SK17772002A3 - Kombinačné stanovenie HCV antigén/protilátka - Google Patents

Description

SK 1777-2002 A3

KOMBINAČNÉ STANOVENIE HCV ANTIGÉN/PROTILÁTKA

Oblasť techniky

Tento vynález sa všeobecne týka vírusovej diagnostiky. Konkrétne sa tento vynález týka kombinačného stanovenia antigén/protilátka na presnú diagnózu infekcií vírusom hepatitídy C.

Doterajší stav techniky

Vírus hepatitídy C (HCV) je zásadnou príčinou parenterálnej hepatitídy iného typu ako A a B (NANBH), ktorá sa väčšinou prenáša transfúziou krvi a pohlavným stykom. Tento vírus je prítomný u 0,4 až 2,0 % darcov krvi. Chronická hepatitída sa rozvinie zhruba u 50 % infekcii a zhruba u 20 % infikovaných osôb sa vyvinie cirhóza, ktorá niekedy vedie k hepatocelulárnemu karcinómu. Preto má štúdium a kontrola tejto choroby lekársky význam.

Houghten a kol. ako prví identifikovali a charakterizovali HCV ako príčinu NANBH. Vírusová genómová sekvencia HCV je známa a k dispozícii sú taktiež spôsoby zistenia tejto sekvencie. Pozri napríklad Medzinárodné publikácie č. WO 89/04669, WO 90/11089 a WO 90/14436. HCV má genóm jednovláknovej RNA 9,5 kb v kladnom smere a patrí do skupiny vírusov Flaviridae. Bolo identifikovaných aspoň šesť rozlíšených, avšak príbuzných genotypov HCV na základe fylogenetických analýz [Simmonds a kol., J. Gen. Virol., 74, 2391-2399 (1993)]. Vírus kóduje jednotlivý polyproteín majúci viac ako 3000 aminokyselinových zvyškov [Choo a kol., Science, 244, 359-362 (1989), Choo a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 2451-2455 (1991), Han a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 1711-1715 (1991)]. Polyproteín sa spracováva kotranslačne a posttranslačne na štruktúrne a neštruktúrne (NS) proteíny.

048/B

Konkrétne, ako ukazuje obrázok 1, sa niekoľko proteinov kóduje HCV genómom. Poradie a nomenklatúra produktov štiepenia HCV polyproteínu je nasledujúce: NH₂-C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4a-NS4b-NS5a-NS5b-COOH.

Počiatočné štiepenie polyproteínu sa katalyzuje proteázami hostiteľa, ktoré uvoľňujú tri štruktúrne proteíny, N-terminálny nukleokapsidový proteín (zvaný “jadro”) a glykoproteíny obálky, Έ1 (tiež známe ako E) a Έ2” (tiež známe ako E2/NS1), rovnako ako neštruktúrne (NS) proteíny obsahujúce vírusové enzýmy. Oblasti NS sa nazývajú NS2, NS3, NS4 a NS5. NS2 je proteín integrálnej membrány s proteolytickou aktivitou. NS2, buď samotný alebo v kombinácii s NS3, štiepi väzbu NS2, NS3, čím sa ďalej tvorí koniec N NS3 a uvoľňuje sa veľký polyproteín, ktorý zahŕňa aktivity serínproteázy a RNA helikázy. NS3 proteáza slúži na spracovanie zvyšného polyproteínu. Dokončenie zrenia polyproteínu začína autokatalyktickým štiepením spojenia NS3-NS4a katalyzovaným NS3 serín proteázou. Nasledujúce štiepenia HCV polyproteínu sprostredkované NS3 zahrňujú rozpoznanie miest štiepenia polyproteínu molekulou NS3 iného polypeptidu. V týchto reakciách uvoľňuje NS3 kofaktor NS3 (NS4a), dva proteíny (NS4b a NS5a) a RNA-dependentnú RNA polymerázu (NS5b).

Opisuje sa rad všeobecných a špecifických polypeptidov použiteľných ako imunologické a diagnostické prostriedky pre HCV odvodené z HCV polyproteínu. Pozri napríklad Houghton a kol., európska publikácia č. 318 216 a 388 232, Choo a kol., Science, 244, 359-362 (1989), Kuo a kol., Science, 244, 362-364 (1989), Houghton a koľ, Hepatology, 14, 381-388 (1991), Chien a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 10011-10015 (1992), Chien a kol., J. Gastroent. Hepatol., 8, S33-39 (1993), Chien a kol., medzinárodná publikácia č. WO 93/00365, D. Y. Chien, medzinárodná publikácia č. WO 94/01778. Tieto publikácie poskytujú rozsiahly základ pojednávajúci všeobecne o HCV rovnako tak ako o príprave a použití HCV polypeptidových imunologických reakčných prostriedkov.

048/B

Citlivé a špecifické spôsoby pre skríning a identifikáciu nosičov HCV a HCV kontaminovanej krvi, či krvných produktov by poskytli dôležitý pokrok v lekárstve. Posttransfúzna hepatitída (PHT) sa vyskytuje zhruba u 10 % pacientov po transfúzii a HCV zodpovedá za 90 % týchto prípadov. Starostlivosť o pacientov rovnako tak aj o prevenciu prenosu HCV krvou a krvnými produktmi alebo tesným osobným kontaktom vyžaduje diagnostické a prognostické prostriedky. Existuje niekoľko spôsobov rozboru pre sérodiagnózu infekcie HCV. Pozri napríklad Choo a kol., Science, 244, 359-362 (1989), Kuo a kol., Science, 244, 362-364 (1989), Choo a koľ, Br. Med. Bull., 46, 423-441 (1990), Ebeling a kol., Lancet, 335, 982-983 (1990), van der Poel a kol., Lancet, 335, 558-560 (1990), van der Poel a koľ, Lancet, 337, 317-319 (1991), D. Y. Chien, medzinárodná publikácia č. WO 94/01778, Valenzuela a kol., medzinárodná publikácia č. WO 97/44469 a Kashiwakuma a kol,, US patent č. 5 871 904.

Značným problémom pri rozboroch založených na krvnom sére je dlhý interval medzi infekciou a detekciou vírusu, ktorý často prekračuje 80 d. Tento interval môže predstavovať pre príjemcu krvnej transfúzie značné riziko. Na prekonanie tohto problému slúžia vypracované testy založené na nukleových kyselinách (NAT) detekujúce priamo vírusovú ribonukleovú kyselinu a testy antigénu jadra HCV, ktoré stanovujú vírusový antigén namiesto protilátkovej odpovede. Pozri napríklad Kashiwakuma a kol., US patent č. 5 871 904, Beld a kol., Transfusion, 40, 575 - 579 (2000).

Ostáva však potreba citlivého diagnostického a prognostického spôsobu zaisťujúceho adekvátnu starostlivosť o pacienta rovnako tak ako prevenciu prenosu HCV krvou a krvnými produktmi alebo tesným osobným kontaktom.

048/B

Podstata vynálezu

Tento vynález sa čiastočne zakladá na zistení, že protilátky sérokonverzie HCV sú zvyčajne protilátkami proti jadru a proti NS3 (helikáza). V súlade s tým tento vynález poskytuje kombinačný rozbor antigénu jadra HCV a protilátky NS3 detekujúcej antigény HCV aj protilátky prítomné vo vzorke s použitím jedného tuhého nosiča.

Preto sa v jednom svojom uskutočnení tento vynález zameriava na pevný nosič pre imunoesej obsahujúci aspoň jednu protilátku proti jadru HCV a aspoň jeden izolovaný epitop HCV NS3/4a pripojený k tomuto nosiču. Protilátka a epitop NS3/4a môže byť ktorákoľvek z molekúl, ktoré sa tu opisujú. Navyše môže pevný nosič zahŕňať ktorýkoľvek z antigénov získaných spojením viacerých epitopov, ktoré sa tu opisujú, ako je antigén získaný spojením viacerých epitopov zahrňujúcich aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F.

V určitých uskutočneniach sú na pevný nosič pripojené aspoň dve protilátky proti jadru. Ďalej môže byť protilátkou proti jadru monoklonálna protilátka. Navyše môže byť epitop NS3/4a a konformačný epitop, ako je konformačný epitop NS3/4a zahrňujúci aminokyselinovú sekvenciu zobrazenú na obrázkoch 4A až 4D.

V ďalšom uskutočnení sa tento vynález zameriava na pevný nosič pre imunoesej, ku ktorému sa pripájajú aspoň dve monoklonálne protilátky proti jadru HCV a aspoň jeden konformačný epitop NS3/4a HCV s aminokyselinovou sekvenciou znázornenou na obrázkoch 4A až 4D.

V ďalšom uskutočnení sa tento vynález zameriava na spôsob detekcie infekcie HCV v biologickej vzorke. Tento spôsob zahŕňa (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoesej, ako sa opisuje vyššie, (b) kombináciu biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok, ktoré umožnia antigénom HCV a protilátkam, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, väzbu na aspoň jednu protilátku proti jadru respektíve epitopu NS3/4a, (c) pridanie pevného nosiča z

048/B kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru je zameraná proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň jedna protilátka proti jadru viazaná na pevný nosič, (ii) antigénu, ktorý reaguje s protilátkou HCV z biologickej vzorky reaktívnej s epitopom NS3/4a a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde táto druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s antigénom (ii) a (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami a antigénmi, ak sú prítomné, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke. Epitop NS3/4a môže byť konformačným epitopom, ako je konformačný epitop majúci sekvenciu NS3/4a znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.

V ďalšom uskutočnení sa tento vynález zameriava na spôsob detekcie infekcie HCV v biologickej vzorke. Tento spôsob zahŕňa (a) poskytnutie pevného nosiča pre imunoesej s aspoň dvoma protilátkami proti jadru HCV pripojenými na tento nosič, ako sa opisuje vyššie, (b) kombináciu biologickej vzorky s pevným nosičom za podmienok umožňujúcich antigénom HCV a protilátkam, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, väzbu na aspoň dve protilátky proti jadru respektíve epitop NS3/4a, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde táto druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD a (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami s antigénmi, ak sú prítomné, indikujúce infekciu HCV v biologickej vzorke. Epitop NS3/4a môže byť konformačným epitopom, ako je konformačný epitop majúci sekvenciu NS3/4a znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.

048/B

V ktoromkoľvek z vyššie opísaných uskutočnení môže byť protilátka proti jadru zameraná proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako napríklad proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1, a/alebo môže byť detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV zameraná proti C-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako sú aminokyseliny 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1. Navyše môže byť antigén reagujúci s protilátkou HCV biologickej vzorky z oblasti NS3, ako je epitop c33c oblasti HCV polyproteínu a môže byť spojený s ľudskou aminokyselinovou sekvenciou superoxid dismutázy (hSOD). V tomto uskutočnení je druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD.

V ďalšom uskutočnení tohto vynálezu je spôsob detekcie infekcie HCV v biologickej vzorke. Tento spôsob zahŕňa (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje vrátane monoklonálnych protilátok proti jadru HCV a konformačného epitopu zahrňujúceho aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D, (b) kombináciu biologickej vzorky s pevným nosičom za podmienok umožňujúcich väzbu HCV antigénu a protilátok, pokiaľ sa vyskytujú vo vzorke, s aspoň dvoma protilátkami proti jadru a konformačným epitopom NS3/4a, pridanie pevného nosiča z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň dve protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde táto druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s opísanou aminokyselinovou sekvenciou hSOD, a detekciu komplexov medzi protilátkami a antigénmi, ak sú prítomné, indikujúcu infekciu HCV v biologickej vzorke.

V určitých uskutočneniach sú aspoň dve protilátky proti jadru zamerané proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako je oblasť aminokyselín 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteín HCV1 a detegovateľne značená

048/B protilátka proti jadru HCV je zameraná proti C-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako je oblasť aminokyselín 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.

V ďalšom uskutočnení sa tento vynález zameriava na spôsob detekcie infekcie HCV v biologickej vzorke. Tento spôsob zahŕňa (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoesej zahrňujúceho antigén získaný spojením viacerých epitopov, (b) kombináciu biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich väzbu HCV antigénu a protilátok, ak sú v biologickej vzorke, s aspoň jednou protilátkou proti jadru, epitopom NS3/4a a antigénom získaným spojením viacerých epitopov, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde touto prvou detegovateľne značenou protilátkou je detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV, kde značená protilátka proti jadru je zameraná proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň jedna protilátka proti jadru viazaná na pevný nosič, (ii) prvého a druhého antigénu reagujúceho s protilátkou HCV z biologickej vzorky reaktívnej s epitopom NS3/4a a antigénom získaným spojením viacerých epitopov a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde táto druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s antigénmi (ii), (d) detekciu komplexov tvorených medzi protilátkami a antigénmi, ak sú vo vzorke, indikujúce infekciu HCV biologickej vzorky.

Protilátka proti jadru sa môže zameriavať proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV a prvá detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV sa môže zameriavať proti C-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako sa opisuje vyššie. Ďalej môže prvý antigén reagujúci s protilátkou HCV z biologickej vzorky obsahovať epitop z oblasti c33c polyproteínu HCV a môže byť spojený s aminokyselinovou sekvenciou hSOD. V tejto súvislosti je druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD. Navyše druhý antigén reagujúci s protilátkou HCV z biologickej vzorky môže obsahovať epitop z oblasti c22 polyproteínu HCV, ako je epitop obsahujúci aminokyseliny Lys₁₀ až Sergg polyproteínu HCV s deléciou Arg47 a substitúciou Leu namiesto Trp v polohe 44, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.

048/B

Tento epitop môže byť spojený s aminokyselinovou sekvenciou hSOD. Ak je tomu tak, je druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD. Antigén získaný spojením viacerých epitopov môže obsahovať aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F.

V ďalšom uskutočnení sa tento vynález zameriava na spôsob detekcie infekcie HCV v biologickej vzorke, ktorý zahŕňa (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoesej obsahujúceho dve monoklonálne protilátky proti jadru HCV, konformačný epitop HCV NS3/4a obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D a antigén získaný spojením viacerých epitopov obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F, ktoré sa k nemu pripájajú, (b) kombináciu biologickej vzorky s pevným nosičom za podmienok, ktoré umožňujú väzbu HCV antigénov a protilátok, ak sú v biologickej vzorke, s aspoň dvoma protilátkami proti jadru, s konformačným epitopom NS3/4a respektíve antigénom s viacpočetným spojením epitopov, (c) pridanie k pevnému nosiču v kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde sa značená protilátka proti jadru zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako posledné dve protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a epitopu z oblasti c22 polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde táto druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s aminokyseiinovými sekvenciami hSOD, (d) detekciu komplexov tvorených medzi protilátkami a antigénmi, ak sú prítomné, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.

V tomto uskutočnení sa aspoň dve protilátky proti jadru môžu zameriavať proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteín HCV1, a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV sa zameriava proti C-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV, ako proti aminokyselinám 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na

048/B sekvenciu polyproteínu HCV1. Navyše môže epitop z oblasti c22 obsahovať aminokyseliny Lys₁₀ až Ser_g9 polyproteínu HCV s deléciou Arg47 a substitúciou Leu namiesto Trp v polohe 44, číslované vzhľadom na sekvenciu polyproteínu HCV1.

V ďalších uskutočneniach sa tento vynález zameriava na imunodiagnostické súpravy obsahujúce pevný nosič pre imunoeseje opísaný vyššie a inštrukcie na uskutočňovanie imunodiagnostického testu.

V ďalších uskutočneniach sa tento vynález zameriava na spôsoby prípravy pevného nosiča pre imunoesej zahrňujúcu (a) zaistenie pevného nosiča a (b) väzbu aspoň jednej protilátky proti jadru HCV, ako je jedna, dve alebo viacej protilátok a aspoň jedného izolovaného pripojeného epitopu HCV NS3/4a a prípadne antigénu získaného spojením viacerých epitopov. Protilátky proti jadru, epitopy NS3/4a a antigény s viacpočetným spojením epitopov sú podľa opisu uvedeného vyššie.

V ďalších uskutočneniach sa tento vynález zameriava na antigén s viacpočetným spojením epitopov zahrňujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F alebo aminokyselinovú sekvenciu s aspoň 80 % sekvenčnou identitou, ako je 90 % alebo vyššia sekvenčná identita reagujúci špecificky s protilátkami proti HCV prítomnými v biologickej vzorke z jednotlivca infikovaného HCV. V určitých uskutočneniach sa antigén s viacpočetným pripojením epitopu skladá z aminokyselinovej sekvencie opísanej na obrázkoch 5A až 5F.

V ďalších uskutočneniach sa tento vynález zameriava na polynukleotid zahrňujúci kódovaciu sekvenciu pré antigén s viacpočetným spojením epitopov uvedených vyššie, rekombinantné vektory zahrňujúce polynukleotidy, hostiteľské bunky transformované rekombinantnými vektormi a spôsoby tvorby rekombinantného antigénu s viacpočetným spojením epitopov zahrňujúci; (a) zaistenie populácie hostiteľských buniek, ako sa opisuje vyššie, a (b) pestovanie populácie buniek za podmienok, pri ktorých sa exprimuje antigén obsahujúci spojenie viacerých epitopov kódovanou sekvenciou prítomnou v rekombinantnom vektore.

048/B

Tieto a ďalšie aspekty tohto vynálezu budú zrejmé pri odkaze na nasledujúci podrobný opis a pripojené výkresy.

Prehľad obrázkov na výkresoch i ·

Obrázok 1 je diagram znázorňujúci HCV genóm s rôznymi oblasťami polyproteínu, od ktorých sa odvodzujú reakčné zložky eseje (proteíny a protilátky).

Obrázok 2 je schematický výkres reprezentatívnej kombinačnej eseje protilátka/antigén podľa tohto vynálezu.

Obrázok 3 znázorňuje aminokyselinovú sekvenciu reprezentatívneho NS3/4a konformačného antigénu na použitie v týchto esejách. Zvýraznený alanín v polohe 182 nahrádza natívny serín, ktorý sa normálne vyskytuje v tejto polohe.

Obrázky 4A až 4D znázorňujú deoxyribonukleovú kyselinu a zodpovedajúcu aminokyselinovú sekvenciu ďalšieho reprezentatívneho NS3/4a konformačného antigénu na použitie v týchto esejách. Aminokyseliny v polohách 403 a 404 obrázkov 4A až 4D predstavujú substitúcie Pro namiesto Thr a lle namiesto Ser natívnej aminokyselinovej sekvencie HCV-1.

Obrázok 5 je diagram konštrukcie pd.HCV1a.ns3ns4aPI.

Obrázok 6 je diagram znázorňujúci MEFA 12.

Obrázky 7A až 7F znázorňujú deoxyribonukleovú kyselinu a zodpovedajúcu aminokyselinovú sekvenciu MEFA.

Obrázok 8 je schematický výkres reprezentatívnej imunoeseje podľa tohto vynálezu s použitím MEFA 12.

048/B

Nasleduje podrobný opis vynálezu.

Prax tohto vynálezu sa používa, pokiaľ sa neopisuje inak, konvenčné spôsoby chémie, biochémie, spôsoby s rekombinantnou deoxyribonukleovou kyselinou a spôsoby imunológie v rámci súčasnej znalosti odboru. Tieto spôsoby sa úplne vysvetľujú v literatúre. Pozri napríklad Fundamental Virology,

2. vydanie, diel I & II (B. B. Fields a D. M. Knipe, red.), Handbook of Experimental Immunology, diely I až IV (D. M. Weir a C. C. Blackwell, red., Blackwell Scientific Publications), T. E. Creighton, Proteins: Structures and Molecular Properties (W. H. Freeman and Company, 1993), A. L. Lehninger, Biochemistry (Worth Publishers, Inc., current addition), Sambrook a kol., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2. vydanie, 1989), Methods In Enzymology (S. Colowick a N. Kaplan, red., Academic Press, Inc.).

Je potrebné poznamenať, že v tomto opise a pripojených nárokoch zahŕňajú singulárne formy odkazy na množné číslo, ak zrejme obsah neurčuje inak. Takže napríklad odkaz na “antigén” zahŕňa zmes dvoch alebo viacerých antigénov a podobne.

V celom texte sa používajú nasledujúce skratky aminokyselín.

Alanín: Ala (A)	Arginín: Arg (R)
Asparagín: Asn (N)	Kyselina aspargová: Asp (D)
Cysteín: Cys (C)	Glutamín: Gin (Q)
Kyselina glutámová: Glu (E)	Glycín: Gly (G)
Histidín: His (H)	Izoleucin: lle (I)
Leucín: Leu (L)	Lyzín: Lys (K)
Metionín: Met (M)	Fenylalanin: Phe (F)
Prolín: Pro (P)	Serín: Ser (S)
Treonín: Thr (T)	Tryptofán: Trp (W)
Tyrozin: Tyr (Y)	Valín: Val (V)

048/B

I. Definície

Pri opise tohto vynálezu sa používajú nasledujúce pojmy, ktorých význam je podľa definície opísanej nižšie.

Pojmy “polypeptid” a “proteín” sa vzťahujú k polyméru aminokyselinových zvyškov a nie sú obmedzené minimálnou dĺžkou produktu. Peptidy, oligopeptidy, diméry, multiméry a podobne sa zahŕňajú do tejto definície. Definícia zahŕňa proteíny plnej dĺžky aj fragmenty. Tieto pojmy taktiež zahŕňajú postexpresné modifikácie polypeptidu, napríklad glykozyláciu, acetyláciu, fosforyláciu a podobne. Ďalej sa pre účely tohto vynálezu pojem “polypeptid” vzťahuje na proteín zahrňujúci modifikácie, ako sú delécia, adícia a substitúcia (všeobecne konzervatívne svojou povahou) natívnej sekvencie, ak proteín zachováva požadovanú aktivitu. Tieto modifikácie môžu byť úmyselné, ako je tomu prostredníctvom mutagenézy smerovanej na miesto, alebo môžu byť náhodné, ako je tomu prostredníctvom mutácií hostiteľa poskytujúcich proteíny, alebo chyby následkom amplifikácie PCR.

Polypeptid HCV je polypeptid, ako sa definuje vyššie, odvodený od polyproteínu HCV. Tento polypeptid nemusí byť fyzicky odvodený od HCV, avšak môže byť vytvorený synteticky alebo rekombinantne. Navyše tento polypeptid môže byť odvodený od ktoréhokoľvek z kmeňov HCV, ako sú kmene 1, 2, 3 alebo 4. Je známe množstvo zachovaných a premenných oblastí medzi týmito kmeňmi a všeobecne aminokyselinové sekvencie epitopov odvodené od týchto oblastí budú mať vysoký stupeň sekvenčnej homológie, to jest homológiu aminokyselinovej sekvencie viac ako 30 %, prednostne viac ako 40 % pri zoradení sekvencií. Pojem “NS3/4” polypeptid sa teda vzťahuje na natívny NS3/4a z ktoréhokoľvek z rôznych kmeňov HCV rovnako ako na analógy NS3/4a, muteíny a imunogénne fragmenty, ako sa definujú nižšie. Sú známe úplné genotypy mnohých z týchto kmeňov. Pozri napríklad US patent č. 6 150 087 a GenBank Accession č. AJ238800 a AJ238799.

048/B

Pojmy “analóg” a “muteín” sa týkajú biologicky aktívnych derivátov referenčnej molekuly alebo fragmentov týchto derivátov, ktoré zachovávajú požadovanú aktivitu, ako je imunoreaktivita v esejách, ktoré sa tu opisujú. Všeobecne sa pojem “analóg” týka zlúčenín majúcich natívnu polypeptidovú sekvenciu a štruktúru s adíciou jednej alebo viacerých aminokyselín, substitúciami (všeobecne svojou povahou konzervatívnymi) a/alebo deléciami oproti natívnej molekule, ak tieto modifikácie neničia imunogénnu aktivitu. Pojem “muteín” sa týka peptidov majúcich jedno alebo viac peptidových mimetík (“peptoidov’j, ako sa opisujú v medzinárodnej publikácii č. WO 91/04282. Prednostne má analóg alebo muteín aspoň rovnakú imunoaktivitu ako natívna molekula. Spôsoby prípravy polypeptidových analógov a muteínov sú známe v odbore a opisujú sa dalej nižšie.

Obzvlášť preferované analógy zahŕňajú substitúcie, ktoré sú svojou povahou konzervatívne, to jest také substitúcie, ktoré nastávajú v skupine aminokyselín príbuzných vo svojich vedľajších reťazcoch. Konkrétne sa aminokyseliny delia do 4 skupín: (1) kyslé - aspartát a glutamát, (2) bázické lyzín, arginín, histidín, (3) nepoláme - alanín, valín, leucín, izoleucin, prolín, fenylalanín, metionín, tryptofán a (4) polárne bez náboja - glycín, asparagín, glutamín, cysteín, serín, treonín, tyrozín. Fenylalanín, tryptofán a tyrozín sa niekedy klasifikujú ako aromatické aminokyseliny. Napríklad sa dá rozumne predvídať, že izolovaná náhrada leucínu izoleucínom alebo valínom, aspartátu glutamátom, treonínu serínom alebo podobná konzervatívna náhrada aminokyseliny štruktúrne príbuznou aminokyselinou nebude mať veľký účinok na biologickú aktivitu. Napríklad môže daný polypeptid zahŕňať až zhruba 5 až 10 konzervatívnych alebo nekonzervatívnych aminokyselinových substitúcií alebo dokonca až zhruba 15 až 25 konzervatívnych alebo nekonzervatívnych aminokyselinových substitúcií alebo akékoľvek celé číslo medzi 5 až 25, ak pozostáva požadovaná funkcia molekuly neporušená. Ten, kto má skúsenosti v odbore, môže ľahko určiť oblasti danej molekuly, ktoré môžu tolerovať zmenu s odkazom na grafy Hopp/-Woods a Kyte-Doolittle dobre známe v odbore.

048/B “Fragmentom” sa rozumie polypeptid skladajúci sa iba z časti intaktnej polypeptidovej sekvencie a štruktúry plnej dĺžky. Fragment môže zahŕňať Cterminálnu deléciu a/alebo N-terminálnu deléciu natívneho polypeptidu. “Imunogénny fragment” daného proteínu HCV bude všeobecne zahŕňať aspoň 5 až 10 súvisiacich aminokyselinových zvyškov molekuly s plnou dĺžkou, prednostne aspoň zhruba 15 až 25 súvisiacich aminokyselinových zvyškov molekuly s plnou dĺžkou a najprednostnejšie aspoň zhruba 20 až 50 alebo viac súvisiacich aminokyselinových zvyškov molekuly s plnou dĺžkou, ktoré definujú epitop, alebo akýkoľvek počet medzi 5 aminokyselinami a sekvenciu s plnou dĺžkou s podmienkou, že daný fragment zachováva imunoreaktivitu v esejách, ktoré sa tu opisujú. Preferované imunogénne fragmenty napríklad zahŕňajú, avšak bez obmedzenia, fragmenty jadra HCV obsahujúce napríklad aminokyseliny 10 až 45, 10 až 53, 67 až 88 a 120 až 130 polyproteínu, epitop 5-1-1 (v oblasti NS3 vírusového genómu) rovnako tak ako epitopy odvodené od oblastí E1, E2, c33c (NS3), c100 (NS4), NS3/4a a NS5 polyproteínu HCV, rovnako tak ako ktorýkoľvek z ďalších epitopov identifikovaných z polyproteínu HCV. Pozri napríklad Chien a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 1001110015 (1992), Chien a kol., J. Gastroent. Hepatol., 8, S33-39 (1993), Chien a kol., medzinárodná publikácia č. WO 93/00365, Chien, D. Y., medzinárodná publikácia č. WO 94/01778, US patent č. 6 150 087 a 6 121 020.

Pojem “epitop”, ako sa tu používa, sa týka sekvencie aspoň zhruba 3 až 5 prednostne zhruba 5 až 10 či 15 a nie viac ako zhruba 1000 aminokyselín (alebo sekvencia s akýmkoľvek počtom medzi týmito hodnotami), ktorá definuje sekvenciu, ktorá je sama časťou väčšej sekvencie a viaže sa na protilátku vytvorenú na základe odpovede na túto sekvenciu. Neexistuje žiadna kritická horná medza pre dĺžku fragmentu, ktorá môže obsahovať proteínovú sekvenciu takmer plnej dĺžky alebo dokonca spojený proteín zahrňujúci dva alebo viac epitopov polyproteínu HCV. Epitop používaný v rámci tohto vynálezu sa neobmedzuje na polypeptid majúci presnú sekvenciu časti materského proteínu, z ktorého sa odvodzuje. Vírusové genómy sú skutočne v stave konštantného toku a obsahujú niekoľko premenných domén vykazujúcich relatívne vysoké stupne variability medzi izolovanými časťami. Preto pojem

048/B epitop zahŕňa sekvencie identické s natívnou sekvenciou rovnako tak ako modifikácie natívnej sekvencie, ako sú delécia, adícia a substitúcia (všeobecne svojou povahou konzervatívne).

Oblasti daného polypeptidu zahrňujúce epitop sa dajú identifikovať s použitím množstva spôsobov mapovania epitopov dobre známych v odbore, Pozri napríklad Epitop Mapping Protocols v monografii Methods in Molecular Biology, diel 66 (Glenn E. Morris, redakcia, 1996) Human Press, Totowa, New Jersey. Napríklad lineárne epitopy sa dajú stanoviť súčasnou prípravou veľkého počtu peptidov na pevných nosičoch, kde peptidy zodpovedajú častiam molekuly proteínu, a reakciou peptidu s protilátkami, pri ktorej peptidy zostávajú pripojené na nosiče. Tieto spôsoby sú známe v odbore a opisujú sa napríklad v US patente č. 4 708 871, Geysen a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81, 39984002 (1984), Geysen a kol., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 82, 172-182 (1985), Geysen a kol., Molec. Immunol., 23, 709-715 (1986).

S použitím týchto spôsobov sa identifikuje množstvo epitopov HCV. Pozri napríklad Chien a kol., Viral Hepatitis and Liver Disease, str. 320-324 (1994) a ďalšie nižšie. Podobne sa ľahko identifikujú konformačné epitopy stanovením priestorovej konformácie aminokyselín, napríklad róntgenovou kryštalografiou a dvojrozmernou nukleárnou magnetickou rezonanciou. Pozri napríklad Epitope Mapping Protocols, vyššie. Antigénne oblasti proteinov sa dajú taktiež identifikovať s použitím štandardných vynesení antigénneho pôsobenia a hydropatie, ako sú výpočty s použitím napríklad programového vybavenia Omiga verzia 1.0 od Oxford Molecular Group. Tento počítačový program používa spôsob Hopp/Woods, Hopp a koľ, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78, 3824-3828 (1981) na stanovenie antigénneho pôsobenia a spôsob Kyte-Doolittle, Kyte a kol., J. Mol. Biol., 157, 105-132 (1982) pre vynesenie hydropatie.

Pojem “konformačný epitop”, ako sa tu používa, sa týka časti proteínu s plnou dĺžkou alebo analógu alebo muteinu tohto proteínu majúceho štruktúrne vlastnosti natívne ako aminokyselinová sekvencia kódujúca epitop v rámci prirodzeného proteínu s plnou dĺžkou. Natívne štruktúrne vlastnosti zahŕňajú,

048/B avšak bez obmedzenia, glykozyláciu a trojrozmernú štruktúru. Dĺžka epitopu definujúca sekvenciu môže byť predmetom širokých zmien, pretože sa uvažuje, že tieto epitopy sa vytvárajú trojrozmerným tvarom antigénu (napríklad skladaním). Preto stačí relatívne málo aminokyselín na definíciu epitopu, avšak sú široko rozptýlené pozdĺž dĺžky molekuly (alebo dokonca rôznych molekulách v prípade dimérov, atď.) s tvorbou správnej konformácie epitopu skladaním. Časti antigénu medzi zvyškami definujúcimi epitop nemusia byť pre konformačnú štruktúru epitopu kritické. Napríklad delécia alebo substitúcia týchto zasahujúcich sekvencií nemusí ovplyvňovať konformačný epitop s podmienkou, že sekvencie kritické pre konformáciu epitopu sú zachované (napríklad cysteíny zúčastňujúce sa disulfidových väzieb, miesta glykozylácie atď.).

Konformačné epitopy prítomné v oblasti NS3/4a sa ľahko identifikujú s použitím vyššie diskutovaných spôsobov. Navyše prítomnosť alebo neprítomnosť konformačného epitopu v danom polypeptide sa dá ľahko stanoviť skríningom antigénu protilátkou (polyklonálnym sérom alebo monoklonálnym voči konformačnému epitopu) a porovnaním reaktivity s prípadom denaturovanej verzie antigénu, ktorá zachováva najvyššie lineárne epitopy. Pri takomto skríningu s použitím polyklonálnych protilátok môže byť výhodné absorbovať polyklonálne sérum najprv denaturovaným antigénom a pozorovať, či zadržiava protilátky proti danému antigénu. Navyše v prípade NS3/4a molekula zachovávajúca natívnu konformáciu bude mať taktiež proteázové a prípadne aj helikázové enzymatické aktivity. Tieto aktivity sa dajú detegovať s použitím enzymatických analýz, ako sa ďalej opisujú nižšie.

Prednostne sa konformačný epitop tvorí rekombinantne a exprimuje sa v bunke, z ktorej sa dá odstrániť za podmienok zachovávajúcich jeho požadované štruktúrne funkcie, napríklad bez denaturácie epitopu. Tieto bunky zahŕňajú baktérie, kvasinky, bunky hmyzu a cicavcov. Expresia a izolácia rekombinantných konformačných epitopov z polyproteínu HCV sa opisuje napríklad v medzinárodnej publikácii č. WO 96/04301, WO 94/01778, WO 95/33053, WO 92/08734. Alternatívne sa dajú exprimovať antigény a ďalej

048/B denaturovať proteín po jeho získaní. Uvažuje sa, že chemická syntéza môže taktiež poskytnúť konformačné antigénové mimitopy vykazujúce skríženú reakciu s “natívnym konformačným epitopom antigénu.

Pojem “viacpočetný epitopový spojený antigén” alebo “MEFA”, ako sa tu používa, znamená polypeptid, v ktorom tvorí viac HCV antigénov časť jedného spojitého reťazca aminokyselín, ktorý sa v prírode nevyskytuje. HCV antigény sa dajú spájať priamo navzájom peptidovými väzbami alebo sa dajú oddeľovať vloženými sekvenciami aminokyselín. Spojené antigény môžu taktiež obsahovať sekvencie exogénne voči HCV polyproteínu. Navyše môžu prítomné HCV sekvencie vznikať z viacerých genotypov a/alebo izolovaných časti HCV. Príklady konkrétnych MEFA na použitie v imunoesejách podľa tohto vynálezu sa podrobne opisujú napríklad v medzinárodnej publikácii č. WO 97/44469 a ďalej sa opisujú nižšie.

Pojem “protilátka znamená molekulu, ktorá sa chemicky alebo fyzikálne viaže na daný polypeptid. Preto je protilátka jadra HCV molekula, ktorá sa špecificky viaže na proteín jadra HCV. Pojem “protilátka, ako sa tu používa, zahrňuje protilátky získané z polyklonálnych aj monoklonálnych prípravkov, rovnako tak ako hybridné (chimérické) protilátkové molekuly (pozri napríklad Winter a kol., Náture, 349, 293-299 (1991) a US patent č. 4 816 567, F (ab')₂ a F(ab) fragmenty, molekuly Fv (nekovalentné heterodiméry, pozri napríklad Inbar a kol., Proc Natl Acad Sci USA, 69, 2659-2662 a Ehrich a koľ, Biochem., 19, 4091-4096 (1980), molekuly Fv s jedným reťazcom (sFv) (pozri napríklad Huston a kol., Proc Natl Acad Sci 85, 5879-5883 (1988), dimérne a trimérne konštrukty protilátkových fragmentov, miniprotilátky (pozri napríklad Pack a kol., Biochem., 31, 1579-1584 (1992), Cumber a kol., J. Immunology, 149B, 120126 (1992), humanizované protilátkové molekuly (pozri napríklad Riechmann a kol., Náture, 332, 323-327 (1988), Verhoeyan a kol., Science, 239, 1534-1536 (1988) a patentovú publikáciu UK, č. GB 2 276 169, publikovanú 21. septembra 1994) a akékoľvek funkčné fragmenty získané z týchto molekúl, kde tieto fragmenty zachovávajú imunologické väzbové vlastnosti materskej protilátkovej molekuly.

048/B

Pojem “monoklonálna protilátka” sa týka protilátkového zloženia majúceho homogénnu populáciu protilátok. Tento termín sa neobmedzuje na druh alebo zdroj protilátky ani sa neobmedzuje spôsobom, ktorým vzniká. Preto tento termín zahŕňa protilátky získané z myších hybridómov rovnako ako ľudské monoklonálne protilátky získané s použitím skôr ľudských ako myších hybridómov. Pozri napríklad Cote a kol., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, 1985, str. 77.

“Rekombinantnný” proteín je proteín, ktorý zachováva svoju požadovanú aktivitu a ktorý bol pripravený technikami rekombinantnej deoxyribonukleovej kyseliny, ako sa tu opisuje. Všeobecne sa daný gén klonuje a potom sa exprimuje v transformovaných organizmoch, ako sa ďalej opisuje nižšie. Hostiteľský organizmus exprimuje cudzí gén za získania proteínu za podmienok expresie.

Pojem “izolovaný” vo vzťahu k polypeptidu znamená, že je daná molekula oddelená a diskrétna oproti celému organizmu, v ktorom je táto molekula prítomná v prírode, alebo je prítomná v podstate za neprítomnosti iných biologických makromolekúl toho istého typu. Pojem “izolovaný” v súvislosti s polynukleotidom je molekula nukleovej kyseliny zbavená ako celok alebo časť sekvencii normálne pripojených k tejto molekule v prírode alebo sekvencie, ak existuje v prírode, avšak majú pripojené heterológne sekvencie, alebo molekula oddelená z chromozómu.

Pojem “ekvivalentný antigénny determinant” znamená antigénny determinant z rôznych poddruhov, alebo kmeňov HCV, ako sú kmene 1, 2 alebo 3 HCV. Konkrétnejšie sú známe epitopy ako 5-1-1 a tieto epitopy sa menia medzi kmeňmi 1, 2 a 3. Epitop 5-1-1 z rôznych kmeňov teda predstavuje antigénne determinanty, takže kópie a dokonca ani ich sekvencie nie sú identické. Všeobecne budú mať aminokyselinové sekvencie ekvivalentných antigénnych determinantov vysoký stupeň sekvenčnej homológie, t.j. sekvenčnú homológiu viac ako 30 %, prednostne viac ako 40 %, keď sú obe sekvencie zoradené.

048/B “Homológia” sa týka percentuálnej podobnosti medzi dvoma polynukleotidovými alebo dvoma polypeptidovými zvyškami. Dve deoxyribonukleové kyseliny alebo dve polypeptidové sekvencie sú “podstatne homológne” navzájom, ak sekvencie vykazujú aspoň 50 %, prednostne aspoň 75 %, prednostnejšie aspoň 80 až 85 %, ešte prednostnejšie aspoň 90 % a najprednostnejšie aspoň 95 až 98 % sekvenčnej podobnosti na definovanej dĺžke molekúl. Pojem podstatne homológny, ako sa tu používa, sa taktiež vzťahuje na sekvencie vykazujúce úplnú identitu so špecifickou sekvenciou deoxyribonukleovej kyseliny alebo polypeptidu.

Všeobecne sa “identita” týka presnej korešpondencie medzi nukleotidmi alebo aminokyselinami v dvoch polynukleotidových alebo polypeptidových sekvenciách. Percento identity sa dá stanoviť priamym porovnaním sekvenčnej informácie medzi dvoma molekulami zoradením sekvencií, zistením presného počtu zodpovedajúcich zhodných dvojíc medzi dvoma zoradenými sekvenciami, delením dĺžkou kratšej sekvencie a násobením výsledku 100.

Na pomoc pri analýze podobnosti a identity sa dá použiť ľahko dostupný počítačový program, ako je ALIGN, M. O. Dayhoff, Atlas of Protein Sequences and Structure M. O. Dayhoff, redakcia, 3, Suppl. 5, 353-358, National Biomedical Research Foundation, Washington, DC, ktorý prispôsobuje algoritmus lokálnej homológie Smithe a Watermana, Advances in Appl. Math., 2, 482-489 (1981) na peptidovú analýzu. Programy na stanovenie nukleotidovej sekvenčnej podobnosti a identity sú k dispozícii ako Wisconsin Sequence Analysis Package, verzia 8 (dodáva Genetics Computer Group, Madison, Wl), napríklad programy BESTFIT, FASTA a GAP, ktoré sa taktiež zakladajú na algoritme Smithe a Watermana. Tieto programy sa dajú ľahko použiť s parametrami štandardného nastavenia odporúčanými výrobcom a opísanými vo vyššie citovanom Wisconsin Sequence Analysis Package. Napríklad percentuálna podobnosť danej nukleotidovej sekvencie s referenčnou sekvenciou sa stanoví použitím algoritmu homológie Smithe a Watermana s tabuľkou skóre v štandardnom nastavení a s medzerou šiestich nukleotidových polôh.

048/B

Ďalší spôsob zistenia percentuálnej podobnosti v súvislosti s týmto vynálezom je použitie súboru programu MPSRCH, University of Edinburgh, autorov John F. Collinsa a Shane S. Sturroka distribuovaný spoločnosťou IntelliGenetics, Inc. (Mountain View, CA). Z týchto súborov sa dá použiť Smithov-Watermanov algoritmus s použitím parametrov štandardného nastavenia zo skórovacej tabuľky [napríklad “gap open penalty 12”, “gap extension penalty 1” a “gap 6’’]. Hodnota “Match” (zhody) vytvorená z údajov odráža “sekvenčnú podobnosť’’. Ďalšie vhodné programy pre výpočet percenta identity alebo podobnosti medzi sekvenciami sú v odbore dobre známe, napríklad ďalší program BLAST použitý s parametrami štandardného nastavenia. Napríklad BLATN a BLASTP je použiteľný s nasledujúcimi parametrami so štandardným nastavením: genetický kód = štandardný, filter = žiadny, vlákno = obe, skrátenie = 60, očakávanie = 10, Matrica = BLOSUM62, opisy = 50 sekvencií, hodnotenie = vysoké skóre, databáza = neredundantná, GenBank + EMBL + DDBJ + PDB + GenBank CDS preklady + Swiss proteín + Spupdate + PIR. Podrobnosti o týchto programoch sa dajú nájsť na nasledujúcej internetovej adrese http./www.ncbi.nlm.gov/cgi-bin/BLAST.

Alternatívne sa dá homológia stanoviť hybridizáciou polynukleotidov za podmienok tvoriacich stabilné duplexy medzi homológnymi oblasťami s následným natrávením jednovláknovo špecifickou nukleázou a stanovením veľkosti natrávených fragmentov. Sekvencie DNA, ktoré sú v podstate homológne, sa dajú identifikovať Southernovou hybridizáciou napríklad za prísnych podmienok definovaných pre daný systém. Definícia príslušných podmienok hybridizácie spadá do oblasti skúsenosti v odbore. Pozri napríklad Sambrook a kol., vyššie, DNA Cloning, vyššie, Nucleic Acid hybridization, vyššie.

“Kódovacia sekvencia” alebo sekvencia, ktorá kóduje zvolený polypeptid, je molekula nukleovej kyseliny, ktorá sa prepisuje (v prípade deoxyribonukleovej kyseliny) a prekladá (v prípade mRNA) do polypeptidu in vitro alebo in vivo pri umiestnení pod kontrolu príslušných regulačných sekvencií. Medze kódovacej sekvencie sa stanovia štartovacím kodónom pri

048/B konci 5' (amino) a kodónom zastavenia translácie pri konci 3' (karboxy). Sekvencia ukončenia transkripcie sa môže pripájať v polohe 3’ ku kódovacej sekvencii.

Pojem operabilne spojený” sa týka usporiadania elementov, v ktorých sa takto opisované zložky konfigurujú tak, aby uskutočňovali svoje požadované funkcie. Preto je daný promótor operabilne pripojený ku kódovacej sekvencii schopný uskutočňovať expresiu kódovacej sekvencie za prítomnosti vhodných transkripčných faktorov atď. Promótor nemusí byť spojený s kódovacou sekvenciou, ak je jeho funkciou smerovať jej expresiu. Preto napríklad vložené nepreložené a pritom prepísané sekvencie môžu byť medzi sekvenciou promótora a kódovacou sekvenciou, ako je to pre prepisované intróny, a sekvencia promótora sa pritom môže považovať za “operabilne pripojenú” ku kódovacej sekvencii.

Pojem “kontrolný element” sa týka sekvencie polynukleotidu, ktorá napomáha expresii kódovacej sekvencie, ku ktorej sa pripája. Tento pojem zahŕňa promótory, sekvencie ukončenia transkripcie, domény vzostupné regulácie, signály polyadenylácie, nepreložené oblasti, vrátane 5'-UTR a 3'UTR a vo vhodných prípadoch vedúce sekvencie a enhancery, ktoré spoločne zaisťujú transkripciu a transláciu kódovacej sekvencie v bunke hostiteľa.

Pojem “promótor”, pokiaľ sa používa tu, je DNA regulačná oblasť schopná väzby RNA polymerázy v hostiteľskej bunke a začatia transkripcie zostupnej (smer 3') kódovacej sekvencie, ku ktorej je operačne pripojená. Pre účely tohto vynálezu zahŕňa sekvencia promótora minimálny počet báz alebo elementov nevyhnutných pre začatie transkripcie daného génu na úrovniach detegovateľných nad pozadím. V rámci sekvencie promótora je miesto zahájenia transkripcie rovnako tak ako domény väzby proteínu (sekvencie konsenzu) zodpovedné za väzbu RNA polymerázy. Eukaryotické promótory často, avšak nie vždy, obsahujú boxy “TATA” a boxy “CAT”.

048/B

Kontrolná sekvencia “smeruje transkripciu” kódovacej sekvencie v bunke, keď sa RNA polymeráza viaže na sekvenciu promótora a prepisuje kódovaciu sekvenciu do mRNA, ktorá sa potom prekladá do kódovaného polypeptidu kódovacou sekvenciou.

“Expresná kazeta” alebo “expresný konštrukt” sa týka súboru schopného smerovať expresiu danej sekvencie (sekvencií) alebo daného génu (génov). Expresná kazeta zahŕňa kontrolné prvky, ako sa opisujú vyššie, ako je promótor, ktorý je operačne pripojený k danej sekvencií (sekvenciám) alebo danému génu (génom) a často taktiež zahŕňa sekvenciu polyadenylácie. Pri určitých uskutočneniach tohto vynálezu môže byť expresná kazeta, ktorá sa tu opisuje, obsiahnutá v rámci plazmidového konštruktu. Navyše k zložkám expresnej kazety môže plazmidový konštrukt taktiež obsahovať jeden alebo viac voliteľných markerov, ktorých signál umožňuje existenciu plazmidového konštruktu vo forme jednovláknovej deoxyribonukleovej kyseliny (napríklad pôvod M13 replikácie), v aspoň jednom mieste viacpočetného klonovania a “cicavčí pôvod replikácie (napríklad SV40 alebo adenovírusový pôvod replikácie).

Pojem “transformácia”, ako sa tu používa, sa týka vloženia exogénneho polynukleotidu do hostiteľskej bunky bez ohľadu na spôsob použitý pri tomto vložení: napríklad transformácia priamym zachytením, transfekciou, infekciou a podobne. Ohľadom konkrétnych spôsobov transfekcie pozri ďalej nižšie. Exogénny polynukleotid sa môže udržovať ako neintegrovaný vektor, napríklad epizóm alebo alternatívne môže byť integrovaný do hostiteľovho genómu.

“Hostiteľská bunka je bunka, ktorá sa transformovala alebo je schopná transformácie exogénnou sekvenciou deoxyribonukleovej kyseliny.

“Zvyčajný pevný nosič” znamená jednotlivú tuhú matricu, ku ktorej sa polypeptidy použité v daných imunoesejách viažu kovalentne alebo nekovalentnými spôsobmi, ako je hydrofóbna adsorpcia.

048/B

Pojem imunologický reaktívny” znamená, že daný antigén bude reagovať špecificky s protilátkami proti HCV prítomnými v biologickej vzorke od jednotlivca infikovaného HCV.

Pojem “imunitný komplex” znamená kombináciu vytvorenú pri väzbe protilátky na epitop antigénu. ¹

Pojem “biologická vzorka”, ako sa tu používa, sa týka vzorky tkaniva alebo kvapaliny izolovanej zo subjektu vrátane, avšak bez obmedzenia, napríklad krvi, plazmy, séra, hmoty stolice, moču, kostnej drene, žlči, spinálnej tekutiny, lymfatickej tekutiny, vzoriek kože, vonkajších sekrétov kože, respiračného intestinálneho a urogenitálneho traktu, sĺz, slín, mlieka, krviniek, orgánov, biopsií a taktiež vzoriek zložiek bunkovej kultúry in vitro vrátane, avšak bez obmedzenia, upravených médií získaných z rastu buniek a tkanív v médiu, napríklad rekombinantných buniek a bunkových zložiek.

Pojmy “značka” a “detegovateľná značka, ako sa tu používajú, sa týkajú molekuly schopnej detekcie vrátane, avšak bez obmedzenia, rádionuklidov, fluorescenčných látok, chemiluminiscenčných látok, chromofórov, enzýmov, enzýmových substrátov, enzýmových kofaktorov, enzýmových inhibítorov, chromofórov, farbív, kovových iónov, kovových solí, ligandov napríklad biotín, strepavidín alebo haptény) a podobne. Pojem “fluorescenčná látka” sa týka látky alebo jej časti, ktorá je schopná vykazovať fluorescenciu v detegovateľnom rozmedzí. Konkrétne vzorky značiek, ktoré sa dajú využiť v rámci tohto vynálezu, zahŕňajú, avšak bez obmedzenia, chrenovú peroxidázu (HRP), fluoresceín, FITC, rodamín, dansyl, umbeliferón, dimetylakridíniumester (DMAE), texaskú červeň, luminol, NADPH a α-β-glaktožidázu.

II. Spôsoby uskutočnenia vynálezu

Pred podrobným opisom tohto vynálezu je potrebné si uvedomiť, že sa tento vynález neobmedzuje na konkrétne formulácie alebo že sa parametre procesu môžu samozrejme meniť. Je potrebné si taktiež uvedomiť, že

048/B terminológia, ktorá sa tu používa, slúži iba pre účely opisov konkrétnych uskutočnení tohto vynálezu a nie je obmedzujúca.

Aj keď počet zmesí a spôsobov podobných alebo ekvivalentných tým, ktoré sa tu opisujú, sa dá použiť v praxi tohto vynálezu, sú preferovanými látkami a spôsobmi tie, ktoré sa tu opisujú.

Ako sa poznamenáva vyššie, zakladá sa tento vynález na objave nových diagnostických spôsobov pre presné stanovenie skorej infekcie HCV. Tieto spôsoby sa zakladajú na identifikácii a použití vysoko imunogénnych HCV protilátok a antigénov, ktoré sa vyskytujú v skorých fázach sérokonverzie HCV, čím sa zvyšuje správnosť detekcie a znižuje sa výskyt falošných výsledkov. Tieto spôsoby sa dajú vhodným spôsobom uskutočňovať vo formáte jednotlivej eseje.

Konkrétnejšie sa esej uskutočňuje na pevnej podložke, ku ktorej sa naviaže jedna alebo viac protilátok proti jadru HCV (smerovanej buď proti rovnakým alebo iným epitopom jadra HCV) a epitop odvodený od oblasti NS3/4a polyproteínu HCV. Príklady konkrétnych protilátok proti jadru použiteľných v tomto vynáleze zahŕňajú, avšak bez obmedzenia, protilátkové molekuly, ako sú monoklonálne protilátky zamerané proti epitopom v oblasti jadra medzi aminokyselinami 10 až 53, aminokyselinami 10 až 45, aminokyselinami 67 až 88, aminokyselinami 120 až 130 alebo protilátky zamerané proti epitopom jadra identifikovaným napríklad v Hougton a kol., US patent č. 5 350 671, Chien a koľ, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89. 10011-10015 (1992), Chien a kol., J. Gastroent. Hepatol, 8, S33-39 (1993), Chien a koľ, medzinárodná publikácie č. WO 93/00365, D. Y. Chien, medzinárodná publikácia č. WO 94/01778 a US patentové prihlášky č. 08/403 590 a 08/444 818 prijaté do všeobecného vlastníctva.

Oblasť NS3/4a polyproteínu HCV sa opisuje a aminokyselinová sekvencia a celková štruktúra proteínu sa uverejňuje napríklad v Yao a kol., Structure, 7, 1353-1363 (1999), Sali a kol., Biochem., 37, 3392-3401 (1998) a R. Bartenschlager, J. Viral Hepat., 6, 165-181 (1999). Pozri tiež Dasmahapatra a kol., US patent č. 5 843 752. Imunoeseje subjektu používajú aspoň jeden

048/B konformačný epitop odvodený od oblasti NS3/4a, ktorý sa vyskytuje v konformácii nájdenej v prirodzenej častici HCV alebo v jej neúčinnom produkte, ako sa ukazuje zachovaním proteázovej a prípadne helikázovej enzymatickej aktivity normálne vykazovanej produktom génu NS3/4a a/alebo imunoreaktivitou antigénu s protilátkami v biologickej vzorke subjektu infikovaného HCV a stratou imunoreaktivity epitopu pri denaturácii antigénu. Napríklad konformačný epitop sa dá porušiť zahrievaním, zmenou pH na mimoriadne kyslé alebo bázické alebo pridaním známych organických denaturačných prostriedkov, ako je ditiotreitol (DTT) alebo príslušný detergent, pozri napríklad Protein Purification Methods, a practical approach (E. L. V. Harris a S. Angal, red., IRL Press), a denaturovaný produkt sa porovnáva s produktom, ktorý sa nespracováva ako sa opisuje vyššie.

Proteázová a helikázová aktivita sa dá stanoviť použitím štandardných spôsobov stanovenia enzýmov dobre známych v odbore. Napríklad proteázová aktivita sa dá stanoviť s použitím esejí dobre známych v odbore. Pozri napríklad Takeshita a kol., Anál. Biochem., 247, 242-246 (1997), Kakiuchi a kol., J. Biochem., 122, 749-755 (1997), Sali a koľ, Biochemistry, 37, 3392-3401 (1998), Choo a kol., J. Virol. Meth., 72, 109-115 (1998), Cerretani a kol., Anál. Biochem., 266, 192-197 (1999), Zhang a kol., Anál. Biochem., 270, 268-275 (1999), Kakiuchi a kol., J. Virol. Meth., 80, 77-84 (1999), Fowler a kol., J. Biomol. Screen, 5, 153-158 (2000) a Kim a kol., Anál. Biochem., 284, 42-48 (2000). Obzvlášť vhodnú esej na stanovenie aktivity proteázy ukazujú príklady opísané nižšie.

Podobne sú v odbore dobre známe eseje aktivity helikázy a aktivita helikázy epitopu NS3/4a sa dá stanoviť napríklad s použitím eseje ELISA, ako sa opisuje napríklad v Hsu a kol., Biochem. Biophys. Res. Commun., 253, 594599 (1998) a scintilačným systémom, ako opisuje Kyono a kol., Anál. Biochem., 257. 120-126 (1998) skríningovými esejami s vysokými výkonmi, ako sa opisujú napríklad v Hicham a kol., Antiviral Res., 46, 181-193 (2000) a Kwong a koľ, Methods Mol. Med., 24, 97-116 (2000) rovnako tak ako inými spôsobmi esejí známymi v odbore. Pozri napríklad Khu a kol., J. Virol., 75, 205-214 (2001),

048/B

Utama a kol., Virology, 273. 316-324 (2000), Paolini a kol., J. Gen. Virol., 81_, 1335-1345 (2000), Preugschat a koľ, Biochemistry, 39, 5174-5183 (2000), Preugschat a kol., Methods Mol. Med., 19, 353-364 (1998) a Hesson a kol., Biochemistry, 39, 2619-2625 (2000).

Dĺžka antigénu je dostatočná na udržanie imunoreaktívneho konformačného epitopu. Často má používaný polypeptid obsahujúci antigén takmer plnú dĺžku, avšak tento polypeptid môže byť taktiež skrátený, napríklad na zvýšenie rozpustnosti alebo zlepšenie sekrécie. Všeobecne sa môže konformačný epitop v NS3/4a exprimovať ako rekombinantný polypeptid v bunke a tento polypeptid poskytuje epitop žiadanej formy, ako sa opisuje podrobne nižšie.

Reprezentatívne aminokyselinové sekvencie pre polypeptidy NS3/4a ukazujú obrázky 3 a obrázky 4A až 4D. Zvýraznený alanín v polohe 182 na obrázku 3 sa substituuje namiesto aktívneho serínu prítomného v tejto polohe, aby sa zabránilo autokatalýze molekuly, ktorá inak mohla nastať. Aminokyselinová sekvencia znázornená v polohách 3 až 686 obrázkov 4A až 4D zodpovedá aminokyselinovým polohám 1027 až 1711 HCV-1. Iniciačný kodón (ATG) kódujúci Met je znázornený ako poloha 1. Navyše Thr normálne prítomný v polohe 1428 HCV-1 (aminokyselinová poloha 403 obrázku 4) sa mutuje na Pro a Ser normálne prítomný v polohe 14289 HCV-1 (aminokyselina poloha 404 v obrázku 4) sa mutuje na lle. Avšak natívna sekvencia s alebo bez N-terminálneho Met, znázornený analóg s alebo bez N-terminálneho Met alebo ďalšie analógy a fragmenty sa dajú použiť v esejách subjektu, pokiaľ sa epitop tvorí použitím spôsobu, ktorý zachováva alebo obnovuje natívnu konformáciu, takže sa zachováva proteázová a prípadne taktiež helikázová aktivita. Dasmahapatra a kol., US patent č. 5 843 752 a Zhang a kol., US patent č. 5 990 276 opisujú analógy NS3/4a.

NS3 proteáza NS3/4a je zhruba v polohách 1027-1207, číslované vzhľadom na HCV-1, polohy 1 až 182 obrázku 4. Štruktúra NS3 proteázy a aktívne miesto sú známe. Pozri napríklad De Francesco a kol., Antivir. Ther., 3, 99-109 (1998), Koch a kol., Biochemistry, 40, 631-640 (2001). Zmeny natívnej

048/B sekvencie, ktoré sa dajú normálne tolerovať, sú tie, ktoré sú vo vnútri aktívneho miesta molekuly. Konkrétne je vhodné zachovávať aminokyseliny 1- alebo 2 až 155 obrázku 4 s málo substitúciami alebo iba s konzervatívnymi substitúciami. Aminokyseliny mimo 155 budú tolerovať väčšie zmeny. Navyše, ak sa použijú fragmenty sekvencie NS3/4a znázornené na obrázku 4, budú tieto fragmenty všeobecne zahŕňať aspoň aminokyseliny 1 alebo 2 až 155, prednostne aminokyseliny 1 alebo 2 až 175 a najprednostnejšie aminokyseliny 1 alebo 2 až 182 s N-terminálnymi Met alebo bez nich. Helikázová doména je zhruba v polohách 1193 až 1657 HCV-1 (polohy 207 až 632 na obrázku 4). Preto, ak sa požaduje helikázová aktivita, bude táto časť molekuly zachovaná s málo zmenami alebo iba s konzervatívnymi zmenami. Ten, kto má skúsenosti v odbore, môže ľahko stanoviť ďalšie oblasti, ktoré budú tolerovať zmenu na základe známej štruktúry NS3/4a.

Pevný nosič môže taktiež obsahovať ďalšie antigény. Napríklad antigény tvorené spojením viacerých epitopov (zvané “MEFA”), ako sa opisujú v medzinárodnej publikácii č. WO 97/44469, sa môžu viazať na pevný nosič na použitie v esejách subjektu. Tieto MEFA obsahujú viacpočetné epitopy odvodené od dvoch alebo viacerých rôznych vírusových oblastí znázornených na obrázku 1 a v tabuľke 1. Konkrétne, ako ukazuje obrázok 1 a tabuľka 1, tvorí HCV polyproteín pri štiepení aspoň desiatich rôznych produktov v poradí NH₂jadro-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4a-NS4b-NS5a-NS5b-COOH. Polypeptid jadra sa vyskytuje v polohách 1 až 191, číslované vzhľadom na HCV-1 [pozri Choo a kol., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 88, 2451-2455 (1991) ohľadom genómu HCV1], Tento polypeptid sa ďalej spracováva za získania HCV polypeptidu s aminokyselinami zhruba 1 až 173. Polypeptidy obálky, E1 až E2 sa vyskytujú zhruba v polohách 192 až 383 respektíve 384 až 746. Doména P7 je zhruba v polohách 747 až 809. NS2 je integrálny membránový proteín s proteolytickou aktivitou a je zhruba v polohách 810 až 1026 polyproteínu. NS2, buď samotný alebo v kombinácii s NS3 (v polohách zhruba 1027 až 1657) štiepi väzbu NS2NS3, ktorá tvorí koniec N NS3 a uvoľňuje veľký polyproteín zahrňujúci aktivity serín proteázy a RNA helikázy. NS3 proteáza v polohách 1027 až 1207 slúži na spracovanie zvyšného polyproteínu. Helikázová aktivita je zhruba v polohách

048/B

1193 až 1657. Dokončenie zretia polyproteínu sa zahajuje autokatalytickým štiepením spojenia NS3-NS4a katalyzovaným NS3 serin proteázou. Nasledujúce štiepenie HCV polyproteínu sprostredkované NS3 zahŕňa rozpoznanie spojov štiepenia polyproteínu molekulou NS3 ďalšieho polypeptidu. V týchto reakciách NS3 uvoľňuje kofaktor NS3 (NS4a v polohách 1658 až 1711), dva proteíny (NS4b zhruba v polohách 1712 až 1972 a NS5a zhruba v polohách 1973 až 2420) a RNA-dependentnú RNA polymerázu (NS5b prítomnú zhruba v polohách 2421 až 3011).

Tabuľka 1

Doména	Približné rozmedzie *
C (core)	1-191
E1	192-383
E2	384-746
P7	747-809
NS2	810-1026
NS3	1027-1657
NS4a	1658-1711
NS4b	1712-1972
NS5a	1973-2420
NS5b	2421-3011

* Číslovanie vzhľadom na HCV-1. Pozri Choo a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 2451-2455 (1991).

Viacpočetné antigény HCV sú časťou jedného spojitého reťazca aminokyselín, ktorý sa nevyskytuje v prírode. Preto je lineárne poradie epitopov odlišné od ich lineárneho poradia v genóme, v ktorom sa vyskytujú. Lineárne poradie sekvencií MEFA na použitie v tomto vynáleze je prednostne usporiadané na dosiahnutie optimálneho antigénneho pôsobenia. V preferovaných spôsoboch pochádzajú epitopy od viacej ako jedného kmeňa

048/B

HCV, čím sa zaisťuje prídavná schopnosť detegovať viacpočetné kmene HCV v jednej eseji. Preto môžu MEFA na použitie v tomto vynáleze obsahovať rôzne imunogénne oblasti odvodené od vyššie opísaného polyproteínu. Navyše proteín získaný z posunu rámca v oblasti jadra polyproteínu, ako sa opisuje v medzinárodnej publikácii č. WO 99/63941, je použiteľný v MEFA. V prípade požiadavky sa v hybridnom proteíne môže vyskytnúť aspoň 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 alebo 10 alebo viac epitopov odvodených od polyproteínu HCV.

Napríklad epitopy odvodené od hypervariabilnej oblasti E2, ako je oblasť aminokyselín 384 až 410 alebo 390 až 410, môžu byť súčasťou antigénu MEFA. Obzvlášť účinným epitopom E2 je taký, ktorý zahŕňa sekvenciu konsenzu odvodenú z tejto oblasti, ako je sekvencia konsenzu Gly-Ser-Ala-AlaArg-Thr-Thr-Ser-Gly-Phe-Val-Ser-Leu-Phe-Ala-Pro-Gly-Ala-Lys-Gln-Asn, ktorá predstavuje sekvenciu konsenzu pre aminokyseliny 390 až 410 genómu HCV typu 1. Reprezentatívny epitop E2 prítomný v MEFA podľa tohto vynálezu môže obsahovať hybridný epitop v rozmedzí aminokyselín 390 až 444. Tento hybridný epitop E2 môže zahŕňať sekvenciu konsenzu predstavovanú kyselinami 390 až 410 pripojenú k natívnej aminokyselinovej sekvencii pre aminokyseliny 411 až 444 HCV E2.

Navyše sa môžu antigény odvodzovať od rôznych kmeňov HCV. Sú známe viacpočetné vírusové kmene HCV a epitopy odvodené od ktoréhokoľvek z týchto kmeňov sa dajú používať v spojenom proteíne. Je dobre známe, že v akomkoľvek druhu organizmu existuje individuálna premenlivosť a ďalej, že daný organizmus, ako je vírus, môže mať množstvo rôznych kmeňov. Napríklad, ako sa opisuje vyššie, zahŕňa HCV aspoň 6 genotypov. Každý z týchto genotypov zahŕňa ekvivalentné antigénne determinanty. Konkrétnejšie zahŕňa každý kmeň množstvo antigénnych determinantov, ktoré sú prítomné vo všetkých kmeňoch vírusu, avšak sú mierne rozdiely medzi jednotlivými kmeňmi vírusu. HCV napríklad zahŕňa antigénny determinant známy ako 5-1-1 (pozri obrázok 1). Tento konkrétny antigénny determinant je v troch rôznych formách na troch rôznych vírusových kmeňoch HCV. V súlade s tým sa v preferovanom uskutočnení podľa tohto vynálezu vyskytujú všetky tri formy 5-1-1 na antigéne

048/B získanom spojením viacerých epitopov použitom v imunoesejách uskutočňovaných na subjekte. Podobne môžu byť taktiež prítomné ekvivalentné antigénne determinanty z oblasti jadra rôznych kmeňov HCV. Všeobecne majú ekvivalentné antigénne determinanty vysoký stupeň homológie v zmysel aminokyselinovej sekvencie, ktorý je všeobecne 30 % alebo viac, prednostne 40 % alebo viac pri zoradení. Epitop viacpočetnej kópie podľa tohto vynálezu môže taktiež zahŕňať viac kópií, ktoré sú presnými kópiami toho istého epitopu.

Reprezentatívne MEFA na použitie v týchto analýzach sa opisuje v medzinárodnej publikácii č. WO 97/44469. Ďalšie reprezentatívne MEFA na toto použitie zahŕňajú MEFA 12, MEFA 13 a MEFA 13.1. Je potrebné si uvedomiť, že tieto MEFA sú čisto reprezentatívne a v týchto analýzach sa dajú používať ďalšie epitopy odvodené od genómu HCV a dajú sa inkorporovať do týchto alebo iných MEFA.

Sekvenciu DNA a zodpovedajúcu aminokyselinovú sekvenciu MEFA 12 znázorňujú obrázky 7A až 7F. Všeobecný štruktúrny vzorec MEFA 12 znázorňuje obrázok 6 a je nasledujúci: hSOD-E1 (typ 1) -E2 HVR konsenzus (typ 1a) -E2 HVR konsenzus (typy 1 a 2) -c33c krátky (typ 1) -5-1-1 (typ1) -5-11 (typ3) -5-1-1 (typ 2) -c100 (typ 1) -NS5 (typ 1) -NS5 (typ 1) -jadro (typy 1+2) jadro-(typy 1+2). Tento epitop s viacpočetnými kópiami zahŕňa nasledujúcu aminokyselinovú sekvenciu, číslované vzhľadom na HCV-1 (číslovanie aminokyselín opísané nižšie vyplýva z určenia číslovania podľa Choo a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 2451-2455 (1991), kde aminokyselina 1 je prvý metionín kódovaný kódovacou sekvenciou oblasti jadra): aminokyseliny 1 až 69 superoxid dismutázy (SOD sa používa na zvýšenie rekombinantnej expresie proteínu), aminokyseliny 303 až 320 polyproteínu z oblasti E1, aminokyseliny 390 až 410 polyproteínu predstavujúceho sekvenciu konsenzu pre hypervariabilnú oblasť HCV-1a a E2, aminokyseliny 384 až 414 polyproteínu z oblasti E2, predstavujúce sekvenciu konsenzu pre hypervariabilné oblasti E2 HCV-1 a HCV-2, aminokyseliny 1211 až 1457 polyproteínu HCV-1 definujúce helikázu, tri kópie epitopu z 5-1-1, aminokyseliny 1689 až 1735, jedna z HCV-1, jedna z HCV-3 a jedna z HCV-2, kde tieto kópie sú ekvivalentné antigénnym

048/B determinantom z troch rôznych vírusových kmeňov HCV, HCV polypeptid C100 HCV-1, aminokyseliny 1901-1936 polyproteínu, dve presné kópie epitopu z oblasti NS5 HCV-1, každá z aminokyselín 2278 až 2313 HCV polyproteínu, a dve kópie troch epitopov z oblasti jadra, dve z HCV-1 a jedna z HCV-2, ktoré sú ekvivalentné antigénnym determinantom predstavovaným aminokyselinami 9 až 53 a 64 až 88 HCV-1 a 67 až 84 HCV-2.

Tabuľka 2 ukazuje polohy aminokyselín rôznych epitopov v MEFA 12 s odkazom na obrázky 7A až 7F. Číslovanie v tabuľkách sa vzťahuje na HCV-1. Pozri Choo a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 2451-2455 (1991). MEFA 13 a 13.1 taktiež zdieľajú všeobecný vzorec opísaný vyššie pre MEFA 12 s modifikáciami znázornenými v tabuľkách 3 a 4.

048/B

Tabuľka 2 - MEFA12

Mefa aa#	Koncové miesto 5'	epitop	hcv aa#	kmeň
1-69*	ΝοοΊ	hSOD
72-89	Mlul	E1	303-320	1
92-112	Hindl 11	E2 HVR1a konsenzus	390-410	; 1.
113-143		E2 HVR1+2 konsenzus	384-414	1,2
146-392	Spel	C33C krátky	1211-1457	1
395-441	Sphl	5-1-1	1689-1735	1
444-490	Nrul	5-1-1	1689-1735	3
493-539	Clal	5-1-1	1689-1735	2
542-577	Aval	C100	1901-1936	1
580-615	Xbal	NS5	2278-2313	1
618-653	Bglll	NS5	2278-2313	1
654-741	Ncol	epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2
742-829	Balí	epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2

‘Proteín SOD je skrátený tak, že detekčný konjugát, protilátka proti SOD značená HRP, sa neviaže na MEFA. Epitop jadra sa mutuje, aby sa predišlo väzbe protilátok proti jadru HCV použitých v detekcii s MEFA.

048/B

Tabuľka 3 - MEFA 13

Mefa aa#	Koncové miesto 5'	epitop	hcv aa#	kmeň
1-156	A/co1	mutovaný hSOD (aa70- 72, ALA)
161-178	Mlu\	E1	303-320	1
181-201	Hind! 11	E2 HVR1a konsenzus	390-410	1
202-232		E2 H VR 1+2 konsenzus	384-414	1,2
235-451		C33C krátky	1211-1457	1
454-500	HindlU	5-1-1 Plmut*	1689-1735	1
503-549	Nru\	5-1-1 Plmut*	1689-1735	3
552-598	Cla\	5-1-1 Plmut*	1689-1735	2
601-636	Ava\	C100	1901-1936	1
639-674	Xba\	NS5	2278-2313	1
677-712	Bgf\\	NS5	2278-2313	1
713-800		epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2
801-888		epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2

*Epitopy 5-1-1-sa modifikujú elimináciou možných miest štiepenia (CS alebo CA) cielených NS3/4a rekombinantným proteínom. Namiesto CS alebo CA sa sekvencia mení na Pl. Navyše sa proteín SOD mutuje takým spôsobom, že sa detekčný konjugát, protilátka proti SOD značená HRP, neviaže na MEFA. Epitop jadra sa mutuje, aby sa predišlo väzbe protilátok jadra HCV použitých pri detekcii na MEFA.

048/B

Tabuľka 4-MEFA 13.1

Mefa aa#	Koncové miesto 5'	epitop	hcv aa#	Kmeň
1-86	/Vco1	mutovaný hSOD (aa 70-72, ALA)
89-106	Mlul	E1	303-320	1
109-129	HindlW	E2 HVR1a konsenzus	390-410	1
130-160		E2 HVR1+2 konsenzus	384-414	1,2
163-379		C33C krátky	1211-1457	1
382-428	HindlW	5-1-1 Plmut*	1689-1735	1
431-477	Nrul	5-1-1 Plmut*	1689-1735	3
480-526	Clal	5-1-1 Plmut*	1689-1735	2
529-564	A val	C100	1901-1936	1
567-602	Xbal	NS5	2278-2313	1
605-640	Bglll	NS5	2278-2313	1
641-728		epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2
729-816		epitopy jadra	9-53, R47L 64-88 67-84	1 1 2

*Epitopy 5-1-1 sa modifikujú elimináciou možných miest štiepenia (CS alebo CA) cielených NS3/4a rekombinantným proteínom. Namiesto CS alebo CA sa sekvencie menia na Pl. Navyše sa proteín SOD mutuje takým spôsobom, že sa detekčný konjugát, protilátka proti SOD značená HRP, neviaže na MEFA. Epitop jadra sa mutuje, aby sa predišlo väzbe protilátok jadra HCV použitých pri detekcii na MEFA.

048/B

V jednom formáte eseje sa vzorka kombinuje s pevným nosičom, ako sa ďalej opisuje nižšie. Ak sa vzorka infikuje HCV, budú sa antigény jadra, rovnako tak ako protilátky proti týmto epitopom prítomné na pevnom nosiči, viazať na zložky pevného nosiča. Potom sa pridá detegovateľne značená protilátka proti jadru. Značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu ako protilátka proti jadru, ktorá sa viaže na pevný nosič. Táto protilátka proti jadru sa viaže na antigén jadra zachytený protilátkami proti jadru na pevnom nosiči.

Taktiež sa pridáva antigén reagujúci so zachytenou protilátkou HCV z biologickej vzorky, ktorá je reaktívna s NS3/4a epitopom. Tento antigén je prednostne epitop odvodený od oblasti NS3 polyproteínu HCV. Tento antigén viaže zachytenú protilátku HCV zo vzorky. Je známe množstvo antigénov vrátane týchto epitopov, avšak bez obmedzenia, odvodených z oblastí c33c a c100 rovnako tak ako hybridných proteínov zahrňujúcich epitop NS3, ako je c25. Tieto a ďalšie epitopy NS3 sú použiteľné v týchto esejách a sú známe v odbore a opisujú ich napríklad Hougton a kol., US patent č. 5 350 671, Chien a kol., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 10011-10015 (1992), Chien a kol., J. Gastroent. Hepatol., 8, S33-39 (1993). Medzinárodná publikácia č. WO 93/00365, D. Y. Chien, medzinárodná publikácia č. WO 94/01778 a US patentové prihlášky prijaté do všeobecného vlastníctva č. 08/403 590 a 08/444 818.

Pridá sa druhá značená protilátka smerovaná proti vyššie opísanému antigénu. Túto protilátku je možné nasmerovať proti ktorémukoľvek epitopu obsiahnutému v antigéne. Napríklad je možné túto protilátku smerovať proti oblasti NS3 prítomnej v antigéne. Alternatívne, ak sa antigén vyššie exprimuje ako spojený proteín, dá sa druhá značená protilátka smerovať proti partnerovi fúzie. Ďalšie antigény a protilátka sa dajú pridávať do eseje, najmä ak pevný nosič obsahuje MEFA. Tieto formáty eseje sa vysvetľujú ďalej nižšie.

Reprezentatívna esej podľa tohto vynálezu sa znázorňuje na obrázku 2. Ako ukazuje obrázok, zahŕňa pevný nosič dve monoklonálne protilátky proti jadru nazvané C11-3 a C11-7. Tieto protilátky sa smerujú proti epitopu prítomnému v N-terminálnej oblasti proteínu jadra pri aminokyselinách 10 až

048/B

53, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1. Pevný nosič taktiež zahŕňa epitop NS3/4a. K pevnému nosiču sa pridá biologická vzorka. Antigén jadra HCV, rovnako tak ako protilátky smerované proti epitopu NS3/4a taktiež prítomné vo vzorke, viažu prostriedky pre zachytenie na pevnom nosiči.

Monoklonálna protilátka značená chrenovou peroxidázou c11-14 smerovaná proti C-terminálnej oblasti jadra pri polohách aminokyselín 120 až 130, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1, sa následne pridá. Spojený proteín zahrňujúci sekvenciu z ľudskej SOD (hSOD) a epitop z oblasti c33c sa pridá a je druhou protilátkou značenou chrenovou peroxidázou smerovanou proti časti SOD spojeného proteínu. Spojenie SOD-c33a sa viaže na protilátku proti NS3 a protilátka proti SOD sa viaže na spojený proteín SODc33c. Detekcia značky indikuje prítomnosť infekcie HCV.

Ďalšia reprezentatívna esej podľa tohto vynálezu sa znázorňuje na obrázku 8. Konfiguráciou protilátkovej eseje je sendvičová esej antigénprotilátka-antigén s použitím NS3/4a a MEFA 12. Pevný nosič zahŕňa dve monoklonálne protilátky proti jadru opísané vyššie, epitop NS3/4a reprezentatívnej MEFA, MEFA 12, zahrňujúci skrátenú verziu ľudskej SOD. Podobne ako pri eseji opísanej vyššie sa pridá biologická vzorka k pevnému nosiču. Antigén jadra HCV rovnako tak ako protilátky proti epitopu NS3/4a a epitopom MEFA prítomné vo vzorke sa viažu na zachytávacie prostriedky na pevnom nosiči. Pridajú sa dva antigény, jeden reaktívny s protilátkami vzorky, ktorý viaže NS3/4a (ako sa opisuje vyššie) a jeden reaktívny s protilátkami vzorky, ktorý viaže MEFA 12. Na obrázku je antigén reaktívny s komplexom MEFA 12/protilátka vzorky spojením medzi molekulu SOD a c22ks delta47L44W. Antigén c22ks je z oblasti jadra a zahŕňa aminokyseliny Lys₁₀ až Ser_g9 polyproteínu, rovnako tak ako deléciu Arg47 normálne prítomnej a substitúciu Leu namiesto Trp v polohe 44. Detekčným konjugátom protilátky je druhá monoklonálna protilátka proti SOD, značená HRP opísaná vyššie.

Vyššie opísané kombinačné eseje antigén/protilátka sú obzvlášť výhodné, pretože sa dá detegovať antigén jadra HCV aj protilátky proti NS3/4a a/alebo jadru rovnakým nosičom v tej istej eseji. Navyše, ako sa opisuje vyššie,

048/B dajú sa použiť ďalšie HCV epitopy, ako je SOD pripojená k c100, 5-1-1, NS5 antigénom rovnako tak ako proteín z posunu rámca v oblasti jadra polyproteínu, ktorý sa opisuje v medzinárodnej publikácii č. WO 99/63941, v kombinačnej zmesi pre pokrytie iných neštruktúrnych epitopov HCV.

Pre ďalšie pochopenie tohto vynálezu sa nižšie poskytuje podrobná diskusia ohľadom tvorby protilátok na použitie v oblasti imunoesejí, tvorby polypeptidov na použitie v imunoesejách a spôsobov uskutočňovania imunoesejí.

Tvorba protilátok na použitie v imunoesejách HCV.

Ako sa opisuje vyššie, využíva esej rôzne protilátky, ktoré sa viažu na pevný nosič (napríklad jednej alebo viacerých protilátok proti jadru) a ktoré detegujú komplex antigén/protilátka tvorené pri prítomnosti infekcie HCV vo vzorke. Tieto protilátky môžu byť polyklonálnymi alebo monoklonálnymi protilátkovými prípravkami, monošpecifickými antisérami, ľudskými protilátkami alebo to môžu byť hybridné alebo chimérické protilátky, ako sú humanizované protilátky, pozmenené protilátky, fragmenty F(ab')₂’, fragmenty F(ab), fragmenty Fv, jednodoménové protilátky, dimérne a trimérne protilátkové konštrukty fragmentov, miniprotilátky alebo ich funkčné fragmenty, ktoré sa viažu s daným antigénom.

Protilátky sa tvoria spôsobmi dobre známymi tomu, kto má skúsenosti v odbore a opisujú sa napríklad v US patentoch č. 4 011 308, 4 722 890, 4 016 043, 3 876 504, 3 770 380 a 4 372 745. Napríklad polyklonáine protilátky sa tvoria imunizáciou vhodného zvieraťa, ako je myš, krysa, králik, ovca alebo koza, daným antigénom. Na zvýšenie imunogenity sa antigén môže spájať pred imunizáciou s nosičom. Tieto nosiče sú dobre známe tomu, kto má bežnú prax v odbore. Imunizácia sa všeobecne uskutočňuje miešaním alebo emulgáciou antigénu vo fyziologickom roztoku, prednostne v adjuvantnom prostriedku, ako je Freundov úplný adjuvant a injekciou zmesi alebo emulzie parenterálne (všeobecne subkutánne alebo intramuskuláme). Zviera sa všeobecne vystaví o

048/B až 6 týždňov neskôr jednej alebo viacerým posilňovacím injekciám antigénu vo fyziologickom roztoku, prednostne s použitím Freundovho neúplného adjuvantu. Protilátky sa taktiež môžu vytvárať imunizáciou in vitro spôsobmi známymi v odbore. Polyklonálne antisérum sa potom získa z imunizovaného zvieraťa. Pozri napríklad Houghton a kol., US patent č. 5 350 671 ohľadom opisu tvorby polyklonálnej protilátky proti HCV.

Monoklonálne protilátky sa všeobecne pripravia spôsobom Kohlera a Milsteina, Náture, 256, 495-497 (1975) alebo jeho modifikáciou. Zvyčajne sa myš alebo krysa imunizuje, ako sa opisuje vyššie. Avšak skôr ako odobratie krvi zvieraťu na získanie séra sa vyberie slezina (a prípadne niekoľko veľkých lymfatických uzlín) a rozdelia sa na jednotlivé bunky. V prípade požiadavky sa môžu bunky sleziny rozdeliť (po odstránení nešpecifický adherujúcich buniek) aplikáciou bunkovej suspenzie na misku alebo jamku potiahnutú antigénom. Bbunky exprimujúce imunoglobulín viazaný na membránu špecifický pre antigén sa viažu na misku a nevymyjú sa so zvyškom suspenzie. Výsledné B-bunky alebo všetky disociované slezinné bunky sa potom indukujú pre spojenie s bunkami myelómu pre vytvorenie hybridómov a pestujú sa v selektívnom médiu (napríklad v hypoxantínovom, aminopterínovom, tymidínovom médiu “HAT”). Výsledné hybridómy sa prenesú na misky obmedzujúcim zriedením a analyzujú sa ohľadom tvorby protilátok, ktoré sa špecificky viažu na imunizujúci antigén (a ktoré sa neviažu na nepríbuzné antigény). Zvolené monoklonálne hybridómy vylučujúce protilátku sa potom pestujú buď in vitro (napríklad v bankách pre tkanivové kultúry alebo v reaktoroch s dutými vláknami) alebo in vivo (napríklad ako ascity u myši).

Tvorba príbuzných monoklonálnych protilátok proti HCV sa opisuje napríklad v Houghton a kol., US patent č. 5 350 671, Chien a kol., medzinárodná publikácia č. WO 93/00365, US patentová prihláška prijatá do všeobecného vlastníctva č. 08/403 590 a 08/444 818 a Kashiwakuma a koľ, US patent č. 5 871 904.

Ako sa opisuje vyššie, protilátkové fragmenty zachovávajúce schopnosť rozpoznávať daný antigén taktiež nachádzajú použitie pri imunoesejách

048/B subjektov. V odbore je známe množstvo protilátkových fragmentov, ktoré obsahujú antigénové väzbové miesta schopné vykazovať imunologické väzbové vlastnosti intaktnej protilátkovej molekuly. Napríklad je možné vytvárať funkčné protilátkové fragmenty štiepením konštantnej oblasti nezodpovednej za väzbu antigénu z protilátkovej molekuly použitím napríklad pepsínu za získania fragmentov F(ab')₂. Tieto fragmenty obsahujú dve antigénové väzbové miesta, avšak chýba im časť konštantnej oblasti od každého z ťažkých reťazcov. Podobne sa dajú taktiež v prípade požiadavky získať Fab fragmenty obsahujúce jednotlivé antigénové väzbové miesto napríklad digesciou polyklonálnych alebo monoklonálnych protilátok papaínom. Dajú sa taktiež získať funkčné fragmenty obsahujúce iba variabilnú oblasť ťažkých a ľahkých reťazcov s použitím štandardných spôsobov, ako je rekombinantná tvorba preferenčného proteolytického štiepenia imunoglobulínových molekúl. Tieto fragmenty sa opisujú ako F_v. Pozri napríklad Inbar a kol., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 69, 2569-2662 (1972), Hochman a koľ, Biochem, 15, 2706-2710 (1976) a Ehrich a kol., Biochem., 19, 4091-4096 (1980).

Jednoreťazcový Fv (“sFv” alebo “scFv”) polypeptid je kovalentne spojený Vh-V_l heterodimér, ktorý sa exprimuje spojením génov vrátane V_H- a V_L kódovacích génov spojených linkerom kódujúcim peptid. Huston a kol., Proc. Nat. Acad. Sci., USA 85 5879-5883 (1988). Opisuje sa množstvo spôsobov na rozlíšenie a tvorbu chemických štruktúr (linkerov) pre konverziu prirodzene agregovaných avšak chemicky oddelených ľahkých a ťažkých polypeptidových reťazcov z protilátkovej V oblasti do sFv molekuly, ktoré sa skladajú do trojrozmernej štruktúry v podstate podobnej štruktúre miesta väzby antigénu. Pozri napríklad US patent č. 5 091 513, 5 132 405 a 4 946 778. Molekuly sFv sa dajú vytvoriť s použitím spôsobov opísaných v odbore. Pozri napríklad Huston a kol., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 85, 5879-5883 (1988), US patent č. 5 091 513, 5 132 405 a 4 946 778. Kritériá konštrukcie zahŕňajú stanovenie príslušnej dĺžky na premostenie vzdialenosti medzi koncom C jedného reťazca a koncom N druhého reťazca, kde linker všeobecne tvorí malé hydrofilné aminokyselinové zvyšky, ktoré nejavia snahu na zvinovanie či tvorbu sekundárnych štruktúr. Takéto spôsoby sa opisujú v odbore, pozri napríklad US

048/B patent č. 5 091 513, 5132 405 a 4 946 778. Vhodné linkery všeobecne zahŕňajú polypeptidové reťazce striedavých zoskupení glycínových a serínových zvyškov a môžu zahŕňať glutámovú kyselinu a lyzínové zvyšky vložené na zvýšenie rozpustnosti.

“Miniprotilátky” alebo “minilátky taktiež nachádzajú použitie v tomto vynáleze. Miniprotilátky sú sFv polypeptidové reťazce zahrňujúce domény oligomerizácie a ich konce C oddelené od sFv oblastí zavesenia. Pack a kol., Biochem., 31, 1579-1584 (1992). Doména oligomerizácie zahŕňa samoasociačné α-helixy, napríklad leucínové zippery, ktoré sa dajú ďalej stabilizovať prídavnými disulfidickými väzbami. Oligomerizačná doména sa navrhuje tak, aby bola kompatibilná s vektorovým skladaním naprieč membránou, spôsobom uvažovaným pre skladanie polypeptidu in vivo na funkčný väzbový proteín. Všeobecne sa tvoria miniprotilátky s použitím rekombinantných metód dobre známych v odbore. Pozri napríklad Pack a kol., Biochem., 31_, 1579-1584 (1992), Cumber a koľ, J. Immunology, 149B, 120126 (1992).

Tvorba antigénov na použitie v imunoeseji HCV

Ako sa opisuje vyššie, tvoria sa molekuly podľa tohto vynálezu všeobecne rekombinantným spôsobom. Polynukleotidy kódujúce antigén HCV na použitie v tomto vynáleze sa teda dajú pripraviť štandardnými spôsobmi molekulárnej biológie. Napríklad polynukleotidové sekvencie kódujúce vyššie opísané molekuly sa dajú získať rekombinantnými spôsobmi, ako je skríning cDNA a genómové knižnice z buniek exprimujúcich gén alebo odvodením génu z vektora, ktorý ich obsahuje. Ďalej sa dá požadovaný gén izolovať priamo z molekúl vírusovej nukleovej kyseliny spôsobmi známymi v odbore, ako opisuje Houghton a kol., US patent č. 5 350 671. Daný gén sa dá taktiež získať synteticky namiesto klonovania. Molekuly sa dajú konštruovať s príslušnými kodónmi pre danú sekvenciu. Úplná sekvencia sa potom vytvorí z prekrývajúcich sa oligonukleotidov pripravených štandardnými spôsobmi a usporiadaných do úplnej kódovacej sekvencie. Pozri napríklad Edge, Náture,

048/B

292, 756 (1981), Nambair a kol., Science 223, 1299 (1984) a Jay a kol., J. Biol. Chem., 259, 6311 (1984).

Konkrétne nukleotidové sekvencie sa dajú teda získať z vektorov nesúcich požadované sekvencie alebo sa dajú pripraviť synteticky, úplne alebo čiastočne s použitím rôznych spôsobov prípravy oligonukleotidov známych v odbore, ako je mutagenéza smerovaná na miesto a polymerázová reťazová reakcia (PCR). Pozri napríklad Sambrook, vyššie. Najmä je jeden zo spôsobov získania nukleotidových sekvencií kódujúcich požadované sekvencie aneláciou komplementárnych súborov presahujúcich syntetické nukleotidy získané v konvenčnom automatickom polynukleotidovom syntetizátore s nasledujúcou ligáciou príslušnou DNA ligázou a amplifikáciou ligovanej nukleotidovej sekvencie prostredníctvom PVR. Pozri napríklad Jayaraman a kol., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 88, 4084-4088 (1991).

Navyše sa dá v rámci tohto vynálezu použiť syntéza smerovaná na oligonukleotidy [Jones a kol., Náture, 54, 75-82 (1986)], mutagenézu vopred existujúcich nukleotidových oblastí smerovanú na oligonukleotidy [Riechmann a kol., Náture, 332, 323-327 (1988) a Verhoeyen a kol., Science, 239, 1534-1536 (1988)] a enzymatické zaplňovanie oligonukleotidov s medzerami použitím T₄DNA polymerázy [Queen a kol., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 86, 1002910033 (1989)] získaním molekúl vykazujúcich pozmenené alebo zvýšené schopnosti väzby antigénu a/alebo zníženú imunogenicitu.

Akonáhle sa kódovacie sekvencie pripravia alebo izolujú, môžu sa klonovať do akéhokoľvek vhodného vektora alebo replikónu. Mnohé klonovacie vektory sú známe pre toho, kto má skúsenosti v odbore, a výber príslušného klonovacieho vektora je vecou voľby. Vhodné vektory zahrňujú, avšak bez obmedzenia, plazmidy, fágy, transpozóny, kozmidy, chromozómy alebo vírusy schopné replikácie pri spojení s vhodnými kontrolnými prvkami.

Kódovacie sekvencie sa potom umiestnia pod kontrolu vhodnými kontrolnými prvkami v závislosti od systému použitého na expresiu. Kódovacia sekvencia sa dá teda umiestniť pod kontrolu promótora, väzbové miesta ribozómov (pre bakteriálnu expresiu) a prípadne operátora, takže sa daná

048/B sekvencia deoxyribonukleovej kyseliny prepisuje do ribonukleovej kyseliny vhodným transformantom. Kódovacia sekvencia môže a nemusí obsahovať signálny peptid alebo vedúcu sekvenciu, ktorá môže byť neskôr odstránená hostiteľom posttranslačným spracovaním. Pozri napríklad US patent č. 4 431

739,4 425 437,4 338 397. !

’ ·

Navyše ku kontrolným sekvenciám sa môže požadovať pridanie regulačných sekvencií umožňujúcich reguláciu expresie sekvencií vzhľadom na rast hostiteľskej bunky. Regulačné sekvencie sú známe tomu, kto má skúsenosti v odbore, a príklady zahŕňajú také sekvencie, ktoré spôsobujú expresiu génu pre zapnutie alebo vypnutie ako odpoveď na chemický alebo fyzikálny podnet vrátane prítomnosti regulačnej zlúčeniny. Vo vektore môžu byť taktiež prítomné ďalšie regulačné prvky. Napríklad enhancerové prvky sa dajú použiť na zvýšenie hladín expresie konštruktov. Príklady zahŕňajú skorý génový enhancer SV40 [Dijkema a koľ, EMBO J., 4, 761 (1985)], enhancer/promótor odvodený od LTR vírusu Rousovho sarkómu [Gorman a kol., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 79, 6777 (1982)] a prvky odvodené od ľudského CMV [Boshart a kol., Celí, 41_, 521, (1985)] ako prvky obsiahnuté v sekvencií CMV intrónu A (US patent č. 5 688 688). Expresná kazeta môže ďalej zahŕňať pôvod replikácie pre autonómnu replikáciu vo vhodnej hostiteľskej bunke, jeden alebo viac voliteľných markerov, jedno alebo viac reštrikčných miest, možnosť vysokého počtu kópií a silný promótor.

Expresný vektor sa konštruuje tak, aby boli dané kódovacie sekvencie uložené vo vektore s príslušnými regulačnými sekvenciami, a aby umiestnenie a orientácia kódovacích sekvencií vzhľadom na kódovacie sekvencie bolo také, že sa kódovacie sekvencie prepisujú “za kontroly” kontrolných sekvencií (t.j. RNA polymeráza, ktorá sa viaže na molekule RNA pri kontrolných sekvenciách prepisuje kódovaciu sekvenciu). Modifikácia sekvencií kódujúcich danú molekulu sa môže požadovať na tento účel. Napríklad môže byť v niektorých prípadoch nevyhnutné modifikovať sekvenciu takým spôsobom, aby sa pripájala ku kontrolným sekvenciám v príslušnej orientácii, t.j. udržovať čítací rámec. Kontrolné sekvencie a ďalšie regulačné sekvencie sa môžu pripájať ku

048/B kódovacej sekvencii pred vložením do vektora. Alternatívne sa dá kódovacia sekvencia klonovať priamo do expresného vektora, ktorý už obsahuje kontrolné sekvencie a príslušné reštrikčné miesto.

Ako sa opisuje vyššie, dá sa požadovať tvorba mutantov, alebo analógov daného antigénu. To platí najmä pre NS3/4a. Spôsoby, akými sa to dá dosiahnuť, sa opisujú napríklad v Dasmahapatra a kol., US patent č. 5 846 752 a Zhang a koľ, US patent č. 5 990 276. Mutanty alebo analógy tohto a ďalších HCV proteínov na použitie v esejách subjektu sa dajú pripraviť deléciou časti sekvencie kódujúcej daný polypeptid, inzerciou sekvencie a/alebo substitúciou jedného alebo viacerých nukleotidov v sekvencii. Spôsoby modifikácie nukleotidových sekvencii, ako je mutagenéza smerovaná na miesto a podobne, sú dobre známe tomu, kto má skúsenosti v odbore. Pozri napríklad Sambrook a kol., vyššie, T. A. Kunkel, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82, 448 (1985), Geisseisoder a kol., BioTechniques, 5, 786 (1987), Zoller a Smith, Methods Enzymol. 100, 468 (1983), Dalbie-McFarland a kol., Proc. Natl. Acad. Sci., USA 79, 6409 (1982).

Molekuly sa dajú exprimovať širokým rozmedzím systémov vrátane hmyzích, cicavčích, bakteriálnych, vírusových a kvasinkových expresných systémov, ako sa opisujú v odbore.

Napríklad systémy expresie hmyzích buniek, ako sú bakulovírusové systémy, sú dobre známe tomu, kto má skúsenosti v odbore a opisujú sa napríklad v Summers a Smith, Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No. 1555 (1987). Materiály a spôsoby pre systémy expresie bakulovírus/hmyzia bunka sú komerčne dostupné v súprave, okrem iných od Invitrogen, San Diego CA (“MaxBac” kit). Podobne systémy expresie bakteriálnych a cicavčích buniek sú v odbore dobre známe a opisujú sa napríklad v Sambrook a kol. vyššie. Kvasinkové systémy expresií sú taktiež v odbore dobre známe a opisujú sa napríklad v Yeast Genetic Engineering (Barr a kol., redakcia, 1989) Butterworths, London.

048/B

Množstvo príslušných hostiteľských buniek na použitie s vyššie opísanými systémami je taktiež známe. Napríklad sú v odbore známe cicavčie bunkové línie a zahrňujú imortalizované bunkové línie od American Type Culture Collection (ATCC), ako sú avšak bez obmedzenia, bunky vaječníka čínskeho škrečka (CHO), HeLa bunky, obličkové bunky mláďat škrečkov (BHK), opičie obličkové bunky (COS), ľudské embryonálne obličkové bunky, bunky ľudského hepatocelulárneho karcinómu (napríklad Hep G2), bunky hovädzích obličiek Madin-Darby (“MDBK”) a ďalšie. Podobne bakteriálni hostitelia, ako je E. coli, Bacillus subtilis a Streptococcus spp., nájdu použitie s uvažovanými konštruktami expresie. Kvasinkový hostitelia použiteľní v tomto vynáleze zahrňujú okrem iných Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Candida maltosa, Hansenula polymorpha, Kluyveromyces fragilis, Kluyveromyces lactis, Pichia guillerimondii, Pichia pastoris, Schizosaccharomyces pombe a Yarrowia lipolytica. Hmyzie bunky na použitie s vektormi expresie bakulovírusu zahrňujú okrem iných Aedes aegypti, Autographa californica, Bombyx mori, Drosophila melanogaster, Spodoptera frugiperda a Trichoplusia ni.

Molekuly nukleových kyselín zahrňujúce dané nukleotidové sekvencie, sa môžu stabilne integrovať do genómu hostiteľskej bunky alebo udržiavať na stabilnom epizomálnom elemente vo vhodnej hostiteľskej bunke s použitím rôznych spôsobov dodávania génu dobre známych v odbore. Pozri napríklad US patent č. 5 399 346.

V závislosti od systému expresie a zvoleného hostiteľa sa tieto molekuly získajú pestovaním hostiteľských buniek transformovaných vyššie opísaným vektorom expresie za podmienok, pri ktorých sa exprimuje proteín. Exprimovaný proteín sa potom izoluje z hostiteľských buniek a purifikuje. Ak systém expresie vylučuje proteín do média, dá sa produkt purifikovať priamo z média. Ak sa nevylučuje, môže sa izolovať z lyzátov buniek. Voľba vhodných rastových podmienok a spôsobov získavania spadá do oblasti skúseností v odbore.

048/B

Opisuje sa rekombinantná tvorba rôznych HCV antigénov. Pozri napríklad Houghton a kol., US patent č. 5 350 671, Chien a kol., J. Gastroent. Hepatol., 8, S33-39 (1993), Chien a koľ, medzinárodná publikácia č. WO 93/00365, D. Y. Chien, medzinárodná patentová prihláška č. WO 94/01778.

Imunodiagnostické eseje

Pripravené protilátky proti jadru a antigény NS3/4a opísané vyššie sa umiestnia na vhodný pevný nosič na použitie pri imunoeseji subjektov. Pevný nosič pre účely podľa tohto vynálezu môže byť akákoľvek látka, ktorá má nerozpustnú matricu a môže vykazovať tuhý alebo polotuhý povrch. Príklady pevných nosičov zahŕňajú, avšak bez obmedzenia, substráty, ako je nitrocelulóza (napríklad v membráne vo forme mikrotitračnej jamky), polyvinylchlorid (napríklad listy alebo mikrotitračné jamky), polystyrénový latex (napríklad guľôčky alebo mikrotitračné misky), polyvinylidínfluorid, diazotovaný papier, nylonové membrány, aktivované guľôčky, magnetické guľôčky a podobne. Konkrétne nosiče zahŕňajú dosky, pelety, disky, kapiláry a duté vlákna, ihly, kolíčky, tuhé vlákna, celulózové guľôčky, guľôčky z pórovitého skla, silikagély, polystyrénové guľôčky prípadne zosietené divinylbenzénom, kopolymérové guľôčky, polyakrylamidové guľôčky, latexové guľôčky, dimetylakrylamidové guľôčky prípadne zosietené N,N'-bisakryloyletyléndiamínom a sklenené častice potiahnuté hydrofóbnym polymérom.

V prípade požiadavky sa dajú molekuly pridávané k pevnému nosiču ľahko vybaviť funkčnými skupinami s vytvorením strénových alebo akrylátových zvyškov, čím sa umožňuje inkorporácia molekúl do polystyrénu, polyakrylátu alebo ďalších polymérov, ako je polyimid, polyakrylamid, polyetylén, polyvinyl, polydiacetylén, polyfenylén-vinylén, polypeptid, polysacharid, polysulfón, polypyrol, polyimidazol, polytiofén, polyéter, epoxidové polyméry, kremičité sklo, silikagél, siloxán, polyfosfát, hydrogél, agaróza, celulóza a podobne.

048/B

V jednom z prípadov sa pevný nosič nechá najprv reagovať s protilátkami proti jadru HCV a epitopom NS3/4a (tu spoločne nazývané “komponenty pevnej fázy) a prípadne s jednou alebo viacerými MEFA za vhodných podmienok väzby tak, aby sa molekuly dostatočne imobilizovali na nosiči. Niekedy sa dá imobilizácia nosiča zvýšiť najprv pripojením antigénu a/alebo protilátky k proteínu s lepšími väzbovými vlastnosťami voči tuhej fáze. Vhodné spojovacie proteíny zahŕňajú, avšak bez obmedzenia, molekuly, ako sú sérumalbumíny vrátane bovinného sérumalbumínu (BSA), keyhole limpet hemocyanínu, molekúl imunoglobulínu, tyroglobulínu, ovalbumínu a ďalších proteínov dobre známych v odbore. Dajú sa použiť ďalšie prostriedky pre väzbu molekúl na nosič vrátane polysacharidov, polymliečnych kyselín, polyglykolových kyselín, polymérnych aminokyselín, aminokyselinových kopolymérov a podobne. Tieto molekuly a spôsoby pripájania týchto molekúl k antigénom poznajú dobre tí, ktorí majú skúsenosti v odbore. Pozri napríklad M. A. Brinkley, Bioconjugate Chem., 3 2-13 (1992), Hashida a kol., J. Appl. Biochem., 6, 56-63 (1984) a Anjaneyulu a Staros, International J. of Peptide and Protein Res., 30, 117-124 (1987).

Po reakcii tuhého nosiča so zložkami tuhej fázy sa akékoľvek neimobilizované komponenty tuhej fázy odstránia z nosiča premytím a komponenty naviazané na nosič sa potom privedú do styku s biologickou vzorkou s podozrením na protilátky a antigény HCV (tu spoločne nazývané “molekuly ligandov) pri vhodných väzbových podmienkach. Po premytí na odstránenie nenaviazaných molekúl ligandu sa za vhodných podmienok väzby pridá druhá protilátka proti jadru zameraná proti inému epitopu ako protilátka proti jadru naviazaná na nosič. Pridaná protilátka proti jadru obsahuje detegovateľnú značku, ako sa opisuje vyššie a pôsobí v zmysle väzby akéhokoľvek antigénu jadra, ktorý môže byť prítomný vo vzorke, ktorý reagoval s protilátkou proti jadru naviazanou na nosič. Taktiež sa pridá jeden alebo viac antigénov, ktoré môžu reagovať s protilátkami prítomnými vo vzorke, a ktoré reagovali s epitopom NS3/4a. Ako sa opisuje vyššie, zvyčajne sa antigén odvodzuje od oblasti NS3 polyproteínu HCV a najmä od oblasti c33c HCV. Pozri Houghton a kol., US patent č. 5 350 671, Chien a kol., Proc. Natl. Acad.

048/B

Sci., 89, 10011-10015 (1989), medzinárodná prihláška č. WO 93/00365 US patentová prihláška prijatá do všeobecného vlastníctva č. 08/403 590 a 08/444 818 ohľadom opisu tejto oblasti a epitopov, ktoré sa od nej odvodzujú. Pridá sa taktiež značená protilátka zameraná proti tomuto antigénu. Táto protilátka bude teda viazať antigén, ktorý reagoval s protilátkami proti NS3 prítomnými vo vzorke. Na tento účel sa dá zaistiť výhodne epitop c33c ako spojenie medzi c33c a ľudskou superoxid dismutázou (hSOD) získanou rekombinantne, napríklad spôsobmi opísanými v Houghton a kol., US patent č 5 350 671. Nukleotidové a aminokyselinové sekvencie pre ľudskú SOD sú známe a opisujú sa v Hallewell a kol. US patent č. 5 710 033. Značená protilátka zameraná proti ľudskej SOD sa teda dá použiť na detekciu prítomnosti komplexov tvorených medzi epitopom NS3/4a, akýmikoľvek protilátkami vo vzorke reagujúcimi s týmto epitopom a polypeptidmi HCV, ktoré sa viažu na protilátku vo vzorke.

V prípade prítomnosti MEFA na pevnom nosiči sa dá k eseji taktiež pridať jeden alebo viac ďalších antigénov reaktívnych s protilátkami z biologickej vzorky, ktoré sú viazané na antigény prítomné na MEFA. Obzvlášť užitočný je v tejto súvislosti antigén odvodený od oblasti jadra HCV a najmä od c22 antigénu, ktorý zahŕňa 119 N terminálne aminokyseliny jadra HCV polyproteínu. Jeden konkrétny antigén odvodený od c22 je c22ks delta47L44W, ktorý obsahuje aminokyseliny Lysio až Sergg polyproteínu, rovnako tak ako deléciu Arg47 normálne prítomného a substitúciu Leu namiesto Trp v polohe 44. Podobne ako epitop c33c opísaný vyššie sa dá tento antigén získať ako spojenie s hSOD a rovnakou značenou protilátkou zameranou proti ľudskej SOD a dá sa použiť na detekciu prítomnosti komplexov tvorených medzi protilátkami prítomnými vo vzorke a epitopom NS3/4a a/alebo MEFA, ktorého komplexy sú taktiež viazané s antigénmi HCV (napríklad c33c a c22).

Konkrétnejšie sa dá použiť metóda ELISA, kde sú jamky mikrotitračnej dosky potiahnuté komponentmi pevnej fázy. Biologická vzorka obsahujúca molekuly ligandu alebo vzorka, u ktorej je podozrenie na obsah týchto molekúl, sa potom pridá do týchto potiahnutých jamiek. Po dobe inkubácie dostatočnej na umožnenie väzby molekuly ligandu s imobilizovanou zložkou pevnej fázy sa

048/B miska (misky) premyje (premyjú) na odstránenie neviazaných zvyškov a pridá sa detegovateľne značená molekula sekundárnej väzby (značená protilátka proti jadru), molekula obsahujúca NS3 epitop a protilátka zameraná proti molekule obsahujúcej NS3 epitop. Tieto molekuly sa nechajú reagovať s akýmkoľvek zachyteným antigénom a protilátkou vo vzorke, miska sa premyje a prítomnosť značených protilátok sa deteguje spôsobmi dobre známymi v odbore.

Vyššie opísané reakčné prostriedky pre esej vrátane pevného nosiča imunoeseje s naviazanými protilátkami a antigénmi, rovnako tak ako s protilátkami a antigénmi, ktoré majú reagovať so zachytenou vzorkou, sa dajú získať v súpravách s vhodnými pokynmi a ďalšími nevyhnutnými reakčnými prostriedkami na uskutočnenie imunoesejí podľa opisu vyššie. Táto súprava môže taktiež obsahovať, v závislosti od konkrétnej imunoeseje, vhodné značky a ďalšie balené chemikálie a látky (napríklad premývacie pufry a podobne). Štandardné imunoeseje, ako sú tie, ktoré sa opisujú vyššie, sa môžu uskutočniť s použitím týchto súprav.

III. Experimentálna časť

Príklady uskutočnenia vynálezu

Nasledujú príklady špecifických uskutočnení tohto vynálezu. Tieto príklady slúžia iba na ilustratívne účely a žiadnym spôsobom sa neuvažujú ako obmedzenie obsahu tohto vynálezu.

Je snahou zaistiť správnosť ohľadom použitých hodnôt (napríklad množstvo, teplota atď.), avšak je potrebné pripustiť určitú experimentálnu chybu a odchýlku.

048/B

Príklad 1

Kombinačná imunoesej HCV antigén/protilátka

Kombinačná imunoesej HCV antigén/protilátka, ktorá sa tu opisuje, sa porovnáva s inými esejami HCV na testovanie detekčných medzí sérokonverzie a porovnanie týchto medzí s medzami získanými v iných komerčne dostupných esejách nasledujúcim spôsobom.

A. Materiály a spôsoby uskutočnenia

Vzorky krvi

Používajú sa komerčne dostupné súbory vzoriek ľudskej krvi. Tieto súbory sa dajú získať napríklad od Boston Biomedica, Inc., West Bridgewater MA (BBI), Bioclinical Partners, Franklin, MA (BCP) a North American Biologics, Inc., BocoRatan, FL (NABI). Dni v tabuľkách 5 a 6 sú dni, v ktorých boli vzorky krvi odobraté od osôb.

Monoklonálne protilátky

Monoklonálne protilátky c11-3, c11-7 a c11-14 sa získajú od Ortho Clinical Dagnostics, Raritan, New Jersey. Protilátky c11 -3 a c11-7 sú zamerané proti N-terminálnej časti jadra (aminokyseliny 10 až 53, číslované vzhľadom na polyproteín HCV1). Monoklonálna protilátka c11-14 je zameraná proti Cterminálnej časti jadra (aminokyseliny 120 až 130, číslované vzhľadom na HCV1 polyproteín). Protilátka c11-14 sa konjuguje s chrenovou peroxidázou (HRP) štandardnými spôsobmi.

Monoklonálna protilátka 5A-3 je protilátka proti SOD, zameraná proti aminokyselinám 1 až 65 SOD a pripravuje sa štandardnými spôsobmi. Táto protilátka sa konjuguje s HRP, ako sa opisuje vyššie.

048/B

B. Antigény

Antigén c33c (266 aminokyselín, aminokyseliny 1192 až 1457 HCV1 polyproteínu) sa exprimuje ako vnútorný SOD spojený polypeptid v E. coli spôsobmi opísanými na prípravu antigénu 5-1-1 (Choo a kol., Science, 244, 359-362 (1989). Rekombinantný antigén sa purifikuje podľa opisu v Chien a kol., Proc. Natl. Acad. Sci, 89, 10011-10015 (1989). Pozri Houghton a kol., US patent č. 5 350 671 ohľadom spôsobov prípravy SOD-c33c.

Epitop NS3/4a použitý v eseji je konformačný epitop majúci sekvenciu znázornenú na obrázku 3.

C. Spôsoby usporiadania imunoeseje

Esej Abbott PRISM (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL) je komerčne dostupná a je to detekčná esej založená na protilátke. Táto esej sa uskutočňuje podľa inštrukcií výrobcu.

ORTHO HCV Version 3.0 ELISA Test System (nazývaná Ortho 3.0 esej v tomto patente, Ortho Clinical Diagnostics, Raritan, New Jersey) je detekčná esej založená na protilátke. Analýza sa uskutočňuje podľa inštrukcií výrobcu.

Súprava Roche Amplicor (Roche, Pleasant, CA) je komerčne dostupná súprava založená na PCR. Esej sa uskutočňuje podľa inštrukcií výrobcu.

Súprava Gen-Probe TMA (San Diego, CA) je komerčne dostupná transkripčne sprostredkovaná amplifikačná súprava. Esej sa uskutočňuje podľa inštrukcií výrobcu.

Súprava pre antigénovú esej Ortho (Ortho Clinical Diagnostics, Raritan, New Jersey) je detekčná súprava založená na antigéne. Esej sa uskutočňuje podľa návodu výrobcu.

Kombinačná imunoesej HCV antigén subjektu/protilátka sa uskutočňuje nasledujúcim spôsobom. 4 mg/ml každej z purifikovaných monoklonálnych protilátok C11-7 a C11-3 v 1x fyziologickom roztoku pufrovanom fosfátom (PBS), pH 7,4, sa kombinuje a dobre premieša. K tomu istému poťahovaciemu

048/B si pufru sa pridá 90 ng rekombinantného antigénu NS3/4a. Roztok sa mieša pred potiahnutím počas 30 min. 200 μΙ vyššie opísaného roztoku sa pridá na jamku v 96-jamkových mikrotitračných miskách s médiom Costar (Corning, Inc.). Misky sa inkubujú pri teplote 15 až 30 °C počas 16 až 24 h. Premyjú sa dvakrát dH₂O, potom 300 μΙ na jamku pufra na potiahnutie (1% bovinný sérumalbumín, BSA, 1x PBS) počas 1 h a stabilizačným pufrom 300 μΙ na jamku (1x PBS, 1% BSA, manitol, polyetylénglykol, želatína) v priebehu 1 h. Roztoky sa ašpirujú a sušia pri teplote 4 °C v lyofilizačnom zariadení počas 24 h. Misky sa naplnia desikačným prostriedkom.

Na uskutočnenie kombinačnej imunoeseje antigén/protilátka sa do misky pridá 100 μΙ obohateného pufra na cytolýzu [1 % N-laurylsarkozínu, 0,65 M chlorid sodný, 50 mg/ml IgG čistoty na technické použitie (Sigma, St. Louis, MO), 1 % BSA s modifikovanými tioskupinami (Bayer), 0,1 % kazeínu]. Potom sa pridá 100 mol vzorky. Ten sa inkubuje na trepacom zariadení pri teplote 40 °C počas 1 h. Misky sa premyjú šesťkrát 1 x PBS, 0,1 % Tween-20 na zariadení Ortho Plate Washer. 200 ml roztoku konjugátu [zriedenie 1:75 c1114-HRP s 250 ng/esej SOD-c33c antigénu plus zriedenie 1:5000 myšej protilátky proti SOD-HRP v HCV 3.0 zrieďovacom prostriedku pre vzorky (od ORTHO HCV verzia 3.0ELISATest System, Ortho Clinical Diagnostics, Raritan, New Jersey) bez SOD extraktu, všetko sa pripraví 30 minút pred pridaním]. Roztok sa inkubuje 45 minút za trepania pri teplote 40 °C. Premyje sa šesťkrát ako vyššie a pridá sa 200 ml roztoku substrátu (1 tableta OPD/10 ml). Tableta OPD obsahuje dihydrochlorid o-fenyléndiamínu a peroxid vodíka pre tvorbu zafarbenia chrenovou peroxidázou a získa sa od Sigma, St. Louis, MO. Zmes sa inkubuje počas 30 minút pri teplote 15 až 30 °C v tme. Reakcia sa zastaví prídavkom 50 ml 4N roztoku kyseliny sírovej a misky sa odpočítajú pri vlnovej dĺžke 492 nm vzhľadom na absorbanciu pri 690 nm ako kontrole.

D. Výsledky

Výsledky rôznych esejí ukazujú tabuľky 5 a 6 znázorňujúce samostatné experimenty uskutočnené na vzorkách krvi exponovaných infekcii HCV.

045/B

Šrafované plochy ukazujú detekciu vírusu. Ako sa ukazuje vyššie, kombinačná esej antigén/protilátka deteguje sérokonverziu vo všetkých vzorkách, zatiaľ čo všetky ostatné eseje založené na protilátke a antigéne aspoň v jednom zo vzoriek nedegekujú sérokonverziu. Konkrétne žiadna z esejí založených na protilátke nedegekuje prítomnosť HCV infekcie v deň 22. Navyše esej založená na antigéne Ortho nie je schopná detegovať sérokonverziu od dní 85 ďalej.

Preto je na základe vyššie opísaných výsledkov zrejmé, že nová kombinačná esej protilátka/antigén znižuje počet falošne negatívnych výsledkov získaných s použitím iných konvenčných esejí založených na protilátke a antigéne.

048/B

Tabuľka 5 - Sérokonverzia HCV

Dni	Abbott PRISM	Ortho 3.0	Roche Amplicor	Gen-Probe TMA	Ortho AG	Chiron Ag/Ab
0	0,1	0,0	,,,,,:>5χ10|ΐ'	Bllilll	11111	llililll
4	0,1	0,0	IIS8S!i		lllllllll
7	0,1	0,0	ISIBIIIII	lllfiSillll	lliliils
13	0,3	0,1	llllllllll	llllfilill	lllllllll	Illlíllllll
18		0,4	Bllilll	llililll!	llililll	1IJ1(Í|B||||||||
21	lilllll	lll!!!·!	!«!	Ilifill		ililll
164	lllllit	Illllliíi	lllllllll	|f|f||||||	0,11	Sijjgjfii

Tabuľka 6 - Sérokonverzia HCV

Dni	Abbott PRISM	Ortho 3.0	Roche Amplicor	Gen-Probe TMA	Ortho AG	Chiron Ag/Ab
0	0,1	0,0	BLD		0,11	0,5
13	0,1	0,0	Ijllilll		llllill!	^llllillííll
20	0,1	0,0	illlllllil		lllllllll	IM
22	0,3	0,0	llililll		liliil!
85	llililll		BQR		0,06	Jlllgjlllligl
131	lillliäiillill	llilSlIlí	BQR		0,09
135	1·		lliallll		0,09
138	Ililll	1111·^^	BLD		0,08	illlíllllll
146	llllill	lllllllll	BLD		0,11	lllllllll!
152	^llllí	lllllllll	BQR		0,07

048/B

Príklad 2

Tvorba konformačného epitopu NS3/4a zo substitúciami Thr na Pro a Ser na lle.

Konformačný epitop NS3/4a sa získa nasledujúcim spôsobom. Tento epitop má sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D a líši sa od natívnej sekvencie by poskytlo klonovacie miesto 5' Hindlll nasledované sekvenciou ACAAACAAA, iniciátor ATG a kodóny HCV1a počínajúc aminokyselinou 1027 s pokračovaním k miestu Bgll aminokyseliny 1046, (b) reštrikčný fragment 683 bp Bg1 l-Clal (kódovacie aminokyseliny 1046 až 1274) z pAcHLTns3ns4aPI a (c) vektor pSP72 (Promega, Madison, Wl, GenBank/EMBL č. X65332, ktorý bol spracovaný Hindlll a Clal, defosforylovaný a podrobený gélovej purifikácii. Plazmid pAcHLTns3ns4aPI sa odvodzuje od pAcHLT, vektoru bakulovírusovej expresie komerčne dostupného od BD Pharmingen (San Diego, CA). Konkrétne sa pripraví vektor pAcHLT EcoRI-Pstl a nasledujúce fragmenty: EcoRI-Alwnl, 935 bp zodpovedajúci aminokyselinám 1027 až 1336 genómu HCV-1, Älwnl-Sacll, 247bp zodpovedajúci aminokyselinám 1336 až 1419 genómu HSV-1, Hinfl-Bgll, 175 bp zodpovedajúci aminokyselinám 1449 až 1509 genómu HSC-1, Bgll-Pstl, 619 bp zodpovedajúci aminokyselinám 1510 až 1711 genómu HCV-1 plus transkripčný terminačný kodón. Sacll-Hinfl odvodený fragment 91 bp zodpovedajúci aminokyselinám 1420 až 1448 genómu HCV-1 a obsahujúci mutácie Pl (Thr-1428 mutovaný na Pro, Ser-1429 mutovaný na lle) sa liguje s fragmentom 175 bp Hinfl-Bgll a fragmentom 619 bp Bgll-Pstl

048/B opísaným vyššie a subklonuje do vektora pGEM-5Zf(+) spracovaného Sacll a Pstl. pGEM-5Zf(+) je komerčne dostupný vektor E. coli (Promega, Madison, Wl, GenBank/EMBL Accession Number X65308). Po transformácii kompetentných buniek HB101, sa uskutočňuje miniskríning jednotlivých klonov a verifikácia sekvencie, fragment 885 bp Sacll-Pstl z pGEM5. PI klonu 2 sa čistí gélovou purifikáciou. Tento fragment sa liguje s EcoRI-Alwnl 935 bp fragmentom, Alwnl Sacll 247 bp fragmentom a pAcHLT EcoRI-Pstl vektorom opísaným vyššie. Výsledný konštrukt sa nazýva pAcHLTns3ns4aPI.

Ligačná zmes opísaná vyššie sa transformuje do HB101 kompetentných buniek a nanesie na agarové dosky Luria obsahujúce 100 pg/ml ampicilínu. Analýzy miniprep jednotlivých klonov vedú k identifikácii predpokladaných pozitívnych vzoriek, z ktorých sa dva amplifikujú. Plazmid DNA pre pSP72 1aHC, klony 1 a 2, sa pripravia s použitím súpravy Qiagen Maxiprep a sekvencuje.

Potom sa spolu ligujú nasledujúce fragmenty (a) 761 bp Hindlll-Clal z pSP721aHC 1 [pSP72.1aHC sa tvoria ligáciou spolu s nasledujúcimi: pSP72 spracovaný Hindlll a Clal, syntetické oligonukleotidy poskytujúce klonovacie miesto 5' Hindlll, nasledované sekvenciou ACAAACAAA, iniciačný kodón ATG a kodóny HCV1a, počínajúc aminokyselinou 1027 s pokračovaním k miestu Bglll pri aminokyseline 1046 a 683 bp Bglll-Clal reštrikčný fragment (kódovacie aminokyseliny 1046 až 1274) z pAcHLTns3ns4aPI], (b) 1353 bp BamHl-HindlII fragment pre kvasinkový hybridný promótor ADH2/GAPDH, (c) 1320 bp ClalSall fragment (kódujúci HCV1a aminokyseliny 1046 až 1711 s Thr 1428 mutovaným na Pro a Ser 1429 mutovaným na lle) z pAcHLTns3ns4aPI a (d) pBS24.1 kvasinkový expresný vektor, ktorý je spracovaný BamHi a Sali, defosforylovaný a čistený gélovou purifikáciou. Ligačná zmes sa transformuje na kompetentnú HV101 a nanáša na agarové dosky Luria obsahujúce 100 pg/ml ampicilínu. Analýzy miniprep jednotlivých kolónií vedú k identifikácii klonov s očakávanou vloženou časťou 3446 bp BamHl-Sall, ktorá obsahuje ADH2/GAPDH promótor, iniciačný kodón ATG a HCV1a NS3/4a z aminokyselín 1027 až 1711 (znázornené ako aminokyseliny 1 až 686 na obrázkoch 4A až

048/B

4D) s Thr 1428 (poloha aminokyseliny 403 na obrázkoch 4A až 4D) mutovaným na Pro a Ser 1429 (poloha aminokyseliny 404 na obrázkoch 4A až 4D) mutovaným na lle. Konštrukt sa nazýva pd.HCVIa. ns3ns4aPI (pozri obrázok 5).

S. cérevisiae, kmeň AD3, sa transformuje pd.HCV1a.ns3ns4aPI a jednotlivé transformanty sa overia ohľadom expresie po vyčerpaní glukózy v médiu. Rekombinantný proteín sa exprimuje pri vysokých hladinách v kvasinkách ako sa deteguje farbením modrou Coomassie a overí imunoblotovacou analýzou s použitím polyklonálnej protilátky proti helikázovej doméne NS3.

Príklad 3

Purifikácia konformačného epitopu

Konformačný epitop NS3/4a sa purifikuje nasledujúcim spôsobom. Bunky S. cerevisiae opísané vyššie exprimujúce epitop NS3/4a sa zbierajú, ako sa opisuje vyššie. Bunky sa suspendujú v pufre pre cytolýzu (50 mM Trip pH 8,0, 150 mM chloridu sodného, 1 mM EDTA, 1 mM PMSD, 0,1 μΜ pepstatínu, 1 μΜ leupeptínu) a podrobia sa cytolýze v zariadení Dyno-Mill (Wab Willy A. Bachofon, Basel, Švajčiarsko) alebo ekvivalentnej aparatúre s použitím sklenených guľôčok v pomere 1:1:1 bunky:pufor:sklenené guľôčky 0,5 mm. Lyzát sa centrifuguje pri 30100 g počas 30 min pri teplote 4 °C a peleta obsahujúca nerozpustnú proteínovú frakciu sa pridá k premývaciemu pufru (6 ml/g východiskovej hmotnosti pelety buniek) a zmes sa pomaly mieša nakláňaním pri teplote miestnosti počas 15 min. Premývací pufor obsahuje koncentrácie 50 mM fosforečnanu sodného, pH 8,0, 0,3 M chloridu sodného, 5 mM β-merkaptoetanolu, 10 % glycerolu, 0,05 % oktylgukozidu, 1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 0,1 pM pepstatínu, 1 pM leupeptínu. Zvyšky z rozpadnutých buniek sa odstránia centrifugáciou pri 30100 g v priebehu 30 min pri teplote 4 °C. Supernatant sa odstráni do odpadu a peleta sa zachová.

048/B

Z pelety sa extrahuje proteín nasledujúcim spôsobom. Pridá sa 6 mg/g extrakčného pufra a zmes sa nakláňa pri teplote miestnosti počas 15 min. Extrakčný pufor obsahuje koncentráciu 50 mM Tris, pH 8,0, 1 M chloridu sodného, 5 mM β-merkaptoetanolu, 10 % glycerolu, 1 mM EDTA, 1 mM PSMF, 0,1 μΜ pepstatínu, 1 μΜ leupeptínu. Táto zmes sa centrifuguje pri 30100 g počas 30 min pri teplote 4 °C. Supernatant sa zachová a pridá sa síran amónny do koncentrácie 17,5 % s použitím nasledujúceho vzorca: objem supernatantu (ml) násobený x % síranu amónneho / (1-x % síranu amónneho) = ml 4,1 M nasýteného síranu amónneho na pridanie k supernatantu. Síran amónny sa pridáva po kvapkách pri miešaní na ľade a roztok sa mieša na ľade počas 10 min. Roztok sa centrifuguje pri 17700 g počas 30 min pri teplote 4 °C a peleta sa zachová a ukladá pri teplote 2 až 8 °C počas až 48 h.

Peleta sa resuspenduje a aplikuje na kolónu Poly U (Poly U Sepharose 4B, Amersham Pharmacia) pri teplote 4 °C nasledujúcim spôsobom. Peleta sa resuspenduje v 6 ml Poly U ekvilibračného pufra na gram hmotnosti pelety. Ekvilibračný pufor obsahuje 25 mM HEPES, pH 8,0, 200 mM chloridu sodného, 5 mM DTT (pridáva sa čerstvý), 10 % glycerolu, 1,2 % oktylglukozidu. Roztok sa mieša nakláňaním pri teplote 4 °C počas 15 min a centrifuguje pri 31000 g počas 30 min pri teplote 4 °C.

Pripraví sa stĺpec Poly U (1 ml živice na gram východiskovej hmotnosti pelety). Lineárny prietok je 60 cm/h a prietok náplne 133 % z 60 cm/h. Stĺpec sa upraví ekvilibračným pufrom a supernatant resuspendovanej amóniumsulfátovej pelety sa nanesie na ekvilibrovanú kolónu. Kolóna sa premyje na východiskovú hodnotu ekvilibračným pufrom a proteín sa eluuje stupňovou elúciou v nasledujúcom elučnom pufre Poly U: 25 mM HEPES pH 8,0, 1M chloridu sodného, 5 mM DTT (pridáva sa čerstvý), 10 % glycerolu, 1,2 % oktylglukozidu. Eluát z kolóny sa nanesie na SDS-PAGE (farbený Coomassie) a alikvóty sa zamrazia a uložia pri teplote -80 °C. Prítomnosť epitopu NS3/4a sa overí Westernovým blotovaním s použitím polyklonálnej protilátky zameranej proti NS3 proteázovej doméne a monoklonálnej protilátky proti 5-1-1 epitopu (HCV 4a).

048/B

Navyše sa monitoruje proteázová enzymatická aktivita v priebehu purifikácie nasledujúcim spôsobom. Peptid NS4A (KKGSWIVGRIVLSGKPAIIPKK) a vzorka obsahujúca konformačný epitop NS3/4a sa zriedi v 90 μΙ reakčného pufra (25 mM Tris, pH 7,5, 0,15 M chloridu sodného, 0,5 mM EDTA, 10 % glycerolu, 0,05 % n-dodecyl B-D-maltozidu, 5 mM DTT) a nechá sa miešať počas 30 min pri teplote miestnosti. 90 μΙ zmesi sa pridá do mikrotitračnej misky (Costar, Inc., Corning, NY) a pridá sa 10 μΙ HCV substrátu (AnaSpec, Inc., San Jose CA). Miska sa mieša a odpočíta sa čítacím zariadením Fluostar. Výsledky sa vyjadrujú ako relatívne fluorescenčné jednotky (RFU) za minútu.

Pri použití týchto spôsobov obsahuje produkt extrakcie 1 M roztokom chloridu sodného aktivitu 3,7 RFU/min, zrazenina síranu amónneho má aktivitu 7,5 RFU/min a produkt purifikácie Poly U má aktivitu 18,5 RFU/min.

Príklad 4

Kompetičné štúdie

Nasledujúce kompetičné štúdie sa uskutočňujú na vyhodnotenie, či konformačný epitop NS3/4a deteguje rôzne protilátky alebo rôzne antigény HCV. Konkrétne sa porovnáva antigén NS3/4a s antigénom c200 nasledujúcim spôsobom.

0,5 pg a 1,0 pg NS3/4a získaného, ako sa opisuje vyššie alebo c200 (Hepatology, 15, 19-25 (1992) od ORTHO HCV, Version 3.0 ELISA Test System, OrthoClinical Diagnostics, Raritan, New Jersey) sa zmieša s 20 μΙ vzorky PHV914-5 (skorý sérokonverzný odber krvi získaný z krvi infikovaného jednotlivca) v celkovom objeme 220 μΙ (1 x PBS). Zmes sa inkubuje počas 1 h v mikrojamkách pri teplote 37 °C. Zmes sa prenesie na misky potiahnuté NS3/4a a inkubuje sa počas 1h pri teplote 37 °C. Misky sa premývajú a analyzujú nasledujúcim spôsobom.

048/B pg antigénu c200 sa pridá k 10 μΙ vzorky PHV914-5 v celkovom objeme zhruba 220 μΙ. Zmes sa inkubuje počas 1 h v mikrojamke pri teplote 37 °C a 200 μΙ sa prenesie na misku potiahnutú NS3/4a (100 ng/esej) a inkubuje sa počas 1 h pri teplote 37 °C. Misky sa premyjú päťkrát 1 x PBS, 0,1 % Tween-20. 200 μΙ roztoku konjugátu (podľa opisu vyššie) sa pridá a misky sa inkubujú a analyzujú. Kontroly obsahujúce PHV914-5 a 1 x PBS (bez antigénu) sa taktiež spracujú, ako sa opisuje vyššie.

Výsledky ukazuje tabuľka 7. Výsledky percenta inhibície v stĺpci 4 sa vypočítavajú ako hodnoty stĺpca 3 mínus (stĺpec 2 delený stĺpcom 3 krát 100). Ako je viditeľné, údaje ukazujú, že NS34a sa neutralizuje protilátkami skorej sérokonverzie a c200 v žiadnom prípade. Silný signál sa získa pri reakcii protilátok v člene súboru skorej sérokonverzie PHV914-5 c33c s poťahom NS34a na miske. Antigén c200 sa neneutralizuje týmito protilátkami. To je viditeľné vo vrchnej časti tabuľky 7. Keď sa NS34a zmieša so vzorkou PHV9145, neutralizuje sa a preto nie sú vo vzorke prítomné žiadne protilátky, ktoré by reagovali s NS34a naneseným na mikromiske. Údaje ukazujú, že NS34a môže detegovať inú skupinu protilátok ako c200.

048/B

Tabuľka 7 - Kompetičné štúdie ukazujú detekciu rôznych protilátok v súbore skorej sérokonverzie c33c antigénom NS34a v porovnaní s antigénom c200

	1	2	3	4
			kontrola
C200	+	PHV914-5	1xPBS	% inhibicie
		s	s
1 pg		1,450	1,645	12
1 pg		1,545	1,687	8
0,5 pg		1,557	1,913	19
0,5 pg		1,719	1,804	5
NS3/4a	+	PHV914-5
		s	s
1 pg		0,054	1,599	97
1 pg		0,037	1,677	98
0,5 pg		0,066	1,672	96
0,5 pg		NA	1,524	NA

Príklad 5

Štúdie stability konformačného epitopu NS3/4a

Na vyhodnotenie úlohy stability epitopu NS3/4a pri uskutočnení eseje sa uskutočňuje nasledujúca štúdia zisťujúca imunoreaktivitu NS3/4a proti času pri teplote miestnosti. Malé alikvóty zásobného roztoku NS3/4a sa ponechajú v pokoji pri teplote miestnosti a potom sa zamrazia v časových intervaloch udaných v tabuľke 8. Všetky fľaštičky sa súčasne potiahnu a testujú proti dvom NS3 sérokonverzným súborom.

Ako ukazuje tabuľka 8, zásobná NS3/4a nie je stabilná a imunoreaktivita s časom klesá. Navyše je pre imunoreaktivitu nevyhnutné udržať konformáciu NS3/4a.

048/B

Ďalšie stabilitné štúdie sa uskutočňujú nasledujúcim spôsobom. Dve konformačné monoklonálne protilátky pripravené proti NS3/4a štandardnými spôsobmi sa substituujú pre skoré sérokonverzné súbory proti HCV. Zásobné fľaštičky NS3/4a sa uchovávajú pri teplote miestnosti v časových intervaloch 3, 6 a 24 h. NS3/4a zo zamrazených fľaštičiek sa poťahuje pri 90 ng/ml a podrobí analýze spôsobom opísaným vyššie. Výsledky ukazujú, že tieto dve monoklonálne látky sú skutočne konformačné a ich reaktivita je citlivá na zachádzanie so zásobným antigénom NS3/4a pri teplote miestnosti. Reaktivita pozitívnej kontroly monoklonálnej protilátky sa nemení.

04B/B

Tabuľka 8

Kontrola	Referenčná	s/co	0,0	0,0	O	Xi·’	R '.'.•.•.•h-.*.		iní:		0,0	0,0	0,0	r- o	O «	5Í CO	:<3> 1*1	4,9
52	z	s/co	0,0	0,0	0,0	ô	CO o	9‘0	r- o’		o o’	O'O	0,0	0,0	0,0	0,0	0,0	o			0,75
46		s/co	0,0	0,0	0,0	o’	0,2	0,5	m o’		o o'	0,0	0,0	0,0	0,0	0,0	0,0	o'			m r~
35,5	—	s/co	0,0	0,0	o o	o”	0,3	9‘0			o ó	0,0	o o	o o	o o	0,0	0,0	o			1,75
29	x	s/co	0,0	0,0	O'O	T“ o	0,6	BI	Ä o#		0,0	0,0	o o	0,0	0,0	0,0	v o”	r o			1,88
21.4	o	s/co	O'O	O'O	V O~	0,2	0,7				0,0	0,0	0,0	0,0	o ó	0,0	o	o‘			3,08
to	Q	s/co	0,0	0,0	0,3	e •O;?:	Ä Ä	Ä M	R:		0,0	0,0	0,0	a	0,4	M· o	S'O	0,7			4,14
o	<	s/co	0,0	o o	B	Ifl Oi	óo·: $tl	β Ä	o		0,0	o o	0,0	0,5	O·:?;; e	OB	itlllilli!	tlIlIÉlIlI			8,75
Čas (h)			PHV 904-1	PHV 904-2	PHV 904-3	PHV 904-4	PHV 904-5	PHV 904-6	PHV 904-7		PHV 914-1	PHV 914-2	PHV 914-3	-ί 1 5Í cd > x CL	PHV 914-5	CO 1 5Í CD > X Dl	PHV 914-7	PHV 914-8		Enzým	RFU/min

048/B

Príklad 6

Imunoreaktivita konformačného epitopu NS3/4a v porovnaní s denaturovaným NS3/4a

Imunoreaktivita konformačného epitopu NS3/4a získaného podľa opisu vyššie sa porovnáva s NS3/4a denaturovaným prídavkom SDS do prípravku konformačného epitopu NS3/4a do konečnej koncentrácie 2 %. Denaturovaný NS3/4a a konformačný NS3/4a sa nanáša na mikrotitračné misky, ako sa opisuje vyššie. Na mikrotitračné misky sa taktiež nanáša antigén c200 [Hepatology, 15, 19-25 (1992) ORTHO, HCV Version 3,0 ELISA Test System, Ortho-Clinical Dagnostics, Raritan, New Jersey], Antigén c200 sa používa na porovnanie a predpokladá sa, že je nekonformačný vzhľadom na prítomnosť redukujúceho činidla (DTT) a detergentu (SDS).

Imunoreaktivita sa testuje proti dvom súborom skorej HCV sérokonverzie, PHV 904 a PHV 914 (komerčne dostupné vzorky ľudskej krvi od Boston Biomedica, Inc., West Bridgewater, MA). Výsledky ukazuje tabuľka 9. Údaje ukazujú, že denaturovaná alebo linearizovaná forma NS3/4a (rovnako tak ako c200) nedeteguje skoré sérokonverzné súbory tak skoro ako konformačný epitop NS3/4a.

048/B

Tabuľka 9

	NS3/4a proti denat. NS3/4a
	*NS3/4a + 2 % SDS
		NS3/4a	dNS3/4a*	c200		NS3/4a	dNS3/4a*	c200
		OD	OD	OD		s/co	s/co	s/co
HCV	PHV 904-1	0,012	0,012	0,009		0,02	0,02	0,01
Sérokonverzia	PHV 904-2	0,011	0,009	0,008		0,02	0,01	0,01
	PHV 904-3	1,124	0,071	0,045		1M8011	0,11	0,07
	PHV 904-4	2,401	0,273	0,129			0,44	0,21
	PHV 904-5	3,022	0,793	0,347		llllll	illHI	0,57
	PHV 904-6	2,711	1,472	0,774		llllli	s/ll2í37::li	4,28
	PHV 904-7	3,294	1,860	0,943			:1β«Ι	llllli
	PHV 914-1	0,006	0,004	0,001		0,01	0,01	0,00
	PHV 914-2	0,005	0,004	0,002		0,01	0,01	0,00
	PHV 914-3	0,098	0,003	0,001		0,16	0,00	0,00
	PHV 914-4	1,118	0,006	0,004			0,01	0,01
	PHV 914-5	2,035	0,044	0,022		ľ :3,26.: /	0,07	0,04
	PHV 914-6	2,092	0,074	0,025			0,12	0,04
	PHV 914-7	2,519	0,281	0,132			0,45	0,22
	PHV 914-8	2,746	0,907	0,500		111·	1111111	0,82
	PHV 914-9	3,084	1,730	0,931		|||$|||		lltOII
HCV 3.0	Neg. kont.	0,023	0,024	0,008
Kontroly	Neg. kont	0,027	0,024	0,007
	Neg. kont.	0,021	0,017	0,005
	priemer	0,024	0,022	0,007
	odrezanie	0,624	0,622	0,607
	Poz. kont.	1,239	0,903	0,575		1,99	1,45	0,95
	Poz. kont.	1,445	0,916	0,614		2,32	1,47	1,01

Imunoreaktivita konformačného epitopu sa taktiež testuje s použitím monoklonálnych protilátok proti NS3/4a štandardnými spôsobmi. Tieto monoklonálne protilátky sa potom testujú v usporiadaní ELISA proti NS3/4a a

048/B denaturovanému NS3/4a a antigénu c200. Údaje ukazujú, že monoklonálne protilátky proti NS3/4a reagujú s NS3/4a a denaturovaným NS3/4a podobným spôsobom ako so sérokonverznými súbormi, ako ukazuje tabuľka 10. Tento výsledok taktiež poskytuje ďalší dôkaz toho, že NS3/4a je svojou povahou konformačný, ako sa môžu stať monoklonálne protilátky, ktoré sú svojou reaktivitou podobné skorým sérokonverzným súborom c33c.

Tabuľka 10

	NS3/4a	Miska
dNS3/4a	c200
Monoklonálny		OD	OD	OD
4B9/E3	1:100	1,820	0,616	0,369
	1:1000	1,397	0,380	0,246
	1:10000	0,864	0,173	0,070
	1:20000	0,607	0,116	0,085
5B7/D7	1:100	2,885	0,898	0,436
	1:1000	2,866	0,541	0,267
	1:10000	1,672	0,215	0,086
	1:20000	1,053	0,124	0,059
1A8/H2	1:100	1,020	0,169	0,080
	1:1000	0,921	0,101	0,043
	1:10000	0,653	0,037	0,013
	1:20000	0,337	0,027	0,011

Opisujú sa nové eseje na detekciu HCV. Z opisu vyššie je potrebné si uvedomiť, že špecifické uskutočnenia tohto vynálezu tu slúžia iba na účely ilustrácie. Dajú sa uskutočniť rôzne modifikácie bez odchýlky od myšlienky a obsahu vynálezu, ktorý sa tu opisuje.

048/B

Claims (46)

1. PATENTOVÉ NÁROKY

   1. Pevný nosič pre imunoeseje, vyznačujúci sa tým, že sa k nemu pripája aspoň jedna protilátka proti jadru vírusu hepatitídy C (HCV) a aspoň jeden izolovaný epitop HCV NS3/4a.
2. 2. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 1, vyznačujúci sa tým, že sa k nemu pripájajú aspoň dve protilátky proti jadru HCV.
3. 3. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 1, vyznačujúci sa tým, že aspoň jedna protilátka proti jadru je zameraná proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
4. 4. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 3, vyznačujúci sa tým, že aspoň jedna protilátka proti jadru je zameraná proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
5. 5. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 1, vyznačujúci sa tým, že aspoň jednou protilátkou proti jadru je monoklonálna protilátka.
6. 6. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 1, vyznačujúci sa tým, že epitop NS3/4a je konformačný epitop a obsahuje sekvenciu aminokyselín znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.
7. 7. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 1, vyznačujúci sa tým, že ďalej obsahuje pripojený antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov.

   32 045/B
8. 8. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 7, vyznačujúci sa tým, že antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F.
9. 9. Pevný nosič pre imunoeseje, vyznačujúci sa tým, že sa k nemu pripájajú dve monoklonálne protilátky proti jadru vírusu hepatitídy C (HCV) a HCV NS3/4a konformačný epitop zahrňujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.
10. 10. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 9, vyznačujúci sa tým, že sú tieto dve protilátky proti jadru zamerané proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
11. 11. Pevný nosič pre imunoeseje podľa nároku 10, vyznačujúci sa tým, že sú tieto dve protilátky proti jadru zamerané proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
12. 12. Pevný nosič pre imunoeseje, vyznačujúci sa tým, že sa k nemu pripájajú dve monoklonálne protilátky proti jadru vírusu C (HCV), HCV NS3/4a konformačný epitop zahrňujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D a antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov zahrňujúci aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F.
13. 13. Spôsob detekcie infekcie vírusom hepatitídy C (HCV) v biologickej vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa nasledujúce kroky:

    (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje podľa nároku 1, (b) spojenie biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich HCV antigénom a protilátkam, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej

    32 045/B vzorke, viazať sa s aspoň jednou protilátkou proti jadru respektíve s epitopom NS3/4a, (c) pridanie pevného nosiča z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň jedna protilátka proti jadru viazaná na pevný nosič, (ii) antigénu, ktorý reaguje s protilátkou HCV z biologickej vzorky reaktívnej s epitopom NS3/4a a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde je táto druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s antigénom (ii), (d) detekciu komplexov vytvorených protilátkami a antigénmi, ak k ich tvorbe dochádza, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.
14. 14. Spôsob podľa nároku 13, vyznačujúci sa tým, že aspoň jedna protilátka proti jadru je zameraná proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti Cterminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
15. 15. Spôsob podľa nároku 14, vyznačujúci sa tým, že aspoň jedna protilátka proti jadru je zameraná proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1 a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti aminokyselinám 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
16. 16. Spôsob podľa nároku 13, vyznačujúci sa tým, že antigén reagujúci s protilátkou HCV z biologickej vzorky obsahuje epitop z oblasti c33c polyproteínu HCV.

    32 045/B
17. 17. Spôsob podľa nároku 16, vyznačujúci sa tým, že sa epitop c33c spája s aminokyselinovou sekvenciou ľudskej superoxid dismutázy (hSOD) a druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s touto aminokyselinovou sekvenciou hSOD.
18. 18. Spôsob podľa nároku 13, vyznačujúci sa tým, že epitop NS3/4a je konformačný epitop a zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.
19. 19. Spôsob detekcie infekcie vírusom C (HCV) v biologickej vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa nasledujúce kroky:

    (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje podľa nároku 2, (b) spojenie biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich, aby sa HCV antigény a protilátky, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, viazali na aspoň dve protilátky proti jadru, respektíve epitop NS3/4a, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň dve protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde je táto druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD,

    32 045/B (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami a antigénmi, pokiaľ sa tvoria, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.
20. 20. Spôsob podľa nároku 19, vyznačujúci sa tým, že epitop NS3/4a je konformačný epitop a obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 4A až 4D.
21. 21. Spôsob detekcie infekcie vírusom hepatitídy C (HCV) v biologickej vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa nasledujúce kroky:

    (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje podľa nároku 9, (b) spojenie biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich, aby sa HCV antigény a protilátky, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, viazali na aspoň dve protilátky proti jadru respektíve konformačný epitop NS3/4a, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV, ako aspoň dve protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde je táto druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD, (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami a antigénmi, pokiaľ sa tvoria, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.

    32 045/B
22. 22. Spôsob podľa nároku 21, vyznačujúci sa tým, že tieto aspoň dve protilátky proti jadru sú zamerané proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti Cterminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
23. 23. Spôsob podľa nároku 22, vyznačujúci sa tým, že aspoň dve protilátky proti jadru sú zamerané proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na sekvenciu polyproteínu HCV1 a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti aminokyselinám 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
24. 24. Spôsob detekcie infekcie vírusom hepatitídy C (HCV) v biologickej vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa nasledujúce kroky:

    (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje podľa nároku 7, (b) spojenie biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich HCV antigénom a protilátkam, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, viazať sa s aspoň jednou protilátkou proti jadru, epitopom NS3/4a a antigénom vzniknutým spojením viacerých epitopov, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značená protilátká proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV ako aspoň jedna protilátka proti jadru viazaná na pevný nosič, (ii) prvého a druhého antigénu, ktorý reaguje s protilátkou HCV z biologickej vzorky reaktívnej s epitopom NS3/4a respektíve s antigénom vzniknutým spojením viacerých epitopov a (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde je táto druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s antigénmi (ii),

    32 045/B (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami a antigénmi, pokiaľ dochádza k ich tvorbe, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.
25. 25. Spôsob podľa nároku 24, vyznačujúci sa tým, že táto aspoň jedna

    I protilátka proti jadru je zameraná proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV a prvá detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti Cterminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
26. 26. Spôsob podľa nároku 25, vyznačujúci sa tým, že aspoň jedna protilátka proti jadru je zameraná proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na sekvenciu polyproteínu HCV1 a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti aminokyselinám 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
27. 27. Spôsob podľa nároku 24, vyznačujúci sa tým, že tento prvý antigén reagujúci s protilátkou HCV z biologickej vzorky obsahuje epitop z oblasti c33c polyproteínu HCV.
28. 28. Spôsob podľa nároku 27, vyznačujúci sa tým, že tento epitop c33c je spojený s aminokyselinovou sekvenciou ľudskej superoxid dismutázy (hSOD) a druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s touto aminokyselinovou sekvenciou hSOD.
29. 29. Spôsob podľa nároku 24, vyznačujúci sa tým, že tento druhý antigén reagujúci s protilátkou HCV z biologickej vzorky obsahuje epitop z oblasti c22 polyproteínu HCV.

    32 045/B
30. 30. Spôsob podľa nároku 29, vyznačujúci sa tým, že epitop z oblasti c22 obsahuje aminokyseliny Lys₁₀ až Ser₉₉ polyproteínu HCV s deléciou Arg47 a substitúciou Leu namiesto Trp v polohe 44, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1, kde sa tento epitop spája s aminokyselinovou sekvenciou ľudskej superoxid dismutázy (hSOD) a druhá detegovateľne značená protilátka je reaktívna s touto aminokyselinovou sekvenciou hSOD.
31. 31. Spôsob podľa nároku 24, vyznačujúci sa tým, že tento antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F.
32. 32. Spôsob detekcie infekcie vírusom C (HCV) v biologickej vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa nasledujúce kroky:

    (a) zaistenie pevného nosiča pre imunoeseje podľa nároku 12, (b) spojenie biologickej vzorky s týmto pevným nosičom za podmienok umožňujúcich, aby sa HCV antigény a protilátky, pokiaľ sa vyskytujú v biologickej vzorke, viazali na aspoň dve protilátky proti jadru, konformačný epitop NS3/4a, respektíve antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov, (c) pridanie k pevnému nosiču z kroku (b) za podmienok tvorby komplexu (i) prvej detegovateľne značenej protilátky, kde táto prvá detegovateľne značená protilátka je detegovateľne značenou protilátkou proti jadru HCV, kde táto značená protilátka proti jadru sa zameriava proti inému epitopu jadra HCV, ako aspoň dve protilátky proti jadru viazané na pevný nosič, (ii) epitopu z oblasti c33c polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD a epitopu z oblasti c22 polyproteínu HCV pripojeného na aminokyselinovú sekvenciu hSOD (iii) druhej detegovateľne značenej protilátky, kde je táto druhá detegovateľne značená protilátka reaktívna s aminokyselinovou sekvenciou hSOD,

    32 045/B (d) detekciu komplexov vytvorených medzi protilátkami a antigénmi, pokiaľ sa tvoria, ako indikáciu infekcie HCV v biologickej vzorke.
33. 33. Spôsob podľa nároku 32, vyznačujúci sa tým, že tieto aspoň, dve protilátky proti jadru sa zameriavajú proti N-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV a prvá detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV sa zameriava proti C-terminálnej oblasti antigénu jadra HCV.
34. 34. Spôsob podľa nároku 33, vyznačujúci sa tým, že aspoň dve protilátky proti jadru sú zamerané proti aminokyselinám 10 až 53 HCV, číslované vzhľadom na sekvenciu polyproteínu HCV1 a detegovateľne značená protilátka proti jadru HCV je zameraná proti aminokyselinám 120 až 130 HCV, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
35. 35. Spôsob podľa nároku 32, vyznačujúci sa tým, že epitop z oblasti c22 zahŕňa aminokyseliny Lysi₀ až Sergg polyproteínu HCV s deléciou Arg47 a substitúciou Leu namiesto Trp v polohe 44, číslované vzhľadom na polyproteínovú sekvenciu HCV1.
36. 36. Súprava na imunodiagnostické skúšky, vyznačujúca sa tým, že obsahuje pevný nosič pre imunoeseje podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1 až 12 a pokyny na uskutočňovanie imunodiagnostickej skúšky.
37. 37. Spôsob prípravy pevného nosiča, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa:

    (a) zaistenie pevného nosiča, a (b) väzbu aspoň jednej protilátky proti jadru vírusu hepatitídy C (HCV) a aspoň jedného izolovaného HCV NS3/4a konformačného epitopu.

    32 045/B
38. 38. Spôsob prípravy pevného nosiča pre imunoeseje, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa:

    (a) zaistenie pevného nosiča a (b) väzbu dvoch protilátok proti jadru vírusu hepatitídy C (HCV) a izolovaného HCV NS3/4a konformačného epitopu.
39. 39. Spôsob podľa ktoréhokoľvek z nárokov 37 alebo 38, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa väzbu aspoň jedného antigénu vzniknutého spojením viacerých epitopov s pevným nosičom.
40. 40. Antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov, vyznačujúci sa tým, že obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F alebo aminokyselinovú sekvenciu s aspoň 80 % sekvenčnou identitou s touto sekvenciou, ktorá reaguje špecificky s protilátkami proti HCV prítomnými v biologickej vzorke od jednotlivca infikovaného HCV.
41. 41. Antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov podľa nároku 40, vyznačujúci sa tým, že tento antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 7A až 7F alebo aminokyselinovú sekvenciu s aspoň 90 % sekvenčnou identitou s touto sekvenciou, ktorá reaguje špecificky s protilátkami proti HCV prítomnými v biologickej vzorke od jednotlivca infikovaného HCV.
42. 42. Antigén podľa nároku 40 vzniknutý spojením viacerých epitopov, vyznačujúci sa tým, že tento antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov obsahuje aminokyselinovú sekvenciu znázornenú na obrázkoch 5A až 5F.

    32 045/B
43. 43. Polynukleotid obsahujúci kódovaciu sekvenciu pre antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov podľa ktoréhokoľvek z nárokov 40 až 42.
44. 44. Rekombinantný vektor, vyznačujúci sa tým, že obsahuje:

    (a) polynukleotid podľa nároku 43, a (b) kontrolné elementy operabilne pripojené k tomuto nukleotidu, ktorými možno prepisovať a prekladať kódovaciu sekvenciu v hostiteľskej bunke.
45. 45. Hostiteľská bunka, vyznačujúca sa tým, že je transformovaná rekombinantným vektorom podľa nároku 44.
46. 46. Spôsob prípravy antigénu vzniknutého spojením viacerých epitopov, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa:

    (a) zaistenie populácie hostiteľských buniek podľa nároku 45 a (b) pestovanie tejto populácie buniek za podmienok, pri ktorých sa exprimuje antigén vzniknutý spojením viacerých epitopov kódovaný sekvenciou prítomnou v tomto rekombinantnom vektore.