RU2014133695A - Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида - Google Patents

Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида Download PDF

Info

Publication number
RU2014133695A
RU2014133695A RU2014133695A RU2014133695A RU2014133695A RU 2014133695 A RU2014133695 A RU 2014133695A RU 2014133695 A RU2014133695 A RU 2014133695A RU 2014133695 A RU2014133695 A RU 2014133695A RU 2014133695 A RU2014133695 A RU 2014133695A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
pto
nucleic acid
hybridization
target nucleic
region
Prior art date
Application number
RU2014133695A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2608501C2 (ru
Inventor
Джон Йоон ЧУН
Янг Джо ЛИ
Original Assignee
Сиджен, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сиджен, Инк. filed Critical Сиджен, Инк.
Publication of RU2014133695A publication Critical patent/RU2014133695A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2608501C2 publication Critical patent/RU2608501C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6823—Release of bound markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analyzing Non-Biological Materials By The Use Of Chemical Means (AREA)

Abstract

1. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с PCE-SH (гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения РТО), включающийа) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с располагающимся против хода транскрипции олигонуклеотидом и зондирующим и метящим олигонуклеотидом (РТО); при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; РТО содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок РТО гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; причем располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид предшествует РТО;(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, в условиях, подходящих для расщепления РТО; при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление РТО ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, так что в результате расщепления высвобождается фрагмент, содержащий 5′-концевой тегирующий участок или часть 5′-концев

Claims (46)

1. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с PCE-SH (гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения РТО), включающий
а) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с располагающимся против хода транскрипции олигонуклеотидом и зондирующим и метящим олигонуклеотидом (РТО); при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; РТО содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок РТО гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; причем располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид предшествует РТО;
(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, в условиях, подходящих для расщепления РТО; при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление РТО ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, так что в результате расщепления высвобождается фрагмент, содержащий 5′-концевой тегирующий участок или часть 5′-концевого тегирующего участка РТО;
(c) гибридизацию фрагмента, высвободившегося из РТО, с захватывающим и матричным олигонуклеотидом (СТО); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка РТО, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку РТО; при этом фрагмент, высвободившийся из РТО, гибридизуется с захватывающим участком СТО;
(d) осуществление реакции удлинения с использованием продукта со стадии (с) и матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом фрагмент, гибридизованный с захватывающим участком СТО, удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО, образуя тем самым удлиненный дуплекс;
(e) гибридизацию удлиненной цепи с сигнальным олигонуклеотидом (SO); при этом SO содержит последовательность, комплементарную этой удлиненной цепи, и по меньшей мере одну метку; SO обеспечивает получение детектируемого сигнала посредством гибридизации с удлиненной цепью; и
(f) детекцию сигнала; при этом детекция сигнала указывает на присутствие удлиненной цепи и присутствие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
2. Способ по п. 1, где по меньшей мере часть SO содержит последовательность, комплементарную удлиненной последовательности.
3. Способ по п. 1, где детектируемый сигнал обеспечивается посредством (1) метки, соединенной с SO, (2) комбинации метки, соединенной с SO, и метки, соединенной с фрагментом РТО, (3) комбинации метки, соединенной с SO, и метки, встраиваемой в удлиненную цепь во время реакции удлинения на стадии (d), или (4) комбинации метки, соединенной с SO, и интеркалирующего красителя.
4. Способ по п. 1, где SO помечен с использованием системы двух взаимодействующих меток, содержащей репортерную молекулу и молекулу-гаситель, и гибридизация между SO и удлиненной цепью на стадии (е) индуцирует изменение сигнала от системы двух взаимодействующих меток с получением детектируемого сигнала.
5. Способ по п. 1, где SO помечен одиночной меткой, и гибридизация между SO и удлиненной цепью на стадии (е) индуцирует изменение сигнала от одиночной метки с получением детектируемого сигнала.
6. Способ по п. 5, где одиночная метка представляет собой одиночную флуоресцентную метку.
7. Способ по п. 1, в котором используют дополнительный SO, содержащий последовательность, комплементарную удлиненной цепи, два SO гибридизуются с удлиненной цепью близко друг к другу, каждый из этих двух SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток; и гибридизация между этими двумя SO и удлиненной цепью индуцирует изменение сигнала от системы двух взаимодействующих меток с получением детектируемого сигнала.
8. Способ по п. 1, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, фрагмент РТО содержит другую метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя; удлиненная цепь содержит метку, происходящую из фрагмента РТО, и при этом гибридизация между SO и удлиненной цепью индуцирует изменение сигнала от системы двух взаимодействующих меток с получением детектируемого сигнала.
9. Способ по п. 1, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, а матричный участок СТО содержит нуклеотид, имеющий первое неприродное основание; при этом реакцию удлинения на стадии (d) осуществляют в присутствии нуклеотида, имеющего как второе неприродное основание с аффинностью специфического связывания с первым неприродным основанием, так и другую молекулу, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя, в результате чего происходит встраивание метки в удлиненную цепь; при этом гибридизация между SO и удлиненной цепью индуцирует изменение сигнала от системы двух взаимодействующих меток с получением детектируемого сигнала.
10. Способ по п. 1, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, и реакцию удлинения на стадии (d) осуществляют в присутствии нуклеотида, имеющего другую метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя, в результате чего происходит встраивание метки в удлиненную цепь; при этом гибридизация между SO и удлиненной цепью индуцирует изменение сигнала от системы двух взаимодействующих меток с получением детектируемого сигнала.
11. Способ по п. 1, где SO содержит акцептор FRET (резонансного переноса энергии флуоресценции), и гибридизацию на стадии (е) осуществляют в присутствии интеркалирующего красителя; при этом гибридизация между SO и удлиненной цепью индуцирует изменение сигнала от акцептора SO с получением детектируемого сигнала.
12. Способ по п. 1, где РТО, СТО и/или SO блокирован по его 3′-концу, чтобы препятствовать его удлинению.
13. Способ по п. 1, где располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид представляет собой прямой праймер или располагающийся против хода транскрипции зонд.
14. Способ по п. 1, где располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид локализован достаточно близко к РТО, чтобы индуцировать расщепление РТО ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью.
15. Способ по п. 13, где прямой праймер индуцирует посредством своей удлиненной цепи расщепление РТО ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью.
16. Способ по п. 1, где захватывающий участок СТО содержит в своей 5′-концевой части нуклеотидную последовательность, комплементарную части 3′-концевого узнающего мишень участка РТО.
17. Способ по п. 16, где длина нуклеотидной последовательности, комплементарной части 3′-концевого узнающего мишень участка РТО, составляет 1-10 нуклеотидов.
18. Способ по п. 1, дополнительно включающий между стадиями (е) и (f) стадию получения детектируемого сигнала посредством плавления продукта гибридизации со стадии (е) или посредством плавления и гибридизации продукта гибридизации со стадии (е); при этом стадию (f) осуществляют, детектируя сигнал с целью определения присутствия удлиненной цепи.
19. Способ по п. 1, дополнительно включающий после стадии (f) стадию получения и обнаружения детектируемого сигнала посредством плавления продукта гибридизации со стадии (е) или посредством плавления и гибридизации продукта гибридизации со стадии (е), при этом присутствие удлиненной цепи определяют более одного раза.
20. Способ по п. 18, где присутствие удлиненной цепи определяют с использованием анализа кривой плавления или анализа кривой гибридизации.
21. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию денатурации между стадиями (d) и (е).
22. Способ по п. 1, дополнительно включающий повторение всех или некоторых из стадий (a)-(f) с денатурацией между повторяющимися циклами.
23. Способ по п. 22, дополнительно включающий повторение стадий (а)-(е) с денатурацией между повторяющимися циклами и плавление продукта гибридизации со стадии (е) или плавление и гибридизацию продукта гибридизации со стадии (е) с получением детектируемого сигнала; при этом стадию (f) осуществляют, детектируя сигнал с целью определения присутствия удлиненной цепи.
24. Способ по п. 1, где стадии (a)-(f) осуществляют в реакционном сосуде или некоторые из стадий (a)-(f) осуществляют в отдельных реакционных сосудах.
25. Способ по п. 1, который осуществляют для детекции по меньшей мере двух типов нуклеиновокислотных последовательностей-мишеней; при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид включает по меньшей мере два типа олигонуклеотидов, РТО включает по меньшей мере два типа РТО, СТО включает по меньшей мере два типа СТО, и SO включает по меньшей мере два типа SO.
26. Способ по п. 1, где располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид на стадии (а) представляет собой прямой праймер, и на стадии (b) используют матричную полимеразу нуклеиновых кислот для удлинения прямого праймера.
27. Способ по п. 1, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень содержит нуклеотидную вариацию.
28. Способ по любому из пп. 1-27, который осуществляют в присутствии обратного праймера.
29. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с PCE-SH (гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения РТО), включающий:
(a) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с парой праймеров, содержащей прямой праймер и обратный праймер, и РТО (зондирующим и метящим олигонуклеотидом); при этом каждый из праймеров, прямой праймер и обратный праймер, содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотным последовательностям-мишеням; РТО содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; РТО локализован между прямым праймером и обратным праймером; при этом РТО блокирован по его 3′-концу, чтобы не допустить его удлинения;
(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с матричной полимеразой нуклеиновых кислот, обладающей 5′-нуклеазной активностью в условиях, подходящих для удлинения праймеров и для расщепления РТО; при этом, когда РТО гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, прямой праймер удлиняется, и удлиненная цепь индуцирует расщепление РТО матричной полимеразой нуклеиновых кислот, обладающей 5′-нуклеазной активностью, так что в результате расщепления высвобождается фрагмент, содержащий 5′-концевой тегирующий участок или часть 5′-концевого тегирующего участка РТО;
(c) гибридизацию фрагмента, высвободившегося из РТО, с захватывающим и матричным олигонуклеотидом (СТО); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка РТО, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку РТО; при этом фрагмент, высвободившийся из РТО, гибридизуется с захватывающим участком СТО;
(d) осуществление реакции удлинения с использованием продукта со стадии (с) и матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом фрагмент, гибридизованный с захватывающим участком СТО, удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО, образуя тем самым удлиненный дуплекс;
(e) гибридизацию удлиненной цепи с сигнальным олигонуклеотидом (SO); при этом SO содержит последовательность, комплементарную этой удлиненной цепи, и по меньшей мере одну метку; SO обеспечивает получение детектируемого сигнала посредством гибридизации с удлиненной цепью; и
(f) детекцию сигнала; при этом детекция сигнала указывает на присутствие удлиненной цепи и присутствие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
30. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с PCE-SH (гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения РТО), включающий
а) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с зондирующим и метящим олигонуклеотидом (РТО); при этом РТО содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок РТО гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью;
(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью в условиях, подходящих для расщепления РТО; при этом РТО расщепляется ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, так что в результате расщепления высвобождается фрагмент, содержащий 5′-концевой тегирующий участок или часть 5′-концевого тегирующего участка РТО;
(c) гибридизацию фрагмента, высвободившегося из РТО, с захватывающим и матричным олигонуклеотидом (СТО); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка РТО, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку РТО; при этом фрагмент, высвободившийся из РТО, гибридизуется с захватывающим участком СТО;
(d) осуществление реакции удлинения с использованием продукта со стадии (с) и матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом фрагмент, гибридизованный с захватывающим участком СТО, удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО, образуя тем самым удлиненный дуплекс;
(e) гибридизацию удлиненной цепи с сигнальным олигонуклеотидом (SO); при этом SO содержит последовательность, комплементарную этой удлиненной цепи, и по меньшей мере одну метку; SO обеспечивает получение детектируемого сигнала посредством гибридизации с удлиненной цепью; и
(f) детекцию сигнала; при этом детекция сигнала указывает на присутствие удлиненной цепи и присутствие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
31. Набор для детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот в анализе с PCE-SH (гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения РТО), содержащий
(а) зондирующий и метящий олигонуклеотиды (РТО); при этом РТО содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок РТО гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью;
(b) располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид предшествует РТО; при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление РТО ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, так что в результате расщепления высвобождается фрагмент, содержащий 5′-концевой тегирующий участок или часть 5′-концевого тегирующего участка РТО;
(c) захватывающий и матричный олигонуклеотиды (СТО); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка РТО, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, не комплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку РТО; при этом фрагмент, высвободившийся из РТО, гибридизуется с захватывающим участком СТО; при этом фрагмент, гибридизованный с захватывающим участком СТО, удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО, образуя тем самым удлиненный дуплекс; и
(d) сигнальный олигонуклеотид (SO); при этом SO содержит последовательность, комплементарную этой удлиненной цепи, и по меньшей мере одну метку; SO обеспечивает получение детектируемого сигнала посредством гибридизации с удлиненной цепью.
32. Набор по п. 31, где по меньшей мере часть SO содержит последовательность, комплементарную удлиненной последовательности.
33. Набор по п. 31, содержащий (1) метку, соединенную с SO, (2) комбинацию метки, соединенной с SO, и метки, соединенной с фрагментом РТО, (3) комбинацию метки, соединенной с SO, и метки, встраиваемой в удлиненную цепь, или (4) комбинацию метки, соединенной с SO, и интеркалирующего красителя.
34. Набор по п. 31, где SO помечен с использованием системы двух взаимодействующих меток, содержащей репортерную молекулу и молекулу-гаситель.
35. Набор по п. 31, где SO помечен одиночной меткой.
36. Набор по п. 31, дополнительно включающий дополнительный SO, содержащий последовательность, комплементарную удлиненной цепи, при этом два SO гибридизуются с удлиненной цепью близко друг к другу, каждый из этих двух SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток.
37. Набор по п. 31, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, а фрагмент РТО содержит другую метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя.
38. Набор по п. 31, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, а матричный участок СТО содержит нуклеотид, имеющий первое неприродное основание; при этом набор дополнительно содержит нуклеотид, имеющий как второе неприродное основание с аффинностью специфического связывания с первым неприродным основанием, так и другую молекулу, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя.
39. Набор по п. 31, где SO содержит одну метку, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя системы двух взаимодействующих меток, и набор дополнительно содержит нуклеотид, имеющий другую молекулу, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя.
40. Способ по п. 31, где SO содержит акцептор FRET (резонансного переноса энергии флуоресценции), и набор дополнительно содержит интеркалирующий краситель.
41. Набор по п. 31, где РТО, СТО и/или SO блокирован по его 3′-концу, чтобы препятствовать его удлинению.
42. Набор по п. 31, где располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид представляет собой прямой праймер или располагающийся против хода транскрипции зонд.
43. Набор по п. 31, дополнительно содержащий фермент, обладающий 5′-нуклеазной активностью.
44. Набор по п. 31, представляющий собой набор для детекции по меньшей мере двух типов нуклеиновокислотных последовательностей-мишеней;
при этом располагающийся против хода транскрипции олигонуклеотид включает по меньшей мере два типа олигонуклеотидов, РТО включает по меньшей мере два типа РТО, СТО включает по меньшей мере два типа СТО, и SO включает по меньшей мере два типа SO.
45. Набор по любому из пп. 31-44, дополнительно содержащий обратный праймер.
46. Способ по п. 19, где присутствие удлиненной цепи определяют с использованием анализа кривой плавления или анализа кривой гибридизации.
RU2014133695A 2012-02-02 2012-07-03 Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида (варианты) RU2608501C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR20120010681 2012-02-02
KR10-2012-0010681 2012-02-02
KR1020120028429A KR20130101952A (ko) 2012-02-02 2012-03-20 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출
KR10-2012-0028429 2012-03-20
PCT/KR2012/005281 WO2013115442A1 (en) 2012-02-02 2012-07-03 Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent signaling oligonucleotide hybridization assay

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2014133695A true RU2014133695A (ru) 2016-03-27
RU2608501C2 RU2608501C2 (ru) 2017-01-18

Family

ID=49451920

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014133695A RU2608501C2 (ru) 2012-02-02 2012-07-03 Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида (варианты)

Country Status (15)

Country Link
US (2) US9868980B2 (ru)
EP (1) EP2809797B1 (ru)
JP (1) JP6005180B2 (ru)
KR (2) KR20130101952A (ru)
CN (2) CN104145029B (ru)
AU (2) AU2012368436B2 (ru)
BR (1) BR112014018940B1 (ru)
CA (1) CA2862488C (ru)
IL (1) IL233773B (ru)
MX (1) MX361903B (ru)
NO (1) NO20140948A1 (ru)
RU (1) RU2608501C2 (ru)
SG (1) SG11201404349YA (ru)
WO (1) WO2013115442A1 (ru)
ZA (1) ZA201405463B (ru)

Families Citing this family (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX352460B (es) 2011-01-11 2017-11-24 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
JP5852222B2 (ja) 2011-03-29 2016-02-03 シージーン アイエヌシー Ｐｔｏ切断及び延長−依存的切断によるターゲット核酸配列の検出
US9850524B2 (en) 2011-05-04 2017-12-26 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by PO cleavage and hybridization
KR20130101952A (ko) 2012-02-02 2013-09-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출
AU2013228226B2 (en) 2012-03-05 2016-06-02 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence by PTO cleavage and extension assay
EP2839031B1 (en) * 2012-04-19 2017-03-29 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent signaling oligonucleotide cleavage
WO2014193198A1 (ko) 2013-05-30 2014-12-04 케이맥(주) 바이오 물질의 실시간 정량 및 정성 분석 방법
WO2015147370A1 (en) * 2014-03-28 2015-10-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures
CN107208139B (zh) 2014-12-09 2020-11-10 Seegene株式会社 与靶核酸序列有关的信号的分辨
CN107109492B (zh) 2014-12-22 2021-02-26 阿纳帕生物技术股份公司 用于靶核酸多重检测的双重猝灭测定
US11915796B2 (en) 2015-11-20 2024-02-27 Seegene, Inc. Method for calibrating a data set of a target analyte using a normalization coefficient
KR102300738B1 (ko) 2016-02-05 2021-09-10 주식회사 씨젠 타겟 분석물질에 대한 데이터 세트의 노이즈 수준 감축 방법
KR101961642B1 (ko) * 2016-04-25 2019-03-25 (주)진매트릭스 절단된 상보적인 태그 절편을 이용한 표적 핵산 서열 검출 방법 및 그 조성물
WO2017213458A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Seegene, Inc. Methods for preparing tagging oligonucleotides
EP3479101B1 (en) 2016-06-30 2023-12-13 Seegene, Inc. Apparatus and method for amplificating nucleic acid
CA3036119C (en) * 2016-09-15 2022-09-20 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods for performing multiplexed pcr
EP3559275A1 (de) * 2016-12-23 2019-10-30 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Zweiteilige mediatorsonde
JP6938641B2 (ja) 2016-12-29 2021-09-22 シージーン アイエヌシー プライマーダイマー形成を減少させ、増幅効率を増加させる方法
KR102408564B1 (ko) 2017-03-28 2022-06-14 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열의 존재를 결정하기 위한 분석 시그널
CN108823287B (zh) 2017-04-28 2019-04-12 厦门大学 一种检测靶核酸序列的方法
WO2019045532A2 (en) 2017-08-31 2019-03-07 Seegene, Inc. EVALUATION OF COMPONENT PERFORMANCE USING A PAIR OF DIMER FORMER PRIMERS
WO2019066461A2 (en) 2017-09-29 2019-04-04 Seegene, Inc. DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCES BY CLEAVAGE ANALYSIS AND EXTENSION OF PTO
US20190112636A1 (en) * 2017-10-16 2019-04-18 ChromaCode, Inc. Methods and compositions for nucleic acid detection
EP3735476B1 (en) 2018-01-05 2023-08-23 Seegene, Inc. Method for determining the presence or absence of m. tuberculosis, m. bovis and m. bovis bcg in a sample
JP7170062B2 (ja) 2018-04-20 2022-11-11 シージーン アイエヌシー サンプル内複数のターゲット核酸配列の検出のための方法及び装置
CN114250275B (zh) * 2020-09-22 2023-04-28 武汉艾米森生命科技有限公司 一种荧光定量pcr反应系统、pcr反应试剂盒及核酸定量检测方法
CN114622000B (zh) * 2020-12-14 2024-05-07 厦门大学 一种高特异性的检测靶核酸序列的方法
CN112592964A (zh) * 2020-12-17 2021-04-02 厦门大学 用于进行核酸多重检测的方法
WO2022192758A1 (en) * 2021-03-11 2022-09-15 BioSpyder Technologies, Inc. Tempo-span
WO2023043280A1 (ko) * 2021-09-17 2023-03-23 주식회사 씨젠 합성 비자연 염기를 포함하는 태그 올리고뉴클레오타이드를 이용한 타겟 핵산 서열의 검출
WO2023054848A1 (ko) 2021-09-30 2023-04-06 주식회사 씨젠 분자진단 시스템의 샘플 처리 및 분석 방법
WO2023068823A1 (ko) 2021-10-21 2023-04-27 주식회사 씨젠 시료 내 표적 분석물질에 대한 양음성 판독 장치 및 방법
CN114134219A (zh) * 2021-12-14 2022-03-04 广州市金圻睿生物科技有限责任公司 一种多重核酸检测系统及其制备方法与应用
CN114032337A (zh) * 2021-12-14 2022-02-11 广州市金圻睿生物科技有限责任公司 一种呼吸道病原体检测试剂盒及其制备方法与应用
KR20240028084A (ko) 2022-08-24 2024-03-05 주식회사 멀티렉스 표지자가 결합된 태그 프로브 및 이의 용도
WO2024106890A1 (ko) * 2022-11-16 2024-05-23 주식회사 씨젠 퀀칭-pto 절단 및 연장(quenching-pto cleavage and extension; q-ptoce) 어세이에 의한 타겟 핵산의 검출

Family Cites Families (44)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5541311A (en) 1992-12-07 1996-07-30 Third Wave Technologies, Inc. Nucleic acid encoding synthesis-deficient thermostable DNA polymerase
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
WO1998023774A1 (en) 1996-11-29 1998-06-04 Third Wave Technologies, Inc. Fen-1 endonucleases, mixtures and cleavage methods
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
US6322980B1 (en) 1999-04-30 2001-11-27 Aclara Biosciences, Inc. Single nucleotide detection using degradation of a fluorescent sequence
JP4724380B2 (ja) * 1999-04-20 2011-07-13 独立行政法人産業技術総合研究所 核酸の測定方法に用いる核酸プローブおよびデータを解析する方法
US7381532B2 (en) * 1999-10-29 2008-06-03 Stratagene California Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
US7585632B2 (en) 1999-10-29 2009-09-08 Hologic, Inc. Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
US7118860B2 (en) 1999-10-29 2006-10-10 Stratagene California Methods for detection of a target nucleic acid by capture
US6893819B1 (en) 2000-11-21 2005-05-17 Stratagene California Methods for detection of a nucleic acid by sequential amplification
US7422850B2 (en) * 2000-05-19 2008-09-09 Eragen Biosciences, Inc. Materials and methods for detection of nucleic acids
US7309573B2 (en) 2000-11-21 2007-12-18 Stratagene California Methods for detection of a nucleic acid by sequential amplification
US7678541B2 (en) * 2000-11-21 2010-03-16 Hologic, Inc. Methods and compositions for the detection of a nucleic acid using a non-invasive cleavage reaction
US9261460B2 (en) * 2002-03-12 2016-02-16 Enzo Life Sciences, Inc. Real-time nucleic acid detection processes and compositions
WO2003033741A1 (en) 2001-10-16 2003-04-24 Aclara Biosciences, Inc. Universal e-tag primer and probe compositions and methods
EP1481090A4 (en) 2002-02-15 2006-08-09 Somalogic Inc METHOD AND REAGENTS FOR DETECTING BINDING OF TARGET MOLECULES BY NUCLEIC ACID ELECTRODES
GB0205455D0 (en) 2002-03-07 2002-04-24 Molecular Sensing Plc Nucleic acid probes, their synthesis and use
US8206904B2 (en) 2002-12-18 2012-06-26 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acids
WO2005010199A2 (en) 2003-07-16 2005-02-03 Geneohm Sciences, Inc. Invasive cleavage reaction with electrochemical readout
WO2005047470A2 (en) 2003-11-07 2005-05-26 U.S. Genomics, Inc. Intercalator fret donors or acceptors
WO2005059548A1 (ja) * 2003-12-19 2005-06-30 Kankyo Engineering Co., Ltd. 核酸測定用新規混合物、及びそれを用いる核酸の新規測定方法並びにそれらに用いる核酸プローブ
US20050191682A1 (en) 2004-02-17 2005-09-01 Affymetrix, Inc. Methods for fragmenting DNA
WO2006005081A2 (en) * 2004-06-30 2006-01-12 Applera Corporation Compositions and methods for identifying nucleotides in polynucleotide sequences
WO2006004949A1 (en) 2004-06-30 2006-01-12 Applera Corporation Compositions and methods for detecting and quantitating polynucleotide sequences
WO2006128010A2 (en) 2005-05-26 2006-11-30 The Trustees Of Boston University Quantification of nucleic acids and proteins using oligonucleotide mass tags
US20070099211A1 (en) * 2005-07-15 2007-05-03 Vissarion Aivazachvili Detection of nucleic acid amplification
WO2008083261A1 (en) * 2006-12-29 2008-07-10 Applera Corporation Systems and methods for detecting nucleic acids
AU2007339793A1 (en) * 2006-12-29 2008-07-10 Applied Biosystems, Llc Systems and methods for detecting nucleic acids
FI20075124A0 (fi) 2007-02-21 2007-02-21 Valtion Teknillinen Menetelmä ja testikitti nukleotidivariaatioiden toteamiseksi
KR20090067334A (ko) 2007-12-21 2009-06-25 주식회사 씨젠 핵산 중합효소의 뉴클레아제 활성을 이용한 타깃핵산분자의 검출방법
MX2010010161A (es) 2008-03-15 2011-03-21 Hologic Inc Star Composiciones y metodos para el analisis de moleculas de acido nucleico durante reacciones de amplificacion.
EP2307574B1 (en) 2008-07-31 2012-09-19 Oxitec Limited Multiplex amplification and detection
CA3094983A1 (en) * 2008-08-15 2010-02-18 Cascade Biosystems, Inc. Methods using enzymatic amplification cascades for detecting target nucleic acid in a sample
GB0818355D0 (en) * 2008-10-08 2008-11-12 Smart Patents Ltd Universal beverage container marker
US20110212451A1 (en) * 2008-11-13 2011-09-01 Riboxx Gmbh Rna detection method
EP2256215A1 (en) 2009-04-30 2010-12-01 Steffen Mergemeier Assay system using a nuclease activity of a nucleic acid polymerase
EP2248915B1 (en) 2009-05-05 2013-09-18 Qiagen GmbH Detection of multiple nucleic acid sequences in a reaction cartridge
WO2011027966A2 (en) * 2009-09-03 2011-03-10 Seegene, Inc. Td probe and its uses
US9845492B2 (en) * 2009-12-21 2017-12-19 Seegene, Inc. TSG primer target detection
EP2569449A4 (en) 2010-05-14 2013-12-04 Life Technologies Corp IDENTIFICATION OF NUCLEIC ACIDS
MX352460B (es) 2011-01-11 2017-11-24 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
JP5852222B2 (ja) 2011-03-29 2016-02-03 シージーン アイエヌシー Ｐｔｏ切断及び延長−依存的切断によるターゲット核酸配列の検出
KR20130101952A (ko) 2012-02-02 2013-09-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출

Also Published As

Publication number Publication date
AU2016204887B2 (en) 2018-01-25
NO20140948A1 (no) 2014-10-30
MX361903B (es) 2018-12-18
US20180127812A1 (en) 2018-05-10
WO2013115442A1 (en) 2013-08-08
IL233773A0 (en) 2014-09-30
KR101832867B1 (ko) 2018-03-02
CN106011234A (zh) 2016-10-12
BR112014018940A8 (pt) 2017-07-11
CA2862488A1 (en) 2013-08-08
IL233773B (en) 2018-12-31
US10731203B2 (en) 2020-08-04
JP2015505470A (ja) 2015-02-23
ZA201405463B (en) 2015-12-23
BR112014018940A2 (ru) 2017-06-20
CN104145029B (zh) 2016-06-01
EP2809797B1 (en) 2018-11-28
MX2014009403A (es) 2015-07-06
EP2809797A1 (en) 2014-12-10
BR112014018940B1 (pt) 2021-03-23
CN106011234B (zh) 2019-11-12
SG11201404349YA (en) 2014-08-28
KR20140112060A (ko) 2014-09-22
CA2862488C (en) 2018-11-20
US9868980B2 (en) 2018-01-16
NZ627919A (en) 2016-11-25
KR20130101952A (ko) 2013-09-16
AU2012368436A1 (en) 2014-08-21
AU2016204887A1 (en) 2016-07-28
JP6005180B2 (ja) 2016-10-12
CN104145029A (zh) 2014-11-12
US20150072887A1 (en) 2015-03-12
AU2012368436B2 (en) 2016-05-12
EP2809797A4 (en) 2015-09-09
RU2608501C2 (ru) 2017-01-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014133695A (ru) Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида
RU2012142160A (ru) Детекция нуклеиновокислотных последовательностей-мишеней в анализе с расщеплением и удлинением рто
ES2533876T3 (es) Análisis multiplexado de ácidos nucleicos mediante fragmentación de ADN bicatenario
RU2015130335A (ru) Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с отсутствием гибридизации, зависящим от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)
RU2014138951A (ru) Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)
EP1716257B8 (en) New primers and probes for the detection of parvovirus b19
NZ506333A (en) An assay for detecting and quantifying the presence of particular nucleic acid (DNA or RNA) sequences
RU2012129362A (ru) Обнаружение мишени tsg праймером
WO2012053850A2 (en) Detection of target nucleic acid sequences using dual-labeled immobilized probes on solid phase
US20020197611A1 (en) Method for real-time detection and quantification of nucleic acid sequences using fluorescent primers
RU2016104218A (ru) Определение целевых нуклеиновокислотных последовательностей путем расщепления зондирующего олигонуклеотида и гибридизации
WO2016101959A1 (en) Dual quenching assay for multiplex detection of target nucleic acids
CN102321765B (zh) 一种实时荧光pcr方法及用途
KR20100131350A (ko) 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 ｈｌａ 대립유전자 자동검사 키트
RU2016117929A (ru) Мультиплексные зонды
US20120100526A1 (en) Identification and differentiation of nucleic acid sequence using temperature-dependent hybridization
CN108642165A (zh) 一种用于实时荧光pcr的探针及其使用方法
JP2009213445A (ja) 標的ヌクレオチド配列を有する核酸の検出方法、プローブセット、及び核酸の識別方法
JP2016527904A5 (ru)
CN105705657B (zh) 基于利用杂交-捕捉和模板化寡核苷酸的探测和标记寡核苷酸切割及延伸分析的在固相中的靶核酸序列检测
US9657337B2 (en) Reaction buffer for microarray
JP5519964B2 (ja) 遺伝子解析用基板
WO2015185902A1 (en) Nucleic acid amplification system
JP2003506068A5 (ru)
CN101285095B (zh) 一种检测脱氧核糖核酸的单核苷酸多态性的方法