JP2003521888A5 - - Google Patents
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Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】 L−アミノ酸を生成する方法であって、非改変細菌細胞と比較してNADPHが増量している改変細菌細胞を培養する工程を包含する方法であって、該改変細菌細胞からのL−アミノ酸収率が非改変細菌細胞からの収率よりも高い、方法。
【請求項2】 前記改変細菌細胞が、ペントースリン酸経路の酸化分岐を通した炭素フラックスの増加を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項3】 請求項2に記載の方法であって、ここで、前記改変細菌細胞がグルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、ラクトナーゼおよび6−ホスホグルコネートデヒドロゲナーゼを包含する群から選択される増量された1つ以上の酵素を有する、方法。
【請求項4】 前記改変細菌細胞が解糖系を通した炭素フラックスの減少を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項5】 前記改変細菌細胞が減量された6−ホスホグルコースイソメラーゼ酵素活性を有する、請求項4に記載の方法。
【請求項6】 前記改変細菌細胞からの前記L−アミノ酸収率が前記非改変細菌細胞からの収率よりも約1%〜約100%高い、請求項1に記載の方法。
【請求項7】 前記改変細菌細胞が変異体pgi遺伝子を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項8】 請求項1に記載の方法であって、前記改変細菌細胞が以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域をサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを相同組換えを介して細菌ゲノムへ挿入する工程、
によって生成される、方法。
【請求項9】 前記改変細菌細胞が増量されたリンゴ酸酵素を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項10】 前記改変細菌細胞が増量されたイソクエン酸デヒドロゲナーゼを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項11】 前記改変細菌細胞がCorynebacterium glutamicum細胞である、請求項1に記載の方法。
【請求項12】 前記Corynebacterium glutamicum細胞が、変異したpgi遺伝子からなる群より選択された遺伝子を有する、請求項11に記載の方法。
【請求項13】 前記L−アミノ酸がL−リジンを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項14】 pDPTpgi2を含有するベクター。
【請求項15】 変異したpgi遺伝子を有する細菌細胞の生成方法であって、以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域を自殺ベクターにサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを細菌ゲノムへ挿入し、それによって改変されたpgi遺伝子を有する細菌細胞を生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項16】 前記自殺ベクターが、選択可能なマーカーを有するpBGS131ベースのレプリコンおよび選択可能なマーカーを有するColE1ベースのレプリコンを包含する群から選択される、請求項15に記載の方法。
【請求項17】 請求項15に記載の方法によって生成された、改変細菌細胞。
【請求項18】 L−アミノ酸を生成する方法であって、以下:
非改変細菌細胞と比較して減量された6−ホスホグルコースイソメラーゼ酵素活性を有する改変細菌細胞を培養する工程であって、該改変細菌細胞からのL−アミノ酸収率が非改変細菌細胞からの収率よりも高い工程、を包含する、方法。
【請求項19】 前記改変細菌細胞からの前記L−アミノ酸収率が、前記非改変細菌細胞からの収率よりも約1%〜約100%高い、請求項18に記載の方法。
【請求項20】 前記改変細菌細胞が変異体pgi遺伝子を有する、請求項18に記載の方法。
【請求項21】 請求項18に記載の方法であって、前記改変細菌細胞が以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域をサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを相同組換えを介して細菌ゲノムへ挿入する工程、
によって生成される、方法。
【請求項22】 前記改変細菌細胞がCorynebacterium glutamicum細胞である、請求項18に記載の方法。
【請求項23】 前記L−アミノ酸がL−リジンを含む、請求項18に記載の方法。
【請求項24】 単離された核酸分子であって、以下:
(a)配列番号2におけるアミノ酸約1〜約540を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(b)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(c)(a)または(b)の相補体;
(d)(a)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(a)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体;
(e)(b)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(b)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体;および
(f)(c)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(c)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体
からなる群より選択される、核酸分子。
【請求項25】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、配列番号1における完全なヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項26】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、配列番号2における完全なアミノ酸配列を有するホスホグルコイソメラーゼ(Pgi)ポリペプチドをコードする配列番号1におけるヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項27】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、NRRL受託番号B−30174において含まれるDNAクローンによってコードされるPgiポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項28】 請求項24に記載の(a)、(b)、または(c)におけるヌクレオチド配列と同一なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、ハイブリダイズする該ポリヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、A残基のみ、またはT残基のみからなるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドにハイブリダイズしない、核酸分子。
【請求項29】 組換えベクターを作製する方法であって、該方法は、請求項24に記載の単離された核酸分子をベクターに挿入する工程を包含する、方法。
【請求項30】 請求項24に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項31】 組換え宿主細胞を作製する方法であって、該方法は、請求項30に記載のベクターを、宿主細胞に導入する工程を包含する、方法。
【請求項32】 請求項30に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項33】 Pgiポリペプチドを生成する方法であって、該方法は、請求項32に記載の組換え宿主細胞を、該ポリペプチドが発現されるような条件下で培養する工程、および該ポリペプチドを回収する工程を包含する、方法。
【請求項34】 単離されたポリペプチドであって、以下:
(a)配列番号2のアミノ末端欠失を含むポリペプチド;
(b)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるホスホグルコイソメラーゼアミノ酸配列のアミノ末端欠失を含むポリペプチド;
(c)配列番号2のアミノ酸配列を変更することによって作製されたポリペプチド改変体であって、ここで
(1)該変更が、挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み、該欠失が、アミノ末端アミノ酸とカルボキシ末端アミノ酸との間であり;そして
(2)変更数が配列番号2に存在するアミノ酸の総数の5%以下である、ポリペプチド改変体;
(d)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるアミノ酸配列を変更することによって作製されたポリペプチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み、該欠失が、アミノ末端アミノ酸とカルボキシ末端アミノ酸との間であり;そして
(2)変更数がNRRL受託番号B−30174に含まれるホスホグルコイソメラーゼポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸の総数の5%以下である、ポリペプチド改変体;
(e)配列番号2のカルボキシ末端欠失を含むポリペプチド;
(f)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるホスホグルコイソメラーゼアミノ酸配列のカルボキシ末端欠失を含むポリペプチドからなる群より選択され、ホスホグルコイソメラーゼ活性を有する、単離されたポリペプチド。
【請求項35】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(a)である、ポリペプチド。
【請求項36】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(b)である、ポリペプチド。
【請求項37】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(c)である、ポリペプチド。
【請求項38】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(d)である、ポリペプチド。
【請求項39】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(e)である、ポリペプチド。
【請求項40】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(f)である、ポリペプチド。
【請求項1】 L−アミノ酸を生成する方法であって、非改変細菌細胞と比較してNADPHが増量している改変細菌細胞を培養する工程を包含する方法であって、該改変細菌細胞からのL−アミノ酸収率が非改変細菌細胞からの収率よりも高い、方法。
【請求項2】 前記改変細菌細胞が、ペントースリン酸経路の酸化分岐を通した炭素フラックスの増加を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項3】 請求項2に記載の方法であって、ここで、前記改変細菌細胞がグルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、ラクトナーゼおよび6−ホスホグルコネートデヒドロゲナーゼを包含する群から選択される増量された1つ以上の酵素を有する、方法。
【請求項4】 前記改変細菌細胞が解糖系を通した炭素フラックスの減少を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項5】 前記改変細菌細胞が減量された6−ホスホグルコースイソメラーゼ酵素活性を有する、請求項4に記載の方法。
【請求項6】 前記改変細菌細胞からの前記L−アミノ酸収率が前記非改変細菌細胞からの収率よりも約1%〜約100%高い、請求項1に記載の方法。
【請求項7】 前記改変細菌細胞が変異体pgi遺伝子を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項8】 請求項1に記載の方法であって、前記改変細菌細胞が以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域をサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを相同組換えを介して細菌ゲノムへ挿入する工程、
によって生成される、方法。
【請求項9】 前記改変細菌細胞が増量されたリンゴ酸酵素を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項10】 前記改変細菌細胞が増量されたイソクエン酸デヒドロゲナーゼを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項11】 前記改変細菌細胞がCorynebacterium glutamicum細胞である、請求項1に記載の方法。
【請求項12】 前記Corynebacterium glutamicum細胞が、変異したpgi遺伝子からなる群より選択された遺伝子を有する、請求項11に記載の方法。
【請求項13】 前記L−アミノ酸がL−リジンを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項14】 pDPTpgi2を含有するベクター。
【請求項15】 変異したpgi遺伝子を有する細菌細胞の生成方法であって、以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域を自殺ベクターにサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを細菌ゲノムへ挿入し、それによって改変されたpgi遺伝子を有する細菌細胞を生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項16】 前記自殺ベクターが、選択可能なマーカーを有するpBGS131ベースのレプリコンおよび選択可能なマーカーを有するColE1ベースのレプリコンを包含する群から選択される、請求項15に記載の方法。
【請求項17】 請求項15に記載の方法によって生成された、改変細菌細胞。
【請求項18】 L−アミノ酸を生成する方法であって、以下:
非改変細菌細胞と比較して減量された6−ホスホグルコースイソメラーゼ酵素活性を有する改変細菌細胞を培養する工程であって、該改変細菌細胞からのL−アミノ酸収率が非改変細菌細胞からの収率よりも高い工程、を包含する、方法。
【請求項19】 前記改変細菌細胞からの前記L−アミノ酸収率が、前記非改変細菌細胞からの収率よりも約1%〜約100%高い、請求項18に記載の方法。
【請求項20】 前記改変細菌細胞が変異体pgi遺伝子を有する、請求項18に記載の方法。
【請求項21】 請求項18に記載の方法であって、前記改変細菌細胞が以下:
(a)pgi遺伝子の内部領域をサブクローニングする工程、および
(b)工程(a)から生じるベクターを相同組換えを介して細菌ゲノムへ挿入する工程、
によって生成される、方法。
【請求項22】 前記改変細菌細胞がCorynebacterium glutamicum細胞である、請求項18に記載の方法。
【請求項23】 前記L−アミノ酸がL−リジンを含む、請求項18に記載の方法。
【請求項24】 単離された核酸分子であって、以下:
(a)配列番号2におけるアミノ酸約1〜約540を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(b)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(c)(a)または(b)の相補体;
(d)(a)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(a)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体;
(e)(b)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(b)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体;および
(f)(c)のポリヌクレオチドを変更することによって作製されたポリヌクレオチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、ヌクレオチドの挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み;そして
(2)変更数が(c)に存在するヌクレオチドの総数の5%以下である、ポリヌクレオチド改変体
からなる群より選択される、核酸分子。
【請求項25】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、配列番号1における完全なヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項26】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、配列番号2における完全なアミノ酸配列を有するホスホグルコイソメラーゼ(Pgi)ポリペプチドをコードする配列番号1におけるヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項27】 請求項24に記載の核酸分子であって、前記ポリヌクレオチドが、NRRL受託番号B−30174において含まれるDNAクローンによってコードされるPgiポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する、核酸分子。
【請求項28】 請求項24に記載の(a)、(b)、または(c)におけるヌクレオチド配列と同一なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、ハイブリダイズする該ポリヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、A残基のみ、またはT残基のみからなるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドにハイブリダイズしない、核酸分子。
【請求項29】 組換えベクターを作製する方法であって、該方法は、請求項24に記載の単離された核酸分子をベクターに挿入する工程を包含する、方法。
【請求項30】 請求項24に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項31】 組換え宿主細胞を作製する方法であって、該方法は、請求項30に記載のベクターを、宿主細胞に導入する工程を包含する、方法。
【請求項32】 請求項30に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項33】 Pgiポリペプチドを生成する方法であって、該方法は、請求項32に記載の組換え宿主細胞を、該ポリペプチドが発現されるような条件下で培養する工程、および該ポリペプチドを回収する工程を包含する、方法。
【請求項34】 単離されたポリペプチドであって、以下:
(a)配列番号2のアミノ末端欠失を含むポリペプチド;
(b)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるホスホグルコイソメラーゼアミノ酸配列のアミノ末端欠失を含むポリペプチド;
(c)配列番号2のアミノ酸配列を変更することによって作製されたポリペプチド改変体であって、ここで
(1)該変更が、挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み、該欠失が、アミノ末端アミノ酸とカルボキシ末端アミノ酸との間であり;そして
(2)変更数が配列番号2に存在するアミノ酸の総数の5%以下である、ポリペプチド改変体;
(d)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるアミノ酸配列を変更することによって作製されたポリペプチド改変体であって、ここで、
(1)該変更が、挿入、欠失、もしくは置換、またはその任意の組み合わせを含み、該欠失が、アミノ末端アミノ酸とカルボキシ末端アミノ酸との間であり;そして
(2)変更数がNRRL受託番号B−30174に含まれるホスホグルコイソメラーゼポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸の総数の5%以下である、ポリペプチド改変体;
(e)配列番号2のカルボキシ末端欠失を含むポリペプチド;
(f)NRRL受託番号B−30174に含まれるDNAクローンによってコードされるホスホグルコイソメラーゼアミノ酸配列のカルボキシ末端欠失を含むポリペプチドからなる群より選択され、ホスホグルコイソメラーゼ活性を有する、単離されたポリペプチド。
【請求項35】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(a)である、ポリペプチド。
【請求項36】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(b)である、ポリペプチド。
【請求項37】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(c)である、ポリペプチド。
【請求項38】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(d)である、ポリペプチド。
【請求項39】 請求項34に記載の単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが(e)である、ポリペプチド。
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