在又一个优选实施方案中，确定所述GAG形式中四者或五者的水平。
在血液的情况下，为筛查前列腺癌待确定的特别优选的标志物是以下一者或两者(优选地两者)：4s CS和0s CS。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中一者或两者。
在血液的情况下，通过测定以下GAG形式(特性)的水平达到前列腺癌的最高准确度，依据准确度排序：4s CS对0s CS比率(例如，4s CS/0s CS)、0s CS、4s CS、电荷CS、总HS、6s CS、6s CS对0s CS比率(例如，6s CS/0s CS)、4s6s CS。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中一者或多者、两者或更多者、三者或更多者、四者或更多者、五者或更多者、六者或更多者、七者或更多者或优选地其全部。在优选的实施方案中，首先使用最准确的形式，即4s CS对0s CS比率(例如，4s CS/0s CS)。如果加入其他形式，则优选地将它们按照列表中所示的顺序加入，即0s CS接下来等。在其他实施方案中，不测量4s CS对0s CS比率(例如，4s CS/0s CS)。
血液中筛查前列腺癌的其他优选GAG形式可以鉴定作为具有小于表B中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00或1.00的ROPE％值或甚至值0.00。
在尿的情况下，为筛查前列腺癌待确定的特别优选的标志物是以下一者或多者或全部：总HA、Ns2s HS和4s CS。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中一者或多者、两者或更多者或优选地其全部。
在尿的情况下，通过测定以下GAG形式(特性)的水平达到前列腺癌的最高准确度，依据准确度排序：Ns2s HS、Tris HS、4s CS、Ns6s HS、总HA、4s CS对6s CS比率(例如，4sCS/6s CS)。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中一者或多者、两者或更多者、三者或更多者、四者或更多者、五者或更多者或优选地其全部。在优选的实施方案中，首先使用最准确的形式，即Ns2s HS。如果加入其他形式，则优选地将它们按照列表中所示的顺序加入，即Tris HS接下来等。在其他实施方案中，不测量Ns2s HS。
尿中筛查前列腺癌的其他优选GAG形式可以鉴定作为具有小于表B中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00或1.00的ROPE％值或甚至值0.00。
在本发明的一些实施方案中，筛查前列腺癌的方法涉及测定血液样品中的以下一者或多者(或全部)：0s CS、Tris CS、总CS、Tris HS、2s6s HS或6s HS。
在本发明的一些实施方案中，筛查前列腺癌的方法涉及测定尿样中的以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、2s4s CS或4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：2s CS、2s4s CS、2s6sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS、电荷HS和总HA。在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种GAG特性：2s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2sHS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：2s CS、2s4s CS、2s6sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2sHS、Tris HS、电荷HS和总HA。在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：2sCS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6sHS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6sCS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6sCS、Tris CS、电荷CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、4s CS、6sCS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6sHS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，例如在尿样中，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、4s CS、6sCS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6sHS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS、电荷HS和总HA。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6sCS、Tris CS、电荷CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6sCS、Tris CS、电荷CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、或4sCS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、TrisHS和电荷HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、4s CS、2s4s CS、2s6sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2sHS、Tris HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中(例如，在筛查前列腺癌的方法中)，可以在本发明的方法中测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、2s CS、4s CS、2s4s CS、2s6sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、总HS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0sCS的相对水平、或4s CS相对于0s CS的相对水平、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、2s6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS和电荷HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：4s CS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4sCS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：4s CS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4sCS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：电荷HS、Ns2s HS、Ns6sHS、Tris HS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、6s CS/4s CS比率、0s CS/4s CS比率和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：电荷HS、Ns2s HS、Ns6sHS、Tris HS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、6s CS/4s CS比率、0s CS/4s CS比率、总CS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：电荷HS、Ns2s HS、Ns6sHS、Tris HS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：电荷HS、Ns2s HS、Ns6sHS、Tris HS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、总CS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)或0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)或0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、0s CS相对于4s CS的相对水平(例如，0s CS/4s CS比率)、总CS、总HS、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于尿样，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s6s CS、2s4s CS、TrisCS、总CS、总HS、电荷HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、Tris HS、Ns2s HS或6s HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、4s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、6sCS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、Tris HS、Ns2s HS、6s HS或总HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS或6s HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、4s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、6s HS或总HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在尿样中，不测定CS和HS的相对水平(例如，不测定CS/HS比率或HS/CS反比率)。
在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，测量或测定(例如，尿样中)具有多个(例如，2个或3个)硫酸化位点的一种或多种GAG形式。因此，在一些实施方案中，测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、Tris HS、Ns6s HS、Ns2s Hs和2s6s HS。在一些实施方案中，测量或测定(例如，尿样中)具有多个(例如，2个或3个)硫酸化位点的一种或多种CS形式。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，例如在血液样品中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：2s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、TrisHS、Ns2s HS、2s6s HS或6s HS。
在(例如血液样品中)筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：2s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、Tris HS、Ns2s HS、2s6s HS或6s HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率)、6sCS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、Tris HS、Ns2s HS或6s HS。
在筛查前列腺癌的方法的一些实施方案中，对于血液样品，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌：2s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS或6s HS。
任选地，在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，方法可以进一步包括测量(或测定)选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、6s CS、4s CS、总CS、总HS和总HA(例如，额外于本文他处描述或列出的其他GAG特性或GAG特性群组中的一者或多者)。
在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，例如在尿样中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、6s CS、4s CS、总CS和总HS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，例如在尿样中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、6s CS、4s CS、总CS、总HS和总HA。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，例如在尿样中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：总CS、总HS和总HA。因此，在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定0s CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定4s CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定6s CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定总CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定总HS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定总HA。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、4s CS和6s CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定0s CS。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：4s CS、6s CS、总CS、总HS和总HA。在(例如，筛查前列腺癌的方法的)一些实施方案中，不测量或测定6s CS。
在一些实施方案中，不测量或测定选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：6sCS、总CS、4s CS对6s CS的相对水平、Ns HS、Ns6s HS、电荷HS和4s CS。在一些实施方案中，不测量或测定例如在血浆样品中选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：6s CS、总CS、4sCS对6s CS的相对水平和Ns HS。在一些实施方案中，不测量或测定例如在尿样中选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：Ns6s HS、电荷HS和4s CS。
在一些实施方案中，不测量或测定血浆样品中选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：2s CS、4s CS、6s CS、2s4s CS、2s6s CS、4s6s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6sCS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、0s HS、Ns HS、Ns2s HS、总HS、电荷HS、总HA。
在一些实施方案中，不测量或测定尿样中选自以下的一种或多种(或全部)GAG特性：0s CS、4s CS、6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、0s HS、2s HS、Ns HS、6s HS、Ns6s HS、Ns2s HS、Tris HS、总HS、电荷HS、总HA。
基于相对于健康患者，在癌症患者(例如，前列腺癌患者)中观察到多种GAG形式的水平改变，如果需要，可以设计评分方法、评分体系、标志物或公式，它们使用多种GAG形式的这类水平，以实现一种指示，例如，以值或评分形式实现，所述指示随后可以用于诊断。可以例如基于本文所述(例如表B中)的数据，例如，基于一种或多种在如表B内所示的特定样品(血液或尿)中显示显著差异的独立GAG特征或特性，容易设计适宜的待测量评分体系和参数(例如，GAG形式)。尤其，可以选择表B中在前列腺癌样品和健康样品之间最不同的GAG特性(例如，优选地一种或多种或全部具有0.00或接近于0.00的％ROPE值的特性，例如，一种或多种或全部具有等于或小于5.00或4.00或3.00或2.00或1.00的％ROPE值的特性)。
参考表B，在前列腺癌受试者对比健康受试者的血液样品中最有差异的血液GAG特性的两个例子是4s CS和0s CS。在一些实施方案中，一个用于本发明方法中的简单公式基于这两个特性的比率：
可以由本领域技术人员设计配套这个公式使用的(用来宣布某样品为阳性或阴性)的适宜阈值或临界值。例如，发明人使用临界值0.2511，其中高于这个临界值的评分将样品以98％准确度和0.997的AUC划分为前列腺癌。
在本文的实施例部分中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在前列腺癌)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表B中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。
本文提供一些优选的和示例性的评分体系或方法(公式)。
因此，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的用于前列腺癌的优选评分体系是：
当分析来自受试者的尿时用于前列腺癌的优选评分体系是：
当分析血液样品和尿样二者时待使用的用于前列腺癌的优选评分体系是：
在以上评分体系中，括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式的分数并且[HA]是HA总浓度(以μg/mL计)。在其他实施方案中，不使用这些专用公式。
如本文实施例2中所述，也已经设计可以区分癌症受试者和健康受试者并且因此可以用于筛查癌症(例如，诊断癌症等)的评分。这些GAG评分是：
在以上评分体系中，括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式的分数(质量分数)。在一些实施方案中，优选实施例2的以上评分(公式)。在其他实施方案中，不使用这些专用公式。
可以由本领域技术人员设计配套这些公式使用的(用来宣布某样品为阳性或阴性)的适宜阈值或临界值。
在一个实施方案中，使用以上血液评分(或实施例2的公式、血液评分)并且临界值评分是0.961，其中高于这个临界值评分的评分表示癌症并且低于这个临界值评分的评分表示不是癌症(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.961至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示癌症。在一些实施方案中，低于0.961至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在癌症(例如，表示正常或健康受试者)。
在一个实施方案中，使用以上尿评分(或实施例2的公式、尿评分)并且临界值评分是0.942，其中高于这个临界值评分的评分表示癌症并且低于这个临界值评分的评分表示不是癌症(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.942至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示癌症。在一些实施方案中，低于0.942至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在癌症(例如，表示正常或健康受试者)。
在一个实施方案中，使用以上合计评分(或实施例2的公式、合计评分)并且临界值评分是0.998，其中高于这个临界值评分的评分表示癌症并且低于这个临界值评分的评分表示不是癌症(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.998至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示癌症。在一些实施方案中，低于0.998至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在癌症(例如，表示正常或健康受试者)。
如实施例2中所述，计算每份样品的三个评分并且观察到癌症(病例)样品具有相对于对照样品往往升高的评分。在所探测的癌症(病例)和对照之间GAG评分的差异能够以极高准确度区分受试者，在于对每个GAG评分生成的ROC曲线具有等于0.961的血液AUC、等于0.942的尿AUC和等于0.998的合计AUC。
总之，这些结果表明，可以从特定GAG特性的血液量值和/或尿量值设计评分以检测癌症，无论癌类型是什么。
如本文实施例15中所述，也已经设计可以在血液样品中区分癌症受试者和健康受试者并且因此可以用于筛查癌症(例如，诊断癌症等)的替代性评分(公式)。这种GAG评分，本文也称作癌症GAG评分#2(或癌症血液评分#2)，是：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是加权的电荷CS并且总CS是CS总浓度(以μg/mL计)。在一些实施方案中，优选癌症GAG评分#2。如实施例15中所述，使用接收者操作特征(ROC)曲线评价这种GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.986。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于1.39。因此，在一个实施方案中，临界值评分是1.39，其中高于这个临界值评分的评分表示癌症并且低于这个临界值评分的评分表示不是癌症(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于1.39至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示癌症。在一些实施方案中，低于1.39至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在癌症(例如，表示正常或健康受试者)。
在以上评分体系中，括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式的分数(质量分数)。在其他实施方案中，不使用这些专用公式。
应当指出，给出这些优选的评分体系作为优选的例子，其中高评分产生存在癌症(例如，前列腺癌)的阳性筛查、诊断等。但是，显而易见，可以在不显著影响评分或诊断结果的情况下，对这些公式和/或对特定样品中测量的参数(GAG特性、GAG形式)做出轻微变更。
在目标是提供评分体系其中高评分指示存在癌症(例如，前列腺癌)，随后所述评分体系可以便利地设计作为比率或分数，其中分子是与一种或多种与癌症(例如，前列腺癌)相关的GAG特性(GAG形式)相关的值的总和，并且分母是与一种或多种与健康状态相关的GAG特性(GAG形式)相关的值的总和。
当然，如上文讨论，可能同等地设计备选评分体系(公式)，其中例如分子是与一种或多种与健康状态相关的GAG特性(GAG形式)相关的值的总和，并且分母是与一种或多种与癌症(例如，前列腺癌)相关的GAG特性(GAG形式)相关的值的总和，并且低评分表示存在癌症(例如，前列腺癌)。
例如，可以使用备选性评分方法、评分体系、标志物或公式，它们包含任何适宜的GAG特性组合以实现一种指示，例如，以值或评分形式实现，所述指示随后可以用于诊断癌症(例如，前列腺癌)。例如，所述方法等可以是一种算法，所述算法包含任何适宜的GAG特性组合作为输入，以例如执行对样品的模式识别，以实现一种指示，例如，以值或评分形式实现，所述指示随后可以用于诊断癌症(例如，前列腺癌)。这类算法的非限制性例子包括执行分类过程的机器学习算法(算法分类器)，如线性分类器(例如，Fisher线性判别、逻辑回归、朴素Bayes分类器、感知机)；支持向量机(例如，最小二乘支持向量机)；二次分类器；核估计(例如，k-最近邻域)；提升法；决策树(例如，随机森林法)；神经网络；学习向量量化。
这类分类器(例如，机器学习分类器，例如，随机森林法分类器)的用法将属于本领域技术人员的技能范围内。例如，可以便利地在来自样品训练集合的GAG特性上训练这类分类器并且随后在样品检验集上检验其准确度。分类器生成黑箱模型，所述黑箱模型在最重要的GAG特性上接受训练并且可以因此用来鉴定可以用来实现准确诊断癌症(例如，前列腺癌)的最重要GAG特性。
通过使用随机森林法分类器，血液中五个对准确诊断前列腺癌最重要的GAG特性是(按顺序)：4s CS对0s CS比率、0s CS、4s CS、电荷CS和总HS。血液中接下来的九个最重要GAG特性是(按顺序)：6s CS、6s CS对0s CS比率、4s6s CS、4s CS对6s CS比率、2s CS、2s6sCS、Tris HS、Ns HS和2s4s CS(参见图8)。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中的一者或多者、两者或更多者、三者或更多者等或全部5者或全部14者。在优选的实施方案中，首先使用最准确的形式，即4s CS对0s CS比率。如果加入其他形式，则优选地将它们按照列表中所示的顺序加入，即0s CS接下来等。在一些实施方案中，使用前4个最准确的形式。
通过使用随机森林法分类器，尿中五个对准确诊断前列腺癌最重要的GAG特性是(按顺序)：Ns2s HS、Tris HS、Ns6s HS、总HA和4s CS。尿中接下来的十一个最重要GAG特性是(按顺序)：4s CS对6s CS比率、总CS、Tris CS、电荷HS、4s CS对0s CS比率、2s HS、Ns HS、2s6s HS、总HS、2s4s CS和0s HS(参见图8)。因此，可能在本发明的方法中测量这些GAG形式中的一者或多者、两者或更多者、三者或更多者等或全部5者或全部16者。在优选的实施方案中，首先使用最准确的形式，即Ns2s HS。如果加入其他形式，则优选地将它们按照列表中所示的顺序加入，即Tris HS比率接下来等。在一些实施方案中，使用前2个最准确的形式。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的三个前列腺癌评分(血液评分、尿评分和合计评分)的性能，并且发现曲线下面积(AUC)在合计评分情况下是1(即完美分类器)，对血液评分是0.997，并且对尿评分是0.994。这在图5和表C中显示。总之，这些研究结果显示，前列腺癌中出现的血液和尿GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分前列腺癌个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的三个特定癌症评分(实施例2癌症评分)(血液评分、尿评分和合计评分)的性能，并且发现曲线下面积(AUC)对血液评分是0.961，对尿评分是0.942并且对合计评分是0.998。这在图15中显示。总之，这些研究结果显示，癌症中出现的血液和尿GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分癌症个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。
在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。这类临界值评分或值可以用来宣布某样品为阳性或阴性。因此，例如，在本文实施例1中，对于上文讨论的三个特定前列腺癌标志物体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使前列腺癌受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是前列腺癌的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是前列腺癌的最大概率。这些临界值评分是0.63(对于血液标志物评分)、0.19(对于尿标志物评分)和0.47(对于合计标志物评分)，参见图5。这种测定阈值的方式可以用于本文所述的任何标志物。这类阈(临界)值评分随后可以便利地用来评估受试者中的适宜样品并用来实现诊断。使用上文描述的临界值，使用血液评分或尿评分时，前列腺癌受试者可以与健康个体以97.4％的准确度区分，并且使用合计评分时，以100％的准确度区分。使用适宜的临界值或阈值(用来宣布某样品为阳性或阴性)，上文讨论的评分显示优异的结果(合计评分的AUC为1，血液评分的AUC为0.997并且尿评分的AUC为0.994)，同时全部三个标志物评分的灵敏度为100％并且特异性为100％(对于合计标志物评分)、96％(对于血液标志物评分)和96％(对于尿标志物评分)，参见表C。因此，这些结果显示，上述发明提供了允许准确诊断个体中前列腺癌存在情况的简单和可用检验。
在一个实施方案中，使用前列腺癌血液评分(公式)
并且临界值评分是0.63，其中高于这个临界值评分的评分表示前列腺癌并且低于这个临界值评分的评分表示不是前列腺癌(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.63至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示前列腺癌。在一些实施方案中，低于0.63至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在前列腺癌(例如，表示正常或健康受试者)。
在一个实施方案中，使用前列腺癌尿评分(公式)
并且临界值评分是0.19，其中高于这个临界值评分的评分表示前列腺癌并且低于这个临界值评分的评分表示不是前列腺癌(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.19至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示前列腺癌。在一些实施方案中，低于0.19至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在前列腺癌(例如，表示正常或健康受试者)。
在一个实施方案中，使用前列腺癌合计评分(公式)
并且临界值评分是0.47，其中高于这个临界值评分的评分表示前列腺癌并且低于这个临界值评分的评分表示不是前列腺癌(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.47至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示前列腺癌。在一些实施方案中，低于0.47至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在前列腺癌(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤或葡萄膜黑素瘤)。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：4s6s CS、6s CS、4sCS、总CS、总HA、0s HS、Ns HS和2s HS。在这类实施方案中，待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：6s CS、4s CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：6s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、总CS、2s HS、0s HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示黑素瘤。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：6s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)和总CS。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：2s HS、0s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的黑素瘤：6s CS、4s6s CS、6sCS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)和总CS。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，例如与对照水平相比，4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的黑素瘤。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，例如与对照水平相比，总HS(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的黑素瘤。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤癌症的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或两者(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的黑素瘤：2s HS和0s HS。
可以在黑素瘤筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为表M中的具有小于5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的％ROPE值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，在表M中指示为与健康者相比，在黑素瘤中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示黑素瘤。在一些实施方案中，在筛查黑素瘤的方法中，在表M中指示为与健康者相比，在黑素瘤中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示黑素瘤。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)黑素瘤的方法中，这些方法涉及测定以下一者(或两者)：总CS和2s HS。
在本文的实施例3中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在黑素瘤)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表M中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)黑素瘤的方法。
对于黑素瘤，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
黑素瘤评分公式#1
对于黑素瘤，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的另一个优选评分体系是：
黑素瘤评分公式#2
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)并且[Tot CS]是CS总浓度(以μg/ml计)并且[TotHA]是HA总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的黑素瘤评分公式#1的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.973。这在实施例3中描述。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的黑素瘤评分公式#2的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.933。这在实施例3中描述。
这些研究结果显示，黑素瘤中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分黑素瘤个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)黑素瘤的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的黑素瘤标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使黑素瘤受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是黑素瘤的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是黑素瘤的最大概率。
黑素瘤评分公式#1的最佳临界评分是0.92。因此，在一个实施方案中，使用黑素瘤评分公式#1并且临界值评分是0.92，其中高于这个临界值评分的评分表示黑素瘤并且低于这个临界值评分的评分表示不是黑素瘤(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.92至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示黑素瘤。在一些实施方案中，低于0.92至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在黑素瘤(例如，表示正常或健康受试者)。
黑素瘤评分公式#2的最佳临界评分是1.19。因此，在一个实施方案中，使用黑素瘤评分公式#2并且临界值评分是1.19，其中高于这个临界值评分的评分表示黑素瘤并且低于这个临界值评分的评分表示不是黑素瘤(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于1.19至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示黑素瘤。在一些实施方案中，低于1.19至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在黑素瘤(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症包括结肠癌和直肠癌。这些癌症也可以统称为结直肠癌。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌(或结肠癌或直肠癌)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s CS、6s HS、2s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示结直肠癌。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)和总CS。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的结直肠癌：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)和总CS。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，例如与对照水平相比，4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的结直肠癌。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的结直肠癌：6s HS、2s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的结直肠癌：Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS和0s HS。
可以在结直肠癌筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表O中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的％ROPE值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，在表O中指示为与健康者相比，在结直肠癌中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示结直肠癌。在一些实施方案中，在筛查结直肠癌的方法中，在表O中指示为与健康者相比，在结直肠癌中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示结直肠癌。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)结直肠癌的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：Tris CS、总CS、Ns6s HS、2s6s HS、6s HS和2s HS。
在本文的实施例4中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在结直肠癌)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表O中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)结直肠癌的方法。
对于结直肠癌，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)并且Tot HS是HS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的结直肠癌病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.998。这在实施例4中描述。这些研究结果显示，结直肠癌中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分结直肠癌个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)结直肠癌的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的结直肠癌标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使结直肠癌受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是结直肠癌的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是结直肠癌的最大概率。这个最佳临界评分是0.74。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.74，其中高于这个临界值评分的评分表示结直肠癌并且低于这个临界值评分的评分表示不是结直肠癌(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.74至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示结直肠癌。在一些实施方案中，低于0.74至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在结直肠癌(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是神经内分泌肿瘤(例如，胃肠道神经内分泌肿瘤，GNET)。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：2s6s CS、Tris CS、电荷CS、2s HS和0s HS。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4sCS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、Ns6s HS、Ns HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示神经内分泌肿瘤(优选地GNET)。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4sCS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)和电荷CS。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：Ns6s HS、Ns HS、6s HS、2s HS、血液0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤(优选地GNET)：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4sCS/0s CS比率)和电荷CS。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，例如与对照水平相比，0s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤(优选地GNET)。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤(优选地GNET)：Ns HS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤(优选地GNET)：Ns6s HS和0s HS。
可以在神经内分泌肿瘤(优选地GNET)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表Q中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，在表Q中指示为与健康者相比，在GNET中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示神经内分泌肿瘤(例如，GNET)。在一些实施方案中，在筛查神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，在表Q中指示为与健康者相比，在GNET中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示神经内分泌肿瘤(例如，GNET)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、Tris CS、Ns6s HS、6sHS和2s HS。
在本文的实施例5中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在神经内分泌肿瘤、尤其GNET)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表Q中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)神经内分泌肿瘤(优选地GNET)的方法。
对于神经内分泌肿瘤(优选地GNET)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)并且电荷CS是CS的加权电荷。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的GNET病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例5中描述。这些研究结果显示，神经内分泌肿瘤受试者(尤其GNET受试者)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分神经内分泌肿瘤(尤其GNET)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)神经内分泌肿瘤(例如，GNET)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的GNET标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使神经内分泌肿瘤(尤其GNET)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是神经内分泌肿瘤(尤其GNET)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是神经内分泌肿瘤(尤其GNET)的最大概率。这个最佳临界评分是0.90。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.90，其中高于这个临界值评分的评分表示神经内分泌肿瘤(优选地GNET)并且低于这个临界值评分的评分表示不是神经内分泌肿瘤(优选地GNET)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.90至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示神经内分泌肿瘤(优选地GNET)。在一些实施方案中，低于0.90至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在神经内分泌肿瘤(优选地GNET)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是血癌(例如，慢性淋巴样白血病、CLL)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：6s CS、2s6s CS、4s6s CS、电荷CS、6s HS和0s HS。在一些实施方案中，待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：6s CS、2s6s CS、4s6s CS、4s CS和6s CS(和任选地6sCS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率))。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns6sHS、Ns HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示血癌(优选地CLL)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：Ns6s HS、Ns HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的血癌(优选地CLL)：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6sCS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的血癌(优选地CLL)：0sCS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的血癌(优选地CLL)：Ns HS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的血癌(优选地CLL)：Ns6s HS、2s6s HS和0s HS。
可以在血癌(优选地CLL)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表S中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，在表S中指示为与健康者相比，在CLL中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)的升高可以指示血癌(优选地CLL)。在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地CLL)的方法中，在表S中指示为与健康者相比，在CLL中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示血癌(优选地CLL)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)血癌(优选地CLL)的方法中，这些方法涉及测定以下一者(或两者)：0s CS、总CS、Ns6s HS、2s6s HS、6s HS和2s HS。
在本文的实施例6中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在血癌、尤其CLL)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表S中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)血癌(优选地CLL)的方法。
对于血癌(优选地CLL)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
CLL评分公式#1
对于血癌(优选地CLL)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的另一个优选评分体系是：
CLL评分公式#2
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)并且[Tot HS]是HS总浓度(以μg/ml计)并且电荷CS是CS的加权电荷。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的CLL评分公式#1的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.974。这在实施例6中描述。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的CLL评分公式#2的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.974。这在实施例6中描述。
这些研究结果显示，血癌(优选地CLL)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分血癌(尤其CLL)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)血癌(优选地CLL)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的CLL标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使血癌(尤其CLL)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是血癌(尤其CLL)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是血癌(尤其CLL)的最大概率。
CLL评分公式#1的最佳临界评分是0.25。因此，在一个实施方案中，使用CLL评分公式#1并且临界值评分是0.25，其中高于这个临界值评分的评分表示血癌(优选地CLL)并且低于这个临界值评分的评分表示不是血癌(优选地CLL)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.25至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示血癌(优选地CLL)。在一些实施方案中，低于0.25至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在血癌(优选地CLL)(例如，表示正常或健康受试者)。
CLL评分公式#2的最佳临界评分是0.23。因此，在一个实施方案中，使用CLL评分公式#2并且临界值评分是CLL，其中高于这个临界值评分的评分表示血癌(优选地CLL)并且低于这个临界值评分的评分表示不是血癌(优选地CLL)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.23至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示血癌(优选地CLL)。在一些实施方案中，低于0.23至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在血癌(优选地CLL)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是膀胱癌(BCa)。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，在本发明的方法中(优选地在尿样中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、Tris HS、Ns HS、2sHS、总HS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，这些方法涉及测定(优选地在尿样中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、2s CS、6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、2s HS、总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示膀胱癌。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，这些方法涉及测定(优选地在尿样中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、2s CS、6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)和电荷CS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，这些方法涉及测定(优选地在尿样中测定)以下一者或多者(或全部)：Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、2s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在尿样中)的升高指示所述受试者中的BCa：2s CS、6s CS、6s CS相对于0sCS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0sCS比率)和电荷CS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在尿样中)的降低指示所述受试者中的BCa：0s CS和Tris CS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在尿样中)的升高指示所述受试者中的BCa：Tris HS、Ns2s HS、2s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，例如与对照水平相比，Ns HS(例如，在尿样中)的降低指示所述受试者中的BCa。
可以在BCa筛查中(例如，在尿样中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表T中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，在表T中指示为与健康者相比，在BCa中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在尿样中)升高可以指示BCa。在一些实施方案中，在筛查BCa的方法中，在表T中指示为与健康者相比，在BCa中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在尿样中)降低可以指示BCa。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在尿样中筛查)BCa的方法中，这些方法涉及测定2s CS。
在本文的实施例7中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在BCa)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表T中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)BCa的方法。
对于BCa，当分析来自受试者的尿样时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷并且Tot HS是HS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的BCa病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1.0。这在实施例7中描述。这些研究结果显示，BCa中(例如，尿样中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分BCa个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)BCa的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的BCa标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使BCa受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是BCa的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是BCa的最大概率。这个最佳临界评分是0.92。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.92，其中高于这个临界值评分的评分表示BCa并且低于这个临界值评分的评分表示不是BCa(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.92至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示BCa。在一些实施方案中，低于0.92至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在BCa(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是乳腺癌(BC)。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：6s CS、0s CS、电荷CS和总CS。在一些此类实施方案中，测量或测定6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示乳腺癌。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：0s CS、6s CS、4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0sCS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的BC：6s CS、4s CS、4s6s CS、6sCS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的BC：0s CS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的BC：Ns HS、6s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的BC：Ns2s HS和0s HS。
可以在BC筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表V中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，在表V中指示为与健康者相比，在BC中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示BC。在一些实施方案中，在筛查BC的方法中，在表V中指示为与健康者相比，在BC中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示BC。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)BC的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、总CS和6s HS。
在本文的实施例8中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在BC)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表V中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)BC的方法。
对于BC，当分析受试者血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷并且Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的BC病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例8中描述。这些研究结果显示，BC中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分BC个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)BC的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的BC标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使BC受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是BC的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是BC的最大概率。这个最佳临界评分是0.94。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.94，其中高于这个临界值评分的评分表示BC并且低于这个临界值评分的评分表示不是BC(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.94至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示BC。在一些实施方案中，低于0.94至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在BC(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是卵巢癌(OV)。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、总CS、总HS和总HA。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、总HS和总HA。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示卵巢癌。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HS。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HA。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的OV：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的OV：0s CS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，例如与对照水平相比，总HA(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的OV。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，例如与对照水平相比，总HS(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的OV。
可以在OV筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表X中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，在表X中指示为与健康者相比，在OV中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示OV。在一些实施方案中，在筛查OV的方法中，在表X中指示为与健康者相比，在OV中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示OV。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)OV的方法中，这些方法涉及测定以下一者(或两者)：0s CS和总CS。
在本文的实施例9中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在OV)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表X中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)OV的方法。
对于OV，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)，TotHS是HS总浓度(以μg/ml计)并且Tot HA是HA总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的OV病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例9中描述。这些研究结果显示，OV中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分OV个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)OV的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的OV标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使OV受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是OV的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是OV的最大概率。这个最佳临界评分是0.99。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.99，其中高于这个临界值评分的评分表示OV并且低于这个临界值评分的评分表示不是OV(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.99至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示OV。在一些实施方案中，低于0.99至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在OV(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是子宫癌(例如，子宫内膜癌，EC)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、6s CS、2s4s CS、总CS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、总HS和总HA。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示子宫癌(优选地EC)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HA。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地EC)：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的子宫癌(优选地EC)：0sCS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，例如与对照水平相比，总HA(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地EC)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，例如与对照水平相比，总HS(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地EC)。
可以在子宫癌(优选地EC)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表Z中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，在表Z中指示为与健康者相比，在EC中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示子宫癌(优选地EC)。在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地EC)的方法中，在表Z中指示为与健康者相比，在EC中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示子宫癌(优选地EC)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)子宫癌(优选地EC)的方法中，这些方法涉及测定以下一者(或两者)：0s CS和总CS。
在本文的实施例10中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在子宫癌(优选地EC))，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表Z中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)子宫癌(优选地EC)的方法。
对于子宫癌(优选地EC)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)并且Tot HS是HS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的EC病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例10中描述。这些研究结果显示，子宫癌(尤其EC)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分子宫癌(尤其EC)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)子宫癌(优选地EC)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的EC标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使子宫癌(尤其EC)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是子宫癌(尤其EC)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是子宫癌(尤其EC)的最大概率。这个最佳临界评分是0.97。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.97，其中高于这个临界值评分的评分表示子宫癌(优选地EC)并且低于这个临界值评分的评分表示不是子宫癌(优选地EC)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.97至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分显示子宫癌(优选地EC)。在一些实施方案中，低于0.97至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在子宫癌(优选地EC)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是子宫癌(例如，宫颈癌，本文也称作CST)。在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、6s CS、总CS、Ns2s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6sCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0sCS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns2s HS、6sHS、总HS和总HA。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变表示子宫癌(优选地CST)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6sCS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0sCS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：Ns2s HS、6s HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HA。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地CST)：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0sCS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的子宫癌(优选地CST)：0s CS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，例如与对照水平相比，总HA(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地CST)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的子宫癌(优选地CST)：Ns2s HS、6s HS和总HS。
可以在子宫癌(优选地CST)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表AB中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，在表AB中指示为与健康者相比，在子宫癌(优选地CST)中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示子宫癌(优选地CST)。在一些实施方案中，在筛查子宫癌(优选地CST)的方法中，在表AB中指示为与健康者相比，在子宫癌(优选地CST)中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示子宫癌(优选地CST)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)子宫癌(优选地CST)的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、总CS和6s HS。
在本文的实施例11中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在子宫癌、尤其CST)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表AB中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)子宫癌(优选地CST)的方法。
对于子宫癌(优选地CST)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)并且Tot HS是HS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的CST病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例11中描述。这些研究结果显示，子宫癌(尤其CST)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分子宫癌(尤其CST)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)子宫癌(优选地CST)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的CST标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使子宫癌(尤其CST)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是子宫癌(尤其CST)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是子宫癌(尤其CST)的最大概率。这个最佳临界评分是0.71。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.71，其中高于这个临界值评分的评分表示子宫癌(优选地CST)并且低于这个临界值评分的评分表示不是子宫癌(优选地CST)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.71至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分显示子宫癌(优选地CST)。在一些实施方案中，低于0.71至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在子宫癌(优选地CST)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是血癌(例如，非霍奇金淋巴瘤，NHL)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、6s CS、Tris CS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变表示血癌(优选地NHL)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的血癌(优选地NHL)：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的血癌(优选地NHL)：0s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的血癌(优选地NHL)：Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，例如与对照水平相比，0sHS(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的血癌(优选地NHL)。
可以在血癌(优选地NHL)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表AD中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，在表AD中指示为与健康者相比，在NHL中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示血癌(优选地NHL)。在一些实施方案中，在筛查血癌(优选地NHL)的方法中，在表AD中指示为与健康者相比，在NHL中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示血癌(优选地NHL)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)血癌(优选地NHL)的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、Tris CS、总CS、Tris HS和6s HS。
在本文的实施例12中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在血癌、尤其NHL)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表AD中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)血癌(优选地NHL)的方法。
对于血癌(优选地NHL)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷，电荷HS是HS的加权电荷，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的NHL病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例12中描述。这些研究结果显示，血癌(尤其NHL)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分血癌(尤其NHL)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)血癌(优选地NHL)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的NHL标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使血癌(尤其NHL)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是血癌(尤其NHL)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是血癌(尤其NHL)的最大概率。这个最佳临界评分是0.97。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.97，其中高于这个临界值评分的评分表示血癌(优选地NHL)并且低于这个临界值评分的评分表示不是血癌(优选地NHL)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.97至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示血癌(优选地NHL)。在一些实施方案中，低于0.97至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在血癌(优选地NHL)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是脑癌(例如，弥漫性胶质瘤，DG)。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：电荷CS、6s CS、总CS、总HA和0s HS。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS、总HS和总HA。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示脑癌(优选地DG)。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)总HA。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的脑癌(优选地DG)：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0sCS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的脑癌(优选地DG)：0s CS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，例如与对照水平相比，总HA(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的脑癌(优选地DG)。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的筛查脑癌(优选地DG)：Ns HS、6s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，例如与对照水平相比，0sHS(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的脑癌(优选地DG)。
可以在脑癌(优选地DG)筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表AF中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，在表AF中指示为与健康者相比，在脑癌(优选地DG)中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示脑癌(优选地DG)。在一些实施方案中，在筛查脑癌(优选地DG)的方法中，在表AF中指示为与健康者相比，在脑癌(优选地DG)中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示脑癌(优选地DG)。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)脑癌(优选地DG)的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、Tris CS、总CS和6s HS。
在本文的实施例13中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在脑癌、尤其DG)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表AF中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)脑癌(优选地DG)的方法。
对于脑癌(优选地DG)，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)并且Tot HA是HA总浓度(以μg/ml计)。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的DG病情评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。这在实施例13中描述。这些研究结果显示，脑癌(尤其DG)中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分脑癌(尤其DG)个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)脑癌(优选地DG)的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的DG标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使脑癌(尤其DG)受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是脑癌(尤其DG)的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是脑癌(尤其DG)的最大概率。这个最佳临界评分是0.95。因此，在一个实施方案中，临界值评分是0.95，其中高于这个临界值评分的评分表示脑癌(优选地DG)并且低于这个临界值评分的评分表示不是脑癌(优选地DG)(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.95至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示脑癌(优选地DG)。在一些实施方案中，低于0.95至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在脑癌(优选地DG)(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是肺癌(LC)。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，在本发明的方法中(优选地在血液样品中)待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者或多者(或全部)：总CS、4s CS、6s CS、0s HS和电荷CS(并且任选地测量或测定4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6sCS))。在这类实施方案中，待测量或测定的特别优选的GAG形式是以下一者(或两者)：电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种(或全部)所述GAG形式的水平的改变指示肺癌。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(全部)：Ns6s HS、Ns2s HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的LC：2s CS、6s CS、4s CS、2s4sCS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率)、电荷CS和总CS。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的LC：0s CS和4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率)。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的升高指示所述受试者中的LC：6s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的LC：Ns6s HS、Ns2s HS和0s HS。
可以在LC筛查中(例如，在血液样品中)使用的优选的GAG形式(或特性)是鉴定为具有小于表AH中的5.00，例如，小于4.00、3.00、2.00、1.00的ROPE％值或甚至值0.00的那些GAG形式。
在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，在表AH中指示为与健康者相比，在LC中具有升高值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)升高可以指示LC。在一些实施方案中，在筛查LC的方法中，在表AH中指示为与健康者相比，在LC中具有降低值的一种或多种(或全部)GAG特性(例如，在血液样品中)降低可以指示LC。
在一些实施方案中，在筛查(例如，在血液样品中筛查)LC的方法中，这些方法涉及测定以下一者或多者(或全部)：0s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、Ns6s HS和6s HS。
在本文的实施例14中，已经使用多个GAG形式的量值，如此设计评分体系(公式)，从而高评分(或升高的评分)产生阳性诊断(即，发现存在LC)，但是同等地，技术人员可能容易地如此设计并选择评分方法和用于这类评分方法中的参数，从而低(或降低的)评分产生阳性诊断。也可以再次例如使用如表AH中所展示的数据，基于待分析的样品类型选择这类评分体系中待分析的相关特征。评分体系在本文他处讨论并且已作必要的修正情况下，这种讨论可以适用于筛查(例如，诊断)LC的方法。
对于LC，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的优选评分体系是：
LC评分公式#1
对于LC，当分析来自受试者的血液样品时产生评分的另一个优选评分体系是：
LC评分公式#2
在以上评分体系中，方括号内的术语代表(如本文他处描述的)所涉及的特定GAG形式(相应GAG的二糖)的分数(质量分数)，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)并且电荷CS是CS的加权电荷。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的LC评分公式#1的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.986。这在实施例14中描述。
使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的LC评分公式#2的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.997。这在实施例14中描述。
这些研究结果显示，LC中(例如，血液样品中)出现的GAG化学组成的改变可以总结成评分。转而，这些评分准确地区分LC个体与健康个体并且可以因此用于筛查、诊断等。已作必要修正情况下，联系评分体系的本文他处的讨论可以适用于其中筛查(例如，诊断)LC的本发明实施方案。
如本文他处描述，在本发明的方法中，可以通过本领域已知的方法(例如从ROC曲线)计算适宜的阈值或临界值评分或值，用于本发明方法中。对于上文讨论的LC标志物(评分)体系，测定/选择最佳阈(临界)评分，其将会对比健康受试者，使LC受试者分类的准确度最大化，即，其标志物评分低于这个阈值(临界)值的样品具有不是LC的最大概率，或，换句话说，其标志物评分高于这个临界值的样品具有是LC的最大概率。
LC评分公式#1的最佳临界评分是0.83。因此，在一个实施方案中，使用LC评分公式#1并且临界值评分是0.83，其中高于这个临界值评分的评分表示LC并且低于这个临界值评分的评分表示不是LC(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.83至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示LC。在一些实施方案中，低于0.83至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在LC(例如，表示正常或健康受试者)。
LC评分公式#2的最佳临界评分是0.88。因此，在一个实施方案中，使用LC评分公式#2并且临界值评分是0.88，其中高于这个临界值评分的评分表示LC并且低于这个临界值评分的评分表示不是LC(例如，表示正常或健康样品)。在一些实施方案中，高于0.88至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示LC。在一些实施方案中，低于0.88至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或更多的评分表示不存在LC(例如，表示正常或健康受试者)。
如上文所示，本发明的优选癌症是血癌(例如，CLL或NHL)。
在一些实施方案中，在筛查血癌的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0sCS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种所述GAG形式的水平的改变表示血癌。
在一些实施方案中，在(例如，血液样品中)筛查血癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(全部)的升高指示所述受试者中的血癌：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS、电荷HS和总HS。
在一些实施方案中，在筛查血癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或全部)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的血癌：0s CS、4s CS/6s CS比率和0s HS。
在一些此类实施方案中，在筛查NHL的方法中，方法还包括测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：Tris CS、Tris HS和Ns2s HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，这些GAG特性中一者或多者(或全部)的升高指示NHL。
在一些此类实施方案中，在筛查CLL的方法中，方法还包括测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：Ns6s HS、2s6s HS和2s HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，2s HS的升高和/或Ns6s HS和2s6s HS中一者或两者的下降指示CLL。
如上文所示，本发明的优选癌症是子宫癌(例如，EC或CST)。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌的方法中，这些方法涉及测定(优选地在血液样品中测定)以下一者或多者(或全部)：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平(例如，6s CS/4s CS比率或4s CS/6s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)、4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)、电荷CS、总CS、总HA和总HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，一种或多种所述GAG形式的水平的改变表示子宫癌。
在一些实施方案中，在(例如，血液样品中)筛查子宫癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(全部)的升高指示所述受试者中的子宫癌：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、总HA和总HS。
在一些实施方案中，在筛查子宫癌的方法中，例如与对照水平相比，以下一者或多者(或两者)(例如，在血液样品中)的降低指示所述受试者中的子宫癌：0s CS和4s CS/6sCS比率。
在一些此类实施方案中，在筛查CST的方法中，方法还包括测定(优选地在血液样品中测定)以下一者(或两者)：Ns2s HS和6s HS。在一些此类实施方案中，例如，与对照水平相比，这些GAG特性中一者(或两者)的升高指示CST。
如上所述，在一些实施方案中，GAG评分(或公式或评分公式)可以与例如所述的临界值评分组合使用，旨在区分癌症样品和健康样品(并且因此区分癌症受试者和健康受试者)。在一些其他实施方案中，不使用这些准确的GAG评分，但本发明的其他实施方案使用，例如，所述其他实施方案可以利用备选性GAG评分或实际上根本不利用GAG评分(公式)。在一些这类其他实施方案中，提供一种筛查(例如，诊断)癌症的方法，其中如果相关的特定GAG评分(和任选地相关的临界值评分)已经使用(即反而已经使用)时已经做出对癌症的指示，则所述方法指示癌症。
在另一个方面，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述方法包括
确定样品中一个或多个基因的表达产物的水平，所述基因选自：UST，CHST14，CHST13，CHSY1，DSE，CHSY3，CHST11，CHST15，CHPF2，CSGALNACT2，CHST12，CSGALNACT1，CHST7，CHPF，CHST3，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，EXT1，EXT2，EXTL1，EXTL2，EXTL3，HS3ST5，GLCE，HS6ST3，NDST1、NDST4、HS6ST2、NDST3、HS6ST1、HS2ST1、HS3ST2、HS3ST1和NDST2；
其中已经从所述受试者获得所述样品；并且
其中与对照水平相比，所述样品中一个或多个所述基因的表达产物的改变水平指示所述受试者中的癌症。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法中，对“癌症”的提及在其最广泛意义上包括任何癌症(即在其最广泛意义上，不限于本文他处描述的具体癌症)。
但是，在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，优选的癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌和肾癌。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，优选的癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，癌症不是肾癌(例如，不是肾细胞癌，如透明细胞肾细胞癌(或转移性透明细胞肾细胞癌)、乳头状肾细胞癌或嫌色肾细胞癌(chromphobe renal cell carcinoma))。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，癌症选自受试者中的前列腺癌、甲状腺癌、直肠癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肺癌或子宫癌。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、子宫癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、血癌和卵巢癌。因此，在一些实施方案中，癌症不是皮肤癌、肺癌、脑癌或乳腺癌。
本文他处联系本发明其他方法(例如，涉及测定一种或多种糖胺聚糖的水平和/或化学组成的本发明方法)描述的特定类型的癌症(或癌症群组)也可以是与涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法联系的优选癌症。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些优选实施方案中，癌症是前列腺癌。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，所述一个或多个基因选自HPSE、HGSNAT、HYAL4、GALNS、GLB1、GNS、GUSB、HEXA、HEXB、HYAL1、IDS、IDUA、ARSB、NAGLU、HPSE2、SGSH、SPAM1、HYAL3、HYAL2、HS3ST1和NDST2。在一些实施方案中，不测定以下一者或多者的表达产物的水平：EXT1、EXT2、EXTL1、EXTL2、EXTL3、XYLT1，XYLT2，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，B4GALT7，B3GALT6，DSE，UST，HS3ST2，HS3ST3B1，GLCE，NDST1，NDST4，NDST3，HS2ST1，HS6ST1，HS6ST2，HS6ST3，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHPF，CHPF2，CHSY1，CHSY3，CHST14，CHST13、CHST11、CHST12、CHST15、CHST7、HS3ST3A1、HS3ST5和CHST3。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是肾癌(例如，透明细胞肾细胞癌)，则所述一个或多个基因选自HPSE、HGSNAT、HYAL4、GALNS、GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH、SPAM1、HYAL3、HYAL2、HS3ST1和NDST2。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是肾癌(例如，透明细胞肾细胞癌)，不测定以下一者或多者的表达产物的水平：EXT1、EXT2、EXTL1、EXTL2、EXTL3、XYLT1，XYLT2，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，B4GALT7，B3GALT6，DSE，UST，HS3ST2，HS3ST3B1，GLCE，NDST1，NDST4，NDST3，HS2ST1，HS6ST1，HS6ST2，HS6ST3，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHPF，CHPF2，CHSY1，CHSY3，CHST14，CHST13，CHST11，CHST12，CHST15，CHST7，HS3ST3A1，HS3ST5和CHST3。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，所述一个或多个基因选自UST、DSE、HPSE、HGSNAT、HYAL4、GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，HS3ST5，HS3ST2，HS3ST1和NDST2。在一些实施方案中，不测定以下一者或多者的表达产物的水平：EXT1、EXT2、EXTL1、EXTL2、EXTL3、CHST11、CHSY3、CHST14、CHST13、CHST12、CHSY1、CSGALNACT2、CHST15、CHPF、CHPF2、CHST7、CHST3、CSGALNACT1、HS6ST2、HS2ST1、GLCE、NDST1、NDST4、NDST3、HS6ST3和HS6ST1。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是肾癌、头颈癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌或子宫癌症，则所述一个或多个基因选自UST，DSE，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，HS3ST5，HS3ST2，HS3ST1和NDST2。在一些实施方案中，如果正在筛查的癌症是肾癌、头颈癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌或子宫癌症，则不测定以下一者或多者的表达产物的水平：EXT1、EXT2、EXTL1、EXTL2、EXTL3、CHST11、CHSY3、CHST14、CHST13、CHST12、CHSY1、CSGALNACT2、CHST15、CHPF、CHPF2、CHST7、CHST3、CSGALNACT1、HS6ST2、HS2ST1、GLCE、NDST1、NDST4、NDST3、HS6ST3和HS6ST1。
在一些实施方案中，不测定CHPF2、HS6ST2或EXTL1中一者或多者(例如，如果正在筛查的癌症是肾癌，如透明细胞肾细胞癌)。
在一些实施方案中，不测定NDST2。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，所述基因是硫酸软骨素生物合成途径的基因。在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，所述基因是硫酸类肝素生物合成途径的基因。
在涉及测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平的本发明方法的一些实施方案中，所述一个或多个基因选自CHPF2、CHPF、B4GALT7、BGAT3、EXTL1和HPSE1。
在一些实施方案中，在皮肤癌中，选自B3GALT6、CHSY3、CHST14、CHSY1、CHST11、CHPF2、GNS、HEXA、ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的皮肤癌。
在一些实施方案中，在皮肤癌中，选自B3GALT6、CHSY3、CHST14、CHSY1、CHST11、CHPF2、GNS、HEXA、ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的皮肤癌。
在一些实施方案中，在卵巢癌中，选自B3GALT6、CHST14、CHSY1、NDST1、HS3ST2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的卵巢癌。
在一些实施方案中，在卵巢癌中，选自B3GALT6、CHST14、CHSY1、NDST1、HS3ST2的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的卵巢癌。
在一些实施方案中，在血癌中，选自CHSY3、CHST15、EXT1、HS3ST3A1.1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的血癌。
在一些实施方案中，在血癌中，选自CHSY3、CHST15、EXT1、HS3ST3A1的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的血癌。
在一些实施方案中，在膀胱癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST12，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS6ST1，HPSE，GLB1，GUSB，HYAL3，GALNS，IDUA，SGSH，NAGLU，HEXA，B3GAT2，UST，CSGALNACT1，HS3ST5，EXTL1，HPSE2，HYAL1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的膀胱癌。
在一些实施方案中，在膀胱癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST12，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS6ST1，HPSE，GLB1，GUSB，HYAL3，GALNS，IDUA，SGSH，NAGLU，HEXA的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的膀胱癌。
在一些实施方案中，在膀胱癌中，选自B3GAT2、UST、CSGALNACT1、HS3ST5、EXTL1、HPSE2、HYAL1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的膀胱癌。
在一些实施方案中，在乳腺癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST11，CHPF2，CHST15，HS6ST1，HS6ST3，HS3ST3A1，HPSE，GLB1，HYAL3，GALNS，XYLT1，B3GAT1，B3GAT2，DSE，CHST7，UST，CSGALNACT1，CHST3，NDST1，HS6ST2，HS3ST1，EXTL2，EXTL3，HPSE2，GNS，HYAL1，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的乳腺癌。
在一些实施方案中，在乳腺癌中，选自B3GALT6、XYLT2、B4GALT7、B3GAT3、CHPF、CHST1 1、CHPF2、CHST15、HS6ST1、HS6ST3、HS3ST3A1、HPSE、GLB1、HYAL3、GALNS的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的乳腺癌。
在一些实施方案中，在乳腺癌中，选自XYLT1、B3GAT1、B3GAT2、DSE、CHST7、UST、CSGALNACT1、CHST3、NDST1、HS6ST2、HS3ST1、EXTL2、EXTL3、HPSE2、GNS、HYAL1、IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的乳腺癌。
在一些实施方案中，在结肠癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CSGALNACT2，CSGALNACT1，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS3ST1，EXTL2，EXTL3，HYAL3，HYAL2，XYLT1，B3GAT1，CHST15，CHST7，UST，CHST13，HS3ST5，EXT1，NDST1，HS6ST3，EXTL1，HS3ST3B1，HPSE，HPSE2，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的结肠癌。
在一些实施方案中，在结肠癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CSGALNACT2，CSGALNACT1，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS3ST1，EXTL2，EXTL3，HYAL3，HYAL2的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的结肠癌。
在一些实施方案中，在结肠癌中，选自XYLT1、B3GAT1、CHST15、CHST7、UST、CHST13、HS3ST5、EXT1、NDST1、HS6ST3、EXTL1、HPSE、HPSE2、HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的结肠癌。
在一些实施方案中，在脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)中，选自B4GALT7，DSE，CHPF，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST7，UST，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，HS2ST1，HS3ST1，EXTL2，GLB1，GUSB，GNS，HYAL2，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB，NAGLU，HEXA，ARSB，HS3ST5，NDST3，HS3ST2，HS6ST3，EXTL1，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)。
在一些实施方案中，在脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)中，选自B4GALT7，DSE，CHPF，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST7，UST，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，HS2ST1，HS3ST1，EXTL2，GLB1，GUSB，GNS，HYAL2，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB，NAGLU，HEXA，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的增加指示所述受试者中的脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)。
在一些实施方案中，在脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)中，选自HS3ST5、NDST3、HS3ST2、HS6ST3、EXTL1、IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的脑癌(例如，多形性胶质母细胞瘤)。
在一些实施方案中，在头颈癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，DSE，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，UST，CSGALNACT2，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，HS2ST1，EXTL2，EXTL3，GLB1，GUSB，GNS，GALNS，HEXB，NAGLU，HEXA，ARSB，XYLT1，HS3ST5，HS3ST1，HS3ST2，EXTL1，HPSE2，HYAL4的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的头颈癌。
在一些实施方案中，在头颈癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，DSE，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，UST，CSGALNACT2，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，HS2ST1，EXTL2，EXTL3，GLB1，GUSB，GNS，GALNS，HEXB，NAGLU，HEXA，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的头颈癌。
在一些实施方案中，在头颈癌中，选自XYLT1、HS3ST5、HS3ST1、HS3ST2、EXTL1、HPSE2、HYAL4的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的头颈癌。
在一些实施方案中，在肺鳞状细胞癌中，选自XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHPF2，CHST7，CHST3，EXT2，EXT1，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL3，GALNS，B3GAT1，CHSY3，CHST11，CHST13，CSGALNACT2，CSGALNACT1，HS3ST5，NDST1，HS3ST2，EXTL1，HPSE2，GLB1，GNS，HYAL1，HYAL2，IDUA，HEXB，IDS，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的肺鳞状细胞癌。
在一些实施方案中，在肺鳞状细胞癌中，选自XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHPF2，CHST7，CHST3，EXT2，EXT1，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL3，GALNS XYLT2、B4GALT7、B3GAT3、CHPF、CHST14、CHPF2、CHST7、CHST3、EXT2、EXT1、HS6ST2、HS3ST1、HS6ST1、HS3ST3A1、HPSE、HYAL3、GALNS的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的肺鳞状细胞癌。
在一些实施方案中，在肺鳞状细胞癌中，选自B3GAT1，CHSY3，CHST11，CHST13，CSGALNACT2，CSGALNACT1，HS3ST5，NDST1，HS3ST2，EXTL1，HPSE2，GLB1，GNS，HYAL1，HYAL2，IDUA，HEXB、IDS、ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的肺鳞状细胞癌。
在一些实施方案中，在肺腺癌中，选自XYLT2，B3GAT1，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHPF2，CHST15，HS6ST2，HS3ST1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL3，CHSY1，CHST7，UST，CSGALNACT1，HS3ST5，NDST1，HPSE2，HYAL1，HYAL2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的肺腺癌。
在一些实施方案中，在肺腺癌中，选自XYLT2，B3GAT1，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHPF2，CHST15，HS6ST2，HS3ST1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL3的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的肺腺癌。
在一些实施方案中，在肺腺癌中，选自CHSY1，CHST7，UST，CSGALNACT1，HS3ST5，NDST1，HPSE2，HYAL1，HYAL2的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的肺腺癌。
在一些实施方案中，在胰腺癌中，选自CHPF、HS3ST1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的胰腺癌。
在一些实施方案中，在胰腺癌中，选自CHPF、HS3ST1的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的胰腺癌。
在一些实施方案中，在直肠癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHSY1，CHPF2.HS2ST1，HS6ST2，HYAL3，HYAL2，IDUA，CHST15，UST，EXT1，HS3ST2，HPSE，HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的直肠癌。
在一些实施方案中，在直肠癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHSY1，CHPF2，HS2ST1，HS6ST2，HYAL3，HYAL2，IDUA的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的直肠癌。
在一些实施方案中，在直肠癌中，选自CHST15、UST、EXT1、HS3ST2、HPSE、HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的直肠癌。
在一些实施方案中，在子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌(uterinecorpus endometrial carcinoma))中，选自B4GALT7 B3GAT3，CHPF，CHPF2，HS6ST1，GLB1，HYAL3，GALNS，XYLT1，DSE，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST7，UST，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHST3，HS6ST2，HS6ST3，EXTL1，EXTL2，HPSE2，HYAL1，HGSNAT，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌)。
在一些实施方案中，在子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌)中，选自B4GALT7、B3GAT3、CHPF、CHPF2、HS6ST1、GLB1、HYAL3、GALNS的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌)。
在一些实施方案中，在子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌)中，选自XYLT1，DSE，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST7，UST，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHST3，HS6ST2，HS6ST3，EXTL1，EXTL2，HPSE2，HYAL1，HGSNAT，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的子宫癌(例如，子宫内膜癌如子宫体子宫内膜癌)。
在一些实施方案中，在胆管癌(例如，胆管癌)中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，DSE.CHPF，CHST14，CHSY1，CHPF2，CHST15，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，NDST1，GLCE，HS2ST1，HS3ST1，HS6ST1，NDST2，EXTL2，EXTL3，GLB1，GNS，HYAL2，HGSNAT，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB，HEXA，IDS，ARSB CHST13，HS3ST3B1，HYAL1，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的胆管癌(例如，胆管癌)。
在一些实施方案中，在胆管癌(例如，胆管癌)中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，DSE，CHPF，CHST14，CHSY1，CHPF2，CHST15，CSGALNACT2，CSGALNACT1，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，NDST1，GLCE，HS2ST1，HS3ST1，HS6ST1，NDST2，EXTL2，EXTL3，GLB1，GNS，HYAL2，HGSNAT，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB，HEXA，IDS，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的胆管癌(例如，胆管癌)。
在一些实施方案中，在胆管癌(例如，胆管癌)中，选自CHST13、HYAL1、HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的胆管癌(例如，胆管癌)。
在一些实施方案中，在食管癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，DSE，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，CSGALNACT2，CHST12，EXT2，EXT1，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，EXTL3，HS3ST3A1，HPSE，GLB1，GUSB，HYAL3，GALNS，HEXB，HEXA，IDS，B3GAT1，NDST3，HS6ST3，HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的食管癌。
在一些实施方案中，在食管癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，DSE，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，CSGALNACT2，CHST12，EXT2，EXT1，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，EXTL3，HS3ST3A1，HPSE，GLB1，GUSB，HYAL3，GALNS、HEXB、HEXA、IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的食管癌。
在一些实施方案中，在食管癌中，选自B3GAT1、NDST3、HS6ST3、HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的食管癌。
在一些实施方案中，在嫌色性肾细胞癌中，选自B4GALT7，B3GAT3，CHPF2，UST，CSGALNACT1，NDST1，HS6ST3，GLB1，HYAL1，HEXA，IDS，XYLT1，B3GAT1，CHST15，CHST7，CHST13，CSGALNACT2，HS3ST5，NDST3，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS6ST1，EXTL1，EXTL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，HYAL2，HS3ST3B1，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的嫌色性肾细胞癌。
在一些实施方案中，在嫌色性肾细胞癌中，选自B4GALT7，B3GAT3，CHPF2，UST，CSGALNACT1，NDST1，HS6ST3，GLB1，HYAL1，HEXA，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的嫌色性肾细胞癌。
在一些实施方案中，在嫌色性肾细胞癌中，选自XYLT1，B3GAT1，CHST15，CHST7，CHST13，CSGALNACT2，HS3ST5，NDST3，GLCE，HS2ST1，HS6ST2，HS6ST1，EXTL1，EXTL2，HS3ST3A1，HYAL2，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的嫌色性肾细胞癌。
在一些实施方案中，在透明细胞肾细胞癌中，选自B4GALT7，B3GAT2，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，CHST13，CSGALNACT2，CHST12，HS3ST2，GUSB，GALNS，IDUA，B3GAT1，UST，CHST3，HS3ST5，NDST3，GLCE，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，HS6ST3，EXTL1，EXTL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，HPSE2，GLB1，HYAL3，GNS、HYAL4、HYAL1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的透明细胞肾细胞癌。
在一些实施方案中，在透明细胞肾细胞癌中，选自B4GALT7，B3GAT2，CHPF，CHSY3，CHST14，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST7，CHST13，CSGALNACT2，CHST12，HS3ST2，GUSB，GALNS，IDUA的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的透明细胞肾细胞癌。。
在一些实施方案中，在透明细胞肾细胞癌中，选自B3GAT1，UST，CHST3，HS3ST5，NDST3，GLCE，HS6ST2，HS3ST1，HS6ST1，HS6ST3，EXTL1，EXTL2，HS3ST3A1，HPSE2，GLB1，HYAL3，GNS，HYAL4，HYAL1，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的透明细胞肾细胞癌。
在一些实施方案中，在乳头状肾细胞癌中，选自XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST13，CHST12，HS3ST1，GUSB，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB，UST，CSGALNACT1，NDST3，NDST1，GLCE，HS6ST2，HS6ST1，HS6ST3，EXTL1，HS3ST3B1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL4，HYAL1，HYAL2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的乳头状肾细胞癌。
在一些实施方案中，在乳头状肾细胞癌中，选自XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST13，CHST12，HS3ST1，GUSB，GALNS，IDUA，SGSH，HEXB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的乳头状肾细胞癌。
在一些实施方案中，在乳头状肾细胞癌中，选自UST，CSGALNACT1，NDST3，NDST1，GLCE，HS6ST2，HS6ST1，HS6ST3，EXTL1，HS3ST3A1，HPSE，HYAL4，HYAL1，HYAL2，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的乳头状肾细胞癌。
在一些实施方案中，在肝癌中，选自B3GALT6，XYLT2，B4GALT7，B3GAT3，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST13，CSGALNACT1，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，NDST1，GLCE，HS2ST1，HS3ST2，HS6ST1，8509(Entrez ID)，EXTL2，EXTL3，GLB1，HYAL3，GNS，HYAL2，IDUA，SGSH，HEXB，HEXA，ARSB，B3GAT1，DSE，CHST7，UST，NDST3，HS3ST3B1，HS3ST3A1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的肝癌。
在一些实施方案中，在肝癌中，选自B3GALT6、XYLT2 B4GALT7，B3GAT3，CHST14，CHST11，CHPF2，CHST15，CHST13，CSGALNACT1，CHST3，CHST12，EXT2，EXT1，NDST1，GLCE，HS2ST1，HS3ST2，HS6ST1，8509(Entrez ID)，EXTL2，EXTL3，GLB1，HYAL3，GNS，HYAL2，IDUA，SGSH，HEXB，HEXA、ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的肝癌。
在一些实施方案中，在肝癌中，选自B3GAT1、DSE、CHST7、UST、NDST3、HS3ST3A1、HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的肝癌。
在一些实施方案中，在胃癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST13，CSGALNACT2，EXT2，EXT1，GLCE，HS2ST1，HS3ST1，HS3ST2，EXTL2，HPSE，GLB1，GUSB，GNS，GALNS，HEXB，HEXA，ARSB，B3GAT1，UST，HS6ST2，NDST4，HS6ST3、EXTL1、HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的胃癌。
在一些实施方案中，在胃癌中，选自B3GALT6，B4GALT7，B3GAT3，CHPF，CHSY3，CHSY1，CHST11，CHPF2，CHST13，CSGALNACT2，EXT2，EXT1，GLCE，HS2ST1，HS3ST1，HS3ST2，EXTL2，HPSE，GLB1，GUSB，GNS，GALNS，HEXB，HEXA，ARSB的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的胃癌。
在一些实施方案中，在胃癌中，选自B3GAT1、UST、HS6ST2、NDST4、HS6ST3、EXTL1、HPSE2的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的胃癌。
在一些实施方案中，在甲状腺癌中，选自B3GAT1，CHST11，CHPF2，CHST7，CSGALNACT2，HS6ST2，HPSE，HYAL2，XYLT1，B3GAT2，CHST14，UST，CSGALNACT1，EXT1，NDST3，HS6ST1，HS6ST3，HS3ST3B1、HS3ST3A1的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的甲状腺癌。
在一些实施方案中，在甲状腺癌中，选自B3GAT1，CHST11，CHPF2，CHST7，CSGALNACT2，HS6ST2，HPSE，HYAL2的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的甲状腺癌。
在一些实施方案中，在甲状腺癌中，选自XYLT1，B3GAT2，CHST14，UST，CSGALNACT1，EXT1，NDST3，HS6ST1，HS6ST3，HS3ST3A1，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的降低指示所述受试者中的甲状腺癌。
在一些实施方案中，在前列腺癌中，选自B3GALT6，B3GAT1，B3GAT3，CHPF，CSGALNACT1，HS3ST2，HS6ST3，GUSB，HYAL3，IDUA，SGSH，DSE，CHST11，CHST15，UST，CHST3，HS3ST5，EXT1，GLCE，EXTL1，HS3ST3B1，HS3ST3A1，HPSE，HPSE2，HYAL1，IDS的一个或多个基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的前列腺癌。
在一些实施方案中，在前列腺癌中，选自B3GALT6，B3GAT1，B3GAT3，CHPF，CSGALNACT1，HS3ST2，HS6ST3，GUSB，HYAL3、IDUA、SGSH的一个或多个基因的表达产物的水平的升高指示所述受试者中的前列腺癌。
在一些实施方案中，在前列腺癌中，选自DSE，CHST11，CHST15，UST，CHST3，HS3ST5，EXT1，GLCE，EXTL1，HS3ST3A1，HPSE，HPSE2，HYAL1，IDS，HS3ST3B1的一个或多个基因的表达产物的水平的下降指示所述受试者中的前列腺癌。
可以从本文的表K和/或图16容易地确定可根据本发明测定其表达产物的其他优选的基因(或基因群组)(例如，在本文中讨论的具体癌类型中显示改变、升高或降低的基因)。表K和图16使用癌症的缩略语。本文表G中给出与这些缩略语相对应的癌类型和亚型。例如，在一些实施方案中，可以优选其表达水平在至少5、至少10或至少15个(例如，5-17、10-17或15-17个)癌类型中改变的基因。
在一些实施方案中，测定单基因的表达产物的水平。在其他实施方案中，测定多于一个基因的表达产物的水平(例如，测定两个或更多个或三个或更多个、或四个或更多个基因的表达产物的水平)。“多于一个”意指2、3、4、5、6、7、8、9、10个等...60(包含在2和60之间的全部整数)。在一些实施方案中，可以测定至少10个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个或全部60个基因的水平。可以测定本文所述的基因的每个和每种可能组合的表达产物水平。
在本发明的方法中，不需要其水平经测定的每一种表达产物的水平与对照水平相比而改变，以便对其而言成为受试者中癌症的指示物。换句话说，其中与对照水平相比，一种或多种表达产物的水平未改变(或未显著改变)的样品仍可能是“癌症”样品(例如，如果与对照水平相比，其他基因中一者或多者的水平改变)。
如本文中讨论，本发明的方法可以包括测定或测量选自本文所述的某些特定GAG形式(或GAG形式群组)中的一种或多种特定GAG形式(或GAG形式群组)，或可以包括测定或测量选自本文所述的某些特定基因(或基因群组)中的一种或多种特定基因(或基因群组)的表达产物的水平。为避免疑问，在其中测量或测定本文讨论的一种或多种特定GAG形式(或GAG形式群组)或一种或多种特定基因(或基因群组)的一些实施方案中，可以额外测量或测定一种或多种其他(或不同的)GAG形式或一种或多种其他(或不同)基因和/或一种或多种其他生物标记物。因此，“选自”可以是“开放性”术语。在一些实施方案中，仅测量或测定本文中讨论的一种或多种特定GAG形式(或GAG形式群组)(例如，不测量或测定其他GAG形式或其他生物标记物)。在一些实施方案中，仅测量或测定本文中讨论的一个或多个特定基因(或基因群组)(例如，不测量或测定其他基因或其他生物标记物)。
如上文讨论，本发明提供一种筛查受试者中癌症(例如，前列腺癌)的方法。备选地看待，本发明提供一种诊断受试者中癌症(例如，前列腺癌)的方法。备选地看待，本发明提供一种预测受试者中癌症(预测癌症(例如，前列腺癌)的未来严重程度、过程和/或结局)的方法。备选地看待，本发明提供一种监测面临风险的受试者中癌症(例如，前列腺)出现的方法。备选地看待，本发明提供一种监测受试者中癌症(例如，前列腺癌)进展的方法。备选地看待，本发明提供一种确定受试者中癌症(例如，前列腺癌)的临床严重程度的方法。备选地看待，本发明提供一种确定受试者中进展癌症(例如，前列腺癌)风险的方法。备选地看待，本发明提供一种基于受试者中癌症(例如，前列腺癌)风险评估指导治疗的方法。备选地看待，本发明提供一种用于预测受试者对癌症(例如，前列腺癌)疗法反应的方法。备选地看待，本发明提供一种确定受试者中用于癌症(例如，前列腺癌)的治疗方案或手术方案的疗效的方法。备选地看待，本发明提供一种检测(例如，早期癌症(例如，前列腺癌)患者中)癌症(例如，前列腺癌)再次出现或复发情况的方法。备选地看待，本发明提供一种选择患者或选择治疗的方法，例如因为它提供区分具有癌性小团块(例如，前列腺团块)的患者与癌症(例如，前列腺癌)患者的手段，所述癌性小团块不是癌症(例如，前列腺癌)，例如，是非恶性、良性或惰性团块(但是，所述团块可以显示某些某些棘手症状，例如，前列腺症状，并且可以怀疑是癌症，例如，前列腺癌)。因此，备选地看待，本发明提供一种区分癌症(例如，前列腺癌)与非恶性疾病的方法。在一些实施方案中，本发明提供一种确定转移灶是否归因于前列腺癌的方法。备选地看待，本发明提供一种预测是否从给定癌症(例如，前列腺癌)预期转移灶的方法。备选地看待，本发明提供一种在一般群体中筛查癌症(例如，前列腺癌)的方法。备选地看待，本发明提供一种在面临患有或形成癌症(例如，前列腺癌)的风险的群体(例如，具有遗传素质的个体或展示风险因子的个体或展示症状的个体)中筛查癌症(例如，前列腺癌)的方法。
因此，本发明筛查癌症(例如，前列腺癌)的方法可以例如用于诊断癌症(例如，前列腺癌)、用于癌症(例如，前列腺癌)预后、用于面临风险的受试者中监测癌症(例如，前列腺癌)的出现情况、用于监测癌症(例如，前列腺癌)进展、用于确定癌症(例如，前列腺癌)的临床严重程度、用于预测受试者对癌症(例如，前列腺癌)疗法的反应、用于确定正在用于治疗癌症(例如，前列腺癌)的治疗方案或手术方案的功效、用于检测癌症(例如，前列腺癌)的再次出现或复发情况、用于选择患者或选择治疗、用于区分怀疑为癌症(例如，前列腺癌)的癌性小团块(例如，前列腺团块)与其他非恶性疾病、用于确定转移灶是否归因于给定癌症(例如，前列腺癌)、用于一般群体中筛查癌症(例如，前列腺癌)或用于面临患有或形成前列腺癌的风险的群体(例如，具有遗传素质的个体或展示风险因子的个体或展示症状的个体)中筛查癌症(例如，前列腺癌)。
因此，在一个方面，本发明提供一种诊断受试者中癌症(例如，前列腺癌)的方法。在一些实施方案中，如果与对照水平相比，样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平是改变(升高或降低，根据具体情况而定)，则作出阳性诊断(即存在癌症，例如，前列腺癌)。本文他处描述其升高的水平指示(例如，判断)癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)。本文他处描述其降低的水平指示(例如，判断)癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)。备选地，如本文他处描述那样分析众多不同的GAG形式或特性(或表达产物)以实现诊断，例如，使用评分体系或方法实现诊断。本发明的方法也可以用来确定转移灶是否归因于给定类型的癌症(例如，前列腺癌)。
在另一个方面，本发明提供一种在受试者中预测癌症(例如，前列腺癌)的方法。在这类方法中，样品中上文讨论的一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平指示癌症(例如，前列腺癌)的未来严重程度、过程和/或结局。例如，与对照水平相比，样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平改变(升高或降低，根据具体情况而定)可以指示不良预后。例如，与对照水平(或评分)相比，高度改变的水平(或评分)可以指示特别不良的预后。
因此，在一些实施方案中，一种或多种其升高的水平指示癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)的升高水平提示(即指示)不良预后。因此，在一些实施方案中，一种或多种其降低的水平指示癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)的降低水平提示(即指示)不良预后。相反，如果一种或多种GAG形式(或表达产物)具有未改变的水平(或基本上未改变的水平)，这可以指示良好预后。
根据本发明系列(周期性)测量一种或多种GAG形式(生物标记物)(或表达产物)的水平也可以用于预后目的，寻找随时间推移正在升高或降低的水平(或评分)。在一些实施方案中，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平随时间推移改变(升高或降低，如果适宜)(与对照水平相比，例如，进一步远离对照水平移动的水平)可以指示正在恶化的预后。在一些实施方案中，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平随时间推移改变(升高或降低，如果适宜)(与对照水平相比，例如，更靠近对照水平移动的水平)可以指示正在改善的预后。
在一个方面，本发明提供监测面临形成癌症(例如，前列腺癌)的风险的受试者中癌症(例如，前列腺)出现的方法。这类方法和被测量的GAG形式(或表达产物)与如本文所述的诊断方法相似，但是对面临形成癌症(例如，前列腺癌)的具体风险并且因此可以从更密切监测获益的受试者实施。这类“面临风险”的受试者将由本领域技术人员容易地鉴定，但是将例如包括具有癌症(例如，前列腺癌)家族史癌症(例如，前列腺癌)或遗传素质的受试者，或处于癌症(例如，前列腺癌)消退状态的受试者或具有已识别癌症(例如，前列腺癌)风险因子的受试者。例如，认可的前列腺癌风险因素是岁龄，例如，超过40岁、或超过50岁、或超过55岁、或优选地超过65岁的男性，例如，40-65、或50-65、或55-65、或60-65、或70-75、或40-75、或50-75、或55-75、或60-75、或65-75(例如，66-71)、或70-75、或40-85、或50-85、或55-85、或60-85、或65-85、或70-85岁男性。
按照这种方式，可以在本发明的一些实施方案中见到，这些方法可以对“健康”患者(受试者)或至少对不表现任何临床症状癌症(例如，前列腺癌)的患者(受试者)实施，例如，患有非常早期或临床前分期癌症(例如，前列腺癌)的患者，例如，其中原发肿瘤如此小，从而不能评估或检测到它的患者，或其中细胞正在发生与癌症(例如，前列腺癌)相关的癌前变化但是尚未变成恶性的患者。
因此，本发明的方法也可以用来监测病情进展。可以在通过手术或疗法(例如，药物治疗)治疗癌症(例如，前列腺癌)之前、其期间或之后进行这种监测。因此，在另一个方面，本发明提供一种监测受试者中癌症(例如，前列腺癌)进展的方法。
本发明的方法可以用于主动监测尚未经历手术或疗法的患者，例如，用于监测未治疗的患者中癌症(例如，前列腺癌)的进展情况。再次，系列测量可以允许评估癌症(例如，前列腺癌)是否正在恶化或至正在恶化到何种程度，因此，例如，允许就治疗性或手术介入是否必要或明智做出更缜密的决定。
如上文讨论，也可以例如，在认为其面临形成癌症(例如，前列腺癌)的风险的个体(例如，健康个体)中实施监测，旨在获得癌症(例如，前列腺癌)的早期和理想地临床前指示。
在另一个方面，本发明提供一种在受试者中确定癌症(例如，前列腺癌)的临床严重程度的方法。在这类方法中，样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平显示与癌症(例如，前列腺癌)严重程度的关联。因此，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平指示癌症(例如，前列腺癌)的严重程度。在一些实施方案中，与对照水平相比，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平(或评分)改变越多(升高越多或降低越多，根据具体情况而定)，更严重形式的癌症(例如，前列腺癌)的可能性越大。在一些实施方案中，本发明的方法因此可以用于为疗法选择患者。
系列(周期性)测量一种或多种GAG形式(生物标记物)(或表达产物)的水平(或评分)也可以用来监测癌症(例如，前列腺癌)的严重程度，寻找随时间推移正在升高或降低的水平。观察到改变的水平(升高或降低，根据具体情况而定)也可以用来指导并监测治疗，二者均在亚临床疾病环境下，即在治疗或手术之前“观察等待”的情景中，例如，在启动药物治疗或手术之前、或在治疗期间或之后，以评价治疗的效果和寻找疗法失效的迹象。
因此，本发明还提供一种预测受试者对疗法或手术反应的方法。例如，如根据本发明通过样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平所确定，患有较不严重形式或早期癌症(例如，前列腺癌)的受试者通常更可能响应于治疗或手术、尤其手术。在这类方法中，疗法或手术的选择可以受样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平的知晓情况指导。在预测受试者对疗法或手术反应的方法的一些实施方案中，不测量或测定HA的水平。
备选地看待，本发明提供一种选择患者或选择治疗的方法，因为它提供区分高风险癌症(例如，前列腺癌)患者与低风险癌症(例如，前列腺癌)患者的手段。因此，备选地看待，本发明的方法提供一种区分高风险癌症和低风险癌症(例如，前列腺癌)的方法并且可以指导适宜的治疗。
在一些实施方案中，本发明提供一种在已经诊断(例如，最近(例如，自诊断以来<1个月或<6月或<1年)诊断)患有癌症(例如，前列腺癌)的受试者中区分高(或较高)风险癌症(例如，例如Gleason评分为8或更大的前列腺癌)和低(或较低)风险癌症(例如，例如Gleason评分为6或更小的前列腺癌)的方法。本文他处讨论了高风险和低风险。高(或较高)风险可以意味，受试者具有不良(或较差)预后，并且低(或较低)风险可以意味，受试者具有良好(或较好)预后。也可以鉴定具有居间风险的受试者(例如，Gleason评分为7的前列腺癌受试者)。在一些实施方案中，本发明提供一种将具有居间风险的前列腺癌受试者(例如，Gleason评分为7)分类作为高(或较高)风险前列腺癌的方法。在一些实施方案中，本发明提供一种将具有居间风险的前列腺癌受试者(例如，Gleason评分为7)分类作为低(或较低)风险前列腺癌的方法。本发明的方法可以在诊断(例如，最近诊断)患有癌症(例如，前列腺癌)的受试者中用来评估严重程度、侵入性、转移潜力或风险水平。
在一些实施方案中，本发明提供一种监测(例如，连续监测或对其执行主动监督)患有癌症(例如，前列腺癌)的受试者(例如，正在接受(癌症，例如，前列腺癌)治疗的受试者)的方法。这种监测可以指导应使用哪种治疗或是否应不给予治疗。
在一些实施方案中，与对照水平(或评分)相比，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平(或评分)改变越多(升高或降低越多，根据具体情况而定)，高风险癌症(例如，前列腺癌)的可能性越大(或低风险癌(例如，前列腺癌)的可能性越小)。相反，在一些实施方案中，与对照水平(或评分)相比，一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平(或评分)改变越少(升高或降低越少，根据具体情况而定)，高风险癌症(例如，前列腺癌)的可能性越小(或低风险癌(例如，前列腺癌)的可能性越大)。
在一些实施方案中，可以将低(或较低)风险患者置于观察等待或主动监督之下和可以不给予治疗(例如，药物治疗或手术)。在一些实施方案中，可以给予高(或较高)风险患者治疗，例如，切除术(例如，前列腺切除术)、放射疗法、激素疗法或其他治疗(例如，如本文他处详述)。
本发明还提供一种确定(或监测)正在用与治疗癌症(例如，前列腺癌)的治疗方案的功效(换而言之，追踪或监测治疗反应)的方法。在这类方法中，根据本发明的一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平(或评分)改变(升高或降低，根据具体情况而定)指示正在使用的治疗方案的功效。例如，如果一种或多种其升高的水平(或评分)指示癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)的水平在疗法期间或之后减少，则这指示有效的治疗方案。相反，例如，如果一种或多种其降低的水平(或评分)指示癌症(例如，前列腺癌)的GAG形式(或表达产物)的水平在疗法期间或之后升高，则这指示有效的治疗方案。在这类方法中，系列(周期性)测量一种或多种GAG形式(生物标记物)(或表达产物)随时间推移的水平也可以用来确定正在使用的治疗方案的功效。相似方法可以用来提供一种确定(或监测)正在用来治疗癌症(例如，前列腺癌)的手术方案的功效的方法。
本发明还提供一种例如在先前已经患有癌症(例如，前列腺癌)、但已经成功地(例如，通过手术或疗法(例如，药物治疗))得到治疗的受试者中检测癌症(例如，前列腺癌)再次出现(复发)情况，从而判定这些受试者处于消退状态或治愈，或例如在随访期间预测患者中转移性复发的方法。这类受试者形成“面临风险”类别并且可以从定期监测癌症(例如，前列腺癌)中充分获益。这类检测癌症(例如，前列腺癌)再次出现(复发)情况的方法使用如本文所述的诊断方法以检测癌症(例如，前列腺癌)的存在或不存在。
本发明提供一种选择患者或选择治疗的方法，因为它提供区分癌症(例如，前列腺癌)患者与非恶性疾病(例如，非恶性前列腺疾病)患者的手段。因此，备选地看待，本发明的方法提供一种区分癌症(例如，前列腺癌)与非恶性疾病的方法。
这类选择患者或选择治疗的方法或区分癌症(例如，前列腺癌)与非恶性疾病的方法使用如本文所述的诊断方法以检测癌症(例如，前列腺癌)的存在或不存在。
本文中与筛查癌症(例如，前列腺癌)的方法有关(例如与用于测量的优选GAG形式或表达产物或其组合有关)的特征和讨论，在已作必要的修正情况下，适用于本发明的其余相关方法(例如，适用于诊断癌症(例如，前列腺癌)的方法等)。
在一个实施方案中，本发明提供本发明方法(例如，如本文所述的筛查、诊断或预后方法等)与其他已知的癌症(例如，前列腺癌)筛查、诊断或预后方法，如放射成像(例如，计算机断层成像、CT扫描)或磁共振成像(MRI扫描)、或组织学评估，例如，使用肿瘤活检、或PSA(前列腺特异性抗原)检查或DRE(数字式直肠指检)检查或Prostate Core MitomicTestTM结合的用途。因此，例如，本发明的方法可以用来确认受试者中癌症(例如，前列腺癌)的诊断。在一些实施方案中，单独使用本发明的方法。
可以通过分析已经通过适宜手段从受试者获得或取出的样品，测定或测量所讨论的GAG形式(或表达产物)的水平。一般在体外实施测定。
可以通过任何适宜的测定法测量(测定)样品中一种或多种GAG形式(或表达产物)的水平，所述测定法很多是本领域熟知并有据可查的。如本文他处描述，电泳，例如，琼脂糖凝胶电泳或毛细管电泳法(尤其采用荧光检测的毛细管电泳法如CE-LIF)或液相色谱、尤其与质谱法(MS)组合的HPLC(高效液相色谱)，是用于测量(测定)本发明的一种或多种GAG形式的水平的优选技术。
用于GAG形式分析的合适电泳法(例如，毛细管电泳法)和液相色谱(例如，HPLC)技术，连同适宜的质谱分析法(和相关的数据处理技术)一起，是本领域熟知并有据可查的。
本文在实施例中描述了一种测定样品中一种或多种GAG形式的水平的特别优选的方法。在本发明中使用的优选方法是采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳法CE-LIF(例如，如Galeotti等人,2014,Electrophoresis 35:81 1-818；和Kottler等人,2013,Electrophoresis 34:2323-2336中所述)。也可以使用与柱后衍生化和荧光测定检测组合的HPLC，例如，如Volpi 2006,Curr Pharm Des 12:639-658中所述，也可以使用与ESI-MS(电喷雾电离-质谱法)组合的HPLC，例如，如Volpi和Linhardt,2010,Nature protocols 5:993-1004中所述，还可以使用与荧光测定检测组合的HPLC，例如，如Galeotti和Volpi,2011,Anal Chem 83:6770-6777或Volpi等人,2014,Nature Protocols 9:541-558中所述。也可以使用琼脂糖凝胶电泳，例如，FACE(荧光团辅助糖电泳)如Volpi和Maccari,2006,Analyt Technol Biomed Life Sci,834:1-13；以及Volpi和Maccari,2002,Electrophoresis 23:4060-4066中所述。
本领域也已知并描述适宜的样品制备方法，例如，GAG提取和纯化法，例如Volpi和Maccari,2005,Biomacromolecules 6:3174-3180及Clin Chim Acta 356:125-133,Coppa等人,201 1 Glycobiology 21:295-303。
在一些实施方案中，HPLC和质谱法(和相关的数据处理技术)用来获得与总量相比，样品中一种或多种特定GAG形式(例如，硫酸化或非硫酸化二糖形式)的水平的分数。例如，在样品制备后，可以将GAG使用酶消化、在HPLC柱中分离并使用MS表征。如本文他处描述，一种或多种单独GAG形式(例如，特定硫酸化或非硫酸化二糖形式)的量便利地依据测量的单独GAG形式的全部量的总和归一化(即相除)，以产生分数。
根据本发明，可以定量、半定量或定性评估(测定)一种或多种GAG形式的水平。
实现这点的适宜方法将是本领域技术人员熟知并且可以使用这些方法中的任一者。但是，实现对二糖组成或适宜CS或HS特性或形式的这种定量(和二糖形式的分离)的便利方法是使用电泳、尤其毛细管电泳法、和优选地采用荧光检测的毛细管电泳法，例如，采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳法(CE-LIF)(例如，如上文Galeotti 2014或上文Kottler 2013中所述)。
备选方法是使用液相色谱、优选地HPLC(高效液相色谱)，例如SAX HPLC或例如，如上文Volpi 2006；上文Galeotti和Volpi 2011；上文Volpi等人,2014或上文Volpi和Linhardt,2010中所述。优选地还使用质谱法(HPLC-MS)，例如电喷雾电离质谱法(ESI-MS)，例如，HPLC(ESI-MS)。实施例中略述特别优选的方法。因此，特别优选的方法的一个例子是毛细管电泳法(例如，例如，采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳)。另一个例子将是HPLC，随后MS(HPLC-MS)，例如，HPLC ESI-MS。备选地，可以在无色谱(例如，液相色谱)的情况下使用质谱法。
通常，根据本发明测定GAG特性或形式不涉及测量处于与受试者体液中所存在形式完全相同形式的GAG分子(例如，不涉及测量天然存在形式的GAG)。例如，这类天然或天然存在的GAG分子经常以接合至蛋白质的长糖链形式存在，而对于通常根据本发明待测定的水平，这类GAG分子不得不至少与接合于它们的蛋白质分离或从其中提取并经常进一步处理。因此，本发明的方法通常对已经按照某种方式处理的样品(例如，是人造的而非天然的样品)实施。
因此，在一些实施方案中，本发明的方法可以包括处理样品的步骤。在一些实施方案中，本发明的方法可以因此对这类处理的样品或从这类处理的样品衍生的材料进行。处理步骤包括但不限于从样品提取或纯化GAG；片段化或剪切或消化样品中存在的蛋白质的步骤，例如，作为从接合于它们的蛋白质分离或提取或取出GAG的手段(例如，通过使用蛋白酶如蛋白酶K)；纯化GAG(例如，使用阴离子-交换树脂)、从样品分离细胞、从样品分离细胞组分、从样品提取(例如，分离或纯化)蛋白质/肽和/或核酸分子(DNA或RNA)。所述处理步骤因此还包括对体液样品实施以制备它供分析的步骤，例如，在血液样品的情况下，这类步骤可能包括制备适宜的血液组分(例如，血浆或血清)供分析的步骤，或，在尿样的情况下，移除细胞或其他杂质。处理步骤可以包括以下一者或多者：消化、提取、纯化、煮沸、过滤、冻干、分级、离心、浓缩、稀释、失活干扰性组分、添加试剂、衍生化、复合等。实施例中描述了示例性处理步骤。
在其中测量某些独立二糖形式的水平的本发明的一些方法中，GAG，例如，全长GAG分子或在丝氨酸残基上与蛋白质接合的GAG分子、或聚合多糖链GAG、或重复二糖单元GAG链，经受处理步骤，例如片段化或剪切或消化步骤，例如，通过(例如，借助软骨素酶ABC或软骨素酶B)化学消化或酶处理，以获得随后被分析的二糖单位。
可能使用的测定GAG水平或组成的其他方法是本领域已知的。但是，例子是涉及使用针对各种GAG形式的抗体的分析技术，例如，诸如蛋白质印迹法、ELISA或FACS的技术，或涉及琼脂糖凝胶电泳(例如，荧光团辅助糖电泳(FACE))或聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法。
因此，在一些实施方案中，测定与正在用于检测GAG形式的试剂结合(例如，与其物理结合或与其复合或用其衍生化)的一种或多种GAG形式(例如，CS或HS二糖的特定硫酸化形式或非硫酸化形式，其已经例如通过片段化、剪切或消化从全长GAG分子或GAG分子的重复二糖单元链衍生)的水平。因此，在一些实施方案中，测定GAG形式与用来检测GAG形式的试剂的复合物的水平。本文他处讨论了适于检测特定GAG形式的试剂，但是包括抗体、或一些种类的与所讨论的GAG形式接合(或用来使其衍生化)的荧光团(或其他可检测标记物或染料)，例如旨在使其通过荧光计(或其他检测装置)可检测。因此，纯粹以举例方式，在一些实施方案中，可以测定与抗体或荧光团等结合(例如，与其复合或用其衍生化)的GAG形式的水平。
如上所述，在本发明的某些方法中，测定样品中某些基因的表达产物的水平。
如本文提到，基因的“表达产物”包括从基因转录的mRNA分子或基因编码的多肽(蛋白质)。可以通过分析已经通过适宜手段从受试者获得或取出的样品，测定所讨论的mRNA或多肽(蛋白质)的水平。一般在体外实施测定。
与本发明相关的基因的核苷酸序列和氨基酸序列是本领域已知的，例如这类序列在Uniprot数据库(http://www.uniprot.org/)中提供。本文表H中阐述与本发明相关的基因的正式基因符号和正式(批准)基因名称(例如，按照Hugo基因命名委员会，HGNC)。
将可以理解，mRNA分子将包含与转录出它的DNA分子相同的序列，例外是mRNA分子将包含尿嘧啶，而转录出它的DNA分子却将在相应的位置包含胸腺嘧啶。
在一个实施方案中，通过本发明方法检测到的表达产物是mRNA分子。如本文他处讨论，不需要检测完整mRNA分子(即完整mRNA核苷酸序列)的存在；检测到存在mRNA分子的片段或部分可以指示存在完整mRNA分子。
在另一个实施方案中，通过本发明方法检测到的表达产物是多肽。如本文他处讨论，不需要检测完整多肽(即多肽的完整氨基酸序列)的存在；检测到存在多肽的片段或部分可以指示存在完整多肽。
检测核酸(例如，mRNA)的多种不同方法是已知的并且在文献中描述，并且可以根据本发明使用这些方法的任一者。在其最简单情况下，可以通过与探针(例如，寡核苷酸探针)杂交，检测到核酸，并且已经描述许多的这类杂交方案(参见，例如.Sambrook等人,Molecular cloning:A Laboratory Manual,第3版,2001,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NY)。一般，检测将包括杂交步骤和/或体外扩增步骤。
在一个实施方案中，可以通过使用可以与目的核酸序列杂交的带有与之结合的标记物的寡核苷酸，检测到样品中的靶核酸。这种标记的寡核苷酸将允许通过直接手段或间接手段检测。换句话说，这种寡核苷酸可以单纯用作常规寡核苷酸探针。在允许杂交的条件下使这种探针与样品接触后并且一般接续一个移除未结合的标记的寡核苷酸和/或非特异性结合的寡核苷酸的步骤(或多个步骤)，可以检测到来自源于样品的探针的标记物中的信号。在优选的实施方案中，选择标记物，从而它仅在探针与其靶杂交时才可检测。
在另一个实施方案中，可以通过使用仅与其靶序列杂交时才被标记的寡核苷酸探针，测定样品中的靶核酸(例如，mRNA)，即可以选择性地标记探针。便利地，可以使用标记的核苷酸，即通过将携带标记物的核苷酸掺入寡核苷酸探针中，实现选择性标记。换句话说，可以通过使用聚合酶酶延长寡核苷酸探针的链，实现选择性标记，其中所述聚合酶酶掺入标记的核苷酸、优选地标记的双脱氧核苷酸(例如，ddATP、ddCTP、ddGTP、ddTTP、ddUTP)。这种检测特定核苷酸序列的方法有时称作引物延长分析。合适的引物延长分析技术是技术人员熟知的，例如，WO99/50448中公开的那些技术，所述文献的内容通过引用的方式并入本文。
在本发明的一个实施方案中，通过引物依赖性核酸扩增反应检测到mRNA基因产物或其片段的存在和水平。允许扩增反应持续某个期限(例如，循环数)和在产生足够量的扩增产物的条件下推进。最便利地，将使用聚合酶链反应(PCR)，不过技术人员将知晓其他技术。例如，可以使用LAR/LCR、SDA、环介导等温扩增和基于核酸序列的扩增(NASBA)/3SR(自持式序列复制)。如果计划检测mRNA基因产物，通常将首先通过使用逆转录酶产生cDNA分子的逆转录，将它转化成cDNA分子。一旦完成逆转录反应，则cDNA可以用作引物依赖性核酸扩增反应的模板。本领域技术人员将非常清楚如何从mRNA分子产生cDNA分子。
已经开发了PCR的许多变型，例如实时PCR(也称作定量PCR，qPCR)、热启动PCR、竞争性PCR等，并且若对技术人员的需求适宜，这些变型均可以使用。
在一个使用基于PCR的扩增的基本实施方案中，使寡核苷酸引物在合适缓冲液中与含有或潜在含有靶序列和游离核苷酸的反应混合物接触。所得的混合物在DNA聚合酶存在下的热循环导致扩增引物之间的序列。
PCR方法的最佳性能受温度选择、温度持续时间和循环中每个步骤的温度之间的时间长度影响。本领域技术人员是容易地能够做到这点。
本发明的方法可以用可获得的任何标准主混合物和酶进行。
已经开发基础PCR方法的改良如qPCR(实时PCR)，其可以提供关于正在扩增的模板的定量信息。已经采取众多方案，不过两种最常见的技术使用双链DNA结合性荧光染料或选择性荧光报道探针。
双链DNA结合性荧光染料，例如SYBR Green，随扩增产物产生与之接合，并且当接合时，染料发荧光。因此，通过测量每个PCR循环后的荧光，可以实时监测扩增产物的相对量。通过使用内标物和对照，这条信息可以转换成关于反应开始时模板量的定量性数据。
qPCR中使用的荧光报道探针可以是在一个末端具有荧光报道分子并且在另一个末端具有猝灭剂分子(例如，报道分子在5'端并且猝灭剂分子在3'端或反之亦然)的序列特异性寡核苷酸，一般为RNA或DNA。设计探针，从而报道分子被猝灭剂猝灭。该探针还设计成与可能处于模板中的互补序列的特定区域选择性杂交。如果这些区域位于复性的PCR引物之间，则聚合酶，如果它具有核酸外切酶活性，将在它延长该酶正在聚合的新生核酸链时降解(解聚化)结合的探针。这种将缓解猝灭并且将出现荧光。因此，通过测量每个PCR循环后的荧光，可以实时监测扩增产物的相对量。通过使用内标物和对照，这条信息可以转换成定量性数据。
可以检测到扩增产物，并且可以通过任何便利手段测定扩增产物的量(水平)。庞大数目的技术常规地用作标准实验室技术，并且文献已经描述了更多的专用方案。在其最简单情况下，可以通过在反应结束时或在所需时间点视检反应混合物，检测扩增产物。一般，将借助可以与扩增产物偏好结合的标记物解析扩增产物。一般，染料物质，例如，使用比色、生色、荧光或发光染料(例如溴化乙锭或SYBR Green)。在其他实施方案中，使用偏好地结合扩增产物的标记的寡核苷酸探针。
在一些实施方案中，微阵列可以用来测定一个或多个基因的核酸表达产物的水平。
在一些实施方案中，借助下一代测序法的RNA-seq可以用来测定一个或多个基因的核酸表达产物的水平。RNA-seq(RNA测序)有时称作全转录组鸟枪测序(WTSS)。RNA-seq使用下一代测序法的能力揭示给定时刻来自基因组的RNA存在和量的简要说明。在一些情况下，RNA可以在测序之前转化成cDNA(借助逆转录)。在其他情况下，可以对RNA直接测序，不转化成cDNA。在一些情况下，在测序之前，cDNA后跟随接头连接。随后通过PCR扩增RNA或cDNA以产生足够量的片段，之后测序。在一些情况下，在第二链cDNA合成期间掺入dUTP以防止PCR扩增并在水平测定中减少PCR引入的偏倚。在一些情况下，在第二链cDNA合成期间掺入取向已知的不同接头。
合适的微阵列平台或仪器和合适的RNA-seq平台或仪器是本领域已知的并且可以在本发明中使用。合适的平台或仪器包括来自包括Affymetrix、Agilent、AppliedMicroarrays、Arrayit、lllumina和Pacific Biosciences的生产商中的那些，例如，Affymetrix GeneChip Systems、lllumina MiniSeq System、lllumina MiSeq Series、lllumina NextSeq System、lllumina HiSeq Series、Pacific Biosciences PacBio RSII或Pacific Biosciences Sequel Systems的平台或仪器。
在本发明的一些优选实施方案中，通过基于核酸(DNA RNA)的方法测量一种或多种表达产物的水平并且它优选地包括核酸扩增。
可以通过任何适宜的测定法测量(测定)样品中一种或多种多肽的水平，所述测定法很多是本领域熟知并有据可查的并且其中某些是市售的。可以例如通过免疫测定法如放射免疫测定(RIA)或荧光免疫测定法、免疫沉淀法和免疫印迹法(例如，蛋白质印迹法)或酶联免疫吸附测定法(ELISA)，测定一种或多种多肽(蛋白质/生物标记物)的水平。免疫测定法是测定一种或多种本发明多肽的水平的优选技术。
优选测定法是基于ELISA的测定法，不过也可以有效地使用基于RIA的测定法。基于ELISA和基于RIA的方法均可以通过在本领域为标准并且将是技术人员熟知的方法实施。
这类方法通常涉及使用针对接受研究的相关多肽或其片段的抗体，其中使所述抗体与样品孵育以允许检测样品中的所述多肽(或其片段)。可以使用任何适宜的抗体。例如，可以通过本领域技术人员已知的标准技术(例如，通过免疫接种实验动物)，制备针对接受研究的多肽的适宜抗体或识别所述多肽的特定表位的抗体。针对接受研究的给定多肽或其片段的相同抗体通常可以在基于RIA的测定法或基于ELISA的测定法中用来检测所述多肽，就标记而言等适宜修饰抗体，例如，在ELISA测定法中，抗体通常将与能够实现检测的酶连接。可以使用任何适宜形式的测定法，例如，测定法可以是夹心型测定法或竞争性测定法。
简而言之，在ELISA中，将未知量的抗原固定至表面上，并且随后在用特异性抗体洗表面，从而它可以与抗原结合。这种抗体与酶连接，并且在最终步骤中添加酶可以将其转化成某种可检测信号的物质。因此在荧光ELISA的情况下，当适宜波长的光投射到样品上时，任何抗原/抗体复合体将发荧光，从而可以依据荧光的幅度测定样品中抗原的量。对于RIA，使已知量的抗原具有放射性，往往通过用接合于酪氨酸的γ-放射性同位素碘标记它做到。将这种放射标记的抗原随后与已知量的针对该抗原的抗体混合，并且作为结果，二者化学地彼此结合。随后，添加来自患者的含有未知量的相同抗原的样品。这造成来自样品的未标记(或“冷”)抗原与放射标记的抗原竞争抗体结合位点。随着“冷”抗原的浓度增加，它更多地与抗体结合，替换放射标记的变体，并且降低放射标记的结合抗体的抗原对放射标记的游离抗原的比率。随后将结合的抗原与未结合的抗原分离，并且测量上清液中剩余的游离抗原的放射性活度。随后可以绘制结合曲线，并且可以测定患者样品中抗原的准确量。通常还对标志物(抗原)浓度已知的标准样品实施测量以便比较。
在一些实施方案中，可以用适宜的抗体实施免疫组织化学。
也可以使用免疫印迹法(例如，蛋白质印迹法)测量一种或多种本发明多肽的水平。
用于测定一种或多种本发明多肽的水平的优选试剂是抗体(针对待测定其水平的多肽的抗体)。
在其他优选实施方案中，可以通过质谱法测量(测定)样品中一种或多种多肽的水平。合适的质谱分析法(和相关的数据处理技术)是本领域熟知并有据可查的。在一些实施方案中，质谱法(和相关的数据处理技术)用来获得样品中多肽的水平相比对照的比率。在一些实施方案中，可以使用色谱联合质谱法，定量蛋白质片段。
本文对根据本发明待测定其水平的“多肽”的提及包括提及受试者中可能存在的所述多肽的全部形式(如果适宜)，包括其衍生物、突变体和类似物，尤其，其片段或多肽或其片段的修饰形式。示例性和优选的修饰形式包括这些分子的已经过翻译后修饰如糖基化或磷酸化的形式。在一些实施方案中，测定多肽(或其片段)的未修饰形式的水平。
本领域中充分理解，在样品中检测多肽(蛋白质)的存在时，不需要检测全长多肽(即完整多肽序列)的存在；检测到存在多肽的片段(或部分)可以指示存在完整多肽(蛋白质)。
因此，在本文所述的本发明方法的某些实施方案中，作为多肽本身(全长多肽)的备选，可以分析多肽的任何片段(或部分)、尤其天然存在性片段。用于分析的合适片段应当是全长多肽(蛋白质)特征片段。合适的片段可以是至少6个连续氨基酸长度。例如，至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少50、至少75、至少100、至少150、至少200或至少500个连续氨基酸长度。合适的片段可以代表全长多肽(蛋白质)的至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、或至少90％长度。
在一些实施方案中，测定全长多肽的水平。
本领域还充分理解，在样品中检测mRNA的存在时，不需要检测完整mRNA分子(即完整mRNA核苷酸序列)的存在；检测到存在mRNA分子的片段(或部分)可以指示存在完整mRNA分子。
因此，在本文所述的本发明方法的某些实施方案中，作为全长mRNA的备选，可以分析mRNA的任何片段(或部分)。用于分析的合适片段应当是全长mRNA分子的特征片段。合适的片段可以是至少17个核苷酸长度。例如，至少18、至少19、至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少50、至少75、至少100、至少150、至少200或至少500个连续核苷酸长度。合适的片段可以代表全长mRNA分子的至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、或至少90％长度。
在一些实施方案中，测定全长mRNA分子的水平。
在一些实施方案中，测定与正在用于检测表达产物的试剂结合(例如，与其物理结合或与其复合)的表达产物的水平。因此，在一些实施方案中，测定表达产物与用来检测表达产物的试剂的复合物的水平。本文他处讨论了适于检测表达产物的试剂。纯粹以举例方式，在一些实施方案中，可以测定与引物(或延长的引物)或探针(例如，荧光报道探针)或染料结合(例如，与其复合)的核酸(DNA或RNA)表达产物的水平。通过另一个例子，在一些实施方案中，可以测定与抗体结合(例如，与其复合)的多肽表达产物的水平。
在一些实施方案中，一种或多种表达产物的水平是癌细胞(例如，转移性癌细胞)(例如，如分离自某样品如血液样品(或本文所述的其他类型样品)的癌细胞)中的水平，或在一些实施方案中，一种或多种表达产物的水平是外来体样品(例如，癌衍生的外来体样品)中的水平。在一些此类实施方案中，使用阵列(例如，微阵列)，可以测定癌细胞(例如，转移性癌细胞)中或外来体(例如，癌衍生的外来体)中一种或多种表达产物(例如，核酸表达产物)的水平。特别优选的癌症是前列腺癌。
在一个方面，本发明提供固相支持物(例如，芯片)包含一种或多种探针(例如，核酸探针)的群组，所述探针能够检测本文所述的一个或多个基因或基因群组的表达产物(例如，核酸表达产物)的存在或水平。在一些实施方案中，所述的一种或多种探针群组包含至少5、至少10、至少20、至少30、至少40、至少50或60种探针(例如，5-60或10-60或20-60或30-60或40-60或50-60种)或由其组成。
如本文所述的一种或多种GAG形式(GAG特性)或表达产物的改变的水平(或组成)包括所讨论的GAG形式或表达产物与对照水平比较时，所讨论的GAG形式(生物标记物)或表达产物的任何可度量改变或变化。改变的水平包括升高或降低的水平。优选地，与适宜的对照样品或受试者中存在的水平相比，水平显著地改变。更优选地，显著改变的水平是统计显著的，优选地p-值<0.05或ROPE％值≤5.00。
在一些实施方案中，与适宜的对照样品或受试者或群体中存在的水平相比(即与对照水平相比时)，(例如，表达产物的)水平改变≥2％、≥3％、≥5％、≥10％、≥25％、≥50％、≥75％、≥100％、≥200％、≥300％、≥400％、≥500％、≥600％、≥700％、≥800％、≥900％、≥1000％、≥2000％、≥5000％或≥10,000％可以表示存在癌症(例如，前列腺癌)。
如本文所述的一种或多种GAG形式(GAG特性)或表达产物的水平“升高”或“升高”的水平包括所讨论的GAG形式或表达产物与对照水平比较时，所讨论的GAG形式(生物标记物)或表达产物的任何可度量升高或提升。优选地，与适宜的对照样品或受试者中存在的水平相比，水平显著地升高。更优选地，显著升高的水平是统计显著的，优选地p-值<0.05或ROPE值％≤5.00。
在一些实施方案中，与适宜的对照样品或受试者或群体中存在的水平相比(即与对照水平相比时)，(例如，表达产物的)水平升高≥2％、≥3％、≥5％、≥10％、≥25％、≥50％、≥75％、≥100％、≥200％、≥300％、≥400％、≥500％、≥600％、≥700％、≥800％、≥900％、≥1000％、≥2000％、≥5000％或≥10,000％可以表示存在癌症(例如，前列腺癌)。
如本文所述的一种或多种GAG形式(GAG特性)或表达产物的水平“降低”或“降低”的水平包括所讨论的GAG形式或表达产物与对照水平比较时，所讨论的GAG形式(生物标记物)或表达产物的任何可度量降低或减低。优选地，与适宜的对照样品或受试者中存在的水平相比，水平显著地降低。更优选地，显著降低的水平是统计显著的，优选地p-值<0.05或ROPE值％≤5.00。
在一些实施方案中，与适宜的对照样品或受试者或群体中存在的水平相比(即与对照水平相比时)，(例如，表达产物的)水平降低≥2％、≥3％、≥5％、≥10％、≥25％、≥50％、≥75％、≥100％、≥200％、≥300％、≥400％、≥500％、≥600％、≥700％、≥800％、≥900％、≥1000％、≥2000％、≥5000％或≥10,000％表示存在癌症(例如，前列腺癌)。
“对照水平”是在对照受试者或群体中(例如，在已经从对照受试者或群体获得的样品中)GAG形式(GAG特性)或表达产物的水平。用于本发明方法中的适宜的对照受试者或样品将由本领域技术人员容易地鉴定，例如适宜的对照组如实施例中那样描述。这类受试者还可能称作“正常”受试者或称作参比群体。适宜的对照受试者群体的例子将包括健康受试者，例如，无任何形式的前列腺疾病(例如，前列腺癌)史且未患其他共存性疾病的个体、或并未正在患有任何形式的前列腺疾病并且优选地无该疾病患有史的受试者、尤其并未正在患有前列腺癌和优选地无前列腺癌患有史的个体。其他优选的对照受试者将包括并未正在患有癌症并且优选地无癌症患有史(例如，并未正在患有本文提及的任何类型癌症并且优选地无该癌症患有史)的个体。适宜的对照受试者群体的其他例子将包括健康受试者，例如，无任何形式的肾脏疾病(例如，RCC)史且未患其他共存性疾病的个体、或并未正在患有任何形式的肾脏疾病并且优选地无该疾病患有史的受试者、尤其并未正在患有肾癌或RCC和优选地无肾癌或RCC患有史的个体。优选地，这类对照受试者还并未正在患有肝癌并且更优选地无肝癌患有史。优选地，这类对照受试者还并未正在遭遇炎性病理。优选地，对照受试者不是任何药物的定期使用者。在一个优选实施方案中，对照受试者是健康受试者。
对照水平可以对应于适宜的对照受试者或样品中等同GAG形式的水平，例如，可以对应于对照或参比群体中存在的临界水平或范围。备选地，所述对照水平可以对应于相同个体受试者或来自所述受试者的样品中在更早时间点测量(例如，与受试者中“基线水平”比较)的所讨论标志物(GAG形式或表达产物)的水平。这种类型的对照水平(即来自个体受试者的对照水平)特别可用于这样的本发明实施方案，其中取得健康或患病个体中GAG形式(或表达产物)的系列或周期性量值，寻找GAG形式(或表达产物)水平的变化。在这个方面，与一般对照群体中存在的对照或临界水平对比，适宜的对照水平将是个体的自身基线值、稳定值、零值、既往值或无偏值(dry value)(如果适宜)。对照水平也可以称作“正常”水平或“参比”水平。对照水平可以是离散数值或范围。
尽管可以通过检验适宜的对照受试者集合，导出用于比较的对照水平，但本发明的方法将不必然地涉及向对照受试者实施主动检查作为本发明方法的部分，但是将通常涉及与已经事先从对照受试者测定并且是实施本发明方法的人已知的对照水平比较。
对于涉及测定一种或多种表达产物的水平的本发明方法，已作必要修正情况下，对照水平和受试者可以如本文他处所讨论那样。备选地，对于涉及测定一种或多种表达产物的水平的本发明方法，对照水平可以是对照受试者或群体的健康组织样品(对照组织样品)中表达产物的水平。因此，对照组织样品(例如，前列腺组织样品)可以来自与正接受筛查的测试样品(即潜在癌性的样品，例如，潜在癌性的前列腺样品)相同的组织。对照组织样品可以因此是与测试组织样品(潜在癌性的样品)匹配的正常组织样品。
本发明的筛查、诊断等方法用于癌症。本文他处描述本发明涉及的具体癌症。在优选的实施方案中，前列腺癌亚型是前列腺腺癌(本文也称作PRAD)。在一些实施方案中，甲状腺癌亚型是甲状腺的癌。在一些实施方案中，结肠癌亚型是结肠腺癌。在一些实施方案中，直肠癌亚型是直肠腺癌。因此，在一些实施方案中，癌症是结直肠腺癌。结肠癌和直肠癌可以统称为结直肠癌。在一些实施方案中，结直肠癌属于TNM I期、II期、III期或IV期。在一些实施方案中，肺癌亚型是肺鳞状细胞癌或肺腺癌或非小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌属于TNM I期、II期、III期或IV期。在一些实施方案中，子宫癌亚型是子宫体子宫内膜癌或宫颈癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，子宫癌亚型是宫颈癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，子宫癌(例如，宫颈癌或子宫内膜癌)属于FIGO I期、II期、III期或IV期。在一些实施方案中，乳腺癌亚型是浸润性乳腺癌(breast invasive carcinoma)。在一些实施方案中，胰腺癌亚型是胰腺腺癌。在一些实施方案中，膀胱癌亚型是膀胱癌。在一些实施方案中，肝癌亚型是肝脏肝细胞癌。在一些实施方案中，胆管癌亚型是胆管癌。在一些实施方案中，胃癌亚型是胃腺癌。在一些实施方案中，食管癌亚型是食管的癌。在一些实施方案中，头颈癌亚型是头颈鳞状细胞癌。在一些实施方案中，脑癌亚型是多形性胶质母细胞瘤或弥漫性胶质瘤(例如，星形细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤或少突星形细胞瘤)。在一些实施方案中，血癌亚型是外周T细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤或慢性淋巴样白血病。在一些实施方案中，血癌亚型是非霍奇金淋巴瘤或慢性淋巴样白血病。在一些实施方案中，慢性淋巴样白血病属于Binet A期、B期或C期。在一些实施方案中，非霍奇金淋巴瘤的血癌亚型是弥漫性大B细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，非霍奇金淋巴瘤属于Ann Arbor I期、II期、III期或IV期。在一些实施方案中，卵巢癌亚型是浆液性卵巢腺癌。在一些实施方案中，卵巢癌属于FIGO I期、II期、III期或IV期。在一些实施方案中，皮肤癌亚型是皮肤黑素瘤(例如，恶性黑素瘤)。在一些实施方案中，黑素瘤是皮肤黑素瘤或葡萄膜黑素瘤(例如，恶性皮肤黑素瘤或葡萄膜黑素瘤)。在一些实施方案中，神经内分泌肿瘤是胃肠道神经内分泌肿瘤。在一些实施方案中，神经内分泌肿瘤(例如，胃肠道神经内分泌肿瘤)属于ENETS G1级或G2级。在一些实施方案中，肾癌是肾细胞癌如透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌或嫌色性肾细胞癌(chromophobe renal cell carcinoma)。本发明的方法可以对任何分期的癌症(例如，前列腺癌)实施，例如可以用于早期或初始分期的癌症(例如，前列腺癌)或晚期或后期分期的癌疾病(例如，前列腺癌)。
可以通过任何本领域认可和公认的定义实施对给定分期的癌症(例如，前列腺癌)分类。
可以通过任何本领域认可和公认的定义实施对面临给定风险的癌症(例如，前列腺癌)分类。例如，对于前列腺癌，可以通过以下方式评估风险：数字式直肠指检或诊断时评估血液PSA水平或临床诊断时测定Gleason评分或病理学诊断时测定Gleason评分或评价前列腺活检结果(例如，评价肿瘤尺寸、和/或肿瘤等级和/或肿瘤体积)或根据TNM体系确定分期或评估其他检验(X射线、CT和/或MRI扫描和骨扫描)的结果或前述方式的任何组合。本领域技术人员可以基于以上一项或多项评估，例如通过以下方式容易地确定风险：如果Gleason评分是6或更小，则确定低风险；如果Gleason评分是7，则确定中等风险；并且如果Gleason评分是8或更大，则确定高风险。
在一些实施方案中，癌症(例如，前列腺癌)可以是非转移性形式的癌症(例如，前列腺癌)。在一些实施方案中，癌症(例如，前列腺癌)可以是转移形式的癌症(例如，前列腺癌)(如相对于局灶性或局限性癌症，例如，前列腺癌)。
在一些实施方案中，癌症可以是低分期/等级疾病(癌症)。低分期/等级疾病(癌症)可以对CRC和LC定义为TNM I期至III期，对CST定义为FIGO分期I，对EC和OV定义为FIGOI期至II期，对DG定义为非IV级胶质瘤，对GNET定义为ENETS等级G1，对LL定义为Binet A期或B期、对NHL定义为Ann Arbor I期至II期并且对PCa定义为Gleason评分<7。
本发明的方法可以对任何适宜的体液样品实施。在这个方面，虽然本发明用血液和尿例举，但是其他类型的体液样品中待测量的适宜GAG形式(或表达产物)可以由遵循如本文提供的教导的技术人员确定。一般，已经从受试者(例如，如本文他处描述，优选地人类受试者(一般在前列腺癌筛查情况下，人类男性受试者)获得(从其取出)样品。在其他方面，该方法还包括从受试者获得样品的步骤。
本文对“体液”的提及包括提及衍生自受试者身体的全部流体。示例性流体包括血液(包括全部血液衍生组分，例如血浆、血清等)、尿、唾液、泪、支气管分泌物或粘液。优选地，体液是循环性液体(尤其血液或血液组分)或尿。特别优选的体液是血液或尿。在一些优选的实施方案中，样品是血液样品(例如，血浆或血清样品)。在一些优选的实施方案中，样品是血浆样品。在一些优选的实施方案中，血浆样品是血小板贫乏的血浆样品。在一些优选的实施方案中，样品是血清样品。在一些优选的实施方案中，样品是尿样。在一些实施方案中，样品不是尿样。体液或样品可以处于液体活检样品的形式。
术语“样品”还涵盖通过处理体液样品所衍生(例如，通过处理血液或尿样所衍生)的任何材料。处理生物样品以获得试样可以包括以下一者或多者：消化、煮沸、过滤、蒸馏、离心、冻干、分级、提取、浓缩、稀释、纯化、失活干扰性组分、添加试剂、衍生化、复合等，例如，如本文他处描述。
可以使用分离尿或血液(例如，血清或血浆)样品的任何合适方法。
涉及测定基因的表达产物水平的本发明方法可以对任何适宜的样品实施。一般，已经从受试者、优选地人类受试者(一般在筛查前列腺癌情况下，男性人类受试者)获得(从其取出)样品。在其他方面，该方法还包括从受试者获得样品的步骤。在涉及测定基因的表达产物水平的本发明方法的一些实施方案中，样品是来自受试者的组织样品(例如，来自疑似为癌性的组织的组织活检样品)。在一些实施方案中，可以使用体液样品(例如，如本文他处讨论)。
可以使用直接或间接受疑似癌症(例如，肿瘤)影响的任何样品。在一些实施方案中，样品是血液或血浆。血液(例如，血浆或血清)样品可以包含来自循环型肿瘤细胞的DNA和/或RNA和或已经从肿瘤(例如，前列腺肿瘤)扩散出来的蛋白质。在一些实施方案中，样品可以包含循环型肿瘤细胞(例如，转移性肿瘤细胞)。在一些实施方案中，样品可以包含外来体(例如，纯化或富集的外来体)。在一些实施方案中，样品是尿。尿样可以包含已经从肿瘤扩散出来的DNA和/或RNA和/或蛋白质。
术语“样品”还涵盖通过(例如，如上文所述那样)处理生物样品所衍生的任何材料。衍生的材料包括但不限于从样品分离的细胞(例如，癌细胞或转移性癌细胞)、从样品提取的细胞组分、外来体、蛋白质/肽和核酸分子(DNA或RNA)。
在一些实施方案中，本发明的方法可以包括处理样品的步骤。在一些实施方案中，本发明的方法可以因此对这类处理的样品或从这类处理的样品衍生的材料进行。处理步骤包括但不限于从样品分离细胞、从样品分离细胞组分、从样品分离或富集外来体、从样品提取(例如，分离或纯化)蛋白质/肽和/或核酸分子(DNA或RNA)。处理步骤可以包括以下一者或多者：过滤、蒸馏、离心、提取、浓缩、稀释、纯化、失活干扰性组分、添加试剂、衍生化、扩增、接头连接等。
样品可以立即使用或可以(例如，在-80℃)储存稍后使用。
如本文所述的本发明方法可以对任何类型能够患有癌症(例如，前列腺癌)的受试者实施。这些方法通常对哺乳动物(在前列腺癌筛查情况下，一般是雄性哺乳动物)，例如人类、灵长类(例如，猴)、实验室哺乳动物(例如，小鼠、大鼠、兔、豚鼠)、家畜哺乳动物(例如，马、牛、羊、猪)或家养宠物(例如，猫、犬)实施。优选地，受试者是人类(在前列腺癌筛查情况下，一般是男性人类)。
在一个实施方案中，受试者(例如，人类)是面临形成癌症(例如，前列腺癌)的风险或面临出现癌症(例如，前列腺癌)的风险的受试者，例如，健康受试者或未展示疾病(例如，前列腺疾病)的任何症状的受试者或如本文他处描述的任何其他适宜“面临风险的”受试者。在另一个实施方案中，受试者是患有、或疑似患有(或形成)或可能患有(或形成)癌症(例如，前列腺癌)的受试者。在一些实施方案中，尤其对于前列腺癌筛查，“面临风险”的受试者可以是超过40岁、或超过50岁、或超过55岁、或超过60岁、或优选地超过65岁的人类男性。在一些实施方案中，“面临风险”的受试者可以是PSA(前列腺特异性抗原)水平(例如，在血液中的)≥4ng/ml、或≥5ng/ml、≥6ng/ml、≥7ng/ml、≥8ng/ml、≥9ng/ml(例如，9-19ng/ml)、≥10ng/ml、或≥11ng/ml、≥12ng/ml、≥13ng/ml、≥14ng/ml、≥15ng/ml、≥16ng/ml、≥17ng/ml、≥18ng/ml、≥19ng/ml、或≥20ng/ml或≥25ng/ml、或≥50ng/ml(例如，4-20或4-50ng/ml)的人类雄性。
在一些方面，本发明的方法可以还包含初始步骤：选择面临形成癌症(例如，前列腺癌)的风险或面临出现癌症(例如，前列腺癌)的风险、或患有或疑似患有(或形成)癌症(例如，前列腺癌)、或可能患有(或形成)癌症(例如，前列腺癌)的受试者(例如，人类受试者)。后续方法步骤可以对来自如此选择的受试者的样品进行。
在一些方面，提供还包括以下步骤的本发明方法：通过疗法(例如，药物疗法)或手术治疗癌症(例如，前列腺癌)。例如，如果本发明方法的结果指示受试者中的癌症(例如，前列腺癌)(例如，做出癌症(例如，前列腺癌)阳性诊断)，则可以进行通过疗法或手术治疗癌症(例如，前列腺癌)的附加步骤。例如，如果本发明方法的结果指示受试者中高风险的癌症(例如，前列腺癌)(例如，做出高风险癌症(例如，前列腺癌)阳性诊断)，则可以进行通过疗法或手术治疗癌症(例如，前列腺癌)的附加步骤。例如，如果本发明方法的结果指示受试者中低风险的癌症(例如，前列腺癌)(例如，做出低风险癌症(例如，前列腺癌)阳性诊断)，则可以进行观察等待或主动监督的附加步骤。通过疗法或手术治疗癌症(例如，前列腺癌)的方法是本领域已知的。例如，一个用于前列腺癌的手术选项是前列腺切除术，其旨在根除肿瘤并且可以是激进(完全摘除)或局部的。除经历正在进行的临床试验的疗法之外，药物治疗还可以包括标准化疗和免疫疗法和激素疗法。药物治疗可以包括标准化疗(例如，吉西他滨、长春碱、氟尿苷、5-氟尿嘧啶、或卡培他滨)、靶向治疗(包括酪氨酸激酶抑制剂、rmTOR途径抑制剂、VEGF途径抑制剂、或更具体的例子，如索拉非尼、舒尼替尼、坦罗莫司、依维莫司、贝伐单抗、帕唑帕尼或阿昔替尼)、免疫治疗(如干扰素-γ、白介素-2、干扰素-α或PD-1或PD-L1阻断剂如纳武单抗)和激素治疗(如睾丸切除术、促黄体素释放素激动剂或拮抗剂、抗雄激素药、雌激素或酮康唑)。其他形式的治疗包括放射治疗和冷冻治疗和疫苗治疗(如嵌合抗原受体工程化(CAR)T细胞)。
因此，在一些实施方案中，还包括治疗癌症(例如，前列腺癌)步骤的本发明方法(例如，筛查或诊断方法)可以包括向受试者施用治疗有效量的一种或多种药物，所述药物选自化疗药，例如，其选自吉西他滨、长春碱、氟尿苷、5-氟尿嘧啶或卡培他滨；用于靶向治疗的药物，例如选自酪氨酸激酶抑制剂、rmTOR途径抑制剂、VEGF途径抑制剂、或更具体例子，如索拉非尼、舒尼替尼、坦罗莫司、依维莫司、贝伐单抗、帕唑帕尼或阿昔替尼；或用于免疫治疗的药物，例如，其选自干扰素-γ、白介素-2、干扰素-α、或PD-1或PD-L1阻断剂，如纳武单抗(nivolumab)、或用于激素治疗的药物，例如，其选自促黄体素释放素激动剂(例如亮丙瑞林、戈舍瑞林、曲普瑞林、组氨瑞林)或拮抗剂(例如地加瑞克或CYP17抑制剂)、抗雄激素药(例如氟他胺、比卡鲁胺、尼鲁米特)或雌激素或酮康唑。
备选地，提供还包括以下步骤的本发明方法：实施附加诊断程序，例如，CT扫描或PSA检查。
因此，在一些实施方案中，还包括治疗癌症(例如，前列腺癌)步骤的本发明方法(例如，筛查或诊断方法)可以包括向受试者施用治疗有效量的一种或多种选自化疗药、靶向疗法药物或免疫治疗药物或激素疗法药物的药物、或放射治疗剂量或冷冻治疗剂量。
在一些实施方案中，如果与对照水平或评分相比，样品中一种或多种GAG特性的水平(或表达产物)或基于这些水平的评分改变达某个特定程度，则进行向患者施用治疗有效量的药剂(pharmaceutical agent)(例如，如上文所述的化疗药等)的又一步骤和/或进行手术。本文他处讨论优选的改变程度。
在一些实施方案中，如果受试者已经接受药物治疗(例如，如上文所述的化疗疗法或其他疗法)并且与对照水平相比(例如，与相同受试者的先前记录水平或评分相比)，样品中一种或多种GAG特性的水平(或表达产物)或基于这些水平的评分改变(或的确未改变)达某个具体度，则这可以指示当前治疗药并非有效并且应当使用除先前治疗药之外的治疗药。因此，可以进行步骤：施用治疗有效量的除先前向受试者施用的治疗药之外的治疗药(例如，如上文所述的化疗药等)。
在一些实施方案中，如果本发明的方法揭示，当前治疗方案无效，例如，如果样品中一种或多种GAG特性(或表达产物)的系列或周期性量值或基于这些水平的评分揭示治疗无效，则可以进行改变(例如，增加)治疗药的剂量的步骤。
例如更具体地，在本发明的此类某些方面，提供这样的方法，所述方法包括测定样品中一种或多种GAG特性的水平(或表达产物)，并且如果确定一个或多个水平或基于这些水平的评分大于适宜的临界水平，例如，预先指定使癌症(例如，前列腺癌)阳性诊断的准确度最大化的临界水平，则所述方法可以包括以下又一步骤：进行手术(例如，前列腺切除术)，或进行附加诊断程序(例如，CT扫描或PSA检测)，或施用治疗有效量的用于治疗癌症(例如，前列腺癌)的推荐药剂。药物例如可以包括化疗药，如吉西他滨、长春碱、氟尿苷、5-氟尿嘧啶、或卡培他滨；定向治疗药，例如选自酪氨酸激酶抑制剂、mTOR途径抑制剂、VEGF途径抑制剂、或更具体的例子，如索拉非尼、舒尼替尼、坦罗莫司、依维莫司、贝伐单抗、帕唑帕尼、或阿昔替尼；免疫治疗药，例如，其选自干扰素-γ、白介素-2、干扰素-α、或PD-1或PD-L1封闭剂如纳武单抗(nivolumab)、或激素治疗药，例如，促黄体素释放素激动剂(例如亮丙瑞林、戈舍瑞林、曲普瑞林、组氨瑞林)或拮抗剂(例如地加瑞克或CYP17抑制剂)、抗雄激素药(例如氟他胺、比卡鲁胺、尼鲁米特)或雌激素或酮康唑。
相反，提供这样的方法，所述方法包括测定样品中一种或多种GAG特性的水平(或表达产物)，并且如果确定一个或多个水平或基于这些水平的评分低于适宜的临界水平，例如，预先指定使癌症(例如，前列腺癌)阴性诊断的预测值最大化的临界水平，则所述方法可以包括又一步骤：不进行手术(例如，前列腺切除术)或进行附加诊断程序(例如，CT扫描)或改变药剂的当前剂量或相对于已经使用的药剂，施用治疗有效量的用于癌症(例如，前列腺癌)的不同推荐药剂。药物例如可以包括化疗药，如吉西他滨、长春碱、氟尿苷、5-氟尿嘧啶、或卡培他滨；定向治疗药，例如选自酪氨酸激酶抑制剂、mTOR途径抑制剂、VEGF途径抑制剂、或更具体的例子，如索拉非尼、舒尼替尼、坦罗莫司、依维莫司、贝伐单抗、帕唑帕尼、或阿昔替尼；免疫治疗药，例如，其选自干扰素-γ、白介素-2、干扰素-α、或PD-1或PD-L1封闭剂如纳武单抗(nivolumab)、或激素治疗药，例如，促黄体素释放素激动剂(例如亮丙瑞林、戈舍瑞林、曲普瑞林、组氨瑞林)或拮抗剂(例如地加瑞克或CYP17抑制剂)、抗雄激素药(例如氟他胺、比卡鲁胺、尼鲁米特)或雌激素或酮康唑。
再一个方面提供一种筛查癌症(例如，前列腺癌)(例如，用于诊断癌症(例如，前列腺癌)或用于确定其严重程度或其预后)的试剂盒，所述试剂盒包含适于测定样品中本文所述的一种或多种GAG特性(GAG形式)或表达产物的水平的一种或多种试剂。适宜的试剂在本文他处讨论并且例如包括抗体。在一些实施方案中，试剂盒是ELISA试剂盒。在优选的方面，所述试剂盒是用于如本文所述的本发明方法中。优选地，所述试剂盒包含试剂盒组分(例如在筛查(例如，诊断)中)的使用说明。
在一个方面，本发明提供一种检测(或测定)体液样品内糖胺聚糖(GAGs)、硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成的方法，其中已经从所述受试者获得所述样品。
在一个方面，本发明提供一种在患者中检测糖胺聚糖(GAG)硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成的方法，所述方法包括：
(a)从人类患者获得体液样品；并且
(b)在所述样品中检测糖胺聚糖(GAG)硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成。
本文中与筛查癌症(例如，前列腺癌)的方法(例如，诊断方法、预后方法等)有关，例如与用于测量的优选GAG形式或其组合有关的特征和讨论可以在已作必要的修正情况下适用于本发明的检测方法。
在一个方面，本发明提供一种检测(或测定)一个或多个基因的表达产物的水平的方法，所述基因选自UST，CHST14，CHST13，CHSY1，DSE，CHSY3，CHST11，CHST15，CHPF2，CSGALNACT2，CHST12，CSGALNACT1，CHST7，CHPF，CHST3，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，EXT1，EXT2，EXTL1，EXTL2，EXTL3，HS3ST5，GLCE，HS6ST3，NDST1，NDST4，HS6ST2，NDST3，HS6ST1，HS2ST1，HS3ST2，HS3ST1和NDST2，其中已经从所述受试者获得所述样品。
在一个方面，本发明提供一种检测一个或多个基因的表达产物的水平的方法，所述基因选自
UST，CHST14，CHST13，CHSY1，DSE，CHSY3，CHST11，CHST15，CHPF2，CSGALNACT2，CHST12，CSGALNACT1，CHST7，CHPF，CHST3，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，EXT1，EXT2，EXTL1，EXTL2，EXTL3，HS3ST5，GLCE，HS6ST3，NDST1，NDST4，HS6ST2，NDST3，HS6ST1，HS2ST1、HS3ST2、HS3ST1和NDST2，所述方法包括：
(a)从人类患者获得样品；并且
(b)在所述样品中检测所述基因中一者或多者的表达产物的水平。
本文中与筛查癌症的方法(例如，诊断方法、预后方法等)有关，例如与用于测量的优选基因或其组合有关的特征和讨论可以在已作必要的修正情况下适用于本发明的检测方法。
在另一个方面，本发明提供一种筛查受试者中癌症的方法，所述方法包括
测定样品中一个或多个基因的表达产物的水平，所述基因选自：UST，CHST14，CHST13，CHSY1，DSE，CHSY3，CHST11，CHST15，CHPF2，CSGALNACT2，CHST12，CSGALNACT1，CHST7，CHPF，CHST3，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，EXT1，EXT2，EXTL1，EXTL2，EXTL3，HS3ST5，GLCE，HS6ST3，NDST1，NDST4，HS6ST2，NDST3，HS6ST1，HS2ST1，HS3ST2，HS3ST1和NDST2；
其中已经从所述受试者获得所述样品。本文中与筛查癌症的方法(例如，诊断方法、预后方法等)有关，例如与用于测量的优选基因或其组合有关的特征和讨论可以在已作必要的修正情况下适用于这个方面。
将参考以下非限制性实施例参照以下附图进一步描述本发明，其中：
图1.健康(浅灰色)、PRAD(深灰色)、或透明细胞RCC(黑色)受试者的血液中GAG谱的主成分分析。属于给定组的受试者代表作为与代表该组的省略号的几何中心连接的点。PRAD：前列腺癌。RCC：肾细胞癌。
图2.健康(浅灰色)、PRAD(深灰色)、或透明细胞RCC(黑色)受试者的尿中GAG谱的主成分分析。属于给定组的受试者代表作为与代表该组的省略号的几何中心连接的点。PRAD：前列腺癌。RCC：肾细胞癌。
图3.健康(浅灰色)、PRAD(深灰色)、或透明细胞RCC(黑色)受试者的合计血液和尿中GAG谱的主成分分析。属于给定组的受试者代表作为与代表该组的省略号的几何中心连接的点。PRAD：前列腺癌。RCC：肾细胞癌。
图4.健康受试者对PRAD受试者中血液评分、尿评分和合计评分的箱线图。各个受试者评分表现为点。水平线确定了对每种类型评分实现在区分PRAD个体与健康个体方面最高准确度的最佳临界评分。PRAD：前列腺癌。
图5.基于血液评分(顶部)、尿评分(中间)或合计评分(底部)，ROC曲线将受试者分类为PRAD与健康。每个曲线上覆盖的点代表最佳临界评分，在所述的最佳临界评分，基于不同评分，受试者分类为PRAD与健康的过程最准确(该点的二维坐标是特异性和灵敏度)。PRAD：前列腺癌。
图6.健康受试者与PRAD受试者与透明细胞RCC受试者的PRAD合计评分的箱线图。水平线确定了先前检测过以使区分PRAD个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。PRAD：前列腺癌。RCC：肾细胞癌。
图7.健康受试者与PRAD受试者与透明细胞RCC受试者的RCC血液评分的箱线图。水平线确定了先前检测过以使区分RCC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。PRAD：前列腺癌。RCC：肾细胞癌。
图8.省略该特性时，依据随机森林法分类器的降低准确度的GAG特性排序(将准确度的降低计量为Gini系数的平均降低)。在匹配的血液样品和尿样的GAG特性上训练分类器。仅显示30个最佳特性。
图9-(A/B/C)与健康志愿者对比，血液中的GAG特性在癌症中显著改变，但不归因于癌类型特异性影响。在代表癌症群体的箱线图中的三角形样品和圆形样品定义两个不同类型的癌症。(A：Ns HS；B：6s CS和电荷CS；C：0s CS和4s/6s CS)。
图10-(A/B/C)与健康志愿者对比，尿中的GAG特性在癌症中显著改变，但不归因于癌类型特异性影响。在代表癌症群体的箱线图中的三角形样品和圆形样品定义两个不同类型的癌症。(A：0s HS和电荷HS；B：4s CS和6s/0s CS；C：4s/0s CS)。
图11-如在血液(顶部)、尿(中部)或血液和尿二者(底部)中测量，使用多层感知机分类器，将样品分类成“病例”(具有当前癌症诊断的受试者)与“对照”(健康受试者或具有既往癌症诊断但当前无疾病证据的受试者)的接受者操作特征(ROC)曲线，所述分类器在66％的样品GAG谱(左)上训练并且在剩余的33％样品GAG谱(右)上测试。
图12-在“病例”(具有当前癌症诊断的受试者)与“对照”(健康受试者或具有既往癌症诊断但当前无疾病证据的受试者)中基于血液GAG特性量值的GAG评分。水平线确定了实现区分病例与对照的最高准确度的最佳临界评分。因为GAG评分大于3，故省略一个“病例”数据点。关键词：正方形-肾细胞癌；三角形-前列腺癌；圆形-健康受试者。注意如果采样时的当前状态无疾病证据，则“对照”可以用癌符号代表。
图13-在“病例”(具有当前癌症诊断的受试者)与“对照”(健康受试者或具有既往癌症诊断但当前无疾病证据的受试者)中基于尿GAG特性量值的GAG评分。水平线确定了实现区分病例与对照的最高准确度的最佳临界评分。关键词：正方形-肾细胞癌；三角形-前列腺癌；圆形-健康受试者。注意如果采样时的当前状态无疾病证据，则“对照”可以用癌符号代表。
图14-在“病例”(具有当前癌症诊断的受试者)与“对照”(健康受试者或具有既往癌症诊断但当前无疾病证据的受试者)中基于血液和尿GAG特性量值的GAG评分。水平线确定了实现区分病例与对照的最高准确度的最佳临界评分。关键词：正方形-肾细胞癌；三角形-前列腺癌；圆形-健康受试者。注意如果采样时的当前状态无疾病证据，则“对照”可以用癌符号代表。
图15.基于血液评分(顶部)、尿评分(中间)或合计评分(底部)，ROC曲线将受试者分类为病例与对照。每个曲线上覆盖的点代表最佳临界评分，在所述的最佳临界评分，基于不同评分，受试者分类为病例与对照的过程最准确(该点的二维坐标是特异性和灵敏度)。还报道了每条ROC曲线的曲线下面积(AUC)。
图16.相比匹配的正常来源组织，对22个癌症亚型中糖胺聚糖代谢的调节。与匹配的正常来源组织相比，调节每个癌亚型(列)中每个与糖胺聚糖代谢相关的基因(行)的方向的热图。灰色条目指示基因表达水平下调，黑色条目指示基因表达水平上调，而白色条目指示与正常样品无明显的基因表达水平差异或不可获得数据。图注：MM-恶性黑素瘤；PRAD-前列腺腺癌；THCA-甲状腺癌；PAAD-胰腺癌；COAD-结肠腺癌；READ-直肠腺癌；UCEC-子宫体子宫内膜癌；BRCA-乳腺癌；LUAD-肺腺癌；BLAD-膀胱上皮膀胱癌；LUSC-肺鳞状细胞癌；LIHC-肝脏肝细胞癌；CHOL-胆管癌；GBM-多形性胶质母细胞瘤；STAD–胃腺癌；HNSC-头颈鳞状细胞癌；ESCA-Esophogael癌；OVSA-浆液性卵巢腺癌；PTCL-外周T细胞淋巴瘤；KIRC-透明细胞肾细胞癌；KICH-嫌色性肾细胞癌；KIRP-乳头状肾细胞癌。
图17.健康与黑素瘤的M GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分黑素瘤个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图18.健康与黑素瘤的使用替代性公式计算的M GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个替代性评分的使区分黑素瘤个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图19.健康与结直肠癌(CRC)的CRC GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分CRC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图20.健康与胃肠道神经内分泌肿瘤(GNET)的GNET GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分GNET个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图21.健康与慢性淋巴样白血病(CLL)的CLL GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分CLL个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图22.健康与慢性淋巴样白血病(CLL)的使用替代性公式计算的CLL GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个替代性评分的使区分CLL个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图23.健康与膀胱癌(BCa)的BCa GAG尿评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分BCa个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图24.健康与乳腺癌(BC)的BC GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分BC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图25.健康与卵巢癌(OV)的OV GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分OV个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图26.健康与子宫内膜癌(EC)的EC GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分EC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图27.健康与宫颈癌(CST)的CST GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分CST个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图28.健康与非霍奇金淋巴瘤(NHL)的NHL GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分NHL个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图29.健康与弥漫性胶质瘤(DG)的DG GAG血液评分的箱线图，依据亚型分组。水平线确定了这个评分的使区分DG个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图30.健康与肺癌(LC)的LC GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个评分的使区分LC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图31.健康与肺癌(LC)的使用替代性公式计算的LC GAG血液评分的箱线图。水平线确定了这个替代性评分的使区分LC个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。
图32.每个癌类型受试者与健康受试者的CS电荷和总CS和HA浓度的箱线图。关键词：乳腺癌-BC、结直肠癌-CRC、宫颈癌-CST、弥漫性胶质瘤-DG、子宫内膜癌-EC、胃肠道神经内分泌肿瘤-GNET、健康-H、淋巴样白血病-LL、非霍奇金淋巴瘤-NHL、肺癌-NSCLC、卵巢癌-OV、前列腺癌-PCa。
图33.每个癌类型受试者与健康受试者的HS电荷和总HS的箱线图。如图32中那样的关键词。
图34.在每个癌类型组和健康受试者组的CS组成中每个特性的均值。属于相同组的每个CS组成特性的均值由不同的线连接。如图32中那样的关键词。
图35.在每个癌类型组和健康受试者组的HS组成中每个特性的均值。属于相同组的每个HS组成特性的均值由不同的线连接。如图32中那样的关键词。
图36.健康与依据类型分组的癌症的使用替代性公式计算的癌症GAG血液评分的箱线图。如图32那样的关键词。水平线确定了这个替代性评分的使区分癌症个体与健康个体的准确度最大化的最佳临界评分。在右侧，ROC对应于使用这种备选癌症GAG血液评分时的癌症对比健康分类。
实施例1
简介
预测前列腺癌病例数近期大幅度升高。渐增的前列腺癌患癌症人群决定了迫切需要改进当前的前列腺癌诊断现状。尤其，需要实惠和可行的前列腺癌诊断学工具来辅助医疗卫生专业人士早期检测前列腺癌，这一般与更有利的临床结局相关，或指导治疗当前前列腺癌患者。循环型生物标记物是可以在个体的可及体液(例如，血液或尿中)测量并且其水平可用于辅助诊断和/或预后和/或预测治疗反应的分子。广泛使用的生物标记物的例子是用于前列腺癌的前列腺特异性抗原(PSA)，但是，这种生物标记物诊断前列腺癌的临床价值存在高度争议。
新出现的癌生物标记是直接衍生自癌细胞的循环型核酸。这些核酸可以发现，例如循环型游离DNA、循环型小RNA、循环型肿瘤细胞或含有小RNA、mRNA和DNA的胞外微小泡(包括外来体)。在无昂贵或侵入性手术情况下检测这类分子生物标记物的最小侵入性技术将定义为液体活检。最近，扩展液体活检的定义以涵盖其他大分子类别的癌生物标记，例如，在循环型外来体内部转运的蛋白质。先前已经显示，甚至循环型代谢物可能充当肾细胞癌(RCC)(最常见形式的肾癌)的准确分子生物标记物(Gatto等人,2016)。尤其，可以按照计算方式评定受试者血液和/或尿中糖胺聚糖(GAG)的定量谱，以导出展示用于RCC的诊断价值的GAG评分(Gatto等人,2016)。
在这项研究中，我们在表现前列腺癌的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血液和尿样集合
28份匹配的尿样和血液样品采集自14位PRAD患者。
离心全血管(在4℃，2,500g，15分钟)并且提取血清并归集在独立的管中。在血清样品上进行PRAD患者的血液GAG测量。在聚丙烯管中采集尿样。将样品储存在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
来自健康受试者和RCC受试者的尿样和血液(血浆)样品按照Gatto等人,2016那样得到。
血清和血浆GAG对应于血液GAG。出于这项研究的目的，血清和血浆因此统称为血液。
糖胺聚糖谱测定
如Volpi和Maccari 20051和2和Coppa等人,2011先前所述那样进行样品制备，包括提取和纯化步骤，同时如Volpi等人,2014；Volpi和Linhardt,2010中所述那样进行样品GAG分离和定量。
简而言之，为了提取GAG，将500μl样品冻干，用1ml 20mM TRIS-Cl缓冲液pH 7.4复溶并用蛋白酶(来自Sigma-Aldrich白麦轴梗霉(Tritirachium album)蛋白酶K[E.C.3.4.21.64]，>500单位ml-1)在60℃处理12小时。在煮沸10分钟、离心并在0.45μm滤器上过滤后，将滤液冻干。通过延长的混合，将粉末溶解于1ml蒸馏水中。在5000g离心15分钟后，添加0.2ml 20％三氯乙酸至上清液。在4℃ 2小时后，将混合物以5000g离心15分钟，并且回收上清液及冻干。在溶解于0.4ml双蒸水中并在10,000g离心10分钟后，收集上清液并进一步分析。为了纯化GAG，用500μl 10mM NaCl复溶后，将样品GAG在阴离子交换树脂(QAESephadex A-25)上进一步纯化。在10,000×g离心5分钟后，将上清液施加至装填有约3ml树脂的柱(1cm×4cm)，所述树脂事先用10mM NaCl平衡。用20ml 10mM NaCl洗涤树脂后，添加10ml 2.5M NaCl。添加五十毫升乙醇至洗脱物(10ml)并在-20℃储存24小时。在5000×g离心15分钟后，将沉淀物在60℃干燥12小时。用80μl 50mM乙酸铵pH 8.0复溶后，将材料用20μl软骨素酶ABC在37℃处理12小时。为了分离并定量GAG，在煮沸5分钟后，将样品在HPLC中上样，同时进行柱后衍生化和荧光测定检测和在线电喷雾电离质谱法(ESI-MS)。
在每份样品(血液或尿)中测量十九个独立GAG特性：CS浓度(以μg/mL计)、HS浓度(以μg/mL计)、HA浓度(以μg/mL计)和CS和HS二者的二糖组成质量分数。此外，从这些量值计算五个依赖性GAG特性：CS和HS电荷；和质量分数的以下CS比率：4s/6s、6s/0s和4s/0s。24个GAG特性可以统称为GAG谱。
使用主成分分析(PCA)，通过比较在血液中或在尿中单独测量或在两种流体中测量的GAG特性，进一步检查属于三个组(前列腺癌组与肾细胞癌组与健康组)的受试者之间的GAG谱的总体相似性。使用R包ade4实施主成分分析(依据均值进行定心)(Dray和Dufour,2007)。
生物标志物设计
通过以下方式评估两个组(前列腺癌组与健康组)之间每个GAG特性的变化的统计显著性：依据以下假设，使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)：GAG特性值从未知并且待估计正态性(即自由度)的t-分布采样；先验分布高度不确定；边缘分布由无细化和链长度等于100,000的马尔可夫链蒙特卡罗采样充分逼近。使用BEST R包进行估计(通过默认参数反映以上假设)。相对于广泛使用的t检验，优选贝叶斯估计法，因为在两个组的潜藏性评分分布不确定的情况下(即，当样品数有限时的情况)，它仍对平均差异提供稳健和可靠的估计。
为了验证PRAD患者中GAG谱的变化是否可以用来简缩成可以用来区分PRAD患者与健康受试者并因此将适合作为癌症诊断法的GAG评分，我们利用带留一法交叉验证的Lasso惩罚化逻辑回归(Tibshirani,1996)以选择最能预示临床结局(即，与健康受试者相比的PRAD)的稳健GAG特性。随后将评分设计作为一种比率，其中分子是与PRAD相关的特性的总和并且分母是与健康状态相关的特性的总和。使用回归系数归一化每个条项。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品为血清或血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
对于每种标志物(血液、尿或合计)，我们通过导出接受着操作特征(ROC)曲线，按照不同的阈值评分，评价其将样品进行二元分类为前列腺癌或健康的性能。我们将每种标志物的准确度作为其ROC曲线的曲线下面积(AUC)测量(对于完美分类器，AUC为1，并且对于随机分类器，为0.5)。我们选择准确度最大的评分作为给定标志物的潜在临界值，即，其标志物评分高于这个临界值的样品具有患前列腺癌的最大概率并且低于这个临界值的样品具有保持健康的最大概率。使用pROC R包计算ROC曲线，同时使用OptimalCutpoints R包计算最佳临界值。
结果
我们分析前列腺腺癌(PRAD)中的GAG谱。我们从14位PRAD患者采集总计28份匹配的尿样和血液样品。表A中报告了这个同期组群的临床数据。我们定量了先前样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品和/或尿样的GAG谱的部分(表B中列出)。我们还将PRAD组的GAG谱中每个特性的值与来自25名健康个体的50份匹配尿样和血液样品的GAG谱组中先前测量的值比较。我们通过以下方式评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性：依据以下假设，使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)：GAG特性值从未知并且待估计正态性(即自由度)的t-分布采样；先验分布高度不确定；边缘分布由无细化和链长度等于100,000的马尔可夫链蒙特卡罗采样充分逼近。使用BEST R包进行估计(通过默认参数反映以上假设)。相对于广泛使用的t检验，优选贝叶斯估计法，因为在两个组的潜藏性评分分布不确定的情况下(当样品数有限时是这种情况)，它仍对平均差异提供稳健和可靠的估计。结果显示与健康受试者相比，在PRAD之间几个GAG特性的差异明显(表B)。我们使用主成分分析(PCA)，通过比较在血液(图1)中或在尿(图2)中单独测量或在两种流体(图3)中测量的GAG特性，进一步检查属于两个组的受试者之间的GAG谱的总体相似性。使用R包ade4实施主成分分析(依据均值进行定心)(Dray和Dufour,2007)。这项分析显示，属于两个组的受试者在任一种流体中独立聚类，表明两个组的GAG谱中存在明显差异。为了比较PRAD中GAG谱与RCC的GAG谱有多大相似，我们在PCA中纳入了我们先前研究中所分析(Gatto等人,2016)的来自RCC组的GAG谱和从40名透明细胞RCC受试者的附加同期组群采集的血液GAG谱。来自我们先前研究的RCC组具体地包括透明细胞RCC患者，其包括52名具有血液样品的受试者、20名具有尿样的受试者和19名具有两种样品的受试者。引人注目地，在PRAD受试者和RCC受试者之间观察到分离并且这种分离还与健康受试者无关，这表明GAG谱的独特变化出现在PRAD受试者的血液和尿中。
为了验证PRAD患者中GAG谱的变化是否可以用来简缩成可以用来区分PRAD患者与健康受试者并因此将适合作为前列腺癌诊断法的GAG评分，我们利用带留一法交叉验证的Lasso惩罚化逻辑回归(Tibshirani,1996)以选择最能预示临床结局(即，与健康受试者相比的PRAD)的稳健GAG特性。随后将评分设计作为一种比率，其中分子是与PRAD相关的特性的总和并且分母是与健康状态相关的特性的总和。使用回归系数归一化每个条项。基于血液量值或尿量值或合计量值，我们导出三个PRAD生物标记物评分：
其中括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且[HA]是HA总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品的三个评分并且观察到PRAD样品具有相对于健康样品反复升高的评分(图4)。使用稳健贝叶斯估计，我们计算两个组之间全部三个评分的显著非空平均差异。对于合计评分，平均差异等于0.43(95％HDI 0.35至0.52)、对于血液评分，等于0.54(95％HDI 0.39至0.69)和并且对于尿评分，等于0.29(95％HDI 0.21至0.37)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价上文给出的三个评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)在合计评分情况下是1(完美分类器)，对血液评分是0.997，并且对尿评分是0.994(图5)。使用血液和/或尿GAG谱数据，我们鉴定到每个评分的最佳临界值，以与健康个体相对，使PRAD受试者分类的准确度最大化。血液评分、尿评分和合计评分的这些临界值评分分别是0.63、0.19、0.47。使用这些临界值，使用血液评分或尿评分时，PRAD受试者可以与健康个体以97.4％的准确度区分，并且使用合计评分时，以100％的准确度区分。表C中报告了其他指标准确度。总之，这些结果表明，可及生物流体中的GAG谱型适于诊断前列腺癌。
我们还研究了为检测PRAD设计的评分是否对RCC(肾细胞癌)无特异性，反之亦然。令人震惊地，与19名RCC受试者和25名健康受试者对比，为检测PRAD设计的合计评分与14名PRAD受试者特异性相关(图6)。通过在评分等于0.52的临界值，优化该临界值以使得检测PRAD的准确度最大化，PRAD可以与健康受试者或RCC受试者以98.3％的准确度区分，从而向合计评分赋予分别等于100％和97.7％的PRAD总体灵敏度和特异性。为了比较，假定临界值等于4ng/ml时在面临平均风险的50岁以上男性中检测PRAD的标准PSA试验具有分别等于21％(对于Gleason评分大于或等于8的高级别病变，51％)和91％的常见灵敏度值和特异性值(Wolf等人,2010)。
相反，与PRAD受试者和健康受试者对比，为检测RCC设计的血液评分特异性鉴定RCC受试者(图7)。与健康受试者或PRAD受试者对比，优化该临界值以使得检测RCC的准确度最大化，对于先前导出的RCC血液评分通过在评分等于0.23的临界值(Gatto等人,2016)，还用于检测RCC受试者的总体准确度是89.3％，实现分别等于97.8％和69.2％的灵敏度和特异性和AUC＝0.941。这些结果表明，可以设计不同的GAG评分(或GAG谱)以特异性检测前列腺或RCC，并且它们显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
结论
液体活检带来了通过提供组织活检和医学成像(前列腺癌诊断学现行金标准)的准确、简单、侵入性最小、快速和/或更廉价的替代，变革前列腺癌诊断学的希望。在这项研究中，我们已经展示，正在出现的液体活检平台可以利用GAG谱的基于血液和/或尿的量值。我们展示在前列腺癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异。GAG谱可以进一步简缩成对前列腺癌检测或诊断的准确度而言带来巨大希望的GAG评分。另外，与RCC(肾细胞癌)相比，前列腺癌GAG评分显示对前列腺癌有特异性。本文公开的诊断性GAG特性或评分还可能适用于改变众多临床实践。例如，在手术或药物治疗之前和之后监测的前列腺癌；在一般宣称患者治愈后的较长时间段期间排除疾病复发；在面临风险的群体(如具有遗传素质的个体或展示风险因子的个体或展示症状的个体)中评估前列腺癌出现情况；确定转移是否是归因于前列腺癌；在早期前列腺癌患者中预测再次出现或复发；和区分怀疑为前列腺癌的病变与非恶性疾病；和在一般群体中筛查前列腺癌。这种液体活检因此具有变成在一般群体中实现前列腺癌次级预防和减少因该病所致负担的至关重要工具的潜力。
参考文献
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Tibshirani,R.(1996).Regression shrinkage and selection via theLasso.Journal of the Royal Statistical Society Series B-Methodological 58,267-288。
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Volpi,N.,Galeotti,F.,Yang,B.和Linhardt,R.J.(2014).Analysis ofglycosaminoglycan-derived,precolumn,2-aminoacridone-labeled disaccharideswith LC-fluorescence and LC-MS detection.Nature protocols 9,541-558。
Volpi,N.和Linhardt,R.J.(2010).High-performance liquid chromatography-mass spectrometry for mapping and sequencing glycosaminoglycan-derivedoligosaccharides.Nature protocols 5,993-1004。
Wolf,A.M.,Wender,R.C.,Etzioni,R.B.,Thompson,I.M.,D'Amico,A.V.,Volk,R.J.,Brooks,D.D.,Dash,C,Guessous,I.,Andrews,K.等人(2010).American CancerSociety guideline for the early detection of prostate cancer:update 2010.CACancer J Clin 60,70-98。
表A：这项研究中所分析的同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数。省略遗失值。
表B：计算在PRAD样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则定义改变为显著和实际上可评估的。表B显示结果汇总，并且显示如在PRAD受试者对比健康受试者血液或尿中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表B还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
表C：最佳临界值时区分14名PRAD受试者与25名健康受试者的血液、尿、和合计评分的准确度指标。
评分 AUC 准确度 灵敏度 特异性
血液 0.997 97.4％ 100％ 96％
尿 0.994 97.4％ 100％ 96％
合并 1 100％ 100％ 100％
实施例2
简介
预测癌症病例数近期大幅度升高。单独在美国，新癌症患者的人数预计从2000年136万升至2050年几乎300万。渐增的患癌症人群决定了迫切需要改进当前的癌症诊断现状。尤其，需要实惠和可行的癌症诊断学工具来辅助医疗卫生专业人士早期检测癌症，这一般与更有利的临床结局相关，或指导治疗当前癌症患者。
循环型生物标记物是可以在个体的可及体液(例如，血液或尿中)测量并且其水平可用于辅助诊断和/或预后和/或预测治疗反应的分子。不幸地，经临床证明的循环型生物标记物仅或将仅可用于少数癌类型，甚至在晚期转移的情况下如此。广泛使用的生物标记物的例子是用于前列腺癌的前列腺特异性抗原(PSA)、用于卵巢癌的糖抗原125(CA125)或用于结直肠癌的癌胚抗原(CEA)。甚至在这些病例中，这些生物标记物诊断癌症的临床价值存在高度争议。
新出现的癌生物标记是直接衍生自癌细胞的循环型核酸。这些核酸可以例如存在于循环型游离DNA、循环型小RNA、循环型肿瘤细胞或含有小RNA、mRNA和DNA的胞外微小泡(包括外来体)中。在无昂贵或侵入性手术情况下检测这类分子生物标记物的最小侵入性技术将定义为液体活检。最近，扩展液体活检的定义以涵盖其他大分子类别的癌生物标记，例如，在循环型外来体内部转运的蛋白质。先前已经显示，甚至循环型代谢物可能充当肾细胞癌(RCC)(最常见形式的肾癌)的准确分子生物标记物(Gatto等人,2016)。尤其，可以按照计算方式评分受试者血液和/或尿中糖胺聚糖(GAG)的定量谱，以导出展示对RCC有诊断价值的GAG评分(Gatto等人,2016)。
在这项研究中，我们分析了表现出两个不同癌类型的受试者中以及健康志愿者中关于循环型GAG水平的数据。目标是确定来自健康志愿者的特定GAG水平或化学组成的改变是否通常归因于癌症并且在给定癌类型中未特异性地显著受影响，换而言之，确定是否存在跨不同癌症的GAG谱改变的共同模式。另外，我们力图在广谱癌类型中依据病理学分析GAG代谢的转录性调节，其涵盖与GAG生物合成和降解相关的基因。目标是确定跨许多不同类型癌症的转录性调节的共同样式是否可以奠定跨不同癌症的GAG谱改变的最终共同样式。
材料与方法
除非另外声明，否则本实例中所用的材料和方法对应于实施例1中使用的材料和方法。
结果
我们分析了来自114名受试者的血液样品和尿样中的GAG谱，所述受试者包括25名健康志愿者、100名具有肾细胞癌诊断的患者和14名具有前列腺腺癌诊断的患者。与明确可归因于特定类型癌症(例如，与肾细胞癌对比的前列腺腺癌)的变化对比，我们采用普通最小二乘法(OLS)评估GAG谱的每个独立特性部分的可归因于癌症的变化。所得的线性模型因此是：
GAG特性i，j＝Ii+αi[癌症]j+βi[前列腺腺癌]j+εi
其中i指示某些流体(血液或尿)的GAG谱中的给定GAG特性并且j指示给定的受试者，/是截距(例如，健康受试者中的期望值)，α是归因于受试者患有癌症之事实的变化：并且β是归因于受试者患有特定类型癌症(前列腺腺癌)之事实的变化，同时ε是解释GAG特性的实际观测值和在OLS中最小化的通过线性模型预测的值之间不一致性的误差。在线性模型(I，α和β)中通过以下方式对系数的每个估计值进行统计检验：计算这些系数的t-统计结果并且计算在真系数是零的无效假设下观察到至少一个t-值作为极端值的概率p。如果在使用Holm校正(错误发现率，FDR)修正多重检验后p低于0.01，则拒绝无效假设。使用R中的基本包3.3.1版实施这项分析。
表D和表E分别列出了/(即“健康者中的均数”)、α(即、“癌症中的距均数偏离”)和β(即“归因癌类型特异性影响的距均数偏离”)的估计值及其在血液或尿中每个GAG特性的各自的FDR。我们的重点放在那些GAG特性上，这些特性在特定流体中显示可归因于癌症(FDR<0.01)但不可归因于特定癌类型特异性影响(FDR>0.01)的显著变化。
在血液中，以下GAG特性在癌症中显著改变，无论癌类型是什么：0s CS(质量权重分数，以％计)；6s CS(质量权重分数，以％计)；4s/6s CS(质量权重分数的比率)；电荷CS；Ns HS(质量权重分数，以％计)。我们观察到与健康受试者相比，癌症受试者的血液中6s CS和电荷CS升高及0s CS、4s/6s CS比率和Ns HS降低(图9A/B/C)。
在尿中，以下GAG特性在癌症中显著改变，无论癌类型是什么：4s CS(质量权重分数，以％计).；6s/0s CS(质量权重分数的比率)；4s/0s(质量权重分数的比率)；0s HS(质量权重分数，以％计)；电荷HS。我们观察到与健康受试者相比，癌症受试者的尿中电荷HS升高及4s CS；6s/0s CS；4s/0s CS；0s HS降低(图10A/B/C)。
这些结果表明，可以在携癌患者(无论癌类型是什么)的尿和血液中预期GAG谱的特定特性距健康志愿者正常值的改变。
我们力图设计使用GAG谱的血液量值和/或尿量值区分癌症受试者与对照受试者的机器学习分类器。如果取自具有当前癌症诊断的受试者，则将样品分类为“病例”，或如果取自健康受试者或既往诊断为癌症，但当前无疾病证据的受试者，则分类为“对照”。因此，我们向同期组群添加8名采样时具有肾细胞癌诊断，但是无疾病证据的受试者。
使用开源软件weka 3.8.0(由新西兰汉密尔顿Waikato大学供应)及默认参数，我们在66％的同期组群样品上训练多层感知机并且在剩余33％的样品中检验模型的准确度。表F中显示关于分类器在每种流体的训练集合与检验集合中区分病例与对照的能力的结果。我们观察到，分类器在训练集合中始终如一具有检测“病例”的范围97.5％至100％的高特异性，这取决于使用哪种流体，并且在检验集合中保持这种特异性，值为81.1％至95.4％。重要地，分类器探测到分类阈值的稳健至主观选择，如通过以下事实所示：根据接受者操作特征曲线下面积(AUC)，分类器实际上在训练集合中完美，值为0.975至1，其中AUC是涵盖0至1区间的指标，其中0.5是随机分类器并且1是完美分类器(图11)。还在检验集合中观察到这种升高的区分力，AUC值为0.922至0.992。这些结果排除了多层感知机已经对训练数据过拟合的可能性并且表明其检测“病例”的能力可以扩大至任何独立采集的样品。
我们力图利用与对照样品对比，病例的GAG谱中不依赖癌类型的共同改变，以设计旨在区分“病例”与“对照”受试者的血液、尿或合计GAG评分。为此目的，使用在我们的同期组群中可获得的如表F中所述的全部样品。我们采用带留一法交叉验证的Lasso惩罚化逻辑回归(Tibshirani,1996,上文)以选择最能预示临床结局的稳健GAG特性(即，与对照相比的病例)。接下来，我们从这种选择中滤除那些GAG特性，其中我们观察到所述特性在病例与对照之间的均值差异具有包括值0的估计最高密度区间(HDI)。依据以下假设，使用贝叶斯估计法计算针对每个GAG特性的HDI：对于每个特性，GAG特性值假定从未知并且待估计正态性(即自由度)的t-分布采样；先验分布高度不确定；边缘分布由无细化和链长度等于100,000的马尔可夫链蒙特卡罗采样充分逼近。使用BEST R包进行估计(通过默认参数反映以上假设)。随后将每个GAG评分设计为一种比率，其中分子是与病例相关的已过滤特性的总和并且分母是与对照相关的已过滤特性的总和。使用来自逻辑回归的回归系数归一化每个条项。设计以下GAG评分：
其中括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)。我们随后计算每份样品的三个评分并且观察到病例样品具有相对于对照样品往往升高的评分(图12、图13和图14)。在所探测的病例和对照之间GAG评分的差异能够以极高准确度区分受试者，因为对每个GAG评分生成的ROC曲线具有等于0.961的血液AUC、等于0.942的尿AUC和等于0.998的合计AUC(图15)。总之，这些结果表明，可以从特定GAG特性的血液量值和/或尿量值设计评分以检测癌症，无论癌类型是什么。
我们还依据病理学取回涵盖17个癌类型的19癌亚型的基因表达数据：胆管癌、膀胱癌、血癌、脑癌、乳腺癌、结直肠癌、头颈癌、肝癌、肺癌、食管癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、皮肤癌、胃癌、甲状腺癌和子宫癌。从癌症基因组图谱(TCGA)计划(ttps：//gdc-portal.nci.nih.gov/)取回这16个亚型的处于RNAseq生成的读段计数表形式的基因表达数据。从三个在Gene Expression Omnibus(GEO)提交的公共数据集取回的剩余3个亚型的处于微阵列生成的信号强度表形式的基因表达数据(Raskin等人,2013；Mok等人,2009；Iqbal等人,2010)。我们还取回肾细胞癌(RCC)和三个RCC亚型：嫌色性RCC、透明细胞RCC和乳头状RCC的TCGA数据。取回每个癌亚型的原发肿瘤组织样品和匹配的正常组织样品。表G中报道了为这项分析取回的数据的总结。
使用limma R包(Smyth,2004)，如先前所描述那样预处理基因表达数据(Ritchie等人,2015)。在微阵列数据的情况下使用limma R包并且在RNA-seq数据的情况下使用voomR包(Law等人,2014)，对每个癌亚型单独进行差异性基因表达分析以评估肿瘤样品和正常样品之间转录性调节的变化，如先前所描述(Ritchie等人,2015)。对于给定基因，如果我们观测到错误发现率q<0.001并且表达水平的最小绝对倍数变化>50％，则认定来自正常组织的转录性调节在任意方向(例如，上调或下调)的变化是统计显著的。
接着，我们的重点放在与GAG代谢相关的60个基因。表H中显示基因的完整列表。与正常组织相比，我们观察到差异性转录性调节的癌亚型特异性谱(图16和表K)。平均而言，每个癌类型中30/60个(50％)GAG基因受差异性调节(12个下调和18个上调)。在分析的全部癌亚型中，至少2个GAG基因受差异性调节。受差异性调节的GAG基因的最大值数目是39，在胆管癌中观察到。分析的癌亚型均没有展示与任何其他亚型相同的GAG基因转录性调节谱。这些结果表明，每个癌亚型可以按照癌亚型特异性方式影响GAG的水平和化学组成，这可以反映在上文所示的GAG谱改变中观察到的癌类型特异性影响。令人震惊地，我们观察到在检查的全部癌类型中实际上展示相同转录性调节样式的GAG基因：CHPF2在22个癌类型的17者中上调，CHPF和B4GALT7在22个癌类型的16者中上调并且B3GAT3在22个癌类型的15者中上调。发现这些基因中无一在剩余类型中显著下调。EXTL1和HPSE2分别在22个类型的11个类型和12个类型中显著下调。发现这些基因中无一在剩余类型中显著上调。这些样式构成不同癌类型之间非常保守的调节程序的基础。
B4GALT7和B3GAT3编码为合成任何GAG的连接区所需要的酶，而CHPF和CHPF2编码了负责通过添加非硫酸化CS单体至正在增长的链来聚合CS的主要酶。可以预期它们在大部分癌症中的上调，通过增加非硫酸化CS的程度改变浮现的GAG的水平和组成，从而产生在两个不同癌类型的尿中在此观察到的共同样式，其中硫酸化分数与非硫酸化分数相比显著减少(图10B/C)。血液中的对立样式可以归因于肾脏操作的从血流过滤GAG的生理学结果，所述过滤导致血液中硫酸化CS种类富集(图9B/C)。相反，阻遏通过添加非硫酸化HS单体至连接区而参与HS聚合的EXTL1可以降低非硫酸化HS的程度，从而产生在两个不同癌类型的尿中在此观察到的共同样式，其中硫酸化分数与非硫酸化分数相比显著增加(图10A)。再次，肾脏操作的生理过滤GAG将在血液中产生对立样式，其中一个硫酸化形式的HS显著地降低(图9A)。阻遏已知抑制HPSE的HPSE2可以激发HPSE的类肝素酶活性，所述活性旨在降解成熟HS聚合物，因此加重正常情况下健康个体中观察到的非硫酸化HS减少。
这些观察结果表明，跨癌症的GAG代谢调节的共同样式与不同癌类型的尿与血液GAG谱中观察到的共同改变有关。这强化如下结论：预计与健康状况相比，体液中特定GAG特性因癌症而改变，无论癌类型是什么。
表D-健康志愿者的血液中每个GAG特性的均值的估计值和它们在癌症存在下和癌类型特异性影响存在下的变化。伴随视为统计显著的FDR<0.01报告每个估计值的FDR(加粗下划线)。下划线显示血液中这样的GAG特性，其显示可归因于癌症但不可归因于特定癌类型特异性影响的显著变化。
表E-健康志愿者的尿中每个GAG特性的均值的估计值和它们在癌症存在下和癌类型特异性影响存在下的变化。伴随视为统计显著的FDR<0.01报告每个估计值的FDR(加粗下划线)。下划线显示尿中这样的GAG特性，其显示可归因于癌症但不可归因于特定癌类型特异性影响的显著变化。
表F-在66％的样品上训练并且在剩余的33％样品上检验的多层感知机分类器的准确度指标。仅基于血液GAG谱、或仅基于尿GAG谱、或基于血液和尿GAG谱二者训练三种分类器。如果取自具有当前癌症诊断的受试者，则将样品分类为“病例”，或如果取自健康受试者或既往诊断为癌症，但当前无疾病证据的受试者，则分类为“对照”。
表G：分析过每个癌亚型的样品的数目及其来源。
表H：与GAG代谢相关的基因的列表。
表K：相对于匹配的来源正常组织，不同癌类型中的GAG基因调节。带“1”的条目表示，发现该行的基因在该列的癌类型中上调；带“-1”的条目表示，发现该行的基因在该列的癌类型中下调；带“0”的条目表示，未发现该行的基因在该列的癌类型中受调节；NA表示信息不可用。基因依据正式基因符号或在不可用时，依据其entrez基因ID辨识。如在表G中的关键词。
参考文献
1.F.Gatto等人,Glycosaminoglycan Profiling in Patients'Plasma andUrine Predicts the Occurrence of Metastatic Clear Cell Renal CellCarcinoma.Cell Rep 15,1822-1836(2016)。
2.L.Raskin等人,Transcriptome profiling identifies HMGA2 as abiomarker of melanoma progression and prognosis.J Invest Dermatol 133,2585-2592(2013)。
3.S.C.Mok等人,A gene signature predictive for outcome in advancedovarian cancer identifies a survival factor:microfibril-associatedglycoprotein 2.Cancer Ce//16,521-532(2009)。
4.J.Iqbal等人,Molecular signatures to improve diagnosis in peripheralT-cell lymphoma and prognostication in angioimmunoblastic T-celllymphoma.Blood 115,1026-1036(2010)。
5.M.E.Ritchie等人,limma powers differential expression analyses forRNA-sequencing and microarray studies.Nucleic Acids Res 43,e47(2015)。
6.G.K.Smyth,Linear models and empirical bayes methods for assessingdifferential expression in microarray experiments.StatAppl Genet Mol Biol 3,Article3(2004)。
7.C.W.Law,Y.Chen,W.Shi,G.K.Smyth,Voom:precision weights unlock linearmodel analysis tools for RNA-seq read counts.Genome Biol 15,R29(2014)。
实施例3
在这项研究中，我们在表现黑素瘤(M)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从14名健康志愿者(H)和16名葡萄膜黑素瘤患者(N＝12)或皮肤黑素瘤患者(N＝4)获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病证据。
在EDTA管中采集全血并且首先自采集起30分钟以内在1,000g在4℃离心10分钟并且随后将上清液在4℃在10,000g再次离心10分钟。上清液是血小板贫乏的血浆，其在-80℃冷冻直至它们在干冰中运送供分析为止。
血小板贫乏的血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血小板贫乏的血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
如Volpi和Maccari 20051和2和Coppa等人,2011先前所述那样进行样品制备，包括提取和纯化步骤，同时如Volpi等人,2014；Volpi和Linhardt,2010中所述那样进行样品GAG分离和定量。
简而言之，为了提取GAG，将500μl样品冻干，用1ml 20mM TRIS-CL缓冲液pH 7.4复溶并用蛋白酶(来自Sigma-Aldrich白麦轴梗霉蛋白酶K[E.C.3.4.21.64]，>500单位ml-1)在60℃处理12小时。在煮沸10分钟、离心并在0.45μm滤器上过滤后，将滤液冻干。通过延长的混合，将粉末溶解于1ml蒸馏水中。在5000g离心15分钟后，添加0.2ml 20％三氯乙酸至上清液。在4℃ 2小时后，将混合物以5000g离心15分钟，并且回收上清液及冻干。在溶解于0.4ml双蒸水中并在10,000g离心10分钟后，收集上清液并进一步分析。为了纯化GAG，用500μl10mM NaCl复溶后，将样品GAG在阴离子交换树脂(QAE Sephadex A-25)上进一步纯化。在10,000×g离心5分钟后，将上清液施加至装填有约3ml树脂的柱(1cm×4cm)，所述树脂事先用10mM NaCl平衡。用20ml 10mM NaCl洗涤树脂后，添加10ml 2.5M NaCl。添加五十毫升乙醇至洗脱物(10ml)并在-20℃储存24小时。在5000×g离心15分钟后，将沉淀物在60℃干燥12小时。用80μl 50mM乙酸铵pH 8.0复溶后，将材料用20μl软骨素酶ABC在37℃处理12小时。为了分离并定量GAG，在煮沸5分钟后，在配备激光诱导荧光检测器(CE-LIF)的毛细管电泳仪中注射样品。
在每份样品(血液)中测量十九个独立GAG特性：CS浓度(以μg/mL计)、HS浓度(以μg/mL计)、HA浓度(以μg/mL计)和CS和HS二者的二糖组成质量分数。此外，从这些量值计算五个依赖性GAG特性：CS和HS电荷；和质量分数的以下CS比率：4s/6s、6s/0s和4s/0s。24个GAG特性可以统称为GAG谱。
生物标记物评分设计
通过以下方式评估两个组(黑素瘤组与健康组)之间每个GAG特性的变化的统计显著性：依据以下假设，使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)：GAG特性值从未知并且待估计正态性(即自由度)的t-分布采样；先验分布高度不确定；边缘分布由无细化和链长度等于100,000的马尔可夫链蒙特卡罗采样充分逼近。使用BEST R包进行估计(通过默认参数反映以上假设)。相对于广泛使用的t检验，优选贝叶斯估计法，因为在两个组的潜藏性评分分布(当样品数有限时是这样的情况)不确定的情况下，它仍对平均差异提供稳健和可靠的估计。
为了验证黑素瘤患者中GAG谱的变化是否可以用来简缩成可以用来区分黑素瘤患者与健康受试者并因此将适合作为癌症诊断法的GAG评分，我们利用带留一法交叉验证的Lasso惩罚化逻辑回归(Tibshirani,1996)以选择最能预示临床结局的稳健GAG特性(即，与健康受试者相比的黑素瘤)。随后将评分设计为一种比率，其中分子是与黑素瘤相关的特性的总和并且分母是与健康状态相关的特性的总和。使用回归系数归一化每个条项。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品为血小板贫乏的血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们通过导出接受着操作特征(ROC)曲线，按照不同的阈值评分，评价GAG评分将样品进行二元分类为黑素瘤或健康的性能。我们将GAG评分的准确度作为其ROC曲线的曲线下面积(AUC)测量(对于完美分类器，AUC为1，并且对于随机分类器，为0.5)。我们选择准确度最大的评分作为GAG评分的潜在临界值，即，其GAG评分高于这个临界值的样品具有是患黑素瘤的最大概率并且低于这个临界值的样品具有保持健康的最大概率。使用pROC R包计算ROC曲线，同时使用OptimalCutpoints R包计算最佳临界值。
结果
我们分析了来自M患者的总计16份血液样品，其中12名患者患有葡萄膜黑素瘤并且4名患者患有皮肤(皮肤)黑素瘤(M)。我们进一步分析来自健康志愿者(H)的14份血液样品。表L中报告了这个同期组群的临床数据。我们定量了30份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表M中列出)。我们相对于H组比较M组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在M受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表M)。
我们相对于健康受试者将M受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个M GAG评分(黑素瘤评分公式#1)评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且[Tot CS]是CS总浓度(以μg/mL计)，并且[Tot HA]是HA总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到M样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图17)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.973。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.92。使用这个临界值，M受试者可以与健康个体以93.3％的准确度、87.3％的灵敏度和100％的特异性区分。
我们还研究上述GAG评分的变种是否还将会有效区分M受试者与健康受试者。为此目的，仅基于CS量值，我们导出备选性M GAG评分(黑素瘤评分公式#2)：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且[Tot CS]是CS总浓度(以μg/mL计)。使用这种备选性评分体系，M样品具有比H样品往往更高的评分(图18)。发现AUC是0.933。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于1.19。使用这个临界值，M受试者可以与健康个体以93.3％的准确度、81.2％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在黑素瘤受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于黑素瘤筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计不同的GAG评分以区分黑素瘤受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
参考文献
Coppa GV,Gabrielli O,Buzzega D,Zampini L,Galeazzi T,Maccari F,BertinoE,Volpi N(201 1).Composition and structure elucidation of human milkglycosaminoglycans.Glycobiology 21,295-303。
Gatto,F.,Volpi,N.,Nilsson,H.,Nookaew,I.,Maruzzo,M.,Roma,A.,Johansson,M.E.,Stierner,U.,Lundstam,S.,Basso,U.等人(2016).Glycosaminoglycan Profilingin Patients'Plasma and Urine Predicts the Occurrence of Metastatic Clear CellRenal Cell Carcinoma.Cell Rep 15,1822-1836。
Tibshirani,R.(1996).Regression shrinkage and selection via theLasso.Journal of the Royal Statistical Society Series B-Methodological 58,267-288。
Volpi N和Maccari F.(20051).Glycosaminoglycans composition of thelargefreshwater mollusc bivalve Anodonta anodonta.Biomacromolecules 6,3174-3180。
Volpi N和Maccari F(20052).Microdetermination of chondroitin sulfatein normal human plasma by fluorophore-assisted carbohydrate electrophore-sis(FACE).Clin Chim Acta 356,125-133。
Volpi,N.,Galeotti,F.,Yang,B.和Linhardt,R.J.(2014).Analysis ofglycosaminoglycan-derived,precolumn,2-aminoacridone-labeled disaccharideswith LC-fluorescence and LC-MS detection.Nature protocols 9,541-558。
Volpi,N.和Linhardt,R.J.(2010).High-performance liquid chromatography-mass spectrometry for mapping and sequencing glycosaminoglycan-derivedoligosaccharides.Nature protocols 5,993-1004。
表L：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 黑素瘤 健康
样品数 16 14
年龄[岁] 65(53-71) 40(35-52)
女 62.5％ 78.6％
癌亚型
葡萄膜黑素瘤 12 -
皮肤黑素瘤 4 -
表M：计算在M样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表M显示结果汇总，并且显示如在M受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表M还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例4
在这项研究中，我们在表现结直肠癌(CRC)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名结直肠癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗(treatment-naive)证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及结直肠癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价CRC GAG评分的性能，但将样品分类为结直肠癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自CRC患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表O中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表N中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了CRC组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在CRC受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表O)。
我们相对于健康受试者将CRC受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个CRC GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且[Tot HS]是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到CRC样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图19)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.998。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.74。使用这个临界值，CRC受试者可以与健康个体以98.5％的准确度、100％的灵敏度和98.2％的特异性区分。
这些结果表明，在结直肠癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于结直肠癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分直肠癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表N：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 结肠直肠癌 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 74(70-78) 56(47-63)
女 50％ 65.5％
TNM病理学分期T
T2 1 -
T3 4 -
T4 2 -
不可获得 3 -
TNM病理学分期N
N0 3 -
N1 3 -
N2 3 -
不可获得 1 -
TNM病理学分期M
M0 7 -
M1 2 -
不可获得 1 -
TNM分期
I-III 7
IV 3
表O：计算在CRC样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表O显示结果汇总，并且显示如在CRC受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表O还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例5
在这项研究中，我们在表现胃肠道的神经内分泌肿瘤(GNET)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名胃肠道神经内分泌肿瘤患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及胃肠道神经内分泌肿瘤组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价GNET GAG评分的性能，但将样品分类为GNET或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自GNET患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表Q中列出)。我们还纳入一个健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表P中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了GNET组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在GNET受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表Q)。
我们相对于健康受试者将GNET受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个GNET GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且电荷CS是CS的加权电荷。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到GNET样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图20)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.90。使用这个临界值，GNET受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在胃肠道神经内分泌肿瘤受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于胃肠道神经内分泌肿瘤筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分胃肠道神经内分泌肿瘤受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表P：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 GNET 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 58(49-71) 56(47-63)
女 70％ 65.5％
ENETS等级
G1 7
G2 3
表Q：计算在GNET样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表Q显示结果汇总，并且显示如在GNET受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表Q还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6sCS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例6
在这项研究中，我们在表现血癌、更具体地患有慢性淋巴样白血病(CLL)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名慢性淋巴样白血病患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及CLL组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价CLL GAG评分的性能，但将样品分类为CLL或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自CLL患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表S中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表R中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了CLL组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在CLL受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表S)。
我们相对于健康受试者将CLL受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个CLL GAG评分(CLL GAG评分#1)评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到CLL样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图21)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.974。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.25。使用这个临界值，CLL受试者可以与健康个体以95.6％的准确度、100％的灵敏度和94.8％的特异性区分。
我们还研究上述GAG评分的变种是否还将会有效区分CLL受试者与健康受试者。为此目的，仅使用CS特性，我们导出备选CLL GAG评分(CLL GAG评分#2)：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)。使用这种备选性评分体系，CLL样品具有比H样品往往更高的评分(图22)。发现AUC是0.974。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.23。使用这个临界值，CLL受试者可以与健康个体以95.6％的准确度、70％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在CLL受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于CLL筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分慢性淋巴样白血病受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表R：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 CLL 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 70(65-73) 56(47-63)
女 40％ 65.5％
Binet分期
A+B 7
C 3
表S：计算在CLL样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表S显示结果汇总，并且显示如在CLL受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。
表S还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例7
在这项研究中，我们在表现膀胱癌(BCa)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
尿样采集
从6名膀胱癌患者获得尿样。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
尿采集在聚丙烯管中并且在-80℃冷冻直至它们在干冰中运送供分析为止。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)，但对尿样而非血液样品进行。
生物标记物评分设计
使用从25名健康个体的尿样获得的历史GAG谱形成对照组。这些样品属于两个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物设计如实施例3中所述，但是涉及膀胱癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价BCa(膀胱癌)GAG评分的性能，但将样品分类为膀胱癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自BCa患者的总计6份尿样。我们定量了6份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表T中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的尿样中测量的25个历史GAG谱的组作为对照。我们相对于H组比较了BCa组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在BCa受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表T)。
我们相对于健康受试者将BCa受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用尿量值，我们导出一个BCa GAG评分：
其中括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是加权的电荷CS，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到BCa样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图23)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1.0。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.92。使用这个临界值，BCa受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在膀胱癌受试者与健康受试者之间存在GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于膀胱癌筛查(例如，诊断)。
这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分膀胱癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表T：计算在BCa样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表T显示结果汇总，并且显示如在BCa受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表T还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例8
在这项研究中，我们在表现乳腺癌(BC)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名乳腺癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及乳腺癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价BC GAG评分的性能，但将样品分类为乳腺癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自BC患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表V中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表U中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了BC组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在BC受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表V)。
我们相对于健康受试者将BC受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个BC GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是加权的电荷CS，并且Tot CS是CS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到BC样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图24)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.94。使用这个临界值，BC受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在乳腺癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于乳腺癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分乳腺癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表U：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 BC 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 52(47-63) 56(47-63)
女 100％ 65.5％
表V：计算在BC样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表V显示结果汇总，并且显示如在BC受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表V还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0sCS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例9
在这项研究中，我们在表现卵巢癌(OV)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从9名卵巢癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及卵巢癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价OV GAG评分的性能，但将样品分类为卵巢癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自OV患者的总计9份血液样品。我们定量了9份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如所述先前(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表X中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表W中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了OV组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在OV受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表X)。
我们相对于健康受试者将OV受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个OV GAG评分：
其中电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/mL计)，Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)，Tot HA是HA总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到OV样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图25)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.99。使用这个临界值，OV受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在卵巢癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于卵巢癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分卵巢癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表W：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 ov 健康
样品数 9 58
年龄[岁] 60(54-65) 56(47-63)
女 100％ 65.5％
FIGO分期
I-II 5
Ill-IV 4
表V：计算在OV样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表X显示结果汇总，并且显示如在OV受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表X还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0sCS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例10
在这项研究中，我们在表现子宫癌、更具体地子宫内膜癌(EC)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从9名子宫内膜癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及子宫内膜癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价EC GAG评分的性能，但将样品分类为子宫内膜癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自EC患者的总计9份血液样品。我们定量了9份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如所述先前(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表Z中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表Y中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了EC组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在EC受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表Z)。
我们相对于健康受试者将EC受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个EC GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/ml计)，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到EC样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图26)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.97。使用这个临界值，EC受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在子宫内膜癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于子宫内膜癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分子宫内膜癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表Y：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 EC 健康
样品数 9 58
年龄[岁] 61(59.5-67.5) 56(47-63)
女 100％ 65.5％
FIGO分期
I-II 5
Ill-IV 4
表Z：计算在EC样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表Z显示结果汇总，并且显示如在EC受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表Z还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0sCS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例11
在这项研究中，我们在表现子宫癌、更具体地宫颈癌(CST)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从9名宫颈癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及宫颈癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价CST GAG评分的性能，但将样品分类为宫颈癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自CST患者的总计9份血液样品。我们定量了9份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如所述先前(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表AB中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表AA中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了CST组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在CST受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表AB)。
我们相对于健康受试者将CST受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个CST GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)、电荷CS是CS的加权电荷，Tot CS是CS总浓度(以μg/mL计)，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到CST样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图27)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.71。使用这个临界值，CST受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在宫颈癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于宫颈癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分宫颈癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表AA：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 CST 健康
样品数 9 58
年龄[岁] 41(36-47) 56(47-63)
女 100％ 65.5％
FIGO分期
I 4
II-IV 5
表AB：计算在CST样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表AB显示结果汇总，并且显示如在CST受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表AB还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6sCS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例12
在这项研究中，我们在表现血癌、更具体地非霍奇金淋巴瘤(NHL)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名非霍奇金淋巴瘤患者、尤其弥漫性大B细胞淋巴瘤患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及NHL组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价NHL GAG评分的性能，但将样品分类为NHL或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自NHL患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表AD中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表AC中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了NHL组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在NHL受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表AD)。
我们相对于健康受试者将NHL受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个NHL GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)、电荷CS是CS的加权电荷、电荷HS是HS的加权电荷，并且Tot HS是HS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到NHL样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图28)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.97。使用这个临界值，NHL受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在NHL受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于NHL筛查(例如，诊断)。这些结果表明，可以设计GAG评分以区分非霍奇金淋巴瘤受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表AC：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 NHL 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 66(61-70.5) 56(47-63)
女 60％ 65.5％
Ann Arbor分期
I-II 3
Ill-IV 7
表AD：计算在NHL样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表AD显示结果汇总，并且显示如在NHL受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表AD还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6sCS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例13
在这项研究中，我们在表现脑癌、更具体地弥漫性胶质瘤(DG)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从11名弥漫性胶质瘤患者、尤其7名星形细胞瘤患者、3名多形性胶质母细胞瘤患者和1名少突星形细胞瘤患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物评分设计如实施例3中所述，但是涉及弥漫性胶质瘤组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价DG GAG评分的性能，但将样品分类为DG或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自DG患者的总计11份血液样品。我们定量了11份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表AF中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表AE中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了DG组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在DG受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表AF)。
我们相对于健康受试者将DG受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个DG GAG评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是加权的电荷CS，并且总CS是CS总浓度(以μg/mL计)，并且总HA是HA总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到DG样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图29)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是1(完美分类器)。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.95。使用这个临界值，DG受试者可以与健康个体以100％的准确度、100％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在DG受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于DG筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分(或GAG谱)以区分弥漫性胶质瘤受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表AE：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 DG 健康
样品数 11 58
年龄[岁] 66(50.5-70.5) 56(47-63)
女 54.5％ 65.5％
胶质瘤亚型
星形细胞瘤 7 -
多形性胶质母细胞瘤 3 -
少突星形细胞瘤 1 -
表AF：计算在DG样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表AF显示结果汇总，并且显示如在DG受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表AF还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例14
在这项研究中，我们在表现肺癌(LC)的受试者中测量了循环型GAG水平。
材料和方法
血浆样品采集
从10名肺癌患者、尤其非小细胞肺癌患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
生物标记物设计如实施例3中所述，但是涉及肺癌组与健康组(替代黑素瘤组与健康组)。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们如实施例3中那样评价LC GAG评分的性能，但将样品分类为肺癌或健康(替代黑素瘤或健康)。
结果
我们分析了来自LC患者的总计10份血液样品。我们定量了10份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表AH中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表AG中报告了这个同期组群的临床数据。我们相对于H组比较了LC组的GAG谱中的每个特性的值。我们通过使用贝叶斯估计法计算平均差异的最高密度区间(HDI)，评估两个组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。结果显示在LC受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显(表AH)。
我们相对于健康受试者将LC受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们导出一个LC GAG评分(LC GAG评分#1)评分：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，并且总CS是CS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到LC样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图30)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.986。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.83。使用这个临界值，LC受试者可以与健康个体以97％的准确度、90％的灵敏度和98％的特异性区分。
我们还研究上述GAG评分的变种是否还将会有效区分LC受试者与健康受试者。为此目的，仅使用CS特性，我们导出备选LC GAG评分(LC GAG评分#2)：
其中总CS是CS总浓度(以μg/mL计)，并且电荷CS是CS的加权电荷。使用这种备选性评分体系，LC样品具有比H样品往往更高的评分(图31)。发现AUC是0.997。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于0.88。使用这个临界值，LC患者可以与健康个体以98.5％的准确度、90％的灵敏度和100％的特异性区分。
这些结果表明，在肺癌受试者与健康受试者之间存在循环型GAG水平和/或化学组成的可度量差异，并且因此GAG特性可以用于肺癌筛查(例如，诊断)。这些结果进一步表明，可以设计GAG评分以区分肺癌受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表AG：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。
基线特征 LC 健康
样品数 10 58
年龄[岁] 62.5(58-64) 56(47-63)
女 50％ 65.5％
TNM分期
I-III 4
IV 6
表AH：计算在LC样品和健康样品之间任何独立GAG特性(CS、HS或HA水平、独立二糖组成和电荷HS或电荷CS)显示显著和实际上可评估改变的统计置信度指标。如果病例和对照之间均值的差异以小于5％的可以相对于某量值拟合数据的全部可能统计分布落在所谓实际等效区范围内，则改变定义为显著和实际上可评估的。表AH显示结果汇总，并且显示如在LC受试者对比健康受试者血液中测量的GAG特性的平均值和平均差异的统计显著性的贝叶斯估计值(ROPE(实际等效区)％，其中>5的ROPE％表示两个组的随机分布值在超过5％的病例中具有实际上等效的均数，并且它因此不显著)。表AH还显示这样的结果，其中已经计算独立类型的二糖组成的某些比率。4s/6s CS是4s Cs对6s CS的比率。6s/0s CS是6s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。4s/0s CS是4s CS对0s CS(非硫酸化CS)的比率。
实施例15
在这项研究中，我们在表现不同类型癌症的受试者中测量了循环型GAG水平并且将它们与健康受试者中的GAG水平比较。
材料和方法
血浆样品采集
从105名患有不同类型癌症的患者获得血液样品。在采样时，全部患者均具有疾病和未经治疗证据。检查以下癌类型：乳腺癌(BC)、结直肠癌(CRC)、宫颈癌(CST)、弥漫性胶质瘤(DG)、子宫内膜癌(EC)、胃肠道神经内分泌肿瘤(GNET)、淋巴样白血病(LL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、肺癌(LC)、卵巢癌(OV)、前列腺癌(PCa)。
在EDTA管中采集全血并且离心以分离血浆。将血浆等分入220μL小瓶并且将小瓶冷冻在-80℃直至它们在干冰中运送供分析为止。
血浆GAG对应于血液GAG。出于这个实施例的目的，血浆因此还可互换地称作血液。
糖胺聚糖谱测定
按照实施例3那样进行样品配制和GAG特性测量(GAG谱测定)。
生物标记物评分设计
使用从58名健康个体的血液样品获得的历史GAG谱，形成对照组。这些样品属于四个不同的历史同期组群。如先前章节中所述那样测量GAG谱。
相对于对照组，根据均数和标准差描述每个癌类型组之间每个GAG特性的差异。先前实施例中报告了各组之间每个GAG特性的变化的统计显著性。
为了验证癌症患者中GAG谱的变化是否可以用来简缩成可以用来区分癌症患者与健康受试者并因此将适合作为癌症诊断法的GAG评分，我们利用带留一法交叉验证的Lasso惩罚化逻辑回归(Tibshirani,1996,上文)以选择最能预示临床结局的稳健GAG特性(即，与健康受试者相比的癌症)。随后将评分设计作为一种比率，其中分子是与癌症相关的特性的总和并且分母是与健康状态相关的特性的总和。使用回归系数归一化每个条项。
出于这项研究的目的并且出于其他地方陈述的原因，无论处理的样品是否为血浆，从血液GAG计算的评分均称作GAG血液评分。
准确度指标
我们通过导出接受着操作特征(ROC)曲线，按照不同的阈值评分，评价GAG评分将样品进行二元分类为癌症或健康的性能。我们将GAG评分的准确度作为其ROC曲线的曲线下面积(AUC)测量(对于完美分类器，AUC为1，并且对于随机分类器，为0.5)。我们选择准确度最大的评分作为GAG评分的潜在临界值，即，其GAG评分高于这个临界值的样品具有是患癌症的最大概率并且低于这个临界值的样品具有保持健康的最大概率。使用pROC R包计算ROC曲线，同时使用OptimalCutpoints R包计算最佳临界值。
结果
我们分析了来自癌症患者的总计105份血液样品。我们定量了105份样品中的GAG谱，包括(i)硫酸软骨素(CS)、(ii)硫酸类肝素(HS)、和(iii)透明质酸(HA)的水平和二糖化学组成，如先前所述(Gatto等人,2016和上文)。总计，测量24个不同特性(包括19个独立特性)作为血液样品的GAG谱的部分(表AJ中列出)。我们还纳入一个在健康个体(H)的血液样品中测量的58个历史GAG谱的组作为对照。表Al中报告了这个同期组群的临床数据。我们在表AJ中相对于H组比较了每个癌类型中GAG谱的每个特性的值。结果显示在癌症受试者和健康受试者之间几个GAG特性的差异明显，如图32-35中所示。单独对先前实施例中的每个癌类型评估与健康组的每个差异的统计显著性。
我们相对于健康受试者将癌症受试者中的GAG谱变化简缩成GAG评分。基于以下公式，使用血液量值，我们相对于实施例2中设计的血液评分导出一个备选性癌症GAG评分(癌症GAG评分#2/癌症血液评分#2)：
其中方括号中的条项代表相应GAG的二糖的分数(质量分数)，电荷CS是加权的电荷CS，并且总CS是CS总浓度(以μg/mL计)。我们随后计算每份样品中的评分并且观察到癌症样品具有相对于健康样品往往升高的评分(图36)。使用接收者操作特征(ROC)曲线评价GAG评分的性能，并且发现曲线下面积(AUC)是0.986。我们鉴定这个评分的最佳临界值等于1.39。使用这个临界值，癌症受试者可以与健康个体以95.1％的准确度、97.1％的灵敏度和91.4％的特异性区分。
这些结果表明，可以设计GAG评分(或GAG谱)以区分癌症受试者和健康受试者，并且它们的显著AUC允许精细调节最佳临界评分，旨在使灵敏度和/或特异性最大化，这取决于预期诊断用途。
表Al：这项研究中所分析同期组群的临床数据。所有结果均展示为中位数(第25、第75百分位数)或百分数或计数。省略遗失值。*低分期/等级疾病对CRC和LC定义为TNM I期至III期，对CST定义为FIGO分期I，对EC和OV定义为FIGO I期至II期，对DG定义为非IV级胶质瘤，对GNET定义为ENETS等级G1，对LL定义为Binet A期或B期、对NHL定义为Ann Arbor I期至II期并且对PCa定义为Gleason评分<7(如果不可获得，N.A.)。
表AJ：健康组中和每个癌类型组中每个GAG特性的均值(+/-标准差)。提及组成的GAG特性表述为质量分数(重量/重量％)。

Claims (83)

1.一种筛查受试者中癌症的方法，所述癌症选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌症、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌、黑素瘤和神经内分泌肿瘤，所述方法包括确定体液样品内糖胺聚糖(GAGs)硫酸软骨素(CS)、硫酸类肝素(HS)、和透明质酸(HA)中一者或多者的水平和/或化学组成，其中已经从所述受试者获得所述样品。
2.根据权利要求1所述的方法，其中与对照水平和/或化学组成相比，所述样品中硫酸软骨素(CS)和/或硫酸类肝素(HS)和/或透明质酸(HA)的水平和/或化学组成改变指示所述受试者中的所述癌症。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者中一种或多种GAG特性的水平：一种或多种特定硫酸化形式或非硫酸化形式的CS或HS二糖、存在的总HS二糖中HS的硫酸化二糖的分数(电荷HS)、存在的总CS二糖中CS的硫酸化二糖的分数(电荷CS)、CS总浓度、HS总浓度和HA总浓度。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者中一种或多种GAG特性的水平：选自0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4sCS、4s6s CS、Tris CS、0s HS、2s HS、6s HS、2s6s HS、Ns HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS的特定硫酸化形式或非硫酸化形式的CS或HS二糖、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平和4s CS相对于0s CS的相对水平；存在的总HS二糖中HS的硫酸化二糖的分数(电荷HS)、存在的总CS二糖中CS的硫酸化二糖的分数(电荷CS)、CS总浓度(总CS)、HS总浓度(总HS)和HA总浓度(总HA)。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述方法包括确定以下多达8种或全部8种硫酸化和非硫酸化CS形式的水平：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS和TrisCS，任选地连同确定总CS和/或电荷CS的水平；和/或其中所述方法包括确定以下多达8种或全部8种硫酸化和非硫酸化HS形式的水平：0s HS、2s HS、6s HS、2s6s HS、Ns HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS，任选地连同确定总HS和/或电荷HS的水平；和/或其中所述方法包括确定HA总浓度。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者中一种或多种GAG特性的水平：6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/6s CS比率、0sCS、Ns2s HS、4s CS。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，所述体液是血液样品并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/6s CS比率和0s CS。
8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述体液是尿样并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一个或两个GAG特性的水平：Ns2s Hs和4s CS。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS/6s CS比率、电荷CS、Ns HS、4s CS、6sCS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、0s HS、电荷HS。
10.根据权利要求1至7或9中任一项所述的方法，其中所述体液是血液样品并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS/6sCS比率、电荷CS、Ns HS。
11.根据权利要求1至6、8或9中任一项所述的方法，其中所述体液是尿样并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：4s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、0s HS、电荷HS。
12.根据权利要求1至7、9或10中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中与对照水平相比，选自6s CS和电荷CS的一种或多种或全部GAG特性的水平升高指示所述受试者中的癌症。
13.根据权利要求1至7、9、10或12中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中与对照水平相比，选自0s CS、4s CS/6s CS比率或Ns HS的一种或多种或全部GAG特性的水平降低指示所述受试者中的癌症。
14.根据权利要求1至6、8、9或11中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中与对照水平相比，电荷HS的水平升高指示所述受试者中的癌症。
15.根据权利要求1至6、8、9、11或14中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中选自4s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率或0s HS的一种或多种或全部GAG特性的水平降低指示所述受试者中的癌症。
16.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液并且其中所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：电荷CS、总CS、6s CS、4s CS、2s HS、0s HS。
17.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液并且其中所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：电荷CS、总CS、总HS、0s CS、2s CS、6sCS、4s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0s CS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
18.根据权利要求1至5或17中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的癌症：电荷CS、总CS、总HS、0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、4s CS相对于6s CS的相对水平(例如，4s CS/6s CS比率或6s CS/4s CS反比率)、6s CS相对于0s CS的相对水平(例如，6s CS/0s CS比率或0sCS/6s CS反比率)或4s CS相对于0s CS的相对水平(例如，4s CS/0s CS比率或0s CS/4s CS反比率)。
19.根据权利要求1至5、17或18中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高指示所述受试者中的癌症：电荷CS、总CS、总HS、6s CS、4s CS、6s CS/0s CS比率或4s CS/0s CS比率。
20.根据权利要求1至5、17或18中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平降低指示所述受试者中的癌症：0s CS、2s CS或4s CS/6s CS比率。
21.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述癌症是前列腺癌。
22.根据权利要求1至5或16中任一项所述的方法，其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下的一种或多种GAG特性的水平：4s CS、0s CS、总HA和Ns2s HS。
23.根据权利要求1至5或16或17中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一个或两个GAG特性的水平：4s CS和0sCS。
24.根据权利要求1至5或16或17中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中所述确定化学组成包括确定样品中以下一种或多种或全部GAG特性的水平：4s CS、HA总浓度和Ns2s HS。
25.根据权利要求1至5或16或17中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、Tris HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS和总HS。
26.根据权利要求1至5或16、17、18或20中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中与对照水平相比，选自2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、6s CS/4s CS比率、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、Tris HS、Ns2sHS、6s HS和总HS的一种或多种或全部GAG特性的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌。
27.根据权利要求1至5或16、17、18或20中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液样品并且其中与对照水平相比，选自0s CS、4s CS/6s比率、总CS和2s6s HS的一种或多种或全部GAG特性的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌。
28.根据权利要求1至5或16、17或19中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：4s CS、2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、总CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷HS、总HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA。
29.根据权利要求1至5或16、17、19或23中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中与对照水平相比，选自2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、总CS、6s CS/4s CS比率、0sCS/4s CS比率、电荷HS、总HS、Ns2s HS、Ns6s HS、Tris HS和总HA的一种或多种或全部GAG特性的水平升高指示所述受试者中的前列腺癌。
30.根据权利要求1至5或16、17、19、23或24中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿样并且其中与对照水平相比，选自4s CS、4s CS/6s CS比率、4s CS/0s CS比率和2s HS的一种或多种或全部GAG特性的水平降低指示所述受试者中的前列腺癌。
31.根据权利要求1至5或16中任一项所述的方法，其中所述体液是血液并且所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、总CS、4s CS相对于6s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、Tris HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS和总HS；或其中所述体液是尿并且所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
32.根据权利要求1至5或16中任一项所述的方法，其中所述体液是血液并且所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：2s CS、2s6sCS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、2s6s HS或6s HS；或其中所述体液是尿并且所述确定化学组成包括确定样品中选自以下者的一种或多种或全部GAG特性的水平：2s6s CS、2s4s CS、Tris CS、电荷HS、2s HS、Ns2s HS、Ns6s HS和Tris HS。
33.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是黑素瘤并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：6s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、总CS、2s HS、0s HS和总HS。
34.根据权利要求1至5或33中任一项所述的方法，其中所述癌症是黑素瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的黑素瘤：6s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、总CS、2s HS、0sHS和总HS。
35.根据权利要求1至5、33或34中任一项所述的方法，其中所述癌症是黑素瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、总CS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：4s CS/6s CS比率、2s HS和0s HS，指示所述受试者中的黑素瘤。
36.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是结肠癌或直肠癌并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
37.根据权利要求1至5或36中任一项所述的方法，其中所述癌症是结肠癌或直肠癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的结肠癌或直肠癌：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
38.根据权利要求1至5、36或37中任一项所述的方法，其中所述癌症是结肠癌或直肠癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：2s CS、6s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS/0s CS比率、总CS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：4s CS/6s CS比率、Ns6s HS、Ns2s HS、2s6s HS和0s HS，指示所述受试者中的结肠癌或直肠癌。
39.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是神经内分泌肿瘤、优选地胃肠道神经内分泌肿瘤，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0sCS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6sCS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、Ns6s HS、Ns HS、6sHS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
40.根据权利要求1至5或39中任一项所述的方法，其中所述癌症是神经内分泌肿瘤、优选地胃肠道神经内分泌肿瘤，并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤、优选地胃肠道神经内分泌肿瘤：0s CS、6s CS、4sCS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0sCS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、Ns6s HS、Ns HS、6s HS、2s HS、0sHS、电荷HS和总HS。
41.根据权利要求1至5、39或40中任一项所述的方法，其中所述癌症是神经内分泌肿瘤、优选地胃肠道神经内分泌肿瘤，并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0sCS比率、电荷CS、Ns HS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率、Ns6s HS和0s HS，指示所述受试者中的神经内分泌肿瘤、优选地胃肠道神经内分泌肿瘤。
42.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地慢性淋巴样白血病，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4sCS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns6s HS、Ns HS、2s6s HS、6s HS、2sHS、0s HS、电荷HS和总HS。
43.根据权利要求1至5或42中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地慢性淋巴样白血病，并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的血癌、优选地慢性淋巴样白血病：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6sCS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns6s HS、Ns HS、2s6s HS、6s HS、2s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
44.根据权利要求1至5、42或43中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地慢性淋巴样白血病，并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、NsHS、6s HS、2s HS、电荷HS和总HS；和/或
以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率、Ns6s HS、2s6s HS和0sHS，指示所述受试者中的血癌、优选地慢性淋巴样白血病。
45.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是膀胱癌并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、2s CS、6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、2s HS和总HS。
46.根据权利要求1至5或45中任一项所述的方法，其中所述癌症是膀胱癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的膀胱癌：0s CS、2s CS、6s CS、Tris CS、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、2s HS和总HS。
47.根据权利要求1至5、45或46中任一项所述的方法，其中所述癌症是膀胱癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：2s CS、6s CS、6s CS/0s CS比率、4sCS/0s CS比率、电荷CS、Tris HS、Ns2s HS、2s HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、Tris CS和Ns HS，指示所述受试者中的膀胱癌。
48.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS和总HS。
49.根据权利要求1至5或48中任一项所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的乳腺癌：0s CS、6s CS、4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4sCS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS和总HS。
50.根据权利要求1至5、48或49中任一项所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、4s6s CS、6s CS/0sCS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率、Ns2s HS和0s HS，指示所述受试者中的乳腺癌。
51.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是卵巢癌并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0sCS的相对水平、电荷CS、总CS、总HS和总HA。
52.根据权利要求1至5或51中任一项所述的方法，其中所述癌症是卵巢癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的卵巢癌：0s CS、6sCS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、总HS和总HA。
53.根据权利要求1至5、51或52中任一项所述的方法，其中所述癌症是卵巢癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、总HA、和总HS；和/或以下一个或两个GAG特性的水平降低：0s CS和4s CS/6s CS比率，指示所述受试者中的卵巢癌。
54.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地子宫内膜癌，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、总HS和总HA。
55.根据权利要求1至5或54中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地子宫内膜癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的子宫癌、优选地子宫内膜癌：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4sCS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、总HS和总HA。
56.根据权利要求1至5、54或55中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地子宫内膜癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、总HA和总HS；和/或以下一个或两个GAG特性的水平降低：0s CS和4s CS/6s CS比率，指示所述受试者中的子宫癌、优选地子宫内膜癌。
57.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地宫颈癌，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、2s4sCS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns2s HS、6s HS、总HS和总HA。
58.根据权利要求1至5或57中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地宫颈癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的子宫癌、优选地宫颈癌：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns2sHS、6s HS、总HS和总HA。
59.根据权利要求1至5、57或58中任一项所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、优选地宫颈癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s4sCS、4s6s CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、总HA、Ns2s HS、6s HS和总HS；和/或以下一个或两个GAG特性的水平降低：0s CS和4s CS/6s CS比率，指示所述受试者中的子宫癌、优选地宫颈癌。
60.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地非霍奇金淋巴瘤，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
61.根据权利要求1至5或61中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地非霍奇金淋巴瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平的改变指示所述受试者中的血癌、优选地非霍奇金淋巴瘤：0s CS、6s CS、4s CS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0sCS的相对水平、电荷CS、总CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
62.根据权利要求1至5、60或61中任一项所述的方法，其中所述癌症是血癌、优选地非霍奇金淋巴瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4sCS、2s6s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、Tris HS、Ns2s HS、Ns HS、6s HS、电荷HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率和0s HS，指示所述受试者中的血癌、优选地非霍奇金淋巴瘤。
63.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是脑癌、优选地弥漫性胶质瘤，并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS、总HS和总HA。
64.根据权利要求1至5或63中任一项所述的方法，其中所述癌症是脑癌、优选地弥漫性胶质瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的脑癌、优选地弥漫性胶质瘤：0s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns HS、6s HS、0s HS、电荷HS、总HS和总HA。
65.根据权利要求1至5、63或64中任一项所述的方法，其中所述癌症是脑癌、优选地弥漫性胶质瘤并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：6s CS、4s CS、2s4s CS、4s6s CS、Tris CS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、总HA、NsHS、6s HS、电荷HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率和0s HS，指示所述受试者中的脑癌、优选地弥漫性胶质瘤。
66.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述癌症是肺癌并且所述方法包括确定样品中以下一种或多种GAG特性的水平：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
67.根据权利要求1至5或66中任一项所述的方法，其中所述癌症是肺癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平改变指示所述受试者中的肺癌：0s CS、2s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、Tris CS、6s CS相对于4s CS的相对水平、6s CS相对于0s CS的相对水平、4s CS相对于0s CS的相对水平、电荷CS、总CS、Ns6s HS、Ns2s HS、6s HS、0s HS、电荷HS和总HS。
68.根据权利要求1至5、66或67中任一项所述的方法，其中所述癌症是肺癌并且其中与对照水平相比，以下一种或多种GAG特性的水平升高：2s CS、6s CS、4s CS、2s4s CS、TrisCS、6s CS/0s CS比率、4s CS/0s CS比率、电荷CS、总CS、6s HS、电荷HS和总HS；和/或以下一种或多种GAG特性的水平降低：0s CS、4s CS/6s CS比率、Ns6s HS、Ns2s HS和0s HS，指示所述受试者中的肺癌。
69.根据权利要求1至68中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定多于一个所述GAG特性的水平。
70.根据权利要求1至69中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或全部所述GAG特性的水平。
71.根据权利要求1至70中任一项所述的方法，其中所述方法用于诊断所述癌症。
72.根据权利要求1至70中任一项所述的方法，其中所述方法用于所述癌症预后、用于监测面临出现所述癌症风险的受试者、用于监测受试者中所述癌症的进展、用于确定所述癌症的临床严重程度、用于预测受试者对所述癌症的疗法或手术的反应、用于确定正在用于治疗所述癌症的治疗方案或手术方案的功效、用于检测所述癌症的再次发生或复发情况、用于选择患者或选择治疗或用于区分怀疑为所述癌症的小团块与其他非恶性疾病。
73.根据权利要求1至32或69至72中任一项所述的方法，其中所述前列腺癌是前列腺腺癌。
74.根据权利要求1至73中任一项所述的方法，其中所述受试者是面临形成所述癌症的风险或面临出现所述癌症的风险的受试者或是患有或疑似患有所述癌症的受试者。
75.根据权利要求1至6、8、9、11、14、15、21、22、24或28至74中任一项所述的方法，其中所述体液样品是尿。
76.根据权利要求1至7、9、10、12、13、16至23、25至27或31至74中任一项所述的方法，其中所述体液样品是血液。
77.根据权利要求1至76中任一项所述的方法，其中通过电泳或通过HPLC和质谱法确定所述GAG或GAG特性的所述水平或化学组成。
78.根据权利要求所述的方法77，其中所述电泳是毛细管电泳法、优选地采用激光诱导荧光检测的毛细管电泳，和/或其中HPLC与电喷雾电离-质谱法组合。
79.根据权利要求3至78中任一项所述的方法，其中确定一种或多种特定硫酸化形式或非硫酸化形式的CS或HS二糖的水平，并且其中GAG经历获得分析用二糖单位的处理步骤。
80.根据权利要求1至79中任一项所述的方法，其中所述方法还包括步骤：通过疗法或手术治疗所述癌症。
81.筛查受试者中癌症的方法，所述方法包括确定样品中一个或多个基因的表达产物的水平，所述基因选自：UST，CHST14，CHST13，CHSY1，DSE，CHSY3，CHST11，CHST15，CHPF2，CSGALNACT2，CHST12，CSGALNACT1，CHST7，CHPF，CHST3，HPSE，HGSNAT，HYAL4，GALNS，GLB1，GNS，GUSB，HEXA，HEXB，HYAL1，IDS，IDUA，ARSB，NAGLU，HPSE2，SGSH，SPAM1，HYAL3，HYAL2，HS3ST3B1，HS3ST3A1，B4GALT7，B3GALT6，B3GAT2，B3GAT3，B3GAT1，XYLT1，XYLT2，EXT1，EXT2，EXTL1，EXTL2，EXTL3，HS3ST5，GLCE，HS6ST3，NDST1，NDST4，HS6ST2，NDST3，HS6ST1，HS2ST1，HS3ST2，HS3ST1和NDST2；其中已经从所述受试者获得所述样品；并且其中与对照水平相比，所述样品中一个或多个所述基因的表达产物的水平的改变指示所述受试者中的癌症。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述癌选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌、皮肤癌和肾癌。
83.根据权利要求81或权利要求82所述的方法，其中所述癌选自前列腺癌、甲状腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、子宫癌、乳腺癌、胰腺癌、膀胱癌、肝癌、胆管癌、胃癌、食管癌、头颈癌、脑癌、血癌、卵巢癌和皮肤癌。
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