ES2325393T3 - Aparato poroso de flujo a traves microfabricado para la deteccion diferenciada de reacciones de union. - Google Patents
Aparato poroso de flujo a traves microfabricado para la deteccion diferenciada de reacciones de union. Download PDFInfo
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Abstract
Dispositivo microfabricado para unir una especie molecular, que comprende: un elemento de soporte superior que presenta unos pocillos, adherido a un sustrato de oblea de vidrio nanoporoso que presenta superficies primera y segunda en dirección opuesta; una multiplicidad de canales que se extienden a través del sustrato desde la primera superficie hasta la segunda superficie; un primer reactivo de unión inmovilizado en un primer grupo de los canales, formando una primera región diferenciada y aislada; y un segundo reactivo de unión inmovilizado en un segundo grupo de los canales, formando una segunda región diferenciada y aislada; en el que cada región diferenciada y aislada presenta una dimensión máxima de 5 a 2000 mim, la separación entre regiones adyacentes está comprendida entre 0,1 y 10 veces dicha dimensión máxima, y el sustrato presenta un espesor comprendido entre 10 y 500 mim.
Description
Aparato poroso de flujo a través microfabricado
para la detección diferenciada de reacciones de unión.
Actualmente están desarrollándose diversas
formas de reacciones de hibridación en red bajo el título común
"secuenciación por hibridación" (SBH). Se incluyen las
versiones de "formato 1" de SBH, que implican la hibridación
por etapas de sondas de oligonucleótidos diferentes con redes de
muestras de ADN dispuestas en cuadrícula sobre membranas, e
implementaciones de "formato 2", que implican la hibridación de
una única "secuencia diana" de ácido nucleico a una red de
sondas de oligonucleótidos ancladas a una superficie plana o
inmovilizadas dentro de una matriz de gel delgada. El término
"genosensor" ha hecho referencia hasta el momento a una forma
de SBH en la que los oligonucleótidos están anclados a la superficie
en una red bidimensional y sirven como elementos de reconocimiento
para secuencias complementarias presentes en una secuencia
"diana" de ácido nucleico. El concepto de genosensor incluye
además dispositivos microfabricados en los que los componentes
microelectrónicos están presentes en cada sitio de prueba,
permitiendo una rápida detección que puede dirigirse de la
hibridación a lo largo de la red.
La presente invención se define en la
reivindicación 1. Por ejemplo, proporciona un genosensor de flujo a
través novedoso, en el que los elementos de reconocimiento de ácido
nucleico están inmovilizados dentro de canales o poros rellenos
densamente, dispuestos en pequeñas extensiones a lo largo de una
oblea de un material de soporte sólido. Están disponibles técnicas
de microfabricación conocidas para producir sílice porosa y vidrio
con microcanales o nanocanales útiles como obleas de soporte. Los
genosensores de flujo a través utilizan una variedad de
procedimientos de detección convencionales, que incluyen componentes
de detección electrónicos y ópticos microfabricados, una película,
redes de dispositivos acoplados por carga, sistemas de cámara y
tecnología de almacenamiento de fósforo.
Se obtienen las siguientes ventajas para el
aparato de flujo a través novedoso en la presente memoria en
comparación con diseños de superficie plana conocidos:
- (1)
- sensibilidad de detección mejorada debido al área superficial enormemente aumentada, que aumenta la cantidad de ácido nucleico unido por área de sección transversal;
- (2)
- minimización de una etapa de difusión limitadora de la velocidad antes de la reacción de hibridación (reduciendo el tiempo requerido para que la molécula diana promedio encuentre una sonda anclada a la superficie desde horas hasta milisegundos), acelerando la hibridación y posibilitando la discriminación de un apareamiento erróneo tanto en las reacciones directas como en las inversas;
- (3)
- posibilitar el análisis de disoluciones diluidas de ácido nucleico debido a su capacidad para hacer fluir gradualmente la disolución a través de la oblea porosa;
- (4)
- facilitación de rondas posteriores de hibridación que implican el suministro de sondas a sitios específicos dentro de la red de hibridación;
- (5)
- facilitación de la recuperación de ácidos nucleicos unidos desde sitios de hibridación específicos dentro de la red, posibilitando el análisis adicional de tales moléculas recuperadas; y
- (6)
- facilitación de la unión química de moléculas de sonda a la superficie dentro de cada región aislada debido a que se evita el rápido secado de pequeñas gotitas de disolución de sonda sobre las superficies planas expuestas a la atmósfera.
La presente invención proporciona
específicamente dispositivos porosos, microfabricados con densidad
alta y densidad ultra-alta novedosos para la
realización y detección de reacciones de unión. En particular, la
presente invención proporciona "genosensores" mejorados y
procedimientos para la utilización de los mismos en la
identificación o caracterización de secuencias de ácido nucleico a
través de hibridación con sonda de ácido nucleico con muestras que
contienen un ácido polinucleico no caracterizado, por ejemplo, ADNc,
ARNm, ADN recombinante, fragmentos de reacción en cadena de la
polimerasa (PRC) o similares, así como otras biomoléculas.
Durante la última década la tecnología de
microfabricación ha revolucionado la industria electrónica y ha
posibilitado la miniaturización y automatización de procesos de
fabricación en numerosas industrias. El impacto de la tecnología de
microfabricación en la investigación biomédica puede verse en la
creciente presencia en el laboratorio de robótica e instrumentos
analíticos controlados por microprocesadores, que es particularmente
evidente en laboratorios dedicados a la secuenciación y el mapeo
genómicos de alto rendimiento. El Proyecto Genoma Humano es un
ejemplo excelente de una tarea cuya rentabilidad económica se
beneficiaría enormemente de dispositivos de hibridación de densidad
alta y de densidad ultra-alta microfabricados que
pueden aplicarse ampliamente en la secuenciación y el mapeo
genómicos.
La hibridación de ADN inmovilizados en membrana
con sondas de ADN marcadas es un procedimiento analítico ampliamente
utilizado en el mapeo genómico. Los dispositivos robóticos
posibilitan actualmente la disposición en cuadrículas de
10.000-15.000 ADN diana diferentes sobre una
membrana de 12 cm x 8 cm. Drmanac, R., Drmanac, S., Jarvis, J. y
Labat, I. 1993. en Venter, J.C. (Ed.), Automated DNA Sequencing
and Analysis Techniques, Academic Press, en prensa, y
Meier-Ewert, S., Maier, E., Ahmadi, A., Curtis, J. y
Lehrach, H. 1993. Science 361:375-376. La
hibridación de sondas de ADN a filtros de este tipo presenta
numerosas aplicaciones en el mapeo genómico, incluyendo la
generación de bibliotecas ordenadas linealmente, el mapeo de
segmentos genómicos clonados con respecto a cromosomas específicos
o megaYAC, la conexión cruzada de secuencias clonadas en bibliotecas
genómicas y de ADNc, etc. Iniciativas recientes en "secuenciación
por hibridación" (SBH) presentan como objetivo redes de
hibridación de densidad alta miniaturizadas. Una seria limitación
para la miniaturización de redes de hibridación en membranas o en
superficies planas es la cantidad de ADN presente por área unitaria
de sección transversal, que (en una superficie bidimensional) es
función del área superficial. Este parámetro determina el
rendimiento de ADN hibridado y por tanto la sensibilidad de
detección.
Actualmente están desarrollándose genosensores,
o "chips de ADN" miniaturizados en diversos laboratorios para
el análisis por hibridación de muestras de ADN. Los chips de ADN
emplean normalmente redes de sondas de ADN ancladas a superficies
planas, por ejemplo, Fodor, S.P.A., Read, J.L., Pirrung, M.C.,
Stryer, L., Lu, A.T. y Solas, D. 1991. Science
251:767-773, Southern, E.M., Maskos, U. y Elder,
J.K. 1992. Genomics 13:1008-1017, Eggers, M.D.,
Hogan, M.E., Reigh, R.K., Lamture, J.B., Beattie, K.L., Hollis,
M.A., Ehrlich, D.J., Kosicki, B.B., Shumaker, J.M., Varma, R.S.,
Burke, B.E., Murphy, A. y Rathman, D.D. 1993. Advances in DNA
Sequencing Technology, SPIE Conference, Los Angeles, CA, y Beattie,
K., Eggers, M., Shumaker, J., Hogan, M., Varma, R., Lamture, J.,
Hollis, M., Ehrlich, D. y Rathman, D. 1993. Clin. Chem. 39:
719-722, para obtener un patrón de hibridación que
refleje la secuencia de nucleótidos del ADN diana. El límite de
detección para la hibridación en genosensores de superficie plana,
como en la hibridación sobre membrana, está limitado por la cantidad
de ADN que puede unirse a un área bidimensional.
Otra limitación de estos enfoques de la técnica
anterior es el hecho de que un diseño de superficie plana introduce
una etapa limitadora de la velocidad en la reacción de hibridación,
es decir, la difusión de moléculas diana a lo largo de distancias
relativamente largas antes de encontrar las sondas complementarias
sobre la superficie. Por el contrario, el aparato microfabricado
según la presente invención está diseñado para superar las
limitaciones inherentes en los materiales de hibridación en fase
sólida actuales, eliminando la etapa limitada por difusión en
hibridaciones en superficie plana y aumentando la densidad en
sección transversal de ADN.
Normalmente los dispositivos de genosensor
microfabricados se caracterizan por un tamaño físico compacto y la
densidad de componentes ubicados en el mismo. Los dispositivos de
unión microfabricados conocidos son normalmente aparatos de tipo
oblea rectangulares con un área superficial de aproximadamente un
cm^{2}, por ejemplo, 1 cm x 1 cm. Las regiones unidas en tales
dispositivos están normalmente presentes en una densidad de
10^{2}-10^{4} regiones/cm^{2}, aunque se ha
considerado la conveniencia de construir aparatos con densidades
mucho mayores como un objetivo importante. Véase Eggers y Beattie,
citados anteriormente, para una discusión de estrategias para la
construcción de dispositivos con densidades mayores para las
regiones unidas.
Es conocido que los aparatos microfabricados tal
como se describen en la presente memoria son útiles para una
variedad de tareas analíticas, incluyendo análisis de secuencias de
ácido nucleico por hibridación (SBH), análisis de patrones de
expresión génica por hibridación de ARNm celular a una red de sondas
específicas para genes, análisis inmunoquímico de mezclas de
proteínas, mapeo de epítopos, ensayo de interacciones
receptor-ligando y obtención de perfiles de
poblaciones celulares que implican la unión de moléculas de la
superficie celular a receptores o ligandos específicos
inmovilizados dentro de sitios de unión individuales. Aunque el
análisis de ácido nucleico es una utilización principal para un
microaparato de este tipo, se aplica ventajosamente en una amplia
gama de reacciones de unión molecular que implican moléculas
pequeñas, macromoléculas, partículas y sistemas celulares. Véanse,
por ejemplo, las utilizaciones descritas en la solicitud PCT
publicada WO 89/10977.
Habitualmente, el aparato microfabricado se
utiliza junto con una tecnología de detección conocida adaptada
particularmente para discriminar entre regiones unidas en las que ha
tenido lugar una unión y aquellas en las que no se ha producido
ninguna unión y para cuantificar el grado relativo de unión en
diferentes regiones unidas. En la detección de secuencias de ADN y
ARN se utilizan ventajosamente autorradiografía y detección óptica.
La autorradiografía se realiza utilizando muestras marcadas con
^{32}P o ^{35}S. Para aplicaciones de análisis de secuencias de
ADN tradicionales, los fragmentos de ácido nucleico están marcados
en el extremo con ^{32}P y estos fragmentos marcados en el
extremo se separan por tamaño y después se colocan adyacentes a una
película de rayos x según sea necesario para exponer la película,
una función de la cantidad de radiactividad adyacente a una región
de película. Alternativamente pueden utilizarse procedimientos de
detección con un phosphorimager.
La detección óptica de receptores marcados con
fluorescente se emplea también en detección. En la secuenciación
tradicional, un colorante fluorescente específico para base de ADN
se une covalentemente a los cebadores de oligonucleótidos o a los
didesoxinucleótidos terminadores de cadena utilizados junto con la
ADN polimerasa. Se elige la longitud de onda de absorción apropiada
para cada colorante y se utiliza para excitar el colorante. Si los
espectros de absorción de los colorantes están próximos entre sí,
puede elegirse una longitud de onda específica para excitar el
conjunto completo de colorantes. Una técnica de detección óptica
particularmente útil implica la utilización de bromuro de etidio,
que tiñe los ácidos nucleicos dúplex. La fluorescencia de estos
colorantes muestra un aumento de aproximadamente veinte veces cuando
está unida a ADN o ARN dúplex, en comparación con la fluorescencia
mostrada por el colorante sin unir o el colorante unido a ADN
monocatenario. Este colorante se utiliza ventajosamente para
detectar la presencia de ácido polinucleicos hibridados.
Un procedimiento de detección sumamente
preferido es una red de dispositivo acoplado por carga o red de CCD.
Con la red de CCD, un pixel individual o un grupo de píxeles dentro
de la red de CCD se coloca adyacente a cada región confinada del
sustrato en la que ha de realizarse la detección. La atenuación de
la luz, provocada por una mayor absorción de una luz de iluminación
en sitios de prueba con moléculas hibridadas, se utiliza para
determinar los sitios en los que ha tenido lugar la hibridación.
También pueden utilizarse cámaras de CCD a base de lentes.
Alternativamente, puede construirse un aparato
de detección de tal manera que puedan medirse la detección de
cambios en la conductancia de CA o la disipación de un condensador
colocado contiguo a cada región confinada. De manera similar,
formando una línea de transmisión entre dos electrodos contiguos a
cada región confinada, pueden medirse las moléculas hibridadas
mediante la pérdida de radiofrecuencia (RF). Los procedimientos
preferidos para su utilización en la presente memoria se describen
en, Optical and Electrical Methods and Apparatus for Molecule
Detection, solicitud PCT publicada WO 93/22678, publicada el 11
de noviembre de 1993.
Igualmente se conocen procedimientos para
adherir muestras de biomoléculas sustancialmente homogéneas de una
estructura predeterminada a las regiones confinadas del
microaparato. Un procedimiento preferido para hacer esto es adherir
estas biomoléculas covalentemente a superficies tales como películas
de oro o vidrio. Por ejemplo, se conocen procedimientos para
adhesiones de sondas de oligonucleótidos a superficies de vidrio.
Se introduce una amina primaria en un extremo terminal durante la
síntesis química del mismo. Opcionalmente, una o más unidades de
trietilenglicol pueden introducirse entre las mismas como unidades
espaciadoras. Tras derivatizar la superficie de vidrio en la región
confinada con epoxisilano, el extremo terminal de amina primaria
del oligonucleótido puede unirse covalentemente a la misma.
Véase Beattie, et al., citado
anteriormente, para una descripción adicional de esta tecnología
para fijar las biomoléculas predeterminadas en las regiones unidas
del aparato microfabricado.
Khrapko, K.R., et al., A method for
DNA sequencing by hybridization with oligonucleotide matrix, J.
DNA Sequencing and Mapping, 1:375-388 (1991),
Drmanac, Radoje, et al., Sequencing by hybridization:
Towards an automated sequencing of one million M13 clones arrayed on
membranes Electrophoresis 13: 566-573 (1992),
Meier-Ewert, Sebastian, An automated approach to
generating expressed sequence catalogues, Nature
361:375-376 (1993), Drmanac, R., et al., DNA
Sequence Determination by Hybridization: A Strategy for
Efficient Large-Scale Sequencing, Science 260:
1649-1652 (1993), Southern, E.M., et al.,
Analyzing and Comparing Nucleic Acid Sequences by Hybridization
to Arrays of Oligonucleotides: Evaluation Using Experimental
Models, Genomics 13:1008-1017 (1992), y Saiki,
Randall K., et al., Genetic analysis of amplified DNA
with immobilized sequence-specific oligonucleotide
probes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6230-6234
(1989) describen determinaciones de secuencia por hibridación,
incluyendo por medio de la utilización de redes de oligonucleótidos
adheridas a una matriz o sustrato. Eggers, Mitchell D., et
al., Genosensors: microfabricated devices for automated DNA
sequence analysis, SPIE Proceedings Series, Advances in DNA
Sequence Technology, Proceedings Preprint, The International
Society for Optical Engineering, 21 de enero de 1993; Beattie,
Kenneth, et al., Genosensor Technology, Clinical
Chemistry 39:719-722 (1993); Lamture, J.B., et
al., Direct detection of nucleic acid hybridization on the
surface of a charge coupled device, Nucl. Acids Res. 22:
2121-2124 (1994); y Eggers, M., et al., A
microchip for quantitative detection of molecules utilizing
luminescent and radioisotope reporter groups, Biotechniques 17:
516-525 (1994) describen las metodologías y
estrategias generales para diseñar dispositivos microfabricados
útiles en la secuenciación por hibridación (SBH) para ADN.
La presente invención se define en la en
reivindicación 1. Las características preferidas se definen en las
reivindicaciones subordinadas.
Los dispositivos de la presente invención se
utilizan para caracterizar o identificar de otra manera las
especiales moleculares que pueden unirse de manera controlada a
biomoléculas de la misma manera y utilizando los mismos regímenes
de unión que los conocidos en la técnica. Aunque las utilizaciones
de estos dispositivos novedosos incluyen la unión
anticuerpo-antígeno y
ligando-receptor, una utilización principal de la
presente invención es en el campo del análisis de secuencias de
ácido nucleico. Dos propiedades fundamentales del ADN son vitales
para sus funciones de codificación y replicación en la célula:
- (1)
- La disposición de "bases" [adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T)] en una secuencia específica a lo largo de la cadena de ADN define la estructura genética de un individuo. Las diferencias de secuencias de ADN explican las diferencias de características físicas entre las especies y entre diferentes individuos de una especie dada
- (2)
- Una cadena de ADN puede aparearse específicamente con otra cadena de ADN para formar una estructura bicatenaria en la que las bases están apareadas mediante un puente de hidrógeno específico: A se aparea con T y G se aparea con C. También se produce un apareamiento específico entre ADN y otro ácido nucleico, ácido ribonucleico (ARN), en el que el uracilo (U) en el ARN muestra las mismas propiedades de apareamiento de bases que T en el ADN.
El patrón específico de apareamiento de bases (A
con T o U y G con C) es vital para el funcionamiento apropiado de
los ácidos nucleicos en las células y comprende también medios
sumamente específicos para el análisis de secuencias de ácido
nucleico fuera de la célula. Una cadena de ácido nucleico de
secuencia de bases específica puede utilizarse como elemento de
reconocimiento de secuencias para "examinar con sonda" la
presencia de la secuencia perfectamente "complementaria"
dentro de una muestra de ácido nucleico (Conner, et al.,
Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A., 80:278-282
(1983)). Por tanto, si una muestra de ADN o ARN "se aparea" o
"se hibrida" con una "sonda" de ácido nucleico que
contiene una secuencia de bases específica, la sonda se unirá a la
cadena "diana" de ácido nucleico sólo si hay una
complementariedad de secuencias perfecta (o casi perfecta) entre la
sonda y la diana. El acontecimiento de hibridación que indica la
presencia de una secuencia de bases específica en una muestra de
ácido nucleico se detecta normalmente mediante la inmovilización de
la muestra de ácido nucleico o la sonda sobre una superficie,
seguido por la captura de una "etiqueta" (por ejemplo,
radiactividad o fluorescencia) portada por la secuencia
complementaria.
La hibridación de ADN se ha empleado para
examinar con sonda la identidad o diferencia de secuencia entre
muestras de ADN, por ejemplo en la detección de mutaciones dentro de
regiones genéticas específicas (Kidd, et al., N. Engl. J.
Med., 310: 639-642 (1984); Saiki, et al., N.
Engl. J. Med., 319: 537-541 (1988); Saiki, et
al., Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A.,
86:6230-6234 (1989)). Aunque el análisis por sonda
de ADN es un medio útil para la detección de mutaciones asociadas
con enfermedades genéticas, los procedimientos actuales están
limitados por la necesidad de realizar una reacción de hibridación
separada para la detección de cada mutación. Muchas enfermedades
genéticas humanas, por ejemplo, el cáncer (Hollstein, et al.,
Science, 253:49-53 (1991)) están asociadas con
alguna de un gran número de mutaciones distribuidas en muchas
ubicaciones dentro de los genes afectados. En estos casos ha sido
necesario emplear procedimientos de secuenciación de ADN laboriosos
para identificar las mutaciones asociadas con la enfermedad. El
problema se agrava cuando existe la necesidad de analizar un gran
número de muestras de ADN, que implican poblaciones de individuos.
La detección de mutaciones inducida por la exposición a radiación o
productos químicos genotóxicos es de interés en las pruebas
toxicológicas y la exploración de poblaciones, pero de nuevo,
actualmente se necesitan procedimientos laboriosos, costosos y que
requieren mucho tiempo para tales análisis mutacionales.
Además de provocar enfermedades genéticas, las
mutaciones también son responsables de polimorfismos de secuencias
de ADN entre elementos individuales de una población. Los
polimorfismos genéticos son cambios de secuencias de ADN en
cualquier locus genético dado que se mantienen en una fracción
significativa de los individuos dentro de una población. Los
polimorfismos de secuencias de ADN pueden servir como marcadores
útiles en el mapeo genético cuando los cambios de las secuencias de
ADN detectables están ligados estrechamente a marcadores
fenotípicos y se producen con una frecuencia de por lo menos el 5%
de los individuos dentro de una población. Además, los
polimorfismos se emplean en identificación forense y pruebas de
paternidad. Los procedimientos empleados actualmente para detectar
polimorfismos genéticos implican búsquedas laboriosas de
"polimorfismos de la longitud de fragmentos de restricción"
(RFLPS) (Lander y Bottstein, Proc, Natl. Acad, Sci., U.S.A.,
83:7353-7357 (1986)), la utilización igualmente
laboriosa de análisis de longitud del ADN por electroforesis en
gel, combinado con un procedimiento de amplificación de ADN que
utiliza cebadores de oligonucleótidos de secuencia arbitraria
(Williams, et al., Nucl. Acids Res., 18:
6531-6535 (1991); Welsh y McClelland, Nucl. Acids
Res., 18:7213-7218 (1991)), y el análisis por
electroforesis en gel de secuencias de repetición en tándem cortas
de longitud variable) en ADN genómico. Weber, James L., Genomics 7:
524-530 (1990) y Weber, James L., Am. J. Hum. Genet.
44: 388-396 (1989).
Otra clase de variación de secuencias de ADN es
la que se produce entre especies de organismos, que es de
importancia por varios motivos. En primer lugar, la identificación
de diferencias de secuencia entre especies puede ayudar en la
determinación de la base molecular de diferencias fenotípicas entre
especies. En segundo lugar, un estudio de la variación de
secuencias dentro de un gen específico entre numerosas especies
relacionadas puede aclarar un espectro de sustituciones de
aminoácidos admisibles dentro del producto proteico codificado por
el gen, y esta información es valiosa para la determinación de las
relaciones estructura-función y en programas de
ingeniería proteica. Sin embargo, este tipo de comparación de
secuencias de ADN seleccionadas como diana es extremadamente
laboriosa, requiere mucho tiempo y es costosa si se lleva a cabo
mediante la metodología de secuenciación de ADN actual.
Adicionalmente, la variación de secuencias genéticas puede formar
la base de la identificación específica de organismos, por ejemplo,
microorganismos infecciosos.
El aparato de la presente invención se emplea en
una variedad de tareas analíticas, incluyendo análisis de
secuencias de ácido nucleico por hibridación, análisis de patrones
de expresión génica por hibridación de ARNm celular a una red de
sondas específicas para genes, análisis inmunoquímico de mezclas de
proteínas, mapeo de epítopos, ensayo de interacciones
receptor-ligando y obtención de perfiles de
poblaciones celulares que implican la unión de moléculas de la
superficie celular a receptores o ligandos específicos inmovilizados
dentro de sitios de unión individuales. Aunque en esta descripción
se enseña específicamente el análisis de ácido nucleico, la
presente invención puede aplicarse igualmente a una amplia gama de
reacciones de unión moleculares que implican moléculas pequeñas,
macromoléculas, partículas y sistemas celulares.
La figura 1 representa la utilización de una red
de pocillos de muestra de sección decreciente que comprenden un
elemento de soporte de refuerzo para la oblea porosa que contiene
canales de 0,1 - 10 micras de diámetro que comprenden la región de
unión para las biomoléculas fijadas en la misma. Tal como se
describe posteriormente, la región de unión es una oblea de vidrio
microporoso o nanoporoso a la que está adherida la capa polimérica
superior.
La figura 2 representa el empaquetamiento de un
sustrato de oblea en una cámara inferior sellada a la que puede
aplicarse vacío de modo que el material aplicado en un depósito
superior entra en contacto con la superficie superior del sustrato
poroso y se conduce a través de los pocillos de muestra. En la
figura 2 se representa específicamente la utilización de una junta
tórica de Delrin que comprende el sello de la cámara inferior de
oblea.
La figura 3 representa el mismo aparato de
cámara inferior de oblea que contiene vacío de la figura 2 con una
cámara superior presurizada adicionalmente opcional. De nuevo, tal
como se representa, la cámara superior está sellada por la
utilización de una junta tórica de Delrin.
La figura 4 proporciona una representación
esquemática idealizada de los resultados de un ensayo de detección
de mutación hprt en un dispositivo según la presente
invención. La secuencia representada en el lado izquierdo de la
figura corresponde a los nucleótidos 23-55 de la SEC
ID nº: 2. Una de las dos secuencias en el lado derecho de la figura
corresponde a los nucleótidos 3-22 de la SEC ID nº:
4 (secuencia con A en la 16ª posición desde la izquierda) y la otra
a los nucleótidos 3-22 de la SEC ID nº: 5 (secuencia
inferior con G sustituyendo a A en la posición 16).
La presente invención se entenderá más
fácilmente mediante las siguientes formas de realización
preferidas:
Se utilizan dos tipos de redes de vidrio con
nanocanales desarrolladas en el Naval Research Laboratory como
estructuras de soporte nanoporosas de alta área superficial para
anclar las sondas o dianas de ADN para la hibridación. Los
materiales de NCG son estructuras de vidrio especiales que contienen
una red geométrica regular de canales u orificios paralelos de tan
sólo 33 nm de diámetro o de hasta varios micrómetros de diámetro.
Véase Tonucci, R.J., Justus, B.L., Campillo, A.J. y Ford, C.E. 1992.
Science 258:783-785. Estas estructuras de vidrio
con nanocanales pueden presentar densidades de relleno de más de
3x10^{10} canales por centímetro cuadrado, fabricadas en diversas
configuraciones de red. Una variedad de materiales puede
inmovilizarse en, o fijarse a, las superficies de vidrio dentro de
los canales de la red de NCG, para dar una alta razón de área
superficial con respecto a volumen.
Las redes de vidrio con nanocanales se fabrican
disponiendo vidrios distintos en una configuración predeterminada,
en la que por lo menos un tipo de vidrio puede habitualmente
atacarse químicamente con ácido. La construcción de una red de
empaquetamiento compacto hexagonal bidimensional comienza con la
inserción de una varilla de vidrio cilíndrica que puede atacarse
químicamente con ácido (denominada el vidrio de canal) en un tubo de
vidrio inerte (denominado vidrio de matriz) cuyas dimensiones
internas coinciden con las de la varilla. Entonces se retira el par
a vacío para reducir la sección transversal global hasta la de un
filamento fino. Entonces se apilan, vuelven a fundirse y se retiran
de nuevo los filamentos. Se continúa con este proceso hasta que se
consiguen diámetros de canal apropiados y el número deseado de
elementos de red. Ajustando la razón del diámetro de la varilla de
vidrio que puede atacarse químicamente a la de la dimensión externa
del tubo de vidrio inerte, la separación de centro a centro de las
varillas y sus diámetros en el producto terminado se vuelven
parámetros ajustables independientemente.
Una vez completado el proceso de fabricación, el
material de NCG se coloca como oblea perpendicular a la dirección
de los canales con una sierra de diamante y entonces se pule para
producir secciones de material de 0,1-1,0 mm.
Entonces se elimina por ataque químico con una disolución ácida el
vidrio con canales de la estructura de red.
Una disposición de empaquetamiento compacto
hexagonal de vidrios con canales, tras ataque químico con ácido,
contiene normalmente 10^{7} canales y es uniforme en toda su
extensión. El diámetro de canal es normalmente de 450 nm y la
separación de centro a centro es de aproximadamente 750 nm. El tipo
de estructura de red descrita anteriormente es útil en el montaje
de hibridación de red de NCG según la presente invención. En esta
configuración, la estructura de pocillos de muestra de sección
decreciente define cada grupo de canales que sirve como sitio de
prueba de hibridación específico.
Un segundo tipo de estructura de red hexagonal,
en la que se forman agrupaciones separadas de canales durante el
proceso de fabricación, muestra una estructura de red abierta con
diámetros de canal típicos de 300 nm. La estructura de vidrio
global consiste en una red de subredes de 18 \mum de diámetro,
sirviendo cada una para contener una diana o sonda de ADN
específica, y separada normalmente 25 \mum de las redes
adyacentes.
Se unen las redes de NCG de hibridación
descritas en el ejemplo 1 en el lado superior a una capa polimérica
que contiene una red de orificios que están alineados con la red de
haces de nanocanales y sirven como pocillos de muestra para la
colocación de una muestra sustancialmente homogénea de una
biomolécula (por ejemplo, una única clase de ADN) dentro de cada
sitio de hibridación. Esta red de pocillos de muestra polimérica
también proporciona soporte físico a la frágil oblea de NCG.
Se fabrica la red polimérica de orificios
utilizando los procedimientos conocidos en la técnica. Por ejemplo,
esta capa polimérica adecuada para su utilización en la presente
memoria puede obtenerse de MicroFab Technologies, Inc. Se fabrican
los orificios utilizando mecanizado por láser excimer. Se prefiere
este procedimiento porque se emplea la tecnología existente
permitiendo una fabricación de bajo coste/gran volumen, tal como
está haciéndose actualmente en la industria de la
microelectrónica.
El desarrollo de la red polimérica comprende
cuatro tareas: (1) selección de materiales; (2) mecanizado por
ablación y desarrollo de proceso; (3) mecanizado por laminación y
desarrollo de proceso; y (4) producción de redes poliméricas de
densidad alta y densidad ultra-alta. Estas tareas se
realizan tal como sigue:
Parte
A
Los materiales útiles en la red polimérica son
polímeros rellenos, resinas epoxídicas y materiales compuestos
relacionados (por ejemplo, de tipo "placa de circuitos"). Dado
que es un proceso convencional en la industria de la
microelectrónica, la presente invención emplea de la manera más
ventajosa materiales poliméricos con el adhesivo aplicado por el
vendedor comercial del material, por ejemplo, una poliamida con una
capa de 12 \mum de espesor de un adhesivo (de termocurado) de
fase B.
Los requisitos principales para el material de
red polimérica que va a utilizarse son:
- 1.
- Alta idoneidad para mecanizado por láser excimer:
- i.
- alta absorción en UV (por ejemplo, >4x10^{5}/cm a 193 nm),
- ii.
- alta tasa de ataque por láser (por ejemplo, 0,5 \mum/pulso) y baja conicidad del orificio (reducción del diámetro del orificio con la profundidad en el material, por ejemplo, <3º);
- 2.
- Que pueda obtenerse en espesores de hasta 1 mm;
- 3.
- Que pueda obtenerse con adhesivo de fase B en un lado tanto que pueda someterse a ablación por láser como que sea adecuado para unirse a la oblea nanoporosa;
- 4.
- Alta rigidez y estabilidad térmica (para mantener una alineación exacta de las características de oblea de NCG y pocillo de muestra durante la laminación);
- 5.
- Compatibilidad con disoluciones de ADN (es decir, baja unión no específica).
Parte
B
El mecanizado por láser excimer con máscara de
contacto es una técnica de procesamiento preferida debido a que es
una técnica de menor coste que el mecanizado por láser excimer con
máscara de proyección. Sin embargo, se emplea una máscara de
proyección cuando el tamaño característico es menor que 50 \mum.
Se fabrican una o más máscaras con una variedad de tamaños y formas
de patrón, junto con elementos de fijación para sujetar la máscara
y el material que va a someterse a ablación. Estas máscaras se
emplean para determinar el material óptimo para el mecanizado por
láser y las condiciones de mecanizado óptimas (es decir, tamaño de
orificio de la máscara, densidad de energía, tasa de entrada,
etc.). Se utilizan microscopía electrónica de barrido y microscopía
óptica para inspeccionar las piezas mecanizadas por láser excimer y
para cuantificar las dimensiones obtenidas, incluyendo la variación
en las dimensiones.
Además de someter a ablación a los pocillos de
muestra en el material polimérico, también se somete a ablación el
material adhesivo. Esta segunda ablación se realiza de modo que el
diámetro del orificio en el adhesivo se hace más grande que el
diámetro del pocillo de muestra en el lado del adhesivo del material
polimérico. Esto impide que el adhesivo se disperse en el pocillo
de muestra y/o el vidrio nanoporoso durante la laminación.
Parte
C
El desarrollo del proceso de laminación inicial
se lleva a cabo utilizando material polimérico no sometido a
ablación (o alternativamente, utilizando portaobjetos de vidrio y/u
obleas de sílice). La temperatura de curado, la presión y la
fijación se optimizan durante este desarrollo de proceso. Después de
esto, se emplean los parámetros de procesamiento optimizados para
laminar tanto las obleas nanoporosas como las redes poliméricas. La
laminación final se realiza de tal modo que la alineación de las dos
capas crea pocillos funcionales.
Parte
D
Se determinan los parámetros de láser excimer y
los patrones de máscara óptimos y después de esto se emplean en la
fabricación de elementos de fijación para sujetar el material y
máscaras de contacto. Normalmente, la fabricación se realiza de
modo que produce un gran número (> 100) de piezas a medida que
las máscaras se desgastan con su utilización.
Parte
A
Se prepara con poca antelación una disolución
madre de epoxisilano con las siguientes proporciones: 4 ml de
3-glicidoxipropil-trimetoxisilano,
12 ml de xileno, 0,5 ml de N,N-diisopropiletilamina
(base de Hunig). Se hace fluir esta disolución al interior de los
poros de la oblea, entonces se deja la oblea en remojo durante 5
horas en la disolución a 80ºC, entonces se lava con
tetrahidrofurano, se seca a 80ºC y se coloca en un desecador a vacío
sobre Drierrite o se almacena en un desecador bajo argón seco.
Parte
B
Puede adherirse oligonucleótidos derivatizados
con amina a vidrio derivatizado con epoxisilano en KOH diluido (por
ejemplo, 10 mM - 50 mM) a 37ºC durante varias horas.
Un sistema de suministro de fluido robótico
Microlab 2200 de Hamilton, equipado con jeringas de bajo volumen
especiales y cabezales de fluido de 8 posiciones, que puede
suministrar volúmenes de 10-100 nl a un
escalonamiento xyz de 500 \mum y una precisión de bajo
porcentaje. Utilizando este equipo se colocan muestras de
biomoléculas de 40 nl (por ejemplo, ADN, oligonucleótidos y
similares) en el interior de los pocillos de la oblea de NCG de
alta densidad. Una subfase controlada piezoléctricamente adaptada
para Microlab 2200 permite la colocación en xy con una resolución
de submicras. Para las muestras de 1 nl se emplean agujas fabricadas
a medida. Se hace funcionar el cabezal de fluido lineal de ocho
agujas en etapas repetitivas escalonadas para generar la separación
estrecha deseada por toda la oblea. El sistema presenta una gran
área de fase y un rápido control del movimiento, proporcionando la
capacidad para producir cientos de obleas de hibridación
duplicadas.
Parte
A
Se conocen en la técnica (Microfab Technologies,
Inc.) procedimientos para suministrar microgotitas inferiores al
nanolitro de fluidos a una superficie con una precisión de
submicras. Se emplea una sistema de microchorro que puede
suministrar disoluciones de ADN inferiores al nanolitro a la
superficie de la oblea tal como sigue: para la colocación de ADN en
sitios de hibridación individuales dentro de obleas de densidad
ultra-alta, con volúmenes de un nl (correspondiente
a una esfera de 130 \mum o un cubo de 100 \mum) se emplea un
equipo dispensador comercialmente disponible que utiliza tecnología
de chorro de tinta como el procedimiento de microdispensación para
el volumen de fluido a continuación. Las gotitas producidas
utilizando tecnología de chorro de tinta son sumamente
reproducibles y pueden controlarse de modo que puede colocarse una
gotita en una ubicación específica en un momento específico según
datos de imágenes almacenadas digitalmente. Los diámetros de gotita
típicos para los dispositivos de chorro de tinta en modo de demanda
son de 30-100 \mum, lo que se traduce en volúmenes
de gotita de 14-520 pl. Las velocidades de creación
de gotitas para dispositivos de chorro de tinta en modo de demanda
son normalmente de 2000-5000 gotitas por segundo.
Por tanto, tanto la resolución como el rendimiento de la
microdispensación de chorro de tinta en modo de demanda están en los
intervalos requeridos para la oblea de hibridación de densidad
ultra-alta.
Parte
B
El sistema de microdispensación se modifica a
partir de un dispositivo de tipo chorro de tinta de gota a demanda
de MicroFab, denominado en lo sucesivo en la presente memoria
dispositivo MicroJet, de modo que este tipo de dispositivo puede
producir gotitas de 50 \mum de diámetro a una velocidad de 2000
por segundo. Los principios de funcionamiento de este tipo de
dispositivo se conocen (D.B. Wallace, "A Method of Characteristics
Model of a Drop-On-Demand
Ink-Jet Device Using an Integral Drop Formation
Method", ASME publicación
89-WA/FE-4, diciembre de 1989) y se
utilizan para efectuar la modificación. Para aumentar el
rendimiento, se integran ocho de estos dispositivos en una red en
línea de menos de 1 pulgada (25 mm) de longitud. Los ocho
dispositivos se cargan con reactivo simultáneamente, se dispensan
secuencialmente y se lavan simultáneamente. Se repite este
protocolo hasta que se han dispensado todos los reactivos. La
mayoría del tiempo de ciclo está asociado con la carga y el lavado
de los reactivos, limitando las ventajas de un complejo de capacidad
de dispensación paralela. El tiempo de ciclo típico requerido es
como en el siguiente orden: 1 minuto para el lavado y la carga de 8
reactivos; 30 segundos para calibrar la ubicación de descarga de
cada reactivo; 15 segundos para dispensar cada reactivo en una
ubicación de cada uno de los 16 genosensores, o 2 minutos para
dispensar los 8 reactivos. El tiempo total para cargar y dispensar
8 reactivos en 16 sensores es por tanto de 3,5 minutos. El tiempo
total para 64 reactivos en 16 sensores sería de 28 minutos. El
sistema de microdispensación consistirá en los subsistemas
enumerados a continuación:
- A.
- Cabezal dispensador MicroJet - Un montaje de 8 dispositivos MicroJet y la electrónica de accionamiento requerida. El coste y la complejidad del sistema se minimizan utilizando un único canal de electrónica de accionamiento para multiplexar los 8 dispositivos dispensadores. Los requisitos de forma de onda de accionamiento para cada dispositivo individual se descargan del controlador del sistema. La electrónica de accionamiento se construye utilizando procedimientos convencionales.
- B.
- Sistema de suministro de fluido - Un Biomec de Beckman se modifica para que actúe como el sistema de entrada de reactivos múltiples. Entre éste y el cabezal dispensador MicroJet hay un sistema de válvulas de solenoide, controlado por el controlador del sistema. Proporcionan un fluido de lavado a presión (agua desionizada o solución salina) y aire para purgar el reactivo del sistema y vacío para cargar el reactivo en el sistema.
- C.
- Sistema de colocación X-Y - Se utiliza un sistema de colocación X-Y de precisión disponible comercialmente, con controlador. Pueden obtenerse fácilmente una resolución de 0,2 \mum y una exactitud de 2 \mum. El sistema de colocación está dimensionado para alojar 16 sensores, pero el tamaño del cabezal dispensador MicroJet, la estación de purgado y la estación de calibración representan los principales factores en la determinación de lo requisitos de tamaño globales.
- D.
- Sistema de visión - Se utiliza un sistema de visión para calibrar la "zona de descarga" de cada dispositivo MicroJet en relación con el sistema de colocación. La calibración se produce tras cada ciclo de carga de reactivo. Además, el sistema de visión ubica cada sitio de dispensación en cada sensor cuando la bandeja de 16 sensores se carga por primera vez por medio de marcas de referencia en los sensores. Por economía, se utiliza un sistema basado en software, aunque puede emplearse ventajosamente un sistema de visión a base de hardware.
- E.
- Controlador del sistema - Se utiliza un PC convencional como controlador del sistema global. La captura y el procesamiento de imágenes del sistema de visión se basan también en el controlador del sistema.
\vskip1.000000\baselineskip
Con el fin de unir dianas o sondas de ADN dentro
de los poros del soporte de hibridación microfabricado, llevar a
cabo las etapas de hibridación y lavado, procesar el material para
su reutilización y posiblemente recuperar materiales unidos para su
análisis adicional, se proporcionan medios para el flujo de líquidos
a través de la oblea. Para posibilitar el flujo de líquido a través
de la oblea de hibridación, se empaqueta dentro de un marco de
polipropileno de 2 mm x 4 mm, que sirve como depósito superior y
estructura para manipulación. Se emplea una cámara de vacío de
polipropileno con una junta tórica de Delrin alrededor de su borde
superior para permitir la sujeción de la oblea sobre el colector de
vacío para formar un sello. El montaje de vacío se ilustra en la
figura 3. Para el control del flujo de fluido a través de la oblea
se proporciona un dispositivo de transmisión de husillo con control
de la retroalimentación.
Los oligonucleótidos que va a utilizarse en la
presente invención se sintetizan mediante la química de la
fosforamidita (Beaucage, S.L. y Caruthers, M.H. 1981. Tet. Lett.
22:1859-1862) utilizando la estrategia de síntesis
segmentada que puede producir más de cien oligonucleótidos
simultáneamente (Beattie, K.L., Logsdon, N.J., Anderson, R.S.,
Espinosa-Lara, J.M.,
Maldonado-Rodriguez, R. y Frost, J.D. III. 1988.
Biotechnol. Appl. Biochem. 10:510-521;
Beattie, K.L. y Fowler, R.F. 1991. Nature 352:548-54926.27). Los oligonucleótidos pueden derivatizarse con la función alquilamino durante la síntesis química, o bien en el extremo 5' o bien en el extremo 3'.
Beattie, K.L. y Fowler, R.F. 1991. Nature 352:548-54926.27). Los oligonucleótidos pueden derivatizarse con la función alquilamino durante la síntesis química, o bien en el extremo 5' o bien en el extremo 3'.
\newpage
Parte
A
Los procedimientos óptimos para la adhesión de
ADN a superficies de dióxido de silicio se basan en química del
silicio bien establecida (Parkam, M. E. y Loudon, G. M. (1978)
Biochem. Biophys. Res. Commun., 1: 1-6; Lund, V.,
Schmid, R., Rickwood, D. y Homes, E. (1988) Nucl. Acids Res. 16:
10861-10880). Esta química se utiliza para
introducir un grupo ligador en el vidrio que porta un resto epóxido
terminal que reacciona específicamente con un grupo amina primaria
terminal en los oligonucleótidos. Este enfoque versátil (utilizando
epoxisilano) es barato y proporciona una red densa de monocapas que
pueden acoplarse fácilmente a oligonucleótidos modificados de
manera terminal (amino o tiolderivatizados). La densidad de la
adhesión de la sonda se controla a lo largo de un amplio intervalo
mezclando aminoalcoholes de cadena larga con los oligonucleótidos
aminoderivatizados durante la adhesión al vidrio epoxisilanizado.
Esta estrategia produce esencialmente una monocapa de ADN anclado,
intercalado con alcoholes de cadena más corta, dando como resultado
la adhesión de oligonucleótidos de hasta tan solo 50 \ring{A}
alejados en la superficie. Opcionalmente se introducen espaciadores
de longitud variable en los extremos de los oligonucleótidos,
mediante la incorporación de unidades de
trietilenglicol-fosforilo durante la síntesis
química. Estos brazos de ligador variables son útiles para
determinar cuánto deben separarse de la superficie las sondas de
oligonucleótidos para ser fácilmente accesibles para el apareamiento
con las cadenas de ADN diana. La química del tiol, adaptada del
procedimiento de Whitesides y colaboradores sobre la generación de
monocapas sobre superficies de oro (Randall lee, T., Laibinis, P.
E., Folkers, J. P. y Whitesides, G. M. (1991) Pure & Appl.
Chem. 63: 821-828 y referencias citadas en el
mismo), se utiliza para la adhesión de ADN a superficies de platino
y oro. Los ditioles (por ejemplo, 1,10-decanoditiol)
proporcionan un resto tiol reactivo, terminal, para la reacción con
oligonucleótidos bromoacetilados. La densidad de adhesión del ADN a
las superficies de platino u oro se controla en la fase de
activación de la superficie, mediante la utilización de mezclas
definidas de mono y ditioles.
\vskip1.000000\baselineskip
Parte
B
Los procedimientos químicos descritos
anteriormente se utilizan de la manera más ventajosa para la
adhesión covalente de oligonucleótidos sintéticos a superficies.
Para la adhesión de cadenas de ácido nucleico de cadena más larga a
superficies de vidrio epoxisilanizado se emplea la reacción
relativamente lenta de los grupos epoxi de superficie con los
nitrógenos del anillo y los grupos amino exocíclicos a lo largo de
las cadenas de ADN largas para conseguir la inmovilización. A
través de experimentación rutinaria se definen las condiciones
óptimas para la inmovilización de moléculas de ácido nucleico no
modificadas en unos pocos sitios por diana, de modo que la mayor
parte de la secuencia inmovilizada permanece disponible para la
hibridación. En el caso de la inmovilización en nanocanales
recubiertos con platino u oro, los grupos hexilamina se incorporan
en primer lugar en el ADN diana utilizando polimerización (PCR o
cebado al azar) en presencia de
5-hexilamina-dUTP, entonces se
lleva a cabo una etapa de bromoacetilación para activar el ADN para
la adhesión a superficies metálicas tioladas. De nuevo se emplea
experimentación rutinaria (variando la razón
dTTP/5-hexilamina-dUTP y el tiempo
de adhesión) para definir las condiciones que proporcionan
resultados de hibridación reproducibles.
El procedimiento anterior (omitiendo la etapa de
bromoacetilación) puede servir también como procedimiento
alternativo para la inmovilización de ADN diana en superficies de
vidrio.
\vskip1.000000\baselineskip
Parte
C
Basándose en las mediciones cuantitativas de la
adhesión de oligonucleótidos marcados a superficies de vidrio
planas, la adhesión final coloca las sondas separadas
50-100 \ring{A} en la superficie, lo que
corresponde a hasta 10^{8} sondas en un área de 50 \mum x 50
\mum. La densidad de oligonucleótidos unidos por área de sección
transversal se estima mediante marcado del extremo antes de la
reacción de adhesión, cuantificando entonces la radiactividad
utilizando el phosphorimager. Las cantidades conocidas de
oligonucleótidos marcados secados sobre la superficie se utilizan
para calibrar las mediciones de densidad de unión. A partir de datos
de la unión covalente del ADN de plásmido que porta hexilamina a
superficies de vidrio planas epoxisilanizadas en una base suave, se
sabe que por lo menos 10^{7} moléculas de pBR322 pueden adherirse
por mm^{2} de superficie de vidrio. Basándose en esta densidad
dentro de los poros de la oblea nanofabricada, se consigue la
inmovilización de 10^{9}-10^{10} moléculas de
ADN de plásmido desnaturalizado por mm^{2} de sección transversal
de oblea.
\newpage
Parte
A
Se prepara el ADN diana (analito) mediante la
reacción en cadena de la polimerasa, incorporando
[^{32}P]nucleótidos en el producto durante la
amplificación o utilizando
gamma-^{32}P[ATP] + polinucleótido cinasa
para marcar en 5' el producto de amplificación. El marcador no
incorporado se elimina mediante filtración con Centricon.
Preferiblemente, uno de los fragmentos de PCR está marcado con
biotina en 5' para posibilitar la preparación de cadenas
individuales mediante cromatografía de afinidad a estreptavidina. Se
disuelve el ADN diana en tampón de hibridación
(Tris-HCl 50 mM, pH 8, EDTA 2 mM, cloruro de
tetrametilamonio 3,3 M) a una concentración de por lo menos 5 nM (5
fmol/\mul) y una actividad específica de por lo menos 5.000
cpm/fmol. Los fragmentos de PCR de unos pocos cientos de bases de
longitud son adecuados para la hibridación con oligonucleótidos
anclados a la superficie de por lo menos una longitud de
octámero.
Parte
B
Se hace fluir la muestra de ADN diana hacia el
interior de las regiones porosas del chip y se incuban a 6ºC
durante 5-15 minutos, entonces se lavan haciendo
fluir disolución de hibridación a través del chip poroso a 18ºC
durante un tiempo similar. Alternativamente, la hibridación puede
llevarse a cabo en tampón que contiene KCl o NaCl 1 M o betaína 5,2
M, en lugar de cloruro de tetrametilamonio.
Parte
C
Aunque las condiciones experimentales descritas
anteriormente proporcionan generalmente una discriminación
aceptable entre híbridos perfectos e híbridos que contienen
apareamientos erróneos, puede ser deseable cierta optimización de
condiciones para ciertos análisis. Por ejemplo, la temperatura de
hibridación y de lavado puede variarse en el intervalo de 5ºC a
30ºC para la hibridación con oligonucleótidos cortos. Pueden
desearse temperaturas superiores para la hibridación utilizando
sondas más largas.
Parte
A
La detección y cuantificación de las
intensidades de hibridación se lleva a cabo utilizando
procedimientos que están ampliamente disponibles: phosphorimager y
película. El phosphorimager de Biorad presenta una resolución de
muestra de aproximadamente 100 \mum y puede registrar tanto
emisión beta como emisión de luz desde etiquetas
quimioluminiscentes. Los kits de reactivos para la detección
quimioluminiscente disponibles de Millipore y New England Nuclear,
que producen luz de 477 y 428 nm, respectivamente, se utilizan
ventajosamente con el instrumento de Biorad. Las etiquetas
quimioluminiscentes se introducen en las muestras de ADN diana
(fragmentos de PCR o ADN de vector cebado al azar) utilizando los
procedimientos recomendados por el proveedor. Después de esto, se
hibrida el ADN con las obleas nanoporosas que portan sondas de
oligonucleótidos. También se utilizan etiquetas radiactivas
(^{32}P y ^{33}P, incorporadas mediante cebado al azar y
reacción PCR) en estos experimentos. Se utiliza la exposición con
película para la comparación. En el caso de la hibridación de
oligonucleótidos marcados con ADN diana inmovilizados en
superficie, lo más preferiblemente se utilizan las etiquetas
radiactivas (incorporadas utilizando polinucleótido cinasa), ya que
los procedimientos de etiquetado quimioluminiscente óptimo para
oligonucleótidos generalmente no están disponibles.
Parte
B
Los dispositivos genosensores de CCD pueden
tener una sensibilidad y resolución máximas y se utilizan con
etiquetas quimioluminiscentes, fluorescentes y radiactivas (Lamture,
J.L., Varma, R., Fowler, R., Smith, S., Hogan, M., Beattie, K.L.,
Eggers, M., Ehrlick, D., Hollis, M. y Kosicki, B. 1993. Nature,
presentado).
El gen hprt se utiliza ampliamente como
sistema modelo para estudios de mutación. El gen se ha clonado y
secuenciado a partir de diversos mamíferos. Se conocen una variedad
de mutaciones en este gen y se caracterizaron mediante
secuenciación de ADN, en el hámster (inducida mediante productos
químicos y radiación en líneas celulares de ovario de hámster
chino) y a partir de seres humanos (asociados con el síndrome de
Lesch Nyhan). Una fracción significativa de las mutaciones
hprt se encuentran en una región corta del gen codificado por
los exones 7 y 8. La secuencia de nucleótidos de los genes normales
y mutantes se encuentra en las siguientes referencias: Edwards, A.,
Voss, H., Rice, P., Civitello, A., Stegemann, J., Schwager, C.,
Zinimermann, J., Erfle, H., Caskey, C..T. y Ansorge, W. (1990),
Automated DNA Sequencing of the Human HPRT Locus, Genomics,
6:593-608; Gibbs, R., Nguyen, P.-N., Edwards, A.,
Civitello, A. y Caskey, C.T. (1990), Multiplex DNA Deletion
Detection and Exon Sequencing of the Hypoxanthine
Phosphoribosyltransferase Gene in Lesch-Nyhan
Families, Genomics, 7:235-244; Yu, Y., Xu, Z,
Gibbs, R. y Hsie, A. (1992), Polymerase chain
reaction-based Comprehensive Procedure for the
Analysis of the Mutation Spectrum at the
Hypoxanthine-guanine Phosphoribosyltransferase locus
in Chinese Hamster Cells, Environ. Mol. Mutagen.,
19:267-273; y Xu, Z., Yu, Y., Gibbs, R., Caskey,
C.T. y Hsie, A. (1993), Multiplex DNA Amplification and
Solid-phase Direct Sequencing at the hprt Locus in
Chinese Hamster Cells, Mutat. Res., 282: 237-248.
Las secuencias de nucleótidos del ADNc de la región del exón 7/8 de
hprt de hámster, y sondas adecuadas, se proporcionan en el
documento WO-A-95/11755.
Se construye un dispositivo microfabricado de
densidad alta o densidad ultra-alta según los
ejemplos anteriores y se lleva a cabo la adhesión de las sondas de
oligonucleótidos dentro de las regiones unidas de la oblea. Se
incluyen las sondas normales (1-18) más las sondas
específicas que corresponden a cinco mutaciones conocidas
diferentes, incluyendo las mutaciones anteriores (sitios 19 y 20,
respectivamente). Lo anterior utiliza dos conjuntos de cebadores de
PCR (tabla I) para amplificar la región de los exones 7/8 de ADN
genómico de hámster. Se incorpora un marcador radiactivo (^{32}P)
en los fragmentos de PCR durante la amplificación, lo que posibilita
la detección de hibridación por autorradiografía o phosphorimager.
La figura 4 ilustra los resultados cuando se adhieren las sondas
anteriores a un extremo a la superficie en sitios de prueba
específicos dentro del chip de ADN (numerados tal como
anteriormente). Los patrones de hibridación idealizados para dos de
los mutantes (deleción de 10 bases en la izquierda y transición
A-G en la derecha) se muestran en la parte
inferior.
Claims (35)
1. Dispositivo microfabricado para unir una
especie molecular, que comprende:
un elemento de soporte superior que presenta
unos pocillos, adherido a un sustrato de oblea de vidrio nanoporoso
que presenta superficies primera y segunda en dirección opuesta;
una multiplicidad de canales que se extienden a
través del sustrato desde la primera superficie hasta la segunda
superficie;
un primer reactivo de unión inmovilizado en un
primer grupo de los canales, formando una primera región
diferenciada y aislada; y
un segundo reactivo de unión inmovilizado en un
segundo grupo de los canales, formando una segunda región
diferenciada y aislada;
en el que cada región diferenciada y aislada
presenta una dimensión máxima de 5 a 2000 \mum, la separación
entre regiones adyacentes está comprendida entre 0,1 y 10 veces
dicha dimensión máxima, y el sustrato presenta un espesor
comprendido entre 10 y 500 \mum.
2. Dispositivo según la reivindicación 1, en el
que los reactivos de unión resultan eficaces para llevar a cabo
reacciones de unión que implican moléculas pequeñas, macromoléculas,
partículas o sistemas celulares.
3. Dispositivo según la reivindicación 1 o la
reivindicación 2, en el que los reactivos de unión son ADN,
proteínas o ligandos.
4. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, en el que los reactivos de unión son
adecuados para su utilización en análisis de secuencias de ácido
nucleico por hibridación, análisis de patrones de expresión génica
por hibridación de ARNm celular a una red de sondas específicas para
genes, análisis inmunoquímico de mezclas de proteínas, mapeo de
epítopos, ensayo de interacciones receptor-ligando u
obtención de perfiles de poblaciones celulares que implican la
unión de moléculas de la superficie celular a receptores o ligandos
específicos.
5. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, en el que los reactivos de unión son
polinucleótidos.
6. Dispositivo según la reivindicación 5, en el
que los polinucleótidos son oligonucleótidos o clones de ADNc.
7. Dispositivo según la reivindicación 5, en el
que los polinucleótidos comprenden un conjunto de sondas de
oligonucleótidos completamente degenerados.
8. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 5 a 7, en el que la fijación de los polinucleótidos
en los canales puede conseguirse mediante la adhesión de un
derivado de amina primaria terminal del polinucleótido a un
sustrato de vidrio derivatizado con epoxisilano.
9. Dispositivo según la reivindicación 8, en el
que la adhesión comprende una o más unidades de
trietilenglicol-fosforilo.
10. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 5 a 7, en el que la fijación de los polinucleótidos
en los canales puede conseguirse mediante la adhesión de un
derivado de bromoacetilo terminal del polinucleótido a un sustrato
de platino derivatizado con un ditioalcano.
11. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 7, en el que el sustrato es de SiO_{2} y los
reactivos de unión están fijados al mismo por medio de un grupo
amina primaria.
12. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, que comprende más de 3 x 10^{10}
canales por cm^{2}.
13. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, en el que cada una de las regiones
presenta una dimensión máxima de aproximadamente 100 \mum, la
separación de centro a centro entre regiones adyacentes es de
aproximadamente 500 \mum, el sustrato presenta un espesor de
aproximadamente 100 \mum y la densidad de dichas regiones en la
oblea es de aproximadamente 400 regiones/cm^{2}.
14. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 13, en el que cada una de las regiones presenta
una dimensión máxima de aproximadamente 50 \mum, la separación de
centro a centro entre regiones adyacentes es de aproximadamente 150
\mum, el sustrato presenta un espesor de aproximadamente 50 \mum
y la densidad de dichas regiones en el sustrato es de
aproximadamente 4.400 regiones/cm^{2}.
15. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, en el que el elemento de soporte es
rígido y forma una sola pieza con el sustrato, o está unido al
sustrato.
16. Dispositivo según la reivindicación 15, en
el que los pocillos son de sección decreciente.
17. Aparato que comprende un dispositivo según
cualquiera de las reivindicaciones anteriores y unos medios de
detección que pueden determinar el grado en el que ha tenido lugar
una reacción de unión, y que notifica el resultado de la misma.
18. Aparato según la reivindicación 17, en el
que los medios de detección comprenden un dispositivo acoplado por
carga.
19. Aparato que comprende un dispositivo según
cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16 y unos medios para
aplicar una diferencia de presión por el sustrato, para facilitar el
flujo de líquido a través del mismo.
20. Aparato según la reivindicación 19, que
comprende una cámara de vacío acoplada al mismo.
21. Aparato según la reivindicación 19, que
comprende una cámara de presión acoplada al mismo.
22. Procedimiento para detectar una reacción de
unión entre un reactivo de unión y una especie molecular, que
comprende:
- (A)
- poner en contacto una muestra de la que se sospecha que contiene una diana de unión con un dispositivo según lo definido en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16; y
- (B)
- detectar la unión entre la especie molecular en la muestra y por lo menos un reactivo de unión en por lo menos un grupo de canales diferenciados en el sustrato, detectando de ese modo la reacción de unión.
23. Procedimiento según la reivindicación 22,
que comprende inundar una superficie del sustrato con la muestra y
poner la superficie opuesta del sustrato a presión negativa con
respecto a la primera superficie.
24. Procedimiento según la reivindicación 22 o
la reivindicación 23, en el que se utiliza un marcador detectable
para detectar la reacción de unión.
25. Procedimiento según la reivindicación 24, en
el que la especie molecular está marcada.
26. Procedimiento según la reivindicación 24 o
la reivindicación 25, en el que el marcador es quimioluminiscente,
fluorescente o radiactivo.
27. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 22 a 26, en el que la reacción comprende
hibridación de ácido nucleico.
28. Procedimiento según la reivindicación 27,
para el análisis de la expresión génica.
29. Procedimiento según la reivindicación 27,
para la detección de la variación en una secuencia de ADN.
30. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 23 a 29, en el que la sonda detecta diferencias en
la expresión génica entre los estados normal y mutado de una célula
o tejido.
31. Procedimiento según la reivindicación 30, en
el que las diferencias están provocadas por la exposición a un
fármaco o compuesto químico.
32. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 16, en el que los canales diferenciados
presentan un diámetro comprendido entre 0,45 y 10 \mum.
33. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 16 y 32, en el que los canales presentan cada
uno un diámetro de 0,033 \mum.
34. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 16, 32 y 33, en el que los reactivos de unión
primero y segundo difieren entre sí.
35. Dispositivo según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 16 y 32 a 34, en el que los reactivos de unión
primero y segundo se unen a diferentes especies moleculares.
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US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
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US6346413B1 (en) | 1989-06-07 | 2002-02-12 | Affymetrix, Inc. | Polymer arrays |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US6406844B1 (en) | 1989-06-07 | 2002-06-18 | Affymetrix, Inc. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US6506558B1 (en) | 1990-03-07 | 2003-01-14 | Affymetrix Inc. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
DE69132905T2 (de) | 1990-12-06 | 2002-08-01 | Affymetrix, Inc. (N.D.Ges.D.Staates Delaware) | Detektion von Nukleinsäuresequenzen |
US6468740B1 (en) | 1992-11-05 | 2002-10-22 | Affymetrix, Inc. | Cyclic and substituted immobilized molecular synthesis |
US6521187B1 (en) * | 1996-05-31 | 2003-02-18 | Packard Instrument Company | Dispensing liquid drops onto porous brittle substrates |
US6537817B1 (en) | 1993-05-31 | 2003-03-25 | Packard Instrument Company | Piezoelectric-drop-on-demand technology |
US6893816B1 (en) * | 1993-10-28 | 2005-05-17 | Houston Advanced Research Center | Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions |
US7615368B1 (en) * | 1994-06-17 | 2009-11-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Microarrays of polypeptides |
USRE43097E1 (en) | 1994-10-13 | 2012-01-10 | Illumina, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
SE9404166D0 (sv) * | 1994-11-30 | 1994-11-30 | Pharmacia Biotech Ab | Multifunctional surfaces |
US5922534A (en) * | 1995-03-28 | 1999-07-13 | Hewlett-Packard Company | Dry biochemical assay plate and method for making the same |
US20020022261A1 (en) * | 1995-06-29 | 2002-02-21 | Anderson Rolfe C. | Miniaturized genetic analysis systems and methods |
US6168948B1 (en) * | 1995-06-29 | 2001-01-02 | Affymetrix, Inc. | Miniaturized genetic analysis systems and methods |
US5856174A (en) | 1995-06-29 | 1999-01-05 | Affymetrix, Inc. | Integrated nucleic acid diagnostic device |
US20020068357A1 (en) * | 1995-09-28 | 2002-06-06 | Mathies Richard A. | Miniaturized integrated nucleic acid processing and analysis device and method |
US20030219752A1 (en) * | 1995-12-07 | 2003-11-27 | Diversa Corporation | Novel antigen binding molecules for therapeutic, diagnostic, prophylactic, enzymatic, industrial, and agricultural applications, and methods for generating and screening thereof |
US6794127B1 (en) * | 1997-06-16 | 2004-09-21 | Diversa Corporation | Capillary array-based sample screening |
US20010041333A1 (en) * | 1997-06-16 | 2001-11-15 | Short Jay M. | High throughput screening for a bioactivity or biomolecule |
US6972183B1 (en) | 1997-06-16 | 2005-12-06 | Diversa Corporation | Capillary array-based enzyme screening |
US20020048809A1 (en) * | 1997-06-16 | 2002-04-25 | Lafferty William Micharl | Capillary array-based sample screening |
EP0889751B1 (en) * | 1996-04-03 | 1999-09-08 | The Perkin-Elmer Corporation | Device and method for multiple analyte detection |
US7244622B2 (en) * | 1996-04-03 | 2007-07-17 | Applera Corporation | Device and method for multiple analyte detection |
WO1997037755A1 (en) * | 1996-04-09 | 1997-10-16 | Sarnoff Corporation | Plate for reaction system |
AU3137097A (en) * | 1996-05-16 | 1997-12-05 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Low temperature material bonding technique |
US7070590B1 (en) * | 1996-07-02 | 2006-07-04 | Massachusetts Institute Of Technology | Microchip drug delivery devices |
US5976444A (en) * | 1996-09-24 | 1999-11-02 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Nanochannel glass replica membranes |
US7285422B1 (en) | 1997-01-23 | 2007-10-23 | Sequenom, Inc. | Systems and methods for preparing and analyzing low volume analyte array elements |
ATE316095T1 (de) | 1996-11-06 | 2006-02-15 | Sequenom Inc | Verfahren zur analyse und vorrichtung |
WO1998022819A1 (de) * | 1996-11-16 | 1998-05-28 | Nmi Naturwissenschaftliches Und Medizinisches Institut An Der Universität Tübingen In Reutlingen Stiftung Bürgerlichen Rechts | Mikroelementenanordnung, verfahren zum kontaktieren von in einer flüssigen umgebung befindlichen zellen und verfahren zum herstellen einer mikroelementenanordnung |
US6699719B2 (en) * | 1996-11-29 | 2004-03-02 | Proteomic Systems, Inc. | Biosensor arrays and methods |
US6503452B1 (en) * | 1996-11-29 | 2003-01-07 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biosensor arrays and methods |
US6083761A (en) * | 1996-12-02 | 2000-07-04 | Glaxo Wellcome Inc. | Method and apparatus for transferring and combining reagents |
US6054325A (en) * | 1996-12-02 | 2000-04-25 | Glaxo Wellcom Inc. | Method and apparatus for transferring and combining distinct chemical compositions with reagents |
US5837466A (en) * | 1996-12-16 | 1998-11-17 | Vysis, Inc. | Devices and methods for detecting nucleic acid analytes in samples |
AU6646398A (en) * | 1996-12-31 | 1998-07-31 | Genometrix Incorporated | Multiplexed molecular analysis apparatus and method |
ATE273381T1 (de) | 1997-02-12 | 2004-08-15 | Eugene Y Chan | Verfahren zur analyse von polymeren |
AU736321B2 (en) * | 1997-05-23 | 2001-07-26 | Lynx Therapeutics, Inc. | System and apparatus for sequential processing of analytes |
US20030092022A1 (en) * | 1997-06-16 | 2003-05-15 | Diversa Corporation, A Delaware Corporation | High throughput screening for sequences of interest |
US20030054543A1 (en) * | 1997-06-16 | 2003-03-20 | Lafferty William Michael | Device for moving a selected station of a holding plate to a predetermined location for interaction with a probe |
US20050070005A1 (en) * | 1997-06-16 | 2005-03-31 | Martin Keller | High throughput or capillary-based screening for a bioactivity or biomolecule |
US7019827B2 (en) * | 1997-06-16 | 2006-03-28 | Diversa Corporation | GigaMatrix holding tray having through-hole wells |
US20040241759A1 (en) * | 1997-06-16 | 2004-12-02 | Eileen Tozer | High throughput screening of libraries |
US20030013115A1 (en) * | 1997-06-16 | 2003-01-16 | Diversa Corporation, A Delaware Corporation | Capillary array-based sample screening |
US20020015997A1 (en) * | 1997-06-16 | 2002-02-07 | Lafferty William Michael | Capillary array-based sample screening |
WO1999000657A1 (en) * | 1997-06-26 | 1999-01-07 | Perseptive Biosystems, Inc. | High density sample holder for analysis of biological samples |
ES2234513T3 (es) * | 1997-07-11 | 2005-07-01 | Pamgene B.V. | Metodo de fabricacion de un dispositivo para la realizacion de un ensayo, uso de una membrana en la fabricacion de dicho dispositivo, kit que comprende dicho dispositivo y metodo para la deteccion de un analito usando dicho dispositivo. |
US6855539B2 (en) | 1997-07-11 | 2005-02-15 | Pamgene International B.V. | Device for performing an assay, a method for manufacturing said device, and use of a membrane in the manufacture of said device |
US6037186A (en) * | 1997-07-16 | 2000-03-14 | Stimpson; Don | Parallel production of high density arrays |
US6188783B1 (en) | 1997-07-25 | 2001-02-13 | Affymetrix, Inc. | Method and system for providing a probe array chip design database |
US7068830B2 (en) * | 1997-07-25 | 2006-06-27 | Affymetrix, Inc. | Method and system for providing a probe array chip design database |
US6420108B2 (en) * | 1998-02-09 | 2002-07-16 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided display for comparative gene expression |
US6826296B2 (en) | 1997-07-25 | 2004-11-30 | Affymetrix, Inc. | Method and system for providing a probe array chip design database |
US20020155495A1 (en) * | 2000-04-17 | 2002-10-24 | Millstein Larry S. | Method for producing arrays and devices relating thereto |
DE69822206T2 (de) * | 1997-12-19 | 2005-02-17 | Affymetrix, Inc., Santa Clara | Erkenntnisse der genomforschung für die suche nach neuartigen wirkstoffen |
CA2312102C (en) | 1997-12-24 | 2007-09-04 | Cepheid | Integrated fluid manipulation cartridge |
AU2102699A (en) | 1998-01-12 | 1999-07-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Method and apparatus for performing microassays |
US6893877B2 (en) | 1998-01-12 | 2005-05-17 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods for screening substances in a microwell array |
AU2583899A (en) | 1998-02-04 | 1999-08-23 | Invitrogen Corporation | Microarrays and uses therefor |
US5997961A (en) * | 1998-03-06 | 1999-12-07 | Battelle Memorial Institute | Method of bonding functional surface materials to substrates and applications in microtechnology and antifouling |
US6197575B1 (en) * | 1998-03-18 | 2001-03-06 | Massachusetts Institute Of Technology | Vascularized perfused microtissue/micro-organ arrays |
US6949367B1 (en) * | 1998-04-03 | 2005-09-27 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Modified oligonucleotides for mismatch discrimination |
DE69933369D1 (en) * | 1998-04-03 | 2006-11-09 | Compound Therapeutics Inc | Adressierbare protein arrays |
US6350618B1 (en) | 1998-04-27 | 2002-02-26 | Corning Incorporated | Redrawn capillary imaging reservoir |
US6884626B1 (en) | 1998-04-27 | 2005-04-26 | Corning Incorporated | Redrawn capillary imaging reservoir |
DE69835342T2 (de) * | 1998-04-27 | 2007-08-23 | Corning Inc. | Verfahren zur Ablage von biologischen Proben mit Hilfe eines nachgezogenen Kapillarspeichers |
WO1999056877A1 (de) * | 1998-04-30 | 1999-11-11 | Graffinity Pharmaceutical Design Gmbh | Trägerplatte für eine geordnete aufnahme einer vielzahl von probenpartikeln |
US6268210B1 (en) | 1998-05-27 | 2001-07-31 | Hyseq, Inc. | Sandwich arrays of biological compounds |
DE19825909C1 (de) * | 1998-06-10 | 1999-11-25 | Graffinity Pharm Design Gmbh | Reaktorträger mit mehreren Mikroprobenaufnahmekammern |
US6761816B1 (en) | 1998-06-23 | 2004-07-13 | Clinical Micro Systems, Inc. | Printed circuit boards with monolayers and capture ligands |
US6290839B1 (en) | 1998-06-23 | 2001-09-18 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Systems for electrophoretic transport and detection of analytes |
US6762061B1 (en) | 1998-07-03 | 2004-07-13 | Corning Incorporated | Redrawn capillary imaging reservoir |
US6897073B2 (en) * | 1998-07-14 | 2005-05-24 | Zyomyx, Inc. | Non-specific binding resistant protein arrays and methods for making the same |
US6576478B1 (en) | 1998-07-14 | 2003-06-10 | Zyomyx, Inc. | Microdevices for high-throughput screening of biomolecules |
US6406921B1 (en) * | 1998-07-14 | 2002-06-18 | Zyomyx, Incorporated | Protein arrays for high-throughput screening |
US6780582B1 (en) | 1998-07-14 | 2004-08-24 | Zyomyx, Inc. | Arrays of protein-capture agents and methods of use thereof |
US6682942B1 (en) | 1998-07-14 | 2004-01-27 | Zyomyx, Inc. | Microdevices for screening biomolecules |
US20020119579A1 (en) * | 1998-07-14 | 2002-08-29 | Peter Wagner | Arrays devices and methods of use thereof |
US6908770B1 (en) * | 1998-07-16 | 2005-06-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Fluid based analysis of multiple analytes by a sensor array |
US6107038A (en) * | 1998-08-14 | 2000-08-22 | Agilent Technologies Inc. | Method of binding a plurality of chemicals on a substrate by electrophoretic self-assembly |
JP3445501B2 (ja) * | 1998-09-04 | 2003-09-08 | 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 | シート状部材積層体及びシート状プローブ保持体の製造方法 |
US6185561B1 (en) | 1998-09-17 | 2001-02-06 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for providing and expression data mining database |
US20040199544A1 (en) * | 2000-11-02 | 2004-10-07 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for providing an expression data mining database |
US20030138354A1 (en) * | 1998-09-23 | 2003-07-24 | Stephen Peter Fitzgerald | Assay devices |
US6489096B1 (en) | 1998-10-15 | 2002-12-03 | Princeton University | Quantitative analysis of hybridization patterns and intensities in oligonucleotide arrays |
EP1131470A4 (en) * | 1998-10-28 | 2004-11-10 | Vysis Inc | CELLULAR ARRAYS AND METHOD FOR DETECTING AND USING MARKERS FOR GENETIC DISORDERS |
US6545264B1 (en) | 1998-10-30 | 2003-04-08 | Affymetrix, Inc. | Systems and methods for high performance scanning |
US20030092171A1 (en) * | 1998-11-16 | 2003-05-15 | Steven Henck | Surface treatments for DNA processing devices |
US6638760B1 (en) * | 1998-11-25 | 2003-10-28 | Pe Corporation (Ny) | Method and apparatus for flow-through hybridization |
CA2354260A1 (en) | 1998-12-08 | 2000-06-15 | Gene Logic, Inc. | Process for attaching organic molecules to silicon |
ATE319857T1 (de) | 1998-12-14 | 2006-03-15 | Li Cor Inc | Kit und methode zur nukleinsäuresequenzierung einzelner moleküle durch polymerase synthese |
US6431476B1 (en) | 1999-12-21 | 2002-08-13 | Cepheid | Apparatus and method for rapid ultrasonic disruption of cells or viruses |
US7914994B2 (en) | 1998-12-24 | 2011-03-29 | Cepheid | Method for separating an analyte from a sample |
US7510841B2 (en) | 1998-12-28 | 2009-03-31 | Illumina, Inc. | Methods of making and using composite arrays for the detection of a plurality of target analytes |
US6429027B1 (en) | 1998-12-28 | 2002-08-06 | Illumina, Inc. | Composite arrays utilizing microspheres |
US6312906B1 (en) | 1999-01-15 | 2001-11-06 | Imperial College Innovations, Ltd. | Immobilized nucleic acid hybridization reagent and method |
US6503359B2 (en) | 1999-03-05 | 2003-01-07 | Burstein Technologies, Inc. | Monomolecular adhesion methods for manufacturing microfabricated multilaminate devices |
AU2830400A (en) * | 1999-03-05 | 2000-09-28 | Mitsubishi Rayon Company Limited | Carriers having biological substance |
WO2000053232A1 (en) | 1999-03-12 | 2000-09-14 | Georgetown University | Matriptase, a serine protease and its applications |
US6306578B1 (en) | 1999-03-19 | 2001-10-23 | Genencor International, Inc. | Multi-through hole testing plate for high throughput screening |
DE19913076A1 (de) * | 1999-03-23 | 2000-10-19 | Hahn Schickard Ges | Vorrichtung und Verfahren zum Aufbringen von Mikrotröpfchen auf ein Substrat |
US6824866B1 (en) * | 1999-04-08 | 2004-11-30 | Affymetrix, Inc. | Porous silica substrates for polymer synthesis and assays |
US20030207295A1 (en) * | 1999-04-20 | 2003-11-06 | Kevin Gunderson | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
US20060275782A1 (en) | 1999-04-20 | 2006-12-07 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
US20040053290A1 (en) * | 2000-01-11 | 2004-03-18 | Terbrueggen Robert Henry | Devices and methods for biochip multiplexing |
US9073053B2 (en) | 1999-05-28 | 2015-07-07 | Cepheid | Apparatus and method for cell disruption |
US8815521B2 (en) | 2000-05-30 | 2014-08-26 | Cepheid | Apparatus and method for cell disruption |
EP1180135B1 (en) | 1999-05-28 | 2005-08-17 | Cepheid | Apparatus and method for cell disruption |
US20040200909A1 (en) * | 1999-05-28 | 2004-10-14 | Cepheid | Apparatus and method for cell disruption |
US6878540B2 (en) * | 1999-06-25 | 2005-04-12 | Cepheid | Device for lysing cells, spores, or microorganisms |
US6136592A (en) * | 1999-06-25 | 2000-10-24 | Leighton; Stephen B. | Multiple micro-arrays |
WO2001006239A2 (en) | 1999-07-16 | 2001-01-25 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method and apparatus for the delivery of samples to a chemical sensor array |
US7179638B2 (en) * | 1999-07-30 | 2007-02-20 | Large Scale Biology Corporation | Microarrays and their manufacture by slicing |
US6713309B1 (en) | 1999-07-30 | 2004-03-30 | Large Scale Proteomics Corporation | Microarrays and their manufacture |
US6696022B1 (en) | 1999-08-13 | 2004-02-24 | U.S. Genomics, Inc. | Methods and apparatuses for stretching polymers |
US6383748B1 (en) * | 1999-09-14 | 2002-05-07 | Pamgene B.V. | Analytical test device with substrate having oriented through going channels and improved methods and apparatus for using same |
EP1214139A2 (en) * | 1999-09-17 | 2002-06-19 | Millipore Corporation | High throughput screening card |
ATE267646T1 (de) * | 1999-10-06 | 2004-06-15 | Infineon Technologies Ag | Substrat mit mindestens einer pore |
US6656432B1 (en) | 1999-10-22 | 2003-12-02 | Ngk Insulators, Ltd. | Micropipette and dividedly injectable apparatus |
US6652972B1 (en) | 1999-11-01 | 2003-11-25 | Schott Glass Technologies Inc. | Low temperature joining of phosphate glass |
US6362004B1 (en) * | 1999-11-09 | 2002-03-26 | Packard Biochip Technologies, Llc | Apparatus and method for using fiducial marks on a microarray substrate |
WO2001034291A2 (en) * | 1999-11-09 | 2001-05-17 | Sri International | High-throughput synthesis, screening and characterization of combinatorial libraries |
US6361958B1 (en) | 1999-11-12 | 2002-03-26 | Motorola, Inc. | Biochannel assay for hybridization with biomaterial |
EP1230349B1 (en) | 1999-11-18 | 2007-06-13 | Dendreon Corporation | Nucleic acids encoding endotheliases, endotheliases and uses thereof |
US6423535B1 (en) * | 1999-11-24 | 2002-07-23 | Incyte Genomics, Inc. | Normalization control for hybridization reactions |
US6587197B1 (en) * | 1999-12-06 | 2003-07-01 | Royce Technologies Llc | Multiple microchannels chip for biomolecule imaging, and method of use thereof |
US8815385B2 (en) * | 1999-12-20 | 2014-08-26 | The Regents Of The University Of California | Controlling peel strength of micron-scale structures |
US6737160B1 (en) * | 1999-12-20 | 2004-05-18 | The Regents Of The University Of California | Adhesive microstructure and method of forming same |
US20030091477A1 (en) * | 1999-12-22 | 2003-05-15 | Paul Eric A. | Flow-thru chip cartridge, chip holder, system & method thereof |
CA2364381C (en) * | 1999-12-22 | 2009-03-10 | Gene Logic, Inc. | Flow-thru chip cartridge, chip holder, system and method thereof |
US6977723B2 (en) * | 2000-01-07 | 2005-12-20 | Transform Pharmaceuticals, Inc. | Apparatus and method for high-throughput preparation and spectroscopic classification and characterization of compositions |
US20070020662A1 (en) * | 2000-01-07 | 2007-01-25 | Transform Pharmaceuticals, Inc. | Computerized control of high-throughput experimental processing and digital analysis of comparative samples for a compound of interest |
US20070021929A1 (en) * | 2000-01-07 | 2007-01-25 | Transform Pharmaceuticals, Inc. | Computing methods for control of high-throughput experimental processing, digital analysis, and re-arraying comparative samples in computer-designed arrays |
US20050118637A9 (en) * | 2000-01-07 | 2005-06-02 | Levinson Douglas A. | Method and system for planning, performing, and assessing high-throughput screening of multicomponent chemical compositions and solid forms of compounds |
US20050095696A9 (en) * | 2000-01-07 | 2005-05-05 | Lemmo Anthony V. | Apparatus and method for high-throughput preparation and characterization of compositions |
US20050089923A9 (en) * | 2000-01-07 | 2005-04-28 | Levinson Douglas A. | Method and system for planning, performing, and assessing high-throughput screening of multicomponent chemical compositions and solid forms of compounds |
US7108970B2 (en) * | 2000-01-07 | 2006-09-19 | Transform Pharmaceuticals, Inc. | Rapid identification of conditions, compounds, or compositions that inhibit, prevent, induce, modify, or reverse transitions of physical state |
MXPA02006660A (es) * | 2000-01-07 | 2002-12-13 | Transform Pharmaceuticals Inc | Formacion, identificacion y analisis de diversas formas solidas de alto rendimiento. |
EP1248803B1 (en) | 2000-01-12 | 2010-05-05 | Yale University | Nogo receptor-mediated blockade of axonal growth |
US20040053322A1 (en) * | 2000-01-31 | 2004-03-18 | Mcdevitt John T. | System and method for the analysis of bodily fluids |
US7700341B2 (en) | 2000-02-03 | 2010-04-20 | Dendreon Corporation | Nucleic acid molecules encoding transmembrane serine proteases, the encoded proteins and methods based thereon |
ATE496123T1 (de) | 2000-02-03 | 2011-02-15 | Dendreon Corp | Nukleinsäuren, welche für tramsmembran serin proteasen kodieren, die kodierten proteine und darauf basierende methoden |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
US6770441B2 (en) | 2000-02-10 | 2004-08-03 | Illumina, Inc. | Array compositions and methods of making same |
US20020151040A1 (en) | 2000-02-18 | 2002-10-17 | Matthew O' Keefe | Apparatus and methods for parallel processing of microvolume liquid reactions |
WO2001061054A2 (en) * | 2000-02-18 | 2001-08-23 | Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Apparatus and methods for parallel processing of micro-volume liquid reactions |
CN1444646A (zh) | 2000-02-23 | 2003-09-24 | 齐翁米克斯股份有限公司 | 具有凸起的样品表面的芯片 |
ATE499988T1 (de) * | 2000-03-02 | 2011-03-15 | Microchips Inc | Mikromechanische geräte und verfahren zur speicherung und zur selektiven exposition von chemikalien |
AU2001247612A1 (en) * | 2000-03-20 | 2001-10-03 | The Charles Stark Draper Laboratory, Inc. | Flexural plate wave sensor and array |
US20080260593A1 (en) * | 2000-03-22 | 2008-10-23 | Dewalch Norman Binz | Method and apparatus for processing substances in a single container |
WO2001070402A2 (en) * | 2000-03-22 | 2001-09-27 | Dewalch Technologies, Inc. | Method and apparatus for processing substances in a single container |
EP1272439A2 (en) | 2000-03-24 | 2003-01-08 | Lyles, Mark B. | Diagnostic devices containing porous material |
US7011841B2 (en) | 2000-03-24 | 2006-03-14 | Mark B. Lyles | High density porous materials |
US20060110424A1 (en) * | 2000-03-24 | 2006-05-25 | Lyles Mark B | Ceramic and metal compositions |
WO2001072412A1 (de) * | 2000-03-28 | 2001-10-04 | Laser- Und Medizin-Technologie Gmbh Berlin | Verfahren und vorrichtung zum aufbau und untersuchung von substanzbibliotheken |
KR100792021B1 (ko) * | 2000-03-30 | 2008-01-04 | 가부시키가이샤 에바라 세이사꾸쇼 | 반응성 탐식자 칩 및 그 제조방법 |
GB0008563D0 (en) * | 2000-04-07 | 2000-05-24 | Cambridge Discovery Chemistry | Investigating different physical and/or chemical forms of materials |
US8232582B2 (en) | 2000-04-24 | 2012-07-31 | Life Technologies Corporation | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
US6413792B1 (en) | 2000-04-24 | 2002-07-02 | Eagle Research Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
US7001792B2 (en) * | 2000-04-24 | 2006-02-21 | Eagle Research & Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
US7776273B2 (en) | 2000-04-26 | 2010-08-17 | Life Technologies Corporation | Laser capture microdissection (LCM) extraction device and device carrier, and method for post-LCM fluid processing |
AU5951201A (en) | 2000-05-04 | 2001-11-12 | Univ Yale | High density protein arrays for screening of protein activity |
EP1281067B1 (en) * | 2000-05-08 | 2007-01-17 | Vivactis NV | Method for high-throughput lead profiling |
DE10060560A1 (de) * | 2000-05-26 | 2001-12-06 | Bruker Optik Gmbh | Mikrotiterplatte für Infrarotmessungen |
WO2001091902A2 (en) | 2000-05-30 | 2001-12-06 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods and devices for sealing microchip reservoir devices |
US7470546B2 (en) | 2000-05-31 | 2008-12-30 | Infineon Technologies Ag | Method and arrangement for taking up a first medium, which is present in a first phase, into a capillary device |
US7163660B2 (en) | 2000-05-31 | 2007-01-16 | Infineon Technologies Ag | Arrangement for taking up liquid analytes |
JP4644914B2 (ja) * | 2000-06-02 | 2011-03-09 | 株式会社村田製作所 | プローブアレイ用固相基材、およびプローブアレイ |
EP1296904A1 (en) | 2000-06-20 | 2003-04-02 | Schott Glass Technologies, Inc. | Glass ceramic composites |
US6676904B1 (en) * | 2000-07-12 | 2004-01-13 | Us Gov Sec Navy | Nanoporous membrane immunosensor |
US6643010B2 (en) | 2000-08-07 | 2003-11-04 | Royce Technologies Llc | Multiple microchannels chip for biomolecule imaging |
WO2002014381A2 (en) * | 2000-08-16 | 2002-02-21 | University Of Alberta | Non-pressurized methods for the preparation of conjugated solid supports for boronic acids |
US6713257B2 (en) | 2000-08-25 | 2004-03-30 | Rosetta Inpharmatics Llc | Gene discovery using microarrays |
US6919382B2 (en) | 2000-08-31 | 2005-07-19 | The Governors Of The University Of Alberta | Preparation and uses of conjugated solid supports for boronic acids |
US6980674B2 (en) * | 2000-09-01 | 2005-12-27 | Large Scale Proteomics Corp. | Reference database |
US6539102B1 (en) | 2000-09-01 | 2003-03-25 | Large Scale Proteomics | Reference database |
US6658324B2 (en) | 2000-09-29 | 2003-12-02 | Gpc Biotech Ag | Pick and place robot system |
DE60116520T2 (de) * | 2000-10-10 | 2006-08-31 | Microchips, Inc., Bedford | Microchip-reservoir-vorrichtungen mit drahtloser übertragung von energie und daten |
CA2425476C (en) * | 2000-10-10 | 2011-02-01 | Biotrove, Inc. | Apparatus for assay, synthesis and storage, and methods of manufacture, use, and manipulation thereof |
US20100261159A1 (en) | 2000-10-10 | 2010-10-14 | Robert Hess | Apparatus for assay, synthesis and storage, and methods of manufacture, use, and manipulation thereof |
AU2002245047A1 (en) | 2000-10-30 | 2002-07-24 | Sequenom, Inc. | Method and apparatus for delivery of submicroliter volumes onto a substrate |
US6882782B2 (en) * | 2000-11-01 | 2005-04-19 | Schott Glas | Photonic devices for optical and optoelectronic information processing |
US7371563B2 (en) * | 2000-11-08 | 2008-05-13 | Surface Logix, Inc. | Peelable and resealable devices for biochemical assays |
US7439056B2 (en) * | 2000-11-08 | 2008-10-21 | Surface Logix Inc. | Peelable and resealable devices for arraying materials |
US6965433B2 (en) * | 2000-11-16 | 2005-11-15 | Nagaoka & Co., Ltd. | Optical biodiscs with reflective layers |
CA2326043A1 (en) | 2000-11-16 | 2002-05-16 | National Research Council Of Canada | Functionalised silicon surfaces, and method for their production |
US20040096893A1 (en) * | 2000-11-16 | 2004-05-20 | Rabah Boukherroub | Functionalised silicon surfaces, and method for their production |
WO2002042780A2 (en) * | 2000-11-22 | 2002-05-30 | Burstein Technologies, Inc. | Apparatus and methods for separating agglutinants and disperse particles |
US6905816B2 (en) | 2000-11-27 | 2005-06-14 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Clinically intelligent diagnostic devices and methods |
JP4179876B2 (ja) | 2000-11-27 | 2008-11-12 | インテリジェント メディカル ディバイシーズ エル.エル. シー. | 臨床的にインテリジェントな診断装置および方法 |
WO2002043866A2 (en) * | 2000-12-01 | 2002-06-06 | Burstein Technologies, Inc. | Apparatus and methods for separating components of particulate suspension |
US20020072111A1 (en) * | 2000-12-13 | 2002-06-13 | Clarkin James P. | Drawn microchannel array devices and method of analysis using same |
US7091034B2 (en) * | 2000-12-15 | 2006-08-15 | Burstein Technologies, Inc. | Detection system for disk-based laboratory and improved optical bio-disc including same |
WO2002054450A2 (en) * | 2001-01-04 | 2002-07-11 | Eagle Research & Development, Llc | Method of patterning a mask on the surface of a substrate and product manufactured thereby |
AU2002241834B2 (en) * | 2001-01-09 | 2006-11-09 | Microchips, Inc. | Flexible microchip devices for opthalmic and other applications |
US20030009293A1 (en) * | 2001-01-09 | 2003-01-09 | Anderson Norman G. | Reference database |
JP2004529323A (ja) * | 2001-01-31 | 2004-09-24 | ボード・オブ・リージエンツ,ザ・ユニバーシテイ・オブ・テキサス・システム | ミクロ機械加工した化学センサ・アレイ内に材料を閉じ込めるための方法および装置 |
US20020160363A1 (en) * | 2001-01-31 | 2002-10-31 | Mcdevitt John T. | Magnetic-based placement and retention of sensor elements in a sensor array |
US6913697B2 (en) | 2001-02-14 | 2005-07-05 | Science & Technology Corporation @ Unm | Nanostructured separation and analysis devices for biological membranes |
US7846684B2 (en) * | 2001-02-21 | 2010-12-07 | Battelle Memorial Institute | Enzyme system comprising an enzyme bonded in a porous matrix |
US6886409B2 (en) | 2001-03-13 | 2005-05-03 | Pamgene International B.V. | System for controlling the flow of a fluid through a substrate |
US20030004394A1 (en) * | 2001-03-13 | 2003-01-02 | Carpay Wilhelmus Marinus | Incubator system provided with a temperature control system |
JP2004525758A (ja) * | 2001-03-13 | 2004-08-26 | パムジーン・ベー・ベー | 基板を通しての流体の流通を制御するためのシステム |
US7105134B2 (en) | 2001-03-13 | 2006-09-12 | Pamgene B.V. | Device for holding a substrate |
JP2005233974A (ja) * | 2001-03-21 | 2005-09-02 | Olympus Corp | 生化学的検査方法 |
JP3715248B2 (ja) * | 2001-03-21 | 2005-11-09 | オリンパス株式会社 | 生化学的検査方法 |
US7027932B2 (en) | 2001-03-21 | 2006-04-11 | Olympus Optical Co., Ltd. | Biochemical examination method |
US20060129329A1 (en) * | 2001-04-09 | 2006-06-15 | Kobylecki Ryszard J | Investigating different physical and/or chemical forms of materials |
WO2003087827A2 (en) | 2001-04-11 | 2003-10-23 | Burstein Technologies, Inc. | Multi-parameter assays including analysis discs and methods relating thereto |
JP2002357604A (ja) * | 2001-04-17 | 2002-12-13 | Nisshinbo Ind Inc | 反応容器及びこれを用いる生物学的に活性な物質の分析方法 |
DE10122839B4 (de) * | 2001-05-11 | 2007-11-29 | Qimonda Ag | Verfahren zum Vereinzeln von Halbleiterstrukturen sowie zum Vereinzeln vorbereitetes Halbleitersubstrat |
CN1527720A (zh) * | 2001-05-11 | 2004-09-08 | Ү³��ѧ | 利用蛋白组芯片全面分析蛋白活性 |
JP4155724B2 (ja) * | 2001-05-18 | 2008-09-24 | 富士フイルム株式会社 | 生体関連物質分析用の複合材料シート |
WO2002095000A2 (en) | 2001-05-22 | 2002-11-28 | Gene Logic, Inc. | Molecular toxicology modeling |
WO2002094846A2 (en) * | 2001-05-22 | 2002-11-28 | Parallel Synthesis Technologies, Inc. | Method for in situ, on-chip chemical synthesis |
JP2002350595A (ja) * | 2001-05-25 | 2002-12-04 | Fuji Photo Film Co Ltd | 放射性物質標識生体起因物質検出用の蓄積性蛍光体シート |
US7155076B2 (en) * | 2001-06-15 | 2006-12-26 | The Regents Of The University Of California | Target molecules detection by waveguiding in a photonic silicon membrane |
US7556733B2 (en) * | 2001-06-15 | 2009-07-07 | Mds Analytical Technologies (Us) Inc. | Low volume filtration column devices and methods of filtering therewith |
US7229595B2 (en) * | 2001-06-15 | 2007-06-12 | Molecular Devices Corporation | Filtration column devices and methods of filtering therewith |
US7749388B2 (en) * | 2001-06-15 | 2010-07-06 | Life Technologies Corporation | Low volume filtration column devices and methods of filtering therewith |
US7077939B1 (en) * | 2001-06-18 | 2006-07-18 | The Texas A&M University System | Method and apparatus for nanoparticle transport and detection |
EP1399135B1 (en) | 2001-06-28 | 2004-12-29 | Microchips, Inc. | Methods for hermetically sealing microchip reservoir devices |
US20030003601A1 (en) * | 2001-07-02 | 2003-01-02 | Fuji Photo Film Co., Ltd. | Biochemical analysis system and biochemical analysis unit |
WO2003005013A1 (en) * | 2001-07-03 | 2003-01-16 | Georgia Tech Research Corporation | Filtration-based microarray chip |
US20060073610A1 (en) * | 2001-07-06 | 2006-04-06 | Millpore Corporation | Patterned composite membrane and stenciling method for the manufacture thereof |
JP2005520484A (ja) * | 2001-07-06 | 2005-07-14 | 454 コーポレイション | 多孔性フィルターを使用し、独立した並行する化学的微量反応を隔離するための方法 |
US7447594B2 (en) | 2001-07-10 | 2008-11-04 | Ocimum Biosolutions, Inc. | Molecular cardiotoxicology modeling |
WO2003027723A2 (en) * | 2001-07-24 | 2003-04-03 | Burstein Technologies, Inc. | Method and apparatus for bonded fluidic circuit for optical bio-disc |
US9678038B2 (en) | 2001-07-25 | 2017-06-13 | The Trustees Of Princeton University | Nanochannel arrays and their preparation and use for high throughput macromolecular analysis |
WO2003010289A2 (en) * | 2001-07-25 | 2003-02-06 | The Trustees Of Princeton University | Nanochannel arrays and their preparation and use for high throughput macromolecular analysis |
EP1281966A3 (en) * | 2001-07-30 | 2003-06-18 | Fuji Photo Film Co., Ltd. | Method and apparatus for conducting a receptor-ligand reaction |
CN1537229A (zh) * | 2001-07-31 | 2004-10-13 | ���ְ�˹��ʽ���� | 基因检查装置和使用该装置检测靶核酸的方法 |
WO2003011285A1 (en) * | 2001-08-01 | 2003-02-13 | Merck & Co., Inc. | BENZIMIDAZO[4,5-f]ISOQUINOLINONE DERIVATIVES |
US20030129665A1 (en) * | 2001-08-30 | 2003-07-10 | Selvan Gowri Pyapali | Methods for qualitative and quantitative analysis of cells and related optical bio-disc systems |
DE10142691B4 (de) * | 2001-08-31 | 2006-04-20 | Infineon Technologies Ag | Verfahren zum Nachweis biochemischer Reaktionen sowie eine Vorrichtung hierfür |
WO2003023409A2 (en) * | 2001-09-07 | 2003-03-20 | Transform Pharmaceuticals, Inc. | Apparatus and method for high-throughput preparation and characterization of compositions |
WO2003029820A1 (fr) * | 2001-09-28 | 2003-04-10 | Mitsubishi Rayon Co., Ltd. | Appareil d'electrophorese, systeme electrophoretique, procede electrophoretique et procede de detection d'echantillon |
JP4754746B2 (ja) * | 2001-09-28 | 2011-08-24 | オリンパス株式会社 | 棒状担体およびこれを具備するシリンダー反応容器 |
JPWO2003031972A1 (ja) * | 2001-10-05 | 2005-01-27 | 株式会社ビー・エム・エル | 検出用基板 |
US7439346B2 (en) | 2001-10-12 | 2008-10-21 | Perkinelmer Las Inc. | Nucleic acids arrays and methods of use therefor |
JP2005519634A (ja) | 2001-10-12 | 2005-07-07 | スペクトラル ジェノミクス、インク. | 核酸組成物及びアレイ及びそれらを用いる方法 |
JP4117249B2 (ja) * | 2001-10-15 | 2008-07-16 | バイオセプト インコーポレイテッド | マイクロウェルバイオチップ |
US7220345B2 (en) * | 2001-10-18 | 2007-05-22 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Hybrid microfluidic and nanofluidic system |
JP3868267B2 (ja) * | 2001-10-31 | 2007-01-17 | 株式会社荏原製作所 | マルチカラム・アフィニティー検出システム |
ATE509272T1 (de) * | 2001-11-09 | 2011-05-15 | 3Dbiosurfaces Technologies Llc | Substrate mit hochliegendem oberflächenbereich für mikroarrays sowie verfahren zur herstellung davon |
GB0127360D0 (en) * | 2001-11-14 | 2002-01-09 | Univ Bath | Device and method for preparing particles for analysis |
WO2003044481A2 (en) * | 2001-11-20 | 2003-05-30 | Burstein Technologies, Inc. | Optical bio-discs and microfluidic devices for analysis of cells |
US20030098271A1 (en) * | 2001-11-26 | 2003-05-29 | Ralph Somack | Capsule and tray systems for combined sample collection, archiving, purification, and PCR |
US20030104512A1 (en) * | 2001-11-30 | 2003-06-05 | Freeman Alex R. | Biosensors for single cell and multi cell analysis |
US7335271B2 (en) * | 2002-01-02 | 2008-02-26 | Lewis & Clark College | Adhesive microstructure and method of forming same |
DE10201653A1 (de) * | 2002-01-17 | 2003-08-14 | Infineon Technologies Ag | Oberfläche zur Anlagerung von Biomolekülen |
US20040241381A1 (en) * | 2002-01-31 | 2004-12-02 | Chen Yihfar | Microfluidic structures with circumferential grooves for bonding adhesives and related optical analysis discs |
WO2003064996A2 (en) * | 2002-01-31 | 2003-08-07 | Burstein Technologies, Inc. | Bio-safe dispenser and optical analysis disc assembly |
US20050221048A1 (en) * | 2002-01-31 | 2005-10-06 | James Rodney Norton | Manufacturing processes for making optical analysis discs including successive patterning operations and optical discs thereby manufactured |
US20050023765A1 (en) * | 2002-01-31 | 2005-02-03 | Coombs James Howard | Bio-safety features for optical analysis disc and disc system including same |
JP3836379B2 (ja) * | 2002-02-01 | 2006-10-25 | 富士写真フイルム株式会社 | リセプター・リガンド会合反応方法 |
JP3721334B2 (ja) * | 2002-02-01 | 2005-11-30 | 富士写真フイルム株式会社 | リセプター・リガンド会合反応方法およびそれに用いるリアクタ |
JP3786881B2 (ja) * | 2002-02-01 | 2006-06-14 | 富士写真フイルム株式会社 | リセプター・リガンド会合反応方法 |
DE10206420A1 (de) * | 2002-02-15 | 2003-08-28 | Infineon Technologies Ag | Bedruckter Probenträger, ein Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung |
JP3933058B2 (ja) * | 2002-02-25 | 2007-06-20 | 日立化成工業株式会社 | マイクロ流体システム用支持ユニット及びその製造方法 |
US6918738B2 (en) | 2002-03-11 | 2005-07-19 | Diversa Corporation | Stackable sample holding plate with robot removable lid |
US6916621B2 (en) * | 2002-03-27 | 2005-07-12 | Spectral Genomics, Inc. | Methods for array-based comparitive binding assays |
US20040038260A1 (en) * | 2002-04-18 | 2004-02-26 | Imedd, Inc. | Nanopump device for analyzing DNA sequences |
EP1499441A1 (en) * | 2002-04-19 | 2005-01-26 | PamGene B.V. | System, substrate plate and incubation device for conducting biossays |
DE10217569A1 (de) * | 2002-04-19 | 2003-11-13 | Infineon Technologies Ag | Vorrichtung auf Basis von partiell oxidiertem porösen Silizium |
DE10217568A1 (de) * | 2002-04-19 | 2003-11-13 | Infineon Technologies Ag | Wellenleiter in porösen Substraten |
EP1502097A2 (en) | 2002-04-26 | 2005-02-02 | Board of Regents, The University of Texas System | Method and system for the detection of cardiac risk factors |
US20030208936A1 (en) * | 2002-05-09 | 2003-11-13 | Lee Charles Hee | Method for manufacturing embroidery decorated cards and envelopes |
US6872439B2 (en) * | 2002-05-13 | 2005-03-29 | The Regents Of The University Of California | Adhesive microstructure and method of forming same |
DE10224339A1 (de) * | 2002-05-29 | 2003-12-11 | Axaron Bioscience Ag | Verfahren zur hochparallelen Nukleinsäuresequenzierung |
WO2003102216A2 (en) * | 2002-05-31 | 2003-12-11 | Diversa Corporation | Multiplexed systems for nucleic acid sequencing |
US7473562B2 (en) | 2002-06-03 | 2009-01-06 | Pamgene B.V. | Method for high-throughput integrated chemical and biochemical reactions |
JP2005528102A (ja) * | 2002-06-03 | 2005-09-22 | パムジーン ビー.ブイ. | 多用途の生存マイクロアレイを用いる、細胞に基づく高処理量アッセイのための方法 |
AU2003256742A1 (en) * | 2002-07-24 | 2004-02-09 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Capture and detection of microbes by membrane methods |
DE60336727D1 (de) | 2002-08-16 | 2011-05-26 | Microchips Inc | Vorrichtung mit kontrollierter abgabe und verfahren |
US8277753B2 (en) | 2002-08-23 | 2012-10-02 | Life Technologies Corporation | Microfluidic transfer pin |
US6806543B2 (en) | 2002-09-12 | 2004-10-19 | Intel Corporation | Microfluidic apparatus with integrated porous-substrate/sensor for real-time (bio)chemical molecule detection |
US7595883B1 (en) | 2002-09-16 | 2009-09-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biological analysis arrangement and approach therefor |
JP3830882B2 (ja) * | 2002-09-17 | 2006-10-11 | 富士写真フイルム株式会社 | 生化学解析用ユニット |
US7534241B2 (en) * | 2002-09-23 | 2009-05-19 | Microchips, Inc. | Micro-reservoir osmotic release systems and microtube array device |
WO2004029217A2 (en) * | 2002-09-26 | 2004-04-08 | Vanderbilt University | Method for screening molecular interactions |
JP2006501449A (ja) | 2002-09-27 | 2006-01-12 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション | 細胞分離のためのマイクロ流体デバイスおよびその使用 |
DE10245434B4 (de) * | 2002-09-27 | 2006-03-16 | Micronas Holding Gmbh | Verfahren und Vorrichtung zur Bestimmung der Konzentration von in einer flüssigen Probe enthaltenen Liganden |
AU2003269557A1 (en) | 2002-10-18 | 2004-05-04 | Lg Life Sciences Ltd. | Gene families associated with cancers |
EP1556501A4 (en) | 2002-10-28 | 2009-04-08 | Transform Pharmaceuticals Inc | TRANSDERMALER ASSAY WITH MAGNETIC TERMINAL |
US20100210027A9 (en) * | 2002-11-04 | 2010-08-19 | Hongming Chen | Method for determining effect of preformulation forms on their dissolution rates |
US7597936B2 (en) * | 2002-11-26 | 2009-10-06 | University Of Utah Research Foundation | Method of producing a pigmented composite microporous material |
EP1567671A1 (en) * | 2002-12-04 | 2005-08-31 | PamGene B.V. | Method for probe hybridisation of immobilized genomic dna |
US20060094108A1 (en) * | 2002-12-20 | 2006-05-04 | Karl Yoder | Thermal cycler for microfluidic array assays |
CA2521999A1 (en) | 2002-12-20 | 2004-09-02 | Biotrove, Inc. | Assay apparatus and method using microfluidic arrays |
US20040129676A1 (en) * | 2003-01-07 | 2004-07-08 | Tan Roy H. | Apparatus for transfer of an array of liquids and methods for manufacturing same |
AU2004209426B2 (en) * | 2003-01-29 | 2008-04-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method for preparing single-stranded DNA libraries |
BRPI0407299A (pt) * | 2003-02-05 | 2006-02-07 | Gen Hospital Corp | Métodos para detectar um analito associado com o hiv, para determinar a relação de células t cd4+ para células t cd8+, e para detectar rna do hiv, em uma amostra de sangue |
US20050003521A1 (en) * | 2003-03-11 | 2005-01-06 | O'connor David | Addressable microarray device, methods of making, and uses thereof |
US7501279B2 (en) * | 2003-04-03 | 2009-03-10 | University Of Washington | Microwell arrays with nanoholes |
JP2006523444A (ja) | 2003-04-14 | 2006-10-19 | ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト | 骨芽細胞分化に関連する遺伝子発現 |
WO2004095034A1 (en) * | 2003-04-23 | 2004-11-04 | Nagaoka & Co., Ltd. | Optical bio-discs including spiral fluidic circuits for performing assays |
WO2004097371A2 (en) * | 2003-04-25 | 2004-11-11 | Board Of Regents, The University Of Texas System | System and method for the detection of analytes |
AU2004235238A1 (en) * | 2003-04-25 | 2004-11-11 | Jsr Corporation | Biochip and biochip kit, and method of producing the same and method of using the same |
US9317922B2 (en) | 2003-05-16 | 2016-04-19 | Board Of Regents The University Of Texas System | Image and part recognition technology |
US7651850B2 (en) * | 2003-05-16 | 2010-01-26 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Image and part recognition technology |
GB0311902D0 (en) * | 2003-05-22 | 2003-06-25 | Cambridge Life Sciences | Assay method and apparatus |
JPWO2004104584A1 (ja) * | 2003-05-26 | 2006-07-20 | オリンパス株式会社 | 生体関連物質の検査方法と、そのための流体移送装置と流体移送方法 |
MXPA05013188A (es) | 2003-06-06 | 2007-01-30 | Arborgen Llc | Composiciones y metodos para regular polisacaridos de una celula vegetal. |
BRPI0411002A (pt) | 2003-06-06 | 2006-05-23 | Arborgen Llc | polinucleotìdios isolados, fator de transcrição de planta, seqüências de nucleotìdios isolados, construções de dna, células de planta, plantas transgênicas, polpa de madeira, combinações de detecção de expressão de um ou mais polinucleotìdios, microconjunto e kit e métodos de produção de planta transgênica, de rastreamento de promotor, de correlação da expressão de polinucleotìdio em duas amostras diferentes e da posse de um fenótipo de planta com o nìvel de expressão de polinucleotìdio na planta de um ou mais polinucleotìdios e da detecção de um ou mais polinucleotìdios numa amostra |
US20040248323A1 (en) | 2003-06-09 | 2004-12-09 | Protometrix, Inc. | Methods for conducting assays for enzyme activity on protein microarrays |
WO2004113871A2 (en) * | 2003-06-19 | 2004-12-29 | Nagaoka & Co., Ltd. | Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto |
US7390464B2 (en) * | 2003-06-19 | 2008-06-24 | Burstein Technologies, Inc. | Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto |
EP1644184A2 (en) * | 2003-06-27 | 2006-04-12 | Nagaoka & Co., Ltd. | Fluidic circuits, methods and apparatus for use of whole blood samples in colorimetric assays |
WO2005011830A2 (en) * | 2003-07-25 | 2005-02-10 | Nagaoka & Co., Ltd. | Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto |
WO2005016558A2 (en) * | 2003-08-04 | 2005-02-24 | Microchips, Inc. | Methods for accelerated release of material from a reservoir device |
EP1660228A1 (en) * | 2003-08-21 | 2006-05-31 | PamGene B.V. | Microarray support for bioprobe synthesis |
US7407630B2 (en) | 2003-09-19 | 2008-08-05 | Applera Corporation | High density plate filler |
US9492820B2 (en) | 2003-09-19 | 2016-11-15 | Applied Biosystems, Llc | High density plate filler |
US8277760B2 (en) | 2003-09-19 | 2012-10-02 | Applied Biosystems, Llc | High density plate filler |
US7998435B2 (en) | 2003-09-19 | 2011-08-16 | Life Technologies Corporation | High density plate filler |
US7695688B2 (en) * | 2003-09-19 | 2010-04-13 | Applied Biosystems, Llc | High density plate filler |
US20050069949A1 (en) * | 2003-09-30 | 2005-03-31 | International Business Machines Corporation | Microfabricated Fluidic Structures |
US20050069462A1 (en) * | 2003-09-30 | 2005-03-31 | International Business Machines Corporation | Microfluidics Packaging |
US7851203B2 (en) * | 2003-10-01 | 2010-12-14 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Functionalized apertures for the detection of chemical and biological materials |
WO2005033237A2 (en) * | 2003-10-03 | 2005-04-14 | The Regents Of The University Of California | Apparatus for friction enhancement of curved surfaces |
US20050119640A1 (en) * | 2003-10-03 | 2005-06-02 | The Regents Of The University Of California | Surgical instrument for adhering to tissues |
DE10348541A1 (de) * | 2003-10-20 | 2005-05-19 | Infineon Technologies Ag | Poröses Substrat auf Silicium-Basis, ein Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung |
JP4206900B2 (ja) * | 2003-10-27 | 2009-01-14 | ソニー株式会社 | 給電用配線が延設されたバイオアッセイ用基板 |
DE602004029396D1 (de) | 2003-11-03 | 2010-11-11 | Microchips Inc | Medizinprodukt zum messen von glucose |
US20060088857A1 (en) * | 2003-12-01 | 2006-04-27 | Said Attiya | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
US20060019264A1 (en) * | 2003-12-01 | 2006-01-26 | Said Attiya | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
CA2549190A1 (en) | 2003-12-11 | 2005-06-30 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method and system for the analysis of saliva using a sensor array |
EP1548444A1 (en) * | 2003-12-23 | 2005-06-29 | Paul Scherrer Institut | An assay chip, and uses of said assay chip to determine molecular structures and functions |
AR047574A1 (es) | 2003-12-30 | 2006-01-25 | Arborgen Llc 2 Genesis Res 1 | Genes del ciclo celular y metodos de uso relacionados |
WO2005068137A1 (en) * | 2004-01-05 | 2005-07-28 | Lewis & Clark College | Self-cleaning adhesive structure and methods |
EP1718411B1 (en) * | 2004-02-11 | 2010-04-07 | PamGene B.V. | A device for analysing an interaction between target and probe molecules |
JPWO2005084792A1 (ja) * | 2004-02-18 | 2007-08-02 | 日立化成工業株式会社 | マイクロ流体システム用支持ユニット |
US8101431B2 (en) | 2004-02-27 | 2012-01-24 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements and reagent delivery systems |
US20060257941A1 (en) * | 2004-02-27 | 2006-11-16 | Mcdevitt John T | Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing particle and membrane sensor elements |
US20060257854A1 (en) * | 2004-02-27 | 2006-11-16 | Mcdevitt John T | Membrane assay system including preloaded particles |
US8105849B2 (en) | 2004-02-27 | 2012-01-31 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements |
US7781226B2 (en) * | 2004-02-27 | 2010-08-24 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | Particle on membrane assay system |
US20060257991A1 (en) * | 2004-02-27 | 2006-11-16 | Mcdevitt John T | Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing particle-based sensor elements and membrane-based sensor elements |
US7279337B2 (en) * | 2004-03-10 | 2007-10-09 | Agilent Technologies, Inc. | Method and apparatus for sequencing polymers through tunneling conductance variation detection |
CA2559171A1 (en) | 2004-03-12 | 2005-09-29 | Biotrove, Inc. | Nanoliter array loading |
WO2005098031A1 (en) * | 2004-04-06 | 2005-10-20 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Liquid-based hybridization assay |
US20070202013A1 (en) * | 2004-04-21 | 2007-08-30 | Ingham Colin J | Masked Solid Supports |
DE102004021351A1 (de) * | 2004-04-23 | 2005-11-17 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Funktionalisierter poröser Träger für Mikroarrays |
PL1773978T3 (pl) * | 2004-05-19 | 2014-09-30 | Massachusetts Inst Technology | Trójwymiarowe perfuzyjne modele tkankowo-komórkowe chorób |
US20050287523A1 (en) * | 2004-06-01 | 2005-12-29 | The Regents Of The University Of California | Functionalized platform for individual molecule or cell characterization |
US20060024713A1 (en) * | 2004-06-30 | 2006-02-02 | Butler John H | Synthesis of oligomers in arrays |
DE602005000853D1 (de) * | 2004-07-02 | 2007-05-24 | Vivactis Nv | Messung der Wärme erzeugt durch einen chemischen oder biologischen Prozess. |
WO2006015299A2 (en) | 2004-07-30 | 2006-02-09 | Microchips, Inc. | Multi-reservoir device for transdermal drug delivery and sensing |
JP4637545B2 (ja) * | 2004-11-01 | 2011-02-23 | 一般社団法人オンチップ・セロミクス・コンソーシアム | Dnaチップおよびdnaハイブリダイゼーション法 |
US20060105453A1 (en) | 2004-09-09 | 2006-05-18 | Brenan Colin J | Coating process for microfluidic sample arrays |
US12070731B2 (en) | 2004-08-04 | 2024-08-27 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for aligning dispensing arrays with microfluidic sample arrays |
US7854899B2 (en) * | 2004-08-26 | 2010-12-21 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of Health And Human Services | Template methods and devices for preparing sample arrays |
WO2006026768A1 (en) | 2004-09-01 | 2006-03-09 | Microchips, Inc. | Multi-cap reservoir devices for controlled release or exposure of reservoir contents |
US7799906B1 (en) | 2004-09-22 | 2010-09-21 | Arborgen, Llc | Compositions and methods for modulating lignin of a plant |
WO2006037527A1 (en) * | 2004-09-30 | 2006-04-13 | Pamgene Bv | Masked solid porous supports allowing fast and easy reagent exchange to accelerate electrode-based microarrays |
JP4653995B2 (ja) * | 2004-10-08 | 2011-03-16 | Jsr株式会社 | バイオセパレーション用フィルターの製造方法並びにバイオセパレーション用フィルターおよびそれを用いたバイオセパレーション用キット |
CA2584131A1 (en) * | 2004-10-15 | 2006-04-27 | Signal Pharmaceuticals, Llc | P27 ubiquitination assay and methods of use |
WO2006060149A2 (en) * | 2004-11-10 | 2006-06-08 | The Regents Of The University Of California | Actively switchable nano-structured adhesive |
US7413846B2 (en) * | 2004-11-15 | 2008-08-19 | Microchips, Inc. | Fabrication methods and structures for micro-reservoir devices |
US7799423B2 (en) * | 2004-11-19 | 2010-09-21 | The Regents Of The University Of California | Nanostructured friction enhancement using fabricated microstructure |
WO2006062745A2 (en) * | 2004-11-23 | 2006-06-15 | 454 Life Sciences Corporation | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
JP4687653B2 (ja) * | 2004-11-30 | 2011-05-25 | 日立化成工業株式会社 | 分析前処理用部品 |
EP1832339A1 (en) * | 2004-12-09 | 2007-09-12 | Hitachi Chemical Co., Ltd. | Support unit for micro fluid system and process for producing the same |
US20060134387A1 (en) * | 2004-12-20 | 2006-06-22 | William Gottermeier | Multilayer article formed by adhesive ablation |
US20060141486A1 (en) * | 2004-12-29 | 2006-06-29 | Coonan Everett W | Porous substrates and arrays comprising the same |
US20080076975A1 (en) * | 2005-01-25 | 2008-03-27 | Microchips, Inc. | Method and implantable device with reservoir array for pre-clinical in vivo testing |
WO2006081279A2 (en) | 2005-01-25 | 2006-08-03 | Microchips, Inc. | Control of drug release by transient modification of local microenvironments |
US20070023643A1 (en) | 2005-02-01 | 2007-02-01 | Nolte David D | Differentially encoded biological analyzer planar array apparatus and methods |
US7910356B2 (en) | 2005-02-01 | 2011-03-22 | Purdue Research Foundation | Multiplexed biological analyzer planar array apparatus and methods |
US7663092B2 (en) | 2005-02-01 | 2010-02-16 | Purdue Research Foundation | Method and apparatus for phase contrast quadrature interferometric detection of an immunoassay |
EP1693337A1 (de) * | 2005-02-18 | 2006-08-23 | Infineon Technologies AG | Makroporöser Träger für chemische Amplifikationsreaktionen |
US20090203547A1 (en) * | 2005-02-18 | 2009-08-13 | Albert Banes | Gene and Cognate Protein Profiles and Methods to Determine Connective Tissue Markers in Normal and Pathologic Conditions |
WO2006094025A2 (en) * | 2005-02-28 | 2006-09-08 | The Regents Of The University Of California | Fabricated adhesive microstructures for making an electrical connection |
US20070196820A1 (en) | 2005-04-05 | 2007-08-23 | Ravi Kapur | Devices and methods for enrichment and alteration of cells and other particles |
JP2006292367A (ja) * | 2005-04-05 | 2006-10-26 | Mitsubishi Rayon Co Ltd | miRNA検出用マイクロアレイ |
US20060246576A1 (en) | 2005-04-06 | 2006-11-02 | Affymetrix, Inc. | Fluidic system and method for processing biological microarrays in personal instrumentation |
EP1877533A2 (en) * | 2005-04-18 | 2008-01-16 | Dsm Ip Assets B.V. | Biochip and process for the production of a biochip |
EP1910824A4 (en) | 2005-05-31 | 2012-11-21 | Labnow Inc | METHOD AND COMPOSITIONS RELATED TO THE PREPARATION AND USE OF A WHITE BLOOD IMAGE |
WO2006132324A1 (ja) * | 2005-06-10 | 2006-12-14 | Olympus Corporation | 反応容器およびそれを用いる反応装置 |
US8921102B2 (en) | 2005-07-29 | 2014-12-30 | Gpb Scientific, Llc | Devices and methods for enrichment and alteration of circulating tumor cells and other particles |
US9404882B2 (en) | 2005-08-11 | 2016-08-02 | New Mexico Tech Research Foundation | Method of producing a multi-microchannel, flow-through element and device using same |
US20070034298A1 (en) * | 2005-08-11 | 2007-02-15 | New Mexico Technical Research Foundation | Method of producing a multi-microchannel, flow-through element and device using same |
US7955864B2 (en) * | 2005-08-22 | 2011-06-07 | Life Technologies Corporation | Device and method for making discrete volumes of a first fluid in contact with a second fluid, which are immiscible with each other |
JP2009510428A (ja) * | 2005-10-03 | 2009-03-12 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 感度が改良されたバイオセンサ |
WO2007042972A2 (en) * | 2005-10-07 | 2007-04-19 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Method and apparatus for printing a pattern of different reagent fluids on a porous substrate while applying a pressure drop and porous substrate printed with distinct dots having an enhanced depth of penetration |
US20070202515A1 (en) * | 2005-10-12 | 2007-08-30 | Pathologica, Llc. | Promac signature application |
US7825037B2 (en) * | 2005-10-17 | 2010-11-02 | Stc.Unm | Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles |
US9156004B2 (en) | 2005-10-17 | 2015-10-13 | Stc.Unm | Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles |
US10060904B1 (en) | 2005-10-17 | 2018-08-28 | Stc.Unm | Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles |
US8007267B2 (en) | 2005-11-02 | 2011-08-30 | Affymetrix, Inc. | System and method for making lab card by embossing |
US8075852B2 (en) | 2005-11-02 | 2011-12-13 | Affymetrix, Inc. | System and method for bubble removal |
US8557600B2 (en) * | 2005-11-03 | 2013-10-15 | Emd Millipore Corporation | Immunoassay product and process |
US7709087B2 (en) * | 2005-11-18 | 2010-05-04 | The Regents Of The University Of California | Compliant base to increase contact for micro- or nano-fibers |
US7317257B2 (en) * | 2005-12-14 | 2008-01-08 | Intel Corporation | Inhibiting underfill flow using nanoparticles |
WO2007098914A1 (en) * | 2006-03-01 | 2007-09-07 | Roche Diagnostics Gmbh | Substrate for nucleic acid amplification |
EP1845374A1 (en) | 2006-04-14 | 2007-10-17 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Form inhibitor membrane for a flow-through cell |
US20080050739A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-02-28 | Roland Stoughton | Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats |
EP2589668A1 (en) | 2006-06-14 | 2013-05-08 | Verinata Health, Inc | Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags |
DE102006033875A1 (de) * | 2006-07-21 | 2008-01-31 | Siemens Ag | Analysesystem basierend auf porösem Material für hochparallele Einzelzelldetektion |
WO2008024885A2 (en) * | 2006-08-23 | 2008-02-28 | The Regents Of The University Of California | Symmetric, spatular attachments for enhanced adhesion of micro-and nano-fibers |
US7943310B2 (en) * | 2006-08-30 | 2011-05-17 | Centocor Ortho Biotech Inc. | Methods for assessing response to therapy in subjects having ulcerative colitis |
US7522282B2 (en) | 2006-11-30 | 2009-04-21 | Purdue Research Foundation | Molecular interferometric imaging process and apparatus |
US8999636B2 (en) | 2007-01-08 | 2015-04-07 | Toxic Report Llc | Reaction chamber |
US7659968B2 (en) * | 2007-01-19 | 2010-02-09 | Purdue Research Foundation | System with extended range of molecular sensing through integrated multi-modal data acquisition |
US9152150B1 (en) | 2007-02-22 | 2015-10-06 | Applied Biosystems, Llc | Compositions, systems, and methods for immiscible fluid discrete volume manipulation |
US20080227664A1 (en) * | 2007-03-16 | 2008-09-18 | Canon Kabushiki Kaisha | Cell array structural body and cell array |
CA2681722A1 (en) | 2007-03-26 | 2008-10-02 | Purdue Research Foundation | Method and apparatus for conjugate quadrature interferometric detection of an immunoassay |
WO2008121828A2 (en) * | 2007-03-28 | 2008-10-09 | Bionanomatrix, Inc. | Methods of macromolecular analysis using nanochannel arrays |
US8945909B2 (en) * | 2007-04-25 | 2015-02-03 | The Regents Of The University Of Michigan | Tunable elastomeric nanochannels for nanofluidic manipulation |
EP2157907B1 (en) * | 2007-06-07 | 2013-03-27 | MicroCHIPS, Inc. | Electrochemical biosensors and arrays |
WO2009039122A2 (en) | 2007-09-17 | 2009-03-26 | Sequenom, Inc. | Integrated robotic sample transfer device |
US7811810B2 (en) * | 2007-10-25 | 2010-10-12 | Industrial Technology Research Institute | Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules |
US7767441B2 (en) * | 2007-10-25 | 2010-08-03 | Industrial Technology Research Institute | Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules |
WO2009137369A1 (en) * | 2008-05-03 | 2009-11-12 | Tufts Medical Center, Inc. | Neonatal salivary genomics |
BRPI0917379A2 (pt) | 2008-08-29 | 2015-11-17 | Centocor Ortho Biotech Inc | marcadores e metodos para avaliar e tratar colite ulcerativa e desordens relacionadas usando um painel de 20 genes |
US8361716B2 (en) | 2008-10-03 | 2013-01-29 | Pathogenetix, Inc. | Focusing chamber |
EP2352998A4 (en) | 2008-11-07 | 2011-09-21 | Centocor Ortho Biotech Inc | MARKERS AND METHOD FOR THE STUDY AND TREATMENT OF LIGHT-SENSITIVELY LUPUS PATIENTS |
EP2473630B1 (en) | 2009-09-04 | 2017-11-08 | QIAGEN GmbH | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, screening, isolation and sequencing of vancomycin resistance genes and vancomycin resistant enterococci |
EP2491139A1 (en) | 2009-10-19 | 2012-08-29 | Stichting Het Nederlands Kanker Instituut | Predicting benefit of anti-cancer therapy via array comparative genomic hybridization |
EP2491140A1 (en) | 2009-10-19 | 2012-08-29 | Stichting Het Nederlands Kanker Instituut | Predicting response to anti-cancer therapy via array comparative genomic hybridization |
WO2011048498A2 (en) | 2009-10-19 | 2011-04-28 | Stichting Het Nederlands Kanker Instituut | Differentiation between brca2-associated tumours and sporadic tumours via array comparative genomic hybridization |
US8786852B2 (en) | 2009-12-02 | 2014-07-22 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Nanoscale array structures suitable for surface enhanced raman scattering and methods related thereto |
RU2534891C2 (ru) | 2009-12-29 | 2014-12-10 | Хилл`С Пет Ньютришн, Инк. | Композиции, содержащие имбирь, для облегчения или предотвращения воспалительных состояний |
JP5902086B2 (ja) * | 2010-07-22 | 2016-04-13 | 株式会社エンプラス | 分析用具及びマイクロ分析システム |
US20140018251A1 (en) | 2010-09-20 | 2014-01-16 | Stichting Het Nederlands Kanker Instituut | Methods for Predicting Response to Anti-Cancer Therapy in Cancer Patients |
US9387476B2 (en) | 2010-10-27 | 2016-07-12 | Illumina, Inc. | Flow cells for biological or chemical analysis |
WO2012138470A2 (en) | 2011-04-04 | 2012-10-11 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized oligonucleotides and methods of using same for the detection, isolation, amplification, quantitation, monitoring, screening, and sequencing of group b streptococcus |
US9395304B2 (en) | 2012-03-01 | 2016-07-19 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Nanoscale structures on optical fiber for surface enhanced Raman scattering and methods related thereto |
US8906320B1 (en) | 2012-04-16 | 2014-12-09 | Illumina, Inc. | Biosensors for biological or chemical analysis and systems and methods for same |
US9028776B2 (en) | 2012-04-18 | 2015-05-12 | Toxic Report Llc | Device for stretching a polymer in a fluid sample |
US8685708B2 (en) | 2012-04-18 | 2014-04-01 | Pathogenetix, Inc. | Device for preparing a sample |
EP2895269A1 (en) * | 2012-09-11 | 2015-07-22 | Centre Hospitalier Universitaire Vaudois | Conical multi-well filter plate |
WO2014066749A2 (en) | 2012-10-25 | 2014-05-01 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the binding, detection, differentiation, isolation and sequencing of influenza a; influenza b and respiratory syncytial virus |
US20140256582A1 (en) | 2013-03-05 | 2014-09-11 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, screening, isolation and sequencing of mrsa, mssa, staphylococcus markers, and the antibiotic resistance gene mec a |
JP6416766B2 (ja) | 2013-08-01 | 2018-10-31 | ギガフォトン株式会社 | ターゲット供給装置 |
DK3030682T3 (da) | 2013-08-05 | 2020-09-14 | Twist Bioscience Corp | De novo synthesized gene libraries |
EP4220137A1 (en) | 2013-12-10 | 2023-08-02 | Illumina, Inc. | Biosensors for biological or chemical analysis and methods of manufacturing the same |
WO2015087454A1 (ja) | 2013-12-13 | 2015-06-18 | ギガフォトン株式会社 | ターゲット供給装置 |
US20170080417A1 (en) * | 2014-05-14 | 2017-03-23 | University Of Limerick | Microfluidic devices that include channels that are slidable relative to each other and methods of use thereof |
GB201414451D0 (en) * | 2014-08-14 | 2014-10-01 | Oxford Gene Technology Operations Ltd | Hybridisation column for nucleic acid enrichment |
WO2016126987A1 (en) | 2015-02-04 | 2016-08-11 | Twist Bioscience Corporation | Compositions and methods for synthetic gene assembly |
US10669304B2 (en) | 2015-02-04 | 2020-06-02 | Twist Bioscience Corporation | Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly |
WO2016130558A1 (en) * | 2015-02-09 | 2016-08-18 | President And Fellows Of Harvard College | Fluid-based gating mechanism with tunable multiphase selectivity and antifouling behavior |
EP3683578A1 (en) * | 2015-04-09 | 2020-07-22 | Angle Europe Limited | Porous substrate |
WO2016172377A1 (en) | 2015-04-21 | 2016-10-27 | Twist Bioscience Corporation | Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis |
CA2998169A1 (en) | 2015-09-18 | 2017-03-23 | Twist Bioscience Corporation | Oligonucleic acid variant libraries and synthesis thereof |
CN108698012A (zh) | 2015-09-22 | 2018-10-23 | 特韦斯特生物科学公司 | 用于核酸合成的柔性基底 |
US9700891B2 (en) * | 2015-11-13 | 2017-07-11 | International Business Machines Corporation | Integrated nanofluidic arrays for high capacity colloid separation |
WO2017095958A1 (en) | 2015-12-01 | 2017-06-08 | Twist Bioscience Corporation | Functionalized surfaces and preparation thereof |
SG11201901563UA (en) | 2016-08-22 | 2019-03-28 | Twist Bioscience Corp | De novo synthesized nucleic acid libraries |
JP6871364B2 (ja) | 2016-09-21 | 2021-05-12 | ツイスト バイオサイエンス コーポレーション | 核酸に基づくデータ保存 |
WO2018061733A1 (ja) * | 2016-09-28 | 2018-04-05 | 富士フイルム株式会社 | 検査方法および検査チップ |
CN110268108B (zh) | 2016-12-12 | 2022-09-06 | 埃克切拉生物科学公司 | 用于使用微毛细管阵列进行筛选的方法和系统 |
US11085039B2 (en) | 2016-12-12 | 2021-08-10 | xCella Biosciences, Inc. | Methods and systems for screening using microcapillary arrays |
US10907274B2 (en) | 2016-12-16 | 2021-02-02 | Twist Bioscience Corporation | Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof |
EP3562796B1 (en) | 2016-12-30 | 2023-04-19 | Xcella Biosciences, Inc. | Multi-stage sample recovery system |
EP3586255A4 (en) | 2017-02-22 | 2021-03-31 | Twist Bioscience Corporation | NUCLEIC ACID-BASED DATA STORAGE |
US10894959B2 (en) | 2017-03-15 | 2021-01-19 | Twist Bioscience Corporation | Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof |
EP3631438A4 (en) * | 2017-06-01 | 2021-06-16 | Nanomedical Systems Inc. | DEVICES AND METHODS FOR ENRICHMENT OF PEPTIDES DURING BIOANALYTICAL SAMPLE PREPARATION |
JP7169999B2 (ja) | 2017-06-12 | 2022-11-11 | ツイスト バイオサイエンス コーポレーション | シームレス核酸アセンブリのための方法 |
WO2018231864A1 (en) | 2017-06-12 | 2018-12-20 | Twist Bioscience Corporation | Methods for seamless nucleic acid assembly |
KR20200047706A (ko) | 2017-09-11 | 2020-05-07 | 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 | Gpcr 결합 단백질 및 이의 합성 방법 |
JP7066840B2 (ja) | 2017-10-20 | 2022-05-13 | ツイスト バイオサイエンス コーポレーション | ポリヌクレオチド合成のための加熱されたナノウェル |
EP3711095B1 (en) | 2017-12-26 | 2024-03-06 | Illumina, Inc. | Sensor system |
CA3088911A1 (en) | 2018-01-04 | 2019-07-11 | Twist Bioscience Corporation | Dna-based storage device and method for synthesizing polynucleotides using the device |
KR102056938B1 (ko) * | 2018-01-26 | 2019-12-17 | (주)메타포어 | 매트릭스 구조를 가진 멤브레인 구조체 및 이를 이용한 생체분자 필터 |
KR102056941B1 (ko) * | 2018-04-05 | 2019-12-17 | (주)메타포어 | 생체분자 분리용 멤브레인 구조체 |
CA3100739A1 (en) | 2018-05-18 | 2019-11-21 | Twist Bioscience Corporation | Polynucleotides, reagents, and methods for nucleic acid hybridization |
CN113766930A (zh) | 2019-02-26 | 2021-12-07 | 特韦斯特生物科学公司 | Glp1受体的变异核酸文库 |
EP3938506A4 (en) | 2019-02-26 | 2022-12-14 | Twist Bioscience Corporation | VARIANT NUCLEIC ACID LIBRARIES FOR OPTIMIZATION OF ANTIBODIES |
US11332738B2 (en) | 2019-06-21 | 2022-05-17 | Twist Bioscience Corporation | Barcode-based nucleic acid sequence assembly |
EP4034566A4 (en) | 2019-09-23 | 2024-01-24 | Twist Bioscience Corporation | VARIANT NUCLEIC ACID LIBRARIES FOR CRTH2 |
CA3177030A1 (en) | 2020-04-27 | 2021-11-04 | Aaron Sato | Variant nucleic acid libraries for coronavirus |
WO2022086866A1 (en) | 2020-10-19 | 2022-04-28 | Twist Bioscience Corporation | Methods of synthesizing oligonucleotides using tethered nucleotides |
US11982626B2 (en) | 2021-01-29 | 2024-05-14 | Armonica Technologies, Inc. | Enhancement structures for surface-enhanced Raman scattering |
Family Cites Families (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4888414A (en) * | 1987-04-09 | 1989-12-19 | Board Of Regents, University Of Texas System | Insulin-binding peptides and uses thereof |
DE3801987A1 (de) * | 1988-01-23 | 1989-07-27 | Boehringer Mannheim Gmbh | Traeger zur chemischen oder/und enzymatischen umsetzung von nukleinsaeuren oder nukleinsaeurefragmenten an festphasen |
GB8810400D0 (en) * | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
DE58907327D1 (de) * | 1988-06-01 | 1994-05-05 | Deutsche Aerospace | Vorrichtung mit Träger besonderer Struktur zur Aufnahme, Untersuchung und Behandlung von Proben. |
US5077210A (en) * | 1989-01-13 | 1991-12-31 | Eigler Frances S | Immobilization of active agents on substrates with a silane and heterobifunctional crosslinking agent |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5244815A (en) * | 1990-01-19 | 1993-09-14 | Lamina Ltd. | Fingerprint test pad and method for fingerprinting using particle based immunoassay |
US5231035A (en) * | 1991-01-11 | 1993-07-27 | Akers Research Corporation | Latex agglutination assay |
CA2038776A1 (en) * | 1991-03-21 | 1992-09-22 | Kevin Kearns | Assay using an absorbent material |
US5188733A (en) * | 1992-02-26 | 1993-02-23 | Trustees Of Boston University | Apparatus and process for effecting sequential peptide syntheses |
US5234594A (en) * | 1992-06-12 | 1993-08-10 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Nanochannel filter |
WO1995001559A2 (de) * | 1993-07-02 | 1995-01-12 | Evotec Biosystems Gmbh | Probenträger und seine verwendung |
US5585968A (en) * | 1993-12-01 | 1996-12-17 | International Business Machines Corporation | Optical elements having regions of different indices of refraction and method of fabricating the same |
US5763263A (en) * | 1995-11-27 | 1998-06-09 | Dehlinger; Peter J. | Method and apparatus for producing position addressable combinatorial libraries |
-
1994
- 1994-10-27 EP EP95901052A patent/EP0725682B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-10-27 DE DE69430207T patent/DE69430207T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1994-10-27 ES ES01118897T patent/ES2325393T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1994-10-27 JP JP51280395A patent/JP3488465B2/ja not_active Expired - Lifetime
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- 1994-10-27 WO PCT/US1994/012282 patent/WO1995011755A1/en active IP Right Grant
- 1994-10-27 DE DE69435196T patent/DE69435196D1/de not_active Expired - Lifetime
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-
1996
- 1996-04-10 US US08/631,751 patent/US5843767A/en not_active Expired - Lifetime
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2174140C (en) | 2004-04-06 |
ATE424927T1 (de) | 2009-03-15 |
EP1157743B1 (en) | 2009-03-11 |
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DE69435196D1 (de) | 2009-04-23 |
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EP0725682B1 (en) | 2002-03-20 |
DK1157743T3 (da) | 2009-07-06 |
AU700315B2 (en) | 1998-12-24 |
ATE214633T1 (de) | 2002-04-15 |
US5843767A (en) | 1998-12-01 |
DK0725682T3 (da) | 2002-07-15 |
JP3488465B2 (ja) | 2004-01-19 |
DE69430207T2 (de) | 2002-09-19 |
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