JP2024045316A - サイトカイン放出症候群を予測するバイオマーカー - Google Patents

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Abstract

【課題】本開示は、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）との臨床関連性を有するバイオマーカー（例えば、分析物、分析物プロファイル、またはマーカー（例えば、遺伝子発現および／もしくはタンパク質発現プロファイル））の同定および使用を提供する。【解決手段】対象のｓＩＬ－６Ｒレベルを評価することを含む、ＩＬ６受容体阻害剤に対する対象の応答性を評価または予測する方法であって、参照レベルより低いｓＩＬ－６ＲレベルがＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性を示す、方法。【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、２０１５年９月３日に出願された米国特許出願第６２／２１４０６６号、２０１５年１２月４日に出願された米国特許出願第６２／２６３２３５号、および２０１６年８月３０日に出願された米国特許出願第６２／３８１，１５３号の優先権を主張し、これらの内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
連邦政府により支援された研究または開発に関する陳述
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈにより与えられた認可番号Ｒ０１ＣＡ１６５２０６、Ｒ０１ＣＡ１９３７７６、Ｒ０１ＣＡ１０２６４６、Ｒ０１ＣＡ１１６６６０、およびＫ２３ＧＭ１１０４９６の下で政府の支援をもって為された。政府は本発明においてある特定の権利を有する。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その全体は参照により本明細書に組み入れられる。２０１６年９月２日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、Ｎ２０６７－７０９６ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズは７０２，１１７バイトである。
発明の分野
本発明は、サイトカイン放出症候群を予測するバイオマーカーおよびその使用に関する。
抗ＣＤ１９特異性を有するＣＡＲ Ｔ細胞は、非常に難治性の血液悪性腫瘍に対してかなりの有望性を示した。ＣＴＬ０１９を用いて処置された再発性／難治性ＡＬＬを有する子供において、９０％もの完全寛解率を有する有意な臨床応答が報告されている。顕著なインビボでのＣＡＲ Ｔ細胞増殖（１００～１００，０００ｘ）は、効能の改善をもたらすが、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を含む有害事象と関連し得る。ＣＲＳは、免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞処置の重篤かつ一般的な有害副作用である。重症ＣＲＳは、潜在的に生命を脅かす毒性である。
したがって、ＣＲＳを発症する患者のリスクを予測するための方法およびバイオマーカーを開発することが必要である。
本明細書の開示は、少なくとも部分的には、いくつかのバイオマーカーが、免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞処置中の早期に（例えば、対象がＣＲＳから重病になる前、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞投与の最初の１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１日以内、またはそれ以下）ＣＲＳを正確に予測することができるという発見に基づくものである。一部の実施形態において、２つのサイトカイン、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮγは、重症ＣＲＳの発症と強く関連していた。成人および小児（pediatric）の対象における実施形態において、重症ＣＲＳの正確な早期予測を、ＩＦＮ、ｓｇｐ１３０、およびＩＬ－１Ｒａを使用して行うことができた。小児の対象における実施形態において、重症ＣＲＳの正確な早期予測を、ＩＦＮγ、ＩＬ１３、およびＭＩＰ１αを使用して；またはｓｇｐ１３０、ＩＦＮγ、および疾患負荷の評価を使用して行うことができた。したがって、対象を評価するため、例えば、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する対象のリスクを予測するための方法、システムおよびキット、ならびにＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する対象のリスクを評価することを含む、がんを有する対象を処置する方法が本明細書で提供される。本明細書に記載の方法は、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）を用いて処置されたどの対象が、重症ＣＲＳから重病になる高い確率を有するかについての早期かつ正確な同定（例えば、予測）を有利に提供する。対象が病気になる前に予測を行うことができるため、本明細書の方法は早期の介入を可能にし、罹患率または死亡率を低減させることができる。したがって、高い感度と特異度の両方でＣＲＳの重症度を予測するために少数のサイトカインおよびサイトカイン受容体を使用する本明細書に記載の方法、システムおよびキットは、臨床的に有用であり、現在の処置モダリティよりも有利である。
例えば、本開示は以下を提供する：
［項１］
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する方法であって、
例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法）への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態が、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）もしくはインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－ｇ）、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上（全部）の測定値を含み、
ＣＲＳリスク状態がＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示す、方法；
［項２］
がん、例えば、血液がんを有する対象を処置するための方法であって、
前記対象に、治療有効用量のＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＡＲ１９療法を投与することと、
前記対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することと
を含み、前記ＣＲＳリスク状態が、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ｇ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上（全部）の測定値を含み、
ＣＲＳリスク状態がＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示す、方法；
［項３］
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、
対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、もしくは重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定すること；
変更した用量のＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールもしくは時間経過を変更すること；
ＣＲＳを処置するための療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、もしくは機械的人工換気のうちの１もしくは複数から選択される療法を投与すること；または
代替療法、例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高い対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療を投与すること
のうちの１つ、２つ、またはそれ以上（全部）を実行することをさらに含む、項１または２に記載の方法；
［項４］
対象が、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示すＣＲＳリスク状態を有すると同定され、前記ＣＲＳリスク状態が、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上（全部）の測定値を含む、がん、例えば、血液がんを有する対象における使用のための、ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＡＲ１９療法；
［項５］
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、もしくは重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定される；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象が変更した用量のＣＡＲ発現細胞療法を投与される；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールもしくは時間経過を変更する；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象がＣＲＳを処置するための療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、もしくは機械的人工換気のうちの１もしくは複数から選択される療法を投与される、または
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象が代替療法、例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高い対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療を投与されること
のうちの１つ、２つ、またはそれ以上（全部）である、項４に記載の使用のための組成物；
［項６］
ＣＲＳリスク状態が、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、または低いかどうかを示す、項１～５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項７］
ＣＲＳが臨床グレード１～３のものであるか、または重症ＣＲＳが臨床グレード４～５のものである、項１～６のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項８］
ＣＲＳの症状（例えば、臨床症状）、例えば、低血圧または発熱のうちの１または複数を有さない対象に対して実行される、項１～３、６または７のいずれか一項に記載の方法；
［項９］
重症ＣＲＳの症状（例えば、臨床症状）、例えば、グレード４の臓器毒性または機械的人工換気の必要性のうちの１または複数を有さない対象に対して実行される、項１～３、６または７のいずれか一項に記載の方法；
［項１０］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照と比較して、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマまたはその組合せのレベルまたは活性が高いと同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項１１］
対象が成人または小児の対象である、項１０に記載の使用のための方法または組成物；
［項１２］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照と比較して、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１１のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項１３］
対象が成人または小児の対象である、項１２に記載の使用のための方法または組成物；
［項１４］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象または対照レベルもしくは活性と比較して、
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い；
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い；
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い；または
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い
と同定される、項１２または１３に記載の使用のための方法または組成物；
［項１５］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、対象中（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中）で、参照と比較して、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、またはＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはその組合せであり、骨髄疾患のレベルが高いと同定される、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項１６］
対象が小児の対象である、項１５に記載の使用のための方法または組成物；
［項１７］
対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象または対照レベルもしくは活性と比較して、
ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；
ｓｇｐ１３０および骨髄疾患；
ＩＦＮ－ガンマおよび骨髄疾患；または
ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、および骨髄疾患
のレベルが高いと同定される、項１５または１６に記載の使用のための方法または組成物；
［項１８］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項１９］
対象が小児の対象である、項１８に記載の使用のための方法または組成物；
［項２０］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い；
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；または
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い
と同定される、項１８または１９に記載の使用のための方法または組成物；
［項２１］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高い、またはエオタキシンのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項２２］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高い；
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；
ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；または
ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い
と同定される、項２１に記載の使用のための方法または組成物；
［項２３］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高い、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い、またはｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項２４］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、
ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；
ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高く、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い；
エオタキシンのレベルもしくは活性が低く、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い；または
ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低く、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い
と同定される、項２３に記載の使用のための方法または組成物；
［項２５］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高い、またはエオタキシンのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項２６］
対象が小児の対象である、項２５に記載の方法；
［項２７］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高い；
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；
ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；または
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い、
と同定される、項２５または２６に記載の方法；
［項２８］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＬ１０のレベルもしくは活性が高い、または疾患負荷のレベルが高い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項２９］
対象が小児の対象である、項２８に記載の使用のための方法または組成物；
［項３０］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＩＬ－１３のレベルが低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項３１］
対象が小児の対象である、項３０に記載の使用のための方法または組成物；
［項３２］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）、項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項３３］
対象が小児の対象である、項３２に記載の使用のための方法または組成物；
［項３４］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、
参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い；
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；
ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；または
ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い
と同定される、項３２または３３に記載の使用のための方法または組成物；
［項３５］
（ｉ）～（ｘｉ）の１または複数の測定値が、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルのうちの１または複数を評価する、項１～３４のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項３６］
対象中、例えば、対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦ、またはその組合せから選択される１、２、３、４、５、１０、２０またはそれ以上のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性の測定値を獲得することをさらに含む、項１～３５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項３７］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦ、またはその組合せから選択される１または複数（例えば、２、３、４、５、１０、１５、２０または全部）のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性が高いと同定される、項１～３６のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項３８］
対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中の、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）のレベルを決定することをさらに含む、項１～３７のいずれか一項に記載の方法；
［項３９］
重症ＣＲＳのリスクが低い対象が、７ｍｇ／ｄＬ未満（例えば、７、６．８、６、５、４、３、２、１ｍｇ／ｄＬ以下）のＣＲＰレベルを有すると同定される、項３８に記載の方法；
［項４０］
重症ＣＲＳのリスクが高い対象が、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、サンプル（例えば、血液サンプル）中のＣＲＰのレベルが高いと同定される、項１～３９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４１］
より高いレベルまたは活性が、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、少なくとも２倍高い（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上高い）、項３７～４０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４２］
獲得されたＣＲＳリスク状態に基づいて、対象のためのＣＡＲ発現細胞療法を選択する工程をさらに含む、項１～４１のいずれか一項に記載の方法；
［項４３］
獲得されたＣＲＳリスク状態が、対象が重症ＣＲＳのリスクが高いということであり、提言される療法が、対象に投与された以前の用量のＣＡＲ発現細胞療法よりも低い用量であるその後の（例えば、第２、第３、または第４の）用量のＣＡＲ発現細胞である、項４２に記載の方法；
［項４４］
獲得されたＣＲＳリスク状態が、対象が重症ＣＲＳのリスクが高いということであり、提言される療法が、対象に投与された以前のＣＡＲ発現細胞療法とは異なるＣＡＲまたは異なる細胞型を含むその後の（例えば、第２、第３、または第４の）用量のＣＡＲ発現細胞である、項４２に記載の方法；
［項４５］
ＣＡＲ発現細胞療法が複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞、例えば、ＣＡＲ１９療法（例えば、ＣＴＬ０１９療法）を含む、項１～４４のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４６］
がんまたは血液がんがＣＤ１９発現と関連する、項１～４５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４７］
がんまたは血液がんが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症からなる群から選択される、項１～４６のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４８］
対象、例えば、対象由来サンプルが、ＣＡＲ発現細胞療法を受けている間に評価される、または対象、例えば、対象由来サンプルが、ＣＡＲ発現細胞療法を受けた後に評価される、項１～４７のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項４９］
対象、例えば、対象由来サンプルが、ＣＡＲ発現細胞療法を用いる注入の１０日以下（例えば、１～１０日、１～９日、１～８日、１～７日、１～６日、１～５日、１～４日、１～３日、または１～２日、５日、３日、２日、１日以下）後に評価される、項１～４８のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項５０］
対象がヒトである、項１～４９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項５１］
対象が成人の対象または小児の対象である、項１～５０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物；
［項５２］
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのキットであって、
ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；
ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａ；
ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファ；
ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、およびエオタキシン；
ＩＬ２、エオタキシン、およびｓｇｐ１３０；
ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、およびエオタキシン；
ＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ－１３；または
ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファ；
またはその組合せ
から選択される１または複数の遺伝子またはタンパク質のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬セットと、
前記キットを使用するための指示書と
を含み、
使用のための前記指示書が、ＩＦＮ－ガンマ、ｓｇｐ１３０、もしくはＭＣＰ１の１もしくは複数の検出されたレベルもしくは活性が、参照値よりも高い場合、および／またはＩＬ－１３、ＩＬ１Ｒａ、ＭＩＰ１アルファ、もしくはエオタキシンの１もしくは複数の検出されたレベルもしくは活性が、参照値よりも低い場合、対象が、参照値で検出されたレベルもしくは活性を有する対象よりもＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する可能性が高いことを提示する、キット；
［項５３］
ＣＡＲ発現細胞がＴ細胞またはＮＫ細胞である、項１～５２のいずれか一項に記載の方法、または使用のための組成物、またはキット；
［項５４］
対象が重症ＣＲＳのリスクがあると同定され、ＩＬ６受容体阻害剤に対して感受性であると同定される場合、前記対象がトシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤を用いて処置される、項１～５３のいずれか一項に記載の方法、または使用のための組成物、またはキット；
［項５５］
対象が重症ＣＲＳのリスクがあると同定され、ＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いと同定される場合、前記対象が、ＩＬ６受容体阻害剤以外、例えば、トシリズマブ以外のＣＲＳ療法を用いて処置される、項１～５４のいずれか一項に記載の方法、または使用のための組成物、またはキット；
［項５６］
対象におけるＣＲＳと敗血症とを識別する方法であって、下記：
（ｉ）参照よりも高いレベルもしくは活性がＣＲＳを示す、ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩ、およびｓＴＮＦＲＩＩのうちの１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは全部）のレベルもしくは活性；または
（ｉｉ）参照よりも高いレベルもしくは活性が敗血症を示す、ＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１、およびｓＶＥＧＦＲ－２のうちの１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、もしくは全部）のレベルもしくは活性
のうちの１または複数の測定値を獲得することを含む方法；
［項５７］
神経毒性、ＣＲＳ、または可逆性後頭葉白質脳症（ＰＲＥＳ）のうちの１または複数を処置する方法であって、それを必要とする対象に、治療有効量のシクロホスファミドを投与することを含み、
シクロホスファミドの投与が、がんのための細胞に基づく療法、ＣＤ１９阻害療法、もしくはＣＤ１９枯渇療法の後であるか、または
対象ががんのための細胞に基づく療法、ＣＤ１９阻害療法、もしくはＣＤ１９枯渇療法を用いて以前に処置されたことがある、方法；
［項５８］
ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する対象の応答性を評価する、例えば、予測する方法であって、対象のＩＬ－６Ｒ遺伝子型を評価することを含み、低いｓＩＬ－６Ｒレベルと関連する遺伝子型が、ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する感受性を示す、方法；
［項５９］
ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する対象の応答性を評価する、例えば、予測する方法であって、参照レベルよりも低いｓＩＬ－６Ｒレベルが、ＩＬ－６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する感受性を示す、方法；
［項６０］
対象のＩＬ－６Ｒ遺伝子型の評価が、ｒｓ２２２８１４５での対象の遺伝子型を決定することを含む、項５９に記載の方法；
［項６１］
対象（例えば、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対して感受性であると同定された対象）が、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤を用いて処置される、または対象（例えば、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いと同定された対象）が、ＩＬ６受容体阻害剤以外、例えば、トシリズマブ以外のＣＲＳ療法を用いて処置される、項５９または６０に記載の方法。
したがって、一態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する方法を特徴とする。この方法は、例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法）またはＣＤ１９枯渇療法）への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、ＣＲＳリスク状態は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示す。一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）もしくはインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－ｇ）、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上（全部）の測定値を含む。
別の態様において、本発明は、療法（例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法）またはＣＤ１９枯渇療法））の経過中に、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクをモニタリングする方法を特徴とする。この方法は、例えば、療法（例えば、免疫細胞に基づく療法）への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、ＣＲＳリスク状態は、療法の経過中に、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示す。一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）もしくはインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－ｇ）、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；または
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上（全部）の測定値を含む。
さらに別の態様において、本発明は、がん、例えば、血液がんを有する対象を処置するための方法を特徴とする。この方法は、
対象に、治療有効用量のＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＡＲ１９療法を投与することと、
対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することと
を含み、前記ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ－１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；または
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上（全部）の測定値を含み、
ＣＲＳリスク状態は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示す。
さらに別の態様において、本発明は、対象がＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを示すＣＲＳリスク状態を有すると同定され、前記ＣＲＳリスク状態が、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上（全部）の測定値を含む、がん、例えば、血液がんを有する対象における使用のための、ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＡＲ１９療法を特徴とする。
さらに別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムまたは方法を特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、以下の（ｉ）～（ｖｉｉ）を含む。この方法は、
例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、
（ｉ）ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｉ）獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、例えば、約２１８，０００ｐｇ／ｍｌの参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｉｉｉ）適宜（例えば、獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも高い場合）、ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｖ）適宜（例えば、獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、例えば、約１０ｐｇ／ｍｌの参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｖ）適宜（例えば、獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合）、ＩＬ１Ｒａレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｖｉ）適宜（例えば、獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得されたＩＬ１Ｒａレベルもしくは活性が、例えば、約６５８ｐｇ／ｍｌの参照ＩＬ１Ｒａレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること；および
（ｖｉｉ）適宜（例えば、獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得されたＩＬ１Ｒａレベルもしくは活性が、例えば、約６５８ｐｇ／ｍｌの参照ＩＬ１Ｒａレベルもしくは活性よりも高い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること
によって決定され；
それによって、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する。
さらに別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムまたは方法を特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、以下の（ｉ）～（ｖｉｉ）を含む。この方法は、
例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、
（ｉ）ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｉ）獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、例えば、約２１８，０００ｐｇ／ｍｌの参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｉｉｉ）適宜（例えば、獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも高い場合）、ＭＣＰ１レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｖ）適宜（例えば、獲得されたｓｇｐ１３０レベルもしくは活性が、参照ｓｇｐ１３０レベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得されたＭＣＰ１レベルもしくは活性が、例えば、約４６００ｐｇ／ｍｌの参照ＭＣＰ１レベルもしくは活性よりも高い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること；
（ｖ）適宜（例えば、獲得されたＭＣＰ１レベルもしくは活性が、参照ＭＣＰ１レベルもしくは活性よりも低い場合）、エオタキシンレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｖｉ）適宜（例えば、獲得されたＭＣＰ１レベルもしくは活性が、参照ＭＣＰ１レベルもしくは活性よりも低い場合）、獲得されたエオタキシンレベルもしくは活性が、例えば、約２９ｐｇ／ｍｌの参照エオタキシンレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること；および
（ｖｉｉ）適宜（例えば、獲得されたＭＣＰ１レベルもしくは活性が、参照ＭＣＰ１レベルもしくは活性よりも低い場合）、獲得されたエオタキシンレベルもしくは活性が、例えば、約２９ｐｇ／ｍｌの参照エオタキシンレベルもしくは活性よりも高い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること
によって決定され；
それによって、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する。
さらに別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムまたは方法を特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、以下の（ｉ）～（ｖｉｉ）を含む。この方法は、
例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、
（ｉ）第１のＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｉ）第１の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、例えば、約２８ｐｇ／ｍｌの第１の参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｉｉｉ）適宜（例えば、第１の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、第１の参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合）、ＭＩＰ１ａレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｖ）適宜（例えば、第１の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、第１の参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得されたＭＩＰ１ａレベルもしくは活性が、例えば、約３０ｐｇ／ｍｌの参照ＭＩＰ１ａレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること；
（ｖ）適宜（例えば、獲得されたＭＩＰ１ａレベルもしくは活性が、参照ＭＩＰ１ａレベルもしくは活性よりも高い場合、またはステップ（ｉ）によって高い値で正確な読取り値が得られない場合）、第２のＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性を獲得すること；
（ｖｉ）適宜（例えば、獲得されたＭＩＰ１ａレベルもしくは活性が、参照ＭＩＰ１ａレベルもしくは活性よりも高い場合）、第１の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも低い場合、または適宜、第２の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、例えば、約９５ｐｇ／ｍｌの参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；および
（ｖｉｉ）適宜（例えば、獲得されたＭＩＰ１ａレベルもしくは活性が、参照ＭＩＰ１ａレベルもしくは活性よりも高い場合）、第１の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合、または適宜、第２の獲得されたＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性が、例えば、約９５ｐｇ／ｍｌの参照ＩＦＮ－ガンマレベルもしくは活性よりも高い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること
によって決定され；
それによって、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する。
さらに別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムまたは方法を特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、以下の（ｉ）～（ｖｉｉ）を含む。この方法は、
例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、
（ｉ）第１のバイオマーカー（例えば、サイトカインまたはサイトカイン受容体、例えば、本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体）レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｉ）第１のバイオマーカーレベルもしくは活性が、第１の参照レベルもしくは活性よりも高い、または低いかどうかを決定すること；
（ｉｉｉ）適宜、第２のバイオマーカー（例えば、サイトカインまたはサイトカイン受容体、例えば、本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体）レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｖ）適宜、第２のバイオマーカーレベルもしくは活性が、第２の参照レベルもしくは活性よりも高い、または低いかどうかを決定すること；
（ｖ）適宜、第３のバイオマーカー（例えば、サイトカインまたはサイトカイン受容体、例えば、本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体）レベルもしくは活性を獲得すること；および
（ｖｉ）適宜、第３のバイオマーカーレベルもしくは活性が、第３の参照レベルもしくは活性よりも高い、または低いかどうかを決定すること
によって決定され、
それによって、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する。
さらに別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムまたは方法を特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、以下の（ｉ）～（ｖｉｉ）を含む。この方法は、
例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、対象に関するＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、
（ｉ）ＩＬ－１０レベルもしくは活性を獲得すること；
（ｉｉ）獲得されたＩＬ－１０レベルもしくは活性が、例えば、約１２ｐｇ／ｍｌの参照ＩＬ－１０レベルもしくは活性よりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｉｉｉ）適宜（例えば、獲得されたＩＬ－１０レベルもしくは活性が、参照ＩＦＮ ＩＬ－１０レベルもしくは活性よりも高い場合）、全身腫瘍組織量レベルを獲得すること；
（ｉｖ）適宜（例えば、獲得されたＩＬ－１０レベルもしくは活性が、参照ＩＬ－１０レベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得された全身腫瘍組織量レベルが、例えば、約５１％の参照全身腫瘍組織量レベルよりも低い場合、ＣＲＳリスク状態が低いと同定すること；
（ｖ）適宜（例えば、獲得されたＩＬ－１０レベルもしくは活性が、参照ＩＬ－１０レベルもしくは活性よりも高い場合）、獲得された全身腫瘍組織量レベルが、例えば、約５１％の参照全身腫瘍組織量レベルよりも高い場合、ＣＲＳリスク状態が高いと同定すること
によって決定され；
それによって、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する。
上記方法はいずれも、ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、
対象が、重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、または重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定すること；
変更した用量のＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールもしくは時間経過を変更すること；または
ＣＲＳを処置するための療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤（例えば、抗ＩＬ６受容体阻害剤、例えば、トシリズマブ（tocilizumab））、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、もしくは機械的人工換気のうちの１もしくは複数から選択される療法を投与すること；または
代替療法、例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高い対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療を投与すること
のうちの１、２、またはそれ以上（全部）を実行することをさらに含んでもよい。
本明細書における使用のための組成物の実施形態において、
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、もしくは重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定する；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象に変更した用量のＣＡＲ発現細胞療法を投与する；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールもしくは時間経過を変更する；
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象にＣＲＳを処置するための療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、もしくは機械的人工換気のうちの１もしくは複数から選択される療法を投与する；または
ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、対象に、代替療法、例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高い対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療を投与する、
のうちの１、２、またはそれ以上（例えば、全部）が実行される。
別の態様において、本発明は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのキットを特徴とする。キットは、例えば、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａ；ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファ；ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、ＭＩＰ１－アルファ、エオタキシン、ＩＬ－２、ＩＬ－１０、もしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せから選択される、本明細書に記載の１または複数の遺伝子またはタンパク質のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬セットと、前記キットを使用するための説明書とを含み、
使用のための前記説明書は、１または複数の検出されたレベルまたは活性が、参照値よりも高い場合、対象が、参照値で検出されたレベルまたは活性を有する対象よりもＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する可能性が高いことを提示する。
さらに別の態様において、本発明は、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムを特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成されている。一部の実施形態において、前記ＣＲＳリスク状態は、本明細書に記載のバイオマーカーのうちの１、２、３、４、５、６、７、またはそれ以上（全部）の測定値を含む。
一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、システムは、
対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、または重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定する；
ＣＡＲ発現細胞療法の用量の選択または変更を推奨する；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過の選択または変更を推奨する；
ＣＲＳを処置するための療法、例えば、トシリズマブなどのＩＬ－６阻害剤、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、または機械的人工換気を投与することを推奨する；
代替療法、例えば、重症ＣＲＳ対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療の選択を推奨する、
のうちの１、２、３、４またはそれ以上を実行する。
本明細書に開示された上記方法、使用のための組成物、キットおよびシステムのさらなる特徴または実施形態は、以下の１または複数を含む。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態は、例えば、対象が成人または小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ－１３のいずれか２つまたは３つ全部の組合せ）のレベルまたは活性の測定値を含む。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態は、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、または低いかどうかを示す。例えば、ＣＲＳは、臨床グレード１～３のものであるか、または臨床グレード４～５の重症ＣＲＳであってもよい。
一部の実施形態において、前記方法は、ＣＲＳの症状（例えば、臨床症状）、例えば、低血圧もしくは発熱のうちの１もしくは複数；または重症ＣＲＳ、例えば、臓器毒性（例えば、グレード４の臓器毒性）もしくは機械的人工換気の必要性のうちの１もしくは複数を有さない対象に対して実行される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、ＩＦＮ－ガンマ、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、ＩＬ－１０、もしくは疾患負荷、またはその任意の組合せの高いレベルまたは活性は、重症ＣＲＳの高いリスクを示す。一部の実施形態において、ＩＬ１３、ＩＬ１Ｒａ、ＭＩＰ１ａ、もしくはエオタキシン、もしくはその任意の組合せの低いレベルまたは活性は、重症ＣＲＳの高いリスクを示す。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照と比較して、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性が高いか、またはそうと同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの他の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高いか、またはＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低いか、もしくはその組合せであるか、またはそうと同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い；ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い；ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低い；またはｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ１Ｒａのレベルもしくは活性が低いと同定される。一部の実施形態において、参照は、重症ＣＲＳのリスクが低い対象または対照レベルもしくは活性である。対象は、ヒト、例えば、成人または小児の対象であってもよい。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照と比較して、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、対象中（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中）で、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性が高く、骨髄疾患のレベルが高いか、またはそうと同定される。一実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；ｓｇｐ１３０および骨髄疾患；ＩＦＮ－ガンマおよび骨髄疾患；またはｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマおよび骨髄疾患のレベルが高いと同定される。対象は、ヒト、例えば、小児の対象であってもよい。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象（例えば、小児の対象）は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い、もしくはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、例えば、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い；ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；またはｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低いと同定される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高い、またはエオタキシンのレベルもしくは活性が低い、もしくはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高い；ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；またはｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高く、ＭＣＰ１のレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低いと同定される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化している（例えば、高い）、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い、またはｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い、もしくはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化しており（例えば、高く）、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化しており（例えば、高く）、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い；エオタキシンのレベルもしくは活性が低く、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高い；またはＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化しており（例えば、高く）、エオタキシンのレベルもしくは活性が低く、ｓｇｐ１３０のレベルもしくは活性が高いと同定される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化している（例えば、高い）、またはエオタキシンのレベルもしくは活性が低い、もしくはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、対象は、小児の対象である。一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化している（例えば、高い）；ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化しており（例えば、高く）、エオタキシンのレベルもしくは活性が低い；またはＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－２のレベルもしくは活性が変化しており（例えば、高く）、エオタキシンのレベルもしくは活性が低いと同定される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＬ－１０のレベルもしくは活性が高い、または疾患負荷のレベルが高い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、対象は、小児の対象である。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＩＬ－１３のレベルが低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、対象は、小児の対象である。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、対象は、小児の対象である。一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い；ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い、またはＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；またはＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低いと同定される。一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低い；ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い；またはＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高く、ＩＬ－１３のレベルもしくは活性が低く、ＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低いと同定される。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－ガンマのレベルもしくは活性が高い、またはＭＩＰ１－アルファのレベルもしくは活性が低い、またはその組合せであると同定される（例えば、サンプル、例えば、血液サンプル中で）。一部の実施形態において、対象は、小児の対象である。
一部の実施形態において、例えば、ＩＬ２、エオタキシン、およびｓｇｐ１３０を含有する、３バイオマーカーパネルにおいて、またはＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、およびエオタキシンを含有する３バイオマーカーパネルにおいて（例えば、小児患者において）、ＩＬ２のより高いレベルまたは活性は、対象が重症ＣＲＳのリスクが高いことを示す。他の実施形態において、例えば、小児患者に関する、例えば、２バイオマーカーパネルにおいて、ＩＬ２のより高いレベルまたは活性は、対象が重症ＣＲＳのリスクが低いことを示す。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、本明細書に記載のマーカーのより高いレベルは、１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、１０００、２０００、５０００、１０，０００、２０，０００、５０，０００、１００，０００、２００，０００、または５００，０００ｐｇ／ｍｌよりも高いか、または等しいレベルである。一部の実施形態において、ｓｇｐ１３０のより高いレベルは、１５０，０００、２００，０００、２１０，０００、２１５，０００、２１８，０００、２１８，１７９、２２０，０００、２２５，０００、２３０，０００、または２５０，０００ｐｇ／ｍｌよりも高い、またはそれと等しい。一部の実施形態では、ＩＦＮ－ガンマのより高いレベルは、６、７、８、９、１０、１０．４２７２、１０．５、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２７．６７３２、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、５０、６０、７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９４．８８７３、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０５、１１０、１１５、または１２０ｐｇ／ｍｌよりも高い、またはそれと等しい。一部の実施形態において、ＩＬ－１０のより高いレベルは、５、６、７、８、９、１０、１１、１１．７４５７、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０ｐｇ／ｍｌよりも高い、またはそれと等しい。一部の実施形態において、より高い全身腫瘍組織量は、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５１．９、５５、６０、６５、７０、または７５％よりも高い、またはそれと等しい。一部の実施形態において、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１０、または全身腫瘍組織量のより低いレベルは、本段落中の任意の値よりも低いか、またはそれと等しいレベルである。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、本明細書に記載のマーカーのより低いレベルは、１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、１０００、２０００、５０００、１０，０００、２０，０００、５０，０００、１００，０００、２００，０００、または５００，０００ｐｇ／ｍｌよりも高いか、またはそれと等しいレベルである。一部の実施形態において、ＩＬ１Ｒａのより低いレベルは、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６５７．９８７、６７５、７００、７２０、または７５０ｐｇ／ｍｌ未満であるか、またはそれと等しい。一部の実施形態において、ＭＣＰ１のより低いレベルは、３５００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４６３６．５２、４７００、４８００、４９００、５０００、または５５００ｐｇ／ｍｌ未満であるか、またはそれと等しい。一部の実施形態において、エオタキシンのより低いレベルは、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、２９．０９０２、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０ｐｇ／ｍｌ未満であるか、またはそれと等しい。一部の実施形態において、ＭＩＰ１ａのより低いレベルは、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３０．１５９１、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０ｐｇ／ｍｌ未満であるか、またはそれと等しい。一部の実施形態において、ＩＬ１Ｒａ、ＭＣＰ１、エオタキシン、またはＭＩＰ１ａのより高いレベルは、本段落中の任意の値よりも高いか、またはそれと等しいレベルである。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、感度は、少なくとも０．７５、０．７９、０．８０、０．８２、０．８５、０．８６、０．９０、０．９１、０．９３、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９、または１．０である。一部の実施形態において、特異性は、少なくとも０．７５、０．７７、０．８０、０．８５、０．８６、０．８９、０．９０、０．９２、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９、または１．０である。一部の実施形態において、ＰＰＶは、少なくとも０．６２、０．６５、０．７０、０．７１、０．７５、０．８０、０．８２、０．８３、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９、または１．０である。一部の実施形態において、ＮＰＶは、少なくとも０．８０、０．８５、０．９０、０．９２、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９、または１．０である。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、エオタキシンの測定値は、エオタキシン－１、エオタキシン－２、およびエオタキシン－３のうちの１つまたは複数（例えば、２つまたは全部）の測定値を含む。一部の実施形態において、エオタキシンの測定値は、エオタキシン－１とエオタキシン－２、エオタキシン－１とエオタキシン－３、またはエオタキシン－２とエオタキシン－３の測定値を含む。
方法、使用のための組成物、キット、およびシステムの一部の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＲ発現細胞療法の注入の３日以内、例えば、注入後１、２、または３日以内に測定される。一部の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＮ－ガンマおよび／またはｓｇｐ１３０を含む。
本明細書に開示される方法はいずれも、対象中、例えば、対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中で、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦ、もしくはその組合せから選択される、１、２、３、４、５、１０、２０またはそれ以上のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性の測定値を獲得する工程をさらに含んでもよい。一部の実施形態において、重症ＣＲＳを有する対象、または有するリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦ、もしくはその組合せから選択される、１または複数（例えば、２、３、４、５、１０、１５、２０または全部）のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性が高いか、またはそうと同定される。
本明細書に開示される方法はいずれも、対象中、例えば、対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中で、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、Ｍ１Ｇ、ｓＩＬ２Ｒα、ＧＭ－ＣＳＦ、もしくはＴＮＦα、もしくはその組合せから選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、または全部のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性の測定値を獲得する工程をさらに含んでもよい。一部の実施形態において、重症ＣＲＳを有する対象、または有するリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、Ｍ１Ｇ、ｓＩＬ２Ｒα、ＧＭ－ＣＳＦ、もしくはＴＮＦα、もしくはその組合せから選択される、１または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、または全部）のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性が高いか、またはそうと同定される。
本明細書に開示される方法はいずれも、対象中、例えば、対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中で、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、Ｍ１Ｇ、もしくはｓＩＬ２Ｒα、もしくはその組合せから選択される、１、２、３、４、５、６、または全部のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性の測定値を獲得する工程をさらに含んでもよい。一部の実施形態において、重症ＣＲＳを有する対象、または有するリスクが高い対象は、参照、例えば、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、Ｍ１Ｇ、もしくはｓＩＬ２Ｒα、もしくはその組合せから選択される、１または複数（例えば、２、３、４、５、６、または全部）のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルまたは活性が高いか、またはそうと同定される。
一部の実施形態において、本明細書に開示される方法はいずれも、対象由来サンプル（例えば、血液サンプル）中のＣ－反応性タンパク質（ＣＲＰ）のレベルを決定する工程をさらに含んでもよい。一実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが低い対象は、７ｍｇ／ｄＬ未満（例えば、７、６．８、６、５、４、３、２、１ｍｇ／ｄＬまたはそれ以下）のＣＲＰレベルを有する、または有すると同定される。一実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、サンプル（例えば、血液サンプル）中のＣＲＰのレベルが高いか、またはそうと同定される。一実施形態において、より高いレベルまたは活性は、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、少なくとも２倍高い（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上高い）。
他の実施形態において、本明細書に開示される方法、使用のための組成物、キットおよびシステムは、獲得されたＣＲＳリスク状態に基づいて、対象のために、療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法を選択する、または変更する工程をさらに含む。獲得されたＣＲＳリスク状態が、対象が重症ＣＲＳのリスクが高いということである実施形態においては、療法が中止されるか、またはその後の（例えば、第２、第３、もしくは第４の）用量の療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞）が、以前の用量よりも低用量であるか、または重症ＣＲＳのリスクが高くない患者に投与されたものよりも低用量であるように、療法を変更する。他の実施形態において、その後の（例えば、第２、第３、または第４の）用量のＣＡＲ発現細胞は、対象に投与された以前のＣＡＲ発現細胞療法とは異なるＣＡＲまたは異なる細胞型を含む。
本明細書に開示される方法、使用のための組成物、キットおよびシステムの実施形態において、療法は、ＣＡＲ発現細胞療法のみ、または他の療法と組み合わせたＣＡＲ発現細胞療法である。実施形態において、療法は、複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞療法は、ＣＡＲ１９療法（例えば、本明細書に記載のＣＴＬ０１９療法）を含むか、またはそれからなる。
他の実施形態において、療法は、ＣＤ１９阻害または枯渇療法、例えば、ＣＤ１９阻害剤を含む療法である。実施形態において、ＣＤ１９阻害または枯渇療法は、ＣＲＳと関連する。一部の実施形態において、ＣＤ１９阻害剤は、ＣＤ１９抗体、例えば、ＣＤ１９二特異的抗体（例えば、ＣＤ１９を標的とする二特異的Ｔ細胞エンゲージャ、例えば、ブリナツモマブ）である。一部の実施形態において、二特異的Ｔ細胞エンゲージャ抗体分子は、Bargou et al., 「Tumor regression in cancer patients by very low doses of a T cell-engaging antibody」Science. 2008 Aug 15;321(5891):974-7. doi: 10.1126/science.1158545に記載の抗体分子である。
一部の実施形態において、療法は、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲＴ細胞、または抗ＣＤ１９抗体（例えば、抗ＣＤ１９一特異的もしくは二特異的抗体）またはその断片もしくはコンジュゲートを含む。一実施形態において、抗ＣＤ１９抗体は、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号（例えば、国際公開第２０１４／１５３２７０号の表３）に記載のヒト化抗原結合ドメイン、またはそのコンジュゲートである。他の例示的な抗ＣＤ１９抗体またはその断片もしくはコンジュゲートとしては、これらに限定されないが、ブリナツモマブ、ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）、ＭＥＤＩ－５５１（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ ＬＬＣ）、Ｃｏｍｂｏｔｏｘ、ＤＴ２２１９ＡＲＬ（Ｍａｓｏｎｉｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）、ＭＯＲ－２０８（ＸｍＡｂ－５５７４とも呼ばれる；ＭｏｒｐｈｏＳｙｓ）、ＸｍＡｂ－５８７１（Ｘｅｎｃｏｒ）、ＭＤＸ－１３４２（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＳＧＮ－ＣＤ１９Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、およびＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）が挙げられる。例えば、Hammer. MAbs. 4.5(2012): 571-77を参照されたい。ブリナツモマブは、一方がＣＤ１９に結合し、一方がＣＤ３に結合する、２個のｓｃＦｖを含む二特異的抗体である。ブリナツモマブは、Ｔ細胞に、がん細胞を攻撃するよう指令する。例えば、Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00274742およびNCT01209286を参照されたい。ＭＥＤＩ－５５１は、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）が増強されるように操作されたＦｃを含むヒト化抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.; and Clinical Trial Identifier No. NCT01957579を参照されたい。Ｃｏｍｂｏｔｏｘは、ＣＤ１９およびＣＤ２２に結合する抗毒素の混合物である。抗毒素は、脱グリコシル化リシンＡ鎖に融合されたｓｃＦｖ抗体断片から構成される。例えば、Hammer et al.；およびHerrera et al. J. Pediatr. Hematol. Oncol. 31.12(2009):936-41；Schindler et al. Br. J. Haematol. 154.4(2011):471-6を参照されたい。ＤＴ２２１９ＡＲＬは、２つのｓｃＦｖと、トランケートされたジフテリア毒素とを含む、ＣＤ１９およびＣＤ２２を標的化する二特異的抗毒素である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier No. NCT00889408を参照されたい。ＳＧＮ－ＣＤ１９Ａは、合成細胞毒性細胞殺傷剤であるモノメチルオーリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）に連結された抗ＣＤ１９ヒト化モノクローナル抗体を含む抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier Nos. NCT01786096およびNCT01786135を参照されたい。ＳＡＲ３４１９は、切断性リンカーを介してメイタンシン誘導体にコンジュゲートされた抗ＣＤ１９ヒト化モノクローナル抗体を含む抗ＣＤ１９抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。例えば、Younes et al. J. Clin. Oncol. 30.2(2012): 2776-82；Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00549185；およびBlanc et al. Clin Cancer Res. 2011;17:6448-58を参照されたい。ＸｍＡｂ－５８７１は、Ｆｃ操作された、ヒト化抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.を参照されたい。ＭＤＸ－１３４２は、ＡＤＣＣが増強されたヒトＦｃ操作された抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.を参照されたい。実施形態において、抗体分子は、二特異的抗ＣＤ１９および抗ＣＤ３分子である。例えば、ＡＦＭ１１は、ＣＤ１９およびＣＤ３を標的とする二特異的抗体である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier No. NCT02106091を参照されたい。一部の実施形態において、本明細書に記載の抗ＣＤ１９抗体は、治療剤、例えば、化学療法剤、ペプチドワクチン（Izumoto et al. 2008 J Neurosurg 108:963-971に記載のものなど）、免疫抑制剤、または免疫除去剤（ｉｍｍｕｎｏａｂｌａｔｉｖｅ ａｇｅｎｔ）、例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレート、ＦＫ５０６、ＣＡＭＰＡＴＨ、抗ＣＤ３抗体、細胞毒素、フルダラビン、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８、またはサイトカインにコンジュゲートされるか、またはそうでなければ結合される。
本明細書に開示される方法、使用のための組成物、キットまたはシステムの実施形態において、がん、例えば、血液がんは、ＣＤ１９発現と関連する。例示的ながん、例えば、血液がんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ＧＣ（胚中心）－ＤＬＢＣＬ、ＮＧＣ（非胚中心）－ＤＬＢＣＬ、形質転換ＦＬ、ダブルヒットＤＬＢＣＬ、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞新生物、およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。一実施形態において、がんは、ＣＬＬ、ＡＬＬ、またはＢ－ＡＬＬのうちの１つまたは複数から選択される。実施形態において、対象はＣＬＬを有する。別の実施形態において、対象はＡＬＬを有する。別の実施形態において、対象はＢ細胞ＡＬＬを有する。
本明細書に開示される方法、使用のための組成物、キットまたはシステムの他の実施形態において、１または複数のバイオマーカー（例えば、（ｉ）～（ｘｉ）の１または複数のバイオマーカー）の測定値は、対象から獲得されたサンプル（例えば、血液サンプル）から取得される。一部の実施形態において、対象、例えば、対象由来サンプルは、ＣＡＲ発現細胞療法を受けている間に評価される。他の実施形態において、対象、例えば、対象由来サンプルは、ＣＡＲ発現細胞療法を受けた後に評価される。例えば、対象、例えば、対象由来サンプルは、ＣＡＲ発現細胞療法を用いる注入の１０日以下（例えば、１～１０日、１～９日、１～８日、１～７日、１～６日、１～５日、１～４日、１～３日、または１～２日、５日以下、４日以下、３日以下、２日以下、１日以下、例えば、１、３、５、１０、１２、１５、２０時間）後に評価される。一部の実施形態において、対象は、５日以下、４日以下、３日以下、２日以下、１日以下（例えば、しかし、ＣＡＲ発現療法の注入後、１、３、５、１０、１２、１５、２０時間より早くない）に評価される。他の実施形態において、１または複数のバイオマーカーの測定値は、１または複数の核酸（例えば、ｍＲＮＡ）レベルまたはタンパク質レベルの検出を含む。
本明細書に記載の方法または使用のための組成物のいずれかにおいて、一部の実施形態においては、ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞またはＢＣＭＡ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約１０４～約１０９個の細胞／ｋｇ、例えば、約１０４～約１０５個の細胞／ｋｇ、約１０５～約１０６個の細胞／ｋｇ、約１０６～約１０７個の細胞／ｋｇ、約１０７～約１０８個の細胞／ｋｇ、もしくは約１０８～約１０９個の細胞／ｋｇ；または１ｘ１０７、１．５ｘ１０７、２ｘ１０７、２．５ｘ１０７、３ｘ１０７、３．５ｘ１０７、４ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、１．５ｘ１０８、２ｘ１０８、２．５ｘ１０８、３ｘ１０８、３．５ｘ１０８、４ｘ１０８、５ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、もしくは５ｘ１０９個の細胞を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、少なくとも約１～５ｘ１０７個～１～５ｘ１０８個のＣＡＲ発現細胞を含む。一部の実施形態において、対象は、約１～５ｘ１０７個のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）を投与される。他の実施形態において、対象は、約１～５ｘ１０８個のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）を投与される。
実施形態において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞またはＢＣＭＡ ＣＡＲ発現細胞）は、用量分画、例えば、部分用量の１、２、３回またはそれ以上の別々の投与によって対象に投与される細胞の合計用量を含む投薬レジメンに従って対象に投与される。実施形態において、合計用量の第１のパーセンテージは、処置の第１日目に投与され、合計用量の第２のパーセンテージは、処置のその後の（例えば、第２、第３、第４、第５、第６、または第７の、またはそれ以後の）日に投与され、適宜、合計用量の第３のパーセンテージ（例えば、残りのパーセンテージ）は、処置のさらにその後の（例えば、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、第１０の、またはそれ以後の）日に投与される。例えば、細胞の合計用量の１０％は第１日目に送達され、細胞の合計用量の３０％は第２日目に送達され、細胞の合計用量の残りの６０％は処置の第３日目に送達される。例えば、合計細胞用量は、１～５ｘ１０７個または１～５ｘ１０８個のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞またはＢＣＭＡ ＣＡＲ発現細胞）を含む。
別の態様において、本発明は、対象が重症ＣＲＳを有するかどうかを決定する方法を特徴とする。この方法は、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法）への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦから選択される１もしくは複数（例えば、３、４、５、１０、１５、２０、もしくはそれ以上）のサイトカインもしくはサイトカイン受容体、またはＣ－反応性タンパク質（ＣＲＰ）、フェリチン、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、もしくは血液尿素窒素（ＢＵＮ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、クレアチニン（Ｃｒ）、もしくはフィブリノゲン、もしくはその組合せから選択される分析物のレベルもしくは活性；
（ｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ６、ＩＬ６Ｒ、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ６、ＩＬ６Ｒ、およびｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ６、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ２Ｒ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ６、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ２Ｒのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性
のうちの１、２、またはそれ以上（全部）の測定値を含み、
その値は、対象の重症ＣＲＳ状態を示す。
実施形態において、サイトカインもしくはサイトカイン受容体（ｉ）～（ｉｉｉ）、またはフィブリノゲンを除く全分析物のレベルの上昇は、重症ＣＲＳを示す。実施形態において、低フィブリノゲンは、重症ＣＲＳを示す。
別の態様において、本発明は、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのキットを特徴とする。このキットは、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａ；またはｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファ；ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、およびエオタキシン；ＩＬ２、エオタキシン、およびｓｇｐ１３０；ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、およびエオタキシン；ＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ－１３；またはＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファ；またはその組合せから選択される１または複数の遺伝子またはタンパク質のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬セットと、前記キットを使用するための説明書とを含む。実施形態において、使用のための説明書は、ＩＦＮ－ガンマ、ｓｇｐ１３０、もしくはＭＣＰ１の１もしくは複数の検出されたレベルもしくは活性が、参照値よりも高い場合、および／またはＩＬ－１３、ＩＬ１Ｒａ、ＭＩＰ１アルファ、もしくはエオタキシンの１もしくは複数の検出されたレベルもしくは活性が、参照値よりも低い場合、もしくはその組合せの場合、対象が、参照値で検出されたレベルもしくは活性を有する対象よりもＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する可能性が高いことを提示する。
一部の実施形態において、１または複数の遺伝子は、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１β、またはＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数をさらに含む。キットは、抽出バッファー／試薬、増幅バッファー／試薬、ハイブリダイゼーションバッファー／試薬、または標識化バッファー／試薬のうちの１または複数を含む反応混合物を含んでもよい。
上記キットの一部の実施形態において、試薬セットは、前記遺伝子セットに由来する遺伝子産物（例えば、発現されるｍＲＮＡ）のレベルを検出する。例えば、試薬セットは、前記遺伝子セットから発現されるｍＲＮＡと相補的な核酸プローブ（例えば、ｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチド）を含む。ｍＲＮＡと相補的な核酸プローブを、基質表面上に固定することができる。
上記キットの他の実施形態において、試薬セットは、前記遺伝子セットによってコードされるポリペプチドの発現を検出する。一部の実施形態において、試薬は、抗体分子、例えば、非ヒト抗体分子を含む。非ヒト抗体分子は、ヒトタンパク質、例えば、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ；ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａ；またはｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファ；ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、およびエオタキシン；ＩＬ２、エオタキシン、およびｓｇｐ１３０；ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、およびエオタキシン；ＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ－１３；またはＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファ；またはその任意の組合せのうちの１または複数を認識することができる。
ある特定の実施形態、例えば、決定木、例えば、３種のバイオマーカーを有する決定木を含むシステムおよび方法において、方法は、ＣＲＳリスク状態が、例えば、高い、または低いＣＲＳリスク状態と初めて同定された時に終了する。実施形態において、方法は、以下の順序で以下の工程を実行することを含む：（ｉ）および（ｉｉ）；（ｉ）、（ｉｉ）、および（ｉｉｉ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｉｖ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、および（ｖ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、（ｖ）、および（ｖｉ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、（ｖ）、および（ｖｉｉ）；または（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）、および（ｖｉｉ）。実施形態においては、工程（ｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）が実行される。実施形態においては、工程（ｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）は、同時に実行される。実施形態においては、工程（ｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）は、実質的に同時に実行される。実施形態において、工程（ｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）は、同じ日に、または互いに１、２、３、４、６、１２もしくは２４時間以内に実行される。実施形態において、方法は、工程（ｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）を実行した後、以下の順序で以下の工程を実行することを含む：（ｉｉ）；（ｉｉ）および（ｉｖ）；（ｉｉ）、（ｉｖ）、および（ｖｉ）；（ｉｉ）、（ｉｖ）、および（ｖｉｉ）；または（ｉｉ）、（ｉｖ）、（ｖｉ）、および（ｖｉｉ）。
ある特定の実施形態、例えば、決定木、例えば、２種のバイオマーカーを有する決定木を含むシステムおよび方法において、方法は、ＣＲＳリスク状態が、例えば、高い、または低いＣＲＳリスク状態と初めて同定された時に終了する。実施形態において、方法は、以下の順序で以下の工程を実行することを含む：（ｉ）および（ｉｉ）；（ｉ）、（ｉｉ）、および（ｉｉｉ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｉｖ）；（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｖ）；または（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、および（ｖ）。実施形態においては、工程（ｉ）および（ｉｉｉ）が実行される。実施形態においては、工程（ｉ）および（ｉｉｉ）は、同時に実行される。実施形態においては、工程（ｉ）および（ｉｉｉ）は、実質的に同時に実行される。実施形態において、工程（ｉ）および（ｉｉｉ）は、同じ日に、または互いに１、２、３、４、６、１２もしくは２４時間以内に実行される。実施形態において、方法は、工程（ｉ）および（ｉｉｉ）を実行した後、以下の順序で以下の工程を実行することを含む：（ｉｉ）；（ｉｉ）および（ｉｖ）；（ｉｉ）および（ｖ）；または（ｉｉ）、（ｉｖ）、および（ｖｉ）。
一部の実施形態において、本明細書のシステムおよび方法は、回帰分析を実行することを含む。一部の実施形態において、本明細書のシステムおよび方法は、決定木分析を実行することを含む。一部の実施形態において、本明細書のシステムおよび方法は、サイトカインまたはサイトカイン受容体レベル（および活性ではない）を獲得することを含む。
別の態様において、本発明は、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測するためのシステムを特徴とする。このシステムは、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサは、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法））への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得するように構成され、前記ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）もしくはインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－ｇ）、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ－２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｘｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、またはそれ以上（全部）の測定値を含む。
一部の実施形態において、ＣＲＳリスク状態の決定を受けて、
対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、または重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定する；
ＣＡＲ発現細胞療法の用量の選択または変更を推奨する；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過の選択または変更を推奨する；
ＣＲＳを処置するための療法、例えば、トシリズマブなどのＩＬ－６阻害剤、血管作動性薬剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、または機械的人工換気を投与することを推奨する；
代替療法、例えば、重症ＣＲＳ対象について、例えば、特定のがん型のための標準治療の選択を推奨する、
のうちの１、２、３、４またはそれ以上を実行する。
一部の実施形態において、システムは、対象における、がん、例えば、本明細書に記載の血液がんを評価するために使用される。一部の実施形態において、がんは、ＣＤ１９発現と関連する。例えば、がんを、ＣＬＬ、ＡＬＬまたはＢ－ＡＬＬから選択することができる。
本明細書に記載のシステムの実施形態において、ＣＡＲ発現細胞療法は、例えば、本明細書に記載される、複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞を含む。例えば、ＣＡＲ発現細胞療法は、ＣＡＲ１９療法（例えば、ＣＴＬ０１９療法）を含むか、またはそれからなる。
一部の態様において、本開示は、対象における、がん、例えば、血液がんを評価するためのシステムであって、メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサが、本明細書に記載される、例えば、上記の工程のいずれか１つまたは複数を実行するように構成されている、システムを提供する。
一部の態様において、本開示は、ＧＣ（胚中心）－ＤＬＢＣＬ、ＮＧＣ（非胚中心）－ＤＬＢＣＬ、形質転換ＦＬ、またはダブルヒットＤＬＢＣＬを処置する方法であって、それを必要とする患者に、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞を投与することによって、ＧＣ－ＤＬＢＣＬ、ＮＧＣ－ＤＬＢＣＬ、形質転換ＦＬ、またはダブルヒットＤＬＢＣＬを処置することを含む方法を提供する。
一部の実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ（またはそれをコードする核酸）は、表３、表４、表５、表６、または表７のいずれかに記載の配列を含む。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲは、ＣＴＬ０１９である。実施形態において、ダブルヒットＤＬＢＣＬは、ＭＹＣ／８ｑ２４遺伝子座および第２のがん遺伝子座に影響し、濾胞性リンパ腫の形質転換またはｄｅ ｎｏｖｏから生じる染色体切断点を有するＤＬＢＣＬである。実施形態において、ＤＬＢＣＬは、ＣＤ１９＋ＤＬＢＣＬである。実施形態において、ＤＬＢＣＬは、ステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ、またはＩＶである。実施形態において、ＤＬＢＣＬは骨髄障害を有する。実施形態において、ＤＬＢＣＬは、ＧＣ－ＤＬＢＣＬまたはＮＧＣ－ＤＬＢＣＬである。実施形態において、第２のがん遺伝子座は、ＢＣＬ２またはＢＣＬ６である。実施形態において、患者は、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞の投与前にリンパ球枯渇化学療法を受けていた。実施形態においては、単回用量のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞が投与される。実施形態において、患者は、ＣＲＳを経験する。実施形態において、患者は、応答、例えば、完全応答を経験する。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＴＬ０１９細胞）は、約５ｘ１０８個の細胞、例えば、約４～６ｘ１０８個の細胞の用量で投与される。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＴＬ０１９細胞）は、約５～７ｘ１０６個の細胞／ｋｇの用量で投与される。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＴＬ０１９細胞）は、約２ｘ１０８個の細胞、例えば、約１～３ｘ１０８個の細胞の用量で投与される。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＴＬ０１９細胞）は、約３ｘ１０６個の細胞／ｋｇ、例えば、約２～４ｘ１０６個の細胞／ｋｇの用量で投与される。
一部の態様において、本開示は、対象におけるＣＲＳと敗血症とを識別する方法であって、下記：
（ｉ）参照よりも高いレベルもしくは活性がＣＲＳを示す、ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩ、およびｓＴＮＦＲＩＩのうちの１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは全部）のレベルもしくは活性；または
（ｉｉ）参照よりも高いレベルもしくは活性が敗血症を示す、ＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１、およびｓＶＥＧＦＲ－２のうちの１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、もしくは全部）のレベルもしくは活性
のうちの１または複数の測定値を獲得することを含む方法を提供する。
実施形態において、方法は、測定値がＣＲＳを示す場合、ＣＲＳを処置するための療法を投与することを含む。実施形態において、方法は、測定値が敗血症を示す場合、敗血症を処置するための療法を投与することを含む。
本開示はまた、一部の態様において、患者におけるＣＲＳと敗血症とを識別するためのキットであって、
ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩ、ｓＴＮＦＲＩＩ、ＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１、およびｓＶＥＧＦＲ－２
から選択される１または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または全部）の遺伝子またはタンパク質のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬セットと、
前記キットを使用するための説明書と
を含み、
前記使用のための説明書が、ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩ、もしくはｓＴＮＦＲＩＩの１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは全部）の検出されたレベルもしくは活性が参照値よりも高い場合、対象がＣＲＳを有する可能性がある、
および／またはＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１、もしくはｓＶＥＧＦＲ－２の１もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、もしくは全部）の検出されたレベルもしくは活性が参照値よりも高い場合、対象が敗血症を有する可能性がある、
ことを提示する、キットも提供する。
本開示はまた、一部の態様において、
ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩ、ｓＴＮＦＲＩＩ、ＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１、およびｓＶＥＧＦＲ－２から選択される１または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または全部）の遺伝子またはタンパク質のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬セットと、
生物学的サンプル、例えば、血液サンプルと
を含む反応混合物も提供する。
実施形態において、生物学的サンプルは、ＣＡＲ発現細胞療法を用いて処置された対象、ならびに／またはＣＲＳおよび／もしくは敗血症の症状を有する対象に由来する。
本開示はまた、ある特定の態様において、対象における敗血症を同定する方法であって、下記：
（ｉ）参照と比較して高いレベルまたは活性が、敗血症を示す、ＡＮＧ２、ＧＣＳＦ、ＩＦＮα、ＩＬ１ＲＡ、ＩＬ４、ＩＬ６、ＭＩＧ、ＭＩＰ１α、ＰＴＸ３、ＴＮＦα、ｓＣＤ１６３、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－１ＲＩ、ｓＩＬ－１ＲＩＩ、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＴＮＦＲＩ、ｓＴＮＦＲＩＩ、ｓＶＥＧＦＲ１、ｓＶＥＧＦＲ２、ｓＶＥＧＦＲ３、およびＶＥＧＦのうちの１または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または全部）のレベルまたは活性；
（ｉｉ）参照と比較して低いレベルまたは活性が、敗血症を示す、ＩＬ１３およびＲＡＮＴＥＳのうちの１または複数（例えば、両方）のレベルまたは活性
のうちの１または複数の測定値を獲得することを含む方法も提供する。
一部の態様において、本開示は、神経毒性、ＣＲＳ、または可逆性後頭葉白質脳症（ＰＲＥＳ）のうちの１または複数を処置する方法であって、それを必要とする対象に、治療有効量のシクロホスファミドを投与することを含む方法を提供する。関連する態様において、本開示は、神経毒性、ＣＲＳ、または可逆性後頭葉白質脳症（ＰＲＥＳ）の処置における使用のためのシクロホスファミドを提供する。実施形態において、シクロホスファミドの投与は、細胞に基づく療法、例えば、がんのための細胞に基づく療法、ＣＤ１９阻害療法、もしくはＣＤ１９枯渇療法の後であるか、または対象が細胞に基づく療法、例えば、がんのための細胞に基づく療法、ＣＤ１９阻害療法、もしくはＣＤ１９枯渇療法を用いて以前に処置されたことがある。実施形態において、シクロホスファミドの投与は、細胞に基づく療法の前である、それと同時である、またはその後である。
実施形態において、患者は、ＣＲＳ、ＰＲＥＳ、またはその両方を有する、または有すると同定される。一部の実施形態において、対象は、ＣＤ１９阻害療法または枯渇療法を用いて処置されている。一部の実施形態において、ＣＤ１９阻害剤は、ＣＤ１９抗体、例えば、ＣＤ１９二特異的抗体（例えば、ＣＤ１９を標的とする二特異的Ｔ細胞エンゲージャ、例えば、ブリナツモマブ）である。一部の実施形態において、療法は、ＣＡＲ発現細胞、例えば、抗ＢＣＭＡ ＣＡＲまたは抗ＣＤ１９ ＣＡＲを含む。実施形態において、対象は、神経毒性、例えば、局所障害（例えば、脳神経麻痺もしくは片側不全麻痺）または全体的異常（例えば、全身発作、混乱）、またはてんかん重積状態に罹患する。実施形態において、対象は、ＣＲＳのいかなる臨床症状も有さない。実施形態において、対象は、１または複数のＣＲＳの臨床症状を有する。実施形態において、対象は、参照、例えば、ＣＡＲ発現細胞を用いる療法の前の対象のＩＬ－６レベルと比較してＩＬ－６が上昇しているか、または上昇していると同定される。実施形態において、対象は、参照と比較して、ＣＲＳと関連するサイトカインまたはサイトカイン受容体（例えば、ＩＬ－６および／またはＩＬ－８）の血清レベルが上昇しているか、または上昇していると同定される。実施形態において、対象は、参照と比較して、ＣＲＳと関連するサイトカインまたはサイトカイン受容体（例えば、ＣＳＦ、ＩＬ－６および／またはＩＬ－８）のレベルが上昇しているか、または上昇していると同定される。実施形態において、対象は、トシリズマブまたはコルチコステロイド（例えば、メチルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾン、もしくはその両方）などの、ＣＲＳのための療法を用いて処置されるか、または処置されている。実施形態において、対象は、循環中の活性化されたＣＡＲ発現細胞が増加しているか、または増加していると同定される。実施形態において、対象は、ＣＳＦ中にＣＡＲ発現細胞を有するか、または有すると同定される。実施形態において、シクロホスファミド処置の後、対象は、シクロホスファミド処置の前と比較して、循環中のＣＡＲ発現細胞の数が減少している。実施形態において、ＣＡＲ発現細胞の数の減少は、非ゼロ数、例えば、検出可能数である。
一部の態様において、本開示は、ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する対象の応答性を評価する、例えば、予測する方法であって、低いｓＩＬ－６Ｒレベルと関連する遺伝子型がＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する感受性を示す、対象のＩＬ－６Ｒ遺伝子型を評価することを含む方法を提供する。一部の態様において、本開示はまた、ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する対象の応答性を評価する、例えば、予測する方法であって、参照レベルよりも低いｓＩＬ－６ＲレベルがＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対する感受性を示す、対象のｓＩＬ－６Ｒレベルを評価することを含む方法も提供する。
一部の実施形態において、対象は、ＣＲＳを有する、ＣＲＳを有するリスクがある、またはＣＲＳを発症すると予測される（例えば、本明細書に記載のバイオマーカーレベルが変化している）。
一部の実施形態において、対象は、ＣＤ１９阻害または枯渇療法を用いて処置されている。一部の実施形態において、方法は、ＣＤ１９阻害または枯渇療法を用いて対象を処置することをさらに含む。一部の実施形態において、ＣＤ１９阻害剤は、ＣＤ１９抗体、例えば、ＣＤ１９二特異的抗体（例えば、ＣＤ１９を標的とする二特異的Ｔ細胞エンゲージャ、例えば、ブリナツモマブ）である。一部の実施形態において、療法は、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞を含む。
一部の実施形態において、対象は、ＣＤ１９阻害または枯渇療法の投与の前または後に、ＩＬ－６Ｒ遺伝子型またはｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される。一部の実施形態において、対象は、ＣＲＳを発症する前もしくは後に、またはＣＲＳを有すると同定される前もしくは後に、ＩＬ－６Ｒ遺伝子型またはｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される。
一部の実施形態において、対象のＩＬ－６Ｒ遺伝子型の評価は、ｒｓ２２２８１４５での対象の遺伝子型を決定することを含む。実施形態において、ｒｓ２２２８１４５にＡ／Ａハプロタイプを有する対象は、ＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）に対して感受性であると同定される。
実施形態において、対象（例えば、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対して感受性であると同定された対象）は、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤を用いて処置される。実施形態において、対象（例えば、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いと同定された対象）は、ＩＬ６受容体阻害剤以外、例えば、トシリズマブ以外のＣＲＳ療法を用いて処置される。実施形態において、ＩＬ６受容体阻害剤以外のＣＲＳ療法は、バゼドキシフェン、ｓｇｐ１３０遮断剤、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気を含む。実施形態において、対象（例えば、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いと同定された対象）は、ＩＬ６受容体阻害剤に対して感受性であると同定された対象のための通常の処置経過と比較して、１もしくは複数の追加用量、またはより高用量のＩＬ６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブ）を用いて処置される。一部の実施形態において、ＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いと同定された対象は、少なくとも２、３、または４用量のＩＬ６受容体阻害剤、例えば、トシリズマブを用いて処置される。
特段の規定がなければ、本明細書で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または等価の方法および材料を、本発明の実施または検査に使用することができるものの、好適な方法および材料が、下に記載される。本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参照は、これらの全体が参照により組み込まれている。加えて、材料、方法、および実施例は、単なる例証であり、限定することを意図しない。見出し、小見出しまたは番号付きもしくは文字付きエレメント、例えば、（ａ）、（ｂ）、（ｉ）などは、単に読みやすさのためだけに提示されている。本文書における見出しまたは番号付きもしくは文字付きエレメントの使用は、工程またはエレメントをアルファベット順に実施する必要も、工程またはエレメントが、必ずしも相互に別個である必要も、ない。本発明の他の特徴、目的、および利点は、明細書および図面から、ならびに特許請求の範囲から明らかである。
図１は、重症ＣＲＳを予測するための２つの遺伝子パネル（ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマ）の感度および特異度を例示する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示す。感度とは真陽性率を指し；特異度とは偽陽性率を指す。ＰＰＶ＝陽性予測値（精度）。ｓｅｎｓ＝１２／１４は１４個の真陽性が存在し、試験によりそれらのうちの１２個が正確に予測されたことを示す。ｓｐｅｃ＝３０／３５は、３５個の真陰性が存在し、試験によりそれらのうちの３０個が正確に予測されたことを示す。 図２は、組み合わせたコホートにおいて重症ＣＲＳを予測するための３つの遺伝子パネル（ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ１Ｒａ）の感度および特異度を示すＲＯＣ曲線を示す。感度とは真陽性率を指し；特異度とは偽陽性率を指す。ＰＰＶ＝陽性予測値（精度）。ｓｅｎｓ＝１２／１４は１４個の真陽性が存在し、試験によりそれらのうちの１２個が正確に予測されたことを示す。ｓｐｅｃ＝３１／３５は、３５個の真陰性が存在し、試験によりそれらのうちの３１個が正確に予測されたことを示す。データの代替の分析はｓｅｎｓ＝１３／１４およびｓｐｅｃ＝２７／３５を示す。サイトカインは注入後最初の３日から分析し、患者が重症ＣＲＳを発症する前に送られた。ロジスティックおよび分類ツリーモデリングを使用して重症ＣＲＳの予測因子を開発した。前進選択によって見出される、３つの可変回帰モデルを用いて、本発明者らは、ＩＦＮγ、ｓｇｐ１３０およびＩＬ１ＲＡを使用してどの患者が重症ＣＲＳを発症するかを正確に予測した。 図３は、図２の３つのマーカーパネルを評価するときに使用することができる決定木を示す。この決定木の感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。 図４は、組み合わせたコホートの分析に基づいて、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１およびエオタキシンを含む３つのマーカーパネルを評価するときに使用することができる決定木を示す。この決定木の感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。 図５は、小児患者におけるＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ－１３のパネルの感度および特異度を示すＲＯＣ曲線を示す。このパネルの感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。 図６は、小児患者におけるＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３およびＭＩＰ１ａのパネルの感度および特異度を示すＲＯＣ曲線を示す。このパネルの感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。 図７は、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマのパネルの感度および特異度を示すＲＯＣ曲線、ならびに重症ＣＲＳを予測するための疾患負荷評価を示す。感度とは真陽性率を指し；特異度とは偽陽性率を指す。ＰＰＶ＝陽性予測値（精度）。ｓｅｎｓ＝１０／１１は１１個の真陽性が存在し、試験によりそれらのうちの１０個が正確に予測されたことを示す。ｓｐｅｃ＝２４／２６は、２６個の真陰性が存在し、試験によりそれらのうちの２４個が正確に予測されたことを示す。 図８は、例えば小児患者においてＩＦＮ－γ（２ステップにて）およびＭＩＰ１ａを含むパネルを評価するときに使用することができる決定木を示す。この決定木の感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。小児コホートのみにおいて、骨髄穿刺液を注入の直前に採取した。疾患負荷はＣＲＳ重症度と関連していたが、サイトカイン単独に比べてモデルの予測精度を改善しなかったことが見出された。 図９は、例えば小児患者においてＩＬ－１０および腫瘍負荷を含むパネルを評価するときに使用することができる決定木を示す。この決定木の感度、特異度、ＰＰＶおよびＮＰＶを示す。決定木モデリングを使用した単一サイトカイン、ＩＬ１０および疾患負荷の組合せはＣＲＳ予測について非常に正確であった。一部の実施形態において、疾患負荷についての閾値は示されるように５１．９％未満であり、他の実施形態において、疾患負荷についての閾値は５０％未満である。 図１０は、様々な態様および実施形態が実施され得るコンピューターシステムの例示的なブロック図を示す。 図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連するＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の２４種のサイトカインのピークレベルを示し、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ調整ｐ値によって有意である。ＣＴＬ０１９により処置した５１人の患者において、４３種のサイトカインの連続したサイトカイン評価を実施した。サイトカインプロファイルを、重症ＣＲＳを発症した患者を重症ＣＲＳを発症しなかった患者と比較した。これらの図は最初の１カ月にわたるサイトカインのピーク値を示す。ＩＦＮγ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１αおよびＧＭ－ＣＳＦを含む２４種のサイトカインはＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であった。 図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連するＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の２４種のサイトカインのピークレベルを示し、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ調整ｐ値によって有意である。ＣＴＬ０１９により処置した５１人の患者において、４３種のサイトカインの連続したサイトカイン評価を実施した。サイトカインプロファイルを、重症ＣＲＳを発症した患者を重症ＣＲＳを発症しなかった患者と比較した。これらの図は最初の１カ月にわたるサイトカインのピーク値を示す。ＩＦＮγ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１αおよびＧＭ－ＣＳＦを含む２４種のサイトカインはＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であった。 図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連するＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の２４種のサイトカインのピークレベルを示し、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ調整ｐ値によって有意である。ＣＴＬ０１９により処置した５１人の患者において、４３種のサイトカインの連続したサイトカイン評価を実施した。サイトカインプロファイルを、重症ＣＲＳを発症した患者を重症ＣＲＳを発症しなかった患者と比較した。これらの図は最初の１カ月にわたるサイトカインのピーク値を示す。ＩＦＮγ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１αおよびＧＭ－ＣＳＦを含む２４種のサイトカインはＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であった。 図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連するＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の２４種のサイトカインのピークレベルを示し、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ調整ｐ値によって有意である。ＣＴＬ０１９により処置した５１人の患者において、４３種のサイトカインの連続したサイトカイン評価を実施した。サイトカインプロファイルを、重症ＣＲＳを発症した患者を重症ＣＲＳを発症しなかった患者と比較した。これらの図は最初の１カ月にわたるサイトカインのピーク値を示す。ＩＦＮγ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１αおよびＧＭ－ＣＳＦを含む２４種のサイトカインはＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５と高度に関連し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であった。 図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５において異なって上昇しなかったＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の１９種のサイトカインのピークレベルを示す。 図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５において異なって上昇しなかったＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の１９種のサイトカインのピークレベルを示す。 図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５において異なって上昇しなかったＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の１９種のサイトカインのピークレベルを示す。 図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５において異なって上昇しなかったＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間の１９種のサイトカインのピークレベルを示す。 図１３Ａおよび１３Ｂは、ＨＬＨにおいて上昇すると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の左側）、ＨＬＨを有する一部の患者において上昇し、その他の患者において正常であると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の中央）ならびにＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の右側）を示す。試験したサイトカインのうちの１９種は未成年者のマクロファージ活性化症候群（ＭＡＳ）／血球貪食症候群（ＨＬＨ）において以前に研究されていた。ＨＬＨにおいて異なって上昇したサイトカインのほぼ同一のパターンもまた、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５を有する患者において上昇した。これらの図は３つの群に分類されるサイトカインを示す。ＩＦＮｇ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１ＢおよびＩＬ２ＲＡを含む左側のものはＨＬＨにおいて上昇すると予想され、また、重症ＣＲＳを有する患者において異なって上昇することも見出された。ＴＮＦ－ａおよびＧＭ－ＣＳＦを含む真ん中のものは、ＨＬＨを有する一部の患者において上昇し、その他の患者において正常であることが見出された。右側のものはＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカインである。＊＝Ｈｏｌｍの調整によって統計的に有意。（図１３Ａ）均等目盛りにおいて提示されるデータ。（図１３Ｂ）ｌｏｇ１０スケールにおいて提示されるデータ。 図１３Ａおよび１３Ｂは、ＨＬＨにおいて上昇すると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の左側）、ＨＬＨを有する一部の患者において上昇し、その他の患者において正常であると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の中央）ならびにＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカイン（図１３Ａおよび１３Ｂの各々の右側）を示す。試験したサイトカインのうちの１９種は未成年者のマクロファージ活性化症候群（ＭＡＳ）／血球貪食症候群（ＨＬＨ）において以前に研究されていた。ＨＬＨにおいて異なって上昇したサイトカインのほぼ同一のパターンもまた、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５を有する患者において上昇した。これらの図は３つの群に分類されるサイトカインを示す。ＩＦＮｇ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１ＢおよびＩＬ２ＲＡを含む左側のものはＨＬＨにおいて上昇すると予想され、また、重症ＣＲＳを有する患者において異なって上昇することも見出された。ＴＮＦ－ａおよびＧＭ－ＣＳＦを含む真ん中のものは、ＨＬＨを有する一部の患者において上昇し、その他の患者において正常であることが見出された。右側のものはＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカインである。＊＝Ｈｏｌｍの調整によって統計的に有意。（図１３Ａ）均等目盛りにおいて提示されるデータ。（図１３Ｂ）ｌｏｇ１０スケールにおいて提示されるデータ。 図１４は、トシリズマブが重症ＣＲＳを有する患者における高サイトカイン血症を改善することを示す。５１人の患者のうち１４人が重症ＣＲＳを発症し、全てをトシリズマブにより処置した。サイトカインを連続的に測定した。この図は、最初の１カ月にわたる、注入の日から開始したサイトカインのレベルを示す。ハッシュラインはトシリズマブ投与の時点を示す。トシリズマブ処置後、ＩＬ６（三角）は一時的に上昇し、続いて急速に減少した。ＩＮＦγ（ｘ）も、ほとんどの患者においてトシリズマブ投与後に急速に減少した。トシリズマブ後、ｓＩＬ６Ｒは全てにおいて増加し、ｓｇｐ１３０レベルはほとんどの患者において増加した。 図１５は、正常なドナー、敗血症のためにＩＣＵへの入院時の小児患者およびＣＲＳのためにＩＣＵへの入院の７２時間以内のＡＬＬ患者由来の血清中のｓＣＤ１６３およびＩＰ１０を示す。ＣＲＳコホートにおける白丸は敗血症を有する患者を示す。 図１６は、ＣＲＳを経験している患者における血清ＩＬ－６レベル、ＣＳＦ ＩＬ－６レベル、患者の体温およびＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ頻度を示す経時変化である。
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）は、免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞処置の重篤かつ一般的な有害副作用である。重症ＣＲＳは、潜在的に生命を脅かす毒性である。免疫細胞に基づく療法に応答するＣＲＳの診断および管理は、日常的には、臨床パラメーターおよび症状、例えば、Lee, D. et al. (2014) Blood 124(2):188-195により記載されたＣＲＳ評価尺度に基づくものである。本発明以前に、ＣＲＳ予測サイトカインまたはサイトカイン受容体の同定は、ベースライン炎症性サイトカインレベルがその基礎疾患に起因して高い、がんを有する患者においては特に困難であった。したがって、ＣＲＳを予測するバイオマーカー（例えば、遺伝子産物（例えば、ポリペプチド、遺伝子発現および／もしくはタンパク質発現プロファイル）、または他の分析物）を同定することが必要である。
本明細書の開示は、少なくとも部分的には、いくつかのバイオマーカーが、療法、例えば、免疫細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞処置）の経過中の早期にＣＲＳを正確に予測することができるという発見に基づくものである。バイオマーカーのそのような早期検出は、対象が症状を示すか、またはＣＲＳから病気になる前に、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞投与の最初の１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１日、またはそれ以下以内に行ってもよい。本明細書に記載されるように、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦを含む、２４種のサイトカインおよびサイトカイン受容体は、重症度の低いＣＲＳ（ＣＲＳグレード０～３）と比較して重症ＣＲＳ（ＣＲＳグレード４～５）と関連していた。一部の実施形態において、２種のサイトカイン、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮγは、重症ＣＲＳの発症と強く関連していた。成人および小児の対象における実施形態において、重症ＣＲＳの正確な早期予測を、ＩＦＮ、ｓｇｐ１３０、およびＩＬ１Ｒａを使用して行うことができた。小児の対象における実施形態において、重症ＣＲＳの正確な早期予測を、ＩＦＮγ、ＩＬ１３、およびＭＩＰ１αを使用して；またはｓｇｐ１３０、ＩＦＮγ、および疾患負荷の評価を使用して行うことができた。さらに他のパネルは、本明細書に記載される。
したがって、対象を評価する、例えば、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する対象のリスクを予測するための方法、システムおよびキット、ならびにＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する対象のリスクを評価することを含む、がんを有する対象を処置する方法が本明細書に提供される。本明細書に記載の方法は、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）を用いて処置されたどの対象が重症ＣＲＳを発症する高い確率を有するかについての早期の、かつ正確な同定（例えば、予測）を有利に提供する。この予測を、対象が病気になる前に行うことができるため、本明細書の方法は、早期の介入を可能にし、罹患率または死亡率を低減させることができる。どの対象がその発症前に重症ＣＲＳを発症し得るかを予測する能力は、毒性を軽減するのに役立つ。例えば、サイトカイン指向性療法を、ＣＲＳの発症前、またはＣＲＳの発症直後であるが、対象が重病になる前に導入することができる。重症ＣＲＳを発症する可能性があると同定された対象を、より密接にモニタリングして、積極的な支持療法の早期開始を可能にすることもできる。他方、どの対象が重症ＣＲＳを発症する可能性が低いのかを予測する能力は、不必要な早期入院および／または必要でないサイトカイン指向性療法への曝露を防止することができる。したがって、高い感度と特異度の両方でＣＲＳの重症度を予測するために少数のサイトカインおよびサイトカイン受容体を使用する本明細書に記載の方法、システムおよびキットは、臨床的に有用であり、現在の処置モダリティに優る利点を提供する。
定義
特に定義しない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
用語「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」は、その冠詞の文法的対象が１つであるか、または１つよりも多いこと（すなわち、少なくとも１つ）を指す。一例として、「エレメント（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つのエレメントまたは１つより多くのエレメントを意味する。
用語「約」は、量、時間的な持続などの測定可能な値を指す場合、規定された値から、±２０％の変動、またはいくつかの場合において±１０％の変動、またはいくつかの場合において±５％の変動、またはいくつかの場合において±１％の変動、またはいくつかの場合において±０．１％の変動を包含することを、開示された方法を実施するためにそのような変動が適切な限りにおいて、意味している。
「獲得する」または「獲得すること」は、これらの用語が本明細書に使用される限りにおいて、物理的実体（例えば、サンプル、ポリペプチド、核酸、または配列）または値を「直接獲得すること」または「間接的に獲得すること」によって、物理的実体または値、例えば、数値を手に入れることを指す。「直接獲得すること」は、物理的実体または値を得るために、プロセスを実施すること（例えば、合成方法または分析方法を実施すること）を意味する。「間接的に獲得すること」は、別の団体または入手源（例えば、物理的実体または値を直接獲得した第三者の研究室）から物理的実体または値を受け取ることを指す。物理的実体を直接獲得することは、物理的物質、例えば、出発材料における物理的変化を含むプロセスを実施することを含む。例示的な変化は、２つ以上の出発材料から物理的実体を作製すること、物質を剪断または断片化すること、物質を分離または精製すること、２つ以上の別々の実体を組み合わせて混合物にすること、共有結合または非共有結合を破壊または形成させることを含む化学反応を実施することを含む。値を直接獲得することは、サンプルまたは別の物質における物理的変化を含むプロセスを実施すること、例えば、物質、例えば、サンプル、分析物、または試薬における物理的変化を含む分析プロセス（時には本明細書において「物理的分析」と称される）を実施すること、分析方法、例えば、以下：物質、例えば、分析物、またはその断片もしくは他の誘導体を、別の物質から分離または精製すること；分析物、またはその断片もしくは他の誘導体を別の物質、例えば、緩衝液、溶媒、または反応物と組み合わせること；あるいは、例えば、分析物の第一の原子と第二の原子との間の共有結合または非共有結合を破壊または形成させることによって、分析物、またはその断片もしくは他の誘導体の構造を変化させること；あるいは、例えば、試薬の第一の原子と第二の原子との間の共有結合または非共有結合を破壊または形成させることによって、試薬、またはその断片もしくは他の誘導体の構造を変化させることの１つまたは複数を含む方法を実施することを含む。
用語「抗体」は、本明細書で使用される場合、抗原と特異的に結合する免疫グロブリン分子由来のタンパク質またはポリペプチド配列を指す。抗体は、ポリクローナルもしくはモノクローナルの、複数もしくは単一の鎖の、または無傷の、免疫グロブリンの場合があり、自然源由来または組換え源由来であり得る。抗体は、免疫グロブリン分子の四量体の場合がある。
本明細書に記載のバイオマーカーの用語「変化した発現レベル」は、対象、例えば、参照、例えば、本明細書に記載の参照よりも大きいか、または小さい、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん）を患う患者由来のサンプルなどの、サンプル中のマーカーの発現レベルにおける増加（または減少）を指す。実施形態において、より大きい、または小さいとは、発現を評価するために用いられたアッセイの標準誤差と比較される。実施形態において、変化は、対照サンプル（例えば、ＣＲＳを有さない健康な対象由来のサンプル）におけるバイオマーカーの発現レベル、またはいくつかの対照サンプルにおける平均発現レベルよりも、少なくとも２倍、少なくとも２×３倍、少なくとも２×４倍、少なくとも２×５倍、または少なくとも２×１０倍以上大きいまたは小さい場合がある。「変化した発現レベル」は、タンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ）レベルで決定することができる。
用語「抗体断片」は、抗原のエピトープと特異的に相互作用する能力（例えば、結合、立体障害、安定化／不安定化、空間分布により）を保持する、抗体の少なくとも１つの部分を指す。抗体断片の例としては、これらに限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ抗体断片、ジスルフィド結合したＦｖ（ｓｄＦｖ）、ＶＨドメインおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、線状抗体、ｓｄＡｂ（ＶＬまたはＶＨのいずれか）などの単一ドメイン抗体、ラクダＶＨＨドメイン、２つのＦａｂ断片がヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結したものを含む二価断片などの、抗体断片から形成された多重特異性抗体、ならびに抗体の単離されたＣＤＲまたは他のエピトープ結合断片が挙げられる。抗原結合性断片は、また、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ－ＮＡＲ、およびビス－ｓｃＦｖに取り込まれていてもよい（例えば、Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136、2005を参照）。抗原結合性断片は、フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）などのポリペプチドをベースとした足場にグラフト化することもできる（フィブロネクチンポリペプチドのミニボディを説明している米国特許第６，７０３，１９９号を参照）。用語「ｓｃＦｖ」は、軽鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体断片と重鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体断片とを含む融合タンパク質であって、軽鎖可変領域および重鎖可変領域が、短いフレキシブルなポリペプチドリンカーを介して連続的に連結されており、単一鎖のポリペプチドとして発現することができ、さらにｓｃＦｖが、その元となった無傷の抗体の特異性を保持している、上記融合タンパク質を指す。特段の規定がなければ、ｓｃＦｖは、本明細書で使用される場合、ＶＬ可変領域およびＶＨ可変領域をいずれの順番で有していてもよく、例えばポリペプチドのＮ末端およびＣ末端の終端に関して、ｓｃＦｖは、ＶＬ－リンカー－ＶＨを含んでいてもよいし、またはＶＨ－リンカー－ＶＬを含んでいてもよい。
用語「抗体重鎖」は、それらの天然に存在するコンフォメーションの抗体分子中に存在する２種類のポリペプチド鎖の大きい方を指し、通常はこれが抗体が属するクラスを決定する。
用語「抗体軽鎖」は、それらの天然に存在するコンフォメーションの抗体分子中に存在する２種類のポリペプチド鎖の小さい方を指す。カッパ（κ）およびラムダ（λ）軽鎖は、２つの主要な抗体軽鎖アイソタイプを指す。
用語「抗がん効果」は、これらに限定されないが、例えば、腫瘍容量の減少、がん細胞数の減少、転移数の減少、平均余命の増加、がん細胞の増殖の減少、がん細胞の生存の減少、またはがん性状態に関連する様々な生理的症状の回復を含めた、様々な手段によって顕在化できる生物学的効果を指す。「抗がん効果」は、また、ペプチド、ポリヌクレオチド、細胞、および抗体が第一の場所におけるがんの発生を予防する能力により顕在化することができる。用語「抗腫瘍効果」は、これらに限定されないが、例えば、腫瘍容量の減少、腫瘍細胞数の減少、腫瘍細胞の増殖の減少、または腫瘍細胞の生存の減少を含めた、様々な手段によって顕在化できる生物学的効果を指す。
用語「同種異系」は、材料が導入される個体と同じ種の異なる動物由来の任意の材料を指す。２つ以上の個体は、１つまたは複数の遺伝子座における遺伝子が同一ではない場合、互いに同種異系と言われる。一部の態様において、同じ種の個体からの同種異系材料は、抗原的に相互作用するのに十分な程度、遺伝学的に異なっていてもよい。
用語「アフェレーシス」は、本明細書で使用される場合、ドナーまたは患者の血液を、そのドナーまたは患者から除去し、選択された特定の成分を分離除去する装置を通過させ、残りを、ドナーまたは患者の循環に、例えば返血によって戻す、体外プロセスを指す。したがって、関連して「アフェレーシスサンプル」は、アフェレーシスを使用して得られたサンプルを指す。
用語「自己」は、後でそれが再導入されることになる個体と同じ個体由来の任意の材料を指す。
「バイオマーカー」または「マーカー」は、障害または状態と関連する、またはそれを予測する分析物、遺伝子、または遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡもしくはタンパク質）である。一実施形態において、バイオマーカーまたはマーカーは、ＣＲＳと関連する。別の実施形態において、バイオマーカーまたはマーカーは、ＣＲＳを予測する。実施形態において、バイオマーカーのレベルまたは活性は、ＣＲＳと関連する、またはそれを予測する。一部の実施形態において、参照、例えば、対照レベルまたは活性と比較したバイオマーカーのレベルまたは活性の変化は、ＣＲＳと関連する、またはそれを予測する。実施形態において、がんを有する対象から得られたサンプル（例えば、血液、血漿、または血清サンプル）中のバイオマーカーまたはマーカーのレベルまたは活性は、対照レベルまたは活性と比較される。
実施形態において、対照レベルまたは活性（参照レベルまたは活性とも呼ばれる）は、対象、例えば、対象に関するベースライン値もしくは以前の値（例えば、ＣＡＲ発現細胞を用いる処置の前）；異なる時間間隔での対象；がん患者集団に関する平均値もしくは中央値；健康な対照；または例えば、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を有さない、健康な対象集団（例えば、対照）のうちの１または複数から得られた生物学的サンプル中のバイオマーカーまたはマーカーの量および／または活性である。実施形態において、サイトカインまたはサイトカイン受容体の対照レベルは、例えば、同様の年齢（例えば、成人または小児）の正常な健康な対象中のサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルである。
用語「と関連する」または「との関連」とは、例えば、バイオマーカーと状態との相関として、状態と共に生じる１または複数のバイオマーカーにおける変化（例えば、１もしくは複数の遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質（例えば、サイトカインもしくはサイトカイン受容体）、分析物、もしくはその変化物、例えば、突然変異体における変化、または、例えば、参照よりも高い、もしくは低い、レベルもしくは量の差異）を指す。関連は、任意の時点（例えば、状態の発生または開始の前、その間、またはその後）で作ってもよい。バイオマーカーは、状態の原因である必要はなく、単に状態の時間経過中の任意の点で存在する。
用語「予測する」とは、状態の発生または開始の前に生じる、１または複数のバイオマーカーにおける変化（例えば、１もしくは複数の遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質（例えば、サイトカインもしくはサイトカイン受容体）、分析物、もしくはその変化物、例えば、突然変異体における変化、または、例えば、参照よりも高い、もしくは低い、レベルもしくは量の差異）を指す。一実施形態において、変化は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳの１または複数の症状の開始前に生じる。一実施形態において、１または複数のバイオマーカーと、状態（例えば、疾患／障害）との相関は、ＣＲＳ、例えば、重症ＣＲＳの発生または開始の前に存在する。実施形態において、状態と関連するバイオマーカーは、状態を予測することができない；状態を予測するバイオマーカーは、関連の種類の例である。実施形態において、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）などの状態を予測するバイオマーカー（例えば、バイオマーカーレベルおよび／または活性）は、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）の発生または開始前にＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）と相関する。例えば、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）の１または複数の症状を経験していない対象におけるＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）リスク状態を予測するバイオマーカー（例えば、バイオマーカーレベルおよび／または活性）は、対象がある特定の型のＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を有する確率が５０％より高い（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％より高い、またはそれより高い確率）ことを意味してもよい。
用語「ＣＲＳリスク状態」とは、対象がＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクのレベルまたは可能性を指す。実施形態において、ＣＲＳリスク状態は、高リスク状態または低リスク状態であってもよい。実施形態において、高リスク状態は、対象がＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症する確率が５０％より高い（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％より高い、またはそれより高い確率）ことを意味してもよい。実施形態において、低リスク状態は、対象がＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症しない確率が５０％より高い（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％より高い、またはそれより高い確率）ことを意味してもよい。
用語「がん」は、異常な細胞の制御不能な成長を特徴とする疾患を指す。がん細胞は、局所的に、または血流およびリンパ系を経由して体の他の部分に蔓延する可能性がある。様々ながんの例が本明細書で説明されており、これらとしては、これらに限定されないが、乳がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、膵臓がん、結腸直腸がん、腎臓がん、肝臓がん、脳がん、リンパ腫、白血病、肺がんおよび同種のものが挙げられる。がんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。一実施形態において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。用語「腫瘍」および「がん」は、本明細書において同義的に使用され、例えば、どちらの用語も、固形および液性腫瘍を包含する。用語「がん」または「腫瘍」には、本明細書で使用される場合、前がん性の、同様に悪性のがんおよび腫瘍を包含する。
用語「がん関連抗原」または「腫瘍抗原」は、同義的に、正常細胞と比較して、全体的にまたは断片（例えば、ＭＨＣ／ペプチド）としてのいずれかで、がん細胞の表面に優先的に発現される分子（典型的にはタンパク質、糖質、または脂質）であって、がん細胞への薬理学的薬剤の優先的標的化に有用な分子を指す。一部の実施形態において、腫瘍抗原は、正常細胞およびがん細胞の両方により発現されるマーカー、例えば、系列マーカー、例えば、Ｂ細胞上のＣＤ１９である。一部の実施形態において、がん関連抗原は、正常細胞と比較して、がん細胞において過剰発現される、例えば、１倍過剰発現、２倍過剰発現、３倍またはこれ超過剰発現される細胞表面分子である。一部の実施形態において、がん関連抗原は、がん細胞において不適切に合成される細胞表面分子、例えば、正常細胞上に発現される分子と比較して、欠失、付加、または突然変異を含有する分子である。
用語「ＣＤ１９」は、本明細書に使用される場合、白血病前駆細胞上に検出可能な抗原決定基である表面抗原分類１９タンパク質を指す。ヒトおよびマウスアミノ酸および核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋ、ＵｎｉＰｒｏｔおよびＳｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔなどの公的データベースから見出すことができる。例えば、ヒトＣＤ１９のアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ１５３９１として見出すことができ、ヒトＣＤ１９をコードするヌクレオチド配列は、受託番号ＮＭ＿００１１７８０９８に見出すことができる。「ＣＤ１９」は、本明細書に使用される場合、全長野生型ＣＤ１９の突然変異、例えば、点突然変異、断片、挿入、欠失およびスプライス変異体を含むタンパク質を包含する。ＣＤ１９は、例えば、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病および非ホジキンのリンパ腫を含めた大部分のＢ系列がんに発現される。ＣＤ１９を発現する他の細胞は、下記の「ＣＤ１９の発現に関連する疾患」の定義に提供される。これは、Ｂ細胞前駆細胞の初期マーカーでもある。例えば、Nicholson et al., MOL. IMMUN. 34 (16-17): 1157-1165 (1997)を参照されたい。一態様において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の抗原結合部分は、ＣＤ１９タンパク質の細胞外ドメイン内で抗原を認識し、これと結合する。一態様において、ＣＤ１９タンパク質は、がん細胞上に発現される。一実施形態において、ＣＤ１９は、野生型配列、例えば、野生型ヒト配列を有する。別の実施形態において、ＣＤ１９は、突然変異配列、例えば、突然変異ヒト配列を有する。
「キメラ抗原受容体」またはあるいは、「ＣＡＲ」とは、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および下に定義される刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞質シグナル伝達ドメイン（本明細書において「細胞内シグナル伝達ドメイン」とも称される）を含む組換えポリペプチドコンストラクトを指す。一部の実施形態において、ＣＡＲポリペプチドコンストラクト中のドメインは、同じポリペプチド鎖中にある、例えば、キメラ融合タンパク質を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲポリペプチドコンストラクト中のドメインは、互いに連続的ではない、例えば、本明細書に記載のＲＣＡＲ中に提供されるように、例えば、異なるポリペプチド鎖中にある。
一態様において、ＣＡＲの刺激分子は、Ｔ細胞受容体複合体に関連するゼータ鎖である。一態様において、細胞質シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン（例えば、ＣＤ３－ゼータの一次シグナル伝達ドメイン）を含む。一態様において、細胞質シグナル伝達ドメインは、さらに、下に定義される少なくとも１つの共刺激分子由来の１つまたは複数の機能的シグナル伝達ドメインを含む。一態様において、共刺激分子は、４－１ＢＢ（すなわちＣＤ１３７）、ＣＤ２７、ＩＣＯＳ、および／またはＣＤ２８から選択される。一態様において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、および刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。一態様において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに共刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。一態様において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに１つまたは複数の共刺激分子由来の２つの機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。一態様において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに１つまたは複数の共刺激分子由来の少なくとも２つの機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。一態様において、ＣＡＲは、ＣＡＲ融合タンパク質のアミノ末端（Ｎ－ｔｅｒ）に、適宜のリーダー配列を含む。一態様において、ＣＡＲは、さらに、細胞外抗原認識ドメインのＮ末端にリーダー配列を含み、ここで、リーダー配列は、細胞加工および細胞膜へのＣＡＲの局在化の間に、抗原認識ドメイン（例えば、ａａ ｓｃＦｖ）から切断されてもよい。実施形態において、ＣＡＲは、ＣＤ１９ＣＡＲ、例えば、ＣＴＬ０１９である。
特定の腫瘍マーカーＸ（ここで、Ｘは本明細書に記載の腫瘍マーカーであってよい）を標的とする抗原結合ドメイン（例えば、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、またはＴＣＲ（例えば、ＴＣＲアルファ結合ドメインもしくはＴＣＲベータ結合ドメイン））を含むＣＡＲは、ＸＣＡＲとも呼ばれる。例えば、ＣＤ１９を標的とする抗原結合ドメインを含むＣＡＲは、ＣＤ１９ＣＡＲと呼ばれる。ＣＡＲを、任意の細胞、例えば、本明細書に記載の免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）中で発現させることができる。
用語「シグナル伝達ドメイン」とは、第２のメッセンジャーを生成するか、またはこのようなメッセンジャーへの応答としてのエフェクターとして機能することによって、規定のシグナル伝達経路を介して細胞活性を調節するために、細胞内で情報を伝えることによって作用するタンパク質の機能的な部分を指す。
抗体またはその抗体断片を含むＣＡＲ組成物の部分は、抗原結合ドメインが、ポリペプチド鎖、例えば、単一ドメイン抗体断片（ｓｄＡｂ）、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）およびヒト化抗体を含む、例えば、連続するポリペプチド鎖の一部として発現される、多様な形態で存在してもよい（Harlow et al., 1999、出典：USING ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, COLD SPRING HARBOR LABORATORY PRESS, NY; Harlow et al., 1989、出典：ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426）を含めた連続するポリペプチド鎖の一部として発現される、多様な形態で存在し得る。一態様において、本発明のＣＡＲ組成物の抗原結合ドメインは、抗体断片を含む。さらなる態様において、ＣＡＲは、ｓｃＦｖを含む抗体断片を含む。所与のＣＤＲの正確なアミノ酸配列の境界は、Kabat et al. (1991), “Sequences of Proteins of Immunological Interest,” 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD（「Ｋａｂａｔ」番号付けスキーム）、Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948（「Ｃｈｏｔｈｉａ」番号付けスキーム）によって説明されたもの、またはそれらの組合せなどのいくつかの周知のスキームのいずれかを使用して決定することができる。
用語「結合ドメイン」または「抗体分子」は、本明細書に使用される場合、少なくとも１つの免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む、タンパク質、例えば、免疫グロブリン鎖またはその断片を指す。用語「結合ドメイン」または「抗体分子」は、抗体および抗体断片を包含する。一実施形態において、抗体分子は、多重特異性抗体分子であり、例えば、これは、複数の免疫グロブリン可変ドメイン配列を含み、ここで、前記複数のうち第一の免疫グロブリン可変ドメイン配列は、第一のエピトープに対して結合特異性を有し、前記複数のうち第二の免疫グロブリン可変ドメイン配列は、第二のエピトープに対して結合特異性を有する。一実施形態において、多重特異性抗体分子は、二重特異性抗体分子である。二重特異性抗体は、２つ以下の抗原に対して特異性を有する。二重特異性抗体分子は、第一のエピトープに対して結合特異性を有する第一の免疫グロブリン可変ドメイン配列および第二のエピトープに対して結合特異性を有する第二の免疫グロブリン可変ドメイン配列によって特徴づけられる。
語句「ＣＤ１９の発現に関連する疾患」には、これらに限定されないが、例えば、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群、もしくは前白血病などの、がんもしくは悪性腫瘍もしくは前がん状態などの増殖性疾患を含めた、ＣＤ１９（例えば、野生型もしくは突然変異ＣＤ１９）の発現に関連する疾患、またはＣＤ１９を発現するかもしくは任意の時間に発現した細胞に関連する状態；あるいはＣＤ１９を発現する細胞に関連する非がん性関連徴候が含まれる。疑いを避けるために、ＣＤ１９の発現に関連する疾患は、例えば、ＣＤ１９の発現が、例えば、ＣＤ１９を標的化する分子、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲを用いた処置により下方調節されているので、現在のところＣＤ１９を発現しないが、かつてはＣＤ１９を発現した細胞に関連する状態を含み得る。一態様において、ＣＤ１９の発現に関連するがんは、血液がんである。一態様において、血液がんは、白血病またはリンパ腫である。
一態様において、ＣＤ１９の発現に関連するがんは、例えば、これらに限定されないが、例えば、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（「Ｂ－ＡＬＬ」）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（「Ｔ－ＡＬＬ」）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）を含めた、１つまたは複数の急性白血病；これらに限定されないが、例えば、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）を含めた、１つまたは複数の慢性白血病を含むが、それに限定されないがんおよび悪性腫瘍を含む。ＣＤ１９の発現に関連する追加的ながんまたは血液学的状態は、これらに限定されないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、骨髄増殖性新生物；組織球性障害（例えば、肥満細胞障害または芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物）；肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞性白血病；Ｂ細胞前リンパ球性白血病、形質細胞性骨髄腫、ならびに骨髄性血液細胞の無効な生成（または異形成）によってまとめられる血液学的状態の多様な集まりである「前白血病」などを含む。ＣＤ１９の発現に関連するさらなる疾患は、これらに限定されないが、例えば、ＣＤ１９の発現に関連する、非定型および／または非古典的な、がん、悪性腫瘍、前がん状態、または増殖性疾患を含む。ＣＤ１９の発現に関連する非がん関連徴候は、これらに限定されないが、例えば、自己免疫疾患（例えば、ループス）、炎症性障害（アレルギーおよび喘息）および移植を含む。一部の実施形態において、腫瘍抗原発現細胞は、腫瘍抗原をコードするｍＲＮＡを発現するか、または任意の時間に発現したものである。一実施形態において、腫瘍抗原発現細胞は、腫瘍抗原タンパク質（例えば、野生型または突然変異体）を生成し、腫瘍抗原タンパク質は、正常レベルまたは低下したレベルで存在し得る。一実施形態において、腫瘍抗原発現細胞は、一時点で腫瘍抗原タンパク質の検出可能なレベルを生成し、続いて実質的に検出可能な腫瘍抗原タンパク質を生成しなかったものである。他の実施形態において、疾患は、ＣＤ１９陰性がん、例えば、ＣＤ１９陰性の再発がんである。一部の実施形態において、腫瘍抗原（例えば、ＣＤ１９）発現細胞は、腫瘍抗原をコードするｍＲＮＡを発現するか、または任意の時間に発現したものである。一実施形態において、腫瘍抗原（例えば、ＣＤ１９）発現細胞は、腫瘍抗原タンパク質（例えば、野生型または突然変異体）を生成し、腫瘍抗原タンパク質は、正常レベルまたは低下したレベルで存在し得る。一実施形態において、腫瘍抗原（例えば、ＣＤ１９）発現細胞は、一時点で腫瘍抗原タンパク質の検出可能なレベルを生成し、続いて実質的に検出可能な腫瘍抗原タンパク質を生成しなかったものである。
用語「共刺激分子」は、共刺激リガンドと特異的に結合することによって、これらに限定されないが、増殖などのＴ細胞による共刺激応答を媒介する、Ｔ細胞上のコグネイト結合パートナーを指す。共刺激分子は、効率的な免疫応答に必要な、抗原受容体またはこれらのリガンド以外の細胞表面分子である。共刺激分子としては、これらに限定されないが、ＭＨＣクラスＩ分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球性活性化分子（ＳＬＡＭタンパク質）、活性化ＮＫ細胞受容体、ＢＴＬＡ、Ｔｏｌｌリガンド受容体、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＬＩＧＨＴ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＫＩＲＤＳ２、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃ、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ－７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＣＤ１９ａ、およびＣＤ８３と特異的に結合するリガンドが挙げられる。
共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、その元となる分子またはその機能的断片の細胞内部分全体またはネイティブな細胞内シグナル伝達ドメイン全体を含むことができる。共刺激分子を、以下のタンパク質ファミリー中で表すことができる：ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子（ＳＬＡＭタンパク質）、および活性化ＮＫ受容体。そのような分子の例としては、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＩＣＯＳ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＩＣＡＭ－１、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤＳ、ＣＤ７、ＣＤ２８７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、およびＣＤ８３に特異的に結合するリガンドなどが挙げられる。
用語「エフェクター機能」は、細胞の特殊化した機能を指す。Ｔ細胞のエフェクター機能は、例えば、細胞溶解活性またはサイトカイン分泌などのヘルパー活性であり得る。
用語「コードする」とは、規定のヌクレオチド配列（例えば、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡおよびｍＲＮＡ）または規定のアミノ酸配列を有する生物学的プロセスならびにそれから生じる生物学的特性における他のポリマーおよび大分子の合成のための鋳型として働く、遺伝子、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡなどの、ポリヌクレオチド中のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性を指す。したがって、遺伝子、ｃＤＮＡ、またはＲＮＡは、その遺伝子に対応するｍＲＮＡの転写および翻訳が、細胞または他の生物系においてタンパク質を産生する場合、タンパク質をコードする。ｍＲＮＡ配列と同一であり、通常は配列表に提供されるヌクレオチド配列であるコード鎖と、遺伝子またはｃＤＮＡの転写のための鋳型として使用される非コード鎖は両方とも、タンパク質またはその遺伝子もしくはｃＤＮＡの他の産物をコードすると言うことができる。
特に指定がない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いの縮重バージョンであり、同じアミノ酸配列をコードする全てのヌクレオチド配列を含む。タンパク質またはＲＮＡをコードするヌクレオチド配列という語句は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列が、一部のバージョンにおいてイントロンを含有してもよい程度で、イントロンを含んでもよい。
用語「内因性」は、生物、細胞、組織または系の内部由来の、またはこれらの内部で生成される、任意の材料を指す。
用語「有効量」または「治療有効量」は、本明細書において同義的に使用され、本明細書記載の化合物、製剤、材料、または組成物の、特定の生物学的な結果を達成するのに有効な量を指す。
用語「外因性」は、生物、細胞、組織、または系の外部から導入された、またはこれらの外部で生成される、任意の材料を指す。
用語「発現」は、プロモーターによって駆動される特定のヌクレオチド配列の転写および／または翻訳を指す。
用語「フレキシブルなポリペプチドリンカー」または「リンカー」は、ｓｃＦｖの状況で使用される場合、可変重鎖領域と可変軽鎖領域とを一緒に連結するために、単独で、または組み合わせて使用される、グリシンおよび／またはセリン残基などのアミノ酸からなるペプチドリンカーを指す。一実施形態において、フレキシブルなポリペプチドリンカーは、Ｇｌｙ／Ｓｅｒリンカーであり、アミノ酸配列（Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎ［式中、ｎは、１以上の正の整数である。例えば、ｎ＝１、ｎ＝２、ｎ＝３、ｎ＝４、ｎ＝５、ｎ＝６、ｎ＝７、ｎ＝８、ｎ＝９およびｎ＝１０である。］（配列番号２８）を含む。一実施形態において、フレキシブルなポリペプチドリンカーには、これらに限定されないが、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４（配列番号２９）または（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３（配列番号３０）が含まれる。別の実施形態において、リンカーは、（Ｇｌｙ２Ｓｅｒ）、（ＧｌｙＳｅｒ）または（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）の複数の反復（配列番号３１）を含む。参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０１２／１３８４７５に説明されているリンカーも本発明の範囲内に含まれる。
本明細書において同義的に使用される用語「相同性」または「同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列間または２つのポリペプチド配列間の配列類似性を指し、同一性の方がより厳密な比較である。語句「同一率または相同率」および「同一％または相同％」は、２つ以上のポリヌクレオチド配列または２つ以上のポリペプチド配列の比較において見出される配列類似性のパーセンテージを指す。「配列類似性」は、２つ以上のポリヌクレオチド配列の間の塩基対配列の類似率（任意の好適な方法によって決定される）を指す。２つ以上の配列は、０から１００％類似までのどこか、またはそれらの間の任意の整数値であり得る。同一性または類似性は、比較目的で整列することができる各配列中の位置を比較することによって決定することができる。比較された配列中の位置が、同じヌクレオチド塩基またはアミノ酸によって占有されている場合、分子は、その位置で同一である。ポリヌクレオチド配列間の類似性または同一性の度合いは、これらのポリヌクレオチド配列によって共有される位置で同一またはマッチするヌクレオチドの数の関数である。ポリペプチド配列の同一性の度合いは、ポリペプチド配列によって共有される位置で同一なアミノ酸の数の関数である。ポリペプチド配列の相同性または類似性の度合いは、ポリペプチド配列によって共有される位置でのアミノ酸の数の関数である。「実質的な相同性」は、本明細書に使用される場合、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはこれ超の相同性を指す。
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化された」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小の配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらの断片［例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合部分配列］である。大抵の場合、ヒト化抗体およびそれらの抗体断片は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、望ましい特異性、親和性、および能力を有するマウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基で置き換えられている、ヒト免疫グロブリン（レシピエントの抗体または抗体断片）である。いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基で置き換えられている。さらに、ヒト化抗体／抗体断片は、レシピエント抗体でも移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列にも見出されない残基を含む可能性がある。これらの改変は、抗体または抗体断片の性能をさらに洗練させて最適化する可能性がある。一般的に、ヒト化抗体またはこれらの抗体断片は、ＣＤＲ領域の全部または実質的に全部が非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に相当し、ＦＲ領域の全部のまたはかなりの部分がヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である、少なくとも１つの、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全部を含む。ヒト化抗体または抗体断片は、また、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのＦｃの少なくとも一部を含む可能性がある。さらなる詳細に関しては、Jones et al., NATURE, 321: 522-525, 1986; Reichmann et al., NATURE, 332: 323-329, 1988; Presta, CURR. OP. STRUCT. BIOL., 2: 593-596, 1992を参照されたい。
「免疫エフェクター細胞」は、この用語が本明細書において使用される場合、免疫応答、例えば、免疫エフェクター応答の促進に関与する細胞を指す。免疫エフェクター細胞の例としては、Ｔ細胞、例えば、アルファ／ベータＴ細胞およびガンマ／デルタＴ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫ－Ｔ）細胞、肥満細胞、ならびに骨髄球性由来の食細胞が挙げられる。
「免疫エフェクター機能または免疫エフェクター応答」は、この用語が本明細書において使用される場合、例えば、免疫エフェクター細胞の、標的細胞の免疫攻撃を増強または促進する機能または応答を指す。例えば、免疫エフェクター機能または応答は、標的細胞の殺滅または成長もしくは増殖の阻害を促進するＴまたはＮＫ細胞の特性を指す。Ｔ細胞のケースにおいて、一次刺激および共刺激が、免疫エフェクター機能または応答の例である。
用語「４－１ＢＢ」は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８．２として提供されるアミノ酸配列、または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基を有するＴＮＦＲスーパーファミリーのメンバーを指し；「４－１ＢＢ共刺激ドメイン」は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８．２のアミノ酸残基２１４～２５５、または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基として定義される。一態様において、「４－１ＢＢ共刺激ドメイン」は、配列番号１６として提供される配列、または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。
「細胞内シグナル伝達ドメイン」は、この用語が本明細書において使用される場合、分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＡＲを含有する細胞、例えばＣＡＲ発現細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを生成することができる。例えばＣＡＲ発現細胞における免疫エフェクター機能の例としては、細胞溶解活性およびヘルパー活性、例えばサイトカイン分泌が挙げられる。実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、エフェクター機能シグナルを伝達し、細胞に特殊化された機能を実行するよう指令するタンパク質の一部である。細胞内シグナル伝達ドメイン全体が採用される場合もあるが、多くの場合において鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインの切断型部分が使用される範囲で、このような切断型部分がエフェクター機能シグナルを伝達するならば、それを無傷の鎖の代わりに使用することができる。したがって、細胞内シグナル伝達ドメインという用語は、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な、細胞内シグナル伝達ドメインの任意の切断型部分を含むことを意味する。
一実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含んでいてもよい。例示的な一次細胞内シグナル伝達ドメインとしては、一次刺激または抗原依存性刺激を担う分子由来のドメインが挙げられる。一実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激細胞内ドメインを含んでいてもよい。例示的な共刺激細胞内シグナル伝達ドメインとしては、共刺激シグナルまたは抗原非依存性刺激を担う分子由来のドメインが挙げられる。例えば、ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）のケースにおいて、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞受容体の細胞質配列を含む場合があり、共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、補助受容体または共刺激分子からの細胞質配列を含む場合がある。
一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容活性化チロシンモチーフまたはＩＴＡＭとして公知のシグナル伝達モチーフを含み得る。ＩＴＡＭを含有する一次細胞質内シグナル伝達配列の例としては、これらに限定されないが、ＣＤ３ゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ２７８（「ＩＣＯＳ」）、ＦｃεＲＩ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ３２、ＤＡＰ１０およびＤＡＰ１２由来の配列が挙げられる。
「インビトロで転写されたＲＮＡ」は、本明細書で使用される場合、インビトロで合成されたＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡを指す。一般的に、インビトロで転写されたＲＮＡは、インビトロ転写ベクターから生成される。インビトロ転写ベクターは、インビトロで転写されたＲＮＡを生成するのに使用される鋳型を含む。
用語「単離された」は、天然状態から変更された、または天然状態から除去されたことを意味する。例えば、生きた動物中に自然に存在する核酸またはペプチドは、「単離されて」いないが、同じ核酸またはペプチドでもその天然状態において共存する材料から部分的または完全に分離されていれば、「単離されている」。単離された核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在していてもよいし、または例えば宿主細胞などの非天然の環境中に存在していてもよい。
用語「レンチウイルス」は、レトロウイルス科の属の１つを指す。レンチウイルスは、レトロウイルスの中でも非分裂細胞に感染することができるという点で独特であり、これらは、宿主細胞のＤＮＡに相当な量の遺伝情報をデリバリーすることができることから、遺伝子デリバリーベクターの最も効率的な方法の１つである。ＨＩＶ、ＳＩＶ、およびＦＩＶが、レンチウイルスの全ての例である。
用語「レンチウイルスベクター」は、レンチウイルスゲノムの少なくとも一部分に由来するベクターを指し、特に、Milone et al., MOL. THER. 17(8): 1453-1464 (2009)で示されるような自己不活性化レンチウイルスベクターが挙げられる。診療施設で使用される可能性があるレンチウイルスベクターの他の例としては、これらに限定されないが、例えば、Ｏｘｆｏｒｄ ＢｉｏＭｅｄｉｃａ製のＬＥＮＴＩＶＥＣＴＯＲ（登録商標）遺伝子デリバリー技術、Ｌｅｎｔｉｇｅｎ製のＬＥＮＴＩＭＡＸ（商標）ベクター系などが挙げられる。非臨床タイプのレンチウイルスベクターも利用可能であり、当業者公知であると予想される。
用語「低免疫増強用量」は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、アロステリックｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１もしくはラパマイシン、または触媒性ｍＴＯＲ阻害剤と共に使用される場合、例えば、Ｐ７０ Ｓ６キナーゼ活性の阻害により測定するとき、ｍＴＯＲ活性を完全ではないものの部分的に阻害するｍＴＯＲ阻害剤の用量を指す。前記用量は、完全な免疫抑制を生じるには不十分であるが、免疫応答を増強するために十分である。
用語「核酸」または「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）もしくはリボ核酸（ＲＮＡ）、またはこれらのＤＮＡもしくはＲＮＡの組合せ、および一本鎖または二本鎖いずれかの形態のこれらのポリマーを指す。用語「核酸」には、遺伝子、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡが含まれる。一実施形態において、核酸分子は、合成（例えば、化学合成）または組換えされたものである。特に限定されない限り、この用語は、参照核酸と類似の結合特性を有し、天然に存在するヌクレオチドと類似な方法で代謝される、天然ヌクレオチドのアナログまたは誘導体を含有する核酸を包含する。特に他の指定がない限り、特定の核酸配列はまた、これらの保存的に改変された変異体（例えば、縮重コドンの置換）、対立遺伝子、オーソログ、ＳＮＰ、および相補配列、加えて明確に提示された配列も事実上包含する。具体的に言えば、縮重コドンの置換は、１つまたは複数の選択された（または全ての）コドンの第三の位置が混成の塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって達成される可能性がある［Batzer et al., NUCLEIC ACID RES. 19:5081 (1991); Ohtsuka et al., J. BIOL. CHEM. 260:2605-2608 (1985)；およびRossolini et al., MOL. CELL. Probes 8:91-98 (1994)］。本発明に関連して、よくある核酸塩基について以下の略語を使用する。「Ａ」は、アデノシンを指し、「Ｃ」は、シトシンを指し、「Ｇ」は、グアノシンを指し、「Ｔ」は、チミジンを指し、「Ｕ」は、ウリジンを指す。
「核酸マーカー」または「核酸バイオマーカー」は、本明細書記載のマーカーによってコードされるか、またはこれに対応する核酸（例えば、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ）である。例えば、そのようなマーカー核酸分子としては、示された核酸配列のいずれかの全体配列もしくは部分配列またはこのような配列の相補体もしくはハイブリダイゼーション断片を含むＤＮＡ（例えば、ゲノムＤＮＡおよびｃＤＮＡ）が挙げられる。マーカー核酸分子としては、また、本明細書に示される核酸配列のいずれかの全体配列もしくは部分配列またはそのような配列の相補体を含むＲＮＡであって、全てのチミジン残基がウリジン残基で置換されているＲＮＡが挙げられる。「マーカータンパク質」は、本発明のマーカーによってコードされるか、またはそれに対応するタンパク質である。マーカータンパク質は、本明細書に示される配列のいずれかによってコードされるタンパク質の全体配列もしくは部分配列、またはその断片を含む。用語「タンパク質」および「ポリペプチド」は、本明細書において同義的に使用される。
用語「作動可能に連結された」または「転写制御」とは、調節配列と、異種核酸配列との間の機能的連結を指し、後者の発現をもたらす。例えば、第１の核酸配列が第２の核酸配列との機能的な関係に置かれる場合、第１の核酸配列は、第２の核酸配列と作動可能に連結される。例えば、プロモーターがコード配列の転写または発現に影響する場合、プロモーターはコード配列に作動可能に連結される。作動可能に連結されたＤＮＡ配列は、互いに連続していてもよく、例えば、２つのタンパク質コード領域を連結する必要がある場合、同じ読み枠にある。
遺伝子産物の「過剰発現」または「有意に高い発現レベル」は、発現レベルを判定するために採用されたアッセイの標準誤差よりも大きい、被験サンプル中の発現レベルまたはコピー数を指す。実施形態において、過剰発現は、対照サンプル中の遺伝子の発現レベルまたはいくつかの対照サンプル中の遺伝子産物の平均発現レベルの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍以上であり得る。
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」、および「タンパク質」は、同義的に使用され、ペプチド結合により共有結合で連結されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドは、少なくとも２つのアミノ酸を含有していなければならず、タンパク質またはペプチドの配列を構成し得るアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドは、互いにペプチド結合で合体した２つ以上のアミノ酸を含むあらゆるペプチドまたはタンパク質を包含する。この用語は、本明細書で使用される場合、当業界では一般的に例えばペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称される短鎖と、当業界では一般的に多くのタイプが存在するタンパク質と称されるそれより長い鎖との両方を指す。「ポリペプチド」としては、例えば、なかでも生物学的に活性な断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドの変異体、改変されたポリペプチド、誘導体、アナログ、融合タンパク質が挙げられる。ポリペプチドとしては、天然ペプチド、組換えペプチド、またはそれらの組合せが挙げられる。
「ポリ（Ａ）」は、本明細書に使用される場合、ポリアデニル化によってｍＲＮＡに付着した一連のアデノシンである。一過性発現のためのコンストラクトの一実施形態において、ポリＡは、５０から５０００個の間（配列番号３４）（例えば、２０００個；配列番号３２）、例えば、６４個（配列番号４４）、例えば、１００個より多く（配列番号５３）、例えば、４００個（配列番号３８）より多い。ポリ（Ａ）配列を化学的または酵素的に改変して、局在化、安定性または翻訳効率などのｍＲＮＡの機能性を調節してもよい。
本明細書で使用される場合、「ポリアデニル化」とは、ポリアデニルイル部分、またはその改変された変異体の、メッセンジャーＲＮＡ分子への共有的連結を指す。真核生物においては、多くのメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子は、３’末端でポリアデニル化される。３’ポリ（Ａ）尾部は、ポリアデニル酸ポリメラーゼ酵素の作用によってプレ－ｍＲＮＡに付加されるアデニンヌクレオチドの長い配列（数百個であることが多い）である。高等真核生物においては、ポリ（Ａ）尾部は、特異的配列、ポリアデニル化シグナルを含有する転写物上に付加される。ポリ（Ａ）尾部およびそれに結合したタンパク質は、エキソヌクレアーゼによる分解からｍＲＮＡを保護するのに役立つ。ポリアデニル化はまた、転写終結、核からのｍＲＮＡの輸送、および翻訳にとって重要である。ポリアデニル化は、ＤＮＡからＲＮＡへの転写の直後に核で起こるが、さらに細胞質中でも後に起こり得る。転写が終結した後、ｍＲＮＡ鎖は、ＲＮＡポリメラーゼと結合したエンドヌクレアーゼ複合体の作用によって切断される。切断部位は、通常、切断部位の近くの塩基配列ＡＡＵＡＡＡの存在を特徴とする。ｍＲＮＡが切断された後、アデノシン残基が切断部位の遊離３’末端に付加される。
用語「プローブ」は、具体的に意図された標的分子、例えば、本発明のマーカーに選択的に結合することが可能な任意の分子を指す。プローブは、当業者によって合成することができるか、または好適な生物学的調製物から得ることができる。標的分子を検出する目的で、本明細書記載のように標識するためにプローブを特異的に設計することができる。プローブとして利用できる分子の例としては、これらに限定されないが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体、および有機モノマーが挙げられる。
用語「プロモーター」は、ポリヌクレオチド配列の特異的転写を開始させるのに必要な、細胞の合成機構によって認識されるＤＮＡ配列、または導入された合成機構を指す。
用語「プロモーター／調節配列」は、プロモーター／調節配列に機能するように連結した遺伝子産物の発現に必要な核酸配列を指す。いくつかの場合において、この配列は、コアプロモーター配列であってもよく、他の例において、この配列はまた、遺伝子産物の発現に必要なエンハンサー配列および他の調節因子を含んでいてもよい。プロモーター／調節配列は、例えば、組織特異的な方式で遺伝子産物を発現するプロモーター／調節配列であってもよい。
用語「予防」は、本明細書で使用される場合、疾患または病状の予防または予防的処置を意味する。
「難治性」は、本明細書で使用される場合、処置に応答しない疾患、例えばがんを指す。実施形態において、難治性がんは、処置の前または開始時に、処置に対して耐性である可能性がある。他の実施形態において、難治性がんは、処置中に耐性になる可能性がある。難治性がんはまた、耐性がんとも称される。
本明細書で使用される場合、「再発」とは、改善期間後、例えば、療法、例えば、がん療法の以前の処置後の、疾患（例えば、がん）またはがんなどの疾患の兆候および症状の復帰を指す。
範囲：本開示全体にわたり、本発明の様々な態様は、範囲の形式で示される場合がある。範囲の形式での記載は、単に利便性および簡潔さのためと理解すべきであり、本発明の範囲における柔軟性のない限定として解釈すべきではない。したがって、範囲の記載は、全ての可能性のある部分範囲、加えてその範囲内の個々の数値を具体的に開示しているとみなすべきである。例えば、１から６などの範囲の記載は、例えば１から３、１から４、１から５、２から４、２から６、３から６などの部分範囲、加えてその範囲内の個々の数値、例えば、１、２、２．７、３、４、５、５．３、および６を具体的に開示したとみなすべきである。別の例として、９５～９９％の同一性などの範囲は、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する何かを含み、９６～９９％、９６～９８％、９６～９７％、９７～９９％、９７～９８％および９８～９９％の同一性などの部分範囲を含む。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
用語「組換え抗体」は、例えばバクテリオファージまたは酵母発現系によって発現される抗体などの、組換えＤＮＡ技術を使用して生成される抗体を指す。この用語はまた、抗体をコードするＤＮＡ分子（このＤＮＡ分子は抗体タンパク質を発現する）、または抗体を指定するアミノ酸配列の合成によって生成された抗体を意味すると解釈すべきであり、この場合、ＤＮＡまたはアミノ酸配列は、当業界で利用可能であり周知の組換えＤＮＡまたはアミノ酸配列技術を使用して得られたものである。
「サンプル」、「組織サンプル」、「患者サンプル」、「患者細胞または組織サンプル」または「検体」は、それぞれ、対象または患者の組織または体液から得られた生物学的サンプルを指す。組織サンプルの起源は、新鮮、凍結および／または保存された器官、組織サンプル、生検、または吸引物からのような固形組織；血液または任意の血液成分（例えば、血清、血漿）；尿、脳脊髄液、全血、血漿および血清などの体液であり得る。サンプルは、非細胞性画分（例えば、尿、血漿、血清、または他の非細胞性体液）を含み得る。一実施形態において、サンプルは、尿サンプルである。他の実施形態において、個体からサンプルが得られる元となる体液は、血液（例えば、全血）を含む。一実施形態において、サンプルは、対象から得られる全血サンプルである。ある特定の実施形態において、血液をさらに加工して、血漿または血清を得ることができる。一実施形態において、サンプルは、対象の血液から得られるアフェレーシスサンプルである。一実施形態において、サンプルは、対象の血液から得られる製造された産物サンプル、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）産物、例えば、製造されたＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞産物である。別の実施形態において、サンプルは、組織、細胞［例えば、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）］を含有する。例えば、サンプルは、とりわけ、細針生検サンプル、アーカイブサンプル（例えば、公知の診断歴および／または処置歴を有するアーカイブサンプル）、組織切片（例えば、長期保存後の、例えば、凍結切片またはホルマリン固定切片）であり得る。サンプルという用語には、サンプルから精製または加工されたポリペプチドおよび核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）を含めた、生物学的サンプルから入手および／または派生された任意の材料が含まれる。サンプルの精製および／または加工は、抽出、濃縮、抗体単離、選別、濃縮、固定、試薬の添加などの１つまたは複数を伴う場合がある。サンプルは、保存料、抗凝固剤、緩衝液、固定液、栄養分、抗生物質などのような、自然界で組織と自然に混合されない化合物を含有し得る。
用語「産物」または「製造された産物」は、本明細書で使用される場合、遺伝子工学操作された細胞（例えば、免疫エフェクター細胞）、例えば、ＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＡＲを発現するように複数の細胞が工学操作された細胞集団を含む、製造された組成物を指す。製造された産物は、任意の遺伝子工学操作された免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）、例えば、対象の血液から得られた、遺伝子工学操作された免疫エフェクター細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、製造されたＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞産物であり得る。一実施形態において、ＣＡＲを発現するように工学操作された細胞（例えば、免疫エフェクター細胞）は、活性化した、凍結保存された、増大した細胞集団（例えば、増大した免疫エフェクター細胞集団）から得られる場合がある。
用語「シグナル伝達ドメイン」は、第二のメッセンジャーを生成したり、またはこのようなメッセンジャーに応答してエフェクターとして機能化したりすることにより、規定のシグナル伝達経路を介して細胞活性を調節するために、細胞内で情報を伝えることによって作用するタンパク質の機能的な部分を指す。
対象におけるバイオマーカーの量、例えば、遺伝子産物（例えば、本明細書記載の１つまたは複数のバイオマーカー）の発現は、マーカーの量が、量を判定するために採用されたアッセイの標準誤差を超える量だけ、またはその量の少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、もしくはこれ超倍、正常なレベルよりも大きいまたは少ない場合、マーカーの正常な量よりもそれぞれ「有意に」高いまたは低い。あるいは、対象におけるマーカーの量が、マーカーの正常な量よりも少なくとも約１．５倍、２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、または少なくとも約５倍高いまたは低い場合、その量は、正常な量よりもそれぞれ「有意に」高いまたは低いとみなすことができる。
用語「特異的に結合する」は、サンプル中に存在するコグネイト結合パートナータンパク質を認識し、これと結合する抗体またはリガンドを指すが、これらの抗体またはリガンドは、サンプル中の他の分子を実質的に認識または結合することはない。
用語「刺激」は、刺激分子（例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体）とそのコグネイトリガンドとの結合によって誘導された一次応答を指し、それによって、これらに限定されないが、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体を介したシグナル伝達などのシグナル伝達事象が媒介される。刺激は、ＴＧＦ－βの下方調節、および／または細胞骨格構造の再構築などの、ある特定の分子の変化された発現を媒介することができる。
用語「刺激分子」は、Ｔ細胞のシグナル伝達経路の少なくとも一部の態様に関して、刺激の形態でＴＣＲ複合体の一次活性化を調節する一次細胞質内シグナル伝達配列をもたらすＴ細胞によって発現される分子を指す。一態様において、例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体と、ペプチドを提示したＭＨＣ分子との結合によって一次シグナルが始動し、それにより、これらに限定されないが、増殖、活性化、分化などを含めたＴ細胞応答の媒介が起こる。刺激の形態で作用する一次細胞質内シグナル伝達配列（「一次シグナル伝達ドメイン」とも称される）は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られているシグナル伝達モチーフを含有し得る。本発明に特に有用な細胞質内シグナル伝達配列を含有するＩＴＡＭの例としては、これらに限定されないが、ＣＤ３ゼータ、共通ＦｃＲガンマ（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃガンマＲＩＩａ、ＦｃＲベータ（ＦｃイプシロンＲ１ｂ）、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０、およびＤＡＰ１２由来のものが挙げられる。本発明の特定のＣＡＲにおいて、本発明のいずれか１つまたは複数のＣＡＲにおける細胞内シグナル伝達ドメインは、細胞内シグナル伝達配列、例えばＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列を含む。本発明の特定のＣＡＲにおいて、ＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号１７として提供される配列であるか、または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。本発明の特定のＣＡＲにおいて、ＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号３０に提供されるような配列であるか、または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。
用語「対象」は、免疫反応を惹起させることができる生物（例えば、哺乳動物、ヒト）を包含することが意図される。一実施形態において、対象は哺乳動物である。一実施形態において、対象はヒトである。一実施形態において、対象は患者である。対象の例としては、ヒト、サル、チンパンジー、イヌ、ネコ、マウス、ラット、およびそのトランスジェニック種が挙げられる。
用語「治療」は、本明細書で使用される場合、処置を意味する。治療効果は、病状の回復、抑制、寛解、または根絶によって得られる。
用語「トランスフェクション」または「形質転換」または「形質導入」は、宿主細胞に外因性核酸を移入または導入させるプロセスを指す。「トランスフェクション」または「形質転換」または「形質導入」された細胞は、外因性核酸をトランスフェクト、形質転換、または形質導入された細胞である。細胞は、対象の初代細胞およびその後代を包含する。
「一過性」は、本明細書で使用される場合、統合されていない導入遺伝子が数時間、数日または数週間の期間にわたり発現されることを指し、ここで、発現期間は、宿主細胞中でゲノムに統合されているかまたは安定なプラスミドレプリコン内に含有されている場合の遺伝子の発現期間よりも短い。実施形態において、ＣＡＲ分子は、細胞複製の有限の期間または回数、例えば、５０日未満（例えば、４０、３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２日、またはそれより少ない日数）にわたって、細胞、例えば、宿主細胞中で一過性に発現される。一実施形態において、一過性発現は、インビトロで転写されたＲＮＡを使用して行われる。
本明細書で使用される場合、「安定な」とは、一過性発現よりも長い期間にわたるトランスジーンの発現を指す。実施形態において、トランスジーンは、細胞、例えば、宿主細胞のゲノム中に組み込まれるか、または細胞中の安定なプラスミドレプリコン内に含有される。一実施形態において、トランスジーンは、遺伝子送達ベクター、例えば、レンチウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターを使用して細胞ゲノム中に組み込まれる。
用語「膜貫通ドメイン」は、原形質膜を貫通するポリペプチドを指す。一実施形態において、これは、細胞外配列、例えば、スイッチドメイン、細胞外認識エレメント、例えば、抗原結合ドメイン、阻害性カウンターリガンド結合ドメイン、または共刺激ＥＣＤドメインを、細胞内配列、例えば、スイッチドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインに連結する。膜貫通ドメインは、膜貫通領域に隣接する１つまたは複数の追加的なアミノ酸、例えば、膜貫通が得られる元となるタンパク質の細胞外領域に関連する１つもしくは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、最大１５のアミノ酸の細胞外領域）および／または膜貫通タンパク質が得られる元となるタンパク質の細胞内領域に関連する１つもしくは複数の追加的なアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、最大１５のアミノ酸の細胞内領域）を含み得る。膜貫通ドメインの例は、本明細書に開示される。
用語「処置する」、「処置」、および「処置すること」は、１種または複数の治療（例えば、本発明のＣＡＲなどの１種または複数の治療剤）の投与の結果生じる、増殖性障害の進行、重症度および／もしくは持続時間の低減もしくは改善、または増殖性障害の１種もしくは複数の症状（好ましくは、１種もしくは複数の識別可能な症状）の改善を指す。具体的な実施形態において、用語「処置する」、「処置」、および「処置すること」は、必ずしも患者によって識別可能ではない、腫瘍成長などの増殖性障害の少なくとも１つの測定可能な物理的パラメーターの改善を指す。他の実施形態において、用語「処置する」、「処置」、および「処置すること」は、例えば識別可能な症状の安定化によって物理的に、例えば物理的パラメーターの安定化によって生理学的にのいずれか、またはその両方によって増殖性障害の進行を阻害することを指す。他の実施形態において、用語「処置する」、「処置」および「処置すること」は、腫瘍サイズまたはがん細胞数の低減または安定化を指す。
産物（例えば、本明細書に示されるマーカー）の「過小発現」または「有意に低い発現レベル」は、対照サンプルにおける遺伝子の発現レベルまたはいくつかの対照サンプルにおける遺伝子産物の平均発現レベルの、例えば、多くて１．５分の１、２分の１、多くて３分の１、多くて４分の１、多くて５分の１、または多くて１０分の１以下の、発現を判定するために採用されたアッセイの標準誤差よりも大きい、被験サンプルにおける発現レベルを指す。
用語「異種」は、異なる種の動物由来の移植片を指す。
用語「ゼータ」またはその代わりに「ゼータ鎖」、「ＣＤ３ゼータ」もしくは「ＴＣＲゼータ」は、ＧｅｎＢａｎ受託番号ＢＡＧ３６６６４．１として提供されるタンパク質、または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基として定義され、「ゼータ刺激ドメイン」またはその代わりに「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」もしくは「ＴＣＲゼータ刺激ドメイン」は、Ｔ細胞の活性化に必要な最初のシグナルを機能的に伝達するのに十分な、ゼータ鎖の細胞質内ドメイン由来のアミノ酸残基として定義される。一態様において、ゼータの細胞質内ドメインは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＡＧ３６６６４．１の残基５２から１６４、またはそれらの機能的なオーソログである非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基を含む。一態様において、「ゼータ刺激ドメイン」または「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号１８（突然変異ＣＤ３ゼータ）として提供される配列である。一態様において、「ゼータ刺激ドメイン」または「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号２０（野生型ＣＤ３ゼータ）として提供される配列である。
本発明の様々な態様を下にさらに詳細に記載する。追加的な定義は、本明細書全体にわたり示される。
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）は、がん免疫療法、例えば、がん抗体療法またはＴ細胞免疫療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）の結果として生じ得る潜在的に生命を脅かすサイトカインと関連する毒性である。ＣＲＳは、多数のリンパ球および／または骨髄性細胞が活性化の際に炎症性サイトカインを放出する場合の高レベルの免疫活性化の結果である。ＣＲＳの重症度および症状の開始のタイミングは、対象における免疫細胞活性化の規模、投与される療法の種類、および／または全身腫瘍組織量の程度に応じて変化し得る。がんのためのＴ細胞療法の場合、症状の開始は、例えば、インビボでのＴ細胞増殖のピークがある場合、典型的には、Ｔ細胞療法の投与後、数日から数週間である。例えば、Lee et al. Blood. 124.2(2014): 188-95を参照されたい。
ＣＲＳの症状は、神経毒性、播種性血管内凝固、心機能障害、成人呼吸窮迫症候群、腎不全、および／または肝不全を含んでもよい。例えば、ＣＲＳの症状は、悪寒を伴う、もしくは伴わない発熱、疲労、不快感、筋肉痛、嘔吐、頭痛、悪心、食欲不振、関節痛、下痢、発疹、低酸素症、多呼吸、低血圧、脈圧拡大、心拍出量の潜在的な低下（後期）、心拍出量の増加（前期）、高窒素血症、出血を伴う、もしくは伴わない低フィブリノゲン血症、Ｄ－ダイマーの上昇、高ビリルビン血症、高トランスアミナーゼ血症、混乱、せん妄、精神状態の変化、幻覚、振戦、発作、歩行の変化、喚語困難、明らかな失語症、または認知症を含んでもよい。
ＩＬ－６は、ＣＲＳ毒性のメディエータであると考えられる。例えば、同上を参照されたい。高いＩＬ－６レベルは、前炎症性ＩＬ－６シグナル伝達カスケードを開始させ、１または複数のＣＲＳ症状を誘導し得る。ＩＬ－６およびｓＩＬ－６Ｒレベルを、例えば、Chen et al., 「Measuring IL-6 and sIL-6R in serum from patients treated with tocilizumab and/or siltuximab following CAR T cell therapy」 J Immunol Methods. 2016 Jul;434:1-8. doi: 10.1016/j.jim.2016.03.005に記載されたように測定することができる。
一部の例においては、Ｃ－反応性タンパク質（ＣＲＰ）（例えば、ＩＬ－６に応答して肝臓によって産生される生体分子）のレベルは、ＩＬ－６活性の測定値であってよい。一部の例においては、ＣＲＰレベルは、ＣＲＳ中に数倍（例えば、数ログ）増加し得る。ＣＲＰレベルを、本明細書に記載の方法、および／または当業界で利用可能な標準的な方法を使用して測定することができる。
ＣＲＳグレード付け
一部の実施形態において、ＣＲＳを、以下のような１～５の重症度にグレード付けることができる。グレード１～３は、重症ＣＲＳ未満である。グレード４～５は、重症ＣＲＳである。グレード１のＣＲＳについては、対症処置のみが必要であり（例えば、悪心、発熱、疲労、筋肉痛、不快感、頭痛）、症状は生命を脅かすものではない。グレード２のＣＲＳについては、症状は適度の介入を必要とし、一般的には、適度の介入に応答する。グレード２のＣＲＳを有する対象は、液体もしくは１種の低用量昇圧剤に応答する低血圧を発症する；または彼らはグレード２の臓器毒性もしくは低流量の酸素（４０％未満の酸素）に応答する軽度の呼吸器症状を発症する。グレード３のＣＲＳ対象においては、低血圧は、一般的には、液体療法または１種の低用量昇圧剤によって逆転させることができない。これらの対象は、一般的には、より低流量の酸素を必要とし、グレード３の臓器毒性（例えば、腎もしくは心機能障害または血液凝固障害）および／またはグレード４の高トランスアミナーゼ血症を有する。グレード３のＣＲＳ対象は、より積極的な介入、例えば、４０％以上の酸素、高用量昇圧剤、および／または複数の昇圧剤を必要とする。グレード４のＣＲＳ対象は、グレード４の臓器毒性または機械的人工換気の必要性を含む、すぐに生命を脅かす症状に罹患する。グレード４のＣＲＳ対象は、一般的には、高トランスアミナーゼ血症を有さない。グレード５のＣＲＳ対象においては、毒性は、死亡の原因となる。ＣＲＳをグレード付けるための基準セットは、表１３、表１５、および表１６として本明細書に提供される。特に指定がない限り、本明細書で使用されるＣＲＳは、表１３の基準によるＣＲＳを指す。
ＣＲＳ療法
ＣＲＳのための療法としては、ＩＬ－６阻害剤またはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブまたはシルツキシマブ）、バゼドキシフェン、ｓｇｐ１３０遮断剤、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、および機械的人工換気が挙げられる。ＣＲＳのための例示的療法は、国際公開第２０１４０１１９８４号に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。
トシリズマブは、ヒト化された、免疫グロブリンＧ１カッパ抗ヒトＩＬ－６Ｒモノクローナル抗体である。例えば、同上を参照されたい。トシリズマブは、ＩＬ－６の、可溶型および膜結合型ＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）への結合を遮断し、したがって、古典的およびトランス－ＩＬ－６シグナル伝達を阻害する。実施形態において、トシリズマブは、約４～１２ｍｇ／ｋｇ、例えば、成人の対象については約４～８ｍｇ／ｋｇ、小児の対象については約８～１２ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、１時間の経過にわたって投与される。
一部の実施形態において、ＣＲＳ治療剤は、ＩＬ－６シグナル伝達の阻害剤、例えば、ＩＬ－６またはＩＬ－６受容体の阻害剤である。一実施形態において、阻害剤は、抗ＩＬ－６抗体、例えば、シルツキシマブなどの、抗ＩＬ－６キメラモノクローナル抗体である。他の実施形態においては、阻害剤は、ＩＬ－６シグナル伝達を遮断することができる、可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）またはその断片を含む。一部の実施形態において、ｓｇｐ１３０またはその断片は、異種ドメイン、例えば、Ｆｃドメインに融合され、例えば、ＦＥ３０１などのｇｐ１３０－Ｆｃ融合タンパク質である。実施形態において、ＩＬ－６シグナル伝達の阻害剤は、抗体、例えば、サリルマブ、オロキズマブ（ＣＤＰ６０３８）、エルシリモマブ、シルクマブ（ＣＮＴＯ１３６）、ＡＬＤ５１８／ＢＭＳ－９４５４２９、ＡＲＧＸ－１０９、またはＦＭ１０１などの、ＩＬ－６受容体に対する抗体を含む。一部の実施形態において、ＩＬ－６シグナル伝達の阻害剤は、ＣＰＳＩ－２３６４などの低分子を含む。
例示的な血管作動性薬剤としては、これらに限定されないが、アンギオテンシン－１１、エンドセリン－１、アルファアドレナリンアゴニスト、ロスタノイド、ホスホジエステラーゼ阻害剤、エンドセリンアンタゴニスト、循環作動薬（例えば、アドレナリン、ドブタミン、イソプレナリン、エフェドリン）、昇圧剤（例えば、ノルアドレナリン、バソプレッシン、メタラミノール、バソプレッシン、メチレンブルー）、強心性血管拡張薬（例えば、ミルリノン、レボシメンダン）、およびドーパミンが挙げられる。
例示的な昇圧剤としては、これらに限定されないが、ノルエピネフリン、ドーパミン、フェニレフリン、エピネフリン、およびバソプレッシンが挙げられる。一部の実施形態において、高用量昇圧剤は、下記：２０μｇ／ｍｉｎ以上のノルエピネフリン単剤療法、１０μｇ／ｋｇ／ｍｉｎ以上のドーパミン単剤療法、２００μｇ／ｍｉｎ以上のフェニレフリン単剤療法、および／または１０μｇ／ｍｉｎ以上のエピネフリン単剤療法のうちの１または複数を含む。一部の実施形態において、対象がバソプレッシンを投与中の場合、高用量昇圧剤は、バソプレッシン＋１０μｇ／ｍｉｎ以上のノルエピネフリン等価物（ここで、ノルエピネフリン等価物用量＝［ノルエピネフリン（μｇ／ｍｉｎ）］＋［ドーパミン（μｇ／ｋｇ／ｍｉｎ）／２］＋［エピネフリン（μｇ／ｍｉｎ）］＋［フェニレフリン（μｇ／ｍｉｎ）／１０］である）を含む。一部の実施形態において、対象が組合せ昇圧剤（バソプレッシンではない）を投与中の場合、高用量昇圧剤は、２０μｇ／ｍｉｎ以上のノルエピネフリン等価物（ここで、ノルエピネフリン等価物用量＝［ノルエピネフリン（μｇ／ｍｉｎ）］＋［ドーパミン（μｇ／ｋｇ／ｍｉｎ）／２］＋［エピネフリン（μｇ／ｍｉｎ）］＋［フェニレフリン（μｇ／ｍｉｎ）／１０］である）を含む。例えば、同上を参照されたい。
一部の実施形態において、低用量昇圧剤は、高用量昇圧剤について上記に列挙された１または複数の用量未満の用量で投与される昇圧剤である。
例示的なコルチコステロイドとしては、これらに限定されないが、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、およびメチルプレドニゾロンが挙げられる。実施形態においては、０．５ｍｇ／ｋｇの用量のデキサメタゾンが使用される。実施形態においては、１０ｍｇ／用量の最大用量のデキサメタゾンが使用される。実施形態においては、２ｍｇ／ｋｇ／日の用量のメチルプレドニゾロンが使用される。
例示的な免疫抑制剤としては、これらに限定されないが、ＴＮＦαの阻害剤またはＩＬ－１の阻害剤が挙げられる。実施形態において、ＴＮＦαの阻害剤は、抗ＴＮＦα抗体、例えば、モノクローナル抗体、例えば、インフリキシマブを含む。実施形態において、ＴＮＦαの阻害剤は、可溶性ＴＮＦα受容体（例えば、エタネルセプト）を含む。実施形態において、ＩＬ－１またはＩＬ－１Ｒ阻害剤は、アナキンラを含む。
一部の実施形態において、重症ＣＲＳを発症するリスクがある対象に、抗ＩＦＮ－ガンマまたは抗ｓＩＬ２Ｒａ療法、例えば、ＩＦＮ－ガンマまたはｓＩＬ２Ｒａに対する抗体分子を投与する。
実施形態において、ブリナツモマブなどの治療抗体分子を受け、ＣＲＳを有するか、またはＣＲＳを発症するリスクがある対象については、治療抗体分子を、低用量および／もしくは低頻度で投与するか、または治療抗体分子の投与を停止する。
実施形態において、ＣＲＳを有するか、またはＣＲＳを発症するリスクがある対象を、アセトアミノフェンなどの解熱剤を用いて処置する。
実施形態において、本明細書の対象に、任意の組合せの、例えば、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞と組み合わせた、本明細書に記載のＣＲＳのための１または複数の療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数を投与する、または提供する。
実施形態において、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクがある（例えば、重症ＣＲＳを発症する高リスク状態にあると同定された）対象に、任意の組合せの、例えば、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞と組み合わせた、本明細書に記載のＣＲＳのための１または複数の療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数を投与する。
実施形態において、本明細書の対象（例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクがある対象または重症ＣＲＳを発症するリスクがあると同定された対象）は、集中治療室に移送される。一部の実施形態において、本明細書の対象（例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクがある対象または重症ＣＲＳを発症するリスクがあると同定された対象）は、発熱、心拍数の上昇、血液凝固障害、ＭＯＤＳ（多臓器不全症候群）、心血管機能障害、血液分布異常性ショック、心筋症、肝機能障害、腎機能障害、脳症、臨床的発作、呼吸器不全、または頻脈などの、ＣＲＳと関連する１または複数の症状または状態についてモニタリングされる。一部の実施形態において、本明細書の方法は、ＣＲＳと関連する症状または状態の１つのための療法を投与することを含む。例えば、実施形態において、例えば、対象が血液凝固障害を発症する場合、方法は、寒冷沈降物を投与することを含む。一部の実施形態において、例えば、対象が心血管機能障害を発症する場合、方法は、血管作動性注入支持を投与することを含む。一部の実施形態において、例えば、対象が血液分布異常性ショックを発症する場合、方法は、アルファアゴニスト療法を投与することを含む。一部の実施形態において、例えば、対象が心筋症を発症する場合、方法は、ミルリノン療法を投与することを含む。一部の実施形態において、例えば、対象が呼吸器不全を発症する場合、方法は、機械的人工換気（例えば、侵襲的機械的人工換気または非侵襲的機械的人工換気）を実行することを含む。一部の実施形態において、例えば、対象がショックを発症する場合、方法は、晶質液および／またはコロイド液を投与することを含む。
実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、本明細書に記載のＣＲＳのための１または複数の療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数の投与の前に、それと同時に、またはその後に投与される。実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、本明細書に記載のＣＲＳのための１または複数の療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数の投与の２週間以内（例えば、２もしくは１週間以内、または１４日以内、例えば、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１日以内、またはそれ以下）に投与される。実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、本明細書に記載のＣＲＳのための１または複数の療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数の投与の前または後、少なくとも１日（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０日、１週間、２週間、３週間、４週間、１カ月、２カ月、３カ月、またはそれ以上）で投与される。
実施形態において、本明細書の対象（例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクがある対象または重症ＣＲＳを発症するリスクがあると同定された対象）に、単回用量のＩＬ－６阻害剤またはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）を投与する。実施形態において、対象に、複数用量（例えば、２、３、４、５、６、またはそれ以上の用量）のＩＬ－６阻害剤またはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）を投与する。
実施形態において、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクが低い、またはリスクがない対象（例えば、重症ＣＲＳを発症する低リスク状態を有すると同定された対象）には、本明細書に記載のＣＲＳのための療法、例えば、ＩＬ－６阻害剤もしくはＩＬ－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）阻害剤（例えば、トシリズマブ）、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気のうちの１または複数を投与しない。
実施形態において、対象は、本明細書に記載の評価または予測方法を使用することによって重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと決定される。実施形態において、対象は、本明細書に記載の評価または予測方法を使用することによって重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと決定される。
ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）ためのバイオマーカーの使用
実施形態においては、１または複数のバイオマーカーを使用して、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）ために使用される例示的なバイオマーカーとしては、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦなどのサイトカインおよびサイトカイン受容体が挙げられる。実施形態においては、サイトカインおよびサイトカイン受容体、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ以上）を使用して、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカインおよびサイトカイン受容体、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ以上）を使用して、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－γおよびｓｇｐ１３０のうちの１または複数（例えば、両方）を使用して、例えば、成人または小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカインおよびサイトカイン受容体、ＩＦＮ－γ、ｓｇｐ１３０、およびＩＬ１Ｒａのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、成人または小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１３、およびＭＩＰ１αのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、およびエオタキシンのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、小児または成人の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＬ２、エオタキシン、およびｓｇｐ１３０のうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、小児または成人の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、およびエオタキシンのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、ＩＬ１０および疾患負荷のうちの１または複数（例えば、両方）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－ガンマおよびＩＬ－１３エオタキシンのうちの１または複数（例えば、両方）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１アルファのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態においては、サイトカイン、ＩＦＮ－ガンマおよびＭＩＰ１アルファのうちの１または複数（例えば、両方）を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。
ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）ために使用される例示的なバイオマーカーは、対象における疾患負荷評価、例えば、疾患（例えば、がん）の程度を含んでもよい。例えば、疾患負荷評価を、対象由来生物学的サンプル（例えば、対象の骨髄）中の疾患（例えば、がん）のレベルを決定することによって行うことができる。例えば、高疾患負荷は、少なくとも２５％（例えば、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上）の骨髄芽球の存在（例えば、吸引物もしくは生検上での形態、吸引物もしくは生検上での流動アッセイ、および／またはＭＲＤによって決定される）によって示される。一部の実施形態において、高疾患負荷は、少なくとも５０％の骨髄芽球の存在によって示される。例えば、低疾患負荷は、２５％未満（例えば、２４％以下、例えば、２４％、２３％、２２％、２１％、２０％、１５％、１０％、５％以下）の骨髄芽球の存在（例えば、吸引物もしくは生検上での形態、吸引物もしくは生検上での流動アッセイ、および／またはＭＲＤによって決定される）によって示される。一部の実施形態において、低疾患負荷は、０．１％、１％、５％、２５％、または５０％未満の骨髄芽球の存在によって示される。一部の実施形態において、がんは、ＡＬＬである。
実施形態において、疾患負荷評価と組み合わせた１または複数のサイトカインまたはサイトカイン受容体を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態において、骨髄疾患（例えば、がん）と組み合わせた、サイトカイン、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－γのうちの１または複数を使用して、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）。実施形態において、例えば、がんに関する、例えば、骨髄由来の疾患負荷評価を、本明細書に記載の方法を使用して、例えば、Borowitz et al. Blood. 2008;111(12):5477-85；またはWeir et al. Leukemia. 1999;13(4):558-67に記載のように決定することができる。
ＣＲＳ重症度を評価する（例えば、予測する）ために使用される別の例示的なバイオマーカーとしては、Ｃ－反応性タンパク質（ＣＲＰ）のレベルまたは活性が挙げられる。実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが低い対象は、７ｍｇ／ｄＬ未満（例えば、７、６．８、６、５、４、３、２、１ｍｇ／ｄＬ以下）のＣＲＰレベルを有すると同定される。実施形態において、重症ＣＲＳのリスクが高い対象は、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、サンプル（例えば、血液サンプル）中のＣＲＰのレベルが高いと同定される。実施形態において、より高いレベルまたは活性は、重症ＣＲＳのリスクが低い対象と比較して、または対照レベルもしくは活性と比較して、少なくとも２倍高い（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上高い）。
実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、早期に対象中でＣＲＳ重症度を予測する。実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞の投与後、２週間以内に、例えば、１週間以下以内に対象においてＣＲＳ重症度を予測する。実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞の投与後、１０日（例えば、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１日以下）以内に対象においてＣＲＳ重症度を予測する。実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞の投与後、１～１０日以内（例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内）に対象においてＣＲＳ重症度を予測する。実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して、対象がグレード２、３、４もしくは５のＣＲＳの１または複数の症状を経験する前に（例えば、対象がグレード３、４、もしくは５のＣＲＳ、またはグレード４もしくは５のＣＲＳの１または複数の症状を経験する前に）、対象においてＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、サイトカイン、ＩＦＮ－γおよびｓｇｐ１３０の１または複数（例えば、両方）を使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に、例えば、成人または小児の対象において、ＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、サイトカインおよびサイトカイン受容体、ＩＦＮ－γ、ｓｇｐ１３０、およびＩＬ１Ｒａのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に、例えば、成人または小児の対象において、ＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、サイトカイン、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１３、およびＭＩＰ１αのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）を使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、骨髄疾患（例えば、がん）と組み合わせた、サイトカイン、ｓｇｐ１３０、およびＩＦＮ－γのうちの１または複数を使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に、例えば、小児の対象において、ＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、ＣＲＰレベルまたは活性を使用して、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に、例えば、成人または小児の対象において、ＣＲＳ重症度を予測する。
実施形態において、対照レベルと比較した、本明細書に記載のサイトカインおよびサイトカイン受容体、例えば、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数のレベルの上昇または低下は、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。
実施形態において、参照レベルと比較して上昇した、または低下した本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体、例えば、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数のレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、対照レベル（例えば、ベースラインレベル）と比較して少なくとも２倍（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上）上昇した本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体のうちの１または複数のレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、参照レベルと比較して少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％）低下した本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体のうちの１または複数のレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。一部の実施形態において、参照レベルは、対象におけるサイトカインまたはサイトカイン受容体のベースラインレベルに依存しない値である。一部の実施形態において、参照レベルは、全ての補足材料（ベースラインサイトカインもしくはサイトカイン受容体値）を含む、その全体が参照により本明細書に組み込まれるTeachey et al. Cancer Discov. 2016 Jun;6(6):664-79の補足表７、またはTeachey et al.の補足表８（疾患負荷によるベースラインサイトカインもしくはサイトカイン受容体値）に記載のレベルである。一部の実施形態において、サイトカインまたはサイトカイン受容体の上昇または低下したレベルは、Teachey et al.の補足表９のＰｅａｋ３５値（グレードによる子供および成人におけるＰｅａｋ３５サイトカインまたはサイトカイン受容体値）である。一部の実施形態において、サイトカインまたはサイトカイン受容体の上昇または低下した値は、Teachey et al.の補足表９のＰｅａｋ３５値の±１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％である。一部の実施形態において、所与のサイトカインまたはサイトカイン受容体の上昇したレベルは、Teachey et al.の補足表７中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルの中央値（下界として）と、Teachey et al.の補足表９中のそのサイトカインの最高ピークレベル（上界として）、例えば、全コホート中のＣＲＳ０－３またはＣＲＳ４－５患者における最高ピークレベルとの間にある。一部の実施形態において、所与のサイトカインまたはサイトカイン受容体の上昇したレベルは、Teachey et al.の補足表８中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルの中央値（下界として）と、Teachey et al.の補足表９中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体の最高ピークレベル（上界として）、例えば、全コホート中のＣＲＳ０－３またはＣＲＳ４－５患者における最高ピークレベルとの間にある。一部の実施形態において、所与のサイトカインまたはサイトカイン受容体の低下したレベルは、Teachey et al.の補足表９中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体の最低ピークレベル（下界として）、例えば、全コホート中のＣＲＳ０－３またはＣＲＳ４－５患者における最低ピークレベルと、Teachey et al.の補足表７中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルの中央値（上界として）との間にある。一部の実施形態において、所与のサイトカインまたはサイトカイン受容体の低下したレベルは、Teachey et al.の補足表９中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体の最低ピークレベル（下界として）、例えば、全コホート中のＣＲＳ０－３またはＣＲＳ４－５患者における最低ピークレベルと、Teachey et al.の補足表８中のそのサイトカインまたはサイトカイン受容体のレベルの中央値（上界として）との間にある。
実施形態において、参照レベルと比較して上昇した、または低下した本明細書に記載のサイトカインまたはサイトカイン受容体、例えば、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦのうちの１または複数のレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、例えば、対照レベルと比較して少なくとも２倍（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上）上昇したサイトカイン、ＩＦＮ－γおよびｓｇｐ１３０のうちの１または複数（例えば、両方）のレベルは、例えば、対象が成人または小児の対象である場合、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、対照レベルは、正常な、健康な成人もしくは小児の対象（例えば、ＣＲＳを有さない）；またはＣＡＲ発現細胞の投与前の対象のＩＦＮ－γおよび／またはｓｇｐ１３０のレベルである。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、例えば、対照レベルと比較して少なくとも２倍（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上）変化したサイトカインまたはサイトカイン受容体、ＩＦＮ－γ、ｓｇｐ１３０、およびＩＬ１Ｒａのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）のレベルは、例えば、対象が成人または小児の対象である場合、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、変化したレベルは、ｓｇｐ１３０のより高いレベル、ＩＦＮ－ガンマのより高いレベル、もしくはＩＬ１Ｒａのより低いレベル、またはその任意の組合せである。実施形態において、対照レベルは、正常な、健康な成人もしくは小児の対象（例えば、ＣＲＳを有さない）；またはＣＡＲ発現細胞の投与前の対象のＩＦＮ－γおよび／またはｓｇｐ１３０のレベルである。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、例えば、対照レベルと比較して少なくとも２倍（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、５００、１０００倍またはそれ以上）変化したサイトカイン、ＩＦＮ－γ、ＩＬ１３、およびＭＩＰ１αのうちの１または複数（例えば、２つ以上、または３つ全部）のレベルは、例えば、対象が小児の対象である場合、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、変化したレベルは、ＩＦＮ－ガンマのより高いレベル、ＩＬ－１３のより低いレベル、ＭＩＰ１－アルファのより低いレベル、またはその任意の組合せである。実施形態において、対照レベルは、正常な、健康な小児の対象（例えば、ＣＲＳを有さない）；またはＣＡＲ発現細胞の投与前の対象のＩＦＮ－γおよび／またはｓｇｐ１３０のレベルである。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、対照レベルと比較した、サイトカイン、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－γのうちの１または複数の変化したレベルと、高い疾患負荷（例えば、骨髄疾患）との組合せは、例えば、対象が小児の対象である場合、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。実施形態において、変化したレベルは、ｓｇｐ１３０のより高いレベル、ＩＦＮ－ガンマのより高いレベル、および疾患負荷のより高いレベルである。実施形態において、対照レベルは、正常な、健康な小児の対象（例えば、ＣＲＳを有さない）；またはＣＡＲ発現細胞の投与前の対象のＩＦＮ－γおよび／またはｓｇｐ１３０のレベルである。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、７ｍｇ／ｄＬ未満（例えば、７、６．８、６、５、４、３、２、１ｍｇ／ｄＬまたはそれ以下）のＣＲＰレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが低いことを示す。
実施形態において、例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の投与後、１～１０日以内、例えば、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１日以内に測定した場合、６ｍｇ／ｄＬまたはそれ以上（例えば、６、６．８、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０ｍｇ／ｄＬまたはそれ以上）のＣＲＰレベルは、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いことを示す。
ある特定の態様において、本開示は、本明細書に記載の１または複数のＣＲＳバイオマーカーを評価することを含む、ＣＲＳをモニタリングする（例えば、ＣＲＳ０、ＣＲＳ１、ＣＲＳ２、もしくはＣＲＳ３を有する患者をモニタリングする）、または重症ＣＲＳの発症についてモニタリングする方法を提供する。この方法は、複数の時点、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の時点で１または複数のバイオマーカーを測定することを含んでもよい。ある特定の態様において、本開示は、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクが高い対象を評価すること、および適宜、ＣＲＳのための処置、例えば、本明細書に記載の処置を投与することを含む、ＣＲＳを管理する方法を提供する。
ある特定のサイトカインまたはサイトカイン受容体を、１または複数の同義語によって呼ぶことができる。例えば、本明細書で使用される、ＩＬ１Ｒ１とＩＬ１ＲＡとは、両方ともＩＬ１受容体に関する同義語である。ｓＩＬ＿１ＲＩは、ｓＩＬＲ１に関する同義語である。ｓＩＬ＿１ＲＩＩは、ｓＩＬ１Ｒ２に関する同義語である。
対象が重症ＣＲＳを有するかどうかを決定するための臨床検査の使用
一部の態様において、本発明は、対象が重症ＣＲＳを有するかどうかを決定する方法を特徴とする。この方法は、例えば、対象のための免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞療法）への応答としての、ＣＲＳリスク状態を獲得することを含み、前記ＣＲＳリスク状態は、下記：
（ｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、もしくはＧＭ－ＣＳＦから選択される１もしくは複数（例えば、３、４、５、１０、１５、２０、もしくはそれ以上）のサイトカインもしくはサイトカイン受容体、またはＣ－反応性タンパク質（ＣＲＰ）、フェリチン、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、もしくは血液尿素窒素（ＢＵＮ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、クレアチニン（Ｃｒ）、もしくはフィブリノゲン、プロトロンビン時間（ＰＴ）、部分トロンボプラスチン時間（ＰＴＴ）、もしくはその組合せから選択される臨床検査（分析物）のレベルもしくは活性；
（ｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ６、ＩＬ６Ｒ、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ６、ＩＬ６Ｒ、およびｓｇｐ１３０のいずれか２つまたは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；または
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ６、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ２Ｒ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ６、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ２Ｒのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性
のうちの１、２、またはそれ以上（全部）の測定値を含み、
その値は、対象の重症ＣＲＳ状態を示す。
一部の実施形態において、少なくとも約２３，５００、２５，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、または２５０，０００ｎｇ／ｍｌ、かつ適宜、最大で約２９９，０００または４１２，０００ｎｇ／ｍｌのフェリチンレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約２３，５００、２０，０００、１８，０００、１６，０００、１４，０００、１２，０００、１０，０００、９，０００、８，０００、７，０００、６，０００、５，０００、４，０００、３，０００、２，０００、または１，０００ｎｇ／ｍｌ未満、かつ適宜、約２８０ｎｇ／ｍｌより高いフェリチンレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約１，７００、２，０００、３，０００、４，０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、１０，０００、１５，０００、または２０，０００Ｕ／Ｌ未満、かつ適宜、最大で約２４，０００Ｕ／ＬのＬＤＨレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約１，７００、１，５００、１，４００、１，３００、１，２００、１，１００、１，０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、または２００Ｕ／Ｌ未満、かつ適宜、約１５９Ｕ／Ｌより高いＬＤＨレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５ｍｇ／ｄｌ、かつ適宜、最大で約３８ｍｇ／ｄｌのＣＲＰレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｍｇ／ｄｌ未満、かつ適宜、約０．７ｍｇ／ｄｌより高いＣＲＰレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、９８０、９００、９５０、または１０００Ｕ／Ｌ、かつ適宜、最大で１３００Ｕ／ＬのＡＬＴレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、または３０Ｕ／Ｌ未満、かつ適宜、約２５Ｕ／Ｌより高いＡＬＴレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、９８０、９００、９５０、１０００Ｕ／Ｌ、かつ適宜、最大で約１５００Ｕ／ＬのＡＳＴレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約１５０、１４０、１３０、１２０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、または３０Ｕ／Ｌ未満、かつ適宜、約１５Ｕ／Ｌより高いＡＳＴレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、または１９０ｍｇ／ｄｌ、かつ適宜、最大で約２１０ｍｇ／ｄｌのＢＵＮレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、または１０ｍｇ／ｄｌ未満、かつ適宜、約５ｍｇ／ｄｌより高いＢＵＮレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、約１５０、１４０、１３０、１２０、１１０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、または３０ｍｇ／ｄｌ未満、かつ適宜、約２０ｍｇ／ｄｌより高いフィブリノゲンレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、少なくとも約１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、または２１０ｍｇ／ｄｌ、かつ適宜、最大で約２３０ｍｇ／ｄｌのフィブリノゲンレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約１７、１８、１９、２０、２１、または２２ｓｅｃ、かつ適宜、最大で約２４ｓｅｃのＰＴレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約１７、１６、１５、または１４ｓｅｃ未満、かつ適宜、約１２ｓｅｃより長いＰＴレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、少なくとも約４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または８５ｓｅｃ、かつ適宜、最大で約９５ｓｅｃのＰＴＴレベルは、重症ＣＲＳを示す。一部の実施形態において、約４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、または２７ｓｅｃ未満、かつ適宜、約２５ｓｅｃより長いＰＴＴレベルは、対象が重症ＣＲＳを有さないことを示す。
一部の実施形態において、重症ＣＲＳを有する患者は、７５ｐｇ／ｍｌより高いＩＦＮ－γおよび６０ｐｇ／ｍｌより高いＩＬ－１０を有する。一部の実施形態において、重症ＣＲＳを有する患者は、４０、５０、６０、７０、または７５ｐｇ／ｍｌより高い、またはそれと等しいＩＦＮ－γ、および３０、４０、５０、または６０ｐｇ／ｍｌより高い、またはそれと等しいＩＬ－１０レベル、もしくはその組合せを有する。
対象
本明細書開示の方法およびキットのいずれかについて、処置される対象、または評価される対象は、任意の処置段階でがんを有する対象、またはこれを有するリスクがある対象である。例示的ながんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。一実施形態において、がんは血液がんである。一実施形態において、がんはＡＬＬである。一実施形態において、がんはＣＬＬである。一実施形態において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。
他の実施形態において、本明細書に開示される方法およびキットのいずれかについて、処置される対象、または評価される対象は、ＣＡＲ Ｔ細胞、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ－０１９を用いて処置される、または処置された対象である。
実施形態において、対象は、例えば、１８歳を超える年齢（例えば、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０歳またはそれ以上の年齢、３０～３５、３５～４０、４０～４５、４５～５０、５０～５５、５５～６０、６０～６５、６５～７０、７０～７５、７５～８０、８０～８５、８５～９０、９０～９５、または９５～１００歳の年齢）を有する成人の対象である。
実施形態において、対象は、例えば、１８歳未満の年齢（例えば、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１歳またはそれ以下の年齢）を有する小児の対象である。
実施形態において、対象は、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスク（例えば、高いリスク）がある。実施形態において、対象は、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクが低い（例えば、リスクがない）。
実施形態において、対象は、ＣＲＳ０、ＣＲＳ１、ＣＲＳ２、またはＣＲＳ３を有する。
実施形態において、対象がＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）を発症するリスクは、本明細書に記載の評価または予測方法を使用して決定される。
バイオマーカーの判定
一部の実施形態において、対象からのサンプル中から決定されたバイオマーカーの量は、絶対測定値（例えば、ｎｇ／ｍＬ）として定量される。絶対測定値は、参照値またはカットオフ値と容易に比較することができる。例えば、疾患進行状態を表すカットオフ値を決定することができ、カットオフ値を上回る（すなわち、がん、例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がんの進行と共に発現を増加させるバイオマーカーについて）か、または下回る（すなわち、がん、例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がんの進行と共に発現が減少するバイオマーカーについて）かのいずれかの任意の絶対値は、疾患進行の可能性がある。
あるいは、バイオマーカーの相対量が決定される。一実施形態において、相対量は、がんを有する対象における１つまたは複数のバイオマーカーの発現および／または活性を、参照パラメーターにおけるバイオマーカーの発現と比較することによって決定される。一部の実施形態において、参照パラメーターは、対象についてのベースラインまたは以前の値、異なる時間間隔での対象、がんの対象（例えば、患者）集団、健康な対照、または健康な対象集団についての平均または中央値の１つまたは複数から得られる。
本開示は、また、診断アッセイ、薬理ゲノミクス、および臨床試験のモニタリングが予測目的で使用され、それにより、個体を予防的に処置する予測医学の分野に関する。それゆえに、本開示の一態様は、がん（例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん）を有するか、またはがん（例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん）を発生するリスクがある個体が、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、本明細書記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など）に応答する可能性がより高いかどうかを決定するために、本明細書記載の１つまたは複数のマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の量、構造、および／または活性を決定するためのアッセイに関する。
遺伝子発現の検出方法
バイオマーカーの発現レベルもアッセイすることができる。本明細書に記載されているマーカーの発現は、転写された分子またはタンパク質の発現を検出するための様々な公知の方法のいずれかによって評価することができる。かかる方法の非限定例は、分泌された細胞－表面、細胞質、もしくは核のタンパク質の検出のための免疫学的な方法、タンパク質の精製方法、タンパク質の機能もしくは活性アッセイ、核酸ハイブリダイゼーション方法、核酸逆転写方法、および核酸増幅方法を含む。
ある特定の実施形態において、特定の遺伝子の活性は、遺伝子転写物（例えば、ｍＲＮＡ）の測定により、翻訳されたタンパク質の量の測定により、または遺伝子産物の活性の測定により特徴付けられる。マーカーの発現は、いずれも標準的な技術を使用して測定することができるｍＲＮＡのレベル、タンパク質のレベル、またはタンパク質の活性を検出することを含む様々なやり方でモニターすることができる。検出は、遺伝子発現（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質、または酵素活性）のレベルの定量化を含むことをできるか、あるいは、遺伝子発現のレベルの、特に対照のレベルと比較した定性的な評価であることができる。検出されるレベルの種類は背景状況から明らかである。
核酸ハイブリダイゼーション技術を使用して遺伝子転写物（それから作製されたｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）を検出および／または定量する方法は当業者に公知である（例えば、Sambrook et al. supra参照）。例えば、ｃＤＮＡの存在、不在、または量を評価するための１つの方法は上記のようなサザン法を含む。簡潔にいうと、ｍＲＮＡを単離し（例えば、酸グアニジニウム－フェノール－クロロホルム抽出方法を使用する、Sambrook et al. supra.）、逆転写してｃＤＮＡを作製する。その後、ｃＤＮＡを消化し、バッファーでゲル上に流し、膜に移してもよい。次に、標的ｃＤＮＡに特異的な核酸プローブを使用してハイブリダイゼーションを実施する。
かかる診断および予後アッセイの一般的な原理は、マーカーおよびプローブを含有することができるサンプルまたは反応混合物を、適当な条件下、マーカーおよびプローブが相互作用し結合して複合体を形成することが可能なように充分な時間調製することを含み、この複合体は取り出すことができ、および／または反応混合物中で検出することができる。これらのアッセイは様々なやり方で行うことができる。
例えば、かかるアッセイを実施する１つの方法は、基材ともいわれる固相支持体にマーカーまたはプローブを固定し、反応の終了時に固相に固定されている標的マーカー／プローブ複合体を検出することを含むであろう。かかる方法の一実施形態において、マーカーの存在および／または濃度をアッセイしようとする対象からのサンプルを担体または固相支持体に固定することができる。別の実施形態においては逆の状況が可能であり、プローブを固相に固定することができ、対象からのサンプルをアッセイの固定されてない成分として反応させることができる。
上述の手法を用いてアッセイを実施するためには、第２の成分が固定されている固相に、固定化されてない成分を加える。反応が完了したのち、複合体を形成していない成分は、形成されたすべての複合体が固相に固定化されたままでいるような条件下で除去することができる（例えば、洗浄することにより）。固相に固定されたマーカー／プローブ複合体の検出は本明細書に概略を示したいくつかの方法で達成することができる。
別の実施形態において、プローブは、固定されてないアッセイ成分である場合、アッセイの検出および読み出しの目的で、本明細書に述べられ当業者には周知である検出可能な標識により直接または間接的に標識することができる。
また、いずれの構成成分（マーカーまたはプローブ）もさらに操作または標識することなく、例えば蛍光エネルギー移動の技術（例えば、Lakowiczら、米国特許第５，６３１，１６９号；Stavrianopoulosら、米国特許第４，８６８，１０３号参照）を利用することにより、マーカー／プローブ複合体の形成を直接検出することも可能である。第１の「ドナー」分子上の蛍光体標識は、適当な波長の入射光による励起の際に、その放出された蛍光エネルギーが第２の「アクセプター」分子上の蛍光標識により吸収され、これが次に吸収されたエネルギーによって蛍光を発することができるように選択される。あるいは、「ドナー」タンパク質分子は単にトリプトファン残基の自然の蛍光エネルギーを利用することができる。標識は、「アクセプター」分子の標識が「ドナー」の標識と区別され得るように異なる波長の光を放出するものが選ばれる。標識間のエネルギー移動の効率は分子を分離している間隔に関連しているので、分子間の空間関係を評価することができる。分子間で結合が起こる状況で、アッセイにおける「アクセプター」分子の標識の蛍光放出は最大になるはずである。ＦＥＴ結合事象は好都合なことに当技術分野で周知の標準的な蛍光検出手段（例えば、蛍光光度計を使用する）によって測定することができる。
別の実施形態において、マーカーを認識するプローブの能力の決定は、リアルタイムの生体分子間相互作用解析（ＢＩＡ）のような技術（例えば、Sjolander, S. and Urbaniczky, C., 1991, ANAL. CHEM. 63:2338-2345およびSzabo et al., 1995, CURR. OPIN. STRUCT. BIOL. 5:699-705参照）を利用することによって、アッセイ構成成分（プローブまたはマーカー）を標識するなく達成することができる。本明細書で使用されるとき、「ＢＩＡ」または「表面プラズモン共鳴」は、生体特異的な相互作用を、相互作用体のいずれも標識することなくリアルタイムで研究する技術である（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）。結合表面における質量の変化（結合事象を示す）の結果、表面付近の光の屈折率が変更され（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学現象）、その結果として検出可能なシグナルが生じ、これは生体分子間のリアルタイムの反応の指標として使用することができる。
あるいは、別の実施形態において、マーカーおよびプローブを液相中の溶質として用いて類似の診断および予後のアッセイを実施することができる。かかるアッセイにおいて、複合体を形成したマーカーとプローブは、限定されることはないが分画遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動および免疫沈降を含む多くの標準的な技術のいずれかによって、複合体を形成していない成分から分離される。分画遠心分離において、マーカー／プローブ複合体は、複合体の異なる大きさおよび密度に基づくそれらの異なる沈降平衡のために一連の遠心分離ステップによって複合体を形成していないアッセイ成分から分離することができる（例えば、Rivas, G., and Minton, A.P., 1993, Trends Biochem Sci. 18(8):284-7参照）。標準的なクロマトグラフ技術も、複合体を形成した分子を、複合体を形成していない分子から分離するために利用することができる。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーは分子を大きさに基づいて、そしてカラムフォーマットに適当なゲル濾過樹脂を利用することで分離し、例えば、比較的大きめの複合体を比較的小さめの複合体を形成していない成分から分離することができる。同様に、複合体を形成していない成分と比較して相対的に異なるマーカー／プローブ複合体の電荷特性を利用して、例えばイオン交換クロマトグラフィー樹脂の利用により、複合体を形成していない成分から複合体を区別することができる。かかる樹脂およびクロマトグラフ技術は当業者に周知である（例えば、Heegaard, N.H., 1998, J. MOL. RECOGNIT. Winter 11(1-6):141-8; Hage, D.S., and Tweed, S.A. J CHROMATOGR B BIOMED SCI APPL 1997 Oct 10;699(1-2):499-525参照）。ゲル電気泳動も、複合体を形成したアッセイ成分を未結合の成分から分離するのに使用することができる（例えば、Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, 1987-1999参照）。この技術において、タンパク質または核酸複合体は、例えば大きさまたは電荷に基づいて分離される。電気泳動プロセス中結合相互作用を維持するために、非変性性のゲルマトリックス材料および還元剤の不在下の条件が典型的である。特定のアッセイおよびその構成成分に適当な条件は当業者に周知である。
特定の実施形態において、マーカーに対応するｍＲＮＡのレベルは、当技術分野で公知の方法を使用して生物学的なサンプル中でインサイチュおよびインビトロの両方のフォーマットにより決定することができる。用語「生物学的なサンプル」とは、対象から単離された組織、細胞、生物学的流体およびその単離物、ならびに対象内に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図されている。多くの発現検出方法が単離されたＲＮＡを使用する。インビトロ方法の場合、ｍＲＮＡの単離に対して選択しないあらゆるＲＮＡ単離技術が細胞からのＲＮＡの精製のために利用され得る（例えば、Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York 1987-1999参照）。加えて、多数の組織サンプルが、例えばＣｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉの単一ステップのＲＮＡ単離プロセス（１９８９年、米国特許第４，８４３，１５５号）のような当業者に周知の技術を使用して容易に加工処理することができる。
単離された核酸は、限定されることはないがサザンまたはノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析およびプローブアレイを含むハイブリダイゼーションまたは増幅アッセイに使用することができる。ｍＲＮＡレベルの検出のための１つの診断方法は、検出しようとする遺伝子によりコードされているｍＲＮＡとハイブリダイズすることができる核酸分子（プローブ）に単離されたｍＲＮＡを接触させることを含む。核酸プローブは、例えば、全長のｃＤＮＡ、または長さが少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０または５００個のヌクレオチドのオリゴヌクレオチドのようなその一部分であることができ、本発明のマーカーをコードするｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに充分であることができる。診断アッセイに使用するのに適した他のプローブは本明細書に記載されている。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、問題のマーカーが発現されていることを示す。
１つのフォーマットにおいて、例えば単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル上に流し、そのｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースのような膜に移すことによって、ｍＲＮＡを固体表面に固定化し、プローブと接触させる。代わりのフォーマットにおいては、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップアレイにおいて、プローブを固体表面に固定化し、ｍＲＮＡをそのプローブに接触させる。熟練者は、公知のｍＲＮＡ検出方法を、本明細書に記載されているマーカーによりコードされているｍＲＮＡのレベルを検出する際に使用するように容易に適合させることができる。
プローブはタンパク質をコードする核酸配列の全長または全長未満であることができる。より短いプローブの特異性が実験的に試験される。例示的な核酸プローブは長さが２０塩基、またはこれ超である（核酸ハイブリダイゼーションに使用される核酸プローブ配列を選択する方法については、例えばＳａｍｂｒｏｏｋらを参照されたい）。ハイブリダイズした部分の可視化によって、ｃＤＮＡの存在または不在の定性的な決定が可能になる。
サンプル中の本発明のマーカーに対応する転写物のレベルを決定する別の方法は、例えば、ｒｔＰＣＲ（実験的具現化はＭｕｌｌｉｓ、１９８７年、米国特許第４，６８３，２０２号に記載されている）、リガーゼ連鎖反応（Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193）、自家持続配列複製（Guatelli et al., 1990, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 87:1874-1878）、転写増幅システム（Kwoh et al., 1989, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 86:1173-1177）、Ｑ－Ｂｅｔａ Ｒｅｐｌｉｃａｓｅ（Lizardi et al., 1988, BIO/TECHNOLOGY 6:1197）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号）または他の任意の核酸増幅方法による核酸増幅のプロセス、およびその後の当業者に周知の技術を使用する増幅された分子の検出を含む。蛍光性ｒｔＰＣＲも本発明の方法に使用することができる。蛍光性ｒｔＰＣＲにおいて、定量化は蛍光シグナルの量に基づいており、例えばＴａｑＭａｎおよびサイバーグリーンである。これらの検出計画は、核酸分子が非常に小数でしか存在しない場合、かかる分子の検出に殊に有用である。本明細書で使用されるとき、増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域（それぞれプラスおよびマイナス鎖、またはその逆）にアニールすることができ、間に短い領域を含有することができる一対の核酸分子であると定義される。一般に、増幅プライマーは長さが約１０～３０ヌクレオチドであり、長さ約５０～２００ヌクレオチドの領域にフランクしている。適当な条件下、適当な試薬により、かかるプライマーは、プライマーによりフランクされているヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。
インサイチュの方法では、検出に先立ってｍＲＮＡを細胞から単離する必要がない。かかる方法において、細胞または組織サンプルは組織学的方法を使用して調製／加工処理する。次に、サンプルを支持体、通例ガラススライドに固定化した後、マーカーをコードするｍＲＮＡにハイブリダイズすることができるプローブと接触させる。
マーカーの絶対的な発現レベルに基づいて決定をする別の可能性として、決定はマーカーの正規化された発現レベルに基づくことができる。発現レベルは、その発現を、マーカーではない遺伝子、例えば構成的に発現するハウスキーピング遺伝子の発現と比較することによりマーカーの絶対的な発現レベルを補正することによって正規化される。正規化のための適切な遺伝子はアクチン遺伝子または上皮細胞－特異的遺伝子のようなハウスキーピング遺伝子を含む。この正規化により、１つのサンプル、例えば対象サンプルの発現レベルを別のサンプル、例えば健常な対象と、または異なる起源のサンプル間で比較することが可能になる。
あるいは、発現レベルは相対発現レベルとして提供することができる。マーカーの相対的な発現レベルを決定するために、マーカーの発現のレベルは、問題のサンプルに対する発現レベルの決定に先立って、正常対がん単離物の１０、またはこれ超のサンプル、またはさらに５０、もしくはこれ超のサンプルに対して決定される。より多数の方のサンプルでアッセイした遺伝子の各々の平均発現レベルを決定され、これをマーカーに対するベースラインの発現レベルとして使用される。次に、試験サンプルに対して決定されたマーカーの発現レベル（発現の絶対的なレベル）をそのマーカーに対して得られた平均の発現値で割る。これが相対的な発現レベルを提供する。
ある特定の実施形態において、ベースラインの決定に使用されるサンプルは、同じ組織型の健常な対象からのサンプルに対して、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する対象に由来するサンプルからのものである。細胞の起源の選択は相対的な発現レベルの使用に依存する。正常な組織で見出された発現を平均発現スコアとして使用すると、アッセイしたマーカーが（正常な細胞に対して）その細胞が由来した組織に特異的であるかどうかを確認する助けになる。さらに、より多くのデータが蓄積されると、その平均の発現値を見直すことができ、蓄積されたデータに基づく改良された相対的な発現値を提供することができる。正常な細胞からの発現データはがんの疾患状態の重症度を格付けするための手段を提供する。
別の実施形態において、マーカーの発現は、対象のサンプルの細胞からゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（すなわち、転写されたポリヌクレオチド）を調製し、そのゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡを、マーカーおよびその断片を含むポリヌクレオチドの相補体である参照ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることによって評価される。ｃＤＮＡは適宜参照ポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションに先立って様々なポリメラーゼ連鎖反応方法のいずれかを使用して増幅することができる。同様に１つまたは複数のマーカーの発現を、定量的ＰＣＲ（ＱＰＣＲ）を使用して検出してマーカーの発現のレベルを評価することができる。あるいは、本発明のマーカーの突然変異または変異体（例えば、単一ヌクレオチド多型、欠失、等）を検出する多くの公知の方法のいずれかを使用して対象における変異したマーカーの出現を検出することができる。
関連する実施形態において、サンプルから得られた転写されたポリヌクレオチドの混合物を、本明細書に記載されているマーカーの少なくとも一部分（例えば、少なくとも７、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも５００、またはこれ超のヌクレオチド残基）と相補的または相同のポリヌクレオチドが固定されている基材と接触させる。本明細書に記載されているマーカーと相補的または相同のポリヌクレオチドが基材上で異なって検出可能であれば（例えば、異なる発色団もしくは蛍光体を使用して検出可能な、もしくは異なる選択された位置に固定されている）、複数のマーカーの発現のレベルが単一の基材（例えば、選択された位置に固定されたポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ）を使用して同時に評価することができる。１つの核酸の別の核酸とのハイブリダイゼーションを含むマーカーの発現を評価する方法を使用するとき、ハイブリダイゼーションはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件で実施することができる。
別の実施形態において、マーカーの発現を評価する方法の組合せが利用される。
本組成物、キット、および方法は本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーの発現レベルの差の検出に依拠できるので、ある特定の実施形態において、マーカーの発現のレベルは、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する対象または参照（例えば、健常な対象、例えばがんをもたない対象からの生物学的なサンプル）からの少なくとも１つの生物学的なサンプルにおける発現を評価するために使用される方法の最小の検出限界より有意に大きい。
核酸分子およびプローブ
本開示の一態様は、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーまたはかかるポリペプチドの一部分に対応するポリペプチドをコードする核酸を含む、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーに対応する単離された核酸分子に関連する。核酸分子は、本明細書に特定されているゲノム領域内に存在する核酸分子を含む。単離された核酸分子はまた、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸分子、およびかかる核酸分子の断片、例えば核酸分子の増幅または突然変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するのに適したものを含む、本明細書に記載されているマーカーに対応する核酸分子を確認するためにハイブリダイゼーションプローブとして使用するのに充分な核酸分子も含む。本明細書で使用される用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）およびＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）およびヌクレオチドアナログを使用して生成されるＤＮＡまたはＲＮＡのアナログを含むことが意図される。核酸分子は一本鎖または二本鎖であることができ、ある特定の実施形態において核酸分子は二本鎖ＤＮＡである。
「単離された」核酸分子は、天然起源の核酸分子中に存在する他の核酸分子から分離されているものである。ある特定の実施形態において、「単離された」核酸分子は、その核酸が由来した生物のゲノムＤＮＡ内でその核酸に生来フランクしている配列（例えば、タンパク質をコードする配列）（すなわち、その核酸の５’および３’末端に位置する配列）を含まない。
言葉「他の細胞物質または培養培地を実質的に含まない」は、核酸分子を単離したかまたは組換えで生産した細胞の細胞成分からその分子が分離されている核酸分子の調製物を含む。したがって、細胞物質を実質的に含まない核酸分子は、（乾燥重量で）約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満の他の細胞物質または培養培地を有する核酸分子の調製物を含む。
所望であれば、核酸分子、例えば、本明細書で特定されているマーカー遺伝子産物は、標準的な分子生物学技術および本明細書に記載されているデータベースレコードの配列情報を使用して単離することができる。かかる核酸配列のすべてまたは一部を使用すると、標準的なハイブリダイゼーションおよびクローニング技術（例えば、Sambrook et al., ed., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989に記載されている）を使用して、核酸分子を単離することができる。
核酸分子は、鋳型としてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡおよび適当なオリゴヌクレオチドプライマーを標準的なＰＣＲ増幅技術に従って使用して増幅することができる。そうして増幅された核酸分子は適当なベクター中にクローニングし、ＤＮＡ配列解析によって特徴付けることができる。なお、本発明の核酸分子のすべてまたは一部に対応するオリゴヌクレオチドは標準的な合成技術により、例えば自動化ＤＮＡ合成器を使用して調製することができる。
本発明の核酸分子の配列に基づくプローブを使用して、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーに対応する転写物（例えば、ｍＲＮＡ）またはゲノム配列を検出することができる。プローブは標識基が結合しており、例えば、放射性同位体、蛍光性化合物、酵素、または酵素補因子を含む。かかるプローブは、対象からの細胞のサンプル中のタンパク質をコードする核酸分子のレベルを測定し、例えば、ｍＲＮＡのレベルを検出し、またはタンパク質をコードする遺伝子が突然変異しているかもしくは欠失しているかどうかを決定するなどによって、タンパク質を誤発現する細胞または組織を確認するための診断用試験キットの一部として使用することができる。
ポリペプチド検出
本明細書に記載されているバイオマーカーを測定する方法は、限定されることはないが、ウェスタンブロット、免疫ブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織学的分析、液体クロマトグラフィー質量分光分析（ＬＣ－ＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分光分析、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、レーザー走査型サイトメトリー、血液分析器および限定されることはないがＤＮＡ結合、リガンド結合、または他のタンパク質パートナーとの相互作用を含むタンパク質の性質に基づくアッセイを含む。
マーカータンパク質の活性またはレベルはまた、発現されたポリペプチドを検出または定量することによって検出および／または定量化こともできる。ポリペプチドは当業者に周知のいくつかの手段のいずれかによって検出し定量化することができる。これらは、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、高拡散クロマトグラフィーなどのような分析生化学的方法、または流体またはゲル沈降素反応、免疫拡散（一元または二元）、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ、ウェスタンブロッティング、免疫組織化学などのような様々な免疫学的方法を含むことができる。熟練者は、公知のタンパク質／抗体検出方法を、血清サンプル中の１つまたは複数のバイオマーカーの発現レベルを決定するのに使用するように容易に適合させることができる。
ポリペプチドを検出するための別の作用物質は本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドに結合することができる抗体、例えば検出可能な標識を有する抗体である。抗体はポリクローナルまたはモノクローナルであることができる。インタクトな抗体、またはその断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）を使用することができる。プローブまたは抗体に関して用語「標識された」とは、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする（すなわち、物理的に結合する）ことによるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接に標識された別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含することを意図している。間接標識の例は、蛍光標識された二次抗体を使用する一次抗体の検出および蛍光標識されたストレプトアビジンで検出することができるようにするビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識を含む。
別の実施形態において、抗体は、標識された、例えば、放射性標識、発色団標識、蛍光体標識、または酵素標識された抗体である。別の実施形態においては、抗体誘導体（例えば、基質またはタンパク質－リガンド対｛例えば、ビオチン－ストレプトアビジン｝のタンパク質またはリガンドとコンジュゲートした抗体）、またはマーカーに対応する読取り枠によりコードされるタンパク質またはその正常な翻訳後修飾のすべてまたは一部を受けているかかるタンパク質のようなマーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する抗体断片（例えば、一本鎖抗体、単離された抗体超可変ドメイン、等）が使用される。
細胞に由来するタンパク質は当業者に周知の技術を使用して単離することができる。使用されるタンパク質単離方法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（Harlow and Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York）に記載されているようなものであることができる。
１つのフォーマットにおいて、抗体、または抗体断片をウェスタンブロットまたは免疫蛍光技術のような方法で使用して、発現されたタンパク質を検出することができる。かかる使用においては、抗体またはタンパク質を固体支持体に固定化することができる。適切な固相支持体または担体は抗原または抗体に結合することができるあらゆる支持体を含む。適した支持体または担体はガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および変性セルロース、ポリアクリルアミド、斑レイ岩、およびマグネタイトを含む。
別の実施形態において、ポリペプチドはイムノアッセイを使用して検出される。本明細書で使用されるとき、イムノアッセイは、分析物（ａｎａｌｙｔｅ）に特異的に結合する抗体を利用するアッセイである。従って、イムノアッセイは、分析物を単離し、標的とし、定量するために他の物理的または化学的な性質を使用することとは対照的に、抗－抗体に対するポリペプチドの特異的な結合の検出によって特徴付ける。
ポリペプチドは、いくつかの十分に認識された免疫学的結合アッセイのいずれかを使用して検出および／または定量化される（例えば、米国特許第４，３６６，２４１号、同第４，３７６，１１０号、同第４，５１７，２８８号、および同第４，８３７，１６８号参照）。一般的なイムノアッセイの概論として、Asai (1993) Methods in Cell Biology Volume 37: Antibodies in Cell Biology, Academic Press, Inc. New York; Stites & Terr (1991) Basic and Clinical Immunology 7th Editionも参照されたい。
別の実施形態において、ポリペプチドは、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）アッセイ技術を使用して検出および／または定量化される。Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）アッセイは、小さな色分けされたビーズを、例えば、各々が特定のバイオアッセイのための試薬でコートされる別個の組に分離し、特異的な分析物のサンプルからの捕獲および検出を多様な様式で可能にする。Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）アッセイ技術はビーズに基づく蛍光サイトメトリーを使用する多重ＥＬＩＳＡアッセイと比較してバイオマーカーのような分析物を検出することができる。
本開示はまた、生物学的なサンプル、例えば、組織、全血、血清、血漿、頬側スクレープ、唾液、脳脊髄液、尿、糞便、および骨髄を含有するサンプル中の、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の存在を検出するためのキットも包含する。かかるキットは、対象が重度のＣＲＳを発症するリスクを決定するのに使用することができる。例えば、キットは、生物学的なサンプル中の、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドまたはポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出することができる標識された化合物または作用物質、ならびに、サンプル中のポリペプチドまたはｍＲＮＡの量を決定するための手段（例えば、ポリペプチドに結合する抗体またはポリペプチドをコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）を含むことができる。キットはまた、キットを使用して得られる結果を解釈するための説明書も含むことができる。
従って、本開示は、対象が重度のＣＲＳを発症するリスクを評価するためのキットを含む。
本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドに結合するのに適した試薬は抗体、抗体誘導体、抗体断片、などを含む。核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、スプライスされたｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、など）に結合するのに適した試薬は相補的な核酸を含む。例えば、核酸試薬は、基質に固定されたオリゴヌクレオチド（標識または非標識）、基質に結合されてない標識オリゴヌクレオチド、ＰＣＲプライマー対、分子指標プローブ、などを含むことができる。
キットは、適宜、本明細書に記載されている方法を実施するのに有用な追加の構成要素を含むことができる。例として、キットは、相補的な核酸をアニールするか、または特異的に結合するタンパク質に抗体を結合させるのに適切な流体（例えば、ＳＳＣバッファー）、１つまたは複数のサンプル区画、本発明の方法の性能を記載した説明書、本明細書に記載されているバイオマーカーの発現レベルの比較のための参照サンプル、などを含むことができる。
本発明のキットは、マーカーのタンパク質レベルまたはタンパク質活性を決定するのに有用な試薬を含むことができる。
治療剤、組成物および投与
本明細書に記載の方法を使用して、例えば、対象がＣＡＲを発現する細胞を投与される、または投与された場合、対象において重症ＣＲＳを発症するリスク状態を評価することができる。
一実施形態において、細胞は、抗原結合ドメイン（例えば、腫瘍抗原に特異的に結合する抗体または抗体断片）、膜貫通ドイン、および細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、共刺激ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン）を含むＣＡＲ分子を発現する。一実施形態において、抗原結合ドメインは、本明細書に記載されている腫瘍抗原のいずれかを標的とするかまたは特異的に結合する当技術分野で公知の任意の抗体、またはその断片、例えばｓｃＦｖを含む。例えば、腫瘍抗原はＣＤ１９である。抗体、またはその断片は、ネズミ科、ヒト化、または全ヒト抗体またはその断片、例えばｓｃＦｖであることができる。
一実施形態において、ＣＡＲは、本明細書に記載されている抗－ＣＤ１９結合するドメインを含む抗体または抗体断片（例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９に特異的に結合するネズミ科またはヒト化抗体または抗体断片）、本明細書に記載されている膜貫通ドメイン、および本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載されている共刺激ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン）を含む。
抗原結合ドメイン
一態様において、ＣＡＲは、抗原結合ドメインともいわれる標的－特異的な結合エレメントを含む。部分の選択は、標的細胞の表面を規定するリガンドの種類および数に依存する。例えば、抗原結合ドメインは、特定の疾患状態に関連する標的細胞上の細胞表面マーカーとして働くリガンドを認識するように選択され得る。従って、本発明のＣＡＲで抗原結合ドメインに対するリガンドとして働き得る細胞表面マーカーの例は、ウイルス、細菌および寄生虫感染、自己免疫疾患およびがん細胞に関連するものを含む。
一態様において、ＣＡＲ－媒介Ｔ－細胞応答は、所望の抗原に特異的に結合する抗原結合ドメインをＣＡＲ中に工学操作で含めることによって目的の抗原に対して指向化することができる。
一態様において、抗原結合ドメインを含むＣＡＲの部分は、腫瘍抗原、例えば本明細書に記載されている腫瘍抗原を標的とする抗原結合ドメインを含む。
抗原結合ドメインは抗原に結合するいかなるドメインであることもでき、例えば、限定されることはないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、およびそれらの機能性断片、例えば、限定されることはないが、単一ドメイン抗体、例えば重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）およびラクダ由来ナノボディの可変ドメイン（ＶＨＨ）、さらにまた別の可能性として、抗原結合ドメインとして機能することが当技術分野で公知の足場、例えば組換えフィブロネクチンドメイン、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、またはそれらの断片、例えば単鎖ＴＣＲ、などであることができる。場合によって、抗原結合ドメインは、ＣＡＲを最終的に使用するのと同一の種に由来するのが有益である。例えば、ヒトに使用する場合、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、抗体または抗体断片の抗原結合ドメインに対するヒトまたはヒト化残基を含むのが有益であり得る。
マウスＣＤ１９ ＣＡＲコンストラクトは、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１２／０７９０００号に記載されており、マウスＣＤ１９ ＣＡＲおよびｓｃＦｖコンストラクトのアミノ酸配列は、以下の表１に示される。


ヒト化抗－ＣＤ１９ ｓｃＦｖドメインを含有するＣＤ１９ＣＡＲコンストラクトは参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号に記載されている。
一実施形態において、抗原結合ドメインは抗－ＣＤ１９抗体、またはその断片、例えばｓｃＦｖを含む。例えば、抗原結合ドメインは表２にリストされている可変重鎖および可変軽鎖を含む。可変重鎖と可変軽鎖とを連結するリンカー配列は、例えば、本明細書に記載のリンカー配列のいずれかであってよく、またはあるいは、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号４５）であってもよい。
当業界における、任意の公知のＣＤ１９ ＣＡＲ、例えば、任意の公知のＣＤ１９ ＣＡＲのＣＤ１９抗原結合ドメインを、本開示に従って使用することができる。例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲは、ＬＧ－７４０、または下記：それぞれ、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，３９９，６４５号；米国特許第７，４４６，１９０号；Xu et al., Leuk Lymphoma. 2013 54(2):255-260(2012)；Cruz et al., Blood 122(17):2965-2973 (2013)；Brentjens et al., Blood, 118(18):4817-4828 (2011)；Kochenderfer et al., Blood 116(20):4099-102 (2010)；Kochenderfer et al., Blood 122 (25):4129-39(2013)；Kochenderfer, J.N. et al., J. Immunother. 32 (7), 689-702 (2009)；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＨＭ８５２９５２；16th Annu Meet Am Soc Gen Cell Ther (ASGCT) (May 15-18, Salt Lake City) 2013, Abst 10；国際公開第２０１２／１２９５１４号；および国際公開第２０１４／０３１６８７号のいずれかに記載の任意のＣＡＲであってもよい。
一実施形態において、抗原結合ドメインは、本明細書、例えば、上記に列挙された抗体に由来する、１つ、２つ、３つ（例えば、３つ全部）の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ ＣＤＲ１、ＨＣ ＣＤＲ２およびＨＣ ＣＤＲ３、および／または本明細書、例えば、上記に列挙された抗体に由来する、１つ、２つ、３つ（例えば、３つ全部）の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ ＣＤＲ１、ＬＣ ＣＤＲ２およびＬＣ ＣＤＲ３を含む。一実施形態において、抗原結合ドメインは、本明細書、例えば、上記に列挙または記載された抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
一部の実施形態において、全ＣＡＲコンストラクトは、表３に列挙されるＣＡＲである。表３は、表２に列挙された様々なＣＡＲドメイン（例えば、膜貫通および細胞内シグナル伝達ドメイン）、および表２に列挙された抗ＣＤ１９抗原結合ドメインを使用して生成される例示的な全ＣＤ１９ ＣＡＲコンストラクトを提供する。アミノ酸配列は（ａａ）と指定され、核酸配列は（ｎｔ）と指定される。
実施形態において、抗原結合ドメインは、抗ＣＤ１９抗体、またはその断片、例えば、ｓｃＦｖを含む。例えば、抗原結合ドメインは、表４に列挙される可変重鎖および可変軽鎖を含む。可変重鎖と可変軽鎖とを連結するリンカー配列は、本明細書に記載の任意のリンカー配列であってもよく、またはＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号８４）であってもよい。






ｓｃＦｖドメインのヒト化ＣＤＲ配列の配列は、重鎖可変ドメインについては表６に、軽鎖可変ドメインについては表７に示される。「ＩＤ」は、それぞれのＣＤＲに関する対応する配列番号を表す。




一部の実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲは、抗ＣＤ１９抗体（例えば、抗ＣＤ１９一特異的もしくは二特異的抗体）またはその断片もしくはコンジュゲートに由来する（例えば、そのアミノ酸配列を含む）抗原結合ドメインを含む。一実施形態において、抗ＣＤ１９抗体は、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号（例えば、国際公開第２０１４／１５３２７０号の表３）に記載のヒト化抗原結合ドメイン、またはそのコンジュゲートである。他の例示的な抗ＣＤ１９抗体またはその断片もしくはコンジュゲートとしては、これらに限定されないが、ＣＤ１９を標的とする二特異的Ｔ細胞エンゲージャ（例えば、ブリナツモマブ）、ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）、ＭＥＤＩ－５５１（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ ＬＬＣ）、Ｃｏｍｂｏｔｏｘ、ＤＴ２２１９ＡＲＬ（Ｍａｓｏｎｉｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）、ＭＯＲ－２０８（ＸｍＡｂ－５５７４とも呼ばれる；ＭｏｒｐｈｏＳｙｓ）、ＸｍＡｂ－５８７１（Ｘｅｎｃｏｒ）、ＭＤＸ－１３４２（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＳＧＮ－ＣＤ１９Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、およびＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）が挙げられる。例えば、Hammer. MAbs. 4.5(2012): 571-77を参照されたい。ブリナツモマブは、一方がＣＤ１９に結合し、一方がＣＤ３に結合する、２個のｓｃＦｖを含む二特異的抗体である。ブリナツモマブは、Ｔ細胞に、がん細胞を攻撃するよう指令する。例えば、Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00274742およびNCT01209286を参照されたい。ＭＥＤＩ－５５１は、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）が増強されるように操作されたＦｃを含むヒト化抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.; and Clinical Trial Identifier No. NCT01957579を参照されたい。Ｃｏｍｂｏｔｏｘは、ＣＤ１９およびＣＤ２２に結合する抗毒素の混合物である。抗毒素は、脱グリコシル化リシンＡ鎖に融合されたｓｃＦｖ抗体断片から構成される。例えば、Hammer et al.；およびHerrera et al. J. Pediatr. Hematol. Oncol. 31.12(2009):936-41；Schindler et al. Br. J. Haematol. 154.4(2011):471-6を参照されたい。ＤＴ２２１９ＡＲＬは、２つのｓｃＦｖと、トランケートされたジフテリア毒素とを含む、ＣＤ１９およびＣＤ２２を標的化する二特異的抗毒素である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier No. NCT00889408を参照されたい。ＳＧＮ－ＣＤ１９Ａは、合成細胞毒性細胞殺傷剤であるモノメチルオーリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）に連結された抗ＣＤ１９ヒト化モノクローナル抗体を含む抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier Nos. NCT01786096およびNCT01786135を参照されたい。ＳＡＲ３４１９は、切断性リンカーを介してメイタンシン誘導体にコンジュゲートされた抗ＣＤ１９ヒト化モノクローナル抗体を含む抗ＣＤ１９抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。例えば、Younes et al. J. Clin. Oncol. 30.2(2012): 2776-82；Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00549185；およびBlanc et al. Clin Cancer Res. 2011;17:6448-58を参照されたい。ＸｍＡｂ－５８７１は、Ｆｃ操作された、ヒト化抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.を参照されたい。ＭＤＸ－１３４２は、ＡＤＣＣが増強されたヒトＦｃ操作された抗ＣＤ１９抗体である。例えば、Hammer et al.を参照されたい。実施形態において、抗体分子は、二特異的抗ＣＤ１９および抗ＣＤ３分子である。例えば、ＡＦＭ１１は、ＣＤ１９およびＣＤ３を標的とする二特異的抗体である。例えば、Hammer et al.；およびClinical Trial Identifier No. NCT02106091を参照されたい。一部の実施形態において、本明細書に記載の抗ＣＤ１９抗体は、治療剤、例えば、化学療法剤、ペプチドワクチン（Izumoto et al. 2008 J Neurosurg 108:963-971に記載のものなど）、免疫抑制剤、または免疫除去剤、例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレート、ＦＫ５０６、ＣＡＭＰＡＴＨ、抗ＣＤ３抗体、細胞毒素、フルダラビン、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８、またはサイトカインにコンジュゲートされるか、またはそうでなければ結合される。
一実施形態において、ＣＤ１９に対する抗原結合ドメインは、本明細書の表に記載の抗原結合ドメインの抗原結合部分、例えば、ＣＤＲである。
実施形態において、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、抗ＢＣＭＡ結合ドメイン（例えば、ヒトまたはヒト化抗ＢＣＭＡ結合ドメイン）、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含み、前記抗ＢＣＭＡ結合ドメインは、表８または表９に列挙される任意の抗ＢＣＭＡ重鎖の結合ドメインのアミノ酸配列の重鎖相補性決定領域１（ＨＣ ＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣ ＣＤＲ２）、および重鎖相補性決定領域３（ＨＣ ＣＤＲ３）を含む。
一実施形態において、抗ＢＣＭＡ結合ドメインは、本明細書（例えば、表８もしくは表９）に記載の軽鎖可変領域および／または本明細書（例えば、表８もしくは表９）に記載の重鎖可変領域を含む。
一実施形態において、コードされる抗ＢＣＭＡ結合ドメインは、表８または表９のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むｓｃＦｖである。
実施形態において、ヒトまたはヒト化抗ＢＣＭＡ結合ドメイン（例えば、ｓｃＦｖ）は、表８もしくは表９に提供される軽鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも１、２もしくは３個の改変（例えば、置換、例えば、保存的置換）を有するが、３０、２０もしくは１０個以下の改変（例えば、置換、例えば、保存的置換）を有するアミノ酸配列、またはその少なくとも９５％（例えば、９５～９９％）の同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域；および／または表８もしくは表９に提供される重鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも１、２もしくは３個の改変（例えば、置換、例えば、保存的置換）を有するが、３０、２０もしくは１０個以下の改変（例えば、置換、例えば、保存的置換）を有するアミノ酸配列、またはその少なくとも９５％（例えば、９５～９９％）の同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
















































ＣＡＲ発現細胞を使用して標的とすることができる例示的な標的抗原は、限定されることはないが、例えば各々参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６３５号、国際公開第２０１４／１３０６５７号、および国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載されている、とりわけＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、メソテリンを含む。
一実施形態において、ＣＤ１９に特異的に結合するＣＡＲ Ｔ細胞はＵＳＡＮ名ＴＩＳＡＧＥＮＬＥＣＬＥＵＣＥＬ－Ｔを有する。ＣＴＬ０１９は、Ｔ細胞の遺伝子改変により作製され、これは、ＥＦ－１アルファプロモーターの制御下にＣＴＬ０１９導入遺伝子を含有する自己不活性化する複製欠陥レンチウイルス（ＬＶ）ベクターによる形質導入を介した安定な挿入によって媒介される。ＣＴＬ０１９は、パーセント導入遺伝子陽性Ｔ細胞に基づいて対象に送達される導入遺伝子陽性および陰性Ｔ細胞の混合物であることができる。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はヒトＣＤ１９に特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子、または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号の表３に従う抗原結合ドメイン（例えば、ヒト化された抗原結合ドメイン）を含むことができる。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ分子、例えば、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ分子、例えば、ＣＴＬ０１９を含む。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号に示されたアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はＣＤ１２３に特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子（例えば、ＣＡＲ１－ＣＡＲ８のいずれか）、または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６３５号の表１－２に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ１２３ ＣＡＲ、例えば、両方とも参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号または米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号に記載のＣＤ１２３ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＤ１２３ ＣＡＲは、両方とも参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号または米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はＥＧＦＲｖＩＩＩに特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子、または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６５７号の表２または配列番号１１に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲ分子、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号に記載のＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲ分子は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はメソテリンに特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子、または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号の表２－３に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のメソテリンＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載のメソテリンＣＡＲを含む。実施形態において、メソテリンＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
一実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＢＣＭＡ ＣＡＲ分子、例えば、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号に記載のＢＣＭＡ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＬＬ１ ＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号に記載のＣＬＬ１ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＬＬ１ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ３３ ＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号に記載のＣＤ３３ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＤ３３ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
一実施形態において、抗原結合ドメインは上記リストの抗体に由来する１、２、３つ（例えば、３つすべて）の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ ＣＤＲ１、ＨＣ ＣＤＲ２およびＨＣ ＣＤＲ３、および／または上記リストの抗体に由来する１、２、３つ（例えば、３つすべて）の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ ＣＤＲ１、ＬＣ ＣＤＲ２およびＬＣ ＣＤＲ３を含む。一実施形態において、抗原結合ドメインは上にリストまたは記載した抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
一部の実施形態において、腫瘍抗原は、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／１４２６７５号に記載されている腫瘍抗原である。一部の実施形態において、腫瘍抗原は、ＣＤ１９；ＣＤ１２３；ＣＤ２２；ＣＤ３０；ＣＤ１７１；ＣＳ－１（ＣＤ２サブセット１、ＣＲＡＣＣ、ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３１９、および１９Ａ２４ともいわれる）；Ｃ－型レクチン様分子－１（ＣＬＬ－１またはＣＬＥＣＬ１）；ＣＤ３３；上皮増殖因子受容体変異体ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）；ガングリオシドＧ２（ＧＤ２）；ガングリオシドＧＤ３（ａＮｅｕ５Ａｃ（２－８）ａＮｅｕ５Ａｃ（２－３）ｂＤＧａｌｐ（１－４）ｂＤＧｌｃｐ（１－１）Ｃｅｒ）；ＴＮＦ受容体ファミリーメンバーＢ細胞成熟（ＢＣＭＡ）；Ｔｎ抗原（（Ｔｎ Ａｇ）または（ＧａｌＮＡｃα－Ｓｅｒ／Ｔｈｒ））；前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）；受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１（ＲＯＲ１）；Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（ＦＬＴ３）；腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ７２）；ＣＤ３８；ＣＤ４４ｖ６；がん胎児性抗原（ＣＥＡ）；上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）；Ｂ７Ｈ３（ＣＤ２７６）；ＫＩＴ（ＣＤ１１７）；インターロイキン－１３受容体サブユニットアルファ－２（ＩＬ－１３Ｒａ２またはＣＤ２１３Ａ２）；メソテリン；インターロイキン１１受容体アルファ（ＩＬ－１１Ｒａ）；前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）；プロテアーゼセリン２１（テスティシンまたはＰＲＳＳ２１）；血管内皮細胞増殖因子受容体２（ＶＥＧＦＲ２）；Ｌｅｗｉｓ（Ｙ）抗原；ＣＤ２４；血小板由来増殖因子受容体ベータ（ＰＤＧＦＲ－ベータ）；ステージ特異的胎児抗原－４（ＳＳＥＡ－４）；ＣＤ２０；葉酸受容体アルファ；受容体チロシン－タンパク質キナーゼＥＲＢＢ２（Ｈｅｒ２／ｎｅｕ）；ムチン１，細胞表面関連（ＭＵＣ１）；上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）；神経細胞接着分子（ＮＣＡＭ）；プロスタシス（Ｐｒｏｓｔａｓｅ）；前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）；伸長因子２突然変異（ＥＬＦ２Ｍ）；エフリンＢ２；繊維芽細胞活性化タンパク質アルファ（ＦＡＰ）；インスリン様増殖因子１受容体（ＩＧＦ－Ｉ受容体）、炭酸脱水酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）；プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン（Ｍａｃｒｏｐａｉｎ））サブユニット、ベータ型、９（ＬＭＰ２）；糖タンパク質１００（ｇｐ１００）；ブレイクポイントクラスター領域（ＢＣＲ）およびエーベルソンネズミ白血病ウイルスがん遺伝子ホモログ１（Ａｂｌ）からなるがん遺伝子融合タンパク質（ｂｃｒ－ａｂｌ）；チロシナーゼ；エフリン型－Ａ受容体２（ＥｐｈＡ２）；フコシルＧＭ１；シアリルＬｅｗｉｓ接着分子（ｓＬｅ）；ガングリオシドＧＭ３（ａＮｅｕ５Ａｃ（２－３）ｂＤＧａｌｐ（１－４）ｂＤＧｌｃｐ（１－１）Ｃｅｒ）；トランスグルタミナーゼ５（ＴＧＳ５）；高分子量－黒色腫－関連抗原（ＨＭＷＭＡＡ）；ｏ－アセチル－ＧＤ２ガングリオシド（ＯＡｃＧＤ２）；葉酸受容体ベータ；腫瘍内皮細胞マーカー１（ＴＥＭ１／ＣＤ２４８）；腫瘍内皮細胞マーカー７－関連（ＴＥＭ７Ｒ）；クローディン６（ＣＬＤＮ６）；甲状腺刺激ホルモン受容体（ＴＳＨＲ）；Ｇタンパク質結合受容体クラスＣ群５，メンバーＤ（ＧＰＲＣ５Ｄ）；染色体Ｘ読取り枠６１（ＣＸＯＲＦ６１）；ＣＤ９７；ＣＤ１７９ａ；未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）；ポリシアル酸；胎盤－特異的１（ＰＬＡＣ１）；グロボＨ糖セラミド（ＧｌｏｂｏＨ）の六糖部分；乳腺分化抗原（ＮＹ－ＢＲ－１）；ウロプラキン２（ＵＰＫ２）；Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（ＨＡＶＣＲ１）；アドレナリン受容体ベータ３（ＡＤＲＢ３）；パネキシン３（ＰＡＮＸ３）；Ｇタンパク質結合受容体２０（ＧＰＲ２０）；リンパ球抗原６複合体，位置Ｋ９（ＬＹ６Ｋ）；嗅覚受容体５１Ｅ２（ＯＲ５１Ｅ２）；ＴＣＲガンマ交互読取り枠タンパク質（ＴＡＲＰ）；Ｗｉｌｍｓ腫瘍タンパク質（ＷＴ１）；がん／睾丸抗原１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）；がん／睾丸抗原２（ＬＡＧＥ－１ａ）；黒色腫－関連抗原１（ＭＡＧＥ－Ａ１）；染色体１２ｐに位置するＥＴＳ転座－変異型遺伝子６（ＥＴＶ６－ＡＭＬ）；精子タンパク質１７（ＳＰＡ１７）；Ｘ抗原ファミリー，メンバー１Ａ（ＸＡＧＥ１）；アンジオポイエチン－結合細胞表面受容体２（Ｔｉｅ２）；黒色腫がん睾丸抗原－１（ＭＡＤ－ＣＴ－１）；黒色腫がん睾丸抗原－２（ＭＡＤ－ＣＴ－２）；Ｆｏｓ－関連抗原１；腫瘍タンパク質ｐ５３（ｐ５３）；ｐ５３突然変異体；プロステイン；ｓｕｒｖｉｖｉｎｇ；テロメラーゼ；前立腺癌腫腫瘍抗原－１（ＰＣＴＡ－１またはガレクチン８）、Ｔ細胞１により認識される黒色腫抗原（ＭｅｌａｎＡまたはＭＡＲＴ１）；ラット肉腫（Ｒａｓ）突然変異体；ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）；肉腫転座ブレイクポイント；アポトーシスの黒色腫阻害剤（ＭＬ－ＩＡＰ）；ＥＲＧ（膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）ＥＴＳ融合遺伝子）；Ｎ－アセチルグルコサミニル－トランスフェラーゼＶ（ＮＡ１７）；ペアードボックスタンパク質Ｐａｘ－３（ＰＡＸ３）；アンドロゲン受容体；サイクリンＢ１；ｖ－ｍｙｃトリ骨髄球腫症ウイルスがん遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ（ＭＹＣＮ）；ＲａｓホモログファミリーメンバーＣ（ＲｈｏＣ）；チロシナーゼ－関連タンパク質２（ＴＲＰ－２）；シトクロムＰ４５０ １Ｂ１（ＣＹＰ１Ｂ１）；ＣＣＣＴＣ－結合因子（ジンクフィンガータンパク質）様（ＢＯＲＩＳまたはインプリント部位のレギュレーターのブラザー）、Ｔ細胞３により認識される扁平上皮細胞癌腫抗原（ＳＡＲＴ３）；ペアードボックスタンパク質Ｐａｘ－５（ＰＡＸ５）；プロアクロシン結合タンパク質ｓｐ３２（ＯＹ－ＴＥＳ１）；リンパ球－特異的タンパク質チロシンキナーゼ（ＬＣＫ）；Ａキナーゼアンカータンパク質４（ＡＫＡＰ－４）；滑液肉腫，Ｘブレイクポイント２（ＳＳＸ２）；糖化最終産物に対する受容体（ＲＡＧＥ－１）；腎遍在性１（ＲＵ１）；腎遍在性２（ＲＵ２）；レグマイン；ヒト乳頭腫ウイルスＥ６（ＨＰＶ Ｅ６）；ヒト乳頭腫ウイルスＥ７（ＨＰＶ Ｅ７）；腸カルボキシルエステラーゼ；突然変異したヒートショックタンパク質７０－２（ｍｕｔ ｈｓｐ７０－２）；ＣＤ７９ａ；ＣＤ７９ｂ；ＣＤ７２；白血球－関連免疫グロブリン様受容体１（ＬＡＩＲ１）；ＩｇＡ受容体のＦｃ断片（ＦＣＡＲまたはＣＤ８９）；白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーＡメンバー２（ＬＩＬＲＡ２）；ＣＤ３００分子様ファミリーメンバーｆ（ＣＤ３００ＬＦ）；Ｃ－型レクチンドメインファミリー１２メンバーＡ（ＣＬＥＣ１２Ａ）；骨髄間質細胞抗原２（ＢＳＴ２）；ＥＧＦ様モジュール－含有ムチン様ホルモン受容体様２（ＥＭＲ２）；リンパ球抗原７５（ＬＹ７５）；グリピカン－３（ＧＰＣ３）；Ｆｃ受容体様５（ＦＣＲＬ５）；および免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド１（ＩＧＬＬ１）の１つまたは複数から選択される。
本明細書に記載の任意の方法または組成物によれば、実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ１２３ ＣＡＲ、例えば、両方とも参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号または米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号に記載のＣＤ１２３ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＤ１２３ ＣＡＲは、両方とも参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号または米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。他の実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ分子、例えば、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ分子、例えば、ＣＴＬ０１９を含む。実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号に示されたアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。一実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＢＣＭＡ ＣＡＲ分子、例えば、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号に記載のＢＣＭＡ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＬＬ１ ＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号に記載のＣＬＬ１ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＬＬ１ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＤ３３ ＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号に記載のＣＤ３３ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＣＤ３３ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲ分子、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号に記載のＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲを含む。実施形態において、ＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のメソテリンＣＡＲ、例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載のメソテリンＣＡＲを含む。実施形態において、メソテリンＣＡＲは、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号に示されるアミノ酸を含む、またはヌクレオチド配列を有する。
例示的なＣＤ１９ ＣＡＲとしては、本明細書、例えば、本明細書に記載の１もしくは複数の表に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ、またはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Xu et al. Blood 123.24(2014):3750-9；Kochenderfer et al. Blood 122.25(2013):4129-39、Cruz et al. Blood 122.17(2013):2965-73、NCT00586391、NCT01087294、NCT02456350、NCT00840853、NCT02659943、NCT02650999、NCT02640209、NCT01747486、NCT02546739、NCT02656147、NCT02772198、NCT00709033、NCT02081937、NCT00924326、NCT02735083、NCT02794246、NCT02746952、NCT01593696、NCT02134262、NCT01853631、NCT02443831、NCT02277522、NCT02348216、NCT02614066、NCT02030834、NCT02624258、NCT02625480、NCT02030847、NCT02644655、NCT02349698、NCT02813837、NCT02050347、NCT01683279、NCT02529813、NCT02537977、NCT02799550、NCT02672501、NCT02819583、NCT02028455、NCT01840566、NCT01318317、NCT01864889、NCT02706405、NCT01475058、NCT01430390、NCT02146924、NCT02051257、NCT02431988、NCT01815749、NCT02153580、NCT01865617、NCT02208362、NCT02685670、NCT02535364、NCT02631044、NCT02728882、NCT02735291、NCT01860937、NCT02822326、NCT02737085、NCT02465983、NCT02132624、NCT02782351、NCT01493453、NCT02652910、NCT02247609、NCT01029366、NCT01626495、NCT02721407、NCT01044069、NCT00422383、NCT01680991、NCT02794961、またはNCT02456207に記載の抗ＣＤ１９ ＣＡＲが挙げられる。
一実施形態において、抗原結合ドメインは、本明細書に記載の抗体（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１５／１４２６７５号、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号、もしくは国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載の抗体）に由来する、１、２、３つ（例えば、３つ全部）の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ ＣＤＲ１、ＨＣ ＣＤＲ２およびＨＣ ＣＤＲ３、および／または本明細書に記載の抗体（例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／１４２６７５号、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号、もしくは国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載の抗体）に由来する、２、３つ（例えば、３つ全部）の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ ＣＤＲ１、ＬＣ ＣＤＲ２およびＬＣ ＣＤＲ３を含む。一実施形態において、抗原結合ドメインは、上記に列挙された抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
実施形態において、抗原結合ドメインは、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１５／１４２６７５号、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２７５Ａ１号、または国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載の抗原結合ドメインである。
実施形態において、抗原結合ドメインは、ＢＣＭＡを標的とし、米国特許出願公開第２０１６－００４６７２４－Ａ１号に記載されている。
実施形態において、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９を標的とし、米国特許出願公開第２０１５－０２８３１７８－Ａ１号に記載されている。
実施形態において、抗原結合ドメインは、ＣＤ１２３を標的とし、米国特許出願公開第２０１４／０３２２２１２Ａ１号、米国特許出願公開第２０１６／００６８６０１Ａ１号に記載されている。
実施形態において、抗原結合ドメインは、ＣＬＬを標的とし、米国特許出願公開第２０１６／００５１６５１Ａ１号に記載されている。
実施形態において、抗原結合ドメインは、ＣＤ３３を標的とし、米国特許出願公開第２０１６／００９６８９２Ａ１号に記載されている。
ＣＡＲ発現細胞を使用して標的化することができる例示的な標的抗原としては、これらに限定されないが、特に、例えば、それぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１４／１５３２７０号、国際公開第２０１４／１３０６３５号、国際公開第２０１６／０２８８９６号、国際公開第２０１４／１３０６５７号、国際公開第２０１６／０１４５７６号、国際公開第２０１５／０９０２３０号、国際公開第２０１６／０１４５６５号、国際公開第２０１６／０１４５３５号、および国際公開第２０１６／０２５８８０号に記載された、ＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＣＤ３３、メソテリン、ＢＣＭＡ、およびＧＦＲ ＡＬＰＨＡ－４が挙げられる。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ヒト化ＣＤ１９に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１４／１５３２７０号の表３に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメイン（例えば、ヒト化抗原結合ドメイン）を含んでもよい。ＣＤ１９ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１４／１５３２７０号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＤ１２３に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１４／１３０６３５号の表１～２に記載のＣＡＲ分子（例えば、ＣＡＲ１～ＣＡＲ８のいずれか）、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＣＤ１２３ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１４／１３０６３５号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＤ１２３に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１６／０２８８９６号の表２、６、および９に記載のＣＡＲ分子（例えば、ＣＡＲ１２３－１～ＣＡＲ１２３－４およびｈｚＣＡＲ１２３－１～ｈｚＣＡＲ１２３－３２のいずれか）、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＣＤ１２３ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１６／０２８８９６号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＥＧＦＲｖＩＩＩに特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１４／１３０６５７号の表２または配列番号１１に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＥＧＦＲｖＩＩＩ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１４／１３０６５７号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＤ３３に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１６／０１４５７６号の表２または表９に記載のＣＡＲ分子（例えば、ＣＡＲ３３－１～ＣＡＲ－３３－９のいずれか）、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＣＤ３３ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１６／０１４５７６号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、メソテリンに特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１５／０９０２３０号の表２～３に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメインを含んでもよい。メソテリンＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１５／０９０２３０号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＢＣＭＡに特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１６／０１４５６５号の表１または１６、配列番号２７１または配列番号２７３に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＢＣＭＡ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１６／０１４５６５号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＬＬ－１に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１６／０１４５３５号の表２に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＣＬＬ－１ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１６／０１４５３５号に特定されている。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＧＦＲ ＡＬＰＨＡ－４に特異的に結合することができる、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１６／０２５８８０号の表２に記載のＣＡＲ分子、または抗原結合ドメインを含んでもよい。ＧＦＲ ＡＬＰＨＡ－４ ＣＡＲ分子および抗原結合ドメイン（例えば、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによる１、２、３個のＶＨ ＣＤＲ；および１、２、３個のＶＬ ＣＤＲを含む）をコードするアミノ酸およびヌクレオチド配列は、国際公開第２０１６／０２５８８０号に特定されている。
一実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ分子のいずれか（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＣＤ３３、メソテリン、ＢＣＭＡ、およびＧＦＲ ＡＬＰＨＡ－４のいずれか）の抗原結合ドメインは、上記に列挙された抗体に由来する、１、２、３個（例えば、３個全部）の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ ＣＤＲ１、ＨＣ ＣＤＲ２およびＨＣ ＣＤＲ３、および／または上記に列挙された抗原結合ドメインに由来する、１、２、３個（例えば、３個全部）の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ ＣＤＲ１、ＬＣ ＣＤＲ２およびＬＣ ＣＤＲ３を含む。一実施形態において、抗原結合ドメインは、上記に列挙または記載された抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
非抗体足場
複数の実施形態において、抗原結合ドメインは非抗体足場、例えば、フィブロネクチン、アンキリン、ドメイン抗体、リポカリン、小モジュール免疫医薬品、マキシボディ、プロテインＡ、またはアフィリンを含む。非抗体足場は細胞上の標的抗原に結合する能力を有する。複数の実施形態において、抗原結合ドメインは細胞上に発現された天然に存在するタンパク質のポリペプチドまたはその断片である。一部の実施形態において、抗原結合ドメインは非抗体足場を含む。得られるポリペプチドが標的細胞上の標的抗原に特異的に結合する少なくとも１つの結合領域を含む限り、様々な非抗体足場を使用することができる。
非抗体足場は、フィブロネクチン（Ｎｏｖａｒｔｉｓ、ＭＡ）、アンキリン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐａｒｔｎｅｒｓ ＡＧ、Ｚｕｒｉｃｈ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）、ドメイン抗体（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｌｔｄ．、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、およびＡｂｌｙｎｘ ｎｖ、Ｚｗｉｊｎａａｒｄｅ、Ｂｅｌｇｉｕｍ）、リポカリン（Ｐｉｅｒｉｓ Ｐｒｏｔｅｏｌａｂ ＡＧ、Ｆｒｅｉｓｉｎｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、小モジュール免疫医薬品（Ｔｒｕｂｉｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．、Ｓｅａｔｔｌｅ、ＷＡ）、マキシボディ（Ａｖｉｄｉａ，Ｉｎｃ．、Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ）、プロテインＡ（Ａｆｆｉｂｏｄｙ ＡＧ、Ｓｗｅｄｅｎ）、およびアフィリン（ガンマ－クリスタリンまたはユビキチン）（Ｓｃｉｌ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ＧｍｂＨ、Ｈａｌｌｅ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を含む。
一実施形態において、抗原結合ドメインは、標的細胞の表面上のカウンターリガンドに結合する分子の細胞外ドメイン、またはそのカウンターリガンド結合性断片を含む。
膜貫通ドメイン
複数の実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲは、抗原結合ドメインを含むことができる細胞外の配列、例えば細胞外認識要素に融合した膜貫通ドメインを含む。一実施形態において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ中のドメインの１つに生来伴うものである。一実施形態において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ中のドメインの１つに生来伴わないものである。
膜貫通ドメインは、膜貫通領域に隣接する１つまたは複数の追加のアミノ酸、例えば、膜貫通ドメインが由来したタンパク質の細胞外領域に伴う１つまたは複数のアミノ酸（例えば、細胞外領域の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０～１５のアミノ酸）および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域に伴う１つまたは複数の追加のアミノ酸（例えば、細胞内領域の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０～１５のアミノ酸）を含むことができる。
複数の実施形態において、膜貫通ドメインは、他の要素、例えば他の膜貫通ドメインとの相互作用を最小にするものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、かかるドメインの、同一または異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに対する結合を最小にし、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小にする。適切な例は、公知の膜貫通ドメインのアミノ酸置換の選択または修飾によって誘導することができる。一実施形態において、膜貫通ドメインは、細胞表面上の別のＣＡＲとのホモ二量体化を促進することができる。
膜貫通ドメインは天然に存在するか、または天然に存在しない合成の配列を含み得る。天然に存在する場合、膜貫通ドメインは任意の膜結合または膜貫通タンパク質に由来し得る。
本明細書に記載されている分子に使用するのに適した膜貫通領域は、例えば、Ｔ－細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３エプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の任意の１つまたは複数に由来し得る。一部の実施形態において、膜貫通ドメインは、例えば、ＫＩＲＤＳ２、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ、ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ１、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃの少なくとも膜貫通領域を含み得る。一実施形態において、膜貫通ドメインはＣＤ８に由来する。一実施形態において、膜貫通ドメインはＣＤ２８に由来する。一態様において、膜貫通ドメインは、配列番号１２または配列番号４２として提供されている配列からの膜貫通ドメインである。
一実施形態において、配列、例えばヒンジまたはスペーサー配列を、膜貫通ドメインと、これが融合している別の配列またはドメインとの間に配置することができる。複数の実施形態において、例えば、限定されることはないがヒトＩｇ（免疫グロブリン）ヒンジを含む様々なヒトヒンジ（ａｋａ「スペーサー」）も使用することができる。適宜、２～１０のアミノ酸の長さの短いオリゴ－またはポリペプチドリンカーが、ＣＡＲの膜貫通ドメインと別のドメイン、例えば細胞内シグナル伝達ドメインまたは共刺激ドメインとの間の結合を形成してもよい。グリシン－セリンダブレットは特に適切なリンカーを提供する。一態様において、ヒンジまたはスペーサーは配列番号４、配列番号６、または配列番号８として提供されているアミノ酸配列である。一態様において、ヒンジまたはスペーサーはＫＩＲ２ＤＳ２ヒンジを含む。
一実施形態において、膜貫通ドメインは天然に存在しない配列であってもよく、この場合主としてロイシンおよびバリンのような疎水性の残基を含むことができる。一実施形態において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが膜貫通ドメインの各々の末端に見出される。
適宜、２～１０のアミノ酸の長さの短いオリゴ－またはポリペプチドリンカーが、ＣＡＲの膜貫通ドメインと細胞質領域との間の結合を形成してもよい。グリシン－セリンダブレットは特に適切なリンカーを提供する。例えば、一態様において、リンカーはＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１０）のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態において、リンカーは、ＧＧＴＧＧＣＧＧＡＧＧＴＴＣＴＧＧＡＧＧＴＧＧＡＧＧＴＴＣＣ（配列番号１１）のヌクレオチド配列によりコードされる。
細胞質ドメイン
ＣＡＲの細胞質ドメインまたは領域は細胞内シグナル伝達ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、一般に、ＣＡＲが導入された免疫細胞の正常なエフェクター機能の少なくとも１つの活性化を担う。
本発明のＣＡＲに使用される細胞内シグナル伝達ドメインの例は、抗原受容体係合の後協力してシグナル変換を開始させるように機能するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）および共受容体の細胞質配列、ならびにこれらの配列の任意の誘導体または変異体および同じ機能を有する任意の組換え配列を含む。
ＴＣＲ単独により生成するシグナルがＴ細胞の完全な活性化には不充分であり、二次的および／または共刺激のシグナルも必要とされることは公知である。従って、Ｔ細胞活性化は、２つの明確に区別可能な種類の細胞質シグナル伝達配列、すなわち、ＴＣＲを介して抗原－依存性一次活性化を開始するもの（一次細胞内シグナル伝達ドメイン）および抗原－独立的に機能して二次的または共刺激シグナルを提供するもの（二次細胞質ドメイン、例えば共刺激ドメイン）により媒介されるということができる。
一次シグナル伝達ドメイン
一次シグナル伝達ドメインはＴＣＲ複合体の一次活性化を刺激的または抑制的のいずれかで調節する。刺激的に働く一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られるシグナル伝達モチーフを含有し得る。
本発明で特に使用されるＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメインの例は、ＴＣＲゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３エプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ２７８（「ＩＣＯＳ」ともいわれる）、ＦｃεＲＩ、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、およびＣＤ６６ｄのものを含む。一実施形態において、本発明のＣＡＲは細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＣＤ３－ゼータ、例えば、本明細書に記載されているＣＤ３－ゼータ配列の一次シグナル伝達ドメインを含む。
一実施形態において、一次シグナル伝達ドメインは、天然のＩＴＡＭドメインと比較して変化した（例えば、増大または減少した）活性を有する改変されたＩＴＡＭドメイン、例えば、突然変異したＩＴＡＭドメインを含む。一実施形態において、一次シグナル伝達ドメインは、改変されたＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、最適化された、および／またはトランケートされたＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一実施形態において、一次シグナル伝達ドメインは１、２、３、４つ、またはこれ超のＩＴＡＭモチーフを含む。本発明で特に使用される一次細胞内シグナル伝達ドメインを含有する分子のさらなる例はＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、およびＣＤ３２のものを含む。
一次細胞内シグナル伝達ドメインは一次刺激分子の機能性断片、またはアナログ（例えば、ＣＤ３ゼータ－ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃ． Ｎｏ．ＢＡＧ３６６６４．１）を含む。一次細胞内シグナル伝達ドメインは、全細胞内領域または、それが融合している抗原結合ドメインがコグネイト抗原と結合したときに細胞内シグナルを発生させるのに充分な細胞内領域の断片を含むことができる。複数の実施形態において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、天然に存在する一次刺激分子、例えば、ヒト（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃ Ｎｏ．ＢＡＧ３６６６４．１）、または他の哺乳類の動物、例えば、非ヒト種、例えば、齧歯動物、サル、類人猿またはネズミ科の細胞内一次刺激分子の全細胞内領域、または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、または９９％の配列同一性を有する。複数の実施形態において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号１８または配列番号２０と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、または９９％の配列同一性を有する。
複数の実施形態において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、天然に存在するヒト一次刺激分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト一次刺激分子の全細胞内領域、または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を有するか、または３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２、または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
共刺激シグナル伝達ドメイン
ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインはＣＤ３－ゼータシグナル伝達ドメイン自体を含むことができるか、または本発明のＣＡＲとの関連で有用な他の任意の望ましい細胞内シグナル伝達ドメインと組み合わせることができる。例えば、ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインはＣＤ３ゼータ鎖部分および共刺激シグナル伝達ドメインを含むことができる。共刺激シグナル伝達ドメインとは、共刺激分子の細胞内ドメインを含むＣＡＲの一部分を意味する。一実施形態において、細胞内ドメインは、ＣＤ３－ゼータのシグナル伝達ドメインおよびＣＤ２８のシグナル伝達ドメインを含むように設計される。一態様において、細胞内ドメインは、ＣＤ３－ゼータのシグナル伝達ドメインおよびＩＣＯＳのシグナル伝達ドメインを含むように設計される。
共刺激分子は、抗原に対するリンパ球の効率的な応答のために必要とされる抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子であり得る。そのような分子の例としては、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、およびＣＤ８３に特異的に結合するリガンドなどが挙げられる。例えば、ＣＤ２７共刺激は、ヒトＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）細胞のインビトロでの拡大、エフェクター機能、および生存を増強し、ヒトＴ細胞の永続性および抗腫瘍活性をインビボで増加させることが立証されている（Song et al. BLOOD. 2012; 119(3):696-706）。かかる共刺激分子のさらなる例は、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ－７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２ＣおよびＰＡＧ／Ｃｂｐを含む。
一部の実施形態において、免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞の集団は、２個以上の細胞内シグナル伝達ドメインを有するＣＡＲ分子を含有する細胞の混合物を含む。実施形態において、免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＤ２８シグナル伝達ドメインと４－１ＢＢシグナル伝達ドメインとを含む１または複数のＣＡＲを含む。例えば、第１の免疫エフェクター細胞は、ＣＤ２８シグナル伝達ドメインを含むＣＡＲ分子を含み、第２の免疫エフェクター細胞は、４－１ＢＢシグナル伝達ドメインを含むＣＡＲ分子を含む。ＣＤ２８シグナル伝達ドメインおよび／または４－１ＢＢシグナル伝達ドメインを含むＣＡＲ分子の発現は、一過的または安定的であってもよい。
本発明のＣＡＲの細胞質部分内の細胞内シグナル伝達配列は、ランダムまたは特定の順序で互いに連結され得る。適宜、例えば、２～１０個のアミノ酸（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のアミノ酸）の長さの短いオリゴ－またはポリペプチドリンカーが細胞内シグナル伝達配列間の結合を形成してもよい。一実施形態において、グリシン－セリンダブレットを適切なリンカーとして使用することができる。一実施形態において、単一のアミノ酸、例えば、アラニン、グリシンを適切なリンカーとして使用することができる。
一態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは２つ、またはこれ超、例えば、２、３、４、５つ、またはこれ超の共刺激シグナル伝達ドメインを含むように設計される。一実施形態において、２つ、またはこれ超、例えば、２、３、４、５つ、またはこれ超の共刺激シグナル伝達ドメインは、リンカー分子、例えば、本明細書に記載されているリンカー分子により分離される。一実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは２つの共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態において、リンカー分子はグリシン残基である。一部の実施形態において、リンカーはアラニン残基である。
共刺激ドメインは、共刺激分子（例えば、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、または４－１ＢＢ）の機能性断片、またはアナログを含む。それは、全細胞内領域または、例えば、それが融合している抗原結合ドメインがコグネイト抗原と結合したとき細胞内シグナルを発生するのに充分な細胞内領域の断片を含むことができる。複数の実施形態において、共刺激ドメインは、本明細書に記載されている天然に存在する共刺激分子、例えば、ヒト、または他の哺乳類の動物、例えば、非ヒト種、例えば、齧歯動物、サル、類人猿またはネズミ科の細胞内共刺激分子の全細胞内領域、または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。複数の実施形態において、共刺激ドメインは配列番号１４または配列番号１６と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。
複数の実施形態において、共刺激シグナル伝達ドメインは、天然に存在するヒト共刺激分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト共刺激分子の全細胞内領域、または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を有するか、または３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２、または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
本明細書に記載されているＣＡＲはいずれも表１０にリストされている構成成分の１つまたは複数を含むことができる。
表10. CARの様々な構成成分の配列(aa-アミノ酸、na-対応するタンパク質をコードする核酸)



ＣＡＲと他の分子または薬剤との同時発現
第２のＣＡＲの同時発現
一態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、さらに、第２のＣＡＲ、例えば、例えば同じ標的（例えば、ＣＤ１９）または異なる標的（例えば、ＣＤ１９以外の標的、例えば、本明細書に記載されている標的）に対する異なる抗原結合ドメインを含む第２のＣＡＲを含むことができる。一実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、第１の抗原を標的とし、共刺激シグナル伝達ドメインを有するが一次シグナル伝達ドメインをもたない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第１のＣＡＲ、ならびに第２の異なる抗原を標的とし、一次シグナル伝達ドメインを有するが共刺激シグナル伝達ドメインをもたない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。共刺激シグナル伝達ドメイン、例えば、４－１ＢＢ、ＣＤ２８、ＣＤ２７、ＯＸ－４０またはＩＣＯＳを第１のＣＡＲ上に、また一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ＣＤ３ゼータを第２のＣＡＲ上に配置することにより、ＣＡＲ活性を両方の標的が発現される細胞に限定することができる。一実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激ドメインを含む第１のＣＡＲ、ならびに別の抗原を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。別の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第１のＣＡＲ、ならびに別の抗原を標的とし、その抗原に対する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。
一実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は本明細書に記載されているＸＣＡＲおよび抑制ＣＡＲを含む。一実施形態において、抑制ＣＡＲは、正常な細胞、例えばＸも発現する正常な細胞に見出されるががん細胞では見られない抗原に結合する抗原結合ドメインを含む。一実施形態において、抑制ＣＡＲは抑制分子の抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む。例えば、抑制ＣＡＲの細胞内ドメインはＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）の細胞内ドメインであることができる。
一実施形態において、ＣＡＲ発現細胞が２つ、またはこれ超の異なるＣＡＲを含むとき、異なるＣＡＲの抗原結合ドメインはこれらの抗原結合ドメインがお互いに相互作用しないようなものであることができる。例えば、第１および第２のＣＡＲを発現する細胞は、第１のＣＡＲの抗原結合ドメインを、例えば、第２のＣＡＲの抗原結合ドメインと会合を形成しない断片、例えばｓｃＦｖとして有することができ、例えば、第２のＣＡＲの抗原結合ドメインはＶＨＨである。
一部の実施形態において、抗原結合ドメインは、単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子を含む。ＳＤＡＢ分子は、相補性決定領域が単一ドメインポリペプチドの一部である分子を含む。例としては、これらに限定されないが、重鎖可変ドメイン、軽鎖を自然に含まない結合分子、従来の４鎖抗体に由来する単一ドメイン、操作されたドメインおよび抗体に由来するもの以外の単一ドメイン足場が挙げられる。ＳＤＡＢ分子は、当業界におけるいずれかのもの、または任意の将来の単一ドメイン分子であってもよい。ＳＤＡＢ分子は、これらに限定されないが、マウス、ヒト、ラクダ、ラマ、ヤツメウナギ、魚類、サメ、ヤギ、ウサギ、およびウシなどの任意の種に由来するものであってもよい。この用語はまた、ラクダ科動物およびサメ以外の種に由来する天然の単一ドメイン抗体分子も含む。
一態様において、ＳＤＡＢ分子は、例えば、サメの血清中に見出される新規抗原受容体（ＮＡＲ）として知られる免疫グロブリンアイソタイプに由来するものなどの、魚類に見出される免疫グロブリンの可変領域に由来するものであってもよい。ＮＡＲの可変領域に由来する単一ドメイン分子（「ＩｇＮＡＲ」）を生成する方法は、国際公開第０３／０１４１６１号およびStreltsov (2005) Protein Sci. 14:2901-2909に記載されている。
別の態様によれば、ＳＤＡＢ分子は、軽鎖を含まない重鎖として知られる天然の単一ドメイン抗原結合分子である。そのような単一ドメイン分子は、例えば、国際公開第９４０４６７８号およびHamers-Casterman, C. et al. (1993) Nature 363:446-448に開示されている。明確さの理由から、軽鎖を自然に含まない重鎖分子に由来するこの可変ドメインは、それを、４鎖免疫グロブリンの従来のＶＨから識別するためにＶＨＨまたはナノボディとして本明細書で公知である。そのようなＶＨＨ分子は、ラクダ科動物種、例えば、ラクダ、ラマ、ヒトコブラクダ、アルパカおよびグアナコに由来するものであってもよい。ラクダ科動物以外の他の種は、軽鎖を自然に含まない重鎖分子を産生することができる；そのようなＶＨＨは、本発明の範囲内にある。
ＳＤＡＢ分子を、組換え、ＣＤＲ移植、ヒト化、ラクダ化、脱免疫化、および／またはインビトロで生成する（例えば、ファージディスプレイによって選択する）ことができる。
また、抗原結合ドメインを含む複数のキメラ膜埋込み型受容体を有する細胞の場合、例えば、抗原結合ドメインが、そのコグネイト抗原に結合する１または複数の抗原結合ドメインの能力を阻害するため、受容体の抗原結合ドメイン間の相互作用は望ましくないことも発見された。したがって、そのような相互作用を最小限にする抗原結合ドメインを含む第１および第２の非天然キメラ膜埋込み型受容体を有する細胞が本明細書に開示される。また、そのような相互作用を最小限にする抗原結合ドメインを含む第１および第２の非天然キメラ膜埋込み型受容体をコードする核酸、ならびにそのような細胞および核酸を作製および使用する方法も、本明細書に開示される。実施形態において、第１および第２の非天然キメラ膜埋込み型受容体の一方の抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖを含み、他方は、単一のＶＨドメイン、例えば、ラクダ、サメ、もしくはヤツメウナギの単一ＶＨドメイン、またはヒトもしくはマウス配列に由来する単一のＶＨドメインを含む。
一部の実施形態において、本明細書の組成物は、第１および第２のＣＡＲを含み、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインは可変軽鎖ドメインおよび可変重鎖ドメインを含まない。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインはｓｃＦｖであり、他方はｓｃＦｖではない。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインは、単一ＶＨドメイン、例えば、ラクダ科、サメ、もしくはヤツメウナギ単一ＶＨドメイン、またはヒトもしくはマウス配列に由来する単一ＶＨドメインを含む。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインは、ナノボディを含む。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインは、ラクダ科ＶＨＨドメインを含む。
一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインはｓｃＦｖを含み、他方は単一ＶＨドメイン、例えば、ラクダ科、サメ、もしくはヤツメウナギ単一ＶＨドメイン、またはヒトもしくはマウス配列に由来する単一ＶＨドメインを含む。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインはｓｃＦｖを含み、他方はナノボディを含む。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの一方の抗原結合ドメインはｓｃＦｖを含み、他方はラクダ科ＶＨＨドメインを含む。
一部の実施形態において、細胞の表面上に存在するとき、第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとそのコグネイト抗原との結合は第２のＣＡＲの存在によって実質的に低減しない。一部の実施形態において、第２のＣＡＲの存在下における第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとそのコグネイト抗原との結合は第２のＣＡＲの不在下での第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとそのコグネイト抗原との結合の８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％である。
一部の実施形態において、細胞の表面上に存在するとき、第１および第２のＣＡＲの抗原結合ドメインは、両方がｓｃＦｖ抗原結合ドメインであった場合よりも少なく互いに会合する。一部の実施形態において、第１および第２のＣＡＲの抗原結合ドメインは、両方がｓｃＦｖ抗原結合ドメインであった場合よりも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％少なく互いに会合する。
ＣＡＲ活性を増強する薬剤の同時発現
別の態様において、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞は、別の薬剤、例えば、ＣＡＲ発現細胞の活性または適応度を増強する薬剤をさらに発現することができる。
例えば、一実施形態において、薬剤は、Ｔ細胞機能をモジュレートする、または調節する、例えば、阻害する分子を阻害する薬剤であってもよい。一部の実施形態において、Ｔ細胞機能をモジュレートする、または調節する分子は、阻害分子である。阻害分子、例えば、ＰＤ１は、一部の実施形態においては、免疫エフェクター応答を上昇させるＣＡＲ発現細胞の能力を低下させる。阻害分子の例としては、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＨＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４もしくはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、またはＴＧＦベータが挙げられる。
実施形態において、作用物質、例えば、阻害性核酸、例えば、ｄｓＲＮＡ、例えば、ｓｉＲＮＡもしくはｓｈＲＮＡ；または例えば、阻害性タンパク質または系、例えば、本明細書記載のような、例えば、クラスター化規則的間隔短鎖回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）、転写活性化剤様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用して、ＣＡＲ発現細胞におけるＴ細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する、分子の発現を阻害することができる。一実施形態において、薬剤は、ｓｈＲＮＡ、例えば、本明細書記載のｓｈＲＮＡである。実施形態において、Ｔ細胞機能をモジュレートする、または調節する、例えば、阻害する薬剤は、ＣＡＲ発現細胞内で阻害される。例えば、Ｔ細胞機能をモジュレートする、または調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子は、ＣＡＲの成分、例えば、全ての成分をコードする核酸に連結される。
一実施形態において、阻害分子を阻害する薬剤は、細胞に正のシグナルを提供する第２のポリペプチド、例えば、本明細書に記載の細胞内シグナル伝達ドメインと会合した、第１のポリペプチド、例えば、阻害分子を含む。一実施形態において、薬剤は、例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＨＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４もしくはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、またはＴＧＦベータなどの阻害分子、またはこれらのいずれかの断片（例えば、これらのいずれかの細胞外ドメインの少なくとも一部）の第１のポリペプチドと、例えば、共刺激ドメイン（例えば、本明細書に記載される、例えば、４１ＢＢ、ＣＤ２７もしくはＣＤ２８）および／または一次シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載のＣＤ３ゼータシグナル伝達ドメイン）を含む、本明細書に記載の細胞内シグナル伝達ドメインである第２のポリペプチドとを含む。一実施形態において、薬剤は、ＰＤ１またはその断片（例えば、ＰＤ１の細胞外ドメインの少なくとも一部）の第１のポリペプチドと、本明細書に記載の細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載のＣＤ２８シグナル伝達ドメインおよび／または本明細書に記載のＣＤ３ゼータシグナル伝達ドメイン）の第２のポリペプチドとを含む。ＰＤ１は、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、ＩＣＯＳ、およびＢＴＬＡも含むＣＤ２８ファミリーの受容体の阻害メンバーである。ＰＤ－１は、活性化したＢ細胞、Ｔ細胞および骨髄細胞上に発現される（Agata et al. 1996 INT. IMMUNOL 8:765-75）。ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２に対する２つのリガンドがＰＤ１への結合の際、Ｔ細胞活性化を下方調節することが示されている（Freeman et a. 2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al. 2001 NAT IMMUNOL 2:261-8; Carter et al. 2002 EUR J IMMUNOL 32:634-43）。ＰＤ－Ｌ１はヒトのがんに豊富に存在する（Dong et al. 2003 J MOL MED 81:281-7; Blank et al. 2005 CANCER IMMUNOL. IMMUNOTHER. 54:307-314; Konishi et al. 2004 CLIN CANCER RES 10:5094）。免疫抑制は、ＰＤ１とＰＤ－Ｌ１との局所的相互作用を阻害することにより逆転させることができる。
一実施形態において、薬剤は、阻害分子、例えば、プログラム細胞死１（ＰＤ１）の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）を含み、膜貫通ドメインならびに４１ＢＢおよびＣＤ３ゼータ（本明細書ではＰＤ１ ＣＡＲとも称される）などの細胞内シグナル伝達ドメインに融合することができる。一実施形態において、ＰＤ１ ＣＡＲは、本明細書に記載のＸＣＡＲと組み合わせて使用される場合、Ｔ細胞の持続性を改善する。一実施形態において、ＣＡＲは、配列番号４０中で下線付きで示されるＰＤ１の細胞外ドメインを含むＰＤ１ ＣＡＲである。一実施形態において、ＰＤ１ ＣＡＲは、配列番号４０のアミノ酸配列を含む。
一実施形態において、薬剤は、ＰＤ１ ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載のＰＤ１ ＣＡＲをコードする核酸配列を含む。一実施形態において、ＰＤ１ ＣＡＲの核酸配列は、配列番号４２に示され、ＰＤ１ ＥＣＤは配列番号４２中で下線付きで示される。
別の例において、一実施形態においては、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する薬剤は、共刺激分子または共刺激分子リガンドであってもよい。共刺激分子の例としては、ＭＨＣクラスＩ分子、ＢＴＬＡおよびＴｏｌｌリガンド受容体、ならびにＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、および４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）が挙げられる。そのような共刺激分子のさらなる例としては、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８アルファ、ＣＤ８ベータ、ＩＬ２Ｒベータ、ＩＬ２Ｒガンマ、ＩＬ７Ｒアルファ、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃ、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ－７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＣＤ１９ａ、および例えば、本明細書に記載されるような、ＣＤ８３と特異的に結合するリガンドが挙げられる。共刺激分子リガンドの例としては、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０Ｌ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ７０、ＯＸ４０Ｌ、４－１ＢＢＬ、ＧＩＴＲＬ、およびＬＩＧＨＴが挙げられる。実施形態において、共刺激分子リガンドは、ＣＡＲの共刺激分子ドメインとは異なる共刺激分子のためのリガンドである。実施形態において、共刺激分子リガンドは、ＣＡＲの共刺激分子ドメインと同じである共刺激分子のためのリガンドである。実施形態において、共刺激分子リガンドは、４－１ＢＢＬである。実施形態において、共刺激リガンドは、ＣＤ８０またはＣＤ８６である。実施形態において、共刺激分子リガンドは、ＣＤ７０である。実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞を、１または複数のさらなる共刺激分子または共刺激分子リガンドを発現するようにさらに操作することができる。
ＣＡＲとケモカイン受容体との同時発現
実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞は、ケモカイン受容体分子をさらに含む。Ｔ細胞でのケモカイン受容体ＣＣＲ２ｂまたはＣＸＣＲ２のトランスジェニック発現は黒色腫および神経芽細胞腫を含むＣＣＬ２またはＣＸＣＬ１を分泌する充実性腫瘍へのトラフィッキングを増強する（Craddock et al., J Immunother. 2010 Oct; 33(8):780-8およびKershaw et al., Hum Gene Ther. 2002 Nov 1; 13(16):1971-80）。こうして、理論に縛られることは望まないが、腫瘍、例えば、充実性腫瘍により分泌されるケモカインを認識するＣＡＲ発現細胞で発現されるケモカイン受容体は、ＣＡＲ発現細胞の腫瘍への帰巣性を改良し、ＣＡＲ発現細胞の腫瘍への浸潤を促進し、そしてＣＡＲ発現細胞の抗腫瘍効能を増強することができると考えられる。ケモカイン受容体分子は天然に存在するかまたは組換えのケモカイン受容体またはそのケモカイン結合性断片を含むことができる。本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＡＲ－Ｔｘ）での発現に適したケモカイン受容体分子は、ＣＸＣケモカイン受容体（例えば、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、またはＣＸＣＲ７）、ＣＣケモカイン受容体（例えば、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、またはＣＣＲ１１）、ＣＸ３Ｃケモカイン受容体（例えば、ＣＸ３ＣＲ１）、ＸＣケモカイン受容体（例えば、ＸＣＲ１）、またはこれらのケモカイン結合性断片を含む。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲと共に発現されるケモカイン受容体分子は、腫瘍により分泌されるケモカインに基づいて選択される。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はさらに、ＣＣＲ２ｂ受容体またはＣＸＣＲ２受容体を含み、例えば、発現する。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲおよびケモカイン受容体分子は同一のベクター上にあるか、または２つの異なるベクター上にある。本明細書に記載されているＣＡＲおよびケモカイン受容体分子が同一のベクター上にある複数の実施形態において、ＣＡＲおよびケモカイン受容体分子は各々２つの異なるプロモーターの制御下にあるか、または同一のプロモーターの制御下にある。
ＣＡＲ発現細胞
本明細書に記載されているＣＡＲは細胞、例えば免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞上に発現される。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲの核酸コンストラクトはＴ細胞に形質導入される。複数の実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲを発現する細胞はインビトロで転写されたＲＮＡ ＣＡＲ Ｔ細胞である。
細胞の起源
実施形態において、増殖および遺伝子改変または他の改変に先立って、細胞、例えば、Ｔ細胞またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の起源を対象から取得することができる。Ｔ細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸膜滲出、脾臓組織、および腫瘍を含むいくつかの起源から取得することができる。
実施形態において、免疫エフェクター細胞（例えば、免疫エフェクター細胞の集団）、例えば、Ｔ細胞は、幹細胞、例えば、胚性幹細胞または多能性幹細胞、例えば、誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）に由来する（例えば、それから分化する）。実施形態において、細胞は、自己または同種異系である。細胞が同種異系である実施形態においては、例えば、幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）に由来する細胞を改変して、その同種反応性を低下させる。例えば、細胞を改変して、例えば、そのＴ細胞受容体を改変する（例えば、破壊する）ことによって、同種反応性を低下させることができる。実施形態において、部位特異的ヌクレアーゼを使用して、例えば、Ｔ細胞分化の後に、Ｔ細胞受容体を破壊することができる。他の例においては、細胞、例えば、ｉＰＳＣに由来するＴ細胞を、病原体由来抗原の認識のため、移植片対宿主疾患を引き起こす可能性が低い、ウイルス特異的Ｔ細胞から生成することができる。さらに他の例においては、共通のＨＬＡハプロタイプが一致した、無関係のレシピエント対象と組織適合性であるように、それらからｉＰＳＣを生成することによって、同種反応性を低下させる、例えば、最小化することができる。さらに他の例においては、遺伝子改変によってＨＬＡ発現を抑制することによって、同種反応性を低下させる、例えば、最小化することができる。例えば、ｉＰＳＣに由来するＴ細胞を、例えば、参照により本明細書に組み込まれるThemeli et al. Nat. Biotechnol. 31.10(2013):928-35に記載のようにプロセシングすることができる。一部の例においては、幹細胞に由来する免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞を、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１６５７０７号に記載の方法を使用してプロセシング／生成することができる。同種異系細胞に関するさらなる実施形態は、例えば、本明細書の「同種異系ＣＡＲ免疫エフェクター細胞」のセクションに記載される。
実施形態において、方法、例えば、製造方法は、ＩＬ－１５および／またはＩＬ－７と、細胞集団とを接触させることをさらに含む。例えば、細胞集団は、ＩＬ－１５および／またはＩＬ－７の存在下で増殖する。実施形態において、細胞集団は、出願の全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１０９４１０号の１４５頁に記載されたように処理される。
Ｔ細胞
実施形態において、細胞はＴ細胞である。当業界で入手可能なＴ細胞株を使用することができる。一部の実施形態において、Ｔ細胞は、Ｆｉｃｏｌｌ（商標）分離のような熟練者に公知のあらゆる技術を使用して対象から採取した一単位の血液から得ることができる。一実施形態において、個体の循環血液からの細胞はアフェレーシスによって得られる。アフェレーシス産物は通例、リンパ球、例えばＴ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球細胞、赤血球細胞、および血小板を含有する。一実施形態において、アフェレーシスによって収集された細胞は、洗浄して血漿画分を除去することができ、細胞を適当なバッファーまたは後の処理ステップのための媒体中にいれてもよい。一実施形態において、細胞はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄される。代わりの実施形態において、洗浄液はカルシウムを欠いており、マグネシウムを欠いていてもよく、または全部ではないとしても多くの二価カチオンを欠いてもよい。一実施形態において、カルシウム不在下の初期の活性化ステップにより、拡大した信号活性化を得る。洗浄ステップは、当業者に公知の方法により、例えば半自動「フロースルー」遠心分離機（例えば、Ｃｏｂｅ ２９９１細胞プロセッサ、Ｂａｘｔｅｒ ＣｙｔｏＭａｔｅ、またはＨａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｅｌｌ Ｓａｖｅｒ ５）を製造業者の指示に従って使用することにより達成され得る。洗浄後、細胞を、例えば、Ｃａ不含、Ｍｇ不含ＰＢＳ、ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ Ａ、またはその他のバッファー含有または不含の生理食塩水溶液のような様々な生体適合性のバッファーに再懸濁することができる。あるいは、アフェレーシスサンプルの望ましくない構成成分を除去し、細胞を直接培養培地に再懸濁してもよい。
一実施形態において、Ｔ細胞は、赤血球細胞を溶解し、例えば、ＰＥＲＣＯＬＬ（商標）勾配を通す遠心分離により、または向流遠心分離水簸により単球を枯渇させることによって末梢血リンパ球から単離される。ＣＤ３＋、ＣＤ２８＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、およびＣＤ４５ＲＯ＋Ｔ細胞などの、Ｔ細胞の特定の亜集団を、陽性または陰性選択技術によってさらに単離することができる。例えば、一実施形態において、Ｔ細胞は、ＤＹＮＡビーズＳ（登録商標）Ｍ－４５０ ＣＤ３／ＣＤ２８ Ｔのような抗－ＣＤ３／抗－ＣＤ２８（すなわち、３×２８）とコンジュゲートしたビーズと共に、所望のＴ細胞の陽性選択に充分な期間インキュベーションすることによって単離することができる。一実施形態において、この期間は約３０分である。さらなる実施形態において、期間は３０分～３６時間、またはこれ超の範囲およびその間のすべての整数値である。さらなる実施形態において、期間は少なくとも１、２、３、４、５、または６時間である。さらに別の実施形態において、期間は１０～２４時間である。実施形態において、インキュベーション期間は、２４時間である。白血病を有する患者からのＴ細胞の単離のために、２４時間などの、より長いインキュベーション時間の使用は、細胞収量を増加させることができる。より長いインキュベーション時間も、腫瘍に浸潤するリンパ球（ＴＩＬ）を腫瘍組織または免疫抑制された個体から単離する際のように、他の細胞型と比較して少ないＴ細胞しか存在しないような状況においてＴ細胞を単離するのに使用し得る。さらに、より長いインキュベーション時間の使用はＣＤ８＋Ｔ細胞の捕獲の効率を増大することができる。このように、Ｔ細胞をＣＤ３／ＣＤ２８ビーズに結合させる時間を単に短縮または延長することによって、および／またはビーズとＴ細胞の比を増大または減少することによって（本明細書にさらに記載するように）、Ｔ細胞の亜集団を培養開始時またはプロセス中の他の時点において優先的に選択することができる。加えて、ビーズまたは他の表面上の抗－ＣＤ３および／または抗－ＣＤ２８抗体の割合を増大または減少することによって、Ｔ細胞の亜集団を培養開始時または他の所望の時点において優先的に選択することができる。当業者であれば、複数回の選択を使用することもできることを認識できる。ある特定の実施形態においては、選択手順を実行し、活性化および増殖プロセスにおいて「非選択」細胞を使用することが望ましいことがある。「非選択」細胞を、さらなる回の選択にかけることもできる。
陰性選択によるＴ細胞集団の富化を、負に選択された細胞にとってユニークな表面マーカーに対する抗体の組合せを用いて達成することができる。１つの方法は、負に選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体の混合物を使用する負磁気免疫付着またはフローサイトメトリーによるセルソーティングおよび／または選択である。例えば、陰性選択によってＣＤ４＋細胞について富化するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ－ＤＲ、およびＣＤ８に対する抗体を含む。ある特定の実施形態において、典型的には、ＣＤ４＋、ＣＤ２５＋、ＣＤ６２Ｌｈｉ、ＧＩＴＲ＋、およびＦｏｘＰ３＋を発現する調節性Ｔ細胞について富化するか、または正に選択することが望ましいことがある。あるいは、ある特定の実施形態において、調節性Ｔ細胞を、抗ＣＤ２５をコンジュゲートさせたビーズまたは他の同様の選択方法によって枯渇させる。ＴＲＥＧ細胞を減少させる方法としては、これらに限定されないが、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ＣＤ２５枯渇、ｍＴＯＲ阻害剤、およびその組合せが挙げられる。実施形態において、ＴＲＥＧ細胞を、例えば、出願全体が参照により本明細書に組み込まれる２０１５年１２月２８日に出願された国際公開第２０１６／１０９４１０号（例えば、その１～６頁および１５２～１５３頁）に記載のように枯渇させる。
実施形態において、細胞、例えば、Ｔ細胞は、例えば、出願全体が参照により本明細書に組み込まれる２０１５年１２月２８日に出願された国際公開第２０１６／１０９４１０号の６２～６６頁に記載のように、テロメラーゼサブユニット、例えば、テロメラーゼの触媒サブユニット、例えば、ＴＥＲＴ、例えば、ｈＴＥＲＴを異所的に発現する。
陽性または陰性選択による細胞の所望の集団の単離のために、細胞の濃度および表面（例えば、ビーズのような粒子）は変化することができる。一部の実施形態において、細胞およびビーズの最大の接触を確実にするために、ビーズおよび細胞が互いに混合される容量を顕著に減少させる（すなわち、細胞の濃度を増大する）のが望ましいことがある。一実施形態において、２０億細胞／ｍｌの濃度が使用される。一実施形態において、１０億細胞／ｍｌの濃度が使用される。さらなる実施形態において、１億個の細胞／ｍｌを超えるものが使用される。さらなる実施形態において、１０００万、１５００万、２０００万、２５００万、３０００万、３５００万、４０００万、４５００万、または５０００万個の細胞／ｍｌの細胞濃度が使用される。実施形態において、７５００万、８０００万、８５００万、９０００万、９５００万、または１億個の細胞／ｍｌの細胞濃度が使用される。さらなる実施形態において、１２５または１５０百万細胞／ｍｌの濃度を使用することができる。高濃度を使用すると、増大した細胞収率、細胞活性化、および細胞増殖を得ることができる。さらに、高い細胞濃度を使用すると、ＣＤ２８－陰性Ｔ細胞のような、目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞の、または多くの腫瘍細胞が存在するサンプル（すなわち、白血病血液、腫瘍組織、等）からの、より効率的な捕獲が可能になる。かかる細胞集団は治療的価値を有する可能性があり、取得するのが望ましいであろう。例えば、高い細胞濃度を使用すると、通常はより弱いＣＤ２８の発現を有するＣＤ８＋Ｔ細胞のより効率的な選択が可能になる。
関連する実施形態において、より低い細胞濃度を使用するのが望ましいことがある。Ｔ細胞の混合物および表面（例えば、ビーズのような粒子）を大幅に希釈することにより、粒子と細胞との間の相互作用が最小になる。これにより、粒子に結合される所望の抗原を大量に発現する細胞が選択される。例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞はより高いレベルのＣＤ２８を発現し、希薄な濃度でＣＤ８＋Ｔ細胞より効率的に捕獲される。一実施形態において、使用される細胞の濃度は５Ｘ１０６／ｍｌである。他の実施形態において、使用される濃度は約１Ｘ１０５／ｍｌ～１Ｘ１０６／ｍｌ、および間の任意の整数値であることができる。他の実施形態において、細胞は変化する長さの時間にわたって変化するスピードで２－１０℃または室温において回転子上でインキュベートすることができる。
刺激のためのＴ細胞はまた洗浄ステップの後凍結することもできる。理論に縛られることは望まないが、凍結およびその後の解凍ステップは、細胞集団内の顆粒球およびある程度までの単球を除去することによってより均一な産物を提供する。血漿および血小板を除去する洗浄ステップの後、細胞を凍結溶液中に懸濁させることができる。多くの凍結溶液およびパラメーターが当技術分野で公知であり、この状況で有用であるが、１つの方法は２０％ＤＭＳＯおよび８％ヒト血清アルブミンを含有するＰＢＳ、または１０％デキストラン４０および５％ブドウ糖、２０％ヒト血清アルブミンおよび７．５％ＤＭＳＯ、または３１．２５％Ｐｌａｓｍａｌｙｔｅ－Ａ、３１．２５％ブドウ糖５％、０．４５％ＮａＣｌ、１０％デキストラン４０および５％ブドウ糖、２０％ヒト血清アルブミン、および７．５％ＤＭＳＯを含有する培養培地または例えば、ＨｅｓｐａｎおよびＰｌａｓｍａｌｙｔｅ Ａを含有する他の適切な細胞凍結培地を使用することを含み、その後細胞は１°／分の速度で－８０℃に凍結され、液体窒素貯蔵タンクの蒸気相内に保存される。他の制御された凍結方法を、－２０℃または液体窒素中の即座の制御されない凍結と同様に使用できる。
ある特定の実施形態において、凍結保存された細胞を本明細書に記載されているように解凍し洗浄し、１時間室温で休ませた後、本明細書に記載されている方法を使用して活性化する。
一実施形態において、増殖させた細胞が必要になるかもしれないときの前の期間に対象から血液サンプルまたはアフェレーシス産物を作成する。この場合、増殖させる細胞の起源は必要ないかなる時点でも採取することができ、Ｔ細胞のような所望の細胞がかかるＴ細胞療法の恩恵を受ける多くの疾患または症状のための例えば、Ｔ細胞療法での後の使用のために単離され凍結される。一実施形態において、血液サンプルまたはアフェレーシスは一般に健康な対象から採取される。ある特定の実施形態において、血液サンプルまたはアフェレーシスは、疾患を発症するリスクがあるがまだ疾患を発症していない一般に健康な対象から採取され、目的の細胞が後の使用のために単離され凍結される。ある特定の実施形態において、Ｔ細胞が増殖され、凍結され、後の時点で使用され得る。ある特定の実施形態において、サンプルは特定の疾患の診断の直後に、しかし何らかの処置をする前に患者から採取される。さらなる実施形態において、細胞は、限定されることはないが治療剤、例えばナタリズマブ、エファリズマブ、抗ウイルス剤、化学療法、放射線、免疫阻害剤、例えばシクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレート、およびＦＫ５０６、抗体、または他の免疫除去剤、例えばＣＡＭＰＡＴＨ、抗－ＣＤ３抗体、シトキサン、フルダラビン、シクロスポリン、ＦＫ５０６、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８、および放射線治療を含む多くの関連の治療法の前の対象に由来する血液サンプルまたはアフェレーシスから単離される。これらの薬物は、カルシウム依存的ホスファターゼであるカルシニューリンを阻害する（シクロスポリンおよびＦＫ５０６）、または増殖因子誘導性シグナル伝達にとって重要であるｐ７０Ｓ６キナーゼを阻害する（ラパマイシン）（Liu et al., Cell 66:807-815, 1991; Henderson et al., Immun. 73:316-321, 1991; Bierer et al., Curr. Opin. Immun. 5:763-773, 1993）。さらなる実施形態において、細胞は、患者のために単離され、フルダラビン、外照射療法（ＸＲＴ）、シクロホスファミドなどの化学療法剤、またはＯＫＴ３もしくはＣＡＭＰＡＴＨなどの抗体を使用する骨髄または幹細胞移植、Ｔ細胞除去療法と共に（例えば、前に、同時に、または後に）後に使用するために凍結される。実施形態において、細胞は、ＣＤ２０と反応する薬剤、例えば、リツキサンなどのＢ細胞除去療法の前に単離され、その後の処置のための後の使用のために凍結することができる。
さらなる実施形態において、Ｔ細胞は対象に機能性のＴ細胞を残す治療の直後に患者から得られる。この点に関して、ある種のがん治療、特に免疫系を損なう薬物による治療の後、治療直後の通常患者がその治療から回復している間、得られるＴ細胞の質がそれらのエクスビボで増殖する能力の点で最適または改良されていることがあるということが観察されている。同様に、本明細書に記載されている方法を使用するエクスビボ操作の後、これらの細胞は増強された生着およびインビボでの増殖に好適な状態であることがある。従って、Ｔ細胞、樹状細胞、または造血系の他の細胞を含む血液細胞をこの回復期に採取することは本発明の範囲内であると考えられる。さらに、ある特定の実施形態において、殊に療法後のある所定の時間枠の間に、動員（例えば、ＧＭ－ＣＳＦによる動員）およびコンディショニングレジメンを使用して、特定の細胞型の再増殖、再循環、再生、および／または増殖が都合がよい状態を対象において作り出すことができる。
同種異系ＣＡＲ
本明細書に記載されている複数の実施形態において、免疫エフェクター細胞は同種異系の免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞またはＮＫ細胞であることができる。例えば、細胞は同種異系のＴ細胞、例えば、機能性のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）および／またはヒト白血球抗原（ＨＬＡ）、例えば、ＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩの発現を欠損している同種異系のＴ細胞であることができる。
機能性のＴＣＲを欠くＴ細胞は、例えば、機能性のＴＣＲをその表面上に発現しないように工学操作されているか、機能性のＴＣＲを含む１つまたは複数のサブユニットを発現しないように工学操作されている（例えば、ＴＣＲアルファ、ＴＣＲベータ、ＴＣＲガンマ、ＴＣＲデルタ、ＴＣＲエプシロン、および／またはＴＣＲゼータを発現しない（または低減した発現を示す）ように工学操作されている）か、またはその表面上に非常にわずかの機能性のＴＣＲしか生産しないように工学操作されていることができる。あるいは、Ｔ細胞は、例えば、ＴＣＲの１つまたは複数のサブユニットの突然変異したかまたはトランケートされた形態の発現によって、実質的に機能低下したＴＣＲを発現することができる。用語「実質的に機能低下したＴＣＲ」とは、このＴＣＲが宿主中で不利な免疫反応を引き起こさないことを意味する。
本明細書に記載されているＴ細胞は、例えば、機能性のＨＬＡをその表面上に発現しないように工学操作することができる。例えば、本明細書に記載されているＴ細胞は、細胞表面発現ＨＬＡ、例えばＨＬＡクラス１および／またはＨＬＡクラスＩＩが下方調節（ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅ）されるように工学操作することができる。一部の実施形態において、ＨＬＡの下方調節はベータ－２マイクログロブリン（Ｂ２Ｍ）の発現を低減または排除することによって達成され得る。
一部の実施形態において、Ｔ細胞は機能性のＴＣＲおよび機能性のＨＬＡ、例えば、ＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩを欠損していることができる。
機能性のＴＣＲおよび／またはＨＬＡの発現を欠損する改変されたＴ細胞は、ＴＣＲまたはＨＬＡの１つまたは複数のサブユニットのノックアウトまたはノックダウンを含む任意の適切な手段によって得ることができる。例えば、Ｔ細胞は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、クラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列（ＣＲＩＳＰＲ）転写－活性化因子様エフェクーヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用するＴＣＲおよび／またはＨＬＡのノックダウンを含むことができる。一部の実施形態において、同種異系細胞は、例えば本明細書に記載されている方法によって、抑制分子を発現しないかまたは低いレベルで発現する細胞であることができる。例えば、細胞は、例えば、免疫エフェクター応答を開始させるＣＡＲ発現細胞の能力を減少することができる抑制分子を発現しないかまたは低いレベルで発現する細胞であることができる。抑制分子の例はＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）を含む。抑制分子の抑制、例えばＤＮＡ、ＲＮＡまたはタンパク質レベルでの抑制は、ＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。複数の実施形態において、抑制性核酸、例えば抑制性核酸、例えばｄｓＲＮＡ、例えばｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ、クラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列（ＣＲＩＳＰＲ）、転写－活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を、例えば、本明細書に記載されているように使用することができる。
ＴＣＲまたはＨＬＡを抑制するｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡ
一部の実施形態において、ＴＣＲ発現および／またはＨＬＡ発現は、ＴＣＲおよび／またはＨＬＡコードする核酸を標的とするｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ、および／または本明細書に記載されている抑制分子（例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦベータ）を細胞、例えば、Ｔ細胞で使用して抑制することができる。
ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡに対する発現系、ならびに例示的なｓｈＲＮＡは、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付で出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６４９および６５０に記載されている。
ＴＣＲまたはＨＬＡを抑制するＣＲＩＳＰＲ
「ＣＲＩＳＰＲ」または「ＴＣＲおよび／またはＨＬＡに対するＣＲＩＳＰＲ」または「ＴＣＲおよび／またはＨＬＡを抑制するＣＲＩＳＰＲ」とは、本明細書で使用されるとき、１組のクラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列、またはかかる１組の反復配列を含む系を意味する。「Ｃａｓ」とは、本明細書で使用されるとき、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質を指す。「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ」系とは、ＣＲＩＳＰＲおよびＣａｓから誘導される系を意味し、これはＴＣＲおよび／またはＨＬＡ遺伝子をサイレントにするかまたは突然変異させるために、および／または本明細書に記載されている抑制分子（例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦベータ）を細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる。
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、およびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付出願の国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６５１－６５８に記載されている。
ＴＣＲおよび／またはＨＬＡを抑制するＴＡＬＥＮ
「ＴＡＬＥＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲに対するＴＡＬＥＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するＴＡＬＥＮ」とは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼを意味し、ＨＬＡおよび／またはＴＣＲ遺伝子を編集するために、および／または本明細書に記載されている抑制分子（例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦベータ）を細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる人工のヌクレアーゼである。
ＴＡＬＥＮ、およびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付出願の国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６５９－６６５に記載されている。
ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するジンクフィンガーヌクレアーゼ
「ＺＦＮ」または「ジンクフィンガーヌクレアーゼ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲに対するＺＦＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するＺＦＮ」とはジンクフィンガーヌクレアーゼ、すなわち、ＨＬＡおよび／またはＴＣＲ遺伝子、および／または本明細書に記載されている抑制分子（例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、およびＴＧＦベータ）を編集するために、細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる人工のヌクレアーゼを意味しする。
ＺＦＮ、およびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６６６－６７１に記載されている。
ＮＫ細胞
実施形態において、細胞は、ナチュラルキラー細胞である。これらの細胞を、患者から単離することができる。実施形態において、細胞は、ナチュラルキラー細胞の安定な細胞株、例えば、Ｃｏｎｋｗｅｓｔから入手可能な安定な同種異系ＮＫ－９２細胞株である。これらの安定なＮＫ－９２細胞株は、Gong et al (April 1994), Leukemia Macmillan Press, Ltd, 8: 652-658により記載され、参照により本明細書に組み込まれる欧州特許第１００７６３０号に開示された方法を使用して取得、トランスフェクトおよび培養されたＮＫ－９２細胞に由来するものであった。ＮＫ－９２細胞株と同様の特性を有するＮＫ細胞株を使用することもできる。実施形態において、個体の循環血液に由来するＮＫ細胞は、アフェレーシスによって取得される。実施形態において、ＮＫ細胞は、ＣＡＲを発現されるように操作され、これらの操作されたＣＡＲＮ細胞を使用して、ＮＫ細胞が単離された患者以外の患者を処置することができる。したがって、これらのＣＡＲＮ細胞は、副作用なしに複数の患者に投与することができる点で、「ユニバーサル」細胞である。すなわち、ＮＫ細胞をある患者から単離し、ＣＡＲを発現するように操作することによって、ＣＡＲＮ細胞を生成させることができ、次いで、これらのＣＡＲＮ細胞を、同じか、または異なる患者に投与することができる。ＮＫ細胞、例えば、ＮＫ－９２細胞は、キラー阻害受容体を発現せず、したがって、がん細胞を回避することによって不活化することができない。ＮＫ細胞（例えば、ＮＫ－９２細胞株または非ホジキンリンパ腫を有する患者に由来する末梢血単核細胞に由来する類似するＮＫ細胞株）の単離および使用のための方法は、記載されている（Zhang et al (2013) Retargeting NK-92 for anti-melanoma activity by a TCR-like single domain antibody; Immunol Cell Biol. 91: 615-624; Tonn et al. (2013) Treatment of patients with advanced cancer with the natural killer cell-line NK-92, Cytotherapy, 15: 1563-1570を参照されたい）。
ＮＫ－９２細胞株は、ＣＤ５６ｈｉｇｈ、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２８、ＣＤ４５、およびＣＤ５４表面マーカーを発現することがわかった。それはさらに、ＣＤ１、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ１０、ＣＤ１４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２３、およびＣＤ３４マーカーを表示しない。培養物中でのＮＫ－９２細胞の増殖は、組換えインターロイキン２（ｒＩＬ－２）の存在に依存し、増殖を維持するには、１０ＩＵ／ｍＬ程度の用量で十分である。同様の特性を有するＮＫ細胞株を使用することもできる。
ＮＫ－９２細胞は、ウシ胎仔血清（例えば、１２．５％、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）、およびウマ血清（例えば、１２．５％、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加した、富化アルファ最少必須培地（ＭＥＭ、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）などの培養培地中で容易に維持される。最初は、１０Ｍヒドロコルチゾンが必要であるが、その後の継代では、ヒドロコルチゾンを省略することができることがわかっている。さらに、組換えヒトＩＬ－２（５００Ｕ／ｍＬ、Ｃｈｉｒｏｎ，Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，ＣＡ）などのＩＬ－２が、長期増殖にとって必要である。懸濁培養物が培地の週２回の交換と共にこの様式で維持される場合、細胞は約２４ｈの倍加時間を示す。
ＮＫ－９２細胞は、インビトロで、広範囲の悪性標的細胞に対する溶解活性を示す。これらのものは、急性および慢性リンパ芽球性および骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、メラノーマなどの循環標的細胞に由来する細胞株、ならびに前立腺がん、神経芽細胞腫、および乳がん細胞株などの固形腫瘍に由来する細胞を含む。
他の免疫エフェクター細胞
別の実施形態において、任意数の免疫エフェクター細胞を単離し、ＣＡＲ、例えば、Ｂ細胞、肥満細胞を発現するように操作することができる。骨髄由来貪食細胞、ＮＫＴ細胞、またはγδＴ細胞。例示的な免疫エフェクター細胞は、出願全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２２９号の図８に列挙される。
Ｔ細胞の活性化および増殖
一実施形態において、免疫エフェクター細胞はＴ細胞である。Ｔ細胞は、一般に、例えば米国特許第６，３５２，６９４号；同第６，５３４，０５５号；同第６，９０５，６８０号；同第６，６９２，９６４号；同第５，８５８，３５８号；同第６，８８７，４６６号；同第６，９０５，６８１号；同第７，１４４，５７５号；同第７，０６７，３１８号；同第７，１７２，８６９号；同第７，２３２，５６６号；同第７，１７５，８４３号；同第５，８８３，２２３号；同第６，９０５，８７４号；同第６，７９７，５１４号；同第よ６，８６７，０４１号；および米国特許出願公開第２００６０１２１００５号に記載されている方法を使用して活性化し増殖する。
一実施形態において、Ｔ細胞は、ＣＤ３／ＴＣＲ複合体関連信号を刺激する作用物質およびＴ細胞の表面上の共刺激分子を刺激するリガンドが結合している表面との接触により増殖する。Ｔ細胞中で、共刺激分子は、Ｔ細胞中での共刺激応答を媒介する、共刺激リガンド、例えば、ＭＨＣクラスＩ分子、例えば、ＣＤ２８に結合するＴ細胞上での結合パートナーである。特に、Ｔ細胞集団は、本明細書に記載されているように、例えば、表面上に固定化された抗－ＣＤ３抗体もしくはその抗原結合性断片、または抗－ＣＤ２抗体との接触によって、またはカルシウムイオノフォアと同時のタンパク質キナーゼＣ活性化因子（例えば、ブリオスタチン）との接触によって、刺激することができる。Ｔ細胞の表面上のアクセサリー分子（例えば、ＣＤ３）の刺激のために、アクセサリー分子に結合するリガンドを使用する。Ｔ細胞の集団を、Ｔ細胞の増殖を刺激するのに適当な条件下で抗－ＣＤ３抗体および抗－ＣＤ２８抗体と増殖させることができる。ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を刺激するために、抗－ＣＤ３抗体および抗－ＣＤ２８抗体を使用するであろう。抗－ＣＤ２８抗体の例は、９．３、Ｂ－Ｔ３、ＸＲ－ＣＤ２８（Ｄｉａｃｌｏｎｅ、Ｂｅｓａｎｃｏｎ、Ｆｒａｎｃｅ）を含む（Berg et al., Transplant Proc. 30(8):3975-3977, 1998; Haanen et al., J. Exp. Med. 190(9):13191328, 1999; Garland et al., J. Immunol Meth. 227(1-2):53-63, 1999）。
ある特定の実施形態において、Ｔ細胞に対する一次活性化シグナルおよび共刺激シグナルは異なるプロトコールにより提供され得る。例えば、各々のシグナルを提供する作用物質は溶液中にあっても、または表面に結合していてもよい。表面に結合されているとき、作用物質は同一の表面に結合していても（すなわち、「シス」構成）または別個の表面に結合していても（すなわち、「トランス」構成）よい。あるいは、１つの作用物質が表面に結合し、他の作用物質が溶液中にあってもよい。一実施形態において、共刺激シグナルを提供する作用物質が細胞表面に結合され、一次活性化シグナルを提供する作用物質が溶液中にあるかまたは表面に結合される。ある特定の実施形態において、両方の作用物質が溶液中にあることができる。一実施形態において、作用物質が可溶性の形態にあり、その後Ｆｃ受容体を発現する細胞または抗体またはこの作用物質に結合する他の結合剤のような表面に架橋してもよい。この点に関して、Ｔ細胞を活性化し増殖させる際に使用が考えられる人工の抗原提示細胞（ａＡＰＣ）については、例えば、米国特許出願公開第２００４０１０１５１９号および同第２００６００３４８１０号を参照されたい。
一実施形態において、２つの作用物質が同一のビーズ、すなわち「シス」か、または別個のビーズ、すなわち「トランス」のビーズに固定化される。例として、一次活性化シグナルを提供する作用物質は抗－ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片であり、共刺激シグナルを提供する作用物質は抗－ＣＤ２８抗体またはその抗原結合性断片であり、両方の作用物質が同等の量の分子として同一のビーズに同時固定化される。一実施形態において、ビーズに結合された１：１の比の各々の抗体がＣＤ４＋Ｔ細胞増殖およびＴ細胞増殖に使用される。ある特定の実施形態において、１：１の比を使用して観察される増殖と比較してＴ細胞増殖の増大が観察されるように、ある比の抗ＣＤ３：ＣＤ２８抗体をビーズに結合して使用する。一実施形態において、１：１の比を使用して観察される増殖と比較して約１～約３倍の増大が観察される。一実施形態において、ビーズに結合したＣＤ３：ＣＤ２８抗体の比は１００：１～１：１００の範囲およびその間のすべての整数値である。一実施形態において、抗－ＣＤ３抗体より多くの抗－ＣＤ２８抗体が粒子に結合され、すなわち、ＣＤ３：ＣＤ２８の比は１未満である。ある特定の実施形態において、ビーズに結合した抗ＣＤ２８抗体対抗ＣＤ３抗体の比は２：１より大きい。一実施形態において、ビーズに結合された１：１００のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。一実施形態において、ビーズに結合された１：７５のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。さらなる実施形態において、ビーズに結合された１：５０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。一実施形態において、ビーズに結合された１：３０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。一実施形態において、ビーズに結合された１：１０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。別の実施形態において、ビーズに結合された１：３のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。さらに別の実施形態において、ビーズに結合された３：１のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。
１：５００～５００：１およびその間の任意の整数値の粒子対細胞の比を使用してＴ細胞または他の標的細胞を刺激し得る。当業者には容易に認識され得るように、粒子対細胞の比は標的細胞に対する相対的な粒径に依存し得る。例えば、小さい大きさのビーズは数個の細胞に結合できるだけであろうが、より大きいビーズは多くと結合することができよう。ある特定の実施形態において、細胞対粒子の比は１：１００～１００：１の範囲およびその間の任意の整数値であり、さらなる実施形態において、１：９～９：１およびその間の任意の整数値の比も、Ｔ細胞を刺激するのに使用することができる。抗－ＣＤ３－および抗－ＣＤ２８に結合した粒子対Ｔ細胞の、Ｔ細胞の刺激をもたらす比は上記のように変化することができるが、いくつかの適切な値は１：１００、１：５０、１：４０、１：３０、１：２０、１：１０、１：９、１：８、１：７、１：６、１：５、１：４、１：３、１：２、１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、および１５：１を含み、１つの適切な比は少なくとも１：１の粒子／Ｔ細胞である。一実施形態において、１：１またはこれ未満の粒子対細胞の比を使用する。１つの特定の実施形態において、適切な粒子：細胞の比は１：５である。さらなる実施形態において、粒子対細胞の比は刺激の日に応じて変化することができる。例えば、一実施形態において、粒子対細胞の比は第１の日で１：１～１０：１であり、その後１０日まで、毎日または１日おきに１：１～１：１０（追加の日の細胞数に基づく）の最終の比で追加の粒子を細胞に加える。１つの特定の実施形態において、粒子対細胞の比は刺激の第１の日に１：１であり、刺激の第３および第５の日に１：５に調節する。一実施形態において、粒子は毎日または１日おきの割合で第１の日に１：１の最終の比で、刺激の第３および第５の日に１：５で加えられる。一実施形態において、粒子対細胞の比は刺激の第１の日に２：１であり、刺激の第３および第５の日に１：１０に調節される。一実施形態において、粒子は毎日または１日おきの割合で第１の日に１：１の最終の比で、刺激の第３および第５の日に１：１０で加えられる。当業者には認識されるように、様々な他の比が使用に適切であり得る。特に、比は粒径ならびに細胞の大きさおよび型に応じて変化する。一実施形態において、使用するのに最も典型的な比は第１の日に１：１、２：１および３：１の近辺である。
さらなる実施形態において、細胞、例えば、Ｔ細胞を作用物質がコートされたビーズと混合し、その後ビーズと細胞を分離し、次いで細胞を培養する。代わりの実施形態においては、培養の前に、作用物質がコートされたビーズと細胞を分離しないで、一緒に培養する。さらなる実施形態において、最初に磁力のような力を加えることによりビーズと細胞を集結させて、細胞表面マーカーの増大したライゲーションを得ることにより、細胞刺激を誘発する。
例として、抗－ＣＤ３および抗－ＣＤ２８が結合した常磁性のビーズ（３×２８ビーズ）をＴ細胞と接触させることによって細胞表面タンパク質をライゲーションすることができる。一実施形態において、細胞（例えば、１０４～１０９のＴ細胞）およびビーズ（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（登録商標）Ｍ－４５０ ＣＤ３／ＣＤ２８ Ｔ常磁性ビーズ、比１：１）を、バッファー、例えばＰＢＳ（カルシウムおよびマグネシウムのような二価のカチオンを含まない）中で混合する。ここでも、当業者は、いかなる細胞濃度を使用してもよいことが容易に理解できる。例えば、標的細胞はサンプル中にきわめてまれに存在し、サンプルの０．０１％でしかないことがあるか、または全サンプル（すなわち、１００％）が目的の標的細胞を含むことがある。ある特定の実施形態において、細胞と粒子の最大の接触を確保するために、粒子と細胞が共に混合される容量を大幅に減少する（すなわち、細胞の濃度を増大する）のが望ましいことがある。例えば、一実施形態において、約２０億細胞／ｍｌの濃度を使用する。一実施形態において、１億細胞／ｍｌより多くを使用する。さらなる実施形態において、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、または５０００万細胞／ｍｌの細胞濃度を使用する。別の一実施形態において、７５００、８０００、８５００、９０００、９５００、または１００００万細胞／ｍｌの細胞濃度を使用する。さらなる実施形態において、１億２５００万または１億５０００万細胞／ｍｌの濃度を使用することができる。高い濃度を使用すると、増大した細胞収率、細胞活性化、および細胞増殖を得ることができる。さらに、高い細胞濃度の使用により、ＣＤ２８－陰性Ｔ細胞のような目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞のより効率的な捕獲が可能になる。かかる細胞集団は治療的価値を有し得、ある特定の実施形態においては得ることが望ましいであろう。例えば、高濃度の細胞を使用すると、通常より弱いＣＤ２８発現を有するＣＤ８＋Ｔ細胞のより効率的な選択が可能になる。
実施形態において、混合物を、数時間（約３時間）から約１４日間またはその間の任意の時間的に整数の値にわたって培養することができる。実施形態において、混合物を、２１日間培養することができる。実施形態において、ビーズとＴ細胞とを、約８日間にわたって一緒に培養する。実施形態において、ビーズとＴ細胞とを、２～３日間にわたって一緒に培養する。Ｔ細胞の培養時間が６０日、またはこれ超になり得るように数サイクルの刺激も望ましいことがある。Ｔ細胞培養に適当な条件は、血清（例えば、ウシ胎児またはヒト血清）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、インスリン、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－４、ＩＬ－７、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＴＧＦβ、およびＴＮＦ－αまたはその他熟練者に公知の細胞の成長のための任意の添加剤を含む、増殖および生存能力に必要な因子を含有していてもよい適当な培地（例えば、最少必須培地またはＲＰＭＩ培地１６４０またはＸ－ｖｉｖｏ １５（Ｌｏｎｚａ））を含む。細胞の成長のためのその他の添加剤は、限定されることはないが、界面活性剤、プラスマネート、ならびにＮ－アセチル－システインおよび２－メルカプトエタノールのような還元剤を含む。培地は、アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、およびビタミンが添加され、血清を含まないか、または適当な量の血清（または血漿）もしくは規定の組のホルモン、および／またはＴ細胞の成長および増殖に充分な量のサイトカインが補充された、ＲＰＭＩ １６４０、ＡＩＭ－Ｖ、ＤＭＥＭ、ＭＥＭ、α－ＭＥＭ、Ｆ－１２、Ｘ－Ｖｉｖｏ １５、およびＸ－Ｖｉｖｏ ２０、Ｏｐｔｉｍｉｚｅｒを含むことができる。抗生物質、例えばペニシリンおよびストレプトマイシンは実験的培養でのみ含まれ、対象に注入される細胞の培養では含まれない。標的細胞を、成長を支持するのに必要な条件、例えば、適当な温度（例えば、３７℃）および大気（例えば、空気プラス５％ＣＯ２）に維持する。
多様な刺激時間に曝露されたＴ細胞は異なる特性を示し得る。例えば、典型的な血液またはアフェレーシス処理した末梢血単核細胞産物は、細胞毒性またはサプレッサーＴ細胞集団（ＴＣ、ＣＤ８＋）より大きいヘルパーＴ細胞集団（ＴＨ、ＣＤ４＋）を有する。ＣＤ３およびＣＤ２８受容体を刺激することによるＴ細胞のエクスビボ増殖は約８～９日の前には主にＴＨ細胞からなるＴ細胞の集団を生成し、一方約８～９日の後にはＴ細胞の集団はＴＣ細胞の次第に大きくなる集団を含む。従って、治療の目的に応じて、主にＴＨ細胞を含むＴ細胞集団の対象への注入は有利であり得る。同様に、ＴＣ細胞の抗原－特異的なサブセットが単離されたら、このサブセットをさらに大きく増殖させるのが有益であり得る。
さらに、ＣＤ４およびＣＤ８マーカーに加えて、他の表現型マーカーが細胞増殖プロセスの過程で顕著に、しかし大部分が再現性よく変化する。従って、かかる再現性は活性化したＴ細胞産物を特定の目的に適合させる能力を可能にする。
様々なアッセイを使用して、限定されることはないが、抗原刺激後にＴ細胞を増殖させ、再刺激の不在下でＴ細胞増殖を持続する能力、および抗－がん活性のようなＣＡＲ分子の活性を適当な動物モデルで評価することができる。ＣＡＲの効果を評価するためのアッセイは以下にさらに詳細に記載する。
一次Ｔ細胞中でのＣＡＲ発現のウェスタンブロット分析を使用して、ＣＡＲに関する公開された方法を使用してその存在を検出することができる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)を参照されたい。非常に簡単に述べると、ＣＡＲを発現するＴ細胞（ＣＤ４＋とＣＤ８＋Ｔ細胞の１：１混合物）を、１０日間を超えてインビトロで増殖させた後、溶解し、還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥを行う。完全長ＴＣＲ－ζ細胞質ドメインと、内因性ＴＣＲ－ζ鎖とを含有するＣＡＲを、ＴＣＲ－ζ鎖に対する抗体を使用するウェスタンブロッティングによって検出する。同じＴ細胞サブセットを、非還元条件下でのＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析のために使用して、共有二量体形成の評価を可能にする。
抗原刺激に続くＣＡＲ＋Ｔ細胞（すなわち、ＣＡＲＴ細胞）のインビトロ増殖はフローサイトメトリーにより測定することができる。例えば、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の混合物をαＣＤ３／αＣＤ２８ ａＡＰＣで刺激し、その後解析されるプロモーターの制御下でＧＦＰを発現するレンチウイルスベクターで形質導入する。例示的なプロモーターはＣＭＶ ＩＥ遺伝子、ＥＦ－１α、ユビキチンＣ、またはホスホグリセロキナーゼ（ＰＧＫ）プロモーターを含む。ＧＦＰ蛍光は培養６日にＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットでフローサイトメトリーにより評価される。例えば、Milone ET AL., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。あるいは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の混合物を、αＣＤ３／αＣＤ２８でコートされた磁気ビーズで０日に刺激し、１日に、２Ａリボソーマルスキッピング配列（ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｋｉｐｐｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を使用してｅＧＦＰと共にＣＡＲを発現する２シストロン性レンチウイルスベクターを使用してＣＡＲで形質導入する。洗浄後、培養物を、抗ＣＤ３抗体および抗ＣＤ２８抗体（Ｋ５６２－ＢＢＬ－３／２８）の存在下でＣＡＲコンストラクトを用いて再刺激する。外因性のＩＬ－２を１日おきに１００ＩＵ／ｍｌで培養物に加える。ＧＦＰ＋Ｔ細胞はビーズに基づく計数（ｂｅａｄ－ｂａｓｅｄ ｃｏｕｎｔｉｎｇ）を使用してフローサイトメトリーにより数え上げる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。
再刺激の不在下の持続されるＣＡＲ＋Ｔ細胞増殖を測定することもできる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。簡潔にいうと、αＣＤ３／αＣＤ２８でコートされた磁気ビーズによる０日での刺激、および示されたＲＣＡＲによる１日での形質導入の後、培養の８日に、Ｃｏｕｌｔｅｒ Ｍｕｌｔｉｓｉｚｅｒ ＩＩＩ粒子計数器を使用して平均Ｔ細胞容量（ｆｌ）を測定する。
細胞増殖およびサイトカイン産生の評価は、例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)に以前に記載されている。簡単に述べると、ＣＡＲ媒介性増殖の評価を、洗浄されたＴ細胞と、腫瘍抗原、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩまたはＥＧＦＲ野生型（ｗｔ）またはＣＤ３２およびＣＤ１３７（ＫＴ３２－ＢＢＬ）を発現するＵ８７ＭＧ、ＢＨＫまたはＣＨＯ細胞などの標的細胞とを、最終Ｔ細胞：標的細胞比１：１で混合することにより、マイクロタイタープレート中で実行する。抗ＣＤ３（クローンＯＫＴ３）および抗ＣＤ２８（クローン９．３）モノクローナル抗体を、Ｔ細胞増殖を刺激するための陽性対照として働くＫＴ３２－ＢＢＬ細胞を含む培養物に添加するが、これらのシグナルは、ｅｘ ｖｉｖｏで長期的なＣＤ８＋Ｔ細胞増殖を支援するからである。Ｔ細胞を、製造業者によって記載されたようにＣｏｕｎｔＢｒｉｇｈｔ（商標）蛍光ビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）およびフローサイトメトリーを使用して、培養物中で数える。ＣＡＲ＋Ｔ細胞を、ｅＧＦＰ－２Ａに連結されたＣＡＲを発現するレンチウイルスベクターを用いて操作されるＴ細胞を使用して、ＧＦＰ発現によって同定する。ＧＦＰを発現しないＣＡＲ＋Ｔ細胞については、ＣＡＲ＋Ｔ細胞を、ビオチン化された組換えタンパク質、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩおよび二次アビジン－ＰＥコンジュゲートを用いて検出する。Ｔ細胞上でのＣＤ４＋およびＣＤ８＋発現も、特異的モノクローナル抗体（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて同時に検出される。サイトカインの測定を、製造業者の説明書に従ってヒトＴＨ１／ＴＨ２サイトカインサイトメトリービーズアレイキット（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用する再刺激の２４時間後に収集された上清に対して実行する。蛍光を、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用して評価し、データを製造業者の説明書に従って分析する。
細胞毒性を、標準的な５１Ｃｒ放出アッセイによって評価することができる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)を参照されたい。簡単に述べると、標的細胞、例えば、ＲＣＡＲ、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩまたはＥＧＦＲ野生型（ｗｔ）を発現するＵ８７ＭＧ、ＢＨＫまたはＣＨＯ細胞に、頻繁に撹拌しながら３７℃で２時間、５１Ｃｒ（ＮａＣｒＯ４として、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｎｕｃｌｅａｒ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）を充填し、完全ＲＰＭＩ中で２回洗浄し、マイクロタイタープレート中に塗布する。エフェクターＴ細胞を、変化する比のエフェクター細胞：標的細胞（Ｅ：Ｔ）で完全ＲＰＭＩ中、ウェル中の標的細胞と混合する。培地のみ（自発的放出、ＳＲ）またはトリトン－Ｘ１００界面活性剤の１％溶液（全放出、ＴＲ）を含有するさらなるウェルも調製する。３７℃で４時間インキュベートした後、それぞれのウェルに由来する上清を収獲する。次いで、放出された５１Ｃｒを、ガンマ粒子計測器（Ｐａｃｋａｒｄ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ Ｃｏ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を使用して測定する。それぞれの条件を、少なくとも３組実施し、溶解のパーセンテージを、式：％溶解＝（ＥＲ－ＳＲ）／（ＴＲ－ＳＲ）（式中、ＥＲは各実験条件について放出される平均５１Ｃｒを表す）を使用して算出する。フローベース細胞毒性アッセイなどの、代替的な細胞毒性アッセイを使用することもできる。本明細書の実施例のセクションに記載されているものならびに当技術分野で公知のものを含む他のアッセイも、ＲＣＡＲコンストラクトを評価するために使用することができる。
ＣＡＲをコードする核酸コンストラクト
１つまたは複数のＣＡＲコンストラクトをコードする核酸分子は本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）に導入することができる。一態様において、核酸分子はメッセンジャーＲＮＡ転写物として提供される。一態様において、核酸分子はＤＮＡコンストラクトとして提供される。
本明細書に記載されている核酸分子はＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、またはこれらの組合せであることができる。一実施形態において、核酸分子は本明細書に記載されているＣＡＲポリペプチドをコードするｍＲＮＡである。他の実施形態において、核酸分子は前述した核酸分子のいずれかを含むベクターである。
核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ分子をコードすることができ、例えば本明細書に記載されている、例えば表１、表２または表３の核酸配列を含むことができる。
所望の分子をコードする核酸配列は、例えば、標準的な技術を使用して、遺伝子を発現する細胞からのライブラリーをスクリーニングすることにより、同遺伝子を含むことが知られているベクターから遺伝子を誘導することにより、または同遺伝子を含有する細胞および組織から直接単離することにより、など当技術分野で公知の組換え方法を使用して得ることができる。あるいは、目的の遺伝子は、クローニングではなく合成的に生成することができる。
また、本開示の核酸が挿入されるベクターも記載されている。レンチウイルスのようなレトロウイルスに由来するベクターは、導入遺伝子の長期の安定な組み込みおよび娘細胞でのその増殖を可能にするので、長期の遺伝子導入を達成するために適切な手段である。レンチウイルスベクターは、肝細胞のような非増殖性細胞に形質導入することができる点で、ネズミ白血病ウイルスのようなオンコレトロウイルスに由来するベクターと比べて追加の利点を有する。また、これらは、低い免疫原性という追加の利点も有する。
別の実施形態において、本発明の所望のＣＡＲをコードする核酸を含むベクターはアデノウイルスベクター（Ａ５／３５）である。別の実施形態において、ＣＡＲをコードする核酸の発現は、スリーピングビューティー、ＣＲＩＳＰＲ、ＣＡＳ９、およびジンクフィンガーヌクレアーゼのようなトランスポゾンを使用して達成することができる。参照により本明細書に組み込まれる下記June et al. 2009 NATURE REVIEWS IMMUNOLOGY 9.10: 704-716参照。
簡単に要約すると、ＣＡＲをコードする天然または合成の核酸の発現は、通例、ＣＡＲポリペプチドまたはその一部をコードする核酸をプロモーターに作動可能に連結し、そのコンストラクトを発現ベクター中に組み込むことによって達成される。これらのベクターは複製および真核生物への組み込みに適切であることができる。典型的なクローニングベクターは転写および翻訳ターミネーター、開始配列、ならびに所望の核酸配列の発現の調節に有用なプロモーターを含有する。
また、標準的な遺伝子送達プロトコールを使用して、発現コンストラクトを核酸免疫付与および遺伝子療法にも使用し得る。遺伝子送達の方法は当技術分野で公知である。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第５，３９９，３４６号、同第５，５８０，８５９号、同第５，５８９，４６６号参照。別の実施形態において、本発明は遺伝子療法ベクターを提供する。
核酸は多くの種類のベクターにクローニングすることができる。例えば、核酸は、限定されることはないがプラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルス、およびコスミドを含むベクターにクローニングすることができる。特に興味があるベクターは発現ベクター、複製ベクター、プローブ発生ベクター、および配列決定用ベクターを含む。
さらに、発現ベクターはウイルスベクターの形態で細胞に提供され得る。ウイルスベクター技術は当技術分野で周知であり、例えば、Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volumes 1-4, Cold Spring Harbor Press, NY)ならびに他のウイルス学および分子生物学マニュアルに記載されている。ベクターとして有用なウイルスは、限定されることはないが、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、およびレンチウイルスを含む。一般に、適切なベクターは、少なくとも１種の生物で機能性の複製起点、プロモーター配列、好都合な制限エンドヌクレアーゼ部位、および１つまたは複数の選択可能なマーカーを含有する（例えば、国際公開第０１／９６５８４号；国際公開第０１／２９０５８号；および米国特許第６，３２６，１９３号）。
多くのウイルスに基づく系が哺乳類の動物細胞への遺伝子導入用に開発されている。例えば、レトロウイルスは遺伝子送達システムのための好都合なプラットフォームを提供する。選択された遺伝子は、当技術分野で公知の技術を使用して、ベクター中に挿入し、レトロウイルス粒子にパッケージングすることができる。次に、組換えウイルスを単離し、インビボまたはエクスビボのいずれかで対象の細胞に送達することができる。多くのレトロウイルス系が当技術分野で公知である。一部の実施形態において、アデノウイルスベクターが使用される。いくつかのアデノウイルスベクターが当技術分野で公知である。一実施形態において、レンチウイルスベクターを使用する。
追加のプロモーターエレメント、例えば、エンハンサーは、転写開始の頻度を調節する。通例、これらは開始部位の３０－１１０ｂｐ上流の領域に位置するが、いくつかのプロモーターは開始部位の下流にも機能性のエレメントを含有することが示されている。プロモーターエレメント間の間隔は、エレメントが互いに対して逆転または移動したときにプロモーター機能が保存されるように柔軟性があることが多い。チミジンキナーゼ（ｔｋ）プロモーターにおいて、プロモーターエレメント間の間隔は、活性が低下し始める前に５０ｂｐ離れるまで増大することができる。プロモーターに応じて、個々のエレメントは共同または独立して転写を活性化するように機能することができるようである。例示的なプロモーターはＣＭＶ ＩＥ遺伝子、ＥＦ－１α、ユビキチンＣ、またはホスホグリセロキナーゼ（ＰＧＫ）プロモーターを含む。
哺乳類のＴ細胞でＣＡＲ導入遺伝子を発現することができるプロモーターの例はＥＦ１ａプロモーターである。天然のＥＦ１ａプロモーターは、アミノアシルｔＲＮＡのリボソームへの酵素的な送達を担う伸長因子－１複合体のアルファサブユニットの発現を駆動する。ＥＦ１ａプロモーターは哺乳類の発現プラスミドに広く使用されており、レンチウイルスベクター中にクローニングされた導入遺伝子からのＣＡＲ発現を駆動するのに有効であることが示されている。例えば、Milone et al., MOL. THER. 17(8): 1453-1464 (2009)参照。一態様において、ＥＦ１ａプロモーターは配列番号１１として提供される配列を含む。
プロモーターの別の例は前初期サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター配列である。このプロモーター配列は、これに作動可能に連結されたポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することができる強力な構成的プロモーター配列である。しかしながら、限定されることはないがサルウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、マウス乳がんウイルス（ＭＭＴＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）の長い末端反復（ＬＴＲ）プロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、Ｅｐｓｔｅｉｎ－Ｂａｒｒウイルス前初期プロモーター、Ｒｏｕｓ肉腫ウイルスプロモーター、ならびに、限定されることはないが、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、伸長因子－１αプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、およびクレアチンキナーゼプロモーターのようなヒト遺伝子プロモーターを含む他の構成的プロモーター配列も使用できる。さらに、本発明は構成的プロモーターの使用に限定されない。誘導性のプロモーターも本発明の一部と考えられる。誘導性のプロモーターの使用は、作動可能に連結されたポリヌクレオチド配列の発現が望ましいときかかる発現を開始させ、または発現が望ましくないときにはその発現を止めさせることができる分子スイッチを提供する。誘導性のプロモーターの例は、限定されることはないがメタロチオネインプロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーター、およびテトラサイクリンプロモーターを含む。
プロモーターの別の例はホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）プロモーターである。複数の実施形態において、トランケートされたＰＧＫプロモーター（例えば、野生型ＰＧＫプロモーター配列と比較したときに１つまたは複数、例えば、１、２、５、１０、１００、２００、３００、または４００個のヌクレオチド欠失を伴うＰＧＫプロモーター）が望ましいことがある。実施形態において、トランケートされたＰＧＫプロモーターは、出願全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年１月１５日に出願された国際公開第２０１６／１１５４８２号（その中の４３～４４頁）に記載のものである。
ＣＡＲポリペプチドまたはその一部の発現を評価するために、細胞に導入される発現ベクターはまた、選択可能なマーカー遺伝子もしくはレポーター遺伝子または両方も含有して、ウイルスベクターによりトランスフェクトまたは感染させようとする細胞の集団からの発現する細胞の同定および選択を可能にすることができる。他の態様において、選択可能なマーカーは別個のＤＮＡ片上に担持させて、同時トランスフェクション法で使用してもよい。選択可能なマーカーとレポーター遺伝子とは両方とも、宿主細胞での発現を可能にするために適当な調節性配列にフランクしていてもよい。有用な選択可能なマーカーは、例えば、ｎｅｏなどのような抗生物質－耐性遺伝子を含む。
レポーター遺伝子は、潜在的にトランスフェクトされている細胞を確認し、調節性配列の機能性を評価するために使用される。一般に、レポーター遺伝子は、レシピエント生物または組織中には存在しないか、またはそれによって発現されず、発現がいくらか容易に検出可能な特性、例えば、酵素活性によって表されるポリペプチドをコードする遺伝子である。レポーター遺伝子の発現は、ＤＮＡがレシピエント細胞中に導入された後の好適な時間にアッセイされる。そのようなレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼ、または緑色蛍光タンパク質遺伝子をコードする遺伝子を含んでもよい（例えば、Ui-Tei et al., 2000 FEBS Letters 479: 79-82）。好適な発現系は周知であり、公知の技術を使用して調製するか、または商業的に取得することができる。一般に、レポーター遺伝子の最高レベルの発現を示す最小５’フランキング領域を有するコンストラクトを、プロモーターとして同定する。そのようなプロモーター領域を、レポーター遺伝子に連結し、これを使用して、プロモーターにより駆動される転写をモジュレートする能力について薬剤を評価することができる。
複数の実施形態において、ベクターは、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲ、例えばＣＤ１９ＣＡＲ、および第２のＣＡＲ、例えば、抑制ＣＡＲまたはＣＤ１９以外の抗原に特異的に結合するＣＡＲをコードする２つ、またはこれ超の核酸配列を含んでいてもよい。かかる実施形態において、ＣＡＲをコードする２つ、またはこれ超の核酸配列は、同一枠の単一の核酸分子により、単一のポリペプチド鎖としてコードされる。この態様において、２つ、またはこれ超のＣＡＲは、例えば、１つまたは複数のペプチド開裂部位（例えば、自己開裂（ａｕｔｏ－ｃｌｅａｖａｇｅ）部位または細胞内プロテアーゼのための基質）により分離されることができる。ペプチド開裂部位の例はＴ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、またはＦ２Ａ部位を含む。
遺伝子を細胞内に導入し発現させる方法は当技術分野で公知である。発現ベクターの関係で、ベクターは当技術分野で公知の任意の方法によって宿主細胞、例えば、哺乳類、細菌、酵母、または昆虫細胞に容易に導入することができる。例えば、発現ベクターは物理的、化学的、または生物学的な手段により、宿主細胞中に移入することができる。
宿主細胞中にポリヌクレオチドを導入するための物理的方法としては、リン酸カルシウム沈降、リポフェクション、粒子ボンバードメント、マイクロインジェクション、エレクトロポレーションなどが挙げられる。ベクターおよび／または外因性核酸を含む細胞を生成するための方法は、当業界で周知である。例えば、Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volumes 1 -4, Cold Spring Harbor Press, NYを参照されたい。宿主細胞中にポリヌクレオチドを導入するための方法は、リン酸カルシウムトランスフェクションである。
宿主細胞中に目的のポリヌクレオチドを導入するための生物学的方法としては、ＤＮＡおよびＲＮＡベクターの使用が挙げられる。ウイルスベクター、特に、レトロウイルスベクターは、哺乳動物、例えば、ヒト細胞中に遺伝子を挿入するために最も広く使用される方法になっている。他のウイルスベクターは、レンチウイルス、ポックスウイルス、単純ヘルペスウイルスＩ、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルスなどに由来するものであってよい。例えば、米国特許第５，３５０，６７４号および第５，５８５，３６２号を参照されたい。
宿主細胞中にポリヌクレオチドを導入するための化学的手段としては、大分子複合体などのコロイド分散系、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、ならびに水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームなどの脂質に基づく系が挙げられる。インビトロおよびインビボでの送達媒体としての使用のための例示的なコロイド系は、リポソーム（例えば、人工膜小胞）である。標的化されたナノ粒子または他の好適なミクロンサイズ以下の送達系を用いるポリヌクレオチドの送達などの、核酸の標的化された送達の他の方法が利用可能である。
非ウイルス送達システムを利用する場合、例示的な送達媒体はリポソームである。脂質製剤の使用が核酸の宿主細胞中への導入（インビトロ、エクスビボまたはインビボ）用に考えられている。別の態様において、核酸を、脂質と会合させることができる。脂質と会合した核酸を、リポソームの水性内部に封入する、リポソームの脂質二重層内に散在させる、リポソームとオリゴヌクレオチドの両方と会合する連結分子を介してリポソームに結合させる、リポソーム中に捕捉する、リポソームと複合体化させる、脂質を含有する溶液中に分散させる、脂質と混合する、脂質と組み合わせる、脂質中の懸濁液として含有させる、ミセルと共に含有させる、もしくは複合体化させる、またはそうでなければ、脂質と会合させることができる。脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクターと会合した組成物は、溶液中の任意の特定の構造に限定されない。例えば、それらは、ミセルとして、二重層構造中に存在するか、または「崩壊した」構造を有してもよい。それらはまた、単に溶液中に散在していてもよく、おそらく、サイズまたは形状において均一ではない凝集体を形成する。脂質は、通常は天然または合成の脂質であってもよい脂肪物質である。例えば、脂質は、細胞質中に天然に存在する脂肪小滴ならびに長鎖脂肪族炭化水素ならびに脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコール、およびアルデヒドなどのその誘導体を含有する化合物のクラスを含む。
使用にとって好適な脂質を、商業的供給源から取得することができる。例えば、ジミリスチルホスファチジルコリン（「ＤＭＰＣ」）を、Ｓｉｇｍａ Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯから取得することができる；リン酸ジセチル（「ＤＣＰ」）を、Ｋ＆Ｋ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ）から取得することができる；コレステロール（「Ｃｈｏｉ」）を、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ－Ｂｅｈｒｉｎｇから取得することができる；ジミリスチルホスファチジルグリセロール（「ＤＭＰＧ」）および他の脂質を、Ａｖａｎｔｉ Ｐｏｌａｒ Ｌｉｐｉｄｓ，Ｉｎｃ．（Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ．）から取得することができる。クロロホルムまたはクロロホルム／メタノール中の脂質のストック溶液を、約－２０℃で保存することができる。クロロホルムはメタノールよりも容易に蒸発するため、それを溶媒として使用することができる。「リポソーム」は、封入された脂質二重層または凝集体の生成によって形成される様々な単膜および多重膜脂質媒体を包含する一般的用語である。リポソームは、リン脂質二重層膜と、内部水性媒体とを含む小胞構造を有することを特徴としてもよい。多重膜リポソームは、水性媒体によって分離された複数の脂質層を有する。それらは、リン脂質が過剰の水性溶液中に懸濁された場合、自発的に形成する。脂質成分は、閉じた構造の形成の前に自己再配置を受け、脂質二重層の間に水および溶解した溶質を捕捉する（Ghosh et al., 1991 Glycobiology 5: 505-10）。しかしながら、通常の小胞構造とは溶液中で異なる構造を有する組成物も包含される。例えば、脂質は、ミセル構造を採るか、または単に脂質分子の非均一な凝集体として存在してもよい。また、リポフェクタミン－核酸複合体も企図される。
外因性の核酸を宿主細胞中に導入するかまたはその他、細胞を本発明の阻害剤に曝露するために使用される方法にかかわらず、宿主細胞中の組換えＤＮＡ配列の存在を確認するために様々なアッセイを実施することができる。かかるアッセイは、例えば、サザンおよびノーザンブロッティング、ＲＴ－ＰＣＲおよびＰＣＲのような当業者に周知の「分子生物学的」アッセイ；例えば、免疫学的手段（ＥＬＩＳＡおよびウェスタンブロット）または本発明の範囲内に入る作用物質の同定のための本明細書に記載されているアッセイによる特定のペプチドの存在または不在の検出のような「生化学的」アッセイを含む。
治療方法
一態様において、本開示は、本明細書に記載されている腫瘍抗原の発現に関連する疾患を治療する方法を提供する。
一態様において、本開示は、ＣＡＲ（例えば、がん細胞がＣＤ１９を発現する場合、ＣＤ１９ ＣＡＲ）を発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）をそれを必要とする対象に供給することによって、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を治療する方法を提供する。一実施形態において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。一実施形態において、治療されるがんはＡＬＬ（急性リンパ性白血病）、ＣＬＬ（慢性リンパ性白血病）、ＤＬＢＣＬ（びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫）、ＭＣＬ（マントル細胞リンパ腫、またはＭＭ（多発性骨髄腫）である。一実施形態において、処置されるがんは、ＡＬＬ、例えば、難治性または再発性ＡＬＬである。
一実施形態において、本明細書に記載のがんを処置する方法は、本明細書に記載のように、対象を評価する（例えば、重症ＣＲＳを発症する対象のリスクを評価する、例えば、予測する）工程を含む。
本開示は、免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）をＣＡＲを発現するように遺伝子改変し（例えば、レンチウイルスベクターの形質導入により）、そのＣＡＲ発現細胞をそれを必要とする受容者に注入するタイプの細胞療法を含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法とは違って、ＣＡＲ－改変された免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）はインビボで複製することができ、結果として持続性の腫瘍管理に通じることができる長期持続性が得られる。レンチウイルスベクターを使用して生成したＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）は安定なＣＡＲ発現を有する。様々な態様において、患者に投与された免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）、またはその子孫は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞の患者への投与後少なくとも４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１３カ月、１４カ月、１５カ月、１６カ月、１７カ月、１８カ月、１９カ月、２０カ月、２１カ月、２２カ月、２３カ月、２年、３年、４年、または５年間患者内で持続する。
本発明はまた、例えばインビトロ転写されたＲＮＡにより、ＣＡＲを一時的に発現するように免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を改変し、そのＣＡＲ発現細胞をそれを必要とする受容者に注入するタイプの細胞療法を含む。ＣＡＲ ＲＮＡの（例えば、トランスフェクションまたはエレクトロポレーションによる）形質導入によって生成したＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は形質導入後４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５日間ＲＮＡ ＣＡＲを一時的に発現する。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。従って、様々な態様において、患者に投与された免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、Ｔ細胞の患者への投与後１カ月未満、例えば、３週、２週、１週間存在する。
一実施形態において、免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する対象を治療するために、ＣＤ１９ＣＡＲを発現するように工学操作され、ここでがん細胞はＣＤ１９を発現する。一実施形態において、治療されるがんはＡＬＬまたはＣＬＬである。免疫エフェクター細胞で発現されるＣＤ１９ＣＡＲ分子は、当技術分野で任意の抗－ＣＤ１９抗原結合ドメイン（例えば、表２に提供されているもの）を、本明細書に記載されているＣＡＲドメインのいずれかと組み合わせて含み、完全ＣＡＲコンストラクトを生成することができる。
ＣＤ１９関連疾患および／または障害
一態様において、本開示は、がん、例えば、ＣＤ１９発現に関連するがんを、ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）療法で治療する方法を提供する。例示的ながんは、限定されることはないが、例えば、限定されることはないが、例えば、Ｂ－細胞急性リンパ性白血病（「Ｂ－ＡＬＬ」）、Ｔ－細胞急性リンパ性白血病（「Ｔ－ＡＬＬ」）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）を含む１つまたは複数の急性白血病；限定されることはないが、例えば、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む１つまたは複数の慢性白血病を含む。追加のがんまたはＣＤ１９の発現に関連する血液学的状態は、限定されることはないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型－または大細胞型－濾胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖症状、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞性腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、ならびに、骨髄性血液細胞の無効な生産（または異形成）によりまとめた多様な血液学的状態の集まりである「前白血病」、などを含む。さらに、ＣＤ１９発現に関連する疾患は、限定されることはないが、例えば、ＣＤ１９の発現に関連する、変則的および／または非古典的がん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患を含む。
一実施形態において、本開示は、ＣＬＬを治療する方法を提供する。
別の実施形態において、本開示は、ＡＬＬを治療する方法を提供する。
別の実施形態において、本開示は、Ｂ－細胞ＡＬＬを治療する方法を提供する。
実施形態において、本開示は、難治性または再発性ＡＬＬを処置するための方法を提供する。
一実施形態において、ＣＬＬのための標準的な治療は、本明細書中に記載の、例えば、表１１に記載されている例示的な治療、およびそれらの組合せを含むが、限定されることはない。

一実施形態において、ＣＬＬの標準的な治療は、（１）放射線療法、（２）化学療法、（３）外科手術（例えば、脾臓の除去）、（４）標的療法、（５）幹細胞移植、およびこれらの組合せを含む。一実施形態において、標準的な治療は外部放射線療法を含む。一実施形態において、標準的な治療は内部放射線療法（例えば、例えばがんの内部または近くに直接配置される、ニードル、ワイヤまたはカテーテルに密封された放射性物質）を含む。
一実施形態において、ＡＬＬの標準的な治療は、限定されることはないが、本明細書に記載されている、例えば、表１２に記載されている例示的な治療法、およびその組合せを含む。
一実施形態において、ＡＬＬのための標準的な治療は（１）化学療法、（２）放射線療法、（３）幹細胞移植、（４）生物学的療法、（５）標的療法、およびこれらの組合せを含む。
一実施形態において、標準的な治療は、限定されることはないが、フルダラビンとシクロホスファミド（ＦＣ）；フルダラビンとリツキシマブ（ＦＲ）；フルダラビン、シクロホスファミド、およびリツキシマブ（ＦＣＲ）；シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン（ＣＨＯＰ）；ならびにこれらの組合せを含む。使用が考えられる一般的な化学療法剤は、限定されることはないが、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、ブレオマイシン硫酸塩（Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ブスルファン（Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、ブスルファン注射剤（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、Ｎ４－ペントキシカルボニル－５－デオキシ－５－フルオロシチジン、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標））、クラドリビン（Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標））、シクロホスファミド（シトキサン（登録商標）またはＮｅｏｓａｒ（登録商標））、シタラビン、シトシンアラビノシド（Ｃｙｔｏｓａｒ－Ｕ（登録商標））、シタラビンリポソーム注射剤（ＤｅｐｏＣｙｔ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ、コスメガン）、ダウノルビシン塩酸塩（Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））、ダウノルビシンクエン酸塩リポソーム注射剤（ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））、デキサメタゾン、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、ドキソルビシン塩酸塩（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｒｕｂｅｘ（登録商標））、エトポシド（Ｖｅｐｅｓｉｄ（登録商標））、リン酸フルダラビン（フルダラ（登録商標））、５－フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、テザシチビン、ゲムシタビン（ジフルオロデオキシシチジン）、ヒドロキシ尿素（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標））、イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標））、イホスファミド（ＩＦＥＸ（登録商標））、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（登録商標））、Ｌ－アスパラギナーゼ（ＥＬＳＰＡＲ（登録商標））、ロイコボリンカルシウム、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、６－メルカプトプリン（Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ（登録商標））、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標））、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、マイロターグ、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、フェニックス（Ｙｔｔｒｉｕｍ９０／ＭＸ－ＤＴＰＡ）、ペントスタチン、ポリフェプロザン２０カルムスチンインプラント（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標））、タモキシフェンクエン酸塩（Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標））、テニポシド（Ｖｕｍｏｎ（登録商標））、６－チオグアニン、チオテパ、チラパザミン（Ｔｉｒａｚｏｎｅ（登録商標））、注射用トポテカン塩酸塩（Ｈｙｃａｍｐｔｉｎ（登録商標））、ビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、およびこれらの組合せを含む。
一実施形態において、化学療法は、限定されることはないが、葉酸アンタゴニスト（本明細書では葉酸拮抗剤ともいう）、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよびアデノシンデアミナーゼ阻害剤）：メトトレキサート（Ｒｈｅｕｍａｔｒｅｘ（登録商標）、Ｔｒｅｘａｌｌ（登録商標））、５－フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標）、Ｆｌｕｏｒｏｐｌｅｘ（登録商標））、フロクスウリジン（ＦＵＤＦ（登録商標））、シタラビン（Ｃｙｔｏｓａｒ－Ｕ（登録商標）、Ｔａｒａｂｉｎｅ ＰＦＳ）、６－メルカプトプリン（Ｐｕｒｉ－Ｎｅｔｈｏｌ（登録商標）））、６－チオグアニン（Ｔｈｉｏｇｕａｎｉｎｅ Ｔａｂｌｏｉｄ（登録商標））、リン酸フルダラビン（フルダラ（登録商標））、ペントスタチン（Ｎｉｐｅｎｔ（登録商標））、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ラルチトレキセド（Ｔｏｍｕｄｅｘ（登録商標））、クラドリビン（Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標））、クロファラビン（Ｃｌｏｆａｒｅｘ（登録商標）、Ｃｌｏｌａｒ（登録商標））、シタラビンリポソーム（Ｌｉｐｏｓｏｍａｌ Ａｒａ－Ｃ、ＤｅｐｏＣｙｔ（商標）としても知られている）；デシタビン（Ｄａｃｏｇｅｎ（登録商標））；ヒドロキシ尿素（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標）、Ｄｒｏｘｉａ（商標）およびＭｙｌｏｃｅｌ（商標））；メルカプトプリン（Ｐｕｒｉ－Ｎｅｔｈｏｌ（登録商標））、プララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、ネララビン（Ａｒｒａｎｏｎ（登録商標））、アザシチジン（Ｖｉｄａｚａ（登録商標））およびゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））を含む代謝拮抗剤を含む。適切な代謝拮抗剤は、例えば、５－フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標）、Ｆｌｕｏｒｏｐｌｅｘ（登録商標））、フロクスウリジン（ＦＵＤＦ（登録商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ラルチトレキセド（Ｔｏｍｕｄｅｘ（登録商標））およびゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、ならびにこれらの組合せを含む。一実施形態において、プリンアナログはフルダラビンである。
一実施形態において、化学療法は、限定されることはないが、ナイトロジェンマスタード、エチレンイミン誘導体、スルホン酸アルキル、ニトロソウレアおよびトリアゼン、ウラシルマスタード（Ａｍｉｎｏｕｒａｃｉｌ Ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｃｈｌｏｒｅｔｈａｍｉｎａｃｉｌ（登録商標）、Ｄｅｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｄｅｓｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｈａｅｍａｎｔｈａｍｉｎｅ（登録商標）、Ｎｏｒｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｌｏｓｔ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｍｏｓｔａｚａ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎｅ（登録商標））、クロルメチン（Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）、Ｃｌａｆｅｎ（登録商標）、Ｅｎｄｏｘａｎ（登録商標）、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ（登録商標）、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ（商標））、イホスファミド（Ｍｉｔｏｘａｎａ（登録商標））、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、ピポブロマン（Ａｍｅｄｅｌ（登録商標）、Ｖｅｒｃｙｔｅ（登録商標））、トリエチレンメラミン（Ｈｅｍｅｌ（登録商標）、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標）、Ｈｅｘａｓｔａｔ（登録商標））、トリエチレンチオホスホラミン、テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標））、チオテパ（Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標））、ブスルファン（Ｂｕｓｉｌｖｅｘ（登録商標）、Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、ロムスチン（ＣｅｅＮＵ（登録商標））、ストレプトゾシン（Ｚａｎｏｓａｒ（登録商標））、およびダカルバジン（ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））ならびにこれらの組合せを含むアルキル化剤を含む。追加の例示的なアルキル化剤は、限定することなく、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ（登録商標））；テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標）およびＴｅｍｏｄａｌ（登録商標））；ダクチノマイシン（アクチノマイシン－Ｄとしても知られている、Ｃｏｓｍｅｇｅｎ（登録商標））；メルファラン（Ｌ－ＰＡＭ、Ｌ－サルコリシン、およびフェニルアラニンマスタードとしても知られている、Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））；アルトレタミン（ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）としても知られている、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標））；カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））；ベンダムスチン（Ｔｒｅａｎｄａ（登録商標））；ブスルファン（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標）およびＭｙｌｅｒａｎ（登録商標））；カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））；ロムスチン（ＣＣＮＵとしても知られている、ＣｅｅＮＵ（登録商標））；シスプラチン（ＣＤＤＰとしても知られている、Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）およびＰｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）－ＡＱ）；クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））；シクロホスファミド（シトキサン（登録商標）およびＮｅｏｓａｒ（登録商標））；ダカルバジン（ＤＴＩＣ、ＤＩＣおよびイミダゾールカルボキサミドとしても知られている、ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））；アルトレタミン（ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）としても知られている、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標））；イホスファミド（Ｉｆｅｘ（登録商標））；Ｐｒｅｄｎｕｍｕｓｔｉｎｅ；プロカルバジン（Ｍａｔｕｌａｎｅ（登録商標））；メクロメタミン（ナイトロジェンマスタード、ムスチンおよびメクロロエタミン塩酸塩としても知られている、Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））；ストレプトゾシン（Ｚａｎｏｓａｒ（登録商標））；チオテパ（チオホスホアミド、ＴＥＳＰＡおよびＴＳＰＡとしても知られている、Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標））；シクロホスファミド（Ｅｎｄｏｘａｎ（登録商標）、Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ（登録商標）、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ（登録商標））；ベンダムスチンＨＣｌ（Ｔｒｅａｎｄａ（登録商標））ならびにこれらの組合せを含む。一実施形態において、アルキル化剤はベンダムスチンである。一実施形態において、アルキル化剤はシクロホスファミドである。
一実施形態において、化学療法剤は、キナーゼ阻害剤、例えば、限定されることはないが、エルロチニブ塩酸塩（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））；リニファニブ（Ｎ－［４－（３－アミノ－１Ｈ－インダゾール－４－イル）フェニル］－Ｎ’－（２－フルオロ－５－メチルフェニル）尿素、ＡＢＴ８６９としても知られており、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈから入手可能）；リンゴ酸スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））；ボスチニブ（４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルピペリジン－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル、ＳＫＩ－６０６としても知られており、米国特許第６，７８０，９９６号に記載されている）；ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））；パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））；ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））；ザクティマ（ＺＤ６４７４）；およびイマチニブまたはイマチニブメシル酸塩（Ｇｉｌｖｅｃ（登録商標）およびＧｌｅｅｖｅｃ（登録商標））を含むチロシンキナーゼ阻害剤である。一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、イブツツニブ（ＰＣＩ－３２７６５）；ＧＤＣ－０８３４；ＲＮ－４８６；ＣＧＩ－５６０；ＣＧＩ－１７６４；ＨＭ－７１２２４；ＣＣ－２９２；ＯＮＯ－４０５９；ＣＮＸ－７７４；およびＬＦＭ－Ａ１３から選択されるＢＴＫ阻害剤である。一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、アロイシンＡ；フラボピリドールまたはＨＭＲ－１２７５、２－（２－クロロフェニル）－５，７－ジヒドロキシ－８－［（３Ｓ，４Ｒ）－３－ヒドロキシ－１－メチル－４－ピペリジニル］－４－クロメノン；クリゾチニブ（ＰＦ－０２３４１０６６；２－（２－クロロフェニル）－５，７－ジヒドロキシ－８－［（２Ｒ，３Ｓ）－２－（ヒドロキシメチル）－１－メチル－３－ピロリジニル］－４Ｈ－１－ベンゾピラン－４－オン、塩酸塩（Ｐ２７６－００）；１－メチル－５－［［２－［５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－イミダゾール－２－イル］－４－ピリジニル］オキシ］－Ｎ－［４－（トリフルオロメチル）フェニル］－１Ｈ－ベンゾイミダゾール－２－アミン（ＲＡＦ２６５）；インジスラム（Ｅ７０７０）；ロスコビチン（ＣＹＣ２０２）；パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）；ジナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）；Ｎ－［５－［［（５－ｔｅｒｔ－ブチルオキサゾール－２－イル）メチル］チオ］チアゾール－２－イル］ピペリジン－４－カルボキサミド（ＢＭＳ３８７０３２）；４－［［９－クロロ－７－（２，６－ジフルオロフェニル）－５Ｈ－ピリミド［５，４－ｄ］［２］ベンゾアゼピン－２－イル］アミノ］－安息香酸（ＭＬＮ８０５４）；５－［３－（４，６－ジフルオロ－１Ｈ－ベンゾイミダゾール－２－イル）－１Ｈ－インダゾール－５－イル］－Ｎ－エチル－４－メチル－３－ピリジンメタンアミン（ＡＧ－０２４３２２）；４－（２，６－ジクロロベンゾイルアミノ）－１Ｈ－ピラゾール－３－カルボン酸Ｎ－（ピペリジン－４－イル）アミド（ＡＴ７５１９）；４－［２－メチル－１－（１－メチルエチル）－１Ｈ－イミダゾール－５－イル］－Ｎ－［４－（メチルスルホニル）フェニル］－２－ピリミジンアミン（ＡＺＤ５４３８）；およびＸＬ２８１（ＢＭＳ９０８６６２）から選択されるＣＤＫ４阻害剤である。一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、ＣＧＰ０５２０８８；４－アミノ－３－（ｐ－フルオロフェニルアミノ）－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン（ＣＧＰ５７３８０）；セルコスポラミド；ＥＴＣ－１７８０４４５－２；および４－アミノ－５－（４－フルオロアニリノ）－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジンから選択されるＭＮＫ阻害剤である。
一実施形態において、標的療法は、限定されることはないが、例えば、リツキシマブ（Ｒｉｕｘａｎ（登録商標）およびＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））；トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））；ならびにオファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、およびこれらの組合せのような抗－ＣＤ２０抗体またはその機能性断片を含む。一実施形態において、標的療法は、限定されることはないが、例えば、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））のような抗－ＣＤ５２抗体またはその機能性断片を含む。
一実施形態において、生物学的療法は免疫療法を含む。例示的なアントラサイクリンは、限定することなく、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）およびＲｕｂｅｘ（登録商標））；ブレオマイシン（ｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））；ダウノルビシン（ダウノルビシン塩酸塩、ダウノマイシン、およびルビドマイシン塩酸塩、Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））；ダウノルビシンリポソーム（ダウノルビシンクエン酸塩リポソーム、ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））；ミトキサントロン（ＤＨＡＤ、Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））；エピルビシン（Ｅｌｌｅｎｃｅ（商標））；イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標）、ＩｄａｍｙｃｉｎＰＦＳ（登録商標））；マイトマイシンＣ（Ｍｕｔａｍｙｃｉｎ（登録商標））；ゲルダナマイシン；ハービマイシン；ラビドマイシン；デスアセチルラビドマイシンおよびこれらの組合せを含む。
一実施形態において、幹細胞移植は自然発生幹細胞移植を含む。一実施形態において、幹細胞移植は同種幹細胞移植を含む。一実施形態において、幹細胞移植は同種異系の骨髄移植を含む。一実施形態において、幹細胞移植は造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を含む。一実施形態において、造血幹細胞は、限定されることはないが骨髄、末梢血、臍帯血、およびこれらの組合せを含む様々な組織に由来する。
一態様において、本開示は、ＣＤ１９発現に関連する疾患を治療する方法を提供する。一態様において、本発明は、腫瘍の一部がＣＤ１９に対して陰性であり、腫瘍の一部がＣＤ１９に対して陽性である疾患を治療する方法を提供する。例えば、提供される方法は、ＣＤ１９の高まった発現に関連する疾患に対する治療を受けている対象を治療するのに有用であり、ここでＣＤ１９の高まったレベルに対する治療を受けている対象はＣＤ１９の高まったレベルに関連する疾患を示す。
一態様において、提供される方法は、哺乳類の細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）での発現のためのプロモーターに作動可能に連結したＣＤ１９ＣＡＲを含むベクターを含む。一態様において、提供される方法は、ＣＤ１９を発現する腫瘍を治療するのに使用されるＣＤ１９ＣＡＲを発現する組換え細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）を含み、ここでＣＤ１９ＣＡＲを発現する組換えＴ細胞はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞と称される。一態様において、提供される方法に従って投与されるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、ＣＡＲ発現細胞が腫瘍細胞を標的とし、腫瘍の増殖を抑制するように、その表面上に発現された少なくとも１つのＣＤ１９ＣＡＲに腫瘍細胞を接触させることができる。
一態様において、本開示は、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）に腫瘍細胞を接触させて、このＣＡＲ発現細胞が抗原に応答して活性化されがん細胞を標的とするようにし、腫瘍の増殖が抑制されることを含む、ＣＤ１９を発現する腫瘍細胞の増殖を抑制する方法を特徴とする。
一態様において、本開示は、Ｔ細胞がＣＡＲを発現するように遺伝子改変され、そのＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）がそれを必要とする受容者に注入されるタイプの細胞療法を含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法とは違って、ＣＡＲで改変された細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）はインビボで複製することができ、結果として持続性の腫瘍管理をもたらすことができる長期持続性が得られる。様々な態様において、患者に投与された細胞、またはその子孫は、細胞の患者への投与後少なくとも４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１３カ月、１４カ月、１５カ月、１６カ月、１７カ月、１８カ月、１９カ月、２０カ月、２１カ月、２２カ月、２３カ月、２年、３年、４年、または５年の間患者内で持続する。
本開示は、また、細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）が、例えばインビトロで転写されたＲＮＡにより、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を一時的に発現するように改変され、そのＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）がそれを必要とする受容者に注入されるタイプの細胞療法も含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。こうして、様々な態様において、患者に投与された細胞は、細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の患者への投与後１カ月未満、例えば、３週、２週、１週間存在する。
いかなる特定の理論にも縛られることは望まないが、ＣＡＲで改変された細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）により引き起こされる抗－腫瘍免疫応答は能動的もしくは受動的な免疫応答であり得るか、あるいは直接対間接の免疫応答に起因し得る。一態様において、ＣＡＲが形質導入されたＴ細胞は、ＣＤ１９を発現するヒトがん細胞に応答して特異的な炎症誘発性のサイトカイン分泌および強力な細胞溶解活性を示し、可溶性のＣＤ１９抑制に耐え、バイスタンダー殺戮を媒介し、定着したヒト腫瘍の退行を媒介する。例えば、ＣＤ１９を発現する腫瘍の異質の場内の抗原がより少ない腫瘍細胞は、隣接する抗原－陽性がん細胞に対して既に反応しＣＤ１９に対して再指向化されたＴ細胞による間接の破壊の影響を受け易い。
一態様において、本明細書に記載されている全ヒトＣＡＲで改変された細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は哺乳動物におけるエクスビボ免疫付与および／またはインビボ療法のためのある種のワクチンであり得る。一態様において、哺乳動物はヒトである。
エクスビボ免疫付与に関して、対象に細胞を投与する前にインビトロで、ｉ）細胞の増殖、ｉｉ）ＣＡＲをコードする核酸の細胞への導入、またはｉｉｉ）細胞の凍結保存の少なくとも１つが起こる。
エクスビボの手法は当技術分野で周知であり、以下でより詳細に述べる。簡潔にいうと、細胞を対象（例えば、ヒト）から単離し、本明細書に開示されているＣＡＲを発現するベクターで遺伝子改変する（すなわち、インビトロで形質導入またはトランスフェクトする）。ＣＡＲで改変された細胞は哺乳類の受容者に投与して治療的な恩恵を提供することができる。哺乳類の受容者はヒトであってもよく、ＣＡＲで改変された細胞は受容者に関して自己移植であることができる。あるいは、細胞は受容者に関して同種異系、同系または異種であることができる。
血液がん
血液がん状態は、血液、骨髄およびリンパ系に影響を及ぼす白血病および悪性リンパ球増殖症状のような種類のがんである。
白血病は急性白血病および慢性白血病として分類することができる。急性白血病はさらに急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）として分類することができる。慢性白血病は慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）および慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む。その他の関連状態は、骨髄性血液細胞の無効な生産（または異形成）およびＡＭＬへの形質転換のリスクによりまとめられる異なる集合の血液学的状態である骨髄異形成症候群（ＭＤＳ、以前は「前白血病」として知られていた）を含む。
本開示は、がんを治療するための組成物および方法を提供する。一態様において、がんは、限定されることはないが白血病またはリンパ腫を含む血液がんである。一態様において、本発明のＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、限定されることはないが、例えば、限定されることはないが、例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、Ｂ－細胞急性リンパ性白血病（「Ｂ－ＡＬＬ」）、Ｔ－細胞急性リンパ性白血病（「Ｔ－ＡＬＬ」）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）含む急性白血病；限定されることはないが、例えば、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む１つまたは複数の慢性白血病；限定されることはないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型－または大細胞型－濾胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖症状、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンのリンパ腫、ホジキンのリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞性腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、骨髄増殖性新生物；組織球性障害（例えば、肥満細胞障害または芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物）；肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞性白血病；Ｂ細胞前リンパ球性白血病、形質細胞性骨髄腫、ならびに、骨髄性血液細胞の無効な生産（または異形成）によりまとめられる異なる集合の血液学的状態である「前白血病」を含む追加の血液がんまたは血液学的状態、などのようながんおよび悪性腫瘍を治療するのに使用され得る。さらに、ＣＤ１９の発現に関連する疾患は、限定されることはないが、例えば、ＣＤ１９を発現する変則的および／または非古典的ながん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患を含む。
本開示は、また、増殖を阻害するか、またはＣＤ１９を発現する細胞集団を低減する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞を含む細胞の集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）と接触させることを含む。特定の態様において、本開示は、増殖を阻害するかまたはＣＤ１９を発現するがん細胞の集団を低減する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現するがん細胞集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）と接触させることを含む。一態様において、本開示は、増殖を阻害するかまたはＣＤ１９を発現するがん細胞の集団を低減する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現するがん細胞集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）と接触させることを含む。一部の態様において、抗－ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する骨髄性白血病または別のがんを有する対象またはその動物モデルにおいて、細胞および／またはがん細胞の量(quantity)、数、量(amount)またはパーセンテージを、陰性対照と比べて少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６５％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％低減する。一態様において、対象はヒトである。
本開示はまた、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する疾患（例えば、ＣＤ１９を発現する血液がんまたは変則的ながん）を予防、治療および／または管理する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を必要としている対象に投与することを含む。一態様において、対象はヒトである。ＣＤ１９を発現する細胞に関連する障害の非限定例は、自己免疫疾患（例えば、狼瘡）、炎症性疾患（例えば、アレルギーおよび喘息）およびがん（例えば、ＣＤ１９を発現する血液がんまたは変則的ながん）を含む。
本開示は、また、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する疾患を予防、治療および／または管理する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を必要としている対象に投与することを含む。一実施形態において、対象はヒトである。
本開示は、ＣＤ１９を発現する細胞に関連するがん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）再発を予防する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）をそれを必要とする対象に投与することを含む。一態様において、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する本明細書に記載の有効な量のＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を有効な量の別の療法と組み合わせてそれを必要とする対象に投与することを含む。
一部の実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）を使用して、Ｂ細胞（例えば、Ｂ細胞、例えば、調節性Ｂ細胞の集団）を枯渇させる。理論によって束縛されることを望まないが、Ｂ細胞、例えば、調節性Ｂ細胞の枯渇は、抗がん療法（例えば、本明細書に記載の療法）がより有効であり得る（例えば、Ｂ細胞の枯渇がない場合よりも）ように、腫瘍微小環境を改善することができると考えられる。したがって、調節性細胞（例えば、調節性Ｂ細胞）を減少させる、例えば、枯渇させるための方法が本明細書に提供される。この方法は、調節性細胞を減少させるのに十分な量の、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）を投与することを含む。一部の実施形態において、この方法を使用して、腫瘍微小環境をモジュレートする、例えば、本明細書に記載の療法の有効性を増強することができる。
一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約１０４～約１０９細胞／ｋｇ、例えば、約１０４～約１０５細胞／ｋｇ、約１０５～約１０６細胞／ｋｇ、約１０６～約１０７細胞／ｋｇ、約１０７～約１０８細胞／ｋｇ、または約１０８～約１０９細胞／ｋｇを含む。実施形態において、ＣＡＲ発現細胞の用量は、約０．６ｘ１０６細胞／ｋｇ～約２ｘ１０７細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約２ｘ１０５、１ｘ１０６、１．１ｘ１０６、２ｘ１０６、３ｘ１０６、３．６ｘ１０６、５ｘ１０６、１ｘ１０７、１．８ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、または５ｘ１０８細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、少なくとも約１ｘ１０６、１．１ｘ１０６、２ｘ１０６、３．６ｘ１０６、５ｘ１０６、１ｘ１０７、１．８ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、または５ｘ１０８細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、最大で約１ｘ１０６、１．１ｘ１０６、２ｘ１０６、３．６ｘ１０６、５ｘ１０６、１ｘ１０７、１．８ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、または５ｘ１０８細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約１．１ｘ１０６～１．８ｘ１０７細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約１ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、５ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、または５ｘ１０９個の細胞を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、少なくとも約１ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、５ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、または５ｘ１０９個の細胞を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、最大で約１ｘ１０７、２ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、５ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、または５ｘ１０９個の細胞を含む。
一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、最大で約１ｘ１０７、１．５ｘ１０７、２ｘ１０７、２．５ｘ１０７、３ｘ１０７、３．５ｘ１０７、４ｘ１０７、５ｘ１０７、１ｘ１０８、１．５ｘ１０８、２ｘ１０８、２．５ｘ１０８、３ｘ１０８、３．５ｘ１０８、４ｘ１０８、５ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、または５ｘ１０９個の細胞を含む。一部の実施形態において、ＣＡＲ細胞（例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、最大で約１～３ｘ１０７～１～３ｘ１０８個の細胞を含む。一部の実施形態において、対象は、約１～３ｘ１０７個のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞を投与される。他の実施形態において、対象は、約１～３ｘ１０８個のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞を投与される。
一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞）の用量は、約１ｘ１０６細胞／ｍ２～約１ｘ１０９細胞／ｍ２、例えば、約１ｘ１０７細胞／ｍ２～約５ｘ１０８細胞／ｍ２、例えば、約１．５ｘ１０７細胞／ｍ２、約２ｘ１０７細胞／ｍ２、約４．５ｘ１０７細胞／ｍ２、約１０８細胞／ｍ２、約１．２ｘ１０８細胞／ｍ２、または約２ｘ１０８細胞／ｍ２を含む。
実施形態において、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞は、複数の用量、例えば、第１の用量、第２の用量、および適宜、第３の用量で投与される。実施形態において、方法は、各用量が、ＣＡＲ分子、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ分子、例えば、本明細書の表１に記載のＣＴＬ０１９完全長アミノ酸配列を発現する免疫エフェクター細胞を含む、第１の用量、第２の用量、および適宜、１または複数のさらなる用量を対象に投与することを含む、がん（例えば、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ））を有する対象（例えば、成人の対象）を処置することを含む。
実施形態において、方法は、対象が５０ｋｇ未満の体重を有する場合、２～５ｘ１０６の生きたＣＡＲ発現細胞／ｋｇの用量を投与すること；または対象が少なくとも５０ｋｇの体重を有する場合、１．０～２．５ｘ１０８個の生きたＣＡＲ発現細胞の用量を投与することを含む。
実施形態において、単回用量が、対象、例えば、小児の対象に投与される。
実施形態において、用量は、連続する日に投与される、例えば、第１の用量は１日目に投与され、第２の用量は２日目に投与され、適宜、第３の用量（投与される場合）は３日目に投与される。
実施形態において、第４、第５、または第６の用量、またはそれ以上の用量が投与される。
実施形態において、第１の用量は、全用量の約１０％を占め、第２の用量は、全用量の約３０％を占め、第３の用量は、全用量の約６０％を占め、上記パーセンテージは、合計１００％である。実施形態において、第１の用量は、全用量の約９～１１％、８～１２％、７～１３％、または５～１５％を占める。実施形態において、第２の用量は、全用量の約２９～３１％、２８～３２％、２７～３３％、２６～３４％、２５～３５％、２４～３６％、２３～３７％、２２～３８％、２１～３９％、または２０～４０％を占める。実施形態において、第３の用量は、全用量の約５５～６５％、５０～７０％、４５～７５％、または４０～８０％を占める。実施形態において、全用量とは、１週間、２週間、３週間、または４週間の経過にわたって投与される生きたＣＡＲ発現細胞の総数を指す。２用量が投与される一部の実施形態においては、全用量は、第１および第２の用量で対象に投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数の合計を指す。３用量が投与される一部の実施形態においては、全用量は、第１、第２、および第３の用量で対象に投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数の合計を指す。
実施形態において、用量は、その中の生きたＣＡＲ発現細胞の数に従って測定される。ＣＡＲ発現を、例えば、ＣＡＲ分子に結合する抗体分子および検出可能な標識を使用するフローサイトメトリーによって測定することができる。生存能力を、例えば、Ｃｅｌｌｏｍｅｔｅｒによって測定することができる。
実施形態において、生きたＣＡＲ発現細胞は、上昇する用量で投与される。実施形態において、第２の用量は、第１の用量より大きい、例えば、１０％、２０％、３０％、または５０％大きい。実施形態において、第２の用量は、第１の用量のサイズの２倍、３倍、４倍、または５倍である。実施形態において、第３の用量は、第２の用量より大きい、例えば、１０％、２０％、３０％、または５０％大きい。実施形態において、第３の用量は、第２の用量のサイズの２倍、３倍、４倍、または５倍である。
ある特定の実施形態において、方法は、以下のａ）～ｈ）：
ａ）第１の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、第２の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数の１／３以下である；
ｂ）第１の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、投与される生きたＣＡＲ発現細胞の総数の１／Ｘ（ここで、Ｘは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、または５０である）以下である；
ｃ）第１の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、１ｘ１０７、２ｘ１０７、３ｘ１０７、４ｘ１０７、５ｘ１０７、６ｘ１０７、７ｘ１０７、８ｘ１０７、９ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、４ｘ１０８、または５ｘ１０８個以下の生きたＣＡＲ発現細胞であり、第２の用量が第１の用量よりも多い；
ｄ）第２の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、第３の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数の１／２以下である；
ｅ）第２の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、投与される生きたＣＡＲ発現細胞の総数の１／Ｙ（ここで、Ｙは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、または５０である）以下である；
ｆ）第２の用量で投与される生きたＣＡＲ発現細胞の数が、１ｘ１０７、２ｘ１０７、３ｘ１０７、４ｘ１０７、５ｘ１０７、６ｘ１０７、７ｘ１０７、８ｘ１０７、９ｘ１０７、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、４ｘ１０８、または５ｘ１０８個以下の生きたＣＡＲ発現細胞であり、第３の用量が第２の用量よりも多い；
ｈ）第１、第２、および適宜、第３の用量の投与の投薬および期間が、対象が４、３、２または１以下のレベルのＣＲＳを経験するように選択される、
のうちの１、２、３、４、５、６、７または全部を含む。
実施形態において、全用量は、約５ｘ１０８個の生きたＣＡＲ発現細胞である。実施形態において、全用量は、約５ｘ１０７個～約５ｘ１０８個の生きたＣＡＲ発現細胞である。実施形態において、第１の用量は、約５ｘ１０７個（例えば、±１０％、２０％、または３０％）の生きたＣＡＲ発現細胞であり、第２の用量は、約１．５ｘ１０８個（例えば、±１０％、２０％、または３０％）の生きたＣＡＲ発現細胞であり、第３の用量は、約３ｘ１０８個（例えば、±１０％、２０％、または３０％）の生きたＣＡＲ発現細胞である。
実施形態において、対象は、用量を受けた後、例えば、第１の用量、第２の用量、および／または第３の用量を受けた後にＣＲＳについて評価される。
実施形態において、対象は、ＣＲＳ処置、例えば、トシリズマブ、コルチコステロイド、エタネルセプト、またはシルツキシマブを受ける。実施形態において、ＣＲＳ処置は、ＣＡＲ分子を含む細胞の第１の用量の前または後に投与される。実施形態において、ＣＲＳ処置は、ＣＡＲ分子を含む細胞の第２の用量の前または後に投与される。実施形態において、ＣＲＳ処置は、ＣＡＲ分子を含む細胞の第３の用量の前または後に投与される。実施形態において、ＣＲＳ処置は、ＣＡＲ分子を含む細胞の第１の用量と第２の用量の間、および／またはＣＡＲ分子を含む細胞の第２の用量と第３の用量の間に投与される。
実施形態において、第１の用量後にＣＲＳを有する、例えば、ＣＲＳグレード１、２、３、または４を有する対象において、第２の用量は第１の用量の少なくとも２、３、４、または５日後に投与される。実施形態において、第２の用量後にＣＲＳを有する、例えば、ＣＲＳグレード１、２、３または４を有する対象において、第３の用量は、第２の用量の少なくとも２、３、４、または５日後に投与される。実施形態において、第１の用量後にＣＲＳを有する対象において、ＣＡＲ発現細胞の第２の用量は、第２の用量が投与された場合、ＣＲＳを有さなかった対象と比較して遅延される。実施形態において、第２の用量後にＣＲＳを有する対象において、ＣＡＲ発現細胞の第３の用量は、第３の用量が投与された場合、ＣＲＳを有さなかった対象と比較して遅延される。
実施形態において、対象は、第１の用量が投与される前に高い疾患負荷を有するがんを有する。実施形態において、対象は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％、例えば、少なくとも５％の骨髄芽細胞レベルを有する。実施形態において、対象は、ステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩまたはＩＶのがんを有する。実施形態において、対象は、例えば、単一の腫瘍または複数の腫瘍中に、少なくとも１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、または１０００ｇの腫瘍量を有する。
一部の実施形態において、対象は、がん（例えば、本明細書に記載の固形がんまたは血液がん）を有する。実施形態において、対象は、ＣＬＬを有する。実施形態において、対象は、ＡＬＬを有する。他の実施形態において、対象は、多発性骨髄腫を有する。
一実施形態において、がんは、例えば、本明細書に記載されるような、ＣＤ１９発現と関連する疾患である。他の実施形態において、がんは、例えば、本明細書に記載されるような、腫瘍抗原と関連する疾患である。実施形態において、ＣＡＲ分子は、本明細書に記載のＣＡＲ分子である。
一部の実施形態において、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞を用いて処置された対象は、分子イメージング法、例えば、ＦＤＧ－ＰＥＴ／ＣＴによって処置後に評価される。実施形態において、対象は、処置の１、２または３カ月後に分子イメージングを受ける。実施形態において、対象がＣＲＳの症状を有さない場合、対象は分子イメージングを受ける。実施形態において、対象は、ＤＬＢＣＬまたはＦＬを有する。
併用療法
本明細書に記載されているいかなるがん療法も、１つまたは複数の追加の療法と組み合わせて、本明細書に記載されているがんの症状を治療および／または低減するために投与することができるということが理解される。医薬組成物は１つまたは複数の他の追加の療法または治療剤と同時に、その前に、またはその後に投与することができる。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は他の公知の作用物質および療法と組み合わせて使用できる。本明細書で使用されるとき、「組み合わせて」投与するとは、対象の障害による苦悩の過程で２つ（、またはこれ超）の異なる治療が対象に送達されること、例えば、対象が障害と診断された後、その障害が治癒されるかもしくは排除される前、または他の理由で治療が中止される前に、２つ、またはこれ超の治療が送達されることを意味する。一部の実施形態において、１つの治療の送達は第２の送達が始まるときにも起こり、その結果投与期間が重複する。これは本明細書中で「同時」または「同時送達」ということがある。他の実施形態において、１つの治療の送達は他の治療の送達が始まる前に終わる。いずれかの場合の一部の実施形態において、治療は、組み合わせた投与のため、より有効である。例えば、第２の治療が第１の治療の不在下で投与された場合に見られるよりも、第２の治療がより有効であり、例えば、より少ない第２の治療で同等の効果が見られ、またはより大きな程度に第２の治療が症状を低減する、または類似の状況が第１の治療で見られる。一部の実施形態において、送達は、症状、または障害に関連する他のパラメーターの低減が、他の治療の不在下で送達される１つの治療で観察されるよりも大きくなるようなものである。２つの治療の効果は部分的に相加的、全体に相加的、または相加的を超えるものであることができる。送達は、第２の治療が送達されたときに、送達された第１の治療の効果がまだ検出可能であるようなものであることができる。
本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞および少なくとも１つの追加の治療剤は同時に、同じもしくは別個の組成物として、または逐次投与することができる。逐次の投与の場合、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を最初に投与することができ、追加の作用物質は第２に投与するができ、あるいは投与の順序は逆であることもできる。
さらなる態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は外科手術、化学療法、放射線、免疫阻害剤、例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレート、およびＦＫ５０６、抗体、または他の免疫除去剤、例えばＣＡＭＰＡＴＨ、抗－ＣＤ３抗体または他の抗体療法、シトキサン（ｃｙｔｏｘｉｎ）、フルダラビン、シクロスポリン、ＦＫ５０６、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８、サイトカイン、ａｎｄ および放射線 ペプチドワクチン、例えばIzumoto et al. 2008 J NEUROSURG 108:963-971に記載されているものと組み合わせた治療計画で使用し得る。
一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は化学療法剤と組み合わせて使用することができる。例示的な化学療法剤としては、アントラサイクリン（例えば、ドキソルビシン（例えば、リポソーム性ドキソルビシン））、ビンカアルカロイド（例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン）、アルキル化剤（例えば、ベンダムスチン、シクロホスファミド、デカルバジン、メルファラン、イホスファミド、テモゾロミド）、免疫細胞抗体（例えば、アレムツズマブ、ゲムツズマブ、リツキシマブ、トシツモマブ）、代謝拮抗剤（例えば、葉酸アンタゴニスト、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよびアデノシンデアミナーゼ阻害剤（例えば、フルダラビン）を含む）、ｍＴＯＲ阻害剤、ＴＮＦＲグルココルチコイド誘導性ＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）アゴニスト、プロテアソーム阻害剤（例えば、アクラシノマイシンＡ、グリオトキシンまたはボルテゾミブ）、サリドマイドまたはサリドマイド誘導体（例えば、レナリドミド）などの免疫調節剤、およびその組合せが挙げられる。
組合せ療法における使用のために考えられる一般的な化学療法剤としては、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、硫酸ブレオマイシン（Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ブスルファン（Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、ブスルファン注射（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、Ｎ４－ペントキシカルボニル－５－デオキシ－５－フルオロシチジン、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標）、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標））、クラドリビン（Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）またはＮｅｏｓａｒ（登録商標））、シタラビン、シトシンアラビノシド（Ｃｙｔｏｓａｒ－Ｕ（登録商標））、シタラビンリポソーム注射（ＤｅｐｏＣｙｔ（登録商標））、デカルバジン（ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））、ダクチノマイシン（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎ Ｄ、Ｃｏｓｍｅｇａｎ）、塩酸ダウノルビシン（Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））、クエン酸ダウノルビシンリポソーム注射（ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））、デキサメタゾン、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、塩酸ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｒｕｂｅｘ（登録商標））、エトポシド（Ｖｅｐｅｓｉｄ（登録商標））、リン酸フルダラビン（Ｆｌｕｄａｒａ（登録商標））、５－フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、テザシチビン、ゲムシタビン（ジフルオロデオキシシチジン）、ヒドロキシウレア（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標））、イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標））、イホスファミド（ＩＦＥＸ（登録商標））、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（登録商標））、Ｌ－アスパラギナーゼ（ＥＬＳＰＡＲ（登録商標））、ロイコボリンカルシウム、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、６－メルカプトプリン（Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ（登録商標））、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標））、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、マイロターグ、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、フェニックス（イットリウム９０／ＭＸ－ＤＴＰＡ）、ペントスタチン、カルムスチンインプラントを含むポリフェプロサン２０（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標））、クエン酸タモキシフェン（Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標））、テニポシド（Ｖｕｍｏｎ（登録商標））、６－チオグアニン、チオテパ、チラパザミン（Ｔｉｒａｚｏｎｅ（登録商標））、注射用塩酸トポテカン（Ｈｙｃａｍｐｔｉｎ（登録商標））、ビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、およびビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））が挙げられる。
例示的なアルキル化剤としては、限定されないが、窒素マスタード、エチレンイミン誘導体、スルホン酸アルキル、ニトロソウレアおよびトリアゼン、ウラシルマスタード（Ａｍｉｎｏｕｒａｃｉｌ Ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｃｈｌｏｒｅｔｈａｍｉｎａｃｉｌ（登録商標）、Ｄｅｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｄｅｓｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｈａｅｍａｎｔｈａｍｉｎｅ（登録商標）、Ｎｏｒｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｌｏｓｔ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｍｏｓｔａｚａ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｕｔｉｎｅ（登録商標））、クロルメチン（Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）、Ｃｌａｆｅｎ（登録商標）、Ｅｎｄｏｘａｎ（登録商標）、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ（登録商標）、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ（商標）、イホスファミド（Ｍｉｔｏｘａｎａ（登録商標））、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、ピポブロマン（Ａｍｅｄｅｌ（登録商標）、Ｖｅｒｃｙｔｅ（登録商標））、トリエチレンメラミン（Ｈｅｍｅｌ（登録商標）、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標）、Ｈｅｘａｓｔａｔ（登録商標））、トリエチレンチオホスホラミン、テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標））、チオテパ（Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標））、ブスルファン（Ｂｕｓｉｌｖｅｘ（登録商標）、Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、ロムスチン（ＣｅｅＮＵ（登録商標））、ストレプトゾシン（Ｚａｎｏｓａｒ（登録商標））、およびデカルバジン（ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））ならびにその組合せが挙げられる。さらなる例示的なアルキル化剤としては、限定されないが、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ（登録商標））；テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標）およびＴｅｍｏｄａｌ（登録商標））；ダクチノマイシン（アクチノマイシン－Ｄ、Ｃｏｓｍｅｇｅｎ（登録商標）としても知られる）；メルファラン（Ｌ－ＰＡＭ、Ｌ－サルコリシン、およびフェニルアラニンマスタード、Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標）としても知られる）；アルトレタミン（ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標）としても知られる）；カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））；ベンダムスチン（Ｔｒｅａｎｄａ（登録商標））；ブスルファン（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標）およびＭｙｌｅｒａｎ（登録商標））；カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））；ロムスチン（ＣＣＮＵ、ＣｅｅＮＵ（登録商標）としても知られる）；シスプラチン（ＣＤＤＰ、Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）およびＰｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）－ＡＱとしても知られる）；クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））；シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）およびＮｅｏｓａｒ（登録商標））；デカルバジン（ＤＴＩＣ、ＤＩＣおよびイミダゾールカルボキサミド、ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標）としても知られる）；アルトレタミン（ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標）としても知られる）；イホスファミド（Ｉｆｅｘ（登録商標））；プレドヌムスチン；プロカルバジン（Ｍａｔｕｌａｎｅ（登録商標））；メクロレタミン（窒素マスタード、ムスチンおよび塩酸メクロレタミン、Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標）としても知られる）；ストレプトゾシン（Ｚａｎｏｓａｒ（登録商標））；チオテパ（チオホスホアミド、ＴＥＳＰＡおよびＴＳＰＡ、Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標）としても知られる）；シクロホスファミド（Ｅｎｄｏｘａｎ（登録商標）、Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ（登録商標）、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ（登録商標））；ベンダムスチンＨＣｌ（Ｔｒｅａｎｄａ（登録商標））ならびにその組合せが挙げられる。
例示的なｍＴＯＲ阻害剤は、限定することなく、ＲＡＤ００１、テムシロリムス；リダホロリムス（以前はデフェロリムスとして知られていた、（１Ｒ，２Ｒ，４Ｓ）－４－［（２Ｒ）－２ ［（１Ｒ，９Ｓ，１２Ｓ，１５Ｒ，１６Ｅ，１８Ｒ，１９Ｒ，２１Ｒ、２３Ｓ，２４Ｅ，２６Ｅ，２８Ｚ，３０Ｓ，３２Ｓ，３５Ｒ）－１，１８－ジヒドロキシ－１９，３０－ジメトキシ－１５，１７，２１，２３、２９，３５－ヘキサメチル－２，３，１０，１４，２０－ペンタオキソ－１１，３６－ジオキサ－４－アザトリシクロ［３０．３．１．０４，９］ヘキサトリアコンタ－１６，２４，２６，２８－テトラエン－１２－イル］プロピル］－２－メトキシシクロへキシルジメチルホスフィネート、ＡＰ２３５７３およびＭＫ８６６９としても知られており、国際公開第０３／０６４３８３）号に記載されている；エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標）またはＲＡＤ００１）；ラパマイシン（ＡＹ２２９８９、Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ（登録商標））；ｓｉｍａｐｉｍｏｄ（ＣＡＳ １６４３０１－５１－３）；ｅｍｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、（５－｛２，４－ビス［（３Ｓ）－３－メチルモルホリン－４－イル］ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－イル｝－２－メトキシフェニル）メタノール（ＡＺＤ８０５５）；２－アミノ－８－［トランス－４－（２－ヒドロキシエトキシ）シクロへキシル］－６－（６－メトキシ－３－ピリジニル）－４－メチル－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７（８Ｈ）－オン（ＰＦ０４６９１５０２、ＣＡＳ １０１３１０１－３６－４）；およびＮ２－［１，４－ジオキソ－４－［［４－（４－オキソ－８－フェニル－４Ｈ－１－ベンゾピラン－２－イル）モルホリニウム－４－イル］メトキシ］ブチル］－Ｌ－アルギニルグリシル－Ｌ－α－アスパルチルＬ－セリン－、内塩（ＳＦ１１２６、ＣＡＳ ９３６４８７－６７－１）（配列番号３３７）、ＸＬ７６５およびこれらの組合せを含む。
例示的な免疫調節剤としては、限定されないが、アフツズマブ（Ｒｏｃｈｅ（登録商標）から入手可能）；ペグフリグラスチム（Ｎｅｕｌａｓｔａ（登録商標））；レナリドミド（ＣＣ－５０１３、Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））；サリドマイド（Ｔｈａｌｏｍｉｄ（登録商標））、アクチミド（ＣＣ４０４７）；ＩＲＸ－２（ＩＲＸ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓから入手可能なＣＡＳ９５１２０９－７１－５、インターロイキン１、インターロイキン２、およびインターフェロンγを含むヒトサイトカインの混合物）、ならびにその組合せが挙げられる。
例示的なアントラサイクリンとしては、限定されないが、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）およびＲｕｂｅｘ（登録商標））；ブレオマイシン（Ｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））；ダウノルビシン（塩酸ダウノルビシン、ダウノマイシン、および塩酸ルビドマイシン、Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））；ダウノルビシンリポソーマル（クエン酸ダウノルビシンリポソーム、ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））；ミトキサントロン（ＤＨＡＤ、Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））；エピルビシン（Ｅｌｌｅｎｃｅ（商標））；イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｉｄａｍｙｃｉｎ ＰＦＳ（登録商標））；マイトマイシンＣ（Ｍｕｔａｍｙｃｉｎ（登録商標））；ゲルダナマイシン；ハービマイシン；ラビドマイシン；デスアセチルラビドマイシンならびにその組合せが挙げられる。
例示的なビンカアルカロイドとしては、限定されないが、酒石酸ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、ビンデシン（Ｅｌｄｉｓｉｎｅ（登録商標））；ビンブラスチン（硫酸ビンブラスチン、ビンカロイコブラスチンおよびＶＬＢ、Ａｌｋａｂａｎ－ＡＱ（登録商標）およびＶｅｌｂａｎ（登録商標）としても知られる）；ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））ならびにその組合せが挙げられる。
例示的なプロテオソーム阻害剤としては、限定されないが、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））；カルフィルゾミブ（ＰＸ－１７１－００７、（Ｓ）－４－メチル－Ｎ－（（Ｓ）－１－（（（Ｓ）－４－メチル－１－（（Ｒ）－２－メチルオキシラン－２－イル）－１－オキソペンタン－２－イル）アミノ）－１－オキソ－３－フェニルプロパン－２－イル）－２－（（Ｓ）－２－（２－モルホリノアセタミド）－４－フェニルブタナミド）－ペンタナミド）；マリゾミブ（ＮＰＩ－００５２）；クエン酸イキサゾミブ（ＭＬＮ－９７０８）；デランゾミブ（ＣＥＰ－１８７７０）；Ｏ－メチル－Ｎ－［（２－メチル－５－チアゾリル）カルボニル］－Ｌ－セリル－Ｏ－メチル－Ｎ－［（１Ｓ）－２－［（２Ｒ）－２－メチル－２－オキシラニル］－２－オキソ－１－（フェニルメチル）エチル］－Ｌ－セリナミド（ＯＮＸ－０９１２）およびその組合せが挙げられる。
例示的なＧＩＴＲアゴニストは、限定することなく、ＧＩＴＲ融合タンパク質および抗－ＧＩＴＲ抗体（例えば、二価の抗－ＧＩＴＲ抗体）、例えば、米国特許第６，１１１，０９０号、欧州特許第０９０５０５号、米国特許第８，５８６，０２３号、国際公開第２０１０／００３１１８号および同第２０１１／０９０７５４号に記載されているＧＩＴＲ融合タンパク質、または例えば、米国特許第７，０２５，９６２号、欧州特許第１９４７１８３号、米国特許第７，８１２，１３５号、米国特許第８，３８８，９６７号、米国特許第８，５９１，８８６号、欧州特許出願公開第１８６６３３９号、国際公開第２０１１／０２８６８３号、国際公開第２０１３／０３９９５４号、国際公開第２００５／００７１９０号、国際公開第２００７／１３３８２２号、国際公開第２００５／０５５８０８号、国際公開第９９／４０１９６号、国際公開第２００１／０３７２０号、国際公開第９９／２０７５８号、国際公開第２００６／０８３２８９号、国際公開第２００５／１１５４５１号、米国特許第７，６１８，６３２号、および国際公開第２０１１／０５１７２６号に記載されている抗－ＧＩＴＲ抗体を含む。
一実施形態において、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）などの、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、本明細書に記載のｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１などのラパマイシンシグナル伝達経路の標的と共に、対象、例えば、本明細書に開示される方法を使用して同定された対象に投与される。一実施形態において、ｍＴＯＲ阻害剤はＣＡＲ発現細胞に先立って投与される。例えば、一実施形態において、ｍＴＯＲ阻害剤は細胞のアフェレーシスに先立って投与することができる。一実施形態において、対象はがん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する。一実施形態において、対象はＡＬＬを有する。一実施形態において、対象はＣＬＬを有する。
一実施形態において、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）などの、本明細書に記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９は、ＧＩＴＲアゴニスト、例えば、本明細書に記載のＧＩＴＲアゴニストと共に、対象、例えば、本明細書に開示される方法を使用して同定された対象に投与される。実施形態において、ＧＩＴＲアゴニストは、ＣＡＲ発現細胞に先立って投与される。例えば、一実施形態において、ＧＩＴＲアゴニストは細胞のアフェレーシスに先立って投与することができる。一実施形態において、対象はがん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する。一実施形態において、対象はＡＬＬを有する。一実施形態において、対象はＣＬＬを有する。
一実施形態において、対象は、追加の薬剤（ＣＡＲ発現細胞、および適宜、ＣＲＳを処置するための療法とさらに組み合わせて）を投与され、ここで、追加の薬剤は、阻害分子、例えば、チェックポイント分子、例えば、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／もしくはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＨＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４もしくはＣＤ２７０）、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬ９、アデノシン、またはＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）の阻害剤である。実施形態において、追加の薬剤は、ＰＤ－Ｌ１の阻害剤、例えば、ＦＡＺ０５３（ｈＩｇＧ４ヒト化抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、デュルバルマブ（ＤＥＭＩ－４７３６）、アベルマブ（ＭＳＢ－００１０７１８Ｃ）、またはＢＭＳ－９３６５５９である。実施形態において、追加の薬剤は、ＰＤ－１の追加の阻害剤、例えば、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、ＰＤＲ００１、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＡＭＰ－２２４、ＲＥＧＮ－２８１０、またはＢＧＢ－Ａ３１７である。実施形態において、追加の薬剤は、ＬＡＧ－３の阻害剤、例えば、ＬＡＧ５２５（ｈＩｇＧ４ヒト化抗ＬＡＧ－３モノクローナル抗体）である。実施形態において、追加の薬剤は、ＴＩＭ－３の阻害剤、例えば、ＭＢＧ４５３（ｈＩｇＧ４ヒト化抗ＴＩＭ－３モノクローナル抗体）である。実施形態において、追加の薬剤は、酵素、Ｂ－Ｒａｆの阻害剤、例えば、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６；Ｎ－｛３－［５－（２－アミノピリミジン－４－イル）－２－ｔｅｒｔ－ブチル－１，３－チアゾール－４－イル］－２－フルオロフェニル｝－２，６－ジフルオロベンゼンスルホンアミド）である。実施形態において、追加の薬剤は、ＭＥＫＩおよび／またはＭＥＫ２の阻害剤、例えば、トラメチニブ（Ｎ－（３－｛３－シクロプロピル－５－［（２－フルオロ－４－ヨードフェニル）アミノ］－６，８－ジメチル－２，４，７－トリオキソ－３，４，６，７－テトラヒドロピリド［４，３－ｄ］ピリミジン－１（２Ｈ）－イル｝フェニル）アセタミド）である。実施形態において、追加の薬剤は、ダブラフェニブおよびトラメチニブを含む。実施形態において、追加の薬剤は、ＧＩＴＲの阻害剤、例えば、ＧＷＮ３２３である。実施形態において、追加の薬剤は、ＳＴＩＮＧ（インターフェロン遺伝子の刺激因子）のアゴニスト、例えば、ＭＩＷ８１５である。実施形態において、追加の薬剤は、ＩＬ－１５アゴニスト、例えば、ＮＩＺ９８５である。実施形態において、追加の薬剤は、アデノシン受容体の阻害剤、例えば、ＮＩＲ１７８である。実施形態において、追加の薬剤は、マクロファージコロニー刺激因子（ＣＳＦ－１）の阻害剤、例えば、ＭＣＳ１１０である。実施形態において、追加の薬剤は、ｃＭｅｔの阻害剤、例えば、ＩＮＣ２８０である。実施形態において、追加の薬剤は、ポルクピン（ＰＯＲＣＮ）の阻害剤、例えば、ＷＮＴ９７４である。実施形態において、追加の薬剤は、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、例えば、パノビノストである。実施形態において、追加の薬剤は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、エベロリムスである。実施形態において、追加の薬剤は、カスパーゼの第２のミトコンドリア由来活性化因子（ＳＭＡＣ）模倣体および／またはＩＡＰ（アポトーシスタンパク質の阻害剤）ファミリーのタンパク質の阻害剤、例えば、ＬＣＬ１６１である。実施形態において、追加の薬剤は、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）の阻害剤、例えば、ＥＧＦ８１６である。実施形態において、追加の薬剤は、ＩＬ－１７の阻害剤、例えば、ＣＪＭ１１２である。実施形態において、追加の薬剤は、ＩＬ－１ベータの阻害剤、例えば、ＩＬＡＲＩＳである。
キナーゼ阻害剤
一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、キナーゼ阻害剤、例えば、ＣＤＫ４阻害剤、ＢＴＫ阻害剤、ＭＮＫ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＩＴＫ阻害剤、等と組み合わせた治療計画に使用され得る。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤はＣＤＫ４阻害剤、例えば、本明細書に記載されているＣＤＫ４阻害剤、例えば、６－アセチル－８－シクロペンチル－５－メチル－２－（５－ピペリジン－１－イル－ピリジン－２－イルアミノ）－８Ｈ－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－オン、塩酸塩（パルボシクリブまたはＰＤ０３３２９９１ともいわれる）のようなＣＤＫ４／６阻害剤である。一実施形態において、キナーゼ阻害剤はＢＴＫ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているＢＴＫ阻害剤、例えば、イブルチニブである。一実施形態において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシン、ラパマイシンアナログ、ＯＳＩ－０２７である。ｍＴＯＲ阻害剤は、例えば、ｍＴＯＲＣ１阻害剤および／またはｍＴＯＲＣ２阻害剤、例えば、本明細書に記載されているｍＴＯＲＣ１阻害剤および／またはｍＴＯＲＣ２阻害剤であることができる。一実施形態において、キナーゼ阻害剤はＭＮＫ阻害剤、例えば、本明細書に記載されている、例えば、４－アミノ－５－（４－フルオロアニリノ）－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジンのようなＭＮＫ阻害剤である。ＭＮＫ阻害剤は、例えば、ＭＮＫ１ａ、ＭＮＫ１ｂ、ＭＮＫ２ａおよび／またはＭＮＫ２ｂ阻害剤であることができる。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、アロイシンＡ；フラボピリドールまたはＨＭＲ－１２７５、２－（２－クロロフェニル）－５，７－ジヒドロキシ－８－［（３Ｓ，４Ｒ）－３－ヒドロキシ－１－メチル－４－ピペリジニル］－４－クロメノン；クリゾチニブ（ＰＦ－０２３４１０６６；２－（２－クロロフェニル）－５，７－ジヒドロキシ－８－［（２Ｒ，３Ｓ）－２－（ヒドロキシメチル）－１－メチル－３－ピロリジニル］－４Ｈ－１－ベンゾピラン－４－オン、塩酸塩（Ｐ２７６－００）；１－メチル－５－［［２－［５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－イミダゾール－２－イル］－４－ピリジニル］オキシ］－Ｎ－［４－（トリフルオロメチル）フェニル］－１Ｈ－ベンゾイミダゾール－２－アミン（ＲＡＦ２６５）；インジスラム（Ｅ７０７０）；ロスコビチン（ＣＹＣ２０２）；パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）；ジナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）；Ｎ－［５－［［（５－ｔｅｒｔ－ブチルオキサゾール－２－イル）メチル］チオ］チアゾール－２－イル］ピペリジン－４－カルボキサミド（ＢＭＳ３８７０３２）；４－［［９－クロロ－７－（２，６－ジフルオロフェニル）－５Ｈ－ピリミド［５，４－ｄ］［２］ベンゾアゼピン－２－イル］アミノ］－安息香酸（ＭＬＮ８０５４）；５－［３－（４，６－ジフルオロ－１Ｈ－ベンゾイミダゾール－２－イル）－１Ｈ－インダゾール－５－イル］－Ｎ－エチル－４－メチル－３－ピリジンメタンアミン（ＡＧ－０２４３２２）；４－（２，６－ジクロロベンゾイルアミノ）－１Ｈ－ピラゾール－３－カルボン酸Ｎ－（ピペリジン－４－イル）アミド（ＡＴ７５１９）；４－［２－メチル－１－（１－メチルエチル）－１Ｈ－イミダゾール－５－イル］－Ｎ－［４－（メチルスルホニル）フェニル］－２－ピリミジンアミン（ＡＺＤ５４３８）；およびＸＬ２８１（ＢＭＳ９０８６６２）から選択するＣＤＫ４阻害剤である。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤はＣＤＫ４阻害剤、例えば、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）であり、パルボシクリブは一定期間の間毎日、例えば、２８日サイクルの１４～２１日の間毎日、または２１日サイクルの７～１２日の間毎日約５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、７５ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇ、１００ｍｇ、１０５ｍｇ、１１０ｍｇ、１１５ｍｇ、１２０ｍｇ、１２５ｍｇ、１３０ｍｇ、１３５ｍｇ（例えば、７５ｍｇ、１００ｍｇまたは１２５ｍｇ）の用量で投与される。一実施形態において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ超のサイクルのパルボシクリブが投与される。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、イブルチニブ（ＰＣＩ－３２７６５）；ＧＤＣ－０８３４；ＲＮ－４８６；ＣＧＩ－５６０；ＣＧＩ－１７６４；ＨＭ－７１２２４；ＣＣ－２９２；ＯＮＯ－４０５９；ＣＮＸ－７７４；およびＬＦＭ－Ａ１３から選択されるＢＴＫ阻害剤である。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤はＢＴＫ阻害剤、例えば、イブルチニブ（ＰＣＩ－３２７６５）であり、イブルチニブは一定期間の間毎日、例えば、２１日サイクルの間毎日、または２８日サイクルの間毎日約２５０ｍｇ、３００ｍｇ、３５０ｍｇ、４００ｍｇ、４２０ｍｇ、４４０ｍｇ、４６０ｍｇ、４８０ｍｇ、５００ｍｇ、５２０ｍｇ、５４０ｍｇ、５６０ｍｇ、５８０ｍｇ、６００ｍｇ（例えば、２５０ｍｇ、４２０ｍｇまたは５６０ｍｇ）の用量で投与される。一実施形態において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ超のサイクルのイブルチニブが投与される。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、テムシロリムス；リダホロリムス（１Ｒ，２Ｒ，４Ｓ）－４－［（２Ｒ）－２ ［（１Ｒ，９Ｓ，１２Ｓ，１５Ｒ，１６Ｅ，１８Ｒ，１９Ｒ，２１Ｒ、２３Ｓ，２４Ｅ，２６Ｅ，２８Ｚ，３０Ｓ，３２Ｓ，３５Ｒ）－１，１８－ジヒドロキシ－１９，３０－ジメトキシ－１５，１７，２１，２３、２９，３５－ヘキサメチル－２，３，１０，１４，２０－ペンタオキソ－１１，３６－ジオキサ－４－アザトリシクロ［３０．３．１．０４，９］ヘキサトリアコンタ－１６，２４，２６，２８－テトラエン－１２－イル］プロピル］－２－メトキシシクロへキシルジメチルホスフィネート、ＡＰ２３５７３およびＭＫ８６６９としても知られている；エベロリムス（ＲＡＤ００１）；ラパマイシン（ＡＹ２２９８９）；ｓｉｍａｐｉｍｏｄ；（５－｛２，４－ビス［（３Ｓ）－３－メチルモルホリン－４－イル］ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－イル｝－２－メトキシフェニル）メタノール（ＡＺＤ８０５５）；２－ｍｍｉｎｏ－８－［トランス－４－（２－ヒドロキシエトキシ）シクロへキシル］－６－（６－メトキシ－３－ピリジニル）－４－メチル－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７（８Ｈ）－オン（ＰＦ０４６９１５０２）；およびＮ２－［１，４－ジオキソ－４－［［４－（４－オキソ－８－フェニル－４Ｈ－１－ベンゾピラン－２－イル）モルホリニウム－４－イル］メトキシ］ブチル］－Ｌ－アルギニルグリシル－Ｌ－α－アスパルチルＬ－セリン－、内塩（ＳＦ１１２６）（配列番号３３７）；ならびにＸＬ７６５から選択されるｍＴＯＲ阻害剤である。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシンであり、ラパマイシンは一定の期間の間毎日、例えば、２１日のサイクルの間毎日、または２８日のサイクルの間約３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ（例えば、６ｍｇ）の用量で投与される。一実施形態において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ超のサイクルのラパマイシンが投与される。一実施形態において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、エベロリムスであり、エベロリムスは一定の期間毎日、例えば、２８日のサイクルの間毎日約２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ（例えば、１０ｍｇ）の用量で投与される。一実施形態において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ超のサイクルのエベロリムスが投与される。
一実施形態において、キナーゼ阻害剤は、ＣＧＰ０５２０８８；４－アミノ－３－（ｐ－フルオロフェニルアミノ）－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン（ＣＧＰ５７３８０）；セルコスポラミド；ＥＴＣ－１７８０４４５－２；および４－アミノ－５－（４－フルオロアニリノ）－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジンから選択されるＭＮＫ阻害剤である。
低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤との組合せ
本明細書に記載されている方法は低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１のようなラパログを含むアロステリックなｍＴＯＲ阻害剤を使用する。低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤（例えば、免疫系を完全に抑制するには不充分であるが、免疫機能を改良するには充分である用量）の投与は対象における免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞またはＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。ｍＴＯＲ阻害を測定する方法、用量、治療計画、および適切な医薬組成物は参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１５／０１４００３６号に記載されている。
抑制分子阻害剤／チェックポイント阻害剤
一実施形態において、対象にＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質を投与することができる。例えば、一実施形態において、作用物質は、チェックポイント分子を阻害する作用物質であることができる。チェックポイント分子、例えば、プログラム死１（ＰＤ１）は、一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞の免疫エフェクター応答を開始させる能力を減少させることができる。チェックポイント分子の例は、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４およびＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）を含む。
本明細書に記載されている方法はチェックポイント阻害剤と組み合わせたＣＡＲ発現細胞の投与を含むことができる。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤はＣＡＲ発現細胞に先立って、例えば、ＣＡＲ発現細胞の投与の２週、１２日、１０日、８日、１週、６日、５日、４日、３日、２日または１日前に投与される。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤はＣＡＲ発現細胞と同時に投与される。
例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡまたはタンパク質レベルでの阻害によるチェックポイント分子の阻害はＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。複数の実施形態において、抑制性核酸、例えば、抑制性核酸、例えば、ｄｓＲＮＡ、例えば、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを使用して、ＣＡＲ発現細胞内でチェックポイント分子の発現を阻害することができる。一実施形態において、阻害剤はｓｈＲＮＡである。一実施形態において、チェックポイント分子はＣＡＲ発現細胞内で阻害される。これらの実施形態において、チェックポイント分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子はＣＡＲのある構成成分、例えば、構成成分のすべてをコードする核酸に連結される。一実施形態において、抑制的シグナルの阻害剤は、例えば、チェックポイント分子に結合する抗体または抗体断片であることができる。例えば、作用物質は、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２またはＣＴＬＡ４（例えば、イピリムマブ（ＭＤＸ－０１０およびＭＤＸ－１０１ともいわれる、Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）として市販；Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ；トレメリムマブ（Ｐｆｉｚｅｒから入手可能なＩｇＧ２モノクローナル抗体、以前はチシリムマブとして知られていた、ＣＰ－６７５，２０６））に結合する抗体または抗体断片であることができる。一実施形態において、作用物質はＴＩＭ３に結合する抗体または抗体断片である。一実施形態において、作用物質はＬＡＧ３に結合する抗体または抗体断片である。一実施形態において、作用物質はＣＥＡＣＡＭに結合する抗体または抗体断片である。
ＰＤ１は、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、ＩＣＯＳ、およびＢＴＬＡも含むＣＤ２８ファミリーの受容体の１つの抑制性メンバーである。ＰＤ１は活性化したＢ細胞、Ｔ細胞および骨髄細胞上に発現される（Agata et al. 1996 INT. IMMUNOL 8:765-75）。ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２に対する２つのリガンドがＰＤ１への結合の際Ｔ細胞活性化を下方調節することが示されている（Freeman et a. 2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al. 2001 NAT IMMUNOL 2:261-8; Carter et al. 2002 EUR J IMMUNOL 32:634-43）。ＰＤ－Ｌ１はヒトのがんに豊富に存在する（Dong et al. 2003 J MOL MED 81:281-7; Blank et al. 2005 CANCER IMMUNOL. IMMUNOTHER. 54:307-314; Konishi et al. 2004 CLIN CANCER RES 10:5094）。免疫抑制は、ＰＤ１とＰＤ－Ｌ１との局所的相互作用を抑制することにより逆転することができる。ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２の抗体、抗体断片、およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用し得る。例えば、ニボルマブ（ＢＭＳ－９３６５５８またはＭＤＸ１１０６ともいわれる；Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）はＰＤ１を特異的にブロックする全ヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ＰＤ１に特異的に結合するニボルマブ（クローン５Ｃ４）およびその他のヒトモノクローナル抗体は米国特許第８，００８，４４９号および国際公開第２００６／１２１１６８号に開示されている。ピディリズマブ（ＣＴ－０１１；Ｃｕｒｅ Ｔｅｃｈ）はＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ１ｋモノクローナル抗体である。ピディリズマブおよびその他のヒト化抗－ＰＤ１モノクローナル抗体は国際公開第２００９／１０１６１１号に開示されている。ランブロリズマブ（ＭＫ０３４７５ともいわれる；Ｍｅｒｃｋ）はＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ランブロリズマブおよびその他のヒト化抗－ＰＤ１抗体は米国特許第８，３５４，５０９号および国際公開第２００９／１１４３３５号に開示されている。ＭＤＰＬ３２８０Ａ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）はＰＤ－Ｌ１に結合するヒトＦｃ最適化ＩｇＧ１モノクローナル抗体である。ＰＤ－Ｌ１に対するＭＤＰＬ３２８０Ａおよびその他のヒトモノクローナル抗体は米国特許第７，９４３，７４３号および米国特許出願公開第２０１２００３９９０６号に開示されている。他の抗－ＰＤ－Ｌ１結合剤はＹＷ２４３．５５．Ｓ７０（重鎖および軽鎖可変領域は国際公開第２０１０／０７７６３４号に配列番号２０および２１として示されている）およびＭＤＸ－１ １０５（ＢＭＳ－９３６５５９ともいわれる、例えば、国際公開第２００７／００５８７４号に開示されている抗－ＰＤ－Ｌ１結合剤）を含む。ＡＭＰ－２２４（Ｂ７－ＤＣＩｇ；Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ；例えば、国際公開第２０１０／０２７８２７号および国際公開第２０１１／０６６３４２号に開示されている）は、ＰＤ１とＢ７－Ｈ１との相互作用をブロックするＰＤ－Ｌ２ Ｆｃ融合可溶性受容体である。他の抗－ＰＤ１抗体はＡＭＰ ５１４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、とりわけ、例えば、米国特許第８，６０９，０８９号、米国特許出願公開第２０１００２８３３０号、および／または米国特許出願公開第２０１２０１１４６４９号に開示されている抗－ＰＤ１抗体を含む。
一実施形態において、抗－ＰＤ－１抗体またはその断片は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる「ＰＤ－１に対する抗体分子およびその使用」と題する米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号に記載されている抗－ＰＤ－１抗体分子である。一実施形態において、抗－ＰＤ－１抗体分子は、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０４９－クローン－Ａ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｂ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｃ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｄ、またはＢＡＰ０４９－クローン－Ｅのいずれかから選択される抗体の重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲ（またはまとめてすべてのＣＤＲ）、または米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に記載のもの、または表１のヌクレオチド配列；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の）配列によりコードされているもの、または密接に関連したＣＤＲ、例えば、同一であるか、または少なくとも１つのアミノ酸の変化、しかし２、３もしくは４以下の変化（例えば、置換、欠失、または挿入、例えば、保存的置換）を有するＣＤＲを含む。
さらに別の実施形態において、抗－ＰＤ－１抗体分子は、本明細書に記載されている抗体、例えば、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０４９－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０４９－クローン－Ａ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｂ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｃ、ＢＡＰ０４９－クローン－Ｄ、またはＢＡＰ０４９－クローン－Ｅのいずれかから選択される抗体の少なくとも１、２、３または４つの可変領域、または表１に記載されているもの、または表１のヌクレオチド配列；または米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に記載のもの；または表１のヌクレオチド配列によりコードされているもの；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の）配列によりコードされているものを含む。
一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、
（ａ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に開示された、配列番号４のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号５のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号１３のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１４のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３３のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｂ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に開示された、配列番号１から選択されるＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＨと、配列番号１０のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３２のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＬ；
（ｃ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に開示された、配列番号２２４のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号５のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＨと、配列番号１３のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１４のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３３のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＬ；または
（ｄ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に開示された、配列番号２２４のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＨと、配列番号１０のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３２のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＶＬ
を含む。
本明細書の以下の組合せにおいて、別の実施形態においては、抗ＰＤ－１抗体分子は、それぞれ、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に開示された、（ｉ）配列番号１、配列番号４、または配列番号２２４から選択されるＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２または配列番号５のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、（ｉｉ）配列番号１０または配列番号１３のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１または配列番号１４のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３２または配列番号３３のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
ある特定の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、約１～３０ｍｇ／ｋｇ、例えば、約５～２５ｍｇ／ｋｇ、約１０～２０ｍｇ／ｋｇ、約１～５ｍｇ／ｋｇ、または約３ｍｇ／ｋｇの用量で注射（例えば、皮下または静脈内）によって投与される。投薬スケジュールは、例えば、週１回から２、３、または４週毎に１回まで変化してもよい。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、隔週に約１～２０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。
一部の実施形態において、ＰＤ－１阻害剤、例えば、抗ＰＤ－１抗体分子の用量は、一定用量である。一部の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、約２００ｍｇ～５００ｍｇ、例えば、約２５０ｍｇ～４５０ｍｇ、約３００ｍｇ～４００ｍｇ、約２５０ｍｇ～３５０ｍｇ、約３５０ｍｇ～４５０ｍｇ、または約３００ｍｇまたは約４００ｍｇの用量（例えば、一定用量）で注射（例えば、皮下または静脈内）によって投与される。投薬スケジュール（例えば、一定投薬スケジュール）は、例えば、週１回から２、３、４、５または６週毎に１回まで変化してもよい。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、３週毎に１回または４週毎に１回、約３００ｍｇ～４００ｍｇの用量で投与される。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、３週毎に１回、約３００ｍｇからの用量で投与される。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、４週毎に１回、例えば、ｉ．ｖ．注入を介して、約４００ｍｇからの用量で投与される。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、４週毎に１回、例えば、ｉ．ｖ．注入を介して、約３００ｍｇからの用量で投与される。一実施形態において、抗ＰＤ－１抗体分子は、３週毎に１回、例えば、ｉ．ｖ．注入を介して、約４００ｍｇからの用量で投与される。
別の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１７、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｋ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｌ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｍ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｎ、またはＢＡＰ０５８－クローン－Ｏのいずれかの重鎖および軽鎖可変領域に由来する少なくとも１、２、３、４、５もしくは６つのＣＤＲ（またはまとめて全てのＣＤＲ）；または米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に記載のもの、もしくは表１に示されるヌクレオチド配列によりコードされるものを含む。一実施形態において、１または複数のＣＤＲ（またはまとめて全てのＣＤＲ）は、表１に示される、または表１に示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６またはそれ以上の変化、例えば、アミノ酸置換または欠失を有する。
さらに別の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０５８－ｈｕｍ１７、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｋ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｌ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｍ、ＢＡＰ０５８－クローン－Ｎ、またはＢＡＰ０５８－クローン－Ｏのいずれかのアミノ酸配列；または米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に記載のもの、もしくは表１のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または上記配列のいずれかと実質的に同一である（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％以上同一である）配列を含む、少なくとも１または２つの重鎖可変ドメイン（適宜、定常領域を含む）、少なくとも１または２つの軽鎖可変ドメイン（適宜、定常領域を含む）、またはその両方を含む。
一実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、
（ｉ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に開示された、配列番号１、配列番号４、または配列番号１９５から選択されるＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、
（ｉｉ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に開示された、配列番号９のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１０のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号１１のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、
を含む。
別の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、
（ｉ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に開示された、配列番号１、配列番号４、または配列番号１９５から選択されるＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号５のＶＨＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号３のＶＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、
（ｉｉ）それぞれ、米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に開示された、配列番号１２のＶＬＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１３のＶＬＣＤＲ２アミノ酸配列、および配列番号１４のＶＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、
を含む。
一実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、配列番号１のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列を含む。別の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、配列番号４のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列を含む。さらに別の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体分子は、それぞれ、米国特許出願公開第２０１６／０１０８１２３号の表１に開示された、配列番号１９５のＶＨＣＤＲ１アミノ酸配列を含む。
ＴＩＭ３（Ｔ細胞免疫グロブリン－３）はまた特にＩＦＮ－ｇを分泌するＣＤ４＋Ｔヘルパー１およびＣＤ８＋Ｔ細胞毒性１細胞においてＴ細胞機能を負に調節し、Ｔ細胞消耗において重大な役割を果たす。ＴＩＭ３とそのリガンド、例えば、ガレクチン－９（Ｇａｌ９）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、およびＨＭＧＢ１との間の相互作用の阻害は免疫応答を増大することができる。ＴＩＭ３とそのリガンドの抗体、抗体断片、およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用することができる。例えば、ＴＩＭ３を標的とする抗体、抗体断片、小さい分子、またはペプチド阻害剤はＴＩＭ３のＩｇＶドメインに結合してそのリガンドとの相互作用を阻害する。ＴＩＭ３を阻害する抗体およびペプチドは国際公開第２０１３／００６４９０号および米国特許出願公開第２０１００２４７５２１号に開示されている。他の抗－ＴＩＭ３抗体はＲＭＴ３－２３のヒト化されたバージョン（Ngiow et al., 2011, Cancer Res、71:3540-3551に開示されている）、およびクローン８Ｂ．２Ｃ１２（Monney et al., 2002, Nature, 415:536-541に開示されている）を含む。ＴＩＭ３およびＰＤ－１を阻害する二重特異的な抗体は米国特許出願公開第２０１３０１５６７７４号に開示されている。
一実施形態において、抗－ＴＩＭ３抗体またはその断片は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる「ＴＩＭ３に対する抗体分子およびその使用」と題する米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号に記載されている抗－ＴＩＭ３抗体分子である。一実施形態において、抗－ＴＩＭ３抗体分子は、ＡＢＴＩＭ３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０４、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０５、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０６、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０７、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０８、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０９、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１０、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１４、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１５、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１６、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１７、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１８、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１９、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２０、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２３のいずれかから選択される抗体の重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲ（またはまとめてすべてのＣＤＲ）、または米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号の表１－４に記載されているもの；または表１－４のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の）配列、または密接に関連したＣＤＲ、例えば、同一であるかまたは少なくとも１つのアミノ酸変化、しかし２、３または４つ以下の変化（例えば、置換、欠失、または挿入、例えば、保存的置換）を有するＣＤＲを含む。
さらに別の実施形態において、抗－ＴＩＭ３抗体分子は、本明細書に記載されている抗体、例えば、ＡＢＴＩＭ３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０４、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０５、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０６、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０７、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０８、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ０９、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１０、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１３、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１４、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１５、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１６、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１７、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１８、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ１９、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２０、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２１、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２２、ＡＢＴＩＭ３－ｈｕｍ２３のいずれかから選択される抗体の少なくとも１、２、３または４つの可変領域、または米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号の表１－４に記載されているもの；または表１－４のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の）配列を含む。
他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質はＣＥＡＣＡＭ阻害剤（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、および／またはＣＥＡＣＡＭ－５阻害剤）である。一実施形態において、ＣＥＡＣＡＭの阻害剤は抗－ＣＥＡＣＡＭ抗体分子である。例示的な抗－ＣＥＡＣＡＭ－１抗体は、国際公開第２０１０／１２５５７１号、国際公開第２０１３／０８２３６６号、国際公開第２０１４／０５９２５１号および国際公開第２０１４／０２２３３２号に記載されており、例えば、モノクローナル抗体３４Ｂ１、２６Ｈ７、および５Ｆ４；または、例えば、米国特許出願公開第２００４／００４７８５８号、米国特許第７，１３２，２５５号および国際公開第９９／０５２５５２号に記載されているその組換え形態である。他の実施形態において、抗－ＣＥＡＣＡＭ抗体は、例えば、Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529 (DOI:10:1371/journal.pone.0021146)に記載されているようにＣＥＡＣＡＭ－５に結合するか、または、例えば、国際公開第２０１３／０５４３３１号および米国特許出願公開第２０１４／０２７１６１８号に記載されているようにＣＥＡＣＡＭ－１およびＣＥＡＣＡＭ－５と交差反応する。
理論に縛られることは望まないが、ＣＥＡＣＡＭ－１およびＣＥＡＣＡＭ－５のようながん胎児性抗原細胞接着分子（ＣＥＡＣＡＭ）が、少なくとも部分的に、抗－腫瘍免疫応答の阻害を媒介すると考えられる（例えば、Markel et al. J Immunol. 2002 Mar 15;168(6):2803-10; Markel et al. J Immunol. 2006 Nov 1;177(9):6062-71; Markel et al. Immunology. 2009 Feb;126(2):186-200; Markel et al. Cancer Immunol Immunother. 2010 Feb;59(2):215-30; Ortenberg et al. Mol Cancer Ther. 2012 Jun;11(6):1300-10; Stern et al. J Immunol. 2005 Jun 1;174(11):6692-701; Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529参照）例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１は、ＴＩＭ－３に対するヘテロ親和性のリガンドとして、またＴＩＭ３－媒介Ｔ細胞寛容および消耗にある役割を果たすとして記載されている（例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号；Huang、et al. (2014) Nature doi:10.1038/nature13848参照）。複数の実施形態において、ＣＥＡＣＡＭ－１およびＴＩＭ－３の同時遮断（ｃｏ－ｂｌｏｃｋａｄｅ）は異種移植結腸直腸がんモデルで抗－腫瘍免疫応答を増強することが示されている（例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号；Huang, et al. (2014), supra参照）。他の実施形態において、ＣＥＡＣＡＭ－１およびＰＤ－１の同時遮断は、例えば、国際公開第２０１４／０５９２５１号に記載されているようにＴ細胞寛容を低減する。従って、ＣＥＡＣＡＭ阻害剤を本明細書に記載されている他の免疫調節剤（例えば、抗－ＰＤ－１および／または抗－ＴＩＭ－３阻害剤）と共に使用して、がん、例えば、黒色腫、肺がん（例えば、ＮＳＣＬＣ）、膀胱がん、結腸がん、卵巣がん、および本明細書に記載されているその他のがんに対する免疫応答を増強することができる。
ＬＡＧ３（リンパ球活性化遺伝子－３またはＣＤ２２３）は、ＣＤ８＋Ｔ細胞消耗においてある役割を果たすことが示されている、活性化したＴ細胞およびＢ細胞上に発現される細胞表面分子である。ＬＡＧ３およびそのリガンドの抗体、抗体断片、およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用することができる。例えば、ＢＭＳ－９８６０１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂ）はＬＡＧ３を標的とするモノクローナル抗体である。ＩＭＰ７０１（Ｉｍｍｕｔｅｐ）はアンタゴニストＬＡＧ３抗体であり、ＩＭＰ７３１（ＩｍｍｕｔｅｐおよびＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）は枯渇性のＬＡＧ３抗体である。その他のＬＡＧ３阻害剤は、ＬＡＧ３の可溶性部分と、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合し、抗原提示細胞（ＡＰＣ）を活性化するＩｇとの組換え融合タンパク質であるＩＭＰ３２１（Ｉｍｍｕｔｅｐ）を含む。他の抗体は、例えば、国際公開第２０１０／０１９５７０号に開示されている。
一実施形態において、抗ＬＡＧ３抗体またはその断片は、その全体が参照により組み込まれる「Antibody Molecules to LAG3 and Uses Thereof」の表題の米国特許出願公開第２０１５／０２５９４２０号に記載の抗ＬＡＧ３抗体分子である。一実施形態において、抗ＬＡＧ３抗体分子は、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１７、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１８、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１９、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ２０、ｈｕＢＡＰ０５０（Ｓｅｒ）（例えば、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０１－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０２－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０３－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０４－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０５－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０６－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０７－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０８－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０９－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１０－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１１－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１２－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１３－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１４－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１５－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１８－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１９－Ｓｅｒ、もしくはＢＡＰ０５０－ｈｕｍ２０－Ｓｅｒ）、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｆ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｇ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｈ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｉ、もしくはＢＡＰ０５０－クローン－Ｊのいずれかから選択される抗体；または米国特許出願公開第２０１５／０２５９４２０号の表１に記載のもの、もしくは表１のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または上記配列のいずれかと実質的に同一である（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％以上同一である）配列に由来する重鎖および軽鎖可変領域に由来する少なくとも１、２、３、４、５もしくは６つのＣＤＲ（またはまとめて全てのＣＤＲ）、または密接に関連するＣＤＲ、例えば、同一であるか、または少なくとも１つのアミノ酸変化であるが、２、３もしくは４つ以下の変化（例えば、置換、欠失、または挿入、例えば、保存的置換）を有するＣＤＲを含む。
さらに別の実施形態において、抗ＬＡＧ３抗体分子は、本明細書に記載の抗体、例えば、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１７、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１８、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１９、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ２０、ｈｕＢＡＰ０５０（Ｓｅｒ）（例えば、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０１－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０２－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０３－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０４－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０５－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０６－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０７－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０８－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ０９－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１０－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１１－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１２－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１３－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１４－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１５－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１８－Ｓｅｒ、ＢＡＰ０５０－ｈｕｍ１９－Ｓｅｒ、もしくはＢＡＰ０５０－ｈｕｍ２０－Ｓｅｒ）、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｆ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｇ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｈ、ＢＡＰ０５０－クローン－Ｉ、もしくはＢＡＰ０５０－クローン－Ｊのいずれかから選択される抗体；または米国特許出願公開第２０１５／０２５９４２０号の表１に記載のもの、もしくは表１のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または上記配列のいずれかと実質的に同一である（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％以上同一である）配列に由来する少なくとも１、２、３、または４つの可変領域を含む。
一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質は、例えば、第１のドメインおよび第２のドメインを含む融合タンパク質であることができ、ここで第１のドメインはチェックポイント分子、またはその断片であり、第２のドメインは陽性シグナルに関連するポリペプチド、例えば、本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメインを含むポリペプチド（本明細書中で抑制ＣＡＲまたはｉＣＡＲともいわれる）である。一部の実施形態において、陽性シグナルに関連するポリペプチドは、ＣＤ２８、ＣＤ２７、ＩＣＯＳの共刺激ドメイン、例えば、ＣＤ２８、ＣＤ２７および／またはＩＣＯＳの細胞内シグナル伝達ドメイン、および／または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、本明細書に記載されているＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含むことができる。一実施形態において、融合タンパク質はＣＡＲを発現する同一の細胞により発現される。別の実施形態において、融合タンパク質は細胞、例えば、ＣＡＲ、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲを発現しないＴ細胞により発現される。
一実施形態において、チェックポイント分子、例えば、例えばプログラム死１（ＰＤ１）のような本明細書に記載されているチェックポイント分子の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）は、膜貫通ドメインならびに本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、例えば４１ＢＢ ＯＸ４０、Ｃｄ２８、ＣＤ２７のような共刺激シグナル伝達ドメイン、および／または例えばＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインと融合することができる。一実施形態において、抑制ＣＡＲ、例えば、例えば、ＰＤ１ＣＡＲを、別のＣＡＲ、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ（例えば、ＣＤ１９ＲＣＡＲ）と組み合わせて使用することができる。一実施形態において、ＰＤ１ＲＣＡＲ（またはＰＤ１ＣＡＲ）はＴ細胞の持続性を改良する。抑制分子の例は、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４およびＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）を含む。一実施形態において、抑制分子ＣＡＲは、例えば、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、および／またはＣＥＡＣＡＭ－５）、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４およびＴＧＦ（例えば、ＴＧＦベータ）のような抑制分子、またはこれらのいずれかの断片（例えば、これらのいずれかの細胞外ドメインの少なくとも一部分）の第１のポリペプチド、ならびに本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメインである第２のポリペプチド（例えば、共刺激ドメイン（例えば、例えば本明細書に記載されている４１ＢＢ、ＣＤ２７またはＣＤ２８）および／または一次シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載されているＣＤ３ゼータシグナル伝達ドメインを含む）を含む。
一実施形態において、抑制分子ＣＡＲは、膜貫通ドメインならびに４１ＢＢおよびＣＤ３ゼータのような細胞内シグナル伝達ドメインと融合したＰＤ１の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）を含む（本明細書中でＰＤ１ＣＡＲともいわれる）。一実施形態において、ＰＤ１ＣＡＲはＣＡＲ発現細胞の持続性を改良する。一実施形態において、ＰＤ１ＣＡＲは配列番号４０においてアンダーラインで示されるＰＤ１の細胞外ドメインを含む。一実施形態において、ＰＤ１ＣＡＲは配列番号４０のアミノ酸配列を含む。
Malpvtalllplalllhaarppgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr（配列番号４０）
一実施形態において、ＰＤ１ＣＡＲは以下に提供されるアミノ酸配列
pgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr（配列番号４１）
を含む。
一実施形態において、ＰＤ１ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているＰＤ１ＣＡＲは、下に示される核酸配列、または少なくとも、ＰＤ１の細胞外ドメインをコードする核酸配列（下のアンダーラインで示される）によりコードされる。
atggccctccctgtcactgccctgcttctccccctcgcactcctgctccacgccgctagaccacccggatggtttctggactctccggatcgcccgtggaatcccccaaccttctcaccggcactcttggttgtgactgagggcgataatgcgaccttcacgtgctcgttctccaacacctccgaatcattcgtgctgaactggtaccgcatgagcccgtcaaaccagaccgacaagctcgccgcgtttccggaagatcggtcgcaaccgggacaggattgtcggttccgcgtgactcaactgccgaatggcagagacttccacatgagcgtggtccgcgctaggcgaaacgactccgggacctacctgtgcggagccatctcgctggcgcctaaggcccaaatcaaagagagcttgagggccgaactgagagtgaccgagcgcagagctgaggtgccaactgcacatccatccccatcgcctcggcctgcggggcagtttcagaccctggtcacgaccactccggcgccgcgcccaccgactccggccccaactatcgcgagccagcccctgtcgctgaggccggaagcatgccgccctgccgccggaggtgctgtgcatacccggggattggacttcgcatgcgacatctacatttgggctcctctcgccggaacttgtggcgtgctccttctgtccctggtcatcaccctgtactgcaagcggggtcggaaaaagcttctgtacattttcaagcagcccttcatgaggcccgtgcaaaccacccaggaggaggacggttgctcctgccggttccccgaagaggaagaaggaggttgcgagctgcgcgtgaagttctcccggagcgccgacgcccccgcctataagcagggccagaaccagctgtacaacgaactgaacctgggacggcgggaagagtacgatgtgctggacaagcggcgcggccgggaccccgaaatgggcgggaagcctagaagaaagaaccctcaggaaggcctgtataacgagctgcagaaggacaagatggccgaggcctactccgaaattgggatgaagggagagcggcggaggggaaaggggcacgacggcctgtaccaaggactgtccaccgccaccaaggacacatacgatgccctgcacatgcaggcccttccccctcgc（配列番号４２）
複数の実施形態において、抑制的細胞外ドメインは、天然に存在するヒト抑制分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト一次刺激分子の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を有するか、または３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２、または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
キメラ抗原受容体を調節する方策
ＣＡＲ活性を調節することができる多くの方法が存在する。実施形態において、本明細書のＣＲＳ療法は、このセクションに記載されるキメラ抗原受容体を調節するための方策と組み合わせて使用される。例えば、例えば二量体化ドメインに融合したカスパーゼを使用した誘導性のアポトーシス（例えば、Di Stasa et al., N Egnl. J. Med. 2011 Nov. 3; 365(18):1673-1683参照）を、本発明のＣＡＲ療法に安全性スイッチとして使用することができる。一実施形態において、本発明のＣＡＲを発現する細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）はさらに誘導性のアポトーシススイッチを含み、ここでヒトカスパーゼ（例えば、カスパーゼ９）または改変バージョンが条件付き二量体化を可能にするヒトＦＫＢタンパク質の改変体に融合される。ラパログのような小さい分子（例えば、ＡＰ１９０３、ＡＰ２０１８７）の存在下で、誘導性のカスパーゼ（例えば、カスパーゼ９）が活性化され、本発明のＣＡＲを発現する細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞）の迅速なアポトーシスおよび死に通じる。カスパーゼに基づく誘導性のアポトーシススイッチの例（またはかかるスイッチの １つまたは複数の態様）は、例えば、すべて参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００４０４００４７号；米国特許出願公開第２０１１０２８６９８０号；米国特許出願公開第２０１４０２５５３６０号；国際公開第１９９７０３１８９９号；国際公開第２０１４１５１９６０号；国際公開第２０１４１６４３４８号；国際公開第２０１４１９７６３８号；国際公開第２０１４１９７６３８号に記載されている。
別の例において、ＣＡＲ発現細胞はまた、二量体化薬（例えば、ｒｉｍｉｄｕｃｉｄ（ＡＰ１９０３（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）またはＡＰ２０１８７（Ａｒｉａｄ）ともいわれる）の投与の際にカスパーゼ－９の活性化および細胞のアポトーシスを導く誘導性のカスパーゼ－９（ｉカスパーゼ－９）分子も発現することができる。ｉカスパーゼ－９分子は、化学的二量体化誘導物質（ＣＩＤ）の存在下で二量体化を媒介するＣＩＤ結合ドメインを含有する。この結果、ＣＡＲ発現細胞の誘導性で選択的な枯渇が起こる。いくつかの場合には、ｉカスパーゼ－９分子は、ＣＡＲをコードするベクターとは別個の核酸分子によりコードされる。いくつかの場合には、ｉカスパーゼ－９分子はＣＡＲをコードするベクターと同じ核酸分子によりコードされる。ｉカスパーゼ－９はＣＡＲ発現細胞のあらゆる毒性を回避するために安全性スイッチを提供することができる。例えば、Song et al. Cancer Gene Ther. 2008; 15(10):667-75; Clinical Trial Id. No. NCT02107963；およびDi Stasi et al. N. Engl. J. Med. 2011; 365:1673-83参照。
ＣＡＲ療法を調節するための代替的な方策は、例えば、ＣＡＲ発現細胞を枯渇させることにより、例えば、抗体依存的細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を誘導することにより、ＣＡＲ活性を脱活性化するか、または停止させる低分子または抗体を使用することを含む。
一実施形態において、ＣＡＲ療法は、Ｔ細胞枯渇剤の投与を含む。一実施形態において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は、例えば、抗体依存性の細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）および／または相補体誘発細胞死を誘発することによりＣＡＲ発現細胞を枯渇させる作用物質である。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、細胞死、例えば、ＡＤＣＣまたは相補体誘発細胞死を誘発することができる分子により認識される抗原（例えば、標的抗原）も発現し得る。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、抗体または抗体断片が標的とすることができる標的タンパク質（例えば、受容体）も発現し得る。かかる標的タンパク質の例は、限定されることはないが、ＥｐＣＡＭ、ＶＥＧＦＲ、インテグリン（例えば、インテグリンανβ３、α４、αΙ３／４β３、α４β７、α５β１、ανβ３、αν）、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー（例えば、ＴＲＡＩＬ－Ｒ１、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２）のメンバー、ＰＤＧＦ受容体、インターフェロン受容体、葉酸受容体、ＧＰＮＭＢ、ＩＣＡＭ－１、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＥＡ、ＣＡ－１２５、ＭＵＣ１、ＴＡＧ－７２、ＩＬ－６受容体、５Ｔ４、ＧＤ２、ＧＤ３、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ１１、ＣＤ１１ａ／ＬＦＡ－１、ＣＤ１５、ＣＤ１８／ＩＴＧＢ２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３／ｌｇＥ受容体、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１２５、ＣＤ１４７／ベイシジン（ｂａｓｉｇｉｎ）、ＣＤ１５２／ＣＴＬＡ－４、ＣＤ１５４／ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ１９５／ＣＣＲ５、ＣＤ３１９／ＳＬＡＭＦ７、およびＥＧＦＲ、およびこれらのトランケートバージョン（例えば、１つまたは複数の細胞外エピトープを保存するが細胞質ドメイン内の１つまたは複数の領域を欠くバージョン）を含む。
他の実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、シグナル伝達能力を欠くが、ＡＤＣＣを誘発することができる分子、例えば、セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））により認識されるエピトープを保持するトランケートされた上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）も発現することができ、その結果セツキシマブの投与がＡＤＣＣおよびＣＡＲ発現細胞の後の枯渇を誘発する（例えば、国際公開第２０１１／０５６８９４、およびJonnalagadda et al., Gene Ther. 2013; 20(8)853-860参照）。別の方策は、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞でＣＤ３２およびＣＤ２０抗原両方からの標的エピトープを併せ持つ高度にコンパクトなマーカー／自殺遺伝子を発現させることを含み、これがリツキシマブと結合し、結果として、例えば、ＡＤＣＣによるＣＡＲ発現細胞の選択的な枯渇を起こす（例えば、Philip et al., Blood. 2014; 124(8)1277-1287参照）。本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を枯渇させる他の方法は、成熟リンパ球、例えば、ＣＡＲ発現細胞に選択的に結合し、例えば、ＡＤＣＣを誘発することにより破壊するために標的とするモノクローナル抗－ＣＤ５２抗体であるＣＡＭＰＡＴＨの投与を含む。他の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はＣＡＲリガンド、例えば、抗－イディオタイプ抗体を使用して選択的に標的とすることができる。一部の実施形態において、抗－イディオタイプ抗体はエフェクター細胞活性、例えば、ＡＤＣＣまたはＡＤＣ活性を生じさせることができ、それによりＣＡＲ発現細胞の数を低減する。他の実施形態において、ＣＡＲリガンド、例えば、抗－イディオタイプ抗体は、細胞殺戮を誘発する作用物質、例えば、毒素結合にすることができ、それによりＣＡＲ発現細胞の数を低減する。あるいは、ＣＡＲ分子自体が、活性を調節する、例えば、以下に記載するようにオンオフすることができるように構成することができる。
他の実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質により認識される標的タンパク質も発現し得る。一実施形態において、標的タンパク質はＣＤ２０であり、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗－ＣＤ２０抗体、例えば、リツキシマブである。かかる実施形態において、ＣＡＲ発現細胞を低減または除去し、例えばＣＡＲに誘発された毒性を軽減するのが望ましくなったときには、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与する。他の実施形態において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗－ＣＤ５２抗体、例えば、本明細書中実施例に記載されているようにアレムツズマブである。
一部の実施形態において、本明細書に開示されている方法は、さらに、細胞（例えば、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞）での処置後Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与することにより、ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞）を低減する（例えば、枯渇させる）ことを含む。かかるＴ細胞を枯渇させる作用物質を使用して、ＣＡＲ発現細胞（例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞）を効果的に枯渇させて毒性を軽減することができる。一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞を、本発明の方法に従って製造し、例えば、（例えば、トランスフェクションまたは形質導入の前または後に）本発明の方法に従ってアッセイした。
一部の実施形態において、細胞、例えば、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞の集団の投与の１、２、３、４、または５週後、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与する。
一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＡＲおよび標的タンパク質を同時発現する、例えば、標的タンパク質を生来発現するかまたは標的タンパク質を発現するように工学操作されている。例えば、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＡＲ核酸（例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ核酸）を含む核酸（例えば、ベクター）および標的タンパク質をコードする核酸を含むことができる。
一実施形態において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質はＣＤ５２阻害剤、例えば、抗－ＣＤ５２抗体分子、例えば、アレムツズマブである。
他の実施形態において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、本明細書に記載されているＣＡＲ分子（例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ）およびＴ細胞を枯渇させる作用物質により認識される標的タンパク質を発現する。一実施形態において、標的タンパク質はＣＤ２０である。標的タンパク質がＣＤ２０である複数の実施形態において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗－ＣＤ２０抗体、例えば、リツキシマブである。
前述した方法のいずれかのさらなる実施形態において、方法はさらに細胞、例えば、造血幹細胞、または骨髄を対象に移植することを含む。
別の態様において、本発明は、細胞移植に先立って対象を条件付ける方法を特徴とする。この方法は、対象に、ＣＡＲ核酸またはポリペプチド、例えば、ＣＤ１９ ＣＡＲ核酸またはポリペプチドを含む細胞の有効量を投与することを含む。一部の実施形態において、細胞移植は幹細胞移植、例えば、造血幹細胞移植、または骨髄移植である。他の実施形態において、細胞移植に先立って対象をコンディショニングすることは、対象中の、標的を発現する細胞、例えば、ＣＤ１９を発現する正常な細胞またはＣＤ１９を発現するがん細胞の数を低下することを含む。
ＲＣＡＲ
他の実施形態において、ＣＡＲ活性を制御することができる調節可能なＣＡＲ（ＲＣＡＲ）が、ＣＡＲ療法の安全性および効能を最適化するために望ましい。
態様において、ＲＣＡＲは、本明細書に記載の標準的なＣＡＲの成分、例えば、抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインが、別々のポリペプチドまたはメンバー上に分割された、ポリペプチドのセット、典型的には、最も単純な実施形態において、２つを含む。一部の実施形態において、ポリペプチドのセットは、二量体化分子の存在時に、ポリペプチドを互いに結合させることができる、例えば、抗原結合ドメインを細胞内シグナル伝達ドメインに結合させることができる、二量体化スイッチを含む。一実施形態において、本発明のＣＡＲは、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１４１２７２６１号または国際公開第２０１５０９０２２９号に記載されたような二量体化スイッチを使用する。そのような調節可能なＣＡＲのさらなる説明および例示的な構成は、本明細書、および例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／０９０２２９号の段落５２７～５５１に提供される。
天然のキラー細胞受容体（ＮＫＲ）ＣＡＲ
一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ分子は天然のキラー細胞受容体（ＮＫＲ）の１つまたは複数の構成成分を含むことによりＮＫＲ－ＣＡＲを形成する。ＮＫＲ構成成分は次の天然のキラー細胞受容体のいずれかの膜貫通ドメイン、ヒンジドメイン、または細胞質ドメインであることができる：キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、例えば、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２／Ｌ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ２ＤＳ１、ＫＩＲ２ＤＳ２、ＫＩＲ２ＤＳ３、ＫＩＲ２ＤＳ４、ＤＩＲ２ＤＳ５、ＫＩＲ３ＤＬ１／Ｓ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＰ１、およびＫＩＲ３ＤＰ１；天然の細胞毒性受容体（ＮＣＲ）、例えば、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ４６；シグナル伝達リンパ球活性化分子（ＳＬＡＭ）ファミリーの免疫細胞受容体、例えば、ＣＤ４８、ＣＤ２２９、２Ｂ４、ＣＤ８４、ＮＴＢ－Ａ、ＣＲＡＣＣ、ＢＬＡＭＥ、およびＣＤ２Ｆ－１０；Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）、例えば、ＣＤ１６、およびＣＤ６４；ならびにＬｙ４９受容体、例えば、ＬＹ４９Ａ、ＬＹ４９Ｃ。本明細書に記載されているＮＫＲ－ＣＡＲ分子はアダプター分子または細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＤＡＰ１２と相互作用し得る。ＮＫＲ構成成分を含むＣＡＲ分子の例示的な構造および配列は、その内容が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１４５２５２号に記載されている。
スプリットＣＡＲ
一部の実施形態において、ＣＡＲ発現細胞はスプリットＣＡＲを含む。スプリットＣＡＲ手法は国際公開第２０１４／０５５４４２号および国際公開第２０１４／０５５６５７号により詳細に記載されている。簡潔にいうと、スプリットＣＡＲシステムは、第１の抗原結合ドメインおよび共刺激ドメインを有する第１のＣＡＲを発現する細胞（例えば、４１ＢＢ）を含み、この細胞は第２の抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、ＣＤ３ゼータ）を有する第２のＣＡＲも発現する。細胞が第１の抗原に出会うと、共刺激ドメインが活性化され、細胞は増殖する。細胞が第２の抗原に出会うと、細胞内シグナル伝達ドメインが活性化され、細胞殺戮活性が始まる。このように、ＣＡＲ発現細胞は両方の抗原の存在下でのみ十分に活性化される。
サブセット最適化されたＣＡＲ
一部の態様および実施形態において、本発明の組成物および方法は、例えば、参照によりその内容が全体として本明細書に組み込まれる２０１５年７月３１日に出願された国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０４３２１９号に記載されているように、Ｔ細胞の特定のサブセットに最適化される。一部の実施形態において、Ｔ細胞の最適化されたサブセットは、対照のＴ細胞、例えば、同じコンストラクトを発現する異なる型（例えば、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋）のＴ細胞と比較して増強された持続性を示す。一部の実施形態において、ＣＤ４＋Ｔ細胞は本明細書に記載されているＣＡＲを含み、このＣＡＲは（例えば、例えば増強された持続性に通じるように最適化された）ＣＤ４＋Ｔ細胞に適切な細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＩＣＯＳドメインを含む。一部の実施形態において、ＣＤ８＋Ｔ細胞は本明細書に記載されているＣＡＲを含み、このＣＡＲは（例えば、例えば増強された持続性に通じるように最適化された）ＣＤ８＋Ｔ細胞に適切な細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、４－１ＢＢドメイン、ＣＤ２８ドメイン、またはＩＣＯＳドメイン以外の別の共刺激ドメインを含む。一部の実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲは本明細書に記載されている抗原結合ドメイン、例えば、抗原結合ドメインを含むＣＡＲを含む。
医薬組成物および治療
医薬組成物は、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞、例えば、複数のＣＡＲ発現細胞、またはＣＲＳ療法を、１つまたは複数の医薬としてまたは生理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて含み得る。かかる組成物は、中性の緩衝化された生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水などのようなバッファー；グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトールのような炭水化物；タンパク質；ポリペプチドまたはグリシンのようなアミノ酸；抗酸化剤；ＥＤＴＡまたはグルタチオンのようなキレート剤；アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）；および保存料を含み得る。組成物は、例えば、静脈内投与用に製剤化することができる。
本開示の医薬組成物は治療される（または予防される）疾患に適当なやり方で投与することができる。投与の量および頻度は患者の状態、ならびに患者の疾患の種類および重症度のような因子によって決定されるが、適当な用量は臨床試験により決定され得る。
一実施形態において、医薬組成物は、例えば、内毒素、マイコプラズマ、複製可能レンチウイルス（ＲＣＬ）、ｐ２４、ＶＳＶ－Ｇ核酸、ＨＩＶ ｇａｇ、残留抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８被覆ビーズ、マウス抗体、プールされたヒト血清、ウシ血清アルブミン、ウシ血清、培養培地成分、ベクターパッケージング細胞またはプラスミド成分、細菌および真菌からなる群から選択される、夾雑物を実質的に含まない、例えば、検出可能なレベルの夾雑物が存在しない。一実施形態において、細菌は、アルカリゲネス・ファカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、エシェリシア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ヘモフィルス・インフルエンザ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、ナイセリア・メニンギティデス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、シュードモナス・エルギノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、スタフィロコッカス・オーレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、ストレプトコッカス・ニューモニア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、およびストレプトコッカス・ピオゲネス・グループＡ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ ｇｒｏｕｐ Ａ）からなる群から選択される少なくとも１つである。
「免疫学的に有効な量」、「抗腫瘍有効量」、「腫瘍を阻害する有効量」または「治療量」が指示されているとき、投与される本発明の組成物の正確な量は、患者（対象）の年齢、重量、腫瘍の大きさ、感染または転移の程度、および状態の個体差を考慮して医師が決定することができる。一般に、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を含む医薬組成物は、範囲内のすべての整数値を含む１０４～１０９細胞／ｋｇ体重、場合によっては１０５～１０６細胞／ｋｇ体重の用量で投与し得るということができる。Ｔ細胞組成物はまたこれらの用量で複数回投与してもよい。細胞は免疫療法で一般に公知の注入技術を使用することにより投与することができる（例えば、Rosenberg et al., NEW ENG. J. OF MED. 319:1676, 1988参照）。
実施形態において、対象に投与される免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の用量を、重症ＣＲＳを発症する対象のリスク状態（例えば、本明細書に記載の方法を使用して決定されたリスク状態）に応じて変更する。実施形態において、対象に投与される免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の用量は、重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定された対象よりも、重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された対象において低い。実施形態において、重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された対象に投与される免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の用量は、１０４～１０８細胞／ｋｇ体重、一部の例では、１０４～１０７、１０４～１０６、１０５～１０７、または１０５～１０６細胞／ｋｇ体重であり、これらの範囲内の全ての整数値を含む。実施形態において、重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定された対象に投与される免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の用量は、１０４～１０９細胞／ｋｇ体重、一部の例においては、１０５～１０６細胞／ｋｇ体重であり、これらの範囲内の全ての整数値を含む。
ある特定の態様において、活性化した免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を対象に投与し、その後再度採血し（またはアフェレーシスを実施し）、それからの免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を本開示に従って活性化し、これらの活性化され増殖させた免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を患者に再度注入するのが望ましいことがある。このプロセスは数週毎に複数回実施することができる。ある特定の態様において、免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は１０ｃｃ～４００ｃｃの採血から活性化することができる。ある特定の態様において、免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は２０ｃｃ、３０ｃｃ、４０ｃｃ、５０ｃｃ、６０ｃｃ、７０ｃｃ、８０ｃｃ、９０ｃｃ、または１００ｃｃの採血から活性化される。
本組成物の投与はエアゾル吸入、注射剤、摂取、輸液、注入または移植を含むいかなる好都合な方法で行ってもよい。本明細書に記載されている組成物は患者に経動脈的、皮下、皮内、腫瘍内、結節内、髄内、筋肉内、静脈内（ｉ．ｖ．）注射剤で、または腹腔内に投与し得る。一態様において、本明細書に記載されているＴ細胞組成物は皮内または皮下注射剤により患者に投与される。一態様において、本明細書に記載されているＴ細胞組成物はｉ．ｖ．注射剤により投与される。免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の組成物は直接腫瘍、リンパ節、または感染部位に注射してもよい。
特定の例示的な態様において、対象は、白血球を採取し、富化し、またはエクスビボで枯渇させて、目的の細胞、例えば、Ｔ細胞を選択および／または単離する白血球除去輸血を受けてもよい。これらのＴ細胞単離物は、当技術分野で公知の方法により増殖させ、本明細書に記載されている１つまたは複数のＣＡＲコンストラクトが導入されて本開示のＣＡＲ Ｔ細胞が作り出されるように処理することができる。その後、それを必要とする対象は、高用量の化学療法に続く末梢血幹細胞移植による標準的な治療を受けることができる。ある特定の態様において、移植の後または移植と同時に、対象は本明細書に記載されている増殖させたＣＡＲＴ細胞の注入を受ける。追加の態様において、増殖させた細胞は外科手術の前または後に投与される。
患者に投与される上記治療の用量は、治療される症状および治療の受容者の正確な性質と共に変化する。ヒト投与の用量の拡大縮小は業界で認められている慣習に従って行うことができる。例えば、ＣＡＭＰＡＴＨの場合の用量は、一般に成人患者で１～約１００ｍｇの範囲であり、通常１～３０日の期間毎日投与される。適切な一日用量は１～１０ｍｇ／日であるが、場合によっては４０ｍｇ／日までのより大きい用量を使用してもよい（米国特許第６，１２０，７６６号に記載されている）。
一実施形態において、ＣＡＲは、例えば、インビトロ転写を使用して、免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）に導入され、対象（例えば、ヒト）は本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の初期の投与、および本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の１つまたは複数の後の投与を受け、ここで１つまたは複数の後の投与は先の投与の１５日未満、例えば、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、の６、５、４、３、または２日後に投与される。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の１より多くの投与が、毎週対象（例えば、ヒト）に投与され、例えば、本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の２、３、または４の投与が毎週投与される。一実施形態において、対象（例えば、ヒト対象）は、週当たり１より多くのＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の投与（例えば、週当たり２、３または４の投与）（本明細書中でサイクルともいわれる）を受け、その後１週間ＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）を投与せず、次いで１つまたは複数のＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の追加の投与（例えば、週当たり１より多くのＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の投与）が対象に投与される。別の実施形態において、対象（例えば、ヒト対象）は、ＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の１つより多くのサイクルを受け、各々のサイクル間の時間は１０、９、８、７、６、５、４、または３日未満である。一実施形態において、ＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、１週当たり３の投与で１日おきに投与される。一実施形態において、本明細書に記載されているＣＡＲ免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は少なくとも２、３、４、５、６、７、８つ、またはこれ超の週投与される。
実施形態において、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された場合（例えば、本明細書に記載の方法を使用する）、対象は、変更されたスケジュールまたは時間経過で、変更されたＣＡＲ発現細胞療法を投与される。例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された対象は、低頻度（例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが低いと同定された対象よりも低頻度）でＣＡＲ発現細胞療法を投与される。例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された対象は、以前の投与後、少なくとも１週（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、もしくは６週、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、もしくは３カ月以上）で、１または複数のその後の投与が投与されるＣＡＲ発現細胞療法を投与される。例えば、重症ＣＲＳを発症するリスクが高いと同定された対象は、以前の投与後、少なくとも７日（例えば、少なくとも７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日以上）で、１または複数のその後の投与が投与されるＣＡＲ発現細胞療法を投与される。
一態様において、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は、レンチウイルスのようなレンチウイルスのウイルスベクターを使用して生成される。そのようにして生成されたＣＡＲ発現細胞は安定なＣＡＲ発現を有することができる。
一態様において、ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）は形質導入後４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５日の間ＣＡＲベクターを一時的に発現する。ＣＡＲの一時的な発現はＲＮＡＣＡＲベクター送達により奏することができる。一態様において、ＣＡＲＲＮＡはエレクトロポレーションによって細胞に形質導入される。
一時的に発現するＣＡＲ細胞、例えば、Ｔ細胞（特に、ネズミｓｃＦｖを担持するＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞））を使用して治療される患者で起こる可能性がある潜在的な問題は複数の処置後のアナフィラキシーである。この理論に縛られることなく、かかるアナフィラキシー応答は、体液性の抗－ＣＡＲ応答、すなわち、抗－ＩｇＥアイソタイプを有する抗－ＣＡＲ抗体を発症する患者によって引き起こされる可能性があると考えられる。患者の抗体産生細胞は、抗原への曝露が１０～１４日中断されたときＩｇＧアイソタイプ（これはアナフィラキシーを引き起こさない）からＩｇＥアイソタイプへの種類のスイッチを受けると考えられる。
患者が一時的なＣＡＲ療法（ＲＮＡ形質導入により生成するようなもの）の過程で抗－ＣＡＲ抗体応答を生じるリスクが高いならば、ＣＡＲ発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の注入中断は１０～１４日より長く続いてはならない。
バイオポリマー送達方法
一部の実施形態において、１つまたは複数の本明細書に開示されているＣＡＲ発現細胞は、バイオポリマー足場、例えば、バイオポリマーインプラントを介して対象に投与または送達することができる。バイオポリマー足場は本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の送達、増殖、および／または分散を支持または増強することができる。バイオポリマー足場は天然に存在するかまたは合成であることができる生体適合性の（例えば、炎症または免疫応答を実質的に誘発しない）および／または生物分解性のポリマーを含む。例示的なバイオポリマーは、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ１００４－１００６に記載されている。
例示的なコンピューターシステム
様々なコンピューターシステムを、潜在的なＣＲＳ重症度リスク状態（例えば、高リスクまたは低リスクなどの、本明細書に記載のＣＲＳ重症度リスク状態）に戻される情報を活用するように特に構成することができる。一部の実施形態において、コンピューターシステムは、ＣＲＳ重症度に関する様々なバイオマーカー、例えば、本明細書に記載のバイオマーカーと関連する信頼レベルに関する情報を決定し、提示することができる。例えば、コンピューターシステムは、対象に対して行われる試験が、分類と関連する信頼度と共に、高いか、または低いＣＲＳ重症度リスク状態を示すかどうかを評価することができる。さらなる例において、システムは、予測された分類に関連する信頼の程度を増大することに関して表示および／または推奨を提供することができる。一実施形態において、システムは、現存するデータと独立および／または相加的と同定される別の特性について対象に対して行われたあらゆる試験および試験されたバイオマーカーを評価するように構成することができる。システムは、追加のバイオマーカーが、例えば、ＣＲＳ重度リスク状態の変化に関連する信頼をいつ増大するのか判定することができる。従って、システムは任意の同定された特性の試験を推奨することができる。
一部の実施形態において、がん（例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん）を有する対象の同定、評価および／または治療のための相互作用システムを提供することができる。一実施形態によると、システムは、対象の評価の信頼の程度に関してユーザーのインプットを受け入れるように構成することができる。ユーザーが入力した信頼の程度に応答して、システムは、評価モデルに含むように試験特性を判定することができる。１つの例において、システムは、対象（例えば、患者）集団における疾患活性のための独立のインジケーターの明細を含む。システムは、どの独立のバイオマーカー／インジケーターが使用されるかに基づいて疾患活性（例えば、ＣＲＳ重度）の決定における信頼の程度または将来の疾患活性（例えば、ＣＲＳ重度）の予測を評価するように構成することができる。システムは、さらに、評価における信頼の程度を改良するために様々な組合せの判定された独立のバイオマーカー／インジケーターを判定および／または推奨するように構成することができる。
別の態様によれば、コンピューターシステムを、ＣＲＳ重症度リスク状態のバイオマーカー／指標を評価するように特に構成することができる。システムは、多変量のモデルが相関されたバイオマーカー／インジケーターを排除する多変量のモデルを生成するように構成することができる。いくつかの例において、システムは、１つまたは複数のバイオマーカー／インジケーターを有する対象（例えば、患者）集団内で戻った試験結果の評価に応答して相関されたバイオマーカー／インジケーターを特定するように構成することができる。例えば、システムは、例えば、対象年齢、人種、性別、および他のバイオマーカー／インジケーターの存在を含む様々なパラメーターを制御するために回帰モデル解析を遂行することができる。相関されたバイオマーカー／インジケーターの除外に応答して、システムは、１つまたは複数の独立のバイオマーカー／インジケーターのモデルを生成することができる。一部の実施形態において、システムは、１つまたは複数の独立のバイオマーカー／インジケーターの様々な組合せを選択するように構成することができ、さらに、それぞれの選択に関連する信頼レベルに関する情報を提示するために評価（例えば、直接組合せを評価することを含む）にアクセスすることができる。システムに選択されたモデルは、決定された信頼レベルで疾患活性（例えば、ＣＲＳ重度リスク状態）における期待される変化を生成するように使用することができる。
実施形態において、本開示は、ＣＲＳ（例えば、重症ＣＲＳ）に関する対象のリスクを評価するためのシステムであって、
メモリーに動作可能に接続された少なくとも１個のプロセッサを含み、実行時に、少なくとも１個のプロセッサが、
対象のための免疫細胞に基づく療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＡＲ１９発現細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）療法）への応答としての、重症ＣＲＳリスク状態の値を獲得する
ように構成されている、システムを提供する。
実施形態において、重症ＣＲＳリスク状態の値は、
（ｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｉｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中のｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＩＬ１Ｒａ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＩＬ１Ｒａのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｉｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０もしくはＩＦＮ－ガンマもしくはその組合せのレベルもしくは活性、および例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の骨髄疾患のレベル；
（ｉｖ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマ、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉ）例えば、対象が成人もしくは小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０、もしくはその組合せ（例えば、ＩＬ２、エオタキシン、もしくはｓｇｐ１３０のいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシン、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ２、もしくはエオタキシンのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｖｉｉｉ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中、例えば、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＬ１０のレベルもしくは活性および対象中の疾患負荷のレベル、もしくはその組合せ；
（ｉｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、対象中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＩＬ－１３、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；
（ｘ）例えば、対象が小児の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、もしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せ（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－１３、およびＭＩＰ１－アルファのいずれか２つもしくは３つ全部の組合せ）のレベルもしくは活性；
（ｘｉ）例えば、対象が小児もしくは成人の対象である場合、サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ＩＦＮ－ガンマもしくはＭＩＰ１－アルファ、もしくはその組合せのレベルもしくは活性；または
（ｘｉｉ）サンプル（例えば、血液サンプル）中の、ｓＴＮＦＲ２、ＩＰ１０、ｓＩＬ１Ｒ２、ｓＴＮＦＲ１、Ｍ１Ｇ、ＶＥＧＦ、ｓＩＬＲ１、ＴＮＦα、ＩＦＮα、ＧＣＳＦ、ｓＲＡＧＥ、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１Ｒ１、ＩＦＮ－γ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、およびＧＭ－ＣＳＦ、もしくはその組合せのうちの１もしくは複数から選択されるサイトカインもしくはサイトカイン受容体のレベルもしくは活性
のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上（例えば、全部）の測定値を含み、
前記値は、対象の重症ＣＲＳリスク状態を示す。
実施形態において、対象の重症ＣＲＳリスク状態の値の決定を受けて、本明細書に記載の方法は、対象が重症ＣＲＳを発症するリスクが高い、もしくは低いと同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法（例えば、ＣＴＬ０１９などの、例えば、本明細書に記載のＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞療法）の用量の選択もしくは変更を推奨すること；ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールもしくは時間経過の選択もしくは変更を推奨すること；ＣＲＳを処置するための療法（例えば、トシリズマブなどのＩＬ－６阻害剤、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、および／もしくは機械的人工換気の投与を推奨すること；または代替療法（例えば、重症ＣＲＳの対象については、例えば、特定のがん型、例えば、ＡＬＬもしくはＣＬＬのための標準治療）の選択を推奨すること、のうちの１、２、３、４またはそれ以上を実行することを含む。
図１０は、本開示に従って様々な態様および機能を実施することができる分散型コンピューターシステム２００のブロック図である。分散型コンピューターシステム２００は１つまたは複数のコンピューターシステムを含み得る。例えば、図示されているように、分散型コンピューターシステム２００は３つのコンピューターシステム２０２、２０４および２０６を含む。示されているように、コンピューターシステム２０２、２０４および２０６はコミュニケーションネットワーク２０８により相互に接続され、そのネットワークを通してデータを交換することができる。ネットワーク２０８は、それを通してコンピューターシステムがデータを交換することができるいかなるコミュニケーションネットワークも含み得る。ネットワーク２０８を介してデータを交換するために、コンピューターシステム２０２、２０４、および２０６ならびにネットワーク２０８は、とりわけ、トークンリング、Ｅｔｈｅｒｎｅｔ、Ｗｉｒｅｌｅｓｓ Ｅｔｈｅｒｎｅｔ、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ、無線通信、赤外線通信、ＴＣＰ／ＩＰ、ＵＤＰ、ＨＴＴＰ、ＦＴＰ、ＳＮＭＰ、ＳＭＳ、ＭＭＳ、ＳＳ２、ＪＳＯＮ、ＸＭＬ、ＲＥＳＴ、ＳＯＡＰ、ＣＯＲＢＡ ＩＩＯＰ、ＲＭＩ、ＤＣＯＭおよびＷｅｂ Ｓｅｒｖｉｃｅｓを含む様々な方法、プロトコールおよび標準を使用することができる。
一部の実施形態に従って、対象において重度のＣＲＳに対するリスク状態を評価（例えば、予測）するための論じられる機能および動作は、個別におよび／または組み合わせてコンピューターシステム２０２、２０４および２０６で遂行することができる。例えば、コンピューターシステム２０２、２０４、および２０６は、例えば、患者集団に対して捕獲された治療データを解析することを含み得る共同動作への関与を支持する。１つの代替において、単一のコンピューターシステム（例えば、２０２）が、対象（例えば、患者）集団について捕獲された治療データを解析して、疾患活性に対する特徴付けモデルを開発するか、および／または独立のインジケーターを確認することができる。コンピューターシステム２０２、２０４および２０６は携帯電話、スマートフォン、タブレット、等のようなパーソナルコンピューターを含み得、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、等も含み得る。
本開示に従う様々な態様および機能は、図１０に示されているコンピューターシステム２０２を含む１つまたは複数のコンピューターシステムを実行する専用のハードウェアまたはソフトウェアとして実行し得る。一実施形態において、コンピューターシステム２０２は上に論じたプロセスおよび／または動作を遂行するように特別に構成された計算装置である。例えば、システムは、治療情報、診断情報、ならびに他の選択肢の中でもバイオマーカーに関連する信頼レベルを提示するユーザーインターフェースを末端ユーザーに提供することができる。描かれているように、コンピューターシステム２０２は少なくとも１つのプロセッサ２１０（例えば、単一コアまたは多重コアプロセッサ）、メモリー２１２、バス２１４、入力／出力インターフェース（例えば、２１６）および記憶装置２１８を含む。プロセッサ２１０は、１つまたは複数のマイクロプロセッサまたは他のタイプのコントローラーを含み得、データ（例えば、治療データ、試験データ、等）を扱う一連の指示を実行することができる。示されているように、プロセッサ２１０は相互接続要素（例えば、バス２１４）によりメモリー２１２を含む他のシステム構成要素に接続される。
メモリー２１２および／または記憶装置２１８はコンピューターシステム２０２の動作中プログラムおよびデータを保存するために使用され得る。例えば、メモリー２１２はダイナミックランダムアクセスメモリー（ＤＲＡＭ）またはスタティックメモリー（ＳＲＡＭ）のような比較的高性能の、揮発性の、ランダムアクセスメモリーであり得る。加えて、メモリー２１２は、ディスクドライブまたは他の非揮発性記憶装置、例えばフラッシュメモリー、半導体、または相変化メモリー（ＰＣＭ）のようなデータを保存するためのあらゆるデバイスを含み得る。さらなる実施形態において、対象における重症ＣＲＳのリスク状態を評価する（例えば、予測する）ことに関連して述べた機能および動作を、メモリー２１２および／または記憶装置２１８からコンピューターシステム２０２上で実行されるアプリケーション中で具現化することができる。
コンピューターシステム２０２はまた入力装置、出力装置、および組合せ入力／出力装置のような１つまたは複数のインターフェース２１６も含む。インターフェース２１６は入力を受け、出力を提供し、または両方をし得る。記憶装置２１８は、プロセッサにより遂行されるプログラムを規定する指示が保存されているコンピューターで読取りおよび書き込み可能な非揮発性のメモリー媒体を含み得る。記憶装置システム２１８はまた媒体上または内に記録されている情報も含み得、この情報はアプリケーションによりプロセシングされ得る。様々な実施形態で使用することができる媒体は、例えば、とりわけ光ディスク、磁気ディスクまたはフラッシュメモリー、ＳＳＤを含み得る。
さらに、本発明は特定のメモリーシステムまたは記憶装置システムに限定されない。対象において重度のＣＲＳに対するリスク状態を評価（例えば、予測）するための様々な機能を実施し得る１つのタイプのコンピューターシステムとしてコンピューターシステム２０２が例示されているが、本発明の態様は図１０に示されているコンピューターシステムでの実行に限定されない。本発明に従う様々な態様および機能は図１０に示されているのと異なるアーキテクチャまたは構成要素を有する１つまたは複数のコンピューターで実施することができる。
一部の実施形態において、コンピューターシステム２０２は、コンピューターシステム２０２に含まれるハードウェアコンポーネントの少なくとも一部分（例えば、入力／出力装置、タッチスクリーン、カメラ、等）を管理するオペレーティングシステムを含み得る。プロセッサ２１０のような１つまたは複数のプロセッサまたはコントローラーが、とりわけ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎから入手可能なＷｉｎｄｏｗｓ系オペレーティングシステム（例えば、Ｗｉｎｄｏｗｓ ＮＴ、ＭＥ、ＸＰ、Ｖｉｓｔａ、２、８、またはＲＴ）、Ａｐｐｌｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒから入手可能なオペレーティングシステム（例えば、Ｓｙｓｔｅｍ Ｘを含むＭＡＣ ＯＳ）、多くのＬｉｎｕｘ系オペレーティングシステムディストリビューションの１つ（例えば、Ｒｅｄ Ｈａｔ Ｉｎｃ．から入手可能なＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅ Ｌｉｎｕｘオペレーティングシステム）、Ｓｕｎ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓから入手可能なＳｏｌａｒｉｓ オペレーティングシステム、または様々な起源から入手可能なＵＮＩＸオペレーティングシステムであり得るオペレーティングシステムを遂行し得る。パーソナルコンピューター用に設計されたオペレーティングシステム（例えば、ｉＯＳ、Ａｎｄｒｏｉｄ、等）を含む多くの他のオペレーティングシステムを使用し得、実施形態はいかなる特定のオペレーティングシステムにも限定されない。
一実施形態によると、プロセッサとオペレーティングシステムは共に、アプリケーションが遂行され得るコンピュータープラットフォームを規定する。加えて、対象において重度のＣＲＳに対するリスク状態を評価（例えば、予測）するための様々な機能は非定型の環境で実行され得る（例えば、ブラウザプログラムのウィンドウで眺めると、グラフィカル－ユーザーインターフェースの局面を見せるか、または他の機能を実行する、ＨＴＭＬ、ＸＭＬまたはその他のフォーマットで作り出された文書）。さらに、本開示の態様に従う様々な実施形態はプログラムされたまたはプログラムされてないコンポーネント、またはその任意の組合せとして実行され得る。このように、本開示は特定のプログラミング言語に限定されることはなく、いかなる適切なプログラミング言語も使用することができる。
以下の実験的実施例を参照することにより本発明をさらに詳細に説明する。これらの実施例は例示の目的のみで提供されており、特に断らない限り限定する意図はない。従って、本発明はいかなる意味でも以下の実施例に限定されると解釈すべきでなく、むしろ、本明細書の教示の結果として明らかになる任意のあらゆる変形を包含すると解されるべきである。
当業者は、さらなる説明なく、先行の説明および以下の例示の実施例を使用して、本発明の化合物を作製および利用し、また特許請求の範囲に記載の方法を実施することができると考えられる。以下の実施例は本発明の様々な態様を特に指摘しており、本開示の残余をいかなる意味でも限定するとは解釈されない。
バイオマーカーは、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）のためのキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法後、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を正確に予測する
抗ＣＤ１９特異性を有するＣＡＲ Ｔ細胞は、非常に難治性の血液悪性腫瘍に対してかなり有望であることが実証されている。９０％もの高さの完全寛解率を有する劇的な応答が、ＣＴＬ０１９により処置された再発性／難治性ＡＬＬを有する患者（ｐｔｓ）において報告されている（Maude et al., NEJM 2014）。顕著なインビボＣＡＲ Ｔ細胞集団（１００～１００，０００倍）は改善された有効性をもたらすが、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を含む、有害事象と関連する可能性がある。ＣＲＳの兆候をより良く理解するために、抗ＣＤ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞により処置した再発性／難治性ＡＬＬを有する３９人の未成年者および１２人の成人の臨床、検査およびバイオマーカーデータを研究した。
Ｔ細胞に、抗ＣＤ１９一本鎖可変断片／４－１ＢＢ／ＣＤ３から構成されるＣＡＲをレンチウイルスにより（ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌｌｙ）形質導入した（Porter, NEJM 2011）。４３種のサイトカイン、ケモカインおよび可溶性受容体（この実施例においてまとめてサイトカインと称する）を、Ｌｕｍｉｎｅｘビーズアレイを使用して連続的に測定した。他のバイオマーカーはＣＬＩＡ／ＣＡＰにより認定された検査室において試験した。
５１人のｐｔｓのうちの４８人はグレード１～５のＣＲＳ（ＣＲＳ１～５）を発症した（以下の表１３を参照のこと）。ほとんどの患者は軽度（グレード１～２）から中等度（グレード３）のＣＲＳを発症した（３４／５１）。１４人のｐｔｓは重症（グレード４～５）ＣＲＳを発症した（１２人がグレード４、２人の成人がグレード５を有する）。２１人のｐｔｓをＩＬ－６阻害剤トシリズマブにより処置し、ほとんどは、発熱の迅速な解決および血管作動性薬剤の離脱によって証明された、ＣＲＳの急速で顕著な臨床改善があった。
この分析により、ＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月の間、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒａ、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１ａおよびＧＭ－ＣＳＦを含む、２４種のサイトカインのピークレベルが、ＣＲＳ０～３と比較して重症ＣＲＳ（ＣＲＳ４～５）と高度に関連しており、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ調整ｐ値によって有意であることが見出された（図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄ）。異なって上昇しなかったサイトカインを図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄに示す。
患者が重症ＣＲＳを発症する前に、２種のサイトカインであるｓｇｐ１３０およびＩＦＮ－ガンマのみを送った、注入後最初の３日からのサイトカインを分析すると、重症ＣＲＳの後の発症と強く関連し（ｐ＜０．００１）、Ｈｏｌｍ－Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉにより有意であった（図１）。前進選択によって見出される、３つの可変回帰モデルを用いて、本発明者らは、ＩＦＮ－ガンマ、ｓｇｐ１３０およびＩＬ１Ｒａを使用してどの患者が重症ＣＲＳを発症するかを正確に予測した（ＰＰＶ７５％、ＮＰＶ９４％、感度８６％、特異度８９％、ＡＵＣ＝０．９３）（図２）。予測コホートに関して、モデリングはさらにいっそう正確であった；ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ１３およびＭＩＰ１ａの組合せは、ＰＰＶ９２％、ＮＰＶ１００％、感度１００％および特異度９６％を有した（ＡＵＣ＝０．９８）（図６）。小児コホートのみに関して、骨髄穿刺液を注入直前に採取した。疾患負荷がＣＲＳ重症度と関連したが、サイトカインのみと比べてモデルの予測精度を改善しなかったことが見出された。ｓｇｐ１３０、ＩＦＮ－ガンマおよび疾患負荷の組合せは、ＰＰＶ７７％、ＮＰＶ９６％、感度９１％および特異度８８％を生じた（ＡＵＣ０．９５）（図７）。これらのモデルの精度は１２人のさらなる患者のコホートにおいて検証された。
ＣＲＰ、フェリチン、ＬＤＨ、ＡＳＴおよびＢＵＮを含む、いくつかの臨床検査の１カ月ピークは重症ＣＲＳと強く関連した；しかしながら、それらは重症ＣＲＳを予測しなかった（表１４）。フィブリノゲンもまた、重症ＣＲＳと関連した。ＣＲＰを含む、臨床検査のいくつかは、早期予測について良好なＮＰＶを有したが、どれも良好なＰＰＶを有さなかった。
重症ＣＲＳを有する未成年者は、高フェリチン血症（＞１０，０００ｎｇ／ｍｌ）、脾腫および低フィブリノゲン血症を含む、マクロファージ活性化症候群（ＭＡＳ）／血球貪食症候群（ＨＬＨ）と類似した臨床および検査兆候を発症するという仮説を立て、実証した。試験したサイトカインのうち、１８種はＨＬＨを有する未成年者において以前に研究されていた。ＨＬＨにおいて異なって上昇したサイトカインのほぼ同一のパターンは、ＣＲＳ０～３と比較してＣＲＳ４～５を有する患者においても上昇することが見出された。サイトカインは３つの群に分類される（図１３Ａおよび１３Ｂ）。各パネルの左側のものはＨＬＨにおいて上昇すると予想されるサイトカインである。各パネルの中央にあるものはＨＬＨを有するいくつかの患者において上昇し、他の患者において正常であるものである。各パネルの右側にあるものはＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカインである。
ＩＬ６、ｓＩＬ６Ｒおよびｓｇｐ１３０はＣＲＳ４～５を有する患者において著しく上昇した；トシリズマブに対する顕著な応答と共にこのＩＬ６サイトカインパターンは、ＩＬ６トランスシグナル伝達が臨床的に関連することを立証する。
これらのデータは、ＣＲＳに関連するＣＡＲ Ｔ細胞の臨床および検査兆候の最大および最も包括的なプロファイリングを表し、ＣＲＳ生物学への新たな洞察を提供する。それらは、ＣＡＲ Ｔ細胞により処置したどのｐｔｓが重篤になる高い確率を有するかを正確に予測できる最初のデータを表す。これらのデータは直接的な治療関連性を有し、将来のサイトカイン指向性療法（ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｔｈｅｒａｐｙ）を誘導することができる。
急性リンパ芽球性白血病のためのキメラ抗原受容体Ｔ細胞療法後のサイトカイン放出症候群についての予測バイオマーカーの同定
導入
抗ＣＤ１９特異性を有するキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）修飾Ｔ細胞は、再発性／難治性急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）のための非常に効果的な免疫療法である。サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）は最も顕著であり、生命を脅かす毒性がある。ＣＲＳの理解を改善するために、サイトカインおよび臨床を５１人のＣＴＬ０１９により処置した患者において測定した。注入後最初の１カ月において、ＩＦＮγ、ＩＬ６、ｓｇｐ１３０およびｓＩＬ６Ｒを含む、２４種のサイトカインのピークレベルは重症ＣＲＳと高度に関連した。回帰モデリングを使用して、どの患者が、３種のサイトカインから構成されるシグネチャーを有する重症ＣＲＳを発症するかを正確に推測することができた。結果を独立したコホートにおいて検証した。Ｃ反応性タンパク質およびフェリチンを含む、血清生化学的マーカーの変化はＣＲＳと関連したが、重症ＣＲＳの発症を予測することはできなかった。これらの包括的なプロファイリングデータはＣＲＳ生物学への新たな洞察を提供し、重要なことに、どの患者が、重篤になる高い確率を有するかを正確に予測できる最初のデータを表す。
ＣＤ１９に対する特異性を有するキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）修飾Ｔ細胞は、非常に難治性の血液悪性腫瘍に対してかなり有望であることが実証されている。９０％もの高さの完全寛解率を有する劇的な臨床応答が、再発性／難治性急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）を有する未成年者および成人において報告されている。患者を、抗ＣＤ１９一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、ＣＤ３ζ活性化ドメインおよび４－１ＢＢ共刺激ドメインから構成される操作されたＴ細胞である、ＣＴＬ０１９により処置した。顕著なインビボＣＡＲ Ｔ細胞集団（１００～１００，０００倍）は有効性をもたらすが、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を含む、毒性をもたらす可能性がある。ＣＲＳはＣＡＲ Ｔ細胞と関連する最も一般的な潜在的に重度の毒性である。ＣＲＳはＣＡＲ Ｔ細胞に特有ではなく、ブリナツモマブなどの二重特異性Ｔ細胞動員（ｂｉ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔ－ｃｅｌｌ ｅｎｇａｇｉｎｇ）（ＢｉＴＥＴＭ）抗体を含む、Ｔ細胞にがん細胞を殺傷させる他の療法により発生する。
ＣＡＲ Ｔ細胞の注入後のＣＲＳの頻度にも関わらず、症候群の基礎的な生物学については比較的ほとんど知られていない。ＣＲＳの改善された理解は、より良い認識、改善された処置およびおそらくＣＲＳの最も重篤な合併症を予防するか、または抑制する能力をもたらし得る。どの患者が重症ＣＲＳを有する病気になるかを予測する能力はＣＡＲ Ｔ細胞療法の開発にとって重要であり、重症ＣＲＳについての公開された正確な予測因子はいまだに存在していない。ＣＲＳは、ＩＬ６Ｒ阻害剤、トシリズマブにより首尾良く改善され得、それはまた、Ｔ細胞動員療法の後にも使用される。その有効性にも関わらず、ＣＲＳを緩和する際のトシリズマブの機構は十分に定義されていないままである。現在、トシリズマブは、症状が重症になった後にＣＲＳを処置するために使用される。トシリズマブがＣＲＳを予防できるかどうか、または非常に早期に使用される場合、ＣＡＲ Ｔ細胞の有効性を減少させ得るかどうかは知られていない。
ＣＲＳをより良く特徴付け、潜在的に予測するために、この実施例は、ＣＴＬ０１９により処置された難治性／再発性ＡＬＬを有する３９人の未成年者および１２人の成人からのデータの評価を記載する。４３種の異なるサイトカイン、ケモカインおよび可溶性受容体（本明細書以下においてまとめて「サイトカイン」と呼ぶ）ならびに多くの他の検査マーカーを測定して、臨床および包括的なバイオマーカーデータを得た。これらの患者からの連続測定により、ＣＲＳの生物学の理解を改善し、臨床診療に直接影響を与える多くの新たな観察が可能となった。
本明細書において考察される結果は以下を含む：（１）重症ＣＲＳについての予測モデル；（２）ＣＡＲ Ｔ細胞による処置後のサイトカイン上昇および下降の時期およびパターンの全体の説明；（３）重症ＣＲＳの基礎的な生物学の有意な詳細を明らかにする、重症ＣＲＳを発症する患者と重症ＣＲＳを発症しない患者との間のサイトカインプロファイルの包括的な比較；（４）重症ＣＲＳを発症する患者が、血球貪食症候群（ｈｅｍａｔｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ）（ＨＬＨ）／マクロファージ活性化症候群（ＭＡＳ）を反映する、臨床、検査およびサイトカインプロファイルを発生することを示す分析；ならびに（５）ＣＲＳの毒性が、大部分の患者においてトシリズマブ処置後に急速に無効になるトランス－ＩＬ６シグナル伝達によって媒介されることを立証する、ＣＲＳに対するトシリズマブの効果の特徴付け。
方法
臨床および検査データを、第１／２ａ相臨床試験（ＮＣＴ０１６２６４９５）においてＣＴＬ０１９により連続して処置したＡＬＬを有する３９人の患者において収集した。臨床および検査データを、２回の試験（ＮＣＴ０２０３０８４７およびＮＣＴ０１０２９３６６）においてＣＴＬ０１９により処置した１２人の成人において収集した。書面によるインフォームドコンセントを、Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｌｓｉｎｋｉに従って全ての対象または彼らの法定後見人から得、全てのプロトコールは治験審査委員会（ＩＲＢ）によって承認された。限定されたセットの臨床および検査データもまた、ＮＣＴ０１６２６４９５においてＣＴＬ０１９により処置したさらなる１２人の連続した患者において収集した。このデータセットは予測モデルについての検証コホートを提供した。ＣＲＳは、以前に記載し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Teachey et al. Cancer Discoveryの補足表１Ａおよび１Ｂに定義したようにグレード分けした。このグレード分け基準は事前および任意のデータ分析の前に行った。サイトカインマーカーを１０人の健康なボランティア由来の血清サンプルにおいて測定した（詳細については実施例３を参照のこと）。
全てのデータをデコードし、セキュアデータベースに維持した。４３種の特有のサイトカインならびに化学物質、フェリチンおよびＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を含む、臨床検査のパネルを連続的にモニターした。ＣＴＬ０１９細胞を、定量的ＰＣＲによって末梢血において連続的に測定した。分析はＣＴＬ０１９注入後最初の１カ月に限定した。ベースライン骨髄穿刺液および生検を小児コホートにおいて採取した。ＭＲＤを、ＣＬＩＡおよびＣＡＰにより承認された、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎのＣｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｓｅａｔｔｌｅ、ＷＡ）において実施した。
統計的方法
ＣＲＳと関連する臨床、検査およびサイトカインマーカーを、全体的にならびに小児、成人および組み合わせたコホートについて重症ＣＲＳ（グレード４～５）の発生によってまとめる。連続的に測定したマーカーについて、患者がＣＲＳを経験している期間の間、これらのバイオマーカーの初期および全体的なピーク値を捕捉するために、注入後最初の３日にわたるピークおよび１カ月にわたるピークの両方として値をまとめた。さらに、ベースラインからの相対的変化（変化倍率）を、注入後最初の３日の間に評価した。月は最初の３５日として定義し、予想された２８日の評価を超えて１週のウインドウが可能となった。群間の比較は、離散についてＦｉｓｈｅｒの正確確率検定および連続係数について正確なＷｉｌｃｏｘｏｎの順位和検定を使用して実施した。他の観測された値の範囲内であった検出限界を超えると記録した少数の値に起因してフィブリノゲンおよびＣＲＰを、右側打ち切りデータについて一般化Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定により分析した。検出下限未満の値を下限の半分として記録した。全ての統計的検定は両側であり、一般に０．０５レベルにて行った。以下に記載される４３種のサイトカインバイオマーカーについての仮説を調べる場合、多重比較についての考慮を与えた。統計的解析は、Ｒ（バージョン３．２．１；Ｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ、Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）およびＳＡＳ（バージョン９．４；ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｉｎｃ、Ｃａｒｙ、ＮＣ）ソフトウェアを使用して実施した。
サイトカイン分析
サイトカインレベルに関するいくつかの仮説を調査し、それらが、４３種の多重比較についてのＨｏｌｍの調整後、０．０５レベルにて有意なままである場合のみ統計的関連性が有意であると断定した。試験した全ての仮説は事前に作り上げた。このように分析したサイトカインレベルの比較は以下を含んだ：重症ＣＲＳを有するものと重症ＣＲＳを有さないものとの間の１カ月ピークおよび３日ピーク、高い疾患負荷を有するものと低い疾患負荷を有するものとの間の患者のベースラインおよび患者と健康な成人対象とのベースライン；１カ月および３日ピーク分析を、組み合わせた、成人および小児コホートについて別々に実施した。多数の公開された研究により、サイトカインは疾患を有する未成年者と成人との間で、または抗原刺激後に変わり得るが、正常な健康な未成年者および成人におけるベースライン値は類似していることが実証された。したがって、別の健康な小児コホートは含まれなかった。患者間のサイトカインレベルのサンプリング頻度についてのいずれかの変動がこれらの比較を偏らせ得ることを除外するために、ほぼ全ての対象によって共有された、低減させた共通のサンプリングスケジュールからの測定を含む１カ月分析を繰り返した。重症ＣＲＳを経験している、ＣＴＬ０１９を含む、Ｔ細胞動員療法により処置した患者は、二次血球貪食リンパ組織球増多症（ＨＬＨ）を伴う異常なマクロファージ活性化を発生するという仮説を立てた。この仮説は臨床症候学および顕著な高フェリチン血症に基づいて立てた。多数の研究により、１０，０００ｎｇ／ｍｌ超のフェリチンは未成年者においてＨＬＨに対して非常に感受性があり、特異的であることが示されている。重症ＣＲＳを有する患者がＨＬＨを現すかどうかを確立するために、重症ＣＲＳを発症した患者からのサイトカインプロファイルを、遺伝性素因と関連する原発性ＨＬＨを有する患者においてサイトカインプロファイルの公開された報告と比較した。４３種の試験したサイトカインのうち、１９種はＨＬＨを有する未成年者において以前に研究されていた。サイトカインのこのサブセットを、１９種の多重比較についてＨｏｌｍの調整を行った、ＨＬＨパターンを比較するために重症ＣＲＳとの関連性について再考した。
どの因子が、ＣＲＳ症候群および免疫系の初期応答と最も本質的に関与し得るかを理解するために、予測モデルを、注入後最初の３日以内に測定した臨床および検査因子を考慮して、重症ＣＲＳについて開発した。モデルおよび全体の１０％：ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、ＣＲ、フェリチン、ｑＰＣＲ、ＬＤＨ、４３種のサイトカインマーカーは、限定された数の重症ＣＲＳ症例（全体で１４および小児コホートにおいて１１）に起因して同様に少量に維持した。候補変数は、注入後最初の２日において２／１４以下の症例のＣＲＳと定義した症状において３日ピークがないこれらの因子（あり／なし）および注入時の年齢を含んだ。３日ピークの変化倍率もまた、４３種のサイトカインについて考慮し、ベースライン疾患負荷が小児コホートについてのさらなる候補変数であった。２人の患者（両者とも小児コホート）は３日目に重症ＣＲＳを発症した；しかしながら、このモデルに含まれる全てのデータを重症ＣＲＳの発症の少なくとも１２時間前に収集した。ロジスティック回帰および分類ツリーモデルを、本明細書以下において発見コホートと称する組合せおよび小児コホートにおいて当てはめた。成人のコホートは別々にモデル化するには非常に少なかった。ロジスティック回帰モデルに関して、Ａｋａｉｋｅ情報量基準（ＡＩＣ）を使用した前進選択を、最終モデルを選択するために使用した。デビアンス統計を、ツリーモデルを選択するために使用した。モデルを、検証コホートと称する、１２人の小児患者の独立したコホートにおいて検証した。
結果
患者の臨床記述
小児コホート、５～２３歳において３９人の患者、および成人コホート、２５～７２歳において１２人の患者の、ＡＬＬを有する合計で５１人の患者を処置した。この２つのコホートは臨床試験および処置施設に基づいて定義した。４７人の患者（３７人の小児；１０人の成人）は１回から４回の再発したＢ ＡＬＬを有し、１人の未成年者は異常なＣＤ１９発現を伴う再発Ｔ－ＡＬＬを有し、３人の患者（１人の小児；２人の成人）は原発性難治性Ｂ－ＡＬＬを有した。３１人の患者（２７人の小児；４人の成人）（６１％）は、事前の同種造血幹細胞移植（ＳＣＴ）後に再発した。４人の患者（全て小児）は、ブリナツモマブ、ＣＤ１９ ＢＩＴＥ抗体により以前に処置されていた。ＣＴＬ０１９前に任意の他のＣＤ１９指向性療法により処置されている患者はいなかった。最初の３０人の患者（２５人の未成年者および５人の成人）におけるＣＴＬ０１９に対する応答についてのデータが最近公開され、９０％の完全寛解（ＣＲ）率および６７％の６カ月の無再発生存期間（ＥＦＳ）が実証された。
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）の臨床記述
５１人の患者のうちの４８人（９４％）がＣＲＳを発症した；３人は未成年者ではなかった。ＣＲＳを有する患者は典型的にインフルエンザ様の病気を示した。大多数の患者は軽度（グレード１～２）（１８／５１；３５％）から中等度（グレード３）のＣＲＳ（１６／５１；３１％）を発症し、１４人の患者（２７％）は重症（グレード４～５）ＣＲＳ（１２人がグレード４および２人がグレード５）を発症した（Teachey et al., Cancer Discov. 2016 Jun;6(6):664-79の表１を参照のこと。この論文は、補足資料を含めて、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。発熱を発症した患者に関して、ＣＲＳの開始はＣＴＬ０１９の注入に対して最初の発熱が３８．０℃（１００．５°Ｆ）以上になった日と定義した。ＣＲＳの停止はショックからの回復を示す、発熱のないまたは血管作動性薬剤を必要としない２４時間と定義した。４人の患者が発熱のないＣＲＳを発症した：ＣＲＳの開始および停止はそれぞれ、インフルエンザ様症状を有した最初の日および症状を有さない最初の２４時間に基づいて定義した。
９人の患者が機械的人工換気を必要とし、２０人の患者が血液分布異常性ショック（１９／２０）または心原性ショック（１／２０）のいずれかのために血管作動性薬剤を必要とした。１４人の患者が高用量の血管作動性薬を必要とした。６人の患者のみが確認された併発感染症を発症し、これらの感染症のうちの２人（両者とも成人）のみが敗血症と臨床的に一致した。ＣＲＳに関連する臨床学的因子はＴｅａｃｈｅｙらの表１にまとめられている。これらの成人はＣＴＬ０１９処置後最初の３０日に死亡した。重症ＣＲＳを有する一部の未成年者は、肝腫および脾腫を含む臓器肥大症を発症し、多くの患者は脳症を発症した。
ＣＲＳの検査記述
炎症および臓器不全の検査マーカーをＣＴＬ０１９により処置した患者において連続的に評価した。ベースラインフェリチン（Ｎ＝４８）は、全身炎症および／または鉄過剰の結果として大多数の患者において上昇した（中央値：１５８０ｍｇ／ｄｌ、範囲２３２～１４，６７３）。測定した３７人のうち６人の未成年者のみが５００ｍｇ／ｄｌ未満のベースラインフェリチンを有し、成人は誰も５００ｍｇ／ｄｌ未満のベースラインフェリチンを有さなかった。ピークフェリチン（ＣＴＬ１０９注入後最初の１カ月において最も高い値と定義した）はグレードに関わらず全ての患者において非常に高かったが、中央値はグレード４～５のＣＲＳを有する患者において有意に高かった（ｐ＜０．００１）：グレード０～３のＣＲＳ（中央値８，２９０ｍｇ／ｄｌ、範囲２８０～４１１，９３６）およびグレード４～５のＣＲＳ（中央値１３０，０００ｍｇ／ｄｌ、範囲１１，２００～２９９，０００）。同様の傾向が成人および未成年者において見られた。グレード４～５のＣＲＳを有する全ての患者は、未成年者においてマクロファージ活性化／ＨＬＨ症候群に対して感受性および特異性があるとみなされる値である、１０，０００ｍｇ／ｄｌ超のピークフェリチンを有した。グレード０～３のＣＲＳを有する、３９人のうちの２０人（５１％）の未成年者および１２人のうちの１０人（８３％）の成人を含む３０人の患者は１０，０００ｍｇ／ｄｌ超のピークフェリチンを有した。
ベースラインＣＲＰは大多数の患者において上昇した（中央値１．２０ｍｇ／ｄｌ、範囲０．１２～２９．４）。３人の未成年者および２人の成人はベースラインにおいて試験したＣＲＰを有さなかった。３６人の未成年者のうちの２４人（６７％）および１０人の成人のうちの１人は１ｍｇ／ｄｌ超のベースラインＣＲＰを有した。フェリチンと同様に、１カ月ピークのＣＲＰは、グレード４～５のＣＲＳ（中央値２２．９、範囲１６．０～３７．１）およびグレード０～３のＣＲＳ（中央値１６．２、範囲０．７～５６．５）を有する大多数の患者において非常に高く、グレード４～５とグレード０～３のＣＲＳにおいて統計的に有意な中央値の差があった（ｐ＝０．０１０）。同様の傾向が成人および未成年者において見られた。一般化できる炎症および低血圧症と一致して、ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、ＬＤＨおよびＣｒはＣＲＳを有する大多数の患者において著しく増加し、グレード０～３のＣＲＳに対してグレート４～５において統計的に有意に増加した。これらの臨床検査のピーク値はＣＲＳの重症度と相関したが、これらの検査のどれも最初の３日においてＣＲＳを予測するときに役立たなかった。初期のＣＲＰ上昇はグレード４～５のＣＲＳ（ｐ＝０．０２）と関連していたが、別の公開された報告と対照的に、ＣＴＬ０１９注入後最初の３日におけるＣＲＰの初期の評価は、ＣＲＳ（ＡＵＣ＝０．７３）の重症度を予測する際に有用であるとは見出されなかった。例えば、高リスク症例についてのスクリーニングとしてＣＲＰを考慮すると、６．８ｍｇ／ｄｌ超のＣＲＰは症例の７２％のみを同定し、４３％の陽性適中率（ＰＰＶ）を有した。同様に、初期のフェリチン上昇はグレード４～５のＣＲＳと関連したが、それはＣＲＳを予測する際に有用ではなかった。
１５０ｍｇ／ｄｌ未満のフィブリノゲンを、それが症候群の感受性マーカーであるため、ＨＬＨについての診断基準において使用する。小児コホートにおいて低いフィブリノゲンとグレード４のＣＲＳについて強い関連性が見出されたが、成人では見出されなかった。未成年者は軽度に凝血異常（ｃｏａｇｕｌｏｐａｔｈｉｃ）になり、重症ＣＲＳではより顕著な凝血異常になった。成人もまた、低フィブリノゲン血症および軽度の凝血異常を発症した；しかしながら、これはＣＲＳグレードにわたって見られた。出血はまれであったが、凝血異常を理解することは、多くの患者が止血を維持するために新鮮な凍結血漿に加えてクリオプレシピテートを必要とするので、直接的な臨床上の意義を持つ。
サイトカインプロファイル
ＣＡＲ Ｔ細胞療法後のＣＲＳの生物学を理解するために、連続サイトカイン評価を５１人の患者において実施した。ＡＬＬを有する５０人の患者からのベースライン中央値（１人の対象はベースライン値を有さなかった）を１０人の患者の正常なドナーコホートと比較した。ｓＩＬ２ＲαおよびＭＣＰ１を含む、多くのサイトカインは、正常なドナーと比較してＡＬＬを有するほとんどの患者において一貫して上昇し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であることが見出されたことに留意されたい。特定のサイトカインが未成年者におけるベースライン疾患負荷と関連するかどうかを決定した（骨髄は多くの成人において注入の時点で採取しなかった）。ＥＦＧ、ＩＬ１２およびＩＬ１３のみが、Ｈｏｌｍのｐ値によってベースラインにて、より高い疾患負荷と関連した。
重症ＣＲＳを有した患者におけるサイトカインプロファイルを、重症ＣＲＳを有さなかった患者と比較した。ＣＴＬ０１９後最初の１カ月において送られたＩＦＮγ、ＩＬ６、ＩＬ８、ｓＩＬ２Ｒα、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ６Ｒ、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１βおよびＧＭ－ＣＳＦを含む、２４種のサイトカインのピークレベルは、グレード０～３のＣＲＳと比較してグレード４～５のＣＲＳと関連し、Ｈｏｌｍの調整ｐ値によって有意であることが見出された（図１１Ａ、１１Ｂ、１１Ｃ、１１Ｄ、１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃおよび１２Ｄ）。感受性分析として、この分析を、対象間の測定の数を等しくするために、プロトコールにおいて指定された標的評価ウインドウにつき１回の測定のみを維持しならが、低減させたセットのサイトカイン測定により繰り返した。結果は類似していた；２３種のサイトカインは有意であり、それらは全て以前に見出された２４種のサイトカインに含まれていた。元の２４種の中で最も弱い有意な結果であったＩＬ１ＲＡのみが有意なままではなかった。
特定のサイトカインが重症ＣＲＳを有する患者において他の患者よりも早くピークに達した。上昇および下降の時期を理解することは、基礎となる生物学の理解を改善するだけでなく、潜在的な治療上の関連性も有する。例えば、ＩＦＮγおよびｓｇｐ１３０は非常に早期に上昇する。これらの２種のサイトカインのみが、注入後最初の３日においておよび多重比較についての調整後（Ｈｏｌｍ）、患者が重篤になる前に非重症ＣＲＳに対して重症ＣＲＳについて異なって上昇したものであった。対照的に、ＩＬ６は最初の１カ月にわたって重症ＣＲＳと最も強く相関するサイトカインであるが、初期のＩＬ６レベル（０～３日）は、多重比較についての調整後、ＣＲＳにより異ならなかった。
ＣＲＳの重症度は、１カ月にわたってコピー／マイクログラムｑＰＣＲによりピークＣＡＲ Ｔ細胞増殖と弱く関連したことが見出された（ｐ＝０．０５８）；しかしながら、注入後最初の３日におけるピークはＣＲＳ重症度と関連しなかった。
予測モデリング
１６個の予測モデルを開発し、５１人の患者の主要（発見）コホートからのデータに基づいて適合度を分析した（組み合わせたコホートから８個および小児のみのコホートから８個）。Ｔｅａｃｈｅｙらの表３は、組み合わせたおよび小児のみのコホートの両方についての最適な全体の回帰モデルおよび決定木モデルを記載している。前進選択したロジスティック回帰モデルは、ＩＦＮγ、ｓｇｐ１３０およびｓＩＬ１ＲＡを使用してどの患者がグレード４～５のＣＲＳを発症するかを正確に予測し、感度８６％（９５％ＣＩ：５７，９８）、特異性８９％（９５％ＣＩ：７３，９７）およびＡＵＣ＝０．９３（９５％ＣＩ：０．８６，１．０）であった（図２）。決定木を使用すると、ｓｇｐ１３０、ＭＣＰ１およびエオタキシンの組合せは、感度８６％（９５％ＣＩ：５７，９８）および特異性９７％（９５％ＣＩ：８５，１００）を有した。図４を参照のこと。小児コホートに関して、モデリングはさらにいっそう正確であった；ＩＦＮγ、ＩＬ１３およびＭＩＰ１αを含む前進選択したロジスティック回帰モデルは、感度１００％（９５％ＣＩ：７２，１００）、特異性９６％（９５％ＣＩ：８１，１００）（ＡＵＣ＝０．９８；９５％ＣＩ：０．９３，１．０）を有した。図６を参照のこと。注入前の疾患負荷は重症ＣＲＳを予測できる。小児コホートのみにおいて、骨髄穿刺液を注入の直前に採取した。本発明者らは、疾患負荷が、回帰モデリングを使用してサイトカイン単独にわたってモデルの予測精度を改善しなかったことを見出した；しかしながら、それは、決定木モデリングを使用した小児コホートにおける重要な予測変数であると同定した。ＩＬ１０および疾患負荷の組合せは、感度９１％（９５％ＣＩ：５９，１００）および特異性９６％（９５％ＣＩ：８１，１００）を有した（図９）。多くの試験は疾患負荷を測定していないので、上位の候補ロジスティックモデルから予測因子に基づいて構築した分類子は、ＩＦＮγおよびＭＩＰ１αの組合せを含み、感度８２％（９５％ＣＩ：４８，９８）および特異性９３％（９５％ＣＩ：７６，９９）を有したことに留意されたい。図８を参照のこと。
次いでモデルの精度を、１２人のさらなる小児患者の検証コホートを使用して試験した。モデルの全てが検証コホートにおいて非常に十分に機能していたことが見出された。したがって検証コホートはモデル順位を変化させなかった。
ＣＴＬ０１９の結果としての血球貪食症候群／マクロファージ活性化症候群
本発明者らの患者において研究した１９種のサイトカインを、ＨＬＨを有する未成年者において研究した。ＨＬＨ患者において異なって上昇し、また、重症ＣＲＳを有さない患者に対して重症ＣＲＳを有する患者において上昇した１カ月ピーク値を有する、ほぼ同一のパターが、これらのサイトカインについて見出された（図１３Ａおよび１３Ｂ）。ＣＲＳグレード０～３に対してＣＲＳグレード４～５におけるＩＦＮγ、ＩＬ１０、ｓＩＬ２Ｒα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＰ１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧおよびＭＩＰ１βにおいて統計的に有意な差が存在した。これらのサイトカインの全てはＨＬＨを有する患者において上昇すると予想される。Ｈｏｌｍの調整ｐ値による有意な差は、公開された研究に基づいてＨＬＨにおいて正常であると予想されるサイトカインである、ＩＬ１β、ＩＬ２、ＩＬ５、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１３およびＩＬ１７において見られなかった。ＧＭ－ＣＳＦおよびＴＮＦαは、重症ＣＲＳを有するものにおいて本発明者らの研究において異なって上昇した。ＧＭ－ＣＳＦおよびＴＮＦαは、一部の研究においてＨＬＨにより上昇するが、その他において正常であることが実証された。ＩＬ４は典型的にＨＬＨを有する患者において正常である。それは重症ＣＲＳを有する患者においてこの研究において異なって上昇したが、そのレベルは両方の群において低かった。
ＩＬ６シグナル伝達およびＩＬ６指向性療法
２１人の患者をＣＲＳについてトシリズマブにより処置した。グレード３のＣＲＳを有する１５人の対象のうちの７人およびグレード４～５のＣＲＳを有する１４人の対象の全てはトシリズマブを受けた。２１人の対象のうちの１０人（４人の小児；６人の成人）は１回より多い投与量を受けた。また、１２人の患者をコルチコステロイドにより処置し、２人の患者はエタネルセプトを受けた。シルツキシマブを受けた患者はいなかった。トシリズマブは、ＣＴＬ０１９による注入（２～１２日の範囲）後平均５日で与えた。Ｔｅａｃｈｅｙらの補足表１５は、注入、最初の発熱、血管作動性薬の使用および適用可能な場合、挿管に対してトシリズマブの開始までの時間を詳述している。トシリズマブに対する応答は急速であった。多くの患者は初回投与直後に平熱に戻った。ほとんどの患者は、トシリズマブを受けた後、２４～３６時間にわたって血管作動性薬を絶つことができ、彼らはトシリズマブを与えられた後、平均４．５日で停止した。ＣＲＳを有する未成年者の全ては生存し、トシリズマブに応答したが、ＣＴＬ０１９により処置した３人の成人は死亡した。
図１４は、トシリズマブにより処置した１４人のグレード４～５の対象において経時的な４種のサイトカイン（ＩＦＮγ、ＩＬ６、ｓＩＬ６Ｒおよびｓｇｐ１３０）のレベルを示す。トシリズマブの初回投与後、一般にＩＬ６レベルは一時的に上昇し、続いて急速に減少した。ｓＩＬ６Ｒは、トシリズマブ後、一般に増加し、少なくとも２～３週間上昇したままを継続し、ｓｇｐ１３０は、トシリズマブ後、一部の患者において増加するようであるが、その他の患者において増加しなかった。
考察
この実施例は多くの観察を記載している。第１に、ＣＡＲ Ｔ細胞により処置したどの患者が、彼らが病気になる前に、重篤になる可能性があるかを予測でき、罹患率または死亡率を低減させることができる早期介入を可能にする可能性があるモデルを開発した。第２に、これがＣＡＲ Ｔ細胞後にｓＩＬ６Ｒおよびｓｇｐ１３０を全身的に評価した最初の研究であるため、ｓＩＬ６Ｒおよびｓｇｐ１３０の濃度が臨床的および生物学的に関連する可能性があることを立証する。第３に、重症ＣＲＳを有さない患者に対して重症ＣＲＳを有する患者において異なって発現する２４種の異なるサイトカインを同定し、重症ＣＲＳの基礎となる生物学への新たな洞察を付与した。最後に、重症ＣＲＳを発症する患者は、二次ＨＬＨと一致する、臨床、検査およびバイオマーカープロファイルを発生することを確認する。
ＣＡＲ修飾Ｔ細胞療法を使用した試験にわたって見られる最も一般的で潜在的に重度の毒性はＣＲＳである。データはＣＲＳの発症とＣＡＲ Ｔ細胞に対する応答との間の相関関係を示唆している。それにも関わらず、ＣＲＳの程度と結果との間に強い関連性はないようである。ブリナツモマブを含む他のＴ細胞動員療法によるデータと同様に、ＣＲＳの重症度が処置時における疾患負荷と関連し得ることが見出されている。この関連性は、本発明者らが本明細書において実証したように存在するが、疾患負荷のみでは、どの患者が重症ＣＲＳを発症するかを予測するのに十分ではない。Ｍ３骨髄（２５％超の芽球）を有する２３人の患者のうちの１０人のみが重症ＣＲＳを発症したため、高い疾患負荷のＰＰＶだけでは不十分であった。しかしながら、低い疾患負荷は強い陰性適中率（ＮＰＶ）を有する。本発明者らの小児コホートにおいて、ＣＴＬ０１９注入時に５％未満の芽球を実証された髄を有した１５人の患者のうちの１人のみが重症ＣＲＳを発症した。ベースライン疾患負荷はほとんどの成人において得られず、進行中の本発明者らの小児試験は注入時に疾患負荷をもはや評価していない。これらのデータは、ＣＲＳのリスクが、注入時に疾患負荷の評価を必要とせずに正確に予測され得ることを実証している。
重症ＣＲＳは潜在的に生命を脅かす毒性である。実際に、このシリーズにおいて２人の成人がＣＲＳの結果として死亡した。どの患者が重症ＣＲＳをその発症前に発症し得るかを予測する能力は、サイトカイン指向性療法を、患者が重篤になる前に策定することができるので、毒性を軽減する際に役立ち得る。重症ＣＲＳを発症すると予測された患者は、積極的支持療法の早期開始を可能にするように、より注意深くモニターすることができる。対照的に、どの患者が重症ＣＲＳを発症する可能性が低いかを予測する能力は、不必要な早期入院および／または必要でないサイトカイン指向性療法に対する曝露を防ぐことができる。したがって、高い感受性および特異性の両方によりＣＲＳの重症度を予測するために少数のサイトカインを使用して本発明者らが開発したモデルは直接的な臨床的および治療上の関連性を有する。ＣＲＳの早期介入または予防が有効性を限定するかどうかは知られていない。サイトカインプロファイルモデルに基づいて早期介入を開始する前向き研究は注意深く実施される必要がある。
標準的な臨床検査は、多く（フェリチン、ＣＲＰ、ＬＤＨ、ＡＳＴ、ＡＬＴ、ＢＵＮおよびＣＲ）が、患者が病気になった後にピークに達するので、ＣＲＳ重症度を予測する際に有用であると見出されたものはない。別のグループによる以前の報告と異なり、この研究は、ＣＲＰの早期評価がＣＲＳの重症度を正確に予測できることを示さなかった。理論に束縛されることを望むものではないが、一部の実施形態において、本明細書において同定した早期予測サイトカインプロファイルはまた、ＢｉＴＥなどの他のＴ細胞動員療法および後のウイルスを標的とした細胞毒性Ｔリンパ球にも関連する。
正確な予測モデルを開発することに加えて、この研究はＣＲＳの生物学的理解への多くの重要な洞察に寄与する。患者が重症ＣＲＳを発症する前に送られたサイトカインを分析すると、ｓｇｐ１３０およびＩＦＮγが重症ＣＲＳの後の発症と強く関連することが実証された。ＩＦＮγ、ＩＬ６およびｓＩＬ２Ｒαが、重症ＣＲＳを有さない患者と比較して重症ＣＲＳを有する患者において顕著に異なる増加を示すという以前の観察を確認した。顕著な差は、ＣＡＲ Ｔ細胞療法後、以前に研究されなかった多くのさらなるサイトカインにおいて見出された。一般に、ＣＲＳグレードに基づいて異なって上昇したサイトカインは、活性化Ｔ細胞から放出されたサイトカイン（ｓＩＬ２Ｒα、ＩＦＮγ、ＩＬ６、ｓＩＬ６Ｒ、ＧＭ－ＣＳＦ）または活性化単球／マクロファージから放出されたサイトカイン（ＩＬ１ＲＡ、ＩＬ１０、ＩＬ６、ＩＰ１０、ＭＩＧ、ＩＮＦα、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、ｓＩＬ６Ｒ）ならびに単球／マクロファージに対して走化性であるケモカイン（ＭＣＰ１、ＭＩＰ１β）および多くの場合、組織損傷および炎症後に上昇するサイトカイン（ＩＬ８、ＧＣＳＦ、ＧＭＣＳＦ、ＶＥＧＦ、ＩＬ６、ｓＲＡＧＥ）のいずれかを含んだ。
重症ＣＲＳを発症する患者は、ＭＡＳ／ＨＬＨと似ている臨床表現型ならびに上昇したフェリチン、低いフィブリノゲンおよびＨＬＨの遺伝型において見られ、それを反映するサイトカインプロファイルを含む、異常マクロファージ活性化の臨床検査値を発生することが見出された。敗血症またはＨＬＨのいずれかを有する重篤な未成年者（悪性腫瘍を有するまたは有さない）においてサイトカインレベルを測定した場合、７５ｐｇ／ｍｌのＩＦＮγレベルおよび６０ｐｇ／ｍｌ超のＩＬ１０レベルはＨＬＨに対して９８．９％の特異性および９３％の感度を有する。ＩＦＮγは敗血症を有する患者において上昇すると予想されない。このシリーズにおけるＣＲＳ４～５を有する全ての患者は７５ｐｇ／ｍｌ超のＩＦＮγおよび６０ｐｇ／ｍｌ超のＩＬ１０を有した。ＩＬ４は、推測的仮説からの異常値であった、試験した唯一のサイトカインである；しかしながら、絶対値は全ての患者において非常に小さかった。したがって、ＩＬ４がこのコホートにおいて臨床的または生物学的に関連性がある可能性が低いという仮説を立てた。将来の研究は、ＣＡＲ Ｔ細胞後のＭＡＳ／ＨＬＨの発症と、ＰＲＦ１を含む、ＨＬＨを発症しやすくする遺伝子の突然変異との間に任意の遺伝子型－表現型関連性が存在するかどうかを決定する。
ＩＬ６指向性療法はＣＡＲ Ｔ細胞による処置後のサイトカインベースの療法の基本である。それは効果的であることが示されており、重要なことに、ＣＡＲ Ｔ細胞の有効性を減少させないようである。とは言え、ＩＬ６はＣＲＳの発症前に感知できるほどに上昇しないため、注入後最初の数日においてＩＬ６の臨床評価は、どの患者が重症ＣＲＳを発症するかまたはＩＬ６指向性療法を必要とするかを決定するのに役立たない。ＣＲＳの発症前にトシリズマブによる早期処置が有益であるかどうかは知られていない。トシリズマブは非常に長い半減期（１１～１４日）を有する。したがって、早期に与えられる場合、薬物はＩＬ６ピークのときに存在し、理論的に重症ＣＲＳを予防することができる。
この研究はＣＲＳにおけるトランスＩＬ６シグナル伝達の重要性を実証する。ＩＬ６は、膜結合型または可溶性ＩＬ６受容体（ｓＩＬ６Ｒ）のいずれかにより、２つの機構を介してシグナル伝達する。古典的ＩＬ６シグナル伝達において、ＩＬ６はその膜結合型受容体に結合する。ほとんどの細胞はＩＬ６Ｒを発現せず、古典的ＩＬ６シグナル伝達に応答しない。トランスＩＬ６シグナル伝達において、ｓＩＬ６ＲはＩＬ６に結合し、複合体は膜結合型ｇｐ１３０と会合する。膜結合型ｇｐ１３０はＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＴＹＫ２と会合する。したがって、ＩＬ６トランスシグナル伝達はＪａｋ／Ｓｔａｔ経路を活性化する。ＩＬ６トランスシグナル伝達はＩＬ６Ｒを発現しない細胞において生じる。通常、血液中の高レベルの可溶性ｇｐ１３０（ｓｇｐ１３０）およびｓＩＬ６Ｒは、ＩＬ６トランスシグナル伝達を遮断する緩衝液として役立つ。健康なヒトにおいて、ＩＬ６レベルは典型的にｐｇ／ｍｌのオーダーであるが、ｓＩＬ６Ｒおよびｓｇｐ１３０レベルは典型的にｎｇ／ｍｌレベルで１０００倍高い。その結果として、ＩＬ６トランスシグナル伝達は、ＩＬ６レベルがｐｇ／ｍｌからｎｇ／ｍｌレベルまで上昇する場合にのみ生じる。ＩＬ６トランスシグナル伝達は、ＩＬ６レベルを低下させること、ＩＬ６のＩＬ６Ｒとの相互作用を遮断すること、ｓＩＬ６Ｒレベルを上昇させること、ｓｇｐ１３０レベルを上昇させること、またはＩＬ６－ＩＬ６Ｒのｓｇｐ１３０との相互作用を遮断することのいずれかによって遮断され得る。トシリズマブは抗ＩＬ６Ｒモノクローナル抗体である。他のＩＬ６媒介性疾患において、ＩＬ６レベルは多くの場合上昇し、ｓＩＬ６Ｒレベルは、ＩＬ６ＲとＩＬ６との間の相互作用が遮断されるので、処置後、増加または減少するかのいずれかである。トシリズマブによる処置後、ＣＲＳコホートにおいてＩＬ６は一時的に上昇し、続いて急速に減少するようであった。ｓＩＬ６Ｒレベルもまた、トシリズマブ後、有意に増加するようであった。なぜなら、ｓＩＬ６Ｒおよびトシリズマブの複合体はそのサイズのために腎臓によって排出されることができないからである。これらのデータは、トシリズマブが複数の機構を介してＩＬ６トランスシグナル伝達を遮断すること：ＩＬ６ＲのＩＬ６との相互作用を遮断すること、ＩＬ６緩衝液を増加させるようにｓＩＬ６Ｒを上昇させること、および最終的にＩＬ６レベルを低下させることを示唆している。サンプルの採取は、トシリズマブが注入時に対して異なる日に与えられ、一部の患者は１回より多い投与量を受けたので、トシリズマブによる処置の前後にて患者間で均一ではなかったことに留意されたい。Ｕｎｏおよびその同僚は、最近、より高いｓｇｐ１３０レベルが多くのＩＬ－６／ｓＩＬ－６Ｒ複合体を中和し、トシリズマブにより中和される必要がある複合体を少なくなっているので、ｓｇｐ１３０レベルが上昇している関節リウマチを有する患者がトシリズマブに応答する可能性が高いことを示唆しているデータを公開した。したがって、トシリズマブによる処置前に見られる高レベルのｓｇｐ１３０は臨床的および生物学的に関連していると考えられる；しかしながら、トランスＩＬ６シグナル伝達の重要性および機能を調べる将来の研究が必要とされる。
シルツキシマブおよびＩＬ６トランスシグナル伝達ブロッカーであるｓｇｐ１３０Ｆｃなどの直接的なＩＬ６阻害剤を含む、ＩＬ６シグナル伝達を標的とする他の薬剤は市販されているか、または臨床開発中のいずれかである。これらの薬剤はＣＲＳに有効である可能性があるが、将来の研究が必要とされる。本発明者らの広範なサイトカインプロファイリングは、ＣＡＲ Ｔ細胞後のＴＮＦαブロッケードの使用を支持しない。可溶性ＴＮＦ受容体のいくつかは重症ＣＲＳを有する患者において顕著に上昇したが、ＴＮＦαのピークレベルはかなり低かった。興味深いことに、最近、ＴＮＦ受容体の脱落の誘導により、ＴＮＦα標的細胞の完全な非応答性がもたらされることが示されている。ＴＮＦαブロッケードの有効性を実証している公開された研究は、血清または組織ＴＮＦαレベルが上昇している疾患において阻害剤を使用した。エタネルセプトなどのいくつかのＴＮＦα遮断剤もまた、ＴＮＦ受容体を標的とするが、低レベルのＴＮＦαを有する患者におけるＴＮＦ受容体のターゲティングが有効であるかどうかは知られていない。ＣＡＲ Ｔ細胞後に重篤になり、ＩＬ６ブロッケードに応答しない患者に関して、Ｊａｋ／Ｓｔａｔ、ＩＦＮγまたはｓＩＬ２Ｒα阻害剤がＣＲＳ症状を改善するのに潜在的に有効であり得る。残念ながら、これらはＣＡＲ Ｔ細胞の機能に影響を与える可能性がる。
疾患生物学を理解するか、または予測モデルを開発するためにサイトカインパターンを解釈する際に、サイトカイン産生に影響を与え得る交絡変数を常に考慮しなければならない。ベースラインサイトカイン値の少しの差が、年齢、性別および民族的背景に基づいて健康な正常対象において生じる可能性がある。悪性腫瘍の種類または疾患負荷を含む疾患関連因子もまた、サイトカイン産生に影響を与える可能性がある。サイトカイン産生において相対的および絶対的変化の両方を評価することも重要である。集団間の差は、時に、絶対値を考慮せずに変化倍率として報告されるが、これは、統計的に有意な差が生物学的または臨床的に意味を持たない場合があるので、誤解を招く可能性がある。健康な集団において見られる変動の程度ならびに炎症性疾患および／または感染症を有する患者において報告されているレベルの観点から値を考慮した。群間の絶対的および相対的差の両方を考慮した。
いくつかの重要な観察にも関わらず、この研究はいくつかの限界がある。今まで患者の最大のコホートにおいてＣＡＲ Ｔ細胞後のＣＳＲを記載しているが、グレード４～５のＣＲＳを有する患者の総数は比較的少ない。それにも関わらず、結果を多重比較について調整し、予測モデルは独立した検証コホートにおいて正確なままであった。データは、同じ製造プロセスを使用して生成したＣＡＲ Ｔ細胞産物により２つの施設にて処置した患者を反映し、そのモデルが一般化できるかどうかは不明である。ＣＲＳ予測のための強固な検査バイオマーカーはサイトカインのみであり、サイトカインについての試験は多くの臨床検査において急速な反転を伴い利用可能ではない。データは、ＣＲＳを予測し、追跡するために使用され得る分析の焦点を当てたパネルの設計を可能にする。有害事象共通用語基準（Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ）（ＣＴＣＡＥ）グレード分け基準は、Ｔ細胞動員療法後のＣＲＳを適切にまたは正確に定義していない。したがって、異なるサイトおよび異なる刊行物は研究間の比較を困難にし得る異なるグレード分け基準を使用する。Ｌｅｅおよびその同僚ならびにＤａｖｉｌａおよびその同僚もまた、ＣＡＲ Ｔ細胞により処置した患者についてのＣＲＳグレード分け基準を公開した（Ｔｅａｃｈｅｙらの補足表１６および１７を参照のこと）。他の公開されたグレード分け基準とのＣＲＳグレード分け基準の比較はＴｅａｃｈｅｙらの補足考察に記載されている。グレード分けシステムは、予測モデルが他のグレード分けシステムにおいて関連するように十分類似している。「数字によるグレード」にも関わらず、本明細書におけるモデルは、生命を脅かすＣＲＳの合併症（機械的人工換気および／または非代償性ショック）を発症する患者を同定する。
予測モデルについての必要性は、ＣＲＳから重篤になる患者と重篤にならない患者とを識別することである。その識別は、非代償性ショックまたは呼吸不全（グレード４～５）を含む、生命を脅かすＣＲＳの合併症を発症した患者に基づいた。グレード０～２のＣＲＳを有する患者は軽度の病気のみを発症した。対照的にグレード３のＣＲＳは、一部の患者がＩＶ輸液または最低限の酸素補給を必要とするだけであるのに対して、その他の患者は低用量の血管作動性薬剤を必要とするか、またはより顕著な低酸素血症を発症したので、不均一の臨床スペクトルを表す。特定の試験を進めると、「重症ＣＲＳ」の本発明者らの定義を緩和し、重病であるが、生命を脅かすＣＲＳを発症しなかった患者を含むことが重要になる場合もある。さらなる分析を実施して、グレード３のＣＲＳを有する患者を任意の血管作動性薬剤または顕著な酸素需要（４０％以上のＦＩ０２）についての必要性に基づいて２つの群（３ａおよび３ｂ）に細分し、コホートを、ＣＲＳ０～３ａ対ＣＲＳ３ｂ～５と定義した重症および非重症に再分割した。この代替の分類化を用いて新たな方法を開発するためのロジスティック回帰および決定木モデリングはまた、その代替の分類化を使用して「元の」モデルの精度を試験した。これらのさらなるモデルおよびさらなる分析は、Ｔｅａｃｈｅｙらの補足結果において、補足表１８および１９ならびに補足図５ａ～ｅとして含まれる。
ＣＲＳの生物学を研究し、早期に測定した特定のサイトカインがＣＲＳ重症度を予測できるかどうかを調べた。本明細書において研究しなかったさらなる変数は重症ＣＲＳを予測する可能性があり、それらは将来の研究において調べられる。それらには、産物のＴ細胞表現型、産物のＴ細胞機能、ＣＴＬ０１９を異なって活性化し得るＣＤ１９多型、ＣＤ１９またはＰＤ－Ｌ１の腫瘍発現および免疫遺伝子多型が含まれる。大多数の患者から生成された産物は高い細胞溶解活性を示し、インビトロで非常に類似したレベルの多くのサイトカインを産生することが以前に公開されている。ＣＴＬ０１９産物のエキソビボ組成およびサイトカイン産生においてほとんど変動はないが、患者のＣＲＳにおいてかなりの異質性が存在するので、この研究はＣＲＳの重症度と相関するＣＴＬ０１９産物の差を見出さない可能性が高いという仮説を立てた。
まとめると、これらのデータは、ＣＡＲ Ｔ細胞療法後のＣＲＳの臨床および生物学的兆候の今までで最大で最も包括的な分析を表す。この研究は、重症ＣＲＳと関連するサイトカインおよびどの患者が重症ＣＲＳを、それが発生する前に発症する可能性があるかを予測できるサイトカインを同定し、特徴付けた。早期の予測により、早期介入が有効性に影響を及ぼさずに毒性を軽減するかどうかを決定する試験が可能となる。初期段階の試験においてＣＡＲ Ｔ細胞により見られた刺激的な有効性に基づいて、それらの使用は、限定された数の専門治療機関から多数の施設までに急速に拡大している。したがって、毒性を理解し、低減させることが最重要であり、これらのデータはその目標を達成するのに役立ち得る重要な新規情報を提供する。
補足方法および結果
試験設計
検査および臨床データを、再発性／難治性ＣＤ１９＋悪性腫瘍におけるＣＴＬ０１９ Ｔ細胞療法の安全性および実現可能性を評価するように設計した３回の臨床試験において処置した患者から収集した。Ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ：ＮＣＴ０１６２６４９５、ＮＣＴ０２０３０８４７およびＮＣＴ０１０２９３６６。書面によるインフォームドコンセントを、３回の試験について、Ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖウェブサイトに含まれ、以前に公開もされている適格基準に従って全ての対象または彼らの法定後見人から得た。活性移植片対宿主疾患、白血病を伴う活性ＣＮＳ関与（ＣＮＳ３）、制御されていない感染症、活性Ｂ型もしくはＣ型肝炎またはＨＩＶを有する患者を除外したことに留意されたい。以前に同種幹細胞移植を受けた患者が適格であった。但し、移植から少なくとも６カ月経過し、患者は登録時に免疫抑制を必要としなかったという条件があった。白血球除去およびリンパ球枯渇（ｌｙｍｐｈｏｄｅｐｌｅｔｉｎｇ）化学療法の種類の詳細を含む研究手順は以前に公開されている（Maude, NEJM Oct 16 2014;371(16):1507-1517）。以前に記載されているように、患者に１～１０×１０７個のＴ細胞／ｋｇ（５０ｋｇを超える患者に対しては５～５０×１０８個のＴ細胞）を１～３日にわたって注入した。この報告に含まれる最初の３０人の対象についての治療に対する応答の詳細も以前に公開されている。
一般的な検査室の供述
ＣＴＬ０１９ Ｔ細胞を、現在の適正製造基準（Ｇｏｏｄ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｐｒａｃｔｉｃｅｓ）の原則の下で産生した。フェリチン、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（Ｃｒ）、差異のある全血球数（ＣＢＣ）、プロトロンビン時間（ｐｒｏｔｈｒｏｍｉｎ ｔｉｍｅ）（ＰＴ）、部分トロンボプラスチン時間（ＰＴＴ）およびフィブリノゲンを含む、臨床検査研究を、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ Ａｍｅｎｄｍｅｎｔｓ（ＣＬＩＡ）により認証され、Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔ（ＣＡＰ）により認可された臨床検査室において実施した。
ＣＴＬ０１９ Ｔ細胞の産生
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を白血球除去によって採取した。Ｔ細胞を富化し、洗浄し、Ｔ細胞活性化のための抗ＣＤ３／ＣＤ２８被覆常磁性ビーズの添加によって増殖させた。以前に記載された抗ＣＤ１９－ＢＢ－ζ導入遺伝子を含有するレンチウイルスベクターを細胞活性化時に加え、培養開始から３日後に洗い流した。細胞を８～１２日間、ロッカープレート（ｒｏｃｋｉｎｇ ｐｌａｔｆｏｒｍ）装置（ＷＡＶＥ Ｂｉｏｒｅａｃｔｏｒ Ｓｙｓｔｅｍ）上で増殖させた。培養の最終日に、ビーズを、磁場上を通過させることによって除去し、ＣＴＬ０１９細胞を採取し、不溶解性凍結培地（ｃｒｙｏｍｅｄｉｕｍ）中に凍結保存した。ＩＮＤにおける最終産物放出基準は以下を含んだ：細胞生存率≧７０％、ＣＤ３＋細胞≧８０％、残留常磁性抗ＣＤ３／ＣＤ２８被覆常磁性ビーズ≦１００個／３×１０６個の細胞、エンドトキシン≦３．５ＥＵ／ｍＬ、マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）陰性、細菌および真菌培養物陰性、残留ウシ血清アルブミン≦１μｇ／ｍＬ、複製可能なレンチウイルスについての代理マーカーとしてのＶＳＶ－Ｇ ＤＮＡ≦５０コピー／μｇＤＮＡ、フローサイトメトリーによる導入効率≧２％、ベクターＤＮＡ配列による導入効率、０．０２～４コピー／細胞。
非臨床検査研究のためのサンプル処理
末梢血および骨髄サンプルを、ラベンダー上部（Ｋ２ＥＤＴＡ）または赤色上部（添加剤なし）のバキュテナーチューブ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）中に採取した。ラベンダー上部のチューブを、サンプルを引き出してから２時間以内に検査室に送達したか、または記載されるように絶縁溶液中で室温にて一晩輸送した。サンプルを、確立したＳＯＰに従って引き出してから１６時間以内に処理した。末梢血（ＰＢＭＣ）および骨髄（ＢＭＭＣ）単核細胞を精製し、処理し、－１４０℃にて保存した。赤色上部のチューブを、凝固時間を含む、引き出してから２時間以内に処理した；血清を遠心分離によって単離し、使い捨ての１３０μＬアリコートに等分し、－８０℃にて保存した。
Ｌｕｍｉｎｅｘ １４ ｐｌｅｘおよび３０ ｐｌｅｘアッセイについての方法
ヒトサイトカイン磁性３０－ｐｌｅｘパネルカタログ番号ＬＨＣ６００３Ｍは、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）から購入した。以下の検体がパネルに存在する（ＩＬ－１ＲＡ、ＦＧＦ－Ｂａｓｉｃ、ＭＣＰ－１、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－７、ＧＭ－ＣＳＦ、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１５、ＩＬ－１０、ＭＩＰ－１α、ＩＬ－１７、ＩＬ－８、ＥＧＦ、ＨＧＦ、ＶＥＧＦ、ＭＩＧ、ＲＡＮＴＥＳ、エオタキシン、ＭＩＰ－１β、ＩＰ－１０、ＩＬ－２Ｒ）。ヒト可溶性サイトカイン受容体磁性ビーズ１４－ｐｌｅｘパネルカタログ番号ＨＳＣＲＭＡ３２ＫＰＸ１４は、ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）から購入した。以下の検体がパネルに存在する（ｓＣＤ３０、ｓＥＧＦＲ、ｓｇｐ１３０、ｓＩＬ－１ＲＩ、ｓＩＬ－１ＲＩＩ、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＩＬ－６Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＴＮＦＲＩ、ｓＴＮＦＲＩＩ、ｓＶＥＧＦＲ１、ｓＶＥＧＦＲ２、ｓＶＥＧＦＲ３）。－４日～２８日まで－８０℃にて凍結保存した血清サンプルを解凍し、製造業者のプロトコールに従って分析した。アッセイプレートを、ＦｌｅｘＭＡＰ ３Ｄ機器（Ｌｕｍｉｎｅｘ、Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ）を使用して測定し、データ取得および分析を、ｘＰＯＮＥＮＴソフトウェア（Ｌｕｍｉｎｅｘ）を使用して行った。データ品質を以下の基準に基づいて検査した。各検体についての標準曲線は、ｘＰＯＮＥＮＴソフトウェアを使用してマイナーフィッティングの有無に関わらず０．９５超のＲ２値を有する。２０％超のＣＶ（変動係数）も有する少ないビーズ数からの非外挿データをフラグした。１４－ｐｌｅｘキットに関して、キットに含まれる２つの対照サンプルについての結果の９０％超は、製造業者によって提供された予想された範囲内であることが要求された。低い範囲外（＜ＯＯＲ）の結果のサンプルについてさらなる試験を行わず、データ分析について標準曲線の下端の半分と置き換えた。高い範囲外（＞ＯＯＲ）または標準曲線の最大値（ＳＣ ｍａｘ）の２倍を超える結果のサンプルを、より高い希釈度で再試験した。上記の品質管理または再試験に合格した結果を変換相関研究において使用した。
採取時点。
サイトカイン、ＣＢＣ、ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、Ｃｒ、フェリチン、ＣＲＰおよびＬＤＨを研究に基づいて翌日に採取した。また、プロトコールにより、患者が病気になった場合、サンプルのさらなる採取が可能であった。フェチリンおよびＣＲＰは、研究を最初に開始したときに含まれていなかったことに留意されたい。ベースラインフェリチンは２人の未成年者において得られなかった。ベースラインＣＲＰは３人の未成年者および２人の成人において得られなかった。登録した最初の対象によりフェリチンをＣＨＰ９５９において採取したが、１１日まで採取されず、この対象は最初の３５日において３時点のみで採取されただけであった。フェリチンの重要性を学んだ後、第２、第３および第４のＣＨＰ９５９対象は、それぞれ最初の３５日にわたって８、２４および９回のより多い頻度でフェリチンを検査した。対象５では、フェリチンを他の臨床検査およびサイトカインと同じスケジュールで慣用的に採取した。ＣＲＰはいずれの時点においても最初の２人の対象については、送られなかった。対象３では、ＣＲＰを他の臨床検査と同じスケジュールで試験した。凝固研究についての詳細を以下に提供する。
ベースライン疾患負荷
この研究における未成年者は骨髄穿刺液および生検を有し、また注入直前に微小残存病変試験に送られた。穿刺液および生検を、血液病理学者によって疾患負荷の量について定量した。ＭＲＤを以前に記載されているように実施した（Borowitz MJ, et al. Clinical significance of minimal residual disease in childhood acute lymphoblastic leukemia and its relationship to other prognostic factors: a Children's Oncology Group study. Blood. Jun 15 2008;111(12):5477-5485, Weir EG, et al. A limited antibody panel can distinguish B-precursor acute lymphoblastic leukemia from normal B precursors with four color flow cytometry: implications for residual disease detection. Leukemia. Apr 1999;13(4):558-567）。１人の未成年者は骨髄生検を実施しておらず、４人の未成年者は、疾患を正確に定量できない骨髄生検を有した。全ての未成年者は形態について骨髄穿刺液を有し、５人の未成年者は主要なＭＲＤを有さなかった。疾患負荷は連続および二値変数の両方として考慮した。ベースライン疾患の負荷は、穿刺液または生検についてＭＲＤまたは形態のいずれかによって最も高い値（芽球パーセント）を取ることによって定義した。
ＣＲＳ予測モデルの適用：一例
この節は、小児プロトコールから対象１３６に対する重症ＣＲＳ状態についての予測を得るために本明細書に記載される予測モデルをどのように適用するかを示す。この対象は重症（グレード４）ＣＲＳを有した。
モデルＡ：組み合わせたコホートについての上位回帰モデル
対象１３６は、ｓｇｐ１３０、ＩＦＮγおよびＩＬ１ＲＡのそれぞれについて２７２，２９２．６、５９．９０６７および５７．０３２４の１～３日ピーク（Ｐｋ３）を有した。常用対数（底１０）を取り、Ｔｅａｃｈｅｙらの表３の第１行におけるそれぞれの推定値を使用した後、ｘ＝（１３．８７１２＊５．４３５０）＋（２．４６２６＊１．７７７５）＋（－１．６５５９＊１．７５６１）－７５．３５０２＝１．５０９５、ｅｘｐ（ｘ）＝４．５２４５およびｅｘｐ（ｘ）／（１＋ｅｘｐ（ｘ））＝予測確率＝０．８１９０であった。これは表３における０．３６２３のカットオフよりも大きいので、モデルは重症ＣＲＳを（正確に）予測する。
モデルＢ：組み合わせたコホートについての上位ツリーモデル
ｓｇｐ１３０Ｐｋ３＝２７２，２９２．６は２１８，１７９のカットオフより大きく、ＭＣＰ１Ｐｋ３＝１，０５３．２２９４は４，６３６．５２のカットオフより小さく、エオタキシンＰｋ３＝１８．０８３０は２９．０９０２のカットオフより小さいので、モデルは重症ＣＲＳを（正確に）予測する。
モデルＣ：小児コホートについての上位回帰モデル
上記のＩＦＮγＰｋ３；ＩＬ１３Ｐｋ３は１．５５６であり、ＭＩＰ１αＰｋ３は２５．８８６であった。常用対数を取り、表３の第３行における推定値を使用した後、ｘ＝（８．４８３＊１．７７７）＋（－５．５９９＊０．１９２）＋（－１６．３４３＊１．４１３）＋１５．７４２＝６．６５２であった。ｅｘｐ（６．６５２）＝７７４．３８およびｅｘｐ（ｘ）／（１＋ｅｘｐ（ｘ））＝予測確率＝０．９９９であった。これは０．３２８８のカットオフより大きいので、モデルは重症ＣＲＳを（正確に）予測する。
モデルＤ：小児コホートについての上位ツリーモデル
対象１３６はＩＬ１０Ｐｋ３＝３７．４５９８を有し、これは１１．７４７のカットオフより大きかった；そして９８．５の疾患負荷は５１％のカットオフより大きいので、モデルは重症ＣＲＳを（正確に）予測する。
モデルＥ：上位小児ロジスティック回帰モデルからの因子を使用した分類子
ＩＦＮγＰｋ３＝５９．９０６７は２７．６７３２のカットオフより大きく、ＭＩＰ１αＰｋ３＝２５．８８５９は３０．１５９１のカットオフよりも小さかったので、モデルは重症ＣＲＳを（正確に）予測する。
補足結果
発熱の定義、時間および持続期間
ＣＲＳの開始は、ＣＴＬ０１９の注入に対して発熱した患者について最初の発熱の日と定義した。プロトコールごとに、小児コホートについて、発熱は３８．６℃（１０１．５°Ｆ）以上と定義した。プロトコールごとに、成人コホートについて、発熱は３８．０℃（１００．５°Ｆ）以上と定義した。一貫性について、分析の目的のために、ＣＲＳの開始は全ての対象について３８．０℃以上の最初の発熱の日と定義した。ＣＲＳの最初の日は、３８．０℃以上または３８．５℃以上の定義を使用していずれの小児対象についても変えていないことに留意されたい。ＣＲＳの停止は３８．０℃を超える発熱がない最初の日と定義した。
最初の発熱までの時間の中央値は、グレード１～３のＣＲＳと比較してグレード４～５のＣＲＳを有する患者において早かった。この差は全コホートまたは成人において統計的に有意ではなかったが、未成年者において有意な差であった（中央値４日対１日；ｐ＜０．０５）。最初の発熱までの時間の中央値は未成年者において統計的に有意であったが、最初の発熱までの時間は、非常に多くの異常値が存在したので、ＣＲＳ重症度の臨床的に意味を持つマーカーではない。未成年者または成人においてＣＲＳグレードに基づいて発熱の全日数に差はなかった。重症ＣＲＳを有する患者をＩＬ６Ｒ阻害剤トシリズマブにより処置し、これにより典型的に急速な解熱が生じた。
併発感染症についての詳細
合計で６人の患者が、ＣＴＬ０１９による注入後最初の１カ月において同定された併発した新たな感染症を有した。小児コホートにおいてＣＲＳの重症度に影響を及ぼさないようであった。成人コホートにおいて感染症は死亡率の一因となる可能性がある。
ＣＲＳ予測におけるＣＲＰの有用性についてのさらなる詳細
早期ＣＲＰ上昇はグレード４～５のＣＲＳと関連したが（ｐ＝０．０２）、他の公開された報告と対照的に本発明者らは、ＣＴＬ０１９注入後最初の３日におけるＣＲＰの早期評価がＣＲＳの感度（ＡＵＣ＝０．７３）を予測する際に有用であるとは見出さなかった。例えば、高リスクの症例についてのスクリーニングとしてＣＲＰを考慮すると、６．８ｍｇ／ｄｌ超のＣＲＰは７２％のみの症例を同定し、４３％の陽性適中率（ＰＰＶ）を有した。カットオフが高くなるほど、ＰＰＶは低くなった。注入後最初の３日間のＣＲＰの中央値は、グレード０～３において４．８ｍｇ／ｄｌ（範囲：＜０．５０～３６．３）およびグレード４～５のＣＲＳにおいて１３．６ｍｇ／ｄｌ（２．９～３３．２）であった（ｐ＝０．０２２）。注入の最初の３日以内のピークＣＲＰが１０ｍｇ／ｄｌ超であったグレード０～３のＣＲＳを有する１０／３４人の患者を含む、ＣＲＰが顕著に早期に上昇したグレード０～３のＣＲＳを有する患者が存在し、一方でグレード４～５のＣＲＳを有する６／１１人の患者は１０ｍｇ／ｄｌ超のピークＣＲＰ（ＰＰＶ＝０．３７５）を有した。ＣＲＰの早期測定は研究を最初に開始したとき慣用的に実施せず、１～３日の間のＣＲＰは、グレード４～５のＣＲＳを有する３人の患者およびグレード０～３のＣＲＳを有する３人の患者について利用可能ではなかった。
正常なドナーコホートについての詳細
血清を１０人の正常で健康なボランティアから採取した。５人は男性で、５人は女性であった。年齢中央値（範囲）：４０（２５～６５）。
凝血異常についてのさらなる詳細
ＰＴ、ＰＴＴおよびフィブリノゲンは、臨床的に示された場合にのみ得た。したがって、病気になった未成年者および成人に対して確定された選択バイアスが存在する。フィブリノゲンを、ＣＲＳ４～５を有する小児コホートにおける１１人の患者のうちの１０人および成人コホートにおける患者のサブセットならびにＣＲＳ０～３を有する小児コホートにおける２８人の患者のうちの１５人および成人コホートにおけるサブセットにおいて、送った。フィブリノゲンを、患者のサブセットにおいて１回、患者のサブセットにおいて２回、患者のサブセットにおいて３回、患者のサブセットにおいて４回以上検査した。ＰＴおよびＰＴＴを、ＣＲＳ４～５を有する未成年者のサブセットおよび成人のサブセットならびにＣＲＳ０～３を有する未成年者のサブセットおよび成人のサブセットにおいて、送った。ＰＴおよびＰＴＴを、患者のサブセットにおいて１回、患者のサブセットにおいて２回、患者のサブセットにおいて３回および患者のサブセットにおいて４回以上検査した。ＤＩＣまたは肝不全を発症する患者と異なり、ＨＬＨを有する患者は、多くの場合、ＰＴ／ＩＮＲまたはＰＴＴのわずかな上昇に対して顕著な程度の低フィブリノゲン血症を引き起こす凝血異常を発症する。このパターンはまた、グレード４のＣＲＳを有する小児コホートにおいても見られた。成人もまた、凝血異常を発症した；しかしながら、ＣＲＳ４～５とＣＲＳ０～３とを比較すると、差は存在しなかった。
さらなる統計分析
患者のサブセットに関して、ＣＲＳは非常に短く、サイトカイン採取の時間系列は、患者が発熱した短いウインドウを含まなかったことに留意されたい。これらの患者が結果を誤って歪曲しないことを確実にするために、本発明者らはまた、これらの患者を除いて統計的分析を完了し、いずれの結果も変わらなかったことを見出した。臨床プロトコールにより、予定した時点においてサイトカインの採取が命じられた（補足方法を参照のこと）。重症ＣＲＳを発症した患者は、多くの場合、さらなる検査値が送られた。さらなる測定によって結果が偏らないことを確実にするために、本発明者らはプロトコールごとに分析を実施し、ＣＲＳグレードに基づいて異なって上昇した同じサイトカインを見出した（データは示さず）。
急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）のためのキメラ抗原受容体Ｔ細胞療法において敗血症をサイトカイン放出症候群と識別するためのバイオマーカープロファイリング
ＣＤ１９特異性を有するキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）修飾Ｔ細胞（ＣＴＬ０１９）は、再発性／難治性ＡＬＬのための非常に有効な新規免疫療法である。サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）は最も顕著であり、一部の場合、生命を脅かす毒性がある。これらの患者は、多くの場合、好中球減少性および免疫抑制性であり、敗血症に対して高リスクである。さらに、同時感染合併症が、抗サイトカイン指向性療法に対して難治性の低血圧症および低酸素症をもたらす根本的なＣＲＳを潜在的に刺激する場合があった（Frey et al. abstract 2296, ASH 2014）。敗血症とＣＲＳとを識別することは、特に、抗サイトカイン療法およびコルチコステロイドを含む、ＣＲＳについての処置は重症感染症を悪化させ得るので、有効な療法を開始するのに必要とされる重要な時間ウインドウにおける意味のある臨床課題であり得る。６３人のＣＴＬ０１９により処置したＡＬＬ患者のコホートにおける４３種のサイトカインおよび可溶性サイトカイン受容体ならびに臨床バイオマーカーの広範な研究により、注入後最初の１カ月における２４種のサイトカインのピークレベルが重症ＣＲＳと高度に関連することが示され、ＣＲＳ予測モデルが記載された（Teachey et al. Cancer Discovery, June 1, 2016 6; 664、これはその全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
この実施例は、ＣＲＳおよび敗血症におけるバイオマーカープロファイルを比較し、特にＩＣＵ入院時の２つの臨床的症候群を識別するプロファイルを同定する。この実施例は、ＣＴＬ０１９により処置した６６人の成人および小児患者（ＡＬＬ－ＣＲＳコホート）、ＣＴＬ０１９により処置していないが、ＩＣＵ入院につながる敗血症を発症した１５人の患者（敗血症コホート）ならびに１０人の正常で健常な未成年者（対照コホート）における５０種のサイトカイン、可溶性受容体および他の血清バイオマーカーを評価する。ＣＴＬ０１９により処置し、ＣＲＳを発症した６６人の患者のうち、３０人（４５％）はＩＣＵ入院を必要とした。試験したバイオマーカーは、本明細書に記載されるものと７種のさらなる敗血症関連バイオマーカーのパネル（アンジオポエチン２、［ＡＮＧ２］ｓＣＤ１６３、ペントラキシン３［ＰＴＸ３］、ｓＣＤ１４、ＰＡＩ－１、Ｐ－セレクチン、ＩＣＡＭ－１）を含んだ。
多重比較について調整した後、以下のバイオマーカー：ＡＮＧ２、ＧＣＳＦ、ＩＦＮα、ＩＬ１ＲＡ、ＩＬ４、ＩＬ６、ＭＩＧ、ＭＩＰ１α、ＰＴＸ３、ＴＮＦα、ｓＣＤ１６３、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－１ＲＩ、ｓＩＬ－１ＲＩＩ、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＴＮＦＲＩ、ｓＴＮＦＲＩＩ、ｓＶＥＧＦＲ１、ｓＶＥＧＦＲ２、ｓＶＥＧＦＲ３およびＶＥＧＦが正常な対象と比較して敗血症において有意に上昇し、一方でＩＬ１３およびＲＡＮＴＥＳは敗血症において有意に低下した。ＣＴＬ０１９療法後、ＩＣＵ入院の７２時間以内のＡＬＬ－ＣＲＳ対象（Ｎ＝２９）において、２３種のバイオマーカーは、多重比較についての調整後、敗血症と比較して有意に異なった；１６種はＣＲＳにおいて上昇した：ＧＭ－ＣＳＦ、ＨＧＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１０、ＩＬ－１５、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＰ－１０、ＭＣＰ１、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１β、ｓＩＬ－２Ｒα、ｓＴＮＦＲＩおよびｓＴＮＦＲＩＩ；一方で７種は敗血症対象において上昇した：ＣＤ１６３、ＩＬ－１β、ｓＣＤ３０、ｓＩＬ－４Ｒ、ｓＲＡＧＥ、ｓＶＥＧＦＲ－１およびｓＶＥＧＦＲ－２。図１５は、ｓＣＤ１６３（敗血症において上昇した）およびＩＰ－１０（ＣＲＳにおいて上昇した）についての代表的なプロットを示す。これらの包括的なプロファイリングデータはＣＲＳ生物学への新たな洞察を提供し、重要なことに、ＣＡＲ Ｔ細胞療法を受けた後、重篤になる患者におけるＣＲＳと敗血症とを識別するのに役立つ。これらのデータは直接的な翻訳に関する治療的関連性を有する。
多発性骨髄腫のための抗ＢＣＭＡ ＣＡＲ Ｔ細胞（ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ）の注入後の可逆性後脳症症候群（ＰＲＥＳ）：シクロホスファミドによる成功した処置
神経毒性は、抗ＣＤ１９キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞および抗ＣＤ１９／抗ＣＤ３二重特異性Ｔ細胞動員ブリナツモマブにより処置した患者において観察されている。報告された神経毒性は、局所的欠損（例えば、脳神経麻痺または片側不全麻痺）および多くの場合、ＣＲＳから回復した後またはＣＲＳの非存在下でも観察される、全身性サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）と関連する、全身的異常（例えば、全身発作、錯乱）の両方を含んだ。ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡは、Ｂ細胞成熟抗原に特異的な４－１ＢＢ／ＣＤ３－ゼータに基づいたＣＡＲを発現するようにレンチウイルスベクターにより形質導入したエキソビボで増殖した自己Ｔ細胞を含む。この実施例は、多発性骨髄腫（ＭＭ）（ＮＣＴ０２５４６１６７）におけるＣＡＲＴ－ＢＣＭＡの第１相試験の間に観察された重度の神経毒性の臨床的特徴および管理を報告する。
対象は、以前の４回の治療の後にＩｇＡラムダＭＭ進行の高いリスクがある５５歳の女性である。処置前の疾患兆候は胸膜および傍脊椎の血球減少および髄外性形質細胞腫を含んだ。骨髄（ＢＭ）は、ＢＣＭＡ＋形質細胞によって９５％超が占められた。処置前の脳ＭＲＩにより、おそらく頭蓋骨ＭＭ病変の直接的な拡張に起因する、左大脳凸面上の髄膜肥厚（ｐａｃｈｙｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｔｈｉｃｋｅｎｉｎｇ）および増大が示された。神経学者およびＣＳＦ細胞学による処置前検査により、ＣＮＳ ＭＭの証拠は示されなかった。
対象は、先行するリンパ球枯渇化学療法を行わずに、２連続日にわたって計画した用量の４０％である、２×１０８個のＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞を受けた；３回目の計画した注入は発熱のために停止した。次の４日にわたって、発熱が持続し、低酸素症、汎血球減少症および精神錯乱が発症した。４日目の脳ＭＲＩおよび腰椎穿刺により、新たな異常は示されなかった。感染症についての評価は陰性であった。これらの症状は血清ＩＬ－６および他のＣＲＳ関連バイオマーカーの上昇に相当した。ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ注入後６日目に、２回のトシリズマブ用量をＣＲＳのために投与し、これにより、血清ＩＬ－６の低下ならびに発熱および低酸素症の消散がもたらされた（図１６、円および三角形）。
８日目に、対象は鈍化し、挿管およびコルチコステロイドの開始（８時間毎にメチルプレドニゾロン１０００ｍｇ×１、次いでヒドロコルチゾン１００ｍｇ）を促した。対象の精神状態はその後の２日にわたって改善し、１１日までに対象は抜管され、機敏になり、ステロイドを停止された。１２日目に、対象は全身発作を発症し、再び気道保護のために挿管し、抗てんかん薬（ＡＥＤ）により処置した。対象は再び改善し、抜管されたが、１５日目に、制御するために５回のＡＥＤを必要としたてんかん発作重積状態を発症した。反復脳ＭＲＩにより、脳浮腫の懸念がある溝の消失を伴う、両側前頭、頭頂、後頭部、後側頭および小脳半球に関与する、新たなびまん性の溝、皮質および皮質下Ｔ２／ＦＬＡＩＲシグナル異常が示された。この悪化は、発熱の再発、他の全身性ＣＲＳ兆候／症状または高血圧と関連しなかったが、それは、循環している活性化した（ＨＬＡ－ＤＲ＋）ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞の頻度の急上昇と関係した（図１６、逆三角形）。ＣＲＳ関連サイトカインの血清レベルは減少し続けたが、１６日目に得られたＣＳＦは、１６日の血清および４日のＣＳＦの両方と比較してＩＬ－６、ＩＬ－８および他のＣＲＳ関連サイトカインの顕著な上昇を示した（図１６、四角）。ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞をＣＳＦにおいて検出した。高用量のメチルプレドニゾロンを臨床改善せずに１５日目に再開した。１７日目に、シクロホスファミド１．５ｇ／ｍ２を投与してＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞を低減させた。１８日目に開始して、敏捷性および反応性が十分に改善し、対象は２０日目に抜管された。コルチコステロイドを徐々に減少させた。２３日目のＭＲＩにより、大脳および小脳シグナル異常のほとんどの消散が示され、それは反復ＭＲＩにより４週後に完全になくなった。認知機能は、ＡＥＤの作用に起因する疲労および軽度の集中困難性以外の長期の神経学的後遺症を生じずに回復した。回復する最後の神経学的症状は視覚情報を処理する軽度の困難性であった。シクロホスファミド（ｃｙｃｌｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）の投与および長期のコルチコステロイド過程にも関わらず、ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞は、注入の１６４日後である最後の評価時に血液および髄の両方において検出可能なままであり、患者は５カ月継続してＶＧＰＲを達成した。
急速な可逆性およびＭＲＩによる出現を考慮すると、この神経学的症候群は、神経組織に対する直接的なＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞毒性からの脳炎と対照的に、おそらくＣＳＦにおける高レベルのＣＲＳ関連サイトカインに起因して、可逆性後白質脳症症候群（ＰＲＥＳ）と最も一致しているようであった。ＰＲＥＳは全身性ＣＲＳの中度の改善を生じ、ＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ頻度の上昇および／またはＣＮＳにおいてトシリズマブがＩＬ－６受容体を遮断できないことによって遭遇する、潜在性のＣＮＳ ＭＭに起因し得る、ＣＮＳ局所的ＣＲＳを示唆している。ステロイドは一時的な臨床改善のみを達成したが、症候群は、注入したＣＡＲＴ－ＢＣＭＡ細胞を完全に根絶せずに、シクロホスファミドによる細胞減少後、急速に消散し、このストラテジーは、生命を脅かすＣＡＲ Ｔ細胞神経毒性の場合に考慮することができることを示唆している。
ＣＤ１９に対するキメラ抗原受容体修飾Ｔ細胞（ＣＴＬ０１９）による処置の結果、胚中心および非胚中心起源の再発性または難治性びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、「ダブルヒット（Ｄｏｕｂｌｅ ｈｉｔ）」びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫ならびにびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫に対する形質転換小胞を有する患者において長期寛解が生じる
背景：びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、胚中心（ＧＣ）または非胚中心（ＮＧＣ）の起始細胞（ＣＯＯ）は、第１選択および再発した状況において処置結果について予後的意義を有し得る（Lenz et al NEJM 2008; Thieblemont et al JCO 2011）。ＭＹＣ／８ｑ２４遺伝子座および第２のがん遺伝子座に影響を与え、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）の形質転換またはデノボのいずれかにより生じる染色体切断点によって定義される、「ダブルヒット」ＤＬＢＣＬ（ＤＨＬ）は、再発した状況において効果的な療法ではない。新たな療法が、再発したＤＬＢＣＬ患者（ｐｔｓ）の不十分な予後分類に必要とされるので、本発明者らは、継続している第ＩＩａ相臨床試験（ＮＣＴ０２０３０８３４）の一部として再発性または難治性ＧＣ－およびＮＧＣ－ＤＬＢＣＬ、ＤＨＬならびに形質転換ＦＬを有するｐｔｓにおいてＣＤ３ζおよび４－１ＢＢシグナル伝達ドメイン（ＣＴＬ０１９細胞）を有する外部抗ＣＤ１９一本鎖ネズミ抗体ドメインからなるキメラ抗原受容体を発現するように遺伝子修飾された自己Ｔ細胞による処置の有効性を試験した。
方法：適格なｐｔｓは、一次およびサルベージ療法後、測定可能な残存疾患を伴ってＣＤ１９＋ＤＬＢＣＬを有し、自己幹細胞移植（ＡＳＣＴ）に適格ではないか、またはＡＳＣＴ後、再発性／残存疾患を有し、限定された予後（２年未満の予想される生存）を有し、最新の療法により応答性または安定な疾患を有した。ＤＬＢＣＬのＣＯＯを、Ｈａｎｓのアルゴリズムを使用して免疫組織化学によって決定した（Hans et al Blood 2004）。蛍光ｉｎ－ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを、ＤＨＬを決定するためにＶｙｓｉｓ ＭＹＣ（８ｐ２４）、ＢＣＬ２（１８ｑ２１）およびＢＣＬ６（３ｑ２７）ブレークアパートプローブを使用して診断組織において実施した。ＤＨＬを、ＢＣＬ２またはＢＣＬ６のいずれかを含む第２の転座を伴うＭＹＣ遺伝子座染色体転座によって定義した。末梢血白血球を採取するための安定な状態のアフェレーシス後、ｐｔｓは臨床的特徴および過去の療法に基づいてリンパ球枯渇化学療法を受けた。化学療法の１～４日後、ｐｔｓはＣＴＬ０１９細胞の単回静脈内投与を受けた。ＣＴＬ０１９細胞後、ｐｔｓはさらなる療法を受けなかった。初期の腫瘍応答評価を、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ応答基準を使用してＴ細胞注入の３カ月後に実施した。登録を２０１４年２月に開始した；データを２０１６年７月２４日から報告する。
結果：ＤＬＢＣＬを有する１３人のｐｔｓを登録し、応答について評価可能である（７人のｐｔｓ ＧＣ、５人のｐｔｓ ＮＧＣ、１人未決定）。年齢の中央値は５９歳（範囲：２５～７７）、男性：女性比１０：３、以前の療法の中央値５回（範囲：２～８）および以前に移植したｐｔｓの数７人（５４％）である。登録時に、Ａｎｎ Ａｒｂｏｒのステージは、ステージＩＶ ８人のｐｔｓ（６１％）、ステージＩＩＩ １人のｐｔ（８％）およびステージＩＩ ３人のｐｔｓ（２３％）、ステージＩＥ １人のｐｔ（８％）であった；３人のｐｔｓ（２３％）は骨髄障害を有した。ＬＤＨは８人のｐｔｓ（６２％）において増加した。ＥＣＯＧ ＰＳは４人のｐｔｓ（３１％）において０人および９人のｐｔｓ（６９％）において１人であった。リンパ球枯渇化学療法レジメンは、ベンダムスチン（９０ｍｇ／ｍ２×２；１人のｐｔ）、シクロホスファミド（１ｇｍ／ｍ２；２人のｐｔｓ）、放射線－シクロホスファミド（４，０００ｃＧｙ－７５０ｍｇ／ｍ２；１人のｐｔ）、修飾ＥＰＯＣＨ（３人のｐｔｓ）および超分割（ｈｙｐｅｒ－ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｅｄ）シクロホスファミド（３００ｍｇ／ｍ２ ｑ１２時間×６；６人のｐｔｓ）であった。１２人のｐｔｓは５．００Ｅ＋０８（５．１０～６．７５Ｅ＋０６細胞／ｋｇ）ＣＴＬ０１９細胞を受けた；１人のｐｔは１．９３Ｅ＋０８（３．１０Ｅ＋０６細胞／ｋｇ）を受けた。血液中の中央ピークＣＴＬ０１９細胞増殖は注入の７日後に発生した（範囲：２～２８日）；応答者と、ＧＣ－またはＮＧＣ－ＤＬＢＣＬを有する非応答者またはｐｔｓとの間にピーク拡大に差は存在しない。サイトカイン放出症候群は９人のｐｔｓ（８人はグレード２；１人はグレード３）において発生し、応答を予測しなかった。一時的な神経毒性は、２／１３人のｐｔｓの精神錯乱（１人はグレード２；１人はグレード３）および１／１３人のｐｔｓの認知障害（１人はグレード１）を含んだ。ＣＴＬ０１９注入の３カ月後において、全奏効率（ＯＲＲ）は５２％（７／１３人のｐｔｓ）である；ＧＣについてのＯＲＲは７１％（５／７人のｐｔｓ）およびＮＧＣについてのＯＲＲは４０％（２／５人のｐｔｓ）である。３カ月における完全寛解率（ＣＲ）は３８％（５／１３人のｐｔｓ）である；ＧＣについてのＣＲは４３％（３／７人のｐｔｓ）およびＮＧＣについてのＣＲは４０％（２／５人のｐｔｓ）である。全てのｐｔｓについての最適な応答は１３人のｐｔｓのうちの６人（４６％）のＣＲである；ＧＣについてのＣＲは５７％（４／７人のｐｔｓ）およびＮＧＣについてのＣＲは４０％（２／５人のｐｔｓ）である。ＧＣ－ＤＬＢＣＬを有する７人のｐｔｓのうちの３人は形質転換ＦＬを有し、３人全てはＣＲを達成した；ＧＣ－ＤＬＢＣＬを有する７人のｐｔｓのうちの２人はＤＨＬを有し、両者はＣＲを達成した。今まで、ＣＲを達成したｐｔは再発していない。ＮＧＣ－ＤＬＢＣＬを有する５人のｐｔｓのうちの２人はＴ細胞リッチＤＬＢＣＬを有した；患者のいずれもＣＴＬ０１９に応答しなかった。無増悪生存（ＰＦＳ）の中央値は、全てのｐｔｓについて５．８カ月（ｍｏ）、ＮＧＣのｐｔｓについて３．０ｍｏであり、ＧＣのｐｔについて到達しなかった（２１．９ｍｏの追跡の中央値にてＰＦＳ ５７．１％［９５％ＣＩ：１７．２％～８３．７％］）。
結論：これらの結果は、ＣＴＬ０１９細胞による単回処置が、再発性または難治性ＧＣ－およびＮＧＣ－ＤＬＢＣＬ、ＤＨＬならびに形質転換ＦＬにおいて安全で有効であることを示す。
ＩＬ－６受容体多型はＣＡＲＴ１９療法後の処置難治性サイトカイン放出症候群の発症を予測する
ＣＡＲＴ１９により処置した成人のＡＬＬ患者からのデータセットを使用して、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）がＩＬ－６受容体アンタゴニストトシリズマブによる処置に対して難治性であるかどうかを予測するＩＬ－６Ｒにおける単一ヌクレオチド多型を同定した。試験したＳＮＰは、ｒｓ２２２８１４５（主要遺伝的変異体）、ｒｓ４３２９５０５（Ｃ／Ｔ対Ｔ／Ｔにより、より高いｓＩＬ－６レベルをもたらすトランジション置換ＳＮＰ）、ｒｓ１２０８３５３７、ｒｓ４１２９２６７およびｒｓ７５２９２２９（Galicia JC, et al. Genes and Immunity 2004;5:513-16;Ferreira RC, et al. PLOS One 2013;9:e1003444）。メジャーおよびマイナーアレル、頻度およびＩＬ６に対する影響を表１７に示す。
ＳＮＰ ｒｓ２２２８１４５（これは染色体１ｑ２１上のＩＬ－６ｒ遺伝子のエクソン９に位置する）は、ＩＬ－６Ｒの細胞外ドメイン内のＡｓｐ３５８Ａｌａ置換を表す。患者のトシリズマブ感受性を決定し、この遺伝子座においてそれらの遺伝子型と比較した（表１８）。この実験により、ｒｓ２２２８１４５においてＡ／Ａハプロタイプを有することがトシリズマブに対する応答を予測することが示された。この効果は非Ａ／Ａハプロタイプにおける、より高いｓＩＬ－６Ｒレベルに起因し得る。
患者のトシリズマブ感受性を決定し、ＩＬ－６Ｒにおける４つのさらなるＳＮＰ遺伝子座においてそれらの遺伝子型と比較した（表１９）。
追加の表
等価物
本発明の他の実施形態は、本明細書の考察または本明細書に開示されている本発明の実施から当業者には明らかとなろう。本発明は特定の態様を参照して開示されているが、本発明の真の思想と範囲から逸脱することなく、当業者が本発明の他の態様および変形を考案し得ることは明らかである。添付の特許請求の範囲はかかる態様および等価な変形のすべてを包含するものと解釈されるべきである。

Claims (26)

  1. 対象のｓＩＬ－６Ｒレベルを評価することを含む、ＩＬ６受容体阻害剤に対する対象の応答性を評価または予測する方法であって、参照レベルより低いｓＩＬ－６ＲレベルがＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性を示す、方法。
  2. 前記対象が、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を有する、有するリスクがある、または発症すると予測される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記対象が、ＣＲＳを発症する前、またはＣＲＳを有すると同定される前にｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記対象がＣＲＳの発症の後、またはＣＲＳを有するとして同定される後にｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される、請求項１または２に記載の方法。
  5. 前記対象がＣＡＲ発現細胞療法で処置されている、請求項１－４のいずれか一項に記載の方法。
  6. ＣＡＲ発現細胞療法が複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞を含む、請求項５に記載の方法。
  7. 前記対象がＣＤ１９阻害療法または枯渇療法で処置されている、請求項１－４のいずれか一項に記載の方法。
  8. ＣＤ１９阻害療法または枯渇療法が、抗ＣＤ１９抗体を含む、請求項７に記載の方法。
  9. 抗ＣＤ１９抗体が二重特異性抗ＣＤ１９抗体である、請求項８に記載の方法。
  10. 二重特異性抗ＣＤ１９抗体が、ＣＤ１９を標的とする二重特異性Ｔ細胞エンゲージャである、請求項９に記載の方法。
  11. ＣＤ１９を標的とする二重特異性Ｔ細胞エンゲージャが、ブリナツモマブである、請求項１０に記載の方法。
  12. ＣＤ１９阻害療法または枯渇療法が、ＣＤ１９ ＣＡＲ発現細胞を含む、請求項７に記載の方法。
  13. ＣＤ１９阻害療法または枯渇療法が、ＣＴＬ０１９療法である、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記対象がＣＤ１９阻害療法または枯渇療法の投与の前にｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される、請求項４－１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記対象がＣＤ１９阻害療法または枯渇療法の投与後にｓＩＬ－６Ｒレベルについて試験される、請求項４－１３のいずれか一項に記載の方法。
  16. ＩＬ６受容体阻害剤がトシリズマブである、請求項１－１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記対象が、ＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いとして同定され、かつＩＬ６受容体阻害剤に対して感受性であると同定された対象についての通常の処置経過と比較して１もしくは複数の追加用量、またはより高用量のＩＬ６受容体阻害剤で処置される、請求項１－１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. ＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いとして同定された対象が、少なくとも２、３、または４用量のＩＬ６受容体阻害剤で処置される、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記対象が、トシリズマブなどのＩＬ６受容体阻害剤に対する感受性が低いとして同定され、かつＩＬ６受容体阻害剤以外のＣＲＳ療法で処置される、請求項１－１６のいずれか一項に記載の方法。
  20. ＩＬ６受容体阻害剤以外のＣＲＳ療法が、バゼドキシフェン、ｓｇｐ１３０遮断剤、血管作動性薬剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、または機械的人工換気を含む、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記対象が、がんを有する、請求項１－２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記がんが血液がんである、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記がんが、Ｂ－細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ－細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞新生物、またはワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症である、請求項２１または２２に記載の方法。
  24. 前記がんが、ＣＤ１９発現と関連する、請求項２１－２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. ｓＩＬ－６Ｒレベルが、前記対象から得られたサンプルにおいて評価される、請求項１－２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記サンプルが血液サンプルである、請求項２５に記載の方法。
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