JP2014502148A - イソプレン生産の向上を目的としたイソプレン合成酵素変異体 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、米国仮特許出願第61/407,415号(2010年10月27日出願)の優先権を主張し、この特許の内容は、参照により全体が本開示に援用される。
本発明は、イソプレン合成酵素変異体を含む方法及び組成物を提供する。特に、本発明は、宿主細胞においてイソプレン生産を増加させる、変異型の植物イソプレン合成酵素を提供する。
H又はQ,T251H,L253M,L260M,V268I,V270I,A271S,F272Q,Q275E,Y276F又はH又はQ,D278L又はM又はR又はY,S282C,E307Q又はR,E314H,R315G又はK,D317S,A320N又はT,I321L又はM,D323I又はT,M328L,K329G又はQ又はR,C331T,F332Y,L333F,A343I又はV,D345Y,N346A,K350H又はW又はY,G351E又はM,E352F又はI又はM又はV,P356M又はS,Y357E,K360Q,A361Q又はS又はV,A363S,D364N又はT,C366A,N367D又はE又はM,A368D又はQ,F369H又はQ,L370A又はD又はE又はF又はH又はN又はR又はS又はT又はV,Q371G又はH又はI又はN又はP又はR又はT又はW又はY,N378D,K379E又はR又はS,S380K又はN,T383Q,D386K又はS,G389C又はM又はP又はR又はT,N390S,W392F又はM,K393H又はR,V402F又はI又はL,Y405F,V408Q又はS,V409C又はQ又はS,Q410E又はG又はH又はI又はR,K413P,K414C又はH又はI又はQ,E418N,K422G又はH又はQ又はR,Y423G,H424D又はG又はI又はS又はT,D425P,T426A又はM又はQ,S428V,R429A又はC又はD又はG又はH又はK又はN,S431G,H432A又はM,C437N,S444N又はQ又はT,I447K又はR,A448H又はS又はT,S457D,M460A又はE又はG、R461N,T462S,K463G又はN,G464A又はD又はE又はF又はH又はV又はY,S466E又はG又はK又はN又はT,E467N,E468A又はN又はP又はQ,L469A又はN,T471N,E472A又はG又はN,M475I,K484A,K489R,L490I又はY,G492T又はV,S493C又はG又はK又はV,L494G又はI又はQ又はV,K497M又はT,V500I又はY,E501N,T502H,A503L又はM,I504L,L506I又はV,Q509A,S510T,H511I又はM,T513S,H515Q,G517P,A519C,S522A又はK,R528K,K529A,V531G又はN,V534A又はS,I535C又はS又はT,T536M,E537H又はN又はQ,I539V,L540E又はQ又はR又はV,F542M,並びにR544G又はN又はP又はQ又はSからなる群から選択される。
87V,X287W,X287Y,X290A,X290C,X290D,X290E,X290F,X290G,X290H,X290I,X290K,X290L,X290M,X290N,X290P,X290Q,X290R,X290S,X290T,X290W,X290Y,X308A,X308C,X308D,X308E,X308F,X308G,X308H,X308I,X308K,X308M,X308N,X308P,X308Q,X308R,X308S,X308T,X308V,X308W,X308Y,X376A,X376C,X376D,X376E,X376F,X376G,X376H,X376I,X376K,X376M,X376N,X376P,X376Q,X376R,X376S,X376T,X376V,X376W,X376Y,X377A,X377C,X377D,X377E,X377F,X377G,X377H,X377I,X377K,X377L,X377M,X377N,X377P,X377Q,X377R,X377S,X377T,X377V,X377W,X379A,X379C,X379D,X379E,X379F,X379G,X379H,X379I,X379L,X379M,X379N,X379P,X379Q,X379R,X379S,X379T,X379V,X379W,X379Y,X389A,X389C,X389D,X389E,X389F,X389H,X389I,X389K,X389L,X389M,X389N,X389P,X389Q,X389R,X389S,X389T,X389V,X389W,X389Y,X397A,X397C,X397D,X397E,X397F,X397H,X397I,X397K,X397L,X397M,X397N,X397P,X397Q,X397R,X397S,X397T,X397V,X397W,X397Y,X400A,X400C,X400D,X400E,X400F,X400G,X400H,X400I,X400K,X400L,X400M,X400N,X400P,X400R,X400S,X400T,X400V,X400W,X400Y,X403A,X403C,X403D,X403E,X403G,X403H,X403I,X403K,X403L,X403M,X403N,X403P,X403Q,X403R,X403S,X403T,X403V,X403W,X403Y,X421A,X421C,X421D,X421E,X421F,X421G,X421H,X421I,X421K,X421L,X421M,X421N,X421P,X421R,X421S,X421T,X421V,X421W,X421Y,X426A,X426C,X426D,X426E,X426F,X426G,X426H,X426I,X426K,X426L,X426M,X426N,X426P,X426Q,X426R,X426S,X426V,X426W,X426Y,X430A,X430C,X430D,X430E,X430F,X430G,X430H,X430I,X430K,X430L,X430M,X430N,X430Q,X430R,X430S,X430T,X430V,X430W,X430Y,X434A,X434C,X434D,X434E,X434G,X434H,X434I,X434K,X434L,X434M,X434N,X434P,X434Q,X434R,X434S,X434T,X434V,X434W,X434Y,X445C,X445D,X445E,X445F,X445G,X445H,X445I,X445K,X445L,X445M,X445N,X445P,X445Q,X445R,X445S,X445T,X445V,X445W,X445Y,X448C,X448D,X448E,X448F,X448G,X448H,X448I,X448K,X448L,X448M,X448N,X448P,X448Q,X448R,X448S,X448T,X448V,X448W,X448Y,X457A,X457C,X457D,X457E,X457F,X457G,X457H,X457I,X457K,X457L,X457M,X457N,X457P,X457Q,X457R,X457T,X457V,X457W,X457Y,X462A,X462C,X462D,X462E,X462F,X462G,X462H,X462I,X462K,X462L,X462M,X462N,X462P,X462Q,X462R,X462S,X462V,X462W,X462Y,X476A,X476C,X476D,X476E,X476F,X476G,X476H,X476I,X476K,X476L,X476M,X476P,X476Q,X476R,X476S,X476T,X476V,X476W,X476Y,X487A,X487C,X487D,X487E,X487F,X487G,X487H,X487I,X487L,X487M,X487N,X487P,X487Q,X487R,X487S,X487T,X487V,X487W,X487Y,X488A,X488C,X488D,X488F,X488G,X488H,X488I,X488K,X488L,X488M,X488N,X488P,X488Q,X488R,X488S,X488T,X488V,X488W,X488Y,X489A,X489C,X489D,X489E,X489F,X489G,X489H,X489I,X489L,X489M,X489N,X489P,X489Q,X489R,X489S,X489T,X489V,X489W,X489Y,X490A,X490C,X490D,X490E,X490F,X490G,X490H,X490I,X490K,X490M,X490N,X490P,X490Q,X490R,X490S,X490T,X490V,X490W,X490Y,X491A,X491C,X491D,X491E,X491F,X491H,X491I,X491K,X491L,X491M,X491N,X491P,X491Q,X491R,X491S,X491T,X491V,X491W,X491Y,X492A,X492C,X492D,X492E,X492F,X492H,X492I,X492K,X492L,X492M,X492N,X492P,X492Q,X492R,X492S,X492T,X492V,X492W,X492Y,X493A,X493C,X493D,X493E,X493F,X493G,X493H,X493I,X493K,X493L,X493M,X493N,X493P,X493Q,X493R,X493T,X493V,X493W,X493Y,X495A,X495C,X495D,X495E,X495G,X495H,X495I,X495K,X495L,X495M,X495N,X495P,X495Q,X495R,X495S,X495T,X495V,X495W,X495Y,X496C,X496D,X496E,X496F,X496G,X496H,X496I,X496K,X496L,X496M,X496N,X496P,X496Q,X496R,X496S,X496T,X496V,X496W,X496Y,X497A,X497C,X497D,X497E,X497F,X497G,X497H,X497I,X497L,X497M,X497N,X497P,X497Q,X497R,X497S,X497T,X497V,X497W,X497Y,X498A,X498C,X498D,X498E,X498F,X498G,X498H,X498I,X498K,X498L,X498M,X498N,X498Q,X498R,X498S,X498T,X498V,X498W,X498Y,X509A,X509C,X509D,X509E,X509F,X509G,X509H,X509I,X509K,X509L,X509M,X509N,X509P,X509R,X509S,X509T,X509V,X509W,X509Y,X514A,X514C,X514D,X514E,X514F,X514G,X514H,X514I,X514K,X514L,X514M,X514N,X514P,X514Q,X514R,X514S,X514T,X514V,X514W,X521A,X521C,X521D,X521E,X521F,X521G,X521H,X521I,X521K,X521L,X521M,X521N,X521P,X521Q,X521R,X521S,X521V,X521W,X521Y,X539A,X539C,X539D,X539E,X539F,X539G,X539H,X539K,X539L,X539M,X539N,X539P,X539Q,X539R,X539S,X539T,X539V,X539W,X539Y,X540A,X540C,X540D,X540E,X540F,X540G,X540H,X540I,X540K,X540M,X540N,X540P,X540Q,X540R,X540S,X540T,X540V,X540W,X540Y,X544A,X544C,X544D,X544E,X544F,X544G,X544H,X544I,X544K,X544L,X544M,X544N,X544P,X544Q,X544S,X544T,X544V,X544W,及びX544Yからなる群から選択されるアミノ酸残基置換を含む、非天然に生じるイソプレン合成酵素変異体を提供し、
ここで、Xは任意のアミノ酸を表し、
各アミノ酸残基の位置は、図20に示す通りのウラジロハコヤナギ(P.alba)イソプレン合成酵素配列中のアミノ酸残基の位置と対応させて付番する。
比生産性が少なくとも約105%である、
収率が少なくとも約105%である、及び
細胞性能指数が少なくとも約105%である、を1つ以上有する。
比生産性が少なくとも約110%である、
収率が少なくとも約110%である、及び
細胞性能指数が少なくとも約110%である、を1つ以上有する。
比生産性が少なくとも約120%である、
収率が少なくとも約120%である、及び
細胞性能指数が少なくとも約120%である、を1つ以上有する。
比生産性が少なくとも約150%である、
収率が少なくとも約150%である、及び
細胞性能指数が少なくとも約150%である、を1つ以上有する。
比生産性が少なくとも約200%である、
収率が少なくとも約200%である、及び
細胞性能指数が少なくとも約200%である、を1つ以上有する。
本明細書において別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術及び科学用語は、本発明の属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同様の意味を持つ。本明細書において述べられるものと同様又は同等のあらゆる方法及び材料を本発明の実施において使用することができるが、好ましい方法及び材料については本明細書に述べる。したがって、以降で定義される用語は、総じて本明細書を参照することでより詳しく説明される。
ポリイソプレン及び多様なコポリマー(イソブチレン、ブタジエン、スチレン、又は他のモノマー)の製造にイソプレンモノマーを使用する。採算の合うレベルのイソプレンを生産し得る株(原核生物又は真核生物の株)を樹立するには、DXP又はMVA経路の一部又は全体、あるいはMVA及びDXP経路の両方を最適化する必要がある。この経路において鍵となる酵素はイソプレン合成酵素(IspS)であり、この酵素は前駆体であるDMAPPをイソプレンに変換する。これまでに同定されているイソプレン合成酵素(IspS)としては、ポプラ、ヨーロッパナラ及びクズなどの植物由来のものが挙げられる。同定されている植物IspS酵素の一部は、これまでに、大腸菌で発現させることで、ある程度特性評価されており、これらの酵素の動態パラメーターは、精製タンパク質をもとにin vitroで決定されている。しかしながら、生得的IspS酵素の動的パラメーター(Km、速度定数など)は、イソプレンを宿主生物で商業的に生産するには不十分なものである。したがって、解決すべき課題のうち1つとしては、より多量のイソプレンを生物学的に製造することができるよう特性が改良されたイソプレン合成酵素変異体(例えば、特定の残基が置換されている変異体)の供給が挙げられる。
親イソプレン合成酵素から、イソプレン合成酵素変異体を生成する。親イソプレン合成酵素は、野生型及び非野生型のイソプレン合成酵素などの、本明細書に記載される通りのイソプレン合成酵素である。代表的な親イソプレン合成酵素の核酸としては、イソプレン合成酵素ポリペプチドの活性を少なくとも1種有するポリペプチド、ポリペプチド断片、ペプチド、又は融合ポリペプチドをコードする核酸が挙げられる。代表的な親イソプレン合成酵素ポリペプチド及び核酸としては、本明細書に記載されるような任意の生物資源から天然に生じるポリペプチド及び核酸、並びに本明細書に記載されるような任意の生物資源から誘導されるポリペプチド及び核酸の変異体が挙げられる。
ポリペプチド、例えばイソプレン合成酵素は、一次構造(アミノ酸配列)及びポリペプチド周囲の環境により決定される三次構造を有する。この三次構造は、ポリペプチドの活性、安定性、結合親和性、結合特異性、及び他の生化学的特性を決定する。したがって、生物活性の改良(例えば、触媒活性及び/又は溶解度の増加など)を計画する際には、タンパク質の三次構造に関する情報から十分な指針を得ることができる。各種イソプレン合成酵素の結晶構造座標は国際公開第2009/132220号及びPCT出願/米国特許出願公開第2010/032134号(国際公開第2010/124146号)に記載されている。
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X254S,X254T,X254V,X254W,X254Y,X287A,X287C,X287D,X287E,X287G,X287H,X287I,X287K,X287L,X287M,X287N,X287P,X287Q,X287R,X287S,X287T,X287V,X287W,X287Y,X290A,X290C,X290D,X290E,X290F,X290G,X290H,X290I,X290K,X290L,X290M,X290N,X290P,X290Q,X290R,X290S,X290T,X290W,X290Y,X308A,X308C,X308D,X308E,X308F,X308G,X308H,X308I,X308K,X308M,X308N,X308P,X308Q,X308R,X308S,X308T,X308V,X308W,X308Y,X376A,X376C,X376D,X376E,X376F,X376G,X376H,X376I,X376K,X376M,X376N,X376P,X376Q,X376R,X376S,X376T,X376V,X376W,X376Y,X377A,X377C,X377D,X377E,X377F,X377G,X377H,X377I,X377K,X377L,X377M,X377N,X377P,X377Q,X377R,X377S,X377T,X377V,X377W,X379A,X379C,X379D,X379E,X379F,X379G,X379H,X379I,X379L,X379M,X379N,X379P,X379Q,X379R,X379S,X379T,X379V,X379W,X379Y,X389A,X389C,X389D,X389E,X389F,X389H,X389I,X389K,X389L,X389M,X389N,X389P,X389Q,X389R,X389S,X389T,X389V,X389W,X389Y,X397A,X397C,X397D,X397E,X397F,X397H,X397I,X397K,X397L,X397M,X397N,X397P,X397Q,X397R,X397S,X397T,X397V,X397W,X397Y,X400A,X400C,X400D,X400E,X400F,X400G,X400H,X400I,X400K,X400L,X400M,X400N,X400P,X400R,X400S,X400T,X400V,X400W,X400Y,X403A,X403C,X403D,X403E,X403G,X403H,X403I,X403K,X403L,X403M,X403N,X403P,X403Q,X403R,X403S,X403T,X403V,X403W,X403Y,X421A,X421C,X421D,X421E,X421F,X421G,X421H,X421I,X421K,X421L,X421M,X421N,X421P,X421R,X421S,X421T,X421V,X421W,X421Y,X426A,X426C,X426D,X426E,X426F,X426G,X426H,X426I,X426K,X426L,X426M,X426N,X426P,X426Q,X426R,X426S,X426V,X426W,X426Y,X430A,X430C,X430D,X430E,X430F,X430G,X430H,X430I,X430K,X430L,X430M,X430N,X430Q,X430R,X430S,X430T,X430V,X430W,X430Y,X434A,X434C,X434D,X434E,X434G,X434H,X434I,X434K,X434L,X434M,X434N,X434P,X434Q,X434R,X434S,X434T,X434V,X434W,X434Y,X445C,X445D,X445E,X445F,X445G,X445H,X445I,X445K,X445L,X445M,X445N,X445P,X445Q,X445R,X445S,X445T,X445V,X445W,X445Y,X448C,X448D,X448E,X448F,X448G,X448H,X448I,X448K,X448L,X448M,X448N,X448P,X448Q,X448R,X448S,X448T,X448V,X448W,X448Y,X457A,X457C,X457D,X457E,X457F,X457G,X457H,X457I,X457K,X457L,X457M,X457N,X457P,X457Q,X457R,X457T,X457V,X457W,X457Y,X462A,X462C,X462D,X462E,X462F,X462G,X462H,X462I,X462K,X462L,X462M,X462N,X462P,X462Q,X462R,X462S,X462V,X462W,X462Y,X476A,X476C,X476D,X476E,X476F,X476G,X476H,X476I,X476K,X476L,X476M,X476P,X476Q,X476R,X476S,X476T,X476V,X476W,X476Y,X487A,X487C,X487D,X487E,X487F,X487G,X487H,X487I,X487L,X487M,X487N,X487P,X487Q,X487R,X487S,X487T,X487V,X487W,X487Y,X488A,X488C,X488D,X488F,X488G,X488H,X488I,X488K,X488L,X488M,X488N,X488P,X488Q,X488R,X488S,X488T,X488V,X488W,X488Y,X489A,X489C,X489D,X489E,X489F,X489G,X489H,X489I,X489L,X489M,X489N,X489P,X489Q,X489R,X489S,X489T,X489V,X489W,X489Y,X490A,X490C,X490D,X490E,X490F,X490G,X490H,X490I,X490K,X490M,X490N,X490P,X490Q,X490R,X490S,X490T,X490V,X490W,X490Y,X491A,X491C,X491D,X491E,X491F,X491H,X491I,X491K,X491L,X491M,X491N,X491P,X491Q,X491R,X491S,X491T,X491V,X491W,X491Y,X492A,X492C,X492D,X492E,X492F,X492H,X492I,X492K,X492L,X492M,X492N,X492P,X492Q,X492R,X492S,X492T,X492V,X492W,X492Y,X493A,X493C,X493D,X493E,X493F,X493G,X493H,X493I,X493K,X493L,X493M,X493N,X493P,X493Q,X493R,X493T,X493V,X493W,X493Y,X495A,X495C,X495D,X495E,X495G,X495H,X495I,X495K,X495L,X495M,X495N,X495P,X495Q,X495R,X495S,X495T,X495V,X495W,X495Y,X496C,X496D,X496E,X496F,X496G,X496H,X496I,X496K,X496L,X496M,X496N,X496P,X496Q,X496R,X496S,X496T,X496V,X496W,X496Y,X497A,X497C,X497D,X497E,X497F,X497G,X497H,X497I,X497L,X497M,X497N,X497P,X497Q,X497R,X497S,X497T,X497V,X497W,X497Y,X498A,X498C,X498D,X498E,X498F,X498G,X498H,X498I,X498K,X498L,X498M,X498N,X498Q,X498R,X498S,X498T,X498V,X498W,X498Y,X509A,X509C,X509D,X509E,X509F,X509G,X509H,X509I,X509K,X509L,X509M,X509N,X509P,X509R,X509S,X509T,X509V,X509W,X509Y,X514A,X514C,X514D,X514E,X514F,X514G,X514H,X514I,X514K,X514L,X514M,X514N,X514P,X514Q,X514R,X514S,X514T,X514V,X514W,X521A,X521C,X521D,X521E,X521F,X521G,X521H,X521I,X521K,X521L,X521M,X521N,X521P,X521Q,X521R,X521S,X521V,X521W,X521Y,X539A,X539C,X539D,X539E,X539F,X539G,X539H,X539K,X539L,X539M,X539N,X539P,X539Q,X539R,X539S,X539T,X539V,X539W,X539Y,X540A,X540C,X540D,X540E,X540F,X540G,X540H,X540I,X540K,X540M,X540N,X540P,X540Q,X540R,X540S,X540T,X540V,X540W,X540Y,X544A,X544C,X544D,X544E,X544F,X544G,X544H,X544I,X544K,X544L,X544M,X544N,X544P,X544Q,X544S,X544T,X544V,X544W,及びX544Yからなる群から選択される置換を含み、ここで、Xは任意のアミン酸を意味し、各アミノ酸残基の位置は、図20に示す通りのウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素配列中のアミノ酸残基の位置と対応させて付番される。
一部の実施形態では、イソプレン合成酵素変異体は、表Eに記載の配列を含まない。一部の実施形態では、表E及びFに記載の配列は、これらの表に記載のものから選択される置換を1つ以上有し得る。
表4〜6に記載の配列及び置換に関する残基付番は、PCT出願/米国特許出願公開第2009/041581号(国際公開第2009/132220号)又はPCT出願/米国特許出願公開第2010/032134号(国際公開第2010/124146号)に定義の通りのものである。当業者は、表4〜6に記載の残基をMEAウラジロハコヤナギなどの参照配列(図20)(配列番号1)と対応させる方法を決定することができる。
一部の実施形態では、変異体は、N端末領域の1つ以上のアミノ酸残基のトランケーションを含むN端末領域のトランケーションを含む。例えば、実施例10を参照されたい。N端末トランケーションの例は、PCT出願/米国特許出願公開第2009/041581号(国際公開第2009/132220号)に記載されている。一部の実施形態では、N端末トランケーションを含むイソプレン合成酵素変異体は、完全長のイソプレン合成酵素と比較して比活性が増加している。例えば、N端末トランケーションの例としては、ウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素の:MEA変異体、MSV変異体、MVS変異体、MTE変異体、MNV変異体、TRC(−3)変異体、TRC(−4)変異体、TRC(−5)変異体、TRC(−6)変異体及びTRC(−7)変異体;アメリカヤマナラシイソプレン合成酵素:MET変異体;及びP.トリコカルパイソプレン合成酵素の、N端末でトランケートされた残基と対応する残基が挙げられる。MET変異体の配列は、PCT出願/米国特許出願公開第2009/041581号(国際公開第2009/132220号)に記載される。一部の実施形態では、変異体においてトランケーションの生じた残基は、ウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素MEA変異体においてトランケーションの生じた残基と一致する(図21A〜21Bを参照されたい)。
一部の実施形態では、変異体は、参照配列と比べ少なくとも一つの特性が改良されている。一部の実施形態では、参照配列は親配列である。一部の実施形態では、参照配列は野生型イソプレン合成酵素である。一部の実施形態では、参照配列はMEAウラジロハコヤナギ(配列番号1)のものであり、図20にも示す、
対象とする特性としては、限定するものではないが、細胞内活性の増加、比生産性の増加、収率の増加、及び細胞性能指数の増加が挙げられる。一部の実施形態では、比生産性は、少なくとも約2、3、4、5、6 7、8、9、10倍以上に増加する。一実施形態では、比生産性は約20mg/L/OD/hrである。他の実施形態では、収率は、少なくとも約2、3、4、5倍以上に増加する。他の実施形態では、細胞性能指数は、少なくとも約2、3、4、5倍以上に増加する。他の実施形態では、細胞内活性は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10倍以上に増加する。
と対応させて付番した残基位置に1つ以上の置換を有し得る。一部の非限定例では、改良されたイソプレン合成酵素特性を有する単離ポリペプチドは、配列番号1に対応する:X2,X6,X18,X20,X22,X23,X24,X25,X26,X27,X28,X29,X30,X31,X32,X36,X37,X42,X44,X47,X48,X49,X50,X53,X54,X55,X56,X58,X59,X68,X71,X74,X77,X78,X79,X81,X82,X83,X84,X86,X87,X91,X93,X94,X95,X97,X98,X99,X109,X115,X116,X117,X118,X120,X123,X125,X126,X127,X128,X130,X131,X132,X133,X134,X136,X137,X138,X139,X140,X143,X151,X153,X155,X156,X159,X160,X161,X162,X163,X164,X166,X167,X169,X170,X171,X172,X175,X176,X177,X178,X179,X180,X181,X182,X190,X194,X197,X204,X211,X215,X217,X219,X221,X228,X229,X231,X232,X235,X241,X242,X245,X246,X247,X251,X254,X271,X272,X278,X279,X282,X296,X302,X317,X319,X320,X327,X331,X348,X351,X357,X361,X364,X365,X368,X369,X370,X371,X373,X377,X380,X383,X386,X389,X392,X393,X407,X408,X409,X410,X411,X414,X422,X423,X424,X428,X429,X432,X436,X437,X440,X443,X444,X447,X448,X457,X460,X461,X462,X463,X464,X465,X466,X468,X470,X471,X472,X473,X475,X480,X490,X491,X492,X494,X496,X500,X501,X502,X503,X510,X513,X515,X519,X525,X531,X536,X537,X540,X541,X542,及びX544からなる群から選択される残基のうちの1つ以上が置換されている。
本発明のイソプレン合成酵素変異体をコードしている核酸は、本発明の範囲内で提供され、企図される。各種実施形態では、核酸は組み換え核酸である。例えば、一部の実施形態では、イソプレン合成酵素変異体の核酸は、組み換え核酸が、イソプレン合成酵素変異体と、別のポリペプチド(例えば、融合ポリペプチドの精製又は検出を容易にする、His−タグなどといった、ペプチド)の全て又は一部とを含む融合ポリペプチドをコードするよう、他のポリペプチドの全て又は一部をコードしている他の核酸に操作可能に連結させる。一部の実施形態では、組み換え核酸の一部又は全ては化学的に合成される。一部の態様では、核酸は異種核酸である。「異種核酸」とは、その核酸配列が同じホスト細胞内に自然に見出される別の核酸の配列と同一ではない核酸のことを意味する。
上記の通り、DXP経路及び/又はMVA経路の1つ以上のポリペプチドを、本開示に記載のイソプレン合成酵素変異体と組み合わせて使用して、イソプレン生産を増加させることができる。したがって、特定の態様では、MVA経路に関係する1つ以上のポリペプチドをコードしている1つ以上の核酸は異種核酸である。他の態様では、MVA経路に関係する1つ以上のポリペプチドをコードしている1つ以上の核酸は、内在性の核酸の複製である。本開示における任意の態様では、1つ以上のMVA経路に関係するポリペプチドは、(a)2分子のアセチル−CoAを縮合させてアセトアセチル−CoAを生成する酵素、(b)アセトアセチル−CoAをアセチル−CoAと縮合させてHMG−CoAを生成する酵素(例えば、HMGシンターゼ)、(c)HMG−CoAをメバロン酸に変換する酵素、(d)メバロン酸をしてリン酸化してメバロン酸5−リン酸を生成する酵素、(e)メバロン酸5−リン酸をメバロン酸5−ピロリン酸に変換する酵素、(f)メバロン酸5−リン酸をイソペンテニルピロリン酸に変換する酵素、並びに(g)イソペンテニルピロリン酸をジメチルアリールジホスフェートへと変換する酵素、から選択できる。本開示における任意の態様では、1つ以上のMVA経路に関係するポリペプチドは、(a)アセトアセチル−CoAをアセチル−CoAと縮合させてHMG−CoAを生成する酵素(例えば、HMGシンターゼ)、(b)HMG−CoAをメバロン酸へと変換する酵素、(c)メバロン酸リン酸をメバロン酸5−リン酸に変換する酵素、(d)メバロン酸5−リン酸をメバロン酸5−ピロリン酸に変換する酵素、並びに(e)メバロン酸5−ピロリン酸をイソペンテニルピロリン酸に変換する酵素、から選択される。
MVA経路の上流は、細胞内代謝により生産されるアセチルCo−Aを、(a)(i)チオラーゼ活性又は(ii)アセトアセチル−CoA合成酵素活性、(b)HMG−CoA還元酵素、及び(c)HMG−CoA合成酵素活性のいずれかの活性をもつポリペプチドの作用によりメバロン酸に変換する際の開始基質として利用する。まず始めに、チオラーゼ又はアセトアセチル−CoA合成酵素(アセチル−CoA及びマロニル−CoAを利用する)の作用によりアセチルCo−AをアセトアセチルCoAに変換する。次に、アセトアセチル−CoAは、HMG−CoA合成酵素の酵素作用により、3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoA(HMG−CoA)へと変換される。このCo−A誘導体をHMG−CoA還元酵素により還元してメバロン酸を生成する。この反応は、メバロン酸経路によるイソプレノイド生産の律速段階となる。
特定の実施形態では、L.グレイー、E.フェシウム、E.ガリナルム、E.カセリフラブス及び/又はE.フェーカリス由来の様々なmvaE及びmvaS遺伝子を、単独で、あるいはMVA経路上流関連性タンパク質をコードしている1つ以上の他のmvaE及びmvaS遺伝子と組み合わせて選択することが、本発明の範囲内のものとして企図される。L.グレイー、E.フェシウム、E.ガリナルム、E.カセリフラブス、及びE.フェーカリスでは、mvaE遺伝子は、チオラーゼ及びHMG−CoA還元酵素の活性のいずれをも保有しているポリペプチドをコードする。実際に、mvaE遺伝子産物は、真性細菌で見られる、IPP生合成に関係する最初の二機能性酵素となるものであり、HMG−CoA還元酵素の第一例は、天然において他のタンパク質と融合していた(Hedl,et al.,J Bacteriol.2002 April;184(8):2116〜2122)。それに対しmvaS遺伝子は、HMG−CoA合成酵素活性を有するポリペプチドをコードする。
他の態様では、アセトアセチル−CoA合成酵素の遺伝子(aka nphT7)を使用できる。アセトアセチル−CoA合成酵素遺伝子は、マロニル−CoA及びアセチル−CoAからアセトアセチル−CoAを合成する活性を有し、かつ2分子のアセチル−CoAからアセトアセチル−CoAを合成する活性は最小限である(例えば、非活性である)酵素をコードしている遺伝子である。例えば、Okamura et al.,PNAS Vol 107,No.25,pp.11265〜11270(2010)を参照されたい。この文献中のnphT7に関する教示は、本開示に明確に援用される。日本国特許公開第2008−61506(A)号及び米国特許出願公開第2010/0285549号には、放線菌のストレプトマイセス属CL190株のアセトアセチル−CoA合成酵素遺伝子が記載されている。アセトアセチル−CoA合成酵素も、アセチルCoA:マロニルCoAアシル基転移酵素として参照され得る。使用することのできる代表的なアセトアセチル−CoA合成酵素(又はアセチルCoA:マロニルCoAアシル基転移酵素)としては、Genbank AB540131.1が挙げられる。
本開示において請求される手法により、各種宿主細胞を用い、イソプレン合成酵素変異体を発現することのできる組み換え宿主細胞を生成し、イソプレンを生産することができる。宿主細胞は、天然にイソプレンを生産する細胞であっても、あるいは天然には生産しない細胞であってもよい。一部の実施形態では、宿主細胞はDXP経路を使用して天然にイソプレンを生成する細胞であり、この経路を使用したイソプレンの生成を促進するために、イソプレン合成酵素、DXP経路ポリペプチド(例えば、DXS)、及び/又はIDI核酸が加えられる。一部の実施形態では、宿主細胞はMVA経路を使用して天然にイソプレンを生成する細胞であり、この経路を使用したイソプレンの生成を促進するために、イソプレン合成酵素及び/又はMVA経路に関係する核酸が1つ以上加えられる。一部の実施形態では、宿主細胞はDXP経路を使用して天然にイソプレンを生成する細胞であり、MVA経路及びDXP経路の一部又は全体を使用してイソプレンを生成するために、MVA経路に関係した核酸が1つ以上加えられる。一部の実施形態では、宿主細胞は、DXP及びMVA経路の両方を使用して天然にイソプレンを生成する細胞であり、これらの経路の一方又は両方によるイソプレンの生成を促進するために、イソプレンシンターゼ核酸、DXS核酸、IDI核酸、又はMVA経路に関係する核酸が1つ以上加えられる。
イソプレン合成酵素、DXS、IDI、及び/又はMVA経路の核酸又はこれらの核酸を収容しているベクターは、これらの核酸にコードされているイソプレン合成酵素、DXS、IDI、及び/又はMVA経路に関係するポリペプチドを発現させる際、標準的な発現法を用い、宿主細胞(例えば、バクテリア細胞)に挿入することができる。宿主細胞へのDNAコンストラクト又はベクターの導入は、形質転換、電気穿孔法、核酸のマイクロインジェクション、形質導入、形質移入(例えば、リポフェクションを利用した又はDEAE−デキストリンを利用した形質移入、あるいは組み換えファージウイルスを用いた形質移入)、リン酸カルシウムDNA沈殿法を用いるインキュベーション、DNAコートした微粒子銃による高速導入、及びプロトプラストの融合などの手法により実施できる。一般的な形質転換法は、当該技術分野において既知である(例えば、Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.(eds)Chapter 9,1987;Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd ed.,Cold Spring Harbor,2001;並びにCampbell et al.,Curr Genet,16:53〜56,1989を参照されたい。これらの開示は、それぞれ参照によりその全体が組み込まれ、特に形質転換法に関して組み込まれる)。導入された核酸は、染色体DNAに組み込むことができ、又は染色体外の複製配列として維持することができる。
宿主細胞を培養するにあたり任意の炭素源を使用することができる。用語「炭素源」は、宿主細胞又は生物により代謝することのできる、1つ以上の炭素を含有している化合物を指す。例えば、宿主細胞を培養するにあたり使用される細胞培地には、宿主細胞の生存能を維持させる又は宿主細胞を増殖させるのに好適な任意の炭素源を包含させることができる。
一部の実施形態では、イソプレン生産条件下で細胞を培養培地で培養する。一部の実施形態では、培養時に細胞が生産するイソプレン量は、1時間につき、細胞の湿潤重量1g当たり、約1、10、25、50、100、150、200、250、300、400、500、600、700、800、900、1,000、1,250、1,500、1,750、2,000、2,500、3,000、4,000、又は5,000ナノモル(nmole/gwcm/hr)以上である。一部の実施形態では、イソプレンの量は、約2〜約5,000nmole/gwcm/hr、例えば、約2〜約100nmole/gwcm/hr、約100〜約500nmole/gwcm/hr、約150〜約500nmole/gwcm/hr、約500〜約1,000nmole/gwcm/hr、約1,000〜約2,000nmole/gwcm/hr、又は約2,000〜約5,000nmole/gwcm/hrである。nmole/gwcm/hr単位のイソプレンの量は、米国特許第5,849,970号に開示の通りに測定できる。例えば、ヘッドスペース2mLに含まれるイソプレン(例えば、密閉したバイアル瓶で、32℃、200rpmで振盪させながら約3時間培養した2mL培養物などの培養物から、ヘッドスペースに放出されたイソプレン)は、n−オクタン/porasil Cカラム(Alltech Associates、Inc.(Deerfield、IL))を取り付け、RGD2酸化水銀還元ガス検出器(Trace Analytical(Menlo Park、CA))に連結させた等温操作系(85℃)などの、一般的なガスクロマトグラフィー系を用い測定する(例えば、Greenberg et al,Atmos.Environ.27A:2689〜2692,1993;Silver et al.,Plant Physiol.97:1588〜1591,1991を参照されたい)。標準イソプレン濃度をもとにした検量線により、ガスクロマトグラフィーの面積単位をイソプレン量(nmol)に変換する。一部の実施形態では、細胞の湿潤重量(g)当たりの値は、細胞培養物サンプルのA600値を得、次に、A600値が既知である細胞培養物の湿潤重量に関する検量線をもとにA600値を細胞重量(g)に変換することで算出する。一部の実施形態では、細胞重量(g)は、ブロス1L(細胞培地及び細胞を含む)のA600値が1である場合、湿潤細胞が1g含まれているものと仮定し、概算する。この値を、培養物をインキュベートした時間数(例えば3時間)で除算する。
炭素収率(%)=(生産されたイソプレンに含まれる炭素のモル数)/(炭素源に含まれる炭素のモル数)*100
この計算式では、酵母エキスには50重量%の炭素が含有されるものと仮定することができる。
炭素収率(%)=(39.1gイソプレン*1/68.1mol/g*5C/mol)/[(181221gグルコース*1/180mol/g*6C/mol)+(17780g酵母エキス*0.5*1/12mol/g)]*100=0.042%
当業者であれば、イソプレン生産速度又は生産されたイソプレン量は、容易に任意の単位に変換できる。単位を相互変換するための代表的な等式を以下に掲載する。
式3
1gイソプレン/Lブロス/hr=14.7mmolイソプレン/Lブロス/hr(合計容積流量)
式4
1nmolイソプレン/gwcm/hr=1nmolイソプレン/Lブロス/hr/OD600(この変換式では、OD600の値が1のブロス1Lには、1gの湿潤細胞が含まれているものと仮定する)。
1nmolイソプレン/gwcm/hr=68.1ngイソプレン/gwcm/hr(イソプレンの分子量)
式6
1nmolイソプレン/Lガス中O2/hr=90nmolイソプレン/Lブロス/hr(培養ブロス1L当たりのO2流速90L/hr)
式7
1μgイソプレン/L放出ガス中イソプレン量=60μgイソプレン/Lブロス/hr(流速60Lガス/Lブロス)(1vvm)
力価単位(合計単位及び比単位)
式8
1nmolイソプレン/1mg細胞タンパク質=150nmolイソプレン/Lブロス/OD600(この変換式では、OD600値が1のブロス1Lに含まれる合計タンパク質量は約150mgであると仮定する)(比生産性)
式9
1gイソプレン/Lブロス=14.7mmolイソプレン/Lブロス(合計力価)
必要に応じて、細胞の湿潤重量単位を細胞の乾燥重量単位へと変換する際に、式10を使用することができる。
細胞乾燥重量=(細胞湿潤重量)/3.3
本発明に包含される一部の実施例では、イソプレン合成酵素変異体のポリペプチドをコードしている異種核酸を含む細胞は、本質的に同様の条件下で、イソプレン合成酵素変異体ポリペプチドをコードしている核酸を含まない細胞を増殖させた場合の生産量の、少なくとも約2倍、3倍、5倍、10倍、25倍、50倍、100倍、150倍、200倍、又は400倍以上の量に相当するイソプレンを生産する。
一部の実施形態では、本開示の任意の方法は、イソプレンを回収する工程を更に包含する。例えば、本発明の組成物及び方法を用い生産させたイソプレンを、ガス・ストリッピング、分画、吸着/脱着、浸透気化法、固相からのイソプレンの熱又は減圧脱着、又は固相に不動化又は吸収させたイソプレンの溶媒による抽出などの標準法を用い回収することができる(例えば、米国特許第4,703,007号及び同第4,570,029号を参照されたい)。一部の実施形態では、イソプレンの回収には、液体イソプレン(イソプレンの未希釈溶液又はイソプレンの溶媒希釈液など)の単離を包含する。ガス・ストリッピングには、連続的な様式で、発酵による放出気流からイソプレン蒸気を除去することを包含する。このような除去は、いくつかの異なる方法で達成することができ、これには、固相への吸着、液相への分割、又は直接凝縮が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、蒸気の露点を上回る温度で希釈イソプレン蒸気ストリームの膜濃縮により、液体イソプレンの凝縮がもたらされる。一部の実施形態では、回収は、米国仮出願特許第61/288,142号(2009年12月18日出願)に記載の通りに実施する。
以降の実施例は例示目的で提供され、更に特定の好ましい実施形態及び本発明の態様を示すものであり、発明の範囲を制限するよう解釈されるものではない。
本例は、改良されたイソプレン合成酵素変異体を選択するための、in vivoスクリーニングの開発を記載する。本発明者らは、in vivoでのスクリーニングを用いることで、対照(我々の場合、最も有効なイソプレン合成酵素MEA−ポプラ・アルバ(Poplar Alba))と比べイソプレン合成酵素活性が劣る細胞を選別することができることを見出した。加えて、in vivoでのスクリーニングを用いることで、対照(我々の場合、最も有効なイソプレン合成酵素MEA−ポプラ・アルバ)と比べイソプレン合成酵素活性が優れている細胞を選別することもできる。
細胞株:下流経路を常時発現しており、pETプラスミドからイソプレン合成酵素変異体を発現している株をスクリーニングした。スクリーニングした株は、DW425陽性対照であった。
1.小規模実験に由来する試料をクエンチする;通常、1mL試料をスピンダウンし、上清を廃棄し、100μL純メタノールをペレットに加え、代謝産物の抽出及び解析までの間、試料を−80℃で保存した。
1.LC/MSバイアル瓶は、解析中4℃にてトレイに保管する。カラムは室温のものを用いる。Xcaliburの手順開始後に、トレイ/カラム温度は自動的に設定され得るものの、トレイ温度は前もって設定しておくほうが好ましい。
未知のタンパク質を発現するプラスミドプールから、DMAPP利用酵素を選択するための系は、すでに開発されている(Appl Environ Microbiol.2007 October;73(19):6277〜6283)。本発明者らは、イソプレン合成酵素活性をもつ細胞を選別することのできるスクリーニングプロトコルを改良し、最適化した。選別は、大腸菌中のDMAPP濃度は細胞増殖速度に相関するとの結論を示す実験結果に基づくものである(図1)。したがって、理論に束縛されるものではないが、これらの細胞の増殖速度は、細胞内DMAPP濃度についてのバイオセンサーと考えることができる。理論に束縛されるものではないが、この選別の原理は、DMAPPを消費する酵素(イソプレン合成酵素)の酵素活性を増加させることで、細胞内DMAPP濃度が減少し、ひいては増殖速度が増加することになるというものである。
細胞内DMAPP濃度の上昇と、大腸菌の増殖阻害との間には強い相関があり、この相関は、ウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素(IspS)を発現させることで減弱させることができる。理論に束縛されるものではないが、IspS活性が増強されると、DMAPPは、より迅速にイソプレンへと変換されるようになり、その結果増殖性が更に良好になるはずである。本発明者らは、これらの条件下で、IspS変異体を発現している大腸菌の増殖速度を監視することで、細胞内でのDMAPPのイソプレンへの変換能が改良されたIspS変異体を同定することができる。
1)プラスミド及び株の構築:
SELプラスミド骨格−テンプレートpDu39を用い、QuikChange(Stratagene)PCRを行い、SEL生成に使用するプラスミド骨格を構築した(プライマー配列については表1を参照されたい)。PCR産物を1μL DpnI(Roche)で3時間処理し、次に製造元の推奨するプロトコルに従い、1μLの全反応物を用い、化学的な形質転換に対し受容能のある大腸菌Top10 cells(Invitrogen)を形質転換させた。細胞を回収し、50μg/mLカナマイシンを含有させたLB培地に播種した。翌日、増殖性が陽性のコロニーを選別し、プラスミド精製(Qiagen)及び配列決定(Quintara Biosciences)を行った。翻訳領域全長を配列決定し、コード配列の完全性を確認して、正しい塩基変化を保有するプラスミドを選別した。これらのプラスミドのうちpCL201(図4を参照されたい)は、SEL(Verdezyne及びDNA2.0)を構築する際の骨格として選別した。
QuikChange PCR:
1uL pDu39
5uL 10X PfuUltra HF緩衝液
1uL dNTPs
1uL(50uM)MEAヘアピン破壊(pET)F
1uL(50uM)MEAヘアピン破壊(pET)R
2uL DMSO
39uL diH2O
1uL PfuUltra HFポリメラーゼ(Stratagene)
QuikChange用のPCRサイクリングパラメーター:
1.95℃ 1分
2.95℃ 50秒
3.60℃ 50秒
4.68℃ 7分
5.工程2に戻る(18サイクル繰り返す)
6.68℃ 7分
pCL201の配列:
tggcgaatgggacgcgccctgtagcggcgcattaagcgcggcgggtgtggtggttacgcgcagcgtgaccgctacacttgccagcgccctagcgcccgctcctttcgctttcttcccttcctttctcgccacgttcgccggctttccccgtcaagctctaaatcgggggctccctttagggttccgatttagtgctttacggcacctcgaccccaaaaaacttgattagggtgatggttcacgtagtgggccatcgccctgatagacggtttttcgccctttgacgttggagtccacgttctttaatagtggactcttgttccaaactggaacaacactcaaccctatctcggtctattcttttgatttataagggattttgccgatttcggcctattggttaaaaaatgagctgatttaacaaaaatttaacgcgaattttaacaaaatattaacgtttacaatttcaggtggcacttttcggggaaatgtgcgcggaacccctatttgtttatttttctaaatacattcaaatatgtatccgctcatgaattaattcttagaaaaactcatcgagcatcaaatgaaactgcaatttattcatatcaggattatcaataccatatttttgaaaaagccgtttctgtaatgaaggagaaaactcaccgaggcagttccataggatggcaagatcctggtatcggtctgcgattccgactcgtccaacatcaatacaacctattaatttcccctcgtcaaaaataaggttatcaagtgagaaatcaccatgagtgacgactgaatccggtgagaatggcaaaagtttatgcatttctttccagacttgttcaacaggccagccattacgctcgtcatcaaaatcactcgcatcaaccaaaccgttattcattcgtgattgcgcctgagcgagacgaaatacgcgatcgctgttaaaaggacaattacaaacaggaatcgaatgcaaccggcgcaggaacactgccagcgcatcaacaatattttcacctgaatcaggatattcttctaatacctggaatgctgttttcccggggatcgcagtggtgagtaaccatgcatcatcaggagtacggataaaatgcttgatggtcggaagaggcataaattccgtcagccagtttagtctgaccatctcatctgtaacatcattggcaacgctacctttgccatgtttcagaaacaactctggcgcatcgggcttcccatacaatcgatagattgtcgcacctgattgcccgacattatcgcgagcccatttatacccatataaatcagcatccatgttggaatttaatcgcggcctagagcaagacgtttcccgttgaatatggctcataacaccccttgtattactgtttatgtaagcagacagttttattgttcatgaccaaaatcccttaacgtgagttttcgttccactgagcgtcagaccccgtagaaaagatcaaaggatcttcttgagatcctttttttctgcgcgtaatctgctgcttgcaaacaaaaaaaccaccgctaccagcggtggtttgtttgccggatcaagagctaccaactctttttccgaaggtaactggcttcagcagagcgcagataccaaatactgtccttctagtgtagccgtagttaggccaccacttcaagaactctgtagcaccgcctacatacctcgctctgctaatcctgttaccagtggctgctgccagtggcgataagtcgtgtcttaccgggttggactcaagacgatagttaccggataaggcgcagcggtcgggctgaacggggggttcgtgcacacagcccagcttggagcgaacgacctacaccgaactgagatacctacagcgtgagctatgagaaagcgccacgcttcccgaagggagaaaggcggacaggtatccggtaagcggcagggtcggaacaggagagcgcacgagggagcttccagggggaaacgcctggtatctttatagtcctgtcgggtttcgccacctctgacttgagcgtcgatttttgtgatgctcgtcaggggggcggagcctatggaaaaacgccagcaacgcggcctttttacggttcctggccttttgctggccttttgctcacatgttctttcctgcgttatcccctgattctgtggataaccgtattaccgcctttgagtgagctgataccgctcgccgcagccgaacgaccgagcgcagcgagtcagtgagcgaggaagcggaagagcgcctgatgcggtattttctccttacgcatctgtgcggtatttcacaccgcatatatggtgcactctcagtacaatctgctctgatgccgcatagttaagccagtatacactccgctatcgctacgtgactgggtcatggctgcgccccgacacccgccaacacccgctgacgcgccctgacgggcttgtctgctcccggcatccgcttacagacaagctgtgaccgtctccgggagctgcatgtgtcagaggttttcaccgtcatcaccgaaacgcgcgaggcagctgcggtaaagctcatcagcgtggtcgtgaagcgattcacagatgtctgcctgttcatccgcgtccagctcgttgagtttctccagaagcgttaatgtctggcttctgataaagcgggccatgttaagggcggttttttcctgtttggtcactgatgcctccgtgtaagggggatttctgttcatgggggtaatgataccgatgaaacgagagaggatgctcacgatacgggttactgatgatgaacatgcccggttactggaacgttgtgagggtaaacaactggcggtatggatgcggcgggaccagagaaaaatcactcagggtcaatgccagcgcttcgttaatacagatgtaggtgttccacagggtagccagcagcatcctgcgatgcagatccggaacataatggtgcagggcgctgacttccgcgtttccagactttacgaaacacggaaaccgaagaccattcatgttgttgctcaggtcgcagacgttttgcagcagcagtcgcttcacgttcgctcgcgtatcggtgattcattctgctaaccagtaaggcaaccccgccagcctagccgggtcctcaacgacaggagcacgatcatgcgcacccgtggggccgccatgccggcgataatggcctgcttctcgccgaaacgtttggtggcgggaccagtgacgaaggcttgagcgagggcgtgcaagattccgaataccgcaagcgacaggccgatcatcgtcgcgctccagcgaaagcggtcctcgccgaaaatgacccagagcgctgccggcacctgtcctacgagttgcatgataaagaagacagtcataagtgcggcgacgatagtcatgccccgcgcccaccggaaggagctgactgggttgaaggctctcaagggcatcggtcgagatcccggtgcctaatgagtgagctaacttacattaattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagctgcattaatgaatcggccaacgcgcggggagaggcggtttgcgtattgggcgccagggtggtttttcttttcaccagtgagacgggcaacagctgattgcccttcaccgcctggccctgagagagttgcagcaagcggtccacgctggtttgccccagcaggcgaaaatcctgtttgatggtggttaacggcgggatataacatgagctgtcttcggtatcgtcgtatcccactaccgagatatccgcaccaacgcgcagcccggactcggtaatggcgcgcattgcgcccagcgccatctgatcgttggcaaccagcatcgcagtgggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccagccagccagacgcagacgcgccgagacagaacttaatgggcccgctaacagcgcgatttgctggtgacccaatgcgaccagatgctccacgcccagtcgcgtaccgtcttcatgggagaaaataatactgttgatgggtgtctggtcagagacatcaagaaataacgccggaacattagtgcaggcagcttccacagcaatggcatcctggtcatccagcggatagttaatgatcagcccactgacgcgttgcgcgagaagattgtgcaccgccgctttacaggcttcgacgccgcttcgttctaccatcgacaccaccacgctggcacccagttgatcggcgcgagatttaatcgccgcgacaatttgcgacggcgcgtgcagggccagactggaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccctgaattgactctcttccgggcgctatcatgccataccgcgaaaggttttgcgccattcgatggtgtccgggatctcgacgctctcccttatgcgactcctgcattaggaagcagcccagtagtaggttgaggccgttgagcaccgccgccgcaaggaatggtgcatgcaaggagatggcgcccaacagtcccccggccacggggcctgccaccatacccacgccgaaacaagcgctcatgagcccgaagtggcgagcccgatcttccccatcggtgatgtcggcgatataggcgccagcaaccgcacctgtggcgccggtgatgccggccacgatgcgtccggcgtagaggatcgagatctcgatcccgcgaaattaatacgactcactata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ウラジロハコヤナギIspSのアミノ酸配列:
MEARRSANYEPNSWDYDYLLSSDTDESIEVYKDKAKKLEAEVRREINNEKAEFLTLLELIDNVQRLGLGYRFESDIRGALDRFVSSGGFDAVTKTSLHGTALSFRLLRQHGFEVSQEAFSGFKDQNGNFLENLKEDIKAILSLYEASFLALEGENILDEAKVFAISHLKELSEEKIGKELAEQVNHALELPLHRRTQRLEAVWSIEAYRKKEDANQVLLELAILDYNMIQSVYQRDLRETSRWWRRVGLATKLHFARDRLIESFYWAVGVAFEPQYSDCRNSVAKMFSFVTIIDDIYDVYGTLDELELFTDAVERWDVNAINDLPDYMKLCFLALYNTINEIAYDNLKDKGENILPYLTKAWADLCNAFLQEAKWLYNKSTPTFDDYFGNAWKSSSGPLQLVFAYFAVVQNIKKEEIENLQKYHDTISRPSHIFRLCNDLASASAEIARGETANSVSCYMRTKGISEELATESVMNLIDETWKKMNKEKLGGSLFAKPFVETAINLARQSHCTYHNGDAHTSPDELTRKRVLSVITEPILPFER
SEL発現宿主−MCM521のP1可溶化液(本明細書に記載)を調製し、分子生物学領域で一般的な手法(Miller,A Short Course in Bacterial Genetics)に従ってBL21(DE3)に形質導入した。20μg/mLカナマイシンを含有させたLBプレートで、形質導入体を選別した。陽性コロニーを更にPCRにより検証し、BL21 DE3株においてPL.2−mKKDyIの存在を確認した。次に、1μL pCP20プラスミドによりこの株を形質転換させ、50μg/mLカルベニシリンを含有させたLBで陽性コロニーを選別し、30℃で一晩インキュベートした。陽性形質転換体をLBプレートに画線し、37℃でインキュベートしてpCP20プラスミドを欠損させた。ネオマイシン(カナマイシン)耐性マーカーの欠損を確認するため、37℃で増殖させたコロニーを、20μg/mLカナマイシン、50μg/mLカルベニシリン、又は抗生物質不含有のいずれかのLB培地に播種した。pCP20を欠損させ、カナマイシン耐性マーカーは含有させずにPL.2mKKDyIを組み込んだ株は、カナマイシン及びカルベニシリンに対し感受性になる。対照として親BL21(DE3)株を用い、カナマイシン及びカルベニシリンに対し感受性を示す4種のコロニーにおいて、BL21(DE3)にmKKDyIが存在しているかPCRにより確認した。これにより得られた株、MD09−170を、以下に記載のSELに対する増殖アッセイ時に、IspS変異体を発現させるのに用いた。増殖アッセイの対照株には、IspS発現に関する陰陰性及び陽性対照として、空のpET24a+ベクター又はpCL201のいずれかを保有させた(表2を参照されたい)。
IspSの25種の部位評価ライブラリ(SEL)を、比活性に関し予め解析しておいてた。表3に、これらのライブラリに含有させた残基を示す。増殖アッセイに関し、これらのライブラリ中にIspS変異体を保有しているプラスミドを精製し、発現宿主MD09−170を形質転換した:グリセロールストックから、元のライブラリを直接複製し、96ウェルディープウェルプレート(VWR)を用い、50μg/mLカナマイシンを含有させたLBで30℃で一晩増殖させた。一晩増殖させた細胞を遠心沈降(Eppendorf 5804 R)により回収し、上清を廃棄した。製造元の推奨するプロトコルに従って、Nucleospin Multi−96 Plusプラスミド精製キット(Macherey Nagel)を用い、Hamilton Microlab STARロボットにより、細胞ペレットからプラスミドを精製した。42℃に設定したEppendorf Thermomixer Rセットを使用し、各変異体について得られたプラスミドDNA 3μLを用い、平底96ウェルポリスチレンプレート(Falcon)で、化学的な形質転換に対し受容能のあるMD09−170細胞を形質転換した。2時間後に細胞をLB培地に回収し、希釈し、50μg/mLカナマイシンを含有させたLB培地で一晩インキュベートした。全25種のオリジナルのライブラリ由来の変異体を包含するMD09−170細胞を含有させたプレートのグリセロールストックを作製し、増殖アッセイによる解析前に−80℃で保管した。
増殖アッセイの際、平底マイクロタイタープレート(Cellstar)を用い、50μg/mLカナマイシンを含有させた200μL LB培地に、SELのグリセロールストックを播種し、System Duetz(Enzyscreen BV)により30℃にて一晩増殖させた。誘導前に、各ウェル由来の一晩培養物7μLを、50μMのIPTGと50μg/mLカナマイシンとを含有しているTM3培地100μLに播種し、プレートを30℃にて2時間増殖させた。次に、ガラス底四角型96ウェルマイクロタイタープレート(Matrical)において、11mMメバロン酸、50μM IPTG及び50μg/mLカナマイシンを含有させたTM3培地に、誘導前の培養物を1:10希釈した。培養物を34℃で増殖させ、Growth Profiler 1152(Enzyscreen)で225rpmで約10時間振盪させた。製造元の推奨するプロトコルに従って、各IspS変異体に関し増殖曲線を生成した。空のpET24a+ベクター(DW424)を保有している株を陰性対照とし、野生型ウラジロハコヤナギIspS(DW425)を発現している株を陽性対照として、MVAの存在下又は非存在下のいずれかで増殖させた。
表6に、1.2以上の増殖指数を示したすべての変異体を示す。理論に束縛されるものではないが、これらの位置に変異が生じることで、幾つかの異なる経路により、IspSの細胞内活性が増加される場合がある。理論に束縛されるものではないが、細胞内活性は、IspSに関係する次のいずれかの特性:細胞生存能の上昇、kcatの上昇、Kmの低下、比活性の増大、溶解性の増大、不溶性の低下、リボソーム結合性の向上、翻訳開始速度の増加、翻訳伸長速度の増加、転写開始速度の増加、転写伸長速度の増加、DNAの2次構造の減少、RNAの2次構造の減少、DNAの2次構造の増加、RNAの2次構造の増加、折り畳み速度の増加、細胞内シャペロンとの親和性の上昇、安定性の増加、タンパク質の代謝回転の減少、細胞内プロテアーゼに対する曝露の減少、細胞内プロテアーゼに対する親和性の減少、周辺質への局在の減少、細胞質に対する局在の改良、封入体形成の減少、膜局在の減少、より望ましいコドンによる発現の増加、DNA安定性の上昇、RNA安定性の上昇、及びRNA分解性の低下により、あるいはこれらの特性を組み合わせることにより増加する場合がある。
本例は、SELデータの解析結果を位置を用い例示する。特定の変異に対応させた増殖指数を、次に表8として示す。
本例は、増殖率の代わりに性能指数をもとに増殖データの解析を示す。Enzyscreen Growth Profiler 1152を用い、一定時間ごとにG値を決定した。エクセルを用い、線形回帰により、各試料の増殖速度を算出した。時間に対するG値(ΔG/Δt)の増加により与えられる。この値を「スロープ」と呼ぶ。最終G値から初期G値を除算し、各試料の最終細胞密度を概算した。この数を「δ」と呼ぶ。
次の例は、イソプレン合成酵素のG491S変異体を発現し、野生型イソプレン合成酵素を発現している細胞と比較した場合に発酵時の生存能が増加しているイソプレン生産大腸菌を示す。この実験は、14Lフェドバッチスケールで実施した。
BL21(Novagen)中のクエン酸合成酵素遺伝子(gltA)前に位置するプロモーターを、常時発現型低発現プロモーター、すなわちGI1.2(米国特許第7,371,558号)により置き換えた。gltA(Wilde,R,and J.Guest.1986.J.Gen.Microbiol.132:3239〜3251)については2つの野生型プロモーターが報告されており、合成プロモーターを、遠位プロモーターの−35領域の直後に挿入した。プライマーUpgltACm−F及びDngltA1.xgiCm−R(表11を参照されたい)、並びにテンプレートとしてGene Bridges(Heidelberg,Germany)由来のプラスミドFRT−gb2−Cm−FRTを用い、PCR産物を得たPCR産物を精製し、λ redを用いる組み換えに製造元(Gene Bridges,Heidelberg,Germany)による記載の通りに使用した。更なる評価にあたって、複数種のコロニーを選別した。プロモーター領域は、プライマーgltAPromSeqF及びgltApromSeqR(表11を参照されたい)を用い増幅し、及びDNAを抽出した。水30uLにコロニーを再懸濁し、95℃で4分間加熱し、この試料のうち2uLをテンプレートとして50uL反応液に使用した。得られたPCR産物の配列決定結果を観察した後、3種の異なるプロモーラーGI1.2、GI1.5及びGI1.6(米国特許第7,371,558号)を保有しているコロニーを更なる使用のため保存した(表11)。
P1形質導入により、100kbまでのDNAをバクテリア株間で移動させることができる(Thomasonら、2007)。P1形質導入を行い、バクテリア染色体の一部を大腸菌K12 MG1655から大腸菌BL21(DE3)へと移動させ、大腸菌BL21(DE3)における17,257bpの欠失箇所を置き換えた。
MCM519に組み込んだプロモーター/mMVK配列aaagaccgaccaagcgacgtctgagagctccctggcgaattcggtaccaataaaagagctttattttcatgatctgtgtgttggtttttgtgtgcggcgcggaagttcctattctctagaaagtataggaacttcctcgagccctatagtgagtcgtattaaattcatataaaaaacatacagataaccatctgcggtgataaattatctctggcggtgttgacctaaataccactggcggtgatactgagcacatcagcaggacgcactgaccaccatgaaggtgcaaaggaggtaaaaaaacatggtatcctgttctgcgccgggtaagatttacctgttcggtgaacacgccgtagtttatggcgaaactgcaattgcgtgtgcggtggaactgcgtacccgtgttcgcgcggaactcaatgactctatcactattcagagc
MCM520に組み込んだプロモーター/mMVK配列aaagaccgaccaagcgacgtctgagagctccctggcgaattcggtaccaataaaagagctttattttcatgatctgtgtgttggtttttgtgtgcggcgcggaagttcctattctctagaaagtataggaacttcctcgagccctatagtgagtcgtattaaattcatataaaaaacatacagataaccatctgcggtgataaattatctctggcggtgttgacctaaataccactggcggtgatactgagcacatcagcaggacgcactgaccaccatgaaggtgcaaaggtaaaaaaacatggtatcctgttctgcgccgggtaagatttacctgttcggtgaacacgccgtagtttatggcgaaactgcaattgcgtgtgcggtggaactgcgtacccgtgttcgcgcggaactcaatgactctatcactattcagagc
MCM521に組み込んだプロモーター/mMVK配列aaagaccgaccaagcgacgtctgagagctccctggcgaattcggtaccaataaaagagctttattttcatgatctgtgtgttggtttttgtgtgcggcgcggaagttcctattctctagaaagtataggaacttcctcgagccctatagtgagtcgtattaaattcatataaaaaacatacagataaccatctgcggtgataaattatctctggcggtgttgacgtaaataccactggcggtgatactgagcacatcagcaggacgcactgaccaccatgaaggtgcaaaggaggtaaaaaaacatggtatcctgttctgcgccgggtaagatttacctgttcggtgaacacgccgtagtttatggcgaaactgcaattgcgtgtgcggtggaactgcgtacccgtgttcgcgcggaactcaatgactctatcactattcagagc
pTrc−MEA−Alba(G491S)−mMVKの構築:
QuikChange(Stratagene)変異導入(PCRのサイクルパラメーターについては以降を参照されたい)により、変異G491SをpDW34(pTrc−MEA−Alba−mMVK)に導入した。次に、PCR産物を、1μL DpnI(Roche)により処理し、37℃でインキュベートして親DNAテンプレートを消化した。次に、この溶液のうち1μLを用い、準的な分子生物学的手法により電気穿孔法を行い、MCM531を形質転換した。1時間かけて液体LB培地に形質転換細胞を回収し、次に50μg/mLカルベニシリン及び5mMメバロン酸を含有させたLB固体寒天プレートに播種した。単離コロニーからプラスミドを精製し、配列決定(Quintara Biosciences)を完了させ、変異G491S(pCHL243中、図12を参照されたい)の存在の有無を確認した。
95℃−1分
(95℃ 50秒、60℃ 50秒、68℃ 3分)18回
68℃−10分
表11.プライマー
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発酵番号20100307及び20100436の発酵条件
発酵:
発酵番号20100307:CMP437
発酵番号20100437:DW415
培地組成(発酵培地1L当たり):
K2HPO4(7.5g)、MgSO4*7H2O(2g)、クエン酸一水和物(2g)、クエン酸鉄アンモニウム(0.3g)、酵母エキス(0.5g)、1000×改変微量金属溶液(1mL)。すべての成分を脱イオン水に加え、溶解させた。この溶液を加熱滅菌した(123℃で20分)。水酸化アンモニウム(28%)によりpHを7.0に調整し、容量を適量に調整した。滅菌及びpH調製後にグルコース10g、ビタミン溶液8mL、及び抗生物質を加えた。
クエン酸*H2O(40g)、MnSO4*H2O(30g)、NaCl(10g)、FeSO4*7H2O(1g)、CoCl2*6H2O(1g)、ZnSO*7H2O(1g)、CuSO4*5H2O(100mg)、H3BO3(100mg)、NaMoO4*2H2O(100mg)。各成分を一度に脱イオン水に溶解させ、HCl/NaOHによりpHを3.0に調整し、次いで液量を適量に合わせ、0.22マイクロメートルフィルタを用い、ろ過滅菌した。
塩酸チアミン(1.0g)、D−(+)−ビオチン(1.0g)、ニコチン酸(1.0g)、D−パントテン酸(4.8g)、塩酸ピリドキシン(4.0g)。各成分を一度に脱イオン水に溶解させ、HCl/NaOHによりpHを3.0に調整し、次いで液量を適量に合わせ、0.22マイクロメートルフィルタを用い、ろ過滅菌した。
グルコース(0.57kg)、脱イオン水(0.38kg)、K2HPO4(7.5g)、及び100% Foamblast(10g)。すべての成分を合わせて混合し、オートクレーブ処理した。溶液を25℃に冷却した後、マクロ塩溶液(3.4mL)、1000×改変微量金属溶液(0.8mL)、及びビタミン溶液(6.7mL)を加えた。
MgSO4*7H2O(296g)、クエン酸一水和物(296g)、クエン酸鉄アンモニウム(49.6g)。すべての成分を水に溶解させ、適量に合わせ、0.22マイクロメートルのフィルタを用い、ろ過滅菌した。
膜電位を利用して、発酵時のバクテリアの生存能を評価した。発酵槽からブロスを回収し、PBS緩衝液を用い直ちに150倍希釈した。次いで、1μMビス−(1,3−ジブチルバルビツル酸)トリメチンオキソノール(DiBAC4(3)、(Invitrogen、カタログ番号B−438)を含有させたPBS緩衝液を用い細胞を更に150倍希釈した。試料を10分間染色し、フローサイトメトリー(FACSCalibur,Becton Dickinson)により単個細胞の緑色蛍光を定量した。488nmの励起波長と、530nmの発光波長を用いた。
メバロン酸経路によりイソプレンを生産している2株(CMP437及びDW415)を、フェドバッチ条件下での生存能について解析した。DW415株がイソプレン合成酵素に変異G491Sを有していたことを除き、2株は同質遺伝子を有していた。2株は発酵時に同様の増殖性を示し、相当量のイソプレンを生産した。放出気体に含まれるイソプレン(%)及びCO2(%)の濃度間の比によると、イソプレン合成酵素のG491S変異体を発現しているDM415株では、図13に示す通り、ほとんどの時点で、呼吸速度と比較してイソプレン生産速度が増加していた。DiBAC4(3)染料によりバクテリアを染色し、フローサイトメトリーを用い緑色蛍光の発光強度を解析することで、発酵時の個々のバクテリアの膜電位を更に測定した。DiBAC4(3)染料は膜電位の損なわれたバクテリアに浸透する。膜電位をもたないバクテリアは、一般的に死細胞であるものと見なされる。イソプレン合成酵素の対立遺伝子であるG491Sを発現しているDW415株では、図14に示す通り、発酵期間のほとんどで生存能が有意に増大した。
本例は、結晶化を目的とした、ウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素のG491S変異体の構築例を示す。
TEVプロテアーゼ認識部位と、IspSのC末端に6×Hisタグとを保有している、ベクター骨格MD09−163(野生型酵素をコードしている。図1を参照されたい)を用い、G491S変異体を構築した。製造元の推奨するプロトコルに従って、QuikChange変異導入キット(Stratagene)を用い、G491S変異体を生成した(以下のPCRの反応及びサイクルパラメーターを参照されたい)。QuikChangeにより反応させ、製造元の推奨するプロトコルに従って、化学的な形質転換に対し受容能のある大腸菌TOP10細胞(Invitrogen)を形質転換し、LB Kan50選択培地プレートに播種した。カナマイシンに耐性を示したコロニーをPCR法により直接的に選別し、プライマーQB1493及びT7 Reverse(Quintara Biosciences)を用い配列決定を行い、配列を確認した。TOP10細胞を選択培地で増殖させ、プラスミドを精製(Qiagen)し、次にこのプラスミドを用い、製造元の推奨するプロトコルに従って、IspS変異体を発現させる前に化学的な形質転換に対し受容能のあるBL21 DE3 pLysS(Invitrogen)を形質転換した。
35μL H2O
5μL 10X Pfu Ultra II rxn緩衝液
6μL 2.5mM dNTPs(Roche)
1μL 20μM G507S QC 2 For
1μL 20μM G507S QC 2 Rev
1μL Pfu Ultra II HSポリメラーゼ(Stratagene)
1μL DNAテンプレート(MD09−163)
QuickChange変異導入−サイクルパラメーター
1)95℃−4分
2)95℃−20秒
3)52℃−20秒
4)68℃−7分
5)工程2へ戻る(5回繰り返す)
6)95℃−20秒
7)55℃−20秒
8)68℃−7分
9)工程2へ戻る(20回繰り返す)
10)68℃−10分
11)4℃−停止
表13.QuikChange及び配列決定プライマー
MEARRSANYEPNSWDYDYLLSSDTDESIEVYKDKAKKLEAEVRREINNEKAEFLTLLELIDNVQRLGLGYRFESDIRGALDRFVSSGGFDAVTKTSLHGTALSFRLLRQHGFEVSQEAFSGFKDQNGNFLENLKEDIKAILSLYEASFLALEGENILDEAKVFAISHLKELSEEKIGKELAEQVNHALELPLHRRTQRLEAVWSIEAYRKKEDANQVLLELAILDYNMIQSVYQRDLRETSRWWRRVGLATKLHFARDRLIESFYWAVGVAFEPQYSDCRNSVAKMFSFVTIIDDIYDVYGTLDELELFTDAVERWDVNAINDLPDYMKLCFLALYNTINEIAYDNLKDKGENILPYLTKAWADLCNAFLQEAKWLYNKSTPTFDDYFGNAWKSSSGPLQLVFAYFAVVQNIKKEEIENLQKYHDTISRPSHIFRLCNDLASASAEIARGETANSVSCYMRTKGISEELATESVMNLIDETWKKMNKEKLGGSLFAKPFVETAINLARQSHCTYHNGDAHTSPDELTRKRVLSVITEPILPFERENLYFQGLEHHHHHH
MD09−163のDNA配列
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[配列表1]
MEARRSANYEPNSWDYDYLLSSDTDESIEVYKDKAKKLEAEVRREINNEKAEFLTLLELIDNVQRLGLGYRFESDIRGALDRFVSSGGFDAVTKTSLHGTALSFRLLRQHGFEVSQEAFSGFKDQNGNFLENLKEDIKAILSLYEASFLALEGENILDEAKVFAISHLKELSEEKIGKELAEQVNHALELPLHRRTQRLEAVWSIEAYRKKEDANQVLLELAILDYNMIQSVYQRDLRETSRWWRRVGLATKLHFARDRLIESFYWAVGVAFEPQYSDCRNSVAKMFSFVTIIDDIYDVYGTLDELELFTDAVERWDVNAINDLPDYMKLCFLALYNTINEIAYDNLKDKGENILPYLTKAWADLCNAFLQEAKWLYNKSTPTFDDYFGNAWKSSSGPLQLVFAYFAVVQNIKKEEIENLQKYHDTISRPSHIFRLCNDLASASAEIARGETANSVSCYMRTKGISEELATESVMNLIDETWKKMNKEKLSGSLFAKPFVETAINLARQSHCTYHNGDAHTSPDELTRKRVLSVITEPILPFERENLYFQGLEHHHHHH
pDW100のDNA配列
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[配列表2]
6×Hisタグ付与したIspS−G491Sの発現
N末端に6×Hisタグ付与したIspSをDW398株で発現させ、これを精製した。増殖法は、BL21(λDE3)pLysS細胞で発現させたヒスチジンタグ付加酵素に好適なものである。各1Lの予定していた増殖用に、10mLの一晩培養物を調製した。25mLフラスコを用い、10mL LB培地に適切な抗生物質(50mg/mLカナマイシン、25mg/mLクロラムフェニコール)を加え、新しい細胞プレートから1コロニーを接種し、あるいは凍結させたグリセロールストックを直接摂取した。約220rpmで振盪させながら、培養物を30℃で一晩増殖させた。一日培養物は、各培養時に適切な抗生物質を添加した1L LB培地で調製した。各1Lの一日培養物に10mLの一晩培養物を接種し、OD600が約0.4〜0.6に到達するまで、約220rpmで振盪しながら30〜37℃で増殖させた。次に、400μMのIPTGにより1日培養物に発現誘導を行い、220rpmで振盪しながら30℃にて5〜6時間増殖させた。次に、4℃にて10,000×gで10分間遠心沈降し、細胞を回収した。回収後、細胞は次工程に直接用いるか、あるいは使用までの間−80℃で保存した。
ヒスチジンタグ付加した酵素をBL21(λDE3)pLysS細胞から精製するにあたって、細胞を新鮮な溶解緩衝液(溶解緩衝液(pH 8.0):Ni洗浄緩衝液+0.5mM PMST、0.01% Tween−20、1mg/mLリゾチーム、0.2mg/mL DNaseI、Ni洗浄緩衝液:50mM NaH2PO4、300mM NaCl、20mMイミダゾール)に穏やかに再懸濁した。細胞ペレットに対し、培養培地1Lにつき約40〜50mL溶解緩衝液を使用した。次に細胞を氷上で約30分インキュベートした。次に、可溶化液が透明になり始めるまで、フレンチプレスのセルを2〜3回通過させて(1200psi/High setting(8.27MPa/High setting)に設定して大型フレンチプレスセルを使用)、細胞懸濁液を完全に可溶化させた。活性解析及びゲル解析(約100μL)のため可溶化液を保存した。次に、Sorvall Discovery 90SE超遠心機により、4℃にて30,000xgで30分遠心分離し、可溶化液を清澄化させた。上清を回収し、維持した。「清澄化させた可溶化液」試料を、活性解析及びゲル解析のため保存した(約100μL)。
DW398株については上記のとおりである。消化にはTurboTEVプロテアーゼ(Eton Bioscience Inc.)を用いた。精製タンパク質10μgにつき1単位のTurboTEVを使用した。消化は4℃で一晩行った。試料をNi緩衝液で平衡化させた他のNiカラムに素通りさせ、未切断の酵素、タグ、TurboTEVプロテアーゼ(同様にタグ付加されている)、及び不純物を除去した。Niカラムを素通りさせ、洗浄液をSDS−PAGEゲル(NUPAGE、Invitrogen;図16)を用い解析し、及びDMAPP活性を解析した。高純度の酵素を含油している試料をプールし、1mM DTTを含有している50mM NaCl(pH 7.4)緩衝液で脱塩し、−80℃で保存した。
構造物DW398を記載の通りに生成し、次に、可能性のある結晶化条件を検討するためにタンパク質濃縮液を調製した。構造物を精製し、以下に記載の通りに別個に結晶化条件を検討した。研究室内で行ったすべての結晶化スクリーニングには、ハンギングドロップ蒸気拡散法を採用し、設定を行った。最小限に、市販のスクリーニングキット:Hampton Research社(Aliso Viejo、CA)のCrystal Screen及びQiagen社(Valencia、CA)のJCSG+Suiteを用い、構造物を調査した。
親ベクターpCL201に完全なウラジロハコヤナギイソプレン合成酵素(MEAウラジロハコヤナギ)骨格鎖(544アミノ酸)の部位評価ライブラリ(SEL)を構築し(図4)、比活性についてスクリーニングして、特性の改良されたイソプレン合成酵素(IspS)分子を同定した。ほとんどの場合、所定の位置のSELは、野生型を含む全20種の可能性のあるアミノ酸を含有していた。各ライブラリの付番はMEAウラジロハコヤナギ(図20)のORFに対応させ、開始メチオニンを位置1とする。MD09−170細胞に、発現させる変異体を含有させた個々の株を、各ウェルが、MEAウラジロハコヤナギの所定の位置での特異的なアミノ酸置換に対応するよう、マイクロタイタープレートに整列させた。マイクロタイタープレートには、可能性のある置換を全て組み込んだ4種のSEL、すなわちMEAウラジロハコヤナギの4箇所の位置を収容させた。残りのウェルには対照株を用いた。各試料に含まれるIspSタンパク質の一定量ごとに生産されたイソプレンの量を測定するために、プレートで株を増殖させ、発現誘導し、可溶化させた。SELのすべての組み合わせに含まれる全ての変異体について比活性を算出した。
細胞増殖及び可溶化
MEAウラジロハコヤナギIspSライブラリのグリセロールストックを短時間で解凍し、カナマイシンを20ug/mLで添加した液体LB培地を含有させたマイクロタイタープレート(Cellstar)に播種した。Enzyscreen clampシステム(Enzyscreen)を用い、培養物を、振盪インキュベータ内で、飽和するまで250rpm、30℃で一晩増殖させた。翌日、培養物を回収し、50ug/mLカナマイシン及び50uM IPTGを含有させたTM3−グルコース培地に、Liquidator96ピペット(Rainin Instruments)を用い1:10比で接種した。野生型対照をそれぞれ増殖させ、TM3−グルコースを含有させた各マイクロタイタープレートに接種した。それぞれのウェルには30uM〜65uMのIPTGを用い誘導強度を測定した。プレートを振盪インキュベータに戻し、250rpm、30℃で発現誘導を5時間行った。次にインキュベータからプレートを取り出し、卓上遠心機で3700rpm、4℃で20分遠心沈降させ、培養物をポリプロピレン製マイクロタイタープレート(Nunc)に播種した。上清を除去し、溶解、DMAPPアッセイ、及びタンパク質の定量までの間、ペレットは−80℃で保存した。
DMAPPアッセイに際し、Liquidator96ピペット(Rainin Instruments)を用い、96ウェルガラスブロック(Zinser)中の75uL DMAPPアッセイ緩衝液(100mM Tris/100mM NaCl(pH 7.6)、1mg/mL BSA、50mM MgCl2、1mM DMAPP)に25uL 可溶化液を添加した。ガラスブロックをアルミホイルシール(Beckman Coulter)で密閉し、室温で450rpmで1分インキュベートした。ガラスブロックを次に34℃の水浴で30分インキュベートした後、70℃で2分インキュベートし反応を停止させた。GC−MSに充填する前にBlocksを短時間冷却させた。
寸法:15mx0.25mm×0.25μm
オーブン:
タンパク質定量アッセイ前に、各プレート由来の複数の野生型試料をGC−MSによりイソプレンについて解析し、比活性が既知のMEAウラジロハコヤナギをもとにタンパク質濃度を逆算し、マイクロタイタープレート中の全ての試料の平均IspS量を定量した。ドット・ブロット・アッセイを実施する際、ニトロセルロース膜(Invitrogen)を、1X PBS緩衝液(10mMリン酸ナトリウム、150mM NaCl(PH7.8+/−0.2))に浸し、少なくとも5分平衡化させた。次に、Hamilton MicroLab STAR液体操作ワークステーションにより、ウラジロハコヤナギIspSの充填濃度が0.025〜0.5ugになるよう可溶化液を1X PBSで希釈した。精製した標準を濃度0.025〜1ugで添加した。ブロッティングユニット(Minifold−1、Whatman)を、製造元の推奨するプロトコルに従って組み立てた。陰圧を短時間加え、過剰な1X PBS緩衝液を除去した。試料(各約200uL)をMinifold−1に分取し、20kPaで陰圧を加えた。試料を完全に濾過した後、ウェルを1X PBS緩衝液200uLで一回洗浄した。洗浄緩衝液を膜から完全に除去してから真空を解除し、ピンセットを使用して膜を注意深く取り外し、ラベリングし、きれいなろ紙上で乾燥させた。
SELのすべての組み合わせに含まれる各変異体毎に、所定の時間で製造されたイソプレンモル量を、各試料に含まれるタンパク質の具体的な量で除算することにより、比活性値を算出した。性能指数(PI)は、任意の所定の変異体の比活性を、同一のマイクロタイタープレートで得られたいくつかの野生型の比活性測定値の平均により除算することにより算出した。例えば、比活性のPI値が1.5である変異体は、野生型と比較して活性が50%増大している。同様の手法で、タンパク質濃度及びイソプレン生産のPIも算出し、これらの値を、より詳細なデータ解析に利用した。
1.3以下であるもの
DMAPPのイソプレンへの変換を触媒する酵素能を増大させるMEAウラジロハコヤナギ変異体を、in vitroでの一次比活性スクリーニングにより同定した。IspSは生細胞内で機能すべき酵素であることから、in vivoにおいて酵素の示すDMAPPのイソプレンへの変換能を測定する必要もあった。実施例1及び2は、in vivoでのIspSの有効性を評価するための方法論を示す。本質的に、DMAPPのイソプレンへの変換により、IspSは、大腸菌の増殖に対するDMAPPの毒性効果を軽減する。増殖曲線において野生型と比較して性能が増大しているということは、所定の株内でイソプレン合成酵素の機能が向上していることを意味する。IspS変異体が、比活性の向上と、最良の増殖性能のいずれをも示すことは、発酵時のイソプレン生産を向上させるのに最も合う酵素の指標になる。
増殖アッセイ及び比活性の測定
増殖性を試験し、野生型MEAウラジロハコヤナギ酵素に対して比活性が増大していることを確認するため、一次比活性スクリーニングから得られた1024の変異体を選別した。本試験の実施にあたり、変異性の高い(変異忍容性)位置に変異をもち、比活性及び発現性のいずれもが野生型と比較して優位に低下していない変異体を選別した。増殖アッセイ用に、もとのグリセロールストックプレートから個々の変異体を単離し、再配置した。メバロン酸(MVA)の存在下で、変異体に対し低濃度及び高濃度のIPTGにより誘導を行い、増殖曲線を生成した。これらの株では、MVAが取り込まれ、かつ細胞増殖に対し毒性を示すDMAPPがメバロン酸経路に積極的に取り込まれる。機能性のウラジロハコヤナギIspS分子を発現させることで、DMAPPのイソプレンへの変換と、増殖阻害の緩和が得られる。これらのアッセイでは、良好に機能するIspS分子ほどDMAPPをイソプレンへと効果的に変換し、結果として増殖性が向上する。
表16に、表19及び23に掲載する残基の配置に関し正確な定義を提供する。表19に、比活性のPI値が1.4以上であるすべての変異体を掲載する。配置、表面への接近し易さ、及び推定される機能も掲載する。表19に、単独で又は組み合わせによりIspSの反応効率を向上させる数種類の変異体を掲載する。図38及び39に、変異体が比活性の増大を示した残基配置を示す。比活性の増大した変異体では、DMAPPのイソプレンへのより効率的な変換が可能になり、かつ細胞による、発酵時のイソプレン生産量が増大することになる。
1.4以上である変異体
ウラジロハコヤナギ変異体
ウラジロハコヤナギ変異体
あるMEAウラジロハコヤナギ変異体
PIが1.2以下であるMEAウラジロハコヤナギ変異体
3つの7員ライブラリに組み込むために、比活性、増殖性、又はいずれもの形質の改良されたMEAウラジロハコヤナギIspSの単一の変異体を選別した。
pCL201ベクターを用いライブラリを構築し、MD09−170スクリーニング株を形質転換した(DNA2.0)。ライブラリにおいて、それぞれ128の可能性のある組み合わせのうちの約80〜90%を示す160の変異体を、これまでの実施例に記載の方法に従い、比活性及び増殖性をもとにスクリーニングした。表24に、コンビナトリアルライブラリ用に選別した変異、結晶構造中の位置、表面への接近性、及び選別基準(比活性、増殖性、又はこれらの両方)を掲載する。実施例7及び8に、これらの位置のアミノ酸に推定される機能を掲載する。
比活性及び/又は増殖性能が大幅に改良されたコンビナトリアルな変異体を同定した。表25は、比活性の性能指数(PI)が2.6以上であるコンビナトリアルな変異体の一覧を包含する。左端のカラムは変異体番号を掲載し、続くカラムはライブラリ中の7つの異なる位置に関する遺伝子型を掲載する。比活性の向上した変異体において、酵素作用によるDMAPPのイソプレンへの変換がより効率的に行われるのは、動態パラメーターの改良によるものであるように思われる。表26は、比活性、40uMでの最大OD、及び100uMでの最大ODのPI値が1.3以上であるコンビナトリアルな変異体の一覧を包含する。比活性及び増殖パラメーターのいずれもが向上したIspS変異体は、野生型酵素と比較してDMAPPのイソプレンへの変換もより効率的に行い、また、宿主内でのIspSの有害な作用を軽減することから、宿主株の増殖に有益であるようである。
2.6以下であるもの
イソプレン合成酵素は、N末端に、適切な酵素作用によるDMAPPのイソプレンへの変換に必要とされるタンデムアルギニン残基を含有する。トランケーションの結果、MEAウラジロハコヤナギは、よりN端末領域が長い酵素と比較した場合に、最大で、天然に生じる、葉緑体を標的とするペプチドと高い比活性を示す。MEAウラジロハコヤナギ酵素は、アルギニン残基(図45を参照されたい)の上流にはただ2残基のみをもつが、これらの残基が酵素活性に関してもつ機能は報告されていなかった。したがって、MEAウラジロハコヤナギ酵素のN端末をトランケーションさせ、トランケーションにより更にIspSの比活性に対し効果が付与されるか否かを評価するアッセイを行った。
これまでに示した通り、製造元の推奨するプロトコルに従ってテンプレートpCL201(プライマー配列については表27を参照されたい)に対しQuikChange(Stratagene)PCRを行い、MEAウラジロハコヤナギの2つのトランケーションを構築した。PCR産物を1μL DpnI(Roche)で3時間処理し、次に製造元の推奨するプロトコルに従って、1μLの完全反応液を用い、化学的な形質転換に対し受容能のある大腸菌Top10細胞(Invitrogen)を形質転換した。細胞を回収し、50μg/mLカナマイシンを含有させたLB培地に播種した。翌日、増殖性が陽性のコロニーを選別し、プラスミド精製(Qiagen)及び配列決定(Quintara Biosciences)を行った。翻訳領域全長を配列決定し、コード配列の完全性を確認して、正しいトランケーションを保有するプラスミドを選別した。電気穿孔法を用い、発現株MD09−170を、プラスミド、pDW207(図46を参照されたい)及びpDW208(図47を参照されたい)により形質転換し、非活性を測定した(表28を参照されたい)。比活性はこれまでに示した通りに測定した。各トランケーション体に関し少なくとも30の複製をMEAウラジロハコヤナギと比較して解析した。
株DW618(MAR)又はDW619(MRR)で発現させた、トランケートされているウラジロハコヤナギIspSの比活性は、それぞれ親MEAウラジロハコヤナギ酵素と比較して改良されておらず、あるいはわずかに低かった。表29は、ウラジロハコヤナギIspSのMAR及びMRRトランケーション体の両方の性能指数を示す。MARトランケーション体は、対照MEAウラジロハコヤナギ分子とほぼ等しい比活性を示し、MRRトランケーション体は、対照のおよそ81%の比活性を示した。これらのトランケーション体の比活性は、MEAウラジロハコヤナギと比較して増大していなかったものの、これらは、アルギニン残基以外のN末端をすべて除去する必要がある場合に、将来的に、IspS酵素によりDMAPPをイソプレンに変換する発酵株に使用できそうな程度の十分な活性を保有していた。
MARRSANYEPNSWDYDYLLSSDTDESIEVYKDKAKKLEAEVRREINNEKAEFLTLLELIDNVQRLGLGYRFESDIRGALDRFVSSGGFDAVTKTSLHGTALSFRLLRQHGFEVSQEAFSGFKDQNGNFLENLKEDIKAILSLYEASFLALEGENILDEAKVFAISHLKELSEEKIGKELAEQVNHALELPLHRRTQRLEAVWSIEAYRKKEDANQVLLELAILDYNMIQSVYQRDLRETSRWWRRVGLATKLHFARDRLIESFYWAVGVAFEPQYSDCRNSVAKMFSFVTIIDDIYDVYGTLDELELFTDAVERWDVNAINDLPDYMKLCFLALYNTINEIAYDNLKDKGENILPYLTKAWADLCNAFLQEAKWLYNKSTPTFDDYFGNAWKSSSGPLQLVFAYFAVVQNIKKEEIENLQKYHDTISRPSHIFRLCNDLASASAEIARGETANSVSCYMRTKGISEELATESVMNLIDETWKKMNKEKLGGSLFAKPFVETAINLARQSHCTYHNGDAHTSPDELTRKRVLSVITEPILPFER
pDW207のプラスミドDNA配列
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ウラジロハコヤナギIspS MRRアミノ酸配列
MRRSANYEPNSWDYDYLLSSDTDESIEVYKDKAKKLEAEVRREINNEKAEFLTLLELIDNVQRLGLGYRFESDIRGALDRFVSSGGFDAVTKTSLHGTALSFRLLRQHGFEVSQEAFSGFKDQNGNFLENLKEDIKAILSLYEASFLALEGENILDEAKVFAISHLKELSEEKIGKELAEQVNHALELPLHRRTQRLEAVWSIEAYRKKEDANQVLLELAILDYNMIQSVYQRDLRETSRWWRRVGLATKLHFARDRLIESFYWAVGVAFEPQYSDCRNSVAKMFSFVTIIDDIYDVYGTLDELELFTDAVERWDVNAINDLPDYMKLCFLALYNTINEIAYDNLKDKGENILPYLTKAWADLCNAFLQEAKWLYNKSTPTFDDYFGNAWKSSSGPLQLVFAYFAVVQNIKKEEIENLQKYHDTISRPSHIFRLCNDLASASAEIARGETANSVSCYMRTKGISEELATESVMNLIDETWKKMNKEKLGGSLFAKPFVETAINLARQSHCTYHNGDAHTSPDELTRKRVLSVITEPILPFER
pDW208のプラスミド配列
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実施例11:増殖性の変異、組み合わせ可能な変異、及び適性スコア
生産性に関係する位置は、特性の改良されたコンビナトリアルな変異体を製造するのに最も有用な、これらの分子内位置として記載することができ、この位置により、少なくとも1つの変異を組み合わせることができる。組み合わせることのできる変異は、コンビナトリアルな変異体を選別するのに使用することのできる、これらの分子内の置換として記載され得る。組み合わせることのできる変異は、発現、比活性又は増殖性を著しく低下させることなく、なおかつ、増殖性又は比活性などといった、分子に関する少なくとも1つの所望の特性を改良するものである。組み合わせ可能な変異をすべて含有しているIspS中の位置を、実施例7に記載の通り、比活性についてのDMAPPアッセイ、及びタンパク質定量により得られた性能指数(PI)により決定した。増殖性に関与する位置は、複数の置換にある程度耐性を示し、なおかつ以降に示す通りのコンビナトリアルさに関する一群の基準を満たす位置である。
野生型IspSと比較した場合に、比活性及び発現についての性能指数(PI)が最小になるような位置に置換のなされた場合に、PIが0.9以上であり、かつ野生型IspSと比較した場合に比活性又は増殖性についての少なくとも1つのPIが1.0以上である(第A群)。
所定の位置での置換の0%以上15%未満が第A、B、又はC群に当てはまる場合、等級は「1」に割り当てられる。
スコア及び等級
表32に、適性群B又はCのいずれかに当てはまる、又は表31には掲載されていない変異を掲載する。これらの「組み合わせにあまり向かない」変異は、上記の組み合わせについての基準に当てはまらなかったものの、再試験時に比活性又は増殖性のいずれかの性能が改良されていた。
Claims (124)
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、N末端領域、表面ループ、表面、活性部位、二量体界面、基質捕捉ループ、又は埋没領域中の1つ以上の残基にて1つ以上の置換を含み、かつここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも30%増加している、単離ポリペプチド。
- 前記N末端領域における置換が、X2,X22,X36,X43,及びX58からなる群から選択される残基の置換である、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2,S22,K36,R43,及びE58からなる群から選択される残基の置換である、請求項2に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2V,S22K,S22R,K36D,K36E,K36H,K36W,R43E,及びE58Fからなる群から選択される、請求項3に記載のポリペプチド。
- 前記埋没領域における前記置換が、X71,X89,X118,X161,X228,X268,X282,X288,X331,X391,X392,X437,X460,X461,X481,X488,及びX502からなる群から選択される残基の置換である、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、R71,F89,A118,K161,M228,V268,S282,S288,C331,A391,W392,C437,M460,R461,T481,E488,及びT502からなる群から選択される残基の置換である、請求項5に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、R71I,F89D,F89E,A118E,A118P,K161C,M228Y,V268I,S282H,S282W,S288A,S288T,S288Y,C331P,A391G,W392C,W392F,W392M,W392S,W392V,W392Y,C437L,C437M,M460A,R461A,R461Y,T481Y,E488L,T502F及びT502Mからなる群から選択される、請求項6に記載のポリペプチド。
- 前記表面ループにおける前記置換が、X120,X151,X153,X254,X380,及びX409からなる群から選択される残基の置換である、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S120,L151,H254,S380,及びV409からなる群から選択される残基の置換である、請求項8に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S120M,S120Q,L151F,L151Y,G153P,H254C,S380E,及びV409Tからなる群から選択される、請求項9に記載のポリペプチド。
- 前記二量体界面における前記置換が残基X247のものである、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が残基V247のものである、請求項11に記載のポリペプチド。
- 前記置換がV247Mである、請求項12に記載のポリペプチド。
- 前記表面における置換が、X348,X376,及びX389からなる群から選択される残基の置換である、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、K348,L376,及びG389からなる群から選択される残基の置換である、請求項14に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、K348Y,及びG389Dからなる群から選択される、請求項15に記載のポリペプチド。
- 前記基質捕捉ループにおける置換が、X443,X444,X447及びX448からなる群から選択される残基の置換である、請求項1に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S444,I447及びA448からなる群から選択される残基の置換である、請求項17に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S444S,I447T及びA448Vからなる群から選択される、請求項18に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する残基番号を付した次の不変の残基:X4,X9,X243,X258,X259,X262,X266,X280,X294,X295,X298,X305,X387,X396,X397,X435,X439,X446,X449,X450,X514,及びX518,を含み、かつ更に:X2,X22,X36,X43,X58,X71,X89,X118,X120,X151,X153,X161,X228,X234,X247,X254,X268,X282,X288,X331,X348,X376,X380,X389,X391,X392,X409,X437,X443,X444,X447,X448,X460,X461,X481,X488,及びX502,からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、ここで、前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも30%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E2,S22,K36,R43,E58,R71,F89,A118,S120,L151,K161,M228,Q234,V247,H254,V268,S282,S288,C331,K348,L376,S380,G389,A391,W392,V409,C437,S444,I447,A448,M460,R461,T481,E488,及びT502からなる群から選択される残基の置換である、請求項20に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2V,S22K,S22R,K36D,K36E,K36H,K36W,R43E,E58F,R71I,F89D,F89E,A118E,A118P,S120M,S120Q,L151F,L151Y,G153P,K161C,M228Y,Q234R,V247I,V247L,V247M,H254C,V268I,S282H,S282W,S288A,S288T,S288Y,C331P,K348Y,S380E,G389D,A391G,W392C,W392F,W392M,W392S,W392V,W392Y,V409T,C437L,C437M,S444D,S444E,I447T,I447V,A448V,M460A,R461A,T481Y,E488L,T502F及びT502Mからなる群から選択される、請求項21に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する残基番号を付した次の不変の残基:X4,X9,X243,X258,X259,X262,X266,X280,X294,X295,X298,X305,X387,X396,X397,X435,X439,X446,X449,X450,X514,及びX518,を含み、かつ更に:X134,X138,X143,X156,X159,X163,X166,X167,X170,X414,X421,及びX491からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、ここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも50%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換がK134,K138,L143,I156,E159,F163,S166,H167,E170,K414,及びQ421からなる群から選択される残基の置換である、請求項23に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、K134P,K138C,L143F,L143V,I156G,E159G,E159Q,F163C,F163E,F163Q,F163V,F163Y,S166C,S166D,S166G,S166P,S166V,H167M,E170G,E170H,E170K,E170N,E170R,E170S,E170W,K414F,K414G,K414N,K414P,及びQ421Rからなる群から選択される、請求項24に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する残基番号を付した次の不変の残基:X4,X9,X243,X258,X259,X262,X266,X280,X294,X295,X298,X305,X387,X396,X397,X435,X439,X446,X449,X450,X514,及びX518,を含み、かつ更に:X29,X47,X86,X94,X131,X134,X156,X162,X169,X178,X179,X231,X242,X369,X414,及びX421からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、ここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも50%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E29,N47,S86,K94,E131,K134,I156,V162,K169,K178,E179,S231,R242,F369,K414,及びQ421からなる群から選択される残基の置換である、請求項26に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E29N,N47V,S86C,K94A,E131F,K134E,K134P,I156G,V162P,K169C,K178E,E179T,S231D,S231K,S231R,S231T,S231V,R242N,R242I,F369C,K414C,K414F,K414G,K414N,及びQ421Dからなる群から選択される、請求項27に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する残基番号を付した次の不変の残基:X4,X9,X243,X258,X259,X262,X266,X280,X294,X295,X298,X305,X387,X396,X397,X435,X439,X446,X449,X450,X514,及びX518,を含み、かつ更に:X30,X84,X134,X140,X143,X163,X166,X169,X170及びX172からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、ここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも20%上昇しており、かつ前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも20%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、V84,K134,I140,L143,F163,S166,K169,E170及びS172からなる群から選択される残基の置換である、請求項29に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、V30K,V84T,K134C,K134D,K134E,I140S,I140T,L143F,L143I,L143M,L143V,F163I,F163M,S166P,S166V,K169Q,E170H,E170K,及びS172Vからなる群から選択される、請求項30に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、(i)N末端、(ii)残基134〜179のN端末ヘリックス領域(該残基番号は配列番号1(野生型MEAイソプレン合成酵素)と一致する)、あるいは(iii)N端末ヘリックス領域と相互作用する、N端末ヘリックス領域以外の他の残基、の1つ以上にて置換を含み、ここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも20%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、X30,X84,X134,X140,X143,X163,X166,X169,X170及びX172からなる群から選択される残基の置換である、請求項32に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、V84,K134,I140,L143,F163,S166,K169,E170及びS172からなる群から選択される残基の置換である、請求項33に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、V30K,V84T,K134C,K134D,K134E,I140S,I140T,L143F,L143I,L143M,L143V,F163I,F163M,S166P,S166V,K169Q,E170H,E170K,及びS172Vからなる群から選択される残基の置換である、請求項34に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X2,X22,X36,X43,X58,X71,X89,X118,X120,X151,X153,X161,X228,X234,X247,X254,X268,X282,X288,X331,X348,X376,X380,X389,X391,X392,X409,X437,X443,X444,X447,X448,X460,X461,X481,X488,及びX502,からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも30%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E2,S22,K36,R43,E58,R71,F89,A118,S120,L151,K161,M228,Q234,V247,H254,V268,S282,S288,C331,K348,L376,S380,G389,A391,W392,V409,C437,S444,I447,A448,M460,R461,T481,E488,及びT502からなる群から選択される残基の置換である、請求項36に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2V,S22K,S22R,K36D,K36E,K36H,K36W,R43E,E58F,R71I,F89D,F89E,A118E,A118P,S120M,S120Q,L151F,L151Y,G153P,K161C,M228Y,Q234R,V247I,V247L,V247M,H254C,V268I,S282H,S282W,S288A,S288T,S288Y,C331P,K348Y,S380E,G389D,A391G,W392C,W392F,W392M,W392S,W392V,W392Y,V409T,C437L,C437M,S444D,S444E,I447T,I447V,A448V,M460A,R461A,T481Y,E488L,T502F及びT502Mからなる群から選択される、請求項37に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、N末端領域、N末端ヘリックス領域、表面ループ、表面、活性部位、二量体界面、基質捕捉ループ、又は埋没領域中の1つ以上の残基にて1つ以上の置換を含み、かつここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも40%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記N末端領域における置換が、X18,X36,及びX82からなる群から選択される残基の置換である、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、Y18,K36,及びR82からなる群から選択される残基の置換である、請求項40に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、Y18E,Y18D,Y18S,K36P,及びR82Qからなる群から選択される、請求項41に記載のポリペプチド。
- 前記N末端ヘリックス領域における置換が、X137,X143,X163,及びX170からなる群から選択される残基の置換である、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、I137,L143,F163,及びE170からなる群から選択される残基の置換である、請求項43に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、I137C,L143N,F163I,F163Q,及びE170Gからなる群から選択される、請求項44に記載のポリペプチド。
- 前記表面ループにおける前記置換が、X87,X409,及びX542からなる群から選択される残基の置換である、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、G87,V409,及びF542からなる群から選択される残基の置換である、請求項46に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、G87S,G87N,G87R,V409S,及びF542Nからなる群から選択される、請求項47に記載のポリペプチド。
- 前記表面における前記置換が残基X251のものである、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が残基T251のものである、請求項49に記載のポリペプチド。
- 前記置換がT251Eである、請求項49に記載のポリペプチド。
- 前記二量体界面における前記置換が残基X242のものである、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が残基R242のものである、請求項52に記載のポリペプチド。
- 前記置換がR242Tである、請求項53に記載のポリペプチド。
- 前記埋没領域における前記置換が、X437,X460,及びX461からなる群から選択される残基の置換である、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、C437,M460,及びR461からなる群から選択される残基の置換である、請求項55に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、C437M,C437K,M460Q,M460G,M460A,R461D,R461S,R461T,及びR461からなる群から選択される、請求項56に記載のポリペプチド。
- 前記基質捕捉ループにおける置換が、X443,X444,及びX447からなる群から選択される残基の置換である、請求項39に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S444,及びI447からなる群から選択される残基の置換である、請求項58に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S444P,I447Q,I447T,I447M,I447E,I447S,及びI447Rからなる群から選択される、請求項56に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性を有し、かつ宿主細胞で発現させた場合に宿主細胞の増殖活性が上昇する単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X134,X138,X143,X156,X159,X163,X166,X167,X170,X414,X421,及びX491からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも50%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、K134,K138,L143,I156,E159,F163,H167,E170,K414,及びQ421からなる群から選択される残基の置換である、請求項61に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、K134P,K138C,L143F,L143V,I156G,E159G,E159Q,F163C,F163E,F163Q,F163V,F163Y,S166C,S166D,S166G,S166P,S166V,H167M,E170G,E170H,E170K,E170N,E170R,E170S,E170W,K414F,K414G,K414N,K414P,及びQ421Rからなる群から選択される、請求項62に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性を有し、かつ宿主細胞で発現させた場合に宿主細胞の増殖活性が上昇する単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X29,X47,X86,X94,X131,X134,X156,X162,X169,X178,X179,X231,X242,X369,X414,及びX421からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも50%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E29,N47,S86,K94,E131,K134,I156,V162,K169,K178,E179,S231,R242,F369,K414,及びQ421からなる群から選択される残基の置換である、請求項64に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E29N,N47V,S86C,K94A,E131F,K134E,K134P,I156G,V162P,K169C,K178E,E179T,S231D,S231K,S231R,S231T,S231V,R242N,R242I,F369C,K414C,K414F,K414G,K414N,及びQ421Dからなる群から選択される、請求項65に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性を有し、かつ宿主細胞で発現させた場合に宿主細胞の増殖活性が上昇する単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X50,X81,X134,X137,X143,X156,X159,X166,X167,X169,X170,及びX414からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも30%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、K50,D81,K134,I137,L143,I156,E159,S166,H167,K169,E170,及びK414からなる群から選択される、請求項67に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、K50S,D81F,K134E,K134P,I137N,L143V,I156G,E159D,E159G,E159Q,S166C,S166W,H167M,H167N,K169C,E170H,E170K,E170W,K414C,K414F,K414G,K414N,及びK414Pからなる群から選択される、請求項68に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性が改良されており、かつ宿主細胞で発現させた場合に宿主細胞の増殖活性が上昇する単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X30,X84,X134,X140,X143,X163,X166,X169,X170及びX172からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、ここで、前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも20%上昇しており、かつ前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも20%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、V84,K134,I140,L143,F163,S166,K169,E170及びS172からなる群から選択される残基の置換である、請求項70に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、V30K,V84T,K134C,K134D,K134E,I140S,I140T,L143F,L143I,L143M,L143V,F163I,F163M,S166P,S166V,K169Q,E170H,E170K,及びS172Vからなる群から選択される、請求項71に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素特性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X22,X71,X87,X162,X242,X288,X409,X414,X443,X444,X460,及びX502からなる群から選択される残基にて2つ以上の置換を含み、ここで、ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも160%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、S22,R71,G87,V162,R242,S288,V409,K414,S444,M460,及びT502からなる群から選択される残基の置換である、請求項73に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S22R,R71I又はR、G87R,V162P,R242N,S288C,V409T,KX414F,S444D,M460A,及びT502Mからなる群から選択される、請求項74に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、
a)S22R,R71I,S288C,S444D,M460A,及びT502M;
b)G87R,V162P,R242N,S288C,V409T,K414R,及びS444D;又は
c)G87R,V162P,R242N,S288C,V409T,及びK414F,からなる群から選択される、請求項73に記載のポリペプチド。 - イソプレン合成酵素特性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X47,X87,X156,X162,X170,X231,X242,X288,X409,X414,及びX447からなる群から選択される残基の2つ以上に置換を含み、ここで、残基の付番は配列番号1と対応し、前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも30%上昇しており、かつ前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも30%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、N47,G87,I156,V162,E170,S231,R242,S288,V409,K414,及びI447からなる群から選択される残基の置換である、請求項77に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、N47V,G87R,I156G,V162P,E170H,S231T,R242N,S288C,S288T,V409T,及びK414Fからなる群から選択される、請求項78に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、N47V,I156G,E170H,S231T,S288T,及びK414Fからなる群から選択される残基の置換である、請求項77に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素特性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X2,X18,X19,X21,X24,X26,X27,X29,X37,X42,X47,X48,X49,X56,X81,X82,X84,X93,X94,X95,X120,X123,X126,X131,X132,X134,X137,X139,X143,X151,X155,X166,X167,X169,X170,X171,X175,X179,X180,X197,X229,X231,X240,X242,X245,X246,X247,X251,X271,X282,X306,X317,X319,X369,X371,X376,X379,X380,X389,X392,X393,X408,X409,X421,X422,X423,X429,X437,X443,X444,X447,X455,X458,X461,X464,X466,X470,X473,X500,X502,X506,X513,X525、及びX531からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、(a)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.9以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.0以上であり、(b)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.8以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.2以上であり、並びに(c)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.5以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.5以上である、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E2,Y18,L19,S21,T24,E26,S27,E29,K37,V42,N47,N48,E49,L56,D81,R82,V84,T93,K94,T95,S120,K123,N126,E131,N132,K134,I137,A139,L143,L151,N155,S166,H167,K169,E170,L171,K175,E179,L180,Q197,I229,S231,T240,R242,R245,R246,V247,T251,A271,S282,L306,D317,N319,F369,Q371,L376,K379,S380,G389,W392,K393,V408,V409,Q421,K422,Y423,R429,C437,S444,I447,S455,C458,R461,G464,S466,A470,S473,V500,T502,L506,T513,E525,及びV531からなる群から選択される残基の置換である、請求項81に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2A又はK又はP,Y18D又はE又はK又はS,L19Y,S21W,T24L又はV,E26C,S27D又はN,E29N,K37C又はD又はP又はQ又はS,V42M,N47D又はS,N48D又はG又はT,E49L又はV,L56E又はF又はG又はI又はK又はT又はV又はY,D81Q,R82N又はT又はV又はY,V84M,T93C又はF又はR又はS,K94G又はP,T95D又はF又はG又はI又はN又はW,S120C又はG又はM又はQ,K123V,N126E,E131H又はK又はL又はM又はT又はW又はY,N132I又はP,K134A,I137T,A139C又はQ,L143C又はD又はE又はH又はK又はM又はQ又はT又はV又はY,L151A又はF,N155A又はC又はG又はH又はQ又はR又はS又はW,S166N,H167F又はI又はN又はQ又はV,K169A又はC又はH又はN又はQ又はV,E170L又はS又はW又はY,L171A又はN又はQ又はT又はV又はY,K175C又はF又はI又はQ又はR,E179D,L180A又はI,Q197C又はD又はN,I229C,S231A,T240C,R242G,R245C又はK又はM又はQ又はT又はV,R246N,V247L又はM,T251D又はE又はN又はP又はQ又はS,A271T,S282Y,L306C,D317N,N319M,F369C又はD又はE又はG又はS,Q371F,L376I又はM,K379G又はQ,S380E,G389A又はD又はE又はK又はN又はQ又はS又はV,W392Y,K393C又はI又はT又はV,V408T,V409T,Q421H,K422D,Y423N又はS,R429E又はF又はQ,C437M,S444D又はE,I447T,S455A,C458T,R461A,G464C又はM又はN又はQ又はS,S466D,A470I又はL,S473I,V500A又はC,T502M,L506M,T513C又はG又はK又はN,E525F又はR,V531E又はH又はK又はQ又はR又はSからなる群から選択される、請求項82に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素特性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X2,X6,X18,X20,X22,X23,X24,X25,X26,X27,X28,X29,X30,X31,X32,X36,X37,X42,X44,X47,X48,X49,X50,X53,X54,X55,X56,X58,X59,X68,X71,X74,X77,X78,X79,X81,X82,X83,X84,X86,X87,X91,X93,X94,X95,X97,X98,X99,X109,X115,X116,X117,X118,X120,X123,X125,X126,X127,X128,X130,X131,X132,X133,X134,X136,X137,X138,X139,X140,X143,X151,X153,X155,X156,X159,X160,X161,X162,X163,X164,X166,X167,X169,X170,X171,X172,X175,X176,X177,X178,X179,X180,X181,X182,X190,X194,X197,X204,X211,X215,X217,X219,X221,X228,X229,X231,X232,X235,X241,X242,X245,X246,X247,X251,X254,X271,X272,X278,X279,X282,X296,X302,X317,X319,X320,X327,X331,X348,X351,X357,X361,X364,X365,X368,X369,X370,X371,X373,X377,X380,X383,X386,X389,X392,X393,X407,X408,X409,X410,X411,X414,X422,X423,X424,X428,X429,X432,X436,X437,X440,X443,X444,X447,X448,X457,X460,X461,X462,X463,X464,X465,X466,X468,X470,X471,X472,X473,X475,X480,X490,X491,X492,X494,X496,X500,X501,X502,X503,X510,X513,X515,X519,X525,X531,X536,X537,X540,X541,X542,及びX544からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、(a)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数は0.9以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.0以上であり、(b)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.8以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.2以上である、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、E2,S6,Y18,L20,S22,D23,T24,D25,E26,S27,I28,E29,Y31,K32,K36,K37,V42,R44,N47,N48,E49,K50,F53,L54,T55,L56,E58,L59,L68,R71,S74,R77,G78,A79,D81,R82,F83,V84,S86,G87,A91,T93,K94,T95,L97,H98,G99,Q109,S115,Q116,E117,A118,S120,K123,Q125,N126,G127,N128,L130,E131,N132,L133,K134,D136,I137,K138,A139,I140,L143,L151,N155,I156,E159,A160,K161,V162,F163,A164,S166,H167,K169,E170,L171,S172,K175,I176,G177,K178,E179,L180,A181,E182,L190,R194,Q197,S204,K211,N215,V217,L219,L221,M228,I229,S231,V232,R235,S241,R242,R245,R246,V247,T251,H254,A271,F272,D278,C279,S282,I296,T302,D317,N319,A320,Y327,C331,K348,G351,Y357,A361,D364,L365,A368,F369,L370,Q371,A373,Y377,S380,T383,D386,G389,W392,K393,A407,V408,V409,Q410,N411,K414,K422,Y423,H424,S428,R429,H432,L436,C437,L440,S444,I447,A448,S457,M460,R461,T462,K463,G464,I465,S466,E468,A470,T471,E472,S473,M475,E480,L490,G492,L494,A496,V500,E501,T502,A503,S510,T513,H515,A519,E525,V531,T536,E537,L540,P541,F542,及びR544からなる群から選択される残基の置換である、請求項84に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2C又はD又はN又はT又はV、S6N又はT、Y18A又はQ又はR、L20T,S22Q,D23N,T24C,D25T,E26D又はH又はK又はM又はR又はS又はV、S27A又はC又はG又はH又はI又はL又はM又はP又はQ、I28D又はN、E29Q,V30A又はD又はE又はM又はR又はT、Y31N,K32E,K36A又はC又はD又はE又はM又はN又はP又はQ、K37A又はE又はG又はH又はM又はN又はR又はT、V42F又はI、R44N又はQ、N47A又はG又はH又はM又はQ又はT又はW、N48H又はI又はK、E49A又はC、K50A又はD又はE又はF又はH又はS又はY、F53E又はH又はN又はP又はQ又はV、L54M,T55C又はD又はE、L56C又はN、E58N,L59H又はT、L68I,R71K又はM、S74D又はE又はN又はY、R77L,G78A又はD又はF又はL又はM、A79Q又はT、D81A又はF又はG又はM又はR又はS又はT又はV、R82A又はE又はH又はI又はK又はM又はQ又はS、F83W,V84A,S86A又はD又はM、G87D又はP、A91K又はW、T93A又はD又はE又はG又はL又はN又はP又はY、K94A又はD又はE又はH又はI又はL又はM又はN又はR又はS又はT、T95A又はE又はP又はQ又はS又はV又はY、L97F,H98A又はD又はF又はG又はI又はL又はM又はN又はQ、G99E又はF又はM、Q109E,S115A,Q116A又はC又はD又はE又はI又はP、E117C又はF又はL又はM又はV、A118M,S120H又はT又はV、K123L又はT、Q125E又はI又はY、N126A又はC又はD又はM又はT又はV、G127C,N128C又はD又はP又はQ、L130E,E131A又はC又はP又はQ又はS又はV、N132C又はD又はF又はH又はL又はR又はW又はY、L133D,K134E又はM又はQ又はS又はT又はV、D136E,I137E又はH又はN、K138I又はN、A139N,I140M又はW、L143S,L151C又はH又はI、G153C,N155I又はT又はV又はY、I156D又はN又はT、E159M,A160I,K161A又はC又はN又はQ、V162S,F163E又はQ、A164T,S166A又はD又はG、H167A又はE又はG又はK又はM又はR又はS又はT又はW、K169D又はI又はM又はS又はT、E170H又はK又はM又はQ又はT又はV、L171H又はK又はR又はS、S172A又はC、K175S,I176M,G177A又はC、K178A又はF又はR又はS又はT、E179A又はC又はL又はM又はN、L180C又はQ又はT、A181H又はQ又はS又はV、E182S,L190I又はM、R194L,Q197S,S204C,K211A又はN又はQ、N215C又はH、V217I,L219C,L221M,M228F又はY、I229V,S231K又はQ又はT、V232I,R235K,S241A又はM又はT、R242A又はD又はE又はH又はI又はM又はN又はQ又はS又はT、R245I又はL、R246D又はK、V247T,T251A又はG又はK又はR、H254D,A271C又はV、F272D又はG又はP又はW、D278A又はE又はN又はQ又はS又はT又はV又はW、C279A,S282A又はQ、I296V,T302H,D317E又はQ、N319F,A320C,Y327M,C331P,K348R又はY、G351D又はN、Y357M,A361T,D364E又はV、L365C又はM、A368N,F369M又はN又はR又はT又はV、L370G又はQ、Q371C又はS、A373G,Y377W,S380A又はC又はD又はQ又はT又はV、T383S,D386E又はN、G389H又はI、W392I又はS又はT又はV、K393Q,A407G,V408I,V409H又はI、Q410C又はD又はK又はL又はM又はT、N411G,K414E又はG又はL又はN又はP、K422A又はN又はT、Y423Q,H424E又はP又はQ又はV、S428E又はQ、R429I又はL又はT又はW又はY、H432E,L436M又はY、C437K又はT、L440I,S444P,I447A又はE又はM又はQ又はS、A448E又はM又はN又はP又はQ又はV、S457N又はT、M460Q又はR又はS、R461D又はE又はG又はQ又はS又はT、T462Q,K463A又はD又はE、G464L又はR、I465A又はC又はG又はS又はT、S466P,E468D,A470M,T471E又はH又はQ、E472D又はS、S473L又はV、M475T,E480N,L490A又はD又はE又はF又はH又はM、G492C,L494D,A496P又はT、V500L又はM、E501D,T502A又はC又はR又はV、A503I,S510C又はV、T513V,H515N,A519S又はT、E525A又はC又はP又はQ又はS、V531A又はM又はT、T536A又はF又はG、E537K又はT、L540A又はP、P541M,F542P,及びR544Cからなる群から請求項85に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素特性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X2,X3,X13,X17,X18,X19,X20,X23,X25,X26,X27,X28,X29,X30,X31,X32,X33,X34,X36,X37,X40,X41,X42,X43,X44,X45,X46,X47,X48,X49,X50,X51,X53,X54,X55,X56,X57,X59,X60,X62,X71,X73,X74,X75,X77,X78,X79,X81,X82,X83,X84,X85,X86,X87,X88,X89,X91,X92,X93,X94,X95,X97,X98,X99,X100,X101,X102,X103,X107,X109,X111,X113,X114,X115,X116,X117,X118,X119,X120,X121,X123,X124,X125,X127,X128,X129,X130,X131,X133,X134,X135,X136,X137,X138,X139,X140,X143,X146,X151,X152,X153,X155,X156,X158,X160,X161,X162,X163,X166,X167,X169,X170,X171,X172,X175,X176,X177,X178,X179,X180,X181,X182,X183,X185,X187,X193,X194,X196,X197,X204,X210,X211,X212,X215,X216,X217,X218,X219,X220,X222,X223,X224,X226,X228,X229,X231,X232,X235,X240,X241,X242,X246,X251,X253,X260,X268,X270,X271,X272,X275,X276,X278,X282,X307,X314,X315,X317,X320,X321,X323,X328,X329,X331,X332,X333,X343,X345,X346,X350,X351,X352,X356,X357,X360,X361,X363,X364,X366,X367,X368,X369,X370,X371,X378,X379,X380,X383,X386,X389,X390,X392,X393,X402,X405,X408,X409,X410,X413,X414,X418,X422,X423,X424,X425,X426,X428,X429,X431,X432,X437,X444,X447,X448,X457,X460,X461,X462,X463,X464,X466,X467,X468,X469,X471,X472,X475,X484,X489,X490,X491,X492,X493,X494,X497,X500,X501,X502,X503,X504,X506,X509,X510,X511,X513,X515,X517,X519,X522,X528,X529,X531,X534,X535,X536,X537,X539,X540,X542,及びX544からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、(a)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数は0.9以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.0以上であり、又は
(b)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.8以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.2以上であり、並びに(c)配列番号1のポリペプチドに対する比活性及び発現性の最小性能指数(PI)は0.5以上であり、かつ配列番号1のポリペプチドに対する比活性又は増殖性のPIのうち少なくとも1つは1.5以上である、単離ポリペプチド。 - 前記置換が、E2,A3,S13,D17,Y18,L19,L20,D23,D25,E26,S27,I28,E29,Y31,K32,D33,K34,K36,K37,A40,E41,V42,R43,R44,E45,I46,N47,N48,E49,K50,A51,F53,L54,T55,L56,L57,L59,I60,N62,R71,E73,S74,D75,R77,G78,A79,D81,R82,F83,V84,S85,S86,G87,G88,F89,A91,V92,T93,K94,T95,L97,H98,G99,T100,A101,L102,S103,L107,Q109,G111,E113,V114,S115,Q116,E117,A118,F119,S120,G121,K123,D124,Q125,G127,N128,F129,L130,E131,L133,K134,E135,D136,I137,K138,A139,I140,L143,A146,L151,E152,N155,I156,D158,A160,K161,V162,F163,S166,H167,K169,E170,L171,S172,K175,I176,G177,K178,E179,L180,A181,E182,Q183,N185,A187,H193,R194,T196,Q197,S204,K210,K211,E212,N215,Q216,V217,L218,L219,E220,A222,I223,L224,Y226,M228,I229,S231,V232,R235,T240,S241,R242,R246,T251,L253,L260,V268,V270,A271,F272,Q275,Y276,D278,S282,E307,E314,R315,D317,A320,I321,D323,M328,K329,C331,F332,L333,A343,D345,N346,K350,G351,E352,P356,Y357,K360,A361,A363,D364,C366,N367,A368,F369,L370,Q371,N378,K379,S380,T383,D386,G389,N390,W392,K393,V402,Y405,V408,V409,Q410,K413,K414,E418,K422,Y423,H424,D425,T426,S428,R429,S431,H432,C437,S444,I447,A448,S457,M460,R461,T462,K463,G464,S466,E467,E468,L469,T471,E472,M475,K484,K489,L490,G492,S493,L494,K497,V500,E501,T502,A503,I504,L506,Q509,S510,H511,T513,H515,G517,A519,S522,R528,K529,V531,V534,I535,T536,E537,I539,L540,F542,及びR544からなる群から選択される残基に生じる、請求項87に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、E2H又はI又はS、A3E又はG又はK又はN又はQ又はR又はT,S13Q又はT,D17E,Y18F又はM又はN、L19F,L20I又はV、D23T,D25A又はE又はS,E26G又はN又はQ又はT,S27E又はF又はK又はV、I28E又はF又はM又はP、E29D又はP又はR又はT,V30N又はQ,Y31Q又はW、K32D又はG又はN又はR,D33N,K34D又はE又はQ又はS,K36F又はR,K37F又はI、A40C又はD又はE又はF又はM又はN又はP又はQ又はV、E41C又はD又はF又はN又はQ又はS又はV、V42A又はS又はT,R43I又はQ,R44A又はD又はK又はM又はY,E45C又はM又はN又はQ,I46F又はV、N47E又はI又はK又はR又はV、N48A又はC又はE又はF又はL又はQ又はR又はS,E49G又はH又はI又はR又はS又はW、K50C又はG又はM又はN又はP又はR,A51E又はG又はL又はQ又はT,F53D,L54A又はC又はE又はH又はI又はQ,T55A又はH又はN又はQ又はS又はY,L56H又はQ又はR又はS,L57I,L59F又はM又はS又はV又はY,I60C又はV、N62V,R71I,E73D,S74G又はM又はP、D75E,R77A又はN又はT又はV、G78E又はI又はK又はN又はP又はQ又はV又はW、A79M又はR又はY,D81C又はE又はH又はL又はN、R82C又はF又はG又はL又はW、F83G又はH又はI又はL又はV、V84F又はH又はL又はN又はQ又はR又はS又はT又はW又はY,S85C又はL又はN又はR,S86C又はN、G87C又はE又はF又はK又はL又はN又はT,G88C又はD又はI又はV又はW又はY,又はY、又はI、A91C又はD又はE又はG又はH又はL又はR又はS又はT又はV又はY,V92A又はC又はE又はF又はG又はI又はL又はQ又はW、T93H又はI又はQ又はV又はW、K94C又はV又はY,T95C又はH又はK又はM,L97A又はM又はP、H98C又はS又はT又はV又はW、G99A又はC又はH又はP又はQ又はT,T100A又はI又はL又はM又はV、A101S,L102M,S103A又はC又はG又はL,L107C又はF,Q109C又はN又はS,G111A,E113C又はH又はV、V114C,S115D又はY,Q116G又はH又はL又はS又はT又はV、E117A又はD又はI、A118I又はV、F119L又はM,S120A又はD又はE又はF又はK又はN又はR又はW又はY,G121D又はL又はV又はW、K123I又はS又はW又はY,D124C又はE,Q125A又はD又はG又はH又はK又はL又はN又はS又はT又はV又はW、G127D又はF又はW、N128A,F129L又はY,L130A又はC又はD又はQ又はV又はY,E131D又はF又はG又はR,L133E又はG又はI又はP又はQ又はT又はV又はY,K134D又はG又はH又はI又はL又はN又はR又はW又はY,E135H又はS,D136N,I137A又はC又はD又はG又はP又はQ又はS又はV、K138C又はD又はE又はP又はR又はS又はV、A139P又はS又はT又はV、I140N又はQ又はS又はT又はV、L143A又はF又はG又はN又はR又はW、A146M,L151E又はG又はM又はN又はQ又はR又はS又はT又はV又はW、E152A又はD又はI又はM又はP、G153D,N155E又はK又はM,I156E又はK又はL又はR又はY,D158E,A160F又はH又はS,K161L又はR又はS又はY,V162D又はF又はN又はP又はT,F163C又はH又はI又はM又はV又はW又はY,S166C又はE又はH又はK又はP又はQ又はV又はW、H167C又はL又はP、K169E又はG又はR,E170G又はI又はN又はR,L171C又はE又はG又はI又はM又はW、S172G又はN又はQ又はR、K175A又はG又はH又はN又はP又はT又はV、I176A又はC又はN又はQ又はV、G177D又はE又はH又はN又はP又はT,K178D又はE又はG又はI又はL又はM又はN又はP又はQ又はV又はY,E179G又はI又はP又はQ又はS又はT又はV又はW又はY,L180F又はH又はV又はW、A181F又はM又はN又はW、E182H又はN、Q183A又はL,N185D,A187C又はS,H193W,R194I,T196V,Q197G,S204A又はF又はM又はW又はY,K210M,K211D又はE又はF又はG又はH又はI又はM又はR又はS又はT又はV、E212A又はD又はM又はP又はQ又はT,N215D又はY,Q216A又はE又はN、V217C又はE又はK又はN又はP又はQ又はT,L218V,L219I又はM又はV、E220D又はN、A222S,I223C,L224A又はC又はT又はV、Y226F,M228H又はR,I229A,S231D又はG又はH又はR又はV、V232Q,R235A又はD又はN、T240V,S241C,R242K又はL,R246H又はQ,T251H,L253M,L260M,V268I,V270I,A271S,F272Q,Q275E,Y276F又はH又はQ,D278L又はM又はR又はY,S282C,E307Q又はR,E314H,R315G又はK,D317S,A320N又はT,I321L又はM,D323I又はT,M328L,K329G又はQ又はR、C331T,F332Y,L333F,A343I又はV、D345Y,N346A,K350H又はW又はY,G351E又はM,E352F又はI又はM又はV、P356M又はS,Y357E,K360Q,A361Q又はS又はV、A363S,D364N又はT,C366A,N367D又はE又はM,A368D又はQ,F369H又はQ,L370A又はD又はE又はF又はH又はN又はR又はS又はT又はV、Q371G又はH又はI又はN又はP又はR又はT又はW又はY,N378D,K379E又はR又はS,S380K又はN、T383Q,D386K又はS,G389C又はM又はP又はR又はT,N390S,W392F又はM,K393H又はR,V402F又はI又はL,Y405F,V408Q又はS,V409C又はQ又はS,Q410E又はG又はH又はI又はR,K413P,K414C又はH又はI又はQ,E418N,K422G又はH又はQ又はR、Y423G,H424D又はG又はI又はS又はT,D425P,T426A又はM又はQ,S428V,R429A又はC又はD又はG又はH又はK又はN、S431G,H432A又はM,C437N,S444N又はQ又はT,I447K又はR,A448H又はS又はT,S457D,M460A又はE又はG、R461N,T462S,K463G又はN、G464A又はD又はE又はF又はH又はV又はY,S466E又はG又はK又はN又はT,E467N,E468A又はN又はP又はQ,L469A又はN、T471N,E472A又はG又はN、M475I,K484A,K489R,L490I又はY,G492T又はV、S493C又はG又はK又はV、L494G又はI又はQ又はV、K497M又はT,V500I又はY,E501N,T502H,A503L又はM,I504L,L506 I又はV、Q509A,S510T,H511I又はM,T513S,H515Q,G517P,A519C,S522A又はK,R528K,K529A,V531G又はN、V534A又はS,I535C又はS又はT,T536M,E537H又はN又はQ,I539V,L540E又はQ又はR又はV、F542M,及びR544G又はN又はP又はQ又はSからなる群から選択される、請求項88に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性の改良された単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X22,X36,X43,X58,X87,X89,X118,X151,X234,X247,X254,X282,X288,X391,X392,X437,X443,X447,X481,X488,X502,及びX542からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで前記ポリペプチドは、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素と比較して、イソプレン合成酵素の比活性が少なくとも30%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、S22,K36,R43,E58,G87,F89,A118,L151,Q234,V247,H254,S282,S288,A391,W392,C437,I447,T481,E488,T502及びF542からなる群から選択される残基の置換である、請求項90に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、S22K又はR、K36H又はW、R43E,E58F,G87S又はR、F89D,A118E,L151Y,G153P,Q234R,V247I,H254C,S282H又はW、S288A又はT又はY、A391G,W392C,C437L,I447V,T481Y,E488L,T502F及びF542Nからなる群から選択される、請求項91に記載のポリペプチド。
- イソプレン合成酵素活性を有し、かつ宿主細胞で発現させた場合に宿主細胞の増殖活性が上昇する単離ポリペプチドであって、配列番号1と対応する:X30,X134,X143,X156,X159,X172,X414,及びX421,からなる群から選択される残基の1つ以上に置換を含み、かつここで、前記ポリペプチドを発現している宿主細胞の増殖性は、同様の増殖条件下で配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較して、少なくとも20%上昇している、単離ポリペプチド。
- 前記置換が、K134,L143,I156,E159,S172,K414,及びQ421からなる群から選択される残基の置換である、請求項93に記載のポリペプチド。
- 前記置換が、V30K,K134C又はP、L143I,I156G,E159D,S172V,K414F,及びQ421R又はDからなる群から選択される残基の置換である、請求項94に記載のポリペプチド。
- 請求項4に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項7に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項10に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項15に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項19に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項22に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項31に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項35に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項63に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項66に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項69に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項72に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項79に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項83に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項86に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項92に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 請求項95に記載のポリペプチドを含む、組み換え宿主細胞。
- 前記宿主細胞が、バクテリア細胞、藻類細胞、真菌細胞、酵母細胞、ラン藻細胞、又はクロストリジウムからなる群から選択される、請求項96〜112のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- 前記宿主細胞がバクテリア細胞である、請求項113に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記バクテリア細胞がグラム陽性バクテリア細胞、又はグラム陰性バクテリア細胞である、請求項114に記載の宿主細胞。
- 前記バクテリア細胞が、大腸菌、アシドフィルス菌、P.シトレア(P. citrea)、枯草菌、B.リケニフォルミス(B. licheniformis)、B.レンタス(B. lentus)、ブレビバチルス、B.ステアロサーモフィルス(B. stearothermophilus)、B.アルカロフィルス(B. alkalophilus)、B.アミロリケファシエンス、B.クラウシイ(B. clausii)、B.ハロデュランス(B. halodurans)、B.メガテリウム(B. megaterium)、B.コアギュランス(B. coagulans)、B.サーキュランス(B. circulans)、B.ロータス(B. lautus)、B.チューリンゲンシス(B. thuringiensis)、S.アルバス(S. albus)、S.リビダンス(S. lividans)、S.セリカラー(S. coelicolor)、S.グリセウス(S. griseus)、シュードモナス属、P.アルカリゲネス(P. alcaligenes)、クロストリジウム属、コリネバクテリウム属、及びC.グルタミクム(C. glutamicum)からなる群から選択される、請求項115に記載の宿主細胞。
- 前記宿主細胞が藻類細胞である、請求項13に記載の宿主細胞。
- 前記藻類細胞が、緑藻類、紅藻類、灰色藻類、クロララクニオン藻類、ミドリムシ類、クロミスタ類、又は渦鞭毛藻類からなる群から選択される、請求項117に記載の宿主細胞。
- 前記宿主細胞が真菌細胞である、請求項118に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記真菌細胞が糸状菌である、請求項119に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記宿主細胞が酵母細胞である、請求項113に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記酵母細胞が、酵母菌属、シゾサッカロミセス属、ピキア属、又はカンジダ属からなる群から選択される、請求項121に記載の宿主細胞。
- 前記酵母細胞が、出芽酵母細胞である、請求項122に記載の宿主細胞。
- イソプレン合成酵素活性が改良されており、及び/又は宿主細胞に発現させた場合に増殖性が上昇するポリペプチドを同定する方法であって、配列番号1の野生型イソプレン合成酵素の比活性及び配列番号1の野生型イソプレン合成酵素を発現している宿主細胞の増殖性と比較した場合に、宿主細胞の比活性が改良される及び/又は前記宿主細胞の増殖性が上昇する、ポリペプチド中の1つ以上の置換について、部位評価ライブラリ又はコンビナトリアルライブラリをスクリーニングする工程を含む、方法。
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