RU2014138951A - Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто) - Google Patents

Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто) Download PDF

Info

Publication number
RU2014138951A
RU2014138951A RU2014138951A RU2014138951A RU2014138951A RU 2014138951 A RU2014138951 A RU 2014138951A RU 2014138951 A RU2014138951 A RU 2014138951A RU 2014138951 A RU2014138951 A RU 2014138951A RU 2014138951 A RU2014138951 A RU 2014138951A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
pto
sequence
fragment
nucleic acid
terminal
Prior art date
Application number
RU2014138951A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2620955C2 (ru
Inventor
Джон Йоон ЧУН
Янг Джо ЛИ
Original Assignee
Сиджен, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сиджен, Инк. filed Critical Сиджен, Инк.
Publication of RU2014138951A publication Critical patent/RU2014138951A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2620955C2 publication Critical patent/RU2620955C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ детекции нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО), включающий:(a) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с располагающимся "вверх по течению" олигонуклеотидом и PTO-NV (зондирующим и метящим олигонуклеотидом для нуклеотидной вариации); при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; PTO-NV содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (3) сайт распознавания нуклеотидной вариации, содержащий последовательность, комплементарную последовательности с нуклеотидной вариацией в нуклеиновой кислоте-мишени, расположенный в 5′-концевой части 3′-концевого узнающего мишень участка; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид локализован "вверх по течению" относительно PTO-NV; располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление PTO-NV ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью;(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной акт

Claims (45)

1. Способ детекции нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО), включающий:
(a) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с располагающимся "вверх по течению" олигонуклеотидом и PTO-NV (зондирующим и метящим олигонуклеотидом для нуклеотидной вариации); при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; PTO-NV содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (3) сайт распознавания нуклеотидной вариации, содержащий последовательность, комплементарную последовательности с нуклеотидной вариацией в нуклеиновой кислоте-мишени, расположенный в 5′-концевой части 3′-концевого узнающего мишень участка; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид локализован "вверх по течению" относительно PTO-NV; располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление PTO-NV ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью;
(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, в условиях, подходящих для расщепления PTO-NV; при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка образует двойную цепь с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная с первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается первый фрагмент; при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой не комплементарна сайту распознавания данной
нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка не образует двойной цепи с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная со второго начального сайта расщепления, расположенного "вниз по течению" относительно первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается второй фрагмент; при этом второй фрагмент содержит дополнительный 3′-концевой участок, позволяющий отличить второй фрагмент от первого фрагмента;
(c) гибридизацию фрагмента, высвободившегося из PTO-NV, с СТО (захватывающим и матричным олигонуклеотидом); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка PTO-NV, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку PTO-NV; при этом первый фрагмент или второй фрагмент, высвободившийся из PTO-NV, гибридизуется с захватывающим участком СТО;
(d) осуществление реакции удлинения с использованием продукта со стадии (с) и матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом, когда первый фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО; при этом, когда второй фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он не удлиняется; и
(e) детекцию присутствия удлиненной цепи; тем самым присутствие удлиненной цепи указывает на присутствие нуклеотидной вариации, последовательность которой комплементарна сайту распознавания данного нуклеотида в PTO-NV.
2. Способ по п. 1, где СТО имеет последовательность, выбранную такой, что СТО не гибридизуется с дополнительным 3′-концевым участком второго фрагмента, предотвращая удлинение второго фрагмента при его гибридизации с захватывающим участком СТО.
3. Способ по п. 1, где сайт распознавания нуклеотидной вариации локализован на расстоянии 10 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка в PTO-NV.
4. Способ по п. 1, где 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка в PTO-NV содержит группировку, не подходящую для спаривания оснований, локализованную на расстоянии 1-5 нуклеотидов от сайта
распознавания нуклеотидной вариации; при этом группировка, не подходящая для спаривания оснований, способствует установлению различий между первым начальным сайтом расщепления и вторым начальным сайтом расщепления.
5. Способ по п. 4, где присутствие группировки, не подходящей для спаривания оснований, увеличивает расстояние между первым начальным сайтом расщепления и вторым начальным сайтом расщепления.
6. Способ по п. 4, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, представляет собой (1) нуклеотид, содержащий искусственное некомплементарное основание, основание, не подходящее для спаривания оснований, модифицированное таким образом, что оно не способно образовывать пару оснований, или универсальное основание, (2) нуклеотид, не подходящий для спаривания оснований, модифицированный таким образом, что он не способен образовывать пару оснований, или (3) химическое соединение, не подходящее для спаривания оснований.
7. Способ по п. 4, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, содержит 1-5 группировок.
8. Способ по п. 7, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, содержит 2-5 следующих друг за другом группировок.
9. Способ по п. 4, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 10 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
10. Способ по п. 9, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 7 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
11. Способ по п. 9, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 5 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
12. Способ по п. 1, где нуклеотидная вариация представляет собой вариацию типа замены, вариацию типа делеции или вариацию типа вставки.
13. Способ по п. 1, где удлиненная цепь первого фрагмента и СТО образуют удлиненный дуплекс на стадии (d); причем удлиненный дуплекс имеет величину Тпл, регулируемую (1) последовательностью и/или длиной первого фрагмента, (2) последовательностью и/или длиной СТО либо (3) последовательностью и/или длиной первого фрагмента и последовательностью и/или длиной СТО; при этом удлиненный дуплекс обеспечивает получение сигнала от мишени посредством (1) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым
фрагментом и/или СТО, (2) метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, (3) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым фрагментом и/или СТО, и метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, или (4) интеркалирующей метки; и при этом детекцию присутствия удлиненной цепи осуществляют посредством измерения сигнала от мишени, поступающего от удлиненного дуплекса, в соответствии с анализом плавления или анализом гибридизации для удлиненного дуплекса.
14. Способ по п. 1, где удлиненная цепь первого фрагмента и СТО образуют удлиненный дуплекс на стадии (d); причем удлиненный дуплекс имеет величину Тпл, регулируемую (1) последовательностью и/или длиной первого фрагмента, (2) последовательностью и/или длиной СТО либо (3) последовательностью и/или длиной первого фрагмента и последовательностью и/или длиной СТО; при этом удлиненный дуплекс обеспечивает получение сигнала от мишени посредством (1) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым фрагментом и/или СТО, (2) метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, (3) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым фрагментом и/или СТО, и метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, или (4) интеркалирующей метки; и при этом детекцию присутствия удлиненной цепи осуществляют посредством измерения сигнала от мишени, поступающего от удлиненного дуплекса, при предварительно заданной температуре, достаточной для поддержания двойной цепи удлиненного дуплекса.
15. Способ по п. 1, где PTO-NV и/или СТО блокирован по его 3′-концу, чтобы не допустить его удлинения.
16. Способ по п. 1, где располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид представляет собой располагающийся "вверх по течению" праймер или располагающийся "вверх по течению" зонд.
17. Способ по п. 1, где располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид локализован вблизи PTO-NV таким образом, что этот располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид индуцирует расщепление PTO-NV ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью.
18. Способ по п. 16, где располагающийся "вверх по течению" праймер индуцирует посредством своей удлиненной цепи расщепление PTO-NV ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью.
19. Способ по п. 1, дополнительно включающий повторение всех или некоторых из стадий (а)-(е) с денатурацией между повторяющимися циклами.
20. Способ по п. 1, который осуществляют для детекции по меньшей
мере двух типов нуклеотидных вариаций; при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид содержит по меньшей мере два типа олигонуклеотидов, и PTO-NV содержит по меньшей мере два типа PTO-NV.
21. Способ по п. 1, где располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид представляет собой располагающийся "вверх по течению" праймер, и на стадии (b) для удлинения располагающегося "вверх по течению" праймера используют матричную полимеразу нуклеиновых кислот; при этом матричная полимераза нуклеиновых кислот идентична ферменту, обладающему 5′-нуклеазной активностью.
22. Способ по п. 1, где располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид представляет собой располагающийся "вверх по течению" праймер, и на стадии (b) для удлинения располагающегося "вверх по течению" праймера используют матричную полимеразу нуклеиновых кислот; при этом матричная полимераза нуклеиновых кислот отличается от фермента, обладающего 5′-нуклеазной активностью.
23. Способ по п. 1, где фермент, обладающий 5′-нуклеазной активностью, представляет собой термостабильную ДНК-полимеразу, обладающую 5′-нуклеазной активностью, или нуклеазу FEN.
24. Способ по одному из пп. 1-23, который осуществляют в присутствии располагающегося "вниз по течению" праймера.
25. Способ детекции нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО), включающий:
(а) гибридизацию нуклеиновокислотной последовательности-мишени с PTO-NV (зондирующим и метящим олигонуклеотидом для нуклеотидной вариации); при этом PTO-NV содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (3) сайт распознавания нуклеотидной вариации, содержащий последовательность, комплементарную последовательности с нуклеотидной вариацией в нуклеиновой кислоте-Мишени, расположенный в 5′-концевой части 3′-концевого узнающего мишень участка; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью;
(b) приведение в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью, в условиях, подходящих для расщепления PTO-NV; при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка образует двойную цепь с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная с первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается первый фрагмент; при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой не комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка не образует двойной цепи с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная со второго начального сайта расщепления, расположенного "вниз по течению" относительно первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается второй фрагмент; при этом второй фрагмент содержит дополнительный 3′-концевой участок, позволяющий отличить второй фрагмент от первого фрагмента;
(c) гибридизацию фрагмента, высвободившегося из PTO-NV, с СТО (захватывающим и матричным олигонуклеотидом); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка PTO-NV, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку PTO-NV; при этом первый фрагмент или второй фрагмент, высвободившийся из PTO-NV, гибридизуется с захватывающим участком СТО;
(d) осуществление реакции удлинения с использованием продукта со стадии (с) и матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом, когда первый фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО; при этом, когда второй фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он не удлиняется; и
(e) детекцию присутствия удлиненной цепи; тем самым присутствие удлиненной цепи указывает на присутствие нуклеотидной вариации, последовательность которой комплементарна сайту распознавания нуклеотида в
PTO-NV.
26. Набор для детекции нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО), содержащий:
(a) PTO-NV (зондирующий и метящий олигонуклеотид для нуклеотидной вариации); при этом PTO-NV содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (3) сайт распознавания нуклеотидной вариации, содержащий последовательность, комплементарную последовательности с нуклеотидной вариацией в нуклеиновой кислоте-мишени, расположенный в 5′-концевой части 3′-концевого узнающего мишень участка; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью;
(b) располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид; при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид локализован "вверх по течению" относительно PTO-NV; располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид или его удлиненная цепь индуцирует расщепление PTO-NV ферментом, обладающим 5′-нуклеазной активностью; и
(c) СТО (захватывающий и матричный олигонуклеотид); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка PTO-NV, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку PTO-NV;
при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка образует двойную цепь с нуклеиновокислотной последовательностью-
мишенью, индуцируя расщепление, начиная с первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается первый фрагмент;
при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой не комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка не образует двойной цепи с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная со второго начального сайта расщепления, расположенного "вниз по течению" относительно первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается второй фрагмент; при этом второй фрагмент содержит дополнительный 3′-концевой участок, позволяющий отличить второй фрагмент от первого фрагмента; при этом первый фрагмент или второй фрагмент, высвободившийся из PTO-NV, гибридизуется с захватывающим участком СТО.
27. Набор по п. 26, дополнительно содержащий фермент, обладающий 5′-нуклеазной активностью, матричную полимеразу нуклеиновых кислот или их комбинацию; при этом, когда первый фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он удлиняется с образованием удлиненной цепи, содержащей удлиненную последовательность, комплементарную матричному участку СТО; при этом, когда второй фрагмент гибридизуется с захватывающим участком СТО, он не удлиняется.
28. Набор по п. 26, где СТО имеет последовательность, выбранную такой, что СТО не гибридизуется с дополнительным 3′-концевым участком второго фрагмента, предотвращая удлинение второго фрагмента при его гибридизации с захватывающим участком СТО.
29. Набор по п. 26, где сайт распознавания нуклеотидной вариации локализован на расстоянии 10 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка в PTO-NV.
30. Набор по п. 26, где 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка в PTO-NV содержит группировку, не подходящую для спаривания оснований, локализованную на расстоянии 1-5 нуклеотидов от сайта распознавания нуклеотидной вариации; при этом группировка, не подходящая для спаривания оснований, способствует установлению различий между первым начальным сайтом расщепления и вторым начальным сайтом расщепления.
31. Набор по п. 30, где присутствие группировки, не подходящей для спаривания оснований, увеличивает расстояние между первым начальным сайтом
расщепления и вторым начальным сайтом расщепления.
32. Набор по п. 30, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, представляет собой (1) нуклеотид, содержащий искусственное некомплементарное основание, основание, не подходящее для спаривания оснований, модифицированное таким образом, что оно не способно образовывать пару оснований, или универсальное основание, (2) нуклеотид, не подходящий для спаривания оснований, модифицированный таким образом, что он не способен образовывать пару оснований, или (3) химическое соединение, не подходящее для спаривания оснований.
33. Набор по п. 30, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, содержит 1-5 группировок.
34. Набор по п. 33, где группировка, не подходящая для спаривания оснований, содержит 2-5 следующих друг за другом группировок.
35. Набор по п. 30, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 10 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
36. Набор по п. 35, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 7 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
37. Набор по п. 35, где сайт распознавания нуклеотидной вариации и группировка, не подходящая для спаривания оснований, локализованы в PTO-NV на расстоянии 5 нуклеотидов от 5′-конца 3′-концевого узнающего мишень участка.
38. Набор по п. 26, где нуклеотидная вариация представляет собой вариацию типа замены, вариацию типа делеции или вариацию типа вставки.
39. Набор по п. 26, где удлиненная цепь первого фрагмента и СТО образуют удлиненный дуплекс; причем удлиненный дуплекс имеет величину Тпл, регулируемую (1) последовательностью и/или длиной первого фрагмента, (2) последовательностью и/или длиной СТО либо (3) последовательностью и/или длиной первого фрагмента и последовательностью и/или длиной СТО; при этом удлиненный дуплекс обеспечивает получение сигнала от мишени посредством (1) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым фрагментом и/или СТО, (2) метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, (3) по меньшей мере одной метки, соединенной с первым фрагментом и/или СТО, и метки, встраиваемой в удлиненный дуплекс во время реакции удлинения, или (4) интеркалирующей метки.
40. Набор по п. 26, где PTO-NV и/или СТО блокирован по его 3′-концу,
чтобы не допустить его удлинения.
41. Набор по п. 26, где располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид представляет собой располагающийся "вверх по течению" праймер или располагающийся "вверх по течению" зонд.
42. Набор по п. 26, который используют для детекции по меньшей мере двух типов нуклеотидных вариаций; при этом располагающийся "вверх по течению" олигонуклеотид содержит по меньшей мере два типа олигонуклеотидов, и PTO-NV содержит по меньшей мере два типа PTO-NV.
43. Набор по п. 27, где фермент, обладающий 5′-нуклеазной активностью, представляет собой термостабильную ДНК-полимеразу, обладающую 5′-нуклеазной активностью, или нуклеазу FEN.
44. Набор по любому из пп. 26-43, дополнительно содержащий расположенный "вниз по течению" праймер.
45. Набор для детекции нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РТОСЕ (расщеплением и удлинением РТО), содержащий:
(a) PTO-NV (зондирующий и метящий олигонуклеотид для нуклеотидной вариации); при этом PTO-NV содержит (1) 3′-концевой узнающий мишень участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (2) 5′-концевой тегирующий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (3) сайт распознавания нуклеотидной вариации, содержащий последовательность, комплементарную последовательности с нуклеотидной вариацией в нуклеиновой кислоте-мишени, расположенный в 5′-концевой части 3′-концевого узнающего мишень участка; при этом 3′-концевой узнающий мишень участок гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5′-концевой тегирующий участок не гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью;
(b) СТО (захватывающий и матричный олигонуклеотид); при этом СТО содержит в направлении 3′→5′ (1) захватывающий участок, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную 5′-концевому тегирующему участку или части 5′-концевого тегирующего участка PTO-NV, и (2) матричный участок, содержащий нуклеотидную последовательность, некомплементарную 5′-концевому тегирующему участку и 3′-концевому узнающему мишень участку PTO-NV;
при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной
последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка образует двойную цепь с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная с первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается первый фрагмент;
при этом, когда PTO-NV гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, имеющей нуклеотидную вариацию, последовательность которой не комплементарна сайту распознавания данной нуклеотидной вариации, и 5′-концевая часть 3′-концевого узнающего мишень участка не образует двойной цепи с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя расщепление, начиная со второго начального сайта расщепления, расположенного "вниз по течению" относительно первого начального сайта расщепления, тогда высвобождается второй фрагмент; при этом второй фрагмент содержит дополнительный 3′-концевой участок, позволяющий отличить второй фрагмент от первого фрагмента; при этом первый фрагмент или второй фрагмент, высвободившийся из PTO-NV, гибридизуется с захватывающим участком СТО.
RU2014138951A 2012-03-05 2013-02-25 Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто) RU2620955C2 (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261606713P 2012-03-05 2012-03-05
US61/606,713 2012-03-05
US201261613195P 2012-03-20 2012-03-20
US61/613,195 2012-03-20
US201261668628P 2012-07-06 2012-07-06
US61/668,628 2012-07-06
PCT/KR2013/001492 WO2013133561A1 (en) 2012-03-05 2013-02-25 Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension assay

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2014138951A true RU2014138951A (ru) 2016-04-20
RU2620955C2 RU2620955C2 (ru) 2017-05-30

Family

ID=49116988

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014138951A RU2620955C2 (ru) 2012-03-05 2013-02-25 Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)

Country Status (13)

Country Link
US (1) US9650665B2 (ru)
EP (1) EP2823061B1 (ru)
JP (1) JP5976849B2 (ru)
KR (1) KR101794981B1 (ru)
CN (1) CN104245959B (ru)
AU (1) AU2013228226B2 (ru)
BR (1) BR112014021993B8 (ru)
CA (1) CA2864523C (ru)
ES (1) ES2669244T3 (ru)
MX (1) MX354465B (ru)
RU (1) RU2620955C2 (ru)
WO (1) WO2013133561A1 (ru)
ZA (1) ZA201405894B (ru)

Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9683259B2 (en) * 2012-04-19 2017-06-20 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by PTO cleavage and extension-dependent signaling oligonucleotide cleavage
ES2662825T3 (es) 2013-02-25 2018-04-09 Seegene, Inc. Detección de variación de nucleótido en una secuencia de ácidos nucleicos diana
WO2015147370A1 (en) * 2014-03-28 2015-10-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures
KR102019506B1 (ko) 2014-12-09 2019-09-19 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 시그널의 구별
US20180355413A1 (en) * 2014-12-22 2018-12-13 Anapa Biotech A/S Dual quenching assay for multiplex detection of target nucleic acids
CN107236815A (zh) * 2017-07-18 2017-10-10 江西贤聚景欣医药生物科技有限公司 用于靶核酸序列检测的多重淬灭荧光探针及方法
WO2019066461A2 (en) 2017-09-29 2019-04-04 Seegene, Inc. DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCES BY CLEAVAGE ANALYSIS AND EXTENSION OF PTO
CN110273013B (zh) * 2018-03-13 2022-11-01 厦门大学 一种检测呼吸道病原体的方法
CN110273012B (zh) * 2018-03-13 2022-11-04 厦门大学 一种检测败血症病原体的方法
KR102220701B1 (ko) 2018-09-28 2021-03-03 (주)나노헬릭스 형광기반의 다중 융해 분석을 이용한 증폭 산물의 다중 분석방법

Family Cites Families (66)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3996345A (en) 1974-08-12 1976-12-07 Syva Company Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays
US4351760A (en) 1979-09-07 1982-09-28 Syva Company Novel alkyl substituted fluorescent compounds and polyamino acid conjugates
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US6037120A (en) 1995-10-12 2000-03-14 Benner; Steven Albert Recognition of oligonucleotides containing non-standard base pairs
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5965364A (en) 1990-10-09 1999-10-12 Benner; Steven Albert Method for selecting functional deoxyribonucleotide derivatives
DK51092D0 (da) 1991-05-24 1992-04-15 Ole Buchardt Oligonucleotid-analoge betegnet pna, monomere synthoner og fremgangsmaade til fremstilling deraf samt anvendelser deraf
US5665539A (en) 1991-07-12 1997-09-09 The Regents Of The University Of California Immuno-polymerase chain reaction system for antigen detection
US5994069A (en) 1996-01-24 1999-11-30 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acids by multiple sequential invasive cleavages
US5541311A (en) 1992-12-07 1996-07-30 Third Wave Technologies, Inc. Nucleic acid encoding synthesis-deficient thermostable DNA polymerase
EP0730662A4 (en) 1993-09-10 1999-11-24 Genevue Inc OPTICAL DETECTION OF THE POSITION OF OLIGONUCLEOTIDES ON LARGE DNA MOLECULES
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
CA2257109C (en) 1996-06-04 2009-10-06 University Of Utah Research Foundation Monitoring hybridization during pcr
ES2192672T3 (es) 1996-11-18 2003-10-16 Takeshi Imanishi Nuevos analogos de nucleotidos.
EP2055781B1 (en) * 1996-11-29 2011-10-26 Third Wave Technologies, Inc. FEN-1 endonucleases, mixtures and cleavage methods
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
EP1557424A1 (en) 1997-09-12 2005-07-27 Exiqon A/S Bi-cyclic nucleoside, nucleotide and oligonucleoide analogues
EP1424393A3 (en) * 1997-11-26 2004-06-09 Zymogenetics Inc Mammalian cytokine-like polypeptide-10
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
US6322980B1 (en) 1999-04-30 2001-11-27 Aclara Biosciences, Inc. Single nucleotide detection using degradation of a fluorescent sequence
JP4724380B2 (ja) 1999-04-20 2011-07-13 独立行政法人産業技術総合研究所 核酸の測定方法に用いる核酸プローブおよびデータを解析する方法
AU5882000A (en) 1999-06-22 2001-01-09 Invitrogen Corporation Improved primers and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
US6893819B1 (en) 2000-11-21 2005-05-17 Stratagene California Methods for detection of a nucleic acid by sequential amplification
US7585632B2 (en) 1999-10-29 2009-09-08 Hologic, Inc. Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
US7118860B2 (en) 1999-10-29 2006-10-10 Stratagene California Methods for detection of a target nucleic acid by capture
US7381532B2 (en) 1999-10-29 2008-06-03 Stratagene California Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
DK1715063T3 (da) 2000-03-29 2011-05-16 Lgc Ltd Hydridiseringsbeacon og fremgangsmåde til hurtig sekvensdetektion og distinktion
AU7125401A (en) 2000-05-19 2001-12-03 David J Marshall Materials and methods for detection of nucleic acids
US7309573B2 (en) 2000-11-21 2007-12-18 Stratagene California Methods for detection of a nucleic acid by sequential amplification
US7678541B2 (en) 2000-11-21 2010-03-16 Hologic, Inc. Methods and compositions for the detection of a nucleic acid using a non-invasive cleavage reaction
DK1412517T3 (da) * 2001-03-09 2007-03-05 Boston Probes Inc Fremgangsmåder, kits og sammensætninger af kombinationsoligomerer
US9261460B2 (en) 2002-03-12 2016-02-16 Enzo Life Sciences, Inc. Real-time nucleic acid detection processes and compositions
WO2003033741A1 (en) 2001-10-16 2003-04-24 Aclara Biosciences, Inc. Universal e-tag primer and probe compositions and methods
AU2003217379A1 (en) 2002-02-15 2003-09-09 Somalogic, Inc. Methods and reagents for detecting target binding by nucleic acid ligands
GB0205455D0 (en) 2002-03-07 2002-04-24 Molecular Sensing Plc Nucleic acid probes, their synthesis and use
US8206904B2 (en) 2002-12-18 2012-06-26 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acids
US20070092880A1 (en) 2003-07-16 2007-04-26 Crothers Donald M Invasive cleavage reaction with electrochemical readout
WO2005047470A2 (en) 2003-11-07 2005-05-26 U.S. Genomics, Inc. Intercalator fret donors or acceptors
DE602004026111D1 (de) 2003-12-19 2010-04-29 Nat Inst Of Advanced Ind Scien Verfahren zum testen von nukleinsäuren unter verwendung davon sowie dafür zu verwendende nukleinsäuresonde
CA2497324A1 (en) 2004-02-17 2005-08-17 Affymetrix, Inc. Methods for fragmenting and labelling dna
WO2005086647A2 (en) 2004-02-23 2005-09-22 University Of Maryland, Baltimore Immuno-pcr method for the detection of a biomolecule in a test sample
US20060024714A1 (en) 2004-06-30 2006-02-02 Applera Corporation Compositions and methods for detecting and quantitating polynucleotide sequences
WO2006005081A2 (en) 2004-06-30 2006-01-12 Applera Corporation Compositions and methods for identifying nucleotides in polynucleotide sequences
KR101243266B1 (ko) 2005-03-05 2013-03-25 주식회사 씨젠 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드를 사용한 방법 및 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드
CA2609328A1 (en) 2005-05-26 2006-11-30 The Trustees Of Boston University Quantification of nucleic acids and proteins using oligonucleotide mass tags
JP2009501532A (ja) * 2005-07-15 2009-01-22 アプレラ コーポレーション 核酸増幅物の検出
WO2008083259A1 (en) 2006-12-29 2008-07-10 Applera Corporation Systems and methods for detecting nucleic acids
EP2118310B1 (en) 2006-12-29 2013-03-06 Applied Biosystems, LLC Systems and methods for detecting nucleic acids
JP2008193911A (ja) * 2007-02-08 2008-08-28 Protein Express:Kk タンパク質のｎ末端を特異的に修飾する方法
FI20075124A0 (fi) * 2007-02-21 2007-02-21 Valtion Teknillinen Menetelmä ja testikitti nukleotidivariaatioiden toteamiseksi
KR20090067334A (ko) 2007-12-21 2009-06-25 주식회사 씨젠 핵산 중합효소의 뉴클레아제 활성을 이용한 타깃핵산분자의 검출방법
CA2718011C (en) 2008-03-15 2015-05-19 Hologic, Inc. Compositions and methods for analysis of nucleic acid molecules during amplification reaction using footprint probes
US20110136118A1 (en) * 2008-06-17 2011-06-09 Sigma-Aldrich Co. Real time polymerase chain reaction process using a universal detection system
AU2009282246B2 (en) 2008-08-15 2015-06-25 Cascade Biosystems, Inc. Detecting nucleic acid
US20110212451A1 (en) 2008-11-13 2011-09-01 Riboxx Gmbh Rna detection method
EP2256215A1 (en) 2009-04-30 2010-12-01 Steffen Mergemeier Assay system using a nuclease activity of a nucleic acid polymerase
EP2248915B1 (en) 2009-05-05 2013-09-18 Qiagen GmbH Detection of multiple nucleic acid sequences in a reaction cartridge
WO2011027966A2 (en) 2009-09-03 2011-03-10 Seegene, Inc. Td probe and its uses
CA2784344C (en) 2009-12-21 2018-01-02 Seegene, Inc. Tsg primer target detection
WO2011143478A2 (en) 2010-05-14 2011-11-17 Life Technologies Corporation Identification of nucleic acids
MX2017015093A (es) * 2011-01-11 2023-03-10 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
WO2012134195A2 (en) 2011-03-29 2012-10-04 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent cleavage
KR20130101952A (ko) 2012-02-02 2013-09-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출

Also Published As

Publication number Publication date
JP5976849B2 (ja) 2016-08-24
ZA201405894B (en) 2016-08-31
BR112014021993B1 (pt) 2022-01-11
CN104245959B (zh) 2017-10-13
RU2620955C2 (ru) 2017-05-30
KR101794981B1 (ko) 2017-11-09
KR20140123561A (ko) 2014-10-22
EP2823061A1 (en) 2015-01-14
EP2823061B1 (en) 2018-02-14
CA2864523A1 (en) 2013-09-12
MX354465B (es) 2018-03-06
MX2014010738A (es) 2015-06-17
BR112014021993A2 (pt) 2017-07-11
US20150167061A1 (en) 2015-06-18
EP2823061A4 (en) 2015-11-04
CA2864523C (en) 2019-02-05
JP2015520603A (ja) 2015-07-23
BR112014021993B8 (pt) 2022-03-03
WO2013133561A1 (en) 2013-09-12
US9650665B2 (en) 2017-05-16
ES2669244T3 (es) 2018-05-24
AU2013228226A1 (en) 2014-09-04
AU2013228226B2 (en) 2016-06-02
CN104245959A (zh) 2014-12-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014138951A (ru) Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)
RU2012142160A (ru) Детекция нуклеиновокислотных последовательностей-мишеней в анализе с расщеплением и удлинением рто
RU2014133695A (ru) Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида
US20240229105A1 (en) Attenuators
JP7023229B2 (ja) 標的核酸のループ介在等温増幅（ｌａｍｐ）の蛍光検出の方法、オリゴヌクレオチド及びそれらのキット
DK2817421T3 (en) DETECTION OF NUCLEIC ACIDS
RU2015130335A (ru) Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с отсутствием гибридизации, зависящим от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)
RU2012109893A (ru) Зонд td и его применения
JP2019528726A5 (ru)
RU2012129362A (ru) Обнаружение мишени tsg праймером
JP2015156872A5 (ru)
JP2005506075A5 (ru)
JP2017523799A5 (ru)
JP2012245004A5 (ru)
JP2013509871A5 (ru)
JP2016537990A5 (ru)
RU2014115802A (ru) Зонд со специфичностью к нескольким целевым областям, состоящий из трех частей
US12043866B2 (en) Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample
RU2016104218A (ru) Определение целевых нуклеиновокислотных последовательностей путем расщепления зондирующего олигонуклеотида и гибридизации
JP2020530270A (ja) ゲノム再編成検出のための配列決定方法
US9334529B2 (en) Genotyping of N loci in a target nucleic acid molecule
CN102321765B (zh) 一种实时荧光pcr方法及用途
RU2016117929A (ru) Мультиплексные зонды
EP3377652B1 (en) A method and a kit for nucleic acid detection
CN104540958A (zh) 用于核酸扩增的核酸