PT1350105E - Imunoensaios para anticorpos anti-hcv - Google Patents

Description

DESCRIÇÃO "IMUNOENSAIOS PARA ANTICORPOS ANTI-HCV"

Campo Técnico A presente invenção refere-se, de um modo geral, a diagnósticos virais. Em particular, a invenção refere-se a imunoensaios utilizando antigénios de HCV múltiplos, para diagnosticar com precisão infecção com vírus da hepatite C.

Antecedentes da Invenção 0 Vírus da Hepatite C (HCV) é a principal causa de hepatite não A, não B parentérica (NANBH) que é transmitido, principalmente, através de transfusão de sangue para o corpo e troca de fluidos corporais. 0 vírus está presente em 0,5 até 2,0% da população geral nos Estados Unidos. A hepatite crónica desenvolve-se em cerca de 50% das infecções e destas, aproximadamente, 20% dos indivíduos infectados desenvolveram cirrose no fígado que por vezes conduz a carcinoma hepatocelular. Consequentemente, o estudo e controlo da doença é de importância médica. O HCV foi primeiro identificado e caracterizado como uma causa de NANBH por Houghten et al. A sequência genómica virai de HCV é conhecida, como são os métodos para obter a sequência. Ver, e. g., Publicações Internacionais Nos WO 89/04669; 1

WO 90/11089; e WO 90/14436. O HCV possui um genoma de ARN de cadeia simples, de 9,5 kb positivo de sentido e é um membro da família de vírus Flaviridae. Foram identificados, pelo menos, seis genótipos de HCV distintos, mas relacionados, baseados em análises filogenéticas (Simmonds et al., J. Gen. Virol. (1993) 74:2391-2399). O vírus codifica uma poliproteína única possuindo mais de 3000 resíduos de aminoácidos (Choo et ai., Science (1989) 244:359-362; Choo et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA

(1991) 88:2451-2455; Han et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1991) 88:1711-1715). A poliproteína é processada co- e pós- tradução em ambas as proteínas estrutural e não estrutural (NS).

Em particular, como se apresenta na Figura 1, várias proteínas são codificadas pelo genoma de HCV. A ordem e nomenclatura dos produtos de clivagem da poliproteína de HCV é como se segue: NH2-C-El-E2-P7-NS2-NS4a-NS4b-NS5b-COOH. A clivagem inicial da poliproteína é catalizada por proteases do hospedeiro que libertam três proteínas estruturais, a proteína da nucleocápside do terminal N (denominado "núcleo") e duas glicoproteínas de envelope, "El" (também denominado como E) e "E2" (também denominado como E2/NS1), assim como proteínas não estruturais (NS) que contêm as enzimas virais. As regiões NS são denominadas NS2, NS3, NS4, NS4b, NS5a e NS5b. A NS2 é uma proteína de membrana integral com actividade proteolítica. A NS2, quer isoladamente ou em combinação com NS3, cliva a ligação "sissle" NS2-NS3 que por sua vez cria a NS3 do terminal N e liberta uma grande poliproteína que inclui ambas as actividades da protease serínica e helicase de ARN. A protease NS3 serve para processar a restante poliproteína. A conclusão da maturação da poliproteína é iniciada por clivagem autocatalítica na junção NS3-NS4a, catalizada pela protease serínica NS3. As clivagens mediadas por NS3 subsequentes da poliproteína de HCV parecem 2 envolver o reconhecimento das junções da clivagem de poliproteína por uma molécula de NS3 de outro polipéptido. Nestas reacções, NS3 liberta um cofactor de NS3 (NS4a), NS4b e NS5a (NS5a possui uma função de fosforilação) e uma polimerase de ARN dependente de ARN (NS5b).

Foram descritos vários polipéptidos gerais e específicos, úteis como reagentes imunológicos e de diagnóstico para HCV, derivados da poliproteína de HCV. Ver, e. g., Houghton et al., Publicações Europeias Nos 318216 e 388232; Choo et al., Science (1989) 244:359-362; Kuo et al., Science (1989) 244:362-364; Houghton et al., Hepatology (1991) 14:381-388; Chien et al.,

Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1992) 89:10011-10015; Chien et al., J. Gastroent. Hepatol. (1993) 8:S33-39; Chien et al., Publicação

Internacional N° WO 93/00365; Chien, D.Y., Publicação

Internacional N° WO 94/01778. Estas publicações proporcionam um historial extenso sobre HCV de um modo geral, assim como sobre o fabrico e utilizações de reagentes imunológicos de polipéptido de HCV. Métodos sensíveis, específicos para rastrear e identificar veículos de HCV e produtos sanguíneos ou sangue contaminado com HCV proporcionariam um avanço importante na medicina. A hepatite pós-transfusão (PTH) ocorre em, aproximadamente, 10% dos doentes submetidos a transfusão e o HCV é responsável por até 90% destes casos. O cuidado com o doente, bem como a prevenção e transmissão de HCV através de sangue e produtos sanguíneos ou através de contacto pessoal próximo, requer ferramentas de diagnóstico e prognóstico fiáveis. Consequentemente, foram desenvolvidos vários ensaios para o serodiagnóstico de infecção por HCV. Ver, e. g., Choo et al., Science (1989) 244:359-362;

Kuo et al., Science (1989) 244:362-364; Choo et al., Br. Med. 3

Buli. (1990) 46 :423-441,- Ebeling et al., Lancet (1990) 335 :982-983; van der Poel et al., Lancet (1990) 335:558-560; van der Poel et al., Lancet (1991) 337:317-319; Chien, D.Y.,

Publicação Internacional N° WO 94/01778; Valenzuela et al., Publicação Internacional N° WO 97/44469; e Kashiwakuma et al., Patente U.S. N° 5871904.

Um problema significativo encontrado com alguns ensaios à base de soro é que existe um intervalo significativo entre a infecção e a detecção do vírus, frequentemente excedendo os 80 dias. Este intervalo do ensaio pode criar um grande risco para receptores de transfusão de sangue. Para ultrapassar este problema, foram desenvolvidos testes baseados em ácidos nucleicos (NAT) que detectam directamente ARN virai e testes de antigénio do núcleo de HCV que testam o antigénio virai em vez de resposta de anticorpo. Ver, e. g., Kashiwakuna et al., Patente U.S. N° 5871904

Todavia, mantém-se uma necessidade para ferramentas sensíveis e precisas de diagnóstico e prognóstico, de modo a proporcionar cuidados adequados ao doente, bem como prevenir a transmissão de HCV através do sangue e produtos sanguíneos ou através de contacto pessoal próximo.

Sumário da Invenção A presente invenção baseia-se, em parte, na descoberta de que a utilização de epitopos conformacionais de NS3/4a, em combinação com antigénios de fusão de epitopo múltiplos proporciona um método sensível e fiável para detectar seroconversão precoce de HCV. Os ensaios aqui descritos também 4 podem detectar infecção de HCV provocada por qualquer um dos seis genótipos conhecidos de HCV. A utilização de proteínas de fusão de epitopos múltiplos também tem as vantagens de diminuir problemas de dissimulação, melhorando a sensibilidade na detecção de anticorpos permitindo um número maior de epitopos numa área de substrato unitária e melhorando a selectividade.

Consequentemente, numa forma de realização, a presente invenção é dirigida a um suporte sólido de imunoensaio, consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional de NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado a este, em que o referido epitopo NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo reage, especificamente, com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. 0 epitopo de NS3/4a pode compreender a sequência de aminoácidos representada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, ou 90% de identidade de sequência com este ou, pelo menos, 95% de identidade de sequência com este, ou um inteiro entre eles, desde que a sequência possua actividade de protease. Em certas formas de realização, o epitopo conformacional de NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D.

Em formas de realização adicionais, o antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, ou 90% de identidade de sequência com este ou, pelo menos, 98% de identidade de sequência com este, ou um inteiro entre eles, 5 desde que a sequência reaja especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. Em certas formas de realização, o antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.

Ainda noutra forma de realização, a presente invenção dirige-se a um suporte sólido de imunoensaio consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional de NSe/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado a este, em que o referido epitopo conformacional NS3/4a compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, que possui actividade de protease e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, que reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. Em certas formas de realização, o epitopo conformacional de NS3/4a e o antigénio de fusão de epitopo múltiplo possui, pelo menos, 90%, 98% (ou qualquer inteiro entre estes) de identidade de sequência com as sequências de aminoácidos das Figuras 3A-3D e Figuras 5A-5F, respectivamente, desde que a sequência de NS3/4a possua actividade de protease, e o antigénio de fusão de epitopo múltiplo reaja especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. Em certas formas de realização o epitopo conformacional NS3/4a consiste na sequência de aminoácido apresentada nas Figuras 3A-3D e o antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácido apresentada nas Figuras 5A-5F. 6

Noutra forma de realização, a invenção dirige-se a um suporte sólido de imunoensaio consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional de NSe/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado a este, em que o epitopo conformacional de NSe/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.

Ainda noutra forma de realização, a invenção dirige-se a um método de detecção de infecção com o vírus da hepatite C (HCV) numa amostra biológica, compreendendo o referido método: (a) proporcionar um suporte sólido de imunoensaio como descrito acima; (b) combinar uma amostra biológica com o referido suporte sólido nas condições que permitem que os anticorpos de HCV, quando presentes numa amostra biológica, se liguem ao referido epitopo de NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo forme um primeiro complexo imunológico; (c) adicionar ao suporte sólido do passo (b), em condições de formação de complexo, um anticorpo marcado de forma detectável, em que o referido anticorpo é reactivo com o referido complexo imunológico; (d) detectar os segundos complexos imunológicos formados entre o anticorpo marcado de forma detectável e o primeiro complexo imunológico, se existente, como uma indicação de infecção com HCV na amostra biológica. 7

Ainda noutra forma de realização, a invenção dirige-se a um método de detectar infecção com virus da hepatite C (HCV) numa amostra biológica, compreendendo o referido método: (a) proporcionar um suporte sólido de imunoensaio consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional de NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado a este, em que o referido epitopo conformacional de NSe/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F; (b) combinar uma amostra biológica com o referido suporte sólido nas condições que permitem que os anticorpos de HCV, quando presentes numa amostra biológica, se ligam ao referido epitopo de NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo para formar um primeiro complexo imunitário; (c) adicionar ao suporte sólido do passo (b), em condições de formação de complexo, um anticorpo marcado de forma detectável, em que o referido anticorpo marcado é reactivo com o referido complexo imunitário; (d) detectar os segundos complexos imunológicos formados entre o anticorpo marcado de forma detectável e o primeiro complexo imunitário, se existente, como uma indicação de infecção com HCV na amostra biológica.

Noutra forma de realização, a invenção dirige-se a um kit de teste de imunodiagnóstico compreendendo um suporte sólido de imunoensaio como descrito acima e instruções para realizar o teste de imunodiagnóstico.

Noutra forma de realização, a presente invenção dirige-se a um método para produzir um suporte sólido de imunoensaio, compreendendo: (a) proporcionar um suporte sólido; e (b) ligar ao suporte sólido, pelo menos, um epitopo conformacional de NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, em que o referido epitopo de NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado por HCV.

Em certas formas de realização, o epitopo conformacional compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, ou 90% de identidade de sequência com este ou, pelo menos, 98% de identidade de sequência com este, ou um inteiro entre eles, desde que a sequência possua actividade de protease; e o antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com este, ou 90% de identidade de sequência com este, ou, pelo menos, 98% de identidade de sequência com este, ou um inteiro entre eles, desde que a sequência reaja especificamente com anticorpos anti- 9 HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV.

Ainda noutras formas de realização, o epitopo conformacional de NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D e o antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.

Noutra forma de realização, a invenção dirige-se a um método de produzir um suporte sólido de imunoensaio, compreendendo: (a) proporcionar um suporte sólido; e (b) ligar ao suporte sólido, pelo menos, um epitopo conformacional NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, em que o referido Epitopo conformacional NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.

Ainda noutra forma de realização, a presente invenção dirige-se a um antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreendendo a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de sequência de identidade com este, ou 90% de sequência de identidade com este, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 98% de sequência de identidade com este, ou qualquer inteiro entre estes, cuja sequência reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. 10

Em certas formas de realização, o antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.

Noutras formas de realização, a invenção dirige-se a um polinucleótido compreendendo uma sequência codificante para o antigénio de fusão de epitopo múltiplo, um vector recombinante compreendendo o polinucleótido e elementos de controlo ligados operacionalmente ao referido polinucleótido pelos quais a sequência codificante pode ser transcrita e traduzida numa célula hospedeira, uma célula hospedeira transformada com o vector recombinante, e um método de produzir um antigénio recombinante de fusão de epitopo múltiplo compreendendo proporcionar uma população de células hospedeiras como acima e cultivar a referida população de células nas condições, pelas quais o antigénio de fusão de epitopo múltiplo codificado por uma sequência codificante presente no referido vector recombinante é expresso.

Estes e outros aspectos da presente invenção tornar-se-ão evidentes após referência à seguinte descrição detalhada e desenhos anexos.

Breve Descrição dos Desenhos A Figura 1 é uma representação diagramática do genoma de HCV, apresentando as várias regiões da poliproteina da qual os reagentes do presente ensaio (proteínas e anticorpos) são derivados. 11 A Figura 2 é um desenho esquemático de um imunoensaio representativo na invenção.

As Figuras 3A até 3D apresentam o ADN e correspondente sequência de aminoácidos de um antigénio conformacional NS3/4a representativo para utilização nos presentes ensaios. Os aminoácidos nas posições 403 e 404 das Figuras 3A até 3D representam substituições de Pro por Thr, e Ile por Ser, da sequência de aminoácidos nativa de HCV-1. A Figura 4 é uma representação diagramática de MEFA 7.1.

As Figuras 5A-5F apresentam o ADN e a correspondente sequência de aminoácidos de MEFA 7.1.

As Figuras 6A-6C apresentam MEFAs representativas para utilização com os presentes imunoensaios. A Figura 6A é uma representação diagramática de MEFA 3. A Figura 6B é uma representação diagramática de MEFA 5. A Figura 6C é uma representação diagramática de MEFA 6.

As Figuras 7A-7D são diagramas da construção de psMEFA7. A Figura 8 é um diagrama da construção de psMEFA7. 1. A Figura 9 é um diagrama da construção de pd.HCVla.ns3ns4aPI. 12

Descrição Detalhada da Invenção A prática da presente invenção empregará, salvo indicação em contrário, métodos convencionais de química, bioquímica, técnicas de ADN recombinante e imunologia, no âmbito da especialidade na técnica. Essas técnicas são totalmente explicadas na literatura. Ver, e. g., Fundamental Virology, 2a Edição, vol. I & II (B.N. Fields e D.M. Knipe, eds.) ; Handbook of Experimental Immunology, Vols.I-IV (D.M. Weir e C.C. Blackwell eds., Blackwell Scientific Publications); T.E. Creighton, Proteins: estruturas and Molecular Propertíes (W.H. Freeman and Company, 1993); A.L. Lehninger, Biochemistry (Worth Publishers, Inc., adição corrente); Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2a Edição, 1989); Methods In Enzymology (S. Colowick e N. Kaplan eds., Academic Press, Inc.).

Deve ser referido que, como utilizado nesta descrição e nas reivindicações anexas, as formas singulares "uma", e "a" incluem referentes plurais, salvo se o conteúdo aponte claramente em contrário. Assim, por exemplo, a referência a "um antigénio" inclui uma mistura de dois ou mais antigénios, e semelhantes.

As seguintes abreviaturas de aminoácidos são utilizadas a longo do texto:

Alanina: Ala (A) Asparagina: Asn (N) Cisteína: Cys (C) Ácido Glutâmico: Glu (E) Histidina: His (H) Leucina: Leu (L) Metionina: Met (M)

Arginina: Arg (R) Ácido aspártico: Asp (D) Glutamina: Gin (Q) Glicina: Gly (G) Isoleucina: Ile (I) Lisina: Lys (K) Fenilalanina: Phe (F)

Prolina: Pro (P) Treonina: Thr (T) Tirosina: Tyr (Y)

Serina: Ser (S) Triptofano: Trp (W) Valina: Vai (V) I. Definições

Na descrição da presente invenção, serão empregues os seguintes termos, e pretende-se que sejam definidos como indicado abaixo.

Os termos "polipéptido" e "proteína" referem-se a um polímero de resíduos de aminoácidos e não estão limitados a um comprimento mínimo do produto. Assim, péptidos, oligopéptidos, dímeros, multímeros, e semelhantes, estão incluídos dentro da definição. Ambas as proteínas e seus fragmentos estão compreendidos pela definição. Os termos também incluem modificações pós-expressão do polipéptido, por exemplo, glicosilação, acetilação, fosforilação e semelhantes. Além disso, para os objectivos da presente invenção, um "polipéptido" refere-se a uma proteína que inclui modificações, tais como deleções, adições e substituições (geralmente conservadoras na natureza) , na sequência nativa, desde que a proteína mantenha a actividade desejada. Estas modificações podem ser deliberadas, como através de mutagénese dirigida, ou pode ser acidental, tal como através de mutações de hospedeiros que produzem as proteínas ou erros devidos a amplificação por PCR. Um polipéptido de HCV é um polipéptido, como definido acima, derivado da poliproteína de HCV. 0 polipéptido não precisa de derivar fisicamente de HCV, mas pode ser produzido sinteticamente ou de forma recombinante. Além do mais, o polipéptido pode ser derivado de qualquer uma das várias 14 estirpes e isolados de HCV e, tais como, mas não limitados a, qualquer um dos isolados das estirpes 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 de HCV. São conhecidas várias regiões conservadas e variáveis entre estas estirpes e, em geral, as sequências de aminoácidos de epitopos derivados dessas regiões possuirão um grau elevado de homologia de sequências, e. g., homologia de sequência de aminoácidos de mais de 30%, de um modo preferido mais de 40%, quando as duas sequências são alinhadas. Assim, por exemplo, o termo polipéptido "NS3/4a" refere-se a NS3/4a nativa de qualquer uma das várias estirpes de HCV, bem como análogos NS3/4a, muteinas e fragmentos imunogénicos, como definido em maior detalhe abaixo. Os genótipos completos de muitas destas estirpes são conhecidos. Ver, e. g., Patente U.S. N° 6150087 e Nos de Acesso de GenBank AJ238800 e AJ238799.

Os termos "análogo" e "muteína" referem-se a derivados biologicamente activos da molécula de referência, ou fragmentos desses derivados, que retêm a actividade desejada, tal como imunorreactividade nos ensaios aqui descritos. Em geral, o termo "análogo" refere-se a compostos possuindo a sequência e estrutura de polipéptido nativa com uma ou mais adições, substituições (geralmente conservadoras na natureza) e/ou deleções de aminoácido, em relação à molécula nativa, desde que as modificações não destruam a actividade imunogénica. O termo "muteína" refere-se a péptidos possuindo um ou mais mímicos de péptido ("peptóides"), tais como os descritos na Publicação Internacional N° WO 91/04282. De um modo preferido, o análogo ou muteína possui, pelo menos, a mesma imunoactividade como a molécula nativa. Métodos para produzir análogos de polipéptido e muteinas são conhecidos na técnica e são descritos em maior detalhe abaixo. 15

Análogos particularmente preferidos incluem substituições que são conservadoras na natureza, i. e., as substituições que ocorrem numa família de aminoácidos que estão relacionados nas suas cadeias laterais. Especificamente, os aminoácidos são geralmente divididos em quatro famílias: (1) acídicos aspartato e glutamato; (2) básicos — lisina, arginina, histidina; (3) não polares — alanina, valina, leucina, isoleucina, prolina, fenilalanina, metionina, triptofano; e (4) polares sem carga — glicina, asparagina, glutamina, cisteína, serina, treonina, tirosina. Fenilalanina, triptofano, e tirosina são por vezes classificados como aminoácidos aromáticos. Por exemplo, é razoavelmente previsível que uma substituição isolada de leucina com isoleucina ou valina, um aspartato com um glutamato, uma treonina com uma serina, ou uma substituição conservadora semelhante de um aminoácido com um aminoácido estruturalmente relacionado, não terá um efeito significativo na actividade biológica. Por exemplo, o polipéptido de interesse pode incluir até cerca de 5-10 substituições de aminoácidos conservadoras ou não conservadoras, ou mesmo até cerca de 15-25 substituições de aminoácido conservadoras ou não conservadoras, ou qualquer inteiro entre 5-25, desde que a função desejada da molécula permaneça intacta. Um especialista na técnica pode determinar facilmente regiões da molécula de interesse que podem tolerar alteração por referência com gráficos de Hopp/Woods e Kyte-Doolittle, bem conhecidos na técnica.

Por "fragmento" entende-se um polipéptido consistindo em apenas uma parte da sequência e estrutura intactas de polipéptido de comprimento total. O fragmento pode incluir uma deleção C-terminal e/ou uma deleção N-terminal do polipéptido nativo. Um "fragmento imunogénico" de uma proteína de HCV particular incluirá geralmente, pelo menos, cerca de 5-10 16 resíduos de aminoácidos contíguos da molécula de comprimento total, de um modo preferido, pelo menos, cerca de 15-25 resíduos de aminoácidos contíguos do comprimento total molécula, e de um modo mais preferido, pelo menos, cerca de 20-50 ou mais resíduos de aminoácidos contíguos da molécula de comprimento total, que define um epitopo, ou qualquer inteiro entre 5 aminoácidos e a sequência de comprimento total, desde que o fragmento em questão mantenha a imunorreactividade nos ensaios aqui descritos. Por exemplo, fragmentos imunogénicos preferidos, incluem, mas não estão limitados a, fragmentos do núcleo de HCV que compreendem, e. g., aminoácidos 10-45, 10-53, 67-88, e 120-130 da poliproteína, epitopo 5-1-1 (na região NS4a/NS4b do genoma virai) , assim como epitopos definidos derivados de qualquer uma das regiões da poliproteína apresentados na Figura 1, tais como, mas não limitados ao El, E2, NS3 (e. g., polipéptido c33c da região NS3), NS4 (e. g., polipéptido clOO das regiões NS3/NS4), as regiões NS3/4a e NS5 da poliproteína HCV, assim como qualquer um dos vários epitopos identificados da poliproteína HCV. Ver, e. g., Chien et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1992) 89: 10011-10015; Chien et al., J. Gastroent. Hepatol. (1993) 8:S33—39; Chien et al., Publicação Internacional N° WO 93/00365; Chien, D.Y., Publicação Internacional N° WO 94/01778; Patentes U.S. Nos 6150087 e 6121020. O termo "epitopo", como aqui utilizado, refere-se a uma sequência de, pelo menos, cerca de 3 a 5, de um modo preferido cerca de 5 a 10 ou 15, e não mais do que cerca de 1000 aminoácidos (ou qualquer inteiro entre estes) que define uma sequência que, por si própria ou como parte de uma sequência maior, se liga a um anticorpo criado em resposta a essa sequência. Não existe um limite superior critico para o comprimento do fragmento, que pode compreender quase o 17 comprimento total da sequência da proteína, ou mesmo uma proteína de fusão compreendendo dois ou mais epitopos da poliproteína de HCV. Um epitopo para utilização na presente invenção não está limitado a um polipéptido possuindo a sequência exacta da porção da proteína parental da qual deriva. Na verdade, os genomas virais estão num estado de fluxo constante e contêm vários domínios variáveis que apresentam graus relativamente elevados de variabilidade entre os isolados. Assim, o termo "epitopo" abarca sequências idênticas à sequência nativa, bem como modificações à proteína nativa, tais como deleções, adições e substituições (geralmente conservadoras na natureza).

Podem ser identificadas regiões de um dado polipéptido que incluem um epitopo utilizando qualquer número de técnicas de mapeamento de epitopos bem conhecidas na técnica. Ver, e. g., Epitope Mapping Protocols em Methods in Molecular Biology, Vol. 66 (Glenn E. Morris, Ed., 1996) Humana Press, Totowa, New Jersey. Por exemplo, podem ser determinados epitopos lineares, por e. g., sintetizando simultaneamente números elevados de péptidos em suportes sólidos correspondendo a porções da molécula de proteína e reagindo os péptidos com anticorpos enquanto os péptidos ainda estão ligados aos suportes. Essas técnicas são conhecidas na técnica e descritas em, e. g., Patente U.S. N° 4708871; Geysen et al. (1984) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 81:3998-4002; Geysen et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 82:178-182; Geysen et al. (1986) Molec. Immunol. 23:709-715. Utilizando essas técnicas foram identificados vários epitopos de HCV. Ver, e. g., Chien et al., Virai Hepatitis and Liver Disease (1994) pp. 320-324 e mais abaixo. De um modo semelhante, os epitopos conformacionais são rapidamente identificados determinando a conformação espacial dos 18 aminoácidos, tal como, e. g., através de cristalografia de raio x e ressonância magnética nuclear a 2 dimensões. Ver, e. g., Epitope Mapping Protocols, supra. Também podem ser identificadas regiões antigénicas de proteinas utilizando gráficos de antigenicidade e hidropatia convencionais, tais como aqueles calculados utilizando, e. g., a versão 1.0 do programa informático Omiga, disponível no Oxford Molecular Group. Este programa de computador emprega o método de Hopp/Woods, Hopp et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1981) 78:3824-3828 para determinar os perfis de antigenicidade e a técnica de Kyte-

Doolittle, Kyte et al., J. Mol. Biol. (1982) 157:105-132 para gráficos de hidropatia.

Como aqui utilizado, o termo "epitopo conformacional" refere-se a uma porção de uma proteína de comprimento total, ou um seu análogo ou muteína, possuindo características estruturais nativas para a sequência de aminoácidos codificando o epitopo na proteína natural de comprimento total. As características estruturais nativas incluem, mas não estão limitadas a, glicosilação e estrutura tridimensional. O comprimento da sequência que define o epitopo pode ser submetida a grandes variações, na medida em que se crê que estes epitopos sejam formados pela forma tridimensional do antigénio (e. g., dobragem). Assim, os aminoácidos que definem o epitopo podem ser relativamente poucos em número, mas largamente dispersos ao longo do comprimento da molécula, sendo colocados na conformação correcta do epitopo através de dobragem. As porções do antigénio entre os resíduos que definem o epitopo podem não ser críticos para a estrutura conformacional do epitopo. Por exemplo, a deleção ou substituição destas sequências intervenientes podem não afectar o epitopo conformacional, desde que as sequências críticas para a conformação do epitopo sejam mantidas (e. g., 19 cisteínas envolvidas em ligação persulfureto, sítios de glicosilação, etc.).

Os epitopos conformacionais presentes na região NS3/4a são rapidamente identificados utilizando os métodos discutidos acima. Além disso, a presença ou ausência de um epitopo conformacional num dado polipéptido pode ser rapidamente determinado através do rastreio do antigénio de interesse com um anticorpo (soro policlonal ou monoclonal do epitopo conformacional) e comparando a sua reactividade com a da versão desnaturada do antigénio que retém apenas epitopos lineares (de existentes). Nesse rastreio utilizando anticorpos policlonais, pode ser vantajoso absorver primeiro o soro policlonal com o antigénio desnaturado e ver se retém anticorpos contra o antigénio de interesse. Adicionalmente, no caso de NS3/4a, uma molécula que conserva a conformação nativa também terá actividades enzimáticas de protease e, opcionalmente, helicase. Essas actividades podem ser detectadas utilizando ensaios enzimáticos, como descrito abaixo.

De um modo preferido, é produzido um epitopo conformacional de forma recombinante e é expresso numa célula da qual se pode extrair em condições que preservem as suas características estruturais desejáveis, e. g., sem desnaturação do epitopo. Essas células incluem bactérias, leveduras, células de insectos e de mamíferos. A expressão e o isolamento de epitopos de conformação recombinantes da poliproteína de HCV são descritos em, e. g., Publicações Internacionais Nos WO 96/04301, WO 94/01778, WO 95/33053, WO 92/08734. Alternativamente, é possível expressar os antigénios e posterior renaturação da proteína após recuperação. Também é entendido que a síntese química também pode proporcionar mimitopos de antigénio conformacionais que 20 apresentam reacção cruzada com o epitopo conformacional do antigénio "nativo". 0 termo "antigénio de fusão de epitopo múltiplo" ou "MEFA", como aqui utilizado, significa um polipéptido no qual os antigénios múltiplos de HCV são parte de uma cadeia de aminoácidos única, continua, cuja cadeia não ocorre na natureza. Os antigénios de HCV podem ser ligados directamente uns aos outros por ligações peptidicas ou podem ser separados por sequências de aminoácidos intervenientes. Os antigénios de fusão podem também conter sequências exógenas para a poliproteína de HCV. Além disso, as sequências de HCV presentes podem ser de genótipos múltiplos e/ou isolados de HCV. Exemplos de MEFAs particulares para utilização nos imunoensaios presentes são detalhados em, e. g., Publicação Internacional N° WO 97/44469 e são descritos mais abaixo.

Um "anticorpo" significa uma molécula que, através de meios químicos ou físicos, se liga especificamente a um polipéptido de interesse. Assim, por exemplo, um anticorpo do núcleo de HCV é uma molécula que se liga especificamente à proteína do núcleo do HCV. 0 termo "anticorpo", como aqui utilizado, inclui anticorpos obtidos a partir de ambas as preparações policlonais e monoclonais, assim como, as seguintes: moléculas de anticorpo híbridas (quiméricas) (ver, por exemplo, Winter et al. (1991) Nature 349:293-299; e Patente U.S. N° 4816567); fragmentos F(ab')2 e F(ab); moléculas Fv (heterodímeros não covalentes, ver, por exemplo, Inbar et al. (1972) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 69:2659-2662; e Ehrlich et al. (1980) Biochem 19:4091-4096); moléculas Fv de cadeia simples (sFv) (ver, por exemplo, Huston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 85:5879-5883); construções de fragmento de anticorpo dimérico e trimérico; 21 minicorpos (ver, e. g., Pack et al. (1992) Biochem 31:1579-1584; Cumber et al., (1992) J. Immunology 149B:120-126); moléculas de anticorpo humanizados (ver, por exemplo, Riechmann et al., (1998) Nature 332:323-327; Verhoeyan et ai., (1998) Science 239:1534-1536; e Publicação de Patente U.K. N° GB 2276169, publicada em 21 de Setembro de 1994); e quaisquer fraqmentos funcionais obtidos dessas moléculas, em que esses fragmentos retêm propriedades de ligação imunológica da molécula de anticorpo parental.

Como aqui utilizado, o termo "anticorpo monoclonal" refere-se a uma composição de anticorpo possuindo uma população de anticorpo homogénea. O termo não é limitado em relação à espécie ou fonte do anticorpo, nem pretende estar limitado pelo modo em que é feito. Assim, o termo abrange anticorpos obtidos de hibridomas de murideo, assim como anticorpos monoclonais obtidos utilizando hibridomas de humano em vez de murideo. Ver, e. g., Cote, et al., Monoclonal Antibodies and Câncer Therapy, Alan R. Liss, 1985, p.77.

Por "isolado" entende-se, quando se refere a um polipéptido, que a molécula indicada é separada e distinta do organismo total com o qual a molécula se encontra na natureza ou está presente na ausência substancial de outras macromoléculas biológicas do mesmo tipo. O termo "isolado", em relação a um polinucleótido, é uma molécula de ácido nucleico desprovida, no todo ou em parte, de sequências normalmente associadas com este na natureza; ou uma sequência, como existe na natureza, mas possuindo sequências heterólogas em associação com estas; ou uma molécula desassociada do cromossoma. 22

Por "determinante antigénico equivalente" entende-se um determinante antigénico de sub-espécies ou estirpes de HCV diferentes, tais como das estirpes 1, 2 ou 3 de HCV. Mais especificamente, são conhecidos epitopos, tais como 5-1-1 e esses epitopos variam entre as estirpes 1, 2 e 3. Assim, o epitopo 5-1-1 das três estirpes diferentes são determinantes antigénicos equivalentes e, desse modo, são "cópias" mesmo que as suas sequências não sejam idênticas. Em geral, as sequências de aminoácidos de determinantes antigénicos equivalentes possuirão um grau de homologia de sequência elevado, e. g., homologia de sequência de aminoácidos superior a 30%, de um modo preferido superior a 40%, quando as duas sequências são alinhadas. "Homologia" refere-se à percentagem de semelhança entre duas unidades de polinucleótido ou duas unidades de polipéptido. Duas sequências de ADN ou de polipéptido são "substancialmente homólogas" uma com a outra quando a sequência exibe, pelo menos, cerca de 50%, de um modo preferido, pelo menos, cerca de 75%, de um modo mais preferido, pelo menos, cerca de 80%-85%, de um modo preferido, pelo menos, 90% e de um modo muito preferido, pelo menos, 9 5 %—9 8 % de semelhança de sequências ao longo de um comprimento definido das moléculas. Como aqui utilizado, substancialmente homólogo também se refere a sequências que apresentam identidade completa com a sequência de ADN ou de polipéptido especificada.

Em geral, "identidade" refere-se a uma correspondência exacta de nucleótido-para-nucleótido ou aminoácido-para-aminoácido de duas sequências de polinucleótidos ou polipéptidos, respectivamente. A percentagem de identidade pode ser determinada por uma comparação directa da informação de 23 sequência entre duas moléculas através do alinhamento das sequências, contando o número exacto de emparelhamentos entre as duas sequências alinhadas, dividindo pelo comprimento da sequência mais curta e multiplicando o resultado por 100.

Os programas de computador já disponíveis podem ser utilizados para auxiliar na análise de homologia ou identidade, tais como ALIGN, Dayhoff, M.O. em Atlas of Protein Sequence and Structure M.O. Dayhoff ed., 5 Supl. 3:353-358, National

Biomedical Research Foundation, Washington, DC, que adapta o algoritmo da homologia de local de Smith e Waterman Advances in Appl. Math. 2:482-489, 1981 para a análise de péptidos.

Programas para determinar a homologia de sequências estão disponíveis no Wisconsin Sequence Analysis Package, Versão 8 (disponível do Genetics Computer Group, Madison, WI) por exemplo, os programas BESTFIT, FASTA e GAP, que também se baseiam no algoritmo de Smith e Waterman. Estes programas são rapidamente utilizados com os parâmetros por defeito recomendados pelo fabricante e descritos no Wisconsin Sequence Analysis Package referido acima. Por exemplo, a percentagem de homologia de uma sequência de nucleótidos particular com uma sequência de referência pode ser determinada utilizando o algoritmo de homologia de Smith e Waterman com uma tabela de classificação por defeito e uma penalização para intervalos de seis posições de nucleótidos.

Outro método de estabelecer a percentagem de homologia no contexto da presente invenção é utilizar o pacote de programas MPSRCH com direitos de autor atribuídos à Universidade de

Edimburgo, desenvolvido por John F. Collins e Shane S. Sturrokm e distribuído por IntelliGenetics, Inc. (Mountain View, CA). A partir deste grupo de pacotes pode ser empregue o algoritmo de 24

Smith-Waterman em que os parâmetros por defeito são utilizados para a tabela de classificação (por exemplo, penalização de intervalo aberto de 12, penalização de extensão de intervalo de um e um intervalo de seis). A partir dos resultados criados o valor de "Emparelhamento" reflecte a "homologia da sequência". Outros programas adequados para calcular a percentagem de identidade ou semelhança entre as sequências são geralmente conhecidos da técnica, por exemplo, outro programa de alinhamento é o BLAST, utilizado com parâmetros por defeito. Por exemplo, BLASTN e BLASTP podem ser utilizados, utilizando os seguintes parâmetros por defeito: código genético = padrão; filtro = nenhum; cadeia = ambas; corte = 60; espera = 10; Matriz = BLOSUM62; Descrições = 50 sequências; tipo = CLASSIFICAÇÃO ELEVADA; Bases de dados = não redundante, GenBank + EMBL + DDBJ + PDB + traduções CDS do GenBank + Swiss protein + Spupdate + PIR. Detalhes destes programas podem ser encontrados no seguinte endereço da Internet: http://www.ncbi.nlm.gov/cgi-bin/BLAST.

Alternativamente, a homologia pode ser determinada por hibridação de polinucleótidos em condições que formam duplexes estáveis entre regiões homólogas, seguido por digestão com nuclease(s) específicas para cadeia única e determinação de tamanho dos fragmentos digeridos. As sequências de ADN que são substancialmente homólogas podem ser identificadas numa experiência de hibridação de Southern em, por exemplo, condições de restringência, como definida para esse sistema particular. A definição das condições de hibridação apropriadas está dentro da especialidade da técnica. Ver, e. g., Sambrook et al.r supra; DNA Cloning, supra; Nucleic Acid Hybridization, supra.

Uma "sequência codificante" ou uma sequência que "codifica" um polipéptido seleccionado é uma molécula de ácido nucleico que 25 é transcrito (no caso de ADN) e traduzido (no caso de ARNm) num polipéptido in vitro ou in vivo quando colocado sob o controlo de sequências reguladoras apropriadas. As fronteiras da sequência codificante são determinadas por um codão de iniciação no terminal 5' (amino) e um codão de terminação de tradução no terminal 3' (carboxilo). A sequência de terminação de transcrição pode estar localizada a 3' da sequência codificante.

Ligado operacionalmente refere-se a um arranjo de elementos em que os componentes assim descritos são configurados de modo a realizar a sua função desejada. Assim, um dado promotor ligado operacionalmente a uma sequência codificante é capaz de realizar a expressão da sequência codificante quando os factores de transcrição apropriados, etc., estão presentes. 0 promotor não precisa de ser contíguo com a sequência codificante, desde que funcione para dirigir a sua expressão. Assim, por exemplo, podem estar presentes sequências não traduzidas intervenientes, contudo transcritas, entre a sequência do promotor e a sequência codificante, como o podem intrões transcritos e a sequência do promotor pode ainda ser considerada "ligada operacionalmente" à sequência codificante. "Recombinante", como aqui utilizado para descrever uma molécula de ácido nucleico, significa um polinucleótido de origem genómica, ADNc, virai, semi-sintética ou sintética que, em virtude da sua origem ou manipulação, não está associada à totalidade ou a uma porção do polinucleótido com o qual está associado na natureza. 0 termo "recombinante", como utilizado em relação a uma proteína ou polipéptido significa um polipéptido produzido pela expressão de um polinucleótido recombinante. Em geral, o gene de interesse é clonado e depois expresso em organismos transformados, como descrito mais abaixo. 0 organismo 26 hospedeiro expressa o gene estranho para produzir a proteína em condições de expressão.

Um "elemento de controlo" refere-se a uma sequência de polinucleótido que auxilia na expressão de uma sequência codificante à qual está ligado. 0 termo inclui promotores, sequências de terminação de transcrição, domínios de regulação a montante, sinais de poliadenilação, regiões não traduzidas, incluindo 5'-UTRs e 3'-UTRs e, quando apropriado, sequências líder e intensificadores que proporcionam colectivamente a transcrição e tradução de uma sequência codificante numa célula hospedeira.

Um "promotor", como aqui utilizado, é uma região de regulação de ADN capaz de se ligar a polimerase de ARN numa célula hospedeira e iniciando transcrição de uma sequência codificante a jusante (direcção 3') ligada operacionalmente a este. Para objectivos da presente invenção, uma sequência de promotor inclui o número mínimo de bases ou elementos necessários para iniciar a transcrição de um gene de interesse a níveis detectáveis acima do fundo. Na sequência do promotor existe um sítio de iniciação de transcrição, assim como domínios de ligação à proteína (sequências de consenso) responsáveis pela ligação da polimerase de ARN. Os promotores eucariotas conterão frequentemente, mas não sempre, caixas "TATA" e caixas "CAT".

Uma sequência de controlo "dirige a transcrição" de uma sequência codificante numa célula quando a polimerase de ARN ligar a sequência do promotor e transcrever a sequência codificante em ARNm, que é depois traduzido no polipéptido codificado pela sequência codificante. 27 "Cassete de expressão" ou "construção de expressão" refere-se a uma montagem que é capaz de dirigir a expressão de uma sequência(s) ou gene(s) de interesse. A cassete de expressão inclui elementos de controlo, como descrito acima, tais como um promotor que está ligado operacionalmente à (de modo a dirigir a transcrição de) sequência(s) ou gene(s) de interesse e inclui também frequentemente uma sequência de poliadenilação. Em certas formas de realização da invenção, a cassete de expressão aqui descrita pode estar contida numa construção plasmidica. Adicionalmente aos componentes da cassete de expressão, a construção do plasmideo pode também incluir um ou mais marcadores de selecção, um sinal que permite que a construção plasmidica exista como ADN de cadeia simples (e. g., uma origem de replicação de M13), pelo menos, um sitio de clonagem múltiplo e uma origem de replicação "de mamífero" (e. g., uma origem de replicação de SV40 ou adenovírus). "Transformação", como aqui utilizado, refere-se à inserção de um polinucleótido exógeno numa célula hospedeira, independentemente do método utilizado para inserção: por exemplo, transformação por incorporação directa, transfecção, infecção e semelhantes. Para métodos de infecção particulares, ver ainda abaixo. 0 polinucleótido exógeno pode ser mantido como um vector não integrado, por exemplo, um epissoma ou, alternativamente, pode ser integrado no genoma do hospedeiro.

Uma "célula hospedeira" é uma célula que foi transformada, ou é capaz de transformação por uma sequência de ADN exógena.

Como aqui utilizado, uma "amostra biológica" refere-se a uma amostra de tecido ou fluido isolado de um indivíduo que inclui normalmente anticorpos produzidos pelo indivíduo. Amostras 28 típicas que incluem esses anticorpos são conhecidas na técnica e incluem, mas não estão limitados a, sangue, plasma, soro, matéria fecal, urina, medula óssea, bílis, fluido espinal, fluido linfático, amostras de pele, tractos respiratório, intestinal e genitourinário, lágrimas, saliva, leite, células do sangue, órgãos, biopsias e também amostras de constituintes de culturas de células in vitro, incluindo, mas não estando limitadas a, meio condicionado resultante do crescimento de células e tecidos em meio de cultura, e. g., células recombinantes e componentes de células. "Suporte sólido comum" significa uma matriz sólida à qual os polipéptidos de HCV utilizados nos presentes imunoensaios estão ligados covalentemente ou através de meios não covalentes, tais como adsorção hidrofóbica. "Imunologicamente reactivo" significa que o antigénio em questão irá reagir especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. "Complexo imunitário" significa a combinação formada quando um anticorpo se liga a um epitopo num antigénio.

Como aqui utilizado, os termos "marcador" e "marcador detectável" referem-se a uma molécula capaz de detecção incluindo, mas não limitados a, isótopos radioactivos, fluorescentes, quimioluminescentes, cromóforos, enzimas, substratos enzimáticos, cofactores enzimáticos, inibidores enzimáticos, cromóforos, corantes, iões metálicos, soles metálicos, ligandos (e. g., biotina, avidina, estreptavidina ou haptenos) e semelhantes. 0 termo "fluorescente" refere-se a uma 29 substância ou uma porção desta que é capaz de exibir fluorescência no intervalo detectável. Exemplos particulares de marcadores que podem ser utilizados na invenção incluem, mas não estão limitados a, peroxidase de rábano (HRP), fluoresceina, FITC, rodamina, dansilo, umbeliferona, éster de dimetilacridinio (DMAE), vermelho do Texas, luminol, NADPH e α-β-qalactosidade. II. Modos de Realizar a Invenção

Antes de descrever a presente invenção em detalhe, deve ser entendido que esta invenção não está limitada por formulações ou parâmetros de processo particulares que, como tal, podem variar. Deve ser também entendido que a terminoloqia aqui utilizada se destina apenas ao objectivo de descrever formas de realização particulares da invenção e não pretende ser limitante.

Embora possam ser utilizados, na prática da invenção, várias composições e métodos semelhantes ou equivalentes aos aqui descritos, os materiais e métodos preferidos são aqui descritos.

Como referido acima, a presente invenção baseia-se na descoberta de novos métodos de diagnóstico para detectar com precisão a infecção precoce com HCV. Os métodos baseiam-se na identificação e utilização de antigénios de HCV altamente imunogénicos que estão presentes durante os estádios precoces da seroconversão em HCV, aumentando assim a precisão da detecção e reduzindo a incidência de resultados falsos. Em particular, os imunoensaios aqui descritos utilizam epitopos conformacionais altamente imunogénicos derivados da região NS3/4a da poliproteina de HCV e múltiplos antigénios de fusão compreendendo vários polipéptidos de HCV, quer dos mesmos ou de 30 diferentes genótipos e isolados de HCV, tais como múltiplos epitopos imunodominantes, por exemplo, epitopos lineares principais do núcleo de sequências de HCV, El, E2, NS3, 5-1-1, cl00-3 e NS5. Os métodos podem ser convenientemente praticados num ensaio simples, utilizando qualquer um dos vários formatos de ensaio aqui descritos, tais como, mas não limitados a, formatos de ensaio que utilizam um suporte sólido ao qual os antigénios de HCV se ligam. A região NS3/4a da poliproteina de HCV foi descrita e a sequência de aminoácidos e a estrutura global da proteína são reveladas em, e. g., Yao et al., Structure (Novembro de 1999) 7:1353-1363; Sali et al., Biochem. (1998) 37:3392-3401; e

Bartenschlager, R., J. Virai Hepat. (1999) 6:165-181. Ver, também, Dasmahapatra et al., Patente U.S. N° 5843752. Os presentes imunoensaios utilizam, pelo menos, um epitopo conformacional derivado da região NS3/4a que existe na conformação, conforme encontrado na partícula de HCV que ocorre naturalmente ou no seu produto ineficaz, como evidenciado pela conservação da protease e, opcionalmente, actividades enzimáticas de helicase normalmente apresentadas pelo produto do gene NS3/4a e/ou imunorreactividade do antigénio com anticorpos numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV e uma perda da imunorreactividade do epitopo após desnaturação do antigénio. Por exemplo, o epitopo conformacional pode ser destruído por aquecimento, alteração do pH para extremamente ácido ou básico, ou pela adição de desnaturantes orgânicos conhecidos, tais como ditiotreitol (DTT) ou um detergente apropriado. Ver, e.g., Protein Purification Methods, a practical approach (E.L.V. Harris e S. Angel eds., IRL Press) e o produto desnaturado comparado com o produto que não é tratado como acima. 31 A actividade de protease e helicase pode ser determinada utilizando ensaios enzimáticos convencionais bem conhecidos na técnica. Por exemplo, a actividade de protease pode ser determinada utilizando o processo descrito abaixo nos exemplos, assim como utilizando ensaios bem conhecidos na técnica. Ver, e. g., Takeshita et al., Anal. Biochem. (1997) 247:242-246;

Kakiuchi et ai., J. Biochem. (1997) 122:749-755; Sali et al.,

Biochemistry (1998) 37:3392-3401; Cho et al., J. Virol. Meth. (1998) 72:109-115; Cerretani et al., Anal. Biochem. (1999) 266:192-197; Zhang et ai., Anal. Biochem. (1999) 270:268-275;

Kakiuchi et al., J. Virol. Meth. (1999) 80:77-84; Fowler et ai., J. Biomol. Screen. (2000) 5:153-158; e Kim et al., Anal. Biochem. (2000) 284:42-48. De um modo semelhante, os ensaios de actividade da helicase são bem conhecidos na técnica e a actividade da helicase de um epitopo de NS3/4a pode ser determinada utilizando, por exemplo, um ensaio de ELISA, como descrito em, e. g., Hsu et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. (1998) 253:594-599; um sistema de ensaio de proximidade de cintilação, como descrito por Kyono et al., Anal. Biochem. (1998) 257:120-126; ensaios de rastreio de elevado rendimento, como descrito em, e. g., Hicham et al., Antiviral Res. (2000) 46:181-193 e Kwong et ai., Methods Mol. Med. (2000) 24:97 — 116; assim como por outros métodos de ensaio conhecidos na técnica. Ver, e. g., Khu et al., J. Virol. (2001) 75:205-214; Utama et ai., Virology (2000) 273:316-324; Paolini et ai., J. Gen. Virol. (2000) 81:1335-1345; Preugschat et ai., Biochemistry (2000) 39:5174-5183, Preugschat et al., Methods Mol. Med (1998) 19:353-364; e Hesson et al., Biochemistry (2000) 39:2619-2625. O comprimento do antigénio é suficiente para manter um epitopo conformacional reactivo. Frequentemente, o polipéptido 32 contendo o antigénio utilizado terá quase o comprimento total, contudo, o polipéptido pode também ser truncado para, por exemplo, aumentar a solubilidade ou para melhorar a secreção. De um modo geral, o epitopo conformacional encontrado em NS3/4a é expresso como um polipéptido recombinante numa célula e este polipéptido proporciona o epitopo numa forma desejada, como descrito em detalhe abaixo.

Uma sequência de aminoácidos representativa para o polipéptido NS3/4a é apresentada nas Figuras 3A até 3D. A sequência de aminoácidos apresentada nas posições 2-686 da figura corresponde às posições de aminoácidos 1027-1711 de HCV-1. Um codão iniciador (ATG) que codifica para Met é apresentado como a posição 1. Adicionalmente, o Thr que ocorre normalmente na posição 1428 de HCV-1 (posição de aminoácido 403 da Figura 3) é mutado para Pro e o Ser que ocorre naturalmente na posição 1429 de HCV-1 (posição de aminoácido 404 da Figura 3) é mutado para Ile. Todavia, podem ser utilizados nos presentes ensaios, quer a sequência nativa, com ou sem Met no terminal N, o análogo apresentado, com ou sem o Met no terminal N ou outros análogos e fragmentos, desde que o epitopo seja produzido utilizando um método que retém ou reintroduz a sua conformação nativa, de modo a que a actividade de protease e opcionalmente a actividade de helicase seja retida. Dasmahapatra et al., Patente U.S. N° 5843752 e Zhang et al., Patente U.S. N° 5990276, ambas descrevem análogos de NS3/4a. A protease de NS3 de NS3/4a encontra-se em cerca das posições 1027-1207, numeradas em relação a HCV-1 (ver, Choo et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88: 2451-2455), posições 2-182 da Figura 3. A estrutura da protease NS3 e o sitio activo são conhecidos. Ver, e. g., De Francesco et al., Antivir. Ther. 33 (1998) 3:99-109; Koch et al., Biochemistry (2001) 40:631-640. As alterações à sequência nativa que irá normalmente ser tolerada estará fora do sitio activo da molécula. Particularmente, é desejável manter os aminoácidos 1 ou 2-155 da Figura 3, com poucas substituições ou apenas conservadoras. Os aminoácidos que ocorrem para além do 155 irão tolerar alterações maiores. Adicionalmente, se os fragmentos da sequência NS3/4a encontrada na Figura 3 forem utilizados, estes fragmentos irão normalmente incluir, pelo menos, os aminoácidos 1- ou 2-155, de um modo preferido os aminoácidos 1- ou 2-175 e, de um modo mais preferido, os aminoácidos 1- ou 2-182, com ou sem a Met no terminal N. O domínio da helicase encontra-se próximo das posições 1193-1657 de HCV-1 (posições 207-632 da Figura 3). Assim, se a actividade da helicase é desejada, esta porção da molécula será mantida com poucas substituições ou apenas conservadoras. Um especialista na técnica pode determinar rapidamente outras regiões que irão tolerar a alteração baseada na estrutura conhecida de NS3/4a.

Os imunoensaios aqui descritos também utilizam antigénios de fusão de epitopo (denominados "MEFAs"), como descrito na Publicação Internacional N° WO 97/44469. Esses MEFAs incluem epitopos derivados de duas ou mais das várias regiões virais da poliproteína de HCV apresentada na Figura 1 e Tabela 1. Em particular, como apresentado na Figura 1 e Tabela 1, uma poliproteína de HCV, após clivagem produz, pelo menos, dez produtos distintos, na ordem de NH2-núcleo-El-E2-p7-NS2-NS3-NS4a-NS4b-NS5a-NS5b-COOH. O polipéptido do núcleo ocorre nas posições 1-191, numeradas em relação a HCV-1 (ver, Choo et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88: 2451-2455, para o genoma de HCV-1).

Este polipéptido é ainda processado para produzir um polipéptido de HCV com, aproximadamente, os aminoácidos 1-173. Os 34 polipéptidos de envelope, EI e E2, ocorrem próximo das posições 192-383 e 384-746, respectivamente. 0 domínio P7 encontra-se próximo das posições 747-809. NS2 é uma proteína de membrana integral com actividade proteolítica e encontra-se próximo das posições 810-1026 da poliproteína. O NS2, seja isoladamente ou em combinação com NS3 (encontrado próximo das posições 1027-1657), cliva a ligação "sissle" NS2-NS3 que, por sua vez, cria o terminal N NS3 e liberta uma poliproteína grande que inclui ambas as actividades de protease serínica e de helicase de ARN. A protease de NS3, encontrada próximo das posições 1027-1207, serve para processar a poliproteína restante. A actividade de helicase encontra-se próximo das posições 1193-1657. A conclusão da maturação da poliproteína inicia-se por clivagem autocatalítica na junção NS3-NS4a, catalisada pela protease serínica de NS3. As clivagens subsequentes mediadas por NS3 da poliproteína de HCV parece envolver o reconhecimento das junções da clivagem da poliproteína por uma molécula de NS3 de outro polipéptido. Nestas reacções, NS3 liberta um cofactor de NS3 (NS4a, encontrado próximo das posições 1658-1711), duas proteínas (NS4b encontrado próximo das posições 1712-1972 e NS5a encontrado próximo das posições 1973-2420) e uma polimerase de ARN dependente de ARN (NS5b encontrado próximo das posições 2421-3011).

Tabela 1 Domínio Fronteiras Aproximadas* C (núcleo) 1-191 EI 192-383 E2 384-746 P7 747-809 35 NS2 810-1026 NS3 1027-1657 NS4a 1658-1711 NS4b 1712-1972 NS5a 1973-2420 NS5b 2421-3011 *Numerados em relação a HCV-1. Ver, Choo et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88: 2451-2455.

Os antigénios múltiplos de HCV são parte de uma cadeia de aminoácidos única, continua, cuja cadeia não ocorre na natureza.

Assim, a ordem linear dos epitopos é diferente da sua ordem linear no genoma no qual ocorre. A ordem linear das sequências dos MEFAs para utilização aqui é, de um modo preferido, arranjada para antigenicidade óptima. De um modo preferido, os epitopos são de mais do que uma estirpe de HCV, proporcionando assim a capacidade adicionada para detectar estirpes múltiplas de HCV num ensaio único. Assim, os MEFAs para utilização aqui podem compreender várias regiões imunogénicas derivadas da poliproteina acima descrita. Além disso, a proteína resultante de uma grelha na região do núcleo da poliproteina, tal como descrito na Publicação Internacional N° WO 99/63941, pode ser utilizada nos MEFAs. Se desejado, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, ou 10 ou mais de um ou mais epitopos derivados da poliproteina de HCV pode ocorrer na proteína de fusão. Por exemplo, epitopos derivados de, e. g, a região hipervariável de E2, tal como uma região que se estende ao longo dos aminoácidos 384-410 ou 390-410, pode ser incluída no antigénio de MEFA. Um epitopo E2 particularmente eficaz é um que inclui uma sequência de consenso derivada desta região, tal como a sequência de 36 consenso Gly-Ser-Ala-Ala-Arg-Thr-Thr-Ser-Gly-Phe-Val-Ser-Leu-Phe-Ala-Pro-Gly-Ala-Lys-Gln-Asn que representa uma sequência de consenso para os aminoácidos 390-410 do genoma de HCV tipo 1. Um epitopo E2 representativo presente no MEFA da invenção pode compreender um epitopo híbrido que se estende ao longo dos aminoácidos 390-444. Um tal epitopo E2 híbrido pode incluir uma sequência de consenso representando os aminoácidos 390-410 fundidos com a sequência de aminoácidos nativa para os aminoácidos 411-444 de E2 de HCV.

Adicionalmente, os antigénios podem ser derivados de várias estirpes de HCV. São conhecidas múltiplas estirpes virais de HCV, e os epitopos derivados de qualquer uma destas estirpes podem ser utilizados numa proteína de fusão. É bem conhecido que qualquer espécie determinada de organismo varia de um organismo individual para outro e, além disso que um determinado organismo, tal como um vírus, pode possuir uma variedade de estirpes diferentes. Por exemplo, como explicado acima, HCV inclui, pelo menos, 6 genótipos. Cada um destes genótipos inclui determinantes antigénicos equivalentes. Mais especificamente, cada estirpe inclui uma variedade de determinantes antigénicos que estão presentes em todas as estirpes do vírus, mas são ligeiramente diferentes de uma estirpe virai para outra. Por exemplo, o HCV inclui o determinante antigénico conhecido como 5-1-1 (Ver, Figura 1). Este determinante antigénico particular surge em três formas diferentes nas três estirpes virais diferentes de HCV. Consequentemente, numa forma de realização preferida da invenção, todas as três formas de 5-1-1 surgem no antigénio de fusão de epitopo múltiplo utilizado nos presentes imunoensaios. De um modo semelhante, também podem estar presentes determinantes antigénicos equivalentes da região do núcleo de diferentes estirpes de HCV. Em geral, os determinantes 37 antigénicos equivalentes possuem um grau de homologia elevado em termos de sequência de aminoácidos cujo grau de homologia é geralmente 30% ou mais, de um modo preferido 40% ou mais, quando alinhados. O epitopo de cópias múltiplas da presente invenção também pode incluir cópias múltiplas que são cópias exactas do mesmo epitopo.

As Figuras 4 e 6A-6C apresentam MEFAs representativos para utilização na presente invenção que são derivados de HCV. Todavia, deve ser entendido que outros epitopos derivados do genoma de HCV também terão utilidade nos presentes ensaios. A sequência de ADN e sequência de aminoácidos correspondente de um antigénio de fusão de epitopo múltiplo representativo, MEFA 7.1, é apresentada nas Figuras 5A até 5F. A fórmula estrutural geral para MEFA 7.1 é apresentada na Figura 4 e é como se segue: hSOD-El(tipo 1)-E2 HVR consenso (tipo la)-E2 HVR consenso (tipos 1 e 2)-helicase (tipo 1)-5-1-1 (tipo 1)-5-1-1 (tipo 3)-5-1-1 (tipo 2)-cl00 (tipo 1)-NS5 (tipo 1)-NS5 (tipo 1)-núcleo (tipos 1+2)-núcleo (tipos 1+2). Este epitopo de cópias múltiplas inclui a seguinte sequência de aminoácidos, numerada em relação ao HCV-1 (a numeração dos aminoácidos apresentada abaixo segue a numeração de designação apresentada em Choo, et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88:2451-2455, na qual o aminoácido #1 é a primeira metionina codificada por uma sequência codificante da região do núcleo): os aminoácidos 1-156 da superóxido dismutase (SOD, utilizada para aumentar a expressão recombinante da proteína); os aminoácidos 303 a 320 da poliproteína da região El; os aminoácidos 390 a 410 da poliproteína, representando uma sequência de consenso para a região hipervariável de E2 de HCV-la; os aminoácidos 384 a 414 da poliproteína da região E2, representando uma sequência de 38 consenso para as regiões hipervariáveis de E2 de HCV-1 e HCV-2; os aminoácidos 1193-1658 da poliproteína HCV-1 que define a helicase; três cópias de um epitopo de 5-1-1, os aminoácidos 1689-1735, uma de HCV-1, uma de HCV-3 e uma de HCV-2, cujas cópias são determinantes antigénicos equivalentes das três estirpes virais diferentes de HCV; polipéptido HCV C100 de HCV-1, os aminoácidos 1901-1936 da poliproteina; duas cópias exactas de um epitopo da região NS5 de HCV-1, cada um com os aminoácidos 2278 a 2313 da poliproteina de HCV; e duas cópias de um epitopo da região do núcleo, uma de HCV-1 e uma de HCV-2, cujas cópias são determinantes antigénicos equivalentes representados pelos aminoácidos 9 a 32, 39-42 e 64-88 de HCV-1 e 67-84 de HCV-2. A Tabela 2 apresenta as posições de aminoácidos dos vários epitopos com referência às Figuras 5A até 5F aqui.

Tabela 2 MEFA 7.1 mefa aa# sitio do terminal 5' epitopo hcv aa# estirpe 1-156 Ncol hSOD 159-176 EcoRI EI 303-320 1 179-199 HindiII E2 HRV-la consenso 390-410 1 200-230 E2 HRV-1+2 consenso 384-414 1+2 231-696 Sal! helicase 1193-1658 1 699-745 Sphl i—1 1 1-1 1 LO 1689-1735 1 748-794 Nru I 1—1 1 1—1 1 LO 1689-1735 3 797-843 Ciai \—1 1 \—1 1 LO 1689-1735 2 846-881 Ava I C100 1901-1936 1 39

Tabela 2 MEFA 7.: L mefa aa# sítio do epitopo hcv aa# estirpe terminal 5' 884-919 Xbal NS5 2278-2313 1 922-957 BglII NS5 2278-2313 1 958-1028 Ncol epitopos do 9-32, 39- 1 núcleo 42, 64-88, 1 67-84 2 1029-1099 Bali epitopos do 9-32, 39- 1 núcleo 42, 64-88, 1 67-84 2

Numa forma de realização da invenção, apresentada na Figura 2, é realizado um imunoensaio de ligando de captura rápido utilizando um epitopo conformacional de NS3/4a e um ou mais antigénios de fusão de epitopos múltiplos, tal como MEFA 7.1. A amostra é combinada com os antigénios, que podem estar presentes num suporte sólido, como descrito abaixo em mais detalhe. Se a amostra está infectada com HCV, os anticorpos de HCV contra estes epitopos presentes no suporte sólido ligar-se-ão aos componentes do suporte sólido. A detecção é realizada pela ligação de um marcador detectável (tal como peroxidase de rábano (HRP) como apresentado na Figura 2) a um membro do complexo antigénio/anticorpo. A ligação pode ser por meios covalentes ou por ligação subsequente de anticorpos marcados de forma detectável, tal como num ensaio de sanduíche convencional, ou por reacção enzimática, cujo produto de reacção é detectável. 0 marcador detectável pode incluir, mas não está limitado a, um cromóforo, um anticorpo, um antigénio, uma enzima, um composto de enzima reactiva cujo produto de clivagem é detectável, 40 rodamina ou derivado de rodamina, biotina, avidina, estreptavidina, um composto fluorescente, um composto quimioluminescente, tal como éster de dimetil acridínio (DMAE, Ciba Corning Diagnostics Corp.), derivados e/ou combinações destes marcadores. Um anticorpo anti-humano marcado de forma detectável, capaz de detectar uma molécula IgG humana presente, pode ser utilizado convenientemente.

De modo a entender melhor a invenção, é apresentada abaixo uma discussão mais detalhada em relação à produção de polipéptidos para utilização nos imunoensaios e métodos de realização dos imunoensaios.

Produção de Antigénios para utilização nos Imunoensaios de

HCV

Como explicado acima, as moléculas da presente invenção são geralmente produzidas de forma recombinante. Assim, os polinucleótidos codificando antigénios de HCV para utilização com a presente invenção podem ser produzidos utilizando técnicas de biologia molecular convencionais. Por exemplo, as sequências de polinucleótido codificando para as moléculas acima descritas podem ser obtidas utilizando métodos recombinantes, tais como por rastreio de bibliotecas de ADNc e genómicas das células que expressam o gene, ou derivando o gene de um vector conhecido por incluir o mesmo. Além disso, o gene desejado pode ser isolado directamente a partir de moléculas de ácido nucleico virai, utilizando técnicas descritas na técnica, tais como em Houghton et al., Patente U.S. N° 5350671. O gene de interesse pode também ser produzido sinteticamente, em vez de clonado. As moléculas podem ser concebidas com codões apropriados para a sequência 41 particular. A sequência completa é então montada a partir de oligonucleótidos sobreponíveis preparados por métodos convencionais e montados numa sequência codificante completa. Ver, e. g., Edge (1981) Nature 292:756; Nambair et al. (1984) Science 223:1299; e Jay et al. (1984) J. Biol. Chem. 259:6311.

Assim, podem ser obtidas sequências nucleotidicas particulares de vectores contendo as sequências desejadas ou sintetizadas completamente ou em parte utilizando várias técnicas de síntese de oligonucleótidos conhecidas na técnica, tais como técnicas de mutagénese dirigida e reacção da polimerase em cadeia (PCR) onde apropriadas. Ver, e. g., Sambrook, supra. Em particular, um método de obter sequências nucleotidicas codificando as sequências desejadas é através de emparelhamento complementar de conjunto de oligonucleótidos sintéticos sobreponíveis produzidos num sintetizador de polinucleótidos convencional, automatizado, seguido por ligação com uma ligase de ADN apropriada e amplificação da sequência de nucleótidos ligada através de PVR. Ver, e. g., Jayaraman et al. (1991) Proc.Natl. Acad. Sei. USA 88:4084-4088. Adicionalmente, a síntese dirigida por oligonucleótidos (Jones et al. (1986) Nature 54:75-82), mutagénese dirigida por oligonucleótidos das regiões de nucleótidos pré-existentes (Riechmann et al. (1988) Nature 332:323-327 e Verhoeyen et al. (1988) Science 239:1534-1536), e enchimento enzimático de intervalos nos oligonucleótidos utilizando polimerase de ADN de T4 (Queen et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 86:10029-10033) podem ser utilizados sob a invenção para proporcionar moléculas possuindo capacidades de ligação ao antigénio alteradas ou aumentadas, e/ou imunogenicidade reduzida. 42

Assim que as sequências codificantes foram preparadas ou isoladas, essas sequências podem ser clonadas em qualquer vector ou replicão adequado. São conhecidos numerosos vectores de clonagem dos especialistas na técnica, e a selecção de um vector de clonagem apropriado é uma questão de escolha. Vectores adequados incluem, mas não estão limitados a, plasmideos, fagos, transposões, cosmídeos, cromossomas ou virus que são capazes de replicação quando associados com os elementos de controlo apropriados. A sequência codificante é então colocada sob o controlo de elementos de controlo adequados, dependendo do sistema a ser utilizado para expressão. Assim, a sequência codificante pode ser colocada sob o controlo de um promotor, sitio de ligação ao ribossoma (para expressão bacteriana) e, opcionalmente, um operador, de modo a que a sequência de ADN de interesse é transcrita em ARN por um transformante adequado. Uma sequência codificante pode conter ou não um péptido sinal ou sequência lider que pode mais tarde ser removida pelo hospedeiro em processos de pós-tradução. Ver, e. g., Patentes U.S. Nos 4431739; 4425437; 4338397.

Adicionalmente às sequências de controlo, pode ser desejável adicionar sequências reguladoras que permitem a regulação da expressão das sequências em relação ao cultivo da célula hospedeira. Sequências reguladoras são conhecidas dos especialistas na técnica, e exemplos incluem aqueles que fazem com que a expressão de um gene seja ligada ou desligada em resposta a um estimulo químico ou físico, incluindo a presença de um composto regulador. Outros tipos de elementos reguladores também podem estar presentes no vector. Por exemplo, podem ser aqui utilizados elementos intensificadores para aumentar os 43 níveis de expressão das construções. Exemplos incluem o intensificados do gene precoce de SV40 (Dijkema et al. (1985) EMBO J. 4:761), o intensificador/promotor derivado da repetição terminal longa (LTR) do Vírus do Sarcoma de Rous (Gorman et al. (1982) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 79:6777) e elementos derivados de CMV humano (Boshart et al. (1985) Cell 41:521), tal como elementos incluídos na sequência do intrão A de CMV (Patente U.S. N° 5688688). A cassete de expressão pode ainda incluir uma origem de replicação para replicação autónoma numa célula hospedeira adequada, um ou mais marcadores de selecção, um ou mais sítios de restrição, um potencial para número de cópias elevado e um promotor forte.

Um vector de expressão é construído de modo a que uma sequência codificante particular seja localizada no vector com as sequências reguladoras apropriadas, sendo o posicionamento e orientação da sequência codificante em relação às sequências de controlo tal que a sequência codificante seja transcrita sob o "controlo" das sequências de controlo (i. e., a polimerase de ARN que se liga à molécula de ADN nas sequências de controlo transcreve a sequência codificante). A modificação das sequências que codificam a molécula de interesse pode ser desejável para atingir este fim. Por exemplo, nalguns casos pode ser necessário modificar a sequência de modo a que se possa ligar às sequências de controlo na orientação apropriada; i. e., para manter a grelha de leitura. As sequências de controlo e outras sequências reguladoras podem ser ligadas a uma sequência codificante antes da inserção no vector. Alternativamente, a sequência codificante pode ser clonada directamente num vector de expressão que já contém as sequências de controlo e um sítio de restrição apropriado. 44

Como explicado acima, pode ser também desejável produzir mutantes ou análogos do antigénio de interesse. Isto é particularmente verdade com NS3/4a. Métodos para fazer isto são descritos em, e. g., Dasmahapatra et al., Patente U.S. N° 5843752 e Zhang et al., Patente U.S. N° 5990276. Mutantes ou análogos desta e de outras proteínas de HCV para utilização nos presentes ensaios podem ser preparados por deleção de uma porção da sequência que codifica o polipéptido de interesse, por inserção de uma sequência, e/ou por substituição de um ou mais nucleótidos na sequência. Técnicas para modificar sequências nucleotidicas, tais como mutagénese dirigida, e semelhantes, são bem conhecidos dos especialistas na técnica. Ver, e. g., Sambrook et al., supra; Kunkel, T.A. (1985) Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1985) 82:448; Geisselsoder et al. (1987) BioTechniques 5:786; Zoller e Smith (1983) Methods Enzymol. 100:468; Dalbie-McFarland et al. (1982) Proc. Natl. Acad. Sei USA 79:6409.

As moléculas podem ser expressas numa vasta variedade de sistemas, incluindo sistemas de expressão de insectos, mamíferos, bactérias, virais e de levedura, todos bem conhecidos na técnica. Por exemplo, sistemas de expressão em células de insecto, tal como sistemas de baculovírus, são conhecidas dos especialistas na técnica e descritos em, e. g., Summers e Smith, Texas Agricultural Experiment Station Bulletin N° 1555 (1987). Os materiais e métodos para sistemas de expressão em células de baculovírus/insecto estão disponíveis comercialmente na forma de kit de, inter alia, Invitrogen, San Diego CA ("MaxBac"kit). De um modo semelhante, sistemas de expressão em células bacterianas e de mamífero são bem conhecidos na técnica e descritos em, e. g., Sambrook et al., supra. Sistemas de expressão em leveduras são também conhecidos na técnica e descritos em, e. g., Yeast 45

Genetic Engineering (Barr et al., eds., 1989) Butterworths, Londres. São também conhecidas várias células hospedeiras apropriadas para utilização com os sistemas acima. Por exemplo, são conhecidas na técnica linhas celulares de mamifero e incluem linhas de células imortalizadas disponíveis na American Type Culture Collection (ATCC), tal como, mas não limitadas a, células de ovário de hamster chinês (CHO), células HeLa, células de rim de hamster bebé (BHK) , células de rim de macaco (COS), células de rim embrionário humano, células de carcinoma hepatocelular humano (e. g., Hep G2), células de rim bovino Madin-Darby ("MDBK"), assim como outras. De um modo semelhante, hospedeiros bacterianos, tais como E. coli, Bacillus subtilis, e Streptococcus spp., terão utilidade nas construções da presente expressão. Hospedeiros de levedura úteis na presente invenção incluem inter alia, Saccharomyces cerevísiae, Candida albicans, Candida maltosa, Hansenula polymorpha, Kluyveromyces fragilis, Kluyveromyces lactis, Pichia guillerimondii, Pichia pastoris, Schizosaccharomyces pombe e Yarrowia lipolytica. Células de insecto para utilização com vectores de expressão de baculovírus incluem, inter alia, Aedes aegypti, Autographa californica, Bombyx mori, Drosophila melanogaster, Spodoptera frugiperda, e Trichoplusia ni.

Moléculas de ácido nucleico compreendendo sequências nucleotídicas de interesse podem ser integradas de forma estável no genoma da célula hospedeira ou mantida num elemento epissomal estável numa célula hospedeira adequada, utilizando várias técnicas de distribuição de genes bem conhecidas na técnica. Ver, e. g., Patente U.S. N° 5399346. 46

Dependendo do sistema de expressão e do hospedeiro seleccionado, as moléculas são produzidas cultivando células hospedeiras transformadas por um vector de expressão descrito acima em condições nas quais a proteína é expressa. A proteína expressa é então isolada das células hospedeiras e purificada. Se o sistema de expressão segrega a proteína para o meio de cultura, o produto pode ser purificado directamente do meio. Se não é segregado, pode ser isolado dos lisados celulares. A selecção das condições de cultura apropriadas e métodos de recuperação estão dentro da especialidade na técnica.

Foi descrita a produção de vários HCV antigénios, incluindo antigénios utilizados nas proteínas de fusão de epitopo múltiplo descritas acima. Ver, e. g., Houghton et al., Patentes U.S. Nos 5350671 e 5683864; Chien et al., J. Gastroent. Hepatol. (1993) 8:S33—39; Chien et al., Publicação Internacional N° W093/00365; Chien, D.Y., Publicação Internacional N° WO 94/01778; Chien et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA (1992) 89:10011-10015; Chien, D.Y., Publicação Internacional N° WO 94/01778; e de co-titularidade, permitiram o Pedido de Patente U.S. com N03 de Série 08/403 590 e 08/444 818.

Ensaios de Imunodiagnóstico

Uma vez produzidos, os antigénios de HCV podem ser utilizados virtualmente em qualquer formato de ensaio que empregue um antigénio conhecido para detectar anticorpos. Uma característica comum de todos estes ensaios é que o antigénio é colocado em contacto com o componente corporal suspeito de conter anticorpos de HCV nas condições que permitem que o antigénio se ligue a qualquer um desses anticorpos presentes no 47 componente. Essas condições serão tipicamente a temperatura, pH e força iónica fisiológica utilizando um excesso de antigénio. A incubação do antigénio com o espécime é seguida pela detecção de complexos imunitários compreendidos pelo antigénio. A concepção dos imunoensaios está sujeita a uma grande dose de variação, e são conhecidas na técnica muitos formatos. Protocolos podem, por exemplo, utilizar suportes sólidos, ou imunoprecipitação. A maioria dos ensaios envolve a utilização de anticorpo ou polipéptido marcado; os marcadores podem ser, por exemplo, moléculas enzimáticas, fluorescentes, quimioluminescentes, radioactivas, ou corantes, como discutido em detalhe acima. Os ensaios que amplificam os sinais do complexo imunitário são também conhecidos; exemplos destes são ensaios que utilizam biotina e avidina, e imunoensaios mediados e marcados por enzimas, tais como ensaios de ELISA. 0 imunoensaio pode ser, sem limitação, um formato heterogéneo ou um formato homogéneo, e de um tipo convencional ou competitivo. Num formato heterogéneo, o polipéptido liga-se tipicamente a uma matriz ou suporte sólido para facilitar a separação da amostra do polipéptido após incubação. Um suporte sólido, para os objectivos desta invenção, podem ser qualquer material que seja uma matriz insolúvel e pode possuir uma superfície rígida ou semi-rígida. Sólidos de suporte exemplares incluem, mas não estão limitados a, substratos, tais como nitrocelulose (e. g., em membrana ou forma de poço de microtitulação); cloreto de polivinilo (e. g., películas ou poços de microtitulação); látex de poliestireno (e. g., esferas ou placas de microtitulação); fluoreto de polivinilidina; papel diazotizado; membranas de nylon; esferas activadas, esferas de resposta magnética, e semelhantes. Suportes particulares incluem placas, pastilhas, discos, capilares, fibras ocas, agulhas, 48 alfinetes, fibras sólidas, esferas de celulose, esferas de vidro poroso, géis de silica, esferas de poliestireno opcionalmente em ligação reticulada com divinilbenzeno, esferas enxertadas com co-polimeros, esferas de poliacrilamida, esferas de látex, esferas de dimetilacrilamida opcionalmente em ligação reticulada com N-Ν'-bis-acriloiletilenodiamina, e partículas de vidro revestidas com um polimero hidrofóbico.

Se desejado, as moléculas a serem adicionadas ao suporte sólido podem ser rapidamente funcionalizadas para criar unidade de estireno ou acrilato, permitindo assim a incorporação das moléculas em poliestireno, poliacrilato ou outros polímeros, tais como poliimida, poliacrilamida, polietileno, polivinilo, polidiacetileno, polifenileno-vinileno, polipéptido, polissacárido, polisulfona, polipirrole, poliimidazole, politiofeno, poliéter, epóxidos, vidro de sílica, sílica gel, siloxano, polifosfato, hidrogel, agarose, celulose, e semelhantes.

Num contexto, um suporte sólido é primeiro feito reagir com os antigénios de HCV (colectivamente denominado "os componentes de fase sólida" aqui), em condições de ligação adequados, de modo a que as moléculas são suficientemente imobilizadas no suporte. Por vezes, a imobilização no suporte pode ser aumentada primeiro acoplando o antigénio e/ou anticorpo contra uma proteína com melhores propriedades de ligação em fase sólida. As proteínas de acoplação adequada incluem, mas não estão limitados a, macromoléculas, tais como albuminas do soro incluindo albuminas do soro bovino (BSA), hemocianina de lapa, moléculas de imunoglobulina, tiroglobulina, ovalbumina, e outras proteínas bem conhecidos dos especialistas na técnica. Outros reagentes que podem ser utilizados para ligar moléculas ao suporte incluem 49 polissacáridos, ácidos polilácticos, ácidos poliglicólicos, aminoácidos poliméricos, copolímeros de aminoácido, e semelhantes. Essas moléculas e métodos de acoplar essas moléculas a antigénios, são bem conhecidos dos especialistas na técnica. Ver, e. g., Brinkley, M.A. (1992) Bioconjugate Chem. 3:2-13; Hashida et ai. (1984) J. Appl. Biochem. 6:56-63; e Anjaneyulu e Staros (1987) International J. of Peptide and Protein Res. 30:117-124.

Após fazer reagir o suporte sólido com os componentes de fase sólida, quaisquer componentes não imobilizados de fase sólida são removidos do suporte por lavagem, e os componentes ligados ao suporte são depois contactados com uma amostra biológica suspeita de conter anticorpos de HCV (colectivamente aqui denominadas "moléculas de ligando") em condições de ligação adequadas. Se os anticorpos de HCV estão presentes na amostra, irão formar um complexo com os antigénios de HCV. Após lavagem para remover quaisquer moléculas de ligando não ligadas, são adicionados anticorpos marcados de forma detectável anti-xenogénica (e. g., anti-humanos) que reconhecem um epitopo em anticorpos anti-HCV. Estes anticorpos ligam-se devido à formação de complexos.

Num formato homogéneo, a amostra de teste é incubada com a combinação de antigénios em solução. Por exemplo, pode ser em condições que irão precipitar quaisquer complexos antigénio-anticorpo que são formados. Ambos os formatos convencionais e competitivos para ensaios homogéneos também são conhecidos na técnica.

Num formato convencional, a quantidade de anticorpos de HCV formando o complexo anticorpo-antigénio é monitorizado 50 directamente. Isto pode ser conseguido determinando se os anticorpos anti-xenogénicos marcados (e. g., anti-humanos) que reconhecem um epitopo em anticorpos anti-HCV se ligam devido à formação de complexos. Num formato competitivo, a quantidade de anticorpos de HCV na amostra é deduzida por monitorização do efeito competitivo na ligação de uma quantidade conhecida de anticorpo marcado (ou outro ligando de competição) no complexo.

Mais particularmente, os complexos formados compreendendo anticorpo anti-HCV (ou, no caso de ensaios competitivos, a quantidade de anticorpo de competição) são detectados por qualquer uma de uma variedade de técnicas conhecidas, dependendo do formato. Por exemplo, anticorpos de HCV não marcados no complexo pode ser detectado utilizando um conjugado de Ig antixenogénico complexado com um marcador, (e. g., um marcador enzimático). Num formato de ensaio de imunoprecipitação ou aglutinação, a reacção entre os antigénios de HCV e o anticorpo forma uma rede que precipita da solução ou suspensão e forma uma camada visível ou película de precipitado. Se não estiver presente anticorpo anti-HCV no espécime de teste, não se forma precipitado visível.

Os reagentes de ensaio acima descritos, incluindo o suporte sólido de imunoensaio com anticorpos e antigénios ligados, assim como anticorpos e antigénios para serem feitos reagir com a amostra capturada, podem ser proporcionados em kits, com instruções adequadas e outros reagentes necessários, de modo a conduzir os imunoensaios como descrito acima. 0 kit conterá normalmente, em recipientes separados, a combinação de antigénios (quer já ligados a uma matriz sólida ou separados com reagentes para os ligar à matriz), formulações de anticorpo de controlo (positivo e/ou negativo), anticorpo marcado quando o 51 formato do ensaio requer o mesmo e reagentes de criação de sinal (e. g., substrato enzimático) se o marcador não criar um sinal directamente. As instruções (e. g., escritas, em fita, VCR, CD-ROM, etc.) para realizar o ensaio serão normalmente incluídas no kit. 0 kit pode também conter, dependendo do imunoensaio particular utilizado, outros reagentes e materiais embalados (i. e., tampões de lavagem e semelhantes). Os imunoensaios convencionais, tais como aqueles descritos acima, podem ser conduzidos utilizando estes kits. III. Experimental

Abaixo estão exemplos de formas de realização específicas para realizar a presente invenção. Os exemplos são fornecidos apenas para efeitos ilustrativos, e não pretendem limitar o âmbito da presente invenção de forma alguma.

Foram realizados esforços para assegurar a precisão em relação aos números utilizados (e. g., quantidades, temperaturas, etc.), mas deve ser permitido, concerteza, algum erro experimental e desvio. EXEMPLO 1

Construção de MEFA 7 e MEFA 7.1 0 exemplo seguinte ilustra a preparação de uma cassete de poliproteína dos epitopos múltiplos de HCV. A poliproteína expressa da cassete de epitopo múltiplo é aqui referida como um antigénio de fusão de epitopo múltiplo (MEFA). De um modo 52 preferido, quando um epitopo é repetido, a cópia extra ou cópias são arranjadas numa sequência em tandem na mesma orientação. Deve ser entendido que a região de uma sequência virai codificante utiliza como um epitopo pode ser levemente variada e ainda reter actividade antigénica, e que a designação de numeração de aminoácidos pode variar de estirpe para estirpe.

Assim, os epitopos repetidos podem variar um do outro na sequência de aminoácidos devido a variações de sequência na estirpe e/ou designação da numeração. De um modo preferido, a sequência de aminoácidos de epitopos repetidos no MEFA são, pelo menos, 30% homólogos ao nível do aminoácido, de um modo mais preferido, pelo menos, 40% homólogos ao nível dos aminoácidos.

Os sítios de enzima de restrição únicos foram introduzidos de modo a ligar os epitopos na ordem prescrita e aumenta a utilidade da invenção facilitando modificações na concepção de um antigénio quimérico. A escolha dos sítios de enzima de restrição e processos de clonagem são rapidamente determinados por um especialista na técnica da tecnologia do ADN recombinante. De um modo preferido, as junções de epitopo (sequências de aminoácidos criadas entre epitopos devido a clonagem) não criam epitopos não específicos. Os epitopos não específicos são, por exemplo, sequências não HCV que não existem adjacentes aos epitopos de HCV na natureza. Os epitopos não específicos podem ligar-se a anticorpos numa amostra de teste provocando resultados de ensaios falsos positivos. De um modo preferido, a proteína de fusão do epitopo múltiplo é testada para resultados falsos positivos devido a essas sequências criadas nas junções do epitopo. Para evitar interacções não específicas com o MEFA devido a sequências de junção, a sequência de ADN que codifica a junção pode, por exemplo, ser mutada de modo a que interacções não específicas com a sequência 53 de aminoácidos mutante sejam reduzidas, e a clonagem dos fragmentos do epitopo seja possível.

As cassetes de expressão MEFA 7 e 7.1 de HCV foram construídas por clonagem das sequências nucleotídicas codificantes contendo os epitopos principais numa disposição em tandem, como apresentado na Figura 4. Foi escolhido um epitopo principal com base na frequência de reacção do anticorpo e intensidade de reacção (título) com o epitopo (Chein, D.Y. et al. (1994) Virai Hepatitis and Liver Disease, pp. 320-324). Os vários segmentos de ADN que codificam para os epitopos de HCV foram construídos por amplificação por PCR ou por oligonucleótidos sintéticos. Os aminoácidos em cada segmento são apresentados na Tabela 2 acima e apresentados nas Figuras 5A-5F. A sequência de aminoácidos completa de HCV-1 (3011 aminoácidos) foi determinada por Choo, et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88:2451-2455. Oligonucleótidos capazes de se ligarem a HCV são descritos na Patente U.S. N° 5350671. A numeração dos aminoácidos nos epitopos da invenção segue a designação de numeração proporcionada em Choo, et al., supra, na qual o aminoácido número 1 é a primeira metionina codificada por uma sequência codificante da região do núcleo, salvo especificado em contrário. Por exemplo, um segmento de epitopo de NS5 é representado pelos aminoácidos 2278 a 2313 da poliproteína de HCV. Um epitopo da região El é representado pelos aminoácidos 303 a 320, numerados em relação à poliproteína de HCV-1. MEFA 7 e 7.1 contêm, cada um, epitopos de HCV-1, HCV-2 e HCV-3, permitindo a detecção de tipos múltiplos de um vírus num único ensaio. Métodos para determinar o serotipo de HCV encontram-se no documento WO 96/27153. Por exemplo, verificou-se que os epitopos da região 5-1-1 variam entre os serotipos de 54 HCV. Uma cópia de cada um dos epitopos de HCV específicos para o tipo 5-1-1 presentes nos MEFAs aqui descritos permitem a ligação de qualquer um dos tipos de HCV que podem estar presentes na amostra biológica de teste.

As construções MEFA 7 e 7.1 foram construídas geneticamente para expressão em Saccharomyces cerevisiae, utilizando o vector de expressão em leveduras pBS24.1 que contém sequências 2μ para replicação autónoma em leveduras e os genes de levedura leu2-d e URA3 como marcadores de selecçâo. 0 gene da β-lactamase e a origem de replicação ColEl, necessários para a replicação do plasmídeo em bactérias, também estavam presentes neste vector de expressão. 0 vector de expressão em leveduras para MEFA 7, ps.MEFA7, foi construído primeiro.

Subsequentemente, o plasmídeo foi modificado na região codificante para os epitopos do núcleo de HCV criarem o plasmídeo ps.MEFA7.1, codificando o antigénio MEFA 7.1. Em particular, como apresentado nas Figuras 7A a 7D, foi construído um plasmídeo de expressão em leveduras para MEFA 7 como se segue. Primeiro, um fragmento BamRI/HindIII de 1896 pb, codificando o promotor híbrido ADH2/GAPDH, hSOD (aminoácidos 1-156) , seguido por um epitopo EI (aminoácidos 303-320, estirpe HCV1), foi isolado de ps.MEFA6, o plasmídeo de expressão codificando MEFA 6, descrito na Publicação Internacional N° WO 97/44469. De seguida, foi criado um fragmento de ADN sintético HíndIII/Sphl de 269 pb que contém uma sequência codificante para o epitopo de consenso E2 HVRla (aminoácidos 390-410, HCV-1), epitopo de consenso E2 HVRl+2 (aminoácidos 384-414, HCV1+2) e a extremidade 5' do domínio da helicase (aminoácidos 1193-1229, HCV-1). Um fragmento Sphl/EclXI de 1264 pb, codificando o restante do domínio da helicase 55 (aminoácidos 1230-1651, HCV-1), foi purificado em gel do ADN do plasmideo pTac5/HelI. 0 fragmento de ADN sintético HindIII/Sphl e o fragmento Sphl/EclXI de 1264 pb foram ligados ao vector pSP72new.HindIII/EclXI, para produzir pSP72new.HindIII/EclXI/e2 .helicase. Este vector foi derivado de pSP72 um vector de E. coli disponível comercialmente de Promega, Madison, WI (ver, GenBank/EMBL Número de Acesso X65332). Em particular, para facilitar a subclonagem de vários epitopos MEFA 7, foi introduzido um novo sítio múltiplo de clonagem (MCS) poliligando, através de oligos sintéticos, entre os sítios Sphl e BglII de pSP72. Este novo plasmideo, denominado pSP72new, foi digerido com HindIII e EclXI (também conhecido com Eagl), que possui sítios únicos no MCS. Foi então desfosforilado e purificado em gel.

Foram transformadas células competentes de E. coli HB101 com o plasmideo, e plaqueadas em placas de Luria agar contendo 100 pg/mL de ampicilina. Os clones desejados foram identificados utilizando análise de ADN por miniprep. Após a verificação da sequência, o plasmideo pSP72new.EindIII/EclXI/e2.helicase subclone #4 foi digerido com HindIII e EclXI (Eagl) para criar um fragmento de 1534 pb. O fragmento HindIII/EclXI foi purificado em gel e ligado com oligonucleótidos EclXI/Sphl, codificando os últimos aminoácidos do domínio da helicase (aminoácidos 1651-1658, HCV-1), num vector pGEM7 HindIII/Sphl.

As células HB101 competentes foram transformadas e plaqueadas em Luria-ampicilina (100 pg/mL). Após identificação dos clones desejados e confirmação da sequência, o pGEM7HindIII/Sphl subclone #9 foi digerido com Eindlll e Sphl para criar um fragmento de 1560 pb, que foi purificado em gel (ver, Figura 7A) . 56

Para montar a porção da extremidade 3' de MEFA 7, foram realizados os seguintes passos. Os epitopos 5-1-1 (aminoácidos 1689-1735) de HCV-1, HCV-3 e HCV-2 (por esta ordem) foram isolados em gel de ps.MEFA6, o plasmídeo de expressão codificando MEFA 6, descrito na Publicação Internacional

N° WO 97/44469, como um fragmento Sphl/Aval de 4 41 pb. Este fragmento foi ligado com oligonucleótidos sintéticos Aval/Xbal codificando o epitopo clOO (aminoácidos 1901-1936) num vector pSP72new.Sphl/Xbal. Após transformação em HB101, identificação do clone, e verificação da sequência, o pSP72newSXi subclone #6 foi digerido com Xbal e Notl para preparar um vector pSP72newXbaI/I\fotI. Adicionalmente, um fragmento Xbal/Ncol de 221 pb, que codificou uma repetição dupla de um epitopo NS5 (aminoácidos 2278-2313, HCV-1), foi isolado de ps.MEFA6. O fragmento Xbal/Ncol foi ligado com oligonucleótidos Ncol/Notl, codificando os primeiros aminoácidos do epitopo do núcleo de HCV-1, aminoácidos 9-17, em que a Lys na posição 9 foi alterada para Arg, e o Asn na posição 11 foi alterado para Thr, no vector pSP72newXbaI/I\fotI preparado acima. Os transformantes de HB101 foram analisados e o seu ADN plasmidico foi sequenciado. Um subclone, denominado pSP72newSX/XNi #3, foi digerido com

NotI/SalI para preparar um vector para subclonagem subsequente (ver, Figura 7B).

Para completar a montagem da extremidade 3' de MEFA 7, foram sublonados uma repetição dupla da sequência codificando um epitopo de núcleo com os aminoácidos 9-53 de HCV-1, mais dois epitopos específicos para o genótipo da região do núcleo (aminoácidos 64-88, HCV-1 e aminoácidos 67-84, HCV-2) como se segue em pSP72newSX/XNi subclone #3 digerido com NotI-SalI. Primeiro, um fragmento NotI/Xmnl de 92 pb codificando os aminoácidos 18-51 de um epitopo de núcleo foi isolado de 57 pd.Corel91RT clone #20. Os plasmídeo pd.Corel91RT foi construído por ligação no vector de expressão de leveduras pBS24.1 BamRI-SalI, um fragmento de 1365 pb BamEl-NcoI para o promotor ADH2/GAPDH, e um fragmento de 615 pb Ncol-Sall codificando os primeiros 191 aminoácidos do núcleo de HCV-1 com o aminoácido 9 mutado de Lys para Arg e o aminoácido 11 mutado de Asn para Thr. O fragmento de 615 pb Ncol-Sall foi derivado de um vector de expressão em E. coli em que a sequência do núcleo para os aminoácidos 1-191, com as mesmas duas mutações descrita acima, foi clonada. 0 fragmento de 92 pb Notl/Xmnl foi ligado com um vector pSP72newWotI/Rpn e com oligonucleótidos XmnI/Kpnl que codificam a extremidade 3' do epitopo do núcleo completo. Após verificação da sequência dos clones positivos, pSP72newNKi subclone #4 foi digerido com Notl e Kpnl, e foi isolado em gel um fragmento de 224 pb. Este fragmento Notl/Kpnl foi ligado com 284 pb dos oligonucleótidos (extremidades Kpnl-Sall) codificando uma repetição completa do epitopo do núcleo descrito acima no vector pSP72newSX/XNi Notl/Sall descrito acima. Após transformação de HB101, identificação do clone e verificação da sequência, pSP72newSX/XN/NSi subclone #18 foi digerido com Sphl e Sall e um fragmento de 1317 pb foi isolado em gel (ver, Figura 7C).

Por último, foram ligados os seguintes fragmentos, descritos acima, no vector de expressão de leveduras pBS24.lBamHI/SalI para criar ps.MEFA7 (ver, Figura 7D): o fragmento Bamtil/HindIII de 1896 pb (Figura 7A) o fragmento HindIII/Sphl de 1560 pb (Figura 7A) o fragmento Sphl/Sall de 1317 pb (Figura 7C) 58 A estirpe AD3 de S. cerevisiae foi transformada com ps.MEFA7 os transformantes únicos foram analisados para expressão após esgotamento da glucose no meio. A proteína recombinante foi expressa a níveis elevados em leveduras, como detectado por coloração com azul de Coomassie. Em particular, as células de levedura foram transformadas com o plasmídeo de expressão MEFA utilizando um protocolo de acetato de lítio. Os transformantes Ura’ foram riscados para obter colónias isoladas e foram plaqueados em placas de Leu’/glucose a 8% para aumentar o número de cópias do plasmídeo. As culturas de inoculo Leu’ foram cultivadas durante 24 horas a 30 °C e depois diluídas 1:20 em meio YEPD (extracto de levedura bactopeptona glucose a 2%) . As células foram cultivadas durante 48 horas a 30 °C e recolhidas. Para testar a expressão do antigénio recombinante MEFA 7, foi lisada uma fracção das células com esferas de vidro em tampão de lise (Tris-Cl a 10 mM pH 7,5, EDTA a 1 mM, DTT a 10 mM) . O lisado foi centrifugado a alta velocidade. O sobrenadante e o sedimento insolúvel foram analisados em géis de proteína com SDS. O MEFA 7 foi altamente enriquecido na fracção insolúvel do sedimento. O antigénio MEFA 7 foi purificado como se segue. As células de S. cerevisiae que expressam MEFA 7 foram recolhidas como descrito acima. As células foram suspensas em tampão de lise (Tris a 50 mM, NaCl a 0,15 M, EDTA a 1 mM, PMSF a 1 mM, pH 8,0) e lisadas num Dyno Mill (Wab Willy A. Bachofon, Basel, Suíça) ou aparelho equivalente utilizando esferas de vidro. O lisado foi centrifugado em condições de velocidade baixa (3000 a 5000 rpm, 15 min) e o sedimento contendo a proteína da fracção insolúvel foi lavado com concentrações crescentes de ureia (1 M, 2 M, 3 M) em tampão de lise. A proteína foi solubilizada do sedimento de centrifugação com NaOH a 0,1 N, ureia a 4 M em tampão de lise. 59

Os resíduos celulares foram removidos por centrifugação a velocidade baixa a 3 000 a 5 000 rpm, 15 min. O sobrenadante foi ajustado para pH 8.0 com HC1 a 6 N para precipitar as proteínas insolúveis nestas condições. O precipitado foi removido por centrifugação e o sobrenadante foi ajustado para SDS a 2,3%, DTT a 50 mM, pH 8,0 e fervido durante 3 min. As proteínas na mistura foram fraccionadas por filtração em gel numa Pharmacia Sephacryl S-400 em solução salina tamponada com fosfato contendo SDS a 0,1%, EDTA a 1 mM e ajustadas para pH 7,4. As fracções de eluição da coluna contendo MEFA 7 foram recolhidas, misturadas, e concentradas numa membrana Amicon YM-30. A filtração em gel foi repetida nas fracções misturadas utilizando a mesma coluna e condições.

Durante a análise de MEFA 7 num ensaio de teste, foi descoberto que um anticorpo monoclonal utilizado como um conjugado de detecção reagiu com uma sequência específica do epitopo do núcleo (aminoácidos 33-38). Assim, ps.MEFA7.1 foi concebido para eliminar os aminoácidos 33-38 da região do epitopo do núcleo.

Um vector de expressão em leveduras para MEFA 7.1 foi feito como se segue. Primeiro, a repetição dupla do epitopo do núcleo na extremidade 3i de ps.MEFA7 foi modificada. Para fazer isto, foram suclonados um fragmento sintético Ncol/Kpnl de 206 pb, codificando a primeira repetição de epitopo do núcleo (aminoácidos 9-32, 39-42 e 64-88 de HCV-1, e aminoácidos 67-82 de HCV-2), e um fragmento sintético Kpnl/Sall de 233 pb codificando os aminoácidos 83 e 84 de HCV-2, seguido pela segunda repetição do epitopo do núcleo (aminoácidos 9-32, 60 aminoácidos 39-42 e aminoácidos 64-88, HCV-1, aminoácidos 67-84, HCV-2), respectivamente num vector pSP72new.Ncol/Kpnl e num vector pSP72new.Kpnl/Sall. Após transformação de HB101, identificação do clone e confirmação da sequência, pSP72newNKi clone #21 foi digerido com Ncol e Kpnl para isolar o fragmento Ncol/Kpnl de 206 pb e pSP72newKSi clone #32 foi digerido com Kpnl e Sall para isolar o fragmento Kpnl/Sall de 233 pb. O plasmideo ps.MEFA7.1 foi montado ligando os seguintes fragmentos no vector de expressão em leveduras pBS24.lBamtil/SalI (ver, Figura 8): o fragmento BamEI/HindIII de 1896 pb, descrito acima para ps.MEFA7; o fragmento HindIII/Sphl de 1560 pb descrito acima for ps.MEFA7; um fragmento Sphl/Ncol de 776 pb isolado a partir de ps.MEFA7 codificando os epitopos 5-1-1, epitopo clOO e epitopo NS5 ; o fragmento Ncol/Kpnl de 206 pb; e o fragmento Kpnl/Sall de 233 pb. A estirpe AD3 de S. cerevisiae foi transformada com ps.MEFA7.1 e transformantes únicos foram avaliados quanto à expressão pós depleção de glucose no meio, como descrito acima. A proteína recombinante foi expressa a níveis elevados em levedura, conforme detectado por coloração com azul de Coomassie. O antigénio MEFA 7.1 foi purificado como se segue. As células de S. cerevisiae que expressam MEFA 7.1 foram recolhidas como descrito acima. As células foram ressuspendidas em tampão 61 de lise (50 mM de Tris, 0,15 M de NaCl, 1 mM de EDTA, pH 8,0) e lisadas num Dyno-Mill (Wab Willy A. Bachofen, Basel, Suiça) ou equipamento equivalente utilizando esferas de vidro. O lisado foi centrifugado a 10000 rpm, 30 min num rotor JA-10, e o sedimento contendo a fracção de proteína insolúvel foi lavada com concentrações crescentes de Ureia (1 M, 2 M, 3 M) em tampão de lise. A proteína foi solubilizada a partir do sedimento da centrifugação com 0,1 N de NaOH, 4 M de Ureia, 50 mM de DTT em tampão de lise. Os resíduos celulares foram removidos por centrifugação a 14000 rpm, 20 min num rotor JA-14. O sobrenadante foi ajustado para pH 8,0 com β N de HC1 para precipitar proteínas insolúveis sob estas condições. O precipitado foi removido por centrifugação a 14000 rpm, 20 min num rotor JA-14. O sobrenadante foi ajustado para 2,3% de SDS e aquecido a 70-75 °C em água fervente, depois arrefecida à temperatura ambiente. As proteínas na mistura foram fraccionadas por filtração em gel, num Pharmacia Sephacryl S-400 HR em PBS contendo 0,1 % SDS, 1 mM de EDTA e ajustado a pH 7,4. As fracções eluídas da coluna contendo MEFA 7.1 foram recolhidas, misturadas, e concentradas numa membrana Amicon YM-30. As fracções da filtração misturadas foram ajustadas a 2,3% de SDS, 50 mM de DTT, e aquecido/arrefecido como acima. Esta mistura foi submetida a um segundo passo de filtração gel numa coluna Pharmacia Sephacryl S-300 HR nas mesmas condições do primeiro passo da filtração em gel. 62 EXEMPLO 2

Produção Recombinante de um Epitopo Conformacional NS3/4a

Um epitopo conformacional de NS3/4a foi obtido como se segue. Este epitopo possui a sequência especificada nas Figuras 3A a 3D e difere da sequência nativa nas posições 403 (aminoácido 1428 da sequência de HCV-1 de comprimento total) e 404 (aminoácido 1429 da sequência de comprimento total de HCV-1 de comprimento total sequência) . Especificamente, a Thr que ocorre normalmente na posição 1428 da sequência nativa sofreu uma mutação para Pro e Ser que ocorre na posição 1429 da sequência nativa foi mutada para Ile.

Em particular, o vector de expressão de levedura utilizado foi o pBS24.1, descrito acima. O plasmideo pd.hcvla.ns3ns4aPI, que codificava uma epitopo NS3/4a representativo utilizado nos imunoensaios visados, foi produzido como se segue. Foi utilizado um processo de dois passos. Primeiro, os fragmentos de ADN que se seguem foram ligados uns aos outros: (a) oligonucleótidos sintéticos que proporcionam um sitio de clonagem 5'HindIII, seguido pela sequência ACAAAACAAA, o iniciador ATG, e codões para HCVla, começando com o aminoácido 1027 e continuando até ao sitio BglI no aminoácido 1046; (b) um fragmento de restrição BglI-Clal de 683 pb (codificando os aminoácidos 1046-1274) de pAcHLTns3ns4aPI; e (c) um vector pSP72 (Promega, Madison, WI, Número de Acesso GenBank/EMBL X65332) que foi digerido com HindIII e Ciai, desfosforilado, e purificado a partir do gel O plasmideo pAcHLTns3ns4aPl foi derivado de pAcHLT, um vector de expressão de baculovirus disponível comercialmente a partir de BD Pharmingen (San Diego, CA) . Em particular, foi preparado um vector pAcHLTEcoRI-Pstl, assim como os seguintes fragmentos: 63

EcoRI-Alwnl, 935 pb, correspondentes aos aminoácidos 1027-1336 do genoma de HCV-1; Alwnl-SacII, 247 pb, correspondentes aos aminoácidos 1336-1419 do genoma de HCV-1; Hinfl-Bgll, 175 pb, correspondentes aos aminoácidos 1449-1509 do genoma de HCV-1; BglI-PstI, 619 pb, correspondentes aos aminoácidos 1510-1711 do genoma de HCV-1, mais o codão de terminação da transcrição. Um fragmento SacII-Hinfl produzido sinteticamente de 91 pb, correspondentes aos aminoácidosl420-1448 do genoma de HCV-1 e contendo as mutações PI (Thr-1428 mutado para Pro, Ser-1429 mutado para Ile), foi ligado com o fragmento Hinfl-Bgll de 175 pb e o fragmento Bgll-PstI de 619 pb descrito acima e subclonado num vector pGEM-5Z(+) digerido com SacII e PstI. O pGEM-5Zf(+) é um vector de E. coli disponível comercialmente (Promega, Madison, WI, Número de Acesso GenBank/EMBL NumberX65308). Após transformação de células HB101 competentes, a análise em mini-rastreio dos clones individuais e verificação da sequência, foi purificado, a partir do gel, um fragmento SacII-PstI de 885 pb, a partir de pGEM5.PI do clone2. Este fragmento foi ligado com o fragmento EcoRI-Alwnl de 935 pb, o fragmento Alwnl-SacII de 247 pb e o vector pAcHLTEcoRI-Pstl, descrito acima. A construção resultante foi denominada pAcHLTns3ns4aPI. A mistura de ligação acima foi transformada em células competentes HB101 e plaqueada em placas de agar de Luria contendo 100 pg/mL de ampicilina. A análise de miniprep dos clones individuais levou à identificação de possíveis positivos, dois dos quais foram amplificados. Foi preparado o ADN do plasmídeo para pSP72 laHC, clones#l e #2, com um kit Qiagen Maxiprep e foram sequenciados. 64

Depois, foram ligados os seguintes fragmentos: (a) um fragmento HindIII-Clal de 761 pb a partir de pSP721aHC #1 (pSP72.1aHC foi produzido pela ligação dos seguintes: pSP72 que tinha sido digerido com HindIII e Ciai, oligonucleótidos sintéticos que proporcionaram um sitio de clonagem 5' tfindIII, seguidos pela sequência ACAAAACAAA, o codão de iniciação ATG, e codões para HCVla, começando no com aminoácido 1027 e continuando até um sitio BglII no aminoácido 1046, e um fragmento de restrição BglII-Clal de 683 pb (codificando os aminoácidos 1046-1274) de pAcHLTns3ns4aPI); (b) um fragmento BamRI-HindlII de 1353 pb para o promotor híbrido de levedura ADH2/GAPDH; (c) um fragmento Cial-Sail de 1320 pb (codificando os aminoácidos 1046-1711 de HCVla com Thr 1428 mutado para Pro e Ser 1429 mutada para Ile) a partir de pAcHLTns3ns4aPI; e (d) o vector de expressão de levedura pBS24.1 que tinha sido digerido com BamEI e Sall, desfosforilado e purificado a partir do gel. A mistura de ligação foi transformada em HB101 competentes e plaqueada em placas de agar de Luria contendo 100 pg/mL de ampicilina. As análises de miniprep de colónias individuais levaram à identificação de clones com a inserção BamHI-SalI esperada de 3446 pb, que era constituído pelo promotor ADH2/GAPDH promotor, o codão de iniciação ATG e HCVlaNS3/4a dos aminoácidos 1027-1711 (apresentados como aminoácidos 1-686 das Figuras 3A-3D), com Thr 1428 (aminoácido na posição 403 das Figuras 3A-3D) mutado para Pro e Ser 1429 (aminoácido na posição 404 das Figuras 3A-3D) mutado para Ile. A construção foi denominada pd.HCVla.ns3ns4aPI (ver, Figura 9). A estirpe AD3 de S. cerevisiae foi transformada com pd.HCVla.ns3ns4aPI e os transformantes únicos foram avaliados quanto à expressão após depleção de glucose no meio. A proteína recombinante foi expressa a níveis elevados em levedura, 65 conforme detectado por coloração com azul de Coomassie e confirmado por análise de imunotransferência utilizando um anticorpo policlonal para o domínio da helicase de NS3. EXEMPLO 3

Purificação do epitopo conformacional NS3/4a 0 epitopo conformacional NS3/4a foi purificado como se segue. As células de S. cerevisiae acima, expressando o epitopo NS3/4a foram recolhidas como descrito acima. As células foram ressuspendidas em tampão de lise (50 mM de Tris pH 8,0, 150 mM de NaCl, 1 mM de EDTA, 1 mM de PMSF, 0,1 μΜ de pepstatina, 1 μΜ de leupeptina) e lisadas num Dyno-Mill (Wab Willy A. Bachofon, Basel, Suiça) ou equipamento equivalente utilizando esferas de vidro, a uma proporção de 1:1:1 de células:tampão: esferas de vidro de 0,5 mm. O lisado foi centrifugado a 30100 x g durante 30 min a 4 °C e o sedimento contendo a fracção de proteína insolúvel foi adicionada a tampão de lavagem (6 mL/g de peso de sedimento de células iniciais) e agitado à temperatura ambiente durante 15 min. O tampão de lavagem consistiu em 50 mM de NaPCL pH 8,0, 0,3 M de NaCl, 5 mM de β-mercaptoetanol, 10% de glicerol, 0,05% octilglucósido, 1 mM de EDTA, 1 mM de PMSF, 0,1 μΜ de pepstatina, 1 μΜ de leupeptina. Os resíduos celulares foram removidos por centrifugação a 30100 x g durante 30 min a 4 °C. O sobrenadante foi rejeitado e o sedimento foi retido. A proteína foi extraída a partir do sedimento como se segue. Foram adicionados 6 mL/g de tampão de extracção e agitou-se à temperatura ambiente durante 15 min. O tampão de extracção consistiu em 50 mM de Tris pH 8,0, 1 M de NaCl, 5 mM de 66 β-mercaptoetanol, 10% de glicerol, 1 mM de EDTA, 1 mM de PMSF, 0,1 μΜ de pepstatina, 1 μΜ de leupeptina. Isto foi centrifugado a 30100 x g durante 30 min a 4 °C. O sobrenadante foi retido e foi adicionado a 17,5% utilizando a seguinte fórmula: volume de sobrenadante (mL) multiplicado por x% de sulfato de amónio/(l-x% de sulfato de amónio) = mL de sulfato de amónio saturado a 4,1 M a adicionar ao sobrenadante. O sulfato de amónio foi adicionado gota a gota enquanto se agitava em gelo e a solução foi agitada em gelo durante 10 min. A solução foi centrifugada a 17700 x g durante 30 min a 4 °C e o sedimento foi retido e armazenado a 2 °C a 8 °C durante até 48 h.

O sedimento foi ressuspenso e aplicado numa coluna Poly U (Poly U Sepharose 4B, Amersham Pharmacia) a 4 °C como se segue. O sedimento foi ressuspenso em 6 mL de tampão de equilíbrio de Poly U por grama de peso de sedimento. O tampão de equilíbrio consistiu em 25 mM de HEPES pH 8,0, 200 mM de NaCl, 5 mM de DTT (adicionado fresco), 10% de glicerol, 1,2 de octilglucósido. A solução foi agitada a 4 °C durante 15 min e centrifugada a 31000 x g durante 30 min a 4 °C. Foi preparada uma coluna de Poly U (1 mL de resina por grama de peso de sedimento inicial) . A taxa de fluxo linear foi de 60 cm/h e a taxa de fluxo de empacotamento foi 133% de 60cm/h. A coluna foi equilibrada com tampão de equilíbrio e o sobrenadante do sedimento de sulfato de amónio ressuspendido foi aplicado numa coluna equilibrada. A coluna foi lavada até à linha de base com o tampão de equilíbrio e a proteína eluída com um passo de eluição no seguinte tampão de eluição de Poly U: 25 mM de HEPES pH 8,0, 1 M de NaCl, 5 mM de DTT (adicionado fresco), 10% de glicerol, 1,2 octilglucósido. O eluato da coluna foi aplicado em SDS-PAGE (corado com Coomassie) e fracções foram congeladas e armazenadas a -80 °C. A presença do epitopo NS3/4a foi confirmada por transferência de 67

Western, utilizando um anticorpo policlonal dirigido contra o dominio NS3 da protease e um anticorpo monoclonal contra o epitopo 5-1-1 (HCV 4a).

Adicionalmente, a actividade enzimática da protease foi monitorizada durante a purificação, como se segue. Um péptido de NS4A (KKGSVVIVGRIVLSGKPAIIPKK), e a amostra contendo o epitopo conformacional NS3/4a, foram diluídas em 90 pL de tampão de reacção (25 mM de Tris, pH 7,5, 0,15 M de NaCl, 0,5 mM de EDTA, 10% de glicerol, 0,05 de n-Dodecil B-Maltósido, 5 mM de DTT) e foram deixados a misturar durante 30 minutos à temperatura ambiente. Foram adicionados 90 pL da mistura a uma placa de microtitulação (Costar, Inc., Corning, NY) e foi adicionado 10 pL de substrato de HCV (AnaSpec, Inc., San Jose CA). A placa foi misturada e lida num leitor Fluostar. Os resultados foram expressos como unidades de fluorescência relativa (RFU) por minuto.

Utilizando estes métodos, o produto da extracção com 1 M de NaCl continha uma actividade 3,7 RFU/min, o precipitado de sulfato de amónio tinha uma actividade de 7,5 RFU/min e o produto da purificação por Poly U tinha uma actividade de 18,5 RFU/min. EXEMPLO 4

Revestindo o Suporte Sólido com os Antigénios de HCV

O epitopo conformacional NS3/4a de HCV e antigénio MEFA 7.1 foram aplicados no revestimento das placas como se segue. O tampão de revestimento de HCV (50 mM de NaP04 pH 7,0, 2 mM de 68 EDTA e 0,1% Cloroacetamida) foi filtrado através de uma unidade de filtração de 0,22 μ. Foram então adicionados os seguintes reagentes, sequencialmente, ao tampão de revestimento de HVC e agitados após cada adição: 2 pg/mL de BSA Modificada com Sulfidrilo, a partir de uma solução a 10 mg/mL (Bayer Corp. Pentex, Kankakee, Illinois); 5 mM de DTT a partir de uma solução a 1 M (Sigma, St. Louis, MO); 0,45 pg/mL de NS3/4a (concentração de proteína de 0,3 mg/mL); 0,375 pg/mL de MEFA 7.1 (concentração de proteína de 1 mg/mL) . A solução final foi agitada durante 15 minutos à temperatura ambiente.

Foram adicionados 200 pL da solução acima a cada poço de uma placa Costar de ligação elevada, de fundo plano (Corning Inc., Corning, Nova Iorque) e as placas foram incubadas durante a noite numa câmara húmida. As placas foram então lavadas com tampão de lavagem (1 x PBS, 0,1% de TWEEN-20), sacudidas para secar e foram adicionados 285 pL de Ortho Post-Coat Buffer (1 x PBS, pH 7,4, 1% de BSA, 3% de sacarose). As placas foram incubadas durante, pelo menos, 1 hora, sacudidas e secas durante a noite a 2-8 °C. As placas foram embaladas com desidratantes para utilização futura. EXEMPLO 5

Estudos Precoces de Seroconversão O desempenho dos antigénios NS3/4a e MEFA 7.1 num ensaio de combinação (HCV 4.0) foi comparado com outros ensaios de HCV para testar os limites de detecção da seroconversão e para comparar estes limites com os obtidos em outros ensaios disponíveis comercialmente. Foram utilizados painéis de amostras 69 de sangue humano disponíveis comercialmente que foram infectados com HCV. Os painéis PHV são apresentados nas tabelas abaixo foram adquiridos da Boston Biomedica, Inc., West Bridgewater, MA (BBI). Os painéis 6212 foram adquiridos a Bioclinical Partners, Franklin, MA (BCP). Os painéis SC painéis foram adquiridos a North American Biologics, Inc., BocoRatan, FL (NABI). 0 dia em que as amostras de sangue foram obtidas está indicado nas tabelas. 0 ensaio HCV 4.0 foi conduzido como se segue. Foram adicionados 200 pL de tampão de diluição do espécime (lg/L caseína, 100 mg/L SOD humana recombinante, 1 g/L de cloracetamida, 10 g/L BSA, 500 mg/L de extracto de levedura, 0,366 g/L de EDTA, 1,162 g/L KP04, 5mL/L de Tween-20, 29,22 g/L de NaCl, 1, 627 g/L de NaP04, 1% de SDS) às placas revestidas. Foram então adicionados 20 pL de todas as amostras. Isto foi incubado a 37 °C durante uma hora. As placas foram lavadas com tampão de lavagem (1 x PBS, pH 7,4, 0,1% de Tween-20). Foram adicionados 200 pL de solução de conjugado (um anti-IgG humana-HRP de murganho, tal como anti-IgG humano-HRP de murganho diluído de 1: 22000 em ORTHO HCV 3.0 ELISA Test System com diluente do conjugado Enhanced SAVe (Ortho Clinicai Diagnostics, Raritan, Nova Jersey) e incubados durante 60 minutos a 37 °C. isto foi lavado como acima, e foram adicionados 200 p de solução de substrato (1 comprimido OPD/10 mL) . O comprimido OPD contém di-cloridrato de o-fenilenediamina e peróxido de hidrogénio para o desenvolvimento da reacção de cor da peroxidase de rábano. Isto foi incubado durante 30 minutos à temperatura ambiente no escuro. A reacção foi interrompida por adição de 50 pL de H2SO4 a 4 N e as placas foram lidas a 492nm, em relação à absorvência a 690 nm como controlo. 70

Os outros ensaios utilizados no estudo foram como se segue: 0 ensaio Abbott PRISM (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL) , está disponível comercialmente e é um ensaio de detecção com base em anticorpo. 0 ensaio foi executado utilizando as instruções do fabricante. 0 ORTHO HCV Version 3.0 ELISA Test System (HCV 3.0) (Ortho Clinicai Diagnostics, Raritan, Nova Jersey) é um ensaio de detecção com base em anticorpo. O ensaio foi conduzido utilizando as instruções do fabricante. O ensaio Pasteur MONOLISA anti-HCV Plus Version 2 (Sanofi Diagnostics Pasteur, Marnes-la-Coquette, França) é um ensaio de detecção com base em anticorpo. O ensaio foi executado utilizando as instruções do fabricante. O desempenho do ensaio HCV 4.0 foi comparado com os ensaios HCV 3.0, PRISM e Pasteur (ver, Tabelas 3 e 4). Os anticorpos de HCV presentes nos painéis de sangue (anti-c33c ou anti-c22) são apresentados na Tabela 4. Em particular, 17 painéis de seroconversão de três fontes comerciais apresentadas acima, foram ensaiadas utilizando as técnicas acima. Como pode ser observado, para os painéis c33c, HCV 4.0 apresentou uma detecção precoce (por 1-3 colheitas de sangue) do que HCV 3.0 em 9 de 9 c33c painéis, e detecção mais precoce do que PRISM em 6 de 9 painéis e detecção equivalente como comparado com PRISM em 3 de 9 painéis. Para os painéis c22, o HCV 4.0 apresentou detecção precoce em relação a HCV 3.0 em 3 de 8 painéis e detecção equivalente nos outros 5 painéis. HCV 4.0 também apresentou detecção mais precoce do que PRISM em 2 de 8 painéis e detecção equivalente em 6 de 8 painéis. O intervalo de melhoramento observado foi de 2-14 dias ao longo dos ensaios de HCV 3.0 e PRISM. 71 TABELA 3 HCV Orto Abbott 4 . 0 Hcv 3.0 Prism

HCV Orto Abbott 4 . 0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da sangria s s/co s/co s/co PHV 907-1 0 0,030 0, 05 0,01 0,09 PHV 907-2 4 0,023 0, 03 0,01 0,09 PHV 907-3 7 0,021 0, 03 0,01 0,11 PHV 907-4 13 0,148 0,22 0,13 0,35 PHV 907-5 18 1,726 2, 62 0,83- _, ·.: 72

Orto

Abbott

HCV 4 . 0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da sangria s s/co s/co s/co PHV 907-6 21 2,785 -, ' , PHV 907-7 164 3,279 , . , 5,16 PHV 908-1 0 0,029 “™ÕTÕ4™“ 0,07 PHV 908-2 3 0,079 0,12 0,01 0,08 PHV 908-3 5 0,399 0, 61 0,01 0,13 PHV 908-4 11 1,780 , 0,50 , PHV 908-5 13 2,068 0, 67 , ' PHV 908-6 19 2,793 PHV 908-7 25 3,390 jllllSlllll ,.. , -> PHV 908-8 27 3,299 , , - , 1 : PHV 908-9 32 3,474 , - ·, PHV 908-10 35 3,707 ., PHV 908-11 41 3,363 llllllilll , , - PHV 908-12 45 3,372 lllllllllll , - PHV 908-13 48 3,278 5,56 HCV Orto Abbott 4.0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da s s/co s/co s/co sangria PHV 913-1 0 0,060 0, 09 0,01 0,08 PHV 913-2 2 0,242 0,37 0,02 0,10 PHV 913-3 7 0,893 ·, - 0,43- 0,5- PHV 913-4 9 1,141 0,54- 0,59- PHV 914-1 0 0,033 :,:. 0,00 0,06 PHV 914-2 5 0,024 0, 04 0,01 0,06 PHV 908-3 9 0,135 0,21 0,01 0,06 73

Orto

Abbott

HCV 4 . 0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da sangria s s/co s/co s/co PHV 908-4 12 2,653 ' 0,04 0,09 PHV 908-5 16 3,020 0,33- 0,47- PHV 908-6 19 2,302 11111 0,82- 0,9- PHV 908-7 24 2,697 111! , PHV 908-8 30 2,744 -, - -, "T PHV 908-9 33 2,991 lllillllll 1111 iiiliiliii HCV Orto Abbott 4.0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da s s/co s/co s/co sangria 6212-1 11/16/95 0,723 . 0,01 0,08 6212-2 11/28/95 2,716 , 0,85 , - 6212-3 11/30/95 3,117 4,74 ., . T , ' 6212-4 12/09/95 3,278 1111 6212-5 12/12/95 3,527 , - , 6212-6 12/18/95 3,292 lililliliilil 5,51 6212-7 12/23/95 3,096 4,71 , 6212-8 01/08/96 3,241 llllll I ,, 6212-9 01/10/96 3,306 , , s 6213-1 01/16/96 0,035 , , 0,09 6213-2 01/18/96 0,028 0, 04 0,00 0,07 6213-3 01/24/96 0,037 O o CD 0,01 CO o o 6213-4 01/27/96 0,047 0, 07 0,01 0,09 6213-5 01/31/96 0,034 0, 05 0,01 0,07 6213-6 02/03/96 0,037 0, 06 0,01 0,07 6213-7 02/13/96 0,056 0, 09 0,01 0,07 74

HCV

Orto

Abbott 4 . 0 Hcv 3.0 Prism ID Dia da s s/co s/co s/co sangria 6213-8 02/15/96 0,027 0, 04 0,01 0,06 6213-9 02/20/96 0,098 0,15 0,01 0,11 6213-10 02/22/96 1,572 0,46- ......j ·.·'....... f 6213-11 02/28/96 3,410 , ,' 4,75 6213-12 03/02/96 3,224 4 67 4 1 t - -· -r / r.' ; / 6214-1 01/13/96 0,042 ΗΓΓοΤ'' 0,09 6214-2 01/15/96 0,016 0, 02 0,00 0,07 6214-3 01/21/96 0,035 0, 05 0,00 0,07 6214-4 01/23/96 0,028 0, 04 0,00 0,07 6214-5 01/29/96 0,031 0, 05 o o o CO o o 6214-6 01/31/96 0,028 0, 04 0,00 0,09 6214-7 02/05/96 0,364 0,55 0,01 0,59 6214-8 02/07/96 0,916 o o ND 1 6214-9 02/12/96 2,290 , 0,94- 6214-10 02/14/96 3,669 lllll , 3,05 6214-11 03/02/96 3,523 T, ~ ;, 'T r, 6214-12 03/06/96 3,125 llllllllllll 6214-13 03/09/96 3,246 , lililillillililil 6222-1 08/18/96 0,023 0, 03 0,01 0,08 6222-2 08/20/96 0,151 0,23 0,00 0,06 6222-3 09/04/96 0,053 0, 08 0,00 0,06 6222-4 09/04/96 0,016 0, 02 0,00 0,06 6222-5 09/11/96 0,015 0, 02 0,00 0,07 6222-6 09/13/96 0,009 0, 01 0,00 0,06 6222-7 09/23/96 0,817 , 0,04 0,36 75 6222-8 09/27/96 2,862 , -, , SC-0030-A 1 0,024 :,:- 0,05 SC-0030-B 40 1,658 , I ^Γ1 σο ο 1 ^Γ1 LO ο SC-0030-C 45 2,372 -, ' 3,15 SC-0040-A 1 0,773 , 0,02 0,09 SC-0040-B 3 1,491 fllllSIlllili 0,12 0,54 SC-0040-C 8 2,400 0,77- SC-0040-D 10 2,639 ΙΙΒΙΙΙ1ΙΙΙΙΙ SC-0040-E 15 3,423 !ΙΒΙΙ|ΐ|| , ·. 76 TABELA 4

Dias de sangria detecçâo precoce Painel HCV 3.0 Abbott Painéis Painéis Prism precoces c33c precoces c22 #1 c33c PHV 904 2 2 PHV 904 PHV 907 #2 c33c PHV 905 7 3 PHV 905 PHV 909 #3 c22 PHV 907 3 0 PHV 908 PHV 910 #4 c33c PHV 908 8 0 PHV 914 PHV 911 #5 c22 PHV 909 0 0 6212 PHV 912 #6 c22 PHV 910 0 0 6213 PHV 913 #7 c22 PHV 911 0 0 6214 SC-0010 #8 c22 PHV 912 0 0 6222 SC-0030 #9 c22 PHV 913 2 2 SC-0040 #10 c33c PHV 914 12 12 #11 c33c 6212 14 12 #12 c33c 6213 6 0 #13 c33c 6214 7 0 #14 c33c 6222 4 4 #15 c22 SC-0010 0 0 #16 c22 SC-0030 5 5 #17 c33c SC-0040 9 7 Gama de melhoramento 2-14 2-12 dias dias EXEMPLO 6

Sensibilidade ao Genótipo HCV 4.0 A sensibilidade ao genótipo do ensaio HCV 4.0 foi comparada com os ensaios HCV 3.0 e Pasteur, descritos acima. Em particular, amostras de 10 diferentes genótipos de HCV, 77 especificados na Tabela 5, foram diluídos como indicado na tabela (2 vezes ou 10 vezes dependendo da titulação da amostra inicial) e utilizados nos três ensaios, utilizando os processos descritos acima. Todos os três testes foram aplicados simultaneamente. Os dados são apresentados como de sinal ou bruta. Os dados sugerem que o prototipo HCV 4.0 é mais sensível na detecção de amostras de genótipo diluídas. TABELA 5 HCV 4.0 e Sensibilidade à Diluição do Genótipo

Protótipo HCV 4.0 Orto HCV 3.0 Monolisa Ver. 2 Pasteur Protótipo HCV 4.0 Orto HCV 3.0 Monolisa Ver. 2 Pasteur diluição Genótipo s s s Genótipo s s s 1:2500 lb 2,866 1,007 0,694 4b/c 2,478 0,701 0,551 1:5000 2,074 0,393 0,218 1,125 0,256 0,195 1:10000 1,099 0,159 0,084 0,609 0,087 0,076 1:20000 0,43 0,045 0,028 0,216 0,035 0,033 1:2500 2b 1,430 0,295 0,658 4a 2,831 0,632 0,462 1:5000 0,551 0,108 0,207 1,752 0,193 0,181 1:10000 0,225 0,032 0,061 0,717 0,069 0,076 1:20000 0,074 0,010 0,019 0,248 0,015 0,025 1:2500 2a/c 1,952 0,467 1,653 4c 1,751 0,457 1,147 1:5000 0,917 0,136 0,782 0,856 0,169 0,474 1:10000 0,395 0,049 0,286 0,384 0,055 0,178 1:20000 0,108 0,011 0,105 0,141 0,018 0,058 1:2500 3a 2580 0,514 0,941 5a 2,682 1,496 2,271 1:5000 1,622 0,218 0,353 2,744 0,827 0,988 1:10000 0,873 0,067 0,164 1,587 0,316 0,395 1:20000 0,398 0,023 0,050 0,726 0,097 0,120 1:2500 3e 1,207 0,158 0,291 1:10 6 3,516 3,247 ND 1:5000 0,461 0,039 0,114 1:100 3,602 3,594 ND 1:10000 0,155 0,011 0,053 1:1000 3,224 2,863 ND 1:20000 0,054 0,003 0,024 1:10000 1,192 0,380 ND 78 EXEMPLO 7

Estudos de Competição 0 estudo seguinte de competição foi conduzido de modo a avaliar se o epitopo conformacional NS314a detectou diferentes anticorpos para além de antigénios de HCV. Em particular, o antigénio NS314a foi comparado com o antigénio c200 como se segue.

Foram misturados 0,5 pg e 1,0 pg de NS3/4a, produzido como descrito acima, ou c200 (Hepatology (1992) 15: 19-25, disponível no ORTHO HCV Version 3.0 ELISA Test System, Ortho-Clinical Diagnostics, Raritan, Nova Jersey), com 20 pL de amostra PHV914-5 (uma colheita de seroconversão obtida de sangue de um indivíduo infectado) num volume total de 220 pL (1 x PBS) . A mistura foi incubada durante 1 hora em micropoços a 37 °C. a mistura foi então transferida para placas revestidas com NS3/4a e incubada durante 1 hora a 37 °C. As placas foram lavadas e ensaiadas como se segue.

Foi adicionado 1 pg de antigénio c200 a 10 pL de amostra PHV914-5 num volume total de cerca de 220 pL. A mistura foi incubada durante 1 hora num micropoço a 37 °C e foram transferidos 200 pL para uma placa revestida com NS314a (100 ng/ensaio) e incubada durante 1 hora a 37 °C. As placas foram lavadas cinco vezes com 1 x PBS, 0,1% de Tween-20. Foram adicionados 200 pL de solução de conjugado (acima descrito), e as placas incubadas e ensaiadas como descrito no Exemplo 4 para o ensaio HCV 4.0. Os controlos, que consistiram em PHV914-5 e 1 x PBS (sem antigénio) foram também tratados como acima. 79

Os resultados estão apresentados na Tabela 6. Os resultados da percentagem de inibição apresentados na coluna 4 são calculados para a coluna 3 menos (coluna 2 dividida pela coluna 3 vezes 100) . Como pode ser observado, os dados mostram que NS34a é neutralizado pela precoce soroconversão dos anticorpos e c200 não. Foi conseguido um sinal forte quando nos anticorpos no painel de soroconversão precoce, o membro PHV914-5 c33c reagiu com o NS34a no revestimento da placa. 0 antigénio c200 não foi neutralizado por estes anticorpos. Isto é apresentado no painel do cimo da Tabela 6. Quando o NS34a foi misturado com a amostra PHV914-5, foi neutralizado e deste modo, não estavam presentes anticorpos na amostra para reagir com NS34a que revestia a microplaca. Os dados indicam que NS34a pode estar a detectar uma classe diferente de anticorpos do que a detectada por c200. TABELA 6

Estudos de Competição para Apresentar Antigénio NS34a Detecta Anticorpos Diferentes no Painel de Seroconversão de c33c Precoce em Comparação com o Antigénio c200 1 pg 1 pg 0,5 pg 0,5 pg 1 2 3 4 ♦Controlo % de c200 + PHV914-5 1XPBS Inibição s s 80

1 2 3 4 c200 + PHV914-5 *Controlo 1XPBS % de Inibição NS3/4a + s PHV914-5 s 1 pg s 0,054 s 1,599 97 1 pg 0,037 1,677 98 0,5 pg 0,066 1,672 96 0,5 pg NA 1,524 NA EXEMPLO 8

Estudos de Estabilidade do Epitopo Conformacional NS3/4a

Para avaliar o papel da estabilidade do epitopo NS3/4a para ensaiar o desempenho, foi realizado o seguinte estudo para determinar a imunorreactividade de NS3/4a versus o tempo à temperatura ambiente.

Foram deixadas em repouso pequenas fracções de stock de NS3/4a à temperatura ambiente e depois foram congeladas a intervalos, como apresentado na Tabela 7. Todos os frascos foram revestidos simultaneamente e testados contra dois painéis de seroconversão de NS3 precoce. Os ensaios foram conduzidos como descrito acima no Exemplo 5 para HCV 4.0.

Como pode ser observado na Tabela 7, o stock de NS3/4a não é estável e a imunorreactividade diminui com o tempo. Adicionalmente, é necessário manter a conformação de NS3/4a para a imunorreactividade.

Foram realizados outros estudos de estabilidade como se segue. Dois anticorpos monoclonais conformacional produzidos 81 contra NS3/4a utilizando processos convencionais foram substituídos para painéis de seroconversão anti-HCV precoce. Os frascos de stock de NS3/4a foram armazenados à temperatura ambiente a intervalos de tempo de 3, 6 e 24 horas. 0 NS3/4a dos frascos congelados foi revestido a 90 ng/mL e ensaiado utilizando o processo descrito acima. Os resultados sugeriram que os dois monoclonais eram na verdade conformacionais e a sua reactividade foi sensível ao manuseamento de stock de antigénio NS3/4a à temperatura ambiente. A reactividade de um anticorpo monoclonal positivo de controlo não se alterou. TABELA 7

Teirçpo (h) 0 6 21,4 29 35,5 46 52 Controlo A D G H I K N Referência s/oo s/oo s/oo s/oo s/oo s/oo s/co s/co PHV 904-1 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 904-2 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 904-3 . 0,3 0,1 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 904-4 3,7 , 0,2 0,1 0,1 0,1 0,1 4,4 PHV 904-5 . 0,7 0,6 0,3 0,2 0,3 .............5,5:............ PHV 904-6 . 1. r — -rC 0,6 0,5 0,6 5,8 PHV 904-7 1111....... 1,0 0,5 0,7 5,4 PHV 914-1 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 914-2 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 914-3 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 PHV 914-4 0,5 0,1 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,7 PHV 914-5 li 111 0,4 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 3,0- PHV 914-6 lll li \ 0,4 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 3,4' PHV 914-7 i! lii ij 0,5 o,i 0,1 0,0 0,0 0,0 4,9 PHV 914-8 lll II \ 0,7 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 4,9 Enzima RFU/min 8,75 4,14 3,08 1,88 1,75 1,75 0,75 82 EXEMPLO 9

Imunorreactividade de Epitopo conformacional NS3/4a Versus NS3/4a Desnaturado A imunorreactividade do Epitopo conformacional NS3/4a, produzido como descrito acima, foi comparada com NS3/4a que tinha sido desnaturado adicionando SDS à preparação de Epitopo conformacional NS3/4a para uma concentração final de 2%. 0 NS3/4a desnaturado e o NS3/4a conformacional foram utilizados para revestir placas de microtitulação, como descrito acima. 0 antigénio c200 (Hepatology (1992) 15:19-25, disponível no ORTHO HCV Version 3.0 ELISA Test System, Ortho-Clinical Diagnostics, Raritan, Nova Jersey) foi também utilizado para revestir placas de microtitulação. O antigénio c200 foi utilizado como uma comparação presume-se que seja não conformacional devido à presença de agente de redução (DTT) e detergente (SDS) na sua formulação. A imunorreactividade foi testada contra dois painéis de seroconversão HCV precoce, PHV 904 e PHV 914 (amostras de sangue humano disponíveis comercialmente de Boston Biomedica, Inc., West Bridgewater, MA), utilizando o processo de ensaio de ELISA descrito acima. Os resultados são apresentados na Tabela 8. Os resultados sugerem que a forma desnaturada ou linearizada de NS3/4a (bem como de c200) não detectem painéis de seroconversão precoce tão cedo como o Epitopo conformacional NS3/4a. 83 TABELA 8 NS3/4a vs. NS3/4a desnaturado *Adicionado SDS a 2% ao stock de NS3/4a NS3/4a dNS3/4a* c200 NS3/4a dNS3/4a* c200 D. 0. D. 0. D. 0. s/co s/co s/co HCV PHV 904-1 0,012 0,012 0,009 0,02 0,02 0, 01 Serocon- versões PHV 904-2 0,011 0,009 0,008 0,02 0,01 0,01 PHV 904-3 1,124 0,071 0,045 , 0,11 0,07 PHV 904-4 2,401 0,273 0,129 3,85 0,44 0,21 PHV 904-5 3,022 0,793 0,347 4,85 , 0,57 PHV 904-6 2,711 1,472 0,774 4,85 2,37 , . PHV 904-7 3,294 1,860 0,943 5,28 2,99 t - PHV 914-1 0,006 0,004 0,001 0,01 0,01 0,00 PHV 914-2 0,005 0,004 0,002 0,01 0,01 0,00 PHV 914-3 0,098 0,003 0,001 0,16 0,00 0,00 PHV 914-4 1,118 0,006 0,004 , ' 0,01 0, 01 PHV 914-5 2,035 0,044 0,022 , 0,07 0,04 PHV 914-6 2,092 0,074 0,025 , 0,12 0,04 PHV 914-7 2,519 0,281 0,132 - 0,45 0,22 PHV 914-8 2,746 0,907 0,500 0,82 PHV 914-9 3,084 1,730 0,931 , - , HCV 3.0 Cont. Neg. 0,023 0,024 0,008 Controlos Cont. Neg. 0,027 0,024 0,007 Cont. Neg. 0,021 0,017 0,005 média 0,024 0,022 0,007 Corte 0,624 0,622 0,607 Cont. Pos. 1,239 0,903 0,575 1,99 1,45 0, 95 Cont. Pos. 1,445 0,916 0,614 2,32 1,47 1,01 84 A imunorreactividade do epitopo conformacional foi também testada utilizando anticorpos monoclonais contra NS3/4a, produzidos utilizando processos convencionais. Estes anticorpos monoclonais foram também testados no formato de ELISA descrito acima contra NS3/4a e NS3/4a desnaturado e antigénio c200. Os resultados demonstram que monoclonais anti-NS3/4a reagem com o NS3/4a e NS3/4a desnaturado de um modo semelhante aos dos painéis de seroconversão apresentados na Tabela 9. Este resultado também proporciona evidência adicional de que o NS3/4a é conformacional na natureza como podem ser produzidos anticorpos monoclonais que são semelhantes em reactividade com os painéis de seroconversão em c33c precoce.

Tabela 9 Placa NS3/4a dNS3/4a c200 Monoclonal D. 0. D. 0. D.O. 4B9/E3 1:100 1,820 0,616 0,369 1:1000 1,397 0,380 0,246 1:10000 0,864 0,173 0,070 1:20000 0,607 0,116 0,085 5B7/D7 1:100 2,885 0,898 0,436 1:1000 2,886 0,541 0,267 1:10000 1,672 0,215 0,086 1:20000 1,053 0,124 0,059 1A8/H2 1:100 1,020 0,169 0,080 1:1000 0,921 0,101 0,043 1:10000 0,653 0,037 0,013 1:20000 0,337 0,027 0,011 85

Consequentemente, foram revelados novos ensaios de detecção de HCV. A partir do precedente, deve ser entendido que, embora tenham sido aqui descritas formas de realização especificas da invenção para objectivos de ilustração.

LISTAGEM DE SEQUÊNCIAS

<110> CHIRON CORPORATION

<120> IMUNOENSAIOS PARA ANTICORPOS ANTI-HCV <130> 2302-17039.40 / ppl7039.003 <140> PCT/US/01/19156 <141> 2001-06-14 <160> 7 <170> Patentln Ver. 2.0

<210 > 1 <211> 2058 <212> ADN <213> Sequência Artificial <220> <223> Descrição da Sequência Artificial:

Antigénio conformacional representativo NS3/4a 86 <220> <221> CDS <222> (1). . (2058) <4 0 0> 1 atg gcg ccc ate aeg geg tac gee cag Met l Ala Pro Ile Thr 5 Ala Tyr Ala Gin tgc ata ate acc age eta act ggc çgg Cys 11® II® Thr Ser Leu Thr Gly Arg 20 25 gag gtc cag att gtg tea aet gct gee Glu Vai Gin lie Vai Ser Thr Ala Ala 35 40 ate aat ggg gtg tgc tgg aet gee taç lie Asm Gly Vai cys Trp Thr Vai Tyr SG 55 ate gcg toa ccc aag ggfc ccfc gtc ate Oe Ala Ser Pro Lys Gly Pro Vai ile 65 70 caa gac etc gtg ggc tgg ccc gct ccg Gin Asp Leu Vai Gly Trp Pro Ala Pro 85 ccc tgc aet tgc ggc ccc teg gac ctt Pro Cys Thr Cys Gly Ser Ser Asp Leu 100 105 gat gtc att ccc gtg ege cgg cgg ggt Asp vai ile pro Vai Arg Arg Arg Gly 115 120 teg ccc cgg ccc att tcc tac ttg Ser Pro . Arg Pro Ilé Ser Tyr Leu Lys 130 135 ttg tgc > ccc gcg 1 ggg cac gee gtg ggc Leu i Cys Pro < Ala i Gly His ; Ala Vai Gly 145 150 acc cgt i ífl» ! fftg.· ! gct aag gtg gtg gac Thr· Arg < aiy ' Vai Ala Lys . Ala Val Asp 165 eag aca agg ggc etc eta ggg 48 Gin 10 Thr Arg Gly Leu Leu 15 Gly gac ãaa aac caa gtg sag ggt 96 Asp Lys Asn Gin Val 30 Glu Gly caa acc ttc ctg ges acg tgc 144 Gin Thr Phe Leu 45 Ala Thr Cys cac ggg gee gga acg agg acc 192 His Gly Ala 60 Gly Thr Arg Thr cag atg tat acc aat gta gac 240 Gin Met 75 Tyr Thr Asn vai Asp 80 caa ggt age dga tea ttg acã 288 Gin 90 Gly Ser Arg Ser Leu 95 Thr tac Ctç gtc a cg agg cac gee 336 Tyr Leu Val Thr Arg Bis 110 Ala gat age agg ggc age ctg ctg 384 Asp Ser Arg Gly 125 Ser Lêu Leu ÍJSft tcc teg ggg ggt ccg ctg 432 Gly Ser ser Gly 140 Gly Pro Leu ata ttt ag§ gee gcg gtg tgc 480 Ile Phe Arg Ala 155 Ala Val Cys ISO tfct ate cct gtg gag aac eta 528 Phe 170 Ile Pro Val Gin A&n 175 Leu tet cca oca Ser Pro Pro 190 gag aca acc atg agg tcc ccg gtg ttc acg gat asc tcc Glu Thr Thr Met Arg Ser sro vai. Phe Thr Asp Asn Ser 180 185 87 576 624 624 fta gtg ccc cag age tfcc esg gtg gct cac ctc cat gct ccc aca. me Vai Vai Pro Gin Ser phe Gin val Ala His Léu His Ala Pro Thr Gly 195 200 205 age gge aaa age acc aag gtc ccg gct gea tafc gea gct eag ggc feat Ser Gly Lys Ser Thr Lys Val Pro Ala Ala Tyr Ala Ala Gin Gly Tyr 210 215 220 aag $rtg cta gta ctc aae ccc fccfc gtt gct gea aca ct.g ggc ttt ggt Lys Val Leu Val Leu Asn Pro Ser Val Ala Ala Thr Leu Gly Phe Gly 225 230 235 24p gct tae ate? tcc aag gct cat ggg ate gat cct aac ate agg acc ggg Ale Tyr ttòt Ser Lys Aleí His Gly Ile Aap Pro Asn Ile Arg Thr Gly 245 250 255 0tg aga aca afcfc acc act ggc age ccc ate aeg tac tcc acc tac ggc Val Arg Thr Xle Thr Thr Gly Ser Pro lie Thr Tyr Ser Thr Tyr Gly 260 265 270 aag fcte etfc gee gac ggc ggg tgc teg ggg ggc gct tafc gac ata ata Lys Fhe Leu Alá Àâp Gly Gly Cys Ser Gly Gly Ala Tyr Asp Ile Ile 275 230 285 att tgt gac gag tgc cac tcc acg gat gee aca tcc ate ttg ggc att Ile Cya As;p Glu Cya His Ser Thr Aap Ala Thr Ser Ile Leu Gly Xle 2S0 295 300 ggc act gtc ctt gac caa gea gag act gcg ggg gcg aga cfcg gtt gtg Gly Thr Val Leu Aap Gin Ala Glu Thr Ala Gly Ala Arg Leu Val Val 305 310 315 320 ctc gee acc gee acc cet ceg ggc tcc gtc act gtg ccc cat. ccc aac Leu Ala Thr Ala Thr Pro Pro Gly Ser Val Thr Val Pro His Pro Asn 325 330 335 ate gag gag gtt gct ctg tcc acc acc gga gag ate ccfc ttt tac ggc Ile GiU GlU Val Ala Leu Ser Thr Thr Gly Glu Xle Pro Phe Tyr fâly 340 345 350 aag gct ate ccc ctc gaa gta ate aag ggg ggg aga cat etc ate tfcc Lys Ale Πβ pro Leu Glu Val ile Lys Gly Gly Arg His Leu Xle Fhe 355 360 365 tgt cat tea aag aag aag tgc gac gaa etc gee gea aag ctg gtc gea Cys His 370 Ser Lys Lys Lys Cya 375 Asp GXu Leu Ala Ala 380 Lys Leu Val Ma ttg ggc ate aat gee gtg gee tac tac ege mt ctt. gac gtg tcc gtc Leu Gly Ile Asn Ala val Ala Tyr Tyr Arg Gly Léu Asp Val Ser Val 335 390· 395 400 ate ceg coc ate ggc gat gtt gtc gtc gtg gea acc gat gee ctc atg lie Pro Pro no Cxly Aap Val Val Val Val Ala Thr Asp Ala Leu «et 405 * 410 415 672 720 76 a 816 364 912 960 1008 105$ U04 1152 1200 1243 88 acc ggc tat aeg ggc gae ttc gae teg gtg ata gac tgc aat acg tgt Thr Gly Tyr Thr Gly A&p Phe ASp Ser Vai Ile ASp Cys Asn Thr Cys 420 425 430 gtc acc eag a ca gtc gat ttc age ctt gac oefe acc ttc acc att gag Vai Thr Gin 435 Thr Vai Asp Phe Ser 440 Leu Asp Pro Thr Phe 445 Thr ile Glu aea ate aeg etc CCC caa gat gct gtC tcc ege act caa cgt cgg ggc Thr 'ile Thr Leu Pro Gin Âsp Ala vai Ser Arg Thr Gin .Arg Arg Gly 4S0 455 460 agv act ggc agg 900 aag cca gge ate tac aga ttt gtg gea ccg gg« Arg Thr Gly Arg Gly Lys Pro Gly lie Tyr Arg Phe Vai Ala Pro Gly 465 470 475 480 0*0 ege eec tcc 00c atç ttc gae teg tcc gtc ctc tgt 0&0 tgc tat Clu Arg Pm Ser Gly Mat Phe Asp Ser Ser Vai Leu Cys Glu Cys Tyr 485 480 495 fãC gea ggc tgt gct £00 tif-Stíf gag ctc acg CCC gee gag act aea gtt Mp Ala Gly cys Ala Trp Tyr Glu Leu Thr Pro Ala Glu Thr Thr Vai SOO 505 510 agg ata cga gcg tac atg aac acc ccg ggg ctt CCC íftg tgc cag gac Arg Leu Arg Ala Tyr Met hsn Thr Pro Gly Leu Pro Vai Cys Gin Asp 51.5 520 525 cat ctfc gaa ttt tgg gag ggc gtc ttt aea ggc ctc act cat ata gafc H is Leu Glu Phe Trp Glu Gly vai Phê Thr Gly Leu Thr His ile Asp 530 535 540 gee cae ttt cta tcc cag aea aag cag agt ggg gag aac ctt eefc tac 1680 Ala His Phe Leu Ser Gin Thr Lys Gin Ser Gly Glu Aen Leu Pro Tyr 545 550 555 560 etg gta gcg tac çaa gee ãCC gtg tgc gct agg gct caa gee eet CCC 1728 Leu Vai Ala Tyr Gin Ala Thr Vai Cys Ala Arg Ala Gin Ala Pro Pro 565 570 575 cca teg tgg gac cag atg tgg aag tgt ttg att ege ctc aag CCC acc 1776 Pro Ser Trp Asp Gin Met Trp %s Cys Leu Ile Arg Leu Lys Pro Thr 580 585 590 etc cat ®m eca aea CCC etg cta tac aga ctg ggc gct gtt cag aat 1824 Leu His Gly Pro Thr Pro Leu Leu Tyr Arg Leu Gly Ala Vai Gin Asn 595 600 605 gaa ate acc ctg acg cac eca gtc acc aaa tac ate afcg aea tgc atg 1872 Giu ile Thr Leu Thr HÍS Pro Vai Thr Lys Tyr lia Met Thr cys Met 610 $15 620 89 tcg gcc gac ctg gag gte gtc acg age ace tgg gtg cte gtt ggc gge Ser Ala Asp Leu Glu vai Vai Thr Ser Thr Trp Vai Leu Vai Gly Gly 525 630 635 640 1920 gtc ctg gct gct ttg gcc gcg tafc tgc ctg tea aca ggc tge gtg gte 1968 Vai Leu Ala Ala Leu Ala Ala Tyr Cys Leu Ser Thr Gly Cys Vai Vai MS 650 655 ata gtg ggc agg gtc gtc ttg tec ggg aag ccg gea ate ata ccfc gac lie vai Gly Arg Vai Vai Leu Ser Gly bys Pro Ala ile ile Pro Asp 660 665 670 2016 agg gaa gtc etc fcae cga gag Ctc g&fc gag atg gaa gag tgc Arg Glu Vai Leu Tyr Arg Glu Phe Asp Glu Met Glu Glu Cys 675 6S0 665 20S8 <210> 2 <211> 686

<212> PRT <213> sequência Artificial <220> <223>Descrição da Sequência Artificial: Antigénio conformacional representativo NS3/4a < 4 0 0 > 2

Met Ala Pro lie Thr Ala Tyr Ala Gin Gin Thr Arg Gly Leu Leu Gly 15 10 15 Cys Xle Xle Thr Ser Leu Thr Gly Arg Asp Lys Asn Gin Vai Glu Gly 20 25 30 Glu Vai Gin lie Vai Ser Thr Ala Ala Glu Thr Phe Leu Ala Thr Cys 35 40 45 Xle Asn Gly Vai Cys Trp Thr Vai Tyr His Gly Ala Gly Thr Arg Thr $0 55 60 Xle Ala Ser Pro Lys Gly Pro Vai Xle Gin Hftt. Tyr Thr Asn Vai Asp 65 70 75 80 90

Qlto hSP Leu Vai Gly 85 Trp Pro Ala Pr© Cys Thr Cys 100 Gly Ser Ser tep Asp Vai Ile 115 Pro Vai Arg Arg Arg 120 Ser Pro 130 Arg Pro ile Ser Tyr 135 Leu Leu 145 cys Pro· Ala oiy Ris Ala 150 Vai Thr Arg Gly Vai Ala 165 Lys Ala Vai Glu Thr Thr Met ISO Arg Ser Pro Vai Vai Vai Pro 195 Gin Ser Phe Gin Vai 200 Ser Gly 210 Lys Ser Thr Lys Vai 215 Pro Lys 225 vai Leu Vai Leu ftsn Pro 230 Ser Ala Tyr Met Ser Lys 245 Ala Mis Gly vai Arg Thr Ile 260 Thr Thr Gly Ser Lys Phe Leu 275 Ala. Asp Gly Gly cys 280 11* Cys 290 A»P Glu Cys Mis Ser 295 Thr Gly 305 fhr Vai Leu Asp GXjHí ΑΧϋ 310 Glu Leu Ala Thr .Ala Thr 325 Pro Pro Gly He Glu Glu vai Ala Leu ser Thr

Pro Gin 90 Gly Ser Arg Ser Leu 95 Thr L e u Ty r 105 Leu Vai Thr Arg 110 Ha s Ala Gly Asp Ser Arg Gly 125 Ser Leu Leu Lys Gly Ser Ser iiO Gly Gly Pro Leu Gly ile Phe 155 Arg Ala Alã Vai Cys 160 Asp Phe 170 Π* Pr© Vai Glu Asn 175 Leu Phe Thr 185 Asp Asn Ser Ser 190 Pro Pr© Ala Ris Leu His Ala 205 Pro Thr Gly Ala Ala Tyr Ala 220 Ala Gin Gly Tyr ver Ala Ala 235 Thr Leu Gly Phe Gly 240 Ile Asp 250: Pr© Asn Ile tegr Thr 255 Gly Pro Ile 255 Thr Tyr Ser Thr 270 Tyr Gly Ser Gly Gly Ala Tyr 285 Asp Ile Ile Asp Ala Thr Ser 300 Ile Leu Gly Ile Thr Ala Gly 315 Ala Arg Leu vai Vâi 320 Ser Vai 330 Thr Vai Pr© His Pro 335 Asn Thr Gly 345 Glu. ile Pr© Phe 350 Tyr Gly 91 340

Lys Ala Ile Pro Leu Glu Val Ile Lys Gly Gly Arg His Leu Ile Phe 355 360 36$ Cvs His Ser lys Lys Lys cys Asp Glu Leu Ala Ala Lys Leu Val Ala 370 375 380 Leu Gly il e as n Ala Val Ala Tyr Tyr Arg Gly Lua Asp Val Ser Val 3 85 390 305 400· Ihs Pro P*'Q Ile Gly Asp Val val Val Val Ala Thr .Asp Ala Leu Met 405 410 41$ Thr <31 y Tyr Thr Gly Asp Phe Asp Ser Val XI e Asp Cys Asa Thr Cys 420 425 430 Vôl Thr Gin Thr Vai A$p Phe Ser Leu ASp Pro Thr Phe Thr Ile Glu 435 440 445 Thr Ile Thr Leu Pro Gin Asp Ala Val Ser Arg Thr Gin Arg Arg Gly 450 455 460 Arg Thr Gly Arg Gly Lys Pro Gly Ile Tyr Arg Phe Val Ala Pro Gly 465 470 475 430 Glu Arg Pro ser Gly Met Phe ASp Ser Ser Val Leu Cys Glu cys Tyr 485 400 495 Asp Ala Gly Cys Alá Trp Tyr Glu Leu Thr Pro Ala Glu Thr· Thr Val 500 505 510 Arg Leu Arg Ala Tyr Het Asa Thr Pro Gly Leu Pro Val Cys Gin Asp 515 520 525 Bis Leu Glu Phe Trp Glu Gly Val Phe Thr Gly Leu Thr His ile Asp 530 $35 540 Alã BlS Phe Leu Ser Gin Thr Lys Gin Ser Gly Glu Asa Leu Pro Tyr 545 550 555 560 Leu Vai Ala Tyr Gin Ala Thr val Cys Ala Arg Ala Gin Ala Pro Pro 565 570 $7 5 pro Ser Trp Asp Gin Met Trp Lys Cys Leu Ile Arg Leu Lys Pro Thr sao 585 390 Leu HiS Gly Pro Thr Pro L©U Leu Tyr Arg Leu Gly Ala Val Gin Asm 595 600 605 92

Glu Ile Thr Leu Thr Hiâ Pro Vai Thr Lys Tyr II* Met Thr Cys Met 610 615 620

Ser Alâ bsp Leu Glu Vai Vai Thr Ser Thr Trp Vai Leu Vai Gly Gly 625 630 635 640

Vai Leu Ala Ala Leu Ala Ala Tyr tys Leu Ser Thr Gly cys Vai Vai 645 650 655

Ile Vai Gly £rg Vai Vai Leu Ser Gly Lys Pro Ala Ile Ile Pro Asp 660 665

$?G

Arg Glu Vai Leu Tyr Arg Glu Phe Asp Glu Mefc Glu Glu Cys 675 680 685

<210> 3 <211> 3297 <212> DNA <213> Sequência Artificial <2 2 0 > <223> Descrição da Sequência Artificial: MEFA 7.1 <220> <221> CDS <222> ( 1 ) . . (3297) <400> 3 atg gefc a ca aag gcfc gtt fcgt gtfe tfcg aag ggt g&c ggc cca gtt caa 48

Mefc Ala Thr Lys Ala Vai Cys Vai Leu Lys Gly Asp GÍy Pro Vai Gin 1 S 10 is $rgt att att aac tte $ag cag aag gaa agt aat gga cca gtg aag gtg 36

Gly Ile Ile Asn Phè Glu Glu Lys Glu Ser Asn Gly Pro Vai Lys Vai 20 25 30 93 gga age att aaa gga cfcg act gaa ssrc ctg eat gga ttc eat gtt 144 Trp Gly Ser Ile Lys Gly Leu Thr GiU Gly Leu His Gly Phe HÍS Val 3S 40 45 eat gag ttt gga gat aat aca gea gge tgt acc agfc gea ggt cet eac 1S2 His Glu Phe Gly ASp Asn Thr Ala Gly Cys Thr Ser Ala Gly Pr© His 50 55 60 ttt aat ctt cta tcc aga aaa eac ggt cca aag gat gaa gag agg 240 Phs As a Pr© Leu Ser Arg Lys His Gly Gly Pr© Lys Asp Glu Glu Arg 65 70 75 60 eat Mis gtt gga gac ttg ggt aat gtg act gct gac aaa gat ggt gtg gee 288 Vai Gly Asp Leu Gly ksii Vai Thr Ala Asp Lys ASp Gly Val Ala 85 90 95 gafc gtg tet att gaa gat tet gtg ate te a etc tea gga gac eat tgc 336 Asp Vai Ser Ile Glu Mp Ser Vai Ile Ser Leu Ser Gly Asp His Cys 100 105 110 ate att me ege aea etg gtg gtc eat gaa aaa gea gat gac ttg ggc 384 n© Ile Gly Arg Thr Leu Val Vai His cl u Lys Ala Asp Asp Leu Gly 115 120 125 asa ggt gga aat gaa gaa agt aca asg aca gga aae gct gga agt cgt 432 Lys Gly Gly Asn Glu Glu Set Thr Lys Thr Giy Asn Ala Gly Ser Arg 130 135 140 ttg gct tgt ggt gt& att ggg ate gee cag aat ttg aat tet ggt tgc 480 hm Ala Cys Gly Vai lie Gly ile Ala Gin Asn Leu Asn Ser Gly Cys 145 150 155 160 aat tgc tet ate tat ccc me eat ata acg ggt esc ege atg gea tgg 528 ASH Cys Ser Ile Tyr Pro Gly His lie Thr Gly Mis Arg Het Ala Trp 165 170 175 aag ctt ggfc fccc gee gee agra act acc teg me ttt gtc tcc ttg ttc 576 Lys Leu Gly Ser Ala Ala fttg Thr Thr Ser Gly Phe Val Ser Leu Phe 180 185 190 gee cca ggt gct aaa eaa aat gas act eac gtc acg gga ggc gea gee 624 Ala Pr© Gly Ala Lys Gin Asn Glu Thr His vai Thr Gly Gly Ala Ala 195 200 205 gee ega act acg tet ggg ttg acc tet ttg tte tee cca ggt gee age 672 Ala Arg Thr Thr Ser Gly Leu Thr Ser Leu Phe Ser Pr© Gly Ala Ser 310 215 220 caa aac atfc ca a ttg att gtc Oac ttt ate cct gtg gag aac cta gag 720 Gin Asn He Gla Leu Ile Vai Asp Phe Ue Pre Vai Glu Asn Leu Glu 225 230 235 240 aca acc atg cga tet ecg gtg ttc acg gat ase tcc tet cca cca Sfta 768 Thr Thr Arg Ser Pr© Val Phe Thr Asp Asn ser Ser Pro ?ro Val 245 250 255 94 gtg eee cag age fetc cag gtg gct çãc vai Pr© Gin Ser 260 phe Gin Val Ala HlS 265 ggc asa age acc aag gtc eeg gct gea Gly Lys Ser 275 Thr Lys Val Pr© Ala 280 Ala gtg cta gta etc aa© GCC fcet gtt gct Val Leu 230 Vai Leu ASIl Fr© Ser 295 Val Ala ta© âtg tcc aag gct cat ggg ate gat Tyr 305 Set Ser lys Ala His 310 Gly Ile Asp aca att acc act ggc age ccc ate Arg Thr Ile T hr Thr 325 Gly Ser Fr© ile tt c ttt gcc gac S9C 999' tgc teg ggg Fhe Leu Ala ASp 340 Gly Gly Cys Ser Gly 345 tge gac gag tgc c&c tcc atg gat gcc Cys Asp Glu 355 cys His Ser Thr ASP 360 Ala act gtc cfct gac ca a gea gsg act gtg Tbr Vai 370 Leu Asp G.ln Ala Glu 37S Thr Ala gcc acc gcc acc ççt ccg ggc tcc gtc Ala Thr 385 Ala Thr Fr© Pt© 390 Gly Ser Val gag gag gfcfc gct ctg tcc acc acc gga GlU Glu Val Ala Leu 405 Ser Thr Thr Gly gct ate ccc etc gaa gta ate aag ggg Ala Ile Pro Leu 420 Glu Val ile Lys Gly 425 ©st tcs. aag aag aag tgc gac gaa etc His Ser Lys 435 Lys Lys Cys Asp Giu 440 Leu ggc ate aat gcc gtg gcc fcae tac tgc Gly Ile 450 Asn Âlã Vai Ala Tyr 4S5 oyx Arg ccg acc age ggc gat gtt gtc gtc gtg Pro 465 Thr Ser Gly Asp Val 470 vai Val Val ctc cat gct CCC aca ggc age 816 Leu His Ala Pro Thr Giy Ser 270 tat gea gct cag ggc tat aag 864 Tyr Ala Ala Gin Gly Tyr Lys 285 gea aca ctg ggc ttt ggt gct 912 Ala Thr Leu Gly Phe Gly Ala 3 OC- cct aac ste agg acc ggg gtg 960 Pr© Asn 315 Ile Arg Thr Gly Vâl 320 acg tac tcc acc tac ggc aag 1008 Thr Tyr Ser Thr Tyr Gly Lys 330 335 ggc gct tat. gac ata. ata att 1056 Gly Ala Tyr Asp Ile Ile Ile 350 aca tcc ate ttg ggc att ggc 1104 Thr Ser ile Leu Gly Ile Gly 365 999 gc« aga ctg gtt gtg ctc 1152 Gly Ala Arg 380 Leu Val Val Leu act gtg CCC cat ccc aac ate 1200 Thr Val Fr© His Pr© Asn lie 395 400 gag ate cct ttt tac ggc aag 1248 Giu lie Pr© Phe Tyr Gly Lys 410 415 ggg aga cat ctc ate tfcc fcgfc 1296 Gly Arg His Leu ile Phe Cys 430 gcc gea aag ctg gtc gea ttg 1344 Ala Ala Lys Leu Val Ala. Leu 445 ggt cct gac gtg fice gtc ate 1392 Gly Leu Asp Val Ser Vâl Ile 460 gea acc gat gcc ctc atg acc 1440 Ala Thr Asp Ala Leu Met Thr 475 480 95 1488 ggc tat acc OTíC gac ttc gac teg gtg ata gac tgc aat acg tgt gtc Gly Tyr Thr Oly ASp Phe ASp Ser vai Ile Asp Cys Asn Thr Cys vai 485 490 495 acc cag aca gtc gafc ttc age ctt gac cct acc fc tc acc att g&f aca Thr Si» Thr Vai Asp Phe Ser Leu Asp Pro Thr Phe Thr XI® Glu Thr 580 505 510 ate acg ctc cec caa í|ât gct ate tcc cge acfc caa cgt cgg ggc agg 11« Thr Leu Pro Gin Asp Ala Vai Ser Arg Thr Gin Arg Arg Gly Arg Slã 520 525 acfc ggc »gg ggg aag oca ggc ate tac aga tfcfc gtg gea ccg ggsr gag Thr Oly Argr Gly Lys Pro Gly lie Tyr Arg Phe Vai Ala Pro Gly Glu 530 535 540 cge ccc tcc ggc afcg ttc gac teg ccc gtc etc tgt ««« tgc tat gac Arg Pro Ser Gly Met Phe Asp Ser Ser Vai Leu Cys Glu Cys Tyr Asp 545 550 555 560 gca mo tgt gct tsw tat §ag etc acg ccc goe gag act aca gtt agg Ala Gly Cys Ala Trp Tyr Glu Leu. Thr Pro Ala Glu Thr Thr vai Arg 5S5 570 575 cta cga gcg tac atg aac acc ccg ggg ctt ccc gtg tgc cag gac cat ϊ.ΐίΐ'ϋ Arg Ala Tyr Met Asn Thr Pro Gly Leu Pro Vai Cys Gin Asp Bis 580 585 590 ctt gaa ttt tgg gag ggc gte ttt aca «SC etc act cat ata gat gee Leu Glu Phe Trp Glu Gly Vai Phe Thr Gly Leu Thr His Ile Asp Ala 395 SÔ0 60S cat ttt cta tcc cag aca aag cag agt «9« gag aac ctt cct tac ctg His Phe XíSli Ser Gin Thr Lys Glu Ser Gly Glu Asn Leu Pro Tyr Leu 610 615 620 gta gcg tac caa gcç acc gtg tgc gct agg gct caa gee cct ccc cea vai Ala Tyr Gin Ala Thr Vai cys Ala Arg Ala Gin Ala Pro pro Pro 625 630 635 640 tcg t<rg gac cag atg tgg aag tgt ttg atfc ege ctc aag ccc acc ctc. Ser Trp Asp Gin fitet Trp Lys Cys Leu lie Arg Leu Lys Pro Thr Leu 645 650 Ê55 CSC ggg eea aca ccc ctg cca tac aga Ctg ggc gct gtfc cag aat gaa His Gly pro Thr Pro Leu Leu Tyr Axg Leu Gly Ala Vai Gin Asn Glu 660 665 670 ate âee ctg acg cac eca gfce acc aaa tac etc ãtg aca tgc acg fccg II® Thr Leu Thr Hl® Pro Vai Thr Lys Tyr lie Mefe Thr Cys. Het Ser 675 680 685 gee mo ctg gag gtc gtc acg age gea tgc tcc ggg aag ccg gea ate Ala Asp Leu Glu V&l Vai Thr Ser Ala cys Sor Gly Lys Pro Ala Ile 1536 1584 1632 1680 1728 1776 1824 2872 2920 1968

2Ô1S 2U3 690 695 700 96 ata cct gae agg gaa gtc etc tac cga gag ttc gat gag atg gaa gag 2160 lie PxO Asp Arg Gin VaX Leu Tyr Arg Glu Phe ASp Glu Met Glu Glu 7 OS 710 715 720 tgc tet cag cae tta GC0 tae ate s«g eaa ggg atg atg ete gee gag 2208 cys Ser oln His Leu Pro Tyr Ile Glu Gin Gly Met M.et Leu Ala Glu 725 730 735 cag ttc aag cag aag gee ete çgc ete teg cga ggg gge aag ceg gea 2256 Gin Phe Lys Gin Lys Ala Leu Gly Leu Ser Arg Gly Gly Lys Pro Ala 740 745 750 ate gfct cca gae aaa gag gtg tfcg tat eaa eaa tae gat gag atg gaa 2304 XI· Vai Pro Asp Lys Glu Val Leu Tyr Gin Gin Mp Glu Met Glu 755 780 765 gag tgc fcea çaa get gee cca tat ate gaa eaa gct cag gta ata gct 2352 Glu Cys Ser Gin Ala Ala Pro Tyr Ile Glu Gin Ala Gin Val lie Ala 770 775 780 cae cag ttc aag gaa aaa gtc ctt gga ttg ate gat aat gat eaa Stg 2400 His βία Phe Lys Lys Val Leu Gly Leu Ile Asp Asn Asp Gin Val 785 790 795 800 gtt Stg act cct gae aaa gaa ate tta tat gag gee ttt gat gag atg 2448 vai Vai Thr Pro Asp Lys Glu ile Leu Tyr Glu Ala Ph<? Asp Glu Met 805 810 815 9&a gaa tgc gçc tcc aaa gee gee ete afct gag gaa ggg cag cgg atg 2496 Glu Glu Cys Ala ser Lys Ala Ala Leu lie Glu Glu Gly Gin Arg Met 820 825 830 gcg gag atg etc aag tet aag ata caa gge ete etc ggg ata ctg ege 2544 Ala Glu Met Leu Lys Ser Lys Ile Gin Gly Leu Leu Gly Ile Leu Arg 835 840 845 egg esc gtt 3St cct gge gag gg» gea gtg cag tgg atg &âc cgg etg 2592 Are HÍ3 vai Gly Pro Gly Glu Gly Ala Val Gin Trp Met Asn Arg Leu 850 855 8éQ ata gee ttc gee tcc aga ggg aae cafc gtt tcc CCc acg cac tae gtt 2640 Ile Ala Phe Ala Ser Arg Gly Asn Hís Val Ser Pro Thr HÍS Tyr Val 865 870 875 880 ceg tet aga tcc cgg aga ttc gee cag gee ctg cee gtt tgg gcg cgg 2688 pro Ser Arg Ser Arg Arg Pbe Ala Gin Ala Leu Pro vai Trp Ala Arg 885 890 895 ecg gae tat aae cee ceg cfca gtg gag acg tgg aaa aag esc gae tae 2736 Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu Val Glu Thr Trp Lys Lys Pro Asp Tyr 900 905 910 gaa cct gtg gte eâé Êf0Èí aga tet tet cgg aga ttc gee cag gee 2784 Glu Pro Pro Vai Val Hís Gly Arg Ser Ser Arg Arg Phe Ala Gin Alei 915 920 925 97 cfcg ccc Sftt tgg geg cgg ccg gac fcafc aac ccc ccg cta gfcg gag aeg 2832 Leu Pi'0 Vai Trp Ala Arg Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu Val Glu Thr 930 935 940 tgg asa «ag ccc gaç tac gaa cea cct gtg gtc cat ggc aga aag acc 2880 Trp Lys Lys Pro Aap Tyr Glu Pro Pro Vai Vai Mis Gly Arg Lys Thr 945 950 9S5 960 ááa cgt aac SCO aac cgg cgg ccg cag gac gtc aag tfcc ccg ggt ggt 3.928 Lys Arg Asn Thr Asn Arg Arg pro Gin Asp Vai Lys Phe Pro Gly Gly 965 970 975 ggt Cag ate gtt ggt ege sgg ggc cct cct ate CCC aag gct cgt tgg 2976 Gly Gin Ile Vai Gly Arg Arg Gly Pro Pro Ile Pro Lys Ala Arg Arg 980 985 990 ccc gag ggc agg acc tgg gct cag ccc ggfc tac cct tgg ccc etc tat 3024 Pro Gl« Gly Arg Thr Trp Ala Gin Pro Gly Tyr Pro Trp Pro Leu Tyr 395 1000 1005 ggc aat aag gac aga cgg tet aca ggt tcc tgg ggt aag cca ggg 3072 Gly Asn LyS ASp Arg Arg Ser Thr Gly Lys Ser Trp Gly Lys Pro Gly 1010 1015 1020 tac cct tgg cea. aga a&g acc aaa cgt aac acc aac cga cgg ccg cag 3120 Tyr Pyo Trp Pro Arg Lys Thr Lys Arg Asn Thr Asn Arg Arg Pro Gin loas 1030 1035 1040 gac gtc aag tfcc ccg ggt ggc ggt cag ate gtt ggt ege agg ggc cct 3168 Asp Vai Lys Phe Pro Gly Gly Gly Gin ϊΐβ Val Gly Arg Arg Gly Pro 1045 1Q5Ô 1055 cct ate ccc aag gct egfc cgg ccc gag ggc agg acc tgg gct cag ccc 3216 Pro XU pro Lys Ala Arg Arg Pro Glu Gly Arg Thr Trp Ala Gin Pro 1060 1065 1070 ggt tac cct tgg ccc etc tat ggc aat aag gac aga cgg tet acc ggt 3264 Gly Tyr Pro Trp Pro teu Tyr Gly Asn Lys Asp Arg Arg Ser Thr Giy 1075 1080 1085 aag tcc tgg ggt aag cca ggg tat cct tgg ccc 329? Lys Ser Trp Gly Lys Pro Gly Tyr Pro Trp Pro 1090 1095 <210> 4 <211> 1099

<212> PRT <213> Sequência Artificial 98 <2 2 Ο > <223> Descrição da Sequência Artificial: MEFA 7.1 < 4 0 0 > 4

Met Ala Thr Lys Ala vai cye Vai Leu Lys Gly ASp Gly Bro Vai Gin 1 5 10 15 Gly Ile Ile Asn Phe Glu Gin Lys Glu Ser Asn Gly Pr© Vai Lys Vai 20 25 30 Trp Gly Set ile Lys Gly Léu Thr Glu wxy Leu Hís Gly Phe His Vai 35 40 45 His Glu Phe Gly ASp Asa Thr Ala Gly Cys Thr Ser Ala Gly Pr© His 50 55 60 Phe Ase Pr o Leu Ser Arg Lys His Gly Gly Pr© Lys Asp Glu Glu Arg 65 70 75 80 Bis Vai Gly Asp Leu Gly Asm vai Thr Ala Asp Lys Asp Gly Vai Ala @5 90 95 Asp Vai Sor Ile Glu Asp Ser Vai Ile Ser Leu Ser Gly Asp His Cys 100 105 110 Ile Ile Gly Arg Thr Leu ¥al Vai His Glu Lys Ala Asp Asp Leu Gly 115 120 125 Lys Gly Gly Asn Glu Glu Ser Thr Lys Thr Gly Asn Ala Gly Ser Arg 130 135 140 Leu Ala cys Gly vai Ile Gly Ile Ala Gin Asn Leu Asn Ser Gly Cys 145 ISO 155 160 &sn Cvs Ser Ile Tyr Pr© Gly Bis Ile Thr Gly Bis Arg Met Ala Trp 165 X70 175 Lys Leu Gly ser Ala Ala Arg Thr Thr Ser Gly Phe Vai Ser Leu Phe ISO 185 190 Ala. Pro Gly Ala Lys Gin Asn Glu Thr His Vai Thr Gly Gly Ala Ala 195 2Qo 205 99

Ala Are Thr Thr Ser Gly Leu Thr 210 215 Qln Asn. lie Gin Leu ile vai Asp 225 230 Thr Thr Het Arg Ser Fro Vai Phe 245 Vai Fro Gin Ser phe Gin Vai Ala 260 Gly Lys Ser Thr Lys Vai Pro Ala 275 280 Vâl Leu Vai Leu ASH Pro Ser vai 290 295 Tyr Met Ser Lys Ala His Gly ne 305 310 Arg T hr Ile Thr Thr Gly Ser Pro 325 Phe Leu Ala Asp Gly Gly Cys Ser 340 Cys Asp Glu Cys His Ser Thr hsp 355 360 Thr Vâl Leu Asp Gin Ala Glu Thr 370 375 Alá Thr Ala Thr Fro Fro Gly Ser 385 390 Glu Glu Vai Ala Leu Ser Thr Thr 405 Ala Ile Fro Leu Glu Vai He Lys 420 His Ser Lys Lys Lys Cys Asp Glu 435 440 Gly Ile Asn Ala Vai Ala Tyr Tyr 450 455 Pró Thr Ser Gly Asp Vai Vai Vai 465 470

Ser Leu Phe Ser Pro Gly Ala Ser 220

Phe IIe Fro Vai Glu Asn Leu Glu. 235 2*0

Thr Asp Asn Ser Ser Fro Fro Vai 250 25$

His Leu His Ala Fro Thr Gly Sor 265 270

Ala Tyr Ala Ala Glu Gly Tyr Lys 285

Ala Ala Thr Leu Gly Phe Gly Ala 300

Ahp Pro Asn Ile Arg Thr Gly Vai 315 320 Ile Thr Tyr Ser Thr Tyr Gly Lys 330 335 Gly Gly Ala Tyr Asp Ile Ile Ile 345 350 Ala Thr Ser Ile Leu Gly Ile Gly 365 Ala Gly Ala Arg 380 Leu Vai Vai Leu Vai Thr vai Pro HiS Pro àsn xXfò 395 400 Gly Glu lie Pro Phe Tyr Gly Lys *10 415 Gly Giy Arg His Leu Ile Phe Cys 425 430 Leu Ala Ala Lys Leu Vai Alã Leu 445

Arg Gly Leu Asp Vâl ser Vai Ile 460

Vai Ala Thr Asp Ala Leu Met Thr 475 480 100

Gly Tyr Thr Gly Asp· Phé Asp Ser val Ile Asp Cys Asn Thr .Cys val 48S 490 495 Thr 01a Thr Vai Asp Fhe Ser Leu Asp Pro Thr Phe Thr ile Glu Thr SOO 505 510 11® Thr Leu Pro Gin Asp AXci Val Ser Arg Thr Cia Arg Arg Gly Arg SIS 520 525 Thr Gly Arg Gly Lys Pro Gly Ile Tyr Arg Phe val Ala Pro Gly Glu 530 635 540 Arg Pro Ser Gly Mac Phe Asp Ser Ser Val Leu Cys Glu cys Tyr Mp 545 550 555 560 Ala Gly Cys Ala Trp Tyr Glu Leu Thr Fro Ala Glu Thr Thr Val Arg 565 570 575 Leu Arg Ala Ty r Met Asn Thr Pro Gly Leu Fro Val Cys Glh Asp Bis sao 585 590 Leu Glu Phe Trp Glu Gly Vai Phe Thr Gly Leu Thr His Ile Asp Ala 595 600 605 His Fhe Leu Ser Gin Thr Lys Gin Ser Gly Glu Asn Leu Pro Tyr Leu 610 616 620 val Ala Tyr Gin Ala Thr Vai Cys Ala Arg Ala Gin Ala Pro Pro Pro 625 630 635 640 Ser Trp Asp Gin Met Trp Lys Cys Leu 11® Arg Leu Lys Pro Thr Leu 645 650 65S Bis Gly Pro Thr Pro Leu Leu Tyr Arg Leu Gly ,&Χΐΐ Val Gin Asn Glu 660 665 670 He Thr Leu Thr Bis Fro Vai Thr Lys Tyr Ile Met Thr Cys Met Ser 675 680 685 Ala Asp Leu Glu Vai Vai Thr Ser Ala Cys Ser Gly Lys Pro Ala IX© 690 695 700 Ile Pro Asp Arg Glu Vai Leu Tyr Arg Glu Phe Asp Glu Met Glu Glu 705 710 715 720 Cys Ser Gin. Bis Leu Pro Tyr ile Glu Gin Gly Met Met Leu Ala Glu 725 730 735 Gin Phe Lys Gin Lys Ala Leu Gly Leu Ser Arg Gly Gly Lys Pro Ala 740 745 750 101

Ile Vai Pro Asp Lys Glu Vai Leu Tyr Gin Gin iyr Asp Glu Met Glu 75$ 760 765 Giu cys ser Gin Ala Ala pro Tyr He Glu Gin Ala Gin Vai Ile Ala 770 775 780 His Gin Phe Lys Glu Lys Vai Leu Gly Leu 11e Asp Asn Asp Gin Vai 785 790 795 800 Vai Vai Thr Pro Asp Lys Glu XI© Leu Tyr Glu Ala Phe Asp Giu Mefc 805 810 315 Glu Glu Cys Ala Ser Lys Ala Ala Leu lie Glu Glu Gly Gin Arg Het 820 825 830 Ala Glu Met L6U. Lys ser Lys He Gin Gly Leu Leu Gly He Leu Arg 835 840 845 Ar 3 His vai Gly Frc Gly Glu Gly Ala Vai Gin Trp Het Asn. Arg Leu 850 8S5 860 11 β Ala Ph© Ala Ser Arg Gly Asn His Vai Ser Pro Thr His Tyr Vai BS5 870 SIS 880 Pro Ser Arg Ser Arg Arg Phe Ala Gin Ala Leu Pro Vai Trp Ala Arg 885 890 895 Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu Vai Glu Thr Trp Lys Lys Pro Asp Tyr 900 905 910 Giu Pro Pro Vai Vai His Gly Arg Ser Ser Arg Arg* Phe Ala Gin Ala 915 920 92 S Leu Pro Vai Trp Ala Arg Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu Vai Glu Thr 930 935 940 Trp Lys Lys Pro Asp Tyr Glu Pro Pro Vai Vai His Gly Arg Lys Thr 945 950 955 960 Lys Arg Asn Thr Asn Arg Arg Pro Gin. ÂSp Vai Lys Phe Pro Gly Gly 965 970 975 Gly Gin Ile Vai Gly Arg Arg Gly Pro Pro 11¾ Pro Lys Ala Arg Arg 980 985 990 Pro Glu Gly Arg Thr Trp Ala Gin Pro Gly Tyr Pro Trp Pro Leu Tyr 9:95 1000 1005 Gly Asn Lys ASp Arg Arg Ser Thr Gly Lys ser Trp Gly Lys Pro Gly 1010 1015 1020 102

Tyr Pro Trp Pro Arg Lys Tftr Lys Arg Aan Thr Asa Arg Arg Pró Gin 1025 1030 103S 1040

Agp val Lys Phe Pr o Gly Gly Gly Gin He Vai Gly Arg Arg Gly Pro 1045 1050 1055

Pro lie Pr o Lys Ala Arg Arg Pro Glu Gly Arg Thr Trp Ala Gin Pro 1060 1065 1070

Gly Tyr Pro Trp pro Leu Tyr Gly Asn Lys Asp Arg Arg Ser thr Gly 1075 1080 1085

Lys Ser Trp Gly Lys Pro Gly Tyr Pro Trp Pro 1090 1095

<210> 5 <211> 21 <212> PRT <213> Sequência Artificial <2 2 0 > <223> Descrição da sequência Artificial: sequência de consenso < 4 0 0 >5

Gly Ser Ala Ala Arg Thr Thr Ser Gly Fhe Vai Ser Leu Phe Ala Pro 1 5 10 15

Gly Ala Lya Gin Asn 20

<210> 6 <211> 10 <212> ADN <213> Sequência Artificial 103 <220> <223> Descrição da Sequência Artificial: fragmento de ADN ligado <400> 6 acaaaaeaaa 10

<210> 7 <211> 23 <212> PRT <213> Sequência Artificial <220> <221> Descrição da Sequência Artificial: péptido NS4A < 4 0 0 > 7

Lys Lya Gly Ser Vai Vai Ile vai Gly Arg lie Vai Leu Ser Gly Lys 1 5 10 15

Pro lie xle Fro Lys Lys 20

Lisboa, 1 de Agosto de 2007 104

Claims (16)

1. REIVINDICAÇÕES 1. Suporte sólido de imunoensaio consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado ao suporte, em que o referido epitopo NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV e em que o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com esta, que reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV.
2. 2. Suporte sólido de imunoensaio da reivindicação 1, em que o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 90% de identidade de sequência com esta, que reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV.
3. 3. Suporte sólido de imunoensaio da reivindicação 1, em que o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 98% de identidade de sequência com esta que reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV. 1
4. 4. Suporte sólido de imunoensaio da reivindicação 1, em que o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.
5. 5. Suporte sólido de imunoensaio de qualquer das reivindicações 1-4, em que o referido epitopo NS3/4a compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com esta que possui actividade de protease.
6. 6. Suporte sólido de imunoensaio de qualquer das reivindicações 1-4, em que o referido epitopo NS3/4a compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 90% de identidade de sequência com esta que possui actividade de protease.
7. 7. Suporte sólido de imunoensaio de qualquer das reivindicações 1-4, em que o referido epitopo NS3/4a compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 98% de identidade de sequência com esta que possui actividade de protease.
8. 8. Suporte sólido de imunoensaio de qualquer das reivindicações 1-4, em que o referido epitopo NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D.
9. 9. Suporte sólido de imunoensaio consistindo essencialmente em, pelo menos, um epitopo conformacional NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, ligado ao suporte, em que o referido epitopo conformacional NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3D e o 2 referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.
10. 10. kit de teste de imunodiagnóstico compreendendo o suporte sólido de imunoensaio de qualquer das reivindicações 1-9 e instruções para realizar o teste de imunodiagnóstico.
11. 11. Método de produção de suporte sólido de imunoensaio, compreendendo: (a) proporcionar um suporte sólido; e (b) ligar ao suporte sólido, pelo menos, um epitopo conformacional de NS3/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, em que o referido epitopo de NS3/4a e/ou o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado por HCV e em que o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F, ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com esta que reage especificamente com anticorpos anti-HCV presentes numa amostra biológica de um indivíduo infectado com HCV.
12. 12. Método da reivindicação 11, em que o referido epitopo conformacional de NS3/4a compreende a sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3F ou uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 80% de identidade de sequência com esta que possui actividade de protease. 3
13. 13. Método da reivindicação 11, em que o referido epitopo conformacional de NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3F e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.
14. 14. Método para produzir um suporte sólido de imunoensaio, compreendendo: (a) proporcionar um suporte sólido; e (b) ligar ao suporte sólido, pelo menos, um epitopo conformacional de NSe/4a de HCV e um antigénio de fusão de epitopo múltiplo, em que o referido epitopo de NS3/4a consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 3A-3F e o referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo consiste na sequência de aminoácidos apresentada nas Figuras 5A-5F.
15. 15. Utilização de um suporte sólido de imunoensaio de acordo com qualquer das reivindicações 1-9 para o fabrico de um reagente de diagnóstico para utilização num método para detectar infecção com o vírus da hepatite C (HCV) numa amostra biológica.
16. 16. Método de detecção de infecção com o vírus da hepatite C (HCV) numa amostra biológica, compreendendo o referido método: (a) proporcionar um suporte sólido de imunoensaio de acordo com qualquer das reivindicações 1-9; 4 (b) combinar uma amostra biológica com o referido suporte sólido em condições que permitem que os anticorpos de HCV, quando presentes na amostra biológica, se liguem ao referido epitopo NS3/4a e/ou referido antigénio de fusão de epitopo múltiplo para formar um complexo imunitário; (c) adicionar ao suporte sólido do passo (b) em condições de formação de complexo, um anticorpo marcado de forma detectável, em que o referido anticorpo marcado é reactivo com o referido complexo imunitário; e (d) detectar segundos complexos imunitários formados entre o anticorpo marcado de forma detectável e o primeiro complexo imunitário, se existente, como uma indicação de infecção com HCV na amostra biológica. Lisboa, 1 de Agosto de 2007 5