RU2007118545A - Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации, набор реагентов для осуществления способа, гибридизационный зонд (варианты), набор олигонуклеотидов с зондом и способ последовательной амплификации-пиросеквенирования - Google Patents

Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации, набор реагентов для осуществления способа, гибридизационный зонд (варианты), набор олигонуклеотидов с зондом и способ последовательной амплификации-пиросеквенирования Download PDF

Info

Publication number
RU2007118545A
RU2007118545A RU2007118545/13A RU2007118545A RU2007118545A RU 2007118545 A RU2007118545 A RU 2007118545A RU 2007118545/13 A RU2007118545/13 A RU 2007118545/13A RU 2007118545 A RU2007118545 A RU 2007118545A RU 2007118545 A RU2007118545 A RU 2007118545A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
probe
temperature
stranded
detection
fluorescence
Prior art date
Application number
RU2007118545/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2460804C2 (ru
Inventor
Кеннет ПИРС (US)
Кеннет ПИРС
Джон РАЙС (US)
Джон РАЙС
Артур РЕЙС (US)
Артур РЕЙС
АКИЛЕС Дж. САНЧЕС (US)
АКИЛЕС Дж. САНЧЕС
Джесс СОЛК (US)
Джесс СОЛК
Лоренс Дж. УОНГ (US)
Лоренс Дж. УОНГ
Original Assignee
Брандейс Юнивесити (Us)
Брандейс Юнивесити
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=36203686&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2007118545(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Брандейс Юнивесити (Us), Брандейс Юнивесити filed Critical Брандейс Юнивесити (Us)
Publication of RU2007118545A publication Critical patent/RU2007118545A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2460804C2 publication Critical patent/RU2460804C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Claims (24)

1. Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации процесса несимметричной амплификации нуклеиновых кислот, в котором образуются двухцепочечные и одноцепочечные ампликоны путем удлинения олигонуклеотидных праймеров ДНК-полимеразой и который включает по меньшей мере одну температуру отжига праймера, характеризующийся тем, что двухцепочечные ампликоны детектируют по методу гомогенной флуоресцентной детекции, а по меньшей мере один указанный одноцепочечный ампликон детектируют посредством метода специфичной для последовательностей гомогенной флуоресцентной детекции при температуре ниже по меньшей мере одной температуры отжига праймера, после чего расчитывают отношение флуоресценции указанного одноцепочечного продукта к флуоресценции указанных двухцепочечных ампликонов.
2. Способ по п.1, в котором реагенты для детекции добавляют в начале процесса амплификации нуклеиновых кислот.
3. Способ по п.1, в котором детекцию двухцепочечных ампликонов осуществляют посредством флуоресцентного красителя ДНК.
4. Способ по пп.1-3, в котором детекцию по меньшей мере одного указанного одноцепочечного ампликона осуществляют посредством меченого флуорофором гибридизационного зонда на этапе низкотемпературной детекции, но не при указанной по меньшей мере одной температуре отжига праймера.
5. Способ по п.4, в котором гибридизационный зонд для по меньшей мере одного указанного одноцепочечного ампликона представляет собой аллель-дискриминирующий погашенный двухцепочечный зонд.
6. Способ по п.5, в котором используют по меньшей мере два зонда для различных одноцепочечных ампликонов, помеченных одним и тем же флуорофором, но характеризующихся различными температурами плавления по отношению к своим мишеням, при этом указанный этап низкотемпературной детекции включает в себя детекцию эмиссии указанного флуорофора при температуре, при которой только один зонд связывается со своей мишенью и при температуре, когда по меньшей мере два зонда связываются со своими соответствующими мишенями.
7. Способ по п.3, в котором одноцепочечные ампликоны генерируют посредством удлинения праймера, помеченного флуорофором, который косвенно стимулируют эмиссией флуоресценции из указанного красителя, при этом в детекцию по меньшей мере одного указанного одноцепочечного ампликона включают стимуляцию красителя и регистрацию флуоресценции, испущенной указанным праймером.
8. Способ по п.3, в котором используют по меньшей мере один толерантный к несоответствиям гибридизационный зонд, который связывают с, по меньшей мере, двумя возможными одноцепочечными ампликонами с формированием гибридов, характеризующихся различными температурами плавления ниже температуры, используемой для отжига праймеров в указанной амплификации, и который помечают флуорофором, который косвенно стимулируют при эмиссии флуоресценции из указанного красителя, при этом детекцию одноцепочечного ампликона осуществляют в виде низкотемпературной детекции при нескольких температурах, определяемых указанными различными температурами плавления.
9. Способ по п.3, в котором указанный толерантный к несоответствиям гибридизационный зонд представляет собой линейный гибридизационный зонд, формирующий вторичную структуру, которая включает двухцепочечный участок длиной 1-4 нуклеотида, во время указанного этапа низкотемпературной детекции, где флуоресценция указанной вторичной структуры внутренне гасится.
10. Способ по п.8, где указанный толерантный к несоответствиям гибридизационный зонд представляет собой молекулярный сигнальный зонд.
11. Способ по п.8, в котором используют группу по-разному флуоресцентно меченых гибридизационных зондов, температура плавления каждого из которых по отношению к любой мишени меньше температуры отжига праймера, и которые совместно гибридизуют с большим количеством возможных последовательностей мишеней, причем по меньшей мере два зонда являются зондами, толерантными к несоответствиям, гибридизующимися с большим количеством различных мишеней при различных температурах, и содержащими флуорофоры, возбуждающиеся при эмиссии флуоресценции из указанного красителя, при этом детекцию одноцепочечных ампликонов осуществляют при стимуляции реакционной смеси при по меньшей мере трех температурах ниже указанной температуры отжига праймера светом, который возбуждает краситель, но не флуорофор указанных толерантных к несоответствиям зондов, и при детекции эмиссии из зондов.
12. Способ по п.1, в котором процесс амплификации является линейной после экспоненциальной амплификацией полимеразной цепной реакции (ЛПЭ-ПЦР)).
13. Способ по п.1, в котором указанная детекция представляет собой детекцию по методу конечной точки, осуществляемую после завершения процесса амплификации.
14. Набор реагентов для осуществления способа по п.4, содержащий по меньшей мере все праймеры и зонды, используемые в способе.
15. Набор по п.14, содержащий дополнительно все реагенты для амплификации.
16. Гибридизационный зонд двухцепочечный из нуклеиновых кислот для заранее выбранной мишени из нуклеиновых кислот, характеризующийся первым олигонуклеотидом, содержащим первую последовательность, идеально комплементарную указанной последовательности-мишени, рассчитанная температура плавления (Тm) которого по отношению к указанной мишени находится в интервале 30-55°С, вторым олигонуклеотидом, содержащим вторую последовательность, которая комплементарна указанной первой последовательности, но короче ее до 10 нуклеотидов, флуорофорной меткой, связанной с указанной первой последовательностью, которая возбуждается эмиссией флуорофора из флуоресцентного красителя ДНК, но не возбуждается при длине волны максимального поглощения указанного красителя, и нефлуоресцирующим красителем, связанным с указанной второй последовательностью.
17. Набор олигонуклеотидов, содержащий пару праймеров ЛПЭ-ПЦР для амплификации выбранной последовательности мишени, и зонд по п.16.
18. Гибридизационный зонд одноцепочечный, олигонуклеотидный, низкотемпературный и толерантный к несоответствиям, характеризующийся первой рассчитанной температурой плавления по отношению к идеально комплементарной последовательности, не превосходящей 60°С, предпочтительно не более 50°С, и включающий подобную шпильке структуру, содержащую ножку и петлю, при этом рассчитанная температура плавления ножки по меньшей мере на 10°С ниже первой температуры плавления, но не ниже 30°С, причем указанный зонд содержит флуорофор, способный поглощать энергию флуоресценции, испущенной флуоресцентным красителем ДНК, и средства гашения флуоресценции, происходящей в результате экспозиции указанного зонда указанному красителю и возбуждения красителя в отсутствие мишени для зонда.
19. Гибридизационный зонд линейный, олигонуклеотидный и низкотемпературный, характеризующийся толерантностью к несоответствиям при температуре в интервале от 30 до 60°С, формированием вторичной структуры в интервале температур от 30 до 50°С, при этом зонд является дважды меченым флуорофором, возбуждаемым эмиссией флуоресценции по меньшей мере из одного флуоресцентного красителя ДНК, но не возбуждаемым на длине волны, соответствующей возбуждению указанного красителя, и нефлуоресцентным гасителем, установленным с возможностью гашения флуоресценции, ассоциированной с указанной вторичной структурой, но не флуоресценции, связанной с гибридом зонд-мишень.
20. Зонд по п.19, в котором указанная вторичная структура представляет собой "ножку" (стебель), формируемую комплементарными терминальными нуклеотидами, причем Тm, ножки выше Тm любой другой вторичной структуры зонда, которая могла бы сформироваться в ее отсутствие.
21. Способ последовательной амплификации-пиросеквенирования, характеризующийся тем, что проводят амплификацию ДНК-субстрата в реакции ЛПЭ-ПЦР-амплификации с получением одноцепочечного продукта ДНК, удаляют пирофосфат и оставшиеся дНТФ, по мере необходимости добавляют олигонуклеотид, блокирующий избыточный праймер и, если пирофосфат и дНТФ не удалены, то вводят реагенты для пиросеквенирования перед добавлением праймера секвенирования, после этого добавляют праймер секвенирования и проводят пиросеквенирование.
22. Способ по п.21, в котором при удалении пирофосфата и оставшихся дНТФ вводят реагенты для пиросеквенирования, а при введении реагентов для пиросеквенирования производят обновление этих реагентов.
23. Способ по п.21, где для удаления пирофосфата в смесь вводят фермент с пирофосфатазной активностью.
24. Способ по п.21, в котором для удаления дНТФ в смесь вводят фермент с дНТФ-азной активностью.
RU2007118545/10A 2004-10-18 2005-10-17 Способ гомогенной детекции по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации RU2460804C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US61965404P 2004-10-18 2004-10-18
US60/619,654 2004-10-18

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2007118545A true RU2007118545A (ru) 2008-11-27
RU2460804C2 RU2460804C2 (ru) 2012-09-10

Family

ID=36203686

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007118545/10A RU2460804C2 (ru) 2004-10-18 2005-10-17 Способ гомогенной детекции по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации

Country Status (18)

Country Link
US (3) US7632642B2 (ru)
EP (3) EP2927238B1 (ru)
JP (2) JP5543065B2 (ru)
KR (3) KR101424812B1 (ru)
CN (1) CN101076607B (ru)
AT (1) ATE494295T1 (ru)
AU (1) AU2005295298B2 (ru)
BR (1) BRPI0517105B1 (ru)
CA (3) CA2996947C (ru)
DE (1) DE602005025791D1 (ru)
DK (1) DK1805199T3 (ru)
ES (3) ES2359322T3 (ru)
HK (1) HK1106251A1 (ru)
NO (1) NO20072506L (ru)
PL (1) PL1805199T3 (ru)
PT (1) PT1805199E (ru)
RU (1) RU2460804C2 (ru)
WO (1) WO2006044994A2 (ru)

Families Citing this family (77)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2359322T3 (es) 2004-10-18 2011-05-20 Brandeis University Procedimiento para la amplificación de ácidos nucleicos.
CN100487432C (zh) * 2006-06-22 2009-05-13 上海交通大学 采用分子信标对核酸信号进行恒温放大与检测的方法
CN101802224A (zh) 2007-07-12 2010-08-11 史密斯探测公司 光纤检测系统
US8592182B2 (en) 2007-10-23 2013-11-26 Stratos Genomics Inc. High throughput nucleic acid sequencing by spacing
US8538733B2 (en) * 2008-01-25 2013-09-17 Life Technologies Corporation Methods for the analysis of dissociation melt curve data
US20100129796A1 (en) * 2008-11-24 2010-05-27 Micah Halpern Dye probe fluorescence resonance energy transfer genotyping
WO2010076189A1 (en) * 2008-12-30 2010-07-08 Stmicroelectronics S.R.L. Method, microreactor and apparatus for carrying out real-time nucleic acid amplification
FR2940805B1 (fr) * 2009-01-05 2015-10-16 Biomerieux Sa Procede d'amplification et/ou de detection d'acides nucleiques, kits et utilisations de ce procede
JP5423006B2 (ja) * 2009-01-20 2014-02-19 ソニー株式会社 プライマー評価方法、プライマー評価プログラム及びリアルタイムｐｃｒ装置
US8039215B2 (en) * 2009-03-10 2011-10-18 Roche Molecular Systems, Inc. Multiplex quantitative nucleic acid amplification and melting assay
AU2010224100B2 (en) * 2009-03-12 2015-10-22 Brandeis University Reagents and methods for PCR
US8674080B2 (en) * 2009-04-09 2014-03-18 Roche Molecular Systems, Inc. Dye composition for liquid transfer control
FI20095514A0 (fi) * 2009-05-07 2009-05-07 Expression Analytics Oy Menetelmä, laitteisto ja tietokoneohjelmatuote PCR-tuotteiden kvantifioimiseksi
DE102009026651A1 (de) * 2009-06-02 2011-02-17 Großmann, Kay, Dr. rer. nat. (Chemie) Verfahren und Messvorrichtung zur qualitativen und quantitativen Analyse von Körperflüssigkeiten
AR077841A1 (es) 2009-08-11 2011-09-28 Univ Brandeis Metodos kits y composiciones de deteccion de acido nucleico a multiples temperaturas, con sonda unica
AR077840A1 (es) * 2009-08-11 2011-09-28 Univ Brandeis Ensayos de deteccion e identificacion de especies y tipos de staphylococcus
US8853373B2 (en) * 2009-08-14 2014-10-07 Hitachi, Ltd. Method and reagent for gene sequence analysis
EP2980224B1 (en) 2009-10-21 2019-07-03 Brandeis University Kits for analyzing single-stranded nucleic acid sequences
CA2778249C (en) * 2009-11-03 2018-12-04 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Quantitative nuclease protection sequencing (qnps)
EP2569447A4 (en) * 2010-05-14 2013-11-27 Fluidigm Corp ANALYZES FOR DETECTION OF GENOTYPE, MUTATIONS, AND / OR ANEUPLOIDIE
IT1405994B1 (it) * 2010-06-22 2014-02-06 Euroclone Spa Metodo ad elevata sensibilita' per rilevare un acido nucleico target in un campione
WO2012024642A1 (en) * 2010-08-20 2012-02-23 Life Technologies Corporation Quantitative real-time pcr assay using fret dual-labeled primers
US9850529B2 (en) 2010-09-08 2017-12-26 Brandeis University Compositions and methods for nucleic acid based diagnostic assays for variable sequence targets
WO2012040387A1 (en) 2010-09-24 2012-03-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
US20130295570A1 (en) * 2010-10-07 2013-11-07 Brandeis University Compositions and methods for nucleic acid based diagnostic assays
GB201017978D0 (en) * 2010-10-25 2010-12-08 Oxitec Ltd Multiplex amplification and detection
WO2012064978A2 (en) 2010-11-10 2012-05-18 Brandeis University Compositions, methods, and kits for detecting and identifying mycobacteria
EP2646575B1 (en) 2010-12-03 2017-05-31 Brandeis University Detecting mutations in dna
US20140004504A1 (en) * 2010-12-10 2014-01-02 Brandeis University Compositions and methods for the detection and analysis of african swine fever virus
EP3839064A1 (en) 2010-12-27 2021-06-23 Abbott Molecular Inc. Systems for quantitating high titer samples by digital pcr
WO2012095748A2 (en) * 2011-01-14 2012-07-19 Smiths Detection - Watford Limited Single tube quantitative polymerase chain reaction (pcr)
CN103649335B (zh) 2011-05-04 2015-11-25 Htg分子诊断有限公司 定量核酸酶保护测定（qnpa）和测序（qnps）的改进
WO2013019759A1 (en) * 2011-07-30 2013-02-07 The Regents Of The University Of California Enzymatic preparation of 10 base to 50 kb double-strand dna reagent for sequencing with a nanopore-polymerase sequencing device
US20130052650A1 (en) 2011-08-29 2013-02-28 Thermo Fisher Scientific Inc. Dye blends
CN102321765B (zh) * 2011-09-08 2014-04-02 厦门基科生物科技有限公司 一种实时荧光pcr方法及用途
DK2756101T3 (en) 2011-09-15 2018-08-27 David A Shafer PROBLEMS: ANTISON DETAIL COMPOSITIONS FOR DETECTING HIGH OR SPECIFIC DNA OR RNA
BR112014019168B1 (pt) 2012-02-03 2021-10-05 California Institute Of Technology Método capaz de detectar de forma não degenerada presença ou ausência de analitos em um único volume de amostra e método de detecção da presença ou ausência de cada analito dentre uma pluralidade de analitos
US9127317B2 (en) 2012-03-02 2015-09-08 Winthrop-University Hospital Method for using probe based PCR detection to measure the levels of circulating demethylated β cell derived DNA as a measure of β cell loss in diabetes
CN102643910B (zh) * 2012-04-10 2014-10-15 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 非对称多色荧光发夹探针链反应在病原菌检测中的应用
CN108753932B (zh) * 2012-08-03 2022-12-02 加州理工学院 Pcr中具有减少的硬件和要求的多重化和定量
US20150218625A1 (en) * 2012-09-17 2015-08-06 Brandeis University Combination of dsdna binding dye and probes for characterization of ssdna sequences
CA2902207A1 (en) * 2013-02-21 2014-08-28 Toma Biosciences, Inc. Methods, compositions, and kits for nucleic acid analysis
US11254977B2 (en) 2013-03-12 2022-02-22 Life Technologies Corporation Universal reporter-based genotyping methods and materials
WO2015023677A1 (en) * 2013-08-12 2015-02-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Amplification reporter with base-pairing oligomers
CN105745334B (zh) * 2013-09-30 2019-12-10 吴迪 通过使用邻近条形编码分析分子复合物的概况的方法
US10501783B2 (en) 2013-12-11 2019-12-10 Qiagen Gmbh Nucleic acid detection and quantification
WO2015138343A1 (en) 2014-03-10 2015-09-17 Click Diagnostics, Inc. Cartridge-based thermocycler
GB201411567D0 (en) 2014-06-30 2014-08-13 Epistem Ltd Quantification methods
US20170247745A1 (en) * 2014-09-12 2017-08-31 Click Diagnostics, Inc. Multiplex optical detection
RU2717655C2 (ru) 2014-10-10 2020-03-24 Рутгерс, Зе Стейт Юниверсити Оф Нью-Джерси Праймеры и зонды для полимеразной цепной реакции для обнаружения mycobacterium tuberculosis
KR102019506B1 (ko) 2014-12-09 2019-09-19 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 시그널의 구별
WO2016100335A1 (en) * 2014-12-19 2016-06-23 Brandeis University Mispriming prevention reagents
US9623415B2 (en) 2014-12-31 2017-04-18 Click Diagnostics, Inc. Devices and methods for molecular diagnostic testing
WO2016115001A2 (en) * 2015-01-12 2016-07-21 Life Technologies Corporation Methods, systems and compositions thereof for nucleic acid library quality control and quantification
KR102165931B1 (ko) * 2015-09-24 2020-10-14 주식회사 씨젠 타겟 분석물질의 존재 또는 부존재를 결정하기 위한 다중 데이터 세트 분석법
WO2017087943A1 (en) 2015-11-20 2017-05-26 Brandeis University Amplifying and detecting coconut cadang-cadang viroid rna
WO2017197040A1 (en) 2016-05-11 2017-11-16 Click Diagnostics, Inc. Devices and methods for nucleic acid extraction
WO2017209563A1 (en) * 2016-06-02 2017-12-07 Seegene, Inc. . Method for detecting a target analyte in a sample using a signal change-amount data set
EP3478857A1 (en) 2016-06-29 2019-05-08 Click Diagnostics, Inc. Devices and methods for the detection of molecules using a flow cell
EP3610031A4 (en) * 2017-04-11 2020-11-18 Nugen Technologies, Inc. LIBRARY QUANTIFICATION AND QUALIFICATION
US20190093155A1 (en) * 2017-05-25 2019-03-28 Roche Molecular Systems, Inc. Multiplex Nucleic Acid Amplification Assay
KR102380264B1 (ko) * 2017-08-31 2022-03-29 주식회사 씨젠 다이머-형성 프라이머 쌍을 이용한 구성요소의 성능 평가
CA3078976A1 (en) 2017-11-09 2019-05-16 Visby Medical, Inc. Portable molecular diagnostic device and methods for the detection of target viruses
CN108570495A (zh) * 2018-01-15 2018-09-25 新开源博畅（武汉）生物科技有限公司 一种hla高分辨基因位点的快速扩增诊断试剂盒及扩增方法
CN108624664B (zh) * 2018-01-16 2020-08-28 武汉菲思特生物科技有限公司 一种急性肝损伤的早期诊断标志物的快速扩增方法
AU2019209444A1 (en) * 2018-01-22 2020-07-30 Luminex Corporation Methods and compositions for discrete melt analysis
CA3095112A1 (en) * 2018-04-20 2019-10-24 Seegene, Inc. Method and apparatus for detecting a plurality of target nucleic acid sequences in sample
CN109321672B (zh) * 2018-10-30 2021-07-06 中国农业大学 核苷酸组合物、试剂盒及检测方法
WO2021011850A2 (en) * 2019-07-17 2021-01-21 Chao Chien Chung Amplification assay for the detection of anaplasma phagocytophilum
CN110568175A (zh) * 2019-09-06 2019-12-13 成都理工大学 一种基于核酸染料诱导纳米金快速聚集检测dna的方法
CA3155451A1 (en) 2019-09-23 2021-04-01 Universiteit Gent Probe and method for str-genotyping
WO2021138544A1 (en) 2020-01-03 2021-07-08 Visby Medical, Inc. Devices and methods for antibiotic susceptibility testing
US20230242971A1 (en) * 2020-05-08 2023-08-03 Roche Sequencing Solutions, Inc. Removal of excess oligonucleotides from a reation mixture
CN111961717B (zh) * 2020-08-28 2023-08-01 南方医科大学 单管同时检测缺失型和非缺失型α-地中海贫血基因的荧光PCR试剂盒
CN111909990B (zh) * 2020-08-28 2023-11-28 亚能生物技术（深圳）有限公司 单管同时检测基因的缺失突变和点突变的荧光pcr检测方法
EP4388132A1 (en) * 2021-08-19 2024-06-26 Luminex Corporation Digital amplification assay analysis method
WO2023248310A1 (ja) * 2022-06-20 2023-12-28 株式会社日立ハイテク プライマー、ｄｎａ検出方法およびｄｎａ検出キット

Family Cites Families (34)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4965188A (en) 1986-08-22 1990-10-23 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme
US5066584A (en) 1988-09-23 1991-11-19 Cetus Corporation Methods for generating single stranded dna by the polymerase chain reaction
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5994056A (en) * 1991-05-02 1999-11-30 Roche Molecular Systems, Inc. Homogeneous methods for nucleic acid amplification and detection
US5756285A (en) * 1991-09-27 1998-05-26 Amersham Life Science, Inc. DNA cycle sequencing
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US5716784A (en) * 1996-02-05 1998-02-10 The Perkin-Elmer Corporation Fluorescence detection assay for homogeneous PCR hybridization systems
AU713667B2 (en) 1996-04-12 1999-12-09 Phri Properties, Inc. Detection probes, kits and assays
CA2257109C (en) * 1996-06-04 2009-10-06 University Of Utah Research Foundation Monitoring hybridization during pcr
US5935791A (en) * 1997-09-23 1999-08-10 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids by fluorescence quenching
GB9725197D0 (en) 1997-11-29 1998-01-28 Secr Defence Detection system
US6140054A (en) 1998-09-30 2000-10-31 University Of Utah Research Foundation Multiplex genotyping using fluorescent hybridization probes
US6277607B1 (en) 1999-05-24 2001-08-21 Sanjay Tyagi High specificity primers, amplification methods and kits
WO2001013086A2 (en) 1999-08-13 2001-02-22 Brandeis University Detection of nucleic acids
US6472156B1 (en) 1999-08-30 2002-10-29 The University Of Utah Homogeneous multiplex hybridization analysis by color and Tm
JP4919568B2 (ja) * 1999-10-22 2012-04-18 ピーエイチアールアイ プロパティーズ，インコーポレイテッド 短い配列の変異体を検出するためのアッセイ
US20030082550A1 (en) * 2000-09-08 2003-05-01 Hans-Ulrich Thomann Mutations of the cyclooxygenase-2 gene
US7267945B2 (en) * 2001-03-26 2007-09-11 Applera Corporation Methods of determining the presence of polynucleotides employing amplification
GB0112868D0 (en) * 2001-05-25 2001-07-18 Secr Defence Detection system
RU2004100107A (ru) * 2001-06-08 2005-06-10 Шанхай Мендель Дна Сентер Ко., Лтд (Cn) Низкотемпературное циклическое удлинение днк с высокой специфичностью праймирования
US20030108906A1 (en) * 2001-07-27 2003-06-12 Brooksbank Robert Alan Identification and use of molecules implicated in pain
EP1444365A4 (en) * 2001-10-25 2005-07-20 Gorilla Genomics Inc ASYMMETRIC PCR WITH NUCLEASE-FREE POLYMERASE OR NUCLEASERESISTENT MOLECULAR BEACONS
WO2003045233A1 (en) 2001-11-21 2003-06-05 Optiscan Biomedical Corporation Method and apparatus for improving the accuracy of alternative site analyte concentration measurements
US7198897B2 (en) 2001-12-19 2007-04-03 Brandeis University Late-PCR
JP2004024035A (ja) * 2002-06-21 2004-01-29 Tosoh Corp 核酸の検出方法
EP1394271B1 (en) * 2002-09-02 2007-11-14 Toyo Boseki Kabushiki Kaisha Method for identifying nucleotide polymorphisms using resonance energy transfer
AU2003297297A1 (en) * 2002-11-22 2004-06-18 North Shore-Long Island Jewish Research Institute Elf3 gene compositions and methods
US20040175704A1 (en) * 2003-03-06 2004-09-09 Stratagene Compositions and methods for polynucleotide sequence detection
ATE557100T1 (de) * 2003-12-03 2012-05-15 Abbott Lab Doppelsträngige lineare nukleinsäuresonde und deren verwendung
CN104774931B (zh) * 2004-03-31 2017-11-10 综合医院公司 测定癌症对表皮生长因子受体靶向性治疗反应性的方法
ES2359322T3 (es) * 2004-10-18 2011-05-20 Brandeis University Procedimiento para la amplificación de ácidos nucleicos.

Also Published As

Publication number Publication date
RU2460804C2 (ru) 2012-09-10
EP2351766B1 (en) 2014-12-03
KR101447405B1 (ko) 2014-10-06
KR20130021465A (ko) 2013-03-05
AU2005295298B2 (en) 2011-07-14
ES2668467T3 (es) 2018-05-18
EP1805199B1 (en) 2011-01-05
JP2014110793A (ja) 2014-06-19
DK1805199T3 (da) 2011-04-26
CN101076607B (zh) 2013-04-24
WO2006044994A2 (en) 2006-04-27
EP2927238A1 (en) 2015-10-07
KR101424812B1 (ko) 2014-08-07
CA2584569A1 (en) 2006-04-27
BRPI0517105A (pt) 2008-09-30
BRPI0517105B1 (pt) 2015-06-23
JP2008516612A (ja) 2008-05-22
CN101076607A (zh) 2007-11-21
EP2351766A2 (en) 2011-08-03
HK1106251A1 (en) 2008-03-07
CA2584569C (en) 2014-09-30
CA2855748C (en) 2018-08-28
KR101347951B1 (ko) 2014-01-07
US20120040352A1 (en) 2012-02-16
AU2005295298A1 (en) 2006-04-27
US20060177841A1 (en) 2006-08-10
EP1805199A4 (en) 2008-07-16
JP5860484B2 (ja) 2016-02-16
EP2927238B1 (en) 2018-01-17
US7632642B2 (en) 2009-12-15
EP1805199A2 (en) 2007-07-11
PT1805199E (pt) 2011-04-11
DE602005025791D1 (de) 2011-02-17
ATE494295T1 (de) 2011-01-15
KR20130113541A (ko) 2013-10-15
ES2359322T3 (es) 2011-05-20
WO2006044994A3 (en) 2007-03-08
US20130095479A1 (en) 2013-04-18
KR20070090159A (ko) 2007-09-05
US9745624B2 (en) 2017-08-29
NO20072506L (no) 2007-07-11
EP2351766A3 (en) 2012-03-21
JP5543065B2 (ja) 2014-07-09
CA2855748A1 (en) 2006-04-27
ES2529204T3 (es) 2015-02-17
CA2996947A1 (en) 2006-04-27
PL1805199T3 (pl) 2011-06-30
CA2996947C (en) 2019-02-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2007118545A (ru) Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации, набор реагентов для осуществления способа, гибридизационный зонд (варианты), набор олигонуклеотидов с зондом и способ последовательной амплификации-пиросеквенирования
Mori et al. Real-time turbidimetry of LAMP reaction for quantifying template DNA
JP6085564B2 (ja) 標的核酸の検出法
WO2019228541A1 (zh) 一种定向聚合的荧光探针pcr及试剂盒
DK2828399T3 (en) SYSTEM FOR DETECTING POLYMERASE CHAIN REACTION USING OLIGONUCLEOTIDS INCLUDING A PHOSPHOROTHIOATE GROUP
JP2004511227A (ja) 核酸の同種内検出用の特異的二本鎖プローブおよびその適用方法
US20130178378A1 (en) Multiplex digital pcr
KR102295290B1 (ko) Dna 증폭 기술
JP2009195238A (ja) 核酸の蛍光定量的検出システム
CA2790342C (en) Primers and methods for nucleic acid amplification
KR20120042100A (ko) 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
US20160108468A1 (en) Isothermal Amplification of Nucleic Acid, and Library Preparation and Clone Generation in Sequencing
Cheng et al. Ligase chain reaction coupled with rolling circle amplification for high sensitivity detection of single nucleotide polymorphisms
US20210087607A1 (en) Methods and compositions for nucleic acid detection
US20140051086A1 (en) Isothermal Amplification of Nucleic Acid
US8389246B2 (en) Method for nucleic acid quantitation
US20110059541A1 (en) Method for Obtaining Information on Formation of Double-Stranded Nucleic Acid
US20240352508A1 (en) Methods, systems and compositions for detection of multiple analytes
JP2013000060A (ja) 標的核酸の検出・識別方法
WO2024015919A1 (en) Fluorometric signal engineering for multiplexed qpcr
Yang et al. Development of a one-pot and sequence-specific LAMP assay based on the self-quenching probe integrated by the complementary oligonucleotide for an enhanced fluorescence quenching
KR20240049288A (ko) 핵산 서열의 동시다중 검출을 위한 장치 및 방법
KR20240058023A (ko) 대장균의 O104, O124, O55, O157, O128ab, O76, O185, O130, O81, O11 또는 O153 혈청형 신속 동정용 프라이머 세트 및 이를 이용한 대장균의 혈청형 동정 방법
KR20240058021A (ko) 대장균의 o103, o121, o123, o136, o156, o168, o170, o174, o3, o40, o64, o66, o6, o78, o80, o82, o88, o8, o91, o181 또는 o111 혈청형 신속 동정용 프라이머 세트 및 이를 이용한 대장균의 혈청형 동정 방법
WO2024015999A1 (en) Methods, systems and compositions for detection of multiple analytes

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20110112

FZ9A Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal)

Effective date: 20110715

MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20181018