JPH09504864A - 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置 - Google Patents

結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置

Info

Publication number
JPH09504864A
JPH09504864A JP7512803A JP51280395A JPH09504864A JP H09504864 A JPH09504864 A JP H09504864A JP 7512803 A JP7512803 A JP 7512803A JP 51280395 A JP51280395 A JP 51280395A JP H09504864 A JPH09504864 A JP H09504864A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
substrate
wafer
distinct
separated
test sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP7512803A
Other languages
English (en)
Other versions
JP3488465B2 (ja
Inventor
ビーティー，ケネス・エル
Original Assignee
ヒューストン・アドバンスド・リサーチ・センター
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ヒューストン・アドバンスド・リサーチ・センター filed Critical ヒューストン・アドバンスド・リサーチ・センター
Publication of JPH09504864A publication Critical patent/JPH09504864A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP3488465B2 publication Critical patent/JP3488465B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5025—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures for parallel transport of multiple samples
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0093—Microreactors, e.g. miniaturised or microfabricated reactors
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5025—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures for parallel transport of multiple samples
    • B01L3/50255—Multi-well filtration
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00279—Features relating to reactor vessels
    • B01J2219/00306—Reactor vessels in a multiple arrangement
    • B01J2219/00313—Reactor vessels in a multiple arrangement the reactor vessels being formed by arrays of wells in blocks
    • B01J2219/00315—Microtiter plates
    • B01J2219/00317—Microwell devices, i.e. having large numbers of wells
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00279—Features relating to reactor vessels
    • B01J2219/00306—Reactor vessels in a multiple arrangement
    • B01J2219/00313—Reactor vessels in a multiple arrangement the reactor vessels being formed by arrays of wells in blocks
    • B01J2219/00319—Reactor vessels in a multiple arrangement the reactor vessels being formed by arrays of wells in blocks the blocks being mounted in stacked arrangements
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00351—Means for dispensing and evacuation of reagents
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00351—Means for dispensing and evacuation of reagents
    • B01J2219/00414—Means for dispensing and evacuation of reagents using suction
    • B01J2219/00416—Vacuum
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00585—Parallel processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00659—Two-dimensional arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00722—Nucleotides
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00725—Peptides
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00781—Aspects relating to microreactors
    • B01J2219/00819—Materials of construction
    • B01J2219/00824—Ceramic
    • B01J2219/00828—Silicon wafers or plates
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00781—Aspects relating to microreactors
    • B01J2219/00819—Materials of construction
    • B01J2219/00831—Glass
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00781—Aspects relating to microreactors
    • B01J2219/00819—Materials of construction
    • B01J2219/00844—Comprising porous material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/10—Libraries containing peptides or polypeptides, or derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B60/00—Apparatus specially adapted for use in combinatorial chemistry or with libraries
    • C40B60/14—Apparatus specially adapted for use in combinatorial chemistry or with libraries for creating libraries
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
    • Y10S435/97—Test strip or test slide
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
    • Y10S435/973—Simultaneous determination of more than one analyte
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10S436/805—Optical property
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10S436/807—Apparatus included in process claim, e.g. physical support structures
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10S436/807—Apparatus included in process claim, e.g. physical support structures
    • Y10S436/808—Automated or kit
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T428/00—Stock material or miscellaneous articles
    • Y10T428/31504—Composite [nonstructural laminate]
    • Y10T428/31551—Of polyamidoester [polyurethane, polyisocyanate, polycarbamate, etc.]
    • Y10T428/31609—Particulate metal or metal compound-containing
    • Y10T428/31612—As silicone, silane or siloxane

Abstract

(57)【要約】 複数の別々かつ同時の結合反応を行うための改善された微細加工装置を記載する。該装置は、結合反応用の区別され離された部位をその上に位置する基板よりなる。該装置は、試験試料を基板に付した場合に、それが該結合反応の工程の間に各々のかかる領域を通して浸透できるよう、該基板を通して伸長しその第二表面で終結する区別され離された領域によって特徴付けられる。該装置は、ＤＮＡ分子のハイブリダイゼーションによる配列決定に特に有用である。

Description

【発明の詳細な説明】 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置 発明の背景 幾つかの形態のアレイドハイブリダイゼーション(arrayed hybridization)反 応が、最近「ハイブリダイゼーションによる配列決定」（ＳＢＨ）なる共通の課 題下に開発されつつある。これには、異なるオリゴヌクレオチド・プローブと膜 上に格子状配列されたＤＮＡ試料のアレイとの段階的なハイブリダイゼーション を含む「フォーマット１」バージョンのＳＢＨ、ならびに、平面表面につなぎ留 められたか、または薄ゲルマトリックス内に固定化されたオリゴヌクレオチド・ プローブのアレイへの単一核酸「標的配列」のハイブリダイゼーションを含む「 フォーマット２」の実行が含まれる。「ジェノセンサー(genosensor)」なる語は 、今まで、その中で二次元アレイの表面にオリゴヌクレオチドがつなぎ留め、核 酸「標的」配列中に存在する相補配列の認識素子として供されるＳＢＨの形態を いってきた。さらに、ジェノセンサー概念には、アレイを横切るハイブリダイゼ ーションを迅速、かつアドレス可能に検出することができる、各試験部位に微細 電子部品が存在する微細加工装置が含まれる。 本発明により、新規なフロースルー・ジェノセンサーが提供され、そこでは、 固形支持材料のウェハーにわたり斑点状に配された、密充填された孔またはチャ ンネル内に核酸認識素子が固定化されている。支持ウェハーとして有用なマイク ロチャンネルまたはナノチャンネルのガラスおよび多孔性シリコンの製造には、 公知の微細加工技術を利用できる。フロースルー・ジェノセンサーは、微細加工 された光学および電子工学検出部品、フィルム、荷電結合素子アレイ、カメラシ ステムおよびりん光貯蔵技術を包含する種々の慣用的な検出方法を利用している 。 本明細書の新規なフロースルー装置については、公知の平面表面設計に比して 以下の利点が得られる： (１)断面積当たりの核酸結合量を増加させる表面積が膨大に増大したことによ り、検出感度が改善され； (２)ハイブリダイゼーション反応に先立つ拡散律速工程が最小化され(平均標 的分子が表面につなぎ留められたプローブに出くわすのに要する時間が数時間か ら数ミリ秒に短縮され)、ハイブリダイゼーションがスピード化され、順反応お よび逆反応の両方において誤対合識別ができ； (３)多孔性ウェハーを通して溶液を徐々に流動できるため、希薄な核酸溶液を 分析することができ； (４)ハイブリダイゼーション・アレイ内の特異的部位にプローブをデリバリー することを含む、ハイブリダイゼーションの続くラウンドが促進され； (５)回収分子のさらなる分析ができるアレイ内の特異的ハイブリダイゼーショ ン部位から結合した核酸のかかる回収が促進され；かつ (６)大気に暴される平面表面上のプローブ溶液の小液滴が迅速に乾燥するのが 避けられることにより、各分離領域内の表面にプローブ分子が化学結合するのが 促進される。 従って、本発明により、 −基板上で複数の結合反応を同時に行うための装置および方法であって、 −該基板は該基板上の区別され離された領域のセットよりなる微細加工デバイ スであり、 −各かかる区別され離された領域はかかる結合反応の位置に対応するようにさ れ、 −ここに、各かかる区別され離された領域はかかる境界領域に固定された区別 される化学構造の生体分子の実質的に均一な試料を含有し、 −該基板と試料および１以上の所望の生体分子と制御可能に結合できる１以上 の分子種を含有する試料（以下、「試験試料」という）との間の接触に際し、 かかる結合が起こる境界領域の検出が試験試料の分子種を特徴付けまたは同定 できる結合パターンを生じるようにされた、改良された装置および方法を提供す る。 本発明は、特に、結合反応を行い検出する、新規の高密度および超高密度の微 細加工された多孔性デバイスを提供する。特に、本発明は、改善された「ジェノ センサー」、ならびに特徴付けされていないポリ核酸、例えば、ｃＤＮＡ、ｍＲ ＮＡ、組換えＤＮＡ、ポリメラーゼ連鎖反応(ＰＣＲ)断片等、および他の生体高 分子を含有する試料との核酸プローブ・ハイブリダイゼーションを介した核酸配 列の同定または特徴付けにおけるその使用方法を提供する。 過去十年間に、微細加工技術は、電子産業を革命し、多数の産業における製造 プロセスの小型化および自動化を可能としてきた。生物医学的研究における微細 加工技術の影響は、マイクロプロセッサーに制御された分析器具およびロボット 工学が研究室内、特に高処理量の染色体地図作成および配列決定に従事する研究 室内でますます増えていくことに認めることができる。ヒト・ゲノム・プロジェ クトは、染色体地図作成および配列決定に広く適用できる微細加工された高密度 および超高密度のハイブリダイゼーション装置からその経済性が多大な利益を受 けるであろう業務の主な例である。 膜-固定化ＤＮＡと標識ＤＮＡプローブとのハイブリダイゼーションは、染色 体地図作成に広く用いられる分析方法である。最近では、ロボット工学装置によ り、１０,０００-１５,０００の異なる標的ＤＮＡを１２ｃｍ×８ｃｍの膜上に 碁盤状に固定することが可能である(ベンター,ジェイ・シイ(Ｖenter,Ｊ.Ｃ.)( 編者)中のダーマナク,アール(Ｄrmanac,Ｒ.)、ダーマナク,エス(Ｄrmanac,Ｓ.) 、ジャービス,ジェイ(Ｊarvis,Ｊ.)およびラバット,アイ(Ｌabat,Ｉ)、１９９３ 年、「自動化ＤＮＡ配列決定および分析技術(Ａutomated ＤＮＡ Ｓequencing a nd Ａnalysis Ｔechniques)」アカデミック・プレス(Ａcademic Ｐress)社、印 刷中、ならびにメイアー-エバート,エス(Ｍeier-Ｅwert,Ｓ)、マイアー,イー(Ｍ aier,Ｅ.)、アマディ,エイ(Ａhmadi,Ａ.)、カーティス,ジェイ(Ｃurtis,Ｊ.)お よびレーラッチ,エイチ(Ｌehrach,Ｈ.)１９９３年、サイエンス(Ｓcience)第３ ６１巻：３７５-３７６頁)。かかるフィルターへのＤＮＡプローブのハイブリダ イゼーションは、線状に整列されたライブラリーの生成、クローン化したゲノム セグメントの特異的な染色体またはメガＹＡＣへの地図作成、ｃＤＮＡおよびゲ ノ ムライブラリーにおけるクローン化配列の異種結合、他を包含するゲノム地図作 成において膨大な適用を有する。「ハイブリダイゼーションによる配列決定(Ｓ ＢＨ)」における最近の主導は、小型化され高密度のハイブリダイゼーション・ アレイを標的にしている。ハイブリダイゼーション・アレイを膜中または平面表 面上に小型化することの重大な制限は、（二次元表面上では）表面積の関数であ る、単位断面積当たりのＤＮＡ量である。この指標はハイブリダイズしたＤＮＡ 収量を支配し、それ故、検出感度も支配する。 最近、ジェノセンサー、または小型化「ＤＮＡチップ」が、ＤＮＡ試料のハイ ブリダイゼーション分析のために、幾つかの研究室で開発されている。ＤＮＡチ ップは、典型的に、平面表面につなぎ留められたＤＮＡプローブのアレイを用い て、標的ＤＮＡのヌクレオチド配列を反映するハイブリダイゼーション・パター ンを得る(例えば、フォドール,エス・ピイ・エイ(Ｆodor,Ｓ.Ｐ.Ａ.)、リード, ジェイ・エル(Ｒead,Ｊ.Ｌ.)、ピルング,エム・シイ(Ｐirrung,Ｍ.Ｃ.)、ストリ エル,エル(Ｓtryer,Ｌ.)、ル,エイ・ティー(Ｌu,Ａ.Ｔ.)、およびソラス,ディー (Ｓolas,Ｄ.)、１９９１年、サイエンス(Ｓcience)第２５１巻:７６７-７７３頁 、サザン，イー・エム(Ｓｏuthern,Ｅ.Ｍ.)、マスコス,ユウ(Ｍaskos,Ｕ.)およ びエルダー，ジェイ・ケイ(Ｅlder,Ｊ.Ｋ.)、１９９２年、ジェノミクス(Ｇenom ics)第１３巻:１００８-１０１７頁、エッガーズ,エム・ディー(Ｅggars,Ｍ.Ｄ. )、ホーガン，エム・イー(Ｈogan,Ｍ.Ｅ.)、レイ,アール・ケイ(Ｒeigh,Ｒ.Ｋ.) 、ラムチャー,ジェイ・ビイ(Ｌamture,Ｊ.Ｂ.)、ビーティー,ケイ・エル(Ｂeatt ie,Ｋ.Ｌ.)、ホリス,エム・エイ(Ｈollis,Ｍ.Ａ.)、アーリッヒ,ディー・ジェイ (Ｅhrlich,Ｄ.Ｊ.)、コシッキ,ビイ・ビイ(Ｋosicki,Ｂ.Ｂ.)、シューメーカー ，ジェイ・エム(Ｓhumaker,Ｊ.Ｍ.)、バルマ,アール・エス(Ｖarma,Ｒ.Ｓ.)、バ ーク,ビイ・イー(Ｂurke,Ｂ.Ｅ.)、マーフィー,エイ(Ｍurphy,Ａ.)およびラスマ ン,ディー・ディー(Ｒathman,Ｄ.Ｄ.)１９９３年、クリニカル・ケミストリー( Ｃlin.Ｃhem.)第３９巻：７１９-７２２頁)。膜ハイブリダイゼーションにおけ るごとく、平面表面ジェノセンサー上のハイブリダイゼーションの検出限界は、 二次元の領域に結合させることができるＤＮＡの量によって制限される。 これらの先行技術アプローチのもう１つの制限は、平面表面設計によりハイブ リダイゼーション反応に律速工程が導入される、すなわち、表面上の相補的プロ ーブに出くわす前に比較的長い距離にわたって標的分子が拡散するという事実で ある。それとは反対に、本発明による微細加工装置は、平面表面ハイブリダイゼ ーションにおける拡散律速工程を排し、ＤＮＡの断面積密度を増大し、現行の固 相ハイブリダイゼーション材料の生来の制限が克服されるよう設計されている。 典型的には、微細加工ジェノセンサー装置は、コンパクトな物理学的サイズお よびそれに設置された素子の密度によって特徴付けられる。公知の微細加工結合 装置は、典型的には、約１ｃｍ2の表面積、すなわち１ｃｍ×１ｃｍを有する方 形ウェハー-型装置である。かかる装置上の結合領域は、重要な目的に関しては より高い密度を有する装置を構築するのが望ましいが、典型的には、１０2-１０4 領域/ｃｍ2の密度で存在する(エッガーズ(Ｅggers)およびビーティー(Ｂeattie )、結合領域用のより高い密度を有する装置の構築に関する戦略の議論に関する 前掲を参照)。 本明細書中に記載する微細加工装置は、ハイブリダイゼーションによる核酸配 列分析(ＳＢＨ)、遺伝子-特異的プローブのアレイに対する細胞性ｍＲＮＡのハ イブリダイゼーションによる遺伝子発現型の分析、蛋白質混合物の免疫化学的分 析、エピトープ・マッピング、受容体-リガンド相互作用のアッセイ、ならびに 、個々の結合部位内に固定化された特異的リガンドまたは受容体に対する細胞表 面分子の結合に関与する細胞集団の特徴付けを包含する、種々の分析業務に有用 であることが知られている。核酸分析はかかる超微細装置の１つの主な使用であ るが、それは、小分子、高分子、粒子および細胞系を包含する広範な分子結合反 応に有利に適用できる(例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ ８９/１０９７７号に 記載されている使用を参照)。 通常、該微細加工装置は、結合が起きた結合領域と結合が起きなかった領域と の間を識別するのに特に適用され、異なる結合領域における結合の相対的程度を 定量化するための公知の検出技術と結合して用いられる。ＤＮＡおよびＲＮＡ配 列の検出においては、オートラジオグラフィーおよび光学的検出が有利に用いら れる。オートラジオグラフィーは32Ｐまたは35Ｓ標識試料を用いて行う。慣用的 なＤＮＡ配列分析の適用には、核酸断片を32Ｐで末端標識し、これらの末端-標 識断片をサイズによって分離し、次いで、ｘ-線フィルムの領域に隣接する放射 能量の関数として、当該フィルムを露光するのに必要なようにｘ-線フィルムに 隣接して置く。別法として、ホスホルイメージャー(phosphorimager)検出法を用 いることもできる。 蛍光-標識受容体の光学的検出も検出に用いられる。慣用的な配列決定におい ては、ＤＮＡ塩基-特異的蛍光色素を、ＤＮＡポリメラーゼと結合させて用いる オリゴヌクレオチド・プライマーまたは鎖-終止ジデオキシヌクレオチドに共有 結合する。各色素の適当な吸収波長を選択し、それを用いて色素を励起させる。 色素の吸収スペクトルが互いに接近する場合には、特異的波長を選択し、全体セ ットの色素を励起することができる。１つの特に有用な光学検出技術には、二重 らせん核酸を染色する臭化エチジウムの使用が含まれる。これらの色素の蛍光性 は、それが二重らせん化ＤＮＡまたはＲＮＡに結合した場合には、非結合色素ま たは一本鎖ＤＮＡに結合した色素によって示される蛍光と比較した場合、約２０ 倍の増大を示す。この色素を有利に用いて、ハイブリダイズポリ核酸の存在を検 出する。 非常に好ましい検出方法は、電荷結合素子アレイまたはＣＣＤアレイである。 ＣＣＤアレイでは、該ＣＣＤアレイ内の個々の画素または画素群が、検出が行わ れる基板の各区画領域に隣接して設置されている。ハイブリダイズした分子を有 する試験部位における照明光(illuminating light)のより大きな吸収によって引 き起こされる光減衰を用いて、ハイブリダイゼーションが起こった部位が決定さ れる。レンズ-ベースのＣＣＤカメラも用いることができる。 別法として、ＡＣコンダクタンスの変化を感知するよう検出装置を作製するこ とができ、あるいは各区画領域に連続して設置したコンデンサーの消散を測定す ることができる。同様にして、各区画領域に連続する２本の電極間に伝達配線を 形成することによって、ラジオ周波数（ＲＦ）損失によりハイブリダイズした分 子を測定することができる。本明細書で用いる好ましい方法は、(出典明示して 本 明細書の一部とみなす)１９９３年１１月１１日に公開されたＰＣＴ国際公開番 号ＷＯ ９３/２２６７８号「分子検出用の光学的および電子工学的な方法および 装置(Ｏptical and Ｅlectrical Ｍethods and Ａpparatus for Ｍolecule Ｄet ection)」に記載されている。 予め決定した構造の実質的に均一な生体分子の試料を超微細装置の区画領域に 結合させる方法も同様に知られている。そのように行う１つの好ましい方法は、 ガラスまたは金フィルムのごとき表面にこれらの生体分子を共有結合させること である。例えば、オリゴヌクレオチド・プローブをガラス表面に結合させる方法 が知られている。その化学合成の間に、１つの末端に第一級アミンを導入する。 所望により、１またはそれを超えるトリエチレングリコール単位をスペーサー単 位としてその間に導入することもできる。エポキシシランで区画領域中のガラス 表面を誘導化した後、オリゴヌクレオチドの第一級アミン末端がそこに共有結合 できる。 微細加工装置の結合領域中に予め決定された生体分子を固定化するこの技術の さらなる記載は、ビーティー(Ｂeattie)ら、前掲を参照せよ。 関連技術 クラプコ,ケイ・アール(Ｋhrapko,Ｋ.Ｒ.)ら、「オリゴヌクレオチド基盤との ハイブリダイゼーションによりＤＮＡ配列決定する方法(Ａ method for ＤＮＡ sequencing by hybridization with oligonucleotide matrix)」ジャーナル・オ ブ・ディーエヌエイ・シークエンシング・アンド・マッピング(J.DNA Sequencing an d Ｍapping)第１巻：３７５-３８８頁(１９９１年)、ダーマナク(Ｄrmanac),ラ ドジェ(Ｒadoje)ら、「ハイブリダイゼーションによる配列決定：膜上にアレイ された百万個のＭ１３クローンの自動配列決定に向けて(Ｓequencing by hybrid ization:Towards an automated sequencing of one million M13 clonesarrayed on membranes)」エレクトロフォレーシス(Ｅlectrophoresis)第１３巻：５６６ -５７３頁(１９９２年)、メイアー-エバート(Ｍeier-Ｅwert)、セバスチャン(Se bastian)「発現された配列カタログを生成させる自動化アプロー チ(Ａn automated approach to generating expressed sequence catalogues)」 ネイチャー(Ｎature)第３６１巻：３７５-３７６頁(１９９３年)、ダーマナク, アール(Ｄrmanac,Ｒ.)ら、「ハイブリダイゼーションによるＤＮＡ配列決定：効 率的な長いスケールの配列決定の戦略(ＤＮＡ Ｓequence Ｄetermination by Ｈ ybridization：Ａ Ｓtrategy for Ｅfficient Ｌarge-Ｓcale Ｓequencing)」サ イエンス(Ｓcience)第２６０巻：１６４９-１６５２頁(１９９３年)、サザン,イ ー・エム(Ｓouthern,Ｅ.Ｍ.)ら、「オリゴヌクレオチド・アレイへのハイブリダ イゼーションによる核酸配列の分析および比較：実験モデルを用いた評価(Analy zing and Comparing Nucleic Acid Sequences by Hybridization to Arrays of Oligonucleotides:Evaluation Using Experimental Mode1s)」ジェノミクス(Ｇe nomics)第１３巻：１００８-１０１７頁(１９９２年)、ならびにサイキ(Ｓaiki) 、ランドール・ケイ(Ｒandall Ｋ.)ら、「固定化配列-特異的オリゴヌクレオチ ド・プローブでの増幅ＤＮＡの遺伝解析(Ｇenetic analysis of amplified ＤＮ Ａ with immobilized sequence-specific oligonucleotide probes)」プロシー ディングズ・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシズ・イン・ユウ エスエイ(Ｐroc.Ｎatl.Ａcad.Ｓci.ＵＳＡ)第８６巻：６２３０-６２３４頁(１ ９８９年)は、基盤または基板に結合させたオリゴヌクレオチドのアレイの使用 を介することを含む、ハイブリダイゼーションによる配列決定を記載している。 エッガーズ,ミッチェル・ディー(Ｅggers,Ｍitchell Ｄ.)ら、「ジェノセンサー ：自動化ＤＮＡ配列分析用の微細加工装置(Ｇenosensors：microfabricated dev ices for automated DNA sequence analysis)」１９９３年１月２１日、ジ・イ ンターナショナル・ソサイエティー・フォー・オプティカル・エンジニアリング 、プロシーディングズ・プレプリント、アドバンシーズ・イン・ディーエヌエイ ・シークエンス・テクノロジー、ＳＰＩＥ・プロシーディングズ・シリーズ(Ｓ ＰＩＥ Ｐroceedings Ｓeries,Ａdvances in ＤＮＡ Ｓequence Ｔechnology,Ｐ roceedings Ｐreprint,Ｔhe Ｉnternational Ｓociety for Ｏptical Ｅngineer ing)；ビーティー，ケネス(Ｂeattie,Ｋenneth)ら、「ジェノセンサー・テクノ ロジー(Ｇenosensor Ｔechnology)」クリニカル・ケミストリー (Ｃlinical Ｃhemistry)第３９巻：７１９-７２２頁(１９９３年)；ラムチャー ，ジェイ・ビイ(Ｌamture,Ｊ.Ｂ.)ら、「電荷結合素子表面上の核酸ハイブリダ イゼーションの直接的検出(Ｄirect detection of nucleic acid hybridization on the surface of ａ charge coupled device)」ヌクレイック・アシッズ・リ サーチ(Ｎucl.Ａcids Ｒes.)第２２巻：２１２１-２１２４頁(１９９４年)；な らびにエッガーズ,エム(Ｅggers,Ｍ.)ら、「ルミネセンスおよび放射性同位元素 レポーターを用いて分子を定量的に検出するマイクロチップ(Ａ microchip for quantitative detection of molecules utilizing luminescent and radio-isot ope reporter groups)」バイオテクニクス(Ｂiotechniques)第１７巻：５１６- ５２５頁(１９９４年)は、ＤＮＡ用のハイブリダイゼーションによる配列決定( ＳＢＨ)に有用な微細加工装置を設計する一般戦略および方法論を記載している 。 発明の概要 本発明は、特に： (ａ) (１)各区別され離された領域を同定しアドレスし、そこで結合反応が起こった か否かを測定し報告することができる検出手段と相互反応するか、または全体と して相互反応するよう適合され、当該基板の表面にわたって配された複数の区別 され離された領域を含む基板、および (２)１またはそれを超える該区別され離された領域中の生体分子と試験試料と の間の結合反応を検出することによって、該試験試料中の分子種を同定または特 徴付けできる情報が得られるような、各区別され離された領域に固定された予め 決定された構造の該生体分子の実質的に均一な試料 よりなる微細加工デバイスにおいて、 該基板との接触に際して該試験試料が該結合反応の工程の間を通して浸透する ことができるよう、該基板を通って伸長し、その第二表面で終止する該区別され 離された領域よりなる改良、 (ｂ)該生体分子がオリゴヌクレオチドであって、該試験試料がポリ核酸よりな る上記改良、 (ｃ)該基板がナノ多孔性ガラスウェハーである上記改良、 (ｄ)該区別され離された領域が、該ナノ多孔性ガラスウェハーの一面に結合し たテーパ付円錐ウェルによりなる上記改良、 (ｅ)高密度アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区別 され離された領域が約１００μｍの最大直径を有し、隣接する領域間の間隔が約 ５００μｍであり、該ウェハーが約１００μｍの厚さであり、それによって該ウ ェハー内の該円錐ウェルの容量が約４０ｎＬであって、該ウェハー上の該領域の 密度が約４００領域/ｃｍ2である上記改良、 (ｆ)超高密度アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区 別され離された領域が約５０μｍの最大直径を有し、隣接する領域の間の間隔が 約１５０μｍであり、該ウェハーが約５０μｍの厚さであり、それによってウェ ハーの該円錐ウェルの容量が約１ｎＬであって、該ウェハー上の該領域の密度が 約４,４００領域/ｃｍ2である上記改良、 (ｇ)アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区別され離 された領域が約５μｍ〜約２０００μｍの最大直径を有し、隣接する領域間の間 隔が該最大直径の約０１〜１０倍であって、該ウェハーが約１０μｍ〜約５００ μｍの厚さである上記改良、 (ｈ)該基板の第一表面を該試験試料で満たし、該第一表面に比して負の圧力下 に該基板の該第二表面を置くことによって、該試験試料と該区別され離された領 域との間で接触し、それによって生じる真空が該基板を通しての流動を促進する 上記改良、 (ｉ)該ポリヌクレオチドの末端第一級アミン誘導体を、エポキシシランで誘導 体化したガラス基板に結合させることにより、該ポリヌクレオチドが該基板上の 該区別され離された領域に固定化される上記改良、 (ｊ)該ポリヌクレオチド-シラン固定が、１またはそれを超えるトリエチレン グリコールホスホリル単位の取り込みよりなり、それによって該ガラス表面と該 ポリヌクレオチドの塩基対との間の最適な間隔が達成される上記改良、 (ｋ)該オリゴヌクレオチドの末端ブロモアセチル誘導体を、ジチオアルカンで 誘導化した白金または金基板に結合させることによって、該オリゴヌクレオチド が該基板上の該区別され離された領域に固定化される上記改良、 (１)該結合反応の検出が、荷電結合素子（ＣＣＤ）を用いて放射性同位元素- 、蛍光-または化学ルミネセンス-標識ポリ核酸のハイブリダイゼーションを検出 することによっる検出である上記改良、 (ｍ) (１)当該装置に剛直な支持体を供する基板； (２)該基板の表面にわたって配され、該基板の第二表面を通って伸長し、それ によって該基板に孔を形成する区別され離された領域のアレイ； (３)１またはそれを超える予め決定されたセットの生体分子が、そこを通る試 験試料中の分子種と結合できるように、かかる試料が１またはそれを超える該領 域に固定されている、予め決定されたセットの生体分子の実質的に均一な試料； および (４)結合反応が起こったか否かをかかる各領域につき検出し、その結果を報告 することができる検出手段 よりなる、複数の結合反応を同時に行う微細加工デバイス。 (ｎ)さらに、ウェハーを通して流体流動を供する手段よりなる上記デバイス。 (ｏ) (１)各区別され離された領域を同定しアドレスし、そこで結合反応が起こった か否かを測定し報告することができる検出手段と相互作用するか、または全体と して相互反応するよう適合され、当該基板の表面にわたって配された複数の区別 され離された領域を含む基板、および (２)１またはそれを超える該区別され離された領域中の生体分子と試験試料と の間の結合反応を検出することによって、該試験試料中の分子種を同定または特 徴付けできる情報が得られるような、各区別され離された領域に固定された予め 決定された構造の該生体分子の実質的に均一な試料 よりなりる試験試料中に含まれる分子種の同定のための徴化デバイスを用いる方 法において、 該領域を該基体を通して伸長させ、その第二表面で終止させるよう作製するこ とによって、該結合反応の工程の間に該試験試料を該区別され離された領域を通 して浸透させることができることを特徴とする改良、 を提供する。 本発明の装置を用いて、同様の方法で、かつ当該分野で知られている同一の結 合様式を用いて、生体分子に制御可能に結合できる分子種が特徴付けられ、また は他の方法で同定される。これらの新規な装置の使用には、抗体-抗原およびリ ガンド-受容体結合が含まれるが、本発明の主な使用は核酸配列分析の分野であ る。ＤＮＡの２つの基本的な特性は、細胞中におけるその暗号に極めて重要であ ることおよび複製機能である： (１)ＤＮＡ鎖に沿った特異的配列中の「塩基」[アデニン(Ａ)、グアニン(Ｇ) 、シトシン(Ｃ)およびチミン(Ｔ)]の配置によって、個々の遺伝構造が決定され る。ＤＮＡ配列の相違は、種間および生ずる種の異なる固体間の身体的な特徴に おける相違の原因となり、 (２)ＤＮＡの１つの鎖はもう１つのＤＮＡ鎖と特異的に対合して二本鎖構造を 形成することができ、そこで、塩基は特異的な水素結合によって対合する：Ａは Ｔと対合し、ＧはＣと対合する。特異的な対合は、ＤＮＡともう１種の核酸、す なわちリボ核酸(ＲＮＡ)との間でも起き、そこで、ＲＮＡ中のウラシル(Ｕ)はＤ ＮＡにおけるＴと同一の塩基対合特性を示す。 塩基対合の特異的パターン(ＡとＴまたはＵ、ＧとＣ)は、細胞中の核酸の適切 な機能に極めて重大であり、細胞外の核酸配列の分析の非常に特異的な手段もな す。特異的塩基配列の核酸鎖は、核酸試料中の完全に「相補的な」配列の存在の ための、「プローブ」に対する配列認識素子として用いることができる(コナー( Ｃonner)ら、プロシーディングズ・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイ エンシズ・イン・ユウエスエイ(Ｐroc.Ｎatl.Ａcad.Ｓci.ＵＳＡ)第８０巻:２７ ８-２８２頁(１９８３年))。かくして、ＤＮＡまたはＲＮＡの試料が特異的 塩基配列を含有する核酸「プローブ」と「アニーリング」または「ハイブリダイ ズ」する場合には、該プローブと標的との間に完全な(または完全に近い)配列相 補性が存在する場合にのみ、該プローブは核酸「標的」鎖に結合するであろう。 核酸試料中の特異的塩基配列の存在を示すハイブリダイゼーション事象は、典型 的には、核酸試料またはプローブを表面上に固定化し、続いて相補鎖によって運 搬される「標識」(例えば、放射能または蛍光)を捕捉することによって検出され る。 ＤＮＡハイブリダイゼーションを用いてＤＮＡ試料間の配列同一性または相違 性が探索されており、例えば、特異的遺伝子領域内の突然変異の検出に用いられ ている(キッド(Ｋidd)ら、ニュー・イングランド・ジャーナル・オブ・メディシン( Ｎ.Ｅngl.Ｊ.Ｍed.)第３１０巻：６３９-６４２頁(１９８４年)；サイキ(Ｓaiki )ら、ニュー・イングランド・ジャーナル・オブ・メディシン(Ｎ.ＥnglＪ.Ｍed. )第３１９巻：５３７-５４１頁(１９８８年)；サイキ(Ｓaiki)ら、プロシーディ ングズ・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシズ・イン・ユウエス エイ(Ｐroc.Ｎatl.Ａcad.Ｓci.ＵＳＡ)第８６巻：６２３０-６２３４頁(１９８ ９年))。ＤＮＡプローブ分析は遺伝病に関連する突然変異の検出には有用な手段 ではあるが、現在の方法は、各突然変異の検出につき別々のハイブリダイゼーシ ョン反応を行う必要性により制限されている。多くのヒト遺伝病、例えば、ガン (ホールシュタイン(Ｈollstein)ら、サイエンス(Ｓcience)第２５３巻：４９-５ ３頁(１９９１年))は、影響する遺伝子内の多くの位置に分布する多数の突然変 異のいずれかと関連している。これらの場合においては、困難なＤＮＡ配列決定 法を用いて疾病-関連突然変異を同定することが必要であった。個人の集団を含 む多数のＤＮＡ試料を分析する必要がある場合には、問題は複雑となる。遺伝子 毒性化学物質または放射能への暴露により誘導される突然変異を検出することは 、毒物学試験および集団スクリーニングにおける目標であるが、再度、かかる突 然変異分析には困難で、費用および時間がかかる手法が現在必要である。 遺伝病に加えて、突然変異は集団の個々のメンバー間のＤＮＡ配列の多形性の 原因でもある。遺伝子の多形性とは、集団内の個人の重要な画分に保存されてい るいずれかの供された遺伝子座におけるＤＮＡ配列の変化である。検出可能なＤ ＮＡ配列の変化が発現型マーカーに密接にリンクし、集団内の少なくとも５％の 個人の頻度で生じている場合には、ＤＮＡ配列の多形性は遺伝子地図の作成にお いて有用なマーカーとして供することができる。加えて、多形性は、法廷の同定 および実父確定検査に用いられている。遺伝子多形性の検出に最近用いられてい る方法には、任意の配列のオリゴヌクレオチド・プライマーを用いるＤＮＡ増幅 法(ウイリアムス(Ｗilliams)ら、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Ｎucl.Ａc ids Ｒes.)第１８巻：６５３１-６５３５頁(１９９１年);ウェルシュ(Ｗelsh)お よびマックルランド(ＭcＣlelland)、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nucl.Ａ cids Ｒes.)第１８巻：７２１３-７２１８頁(１９９１年))と結合した、「制限 多形」(ＲＦＬＰＳ)(ランダー(Ｌander)およびボットシュタイン(Ｂottstein)プ ロシーディングズ・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシズ・イン ・ユウエスエイ(Ｐroc.Ｎatl.Ａcad.Ｓci.ＵＳＡ)第８３巻：７３５３-７３５７ 頁(１９８６年))、ゲル電気泳動ＤＮＡ長分析の同様な困難な研究、ならびにゲ ノムＤＮＡの種々の長さの短鎖の縦列反復配列のゲル電気泳動分析が含まれる( ウェーバー,ジェームス・エル(Weber,James L.)ジェノミクス(Ｇenomics)第７巻 ：５２４-５３０頁(１９９０年)およびウェーバー,ジェームス・エル(Ｗeber,Ｊ ames Ｌ.)、アメリカン・ジャーナル・オブ・ヒューマン・ジェネティクス(Ａm.Ｊ.Ｈ um.Ｇenet.)第４４巻：３８８-３９６頁(１９８９年))。 もう１つの種類のＤＮＡ配列変形は、生物種の間で生じるものであり、これは 幾つかの理由により重要である。第一に、種間の配列の相違の同定により、種間 の発現型の相違の分子基礎の決定を補助することができる。第二に、膨大な関連 種の中の特異的遺伝子内の配列変形を調べることにより、該遺伝子によりコード される蛋白質産物内の許容できるアミノ酸置換のスペクトルが解明され、この情 報は、構造-機能相関の決定および蛋白質エンジニアリング・プログラムに価値 がある。しかしながら、現在のＤＮＡ配列決定の方法によって行う場合には、こ のタイプの標的化ＤＮＡ配列の比較は、極めて困難で、時間を消費し、費用がか かる。加えて、遺伝子配列変形は、生物、例えば、感染性の微生物の特異的同定 の基礎をなし得る。 本発明の装置は、ハイブリダイゼーションによる核酸配列分析、遺伝子-特異 的プローブへの細胞性ｍＲＮＡのハイブリダイゼーションによる遺伝子発現パタ ーンの分析、蛋白質混合物の免疫化学分析、エピトープ・マッピング、受容体- リガンド相互作用のアッセイ、ならびに個々の結合部位内に固定化された特異的 リガンドまたは受容体への細胞表面分子の結合を含む細胞集団の特徴付けを包含 する、種々の分析業務に用いられる。核酸分析を本開示にて特に教示したが、本 発明は、小分子、高分子、粒子および細胞系を含む広範な分子結合反応に等しく 適用することができる。 図面の簡単な説明 図１は、そこに固定した生体分子の結合領域を構成する０.１-１０μｍ直径の チャンネルを含む多孔性ウェハーの剛直な支持部材よりなるテーパ付き試料ウェ ルアレイの使用を図示している。以下に記載するごとく、該結合領域は上部重合 層が結合したミクロ多孔性またはナノ多孔性のガラスウェハーである。 図２は、多孔性基板の上部表面と接触する上部貯蔵器に付した物質が試料ウェ ルを通して流動するように、真空を付することができる密閉下部チャンバー中の ウェハー基板のパッケージングを図示している。特に図２に図示するのは、ウェ ハー-下部チャンバーの密封をなすデルリン(Ｄerlin)Ｏ-リングの使用である。 図３は、集積試料ウェルを有する多孔性シリコンウェハーを図示している。図 示した装置を作製する方法は実施例３に記載する。 図４は、さらなる任意の圧縮上部チャンバーを有する図２と同一の真空-含有 ウェハー-下部チャンバー装置を図示している。再度、図示するごとく、上部チ ャンバーはデルリンＯ-リングを使用することによって密閉される。 図５は、本発明による装置でのｈｐｒｔ突然変異検出アッセイの結果の理想化 した模式図を供している。図の左側に示した配列は、配列番号：２のヌクレオチ ド２３-５５に相当する。図の右側の２つの配列の内の１つは、配列番号：４の ヌクレオチド３-２２(左側から１６番目のポジションにＡを有する配列)に相当 し、もう１つは配列番号：５のヌクレオチド３-２２(ポジション１６でＡがＧに 置換した下線の配列)に相当する。 図６は、異なる実験条件下で遺伝子発現の特徴付けを行ったハイブリダイゼー ション・アッセイの理想化した模式図を供している。該アッセイ方法の詳細は、 実施例１１に供する。 詳細な説明 本発明は以下の好ましい具体例を介してより簡単に理解される： 実施例１：ナノチャンネルガラス(ＮＣＧ)ウェハー 高表面積ナノ多孔性支持体構造物としてナーバル・リサーチ研究所(Ｎaval Ｒ esearch Laboratory)で開発された、２タイプのナノチャンネル・ガラスアレイ を用い、ハイブリダイゼーション用のＤＮＡ標的またはプローブをつなぎ留めた 。ＮＣＧ材料は、直径で３３ｎｍ程小さいか、または直径で数μｍ程大きな平行 の孔またはチャンネルの規則的な幾何学的アレイを含むユニークなガラス構造物 である(トヌッチ,アール・ジェイ(Ｔonucci,Ｒ.Ｊ.)、ジャスタス,ビイ・エル( Ｊustus,Ｂ.Ｌ.)、カンピロ,エイ・ジェイ(Ｃampillo,Ａ.Ｊ.)およびフォード， シイ・イー(Ｆord,Ｃ.Ｅ.)、１９９２年、サイエンス(Ｓcience)第２５８巻：７ ８３-７８５頁参照)。これらのナノチャンネル・ガラス構造物は、種々のアレイ 立体構造で作製された、１ｃｍ2当たり３×１０10チャンネルを超える充填密度 を有することができる。種々の物質をＮＣＧアレイのチャンネル内のガラス表面 に固定化するか、またはつなぎ留めて、容量比に対して高表面積を得ることがで きる。 ナノチャンネル・ガラスアレイは、少なくとも１種のガラスタイプが通常は酸 エッチング可能である、予め決定した立体構造で似ていないガラスを配列するこ とによって作製する。２次元六方密充填アレイの作製は、円筒状の酸エッチング 可能なガラス・ロッド(チャンネル・ガラスという)を、その内径がロッドのもの と適合する不活性ガラス管(基盤ガラスという)に挿入することによって開始する 。 次いで、真空下にてその組合せを引延ばして、細フィラメントの横断面に対する 全横断面を減少させる。次いで、該フィラメントを積み重ね、再融合させ、再度 引延ばす。適当なチャンネル直径および所望の数のアレイ素子が達成されるまで このプロセスを続ける。不活性ガラス管の外側寸法のものに対するエッチング可 能なガラスロッドの直径の比を調節することにより、ロッドの中心-中心の間隔 、ならびに最終産物のその直径が、独立して調節可能な指標となる。 作製プロセスが完了したら、ダイアモンド磨きでチャンネルの向きに対して垂 直にＮＣＧ材料を封じ、次いで、研磨して０．１-１.０ｍｍ区画の材料を作製す る。次いで、アレイ構造のチャンネルガラスを酸溶液でエッチングし、取り除く 。 チャンネルガラスの六方密充填配列は、酸エッチングした後、典型的には１０7 チャンネルを含有し、全体的に均質である。チャンネル直径は、典型的には４ ５０ｎｍで、中心-中心の間隔は約７５０ｎｍである。前記のタイプのアレイ構 造は、本発明によるＮＣＧアレイ・ハイブリダイゼーション・アセンブリーに有 用である。この立体構造では、テーパ付き試料ウェル構造が特異的ハイブリダイ ゼーション試験部位として供される各群のチャンネルを区画している。 作製プロセスの間にチャンネルの分離クラスターが形成される、第二タイプの ヘキサゴナル・アレイ構造は、３００ｎｍの典型的なチャンネル直径を有するオ ープンアレイ構造を示す。全体的なガラス構造は１８μｍ直径のサブアレイのア レイよりなり、その各々が特異的ＤＮＡプローブまたは標的を含むよう供され、 典型的には近隣のアレイから２５μｍ間隔離れている。 実施例２：区別され離された結合領域を区画するウェルアレイ 実施例１に記載するＮＣＧハイブリダイゼーション・アレイは、ナノチャンネ ル束のアレイを並べた孔のアレイを含む重合層の上側に結合し、各ハイブリダイ ゼーション部位内の生体分子の実質的に均一な試料(例えば、単一のＤＮＡ種)の 配置用の試料ウェルとして供する。この重合試料ウェル・アレイは、脆いＮＣＧ ウェハーに対する物理的支持体をも供する。 孔の重合アレイは当該分野で公知の方法を用いて作製する。例えば、ここに記 載する使用に適する重合層は、マイクロファブ・テクノロジーズ,インコーポレ イテッド(ＭicroＦab Ｔechnologies,Ｉnc.)社から得ることができる。孔は、エ キシマ・レーザー機械加工を用いて作製する。超小型電子工学産業で現在行われ ているように、低コスト/大量製造が可能な現存する技術を用いることができる ため、この方法が好ましい。 重合アレイの開発は、４つの課題：(１)材料の選択；(２)削摩工具細工および プロセス開発；(３)積層工具細工およびプロセス開発；ならびに(４)高密および 超高密重合アレイの作製よりなる。 これらの課題は、以下のように行う： パートＡ：材料の選択 重合アレイに有用な材料は、充満ポリマー(filled polymer)、エポキシ樹脂お よび関連する複合(例えば、「回路-基板」-タイプの)材料である。それは超小型 電子工学産業では標準的なプロセスであるため、本発明は、材料の販売業者によ ってあてがわれた接着剤と重合材料、例えば、１２μｍ厚層のＢ-ステージ(熱硬 化性)接着剤とポリアミドを最も有利に用いる。 使用すべき重合アレイ材料の主な要件は： １．エキシマ・レーザー機械加工への高い適合性： i ＵＶ高吸収性(例えば、１９３ｎｍで＞４×１０5/ｃｍ) ii 高レーザー・エッチング速度(例えば、０．５μｍ/パルス)および孔 の低先細性(材料が深くなるにつれての孔直径の減少、例えば＜３°)； ２．１ｍｍまでの厚みが得られること； ３．レザー削摩性で、かつナノ多孔性ウェハーの結合に適した一面にＢ-ステー ジの接着剤が得られること； ４．(積層工程の間に試料ウェルおよびＮＣＧウェハーの特徴の正確な配置を維 持する)高い剛性および熱安定性； ５．ＤＮＡ溶液との和合性(すなわち、低い非特異的結合性) である。 パートＢ：削摩工具細工および処理 マスクエキシマレーザー加工技術が好ましい処理技術である。なぜなら、それ は、プロジェクション・マスク・エキシマ・レーザー加工技術よりも低いコスト の技術だからである。しかしながら、外観サイズが５０μｍ未満である場合には 、プロジェクション・マスクを用いる。削摩すべきマスクおよび材料を支持する 固定物に沿って、種々のパターンサイズおよび形態を有する１またはそれを超え るマスクを作製する。これらのマスクを用いてレーザー加工に最適な材料および 最適な加工条件(すなわち、マスク孔サイズ、エネルギー密度、流入速度、等)を 決定する。走査型電子顕微鏡および光学顕微鏡を用いてエキシマ・レザー機械加 工部位を検査し、寸法の変動を含む得られた寸法を定量する。 試料ウェルを重合材料に削摩することに加えて、接着材料も削摩する。この第 二の削摩は、接着剤中の孔の直径が重合材料の接着側上の試料ウェルの直径より も大きくなるように行う。このことにより、積層工程の間に、試料ウェルおよび /またはナノ多孔性ガラスへ接着剤が拡がるのが防がれる。 パートＣ：積層工具細工および処理 最初の積層工程プロセスの開発は、非削摩重合材料を用いて(または別法とし て、ガラス・スライドおよび/またはシリコン・ウェハーを用いて)行う。このプ ロセス開発の間に、硬化温度、圧力および定着を最適化する。その後に、最適化 した処理指標を用いてナノ多孔性ウェハーおよび重合アレイの両方を積層する。 ２つの層の配列が機能性ウェルを作り出すように、最後の積層工程を行う。 パートＤ：重合アレイの作製 最適なマスクパターンおよびエキシマ・レーザー指標を決定し、その後に、接 触マスクおよび材料支持定着物の製造で用いる。典型的には、多数（＞１００） の(使用に際しマスクを脱着させる)部品を生産するにはそのように作製する。 実施例３：多孔性シリコンウェハー 本明細書に記載したプロセスに従って、２種の一般的な型の多孔性シリコンデ バイスを調製する。第一に、公知の微細加工法を用いて、集積試料ウェルによっ て連結されたウェハーを作製する。第二に、均質な多孔性ウェハー構造体を、Ｎ ＣＧガラスアレイについて前記した（実施例２）のと同一のオリィス試料ウェル に結合する。多孔性シリコン設計を本明細書では有利に用いる。なぜなら、低コ スト大量生産プロセスへのその適合性、およびハイブリダイゼーション検出で機 能し得るハイブリダイゼーション部位および構造(例えば、電極)への流体の流入 および排出で機能する作製プロセス構造素子へ取り込まれるその能力のためであ る。安定な、連続気泡多孔性材料を用いて向上させ、これらのデバイスに新たな 特徴を質的に導入し、それによって区別され離された単離結合領域の表面積が、 ハイブリダイゼーション-ベースの電子工学、蛍光および放射-ベースのＤＮＡ検 出器において１００〜１０００の率で上昇する。この目的の達成においては、表 面検出部位における高-表面積支持体の制御された導入を用いる。 薄-フィルム加工技術を用いて、化学的に不活性で熱安定性のミクロ多孔性材 料を沈着させる。材料および加工方法を選択して、集積セミコンダクター検出器 の低コストセミコンダクターのバッチ作製を達成する。マイクロチップデバイス は、常条件が変動する場合に結合強度のイン・サイチュ(in situ)複数部位分析 を提供する。多孔性シリコン材料は、方向付けられ、多アレイもしくはランダム 相互接合ネットワークで、かつその孔直径をｎｍ〜数μｍの範囲で選択して作製 する。 多孔性シリコンは、電気化学エッチングを介して最も容易に作製される。それ により、２種の重要なオリフィス構造、すなわち、相互接合ネットワークおよび 方向付けられたアレイに加工することができる。オリフィス直径は、ドーピング および電気化学的条件の選択により、約２ｎｍ〜数μｍ直径に作製する。ｎ-型 材料については、エッチングは、電界濃縮効果を介して電子がオリフィス表面に 注入されるトンネリング機構を通して進行するものと考えられる。ｐ-型材料の 場合においては、該機構は、電解質/シリコン界面におけるキャリア供給の減速 を介するようである。実際問題として、以下の構造を作製することができる： i）４０-６０％間隙率を有する密な相互接合ネットワーク層およびナノメータ ーサイズ様式の大きさのシリコンフィラメント。これは、軽くドーピングした( ＜１Ω-ｃｍ抵抗率)ｐ-型シリコンで最も容易に得られる。 ii）エッチング条件に依存して、軸が優先的に＜１００＞方向に沿って方向付 けられ、かつ３０-８０％の間隙率を有する、典型的には１０-ｎｍ直径のオリフ ィスの相互接合分岐ネットワーク。これは、１０-1〜１０-2Ω-ｃｍ抵抗率のｐ- 型材料で得られる。 iii）軸が＜１００＞方向に沿って方向付けられ、かつ１０〜１００ｎｍの範 囲のオリフィス直径を有する密に方向付けられたアレイ。１０-2Ω-ｃｍ未満の 抵抗率を有するｐ-型材料で得られる。 ｉｖ）＜１００＞方向に沿って方向付けられ、かつ１０ｎｍ未満のオリフィス 直径を有する孔の密な方向付けられたアレイ。１０-1〜１０-2Ω-ｃｍの抵抗率 を有するｎ-型材料で得られる。 ｖ）軸が＜１００＞方向に沿って方向付けられ、{１００}平面によって規定さ れる短形側面を有し、かつ１００ｎｍ未満の範囲のオリフィス直径を有する矩形 孔の密な方向付けられたアレイ。１０-1〜１０-2Ω-ｃｍの抵抗率を有するｐ-型 材料で得る。 ｖｉ）大きな(１-μｍ-直径)孔の低密度相互接合ネットワーク。これは、軽く ドーピングしたｎ-型材料で生じる。 これらの材料は前記のデバイス構造上に作製する。 特徴付けは、走査型電子顕微鏡によって行うことができる。表面の濡れ特性は 、シリル化材料およびクロロカーボンでの蒸気処理を用いて変動させる。 モレキュラー・シーブとして機能する高-間隙率誘電体は、核トラックエッチ ングによって製造される。核トラックエッチングを用いて広範な無機材料でこれ らのモレキュラー・シーブを製造するが、マイカおよびサファイアのごとき誘電 体が最も頻繁に用いられる。米国特許第３,３０３,０８５号(プライス(Ｐrice) ら)に記載されているこの方法においては、 基体を最初に核粒子(典型的には数ＭｅＶのアルファ粒子)と衝突させ、材料の正 常な格子構造内に乱れまたは「トラック」を生じさせ、次いで、湿式-エッチン グして、核粒子により引き起こされたトラックに従って孔を生じさせる。より特 別には、プライス(Ｐrice)らは、マイカ基体を高エネルギー荷電粒子に暴すと、 その格子構造中に実質的に直線の複数のトラックが形成され、これらのトラック は基体を湿式エッチングすることによって、孔に転化することができることを開 示している。 孔サイズおよび全間隙率は、典型的には０.２μｍの直径で、１０9/ｃｍ2オー ダーの密度で可変的に制御可能である。粒子トラック深度は、入射粒子ビームの エネルギーに依存するが、得られた孔は全体で５００-μｍ-厚の基体を通して伸 長できる。前記に示したデバイス構造へのこれらの材料の取り込みは容易に達成 される。加えて、センサー素子としてのインプランテーション-エッチングした 誘電体の使用は、材料が親水性であるため、多孔性シリコンのアプローチに対し て利点を有する。 好ましいデバイスは、図３に図示する集積試料ウェルを有する多孔性シリコン アレイウェハーである。これは、以下のごとく作製することができる：４インチ 直径、＜１００＞方向に沿って方向付けられた軸を有する１００μｍ厚の結晶シ リコン（１０15Ｐ/ｃｍ3でドーピングしたｎ-型)ウェハーをフォトレジストでコ ートし、ウェハーの２ｃｍ×２ｃｍの中心領域を横断するそれらの間に２００μ ｍ間隔を有する２００μｍ平方領域の５０×５０アレイを規定するためのマスク を通して光に暴す。次いで、ブイ・レーマン(Ｖ.Lehmann)(ジャーナル・オブ・ エレクトロケミカル・ソサイエティー(Ｊ.Ｅlectrochem.Ｓoc.)第１４０巻(100) :２８３６-２８４３頁(１９９３年))によって記載されているプロセスを用いて 、直径２-５μｍの密な間隔で、ウェハー表面に対して垂直に方向付けられたパ ッチを、ホトリソグラフ工程で規定した各正方形領域内に作製する。二酸化ケイ 素の３００μｍ厚のウェハーをフォトレジストでコートし、シリコンウェハー中 の２００μｍ平方領域を規定するのに用いるのと同一のマスクを通して光に暴し 、酸エッチングを行って二酸化ケイ素ウェハー中に２μｍ孔を作製する。次いで 、 この二酸化ケイ素ウェハーを整列させ、標準的なウェハー結合プロセスを用いて 多孔性シリコンウェハーに積層して図に示す集積構造を形成させる。高温アニー リング工程の間に、各孔のシリコン表面を酸化して、二酸化ケイ素の層を形成さ せる。次いで、実施例４に記載するエポキシシラン-アミン連結工程を行い、ア ミン-含有生体高分子種を該孔の壁に共有結合させる。 実施例４：ガラス/ＳｉＯ2へのオリゴヌクレオチド結合 パートＡ：ガラスのエポキシシラン処理 以下の比率：３-グリシドキシプロピル-トリメトキシシラン４ｍl、キシレン １２ｍl、Ｎ,Ｎ-ジイソプロピルエチルアミン(フーニッヒ(Ｈunig)塩基)０.５ｍl にて、エポキシシランのストック溶液を新たに調製する。この溶液をウェハーの 孔に流入させ、次いで、そのウェハーを８０℃の該溶液に５時間浸漬し、次いで 、テトラヒドロフランでフラッシュし、８０℃にて乾燥し、ドリエライト(Drier rite)上の真空デシケーターに置くか、または乾燥アルゴン下のデシケーター中 で保存する。 パートＢ：オリゴヌクレオチドの結合 ５'-または３'-アルキルアミン(化学合成の間に導入した)を有するオリゴヌク レオチドを、水に１０μＭ-５０μＭにて溶解し、多孔性シリカウェハーに流入 させる。６５℃にて一晩反応させた後、その表面を６５℃の水、次いで１０ｍＭ トリエチルアミンで簡単に流し、表面上の未反応エポキシ基を取り除き、次い で、６５℃の水で再度流し、風乾する。水中で結合させる別法として、標的試料 ＤＮＡの表面への非特異的な結合のより高いバックグラウンドがハイブリダイゼ ーション反応の間に生じ得るが(塩基対合とは独立）、アミン-誘導化オリゴヌク レオチドを、希釈ＫＯＨ(例えば、１０ｍＭ-５０ｍＭ)中のエポキシシラン-誘導 体化ガラスに３７℃にて数時間で結合させることができる。 実施例５：ロボット工学流体デリバリー 特別の低容量シリンジおよび８-位置流体ヘッドを備えたハミルトン・ミクロ ラボ(Ｈamilton Ｍicrolab)２０００ロボット工学流体デリバリーシステムは、 ５００μｍのｘｙｚ段階で１０-１００ｎlの容量を数％精度でデリバリーするこ とができる。この装置を用いて、生体分子の試料(例えば、ＤＮＡ、オリゴヌク レオチド等)４０-ｎlを、高密度ＮＣＧウェハーのウェルに入れる。圧電的に制 御されたサブステージ特注品をミクロラボ２２００に付けることにより、ｘｙ位 置決定をサブミクロン解像度まで下げられる。１-ｎl試料については、特注作製 ニードルを用いる。８本-ニードル直線流体ヘッドをスタガー反復工程で操作し て、ウェハーを横断する所望の近接間隔を作る。該システムは、数百の複製ハイ ブリダイゼーションウェハー作製能力を提供する、大きなステージ面積および迅 速な動作制御を有する。 パートＡ：マイクロファブ微量流動ジェット サブミクロン精度で表面にサブナノリットルの微量液滴をデリバリーする技術 は当該分野(マイクロファブ・テクノロジー,インコーポレイテッド(Ｍicrofab Ｔechnologies,Ｉnc.)社)で知られている。サブナノリットルＤＮＡ溶液をウェ ハー表面にデリバリーする能力を有するミクロジェットシステムは以下のように して用いる:超-高密度ウェハー内の個々のハイブリダイゼーション部位にＤＮＡ を１ｎlの容量(１３０μｍ球または１００μｍ立方体に対応)で置くには、以下 の流体容量用のミクロ分注法としてインク-ジェット技術を用いた販売されてい る分注装置を用いる。インク-ジェット技術を用いて製造された液滴は高度に再 現性で、デジタル的に保存したイメージデータに従って特定の時間に特定の位置 に液滴を置くことができるよう制御できる。デマンドモードのインク-ジェット デバイス用の典型的な液滴の直径は３０-１００μｍで、それは１４-５２０ｐl の液滴容量に言い換えられる。デマンドモードのインク-ジェットデバイスの液 滴生産速度は典型的に２０００-５０００液滴/秒である。かくして、デマンドモ ードのインク-ジェットミクロ分注の解像度および処理能力は、超高密度ハイ ブリダイゼーションウェハーに必要な範囲内である。 パートＢ：マイクロ分注システム ミクロ分注システムは、マイクロファブ(ＭicroＦab)液滴−即時回答インク- ジェット型デバイスから修飾し、以後ミクロジェットデバイスといい、この型の デバイスは２０００/秒の速度で５０μｍ直径の液滴を生産することができる。 この型のデバイスの操作原理は公知であり(ディー・ビイ・ワラス(Ｄ.Ｂ.Wallace) 、「集積液滴形成方法を用いた液滴-即時回答インク−ジェットデバイス型の特 徴モデル化方法(Ａ Ｍethod of Ｃharacteristics Ｍodel of ａ Ｄrop-On-Ｄem andＩnk-Ｊet Ｄevice Ｕsing an Ｉntegral Ｄrop Ｆormation Ｍethod)」１９ ８９年、１２月、エイエスエムイー(ＡＳＭＥ)パブリケーション89-ＷＡ/ＦＥ- ４)、修飾を行うために用いられた。処理能力を増大させるために、８個のこれ らのデバイスを１インチ(２５ｍｍ)長未満で線状アレイに集積させる。８個のデ バイスに同時に試薬を負荷し、順次分注して、同時に流す。全ての試薬が分注さ れるまで、このプロトコールを繰り返す。大部分のサイクル時間は負荷および流 した試薬に関連し、平行分注能力の全体の利点を制限している。典型的なサイク ル時間は以下のオーダー：８試薬を流し、負荷するための１分；各試薬の着地位 置を較正するのに３０秒；各１６ジェノセンサーの１位置に各試薬を分注させる ために１５秒、または８種全ての試薬を分注するために２分が必要である。かく して、１６ジェノセンサー上に８種の試薬を負荷し分注する合計時間は３.５分 間である。１６センサー上に６４種の試薬を分注させるための合計時間は２８分 間であろう。ミクロ分注システムは、以下に掲載するサブシステムよりなるであ ろう： Ａ．ミクロジェット分注ヘッド-８個のミクロジェットデバイスおよび要する デバイス電子工学のアセンブリー。８個の分注デバイスを多重化するための駆動 電子工学の単一チャンネルを用いることによって、システムコストおよび複雑性 を最小限化する。各個々のデバイスに必要な駆動波形は、システムコントローラ ーからダウンロードされる。駆動電子工学は常法を用いて作製する。 Ｂ．流体分注システム−ベックマン・バイオメック(Ｂeckman Ｂiomec)を修飾 して複数試薬流入システムとして作用させる。それおよびマイクロジェット分注 ヘッドの間は、システム・コントローラーによって制御されるソレノイド弁のシ ステムである。これらは、加圧した流動流体(脱イオン水または食塩水)および空 気を供して、該システムから試薬をパージし、真空にして試薬をシステムに負荷 する。 Ｃ．Ｘ-Ｙ位置決定システム−販売されている正確なＸ-Ｙ位置決定システムを 、コントローラーと共に用いる。０.２μｍの解像度および２μｍの精度が容易 に得られる。位置決定システムは、１６個のセンサーに適合するサイズとするが 、ミクロジェット分注ヘッドのサイズ、パージ場所および較正場所は全体サイズ の要件を決定する主因子を表している。 Ｄ．ビジョンシステム−ビジョン・システムを用いて、位置決定システムに対 する各ミクロジェット・デバイスの「着地ゾーン」を較正する。較正は、各試薬 負荷サイクル後に起こす。また、ビジョン・システムは、１６個のセンサ−トレ イを当該センサー上の基準マーカーを介して最初に負荷した場合には、各センサ ー上に各分注部位を位置する。ハードウェアベースのビジョンシステムは有利に 用いることができるが、経済的にはソフトウェアベースのシステムを用いる。 Ｅ．システム・コントローラー−標準的なＰＣを全体システムコントローラー として用いる。ビジョンシステム画像の収集および処理もシステム・コントロー ラーに属する。 実施例６：液体フロ-スルー 微細加工したハイブリダイゼーション支持体の孔内のＤＮＡプローブまたは標 的に結合させ、ハイブリダイゼーションおよび洗浄プロセスを行い、再-使用す るために物質を処理し、さらなる分析のために結合材料を可能なら回収するため に、ウェハーを通って液体を流動させる手段を設ける。ハイブリダイゼーション ウェハーを通して液体を流動させるためには、上部貯蔵器および操作用の構造と して供される２ｍｍ×４ｍｍのポリプロピレン枠内にそれを充填する。ウェハー を真空マニホールドに固定させて密閉状態を形成するためにその上部のエッジに デルリンｏ-リングを有するポリプロピレン真空チャンバーを用いる。真空アセ ンブリを図４に図示する。ウェハーを通る液体流動を制御するのに、フィードバ ック制御を有するスクリュ-駆動デバイスが供される。 実施例７：オリゴヌクレオチドの合成および誘導化 本発明で用いるべきオリゴヌクレオチドは、同時に百オリゴヌクレオチド以上 を作製できる断片化合成戦略(ビーティー,ケイ・エル(Ｂeattie,Ｋ.Ｌ.)、ログ ドン,エヌ・ジェイ(Ｌogsdon,Ｎ.Ｊ.)、アンダーソン,アール・エス(Ａnderson, Ｒ.Ｓ.)、エスピノーザ-ララ,ジェイ・エム(Ｅspinosa-Ｌara,Ｊ.Ｍ.)、マルド ナード-ロドリゲス,アール(Ｍaldonado-Ｒodriguez,Ｒ.)およびフロスト,ジェイ ・ディーIII世(Ｆrost,Ｊ.Ｄ.)、１９８８年、バイオテクノル・アプル・バイオ ケム(Ｂiotechnol.Ａppl.Ｂiochem.)第１０巻：５１０-５２１頁；ビーティー, ケイ・エル(Ｂeattie,Ｋ.Ｌ.)およびフロウラー,アール・エフ(Ｆlowler,Ｒ.Ｆ. )１９９１年、ネイチャー(Ｎature)第３５２巻 ５４８-５４９頁、２６、２７) を用いた、ホスホルアミダイト化学によって合成する(ビューケッジ，エス・エ ル(Ｂeaucage,Ｓ.Ｌ.)およびカルサーズ,エム・エイチ(Ｃaruthers,Ｍ.Ｈ.)テト ラヘドロン・レターズ(Ｔet.Ｌett.)第２２巻:１８５９-１８６２頁(１９８１年 ))。該オリゴヌクレオチドは、５'-末端または３'-末端のいずれかで、化学合成 の間にアルキルアミノ官能基で誘導化できる。 パートＡ：ガラスへの結合の化学 二酸化ケイ素表面にＤＮＡを結合させる最適の方法は、よく確立されたシリコ ン化学に基づいている(パーカム,エム・イー(Ｐarkam,Ｍ.Ｅ.)およびロウドン， ジー・エム(Ｌoudon,Ｇ.Ｍ.)(１９７８年)バイオケミカル・アンド・バイオフィ ジックス・リサーチ・コミューニケイションズ(Ｂiochem.Ｂiophys.Ｒes.Ｃommun. )第１巻：１-６頁；ルンド,ブイ(Ｌund,Ｖ.)、シュミッド,アール(Ｓchmid,Ｒ.) 、リックウッド,ディー(Ｒickwood,Ｄ.)およびホルネス,イー(Ｈornes,Ｅ.)(１ ９８８年)ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Ｎucl.Ａcids Ｒes.)第１６巻: １０８６１-１０８８０頁)。この化学を用いて、オリゴヌクレオチド上の末端第 一級アミン基と特異的に反応する末端エポキシド基を有するガラスにリンカー基 を導入する。(エポキシシランを用いる)この用途の広いアプローチは安価であり 、末端を修飾した(アミノ-またはチオール誘導化)オリゴヌクレオチドに容易に カップリングできる単層の密なアレイを供する。エポキシシラン化ガラスへの結 合の間に、長鎖アミノアルコールとアミン-誘導化オリゴヌクレオチドとを混合 することにより、プローブ結合の密度は広範囲にわたって制御される。この戦略 は、より短鎖のアルコールが散在し、表面から５０Å離れてオリゴヌクレオチド が伏して結合するＤＮＡがつなぎ留められた単層を実質的に作製する。所望によ り、化学合成の間にトリエチレングリコール・ホスホリル単位を導入することに より、可変長のスペーサーをオリゴヌクレオチドの末端に導入することもできる 。これらの可変リンカー・アームは、標的ＤＮＡ鎖と対合するために容易に接近 できるようには、表面オリゴヌクレオチド・プローブがどれくらいの距離離され ていなければならないかを測定するのに有用である。金表面上での単層の生成に ついてのホワイトサイズ(Ｗhitesides)および共同研究者の方法(ランドール・リ ー，ティー(Ｒandall lee,Ｔ)、ライビニス，ピイ・イー(Ｌaibinis,Ｐ.Ｅ.)、 フォルカーズ,ジェイ・ピイ(Ｆolkers,Ｊ.Ｐ.)およびホワイトサイズ,ジイ・エ ム(Ｗhitesides,Ｇ.Ｍ.)(１９９１年)ピュア・アンド・アプライ・ケム(Ｐure ＆ Ａppl.Ｃhem.)第６３巻：８２１-８２８頁およびそこに引用されている参照) から適用されたチオール化学を用いて、金および白金表面にＤＮＡを結合させる 。ジチオール(例えば、１,１０-デカンジチオール)は、ブロモアセチル化オリゴ ヌクレオチドと反応する末端の反応性チオール基を供する。金または白金表面へ のＤＮＡの結合密度は、明確なモノチオールおよびジチオールの混合物を用いる ことによって、表面活性化ステージで制御する。 パートＢ：組換えベクターＤＮＡ、ｃＤＮＡおよびＰＣＲ断片の表面固定化 合成オリゴヌクレオチドの表面への共有結合には、前記した化学的方法を最も 有利に用いる。エポキシシラン化ガラス表面へのより長鎖の核酸鎖の結合には、 環窒素を有する表面エポキシ基と長鎖ＤＮＡ鎖に沿った環外のアミノとを比較的 遅く反応せて固定化を達成する。日常的な実験を通して、バルクの固定化された 配列をハイブリダイゼーションに利用可能なまま残すように、標的一個当たりに 数部位で非修飾拡散分子が固定化される条件を決定する。白金または金で被覆し たナノチャンネルに固定化させる場合には、５-ヘキシルアミン-ｄＵＴＰ存在下 での重合(ＰＣＲまたはランダム・プライミング)を用いて最初にヘキシルアミン 基を標的ＤＮＡに導入し、次いでブロモアセチル化工程を行って、チオール化金 属表面へ結合させるためにＤＮＡを活性化する。再度、日常的な実験を用いて( ｄＴＴＰ/５-ヘキシルアミン-ｄＵＴＰ比および付着時間を変化させる)、再現性 のあるハイブリダイゼーションの結果が得られる条件を決定する。 前記の方法(ブロモアセチル化工程を省いた)も、標的ＤＮＡをガラス表面に固 定化する別法として供することができる。 パートＣ：ＤＮＡ結合能力 標識オリゴヌクレオチドの平面ガラスおよび金表面への結合の定量的な測定に 基づくと、５０μｍ×５０μｍ領域中の１０8に達するプローブに相当する、表 面上に５０-１００Å離れて末端結合はプローブを位置させる。約１０10-１０11 オリゴヌクレオチド・プローブをナノ微細加工ウェハー中の多孔性シリコンの５ ０μｍ立方体内につなぎ留めることができる。結合反応の前に末端-標識するこ とによって断面積当たりの結合オリゴヌクレオチドの密度を概算し、次いでホス ホルイメージャーを用いて放射能を定量する。表面上に乾燥させた既知量の標識 オリゴヌクレオチドを用いて、結合密度の測定値を較正する。温和な塩基中でヘ キシルアミンを運搬するプラスミドＤＮＡをエポキシシラン化平面ガラス表面に 共有結合させたデータから、ガラス表面ｍｍ2当たり少なくとも１０7のｐＢＲ３ ２２分子を結合させることができることが判明する。ナノ微細加工ウェハーのプ ローブ内のこの密度に基づけば、ウェハー断面積ｍｍ2当たり１０9-１０10分子 の変性プラスミドＤＮＡの固定化が達成される。 実施例８：ハイブリダイゼーション条件 パートＡ：試料調製 標的ＤＮＡ（分析物）は、増幅の間に産物に[32Ｐ]ヌクレオチドを取り込ませ るポリメラーゼ連鎖反応によるか、またはガンマ-32Ｐ[ＡＴＰ]+ポリヌクレオチ ド・キナーゼを用いて増幅産物を５'-標識することによって調製する。取り込ま れなかった標識はセントリコン(Ｃentricon)濾過によって除去する。好ましくは 、１のＰＣＲ断片を５'-ビオチン標識して、ストレプトアビジン・アフィニティ ークロマトグラフィーによる一本鎖の調製ができる。少なくとも５ｎＭ(５fmol/ μl)の濃度であって、少なくとも５,０００cpm/fmolの特異活性のハイブリダイ ゼーション緩衝液(５０ｍＭ トリス-ＨＣl、ｐＨ８、２ｍＭＥＤＴＡ、３.３Ｍ 塩化テトラメチルアンモニウム)中に標的ＤＮＡを溶解する。数百塩基長のＰＣ Ｒ断片が、少なくともオクタマー長の表面につなぎ留めたオリゴヌクレオチドと のハイブリダイゼーションに適している。 パートＢ：ハイブリダイゼーション 標的ＤＮＡ試料をチップの多孔性領域に流し込み、６℃にて５-１５分間イン キュベートし、次いで１８℃にて同様の時間、多孔性チップを通してハイブリダ イゼーション溶液を流動させることによって洗浄する。別法として、塩化テトラ メチルアンモニウムの代わりに、１Ｍ ＫＣＬもしくはＮａＣlまたは５.２Ｍベ タインを含有する緩衝液でハイブリダイゼーションを行うこともできる。 パートＣ：ハイブリダイゼーション感度の最適化(誤対合を含有するハイブリ ッドに対する識別性) 前記した実験条件によって、一般に、完全なハイブリッドと誤対合を含有する ハイブリッドとの間の許容できる識別性が得られるが、ある種の分析には、幾つ かの条件を最適化することが望ましい。例えば、短鎖オリゴヌクレオチドとのハ イブリダイゼーションには、ハイブリダイゼーションの温度および洗浄を、５℃ 〜３０℃の範囲にわたり変動することができる。より長いプローブを用いるハイ ブ リダイゼーションには、より高い温度が望ましい。 実施例９：ハイブリダイゼーションの定量的検出 パートＡ：ホスホルイージャーおよびフィルム検出 ハイブリダイゼーション強度の検出および定量は、広く利用可能である方法： ホスホルイメージャーおよびフィルムを用いて行う。バイオラド(Ｂiorad)ホス ホルイメージャーは約１００μｍの試料解像度を有し、ベータ線放射および化学 ルミネセンス標識からの光放出の両方を自記することができる。各々、４７７nm および４２８ｎｍの光を発するミリポア(Ｍilipore)社およびニュー・イングラ ンド・ニューキュラー(Ｎew Ｅngland Ｎuclear)社から入手可能な化学ルミネセ ンス検出用の試薬キットを、バイオラド(Ｂiorad)装置と有利に用いる。化学ル ミネセンス標識は、供給業者によって推奨されている方法を用いて標的ＤＮＡ試 料(ランダム-プライマー化ベクターＤＮＡまたはＰＣＲ断片)に取り込ませる。 その後に、オリゴヌクレオチド・プローブを担持するナノ多孔性ウェハーにその ＤＮＡをハイブリダイズさせる。放射能標識物(ランダムプライマー化およびＰ ＣＲ反応によって取り込ませた32Ｐおよび33Ｐ)もこの実験に用いる。比較用に はフィルム感光を用いる。表面固定化標的ＤＮＡと標識オリゴヌクレオチドとの ハイブリダイゼーションの場合においては、オリゴヌクレオチドに最適な化学ル ミネセンス標識方法を一般に利用できないため、最も好ましくは放射能標識物を 用いる(ポリヌクレオチド・キナーゼを用いて取り込ませる)。 パートＢ：ＣＣＤ検出装置 ＣＣＤジェノセンサー装置は最大の解像度および感度が可能で、化学ルミネセ ント、蛍光および放射能標識と共に用いられる(ラムチャー,ジェイ・エル(Lamtur e,Ｊ.Ｌ.)、ベルマ,アール(Ｖerma,Ｒ.)、フォウラー,アール(Ｆowler,Ｒ.)、ス ミス,エス(Ｓmith,Ｓ.)、ホーガン,エム(Ｈogan,Ｍ.)、ビーティー,ケイ・エル( Ｂeattie,Ｋ.Ｌ.)、エッガーズ,エム(Ｅggers,Ｍ.)、アーリック,ディー(Ｅhrli ck,Ｄ.)、ホリス,エム(Ｈollis,Ｍ.)およびコシッキ，ビイ(Ｋosicki,Ｂ.)、 １９９３年、ネイチャー(Ｎature)、前掲)。 実施例１０：ジェノセンサー実験；ハムスターｈｐｒｔ遺伝子のエキソン７/８ 領域における突然変異検出 ｈｐｒｔ遺伝子は突然変異の実験のモデル系として広範に用いられている。該 遺伝子は、数種の哺乳動物からクローン化され配列決定されている。ハムスター (チャイニーズ・ハムスター卵巣細胞系で化学物質および放射線によって誘導し た)において、およびヒト(レッシュ-ナイハン症候群に関連する)から、この遺伝 子における種々の突然変異が知られており、ＤＮＡ配列決定によって特徴付けら れた。ｈｐｒｔ突然変異の重要な画分はエキソン７および８によってコードされ る短い領域の遺伝子に見出されている。正常遺伝子および突然変異遺伝子のヌク レオチド配列は以下の刊行物に見出される：エドワーズ,エイ(Ｅdwards,Ａ.)、 ボス,エイチ(Ｖoss,Ｈ.)、ライス，ピイ(Ｒice,Ｐ.)、シビテロ,エイ(Ｃivitell o,Ａ.)、スティージマン,ジェイ(Ｓtegemann,Ｊ.)、シュワガー，シイ(Ｓchwage r,Ｃ.)、ジニマーマン,ジェイ(Ｚinimermann,Ｊ.)、エルフル,エイチ(Ｅrfle,Ｈ .)、カスキー,シィ・ティー(Ｃaskey,Ｃ.Ｔ.)およびアンソージ,ダブリュ(Ａnos orge,Ｗ.)(１９９０年)、「ヒトＨＰＲＴ遺伝子座の自動化ＤＮＡ配列決定(Ａut omatedＤＮＡ Sequencing of the Human ＨＲＰＴ Locus)」ジェノミクス(Ｇenn omics)第６巻：５９３-６０８頁；ギブス,アール(Ｇibbs,Ｒ.)、ニューエン，ピ イ-エヌ(Ｎguyen,Ｐ.-Ｎ.)、エドワーズ,エイ(Ｅdwards,Ａ.)、シビテロ,エイ( Ｃivitello,Ａ.)およびカスキー,シイ・ティー(Ｃaskey,Ｃ.Ｔ.)(１９９０年)、 「レッシュ-ナイハン・ファミリーにおけるヒポキサンチン・ホスホリボシルトラ ンスフェラーゼの複合ＤＮＡ欠損検出およびエキソン配列決定(Ｍultiplex ＤＮ Ａ Ｄeletion Ｄetection and Ｅxon Ｓequencing of the Ｈypoxanthine Ｐhos phoribosyl-transferase Ｇene in Ｌesch-Ｎyhan Ｆamilies)」ジェノミクス( Ｇenomics)第７巻：２３５-２４４頁；ユ,ワイ(Ｙu,Ｙ.)、ズ,ゼット(Ｘu,Ｚ.) 、ギブス,アール(Ｇibbs,Ｒ.)およびシー,エイ(Ｈsie,Ａ.)、「チャイニーズ・ハ ムスター細胞のヒポキサンチン-グアニン・ホスホリボシルトランスフェラーゼ 遺伝子座に おける突然変異スペクトル分析用のポリメラーゼ連鎖反応に基づく包括的方法( Ｐolymerase chain reaction-based Ｃomprehensive Ｐrocedure for the Ａna ｌysis of the Ｍutation Ｓpectrum at the Ｈypoxanthine-guanine Ｐhosphor ibosyltransferase locus in Ｃhinese Ｈamster Ｃells)」エンバイロン・モル ・ミュータジェン(Ｅnviron.Ｍol.Ｍutagen.)第１９巻:２６７-２７３頁；なら びにズ,ゼット(Ｚu,Ｚ.)、ユ,ワイ(Ｙu,Ｙ.)、ギブス,アール(Ｇibbs,Ｒ.)、カ スキー,シイ・ティー(Ｃaskey,Ｃ.Ｔ.)およびシー,エイ(Ｈsie,Ａ.)(１９９３年 )、「チャイニーズ・ハムスター細胞のｈｐｒｔ遺伝子座における複合ＤＮＡ増 幅および固相直接配列決定(Ｍultiplex ＤＮＡ Ａmplification and Ｓolid-pha se Ｄirect Ｓequencing at the hprt Ｌocus in Ｃhinese ＨamsterＣells)」 ミューテーション，リサーチ(Ｍutat.Ｒes.)第２８２巻:２３７-２４８頁。ハム スターｈｐｒｔエキソン７/８領域のｃＤＮＡ・ヌクレオチド配列を以下のごと く掲載する： 以下に、ＣＨＯ突然変異を上(↑)に、ならびにヒト(ｈ)およびマウス(ｍ)配列 の相違を下(↓)に示すエキソン７/８領域中のハムスターｈｐｒｔゲノムＤＮＡ のヌクレオチド配列を表す。「５'-ａａｃａｇＣＴＴＧ」で開始し、「５'-ＧＡ ＣＴｇｔａａｇ」で終止するＤＮＡ配列を、ハムスター、ヒトおよびマウスの配 列については配列番号:２として、ＣＨＯ細胞の配列については配列番号：５と して示す。「５'-ｔａｃａｇＴＴＧＴ」で開始し、「ＧＡＡＴｇｔａａｔ」で終 止する残りのＤＮＡを、ハムスター、ヒトおよびマウスの配列については配列番 号：４として、ＣＨＯ細胞の配列については配列番号：５として示す。 配列の最初の小文字は、エキソン７の５'-側のイントロン配列を表す。エキソ ン７および８の間の幾つかのフランキング-イントロン配列は二行目に(小文字で )示し、再度、エキソン８の後の小さなストレッチのイントロン配列が末端にあ る。配列中の下線を付けた塩基は、ＤＮＡ試料が利用できる突然変異を表し、こ のことは、この領域を標的化するＤＮＡチップが突然変異を検出し同定できるこ とを証明するのに用いることができる。前記の配列は、１０-塩基欠損(１行目) 、単一塩基欠損(二行目)、単一塩基挿入(三行目)および単一塩基置換(二行目お よび三行目)を包含する、化学物質および放射線によって誘導されたハムスター( ＣＨＯ)細胞中の突然変異を示している。以下の配列は、ハムスターおよびヒト( ｈ)およびマウス(ｍ)の間の単一塩基の相異を示している。 エキソン７/８領域を横断する２塩基によって重複するオリゴヌクレオチド・ プローブ(８重体-１０重体長)のセットを、以下の配列番号：２-５に示す： このセットのプローブを選択してこの領域におけるいずれの突然変異も検出し 、その長さを調節して、二重らせん安定性に影響する塩基組成を補充する(Ａ-Ｔ リッチな領域にはより長いプローブ)。プローブおよびプライマー配列を以下の 表Ｉに示す： 前記実施例による高密度または超高密度微細加工装置を作製し、ウェハーの結 合領域内でオリゴヌクレオチド・プローブを結合させる。含まれるのは、正常な プローブ(１-１８)＋前記突然変異(各々部位１９および２０)を含む、５種の異 なる既知の突然変異に相当する特異的プローブである。前記したものは、２セッ トのＰＣＲプライマー(表Ｉ)を用いて、ハムスターゲノムＤＮＡのエキソン７/ ８領域を増幅させる。増幅の間に放射能標識(32Ｐ)をＰＣＲ断片に取り込ませる ことによって、オートラジオグラフィーおよびホスホルイメージャーによるハイ ブリダイゼーションの検出が可能となる。図５は、前記のプローブがＤＮＡチッ プ(前記に番号付けした)内の特異的試験部位の表面に１末端で結合した場合の結 果を図示している。２種の突然変異(左側の１０-塩基欠損および右側のＡ→Ｇの トランジション)の理想的なハイブリダイゼーション／パターンを下部に示す。 実施例１１：多孔性シリコン中に配列したｃＤＮＡクローンを用いた遺伝子発現 の特徴付け パートＡ：多孔性シリコンウェハーの作製 集中試料ウェルを有する多孔性シリコンウェハーの作製につき実施例３に概説 した方法に従い、ウェハーの表面にわたって４００μｍ(中心から中心まで)離れ た、２００μｍ2孔パッチの５０×５０アレイを有するウェハーを得る。ウェハ ーの孔を活性化して、実施例４に記載したエポキシシランとの反応によってアミ ン-誘導化ポリヌクレオチドを結合させる。 パートＢ：ｃＤＮＡアレイの形成 正常化ヒトｃＤＮＡライブラリーから選択した２,５００セットのM13クローン を、５'-ヘキシルアミン-ｄＵＴＰの存在下でポリメラーゼ連鎖反応に付して、 ｃＤＮＡインサートを増幅させ該鎖に第一級アミンを取り込ませる。そのＰＣＲ 産物をエタノール沈殿させ、水または１０ｍＭ ＫＯＨに溶解し、１００℃にて ５分間熱変性させ、次いで氷上でクエンチし、８本針の調剤ヘッドを備えたハミ ルトン・マイクロラボ２２００流体デリバリーシステムを用いて多孔性ウェハー の個々の試料ウェルに付する。全てのｃＤＮＡ断片を調剤した後に、下部から僅 かな真空を簡単に付して、流体が孔を占めていることを確認する。室温にて一晩 または６０℃にて３０-６０分間インキュベートした後、該多孔性ウェハーに温 水を流し、次いで５０ｍＭトリエチルアミンと反応させて表面上の未反応エポキ シ基をキャップ・オフ(cap off)し、ついで再度温水を流し風乾させる。 パートＣ：発現遺伝子の３'-領域を表す標識ＰＣＲ断片の調製 ＤＮＡアーゼＩで処理してＤＮＡ夾雑物を除去し、次いでフェノール/クロロ ホルムで抽出し、エタノール沈殿させる、コムジンスキー(Ｃhomczynski)および サッチ(Ｓacchi)(アナルス・イン・バイオケミストリー(Ａnal.Ｂiochem.)第１６ ２巻：１５６-１５９頁(１９９３年))の方法によって培養細胞から細胞質ＲＮＡ を抽出する。逆転写酵素およびＰＣＲは、ニシオ(Ｎishio)ら(ファセブ・ジャー ナル(ＦＡＳＥＢ Ｊ.)第８巻：１０３-１０６頁(１９９４年))の「ディファレン シャル・ディスプレー(differential display)」に記載のごとく行う。ハイブリ ダイゼーションの前に、ＰＣＲ産物を［Ａ-32Ｐ］ｄＮＴＰの存在下のランダム ・プライミングによって標識し、取り込まれなかった標識はセントリコン濾過に よって除去する。 パートＤ：発現配列のｃＤＮＡアレイへのハイブリダイゼーション ハイブリダイゼーションの前に、１％「ブロット(Ｂlotto)」溶液または５０ ｍＭトリポリホスフェートを多孔性シリコンウェハーを通して流し、標的ＤＮＡ の非特異的結合を最小限とし、次いで、多孔性シリコン・アレイをハイブリダイ ゼーション溶液(５０ｍＭ トリス-ＨＣl、ｐＨ７.５、１ｍＭ ＥＤＴＡ、１Ｍ ＮaＣl)で洗浄する。発現遺伝子の３'-末端を表す標識ＰＣＲ断片をハイブリダ イゼーション中のセントリコン(Ｃentricon)濾過ユニットから回収し、全体の多 孔性ウェハーをこのＤＮＡ溶液で満たす。多孔性ハイブリダイゼーション・モジ ュールを６５℃に置き、低真空チャンバーに接続した蠕動ポンプを用いて、ウェ ハーの孔を通して標識ＤＮＡを３０-６０分間の工程にわたり徐々に流す。該多 孔性ウェハーを６５℃にてハイブリダイゼーション緩衝液で３回洗浄する。 パートＥ：ハイブリダイゼーション・シグナルの定量 ハイブリダイゼーションおよび洗浄の後、該多孔性ウェハーを簡単に乾燥し、 次いでホスホルイメージャーのホスホル・スクリーン上に置き、標識の強度によ って測定した時間、暗所に維持する。次いで、アレイ中の各多孔性領域から生じ る 個々のハイブリダイゼーション・シグナル量を定量するため、ホスホル・スクリー ンをホスホルイメージャー・リーダーに置く。 図６は、ハイブリダイゼーション実験から得られる結果を図示している。全細 胞質ｍＲＮＡを２種の条件下で培養した細胞から単離し、前記の「ディファレン シャル・ディスプレー」法に付し、２種の条件下に存在する個々のｍＲＮＡ種の 代表する断片を調製する。これらの試料を２種の同一のｃＤＮＡアレイにハイブ リダイズさせると、示す２種のハイブリダイゼーション・シグナルパターンが得 られる。該パターンは、２種の異なる培養条件(例えば、ある種の遺伝子の発現 性における変化を誘導する薬剤または化学物質の存在下または不存在下)下での 発現遺伝子の特徴を表している。全体的に、ハイブリダイゼーションのパターン が２種の条件で同様であるが、２種の培養条件下で特定の遺伝子の異なる発現は 予想通りであり、培養条件１でのみ認められる数種のハイブリダイゼーション・ シグナルがあり、培養条件２でのみ認められる数種のものがあることを注意すべ きである。視覚的な比較を補助するために図の下部に再現した下部左側のボック スは、遺伝子発現特性の幾つかの相違を表している。正方形はハイブリダイゼー ションが起こる部位を表し、暗色の正方形は各部位に存在する標識断片の数に比 例する。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 ＦＩ Ｇ０１Ｎ 33/543 ５２５ 0276−2Ｊ Ｇ０１Ｎ 33/543 ５２５Ｃ 33/566 0276−2Ｊ 33/566 // Ｃ１２Ｎ 15/09 9162−4Ｂ Ｃ１２Ｎ 15/00 Ａ

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 １． (１)各区別され離された領域を同定しアドレスし、そこで結合反応が起こった か否かを測定し報告することができる検出手段と相互作用するか、または全体と して相互作用するよう適合され、当該基板の表面にわたって配された複数の区別 され離された領域を含む基板、および (２)１またはそれを超える該区別され離された領域中の生体分子と試験試料と の間の結合反応を検出することによって、該試験試料中の分子種を同定または特 徴付けできる情報が得られるような、各区別され離された領域に固定された予め 決定された構造の該生体分子の実質的に均一な試料 よりなる微細加工デバイスにおいて、 該基板との接触に際して該試験試料が該結合反応の工程の間を通して浸透する ことができるよう、該基板を通って伸長し、その第二表面で終止する区別され離 された領域よりなる改良。 ２．該生体分子がオリゴヌクレオチドであって、該試験試料がポリ核酸よりな る請求項１記載の改良。 ３．該基板がナノ多孔性ガラスウェハーである請求項１記載の改良。 ４．該区別され離された領域が、該ナノ多孔性ガラスウェハーの一面に結合し たテーパ付きウェルによりなる請求項３記載の改良。 ５．高密度アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区別 され離された領域が約１００μｍの最大直径を有し、隣接する領域間の間隔が約 ５００μｍであり、該ウェハーが約１００μｍの厚さであり、それによって該ウ ェハー内の該円錐ウェルの容量が約４０ｎＬであって、該ウェハー上の該領域の 密度が約４００領域/ｃｍ2である請求項４記載の改良。 ６．超高密度アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区 別され離された領域が約５０μｍの最大直径を有し、隣接する領域の間の間隔が 約１５０μｍであり、該ウェハーが約５０μｍの厚さであり、それによってウェ ハー内の該円錐ウェルの容量が約１ｎＬであって、該ウェハー上の該領域の密度 が約４,４００領域/ｃｍ2である請求項４記載の改良。 ７．アレイよりなり、ここに、該ナノ多孔性ガラスウェハー上の各区別され離 された領域が約５μｍ〜約２０００μｍの最大直径を有し、隣接する領域間の間 隔が該最大直径の約０．１〜１０倍であって、該ウェハーが約１０μｍ〜約５０ ０μｍの厚さである請求項４記載の改良。 ８．該基板が、ナノチャンネル・ガラスアレイまたは多孔性シリコンアレイよ りなるウェハーである請求項１記載の超微細加工装置。 ９．該基板の第一表面を該試験試料で満たし、該第一表面に比して負の圧力下 に該基板の該第二表面を置くことによって、該試験試料と該区別され離された領 域との間で接触し、それによって生じる真空が該基板を通しての流動を促進する 請求項１記載の改良。 １０．該ポリヌクレオチドの末端第一級アミン誘導体を、エポキシシランで誘 導化したガラス基板に結合させることにより、該ポリヌクレオチドが該基板上の 該区別され離された領域に固定化される請求項２記載の超微細加工装置。 １１．該ポリヌクレオチド-シラン固定が、１またはそれを超えるトリエチレ ングリコールホスホリル単位の取り込みよりなり、それによって該ガラス表面と 該ポリヌクレオチドの塩基対との間の最適な間隔が達成される請求項１０記載の 改良。 １２．該オリゴヌクレオチドの末端ブロモアセチル誘導体を、ジチオアルカン で誘導体化した白金または金基板に結合させることによって、該オリゴヌクレオ チドが該基板上の該区別され離された領域に固定化される請求項２記載の改良。 １３．該結合反応の検出が、荷電結合素子（ＣＣＤ）を用いて放射性同位元素 -、蛍光-または化学ルミネセンス-標識ポリ核酸のハイブリダイゼーションを検 出することによっる検出である請求項２記載の改良。 １４． (１)当該装置に剛直な支持体を供する基板； (２)該基板の表面にわたって配され、該基板の第二表面を通って伸長し、それ によって該基板に孔を形成する区別され離された領域のアレイ； (３)１またはそれを超える予め決定されたセットの生体分子が、そこを通る試 験試料中の分子種と結合できるように、かかる試料が１またはそれを超える該領 域に固定されている、予め決定されたセットの生体分子の実質的に均一な試料； および (４)結合反応が起こったか否かをかかる各領域につき検出し、その結果を報告 することができる検出手段 よりなる、複数の結合反応を同時に行う微細加工デバイス。 １５．さらに、ウェハーを通して流体流動を供する手段よりなる請求項１４記 載のデバイス。 １６．該予め決定されたセットの生体分子が１セットの完全に変性したオリゴ ヌクレオチド・プローブであって、該試験試料中の該分子種がポリ核酸である請 求項１４記載のデバイス。 １７． (１)各区別され離された領域を同定しアドレスし、そこで結合反応が起こった か否かを測定し報告することができる検出手段と相互作用するか、または全体と して相互反応するよう適合され、当該基板の表面にわたって配された複数の区別 され離された領域を含む基板、 および (２)１またはそれを超える該区別され離された領域中の生体分子と試験試料と の間の結合反応を検出することによって、該試験試料中の分子種を同定または特 徴付けできる情報が得られるような、各区別され離された領域に固定された予め 決定された構造の該生体分子の実質的に均一な試料 よりなる試験試料中に含まれる分子種の同定のための徴化デバイスを用いる方法 において、 該領域を該基体を通して伸長させ、その第二表面で終止させるよう作製するこ とによって、該結合反応の工程の間に該試験試料を該区別され離された領域を通 して浸透させることができることを特徴とする改良。 １８．該基板が、ナノチャンネル・ガラスアレイ、多孔性シリコンアレイまた は剛直な合成ポリマーの架橋基盤よりなるウェハーである請求項１７記載の改良 。 １９．該基板の第一表面を該試験試料で満たし、該第一表面に比して陰圧下に 該基板の該第二表面を置くことによって、該試験試料と該区別され離された領域 との間で接触させ、それによって真空が生じる請求項１７記載の改良。 ２０．該生体分子がオリゴヌクレオチドであって、該試験試料がポリ核酸より なる請求項１９記載の改良。
JP51280395A 1993-10-28 1994-10-27 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置 Expired - Lifetime JP3488465B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US14196993A 1993-10-28 1993-10-28
US08/141,969 1993-10-28
PCT/US1994/012282 WO1995011755A1 (en) 1993-10-28 1994-10-27 Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPH09504864A true JPH09504864A (ja) 1997-05-13
JP3488465B2 JP3488465B2 (ja) 2004-01-19

Family

ID=22498024

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP51280395A Expired - Lifetime JP3488465B2 (ja) 1993-10-28 1994-10-27 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置

Country Status (11)

Country Link
US (1) US5843767A (ja)
EP (2) EP1157743B1 (ja)
JP (1) JP3488465B2 (ja)
AT (2) ATE214633T1 (ja)
AU (1) AU700315B2 (ja)
CA (1) CA2174140C (ja)
DE (2) DE69430207T2 (ja)
DK (2) DK1157743T3 (ja)
ES (2) ES2176308T3 (ja)
PT (1) PT725682E (ja)
WO (1) WO1995011755A1 (ja)

Cited By (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001029561A1 (fr) * 1999-10-22 2001-04-26 Ngk Insulators, Ltd. Biopuce
JP2001343385A (ja) * 2000-06-02 2001-12-14 Teruhisa Shibahara プローブアレイ用固相基材、およびプローブアレイ
JP2002540386A (ja) * 1999-03-23 2002-11-26 ハーン−シッカート−ゲゼルシャフト フュア アンゲヴァンテ フォルシュンク エー ファウ フォーマット変換機能を有する流体制御装置
JP2002350350A (ja) * 2001-03-21 2002-12-04 Olympus Optical Co Ltd 生化学的検査方法
WO2003027673A1 (fr) * 2001-07-31 2003-04-03 Olympus Corporation Appareil d'inspection genique et procede d'extraction d'acide nucleique cible faisant appel a cet appareil
WO2003029820A1 (fr) * 2001-09-28 2003-04-10 Mitsubishi Rayon Co., Ltd. Appareil d'electrophorese, systeme electrophoretique, procede electrophoretique et procede de detection d'echantillon
WO2003031972A1 (fr) * 2001-10-05 2003-04-17 Bml, Inc. Plaque de detection
JP2003227841A (ja) * 2002-02-01 2003-08-15 Fuji Photo Film Co Ltd リセプター・リガンド会合反応方法
WO2004104584A1 (ja) * 2003-05-26 2004-12-02 Olympus Corporation 生体関連物質の検査方法と、そのための流体移送装置と流体移送方法
WO2005040797A1 (ja) * 2003-10-27 2005-05-06 Sony Corporation 給電用配線が延設されたバイオアッセイ用基板
JP2005233974A (ja) * 2001-03-21 2005-09-02 Olympus Corp 生化学的検査方法
JP2005528102A (ja) * 2002-06-03 2005-09-22 パムジーン ビー．ブイ． 多用途の生存マイクロアレイを用いる、細胞に基づく高処理量アッセイのための方法
US7027932B2 (en) 2001-03-21 2006-04-11 Olympus Optical Co., Ltd. Biochemical examination method
JP2006102720A (ja) * 2004-10-08 2006-04-20 Jsr Corp バイオセパレーション用フィルターおよびそれを用いたバイオセパレーション用キット
JP2006126112A (ja) * 2004-11-01 2006-05-18 Onchip Cellomics Consortium Ｄｎａチップおよびｄｎａハイブリダイゼーション法
JP2006516743A (ja) * 2003-02-05 2006-07-06 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション Ｈｉｖ診断関連用途のためのマイクロチップをベースとしたシステム
JP2006292367A (ja) * 2005-04-05 2006-10-26 Mitsubishi Rayon Co Ltd ｍｉＲＮＡ検出用マイクロアレイ
JP2007505326A (ja) * 2003-05-22 2007-03-08 バイオセンター ５ リミテッド アッセイ方法及び装置
JP2007127634A (ja) * 2005-11-03 2007-05-24 Millipore Corp 免疫学的検定のための製品およびプロセス
JP2009528037A (ja) * 2006-03-01 2009-08-06 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 核酸増幅用基材
JP2010142233A (ja) * 2003-01-29 2010-07-01 ４５４ コーポレーション 核酸を増幅および配列決定する方法
WO2018061733A1 (ja) * 2016-09-28 2018-04-05 富士フイルム株式会社 検査方法および検査チップ
WO2019147071A1 (ko) * 2018-01-26 2019-08-01 (주)메타포어 매트릭스 구조를 가진 멤브레인 구조체 및 이를 이용한 생체분자 필터
JP2019164140A (ja) * 2015-04-09 2019-09-26 アングル ヨーロッパ リミテッド ディスポーザブルバイオアッセイカートリッジ、複数のアッセイステップを実施しカートリッジ内の流体を搬送する方法
WO2019194400A1 (ko) * 2018-04-05 2019-10-10 (주)메타포어 생체분자 분리용 멤브레인 구조체

Families Citing this family (453)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6551784B2 (en) 1989-06-07 2003-04-22 Affymetrix Inc Method of comparing nucleic acid sequences
US6379895B1 (en) 1989-06-07 2002-04-30 Affymetrix, Inc. Photolithographic and other means for manufacturing arrays
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US6406844B1 (en) 1989-06-07 2002-06-18 Affymetrix, Inc. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US6309822B1 (en) 1989-06-07 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Method for comparing copy number of nucleic acid sequences
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US6346413B1 (en) 1989-06-07 2002-02-12 Affymetrix, Inc. Polymer arrays
US6506558B1 (en) 1990-03-07 2003-01-14 Affymetrix Inc. Very large scale immobilized polymer synthesis
EP0834576B1 (en) 1990-12-06 2002-01-16 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Detection of nucleic acid sequences
US6468740B1 (en) 1992-11-05 2002-10-22 Affymetrix, Inc. Cyclic and substituted immobilized molecular synthesis
US6537817B1 (en) 1993-05-31 2003-03-25 Packard Instrument Company Piezoelectric-drop-on-demand technology
US6521187B1 (en) * 1996-05-31 2003-02-18 Packard Instrument Company Dispensing liquid drops onto porous brittle substrates
US6893816B1 (en) * 1993-10-28 2005-05-17 Houston Advanced Research Center Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions
US7615368B1 (en) * 1994-06-17 2009-11-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Microarrays of polypeptides
USRE43097E1 (en) 1994-10-13 2012-01-10 Illumina, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
SE9404166D0 (sv) * 1994-11-30 1994-11-30 Pharmacia Biotech Ab Multifunctional surfaces
US5922534A (en) * 1995-03-28 1999-07-13 Hewlett-Packard Company Dry biochemical assay plate and method for making the same
US6168948B1 (en) * 1995-06-29 2001-01-02 Affymetrix, Inc. Miniaturized genetic analysis systems and methods
US20020022261A1 (en) * 1995-06-29 2002-02-21 Anderson Rolfe C. Miniaturized genetic analysis systems and methods
US5856174A (en) 1995-06-29 1999-01-05 Affymetrix, Inc. Integrated nucleic acid diagnostic device
US20020068357A1 (en) * 1995-09-28 2002-06-06 Mathies Richard A. Miniaturized integrated nucleic acid processing and analysis device and method
US20020048809A1 (en) * 1997-06-16 2002-04-25 Lafferty William Micharl Capillary array-based sample screening
US6794127B1 (en) * 1997-06-16 2004-09-21 Diversa Corporation Capillary array-based sample screening
US6972183B1 (en) 1997-06-16 2005-12-06 Diversa Corporation Capillary array-based enzyme screening
US20030219752A1 (en) * 1995-12-07 2003-11-27 Diversa Corporation Novel antigen binding molecules for therapeutic, diagnostic, prophylactic, enzymatic, industrial, and agricultural applications, and methods for generating and screening thereof
US20010041333A1 (en) * 1997-06-16 2001-11-15 Short Jay M. High throughput screening for a bioactivity or biomolecule
US7244622B2 (en) * 1996-04-03 2007-07-17 Applera Corporation Device and method for multiple analyte detection
CA2250212C (en) * 1996-04-03 2010-02-09 The Perkin-Elmer Corporation Device and method for multiple analyte detection
WO1997037755A1 (en) * 1996-04-09 1997-10-16 Sarnoff Corporation Plate for reaction system
AU3137097A (en) * 1996-05-16 1997-12-05 Lockheed Martin Energy Systems, Inc. Low temperature material bonding technique
US7070590B1 (en) 1996-07-02 2006-07-04 Massachusetts Institute Of Technology Microchip drug delivery devices
US5976444A (en) * 1996-09-24 1999-11-02 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Nanochannel glass replica membranes
US7285422B1 (en) 1997-01-23 2007-10-23 Sequenom, Inc. Systems and methods for preparing and analyzing low volume analyte array elements
CA2702219C (en) 1996-11-06 2013-01-08 Sequenom, Inc. High density immobilization of nucleic acids
WO1998022819A1 (de) * 1996-11-16 1998-05-28 Nmi Naturwissenschaftliches Und Medizinisches Institut An Der Universität Tübingen In Reutlingen Stiftung Bürgerlichen Rechts Mikroelementenanordnung, verfahren zum kontaktieren von in einer flüssigen umgebung befindlichen zellen und verfahren zum herstellen einer mikroelementenanordnung
US6699719B2 (en) * 1996-11-29 2004-03-02 Proteomic Systems, Inc. Biosensor arrays and methods
US6503452B1 (en) * 1996-11-29 2003-01-07 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biosensor arrays and methods
US6083761A (en) * 1996-12-02 2000-07-04 Glaxo Wellcome Inc. Method and apparatus for transferring and combining reagents
US6054325A (en) * 1996-12-02 2000-04-25 Glaxo Wellcom Inc. Method and apparatus for transferring and combining distinct chemical compositions with reagents
US5837466A (en) * 1996-12-16 1998-11-17 Vysis, Inc. Devices and methods for detecting nucleic acid analytes in samples
CA2276462C (en) * 1996-12-31 2007-06-12 Genometrix Incorporated Multiplexed molecular analysis system apparatus and method
DE69825601T2 (de) 1997-02-12 2005-04-28 Chan, Eugene Y, Brookline Verfahren zur analyse von polymeren
CA2291180A1 (en) * 1997-05-23 1998-11-26 Lynx Therapeutics, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
US20020015997A1 (en) * 1997-06-16 2002-02-07 Lafferty William Michael Capillary array-based sample screening
US20030054543A1 (en) * 1997-06-16 2003-03-20 Lafferty William Michael Device for moving a selected station of a holding plate to a predetermined location for interaction with a probe
US20040241759A1 (en) * 1997-06-16 2004-12-02 Eileen Tozer High throughput screening of libraries
US20030013115A1 (en) * 1997-06-16 2003-01-16 Diversa Corporation, A Delaware Corporation Capillary array-based sample screening
US20030077677A1 (en) * 1997-06-16 2003-04-24 Diversa Corporation, A Delaware Corporation High throughput screening for sequences of interest
US7019827B2 (en) * 1997-06-16 2006-03-28 Diversa Corporation GigaMatrix holding tray having through-hole wells
US20050070005A1 (en) * 1997-06-16 2005-03-31 Martin Keller High throughput or capillary-based screening for a bioactivity or biomolecule
DE69824586T2 (de) * 1997-06-26 2005-06-23 PerSeptive Biosystems, Inc., Framingham Probenträger hoher dichte für die analyse biologischer proben
US6855539B2 (en) 1997-07-11 2005-02-15 Pamgene International B.V. Device for performing an assay, a method for manufacturing said device, and use of a membrane in the manufacture of said device
EP1050588B1 (en) 1997-07-11 2004-12-08 PamGene B.V. Method of manufacturing a device for performing an assay, use of a membrane in the manufacture of said device, kit comprising said device and method for the detection of an analyte using such device
US6037186A (en) * 1997-07-16 2000-03-14 Stimpson; Don Parallel production of high density arrays
US6826296B2 (en) 1997-07-25 2004-11-30 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6420108B2 (en) * 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
WO1999005323A1 (en) * 1997-07-25 1999-02-04 Affymetrix, Inc. Gene expression and evaluation system
US7068830B2 (en) * 1997-07-25 2006-06-27 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US20020155495A1 (en) * 2000-04-17 2002-10-24 Millstein Larry S. Method for producing arrays and devices relating thereto
DE69822206T2 (de) * 1997-12-19 2005-02-17 Affymetrix, Inc., Santa Clara Erkenntnisse der genomforschung für die suche nach neuartigen wirkstoffen
EP1042061A1 (en) 1997-12-24 2000-10-11 Cepheid Integrated fluid manipulation cartridge
US6893877B2 (en) 1998-01-12 2005-05-17 Massachusetts Institute Of Technology Methods for screening substances in a microwell array
ATE477850T1 (de) * 1998-01-12 2010-09-15 Massachusetts Inst Technology Vorrichtung zur mikrotestdurchführung
EP1965213A3 (en) 1998-02-04 2009-07-15 Invitrogen Corporation Microarrays and uses therefor
US5997961A (en) * 1998-03-06 1999-12-07 Battelle Memorial Institute Method of bonding functional surface materials to substrates and applications in microtechnology and antifouling
ATE227338T1 (de) * 1998-03-18 2002-11-15 Massachusetts Inst Technology Vaskularisierte perfundierte anordnungen für mikrogewebe und mikroorgane
US6949367B1 (en) * 1998-04-03 2005-09-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Modified oligonucleotides for mismatch discrimination
US6537749B2 (en) * 1998-04-03 2003-03-25 Phylos, Inc. Addressable protein arrays
US6884626B1 (en) 1998-04-27 2005-04-26 Corning Incorporated Redrawn capillary imaging reservoir
US6350618B1 (en) 1998-04-27 2002-02-26 Corning Incorporated Redrawn capillary imaging reservoir
EP0955084B1 (en) 1998-04-27 2006-07-26 Corning Incorporated Method of depositing an array of biological samples using a redrawn capillary reservoir
AU4139299A (en) * 1998-04-30 1999-11-23 Graffinity Pharmaceutical Design Gmbh Support plate for receiving a plurality of sample particles in an ordered manner
US6268210B1 (en) 1998-05-27 2001-07-31 Hyseq, Inc. Sandwich arrays of biological compounds
DE19825909C1 (de) * 1998-06-10 1999-11-25 Graffinity Pharm Design Gmbh Reaktorträger mit mehreren Mikroprobenaufnahmekammern
US6761816B1 (en) 1998-06-23 2004-07-13 Clinical Micro Systems, Inc. Printed circuit boards with monolayers and capture ligands
US6290839B1 (en) 1998-06-23 2001-09-18 Clinical Micro Sensors, Inc. Systems for electrophoretic transport and detection of analytes
US6762061B1 (en) 1998-07-03 2004-07-13 Corning Incorporated Redrawn capillary imaging reservoir
US6780582B1 (en) 1998-07-14 2004-08-24 Zyomyx, Inc. Arrays of protein-capture agents and methods of use thereof
US6406921B1 (en) * 1998-07-14 2002-06-18 Zyomyx, Incorporated Protein arrays for high-throughput screening
US6682942B1 (en) 1998-07-14 2004-01-27 Zyomyx, Inc. Microdevices for screening biomolecules
US6897073B2 (en) * 1998-07-14 2005-05-24 Zyomyx, Inc. Non-specific binding resistant protein arrays and methods for making the same
US20020119579A1 (en) * 1998-07-14 2002-08-29 Peter Wagner Arrays devices and methods of use thereof
US6576478B1 (en) 1998-07-14 2003-06-10 Zyomyx, Inc. Microdevices for high-throughput screening of biomolecules
US6908770B1 (en) * 1998-07-16 2005-06-21 Board Of Regents, The University Of Texas System Fluid based analysis of multiple analytes by a sensor array
US6107038A (en) * 1998-08-14 2000-08-22 Agilent Technologies Inc. Method of binding a plurality of chemicals on a substrate by electrophoretic self-assembly
JP3445501B2 (ja) * 1998-09-04 2003-09-08 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 シート状部材積層体及びシート状プローブ保持体の製造方法
US20040199544A1 (en) * 2000-11-02 2004-10-07 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing an expression data mining database
US6185561B1 (en) 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
US20030138354A1 (en) * 1998-09-23 2003-07-24 Stephen Peter Fitzgerald Assay devices
US6489096B1 (en) * 1998-10-15 2002-12-03 Princeton University Quantitative analysis of hybridization patterns and intensities in oligonucleotide arrays
EP1131470A4 (en) * 1998-10-28 2004-11-10 Vysis Inc CELLULAR ARRAYS AND METHOD FOR DETECTING AND USING MARKERS FOR GENETIC DISORDERS
US6545264B1 (en) 1998-10-30 2003-04-08 Affymetrix, Inc. Systems and methods for high performance scanning
US20030092171A1 (en) * 1998-11-16 2003-05-15 Steven Henck Surface treatments for DNA processing devices
US6638760B1 (en) * 1998-11-25 2003-10-28 Pe Corporation (Ny) Method and apparatus for flow-through hybridization
US6403382B1 (en) 1998-12-08 2002-06-11 Regents Of The University Of Minnesota Attachment chemistry for organic molecules to silicon
WO2000036152A1 (en) 1998-12-14 2000-06-22 Li-Cor, Inc. A system and methods for nucleic acid sequencing of single molecules by polymerase synthesis
US7914994B2 (en) 1998-12-24 2011-03-29 Cepheid Method for separating an analyte from a sample
US6431476B1 (en) 1999-12-21 2002-08-13 Cepheid Apparatus and method for rapid ultrasonic disruption of cells or viruses
US7510841B2 (en) 1998-12-28 2009-03-31 Illumina, Inc. Methods of making and using composite arrays for the detection of a plurality of target analytes
US6429027B1 (en) 1998-12-28 2002-08-06 Illumina, Inc. Composite arrays utilizing microspheres
AU2965500A (en) 1999-01-15 2000-08-01 Gene Logic, Inc. Immobilized nucleic acid hybridization reagent and method
EP1158047B1 (en) * 1999-03-05 2009-05-20 Mitsubishi Rayon Co., Ltd. Microarrays having biological substance
US6503359B2 (en) * 1999-03-05 2003-01-07 Burstein Technologies, Inc. Monomolecular adhesion methods for manufacturing microfabricated multilaminate devices
US7355015B1 (en) 1999-03-12 2008-04-08 Georgetown University School Of Medicine Matriptase, a serine protease and its applications
CN1348396A (zh) 1999-03-19 2002-05-08 金克克国际有限公司 用于高效筛选的多通孔测试板
US6824866B1 (en) * 1999-04-08 2004-11-30 Affymetrix, Inc. Porous silica substrates for polymer synthesis and assays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20030207295A1 (en) * 1999-04-20 2003-11-06 Kevin Gunderson Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20040053290A1 (en) * 2000-01-11 2004-03-18 Terbrueggen Robert Henry Devices and methods for biochip multiplexing
US8815521B2 (en) 2000-05-30 2014-08-26 Cepheid Apparatus and method for cell disruption
US9073053B2 (en) 1999-05-28 2015-07-07 Cepheid Apparatus and method for cell disruption
US20040200909A1 (en) * 1999-05-28 2004-10-14 Cepheid Apparatus and method for cell disruption
US6391541B1 (en) 1999-05-28 2002-05-21 Kurt E. Petersen Apparatus for analyzing a fluid sample
US6136592A (en) * 1999-06-25 2000-10-24 Leighton; Stephen B. Multiple micro-arrays
US6878540B2 (en) * 1999-06-25 2005-04-12 Cepheid Device for lysing cells, spores, or microorganisms
AU1429701A (en) 1999-07-16 2001-02-05 Board Of Regents, The University Of Texas System General signaling protocols for chemical receptors in immobilized matrices
US7179638B2 (en) * 1999-07-30 2007-02-20 Large Scale Biology Corporation Microarrays and their manufacture by slicing
US6713309B1 (en) 1999-07-30 2004-03-30 Large Scale Proteomics Corporation Microarrays and their manufacture
US6696022B1 (en) 1999-08-13 2004-02-24 U.S. Genomics, Inc. Methods and apparatuses for stretching polymers
US6383748B1 (en) 1999-09-14 2002-05-07 Pamgene B.V. Analytical test device with substrate having oriented through going channels and improved methods and apparatus for using same
EP1214139A2 (en) * 1999-09-17 2002-06-19 Millipore Corporation High throughput screening card
JP2003515100A (ja) * 1999-10-06 2003-04-22 インフィネオン テクノロジーズ アクチェンゲゼルシャフト 少なくとも１つの細孔を有する基板
US6652972B1 (en) 1999-11-01 2003-11-25 Schott Glass Technologies Inc. Low temperature joining of phosphate glass
US6362004B1 (en) * 1999-11-09 2002-03-26 Packard Biochip Technologies, Llc Apparatus and method for using fiducial marks on a microarray substrate
US6602714B1 (en) * 1999-11-09 2003-08-05 Sri International Viscosity and mass sensor for the high-throughput synthesis, screening and characterization of combinatorial libraries
US6361958B1 (en) 1999-11-12 2002-03-26 Motorola, Inc. Biochannel assay for hybridization with biomaterial
DE60035218D1 (de) 1999-11-18 2007-07-26 Dendreon Corp Nukleinsäuren, welche für endotheliasen kodieren, endotheliasen, sowie deren verwendung
US6423535B1 (en) * 1999-11-24 2002-07-23 Incyte Genomics, Inc. Normalization control for hybridization reactions
US6587197B1 (en) 1999-12-06 2003-07-01 Royce Technologies Llc Multiple microchannels chip for biomolecule imaging, and method of use thereof
US8815385B2 (en) * 1999-12-20 2014-08-26 The Regents Of The University Of California Controlling peel strength of micron-scale structures
US6737160B1 (en) * 1999-12-20 2004-05-18 The Regents Of The University Of California Adhesive microstructure and method of forming same
US20030091477A1 (en) * 1999-12-22 2003-05-15 Paul Eric A. Flow-thru chip cartridge, chip holder, system & method thereof
WO2001045843A2 (en) * 1999-12-22 2001-06-28 Gene Logic, Inc. Flow-thru chip cartridge, chip holder, system and method thereof
US6977723B2 (en) * 2000-01-07 2005-12-20 Transform Pharmaceuticals, Inc. Apparatus and method for high-throughput preparation and spectroscopic classification and characterization of compositions
US20070021929A1 (en) * 2000-01-07 2007-01-25 Transform Pharmaceuticals, Inc. Computing methods for control of high-throughput experimental processing, digital analysis, and re-arraying comparative samples in computer-designed arrays
US20050089923A9 (en) * 2000-01-07 2005-04-28 Levinson Douglas A. Method and system for planning, performing, and assessing high-throughput screening of multicomponent chemical compositions and solid forms of compounds
US20050095696A9 (en) * 2000-01-07 2005-05-05 Lemmo Anthony V. Apparatus and method for high-throughput preparation and characterization of compositions
WO2001051919A2 (en) * 2000-01-07 2001-07-19 Transform Pharmaceuticals, Inc. High-throughput formation, identification, and analysis of diverse solid-forms
US20050118637A9 (en) * 2000-01-07 2005-06-02 Levinson Douglas A. Method and system for planning, performing, and assessing high-throughput screening of multicomponent chemical compositions and solid forms of compounds
US7108970B2 (en) * 2000-01-07 2006-09-19 Transform Pharmaceuticals, Inc. Rapid identification of conditions, compounds, or compositions that inhibit, prevent, induce, modify, or reverse transitions of physical state
US20070020662A1 (en) * 2000-01-07 2007-01-25 Transform Pharmaceuticals, Inc. Computerized control of high-throughput experimental processing and digital analysis of comparative samples for a compound of interest
CZ20022438A3 (cs) 2000-01-12 2002-10-16 Yale University Nukleová kyselina kódující receptor Nogo, izolovaný polypeptid a farmaceutický přípravek pro stimulaci růstu axonů
WO2001055704A1 (en) 2000-01-31 2001-08-02 Board Of Regents, The University Of Texas System System for transferring fluid samples through a sensor array
US7700341B2 (en) 2000-02-03 2010-04-20 Dendreon Corporation Nucleic acid molecules encoding transmembrane serine proteases, the encoded proteins and methods based thereon
EP1252300B1 (en) 2000-02-03 2011-01-19 Dendreon Corporation Nucleic acid molecules encoding transmembrane serine proteases, the encoded proteins and methods based thereon
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US6770441B2 (en) 2000-02-10 2004-08-03 Illumina, Inc. Array compositions and methods of making same
US20020151040A1 (en) 2000-02-18 2002-10-17 Matthew O' Keefe Apparatus and methods for parallel processing of microvolume liquid reactions
US20010055765A1 (en) 2000-02-18 2001-12-27 O'keefe Matthew Apparatus and methods for parallel processing of micro-volume liquid reactions
CA2401118A1 (en) 2000-02-23 2001-08-30 Zyomyx, Inc. Microfluidic devices and methods
AU2001252890B2 (en) 2000-03-02 2005-06-02 Microchips, Inc. Microfabricated devices for the storage and selective exposure of chemicals and devices
WO2001071336A1 (en) * 2000-03-20 2001-09-27 The Charles Stark Draper Laboratory, Inc. Flexural plate wave sensor and array
US20080260593A1 (en) * 2000-03-22 2008-10-23 Dewalch Norman Binz Method and apparatus for processing substances in a single container
EP1265710B1 (en) * 2000-03-22 2010-11-10 Dewalch Technologies, Inc. Method and apparatus for processing substances in a single container
US20060110424A1 (en) * 2000-03-24 2006-05-25 Lyles Mark B Ceramic and metal compositions
WO2001072663A2 (en) 2000-03-24 2001-10-04 Lyles Mark B High density porous materials
EP1272439A2 (en) 2000-03-24 2003-01-08 Lyles, Mark B. Diagnostic devices containing porous material
US7431685B2 (en) * 2000-03-28 2008-10-07 Laser- Und Medizin Technologie Gmbh Method and device for investigating substance libraries
KR100792021B1 (ko) * 2000-03-30 2008-01-04 가부시키가이샤 에바라 세이사꾸쇼 반응성 탐식자 칩 및 그 제조방법
GB0008563D0 (en) * 2000-04-07 2000-05-24 Cambridge Discovery Chemistry Investigating different physical and/or chemical forms of materials
US8232582B2 (en) 2000-04-24 2012-07-31 Life Technologies Corporation Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
US6413792B1 (en) 2000-04-24 2002-07-02 Eagle Research Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
US7001792B2 (en) * 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
US7776273B2 (en) 2000-04-26 2010-08-17 Life Technologies Corporation Laser capture microdissection (LCM) extraction device and device carrier, and method for post-LCM fluid processing
CN1654956A (zh) 2000-05-04 2005-08-17 耶鲁大学 用于筛选蛋白活性的高密度蛋白阵列
ATE352036T1 (de) * 2000-05-08 2007-02-15 Vivactis Nv Verfahren zur hochdurchsatzprofilierung neuer werkstoffe
DE10060560A1 (de) * 2000-05-26 2001-12-06 Bruker Optik Gmbh Mikrotiterplatte für Infrarotmessungen
US6730072B2 (en) 2000-05-30 2004-05-04 Massachusetts Institute Of Technology Methods and devices for sealing microchip reservoir devices
US7163660B2 (en) 2000-05-31 2007-01-16 Infineon Technologies Ag Arrangement for taking up liquid analytes
US7470546B2 (en) 2000-05-31 2008-12-30 Infineon Technologies Ag Method and arrangement for taking up a first medium, which is present in a first phase, into a capillary device
WO2001098225A1 (en) 2000-06-20 2001-12-27 Schott Glass Technologies, Inc. Glass ceramic composites
US6676904B1 (en) * 2000-07-12 2004-01-13 Us Gov Sec Navy Nanoporous membrane immunosensor
US6643010B2 (en) 2000-08-07 2003-11-04 Royce Technologies Llc Multiple microchannels chip for biomolecule imaging
WO2002014381A2 (en) * 2000-08-16 2002-02-21 University Of Alberta Non-pressurized methods for the preparation of conjugated solid supports for boronic acids
US6713257B2 (en) 2000-08-25 2004-03-30 Rosetta Inpharmatics Llc Gene discovery using microarrays
US6919382B2 (en) 2000-08-31 2005-07-19 The Governors Of The University Of Alberta Preparation and uses of conjugated solid supports for boronic acids
US6539102B1 (en) * 2000-09-01 2003-03-25 Large Scale Proteomics Reference database
US6980674B2 (en) * 2000-09-01 2005-12-27 Large Scale Proteomics Corp. Reference database
US6658324B2 (en) 2000-09-29 2003-12-02 Gpc Biotech Ag Pick and place robot system
DE60116520T2 (de) * 2000-10-10 2006-08-31 Microchips, Inc., Bedford Microchip-reservoir-vorrichtungen mit drahtloser übertragung von energie und daten
US20100261159A1 (en) 2000-10-10 2010-10-14 Robert Hess Apparatus for assay, synthesis and storage, and methods of manufacture, use, and manipulation thereof
EP1330306A2 (en) * 2000-10-10 2003-07-30 BioTrove, Inc. Apparatus for assay, synthesis and storage, and methods of manufacture, use, and manipulation thereof
AU2002245047A1 (en) 2000-10-30 2002-07-24 Sequenom, Inc. Method and apparatus for delivery of submicroliter volumes onto a substrate
US6882782B2 (en) * 2000-11-01 2005-04-19 Schott Glas Photonic devices for optical and optoelectronic information processing
US7371563B2 (en) * 2000-11-08 2008-05-13 Surface Logix, Inc. Peelable and resealable devices for biochemical assays
US7439056B2 (en) * 2000-11-08 2008-10-21 Surface Logix Inc. Peelable and resealable devices for arraying materials
WO2002041004A2 (en) * 2000-11-16 2002-05-23 Burstein Technologies, Inc. Optical biodiscs with reflective layers
US6677163B1 (en) 2000-11-16 2004-01-13 National Research Council Of Canada Functionalized silicon surfaces, and method for their production
US20040096893A1 (en) * 2000-11-16 2004-05-20 Rabah Boukherroub Functionalised silicon surfaces, and method for their production
WO2002042780A2 (en) * 2000-11-22 2002-05-30 Burstein Technologies, Inc. Apparatus and methods for separating agglutinants and disperse particles
US6905816B2 (en) 2000-11-27 2005-06-14 Intelligent Medical Devices, Inc. Clinically intelligent diagnostic devices and methods
CA2764288A1 (en) 2000-11-27 2002-05-30 Intelligent Medical Devices, Inc. Clinically intelligent diagnostic devices and methods
WO2002043866A2 (en) * 2000-12-01 2002-06-06 Burstein Technologies, Inc. Apparatus and methods for separating components of particulate suspension
US20020072111A1 (en) * 2000-12-13 2002-06-13 Clarkin James P. Drawn microchannel array devices and method of analysis using same
US7091034B2 (en) * 2000-12-15 2006-08-15 Burstein Technologies, Inc. Detection system for disk-based laboratory and improved optical bio-disc including same
AU2002241810A1 (en) * 2001-01-04 2002-07-16 Eagle Research And Development, Llc Method of patterning a mask on the surface of a substrate and product manufactured thereby
US20030009293A1 (en) * 2001-01-09 2003-01-09 Anderson Norman G. Reference database
AU2002241834B2 (en) 2001-01-09 2006-11-09 Microchips, Inc. Flexible microchip devices for opthalmic and other applications
US20020160363A1 (en) * 2001-01-31 2002-10-31 Mcdevitt John T. Magnetic-based placement and retention of sensor elements in a sensor array
CA2437558A1 (en) * 2001-01-31 2002-08-08 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Method and apparatus for the confinement of materials in a micromachined chemical sensor array
US6913697B2 (en) 2001-02-14 2005-07-05 Science & Technology Corporation @ Unm Nanostructured separation and analysis devices for biological membranes
US7846684B2 (en) * 2001-02-21 2010-12-07 Battelle Memorial Institute Enzyme system comprising an enzyme bonded in a porous matrix
JP2004525758A (ja) * 2001-03-13 2004-08-26 パムジーン・ベー・ベー 基板を通しての流体の流通を制御するためのシステム
US6886409B2 (en) 2001-03-13 2005-05-03 Pamgene International B.V. System for controlling the flow of a fluid through a substrate
US7105134B2 (en) 2001-03-13 2006-09-12 Pamgene B.V. Device for holding a substrate
US20030004394A1 (en) * 2001-03-13 2003-01-02 Carpay Wilhelmus Marinus Incubator system provided with a temperature control system
US20060129329A1 (en) * 2001-04-09 2006-06-15 Kobylecki Ryszard J Investigating different physical and/or chemical forms of materials
CN1639557A (zh) 2001-04-11 2005-07-13 伯斯坦技术公司 包括分析盘的多参数化验以及涉及该化验的方法
JP2002357604A (ja) * 2001-04-17 2002-12-13 Nisshinbo Ind Inc 反応容器及びこれを用いる生物学的に活性な物質の分析方法
IL158822A0 (en) * 2001-05-11 2004-05-12 Univ Yale Global analysis of protein activities using proteome chips
DE10122839B4 (de) * 2001-05-11 2007-11-29 Qimonda Ag Verfahren zum Vereinzeln von Halbleiterstrukturen sowie zum Vereinzeln vorbereitetes Halbleitersubstrat
JP4155724B2 (ja) * 2001-05-18 2008-09-24 富士フイルム株式会社 生体関連物質分析用の複合材料シート
WO2002094846A2 (en) * 2001-05-22 2002-11-28 Parallel Synthesis Technologies, Inc. Method for in situ, on-chip chemical synthesis
WO2002095000A2 (en) 2001-05-22 2002-11-28 Gene Logic, Inc. Molecular toxicology modeling
JP2002350595A (ja) * 2001-05-25 2002-12-04 Fuji Photo Film Co Ltd 放射性物質標識生体起因物質検出用の蓄積性蛍光体シート
US7749388B2 (en) * 2001-06-15 2010-07-06 Life Technologies Corporation Low volume filtration column devices and methods of filtering therewith
US7155076B2 (en) * 2001-06-15 2006-12-26 The Regents Of The University Of California Target molecules detection by waveguiding in a photonic silicon membrane
US7556733B2 (en) * 2001-06-15 2009-07-07 Mds Analytical Technologies (Us) Inc. Low volume filtration column devices and methods of filtering therewith
US7229595B2 (en) * 2001-06-15 2007-06-12 Molecular Devices Corporation Filtration column devices and methods of filtering therewith
US7077939B1 (en) * 2001-06-18 2006-07-18 The Texas A&M University System Method and apparatus for nanoparticle transport and detection
AU2002361545B2 (en) 2001-06-28 2007-03-15 Microchips, Inc. Methods for hermetically sealing microchip reservoir devices
US20030003601A1 (en) * 2001-07-02 2003-01-02 Fuji Photo Film Co., Ltd. Biochemical analysis system and biochemical analysis unit
CN100386627C (zh) * 2001-07-03 2008-05-07 包刚 过滤型蛋白芯片
WO2003004690A2 (en) * 2001-07-06 2003-01-16 454$m(3) CORPORATION Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US20060073610A1 (en) * 2001-07-06 2006-04-06 Millpore Corporation Patterned composite membrane and stenciling method for the manufacture thereof
US7447594B2 (en) 2001-07-10 2008-11-04 Ocimum Biosolutions, Inc. Molecular cardiotoxicology modeling
WO2003027723A2 (en) * 2001-07-24 2003-04-03 Burstein Technologies, Inc. Method and apparatus for bonded fluidic circuit for optical bio-disc
US9678038B2 (en) 2001-07-25 2017-06-13 The Trustees Of Princeton University Nanochannel arrays and their preparation and use for high throughput macromolecular analysis
SG187992A1 (en) 2001-07-25 2013-03-28 Univ Princeton Nanochannel arrays and their preparation and use for high throughput macromolecular analysis
EP1281966A3 (en) * 2001-07-30 2003-06-18 Fuji Photo Film Co., Ltd. Method and apparatus for conducting a receptor-ligand reaction
EP1414443B1 (en) * 2001-08-01 2006-11-15 Merck & Co., Inc. BENZIMIDAZO 4,5-f|ISOQUINOLINONE DERIVATIVES
US20030129665A1 (en) * 2001-08-30 2003-07-10 Selvan Gowri Pyapali Methods for qualitative and quantitative analysis of cells and related optical bio-disc systems
DE10142691B4 (de) * 2001-08-31 2006-04-20 Infineon Technologies Ag Verfahren zum Nachweis biochemischer Reaktionen sowie eine Vorrichtung hierfür
EP1428032A2 (en) * 2001-09-07 2004-06-16 Transform Pharmaceuticals, Inc. Apparatus and method for high-throughput preparation and characterization of compositions
JP4754746B2 (ja) * 2001-09-28 2011-08-24 オリンパス株式会社 棒状担体およびこれを具備するシリンダー反応容器
EP1451318A4 (en) 2001-10-12 2007-06-27 Perkinelmer Las Inc NUCLEIC ACID COMPILATIONS, NETWORKS AND METHODS OF USE THEREOF
US7439346B2 (en) 2001-10-12 2008-10-21 Perkinelmer Las Inc. Nucleic acids arrays and methods of use therefor
AU2002340198A1 (en) * 2001-10-15 2003-04-28 Biocept, Inc. Microwell biochip
US7220345B2 (en) * 2001-10-18 2007-05-22 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Hybrid microfluidic and nanofluidic system
JP3868267B2 (ja) * 2001-10-31 2007-01-17 株式会社荏原製作所 マルチカラム・アフィニティー検出システム
ATE509272T1 (de) * 2001-11-09 2011-05-15 3Dbiosurfaces Technologies Llc Substrate mit hochliegendem oberflächenbereich für mikroarrays sowie verfahren zur herstellung davon
GB0127360D0 (en) * 2001-11-14 2002-01-09 Univ Bath Device and method for preparing particles for analysis
JP2005509882A (ja) * 2001-11-20 2005-04-14 バースタイン テクノロジーズ，インコーポレイティド 細胞分析のための光バイオディスクおよび流体回路ならびにそれに関連する方法
US20030098271A1 (en) * 2001-11-26 2003-05-29 Ralph Somack Capsule and tray systems for combined sample collection, archiving, purification, and PCR
US20030104512A1 (en) * 2001-11-30 2003-06-05 Freeman Alex R. Biosensors for single cell and multi cell analysis
US7335271B2 (en) * 2002-01-02 2008-02-26 Lewis & Clark College Adhesive microstructure and method of forming same
DE10201653A1 (de) * 2002-01-17 2003-08-14 Infineon Technologies Ag Oberfläche zur Anlagerung von Biomolekülen
US20050176059A1 (en) * 2002-01-31 2005-08-11 Pal Andrew A. Bio-safe dispenser and optical analysis disc assembly
WO2003065355A2 (en) * 2002-01-31 2003-08-07 Burstein Technologies, Inc. Bio-safety features for optical analysis disc and disc system including same
US20040241381A1 (en) * 2002-01-31 2004-12-02 Chen Yihfar Microfluidic structures with circumferential grooves for bonding adhesives and related optical analysis discs
US20050221048A1 (en) * 2002-01-31 2005-10-06 James Rodney Norton Manufacturing processes for making optical analysis discs including successive patterning operations and optical discs thereby manufactured
JP3721334B2 (ja) * 2002-02-01 2005-11-30 富士写真フイルム株式会社 リセプター・リガンド会合反応方法およびそれに用いるリアクタ
JP3836379B2 (ja) * 2002-02-01 2006-10-25 富士写真フイルム株式会社 リセプター・リガンド会合反応方法
DE10206420A1 (de) * 2002-02-15 2003-08-28 Infineon Technologies Ag Bedruckter Probenträger, ein Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung
JP3933058B2 (ja) * 2002-02-25 2007-06-20 日立化成工業株式会社 マイクロ流体システム用支持ユニット及びその製造方法
US6918738B2 (en) 2002-03-11 2005-07-19 Diversa Corporation Stackable sample holding plate with robot removable lid
US6916621B2 (en) * 2002-03-27 2005-07-12 Spectral Genomics, Inc. Methods for array-based comparitive binding assays
US20040038260A1 (en) * 2002-04-18 2004-02-26 Imedd, Inc. Nanopump device for analyzing DNA sequences
DE10217569A1 (de) * 2002-04-19 2003-11-13 Infineon Technologies Ag Vorrichtung auf Basis von partiell oxidiertem porösen Silizium
DE10217568A1 (de) * 2002-04-19 2003-11-13 Infineon Technologies Ag Wellenleiter in porösen Substraten
CA2482887A1 (en) * 2002-04-19 2003-10-30 Pamgene B.V. System, substrate plate and incubation device for conducting bioassays
WO2003090605A2 (en) 2002-04-26 2003-11-06 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and system for the detection of cardiac risk factors
US20030208936A1 (en) * 2002-05-09 2003-11-13 Lee Charles Hee Method for manufacturing embroidery decorated cards and envelopes
US6872439B2 (en) * 2002-05-13 2005-03-29 The Regents Of The University Of California Adhesive microstructure and method of forming same
DE10224339A1 (de) * 2002-05-29 2003-12-11 Axaron Bioscience Ag Verfahren zur hochparallelen Nukleinsäuresequenzierung
US7291460B2 (en) * 2002-05-31 2007-11-06 Verenium Corporation Multiplexed systems for nucleic acid sequencing
EP1513953A1 (en) * 2002-06-03 2005-03-16 PamGene B.V. Method for high-throughput integrated chemical and biochemical reactions
JP2005533502A (ja) * 2002-07-24 2005-11-10 ボード オブ レジェンツ，ザ ユニバーシティー オブ テキサス システム 膜法による微生物の捕捉と検出
CA2495327C (en) * 2002-08-16 2008-10-21 Microchips, Inc. Controlled release device and method using electrothermal ablation
US8277753B2 (en) 2002-08-23 2012-10-02 Life Technologies Corporation Microfluidic transfer pin
US6806543B2 (en) * 2002-09-12 2004-10-19 Intel Corporation Microfluidic apparatus with integrated porous-substrate/sensor for real-time (bio)chemical molecule detection
US7595883B1 (en) * 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
JP3830882B2 (ja) * 2002-09-17 2006-10-11 富士写真フイルム株式会社 生化学解析用ユニット
WO2004026281A2 (en) * 2002-09-23 2004-04-01 Microchips, Inc. Micro-reservoir osmotic release systems and microtube array device
US7521261B2 (en) * 2002-09-26 2009-04-21 Vanderbilt University Method for screening molecular interactions
DE10245434B4 (de) * 2002-09-27 2006-03-16 Micronas Holding Gmbh Verfahren und Vorrichtung zur Bestimmung der Konzentration von in einer flüssigen Probe enthaltenen Liganden
EP1569510B1 (en) 2002-09-27 2011-11-02 The General Hospital Corporation Microfluidic device for cell separation and uses thereof
EP1558737A4 (en) 2002-10-18 2008-06-11 Lg Life Sciences Ltd GENE FAMILIES ASSOCIATED WITH CANCERS
EP1556501A4 (en) 2002-10-28 2009-04-08 Transform Pharmaceuticals Inc TRANSDERMALER ASSAY WITH MAGNETIC TERMINAL
US20100210027A9 (en) * 2002-11-04 2010-08-19 Hongming Chen Method for determining effect of preformulation forms on their dissolution rates
US7597936B2 (en) * 2002-11-26 2009-10-06 University Of Utah Research Foundation Method of producing a pigmented composite microporous material
AU2003293748A1 (en) * 2002-12-04 2004-06-23 Pamgene Bv Method for hybridisation of immobilized genomic dna
US20060094108A1 (en) * 2002-12-20 2006-05-04 Karl Yoder Thermal cycler for microfluidic array assays
AU2003302264A1 (en) 2002-12-20 2004-09-09 Biotrove, Inc. Assay apparatus and method using microfluidic arrays
US20040129676A1 (en) * 2003-01-07 2004-07-08 Tan Roy H. Apparatus for transfer of an array of liquids and methods for manufacturing same
US20050003521A1 (en) * 2003-03-11 2005-01-06 O'connor David Addressable microarray device, methods of making, and uses thereof
US7501279B2 (en) * 2003-04-03 2009-03-10 University Of Washington Microwell arrays with nanoholes
JP2006523444A (ja) 2003-04-14 2006-10-19 ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト 骨芽細胞分化に関連する遺伝子発現
WO2004095034A1 (en) * 2003-04-23 2004-11-04 Nagaoka & Co., Ltd. Optical bio-discs including spiral fluidic circuits for performing assays
CA2523749A1 (en) * 2003-04-25 2004-11-11 Jsr Corporation Biochip and biochip kit, and production process and use thereof
US20050064452A1 (en) * 2003-04-25 2005-03-24 Schmid Matthew J. System and method for the detection of analytes
US9317922B2 (en) 2003-05-16 2016-04-19 Board Of Regents The University Of Texas System Image and part recognition technology
US7651850B2 (en) * 2003-05-16 2010-01-26 Board Of Regents, The University Of Texas System Image and part recognition technology
EP1639081A4 (en) 2003-06-06 2007-11-07 Arborgen Llc COMPOSITIONS AND METHODS FOR REGULATING POLYSACCHARIDES OF A PLANT CELL
US7507875B2 (en) 2003-06-06 2009-03-24 Arborgen, Llc Transcription factors
US20040248323A1 (en) 2003-06-09 2004-12-09 Protometrix, Inc. Methods for conducting assays for enzyme activity on protein microarrays
WO2004113871A2 (en) * 2003-06-19 2004-12-29 Nagaoka & Co., Ltd. Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto
US7390464B2 (en) * 2003-06-19 2008-06-24 Burstein Technologies, Inc. Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto
US20070166721A1 (en) * 2003-06-27 2007-07-19 Phan Brigitte C Fluidic circuits, methods and apparatus for use of whole blood samples in colorimetric assays
US20070274863A1 (en) * 2003-07-25 2007-11-29 Horacio Kido Fluidic circuits for sample preparation including bio-discs and methods relating thereto
US20050055014A1 (en) * 2003-08-04 2005-03-10 Coppeta Jonathan R. Methods for accelerated release of material from a reservoir device
US20060286555A1 (en) * 2003-08-21 2006-12-21 Van Beuningen Marinus G J Microarray support for bioprobe synthesis
US7407630B2 (en) 2003-09-19 2008-08-05 Applera Corporation High density plate filler
US7695688B2 (en) * 2003-09-19 2010-04-13 Applied Biosystems, Llc High density plate filler
US9492820B2 (en) 2003-09-19 2016-11-15 Applied Biosystems, Llc High density plate filler
US8277760B2 (en) 2003-09-19 2012-10-02 Applied Biosystems, Llc High density plate filler
US7998435B2 (en) 2003-09-19 2011-08-16 Life Technologies Corporation High density plate filler
US20050069949A1 (en) * 2003-09-30 2005-03-31 International Business Machines Corporation Microfabricated Fluidic Structures
US20050069462A1 (en) * 2003-09-30 2005-03-31 International Business Machines Corporation Microfluidics Packaging
US7851203B2 (en) * 2003-10-01 2010-12-14 Lawrence Livermore National Security, Llc Functionalized apertures for the detection of chemical and biological materials
US20050119640A1 (en) * 2003-10-03 2005-06-02 The Regents Of The University Of California Surgical instrument for adhering to tissues
US7175723B2 (en) * 2003-10-03 2007-02-13 The Regents Of The University Of California Structure having nano-fibers on annular curved surface, method of making same and method of using same to adhere to a surface
DE10348541A1 (de) * 2003-10-20 2005-05-19 Infineon Technologies Ag Poröses Substrat auf Silicium-Basis, ein Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung
ATE482650T1 (de) 2003-11-03 2010-10-15 Microchips Inc Medizinprodukt zum messen von glucose
US20060019264A1 (en) * 2003-12-01 2006-01-26 Said Attiya Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US20060088857A1 (en) * 2003-12-01 2006-04-27 Said Attiya Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
WO2005059551A2 (en) 2003-12-11 2005-06-30 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and system for the analysis of saliva using a sensor array
EP1548444A1 (en) * 2003-12-23 2005-06-29 Paul Scherrer Institut An assay chip, and uses of said assay chip to determine molecular structures and functions
AR047574A1 (es) 2003-12-30 2006-01-25 Arborgen Llc 2 Genesis Res 1 Genes del ciclo celular y metodos de uso relacionados
WO2005068137A1 (en) * 2004-01-05 2005-07-28 Lewis & Clark College Self-cleaning adhesive structure and methods
EP1718411B1 (en) * 2004-02-11 2010-04-07 PamGene B.V. A device for analysing an interaction between target and probe molecules
ATE448018T1 (de) * 2004-02-18 2009-11-15 Hitachi Chemical Co Ltd Mikrofluidische einheit mit hohlfaser-kanal
US20060257941A1 (en) * 2004-02-27 2006-11-16 Mcdevitt John T Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing particle and membrane sensor elements
US8101431B2 (en) 2004-02-27 2012-01-24 Board Of Regents, The University Of Texas System Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements and reagent delivery systems
US20060257854A1 (en) * 2004-02-27 2006-11-16 Mcdevitt John T Membrane assay system including preloaded particles
US7781226B2 (en) * 2004-02-27 2010-08-24 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Particle on membrane assay system
US20060257991A1 (en) * 2004-02-27 2006-11-16 Mcdevitt John T Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing particle-based sensor elements and membrane-based sensor elements
US8105849B2 (en) 2004-02-27 2012-01-31 Board Of Regents, The University Of Texas System Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements
US7279337B2 (en) * 2004-03-10 2007-10-09 Agilent Technologies, Inc. Method and apparatus for sequencing polymers through tunneling conductance variation detection
EP1735097B1 (en) 2004-03-12 2016-11-30 Life Technologies Corporation Nanoliter array loading
WO2005098031A1 (en) * 2004-04-06 2005-10-20 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Liquid-based hybridization assay
EP1738173B1 (en) * 2004-04-21 2008-06-18 PamGene B.V. Masked solid supports
DE102004021351A1 (de) * 2004-04-23 2005-11-17 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Funktionalisierter poröser Träger für Mikroarrays
PT1773978E (pt) * 2004-05-19 2014-05-29 Massachusetts Inst Technology Modelo de doença com células/tecidos tri-dimensionais perfundidos
US20050287523A1 (en) * 2004-06-01 2005-12-29 The Regents Of The University Of California Functionalized platform for individual molecule or cell characterization
US20060024713A1 (en) * 2004-06-30 2006-02-02 Butler John H Synthesis of oligomers in arrays
ATE359496T1 (de) * 2004-07-02 2007-05-15 Vivactis Nv Messung der wärme erzeugt durch einen chemischen oder biologischen prozess.
US7537590B2 (en) 2004-07-30 2009-05-26 Microchips, Inc. Multi-reservoir device for transdermal drug delivery and sensing
US20060105453A1 (en) 2004-09-09 2006-05-18 Brenan Colin J Coating process for microfluidic sample arrays
US7854899B2 (en) * 2004-08-26 2010-12-21 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Health And Human Services Template methods and devices for preparing sample arrays
JP5107041B2 (ja) * 2004-09-01 2012-12-26 マイクロチップス・インコーポレーテッド レザバ内容物の制御された放出または曝露のための、マルチキャップレザバデバイス
US7799906B1 (en) 2004-09-22 2010-09-21 Arborgen, Llc Compositions and methods for modulating lignin of a plant
WO2006037527A1 (en) * 2004-09-30 2006-04-13 Pamgene Bv Masked solid porous supports allowing fast and easy reagent exchange to accelerate electrode-based microarrays
JP2008517278A (ja) * 2004-10-15 2008-05-22 シグナル ファーマシューティカルズ，エルエルシー ｐ２７のユビキチン化アッセイ及びその使用方法
US7914912B2 (en) * 2004-11-10 2011-03-29 The Regents Of The University Of California Actively switchable nano-structured adhesive
US7413846B2 (en) * 2004-11-15 2008-08-19 Microchips, Inc. Fabrication methods and structures for micro-reservoir devices
US7799423B2 (en) * 2004-11-19 2010-09-21 The Regents Of The University Of California Nanostructured friction enhancement using fabricated microstructure
WO2006062745A2 (en) * 2004-11-23 2006-06-15 454 Life Sciences Corporation Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
WO2006059649A1 (ja) * 2004-11-30 2006-06-08 Hitachi Chemical Co., Ltd. 分析前処理用部品
EP1832339A1 (en) * 2004-12-09 2007-09-12 Hitachi Chemical Co., Ltd. Support unit for micro fluid system and process for producing the same
US20060134387A1 (en) * 2004-12-20 2006-06-22 William Gottermeier Multilayer article formed by adhesive ablation
US20060141486A1 (en) * 2004-12-29 2006-06-29 Coonan Everett W Porous substrates and arrays comprising the same
AU2006208131A1 (en) * 2005-01-25 2006-08-03 Microchips, Inc. Control of drug release by transient modification of local microenvironments
US20080076975A1 (en) * 2005-01-25 2008-03-27 Microchips, Inc. Method and implantable device with reservoir array for pre-clinical in vivo testing
US20070023643A1 (en) 2005-02-01 2007-02-01 Nolte David D Differentially encoded biological analyzer planar array apparatus and methods
US7405831B2 (en) 2005-02-01 2008-07-29 Purdue Research Foundation Laser scanning interferometric surface metrology
US7910356B2 (en) 2005-02-01 2011-03-22 Purdue Research Foundation Multiplexed biological analyzer planar array apparatus and methods
US20090203547A1 (en) * 2005-02-18 2009-08-13 Albert Banes Gene and Cognate Protein Profiles and Methods to Determine Connective Tissue Markers in Normal and Pathologic Conditions
EP1693337A1 (de) * 2005-02-18 2006-08-23 Infineon Technologies AG Makroporöser Träger für chemische Amplifikationsreaktionen
US7476982B2 (en) * 2005-02-28 2009-01-13 Regents Of The University Of California Fabricated adhesive microstructures for making an electrical connection
US20070196820A1 (en) 2005-04-05 2007-08-23 Ravi Kapur Devices and methods for enrichment and alteration of cells and other particles
US20060246576A1 (en) 2005-04-06 2006-11-02 Affymetrix, Inc. Fluidic system and method for processing biological microarrays in personal instrumentation
WO2006112709A2 (en) * 2005-04-18 2006-10-26 Dsm Ip Assets B.V. Biochip and process for the production of a biochip
WO2007053186A2 (en) 2005-05-31 2007-05-10 Labnow, Inc. Methods and compositions related to determination and use of white blood cell counts
WO2006132324A1 (ja) * 2005-06-10 2006-12-14 Olympus Corporation 反応容器およびそれを用いる反応装置
US8921102B2 (en) 2005-07-29 2014-12-30 Gpb Scientific, Llc Devices and methods for enrichment and alteration of circulating tumor cells and other particles
US9404882B2 (en) 2005-08-11 2016-08-02 New Mexico Tech Research Foundation Method of producing a multi-microchannel, flow-through element and device using same
US20070034298A1 (en) * 2005-08-11 2007-02-15 New Mexico Technical Research Foundation Method of producing a multi-microchannel, flow-through element and device using same
EP1928570B1 (en) 2005-08-22 2015-04-15 Life Technologies Corporation Apparatus, system, and method using immiscible-fluid-discrete-volumes
EP1934582A1 (en) * 2005-10-03 2008-06-25 Koninklijke Philips Electronics N.V. Biosensors with improved sensitivity
WO2007042972A2 (en) * 2005-10-07 2007-04-19 Koninklijke Philips Electronics N.V. Method and apparatus for printing a pattern of different reagent fluids on a porous substrate while applying a pressure drop and porous substrate printed with distinct dots having an enhanced depth of penetration
US20070202515A1 (en) * 2005-10-12 2007-08-30 Pathologica, Llc. Promac signature application
US7825037B2 (en) * 2005-10-17 2010-11-02 Stc.Unm Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles
US9156004B2 (en) 2005-10-17 2015-10-13 Stc.Unm Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles
US10060904B1 (en) 2005-10-17 2018-08-28 Stc.Unm Fabrication of enclosed nanochannels using silica nanoparticles
US8075852B2 (en) 2005-11-02 2011-12-13 Affymetrix, Inc. System and method for bubble removal
US8007267B2 (en) 2005-11-02 2011-08-30 Affymetrix, Inc. System and method for making lab card by embossing
US7709087B2 (en) * 2005-11-18 2010-05-04 The Regents Of The University Of California Compliant base to increase contact for micro- or nano-fibers
US7317257B2 (en) * 2005-12-14 2008-01-08 Intel Corporation Inhibiting underfill flow using nanoparticles
EP1845374A1 (en) 2006-04-14 2007-10-17 Koninklijke Philips Electronics N.V. Form inhibitor membrane for a flow-through cell
US8372584B2 (en) 2006-06-14 2013-02-12 The General Hospital Corporation Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags
US20080050739A1 (en) 2006-06-14 2008-02-28 Roland Stoughton Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats
DE102006033875A1 (de) * 2006-07-21 2008-01-31 Siemens Ag Analysesystem basierend auf porösem Material für hochparallele Einzelzelldetektion
WO2008024885A2 (en) * 2006-08-23 2008-02-28 The Regents Of The University Of California Symmetric, spatular attachments for enhanced adhesion of micro-and nano-fibers
WO2008028044A2 (en) * 2006-08-30 2008-03-06 Centocor, Inc. Markers and methods for assessing and treating ulcerative colitis and related disorders using 66 gene panel
US7522282B2 (en) 2006-11-30 2009-04-21 Purdue Research Foundation Molecular interferometric imaging process and apparatus
WO2008085991A2 (en) 2007-01-08 2008-07-17 U.S. Genomics, Inc. Reaction chamber
WO2008089495A2 (en) * 2007-01-19 2008-07-24 Purdue Research Foundation System with extended range of molecular sensing through integrated multi-modal data acquisition
US9152150B1 (en) 2007-02-22 2015-10-06 Applied Biosystems, Llc Compositions, systems, and methods for immiscible fluid discrete volume manipulation
US20080227664A1 (en) * 2007-03-16 2008-09-18 Canon Kabushiki Kaisha Cell array structural body and cell array
CA2681722A1 (en) 2007-03-26 2008-10-02 Purdue Research Foundation Method and apparatus for conjugate quadrature interferometric detection of an immunoassay
AU2008232616B2 (en) * 2007-03-28 2014-08-07 Bionano Genomics, Inc. Methods of macromolecular analysis using nanochannel arrays
WO2008134363A1 (en) * 2007-04-25 2008-11-06 The Regents Of The University Of Michigan Tunable elastomeric nanochannels for nanofluidic manipulation
WO2008154416A2 (en) * 2007-06-07 2008-12-18 Microchips, Inc. Electrochemical biosensors and arrays
WO2009039122A2 (en) 2007-09-17 2009-03-26 Sequenom, Inc. Integrated robotic sample transfer device
US7811810B2 (en) * 2007-10-25 2010-10-12 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
US7767441B2 (en) * 2007-10-25 2010-08-03 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
US20110118125A1 (en) * 2008-05-03 2011-05-19 Tufts Medical Center, Inc. Neonatal salivary genomics
ES2581774T3 (es) * 2008-08-29 2016-09-07 Janssen Biotech, Inc. Marcadores y métodos de evaluación y tratamiento de colitis ulcerosa y trastornos relacionados mediante un panel de 20 genes
US8361716B2 (en) 2008-10-03 2013-01-29 Pathogenetix, Inc. Focusing chamber
US20120052066A1 (en) 2008-11-07 2012-03-01 Cesar Calderon Markers and methods for assessing and treating lupus patients susceptible to photoprovocation
US20110200995A1 (en) 2009-09-04 2011-08-18 Intelligent Medical Devices, Inc. Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, screening, isolation and sequencing of vancomycin resistance genes and vancomycin resistant enterococci
EP2491141A2 (en) 2009-10-19 2012-08-29 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut Differentiation between brca2-associated tumours and sporadic tumours via array comparative genomic hybridization
WO2011048495A1 (en) 2009-10-19 2011-04-28 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut Predicting benefit of anti-cancer therapy via array comparative genomic hybridization
WO2011048499A1 (en) 2009-10-19 2011-04-28 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut Predicting response to anti-cancer therapy via array comparative genomic hybridization
US8786852B2 (en) 2009-12-02 2014-07-22 Lawrence Livermore National Security, Llc Nanoscale array structures suitable for surface enhanced raman scattering and methods related thereto
WO2011082106A1 (en) 2009-12-29 2011-07-07 Hill's Pet Nutrition, Inc. Compositions including ginger for the amelioration or prevention of inflammatory conditions
WO2012011262A1 (ja) * 2010-07-22 2012-01-26 株式会社エンプラス 分析用具及びマイクロ分析システム
EP2619326A2 (en) 2010-09-20 2013-07-31 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut Methods for predicting response to anti-cancer therapy in cancer patients
US9387476B2 (en) 2010-10-27 2016-07-12 Illumina, Inc. Flow cells for biological or chemical analysis
WO2012138470A2 (en) 2011-04-04 2012-10-11 Intelligent Medical Devices, Inc. Optimized oligonucleotides and methods of using same for the detection, isolation, amplification, quantitation, monitoring, screening, and sequencing of group b streptococcus
US9395304B2 (en) 2012-03-01 2016-07-19 Lawrence Livermore National Security, Llc Nanoscale structures on optical fiber for surface enhanced Raman scattering and methods related thereto
US8906320B1 (en) 2012-04-16 2014-12-09 Illumina, Inc. Biosensors for biological or chemical analysis and systems and methods for same
US9028776B2 (en) 2012-04-18 2015-05-12 Toxic Report Llc Device for stretching a polymer in a fluid sample
US8685708B2 (en) 2012-04-18 2014-04-01 Pathogenetix, Inc. Device for preparing a sample
EP2895269A1 (en) * 2012-09-11 2015-07-22 Centre Hospitalier Universitaire Vaudois Conical multi-well filter plate
WO2014066749A2 (en) 2012-10-25 2014-05-01 Intelligent Medical Devices, Inc. Optimized probes and primers and methods of using same for the binding, detection, differentiation, isolation and sequencing of influenza a; influenza b and respiratory syncytial virus
WO2014137906A1 (en) 2013-03-05 2014-09-12 Intelligent Medical Devices, Inc. Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, screening, isolation and sequencing of mrsa, mssa, staphylococcus markers, and the antibiotic resistance gene mec a
US10143074B2 (en) 2013-08-01 2018-11-27 Gigaphoton Inc. Filter and target supply apparatus
KR102291045B1 (ko) 2013-08-05 2021-08-19 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 드 노보 합성된 유전자 라이브러리
JP6672149B2 (ja) 2013-12-10 2020-03-25 イラミーナ インコーポレーテッド 生物学的または化学的な分析のためのバイオセンサおよびその製造方法
WO2015087454A1 (ja) 2013-12-13 2015-06-18 ギガフォトン株式会社 ターゲット供給装置
WO2015173652A1 (en) * 2014-05-14 2015-11-19 Mark Davies Method for testing compounds on living cells
GB201414451D0 (en) * 2014-08-14 2014-10-01 Oxford Gene Technology Operations Ltd Hybridisation column for nucleic acid enrichment
CA2975852A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly
CA2975855A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Compositions and methods for synthetic gene assembly
US10330218B2 (en) * 2015-02-09 2019-06-25 President And Fellows Of Harvard College Fluid-based gating mechanism with tunable multiphase selectivity and antifouling behavior
WO2016172377A1 (en) 2015-04-21 2016-10-27 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis
KR20180050411A (ko) 2015-09-18 2018-05-14 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성
CN113604546A (zh) 2015-09-22 2021-11-05 特韦斯特生物科学公司 用于核酸合成的柔性基底
US9700891B2 (en) * 2015-11-13 2017-07-11 International Business Machines Corporation Integrated nanofluidic arrays for high capacity colloid separation
WO2017095958A1 (en) 2015-12-01 2017-06-08 Twist Bioscience Corporation Functionalized surfaces and preparation thereof
WO2018038772A1 (en) 2016-08-22 2018-03-01 Twist Bioscience Corporation De novo synthesized nucleic acid libraries
KR102217487B1 (ko) 2016-09-21 2021-02-23 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 핵산 기반 데이터 저장
AU2017375631B2 (en) 2016-12-12 2023-06-15 xCella Biosciences, Inc. Methods and systems for screening using microcapillary arrays
US11085039B2 (en) 2016-12-12 2021-08-10 xCella Biosciences, Inc. Methods and systems for screening using microcapillary arrays
EA201991262A1 (ru) 2016-12-16 2020-04-07 Твист Байосайенс Корпорейшн Библиотеки вариантов иммунологического синапса и их синтез
WO2018125832A1 (en) 2016-12-30 2018-07-05 xCella Biosciences, Inc. Multi-stage sample recovery system
CA3054303A1 (en) 2017-02-22 2018-08-30 Twist Bioscience Corporation Nucleic acid based data storage
CA3056388A1 (en) 2017-03-15 2018-09-20 Twist Bioscience Corporation Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof
US20200173966A1 (en) * 2017-06-01 2020-06-04 Nanomedical Systems, Inc. Devices and methods for enriching peptides during bioanalytical sample preparation
WO2018231864A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
KR20240013290A (ko) 2017-06-12 2024-01-30 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 심리스 핵산 어셈블리를 위한 방법
GB2581620A (en) 2017-09-11 2020-08-26 Twist Bioscience Corp GPCR binding proteins and synthesis thereof
CN111565834B (zh) 2017-10-20 2022-08-26 特韦斯特生物科学公司 用于多核苷酸合成的加热的纳米孔
JP6849829B2 (ja) 2017-12-26 2021-03-31 イラミーナ インコーポレーテッド センサシステム
EP3735459A4 (en) 2018-01-04 2021-10-06 Twist Bioscience Corporation DNA-BASED DIGITAL INFORMATION STORAGE
CA3100739A1 (en) 2018-05-18 2019-11-21 Twist Bioscience Corporation Polynucleotides, reagents, and methods for nucleic acid hybridization
EP3930753A4 (en) 2019-02-26 2023-03-29 Twist Bioscience Corporation NUCLEIC ACID VARIANT BANKS FOR THE GLP1 RECEPTOR
KR20210144698A (ko) 2019-02-26 2021-11-30 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 항체 최적화를 위한 변이 핵산 라이브러리
CN114729342A (zh) 2019-06-21 2022-07-08 特韦斯特生物科学公司 基于条形码的核酸序列装配

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4888414A (en) * 1987-04-09 1989-12-19 Board Of Regents, University Of Texas System Insulin-binding peptides and uses thereof
DE3801987A1 (de) * 1988-01-23 1989-07-27 Boehringer Mannheim Gmbh Traeger zur chemischen oder/und enzymatischen umsetzung von nukleinsaeuren oder nukleinsaeurefragmenten an festphasen
GB8810400D0 (en) * 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
EP0347579B1 (de) * 1988-06-01 1994-03-30 Daimler-Benz Aerospace Aktiengesellschaft Vorrichtung mit Träger besonderer Struktur zur Aufnahme, Untersuchung und Behandlung von Proben
US5077210A (en) * 1989-01-13 1991-12-31 Eigler Frances S Immobilization of active agents on substrates with a silane and heterobifunctional crosslinking agent
US5143854A (en) * 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5244815A (en) * 1990-01-19 1993-09-14 Lamina Ltd. Fingerprint test pad and method for fingerprinting using particle based immunoassay
US5231035A (en) * 1991-01-11 1993-07-27 Akers Research Corporation Latex agglutination assay
CA2038776A1 (en) * 1991-03-21 1992-09-22 Kevin Kearns Assay using an absorbent material
US5188733A (en) * 1992-02-26 1993-02-23 Trustees Of Boston University Apparatus and process for effecting sequential peptide syntheses
US5234594A (en) * 1992-06-12 1993-08-10 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Nanochannel filter
EP0706646B1 (de) * 1993-07-02 1998-03-25 Institut Für Molekulare Biologie E.V. Probenträger und seine verwendung
US5585968A (en) * 1993-12-01 1996-12-17 International Business Machines Corporation Optical elements having regions of different indices of refraction and method of fabricating the same
US5763263A (en) * 1995-11-27 1998-06-09 Dehlinger; Peter J. Method and apparatus for producing position addressable combinatorial libraries

Cited By (32)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6855293B1 (en) 1999-03-23 2005-02-15 Hahn-Schickard-Gesellschaft Fuer Angewandte Forschung E.V. Fluids manipulation device with format conversion
JP2002540386A (ja) * 1999-03-23 2002-11-26 ハーン−シッカート−ゲゼルシャフト フュア アンゲヴァンテ フォルシュンク エー ファウ フォーマット変換機能を有する流体制御装置
WO2001029561A1 (fr) * 1999-10-22 2001-04-26 Ngk Insulators, Ltd. Biopuce
JP2001343385A (ja) * 2000-06-02 2001-12-14 Teruhisa Shibahara プローブアレイ用固相基材、およびプローブアレイ
JP4644914B2 (ja) * 2000-06-02 2011-03-09 株式会社村田製作所 プローブアレイ用固相基材、およびプローブアレイ
JP2002350350A (ja) * 2001-03-21 2002-12-04 Olympus Optical Co Ltd 生化学的検査方法
JP2005233974A (ja) * 2001-03-21 2005-09-02 Olympus Corp 生化学的検査方法
US7027932B2 (en) 2001-03-21 2006-04-11 Olympus Optical Co., Ltd. Biochemical examination method
WO2003027673A1 (fr) * 2001-07-31 2003-04-03 Olympus Corporation Appareil d'inspection genique et procede d'extraction d'acide nucleique cible faisant appel a cet appareil
US7527720B2 (en) 2001-09-28 2009-05-05 Mitsubishi Rayon Co., Ltd. Device for electrophoresis, electrophoresis equipment, electrophoretic method, and specimen detection method
WO2003029820A1 (fr) * 2001-09-28 2003-04-10 Mitsubishi Rayon Co., Ltd. Appareil d'electrophorese, systeme electrophoretique, procede electrophoretique et procede de detection d'echantillon
WO2003031972A1 (fr) * 2001-10-05 2003-04-17 Bml, Inc. Plaque de detection
JP2003227841A (ja) * 2002-02-01 2003-08-15 Fuji Photo Film Co Ltd リセプター・リガンド会合反応方法
JP2005528102A (ja) * 2002-06-03 2005-09-22 パムジーン ビー．ブイ． 多用途の生存マイクロアレイを用いる、細胞に基づく高処理量アッセイのための方法
JP2010142233A (ja) * 2003-01-29 2010-07-01 ４５４ コーポレーション 核酸を増幅および配列決定する方法
JP2012231799A (ja) * 2003-01-29 2012-11-29 ４５４ ライフ サイエンシズ コーポレーション 核酸を増幅および配列決定する方法
JP2006516743A (ja) * 2003-02-05 2006-07-06 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション Ｈｉｖ診断関連用途のためのマイクロチップをベースとしたシステム
JP2007505326A (ja) * 2003-05-22 2007-03-08 バイオセンター ５ リミテッド アッセイ方法及び装置
WO2004104584A1 (ja) * 2003-05-26 2004-12-02 Olympus Corporation 生体関連物質の検査方法と、そのための流体移送装置と流体移送方法
WO2005040797A1 (ja) * 2003-10-27 2005-05-06 Sony Corporation 給電用配線が延設されたバイオアッセイ用基板
JP2006102720A (ja) * 2004-10-08 2006-04-20 Jsr Corp バイオセパレーション用フィルターおよびそれを用いたバイオセパレーション用キット
JP4653995B2 (ja) * 2004-10-08 2011-03-16 Ｊｓｒ株式会社 バイオセパレーション用フィルターの製造方法並びにバイオセパレーション用フィルターおよびそれを用いたバイオセパレーション用キット
JP4637545B2 (ja) * 2004-11-01 2011-02-23 一般社団法人オンチップ・セロミクス・コンソーシアム Ｄｎａチップおよびｄｎａハイブリダイゼーション法
JP2006126112A (ja) * 2004-11-01 2006-05-18 Onchip Cellomics Consortium Ｄｎａチップおよびｄｎａハイブリダイゼーション法
JP2006292367A (ja) * 2005-04-05 2006-10-26 Mitsubishi Rayon Co Ltd ｍｉＲＮＡ検出用マイクロアレイ
JP4705000B2 (ja) * 2005-11-03 2011-06-22 ミリポア・コーポレイション 免疫学的検定のための製品およびプロセス
JP2007127634A (ja) * 2005-11-03 2007-05-24 Millipore Corp 免疫学的検定のための製品およびプロセス
JP2009528037A (ja) * 2006-03-01 2009-08-06 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 核酸増幅用基材
JP2019164140A (ja) * 2015-04-09 2019-09-26 アングル ヨーロッパ リミテッド ディスポーザブルバイオアッセイカートリッジ、複数のアッセイステップを実施しカートリッジ内の流体を搬送する方法
WO2018061733A1 (ja) * 2016-09-28 2018-04-05 富士フイルム株式会社 検査方法および検査チップ
WO2019147071A1 (ko) * 2018-01-26 2019-08-01 (주)메타포어 매트릭스 구조를 가진 멤브레인 구조체 및 이를 이용한 생체분자 필터
WO2019194400A1 (ko) * 2018-04-05 2019-10-10 (주)메타포어 생체분자 분리용 멤브레인 구조체

Also Published As

Publication number Publication date
DE69435196D1 (de) 2009-04-23
AU1043595A (en) 1995-05-22
AU700315B2 (en) 1998-12-24
JP3488465B2 (ja) 2004-01-19
PT725682E (pt) 2002-09-30
DK0725682T3 (da) 2002-07-15
EP0725682B1 (en) 2002-03-20
ATE214633T1 (de) 2002-04-15
ATE424927T1 (de) 2009-03-15
EP1157743A1 (en) 2001-11-28
EP1157743B1 (en) 2009-03-11
WO1995011755A1 (en) 1995-05-04
ES2176308T3 (es) 2002-12-01
DE69430207T2 (de) 2002-09-19
ES2325393T3 (es) 2009-09-03
EP0725682A1 (en) 1996-08-14
CA2174140A1 (en) 1995-05-04
DK1157743T3 (da) 2009-07-06
DE69430207D1 (de) 2002-04-25
US5843767A (en) 1998-12-01
CA2174140C (en) 2004-04-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JPH09504864A (ja) 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置
US6893816B1 (en) Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions
US20050170342A1 (en) Flowthrough device for multiple discrete binding reactions
Beattie et al. Advances in genosensor research
US20110008775A1 (en) Sequencing of nucleic acids
US20100256017A1 (en) Supramolecular nanostamping printing device
US20030087232A1 (en) Methods for screening polypeptides
Heise et al. Immobilization of DNA on microarrays
JP2001509027A (ja) 核酸種を検出または定量するための方法および組成物
O'Donnell-Maloney et al. Microfabrication and array technologies for DNA sequencing and diagnostics
WO1997007245A1 (en) Methods and devices for parallel multiplex polynucleotide sequencing
CN103429754A (zh) 天然延伸平行测序
EP1721667B1 (en) Device for printing biomolecules on substrate using electrohydrodynamic effect
JP2002122610A (ja) Ｄｎａ分析用マイクロアレイの製造方法
WO2000039344A2 (en) Assay device comprising mixed probes
KR20010036009A (ko) Ｄｎａ 칩 제조방법
US20030138789A1 (en) Dynamic determination of analytes
Zhou et al. DNA microarray technology
EP1399588B1 (en) Method and sequences for determinate nucleic acid hybridization
Hoheisel et al. Improving DNA-Chip Technology: Chemical Aspects
US20050164293A1 (en) Dynamic determination of analytes
Nguyen et al. DNA Microarray Applications
SELAMAT Fabrication of polyacrylamide micro-pillars and its application in microarray analysis
JP2001188067A (ja) Ｄｎａチップの製造方法

Legal Events

Date Code Title Description
R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20081031

Year of fee payment: 5

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20091031

Year of fee payment: 6

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20101031

Year of fee payment: 7

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20111031

Year of fee payment: 8

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20111031

Year of fee payment: 8

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121031

Year of fee payment: 9

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131031

Year of fee payment: 10

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

EXPY Cancellation because of completion of term