ES2356934T3 - ARNm ESTABILIZADO CON UN CONTENIDO DE G/C AUMENTADO QUE CODIFICA PARA UN ANTÍGENO VIRAL. - Google Patents
ARNm ESTABILIZADO CON UN CONTENIDO DE G/C AUMENTADO QUE CODIFICA PARA UN ANTÍGENO VIRAL. Download PDFInfo
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Abstract
ARNm modificado que codifica como mínimo un péptido o un polipéptido viral antígeno, caracterizado porque el contenido de G/C del campo del ARNm modificado que codifica el péptido o polipéptido es mayor que el contenido de G/C del campo de codificación del ARNm del tipo salvaje que codifica el péptido o polipéptido, y la secuencia del aminoácido codificada permanece sin modificar frente al tipo salvaje.
Description
La presente invención se refiere a una composición farmacéutica que contiene un ARNm estabilizado por modificaciones de secuencia en el campo traducido y optimizado para la traducción. La composición farmacéutica según la invención es especialmente adecuada como vacuna contra enfermedades infecciosas virales. Además, se describe 5 un procedimiento para la determinación de modificaciones de secuencia que sirven para la estabilización y la optimización de la traducción de ARNm.
La terapia genética y la vacunación genética son procedimientos médicos moleculares cuya aplicación en la terapia y la prevención de enfermedades tendrá considerables efectos sobre la práctica médica. Ambos procedimientos se basan en la introducción de ácidos nucleicos en células o en tejidos del paciente, así como en el subsiguiente 10 procesamiento de la información codificada por los ácidos nucleicos introducidos, es decir la expresión de los polipéptidos deseados.
El método habitual de los procedimientos existentes hasta la fecha en la terapia genética y la vacunación genética es la utilización de ADN para introducir la información genética requerida en la célula. En este contexto se han desarrollado diferentes procedimientos para la introducción de ADN en células, por ejemplo transfección de fosfato 15 cálcico, transfección de polipreno, fusión de protoplastos, electroporación, microinyección y lipofección, donde especialmente la lipofección resultó ser un procedimiento adecuado.
Otro procedimiento que se ha propuesto especialmente en procedimientos de vacunación genética es la utilización de virus de ADN como vehículos para el ADN. Tales virus tienen la ventaja de que, debido a sus características infecciosas, se puede conseguir un coeficiente de transfección muy alto. Los virus utilizados se modifican 20 genéticamente de manera que, en la célula transfectada, no se forman partículas infecciosas activas. Sin embargo, a pesar de esta medida de precaución, no se puede excluir un cierto riesgo de propagación incontrolada de los genes tanto de efecto terapéutico genético como virales debido a posibles incidencias en la recombinación.
Normalmente, el ADN introducido en la célula se integra en cierta medida en el genoma de la célula transfectada. Por un lado, este fenómeno puede tener un efecto deseado, ya que se puede conseguir así una actividad 25 de larga duración del ADN introducido. Por otro lado, la integración en el genoma trae consigo un considerable riesgo en la terapia genética. Así, por ejemplo, se puede producir una inserción del ADN incorporado en un gen intacto, lo que representa una mutación que obstaculiza la función del gen endógeno o, incluso, la anula por completo. Debido a tales incidencias de integración, se pueden anular, por un lado, sistemas enzimáticos vitales para la célula y, por otro lado, también existe el peligro de una transformación de la célula así modificada en un estado de degeneración si, por la 30 integración del ADN extraño, se modifica un gen decisivo para la regulación del crecimiento celular. Por esta razón, cuando se emplean virus de ADN como agentes terapéuticos genéticos y vacunas no se puede excluir un cierto riesgo de formación de cáncer. En este contexto también se ha de tener en cuenta que para la expresión efectiva de los genes introducidos en la célula, los vehículos de ADN correspondientes, también contienen un fuerte promotor, por ejemplo el promotor de CMV viral. La integración de tales promotores en el genoma de la célula tratada puede conducir a 35 modificaciones no deseadas de la regulación de la expresión genética en la célula.
Otra desventaja de la utilización del ADN como agente terapéutico genético y vacuna es la inducción de anticuerpos anti ADN patógenos en el paciente, provocando una reacción inmunológica posiblemente letal.
Al contrario que con el ADN, la utilización de ARN como agente terapéutico genético o vacuna se puede considerar considerablemente más segura. Especialmente, el ARN no presenta el peligro de integrarse de forma estable 40 en el genoma de la célula transfectada. Además, no son necesarias secuencias virales como promotores para una transcripción efectiva. Adicionalmente, el ARN se desintegra in vivo de forma considerablemente más sencilla. Quizás debido al período de semidesintegración relativamente corto del ARN frente al ADN en el sistema sanguíneo, no se han detectado hasta la fecha anticuerpos de anti ARN. Por esta razón, el ARN puede considerarse la mejor opción de molécula para procedimientos de terapia médica molecular. 45
No obstante, los procedimientos médicos que se basan en sistemas de expresión de ARN todavía requieren, antes de una aplicación más amplia, la solución de algunos problemas básicos. Uno de los problemas de utilizar ARN es la transferencia segura, eficiente específicamente en cuanto a la célula o el tejido, del ácido nucleico. Debido a que el ARN normalmente es muy inestable en forma de solución, por los procedimientos tradicionales que se utilizan para el ADN, hasta la fecha el ARN no ha podido utilizarse o se ha utilizado con escasa eficacia como agente terapéutico o 50 vacuna.
En cuanto a la inestabilidad son responsables enzimas de desintegración de ARN, las denominadas RNasas (ribonuleasas). Incluso las impurezas más pequeñas de ribonucleasas bastan para desintegrar por completo el ARN en solución. La desintegración natural del ARNm en el citoplasma celular está sujeta a una regulación muy fina. En este contexto, se conocen diversos mecanismos. Así, para un ARNm funcional tiene una importancia decisiva la estructura 55 terminal. En el extremo 5' se encuentra la llamada estructura "cap" (caperuza) (un nucleótido de guanosina modificado) y en el extremo 3' una secuencia de hasta 100 nucleótidos de adenosina (la llamada cola poli A). A través de estas estructuras se reconoce el ARN como ARNm y se regula la desintegración. Además, existen otros procesos que
estabilizan o desestabilizan el ARN. Muchos de estos procesos todavía no son conocidos, sin embargo, con frecuencia parece decisiva para ello una interacción entre el ARN y las proteínas. Por ejemplo, se describió recientemente un "mRNA-Surveillance-System" (sistema de control de ARNm) (Hellerin y Parker, Amun. Rev. Genet. 1999, 33: 229 a 260) en el que se conocen, debido a determinadas interacciones de proteínas de "feedback" (retroalimentación) en el citosol, ARNm incompletos o "nonsense" (sin sentido) a los que se proporciona acceso para la desintegración, donde una parte 5 principal de este proceso la llevan a cabo exonucleasas.
En la técnica actual se han propuesto algunas medidas para aumentar la estabilidad del ARN y, por ello, hacer posible su utilización como sustancia terapéutica genética o vacuna de ARN.
En la EP-A-1083232 se propone para la solución del problema arriba enunciado de la inestabilidad del ARN ex vivo un procedimiento para la introducción de ARN, especialmente ARNm, en células y organismos en los que el ARN 10 existe en forma de un complejo con una proteína o un péptido catiónico.
La WO 99/14346 describe otros procedimientos para la estabilización de ARNm. Especialmente se proponen modificaciones de ARNm que estabilizan las especies de ARNm frente a la desintegración por las RNasas. Tales modificaciones afectan, por un lado, a la estabilización por modificaciones de secuencia, especialmente reducción del contenido de C y/o U mediante la eliminación o sustitución de bases. Por otro lado, se proponen modificaciones 15 químicas, especialmente la utilización de análogos de nucleótidos, así como grupos de bloqueo de 5' y 3', una mayor longitud de la cola de poli-A, así como la formación de complejos de ARNm con medios de estabilización y combinaciones de las medidas indicadas.
En las patentes de Estados Unidos US 5.580.859 y US 6.214.804 se describen, entre otros dentro del marco de la "terapia genética transitoria" (TGT), vacunas y sustancias terapéuticas de ARNm. Se describen diferentes medidas 20 para aumentar la eficacia de la traducción y la estabilidad del ARNm, medidas que se refieren, sobre todo, a regiones de secuencias no traducidas.
Bieler y Wagner (en: Schleef (Eds.), Plasmids for Therapy and Vaccination, capítulo 9, páginas 147 a 168, Wiley-VCH, Weinheim, 2001) informan sobre la utilización de genes sintéticos en conexión con métodos terapéuticos genéticos utilizando vacunas de ADN y vectores lentivirales. Se describe la construcción de un gen gag sintético 25 derivado de VIH-1 en el que los codones se modificaron frente a la secuencia de tipo salvaje (utilización alternativa de codones, "codon usage") de manera que correspondían a la utilización de codones que se puede encontrar en genes altamente expresados de mamíferos. Así se reduce especialmente el contenido de A/T frente a la secuencia de tipo salvaje. En particular, los autores observaron un mayor coeficiente de expresión del gen gag sintético en las células transfectadas. Además, se observó en ratones una mayor formación de anticuerpos contra la proteína gag en el caso de 30 ratones inmunizados con el constructo de ADN sintético y también una mayor liberación de citoquinas in vitro con células transfectadas del bazo de ratones. Finalmente, pudo observarse la inducción de una reacción inmunológica citotóxica en ratones inmunizados con el plásmido de expresión gag. Los autores de este artículo atribuyen las mejores características de esta vacuna de ADN esencialmente a una modificación del transporte núcleo-citoplasmático del ARNm expresado de la vacuna de ADN, modificación provocada por la utilización optimizada de codones. Por el 35 contrario, los autores consideran que el efecto de la utilización modificada de codones en la eficacia de traducción es pequeño.
El objetivo de la presente invención consiste, por tanto, en proporcionar un nuevo sistema para la vacunación genética que suprima las desventajas relacionadas con las características de las vacunas de ADN y aumente la efectividad de las sustancias terapéuticas basadas en especies de ARN. 40
Este objetivo se alcanza en las formas de realización caracterizadas en las reivindicaciones de la presente invención.
En particular, se propone un ARNm modificado así como una composición farmacéutica que contiene al menos un ARNm modificado de este tipo junto con un excipiente y/o vehículo farmacéuticamente compatible, donde el ARNm modificado codifica como mínimo un péptido o polipéptido viral antígeno, donde la secuencia del ARNm, especialmente 45 en el campo que codifica como mínimo un péptido o polipéptido, muestra, frente al ARNm del tipo salvaje, las siguientes modificaciones, que pueden existir bien alternativamente o bien en combinación.
Por un lado, el contenido de G/C del campo que codifica el péptido o el polipéptido del ARNm modificado es mayor que el contenido de G/C del campo de codificación del ARNm del tipo salvaje que codifica tal péptido o polipéptido, pewrmaneciendo la secuencia del aminoácido codificada sin modificación frente al tipo salvaje. 50
Esta modificación se basa en el hecho de que, para una traducción eficiente de un ARNm, el desarrollo de la secuencia del campo del ARNm a traducir es esencial. Aquí juegan un papel importante la composición y la secuencia de los diferentes nucleótidos. Especialmente, las secuencias con un mayor contenido de G(guanosina)/C(citosina) son más estables que las secuencias con un mayor contenido de A(adenosina)/U(uracilo). Por tanto, se varían los codones frente al ARNm del tipo salvaje según la invención manteniendo la secuencia traducida del aminoácido, de forma que 55 contienen una mayor cantidad de nucleótidos G/C. Debido a que varios codones codifican uno y el mismo aminoácido (degeneración del código genético), es posible determinar los codones más favorables para la estabilidad (utilización alternativa de codones, "codon usage").
Dependiendo del aminoácido a codificar por el ARNm modificado son factibles diferentes posibilidades para la modificación de la secuencia de ARNm frente a la secuencia de tipo salvaje. En el caso de aminoácidos, codificados por codones que contienen exclusivamente nucleótidos G ó C, no es necesaria ninguna modificación del codón. Así, los codones para Pro (CCC ó CCG), Arg (CGC ó CGG), Ala (GCC ó GCG) y Gly (GGC ó GGG) no requieren ninguna modificación, ya que no existen ni A ni U. 5
En los siguientes casos se modifican los codones que contienen nucleótidos de A y/o U mediante la sustitución por otros codones que codifican los mismos aminoácidos pero no contienen ningún A y/o U. Ejemplos son:
- los codones para Pro pueden modificarse de CCU ó CCA a CCC ó CCG;
- los codones para Arg pueden modificarse de CGU ó CGA ó AGA ó AGG a CGC ó CGG;
- los codones para Ala pueden modificarse de GCU ó GCA a GCC ó GCG; 10
- los codones para Gly pueden modificarse de GGU ó GGA a GGC ó GGG.
Aunque, en otros casos, los nucleótidos A o U no pueden eliminarse de los codones, sin embargo es posible reducir el contenido de A y U mediante la utilización de codones que contienen menos nucleótidos A y/o U. Por ejemplo:
- Los codones para Phe pueden modificarse de UUU a UUC;
- los codones para Leu pueden modificarse de UUA, CUU ó CUA a CUC ó CUG; 15
- los codones para Ser pueden modificarse de UCU ó UCA ó AGU a UCC, UCG ó AGC;
- el codón para Tyr puede modificarse de UAU a UAC;
- el codón de parada UAA puede modificarse en UAG ó UGA;
- el codón para Cys puede modificarse de UGU a UGC;
- el codón His puede modificarse de CAU a CAC; 20
- el codón para Gln puede modificarse de CAA a CAG;
- los codones para Ile pueden modificarse de AUU ó AUA a AUC;
- los codones para Thr pueden modificarse de ACU ó ACA a ACC ó ACG;
- el codón para Asn puede modificarse de AAU a AAC;
- el codón para Lys puede modificarse de AAA a AAG; 25
- los codones para Val pueden modificarse de GUU ó GUA a GUC ó GUG;
- el codón para Asp puede modificarse de GAU a GAC;
- el codón para Glu puede modificarse de GAA a GAG.
En el caso de los codones para Met (AUG) y Trp (UGG), por el contrario, no existe ninguna posibilidad de modificación de la secuencia. 30
Las sustituciones arriba indicadas pueden utilizarse naturalmente por separado, pero también en todas las combinaciones posibles para aumentar el contenido de G/C del ARNm modificado frente a la secuencia original. Así, por ejemplo, se pueden modificar todos los codones para Thr que se presentan en la secuencia (del tipo salvaje) original a ACC (o ACG). De preferencia, sin embargo, se utilizan combinaciones de las posibilidades anteriores de sustitución, por ejemplo: 35
Sustitución de todos los codones que codifican Thr en la secuencia original por ACC (ó ACG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Ser por UCC (ó UCG ó AGC);
sustitución de todos los codones que codifican Ile en la secuencia original por AUC y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Lys por AAG y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Tyr por UAC; 40
sustitución de todos los codones que codifican Val en la secuencia original por GUC (ó GUG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Glu por GAG y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Ala por GCC (ó GCG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Arg por CGC (ó CGG);
sustitución de todos los codones que codifican Val en la secuencia original por GUC (ó GUG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Glu por GAG y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Ala por GCC (ó GCG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Gly por GGC (ó GGG) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Asn por AAC;
sustitución de todos los codones que codifican Val en la secuencia original por GUC (ó GUG) y sustitución de 5 todos los codones que codifican originalmente Phe por UUC y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Cys por UCG y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Leu por CUG (ó CUC) y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Gln por CAG y sustitución de todos los codones que codifican originalmente Pro por CCC (ó CCG);
etc. 10
Preferentemente el contenido de G/C del campo del ARNm modificado que codifica el péptido o el polipéptido se incrementa en como mínimo un 7 %, con especial preferencia en como mínimo un 15%, en particular en como mínimo un 20% el contenido de G/C del campo codificado del ARNm del tipo salvaje que codifica el polipéptido.
En este contexto es especialmente preferente aumentar al máximo el contenido de G/C del ARNm modificado, especialmente en el campo que codifica al menos un péptido o un polipéptido, en comparación con la secuencia del tipo 15 salvaje.
La otra modificación según invención del ARNm contenido en la composición farmacéutica caracterizada en la presente invención se basa en el conocimiento de que la eficacia de traducción también queda determinada por una frecuencia diferente en la presencia de los ARNt en las células. Por tanto, cuando en una secuencia de ARN existen en mayor cantidad los llamados codones "raros", el ARNm correspondiente se traduce claramente peor que en caso de los 20 ARNt relativamente "frecuente" para los que existen codones de codificación.
Así, según la invención, en el ARNm modificado (incluido en la composición farmacéutica), el campo que codifica el péptido o el polipéptido, se modifica frente al correspondiente campo del ARNm de tipo salvaje de tal forma que al menos un codón de la secuencia del tipo salvaje que codifica un ARNt relativamente raro en la célula se cambia por un codón que codifica un ARNt relativamente frecuente en la célula que lleva el mismo aminoácido que el ARNt 25 relativamente raro.
Gracias a esta modificación se modifican las secuencias de ARN de manera que se intercalan codones para los cuales están disponibles ARNt's frecuentes.
Es conocido cuáles son los ARNt que se presentan con relativa frecuencia en la célula y cuáles son aquellos que, frente a éstos, son relativamente raros por el técnico en la materia; véase por ejemplo Akashi, Curr. Opin. Genet. 30 Dev. 2001, 11(6): 660-666.
Mediante esta modificación se pueden cambiar según la invención todos los codones de la secuencia de tipo salvaje que codifican un ARNt relativamente raro en la célula, por, en cada caso, un codón que codifica un ARNt relativamente frecuente en la célula que lleva, en cada caso, el mismo aminoácido que el ARNt relativamente raro.
Según la invención tiene especial preferencia vincular el contenido de G/C secuencial, especialmente al 35 máximo, incrementado según la invención en el ARNm modificado con los codones "frecuentes" sin modificar la secuencia del aminoácido del péptido o el polipéptido (uno o varios) codificado por el campo de codificación del ARNm. Esta forma de realización preferente proporciona un ARNm traducido y estabilizado de manera especialmente eficiente, por ejemplo para la composición farmacéutica según la invención.
En las secuencia de ARNm eucariótico existen elementos de secuencia desestabilizadores (DSE) en los que se 40 enlazan proteínas de señal que regulan la desintegración enzimática del ARNm in vivo. Por esta razón, para una mayor estabilización del ARNm modificado incluido en la composición farmacéutica según ala invención, se realizan, en caso dado, para el campo de codificación de al menos un péptido o un polipéptido, una o varias modificaciones frente al correspondiente campo del ARNm del tipo salvaje de manera que se incluya ningún elemento de secuencia desestabilizadora. Naturalmente, según la invención también es preferente eliminar del ARNm los DSE eventualmente 45 presentes en los campos no traducidos (UTR de 3' y/ó 5').
Tales secuencias desestabilizadoras son, por ejemplo, secuencias ricas en AU ("AURES") presentes en segmentos UTR 3' de múltiples ARNm inestables (Caput y col., Proc. Natl. Acad. Sci. EE.UU. 1986, 83: 1670 a 1674). Las moléculas de ARN incluidas en la composición farmacéutica según la invención, se modifican, por tanto y preferentemente, de tal forma frente al ARNm del tipo salvaje que no contienen ninguna de tales secuencias 50 desestabilizadoras. Esto es aplicable también para tales motivos de secuencia que son reconocidos por posibles endonucleasas, por ejemplo la secuencia GAACAAG incluida en el segmento 3' UTR del gen que codifica el receptor de transferina (Binder y col., EMBO J. 1994, 13: 1969 a 1980). Preferentemente también estos motivos de secuencia se eliminan en el ARNm modificado de la composición farmacéutica según la invención.
El técnico en la materia conoce diferentes procedimientos adecuados para la sustitución de codones en el ARNm modificado según la invención. En el caso de campos de codificación más cortos (que codifican péptidos de efecto biológico o antigénos) se puede sintetizar, por ejemplo, todo el ARNm de forma química utilizando técnicas estándar.
Preferentemente, sin embargo se introducen sustituciones de bases utilizando una matriz de ADN para la 5 producción del ARNm modificado con ayuda de técnicas de mutagénesis precisa usuales; Maniatis y col., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 3ª edición, Cold Spring Harbor, NY, 2001.
Por tanto, en este procedimiento se transcribe in vitro una correspondiente molécula de ADN para la producción del ARNm. Esta matriz de ADN tiene un promotor adecuado, por ejemplo un promotor de T7 ó SP6, para la transcripción in vitro, al que siguen la secuencia de nucleótidos deseada para el ARNm a producir y una señal de parada 10 para la transcripción in vitro. Según la invención, se produce la molécula del ADN que constituye la matriz del constructo del ARN a producir mediante crecimiento fermentativo y sdubsiguiente aislamiento como parte de un plásmido replicable en bacterias. Como plásmidos adecuados para la presente invención se pueden nombrar, por ejemplo, los plásmidos pT7Ts (número de acceso al banco de genes U26404; Lai y col., Development 1995, 121: 2349 a 2360), serie pGEM, por ejemplo pGEM-1 (número de acceso al banco de genes X65300; de Promega) y pSP64 (número de acceso al 15 banco de genes X65327); véase también Mezei y Storts, Purification of PCR Products, en: Griffin und Griffin (Eds.), PCR Technology: Current Innovation, CRC Press, Boca Raton, FL, 2001.
Así, es posible clonar utilizando oligonucleótidos de ADN sintéticos cortos, que tienen en las intersecciones que se producen transiciones cortas de un solo ramal, o genes producidos por síntesis química según métodos moleculares-biológicos, conocidos por el técnico en la materia, la secuencia deseada de nucleótidos en un plásmido adecuado 20 (véase Maniatis y col., s.o.). Después se recorta la molécula de ADN del plásmido, en el que puede estar presente en copia simple o múltiple, mediante digestión con endonucleasas de restricción.
El ARNm modificado incluido en la composición farmacéutica según la invención puede tener, además, una estructura "Cap" en 5' (un nucleótido modificado de guanosina). Como ejemplo de estructuras "Cap" pueden nombrarse m7G(5')ppp(5'(A,G(5')ppp(5’)A y G(5')ppp(5')G. 25
Según otra forma de realización preferente de la presente invención, el ARNm modificado contiene una cola poliA de como mínimo 50 nucleótidos, preferentemente de como mínimo 70 nucleótidos, con especial preferencia de como mínimo 100 nucleótidos, en particular de como mínimo 200 nucleótidos.
Para una traducción eficiente del ARNm es necesario, además, un enlace efectivo de los ribosomas en la posición de enlace ribosómica (secuencia Kozak: GCCGCCACCAUGG, con AUG formado por el codón de inicio). En 30 este sentido se ha detectado que un mayor contenido en A/U alrededor de esta posición hace posible un enlace más eficiente de los ribosomas con el ARNm.
Además, es posible incluir en el ARNm modificado uno o más de los llamados "IRES" (ingl. "internal ribosomal entry side" - sitio de entrada ribosomal interno). Un IRES puede actuar así como única posición de enlace para ribosomas, sin embargo, también puede servir para proporcionar un ARNm que codifica varios péptidos o polipéptidos a 35 traducir por separado por los ribosomas ("ARN multicistrónico"). Ejemplos de secuencias IRES que se pueden utilizar según la invención son aquellos de picornavirus (por ejemplo FMDV), virus de la peste (CFFV), virus de la poliomelitis (PV), virus de la encefalo-miocarditis (ECMV), virus de la fiebre aftosa (FMDV), virus de la hepatitis C (HCV), virus clásicos de la fiebre porcina (CSFV), virus de leucoma murino (MLV), virus de la inmunodeficiencia del simio (SIV) o virus de la parálisis de cricket (CrPV). 40
Según otra forma de realización preferente de la presente invención, el ARNm modificado tiene, en las zonas no traducidas 5' y/o 3', secuencias de estabilización que son capaces de aumentar el período de semidesintegración del ARNm en el citosol.
Estas secuencias de estabilización pueden tener una homología de secuencia del 100% con las secuencias de procedencia natural que se presentan en virus, bacterias y eucariotas; sin embargo, también pueden ser parcial o 45 completamente de naturaleza sintética. Como ejemplo, para secuencias de estabilización que se pueden utilizar en la presente invención se pueden nombrar las secuencias no traducidas (UTR) del gen de globina , por ejemplo de homo sapiens ó xenopus laevis. Otro ejemplo de secuencia de estabilización tiene la fórmula general (C/U)CCANXCCC(U/A)PyxUC(C/U)CC contenida en el UTR 3' del ARNm altamente estable que codifica -globina, -(1)-colágeno, 15-lipoxigenasa o tirosina-hidroxilasa (véase Holcik y col., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94: 2410 a 2414). 50 Naturalmente, tales secuencias de estabilización pueden utilizarse por separado o en combinación entre sí o también en combinación con otras secuencias de estabilización conocidas por el técnico en la materia.
Para una mayor estabilización del ARNm modificado se prefiere, además, que éste tenga como mínimo un nucleótido análogo de procedencia natural. Esto se debe a que las enzimas que desintegran el ARN y existen en las células reconocen como sustrato preferente los nucleótidos de procedencia natural. Mediante la introducción de 55 análogos de nucleótidos, por tanto, es posible dificultar la desintegración del ARN, donde la acción sobre la eficacia de
traducción al introducir estos análogos, especialmente en la zona de codificación del ARNm, puede tener un efecto positivo o negativo sobre la eficacia de traducción.
Se pueden citar, de modo no limitativo, como ejemplos de análogos de nucleótidos a utilizar según la invención, fosfo-amidatos, fosfo-tioatos, nucleótidos de péptidos, metil-fosfonatos, 7-desazaguanosina, 5-metilcitosina e inosina. La producción de tales análogos es conocida por el técnico en la materia, por ejemplo de las patentes US 5 4.373.071, 4.401.796, 4.415.732, 4.458.066, 4.500.707, 4.668.777, 4.973.679, 5.047.524, 5.132.418, 5.153.319, 5.262.530 y 5.700.642. Según la invención, tales análogos pueden estar presentes en zonas no traducidas y traducidas del ARNm modificado.
Además, es posible mejorar la transferencia efectiva del ARNm modificado a las células a tratar o al organismo a tratar mediante la asociación del ARNm modificado con una proteína o un péptido catiónico o una unión con los 10 mismos. Aquí es especialmente efectiva la utilización de protamina como proteína policatiónica de enlace del ácido nucleico. Además, también es posible la utilización de otros péptidos o proteínas catiónicos, como poli-L-lisina o histonas. Este método para la estabilización del ARNm modificado se encuentra descrito en la EP-A-1083232.
Otro campo de aplicación de la presente invención es la vacunación, es decir la utilización del ARNm modificado para la vacunación o la utilización de la composición farmacéutica como vacuna o la utilización del ARNm 15 modificado para la producción de la composición farmacéutica para la vacunación. La vacunación se basa en la introducción en el organismo, especialmente en la célula, de un antígeno viral, en el presente caso de la información genética para el antígeno en forma del ARNm modificado que codifica el antígeno. El ARNm modificado incluido en la composición farmacéutica se traduce en el antígeno, es decir se expresa el polipéptido o el péptido antígeno codificado por el ARNm modificado, debido a lo cual se estimula una reacción inmunológica dirigida contra este polipéptido o 20 péptido antígeno. Con la vacunación contra un germen patológico, por ejemplo un virus, se utiliza por tanto un antígeno de superficie de un germen de este tipo para la vacunación con ayuda de la composición farmacéutica según la invención, que contiene el ARNm modificado que codifica el antígeno de superficie.
La composición farmacéutica según la invención se utiliza, además, contra enfermedades infecciosas virales, como SIDA (VIH), hepatitis A, B ó C, herpes, herpes Zoster (varicelas), rubéola (virus de rubéola), fiebre amarilla, 25 dengue etc. (flavi-virus), gripe (virus de influenza), enfermedades infecciosas hemorrágicas (virus Marburg o Ebola). Preferentemente se codifican por el ARNm modificado, también en el caso de enfermedades infecciosas, los correspondientes antígenos de superficie con el mayor potencial antígeno. En los genes mencionados de gérmenes virales patógenos, esto es típicamente una forma segregada de un antígeno de superficie. Además, preferentemente se utilizan según la invención ARNm que codifican polipéptidos, donde se trata en los polipéptidos de poliepitopes, por 30 ejemplo de los antígenos arriba mencionados, especialmente antígenos de superficie de gérmenes virales patógenos, de preferencia formas de proteína segregadas.
Además, el ARNm modificado según la invención también puede contener, aparte del péptido o el polipéptido antígeno o de efecto genético terapéutico al menos otro segmento funcional que codifica, por ejemplo, una citoquina que promociona la reacción inmunológica (monoquina, linfoquina, interleuquina ó quimioquina, como IL-1, IL-2, IL-3, IL-4, IL-35 5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-12, INF-, INF-, GM-CFS, LT- o factores de crecimiento como hGH.
Además, para aumentar la inmunogenicidad, la composición farmacéutica según la invención puede contener uno o más adyuvantes. Bajo "adyuvante" se ha de entender aquí cualquier compuesto químico o biológico que favorece una reacción inmunológica específica. Dependiendo de los diferentes tipos de adyuvantes pueden tenerse en cuenta aquí diferentes mecanismos. Por ejemplo, los compuestos que promocionan una endocitosis por células dendríticas 40 (DC) en el ARNm modificado incluido en la composición farmacéutica forman una primera clase de adyuvantes a utilizar. Otros compuestos que permiten la maduración de las DC, por ejemplo lipopolisacáridos, TNF- ó CD40-Ligando, son otra clase de adyuvantes adecuados. En general, se puede utilizar como adyuvante cualquier agente que actúe sobre el sistema inmunológico del tipo de "señal de peligro" (LPS, GP96, oligonucleótidos con el motivo CpG) o citoquinas, como GM-CFS, que permiten reforzar la reacción inmunológica contra un antígeno codificado por el ARNm modificado y/o 45 ejercer una influencia precisa sobre esta reacción. Son especialmente preferentes las citoquinas arriba mencionadas. Otros adyuvantes conocidos son hidróxido de aluminio, adyuvante de Freund, así como los péptidos o polipéptidos catiónicos de estabilización arriba mencionados, como protamina. Además, son especialmente adecuados lipopéptidos como Pam3Cys, para ser utilizados como adyuvantes en la composición farmacéutica de la presente invención, véase Deres y col., Nature 1989, 342: 561-564. 50
La composición farmacéutica según la invención contiene, además del ARNm modificado, un excipiente farmacéuticamente compatible y/o un vehículo farmacéuticamente compatible. Los correspondientes métodos para la formulación adecuada y para la producción de la composición farmacéutica según la invención se describen en "Remington's Pharmaceutical Sciences" (Mack Pub. Co, Easton, PA, 1980), cuyo contenido completo forma parte integrante de la descripción de la presente invención. Para la administración parenteral se pueden utilizar como 55 excipientes, por ejemplo, agua esterilizada, soluciones de sal común esterilizadas, polialquilenglicoles, naftaleno hidrogenado y especialmente polímeros lactida biocompatibles, copolímeros de lactida/glicolida o copolímeros polioxietileno/polioxipropileno. Las composiciones según la invención pueden contener sustancias de carga o sustancias como lactosa, manitol, sustancias para la unión covalente de polímeros, por ejemplo de polietilenglicol, en inhibidores según la invención, para la formación de complejos con iones metálicos o para la inclusión de materiales en o sobre 60
preparados especiales de compuestos polímeros, por ejemplo polilactato, ácido poliglicólico, hidrogel o en liposomas, microemulsión, micelas, vesículos unilaminares o multilaminares, fragmentos de eritrocitos o esferoplastos. Las correspondientes formas de realización de las composiciones se seleccionan en función del comportamiento físico, por ejemplo con vistas a la solubilidad, la estabilidad, la biodisponibilidad o la posibilidad de desintegración. Una liberación controlada o constante del componente del principio activo según la invención en la composición incluye formulaciones 5 basadas en depósitos lipofílicos (por ejemplo ácidos grasos, ceras o aceites). Dentro del marco de la presente invención también se describen recubrimientos de sustancias o composiciones según la invención que contienen tales sustancias, es decir recubrimientos con polímeros (por ejemplo poloxámeros o poloxaminas). Además, las sustancias o las composiciones según la invención pueden tener recubrimientos de protección, por ejemplo inhibidores de proteasa o reforzadores de la permeabilidad. Los excipientes preferentes son, típicamente, sustancias acuosas excipientes, 10 utilizándose agua para la inyección (WFI) o agua tamponada con fosfato, citrato o acetato etc., y ajustándose el pH normalmente a 5,0-8,0, preferentemente 6,0-7,0. El excipiente o el vehículo contiene, además y preferentemente, ingredientes salinos, por ejemplo cloruro sódico, cloruro potásico u otros componentes que, por ejemplo, convierten la solución en isotónica. Además, el excipiente o el vehículo puede contener, aparte de los ingredientes arriba indicados, componentes como seroalbúmina humana (HSA), polisorbato 80, azúcares o aminoácidos. 15
La forma de administración y la dosificación de la composición farmacéutica según la invención dependen de la enfermedad a tratar y de su estado de gravedad, así como también del peso corporal, de la edad y del sexo del paciente.
La concentración de ARNm modificado en tales formulaciones puede variar, por tanto, en un amplio rango, de 1 g hasta 100 mg/ml. La composición farmacéutica según la invención se administra al paciente preferentemente de 20 forma parenteral, por ejemplo intravenosa, intra-arterial, subcutánea, intramuscular. También es posible administrar la composición farmacéutica de forma tópica u oral.
Así, también se proporciona según la invención un procedimiento para el tratamiento de las enfermedades arriba indicadas o un procedimiento de vacunación para prevenir las enfermedades arriba mencionadas, procedimiento que comprende la administración de la composición farmacéutica según la invención a un paciente, en especial a un ser 25 humano.
Además, también se proporciona un procedimiento útil para averiguar la secuencia modificada del ARNm contenido en la composición farmacéutica según la invención. en este caso, según la invención se lleva a cabo la adaptación de las secuencias de ARN con dos metas diferentes de optimización. Por un lado, una con un contenido de G/C lo más alto posible, por otro lado, teniendo en cuenta la frecuencia mejor posible de los ARNt's según Codon 30 Usage. En el primer paso del procedimiento se lleva a cabo una traducción virtual de una secuencia cualquiera de ARN (o ADN) con el fin de generar la correspondiente secuencia de aminoácidos. Partiendo de la secuencia de aminoácidos se realiza una traducción virtual inversa, que proporciona las posibilidades para los correspondientes codones debido al código genético degenerado. Según la optimización o la modificación requerida, se utilizan para la selección del codón apropiado listas correspondientes de selección y algoritmos de optimización. Típicamente la realización de los 35 algoritmos se lleva a cabo con ayuda de un software apropiado en una computadora. Así, se obtiene la secuencia optimizada de ARNm y puede editarse, por ejemplo, con ayuda de un correspondiente dispositivo de visualización, y compararse con la secuencia original (del tipo salvaje). Lo mismo es aplicable también para la frecuencia de los distintos nucleótidos. Las modificaciones frente a la secuencia original de los nucleótidos se destacan aquí de forma preferente. Además, según una forma de realización preferente, se dan entrada por lectura a secuencias estables conocidas en la 40 naturaleza que pueden proporcionar la base para un ARN estabilizado según motivos naturales de secuencias. También se puede prever un análisis de estructura secundario que puede analizar, con ayuda de cálculos de estructura, características de estabilización y de desestabilización o bien campos del ARN.
Las figuras muestran:
Figura 1: secuencias del tipo salvaje y modificadas para la proteína de matriz de la gripe. La figura 1a muestra 45 el gen de tipo salvaje y la figura 1B muestra la secuencia de aminoácidos derivada del mismo (código de una letra). La figura 1C muestra una secuencia del gen que codifica la proteína de matriz de la gripe, secuencia cuyo contenido de G/C está incrementado frente a la secuencia del tipo salvaje. La figura 1D muestra la secuencia de un gen que codifica una forma segregada de la proteína de matriz de la gripe (incluida una secuencia de señal terminal de N) donde el contenido de G/C de la secuencia 50 frente a la secuencia del tipo salvaje está incrementado. La figura 1E muestra un ARNm que codifica la proteína de matriz de la gripe, ARNm que contiene secuencias de estabilización si se compara con el ARNm del tipo salvaje. La figura 1F muestra un ARNm que codifica la proteína de matriz de la gripe, ARNm que tiene, además de las secuencias de estabilización, un mayor contenido de G/C. La figura 1G muestra también un ARNm modificado que codifica la forma segregada de la proteína de matriz de 55 la gripe y tiene, si se compara con el tipo salvaje, secuencias de estabilización y un mayor contenido de G/C. En la figura 1A y las figuras 1C a 1G se destacan en negrilla los codones de inicio y parada. Los nucleótidos modificados frente a la secuencia del tipo salvaje de la figura 1A están representados en las figuras 1C a 1G con mayúsculas.
Figura 2: secuencias del tipo salvaje y secuencias modificadas según la invención que codifican el antígeno del tumor MAGE1. La figura 2A muestra la secuencia del gen del tipo salvaje y la figura 2B la secuencia de aminoácidos derivada del mismo (código de tres letras). La figura 2C muestra un ARNm modificado que codifica el MAGE1, cuyo contenido de G/C está incrementado frente al tipo salvaje. La figura 2D muestra la secuencia de un ARNm modificado que codifica el MAGE1, ARNm en el que se optimizó la 5 utilización del codón en cuanto a la codificación de ARNt que se presentan con la mayor frecuencia posible en la célula. Los codones de inicio y parada están marcados en negrilla.
Los siguientes ejemplos explican más en detalle la presente invención sin limitarla.
Ejemplo 1
Como forma de realización a modo de ejemplo del procedimiento para averiguar la secuencia de un ARNm 10 modificado según la invención se preparó un programa de ordenador que modificaba la secuencia de nucleótidos de un ARNm cualquiera con ayuda del código genético o de su naturaleza degenerativa, de manera que resultara en un contenido máximo de G/C en relación con la utilización de codones que codifican ARNt's que se presentan con la mayor frecuencia posible en la célula, siendo la secuencia de aminoácidos codificada por el ARNm modificado idéntica frente a la secuencia sin modificar. Alternativamente, también se puede modificar solamente el contenido de G/C o solamente la 15 utilización de codones frente a la secuencia original.
El código fuente en Visual Basic 6.0 (entorno de desarrollo utilizado: Microsofot Visual Studio Enterprise, 6.0 con Servicepack 3) está indicado en el anexo.
Ejemplo 2
Con ayuda del programa de ordenador del Ejemplo 1 se preparó, a partir de E.coli, un constructo de ARN con 20 una secuencia del gen lac-Z optimizada en cuanto a la estabilización y la eficacia de traducción. Así se pudo conseguir un contenido de G/C del 69% (en comparación con la secuencia del tipo salvaje del 51%; véase Kalnins y col., EMBOJ. 1983, 2(4): 593-597). Mediante la síntesis de los oligonucleótidos solapados que tienen la secuencia modificada, se obtuvo la secuencia optimizada según procedimientos conocidos en la técnica. Los oligonucleótidos terminales tenían las siguientes interfaces de restricción: en el extremo 5' una inferfaz EcoRV- así como en el extremo 3' una interfaz 25 Bg/II. Mediante la digestión con EcoRV/Bg/II se transformó la secuencia modificada lacZ en el plásmido pT7Ts (número de acceso del banco de genes U 26404; véase Lai y col., s.o.). pT7Ts contiene como regiones no traducidas secuencias del gen de globina de Xenopus levis en cada caso en 5' y 3'. El plásmido se cortó antes de introducir la secuencia modificada de lacZ con las enzimas de restricción mencionadas.
El constructo de pT7Ts-lac-Z se multiplicó en bacterias y se purifico por extracción de fenol-cloroformo. Se 30 transcribieron in vitro 2 g del constructo por procedimientos conocidos por el técnico en la materia, con lo que se obtuvo el ARNm modificado.
Ejemplo 3
Con ayuda del programa de ordenador según la invención del Ejemplo 1, se optimizó el gen para la proteína de matriz de la gripe (secuencia de tipo salvaje, véase figura 1A, secuencia de aminoácidos derivada figura 1B). Con ello 35 se obtuvo la variante de secuencia rica en G/C representada en la figura 1C. También se averiguó una secuencia rica en G/C que codificaba la forma segregada de la proteína de matriz de la gripe y codificaba una secuencia de señal terminal de N (véase la figura 1D). La forma segregada de la proteína de matriz de la gripe tiene la ventaja de su mayor inmunogenicidad en comparación con la forma no segregada.
Partiendo de las secuencias optimizadas se diseñaron las moléculas de ARNm correspondientes. El ARNm 40 optimizado en cuanto al contenido de G/C y la utilización de codones para la proteína de matriz de la gripe se equipó adicionalmente con secuencias de estabilización en el sitio 5' y 3' (las secuencias de estabilización provienen de los UTRs 5' o 3' del ARNm de -globina de Xenupus laevis; véase vector pT7Ts en Lai y col., s.o.) (véanse las figuras 1E y 1F). Igualmente también se optimizó la secuencia en la zona traducida del ARNm que codificaba la forma segregada de la proteína de matriz de la gripe y se equipó con las secuencias de estabilización mencionadas (véase la figura 1G). 45
Ejemplo Comparativo 4
Con ayuda del programa de ordenador del Ejemplo 1 se modificó el ARNm que codificaba el antígeno tumoral MA-GE1. Así se averiguó la secuencia representada en la figura 2C que tiene un contenido en G/C mayor (351 G, 291 C) en un 24% si se compara con la secuencia de tipo salvaje (275 G, 244 G). Además, se mejoró la secuencia de tipo salvaje por utilización alternativa de codones en cuanto a la eficacia de traducción, debido a la codificación de los ARNt 50 que existen con mayor frecuencia en la célula (véase la figura 2D). Mediante la utilización alternativa de codones también se incrementó el contenido de G/C en un 24%.
Anexo: texto fuente de un programa de ordenador según la invención
Curevac_Genetic_Controls con los siguientes módulos
Type=Control
Reference=*\G{00020430-0000-0000-C000-000000000046}#2.0#0#.\.\WINNTSystem32\STB#OLE Automation
Object={0D452EE1-E08F-101A-852E-02608CAD0BB4}#2.0#0; FM20.DLL 5
Object={0D452EE1.E08F-101A-852E.02608C4D0BB4}# 2.0# 0; FM20.DLL
Object={F9O43C88-F6F2-101A-A3C9-08002B2F49FB}# 1.2# 0; COMDLG32.OCX
UserControl=Curevac_Amino.ctl
Startup="(None)"
HelpFile="" 10
Title ="Curevac Genetic Controls"
Command32=" "
Name="Curevac_Genetic_Controls"
HelpContextID="0"
CompatibleMode="1" 15
MajorVer=1
MinorVer=0
RevisionVer=0
AutoIncrementVer=0
ServerSupporFiles =0 20
VersionComments="the RNA people"
VersionCompanyName="CureVac GmbH"
VersionFileDescription-"Controls for Handling of Nucleotids"
VersionLegalCopyright="byChristian Klump"
VersionLegalTrademarls="Guevac Genetic Controls(tm)" 25
VersionProductName="Curevac Genetic Controls"
CompilationType=0
OptimizationType=0
FavorPentiumPro(tm)=0
CodeViewDebugInfo=0 30
NoAliasing=0
BoundsCheck=0
OverflowCheck=0
FlPointCheck=0
FDIVCheck=0 35
UnroundedFP=0
StartMode=1
Unattended=0
Retained=0
ThreadPerObject=0
MaxNumberOfThreads=1
ThreadingModel=1 5
DebugStartupOption=1
DebugStartupComponent=Curevac_Amino
Name: Curevac_Amino.ctl
Code:
VERSION 5.00 10
Object = "{0D452EE1-E08F-101A-852E-02608C4D0BB4}# 2.0# 0"; "FM20.DLL"
Begin VB.UserControl Curevac_Amino
CanGetFocus = 0 Talse
ClientHeight = 690
ClientLeft = 0 15
ClientTop = 0
ClientWidth = 1200
ScaleHeight = 690
ScaleWidth = 1200
Begin VB.Line linLower 20
X1 = 0
X2 = 1080
Y1 = 600
Y2 = 600
End 25
Begin VB.Line linUpper
X1 = 120
X2 = 1080
Y1 = 0
Y2 = 0 30
End
Begin MSForms.Label lblAminoAcid
DragMode = 1 ’Automatic
Height = 255
Left = 120 35
TabIndex = 1
Top = 360
Width = 975
Size - "1720;450"
SpecialEffect = 1
FontName = "Lucida Sans Unicode"
FontEffects = 1073741826 5
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FontCharSet = 0
FontPitchAndFamily- 2
ParagraphAlign = 3
End 10
Begin MSForms.Label lblTriplett
DragMode = 1 ’Automatic
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 0 15
Top = 120
Width = 975
Size = "1720;450"
SpecialEffect = 1
FontHeight = 165 20
FontChatSet = 0
FontPitchAndFamily= 2
ParagraphAlign = 3
End
End 25
Attribute VB_Name = "Curevac_Amino"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = True
Attribute VB_PredeclaredId = False
Attribute VB_Exposed = True 30
Option Explicit
Private msAAShortcut As String
Private msAAName As String
Private msBestTriplett As String
Private msSecondBest As String 35
Private msThirdBest As String
Private msTriplett As String
Private msBackColor As Long
Private mbShowOriginal As Boolean
Public Enum enuAminoAcid
amaGlycin
amaAlanin 5
amaValin
amaLeucin
amaIsoLeucin
amaPhenylalanin
amaTyrosin 10
amaTryptophan
amaAsparaginAcid
amaAsparagin
armGlutaminAcid
amaGlutamin 15
amaSerin
amaThreonin
amaCystein
amaMethionin
amaProlin 20
amaHistidin
amaLysin
amaStop
amaStart
End Enum 25
Private Sub Main()
Call UserControl_Resize
End Sub
Public Sub Translation(ByVal sTriplett As String)
msTriplett = sTriplett 30
Select Case sTriplett
Case "GGU", "GGC", "GGA", "GGG"
msAAShortcut = "GLY"
Case "GCU", "GCC", "GCA". "GCG"
msAAShortcut = "ALA" 35
Case "GUU", "GUC", "GUA", "GUG"
msAAShortcut = "VAL"
Case "UUC", "UUG", "CUU", "CUA", "CUG", "CUC"
msAAShortcut = "LEU"
Case "AUA", "AUU", "AUC"
msAAShortcut = "ILE"
Case "UUU", "UUC" 5
nwAAShortcut - "PHE"
Case "UAU", "UAC"
msAAShortcut= "TYR"
Case "UGG"
msAAShortcut = "TRP" 10
Case "GAU", "GAC"
msAAShortcut = "ASP"
Case "AAU", "AAC"
msAAShortcut ="ASN"
Case "GAA", "GAG" 15
msAAShoitcut = "GLU"
Case "CAA", "CAG"
msAAshoncut m "GLN"
Case "AGU", "AGC", "UCA", "UCU", "UCG", "UCC"
msAAshortcut - "SER" 20
Case "ACA", "AGU", "ACG", "AOC"
msAAShortcut = "THR"
Case "UGU", "UGC"
msAAShortcut = "CYS"
Case "AUG" 25
msAAShortcut = "MET"
Case "CCU", "COG", "COC"
msAAShortcut = "PRO"
Case "CAU", "CAC"
msAAShortcut = "HIS" 30
Case "AGA", "AGG", "CGA", "CGU", "CGG", "CGC"
msAAShortcut = "ARG"
Case "AAA", "AAG"
msAAShortcut = "LYS"
Case "UAA", "UAG", "UGA" 35
msAAShortcut = "STP"
End Select
Call Synthesis(msAAShortcut)
Call Show
End Sub
Public Sub Synthesis(ByVal sShortCut As String)
msAAShortcut = sShortCut ’sólo dirigida a Sub externo' 5
Select Case msAAshorcut
Case "GLY"
msAAName ="Glycin"
msBestTriplett = "GGC"
msSecondBest = "GGG" 10
msBackColor=8421631
Case "ALA"
msAAName ="Alanin"
msBestTriplett = "GCG"
msSecondBest ="GCC" 15
msBackColor = 8454143
Case "VAL"
msAAName = "Valin"
msBestTriplett = "GUC"
msSecondBest = "GUG" 20
msBackColor = 8454016
Case "LEU"
msAAName = "Leucin"
msBestTriplett = "CUG"
msSecondBest = "CUC" 25
msBackColor = 16777088
Case "ILE"
msAAName ="Isoleucin"
msBestTriplett = "AUC"
msBackColor = 12615935 30
Case "PHE"
msAAName = "Phenylalanin"
msBestTriplett = "UUC"
msBackColor = 255
Case "TYP" 35
msAAName = "Tyrosin"
msBestTriplett = "UAC"
msBackColor = 4210816
Case "TRP"
msAAName = "Tryptophan"
msBestTriplett = "UGG"
msBackColor = 4227327 5
Case "ASP"
msAAName = "Asparaginsþure"
msBestTriplett " "GAC"
msBackColor = 8388863
Case "ASN" 10
msAAName = "Asparagin"
msBestTriplett ="AAC"
msBackColor = 4227200
Case"GLU"
msAAName = "Glutaminsþure" 15
msBestTriplett = "GAG"
msBackColor = 32768
Case "GLN"
msAAName = "Glutamin"
msBestTriplett = "GGC" 20
msBackColor = 8421440
Case "SER"
msAAName = "Serin"
msBestTriplett = "AGC"
msSecondBest = "UCG" 25
msThirdBest = "UCC"
msBackColor= 16512
Case "THR"
msAAName = "Threonin"
msBestTriplett = "ACG" 30
msBackColor =16711680
Case "CYS"
msAAName = "Cystein"
msBestTriplett = "UGC"
msBackColor = 6932960 35
Case "MET"
msAAName = "Methionin"
msBestTriplett= "AUG"
msBackColor = 10417643
Case "PRO"
msAAName = "Prolin"
msBestTriplett= "CCG" 5
msSecondBest = "CCC"
msBackColor = 12898746
Case "HIS"
msAAName ="Histidin"
msBestTriplett = "CAC" 10
msBackColor = 12898746
Case "ARG"
msAAName = "Arginin"
rmBestTriplett = "CGC"
msSecondBest = "CGG" 15
msBackColor = 6174925
Case "LYS"
msAAName = "Lysin"
msBestTriplett = "AAG"
msBackColor =14141641 20
Case "STP"
msAAName = "Stop"
msBestTriplett - "UGA"
msSecondBest = "UAG"
msBackColor =11332093 25
End Select
End Sub
Public Sub Show()
lblAminoAcid.Caption = msAAShortcut
If mbShowOriginal = True Then 30
lblTriplett.Caption = msTriplett
Else
lblTriplett.Caption = msBestTriplett
End If
lblAminoAcid.BackColor = msBackColor 35
lblTriplett.BackColor= msBackColor
End Sub
Public Function ChooseBestGC(sShortCut As String)
Select Case sShortCut
Case "GLY"
msAAName = "Glycin"
msBestTriplett ="GGC" 5
msSecondBest = "GGG"
msBackColor = 8421631
Case "ALA"
msAAName = "Alanin"
msBestTriplett - "GCC" 10
msSecondBest = "GCC"
msBackColor = 8454143
Case "VAL"
msAAName = "Valin"
msBestTriplett = "GUC" 15
msSecondBest = "GUG"
msBackColor = 8454016
Case "LEU"
msAAName = "Leucin"
msBestTriplett = "CUG" 20
msSecondBest = "CUC"
msBackColor = 16777088
Case "ILE"
msAAName= "Isoleucin"
msBestTriplett = "AUC" 25
msBackColor = 12615935
Case "PHE"
msAAName = "Phenylalanin"
msBestTriplett= "UUC"
msBackColor = 255 30
Case "TYR"
msAAName = "TyroSin"
msBestTriplett= "UAC"
msBackColor = 4210816
Case "TRP" 35
msAAName = "tryptophan"
msBestTriplett - "UGG"
msBackColor= 4227327
Case "ASP"
msAAName = "Asparaginsþure"
msBestTriplett = "GAC"
msBackColor = 8388863 5
Case "ASN"
msAAName = "Asparagin"
msBestTriplett = "AAC"
msBackColor = 4227200
Case "GLU" 10
msAAName = "Glutaminsþure"
msBestTriplett = "GAG"
msBackColor = 16711808
Case "GLN"
msAAName = "Glutamin" 15
msBestTriplett= "GGC’
msBackColor = 12632256
Case "SER"
msAAName = "Serin"
msBestTriplett= "AGC" 20
msSecondBest = "UCG"
msThirdBest = "UCC"
msBackColor= 8421504
Case "THR"
msAAName = "Threonin" 25
msBestTriplett= "ACG"
msBackColor = &HD4O0FF
Case "CYS"
msAAName = "Cystein"
msBestTriplett = "UGC" 30
msBackColor = &HD5O0DFF
Case "MET"
msAAName = "Methionin"
msBestTriplett = "AUG"
msBackColor = &HD6O0FF 35
Case "PRO"
msAAName = "Prolin"
msBestTriplett = "CCG"
msSecondBest = "CCC"
msBackColor = &HD7O0FF
Case "HIS"
msAAName = "Histidin" 5
msBestTriplett = "CAC"
msBackColor = &HD8C0FF
Case "ARG"
msAAName ="Argining"
msBestTriplett = "CGC" 10
msSecondBest = "CGG"
nuBackColor = &HD9O0FF
msAAName = "Lysin"
msBestTriplett = "’AAG"
msBackColor =&HE0C0DFF 15
Case "STP"
msAAName = "Stop"
msBestTriplett = "UGA"
msSecondBest = "UAG"
msBackeColor = &HE1C0FF 20
End Select
End Function
Public Property Let ShowOriginal(ByVal bNewValue As Boolean)
mbShowOriginal = bNewValue
End Property 25
Public Property Get ShowOriginal() As Boolean
ShowOriginal = mbShowOriginal
End Property
Public Property Get AAShortcut() As String
AAShortcut = msAAShortcut 30
End Property
Public Property Get AAName() As String
AAName = msAAName
End Property
Public Property Get BestTriplett() As String 35
BestTriplett = msBestTriplett
End Property
Public Property Get SecondBest() As String
SecondBest = msSecondBest
End Property
Public Property Get ThirdBest() As String
ThirdBest =msThirdBest 5
End Property
Public Property Get BackColor() As String
BackColor = msBackColor
End Property
Private Property Get Triplett() As String 10
Triplett - msTriplett
End Property
Private Sub UserControl_Resize()
Dim lOuterWidth As Long
Dim lDistance As Long 15
lDistance =30
lOuterWidth = Scale Widh + lDistance
With lblTriplett.
.Top = 0
.Left= lDistance / 2 20
.Width = ScaleWidth - lDistance
.Height = ScaleHeight / 2 + 30
End With
With lblAminoAcid
.Top = ScaleHeight / 2 - 30 .Left = lDistance / 2 25
.Width = ScaleWidth - lDistance
Height = ScaleHeight / 2
End Witth
With linUpper
.X1 = ScaleLeft 30
.Y1 =0
.X2 = Schale Width
.Y2 =0
End With
With linLower 35
.X1 = ScaleLeft
.Y1= ScaleHeight - 20
.X2 = Scale Width
.Y2 = ScaleHeight - 20
End With
End Sub
Curevac_RNA_Optimizer con los siguientes módulos 5
Name: Curevac_RNA_Optimizer.vbp
Code:
Type=Exe
Reference=*\G{00020430-0000-0000-C000-
000000000046}# 2.0# 0# ..\..\WINNT\System32\STDOLE2.TLB# OLE Automation 10
Object-{F9043C88-F6F2-101A-A3C9-08002B2F49FB}# 1.2#0; COMDLG32.OCX
Module= basMain; basMain.bas
Form=mdiMain.frm
Object=*\ACurevac_Genetic_Controls.vbp
Object={38911DA0-E448-11D0-84A3-00DD01104159}# 1.1#0; COMCT332.OCX 15
Object={3B7C8863-D78F-101B-B9B5-04021C009402}# 1.2#0; RICHTX32.OCX
Form=frmOutPut.frm
Form=frmStatistics.frm
Module =basPublics; basPublics.bas
Form=frmOptions.frm 20
Form-frmInput.frm
Form-frmDisplay.frm
Form=frmAbout.frm
Startup="mdiMain"
HelpFile="" 25
Title="RNA-Optimizer"
Command32=""
Name="RNA_Optimizer"
HelpContextID="0"
CompatibleMode="0" 30
MajorVer=1
MinorVer=0
RevisionVer=0
AutoIncrementVer=0
ServerSupportFiles =0 35
VersionComments="the RNA people"
VersionCompanyName="CureVac GmbH"
VersionFileDescription="Application for Optimization of RNA"
VersionLegalCopyright="by Christian Klump"
VersionLegalTrademarks="Curevac RNA-Optimizer(tm)"
VersionProductName="Curevac RNA-Optimizer"
CompilationType =0 5
OptimizationType =0
FavorPentiumPro(tm) =0
CodeViewDebugInfo=0
NoAliasing=0
BoundsCheck=0 10
OverflowCheck=0
FIPointCheck=0
FDIVCheck=0
UnroundedFP=0
StartMode=0 15
Unattended=0
Retained=0
ThreadPerObject=0
MaxNumberOfTreads=1
DebugStartupOption=0 20
Name: basMain.bas
Code:
Attribute VB_Name = "basMain"
Option Explicit
Private Type udtAminoAcid 25
sShortcut As String
sName As String
sBestTriplett As String
sSecondBest As String
sThirdBest As String 30
End Type
Private mastrAminoAcids() As udtAminoAcid
Public Sub RebuildChain(bShowOriginal As Boolean)
Dim iLoop As Integer
For iLoop =1 To glAminoCounter 35
With frmDisplay.Curevac_Amino1(iLoop)
.ShowOriginal = bShowOriginal
.Show
End With
Next iLoop
End Sub
Public Sub ResetPublics() 5
gsOriginalCode=""
gsFormattedCode =" "
glCodeLenght = ""
End Sub
Public Sub BuildAminoChain(ByVal sTempCode As String, bGraphical As Boolean) 10
Dim lVerticalOffset As Long
Dim.lHorizontalOffset As Long
Dim lTop As Long
Dim asTripletts() As String
Dim sAminoChain As String 15
Dim Loop As Long
If bGraphical = True Then
lTop = frmDisplay.optNucleotids(0).Height + 40
End If
ReDim mastrAminoAcids(glAminoCounter) 20
asTripletts = Split(sTempCode)
For lLoop =0 To glAminoCounter- 1
If bGraphical = True Then
Load frmDisplay.Curevac_Amino1(lLoop +1)
With frmDisplay.Curevac_Amino1(1Loop + 1) 25
Call. Translation(asTripletts(ILoop))
.Left = lLoop* Width - lHorizontalOffset
.Top = lVerticalOffset + lTop
If .Left + 2*.Width > frmDisplay.ScaleWidth Then
IVerticalOffset = lVerticalOffset + .Height + 150 30
lHorizontalOffset - ILoop* With + .Width
End If
sAminoChain = sAminoChain + .aaShortcut + ","
.Visible - True
End With 35
Else
mastrAminoAcids(ILoop) = Translation(asTripletts(lLoop))
sTest = sTest + mastrAminoAcids(iLoop).sName + ";"
End If
Next
If bGraphical = True Then
frmDisplayShow 5
Else
Call frmOutPut.Show
End If
Debug.Print sAminoChain
End Sub 10
Private Function Translation(ByVal sTriplett As String) As udtAminoAcid
Dim stiTemp As udtAminoAcid
If mdiMain.optKindOfOptimize(0) = True Then
’Optimization for Most GC
Select Case sTriplett 15
Case "GGU", "GGC", "GGA", "GGG"
stiTemp.sShortcut = "GLY"
stiTemp.sName = "Glycin"
stiTemp.sBestTriplett = "GGC
stiTemp.sSecondBest = "GGG" 20
Case "GCU", "GCC", "GCA", "GCG"
stiTemp.sShortcut= "ALA"
stiTemp.sName = "Alanin"
stiTemp.sBestTriplett = "GCG"
stiTemp.sSecondBest = "GCC" 25
Case "GUU", "GUC", "GUA" , "GUG"
stiTemp.sShortcut = "VAL"
sitTemp.sName ="Valin"
stiTemp.sBestTriplett = "GUC"
stiTemp.sSecondBest = "GUG" 30
Case "UUA", "UUG"; "CUU", "CUA", "CUG", "CUC"
stiTemp.sShortcut = "LEU"
stiTemp.sName = "Leucin"
stiTemp.sBestTriplett = "CUG"
stiTemp.sSecondBest = "CUC" 35
Case "AUA", "AUU", "AUC"
stiTemp.sShortcut= "ILE"
stiTemp.sName = "Isoleucin"
stiTemp.sBestTriplett = "AUC"
Case "UUU", "UUC’
stiTemp.sShortcut = "PHE"
stiTemp.sName= "Phenylalanin" 5
stiTemp.sBestTriplett = "UUC"
Case "UAU", "UAC"
stiTemp.sShortcut = "TYR"
sti"Temp.sName = "Tyrosin"
stiTemp.sBestTriplett = "UAC" 10
Case "UGG"
stiTemp.Shortcut = "TRP"
stiTemp.sName = "Tryptophan"
stiTemp.sBestTriplett = "UGG"
Case "GAU", "GAC" 15
stiTemp.sShortcut = "ASP"
stiTemp.sName = "Asparaginsþure"
sriTemp.sBestTriplett = "GAC"
Case "AAU", "AAC"
stiTemp.sShortcut = "ASN" 20
stiTemp.sName = "Asparagin"
stiTemp.sBestTriplett = "AAC"
Case "GAA", "GAG"
stiTemp.sShortcut = "GLU"
stiTemp.sName = "Glutaminsþure" 25
stiTemp.sBestTriplett = "GAG"
Case "CAA", "CAG"
stiTemp.sShortcut = "GLN"
stiTemp.sName = "Glutamin"
stiTemp.sBestTriplett = "CAG" 30
Case "AGU", "AGC", "UCA", "UCU", "UCG", "UCC"
stiTemp.sShortcut = "SER"
stiTemp.sName = "Serin"
stiTemp.sBestTriplett = "AGC"
stiTemp.sSecondBest = "UCG" 35
stiTemp.sThirdBest = "UCC"
Case "ACA", "ACU", "ACG", "ACC"
stiTemp.sShortcut = "THR"
stiTemp.sName = "Threonin"
stiTemp.sBestTriplett = "ACG"
Case "UGU", "UGC"
stiTemp.sShortcut = "CYS" 5
stiTemp.sName = "Cystein"
stiTemp.sBestTriplett = "UGC"
Case "AUG"
stiTemp.sShorcut = "MET"
stiTemp.sName = "Methionin" 10
stiTemp.sBestTriplett = "AUG"
Case "CCA", "OCU", "CCG", "CCC"
stiTemp.sShortcut = "PRO"
stiTemp.sName = "Prolin"
stiTemp.sBestTriplett = "CCG" 15
stiTemp.sSecondBest = "CCC"
Case "CAU", "CAC"
stiTemp.Shortcut = "HIS"
stiTemp.sName = "Histidin"
stiTemp.sBestTriplett = "CAC" 20
Case "AGA", "AGG", "CGA", "CGU", "CGG", "CGC"
stiTemp.sShortcut = "ARG"
stiTemp.sName = "Arginin"
stiTemp.sBestTriplett = "CGC"
stiTemp.sSecondBest = "CGG" 25
Case "AAA", "AAG"
stiTemp.sShorccut = "LYS"
stiTemp.sName = "Lysin"
stiTemp.sBestTriplett = "AAG"
Case "UAA", "UAG", "UGA" 30
stiTemp.sShortcut = "STP"
stiTemp.sName = "Stop"
stiTemp.sBestTriplett = "UGA"
stiTemp.sSecondBest = "UAG"
End Select 35
Translation = stiTemp
Else ’Optimization for best frequency
Select Case sTriplett
Case "GGU", "GGC", "GGA", "GGG"
stiTemp.sShortcut = "GLY"
stiTemp.sName = "Glycin"
stiTemp.sBestTriplett = "GGC" 5
stiTemp.sSecondBest = "GGU"
Case "GCU", "GCC", "GCA", "GCG"
stiTemps.Shortcut = "ALA"
stiTemp.sName = "Alanin"
stiTemp.sBestTriplett = "GCC" 10
stiTemp.sSecondBest = "GCU"
Case "GUU", "GUC", "GUA", "GUG"
stiTemp.sShortcut = "VAL"
stiTemp.sName = "Valin"
stiTemp.sBestTriplett = "GUG" 15
stiTemp.sSecondBest = "GUC"
Case "UUA", "UUG", "CUU", "CUA", "CUG", "CUC"
stiTemp.sShortcut = "LEU"
stiTemp.sName = "Leucin"
stiTemp.sBestTriplett = "CUG" 20
stiTemp.sSecondBest = "CUC"
Case "AUA", "AUU", "AUC"
stiTemp.sShortcut = "ILE"
stiTemp.sName = "Isoleucin"
stiTemp.sBestTriplett = "AUC" 25
Case "UUU", "UUC"
stiTemp.sShortcut = "PHE"
sriTemp.sName = "Phenylalanin"
stiTemp.sBestTriplett = "UUC"
Case "UAU", "UAC" 30
stiTemp.sShortcut = "TYR"
stiTemp.sName = "Tyrosin"
stiTemp.sBestTriplett = "UAC"
Case "UGG"
stiTemp.sShortcut = "TRP" 35
stiTemp.sName = "Tryptophan"
stiTemp.sBestTriplett = "UGG"
Case "GAU", "GAC"
stiTemp.sShortcut = "ASP"
stiTemp.sName = "Asparaginsþure"
stiTemp.sBestTriplett = "GAC"
Case "AAU", "AAC" 5
stiTemp.sShortcut = "ASN"
stiTemp.sName = "Asparagin"
stiTemp.sBestTriplett = "AAC"
Case "GAA", "GAG"
stiTemp.sShortcut = "GLU" 10
stiTemp.sName = "Glutaminsþure"
stiTemp.sBestTriplett = "GAG"
Case "CAA", "CAG"
stiTemp.sShortcut = "GLN"
stiTemp.sName = "Glutamin" 15
stiTemp.sBestTriplett = "CAG"
Case "AGU", "AGC", "UCA", "UCU", "UCG", "UCC"
stiTemp.sShortcut = "SER"
stiTemp.sName = "Serin"
stiTemp.sBestTriplett = "AGC" 20
stiTemp.sSecondBest = "UCC"
stiTemp.sThirdBest = "UCU"
Case "ACA", "ACU", "ACG", "ACC"
stiTemp.sShortcut = "THR"
stiTemp.sName = "Threonin" 25
stiTemp.sBestTriplett = "ACC"
Case "UGU", "UGC"
stiTemp.sShortcut = "CYS"
stiTemp.sName = "Cystein"
stiTemp.sBestTriplett = "UGC" 30
Case "AUG"
stiTemp.sShortcut = "MET"
stiTemp.sName = "Methionin"
stiTemp.sBestTriplett = "AUG"
Case "CCA", "CCU", "CCG", "CCC" 35
stiTemp.sShortcut = "PRO"
stiTemp.sName = "Prolin"
stiTemp.sBestTriplett = "CCC"
stiTemp.sSecondBest = "CCU"
Case "CAU", "CAC"
stiTemp.sShortcut = "HIS
stiTemp.sName = "Histidin" 5
stiTemp.sBestTriplett = "CAC’
Case "AGA", "AGG", "CGA", "CGU", "CGG", "CGC"
stiTemp.sShorcut = "ARG"
stiTemp.sName = "Arginin"
stiTemp.sBestTriplett = "CGC" 10
stiTemp.sSecondBest = "AGG"
Case "AAA", "AAG"
stiTemp.sShortcut = "LYS"
stiTemp.sName = "Lysin"
stiTemp.sBestTriplett - "AAG" 15
Case "UAA", "UAG", "UGA"
stiTemp.sShortcut = "STP"
stiTemp.sName = "Stop"
stiTemp.sBestTriplett = "UGA"
stiTemp.sSecondBest = "UAG" 20
End Select
Translation = stiTemp
End If
End Function
Public Function ReverseTranscription() As String 25
Dim sTempCode As String
Dim iLoop As Integer
For iLoop = 0 To glAminoCounter - 1
sTempCode = sTempCode + mastrAminoAcids(iLoop).sBestTriplett
Next 30
ReverseTranscription = sTempCode
End Function
Public Sub CountBases(ByVal sTempCode As String)
Dim lLoop As Long
Dim sFormattedCode As String 35
Dim sActualBase As String
Dim lCodeLength As Long
lCodeLength = Len(sTempCode)
For lLoop =1 To CLng(lCodeLength)
sActualBase = Mid(sTempCode, lLoop, 1)
Select Case sActualBase
Case "A", "a" 5
glOptAdenin = glOptAdenin + 1
Case "U", "u", "T", "t"
glOptThymin = glOptThymin + 1
Case "G", "g"
glOptGuanin = glOptGuanin + 1 10
Case "C", "c"
glOptCytosin = glOptCytosin + 1
End Select
Next lLoop
End Sub 15
Name: basPublics.bas
Code:
Attribute VB_Name = "basPublics"
Option Explicit
Public gsOriginalCode As String 20
Public gsFormattedCode As String
Public glCodeLength As Long
Public glAaminoCounter As Long
Public glAdenin As Long
Public glThymin As Long 25
Public glGuanin As Long
Public glCytosin As Long
Public glOptAdenin As Long
Public glOptThymin As Long
Public glOptGuanin As Long 30
Public glOptCytosin As Long
Public gbSequenceChanged As Boolean
Name: mdiMain.frm
Code:
VERSION 5.00 35
Object = "{38911DA0-E448-11D0-84A3-00DD01104159}# 1.1#0"; "COMCT332.OCX"
Begin VB.MDIForm mdiMain
BackColor = &H00FFFFFF&
Caption = "Curevac_RNA_Analyzer"
ClientHeight = 8745
ClientLeft = 165
ClientTop = 735 5
ClientWidth = 12255
Icon = "mdiMain.frx":0000
LinkTopic = "MDIForm1"
Picture = "mdiMain.frx":058A
StartUpPosition = 3 ’Windows Default 10
WindowState = 2 ’Maximized
Begin ComCrl3.CoolBar cbarMain
Align = 1 ’Align Top
Height = 885
Left = 0 15
TabIndex = 0
Top = 0
Width = 12255
_ExtentX = 21616
_ExtentY = 1561 20
BandCount = 1
BandBorders = 0 ’False
_CBWidth = 12255
_CBHeight = 885
_Version = "6.7.8988" 25
MinHeight1 = 825
Width1 = 4995
FixedBackgound1= 0 ’False
NewRow1 = 0 ’False
Begin VB.OptionButton optKindOfOptimize 30
Caption = "Best Frequency"
Height = 255
Index = 1
Left = 4920
TabIndex = 7 35
Top = 480
Value = -1 True
Width = 1575
End
Begin VB.OptionButton optKindOfOptimize
Caption = "Best GC"
Height = 255 5
Index = 0
Left = 4920
TabIndex = 6
Top = 120
Width = 1575 10
End
Begin VB.CommandButton cmdShowInput
Caption = "Input"
Height = 765
Left = 0 15
Picture = "mdiMain.frx":0C2A
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 5
Top = 0
Width = 840 20
End
Begin VB.CommandButton cmdShowOptions
Caption = "Option"
Enabled = 0 ’False
Height = 760 25
Left = 3480
Picture = "mdiMain.frx":0F34
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 4
Top = 0 30
Width = 735
End
Begin VB.CommandButton cmdShowStatistics
Caption = "Statistics"
Enabled = 0 ’False 35
Height = 760
Left = 2640
Picture = "mdiMain.fx":131E
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 3
Top = 0
Width = 735 5
End
Begin VB.CommandButton cmdShowDisplay
Caption = "Display"
Enabled = 0 ’False
Height = 760 10
Left = 1800
Picture = "mdiMain.frx":1628
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 2
Top = 0 15
Width = 735
End
Begin VB.CommandButton cmdShowOutput
Caption = "Output"
Enabled = 0 ’False 20
Height = 760
Left = 960
Picture = "mdiMain.frx":20E2
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 1 25
Top = 0
Width = 735
End
End
Begin VB.Menu mnuMain 30
Caption = "&Input..."
Index = 0
End
Begin VB.Menu mnuMain
Caption = "&Results" 35
Index = 1
Begin VB.Menu mnuResults
Caption = "&Output..."
Enabled = 0 ’False
Index = 0
End
Begin VB.Menu mnuResults 5
Caption = "&Display..."
Enabled = 0 ’False
Index = 1
End
Begin VB.Menu mnuResults 10
Caption = "&Statistics..."
Enabled = 0 ’False
Index = 2
End
End 15
Begin VB.Menu mnuMain
Caption = "E&xtras"
Index = 4
Begin VB.Menu mnuExtras
Caption = "&Language" 20
Index = 0
Begin VB.Menu mnuLanguage
Caption = "English"
Checked = -1 True
Index = 0 25
End
Begin VB.Menu mnuLanguage
Caption = "&German"
Enabled = 0 ’False
Index = 1 30
End
Begin VB.Menu mnuLanguage
Caption = "&French"
Enabled = 0 ’False
Index = 2 35
End
End
Begin VB.Menu mnuExtras
Caption = "&Options..."
Enabled = 0 ’False
Index = 1
End 5
Begin VB.Menu mnuExtras
Caption = "-"
Index = 2
End
Begin VB.Menu mnuExtras 10
Caption = "&About"
Index = 3
End
End
Begin VB.Menu mnuMain 15
Caption = "&Windows"
Index = 5
WindowList = -1 True
Begin VB.Menu mnuWindows
Caption = "Tile &Horizontally" 20
Index = 0
End
Begin VB.Menu nmuWindows
Caption = "Tile &Vertically"
Index = 1 25
End
Begin VB.Menu mnuWindows
Caption = "&Cascade"
Index = 2
End 30
End
Begin VB.Menu mnuMain
Caption = "&Exit"
Index = 6
End 35
End
Attribute VB_Name = "mdiMain"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit 5
Private Sub cmdShowDisplay_Click()
Call frmDisplay.Show
End Sub
Private Sub cmdShowInput_Click()
Call frmInput.Show 10
End Sub
Private Sub cmdShowOptions_Click()
Call frmOptions.Show
End Sub
Private Sub cmdShowOutput_Click() 15
Call frmOutPut.Show
End Sub
Private Sub cmdShowStatistics_Click()
Call frmStatistics.Show
End Sub 20
Private Sub MDIForm_Load()
Call InitControls
Call frmInput.Show
End Sub
Private Sub InitControls() 25
Dim lNextLeft As Long
Const lSpace As Long = 60
Const lButtonWidth As = 850
Const lButtonHeight As Long = 770
lNextLeft = lSpace + lButtonWidth 30
With cmdShowInput
.Top = lSpace
.Left = lSpace
.Width = lButtonWidth
.Height = lButtonHeight 35
End With
With cmdShowOutput
.Top = lSpace
.Left = lNextLeft + lSpace
.Width = lButtonWidth
.Height = lButtonHeight
End With 5
With cmdShowDisplay
.Top = lSpace
.Left = lNextLeft * 2 + lSpace
.Width = lButtonWidth
.Height = lButtonHeight 10
End With
With cmdShowStatistics
.Top = lSpace
.Left = lNextLeft * 3 + lSpace
.Width = IButtonWidth 15
.Height = IButtonHight
End With
With cmdShowOptions
.Top = ISpace
.Left = INextLeft * 4 + lSpace 20
.Width = IButtonWidth
.Height = IButtonHight
End With
cbarMain.Height = IButtonHeight + 2 * Ispace
End Sub 25
Private Sub mnuMain_Click(Index As Integer)
Select Case Index
Case 0
Call frmInput.Show
Case 6 30
Unload Me
End Select
End Sub
Private Sub mnuResults_Click(Index As Integer)
Select Case Index 35
Case 0 ’Output
Call frmOutPut.Show
Case 1
Call frmDisplay.Show
Case 2 ’Statistische Auswertung
Call frmStatistics.Show
End Select 5
End Sub
Private Sub mnuExtras_Click(Index As Integer)
Select Case Index
Case 0 ’Output
Case 1 10
Call frmDisplay.Show
Case 3
Call frmAbout.Show(vbModal)
End Select
End Sub 15
Private Sub mnuWindows_Click(Index As Integer)
Select Case Index
Case 0 ’Horizontal
Me.Arrange (vbTileHorizontal)
Case 1 ’Vertikal 20
Me.Arrange (vbTileVertical)
Case 2 ’Kaskadieren
Me.Arrange (vbCascade)
End Select
End Sub 25
Name: frmInput.frm
Code:
VERSION 5.00
Object = "{F9043C88-F6F2-101A-A3C9-08002B2F49FB}# 1.2# 0"; "COMDLG32.OCX"
Object = "{3B7C8863-D78F-101B-B9B5-04021C009402}# 1.2#0"; "RICHTX32.OCX" 30
Begin VB.Form frmInput
Caption = "Input"
ClientHeight = 5730
ClientLeft = 60
ClientTop = 345 35
ClientWidth = 13200
Icon = "frmInput.frx":0000
LinkTopic = "Form1"
MDIChild = -1 True
ScaleHeight = 5730
ScaleWidth = 13200
WindowState = 2 ’Maximized 5
Begin RichTextLib.RichTextBox txtFormatted
Height = 1815
Left = 120
TabIndex = 3
Top = 360 10
With = 12735
_ExtentX = 22463
_ExtentY = 3201
_Version = 393217
Bordetstyle = 0 15
Enabled = -1 True
ScrollBars = 2
DisableNoScroll = -1 True
TextRTF = $"frmInput.frx":030A
BeginPropertyFont {0BE35203-8F91-11CE-9DE3-00AA004BB851} 20
Name = "Fixedsys"
Size = 9
Charset = 0
Weight = 400
Underline = 0 ’FaLse 25
Italic = 0 ’False
Strikethrough = 0 ’False
EndProperty
End
Begin VB.OptionButton optSequence 30
Caption = "Formatted"
Height = 255
Index = 1
Left = 2760
Style = 1 ’Graphical 35
TabIndex = 2
Top = 0
Value = -1 True
Width = 855
End
Begin VB.OptionButton optSequence
Caption = "Original" 5
Height = 255
Index = 0
Left = 1920
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 1 10
Top = 0
Width = 855
End
Begin VB.CommandButton cmdLoad
Caption = "Load Sequence" 15
Height = 285
Left = 0
TabIndex = 0
Top = 0
Width = 1695 20
End
Begin MSComDlg.CommonDialog CommonDialog1
Left = 3840
Top = -120
_ExtentX = 847 25
_ExtentY = 847
_Version = 393216
End
End
Attribute VB_Name = "frmInput" 30
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit 35
Private Sub Form_Activate()
Me.ZOrder
Call InitControls
End Sub
Public Sub LoadSequence()
Dim sFile As String
Dim sTempCode As String 5
On Error Go To Errorhandler
With CommonDialog1
.FileName = App.Path & "\SampleRNA.txt"
.CancelError = True
Call.ShowOpen 10
End With
If Len(CommonDialog1.FileName) >0. Then
gbSequenceChanged = True
gsFormattedCbde=""
gsOriginalCode = "" 15
sFile = CommonDialog1.FileName
Open sFile For Input As # 1
Input # 1, gsOriginalCode
Close # 1
Call FormatText 20
Call FillSequence
mdiMain.cmdShowDisplay.Enabled = True
mdiMain.cmdShowOutput.Enabled = True
mdiMain.cmdShowStacistics.Enabled = True
End If 25
Exit Sub
Errorhanler:
Dim IAnswer As Long
If ErrNumber <>cdlCancel Then
lAnswer = MsgBox("Datei konnte nicht geladen werden", vbRetryCancel, "Dateiproblem") 30
If IAnswer = vbRetry Then
Resume
End If
End If
End Sub 35
If IAnswer = vbRetry Then
Resume
End If
End If
End Sub
Private Sub FormatText()
Dim iLoop As Integer 5
Dim sActualBase As String
glCodeLength = Len(gsOriginalCode)
For iLoop = 0 To glCodeLength - 1
sActualBase = Mid(gsOriginalCode, iLoop +1,1)
If iLoop Mod 3 = 0 Then 10
gsFormattedCode = gsFormattedCode + " "
glAminoCounter = glAminoCounter + 1
End If
Select Case sActualBase
Case "A", "a" 15
gsformattedCode = gsFormattedCode + "A"
glAdenin = glAdenin + 1
Case "U", "u", "T", "t"
gsformattedCode = gsformattedCode + "U"
glThymin = glThymin + 1 20
Case "G", "g"
gsFormattedCode = gsFormattedCode + "G"
glGuanin = glGuanin + 1
Case "C", "c"
gsFormattedCode = gsFormattedCode + "C" 25
glCytosin = glCytosin + 1
End Select
Next iLoop
gsFormattedCode = Trim(gsFormattedCode)
End Sub 30
Private Sub FillSequence()
If optSequence(0).Value = True Then
txtFormatted.Text = gsOriginalCode
Else
txtFormatted.Text = gsFormattedCode 35
End If
End Sub
Private Sub cmdShowOutput_Click()
Call frmOutPut.Show
End Sub
Private Sub cmdLoad_Click()
Call LoadSequence 5
End Sub
Private Sub InkControls()
ConstISpace As Long = 40
Const IButtonHeight As Long = 285
With cmdLoad 10
.Top = ISpace
.Height = IButtonHight
.Left = Ispace
End With
With optSequence(0) 15
.Top = ISpace
.Height = IButtonHeight
.Left = cmdLoad.Left + cmdLoad.Width + ISpace + 200
End With
With optSequence(1) 20
.Top = ISpace
.Height = IButtonHight
.Left = optSequence(0).Left + optSequence(0).Width
End With
With txtFormatted 25
.Top = cmdLoad.Height + 2 * ISpace
.Left = lSpace
.Width = Me.ScaleWidth
.Height = Me.ScaleHeight - txtFomatted.Top
End With 30
End Sub
Private Sub optSequence_Click(Index As Integer)
Call FillSequence
End Sub
Name: frmOutPut.frm 35
Code:
VERSION 5.00
Object = "{3B7C8863-D78F-101B-B9B5-04021C009402}# 1.2# 0"; "RICHTX32.OCX"
Begin VB.Form frmOutPut
Caption = "OutPut"
ClientHeight = 9120
ClientLeft = 60 5
ClientTop = 345
ClientWidth = 10215
Icon = "frmOutPut.frx":0000
LinkTopic = "Form1"
MDIChild = -1 True 10
ScaleHeight = 9120
ScaleWidth = 10215
Begin RichTextLib.RichTextBox txtOptimized
Height = 2655
Left = 0 15
TabIndex = 0
Top = 480
Width = 9855
_ExtemX = 17383
_ExtentY = 4683 20
_Version = 393217
Enabled = -1 True
ScrollBars = 2
DisableNoScroll = -1 True
TextRTF = $"frmOutPut.frx":0442 25
BeginPropertyFont {0BE35203-8F91-11CE-9DE3-00AA004BB851}
Name = "Fixedsys"
Size = 9
Charset = 0
Weight = 400 30
Underline = 0 ’False
Italic = 0 ’False
Strikethrough = 0 ’False.
EndProperty
End 35
End
Attribute VB_Name = "frmOutPut"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_Predeclaredld = True
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit 5
Private Sub Form_Activate()
Me.ZOrder
Call InitControls
If gbSequenceChanged = True Then
Call BuildAminoChain(gsFormattedCode, Falte) 10
End If
gbSequenceChanged = False
txtOptimized.Text = LCase(ReverseTranscription)
End Sub
Private Sub InitControls() 15
Const ISpace As Long = 40
With txtOptimized
.Top = ISpace
.Left = ISpace
.Width = Me.ScaleWidth + ISpace 20
.Height = Me.ScaleHeight + Ispace
End With
End Sub
Name: frmDisplay.frm
Code: 25
VERSION 5.00
Object = "*\ACurevac_Genetic_Controls.vbp"
Begin VB.Form frmDisplay
Caption = "Display"
ClientHeight = 8205 30
ClientLeft = 60
ClientTop = 345
ClientWidth = 8745
Icon = "frmDisplay.frx":0000
LinkTopic = "Form1" 35
MDIChild = -1 True
ScaleHeight = 8205
ScaleWidth = 8745
ShowInTaskbar = 0 ’False
Begin VB.OptionButton optNucleotids
Caption = "Original"
Height = 255 5
Index = 0
Left = 0
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 1
Top = 0 10
Width = 855
End
Begin VB.OptionButton optNucleotids
Caption = "Optimized"
Height = 255 15
Index = 1
Left = 840
Style = 1 ’Graphical
TabIndex = 0
Top = 0 20
Value = -1 True
Width = 855
End
Begin Curevac_Genetic_Controls.Curevac_Amino Curevac_Amino1
Height = 495 25
Index = 0
Left = 240
Top = 360
Visible = 0 ’False
Width 735 30
_ExtentX = 1296
_ExtentY = 873
End
End
Attribute VB_Name = "frmDisplay" 35
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit
Private Sub Form_Activate()
Me.ZOrder 5
If gbSequenceChanged = True Then
Call BuildAminoChain(gsFormattedCode, True)
End If
gbSequenceChanged = False
End Sub 10
Private Sub optNucleotids_Click(Index As Integer)
Dirn bShowOriginal As Boolean
If Index = 0 Then ’Original Clicked
bShowOriginal = True
Else ’Optimized Clicked 15
bShowOriginal = False
End If
Call RebuildChain(bShowOriginal)
End Sub
Name: frmStatistics.frm 20
Code:
VERSION 5.00
Begin VB.Form frmStatistics
Caption = "Statistics"
ClientHeight = 6450 25
ClientLeft = 60
ClientTop = 345
ClientWidth = 8595
Icon = "frmStatistics.frx":0000
LinkTopic = "formy1" 30
MDIChild = -1 True
ScaleHeight = 6450
ScaleWidth = 8595
Begin VB.Frame Frame1
Caption = original" 35
Height = 2655
Left = 120
TabIndex = 9
Top = 720
Width = 2175
Begia VB.Label lblAdenin
BorderStyle = 1 ’Fixed Single 5
Height = 495
Left = 840
TabIndex = 17
Top = 240
Width = 1215 10
End
Begin VB.Label lblCytosin
BorderStyle = 1 ’Fixed Single
Height = 495
Left = 840 15
TabIndex = 16
Top = 2040
Width = 1215
End
Begin VB.Label lblGuanin 20
BorderStyle = 1 ’Fixed Single
Height = 495
Left = 840
TabIndex = 15
Top = 1440 25
Width = 1215
End
Begin VB.Label lblThymin
BorderStyle = 1 ’Fixed Single
Height = 495 30
Left = 840
TabIndex = 14
Top = 840
Width = 1215
End 35
Begin VB.Label Label14
Caption = "Cytosin"
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 13
Top = 2160
Width = 615 5
End
Begin VB.label Label2
Caption = "Thymin"
Height = 255
Left = 120 10
TabIndex = 12
Top = 960
Width = 615
End
Begin VB.Label Label3 15
Caption = "Guanin"
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 11
Top = 1560 20
Width = 615
End
Begin VB.Label Label1
Caption = "Adenin"
Height = 255 25
Left = 120
TabIndex = 10
Top = 360
Width = 615 End
End 30
Begin VB.Frame Frame2
Caption = "optimized"
Height = 2655
Left = 2520
TabIndex = 0 35
Top = 720
Width = 2175
Begin VB.Label Label4
Caption = "adenin"
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 8 5
Top = 360
Width = 615
End
Begin VB.Label Label6
Caption = "Cytosin" 10
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 7
Top = 2160
Width = 615 15
End
Begin VB.Label Label8
Caption = "Guanin"
Height = 255
Left = 120 20
TabIndex = 6
Top = 1560
Width = 615
End
Begin VB.Label Label12 25
Caption = "Thymin"
Height = 255
Left = 120
TabIndex = 5
Top = 960 30
Width = 615
End
Begin VB.Label lblOptAdenin
BorderStyle = 1 ’Fixed Single
Height = 495 35
Left = 840
TabIndex = 4
Top = 240
Width = 1215
End
Begin VB.Label lblOptThymin
BorderStyle = 1 ’Fixed Single 5
Height = 495
Left = 840
TabIndex = 3
Top = 840
Width = 1215 10
End
Begin VB.Label lblOptGuanin
BodetSty4e = 1 ’Fixed Single
Height = 495
Left = 840 15
TabIndex = 2
Top = 1440
Width = 1215
End
Begin VB.Label lblOptCytosin 20
BorderStyle = 1 ’Fixed Single
Height = 495
Left = 840
TabIndex = 1
Top = 2040 25
Width = 1215
End
End
Begin VB.Label IblBases
BordetStyle = 1 ’Fixed Single 30
Height = 495
Left = 1320
TabIndex = 19
Top = 120
Width = 1215 35
End
Begin VB.Label Label5
Caption = "Sum of bases"
Height = 255
Left = 120
Tablndex = 18
Top = 240 5
Width = 1095
End
End
Attribute VB_Name = "frmStatistics"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False 10
Attribute VB_CReatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit
Private Sub Form_Activate() 15
Me.ZOrder
lblBases.Caption = CStr(glAminoCounter * 3)
lblAdenin.Caption = CStr(glAdenin)
lblThymin.Caption = CStr(glThymin)
IblGuanin.Caption = CStr(glGuanin) 20
lblCytosin.Caption = CStr(glCyrosin)
Call CountBases(frmOutPut.txtOptimized.Text)
lblCptAdeninoCaption = CStr(glOptAdenin)
lblOptThymin.Caption = CStr(glOptThymin)
lblOptGuanin.Caption = CStr(glOptGuanin) 25
lblOptCytosin.Caption = CStr(glOptCytosin)
End Sub
Name: frmOptions.frm
Code:
VERSION 5.00 30
Begin VB.Form frmOptions
Caption = "Options"
ClientHeight = 3915
ClientLeft = 60
ClientTop = 345 35
ClientWidth = 5760
Icon = "frmOptions.frx":0000
LinkTopic = "Form1"
MDIChild = -1 True
ScaleHeight = 3915
ScaleWidth = 5760
End 5
Attribute VB_Name = "frmOptions"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True
Attribute VB_Exposed = False 10
Option Explicit
Name: frmAbout.frm
Code:
VERSION 5.00
Begin VB.Form frmAbout 15
BorderStyle = 3 ’Fixed Dialog
Caption = "About Curevac RNA-Analyzer"
ClientHeight = 2490
ClientLeft = 2340
ClientTop = 1935 20
ClientWidth = 6195
ClipControls = 0 ’False
LinkTopic = "Form2"
MaxButton = 0 False
MmButton = 0 ’False 25
ScaleHeight = 1718.642
ScaleMode = 0 ’User
ScaleWidth = 5817.425
ShowInTaskbar = 0 ’False
Begin VB.PictureBox picIcon 30
AutoSize = -1 True
ClipControls = 0 False
Height = 1215
Left = 120
Picture = "fmtAbout.frx":0000 35
ScaleHeight = 811.195
ScaleMode = 0 ’User
ScaleWidth = 2401.98
TabIndex = 1
Top = 120
Width = 3480
End 5
Begin VB.CommandButton cmdOK
Cancel = -1 True
Caption = "OK"
Default = -1 True
Height = 345 10
Left = 2520
TabIndex = 0
Top = 2040
’Width = 1260
End 15
Begin VB.Label lblCompany
Caption = "lblCompany"
Height = 255
Left = 3720
TabIndex = 5 20
Top = 1200
Width = 2295
End
Begin VB.Line Line1
BorderColor = &H00808080& 25
BorderStyle = 6 ’Inside Solid
Index = 1
X1 = 112.686
X2 = 5746.996
Y1 = 1325218 30
Y2 = 1325218
End
Begin VB.Label lblDescription
Caption = "App Description"
ForeColor = &H00000000& 35
Height = 330
Left - 120
TabIndex = 2
Top = 1560
Width = 5925
End
Begin VB.Label lblTitle 5
Caption = "Application Title"
ForeColor = &H00000000&
Height = 360
Left = 3720
TabIndex = 3 10
Top = 240
Width = 2325
End
Begin VB.Line Line1
BorderColor = &H00FFFFFF& 15
BorderWidth = 2
Index = 0
X1 = 112.686
X2 = 5746.996
Y1 = 1325218 20
Y2 = 1325218
End
Begin VB.Label lblVersion
Caption = "Version"
Height = 225 25
Left = 3720
TabIndex = 4
Top = 720
Width = 2325
End 30
End
Attribute VB_Name = "frmAbout"
Attribute VB_GlobalNameSpace = False
Attribute VB_Creatable = False
Attribute VB_PredeclaredId = True 35
Attribute VB_Exposed = False
Option Explicit
Private Sub cmdOK_Click()
Unload Me
End Sub
Private Sub Form_Load()
Me.Caption = "About " & App.Title 5
lblVersion.Caption = Version " & App.Major & "." & App.Minor & "." & App.Revision
lblTitle.Caption = App.Title
lblDescription.Caption = App.FileDescnption
lblCompany.Caption = App.CompanyName
End Sub 10
LISTADO DE SECUENCIAS
<110> CureVac GmbH
<120> Composición farmacéutica que contiene un ARNm estabilizado y optimizado para la traducción en sus campos de codificación.
<130> CU01P003WOEPT4 15
<140> PCT/EP02/06180
<141> 2002-06-05
<160> 13
<170> PatentIn Ver. 2.1
<210> 1 20
<211> 774
<212> ADN
<213> Influenza virus
<220>
<223> Influenza-Matrix: Gen del tipo salvaje (para comparación) 25
<220>
<223> Codón de inicio: atg (Nucleótidos 11 a 13), codón de parada: tga (Nucleótidos 767 a 769)
<210> 2
<211> 252 30
<212> PRT
<213> virus de la gripe
>400> 2
5
<210> 3
<211> 775
<212> ADN
<213> Secuencia Artificial
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Gripe-Matrix: Gen con un mayor contenido de G/C
<220>
<223> Codón de inicio: atg (Nucleótidos 11 a 13), codón de parada: tag (Nucleótidos 767 a 769)
<400> 3 5
<210> 4
<211> 844
<212> ADN
<213> Secuencia Artificial 10
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Gripe-Matrix: Gen para forma segregada (con secuencia de señal N-terminal) con un mayor contenido de G/C
<220>
<223> Codón de inicio: atg (Nucleótidos 11 a 13), codón de parada tga (Nucleótidos 836 a 838) 15
<400> 4
<210> 5
<211> 942
<212> ARN 20
<213> Secuencia Artificial
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Gripe-Matrix: ARNm con secuencias de estabilización
<220>
<223> Las secuencias de estabilización provienen de los UTRs de 5' o 3' del ARNm de -globina de Xenopus laevis
<220>
<223> Codón de inicio: aug (Nucleótidos 56 a 58), Codón de parada: uga (Nucleótidos 812 a 814) 5
<400> 5
<210> 6
<211> 942 10
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Gripe-Matrix: ARNm con un mayor contenido de G/C y secuencias de estabilización 15
<220>
<223> Las secuencias de estabilización provienen de los UTRs de 5' o 3' del ARNm de -globina de Xenopus laevis
<220>
<223> Codón de inicio: aug (Nucleótidos 56 a 58), Codón de parada: uga (Nucleótidos 812 a 814)
<400> 6 20
<210> 7
<211> 1011
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial
<220> 5
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Gripe-Matrix: para ARNm con mayor contenido de G/C y secuencias de estabilización que codifican la forma segregada
<220>
<223> Codón de inicio: aug (Nucleótidos 56 a 58), Codón de parada: uga (Nucleótidos 881 a 883)
<400> 7 10
<210> 8
<211> 940
<212> ADN 15
<213> Homo Sapiens
<220>
<223> MAGE1: Gen de tipo salvaje (para comparación)
<220>
<223> Codón de inicio: atg (Nucleótidos 5 a 7), Codón de parada: tga (Nucleótidos 932 a 934) 20
<400> 8
<210> 9
<211> 308
<212> PRT
<213> Homo Sapiens 5
<220>
<223> Antígeno de tumor MAGE1: secuencia de proteínas
<400> 9
<210> 10
<211> 939
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial 5
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: MAGE1: ARNm con un mayor contenido de G/C
<220>
<223> Codón de inicio: aug (Nucleótidos 1 a 3), codón de parada: uga (Nucleótidos 937 a 939)
<400> 10
<210> 11 5
<211> 939
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: MAGE1: ARNm con utilización alternativa de codón. 10
<220>
<223> Codón de inicio: aug (Nucleótidos 1 a 3), codón de parada: uga (Nucleótidos 937 a 939)
<400> 11
<210> 12 15
<211> 7
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial
<220>
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Un motivo de secuencia reconocible para una endonucleasa, motivo de secuencia que está contenido en el segmento UTR 3' del gen que codifica el receptor de transferina (p. 10 de la descripción)
<400> 12
gaacaag 7 5
<210> 13
<211> 13
<212> ARN
<213> Secuencia Artificial
<220> 10
<223> Descripción de Secuencia Artificial: Secuencia Kozak, sitio de enlace de ribosomas (p. 12 de la descripción)
<400> 13
gccgccacca ugg 13
Claims (18)
- REIVINDICACIONES1. ARNm modificado que codifica como mínimo un péptido o un polipéptido viral antígeno, caracterizado porque el contenido de G/C del campo del ARNm modificado que codifica el péptido o polipéptido es mayor que el contenido de G/C del campo de codificación del ARNm del tipo salvaje que codifica el péptido o polipéptido, y la secuencia del aminoácido codificada permanece sin modificar frente al tipo salvaje. 5
- 2. ARNm modificado según la reivindicación 1, caracterizado porque el contenido de G/C del campo del ARNm modificado que codifica el péptido o polipéptido es como mínimo un 7%, preferentemente como mínimo un 15%, mayor que el contenido de G/C del campo de codificación del ARNm del tipo salvaje que codifica el péptido o polipéptido.
- 3. ARNm modificado según una de las reivindicaciones 1 a 2, caracterizado porque el ARNm modificado presenta 10 una estructura cap en 5’ y/o una cola poliA de como mínimo 70 nucleótidos y/o un IRES y/o una secuencia de estabilización de 5' y/o una secuencia de estabilización de 3'.
- 4. ARNm modificado según una de las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado porque el ARNm modificado tiene como mínimo un nucleótido análogo de procedencia natural.
- 5. ARNm modificado según la reivindicación 4, caracterizado porque el análogo se selecciona de entre el grupo 15 compuesto por fosfotioatos, fosfoamidatos, nucleótidos peptídicos, metilfosfonatos, 7-deazaguanosina, 5-metilcitosina e inosina.
- 6. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, caracterizado porque el antígeno viral proviene de la forma segregada de un antígeno de superficie.
- 7. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, caracterizado porque el ARNm codifica un 20 antígeno de superficie de gérmenes virales patógenos.
- 8. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, caracterizado porque el ARNm está asociado o unido a una proteína o un péptido catiónico.
- 9. ARNm modificado según la reivindicación 8, caracterizado porque la proteína o el péptido catiónico se selecciona de entre el grupo consistente en protamina, poli-L-lisina e histonas. 25
- 10. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, caracterizado porque el polipéptido es un poliepitope de antígenos virales.
- 11. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, caracterizado porque el ARNm modificado es un ARNm multicistrónico.
- 12. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, caracterizado porque el ARNm codifica 30 además al menos una citoquina.
- 13. ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, caracterizado porque el ARN multicistrónico presenta más de una secuencia IRES, seleccionándose las secuencias IRES en especial entre picornavirus (por ejemplo FMDV), virus de la peste (CFFV), virus de la poliomelitis (PV), virus de encefalo-miocarditis (ECMV), virus de la fiebre aftosa (FMDV), virus de la hepatitis C (HCV), virus clásicos de la fiebre porcina (CSFV), virus de 35 leucoma murino (MLV), virus de la inmunodeficiencia del simio (SIV) o virus de la parálisis de cricket (CrPV).
- 14. Composición farmacéutica caracterizada porque contiene el ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13 junto con un excipiente y/o vehículo farmacéuticamente compatible.
- 15. Composición farmacéutica según la reivindicación 14, caracterizada porque contiene como mínimo un adyuvante que estimula la reacción inmunológica. 40
- 16. Composición farmacéutica según cualquiera de las reivindicaciones 14 ó 15, que contiene como mínimo además una citoquina.
- 17. Utilización de una composición farmacéutica según cualquiera de las reivindicaciones 14 a 16 o de un ARNm modificado según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13 para la preparación de una vacuna para la vacunación contra enfermedades infecciosas virales. 45
- 18. Utilización de una composición farmacéutica según la reivindicación 17 para la preparación de una vacuna para la vacunación contra SIDA, hepatitis A, B ó C, herpes, herpes Zoster, rubéola, dengue, enfermedades infecciosas hemorrágicas, fiebre amarilla y gripe.
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