JP2022166232A - トリプトファン代謝経路調節剤を含む免疫療法の方法および組成物 - Google Patents

トリプトファン代謝経路調節剤を含む免疫療法の方法および組成物 Download PDF

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Abstract

【課題】免疫療法と、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与とを伴う治療方法を提供する。【解決手段】（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にＴ細胞療法を投与する工程、ならびに；（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程を含む治療方法であって、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与がＴ細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階の1日より前の時点で開始される、治療方法。いくつかの態様において、操作されたＴ細胞（例えば、キメラ抗原受容体（CAR）発現細胞など）と、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えば、酵素の阻害剤など）との投与を伴う併用療法を含む。【選択図】図１Ａ

Description

関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み入れられる、「トリプトファン代謝経路調節剤を含む免疫療法の方法および組成物」と題する、2016年10月13日に出願された米国仮特許出願第62/407,776号、および「トリプトファン代謝経路調節剤を含む免疫療法の方法および組成物」と題する、2017年6月2日に出願された米国仮特許出願第62/514,767号の優先権を主張する。
配列表の参照による組み入れ
本出願は、電子形式の配列表と共に提出されている。配列表は、136キロバイトのサイズの、2017年10月12日に作成された735042007540SeqList.txtと題するファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により組み入れられる。
分野
本開示は、いくつかの局面では、養子細胞療法、例えばT細胞療法などの免疫療法を含む、ならびに代替トリプトファン代謝経路などのトリプトファンの代謝に関与する経路の調節剤、および/またはその成分もしくは代謝産物を含む方法、組成物および使用に関する。いくつかの態様では、調節剤は、キヌレニン経路を介してトリプトファンの代謝を促進する1つまたは複数の反応または成分の調節剤を含むキヌレニン経路調節剤、および/またはその代謝産物を含む。提供される方法、組成物および使用は、別の剤、例えば免疫療法剤、例えば治療用抗体、例えば多重特異性（例えばT細胞結合）抗体、および/または細胞療法、例えばキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞と組み合わせた、1つまたは複数のそのような調節剤（例えばそのような経路（複数可）における酵素の阻害剤）の投与または使用を含む併用療法のためのものを含む。また、提供される組成物および使用の中には、1つまたは複数のそのような調節剤を用いてまたはそれらを含むように処理、変更もしくは操作される、または処理、変更もしくは操作されている、操作された細胞などの1つまたは複数のそのような免疫療法剤がある。また、操作された細胞の中には、トリプトファン異化などのトリプトファン代謝に応答して細胞の免疫抑制活性に関与するタンパク質などの分子の発現、活性、または機能が改変、変更、破壊されたまたは影響を受けた細胞がある。また、操作された細胞を製造する方法、その方法における使用のための細胞、組成物、対象への投与方法、核酸、製品およびキットも提供される。いくつかの態様では、操作された細胞などの免疫療法剤、キヌレニンおよび/またはトリプトファン調節剤、ならびにそれらの投与のための説明書を含む組み合わせが提供される。いくつかの局面では、方法および細胞の特徴は、養子細胞療法のための細胞または免疫療法剤によって動員される内因性免疫細胞の活性、機能、持続性、拡大および/または増殖の増加または改善を提供する。
背景
免疫療法には様々な戦略が利用可能であり、例えば養子療法のために、操作されたT細胞を投与することが利用できる。例えば、CARなどの遺伝子操作された抗原受容体を発現するT細胞を操作し、そのような細胞を含む組成物を対象に投与するための戦略が利用可能である。細胞療法のための改善された戦略が必要とされている。例えば、いくつかの状況では、1つまたは複数の局面で投与後の細胞またはアウトカムの改善、例えば対象への投与時の細胞の持続性、活性および/または増殖の改善を伴う戦略が望ましい。そのような必要性を満たす方法、細胞、組成物、キット、およびシステムがいくつかの態様において提供される。
概要
T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法における免疫細胞活性の増殖および/または活性を増強または調節する方法が本明細書で提供される。いくつかの態様では、方法は一般に、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法と、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤との併用療法を投与することを含む。
（a）疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供され、ここで、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、T細胞療法の投与開始の1日より前の時点で開始される。
T細胞療法の開始の1日より前の時点で開始される治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を以前に投与されたことがある、疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与することを含む治療方法が本明細書で提供される。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、T細胞療法の投与開始前2日、3日、6日、12日、15日、30日、60日もしくは90日もしくはそれ以上の日数以内、またはおよそ前記日数以内の時点で開始される。いくつかの態様では、この方法は、T細胞療法の投与開始と同時またはその後に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与を継続することをさらに含む。いくつかの態様では、方法は、治療細胞療法の投与に続いてトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することをさらに含む。
（a）疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに（b）T細胞療法の投与開始後に治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供される。また、以前にT細胞療法を投与されたことがある、癌を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む治療方法も提供される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される。
いくつかの態様では、T細胞を含む組成物の投与開始前に、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与は、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
（a）疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供され、ここで、対象は、T細胞を含む組成物の投与開始前に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与は、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
T細胞療法を投与されたことがある、疾患または状態を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む治療方法が本明細書で提供され、ここで、対象は、T細胞を含む組成物の投与開始前に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になったており、ここで、任意でそのような事前投与は免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
いくつかの態様では、疾患または状態は癌である。
いくつかの態様では、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前に、開始と同時に、および/または開始後に投与される。いくつかの態様では、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、T細胞療法の投与開始前2日、3日、6日、12日、15日、30日、60日もしくは90日もしくはそれ以上の日数以内、またはおよそ前記日数以内の時点で開始される。
いくつかの態様では、方法はまた、T細胞療法の投与開始に続いて（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点：T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；ならびに/またはT細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で、投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点：T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少している時点；血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後に対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大数と比較して1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍もしくは100倍もしくはそれ以上より大きく、または約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約50倍もしくは約100倍もしくはそれ以上より大きく減少している時点；ならびに/またはT細胞療法の細胞のピークまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能になった後の時点で、対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が対象の血液中の全末梢血単核細胞（PBMC）の10％未満、5％未満、1％未満もしくは0.1％未満である時点；IFN-γのレベルが、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で、投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。いくつかの態様では、生物学的試料は、血清もしくは血漿もしくは腫瘍の試料であるか、または腫瘍である。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝産物は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はIDO1の阻害剤であり、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のIDO1の発現または活性の増加が存在する時点で、IDO1のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、癌はIDO1陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象はIDO1陽性腫瘍の発現について選択されておらず；ならびに/または癌はTDO陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象はTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない。いくつかの態様では、癌はIDO1陰性腫瘍を含み、および/または対象はIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、癌はT細胞療法の投与開始前にIDO1陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象はT細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されておらず；ならびに/または癌はT細胞療法の投与開始前にTDO陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象はT細胞療法の投与開始前にTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない。いくつかの態様では、癌はT細胞療法の投与開始前にIDO1陰性腫瘍を含み、および/または対象はT細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない。
（a）疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程、ここで、癌はT細胞療法の投与開始前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象はT細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない；ならびに（b）IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供される。
また、IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を、T細胞療法を投与されたことがある、癌を有する対象に投与することを含む治療方法も本明細書で提供され、ここで、癌はT細胞療法の投与開始前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象はT細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない。
また、IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を投与されたことがある、癌を有する対象に、T細胞療法を投与することを含む治療方法も本明細書で提供され、ここで、癌は、T細胞療法の投与開始前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象はT細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない。
いくつかの態様では、疾患または状態は癌である。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前に、開始と同時に、および/または開始後に投与される。
いくつかの態様では、T細胞を含む組成物の投与開始前に、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、ここで、任意でそのような事前投与は免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
いくつかの態様では、この方法はまた、T細胞療法の投与開始に続いて（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点：T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；ならびに/またはT細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で、投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始前0～96時間、0～72時間、0～48時間、0～24時間、0～12時間もしくは0～6時間もしくは0～2時間に、またはおよそ前記期間に投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始前96時間、72時間、48時間、24時間、12時間、6時間、2時間もしくは1時間以内に投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
（a）疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供され、ここで、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含む。
T細胞療法を投与されたことがある、癌を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む治療方法も本明細書で提供され、ここで、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2- ［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含む。
また、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与されたことがある、癌を有する対象に、T細胞療法を投与することを含む治療方法も本明細書で提供され、ここで、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、疾患または状態は癌である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、対象への投与時に、T細胞療法は、T細胞療法の開始前の対象におけるIFNγのレベルと比較して、腫瘍の局所環境または対象の血清もしくは血漿試料中での対象におけるIFNγのレベルの増加または上昇を引き起こす。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法またはリガンドに特異的に結合する組換え受容体を発現する遺伝子操作された細胞を含むT細胞療法であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞療法は、リガンドに特異的に結合する組換え受容体を発現する遺伝子操作された細胞であるかまたはそれを含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、遺伝子操作された細胞はまた、1つもしくは複数の活性もしくはアウトカムもしくは作用に関連するタンパク質または他の因子もしくは分子、および/またはそのようなタンパク質もしくは因子をコードする核酸の発現、存在または活性に影響を及ぼす改変も含む。いくつかの局面では、活性、アウトカム、または作用は、トリプトファン欠乏またはトリプトファン飢餓に関連する、それを感知することに関与する、またはそれによって促進されるものを含み得る。いくつかの局面では、活性、アウトカム、または作用は、キヌレニンまたは1つもしくは複数のキヌレニン経路代謝産物の量もしくは濃度および/またはキヌレニン媒介免疫抑制の増加、ならびに/または細胞もしくは環境中のトリプトファン/キヌレニン比の低下に関連する、それらを感知することに関与する、またはそれらによって促進されるものを含み得る。いくつかの態様では、タンパク質または因子は、トリプトファン飢餓および/またはキヌレニン媒介免疫抑制作用、例えば腫瘍環境におけるT細胞機能を制限し得るものなどを感知することに関与または関連するタンパク質であるかまたはそれを含む。そのような作用は、T細胞の活性もしくは機能の阻害もしくは抑制、および/またはTregの機能、レベルもしくは活性の促進を含み得る。いくつかの態様では、タンパク質または因子は、細胞および/または隣接細胞におけるIDO誘導性の免疫抑制作用に関与する。
疾患または状態を有する対象に遺伝子操作されたT細胞を投与することを含む治療方法が本明細書で提供され、ここで、遺伝子操作されたT細胞は、（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体、ならびに（ii）細胞におけるトリプトファン飢餓および/もしくはキヌレニン媒介免疫抑制を感知することに関与もしくは関連するタンパク質、および/またはIDO媒介免疫抑制作用に関連するタンパク質の発現の改変を含む。
また、疾患または状態を有する対象に遺伝子操作されたT細胞を投与することを含む治療方法も本明細書で提供され、ここで、遺伝子操作されたT細胞は、（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体ならびに（ii）組換え、操作された、および/もしくは異所性に発現されたアミノ酸輸送体もしくはその鎖またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体を含む。いくつかの態様では、方法はまた、（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与することを含む。
（a）疾患または状態を有する対象に、（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体、ならびに（ii）細胞におけるトリプトファン飢餓および/もしくはキヌレニン媒介免疫抑制作用を感知することに関与もしくは関連するタンパク質、および/またはIDO媒介免疫抑制作用に関連するタンパク質の発現の改変を含む遺伝子操作されたT細胞を投与する工程；ならびに（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程を含む治療方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、疾患または状態は癌である。
いくつかの態様では、対象は、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc；CD98hc；SLC3A2）、および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の発現に対して陽性の腫瘍を有する、またはLAT1、LAT2、CD98hc、および/もしくはPAT4の発現について陽性である腫瘍微小環境中の細胞を有するとして選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝産物は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与開始後に投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、タンパク質または因子は、mTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である。
いくつかの態様では、T細胞を含む組成物の投与開始前に、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、ここで、任意でそのような事前投与は免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前に、開始と同時に、および/または開始後に投与される。いくつかの態様では、T細胞療法の投与開始後にトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点：T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；ならびに/またはT細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で、投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始前0～96時間、0～72時間、0～48時間、0～24時間、0～12時間もしくは0～6時間もしくは0～2時間に、またはおよそ前記期間に投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始前96時間、72時間、48時間、24時間、12時間、6時間、2時間もしくは1時間以内に投与される。
いくつかの態様では、改変は、分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、分子は、mTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である。
いくつかの態様では、分子は、アミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はトリプトファン輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体もしくはその鎖は、rBAT（SLC3A1）、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、Asc型アミノ酸輸送体1（Asc-1；SLC7A10）、ナトリウムおよびクロライド依存性の中性および塩基性アミノ酸輸送体B（0＋）（ATB0,＋；SLC6A14）、ナトリウム依存性の中性アミノ酸輸送体B（0）AT1（B（0）AT1；SLC6A19）、モノカルボン酸輸送体10（TAT1；SLC16A10）、ならびにプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）もしくはその一部の1つまたは複数の中から選択される。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、配列番号36～44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列もしくはその一部、または配列番号36～44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列もしくはその一部を含む。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、およびプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の1つもしくは複数またはその一部の中から選択される。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、配列番号37～39および44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列もしくはその一部、または配列番号37～39および44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列もしくはその一部を含む。いくつかの態様では、細胞における分子の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、改変は、タンパク質またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、細胞におけるタンパク質の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、タンパク質または因子は、GCN2キナーゼ、BLIMP-1、アリール炭化水素受容体（AHR）またはAHR核輸送体（ARNT）である。いくつかの態様では、分子は、GCN2キナーゼ、BLIMP-1、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核輸送体（ARNT）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、またはCCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、およびIFNγ-R2の中から選択される。いくつかの態様では、分子はGCN2またはCHOPである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、改変は分子の発現低下を含む。いくつかの態様では、操作された細胞は、分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む。いくつかの態様では、細胞における分子の発現は、作用物質または遺伝子破壊の非存在下での細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下している。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、方法は、阻害性核酸を細胞に導入し、それによって分子の発現の低下をもたらすことを含む。いくつかの態様では、操作された細胞は阻害性核酸を含み、この阻害性核酸はRNA干渉物質を含む。いくつかの態様では、阻害性核酸は、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適合shRNA、短いヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA（miRNA前駆体）もしくはマイクロRNA（miRNA）であるかまたはそれを含むかまたはコードする。いくつかの態様では、この方法は、阻害性核酸をコードするまたは産生する核酸を細胞に導入し、それによって分子の発現の低下をもたらすことを含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、阻害性核酸の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、操作された細胞は遺伝子破壊を含み、ここで、破壊は分子をコードする遺伝子をDNAレベルで破壊することを含み、および/または破壊は可逆性ではなく、および/または破壊は一過性ではない。いくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子に特異的に結合するかまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を細胞に導入することを含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、破壊は、（a）DNAを標的とするタンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質、または（b）RNAガイドヌクレアーゼを導入することを含む。いくつかの態様では、DNAを標的とするタンパク質またはRNAガイドヌクレアーゼは、その遺伝子に特異的なジンクフィンガータンパク質（ZFP）、TALタンパク質、またはCRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic nucleic acid）を含む。いくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子に特異的に結合するか、それを認識するか、またはそれにハイブリダイズするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR-Cas9の組み合わせを含む作用物質を細胞に導入することを含む。いくつかの態様では、作用物質はCRISPR-Cas9の組み合わせであり、CRISPR-Cas9の組み合わせは、遺伝子内の標的配列と相補的であるおよび/またはそれにハイブリダイズすることができるガイド配列を含むガイドRNA（gRNA）を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、遺伝的破壊は誘導性である。いくつかの態様では、CRISPR-Cas9複合体は誘導性CRISPR-Cas9であり、および/またはCas9は条件付きプロモーターもしくはエンハンサーもしくはトランス活性化因子の制御下にある。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子の少なくとも1つのエクソンの少なくとも一部分の欠失を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、破壊は、遺伝子内に中途終止コドンの存在をもたらす遺伝子内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含み、ならびに/または破壊は、分子をコードする遺伝子の第一もしくは第二エクソン内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子は、誘導性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子、または抑制性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子である。いくつかの態様では、プロモーターは、RNA pol I、pol IIまたはpol IIプロモーターの中から選択される。いくつかの態様では、プロモーターは、U6もしくはH1プロモーターであるpol IIIプロモーター、またはCMV、SV40初期領域もしくはアデノウイルス主要後期プロモーターであるpol IIプロモーターから選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、プロモーターは誘導性プロモーターである。いくつかの態様では、プロモーターは、Lacオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列を含むか、またはその類似体である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、プロモーターは抑制性プロモーターである。いくつかの態様では、プロモーターは、Lacリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサーによって結合され得るか、またはその類似体である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体は、機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、CARは、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域はCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、CARは共刺激シグナル伝達領域も含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28もしくは4-1BBもしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域はCD28のシグナル伝達ドメインである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、組換え受容体はトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である。いくつかの態様では、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、癌に関連する抗原を認識するかまたは標的とする。いくつかの態様では、組換え受容体は、癌に関連する抗原に結合するか、それを認識するかまたは標的とする。いくつかの態様では、抗原は、ROR1、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、ErbB3、ErbB4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、MAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、およびサイクリンA1（CCNA1）から選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、癌はインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象はIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない。いくつかの態様では、癌は、T細胞療法の投与開始前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象は、T細胞療法の投与開始前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない。いくつかの態様では、癌は、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc；CD98hc；SLC3A2）、および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の発現に対して陽性の腫瘍を含むか、または癌は、LAT1、LAT2、CD98hc、および/もしくはPAT4の発現について陽性である腫瘍微小環境中の細胞を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、癌は骨髄腫、リンパ腫、白血病である。いくつかの態様では、癌は、非ホジキンリンパ腫（NHL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、および骨髄腫である。いくつかの態様では、癌はB細胞抗原を発現しないか、またはB細胞悪性腫瘍ではない。いくつかの態様では、癌はCD19を発現せず、および/またはT細胞療法はCD19に特異的に結合する組換え受容体を含まず、および/またはT細胞療法は抗CD19抗原結合ドメインを含まないCAR-T細胞療法である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、癌は非血液癌または固形腫瘍である。
いくつかの態様では、本発明の方法は、T細胞療法の投与を含むがトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の非存在下で投与される方法と比較して、またはIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含まない細胞が投与される方法と比較して、腫瘍中または対象由来の生物学的試料中、任意で血清、血漿もしくは腫瘍試料中のトリプトファンレベルの増加および/またはキヌレニンレベルの減少をもたらす。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、T細胞療法がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、対象において増大したまたは長期的な拡大および/または持続性を示す。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、経口投与、皮下投与または静脈内投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は経口投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、それぞれ両端の値を含む、2.5mg～5000mg、2.5mg～2000mg、2.5mg～1000mg、2.5mg～500mg、2.5mg～200mg、2.5mg～100mg、2.5mg～50mg、2.5mg～25mg、2.5mg～10mg、25mg～5000mg、25mg～2000mg、25mg～1000mg、25mg～500mg、25mg～200mg、25mg～100mg、25mg～50mg、50mg～5000mg、50mg～2000mg、50mg～1000mg、50mg～500mg、50mg～200mg、50mg～100mg、100mg～5000mg、100mg～2000mg、100mg～1000mg、100mg～500mg、100mg～200mg、200mg～5000mg、200mg～2000mg、200mg～1000mg、200mg～500mg、500mg～5000mg、500mg～2000mg、500mg～1000mgもしくは1000mg～2000mgの量で、またはおよそ前記の量で投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回または1日1回投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、少なくとも5mg/日、10mg/日、25mg/日、50mg/日、100mg/日、200mg/日、400mg/日、500mg/日、600mg/日、800mg/日、1000mg/日、1200mg/日、1600mg/日、2000mg/日、5000mg/日もしくは10000mg/日の総一日投与量で、または少なくともおよそ前記の総一日投与量で投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、T細胞療法の投与開始後、以下の時点まで：トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与直前と比較して、またはT細胞療法の投与開始の直前と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの増加、キヌレニンレベルの減少および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の減少が存在するまで；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与直前の先行する時点での対象におけるものと比較して、またはT細胞療法の投与後の先行する時点と比較して増加するまで；血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大数の2.0倍以内（おおよそ）になるまで；ならびに/または対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、対象の血液中の全末梢血単核細胞（PBMC）の10％、15％、20％、30％、40％、50％、もしくは60％を超える、またはおよそ前記割合を超えるまで、継続される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点まで：対象の血液中の操作された細胞の濃度もしくは数が、（i）1マイクロリットル当たり少なくとも10個もしくは少なくとも約10個の操作された細胞、（ii）末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも20％、30％、40％もしくは50％、（iii）少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個の操作された細胞であるか、または（iv）血液がDNA 1マイクログラム当たり少なくとも5,000コピーの組換え受容体コードDNAを含むまで；ならびに/または（a）の投与開始後90日目に、CAR発現細胞が対象の血液もしくは血清中で検出可能になるまで；ならびに/または（a）の投与開始後90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含むまで、投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与開始後、最大2日間、最大7日間、最大14日間、最大21日間、最大1ヶ月間、最大2ヶ月間、最大3ヶ月間、最大6ヶ月間または最大1年間までの期間投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法はCD4＋またはCD8＋であるT細胞を含む。いくつかの態様では、T細胞療法は、対象に対して自己由来である細胞を含む。いくつかの態様では、T細胞療法は、対象に対して同種異系であるT細胞を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、腫瘍微小環境におけるIDO1発現を上方制御する量で投与される。いくつかの態様では、IDO1発現は、骨髄細胞、間質細胞、または腫瘍細胞においてまたはそれらから上方制御される。いくつかの態様では、IDO1発現は、骨髄間質細胞においてまたは骨髄間質細胞から上方制御される。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、細胞療法は、それぞれ両端の値を含む、対象の体重1kg当たり0.5×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくは約0.5×106細胞/kg～約5×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり0.5×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくは約0.5×106細胞/kg～約3×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり0.5×106細胞/kg～2×106細胞/kgもしくは約0.5×106細胞/kg～約2×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり0.5×106細胞/kg～1×106細胞/kgもしくは約0.5×106細胞/kg～約1×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり1.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくは約1.0×106細胞/kg～約5×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり1.0×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくは約1.0×106細胞/kg～約3×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり1.0×106細胞/kg～2×106細胞/kgもしくは約1.0×106細胞/kg～約2×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり2.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくは約2.0×106細胞/kg～約5×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり2.0×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくは約2.0×106細胞/kg～約3×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり3.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくは約3.0×106細胞/kg～約5×106細胞/kgの細胞数を含有する用量の投与を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、投与される細胞の用量は、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤を投与せずに細胞療法が投与される方法、または細胞が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含まない方法における用量よりも少ない。いくつかの態様では、用量は少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍または10倍少ない。
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、細胞を含む単一の薬学的組成物として投与される。いくつかの態様では、T細胞療法は、分割用量である細胞用量を含み、前記用量の細胞は、3日以内の期間にわたって前記用量の細胞を集合的に含む複数の組成物中で投与される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、方法は、T細胞療法の投与の前にリンパ枯渇化学療法を投与することをさらに含む。いくつかの態様では、この方法は対象にフルダラビンを投与することを含まない。本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、提供される方法は、T細胞療法の投与の前にリンパ枯渇化学療法を対象に投与することを含まない。
いくつかの態様では、組換え受容体は、組換え受容体をコードする第一の核酸配列を細胞に導入する工程、ならびに細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたは改変に関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を細胞に導入する工程によって操作されている。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は、1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は2つのポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸および第二の核酸（複数可）は、任意でウイルスベクター（複数可）である1つまたは複数のベクターに含まれる。
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与するための疾患または状態を有する対象を選択する方法が本明細書で提供され、この方法は、（a）T細胞療法による治療の候補である対象由来の1つまたは複数の生物学的試料中のトリプトファンもしくはトリプトファン代謝産物のレベル、IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルを評価する工程；ならびに（b）（i）試料中のトリプトファンのレベルが閾値レベルを下回る；（ii）トリプトファン代謝産物のレベルが閾値レベルを上回る；（iii）IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベルが閾値レベルを上回る；または（iv）IFNγのレベルが閾値レベルを上回る対象を選択する工程を含む。
いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法の投与の前に得られる。
いくつかの態様では、方法はまた、T細胞療法を対象に投与することを含む。いくつかの態様では、方法はまた、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を選択された対象に投与することを含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前または開始と同時に選択された対象に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与開始後に投与される。
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与するための疾患または状態を有する対象を選択する方法が本明細書で提供され、この方法は、（a）T細胞療法を投与されたことがある対象から得られた1つまたは複数の生物学的試料中のトリプトファンもしくはトリプトファン代謝産物のレベル、IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルを評価する工程；ならびに（b）（i）試料中のトリプトファンのレベルが閾値レベルを下回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して減少している；（ii）トリプトファン代謝産物のレベルが閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している；（iii）IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベルが閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している；または（iv）IFNγのレベルが閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している対象を選択する工程を含む。
いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法の投与後に得られる。いくつかの態様では、方法はまた、評価の前に、細胞療法を対象に投与することを含む。いくつかの態様では、方法はまた、キヌレニン経路調節剤を対象に投与することを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点：T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；ならびに/またはT細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で、投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される。
いくつかの態様では、疾患または状態は癌である。
いくつかの態様では、IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルが、T細胞療法の投与開始前の時点で評価されたレベルと比較して増加している場合、対象は選択される。いくつかの態様では、試料中のトリプトファンのレベルが、閾値レベルを下回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点で評価されたレベルと比較して減少している場合、対象は選択される。
いくつかの態様では、閾値レベルは、複数の対照対象由来の生物学的試料における平均レベル、濃度もしくは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内もしくは5％以内であり、および/または平均レベル、濃度もしくは量の標準偏差内である。いくつかの態様では、対照対象は、健康なもしくは正常な対象、癌を有さない対象、および/またはT細胞療法の投与を受ける前の対象である。
いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、評価の前に、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、ここで、任意でそのような事前投与は免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた。
いくつかの態様では、生物学的試料は、血清、血漿または腫瘍試料であるかまたはそれから得られる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝産物は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
いくつかの態様では、T細胞は、機能的非T細胞受容体である、リガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体は、機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、CARは、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域はCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、CARは共刺激シグナル伝達領域も含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28もしくは4-1BBもしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域はCD28のシグナル伝達ドメインである。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、組換え受容体はトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である。いくつかの態様では、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。
本明細書の態様のいずれかのいくつかの態様では、T細胞療法は、癌に関連する抗原を認識するかまたは標的とする。いくつかの態様では、組換え受容体は、癌に関連する抗原に結合するか、それを認識するかまたは標的とする。いくつかの態様では、抗原は、ROR1、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、ErbB3、ErbB4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、MAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、およびサイクリンA1（CCNA1）から選択される。
（a）リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体；ならびに（b）細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含む操作された細胞が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、分子は、mTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である。
（a）リガンドに特異的に結合する組換え受容体；ならびに（b）細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含む操作された細胞が提供される。
いくつかの態様では、改変は、分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の細胞における組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、分子は、mTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である。
いくつかの態様では、分子は、アミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体である。
また、（a）リガンドに特異的に結合する組換え受容体；ならびに（b）組換え、操作された、および/もしくは異所性に発現されたアミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体を含む操作された細胞が提供される。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はトリプトファン輸送体である。いくつかの態様では、T（SLC3A1）、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、Asc型アミノ酸輸送体1（Asc-1；SLC7A10）、ナトリウムおよびクロライド依存性の中性および塩基性アミノ酸輸送体B（0＋）（ATB0,＋；SLC6A14）、ナトリウム依存性の中性アミノ酸輸送体B（0）AT1（B（0）AT1；SLC6A19）、モノカルボン酸輸送体10（TAT1；SLC16A10）、ならびにプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）、またはその一部。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、配列番号36～115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列、または配列番号36～115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、およびプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）またはその一部の1つまたは複数の中から選択される。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体またはその鎖は、配列番号37～39および115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列、または配列番号37～39および115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、細胞における分子またはアミノ酸輸送体の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
いくつかの態様では、分子は、GCN2キナーゼ、BLIMP-1、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核輸送体（ARNT）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、またはCCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、およびIFNγ-R2の中から選択される。いくつかの態様では、分子はGCN2またはCHOPである。
いくつかの態様では、改変は、分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の細胞における組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、細胞における分子の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
いくつかの態様では、分子は、GCN2キナーゼ、アリール炭化水素受容体（AHR）またはAHR核輸送体（ARNT）である。
いくつかの態様では、改変は細胞における分子の発現低下を含む。いくつかの態様では、操作された細胞は、分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む。いくつかの態様では、細胞における分子の発現は、阻害性核酸または遺伝子破壊の非存在下での細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下している。
いくつかの態様では、細胞は阻害性核酸を含み、それによって分子の発現の低下をもたらす。いくつかの態様では、阻害性核酸はRNA干渉物質を含む。いくつかの態様では、阻害性核酸は、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適合shRNA、短いヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA（miRNA前駆体）もしくはマイクロRNA（miRNA）であるかまたはそれを含むかまたはコードする。いくつかの態様では、阻害性核酸の発現は、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある。
いくつかの態様では、操作された細胞は、分子をコードする破壊された遺伝子、分子をコードする遺伝子を破壊するための作用物質および/または分子をコードする遺伝子の破壊を含む。いくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子をDNAレベルで破壊することを含み、および/または破壊は可逆性ではなく、および/または破壊は一過性ではない。
いくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子に特異的に結合するかまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸によって媒介される。いくつかの態様では、破壊は、（a）DNAを標的とするタンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質、または（b）RNAガイドヌクレアーゼによって媒介される。いくつかの態様では、破壊は、遺伝子編集ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic nucleic acid）/Cas9によって媒介される。いくつかの態様では、破壊はCRISPR/Cas9によって媒介され、CRISPR/Cas9は、遺伝子内の標的配列と相補的であるおよび/またはそれにハイブリダイズすることができるガイド配列を含むガイドRNA（gRNA）を含む。
いくつかの態様では、遺伝的破壊は条件付きまたは誘導性である。いくつかの態様では、CRISPR-Cas9複合体は誘導性CRISPR-Cas9であり、および/またはCas9は条件付きプロモーターもしくはエンハンサーもしくはトランス活性化因子の制御下にある。
いくつかの態様では、破壊は、分子をコードする遺伝子の少なくとも1つのエクソンの少なくとも一部分の欠失を含む。いくつかの態様では、破壊は、遺伝子内に中途終止コドンの存在をもたらす遺伝子内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含み；ならびに/または破壊は、分子をコードする遺伝子の第一もしくは第二エクソン内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含む。
いくつかの態様では、RNA pol I、pol IIまたはpol IIIプロモーターなどの、誘導性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子、または抑制性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子である。いくつかの態様では、プロモーターは、U6もしくはH1プロモーターであるpol IIIプロモーター、またはCMV、SV40初期領域もしくはアデノウイルス主要後期プロモーターであるpol IIプロモーターから選択される。
いくつかの態様では、プロモーターは誘導性プロモーターである。いくつかの態様では、プロモーターはNFκBまたはNFATに対する結合部位を含む。いくつかの態様では、プロモーターは、Lacオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列を含むか、またはその類似体である。
いくつかの態様では、プロモーターは抑制性プロモーターである。いくつかの態様では、プロモーターは、Lacリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサーによって結合され得るか、またはその類似体である。
いくつかの態様では、細胞はT細胞である。いくつかの態様では、T細胞はCD8＋T細胞である。いくつかの態様では、T細胞はCD4＋T細胞である。いくつかの態様では、細胞はナチュラルキラー（NK）細胞である。いくつかの態様では、細胞はiPS由来細胞である。
いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体は、機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。
いくつかの態様では、CARは、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。
いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域はCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む。
いくつかの態様では、CARは共刺激シグナル伝達領域も含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28もしくは4-1BBもしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域はCD28のシグナル伝達ドメインである。
いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体は組換え受容体である。
いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体はトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である。
いくつかの態様では、細胞は、組換え受容体をコードする第一の核酸配列を細胞に導入する工程、ならびに細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたはそれに関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を細胞に導入する工程によって操作されている。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は、1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は2つのポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は、任意でウイルスベクター（複数可）である1つまたは複数のベクターに含まれる。
本明細書に記載の操作された細胞のいずれかを含む組成物もまた、本明細書で提供される。組成物のいくつかの態様では、細胞はCD4＋またはCD8＋細胞である。いくつかの態様では、組成物は薬学的に許容される担体も含む。
任意でT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）である、リガンドに結合する組換え受容体を発現する遺伝子操作された細胞；ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を含む組み合わせも本明細書で提供される。
また、本明細書に記載の操作された細胞のいずれかまたは本明細書に記載の組成物のいずれかと、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤とを含む組み合わせも本明細書で提供される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の酵素および/もしく代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/もしくは作用を妨げるもしくは低減する、ならびに/またはキヌレニン/トリプトファン比を低下させる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝産物は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
いくつかの態様では、本明細書に提供される組み合わせは、キットなどの製品として包装される。いくつかの態様では、製品および/またはキットは、操作された細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与を提供する説明書または文献をさらに含む。
免疫細胞を含む細胞の集団をトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤と接触させる工程；ならびに組換え受容体をコードする核酸を、組換え受容体が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程を含む、組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法も提供される。
いくつかの態様では、組換え受容体はリガンド、任意で抗原に結合する。いくつかの態様では、組換え受容体はT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、細胞の集団は末梢血単核細胞であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、細胞の集団はT細胞であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞はCD4＋および/またはCD8＋である。いくつかの態様では、細胞の集団は対象、任意でヒト対象から単離されている。
いくつかの態様では、接触は導入の前および/または導入の間に行われる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝産物は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファンである。
組換え受容体をコードする第一の核酸配列を、組換え受容体が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程；ならびに細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたはそれに関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を、作用物質が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程を含む、組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法も提供される。
また、組換え受容体をコードする第一の核酸配列を、組換え受容体が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程；ならびに組換え、操作された、および/もしくは異所性に発現されたアミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を導入する工程を含む、組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法も提供される。
いくつかの態様では、改変は、分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、改変は分子の発現低下を含む。いくつかの態様では、方法は、分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む。
いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は、1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は2つのポリヌクレオチドに含まれる。いくつかの態様では、第一の核酸配列および第二の核酸配列（複数可）は、任意でウイルスベクター（複数可）である1つまたは複数のベクターに含まれる。
いくつかの態様では、本明細書に提供される組み合わせはキットとして包装される。いくつかの態様では、キットはまた、操作された細胞およびトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与のための説明書を含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を、例えば治療上有効な用量で含むものなどの製品および/またはキットが提供される。いくつかの局面では、製品は、細胞療法、例えば操作されたT細胞療法などの療法を受けたことがあるまたは受ける予定である対象への調節剤（複数可）の投与を詳述する説明書および/または文献をさらに含む。いくつかの局面では、説明書または文献はさらに、疾患または状態を有する対象への投与を詳述し、ここで、疾患または状態または関連する細胞もしくは組織は、任意で療法の投与後に、IDOおよび/またはLAT-1などの1つもしくは複数のアミノ酸輸送体を発現することが確認されるかまたは確認されている。いくつかの態様では、説明書または文献は、細胞療法の投与の前提条件として、IDOの発現を示さず、および/または輸送体もしくは他のマーカーの発現を示さない。
実施例1に記載されるように、インターフェロンガンマ（IFNγ）により24時間または48時間にわたって刺激された後の、CD19を発現するA549腺癌細胞（CD19.A549）と、非刺激のCD19.A549細胞とにおける、フローサイトメトリーによって検出されたインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）の発現レベルを示す。 インターフェロンガンマ（IFNγ）により刺激された後のHCC1806ヒト乳癌細胞株、H2286ヒト小細胞肺癌細胞株、H1975ヒト非小細胞肺癌細胞株、H1299ヒト非小細胞肺癌リンパ節転移細胞株、BT-549ヒト乳癌細胞株、およびCD19を発現するA549腺癌細胞（A549.CD19）における、フローサイトメトリーによって検出されたIDO1発現レベルを示す。 インターフェロンガンマ（IFNγ）により刺激された後のDaudi細胞、CD19を発現するK562細胞（K562.CD19）、CD19を発現するA549細胞（A549.CD19）、BT-549ヒト乳癌細胞株およびHS-5ヒト骨髄間質細胞における、フローサイトメトリーによって検出されたIDO1発現レベルを示す。 実施例1に記載されるように、単独で培養されたCD19.A549細胞と比較して、抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養、または10μg/mLの抗IFNγ抗体と一緒での抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養を24時間または48時間のどちらかで行った後の、CD19を発現するA549腺癌細胞（CD19.A549）における、フローサイトメトリーによって検出されたIDO1発現レベルを示す。 単独で培養されたCD19.A549細胞と比較して、抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養物、または10μg/mLの抗IFNγ抗体と一緒での抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養物の、IDO1の平均蛍光強度（MFI）を表す棒グラフである。 抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養、または（0.75μg/mLから2.0μg/mLまでの）増大する濃度の抗インターフェロン-ガンマ受容体（IFNγR）抗体もしくはイソタイプ対照の非存在下（処理なし、no Tx）もしくは存在下での抗CD19 CAR T細胞との共培養の後のA549.CD19標的細胞における、フローサイトメトリーによって評価されたIDO1の平均蛍光強度（MFI）を示す。 抗CD19キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞、抗ROR1キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞、またはモック形質導入細胞との共培養を24時間行った後の、CD19を発現するA549腺癌細胞（A549.CD19）、または親のA549細胞における、フローサイトメトリーによって検出されたIDO1発現レベルを示す。 抗CD19 CAR＋T細胞またはモック形質導入細胞を、CD19を発現するA549腺癌細胞（A549.CD19）、または親のA549細胞と共培養した後の培養上清におけるIFNγ産生を示す。 内因性CD19を2つの異なるプロモーターの一方の制御のもとで発現するA549標的細胞におけるCD19発現レベルを示す。 内因性CD19を2つの異なるプロモーターの一方の制御のもとで発現するA549標的細胞と、抗CD19 CAR-T細胞、またはCAR-T細胞でない対照との共培養物からのIFNγ産生を示す。 フローサイトメトリーによって求められたIDO発現を、図1Jに記載される共培養物において表す。 様々な濃度の組換えヒトIFNγとともに培養されたCD19.A549細胞におけるIDO1発現を示す。 CD19.A549細胞と、抗CD19 CAR発現T細胞との共培養を、実施例2に記載されるように、0 nM、0.1 nM、10 nMおよび1000 nMのIDO1阻害剤（エパカドスタット）の存在下、0.3:1、1:1、または3:1のエフェクター-標的（E:T）比で行った培養上清における、ELISAによって測定されたトリプトファン濃度（μM）を示す。細胞を培養し、トリプトファンレベルを新鮮な培養培地のトリプトファンレベルと比較した。 CD19.A549細胞と、抗CD19 CAR発現T細胞との共培養を、実施例2に記載されるように、0 nM、0.1 nM、10 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、3:1のE:T比で行った培養上清における、ELISAによって測定されたキヌレニン濃度（μM）を示す。細胞を培養し、キヌレニンレベルを新鮮な培養培地のキヌレニンレベルと比較した。 抗CD19 CAR＋T細胞と、A549.CD19 IDO＋標的細胞との共培養を様々なエパカドスタット濃度の存在下で96時間行った後におけるトリプトファンおよびキヌレニンの濃度（μM）を示す。 CD19.A549細胞（IDO1＋）またはCD19.Daudi細胞（IDO1-）と、抗CD19 CAR発現T細胞との共培養を1:1のエフェクター:標的（E:T）の比で行った培養上清における、ELISAによって測定されたトリプトファンおよびキヌレニンの濃度（μM）を示す。 単独で24時間培養された場合（非処理）、または抗CD19 CAR発現T細胞とともに24時間培養された場合（α-CD19 CAR）でのA549.CD19細胞（IDO＋標的細胞）の培養上清におけるトリプトファンおよびキヌレニンの濃度（μM）を示す。 CD19発現A549標的細胞（CD19.A549）との共培養を、実施例3Aに記載されるように、0 nM、0.1 nM、10 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、0.3:1、1:1、または3:1のE:Tで行った後における抗CD19 CAR発現のCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞のT細胞増殖を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 図4Aおよび4Bは、CD19発現A549標的細胞（CD19.A549）との共培養を、実施例3Aに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下で行った後における、3名の異なる健常者ドナーから作製された抗CD19 CAR発現のCD4＋（図4A）またはCD8＋（図4B）のT細胞の平均分裂回数を示す。 図4Cは、3名の異なる健常者ドナーのうちの1名から作製された抗CD19 CAR発現T細胞を1:1のE:T比で、または、異なるドナーから作製された抗ROR1 CAR発現T細胞を3:1のE:T比で、250 nMのエパカドスタットの存在下で96時間、CD19.A549細胞と共培養した際のウエルあたりのCAR-T細胞の数を示す。 図5Aは、IDO1＋のA549標的細胞（CD19.A549）またはIDO1-のDaudi標的細胞（CD19.Daudi）との共培養を、実施例3Aに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、1:1のE:Tで行った後における抗CD19 CAR発現のCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞のT細胞増殖を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 図5Bおよび5Cは、IDO1＋のA549標的細胞またはIDO1-のDaudi標的細胞との共培養を、実施例3Aに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下で行った後における、抗CD19 CAR発現のCD4＋（図5B）またはCD8＋（図5C）のT細胞の平均分裂回数を示す。 CD19.A549細胞と、抗CD19 CAR発現T細胞との共培養を、実施例3Bに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、1:1のE:T比で行った培養上清における、TNFαアッセイキットによって測定された腫瘍壊死因子アルファ（TNFα）のレベル（pg/ml）を示す。 図7Aおよび7Bは、IDO1＋のA549標的細胞またはIDO1-のDaudi標的細胞との共培養を、実施例3Bに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下で行った後における抗CD19 CAR発現のCD4＋（図7A）またはCD8＋（図7B）のT細胞の、フローサイトメトリーによって検出されたCD25表面発現レベルを示す。 図8Aおよび8Bは、CD19発現A549標的細胞（CD19.A549）との共培養を、実施例3Bに記載されるように、0 nM、10 nM、100 nM、250 nM、500 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下で行った後における、3名の異なる健常者ドナーから作製された抗CD19 CAR発現のCD4＋（図8A）またはCD8＋（図8B）のT細胞の、フローサイトメトリーによって検出されたCD25表面発現レベルを示す。 図8Cは、0 nM、3.9 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、0.25:1のE:T比でおよそ340時間インキュベーションされた、抗CD19 CAR発現T細胞と共培養されたNucRed標識CD19.A549細胞のプロットから得られる曲線下面積（AUC）を示す。 増大する濃度のプリン類似体（フルダラビン）の存在下でのインターフェロンガンマ（IFNγ）による48時間の刺激を受けた、または受けていない、CD19を発現するA549腺癌細胞（CD19.A549）における、フローサイトメトリーによって検出されたIDO1発現レベルを示す。 増大する濃度のプリン類似体（フルダラビン）の存在下でのインターフェロンガンマ（IFNγ）による48時間の刺激を受けた、または受けていない、CD19を発現するA549腺癌細胞（CD19.A549）の培養物における生細胞の割合を示す。 48時間目に加えられた、0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μM、200μMまたは1000μMのフルダラビンの存在下、IFNγを伴って、または伴うことなく培養されたCD19.A549細胞における96時間にわたる生細胞％およびアネキシンV染色の結果を示す。 0μM、6.25μMまたは12.5μMのフルダラビンの存在下、IFNγを伴って、または伴うことなく培養されたCD19.A549細胞における96時間にわたるIDO1発現の平均蛍光強度（MFI）を示す。 図10Aは、共培養の開始時に加えられた、0 nM、10 nM、100 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、または、24時間毎に培養物に加えられた5μg/mLの補充トリプトファンの存在下、1:1のE:T比でCD19.A549と96時間インキュベーションされた抗CD19 CAR発現T細胞の共培養物におけるウエルあたりのCD3＋細胞の総数を示す。 図10B～10Eは、共培養物からのサイトカインの量を示す:GM-CSF（図10B）、IFNγ（図10C）、IL-2（図10D）、およびTNFα（図10E）。 図10Fおよび10Gは、共培養物中のCD4＋T細胞（図10F）およびCD8＋T細胞（図10G）におけるCD25発現の平均蛍光強度（MFI）を示す。 図11Aは、20ng/mLの組換えヒトIFNγにより24時間刺激されたHS-5ヒト骨髄間質細胞における、フローサイトメトリーによって検出されたインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）の発現レベルを示す。 図11Bは、フローサイトメトリーによって求められた、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）またはリポ多糖（LPS）により刺激されたときの樹状細胞（DC）およびマクロファージ（MΦ）におけるIDO1の平均蛍光強度（MFI）を示す。 Daudi細胞、K562細胞、HS-5細胞およびA549細胞における、フローサイトメトリーによって検出された、L型アミノ酸輸送体1（LAT1、これはヒトではSLC7A5遺伝子によってコードされる）の平均蛍光強度（MFI）を示す。 インターフェロンガンマ（IFNγ）により刺激された後のHCC1806ヒト乳癌細胞株、H2286ヒト小細胞肺癌細胞株、H1975ヒト非小細胞肺癌細胞株、H1299ヒト非小細胞肺癌リンパ節転移細胞株、BT-549ヒト乳癌細胞株、およびCD19を発現するA549腺癌細胞（A549.CD19）における、フローサイトメトリーによって検出されたLAT1発現レベルを示す。 フローサイトメトリーによって求められた、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）またはリポ多糖（LPS）により刺激されたときの樹状細胞（DC）およびマクロファージ（MΦ）におけるLAT1のMFIを示す。 HS-5ヒト骨髄間質細胞または標的細胞との共培養を1:1のE:T比で、またはHS-5細胞および標的細胞との共培養を1:1:1の比率で行った後におけるCAR発現T細胞のT細胞増殖を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 A549.CD19との共培養を、24時間毎の5μg/mLのトリプトファン補充とともに、または250 nMのエパカドスタットの存在下で96時間行った後における、3名の異なるドナーから作製された抗CD19 CAR発現細胞の各ウエルにおけるT細胞増殖を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 A549.CD19との共培養を、24時間毎の5μg/mLのトリプトファン補充とともに、または250 nMのエパカドスタットの存在下で96時間行った後における、3名の異なるドナーから作製された抗CD19 CAR発現細胞の各ウエルにおけるCAR T細胞数を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 標識されたCD4＋CAR＋T細胞を、CD19が形質導入されたK562ヒト骨髄性白血病標的細胞（CD19.K562）と、様々な濃度の補充トリプトファンの添加を伴う、または伴わないトリプトファン枯渇培地において共培養した際のCellTrace（商標）Violet色素の平均蛍光強度（MFI）を示す。トリプトファン含有培地を対照として用いた（Trp対照）。 標識されたCD8＋ CAR＋T細胞を、CD19が形質導入されたK562ヒト骨髄性白血病標的細胞（CD19.K562）と、様々な濃度の補充トリプトファンの添加を伴う、または伴わないトリプトファン枯渇培地において共培養した際のCellTrace（商標）Violet色素の平均蛍光強度（MFI）を示す。トリプトファン含有培地を対照として用いた（Trp対照）。 CD19.K562標的細胞の数を示す。 単独でのトリプトファン枯渇培地、または様々な濃度のトリプトファンが補充されたトリプトファン枯渇培地においてプレート結合抗イディオタイプアゴニスト抗体とともにインキュベーションされた抗CD19 CAR発現細胞の培養物からのCAR＋T細胞数を示す。 3名の異なるドナーから作製された抗CD19 CAR発現T細胞を用いる類似した研究からのCAR＋T細胞数（y軸）を示す。 0 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下で96時間インキュベーションされた抗CD19 CAR＋T細胞およびCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）の共培養での各ウエルにおけるCAR-T細胞数を示す。 24時間毎に加えられる補充トリプトファンを伴って、または伴うことなく、続いてさらに96時間培養された、エパカドスタットを伴わない共培養からの各ウエルにおけるCAR-T細胞数を示す。 エパカドスタットの非存在下での細胞培地において（処理なし（no Tx））、または250 nMのエパカドスタットを伴う細胞培地（エパカドスタット）において96時間にわたってCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と共培養され、その後、トリプトファンの補充を伴う、または伴わないトリプトファン枯渇培地（96時間での「no tx」培養物からの培地）において、新鮮なCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）とともに再培養された、2名の異なるドナーからのT細胞を使用して作製されたCD4＋またはCD8＋の抗CD19 CAR発現細胞のうちのIFNγ＋細胞（図16C）およびIL-2＋細胞（図16D）の割合を示す。 エパカドスタットの非存在下での細胞培地において（処理なし（no Tx））、または250 nMのエパカドスタットを伴う細胞培地（エパカドスタット）において96時間にわたってCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と共培養され、その後、トリプトファンの補充を伴う、または伴わないトリプトファン枯渇培地（96時間での「no tx」培養物からの培地）において、新鮮なCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）とともに再培養された、2名の異なるドナーからのT細胞を使用して作製されたCD4＋またはCD8＋の抗CD19 CAR発現細胞のうちのIFNγ＋細胞（図16C）およびIL-2＋細胞（図16D）の割合を示す。 CD19.Daudi標的細胞（IDO1発現を誘導しないことが認められたIDO1-標的細胞）との共培養を、0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μMおよび100μMのL-キヌレニン、3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）、または、それぞれが0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μMおよび100μMのL-キヌレニンおよび3-HAAの存在下、1:1のエフェクター:標的（E:T）比で行った後における抗CD19 CAR発現T細胞のT細胞増殖を示す。T細胞増殖を、フローサイトメトリーによってCellTrace（商標）Violetの希釈を使用して測定した。 IDO1-のCD19.K562細胞との共培養を、6.25μM～100μMのL-キヌレニン、3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）、またはそれぞれが6.25μM～100μMのL-キヌレニンおよび3-HAAの存在下で96時間行った後における抗CD19 CAR発現T細胞のCAR＋T細胞数を示す。 トリプトファン飢餓条件（化学的に定義されたトリプトファン非含有培地）において24時間、48時間、72時間または96時間培養された抗CD19 CAR＋細胞のCD3＋細胞数（24、48、72または96 hr Trp飢餓）、その後で、補充トリプトファンが加えられ、培養が、細胞が24時間で、48時間で、72時間で、または96時間で回収されるまでトリプトファンの存在下で行われた抗CD19 CAR＋細胞のCD3＋細胞数を示す。対照として、細胞をそれぞれの期間にわたってトリプトファン十分培地（完全培地）で培養した。トリプトファン飢餓になったCD4＋細胞またはCD8＋細胞のサイトカイン産生が、IFNγについては図18Bまたは図18Cにそれぞれ示され、TNFαについては図18Dまたは図18Eにそれぞれ示される。 トリプトファン飢餓になったCD4＋細胞のIFNγサイトカイン産生が、図18B示される。 トリプトファン飢餓になったCD8＋細胞のIFNγサイトカイン産生が、図18Cに示される。 トリプトファン飢餓になったCD4＋細胞のTNFαサイトカイン産生が、図18Dに示される。 トリプトファン飢餓になったCD8＋細胞のTNFαサイトカイン産生が、図18Eに示される。 トリプトファン十分条件と、トリプトファン飢餓条件とで培養されたCAR＋T細胞間における遺伝子産物の発現（log10調整p値）差の統計学的有意性を、有意なアップレギュレーション（右側）またはダウンレギュレーション（左側）を受けている遺伝子を含めてそれぞれの遺伝子産物の発現のlog2変化倍数とともに表すボルカノ（volcano）プロットを示す。 TPM（transcripts per kilobase million）値として表される、トリプトファン十分条件（Ctrl）およびトリプトファン飢餓条件（Tryp）で培養されたCAR＋T細胞におけるRNAseq結果を、eIF2α/ATF4統合ストレス応答経路のメンバーをコードする2つの例示的な遺伝子（ATF4およびDDIT3（これはまた、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）として知られる）について示す。 トリプトファン飢餓条件において影響を受けることが発現分析に基づいて認められる細胞のシグナル伝達経路を評価する遺伝子オントロジー分析に基づく結果と、発現が変化したATF4経路に関与する遺伝子を示す例示的な概略図とを示す。 マウス細胞でない生細胞に対するゲーティングを示し、また、CD3、CD8およびIDOの発現を評価する、抗CD19 CAR発現T細胞の投与を伴う場合（抗CD19 CAR-T）、または伴わない場合（無処置）の、A549.CD19細胞（IDO＋）腫瘍異種移植片マウスモデルから単離された単一細胞懸濁物についてのフローサイトメトリープロットを示す。 ヘマトキシリン・エオシン（H＆E）染色、および抗CD19 CARをコードするmRNAに対して特異的なプローブを用いるインサイチューハイブリダイゼーション（ISH）、ならびに、IDO1およびプログラム死リガンド1（PD-L1）のタンパク質発現を評価するための免疫蛍光染色を、抗CD19 CARを発現する自己T細胞による単回注入の前後におけるびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）のヒト対象からの連続腫瘍生検材料切片において示す。
詳細な説明
免疫療法または免疫療法剤、例えば養子細胞療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）のための細胞を含む組成物、またはT細胞結合治療薬、例えば1つまたは複数のT細胞または他の免疫細胞を動員することができる二重特異性もしくは多重特異性薬剤または抗体に関連して、免疫細胞活性の増殖および/または活性を増強または調節する方法が本明細書で提供される。いくつかの態様では、免疫療法または免疫療法剤は、1つまたは複数のチェックポイント調節剤を含む。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法と、キヌレニン経路調節剤などのトリプトファン代謝経路調節剤との併用療法を投与することを含む。いくつかの態様では、免疫療法はT細胞療法であり、キヌレニン経路調節剤などのトリプトファン代謝経路調節剤との提供される併用療法は、T細胞療法のT細胞の増殖または活性を増強または調節する。いくつかの態様では、増殖または活性の増強は、そのような活性のベースラインレベルまたは定常状態レベルに修復または回復されるレベルまで、例えば必須アミノ酸トリプトファン（TRP）の代謝、例えば異化による免疫抑制作用によって媒介される作用の非存在下で観察されるレベルまたは活性までである。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、酵素インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法は組換え受容体発現T細胞療法であり、これは任意でキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法またはトランスジェニックTCR療法である。いくつかの場合には、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、酵素インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤、IDO2の阻害剤および/またはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤である。いくつかの態様では、調節剤はIDO1の阻害剤であり、これは任意でエパカドスタットである。
本明細書中で言及される特許文書、科学論文およびデータベースを含むすべての刊行物は、あたかも各々個々の刊行物が個別に参照により組み入れられるのと同程度に、すべての目的のためにそれらの全体が参照により組み入れられる。本明細書に記載の定義が、参照により本明細書に組み入れられる特許、出願、公開出願、および他の刊行物に記載の定義と相反する、またはそうでなければ矛盾する場合、本明細書に記載の定義が、参照により本明細書に組み入れられる定義に優先する。
限定ではなく開示の明瞭さのために、詳細な説明は以下の小区分に分けられる。本明細書で使用される章の見出しは、構成目的のためだけであり、記載されている主題を限定すると解釈されるべきではない。
I．免疫療法を含む治療法におけるキヌレニン経路の調節
細胞療法などの免疫療法の投与、およびキヌレニン経路の調節剤のような、代替代謝経路などのトリプトファン代謝経路の調節剤の投与を含む併用療法が本明細書で提供される。
いくつかの局面では、多くの種類の癌の腫瘍微小環境（TME）において、必須アミノ酸トリプトファン（TRP）の代謝、例えば異化は、免疫抑制環境の維持に関与する。いくつかの局面では、多くの種類の癌のTMEにおいて、必須アミノ酸トリプトファン（TRP）の代謝、例えば異化は、免疫抑制環境の維持に関与する。例えば、いくつかの局面では、1つまたは複数の代替トリプトファン代謝経路が関与する。TRP異化作用に関与する経路の中には、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）が、L-トリプトファンをN-ホルミル-L-キヌレニンに変換することによってTRP分解に関与するキヌレニン経路があり、TRPはその後一連の工程を介して代謝され、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（NAD）を形成する。腫瘍細胞ならびに樹状細胞（DC）、マクロファージおよび未熟単球の特定のサブセットを含むTME中のいくつかの細胞型は、インターフェロンγ（IFNγ）、腫瘍壊死因子α（TNFα）などの炎症性合図、またはシグナル伝達兼転写活性化因子3（STAT3）の活性化刺激に応答して増加したレベルのIDO1を発現する。いくつかの局面では、腫瘍微小環境中の「バイスタンダー」細胞、例えば骨髄間質細胞などの間質細胞もまた、IFNγまたはTNFαなどの炎症性合図に応答して増加したレベルのIDO1を発現し得る。
いくつかの局面では、TME中の癌細胞または腫瘍細胞は、適応免疫耐性、すなわち癌細胞または腫瘍細胞が、抗腫瘍免疫応答を制限し、回避するために、細胞傷害性または炎症誘発性免疫応答に応答してその表現型を変化させる過程を促進し得る。いくつかの局面では、T細胞または養子移入されたT細胞などの免疫細胞による癌細胞の特異的認識は、免疫活性化サイトカイン、例えばIFNγまたはTNFαの産生をもたらすことができる。サイトカインの産生の際に、癌細胞または腫瘍細胞は、次に、例えばIDO1の発現、微小環境におけるトリプトファンの枯渇、または癌細胞によるプログラム死リガンド1（PD-L1）の発現により、免疫応答を制限または回避することによって応答する（例えばRibas,A.（2015）Cancer Discov.5（9）:915-919）参照）。いくつかの場合には、適応免疫耐性応答は、トリプトファンの異化作用を介してTME中のT細胞の活性を制限し、局所的なアミノ酸欠乏およびトリプトファン異化代謝産物の蓄積をもたらし得る。
いくつかの局面では、特定の腫瘍細胞もしくは癌細胞、またはTME中の他の細胞は、例えばトリプトファン飢餓またはトリプトファン（もしくは他のアミノ酸）飢餓環境への曝露に応答して、アミノ酸輸送体、例えばLAT1/CD98hcまたはLAT2/CD98hcなどのトリプトファン輸送体の高レベルの発現を示すかまたはその発現を上方調節し得る。いくつかの態様では、そのような上方調節および/または発現は、環境からの腫瘍細胞によるアミノ酸、例えばトリプトファンの取り込みまたは取り込みの増加を可能にする。いくつかの局面では、腫瘍細胞によるそのような取り込みまたは取り込みの増加は、TMEにおけるトリプトファン枯渇またはトリプトファン飢餓環境または状態を促進または増強し得る（例えばBroer et al.（2011）Biochem.J.436,193-211;Wang et al.（2015）Am J Cancer Res 5（4）:1281-1294;Ribas,A.（2015）Cancer Discov.5（9）:915-919参照）。いくつかの局面では、そのような発現および取り込みまたは取り込みの増加は、例えば輸送体を上方調節または発現した腫瘍または腫瘍関連細胞が利用可能なトリプトファンの大半または全部を取り込んで、既に飢餓状態にある環境の影響を悪化させ、T細胞および/または他の免疫細胞、例えば治療に関する操作されたT細胞は、トリプトファンに関して競合することができず、および/またはトリプトファン飢餓の影響を経験する。
いくつかの局面では、本明細書に記載されているように、例えばIDO1の発現および/もしくは活性の増加による、またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1/CD98hcもしくはLAT2/CD98hcの発現の上方調節による、罹患細胞および/もしくは関連する細胞もしくは組織によるトリプトファン枯渇またはトリプトファン飢餓状態の発生または悪化は、抗腫瘍免疫細胞、例えばT細胞の活性、増殖および/または拡大などの細胞療法および/または免疫細胞の1つまたは複数の作用を阻害し得るまたは妨げ得る。いくつかの局面では、腫瘍微小環境（TME）におけるキヌレニン経路および/またはトリプトファン代謝の活性は、1つまたは複数の免疫抑制活性をもたらし得る。いくつかの局面では、腫瘍微小環境（TME）における腫瘍細胞、骨髄細胞および/または間質細胞によるIDO1発現は、TMEにおける免疫抑制状態に寄与する。TMEにおける高レベルのIDO1の発現は、TRPの減少または枯渇およびキヌレニン（KYN）の増加、ならびに抗腫瘍免疫応答の阻害をもたらし得る。いくつかの局面では、TMEにおけるIDO1の発現は、免疫細胞、例えばT細胞の活性、機能、増殖、生存および/または持続に必要な因子または代謝産物の枯渇をもたらし得る。いくつかの局面では、IDO1発現細胞は、例えばTMEにおいて、（1）細胞傷害性Tリンパ球、NK細胞および形質細胞の増殖および機能のエフェクターの抑制を指令することによって;（2）ナイーブCD4＋T細胞のCD4＋CD25＋FOXP3＋Tregへの変換を促進し、それらを活性化することによって;ならびに/または（3）例えばバイスタンダー抑制として知られる過程による、隣接するIDO1発現DCにおいて免疫抑制活性を誘発することによって、幅広い堅固な免疫抑制作用を発揮し得る（Vacchelli et al.,（2014）OncoImmunology 3:10,e957994）。いくつかの局面では、キヌレニン（KYN）およびその誘導体は、アリール炭化水素受容体（AHR）に結合することができる。AHRへのKYNの結合は、インターロイキン17（IL-17）産生Th（Th17）細胞への分化を抑制しながら、Treg表現型を促進するナイーブCD4＋Tヘルパー（Th）細胞の分化のリプログラミングをもたらす。AHRの活性化はまた、樹状細胞（DC）での免疫寛容誘発表現型の促進をもたらし得、CD8＋T細胞応答の抑制、腫瘍抗原および抗原誘導細胞死に対する免疫寛容またはアネルギーを生じさせ得る。KYNおよびその誘導体の蓄積もまた、CD8＋T細胞、NK細胞およびNK T細胞に対して細胞毒性であり得る。
いくつかの場合には、IDO1は一部の癌患者で慢性的に活性化され、IDO1発現の増加は、一部の癌患者、例えば急性骨髄性白血病（AML）、小細胞肺癌、黒色腫、卵巣癌、結腸直腸癌、膵臓癌、および子宮内膜癌を有する患者における生存率低下についての独立した予後変数となり得る（例えばMoon et al.,Journal for ImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51;Platten et al.,Front Immunol.2015 Jan 12;5:673;Weinmann,H.,ChemMedChem 2016,11:450-466参照）。IDO1の阻害は、いくつかの態様では、TMEにおけるIDO1の免疫抑制作用および/または他の作用（TRPの免疫エフェクター細胞を枯渇させる、KYNおよびその誘導体（例えば、そのうちのいくつかはCD8＋T細胞、NK細胞およびNK T細胞に対して細胞毒性であり得、またCD4＋T細胞の制御性T細胞（Treg）への分化も促進し得る3-ヒドロキシキヌレニン、キヌレン酸および3-ヒドロキシアントラニル酸）の蓄積を促進するなど）を、低減するまたは逆転させることができる。
いくつかの局面では、T細胞はキヌレニン経路および/またはトリプトファン代謝の活性に感受性であり得る。いくつかの局面では、T細胞は環境中、例えばTME中のトリプトファン枯渇に感受性である。いくつかの場合には、T細胞は非荷電tRNAを介して低いトリプトファン（TRP）レベルを感知することができ、その結果、GCN2（general control non-derepressible 2）の活性化、ならびに細胞周期停止、細胞死または増殖の欠如をもたらすアミノ酸飢餓応答またはストレス応答の開始をもたらす。GCN2の活性化はまた、制御性T細胞（Treg）の分化を促進し、Treg活性を増強し、さらなる免疫抑制をもたらす。いくつかの場合には、キヌレニン経路および/またはトリプトファン代謝は、エフェクターT細胞の枯渇、アネルギーまたは細胞死、抗腫瘍免疫応答または腫瘍抗原に対する寛容の抑制、Tregの生成および活性化を誘導することができ、TMEにおける免疫抑制状態に寄与し得る（例えばMoon et al.,Journal for ImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51;Platten et al.,Front Immunol.2015 Jan 12;5:673;Weinmann,H.,ChemMedChem 2016,11:450-466参照）。いくつかの局面では、TMEにおけるIDO1の発現は、枯渇、低応答性（アネルギー）、増殖の欠如、最終分化および/または抑制状態への分化に寄与する因子または代謝産物の生成をもたらし得る。いくつかの局面では、TMEはT細胞の枯渇を誘導し得、これはT細胞機能の漸進的な喪失および/または細胞の枯渇をもたらし得る。
いくつかの局面では、癌細胞または腫瘍細胞は、アミノ酸輸送体の発現を増加させて、TMEからのアミノ酸の取り込みを増加させ得る。例えば、いくつかの局面では、細胞へのおよび細胞からのアミノ酸の取り込みおよび交換を媒介することができるL型アミノ酸輸送体（LAT）の成分の発現は、様々な癌細胞において増加され得（ならびに/またはアミノ酸飢餓もしくは他のTME状態に応答して腫瘍および/もしくは癌細胞もしくは腫瘍関連細胞によって上方調節され得る）、それによってmTORC1シグナル伝達およびタンパク質合成を調節する。LATなどの輸送体の発現増加は、TME中のアミノ酸、例えばトリプトファンの枯渇またはさらなる枯渇をもたらし、それによって低アミノ酸環境を生み出し得る。
いくつかの局面では、免疫療法、例えばT細胞療法の活性は、疾患または障害の局所的微小環境、例えばTMEに存在する免疫抑制活性または因子によって制限され得る。いくつかの局面では、TMEは、T細胞療法のために投与されたT細胞の活性、機能、増殖、生存および/または持続性を抑制し得る因子または状態を含むかまたは生成する。
いくつかの局面では、提供される態様は、少なくとも一部には、CAR T細胞などのT細胞がトリプトファン飢餓に感受性であるという本明細書に記載の所見に基づく。腫瘍細胞を含むTME中の細胞におけるIDO1の上方調節はトリプトファン飢餓環境を生じさせる可能性があり、これは次にCAR T細胞の生存および/または活性を阻害し得る。いくつかの局面では、トリプトファン飢餓の抑制作用は、IDO1などの必須アミノ酸トリプトファン（TRP）代謝、例えば異化に関連する因子の阻害、トリプトファンの補給および/またはCAR T細胞によるトリプトファン取り込みの増加によって低減、克服および/または逆転され得る。
いくつかの局面では、CAR T細胞における長期のトリプトファン飢餓は、CAT T細胞が、トリプトファンが補充される条件下でおよび/またはトリプトファン飢餓に至る条件が逆転または減弱される条件下で後に飢餓から回復する能力に影響を及ぼし得る。いくつかの場合には、長期のトリプトファン飢餓、例えばTMEにおける長期のトリプトファン枯渇は、CAR T細胞回復の遅延または不能、例えば増殖および/または機能的活性の遅延または停止をもたらし得る。いくつかの態様では、提供される態様は、長期のトリプトファン飢餓を予防もしくは低減するために、および/またはトリプトファン飢餓からのCAR T細胞の回復を促進するために使用することができる。いくつかの態様では、提供される態様は、長期のトリプトファン飢餓を予防もしくは低減するために、および/またはトリプトファン飢餓からのCAR T細胞の回復を促進するために使用することができる。いくつかの局面では、提供される態様は、投与されたCAR T細胞が、T細胞の機能的活性および/または増殖をベースラインレベルまたは定常状態レベル、例えば正常もしくは定常状態および/またはトリプトファンが枯渇していない状態における機能的活性および/または増殖のレベルに回復させるまたは修復することを可能にする。
養子T細胞療法などのT細胞ベースの療法（キメラ抗原受容体（CAR）および/または他の組換え抗原受容体などの関心対象の疾患または障害に特異的なキメラ受容体を発現する細胞、ならびに他の養子免疫細胞および養子T細胞療法の投与を含むものを包含する）は、癌ならびに他の疾患および障害の治療において有効であり得る。特定の状況では、養子細胞療法に対する利用可能なアプローチは、必ずしも完全に満足のいくものではない可能性がある。いくつかの状況では、最適な活性またはアウトカムは、投与された細胞が標的、例えば標的抗原を認識して結合し、対象、腫瘍、およびその環境内の適切な部位に移動し、局在し、成功裏に進入する能力に依存し得る。いくつかの状況では、最適な活性またはアウトカムは、投与された細胞が活性化し、拡大し、細胞傷害性殺滅およびサイトカインなどの様々な因子の分泌を含む様々なエフェクター機能を発揮する、長期を含めて持続する、特定の表現型状態（長寿命メモリー、低分化状態、およびエフェクター状態など）に分化する、移行する、またはそれへのリプログラミングに関与する、疾患の局所的微小環境における免疫抑制状態を回避または低減する、標的リガンドまたは抗原のクリアランスとそれへの再曝露後に有効で堅固なリコール応答を提供する、ならびに枯渇、アネルギー、末梢寛容、最終分化、および/または抑制状態への分化を回避または低減する能力に依存し得る。
いくつかの局面では、提供される態様は、抗原によって刺激された場合、CAR T細胞が腫瘍細胞などの細胞において機能的インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現を誘導できるという所見、およびその増加（例えばトリプトファン代謝のキヌレニン経路の調節による）の機能的アウトカムが酵素の阻害剤によって調節され得るという所見に基づく。腫瘍細胞に加えて、IDO1は、内皮細胞、骨髄間質細胞などの間葉系間質細胞、線維芽細胞、ならびに樹状細胞（DC）およびマクロファージなどの様々な骨髄由来抗原提示細胞によって発現され得、これらの細胞も腫瘍微小環境中に存在し得る。いくつかの局面では、そのような細胞におけるIDO1の発現の誘導は、直接的であり得るか、または抗原刺激後のCAR-T細胞におけるまたはそれからのインターフェロン-ガンマ（IFNγ）または腫瘍壊死因子α（TNFα）の産生を介するなどの間接的であり得る。
いくつかの局面では、本明細書中の所見は、インビボでのCAR T細胞の投与に際して、TME中の腫瘍細胞および他の細胞が増加したレベルのIDO1を発現し得ることを示す。いくつかの局面では、腫瘍細胞および他の細胞によるIDO1発現の増加は、インターフェロンγ（IFNγ）などの炎症性合図に応答するものである。いくつかの態様では、CAR発現T細胞は、CAR標的抗原陽性細胞においてIDO1発現を誘導することができ、その誘導は、部分的にはIFNγによって媒介される。
したがって、本明細書で提供されるいくつかの態様は、いくつかの場合には、組換え受容体発現T細胞（例えばCAR-T細胞）などのT細胞の抗原特異的刺激が、腫瘍または腫瘍微小環境中で見出され得るかまたはそれに関連し得る1つまたは複数の細胞においてIDO1の上方調節された発現をもたらし得ることを示す、本明細書中の所見に基づく。特定の状況におけるそのような免疫抑制作用は、例えば組換え受容体発現T細胞（例えばCAR-T細胞）などの細胞療法の特定の活性、持続性、増殖、または他の機能の特定の特徴を負に調節し得る。
いくつかの態様では、細胞療法と組み合わせた、IDO1阻害剤などのトリプトファン代謝またはキヌレニン経路調節剤の投与は、細胞療法の細胞のエフェクター機能（例えばサイトカイン分泌）、拡大および/または持続性を増強する。いくつかの態様では、増殖または活性の増強は、そのような活性のベースラインレベルまたは定常状態レベルに修復または回復されるレベルまで、例えば必須アミノ酸トリプトファン（TRP）の代謝、例えば異化による免疫抑制作用によって媒介される作用の非存在下で観察されるレベルまたは活性までである。いくつかの局面では、細胞療法の細胞のエフェクター機能（例えばサイトカイン分泌）、拡大および/または持続性の増強または増加は、細胞の活性化時に誘導される1つまたは複数のマーカー、例えばCD25などのT細胞活性化マーカーの増加を伴わずに（および/または減少を伴って）起こる。いくつかの態様では、細胞は、実質的な拡大および/またはエフェクター機能を示すにもかかわらず、低分化または低活性化表面表現型を示す。
いくつかの態様では、T細胞は、例えばT細胞の活性、増殖および/または拡大がトリプトファン飢餓、トリプトファン枯渇またはトリプトファン欠乏環境で阻害され得る場合、トリプトファン枯渇またはトリプトファン飢餓環境に感受性である。腫瘍細胞または癌細胞または関連する間質細胞もしくは骨髄細胞などの関連細胞は、いくつかの局面では、IDO1の活性および/もしくは発現を上方調節することによって、ならびに/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1/CD98hcもしくはLAT2/CD98hcの活性および/もしくは発現を増加させることによって、そのような免疫抑制環境または状態を発生させ得る、もたらし得るまたは悪化させ得る。いくつかの局面では、輸送体の上方調節は、トリプトファンまたは他のアミノ酸飢餓環境に応答するものであり得る。いくつかの局面では、それは、腫瘍または他の細胞に、それらのTMEにおけるトリプトファンまたは他のアミノ酸の取り込みの増加を生じさせ得、これは、いくつかの状況では、例えば既に飢餓状態にある環境において、利用可能な、例えば養子細胞療法の細胞などの免疫細胞にとって利用可能なトリプトファンの供給またはレベルを枯渇または減少させ得る。いくつかの場合には、TME中の細胞、例えば間質細胞などのバイスタンダー細胞もまた、IDO1の活性および/または発現を上方調節することができる。いくつかの場合には、T細胞の活性、増殖および/または拡大は、LAT1/CD98hcなどのトリプトファン輸送体の高発現を示す細胞の存在によって実質的に影響を受ける。
本明細書に記載される結果は、態様において、T細胞療法のために投与されたCARを発現するT細胞が、低いTRPレベルおよび/もしくはキヌレニンの蓄積に対して特に感受性であり得る、ならびに/または、例えば投与および活性化時に、例えばトリプトファン飢餓および/もしくはIDO上方調節をもたらす経路を促進するそれらの能力に起因して、そのような作用に対して特に脆弱であり得るという解釈と一致する。CAR T細胞および/または炎症性シグナルの存在および/または活性によって誘導されるもののようなTMEの免疫抑制作用は、代替代謝経路などのトリプトファン代謝経路の調節剤、例えばキヌレニン経路の調節剤、例えばIDO1の阻害剤を投与することによって克服され得る。
いくつかの局面では、TMEの免疫抑制作用は、例えばトリプトファン輸送体の過剰発現によってトリプトファン枯渇環境で競合もしくは生存するように、ならびに/または、例えばIDO媒介もしくはIDO誘導もしくはトリプトファン飢餓誘導免疫抑制シグナル伝達に関与する分子、例えばIDOを介した異化作用、例えばトリプトファンの欠乏またはキヌレニンもしくは別のトリプトファン代謝産物の蓄積によって正または負に調節される分子を含む、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の減少によって、トリプトファン枯渇に対する感受性を低下させるように、CAR T細胞を操作することによって克服され得るおよび/またはさらに克服され得る。TMEの免疫抑制状態に寄与するキヌレニン経路の部分を阻害すること、例えばTRP枯渇および/もしくはKYNとその誘導体の産生を阻害すること、またはトリプトファン飢餓もしくはトリプトファン枯渇免疫抑制環境に対してより耐性であるように細胞を操作することは、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与後に、1つまたは複数の投与後パラメータまたはアウトカムを増加させ得る。
したがって、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法と、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤とを使用する併用療法は、TMEおよびトリプトファン枯渇状態の免疫抑制作用の一部を低減するまたは逆転させることができ、ならびに免疫療法、例えば細胞療法の活性、アウトカム、応答、および/または持続性を回復および/または増加させることができる。
II．併用療法
（1）代替トリプトファン代謝経路の調節剤、例えばキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤などのトリプトファンまたはトリプトファン代謝調節剤などの調節剤、ならびに（2）養子免疫細胞療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現細胞、例えばT細胞）またはT細胞結合療法または免疫調節療法、例えば多重特異性T細胞動員抗体および/またはチェックポイント阻害剤などの免疫療法または免疫療法剤を対象に投与することを含む併用療法のための方法が提供される。また、細胞などの免疫療法剤を含有する組成物、およびキヌレニン経路調節剤を含有する組成物を含むキットなどの組み合わせおよび製品、ならびに癌を含む疾患、状態および障害を治療または予防するためのそのような組成物および組み合わせの使用も提供される。いくつかの態様では、免疫療法は細胞療法、例えば免疫細胞療法、例えば1つまたは複数の組換え免疫受容体を含有する細胞を含む細胞療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞の投与）である。そのような方法は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法のような他の療法などの、免疫療法剤または免疫療法の投与（例えば投与の開始）の前に、投与と同時に、投与中に、投与の経過中に（経過中に1回および/または経過中定期的を含む）、および/または投与の後に、調節剤、例えばキヌレニン経路調節剤を投与することを含み得る。いくつかの態様では、投与は、調節剤、例えばキヌレニン経路調節剤、および/または免疫療法もしくは免疫療法剤、例えばT細胞療法の連続的または間欠的投与を含み得る。いくつかの態様では、キヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前に、開始と同時に、および/または開始後に投与される。
いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法、ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、対象への投与のための薬学的組成物として提供される。いくつかの態様では、薬学的組成物は、併用療法のための治療有効量の剤の一方または両方、例えば養子細胞療法のためのT細胞およびIDO1阻害剤を含有する。いくつかの態様では、剤は、別々の薬学的組成物中での投与用に製剤化される。いくつかの態様では、本明細書で提供される任意の薬学的組成物は、各投与経路に適した剤形に製剤化され得る。
いくつかの態様では、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などの操作された細胞を含むT細胞療法）ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤またはその組成物を投与することを含む併用療法は、治療されるべき疾患もしくは状態（例えば癌）を有するかまたは疾患もしくは状態（例えば癌）を有する危険性がある対象または患者に投与される。いくつかの局面では、この方法は、操作されたT細胞によって認識される抗原を発現する癌における腫瘍量を減らすことなどによって、疾患または状態の1つまたは複数の症状を治療する、例えば改善する。
いくつかの態様では、提供される方法に関連して使用するための免疫療法は、組換え受容体で操作された細胞（例えばCAR-T細胞）を含む操作されたT細胞を使用するT細胞療法を含む。いくつかの場合には、T細胞は、キヌレニン経路および/またはトリプトファン代謝の活性に感受性であり得る。いくつかの局面では、T細胞は、環境中、例えばTME中のトリプトファン飢餓枯渇に感受性であり得る。いくつかの場合には、TME中の腫瘍細胞および/または他の細胞は、IDO1および/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1/CD98hcもしくはLAT2/CD98hcなどのアミノ酸輸送体の発現を増加させることができ、これは、トリプトファンを代謝すること、ならびに/または細胞外トリプトファンを腫瘍細胞および/もしくは他の細胞に輸送することによって、TME中のCAR T細胞に利用可能なトリプトファンの量を減少させ得る。いくつかの場合には、トリプトファン飢餓または枯渇は、エフェクターT細胞の枯渇、アネルギーまたは細胞死、抗腫瘍免疫応答または腫瘍抗原に対する耐性の抑制、Tregの生成および活性化をもたらすことができ、TMEにおける免疫抑制状態に寄与し得る（例えばMoon et al.,Journal for ImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51;Platten et al.,Front Immunol.2015 Jan 12;5:673;Weinmann,H.,ChemMedChem 2016,11:450-466参照）。いくつかの局面では、トリプトファン飢餓または枯渇は、CAR T細胞の機能的活性および/または生存を低減または阻害し得る。
いくつかの局面では、CAR T細胞における長期のトリプトファン飢餓または枯渇は、飢餓もしくは枯渇から回復するおよび/または飢餓もしくは枯渇の作用を逆転させるその能力に影響を及ぼし得る。いくつかの場合には、長期のトリプトファン飢餓または枯渇、例えばTMEにおけるトリプトファン枯渇状態への長期曝露は、CAR T細胞の回復の遅延または不能、例えば増殖および/または機能的活性の遅延または停止をもたらし得る。いくつかの場合には、長期のトリプトファン飢餓または枯渇、例えば約48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、14日間、21日間、28日間またはそれ以上のトリプトファン飢餓または枯渇は、飢餓または枯渇の影響から回復する、またはその影響を逆転させるT細胞の能力を低減し得るまたは無効にし得る。
いくつかの態様では、提供される態様は、長期のトリプトファン飢餓もしくは枯渇を予防もしくは低減するために、ならびに/またはトリプトファン飢餓もしくは枯渇からのCAR T細胞の回復を促進するために、ならびに/またはTMEにおけるIDO1上方調節の免疫抑制作用および/もしくは他の作用を予防する、低減するもしくは逆転させるために使用することができる。いくつかの局面では、提供される態様は、トリプトファン飢餓もしくは枯渇を低減もしくは予防するために、ならびに/またはT細胞、例えば細胞療法のための操作されたT細胞の機能的活性および/もしくは増殖をベースラインレベルもしくは定常状態レベル、例えば正常もしくは定常状態、例えばトリプトファンが十分である状態における機能的活性および/もしくは増殖のレベルに回復させるために使用することができる。いくつかの態様では、予防および/または回復は、IDO1の活性を阻害すること、TME中のトリプトファンの枯渇を防ぐこと、および/または環境から利用可能なトリプトファンを取り込むT細胞の能力を高めることによって達成される。いくつかの態様では、本明細書に記載されるような併用療法は、トリプトファン飢餓もしくは枯渇を予防もしくは低減するか、またはトリプトファン飢餓もしくは枯渇からのCAR-T細胞の回復を促進するために使用することができる。いくつかの場合には、提供される態様、すなわち、例えばベースラインまたは定常状態のT細胞活性を回復または維持するための、トリプトファン飢餓もしくは枯渇の予防および/またはトリプトファン飢餓もしくは枯渇からの回復の促進は、長期のトリプトファン飢餓または枯渇の確立前に、例えばT細胞が飢餓または枯渇から逆転または回復することができなくなる前に行われる。
いくつかの局面では、提供される態様、例えばCAR-TなどのT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の併用療法は、他の療法に失敗した、他の療法にもはや応答しない、および/または他の療法の投与後に再発した対象に投与することができる。いくつかの態様では、提供される態様は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤による事前治療などの、別の療法に失敗した、別の療法に抵抗性になった、および/または他の療法の投与後に再発した対象を治療するために使用することができる。いくつかの局面では、提供される態様、例えばCAR-TなどのT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の併用療法は、エパカドスタットなどのIDO阻害剤の投与に失敗した、もはや投与に応答しない、および/または投与後に再発した対象に与えることができる。
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する、提供される態様は、新たに投与された細胞療法に対する応答を改善することができる。T細胞（例えば、対象からT細胞を得ること、組換え受容体を発現するように操作すること、活性化および/または拡大することによって生成されるCAR-T細胞）の新鮮な供給源が対象に導入されるので、操作されていない対象からのT細胞が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばエパカドスタットなどのIDO1阻害剤の事前投与による治療に失敗したかまたはもはや応答しない場合でも、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、投与されたT細胞にその作用を及ぼすことができる。いくつかの態様では、細胞、例えば操作されたT細胞の新鮮な供給源は、トリプトファン飢餓にさらされていない可能性がある。したがって、対象がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤による事前治療に失敗したかまたはもはや応答しない場合でも、投与されたトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、例えば、細胞、例えば操作されたT細胞の新鮮な供給源のベースラインもしくは定常状態のT細胞活性を回復もしくは維持するための、トリプトファン飢餓もしくは枯渇の予防および/または、トリプトファン飢餓もしくは枯渇からの回復の促進を容易にすることができる。
いくつかの態様では、併用療法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤療法と、免疫調節療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤療法との併用療法の事前投与などの、他の以前の療法に失敗した、療法に抵抗性になったおよび/または療法の投与後に再発した対象に投与することができる。いくつかの態様では、以前の免疫調節療法は以前のT細胞療法ではない。いくつかの態様では、対象は以前にT細胞療法を投与されたことがない。
いくつかの態様では、対象は、CAR-T細胞の投与の前に、トリプトファン経路調節剤とチェックポイント阻害剤または他の免疫療法との組み合わせを投与されたことがある。いくつかの局面では、対象は、免疫療法またはチェックポイント阻害剤単独の投与と比べてトリプトファン経路調節剤の恩恵を示さなかった。
いくつかの態様では、対象がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばエパカドスタットなどのIDO1阻害剤の事前投与などの以前の治療に失敗した、治療に抵抗性になったおよび/または治療後に再発した場合、対象は、本明細書で提供される態様の1つまたは複数の工程の投与のために同定または選択され、ここで、任意でそのような事前投与は、T細胞療法ではない免疫調節療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤療法と組み合わせて行われた。いくつかの態様では、併用療法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばエパカドスタットなどのIDO1阻害剤と、免疫調節剤、例えば免疫チェックポイント阻害剤との併用療法の事前投与などの、他の以前の治療に失敗した、治療に抵抗性になったおよび/または治療後に再発した対象に投与することができる。いくつかの態様では、以前の免疫調節療法は以前のT細胞療法ではない。いくつかの態様では、対象は以前にT細胞療法を投与されたことがない。
いくつかの態様では、治療される疾患または状態は、抗原の発現が疾患状態または障害の病因に関連および/または関与する、例えばそのような疾患、状態、または障害を引き起こす、増悪させる、またはさもなければ関与する任意のものであり得る。例示的な疾患および状態には、悪性腫瘍もしくは細胞の形質転換（例えば癌）、自己免疫もしくは炎症性疾患、または、例えば細菌、ウイルスもしくは他の病原体によって引き起こされる感染性疾患が含まれ得る。治療することができる様々な疾患および状態に関連する抗原を含む、例示的な抗原は、本明細書に記載の抗原のいずれかを含む。特定の態様では、キメラ抗原受容体またはトランスジェニックTCRを含む、併用療法の操作された細胞上に発現される組換え受容体は、疾患または状態に関連する抗原に特異的に結合する。
いくつかの態様では、疾患または状態は、固形腫瘍、リンパ腫、白血病、血液腫瘍、転移性腫瘍、または他の癌もしくは腫瘍型などの腫瘍である。
いくつかの態様では、疾患または状態は、ウイルス、レトロウイルス、細菌、および原虫感染、免疫不全、サイトメガロウイルス（CMV）、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、アデノウイルス、BKポリオーマウイルスなどの、しかしこれらに限定されるわけではない感染性疾患または状態である。いくつかの態様では、疾患または状態は、関節炎、例えば関節リウマチ（RA）、I型糖尿病、全身性エリテマトーデス（SLE）、炎症性腸疾患、乾癬、強皮症、自己免疫性甲状腺疾患、グレーブス病、クローン病、多発性硬化症、喘息、および/または移植に関連する疾患または状態などの自己免疫または炎症性疾患または状態である。
いくつかの態様では、疾患または障害に関連する抗原は、オーファンチロシンキナーゼ受容体ROR1、tEGFR、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、3もしくは4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、MAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、サイクリンA1（CCNA1）などのサイクリン、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子からなる群より選択される。いくつかの態様では、疾患または障害に関連する抗原は、オーファンチロシンキナーゼ受容体ROR1、B細胞成熟抗原（BCMA）、炭酸脱水酵素9（CAIX）、tEGFR、Her2/neu（受容体チロシンキナーゼerbB2）、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、EPHa2、erb-B2、erb-B3、erb-B4、erbB二量体、EGFR vIII、葉酸結合タンパク質（FBP）、FCRL5、FCRH5、胎児アセチルコリン受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子（L1-CAM）、黒色腫関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、黒色腫優先発現抗原（PRAME）、サバイビン、TAG72、B7-H6、IL-13受容体α2（IL-13Ra2）、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-AI MAGE A1、HLA-A2 NY-ESO-1、PSCA、葉酸受容体a、CD44v6、CD44v7/8、avb6インテグリン、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、二重抗原、癌精巣抗原、メソテリン、マウスCMV、ムチン1（MUC1）、MUC16、PSCA、NKG2D、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、c-Met、GD-2、O-アセチル化GD2（OGD2）、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、サイクリン、サイクリンA2、CCL-1、CD138、病原体特異抗原およびユニバーサルタグに関連する抗原、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子からなる群より選択される。いくつかの態様では、受容体によって標的とされる抗原は、いくつかの公知のB細胞マーカーのいずれかなどの、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、受容体によって標的とされる抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79bまたはCD30である。
いくつかの態様では、本発明の方法は、骨髄腫、リンパ腫または白血病を治療するために使用することができる。いくつかの態様では、方法は、非ホジキンリンパ腫（NHL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、急性骨髄性白血病（AML）、または骨髄腫、例えば多発性骨髄腫（MM）を治療するために使用することができる。いくつかの態様では、方法は、MMまたはDBCBLを治療するために使用できる。
いくつかの態様では、この方法は、B細胞悪性腫瘍ではない癌および/またはB細胞抗原を発現しない癌を治療するために使用することができる。いくつかの態様では、方法は、CD19を発現しない癌を治療するために使用することができる。いくつかの態様では、提供される方法は、CD19を標的としないかまたはCD19に特異的に結合しない組換え受容体発現T細胞（例えばCAR-T細胞）を用いる。
いくつかの態様では、本発明の方法は、固形腫瘍などの非血液癌を治療するために使用することができる。いくつかの態様では、方法は、膀胱癌、肺癌、脳の癌、黒色腫（例えば小細胞肺癌、黒色腫）、乳癌、子宮頸癌、卵巣癌、結腸直腸癌、膵臓癌、子宮内膜癌、食道癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、皮膚癌、甲状腺癌、または子宮癌を治療するために使用することができる。
いくつかの態様では、疾患または障害は免疫抑制局所環境に関連する。いくつかの態様では、疾患または障害は、疾患の局所環境におけるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路活性化に関連する。例えば、いくつかの態様では、疾患または障害は、疾患または障害の局所微小環境、例えば腫瘍微小環境（TME）におけるトリプトファンレベルの低下および/またはキヌレニン（KYN）もしくはその誘導体のレベルの上昇に関連する。いくつかの態様では、疾患または障害は、TME内の細胞における、キヌレニン経路に関与する酵素または因子、例えばインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現増加に関連し、またはTME内の細胞は、キヌレニン経路に関与する酵素または因子、例えばインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）を発現するように誘導される。
いくつかの態様では、疾患または障害は、キヌレニン経路に関与する酵素または因子、例えばインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現増加に関連しない。いくつかの態様では、疾患または障害、例えば癌は、IDO1、IDO2もしくはTDOについて陰性の腫瘍を含み、および/または対象は、IDO1、IDO2もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない。
疾患の予防または治療のために、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）、ならびに/またはT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法の適切な用量は、治療される疾患の種類、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の種類、細胞および/または細胞上に発現される組換え受容体、疾患の重症度および経過、投与経路、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤、および/または免疫療法、例えばT細胞療法が予防目的または治療目的のいずれで投与されるか、過去の療法、投与頻度、対象の病歴および細胞に対する応答、ならびに主治医の裁量に依存し得る。組成物および細胞は、いくつかの態様では、一度にまたは一連の治療にわたって対象に適切に投与される。提供される併用療法についての例示的な投与レジメンおよびスケジュールは記載されている。
いくつかの態様では、免疫療法、例えばT細胞療法、ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、別の治療的介入と同時にまたは任意の順序で連続的に投与することができる、さらなる組み合わせ治療の一部として投与される。いくつかの状況では、細胞は、細胞の集団が1つまたは複数の追加の治療薬の作用を増強するように、またはその逆も同様であるように、時間的に十分に近い別の療法と同時投与される。いくつかの態様では、細胞は、1つまたは複数のさらなる治療薬の前に投与される。いくつかの態様では、細胞は、1つまたは複数の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの態様では、方法は、化学療法剤の投与などのリンパ枯渇療法をさらに含む。いくつかの態様では、方法はリンパ枯渇療法を含まない。
免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与の前、投与中または投与後に、免疫療法の生物学的活性、例えば操作された細胞集団の生物学的活性が、いくつかの態様では、例えばいくつかの公知の方法のいずれかによって測定される。評価するパラメータは、以下のIII章においてさらに説明されるアッセイなどの、当技術分野で公知の任意の適切な方法を用いて測定される、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力を含む。いくつかの態様では、細胞、例えばT細胞ベースの療法のために投与されるT細胞の生物学的活性は、1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を検定することによって測定される。いくつかの局面では、生物学的活性は、腫瘍量または負荷の減少などの、疾患負荷および/または臨床アウトカムを評価することによって測定される。いくつかの態様では、因子またはエフェクター、例えばキヌレニン経路の酵素および/または代謝産物のレベル、および/またはレベルの変化もしくは改変が測定される。いくつかの態様では、併用療法の一方または両方の剤の投与および/または療法の任意の反復投与は、併用療法の一方または両方の剤の投与前、投与中、投与の経過中または投与後のアッセイの結果に基づいて決定することができる。いくつかの態様では、そのようなアッセイの結果は、併用療法、例えば免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の1つまたは複数の工程の投与前および/または投与後に対象を同定、選択、スクリーニングおよび/または除外するために使用することができる。いくつかの態様では、アッセイの結果に基づいて、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤による治療のために特定の対象を同定または選択する。
A．免疫療法（例えばT細胞療法またはT細胞結合療法）の投与
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせ、キットおよび使用のいくつかの態様では、併用療法は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法を対象に投与することを含む。そのような療法は、記載されているように、1つまたは複数のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）の投与の前に、投与後に、投与と同時に投与することができる。
いくつかの態様では、免疫療法は、腫瘍または癌などの病変の表面に発現される分子を標的とする免疫細胞、例えばT細胞またはNK細胞などの細胞の投与であるかまたはそれを含む細胞療法である。いくつかの態様では、免疫細胞はT細胞受容体（TCR）または他の抗原結合受容体を発現する。いくつかの態様では、免疫細胞は、トランスジェニックTCRまたはキメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を発現する。いくつかの態様では、細胞は対象に対して自己由来である。いくつかの態様では、細胞は対象に対して同種異系である。提供される方法で使用するためのそのような細胞療法、例えばT細胞療法の例は以下に記載されている。
いくつかの態様では、免疫療法は、T細胞上に発現される表面分子に結合することができる結合分子であるかまたはそれを含むT細胞結合療法であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、表面分子は、T細胞受容体複合体の成分などのT細胞の活性化成分である。いくつかの態様では、表面分子はCD3またはCD2である。いくつかの態様では、T細胞結合療法は、抗体または抗原結合断片であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞結合療法は、T細胞の活性化成分（例えばT細胞表面分子、例えばCD3またはCD2）に結合する少なくとも1つの抗原結合ドメイン、および腫瘍細胞または癌細胞上の表面抗原、例えば本明細書に記載の列挙された抗原のいずれか、例えばCD19などの標的細胞上の表面抗原に結合する少なくとも1つの抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。いくつかの態様では、そのような抗体のその両方の標的への同時またはほぼ同時の結合は、標的細胞とT細胞との間に一時的な相互作用をもたらすことができ、それによってT細胞の活性化、例えば細胞傷害活性およびその後の標的細胞の溶解をもたらす。そのような例示的な二重特異性抗体T細胞エンゲージャーの中には、柔軟なリンカーによって融合されたタンデムscFv分子を含む二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）分子があり、これは、柔軟なリンカーによって融合されたタンデムscFv分子（例えばNagorsen and Bauerle,Exp Cell Res 317,1255-1260（2011）参照）;例えば柔軟なリンカーを介して互いに融合された、安定に会合することができる第一および第二のサブユニットからなるFcドメインをさらに含むタンデムscFv分子（国際公開公報第2013026837号）;ダイアボディおよびタンデムダイアボディを含むその誘導体（Holliger et al,Prot Eng 9,299-305（1996）;Kipriyanov et al,J Mol Biol 293,41-66（1999））;C末端ジスルフィド架橋を有するダイアボディ形式を含み得る二重親和性再標的指向性（DART）分子;または全ハイブリッドマウス/ラットIgG分子を含むトリオマブ（Seimetz et al,Cancer Treat Rev 36,458-467（2010））を含む。いくつかの態様では、T細胞結合療法は、ブリナツモマブ（CD3×CD19 BiTE）またはAMG330である。そのようなT細胞エンゲージャーのいずれもが、提供される方法において使用することができる。
1．T細胞療法
いくつかの局面では、T細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法、または組換え受容体発現細胞療法などの遺伝子操作された細胞を含むT細胞療法であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、組換え受容体は、疾患または状態に関連するもの、例えば腫瘍または癌の細胞に関連するかまたはその細胞上に発現されるものなどのリガンドに特異的に結合する。いくつかの態様では、T細胞療法は、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するように操作されたT細胞を投与することを含む。
いくつかの態様では、提供される細胞は、リガンド結合ドメインまたはその結合断片を含むもの、ならびにT細胞受容体（TCR）およびその成分、ならびに/またはキメラ抗原受容体（CAR）などの機能的非TCR抗原受容体を含む、組換え受容体などの受容体を発現するおよび/または発現するように操作されている。いくつかの態様では、組換え受容体は、抗原に特異的に結合する細胞外リガンド結合ドメインを含む。いくつかの態様では、組換え受容体は、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインを含むCARである。いくつかの態様では、抗原などのリガンドは、細胞の表面上に発現されるタンパク質である。いくつかの態様では、CARはTCR様CARであり、抗原は、細胞内タンパク質のペプチド抗原などのプロセシングされたペプチド抗原であり、これは、TCRのように、主要組織適合遺伝子複合体（MHC）分子に関連して細胞表面上で認識される。
組換え受容体を含有する操作された細胞を含む、操作された細胞の中には、以下のIV章に記載されるものがある。CARおよび組換えTCRを含む例示的な組換え受容体、ならびに受容体を操作し、細胞内に導入するための方法は、例えば、国際公開公報第200014257号、同第2013126726号、同第2012/129514号、同第2014031687号、同第2013/166321号、同第2013/071154号、同第2013/123061号、米国特許出願公開第2002131960号、同第2013287748号、同第20130149337号、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、および同第8,479,118号、ならびに欧州特許出願第2537416号に記載されているもの、ならびに/またはSadelain et al.,Cancer Discov.2013 April;3（4）:388-398;Davila et al.（2013）PLoS ONE 8（4）:e61338;Turtle et al.,Curr.Opin.Immunol.,2012 October;24（5）:633-39;Wu et al.,Cancer, 2012 March 18（2）:160-75によって記載されているものを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作された抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載されているCAR、および国際公開公報第2014055668A1号に記載されているものを含む。
いくつかの態様では、提供される方法に関連して使用するためのT細胞療法は、IDO媒介シグナル伝達の正常な過程の間に、および/またはトリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知することに応答してもしくはそれに関連して、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知することに応答してもしくはそれに関連して誘導されるそのようなタンパク質の発現と比較して、細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓、欠乏もしくは不足を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制（例えばトリプトファン代謝産物の蓄積による）を感知するもしくはそれに応答することに関連する1つまたは複数の分子の発現の減少または増加などの、発現が改変されている組換え受容体（例えばCAR-T細胞）で操作された細胞を含む、操作されたT細胞を含む。そのようなタンパク質の中には、IDO活性の結果として起こるような、トリプトファン代謝、例えば異化に応答してT細胞におけるその発現が変更された場合に、その発現が、いくつかの場合には免疫寛容および免疫監視機構からの腫瘍の回避をもたらすT細胞の免疫抑制に寄与する、それを引き起こす、またはそれに関連するタンパク質が含まれる。そのようなタンパク質には、特定のアミノ酸、例えばトリプトファンの減少、枯渇または欠乏に応答する、および/または特定のアミノ酸代謝産物、例えばキヌレニンの増加または蓄積に応答するものが含まれ得る。そのようなタンパク質の例には、GCN2キナーゼ、BLIMP-1/PRDM1、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核トランスロケータ（ARNT）、mTOR、プロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）が含まれるが、これらに限定されるわけではない。GCN2、CHOP、BLIMP-1、AHRもしくはAHR核トランスロケータ（ARNT）の発現の上方調節もしくはトランスロケートされた発現、および/またはmTORもしくはPKC-θの下方調節もしくは発現低下は、いくつかの場合には、オートファジー、T細胞アネルギー、T細胞活性化の減少および/またはT細胞増殖の減少と関連する（例えばMetz et al.（2012）Oncoimmunology,1:1460-1468;Moon et al.（2015）J Immunother Cancer,3:51;Platten et al.（2015）Frontiers in Immunology,5:1参照）。
いくつかの態様では、提供される操作された細胞は、IDO媒介シグナル伝達時におよび/またはトリプトファン不足もしくはトリプトファン代謝産物（例えばキヌレニン）の蓄積に応答して通常または自然環境でT細胞においてその発現が減少または低下する1つまたは複数のタンパク質の組換え、操作されたおよび/または異所性の発現によって改変される。いくつかの態様では、1つまたは複数のタンパク質はmTORまたはPKC-θである。いくつかの態様では、提供される操作された細胞は、そのような分子を発現する細胞による、トリプトファン飢餓またはトリプトファン欠乏状態におけるトリプトファンまたは他のアミノ酸、例えばアミノ酸輸送体の1つもしくは複数の鎖、またはCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）などの1つもしくは複数のアミノ酸輸送体の取り込みを促進することができる1つまたは複数の分子の組換え、操作されたおよび/または異所性の発現によって改変される。
いくつかの態様では、提供される操作された細胞は、mTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4をコードする核酸構築物の導入などによる、mTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2もしくはPAT4またはその機能的部分もしくは変異体の組換え、操作されたまたは異所性の発現を含む。いくつかの態様では、mTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4の発現は、異種プロモーターまたはエンハンサーの制御下、例えば誘導性プロモーターの制御下にある。いくつかの態様では、IDO媒介シグナル伝達後および/またはトリプトファン不足もしくはタンパク質の発現に応答して、そのような操作された細胞は、細胞におけるmTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4の発現を、類似の細胞であるが組換え、操作されたおよび/または異所性の発現によってそのように改変されていない細胞におけるタンパク質の発現よりも高めるまたは増加させることができる。いくつかの態様では、そのようなタンパク質、例えばmTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4の発現は、IDO媒介シグナル伝達、トリプファン不足および/またはトリプトファン代謝産物の蓄積に関連する特定の条件下で、組換え、操作されたおよび/または異所性の発現によってそのように改変されていない細胞における同じ条件下でのタンパク質の発現と比較して、少なくともまたは少なくともおよそ1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍またはそれ以上増加する。
いくつかの態様では、提供される操作された細胞は、IDO媒介シグナル伝達時におよび/またはトリプトファン不足もしくはトリプトファン代謝産物（例えばキヌレニン）の蓄積に応答して、T細胞においてその発現が通常増加するおよび/またはトランスロケートする1つまたは複数のタンパク質の発現低下によって改変される。いくつかの態様では、1つまたは複数のタンパク質は、GCN2キナーゼ、BLIMP-1/PRDM1、AHRまたはAHR核トランスロケータ（ARNT）である。いくつかの態様では、そのような細胞は、GCN2、CHOP、BLIMP-1/PRDM1、AHRまたはARNTの発現が低下している。いくつかの態様では、発現の低下は、阻害性核酸分子などの作用物質またはタンパク質をコードする遺伝子の遺伝子破壊を媒介することができる作用物質を介して行われる。いくつかの態様では、作用物質の発現は、誘導性プロモーターなどの条件付きプロモーターまたはエンハンサーの制御下にあり、それによってそのようなタンパク質の発現の低下を条件付きで調節する。発現の低下および/または遺伝子破壊を生じさせるための例示的な系および作用物質は以下に記載されている。いくつかの態様では、細胞における1つまたは複数のタンパク質（例えばGCN2、CHOP、BLIMP-1/PRDM1および/またはAHR）の発現は、同じ条件下で作用物質または遺伝子破壊の非存在下での類似の細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下する。
いくつかの態様では、操作された細胞は、mTOR、PKC-θ、CD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）、またはその機能的部分もしくは変異体の1つまたは複数の組換え、操作されたまたは異所性の発現を含み、ならびにGCN2、CHOP、BLIMP-1/PRDM1またはAHRの1つまたは複数の発現低下を含む。
いくつかの態様では、トリプトファン不足またはトリプトファン代謝産物の蓄積に応答してなどの、IDO媒介シグナル伝達に関連するタンパク質の発現が改変されている、提供される操作された細胞は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）と組み合わせて使用して、操作された細胞がそのように改変されていない方法と比較して特定のさらなる利点を提供することができる。いくつかの局面では、特定のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファン異化作用に関連するすべての下流の活性を標的とする、例えば阻害するとは限らない可能性があり、この場合、提供される操作された細胞は、キヌレニン経路および/またはIDO1もしくは他の経路酵素のシグナル伝達の免疫抑制作用に対する操作されたT細胞療法のさらなる抵抗性を提供することができる。いくつかの場合には、そのような改変された操作細胞をトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）を含む併用療法と組み合わせることにより、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）の投与量または投与頻度を減らすことができる。特定の局面では、提供される操作された細胞におけるタンパク質の改変は、条件付き、例えば誘導性であり、これにより、タンパク質発現の（例えばGCN2、CHOP、BLIMP-1、ARH、ARNT、mTOR、PKC-θ、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4の1つまたは複数の）改変を、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が利用できないかまたは活性でない可能性がある時点などの特定の条件下で制御することができる。
いくつかの態様では、改変された発現（例えば減少または増加した発現の）の誘導は、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点においてである。いくつかの態様では、改変された発現（例えば減少または増加した発現）の誘導は、T細胞アネルギーの増加またはT細胞療法の枯渇、T細胞増殖の減少および/またはT細胞活性化の減少の証拠が存在する時点においてである。そのような態様のいずれかでは、そのような増加または減少は、T細胞療法の投与開始前のレベルもしくは活性と比較して、またはT細胞療法の開始後の先行する時点と比較して、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、もしくはそれ以上を上回り得る、または約1.5倍、約2.0倍、約3.0倍、約4倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、もしくはそれ以上を上回り得る。いくつかの態様では、改変された発現（例えば減少または増加した発現）の誘導は、血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の開始後の先行する時点でのT細胞の数と比較して減少している（例えば1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍またはそれ以上の減少）;T細胞療法の開始後の対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大数よりも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、100倍またはそれ以上少ない;T細胞療法の細胞の10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.2％もしくは0.1％未満またはおよそそれ未満が、そのような細胞のピークまたは最大レベルが血液中で検出された後の時点で血液中で検出可能である、時点においてである。
いくつかの態様では、提供される方法は、操作された細胞においてそのようなタンパク質の発現の改変（例えば発現の減少または増加）を誘導するための誘導剤を投与することを含む。いくつかの態様では、誘導剤は、アロラクトースもしくはIPTG、テトラサイクリンもしくはテトラサイクリン誘導体、またはドキシサイクリンもしくはドキシサイクリン誘導体である。誘導剤の選択は、例えば、タンパク質の発現を制御するための、またはタンパク質の発現の破壊もしくは低下を媒介する作用物質（例えば阻害性核酸、ヌクレアーゼもしくはヌクレアーゼ系もしくは複合体）の発現を制御するための、特定のプロモーターなどの特定の誘導系に依存する。いくつかの態様では、誘導剤は、ラパマイシンまたは活性に必要な2つのサブユニットの化学的に誘導される二量体化を促進することができる他の誘導剤、例えば誘導性スプリットCas9である（Zetche et al.（2015）Nat.Biotechnol.,33:139-142）。誘導系などの例示的な条件は以下に記載されている。
養子細胞療法のための操作された細胞の投与方法は公知であり、提供される方法および組成物と関連して使用し得る。例えば、養子T細胞療法の方法は、例えばGruenbergらの米国特許出願公開第2003/0170238号;Rosenbergの米国特許第4,690,915号;Rosenberg（2011）Nat Rev Clin Oncol.8（10）:577-85）に記載されている。例えばThemeli et al.,（2013）Nat Biotechnol.31（10）:928-933;Tsukahara et al.,（2013）Biochem Biophys Res Commun 438（1）:84-9;Davila et al.,（2013） PLoS ONE 8（4）:e61338参照。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞が、細胞療法を受けることになっている対象からまたはそのような対象に由来する試料から単離されるおよび/または別の方法で調製される、自己移植によって行われる。したがって、いくつかの局面では、細胞は、治療を必要とする対象、例えば患者に由来し、単離および処理後に同じ対象に投与される。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞が、細胞療法を受けることになっているまたは最終的に細胞療法を受ける対象、例えば第一の対象以外の対象から単離されるおよび/または別の方法で調製される、同種異系移植によって行われる。そのような態様では、細胞は、次いで、同じ種の異なる対象、例えば第二の対象に投与される。いくつかの態様では、第一および第二の対象は遺伝的に同一である。いくつかの態様では、第一および第二の対象は遺伝的に類似する。いくつかの態様では、第二の対象は第一の対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現する。
細胞は任意の適切な手段によって投与することができる。細胞は、腫瘍量の減少などの治療効果を達成するための投与レジメンで投与される。投薬および投与は、一部には、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与スケジュールに依存し得、これは、T細胞療法の投与の開始前、開始後、および/または開始と同時に投与され得る。T細胞療法の様々な投与スケジュールには、様々な時点にわたる単回投与または複数回投与、ボーラス投与、およびパルス注入が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
a．組成物および製剤
いくつかの態様では、組換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含むT細胞療法などのT細胞療法の細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。そのような組成物は、疾患、状態、および障害の予防または治療などにおいて、提供される方法に従って使用することができる。
いくつかの態様では、操作されたT細胞（例えばCAR T細胞）などのT細胞療法は、薬学的に許容される担体と共に製剤化される。いくつかの局面では、担体の選択は、一部には特定の細胞もしくは剤によって、および/または投与方法によって決定される。したがって、種々の適切な製剤が存在する。例えば、薬学的組成物は防腐剤を含み得る。適切な防腐剤としては、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムが挙げられ得る。いくつかの局面では、2つまたはそれ以上の防腐剤の混合物が使用される。防腐剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.0001重量％から約2重量％の量で存在する。担体は、例えばRemington's Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.（1980）に記載されている。薬学的に許容される担体は一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに非毒性であり、以下のものが含まれるが、これらに限定されるわけではない:リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノールおよびm-クレゾールなど）;低分子量（約10残基未満）ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジンなどのアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAなどのキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトールなどの糖類;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体（例えばZn-タンパク質錯体）;ならびに/またはポリエチレングリコール（PEG）などの非イオン界面活性剤。
いくつかの局面では緩衝剤が組成物に含まれる。適切な緩衝剤としては、例えばクエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに他の様々な酸および塩が挙げられる。いくつかの局面では、2つまたはそれ以上の緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.001重量％から約4重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えばRemington:The Science and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams ＆Wilkins;21st ed.（May 1,2005）においてより詳細に記載されている。
製剤または組成物はまた、それぞれの活性が互いに悪影響を及ぼさない場合、細胞または剤で予防または治療される特定の適応症、疾患、または状態に有用な複数の活性成分を含み得る。そのような活性成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて適切に存在する。したがって、いくつかの態様では、薬学的組成物は、化学療法剤、例えばアスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチンなどのような他の薬学的に活性な剤または薬物をさらに含む。いくつかの態様では、剤または細胞は、塩、例えば薬学的に許容される塩の形態で投与される。適切な薬学的に許容される酸付加塩には、塩酸、臭化水素酸、リン酸、メタリン酸、硝酸および硫酸などの鉱酸、ならびに酒石酸、酢酸、クエン酸、リンゴ酸、乳酸、フマル酸、安息香酸、グリコール酸、グルコン酸、コハク酸およびアリールスルホン酸、例えばp-トルエンスルホン酸などの有機酸から誘導されるものが含まれる。
活性成分は、マイクロカプセル、コロイド状薬物送達システム（例えばリポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル）またはマクロエマルジョン中に封入され得る。特定の態様では、薬学的組成物は、シクロデキストリン包接錯体などの包接錯体として、またはリポソームとして製剤化される。リポソームは、剤または宿主細胞（例えばT細胞もしくはNK細胞）が特定の組織を標的とするのに役立ち得る。例えばSzoka et al.,Ann.Rev.Biophys.Bioeng.,9:467（1980）、ならびに米国特許第4,235,871号、同第4,501,728号、同第4,837,028号および同第5,019,369号に記載されているものなどの多くの方法がリポソームの調製に利用可能である。
いくつかの局面で薬学的組成物は、組成物の送達が治療される部位の感作の前に、および感作を生じさせるのに十分な時間で起こるように、時間放出、遅延放出、および持続放出送達システムを用いることができる。多くの種類の放出送達システムが利用可能であり、公知である。そのようなシステムは組成物の反復投与を回避することができ、それによって対象および医師にとっての利便性を高める。
いくつかの態様で薬学的組成物は、治療上有効な量または予防上有効な量などの、疾患または状態を治療または予防するために有効な量の剤または細胞を含有する。いくつかの態様で治療または予防のアウトカム（複数可）および/または有効性は、治療対象の定期的な評価によってモニタリングされる。数日間またはそれ以上にわたる反復投与については、状態に応じて、疾患または状態の徴候または症状の所望の抑制または改善または予防が起こるまで、または既に起こったかもしくは起こる可能性が高いと見なされるまで、治療が繰り返される。しかしながら、他の投与レジメンも有用であり得、決定され得る。所望の投与量は、組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回ボーラス投与によって、または組成物の持続注入投与によって送達することができる。
剤または細胞は、任意の適切な手段、例えばボーラス注入によって、注射、例えば静脈内または皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下注射、結膜下注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後傍強膜送達によって投与することができる。いくつかの態様では、それらは、非経口投与、肺内投与、および鼻腔内投与、ならびに局所治療のために所望する場合は、病巣内投与によって投与される。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。
いくつかの場合には、細胞療法は、細胞を含む単一の薬学的組成物として投与される。いくつかの態様では、細胞または剤の単回ボーラス投与によって所与の用量が投与される。いくつかの態様では、所与の用量は、例えば3日以下の期間にわたる細胞もしくは剤の複数回ボーラス投与によって、または細胞もしくは剤の持続注入投与によって投与される。
疾患の予防または治療のために、適切な投与量は、治療される疾患の種類、1つまたは複数の剤の種類、細胞または組換え受容体の種類、疾患の重症度および経過、剤または細胞が予防目的または治療目的のいずれで投与されるか、過去の療法、対象の病歴および剤または細胞に対する応答、ならびに主治医の裁量に依存し得る。組成物は、いくつかの態様では、一度にまたは一連の治療にわたって対象に適切に投与される。
細胞または剤は、標準的な投与技術、製剤、および/または装置を用いて投与され得る。組成物の保存および投与のための、注射器およびバイアルなどの製剤および装置が提供される。細胞に関して、投与は自己由来または異種であり得る。例えば、免疫応答性細胞または前駆体は、一対象から得ることができ、同じ対象または異なる、適合性の対象に投与され得る。末梢血由来免疫応答性細胞またはそれらの子孫（例えばインビボ、エクスビボまたはインビトロ由来）は、カテーテル投与、全身注入、局所注入、静脈内注射、または非経口投与を含む局所注入によって投与することができる。治療用組成物（例えば神経毒性の症状を治療または改善する遺伝子改変された免疫応答性細胞または剤を含む薬学的組成物）を投与する場合、治療用組成物は一般に単位投与注射形態（溶液、懸濁液、エマルジョン）に製剤化される。
製剤には、経口投与、静脈内投与、腹腔内投与、皮下投与、肺投与、経皮投与、筋肉内投与、鼻腔内投与、口腔投与、舌下投与、または坐剤投与用のものが含まれる。いくつかの態様では、剤または細胞集団は非経口投与される。本明細書で使用される「非経口」という用語は、静脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、直腸内投与、膣内投与、および腹腔内投与を含む。いくつかの態様では、剤または細胞集団は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を用いて対象に投与される。
いくつかの態様で組成物は、いくつかの局面では選択されたpHに緩衝され得る、滅菌液体製剤、例えば等張水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供される。液体製剤は通常、ゲル、他の粘性組成物、および固体組成物よりも調製が容易である。さらに、液体組成物は、特に注射によって投与するのにいくぶんより便利である。他方で、粘性組成物は、特定の組織とのより長い接触期間を提供する適切な粘度範囲内に製剤化することができる。液体または粘性組成物は担体を含むことができ、担体は、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）およびそれらの適切な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る。
滅菌注射溶液は、適切な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどとの混合物などの溶媒中に剤または細胞を組み込むことによって調製することができる。組成物は凍結乾燥することもできる。組成物は、所望される投与経路および製剤に依存して、湿潤剤、分散剤または乳化剤（例えばメチル細胞ロース）、pH緩衝剤、ゲル化または増粘添加剤、防腐剤、香味剤、着色剤などのような補助物質を含有し得る。いくつかの局面では、標準的なテキストを参考にして適切な製剤を調製し得る。
抗菌防腐剤、抗酸化剤、キレート剤、および緩衝剤を含む、組成物の安定性および無菌性を高める様々な添加剤を添加することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などによって確実にすることができる。注射用医薬形態の持続的吸収は、吸収を遅延させる作用物質、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンの使用によってもたらされ得る。
徐放性製剤を調製し得る。徐放性製剤の適切な例としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは成形品の形態、例えばフィルムまたはマイクロカプセルである。
インビボ投与に使用される製剤は一般に無菌である。無菌性は、例えば滅菌濾過膜を通して濾過することによって容易に達成され得る。
b．投与スケジュールおよび投与
いくつかの態様では、細胞の用量は提供される方法に従って対象に投与される。いくつかの態様では、用量のサイズまたはタイミングは、対象における特定の疾患または状態の関数として決定される。提供される説明を考慮して特定の疾患についての用量のサイズまたはタイミングを経験的に決定することは、当業者のレベル範囲内である。
特定の態様では、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団は、約10万～約1000億個の細胞の範囲で、および/または対象の体重1キログラム当たりその量の細胞で、例えば10万～約500億個の細胞（例えば約5百万個の細胞、約2500万個の細胞、約5億個の細胞、約10億個の細胞、約50億個の細胞、約200億個の細胞、約300億個の細胞、約400億個の細胞、もしくは前記値のいずれか2つによって定義される範囲）、100万～約500億個の細胞（例えば約500万個の細胞、約2500万個の細胞、約5億個の細胞、約10億個の細胞、約50億個の細胞、約200億個の細胞、約300億個の細胞、約400億個の細胞、もしくは前記値のいずれか2つによって定義される範囲）、例えば約1000万～約1000億個の細胞（例えば約2000万個の細胞、約3000万個の細胞、約4000万個の細胞、約6000万個の細胞、約7000万個の細胞、約80000万個の細胞、約9000万個の細胞、約100億個の細胞、約250億個の細胞、約500億個の細胞、約750億個の細胞、約900億個の細胞、もしくは前記値のいずれか2つによって定義される範囲）、およびいくつかの場合には、約1億個の細胞～約500億個の細胞（例えば約1億2000万個の細胞、約2億5000万個の細胞、約3億5000万個の細胞、約4億5000万個の細胞、約6億5000万個の細胞、約8億個の細胞、約9億個の細胞、約30億個の細胞、約300億個の細胞、約450億個の細胞）、またはこれらの範囲の間の任意の値および/または対象の体重1キログラム当たりその量の細胞で、対象に投与される。投与量は、疾患もしくは障害および/または患者および/または他の治療に特有の属性に依存して異なり得る。いくつかの態様では、そのような値は組換え受容体発現細胞の数を指し、他の態様では、それらは投与されるT細胞またはPBMCまたは全細胞の数を指す。
いくつかの態様では、例えば対象がヒトである場合、用量は、約1×108未満の全組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞、または末梢血単核細胞（PBMC）、例えば1×106～1×108のそのような細胞、例えば2×106、5×106、1×107、5×107、もしくは1×108もしくはそのような全細胞の範囲、または前記値のいずれか2つの間の範囲の細胞を含む。いくつかの態様では、対象がヒトである場合、用量は、約1×106～3×108の全組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、例えば約1×107～2×108のそのような細胞、例えば約1×107、5×107、1×108もしくは1.5×108のそのような全細胞の範囲、または前記値のいずれか2つの間の範囲の細胞を含む。いくつかの態様では、患者は複数用量を投与され、それぞれの用量または総用量は、前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様では、細胞の用量は、それぞれ両端の値を含む、1×105～5×108もしくはおよそ前記値の全組換え受容体発現T細胞もしくは全T細胞、1×105～1×108もしくはおよそ前記値の全組換え受容体発現T細胞もしくは全T細胞、5×105～1×107もしくはおよそ前記値の全組換え受容体発現T細胞もしくは全T細胞、または1×106～1×107もしくはおよそ前記値の全組換え受容体発現T細胞もしくは全T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞療法は、対象の体重1kg当たり少なくとも以下の値もしくは少なくともおよそ以下の値または以下の値もしくはおよそ以下の値:0.1×106細胞/kg、0.2×106細胞/kg、0.3×106細胞/kg、0.4×106細胞/kg、0.5×106細胞/kg、1×106細胞/kg、2.0×106細胞/kg、3×106細胞/kgまたは5×106細胞/kgである細胞数を含有する用量の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞療法は、それぞれ両端の値を含む、対象の体重1kg当たり0.1×106細胞/kg～1.0×107細胞/kgもしくはおよそ前記値、0.5×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、0.5×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、0.5×106細胞/kg～2×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、0.5×106細胞/kg～1×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、1.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、1.0×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、約1.0×106細胞/kg～2×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、2.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、2.0×106細胞/kg～3×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、または3.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgもしくはおよそ前記値である細胞数を含有する用量の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞の用量は、2×105細胞/kg～2×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、例えば4×105細胞/kg～1×106細胞/kgもしくはおよそ前記値、または6×105細胞/kg～8×105細胞/kgもしくはおよそ前記値を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、対象の体重1キログラム当たり（細胞/kg）2×105個以下の細胞（例えばCAR発現細胞などの抗原発現細胞）、例えば3×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、4×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、5×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、6×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、7×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、8×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、9×105細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、1×106細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下、または2×106細胞/kg以下もしくはおよそ前記値以下を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、対象の体重1キログラム当たり（細胞/kg）2×105個の細胞（例えばCAR発現細胞などの抗原発現細胞）もしくは約2×105個の細胞、または少なくとも2×105個の細胞もしくは少なくともおよそ2×105個の細胞、例えば以下の値もしくはおよそ以下の値または少なくとも以下の値もしくは少なくともおよそ以下の値:3×105細胞/kg、4×105細胞/kg、5×105細胞/kg、6×105細胞/kg、7×105細胞/kg、8×105細胞/kg、9×105細胞/kg、1×106細胞/kg、または2×106細胞/kgを含む。
養子細胞療法に関連して、所与の「用量」の細胞の投与は、単一の組成物としての、および/または単一の中断されない投与、例えば単回注射もしくは持続注入としての所与の量または数の細胞の投与を包含し、また、3日以内の指定される期間にわたって複数の個々の組成物または注入で提供される分割用量としての所与の量または数の細胞の投与も包含する。したがって、いくつかの状況では、用量は、ある1つの時点で与えられるかまたは開始される、指定される数の細胞の単回投与または連続投与である。しかしながら、いくつかの状況では、用量は、3日間もしくは2日間1日1回などの3日以下の期間にわたる複数回の注射もしくは注入で、または1日の期間にわたる複数回の注入によって投与される。
したがって、いくつかの局面では、用量の細胞は単一の薬学的組成物で投与される。いくつかの態様では、用量の細胞は、用量の細胞を集合的に含む複数の組成物で投与される。
「分割用量」という用語は、それが1日を超えて投与されるように分割されている用量を指す。この種の投与は本発明の方法に包含され、単回投与であると見なされる。いくつかの態様では、分割用量の細胞は、3日以下の期間にわたって、用量の細胞を集合的に含む複数の組成物で投与される。
したがって、細胞の用量は分割用量として投与され得る。例えば、いくつかの態様では、用量は、2日間または3日間にわたって対象に投与され得る。分割投与のための例示的な方法は、1日目に用量の25％を投与し、2日目に用量の残りの75％を投与することを含む。他の態様では、1日目に用量の33％を投与し、2日目に残りの67％を投与し得る。いくつかの局面では、1日目に用量の10％を投与し、2日目に用量の30％を投与し、3日目に用量の60％を投与する。いくつかの態様では、分割用量は3日間を超えない。
いくつかの態様では、用量の細胞は、それぞれが用量の一部の細胞を含む、第一および第二、任意でそれ以上などの、複数の組成物または溶液の投与によって投与され得る。いくつかの局面では、それぞれ異なる集団および/またはサブタイプの細胞を含有する複数の組成物は、別々にまたは独立して、任意で一定期間内に投与される。例えば、細胞の集団またはサブタイプは、それぞれCD8＋およびCD4＋T細胞、ならびに/またはそれぞれCD8＋および/またはCD4＋に富む集団、例えばそれぞれ個別に組換え受容体を発現するように遺伝子操作された細胞を含むCD4＋および/またはCD8＋T細胞を含み得る。いくつかの態様では、用量の投与は、ある用量のCD8＋T細胞またはある用量のCD4＋T細胞を含有する第一の組成物の投与、ならびに該用量のCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の他方を含有する第二の組成物の投与を含む。
いくつかの態様では、組成物または用量の投与、例えば複数の細胞組成物の投与は、細胞組成物を別々に投与することを含む。いくつかの局面では、別々の投与は、同時にまたは任意の順序で連続して行われる。いくつかの態様では、用量は第一の組成物および第二の組成物を含み、第一の組成物および第二の組成物は0～12時間の間隔、0～6時間の間隔または0～2時間の間隔で投与される。いくつかの態様では、第一の組成物の投与開始および第二の組成物の投与開始は、2時間以内、1時間以内、または30分以内、15分以内、10分以内または5分以内の間隔で行われる。いくつかの態様では、第一の組成物の投与の開始および/または完了ならびに第二の組成物の投与の完了および/または開始は、2時間以内、1時間以内、または30分以内、15分以内、10分以内または5分以内の間隔で行われる。
いくつかの組成物では、第一の組成物、例えば用量の第一の組成物はCD4＋T細胞を含む。いくつかの組成物では、第一の組成物、例えば用量の第一の組成物はCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様では、第一の組成物は第二の組成物の前に投与される。
いくつかの態様では、細胞の用量または組成物は、組換え受容体を発現するCD4＋細胞対組換え受容体を発現するCD8＋細胞、および/またはCD4＋細胞対CD8＋細胞の定義された比率または標的比率を含み、この比率は、任意で約1:1であるか、または約1:3～約3:1、例えば約1:1である。いくつかの局面では、異なる細胞集団の標的または所望の比率（例えばCD4＋:CD8＋比またはCAR＋CD4＋:CAR＋CD8＋比、例えば1:1）を有する組成物または用量の投与は、一方の集団を含む細胞組成物の投与、次いで他方の集団を含む別の細胞組成物の投与を含み、ここで、投与は標的または所望の比率またはそれに近い比率においてである。
いくつかの態様では、細胞の用量は一般に、疾患負荷を軽減するうえで有効であるのに十分な量である。
いくつかの態様では、細胞は所望の投与量で投与され、これは、いくつかの局面では所望の用量もしくは数の細胞もしくは細胞型（複数可）および/または所望の比率の細胞型を含む。したがって、いくつかの態様では細胞の投与量は、細胞の総数（または体重1kg当たりの数）および個々の集団またはサブタイプの所望の比率、例えばCD4＋対CD8＋比に基づく。いくつかの態様では、細胞の投与量は、個々の集団または個々の細胞型における細胞の所望の総数（または体重1kg当たりの数）に基づく。いくつかの態様では、投与量は、個々の集団における全細胞の所望の数、所望の比率、および細胞の所望の総数などの特徴の組み合わせに基づく。
いくつかの態様では、CD8＋およびCD4＋T細胞などの細胞の集団またはサブタイプは、T細胞の所望の用量などの全細胞の所望の用量の許容差でまたは許容差内で投与される。いくつかの態様では、所望の用量は、細胞の所望の数または細胞が投与される対象の単位体重当たりの細胞の所望の数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、細胞の最小数もしくは最小数より上、または単位体重当たりの細胞の最小数もしくは最小数より上である。いくつかの局面では、所望の用量で投与される全細胞のうち、個々の集団またはサブタイプは、所望の産生比（CD4＋対CD8＋比など）またはそれに近い比率で、例えばそのような比のある特定の許容差内または誤差内で存在する。
いくつかの態様では、細胞は、所望の用量のCD4＋細胞および/または所望の用量のCD8＋細胞などの、1つまたは複数の個々の集団またはサブタイプの細胞の所望の用量の許容差でまたは許容範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の用量は、サブタイプまたは集団の細胞の所望の数、または細胞が投与される対象の単位体重当たりのそのような細胞の所望の数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、集団もしくはサブタイプの細胞の最小数もしくは最小数より上、または単位体重当たりの集団もしくはサブタイプの細胞の最小数もしくは最小数より上である。
したがって、いくつかの態様では、投与量は、全細胞の所望の固定用量および所望の比率に基づき、ならびに/または個々のサブタイプもしくは亜集団の1つもしくは複数、例えば各々の、所望の固定用量に基づく。したがって、いくつかの態様では、投与量は、T細胞の所望の固定用量もしくは最小用量およびCD4＋対CD8＋細胞の所望の比率に基づき、ならびに/またはCD4＋および/またはCD8＋細胞の所望の固定用量もしくは最小用量に基づく。
いくつかの態様では、細胞は、CD4＋およびCD8＋細胞またはサブタイプなどの複数の細胞集団またはサブタイプの所望の産生比の許容範囲でまたは許容範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の比率は特定の比率であり得るかまたは比率の範囲であり得、例えばいくつかの態様では、所望の比率（例えばCD4＋対CD8＋細胞の比率）は、5:1～5:1もしくは約5:1～約5:1（もしくは約1:5より大きく約5:1より小さい）、または1:3～3:1もしくは約1:3～約3:1（もしくは約1:3より大きく約3:1より小さい）、例えば2:1～1:5もしくは約2:1～約1:5（もしくは約1:5より大きく約2:1より小さい、例えば5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9、1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5、もしくは1:5、またはおよそ前記比率である。いくつかの局面では、許容差は、所望の比率の約1％、約2％、約3％、約4％、約5％、約10％、約15％、約20％、約25％、約30％、約35％、約40％、約45％、約50％以内であり、これらの範囲の間の任意の値を含む。
特定の態様では、細胞の数および/または濃度は、組換え受容体（例えばCAR）発現細胞の数を指す。他の態様では、細胞の数および/または濃度は、投与されるすべての細胞、T細胞、または末梢血単核細胞（PBMC）の数または濃度を指す。
いくつかの局面では、投与量のサイズは、以前の治療、例えば化学療法に対する対象の応答、対象における疾患負荷、例えば腫瘍の量、体積、大きさ、または転移の程度、範囲もしくは種類、病期、および/または毒性アウトカム、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性を発症する対象の可能性もしくは発生率、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主の免疫応答などの、1つまたは複数の基準に基づいて決定される。
いくつかの場合には、提供される方法は、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）を投与せずに細胞療法が投与される方法、または細胞が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連するタンパク質の発現の改変を含まない方法における用量と同じまたはより良好な治療の有効性または他のアウトカムを達成するために、より低い用量のそのような細胞を投与することを可能にする。いくつかの態様では、投与される細胞の用量は、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）を投与せずに細胞療法が投与される方法、または細胞が、飢餓もしくは欠乏の感知に応答してもしくはそれに関連して誘導もしくは活性化されるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連するタンパク質の発現の改変を含まない方法における用量における用量よりも少ない、例えばトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）を投与せずに細胞療法が投与される方法、または細胞が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連するタンパク質の発現の改変を含まない方法における用量より少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍または10倍少ない。いくつかの態様では、例えばより低い用量は、対象の体重1キログラム当たり約5×106個未満の細胞、組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞、および/またはPBMC、例えば対象の体重1キログラム当たり約4×106、3×106、2×106、1×106、0.5×106または0.1×106個またはそれ未満のそのような細胞を含む。
いくつかの態様では、細胞の1回またはそれ以上のその後の用量を対象に投与することができる。いくつかの態様では、細胞のその後の用量は、細胞の初回用量の投与開始後7日、14日、21日、28日または35日を超えてまたはおよそそれを超えて投与される。細胞のその後の用量は、最初の用量より多くても、ほぼ同じでも、またはより少なくてもよい。いくつかの態様では、細胞の最初のおよび/または2番目の用量の投与などのT細胞療法の投与を繰り返すことができる。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば細胞の用量または細胞の分割用量の最初の用量の投与の開始は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の前に（先に）、投与と同時にまたは投与の後に（続いて）投与される。
いくつかの態様では、細胞の用量、または細胞のその後の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与をスタートまたは開始した後0～90日間、例えば0～30日間、0～15日間、0～6日間、0～96時間、0～24時間、0～12時間、0～6時間、または0～2時間、2時間～30日間、2時間～15日間、2時間～6日間、2時間～96時間、2時間～24時間、2時間～12時間、2時間～6時間、6時間～90日間、6時間～30日間、6時間～15日間、6時間～6日間、6時間～96時間、6時間～24時間、6時間～12時間、12時間～90日間、12時間～30日間、12時間～15日間、12時間～6日間、12時間～96時間、12時間～24時間、24時間～90日間、24時間～30日間、24時間～15日間、24時間～6日間、24時間～96時間、96時間～90日間、96時間～30日間、96時間～15日間、96時間～6日間、6日間～90日間、6日間～30日間、6日間～15日間、15日間～90日間、15日間～30日間または30日間～90日間投与される。いくつかの態様では、細胞の用量、または細胞のその後の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与をスタートまたは開始した後に投与される。いくつかの態様では、細胞の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与をスタートまたは開始した後、およそまたは少なくともまたは少なくともおよそ1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、2日間、3日間、6日間、12日間、15日間、30日間、60日間または90日間投与される。
いくつかの態様では、細胞の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の1つまたは複数の作用が達成される時点で投与される。いくつかの態様では、この方法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を投与した後であるが、T細胞療法、例えば養子T細胞療法を投与する前に、キヌレニン経路における代謝産物、例えばTRP、KYNもしくはKYNの誘導体のレベル、および/またはキヌレニン経路に関与する因子もしくはエフェクター、例えば酵素、例えばIDO1の発現レベル、または例えばIII章に記載されているものなどの、本明細書に記載の他の表現型もしくは所望のアウトカムの変化について対象由来の試料を評価することを含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与直前の時点のレベルと比較して、キヌレニン経路における代謝産物のレベルの変化、例えばTRPのレベルの増加またはKYNもしくはKYN誘導体のレベルの減少（例えば少なくとも1.2倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも10倍、もしくはそれ以上、または少なくとも約1.2倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約10倍、もしくはそれ以上の増加または減少）をもたらしたか、またはもたらした可能性が高い時点で投与される。そのようなパラメータおよび他のパラメータ、ならびにそれを決定または評価するための例示はIII章に記載されている。
いくつかの態様では、T細胞療法、例えば養子T細胞療法の細胞用量の投与の開始は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の前に投与される。いくつかの態様では、細胞の用量は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）を投与する少なくとも1時間前もしくは少なくとも約1時間前、少なくとも2時間前もしくは少なくとも約2時間前、少なくとも3時間前もしくは少なくとも約3時間前、少なくとも6時間前もしくは少なくとも約6時間前、少なくとも12時間前もしくは少なくとも約12時間前、少なくとも1日前もしくは少なくとも約1日前、少なくとも2日前もしくは少なくとも約2日前、少なくとも3日前もしくは少なくとも約3日前、少なくとも4日前もしくは少なくとも約4日前、少なくとも5日前もしくは少なくとも約5日前、少なくとも6日前もしくは少なくとも約6日前、少なくとも7日前もしくは少なくとも約7日前、少なくとも12日前もしくは少なくとも約12日前、少なくとも14日前もしくは少なくとも約14日前、少なくとも15日前もしくは少なくとも約15日前、少なくとも21日前もしくは少なくとも約21日前、少なくとも28日前もしくは少なくとも約28日前、少なくとも30日前もしくは少なくとも約30日前、少なくとも35日前もしくは少なくとも約35日前、少なくとも42日前もしくは少なくとも約42日前、少なくとも60日前もしくは少なくとも約60日前、または少なくとも90日前もしくは少なくとも約90日前に投与される。
いくつかの態様では、この方法は、T細胞療法、例えば養子T細胞療法の細胞用量を投与した後であるが、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を投与する前に、キヌレニン経路における代謝産物、例えばTRP、KYNもしくはKYNの誘導体のレベル、および/またはキヌレニン経路に関与する因子もしくはエフェクター、例えば酵素、例えばIDO1の発現レベル、または例えばIII章に記載されているものなどの、本明細書に記載の他の表現型もしくは所望のアウトカムの変化について対象由来の試料を評価することを含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の事前投与が、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の開始直前の時点または免疫療法の開始後の先行する時点でのレベルと比較して、TRPのレベルの減少またはKYNもしくはKYN誘導体のレベルの増加（例えば少なくとも少なくとも1.2倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも10倍、もしくはそれ以上、または少なくとも約1.2倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約10倍、もしくはそれ以上の増加または減少）などの、キヌレニン経路における代謝産物のレベルの変化を直接または間接的に生じさせたもしくは誘導したか、または生じさせたもしくは誘導した可能性が高い時点においてである。併用療法のレジメンを決定または評価するための様々なパラメータはIII章に記載されている。
B．トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与
提供される方法、組成物、組み合わせ、キットおよび使用は、キヌレニン経路の調節剤、例えば酵素インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与、例えばキメラ抗原受容体（CAR）を発現するT細胞の投与の前に、投与の後に、投与の間に、投与と同時にまたはほぼ同時に、連続的におよび/または間欠的に投与される。
1．トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路における因子および/または酵素の活性を阻害する阻害剤および/またはアンタゴニストである。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路における代謝産物のレベルに影響を及ぼす、例えばキヌレニン経路の特定の代謝産物の増加または減少をもたらす。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、経路に関与する1つまたは複数の因子またはエフェクター、例えば酵素を調節する、例えば制御、阻害、誘導または活性化する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2、トリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）、キヌレニンホルムアミダーゼ、キヌレニナーゼ、L-キヌレニンヒドロラーゼ、キヌレニン-3-モノオキシゲナーゼ、キヌレニン3-ヒドロキシラーゼ、3-ヒドロキシアントラニル酸オキシゲナーゼ、3-ヒドロキシアントラニル酸3,4-ジオキシゲナーゼ、キヌレニンアミノトランスフェラーゼ、および/またはキノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼを調節する、例えば制御、阻害または活性化する。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路における1つまたは複数の代謝産物のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/または分解を調節または制御する、例えば増加または減少させる。いくつかの態様では、キヌレニン経路の代謝産物は、L-トリプトファン、n-ホルミルキヌレニン、DL-キヌレニン、L-キヌレニン、3-ヒドロキシ-DL-キヌレニン、キヌレン酸、キナルジン酸、キヌラミン、3-ヒドロキシ-L-キヌレニン、3-ヒドロキシ-D-キヌレニン、3-ヒドロキシアントラニル酸、キサントマチン、アントラニル酸、キサンツレン酸、ピコリン酸、キノリン酸および/またはシンナバリン酸、ならびにすべての実質的に相同な類似体および変種である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、TMEにおける免疫抑制状態に寄与する、トリプトファンの異化作用ならびに/またはN-ホルミル-L-キヌレニン、キヌレニンおよび/もしくはその誘導体、例えば3-ヒドロキシキヌレニン、キヌレン酸および3-ヒドロキシアントラニル酸の合成を調節する、例えば制御、阻害または活性化する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファン（TRP）のレベルの増加および/またはキヌレニン（KYN）のレベルの減少を引き起こす、媒介する、または生じさせる。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、IDO2および/またはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファン異化作用における上流および/または下流の因子またはエフェクター、例えば酵素、例えばトリプトファンのシグナル伝達、転写および/もしくは輸送の成分ならびに/またはトリプトファン異化もしくは異化成分（複数可）を、キヌレニン経路の調節によって調節する、例えば制御、阻害または活性化する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、トリプトファン異化作用に関与する因子またはエフェクター、例えばGCN2（general control non-derepressible 2）、インターフェロンγ（IFNγ）、腫瘍壊死因子α（TNFα）などの炎症性合図、シグナル伝達兼転写活性化因子3（STAT3）、ラパマイシンの哺乳動物標的（mTOR）、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核トランスロケータ（ARNT）、ダイオキシン応答エレメント（DRE）、TRP（トリプトファン）輸送体などのアミノ酸の輸送体（例えばCD98および/または関連する鎖、例えばCD98/LAT-1輸送体複合体、例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）および/またはL型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、プロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）、Asc-1、Asc-2、ATB0、B0AT1、TAT1の1つまたは複数）、PRドメインジンクフィンガータンパク質1（PRDM1、BLIMP-1としても知られる）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8および/またはIFNγ-R2を調節する。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子、ペプチド、ポリペプチド、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマーもしくは核酸分子（例えばsiRNA）、脂質、多糖類またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の特定の因子および/または酵素の阻害剤または活性化剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の特定の因子および/または酵素のアゴニストまたはアンタゴニストである。いくつかの態様では、キヌレニン阻害剤は、キヌレニン経路の1つまたは複数の代謝産物の類似体または誘導体である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、小分子である阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、タンパク質またはポリペプチドである。
剤、例えば代謝経路調節剤、例えばトリプトファン代謝経路調節剤、例えば代替トリプトファン経路調節剤、例えばキヌレニン経路調節剤は、多数の適切な手段のいずれかによって、例えば経口投与、注射、ボーラス注入、非経口投与、肺内投与、鼻腔内投与、および/または病巣内投与によって投与される。いくつかの態様では、剤は局所的および/または全身的に投与される。いくつかの態様では、剤は、1つまたは複数の他の治療薬または製品、またはその前駆体を処置するために添加または使用される。一例では、剤は、養子細胞療法における投与のための細胞、例えばCARなどの1つまたは複数の操作された免疫受容体を発現する細胞、例えばCAR発現T細胞を生成する工程の間に添加される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はトリプトファン、例えば補充トリプトファンである。
a．IDO1阻害剤
いくつかの態様では、併用療法における阻害剤はIDO1の阻害剤である。IDO1は、一般にキヌレニン経路におけるL-トリプトファンの代謝の最初の律速段階を触媒するのに役割を果たす3つのヘム依存性ジオキシゲナーゼのファミリーに属し、これはIDO1、IDO2およびTDOを含む。3つの酵素は、L-トリプトファンをN-ホルミル-L-キヌレニンに変換し、これはその後一連の工程を通して代謝されてニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（NAD）を形成する。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、以下に記載されているおよび/または要約されているもののいずれかである:国際公開公報第2011/056652号;同第2012/142237号;同第2014/159248号;同第2008/058178号;同第2010/005958号;同第2014/150646号;同第2014/150677号;同第2015/002918号;同第2015/006520号;同第2016/024233号;同第2016/026772号;同第2015/082499号;同第2016/012615号;同第2011/045341号;同第2015/119944号;同第2006/005185号;同第2016/051181号;同第2014/186035号;同第2008/052352号;同第2009/073620号;米国特許出願公開第2005/186289号;同第2007/0105907号;同第2016/0060266号;同第2016/0046596号;米国特許第7,098,209号;中国特許出願公開第105567690号;同第103070868号;同第102579452号;Zadori et al.,Expert Opinion on Therapeutic Patents（2016）,DOI:10.1080/13543776.2016.1189531;Rohrig et al.,J.Med.Chem.2012,55:5270-5290;Rohrig et al.,J.Med.Chem.2015,58:9421-9437;Meininger et al.,Biochim.Biophys.Acta Proteins Proteomics 2011,1814:1947-1954;Tojo et al.,ACS Med.Chem.Lett.2014,5:1119-1123;Vacchelli et al.,（2014）OncoImmunology 3:10,e957994;Moon et al.,Journal forImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51;Platten et al.,Front Immunol.2015 Jan 12;5:673;Weinmann,H.,ChemMedChem 2016,11:450-466;Liu et al.,Blood.2010 Apr 29;115（17）:3520-30;Ninomiya et al.,Blood.2015 Jun 18;125（25）:3905-16;Sheridan,C.Nature Biotechnology 33,321-322（2015）;Carvalho et al.,Org.Biomol.Chem.2014,12:2663-2674;Eguchi et al.,Arch.Biochem.Biophys.1984,232:602-609;Peterson et al.,Med.Chem.Res.1993,3:473-482;Sono et al.,Biochemistry 1989,28:5392-5399;Opitz et al.,PLoS One.2011;6（5）:e19823;およびSaito et al.,Biochem.J.1993,291:11-14。例示的なIDO1阻害剤としては、エパカドスタット（INCB024360）、インドキシモド（1-メチル-D-トリプトファン）、IDOペプチドワクチン、およびNLG919が挙げられる。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、毒性を増加させることなく様々な化学療法剤（例えば白金化合物、タキサン誘導体、シクロホスファミド）の抗腫瘍活性を増加させることができるものを含む。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子（例えばsiRNA）である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は小分子である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、ヒドロキシアミジン誘導体、トリプトファン類似体もしくは誘導体、インドール誘導体もしくは類似体、キノンもしくはイミノキノン骨格を有する化合物、イミダゾール誘導体、例えばフェニルイミダゾール（PIM）もしくはフェニルイミダゾール誘導体、1,2,3-トリアゾール誘導体、チアゾロトリアゾール骨格に基づく化合物、イミダゾチアゾール誘導体、2,3-ジアミノ-フロ［2,3-c］ピリジンおよび2,3-ジアミノベンゾ［b］チオフェン誘導体、天然物阻害剤もしくは誘導体、または単芳香環化合物もしくは誘導体である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤はヒドロキシアミジン誘導体である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、式I
Figure 2022166232000002
の化合物またはその薬学的に許容される塩であって、式中
Xは
Figure 2022166232000003
であり;
R1は、Cl、Br、CF3またはCNであり;R2はHまたはFであり;およびR3はClまたはBrである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、式Ia
Figure 2022166232000004
の化合物またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの態様では、IDO阻害剤は、式Ib
Figure 2022166232000005
の化合物またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（エパカドスタット、INCB024360としても知られる）またはその薬学的に許容される塩もしくは誘導体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミドまたはその薬学的に許容される塩である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、国際公開公報第2008/058178号、同第2010/005958号および同第2015/119944号に記載されている阻害剤のいずれかである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（エパカドスタット、INCB024360としても知られる）またはその薬学的に許容される塩もしくは誘導体である。
いくつかの態様では、IDO阻害剤は、以下の化合物
Figure 2022166232000006
またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、トリプトファン類似体もしくは誘導体、またはインドール誘導体もしくは類似体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、1-メチルトリプトファン（1-MT）、例えば1-メチル-D-トリプトファンもしくは1-メチル-L-トリプトファン、2,5-ジヒドロ-L-フェニルアラニン、またはメチルチオヒダントイン-D,L-トリプトファン（MTH-trpもしくはネクロスタチン1）である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、ブラシニンおよび誘導体、例えばS-アリル-ブラシニン、S-ベンジル-ブラシニン、5-ブロモ-ブラシニン、ブラシニン由来のジチオカルバメート、1-メチルトリプトファンチラパザミン化合物、トリプトリン誘導体またはトリプタミン誘導体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、キラルアイソフォームの混合物（すなわち1-メチル-D-トリプトファンおよび1-メチル-L-トリプトファン）として存在するIDO1（およびIDO2）の競合阻害剤、1-メチルトリプトファンである。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、1-メチル-D-トリプトファン（1-D-MT;インドキシモドまたはNLG8189としても知られる）である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、米国特許出願公開第2005/186289号および米国特許第7,098,209号に記載されているもののいずれかなどである。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は1-メチル-L-トリプトファン（1-L-MT）である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、キノンまたはイミノキノン骨格を有する化合物である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、カテコール、ヒドロキノン、p-キノン、L-ジヒドロキシフェニルアラニン、L-エピネフリン、メナジオン、ベンゾフラノキノン、β-ラパコンまたはナフトキノン系化合物、エキシグアミンA、アンヌリンB、ピラノナフトキノン、インドールキノン、ピラノナフトキノン、ピロロイミノキノン、β-ラパコン、シンナバリン酸、ベンゾフランキノン、キセストサプロールO類似体、4-イミノナフタレン-1-オン誘導体、NSC111041、マイトマイシンCまたはその誘導体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、国際公開公報第2008/052352号、同第2006/005185号;およびCarvalho et al.,Org.Biomol.Chem.2014,12:2663-2674に記載されているもののいずれか、またはその誘導体などである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、フェニルイミダゾール（PIM）またはフェニルイミダゾール誘導体などのイミダゾール誘導体である。いくつかの態様では、IDO 1阻害剤は、国際公開公報第2011/056652号に記載されているものなどの、2-ヒドロキシフェニルイミダゾールもしくは4-フェニルイミダゾール、またはその誘導体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、国際公開公報第2012/142237号および同第2014/159248号に記載されているものなどの、PIMに基づく三環式化合物である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919;GDC-0919またはGTPL9019としても知られる）、エコナゾールまたはその誘導体である。
いくつかの態様では、IDO阻害剤は、1,2,3-トリアゾール誘導体、例えばRohrig et al.,J.Med.Chem.2012,55:5270-5290に記載されているものなどの4-フェニル-1,2,3-トリアゾールの誘導体である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、Meininger et al.,Biochim.Biophys.Acta Proteins Proteomics 2011,1814:1947-1954に記載されているものなどの、チアゾロトリアゾール骨格に基づく化合物である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、N-（1,3-ベンゾジオキソール-5-イル）-2-｛［5-（4-メチルフェニル）［1,3］チアゾロ［2,3-c］［1,2,4］トリアゾール-3-イル］スルファニル}アセトアミド（AMG-1）、またはその誘導体である。
いくつかの態様では、IDO阻害剤は、Tojo et al.,ACS Med.Chem.Lett.2014,5:1119-1123に記載されているものなどのイミダゾチアゾール誘導体である。いくつかの態様では、IDO阻害剤はミコナゾールである。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、国際公開公報第2014/150646号、同第2014/150677号、同第2015/002918号および同第2015/006520号に記載されているものなどの2-アミノフェニル尿素骨格に基づく化合物である。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は天然物阻害剤またはその誘導体である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、Eguchi et al.,Arch.Biochem.Biophys.1984,232:602-609;Peterson et al.,Med.Chem.Res.1993,3:473-482;Sono et al.,Biochemistry 1989,28:5392-5399;およびSaito et al.,Biochem.J.1993, 291:11-14に記載されているものなどの、ノルハルマン/β-カルボリン、ベンゾマルビン、ハリクロン酸、チエラビン、トリプタントリンまたはガラナールである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、単芳香環化合物またはその誘導体、例えばO-ベンジルヒドロキシルアミン、フェニルヒドラジン、ベンジルメルカプタン、S-ベンジルイソチオ尿素誘導体、チオセミカルバジド誘導体、ジチオカルバメート誘導体もしくはAC12308、またはその誘導体、および国際公開公報第2009/073620号に記載されているもののいずれかである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、2,3-ジアミノ-フロ［2,3-c］ピリジンおよび2,3-ジアミノベンゾ［b］チオフェン誘導体、例えば（N3-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）フロ［2,3-c］ピリジン-2,3-ジアミンまたはN3-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）ベンゾ［b］チオフェン-2,3-ジアミン、ならびに国際公開公報第2014/186035号に記載されているもののいずれかである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、IDO1遺伝子の発現を減少させる、欠失させる、除去する、ノックアウトする、ノックダウンする、または破壊することができる作用物質である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、IDO1発現を制御する転写因子の負の調節因子である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、Bin1またはKITシグナル伝達の負の調節因子である。いくつかの態様では、阻害剤は、内因性IDO1遺伝子の発現を低減または制御することができる阻害性核酸である。いくつかの態様では、阻害性核酸は、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適合shRNA、短いヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA前駆体（プレmiRNAもしくはプリmiRNA）、マイクロRNA（miRNA）、アンチセンスRNA、またはリボザイムであるか、またはそれを含むもしくはコードし、例えば中国特許出願公開第105567690号に記載されている阻害性核酸、もしくはその変異体、またはOpitz et al.,PLoS One.2011;6（5）:e19823に記載されているもの参照。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、1-メチル-D-トリプトファン（インドキシモドおよびNLG8189としても知られる）、1-メチル-L-トリプトファン、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（エパカドスタット; INCB024360）、メチルチオヒダントイン-D,L-トリプトファン、4-フェニルイミダゾール、NSC401366、NLG919、F001287、PF-06840003、INCB023843、2-ヒドロキシフェニルイミダゾール、4-フェニル-1,2,3-トリアゾール、ヒドロキシアミジン、チアゾロトリアゾール骨格を有する化合物、イミダゾチアゾール、2-アミノフェニル尿素骨格を有する化合物、IDO1標的指向性ワクチンおよびIDO-1標的指向性阻害性核酸の中から選択される。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、MTH-Trp、β-カルボリン、ナフトキノン系化合物、S-アリル-ブラシニン、S-ベンジル-ブラシニン、5-ブロモ-ブラシニン、フェニルイミダゾール系化合物、4-フェニルイミダゾール、エキシグアミンAもしくはNSC401366、またはMoon et al.,Journal for ImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51に記載されているもののいずれかである。
いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、単剤療法としてまたは他の抗癌剤、例えば、ナブパクリタキセル、ゲムシタビン、ドセタキセル、イピリムマブ、PDCD1を標的とするモノクローナル抗体、樹状細胞ベースのp53ワクチンおよびマルチペプチドベースのワクチンとの併用療法のために臨床開発中であるものを含む。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、臨床開発中のIDO1阻害剤、例えばエパカドスタット（INCB024360;開発者:Incyte）、インドキシモド（1-D-MT;開発者:NewLink Genetics）、IDOペプチドワクチン（開発者:Copenhagen University）、F001287、PF-06840003（開発者:Pfizer/iTeos）およびNLG919（開発者:NewLink Genetics）の中から選択される。臨床試験のために開発中である例示的なIDO1阻害剤、治療の種類およびそれらの適応症は、Moon et al.,Journal for ImmunoTherapy of Cancer（2015）3:51に記載されているものを含む。
b．他のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の最初の律速段階を触媒することもできる、IDO2またはTDOの阻害剤である。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、IDO2および/またはTDOも阻害することができる広範な阻害剤である。いくつかの態様では、阻害剤は、IDO1、IDO2またはTDOに特異的である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は二重作用性IDO/TDO阻害剤である。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、フッ素化インドール誘導体680C91もしくはLM10などのTDO阻害剤、および/またはDolusic et al.,J Med Chem.2011 Aug 11;54（15）:5320-34に記載されているもののいずれかである。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、テナトプラゾールなどのIDO2の特異的阻害剤、および/またはBakmiwewa et al.,Bioorg Med Chem Lett.2012;22（24）:7641-7646に記載されているもののいずれかである。いくつかの態様では、IDO1阻害剤は、インドキシモド（1-D-MT）のように、IDO1とIDO2の両方を阻害することができる。いくつかの態様では、IDO1阻害剤はIDO2および/またはTDOも阻害することができる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニンアミノトランスフェラーゼ、キヌレニン3-モノオキシゲナーゼ、キヌレニナーゼおよび/または3-ヒドロキシアントラニル酸3,4-ジオキシゲナーゼによって触媒される反応などの、キヌレニン経路の後続する工程を調節する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニンアミノトランスフェラーゼ、キヌレニン3-モノオキシゲナーゼ、キヌレニナーゼおよび/または3-ヒドロキシアントラニル酸3,4-ジオキシゲナーゼの阻害剤である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、EP2331095;EP2420494;EP2736337;EP2750677;EP2751086;EP2833879;米国特許出願公開第2012/0046324号;同第2012/0329812号;同第2013/0029988号;同第2013/0331370号;同第2014/0329795号;同第2014/0329816号;同第2015/0057238号;米国特許第8,710,237号;国際公開公報第2008/022286号;同第2010/017132号;同第2010/017179号;同第2011/091153号;同第2013/016488号;同第2013/033068号;同第2013/033085号;同第2013/033085号;同第2013/151707号;同第2015/047978号およびZadori et al.,Expert Opinion on Therapeutic Patents（2016）,DOI:10.1080/13543776.2016.1189531に記載されているもののいずれかを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）、L-キヌレニン、キノリン酸および/またはシンナバリン酸のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/または分解を調節または制御する。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニンまたは3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）の合成または蓄積を防止または低減する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニナーゼの阻害剤またはアンタゴニストである。キヌレニナーゼは、3-ヒドロキシキヌレニンの3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）への変換およびキヌレニンのアントラニル酸への変換を触媒する。キヌレニナーゼの阻害は3-HAAのレベルを低下させる。例示的なキヌレニナーゼ阻害剤には、O-メトキシベンゾイルアラニン2-アミノ-4-［3'-ヒドロキシフェニル］-4-ヒドロキシブタン酸、および米国特許出願公開第2015/0175712号に記載されているものが含まれる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、酵素、例えばキヌレニン経路に関与する酵素またはその誘導体もしくは改変形態である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、L-キヌレニンおよび3-ヒドロキシ-L-キヌレニンの異化を触媒することによってキヌレニンレベルを低下させるキヌレニナーゼ酵素である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、米国特許出願公開第2015/0064154号に記載されているものなどの改変キヌレニナーゼである。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、キヌレニン経路の他の成分または上流もしくは下流のエフェクター、例えばトリプトファン代謝および/またはシグナル伝達に関与する成分、例えばGCN2（general control non-derepressible 2）、インターフェロンγ（IFNγ）などの炎症性合図、シグナル伝達兼転写活性化因子3（STAT3）、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核トランスロケータ（ARNT）、ダイオキシン応答エレメント（DRE）、TRP（トリプトファン）輸送体などのアミノ酸の輸送体（例えばCD98および/または関連する鎖、例えばCD98/LAT-1輸送体複合体、例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）および/またはL型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、プロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）、Asc-1、Asc-2、ATB0、B0AT1、TAT1の1つまたは複数）、PRドメインジンクフィンガータンパク質1（PRDM1、BLIMP-1としても知られる）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8および/またはIFNγ-R2の調節剤である（例えばMcGaha et al.（2012）Immunol.Rev.249（1）:135-157;Munn et al.（2005）Immunity 22;633-642;Broer et al.（2011）Biochem.J.436:193-211参照）。
2．組成物および製剤
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせ、キットおよび使用のいくつかの態様では、併用療法は、1つまたは複数の組成物、例えばトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤、および/または免疫療法、例えばT細胞療法を含む薬学的組成物で投与することができる。
いくつかの態様では、組成物、例えばトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を含む薬学的組成物は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤、および/または細胞と共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルなどの担体を含むことができる。適切な薬学的担体の例は、E.W.Martinによる“Remington's Pharmaceutical Sciences”に記載されている。そのような組成物は、一般に精製された形態の、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を、患者への適切な投与のための形態を提供するために適切な量の担体と共に含む。そのような薬学的担体は、滅菌液体、例えば水、ならびに石油、動物、植物または合成起源のものを含む油、例えば落花生油、大豆油、鉱油、およびゴマ油であり得る。生理食塩水ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液もまた、特に注射用溶液のための液体担体として使用することができる。薬学的組成物は、希釈剤、アジュバント、付着防止剤、結合剤、コーティング剤、充填剤、香料、着色剤、潤滑剤、流動促進剤、防腐剤、界面活性剤、吸着剤、乳化剤、薬学的賦形剤、pH緩衝剤、または甘味料、およびそれらの組み合わせのいずれか1つまたは複数を含むことができる。いくつかの態様では、薬学的組成物は、液体、固体、凍結乾燥粉末、ゲル形態、および/またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、担体の選択は、一部には、特定の阻害剤および/または投与方法によって決定される。
薬学的に許容される担体は一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに非毒性であり、以下のものが含まれるが、これらに限定されるわけではない:リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノールおよびm-クレゾールなど）;低分子量（約10残基未満）ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジンなどのアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAなどのキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトールなどの糖類;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体（例えばZn-タンパク質錯体）;ならびに/またはポリエチレングリコール（PEG）などの非イオン界面活性剤、安定剤ならびに/または防腐剤。トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を含有する組成物は、凍結乾燥することもできる。
いくつかの態様では、薬学的組成物は、筋肉内、静脈内、皮内、病巣内、腹腔内注射、皮下、腫瘍内、硬膜外、経鼻、経口、膣内、直腸内、外用、局所、耳、吸入、口腔（例えば舌下）、および経皮投与または任意の経路を含む、当業者に公知の任意の経路による投与用に製剤化することができる。いくつかの態様では、他の投与様式もまた企図される。いくつかの態様では、投与は、ボーラス注入、注射、例えば静脈内または皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下注射、結膜下注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後傍強膜送達によって行われる。いくつかの態様では、投与は、非経口投与、肺内投与、および鼻腔内投与によって、および局所治療のために所望する場合は病巣内投与によって行われる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。いくつかの態様では、所与の用量は単回ボーラス投与によって投与される。いくつかの態様では、それは、例えば3日以下の期間にわたる複数回のボーラス投与によって、または持続注入投与によって投与される。
いくつかの態様では、投与は、治療の場所に応じて外用的、局所的または全身的であり得る。いくつかの態様では、治療を必要とする領域への局所投与は、例えば、限定されることなく、外科手術中の局所注入、例えば外科手術後の創傷被覆材と組み合わせた局所適用によって、注射によって、カテーテルを用いて、坐剤を用いて、またはインプラントを用いて達成され得る。いくつかの態様では、組成物はまた、他の生物学的に活性な作用物質と共に、連続的に、間欠的に、または同じ組成物中で投与され得る。いくつかの態様では、投与はまた、放出制御製剤およびポンプなどによる装置制御放出を含む放出制御システムを含み得る。いくつかの態様では、投与は経口投与である。
いくつかの態様では、薬学的および治療的に活性な化合物およびその誘導体は、典型的には単位投与剤形または複数回投与剤形で製剤化および投与される。各単位用量は、必要な薬学的担体、ビヒクルまたは希釈剤と共に、所望の治療効果を生じさせるのに十分な所定量の治療的に活性な化合物を含有する。いくつかの態様では、単位投与剤形には、適切な量の化合物または薬学的に許容されるその誘導体を含有する、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒剤、滅菌非経口液剤または懸濁剤、および経口液剤または懸濁剤、および油・水乳剤が含まれるが、これらに限定されるわけではない。単位投与剤形は、封入されたアンプルおよび注射器、あるいは個別に包装された錠剤またはカプセル剤であり得る。単位投与剤形は、その分数単位または倍数単位で投与することができる。いくつかの態様では、複数回投与剤形は、分離された単位投与剤形で投与されるように単一の容器に包装された複数の同一の単位投与剤形である。複数回投与剤形の例には、バイアル、錠剤もしくはカプセル剤のボトルまたはパイントもしくはガロン入りのボトルが含まれる。
3．トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与量およびスケジュール
いくつかの態様では、方法は、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤、および免疫療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法を対象に投与することを含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤は、免疫療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法の投与の前に、投与の後に、投与中に、投与の経過中に、投与と同時に、投与とほぼ同時に、連続的および/または間欠的に投与される。いくつかの態様では、この方法は、T細胞療法の投与の前に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤を投与することを含む。他の態様では、この方法は、T細胞療法の投与後に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤を投与することを含む。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤は、T細胞療法の開始後はさらに投与されない。いくつかの態様では、投与スケジュールは、T細胞療法の開始前および開始後に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤を投与することを含む。いくつかの態様では、投与スケジュールは、T細胞療法の投与と同時に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1の阻害剤を投与することを含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、複数回用量で複数回投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は1回投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回、1日1回、隔日に1回、3日に1回、週2回、週1回、または免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与開始前もしくは開始後に1回だけ投与される。いくつかの局面では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与頻度は、週2回、週1回、14日ごとに1回、21日ごとに1回または月に1回である。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えば、IDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与期間の前、投与期間中、投与期間の経過中、および/または投与期間後に一定の間隔で複数回用量で投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与の前に単回用量でまたは一定の間隔で複数回用量で投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与後に1回または一定の間隔で複数回用量で投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の1回または複数回の投与は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の用量の投与と同時に行われ得る。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の用量、頻度、期間、タイミングおよび/または順序は、スクリーニング工程の結果の特定の閾値もしくは基準、および/または本明細書に記載の治療アウトカム、例えば本明細書のIII章に記載の治療アウトカムの評価に基づいて決定される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えば、IDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与前に投与される。いくつかの局面では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与のタイミングは、対象の生物学的試料中、例えば治療される腫瘍の腫瘍微小環境（TME）中のトリプトファン（TRP）レベルを上昇させるかまたはキヌレニン（KYN）レベルを低下させるのに十分な時間があるタイミングである。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、調節剤（例えばIDO1阻害剤）が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与直前の時点のレベルと比較して、キヌレニン経路における代謝産物のレベルの変化、例えばTRPのレベルの増加またはKYNもしくはKYN誘導体のレベルの減少（例えば少なくとも少なくとも1.2倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも10倍、もしくはそれ以上、または少なくとも約1.2倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約10倍、もしくはそれ以上の増加または減少）をもたらしたか、またはもたらした可能性が高い時点においてである。キヌレニン経路におけるそのような代謝産物のレベルの変化に関連するパラメータを評価または決定するための例示的な方法はIII章に記載されている。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えば、IDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の開始の0～90日前、例えば0～30日前、0～15日前、0～6日前、0～96時間前、0～24時間前、0～12時間前、0～6時間前、または0～2時間前、2時間～30日前、2時間～15日前、2時間～6日前、2時間～96時間前、2時間～24時間前、2時間～12時間前、2時間～6時間前、6時間～90日前、6時間～30日前、6時間～15日前、6時間～6日前、6時間～96時間前、6時間～24時間前、6時間～12時間前、12時間～90日前、12時間～30日前、12時間～15日前、12時間～6日前、12時間～96時間前、12時間～24時間前、24時間～90日前、24時間～30日前、24時間～15日前、24時間～6日前、24時間～96時間前、96時間～90日前、96時間～30日前、96時間～15日前、96時間～6日前、6日～90日前、6日～30日前、6日～15日前、15日～90日前、15日～30日前もしくは30日～90日前、またはおよそ前記期間に投与される。いくつかの局面では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の開始前の約96時間、72時間、48時間、24時間、12時間、6時間、2時間または1時間以内に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与の開始の少なくとも1時間前もしくは少なくとも約1時間前、少なくとも2時間前もしくは少なくとも約2時間前、少なくとも6時間前もしくは少なくとも約6時間前、少なくとも12時間前もしくは少なくとも約12時間前、少なくとも1日前もしくは少なくとも約1日前、少なくとも2日前もしくは少なくとも約2日前、少なくとも3日前もしくは少なくとも約3日前、少なくとも4日前もしくは少なくとも約4日前、少なくとも5日前もしくは少なくとも約5日前、少なくとも6日前もしくは少なくとも約6日前、少なくとも7日前もしくは少なくとも約7日前、少なくとも12日前もしくは少なくとも約12日前、少なくとも14日前もしくは少なくとも約14日前、少なくとも15日前もしくは少なくとも約15日前、少なくとも21日前もしくは少なくとも約21日前、少なくとも24日前もしくは少なくとも約24日前、少なくとも28日前もしくは少なくとも約28日前、少なくとも30日前もしくは少なくとも約30日前、少なくとも35日前もしくは少なくとも約35日前、少なくとも42日前もしくは少なくとも約42日前、少なくとも60日前もしくは少なくとも約60日前、または少なくとも90日前もしくは少なくとも約90日前に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与の開始の2日前まで、3日まで、4日前まで、5日前まで、6日前まで、7日前まで、8日前まで、12日前まで、14日前まで、15日前まで、21日前まで、24日前まで、28日前まで、30日前まで、35日前まで、42日前まで、60日前まで、または90日前まで投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与の開始の1日より前の時点で開始される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、CAR-T細胞療法などのT細胞治療の投与（例えば投与の開始）後であるが、T細胞の一部がピークまたは最大増殖、長期のトリプトファン飢餓、枯渇、アネルギー、細胞死、退縮、抗腫瘍免疫応答の抑制または腫瘍抗原に対する寛容の状態に達する、ならびに/または飢餓、例えばトリプトファン飢餓から回復するおよび/もしくは飢餓の影響を逆転させることができない時点の前に投与される。いくつかの場合には、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、T細胞がトリプトファン枯渇による増殖および/または機能的活性の遅延または停止を示す時点の前に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、T細胞治療の投与（例えば投与の開始）後1時間未満または約1時間未満、2時間未満または約2時間未満、6時間未満または約6時間未満、12時間未満または約12時間未満、1日未満または約1日未満、2日未満または約2日未満、3日未満または約3日未満、4日未満または約4日未満、5日未満または約5日未満、6日未満または約6日未満、7日未満または約7日未満に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日もしくは7日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日もしくは14日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、CAR-T細胞療法などのT細胞療法の投与（例えば投与の開始）後に、T細胞療法を受けている対象が、T細胞療法の投与前に得られた試料、基準点および/または異なる対象からの試料と比較して、対象由来の腫瘍試料におけるIDO1発現ならびに/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4などのアミノ酸輸送体の発現の増加を示す時点で、またはその時点後に投与される。いくつかの態様では、対象由来の腫瘍試料が、T細胞療法の投与前に得られた試料、基準点および/または異なる対象からの試料と比較して、IDO1発現ならびに/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4などのアミノ酸輸送体の発現の増加を示す場合、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与のために同定または選択される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加および/またはIDO1、IDO2もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点;対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少する前の時点;T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現および/もしくは増殖能の喪失の発現を示す前の時点;T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になる前の時点;ならびに/またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で投与される。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節が免疫療法（例えばCAR-T細胞治療などのT細胞治療、）の前に与えられる任意のそのような態様のいくつかでは、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、免疫療法の開始までおよび/または免疫療法の開始後しばらくの間、一定の間隔で継続される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与後に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の事前投与が、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の開始直前の時点または免疫療法の開始後の先行する時点でのレベルと比較して、TRPのレベルの減少またはKYNもしくはKYN誘導体のレベルの増加（例えば少なくとも1.2倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも10倍、もしくはそれ以上、または少なくとも約1.2倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約10倍、もしくはそれ以上の増加または減少）などの、キヌレニン経路における代謝産物のレベルの変化を直接または間接的に生じさせたもしくは誘導したか、または生じさせたもしくは誘導した可能性が高い時点においてである。キヌレニン経路におけるそのような代謝産物のレベルの変化に関連するパラメータを評価または決定するための例示的な方法はIII章に記載されている。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、免疫療法（例えばT細胞療法）の投与開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、96時間、4日、5日、6日、7日、14日、15日、21日、24日、28日、30日、36日、42日、60日、72日もしくは90日以内、またはおよそ前記期間内に投与される。いくつかの態様では、提供される方法は、免疫療法の投与開始後のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の、一定の間隔などでの継続投与を含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与後最大1日もしくは約1日まで、最大2日もしくは約2日まで、最大3日もしくは約3日まで、最大4日もしくは約4日まで、最大5日もしくは約5日まで、最大6日もしくは約6日まで、最大7日もしくは約7日まで、最大12日もしくは約12日まで、最大14日もしくは約14日まで、最大21日もしくは約21日まで、最大24日もしくは約24日まで、最大28日もしくは約28日まで、最大30日もしくは約30日まで、最大35日もしくは約35日まで、最大42日もしくは約42日まで、最大60日もしくは約60日まで、最大90日もしくは最大約90日まで、最大120日もしくは約120日まで、最大180日もしくは約180日まで、最大240日もしくは約240日まで、または最大360日もしくは約360日まで、またはそれ以上まで投与される。
任意のそのような上記態様のいくつかでは、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）の投与開始の前と後に投与される。
本明細書で提供される方法のいくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤、および免疫療法（例えばCAR-T細胞療法などのT細胞療法）は、同時にまたはほぼ同時に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えばIDO1阻害剤）は1日2回投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、対象の体重1kg当たり（mg/kg）約0.02mg～約200mg/kg、例えば0.02mg/kg～100mg/kg、0.02mg/kg～100mg/kg、0.02mg/kg～50mg/kg、0.02mg/kg～10mg/kg、0.02mg/kg～1.0mg/kg、0.02mg/kg～0.2mg/kg、0.2mg/kg～100mg/kg、0.2mg/kg～50mg/kg、0.2mg/kg～10mg/kg、0.2mg/kg～1.0mg/kg、1.0mg/kg～200mg/kg、1.0mg/kg～100mg/kg、1.0mg/kg～50mg/kg、1.0mg/kg～10mg/kg、10mg/kg～200mg/kg、10mg/kg～100mg/kg、10mg/kg～50mg/kg、50mg/kg～200mg/kg、50mg/kg～100mg/kgもしくは100mg/kg～200mg/kg、またはおよそ前記範囲の投与量で独立して投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、0.02mg/kg、0.03mg/kg、0.04mg/kg、0.05mg/kg、0.06mg/kg、0.07mg/kg、0.08mg/kg、0.09mg/kg、0.1mg/kg、0.15mg/kg、0.2mg/kg、0.25mg/kg、0.30mg/kg、0.35mg/kg、0.40mg/kg、0.45mg/kg、0.5mg/kg、0.55mg/kg、0.6mg/kg、0.7mg/kg、0.8mg/kg、0.9mg/kg、1.0mg/kg、1.1mg/kg、1.2mg/kg、1.3mg/kg、1.4mg/kg、1.5mg/kg、1.6mg/kg、1.7mg/kg、1.8mg/kg、1.9mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3mg/kg、3.5mg/kg、4mg/kg、4.5mg/kg、5mg/kg、5.5mg/kg、6mg/kg、6.5mg/kg、7mg/kg、7.5mg/kg、8mg/kg、8.5mg/kg、9mg/kg、9.5mg/kg、10mg/kg、11mg/kg、12mg/kg、13mg/kg、14mg/kg、15mg/kg、16mg/kg、17mg/kg、18mg/kg、19mg/kg、20mg/kg、21mg/kg、22mg/kg、23mg/kg、24mg/kg、25mg/kg、50mg/kg、75mg/kg、100mg/kg、もしくは250mg/kgもしくはそれ以上、またはおよそ前記量の投与量で投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、それぞれ両端の値を含む、2.5mg～5000mg、例えば2.5mg～2000mg、2.5mg～1000mg、2.5mg～500mg、2.5mg～200mg、2.5mg～100mg、2.5mg～50mg、2.5mg～25mg、2.5mg～10mg、25mg～5000mg、25mg～2000mg、25mg～1000mg、25mg～500mg、25mg～200mg、25mg～100mg、25mg～50mg、50mg～5000mg、50mg～2000mg、50mg～1000mg、50mg～500mg、50mg～200mg、50mg～100mg、100mg～5000mg、100mg～2000mg、100mg～1000mg、100mg～500mg、100mg～200mg、200mg～5000mg、200mg～2000mg、200mg～1000mg、200mg～500mg、500mg～5000mg、500mg～2000mg、500mg～1000mgもしくは1000mg～2000mg、またはおよそ前記範囲の投与量で、投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、それぞれ両端の値を含む、2.5mg～5000mg、例えば2.5mg～2000mg、2.5mg～1000mg、2.5mg～500mg、2.5mg～200mg、2.5mg～100mg、2.5mg～50mg、2.5mg～25mg、2.5mg～10mg、25mg～5000mg、25mg～2000mg、25mg～1000mg、25mg～500mg、25mg～200mg、25mg～100mg、25mg～50mg、50mg～5000mg、50mg～2000mg、50mg～1000mg、50mg～500mg、50mg～200mg、50mg～100mg、100mg～5000mg、100mg～2000mg、100mg～1000mg、100mg～500mg、100mg～200mg、200mg～5000mg、200mg～2000mg、200mg～1000mg、200mg～500mg、500mg～5000mg、500mg～2000mg、500mg～1000mgもしくは1000mg～2000mg、またはおよそ前記範囲の投与量で、経口投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して経口投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回、1日1回、隔日に1回、3日に1回、週2回または週1回の頻度で、経口投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して経口投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回または1日1回、投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、少なくとも5mg/日、少なくとも10mg/日、少なくとも25mg/日、少なくとも50mg/日、少なくとも100mg/日、少なくとも200mg/日、少なくとも400mg/日、少なくとも500mg/日、少なくとも600mg/日、少なくとも800mg/日、少なくとも1000mg/日、少なくとも1200mg/日、少なくとも1600mg/日、少なくとも2000mg/日、少なくとも5000mg/日、もしくは少なくとも10000mg/日、または少なくとも約5mg/日、少なくとも約10mg/日、少なくとも約25mg/日、少なくとも約50mg/日、少なくとも約100mg/日、少なくとも約200mg/日、少なくとも約400mg/日、少なくとも約500mg/日、少なくとも約600mg/日、少なくとも約800mg/日、少なくとも約1000mg/日、少なくとも約1200mg/日、少なくとも約1600mg/日、少なくとも約2000mg/日、少なくとも約5000mg/日、もしくは少なくとも約10000mg/日の総1日投与量で、投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、対象の体重1kg当たり（mg/kg）少なくとも0.02mg、少なくとも0.2mg/kg、少なくとも1mg/kg、少なくとも3mg/kg、少なくとも6mg/kg、少なくとも10mg/kg、少なくとも20mg/kg、少なくとも30mg/kg、少なくとも50mg/kg、少なくとも100mg/kg、もしくは少なくとも200mg/kg、または少なくとも約0.02mg、少なくとも約0.2mg/kg、少なくとも約1mg/kg、少なくとも約3mg/kg、少なくとも約6mg/kg、約10mg/kg、少なくとも約20mg/kg、少なくとも約30mg/kg、少なくとも約50mg/kg、少なくとも約100mg/kg、もしくは少なくとも約200mg/kg、または約0.02mg、約0.2mg/kg、約1mg/kg、約3mg/kg、約6mg/kg、約10mg/kg、約20mg/kg、約30mg/kg、約50mg/kg、約100mg/kg、もしくは約200mg/kgの投与量で、または少なくとも2.5mg、少なくとも25mg、少なくとも50mg、少なくとも100mg、少なくとも200mg、少なくとも400mg、少なくとも500mg、少なくとも600mg、少なくとも800mg、少なくとも1000mg、少なくとも1200mg、少なくとも1600mg、少なくとも2000mg、もしくは少なくとも5000mg、または少なくとも約2.5mg、少なくとも約25mg、少なくとも約50mg、少なくとも約100mg、少なくとも約200mg、少なくとも約400mg、少なくとも約500mg、少なくとも約600mg、少なくとも約800mg、少なくとも約1000mg、少なくとも約1200mg、少なくとも約1600mg、少なくとも約2000mg、もしくは少なくとも約5000mgの投与量で、投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はタンパク質またはポリペプチドまたはその誘導体であり、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、各投与当たり約1μg/kg体重、約5μg/kg体重、約10μg/kg体重、約50μg/kg体重、約100μg/kg体重、約200μg/kg体重、約350μg/kg体重、約500μg/kg体重、約1mg/kg体重、約5mg/kg体重、約10mg/kg体重、約50mg/kg体重、約100mg/kg体重、約200mg/kg体重、約350mg/kg体重、約500mg/kg体重、約1000mg/kg体重またはそれ以上、および前記用量の間の任意の範囲の投与量で投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、静脈内投与、例えば静脈内注射によって投与されるか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の各投与が独立して投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤はタンパク質またはポリペプチドまたはそれらの誘導体であり、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、各投与当たり約1μg/kg体重、約5μg/kg体重、約10μg/kg体重、約50μg/kg体重、約100μg/kg体重、約200μg/kg体重、約350μg/kg体重、約500μg/kg体重、約1mg/kg体重、約5mg/kg体重、約10mg/kg体重、約50mg/kg体重、約100mg/kg体重、約200mg/kg体重、約350mg/kg体重、約500mg/kg体重、約1000mg/kg体重またはそれ以上、および前記用量の間の任意の範囲の投与量で投与される。
C．リンパ枯渇治療
いくつかの態様では、提供される方法は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与の開始前または開始と同時になどの、1つまたは複数のリンパ枯渇療法を投与することをさらに含み得る。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法は、シクロホスファミドなどのホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法はフルダラビンの投与を含み得る。いくつかの態様では、フルダラビンはリンパ枯渇療法では除外される。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法は投与されない。
いくつかの態様では、免疫除去療法（例えばリンパ枯渇療法）で前処置された対象は、養子細胞療法（ACT）の効果を改善することができる。シクロスポリンとフルダラビンの組み合わせを含むリンパ枯渇剤での前処置は、投与された細胞の応答および/または持続性を改善することを含む、細胞療法における移入された腫瘍浸潤リンパ球（TIL）細胞のアウトカムの改善に有効である。例えばDudley et al.,Science,298,850-54（2002）;Rosenberg et al.,Clin Cancer Res,17（13）:4550-4557（2011）参照。同様に、CAR＋T細胞に関連して、いくつかの試験は、リンパ枯渇剤、最も一般的にはシクロホスファミド、フルダラビン、ベンダムスチン、またはそれらの組み合わせを組み込んでおり、時には低線量照射を伴う。Han et al.,Journal of Hematology＆Oncology,6:47（2013）;Kochenderfer et al.,Blood,119:2709-2720（2012）;Kalos et al.,Sci Transl Med,3（95）:95ra73（2011）;臨床試験登録番号NCT02315612;NCT01822652参照。
そのような前処置は、治療のまたは治療に対する活性またはアウトカムまたは応答を減弱させ得る1つまたは複数の様々な結果のリスクを低減することを目的として実施され得る。これらは、T細胞、B細胞、NK細胞が、IL-2、IL-7、および/またはIL-15などのサイトカインの恒常性および活性化についてTILと競合する、「サイトカインシンク」として知られる現象;制御性T細胞、NK細胞、または免疫系の他の細胞によるTILの抑制;腫瘍微小環境における負の調節因子の影響を含む。Muranski et al.,Nat Clin Pract Oncol.December;3（12）:668-681（2006）。
いくつかの態様では、提供される方法は、対象にリンパ枯渇療法を投与することをさらに含む。いくつかの態様では、この方法は、T細胞ベースの療法のための細胞用量を投与する前にリンパ枯渇療法を対象に投与することを含む。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法は、フルダラビンおよび/またはシクロホスファミドなどの化学療法剤を含む。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法はフルダラビンを含まない。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法はシクロホスファミドのみを含む。いくつかの態様では、細胞の投与および/またはリンパ枯渇療法は、外来患者送達によって行われる。
いくつかの態様では、方法は、細胞用量の投与の前に、リンパ枯渇剤または化学療法剤、例えばシクロホスファミド、フルダラビン、またはそれらの組み合わせなどの前処置剤を対象に投与することをさらに含む。例えば、対象に、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の初回またはそれ以降の投与の少なくとも2日前に、例えば少なくとも3、4、5、6、または7日前に前処置剤を投与し得る。いくつかの態様では、対象に、細胞用量の投与前7日以内、例えば投与前6、5、4、3、または2日以内に前処置剤を投与する。
いくつかの態様では、対象は、20mg/kg～100mg/kgまたは約20mg/kg～100mg/kg、例えば40mg/kg～80mg/kgまたは約40mg/kg～80mg/kgの用量のシクロホスファミドで前処置される。いくつかの態様では、対象は、60mg/kgまたは約60mg/kgのシクロホスファミドで前処置される。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、単回用量で投与され得るか、または毎日、隔日または3日ごとに投与されるような複数回用量で投与され得る。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、1日1回、1日または2日間投与される。
いくつかの態様では、リンパ枯渇剤がフルダラビンを含む場合、対象に、1mg/m2～100mg/m2または約1mg/m2～100mg/m2、例えば10mg/m2～75mg/m2、15mg/m2～50mg/m2、20mg/m2～30mg/m2、もしくは24mg/m2～26mg/m2、またはおよそ前記範囲の用量でフルダラビンを投与する。いくつかの場合には、対象に25mg/m2のフルダラビンを投与する。いくつかの態様では、フルダラビンは、単回用量で投与され得るか、または毎日、隔日または3日ごとに投与されるような複数回用量で投与され得る。いくつかの態様では、フルダラビンは、1～5日間、例えば3～5日間などにわたって毎日投与される。
いくつかの態様では、リンパ枯渇剤は、シクロホスファミドとフルダラビンとの組み合わせなどの剤の組み合わせを含む。したがって、剤の組み合わせは、上記のような任意の用量または投与スケジュールのシクロホスファミド、および上記のような任意の用量または投与スケジュールのフルダラビンを含み得る。例えば、いくつかの局面では、対象に、細胞用量の前に60mg/kg（～2g/m2）のシクロホスファミドおよび3～5回用量の25mg/m2のフルダラビンを投与する。
いくつかの態様では、T細胞、例えばCAR発現T細胞を投与される前に、対象は、細胞の投与の少なくとも1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、14日、21日、28日または30日前にトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与され、T細胞、例えばCAR発現T細胞の少なくとも2日前、一般に細胞の投与前7日以内にシクロホスファミドのリンパ枯渇前処置化学療法を投与される。いくつかの場合には、例えばシクロホスファミドは、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の少なくとも1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、14日、21日、28日または30日後に投与される。前処置治療の後、対象に本明細書に記載のCAR発現T細胞の用量を投与する。
いくつかの態様では、細胞用量の注入の前の、例えばリンパ枯渇療法のための前処置剤の投与は、治療のアウトカムを改善する。例えば、いくつかの局面では、前処置は、対象における細胞用量による治療の有効性、アウトカムもしくは活性を改善するか、または組換え受容体発現細胞（例えばCAR発現T細胞などのCAR発現細胞）の持続性を高める。いくつかの態様では、前処置治療は、生存しており、細胞の投与後の所与の期間後に最小の残存疾患または分子的に検出可能な疾患を示さない対象の割合などの、無病生存率を高める。いくつかの態様では、無病生存率中央値までの時間が増加する。
細胞が対象（例えばヒト）に投与されると、いくつかの局面における操作された細胞集団の生物学的活性は、多くの公知の方法または本明細書に、例えばIII章に記載される任意の評価方法もしくはアッセイのいずれかによって測定される。評価するパラメータには、インビボで、例えばイメージングによって、またはエクスビボで、例えばELISAもしくはフローサイトメトリーによって、操作されたもしくは天然のT細胞または他の免疫細胞の抗原への特異的結合が含まれる。特定の態様では、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力は、例えばKochenderfer et al.,J.Immunotherapy,32（7）:689-702（2009）、およびHerman et al.,J.Immunological Methods,285（1）:25-40（2004）に記載されている細胞毒性アッセイなどの、当技術分野で公知の任意の適切な方法を用いて測定することができる。特定の態様では、細胞の生物学的活性はまた、特定のサイトカインの発現および/または分泌を検定することによって測定することができる。いくつかの局面では、生物学的活性は、腫瘍量または負荷の減少などの臨床アウトカムを評価することによって測定される。いくつかの局面では、細胞の毒性アウトカム、持続性および/もしくは増殖、ならびに/または宿主免疫応答の存在もしくは非存在が評価される。
いくつかの態様では、細胞用量の注入前の前処理剤、例えばリンパ枯渇療法の投与は、細胞用量による治療の有効性、アウトカムもしくは活性を改善することなどによって治療のアウトカムを改善するか、または対象における組換え受容体発現細胞（例えばCAR発現T細胞などのCAR発現細胞）の持続性を高める。いくつかの態様では、リンパ枯渇療法は、免疫療法、例えばT細胞療法、および/またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与前には行われない。
III．対象のスクリーニング、評価、または選択、および治療アウトカムの評価
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせ、キットおよび使用のいくつかの態様では、併用療法は、併用療法の適合性を判断し、併用療法による治療および/または併用療法の継続の対象を同定または選択するための1つまたは複数のスクリーニングおよび/または評価工程、ならびに/または治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのための工程をさらに含み得る。いくつかの態様では、スクリーニング工程は、本明細書に記載されているもののような特定のパラメータの評価または査定などの、治療の対象を同定する工程を含み得る。いくつかの態様では、治療アウトカムの評価のための工程は、治療のさらなる工程もしくは残りの工程の投与のためおよび/または反復療法のために、治療を評価および/もしくはモニタリングする、ならびに/または対象を同定するための工程を含み得る。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価を使用して、本明細書で提供される併用療法の用量、頻度、期間、タイミングおよび/または順序を決定することができる。
いくつかの態様では、提供される併用療法は、後述するように、療法または治療に関連するパラメータの任意の1つまたは複数に関連する特徴などの、任意の1つまたは複数の治療アウトカムをもたらす。
いくつかの態様では、併用療法は、TMEの免疫抑制状態を克服し、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の活性を高めるために使用することができる。いくつかの態様では、キヌレニン経路の調節、例えばトリプトファン（TRP）枯渇ならびに/またはキヌレニン（KYN）およびその誘導体の産生の阻害は、T細胞の増殖および/または活性の増強をもたらし、それによって、免疫療法単独の活性と比較して、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の活性の増大をもたらす。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、併用療法の活性を決定および/またはモニタリングするために使用することができる。
いくつかの局面では、記載されている特定のパラメータのスクリーニングまたは評価を使用して、特定の治療、例えば本明細書で提供される併用療法に適する、感受性および/もしくは応答性である対象を同定する、または治療をモニタリングするおよび/または対象もしくは対象のサブグループもしくは他のグループに対する有効投与量を同定することができる。いくつかの態様では、そのようなスクリーニングまたは評価は、治療に応答性であると予測される患者を選択または同定するために使用することができる。いくつかの態様では、スクリーニング工程は、本明細書で提供される併用療法の用量、頻度、期間、タイミングおよび/または順序を決定するために使用される。
いくつかの態様では、本明細書に記載のスクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価のいずれかは、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法、および/またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与の前、投与中、投与の経過中または投与後に使用することができる。いくつかの態様では、評価は、本明細書で提供される方法のいずれかを実施する前、実施中、実施の経過中、または実施後に行われる。いくつかの態様では、評価は、本明細書で提供される方法を実施する前に行われる。いくつかの態様では、評価は、本明細書で提供される方法の1つまたは複数の工程を実施した後に行われる。いくつかの態様では、評価は、例えば併用療法を受けるのに適したおよび/または感受性がある患者をスクリーニングし、同定するために、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与前に行われる。いくつかの態様では、評価は、例えば中間または最終治療アウトカムを評価するために、例えば治療の活性を決定するため、および/または治療を継続もしくは反復するかどうかを決定するため、および/または併用療法の残りの工程を投与するかどうかを決定するために、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与中、投与の経過中、または投与後に行われる。
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、キヌレニン経路の因子、例えば酵素、および/または代謝産物のレベルおよびレベルの変化、例えば改変の評価を含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、免疫機能、例えば細胞療法のために投与されたT細胞および/または体内の内因性T細胞の免疫機能を評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、細胞療法のために投与されたT細胞の生存および/または機能を評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、サイトカインまたは増殖因子のレベルを評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価は、疾患の負荷および/または改善を評価すること、例えば腫瘍量および/または臨床アウトカムを評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価のいずれもが、本明細書に記載のおよび/または当技術分野で公知の評価方法および/またはアッセイのいずれかを含み得、例えば併用療法の1つまたは複数の工程の投与前、投与中、投与の経過中、または投与後に1回または複数回実施することができる。
いくつかの態様では、併用療法の患者を選択するため、併用療法の順序、用量またはレジメンを決定するため、治療アウトカムを判定するため、および/または併用療法の活性を決定するために、特定のパラメータを評価することができる。いくつかの態様では、そのようなパラメータには、例えばキヌレニン経路における代謝産物、例えばTRP、KYNもしくはKYNの誘導体のレベル、キヌレニン経路に関与する因子もしくはエフェクター、例えば酵素、例えばIDO1の発現レベル、T細胞増殖、T細胞活性、細胞表現型評価、例えばT細胞表面マーカー発現、および/または治療の活性が含まれる。評価はインビボ、エクスビボまたはインビトロで行うことができ、特定のパラメータは、生物学的試料、例えば血清試料、血漿試料、腫瘍生検材料から、またはインビボイメージングによって決定することができる。生物学的試料には、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器試料、または単離された細胞および/もしくは腫瘍生検材料からの組織切片などの腫瘍に由来する処理された試料を含む腫瘍試料が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
本明細書で提供される方法のいくつかの態様において評価することができる、治療アウトカムに関連するパラメータの例示的なセットには、血漿キヌレニン/トリプトファン比、末梢血免疫細胞集団プロフィール、腫瘍量、ならびに血漿腫瘍マーカーおよび免疫調節およびIDO1＋発現のマーカーの発現レベルが含まれる。
A．対象のスクリーニング、同定、および/または選択、ならびに投与量およびスケジュールの決定
いくつかの態様では、併用療法の1つまたは複数の工程の投与の前に対象をスクリーニングすることができる。例えば、対象を、併用療法の1つまたは複数の工程の投与することに対する適合性、応答性および/または感受性を決定するために、併用療法の1つまたは複数の工程を投与する前または投与後に、キヌレニン経路の因子、例えば酵素、および/もしくは代謝産物のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/もしくは分解、ならびに/または疾患の特徴および/もしくは疾患負荷、例えば腫瘍量、ならびに/または事前治療の特徴もしくは履歴、ならびに/または事前治療に対する応答についてスクリーニングすることができる。
いくつかの態様では、対象を、対象由来の生物学的試料、例えば腫瘍、血液および/または血清試料から、キヌレニン経路の因子またはエフェクター、例えば酵素、および/または代謝産物のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/または分解、例えばキヌレニン経路における代謝産物、例えばTRP、KYNもしくはKYNの誘導体のレベル、キヌレニン経路に関与する因子またはエフェクター、例えば酵素、例えばIDO1、および/またはアミノ酸輸送体、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4の発現レベルについてスクリーニングすることができる。いくつかの態様では、下記のIII.C章に記載されているものなどの、本明細書に記載の療法、スクリーニング、同定または治療アウトカムに関連するパラメータのいずれもが、例えば本明細書で提供される態様のいくつか、例えば併用療法の1つまたは複数の工程を用いて、治療の適合性、応答性および/もしくは感受性を決定するため、ならびに/または治療のための対象をスクリーニング、同定および/もしくは選択するための関連パラメータとして使用することができる。
いくつかの態様では、併用療法の残りの工程を受ける対象を決定および同定するために、併用療法の工程のうちの1つの投与後に対象をスクリーニングすることができる。例えば、いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与前に投与し、キヌレニン経路の因子、例えば酵素、および/または代謝産物のレベルを免疫療法の投与前に評価する。いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法をトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与前に投与し、投与されたT細胞の増殖および/もしくは活性、ならびに/またはキヌレニン経路の因子、例えば酵素、および/もしくは代謝産物のレベルをトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与前に評価する。いくつかの態様では、対象を、併用療法の投与前に、疾患の特定の特徴、例えば腫瘍もしくは腫瘍微小環境（TME）および/または疾患の負荷、例えば腫瘍量についてスクリーニングすることができる。例えば、いくつかの態様では、T細胞療法、例えばCAR T細胞療法を受けた対象を、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与のための対象を選択および/または同定するために、腫瘍試料中のIDO1発現の増加および/または循環トリプトファンもしくはキヌレニンレベルなどの循環代謝産物レベルについて評価する。本明細書に記載されているおよび/または当技術分野で公知の評価方法および/またはアッセイのいずれもが、併用療法の対象をスクリーニングするための工程として実施され得る。
いくつかの態様では、治療のために疾患または状態を有する対象を選択する方法が提供される。いくつかの態様では、治療のための対象をスクリーニングおよび/または同定するために、パラメータ、例えば本明細書に記載の任意のパラメータを評価する方法が提供される。いくつかの態様では、治療は、特にT細胞療法と組み合わせて、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することである。
いくつかの態様では、スクリーニング、同定および/または選択のための方法は、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に関与するかまたはそれを示す因子、分子および/または剤の誘導または生成を示すかまたはそれに関連する因子、分子および/または剤のレベルおよび/または量などのパラメータの評価のための方法を含む。いくつかの態様では、そのような評価は、因子、分子および/もしくは剤などのパラメータのレベルおよび/もしくは量を決定すること、ならびに/またはパラメータの変化を決定することを含む。いくつかの態様では、そのようなパラメータのレベルおよび/もしくは量ならびに/またはパラメータのレベルおよび/もしくは量の変化は、対象におけるトリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇と直接相関するかまたは逆相関する。
いくつかの態様では、方法は、スクリーニングおよび/または評価の結果に基づき、治療のために疾患または状態を有する対象を同定および/または選択することを含む。いくつかの態様では、パラメータのレベルおよび/もしくは量ならびに/またはパラメータのレベルおよび/もしくは量の変化が、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇を示す、例えばそれと直接相関するかまたは逆相関する対象を選択または同定する。いくつかの態様では、そのような対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、および/またはT細胞療法の投与のために同定および/または選択される。
いくつかの態様では、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇を示すかまたはそれに関連する因子、分子および/または剤のレベルおよび/または量などのパラメータは、トリプトファンもしくはトリプトファン代謝産物のレベル、IDO1、IDO2もしくはTDOの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルを含む。
いくつかの態様では、閾値レベルを上回るレベルなどのパラメータの高レベル、または先行する時点と比較したパラメータの増加は、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に関連するかまたはそれを示す。いくつかの態様では、閾値レベルを下回るレベルなどのパラメータの低レベル、または先行する時点と比較したパラメータの減少は、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に関連するかまたはそれを示す。いくつかの態様では、評価の結果が適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に関連するかまたはそれを示す場合、対象はトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与のために選択される。
いくつかの態様では、パラメータはインビボ、エクスビボまたはインビトロで評価することができ、パラメータは、生物学的試料、例えば血清試料、血漿試料、腫瘍生検材料から、またはインビボイメージングによって決定することができる。生物学的試料には、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器試料、または単離された細胞および/もしくは腫瘍生検材料からの組織切片などの腫瘍に由来する処理された試料を含む腫瘍試料が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法の投与前に得られる。いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法の投与後に得られる。いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与後に得られる。
いくつかの態様では、評価はT細胞療法の投与前に行われる。いくつかの態様では、評価はT細胞療法の投与後に行われる。いくつかの態様では、評価は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与前に行われる。いくつかの態様では、評価は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与後に行われる。いくつかの態様では、評価は、T細胞療法ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与後に行われる。
いくつかの態様では、パラメータはトリプトファンのレベルであり、試料中のトリプトファンのレベルは、閾値レベルを下回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して減少する。いくつかの態様では、トリプトファンのレベルは、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に逆に関係し得る。
いくつかの態様では、パラメータはIDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルであり、IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルは、閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加する。いくつかの態様では、IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルは、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に直接関係し得る。
いくつかの態様では、パラメータはIFNγのレベルであり、IFNγのレベルは、閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加する。いくつかの態様では、IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルは、適応免疫耐性、トリプトファン代謝/キヌレニン経路の活性化、IDO1発現および/またはトリプトファン枯渇に直接関係し得る。
いくつかの態様では、試料中のトリプトファンのレベルが、閾値レベルを下回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して減少している場合;トリプトファン代謝産物のレベルが、閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している場合;IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルが、閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している場合;またはIFNγのレベルが、閾値レベルを上回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している場合、対象は同定または選択される。
いくつかの態様では、IDO1、IDO2またはTDOの発現または活性のレベルが、T細胞療法の投与開始前の時点で評価されたレベルと比較して増加している場合、対象は選択される。いくつかの態様では、試料中のトリプトファンのレベルが、閾値レベルを下回るか、またはT細胞療法の投与開始前の時点で評価されたレベルと比較して減少している場合、対象は選択される。
いくつかの態様では、閾値レベルは、複数の対照対象由来の生物学的試料における平均レベル、濃度もしくは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内もしくは5％以内であり、および/または平均レベル、濃度もしくは量の標準偏差内である。いくつかの態様では、対照対象は、健康なもしくは正常な対象、癌を有さない対象、および/またはT細胞療法の投与を受ける前の対象である。いくつかの態様では、増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。
いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、投与されたT細胞の数、機能、状態および/または表現型の評価を含む。例えば、いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大レベルの評価を含む。いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、アネルギー、細胞死、退縮、抗腫瘍免疫応答の抑制もしくは腫瘍抗原に対する寛容の状態、ならびに/または飢餓、例えばトリプトファン飢餓から回復する能力および/もしくは飢餓の影響を逆転させる可能性もしくは能力を含む、T細胞の機能、状態および/または表現型の評価を含む。
いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、腫瘍内もしくは腫瘍近傍に存在する細胞、例えばCAR T細胞、腫瘍細胞および/もしくはバイスタンダー細胞の評価、ならびに/または腫瘍内もしくは腫瘍近傍に存在する細胞、例えばCAR T細胞、腫瘍細胞および/もしくはバイスタンダー細胞を特徴付けることを含む。いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、対象由来の試料中、例えば生検材料および/または単離された細胞などの対象由来の腫瘍試料中のIDO1発現および/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4などのアミノ酸輸送体の発現の評価を含む。いくつかの態様では、対象由来の腫瘍試料が、T細胞療法の投与前に得られた試料、基準点および/または異なる対象からの試料と比較して、IDO1発現ならびに/またはトリプトファン輸送体、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4などのアミノ酸輸送体の発現の増加を示す場合、対象は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与のために同定または選択される。
いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、キヌレニン経路代謝産物、例えばトリプトファンまたはキヌレニンおよび/またはそれらの誘導体のレベルの評価を含む。いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、対象由来の生物学的試料、例えば血液、血清、血漿または腫瘍試料中のキヌレニン経路代謝産物のレベルの評価を含む。いくつかの態様では、対象由来の生物学的試料、例えば血清または血漿試料中のキヌレニン経路代謝産物が、T細胞療法の投与前に得られた試料、基準点および/または異なる対象からの試料と比較して変化している、例えば増加または減少している場合、対象はトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与のために同定または選択される。
いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、任意の以前の療法および/またはアウトカムの評価を含む。いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、以前の治療の応答性または失敗、以前の治療に対する抵抗性、および/または以前の治療後の再発を評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニングおよび/または評価は、以前の治療、例えば化学療法もしくは免疫療法に対する対象の応答、腫瘍の量、体積、大きさ、または転移の程度、範囲もしくは種類などの対象における疾患負荷、病期、ならびに/または毒性アウトカム、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主免疫応答の評価を含む。いくつかの態様では、以前の治療は、任意の療法、例えば化学療法などの任意の従来の癌療法であり得る。いくつかの態様では、以前の治療は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤療法、例えばIDO1阻害剤療法および/またはT細胞療法ではない免疫調節療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤療法の投与である。いくつかの態様では、以前の治療は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤と免疫調節剤、例えば免疫チェックポイント阻害剤との併用療法である。
いくつかの態様では、対象が、任意でT細胞療法ではない免疫調節療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤療法と組み合わせて行われた、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤療法、例えばIDO1阻害剤療法の事前投与などの以前の治療に失敗した、治療に対して抵抗性になったおよび/または治療後に再発した場合、対象は、本明細書で提供される態様の1つまたは複数の工程の投与のために同定または選択される。いくつかの態様では、併用療法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤と免疫調節剤、例えば免疫チェックポイント阻害剤との併用療法の事前投与などの、他の以前の治療に失敗した、治療に対して抵抗性になったおよび/または治療後に再発した対象に投与することができる。いくつかの態様では、以前の免疫調節療法は以前のT細胞療法ではない。いくつかの態様では、対象は以前にT細胞療法を投与されたことがない。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価を使用して、本明細書で提供される併用療法の用量、頻度、期間、タイミングおよび/または順序を決定することができる。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、操作された細胞の投与開始前と比較して、または操作された細胞の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の血清または血漿試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加および/またはIDO1の発現もしくは活性の増加が存在する時点;ならびに/または対象由来の血液中で検出可能な操作された細胞の数が、操作された細胞の投与後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少している時点で、組換え受容体発現細胞の投与開始後に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、以下の時点:T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加および/またはIDO1、IDO2もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点;対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少している時点;血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後に対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大数の1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、もしくは100倍未満、もしくはそれ未満、または約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約50倍、もしくは約100倍未満、もしくはそれ未満である時点;ならびに/またはT細胞療法の細胞のピークまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能になった後の時点で、対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が対象の血液中の全末梢血単核細胞（PBMC）の10％未満、5％未満、1％未満もしくは0.1％未満である時点;IFN-γまたはTNFαのレベルが、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中で増加している時点で投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の細胞のピークまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能になる前の時点で投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法における細胞のピークまたは最大レベルからの後退前の時点で、例えば対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少する時点より前に投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、T細胞療法の投与開始前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のIDO1の発現または活性の増加が存在する時点で投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与開始後、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の直前と比較して、または免疫療法、例えばT細胞療法の開始の直前と比較して、対象由来の生物学的試料、任意で血清または血漿試料におけるトリプトファンレベルの持続的な最大増加、キヌレニンレベルの持続的な最大減少、またはIDO1の発現もしくは活性の持続的な最大減少が存在するまで継続される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与直前の対象におけるものと比較して、対象由来の血液中で検出可能な操作された細胞の数の持続的な最大増加が存在するまで投与される。例えば、いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与開始後最大2日間、最大7日間、最大14日間、最大21日間、最大28日間、最大35日間、または最大42日間、最大1ヶ月間、最大2ヶ月間、最大3ヶ月間、最大6ヶ月間または最大1年間までの期間にわたって投与される。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、対象の血液中の操作された細胞の濃度または数が、（i）1マイクロリットル当たり少なくとも10個もしくは少なくとも約10個の操作された細胞、（ii）末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも20％、30％、40％もしくは50％、（iii）少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個の操作された細胞、または（iv）DNA 1マイクログラム当たり少なくとも5,000コピーの組換え受容体をコードするDNAになるまで、および/または（a）における投与開始後90日目に、CAR発現細胞が対象の血液もしくは血清中で検出可能である;および/または（a）における投与開始後90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含むまで、投与される。
いくつかの態様では、この方法はIDO1に対して陰性の腫瘍を含む癌を有する対象に投与され、および/もしくは対象はIDO1陽性腫瘍の発現について選択されない;ならびに/またはこの方法はTDOに対して陰性の腫瘍を含む癌を有する対象に投与され、および/もしくは対象はTDO陽性腫瘍の発現について選択されない。
いくつかの態様では、対象（例えば提供される治療薬が投与される対象）は、トリプトファンを取り込むもしくは交換することができるアミノ酸輸送体、例えばL型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）またはその複合体の1つもしくは複数の鎖、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc;CD98hc;SLC3A2）および/またはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）の発現について陽性であるかまたは陽性であると見なされる癌または腫瘍関連組織または細胞を有するかまたは有する疑いがある対象;またはLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4を高レベルで発現するかまたは発現について陽性である細胞、例えば腫瘍微小環境中のバイスタンダー細胞を含む癌を有する対象である。態様では、製品は、1つまたは複数の剤ならびにそのような対象への療法の投与を示す、および/または対象が治療の前にそのような腫瘍、腫瘍関連組織もしくは細胞、またはマーカーについて評価されるべきであることを示す文献および/または説明書を含む。
いくつかの態様では、対象の評価、スクリーニング、同定および/または選択のための方法のいずれかは、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤および/またはT細胞療法の投与をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法を対象に投与することをさらに含む。いくつかの態様では、方法は、選択された対象にトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与することをさらに含む。いくつかの態様では、対象の評価、スクリーニング、同定および/または選択のための方法のいずれかは、評価の前に、細胞療法を対象に投与することをさらに含む。いくつかの態様では、対象の評価、スクリーニング、同定および/または選択のための方法のいずれかは、キヌレニン経路調節剤を対象に投与することをさらに含む。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与の開始前または開始と同時に選択された対象に投与される。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤は、T細胞療法の投与開始後に投与される。いくつかの態様では、1つまたは複数の生物学的試料は、T細胞療法の投与後に得られる。
B．治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリング
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせ、キットおよび使用のいくつかの態様では、併用療法は、治療アウトカムを評価するためおよび/または治療アウトカムをモニタリングするための工程を含み得る。いくつかの態様では、治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのための工程は、治療をモニタリングし、治療の活性または有効性などのアウトカムを評価するための評価方法および/またはアッセイを含む。いくつかの態様では、治療アウトカムの評価のための工程は、治療を評価および/もしくはモニタリングするため、ならびに/または治療のさらなる工程もしくは残りの工程のためおよび/もしくは治療を繰り返すための対象を同定するための工程を含み得る。いくつかの態様では、治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのための工程は、本明細書で提供される併用療法の用量、頻度、期間、タイミングおよび/または順序を決定するために使用される。
いくつかの態様では、本明細書に記載の治療アウトカムの評価は、例えば中間または最終治療アウトカムを評価するために、例えば治療の活性を決定もしくはモニタリングするため、治療を継続するかまたは繰り返すことを決定するため、併用療法の残りの工程を投与するかどうかを決定するため、ならびに/または併用療法の特定の用量、頻度、期間、タイミングおよび/もしくは順序を決定するために、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法、ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与中、投与の経過中、または投与後に使用することができる。いくつかの態様では、本明細書に記載の治療アウトカムの評価は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与、ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与の両方の投与後に使用される。
いくつかの態様では、治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのための評価は、本明細書に記載の評価方法および/またはアッセイ、例えば、キヌレニン経路の因子またはエフェクター、例えば酵素、および/またはキヌレニン経路の代謝産物のレベルおよび/またはレベルの変化、免疫機能、例えば細胞療法のために投与されるT細胞および/または体内の内因性T細胞の免疫機能、細胞療法のために投与されるT細胞の生存および/または機能、サイトカインまたは増殖因子、疾患の負荷および/または改善の評価、例えば腫瘍量および/または臨床アウトカムの評価を含む。本明細書に記載のおよび/または当技術分野で公知の評価方法および/またはアッセイのいずれもが、治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのための工程として実施され得る。
いくつかの態様では、評価方法および/またはアッセイのいずれもが、1回もしくは2回以上、または繰り返し実施することができる。いくつかの態様では、併用療法の一方または両方の剤の投与および/または療法の任意の反復投与は、併用療法の一方または両方の剤の投与前、投与中または投与後にアッセイの結果に基づいて決定され得る。
いくつかの態様では、本明細書で提供される方法の例示的な治療アウトカムは、キヌレニン経路の代謝産物のレベルの変化、例えばTRPレベルの増加またはトリプトファン枯渇の逆転、KYNおよびその誘導体の産生の減少、T細胞増殖の増強、T細胞の機能的活性の増強、免疫細胞表現型マーカー発現の変化、疾患負荷、例えば腫瘍量の減少、臨床アウトカムの改善、ならびに/または治療活性の増強を含む。いくつかの態様では、本明細書で提供される方法は、投与を含むがトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下での方法と比較して、対象由来の生物学的試料、例えば血清または血漿試料中のトリプトファンレベルの増加および/またはキヌレニンレベルの減少をもたらす。
T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの本明細書で提供される免疫療法の方法のいくつかの態様では、パラメータの評価は、免疫療法がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、免疫療法、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の対象における増殖および/または持続性を評価することを含む。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、対象において増殖および/または持続性の増大または延長を示す投与T細胞をもたらす。
いくつかの態様では、方法はまた、対象における細胞療法の活性にも影響を及ぼす。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を用いた方法での細胞用量の投与後の、対象における組換え受容体発現、例えばCAR発現細胞の持続性、増殖、および/または存在は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を含まない方法によって達成されるものと比較してより大きい。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、組換え受容体を発現する細胞の用量がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、対象における疾患負荷、例えば腫瘍量を減少させる。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、組換え受容体を発現する細胞の用量がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、対象における骨髄芽球を減少させる。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、組換え受容体を発現する細胞の用量がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下で対象に投与される方法と比較して、改善された臨床アウトカム、例えば客観的奏効率（ORR）、無増悪生存期間（PFS）および全生存期間（OS）をもたらす。
いくつかの態様では、異なる評価時点、異なる条件、基準点および/または異なる対象における同じパラメータのレベル、値または測定値と比較したパラメータのレベル、値または測定値の変化および/または改変、例えば増加、上昇、減少または低下が決定または評価される。例えば、いくつかの態様では、異なる条件、例えばトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与前または投与後における同じパラメータと比較して、特定のパラメータ、例えば試料中の操作されたT細胞の数の倍数変化、例えば増加または減少を決定することができる。いくつかの態様では、2つまたはそれ以上のパラメータのレベル、値または測定値が決定され、相対的レベルが比較される。いくつかの態様では、決定されたパラメータのレベル、値または測定値は、対照試料または非処理試料からのレベル、値または測定値と比較される。いくつかの態様では、決定されたレベル、値、またはパラメータの測定値は、同じ対象由来であるが異なる時点での試料からのレベルと比較される。個々のパラメータの定量化で得られる値は、例えばマルチパラメータ解析を用いることによってパラメータのレベル、値または測定値についての算術演算または論理演算を形成することにより、疾患評価の目的で組み合わせることができる。いくつかの態様では、2つまたはそれ以上の特定のパラメータの比を計算することができる。
C．療法、スクリーニング、同定または治療アウトカムに関連するパラメータ
1．トリプトファンおよびキヌレニン代謝産物および酵素のレベル
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのために評価することができるパラメータを含む、療法または治療アウトカムに関連するパラメータは、キヌレニン経路の代謝産物、例えばトリプトファンおよび/もしくはキヌレニンのレベル、またはキヌレニン経路に関与する因子もしくはエフェクター、例えば酵素、受容体もしくはシグナル伝達分子のレベルを含む。上記のII.B.1章で論じたように、キヌレニン経路はトリプトファン代謝における重要な経路であり、多数の工程を含み、ならびにその一部が免疫抑制TMEに寄与する様々な代謝産物を含む。いくつかの態様では、併用療法の患者を選択するため、併用療法の順序、用量もしくはレジメンを決定するため、治療アウトカムを判定するため、および/または併用療法の活性を決定するために、キヌレニン経路代謝産物レベルの評価を行うことができる。
いくつかの態様では、評価されるパラメータは、キヌレニン経路における1つまたは複数の酵素のレベルおよび/または発現レベルの変化、例えば改変である。いくつかの態様では、キヌレニン経路の酵素は、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2、トリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）、キヌレニンホルムアミダーゼ、キヌレニナーゼ、L-キヌレニンヒドロラーゼ、キヌレニン-3-モノオキシゲナーゼ、キヌレニン3-ヒドロキシラーゼ、3-ヒドロキシアントラニル酸オキシゲナーゼ、3-ヒドロキシアントラニル酸3,4-ジオキシゲナーゼ、キヌレニンアミノトランスフェラーゼ、および/またはキノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼである。いくつかの態様では、生物学的試料中の1つまたは複数の酵素のレベルは、遺伝子および/または遺伝子産物の発現を検出するための従来の方法、例えば核酸および/またはタンパク質、例えば細胞内酵素を検出する方法のいずれかを用いて決定される。
いくつかの態様では、評価されるパラメータは、キヌレニン経路に関与する因子、例えばエフェクター、ならびに/またはトリプトファン代謝、シグナル伝達および/もしくは輸送に関与する成分の発現レベルおよび/または活性化状態、例えばトリプトファン輸送体またはLAT-1などの輸送体複合体または関連輸送体の発現レベルである。いくつかの態様では、評価される例示的なパラメータは、トリプトファン代謝、輸送、および/またはシグナル伝達に関与する成分、例えばGCN2（general control non-derepressible 2）、インターフェロンγ（IFNγ）、腫瘍壊死因子α（TNFα）、シグナル伝達兼転写活性化因子3（STAT3）、ラパマイシンの哺乳動物標的（mTOR）、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核トランスロケータ（ARNT）、ダイオキシン応答エレメント（DRE）、TRP（トリプトファン）輸送体などのアミノ酸の輸送体（例えばCD98および/または関連する鎖、例えばCD98/LAT-1輸送体複合体、例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）および/またはL型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、プロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）、Asc-1、Asc-2、ATB0、B0AT1、TAT1の1つまたは複数）、PRドメインジンクフィンガータンパク質1（PRDM1、BLIMP-1としても知られる）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8および/またはIFNγ-R2の発現レベルまたは活性化状態、例えばリン酸化状態または細胞局在化を含む。
いくつかの態様では、評価されるパラメータは、キヌレニン経路における1つまたは複数の代謝産物のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/または分解のレベルまたはレベルの変化、例えば改変である。いくつかの態様では、キヌレニン経路の代謝産物は、L-トリプトファン、n-ホルミルキヌレニン、Dおよび/もしくはL-キヌレニン、キヌレン酸、キナルジン酸、キヌラミン、3-ヒドロキシ-L-キヌレニン、3-ヒドロキシ-D-キヌレニン、キサントマチン、アントラニル酸、キサンツレン酸、3-ヒドロキシアントラニル酸、ピコリン酸、キノリン酸ならびに/またはシンナバリン酸である。
いくつかの態様では、キヌレニン経路に関与する代謝産物または因子またはエフェクター、例えば酵素、受容体またはシグナル伝達分子のレベル、利用可能性、濃度、作用、活性、代謝、合成および/または分解を検出または決定するための方法またはアッセイは、生物学的試料中の代謝産物、タンパク質、核酸または他の生体分子のレベルを検出するための当技術分野で公知の任意の方法を含む。例えば、検出のための方法は、免疫組織化学、ELISA、EIA、免疫蛍光法、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、逆転写酵素PCR（RT-PCR）、インサイチューPCR、定量的PCR、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞選別（FACS）、酵素活性アッセイ、ガスクロマトグラフィ/質量分析（GC/MS）、高速液体クロマトグラフィ（HPLC）、液体クロマトグラフィ-二重質量分析（LC-MS/MS）、液体クロマトグラフィ-エレクトロスプレーイオン化-タンデム質量分析（LC-ESI-MS）、核磁気共鳴（NMR）、インサイチューハイブリダイゼーション、ウェスタンブロット、ノーザンブロット、サザンブロット、インビボイメージング、マイクロアレイ、トランスクリプトーム配列決定、および/または当技術分野で公知の任意のハイスループット法を含む。
いくつかの態様では、代謝産物レベルは、当技術分野で公知の任意の技術を用いて決定することができる。例えば、生物学的試料からのTRP、KYNおよび/またはKYN誘導体のレベルは、バイオセンサー、酵素アッセイに結合した光学装置、バイオチップ、質量分析計、NMR分析器などの分析装置、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）、ラジオイムノアッセイ、または高速液体クロマトグラフィ（HPLC）、液体クロマトグラフィ-二重質量分析法（LC-MS/MS）、液体クロマトグラフィ-エレクトロスプレーイオン化-タンデム質量分析法（LC -ESI-MS）などのクロマトグラフィ技術、蛍光検出、ならびに/またはエールリッヒ試薬（氷酢酸中2％p-ジメチルアミノベンズアルデヒド）と反応させた後に分光吸光度を測定することを含む、分光光度法を用いて決定することができる。いくつかの態様では、代謝産物レベルはHPLCを用いて決定することができる。例えば、いくつかの態様では、トリプトファンおよびキヌレニンレベルは、アミノ酸標準品および/またはアミノ酸標準品＋キヌレニンと比較することにより、HPLCによって決定することができる。
いくつかの態様では、生物学的試料は、血清試料、血漿試料、組織試料および/または腫瘍試料、例えば腫瘍生検材料である。いくつかの態様では、生物学的試料は、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器試料、または腫瘍に由来する処理された試料を含む腫瘍試料を含むが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、生物学的試料は、腫瘍生検材料からの単離された細胞および/または組織切片を含む。いくつかの態様では、評価はインビボ、エクスビボまたはインビトロで行うことができ、特定のパラメータは、生物学的試料からまたはインビボイメージングによって決定することができる。
いくつかの態様では、細胞によるトリプトファン取り込みおよび細胞内トリプトファンレベルは、トリプトファンを感知する蛍光指示タンパク質（FLIP）を使用して決定することができる。いくつかの態様では、FLIPは、大腸菌（Escherichia coli）由来のトリプトファンオペロンリプレッサーに基づくトリプトファン感知分子を含み、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）フルオロフォア対を含む。FLIPへのトリプトファンの結合は、立体配座およびFRET比の変化をもたらし（例えばKaper et al.,（2007）PLoS Biol 5（10）:e257参照）、それによって細胞内トリプトファンレベルの検出を可能にする。
いくつかの局面では、発現レベルを検出することは、インビトロアッセイを実施することを含む。いくつかの態様では、インビトロアッセイは、イムノアッセイ、アプタマーベースのアッセイ、組織学的もしくは細胞学的アッセイ、またはmRNA発現レベルアッセイである。いくつかの態様では、1つまたは複数の因子、エフェクター、酵素および/または表面マーカーのそれぞれの1つまたは複数についての1つまたは複数のパラメータは、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）、免疫ブロット法、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、阻害アッセイまたはアビディティ活性アッセイによって検出される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の因子、エフェクター、酵素および/または表面マーカーのうちの少なくとも1つに関するパラメータは、少なくとも1つのバイオマーカーに特異的に結合する結合試薬を用いて決定される。いくつかの場合には、結合試薬は抗体もしくはその抗原結合断片、アプタマーまたは核酸プローブである。
いくつかの態様では、酵素アッセイは、生物学的試料、例えば血清試料、血漿試料、組織試料または腫瘍試料中のIDO1のレベルを検出するために使用できる。IDO1に関する例示的な酵素アッセイとしては、2,2-ジフェニル-1-ピクリルヒドラジル（DPPH）抗酸化アッセイ、メナジオン（2-メチル-1,4-ナフトキノン）レドックスアッセイまたはヘムベースのレドックスアッセイが挙げられる。
いくつかの態様では、2つまたはそれ以上の因子またはエフェクター、例えば酵素、および/または代謝産物のレベルが決定され、相対的レベルが比較される。いくつかの態様では、決定された酵素、因子および/または代謝産物のレベルは、対照試料または非処理試料からのレベルと比較される。いくつかの態様では、決定された酵素、因子および/または代謝産物のレベルは、同じ対象からであるが異なる時点での試料からのレベルと比較される。キヌレニン経路の個々の酵素または代謝産物の定量化で得られる値は、例えば決定された濃度についての算術演算もしくは論理演算を形成することによって、またはマルチパラメータ解析を用いることによって、疾患評価の目的で組み合わせることができる。いくつかの態様では、評価されるパラメータは血漿キヌレニン/トリプトファン比である。
いくつかの態様では、評価されるパラメータは、キヌレニン経路の代謝産物、例えばトリプトファンおよび/もしくはキヌレニンのレベル、またはキヌレニン経路に関与する因子もしくはエフェクター、例えば酵素、受容体もしくはシグナル伝達分子のレベルの、種々の条件での異なる評価時点と比較した、および/または基準点と比較した、変化および/または改変、例えば増加または減少である。例えば、いくつかの態様では、評価されるパラメータは、トリプトファンレベル、キヌレニンレベル、ならびに/またはIDO1、IDO2および/もしくはTDOの発現レベルの変化である。いくつかの態様では、増加または減少の倍数変化が決定される。いくつかの態様では、キヌレニン経路における因子またはエフェクター、例えば酵素、または代謝産物のレベルの変化、例えば増加または減少は、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍もしくはそれ以上より大きいか、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい。いくつかの態様では、記載のパラメータのいずれか、例えばIDO1、IDO2および/もしくはTDOの発現レベルまたはトリプトファンに関連する他のバイオマーカーは、操作の前、操作中もしくは操作後に、療法に使用されるT細胞の活性、表現型、増殖および/もしくは機能を評価もしくは特徴付けるため、治療アウトカムもしくは毒性アウトカムと相関させるため、治療のための患者を同定もしくは選択するため、ならびに/または投与もしくは他の治療レジメンを決定するための他のパラメータまたはバイオマーカーの中でも特に使用することができる。
いくつかの態様では、評価されるパラメータは、癌、腫瘍、または腫瘍微小環境（TME）中の細胞におけるアミノ酸輸送体、例えばトリプトファン輸送体の発現および/または活性を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数のアミノ酸輸送体またはその鎖、例えばL型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc;CD98hc;SLC3A2）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）の発現および/または活性を評価する。いくつかの態様では、対象から得られた生物学的試料中の腫瘍細胞または癌細胞は、高レベルのLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4を発現するか、またはLAT1、LAT2、CD98hcおよび/もしくはPAT4の発現について陽性である。いくつかの態様では、腫瘍微小環境中の他の細胞、例えば間質細胞または骨髄細胞などのバイスタンダー細胞もまた、高レベルのLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4を発現する。いくつかの態様では、骨髄間質細胞、樹状細胞および/またはマクロファージは、高レベルのLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4を発現し得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法、細胞、組成物および/またはキットを用いた治療、例えば、IDO媒介異化作用、例えばトリプトファンの欠乏またはキヌレニンもしくは別のトリプトファン代謝産物の蓄積によって正または負に調節される分子を含む、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子（例えばタンパク質）の発現が改変されている組換え受容体発現細胞（例えばCAR T細胞）を用いた治療のための対象を、そのようなパラメータに基づいて同定または選択することができる。例えば、いくつかの態様では、腫瘍細胞または癌細胞が高レベルのLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4を発現するか、またはLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4の発現について陽性である対象に、トリプトファンの取り込み、輸送および/または代謝に関与する分子（例えばタンパク質）、例えばLAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4を組換え発現するようにも改変されている組換え受容体発現細胞を投与することができる。
2．T細胞の曝露、持続性、および増殖
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのために評価することができるパラメータを含む、療法または治療アウトカムに関連するパラメータは、T細胞、例えばT細胞ベースの療法のために投与されたT細胞の曝露、持続性および増殖の評価であるか、またはそれらを含む。いくつかの態様では、本明細書で提供される方法における細胞、例えば免疫療法、例えばT細胞療法のために投与される細胞の曝露の増加、または細胞の長期間の増殖および/もしくは持続性、ならびに/または細胞表現型もしくは細胞の機能的活性の変化は、インビトロまたはエクスビボでT細胞の特徴を評価することによって測定することができる。いくつかの態様では、そのようなアッセイは、本明細書で提供される併用療法の1つまたは複数の工程を投与する前または後に、免疫療法、例えばT細胞療法に使用されるT細胞の機能を決定または確認するために使用することができる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、細胞、例えばT細胞ベースの療法のために投与されるT細胞への対象の曝露を、例えば腫瘍微小環境（TME）における免疫抑制作用または状態を克服することにより、それらの増殖および/または持続性を長期にわたって促進することなどによって促進するように設計される。
いくつかの態様では、T細胞療法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の非存在下でT細胞療法が対象に投与される方法と比較して、対象において増大したまたは長期間の増殖および/または持続性を示す。
いくつかの態様では、提供される方法は、投与された細胞への対象の曝露を増加させ（例えば細胞数の増加もしくは期間の延長）、および/または免疫療法、例えばT細胞療法の活性および治療アウトカムを改善する。いくつかの局面では、本発明の方法は、組換え受容体を発現する細胞、例えばCAR発現細胞へのより大きなおよび/またはより長い程度の曝露が、他の方法と比較して治療アウトカムを改善するという点で有利である。そのようなアウトカムは、重度の腫瘍量を有する個体においてさえも、患者の生存および寛解を含み得る。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下でのT細胞単独の投与と比較して、細胞、例えばT細胞ベースの療法のために投与されるT細胞への曝露の最大量、全体量、および/または持続時間を増加させることができる。いくつかの局面では、高い疾患負荷（したがってより高い量の抗原）の状況におけるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、細胞の増殖および/または持続性を妨げ得る免疫抑制、アネルギーおよび/または枯渇をもたらし得る同じ状況でのトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下でのT細胞単独の投与と比較して、活性を増強する。いくつかの態様では、高い疾患負荷の状況でトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を投与することは、投与された細胞の枯渇を減少させ、それによって、より高い初期用量が投与される方法などの他の方法と比較して、臨床活性を増大させる。
いくつかの態様では、T細胞の投与後ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与前、投与中および/または投与後に、対象における組換え受容体を発現する細胞（例えばT細胞ベースの療法のために投与されるCAR発現細胞）の存在および/または量が検出される。いくつかの局面では、対象の血液または血清または臓器または組織試料（例えば疾患部位、例えば腫瘍試料）中の組換え受容体を発現する細胞（例えばT細胞ベースの療法のために投与されるCAR発現細胞）の量を評価するために、定量的PCR（qPCR）が使用される。いくつかの局面では、持続性は、DNA 1マイクログラムの当たりの、受容体、例えばCARをコードするDNAもしくはプラスミドのコピーとして、または例えば血液もしくは血清の試料1マイクロリットル当たりの、または試料1マイクロリットル当たりの末梢血単核細胞（PBMC）もしくは白血球もしくはT細胞の総数当たりの、受容体発現細胞、例えばCAR発現細胞の数として定量化される。
いくつかの態様では、細胞は、T細胞、例えばCAR発現T細胞の投与の4、14、15、27、もしくは28日後に、または少なくとも前記日数後に対象において検出される。いくつかの局面では、細胞は、T細胞、例えばCAR発現T細胞および/またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与の2、4、もしくは6週間後、または3、6、12、18、24、30、もしくは36ヶ月後、または1、2、3、4、5年もしくはそれ以上の年数後に、または少なくとも前記期間後に検出される。
いくつかの態様では、T細胞、例えばCAR発現T細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与後の、本発明の方法による対象における受容体発現細胞（例えばCAR発現細胞）の持続性は、免疫療法単独の投与、例えばキヌレニン調節剤の非存在下でのT細胞、例えばCAR発現T細胞の投与を含む方法などの代替方法によって達成されるものと比較してより大きい。
増殖および/または持続性を示す、曝露、例えば細胞数、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の数は、対象が曝露される細胞の最大数、検出可能な細胞または一定の数もしくは割合を超える細胞の持続期間、経時的な細胞数についての曲線下面積、および/またはそれらの組み合わせならびにそれらの指標によって表され得る。そのようなアウトカムは、腫瘍試料などの特定の試料中、例えば血液、血清、血漿または組織中の核酸またはDNAの総量と比較して、組換え受容体をコードする核酸のコピー数を検出するためのqPCR、および/または一般に受容体に特異的な抗体を使用して受容体を発現する細胞を検出するフローサイトメトリーアッセイなどの公知の方法を用いて評価し得る。細胞ベースのアッセイはまた、疾患もしくは状態の細胞または受容体によって認識される抗原を発現する細胞に対する、結合するおよび/または中和するおよび/または応答、例えば細胞毒性応答を誘導することができる細胞などの機能的細胞の数または割合を検出するためにも使用し得る。
いくつかの態様では、T細胞療法において投与されたT細胞の存在および/または量の評価は、腫瘍部位内またはその近傍、例えば腫瘍微小環境（TME）におけるT細胞の存在および/または量の評価を含む。いくつかの態様では、評価は、腫瘍、例えば固形腫瘍に浸潤する投与されたT細胞の存在および/または量を決定することを含む。いくつかの態様では、投与されたT細胞の存在および/または量は、対象由来の生物学的試料、例えば血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器試料、または腫瘍に由来する処理された試料を含む腫瘍試料から評価される。いくつかの態様では、生物学的試料は、腫瘍生検材料からの単離された細胞および/または組織切片を含む。いくつかの態様では、T細胞療法において投与されたT細胞の存在および/または量の評価は、腫瘍生検材料からの単離された細胞および/または組織切片の試料中の、腫瘍に浸潤する投与されたT細胞の存在および/または量の評価を含む。
いくつかの局面では、細胞への対象の曝露の増加は、細胞の増殖の増加を含む。いくつかの態様では、受容体発現細胞、例えばCAR発現細胞は、T細胞、例えばCAR発現T細胞の投与後、および/またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後に対象において増殖する。いくつかの局面では、本発明の方法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の非存在下でのT細胞、例えばCAR発現T細胞の投与を含むものなどの他の方法と比較して、細胞のより大きな増殖をもたらす。
いくつかの局面では、この方法は、例えばフローサイトメトリーによって測定されるように、投与された細胞の高いインビボ増殖をもたらす。いくつかの局面では、高いピーク割合の細胞が検出される。例えば、いくつかの態様では、T細胞、例えばCAR発現T細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与後のピークまたは最大レベルにおいて、対象の血液もしくは疾患部位またはその白血球画分、例えばPBMC画分もしくはT細胞画分中で、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％の細胞が組換え受容体、例えばCARを発現する。
いくつかの態様では、この方法は、対象の血液または血清または他の体液または臓器または組織において、DNA 1マイクログラム当たり少なくとも100、500、1000、1500、2000、5000、10,000もしくは15,000コピーの受容体、例えばCARをコードする核酸、または末梢血単核細胞（PBMC）の総数、単核細胞の総数、T細胞の総数、もしくはマイクロリットルの総数当たり少なくとも0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、もしくは0.9個の受容体発現、例えばCAR発現細胞の最大濃度をもたらす。いくつかの態様では、受容体を発現する細胞は、対象の血液中の全PBMCの少なくとも10、20、30、40、50、もしくは60％として、ならびに/またはT細胞、例えばCAR発現T細胞および/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤に続く少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、24、36、48、もしくは52週間、またはそのような投与後1、2、3、4、もしくは5年間もしくはそれ以上の年数にわたってそのようなレベルで検出される。
いくつかの局面では、方法は、例えば対象の血清、血漿、血液または組織中、例えば腫瘍試料中のDNA 1マイクログラム当たり、組換え受容体、例えばCARをコードする核酸のコピー数の少なくとも2倍、少なくとも4倍、少なくとも10倍、または少なくとも20倍の増加をもたらす。
いくつかの態様では、受容体を発現する細胞は、対象の血清、血漿、血液または組織中、例えば腫瘍試料中で、例えばqPCRまたはフローサイトメトリーに基づく検出方法などの特定の方法によって、T細胞、例えばCAR発現T細胞の投与、またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の少なくとも20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、もしくは60日後もしくはそれ以上の日数後に、T細胞、例えばCAR発現T細胞、ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、もしくは24週間、もしくはそれ以上、または少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、もしくは24週間、もしくはそれ以上にわたって検出可能である。
いくつかの局面では、少なくとも約1×102、少なくとも約1×103、少なくとも約1×104、少なくとも約1×105、少なくとも約1×106、少なくとも約5×106、少なくとも約1×107、少なくとも約5×107、もしくは少なくとも約1×108個の組換え受容体発現細胞、例えばCAR発現細胞、および/または1マイクロリットル当たり少なくとも10、25、50、100、200、300、400、500もしくは1000個の受容体発現細胞、例えば1マイクロリットル当たり少なくとも10個の細胞が、対象またはその体液、血漿、血清、組織、もしくは区画において、例えば末梢血などの血液中で、または腫瘍などのその疾患部位において、検出可能であるかまたは存在する。いくつかの態様では、そのような数または濃度の細胞は、T細胞、例えばCAR発現T細胞の投与後、ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後、少なくとも約20日間、少なくとも約40日間、もしくは少なくとも約60日間、または少なくとも約3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12ヶ月間、または少なくとも2もしくは3年間、対象において検出可能である。そのような細胞数は、フローサイトメトリーに基づく方法または定量的PCRに基づく方法および公知の方法を用いた総細胞数への外挿によって検出される通りであり得る。例えばBrentjens et al.,Sci Transl Med.2013 5（177）,Park et al,Molecular Therapy 15（4）:825-833（2007）,Savoldo et al.,JCI 121（5）:1822-1826（2011）,Davila et al.,（2013）PLoS ONE 8（4）:e61338,Davila et al.,Oncoimmunology 1（9）:1577-1583（2012）,Lamers,Blood 2011 117:72-82,Jensen et al.,Biol Blood Marrow Transplant 2010 September;16（9）:1245-1256,Brentjens et al.,Blood 2011 118（18）:4817-4828参照。
いくつかの局面では、免疫組織化学、PCR、および/またはフローサイトメトリーによって測定される、例えば末梢血または骨髄または他の区画における100細胞当たりの組換え受容体をコードする核酸のコピー数、例えばベクターコピー数は、細胞、例えばCAR発現T細胞、ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の少なくとも約1週間、約2週間、約3週間、約4週間、約5週間、もしくは少なくとも約6週間後、または少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12ヶ月後、または少なくとも2もしくは3年後に、少なくとも0.01、少なくとも0.1、少なくとも1、または少なくとも10である。いくつかの態様では、ゲノムDNA 1マイクログラム当たりの、受容体、例えばCARを発現するベクターのコピー数は、T細胞、例えばCAR発現T細胞、またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の約1週間、約2週間、約3週間、もしくは少なくとも約4週間後の時点、またはそのような投与の少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12ヶ月後、または少なくとも2もしくは3年後の時点で、少なくとも100、少なくとも1000、少なくとも5000、少なくとも10,000、少なくとも15,000または少なくとも20,000である。
いくつかの局面では、細胞によって発現される受容体、例えばCARは、細胞の投与後、例えばT細胞、例えばCAR発現T細胞の投与開始後、ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後少なくとも約3ヶ月、少なくとも約6ヶ月、少なくとも約12ヶ月、少なくとも約1年、少なくとも約2年、少なくとも約3年、または3年を超える時点で、対象、その血漿、血清、血液、組織および/または疾患部位、例えば腫瘍部位において、定量的PCR（qPCR）またはフローサイトメトリーによって検出可能である。
いくつかの態様では、T細胞、例えばCAR発現T細胞の投与後、ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後の経時的な対象の体液、血漿、血清、血液、組織、臓器および/または疾患部位、例えば腫瘍部位における受容体（例えばCAR）発現細胞の濃度についての曲線下面積（AUC）は、対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の非存在下でT細胞、例えばCAR発現T細胞を投与される代替投与レジメンによって達成されるものと比較してより大きい。
いくつかの局面では、この方法は、例えばフローサイトメトリーによって測定されるように、投与された細胞の高いインビボ増殖をもたらす。いくつかの局面では、高いピーク割合の細胞が検出される。例えば、いくつかの態様では、T細胞、例えばCAR発現T細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後のピークまたは最大レベルにおいて、対象の血液、血漿、血清、組織もしくは疾患部位またはその白血球画分、例えばPBMC画分もしくはT細胞画分中で、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％の細胞が組換え受容体、例えばCARを発現する。
3．T細胞の機能的活性
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのために評価することができるパラメータを含む、療法または治療アウトカムに関連するパラメータは、T細胞の活性、表現型、増殖または機能の1つまたは複数を含む。いくつかの態様では、T細胞、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の活性、表現型、増殖および/または機能を評価するための当技術分野で公知のアッセイのいずれかを使用することができる。細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与の前および/または後に、いくつかの態様では、操作された細胞集団の生物学的活性が、例えば多くの公知の方法のいずれかによって測定される。評価するパラメータには、インビボで、例えばイメージングによって、またはエクスビボで、例えばELISAもしくはフローサイトメトリーによって、操作されたもしくは天然のT細胞または他の免疫細胞の抗原への特異的結合が含まれる。特定の態様では、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力は、例えばKochenderfer et al.,J.Immunotherapy,32（7）:689-702（2009）、およびHerman et al.,J.Immunological Methods,285（1）:25-40（2004）に記載されている細胞毒性アッセイなどの、当技術分野で公知の任意の適切な方法を用いて測定することができる。特定の態様では、細胞の生物学的活性は、CD107a、IFNγ、IL-2、GM-CSFおよびTNFαなどの1つもしくは複数のサイトカインの発現および/もしくは分泌を検定することによって、ならびに/または細胞溶解活性を評価することによって測定される。
いくつかの態様では、T細胞、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の活性、表現型、増殖および/または機能についてのアッセイとしては、ELISPOT、ELISA、細胞増殖、細胞傷害性リンパ球（CTL）アッセイ、T細胞エピトープ、抗原もしくはリガンドへの結合、または細胞内サイトカイン染色、増殖アッセイ、リンホカイン分泌アッセイ、直接細胞毒性アッセイ、および限界希釈アッセイが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、T細胞の増殖応答は、カルボキシフルオレセインジアセテートスクシンイミジルエステル（CFSE）、CellTrace Violet、または膜染料PKH26などの染料を用いて、例えば3H-チミジン、BrdU（5-ブロモ-2'-デオキシウリジン）または2'-デオキシ-5-エチニルウリジン（EdU）のそれらのDNAへの組み込みまたは染料希釈アッセイによって測定することができる。
いくつかの態様では、T細胞、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の活性、表現型、増殖および/または機能を評価することは、T細胞からのサイトカイン産生を測定すること、および/または対象由来の生物学的試料、例えば血漿、血清、血液、および/または組織試料、例えば腫瘍試料におけるサイトカイン産生を測定することを含む。いくつかの場合には、そのような測定されるサイトカインには、限定されることなく、インターロイキン2（IL-2）、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）、インターロイキン4（IL-4）、TNF-アルファ（TNFα）、インターロイキン6（IL-6）、インターロイキン10（IL-10）、インターロイキン12（IL-12）、顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）、CD107a、および/またはTGF-ベータ（TGFβ）が含まれ得る。サイトカインを測定するためのアッセイは当技術分野において周知であり、ELISA、細胞内サイトカイン染色、サイトメトリビーズアレイ、RT-PCR、ELISPOT、フローサイトメトリー、および関連サイトカインに応答性の細胞を試験試料の存在下で応答性（例えば増殖）について試験するバイオアッセイが含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、T細胞、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の活性、表現型、増殖および/または機能を評価することは、細胞表現型、例えば特定の細胞表面マーカーの発現を評価することを含む。いくつかの態様では、T細胞、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞は、T細胞活性化マーカー、T細胞枯渇マーカー、および/またはT細胞分化マーカーの発現について評価される。いくつかの態様では、細胞表現型は投与前に評価される。いくつかの態様では、細胞表現型は投与後に評価される。評価のためのT細胞活性化マーカー、T細胞枯渇マーカー、および/またはT細胞分化マーカーには、T細胞の特定のサブセットについての当技術分野で公知の任意のマーカー、例えばCD25、CD38、ヒト白血球抗原-DR（HLA-DR）、CD69、CD44、CD137、KLRG1、CD62Llow、CCR7low、CD71、CD2、CD54、CD58、CD244、CD160、プログラム細胞死タンパク質1（PD-1）、リンパ球活性化遺伝子3タンパク質（LAG-3）、T細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメインタンパク質3（TIM-3）、細胞傷害性Tリンパ球抗原4（CTLA-4）、バンドTリンパ球アテニュエータ（BTLA）および/またはT細胞免疫グロブリンおよび免疫受容体チロシンベースの阻害モチーフドメイン（TIGIT）が含まれる（例えばLiu et al.,Cell Death and Disease（2015）6,e1792参照）。いくつかの態様では、評価される細胞表面マーカーはCD25、PD-1および/またはTIM-3である。いくつかの態様では、評価される細胞表面マーカーはCD25である。
いくつかの局面では、発現レベルを検出することは、インビトロアッセイを実施することを含む。いくつかの態様では、インビトロアッセイは、イムノアッセイ、アプタマーベースのアッセイ、組織学的もしくは細胞学的アッセイ、またはmRNA発現レベルアッセイである。いくつかの態様では、1つまたは複数の因子、エフェクター、酵素および/または表面マーカーのそれぞれの1つまたは複数についての1つまたは複数のパラメータは、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）、免疫ブロット法、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、阻害アッセイまたはアビディティ活性アッセイによって検出される。いくつかの態様では、サイトカインおよび/または表面マーカーの検出は、少なくとも1つのバイオマーカーに特異的に結合する結合試薬を用いて決定される。いくつかの場合には、結合試薬は抗体もしくはその抗原結合断片、アプタマーまたは核酸プローブである。
いくつかの態様では、例えば併用療法における操作された細胞、ならびに/または、例えばトリプトファンの不足もしくは欠乏またはキヌレニンもしくは他のトリプトファン代謝産物の蓄積に応答した、細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する、ならびに/またはトリプトファンの取り込みもしくは細胞内への輸送に関与するタンパク質の発現の改変を含むように操作された細胞の活性、表現型、増殖および/または機能は、同様のアッセイ、例えば上記の機能的アッセイおよび/またはインビトロアッセイを用いて評価することもできる。いくつかの態様では、操作された細胞の活性、表現型、増殖および/または機能は、補充トリプトファンが添加されたもしくは添加されていないトリプトファン含有培地中、または補充トリプトファンが添加されたもしくは添加されていないトリプトファン不含培地中での培養後に試験することができる。いくつかの態様では、アッセイは、低トリプトファン条件もしくはトリプトファン飢餓条件での、またはトリプトファン不含培地中での培養後に行うことができる。
いくつかの態様では、T細胞の活性、表現型、増殖または機能のうちの1つまたは複数の評価は、アミノ酸飢餓、例えばトリプトファン枯渇またはトリプトファン飢餓に対する応答の評価を含む。いくつかの態様では、T細胞の活性、表現型、増殖または機能の評価は、トリプトファン枯渇および/またはトリプトファン飢餓に応答した、エフェクターT細胞の枯渇、アネルギーもしくは細胞死、抗腫瘍免疫応答の抑制もしくは腫瘍抗原に対する寛容、機能的活性および/または生存の評価を含む。いくつかの態様では、T細胞の活性、表現型、増殖または機能の評価は、飢餓から回復するならびに/または飢餓の影響、例えば増殖および/もしくは機能的活性の遅延もしくは停止を逆転させるT細胞の能力に影響を及ぼし得るトリプトファン飢餓条件下などの、長期間のトリプトファン飢餓条件下でのT細胞の評価を含む。いくつかの態様では、T細胞の活性、表現型、増殖または機能のうちの1つまたは複数の評価は、トリプトファン飢餓からの回復、またはトリプトファン飢餓、例えば長期間のトリプトファン飢餓の影響の逆転の評価を含む。いくつかの態様では、トリプトファン飢餓からの回復は、例えば本明細書に記載の任意のT細胞機能アッセイによって評価されるように、ベースラインまたは定常状態のT細胞活性の回復を含む。
4．疾患負荷
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または治療アウトカムの評価および/または治療アウトカムのモニタリングのために評価することができるパラメータを含む、療法または治療アウトカムに関連するパラメータは、腫瘍または疾患負荷を含む。T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与は、対象における疾患または状態の拡大または負荷を低減または防止することができる。例えば、疾患または状態が腫瘍である場合、本発明の方法は一般に、腫瘍の大きさ、体積、転移、骨髄における芽球の割合もしくは分子的に検出可能な癌を減少させ、および/または予後もしくは生存もしくは腫瘍量に関連する他の症状を改善する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与後の負荷の減少および/または再発に関してタイミングを合わせる。
いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法の投与後の時点で対象に投与され、この場合、対象の腫瘍量が免疫療法、例えばT細胞療法の投与によって低減されている可能性が高い。いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後の時点で対象に投与され、この場合、対象の腫瘍量がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与によって低減されている可能性が高い。いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与前に、すべての対象において実際に腫瘍量が低減されている必要はないが、臨床データなどに基づくと、治療された対象では平均して腫瘍量が減少し、そのような併用療法で治療された対象の大半が腫瘍量の減少を示し、例えば併用療法で治療された対象の少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、95％またはそれ以上が腫瘍量の減少を示す。
いくつかの態様では、疾患負荷が免疫療法、例えばT細胞療法によって低減された、または免疫療法、例えばT細胞療法によって疾患負荷が低減された可能性がある後の時点で、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を対象に投与し、それにより、投与されたT細胞の生存、増殖および/または拡大を増強することによって、疾患またはその症状もしくはアウトカムをさらに低減および/もしくは排除する、またはその拡大もしくは進行を予防する。いくつかの態様では、疾患負荷がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与によって低減されたか、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与によって低減された可能性がある後の時点で、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法を対象に投与し、それにより、投与されたT細胞の生存、増殖および/または拡大を増強することによって、疾患またはその症状もしくはアウトカムをさらに低減および/もしくは排除する、またはその拡大もしくは進行を予防する。T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の時点での低減された疾患負荷の状況は、いくつかの局面では、投与された細胞、例えばCAR発現T細胞の枯渇の可能性を低減し、それによって活性を改善する。
疾患負荷は、対象における、または対象の臓器、組織もしくは体液、例えば腫瘍の臓器もしくは組織もしくは、例えば転移を示す別の場所における、疾患の全細胞数を包含し得る。例えば、腫瘍細胞は、特定の血液悪性腫瘍にの状況において血液、リンパまたは骨髄中で検出および/または定量化され得る。疾患負荷は、いくつかの態様では、腫瘍の質量、転移の数もしくは程度、および/または骨髄中に存在する芽細胞の割合を含み得る。
疾患、状態、および障害の中には、固形腫瘍、血液悪性腫瘍、および黒色腫を含み、ならびに限局性および転移性腫瘍、ウイルスまたは他の病原体、例えばHIV、HCV、HBV、CMV、HPVによる感染および寄生虫病などの感染性疾患、ならびに自己免疫疾患および炎症性疾患がある。いくつかの態様では、疾患、障害または状態は、腫瘍、癌、悪性腫瘍、新生物、または他の増殖性疾患もしくは障害である。いくつかの態様では、対象は骨髄腫、リンパ腫または白血病を有する。いくつかの態様では、対象は、非ホジキンリンパ腫（NHL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）または骨髄腫、例えば多発性骨髄腫（MM）を有する。いくつかの態様では、対象はMMまたはDBCBLを有する。そのような疾患には、白血病、リンパ腫、例えば急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（CML）、急性リンパ性（またはリンパ芽球性）白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、ヘアリーセル白血病（HCL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、マントル細胞リンパ腫（MCL）、辺縁帯リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫（HL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、未分化大細胞リンパ腫（ALCL）、濾胞性リンパ腫、難治性濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）および多発性骨髄腫（MM）が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、対象は固形腫瘍を有する。
MMの場合、疾患負荷の程度を評価するための例示的なパラメータには、クローン性形質細胞（例えば骨髄生検材料における＞10％、または他の組織からの生検材料中の任意の量での;形質細胞腫）の数、血清または尿のいずれかにおけるモノクローナルタンパク質（パラタンパク質）の存在、形質細胞障害に関連すると考えられる末端臓器障害の証拠（例えば高カルシウム血症（補正カルシウム＞2.75mmol/l）;骨髄腫に起因する腎不全;貧血（ヘモグロビン＜10g/dl）、および/または骨病変（溶解性病変または圧迫骨折を伴う骨粗鬆症）などのパラメータが含まれる。
DLBCLの場合、疾患負荷の程度を評価するための例示的なパラメータには、細胞形態（例えば中心芽細胞、免疫芽細胞および未分化細胞）、遺伝子発現、miRNA発現およびタンパク質発現（例えばBCL2、BCL6、MUM1、LMO2、MYCおよびp21の発現）などのパラメータが含まれる。
白血病の場合、疾患負荷の程度は、血液または骨髄中の残存白血病の評価によって決定することができる。いくつかの態様では、例えば光学顕微鏡検査によって検出されるように、骨髄中に5％またはそれ以上の芽細胞が存在する場合、対象は形態学的疾患を示す。いくつかの態様では、骨髄中に5％未満の芽細胞が存在する場合、対象は完全または臨床的寛解を示す。
いくつかの態様では、白血病に関して、対象は完全な寛解を示し得るが、小さな割合の形態学的に検出不可能な（光学顕微鏡技術による）残存白血病細胞が存在する。対象が骨髄中で5％未満の芽細胞を示し、分子的に検出可能な癌を示す場合、対象は最小残存疾患（MRD）を示すと言われる。いくつかの態様では、分子的に検出可能な癌は、少数の細胞の高感度検出を可能にする様々な分子技術のいずれかを用いて評価することができる。いくつかの局面では、そのような技術は、染色体転座によって生成される独特のIg/T細胞受容体遺伝子再配列または融合転写物を決定することができるPCRアッセイを含む。いくつかの態様では、フローサイトメトリーは、白血病特異的免疫表現型に基づいて癌細胞を同定するために使用することができる。いくつかの態様では、癌の分子検出は、100,000個の正常細胞中にわずか1個の白血病細胞を検出することができる。いくつかの態様では、対象は、PCRまたはフローサイトメトリーなどによって、100,000個の細胞中に少なくとも1個または1個より多い白血病細胞が検出される場合、分子的に検出可能なMRDを示す。いくつかの態様では、対象の疾患負荷は分子的に検出不可能またはMRD-であり、そのため、いくつかの場合には、PCRまたはフローサイトメトリー技術を用いて対象において白血病細胞を検出することができない。
いくつかの態様では、T細胞療法（例えばCAR発現T細胞）もしくはT細胞結合療法などの免疫療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の方法および/または投与は、免疫療法、例えばT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与直前の時点における疾患負荷と比較して、疾患負荷を減少させる。いくつかの局面では、免疫療法、例えばT細胞療法の投与は、疾患負荷、例えば腫瘍量を低減させる。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤は、疾患負荷の低減、例えばさらなる低減をもたらす。
いくつかの局面では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、疾患負荷、例えば腫瘍量を低減させる。いくつかの態様では、免疫療法、例えばT細胞療法の投与は、疾患負荷の低減、例えばさらなる低減をもたらす。
いくつかの局面では、免疫療法、例えばT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、疾患負荷の増加を予防することができ、これは疾患負荷の変化がないことによって証明され得る。
いくつかの局面では、疾患または状態は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与後も持続し、および/または免疫療法、例えばT細胞療法の投与は、対象における疾患または状態を根絶するのに十分ではない。
いくつかの局面では、免疫療法、例えばT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与直前の時点、またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の直前の時点における疾患負荷と比較して、疾患負荷を低減させる。いくつかの局面では、例えば再発の状況では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与後の疾患負荷のピークレベルと比較して、疾患負荷の低減をもたらす。
いくつかの態様では、本発明の方法は、疾患または状態の負荷、例えば腫瘍細胞の数、腫瘍の大きさ、患者の生存期間または無事象生存期間を、対象がトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の非存在下で免疫療法、例えばT細胞療法単独を受けているような代替療法を使用する同等の方法で観察される低減と比較して、より大きな程度におよび/またはより長期間にわたって低減する。いくつかの態様では、疾患負荷は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与とトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤との併用療法後に、各々の剤単独を投与することによって、例えば免疫療法、例えばT細胞療法を受けていない対象にトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を投与することによって、またはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を摂取していない対象に免疫療法、例えばT細胞療法を投与することによってもたらされる低減と比較して、より大きな程度にまたはより長期間にわたって低減される。
いくつかの態様では、対象における疾患または状態の負荷は、検出、評価、または測定される。疾患負荷は、いくつかの局面では、対象における、または対象の臓器、組織もしくは体液、例えば血液もしくは血清における疾患細胞または疾患関連細胞、例えば腫瘍細胞の総数を検出することによって検出され得る。いくつかの態様では、疾患負荷、例えば腫瘍量は、固形腫瘍の質量および/または転移の数もしくは程度を測定することによって評価される。いくつかの局面では、対象の生存、一定期間内の生存、生存の程度、無事象もしくは無症状生存の存在もしくは持続期間、または無再発生存が評価される。いくつかの態様では、疾患または状態の任意の症状が評価される。いくつかの態様では、疾患または状態の負荷の程度が特定される。いくつかの態様では、決定のための例示的なパラメータは、疾患または状態、例えば腫瘍の緩和または改善を示す特定の臨床アウトカムを含む。そのようなパラメータには、完全寛解（CR）、部分寛解（PR）または安定疾患（SD）を含む病勢制御期間（例えば固形腫瘍における奏功評価基準（RECIST）ガイドライン参照）、客観的奏効率（ORR）、無増悪生存期間（PFS）および全生存期間（OS）が含まれる。本明細書で提供される併用療法の方法の活性を決定するために、パラメータに関する特定の閾値を設定することができる。
いくつかの局面では、疾患負荷は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与前に、免疫療法、例えばT細胞療法の投与後であるがトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与前に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後であるが免疫療法、例えばT細胞療法の投与前に、ならびに/または免疫療法、例えばT細胞療法ならびにトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の両方の投与後に、測定または検出される。併用療法の1つまたは複数の工程の複数回投与の状況では、いくつかの態様における疾患負荷は、任意の工程、用量および/もしくは投与サイクルの投与の前もしくは後に、または任意の工程、用量および/もしくは投与サイクルの投与の間の時点に測定され得る。
いくつかの態様では、負荷は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与後、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100パーセント、または少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90、または100パーセント減少する。いくつかの態様では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与直前と比較して、または全体として免疫療法、例えばT細胞療法の直前と比較して、疾患負荷、例えば腫瘍量のさらなる低減、例えば10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100％の低減、またはおよそ前記割合の低減をもたらす。いくつかの態様では、負荷は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与後に少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100パーセント、または少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100パーセント減少する。いくつかの局面では、免疫療法、例えばT細胞療法の投与は、免疫療法、例えばT細胞療法の投与の直前、または全体としてトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の直前と比較して、疾患負荷、例えば腫瘍量のさらなる低減、例えば10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100％の低減、またはおよそ前記割合の低減をもたらす。
いくつかの態様では、疾患負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量、および/または腫瘍負荷もしくは嵩は、免疫療法、例えばT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の後に、免疫療法、例えばT細胞療法ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与の直前のものと比較して、少なくとも0、20、30、40、50、60、70、80、90％、もしくはそれ以上、または少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90％、もしくはそれ以上低減される。
いくつかの態様では、本発明の方法による疾患負荷の低減は、例えば併用療法の投与、例えば開始後、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、または3ヶ月を超えて評価される、形態学的完全寛解の誘導を含む。
いくつかの局面では、例えばマルチパラメータフローサイトメトリーによって測定されるような、最小残存疾患についてのアッセイは陰性であるか、または最小残存疾患のレベルは約0.3％未満、約0.2％未満、約0.1％未満、または約0.05％未満である。
いくつかの態様では、対象の無事象生存率または全生存率は、他の方法と比較して、本発明の方法によって改善される。例えば、いくつかの態様では、本明細書で提供される併用療法の方法の6ヶ月後に、本発明の方法によって治療された対象の無事象生存率または確率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。いくつかの態様では、全生存率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。いくつかの態様では、本発明の方法で治療された対象は、無事象生存、無再発生存、または少なくとも6ヶ月まで、または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10年までの生存を示す。いくつかの態様では、進行までの時間は、例えば6ヶ月超もしくは約6ヶ月超、または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10年を超える、進行までの時間のように、改善される。
いくつかの態様では、本発明の方法による治療後、他の方法と比較して再発の可能性が低下する。例えば、いくつかの態様では、併用療法の方法の6ヶ月後の再発の可能性は、約80％未満、約70％未満、約60％未満、約50％未満、約40％未満、約30％未満、約20％未満、または約10％未満である。
いくつかの局面では、併用療法の投与後の疾患負荷の低減、例えば腫瘍の減量は、投与後の毒性または毒性アウトカムを減少させる。腫瘍量の減少後の毒性アウトカムは、当技術分野で公知の方法のいずれかを用いて評価することができる。
いくつかの局面では、本発明の方法から生じる疾患負荷の低減、例えば腫瘍の減量は、対象における細胞、例えば免疫療法、例えばT細胞療法のために投与されるT細胞の持続性を改善する。例えば、いくつかの局面では、併用療法の投与、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与は、疾患負荷、例えば腫瘍量を低減し、そのため併用療法において投与された細胞は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与せずにT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞結合療法などの免疫療法を単独で投与するような他の療法の方法を用いて治療された細胞よりも長期間持続する。
いくつかの局面では、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤を投与された対象における細胞用量の増大したまたは長期間の増殖および/または持続性は、対象の腫瘍関連アウトカムにおける利益に関連する。いくつかの態様では、腫瘍関連アウトカムは、対象における腫瘍量の減少または骨髄芽球の減少を含む。いくつかの態様では、腫瘍量は、本発明の方法の投与後に10、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100パーセント、または少なくとも前記割合だけもしくは少なくともおよそ前記割合だけ減少する。いくつかの態様では、疾患負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量、および/または腫瘍負荷もしくは嵩は、細胞の投与後に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、例えばIDO1阻害剤の投与を含まない方法で治療された対象と比較して、少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、もしくはそれ以上、または少なくとも約50％、60％、70％、80％、90％、もしくはそれ以上減少する。
IV．T細胞療法および細胞の操作
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法に従って使用するためのT細胞療法は、疾患または状態に関連する分子を認識し、および/またはそれに特異的に結合して、そのような分子への結合時にそのような分子に対する免疫応答などの応答をもたらすように設計された組換え受容体を発現する操作された細胞を投与することを含む。受容体は、キメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）、およびトランスジェニックT細胞受容体（TCR）を含む他のトランスジェニック抗原受容体を含み得る。
いくつかの態様では、細胞は、操作された受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）などの操作された抗原受容体、またはT細胞受容体（TCR）を含むか、または含むように操作されている。そのような細胞の集団、そのような細胞を含むおよび/またはそのような細胞が濃縮された組成物、例えばT細胞またはCD8＋もしくはCD4＋細胞などの特定の種類の細胞が濃縮または選択されている組成物も提供される。組成物の中には、養子細胞療法のためなどの、投与のための薬学的組成物および製剤がある。細胞および組成物を対象、例えば患者に投与するための治療方法も提供される。
したがって、いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作によって導入された1つまたは複数の核酸を含み、それによってそのような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様では、遺伝子導入は、例えばサイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるように、細胞を増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と組み合わせることなどによって、最初に細胞を刺激し、続いて活性化した細胞を形質導入し、培養下で臨床適用に十分な数まで増殖させることによって達成される。
記載されているいくつかの態様では、細胞は、例えばトリプトファンの不足もしくは欠乏またはキヌレニンもしくは他のトリプトファン代謝産物の蓄積に応答した、細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する、ならびに/またはトリプトファンの取り込みもしくは細胞内への輸送に関与するタンパク質の発現の改変を含むようにさらに操作される。いくつかの態様では、改変は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子またはその機能的もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の組換え、操作されたおよび/または異所性の発現、例えばmTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）またはその機能的もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の組換え、操作されたおよび/または異所性の発現を含む。いくつかの態様では、改変は、トリプトファンの取り込みまたは細胞内への輸送に関与する分子またはその機能的もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体、例えば1つまたは複数のアミノ酸輸送体の組換え、操作されたおよび/または異所性の発現を含む。
いくつかの態様では、改変は、操作された細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子またはその機能的もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の発現低下、例えばGCN2キナーゼ、Blimp-1（PRDM1）、アリール炭化水素受容体（AHR）もしくはAHR核輸送体（ARNT）、またはその機能的もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の発現低下を含む。いくつかの場合には、発現低下は、タンパク質の遺伝子発現が破壊されていることに起因するか、またはその結果である。いくつかの局面では、発現は、改変の非存在下での細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下する。
A．組換え受容体
細胞は一般に、機能的非TCR抗原受容体を含む抗原受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）、および他の抗原結合受容体、例えばトランスジェニックT細胞受容体（TCR）などの組換え受容体を発現する。受容体の中には他のキメラ受容体もある。いくつかの態様では、他のキメラ受容体には、米国特許出願公開第2017/0051035号に記載されているものなどのキメラ自己抗体受容体（CAAR）が含まれる。
1．キメラ抗原受容体（CAR）
CARを含む例示的な抗原受容体、およびそのような受容体を操作し、細胞に導入するための方法は、例えば国際公開公報第200014257号、同第2013126726号、同第2012/129514号、同第2014031687号、同第2013/166321号、同第2013/071154号、同第2013/123061号、米国特許出願公開第2002131960号、同第2013287748号、同第20130149337号、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、および同第8,479,118号、および欧州特許出願公開第2537416号に記載されているもの、ならびに/またはSadelain et al.,Cancer Discov.,3（4）:388-398（2013）;Davila et al.,PLoS ONE 8（4）:e61338（2013）;Turtle et al.,Curr.Opin.Immunol.,24（5）:633-39（2012）;Wu et al.,Cancer,18（2）:160-75（2012）によって記載されているものを含む。いくつかの局面では、抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載されているようなCAR、および国際公開公報第2014055668A1号に記載されているものを含む。CARの例としては、国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、同第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第7,446,190号、同第8,389,282号、Kochenderfer et al.,Nature Reviews Clinical Oncology,10,267-276（2013）;Wang et al.,J.Immunother.35（9）:689-701（2012）;およびBrentjens et al.,Sci Transl Med.5（177）（2013）などの前述の刊行物のいずれかに開示されているCARが挙げられる。国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、同第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第7,446,190号、および米国特許第8,389,282号も参照のこと。CARなどのキメラ受容体は、一般に、抗体分子の一部などの細胞外抗原結合ドメイン、一般に抗体の可変重（VH）鎖領域および/または可変軽（VL）鎖領域、例えばscFv抗体断片を含む。
いくつかの態様では、受容体によって標的とされる抗原はポリペプチドである。いくつかの態様では、それは炭水化物または他の分子である。いくつかの態様では、抗原は、正常なまたは非標的細胞または組織と比較して、疾患または状態の細胞、例えば腫瘍または病原性細胞上に選択的に発現されるかまたは過剰発現される。他の態様では、抗原は正常細胞上に発現され、および/または操作された細胞上に発現される。
いくつかの態様において受容体によって標的とされる抗原は、オーファンチロシンキナーゼ受容体ROR1、tEGFR、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、およびB型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、3、もしくは4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、c-Met、GD-2、およびMAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、サイクリンA1（CCNA1）などのサイクリン、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子を含む。
いくつかの態様では、CARは病原体特異的抗原に結合する。いくつかの態様では、CARは、ウイルス抗原（例えばHIV、HCV、HBVなど）、細菌抗原、および/または寄生虫抗原に特異的である。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの抗体部分は、ヒンジ領域、例えばIgG4ヒンジ領域、ならびに/またはCH1/CLおよび/もしくはFc領域などの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部をさらに含む。いくつかの態様では、定常領域またはその部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの局面では、定常領域の一部は、抗原認識成分、例えばscFvと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域として機能する。スペーサーは、スペーサーが存在しない場合と比較して、抗原結合後の細胞の応答性の増大をもたらす長さのものであり得る。例示的なスペーサー、例えばヒンジ領域は、国際公開公報第2014031687号に記載されているものを含む。いくつかの例では、スペーサーは、12アミノ酸もしくは約12アミノ酸の長さであるか、または12アミノ酸未満の長さである。例示的なスペーサーとしては、少なくとも約10～229個のアミノ酸、約10～200個のアミノ酸、約10～175個のアミノ酸、約10～150個のアミノ酸、約10～125個のアミノ酸、約10～100個のアミノ酸、約10～75個のアミノ酸、約10～50個のアミノ酸、約10～40個のアミノ酸、約10～30個のアミノ酸、約10～20個のアミノ酸、または約10～15個のアミノ酸を有する、および列挙された範囲のいずれかの両端の間の任意の整数個のアミノ酸を含むものが挙げられる。いくつかの態様では、スペーサー領域は、約12個もしくはそれ以下のアミノ酸、約119個もしくはそれ以下のアミノ酸、または約229個もしくはそれ以下のアミノ酸を有する。例示的なスペーサーには、IgG4ヒンジ単独、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジ、またはCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジを含む。例示的なスペーサーとしては、Hudecek et al.,Clin.Cancer Res.,19:3153（2013）、国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,822,647号、または米国特許出願公開第2014/0271635号に記載されているものが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、定常領域またはその部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、配列ESKYGPPCPPCP（配列番号1に示す）を有し、配列番号2に示す配列によってコードされる。いくつかの態様では、スペーサーは、配列番号3に示す配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、配列番号4に示す配列を有する。いくつかの態様では、定常領域またはその部分はIgDのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、配列番号5に示す配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、配列番号1、3、4または5のいずれかと少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を有する。
この抗原認識ドメインは一般に、CARの場合には、TCR複合体などの抗原受容体複合体を介して活性化を模倣するシグナル伝達成分、および/または別の細胞表面受容体を介するシグナルなどの、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に連結されている。したがって、いくつかの態様では、抗原結合成分（例えば抗体）は、1つまたは複数の膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結されている。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは細胞外ドメインに融合されている。一態様では、受容体、例えばCAR中のドメインの1つと天然に関連している膜貫通ドメインが使用される。いくつかの場合には、膜貫通ドメインは、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を回避して、受容体複合体の他の成員との相互作用を最小限に抑えるように選択されるかまたはアミノ酸置換によって改変される。
いくつかの態様における膜貫通ドメインは、天然の供給源または合成供給源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、いくつかの局面におけるドメインは、任意の膜結合または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域には、T細胞受容体、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CDS、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、またはCD154のα鎖、β鎖、またはζ鎖に由来する（すなわち少なくともその膜貫通領域（複数可）を含む）ものが含まれる。あるいは、いくつかの態様における膜貫通ドメインは合成である。いくつかの局面では、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの疎水性残基を主に含む。いくつかの局面では、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが合成膜貫通ドメインの各末端に見出される。いくつかの態様では、結合は、リンカー、スペーサー、および/または膜貫通ドメイン（複数可）による。
細胞内シグナル伝達ドメインの中には、天然の抗原受容体を介するシグナル、共刺激受容体と合わせてそのような受容体を介するシグナル、および/または共刺激受容体のみを介するシグナルを模倣するまたはそれらに近似するものがある。いくつかの態様では、短いオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカー、例えばグリシンおよびセリンを含むもの、例えばグリシン-セリンダブレットなどの2～10アミノ酸長のリンカーが存在し、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に結合を形成する。
受容体、例えばCARは、一般に少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの態様では、受容体は、T細胞活性化および細胞毒性を媒介するTCR CD3鎖、例えばCD3ζ鎖などのTCR複合体の細胞内成分を含む。したがって、いくつかの局面では、抗原結合部分は1つまたは複数の細胞シグナル伝達モジュールに連結されている。いくつかの態様では、細胞シグナル伝達モジュールは、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または他のCD膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、受容体、例えばCARは、Fc受容体γ、CD8、CD4、CD25またはCD16などの1つまたは複数の追加の分子の一部をさらに含む。例えば、いくつかの局面では、CARまたは他のキメラ受容体は、CD3-ゼータ（CD3ζ）またはFc受容体γとCD8、CD4、CD25またはCD16との間のキメラ分子を含む。
いくつかの態様では、CARまたは他のキメラ受容体の連結時に、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、正常なエフェクター機能または免疫細胞、例えばCARを発現するように操作されたT細胞の応答の少なくとも1つを活性化する。例えば、いくつかの状況では、CARは、T細胞の機能、例えば細胞溶解活性またはTヘルパー活性、例えばサイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。いくつかの態様では、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの末端切断された部分は、例えばそれがエフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの態様では、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、T細胞受容体（TCR）の細胞質配列、およびいくつかの局面では、天然の状況でそのような受容体と協調的に作用して、抗原受容体結合後にシグナル伝達を開始する共受容体のものも含む。
天然のTCRに関連して、完全な活性化は一般に、TCRを介したシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの態様では、完全な活性化を促進するために、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための成分もCARに含まれる。他の態様では、CARは共刺激シグナルを生成するための成分を含まない。いくつかの局面では、追加のCARが同じ細胞中で発現され、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための成分を提供する。
T細胞活性化は、いくつかの局面では、2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列:TCRを介して抗原依存性の一次活性化を開始するもの（一次細胞質シグナル伝達配列）、および抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルを提供するもの（二次細胞質シグナル伝達配列）によって媒介されると説明される。いくつかの局面では、CARはそのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの局面では、CARは、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激性に作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMとして公知のシグナル伝達モチーフを含み得る。一次細胞質シグナル伝達配列を含むITAMの例には、TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CDS、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66dに由来するものが含まれる。いくつかの態様では、CAR中の細胞質シグナル伝達分子（複数可）は、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはCD3ζに由来する配列を含む。
いくつかの態様では、CARは、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、およびICOSなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメインおよび/または膜貫通部分を含む。いくつかの局面では、同じCARが活性化成分と共刺激成分の両方を含む。
いくつかの態様では、活性化ドメインは1つのCAR内に含まれ、一方共刺激成分は、別の抗原を認識する別のCARによって提供される。いくつかの態様では、CARは、活性化または刺激性CAR、共刺激性CARを含み、両方とも同じ細胞上で発現される（国際公開公報第2014/055668号参照）。いくつかの局面では、細胞は、1つまたは複数の刺激性もしくは活性化CARおよび/または共刺激性CARを含む。いくつかの態様では、細胞は、阻害性CAR（iCAR、Fedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5（215）（2013）参照）、例えば疾患または状態に関連するおよび/または特異的である抗原以外の抗原を認識するCARをさらに含み、それにより、疾患を標的とするCARを介して送達される活性化シグナルが、阻害性CARのそのリガンドへの結合によって低減または阻害され、例えばオフターゲット効果を減少させる。
特定の態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3（例えばCD3ζ）細胞内ドメインに連結されたCD28膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζ細胞内ドメインに連結された、キメラCD28およびCD137（4-1BB、TNFRSF9）共刺激ドメインを含む。
いくつかの態様では、CARは、細胞質部分に1つまたは複数、例えば2つまたはそれ以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを包含する。例示的なCARは、CD3ζ、CD28、および4-1BBの細胞内成分を含む。
いくつかの態様では、CARもしくは他の抗原受容体はマーカーをさらに含み、および/またはCARもしくは他の抗原受容体を発現する細胞は、受容体を発現するための細胞の形質導入もしくは操作を確認するために使用し得る細胞表面マーカーなどの代理マーカー、例えば末端切断されたEGFR（tEGFR）などの短縮型の細胞表面受容体をさらに含む。いくつかの局面では、マーカー、例えば代理マーカーは、CD34、NGFR、または上皮増殖因子受容体（例えばtEGFR）の全部または一部（例えば短縮形態）を含む。いくつかの態様では、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列、例えばT2Aなどのリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに機能的に連結されている。例えば、マーカー、および任意でリンカー配列は、国際公開公報第2014031687号に開示されている任意のものであり得る。例えば、マーカーは、任意で、T2A切断可能リンカー配列などのリンカー配列に連結されている短縮型EGFR（tEGFR）であり得る。短縮型EGFR（例えばtEGFR）のための例示的なポリペプチドは、配列番号7に示すアミノ酸の配列、または配列番号7と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。例示的なT2Aリンカー配列は、配列番号6もしくは45に示すアミノ酸の配列、または配列番号6もしくは45と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、マーカーは、天然ではT細胞上に見出されない、または天然ではT細胞の表面上に見出されない分子、例えば細胞表面タンパク質、またはその一部である。いくつかの態様では、分子は非自己分子、例えば非自己タンパク質、すなわち細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されないものである。
いくつかの態様では、マーカーは、治療機能を果たさない、および/または遺伝子操作のため、例えば成功裏に操作された細胞を選択するためのマーカーとして使用されること以外には全く作用をもたらさない。他の態様では、マーカーは、治療分子または何らかの所望の作用を及ぼす分子、例えば、養子移入時またはリガンドとの遭遇時に細胞の応答を増強するおよび/または減弱させる共刺激分子または免疫チェックポイント分子などの、インビボで遭遇される細胞に対するリガンドであり得る。
いくつかの場合には、CARは、第一、第二、および/または第三世代のCARと称される。いくつかの局面では、第一世代のCARは、抗原結合の際にCD3鎖誘導シグナルのみを提供するものである;いくつかの局面では、第二世代のCARは、そのようなシグナルと、CD28またはCD137などの共刺激受容体由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含むものなどの共刺激シグナルとを提供するものである;いくつかの局面では、第三世代のCARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むものである。
いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、抗体または抗体断片を含む細胞外部分を含有する。いくつかの局面では、キメラ抗原受容体は、抗体または断片を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの態様では、抗体または断片はscFvを含み、細胞内ドメインはITAMを含む。いくつかの局面では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの局面では、膜貫通ドメインはCD28の膜貫通部分を含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体はT細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。細胞外ドメインと膜貫通ドメインは直接または間接的に連結され得る。いくつかの態様では、細胞外ドメインと膜貫通ドメインは、本明細書に記載されるものなどのスペーサーによって連結されている。いくつかの態様では、受容体は、膜貫通ドメインが由来する分子の細胞外部分、例えばCD28細胞外部分を含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子またはその機能的変異体もしくは部分に由来する細胞内ドメインを、例えば膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間に含む。いくつかの局面では、T細胞共刺激分子はCD28または41BBである。
例えば、いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能的変異体もしくは部分であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびにCD28のシグナル伝達部分またはその機能的変異体もしくは部分およびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的変異体もしくは部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能的変異体もしくは部分であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびに4-1BBのシグナル伝達部分またはその機能的変異体もしくは部分およびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的変異体もしくは部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかのそのような態様では、受容体は、ヒトIg分子などのIg分子の一部、例えばIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジを含むスペーサー、例えばヒンジのみのスペーサーをさらに含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28の膜貫通ドメイン（例えばアクセッション番号P01747.1）またはその変異体、例えば配列番号8に示すアミノ酸の配列、または配列番号8と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む膜貫通ドメインであるかまたはそれを含む;いくつかの態様では、組換え受容体の膜貫通ドメイン含有部分は、配列番号9に示すアミノ酸の配列、または配列番号9と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上、または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの細胞内シグナル伝達成分（複数可）は、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体もしくは部分、例えば天然CD28タンパク質の186～187位にLLからGGへの置換を有するドメインを含む。例えば、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号10もしくは11に示すアミノ酸の配列、または配列番号10もしくは11と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み得る。いくつかの態様では、細胞内ドメインは、4-1BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン（例えばアクセッション番号Q07011.1）またはその機能的変異体もしくは部分、例えば配列番号12に示すアミノ酸の配列、または配列番号12と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体もしくは部分、例えばヒトCD3ζのアイソフォーム3の112アミノ酸細胞質ドメイン（アクセッション番号P20963.2）、または米国特許第7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載されているCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。例えば、いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号13、14もしくは15に示すアミノ酸の配列、または配列番号13、14もしくは15と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの局面では、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えばIgG4またはIgG1のヒンジのみ、例えば配列番号1に示すヒンジのみのスペーサーを含む。他の態様では、スペーサーは、任意でCH2および/またはCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4由来のヒンジであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、スペーサーは、例えば配列番号4に示すような、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、例えば配列番号3に示すような、CH3ドメインのみに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列または他の柔軟なリンカー、例えば公知の柔軟なリンカーであるかまたはそれを含む。
例えば、いくつかの態様では、CARは、scFvを含む抗体断片などの抗体、スペーサー、例えばヒンジ領域および/または重鎖分子の1つもしくは複数の定常領域などの免疫グロブリン分子の一部を含むスペーサー、例えばIgヒンジ含有スペーサー、CD28由来の膜貫通ドメインの全部または一部を含む膜貫通ドメイン、CD28由来の細胞内シグナル伝達ドメイン、ならびにCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、CARは、抗体またはscFvなどの断片、任意のIgヒンジ含有スペーサーなどのスペーサー、CD28由来の膜貫通ドメイン、4-1BB由来の細胞内シグナル伝達ドメイン、およびCD3ζ由来のシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、そのようなCAR構築物をコードする核酸分子は、例えばCARをコードする配列の下流に、T2Aリボソームスキップエレメントおよび/またはtEGFR配列をコードする配列をさらに含む。いくつかの態様では、配列は、配列番号6もしくは45に示すT2Aリボソームスキップエレメント、または配列番号6もしくは45と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。いくつかの態様では、抗原受容体（例えばCAR）を発現するT細胞はまた、短縮型EGFR（EGFRt）を非免疫原性選択エピトープとして発現するように生成することもでき（例えば同じ構築物から2つのタンパク質を発現するためにT2Aリボソームスイッチによって分離されたCARとEGFRtをコードする構築物の導入によって）、これはその後、そのような細胞を検出するためのマーカーとして使用することができる（例えば米国特許第8,802,374号参照）。いくつかの態様では、配列は、配列番号7に示すtEGFR配列、または配列番号7と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。
対象に投与される細胞によって発現されるCARなどの組換え受容体は、一般に、治療されている疾患もしくは状態またはその細胞において発現される、それに関連する、および/またはそれに対して特異的な分子を認識するまたはそれに特異的に結合する。分子、例えば抗原に特異的に結合すると、受容体は一般に、ITAM形質導入シグナルなどの免疫刺激シグナルを細胞内に送達し、それによって疾患または状態を標的とする免疫応答を促進する。例えば、いくつかの態様では、細胞は、疾患もしくは状態の細胞もしくは組織によって発現されるか、または疾患もしくは状態に関連する抗原に特異的に結合するCARを発現する。
2．TCR
いくつかの態様では、腫瘍の抗原、ウイルスまたは自己免疫タンパク質などの標的ポリペプチドのペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分を発現する、T細胞などの操作された細胞が提供される。
いくつかの態様では、「T細胞受容体」または「TCR」は、可変α鎖およびβ鎖（それぞれTCRαおよびTCRβとしても知られる）または可変γ鎖およびδ鎖（それぞれTCRαおよびTCRβとしても知られる）またはそれらの抗原結合部分を含み、MHC分子に結合したペプチドに特異的に結合することができる分子である。いくつかの態様では、TCRはαβ形態である。典型的には、αβおよびγδ形態で存在するTCRは一般に構造的に類似するが、それらを発現するT細胞は異なる解剖学的位置または機能を有し得る。TCRは、細胞の表面上にまたは可溶性形態で見出され得る。一般に、TCRは、それが一般に主要組織適合遺伝子複合体（MHC）分子に結合した抗原を認識することに関与するT細胞（またはTリンパ球）の表面上に見出される。
特に明記されない限り、「TCR」という用語は、完全なTCR、ならびにその抗原結合部分または抗原結合断片を包含すると理解されるべきである。いくつかの態様では、TCRは、αβ形態またはγδ形態のTCRを含む、無傷または完全長のTCRである。いくつかの態様では、TCRは、完全長未満のTCRであるが、MHC分子に結合した特定のペプチドに結合する、例えばMHC-ペプチド複合体に結合する抗原結合部分である。いくつかの場合には、TCRの抗原結合部分または断片は、完全長または無傷のTCRの構造ドメインの一部のみを含み得るが、それでもなお、完全なTCRが結合するMHC-ペプチド複合体などのペプチドエピトープに結合することができる。いくつかの場合には、抗原結合部分は、特定のMHC-ペプチド複合体に結合するための結合部位を形成するのに十分な、TCRの可変α鎖および可変β鎖などのTCRの可変ドメインを含む。一般に、TCRの可変鎖は、ペプチド、MHCおよび/またはMHC-ペプチド複合体の認識に関与する相補性決定領域を含む。
いくつかの態様では、TCRの可変ドメインは、一般に抗原認識ならびに結合能力および特異性に対する主な寄与因子である、超可変ループまたは相補性決定領域（CDR）を含む。いくつかの態様では、TCRのCDRまたはそれらの組み合わせは、所与のTCR分子の抗原結合部位の全部または実質的に全部を形成する。TCR鎖の可変領域内の様々なCDRは、一般に、CDRと比較してTCR分子間で一般により少ない変動性を示すフレームワーク領域（FR）によって分離されている（例えばJores et al.,Proc.Nat'l Acad.Sci.U.S.A.87:9138,1990;Chothia et al.,EMBO J.7:3745,1988参照;またLefranc et al.,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003も参照のこと）。いくつかの態様では、CDR3は、抗原結合もしくは特異性に関与する主なCDRであるか、または抗原認識および/もしくはペプチド-MHC複合体のプロセシングされたペプチド部分との相互作用のために、所与のTCR可変領域上の3つのCDRのうちで最も重要である。いくつかの状況では、α鎖のCDR1は特定の抗原ペプチドのN末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、β鎖のCDR1はペプチドのC末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、CDR2は、MHC-ペプチド複合体のMHC部分との相互作用またはMHC部分の認識に最も強く寄与するか、またはそれに関与する主要なCDRである。いくつかの態様では、β鎖の可変領域は、一般にスーパー抗原結合に関与し、抗原認識には関与しないさらなる超可変領域（CDR4またはHVR4）を含み得る（Kotb（1995）Clinical Microbiology Reviews,8:411-426）。
いくつかの態様では、TCRはまた、定常ドメイン、膜貫通ドメインおよび/または短い細胞質尾部を含み得る（例えばJaneway et al.,Immunobiology:The Immune System in Health and Disease,3rd Ed.,Current Biology Publications,p.4:33,1997参照）。いくつかの局面では、TCRの各々の鎖は、1つのN末端免疫グロブリン可変ドメイン、1つの免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域、およびC末端に短い細胞質尾部を有し得る。いくつかの態様では、TCRは、シグナル伝達の媒介に関与するCD3複合体のインバリアントタンパク質と会合している。
いくつかの態様では、TCR鎖は1つまたは複数の定常ドメインを含む。例えば、所与のTCR鎖（例えばα鎖またはβ鎖）の細胞外部分は、2つの免疫グロブリン様ドメイン、例えば可変ドメイン（例えばVαまたはVβ;典型的にはKabatナンバリングに基づき鎖のアミノ酸1～116位、Kabat et al.,“Sequences of Proteins of Immunological Interest,US Dept. Health and Human Services,Public Health Service National Institutes of Health,1991,5th ed.）、および細胞膜に隣接する定常ドメイン（例えばα鎖定常ドメインもしくはCα、典型的にはKabatナンバリングに基づき鎖の117～259位またはβ鎖定常ドメインもしくはCβ、典型的にはKabatに基づき鎖の117～295位）を含み得る。例えば、いくつかの場合には、2本の鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は、2つの膜近位定常ドメイン、および2つの膜遠位可変ドメインを含み、これらの可変ドメインはそれぞれCDRを含む。TCRの定常ドメインは、システイン残基がジスルフィド結合を形成し、それによってTCRの2本の鎖を連結する短い連結配列を含み得る。いくつかの態様では、TCRが定常ドメイン内に2つのジスルフィド結合を含むように、TCRは、α鎖およびβ鎖のそれぞれにさらなるシステイン残基を有し得る。
いくつかの態様では、TCR鎖は膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは正に荷電している。いくつかの場合には、TCR鎖は細胞質尾部を含む。いくつかの場合には、その構造は、TCRがCD3およびそのサブユニットのような他の分子と会合することを可能にする。例えば、膜貫通領域を有する定常ドメインを含むTCRは、タンパク質を細胞膜に固定し、CD3シグナル伝達装置または複合体のインバリアントサブユニットと会合し得る。CD3シグナル伝達サブユニット（例えばCD3γ、CD3δ、CD3εおよびCD3ζ鎖）の細胞内尾部は、TCR複合体のシグナル伝達能力に関与する1つまたは複数の免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMを含む。
いくつかの態様では、TCRは、2本の鎖αおよびβ（または任意でγおよびδ）のヘテロ二量体であり得るか、または一本鎖TCR構築物であり得る。いくつかの態様では、TCRは、1つまたは複数のジスルフィド結合などによって連結されている2本の別々の鎖（α鎖とβ鎖またはγ鎖とδ鎖）を含むヘテロ二量体である。
いくつかの態様では、TCRは、実質的に完全長のコード配列が容易に利用可能であるVα,β鎖の配列などの公知のTCR配列から生成することができる。細胞供給源から、V鎖配列を含む完全長TCR配列を得るための方法は周知である。いくつかの態様では、TCRをコードする核酸は、所与の1つまたは複数の細胞内のもしくは細胞から単離されたTCRコード核酸のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅、または公的に入手可能なTCR DNA配列の合成などの様々な供給源から得ることができる。
いくつかの態様では、TCRは、T細胞（例えば細胞傷害性T細胞）などの細胞、T細胞ハイブリドーマまたは他の公的に入手可能な供給源などの生物学的供給源から得られる。いくつかの態様では、T細胞は、インビボで単離された細胞から得ることができる。いくつかの態様では、TCRは胸腺的に選択されたTCRである。いくつかの態様では、TCRはネオエピトープ拘束性TCRである。いくつかの態様では、T細胞は、培養されたT細胞ハイブリドーマまたはクローンであり得る。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、TCRの配列の知識から合成的に生成することができる。
いくつかの態様では、TCRは、標的ポリペプチド抗原またはその標的T細胞エピトープに対して候補TCRのライブラリーをスクリーニングすることから同定または選択されたTCRから生成される。TCRライブラリーは、PBMC、脾臓または他のリンパ系器官に存在する細胞を含む、対象から単離されたT細胞からのVαおよびVβのレパートリの増幅によって作製することができる。いくつかの場合には、T細胞は腫瘍浸潤リンパ球（TIL）から増幅することができる。いくつかの態様では、TCRライブラリーはCD4＋またはCD8＋細胞から作製することができる。いくつかの態様では、TCRは、正常なまたは健康な対象のT細胞供給源、すなわち正常なTCRライブラリーから増幅することができる。いくつかの態様では、TCRは、罹患対象のT細胞供給源、すなわち罹患TCRライブラリーから増幅することができる。いくつかの態様では、縮重プライマーを使用して、ヒトから得られたT細胞などの試料におけるRT-PCRなどによって、VαおよびVβの遺伝子レパートリを増幅する。いくつかの態様では、scTvライブラリーは、増幅産物がクローニングされるかまたはリンカーによって分離されるように構築されるナイーブVαおよびVβライブラリーから構築することができる。対象および細胞の供給源に依存して、ライブラリーはHLA対立遺伝子特異的であり得る。あるいは、いくつかの態様では、TCRライブラリーは、親または骨格TCR分子の突然変異誘発または多様化によって作製することができる。いくつかの局面では、TCRは、例えばα鎖またはβ鎖の突然変異誘発などによる指向性進化に供される。いくつかの局面では、TCRのCDR内の特定の残基が変更されている。いくつかの態様では、選択されたTCRを親和性成熟によって改変することができる。いくつかの態様では、ペプチドに対するCTL活性を評価するためのスクリーニングなどによって、抗原特異的T細胞を選択し得る。いくつかの局面では、TCR、例えば抗原特異的T細胞上に存在するTCRは、結合活性、例えば抗原に対する特定の親和性またはアビディティなどによって選択し得る。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、改変または操作されているものである。いくつかの態様では、指向性進化法を使用して、特定のMHC-ペプチド複合体に対するより高い親和性などの変更された特性を有するTCRを生成する。いくつかの態様では、指向性進化は、酵母ディスプレイ（Holler et al.,（2003）Nat Immunol,4,55-62;Holler et al.,（2000）Proc Natl Acad Sci U S A,97,5387-92）、ファージディスプレイ（Li et al.,（2005）Nat Biotechnol,23,349-54）、またはT細胞ディスプレイ（Chervin et al.,（2008）J Immunol Methods,339,175-84）を含むがこれらに限定されるわけではないディスプレイ法によって達成される。いくつかの態様では、ディスプレイアプローチは、公知のTCR、親TCR、または参照TCRを操作するまたは改変することを含む。例えば、いくつかの場合には、野生型TCRを、CDRの1つまたは複数の残基が変異している変異誘発されたTCRを生成するための鋳型として使用することができ、所望の標的抗原に対するより高い親和性などの所望の変更された特性を有する変異体を選択する。
いくつかの態様では、関心対象のTCRを作製または生成する際に使用するための標的ポリペプチドのペプチドは、公知であるかまたは当業者によって容易に同定され得る。いくつかの態様では、TCRまたは抗原結合部分を生成する際に使用するのに適したペプチドは、関心対象の標的ポリペプチド、例えば下記の標的ポリペプチド中のHLA拘束性モチーフの存在に基づいて決定することができる。いくつかの態様では、ペプチドは、当業者に公知のコンピュータ予測モデルを用いて同定される。いくつかの態様では、MHCクラスI結合部位を予測するために、そのようなモデルとしては、ProPred1（Singh and Raghava（2001）Bioinformatics 17（12）:1236-1237）およびSYFPEITHI（Schuler et al.,（2007）Immunoinformatics Methods in Molecular Biology,409（1）:75-93 2007）が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、MHC拘束性エピトープは、全白人の約39～46％で発現されるHLA-A0201であり、したがって、TCRまたは他のMHC-ペプチド結合分子を調製するのに使用するためのMHC抗原の適切な選択である。
コンピュータ予測モデルを用いたHLA-A0201結合モチーフならびにプロテアソームおよび免疫プロテアソームの切断部位は当業者に公知である。MHCクラスI結合部位を予測するために、そのようなモデルとしては、ProPred1（Singh and Raghava,ProPred:prediction of HLA-DR binding sites. Bioinformatics 17（12）:1236-1237 2001により詳細に記載されている）、およびSYFPEITHI（Schuler et al., SYFPEITHI, Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction.in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, vol 409（1） :75-93 2007参照）が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、結合特性などの1つまたは複数の特性が変更されている、組換え生産された天然タンパク質またはその変異型であり得る。いくつかの態様では、TCRは、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物などの様々な動物種の1つに由来し得る。TCRは細胞結合型でも可溶型でもよい。いくつかの態様では、提供される方法の目的のために、TCRは細胞の表面に発現される細胞結合型である。
いくつかの態様では、TCRは完全長TCRである。いくつかの態様では、TCRは抗原結合部分である。いくつかの態様では、TCRは二量体TCR（dTCR）である。いくつかの態様では、TCRは一本鎖TCR（sc-TCR）である。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRは、国際公開公報第03/020763号、同第04/033685号、同第2011/044186号に記載されている構造を有する。
いくつかの態様では、TCRは膜貫通配列に対応する配列を含む。いくつかの態様では、TCRは細胞質配列に対応する配列を含む。いくつかの態様では、TCRはCD3とTCR複合体を形成することができる。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRを含む任意のTCRは、T細胞の表面上に活性TCRを生じるシグナル伝達ドメインに連結され得る。いくつかの態様では、TCRは細胞の表面上に発現される。
いくつかの態様では、dTCRは、TCRα鎖可変領域配列に対応する配列がTCRα鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第一のポリペプチド、およびTCRβ鎖可変領域配列に対応する配列がTCRβ鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第二のポリペプチドを含み、第一のポリペプチドと第二のポリペプチドはジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの態様では、結合は、天然の二量体αβTCR中に存在する天然の鎖間ジスルフィド結合に対応し得る。いくつかの態様では、鎖間ジスルフィド結合は天然のTCR中には存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインをdTCRポリペプチド対の定常領域細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合には、天然および非天然の両方のジスルフィド結合が望ましいことがあり得る。いくつかの態様では、TCRは、膜に固定するための膜貫通配列を含む。
いくつかの態様では、dTCRは、可変αドメイン、定常αドメインおよび定常αドメインのC末端に結合した第一の二量体化モチーフを含むTCRα鎖、ならびに可変βドメイン、定常βドメインおよび定常βドメインのC末端に結合した第一の二量体化モチーフを含むTCRβ鎖を含み、ここで、第一と第二の二量体化モチーフは容易に相互作用して、第一の二量体化モチーフ中のアミノ酸と第二の二量体化モチーフ中のアミノ酸との間に共有結合を形成し、TCRα鎖とTCRβ鎖を一緒に連結する。
いくつかの態様では、TCRはscTCRである。典型的には、scTCRは当業者に公知の方法を用いて生成することができる。例えばSoo Hoo,W.F.et al.,PNAS（USA）89,4759（1992）;Wulfing,C.and Pluckthun,A.,J.Mol.Biol.242,655（1994）;Kurucz,I.et al.,PNAS（USA）90 3830（1993）;国際公開公報第96/13593号、同第96/18105号、同第99/60120号、同第99/18129号、同第03/020763号、同第2011/044186号;およびSchlueter,C.J.et al.,J.Mol.Biol.256,859（1996）参照。いくつかの態様では、scTCRは、TCR鎖の会合を容易にするために導入された非天然ジスルフィド鎖間結合を含む（例えば国際公開公報第03/020763号参照）。いくつかの態様では、scTCRは、そのC末端に融合した異種ロイシンジッパーが鎖の会合を促進する、非ジスルフィド結合短縮型TCRである（例えば国際公開公報第99/60120号参照）。いくつかの態様では、scTCRは、ペプチドリンカーを介してTCRβ可変ドメインに共有結合したTCRα可変ドメインを含む（例えば国際公開公報第99/18129号参照）。
いくつかの態様では、scTCRは、TCRα鎖可変領域に対応するアミノ酸配列によって構成される第一のセグメント、TCRβ鎖定常ドメイン細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域配列に対応するアミノ酸配列によって構成される第二のセグメント、および第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含む。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列によって構成される第一のセグメント、ならびにβ鎖細胞外定常配列と膜貫通配列との配列のN末端に融合したβ鎖可変領域配列およびによって構成される第二のセグメント、ならびに任意で、第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含む。
いくつかの態様では、scTCRは、β鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域配列によって構成される第一のセグメント、ならびにα鎖細胞外定常配列と膜貫通配列との配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列およびによって構成される第二のセグメント、ならびに任意で、第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含む。
いくつかの態様では、第一および第二のTCRセグメントを連結するscTCRのリンカーは、TCRの結合特異性を保持しながら、単一のポリペプチド鎖を形成することができる任意のリンカーであり得る。いくつかの態様では、リンカー配列は、例えば式-P-AA-P-を有してよく、式中、Pはプロリンであり、AAはアミノ酸配列を表し、アミノ酸はグリシンおよびセリンである。いくつかの態様では、第一および第二のセグメントは、その可変領域配列がそのような結合のために配向されるように対合される。したがって、いくつかの場合には、リンカーは、第一のセグメントのC末端と第二のセグメントのN末端との間、またはその逆の間の距離を橋渡しするのに十分な長さを有するが、scTCRの標的リガンドへの結合を遮断または低減するほどには長くない。いくつかの態様では、リンカーは、10～45個のアミノ酸、例えば10～30個のアミノ酸もしくは26～41個のアミノ酸残基、例えば29、30、31もしくは32個のアミノ酸、またはおよそ前記個数のアミノ酸を含み得る。いくつかの態様では、リンカーは、式-PGGG-（SGGGG）5-P-（配列番号16）を有し、式中、Pはプロリンであり、Gはグリシンであり、およびSはセリンである。いくつかの態様では、リンカーは、配列GSADDAKKDAAKKDGKS（配列番号17）を有する。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基をβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基に連結する共有ジスルフィド結合を含む。いくつかの態様では、天然TCR中の鎖間ジスルフィド結合は存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインを、scTCRポリペプチドの第一および第二のセグメントの定常領域細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合には、天然および非天然の両方のジスルフィド結合が望ましいことがあり得る。
導入された鎖間ジスルフィド結合を含むdTCRまたはscTCRのいくつかの態様では、天然のジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様では、天然の鎖間ジスルフィド結合を形成する天然のシステインの1つまたは複数は、セリンまたはアラニンなどの別の残基に置換されている。いくつかの態様では、導入されるジスルフィド結合は、第一および第二のセグメント上の非システイン残基をシステインに変異させることによって形成することができる。TCRの例示的な非天然ジスルフィド結合は、国際公開公報第2006/000830号に記載されている。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、10-5～10-12Mまたは約10-5～10-12Mならびにその中のすべての個々の値および範囲の標的抗原に対する平衡結合定数で親和性を示す。いくつかの態様では、標的抗原はMHC-ペプチド複合体またはリガンドである。
いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖などのTCRをコードする1つまたは複数の核酸は、PCR、クローニングまたは他の適切な手段によって増幅し、適切な1つまたは複数の発現ベクターにクローニングすることができる。発現ベクターは、任意の適切な組換え発現ベクターであり得、任意の適切な宿主を形質転換またはトランスフェクトするために使用することができる。適切なベクターには、プラスミドおよびウイルスなどの、増殖および拡大のため、または発現のため、またはその両方のために設計されたものが含まれる。
いくつかの態様では、ベクターは、pUCシリーズ（Fermentas Life Sciences）、pBluescriptシリーズ（Stratagene, LaJolla, Calif.）、pETシリーズ（Novagen, Madison, Wis.）、pGEXシリーズ（Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden）、またはpEXシリーズ（Clontech, Palo Alto, Calif.）のベクターであり得る。いくつかの場合には、λG10、λGT11、λZapII（Stratagene）、λEMBL4、およびλNM1149などのバクテリオファージベクターも使用することができる。いくつかの態様では、植物発現ベクターを使用することができ、これには、pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121およびpBIN19（Clontech）が含まれる。いくつかの態様では、動物発現ベクターには、pEUK-Cl、pMAMおよびpMAMneo（Clontech）が含まれる。いくつかの態様では、レトロウイルスベクターなどのウイルスベクターが使用される。
いくつかの態様では、組換え発現ベクターは、標準的な組換えDNA技術を用いて調製することができる。いくつかの態様では、ベクターは、適宜におよびベクターがDNAベースであるかRNAベースであるかを考慮に入れて、ベクターが導入される宿主の種類（例えば細菌、真菌、植物、または動物）に特異的な転写および翻訳開始および終止コドンなどの調節配列を含み得る。いくつかの態様では、ベクターは、TCRまたは抗原結合部分（または他のMHC-ペプチド結合分子）をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された非天然プロモーターを含み得る。いくつかの態様では、プロモーターは、非ウイルスプロモーターまたはウイルスプロモーター、例えばサイトメガロウイルス（CMV）プロモーター、SV40プロモーター、RSVプロモーター、およびマウス幹細胞ウイルスの長い末端反復配列中に見られるプロモーターであり得る。当業者に公知の他のプロモーターも企図される。
いくつかの態様では、TCRをコードするベクターを生成するために、関心対象のTCRを発現するT細胞クローンから単離された全cDNAからα鎖およびβ鎖をPCR増幅し、発現ベクターにクローニングする。いくつかの態様では、α鎖とβ鎖は同じベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、α鎖とβ鎖は異なるベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、生成されたα鎖およびβ鎖は、レトロウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターに組み込まれる。
3．マルチターゲティング
いくつかの態様では、細胞および方法は、それぞれが同じかまたは異なる抗原を認識し、典型的にはそれぞれが異なる細胞内シグナル伝達成分を含む、細胞上の2つまたはそれ以上の遺伝子操作された受容体の発現などのマルチターゲティング戦略を含む。そのようなマルチターゲティング戦略は、例えば国際公開公報第2014055668A1号（例えば、オフターゲット細胞、例えば正常細胞上では個別に存在するが、治療される疾患または状態の細胞上でのみ一緒に存在する2つの異なる抗原を標的とする、活性化CARと共刺激CARとの組み合わせを記載する）、ならびにFedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5（215）（2013）（活性化CARが正常細胞または非罹患細胞、および治療される疾患または状態の細胞の両方で発現される1つの抗原に結合し、阻害性CARが正常細胞または治療されることが望ましくない細胞でのみ発現される別の抗原に結合するものなどの、活性化CARと阻害性CARを発現する細胞を記載する）に記載されている。
例えば、いくつかの態様では、細胞は、一般に第一の受容体によって認識される抗原、例えば第一の抗原への特異的結合時に細胞への活性化シグナルを誘導することができる第一の遺伝子操作された抗原受容体（例えばCARまたはTCR）を発現する受容体を含む。いくつかの態様では、細胞は、一般に第二の受容体によって認識される第二の抗原への特異的結合時に免疫細胞への共刺激シグナルを誘導することができる第二の遺伝子操作された抗原受容体（例えばCARまたはTCR）、例えばキメラ共刺激受容体をさらに含む。いくつかの態様では、第一の抗原と第二の抗原は同じである。いくつかの態様では、第一の抗原と第二の抗原は異なる。
いくつかの態様では、第一および/または第二の遺伝子操作された抗原受容体（例えばCARまたはTCR）は、細胞への活性化シグナルを誘導することができる。いくつかの態様では、受容体は、ITAMまたはITAM様モチーフを含有する細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの態様では、第一の受容体によって誘導される活性化は、細胞内でのシグナル伝達またはタンパク質発現の変化を含み、結果として、ITAMリン酸化および/またはITAM媒介シグナル伝達カスケードの開始などの免疫応答の開始、免疫学的シナプスの形成および/または結合した受容体付近の分子（例えばCD4もしくはCD8など）のクラスター化、NF-κBおよび/またはAP-1などの1つまたは複数の転写因子の活性化、ならびに/またはサイトカインなどの因子の遺伝子発現、増殖、および/もしくは生存の誘導をもたらす。
いくつかの態様では、第一および/または第二の受容体は、CD28、CD137（4-1BB）、OX40、および/またはICOSなどの共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、第一の受容体と第二の受容体は、異なる共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一態様では、第一の受容体はCD28共刺激シグナル伝達領域を含み、第二の受容体は4-1BB共刺激シグナル伝達領域を含む、またはその逆である。
いくつかの態様では、第一および/または第二の受容体は、ITAMまたはITAM様モチーフを含む細胞内シグナル伝達ドメインと共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインの両方を含む。
いくつかの態様では、第一の受容体はITAMまたはITAM様モチーフを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含み、第二の受容体は共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。同じ細胞内で誘導される活性化シグナルと組み合わせる共刺激シグナルは、免疫応答、例えば遺伝子発現の増加、サイトカインおよび他の因子の分泌、ならびに細胞殺滅などのT細胞媒介エフェクター機能のような堅固で持続的な免疫応答をもたらすものである。
いくつかの態様では、第一の受容体単独の連結または第二の受容体単独の連結のいずれもが、堅固な免疫応答を誘導しない。いくつかの局面では、1つの受容体のみが連結されている場合、細胞は、抗原に対して寛容もしくは非応答性になるか、または阻害され、および/または因子を増殖もしくは分泌するまたはエフェクター機能を実行するように誘導されない。しかしながら、いくつかのそのような態様では、第一および第二の抗原を発現する細胞の遭遇時などに複数の受容体が連結されると、例えば1つもしくは複数のサイトカインの分泌、増殖、持続性、および/または標的細胞の細胞傷害性殺滅などの免疫エフェクター機能の実行によって示されるように、完全な免疫活性化または刺激などの所望の応答が達成される。
いくつかの態様では、2つの受容体はそれぞれ、細胞への活性化シグナルおよび阻害性シグナルを誘導し、その結果、一方の受容体によるその抗原への結合は細胞を活性化するまたは応答を誘導するが、第二の阻害性受容体によるその抗原への結合はその応答を抑制または減弱させるシグナルを誘導する。例は、活性化CARと阻害性CARまたはiCARとの組み合わせである。そのような戦略は、例えば、活性化CARが、疾患または状態において発現されるが正常細胞上でも発現される抗原に結合し、阻害性受容体が、正常細胞上で発現されるが疾患または状態の細胞上では発現されない別の抗原に結合する場合に使用され得る。
いくつかの態様では、マルチターゲティング戦略は、特定の疾患または状態に関連する抗原が非罹患細胞上でおよび/または操作された細胞自体で、一過性に（例えば遺伝子操作に関連する刺激時に）または永続的に発現される場合に用いられる。そのような場合、2つの別々のおよび個別に特異的な抗原受容体の連結を必要とすることによって、特異性、選択性、および/または活性が改善され得る。
いくつかの態様では、複数の抗原、例えば第一および第二の抗原は、癌細胞などの標的とされる細胞、組織、または疾患もしくは状態で発現される。いくつかの局面では、細胞、組織、疾患または状態は、多発性骨髄腫または多発性骨髄腫細胞である。いくつかの態様では、複数の抗原のうちの1つまたは複数は、一般に、正常もしくは非罹患細胞もしくは組織などの細胞療法で標的とすることが望ましくない細胞、および/または操作された細胞自体でも発現される。そのような態様では、細胞の応答を達成するために複数の受容体の連結を必要とすることによって、特異性および/または活性が達成される。
B．遺伝子操作のための細胞および細胞の調製
受容体を発現し、提供される方法によって投与される細胞の中には、操作された細胞がある。遺伝子操作は一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などによる、細胞を含む組成物への組換えまたは操作された成分をコードする核酸の導入を含む。
いくつかの態様では、核酸は異種であり、すなわち通常は細胞または細胞から得られる試料中には存在せず、例えば操作されている細胞中に通常は認められない別の生物もしくは細胞、またはそのような細胞が由来する生物から得られるものである。いくつかの態様では、複数の異なる細胞型からの様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含有するものを含む、天然には認められない核酸などの核酸は、天然には存在しない。
細胞は一般に、哺乳動物細胞などの真核細胞であり、典型的にはヒト細胞である。いくつかの態様では、細胞は、血液、骨髄、リンパ、またはリンパ系器官に由来し、先天性または適応免疫の細胞などの免疫系の細胞、例えばリンパ球を含む骨髄またはリンパ系細胞、典型的にはT細胞および/またはNK細胞である。他の例示的な細胞としては、人工多能性幹細胞（iPSC）を含む多能性幹細胞などの幹細胞が挙げられる。細胞は、典型的には、対象から直接単離されたもの、および/または対象から単離されて凍結されたものなどの初代細胞である。いくつかの態様では、細胞は、T細胞または他の細胞型の1つまたは複数のサブセット、例えば全T細胞集団、CD4＋細胞、CD8＋細胞、およびそれらの亜集団、例えば機能、活性化状態、成熟度、分化、拡大、再循環、局在化、および/もしくは持続能力についての潜在能、抗原特異性、抗原受容体の種類、特定の器官もしくは区画における存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロフィール、ならびに/または分化の程度によって定義されるものを含む。治療される対象に関して、細胞は同種異系および/または自己由来であり得る。方法の中には、既製の方法が含まれる。既製の技術などに関するいくつかの局面では、細胞は、人工多能性幹細胞（iPSC）などの幹細胞のような多能性である。いくつかの態様では、方法は、凍結保存の前または後に、対象から細胞を単離すること、それらを調製し、処理し、培養し、および/または操作すること、ならびにそれらを同じ対象に再導入することを含む。
T細胞ならびに/またはCD4＋および/もしくはCD8＋T細胞のサブタイプおよび亜集団の中には、ナイーブT（TN）細胞、エフェクターT細胞（TEFF）、メモリーT細胞およびそのサブタイプ、例えば幹細胞メモリーT（TSCM）細胞、セントラルメモリーT（TCM）細胞、エフェクターメモリーT（TEM）細胞、または最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連インバリアントT（MAIT）細胞、自然発生および適応制御性T（Treg）細胞、ヘルパーT細胞、例えばTH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、α/βT細胞、およびδ/γT細胞がある。
いくつかの態様では、細胞はナチュラルキラー（NK）細胞である。いくつかの態様では、細胞は、単球または顆粒球、例えば骨髄細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、肥満細胞、好酸球、および/または好塩基球である。
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作によって導入された1つまたは複数の核酸を含み、それによってそのような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様では、核酸は異種であり、すなわち通常は細胞または細胞から得られる試料中には存在せず、例えば操作されている細胞中に通常は認められない別の生物もしくは細胞、またはそのような細胞が由来する生物から得られるものである。いくつかの態様では、複数の異なる細胞型からの様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含有するものを含む、天然には認められない核酸などの核酸は、天然には存在しない。
いくつかの態様では、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養および/または調製工程を含む。CARなどのトランスジェニック受容体をコードする核酸を導入するための細胞は、生物学的試料などの試料、例えば対象から得られたまたは対象に由来するものから単離され得る。いくつかの態様では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、または細胞療法を必要とするか、または細胞療法が投与される対象である。いくつかの態様における対象は、細胞が単離、処理、および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とするヒトである。
したがって、いくつかの態様における細胞は初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料には、組織、体液、および対象から直接採取した他の試料、ならびに分離、遠心分離、遺伝子操作（例えばウイルスベクターによる形質導入）、洗浄、および/またはインキュベーションなどの1つまたは複数の処理工程から得られる試料が含まれる。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料または処理された試料であり得る。生物学的試料には、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器に由来する処理された試料を含む組織および臓器試料が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの局面では、細胞が由来するまたは単離される試料は、血液もしくは血液由来の試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシスの産物であるかもしくはそれに由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検材料、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸管関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺、または他の臓器、および/またはそれに由来する細胞が挙げられる。試料には、細胞療法、例えば養子細胞療法に関連して、自己由来および同種異系供給源由来の試料が含まれる。
いくつかの態様では、細胞は細胞株、例えばT細胞株に由来する。いくつかの態様における細胞は、異種供給源、例えばマウス、ラット、非ヒト霊長動物、およびブタから得られる。
いくつかの態様では、細胞の単離は、1つまたは複数の調製および/または非親和性ベースの細胞分離工程を含む。いくつかの例では、細胞は、例えば不要な成分を除去する、所望の成分を濃縮する、特定の試薬に感受性の細胞を溶解または除去するために、洗浄、遠心分離、および/または1つもしくは複数の試薬の存在下でインキュベートされる。いくつかの例では、細胞は、密度、付着特性、サイズ、感受性、および/または特定の成分に対する耐性などの1つまたは複数の特性に基づいて分離される。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞は、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面では、T細胞を含むリンパ球、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および/または血小板を含み、いくつかの局面では、赤血球および血小板以外の細胞を含む。
いくつかの態様では、対象から採集された血球を、例えば血漿画分を除去し、その後の処理工程のために細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために洗浄する。いくつかの態様では、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）で細胞を洗浄する。いくつかの態様では、洗浄溶液は、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのもしくはすべての二価カチオンを含まない。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って半自動「フロースルー」遠心分離機（例えばCobe 2991細胞プロセッサ、Baxter）によって達成される。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って接線流ろ過（TFF）によって達成される。いくつかの態様では、細胞は、洗浄後に、例えばCa＋＋/Mg＋＋を含まないPBSなどの様々な生体適合性緩衝液に再懸濁される。特定の態様では、血球試料の成分を除去し、細胞を培地に直接再懸濁する。
いくつかの態様では、方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば赤血球を溶解することによる末梢血からの白血球の調製、およびパーコールまたはフィコール勾配による遠心分離を含む。
いくつかの態様では、単離方法は、表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸などの1つまたは複数の特定の分子の細胞における発現または存在に基づく種々の細胞型の分離を含む。いくつかの態様では、そのようなマーカーに基づく分離のための任意の公知の方法を使用し得る。いくつかの態様では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの局面における単離は、1つまたは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞での発現または発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離、例えばそのようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーション、続いて一般に、洗浄工程および抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの抗体または結合パートナーに結合した細胞の分離によるものを含む。
そのような分離工程は、試薬に結合した細胞をさらなる使用のために保持する陽性選択、および/または抗体もしくは結合パートナーに結合しなかった細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分をさらなる使用のために保持する。いくつかの局面では、陰性選択は、分離が、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて最も良好に行われるように、異種集団において細胞型を特異的に同定する抗体が利用可能でない場合に特に有用であり得る。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陽性選択または濃縮は、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、マーカーを発現しない細胞の完全な非存在をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陰性選択、除去、または枯渇は、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、そのような細胞すべての完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、1回の工程から陽性または陰性選択された画分が、その後の陽性または陰性選択などの別の分離工程に供される、複数回の分離工程が行われる。いくつかの例では、それぞれが陰性選択の標的となるマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることなどによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を単一の分離工程で枯渇させることができる。同様に、様々な細胞型上に発現された複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性選択することができる。
例えば、いくつかの局面では、T細胞の特定の亜集団、例えば陽性または高レベルの1つまたは複数の表面マーカー、例えばCD28＋、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD127＋、CD4＋、CD8＋、CD45RA＋、および/またはCD45RO＋T細胞を発現する細胞は、陽性または陰性選択技術によって単離される。
例えばCD3＋、CD28＋T細胞は、抗CD3/抗CD28結合磁気ビーズ（例えばDYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28T Cell Expander）を用いて陽性選択することができる。
いくつかの態様では、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様では、陽性または陰性選択は、それぞれ陽性または陰性選択された細胞上に発現される（マーカー＋）または比較的高いレベルで発現される（マーカー高）1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または他の結合剤と共に細胞をインキュベートすることによって達成される。
いくつかの態様では、T細胞は、B細胞、単球、またはCD14などの他の白血球のような非T細胞上に発現されるマーカーの陰性選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの局面では、CD4＋またはCD8＋選択工程を用いてCD4＋ヘルパーT細胞とCD8＋細胞傷害性T細胞を分離する。そのようなCD4＋およびCD8＋集団は、1つまたは複数のナイーブT細胞、メモリーT細胞、および/またはエフェクターT細胞亜集団上に発現されるまたは比較的高い程度に発現されるマーカーについての陽性または陰性選択によって、さらに亜集団に分類することができる。
いくつかの態様では、CD8＋細胞は、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づく陽性選択または陰性選択などによって、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および/またはセントラルメモリー幹細胞がさらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、いくつかの局面ではそのような亜集団において特に堅固である、投与後の長期生存、増殖、および/または生着を改善するためなどの、1つまたは複数の投与後パラメータまたはアウトカムを高めるために行われる。Terakura et al.,Blood.1:72-82 （2012）;Wang et al.,J Immunother.35（9）:689-701（2012）参照。いくつかの態様では、TCMに富むCD8＋T細胞とCD4＋T細胞とを組み合わせることは、1つまたは複数の投与後パラメータまたはアウトカムをさらに増強する。
態様では、メモリーT細胞は、CD8＋末梢血リンパ球のCD62L＋およびCD62L-サブセットの両方に存在する。PBMCは、例えば抗CD8抗体および抗CD62L抗体を使用して、CD62L-CD8＋および/またはCD62L＋CD8＋画分を濃縮または枯渇させることができる。
いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の陽性または高表面発現に基づく;いくつかの局面では、それは、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現するかまたは高発現する細胞についての陰性選択に基づく。いくつかの局面では、TCM細胞が濃縮されたCD8＋集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。一局面では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択された細胞の陰性画分から出発して、これをCD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択、ならびにCD62Lの発現に基づく陽性選択に供して行われる。いくつかの局面ではそのような選択は同時に行われ、他の局面では連続的にどちらの順序でも行われる。いくつかの局面では、CD8＋細胞集団または亜集団を調製するのに使用されるのと同じCD4発現に基づく選択工程が、任意で1つまたは複数のさらなる陽性または陰性選択工程後に、CD4に基づく分離からの陽性および陰性画分の両方が保持され、方法のその後の工程で使用されるように、CD4＋細胞集団または亜集団を生成するためにも用いられる。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料を、陰性画分と陽性画分の両方が保持されるCD4＋細胞の選択に供する。次いで、陰性画分を、CD14およびCD45RAまたはCD19の発現に基づく陰性選択、ならびにCD62LまたはCCR7などのセントラルメモリーT細胞に特徴的なマーカーに基づく陽性選択に供し、ここで陽性選択と陰性選択はどちらの順序でも行われる。
CD4＋Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、およびエフェクター細胞に分類される。CD4＋リンパ球は標準的な方法によって得ることができる。いくつかの態様では、ナイーブCD4＋Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA＋、CD62L＋、CD4＋T細胞である。いくつかの態様では、セントラルメモリーCD4＋細胞はCD62L＋およびCD45RO＋である。いくつかの態様では、エフェクターCD4＋細胞はCD62L-およびCD45RO-である。
一例では、陰性選択によってCD4＋細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的にはCD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。いくつかの態様では、抗体または結合パートナーは、陽性および/または陰性選択のための細胞の分離を可能にする、磁気ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体支持体またはマトリックスに結合される。例えば、いくつかの態様では、細胞および細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技術（Methods in Molecular Medicine,vol.58:Metastasis Research Protocols,Vol.2:Cell Behavior In vitro and In vivo,p 17-25 Edited by:S.A.Brooks and U.Schumacher（著作権）Humana Press Inc.,Totowa,NJに総説されている）を用いて分離または単離される。
いくつかの局面では、分離される細胞の試料または組成物は、小型の磁化可能または磁気応答性材料、例えば磁気応答性粒子または微粒子、例えば常磁性ビーズ（例えばDynalbeadsまたはMACSビーズなど）と共にインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離することを所望する、例えば陰性または陽性選択することを所望する1つまたは複数の細胞、または細胞集団上に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接または間接的に結合される。
いくつかの態様では、磁性粒子またはビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合成員に結合した磁気応答性材料を含む。磁気分離方法に使用される多くの周知の磁気応答性材料がある。適切な磁性粒子としては、参照により本明細書に組み入れられる、Moldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許第452342B号に記載されているものが挙げられる。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているもののようなコロイドサイズの粒子が他の例である。
インキュベーションは、一般に、抗体もしくは結合パートナー、または磁性粒子もしくはビーズに付着している、そのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料中の細胞上に存在する場合は細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
いくつかの局面では、試料を磁場中に置き、磁気応答性粒子または磁化可能粒子が付着している細胞を磁石に引きつけ、非標識細胞から分離する。陽性選択の場合は、磁石に引き寄せられる細胞が保持される;陰性選択の場合は、引き寄せられない細胞（非標識細胞）が保持される。いくつかの局面では、陽性選択と陰性選択の組み合わせは同じ選択工程の間に行われ、この場合は陽性画分と陰性画分が保持され、さらに処理されるかまたはさらなる分離工程に供される。
特定の態様では、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンで被覆されている。特定の態様では、磁性粒子は、1つまたは複数のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。特定の態様では、ビーズではなく細胞を一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（例えばストレプトアビジン）で被覆した磁性粒子を添加する。特定の態様では、ストレプトアビジン被覆磁性粒子を、ビオチン化一次抗体または二次抗体と組み合わせて使用する。
いくつかの態様では、磁気応答性粒子は、その後インキュベート、培養および/または操作されることになる細胞に付着したままである;いくつかの局面では、粒子は患者への投与のための細胞に付着したままである。いくつかの態様では、磁化可能粒子または磁気応答性粒子は細胞から除去される。細胞から磁化可能粒子を除去する方法は公知であり、例えば競合する非標識抗体、および磁化可能粒子または切断可能なリンカーに結合した抗体の使用を含む。いくつかの態様では、磁化可能粒子は生分解性である。
いくつかの態様では、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別（MACS）（Miltenyi Biotec,Auburn,CA）による。磁気活性化細胞選別（MACS）システムは、磁化された粒子が付着した細胞の高純度の選択が可能である。特定の態様では、MACSは、外部磁場の印加後に非標的種と標的種が連続的に溶出されるモードで動作する。すなわち、磁化粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出されている間、適所に保持される。次に、この最初の溶出工程が完了した後、磁場に捕捉されて溶出が妨げられていた種は、それらが溶出され、回収され得るように何らかの方法で解放される。特定の態様では、非標的細胞は標識され、細胞の不均一な集団から除去される。
特定の態様では、単離または分離は、本発明の方法の単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、および/または製剤化工程のうちの1つまたは複数を実行するシステム、機器、または装置を用いて実施される。いくつかの局面では、システムは、例えばエラー、使用者の取り扱い、および/または汚染を最小限に抑えるために、これらの工程のそれぞれを閉鎖環境または無菌環境で実行するために使用される。一例では、システムは、国際公開公報第2009/072003号、または米国特許出願公開第20110003380A1号に記載されているシステムである。
いくつかの態様では、システムまたは装置は、統合システムもしくは自己完結型システムで、および/または自動化されたもしくはプログラム可能な方式で、単離、処理、操作、および製剤化工程のうちの1つまたは複数、例えば全部を実行する。いくつかの局面では、システムまたは装置は、システムまたは装置に接続されたコンピュータおよび/またはコンピュータプログラムを含み、これにより、使用者が処理、単離、操作および製剤化工程をプログラムする、制御する、そのアウトカムを評価する、および/またはその様々な局面を調整することが可能になる。
いくつかの局面では、分離および/または他の工程は、例えば閉鎖系および無菌系における臨床規模レベルでの細胞の自動分離のために、CliniMACSシステム（Miltenyi Biotec）を用いて行われる。構成要素には、統合マイクロコンピュータ、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、および様々なピンチバルブが含まれ得る。統合コンピュータは、いくつかの局面では、機器のすべての構成要素を制御し、標準化された順序で反復手順を実行するようにシステムに指示する。いくつかの局面における磁気分離ユニットは、可動永久磁石と選択カラム用のホルダとを含む。蠕動ポンプはチューブセット全体の流速を制御し、ピンチバルブと共に、システムを通る緩衝液の制御された流れおよび細胞の継続的な懸濁を確実にする。
いくつかの局面におけるCliniMACSシステムは、滅菌非発熱性溶液中で供給される抗体結合磁化可能粒子を使用する。いくつかの態様では、細胞を磁性粒子で標識した後、細胞を洗浄して過剰の粒子を除去する。続いて細胞調製バッグをチューブセットに接続し、次に緩衝剤を含むバッグおよび細胞収集バッグにチューブセットを接続する。チューブセットは、プレカラムと分離カラムを含むあらかじめ組み立てられた滅菌チューブからなり、使い捨て専用である。分離プログラムの開始後、システムは自動的に細胞試料を分離カラムに適用する。標識細胞はカラム内に保持され、非標識細胞は一連の洗浄工程によって除去される。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は標識されておらず、カラム内に保持されない。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は標識されており、カラム内に保持される。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は、磁場の除去後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
特定の態様では、分離および/または他の工程は、CliniMACS Prodigyシステム（Miltenyi Biotec）を使用して行われる。いくつかの局面におけるCliniMACS Prodigyシステムは、遠心分離による細胞の自動洗浄および分画を可能にする細胞処理ユニットを備える。CliniMACS Prodigyシステムはまた、ソース細胞産物の巨視的層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントを決定する搭載カメラおよび画像認識ソフトウェアを含み得る。例えば、末梢血は自動的に赤血球、白血球および血漿層に分離される。CliniMACS Prodigyシステムはまた、例えば細胞分化および増殖、抗原負荷、ならびに長期細胞培養などの細胞培養プロトコルを達成する統合細胞培養チャンバを含み得る。入力ポートは培地の無菌除去および補充を可能にし、細胞は統合顕微鏡を使用してモニタリングすることができる。例えばKlebanoff et al.,J Immunother.35（9）:651-660（2012）,Terakura et al.,Blood.1:72-82（2012）およびWang et al.,J Immunother.35（9）:689-701（2012）参照。
いくつかの態様では、本明細書に記載の細胞集団はフローサイトメトリーによって収集および濃縮（または枯渇）され、フローサイトメトリーでは、複数の細胞表面マーカーについて染色された細胞が流体流中で運ばれる。いくつかの態様では、本明細書に記載の細胞集団は、分取規模（FACS）選別によって収集および濃縮（または枯渇）される。特定の態様では、本明細書に記載の細胞集団は、FACSに基づく検出システムと組み合わせた微小電気機械システム（MEMS）チップの使用によって収集および濃縮（または枯渇）される（例えば国際公開公報第2010/033140号、Cho et al.,Lab Chip 10,1567-1573（2010）;およびGodin et al.,J Biophoton.1（5）:355-376（2008）参照）。どちらの場合も、細胞を複数のマーカーで標識して、明確に定義されたT細胞サブセットを高純度で単離することができる。
いくつかの態様では、抗体または結合パートナーは、陽性選択および/または陰性選択のための分離を容易にするために、1つまたは複数の検出可能なマーカーで標識される。例えば、分離は蛍光標識抗体への結合に基づき得る。いくつかの例では、1つまたは複数の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、例えばフローサイトメトリー検出システムと組み合わせた、分取規模（FACS）および/または微小電気機械システム（MEMS）チップを含む蛍光活性化細胞選別（FACS）などによって流体流中で行われる。そのような方法は、同時に複数のマーカーに基づく陽性選択および陰性選択を可能にする。
いくつかの態様では、調製方法は、単離、インキュベーション、および/または操作の前または後のいずれかに、細胞を凍結する、例えば凍結保存する工程を含む。いくつかの態様では、凍結およびその後の解凍工程は、細胞集団中の顆粒球および、ある程度まで、単球を除去する。いくつかの態様では、細胞は、例えば血漿および血小板を除去するための洗浄工程の後に、凍結溶液中に懸濁される。いくつかの局面では様々な公知の凍結溶液およびパラメータのいずれを使用してもよい。一例は、20％DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、または他の適切な細胞凍結培地を使用することを含む。次にこれを培地で1:1に希釈して、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10％および4％になるようにする。次いで細胞を一般に毎分1°の速度で-80℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中で保存する。
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作の前またはそれに関連してインキュベートおよび/または培養される。インキュベーション工程は、培養、刺激、活性化、および/または増殖を含み得る。インキュベーションおよび/または操作は、ユニット、チャンバ、ウェル、カラム、チューブ、チューブセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または細胞を培養するための他の容器などの培養容器中で実施され得る。いくつかの態様では、組成物または細胞は、刺激条件または刺激物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件には、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化、および/もしくは生存を誘導する、抗原曝露を模倣する、ならびに/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計されたものが含まれる。
条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された他の任意の剤の1つまたは複数を含み得る。
いくつかの態様では、刺激条件または刺激物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの局面では、作用物質は、T細胞におけるTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードを作動または開始させる。そのような作用物質には、TCRに特異的なものなどの抗体、例えば抗CD3が含まれ得る。いくつかの態様では、刺激条件は、共刺激受容体、例えば抗CD28を刺激することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの態様では、そのような作用物質および/またはリガンドは、ビーズなどの固体支持体および/または1つもしくは複数のサイトカインに結合し得る。任意で、増殖方法は、抗CD3抗体および/または抗CD28抗体を培地に（例えば少なくとも約0.5ng/mlの濃度で）添加する工程をさらに含み得る。いくつかの態様では、刺激物質は、IL-2および/またはIL-15、例えば少なくとも約10単位/mLのIL-2濃度を含む。
いくつかの局面では、インキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.,J Immunother.35（9）:651-660（2012）,Terakura et al.,Blood.1:72-82（2012）,および/またはWang et al.,J Immunother.35（9）:689-701（2012）に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様では、T細胞は、培養開始組成物に、非分裂末梢血単核細胞（PBMC）などのフィーダ細胞を添加すること（例えば、得られる細胞集団が、増殖させるべき初期集団中の各Tリンパ球につき少なくとも約5、10、20、または40またはそれ以上のPBMCフィーダ細胞を含むように）、および培養物をインキュベートすること（例えばT細胞の数を増やすのに十分な時間）によって増殖される。いくつかの局面では、非分裂フィーダ細胞は、γ線照射PBMCフィーダ細胞を含み得る。いくつかの態様では、PBMCは、細胞分裂を防ぐために約3000～3600ラドの範囲のγ線を照射される。いくつかの局面では、フィーダ細胞は、T細胞集団の添加の前に培地に添加される。
いくつかの態様では、刺激条件は、ヒトTリンパ球の増殖に適した温度、例えば少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃を含む。任意で、インキュベーションは、非分裂EBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）をフィーダ細胞として添加することをさらに含み得る。LCLは、約6000～10,000ラドの範囲のγ線で照射することができる。いくつかの局面におけるLCLフィーダ細胞は、少なくとも約10:1のLCLフィーダ細胞対初期Tリンパ球の比率などの、任意の適切な量で提供される。
態様では、抗原特異的CD4＋および/またはCD8＋T細胞などの抗原特異的T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染した対象からT細胞を単離し、同じ抗原で細胞をインビトロで刺激することによって生成することができる。
C．免疫抑制シグナル伝達に関連する分子の改変された発現
いくつかの局面では、IDO媒介異化作用、例えばトリプトファンの欠乏またはキヌレニンもしくは別のトリプトファン代謝産物の蓄積によって正または負に調節される分子を含む、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子（例えばタンパク質）の発現が改変されている組換え受容体発現細胞（例えばCAR T細胞）を含む、遺伝子操作された細胞が提供される。いくつかの局面では、改変はトリプトファンの取り込み、輸送および/または代謝に関与する分子（例えばタンパク質）の発現を含む。
いくつかの態様では、分子は、IDO媒介異化作用によって負に調節される分子、例えばIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答してその発現または活性が低減または阻害される分子であり、その発現または活性の低下は、細胞の免疫抑制活性をもたらすか、それに関与もしくは関連するか、またはそれを促進する。そのようなタンパク質の例には、IDO媒介異化作用に応答して阻害されるタンパク質であるmTORおよびPKCθが含まれるが、これらに限定されるわけではない（例えばMetz et al.（2012）Oncoimmunology,1:1460-1468参照）。他の例には、環境からのアミノ酸栄養素の取り込みに関与するL型アミノ酸輸送体（LAT）などのアミノ酸輸送体が含まれる（Wang et al.（2015）Am J Cancer Res 5（4）:1281-1294）。いくつかの態様では、提供される遺伝子操作された細胞は、タンパク質をコードする、例えばmTORまたはPKC-θをコードする外因性核酸を細胞に導入することなどによる、IDO媒介異化作用によって負に調節されるタンパク質の組換え、操作されたまたは異所性の発現によって改変されている。いくつかの態様では、提供される遺伝子操作された細胞は、アミノ酸輸送体、例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/またはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）などの低レベルのアミノ酸を含み得る微小環境からの、トリプトファンなどのアミノ酸の取り込みを増加させることができる分子の組換え、操作されたまたは異所性の発現によって改変されている。
いくつかの態様では、分子は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン欠飢餓もしくは欠乏によって、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答して正に調節される分子、例えば細胞におけるその発現、活性または輸送が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏に応答して、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答して増加または促進される分子であり、その発現、活性または輸送の増加は、細胞の免疫抑制活性をもたらすか、それに関与もしくは関連するか、またはそれを促進する。そのようなタンパク質の例としては、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。例えば、GCN2は、IDO媒介トリプトファン分解時に活性になるストレスキナーゼ経路に関与する（Sucher et al.（2010）Int.J.Tryptophan Res.,3:113-120）。いくつかの態様では、提供される遺伝子操作された細胞は、そのようなタンパク質をコードする遺伝子の発現の減少または破壊によって、例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2をコードする遺伝子の発現の減少または破壊によって改変されている。
いくつかの局面では、腫瘍細胞または癌細胞は、抗腫瘍免疫応答を回避する機構として、環境からのアミノ酸、例えばトリプトファンの取り込みを増加させ、トリプトファン枯渇状態を作り出して、免疫細胞、例えばT細胞の増殖を妨げるために、アミノ酸輸送体、例えばLAT1/CD98hcまたはLAT2/CD98hcなどのトリプトファン輸送体の高レベルの発現を示すかまたは発現を上方調節することができる（例えばBroer et al.（2011）Biochem.J.436,193-211;Wang et al.（2015）Am J Cancer Res 5（4）:1281-1294;Ribas,A.（2015）Cancer Discov.5（9）:915-919参照）。いくつかの態様では、細胞療法、例えば養子細胞療法のために投与される細胞は、例えばアミノ酸輸送体（複数可）の組換え発現もしくは過剰発現によって、ならびに/またはIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばGCN2、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Blimp-1、AHRまたはARNTの発現を低下させることによって、そのような環境で生存、競合または増殖するように操作することができる。いくつかの態様では、LAT1、LAT2、CD98hcおよび/またはPAT4のレベルが上昇している腫瘍または癌を有する対象は、本明細書に記載の方法、細胞、組成物および/またはキットのいずれかによる治療のために同定または選択され得る。
いくつかの態様では、IDO媒介異化作用、例えばトリプトファンの欠乏またはキヌレニンもしくは別のトリプトファン代謝産物の蓄積によって正または負に調節される分子を含む、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子（例えばタンパク質）の発現の改変は、分子の異所性または組換え発現のための核酸、またはその分子をコードする遺伝子を抑制する、遺伝子の発現を減少させる、または遺伝子を破壊することができる核酸を、組換え受容体、例えばCARをコードする核酸と一緒に、操作されるべき細胞に導入することによって行われる。例えば、いくつかの態様では、組換え受容体をコードする第一の核酸および分子もしくはその一部または分子の発現を改変することができる作用物質（例えば分子の発現を減少させるもしくは減少させることができる作用物質、または分子をコードする遺伝子を破壊することができる作用物質）をコードする第二の核酸を細胞に導入する。
いくつかの態様では、組換え受容体をコードする核酸および分子もしくはその一部または分子の発現を改変することができる作用物質をコードする核酸は、任意の組み合わせまたは配置で、1、2、3またはそれ以上のポリヌクレオチドおよび/またはベクターに含まれ得る。ベクターは、ウイルスベクターおよび発現ベクターを含む、本明細書に記載のベクターのいずれかであり得る。例えば、いくつかの態様では、第一のポリヌクレオチド、ベクターまたは構築物は、組換え受容体をコードする核酸を含み、第二のポリヌクレオチド、ベクターまたは構築物は、組換え受容体をコードする核酸および分子もしくはその一部または分子の発現を改変することができる作用物質をコードする核酸を含む。いくつかの態様では、分子または分子の発現を改変することができる作用物質の1つまたは複数の成分は、1つまたは複数のポリヌクレオチド中にコードされ得る。組換え受容体をコードする核酸および分子もしくはその一部または分子の発現を改変することができる作用物質をコードする核酸は、1つのポリヌクレオチド中で、それぞれ発現のためのプロモーターに機能的に連結され得るか、または1つのプロモーターに機能的に連結され得る。ポリヌクレオチドの各々はマルチシストロン性であり得る。ポリヌクレオチドの各々はまた、表面マーカー、例えば短縮型EGFR（tEGFR）またはThy1.1などの1つまたは複数のマーカーをコードすることもできる。いくつかの態様では、2つまたはそれ以上のポリヌクレオチドが導入される場合、2つまたは以上のポリヌクレオチドは、同じまたは異なる表面マーカーをコードすることができる。
また、上記のいずれかのようなポリヌクレオチド、ベクターまたは構築物の1つまたは複数を含む組成物も提供される。いくつかの態様では、ポリヌクレオチド、ベクター、構築物または組成物を用いて、T細胞などの細胞を、組換え受容体、IDO媒介異化作用、例えばトリプトファンの欠乏またはキヌレニンもしくは別のトリプトファン代謝産物の蓄積によって正または負に調節される分子を含む、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、ならびに/またはそのような分子の発現を改変することができる作用物質のいずれかを発現するように操作することができる。
1．組換え、操作されたおよび/または異所性の発現
いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞を調製する方法は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節される分子、例えばmTORまたはPKC-θ、またはL型アミノ酸輸送体（LAT）などのアミノ酸輸送体のような、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質を、細胞において組換え発現または異所性発現することを含む。いくつかの態様では、IDO媒介異化作用によって負に調節される分子（例えばmTORもしくはPKC-θ）をコードするか、またはアミノ酸輸送体（例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2））、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4））の1つもしくは複数の鎖をコードする核酸分子、例えばベクターが細胞に導入され、その導入は、CARなどのトランスジェニック受容体をコードする核酸の導入と同時にまたは連続的に行われ得る。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節されるような、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質は、mTORまたはその機能的断片または機能的変異体またはその一部、例えば触媒的に活性である、および/またはその発現もしくは活性がIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節される（例えば減少する）機能的断片または機能的変異体または部分であるか、またはそれを含む。mTORの異所性発現をコードするプラスミドまたはベクターは公知であり、標準的な組換えDNA技術方法によって生成され得るかまたは商業的に購入され得る（例えばZhao et al.（2016）Nature Communications,7:11309;Dressen et al.（2010）Biotechnolgoy and Bioengineering,108:853-866参照）。いくつかの態様では、mTORは、配列番号20に示すアミノ酸の配列、または配列番号20と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部を含むか、またはその機能的断片である。いくつかの態様では、mTORは、配列番号21に示すヌクレオチドの配列、または配列番号21と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含み、機能的タンパク質、変異体またはその断片をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。いくつかの態様では、mTORはヒトタンパク質である。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節されるような、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質は、PKC-θまたはその機能的断片または機能的変異体またはその一部、例えば触媒的に活性であるおよび/またはその発現もしくは活性がIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節される（例えば減少する）機能的断片または機能的変異体または部分であるか、またはそれを含む。PKC-θの異所性発現をコードするプラスミドまたはベクターは公知であり、標準的な組換えDNA技術方法によって生成され得るかまたは商業的に購入され得る（例えばBelguise et al.（2012）Oncogene,31:4889-4897;Wing-yiu et al.（2010）J Biol.Chem.,285:23889-98参照）。いくつかの態様では、PKC-θは、配列番号22に示すアミノ酸の配列、または配列番号22と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部を含むか、またはその機能的断片である。いくつかの態様では、PKC-θは、配列番号23に示すヌクレオチドの配列、または配列番号23と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含み、機能的タンパク質、変異体またはその断片をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。いくつかの態様では、PKC-θはヒトタンパク質である。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節されるような、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質は、アミノ酸輸送体、例えばトリプトファン輸送体であるか、またはそれを含む。TMEにおいて、癌もしくは腫瘍細胞または「バイスタンダー」細胞によるIDO1および/またはアミノ酸輸送体の上方調節は、アミノ酸飢餓状態、例えばトリプトファン飢餓状態をもたらし得る。したがって、免疫細胞、例えば操作されたT細胞の増殖および/または機能は、微小環境中に十分なトリプトファンがないために抑制され得る。免疫細胞において組換え的または異所性に発現する分子、例えばアミノ酸輸送体は、例えばIDO1の活性および/または腫瘍もしくは癌細胞および/またはバイスタンダー細胞によるアミノ酸輸送体の上方調節によって作り出されるアミノ酸飢餓環境におけるトリプトファンまたは他のアミノ酸のより効率的な取り込みによって、免疫細胞がトリプトファン飢餓または欠乏に応答することを可能にし得る。いくつかの態様では、操作されたT細胞はまた、CD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/またはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）から選択されるアミノ酸輸送体の1つもしくは複数の鎖または1つもしくは複数のアミノ酸輸送体を組換え的または異所性に発現するように操作される。
いくつかの態様では、トリプトファン飢餓または欠乏を感知するまたはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質は、アミノ酸輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はSLC（溶質担体）ファミリーの輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はトリプトファン輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はアルギニン輸送体である。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はヘテロメリックアミノ酸輸送体（HAT）である。HATは、1:1の化学量論を有するアミノ酸対向輸送体（交換体）である。いくつかの態様では、HATは、保存されたジスルフィド架橋によって連結されている重鎖（SLC3ファミリー）と軽鎖（SLC7ファミリー）からなる。一般に、重鎖はホロ輸送体の膜への輸送に必須であり、一方、軽鎖は輸送体機能を触媒する。典型的には、ヒトは、ヒトSLC3ファミリーの2本の重鎖:rBAT（広特異性の中性またはカチオン性アミノ酸輸送に関連し、SLC3A1とも呼ばれる;例示的な配列を配列番号36に示す）および4F2hc（4F2細胞表面抗原重鎖;CD98重鎖またはSLC3A2とも称される;例示的な配列を配列番号37に示す）を有する。重鎖（SLC3）成員は、単一の膜貫通ドメインセグメント、細胞内N末端および大きい細胞外C末端を有するII型膜N糖タンパク質である。典型的には、ヒトにおいては、6つのSLC7成員（LAT1（SLC7A5;例示的な配列を配列番号38に示す）、LAT2（SLC7A8;例示的な配列を配列番号39に示す）、y＋LAT1（SLC7A7）、y＋LAT2（SLC7A6）、Asc-1（SLC7A10;例示的な配列を配列番号40に示す）およびxCT（SLC7A11））は、4F2hcとヘテロ二量体化する。軽鎖（SLC7）成員は、12回膜貫通ドメイントポロジーを有し、細菌のアミノ酸輸送体と相同性を有する（例えばBroer et al.（2011）Biochem.J.436,193-211;Wang et al.（2015）Am J Cancer Res 5（4）:1281-1294参照）。また、Lin et al.,Neoplasia.2004 Jan;6（1）:74-84;Barollo et al.,PLoS One.2016;11（5）:e0156044も参照のこと。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はL型アミノ酸輸送体（LAT）である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、L型輸送系（大型中性アミノ酸、例えばロイシンを輸送する）を形成する、4F2hc（CD98hc）/LAT1ヘテロ二量体または4F2hc（CD98hc）/LAT2ヘテロ二量体を含む。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、ASC輸送体（アラニン、セリンおよびシステインを優先する輸送体）を形成し得る、4F2hc（CD98hc）/Asc-1ヘテロ二量体またはAsc-2を含むヘテロ二量体を含む。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はSLC6ファミリーの輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、中性およびカチオン性アミノ酸の輸送体（系B0、＋）であるSLC6A14（ATB0、＋;例示的な配列を配列番号41に示す）、または1個のNa＋との共輸送で16個すべての中性アミノ酸を輸送する、SLC6A19（B0AT1、広い中性（0）アミノ酸輸送体1;例示的な配列を配列番号42に示す）である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、T型輸送体（芳香族アミノ酸の輸送体）、例えばTAT1（モノカルボン酸輸送体10またはSLC16A10としても知られる;例示的な配列を配列番号43に示す）である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はSLC36ファミリーの輸送体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、プロトン共輸送には共役しないプロリンおよびトリプトファンの平衡輸送体である、プロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4としても知られる;例示的な配列を配列番号44に示す）である。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節されるような、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばタンパク質は、アミノ酸輸送体、例えば配列番号36～44に示すアミノ酸の配列、または、例えば配列番号36～44と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部を含むアミノ酸輸送体であるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体（複数可）は、配列番号36～44に示すアミノ酸配列、または配列番号36～44と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部をコードし、および機能的タンパク質、変異体、またはその断片をコードするヌクレオチドの配列を含むヌクレオチドの配列によってコードされる。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はヒトタンパク質またはその変異体である。
いくつかの態様では、アミノ酸輸送体は、配列番号36もしくは37に示すアミノ酸の配列、または、例えば配列番号36もしくは37と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部を含む重鎖（例えば4F2hc）、および配列番号38～40に示すアミノ酸の配列のいずれか1つ、または、例えば配列番号38～40と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部のいずれか1つを含む軽鎖（例えばLAT1、LAT2またはAsc-1）を含むヘテロ二量体である。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体（複数可）は、配列番号36もしくは37に示すアミノ酸配列、または、例えば配列番号36もしくは37と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部を含む重鎖（例えば4F2hc）、および配列番号38～40に示すアミノ酸の配列のいずれか1つ、または、例えば配列番号38～40と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む機能的変異体もしくはその一部のいずれか1つを含む軽鎖（例えばLAT1、LAT2またはAsc-1）をコードするヌクレオチドの配列を含むヌクレオチドの配列によってコードされる。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体はヒトタンパク質またはその変異体である。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばキメラ受容体などのリガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体、ならびにIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節される分子、例えばmTORまたはPKC-θ、またはその機能的部分をコードする核酸を発現のために細胞に導入する。いくつかの態様では、第一の核酸は、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体をコードし、第二の核酸は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって負に調節される分子、例えばmTORまたはPKC-θ、またはCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）から選択されるアミノ酸輸送体の1つもしくは複数の鎖または1つもしくは複数のアミノ酸輸送体をコードする。いくつかの態様では、第一および第二の核酸。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばキメラ受容体などのリガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体、ならびにトリプトファン飢餓または欠乏を感知するまたはそれに応答することに関与および/または関連する分子、例えばアミノ酸輸送体、例えばSLC（溶質担体）ファミリーの輸送体の1つもしくは複数の鎖、またはその機能的部分をコードする核酸を発現のために細胞に導入する。いくつかの態様では、アミノ酸輸送体の1つまたは複数の鎖または成分、および遺伝子操作された受容体の1つまたは複数の成分をコードする1つまたは複数の核酸分子を細胞に導入する。例えば、いくつかの態様では、第一の核酸は、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体をコードし、第二の核酸は、アミノ酸輸送体の1つまたは複数の鎖、例えばCD98hcおよび/またはLAT1もしくはLAT2の1つまたは複数の鎖をコードする。いくつかの態様では、L型アミノ酸輸送体の1つまたは複数の鎖は、例えばアミノ酸輸送体の1つもしくは複数の鎖または1つもしくは複数のアミノ酸輸送体をコードする核酸を含む1つまたは複数のポリヌクレオチドの導入によって、細胞において組換え的または異所性に発現している。
いくつかの態様では、核酸は、バイシストロン性などのマルチシストロン性であるか、またはさもなければ同じプロモーターからの2つもしくはそれ以上などの複数の別々のペプチド鎖の共発現を可能にする。いくつかの態様における転写物は、2つの最終産物などの1つより多い最終産物をコードする潜在能を有する。いくつかの態様では、核酸の少なくとも1つは、遺伝子操作された受容体および代謝経路に関与する分子が同じプロモーターの制御下で発現されるように、コードされた分子を分離する内部リボソーム結合部位（IRES）を含む。本明細書で使用される場合、「内部リボソーム進入部位」（IRES）は、タンパク質合成の一部としてメッセンジャーRNA（mRNA）配列の中央での翻訳開始を可能にするヌクレオチド配列を指す。
いくつかの態様では、核酸は、ピコルナウイルス2Aリボソームスキップペプチドなどの1つまたは複数のリボソームスキップ配列を含み、その結果、2つまたはそれ以上のペプチド鎖または他の産物が同じプロモーターと機能的に連結して発現され得るが、別々の鎖として生成され得る。例えば、いくつかの態様では、単一のプロモーターが、単一のオープンリーディングフレーム（ORF）内に、自己切断ペプチド（例えば2A配列）またはプロテアーゼ認識部位（例えばフリン）をコードする配列によって互いに分離された2つまたは3つの遺伝子（例えば代謝経路の調節に関与する分子をコードする、および組換え受容体のコードする）を含むRNAの発現を指示し得る。したがってORFは、翻訳中（2Aの場合）または翻訳後のいずれかに、個々のタンパク質にプロセシングされる単一のポリペプチドをコードする。いくつかの場合には、T2Aなどのペプチドは、リボソームに2AエレメントのC末端でのペプチド結合の合成をスキップさせることができ（リボソームスキップ機構）、2A配列の末端と次の下流ペプチドとの間の分離をもたらす（例えばde Felipe.Genetic Vaccines and Ther.2:13（2004）およびdeFelipe et al.Traffic 5:616-626（2004）参照）。多くの2Aエレメントが当技術分野において公知である。本明細書で開示される方法および核酸において使用され得る2A配列の例としては、限定されることなく、米国特許出願公開第20070116690に記載されている口蹄疫ウイルス（F2A、例えば配列番号49）、ウマ鼻炎Aウイルス（E2A、例えば配列番号48）、トセア・アシグナ（Thosea asigna）ウイルス（T2A、例えば配列番号6または45）、およびブタテスコウイルス1（P2A、例えば配列番号46または47）からの2A配列。
いくつかの態様では、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体ならびにmTORもしくはPKC-θなどのIDO媒介異化作用によって負に調節される分子、またはトリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばCD98重鎖（4F2hc;SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）の1つまたは複数などの、アミノ酸輸送体（複数可）の1つもしくは複数の鎖または1つもしくは複数のアミノ酸輸送体をコードする1つまたは複数の核酸は、同じかまたは異なる核酸分子（複数可）および/またはベクターにおいて発現される。いくつかの態様では、核酸分子は、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体をコードする第一の核酸、ならびにCD98hcおよび/またはLAT1もしくはLAT2の1つまたは複数の鎖などのアミノ酸輸送体の1つまたは複数の鎖をコードする第二の核酸を含み得る。いくつかの態様では、核酸分子および/またはベクターは、リガンドに特異的に結合する遺伝子操作された受容体をコードする第一の核酸、およびCD98hcなどのアミノ酸輸送体の1つの鎖をコードする第二の核酸、およびLAT1またはLAT2などのアミノ酸輸送体の別の鎖をコードする第三の核酸を含み得る。いくつかの態様では、第一、第二および/または第三の核酸は、2つまたはそれ以上の別々のポリヌクレオチドおよび/またはベクター中に含まれ得る。ベクターは、ウイルスベクターおよび発現ベクターを含む、本明細書に記載のベクターのいずれかであり得る。
2．遺伝子発現の抑制、低下、または破壊
いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞を調製する方法は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子、例えばIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質、例えばGCN2、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Blimp-1、AHR、ARNT、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2の発現を減少させるまたは減少させることができる作用物質を細胞に導入することを含み、この導入は、CARなどのトランスジェニック受容体をコードする核酸の導入と同時にまたは連続的に行われ得る。いくつかの態様では、作用物質を含む、作用物質内に包含されるまたは作用物質をコードする核酸分子を細胞に導入する。また、遺伝子操作された（組換え）細胞表面受容体を含み、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質、例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2の発現が低下しているか、またはそれをコードする遺伝子が破壊されている細胞も提供される。いくつかの態様では、細胞は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現を低減または抑制する阻害性核酸分子などの作用物質を含む。いくつかの態様では、発現、活性、および/または機能は、細胞内の1つまたは複数のタンパク質をコードする1つまたは複数の遺伝子の抑制をもたらすことによって低減される。
いくつかの態様では、遺伝子抑制は、遺伝子の破壊、例えばノックアウト、挿入、ミスセンスもしくはフレームシフト突然変異、例えば二対立遺伝子フレームシフト突然変異、遺伝子の全部もしくは一部、例えば1つもしくは複数のエクソンもしくはその一部の欠失、および/またはノックインをもたらすことによって行われる。いくつかの態様におけるそのような破壊は、特に遺伝子の配列またはその一部を標的とするように特に設計された、DNA結合標的化ヌクレアーゼならびにジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）および転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）などの遺伝子編集ヌクレアーゼ、ならびにCRISPR関連ヌクレアーゼ（Cas）などのRNAガイドヌクレアーゼを含む、配列特異的または標的化ヌクレアーゼを含む作用物質によってもたらされ得る。いくつかの態様では、そのような配列特異的または標的化ヌクレアーゼは、阻害性核酸分子によってコードされている。いくつかの態様では、そのようなヌクレアーゼは、ガイドRNA（gRNA）などのDNA結合核酸分子によってガイドされ得るかまたは標的指向性となり得る。
いくつかの態様では、遺伝子抑制は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現の減少をもたらすことによって行われる。いくつかの態様では、そのような遺伝子抑制は、阻害性核酸分子を使用して、例えばRNA干渉（RNAi）、低分子干渉RNA（siRNA）、短いヘアピン（shRNA）、マイクロRNA（miRNA）、アンチセンスRNAおよび/またはリボザイムによって達成され、これらは、遺伝子の発現を選択的に抑制するかまたは抑制するために使用することができる。siRNA技術は、遺伝子から転写されるmRNAのヌクレオチド配列と相同な配列、およびヌクレオチド配列と相補的な配列を有する二本鎖RNA分子を利用するRNAiに基づくものを含む。siRNAは一般に、遺伝子から転写されるmRNAの1つの領域に対して相同/相補的であるか、または異なる領域に対して相同/相補的である複数のRNA分子を含むsiRNAであり得る。いくつかの態様では、遺伝子抑制は、ガイドRNA（gRNA）などのDNA結合核酸分子、および酵素的に不活性なCas9（eiCas9）タンパク質またはeiCas9を含む融合タンパク質などのRNAガイドヌクレアーゼの変異体を用いて達成される。いくつかの態様では、遺伝子抑制は、ジンクフィンガータンパク質（ZFP）またはZFPを含む融合タンパク質などのDNA結合標的化タンパク質によって達成される。
a．タンパク質発現の減少
いくつかの態様では、提供される方法および細胞は、細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現の減少または抑制などのノックダウンをもたらす。いくつかの態様では、ノックダウンは一過性であり得、例えば条件付きである。いくつかの態様では、ノックダウンは非一過性または永続的である。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現のノックダウン、抑制または減少は、RNA干渉（RNAi）によって達成することができる。いくつかの態様では、RNAiは、それらの標的核酸配列に対して配列特異的相同性を有する二本鎖RNA（dsRNA）分子によって媒介され得る（Caplen, N.J. , et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:9742-9747（2001））。ショウジョウバエ（Drosophila）の無細胞溶解物における生化学的試験は、いくつかの態様では、RNA依存性遺伝子サイレンシングのメディエータが21～25ヌクレオチドの「低分子干渉」RNA二本鎖（siRNA）であることを示す。siRNAは、ダイサーとして知られるRNアーゼ酵素によるdsRNAのプロセシングから誘導され得る（Bernstein, E., et al., Nature 409:363-366（2001））。siRNA二本鎖産物は、RNA誘導サイレンシング複合体（RISC）と称される多タンパク質siRNA複合体に動員され得る。いくつかの態様では、次にRISCを標的核酸（適切にはmRNA）に誘導することができ、ここでsiRNA二本鎖は配列特異的に相互作用して、触媒的に切断を媒介する（Bernstein, E., et al., Nature 409:363-366（2001）; Boutla, A., et al., Curr. Biol. 11:1776-1780（2001））。低分子干渉RNAは、当技術分野で周知であり、当業者が精通している手順に従って合成し、使用することができる。低分子干渉RNAは、約0～約50ヌクレオチド（nt）を含む。非限定的な態様の例では、siRNAは、約5～約40nt、約5～約30nt、約10～約30nt、約15～約25nt、または約20～25ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの態様では、RNA干渉剤は、RNAi機構を介して遺伝子発現の阻害を媒介することが当技術分野で公知の分子に特徴的な構造を有する少なくとも部分的に二本鎖のRNA、または互いにハイブリダイズしてそのような構造を形成する少なくとも部分的に相補的な部分を含むRNA鎖である。RNAが互いにハイブリダイズする相補的領域を含む場合、そのRNAは自己ハイブリダイズすると言われる。いくつかの態様では、RNA干渉剤などの阻害性核酸は、標的遺伝子と実質的に相補的な部分を含む。いくつかの態様では、RNA干渉剤は、任意で、1つまたは複数のヌクレオチド類似体または改変を含む。当業者は、RNAi剤がリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、改変ヌクレオチドまたは骨格などを含み得ることを認識する。いくつかの態様では、RNA干渉剤は転写後に改変され得る。いくつかの態様では、RNA干渉剤は、ハイブリダイズまたは自己ハイブリダイズして、長さが約15～29ヌクレオチドの二重鎖部分を含み、任意で二重鎖内に1つまたは複数のミスマッチまたは不対ヌクレオチドを有する構造を形成する1つまたは複数の鎖を含む。いくつかの態様では、RNA干渉剤は、低分子干渉RNA（siRNA）、短いヘアピンRNA（shRNA）、および天然に存在するmiRNA前駆体またはmiRNA様RNAの設計された前駆体と同一のRNA種を含むがこれに限定されるわけではないshRNAを生成するように細胞内でプロセシングされ得る他のRNA種を含む。
いくつかの態様では、「低分子干渉RNA」（siRNA）という用語は、長さが約15～29ヌクレオチドの二本鎖部分を含み、任意で一方または両方の鎖上に一本鎖オーバーハング（例えば1～6ヌクレオチド長）をさらに含む核酸を指す。いくつかの態様では、二本鎖部分は、17～21ヌクレオチド長、例えば19ヌクレオチド長であり得る。いくつかの態様では、オーバーハングは各々の鎖の3’末端に存在し、2ヌクレオチド長であり得、DNAまたはヌクレオチドアナログから構成され得る。siRNAは、互いにハイブリダイズする2本のRNA鎖から形成され得るか、あるいはより長い二本鎖RNAから、または短いヘアピンRNAなどの自己ハイブリダイズする部分を含む一本鎖RNAから生成され得る。当業者は、2つのsiRNA鎖によって形成される二重鎖中に、1つまたは複数のミスマッチまたは不対ヌクレオチドが存在し得ることを理解する。いくつかの態様では、siRNAの一方の鎖（「アンチセンス」または「ガイド」鎖）は、標的核酸、例えばmRNA転写物とハイブリダイズする部分を含む。いくつかの態様では、アンチセンス鎖は、約15～29ヌクレオチドにわたって、時には17～21ヌクレオチド、例えば19ヌクレオチドにわたって標的と完全に相補的であり、これは、siRNAがこの長さにわたって1つのミスマッチもなしに標的転写物にハイブリダイズすることを意味する。しかしながら、当業者は、siRNA鎖と標的転写物との間に形成される二本鎖中に1つまたは複数のミスマッチまたは不対ヌクレオチドが存在し得ることを理解する。
いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする核酸を標的とする短いヘアピン型RNA（shRNA）を用いて減少または抑制される。いくつかの態様では、短いヘアピンRNA（shRNA）は、RNAiを媒介するのに十分に長い（典型的には15～29ヌクレオチド長）二本鎖構造を形成するようにハイブリダイズされるまたはハイブリダイズすることができる少なくとも2つの相補的部分、および二本鎖を形成する2つの配列の末端を連結するループを形成する、典型的には約1～10ヌクレオチド長の少なくとも1つの一本鎖部分を含む核酸分子である。いくつかの態様では、構造はオーバーハングをさらに含み得る。所与の標的遺伝子のノックダウンに適したshRNA配列は、当技術分野において周知であるか、または当業者によって容易に決定され得る。
いくつかの態様では、shRNAの自己相補的部分のハイブリダイゼーションによって形成される二本鎖は、siRNAのものと類似の特性を有し得、以下に記載されるように、shRNAは、保存された細胞RNAi機構によってsiRNAにプロセシングされ得る。したがって、shRNAはsiRNAの前駆体であり得、同様に標的転写物の発現を阻害し得る。いくつかの態様では、shRNAは、標的核酸、例えばmRNA転写物とハイブリダイズする部分を含み、約15～29ヌクレオチド、時には17～21ヌクレオチド、例えば19ヌクレオチドにわたって標的と完全に相補的であり得る。しかしながら、当業者は、shRNA鎖と標的転写物との間で形成される二本鎖中に1つまたは複数のミスマッチまたは不対ヌクレオチドが存在し得ることを理解する。
いくつかの態様では、shRNAは、A-B-CまたはC-B-Aの構造のヌクレオチド（例えばDNA）配列を含む。いくつかの態様では、カセットは少なくとも2つのDNAセグメントAおよびCまたはCおよびAを含み、前記少なくとも2つのセグメントの各々は、上記で定義された別個のプロモーター（誘導的U6、H1などを含むPol IIIプロモーターなど）の制御下にある。上記セグメントにおいて:Aは、ノックダウンされる遺伝子（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）に対して少なくとも90％、または100％相補的である15～35bpまたは19～29bpのDNA配列であり得る;Bは、発現されたRNAヘアピン分子のループを形成する5～9bpを有するスペーサーDNA配列であり得る;およびCは、配列Aに対して少なくとも85％相補的である15～35または19～29bpのDNA配列であり得る。
いくつかの態様では、（1）RNAi剤が、約15～29ヌクレオチド長の領域、例えば少なくとも約15、約17、約18、もしくは約19ヌクレオチド長の領域にわたって転写物と少なくとも約80％、約85％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％、もしくは約100％相補的である部分、例えば鎖を含む場合;ならびに/または（2）典型的には哺乳動物細胞の細胞質もしくは核内に見られる条件下（温度を除く）で、RNAi剤の1本の鎖の15ヌクレオチドのストレッチおよび転写物の15ヌクレオチド部分によって形成される二本鎖のTmが、RNA干渉剤の同じ15ヌクレオチドおよびその正確な相補体によって形成される二本鎖のTmよりも約15℃以下低いか、または約10℃以下低い場合;ならびに/または（3）転写物の安定性が、RNA干渉剤の存在下では、それが存在しない場合と比較して低下する場合、RNA干渉剤は、転写物および転写物をコードする遺伝子を「標的とする」と見なされる。いくつかの態様では、転写物を標的とするRNA干渉剤はまた、転写物をコードし、転写物の合成を指示する遺伝子を標的とすると見なされ得る。いくつかの態様では、標的領域は、RNA干渉剤のアンチセンス鎖とハイブリダイズする標的転写物の領域であり得る。いくつかの態様では、標的転写物は、RNA干渉による阻害のための標的である任意のRNAであり得る。
いくつかの態様では、siRNAは、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現を選択的に抑制する。さらに、siRNAのすべてのヌクレオチド配列は、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）のmRNAのヌクレオチド配列から誘導され得るか、またはそれらの一部はそのヌクレオチド配列から誘導され得る。
いくつかの態様では、siRNAはリボヌクレオチドから構成され得、およびその一部は、リボヌクレオチド以外のヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドの誘導体、リボヌクレオチドの誘導体などを含み得る。siRNAは公知の化学合成法によって合成され得るが、その方法は特に限定されない。いくつかの態様では、適切な鋳型核酸を用いて酵素的に（例えばRNAポリメラーゼを用いて）調製し得る。いくつかの態様では、siRNAは、分子内に二本鎖を形成することができる一本鎖RNA、ならびにsiRNA部分をステムとして、および任意の配列をループとして有するステム-ループ構造（短いヘアピン構造:sh構造）の一本鎖RNA（shRNA）の形態であり得る。いくつかの態様では、1～30ヌクレオチド、1～25ヌクレオチド、または5～22ヌクレオチドの配列を任意の配列として使用することができる。
siRNAの配列は、発現を抑制することを所望する遺伝子配列に基づいて適切に設計することができる。多くのsiRNA設計アルゴリズムが報告されており（例えば国際公開公報第2004/0455543号および同第2004/048566号参照）、市販のソフトウェアも使用することができる。さらに、発現を抑制することを所望する遺伝子配列の情報からsiRNAを設計し、合成して提供する多くの企業がある。したがって、当業者は、発現を抑制することを所望する遺伝子配列に基づいてsiRNAを容易に入手することができる。いくつかの態様では、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現を選択的に抑制する任意のsiRNAを作製することができ、または商業的に入手することができる。GCN2を標的とするための例示的なsiRNAとしては、Barnes et al.（2009）J.Biol.Chem.,183:5768-5777;Malmberg and Adams（2008）J.Biol.Chem.,283:19229-19234に記載されているもの、または例えばDharmacon（Lafayette,CO;例えばカタログ番号D-044353-02）から市販されているものが挙げられる。BLIMP-1を標的とするための例示的なsiRNAとしては、Yu et al.（2012） PLoS One,e33287;Yan et al.（2007）PNAS,104:1841-1846）に記載されているもの、または例えばSanta Cruz Biotechnology（CA;例えばカタログ番号sc-37714）から市販されているものが挙げられる。CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）を標的とするための例示的なsiRNAとしては、Kim et al.（2012）Horm Metab Res 45（1）:9-14,Ryder et al.,Biochem Biophys Res Commun.（2013）430（4）:1283-1288に記載されているもの、または例えばThermoFisher Scientificから市販されているもの（例えばカタログ番号AM16708）が挙げられる。AHRまたはARNTを標的とするための例示的なsiRNAとしては、Adelrahim et al.（2003）Mol.Pharmacol.,63:1373-81;Overvik et al.（2014）Cell Communication and Signaling,12:48;Ishida et al.（2010）Carcinogenesis,31:287-295）に記載されているもの、または例えばApplied Biological Materials（Richmond,BC,Canada;カタログ番号iV000726）から市販されているものが挙げられる。ATF4を標的とするための例示的なsiRNAとしては、Armstrong et al.,（2010）J.Biol.Chem.285:6091:6100に記載されているもの、または例えばThermoFisher Scientificから市販されているもの（例えばカタログ番号AM16708）が挙げられる。eIF2αを標的とするための例示的なsiRNAとしては、Fan et al.（2016）Scientific Reports 6:21145,Wang et al.（2015）PLoS ONE 10（6）:e0130806に記載されているもの、または例えばSanta Cruz Biotechnologyから市販されているもの（例えばカタログ番号sc-35272）が挙げられる。
いくつかの態様では、shRNAおよびsiRNAセグメントは、終止配列および/またはポリアデニル化配列をさらに含み得る。
いくつかの態様では、アンチセンスヌクレオチドは、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現を抑制するために使用することができる。いくつかの態様では、アンチセンスヌクレオチドは、例えば、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）のmRNA分子の翻訳を直接妨げることによって、RNA分解酵素HによるmRNAの分解によって、mRNAの5’キャッピングを妨げることによって、5’キャップをマスクすることによって、翻訳因子とmRNAとの結合を防止することによって、またはmRNAのポリアデニル化を阻害することによって、タンパク質の発現を抑制するために使用することができる。いくつかの態様では、タンパク質の発現の抑制は、アンチセンスヌクレオチドと、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）のmRNAとの間のハイブリダイゼーションによって起こり得る。いくつかの態様では、mRNAの安定性を低下させる、またはmRNAを分解するために、mRNA上の特定の標的部位をアンチセンスヌクレオチドの標的として選択する。いくつかの態様では、1つまたは複数の標的部位が同定されると、標的部位と十分に相補的な（すなわち、生理学的条件下で十分におよび十分な特異性でハイブリダイズする）ヌクレオチド配列を有するヌクレオチドを設計することができる。いくつかの態様では、アンチセンスヌクレオチドは、例えば8～100ヌクレオチド、10～80ヌクレオチド、または14～35ヌクレオチドの鎖長を有し得る。
いくつかの態様では、細胞への導入または送達の方法は、遺伝子操作された抗原受容体をコードする核酸を細胞に導入するための上記の方法と同じかまたは類似のものであり得る。いくつかの態様では、細胞、例えばT細胞におけるshRNAまたはsiRNAなどの阻害性核酸の発現は、任意の従来の発現系、例えばレンチウイルス発現系を用いて達成することができる。いくつかの態様では、RNAはウイルスベクターの成分であり得る。いくつかの態様では、ウイルスベクターは、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくは欠乏および/またはキヌレニン媒介免疫抑制によって正に調節されるタンパク質（例えばGCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現を阻害する、またはそのような能力を有するshRNAもしくは他の阻害性核酸をコードするオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、ウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。いくつかの態様では、レンチウイルスベクターは組み込みレンチウイルスベクターである。
いくつかの態様では、適切なプロモーターとしては、例えば、（ヒトおよびマウス）U6プロモーター、（ヒトおよびマウス）H1プロモーター、ならびに（ヒトおよびマウス）7SKプロモーターを含むがこれらに限定されるわけではないRNAポリメラーゼ（pol）IIIプロモーターが挙げられる。いくつかの態様では、例えば異なる種類のRNAポリメラーゼ（pol）IIIプロモーターに由来するエレメントを含むハイブリッドプロモーターも調製することができる。いくつかの態様では、2つまたはそれ以上の天然に存在するプロモーター配列に由来する配列エレメントを含む改変されたプロモーターは、所望のセットの条件下でまたは特定の状況において転写を生じさせるために当業者によって組み合わされ得る。例えば、ヒトおよびマウスのU6 RNAポリメラーゼ（pol）IIIおよびH1 RNA pol IIIプロモーターは十分に特徴付けられている。当業者は、1つまたは複数の遺伝子の発現の調節を最適化するために、所望の用途および細胞型に最も有効なプロモーターを選択および/または改変することができる。いくつかの態様では、プロモーター配列は、それが、例えば哺乳動物細胞などの真核細胞において機能する限り、天然には生じないものであってもよい。
いくつかの態様では、例示的な送達ビヒクルは、ナノ粒子、例えばリポソームまたは他の適切なサブミクロンサイズの送達システムである。いくつかの態様では、細胞への核酸の導入のために脂質製剤の使用が企図される。脂質粒子は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、および任意で粒子の凝集を防ぐ複合脂質から形成され得る、核酸-脂質粒子であり得る。核酸は粒子の脂質部分に封入され得、それによって酵素的分解から保護される。安定な核酸-脂質粒子は、脂質（例えばカチオン性脂質、非カチオン性脂質、および任意で粒子の凝集を防ぐ複合脂質）から作られる粒子であり得、ここで、核酸は脂質内に完全に封入されている。
いくつかの態様では、脂質粒子は、約30nm～約150nm、約40nm～約150nm、約50nm～約150nm、約60nm～約130nm、約70nm～約110nm、約70nm～約100nm、約80nm～約100nm、約90nm～約100nm、約70～約90nm、約80nm～約90nm、約70nm～約80nm、または約30nm、35nm、40nm、45nm、50nm、55nm、60nm、65nm、70nm、75nm、80nm、85nm、90nm、95nm、100nm、105nm、110nm、115nm、120nm、125nm、130nm、135nm、140nm、145nm、または150nmの平均直径を有する。いくつかの態様では、脂質粒子は実質的に非毒性である。いくつかの態様では、核酸は、本発明の脂質粒子中に存在する場合、ヌクレアーゼによる分解に対して水溶液中で耐性であり得る。
いくつかの態様では、脂質粒子は、完全に封入された、部分的に封入された、またはその両方である核酸を提供する。いくつかの態様では、核酸は、脂質粒子に完全に封入されて核酸-脂質粒子を形成する。
いくつかの態様では、ポリエチレングリコール（PEG）-脂質複合体、例えばジアルキルオキシプロピルに結合したPEG（例えばPEG-DAA複合体）、ジアシルグリセロールに結合したPEG（例えばPEG-DAG複合体）、コレステロールに結合したPEG、ホスファチジルエタノールアミンに結合したPEG、およびセラミドに結合したPEG、カチオン性PEG脂質、ポリオキサゾリン（POZ）-脂質複合体（例えばPOZ-DAA複合体）、ポリアミドオリゴマー（例えばATTA-脂質複合体）、ならびにそれらの混合物を含む複合脂質は、脂質粒子の凝集を阻害する。いくつかの態様では、PEGまたはPOZは、脂質に直接結合され得るか、またはリンカー部分を介して脂質に連結され得る。例えば非エステル含有リンカー部分およびエステル含有リンカー部分を含む、PEGまたはPOZを脂質に結合するのに適した任意のリンカー部分を使用することができる。いくつかの態様では、アミドまたはカルバメートなどの非エステル含有リンカー部分が使用される。
いくつかの態様では、両親媒性脂質は、疎水相に配向する疎水性部分と、水相に配向する親水性部分とを有し得る。いくつかの態様では、親水特性は、炭水化物、リン酸塩、カルボン酸基、スルファト基、アミノ基、スルフヒドリル基、ニトロ基、ヒドロキシル基、および他の同様の基などの極性基または荷電基の存在に由来する。いくつかの態様では、疎水性は、長鎖飽和および不飽和脂肪族炭化水素基、ならびに1つまたは複数の芳香族基、脂環式基、または複素環式基によって置換されたそのような基を含むがこれらに限定されるわけではない非極性基を含むことによって付与され得る。両親媒性化合物の例としては、リン脂質、アミノ脂質、およびスフィンゴ脂質が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
リン脂質の代表的な例には、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジン酸、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン、リゾホスファチジルコリン、リゾホスファチジルエタノールアミン、ジパルミトイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリン、ジアステアロイルホスファチジルコリンおよびジリノレオイルホスファチジルコリンが含まれるが、これらに限定されない。リンを欠く他の化合物、例えば、スフィンゴ脂質、グリコスフィンゴリピドファミリー、ジアシルグリセロールおよび（3-アシルオキシ酸などもまた、両親媒性脂質として示される群に含まれる。加えて、上記で記載される両親媒性脂質は、トリグリセリドおよびステロールを含む他の脂質と混合することができる。
いくつかの態様において、中性脂質は、選択されたpHでは非荷電形態または中性の両性イオン形態のどちらかで存在する。いくつかの態様において、生理学的pHで、そのような脂質には、例えば、ジアシルホスファチジルコリン、ジアシルホスファチジルエタノールアミン、セラミド、スフィンゴミエリン、セファリン、コレステロール、セレブロシドおよびジアシルグリセロールが含まれる。
いくつかの態様において、非カチオン性脂質は、任意の両親媒性脂質、同様にまた、任意の他の中性脂質またはアニオン性脂質であり得る。
いくつかの態様において、アニオン性脂質は生理学的pHでは負に帯電する。これらの脂質には、ホスファチジルグリセロール、カルジオリピン、ジアシルホスファチジルセリン、ジアシルホスファチジン酸、N-ドデカノイルホスファチジルエタノールアミン、N-スクシニルホスファチジルエタノールアミン、N-グルタリルホスファチジルエタノールアミン、リシルホスファチジルグリセロール、パルミトイルオレイオルホスファチジルグリセロール（POPG）、および中性脂質に結合される他のアニオン性修飾基が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、疎水性脂質は、長鎖の飽和および不飽和の脂肪族炭化水素基、ならびに1つまたは複数の芳香族基、脂環式基または複素環式基により置換されていてもよいそのような基（これらに限定されない）を含む非極性基を有する。好適な例には、ジアシルグリセロール、ジアルキルグリセロール、N-N-ジアルキルアミノ,1,2-ジアシルオキシ-3-アミノプロパンおよび1,2-ジアルキル-3-アミノプロパンが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、核酸-脂質粒子は、（a）核酸（例えば、干渉RNA）と、（b）粒子に存在する総脂質の約50mol％～約65mol％を構成するカチオン性脂質と、（c）粒子に存在する総脂質の約25mol％～約45mol％を構成する非カチオン性脂質と、（d）粒子に存在する総脂質の約5mol％～約10mol％を構成する、粒子の凝集を抑制するコンジュゲート脂質とを含む。
いくつかの態様において、核酸-脂質粒子は、（a）核酸（例えば、干渉RNA）と、（b）粒子に存在する総脂質の約50mol％～約60mol％を構成するカチオン性脂質と、（c）粒子に存在する総脂質の約35mol％～約45mol％を構成する、リン脂質およびコレステロールまたはそれらの誘導体の混合物と、（d）粒子に存在する総脂質の約5mol％～約10mol％を構成するPEG-脂質コンジュゲートとを含む。
いくつかの態様において、核酸-脂質粒子は、（a）核酸（例えば、干渉RNA）と、（b）粒子に存在する総脂質の約55mol％～約65mol％を構成するカチオン性脂質と、（c）粒子に存在する総脂質の約30mol％～約40mol％を構成するコレステロールまたはその誘導体と、（d）粒子に存在する総脂質の約5mol％～約10mol％を構成するPEG-脂質コンジュゲートとを含む。いくつかの態様において、CRISPR/Casシステムを、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現のノックダウン（例えば、低下または抑制）を、例えば、WO2015/161276に記載されるような方法と類似する方法を使用して行うために使用することができる。CRISPR/Casシステムの例示的な特徴が下記に記載されており、これらの特徴は、分子をコードする遺伝子の破壊または欠失よりはむしろ、当該分子の発現の低下または抑制を、酵素不活性なヌクレアーゼを使用することによって生じさせる際の使用のために適合化することができる。いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子を標的とするガイドRNA（gRNA）、あるいは、プロモーター、エンハンサーまたは他のシス作用もしくはトランス作用の調節領域を、該遺伝子（複数可）の発現を抑制するために、例えば、該遺伝子（複数可）をノックダウンするために、改変Cas9タンパク質または改変Cas9タンパク質を含有する融合タンパク質との組合せで導入することができる。いくつかの態様において、前記Cas9分子は、Cas9分子を不活性にする変異（例えば、点変異）、例えば、Cas9分子切断活性を排除する、または実質的に低下させる変異を含む、酵素不活性なCas9（eiCas9）分子である。いくつかの態様において、eiCas9分子は、直接的にであれ、または間接的にであれ、転写活性化因子タンパク質または転写リプレッサータンパク質に融合される。
いくつかの態様において、遺伝子のプロモーター領域が、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）の発現をノックダウンするために標的とされる。標的とされたノックダウン取り組みにより、機能的な遺伝子産物の発現が低下され、または排除される。いくつかの態様において、標的とされたノックダウンが、遺伝子の転写を変化させるために、例えば、遺伝子の転写を阻止するために、低下させるために、妨げるために、または減少させるために、酵素不活性なCas9（eiCas9）、または、転写リプレッサードメインもしくはクロマチン修飾タンパク質に融合されるeiCas9を標的とすることによって媒介される。遺伝子内または遺伝子付近の標的配列を標的とするgRNAがeiCas9またはeiCas9融合タンパク質によって標的とされるならば、該gRNAにより、機能的な遺伝子産物（例えば、IDO媒介異化によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）など）の発現の低下または排除がもたらされる。いくつかの態様において、転写が低下され、または排除される。
いくつかの態様において、gRNA分子の標的化ドメインは、酵素不活性なCas9（eiCas9）またはeiCas9融合タンパク質（例えば、転写リプレッサードメインに融合されるeiCas9）をゲノムにおける標的配列の十分近くに標的化して、遺伝子の発現を低下させるように、減少させるように、または抑制するように構成される。いくつかの態様において、eiCas9が、遺伝子の転写を変化させるために、例えば、遺伝子の転写を阻止するために、低下させるために、妨げるために、または減少させるために転写リプレッサードメインまたはクロマチン修飾タンパク質に融合される。いくつかの態様において、1つまたは複数のeiCas9が、1つまたは複数の内因性転写因子の結合を阻止するために使用される場合がある。別の態様において、eiCas9をクロマチン修飾タンパク質に融合することができる。クロマチンの状態を変化させることにより、標的遺伝子の低下した発現を生じさせることができる。1つまたは複数のクロマチン修飾タンパク質に融合される1つまたは複数のeiCas9が、クロマチンの状態を変化させるために使用される場合がある。
いくつかの態様において、標的化ドメインは、遺伝子のプロモーター領域を標的として、転写開始、1つもしくは複数の転写エンハンサーもしくは転写活性化因子の結合、および/またはRNAポリメラーゼを阻止するように構成される。1つまたは複数のgRNAを、eiCas9を遺伝子のプロモーター領域に標的化するために使用することができる。
いくつかの態様において、標的化用のCRISPR gRNAと、酵素不活性なヌクレアーゼ（例えば、iCas9またはeiCas9融合タンパク質）との複合体を、CRISPR/Casシステムに関連して下記に記載される方法を含めて、当業者には公知である様々な方法によって細胞に導入することができる。いくつかの態様において、CRISPR gRNAと、酵素不活性なヌクレアーゼ（例えば、iCas9またはeiCas9融合タンパク質）とが、例えば、リボ核タンパク質複合体（RNP）複合体の一過性導入によって細胞に一過性に導入される。いくつかの態様において、gRNAおよび/またはeiCas9をコードする核酸分子が、任意の従来の発現システムを使用して、例えば、レンチウイルス発現システムを使用して細胞に導入される。いくつかの態様において、細胞内への導入または送達の方法は、核酸-タンパク質複合体（例えば、リボ核タンパク質（RNP）複合体など）を細胞に導入するために下記に記載される方法と同じであり得るか、または類似し得る。
いくつかの態様において、遺伝子ノックダウンが、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子を標的とするDNA結合性の標的化されたタンパク質（例えば、ジンクフィンガータンパク質（ZFP）、またはZFPを含有する融合タンパク質など）によって達成される。いくつかの態様において、DNA結合タンパク質（例えば、ZFPなど）は、標的遺伝子の発現を妨げることによって、または阻害することによって標的遺伝子の抑制をもたらすことができる。ZFPを含めて様々なDNA結合タンパク質の例示的な特徴が下記に記載されており、これらの特徴は、分子をコードする遺伝子の破壊または欠失よりはむしろ、当該分子の発現の低下または抑制を、エフェクタータンパク質（例えば、エンドヌクレアーゼ、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）など）を伴わない導入によって生じさせる際の使用のために適合化することができる。
b．発現のノックアウト
いくつかの局面において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子のノックアウト（例えば、破壊など）が、例えば、破壊のために標的とされる領域において遺伝子に特異的に結合する、またはハイブリダイゼーションするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸などを使用して、遺伝子編集によって行われる。いくつかの局面において、前記タンパク質または核酸は、例えば、キメラタンパク質または融合タンパク質などにおいて、遺伝子編集ヌクレアーゼに結合され、または遺伝子編集ヌクレアーゼと複合体化される。例えば、いくつかの態様において、破壊が、DNA標的化タンパク質およびヌクレアーゼ（例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）またはTAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）など）を含む融合物、またはRNA誘導型ヌクレアーゼ（例えば、遺伝子が破壊されることのために特異的な、CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic nucleic acid）-Casシステム、例えばCRISPR-Cas9システムなどを使用して達成される。いくつかの態様において、遺伝子編集は、IDO媒介異化によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子のゲノム破壊またはノックアウトをもたらす。
いくつかの態様において、抑制が、遺伝子に特異的に結合する、またはハイブリダイゼーションするDNA標的化分子（例えば、DNA結合タンパク質またはDNA結合核酸、あるいはDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を含有する複合体、化合物または組成物など）を使用して達成される。いくつかの態様において、DNA標的化分子は、DNA結合ドメイン、例えば、ジンクフィンガータンパク質（ZFP）のDNA結合ドメイン、転写活性化因子様タンパク質（TAL）もしくはTALエフェクター（TALE）のDNA結合ドメイン、CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats）のDNA結合ドメイン、またはメガヌクレアーゼ由来のDNA結合ドメインを含む。
ジンクフィンガー、TALEおよびCRISPRシステムの結合ドメインは、例えば、天然に存在するジンクフィンガータンパク質またはTALEタンパク質の認識らせん領域の操作（1つまたは複数のアミノ酸を変更すること）を介して、所定のヌクレオチド配列に結合するように操作することができる。操作されたDNA結合タンパク質（ジンクフィンガーまたはTALE）は、天然に存在しないタンパク質である。設計のための合理的な評価基準には、既存のZFP設計および/またはTALE設計、ならびに結合データの情報を格納するデータベースにおいて情報を処理するための置換規則およびコンピュータ化アルゴリズムを適用することが含まれる。例えば、米国特許第6,140,081号、同第6,453,242号および同第6,534,261号を参照のこと。国際公開公報WO98/53058、WO98/53059、WO98/53060、WO02/016536およびWO03/016496、ならびに米国特許出願公開第20110301073号および同20140120622号もまた参照のこと。
いくつかの態様において、DNA標的化用の分子、複合体または組合せ物は、DNA結合分子と、1つまたは複数のさらなるドメイン（例えば、遺伝子の抑制または破壊を容易にするためのエフェクタードメインなど）とを含む。例えば、いくつかの態様において、遺伝子の破壊または抑制が、DNA結合タンパク質と、異種の調節ドメインまたはその機能的フラグメントとを含む融合タンパク質によって行われる。いくつかの局面において、ドメインには、例えば、転写因子ドメイン（例えば、活性化因子、リプレッサー、共活性化因子、コリプレッサー、サイレンサー、癌遺伝子、DNA修復酵素ならびにそれらの関連した因子および修飾因子など）、DNA再配列酵素ならびにその関連した因子および修飾因子、クロマチン関連タンパク質およびその修飾因子（例えば、キナーゼ、アセチラーゼおよびデアセチラーゼ）、そして、DNA修飾酵素（例えば、メチルトランスフェラーゼ、トポイソメラーゼ、ヘリカーゼ、リガーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ポリメラーゼ、エンドヌクレアーゼならびにそれらの関連した因子および修飾因子）が含まれる。例えば、DNA結合ドメインおよびヌクレアーゼ切断ドメインの融合物に関する詳細については、米国特許出願公開第20050064474号、同第20060188987号および同第2007/0218528号を参照のこと（これらはその全体での参照により本明細書に組み入れられる）。いくつかの局面において、さらなるドメインがヌクレアーゼドメインである。したがって、いくつかの態様において、遺伝子破壊が、非特異的なDNA切断分子（例えば、ヌクレアーゼなど）に融合される、または非特異的なDNA切断分子（例えば、ヌクレアーゼなど）と複合体化される配列特異的なDNA結合ドメインから構成される操作されたタンパク質（例えば、遺伝子編集ヌクレアーゼ、および遺伝子編集ヌクレアーゼを含有する複合体または融合タンパク質など）を使用して遺伝子編集またはゲノム編集によって促進される。
いくつかの局面において、これらの標的化されたキメラヌクレアーゼまたはキメラヌクレアーゼ含有複合体では、正確な遺伝子改変が、標的となた二本鎖切断または一本鎖切断を誘導し、細胞のDNA修復機構（エラーを起こしやすい非相同末端結合（NHEJ）、および相同性指向修復（HDR）を含む）を刺激することによって行われる。いくつかの態様において、ヌクレアーゼは、エンドヌクレアーゼ（例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALEヌクレアーゼ（TALEN）など）、RNA誘導型エンドヌクレアーゼ（RGEN）（例えば、CRISPR関連（Cas）タンパク質など）、またはメガヌクレアーゼである。
いくつかの態様において、ドナー核酸（例えば、遺伝子操作された抗原受容体をコードするドナープラスミドまたはドナー核酸）が提供され、DSBを導入した後で遺伝子編集の部位においてHDRによって挿入される。したがって、いくつかの態様において、遺伝子の破壊および抗原受容体（例えば、CAR）の導入が同時に行われ、それにより、遺伝子が、CARコード核酸のノックインまたは挿入によって部分的に破壊される。
いくつかの態様において、ドナー核酸は提供されない。いくつかの局面において、DSBを導入した後でのNHEJ媒介修復は、遺伝子破壊を引き起こし得る挿入変異または欠失変異を、例えば、ミスセンス変異またはフレームシフトをもたらすことによって生じさせる。
1）ZFPおよびZFN；TAL、TALE、およびTALEN
いくつかの態様において、DNA標的化分子には、エフェクタータンパク質（例えば、エンドヌクレアーゼなど）に融合されるDNA結合タンパク質（例えば、1つまたは複数のジンクフィンガータンパク質（ZFP）または転写活性化因子様タンパク質（TAL）など）が含まれる。例には、ZFN、TALEおよびTALENが含まれる。Lloyd et al.、Frontiers in Immunology、4（221）、1-7（2013）を参照のこと。
いくつかの態様において、DNA標的化分子は、配列特異的な様式でDNAに結合する1つまたは複数のジンクフィンガータンパク質（ZFP）またはそのドメインを含む。ZFPまたはそのドメインは、1つまたは複数のジンクフィンガー（構造が亜鉛イオンの配位により安定化される結合ドメインの内部に位置するアミノ酸配列の領域）を介して配列特異的な様式でDNAと結合するより大きいタンパク質の内部に位置するタンパク質またはドメインである。ジンクフィンガーDNA結合タンパク質の用語はしばしば、ジンクフィンガータンパク質またはZFPと略される。
ZFPには、個々のフィンガーの集合によって生じる、典型的には長さが9～18ヌクレオチドである特異的なDNA配列を標的とする人工ZFPドメインがある。ZFPには、1つのフィンガードメインが長さにおいておよそ30アミノ酸であり、かつ、1つのベータターンの2つのシステインが亜鉛を介して配位する2つのインバリアントヒスチジン残基を含有するアルファらせんを有し、かつ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つのフィンガーを有するものが含まれる。一般に、ZFPの配列特異性が、アミノ酸置換をジンクフィンガー認識らせんにおける4つのらせん位置（-1、2、3および6）で行うことによって変化を受ける場合がある。したがって、いくつかの態様において、ZFPまたはZFP含有分子は天然に存在しておらず、例えば、最適な標的部位に結合するように操作される。例えば、Beerli et al.（2002）Nature Biotechnol.20:135-141;Pabo et al.（2001）Ann.Rev.Biochem.70:313-340;Isalan et al.（2001）Nature Biotechnol.19:656-660;Segal et al.（2001）Curr.Opin.Biotechnol.12:632-637;Choo et al.（2000）Curr.Opin.Struct.Biol.10:411-416;米国特許第6,453,242号;米国特許第6,534,261号;米国特許第6,599,692号;米国特許第6,503,717号;米国特許第6,689,558号;米国特許第7,030,215号;米国特許第6,794,136号;米国特許第7,067,317号;米国特許第7,262,054号;米国特許第7,070,934号;米国特許第7,361,635号;米国特許第7,253,273号;および米国特許出願公開第2005/0064474号;米国特許出願公開第2007/0218528号;米国特許出願公開第2005/0267061号を参照のこと（これらはすべて、その全体での参照により本明細書に組み入れられる）。
いくつかの局面において、遺伝子の抑制が、遺伝子内の第1の標的部位を第1のZFPと接触させることによって行われ、それにより、該遺伝子が抑制される。いくつかの態様において、遺伝子内の標的部位が、6つのフィンガーと、調節ドメインとを含む融合ZFPと接触され、それにより、該遺伝子の発現が阻害される。
いくつかの態様において、接触させる工程はさらに、遺伝子内の第2の標的部位を第2のZFPと接触させることを含む。いくつかの局面において、第1および第2の標的部位は隣接している。いくつかの態様において、第1および第2のZFPが共有結合によって連結される。いくつかの局面において、第1のZFPは、調節ドメインまたは少なくとも2つの調節ドメインを含む融合タンパク質である。いくつかの態様において、第1および第2のZFPは融合タンパク質であり、この場合、それぞれが調節ドメインを含み、またはそれぞれが少なくとも2つの調節ドメインを含む。いくつかの態様において、調節ドメインは、転写リプレッサー、転写活性化因子、エンドヌクレアーゼ、メチルトランスフェラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼまたはヒストンデアセチラーゼである。
いくつかの態様において、ZFPが、プロモーターに機能的に連結されるZFP核酸によってコードされる。いくつかの局面において、方法はさらに、最初に当該核酸を脂質:核酸複合体で、またはネイクド（naked）核酸として細胞に投与する工程を含む。いくつかの態様において、ZFPが、プロモーターに機能的に連結されるZFP核酸を含む発現ベクターによってコードされる。いくつかの態様において、ZFPが、誘導性プロモーターに機能的に連結される核酸によってコードされる。いくつかの局面において、ZFPが、弱いプロモーターに機能的に連結される核酸によってコードされる。
いくつかの態様において、標的部位は遺伝子の転写開始部位の上流側である。いくつかの局面において、標的部位は遺伝子の転写開始部位に隣接している。いくつかの局面において、標的部位は、遺伝子の転写開始部位の下流側にあるRNAポリメラーゼ休止部位に隣接している。
いくつかの態様において、DNA標的化分子は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）を形成するためにDNA切断ドメインに融合されるジンクフィンガーDNA結合ドメインであり、または該ジンクフィンガーDNA結合ドメインを含む。いくつかの態様において、融合タンパク質は、少なくとも1つのIIS型制限酵素に由来する切断ドメイン（または切断ハーフドメイン）と、操作されていてもよい、または操作されていなくてもよい1つまたは複数のジンクフィンガー結合ドメインとを含む。いくつかの態様において、切断ドメインは、IIS型制限エンドヌクレアーゼのFok Iに由来する。Fok Iは一般には、一方の鎖でのその認識部位から9ヌクレオチドにおいて、かつ、他方の鎖でのその認識部位から13ヌクレオチドにおいて、DNAの二本鎖切断を触媒する。例えば、米国特許第5,356,802号、同第5,436,150号および同第5,487,994号、同様にまた、Li et al.（1992）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:4275-4279;Li et al.（1993）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2764-2768;Kim et al.（1994a）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:883-887;Kim et al.（1994b）J.Biol.Chem.269:31,978-31,982を参照のこと。
いくつかの態様において、ZFNは、IDO媒介異化によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子を標的とする。いくつかの局面において、ZFNは、二本鎖切断（DSB）を、例えば、遺伝子のコード領域における所定の部位において効率的に生じさせる。標的とされる典型的な領域には、エクソン、N末端領域をコードする領域、第1エクソン、第2エクソン、およびプロモーター領域またはエンハンサー領域が含まれる。いくつかの態様において、ZFNの一過性発現は、操作された細胞における標的遺伝子の非常に効率的かつ永続的な破壊を促進させる。具体的には、いくつかの態様において、ZFNの送達により、遺伝子の永久的な破壊が、50％を超える効率でもたらされる。
多くの遺伝子特異的な操作されたジンクフィンガーが市販されている。例えば、Sangamo Biosciences（Richmond、CA、米国）は、Sigma-Aldrich（St.Louis、MO、米国）との連携でジンクフィンガー構築のためのプラットフォーム（CompoZr）を開発しており、これにより、研究者は、ジンクフィンガーの構築および検証を完全に回避することが可能になっており、または、何千ものタンパク質の特異的に標的化されたジンクフィンガーを提供する。Gaj et al.,Trends in Biotechnology,2013,31（7）,397-405。いくつかの態様において、市販のジンクフィンガーが使用され、または特注設計される。（例えば、Sigma-Aldrichのカタログ番号のCSTZFND、CSTZFN、CTI1-1KT、およびPZD0020を参照のこと）。
2）TALEおよびTALEN
いくつかの態様において、DNA標的化分子は、例えば、転写活性化因子様タンパク質エフェクター（TALE）タンパク質の場合などにおける、天然に存在する、または操作された（天然には存在しない）、転写活性化因子様タンパク質（TAL）のDNA結合ドメインを含む。例えば、米国特許出願公開第20110301073号を参照のこと（これはその全体での参照により本明細書に組み入れられる）。
TALEのDNA結合ドメイン、またはTALEは、1つまたは複数のTALE反復ドメイン/ユニットを含むポリペプチドである。反復ドメインが、TALEがその同族標的DNA配列に結合することに関与している。1つの「反復ユニット」（これはまた「反復」と呼ばれる）は典型的には長さが33個～35個のアミノ酸であり、天然に存在するTALEタンパク質の内部に位置する他のTALE反復配列との少なくともある程度の配列相同性を示す。それぞれのTALE反復ユニットが、反復可変二残基（RVD）を構成する1つまたは2つのDNA結合残基を典型的には当該反復の12位および/または13位に含む。これらのTALEがDNA認識するための天然の（規範的）コードが、12位および13位でのHD配列がシトシン（C）への結合をもたらし、NGがTに結合し、NIがAに結合し、NNがGまたはAに結合し、NGがTに結合するように決定されており、また、非規範的な（非定型の）RVDもまた知られている。米国特許出願公開第20110301073号を参照のこと。いくつかの態様において、TALEが、標的DNA配列に対する特異性を有するTALアレイの設計によって任意の遺伝子に対して標的とされる場合がある。標的配列は一般に、チミジンで始まる。
いくつかの態様において、上記分子はDNA結合エンドヌクレアーゼであり、例えば、TALEヌクレアーゼ（TALEN）などである。いくつかの局面において、TALENは、TALEに由来するDNA結合ドメインと、核酸標的配列を切断するためのヌクレアーゼ触媒ドメインとを含む融合タンパク質である。いくつかの態様において、TALEのDNA結合ドメインは、標的抗原および/または免疫抑制分子をコードする遺伝子の内部に位置する標的配列と結合するように操作されている。例えば、いくつかの局面において、TALEのDNA結合ドメインは、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足を感知すること、またはトリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足に応答することに関連する、ならびに/あるいはキヌレニン媒介免疫抑制を感知すること、またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答することに関連するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子を標的とする場合がある。
いくつかの態様において、TALENは遺伝子における標的配列を認識し、切断する。いくつかの局面において、DNAの切断は二本鎖切断をもたらす。いくつかの局面において、この切断により、相同的組換えまたは非相同末端結合（NHEJ）の速度が刺激される。一般に、NHEJは、DNA配列に対する変化を切断部位においてもたらすことが多い不完全な修復プロセスである。いくつかの局面において、修復機構は、2つのDNA末端の残部が、直接の再連結（Critchlow and Jackson,Trends Biochem Sci.1998 Oct;23（10）:394-8）により、または、いわゆるマイクロホモロジー媒介末端結合を介して再結合することが伴う。いくつかの態様において、NHEJを介した修復は小さい挿入または欠失をもたらしており、遺伝子を破壊し、それにより抑制するために使用することができる。いくつかの態様において、修飾は、少なくとも1つのヌクレオチドの置換、欠失または付加である場合がある。いくつかの局面において、切断により誘発される変異誘発事象、すなわち、NHEJ事象に引き続く変異誘発事象が起こった細胞は、当技術分野における周知の方法によって特定および/または選択を行うことができる。
いくつかの態様において、TALE反復が、遺伝子を特異的に標的とするように組み立てられる。（Gaj et al.,Trends in Biotechnology,2013,31（7）,397-405）。18,740個のヒトタンパク質コード遺伝子を標的とするTALENのライブラリーが構築されている（Kim et al.,Nature Biotechnology.31,251-258（2013））。特注設計のTALEアレイが、Cellectis Bioresearch（Paris、フランス）、Transposagen Biopharmaceuticals（Lexington、KY、米国）、およびLife Technologies（Grand Island、NY、米国）から市販されている。GCN2またはBLIMP-1を標的とするTALEヌクレアーゼが知られている（例えば、公開されたWO2015155341を参照のこと）。
いくつかの態様において、TALENが、1つまたは複数のプラスミドベクターによってコードされる導入遺伝子として導入される。いくつかの局面において、プラスミドベクターは、該ベクターを受け取った細胞の特定および/または選択に備える選択マーカーを含有することができる。
3）RGEN（CRISPR/Casシステム）
いくつかの態様において、抑制が、1つまたは複数のDNA結合核酸を使用して行われ（例えば、RNA誘導型エンドヌクレアーゼ（RGEN）を介する破壊など）、または、他の形態の抑制が別のRNA誘導エフェクター分子によって行われる。例えば、いくつかの態様において、抑制が、クラスター化された規則的間隔の短いパリンドローム反復（CRISPR）およびCRISPR関連（Cas）タンパク質を使用して行われる。Sander and Joung,Nature Biotechnology,32（4）:347-355を参照のこと。
一般に、「CRISPRシステム」は、Cas遺伝子をコードする配列、tracr（トランス活性化CRISPR）配列（例えば、tracrRNAまたは活性な部分tracrRNA）、tracrメイト（tracr-mate）配列（これは内因性CRISPRシステムの状況では「同方向反復」およびtracrRNAプロセシングされた部分的な同方向反復を包含する）、ガイド配列（これはまた、内因性CRISPRシステムの状況では「スペーサー」として、または「標的化配列」として示される）、ならびに/あるいはCRISPR遺伝子座からの他の配列および転写物を含めて、CRISPR関連（「Cas」）遺伝子の発現に関与する、またはCRISPR関連（「Cas」）遺伝子の活性を導く転写物および他の要素を総称して示す。
いくつかの態様において、CRISPR/CasヌクレアーゼまたはCRISPR/Casヌクレアーゼシステムは、配列特異的にDNAに結合する非コードRNA分子（ガイド）RNA（gRNA）、およびヌクレアーゼ機能性（例えば、2つのヌクレアーゼドメイン）を有するCasタンパク質（例えば、Cas9）またはその変異体を含む。
いくつかの態様において、CRISPRシステムの1つまたは複数の要素が、I型、II型またはIII型のCRISPRシステムに由来する。いくつかの態様において、CRISPRシステムの1つまたは複数の要素が、内因性CRISPRシステムを含む特定の生物（例えば、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Streptococcus pyogenes）またはスタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）など）に由来する。いくつかの態様において、Cas9ヌクレアーゼ（例えば、スタフィロコッカス・アウレウスまたはストレプトコッカス・ピオゲネスからのmRNAによってコードされるCas9ヌクレアーゼ、例えば、pCW-Cas9、Addgene＃50661、Wang et al.（2014）Science,3:343-80-4;またはApplied Biological Materials（ABM;カナダ）から、K002、K003、K005またはK006のカタログ番号として入手可能な、ヌクレアーゼもしくはニッカーゼ（nickase）のレンチウイルスベクター）と、標的遺伝子（例えば、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子）に対して特異的なガイドRNAとが細胞に導入される。
一般に、CRISPRシステムは、標的配列の部位におけるCRISPR複合体の形成を促進させる要素によって特徴付けられる。いくつかの態様において、標的配列または標的部位は、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子である。例えば、標的配列は、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2をコードする遺伝子の中またはその近くに位置する。典型的には、CRISPR複合体の形成との関連において、「標的配列」は一般には、ガイド配列が相補性を有するように設計される配列（例えば、遺伝子またはゲノム配列）を示し、ただし、標的配列と、ガイド配列との間でのハイブリダイゼーションにより、CRISPR複合体の形成が促進される。ハイブリダイゼーションを引き起こし、CRISPR複合体の形成を促進させるための十分な相補性が存在するならば、完全な相補性は必ずしも要求されない。いくつかの態様において、ガイド配列が、ガイド配列内の二次構造の程度を低下させるように選択される。二次構造が、任意の好適なポリヌクレオチド折り畳みアルゴリズムによって決定され得る。
一般に、ガイド配列は、標的ポリヌクレオチド配列との十分な相補性を有して、標的配列とハイブリダイゼーションし、かつ、標的配列に対するCRISPR複合体の配列特異的な結合を導くポリヌクレオチド配列を含む標的化ドメインを含む。いくつかの態様において、ガイド配列と、その対応する標的配列との間における相補性の程度が、好適なアラインメントアルゴリズムを使用して最適にアラインメントされたときには、約50％もしくは約50％超、約60％もしくは約60％超、約75％もしくは約75％超、約80％もしくは約80％超、約85％もしくは約85％超、約90％もしくは約90％超、約95％もしくは約95％超、約97.5％もしくは約97.5％超、約99％もしくは約99％超、またはそれ以上である。いくつかの例において、gRNAの標的化ドメインは、標的核酸での標的配列（例えば、IDO媒介異化によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子における標的配列など）に対して相補的であり、例えば、少なくとも80％、85％、90％、95％、98％または99％の相補性、例えば、完全な相補性を有する。
最適なアラインメントが、配列をアラインメントするための任意の好適なアルゴリズムの使用により決定される場合があり、その限定されない例には、Smith-Watermanアルゴリズム、Needleman-Wunschアルゴリズム、Burrows-Wheeler変換に基づくアルゴリズム（例えば、Burrows Wheeler Aligner）、ClustalW、Clustal X、BLAT、Novoalign（Novocraft Technologies、ELAND（Illumina、San Diego、Calif.）、SOAP（soap.genomics.org.cnにおいて入手可能）、およびMaq（maq.sourceforge.netにおいて入手可能）が含まれる。いくつかの態様において、ガイド配列は長さが、約5個もしくは約5個超、約10個もしくは約10個超、約11個もしくは約11個超、約12個もしくは約12個超、約13個もしくは約13個超、約14個もしくは約14個超、約15個もしくは約15個超、約16個もしくは約16個超、約17個もしくは約17個超、約18個もしくは約18個超、約19個もしくは約19個超、約20個もしくは約20個超、約21個もしくは約21個超、約22個もしくは約22個超、約23個もしくは約23個超、約24個もしくは約24個超、約25個もしくは約25個超、約26個もしくは約26個超、約27個もしくは約27個超、約28個もしくは約28個超、約29個もしくは約29個超、約30個もしくは約30個超、約35個もしくは約35個超、約40個もしくは約40個超、約45個もしくは約45個超、約50個もしくは約50個超、約75個もしくは約75個超、またはそれ以上のヌクレオチドである。いくつかの態様において、ガイド配列は長さが、約75個未満、約50個未満、約45個未満、約40個未満、約35個未満、約30個未満、約25個未満、約20個未満、約15個未満、約12個未満、またはそれ以下のヌクレオチドである。ガイド配列が標的配列へのCRISPR/Cas複合体の配列特異的な結合を導くことができるかが、任意の適切なアッセイによって評価され得る。例えば、試験されることになるガイド配列を含めて、CRISPR/Cas複合体を形成するために十分なCRISPR/Casシステムの構成成分が、例えば、CRISPR/Cas複合体の構成成分をコードするベクターによるトランスフェクションなどによって、対応する標的配列を有する細胞に提供され得るし、続いて、標的配列内での優先的な切断が、例えば、本明細書において記載されるようなSurveyorアッセイなどによって評価され得る。同様に、標的ポリヌクレオチド配列の切断が、標的配列、CRISPR/Cas複合体の構成成分（試験されることになるガイド配列を含む）、および試験ガイド配列とは異なる対照ガイド配列を提供し、標的配列における結合または切断速度を、試験ガイド配列反応と、対照ガイド配列反応との間で比較することによって試験管において評価され得る。
いくつかの態様において、CasヌクレアーゼおよびgRNA（例えば、標的配列について特異的なcrRNAと、固定されたtracrRNAとの融合体を含む）が細胞に導入される。一般には、gRNAの5'末端での標的部位は、相補的な塩基対形成を使用して、Casヌクレアーゼを標的部位に対して、例えば、遺伝子に対して標的化する。いくつかの態様において、標的部位は、プロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）配列のすぐ5'側でのその場所に基づいて選択され、典型的にはNGGまたはNAGなどである。この点で、gRNAは、ガイドRNAの最初の20ヌクレオチドを改変して、標的DNA配列に対応させることによって所望の配列に対して標的化される。
いくつかの態様において、標的化ドメインに対して相補的な標的核酸が、対象となる遺伝子の初期コード（early coding）領域に位置する。初期コード領域を標的とすることを、対象となる遺伝子をノックアウトするために（すなわち、その発現を排除するために）使用することができる。いくつかの態様において、対象となる遺伝子の初期コード領域は、開始コドン（例えば、AUG）の直後または開始コドンの500 bp以内（例えば、500 bp未満、450 bp未満、400 bp未満、350 bp未満、300 bp未満、250 bp未満、200 bp未満、150 bp未満、100 bp未満または50 bp未満）の配列を含む。いくつかの態様において、標的配列は、遺伝子の開始コドンの200 bp以内、150 bp以内または100 bp以内に位置する。プロモーター領域または転写開始部位近くの領域を標的とすることを、対象となる遺伝子をノックダウンするために（すなわち、その発現を低下させるために）使用することができる。例えば、転写開始部位近くの領域は、転写開始部位の上流側の500 bp以内（例えば、500 bp未満、450 bp未満、400 bp未満、350 bp未満、300 bp未満、250 bp未満、200 bp未満、150 bp未満、100 bp未満または50 bp未満）の領域を含むことができる。いくつかの態様において、標的配列は、プロモーター、エンハンサー、または他のシス作用調節領域もしくはトランス作用調節領域の内部に位置することができる。
エクソン配列および調節領域（プロモーターおよび活性化因子を含む）の配列を含めて、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子を標的とする配列である、または該配列を含むgRNA配列を設計すること、または特定することは、当業者のレベルの範囲内である。CRISPRゲノム編集のための全ゲノムgRNAデータベースが公開されており、これは、ヒトゲノムまたはマウスゲノムにおける遺伝子の構成エクソンにおける例示的な単一ガイドRNA（sgRNA）標的配列を含有する（例えば、http://genescript.com/gRNA-database.htmlを参照のこと。Sanjana et al.（2014）Nat.Methods,11:783-4;http://www.e-crisp.org/E-CRISP/;http://crispr.mit.edu/;https://www.dna20.com/eCommerce/cas9/inputもまた参照のこと）。いくつかの態様において、gRNA配列は、非標的遺伝子に対する、最小限の標的外結合を有する配列であり、またはそのような配列を含む。
gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達、トリプトファン飢餓もしくはトリプトファン不足、および/またはキヌレニン媒介の免疫抑制によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子における例示的な標的配列は公知であり、または設計することができる。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、AHRをコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号24～29に示される。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、ARNTをコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号30～35に示される。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、GCN2をコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号50～55に示される。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、CHOPをコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号56～61に示される。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、ATF4をコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号62～67に示される。gRNAの標的化ドメイン配列に相補的である、eIF2αをコードする遺伝子に対する例示的な標的配列が、配列番号68～73に示される。
いくつかの態様において、CRISPRシステムでは、標的部位における二本鎖切断（DSB）、続いて、本明細書において議論されるような破壊が誘発される。他の態様において、「ニッカーゼ」であると考えられるCas9変異体が、一本鎖を標的部位においてニック切断するために使用される。いくつかの局面において、対になったニッカーゼが、例えば、特異性を改善するために使用され、この場合、ニックが同時に導入されたとき、5'側での突出が導入されるように、それぞれが、一対の異なるgRNAの標的化配列によって導かれる。他の態様において、触媒不活性なCas9が、遺伝子発現に影響を与えるために異種のエフェクタードメイン（例えば、転写リプレッサーまたは転写活性化因子など）に融合される。
いくつかの態様において、破壊は、遺伝子内への配列の挿入を含む。一般に、標的配列を含む標的となる遺伝子座の中への組換えのために使用され得る配列またはテンプレートは、「編集用テンプレート」または「編集用ポリヌクレオチド」または「編集用配列」として示される。いくつかの局面において、外因性のテンプレートポリヌクレオチドが編集用テンプレートとして示されることがある。いくつかの局面において、組換えは相同的組換えである。
典型的には、内因性CRISPRシステムの状況において、（標的配列にハイブリダイゼーションされ、1つまたは複数のCasタンパク質との複合体が形成されるガイド配列を含む）CRISPR複合体の形成により、一方または両方の鎖の切断が標的配列において、または標的配列の近くで（例えば、標的配列から1塩基対、2塩基対、3塩基対、4塩基対、5塩基対、6塩基対、7塩基対、8塩基対、9塩基対、10塩基対、20塩基対、50塩基対またはそれ以上の範囲内で）もたらされる。
いくつかの態様において、野生型tracr配列のすべてまたは一部分（例えば、野生型tracr配列の約20個もしくは約20個超、約26個もしくは約26個超、約32個もしくは約32個超、約45個もしくは約45個超、約48個もしくは約48個超、約54個もしくは約54個超、約63個もしくは約63個超、約67個もしくは約67個超、約85個もしくは約85個超、またはそれ以上のヌクレオチド）を含んでもよく、あるいは、野生型tracr配列のすべてまたは一部（例えば、野生型tracr配列の約20個もしくは約20個超、約26個もしくは約26個超、約32個もしくは約32個超、約45個もしくは約45個超、約48個もしくは約48個超、約54個もしくは約54個超、約63個もしくは約63個超、約67個もしくは約67個超、約85個もしくは約85個超、またはそれ以上のヌクレオチド）からなってもよく、CRISPR複合体の一部を、例えば、ガイド配列に機能的に連結されるtracrメイト配列のすべてまたは一部分に対するtracr配列の少なくとも一部分に沿ったハイブリダイゼーションなどによって形成してもよいtracr配列もまた含まれる場合がある。いくつかの態様において、tracr配列は、ハイブリダイゼーションし、かつ、CRISPR複合体の形成に加わるために、tracrメイト配列に対する十分な相補性を有する。標的配列の場合と同様に、いくつかの態様において、完全な相補性は必ずしも必要でない。いくつかの態様において、tracr配列は、最適にアラインメントされたとき、tracrメイト配列の長さに沿って、少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、95％または99％の配列相補性を有する。
一般に、tracrメイト配列は、（1）tracrメイト配列が隣接するガイド配列が、対応するtracr配列を含有する細胞において切り出されること、および（2）tracr配列にハイブリダイゼーションされるtracrメイト配列を含むCRISPR複合体が標的配列のところで形成されることのうちの1つまたは複数を促進させるために、tracr配列との十分な相補性を有する任意の配列を含む。一般に、相補性の程度は、tracrメイト配列およびtracr配列の最適なアラインメントに関してのもので、これら2つの配列のうちの短い方の長さに沿ったものである。
最適なアラインメントが任意の好適なアラインメントアルゴリズムによって決定される場合があり、また、最適なアラインメントにより、二次構造、例えば、tracr配列またはtracrメイト配列のどちらかの内部における自己相補性などがさらに説明される場合がある。いくつかの態様において、最適にアラインメントされたときの2つの配列のうちの短い方の長さに沿った、tracr配列と、tracrメイト配列との間での相補性の程度が、約25％もしくは約25％超、約30％もしくは約30％超、約40％もしくは約40％超、約50％もしくは約50％超、約60％もしくは約60％超、約70％もしくは約70％超、約80％もしくは約80％超、約90％もしくは約90％超、約95％もしくは約95％超、約97.5％もしくは約97.5％超、約99％もしくは約99％超、またはそれ以上である。いくつかの態様において、tracr配列は長さが、約5個もしくは約5個超、約6個もしくは約6個超、約7個もしくは約7個超、約8個もしくは約8個超、約9個もしくは約9個超、約10個もしくは約10個超、約11個もしくは約11個超、約12個もしくは約12個超、約13個もしくは約13個超、約14個もしくは約14個超、約15個もしくは約15個超、約16個もしくは約16個超、約17個もしくは約17個超、約18個もしくは約18個超、約19個もしくは約19個超、約20個もしくは約20個超、約25個もしくは約25個超、約30個もしくは約30個超、約40個もしくは約40個超、約50個もしくは約50個超、またはそれ以上のヌクレオチドである。いくつかの態様において、tracr配列およびtracrメイト配列は、ただ1つの転写物の内部に含有され、その結果、これら2つの間でのハイブリダイゼーションにより、二次構造（例えば、ヘアピンなど）を有する転写物が生じるようにされる。いくつかの局面において、ヘアピン構造において使用するためのループ形成配列は、長さが4ヌクレオチドであり、配列GAAAを有する。しかしながら、代替配列が使用され得るように、それよりも長いまたは短いループ配列が使用される場合がある。いくつかの態様において、配列は、ヌクレオチドトリプレット（例えば、AAA）と、さらなるヌクレオチド（例えば、CまたはG）とを含む。ループ形成配列の例には、CAAAおよびAAAGが含まれる。いくつかの態様において、転写物または転写されたポリヌクレオチド配列は少なくとも2つまたはそれ以上のヘアピンを有する。いくつかの態様において、転写物は、2つ、3つ、4つまたは5つのヘアピンを有する。さらなる態様において、転写物は、最大でも5つのヘアピンを有する。いくつかの態様において、前記ただ1つの転写物はさらに、転写終結配列、例えば、ポリT配列（例えば、6つのTヌクレオチド）などを含む。
いくつかの態様において、CRISPRシステムの1つまたは複数の要素の発現を行わせる1つまたは複数のベクターが、CRISPRシステムの前記要素の発現が1つまたは複数の標的部位でのCRISPR複合体の形成を導くように細胞に導入される。例えば、Cas酵素、tracrメイト配列に連結されるガイド配列、およびtracr配列がそれぞれ、別個のベクターでの別個の調節エレメントに機能的に連結され得るであろう。代替において、同じまたは異なる調節エレメントから発現される要素の2つ以上が、ただ1つのベクターにおいて組み合わされる場合があり、この場合、1つまたは複数のさらなるベクターにより、第1のベクターに含まれないCRISPRシステムの任意の構成成分が提供される。いくつかの態様において、ただ1つのベクターにおいて組み合わされるCRISPRシステム要素は、任意の好適な配向で配置され得る（例えば、1つの要素が第2の要素に関して5'側に（その上流側に）位置し、または第2の要素に関して3'側に（その下流側に）位置するなど）。1つの要素のコード配列が第2の要素のコード配列の同じ鎖または反対鎖に位置してもよく、また、同じ方向または反対方向で配向されてもよい。いくつかの態様において、ただ1つのプロモーターにより、CRISPR酵素をコードする転写物と、1つまたは複数のイントロン配列の内部に埋め込まれる（例えば、異なるイントロンにそれぞれが、少なくとも1つのイントロンに2つ以上が、または、1つのイントロンにすべてが埋め込まれる）ガイド配列、tracrメイト配列（これはガイド配列に機能的に連結されていてもよい）、およびtracr配列のうちの1つまたは複数とが発現される。いくつかの態様において、CRISPR酵素、ガイド配列、tracrメイト配列およびtracr配列が、同じプロモーターに機能的に連結され、このプロモーターから発現される。
いくつかの態様において、ベクターは1つまたは複数の挿入部位を含み、例えば、制限エンドヌクレアーゼ認識配列（これはまた「クローニング部位」として示される）などを含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の挿入部位（例えば、約1個もしくは約1個超、約2個もしくは約2個超、約3個もしくは約3個超、約4個もしくは約4個超、約5個もしくは約5個超、約6個もしくは約6個超、約7個もしくは約7個超、約8個もしくは約8個超、約9個もしくは約9個超、約10個もしくは約10個超、またはそれ以上の挿入部位）が、1つまたは複数のベクターの1つまたは複数の配列エレメントの上流側および/または下流側に位置する。いくつかの態様において、ベクターは挿入部位をtracrメイト配列の上流側に、また、任意で、該tracrメイト配列に機能的に連結される調節エレメントの下流側に含み、その結果、ガイド配列の挿入配列内への挿入の後で、発現時に、ガイド配列が、標的配列に対するCRISPR複合体の配列特異的な結合を真核生物細胞において導くようにされる。いくつかの態様において、ベクターは2つ以上の挿入部位を含み、この場合、それぞれの挿入部位が、それぞれの部位でのガイド配列の挿入を可能にするように2つのtracrメイト配列の間に位置する。そのような配置において、それら2つ以上のガイド配列は、2コピー以上の単一ガイド配列、2つ以上の異なるガイド配列、またはこれらの組合せを含む場合がある。多数の異なるガイド配列が使用されるときには、ただ1つの発現構築物が、CRISPR活性を細胞内の多数の異なる対応する標的配列に対して標的化するために使用される場合がある。例えば、ただ1つのベクターが、約1個もしくは約1個超、約2個もしくは約2個超、約3個もしくは約3個超、約4個もしくは約4個超、約5個もしくは約5個超、約6個もしくは約6個超、約7個もしくは約7個超、約8個もしくは約8個超、約9個もしくは約9個超、約10個もしくは約10個超、約15個もしくは約15個超、約20個もしくは約20個超、またはそれ以上のガイド配列を含む場合がある。いくつかの態様において、約1個もしくは約1個超、約2個もしくは約2個超、約3個もしくは約3個超、約4個もしくは約4個超、約5個もしくは約5個超、約6個もしくは約6個超、約7個もしくは約7個超、約8個もしくは約8個超、約9個もしくは約9個超、約10個もしくは約10個超、またはそれ以上のそのようなガイド配列含有ベクターが提供され、任意で細胞に送達されることがある。
いくつかの態様において、ベクターは、CRISPR酵素（例えば、Casタンパク質など）をコードする酵素コード配列に機能的に連結される調節エレメントを含む。Casタンパク質の限定されない例には、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9（これはまた、Csn1およびCsx12として知られている）、Cas10、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1、Cse2、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、それらのホモログ、またはそれらの改変型が含まれる。これらの酵素は公知であり、例えば、S. ピオゲネス（S. pyogenes）のCas9タンパク質のアミノ酸配列がSwissProtデータベースにおいてアクセション番号Q99ZW2で見出され得る。いくつかの態様において、非改変型CRISPR酵素はDNA切断活性を有する（例えば、Cas9など）。いくつかの態様において、CRISPR酵素はCas9であり、S. ピオゲネス、S. アウレウス（S. aureus）、またはS. ニューモニエ（S. pneumoniae）に由来するCas9である場合がある。いくつかの態様において、CRISPR酵素は、一方または両方の鎖の切断を標的配列の場所において、例えば、標的配列内および/または標的配列の相補体内などにおいて導く。いくつかの態様において、CRISPR酵素は、一方または両方の鎖の切断を、標的配列の最初または最後のヌクレオチドから約1塩基対、2塩基対、3塩基対、4塩基対、5塩基対、6塩基対、7塩基対、8塩基対、9塩基対、10塩基対、15塩基対、20塩基対、25塩基対、50塩基対、100塩基対、200塩基対、500塩基対、またはそれ以上の範囲内で導く。
いくつかの態様において、ベクターは、変異型CRISPR酵素が、標的配列を含有する標的ポリヌクレオチドの一方または両方の鎖を切断する能力を欠くように、対応する野生型酵素に関して変異されるCRISPR酵素をコードする。例えば、S. ピオゲネスに由来するCas9のRuvC I触媒ドメインにおけるアスパラギン酸からアラニンへの置換（D10A;SEQ ID NO:19）は、Cas9を、両方の鎖を切断するヌクレアーゼからニッカーゼに変換する（一本鎖を切断する）。いくつかの態様において、Cas9ニッカーゼが、ガイド配列（複数可）との組合せで、例えば、DNA標的のセンス鎖およびアンチセンス鎖をそれぞれ標的とする2つのガイド配列との組合せで使用される場合がある。この組合せは、両方の鎖がニック切断され、NHEJを誘導するために使用されることを可能にする。
いくつかの態様において、Cas9または分割型Cas9はエンドヌクレアーゼ活性を欠く。いくつかの態様において、得られたCas9または分割型Cas9は、標的核酸配列（例えば、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足を感知すること、またはトリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足に応答することに関連する、ならびに/あるいはキヌレニン媒介免疫抑制を感知すること、またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答することに関連するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子）の相補的配列を含むように設計されるガイドRNAと共発現される。いくつかの態様において、エンドヌクレアーゼ活性を欠くCas9の発現により、対象となる遺伝子の特異的なサイレンシングまたは低下がもたらされる。このシステムはCRISPR干渉（CRISPRi）と呼ばれる（Qi,Larson et al.2013）。いくつかの態様において、このサイレンシングが転写段階または翻訳段階で生じる場合がある。いくつかの態様において、このサイレンシングが、転写を直接に阻止することによって、例えば、転写伸長を阻止することによって、または任意のプロモーターの内部における重要なシス作用モチーフを標的とし、これにより、それらの同族トランス作用転写因子の会合を立体的に阻止することによって生じる場合がある。いくつかの態様において、エンドヌクレアーゼ活性を欠くCas9は、非機能的なHNHドメインおよびRuvCドメインの両方を含む。いくつかの態様において、Cas9または分割型Cas9のポリペプチドは、RuvC様ドメインおよびHNHドメインの両方の触媒作用残基における不活性化変異を含む。例えば、切断Cas9活性のために要求される触媒作用残基は、S. ピオゲネスのCas9（COG3513-SEQ ID NO:18）のD10、D31、H840、H865、H868、N882およびN891、または、CLUSTALW法をCasファミリーメンバーのホモログに対して使用するアラインメントされた位置が可能である。いくつかの態様において、HNHモチーフまたはRuvCモチーフに含まれる残基は、上記段落で記載される残基であることが可能である。いくつかの態様において、これらの残基のいずれもが、それ以外のアミノ酸のいずれか1つによって、例えば、アラニン残基によって置換され得る。いくつかの態様において、触媒作用残基における変異は、Cas9の触媒ドメインの少なくとも1つの不活性化を引き起こす別のアミノ酸による置換、またはCas9の触媒ドメインの少なくとも1つの不活性化を引き起こすアミノ酸の欠失もしくは付加のどちらをも意味する。
Cas9タンパク質における変異の限定されない様々な例が当技術分野において公知であり（例えば、WO2015/161276を参照のこと）、それらのどれもが、提供された方法に従ってCRISPR/Cas9システムに含まれ得る。
いくつかの態様において、CRISPR酵素をコードする酵素コード配列は、特定の細胞（例えば、真核生物細胞など）における発現のためにコドン最適化される。真核生物細胞は、特定の生物（例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、またはヒト以外の霊長類（これらに限定されない）を含めて、哺乳動物など）の細胞またはそれに由来する細胞である場合がある。一般に、コドン最適化は、核酸配列を対象となる宿主生物における強化された発現のために、生来型配列の少なくとも1つのコドン（例えば、約1個もしくは約1個超、約2個もしくは約2個超、約3個もしくは約3個超、約4個もしくは約4個超、約5個もしくは約5個超、約10個もしくは約10個超、約15個もしくは約15個超、約20個もしくは約20個超、約25個もしくは約25個超、約50個もしくは約50個超、またはそれ以上のコドン）を、生来型のアミノ酸配列を維持しながら、その宿主細胞の遺伝子においてより頻繁に、または最も頻繁に使用されるコドンで置き換えることによって改変するプロセスを示す。様々な種により、特定の偏りが、特定のアミノ酸のある特定のコドンについて示される。コドンの偏り（生物間のコドン使用頻度における違い）は多くの場合、メッセンジャーRNA（mRNA）の翻訳効率と相関しており、なお、これは、とりわけ、翻訳されつつあるコドンの性質および特定の転移RNA（tRNA）分子の利用可能性に依存していると考えられている。選択されたtRNAが細胞において優勢であることが一般には、ペプチド合成において最も頻繁に使用されるコドンの反映である。したがって、遺伝子を、コドン最適化に基づいて、所与の生物における最適な遺伝子発現のために合わせることができる。いくつかの態様において、CRISPR酵素をコードする配列における1つまたは複数のコドン（例えば、1個、2個、3個、4個、5個、10個、15個、20個、25個、50個もしくはそれ以上、またはすべてのコドン）が、特定のアミノ酸についての最も頻繁に使用されるコドンに対応する。
いくつかの態様において、CRISPR酵素は、1つまたは複数の異種タンパク質ドメイン（例えば、CRISPR酵素に加えて、約1個もしくは約1個超、約2個もしくは約2個超、約3個もしくは約3個超、約4個もしくは約4個超、約5個もしくは約5個超、約6個もしくは約6個超、約7個もしくは約7個超、約8個もしくは約8個超、約9個もしくは約9個超、約10個もしくは約10個超、またはそれ以上のドメイン）を含む融合タンパク質の一部である。CRISPR酵素の融合タンパク質は、任意のさらなるタンパク質配列、および、任意で、2つのドメインの間におけるリンカー配列を含む場合がある。CRISPR酵素に融合され得るタンパク質ドメインの例には、限定されないが、エピトープタグ、レポーター遺伝子配列、ならびに、メチラーゼ活性、デメチラーゼ活性、転写活性化活性、転写抑制活性、転写放出因子（transcription release factor）活性、ヒストン修飾活性、RNA切断活性および核酸結合活性のうちの1つまたは複数を有するタンパク質ドメインが含まれる。エピトープタグの限定されない例には、ヒスチジン（His）タグ、V5タグ、FLAGタグ、インフルエンザ赤血球凝集素（HA）タグ、Mycタグ、VSV-Gタグおよびチオレドキシン（Trx）タグが含まれる。レポーター遺伝子の例には、グルタチオン-5-トランスフェラーゼ（GST）、西洋ワサビペルオキシダーゼ（HRP）、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（CAT）ベータ-ガラクトシダーゼ、ベータ-グルクロニダーゼ、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質（GFP）、HcRed、DsRed、シアン蛍光タンパク質（CFP）、黄色蛍光タンパク質（YFP）、および、青色蛍光タンパク質（BFP）を含めて自己蛍光タンパク質が含まれるが、これらに限定されない。CRISPR酵素は、マルトース結合タンパク質（MBP）、S-タグ、Lex A DNA結合ドメイン（DBD）融合物、GAL4A DNA結合ドメイン融合物、および単純ヘルペスウイルス（HSV）BP16タンパク質融合物（これらに限定されない）を含めて、DNA分子と結合する、または他の細胞分子と結合するタンパク質または該タンパク質のフラグメントをコードする遺伝子配列に融合される場合がある。CRISPR酵素を含む融合タンパク質の一部を形成し得るさらなるドメインが米国特許出願公開第20110059502号に記載される（これは参照により本明細書に組み入れられる）。いくつかの態様において、タグ付けされたCRISPR酵素が、標的配列の場所を特定するために使用される。
いくつかの態様において、CRISPR酵素がガイド配列との組合せで（また、任意ではあるが、ガイド配列と複合体化されて）、細胞に送達される。いくつかの態様において、タンパク質成分を本開示に従って細胞に導入するための方法（例えば、Cas9/gRNA RNP）が、物理的送達方法（例えば、エレクトロポレーション、パーティクルガン、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮または細胞圧迫）、リポソームまたはリポソームを介して行われる場合がある。
IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）を、CRISPRを介してノックアウトするための市販のキット、gRNAベクターおよびドナーベクターが、例えば、Santa Cruz Biotechnologyから入手可能であり（例えば、GCN2 CRISPR/Cas9 KOプラスミド、Cat.No.sc-402313;Blimp-1 CRISPR/Cas9 KOプラスミド、Cat.No.sc-400585;ARNT CRISPR/Cas9 KOプラスミド、Cat.No.sc-401039）、また、Origeneから入手可能である（例えば、AHRノックアウトキットおよびgRNAベクター、Cat.No.KN209832;Blimp-1（PRDM1）ノックアウトキットおよびgRNAベクター、Cat.No.KN217363;CHOP（DDIT3）ノックアウトキットおよびgRNAベクター、Cat.No.KN201301;ATF4ノックアウトキットおよびgRNAベクター、Cat.No.202233;ならびにEIF2S1ノックアウトキットおよびgRNAベクター、Cat.No.KN200368）。
いくつかの局面において、標的ポリヌクレオチド、例えば、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子などが、CRISPR複合体が導入される細胞において改変される。いくつかの態様において、方法は、CRISPR複合体が標的ポリヌクレオチドに結合して、前記標的ポリヌクレオチドの切断を生じさせ、それにより、該標的ポリヌクレオチドを改変することを可能にすることを含み、この場合、CRISPR複合体は、前記標的ポリヌクレオチド内の標的配列にハイブリダイゼーションするガイド配列と複合体化されるCRISPR酵素を含み、前記ガイド配列はtracrメイト配列に連結され、なお、tracrメイト配列はtracr配列にハイブリダイゼーションする。
いくつかの態様において、方法は、CRISPR複合体が標的ポリヌクレオチドに結合することを可能にし、その結果、前記結合により、前記ポリヌクレオチドの増大した発現または低下した発現がもたらされるようにすることを含み、この場合、CRISPR複合体は、前記ポリヌクレオチド内の標的配列にハイブリダイゼーションするガイド配列と複合体化されるCRISPR酵素を含み、前記ガイド配列はtracrメイト配列に連結され、なお、tracrメイト配列はtracr配列にハイブリダイゼーションする。
c．作用物質、遺伝子破壊分子をコードする核酸、および複合体の送達
いくつかの局面において、核酸阻害性分子、例えば、RNA干渉分子、DNA標的化分子、その複合体（例えば、Cas9/gRNA RNP）、または組合せなどであるか、またはそれらを含む核酸分子、またはそれらをコードする核酸分子をコードする核酸が、細胞に投与されるか、または細胞に導入される。いくつかの態様において、そのような核酸分子またはその複合体は、当技術分野において周知である方法によって細胞（例えば、T細胞など）に導入することができる。そのような方法には、組換えウイルスベクター（例えば、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス）、リポソームまたはナノ粒子の形態での導入が含まれるが、これに限定されない。いくつかの態様において、方法は、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、粒子照射、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮、細胞圧迫を含むことができる。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、細胞において発現されることを考慮して、ベクター（より具体的にはプラスミドまたはウイルス）に含まれる場合がある。
いくつかの態様において、ウイルスに基づく遺伝子移入方法、およびウイルスに基づかない遺伝子移入方法を、核酸を細胞（例えば、T細胞など）に導入するために使用することができる。そのような方法は、構成成分をコードする核酸を培養中の細胞に、または宿主生物における細胞に投与するために使用することができる。非ウイルスベクターによる送達システムには、DNAプラスミド、RNA（例えば、本明細書において記載されるベクターの転写物）、ネイクド核酸、および送達ビヒクル（例えば、リポソームなど）と複合体化される核酸が含まれる。非ウイルスによる核酸の送達方法には、リポフェクション、ヌクレオフェクション（nucleofection）、マイクロインジェクション、バイオリスティック、ビロソーム、リポソーム、イムノリポソーム、ポリカチオンまたは脂質と核酸とのコンジュゲート、ネイクドDNA、人工ビリオン、およびDNAの媒介因子増強取り込みが含まれる。リポフェクションが、例えば、米国特許第5,049,386号、同第4,946,787号および同第4,897,355号に記載されており、様々なリポフェクション試薬が市販されている（例えば、Transfectam（商標）およびLipofectin（商標））。ポリヌクレオチドの効率的な受容体認識リポフェクションのために好適であるカチオン性脂質および中性脂質には、Felgner、WO91/17424;WO91/16024のカチオン性脂質および中性脂質が含まれる。送達を細胞に対して（例えば、インビトロまたはエクスビボでの投与で）、または標的組織に対して（例えば、インビボ投与で）行うことができる。他の送達ビヒクルには、ポリマー担体、化学的担体、リポプレックス（lipoplex）、ポリプレックス（polyplex）、デンドリマー、ナノ粒子、エマルション、および/または天然のエンドサイトーシス経路もしくは食作用経路を誘発する作用物質が含まれる。
いくつかの態様において、送達は、RNAウイルスまたはDNAウイルスに基づくシステムを核酸の送達のために使用することを介してである。ウイルスベクターによる送達システムには、DNAウイルスおよびRNAウイルスが含まれ、これらは、細胞に送達された後でエピソームゲノムまたは組み込まれたゲノムのどちらかを有する。遺伝子治療手順の総説については、Anderson,Science 256:808-813（1992）;Nabel＆Felgner,TIBTECH 11:211-217（1993）;Mitani＆Caskey,TIBTECH 11:162-166（1993）;Dillon.TIBTECH 11:167-175（1993）;Miller,Nature 357:455-460（1992）;Van Brunt,Biotechnology 6（10）:1149-1154（1988）;Vigne,Restorative Neurology and Neuroscience 8:35-36（1995）;Kremer＆Perricaudet,British Medical Bulletin 51（1）:31-44（1995）;Haddada et al.,in Current Topics in Microbiology and Immunology Doerfler and Bohm（eds）（1995）;およびYu et al.,Gene Therapy 1:13-26（1994）を参照のこと。ウイルスに基づくシステムには、いくつかの態様において、遺伝子移入のためのレトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純ヘルペスウイルスベクターが含まれる。
いくつかの態様において、核酸は、発現ベクターの形態で、例えば、ウイルス発現ベクターなどの形態で投与される。いくつかの局面において、発現ベクターは、レトロウイルス発現ベクター、アデノウイルス発現ベクター、DNAプラスミド発現ベクターまたはAAV発現ベクターである。いくつかの態様において、導入されたベクター（例えば、ウイルスベクターなど）にはまた、遺伝子操作された抗原受容体（例えば、CARなど）をコードする核酸が含まれる。いくつかの態様において、これらの核酸は、当該発現ベクターからの別々の発現の制御のためのプロモーターに機能的に連結される別個の発現カセットにおいて提供され得る。
いくつかの局面において、グルタチオン-5-トランスフェラーゼ（GST）、西洋ワサビペルオキシダーゼ（HRP）、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（CAT）ベータ-ガラクトシダーゼ、ベータ-グルクロニダーゼ、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質（GFP）、HcRed、DsRed、シアン蛍光タンパク質（CFP）、黄色蛍光タンパク質（YFP）、および、青色蛍光タンパク質（BFP）を含めて自己蛍光タンパク質が含まれるが、これらに限定されないレポーター遺伝子が、マーカーとして役立つ遺伝子産物をコードし、それによって、該遺伝子産物の発現の変化または改変を測定するために細胞に導入される場合がある。さらなる態様において、遺伝子産物をコードするDNA分子がベクターを介して細胞に導入される場合がある。いくつかの態様において、遺伝子産物はルシフェラーゼである。さらなる態様において、遺伝子産物の発現が低下される。
いくつかの態様において、遺伝子破壊、例えば、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子のノックダウンまたはノックアウトなどを誘導することができる作用物質が、複合体として、例えば、リボ核タンパク質（RNP）複合体などとして導入される。RNP複合体は、リボヌクレオチドの配列（例えば、RNA分子またはgRNA分子など）と、ポリペプチド（例えば、Cas9タンパク質またはその変異体など）とを含む。いくつかの態様において、Cas9タンパク質は、Cas9タンパク質と、gRNA分子（例えば、特定の遺伝子について標的化されるgRNA）とを含むRNP複合体として送達される。いくつかの態様において、遺伝子について標的化される1つまたは複数のgRNA分子と、Cas9酵素またはその変異体とを含むRNPが、物理的送達（例えば、エレクトロポレーション、パーティクルガン、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮または細胞圧迫）、リポソームまたはナノ粒子を介して細胞に直接に導入される。特定の態様において、RNPは、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2をコードする遺伝子について標的化される1つまたは複数のgRNA分子を含み、Cas9酵素またはその変異体がエレクトロポレーションにより導入される。
いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子のノックアウトの様々な時点での程度を、例えば、作用物質を導入した24時間後～72時間後での程度を、遺伝子破壊を細胞において評価するための多くの周知のアッセイのいずれかを使用して評価することができる。そのようなアッセイは、転写またはタンパク質発現または細胞表面発現のレベルを明らかにすることを含むことができる。
3．条件付きシステム
いくつかの態様において、提供される操作された細胞には、IDO媒介異化によって正方向または負方向に調節されるタンパク質を含めて、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質の条件付き発現（例えば、誘導発現など）をもたらすように改変される細胞が含まれる。いくつかの態様において、IDO媒介異化によって負方向に調節される、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質（例えば、mTORまたはPKCシータ）、またはアミノ酸輸送体（例えば、CD98hc、LAT1、LAT2またはPAT4）の組換え発現、操作された発現、または異所性発現をコードする遺伝子の発現が条件付きである。いくつかの態様において、IDO媒介異化によって正方向に調節されるタンパク質（例えば、GCN2、CHOP、Blimp-1、AHR、ARNT、eIF2α、ATF4、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、IFNγ-R2）をコードする遺伝子の発現の欠失、ノックアウト、破壊、低下、該遺伝子の機能の発現の破壊、該遺伝子の機能のアップレギュレーションの阻害および/または該遺伝子の機能の阻害が条件付きである。いくつかの態様において、遺伝子の条件付き抑制が、シグナル伝達が抗原受容体（例えば、CAR）によって誘導されたとき、血中における検出可能な抗原受容体発現細胞（例えば、CAR-T細胞）が低下または減少したとき、生物学的サンプルにおけるIFN-ガンマまたはTNFαが低下したとき、生物学的サンプルにおいてトリプトファンが低下し、かつ/またはキヌレニンもしくは他のトリプトファン代謝産物が増大したとき、抗原受容体（例えば、CAR）により操作される投与細胞の持続性が低下したとき、ならびに/あるいはそのような細胞が消耗的表現型（例えば、本明細書において記載されるパラメータのいずれかなど）を示したときに開始または誘導される場合がある。いくつかの態様において、条件付き抑制は、増大した曝露期間を示す細胞をもたらすことによって、ならびに/あるいは治療の時間管理および/または投薬量管理を可能にすることによって治療的適用を容易にする場合がある。
いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質の発現または活性は構成的である。いくつかの態様において、そのような発現または活性のうちの1つまたは複数が、条件付きであるように、例えば、1つまたは複数の天然または非天然の事象または分子によって誘導または抑制されるように操作される。
いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質は、誘導エレメントまたは抑制エレメント（例えば、発現の制御を、例えば、転写または翻訳の制御を介して行うための1つもしくは複数のエンハンサーおよび/またはトランス活性化因子もしくはリプレッサーあるいは他の配列または分子など）に機能的に連結される。本明細書において使用される場合、「機能的に連結される」または「機能的に会合する」により、少なくとも2つの配列の機能的な連結への言及が含まれる。例えば、機能的に連結されるにより、プロモーター配列により、第2の配列に対応するDNA配列の転写が開始および媒介される、プロモーターと、第2の配列との間における連結が含まれる。機能的に会合するにより、誘導エレメントまたは抑制エレメントがプロモーターの転写活性化因子として作用する、誘導エレメントまたは抑制エレメントと、プロモーターとの間における連結が含まれる。
いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質の発現は、構成的プロモーター、エンハンサーまたはトランス活性化因子の制御を受けている。いくつかの態様において、発現は、条件付きプロモーター、エンハンサーまたはトランス活性化因子の制御を受けている。いくつかの態様において、条件付きプロモーター、エンハンサーまたはトランス活性化因子は、誘導性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子、抑制性プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子、または組織特異的プロモーター、エンハンサーもしくはトランス活性化因子である。
例示的な組織特異的プロモーターには、心臓、肺、食道、筋肉、腸、乳房、前立腺、胃、膀胱、肝臓、脾臓、膵臓、腎臓、ニューロン、筋細胞、白血球、不死化細胞、新生物細胞、腫瘍細胞、癌細胞、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、直腸、唾液腺、胆嚢、膀胱、気管、喉頭、咽頭、大動脈、動脈毛細血管、静脈、胸腺、下顎リンパ節、腸間膜リンパ節、骨髄、下垂体、甲状腺、副甲状腺、副腎、脳、大脳、小脳、髄質、脳橋、脊髄、坐骨神経、骨格筋、平滑筋、骨、精巣、精巣上体、前立腺、精嚢、陰茎、卵巣、子宮、乳腺、膣、皮膚、眼または視神経において活性であるプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
例示的な細胞特異的プロモーターには、T細胞、例えば、Zhao-Emonet, et al.（2000）J.Gene.Med.,2:416-425において記載されるCD4ミニプロモーター/エンハンサーなどが含まれる。
いくつかの態様において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与するタンパク質の発現は、特定の身体の領域、疾患、活性化状態もしくは組織において見出される、または比較的より高いレベルで見出される1つまたは複数の特定の状態、事象または分子によって条件付きである（例えば、誘導プロモーターまたは他のエレメントなどを介して誘導され、または抑制される）。例えば、いくつかの態様において、プロモーターは、低酸素、グルコース不良状態もしくは他の栄養不良状態、代謝産物（例えば、アミノ酸（例えば、トリプトファン）または核酸または脂質など）における欠乏、腫瘍微小環境の要素、あるいは代謝経路の要素またはその代謝産物もしくはレベルによって誘導性または抑制性であることが可能である。例えば、Cao, et al.（2001）Gene Ther.,8:1357-1362、およびDachs, et al.（2000）Eur.J.Cancer,36:1649-1660、およびGreco et al.,（2002）Gene Ther.,9:1403-1411を参照のこと。いくつかの態様において、発現は、活性化シグナルもしくは活性化経路、または特定の受容体（例えば、サイトカイン受容体または抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）など）を介するシグナル伝達に関して条件付きである。いくつかの態様において、発現が活性化または増殖事象によって調節される。例示的な誘導性システムが、NFκB、NFATまたはNur77によって活性化可能なシステムである。
いくつかの態様において、本明細書において記載される核酸のいずれかの発現が、細胞を調節性因子（例えば、ドキシサイクリン、テトラサイクリンまたはその類似体など）により処理することによって外因的に制御される場合がある。テトラサイクリンの類似体が、例えば、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメチルクロロ-テトラサイクリン、メタサイクリン、ドキシサイクリンおよびミノサイクリンである。
いくつかの態様において、誘導性の転写および/または発現が、トランス活性化因子誘導型プロモーターを前記トランス活性化因子と一緒に使用して実施される場合がある。いくつかの態様において、そのようなトランス活性化因子誘導型プロモーターは、対象となる導入遺伝子または核酸の転写の増強または抑制のための制御エレメントを含む。制御エレメントには、限定されないが、オペレーター、エンハンサーおよびプロモーターが含まれる。いくつかの態様において、トランス活性化因子誘導性プロモーターは、トランス活性化因子に結合したときに転写活性であり、なお、このトランス活性化因子は、特異的な一組の条件のもとで、例えば、化学シグナルの特定の組合せの存在下または非存在下において、例えば、調節性因子によって、例えば、前記列挙から選択される調節性因子によって活性化される。
トランス活性化因子誘導型プロモーターは、トランス活性化因子結合配列（例えば、いくつかのtetオペレーター配列（例えば、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個または10個のtetオペレーター配列）など）を組み込むために改変されている本明細書において言及される任意のプロモーターである場合がある。いくつかの態様において、tetオペレーター配列は縦列をなして存在する。いくつかの態様において、プロモーターはテトラサイクリン応答エレメント（TRE）である。そのような配列は、例えば、U6プロモーター（ヒトU6プロモーターを含む）の遠位配列エレメント（DSE）においてStafおよびOct-1のための機能的な認識部位に取って代わることができる。
発現を調節性因子の存在下で誘導する転写調節因子ドメインの具体的な例には、下記の転写調節因子において見出される転写調節因子ドメインが含まれるが、それらに限定されない:Tet-On転写調節因子;Tet-On改良型転写調節因子およびTet-On 3G転写調節因子、これらのすべてが、Clontech Laboratories（Mountain View、CA）から入手可能である。発現を調節性因子の非存在下で誘導する転写調節因子ドメインの具体的な例には、下記の転写調節因子において見出される転写調節因子ドメインが含まれるが、それらに限定されない:Tet-off転写調節因子およびTet-Off改良型転写調節因子、これらの両方が、Clontech Laboratories（Mountain View、CA）から入手可能である。これらのシステムは、当技術分野において周知である手順、および、当業者にはよく知られているであろう手順に従って適合化することができ、また、使用することができる。
いくつかの態様において、トランス活性化因子誘導型プロモーターは、阻害性核酸分子に機能的に連結される複数のトランス活性化因子結合配列を含む。
トランス活性化因子は、同じ発現ベクターにおいて、または異なる発現ベクターにおいて、トランス活性化因子をコードする配列に機能的に連結される調節性因子依存的プロモーターを含む核酸配列によって提供される場合がある。用語「異なる発現ベクター」は、核酸を送達するための任意のビヒクル（例えば、ウイルス、プラスミド、コスミドまたはトランスポゾン）を含むことが意図される。前記核酸配列における使用のための好適なプロモーターには、例えば、細胞起源、ウイルス起源または合成起源であり得る（例えば、CMV、RSV、PGK、EF1α、NSE、シナプシン、β-アクチン、GFAPなどを起源とし得る）構成的プロモーター、調節されたプロモーター、組織特異的プロモーターまたは遍在的プロモーターが含まれる。
いくつかの態様による例示的なトランス活性化因子が、rtTA2-M2のDNA結合ドメインと、Oct-2Q（Q→A）活性化ドメインとから構成されるrtTA-Oct2トランス活性化因子である。いくつかの態様による別の例示的なトランス活性化因子が、Tetリプレッサータンパク質（大腸菌）のDNA結合ドメインと、Oct-2Q（Q→A）活性化ドメインとから構成されるrtTA-Oct3トランス活性化因子である。両方が特許出願公開WO2007/004062に記載される。
いくつかの態様では、（1）対象となるヌクレオチド配列の発現を阻害することができる転写阻止ドメインと、（2）リガンド結合ドメインとを含有する調節性融合タンパク質（RPR）をコードする単離されたヌクレオチド配列が含まれ、この場合、リガンド結合ドメインと結合することができる同族リガンドが存在すると、融合タンパク質は安定化される。
いくつかの態様において、転写阻止ドメインは、細菌、バクテリオファージ、真核生物または酵母のリプレッサータンパク質に由来する場合がある。いくつかの態様において、転写阻止ドメインは細菌またはバクテリオファージのリプレッサータンパク質に由来し、例えば、TetR、LexA、LacI、TrpR、ArcおよびLambdaCIなどに由来する。いくつかの態様において、転写阻止ドメインは真核生物のリプレッサータンパク質に由来し、例えば、GAL4などに由来する。いくつかの態様において、転写阻止ドメインは、DNAと結合することができるが、該DNAを切断することができない変異型の制限酵素であり、オペレーターは該制限酵素のための認識部位である。いくつかの態様において、例えば、転写阻止ドメインは変異型NotIである。
いくつかの態様において、リガンド結合ドメインは、ステロイド受容体、甲状腺受容体またはレチノイド受容体に由来する。いくつかの態様において、リガンド結合ドメインはエストロゲン受容体に由来し、同族リガンドはエストロゲンである。いくつかの態様において、エストロゲン受容体は1つまたは複数の変異（例えば、T2変異）を含有し、同族リガンドはタモキシフェンである。これらのシステムは、当技術分野において周知である手順、および、当業者にはよく知られているであろう手順に従って適合化することができ、また、使用することができる。
いくつかの態様において、RheoSwitchシステムを、転写を調節するために使用することができる。いくつかの態様において、RheoSwitchシステムはRheoreceptorタンパク質およびRheoactivatorタンパク質を含み、この場合、これらはRSL1リガンドの存在によって活性化され得る。いくつかの態様において、受容体および活性因子は安定な二量体を形成し、応答エレメントに結合し、転写をRSL1リガンドの存在下で開始させる（例えば、「RheoSwitch（登録商標）哺乳動物誘導発現システム」の取扱マニュアル（New England BioLabs（登録商標）Inc.、バージョン1.3、2007年11月;Karzenowski,D. et al.,BioTechiques 39:191-196（2005）;Dai,X. et al.,Protein Expr.Purif 42:236-245（2005）;Palli,S.R. et al.,Eur.J.Biochem.270:1308-1515（2003）;Dhadialla,T.S. et al.,Annual Rev.Entomol.43:545-569（1998）;Kumar,M.B, et al.,J.Biol.Chem.279:27211-27218（2004）;Verhaegent,M.and Christopoulos,T.K.,Annal.Chem.74:4378-4385（2002）;Katalam,A.K., et al.,Molecular Therapy 13:S103（2006）;およびKarzenowski,D. et al.,Molecular Therapy 13:S194（2006）を参照のこと）。
いくつかの態様において、電磁エネルギーを、例えば、WO2014/018423（これは参照により本明細書に組み入れられる）に記載されるシステムおよび方法を含めて、転写を調節するために使用することができる。
いくつかの態様において、RNA転写の制御可能な調節を、リプレッサー結合領域（例えば、哺乳動物のために改変されるようなlacリプレッサー/オペレーターシステムからのリプレッサー結合領域など）を含むことによって達成することができる。Hu and Davidson（1987）、およびKozak（1986）を参照のこと。
いくつかの態様において、導入された核酸（例えば、阻害性作用物質である核酸、または阻害性作用物質をコードする核酸など）を、例えば、部位特異的な組換え方法を使用することなどによって、宿主ゲノムにおけるその組み込みに続いて除くことができる。いくつかの態様において、阻害性作用物質（例えば、CRISPR、gRNA、Cas、ZFP、ZFN、TALE、TALEN、RNAi、siRNA、shRNA、miRNA、アンチセンスRNAおよび/またはリボザイムであるか、あるいはそれらをコードする核酸など）が、組換え部位配列（例えば、loxPなど）の間に配置される。いくつかの態様において、核酸は、部位特異的なリコンビナーゼによって媒介される組換えのための少なくとも1つ（典型的には2つ）の部位を含む。いくつかの態様において、部位特異的リコンビナーゼにより、DNAフラグメントの導入またはより長いDNA分子からの切り取りが触媒される。いくつかの態様において、これらの酵素は、認識および組換えの両方のために役立つ比較的短い特有の核酸配列を認識する。いくつかの態様において、組換え部位は短い逆方向反復（長さが、6塩基対、7塩基対または8塩基対である）を含有しており、DNA結合エレメントの長さは、およそ約11 bpから約13 bpまでの長さであることが可能である。
いくつかの態様において、ベクターは、広範囲の様々な部位特異的リコンビナーゼのいずれかのための1つまたは複数の組換え部位を含む場合がある。部位特異的リコンビナーゼのための標的部位は、ウイルス（例えば、レンチウイルス）のゲノムが組み込まれるために要求される任意の部位（複数可）に加えてであることが理解されなければならない。いくつかの態様において、核酸は、Cre、XerD、HP1およびFlpからなる群より選択されるリコンビナーゼ酵素のための1つまたは複数の部位を含む。これらの酵素およびそれらの組換え部位は当技術分野において周知である（例えば、Sauer et al.,1989,Nucleic Acids Res.,17:147;Gorman et al.,2000,Curr.Op.Biotechnol,11 :455;O’Gorman et al.,1991,Science,251:1351;Kolb,2002,Cloning Stem Cells,4:65;Kuhn et al.,2002,Methods MoI.Biol,180:175を参照のこと）。
いくつかの態様において、これらのリコンビナーゼにより、2つの34 bpの認識部位（それぞれ、loxPおよびFRT）の間における保存的なDNA組換え事象が触媒される。いくつかの態様において、プロモーターエレメントに機能的に連結される異種核酸配列を2つのloxP部位の間に設置すること（そのような場合、配列は「flox」化される）により、阻害性作用物質（例えば、本明細書において記載される阻害性作用物質のいずれかなど）をコードする導入された核酸の細胞内移入後での制御された発現が可能となる。Creの発現を細胞内において誘導することによって、異種核酸配列が切り取られ、したがって、これにより、さらなる転写が妨げられ、かつ/または該配列の発現が効果的に排除される。いくつかの態様は、Cre媒介の遺伝子活性化を含み、この場合には、異種遺伝子または内因性遺伝子のどちらもが、例えば、阻害性エレメントまたはポリアデニル化部位を除くことによって活性化され得る。
上記のように、異種核酸配列をloxP部位の間に配置することにより、細胞内移入後における異種配列の制御された発現が可能となる。Cre発現を細胞内において誘導することによって、異種核酸配列が切り取られ、したがって、これにより、さらなる転写が妨げられ、かつ/または該配列の発現が効果的に排除されることが可能である。Cre発現が様々な方法のいずれかで誘導され得る。例えば、Creが誘導性プロモーターの制御下において細胞に存在する場合があり、Cre発現が、プロモーターを活性化することによって誘導される場合がある。代替において、または加えて、Cre発現が、Creの発現を導く発現ベクターを細胞に導入することによって誘導される場合がある。任意の好適な発現ベクターを使用することができ、これには、ウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクターまたはアデノウイルスベクターなど）が含まれるが、これらに限定されない。表現「Cre発現を誘導する」は、本明細書において使用される場合、細胞内における増大したレベルのCreをもたらす任意のプロセスを示す。
2つのloxP部位を含むレンチウイルス移入プラスミドが、2つのloxP部位を含む標準的ベクターがそのために使用され得る任意の用途において有用である。例えば、選択マーカーがloxP部位の間に配置される場合がある。このことは、多数の遺伝子をただ1つの細胞（またはその子孫）に逐次的に標的化すること、また繰り返し標的化することを可能にする。flox化された選択マーカーを含む移入プラスミドが細胞に導入された後、安定なトランスフェクタントが選択される場合がある。安定なトランスフェクタントが単離された後、マーカーをCreの誘導によって切り取ることができる。マーカーはその後、第2の遺伝子を前記細胞またはその子孫に対して標的化するために使用される場合がある。移入プラスミドに由来するレンチウイルスゲノムを含むレンチウイルス粒子が、同じ様式で使用される場合がある。
いくつかの態様において、移入プラスミドおよびレンチウイルス粒子が、構成的、条件付き、可逆的または組織特異的な発現を細胞、組織または生物において達成するために使用される場合がある。いくつかの態様では、転写物を細胞において可逆的に発現させる方法であって、（i）異種核酸を含み、該異種核酸が部位特異的リコンビナーゼのための部位の間に位置するレンチウイルスベクターを細胞に送達すること、および（ii）部位特異的リコンビナーゼの発現を細胞内において誘導し、それにより、転写物の合成をそれらの細胞の内部において妨げることを含む方法が含まれる。いくつかの態様によれば、部位特異的リコンビナーゼをコードする核酸が誘導性プロモーターに機能的に連結され、誘導する工程は、該プロモーターを上記のように誘導することを含む。
D．遺伝子操作のためのベクターおよび方法
組換え受容体をコードする核酸分子、ならびに/あるいは、細胞において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足を感知すること、またはトリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足に応答することに関連する、ならびに/あるいはキヌレニン媒介免疫抑制を感知すること、またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答することに関連するタンパク質をコードする核酸分子、あるいは、細胞において、IDO媒介の免疫抑制シグナル伝達に関与する、トリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足を感知すること、またはトリプトファン飢餓もしくはトリプファン不足に応答することに関連する、ならびに/あるいはキヌレニン媒介免疫抑制を感知すること、またはキヌレニン媒介免疫抑制に応答することに関連するタンパク質の発現を調節する作用物質をコードする核酸分子の導入が、多くの公知のベクターのいずれかを使用して行われる場合がある。そのようなベクターには、レンチウイルスおよびガンマレトロウイルスのシステム、同様にまた、トランスポゾンに基づくシステム（例えば、PiggyBacまたはSleeping Beautyに基づく遺伝子移入システムなど）を含めて、ウイルスシステムおよび非ウイルスシステムが含まれる。例示的な方法には、ウイルス（例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルス）による形質導入、トランスポゾンおよびエレクトロポレーションによる方法を含めて、受容体をコードする核酸を移入するための様々な方法が含まれる。
いくつかの態様において、遺伝子移入が、最初に細胞を刺激することによって、例えば、細胞を、例えば、サイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるような応答（例えば、増殖、生存および/または活性化など）を誘発する刺激と一緒にし、続いて、活性化された細胞への形質導入を行い、そして、培養での拡大を臨床適用のために十分な数にまで行うことなどによって達成される。
いくつかの態様において、遺伝子移入の前または期間中に、細胞は、本明細書において記載されるような調節剤をどのようなものであっても含めて、トリプトファン代謝経路の調節剤（例えば、キヌレニン経路調節剤など）の存在下でインキュベーションされ、または培養される。いくつかの態様において、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン調節剤（例えば、IDO1阻害剤）が、細胞製造プロセスの期間中に、例えば、CAR-T細胞を操作する期間中に加えられる。いくつかの局面において、調節剤の存在は、産生される細胞の集団の特性を改善することができる。いくつかの局面において、調節剤（例えば、IDO1阻害剤）は細胞の増殖または拡大を増大させる場合があり、あるいは、1つまたは複数のシグナル伝達経路を変化させ、それにより、実質的な拡大および/またはエフェクター機能を示すにもかかわらず、あまり分化していない、またはあまり活性化されていない表面表現型を有する細胞をもたらす場合がある。
いくつかの状況において、刺激性因子（例えば、リンホカインまたはサイトカイン）の過剰発現は対象にとって毒性である場合がある。したがって、いくつかの状況において、操作された細胞は、細胞をインビボにおいて（例えば、養子免疫療法において投与されたときなどに）陰性選択に対して感受性にする遺伝子セグメントを含む。例えば、いくつかの局面において、細胞は、該細胞が投与される患者のインビボ条件における変化の結果として排除され得るように操作される。陰性選択可能な表現型が、投与された作用物質（例えば、化合物）に対する感受性を付与する遺伝子の挿入から生じる場合がある。陰性選択可能な遺伝子には、ガンシクロビル感受性を付与する単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ（HSV-I TK）遺伝子（Wigler et al.,Cell II:223,1977）;細胞のヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（HPRT）遺伝子、細胞のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（APRT）遺伝子、細菌のシトシンデアミナーゼ（Mullen et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89:33（1992））が含まれる。
いくつかの態様において、組換え核酸が、組換え感染性ウイルス粒子（例えば、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス（AAV）に由来するベクターなど）を使用して細胞に移入される。いくつかの態様において、組換え核酸が、組換えのレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター（例えば、ガンマ-レトロウイルスベクターなど）を使用してT細胞に移入される（例えば、Koste et al.（2014）Gene Therapy 2014 Apr 3.doi:10.1038/gt.2014.25;CARlens et al.（2000）Exp Hematol 28（10）:1137-46;Alonso-Camino et al.（2013）Mol Ther Nucl Acids 2,e93;Park et al.,Trends Biotechnol.2011 November 29（11）:550-557を参照のこと）。
いくつかの態様において、レトロウイルスベクターは長末端反復配列（LTR）を有する（例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）、脾臓フォーカス形成ウイルス（SFFV）またはアデノ関連ウイルス（AAV）に由来するレトロウイルスベクター）。ほとんどのレトロウイルスベクターがマウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様において、レトロウイルスには、任意の鳥類細胞供給源または哺乳動物細胞供給源に由来するレトロウイルスが含まれる。レトロウイルスは典型的には両向性であり、このことは、レトロウイルスは、ヒトを含めて数種の生物種の宿主細胞に感染することができることを意味している。1つの態様において、発現されることになる遺伝子が、レトロウイルスのgag配列、pol配列および/またはenv配列に取って代わる。いくつかの例示的なレトロウイルスシステムが記載されている（例えば、米国特許第5,219,740号、同第6,207,453号、同第5,219,740号;Miller and Rosman（1989）BioTechniques 7:980-990;Miller,A.D.（1990）Human Gene Therapy 1:5-14;Scarpa et al.（1991）Virology 180:849-852;Burns et al.（1993）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037;およびBoris-Lawrie and Temin（1993）Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109）。
レンチウイルス形質導入の様々な方法が公知である。例示的な方法が、例えば、Wang et al.（2012）J.Immunother.35（9）:689-701;Cooper et al.（2003）Blood.101:1637-1644;Verhoeyen et al.（2009）Methods Mol Biol.506:97-114;およびCavalieri et al.（2003）Blood.102（2）:497-505に記載される。
いくつかの態様において、組換え核酸がエレクトロポレーションによりT細胞に移入される（例えば、Chicaybam et al,（2013）PLoS ONE 8（3）:e60298、およびVan Tedeloo et al.（2000）Gene Therapy 7（16）:1431-1437を参照のこと）。いくつかの態様において、組換え核酸が転位によりT細胞に移入される（例えば、Manuri et al.（2010）Hum Gene Ther 21（4）:427-437;Sharma et al.（2013）Molec Ther Nucl Acids 2,e74;およびHuang et al.（2009）Methods Mol Biol 506:115-126を参照のこと）。遺伝物質を免疫細胞において導入し、発現させる他の方法には、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えば、Current Protocols in Molecular Biology（John Wiley＆Sons、New York、N.Y.）に記載されるようなリン酸カルシウムトランスフェクション）、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介のトランスフェクション、タングステン粒子によって促進される微小粒子照射（Johnston,Nature,346:776-777（1990））、およびリン酸ストロンチウムDNA共沈殿（Brash et al.,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034（1987））が含まれる。
組換え産物をコードする核酸を移入するための他の取り組みおよびベクターが、例えば、国際特許出願公開番号WO2014055668および米国特許第7,446,190号に記載される取り組みおよびベクターである。
いくつかの態様において、細胞、例えば、T細胞は、拡大期間中または拡大後のどちらかで、例えば、T細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）によるトランスフェクションが行われる場合がある。所望の受容体の遺伝子を導入するためのこのトランスフェクションを、例えば、任意の好適なレトロウイルスベクターを用いて行うことができる。遺伝子改変された細胞集団はその後、最初の刺激（例えば、抗CD3/抗CD28刺激）から解放し、続いて、第2のタイプの刺激により、例えば、新たに導入された受容体を介して刺激することができる。この第2のタイプの刺激には、ペプチド/MHC分子、遺伝子導入された受容体の同族（架橋性）リガンド（例えば、CARの天然リガンド）、または（例えば、受容体内の定常領域を認識することによって）新しい受容体のフレームワークの内部に直接に結合する任意のリガンド（例えば、抗体など）の形態での抗原性刺激が含まれる場合がある。例えば、Cheadle et al,“Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy”Methods Mol Biol.2012;907:645-66、またはBarrett et al.、Chimeric Antigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine Vol.65:333-347（2014）を参照のこと。
いくつかの場合において、細胞（例えば、T細胞）が活性化されることを必要としないベクターが使用されることがある。いくつかのそのような例において、細胞は、選択および/または形質導入が活性化に先立って行われることがある。したがって、細胞は、該細胞を培養する前に、または培養した後で、そのうえ、いくつかの場合には該培養の少なくとも一部と同時に、またはその期間中に操作されることがある。
いくつかの局面において、細胞はさらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように操作される。さらなる核酸、例えば、導入のための遺伝子には、治療の活性またはアウトカムを、例えば、移入された細胞の生存性および/または機能を促進することなどによって改善するための核酸;細胞の選択および/または評価のための遺伝子マーカーを提供するための遺伝子、例えば、インビボでの生存または局在化を評価するためなどの遺伝子;安全性を、例えば、Lupton S.D. et al.,Mol.and Cell Biol.,11:6（1991）、およびRiddell et al.,Human Gene Therapy 3:319-338（1992）によって記載されるように細胞をインビボでの陰性選択に対して感受性にすることによって改善するための遺伝子が挙げられる。また、優勢な陽性選択マーカーを陰性選択マーカーと融合することから得られる二官能性の選択可能な融合遺伝子の使用を記載する、LuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公開公報もまた参照のこと。例えば、Riddellら、米国特許第6,040,177号、第14欄～第17欄を参照のこと。
V．製造品およびキット
提供されたトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えば、IDO1阻害剤）と、免疫療法のための構成成分（例えば、抗体またはその抗原結合フラグメント）またはT細胞療法（例えば、操作された細胞）ならびに/あるいはその組成物とを含有するキットおよび製造品もまた提供される。製造品は、容器と、容器表面の、または容器に付随するラベルまたは添付文書とを含む場合がある。好適な容器には、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、IV溶液バッグなどが含まれる。容器は様々な材料（例えば、ガラスまたはプラスチックなど）から形成されてもよい。容器はいくつかの態様において、単独での組成物、あるいは前記状態の治療、防止および/または診断のために効果的な別の組成物と組み合わされる組成物を保持する。いくつかの態様において、容器は無菌アクセスポートを有する。例示的な容器には、注射用ニードルによって突き刺すことができる栓を有するものを含めて、静脈内溶液バッグ、バイアル、あるいは、経口投与剤のためのボトルまたはバイアルが含まれる。ラベルまたは添付文書は、組成物が、疾患または状態を治療するために使用されることを示す場合がある。製造品は、（a）免疫療法（例えば、T細胞療法）のために使用される抗体または操作された細胞を含む組成物が含有される第1の容器と、（b）第2の作用物質（例えば、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えば、IDO1阻害剤）などを含む組成物が含有される第2の容器とを含む場合がある。製造品はさらに、組成物が、特定の状態を治療するために使用され得ることを示す添付文書を含む場合がある。代替において、または加えて、製造品はさらに、薬学的に許容され得る緩衝液を含む別の容器または同じ容器を含む場合がある。製造品はさらに、他の材料、例えば、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、ニードルおよび/またはシリンジなどを含む場合がある。
いくつかの態様において、キットまたは製造品は、操作された細胞、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、組合せ物、組成物、ポリヌクレオチド、一組のポリヌクレオチド、一組のポリヌクレオチドを含有する組成物、ベクター、一組のベクター、一組のベクターを含有する組成物、キット、さらなる治療剤、診断および/または評価のために使用される作用物質、ならびに/あるいは細胞を免疫療法用に操作するために使用される作用物質のうちのいずれかを含む。
いくつかの態様において、キットまたは製造品はさらに、併用療法、例えば、免疫療法（例えば、T細胞療法、例えば、CAR-T細胞療法など）、ならびに/あるいはトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を施すための説明書を含有する。いくつかの態様において、キットまたは製造品はさらに、併用療法についての適合性を判定するための、併用療法による治療について、および/または併用療法を継続することについて対象を特定するためのスクリーニング工程および/または評価工程、ならびに/あるいは、治療結果の評価および/または治療結果のモニタリングのための工程を含有する。
VI．定義
別途定義される場合を除き、本明細書において使用されるすべての専門用語、表記法、ならびに他の技術用語および科学用語または用語法は、請求項に記載された主題が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有することが意図される。いくつかの場合には、一般に理解されている意味を有する用語が、明快さのために、かつ/または即座の参照のために本明細書において定義されており、そして、そのような定義が本明細書に含まれることは、当技術分野において一般に理解されていることを超える実質的な違いを表すように必ずしも解釈されなければならないことはない。
用語「薬学的製剤」は、調製物であって、該調製物に含有される有効成分の生物学的活性が効果的であることを可能にするような形態であり、かつ、製剤が投与されるであろう対象に対して許容できないほどに毒性であるさらなる成分を何ら含有しない調製物を示す。
用語「ベクター」は、本明細書において使用される場合、連結される別の核酸を増やすことができる核酸分子を示す。この用語には、自己複製する核酸構造物としてのベクター、同様にまた、導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターが含まれる。ある種のベクターは、機能的に連結される核酸の発現を導くことができる。そのようなベクターは本明細書において「発現ベクター」として示される。ベクターには、ウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクター（例えば、ガンマレトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクター）などが挙げられる。
用語「宿主細胞」、用語「宿主細胞株」および用語「宿主細胞培養物」は交換可能に使用され、外因性核酸が導入されている細胞を、そのような細胞の子孫を含めて示す。宿主細胞には、「形質転換体」および「形質転換（された）細胞」が含まれ、これらには、初代形質転換細胞、および、継代数に関係なく、初代形質転換細胞に由来する子孫が含まれる。子孫は、核酸の内容において親細胞と完全に同一でなくてもよく、変異を含有する場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニングされた、または選択されたのと同じ機能または生物学的活性を有する変異子孫が本明細書において含まれる。
本明細書において使用される場合、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陽性」であると述べられることは、特定のマーカー（典型的には表面マーカー）が細胞表面または細胞において検出可能に存在していることを示す。表面マーカーが言及されるとき、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体を用いて染色し、前記抗体を検出することによって検出されるような表面発現の存在を示し、この場合、染色が、イソタイプの一致する対照を、それ以外の点では同一の条件のもとで用いる、同じ手順を行って検出される染色を実質的に超えるレベルでフローサイトメトリーによって検出可能であり、かつ/またはマーカーについて陽性であることが知られている細胞についてのレベルと実質的に類似するレベルであり、かつ/またはマーカーについて陰性であることが知られている細胞についてのレベルよりも実質的に高いレベルである。
本明細書において使用される場合、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陰性」であると述べられることは、特定のマーカー（典型的には表面マーカー）が細胞表面または細胞において実質的に検出可能に存在していることが認められないことを示す。表面マーカーが言及されるとき、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体を用いて染色し、前記抗体を検出することによって検出されるような表面発現の非存在を示し、この場合、染色が、イソタイプの一致する対照を、それ以外の点では同一の条件のもとで用いる、同じ手順を行って検出される染色を実質的に超えるレベルでフローサイトメトリーによって検出されず、かつ/またはマーカーについて陽性であることが知られている細胞についてのレベルよりも実質的に低いレベルであり、かつ/またはマーカーについて陰性であることが知られている細胞についてのレベルと比較して実質的に類似するレベルである。
本明細書において使用される場合、「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」および「同一性パーセント」は、アミノ酸配列（参照ポリペプチド配列）に関して使用されるときには、最大の配列同一性パーセントを達成するように配列をアライメントし、必要ならば、ギャップを導入した後、かつ、どのような保存的置換も配列同一性の一部として考慮せずに、参照ポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である候補配列（例えば、対象となる抗体またはフラグメント）におけるアミノ酸残基の百分率として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するためのアライメントを、当技術分野における技量の範囲内にある様々な方法で、例えば、公開されているコンピュータソフトウェア（例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGNまたはMegalign（DNASTAR）のソフトウェアなど）を使用して達成することができる。当業者は、最大のアライメントを比較されている配列の全長にわたって達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含めて、配列をアライメントするための適切なパラメータを決定することができる。
本明細書において使用される場合、単数形である「1つの（a）」、「1つの（an）」および「その（the）」は、文脈がそうでないことを明確に示す場合を除き、複数形の言及物を包含する。例えば、「1つの（a）」または「1つの（an）」は、「少なくとも1つ」または「1つまたは複数」を意味する。本明細書において記載される様々な局面および変形は、様々な局面および変形「からなる」こと、ならびに/あるいは様々な局面および変形「から本質的になる」ことを包含することが理解される。
本開示の全体を通して、請求項に記載される主題の様々な局面が範囲形式で示される。範囲形式での記載は単に便宜および簡潔性のためであり、請求項に記載される主題の範囲に関して柔軟性のない限定として解釈してはならないことを理解しなければならない。したがって、範囲の記載は、可能な部分範囲、同様にまた、その範囲に含まれる個々の数値をすべて具体的に開示していると見なされなければならない。例えば、値の範囲が与えられる場合、その範囲の上限と、下限との間におけるそれぞれの中間の値、およびその指定された範囲における任意の他の指定された値または中間の値が、請求項に記載される主題の範囲内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限がこれらのより小さい範囲に独立して含まれてもよく、これらもまた、指定された範囲における任意の具体的に除外された限界点に従うことを条件にして、請求項に記載される主題の範囲内に包含される。指定された範囲が限界点の一方または両方を含む場合、そのような含まれた限界点のどちらかまたは両方を除外する範囲もまた、請求項に記載される主題の範囲内に含まれる。このことは、範囲の広さにかかわらず、当てはまる。
用語「約」は、本明細書において使用される場合、この技術分野における当業者には容易に理解されるそれぞれの値についての通常の誤差範囲を示す。「約」を伴って値またはパラメータが本明細書において示される場合、その値またはパラメータそのものに向けられる態様が含まれる（記載される）。例えば、「約X」が示される記載では、「X」の記載が含まれる。
本明細書において使用される場合、組成物は、細胞を含めて、2つ以上の製造物、物質または化合物の混合物をどのようなものであっても示す。組成物は、溶液、懸濁物、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはそれらの任意の組合せであり得る。
「薬学的に許容され得る担体」は、対象にとって非毒性である、有効成分以外の薬学的製剤における成分を示す。薬学的に許容され得る担体には、緩衝液、賦形剤、安定剤または保存剤が含まれるが、それらに限定されない。
本明細書において使用される場合、「対象」は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは他の動物などであり、典型的にはヒトである。いくつかの態様において、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤、操作された細胞、または組成物が投与される対象（例えば、患者）は哺乳動物であり、典型的には霊長類であり、例えば、ヒトなどである。いくつかの態様において、霊長類はサルまたは類人猿である。対象は雄性または雌性であることが可能であり、乳幼児期、若年期、青年期、成体期および老齢期の対象を含めて任意の好適な年齢であることが可能である。いくつかの態様において、対象は霊長類以外の哺乳動物であり、例えば、齧歯類などである。
本明細書において使用される場合、「治療」（およびその文法上の変形、例えば、「治療する（treat）」または「治療する（treating）」など）は、疾患もしくは状態もしくは障害、あるいはそれに伴う症状、有害な影響もしくは結果、または表現型の完全または部分的な改善または軽減を示す。治療の望ましい影響には、疾患の発生または再発を防止すること、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的結果を軽減すること、転移を防止すること、疾患進行の速度を低下させること、疾患状態の改善または緩和、ならびに寛解または改善された予後が含まれるが、これらに限定されない。これらの用語は、疾患を完全に治癒させること、あるいは、任意の症状、またはすべての症状もしくは結果に対する影響を完全に排除することを暗示していない。
本明細書において使用される場合、「疾患の発症を遅らせる」とは、疾患（例えば、癌）の発症を先延ばしすること、妨げること、遅くすること、遅延させること、安定させること、抑制すること、および/または延期させることを意味する。この遅れは、疾患歴および/または治療されている個体に依存して、様々な長さの期間であることが可能である。当業者には明白であるように、十分な遅れまたは著しい遅れは、個体が疾患を発症させないという点で、実際には防止を包含し得る。例えば、後期段階の癌（例えば、転移の発生など）が遅らされる場合がある。
「防止する」は、本明細書において使用される場合、疾患に対する素因を有するかもしれないが、該疾患が未だ診断されていない対象における該疾患の発生または再発に関して予防を提供することを包含する。いくつかの態様において、提供された細胞および組成物は、疾患の発症を遅らせるために、または疾患の進行を遅くするために使用される。
本明細書において使用される場合、機能または活性を「抑制する」ことは、対象となる条件またはパラメータを除いて他の点では同じ条件と比較したとき、あるいは代替では別の条件と比較して、この機能または活性を低下させることである。例えば、腫瘍成長を抑制する細胞は、該細胞の非存在下での腫瘍の成長速度と比較して腫瘍の成長速度を低下させる。
作用物質（例えば、薬学的製剤、細胞または組成物）の「有効量」は投与との関連において、所望された結果（例えば、治療結果または予防結果など）を達成するために、そのような達成のために必要な投薬量/量において、かつ必要な期間にわたって効果的な量を示す。
作用物質（例えば、薬学的製剤、または操作された細胞）の「治療有効量」は、所望された治療結果（例えば、疾患、状態または障害の治療などについて）、および/または治療の薬物動態学的もしくは薬力学的な効果を達成するために、そのような達成のために必要な投薬量において、かつ必要な期間にわたって効果的な量を示す。治療有効量は、様々な要因（例えば、対象の疾患状態、年齢、性別および体重など）、ならびにトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えば、投与されるIDO1阻害剤または操作された細胞）に従って変動し得る。いくつかの態様において、提供された方法は、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤（例えば、IDO1阻害剤、操作された細胞、または組成物）を有効量で、例えば、治療有効量で投与することを伴う。
VII．例示的な態様
以下の態様が提供される。
１．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程、ならびに；
（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程
を含む治療方法であって、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与がT細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階の1日より前の時点で開始される、治療方法。
２．
任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程を含む治療方法であって、
前記対象が、T細胞療法の開始の1日より前の時点に開始される治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を以前に投与されたことがある、治療方法。
３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与が、T細胞療法の投与開始前2日、3日、6日、12日、15日、30日、60日、もしくは90日もしくはそれ以上の日数以内、またはおよそ前記日数以内の時点で開始される、態様1または2の方法。
４．
T細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階と同時またはその後に、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与を継続する工程をさらに含む、態様1～3のいずれか一つの方法。
５．
T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後にトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程をさらに含む、態様1～4のいずれか一つの方法。
６．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに
（b）T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後に治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程
を含む、治療方法。
７．
任意で癌である疾患または状態を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程を含む治療方法であって、前記対象が、以前にT細胞療法を投与されたことがある、治療方法。
８．
T細胞を含む組成物の投与開始前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、態様1～7のいずれか一つの方法。
９．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；
（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程
を含む治療方法であって、
T細胞を含む組成物の投与開始前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、治療方法。
１０．
T細胞療法を投与されたことがある、任意で癌である疾患または状態を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程
を含む治療方法であって、
T細胞を含む組成物の投与開始前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、治療方法。
１１．
疾患または状態が癌である、態様1～10のいずれか一つの方法。
１２．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の投与の開始および/またはT細胞療法の投与段階の前に、同時に、および/またはその後に投与される、態様9または11の方法。
１３．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与が、T細胞療法の投与開始前2日、3日、6日、12日、15日、30日、60日、もしくは90日もしくはそれ以上の日数以内、またはおよそ前記日数以内の時点で開始される、態様9、11、または12のいずれか一つの方法。
１４．
T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後に、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程を含む、態様9～12のいずれか一つの方法。
１５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、以下の時点：
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；
対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；
T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；
T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、もしくはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点；
対象からの血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少する時点;
血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後における対象の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞のピーク数または最大数と比較して、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、もしくは100倍、もしくはそれ以上より大きく、または約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約50倍、もしくは約100倍、もしくはそれ以上より大きく減少する時点;ならびに/または
T細胞療法の細胞のピークレベルまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能となった後の時点で、対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、対象の血液中の総末梢血単核細胞（PBMC）の10％未満、5％未満、1％未満または0.1％未満である時点
で投与される、態様5～12および14のいずれか一つの方法。
１６．
増加または減少が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい、態様15の方法。
１７．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される、態様5～12および14～16のいずれか一つの方法。
１８．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される、態様5～12および14～17のいずれか一つの方法。
１９．
生物学的試料が、血清もしくは血漿もしくは腫瘍試料であるか、または腫瘍である、態様15または16の方法。
２０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する、態様1～19のいずれか一つの方法。
２１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、トリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する、またはキヌレニン対トリプトファンの比率を低下させる、態様1～20のいずれか一つの方法。
２２．
トリプトファン代謝産物が、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される、態様21の方法。
２３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である、態様1～22のいずれか一つの方法。
２４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである、態様1～23のいずれか一つの方法。
２５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤、およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である、態様1～23のいずれか一つの方法。
２６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が二重作用性IDO/TDO阻害剤である、態様1～23および25のいずれか一つの方法。
２７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である、態様1～23および25のいずれか一つの方法。
２８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がIDO1の阻害剤であり、
T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のIDO1の発現または活性の増加が存在する時点で、IDO1の阻害剤が投与される、態様6～23、25および27のいずれか一つの方法。
２９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様1～23のいずれか一つの方法。
３０．
癌が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にIDO1陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない、ならびに/または
癌が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にTDO陰性腫瘍を含み、および/もしくは対象が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない、
態様1～29のいずれか一つの方法。
３１．
癌が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にIDO1陰性腫瘍を含み、および/または対象が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない、態様30の方法。
３２．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程であって、癌が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または前記対象が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない、工程；ならびに
（b）IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を前記対象に投与する工程
を含む、治療方法。
３３．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階の前に、同時に、および/またはその後に投与される、態様32の方法。
３４．
IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を、任意で癌である疾患または状態を有する対象に投与する工程を含む治療方法であって、
前記対象が、T細胞療法を投与されたことがあり、
癌が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または前記対象がT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない、治療方法。
３５．
任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程を含む治療方法であって、
前記対象が、IDO1の阻害剤であるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の治療有効量を投与されたことがあり、
癌が、T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）もしくはトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または前記対象がT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍もしくはTDO陽性腫瘍の発現について選択されていない、治療方法。
３６．
疾患または状態が癌である、態様32～35のいずれか一つの方法。
３７．
T細胞を含む組成物の投与開始前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、態様32～35のいずれか一つの方法。
３８．
T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後に、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程を含む、態様35～37のいずれか一つの方法。
３９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、以下の時点：
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；
対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；
T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；
T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点；
対象からの血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少する時点;
血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後における対象の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞のピーク数または最大数と比較して、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、もしくは100倍、もしくはそれ以上より大きく、または約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約50倍、もしくは約100倍、もしくはそれ以上より大きく減少する時点;ならびに/または
T細胞療法の細胞のピークレベルまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能となった後の時点で、対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、対象の血液中の総末梢血単核細胞（PBMC）の10％未満、5％未満、1％未満または0.1％未満である時点
で投与される、態様32～34および36～38のいずれか一つの方法。
４０．
増加または減少が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい、態様39の方法。
４１．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される、態様32～34および36～40のいずれか一つの方法。
４２．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される、態様32～34および36～41のいずれか一つの方法。
４３．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始前0～96時間、0～72時間、0～48時間、0～24時間、0～12時間、もしくは0～6時間、もしくは0～2時間に、またはおよそ前記期間に投与されるか、または
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始前96時間、72時間、48時間、24時間、12時間、6時間、2時間、もしくは1時間以内に投与される、
態様32、33および35～37のいずれか一つの方法。
４４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される、態様1～23および25～43のいずれか一つの方法。
４５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である、態様44の方法。
４６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である、態様44の方法。
４７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様32～43のいずれか一つの方法。
４８．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程；ならびに
（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程
を含む治療方法であって、
前記トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、任意でエパカドスタットである4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含む、治療方法。
４９．
任意で癌である疾患または状態を有する対象に、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程を含む治療方法であって、
前記トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、任意でエパカドスタットである4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含み、前記対象がT細胞療法を投与されたことがある、治療方法。
５０．
任意で癌である疾患または状態を有する対象にT細胞療法を投与する工程を含む治療方法であって、
前記対象が、治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与されたことがあり、前記トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、任意でエパカドスタットである4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）であるかまたはそれを含む、治療方法。
５１．
疾患または状態が癌である、態様48～50のいずれか一つの方法。
５２．
対象への投与時に、T細胞療法が、T細胞療法の開始前の対象におけるインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルと比較して、腫瘍の局所環境または対象の血清もしくは血漿試料中での対象におけるIFNγのレベルの増加または上昇を引き起こす、態様1～51のいずれか一つの方法。
５３．
T細胞療法が、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法またはリガンドに特異的に結合する組換え受容体を発現する遺伝子操作された細胞を含むT細胞療法であるかまたはそれを含む、態様1～52のいずれか一つの方法。
５４．
T細胞療法が、リガンドに特異的に結合する組換え受容体を発現する遺伝子操作された細胞であるかまたはそれを含む、態様53の方法。
５５．
遺伝子操作された細胞が、
前記細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変
をさらに含む、態様54の方法。
５６．
任意で癌である疾患または状態を有する対象に遺伝子操作されたT細胞を投与する工程を含む治療方法であって、
前記遺伝子操作されたT細胞が、
（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体、ならびに
（ii）細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変
を含む、治療方法。
５７．
任意で癌である疾患または状態を有する対象に遺伝子操作されたT細胞を投与する工程を含む治療方法であって、
前記遺伝子操作されたT細胞が、
（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体、ならびに
（ii）組換え、操作された、および/または異所性に発現されたアミノ酸輸送体またはその鎖またはその機能的および/または触媒的に活性な部分または変異体
を含む、治療方法。
５８．
（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程
をさらに含む、態様57の方法。
５９．
（a）任意で癌である疾患または状態を有する対象に、
（i）リガンドに特異的に結合する組換え受容体、ならびに
（ii）細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変
を含む遺伝子操作されたT細胞を投与する工程；ならびに
（b）治療有効量のトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を前記対象に投与する工程
を含む、治療方法。
６０．
疾患または状態が癌である、態様56～59のいずれか一つの方法。
６１．
前記対象が、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc；CD98hc；SLC3A2）、および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の発現に対して陽性の腫瘍を有する、またはLAT1、LAT2、CD98hc、および/もしくはPAT4の発現について陽性である腫瘍微小環境中の細胞を有するとして選択される、態様55～60のいずれか一つの方法。
６２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する、態様58～60のいずれか一つの方法。
６３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する、態様59～62のいずれか一つの方法。
６４．
トリプトファン代謝産物が、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される、態様63の方法。
６５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である、態様59～64のいずれか一つの方法。
６６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである、態様59～65のいずれか一つの方法。
６７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤、およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である、態様59～66のいずれか一つの方法。
６８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が二重作用性IDO/TDO阻害剤である、態様59～65および67のいずれか一つの方法。
６９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である、態様59～65および67のいずれか一つの方法。
７０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される、態様59～65および50～52のいずれか一つの方法。
７１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である、態様70の方法。
７２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である、態様70の方法。
７３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様59～65のいずれか一つの方法。
７４．
T細胞を含む組成物の投与開始前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、態様48～73のいずれか一つの方法。
７５．
（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階の前に、同時に、および/またはその後に投与される、態様48～55および57～74のいずれか一つの方法。
７６．
T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後に、（b）で投与されるトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与する工程を含む、態様48～55および57～75のいずれか一つの方法。
７７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、以下の時点：
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；
対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；
T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；
T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；
T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点；
対象からの血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少する時点;
血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後における対象の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞のピーク数または最大数と比較して、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、もしくは100倍、もしくはそれ以上より大きく、または約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約50倍、もしくは約100倍、もしくはそれ以上より大きく減少する時点;ならびに/または
T細胞療法の細胞のピークレベルまたは最大レベルが対象の血液中で検出可能となった後の時点で、対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、対象の血液中の総末梢血単核細胞（PBMC）の10％未満、5％未満、1％未満または0.1％未満である時点
で投与される、態様48～55および57～76のいずれか一つの方法。
７８．
増加または減少が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい、態様77の方法。
７９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される、態様48～55および57～78のいずれか一つの方法。
８０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される、態様48～55および57～79のいずれか一つの方法。
８１．
トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始前0～96時間、0～72時間、0～48時間、0～24時間、0～12時間、もしくは0～6時間、もしくは0～2時間に、またはおよそ前記期間に投与されるか、または
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始前96時間、72時間、48時間、24時間、12時間、6時間、2時間、もしくは1時間以内に投与される、
態様48～55および57～75のいずれか一つの方法。
８２．
前記改変が、前記分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む、態様55～81のいずれか一つの方法。
８３．
前記分子がmTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である、態様55～82のいずれか一つの方法。
８４．
前記分子が、アミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体である、態様55～82のいずれか一つの方法。
８５．
アミノ酸輸送体がトリプトファン輸送体である、態様84の方法。
８６．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、rBAT（SLC3A1）、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、Asc型アミノ酸輸送体1（Asc-1；SLC7A10）、ナトリウムおよびクロライド依存性の中性および塩基性アミノ酸輸送体B（0＋）（ATB0,＋；SLC6A14）、ナトリウム依存性の中性アミノ酸輸送体B（0）AT1（B（0）AT1；SLC6A19）、モノカルボン酸輸送体10（TAT1；SLC16A10）、ならびにプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の1つもしくは複数またはその一部の中から選択される、態様84または85の方法。
８７．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、配列番号36～44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列もしくはその一部、または配列番号36～44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列もしくはその一部を含む、態様84～86のいずれか一つの方法。
８８．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、およびプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の1つもしくは複数またはその一部の中から選択される、態様84～87のいずれか一つの方法。
８９．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む、態様84～87のいずれか一つの方法。
９０．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、配列番号37～39および44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列もしくはその一部、または配列番号37～39および44のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列もしくはその一部を含む、態様84～88のいずれか一つの方法。
９１．
前記細胞における前記分子の発現が、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある、態様82～90のいずれか一つの方法。
９２．
前記分子が、GCN2キナーゼ、BLIMP-1、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核輸送体（ARNT）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、またはCCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、およびIFNγ-R2の中から選択される、態様55～91のいずれか一つの方法。
９３．
前記分子がGCN2またはCHOPである、態様92の方法。
９４．
前記改変が前記分子の発現低下を含む、態様55～81、92および93のいずれか一つの方法。
９５．
操作された細胞が、前記分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む、態様94の方法。
９６．
前記細胞における前記分子の発現が、阻害性核酸または遺伝子破壊の非存在下での前記細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下している、態様94または95の方法。
９７．
阻害性核酸を前記細胞に導入し、それによって前記分子の発現の低下をもたらす工程を含む、態様95または96の方法。
９８．
阻害性核酸をコードするまたは産生する核酸を前記細胞に導入し、それによって前記分子の発現の低下をもたらす工程を含む、態様96または97の方法。
９９．
操作された細胞が阻害性核酸を含み、前記阻害性核酸がRNA干渉物質を含む、態様95～98のいずれか一つの方法。
１００．
阻害性核酸が、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適合shRNA、短いヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA（miRNA前駆体）もしくはマイクロRNA（miRNA）であるかまたはそれを含むかまたはコードする、態様95～99のいずれか一つの方法。
１０１．
阻害性核酸の発現が条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある、態様95～100のいずれか一つの方法。
１０２．
操作された細胞が遺伝子破壊を含み、
前記破壊が前記分子をコードする遺伝子をDNAレベルで破壊することを含む、および/または
前記破壊が可逆性ではない、および/または
前記破壊が一過性ではない、
態様95または96の方法。
１０３．
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子に特異的に結合するかまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を前記細胞に導入することを含む、態様95、96および102のいずれか一つの方法。
１０４．
前記破壊が、
（a）DNAを標的とするタンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質、または
（b）RNAガイドヌクレアーゼ
を導入することを含む、態様95、96、102および103のいずれか一つの方法。
１０５．
DNAを標的とするタンパク質またはRNAガイドヌクレアーゼが、その遺伝子に特異的なジンクフィンガータンパク質（ZFP）、TALタンパク質、またはCRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic nucleic acid）を含む、態様104の方法。
１０６．
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子に特異的に結合するか、それを認識するか、またはそれにハイブリダイズするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR-Cas9の組み合わせを含む作用物質を、前記細胞に導入することを含む、態様95、96および102～105のいずれか一つの方法。
１０７．
前記作用物質がCRISPR-Cas9の組み合わせであり、
CRISPR-Cas9の組み合わせが、
遺伝子内の標的配列と相補的であるおよび/またはそれにハイブリダイズすることができるガイド配列を含む、ガイドRNA（gRNA）
を含む、態様106の方法。
１０８．
遺伝子破壊が誘導性である、態様95、96および102～107のいずれか一つの方法。
１０９．
CRISPR-Cas9複合体が誘導性CRISPR-Cas9であり、および/または前記Cas9が条件付きプロモーターもしくはエンハンサーもしくはトランス活性化因子の制御下にある、態様108の方法。
１１０．
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子の少なくとも1つのエクソンの少なくとも一部分の欠失を含む、態様95、96および102～109のいずれか一つの方法。
１１１．
前記破壊が、遺伝子内に中途終止コドンの存在をもたらす遺伝子内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含み；ならびに/または
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子の第一もしくは第二エクソン内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含む、
態様95、96および102～110のいずれか一つの方法。
１１２．
条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子が、誘導性プロモーター、エンハンサー、もしくはトランス活性化因子、または抑制性プロモーター、エンハンサー、もしくはトランス活性化因子である、態様91、101または109のいずれか一つの方法。
１１３．
プロモーターが、RNA pol Iプロモーター；pol IIプロモーター、任意でCMV、SV40初期領域もしくはアデノウイルス主要後期プロモーター；またはpol IIIプロモーター、任意でU6もしくはH1プロモーターの中から選択される、態様112の方法。
１１４．
プロモーターが誘導性プロモーターである、態様112または113の方法。
１１５．
プロモーターがNFκBまたはNFATに対する結合部位を含む、態様114の方法。
１１６．
プロモーターが、Lacオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列を含むか、またはその類似体である、態様114の方法。
１１７．
プロモーターが抑制性プロモーターである、態様112または113の方法。
１１８．
プロモーターが、Lacリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサー、またはその類似体によって結合され得るかまたは認識され得る、態様117の方法。
１１９．
T細胞が、機能的非T細胞受容体であるリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、態様1～118のいずれか一つの方法。
１２０．
T細胞が、キメラ抗原受容体（CAR）であるリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、態様1～119のいずれか一つの方法。
１２１．
CARが、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む、態様120の方法。
１２２．
細胞内シグナル伝達領域がCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む、態様121の方法。
１２３．
CARが共刺激シグナル伝達領域をさらに含む、態様121または122の方法。
１２４．
共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BBもしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、態様123の方法。
１２５．
共刺激シグナル伝達領域がCD28のシグナル伝達ドメインである、態様123または124の方法。
１２６．
組換え受容体がトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である、態様53～125のいずれか一つの方法。
１２７．
組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様53～125のいずれか一つの方法。
１２８．
T細胞療法が、癌に関連する抗原を認識するかまたは標的とする、態様1～127のいずれか一つの方法。
１２９．
組換え受容体が、癌に関連する抗原に結合するか、それを認識するか、または標的とする、態様53～128のいずれか一つの方法。
１３０．
前記抗原が、ROR1、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、ErbB3、ErbB4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、MAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、およびサイクリンA1（CCNA1）から選択される、態様129の方法。
１３１．
癌が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）に対して陰性の腫瘍を含み、および/または対象が、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前にIDO1陽性腫瘍の発現について選択されていない、態様48～130のいずれか一つの方法。
１３２．
癌が、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、CD98重鎖（4F2hc；CD98hc；SLC3A2）、および/もしくはプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の発現に対して陽性の腫瘍を含むか、または癌が、LAT1、LAT2、CD98hc、および/もしくはPAT4の発現について陽性である腫瘍微小環境中の細胞を含む、態様48～131のいずれか一つの方法。
１３３．
癌が骨髄腫、リンパ腫、白血病である、態様1～132のいずれか一つの方法。
１３４．
癌が、非ホジキンリンパ腫（NHL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、または骨髄腫である、態様1～133のいずれか一つの方法。
１３５．
癌が、B細胞抗原を発現しないか、またはB細胞悪性腫瘍ではない、態様1～133のいずれか一つの方法。
１３６．
癌がCD19を発現しない、および/またはT細胞療法がCD19に特異的に結合する組換え受容体を含まない、および/またはT細胞療法が抗CD19抗原結合ドメインを含まないCAR-T細胞療法である、態様1～133および135のいずれか一つの方法。
１３７．
癌が非血液癌または固形腫瘍である、態様1～133、135および136のいずれか一つの方法。
１３８．
T細胞療法の投与を含むがトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の非存在下での方法と比較して、腫瘍中または対象由来の生物学的試料中の、任意で血清、血漿もしくは腫瘍試料中のトリプトファンレベルの増加および/またはキヌレニンレベルの減少をもたらす、態様1～137のいずれか一つの方法。
１３９．
T細胞療法がトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の非存在下で対象に投与される方法、または
類似のT細胞が投与されるが、そのT細胞が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/もしくはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含まない方法
と比較して、T細胞療法が対象において増大したまたは長期的な拡大および/または持続性を示す、態様1～138のいずれか一つの方法。
１４０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、経口投与、皮下投与、または静脈内投与される、態様1～139のいずれか一つの方法。
１４１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が経口投与される、態様140の方法。
１４２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、それぞれ両端の値を含む、2.5mg～5000mg、2.5mg～2000mg、2.5mg～1000mg、2.5mg～500mg、2.5mg～200mg、2.5mg～100mg、2.5mg～50mg、2.5mg～25mg、2.5mg～10mg、25mg～5000mg、25mg～2000mg、25mg～1000mg、25mg～500mg、25mg～200mg、25mg～100mg、25mg～50mg、50mg～5000mg、50mg～2000mg、50mg～1000mg、50mg～500mg、50mg～200mg、50mg～100mg、100mg～5000mg、100mg～2000mg、100mg～1000mg、100mg～500mg、100mg～200mg、200mg～5000mg、200mg～2000mg、200mg～1000mg、200mg～500mg、500mg～5000mg、500mg～2000mg、500mg～1000mgもしくは1000mg～2000mgの量で、またはおよそ前記の量で投与される、態様1～141のいずれか一つの方法。
１４３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回、または1日1回投与される、態様1～142のいずれか一つの方法。
１４４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、少なくとも5mg/日、10mg/日、25mg/日、50mg/日、100mg/日、200mg/日、400mg/日、500mg/日、600mg/日、800mg/日、1000mg/日、1200mg/日、1600mg/日、2000mg/日、5000mg/日もしくは10000mg/日の総一日投与量で、または少なくともおよそ前記の総一日投与量で投与される、態様1～143のいずれか一つの方法。
１４５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の投与が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後、以下の時点まで：
トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与直前と比較して、またはT細胞療法の投与開始の直前と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの増加、キヌレニンレベルの減少、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の減少が存在するまで；
対象由来の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与直前の先行する時点での対象におけるものと比較して、またはT細胞療法の投与後の先行する時点と比較して、増加するまで；
血液中で検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後の対象の血液中で検出可能なT細胞療法の細胞のピークまたは最大数の2.0倍以内（おおよそ）になるまで；ならびに/または
対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、対象の血液中の全末梢血単核細胞（PBMC）の10％、15％、20％、30％、40％、50％、もしくは60％を超える、またはおよそ前記割合を超えるまで、
継続される、態様1～144のいずれか一つの方法。
１４６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、以下の時点まで：
対象の血液中の操作された細胞の濃度もしくは数が、（i）1マイクロリットル当たり少なくとも10個もしくは少なくとも約10個の操作された細胞、（ii）末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも20％、30％、40％、もしくは50％、（iii）少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個の操作された細胞であるか、または（iv）対象の血液がDNA 1マイクログラム当たり少なくとも5,000コピーの組換え受容体コードDNAを含むまで；ならびに/または
（a）の投与開始後90日目に、CAR発現細胞が対象の血液または血清中で検出可能になるまで；ならびに/または
（a）の投与開始後90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含むまで、
投与される、態様1～145のいずれか一つの方法。
１４７．
T細胞療法がトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の非存在下で対象に投与される方法、または
類似のT細胞療法が投与されるが、そのT細胞が、IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を含まない方法
における発現またはレベルと比較して、T細胞療法の細胞表面上のCD25の発現またはレベルが、対象への前記投与後に減少する、態様1～146のいずれか一つの方法。
１４８．
発現が、少なくとも1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、もしくはそれ以上、または少なくとも約1.2倍、約1.5倍、約2.0倍、約3.0倍、約4.0倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、もしくはそれ以上減少する、態様147の方法。
１４９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の投与開始後、最大2日間、最大7日間、最大14日間、最大21日間、最大1ヶ月間、最大2ヶ月間、最大3ヶ月間、最大6ヶ月間、または最大1年間までの期間投与される、態様1～148のいずれか一つの方法。
１５０．
T細胞療法が、CD4＋またはCD8＋であるT細胞を含む、態様1～149のいずれか一つの方法。
１５１．
T細胞療法が、対象にとって自己由来である細胞を含む、態様1～150のいずれか一つの方法。
１５２．
T細胞療法が、対象に対して同種異系であるT細胞を含む、態様1～150のいずれか一つの方法。
１５３．
T細胞療法が、腫瘍微小環境におけるIDO1発現を上方制御する量で投与される、態様1～152のいずれか一つの方法。
１５４．
IDO1発現が、骨髄細胞、間質細胞、または腫瘍細胞においてまたはそれらから上方制御される、態様153の方法。
１５５．
IDO1発現が骨髄間質細胞においてまたは骨髄間質細胞から上方制御される、態様154の方法。
１５６．
細胞療法が、それぞれ両端の値を含む、対象の体重1kg当たり0.5×106細胞/kg～5×106細胞/kg、0.5×106細胞/kg～3×106細胞/kg、0.5×106細胞/kg～2×106細胞/kg、0.5×106細胞/kg～1×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり1.0×106細胞/kg～5×106細胞/kg、1.0×106細胞/kg～3×106細胞/kg、1.0×106細胞/kg～2×106細胞/kg、対象の体重1kg当たり2.0×106細胞/kg～5×106細胞/kg、2.0×106細胞/kg～3×106細胞/kg、もしくは対象の体重1kg当たり3.0×106細胞/kg～5×106細胞/kgの多くの細胞、またはおよそこれらの値の数の多くの細胞を含有する用量の投与を含む、態様1～155のいずれか一つの方法。
１５７．
投与される細胞の用量が、
トリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤を投与せずに細胞療法が投与される方法、または
IDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変を、前記細胞が含まない方法
における用量よりも少ない、態様1～156のいずれか一つの方法。
１５８．
前記用量が少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、または10倍少ない、態様157の方法。
１５９．
T細胞療法が、細胞を含む単一の薬学的組成物として投与される、態様1～158のいずれか一つの方法。
１６０．
T細胞療法が分割用量である細胞用量を含み、前記用量の細胞が、3日以内の期間にわたって前記用量の細胞を集合的に含む複数の組成物において投与される、態様1～159のいずれか一つの方法。
１６１．
T細胞療法の投与の前にリンパ枯渇化学療法を投与する工程をさらに含む、態様1～160のいずれか一つの方法。
１６２．
対象にフルダラビンを投与する工程を含まない、態様161の方法。
１６３．
T細胞療法の投与の前にリンパ枯渇化学療法を対象に投与する工程を含まない、態様1～160のいずれか一つの方法。
１６４．
組換え受容体をコードする第一の核酸配列を前記細胞に導入すること、ならびに
前記細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたはそれに関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を、前記細胞に導入すること
によって、組換え受容体が操作されている、態様55～163のいずれか一つの方法。
１６５．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる、態様164の方法。
１６６．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が2つのポリヌクレオチドに含まれる、態様164の方法。
１６７．
第一の核酸および第二の核酸が、任意でウイルスベクターである1つまたは複数のベクターに含まれる、態様164～166のいずれか一つの方法。
１６８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与するために、任意で癌である疾患または状態を有する対象を選択する方法であって、
（a）前記対象由来の1つまたは複数の生物学的試料中のトリプトファンもしくはトリプトファン代謝産物のレベル、IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルを評価する工程であって、生物学的試料がT細胞療法による治療の候補である対象由来である、工程；ならびに
（b）（i）試料中のトリプトファンのレベルが閾値レベル未満であるか、
（ii）トリプトファン代謝産物のレベルが閾値レベルを超えているか、
（iii）IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベルが閾値レベルを超えているか、または
（iv）IFNγのレベルが閾値レベルを超えている
対象を選択する工程
を含む、方法。
１６９．
1つまたは複数の生物学的試料がT細胞療法の投与前に得られる、態様168の方法。
１７０．
T細胞療法を対象に投与する工程をさらに含む、態様168または169の方法。
１７１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を、選択された対象に投与する工程をさらに含む、態様168～170のいずれか一つの方法。
１７２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の投与開始および/またはT細胞療法の投与段階の前またはそれと同時に、選択された対象に投与される、態様171の方法。
１７３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がT細胞療法の投与開始後および/またはT細胞療法の投与段階後に投与される、態様171方法。
１７４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤を投与するために、任意で癌である疾患または状態を有する対象を選択する方法であって、
（a）前記対象由来の1つまたは複数の生物学的試料中のトリプトファンもしくはトリプトファン代謝産物のレベル、IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルを評価する工程であって、生物学的試料がT細胞療法を投与されたことがある対象から得られたものである、工程；ならびに
（b）（i）試料中のトリプトファンのレベルが、閾値レベル未満であるか、またはT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点で評価されたレベルと比較して減少している；
（ii）トリプトファン代謝産物のレベルが、閾値レベルを超えているか、またはT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している；
（iii）IDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性のレベルが、閾値レベルを超えているか、またはT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している；または
（iv）IFNγのレベルが、閾値レベルを超えているか、またはT細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前の時点もしくはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点で評価されたレベルと比較して増加している
対象を選択する工程
を含む、方法。
１７５．
1つまたは複数の生物学的試料がT細胞療法の投与後に得られる、態様174の方法。
１７６．
評価の前に、細胞療法を対象に投与する工程をさらに含む、態様174または175の方法。
１７７．
キヌレニン経路調節剤を対象に投与する工程をさらに含む、態様174～176のいずれか一つの方法。
１７８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、以下の時点：
T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前と比較して、またはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、対象由来の生物学的試料中のトリプトファンレベルの減少、キヌレニンレベルの増加、および/またはIDO1、IDO2、もしくはTDOの発現もしくは活性の増加が存在する時点；
対象由来の血液中の検出可能なT細胞療法の細胞数が、T細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点での対象におけるものと比較して減少するよりも前の時点；
T細胞が長期間のトリプトファン飢餓、枯渇、エフェクター機能の低下、阻害性受容体の発現、および/もしくは増殖能の喪失の出現を示すよりも前の時点；
T細胞療法の細胞のピークもしくは最大レベルが対象の血液中で検出可能になるよりも前の時点；ならびに/または
T細胞療法の投与開始前および/もしくはT細胞療法の投与段階前と比較して、もしくはT細胞療法の投与開始後および/もしくはT細胞療法の投与段階後の先行する時点と比較して、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）のレベルが、対象由来の生物学的試料中で増加している時点
で投与される、態様173～177のいずれか一つの方法。
１７９．
増加または減少が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい、態様178の方法。
１８０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、5日、6日、7日、14日、21日、28日以内、またはおよそ前記期間内に投与される、態様173～179のいずれか一つの方法。
１８１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、T細胞療法の開始後1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、もしくは48時間以内、またはおよそ前記時間内に投与される、態様173～180のいずれか一つの方法。
１８２．
疾患または状態が癌である、態様168～171のいずれか一つの方法。
１８３．
IDO1、IDO2、またはTDOの発現または活性のレベルが、T細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前の時点で評価されたレベルと比較して増加している場合、前記対象が選択される、態様168～172のいずれか一つの方法。
１８４．
試料中のトリプトファンのレベルが、閾値レベル未満であるか、またはT細胞療法の投与開始前および/またはT細胞療法の投与段階前の時点で評価されたレベルと比較して減少している場合、前記対象が選択される、態様168～183のいずれか一つの方法。
１８５．
閾値レベルが、複数の対照対象由来の生物学的試料における平均のレベル、濃度、もしくは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内もしくは5％以内であり、および/または平均のレベル、濃度、もしくは量の標準偏差内である、態様168～184のいずれか一つの方法。
１８６．
対照対象が、健康な対象もしくは正常な対象であるか、癌を有さない対象であるか、および/またはT細胞療法の投与を受ける前の対象である、態様185の方法。
１８７．
増加または減少が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、もしくはそれ以上より大きい、または約1.2倍、約1.5倍、約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、もしくはそれ以上より大きい、態様168～184のいずれか一つの方法。
１８８．
評価の前に、前記対象が、トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤の事前投与による治療に応答しなかったもしくは完全には応答しなかったか、治療後の寛解後に再発したか、または治療に対して抵抗性になっており、任意でそのような事前投与が、免疫調節剤、任意でチェックポイント阻害剤と組み合わせて行われた、態様168～187のいずれか一つの方法。
１８９．
生物学的試料が、血清、血漿、もしくは腫瘍試料であるか、またはそれから得られる、態様168～184のいずれか一つの方法。
１９０．
トリプトファン代謝産物が、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される、態様168～170のいずれか一つの方法。
１９１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である、態様168～190のいずれか一つの方法。
１９２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである、態様168～191のいずれか一つの方法。
１９３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤、およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である、態様168～192のいずれか一つの方法。
１９４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が二重作用性IDO/TDO阻害剤である、態様168～191および193のいずれか一つの方法。
１９５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である、態様168～191および193のいずれか一つの方法。
１９６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-14-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-14-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-14-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシミドアミド、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される、態様168～191および193～195のいずれか一つの方法。
１９７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、14-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-14-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である、態様196の方法。
１９８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である、態様196の方法。
１９９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様168～191のいずれか一つの方法。
２００．
T細胞が、機能的非T細胞受容体であるリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、態様168～199のいずれか一つの方法。
２０１．
T細胞が、キメラ抗原受容体（CAR）であるリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、態様168～200のいずれか一つの方法。
２０２．
CARが、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む、態様201の方法。
２０３．
細胞内シグナル伝達領域がCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む、態様202の方法。
２０４．
CARが共刺激シグナル伝達領域をさらに含む、態様202または203の方法。
２０５．
共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BB、もしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、態様204の方法。
２０６．
共刺激シグナル伝達領域がCD28のシグナル伝達ドメインである、態様204または205の方法。
２０７．
組換え受容体がトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である、態様53～206のいずれか一つの方法。
２０８．
組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様53～206のいずれか一つの方法。
２０９．
T細胞療法が、癌に関連する抗原を認識するかまたは標的とする、態様1～208のいずれか一つの方法。
２１０．
組換え受容体が、癌に関連する抗原に結合するか、それを認識するか、または標的とする、態様53から209のいずれか一つの方法。
２１１．
前記抗原が、ROR1、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、B型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、ErbB3、ErbB4、FBP、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイスY、L1細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、胎児腫瘍性抗原、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、MAGE A3、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、およびサイクリンA1（CCNA1）から選択される、態様210の方法。
２１２．
（a）リガンドに特異的に結合する組換え受容体；ならびに
（b）細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現の改変
を含む、操作された細胞。
２１３．
前記改変が、前記分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体の細胞における組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む、態様212の操作された細胞。
２１４．
前記分子がmTORまたはプロテインキナーゼCシータ（PKC-θ）である、態様212または213の操作された細胞。
２１５．
前記分子が、アミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体である、態様212または213の操作された細胞。
２１６．
（a）リガンドに特異的に結合する組換え受容体；ならびに
（b）組換え、操作された、および/もしくは異所性に発現されたアミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体
を含む、操作された細胞。
２１７．
アミノ酸輸送体がトリプトファン輸送体である、態様215または216の操作された細胞。
２１８．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、rBAT（SLC3A1）、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、Asc型アミノ酸輸送体1（Asc-1；SLC7A10）、ナトリウムおよびクロライド依存性の中性および塩基性アミノ酸輸送体B（0＋）（ATB0,＋；SLC6A14）、ナトリウム依存性の中性アミノ酸輸送体B（0）AT1（B（0）AT1；SLC6A19）、モノカルボン酸輸送体10（TAT1；SLC16A10）、ならびにプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の1つもしくは複数またはその一部の中から選択される、態様215～217のいずれか一つの操作された細胞。
２１９．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、配列番号36～115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列、または配列番号36～115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様215～218のいずれか一つの操作された細胞。
２２０．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）、L型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、およびプロトン支援アミノ酸輸送体4（PAT4；SLC36A4）の1つもしくは複数またはその一部の中から選択される、態様215～219のいずれか一つの操作された細胞。
２２１．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、CD98重鎖（4F2hc；SLC3A2）およびL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5）またはその一部を含む、態様215～219のいずれか一つの操作された細胞。
２２２．
アミノ酸輸送体またはその鎖が、配列番号37～39および115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列、または配列番号37～39および115のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様215～220のいずれか一つの操作された細胞。
２２３．
前記細胞における前記分子またはアミノ酸輸送体の発現が、条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある、態様212～222のいずれか一つの操作された細胞。
２２４．
前記分子が、GCN2キナーゼ、BLIMP-1、アリール炭化水素受容体（AHR）、AHR核輸送体（ARNT）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、またはCCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）、Gadd45α、Herp、4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8、およびIFNγ-R2の中から選択される、態様212の操作された細胞。
２２５．
前記分子がGCN2またはCHOPである、態様224の操作された細胞。
２２６．
前記改変が前記細胞における分子の発現低下を含む、態様224または225の操作された細胞。
２２７．
前記分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む、態様224～226のいずれか一つの操作された細胞。
２２８．
前記細胞における前記分子の発現が、阻害性核酸または遺伝子破壊の非存在下での前記細胞における発現と比較して、少なくとも50、60、70、80、90、または95％低下している、態様226または227の操作された細胞。
２２９．
阻害性核酸を含み、それによって前記分子の発現の低下をもたらす、態様226～228のいずれか一つの操作された細胞。
２３０．
阻害性核酸がRNA干渉物質を含む、態様229の操作された細胞。
２３１．
阻害性核酸が、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適合shRNA、短いヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA（miRNA前駆体）、またはマイクロRNA（miRNA）であるかまたはそれを含むかまたはコードする、態様229または230の操作された細胞。
２３２．
阻害性核酸の発現が条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子の制御下にある、態様229～231のいずれか一つの操作された細胞。
２３３．
前記分子をコードする破壊された遺伝子、前記分子をコードする遺伝子を破壊するための作用物質、および/または前記分子をコードする遺伝子の破壊を含む、態様227または228の操作された細胞。
２３４．
前記破壊が前記分子をコードする遺伝子をDNAレベルで破壊することを含む、および/または
前記破壊が可逆性ではない、および/または
前記破壊が一過性ではない、
態様233の操作された細胞。
２３５．
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子に特異的に結合するかまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸によって媒介される、態様233または234の操作された細胞。
２３６．
前記破壊が、
（a）DNAを標的とするタンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質、または
（b）RNAガイドヌクレアーゼ
によって媒介される、態様233～235のいずれか一つの操作された細胞。
２３７．
前記破壊が、遺伝子編集ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic nucleic acid）/Cas9によって媒介される、態様233～236のいずれか一つの操作された細胞。
２３８．
前記破壊がCRISPR/Cas9によって媒介され、
CRISPR/Cas9が、
遺伝子内の標的配列と相補的であるおよび/またはそれにハイブリダイズすることができるガイド配列を含む、ガイドRNA（gRNA）
を含む、態様237の操作された細胞。
２３９．
遺伝子破壊が条件付きまたは誘導性である、態様233～238のいずれか一つの操作された細胞。
２４０．
CRISPR-Cas9複合体が誘導性CRISPR-Cas9であり、および/または前記Cas9が条件付きプロモーターもしくはエンハンサーもしくはトランス活性化因子の制御下にある、態様239の操作された細胞。
２４１．
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子の少なくとも1つのエクソンの少なくとも一部分の欠失を含む、態様233～240のいずれか一つの操作された細胞。
２４２．
前記破壊が、遺伝子内に中途終止コドンの存在をもたらす遺伝子内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含み；ならびに/または
前記破壊が、前記分子をコードする遺伝子の第一もしくは第二エクソン内の欠失、突然変異、および/もしくは挿入を含む、
態様233～241のいずれか一つの操作された細胞。
２４３．
条件付きプロモーターまたはエンハンサーまたはトランス活性化因子が、誘導性プロモーター、エンハンサー、もしくはトランス活性化因子、または抑制性プロモーター、エンハンサー、もしくはトランス活性化因子である、態様196、232、239および240のいずれか一つの操作された細胞。
２４４．
プロモーターが、RNA pol I、pol II、またはpol IIIプロモーターの中から選択される、態様243の操作された細胞。
２４５．
プロモーターが、
U6もしくはH1プロモーターであるpol IIIプロモーター；または
CMV、SV40初期領域、もしくはアデノウイルス主要後期プロモーターである、pol IIプロモーター
から選択される、態様244の操作された細胞。
２４６．
プロモーターが誘導性プロモーターである、態様243～245のいずれか一つの操作された細胞。
２４７．
プロモーターがNFκBまたはNFATに対する結合部位を含む、態様246の操作された細胞。
２４８．
プロモーターが、Lacオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列を含むか、またはその類似体である、態様246の操作された細胞。
２４９．
プロモーターが抑制性プロモーターである、態様243～245のいずれか一つの操作された細胞。
２５０．
プロモーターが、Lacリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサー、またはその類似体によって結合され得るかまたは認識され得る、態様249の操作された細胞。
２５１．
T細胞である、態様212～250のいずれか一つの操作された細胞。
２５２．
T細胞がCD8＋T細胞である、態様251の操作された細胞。
２５３．
T細胞がCD4＋T細胞である、態様251の操作された細胞。
２５４．
ナチュラルキラー（NK）細胞である、態様212～250のいずれか一つの操作された細胞。
２５５．
iPS由来細胞である、態様212～250のいずれか一つの操作された細胞。
２５６．
リガンドに特異的に結合する組換え受容体が機能的非T細胞受容体である、態様212～255のいずれか一つの操作された細胞。
２５７．
リガンドに特異的に結合する組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様212～256のいずれか一つの操作された細胞。
２５８．
CARが、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む、態様257の操作された細胞。
２５９．
細胞内シグナル伝達領域がCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む、態様258の操作された細胞。
２６０．
CARが共刺激シグナル伝達領域をさらに含む、態様258または259の操作された細胞。
２６１．
共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BB、もしくはICOSのシグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、態様260の操作された細胞。
２６２．
共刺激シグナル伝達領域がCD28のシグナル伝達ドメインである、態様260または261の操作された細胞。
２６３．
リガンドに特異的に結合する組換え受容体が機能的非T細胞受容体である、態様212～262のいずれか一つの操作された細胞。
２６４．
リガンドに特異的に結合する組換え受容体がトランスジェニックT細胞受容体（TCR）である、態様212～262のいずれか一つの操作された細胞。
２６５．
組換え受容体をコードする第一の核酸配列を前記細胞に導入すること、ならびに
前記細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたはそれに関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を、前記細胞に導入すること
によって操作されている、態様212～264のいずれか一つの操作された細胞。
２６６．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる、態様265の操作された細胞。
２６７．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が2つのポリヌクレオチドに含まれる、態様265の操作された細胞。
２６８．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が、任意でウイルスベクターである1つまたは複数のベクターに含まれる、態様265～267のいずれか一つの操作された細胞。
２６９．
態様212～268のいずれか一つの操作された細胞を含む、組成物。
２７０．
前記細胞がCD4＋またはCD8＋細胞である、態様269の組成物。
２７１．
薬学的に許容される担体をさらに含む、態様270の組成物。
２７２．
任意でT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）である、リガンドに結合する組換え受容体を発現する、遺伝子操作された細胞；ならびに
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤
を含む、組み合わせ。
２７３．
態様212～268のいずれか一つの操作された細胞、または態様199～201のいずれか一つの組成物；ならびに
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤
を含む、組み合わせ。
２７４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する、態様272または273の組み合わせ。
２７５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する、態様272～274のいずれか一つの組み合わせ。
２７６．
トリプトファン代謝産物が、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される、態様275の組み合わせ。
２７７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である、態様272～276のいずれか一つの組み合わせ。
２７８．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである、態様272～277のいずれか一つの組み合わせ。
２７９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤、およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である、態様272～277のいずれか一つの組み合わせ。
２８０．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が二重作用性IDO/TDO阻害剤である、態様272～277および279のいずれか一つの組み合わせ。
２８１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である、態様272～277、279および280のいずれか一つの組み合わせ。
２８２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される、態様272～277および279～281のいずれか一つの組み合わせ。
２８３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である、態様282の組み合わせ。
２８４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である、態様282の組み合わせ。
２８５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様272～277のいずれか一つの組み合わせ。
２８６．
キットなどの製品として包装されている、態様272～285のいずれか一つの組み合わせ。
２８７．
製品および/またはキットが、操作された細胞ならびに/またはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路調節剤の投与を提供する説明書または文献をさらに含む、態様286の組み合わせ。
２８８．
組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法であって、
免疫細胞を含む細胞の集団をトリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤と接触させる工程；ならびに
組換え受容体をコードする核酸を、前記組換え受容体が発現されるような条件下で前記細胞の集団に導入する工程
を含む、方法。
２８９．
組換え受容体が、リガンド、任意で抗原に結合する、態様288の方法。
２９０．
組換え受容体がT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）である、態様288または289の方法。
２９１．
細胞の集団が末梢血単核細胞であるかまたはそれを含む、態様288～290のいずれか一つの方法。
２９２．
細胞の集団がT細胞であるかまたはそれを含む、態様288～290のいずれか一つの方法。
２９３．
T細胞がCD4＋および/またはCD8＋である、態様292の方法。
２９４．
細胞の集団が、対象、任意でヒト対象から単離される、態様288～293のいずれか一つの方法。
２９５．
接触が導入の前および/または導入の間に行われる、態様288～294のいずれか一つの方法。
２９６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、キヌレニン経路の酵素および/または代謝産物の形成、濃度、利用可能性、代謝、および/または作用を妨げるまたは低減する、態様288～295のいずれか一つの方法。
２９７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、トリプトファンの異化を妨げるもしくは低減する、またはトリプトファン代謝産物の合成もしくは蓄積を妨げるもしくは低減する、態様288～296のいずれか一つの方法。
２９８．
トリプトファン代謝産物が、キヌレニン、3-ヒドロキシキヌレニン、および3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）から選択される、態様297の方法。
２９９．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその抗原結合断片、抗体模倣物、アプタマー、または核酸分子である、態様288～298のいずれか一つの方法。
３００．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が酵素キヌレニナーゼのアンタゴニストである、態様288～299のいずれか一つの方法。
３０１．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）、IDO2の阻害剤、およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ（TDO）の阻害剤からなる群より選択される1種または複数種の酵素の阻害剤である、態様288～299のいずれか一つの方法。
３０２．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が二重作用性IDO/TDO阻害剤である、態様288～299および301のいずれか一つの方法。
３０３．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の阻害剤である、態様288～299、301および302のいずれか一つの方法。
３０４．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［4-フルオロ-3-（トリフルオロメチル）フェニル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N'-ヒドロキシ-N-［3-（トリフルオロメチル）フェニル］-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-シアノ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-ブロモ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-［（4-クロロ-2-フリル）メチル］-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド、1-シクロヘキシル-2-（5H-イミダゾ［5,1-a］イソインドール-5-イル）エタノール（NLG919）、GDC-0919、F001287、PF-06840003、またはその薬学的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはそれらの組み合わせから選択される、態様288～299および301～303のいずれか一つの方法。
３０５．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、4-（｛2-［（アミノスルホニル）アミノ］エチル｝アミノ）-N-（3-ブロモ-4-フルオロフェニル）-N'-ヒドロキシ-1,2,5-オキサジアゾール-3-カルボキシイミドアミド（INCB024360、エパカドスタット）である、態様304の方法。
３０６．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤が、1-メチル-D-トリプトファン（1-MT）（インドキシモド）である、態様304の方法。
３０７．
トリプトファン代謝および/またはキヌレニン経路調節剤がトリプトファンである、態様288～299のいずれか一つの方法。
３０８．
組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法であって、
組換え受容体をコードする第一の核酸配列を、前記組換え受容体が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程；ならびに
細胞におけるIDO媒介免疫抑制シグナル伝達に関連する、トリプトファン飢餓もしくは欠乏を感知するもしくはそれに応答することに関連する、および/またはキヌレニン媒介免疫抑制を感知するもしくはそれに応答することに関連する分子の発現を改変することができるかまたはそれに関与する作用物質をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を、前記作用物質が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程
を含む、方法。
３０９．
組換え受容体を発現する免疫細胞を操作する方法であって、
組換え受容体をコードする第一の核酸配列を、前記組換え受容体が発現されるような条件下で細胞の集団に導入する工程；ならびに
組換え、操作された、および/もしくは異所性に発現されたアミノ酸輸送体もしくはその鎖、またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な部分もしくは変異体をコードする1つまたは複数の第二の核酸配列を導入する工程
を含む、方法。
３１０．
前記改変が、前記分子またはその機能的および/もしくは触媒的に活性な鎖、部分もしくは変異体の組換え、操作された、および/または異所性の発現を含む、態様308の方法。
３１１．
前記改変が前記分子の発現低下を含む、態様308の方法。
３１２．
前記分子の発現を低下させる阻害性核酸または遺伝子破壊を含む、態様311の方法。
３１３．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が1つまたは複数のポリヌクレオチドに含まれる、態様308～312のいずれか一つの方法。
３１４．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が2つのポリヌクレオチドに含まれる、態様308～312のいずれか一つの方法。
３１５．
第一の核酸配列および第二の核酸配列が、任意でウイルスベクターである1つまたは複数のベクターに含まれる、態様308～314のいずれか一つの方法。
VIII．実施例
以下の実施例は例示目的のためだけに含まれ、本発明の範囲を限定するためには意図されない。
実施例1:インターフェロン-ガンマ（IFNγ）またはキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞の存在下での腫瘍細胞のインキュベーションの後におけるインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）発現の評価
様々な腫瘍細胞におけるインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現を、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）、または腫瘍細胞によって発現される抗原について特異的なキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞とのインキュベーションの後で評価した。
A．インターフェロン-ガンマ（IFNγ）刺激
ヒトCD19が形質導入されたA549腺癌ヒト肺胞基底上皮細胞（CD19.A549細胞、これはまた、A549.CD19細胞として示される場合がある）を、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）による刺激の後でインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現について評価した。CD19.A549細胞をIFNγにより24時間または48時間刺激し、IDO1レベルを、抗IDO抗体を使用してフローサイトメトリーによって評価した。図1Aに示されるように、24時間および48時間にわたるIFNγ刺激の後、当該細胞は、非刺激の細胞と比較して、内因性IDO1の発現を増大させていることが認められた。増大したIDO1発現が、同様の条件のもとでのIFNγとのインキュベーションの後において、JeKo-1細胞、Daudi細胞、Raji細胞およびNalm-6細胞を含めて、このアッセイにおける他のCD19＋腫瘍細胞株では検出されなかった。
加えて、IDO1発現を、細胞をインターフェロン-ガンマ（IFNγ）とインキュベーションした後、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）抗原を発現する様々な細胞株において評価した。HCC1806（ATCC（登録商標）CRL-2335（商標））ヒト乳癌細胞株、H2286（ATCC（登録商標）CRL-5938（商標））ヒト小細胞肺癌細胞株、H1975（ATCC（登録商標）CRL-5908（商標））ヒト非小細胞肺癌細胞株、H1299（ATCC（登録商標）CRL-5803（商標））ヒト非小細胞肺癌リンパ節転移細胞株、BT-549（ATCC（登録商標）HTB-122（商標））ヒト乳癌細胞株、および内因性ROR1を発現する上記のようなCD19.A549細胞を、20ng/mLの組換えヒトIFNγの存在下で一晩インキュベーションした。IDO1発現を、上記のようにフローサイトメトリーを使用して評価した。結果を図1Bに示す。
様々なCD19発現腫瘍細胞株（Daudi、K562.CD19またはA549.CD19）、ROR1発現腫瘍細胞株（A549.CD19またはBT-549）、およびHS-5ヒト骨髄間質細胞株におけるIDO1発現レベルを、20ng/mLの組換えヒトIFNγとの一晩のインキュベーションの後で評価した。結果を図1Cに示す。
B．キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞との共培養
キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞の存在下でのインキュベーションがIDO1発現を調節するかどうかを評価するために、抗CD19 CAR発現細胞をCD19.A549細胞と共培養した。 CARには、抗CD19 scFv、Ig由来のスペーサー、ヒトCD28由来の膜貫通ドメイン、ヒト4-1BB由来の細胞内ドメイン、およびヒトCD3ゼータ由来のシグナル伝達ドメインが含まれた。このCARをコードする核酸分子を含有するレンチウイルスベクターを使用して、健常者ドナーの血液からアフェレーシスによって単離される初代ヒトT細胞への形質導入を行った。
遺伝子操作された抗CD19 CAR発現T細胞をCD19.A549細胞と1:1のエフェクター:標的（E:T）細胞比で24時間または48時間にわたって共培養し、IDO1発現をフローサイトメトリーにより細胞内染色によって評価した。培養を（濃度が10μg/mLの）抗IFN-γ阻止抗体の存在下または非存在下で行った。図1Dおよび図1Eに示されるように、増大したIDO1発現レベルが、単独で培養されたCD19.A549細胞におけるレベルと比較して、CAR発現細胞の存在下で培養されたCD19.A549細胞において認められた。これらの結果は、CAR発現T細胞は、IDO1発現を、CARが標的とする抗原陽性細胞において誘導することができることと一致していた。抗IFN-ガンマ阻止抗体の添加は、IDO1発現の増大したレベルを低下させることが認められた（図1Dおよび図1E）。これらの細胞における増大したIDO1発現レベルがまた、CD19を標的とするCAR発現T細胞との共培養を開始した96時間後において認められた。
別の研究において、IDO＋ A549.CD19標的細胞を、（0.75μg/mLから2.0μg/mLまでの）増大する濃度の抗インターフェロン-ガンマ受容体（IFNγR）抗体またはイソタイプ対照の存在下、抗CD19 CAR T細胞（または形質導入されていない対照T細胞）と1:1のエフェクター:標的（E:T）比で24時間にわたって共培養した。標的細胞でのIDO1発現をフローサイトメトリーによって測定した。図1Fに示されるように（mfi＝平均蛍光強度）、（形質導入されていない対照細胞と比較して）CAR-T細胞の存在下での増大したIDO発現レベルにおける用量依存的な低下が、増大する濃度の抗IFNγR阻止抗体の存在下で認められた。
別の研究において、CD19.A549細胞（これはまた内因性ROR1を発現する）、または親のA549（CD19-）細胞を、単独で（非処理）、または抗CD19 CARもしくは抗ROR1 CAR（これは、抗ROR1 scFv、Ig由来のスペーサー、ヒト4-1BB由来の細胞内ドメイン、およびヒトCD3ゼータ由来のシグナル伝達ドメインを含む）のどちらかを発現するように操作された初代ヒトT細胞と24時間培養した。細胞上清を集めて、インターフェロンガンマ（IFNγ）を評価し、標的細胞をフローサイトメトリーによってIDO1発現について評価した。
代表的なヒストグラムを図1Gおよび図1Hに示す。図1Gに示されるように、IDO1発現における増大が、抗CD19 CAR T細胞または抗ROR1 CAR T細胞との培養の後、CD19.A549細胞において認められ、しかし、抗CD19 CAR細胞と共培養されると、抗CD19 CAR T細胞との培養の後ではA549親（CD19-）細胞において認められなかった。同様に、図1Hに示されるように、増大したIFNγ濃度が、A549親対照と比較して、抗CD19 CAR＋T細胞が（CAR標的抗原CD19を発現する）CD19.A549細胞と共培養された後の上清において認められた。
C．IFNγ産生およびIDO1発現
様々なレベルのCD19抗原を発現するように操作された標的細胞を抗CD19 CAR T細胞と共培養し、CAR-T細胞によるIFNγの産生と、抗原発現細胞によるIDO1の誘導とを評価した。
抗CD19 CAR-T細胞を、異なるレベルのCD19発現をもたらす2つの異なるプロモーターの一方の制御のもとで内因性CD19を発現するA549標的細胞と共培養した（図1Iを参照のこと）。IDO1発現およびIFNγ産生を上記のように求めた。結果を図1J～図1Kに示す。
CD19.A549細胞を様々な濃度の組換えヒトIFNγとともに培養した。図1Lに示されるように、フローサイトメトリーによる平均蛍光強度（MFI）によって求められたIDO1発現における用量応答的な増大が、IFNγ濃度の増大とともに認められた。
実施例2:腫瘍細胞をキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞と共培養した後におけるトリプトファンおよびトリプトファン代謝産物のレベル
IDO1は、トリプトファンのキヌレニンへの酸化に関与している。トリプトファン代謝産物のレベルを、抗原発現細胞をIDO1阻害剤（エパカドスタット）の存在下または非存在下において抗原特異的CAR T細胞と共培養した後で評価した。
A．IDO1阻害剤の存在下でのトリプトファンおよびキヌレニンのレベル
実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現T細胞を、0 nM、0.1 nM、10 nMまたは1000 nMのエパカドスタットの存在下、0.3:1、1:1または3:1のエフェクター-標的（E:T）比で96時間にわたってCD19.A549細胞と共培養した。共培養上清におけるトリプトファン（および3:1のE:T比のサンプルについてはキヌレニン）の量をELISAによって測定し、新鮮な培養培地において認められる量と比較した。
図2Aに示されるように、すべてのE:T比での共培養物から得られる上清において測定されるトリプトファンの量が、培地単独において認められる量よりも少なかった。この結果は、CAR発現T細胞はCAR標的発現CD19.A549細胞における増大したIDO1発現および/または機能を促進させることができることと一致していた。エパカドスタットが（例えば、1000 nMで）存在する共培養は、トリプトファンのレベルを回復させることが認められた。図2Bはまた、CAR発現T細胞と、抗原発現CD19.A549細胞との共培養物から得られる上清において認められるキヌレニン量が、培地単独での培養において認められる量よりも多かったことを示す。この結果もまた、CAR発現T細胞は標的発現CD19.A549細胞におけるIDO1の誘導または増強を生じさせることができることと一致していた。1000 nMでのエパカドスタットは、共培養上清におけるキヌレニンレベルを低下させることが認められた。これらの結果は、CAR発現は機能的IDO1の発現を誘導することができ、そして、この増大の機能的結果（例えば、キヌレニン経路調節）が酵素の阻害剤によって調節され得るという知見と一致していた。
別の研究において、抗CD19 CAR＋T細胞と、A549.CD19 IDO＋標的細胞とを、増大する濃度のエパカドスタットの存在下で96時間にわたって共培養した。結果を図2Cに示す。
B．IDO1＋またはIDO1-の標的細胞との共培養におけるトリプトファンおよびキヌレニンのレベル
培養上清におけるトリプトファンおよびキヌレニンのレベルを、実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現T細胞を、CD19.A549細胞（誘導されたIDO1発現が可能であったIDO1＋標的細胞）またはCD19.Daudi細胞（IDOを発現すること、または刺激に応答してIDO1発現を誘導することが認められなかったIDO1-標的細胞）のどちらかであるCD19発現標的細胞と1:1のエフェクター:標的（E:T）の比で共培養した後で測定した。上清におけるトリプトファンおよびキヌレニンの量をELISAによって測定した。
図2Dに示されるように、検出されたトリプトファンのレベルが、A549細胞を含有する共培養物と比較して、Daudi細胞を含有する共培養物においてより高かった。逆に、キヌレニンの量は、Daudi細胞を含有する共培養物と比較して、A549細胞を含有する共培養物においてより高いことが認められた。この結果は、CAR発現T細胞は、例えば、CAR抗原との遭遇に応答して活性化されると、ある種の細胞（例えば、ある種の腫瘍細胞株など）または他の細胞（例えば、A549標的細胞など）での増大したIDO1発現を促進させることができるという結論と一致していた。いくつかの状況における増大したIDO1発現は、トリプトファンを、例えば、キヌレニンに代謝することができ、これにより、トリプトファンの枯渇および/またはキヌレニンもしくは他のトリプトファン代謝産物の蓄積がその環境において、例えば、腫瘍微小環境（TME）などにおいてもたらされる場合がある。
C．標的細胞がCAR＋T細胞と共培養された際のトリプトファンおよびキヌレニンのレベル
培養上清におけるトリプトファンおよびキヌレニンのレベルを、単独で24時間培養された場合（非処理）、または抗CD19 CAR発現T細胞とともに24時間培養された場合（α-CD19 CAR）のA549.CD19細胞（IDO＋標的細胞）から、高速液体クロマトグラフィー（HPLC）を使用して測定した。結果を図2Eに示す（nd:検出不能）。単独で培養されたA549.CD19細胞からの上清はトリプトファンが高いが、検出不能なレベルのキヌレニンを有しており、しかし、抗CD19 CAR＋T細胞と、IDO＋ A549.CD19との共培養からの上清は検出不能なレベルのトリプトファンを含有したが、増大したレベルのキヌレニンを含有した。
実施例3:CD19発現腫瘍細胞とともに培養された抗CD19 CAR発現T細胞の機能的応答に対するIDO1阻害剤（エパカドスタット）の影響
様々な研究を、抗原発現腫瘍細胞との共培養の後におけるCAR-T細胞の機能的応答に対するIDO1阻害の影響を評価するために行った。抗CD19 CAR発現T細胞における増殖、サイトカイン産生および細胞表面マーカー発現を、標的（CD19）を発現する腫瘍細胞株との共培養の後で評価した。CAR発現T細胞を、実質的には実施例1に記載されるように作製した。
A．IDO1阻害剤および/またはIDO＋標的細胞の存在下での抗CD19 CAR T細胞の増殖の評価
抗CD19 CAR発現T細胞をCellTrace（商標）violet（ThermoFisher）細胞増殖アッセイ色素により標識し、洗浄し、0 nM、0.1 nM、10 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、0.3:1、1:1、または3:1のエフェクター:標的（E:T）比でCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と96時間インキュベーションした。細胞をCD4およびCD8の発現について染色し、T細胞集団の増殖をCellTrace（商標）Violet色素の希釈度に基づいてフローサイトメトリーによって求めた。図3に示されるように、増殖におけるIDO1阻害剤用量依存的な増大が、CD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞の両方で認められた。
同様の方法を使用して、3名の異なる健常者ドナーから作製された抗CD19 CAR発現T細胞の増殖をCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）との共培養の後で評価した。それぞれのドナーに由来する標識された抗CD19 CAR発現T細胞を様々な濃度のIDO阻害剤（エパカドスタット）の存在下で96時間にわたってCD19.A549と共培養し、増殖を上記のように評価した。図4Aおよび図4Bに示されるように、阻害剤の存在は、3名すべてのドナーに由来するCD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞の増殖を用量依存的様式で増大させることが認められた。
類似する実験を、3名の異なる健常者ドナーのうちの1名から作製された抗CD19 CAR発現T細胞を250 nMのエパカドスタットの存在下で96時間にわたってCD19.A549細胞と共培養することによって行った。それぞれのウエルにおけるCAR T細胞の数を、CountBright絶対計数用ビーズを使用して求めた。図4Cに示されるように、IDO1阻害剤が存在する場合には、阻害剤が存在しない場合と比較して、より多数のCAR T細胞が、3名すべてのドナーからのCAR T細胞についてもたらされた。フローサイトメトリーによるT細胞サブセット（CD3、CD4およびCD8）についての染色では、それぞれのCAR T細胞サブセットの数における類似した増大倍数が、阻害剤が存在しない場合と比較して、エパカドスタットの存在下でのインキュベーションの後で示された。これらの結果は、IDO1阻害剤はIDO1発現の阻害的影響を打ち消して、CAR T細胞の増大した増殖をもたらすことができるという知見と一致していた。
B．IDO1阻害剤およびIDO＋標的細胞の存在下での抗ROR1 CAR T細胞の増殖
同様の方法を使用して、抗原発現標的細胞の存在下で培養された抗ROR1 CAR発現T細胞の増殖に対するIDO1阻害剤の影響を評価した。実施例1に記載される抗ROR1 CAR発現細胞を、250 nMのエパカドスタットの存在下で96時間、内因性ROR1を発現するCD19.A549細胞と3:1のE:T比で共培養した。図4Cに示されるように、IDO1阻害剤が存在する場合には、阻害剤の非存在下でインキュベーションされる細胞と比較して、より多数のCAR T細胞がもたらされた。
C．IDO1阻害剤ならびにIDO＋およびIDO-の標的細胞の存在下での抗CD19 CAR T細胞の増殖
CAR発現T細胞の増殖に対するエパカドスタットの影響を、抗CD19 CAR発現細胞を1:1のE:T比でIDO1＋細胞（CD19.A549）またはIDO1-細胞（CD19.Daudi）のどちらかと共培養した後で比較した。増殖を、様々な濃度のエパカドスタットの非存在下または存在下で上記のように評価した。図5A、図5Bおよび図5Cに示されるように、阻害剤が共培養において存在する場合、CD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞の増大した増殖が、IDO1＋細胞（A549）と共培養されたときには用量依存的様式で認められ、しかし、IDO1-細胞（Daudi）と共培養されたときには認められなかった。A549細胞におけるエパカドスタットについての推定EC50がおよそ約223 nMであった。
同様の方法を使用して、CAR発現T細胞の増殖に対するIDO1阻害剤の影響を、抗CD19 CAR発現細胞をIDO1＋細胞（A549.CD19）またはIDO1-細胞（K562.CD19）のどちらかと共培養した後で比較した。増殖を、様々な濃度のエパカドスタットの非存在下または存在下（0 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMまたは1000 nM）、A549.CD19細胞については1:1のE:Tで、またはK562.CD19細胞については5:1のE:Tで上記のように評価した。CAR T細胞分裂の平均回数を色素希釈におけるピークに基づいて計算し、CD4＋サブセットおよびCD8＋サブセットの増殖を比較した。阻害剤が共培養において存在する場合、CD4＋集団およびCD8＋集団を含めて、CAR発現T細胞の増殖における用量依存的な増大が、そのような細胞がIDO1＋細胞と共培養されたときにはもたらされることが認められ、しかし、IDO1-細胞と共培養されたときには認められなかった。
培養におけるCAR T細胞の増殖および拡大に対する阻害剤の認められた用量依存的な影響はまた、標識されたCD19-A549標的細胞が、非標識CAR発現T細胞と、1μMのエパカドスタットの存在下または阻害剤の非添加のどちらかにおいて、1:1のエフェクター:標的比で共培養された後で、顕微鏡検査によって可視化された。細胞を72時間および120時間において可視化した。120時間では、CAR発現T細胞（非標識）における大きい増大が、阻害剤の非存在下でインキュベーションされる対照細胞と比較した場合、阻害剤の存在下でのインキュベーションの後において、比較的より少ない数の標識されたエフェクター細胞に伴って認められた。これらの結果は、CAR発現T細胞にさらされることによって誘導されて、結果的にはCAR発現T細胞の拡大および/または生存の低下を、（この影響がIDO1阻害剤の存在下では元に戻ることによって立証されるように）IDO1機能に依存する様式で生じさせることが本実施例において認められるIDO1の能力と一致していた。
D．IDO1阻害剤の存在下での抗CD19 CAR T細胞の持続した増殖
ヒトCD19が形質導入されたA549腺癌ヒト肺胞基底上皮細胞（CD19.A549細胞）と共培養された後での抗CD19発現CAR細胞の拡大を10日超にわたって評価した。それぞれのドナーからの抗CD19 CAR発現T細胞を、0 nM、3.9 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、1:1、0.5:1、または0.25:1のE:T比でおよそ340時間までの間、CD19.A549と共培養した。拡大を、経時的に求められる培養物におけるコンフルエンシー％に基づいて評価した。阻害剤の用量依存的な影響が、CAR発現T細胞の増大し続ける拡大を伴って認められ、このことがより後の時点ではより明らかになり、また、拡大を培養において5日を超えて延長した。IDO1阻害剤により促進された、拡大での増大が、培養において10日超にわたって持続した。これらの結果は、IDOのアップレギュレーションおよび/またはIDO依存的なシグナル伝達がCAR-T抗原特異的な活性化の後で起こり、または促進され、そして、CAR-T細胞の増殖の抑制を、例えば、5日または10日の期間にわたってもたらし得る、そして、IDOの阻害により、そのような阻害が状況によってはレスキューされ得るという結論と一致していた。
E．サイトカイン放出
腫瘍壊死因子アルファ（TNFα）の量を、様々な濃度のエパカドスタットの存在下においてCD19.A549細胞と1:1のE:T比で48時間にわたって共培養された抗CD19 CAR発現T細胞の上清から評価した。図6に示されるように、共培養における阻害剤の存在は、用量依存的な様式での増大したTNFα産生をもたらすことが認められた。TNFαのレベルは、試験したすべての条件についてこのアッセイにおける検出限界を超えていた、IDO1-CD19.Daudi細胞の存在下での培養物について認められるレベルよりも低かった。
F．細胞表現型マーカーの発現
CD25の細胞表面発現を、T細胞を様々な濃度のエパカドスタットの存在下で96時間にわたってIDO1＋のCD19.A549細胞またはIDO1-のCD19.Daudi細胞のどちらかと1:1のE:T比で共培養した後で、CD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞に対してフローサイトメトリーによって評価した。
図7Aおよび図7Bに示されるように、CD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞集団の両方でのCD25の認められた表面発現レベル（平均蛍光強度（MFI））が、T細胞をIDO1＋のCD19.A549細胞と共培養した96時間後では、培養におけるエパカドスタットの存在によって用量依存的な様式で低下した。対照的に、96時間において認められるCD25表面発現レベルは、CAR発現細胞をIDO1-標的細胞（CD19.Daudi細胞）と共培養した際にはエパカドスタットの存在によって影響を受けなかった。
図8Aおよび図8Bに示されるように、CD25発現に対する類似した影響がまた、3名の異なる健常者ドナーから作製されたCD4＋およびCD8＋の抗CD19 CAR発現T細胞に対して、CD19.A549細胞との共培養の後で認められた。
G．細胞溶解活性
様々な濃度のエパカドスタットの存在下での抗CD19 CAR発現T細胞の細胞溶解活性を求めた。それぞれのドナーからのT細胞から個々に作製された抗CD19 CAR発現T細胞を、0 nM、3.9 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、0.25:1のE:T比でおよそ340時間までの間、NucRed色素により標識されたCD19.A549と共培養した。標的細胞の溶解を、NucRed色素についての細胞の染色強度を評価することによってIncucyte定量的細胞分析システム（Essen BioScience）を使用して経時的に測定した。溶解が起こった細胞は、色素についての低下した染色強度を示した。NucRed色素＋の細胞についての曲線下面積（AUC）をおよそ340時間までの間、それぞれのエパカドスタット濃度について求めた。
図8Cに示されるように、エパカドスタットとともにインキュベーションされる培養物は、AUCにおける減少によって認められるように、NucRed色素強度の用量依存的な低下を示した。結果は、エパカドスタットの存在はCD19.A549（IDO＋）細胞との培養物における抗CD19 CAR＋細胞の機能および/または増殖および/または生存を用量依存的な様式で高めているという解釈と一致していた。
実施例4:腫瘍細胞株におけるIDO1発現および細胞生存性に対するフルダラビンの影響の評価
IDO1の発現および腫瘍細胞の細胞生存性に対するフルダラビン（化学療法および/または養子T細胞療法において（例えば、それらと併用でのリンパ球枯渇化前処理において）使用されるプリン類似体）の影響を評価した。CD19.A549細胞をIFNγとともに、または伴うことなく、48時間インキュベーションした。24時間後、増大する濃度のフルダラビンを培養物に加えた。IDO1発現レベルを実施例1Aに記載されるようにフローサイトメトリーによって求め、平均蛍光強度（MFI）を計算した。細胞生存性もまた評価した。
図9Aに示されるように、フルダラビンの添加により、IDO1レベルが用量依存的な様式で低下した。フルダラビンの影響により、IDO1の基底レベルが非刺激のCD19.A549細胞では低下すること、同様にまた、IDO1レベルのIFNγ媒介アップレギュレーションが非刺激のCD19.A549細胞ではIDO1の基底レベルよりも低いレベルに低下することが生じた。図9Bに示されるように、24時間のフルダラビン処理はCD19.A549細胞の生存性に実質的に影響しなかった。
経時的なCD19.A549細胞の生存性およびアポトーシスに対する高用量のフルダラビンの影響もまた評価した。CD19.A549細胞をIFNγとともに、または伴うことなく、48時間インキュベーションした。48時間後、0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μM、200μMまたは1000μMの用量のフルダラビンを加えた。IDO1発現および生存性％を24時間毎に96時間、上記のように測定し、アポトーシスを24時間毎に96時間、アネキシンV染色を使用して測定した。より高用量のフルダラビンでは、低下した細胞生存性および増大したアポトーシスが培養において24時間後以降において生じることが認められ（図9C）、より低用量のフルダラビンでは、IDO1発現レベルがIFNγ刺激のCD19.A549細胞において時間とともに影響されないことが認められた（図9D）。
実施例5:抗CD19 CAR発現T細胞と、IDO発現をCAR-T活性に応答して誘導することができるCD19発現腫瘍細胞との共培養におけるトリプトファン補充
CAR T細胞を標的細胞およびIDO1阻害剤（エパカドスタット）または補充トリプトファンのどちらかとともに共培養した。CAR発現T細胞を、実質的には実施例1に記載されるように作製した。
A．IDO1阻害剤またはトリプトファンの存在下でのCAR T細胞の増殖
抗CD19 CAR発現T細胞を、共培養の開始時に加えられる0 nM、10 nM、100 nMおよび1000 nMのエパカドスタットの存在下、または24時間毎に培養物に加えられる5μg/mLのトリプトファンの存在下、1:1のエフェクター:標的（E:T）比でCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と96時間インキュベーションした。
図10Aは、個々のウエルについて観察されるCD3＋細胞数の総数を示す。図10Aに示されるように、経時的にではあるが、類似するT細胞数が、細胞が補充トリプトファンまたは100 nMもしくは1000 nMのエパカドスタットとともに培養された後で認められた。これらの結果は、補充トリプトファンはCAR T細胞の増殖および/または生存をトリプトファン飢餓環境において、および/または、IDO発現が、例えば、CAR活性に応答するなどしてその環境では細胞表面に誘導された環境において回復させることができ、そして、トリプトファン飢餓が腫瘍または随伴細胞（例えば、TMEでの随伴細胞など）におけるIDOの誘導の抑制的影響の原因となっているかもしれないという知見と一致していた。いくつかの局面において、トリプトファンおよび/またはIDO阻害剤あるいは他のトリプトファン代謝調節剤またはトリプトファン経路調節剤による回復が、例えば、IDOが、例えば、CAR-T細胞により誘導される活性に応答するなどして誘導される環境において、CAR T細胞の機能および/または活性の抑制を打ち消すために使用される場合がある。
B．サイトカイン放出
顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）、インターロイキン-2（IL-2）および腫瘍壊死因子-アルファ（TNFα）の量を、上記の実施例5.Aに記載される共培養物の上清において評価した。
図10B、図10Cおよび図10Eに示されるように、エパカドスタット（10 nM、100 nMまたは1000 nM）または補充トリプトファンが共培養において存在する場合、添加エパカドスタットまたは補充トリプトファンの非存在下での共培養と比較して、増大したレベルのGM-CSF、IFNγおよびTNFαがそれぞれもたらされた。図10Dに示されるように、IL-2のレベルが、エパカドスタット（10 nM、100 nMまたは1000 nM）または補充トリプトファンを含有する共培養物では72時間までの間は増大し、これらのレベルが96時間では低下した。これらの結果は、補充トリプトファンはCAR T細胞の増殖および/または生存をトリプトファン飢餓環境において、および/または、IDO発現が、例えば、CAR活性に応答するなどしてその環境では細胞表面に誘導された環境において回復させることができ、そして、トリプトファン飢餓が腫瘍または随伴細胞（例えば、TMEでの随伴細胞など）におけるIDOの誘導の抑制的影響の原因となっているかもしれないという知見と一致していた。
C．細胞表現型マーカーの発現
CD25の細胞表面発現を、上記の実施例5.Aに記載される共培養物からのCD4＋およびCD8＋のCAR発現T細胞に対してフローサイトメトリーによって評価した。
図10Fおよび図10Gに示されるように、CD4＋またはCD8＋のT細胞がCD19.A549細胞（誘導されたIDO1発現が可能であるIDO1＋標的細胞）と共培養された後では、CD25の認められた表面発現レベル（平均蛍光強度（MFI））が、補充トリプトファンまたは100 nMもしくは1000 nMのエパカドスタットが培養物に存在する場合には低下した。これらの結果は、補充トリプトファンはCAR T細胞の増殖および/または生存をトリプトファン飢餓環境において、および/または、IDO発現が、例えば、CAR活性に応答するなどしてその環境では細胞表面に誘導された環境において回復させることができ、そして、トリプトファン飢餓が腫瘍または随伴細胞（例えば、TMEでの随伴細胞など）におけるIDOの誘導の抑制的影響の原因となっているかもしれないという知見と一致していた。
実施例6:種々の細胞におけるインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）発現の評価
A．インターフェロンγ（IFNγ）またはCAR T細胞の存在下での骨髄間質細胞におけるIDO1の発現
インドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）の発現レベルを、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）による刺激、またはCAR発現T細胞との共インキュベーションによる刺激を行ったときに骨髄間質細胞において求めた。骨髄間質細胞は、TMEに存在するバイスタンダー細胞（例えば、非腫瘍細胞）の例である。
HS-5ヒト骨髄間質細胞を20ng/mLの組換えヒトIFNγにより24時間にわたって刺激した。
図11Aに示されるように、HS-5骨髄間質細胞がIFNγとインキュベーションされた場合、細胞におけるIDO1発現の増大がもたらされた。HS-5細胞が標的癌細胞およびCAR＋T細胞と共培養された場合にもまた、HS-5細胞におけるIDO1発現の増大がもたらされた。これらの結果は、非腫瘍バイスタンダー細胞がIFNγまたは標的細胞およびCAR＋T細胞とインキュベーションされる場合には、IDO1発現がバイスタンダー細胞によって促進され得るという知見と一致していた。
B．インターフェロンガンマ（IFNγ）の存在下での樹状細胞およびマクロファージにおけるIDO1の発現
腫瘍関連のマクロファージおよび樹状細胞を含めて、TMEに存在する骨髄性細胞が、IDO1を発現するように誘導され得るかどうかを評価するために、インターフェロンγ（IFNγ）またはリポ多糖（LPS）によって刺激されたときの樹状細胞およびマクロファージにおけるIDO1の発現レベルをフローサイトメトリーによって求めた。樹状細胞を6日間、GM-CSFおよびインターロイキン-4（IL-4）を伴う単一培養に供し、マクロファージを6日間、M-CSFを伴う単一培養に供した。単一培養後、細胞をIFNγおよび/またはLPSにより24時間にわたって刺激し、IDO1発現をフローサイトメトリーによって求めた。図11Bに示されるように、樹状細胞（DC）は、IFNγによって刺激されたとき、IDO1発現を誘導し、M1マクロファージ（MΦ）はLPS刺激の非存在下でIDO1発現を誘導した。
C．IDO＋骨髄間質細胞の存在下でのCAR T細胞の増殖
IDO1発現骨髄間質細胞またはIDO1阻害剤の存在下でのCAR T細胞の増殖を求めた。CAR T細胞と、CARによって認識される抗原を発現する標的癌細胞とを、HS-5細胞（誘導されたIDO1発現が可能であるIDO1＋のバイスタンダー細胞）の存在下または非存在下、様々な濃度のエパカドスタットの存在下において96時間にわたって共培養した。CAR T細胞の増殖が、IDO1阻害剤のエパカドスタットの存在下または非存在下においてIDO1＋骨髄幹細胞の存在によって実質的に影響されなかった。
実施例7:標的細胞、初代ヒトT細胞、キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞、樹状細胞およびマクロファージでのL型アミノ酸輸送体（LAT）発現の評価
A．LAT1の発現レベル
様々な細胞によるL型アミノ酸輸送体1（LAT1、これはヒトではSLC7A5遺伝子によってコードされる）の発現レベルを評価した。
Daudi細胞、K562細胞、HS-5細胞（ヒト骨髄間質細胞）およびA549細胞でのLAT1発現を、抗LAT1抗体を使用してフローサイトメトリーによって測定した。結果を図12Aに示す。例示的なmRNA発現レベルが下記の表1に示される（Cancer Cell Line Encyclopedia［癌細胞株エンサイクロペディア］（CCLE）データベースを参照のこと）。
（表１）癌細胞株におけるSLC7A発現レベル（癌細胞株エンサイクロペディア（CCLE）から）
Figure 2022166232000007
受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）を発現する細胞株におけるLAT1発現レベルを、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）による刺激の後、抗LAT1抗体を使用してフローサイトメトリーによって測定した。上記の実施例1Cに記載されるHCC1806、H2286、H1975、H1299、BT-549およびCD19.A549を20ng/mLの組換えヒトIFNγにより一晩刺激し、LAT1発現について評価した。結果を図12Bに示す。
B．樹状細胞およびマクロファージでのLAT1の発現レベル
培養物が実施例6Bに記載されるようにインターフェロン-ガンマ（IFNγ）またはリポ多糖（LPS）により刺激された後の樹状細胞およびマクロファージにおけるLAT1発現レベルをフローサイトメトリーによって求めた。結果を図12Cに示す。LAT1発現がまた、CAR発現T細胞を含めて、活性化後のT細胞において増大することが認められた。
C．CAR T細胞でのLAT1およびCD98hcの発現レベル
（LAT1をコードする）SLC7A5のmRNAの発現レベルを、様々な抗CD19 CAR発現T細胞集団を含めて、様々な初代ヒトT細胞集団においてRNAseqを使用して評価した。具体的には、3つの異なる抗CD19 CAR＋T細胞組成物のそれぞれについて、CD4＋およびCD8＋の細胞集団を別々に評価した。それぞれの集団について、細胞を、CARを発現させるための初代ヒトT細胞の操作（一般には、選抜、ウイルス形質導入、拡大および凍結保存を介した操作）および解凍の後で、または、CD19抗原を発現する標的細胞の存在下でのその後の刺激の後で評価した。SLC7A5のmRNAレベルもまた、異なるCD19標的化されたCAR＋細胞組成物のうちの1つを作製するために操作された出発初代ヒトPBMCサンプルからのCD4＋細胞およびCD8＋細胞において評価した。結果は、それぞれのサンプルにおけるLAT1 mRNAの発現を、ヒトPBMCサンプルの細胞と比較して、CAR発現細胞における増大したLAT1 mRNAとともに示し、また、CAR標的抗原を発現する細胞の存在下でのCAR-T細胞の刺激の後での、増大したレベルを示した。類似する結果が、 について認められた。
加えて、（LAT1の軽鎖をコードする）SLC7A5のmRNAと、（CD98重鎖をコードする）SLC3A2のmRNAとが、例示的な抗CD19 CAR＋T細胞組成物のうちの1つにおいて類似するレベルで認められた。
LAT1タンパク質発現レベルを、抗LAT1抗体を使用するフローサイトメトリーによって、2つの異なるCARを発現する細胞、ヒト末梢血単核細胞（PBMC）サンプルのCD4＋集団およびCD8＋集団、ならびにA549腫瘍細胞株細胞において比較した。結果は、CAR T細胞におけるLAT1発現が、PBMCサンプルと比較してより高いこと、そして、腫瘍細胞（A549細胞）におけるLAT1発現が、PBMC集団およびCAR＋集団の両方と比較して実質的に増大していることを示した。
実施例8:IDO1 ＋ かつLAT1 - の骨髄間質細胞と共培養されるキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞の増殖
高レベルのLAT1を発現しないIDO1＋細胞とともに培養されるCAR発現T細胞の増殖を評価した。
CARを発現するCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞をCellTrace（商標）violet（ThermoFisher）色素により標識し、CARによって認識される抗原を発現する標的細胞との共培養（1:1のE:T比）、HS-5ヒト骨髄間質細胞（誘導されたIDO1発現が可能であるIDO1＋のバイスタンダー細胞）との共培養（1:1のCAR＋:バイスタンダー細胞比）、または標的細胞およびHS-5細胞の両方との共培養（1:1:1のCAR＋:標的:バイスタンダー細胞比）を96時間行った。HS-5バイスタンダー細胞はIDO1を高発現し、LAT1を低発現する。CD4＋ CAR発現T細胞およびCD8＋ CAR発現T細胞の増殖をCellTrace（商標）violet色素の希釈によって求めた。
結果は、図13に示されるように、標的細胞およびCAR T細胞の共培養では、CAR T細胞の増殖が誘導され、これに対して、HS-5バイスタンダー細胞だけおよびCAR T細胞の共培養では、CAR T細胞の増殖が誘導されなかったことを示した。標的細胞およびHS-5細胞の両方との共培養では、標的細胞との共培養と類似する増殖が示された。これらの結果は、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）により刺激されたときにIDO1を発現するように誘導することができるが、LAT1を高発現しないHS-5細胞の存在は、刺激されたときのCAR T細胞の増殖に影響を及ぼさないという知見と一致していた。
実施例9:トリプトファン飢餓およびトリプトファン補充
A．IDO1発現標的細胞による阻害の後におけるCAR T細胞への補充トリプトファンの添加
実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現細胞をCellTrace（商標）Violet色素により標識し、単独で、あるいは5μg/mLの補充トリプトファン（24時間毎に添加）または250 nMのIDO阻害剤（エパカドスタット）の存在下で96時間、IDO1＋のA549.CD19細胞と培養した。増殖をフローサイトメトリーによって評価し、それぞれのウエルにおけるCAR＋T細胞数を求めた。
結果を図14Aおよび図14Bに示す。標的細胞の存在下で共培養されるCAR-T細胞へのトリプトファン補充（この状況ではIDO1をアップレギュレーションし、増殖を阻害することが認められた）は、CAR-T細胞の増殖を、処理なし（no Tx）と比較した場合、IDO阻害剤の添加によって認められる程度と類似する程度に回復させることが認められた。これらの結果は、トリプトファン飢餓がIDO1発現標的細胞の阻害的影響をIDOのCAR-T細胞誘発アップレギュレーションの後で媒介しているという結論と一致している。
B．CAR-T抗原特異的な機能に対するトリプトファン飢餓の影響
CAR-T細胞の抗原誘発機能に対するトリプトファン飢餓の影響を評価した。CellTrace（商標）violetにより標識されたCAR発現T細胞を、様々な濃度の補充トリプトファンの添加を伴って、または伴うことなく、トリプトファン枯渇培地ではIDO1発現を誘導しないことが認められていた標的細胞（CD19が形質導入されたK562ヒト骨髄性白血病標的細胞（CD19.K562））と共培養した。トリプトファン含有培地を対照として使用した（Trp対照）。標的細胞の細胞数および増殖（これらをCTV色素希釈によるフローサイトメトリーによって評価した;MFI＝平均蛍光強度）。
結果を、図15A、図15Bおよび図15Cに示す。結果は、CAR T細胞の抗原特異的機能に対するトリプトファン飢餓の阻害的影響と一致していた。この場合、この阻害的影響は、培養期間中の補充トリプトファンの添加によって元に戻すことができる、アップレギュレーションされたIDO1の存在下において認められる阻害的影響と類似していた。
類似する研究を、トリプトファン飢餓の影響を評価するために行った。しかし、この場合には、CAR媒介機能を、抗原発現標的細胞とは対照的に、CARについて特異的なアゴニスト性の抗イディオタイプ抗体を使用して誘導した。実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現細胞を、単独でのトリプトファン枯渇培地、または様々な濃度のトリプトファンが補充されるトリプトファン枯渇培地において、プレート結合抗イディオタイプアゴニスト抗体を使用して96時間にわたって刺激した。ウエルあたりのCD3＋細胞の数を求めた。例示的な研究からの代表的な結果を図15Dおよび図15Eに示す（3名の異なるドナーからの結果）。類似する結果が、異なる抗原に向けられるCARを発現するT細胞を使用する同様の実験において認められた。これらの結果は、補充トリプトファンによって元に戻すことができる、トリプトファン飢餓によるCAR媒介機能の阻害と一致していた。
C．トリプトファン飢餓条件またはトリプトファン十分条件のもとでの抗原に対する再曝露の後におけるCAR-T機能に対するトリプトファン飢餓条件の影響
実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現細胞を、（記載されるように、CAR-T共培養後にIDO1発現を示すことが認められる）CD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と96時間インキュベーションした。共培養を、0 nM、15.6 nM、62.5 nM、250 nMまたは1000 nMのIDO阻害剤（エパカドスタット）の存在下で96時間行った。結果を図16Aに示す。
エパカドスタット非存在（0 nM）でインキュベーションされていた細胞を続いて、新鮮な標的細胞または他のさらなる刺激剤を加えることなく、24時間毎に培養物に加えられる補充トリプトファンを伴って、または伴うことなく、さらに96時間培養した。結果を図16Bに示す。
図16Bに示されるように、IDO媒介阻害の後において、エパカドスタット非存在でインキュベーションされるトリプトファン補充CAR＋T細胞の増殖、すなわち、T細胞数における類似する増大が、補充トリプトファンの有無にかかわりなく、続く96時間のインキュベーションの後で経時的に認められた。
抗原に対する続く再曝露の後におけるCAR-T機能（増殖、サイトカイン産生）に対するトリプトファン飢餓の影響を評価した。実質的には実施例1に記載されるように2名の異なるドナーからのT細胞を使用して作製された抗CD19 CAR発現細胞を、エパカドスタット非存在の細胞培地（処理なし（no Tx））、または250 nMのエパカドスタットを含む細胞培地（エパカドスタット）において96時間、IDO1誘導が可能であることが認められるCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と共培養した。細胞を集め、計数し、補充されたトリプトファンを含む、または含まないトリプトファン枯渇培地（96時間での「no tx」培養物からの培地）において新鮮なCD19発現A549標的細胞（CD19.A549）と再培養した。インターフェロン-ガンマ（IFNγ）およびインターロイキン-2（IL-2）の細胞内レベルを細胞内サイトカイン染色によって評価し、この特定の細胞内サイトカイン産生について陽性であると思われるCD4＋細胞またはCD8＋細胞の割合を求めた。
結果を図16Cおよび図16Dに示す。示されるように、トリプトファン飢餓であると見なされるCAR-T細胞（インキュベーション条件下でIDO-1発現を誘導することが見られる標的細胞と、IDO阻害剤非存在（no Tx）でインキュベーションされていたCAR-T細胞）は、細胞が標的細胞と再遭遇した後では（IDO1阻害剤の存在下でインキュベーションされていたCAR-T細胞と比較して）サイトカイン産生における低下を示した。認められた低下が、続く培養におけるトリプトファン補充により部分的に回復し、このことは、CAR-T細胞のトリプトファン飢餓の後におけるトリプトファンの添加は、必ずしもすべてではないが、いくらかの機能性を回復させることができるかもしれないという観察結果と一致していた。
実施例10:CD19発現腫瘍細胞と培養されるCAR発現T細胞の増殖に対する増大したトリプトファン代謝産物の影響
トリプトファン代謝産物を、トリプトファン代謝産物の存在がCAR T細胞の増殖に影響するかどうかを明らかにするためにCAR＋T細胞およびIDO-標的細胞の共培養物に加えた。
実質的には実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現T細胞をCellTrace（商標）violet（ThermoFisher）色素により標識し、洗浄し、CD19.Daudi標的細胞（IDO1発現を誘導しないことが認められたIDO1-標的細胞）との96時間の共培養を、0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μMおよび100μMのL-キヌレニン、3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）、または、それぞれが0μM、6.25μM、12.5μM、25μM、50μMおよび100μMのL-キヌレニンおよび3-HAAの存在下、1:1のエフェクター:標的（E:T）比で行った。L-キヌレニンおよび3-HAAは、トリプトファンのIDO1媒介酸化の結果として生じる代謝産物である。細胞をCD4およびCD8の表面発現について染色した。T細胞集団の増殖をCellTrace（商標）violet色素の希釈度に基づいてフローサイトメトリーによって求めた。
図17Aに示されるように、トリプトファン代謝産物のL-キヌレニンおよび3-HAAの存在は、CD19.Daudi標的細胞と共培養されたとき、CAR T細胞の増殖を阻害しなかった。
類似する研究を、抗CD19 CAR発現細胞の、IDO1-CD19.K562細胞との共培養を、6.25μM～100μMのL-キヌレニン、3-ヒドロキシアントラニル酸（3-HAA）、またはそれぞれが6.25μM～100μMのL-キヌレニンおよび3-HAAの存在下で96時間行うことによって行った。ウエルあたりのCD3＋細胞の数を、CountBrightビーズを使用して求めた。図17Bに示されるように、トリプトファン代謝産物のL-キヌレニンおよび3-HAAの存在は、CD19.K562標的細胞と共培養されたとき、CAR T細胞数に実質的な影響を及ぼさなかった。
実施例11:トリプトファン飢餓からの回復の評価
CAR発現T細胞を様々な期間にわたってトリプトファンについて飢餓状態にし、トリプトファン飢餓後の細胞増殖およびサイトカイン産生の回復を評価した。
実施例1に記載されるように作製された抗CD19 CAR発現T細胞を、24時間、48時間、72時間または96時間にわたってトリプトファン飢餓条件（化学的に定義されたトリプトファン非含有培地）において培養した（24、48、72または96 hr Trp飢餓）。示された時間にわたるトリプトファン飢餓の後、補充トリプトファンを培養物に加えた。その後、細胞を、24時間、48時間、72時間または96時間で細胞が集められるまでトリプトファンの存在下で培養した。トリプトファン十分条件を反映する対照として、細胞をそれぞれの期間にわたってトリプトファン十分培地（完全培地）で培養した。ウエルあたりのCD3＋細胞の数を評価した。インターフェロン-ガンマ（IFNγ）および腫瘍壊死因子アルファ（TNFα）の細胞内産生を細胞内サイトカイン染色によって評価し、サイトカイン蓄積について陽性であるCD4＋細胞またはCD8＋細胞の割合を求めた。
結果を図18Aに示す。結果は、トリプトファン飢餓は少なくとも48時間以上にわたって細胞の増殖能を低下させるという観察結果と一致していた。補充トリプトファンの添加は増殖能を96時間まで完全には回復させないことが認められた。類似する結果が、トリプトファン飢餓になったCD4＋細胞またはCD8＋細胞のサイトカイン産生を評価したときに認められた（IFNγ（図18Bまたは図18C、それぞれ）またはTNFα（図18Dまたは図18E、それぞれ））。これらの結果は、24時間超（例えば、48時間超）にわたるCAR-T細胞のトリプトファン飢餓が、正常なトリプトファンレベルまたは十分なトリプトファンレベルの回復によって必ずしも回復されないことがある損なわれた機能をもたらす場合があるという知見と一致していた。
実施例12:トリプトファン飢餓条件におけるキメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞についての遺伝子発現分析
CAR発現T細胞を、CAR標的抗原が存在するトリプトファン飢餓状態での遺伝子発現における変化およびシグナル伝達経路の変化を評価するためにRNASeqによって分析した。
実質的には上記の実施例1に記載されるように7名の異なるドナーからのT細胞を使用して作製されたCAR発現T細胞を、最適な濃度のトリプトファン（5μg/mL;トリプトファン十分）または準最適な濃度のトリプトファン（0.625μg/mL;トリプトファン飢餓）が補われるトリプトファン非含有培地において2日間、プレート結合抗イディオタイプ抗体により刺激した。集めた細胞からのRNAを単離した。バーコードを付与した鎖特異的cDNAライブラリーを調製した。サンプルを配列決定して、75塩基のシングルエンド（single end）RNAseqリードを得た。
RNASeqリードをヒトゲノムに対してマッピングし、アライメントした。遺伝子レベルの示差的発現分析を、ドナーおよび処理を考慮に入れて行った。示差的発現分析の前に、遺伝子セットを選別して、タンパク質コード遺伝子を得た。示差的に発現した遺伝子を、±1のlog2変化倍数カットオフおよび0.01のBenjamini-Hochberg調整偽陽性発見率（FDR）カットオフを課すことによって特定した。
トリプトファン十分条件（Ctrl）と、トリプトファン飢餓条件（Tryp）との間における遺伝子産物の発現（log10調整p値）差の統計学的有意性を、有意なアップレギュレーション（右側）またはダウンレギュレーション（左側）を受けている遺伝子を含めてそれぞれの遺伝子産物の発現のlog2変化倍数とともに表すボルカノプロットが図19Aに示される。eIF2α/ATF4統合ストレス応答経路のメンバー（ATF4およびDDIT3（これはまた、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）として知られる）をコードする2つの例示的な遺伝子についての、TPM（transcripts per kilobase million）値として表されるRNAseq結果を図19Bに示す。示されるように、これらの遺伝子は低トリプトファン条件において有意にアップレギュレーションされた。DDIT3（CHOP）のタンパク質発現がウェスタンブロットによって確認された。
図19Cは、トリプトファン飢餓条件において影響を受けることが発現分析に基づいて認められる細胞のシグナル伝達経路を評価する遺伝子オントロジー分析に基づく結果と、発現が変化したATF4経路に関与する遺伝子を示す例示的な概略図とを示す。
結果は、トリプトファン飢餓が、ストレス応答経路および他の経路に関与する遺伝子を含めて様々な遺伝子における遺伝子発現変化をもたらすという知見と一致していた。
実施例13:キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞を投与した後での腫瘍異種移植マウスモデルにおけるインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）発現の評価
腫瘍によって発現される抗原を標的とするCAR発現T細胞による処理（または処理なし（無処置））の後での腫瘍におけるIDO1の発現をマウス異種移植モデルにおいて評価した。
腫瘍異種移植マウスモデルを、5×106個のA549.CD19細胞（IDO＋）を皮下移植することによって作製した。腫瘍移植後19日で、処置群における動物に対して、抗CD19 CAR発現T細胞を投与した。CAR＋T細胞を投与した後9日目に、腫瘍を採取した。腫瘍サンプルを単一細胞懸濁物に処理し、これをフローサイトメトリーによって評価した。マウス細胞でない生細胞に対してゲーティングして、CD3、CD8およびIDOの発現を評価した。結果を図20に示す。結果は、CD8＋およびCD8陰性のCAR＋T細胞（マウス細胞でないCD3＋細胞）の両方が、非処置の動物ではなく、CAR＋T細胞により処置された動物では存在することを示していた。IDO1の発現が、非処置の動物ではなく、処置された動物において、（A549.CD19＋腫瘍細胞を含むことが推定される）マウス細胞でない非CD3＋細胞集団で認められた。結果は、腫瘍内の腫瘍特異的CAR-T細胞による腫瘍におけるIDOのアップレギュレーションと一致している。
腫瘍組織のホルマリン固定切片を染色し、CD3、CD19およびIDO1について免疫蛍光顕微鏡法によって評価した。CD19の堅固な染色が、ヒトCD3発現細胞によって取り囲まれかつ浸潤される腫瘍において認められた（これは、腫瘍を取り囲み、腫瘍に浸潤する抗CD19 CAR＋T細胞の存在と一致していた）。加えて、IDO1染色が、CD19＋腫瘍とCD3＋集団との境界面で認められた。これらの結果は、腫瘍を標的とするCAR＋T細胞を投与した後でのマウス異種移植腫瘍モデルにおけるIDO1発現のアップレギュレーションと一致していた。
実施例14:キメラ抗原受容体（CAR）発現T細胞を投与した後でのヒト対象生検材料におけるインドールアミン-ピロール2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO1）発現および適応免疫抵抗性の評価
IDO1の発現を、41BBおよびCD3ゼータの細胞質のシグナル伝達ドメインを含有する抗CD19 CARを発現する自己T細胞による単回注入の前後でびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）のヒト対象から得られる腫瘍生検サンプルにおいて評価した。
CAR＋T細胞を投与する前、および投与した7日後～20日後に対象から得られた腫瘍生検材料を評価した。腫瘍生検材料切片をヘマトキシリンおよびエオシン（H＆E）により染色し、組織特性および腫瘍特定のために評価した。生検材料におけるCAR＋細胞浸潤を、抗CD19 CARをコードするmRNAに対して特異的なインサイチューハイブリダイゼーション（ISH）プローブを使用して評価した。免疫蛍光染色を使用して、IDO1およびプログラム死リガンド1（PD-L1）のタンパク質発現を評価した。
図21に示されるように、CAR＋T細胞が投与されかつ腫瘍にCAR＋T細胞が局在化した後の数名のDLBCL対象の腫瘍では、IDO1およびPD-L1の発現が増大していた。
実施例15:アミノ酸輸送体を過剰発現させるためのCAR T細胞の操作
例示的な方法において、ヒト対象から単離されたT細胞が、キメラ抗原受容体（CAR）（例えば、抗CD19 CARなど）を発現させるために、また、アミノ酸輸送体またはその1つもしくは複数の鎖を過剰発現させるために、例えば、L型アミノ酸輸送体1（LAT1;SLC7A5）を軽鎖として含み、かつ、必要な場合にはCD98重鎖（CD98hc;4F2hc;SLC3A2）を重鎖として含む輸送体を過剰発現させるために操作される。CD4＋およびCD8＋のT細胞が対象からのアフェレーシス産物サンプルから選択される。いくつかの例において、CARをコードする1つまたは複数の核酸配列もまた、細胞に導入される。いくつかの例において、CARをコードする核酸配列は、形質導入を確認するために表面マーカー（例えば、EGFRt）に連結することができる。いくつかの場合において、1つまたは複数の核酸が、例えば、アミノ酸輸送体の1つまたは複数の鎖あるいは1つまたは複数のアミノ酸輸送体をコードする1つまたは複数のウイルスベクターに含まれる核酸が細胞に導入される。いくつかの場合において、コードされたアミノ酸輸送体は単量体である。いくつかの場合において、コードされたアミノ酸輸送体は二量体（例えば、ヘテロ二量体など）である。いくつかの例において、アミノ酸輸送体の鎖は、LAT1（SLC7A5）、LAT2（SLC7A8）、またはプロトン促進型（proton-assisted）アミノ酸輸送体4（PAT4;SLC36A4）が可能である。いくつかの例において、アミノ酸輸送体をコードする核酸配列はまた、CD98重鎖（CD98hc;4F2hc;SLC3A2）をコードする核酸配列を含む。いくつかの例において、アミノ酸輸送体（複数可）または鎖（複数可）をコードする核酸配列は、アミノ酸輸送体をコードする核酸配列による形質導入を確認するために、異なる表面マーカー（例えば、Thy1.1）をコードする核酸配列に連結される。
CARおよび/またはアミノ酸輸送体（複数可）もしくは鎖（複数可）をコードする核酸配列を含有する1つまたは複数のウイルスベクターが、ウイルス形質導入によってCD4＋細胞およびCD8＋細胞に導入される。いくつかの例において、導入後、細胞はさらに、例えば、細胞拡大を可能にするために、一般には37℃でインキュベーションされる。得られたT細胞はキメラ抗原受容体を発現し、アミノ酸輸送体を過剰発現する。
いくつかの例において、操作された細胞（例えば、CAR LAT1/CD98hc＋細胞）の機能が、トリプトファン飢餓条件（例えば、制限量のトリプトファンが補充される、ならびに/あるいはIDO1＋細胞および/またはLAT1＋細胞が存在するトリプトファン非含有培地）において評価される。
実施例16:アミノ酸飢餓調節因子の発現を低下させるためのCAR＋T細胞の操作
例示的な方法において、ヒト対象から単離されたT細胞が、キメラ抗原受容体（CAR）（例えば、抗CD19 CARなど）を発現させるために、また、アミノ酸飢餓調節因子の発現を低下させるために、または無効にするために操作される。いくつかの例において、前記T細胞が、アミノ酸飢餓調節因子（例えば、GCN2（general control non-derepressible 2）、真核生物翻訳開始因子2α（eIF2α）、活性化転写因子4（ATF4）、またはCCAAT/エンハンサー結合タンパク質相同タンパク質（CHOP）など）の発現を無効にするために、または低下させるために操作される。いくつかの例において、T細胞が、GCN2によって調節される経路の構成成分（例えば、CHOP、Gadd45α、Herp 4E-BP1、eIF4G、JAK1、NFκB-2、FK506-BP8またはIFNγ-R2）の発現を無効にするために、または低下させるために操作される。いくつかの例において、GCN2、eIF2α、ATF4またはCHOPの発現が、阻害性核酸によって、例えば、RNA干渉剤（例えば、短いヘアピンRNA（shRNA）または短い干渉RNA（siRNA））などによって無効にされ、または低下される。いくつかの例において、阻害性核酸または該阻害性核酸をコードする核酸分子がCAR発現細胞に導入される。いくつかの例において、GCN2、eIF2α、ATF4またはCHOPが、当該タンパク質をコードする遺伝子の破壊を介して無効にされ、または低下される。いくつかの例において、破壊が遺伝子編集によって達成される。例えば、GCN2、eIF2α、ATF4またはCHOPの破壊が、遺伝子編集ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、クラスター化された規則的間隔の短いパリンドローム核酸（CRISPR）/Cas9、および/またはTAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）を導入することによって達成される。いくつかの例において、遺伝子を標的とする核酸（例えば、ガイドRNA）もまた、操作されたT細胞に導入される。いくつかの場合において、遺伝子編集ヌクレアーゼおよび標的化用核酸（例えば、ガイドRNA）を含むリボ核タンパク質複合体（RNP）が細胞に導入される。
いくつかの例において、操作された細胞（例えば、CARを発現するGCN2-の細胞）の機能が、トリプトファン飢餓条件（例えば、制限量のトリプトファンが補充される、ならびに/あるいはIDO1＋細胞および/またはLAT1＋細胞が存在するトリプトファン非含有培地）において評価される。
本発明は、例えば、本発明の様々な局面を例示するために提供される特定の開示された態様に範囲が限定されることは意図されない。記載される組成物および方法に対する様々な改変が本明細書における説明および教示から明らかになるであろう。そのような変形は、本開示の真の範囲および精神から逸脱することなく実施され得るし、本開示の範囲内に含まれることが意図される。
配列
Figure 2022166232000008
Figure 2022166232000009
Figure 2022166232000010
Figure 2022166232000011
Figure 2022166232000012
Figure 2022166232000013
Figure 2022166232000014
Figure 2022166232000015
Figure 2022166232000016
Figure 2022166232000017
配列情報
SEQUENCE LISTING
<110> Juno Therapeutics, Inc.
<120> IMMUNOTHERAPY METHODS AND COMPOSITIONS INVOLVING TRYPTOPHAN
METABOLIC PATHWAY MODULATORS
<150> US 62/407,776
<151> 2016-10-13
<150> US 62/514,767
<151> 2017-06-02
<160> 73
<170> PatentIn version 3.5

<210> 1
<211> 12
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> spacer derived from homo sapiens igG4 hinge
<400> 1
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10

<210> 2
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> spacer derived from IgG4 hinge of Homo sapiens
<400> 2
gaatctaagt acggaccgcc ctgcccccct tgccct 36

<210> 3
<211> 119
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Hinge-CH3 spacer derived from
Homo sapiens
<400> 3
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Gly Gln Pro Arg
1 5 10 15
Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys
20 25 30
Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp
35 40 45
Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys
50 55 60
Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser
65 70 75 80
Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser
85 90 95
Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser
100 105 110
Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
115

<210> 4
<211> 229
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> spacer derived from Hinge-CH2-CH3 Homo sapiens
<400> 4
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe
1 5 10 15
Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr
20 25 30
Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val
35 40 45
Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val
50 55 60
Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser
65 70 75 80
Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu
85 90 95
Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser
100 105 110
Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro
115 120 125
Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln
130 135 140
Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala
145 150 155 160
Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr
165 170 175
Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser
195 200 205
Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser
210 215 220
Leu Ser Leu Gly Lys
225

<210> 5
<211> 282
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> IgD-hinge-Fc Homo sapiens
<400> 5
Arg Trp Pro Glu Ser Pro Lys Ala Gln Ala Ser Ser Val Pro Thr Ala
1 5 10 15
Gln Pro Gln Ala Glu Gly Ser Leu Ala Lys Ala Thr Thr Ala Pro Ala
20 25 30
Thr Thr Arg Asn Thr Gly Arg Gly Gly Glu Glu Lys Lys Lys Glu Lys
35 40 45
Glu Lys Glu Glu Gln Glu Glu Arg Glu Thr Lys Thr Pro Glu Cys Pro
50 55 60
Ser His Thr Gln Pro Leu Gly Val Tyr Leu Leu Thr Pro Ala Val Gln
65 70 75 80
Asp Leu Trp Leu Arg Asp Lys Ala Thr Phe Thr Cys Phe Val Val Gly
85 90 95
Ser Asp Leu Lys Asp Ala His Leu Thr Trp Glu Val Ala Gly Lys Val
100 105 110
Pro Thr Gly Gly Val Glu Glu Gly Leu Leu Glu Arg His Ser Asn Gly
115 120 125
Ser Gln Ser Gln His Ser Arg Leu Thr Leu Pro Arg Ser Leu Trp Asn
130 135 140
Ala Gly Thr Ser Val Thr Cys Thr Leu Asn His Pro Ser Leu Pro Pro
145 150 155 160
Gln Arg Leu Met Ala Leu Arg Glu Pro Ala Ala Gln Ala Pro Val Lys
165 170 175
Leu Ser Leu Asn Leu Leu Ala Ser Ser Asp Pro Pro Glu Ala Ala Ser
180 185 190
Trp Leu Leu Cys Glu Val Ser Gly Phe Ser Pro Pro Asn Ile Leu Leu
195 200 205
Met Trp Leu Glu Asp Gln Arg Glu Val Asn Thr Ser Gly Phe Ala Pro
210 215 220
Ala Arg Pro Pro Pro Gln Pro Gly Ser Thr Thr Phe Trp Ala Trp Ser
225 230 235 240
Val Leu Arg Val Pro Ala Pro Pro Ser Pro Gln Pro Ala Thr Tyr Thr
245 250 255
Cys Val Val Ser His Glu Asp Ser Arg Thr Leu Leu Asn Ala Ser Arg
260 265 270
Ser Leu Glu Val Ser Tyr Val Thr Asp His
275 280

<210> 6
<211> 24
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> T2A sequence artificial
<400> 6
Leu Glu Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp
1 5 10 15
Val Glu Glu Asn Pro Gly Pro Arg
20

<210> 7
<211> 335
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> tEGFR artificial
<400> 7
Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly Glu Phe Lys Asp Ser Leu
1 5 10 15
Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe Lys Asn Cys Thr Ser Ile
20 25 30
Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala Phe Arg Gly Asp Ser Phe
35 40 45
Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu Leu Asp Ile Leu Lys Thr
50 55 60
Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile Gln Ala Trp Pro Glu Asn
65 70 75 80
Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu Glu Ile Ile Arg Gly Arg
85 90 95
Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala Val Val Ser Leu Asn Ile
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Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu Ile Ser Asp Gly Asp Val
115 120 125
Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr Ala Asn Thr Ile Asn Trp
130 135 140
Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys Thr Lys Ile Ile Ser Asn
145 150 155 160
Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly Gln Val Cys His Ala Leu
165 170 175
Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu Pro Arg Asp Cys Val Ser
180 185 190
Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys Val Asp Lys Cys Asn Leu
195 200 205
Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu Asn Ser Glu Cys Ile Gln
210 215 220
Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met Asn Ile Thr Cys Thr Gly
225 230 235 240
Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala His Tyr Ile Asp Gly Pro
245 250 255
His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val Met Gly Glu Asn Asn Thr
260 265 270
Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His Val Cys His Leu Cys His
275 280 285
Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro Gly Leu Glu Gly Cys Pro
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Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala Thr Gly Met Val Gly Ala
305 310 315 320
Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly Ile Gly Leu Phe Met
325 330 335

<210> 8
<211> 27
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> CD28 (amino acids 153-179 of Accession No. P10747)
Homo sapiens
<400> 8
Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu
1 5 10 15
Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe Trp Val
20 25

<210> 9
<211> 66
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> CD28 (amino acids 114-179 of Accession No. P10747)
Homo sapiens
<400> 9
Ile Glu Val Met Tyr Pro Pro Pro Tyr Leu Asp Asn Glu Lys Ser Asn
1 5 10 15
Gly Thr Ile Ile His Val Lys Gly Lys His Leu Cys Pro Ser Pro Leu
20 25 30
Phe Pro Gly Pro Ser Lys Pro Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly
35 40 45
Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe
50 55 60
Trp Val
65

<210> 10
<211> 41
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> CD28 (amino acids 180-220 of P10747)
Homo sapiens
<400> 10
Arg Ser Lys Arg Ser Arg Leu Leu His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr
1 5 10 15
Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro
20 25 30
Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser
35 40

<210> 11
<211> 41
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CD28 (LL to GG) Homo sapiens
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<221> MISC_FEATURE
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<210> 20
<211> 2549
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<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> MTOR_HUMAN Serine/threonine-protein kinase mTOR; UniProt No.
P42345
<400> 20
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Ala Phe Arg Pro Ser Ala Phe Thr Asp Thr Gln Tyr Leu Gln Asp Thr
405 410 415
Met Asn His Val Leu Ser Cys Val Lys Lys Glu Lys Glu Arg Thr Ala
420 425 430
Ala Phe Gln Ala Leu Gly Leu Leu Ser Val Ala Val Arg Ser Glu Phe
435 440 445
Lys Val Tyr Leu Pro Arg Val Leu Asp Ile Ile Arg Ala Ala Leu Pro
450 455 460
Pro Lys Asp Phe Ala His Lys Arg Gln Lys Ala Met Gln Val Asp Ala
465 470 475 480
Thr Val Phe Thr Cys Ile Ser Met Leu Ala Arg Ala Met Gly Pro Gly
485 490 495
Ile Gln Gln Asp Ile Lys Glu Leu Leu Glu Pro Met Leu Ala Val Gly
500 505 510
Leu Ser Pro Ala Leu Thr Ala Val Leu Tyr Asp Leu Ser Arg Gln Ile
515 520 525
Pro Gln Leu Lys Lys Asp Ile Gln Asp Gly Leu Leu Lys Met Leu Ser
530 535 540
Leu Val Leu Met His Lys Pro Leu Arg His Pro Gly Met Pro Lys Gly
545 550 555 560
Leu Ala His Gln Leu Ala Ser Pro Gly Leu Thr Thr Leu Pro Glu Ala
565 570 575
Ser Asp Val Gly Ser Ile Thr Leu Ala Leu Arg Thr Leu Gly Ser Phe
580 585 590
Glu Phe Glu Gly His Ser Leu Thr Gln Phe Val Arg His Cys Ala Asp
595 600 605
His Phe Leu Asn Ser Glu His Lys Glu Ile Arg Met Glu Ala Ala Arg
610 615 620
Thr Cys Ser Arg Leu Leu Thr Pro Ser Ile His Leu Ile Ser Gly His
625 630 635 640
Ala His Val Val Ser Gln Thr Ala Val Gln Val Val Ala Asp Val Leu
645 650 655
Ser Lys Leu Leu Val Val Gly Ile Thr Asp Pro Asp Pro Asp Ile Arg
660 665 670
Tyr Cys Val Leu Ala Ser Leu Asp Glu Arg Phe Asp Ala His Leu Ala
675 680 685
Gln Ala Glu Asn Leu Gln Ala Leu Phe Val Ala Leu Asn Asp Gln Val
690 695 700
Phe Glu Ile Arg Glu Leu Ala Ile Cys Thr Val Gly Arg Leu Ser Ser
705 710 715 720
Met Asn Pro Ala Phe Val Met Pro Phe Leu Arg Lys Met Leu Ile Gln
725 730 735
Ile Leu Thr Glu Leu Glu His Ser Gly Ile Gly Arg Ile Lys Glu Gln
740 745 750
Ser Ala Arg Met Leu Gly His Leu Val Ser Asn Ala Pro Arg Leu Ile
755 760 765
Arg Pro Tyr Met Glu Pro Ile Leu Lys Ala Leu Ile Leu Lys Leu Lys
770 775 780
Asp Pro Asp Pro Asp Pro Asn Pro Gly Val Ile Asn Asn Val Leu Ala
785 790 795 800
Thr Ile Gly Glu Leu Ala Gln Val Ser Gly Leu Glu Met Arg Lys Trp
805 810 815
Val Asp Glu Leu Phe Ile Ile Ile Met Asp Met Leu Gln Asp Ser Ser
820 825 830
Leu Leu Ala Lys Arg Gln Val Ala Leu Trp Thr Leu Gly Gln Leu Val
835 840 845
Ala Ser Thr Gly Tyr Val Val Glu Pro Tyr Arg Lys Tyr Pro Thr Leu
850 855 860
Leu Glu Val Leu Leu Asn Phe Leu Lys Thr Glu Gln Asn Gln Gly Thr
865 870 875 880
Arg Arg Glu Ala Ile Arg Val Leu Gly Leu Leu Gly Ala Leu Asp Pro
885 890 895
Tyr Lys His Lys Val Asn Ile Gly Met Ile Asp Gln Ser Arg Asp Ala
900 905 910
Ser Ala Val Ser Leu Ser Glu Ser Lys Ser Ser Gln Asp Ser Ser Asp
915 920 925
Tyr Ser Thr Ser Glu Met Leu Val Asn Met Gly Asn Leu Pro Leu Asp
930 935 940
Glu Phe Tyr Pro Ala Val Ser Met Val Ala Leu Met Arg Ile Phe Arg
945 950 955 960
Asp Gln Ser Leu Ser His His His Thr Met Val Val Gln Ala Ile Thr
965 970 975
Phe Ile Phe Lys Ser Leu Gly Leu Lys Cys Val Gln Phe Leu Pro Gln
980 985 990
Val Met Pro Thr Phe Leu Asn Val Ile Arg Val Cys Asp Gly Ala Ile
995 1000 1005
Arg Glu Phe Leu Phe Gln Gln Leu Gly Met Leu Val Ser Phe Val
1010 1015 1020
Lys Ser His Ile Arg Pro Tyr Met Asp Glu Ile Val Thr Leu Met
1025 1030 1035
Arg Glu Phe Trp Val Met Asn Thr Ser Ile Gln Ser Thr Ile Ile
1040 1045 1050
Leu Leu Ile Glu Gln Ile Val Val Ala Leu Gly Gly Glu Phe Lys
1055 1060 1065
Leu Tyr Leu Pro Gln Leu Ile Pro His Met Leu Arg Val Phe Met
1070 1075 1080
His Asp Asn Ser Pro Gly Arg Ile Val Ser Ile Lys Leu Leu Ala
1085 1090 1095
Ala Ile Gln Leu Phe Gly Ala Asn Leu Asp Asp Tyr Leu His Leu
1100 1105 1110
Leu Leu Pro Pro Ile Val Lys Leu Phe Asp Ala Pro Glu Ala Pro
1115 1120 1125
Leu Pro Ser Arg Lys Ala Ala Leu Glu Thr Val Asp Arg Leu Thr
1130 1135 1140
Glu Ser Leu Asp Phe Thr Asp Tyr Ala Ser Arg Ile Ile His Pro
1145 1150 1155
Ile Val Arg Thr Leu Asp Gln Ser Pro Glu Leu Arg Ser Thr Ala
1160 1165 1170
Met Asp Thr Leu Ser Ser Leu Val Phe Gln Leu Gly Lys Lys Tyr
1175 1180 1185
Gln Ile Phe Ile Pro Met Val Asn Lys Val Leu Val Arg His Arg
1190 1195 1200
Ile Asn His Gln Arg Tyr Asp Val Leu Ile Cys Arg Ile Val Lys
1205 1210 1215
Gly Tyr Thr Leu Ala Asp Glu Glu Glu Asp Pro Leu Ile Tyr Gln
1220 1225 1230
His Arg Met Leu Arg Ser Gly Gln Gly Asp Ala Leu Ala Ser Gly
1235 1240 1245
Pro Val Glu Thr Gly Pro Met Lys Lys Leu His Val Ser Thr Ile
1250 1255 1260
Asn Leu Gln Lys Ala Trp Gly Ala Ala Arg Arg Val Ser Lys Asp
1265 1270 1275
Asp Trp Leu Glu Trp Leu Arg Arg Leu Ser Leu Glu Leu Leu Lys
1280 1285 1290
Asp Ser Ser Ser Pro Ser Leu Arg Ser Cys Trp Ala Leu Ala Gln
1295 1300 1305
Ala Tyr Asn Pro Met Ala Arg Asp Leu Phe Asn Ala Ala Phe Val
1310 1315 1320
Ser Cys Trp Ser Glu Leu Asn Glu Asp Gln Gln Asp Glu Leu Ile
1325 1330 1335
Arg Ser Ile Glu Leu Ala Leu Thr Ser Gln Asp Ile Ala Glu Val
1340 1345 1350
Thr Gln Thr Leu Leu Asn Leu Ala Glu Phe Met Glu His Ser Asp
1355 1360 1365
Lys Gly Pro Leu Pro Leu Arg Asp Asp Asn Gly Ile Val Leu Leu
1370 1375 1380
Gly Glu Arg Ala Ala Lys Cys Arg Ala Tyr Ala Lys Ala Leu His
1385 1390 1395
Tyr Lys Glu Leu Glu Phe Gln Lys Gly Pro Thr Pro Ala Ile Leu
1400 1405 1410
Glu Ser Leu Ile Ser Ile Asn Asn Lys Leu Gln Gln Pro Glu Ala
1415 1420 1425
Ala Ala Gly Val Leu Glu Tyr Ala Met Lys His Phe Gly Glu Leu
1430 1435 1440
Glu Ile Gln Ala Thr Trp Tyr Glu Lys Leu His Glu Trp Glu Asp
1445 1450 1455
Ala Leu Val Ala Tyr Asp Lys Lys Met Asp Thr Asn Lys Asp Asp
1460 1465 1470
Pro Glu Leu Met Leu Gly Arg Met Arg Cys Leu Glu Ala Leu Gly
1475 1480 1485
Glu Trp Gly Gln Leu His Gln Gln Cys Cys Glu Lys Trp Thr Leu
1490 1495 1500
Val Asn Asp Glu Thr Gln Ala Lys Met Ala Arg Met Ala Ala Ala
1505 1510 1515
Ala Ala Trp Gly Leu Gly Gln Trp Asp Ser Met Glu Glu Tyr Thr
1520 1525 1530
Cys Met Ile Pro Arg Asp Thr His Asp Gly Ala Phe Tyr Arg Ala
1535 1540 1545
Val Leu Ala Leu His Gln Asp Leu Phe Ser Leu Ala Gln Gln Cys
1550 1555 1560
Ile Asp Lys Ala Arg Asp Leu Leu Asp Ala Glu Leu Thr Ala Met
1565 1570 1575
Ala Gly Glu Ser Tyr Ser Arg Ala Tyr Gly Ala Met Val Ser Cys
1580 1585 1590
His Met Leu Ser Glu Leu Glu Glu Val Ile Gln Tyr Lys Leu Val
1595 1600 1605
Pro Glu Arg Arg Glu Ile Ile Arg Gln Ile Trp Trp Glu Arg Leu
1610 1615 1620
Gln Gly Cys Gln Arg Ile Val Glu Asp Trp Gln Lys Ile Leu Met
1625 1630 1635
Val Arg Ser Leu Val Val Ser Pro His Glu Asp Met Arg Thr Trp
1640 1645 1650
Leu Lys Tyr Ala Ser Leu Cys Gly Lys Ser Gly Arg Leu Ala Leu
1655 1660 1665
Ala His Lys Thr Leu Val Leu Leu Leu Gly Val Asp Pro Ser Arg
1670 1675 1680
Gln Leu Asp His Pro Leu Pro Thr Val His Pro Gln Val Thr Tyr
1685 1690 1695
Ala Tyr Met Lys Asn Met Trp Lys Ser Ala Arg Lys Ile Asp Ala
1700 1705 1710
Phe Gln His Met Gln His Phe Val Gln Thr Met Gln Gln Gln Ala
1715 1720 1725
Gln His Ala Ile Ala Thr Glu Asp Gln Gln His Lys Gln Glu Leu
1730 1735 1740
His Lys Leu Met Ala Arg Cys Phe Leu Lys Leu Gly Glu Trp Gln
1745 1750 1755
Leu Asn Leu Gln Gly Ile Asn Glu Ser Thr Ile Pro Lys Val Leu
1760 1765 1770
Gln Tyr Tyr Ser Ala Ala Thr Glu His Asp Arg Ser Trp Tyr Lys
1775 1780 1785
Ala Trp His Ala Trp Ala Val Met Asn Phe Glu Ala Val Leu His
1790 1795 1800
Tyr Lys His Gln Asn Gln Ala Arg Asp Glu Lys Lys Lys Leu Arg
1805 1810 1815
His Ala Ser Gly Ala Asn Ile Thr Asn Ala Thr Thr Ala Ala Thr
1820 1825 1830
Thr Ala Ala Thr Ala Thr Thr Thr Ala Ser Thr Glu Gly Ser Asn
1835 1840 1845
Ser Glu Ser Glu Ala Glu Ser Thr Glu Asn Ser Pro Thr Pro Ser
1850 1855 1860
Pro Leu Gln Lys Lys Val Thr Glu Asp Leu Ser Lys Thr Leu Leu
1865 1870 1875
Met Tyr Thr Val Pro Ala Val Gln Gly Phe Phe Arg Ser Ile Ser
1880 1885 1890
Leu Ser Arg Gly Asn Asn Leu Gln Asp Thr Leu Arg Val Leu Thr
1895 1900 1905
Leu Trp Phe Asp Tyr Gly His Trp Pro Asp Val Asn Glu Ala Leu
1910 1915 1920
Val Glu Gly Val Lys Ala Ile Gln Ile Asp Thr Trp Leu Gln Val
1925 1930 1935
Ile Pro Gln Leu Ile Ala Arg Ile Asp Thr Pro Arg Pro Leu Val
1940 1945 1950
Gly Arg Leu Ile His Gln Leu Leu Thr Asp Ile Gly Arg Tyr His
1955 1960 1965
Pro Gln Ala Leu Ile Tyr Pro Leu Thr Val Ala Ser Lys Ser Thr
1970 1975 1980
Thr Thr Ala Arg His Asn Ala Ala Asn Lys Ile Leu Lys Asn Met
1985 1990 1995
Cys Glu His Ser Asn Thr Leu Val Gln Gln Ala Met Met Val Ser
2000 2005 2010
Glu Glu Leu Ile Arg Val Ala Ile Leu Trp His Glu Met Trp His
2015 2020 2025
Glu Gly Leu Glu Glu Ala Ser Arg Leu Tyr Phe Gly Glu Arg Asn
2030 2035 2040
Val Lys Gly Met Phe Glu Val Leu Glu Pro Leu His Ala Met Met
2045 2050 2055
Glu Arg Gly Pro Gln Thr Leu Lys Glu Thr Ser Phe Asn Gln Ala
2060 2065 2070
Tyr Gly Arg Asp Leu Met Glu Ala Gln Glu Trp Cys Arg Lys Tyr
2075 2080 2085
Met Lys Ser Gly Asn Val Lys Asp Leu Thr Gln Ala Trp Asp Leu
2090 2095 2100
Tyr Tyr His Val Phe Arg Arg Ile Ser Lys Gln Leu Pro Gln Leu
2105 2110 2115
Thr Ser Leu Glu Leu Gln Tyr Val Ser Pro Lys Leu Leu Met Cys
2120 2125 2130
Arg Asp Leu Glu Leu Ala Val Pro Gly Thr Tyr Asp Pro Asn Gln
2135 2140 2145
Pro Ile Ile Arg Ile Gln Ser Ile Ala Pro Ser Leu Gln Val Ile
2150 2155 2160
Thr Ser Lys Gln Arg Pro Arg Lys Leu Thr Leu Met Gly Ser Asn
2165 2170 2175
Gly His Glu Phe Val Phe Leu Leu Lys Gly His Glu Asp Leu Arg
2180 2185 2190
Gln Asp Glu Arg Val Met Gln Leu Phe Gly Leu Val Asn Thr Leu
2195 2200 2205
Leu Ala Asn Asp Pro Thr Ser Leu Arg Lys Asn Leu Ser Ile Gln
2210 2215 2220
Arg Tyr Ala Val Ile Pro Leu Ser Thr Asn Ser Gly Leu Ile Gly
2225 2230 2235
Trp Val Pro His Cys Asp Thr Leu His Ala Leu Ile Arg Asp Tyr
2240 2245 2250
Arg Glu Lys Lys Lys Ile Leu Leu Asn Ile Glu His Arg Ile Met
2255 2260 2265
Leu Arg Met Ala Pro Asp Tyr Asp His Leu Thr Leu Met Gln Lys
2270 2275 2280
Val Glu Val Phe Glu His Ala Val Asn Asn Thr Ala Gly Asp Asp
2285 2290 2295
Leu Ala Lys Leu Leu Trp Leu Lys Ser Pro Ser Ser Glu Val Trp
2300 2305 2310
Phe Asp Arg Arg Thr Asn Tyr Thr Arg Ser Leu Ala Val Met Ser
2315 2320 2325
Met Val Gly Tyr Ile Leu Gly Leu Gly Asp Arg His Pro Ser Asn
2330 2335 2340
Leu Met Leu Asp Arg Leu Ser Gly Lys Ile Leu His Ile Asp Phe
2345 2350 2355
Gly Asp Cys Phe Glu Val Ala Met Thr Arg Glu Lys Phe Pro Glu
2360 2365 2370
Lys Ile Pro Phe Arg Leu Thr Arg Met Leu Thr Asn Ala Met Glu
2375 2380 2385
Val Thr Gly Leu Asp Gly Asn Tyr Arg Ile Thr Cys His Thr Val
2390 2395 2400
Met Glu Val Leu Arg Glu His Lys Asp Ser Val Met Ala Val Leu
2405 2410 2415
Glu Ala Phe Val Tyr Asp Pro Leu Leu Asn Trp Arg Leu Met Asp
2420 2425 2430
Thr Asn Thr Lys Gly Asn Lys Arg Ser Arg Thr Arg Thr Asp Ser
2435 2440 2445
Tyr Ser Ala Gly Gln Ser Val Glu Ile Leu Asp Gly Val Glu Leu
2450 2455 2460
Gly Glu Pro Ala His Lys Lys Thr Gly Thr Thr Val Pro Glu Ser
2465 2470 2475
Ile His Ser Phe Ile Gly Asp Gly Leu Val Lys Pro Glu Ala Leu
2480 2485 2490
Asn Lys Lys Ala Ile Gln Ile Ile Asn Arg Val Arg Asp Lys Leu
2495 2500 2505
Thr Gly Arg Asp Phe Ser His Asp Asp Thr Leu Asp Val Pro Thr
2510 2515 2520
Gln Val Glu Leu Leu Ile Lys Gln Ala Thr Ser His Glu Asn Leu
2525 2530 2535
Cys Gln Cys Tyr Ile Gly Trp Cys Pro Phe Trp
2540 2545

<210> 21
<211> 8733
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<223> Homo sapiens mechanistic target of rapamycin (MTOR), mRNA; Acc.
No. NM_004958.3
<400> 21
gctcccggct tagaggacag cggggaaggc gggcggtggg gcagggggcc tgaagcggcg 60
gtaccggtgc tggcggcggc agctgaggcc ttggccgaag ccgcgcgaac ctcagggcaa 120
gatgcttgga accggacctg ccgccgccac caccgctgcc accacatcta gcaatgtgag 180
cgtcctgcag cagtttgcca gtggcctaaa gagccggaat gaggaaacca gggccaaagc 240
cgccaaggag ctccagcact atgtcaccat ggaactccga gagatgagtc aagaggagtc 300
tactcgcttc tatgaccaac tgaaccatca catttttgaa ttggtttcca gctcagatgc 360
caatgagagg aaaggtggca tcttggccat agctagcctc ataggagtgg aaggtgggaa 420
tgccacccga attggcagat ttgccaacta tcttcggaac ctcctcccct ccaatgaccc 480
agttgtcatg gaaatggcat ccaaggccat tggccgtctt gccatggcag gggacacttt 540
taccgctgag tacgtggaat ttgaggtgaa gcgagccctg gaatggctgg gtgctgaccg 600
caatgagggc cggagacatg cagctgtcct ggttctccgt gagctggcca tcagcgtccc 660
taccttcttc ttccagcaag tgcaaccctt ctttgacaac atttttgtgg ccgtgtggga 720
ccccaaacag gccatccgtg agggagctgt agccgccctt cgtgcctgtc tgattctcac 780
aacccagcgt gagccgaagg agatgcagaa gcctcagtgg tacaggcaca catttgaaga 840
agcagagaag ggatttgatg agaccttggc caaagagaag ggcatgaatc gggatgatcg 900
gatccatgga gccttgttga tccttaacga gctggtccga atcagcagca tggagggaga 960
gcgtctgaga gaagaaatgg aagaaatcac acagcagcag ctggtacacg acaagtactg 1020
caaagatctc atgggcttcg gaacaaaacc tcgtcacatt acccccttca ccagtttcca 1080
ggctgtacag ccccagcagt caaatgcctt ggtggggctg ctggggtaca gctctcacca 1140
aggcctcatg ggatttggga cctcccccag tccagctaag tccaccctgg tggagagccg 1200
gtgttgcaga gacttgatgg aggagaaatt tgatcaggtg tgccagtggg tgctgaaatg 1260
caggaatagc aagaactcgc tgatccaaat gacaatcctt aatttgttgc cccgcttggc 1320
tgcattccga ccttctgcct tcacagatac ccagtatctc caagatacca tgaaccatgt 1380
cctaagctgt gtcaagaagg agaaggaacg tacagcggcc ttccaagccc tggggctact 1440
ttctgtggct gtgaggtctg agtttaaggt ctatttgcct cgcgtgctgg acatcatccg 1500
agcggccctg cccccaaagg acttcgccca taagaggcag aaggcaatgc aggtggatgc 1560
cacagtcttc acttgcatca gcatgctggc tcgagcaatg gggccaggca tccagcagga 1620
tatcaaggag ctgctggagc ccatgctggc agtgggacta agccctgccc tcactgcagt 1680
gctctacgac ctgagccgtc agattccaca gctaaagaag gacattcaag atgggctact 1740
gaaaatgctg tccctggtcc ttatgcacaa accccttcgc cacccaggca tgcccaaggg 1800
cctggcccat cagctggcct ctcctggcct cacgaccctc cctgaggcca gcgatgtggg 1860
cagcatcact cttgccctcc gaacgcttgg cagctttgaa tttgaaggcc actctctgac 1920
ccaatttgtt cgccactgtg cggatcattt cctgaacagt gagcacaagg agatccgcat 1980
ggaggctgcc cgcacctgct cccgcctgct cacaccctcc atccacctca tcagtggcca 2040
tgctcatgtg gttagccaga ccgcagtgca agtggtggca gatgtgctta gcaaactgct 2100
cgtagttggg ataacagatc ctgaccctga cattcgctac tgtgtcttgg cgtccctgga 2160
cgagcgcttt gatgcacacc tggcccaggc ggagaacttg caggccttgt ttgtggctct 2220
gaatgaccag gtgtttgaga tccgggagct ggccatctgc actgtgggcc gactcagtag 2280
catgaaccct gcctttgtca tgcctttcct gcgcaagatg ctcatccaga ttttgacaga 2340
gttggagcac agtgggattg gaagaatcaa agagcagagt gcccgcatgc tggggcacct 2400
ggtctccaat gccccccgac tcatccgccc ctacatggag cctattctga aggcattaat 2460
tttgaaactg aaagatccag accctgatcc aaacccaggt gtgatcaata atgtcctggc 2520
aacaatagga gaattggcac aggttagtgg cctggaaatg aggaaatggg ttgatgaact 2580
ttttattatc atcatggaca tgctccagga ttcctctttg ttggccaaaa ggcaggtggc 2640
tctgtggacc ctgggacagt tggtggccag cactggctat gtagtagagc cctacaggaa 2700
gtaccctact ttgcttgagg tgctactgaa ttttctgaag actgagcaga accagggtac 2760
acgcagagag gccatccgtg tgttagggct tttaggggct ttggatcctt acaagcacaa 2820
agtgaacatt ggcatgatag accagtcccg ggatgcctct gctgtcagcc tgtcagaatc 2880
caagtcaagt caggattcct ctgactatag cactagtgaa atgctggtca acatgggaaa 2940
cttgcctctg gatgagttct acccagctgt gtccatggtg gccctgatgc ggatcttccg 3000
agaccagtca ctctctcatc atcacaccat ggttgtccag gccatcacct tcatcttcaa 3060
gtccctggga ctcaaatgtg tgcagttcct gccccaggtc atgcccacgt tccttaacgt 3120
cattcgagtc tgtgatgggg ccatccggga atttttgttc cagcagctgg gaatgttggt 3180
gtcctttgtg aagagccaca tcagacctta tatggatgaa atagtcaccc tcatgagaga 3240
attctgggtc atgaacacct caattcagag cacgatcatt cttctcattg agcaaattgt 3300
ggtagctctt gggggtgaat ttaagctcta cctgccccag ctgatcccac acatgctgcg 3360
tgtcttcatg catgacaaca gcccaggccg cattgtctct atcaagttac tggctgcaat 3420
ccagctgttt ggcgccaacc tggatgacta cctgcattta ctgctgcctc ctattgttaa 3480
gttgtttgat gcccctgaag ctccactgcc atctcgaaag gcagcgctag agactgtgga 3540
ccgcctgacg gagtccctgg atttcactga ctatgcctcc cggatcattc accctattgt 3600
tcgaacactg gaccagagcc cagaactgcg ctccacagcc atggacacgc tgtcttcact 3660
tgtttttcag ctggggaaga agtaccaaat tttcattcca atggtgaata aagttctggt 3720
gcgacaccga atcaatcatc agcgctatga tgtgctcatc tgcagaattg tcaagggata 3780
cacacttgct gatgaagagg aggatccttt gatttaccag catcggatgc ttaggagtgg 3840
ccaaggggat gcattggcta gtggaccagt ggaaacagga cccatgaaga aactgcacgt 3900
cagcaccatc aacctccaaa aggcctgggg cgctgccagg agggtctcca aagatgactg 3960
gctggaatgg ctgagacggc tgagcctgga gctgctgaag gactcatcat cgccctccct 4020
gcgctcctgc tgggccctgg cacaggccta caacccgatg gccagggatc tcttcaatgc 4080
tgcatttgtg tcctgctggt ctgaactgaa tgaagatcaa caggatgagc tcatcagaag 4140
catcgagttg gccctcacct cacaagacat cgctgaagtc acacagaccc tcttaaactt 4200
ggctgaattc atggaacaca gtgacaaggg ccccctgcca ctgagagatg acaatggcat 4260
tgttctgctg ggtgagagag ctgccaagtg ccgagcatat gccaaagcac tacactacaa 4320
agaactggag ttccagaaag gccccacccc tgccattcta gaatctctca tcagcattaa 4380
taataagcta cagcagccgg aggcagcggc cggagtgtta gaatatgcca tgaaacactt 4440
tggagagctg gagatccagg ctacctggta tgagaaactg cacgagtggg aggatgccct 4500
tgtggcctat gacaagaaaa tggacaccaa caaggacgac ccagagctga tgctgggccg 4560
catgcgctgc ctcgaggcct tgggggaatg gggtcaactc caccagcagt gctgtgaaaa 4620
gtggaccctg gttaatgatg agacccaagc caagatggcc cggatggctg ctgcagctgc 4680
atggggttta ggtcagtggg acagcatgga agaatacacc tgtatgatcc ctcgggacac 4740
ccatgatggg gcattttata gagctgtgct ggcactgcat caggacctct tctccttggc 4800
acaacagtgc attgacaagg ccagggacct gctggatgct gaattaactg cgatggcagg 4860
agagagttac agtcgggcat atggggccat ggtttcttgc cacatgctgt ccgagctgga 4920
ggaggttatc cagtacaaac ttgtccccga gcgacgagag atcatccgcc agatctggtg 4980
ggagagactg cagggctgcc agcgtatcgt agaggactgg cagaaaatcc ttatggtgcg 5040
gtcccttgtg gtcagccctc atgaagacat gagaacctgg ctcaagtatg caagcctgtg 5100
cggcaagagt ggcaggctgg ctcttgctca taaaacttta gtgttgctcc tgggagttga 5160
tccgtctcgg caacttgacc atcctctgcc aacagttcac cctcaggtga cctatgccta 5220
catgaaaaac atgtggaaga gtgcccgcaa gatcgatgcc ttccagcaca tgcagcattt 5280
tgtccagacc atgcagcaac aggcccagca tgccatcgct actgaggacc agcagcataa 5340
gcaggaactg cacaagctca tggcccgatg cttcctgaaa cttggagagt ggcagctgaa 5400
tctacagggc atcaatgaga gcacaatccc caaagtgctg cagtactaca gcgccgccac 5460
agagcacgac cgcagctggt acaaggcctg gcatgcgtgg gcagtgatga acttcgaagc 5520
tgtgctacac tacaaacatc agaaccaagc ccgcgatgag aagaagaaac tgcgtcatgc 5580
cagcggggcc aacatcacca acgccaccac tgccgccacc acggccgcca ctgccaccac 5640
cactgccagc accgagggca gcaacagtga gagcgaggcc gagagcaccg agaacagccc 5700
caccccatcg ccgctgcaga agaaggtcac tgaggatctg tccaaaaccc tcctgatgta 5760
cacggtgcct gccgtccagg gcttcttccg ttccatctcc ttgtcacgag gcaacaacct 5820
ccaggataca ctcagagttc tcaccttatg gtttgattat ggtcactggc cagatgtcaa 5880
tgaggcctta gtggaggggg tgaaagccat ccagattgat acctggctac aggttatacc 5940
tcagctcatt gcaagaattg atacgcccag acccttggtg ggacgtctca ttcaccagct 6000
tctcacagac attggtcggt accaccccca ggccctcatc tacccactga cagtggcttc 6060
taagtctacc acgacagccc ggcacaatgc agccaacaag attctgaaga acatgtgtga 6120
gcacagcaac accctggtcc agcaggccat gatggtgagc gaggagctga tccgagtggc 6180
catcctctgg catgagatgt ggcatgaagg cctggaagag gcatctcgtt tgtactttgg 6240
ggaaaggaac gtgaaaggca tgtttgaggt gctggagccc ttgcatgcta tgatggaacg 6300
gggcccccag actctgaagg aaacatcctt taatcaggcc tatggtcgag atttaatgga 6360
ggcccaagag tggtgcagga agtacatgaa atcagggaat gtcaaggacc tcacccaagc 6420
ctgggacctc tattatcatg tgttccgacg aatctcaaag cagctgcctc agctcacatc 6480
cttagagctg caatatgttt ccccaaaact tctgatgtgc cgggaccttg aattggctgt 6540
gccaggaaca tatgacccca accagccaat cattcgcatt cagtccatag caccgtcttt 6600
gcaagtcatc acatccaagc agaggccccg gaaattgaca cttatgggca gcaacggaca 6660
tgagtttgtt ttccttctaa aaggccatga agatctgcgc caggatgagc gtgtgatgca 6720
gctcttcggc ctggttaaca cccttctggc caatgaccca acatctcttc ggaaaaacct 6780
cagcatccag agatacgctg tcatcccttt atcgaccaac tcgggcctca ttggctgggt 6840
tccccactgt gacacactgc acgccctcat ccgggactac agggagaaga agaagatcct 6900
tctcaacatc gagcatcgca tcatgttgcg gatggctccg gactatgacc acttgactct 6960
gatgcagaag gtggaggtgt ttgagcatgc cgtcaataat acagctgggg acgacctggc 7020
caagctgctg tggctgaaaa gccccagctc cgaggtgtgg tttgaccgaa gaaccaatta 7080
tacccgttct ttagcggtca tgtcaatggt tgggtatatt ttaggcctgg gagatagaca 7140
cccatccaac ctgatgctgg accgtctgag tgggaagatc ctgcacattg actttgggga 7200
ctgctttgag gttgctatga cccgagagaa gtttccagag aagattccat ttagactaac 7260
aagaatgttg accaatgcta tggaggttac aggcctggat ggcaactaca gaatcacatg 7320
ccacacagtg atggaggtgc tgcgagagca caaggacagt gtcatggccg tgctggaagc 7380
ctttgtctat gaccccttgc tgaactggag gctgatggac acaaatacca aaggcaacaa 7440
gcgatcccga acgaggacgg attcctactc tgctggccag tcagtcgaaa ttttggacgg 7500
tgtggaactt ggagagccag cccataagaa aacggggacc acagtgccag aatctattca 7560
ttctttcatt ggagacggtt tggtgaaacc agaggcccta aataagaaag ctatccagat 7620
tattaacagg gttcgagata agctcactgg tcgggacttc tctcatgatg acactttgga 7680
tgttccaacg caagttgagc tgctcatcaa acaagcgaca tcccatgaaa acctctgcca 7740
gtgctatatt ggctggtgcc ctttctggta actggaggcc cagatgtgcc catcacgttt 7800
tttctgaggc ttttgtactt tagtaaatgc ttccactaaa ctgaaaccat ggtgagaaag 7860
tttgactttg ttaaatattt tgaaatgtaa atgaaaagaa ctactgtata ttaaaagttg 7920
gtttgaacca actttctagc tgctgttgaa gaatatattg tcagaaacac aaggcttgat 7980
ttggttccca ggacagtgaa acatagtaat accacgtaaa tcaagccatt cattttgggg 8040
aacagaagat ccataacttt agaaatacgg gttttgactt aactcacaag agaactcatc 8100
ataagtactt gctgatggaa gaatgaccta gttgctcctc tcaacatggg tacagcaaac 8160
tcagcacagc caagaagcct caggtcgtgg agaacatgga ttaggatcct agactgtaaa 8220
gacacagaag atgctgacct cacccctgcc acctatccca agacctcact ggtctgtgga 8280
cagcagcaga aatgtttgca agataggcca aaatgagtac aaaaggtctg tcttccatca 8340
gacccagtga tgctgcgact cacacgcttc aattcaagac ctgaccgcta gtagggaggt 8400
ttattcagat cgctggcagc ctcggctgag cagatgcaca gaggggatca ctgtgcagtg 8460
ggaccaccct cactggcctt ctgcagcagg gttctgggat gttttcagtg gtcaaaatac 8520
tctgtttaga gcaagggctc agaaaacaga aatactgtca tggaggtgct gaacacaggg 8580
aaggtctggt acatattgga aattatgagc agaacaaata ctcaactaaa tgcacaaagt 8640
ataaagtgta gccatgtcta gacaccatgt tgtatcagaa taatttttgt gccaataaat 8700
gacatcagaa ttttaaacat atgtaaaaaa aaa 8733

<210> 22
<211> 706
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> HUMAN Protein kinase C theta UniProt No. Q04759
<400> 22
Met Ser Pro Phe Leu Arg Ile Gly Leu Ser Asn Phe Asp Cys Gly Ser
1 5 10 15
Cys Gln Ser Cys Gln Gly Glu Ala Val Asn Pro Tyr Cys Ala Val Leu
20 25 30
Val Lys Glu Tyr Val Glu Ser Glu Asn Gly Gln Met Tyr Ile Gln Lys
35 40 45
Lys Pro Thr Met Tyr Pro Pro Trp Asp Ser Thr Phe Asp Ala His Ile
50 55 60
Asn Lys Gly Arg Val Met Gln Ile Ile Val Lys Gly Lys Asn Val Asp
65 70 75 80
Leu Ile Ser Glu Thr Thr Val Glu Leu Tyr Ser Leu Ala Glu Arg Cys
85 90 95
Arg Lys Asn Asn Gly Lys Thr Glu Ile Trp Leu Glu Leu Lys Pro Gln
100 105 110
Gly Arg Met Leu Met Asn Ala Arg Tyr Phe Leu Glu Met Ser Asp Thr
115 120 125
Lys Asp Met Asn Glu Phe Glu Thr Glu Gly Phe Phe Ala Leu His Gln
130 135 140
Arg Arg Gly Ala Ile Lys Gln Ala Lys Val His His Val Lys Cys His
145 150 155 160
Glu Phe Thr Ala Thr Phe Phe Pro Gln Pro Thr Phe Cys Ser Val Cys
165 170 175
His Glu Phe Val Trp Gly Leu Asn Lys Gln Gly Tyr Gln Cys Arg Gln
180 185 190
Cys Asn Ala Ala Ile His Lys Lys Cys Ile Asp Lys Val Ile Ala Lys
195 200 205
Cys Thr Gly Ser Ala Ile Asn Ser Arg Glu Thr Met Phe His Lys Glu
210 215 220
Arg Phe Lys Ile Asp Met Pro His Arg Phe Lys Val Tyr Asn Tyr Lys
225 230 235 240
Ser Pro Thr Phe Cys Glu His Cys Gly Thr Leu Leu Trp Gly Leu Ala
245 250 255
Arg Gln Gly Leu Lys Cys Asp Ala Cys Gly Met Asn Val His His Arg
260 265 270
Cys Gln Thr Lys Val Ala Asn Leu Cys Gly Ile Asn Gln Lys Leu Met
275 280 285
Ala Glu Ala Leu Ala Met Ile Glu Ser Thr Gln Gln Ala Arg Cys Leu
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Arg Asp Thr Glu Gln Ile Phe Arg Glu Gly Pro Val Glu Ile Gly Leu
305 310 315 320
Pro Cys Ser Ile Lys Asn Glu Ala Arg Pro Pro Cys Leu Pro Thr Pro
325 330 335
Gly Lys Arg Glu Pro Gln Gly Ile Ser Trp Glu Ser Pro Leu Asp Glu
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Val Asp Lys Met Cys His Leu Pro Glu Pro Glu Leu Asn Lys Glu Arg
355 360 365
Pro Ser Leu Gln Ile Lys Leu Lys Ile Glu Asp Phe Ile Leu His Lys
370 375 380
Met Leu Gly Lys Gly Ser Phe Gly Lys Val Phe Leu Ala Glu Phe Lys
385 390 395 400
Lys Thr Asn Gln Phe Phe Ala Ile Lys Ala Leu Lys Lys Asp Val Val
405 410 415
Leu Met Asp Asp Asp Val Glu Cys Thr Met Val Glu Lys Arg Val Leu
420 425 430
Ser Leu Ala Trp Glu His Pro Phe Leu Thr His Met Phe Cys Thr Phe
435 440 445
Gln Thr Lys Glu Asn Leu Phe Phe Val Met Glu Tyr Leu Asn Gly Gly
450 455 460
Asp Leu Met Tyr His Ile Gln Ser Cys His Lys Phe Asp Leu Ser Arg
465 470 475 480
Ala Thr Phe Tyr Ala Ala Glu Ile Ile Leu Gly Leu Gln Phe Leu His
485 490 495
Ser Lys Gly Ile Val Tyr Arg Asp Leu Lys Leu Asp Asn Ile Leu Leu
500 505 510
Asp Lys Asp Gly His Ile Lys Ile Ala Asp Phe Gly Met Cys Lys Glu
515 520 525
Asn Met Leu Gly Asp Ala Lys Thr Asn Thr Phe Cys Gly Thr Pro Asp
530 535 540
Tyr Ile Ala Pro Glu Ile Leu Leu Gly Gln Lys Tyr Asn His Ser Val
545 550 555 560
Asp Trp Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Tyr Glu Met Leu Ile Gly Gln
565 570 575
Ser Pro Phe His Gly Gln Asp Glu Glu Glu Leu Phe His Ser Ile Arg
580 585 590
Met Asp Asn Pro Phe Tyr Pro Arg Trp Leu Glu Lys Glu Ala Lys Asp
595 600 605
Leu Leu Val Lys Leu Phe Val Arg Glu Pro Glu Lys Arg Leu Gly Val
610 615 620
Arg Gly Asp Ile Arg Gln His Pro Leu Phe Arg Glu Ile Asn Trp Glu
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Glu Leu Glu Arg Lys Glu Ile Asp Pro Pro Phe Arg Pro Lys Val Lys
645 650 655
Ser Pro Phe Asp Cys Ser Asn Phe Asp Lys Glu Phe Leu Asn Glu Lys
660 665 670
Pro Arg Leu Ser Phe Ala Asp Arg Ala Leu Ile Asn Ser Met Asp Gln
675 680 685
Asn Met Phe Arg Asn Phe Ser Phe Met Asn Pro Gly Met Glu Arg Leu
690 695 700
Ile Ser
705

<210> 23
<211> 3295
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<223> Homo sapiens protein kinase C theta (PRKCQ, mRNA; Acc. No.
NM_006257.4
<400> 23
ccgccagccc cgccagtccc cgcgcagtcc ccgcgcagtc cccgcgcagt cccagcgcca 60
ccgggcagca gcggcgccgt gctcgctcca gggcgcaacc atgtcgccat ttcttcggat 120
tggcttgtcc aactttgact gcgggtcctg ccagtcttgt cagggcgagg ctgttaaccc 180
ttactgtgct gtgctcgtca aagagtatgt cgaatcagag aacgggcaga tgtatatcca 240
gaaaaagcct accatgtacc caccctggga cagcactttt gatgcccata tcaacaaggg 300
aagagtcatg cagatcattg tgaaaggcaa aaacgtggac ctcatctctg aaaccaccgt 360
ggagctctac tcgctggctg agaggtgcag gaagaacaac gggaagacag aaatatggtt 420
agagctgaaa cctcaaggcc gaatgctaat gaatgcaaga tactttctgg aaatgagtga 480
cacaaaggac atgaatgaat ttgagacgga aggcttcttt gctttgcatc agcgccgggg 540
tgccatcaag caggcaaagg tccaccacgt caagtgccac gagttcactg ccaccttctt 600
cccacagccc acattttgct ctgtctgcca cgagtttgtc tggggcctga acaaacaggg 660
ctaccagtgc cgacaatgca atgcagcaat tcacaagaag tgtattgata aagttatagc 720
aaagtgcaca ggatcagcta tcaatagccg agaaaccatg ttccacaagg agagattcaa 780
aattgacatg ccacacagat ttaaagtcta caattacaag agcccgacct tctgtgaaca 840
ctgtgggacc ctgctgtggg gactggcacg gcaaggactc aagtgtgatg catgtggcat 900
gaatgtgcat catagatgcc agacaaaggt ggccaacctt tgtggcataa accagaagct 960
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agcaaggccg ccatgtttac cgacaccggg aaaaagagag cctcagggca tttcctggga 1140
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aagaccatct ctgcagatta aactaaaaat tgaggatttt atcttgcaca aaatgttggg 1260
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aataaaggcc ttaaagaaag atgtggtctt gatggacgat gatgttgagt gcacgatggt 1380
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attccagacc aaggaaaacc tcttttttgt gatggagtac ctcaacggag gggacttaat 1500
gtaccacatc caaagctgcc acaagttcga cctttccaga gcgacgtttt atgctgctga 1560
aatcattctt ggtctgcagt tccttcattc caaaggaata gtctacaggg acctgaagct 1620
agataacatc ctgttagaca aagatggaca tatcaagatc gcggattttg gaatgtgcaa 1680
ggagaacatg ttaggagatg ccaagacgaa taccttctgt gggacacctg actacatcgc 1740
cccagagatc ttgctgggtc agaaatacaa ccactctgtg gactggtggt ccttcggggt 1800
tctcctttat gaaatgctga ttggtcagtc gcctttccac gggcaggatg aggaggagct 1860
cttccactcc atccgcatgg acaatccctt ttacccacgg tggctggaga aggaagcaaa 1920
ggaccttctg gtgaagctct tcgtgcgaga acctgagaag aggctgggcg tgaggggaga 1980
catccgccag caccctttgt ttcgggagat caactgggag gaacttgaac ggaaggagat 2040
tgacccaccg ttccggccga aagtgaaatc accatttgac tgcagcaatt tcgacaaaga 2100
attcttaaac gagaagcccc ggctgtcatt tgccgacaga gcactgatca acagcatgga 2160
ccagaatatg ttcaggaact tttccttcat gaaccccggg atggagcggc tgatatcctg 2220
aatcttgccc ctccagagac aggaaagaat ttgccttctc cctgggaact ggttcaagag 2280
acactgcttg ggttcctttt tcaacttgga aaaagaaaga aacactcaac aataaagact 2340
gagacccgtt cgcccccatg tgacttttat ctgtagcaga aaccaagtct acttcactaa 2400
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ttactaacca tagttattta cttgaaagat gggtctccgc acttggaaag gtttcaagac 2520
ttgatactgc aataaattat ggctcttcac ctgggcgcca actgctgatc aatgaaatgc 2580
ttgttgaatc aggggcaaac ggagtacaga cgtctcaaga ctgaaacggc cccattgcct 2640
ggtctagtag cggatctcac tcagccgcag acaagtaatc actaacccgt tttattctat 2700
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tctttacaat aaacatagct tgtaacttga gatctacaaa tccattcatc ctgattgggc 2820
atgaaatcca tggtcaagag gacaagtgga aagtgagagg gaaggtttgc tagacacctt 2880
cgcttgttat cttgtcaaga tagaaaagat agtatcattt cacccttgcc agtaaaaacc 2940
tttccatcca cccattctca gcagactcca gtattggcac agtcactcac tgccattctc 3000
acactataac aagaaaagaa atgaagtgca taagtctcct gggaaaagaa ccttaacccc 3060
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atcaatggcc catgcatgct gtttgcagca gtcaattgag ttgaattaga attccaacca 3180
tacattttaa aggtatttgt gctgtgtgta tattttgata aaatgttgtg acttcatggc 3240
aaacaggtgg atgtgtaaaa atggaataaa aaaaaaaaaa gagtcaaaaa aaaaa 3295

<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
<400> 24
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<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
<400> 25
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
<400> 27
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<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
<400> 28
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<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AHR CRISPR gRNA target sequence
<400> 29
agttgtcact acagatgctt 20

<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 30
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<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 31
tgatcagatg tctaacgata 20

<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 32
gacatcagat gtaccatcac 20

<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 33
ctcagcctat tcacagaaac 20

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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 34
tgaataggct gagctttgtg 20

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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ARNT CRISPR gRNA target sequence
<400> 35
gtggaggagc cattgtccag 20

<210> 36
<211> 685
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Neutral and basic amino acid transport protein rBAT
(SLC3A1) isoform 1 Uniprot Q07837
<400> 36
Met Ala Glu Asp Lys Ser Lys Arg Asp Ser Ile Glu Met Ser Met Lys
1 5 10 15
Gly Cys Gln Thr Asn Asn Gly Phe Val His Asn Glu Asp Ile Leu Glu
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Gln Thr Pro Asp Pro Gly Ser Ser Thr Asp Asn Leu Lys His Ser Thr
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Arg Gly Ile Leu Gly Ser Gln Glu Pro Asp Phe Lys Gly Val Gln Pro
50 55 60
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65 70 75 80
Arg Tyr Arg Ile Pro Arg Glu Ile Leu Phe Trp Leu Thr Val Ala Ser
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Val Leu Val Leu Ile Ala Ala Thr Ile Ala Ile Ile Ala Leu Ser Pro
100 105 110
Lys Cys Leu Asp Trp Trp Gln Glu Gly Pro Met Tyr Gln Ile Tyr Pro
115 120 125
Arg Ser Phe Lys Asp Ser Asn Lys Asp Gly Asn Gly Asp Leu Lys Gly
130 135 140
Ile Gln Asp Lys Leu Asp Tyr Ile Thr Ala Leu Asn Ile Lys Thr Val
145 150 155 160
Trp Ile Thr Ser Phe Tyr Lys Ser Ser Leu Lys Asp Phe Arg Tyr Gly
165 170 175
Val Glu Asp Phe Arg Glu Val Asp Pro Ile Phe Gly Thr Met Glu Asp
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Ile Asp Phe Ile Pro Asn His Thr Ser Asp Lys His Ile Trp Phe Gln
210 215 220
Leu Ser Arg Thr Arg Thr Gly Lys Tyr Thr Asp Tyr Tyr Ile Trp His
225 230 235 240
Asp Cys Thr His Glu Asn Gly Lys Thr Ile Pro Pro Asn Asn Trp Leu
245 250 255
Ser Val Tyr Gly Asn Ser Ser Trp His Phe Asp Glu Val Arg Asn Gln
260 265 270
Cys Tyr Phe His Gln Phe Met Lys Glu Gln Pro Asp Leu Asn Phe Arg
275 280 285
Asn Pro Asp Val Gln Glu Glu Ile Lys Glu Ile Leu Arg Phe Trp Leu
290 295 300
Thr Lys Gly Val Asp Gly Phe Ser Leu Asp Ala Val Lys Phe Leu Leu
305 310 315 320
Glu Ala Lys His Leu Arg Asp Glu Ile Gln Val Asn Lys Thr Gln Ile
325 330 335
Pro Asp Thr Val Thr Gln Tyr Ser Glu Leu Tyr His Asp Phe Thr Thr
340 345 350
Thr Gln Val Gly Met His Asp Ile Val Arg Ser Phe Arg Gln Thr Met
355 360 365
Asp Gln Tyr Ser Thr Glu Pro Gly Arg Tyr Arg Phe Met Gly Thr Glu
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Ala Tyr Ala Glu Ser Ile Asp Arg Thr Val Met Tyr Tyr Gly Leu Pro
385 390 395 400
Phe Ile Gln Glu Ala Asp Phe Pro Phe Asn Asn Tyr Leu Ser Met Leu
405 410 415
Asp Thr Val Ser Gly Asn Ser Val Tyr Glu Val Ile Thr Ser Trp Met
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Glu Asn Met Pro Glu Gly Lys Trp Pro Asn Trp Met Ile Gly Gly Pro
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Asp Ser Ser Arg Leu Thr Ser Arg Leu Gly Asn Gln Tyr Val Asn Val
450 455 460
Met Asn Met Leu Leu Phe Thr Leu Pro Gly Thr Pro Ile Thr Tyr Tyr
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Gly Glu Glu Ile Gly Met Gly Asn Ile Val Ala Ala Asn Leu Asn Glu
485 490 495
Ser Tyr Asp Ile Asn Thr Leu Arg Ser Lys Ser Pro Met Gln Trp Asp
500 505 510
Asn Ser Ser Asn Ala Gly Phe Ser Glu Ala Ser Asn Thr Trp Leu Pro
515 520 525
Thr Asn Ser Asp Tyr His Thr Val Asn Val Asp Val Gln Lys Thr Gln
530 535 540
Pro Arg Ser Ala Leu Lys Leu Tyr Gln Asp Leu Ser Leu Leu His Ala
545 550 555 560
Asn Glu Leu Leu Leu Asn Arg Gly Trp Phe Cys His Leu Arg Asn Asp
565 570 575
Ser His Tyr Val Val Tyr Thr Arg Glu Leu Asp Gly Ile Asp Arg Ile
580 585 590
Phe Ile Val Val Leu Asn Phe Gly Glu Ser Thr Leu Leu Asn Leu His
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Asn Met Ile Ser Gly Leu Pro Ala Lys Met Arg Ile Arg Leu Ser Thr
610 615 620
Asn Ser Ala Asp Lys Gly Ser Lys Val Asp Thr Ser Gly Ile Phe Leu
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Asp Lys Gly Glu Gly Leu Ile Phe Glu His Asn Thr Lys Asn Leu Leu
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His Arg Gln Thr Ala Phe Arg Asp Arg Cys Phe Val Ser Asn Arg Ala
660 665 670
Cys Tyr Ser Ser Val Leu Asn Ile Leu Tyr Thr Ser Cys
675 680 685

<210> 37
<211> 630
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human 4F2 cell-surface antigen heavy chain (CD98hc; SLC3A2)
isoform 1 Uniprot P08195
<400> 37
Met Glu Leu Gln Pro Pro Glu Ala Ser Ile Ala Val Val Ser Ile Pro
1 5 10 15
Arg Gln Leu Pro Gly Ser His Ser Glu Ala Gly Val Gln Gly Leu Ser
20 25 30
Ala Gly Asp Asp Ser Glu Leu Gly Ser His Cys Val Ala Gln Thr Gly
35 40 45
Leu Glu Leu Leu Ala Ser Gly Asp Pro Leu Pro Ser Ala Ser Gln Asn
50 55 60
Ala Glu Met Ile Glu Thr Gly Ser Asp Cys Val Thr Gln Ala Gly Leu
65 70 75 80
Gln Leu Leu Ala Ser Ser Asp Pro Pro Ala Leu Ala Ser Lys Asn Ala
85 90 95
Glu Val Thr Gly Thr Met Ser Gln Asp Thr Glu Val Asp Met Lys Glu
100 105 110
Val Glu Leu Asn Glu Leu Glu Pro Glu Lys Gln Pro Met Asn Ala Ala
115 120 125
Ser Gly Ala Ala Met Ser Leu Ala Gly Ala Glu Lys Asn Gly Leu Val
130 135 140
Lys Ile Lys Val Ala Glu Asp Glu Ala Glu Ala Ala Ala Ala Ala Lys
145 150 155 160
Phe Thr Gly Leu Ser Lys Glu Glu Leu Leu Lys Val Ala Gly Ser Pro
165 170 175
Gly Trp Val Arg Thr Arg Trp Ala Leu Leu Leu Leu Phe Trp Leu Gly
180 185 190
Trp Leu Gly Met Leu Ala Gly Ala Val Val Ile Ile Val Arg Ala Pro
195 200 205
Arg Cys Arg Glu Leu Pro Ala Gln Lys Trp Trp His Thr Gly Ala Leu
210 215 220
Tyr Arg Ile Gly Asp Leu Gln Ala Phe Gln Gly His Gly Ala Gly Asn
225 230 235 240
Leu Ala Gly Leu Lys Gly Arg Leu Asp Tyr Leu Ser Ser Leu Lys Val
245 250 255
Lys Gly Leu Val Leu Gly Pro Ile His Lys Asn Gln Lys Asp Asp Val
260 265 270
Ala Gln Thr Asp Leu Leu Gln Ile Asp Pro Asn Phe Gly Ser Lys Glu
275 280 285
Asp Phe Asp Ser Leu Leu Gln Ser Ala Lys Lys Lys Ser Ile Arg Val
290 295 300
Ile Leu Asp Leu Thr Pro Asn Tyr Arg Gly Glu Asn Ser Trp Phe Ser
305 310 315 320
Thr Gln Val Asp Thr Val Ala Thr Lys Val Lys Asp Ala Leu Glu Phe
325 330 335
Trp Leu Gln Ala Gly Val Asp Gly Phe Gln Val Arg Asp Ile Glu Asn
340 345 350
Leu Lys Asp Ala Ser Ser Phe Leu Ala Glu Trp Gln Asn Ile Thr Lys
355 360 365
Gly Phe Ser Glu Asp Arg Leu Leu Ile Ala Gly Thr Asn Ser Ser Asp
370 375 380
Leu Gln Gln Ile Leu Ser Leu Leu Glu Ser Asn Lys Asp Leu Leu Leu
385 390 395 400
Thr Ser Ser Tyr Leu Ser Asp Ser Gly Ser Thr Gly Glu His Thr Lys
405 410 415
Ser Leu Val Thr Gln Tyr Leu Asn Ala Thr Gly Asn Arg Trp Cys Ser
420 425 430
Trp Ser Leu Ser Gln Ala Arg Leu Leu Thr Ser Phe Leu Pro Ala Gln
435 440 445
Leu Leu Arg Leu Tyr Gln Leu Met Leu Phe Thr Leu Pro Gly Thr Pro
450 455 460
Val Phe Ser Tyr Gly Asp Glu Ile Gly Leu Asp Ala Ala Ala Leu Pro
465 470 475 480
Gly Gln Pro Met Glu Ala Pro Val Met Leu Trp Asp Glu Ser Ser Phe
485 490 495
Pro Asp Ile Pro Gly Ala Val Ser Ala Asn Met Thr Val Lys Gly Gln
500 505 510
Ser Glu Asp Pro Gly Ser Leu Leu Ser Leu Phe Arg Arg Leu Ser Asp
515 520 525
Gln Arg Ser Lys Glu Arg Ser Leu Leu His Gly Asp Phe His Ala Phe
530 535 540
Ser Ala Gly Pro Gly Leu Phe Ser Tyr Ile Arg His Trp Asp Gln Asn
545 550 555 560
Glu Arg Phe Leu Val Val Leu Asn Phe Gly Asp Val Gly Leu Ser Ala
565 570 575
Gly Leu Gln Ala Ser Asp Leu Pro Ala Ser Ala Ser Leu Pro Ala Lys
580 585 590
Ala Asp Leu Leu Leu Ser Thr Gln Pro Gly Arg Glu Glu Gly Ser Pro
595 600 605
Leu Glu Leu Glu Arg Leu Lys Leu Glu Pro His Glu Gly Leu Leu Leu
610 615 620
Arg Phe Pro Tyr Ala Ala
625 630

<210> 38
<211> 507
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Large neutral amino acids transporter small subunit 1
(LAT1; SLC7A5) isoform 1 Uniprot Q01650
<400> 38
Met Ala Gly Ala Gly Pro Lys Arg Arg Ala Leu Ala Ala Pro Ala Ala
1 5 10 15
Glu Glu Lys Glu Glu Ala Arg Glu Lys Met Leu Ala Ala Lys Ser Ala
20 25 30
Asp Gly Ser Ala Pro Ala Gly Glu Gly Glu Gly Val Thr Leu Gln Arg
35 40 45
Asn Ile Thr Leu Leu Asn Gly Val Ala Ile Ile Val Gly Thr Ile Ile
50 55 60
Gly Ser Gly Ile Phe Val Thr Pro Thr Gly Val Leu Lys Glu Ala Gly
65 70 75 80
Ser Pro Gly Leu Ala Leu Val Val Trp Ala Ala Cys Gly Val Phe Ser
85 90 95
Ile Val Gly Ala Leu Cys Tyr Ala Glu Leu Gly Thr Thr Ile Ser Lys
100 105 110
Ser Gly Gly Asp Tyr Ala Tyr Met Leu Glu Val Tyr Gly Ser Leu Pro
115 120 125
Ala Phe Leu Lys Leu Trp Ile Glu Leu Leu Ile Ile Arg Pro Ser Ser
130 135 140
Gln Tyr Ile Val Ala Leu Val Phe Ala Thr Tyr Leu Leu Lys Pro Leu
145 150 155 160
Phe Pro Thr Cys Pro Val Pro Glu Glu Ala Ala Lys Leu Val Ala Cys
165 170 175
Leu Cys Val Leu Leu Leu Thr Ala Val Asn Cys Tyr Ser Val Lys Ala
180 185 190
Ala Thr Arg Val Gln Asp Ala Phe Ala Ala Ala Lys Leu Leu Ala Leu
195 200 205
Ala Leu Ile Ile Leu Leu Gly Phe Val Gln Ile Gly Lys Gly Asp Val
210 215 220
Ser Asn Leu Asp Pro Asn Phe Ser Phe Glu Gly Thr Lys Leu Asp Val
225 230 235 240
Gly Asn Ile Val Leu Ala Leu Tyr Ser Gly Leu Phe Ala Tyr Gly Gly
245 250 255
Trp Asn Tyr Leu Asn Phe Val Thr Glu Glu Met Ile Asn Pro Tyr Arg
260 265 270
Asn Leu Pro Leu Ala Ile Ile Ile Ser Leu Pro Ile Val Thr Leu Val
275 280 285
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290 295 300
Met Leu Ser Ser Glu Ala Val Ala Val Asp Phe Gly Asn Tyr His Leu
305 310 315 320
Gly Val Met Ser Trp Ile Ile Pro Val Phe Val Gly Leu Ser Cys Phe
325 330 335
Gly Ser Val Asn Gly Ser Leu Phe Thr Ser Ser Arg Leu Phe Phe Val
340 345 350
Gly Ser Arg Glu Gly His Leu Pro Ser Ile Leu Ser Met Ile His Pro
355 360 365
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370 375 380
Leu Leu Tyr Ala Phe Ser Lys Asp Ile Phe Ser Val Ile Asn Phe Phe
385 390 395 400
Ser Phe Phe Asn Trp Leu Cys Val Ala Leu Ala Ile Ile Gly Met Ile
405 410 415
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420 425 430
Leu Ala Leu Pro Val Phe Phe Ile Leu Ala Cys Leu Phe Leu Ile Ala
435 440 445
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450 455 460
Ile Leu Ser Gly Leu Pro Val Tyr Phe Phe Gly Val Trp Trp Lys Asn
465 470 475 480
Lys Pro Lys Trp Leu Leu Gln Gly Ile Phe Ser Thr Thr Val Leu Cys
485 490 495
Gln Lys Leu Met Gln Val Val Pro Gln Glu Thr
500 505

<210> 39
<211> 535
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Large neutral amino acids transporter small subunit 2
(LAT2; SLC7A8) isoform 1
Uniprot Q9UHI5
<400> 39
Met Glu Glu Gly Ala Arg His Arg Asn Asn Thr Glu Lys Lys His Pro
1 5 10 15
Gly Gly Gly Glu Ser Asp Ala Ser Pro Glu Ala Gly Ser Gly Gly Gly
20 25 30
Gly Val Ala Leu Lys Lys Glu Ile Gly Leu Val Ser Ala Cys Gly Ile
35 40 45
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50 55 60
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Leu Arg Leu Leu Ala Ala Ile Cys Leu Leu Leu Leu Thr Trp Val Asn
165 170 175
Cys Ser Ser Val Arg Trp Ala Thr Arg Val Gln Asp Ile Phe Thr Ala
180 185 190
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195 200 205
Ile Cys Lys Gly Glu Tyr Phe Trp Leu Glu Pro Lys Asn Ala Phe Glu
210 215 220
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225 230 235 240
Gly Ser Phe Ala Tyr Gly Gly Trp Asn Phe Leu Asn Tyr Val Thr Glu
245 250 255
Glu Leu Val Asp Pro Tyr Lys Asn Leu Pro Arg Ala Ile Phe Ile Ser
260 265 270
Ile Pro Leu Val Thr Phe Val Tyr Val Phe Ala Asn Val Ala Tyr Val
275 280 285
Thr Ala Met Ser Pro Gln Glu Leu Leu Ala Ser Asn Ala Val Ala Val
290 295 300
Thr Phe Gly Glu Lys Leu Leu Gly Val Met Ala Trp Ile Met Pro Ile
305 310 315 320
Ser Val Ala Leu Ser Thr Phe Gly Gly Val Asn Gly Ser Leu Phe Thr
325 330 335
Ser Ser Arg Leu Phe Phe Ala Gly Ala Arg Glu Gly His Leu Pro Ser
340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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Val Thr Val Ala Gly Gln Ile Val Leu Arg Trp Lys Lys Pro Asp Ile
405 410 415
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435 440 445
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500 505 510
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515 520 525
Val Ala Gly Gln Pro Gln Pro
530 535

<210> 40
<211> 523
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Asc-type amino acid transporter 1 (Asc-1; SLC7A10) isoform
1
Uniprot Q9NS82
<400> 40
Met Ala Gly His Thr Gln Gln Pro Ser Gly Arg Gly Asn Pro Arg Pro
1 5 10 15
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50 55 60
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Gly Val Ala Ile Pro Lys Ser Gly Gly Asp Tyr Ala Tyr Val Thr Glu
100 105 110
Ile Phe Gly Gly Leu Ala Gly Phe Leu Leu Leu Trp Ser Ala Val Leu
115 120 125
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130 135 140
Tyr Val Leu Gln Pro Val Phe Pro Asn Cys Ile Pro Pro Thr Thr Ala
145 150 155 160
Ser Arg Val Leu Ser Met Ala Cys Leu Met Leu Leu Thr Trp Val Asn
165 170 175
Ser Ser Ser Val Arg Trp Ala Thr Arg Ile Gln Asp Met Phe Thr Gly
180 185 190
Gly Lys Leu Leu Ala Leu Ser Leu Ile Ile Gly Val Gly Leu Leu Gln
195 200 205
Ile Phe Gln Gly His Phe Glu Glu Leu Arg Pro Ser Asn Ala Phe Ala
210 215 220
Phe Trp Met Thr Pro Ser Val Gly His Leu Ala Leu Ala Phe Leu Gln
225 230 235 240
Gly Ser Phe Ala Phe Ser Gly Trp Asn Phe Leu Asn Tyr Val Thr Glu
245 250 255
Glu Met Val Asp Ala Arg Lys Asn Leu Pro Arg Ala Ile Phe Ile Ser
260 265 270
Ile Pro Leu Val Thr Phe Val Tyr Thr Phe Thr Asn Ile Ala Tyr Phe
275 280 285
Thr Ala Met Ser Pro Gln Glu Leu Leu Ser Ser Asn Ala Val Ala Val
290 295 300
Thr Phe Gly Glu Lys Leu Leu Gly Tyr Phe Ser Trp Val Met Pro Val
305 310 315 320
Ser Val Ala Leu Ser Thr Phe Gly Gly Ile Asn Gly Tyr Leu Phe Thr
325 330 335
Tyr Ser Arg Leu Cys Phe Ser Gly Ala Arg Glu Gly His Leu Pro Ser
340 345 350
Leu Leu Ala Met Ile His Val Arg His Cys Thr Pro Ile Pro Ala Leu
355 360 365
Leu Val Cys Cys Gly Ala Thr Ala Val Ile Met Leu Val Gly Asp Thr
370 375 380
Tyr Thr Leu Ile Asn Tyr Val Ser Phe Ile Asn Tyr Leu Cys Tyr Gly
385 390 395 400
Val Thr Ile Leu Gly Leu Leu Leu Leu Arg Trp Arg Arg Pro Ala Leu
405 410 415
His Arg Pro Ile Lys Val Asn Leu Leu Ile Pro Val Ala Tyr Leu Val
420 425 430
Phe Trp Ala Phe Leu Leu Val Phe Ser Phe Ile Ser Glu Pro Met Val
435 440 445
Cys Gly Val Gly Val Ile Ile Ile Leu Thr Gly Val Pro Ile Phe Phe
450 455 460
Leu Gly Val Phe Trp Arg Ser Lys Pro Lys Cys Val His Arg Leu Thr
465 470 475 480
Glu Ser Met Thr His Trp Gly Gln Glu Leu Cys Phe Val Val Tyr Pro
485 490 495
Gln Asp Ala Pro Glu Glu Glu Glu Asn Gly Pro Cys Pro Pro Ser Leu
500 505 510
Leu Pro Ala Thr Asp Lys Pro Ser Lys Pro Gln
515 520

<210> 41
<211> 642
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Sodium- and chloride-dependent neutral and basic amino acid
transporter B(0+)(ATB0,+; SLC6A14) isoform 1 Uniprot Q9UN76
<400> 41
Met Asp Lys Leu Lys Cys Pro Ser Phe Phe Lys Cys Arg Glu Lys Glu
1 5 10 15
Lys Val Ser Ala Ser Ser Glu Asn Phe His Val Gly Glu Asn Asp Glu
20 25 30
Asn Gln Asp Arg Gly Asn Trp Ser Lys Lys Ser Asp Tyr Leu Leu Ser
35 40 45
Met Ile Gly Tyr Ala Val Gly Leu Gly Asn Val Trp Arg Phe Pro Tyr
50 55 60
Leu Thr Tyr Ser Asn Gly Gly Gly Ala Phe Leu Ile Pro Tyr Ala Ile
65 70 75 80
Met Leu Ala Leu Ala Gly Leu Pro Leu Phe Phe Leu Glu Cys Ser Leu
85 90 95
Gly Gln Phe Ala Ser Leu Gly Pro Val Ser Val Trp Arg Ile Leu Pro
100 105 110
Leu Phe Gln Gly Val Gly Ile Thr Met Val Leu Ile Ser Ile Phe Val
115 120 125
Thr Ile Tyr Tyr Asn Val Ile Ile Ala Tyr Ser Leu Tyr Tyr Met Phe
130 135 140
Ala Ser Phe Gln Ser Glu Leu Pro Trp Lys Asn Cys Ser Ser Trp Ser
145 150 155 160
Asp Lys Asn Cys Ser Arg Ser Pro Ile Val Thr His Cys Asn Val Ser
165 170 175
Thr Val Asn Lys Gly Ile Gln Glu Ile Ile Gln Met Asn Lys Ser Trp
180 185 190
Val Asp Ile Asn Asn Phe Thr Cys Ile Asn Gly Ser Glu Ile Tyr Gln
195 200 205
Pro Gly Gln Leu Pro Ser Glu Gln Tyr Trp Asn Lys Val Ala Leu Gln
210 215 220
Arg Ser Ser Gly Met Asn Glu Thr Gly Val Ile Val Trp Tyr Leu Ala
225 230 235 240
Leu Cys Leu Leu Leu Ala Trp Leu Ile Val Gly Ala Ala Leu Phe Lys
245 250 255
Gly Ile Lys Ser Ser Gly Lys Val Val Tyr Phe Thr Ala Leu Phe Pro
260 265 270
Tyr Val Val Leu Leu Ile Leu Leu Val Arg Gly Ala Thr Leu Glu Gly
275 280 285
Ala Ser Lys Gly Ile Ser Tyr Tyr Ile Gly Ala Gln Ser Asn Phe Thr
290 295 300
Lys Leu Lys Glu Ala Glu Val Trp Lys Asp Ala Ala Thr Gln Ile Phe
305 310 315 320
Tyr Ser Leu Ser Val Ala Trp Gly Gly Leu Val Ala Leu Ser Ser Tyr
325 330 335
Asn Lys Phe Lys Asn Asn Cys Phe Ser Asp Ala Ile Val Val Cys Leu
340 345 350
Thr Asn Cys Leu Thr Ser Val Phe Ala Gly Phe Ala Ile Phe Ser Ile
355 360 365
Leu Gly His Met Ala His Ile Ser Gly Lys Glu Val Ser Gln Val Val
370 375 380
Lys Ser Gly Phe Asp Leu Ala Phe Ile Ala Tyr Pro Glu Ala Leu Ala
385 390 395 400
Gln Leu Pro Gly Gly Pro Phe Trp Ser Ile Leu Phe Phe Phe Met Leu
405 410 415
Leu Thr Leu Gly Leu Asp Ser Gln Phe Ala Ser Ile Glu Thr Ile Thr
420 425 430
Thr Thr Ile Gln Asp Leu Phe Pro Lys Val Met Lys Lys Met Arg Val
435 440 445
Pro Ile Thr Leu Gly Cys Cys Leu Val Leu Phe Leu Leu Gly Leu Val
450 455 460
Cys Val Thr Gln Ala Gly Ile Tyr Trp Val His Leu Ile Asp His Phe
465 470 475 480
Cys Ala Gly Trp Gly Ile Leu Ile Ala Ala Ile Leu Glu Leu Val Gly
485 490 495
Ile Ile Trp Ile Tyr Gly Gly Asn Arg Phe Ile Glu Asp Thr Glu Met
500 505 510
Met Ile Gly Ala Lys Arg Trp Ile Phe Trp Leu Trp Trp Arg Ala Cys
515 520 525
Trp Phe Val Ile Thr Pro Ile Leu Leu Ile Ala Ile Phe Ile Trp Ser
530 535 540
Leu Val Gln Phe His Arg Pro Asn Tyr Gly Ala Ile Pro Tyr Pro Asp
545 550 555 560
Trp Gly Val Ala Leu Gly Trp Cys Met Ile Val Phe Cys Ile Ile Trp
565 570 575
Ile Pro Ile Met Ala Ile Ile Lys Ile Ile Gln Ala Lys Gly Asn Ile
580 585 590
Phe Gln Arg Leu Ile Ser Cys Cys Arg Pro Ala Ser Asn Trp Gly Pro
595 600 605
Tyr Leu Glu Gln His Arg Gly Glu Arg Tyr Lys Asp Met Val Asp Pro
610 615 620
Lys Lys Glu Ala Asp His Glu Ile Pro Thr Val Ser Gly Ser Arg Lys
625 630 635 640
Pro Glu

<210> 42
<211> 634
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
(B(0)AT1; SLC6A19) isoform 1 Uniprot Q695T7
<400> 42
Met Val Arg Leu Val Leu Pro Asn Pro Gly Leu Asp Ala Arg Ile Pro
1 5 10 15
Ser Leu Ala Glu Leu Glu Thr Ile Glu Gln Glu Glu Ala Ser Ser Arg
20 25 30
Pro Lys Trp Asp Asn Lys Ala Gln Tyr Met Leu Thr Cys Leu Gly Phe
35 40 45
Cys Val Gly Leu Gly Asn Val Trp Arg Phe Pro Tyr Leu Cys Gln Ser
50 55 60
His Gly Gly Gly Ala Phe Met Ile Pro Phe Leu Ile Leu Leu Val Leu
65 70 75 80
Glu Gly Ile Pro Leu Leu Tyr Leu Glu Phe Ala Ile Gly Gln Arg Leu
85 90 95
Arg Arg Gly Ser Leu Gly Val Trp Ser Ser Ile His Pro Ala Leu Lys
100 105 110
Gly Leu Gly Leu Ala Ser Met Leu Thr Ser Phe Met Val Gly Leu Tyr
115 120 125
Tyr Asn Thr Ile Ile Ser Trp Ile Met Trp Tyr Leu Phe Asn Ser Phe
130 135 140
Gln Glu Pro Leu Pro Trp Ser Asp Cys Pro Leu Asn Glu Asn Gln Thr
145 150 155 160
Gly Tyr Val Asp Glu Cys Ala Arg Ser Ser Pro Val Asp Tyr Phe Trp
165 170 175
Tyr Arg Glu Thr Leu Asn Ile Ser Thr Ser Ile Ser Asp Ser Gly Ser
180 185 190
Ile Gln Trp Trp Met Leu Leu Cys Leu Ala Cys Ala Trp Ser Val Leu
195 200 205
Tyr Met Cys Thr Ile Arg Gly Ile Glu Thr Thr Gly Lys Ala Val Tyr
210 215 220
Ile Thr Ser Thr Leu Pro Tyr Val Val Leu Thr Ile Phe Leu Ile Arg
225 230 235 240
Gly Leu Thr Leu Lys Gly Ala Thr Asn Gly Ile Val Phe Leu Phe Thr
245 250 255
Pro Asn Val Thr Glu Leu Ala Gln Pro Asp Thr Trp Leu Asp Ala Gly
260 265 270
Ala Gln Val Phe Phe Ser Phe Ser Leu Ala Phe Gly Gly Leu Ile Ser
275 280 285
Phe Ser Ser Tyr Asn Ser Val His Asn Asn Cys Glu Lys Asp Ser Val
290 295 300
Ile Val Ser Ile Ile Asn Gly Phe Thr Ser Val Tyr Val Ala Ile Val
305 310 315 320
Val Tyr Ser Val Ile Gly Phe Arg Ala Thr Gln Arg Tyr Asp Asp Cys
325 330 335
Phe Ser Thr Asn Ile Leu Thr Leu Ile Asn Gly Phe Asp Leu Pro Glu
340 345 350
Gly Asn Val Thr Gln Glu Asn Phe Val Asp Met Gln Gln Arg Cys Asn
355 360 365
Ala Ser Asp Pro Ala Ala Tyr Ala Gln Leu Val Phe Gln Thr Cys Asp
370 375 380
Ile Asn Ala Phe Leu Ser Glu Ala Val Glu Gly Thr Gly Leu Ala Phe
385 390 395 400
Ile Val Phe Thr Glu Ala Ile Thr Lys Met Pro Leu Ser Pro Leu Trp
405 410 415
Ser Val Leu Phe Phe Ile Met Leu Phe Cys Leu Gly Leu Ser Ser Met
420 425 430
Phe Gly Asn Met Glu Gly Val Val Val Pro Leu Gln Asp Leu Arg Val
435 440 445
Ile Pro Pro Lys Trp Pro Lys Glu Val Leu Thr Gly Leu Ile Cys Leu
450 455 460
Gly Thr Phe Leu Ile Gly Phe Ile Phe Thr Leu Asn Ser Gly Gln Tyr
465 470 475 480
Trp Leu Ser Leu Leu Asp Ser Tyr Ala Gly Ser Ile Pro Leu Leu Ile
485 490 495
Ile Ala Phe Cys Glu Met Phe Ser Val Val Tyr Val Tyr Gly Val Asp
500 505 510
Arg Phe Asn Lys Asp Ile Glu Phe Met Ile Gly His Lys Pro Asn Ile
515 520 525
Phe Trp Gln Val Thr Trp Arg Val Val Ser Pro Leu Leu Met Leu Ile
530 535 540
Ile Phe Leu Phe Phe Phe Val Val Glu Val Ser Gln Glu Leu Thr Tyr
545 550 555 560
Ser Ile Trp Asp Pro Gly Tyr Glu Glu Phe Pro Lys Ser Gln Lys Ile
565 570 575
Ser Tyr Pro Asn Trp Val Tyr Val Val Val Val Ile Val Ala Gly Val
580 585 590
Pro Ser Leu Thr Ile Pro Gly Tyr Ala Ile Tyr Lys Leu Ile Arg Asn
595 600 605
His Cys Gln Lys Pro Gly Asp His Gln Gly Leu Val Ser Thr Leu Ser
610 615 620
Thr Ala Ser Met Asn Gly Asp Leu Lys Tyr
625 630

<210> 43
<211> 515
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> human Monocarboxylate transporter 10 (TAT1; SLC16A10) isoform 1
Uniprot Q8TF71
<400> 43
Met Val Leu Ser Gln Glu Glu Pro Asp Ser Ala Arg Gly Thr Ser Glu
1 5 10 15
Ala Gln Pro Leu Gly Pro Ala Pro Thr Gly Ala Ala Pro Pro Pro Gly
20 25 30
Pro Gly Pro Ser Asp Ser Pro Glu Ala Ala Val Glu Lys Val Glu Val
35 40 45
Glu Leu Ala Gly Pro Ala Thr Ala Glu Pro His Glu Pro Pro Glu Pro
50 55 60
Pro Glu Gly Gly Trp Gly Trp Leu Val Met Leu Ala Ala Met Trp Cys
65 70 75 80
Asn Gly Ser Val Phe Gly Ile Gln Asn Ala Cys Gly Val Leu Phe Val
85 90 95
Ser Met Leu Glu Thr Phe Gly Ser Lys Asp Asp Asp Lys Met Val Phe
100 105 110
Lys Thr Ala Trp Val Gly Ser Leu Ser Met Gly Met Ile Phe Phe Cys
115 120 125
Cys Pro Ile Val Ser Val Phe Thr Asp Leu Phe Gly Cys Arg Lys Thr
130 135 140
Ala Val Val Gly Ala Ala Val Gly Phe Val Gly Leu Met Ser Ser Ser
145 150 155 160
Phe Val Ser Ser Ile Glu Pro Leu Tyr Leu Thr Tyr Gly Ile Ile Phe
165 170 175
Ala Cys Gly Cys Ser Phe Ala Tyr Gln Pro Ser Leu Val Ile Leu Gly
180 185 190
His Tyr Phe Lys Lys Arg Leu Gly Leu Val Asn Gly Ile Val Thr Ala
195 200 205
Gly Ser Ser Val Phe Thr Ile Leu Leu Pro Leu Leu Leu Arg Val Leu
210 215 220
Ile Asp Ser Val Gly Leu Phe Tyr Thr Leu Arg Val Leu Cys Ile Phe
225 230 235 240
Met Phe Val Leu Phe Leu Ala Gly Phe Thr Tyr Arg Pro Leu Ala Thr
245 250 255
Ser Thr Lys Asp Lys Glu Ser Gly Gly Ser Gly Ser Ser Leu Phe Ser
260 265 270
Arg Lys Lys Phe Ser Pro Pro Lys Lys Ile Phe Asn Phe Ala Ile Phe
275 280 285
Lys Val Thr Ala Tyr Ala Val Trp Ala Val Gly Ile Pro Leu Ala Leu
290 295 300
Phe Gly Tyr Phe Val Pro Tyr Val His Leu Met Lys His Val Asn Glu
305 310 315 320
Arg Phe Gln Asp Glu Lys Asn Lys Glu Val Val Leu Met Cys Ile Gly
325 330 335
Val Thr Ser Gly Val Gly Arg Leu Leu Phe Gly Arg Ile Ala Asp Tyr
340 345 350
Val Pro Gly Val Lys Lys Val Tyr Leu Gln Val Leu Ser Phe Phe Phe
355 360 365
Ile Gly Leu Met Ser Met Met Ile Pro Leu Cys Ser Ile Phe Gly Ala
370 375 380
Leu Ile Ala Val Cys Leu Ile Met Gly Leu Phe Asp Gly Cys Phe Ile
385 390 395 400
Ser Ile Met Ala Pro Ile Ala Phe Glu Leu Val Gly Ala Gln Asp Val
405 410 415
Ser Gln Ala Ile Gly Phe Leu Leu Gly Phe Met Ser Ile Pro Met Thr
420 425 430
Val Gly Pro Pro Ile Ala Gly Leu Leu Arg Asp Lys Leu Gly Ser Tyr
435 440 445
Asp Val Ala Phe Tyr Leu Ala Gly Val Pro Pro Leu Ile Gly Gly Ala
450 455 460
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Claims (1)

  1. 本明細書に記載の発明。
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