KR102308812B1 - 암 진단에 유용한 클라우딘 18.2에 대한 항체 - Google Patents

암 진단에 유용한 클라우딘 18.2에 대한 항체 Download PDF

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Abstract

본 발명은, 예를 들어 암을 진단 및/또는 암세포가 CLDN18.2를 발현하는지를 결정하는 데 유용한 CLDN18.2의 C-말단 부위 내에 위치되는 에피토프를 지시하는 항체들에 관한 것이다.

Description

암 진단에 유용한 클라우딘 18.2에 대한 항체{ANTIBODIES AGAINST CLAUDIN 18.2 USEFUL IN CANCER DIAGNOSIS}
클라우딘은 상피와 내피의 폐쇄연접 (tight junctions) 내에 위치되는 내재성 막 단백질들이다. 클라우딘은 2개의 세포외 루프를 가지는 4개의 막관통 절편들, 및 세포질에 위치된 N- 및 C-말단을 가질 것으로 예측된다. 막관통 단백질들 중 클라우딘 (CLDN) 패밀리는 상피성 및 내피성 폐쇄연접의 유지에 핵심적인 역할을 수행하고 또한 세포 골격의 유지 및 세포 시그널링에서 역할을 한다.
클라우딘 18 (CLDN18) 분자들은 4개의 막 스패닝 소수성 영역들 및 2개의 세포외 루프들 (소수성 영역 1 및 소수성 영역 2에 의해 포괄되는 루프 1; 소수성 영역 3 및 4에 의해 포괄되는 루프 2)을 가지는 내재성 막통과 단백질 (테트라스파닌 (tetraspanin))이다. 마우스 및 인간에서 기재된 대로, CLDN18은 2개의 다른 스플라이싱 변이체들 (splice variants)로 존재한다 (Niimi, Mol. Cell. Biol. 21:7380-90, 2001). 상기 스플라이싱 변이체들 (Genbank 수탁번호: 스플라이싱 변이체 1 (CLDN18.1): NP_057453, NM_016369, 및 스플라이싱 변이체 2 (CLDN18.2): NM_001002026, NP_001002026)은 약 27,9/27,72 kD의 분자량을 가진다. 상기 스플라이싱 변이체들인 CLDN18.1 및 CLDN18.2는 첫 번째 막통과 (transmembrane, TM) 영역과 루프 1을 포함하는 N-말단 부위에서 다르지만, C-말단의 1차 단백질 서열은 동일하다; 도 1을 참고하라.
CLDN18.1은 정상 폐의 세포들에서 선택적으로 발현되지만, CLDN18.2는 위 세포들에서만 발현된다. 하지만, 정상 위에서 CLDN18.2 발현은 위 상피 조직의 분화된 단-수명 (short-lived) 세포들에 제한된다. CLDN18.2 발현은 다양한 종양 조직들에서 동정되었다. 예를 들어, CLDN18.2는 췌장 암종, 식도 암종, 위 암종, 기관지 암종, 유방 암종, 및 ENT 종양들에서 발현되는 것으로 알려졌다. CLDN18.2는 위암, 식도암, 췌장암, 비소세포폐암 (NSCLC) 같은 폐암, 난소암, 대장암, 간암, 두-경부암, 및 담낭암 같은 1차 종양들, 및 이의 전이암들, 특히 크루켄베르그 (Krukenberg) 종양들 같은 위암 전이, 복막 전이, 및 림프절 전이의 예방 및/또는 치료를 위한 중요 타겟이다.
암과 정상세포들 간 CLDN18.2의 차별적 발현, CLDN18.2의 막 위치화, 대다수의 독성 관련 정상 조직들에서 CLDN18.2의 부재, 위의 타겟-음성 줄기세포들에 의해 보충될 수 있는 분화된 위세포들인 위에서 불필요한 세포 개체군에 대한 CLDN18.2의 발현 제한은 CLDN18.2를 암 면역치료법에 대한 매력적인 타겟으로 만들고 암 치료법에서 CLDN18.2를 타겟팅하기 위한 항체-기반된 치료법의 사용은 고 레벨의 치료적 특이성을 약속한다.
CLDN18.2-타겟팅 항체들의 임상적 적용은 인간 CLDN18.2가 인간 CLDN18.1과 매우 상동적이라는 장벽에 직면한다. 인간 CLDN18.2와 인간 CLDN18.1 간의 서열 상이성을 나타내는 CLDN18.2의 N-말단 세포외 도메인을 타겟팅하는 CLDN18.2-특이적 항체들이 성공적으로 확립될 수 있었다. CLDN18.2의 N-말단 부위를 타겟팅하고 이를 진단 목적들에 임상적으로 적용가능하게 만들어주는 특성들을 가지는 항체들, 예를 들어 암 조직 절단의 세포들에서 CLDN18.2 발현을 검출하기 위한 항체들을 생산하기 위한 시도들은 실패하였다.
놀랍게도, 본 발명자들은 CLDN18.2의 C-말단 부위에 위치된 어떤 에피토프에 대해 지시된 항체들이 항체들의 진단적 적용가능성 (applicability), 특히 CLDN18.2를 발현하는 세포들을 검출하고 동정하기 위한 기준을 충족한다는 것을 발견하였다. 가장 놀랍게는, 상술한 항체들이 CLDN18.1과 CLDN18.2 간에 동일한 서열에 대해 지시될 지라도 비-암성 폐세포들을 타겟팅하지 않는다.
본 발명의 항체들은, 예를 들어 암을 진단하고/진단하거나 암세포들이 CLDN18.2를 발현하는지 여부를 결정하는 데 유용하다. 좋게는, 암 질환 또는 암 세포는 CLDN18.2의 표면 발현에 의해 특징화된다. CLDN18.2를 발현하는 암 세포들은 CLDN18.2에 대한 항체들을 이용한 치료법 같은 CLDN18.2를 타겟팅하는 치료법들을 위해 알맞은 타겟들이다. 하나의 구현예에서, 암세포들은 CLDN18.2를 발현하거나 또는 비정상적으로 발현하지만, 상응하는 정상세포들은 CLDN18.2를 발현하지 않거나 또는 CLDN18.2를 더 낮은 레벨로 발현한다. CLDN18.2를 발현하는 세포들은 좋게는 발암성 위, 식도, 췌장, 폐, 난소, 대장, 간, 두-경부, 및 담낭 암세포들로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명은,
(i) TEDEVQSYPSKHDYV (서열번호 5) 또는 EVQSYPSKHDYV (서열번호 6)의 아미노산 서열을 가지는 펩타이드에 결합하고/결합하거나
(ii) 클라우딘 18.2 (CLDN18.2)에 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편에 관한 것으로, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 적어도 TEDEVQSYPSKHDYV (서열번호 5) 또는 EVQSYPSKHDYV (서열번호 6)의 아미노산 서열을 가지는 CLDN18.2 내 에피토프와의 결합에 의해 CLDN18.2와 결합하는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
하나의 구현예에서, 상기 CLDN18.2는 세포 표면 막-결합된 CLDN18.2이다. 하나의 구현예에서, 상기 CLDN18.2는 암세포에 존재하고, 좋게는 상기 암세포는 CLDN18.2 발현 암세포이다. 하나의 구현예에서, 상기 암세포는 위, 식도, 췌장, 폐, 난소, 대장, 간, 두-경부 및 담낭 암세포로 구성된 군으로부터 선택된다. 하나의 구현예에서, 본 발명의 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 위 상피세포를 제외한 비-암성 세포 (non-cancerous cells)에 결합하지 않는다. 하나의 구현예에서, 본 발명의 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 비-암성 폐 세포에 결합하지 않는다. 하나의 구현예에서, 본 발명의 항체는 키메릭 (chimeric) 항체, 인간 항체 또는 인간화된 항체이다. 하나의 구현예에서, 본 발명의 항체는 단일클론 항체이다.
상술한 양태들 및 추가적인 양태들에서 본 발명은:
(I) (i) 서열번호 7 또는 이의 변이체에 따른 항체 중쇄 서열,
(ii) 서열번호 7 또는 이의 변이체에 따른 항체 중쇄 서열 중 적어도 하나, 좋게는 2개, 보다 좋게는 3개 모두의 CDR 서열들, 또는
(iii) 서열번호 10 또는 이의 변이체에 따른 CDR3 서열 및 좋게는 서열번호 8 또는 이의 변이체에 따른 CDR1 서열 및/또는 서열번호 9 또는 이의 변이체에 따른 CDR2 서열을 추가적으로 포함하는 항체 중쇄,
및/또는
(II) (i) 서열번호 11 또는 이의 변이체에 따른 항체 경쇄 서열,
(ii) 서열번호 11 또는 이의 변이체에 따른 항체 경쇄 서열 중 적어도 하나, 좋게는 2개, 보다 좋게는 3개 모두의 CDR 서열들, 또는
(iii) 서열번호 14 또는 이의 변이체에 따른 CDR3 서열 및 좋게는 서열번호 12 또는 이의 변이체에 따른 CDR1 서열 및/또는 서열번호 13 또는 이의 변이체에 따른 CDR2 서열을 추가적으로 포함하는 항체 경쇄
를 포함하는 항체에 관한 것이다.
상기 양태들 및 추가적인 양태들에서 본 발명은 또한:
(I) (i) 서열번호 15 또는 이의 변이체에 따른 항체 중쇄 서열,
(ii) 서열번호 15 또는 이의 변이체에 따른 항체 중쇄 서열 중 적어도 하나, 좋게는 2개, 보다 좋게는 3개 모두의 CDR 서열들, 또는
(iii) 서열번호 18 또는 이의 변이체에 따른 CDR3 서열 및 좋게는 서열번호 16 또는 이의 변이체에 따른 CDR1 서열 및/또는 서열번호 17 또는 이의 변이체에 따른 CDR2 서열을 추가적으로 포함하는 항체 중쇄,
및/또는
(II) (i) 서열번호 19 또는 이의 변이체에 따른 항체 경쇄 서열,
(ii) 서열번호 19 또는 이의 변이체에 따른 항체 경쇄 서열 중 적어도 하나, 좋게는 2개, 보다 좋게는 모든 3개의 CDR 서열들, 또는
(iii) 서열번호 22 또는 이의 변이체에 따른 CDR3 서열 및 좋게는 서열번호 20 또는 이의 변이체에 따른 CDR1 서열 및/또는 서열번호 21 또는 이의 변이체에 따른 CDR2 서열을 추가적으로 포함하는 항체 경쇄
를 포함하는 항체에 관한 것이다.
선호되는 구현예들에서, 본 발명의 항체는 감마-1 중쇄 불변 영역, 좋게는 인간 감마-1 중쇄 불변 영역을 포함하는 항체 중쇄를 포함하고/포함하거나 카파 경쇄 불변 영역을 포함하는 항체 경쇄를 포함한다.
상기 양태들 및 추가적인 양태들에서 본 발명은 DSMZ (Inhoffenstr. 7B, 38124 브라운슈바이크, 독일)에 기탁된 하이브리도마 세포에 의해 생산되거나 또는 상기 하이브리도마 세포로부터 얻어질 수 있고 다음의 지정 및 수탁번호들 중 하나를 가지는 항체에 관한 것이다:
1. muAB 43-14A, 2011년 10월 6일에 기탁된 수탁번호 DSM ACC3144; 또는
2. muAB 35-22A, 2011년 10월 6일에 기탁된 수탁번호 DSM ACC3143.
본 발명의 항체들은 항체의 지정에 대한 언급 및/또는 항체를 생산하는 클론, 예를 들어 muAB 43-14A에 대한 언급에 의해 본 명세서에서 표시된다.
추가적인 선호되는 항체들은 상술한 하이브리도마에 의해 생산된 항체들 및 상기 하이브리도마로부터 얻어질 수 있는 항체들의 특이성을 가지는 항체들이고, 특히 항원 결합 부위 또는 항원 결합 위치, 특히 상술한 하이브리도마에 의해 생산된 항체들 및 상기 하이브리도마로부터 얻어질 수 있는 항체들의 가변 영역과 동일하거나 또는 매우 상동적인 가변 영역을 포함하는 항체들이다. 선호되는 항체들은 상술한 하이브리도마들에 의해 생산된 항체들 및 상기 하이브리도마들로부터 얻어질 수 있는 항체들의 CDR 영역들과 동일한 CDR 영역 또는 매우 상동적인 CDR 영역 중 어느 하나를 가지는 항체들이라는 것이 고려된다. "매우 상동적인 (highly homologous)"은 1부터 5까지, 바람직하게는 1부터 4까지, 예컨대 1 내지 3 또는 1 또는 2의 치환들이 각 CDR 영역에서 실시될 수 있는 것으로 고려된다. 특히 선호되는 항체들은 상술한 하이브리도마들에 의해 생산된 항체들 및 상기 하이브리도마들로부터 얻어질 수 있는 항체들의 키메라화된 형태 및 인간화된 형태이다.
따라서, 본 발명의 항체는 (i) 수탁번호 DSM ACC3144 (muAB 43-14A) 또는 DSM ACC3143 (muAB 35-22A)으로 기탁된 클론에 의해 생산된 항체 또는 상기 클론으로부터 얻어질 수 있는 항체, (ii) (i)에 따른 항체의 키메라화된 형태 또는 인간화된 형태인 항체, (iii) (i)에 따른 항체의 특이성을 가지는 항체, 및 (iv) (i)에 따른 항체의 항원 결합 부위 또는 항원 결합 위치를 포함하는 항체로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. (i)에 따른 항체의 항원 결합 부위 또는 항원 결합 위치는 (i)에 따른 항체의 가변 영역을 포함할 수 있다. 더 나아가 본 명세서에 기재된 항체들의 항원-결합 단편들이 본 발명에 의해 포괄된다.
본 발명의 항체는 좋게는 항체의 원상태 (native), 즉 천연 또는 비-변성된 상태, 또는 이의 변성된 상태에서 CLDN18.2와 결합할 수 있다.
하나의 구현예에서, 본 발명의 항체는 서열번호 5 또는 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하거나, 좋게는 상기 서열로 구성된 펩타이드, 또는 면역학적으로 동등한 펩타이드, 또는 상기 펩타이드를 발현하는 핵산 또는 숙주세포로 동물을 면역화시키는 단계를 포함하는 방법에 의해 얻어질 수 있다. 좋게는 상기 펩타이드는 CLDN18.2의 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 또는 20개 미만의 연속 아미노산들을 포함한다.
하나의 구현예에서, 본 발명의 항체는 서열번호 24 또는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나, 좋게는 상기 서열로 구성된 펩타이드, 또는 면역학적으로 동등한 펩타이드, 또는 상기 펩타이드를 발현하는 핵산 또는 숙주세포로 동물을 면역화시키는 단계를 포함하는 방법에 의해 얻어질 수 있다. 좋게는 상기 펩타이드는 CLDN18.2의 110, 100, 90, 80, 또는 75개 미만의 연속 아미노산들을 포함한다.
본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편들은 검출 가능한 표지들 같은 다른 모이어티들과 커플링, 즉 공유결합적 또는 비-공유결합적으로 연결될 수 있다.
또한 본 발명은 본 명세서에 기재된 대로 항체를 생산하는 하이브리도마 세포 같은 세포에 관한 것이다.
선호되는 하이브리도마 세포들은 DSMZ (Inhoffenstr. 7B, 38124 브라운슈바이크, 독일)에 기탁되고 다음의 지정 및 수탁번호들 중 하나를 가지는 하이브리도마 세포들이다:
1. muAB 43-14A, 2011년 10월 6일에 기탁된 수탁번호 DSM ACC3144; 또는
2. muAB 35-22A, 2011년 10월 6일에 기탁된 수탁번호 DSM ACC3143.
또한 본 발명은 서열번호 5 또는 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하거나, 좋게는 상기 서열로 구성된 펩타이드, 또는 면역학적으로 동등한 펩타이드에 관한 것이다. 좋게는 상기 펩타이드는 CLDN18.2의 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 또는 20개 미만의 연속 아미노산들을 포함한다.
또한 본 발명은 서열번호 24 또는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나, 좋게는 상기 서열로 구성된 펩타이드, 또는 면역학적으로 동등한 펩타이드, 또는 상기 펩타이드를 발현하는 핵산 또는 세포에 관한 것이다. 좋게는 상기 펩타이드는 CLDN18.2의 110, 100, 90, 80, 또는 75개 미만의 연속 아미노산들을 포함한다.
또한 본 발명은 항체 또는 이의 부분들, 예를 들어 본 명세서에 기재된 대로 항체 체인, 또는 항체-결합 단편들, 또는 펩타이드들을 인코딩하는 유전자들 또는 핵산 서열들을 포함하는 핵산들에 관한 것이다. 좋게는, 본 발명의 핵산은 진핵세포 또는 원핵세포에서 발현을 허용하는 발현 조절 엘리먼트들에 작동적으로 부착된다. 진핵세포 또는 원핵세포에서 발현을 보장하는 조절 엘리먼트들은 당업자들에게 잘 알려져 있다.
본 발명의 핵산들은 벡터, 예를 들어 플라스미드, 코스미드, 바이러스, 박테리오파아지 또는 예컨대 유전 공학에서 통상적으로 이용되는 다른 벡터에 포함될 수 있다. 벡터는 적합한 숙주세포 및 적합한 조건들 하에서 벡터의 선택을 허용하는 마커 유전자들 같은 유전자들을 추가적으로 포함할 수 있다. 더 나아가, 벡터는 적합한 숙주들에서 상기 코딩 영역들의 적절한 발현을 허용하는 발현 조절 엘리먼트들을 포함할 수 있다. 그러한 조절 엘리먼트들은 당업자에게 알려져 있으며 프로모터, 스플라이싱 카세트, 및 번역 개시 코돈을 포함할 수 있다.
핵산 분자들의 구축, 핵산 분자들을 포함하는 벡터들의 구축, 적절하게 선택된 숙주세포들 내로 벡터들의 도입, 또는 핵산 분자들의 발현을 야기 또는 달성하기 위한 방법들은 당업계에 잘-알려져 있다.
본 발명의 추가적인 양태는 본 명세서에 개시된 대로 핵산 또는 벡터를 포함하는 숙주세포에 관한 것이다.
본 발명의 추가적인 양태는 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편을 이용하여 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 검출 또는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양의 결정에 관한 것이다. CLDN18.2와 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편 간의 복합체의 양을 검출하거나 또는 결정함으로써 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들이 검출되거나 또는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양이 결정된다. 복합체의 형성은 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 존재를 나타낸다. 그러한 양의 검출 또는 결정은 많은 방법들, 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편을 이용하는 면역검출을 포함하지만 이에 한정되지 않는 방법들로 실시될 수 있다. 펩타이드들 또는 단백질들을 검출하기 위해 항체들을 이용하는 방법들은 잘 알려져 있으며 ELISA, 경쟁적 결합 어세이들, 및 이와 유사한 방법을 포함한다. 일반적으로, 그러한 어세이들은 검출을 위해 제공하는 표지, 예를 들어 지시인자 (indicator) 효소들, 방사성표지들, 형광단들, 또는 상자성 입자들에 직접적으로 또는 간접적으로 결합된 타겟 펩타이드 또는 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항체 단편을 이용한다. 본 발명의 방법들은 CLDN18.2 레벨 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 레벨의 정량적 및/또는 정성적 평가 (evaluations), 예를 들어 절대적 및/또는 상대적 평가를 가능하게 한다.
하나의 양태에서, 본 발명은 시료에서 CLDN18.2를 검출하거나 또는 CLDN18.2의 양을 결정하는 방법에 관한 것으로, 상기 방법은:
(i) 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 발명의 컨쥬게이트와 시료를 접촉시키는 단계 및
(ii) 상기 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하거나 또는 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함한다.
하나의 구현예에서, 상기 시료는 세포 시료, 즉 암세포 같은 세포들을 포함하는 시료이다. 이러한 구현예에서, 상기 복합체는 좋게는 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간에 형성된다.
하나의 양태에서, 본 발명은 세포가 CLDN18.2를 발현하는지 여부를 결정하는 방법에 관한 것으로, 상기 방법은:
(i) 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 발명의 컨쥬게이트와 세포 시료 (cellular sample)를 접촉시키는 단계 및
(ii) 상기 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 세포에 의해 발현되는 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함한다.
하나의 구현예에서, 상기 시료 내 세포들은 암세포들이다. 상기 복합체는 좋게는 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간에 형성된다.
본 발명의 추가적 양태들은 본 발명의 항체 또는 항체-결합 단편을 이용하여 CLDN18.2를 타겟팅함으로써 질환들을 진단 또는 구분하는 방법들에 관한 것이다. 상술한 방법들은 CLDN18.2를 발현하는 세포들의 선택적 검출을 제공하여 CLDN18.2를 발현하지 않는 정상세포들로부터 상술한 세포들 또는 CLDN18.2를발현하는 질환성 (diseased) 세포들을 구별한다. CLDN18.2를 발현하는 질환성 세포들에 의해 특징화되는 질환들은 CLDN18.2에 대한 치료적 항체들을 이용한 치료법 같은 CLDN18.2를 타겟팅하는 치료법에 의해 치료 가능하다. 치료법 또는 진단을 위해 선호되는 질환들은 CLDN18.2가 발현되거나 또는 비정상적으로 발현되는 질환들로, 특히 암 질환들, 예컨대 본 명세서에 기재된 질환들이다.
하나의 양태에서 본 발명은 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편을 이용하여 환자로부터 분리된 생물학적 시료에서 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 검출 또는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양의 결정을 포함하는 암 질환의 진단, 검출 또는 모니터링하는 방법, 즉 암 질환의 퇴행, 진행, 과정 및/또는 개시를 결정하는 방법에 관한 것이다. 그러한 방법들은 대상자 (subject)가 암 질환을 가지는지, 또는 암 질환을 발병시킬 (증가된) 위험 하에 있는지, 또는 예를 들어 치료 계획 (regimen)이 효과적인 지를 확인하는 데 이용될 수 있다.
따라서, 하나의 양태에서, 본 발명은 암의 진단, 검출 또는 모니터링하는 방법에 관한 것으로, 상기 방법은:
(i) 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 발명의 컨쥬게이트와 생물학적 시료를 접촉시키는 단계 및
(ii) 상기 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하고/검출하거나 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함한다.
하나의 구현예에서, 상기 생물학적 시료는 세포 시료, 즉 암세포들 같은 세포들을 포함하는 시료이다. 이러한 구현예에서, 상기 복합체는 좋게는 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간에 형성된다.
본 발명에 따른 모니터링 방법들은 좋게는 첫 번째 시간 포인트에서 첫 번째 시료 및 두 번째 시간 포인트에서 추가적인 시료 내 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양의 검출 및/또는 결정을 포함하는 것으로, 종양 질환의 퇴행, 진행, 과정 및/또는 개시는 상기 두 개의 시료들을 비교함으로써 결정될 수 있다.
전형적으로, 생물학적 시료에서 CLDN18.2의 레벨 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 레벨이 레퍼런스 레벨과 비교되고, 상기 레퍼런스 레벨과의 편차는 대상자에서 암 질환의 존재 및/또는 단계를 나타낸다. 상기 레퍼런스 레벨은 대조군 시료 (예컨대, 건강한 조직 또는 대상자, 특히 암 질환이 없는 환자로부터 유래됨) 또는 건강한 대상자들로부터 유래되는 중앙값 레벨에서 결정되는 레벨일 수 있다. 상기 레퍼런스 레벨과의 "편차 (deviation)"는 어떠한 유의한 변화, 예컨대 적어도 10%, 20%, 또는 30%, 좋게는 적어도 40% 또는 50%, 또는 그 이상의 증가를 의미한다.
좋게는, 레퍼런스 레벨과 비교, 예컨대 암 질환 없는 환자와 비교하여 증가되는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 존재 및/또는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양은 상기 환자에서 암 질환의 존재 또는 상기 질환에 대한 위험 (즉, 암 질환의 발병에 대한 가능성)을 의미한다.
환자로부터 보다 일찍 채취된 생물학적 시료와 비교하여 감소되는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양은 환자에서 암 질환의 퇴행, 양성적 과정, 예컨대 성공적인 치료, 또는 개시에 대한 감소된 위험을 나타낼 수 있다.
환자로부터 보다 일찍 채취된 생물학적 시료와 비교하여 증가되는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양은 상기 환자에서 암 질환의 진행, 음성적 과정, 예컨대 실패한 치료, 재발 또는 전이 행동 (metastatic behaviour), 개시 또는 개시에 대한 위험을 나타낼 수 있다.
하나의 양태에서, 본 발명은 암이 CLDN18.2를 타겟팅하는 암 치료법에 의해 치료 가능한 지를 결정하는 방법에 관한 것으로, 상기 방법은:
(i) 본 발명의 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 발명의 컨쥬게이트와 암세포들을 포함하는 시료를 접촉시키는 단계 및
(ii) 상기 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함한다.
상기 복합체는 좋게는 상기 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 암세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간에 형성된다.
그러한 방법들은 환자가 세포독성 CLDN18.2 특이적 항체들, 예를 들어 독소 같은 세포독성 물질 또는 방사성표지로 표지된 항체들 같은 하나 이상의 면역 이펙터 기능들을 가지는 항체들 또는 CDC 또는 ADCC 같은 세포 사멸 (cell killing) 기작을 유도하는 항체들을 이용하는 치료법 같은 CLDN18.2를 발현하는 세포들의 타겟팅을 포함하는 치료법에 적합한 지를 검출하는데 이용될 수 있다. CLDN18.2을 발현하는 질환성 세포들에 의해 특징화되는 질환들은 CLDN18.2를 타겟팅하는 치료법에 의해 치료 가능하며, 예컨대 암 질환들, 특히 본 명세서에 기재된 질환들이다.
상기 양태들 중 어느 하나의 양태의 하나의 구현예에서, 상기 시료, 세포 시료 또는 생물학적 시료는 암 질환을 가지거나, 암 질환을 가지거나 이의 병적 상태인 것으로 의심되거나, 또는 암 질환에 대한 가능성을 가지는 환자로부터 유래된다. 하나의 구현예에서, 상기 시료, 세포 시료 또는 생물학적 시료는 조직 또는 기관으로부터 유래되고 상기 조직 또는 기관이 암으로부터 자유로운 경우 상기 세포는 실질적으로 CLDN18.2를 발현하지 않는다. 좋게는 상기 조직은 위 조직을 제외한 조직이다. 좋게는, 상기 조직은 폐, 식도, 췌장 또는 유방 조직이며 선택적으로 상기 조직 또는 기관은 암 질환에 의해 영향받고 있는 것, 예를 들어 상기 조직 또는 기관의 세포들을 테스팅하는 시각적 검사 또는 배양 테스팅에 의해 이미 진단되었다. 이러한 구현예에서, 레퍼런스 레벨과 비교, 예컨대 종양 질환이 없는 환자와 비교하여 증가되는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 존재 및/또는 CLDN18.2 또는 CLDN18.2-발현 세포들의 양은 환자가 CLDN18.2를 발현하는 세포들의 타겟팅을 포함하는 치료법에 적합하다는 것을 나타낼 수 있다.
하나의 양태에서, 본 발명은 본 명세서에 기재된 항체 또는 항원-결합 단편 또는 항체들의 조합 및/또는 또는 항원-결합 단편들의 조합을 포함하는 조성물, 예컨대 진단용 조성물, 또는 키트를 제공한다. 그러한 진단용 조성물들 또는 테스트 키트들은 본 발명의 진단, 검출 또는 모니터링에 대한 방법들 같은 본 발명의 방법들에 유용하다. 상술한 키트들은 선택적으로 검출 가능한 표지, 예를 들어 지시인자 효소들, 방사성표지들, 형광단들, 또는 상자성 입자들을 포함할 수 있다. 키트들은 정보적 팜플렛 (pamphlets), 예를 들어 실시자 (one)에게 본 명세서에 개시된 방법을 실시하기 위해 시약들을 이용하는 방법에 대한 정보를 제공하는 팜플렛을 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 특징들 및 장점들은 다음의 상세한 설명 및 청구항들로부터 명백해질 것이다.
본 발명이 하기에 상세하게 기재되어 있을지라도, 본 발명이 본 명세서에 기재된 대로 다양할 수 있는 특정 방법학들, 프로토콜들 및 시약들에 제한되지 않는다는 것이 이해될 것이다. 또한 본 명세서에서 이용되는 전문 용어는 오직 특정 구현예들을 기재하고자 하는 목적을 위한 것이고 첨부된 청구항에 의해서만 제한될 것인 본 발명의 범위를 제한하고자 하는 것이 아니라는 것이 이해될 것이다. 다르게 지시되지 않는 한, 본 명세서에서 이용되는 모든 기술적 및 과학적 용어들은 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 대로 동일한 의미들을 가진다.
하기에, 본 발명의 엘리먼트들이 기재될 것이다. 이러한 엘리먼트들은 특이적 구현예들과 함께 나열되지만, 상기 엘리먼트들이 추가적인 구현예들을 창출하기 위해 어떠한 방식 및 어떠한 숫자로 조합될 수 있다는 것이 이해된다. 다양하게 기재된 실시예들 및 선호되는 구현예들은 본 발명을 특별하게 기재된 구현예들로만 제한하는 것으로 이해되지 않는다. 이러한 기재는 명확하게 기재된 구현예들을 어떠한 숫자의 개시된 및/또는 선호되는 엘리먼트들과 조합하는 구현예들을 지지하고 포괄하는 것으로 이해된다. 더 나아가, 문맥이 다르게 지시하지 않는 한 본 출원서에서 모든 기재된 엘리먼트들의 어떠한 변경 (permutations) 및 조합들이 본 출원의 기재에 의해 개시된 것으로 고려된다.
좋게는, 본 명세서에서 사용되는 용어들은 "A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)", H.G.W. Leuenberger, B. Nagel, and H. Kolbl, Eds., Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basel, Switzerland, (1995)에 기재된 대로 정의된다.
다르게 지시되지 않는 한, 본 발명의 실행은 당 분야의 문헌 (참조, 예컨대, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, J. Sambrook et al. eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor 1989)에서 설명되는 화학, 생화학, 세포생물학, 면역학 및 재조합 DNA 기술들의 통상적 방법들을 이용할 것이다.
문맥이 다르게 요구하지 않는 한, 본 명세서 및 뒤따르는 청구항들 전반에 걸쳐서, 단어 "포함하다 (comprise)", 및 "포함하다 (comprises)" 및 "포함하는 (comprising)" 같은 변이형들은, 일부 구현예들에서 그러한 다른 멤버, 정수 또는 단계 또는 멤버들, 정수들 또는 단계들의 그룹이 배제될 지라도, 어떠한 다른 멤버, 정수 또는 단계 또는 멤버들, 정수들 또는 단계들의 그룹을 배제하는 것이 아니라 기재된 멤버, 정수 또는 단계 또는 멤버들, 정수들 또는 단계들의 그룹을 함유하는 것으로 이해되는 데, 즉 특허 대상 (subject-matter)이 기재된 멤버, 정수 또는 단계 또는 멤버들, 정수들 또는 단계들의 그룹의 포함으로 이루어진다는 것으로 이해될 것이다. 본 발명을 기재하는 문맥 (특히 청구항들의 문맥)에서 이용되는 용어들 "a" 및 "an" 및 "the" 및 유사한 레퍼런스는 본 명세서에서 다르게 지시되지 않거나 또는 문맥에 의해 명확하게 모순적이지 않는 한 단수형 및 복수형 모두를 포함하는 것으로 이해될 것이다. 본 명세서에서 값들의 범위들의 설명 (recitation)은 단지 상기 범위에 속하는 개별 값 각각에 대해 개별적으로 언급하는 속기 (shorthand method)로 사용하고자 하는 것이다. 본 명세서에서 다르게 지시되지 않는 한, 각 개별 값은 마치 본 명세서에 각자 따로 나열되는 것처럼 본 명세서 내에 삽입된다. 본 명세서에 다르게 지시되지 않는 한 또는 문맥에 의해 명확하게 모순되지 않는 한 본 명세서에 기재된 모든 방법들은 어떠한 적합한 순서로 실시될 수 있다. 본 명세서에서 제공되는 어떠한 예 및 모든 예들, 또는 모범적인 언어 (예컨대, "같이 (such as)")의 사용은 단지 본 발명을 보다 잘 예시하고자 하는 것이고 다르게 청구되지 않는 한 본 발명의 범위를 제한하는 것이 아니다. 본 명세서에서 어떠한 언어도 본 발명의 실행에 중요한 어떠한 비-청구된 엘리먼트를 지시하는 것으로 이해되지 않는다.
여러 문서들이 본 명세서의 본문 전반에 걸쳐서 인용된다. 본 명세서에 인용된 문서들 각각 (모든 특허들, 특허 출원서들, 과학적 공개물들, 제조자의 설명서들, 지시서들, 등을 포함)은, 앞 또는 뒤 중 어느 하나에서든지, 전문으로 참조로서 본 명세서에 의해 삽입된다. 본 명세서에서 어떠한 것도 선행 발명에 의한 그러한 개시내용을 선행하는 자격을 받는 것에 대한 승인으로 이해되지 않을 것이다.
본 발명의 문맥에서 용어 "재조합 (recombinant)"은 "유전 공학을 통해 제조된 (made through genetic engineering)"을 의미한다. 좋게는, 본 발명의 문맥에서 재조합 세포 같은 "재조합 물체 (object)"는 천연적으로 발생하지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "천연적 (naturally occurring)"은 물체가 천연에서 발견될 수 있다는 사실을 의미한다. 예를 들어, 생물체 (바이러스 포함)에 존재하고 천연 소스로부터 분리될 수 있으며 실험실 내 실험자 (man)에 의해 의도적으로 변형되지 않았던 펩타이드 또는 핵산이 천연적이다.
용어 "항원 (antigen)"은 면역반응이 지시되고/지시되거나 발생될 수 있는 에피토프를 포함하는 제제를 의미한다. 좋게는, 본 발명의 문맥에서 항원은 선택적으로 프로세싱 후 면역반응, 좋게는 상기 항원에 대해 특이적인 면역반응을 유도하는 분자이다. 상기 용어 "항원"은 특히 단백질들, 펩타이드들, 폴리사카라이드들, 핵산들, 특히 RNA 및 DNA, 및 뉴클레오타이드들을 포함한다.
용어 "에피토프 (epitope)"는 분자 내 항원성 결정인자 (antigenic determinant), 즉 면역 시스템에 의해 인지되는 분자, 예컨대 항체에 의해 인지되는 분자 내 일부 (part)를 의미한다. 예를 들어, 에피토프들은 면역 시스템에 의해 인지되는 항원 상의 다른 3-차원적 위치들이다. 에피토프들은 항상 아미노산들 또는 당 측쇄들 같은 분자들의 화학적으로 활성 표면 그룹들 (surface groupings)로 구성되며 항상 특이적 3차원 구조적 특성들, 뿐 아니라 특이적 전하 특징을 가진다. 형태적 및 비-형태적 에피토프들은 후자가 아닌 전자에 대한 결합이 변성 용매들의 존재 하에서 없어진다는 점에서 구별된다. CLDN 같은 단백질의 에피토프는 좋게는 상기 단백질의 연속 또는 비연속 부위를 포함하며 바람직하게는 5 내지 100개, 좋게는 5 내지 50개, 보다 좋게는 8 내지 30개, 가장 좋게는 10 내지 25개의 아미노산 길이이고, 예를 들어 상기 에피토프는 좋게는 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 아미노산 길이일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "비연속 에피토프 (discontinuous epitope)"는 단백질의 일차 서열 내 최소 2개의 개별 영역들로부터 형성되는 단백질 항원 상의 형태적 에피토프를 의미한다.
선호되는 구현예에서, 항원은 CLDN18.2 같은 종양-연관된 항원, 즉 세포질, 세포 표면 및 세포 핵으로부터 유래될 수 있는 암세포의 구성요소 (constituent), 특히 좋게는 대량으로 세포 내에서 또는 암세포들 상의 표면 항원들로서 생산되는 상술한 항원들이다.
본 발명의 문맥에서, 용어 "종양-연관된 항원 (tumor-associated antigen)" 또는 "종양 항원 (tumor antigen)"은 제한된 수의 조직들 및/또는 기관들 또는 특이적 발병 단계들에서 특이적으로 발현되는 정상 상태들 하에서의 단백질들을 의미하는데, 예를 들어 상기 종양-연관된 항원은 위 조직, 좋게는 위 점막에서, 생식 기관들, 예를 들어 고환에서, 영양배엽조직, 예컨대 태반, 또는 생식선 세포들에서 특이적으로 발현되는 정상 상태들 하에 존재할 수 있고, 하나 이상의 종양 또는 암 조직들에서 발현되거나 또는 비정상적으로 발현된다. 이러한 문맥에서, "제한된 수 (limited number)"는 좋게는 3 미만, 보다 좋게는 2 미만을 의미한다. 본 발명의 문맥에서 종양-연관된 항원들은, 예를 들어 분화 항원들, 좋게는 세포 타입 특이적 분화 항원들, 즉 어떤 분화 단계에서 특정 세포 타입에 특이적으로 발현되는 정상 상태들 하에 존재하는 단백질들, 암/고환 항원들, 즉 고환 및 때때로 태반, 및 생식선 특이적 항원들에서 특이적으로 발현되는 정상 상태들 하에 존재하는 단백질들을 포함한다. 본 발명의 문맥에서, 상기 종양-연관된 항원은 좋게는 암세포의 세포 표면과 연관되어 있고 바람직하게는 정상 조직들에서 발현되지 않거나 또는 거의 발현되지 않는다. 좋게는, 상기 종양-연관된 항원 또는 상기 종양-연관된 항원의 비정상적 발현은 암세포들을 동정한다. 본 발명의 문맥에서, 대상자, 예컨대 암 질환으로 고통받는 환자 내 암세포에 의해 발현되는 상기 종양-연관된 항원은, 좋게는 상기 대상자의 자가-단백질이다. 선호되는 구현예들에서, 본 발명의 문맥에서 종양-연관된 항원은 본질적이지 않은 조직 또는 기관, 즉 면역 시스템에 의해 손상되는 경우 대상자의 죽음을 유발하지 않는 조직들 또는 기관들에서, 또는 면역 시스템에 의해 접근가능하지 않거나 또는 거의 접근할 수 없는 신체의 기관들 또는 구조들에서 정상 상태 하에서 특이적으로 발현된다. 좋게는, 상기 종양-연관된 항원의 아미노산 서열은 정상 조직들에서 발현되는 종양-연관된 항원과 암 조직들에서 발현되는 종양-연관된 항원 간에 동일하다.
종양 면역치료법, 특히 종양 백신화에서 타겟 구조들로서 종양-연관된 항원들에 대한 기준을 이상적으로 실현하는 분화 항원들에 대한 예들은 CLDN18.2 같은 클라우딘 패밀리의 세포 표면 단백질들이다. 클라우딘들은 세포와 상피 간 세포간 공간에 분자들의 흐름을 조절하는 세포 간 장벽을 이루는 폐쇄연접의 가장 중요한 구성성분들인 하나의 단백질 패밀리이다. 클라우딘들은 세포질에 모두 위치되는 N-말단 및 C-말단을 가지면서 막을 4번 거치는 막통과 단백질들이다.
용어 "클라우딘 18" 또는 "CLDN18"은 좋게는 인간 CLDN18을 의미하고 CLDN18에 속하는 CLDN18.1 및 CLDN18.2 같은 어떠한 스플라이싱 변이체들을 포함한다. CLDN18.1 및 CLDN18.2는 첫 번째 막통과 (TM) 영역 및 루프 1을 포함하는 N-말단 부위에서 상이하지만, C-말단의 일차 단백질 서열은 동일하다.
용어 "CLDN18.1"은 좋게는 인간 CLDN18.1을 의미하며, 특별하게는 서열목록의 서열번호 1에 따른 아미노산 서열 또는 상기 아미노산 서열의 변이체를 포함하는 단백질을 의미한다.
용어 "CLDN18.2"는 좋게는 인간 CLDN18.2를 의미하며, 특별하게는 서열목록의 서열번호 2에 따른 아미노산 서열 또는 상기 아미노산 서열의 변이체를 포함하는 단백질을 의미한다.
본 발명에 따른 용어 "변이체 (variant)"는, 특히 돌연변이들, 스플라이싱 변이체들, 형태들 (conformations), 이소형들, 대립형질성 변이체들, 종 변이체들 및 종 상동체들, 특히 천연적으로 존재하는 것들을 포함한다. 대립형질성 변이체는 유전자의 정상 서열에서의 변형을 의미하고, 이의 유의성은 종종 불명확하다. 완전한 유전자 시퀀싱은 종종 주어진 유전자에 대해 수많은 대립형질성 변이체들을 동정시킨다. 종 상동체는 주어진 핵산 또는 아미노산 서열의 종으로부터 기원하는 다른 종에서 보여지는 핵산 또는 아미노산 서열이다.
용어들 "CLDN", "CLDN18", "CLDN18.1" 및 "CLDN18.2"는 어떠한 번역 이후에 변형된 변이체들 및 형태 변이체들을 포괄할 것이다.
CLDN18.2는 정상 조직들, 위 점막의 분화된 상피세포들에서 선택적으로 발현된다. CLDN18.2는 다양한 기원의 암들에서 발현되며, 선택적 발현 (독성 관련 정상 조직에서 어떠한 발현도 없음) 및 세포막으로의 위치화로 인해 항체-매개된 암 면역치료법의 개발을 위한 타겟 구조로서 특히 적합하다. 예를 들어, CLDN18.2는 췌장 암종, 식도 암종, 위 암종, 기관지 암종, 유방 암종, 및 ENT 종양들에서 발현되는 것으로 밝혀졌다. CLDN18.2는 위암, 식도암, 췌장암, 비소세포폐암 (NSCLC) 같은 폐암, 난소암, 대장암, 간암, 두-경부암, 및 담낭의 암들 같은 일차 종양들, 및 이의 전이암들, 특히 크루켄베르그 종양들 같은 위암 전이, 복막 전이, 및 림프절 전이의 예방 및/또는 치료를 위한 가치있는 타겟이다. CLDN18.2를 발현하는 세포들은 좋게는 암세포들이고 특히 발암성 위, 기도, 췌장, 폐, 난소, 대장, 간, 두-경부, 및 담낭 암세포들로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명에 따르면, CLDN18.2를 발현하는 세포는 좋게는 세포-표면 막-결합된 CLDN18.2에 의해 특징화되는 데, 즉 CLDN18.2는 세포 표면과 연관되어 있다. 더 나아가, 본 발명에 따르면, 세포내 CLDN18.2는 좋게는 세포-표면 막-결합된 CLDN18.2이다. CLDN18.2를 발현하는 세포 또는 세포 표면과 CLDN18.2의 연결 (association)에 의해 특징화되는 세포는 암세포, 좋게는 본 명세서에 기재된 암으로부터 유래되는 암세포이다.
용어 "세포 표면과 연관된 (associated with the cell surface)"은 CLDN18.2 같은 종양-연관된 항원이 세포의 세포막과 연관되고 위치되어 있다는 것을 의미하고, 상기 종양-연관된 항원의 최소 일부가 상기 세포의 세포외 면에 직면하며 상기 세포의 외부로부터, 즉 세포 외부에 위치된 항체들에 의해 접근가능하다는 것을 의미한다. 이러한 맥락에서, 일부는 좋게는 적어도 4개, 좋게는 적어도 8개, 좋게는 적어도 12개, 보다 좋게는 적어도 20개의 아미노산들이다. 상기 연관은 직접적이거나 또는 간접적일 수 있다. 예를 들어, 상기 연관은 하나 이상의 막통과 도메인들, 하나 이상의 지질 앵커들, 또는 어떠한 다른 단백질, 지질, 당, 또는 세포의 세포막의 바깥쪽 리플릿 (leaflet)에 발견될 수 있는 다른 구조와의 상호작용에 의해 이루어질 수 있다. 예를 들어, 세포의 표면과 연관되는 종양-연관된 항원은 세포외 부위를 가지는 막통과 단백질일 수 있거나 또는 막통과 단백질인 다른 단백질과의 상호작용에 의해 세포의 표면과 연관되는 단백질일 수 있다.
"세포 표면 (Cell surface)" 또는 "세포의 표면 (surface of a cell)"은 당업계에서 이용되는 정상적 의미에 따라 사용되며, 이에 따라 단백질들 및 다른 분자들에 의한 결합에 접근가능한 세포의 바깥쪽 면을 포함한다.
본 발명에 따르면 CLDN18.2는 세포에서 실질적으로 발현되지 않고 발현 및 연관의 레벨이 위를 제외한 비-암성 조직에서의 발현 및 연관의 레벨을 단지 2-배, 좋게는 1.5-배 이하까지 초과하고, 좋게는 상기 비-암성 조직에서 발현 및 연관의 레벨을 초과하지 않는다면 세포 표면과 실질적으로 연관되어 있지 않다. 좋게는, CLDN18.2는 세포에서 실질적으로 발현되지 않고 발현 및 연관의 레벨이 검출 한계 미만이고/미만이거나 상기 세포에 첨가된 CLDN18.2-특이적 항체들에 의한 결합을 허용하기에 너무 낮다면 세포 표면과 실질적으로 연관되어 있지 않다.
본 발명에 따르면 CLDN18.2는 세포에서 발현되고 발현 및 연관의 레벨이 위를 제외한 비-암성 조직에서의 발현 및 연관의 레벨을 2-배 이상, 좋게는 10-배 이상, 100-배 이상, 1000-배 이상, 또는 10000-배 이상 초과한다면 세포 표면과 실질적으로 연관어 있다. 좋게는, CLDN18.2는 세포에서 발현되고 발현 및 연관의 레벨이 검출 한계를 초과하고/초과하거나 상기 세포에 첨가된 CLDN18.2-특이적 항체들에 의한 결합을 허용하기에 충분히 높다면 세포 표면과 연관되어 있다.
용어 "항체 (antibody)"는 이황화결합들에 의해 상호-연결된 적어도 2개의 중쇄 (H chains) 및 2개의 경쇄 (L chains)을 포함하는 당단백질을 의미하고, 이의 항원 결합 부위를 포함하는 어떠한 분자를 포함한다. 용어 "항체"는 단일클론 항체들 및 인간 항체들, 인간화된 항체들, 키메릭 항체들, 단일 체인 항체들, 예컨대 scFv's 및 Fab 및 Fab' 같은 항원-결합 항체 단편들을 포함하지만 이에 한정되지 않는 항체들의 단편들 또는 유도체들을 포함하며, 모든 재조합 형태의 항체들, 예컨대 원핵세포에서 발현되는 항체들, 당화되지 않은 항체들, 및 본 명세서에 기재된 대로 어떠한 항원-결합 항체 단편들 및 유도체들도 포함한다. 각 중쇄는 중쇄 가변 영역 (본 명세서에서 VH로서 축약됨) 및 중쇄 불변 영역으로 구성된다. 각 경쇄는 경쇄 가변 영역 (본 명세서에서 VL로서 축약됨) 및 경쇄 불변 영역으로 구성된다. 상기 VH 및 VL 영역은 프레임워크 부위 (framework regions, FR)로 불리는 보다 보존적인 영역들 사이에 배치되는 상보성 결정 부위 (complementarity determining regions, CDR)로 불리는 과다변이성의 영역들로 추가적으로 세분될 수 있다. 각 VH 및 VL은 다음의 순서로 아미노-말단부터 카르복시-말단까지 배열된 3개의 CDRs 및 4개의 FRs로 구성된다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. 상기 중쇄 및 경쇄들의 가변 영역들은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 포함한다. 항체들의 불변 영역들은 면역 시스템의 다양한 세포들 (예컨대, 이펙터 세포들) 및 전통적인 보체 시스템 (complement system)의 첫 번째 구성성분 (Clq)을 포함하는 숙주 조직들 또는 인자들에 대한 면역글로블린의 결합을 매개할 수 있다.
본 명세서에 기재된 항체들은 인간 항체들일 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "인간 항체"는 인간 생식선 면역글로블린 서열들로부터 유래되는 가변 및 불변 영역들을 가지는 항체들을 포함하고자 의도된다. 본 발명의 인간 항체들은 인간 생식선 면역글로블린 서열들에 의해 인코딩되지 않는 아미노산 잔기들 (예컨대, 인 비트로에서 임의적 또는 위치-특이적 돌연변이유발 또는 인 비보 체세포 돌연변이에 의해 도입된 돌연변이들)을 포함할 수 있다.
용어 "인간화된 항체 (humanized antibody)"는 비-인간 종들의 면역글로블린으로부터 실질적으로 유래된 항원 결합 위치를 가지는 분자를 의미하며, 상기 분자의 잔여 면역글로블린 구조는 인간 면역글로블린의 구조 및/또는 서열에 기반된다. 상기 항원 결합 위치는 불변 도메인들에 융합된 완전한 가변 도메인들 또는 상기 가변 도메인들에 적절한 프레임워크 부위들에 이식된 상보성 결정 부위 (CDR) 중 어느 하나만을 포함할 수 있다. 항원 결합 위치들은 야생형일 수 있거나 또는 하나 이상의 아미노산 치환들에 의해 변형, 예컨대 인간 면역글로블린들을 보다 더 밀접하게 닮도록 변형될 수 있다. 일부 형태의 인간화된 항체들은 모든 CDR 서열들 (예를 들어 마우스 항체로부터 유래된 모든 6개의 CDRs를 포함하는 인간화된 마우스 항체)을 보존한다. 다른 형태들은 고유 항체에 대해 변화된 하나 이상의 CDRs을 가진다.
용어 "키메릭 항체 (chimeric antibody)"는 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열 각각의 하나의 부위가 특정 종들로부터 유래된 항체들에서 상응하는 서열들에 상동적이거나 또는 특정 클래스에 속하는 반면에, 상기 체인의 잔여 절편은 다른 항체들에서 상응하는 서열들에 상동적이다. 전형적으로, 경쇄 및 중쇄 모두의 가변 영역은 포유동물 중 하나의 종으로부터 유래된 항체들의 가변 영역들을 모방하는 반면에, 불변 부위들은 다른 종으로부터 유래된 항체들의 서열들에 상동적이다. 그러한 키메릭 형태들에 대한 하나의 명백한 장점은, 상기 가변 영역이 예를 들어 인간 세포 제조물로부터 유래된 불변 영역들과 조합하여 비-인간 숙주 생명체들로부터 이미 이용가능한 B-세포들 또는 하이브리도마들을 이용하는 현재 알려진 소스들로부터 간편하게 유래될 수 있다. 상기 가변 영역이 제조의 용이성의 장점을 가지고 특이성이 소스에 의해 영향받지 않는 반면에, 인간의 상기 불변 영역은 항체들이 주입되는 경우 비 인간 소스로부터 유래된 불변 영역이 주입되는 경우보다 인간 대상자에게 면역 반응을 덜 촉발시키는 것 같다. 하지만 정의는 이러한 특정 예에 국한되지 않는다.
용어 항체의 "항체-결합 부위 (antigen-binding portion)" (또는 단순히 "결합 부위") 또는 항체의 "항원-결합 단편 (antigen-binding fragment)" (또는 단순히 "결합 단편")은 항원에 대해 특이적으로 결합하는 능력을 보유하는 항체의 하나 이상의 단편들을 의미한다. 항체의 항원-결합 기능은 전장 항체의 단편들에 의해 실시될 수 있다는 것이 밝혀졌다. 용어 항체의 "항원-결합 부위" 내에 포괄되는 결합 단편의 예들은 (i) Fab 단편들, VL, VH, CL 및 CH 도메인들로 구성되는 1가성 단편들; (ii) F (ab')2 단편들, 경첩 영역에서 이황화 결합 (bridge)에 의해 연결되는 2개의 Fab 단편들을 포함하는 2가성 단편들; (iii) VH 및 CH 도메인들로 구성되는 Fd 단편들; (iv) 항체의 단일 암 ()의 VL 및 VH 도메인들로 구성되는 Fv 단편들, (v) VH 도메인으로 구성되는 dAb 단편들 (Ward et al., (1989) Nature 341: 544-546); (vi) 분리된 상보성 결정 부위 (CDR), 및 (vii) 선택적으로 합성 링커에 의해 결합될 수 있는 2개 이상의 분리된 CDRs의 조합들을 포함한다. 더 나아가, Fv 단편의 2개의 도메인들인 VL 및 VH는 별개의 유전자들에 의해 코딩될 지라도, VL 및 VH는 재조합 방법들, VL 및 VH 부위들이 쌍을 이루어 1가성 분자들 (단일 체인 Fv (scFv)로도 알려짐; 참고, 예를 들어, Bird 등 (1988) Science 242: 423-426; 및 Huston 등 (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 5879-5883)을 형성하게 해주는 합성 링커를 이용하여 결합될 수 있다. 그러한 단일 체인 항체들도 용어 항체의 "항원-결합 단편" 내에 포괄되도록 의도된다. 추가적인 예는 (i) 면역글로블린 경첩 부위 폴리펩타이드에 융합된 결합 도메인 폴리펩타이드, (ii) 상기 경첩 부위에 융합된 면역글로블린 중쇄 CH2 불변 영역, 및 (iii) 상기 CH2 불변 영역에 융합된 면역글로블린 중쇄 CH3 불변 영역을 포함하는 결합-도메인 면역글로블린 융합 단백질들이다. 결합 도메인 폴리펩타이드는 중쇄 가변 영역 또는 경쇄 가변 영역일 수 있다. 결합-도메인 면역글로블린 융합 단백질들은 US 2003/0118592 및 US 2003/0133939에 추가적으로 개시되어 있다. 상술한 항체 단편들은 당업자에게 알려진 종래의 기술들을 이용하여 얻어지며, 상기 단편들은 고유 항체들에서처럼 동일한 방식으로 유용성 (utility)을 위해 스크리닝된다.
본 명세서에 기재된 항체들은 단일클론 항체들일 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "단일클론 항체 (monoclonal antibody)"는 단일 분자 조성물의 항체 분자들의 제조물을 의미한다. 단일클론 항체는 단일 결합 특이성 및 친화도를 나타낸다. 하나의 구현예에서, 상기 단일클론 항체는 불멸화된 세포와 융합된 비-인간 동물, 예컨대 마우스로부터 얻어진 B 세포를 포함하는 하이브리도마에 의해 생산된다.
본 명세서에 기재된 항체들은 재조합 항체들일 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "재조합 항체 (recombinant antibody)"는 (a) 면역글로블린 유전자들에 대해 트랜스제닉 또는 트랜스염색체성 (transchromosomal)인 동물 (예컨대, 마우스) 또는 이로부터 제조된 하이브리도마로부터 분리된 항체들, (b) 항체를 발현시키도록 형질전환된 숙주세포, 예를 들어 트랜스펙토마로부터 분리된 항체들, (c) 재조합, 조합성 항체 라이브러리로부터 분리된 항체들, 및 (d) 다른 DNA 서열들에 대해 면역글로블린 유전자 서열들의 스플라이싱을 포함하는 어떠한 다른 수단에 의해 제조, 발현, 창출 또는 분리된 항체들 같은 재조합 방법들에 의해 제조, 발현, 창출 또는 분리된 모든 항체들을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "트랜스펙토마 (transfectoma)"는 항체를 발현하는 재조합 진핵 숙주세포들, 예컨대 CHO 세포들, NS/O 세포들, HEK293 세포들, HEK293T 세포들, 식물 세포들, 또는 효모 세포들을 포함하는 곰팡이들을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 "이종성 항체 (heterologous antibody)"는 그러한 항체를 생산하는 트랜스제닉 생물체에 관하여 정의된다. 이러한 용어는 상기 트랜스제닉 생물체로 구성되지 않는 생물체에서 발견되는 항체에 상응하는 아미노산 서열 또는 인코딩 핵산 서열을 가지는 항체로, 상기 서열은 일반적으로 트랜스제닉 생물체를 제외한 종으로부터 유래된다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "이종하이브리드 항체 (heterohybrid antibody)"는 다른 생물체 기원의 경쇄 및 중쇄를 가지는 항체를 의미한다. 예를 들어, 마우스 경쇄와 연결된 인간 중쇄를 가지는 항체는 이종하이브리드 항체이다.
본 발명은 본 발명의 목적을 위해 상기 용어 "항체"에 의해 포괄되는 본 명세서에 기재된 모든 항체들 및 항체들의 유도체들을 포함한다. 용어 "항체 유도체들 (antibody derivatives)"은 항체의 어떠한 변형된 형태, 예컨대 항체와 다른 제제 또는 항체의 컨쥬게이트, 또는 항체 단편을 의미한다.
본 명세서에 기재된 항체들은 좋게는 분리된다. 본 명세서에서 사용되는 "분리된 항체 (isolated antibody)"는 다른 항원 특이성들을 가지는 다른 항체들을 실질적으로 포함하지 않는 항체를 의미하고자 의도된다. 더욱이, 분리된 항체는 다른 세포 물질 및/또는 화합물들에 대해 실질적으로 자유로울 것이다.
본 발명에 따르면, 항체가 전결정된 타겟에 대한 유의한 친화도를 가진다면 상기 타겟에 결합할 수 있고 표준 어세이들에서 상기 전결정된 타겟에 결합한다. "친화도 (affinity)" 또는 "결합 친화도"는 종종 평형 해리상수 (KD)에 의해 측정된다. 좋게는, 용어 "유의한 친화도 (significant affinity)"는 10-5 M 이하, 10-6 M 이하, 10-7 M 이하, 10-8 M 이하, 10-9 M 이하, 10-10 M 이하, 10-11 M 이하, 또는 10-12 M 이하의 해리상수 (KD)로 전결정된 타겟에 결합하는 것을 의미한다.
항체가 타겟에 대해 유의한 친화도를 가지지 않는다면 상기 타겟에 (실질적으로) 결합할 수 없고 표준 어세이들에서 상기 타겟에 유의하게, 특히 검출가능하게 결합하지 않는다. 좋게는, 상기 타겟이 2 μg/ml까지, 좋게는 10 μg/ml까지, 보다 좋게는 20 μg/ml까지, 특히 50 또는 100 μg/ml 또는 그 이상의 농도로 존재한다면 상기 항체는 상기 타겟에 검출 가능하게 결합하지 않는다. 좋게는, 항체가 결합할 수 있는 전결정된 타겟과의 결합을 위한 KD보다 최소 10-배, 100-배, 103-배, 104-배, 105-배, 또는 106-배 더 높은 KD를 가지는 상기 타겟에 결합한다면 항체는 타겟에 대한 유의한 친화도를 가지지 않는다. 예를 들어, 항체가 결합할 수 있는 상기 타겟에 대한 상기 항체의 결합을 위한 KD가 10-7 M인 경우, 항체가 유의한 친화도를 가지지 않는 타겟에 대한 결합을 위한 KD는 최소 10-6 M, 10-5 M, 10-4 M, 10-3 M, 10-2 M, 또는 10-1 M일 것이다.
항체가 전결정된 타겟에 결합할 수 있는 반면에 다른 타겟들에 결합할 수 없는, 즉 다른 타겟들에 대해 유의한 친화도를 가지지 않는다면 상기 전결정된 타겟에 특이적이고 표준 어세이들에서 다른 타겟들에 특이적으로 결합하지 않는다. 본 발명에 따르면, 항체가 CLDN18.2에 결합할 수 있지만 다른 타겟들, 특히 클라우딘 단백질들을 제외한 단백질들, 좋게는 CLDN18을 제외한 단백질들, 특히 CLDN18.2를 제외한 단백질들에 (실질적으로) 결합할 수 없다면 상기 항체는 CLDN18.2에 특이적이다. 좋게는, 항체가 그러한 다른 타겟들에 대한 친화도 및 결합이 클라우딘-연관되지 않은 단백질들, 예컨대 소 혈청 알부민 (BSA), 카제인, 인간 혈청 알부민 (HSA) 또는 MHC 분자들 또는 트랜스페린 수용체 또는 어떠한 다른 특화된 폴리펩타이드 같은 비-클라우딘 막통과 단백질들에 대한 친화도 또는 상기 클라우딘-연관되지 않은 단백질들과의 결합을 유의하게 초과하지 않는다면 상기 항체는 CLDN18.2에 특이적이다. 좋게는, 항체가 특이적이지 않은 타겟과의 결합을 위한 KD보다 최소 10-배, 100-배, 103-배, 104-배, 105-배, 또는 106-배 더 낮은 KD를 가지는 전결정된 타겟에 결합한다면 상기 항체는 상기 타겟에 특이적이다. 예를 들어, 타겟에 특이적인 항체의 결합을 위한 KD가 10-7 M인 경우 타겟에 특이적이지 않은 결합을 위한 KD는 최소 10-6 M, 10-5 M, 10-4 M, 10-3 M, 10-2 M, 또는 10-1 M일 것이다.
타겟에 대한 항체의 결합은 어떠한 적합한 방법을 이용하여 실험적으로 결정될 수 있다: 참고, 예컨대, Berzofsky 등, "Antibody-Antigen Interactions" In Fundamental Immunology, Paul, W. E., Ed., Raven Press New York, N Y (1984), Kuby, Janis Immunology, W. H. Freeman and Company New York, N Y (1992), 및 본 명세서에 기재된 방법들. 친화도는 전통적인 기술들, 예컨대 평형 투석; 제조자에 의해 제시되는 일반적인 과정들을 이용하는 BIAcore 2000 장치 (instrument); 방사성표지된 타겟 항원을 이용하는 방사성면역어세이; 또는 당업자에게 알려진 다른 방법에 의한 전통적 기술들을 이용하여 용이하게 결정될 수 있다. 상기 친화도 데이터는, 예를 들어 Scatchard 등, Ann N.Y. Acad. ScL, 51:660 (1949)의 방법에 의해 분석될 수 있다. 특정 항체-항원 상호작용의 측정된 친화도는 예컨대 염 농도, pH 같은 다른 조건들 하에서 측정되는 경우 다양할 수 있다. 따라서, 친화도 및 다른 항원-결합 매개변수들, 예컨대, KD, IC50의 측정은 좋게는 항체 및 항원의 표준화된 용액들, 및 표준화된 완충액을 가지고 실시된다.
본 명세서에서 사용되는 "이소형 (isotype)"은 중쇄 불변 영역 유전자들에 의해 인코딩되는 항체 클래스 (예컨대, IgM 또는 IgG1)을 의미한다. 본 발명에 따른 항체들은 다중클론 항체 및 단일클론 항체를 포함하고 IgG2a (예컨대, IgG2a, κ, λ), IgG2b (예컨대, IgG2b, κ, λ), IgG3 (예컨대, IgG3, κ, λ) 및 IgM 항체를 포함한다. 하지만, IgG1, IgAl, IgA2, 분비성 IgA, IgD, 및 IgE 항체를 포함하는 다른 항체 이소형들도 본 발명에 의해 포괄된다.
본 명세서에서 사용되는 "이소형 스위칭 (isotype switching)"은 항체의 클래스, 또는 이소형이 하나의 Ig 클래스로부터 다른 Ig 클래스의 하나로 변화시키는 현상을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "재배열된 (rearranged)"은, 중쇄 또는 경쇄 면역글로블린 유전자 위치의 형상 (configuration)으로, 각각 본질적으로 완전한 VH 또는 VL 도메인을 인코딩하는 형상에서 V 절편이 D-J 또는 J 절편에 바로 인접하여 위치된다는 것을 의미한다. 재배열된 면역글로블린 (항체) 유전자 위치는 생식선 DNA와 비교하여 동정될 수 있다; 재배열된 유전자 위치는 최소 하나의 재조합된 헵타머/노나머 상동체 엘리먼트를 가질 것이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 V 절편에 관하여 "재배열되지 않은 (unrearranged)" 또는 "생식선 형상 (germline configuration)"은 V 절편이 D 또는 J 절편에 바로 인접하도록 재조합되지 않은 형상을 의미한다.
본 발명에 따르면, 항체들은 마우스, 랫트, 래빗, 기니아 피그 및 인간을 포함하지만 이에 한정되지 않는 다른 종들로부터 유래될 수 있다. 또한 항체들은 하나의 종, 좋게는 인간으로부터 유래된 항체 불변 영역이 다른 종으로부터 유래된 항원 결합 위치와 조합되는 키메릭 분자들을 포함한다. 더욱이, 항체들은 비-인간 종으로부터 유래된 항체의 항원 결합 위치들이 인간 기원의 불변 영역 및 프레임워크 영역과 조합되는 인간화된 분자들을 포함한다.
항체들은, 전통적인 단일클론 항체 방법론, 예를 들어 Kohler 및 Milstein, Nature 256: 495 (1975)의 표준 체세포 혼성화 기술을 포함하는 다양한 기술들에 의해 제조될 수 있다. 비록 체세포 혼성화 과정들이 바람직할 지라도, 원칙적으로 단일클론 항체들을 생산하기 위한 다른 기술들, 예컨대 B-림프구의 바이러스 또는 종양성 형질전환 기술들 또는 항체 유전자들의 라이브러리들을 이용한 파아지 디스플레이 기술들이 실시될 수 있다.
단일클론 항체들을 분비하는 하이브리도마를 제조하기 위해 선호되는 동물 시스템은 마우스 시스템이다. 마우스에서 하이브리도마 생산은 매우 잘 정립되어 있는 과정이다. 융합용 면역화된 비장세포의 분리를 위한 면역화 프로토콜 및 기술들이 당업계에 알려져 있다. 융합 파트너들 (예컨대, 마우스 골수종 세포) 및 융합 과정들도 알려져 있다.
단일클론 항체들을 분비하는 하이브리도마를 제조하기 위해 선호되는 다른 동물 시스템들은 랫트 및 래빗 시스템이다 (예를 들어, Spieker-Polet 등, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92:9348 (1995)에 기재되어 있고, 또한 Rossi 등, Am. J. Clin. Pathol. 124: 295 (2005)을 참고하라).
보다 다른 선호되는 구현예에서, CLDN18.2에 대한 인간 단일클론 항체들은 마우스 면역 시스템보다는 오히려 인간 면역 시스템의 부분들을 운반하는 트랜스제닉 또는 트랜스염색체성 마우스를 이용하여 제조될 수 있다. 상술한 트랜스제닉 또는 트랜스염색체성 마우스는 각각 HuMAb 마우스 및 KM 마우스로 알려진 마우스를 포함하며, 총괄하여 본 명세서에서 "트랜스제닉 마우스 (transgenic mice)"로 언급된다. 그러한 트랜스제닉 마우스에서 인간 항체들의 생산은 WO2004 035607에 CD20을 위해 상세하게 기재된 대로 실시될 수 있다.
단일클론 항체들을 제조하기 위한 보다 다른 전략은 특정된 특이성의 항체들을 생산하는 림프구들로부터 항체들을 인코딩하는 유전자들을 바로 분리하는 것이다; 예를 들어, Babcock 등, 1996; A novel strategy for generating monoclonal antibodies from single, isolated lymphocytes producing antibodies of defined specificities을 참조하라. 재조합 항체 공학의 상세 내용을 위해, Welschof 및 Kraus, Recombinant antibodes for cancer therapy ISBN-0-89603-918-8 및 Benny K.C. Lo Antibody Engineering ISBN 1-58829-092-1도 참조하라.
CLDN18.2에 대한 항체들을 생산하기 위해, 상술한 대로 마우스는 CLDN18.2 서열로부터 유래된 담체-컨쥬게이션된 펩타이드들, 재조합적으로 발현된 CLDN18.2 항원 또는 이의 단편들의 풍부화된 제조물 및/또는 CLDN18.2 또는 이의 단편들을 발현하는 세포들로 면역화될 수 있다. 택일적으로, 마우스는 전장 인간 CLDN18.2 또는 이의 단편들을 인코딩하는 DNA로 면역화될 수 있다. CLDN18.2 항원의 정제된 또는 풍부화된 제조물을 이용한 면역화가 항체들을 초래하지 않는 이벤트에서, 면역반응들을 촉진시키기 위해 마우스는 CLDN18.2를 발현하는 세포들, 예컨대 세포주로 면역화될 수도 있다.
면역반응은 면역화 프로토콜의 과정 동안 꼬리 정맥 또는 안와후 출혈 (retroorbital bleeds)에 의해 얻어지는 혈장 또는 혈청 시료들로 모니터링될 수 있다. 충분한 역가의 항-CLDN18.2 면역글로블린을 가지는 마우스는 융합에 이용될 수 있다. 마우스는 희생 전에 CLDN18.2 발현 세포를 3-5일 동안 복강내 또는 정맥내 주입 및 특정 항체 분비 하이브리도마의 비율을 증가시키기 위한 비장의 제거로 촉발될 수 있다.
CLDN18.2에 대한 단일클론 항체들을 생산하는 하이브리도마를 발생시키기 위해, 면역화된 마우스로부터 얻어진 림프절들, 비장 또는 골수로부터 유래된 세포들이 분리되어 적절한 불멸화된 세포주, 예컨대, 마우스 골수종 세포주와 융합될 수 있다. 이후, 결과적인 하이브리도마는 항원-특이적 항체들의 생산을 위해 스크리닝될 수 있다. 개별 웰들 (wells)이 이후에 항체 분비 하이브리도마를 위한 ELISA에 의해 스크리닝될 수 있다. CLDN18.2에 대한 특이성을 가지는 항체들은 CLDN18.2 발현 세포들을 이용한 면역형광 및 FACS 분석에 의해 동정될 수 있다. 항체 분비 하이브리도마는 재플레이팅되어 다시 스크리닝될 수 있으며, 항-CLDN18.2 단일클론 항체들에 대해 여전히 양성이라면 한계 희석 (limiting dilution)을 통해 서브클로닝될 수 있다. 안정적인 서브클론들이 이후에 인 비트로에서 배양되어 특징 규명을 위한 조직 배양 배지에서 항체를 발생시킬 수 있다.
본 발명의 항체들은, 예를 들어 당업계에 잘 알려진 재조합 DNA 기술들 및 유전자 트랜스펙션 방법들의 조합 (Morrison, S. (1985) Science 229: 1202)을 이용하여 숙주세포 트랜스펙토마에서 생산될 수도 있다.
예를 들어, 하나의 구현예에서, 목적 유전자 (들), 예컨대 항체 유전자들은 WO 87/04462, WO 89/01036 및 EP 338 841에 개시된 GS 유전자 발현 시스템에 의해 이용되는 것 같은 진핵세포 발현 플라스미드 또는 당업계에 잘 알려진 다른 발현 시스템 같은 발현 벡터 내로 라이게이션될 수 있다. 상기 클로닝된 항체 유전자들과 함께 정제된 플라스미드가 CHO 세포들, NS/O 세포들, HEK293T 세포들 또는 HEK293 세포들 같은 진핵 숙주세포들 또는 택일적으로 식물 유래된 세포들, 곰팡이 또는 효모 세포들 같은 다른 진핵세포들에 도입될 수 있다. 상술한 유전자들을 도입하는 데 이용되는 방법은 전기천공, 리포펙틴, 리포펙타민 또는 다른 것들 같은 당업계에 기재된 방법들일 수 있다. 숙주세포들에 상술한 항체 유전자들의 도입 후, 상기 항체를 발현하는 세포들이 동정되어 선택될 수 있다. 상술한 세포들은 트랜스펙토마를 나타내고, 상기 트랜스펙토마는 이후에 발현 레벨을 위해 증폭될 수 있고 항체들을 생산하기 위해 규모를 늘릴 수 있다. 재조합 항체들은 상술한 배양 상층액 및/또는 세포들로부터 분리되어 정제될 수 있다.
택일적으로, 상기 클로닝된 항체 유전자들은, 미생물, 예컨대 대장균 (E. coli) 같은 원핵세포들을 포함하는 다른 발현 시스템들에서 발현될 수 있다. 더 나아가, 상기 항체들은 양 및 래빗의 우유 또는 닭의 달걀 같은 트랜스제닉 비-인간 동물들, 또는 트랜스제닉 식물들에서 생산될 수 있다; Verma, R., 등 (1998) J. Immunol. Meth. 216: 165-181; Pollock, 등 (1999) J. Immunol. Meth. 231: 147-157; 및 Fischer, R., 등 (1999) Biol. Chem. 380: 825-839를 참고하라.
키메릭 항체들은, 상기 항체의 다른 부위들이 다른 동물 종들로부터 유래된 항체들로, 예컨대 마우스 항체로부터 유래된 가변 영역 및 인간 면역글로블린 불변 영역을 가지는 항체들이다. 항체들의 키메라화 (Chimerisation)는 인간 중쇄 및 경쇄의 불변 영역과 상기 마우스 항체 중쇄 및 경쇄의 가변 영역의 결합에 의해 얻어진다 (예를 들어, Molecular Biology series 내 방법들에서 Kraus 등에 의해 기재된 Recombinant antibodies for cancer therapy ISBN-0-89603-918-8). 선호되는 구현예에서, 키메릭 항체들은 마우스 경쇄 가변 영역에 인간 카파-경쇄 불변 영역을 결합시켜 발생된다. 또한 선호되는 구현예에서, 키메릭 항체들은 마우스 경쇄 가변 영역에 인간 람다-경쇄 불변 영역을 결합시켜 제조될 수 있다. 키메릭 항체들의 생산을 위해 선호되는 중쇄 불변 영역들은 IgG1, IgG3 및 IgG4이다. 키메릭 항체들의 생산을 위해 선호되는 다른 중쇄 불변 영역들은 IgG2, IgA, IgD 및 IgM이다.
항체들은 6개의 중쇄 및 경쇄 상보성 결정 부위들 (CDRs)에 위치되는 아미노산 잔기들을 통해 타겟 항원들과 우선적으로 상호작용한다. 이러한 이유에서, CDRs 내 아미노산 서열들은 CDRs 외의 서열들보다 개별 항체들 간에 더 다양하다. CDR 서열들이 대부분의 항체-항원 상호작용들을 담당하기 때문에, 다른 특징들을 가지는 다른 항체로부터 유래되는 프레임워크 서열들 위로 이식된 특이적인 천연 항체로부터 유래된 CDR 서열들을 포함하는 발현 벡터를 구축함으로써 상기 특이적 천연 항체들의 특성들을 모방하기 위한 재조합 항체들을 발현시키는 것이 가능하다 (예를 들어, Riechmann, L. 등 (1998) Nature 332: 323-327; Jones, P. 등 (1986) Nature 321: 522-525; 및 Queen, C. 등 (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 86: 10029-10033을 참조하라). 그러한 프레임워크 서열들은 생식선 항체 유전자 서열들을 포함하는 공개 DNA 데이터베이스들로부터 얻어질 수 있다. 상술한 생식선 서열들은 완전하게 어셈블리된 가변 유전자들을 포함하지 않을 것이기 때문에, 상기 서열들은 B 세포 성숙 동안 V (D) J 결합에 의해 형성되는 성숙 항체 유전자 서열들과 상이할 것이다. 생식선 유전자 서열들도 가변 영역을 가로질러 고르게 분포되는 개별 위치들에서 높은 친화도 2차 레퍼토리 항체의 서열들과 다를 것이다. 예를 들어, 체세포 돌연변이들은 프레임워크 영역 1의 아미노 말단 부위 및 프레임워크 영역 4의 카르복시-말단 부위에서 상대적으로 드물다. 더 나아가, 많은 체세포 돌연변이들은 항체의 결합 특성들을 유의하게 변화시키지 않는다. 이러한 이유에서, 원래 항체의 결합 특성들과 유사한 결합 특성들을 가지는 온전한 재조합 항체를 창출하기 위해 특정 항체의 전체 DNA 서열을 얻는 것이 필요하지 않다 (WO 99/45962를 참고하라). CDR 영역들을 포함하는 일부 중쇄 및 경쇄 서열은 전형적으로 이러한 목적을 위해 충분하다. 상기 일부 서열은 생식선 가변 및 결합 유전자 절편들이 재조합된 항체 가변 유전자들에 기여하였는 지를 결정하는 데 이용된다. 상기 생식선 서열은 이후에 상기 가변 영역들의 분실 부위들 (missing portions)을 채우는 데 이용된다. 중쇄 및 경쇄 리더 서열들은 단백질 성숙 동안 절단되고 최종 항체의 특성들에 기여하지 않는다. 분실 서열들 (missing sequences)을 첨가하기 위해, 클로닝된 cDNA 서열들은 라이게이션 또는 PCR 증폭에 의한 합성 올리고뉴클레오타이드들과 조합될 수 있다. 택일적으로, 전체 가변 영역은 하나의 짧고, 중첩성 올리고뉴클레오타이드들 세트로서 합성되고 PCR 증폭에 의해 조합되어 전체적으로 하나의 합성 가변 영역 클론을 생산한다. 이러한 과정은 제거 또는 포함 또는 특정 제한 위치들, 또는 특정 코돈들의 최적화 같은 일부 장점들을 가진다.
하이브리도마로부터 유래되는 중쇄 및 경쇄 전사체의 뉴클레오타이드 서열들은 합성 올리고뉴클레오타이드들의 중첩성 세트를 고안하는 데 이용되어 천연 서열 같은 동일한 아미노산 코딩 능력들을 가지는 합성 V 서열들을 창출한다. 상기 합성 중쇄 및 카파 체인 서열들은 3가지 방식에서 천연 서열들과 상이할 수 있다: 반복된 뉴클레오타이드 염기들의 스트링들 (strings)이 올리고뉴클레오타이드 합성 및 PCR 증폭을 수월하게 실시하기 위해 간섭된다; 최적 번역 개시 위치들이 코작 룰 (Kozak's rules)에 따라 삽입된다 (Kozak, 1991, J. Biol. Chem. 266: 19867-19870); 및 HindIII 위치들이 상기 번역 개시 위치들의 업스트림에 조작된다.
중쇄 및 경쇄 가변 영역들 모두를 위해, 상기 최적화된 코딩 및 상응하는 비-코딩 가닥 서열들은 상기 상응하는 비-코딩 올리고뉴클레오타이드의 중앙에서 적절하게 30-50개의 뉴클레오타이드들로 파괴된다. 따라서, 각 체인을 위해, 상기 올리고뉴클레오타이드들은 150-400개의 뉴클레오타이드들의 절편들을 포함하는 중첩성 이중 가닥된 세트들 내로 어셈블리될 수 있다. 이후 상기 풀들 (pools)이 150-400개의 뉴클레오타이드들의 PCR 증폭 산물들을 생산하기 위한 템플레이트들로서 이용된다. 전형적으로, 단일 가변 영역 올리고뉴클레오타이드 세트는 개별적으로 2개의 중첩성 PCR 산물들을 발생시키기 위해 증폭되는 2개의 풀들로 분리될 것이다. 상술한 중첩성 산물들은 이후에 PCR 증폭에 의해 조합되어 완전한 가변 영역을 형성한다. 또한 발현 벡터 컨스트럭트들로 쉽게 클로닝될 수 있는 단편들을 생산하기 위한 PCR 증폭에서 중쇄 또는 경쇄 불변 영역의 중첩성 단편을 포함하는 것이 바람직할 것이다.
재구축된 키메라화된 또는 인간화된 중쇄 및 경쇄 불변 영역은 이후 클로닝된 프로모터, 리더 (leader), 번역 개시, 불변 영역, 3'-비번역된, 폴리아데닐화, 및 전사 종결 서열들과 조합되어 발현 벡터 컨스트럭트들을 형성한다. 중쇄 및 경쇄 발현 컨스트럭트는 단일 벡터 내로 조합되어 숙주세포들로 공동-트랜스펙션되거나, 연속적으로 트랜스펙션되거나, 또는 개별적으로 트랜스펙션될 수 있으며, 상기 숙주세포들은 이후에 양 체인들을 발현하는 숙주세포를 형성하도록 융합된다. 인간 IgGκ를 위한 발현 벡터들의 구축에 사용되는 플라스미드들이 기재된다. 상기 플라스미드들은 PCR 증폭된 V 중쇄 및 V 카파 경쇄 cDNA 서열들이 완전한 중쇄 및 경쇄 미니유전자들 (minigenes)을 재구축하는 데 사용될 수 있도록 구축될 수 있다. 상술한 플라스미드들은 인간, 또는 키메릭 IgG1, 카파 또는 IgG4, 카파 항체들을 완전하게 발현하는 데 이용될 수 있다. 유사한 플라스미드들은 다른 중쇄 이소형들의 발현, 또는 람다 경쇄들을 포함하는 항체들의 발현을 위해 구축될 수 있다.
따라서, 본 발명의 다른 양태에서, 본 명세서에 기재된 항-CLDN18.2 항체들의 구조적 특징들은 본 발명의 항체들의 최소 하나의 기능적 특징, 예컨대 CLDN18.2와의 결합을 보유하는 구조적으로 관계된 인간화된 항-CLDN18.2 항체들을 창출하는 데 이용된다. 보다 특이적으로는, 마우스 단일클론 항체들의 하나 이상의 CDR 영역들이 알려진 인간 프레임워크 영역들과 CDRs와 재조합적으로 조합되어 추가적인, 재조합적으로-조작된, 인간화된 항-CLDN18.2 항체들을 창출할 수 있다.
CLDN18.2와 결합하는 항체의 능력은 표준 결합 어세이들, 예컨대 ELISA, 웨스턴 블랏, 면역형광 및 유세포 분석을 이용하여 결정될 수 있다.
ELISA는 면역화된 마우스의 혈청 내 항체들의 존재 또는 CLDN18.2 단백질 또는 펩타이드에 대한 단일클론 항체들의 결합을 증명하기 위해 이용될 수 있다. 면역화에 사용된 펩타이드들 또는 단백질은 하이브리도마 상층액의 특이성을 결정하거나 또는 혈청 역가를 분석하기 위해 이용될 수 있다.
면역화된 마우스의 혈청 내 항체들의 존재 또는 살아있는 세포들에 대한 단일클론 항체들의 결합을 확인하기 위해, 유세포 분석이 이용될 수 있다. 천연적으로 또는 트랜스펙션 후 항원을 발현하는 세포주들 및 항원 발현이 없는 음성 대조군들 (표준 성장 조건들 하에서 성장됨)이 하이브리도마 상층액 또는 1% FBS를 포함하는 PBS에서 다양한 농도의 단일클론 항체들과 혼합되고, 4℃에서 30분 동안 반응될 수 있다. 세척 후, APC- 또는 Alexa647-표지된 항 IgG 항체는 일차 항체 염색에서처럼 동일한 조건들 하에서 항원-결합된 단일클론 항체와 결합할 수 있다. 시료들은 단일 살아있는 세포들을 게이팅하는 빛 및 측면 산란 특성들을 이용하는 FACS 장치와 함께 유세포 분석에 의해 분석될 수 있다. 단일 측정에서 항원-특이적 단일클론 항체들과 비-특이적 바인더들 (binders)을 구별하기 위해, 공동-트랜스펙션의 방법이 실행될 수 있다. 항원 및 형광성 마커를 인코딩하는 플라스미드들로 일시적으로 트랜스펙션된 세포들이 상술한 대로 염색될 수 있다. 트랜스펙션된 세포들은 항체-염색된 세포들보다 다른 형광 채널에서 검출될 수 있다. 대다수의 트랜스펙션된 세포들은 양 트랜스유전자들 (transgenes)을 발현하기 때문에, 항원-특이적 단일클론 항체들이 형광 마커 발현 세포들에 우선적으로 결합하는 반면에, 비-특이적 항체들은 비-트랜스펙션된 세포들에 대해 비교할만한 비율로 결합한다. 유세포 분석 이외에 또는 대신에 형광 현미경을 이용하는 택일적인 어세이가 이용될 수 있다. 세포들은 상술한 대로 정확하게 염색되어 형광 현미경에 의해 조사될 수 있다.
면역화된 마우스의 혈청에서 항-CLDN18.2 항체들의 존재 또는 CLDN18.2를 발현하는 살아있는 세포들에 대한 단일클론 항체들의 결합을 확인하기 위해, 면역형광 현미경 분석이 이용될 수 있다. 예를 들어, 자발적으로 또는 트랜스펙션 후 중 어느 하나로 CLDN18.2를 발현하는 세포주들 및 CLDN18.2 발현이 없는 음성 대조군들은 10% 우태아혈청 (FCS), 2 mM L-글루타민, 100 IU/ml 페니실린 및 l00 μg/ml 스트렙토마이신이 보충된 DMEM/F12 배지의 표준 성장 조건들 하에서 챔버 슬라이드들에서 성장된다. 세포들은 이후에 메탄올 또는 파라포름알데하이드로 고정되거나 또는 처리되지 않은 채로 유지될 수 있다. 이후 세포들은 CLDN18.2에 대한 단일클론 항체들과 25℃에서 30분 동안 반응될 수 있다. 세척 후, 동일 조건들 하에서 세포들은 Alexa555-표지된 항-마우스 IgG 2차 항체 (Molecular Probes)와 반응될 수 있다. 세포들은 이후에 형광 현미경에 의해 조사될 수 있다.
세포들이 메탄올 고정 또는 파라포름알데하이드 고정되고 Triton X-100으로 투과된 경우 세포들에서 총 CLDN18.2 레벨이 관찰될 수 있다. 살아있는 세포들 및 비-투과되고 파라포름알데하이드 고정된 세포들에서 CLDN18.2의 표면 위치화가 조사될 수 있다. 폐쇄연접으로의 CLDN18.2의 추가적인 타겟팅은 ZO-1 같은 폐쇄연접 마커들을 이용한 공동-염색에 의해 분석될 수 있다. 더 나아가, 항체 결합과 세포막 내 CLDN18.2 위치화의 효과가 조사될 수 있다.
항-CLDN18.2 IgG는 CLDN18.2 항원과의 반응성에 대해 웨스턴 블랏팅을 통해 추가적으로 테스트될 수 있다. 간략하게는, CLDN18.2를 발현하는 세포들로부터 얻어진 세포 추출물 및 적절한 음성 대조군들이 제조되어 도데실황산나트륨 (SDS) 폴리아크릴아미드 젤 전기영동에 적용될 수 있다. 전기영동 후, 상기 분리된 항원들이 니트로셀룰로오스 막으로 옮겨져 블락킹된 후 테스트될 단일클론 항체들로 프로빙될 것이다. IgG 결합은 항-마우스 IgG 퍼록시다제를 이용하여 검출되며 ECL 기질로 발광될 (developed) 수 있다.
항-CLDN18.2 마우스 IgGs은 CLDN18.2 항원과의 반응성에 대해 당업자에게 잘 알려진 방식의 면역조직화학법, 예를 들어 일상적 외과 수술 과정 동안 환자들로부터 얻어지는 비-암 조직 또는 암 조직 시료들 또는 CLDN18.2를 자발적으로 또는 트랜스펙션 후 발현하는 세포주들로 접종된 이종이식된 종양들을 운반하는 마우스로부터 얻어진 비-암 조직 또는 암 조직 시료들에 대한 파라포름알데하이드 또는 아세톤 고정된 동결절단들 (cryosection) 또는 파라핀 임베드된 조직 절편들을 이용하는 면역조직화학에 의해 추가적으로 테스팅될 수 있다. 면역염색을 위해, 판매자의 설명서에 따라 CLDN18.2에 반응적인 항체들이 반응된 후 호스래디쉬-퍼록시다제 컨쥬게이션된 염소 항-마우스 또는 염소 항-래빗 항체들과 반응될 수 있다.
본 발명의 방법들에서 CLDN18.2를 어세이하기 위한 하나의 보다 선호되는 방법론은 면역조직화학법 또는 IHC이다. 면역조직화학법 또는 IHC는 조직 절편의 세포들, 예컨대 본 명세서에서 언급된 조직들의 세포들에서 항원들 (예컨대, 단백질들)을 검출하는 과정을 의미한다. 면역조직화학적 염색은 암성 종양들에서 발견되는 세포들 같은 비정상 세포들의 진단에 폭넓게 이용되고 있다. 항체-항원 상호작용을 시각화하는 것은 많은 방법으로 달성될 수 있다. 가장 일반적인 예에서, 항체는 발색 반응을 촉매할 수 있는 퍼록시다제 같은 효소와 컨쥬게이션된다. 택일적으로, 항체는 플루오레세인 또는 로다민 같은 형광단으로 태깅될 수도 있다.
시료의 준비는 세포 형태, 조직 구조 (tissue architecture) 및 타겟 에피토프들의 항원성을 유지하는 데 중요하다. 이것은 적합한 조직 수집, 고정 및 절편화 (sectioning)를 요구한다. 파라포름알데하이드는 항상 고정에 이용된다. 상기 실험적 시료의 목적 및 두께에 따라, 절편들 (약 4-40 μm)이 목적 조직으로부터 얇게 슬라이싱되거나, 또는 조직이 매우 두껍지 않고 관통가능하지 않다면 전부 이용된다. 상기 슬라이싱은 항상 마이크로톰을 사용하여 실시되고 슬라이스들이 슬라이드들 위헤 마운팅된다.
시료는 항체 결합에 이용가능한 에피토프들을 제조하기 위한 탈파라핀화 및 항원 회수 (antigen retrieval)를 포함하는 추가적인 단계들을 필요로 할 수 있다. 면역조직화학법에서 표면 장력을 감소시키기 위해 일반적으로 Triton X-100 같은 세제가 이용되는 데, 이는 보다 우수하고 더 넓은 범위의 시료를 얻기 위해 사용되는 시약을 적게 이용하게 한다.
면역조직화학적 염색의 직접적인 방법은 염색될 항원에 직접적으로 결합하는 하나의 표지된 항체를 이용한다. 보다 일반적인 면역조직화학적 염색의 간접적 방법은 프로빙될 항원에 대한 하나의 항체, 및 상기 첫 번째 항체에 대한 이차 표지된 항체를 이용한다.
IHC에서 백그라운들 염색을 감소시키기 위해, 시료들은 일차 또는 이차 항체들이 달리 결합할 수 있는 반응성 위치들을 차단하는 완충액과 반응된다. 일차 항체들이 목적 항원에 대해 제조되고 전형적으로 컨쥬게이션되지 않는 (표지되지 않는) 반면에, 이차 항체들은 상기 일차 항체 종들의 면역글로블린들에 대해 제조된다. 상기 이차 항체는 항상 리포터 분자들을 회귀시키는 바이오틴 같은 링커 분자와 컨쥬게이션되거나, 또는 상기 이차 항체는 상기 리포터 분자 자체와 직접적으로 결합된다. 공통적인 차단 완충액들 (blocking buffers)은 정상 혈청, 무지분유, BSA 또는 젤라틴, 및 상업적 차단 완충액들을 포함한다.
리포터 분자들은 검출 방법의 특성에 기반하여 다양하고, 가장 대중적인 검출 방법들은 각각 효소- 및 형광단-매개된 발색성 및 형광 검출이다. 발색성 리포터들과 함께, 효소 표지가 기질과 반응되어 일반적인 광 현미경으로 분석될 수 있는 강렬한 색을 가지는 산물을 산출한다. 효소 기질들의 리스트가 광범위한 반면에, 알칼린 포스파타제 (AP) 및 호스래디쉬 퍼록시다제 (HRP)가 단백질 검출용 표지들로서 가장 광범위하게 이용되는 2가지 효소들이다. 발색성, 형광성 및 화학발광성 기질들의 어레이가 DAB 또는 BCIP/NBT를 포함하는 어느 하나의 효소를 사용하기 위해 이용가능하다. 형광성 리포터들은 IHC 검출에 사용되는 작은 유기분자들이다. 발색성 및 형광성 검출 방법들을 위해, 시그널의 밀도계측적 분석은 단백질 발현 또는 위치화의 레벨과 리포터 시그널의 레벨을 연관시키기 위한 각각 반- 및 완전-정량적 데이터를 제공할 수 있다.
타겟 항원의 면역조직화학적 염색 후, 이차 염색이 종종 적용되어 일차 염색을 더욱 돋보이게 하는 차이 (contrast)를 제공한다. 상술한 많은 염색들은 개별 세포내 구획물 또는 항원들에 대한 특이성을 보이는 반면에, 다른 것들은 전체 세포를 염색할 것이다. 발색성 및 형광성 염료들 모두는 IHC를 위해 이용가능하여 매 실험적 디자인에 적합한 방대한 어레이의 시약들을 제공한다. 헤마톡실린, Hoechst 염색 및 DAPI가 일반적으로 이용된다.
항체들에 의해 인지되는 에피토프들의 맵핑은 "Epitope Mapping Protocols (Methods in Molecular Biology) by Glenn E. Morris ISBN-089603-375-9 and in "Epitope Mapping: A Practical Approach" Practical Approach Series, 248 by Olwyn M. R. Westwood, Frank C. Hay에 상세하게 기재된 대로 실시될 수 있다.
본 발명의 맥락에서 용어 "면역 이펙터 기능들 (immune effector functions)"은, 종양 전파 (dissemination) 및 전이를 포함하는 종양 성장의 억제 및/또는 종양 발생의 억제를 초래하는 면역 시스템의 구성성분들에 의해 매개되는 어떠한 기능들을 포함한다. 좋게는, 면역 이펙터 기능들은 암세포들의 사멸을 초래한다. 좋게는, 본 발명의 맥락에서 상기 면역 이펙터 기능들은 항체-매개된 이펙터 기능들이다. 그러한 기능들은 보체 의존적 세포독성 (complement dependent cytotoxicity, CDC), 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC), 항체-의존적 세포-매개된 식세포 작용 (ADCP), 예컨대 표면 항원과 항체의 결합에 의한 종양-연관된 항원을 운반하는 세포들에서 아팝토시스 (apoptosis)의 유도, 예컨대 CD40 수용체 또는 CD40 리간드 (CD40L)와 항체의 결합에 의한 CD40L-매개된 시그널 트랜스덕션의 유도, 및/또는 상기 종양-연관된 항원을 운반하는 세포들의 증식 억제를 포함하고, 좋게는 ADCC 및/또는 CDC이다. 따라서, 하나 이상의 면역 이펙터 기능들을 매개할 수 있는 항체들은 좋게는 CDC-매개된 용해, ADCC-매개된 용해, 아팝토시스, 동형 부착 (homotypic adhesion), 및/또는 식세포 작용, 좋게는 CDC-매개된 용해 및/또는 ADCC-매개된 용해를 유도에 의한 세포 사멸을 매개할 수 있다. 항체들은 또한 암세포의 표면 위에 존재하는 종양-연관된 항원들에 대한 결합만으로 효과를 나타낼 수 있다. 예를 들어, 항체들은 종양-연관된 항원의 기능을 차단하거나 또는 단지 암세포의 표면 상에 존재하는 종양-연관된 항원에 결합함으로서 아팝토시스를 유도할 수 있다.
ADCC는 이펙터 세포들, 특히 림프구들의 세포-사멸 능력을 의미하고, 좋게는 항체에 의해 표시되는 타겟 세포를 필요로 한다. ADCC는 좋게는 항체들이 암세포들 상의 항원과 결합하는 경우 일어나고 상기 항체 Fc 도메인들이 면역 이펙터 세포들의 표면 위의 Fc 수용체들 (FcR)과 결합한다. 여러 패밀리들의 Fc 수용체들이 동정되었으며, 특이적 세포 개체군들은 특정된 Fc 수용체들과 특징적으로 발현한다. ADCC는 항원 제시 및 종양-지시된 T-세포 반응들의 유도도 유발하는 다양한 정도의 즉각적 종양 파괴를 직접적으로 유도하는 기작으로서 고려될 수 있다. 좋게는 ADCC의 인 비보 유도는 종양-지시된 T-세포 반응들 및 추가적인 숙주-유래된 항체 반응들을 유도할 것이다.
CDC는 항체들에 의해 지시될 수 있는 다른 세포-사멸 방법이다. IgM은 보체 활성화를 위한 가장 효과적인 이소형이다. 또한, IgG1 및 IgG3 모두는 전통적인 보체-활성화 경로를 통해 CDC를 지시하는 데 매우 효과적이다. 좋게는, 이러한 경로 (cascade)에서, 항원-항체 복합체들의 형성은 IgG 분자들 같은 항체 분자들을 참여하는 CH2 도메인들에 밀접하게 인접되어 있는 많은 C1q 결합 위치들의 언클로킹 (uncloaking)을 초래한다 (C1q는 보체 C1의 3개의 서브구성성분들 중 하나이다). 좋게는 상술한 언클로킹된 C1q 결합 위치들은 이전에 낮은-친화도 C1q-IgG 상호작용을 높은 탐욕 (avidity)의 상호작용으로 전환시켜, 일련의 다른 보체 단백질들을 포함하는 이벤트들의 경로를 촉발하고 이펙터-세포 화학주성제/활성화제 C3a 및 C5a의 단백질 분해성 배출을 유도한다. 좋게는, 상기 보체 경로는 세포 내외로 물 및 용질의 자유로운 통과를 용이하게 하여 아팝토시스를 유발하는 세포막에서의 동공들을 창출하는 막 공격 복합체의 형성으로 끝난다.
본 발명의 맥락에서 용어 "면역 이펙터 세포들"은 면역 반응 동안 이펙터 기능들을 실행하는 세포들에 관한 것이다. 예를 들어, 그러한 세포들은 사이토카인들 및/또는 케모카인들을 분비하거나, 미생물을 죽이거나, 항체들을 분비하거나, 암성 세포들을 인지하고, 선택적으로 그러한 세포들을 제거한다. 예를 들어, 면역 이펙터 세포들은 T-세포들 (세포독성 T-세포들, 헬퍼 T-세포들, 종양 침윤성 T-세포들), B-세포들, 자연 살해 세포들, 호중구들, 대식세포들, 및 수지상세포들을 포함한다.
본 발명에 따른 핵산은 좋게는 데옥시리보핵산 (DNA) 또는 리보핵산 (RNA), 보다 좋게는 RNA, 가장 좋게는 인 비트로 전사된 RNA (IVT RNA)이다. 본 발명에 따른 핵산들은 게놈 DNA, cDNA, mRNA, 재조합적으로 제조되고 화학적으로 합성된 분자들을 포함한다. 본 발명에 따른 핵산은 단일 가닥된 또는 이중 가닥된 및 선형 또는 공유결합적으로 밀접하게 결합되어 원형을 형성하는 분자의 형태일 수 있다. 핵산은 세포들 내로의 도입, 즉 트랜스펙션, 예를 들어 DNA 템플레이트로부터 인 비트로 전사에 의해 제조될 수 있는 RNA 형태에서의 트랜스펙션으로 세포 내로의 도입에 적용될 수 있다.
본 명세서에 기재된 핵산들은 벡터 내에 포함될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "벡터 (vector)"는 플라스미드 벡터들, 코스미드 벡터들, 람다 파아지 같은 파아지 벡터들, 아데노바이러스 또는 배큘로바이러스 벡터들 같은 바이러스 벡터들, 또는 박테리아 인공염색체들 (BAC), 효모 인공염색체들 (YAC), 또는 P1 인공염색체들 (PAC) 같은 인공염색체 벡터들을 포함하는 당업자에게 알려진 어떠한 벡터들을 포함한다. 상기 벡터들은 발현 벡터들 뿐 아니라 클로닝 벡터들을 포함한다. 발현 벡터들은 플라스미드 뿐 아니라 바이러스 벡터들도 포함하고 일반적으로 특정 숙주 생물체 (예컨대, 박테리아, 효모, 식물, 곤충, 또는 포유동물) 또는 인 비트로 발현 시스템들에서 소망하는 코딩 서열 및 작동적으로 연결된 코딩 서열의 발현에 필요한 적절한 DNA 서열들을 포함한다. 클로닝 벡터들은 일반적으로 특정 소망하는 DNA 단편을 조작하고 증폭시키기 위해 이용되고 상기 소망하는 DNA 단편들의 발현에 필요하는 기능적 서열들이 부재할 수 있다.
항체의 발현을 위한 벡터로서, 항체 체인들이 다른 벡터들에 존재하는 벡터 타입 또는 항체 체인들이 동일한 벡터에 존재하는 벡터 타입 중 어느 하나가 이용될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "RNA"는 적어도 하나의 리보뉴클레오타이드 잔기를 포함하는 분자를 의미한다. "리보뉴클레오타이드"는 베타-D-리보-퓨라노오스 모이어티의 2'-위치에 하이드록시기를 가지는 뉴클레오타이드이다. 상기 용어는 이중 가닥된 RNA, 단일 가닥된 RNA, 부분적으로 정제된 RNA 같은 분리된 RNA, 본질적으로 순수한 RNA, 합성 RNA, 재조합적으로 생산된 RNA, 뿐 아니라 하나 이상의 뉴클레오타이드들의 첨가, 결실, 치환 및/또는 변형 (alteration)에 의해 천연 RNA와 다른 변형된 RNA를 포함한다. 그러한 변형들은 비-뉴클레오타이드 물질의 첨가를 포함할 수 있으며, 예를 들어 RNA의 하나 이상의 뉴클레오타이드들에서 RNA의 말단 (들) 또는 내부적으로의 첨가를 포함한다. RNA 분자들 내 뉴클레오타이드들은 또한 비-천연의 뉴클레오타이드들 또는 화학적으로 합성된 뉴클레오타이드들 또는 데옥시뉴클레오타이드들 같은 비-표준 뉴클레오타이드들도 포함할 수 있다. 상술한 변형된 RNAs는 유사물 (analogs) 또는 천연 RNA의 유사물로도 언급될 수 있다.
본 발명에 따르면, 용어 "RNA"는 "메신저 RNA"를 의미하는 "mRNA"를 포함하고 좋게는 이에 관한 것이고 템플레이트로서 DNA를 이용하여 생산될 수 있는 "전사체 (transcript)"에 관한 것이고 펩타이드 또는 단백질을 인코딩한다. mRNA는 5'-비번역된 부위, 단백질 또는 펩타이드 코딩 부위 및 3'-비번역된 부위를 전형적으로 포함한다. mRNA는 세포 및 인 비트로에서 제한된 반감기 (halftime)를 가진다.
본 발명의 맥락에서, 용어 "전사 (transcription)"는 DNA 서열에서 유전 코드가 RNA로 전사되는 과정에 관한 것이다.
본 발명에 따라 기재된 핵산들은 좋게는 분리되었다. 본 발명에 따른 용어 "분리된 핵산 (isolated nucleic acid)"은 상기 핵산이 (i) 예를 들어 폴리머라제 체인 반응 (PCR)에 의해 인 비트로에서 증폭되거나, (ii) 클로닝에 의해 재조합적으로 생산되거나, (iii) 예컨대 절단 및 젤-전기영동적 분획화에 의해 정제되거나, 또는 (iv) 예를 들어 화학적 합성에 의해 합성되었다는 것을 의미한다. 분리된 핵산은 재조합 DNA 기술들에 의한 조작 (manipulation)에 이용가능한 핵산이다.
본 발명에 따르면, 핵산들은 단독으로 존재할 수 있거나 또는 상동성 또는 이종성인 다른 핵산들과 조합하여 존재할 수 있다. 선호되는 구현예들에서, 핵산은 상기 핵산에 대해 상동성 또는 이종성일 수 있는 발현 조절 서열들과 기능적으로 결합된다. 용어 "상동성 (homologous)"은 상기 핵산들이 천연에서도 기능적으로 연결되어 있다는 것을 의미하고 용어 "이종성 (heterologous)"은 상기 핵산들이 천연에서 기능적으로 연결되어 있지 않다는 것을 의미한다.
핵산 및 발현 조절 서열은 상기 핵산의 발현 또는 전사가 조절 하에서 또는 상기 발현 조절 서열의 영향 하에 있는 그러한 방식에서 서로 공유결합적으로 연결되어 있는 경우 서로에 대해 "기능적으로 (functionally)" 연결되어 있다. 상기 핵산이 기능적 단백질로 번역되는 경우, 코딩 서열과 기능적으로 연결된 발현 조절 서열과 함께, 상기 발현 조절 서열의 유도는 상기 코딩 서열 또는 소망된 단백질 또는 펩타이드로 번역될 수 없는 코딩 서열에서의 프레임 쉬프트를 야기함이 없이 상기 핵산의 전사를 초래한다.
본 발명에 따른 용어 "발현 조절 서열 (expression control sequence)" 또는 "발현 조절 엘리먼트 (expression control element)"는 프로모터들, 리보좀 결합 위치들, 인핸서들 및 유전자의 전사 또는 mRNA의 번역을 조절하는 다른 조절 엘리먼트들을 포함한다. 본 발명의 특정 구현예들에서, 발현 조절 서열들이 조절될 수 있다. 발현 조절 서열들의 정확한 구조는 종 또는 세포 타입의 기능에 따라 다양할 수 있지만, 일반적으로 각각 전사 및 번역의 개시에 포함되는 5'-비전사된 서열 및 5'- 및 3'-비번역된 서열을 포함하고, 예컨대 TATA 박스, 캡핑 서열, CAAT 서열, 및 이와 유사한 것을 포함한다. 보다 특이적으로는, 5'-비전사된 발현 조절 서열들은 기능적으로 연결된 핵산의 전사 조절을 위한 프로모터 서열을 포함하는 프로모터 부위를 포함한다. 발현 조절 서열들은 또한 인핸서 서열들 또는 업스트림 활성인자 서열들을 포함할 수 있다.
본 발명에 따르면 용어 "프로모터 (promoter)" 또는 "프로모터 부위 (promoter region)"는 발현될 핵산 서열의 업스트림 (5')에 위치된 핵산 서열에 관한 것이며 RNA-폴리머라제에 대한 인지 및 결합 위치를 제공함으로서 상기 서열의 발현을 조절한다. "프로모터 부위"는 유전자의 전사의 조절에 포함되는 추가적인 인자들을 위한 추가적인 인지 및 결합 위치들을 포함할 수 있다. 프로모터는 원핵 또는 진핵 유전자의 전사를 조절할 수 있다. 더 나아가, 프로모터는 "유도성 (inducible)"일 수 있으며 유도성 제제에 대한 반응으로 전사를 개시하거나 전사가 유도성 제제에 의해 조절되지 않은 경우에는 "구조적 (constitutive)"일 수 있다. 유도성 제제가 없는 경우, 유도성 프로모터의 조절 하에 있는 유전자는 발현되지 않거나 또는 적은 정도로만 발현된다. 유도성 제제의 존재 하에서 유전자는 스위치-온되거나 또는 전사의 레벨이 증가된다. 이것은, 일반적으로 특이적 전사 인자의 결합에 의해 매개된다.
본 발명에 따라 선호되는 프로모터들은 SP6, T3 및 T7 폴리머라제에 대한 프로모터들, 인간 U6 RNA 프로모터, CMV 프로모터, 및 일부 또는 일부들이 다른 세포내 단백질들에 대한 유전자들, 예컨대 인간 GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)의 프로모터의 일부 또는 일부들과 융합되어 있고 추가적인 인트론 (들)을 포함하거나 또는 포함하지 않는 이 (예컨대, CMV)의 인공 하이브리드 프로모터들을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "발현 (expression)"은 가장 넓은 의미에서 사용되며 RNA 또는 RNA 및 단백질 또는 펩타이드의 생산을 포함한다. RNA에 있어서, 용어 "발현" 또는 "번역 (translation)"은 특히 펩타이드들 또는 단백질들의 생산에 관한 것이다. 발현은 일시적일 수 있거나 또는 안정적일 수 있다. 본 발명에 따르면, 용어 발현은 "이상한 발현 (aberrant expression)" 또는 "비정상적 발현 (abnormal expression)"도 포함한다.
본 발명에 있어서 "이상한 발현" 또는 "비정상적 발현"은 레퍼런스, 예를 들어 특정 단백질, 예컨대 종양-연관된 항원의 이상한 또는 비정상적 발현과 연관된 질환을 가지지 않는 대상자에서의 상태 (state)와 비교하여 발현이 변형된, 좋게는 증가된 것을 의미한다. 발현에서의 증가는 최소 10%, 특히 최소 20%, 최소 50% 또는 최소 100%, 또는 그 이상으로 증가한 것을 의미한다. 하나의 구현예에서, 발현이 질환성 조직에서만 발견되는 반면에, 건강한 조직에서 발현이 억제된다.
용어 "특이적으로 발현된 (specifically expressed)"은 단백질이 특정 조직 또는 기관에서만 본질적으로 발현된다는 것을 의미한다. 예를 들어, 위 점막에서 특이적으로 발현되는 종양-연관된 항원은 상기 단백질이 일차적으로 위 점막에서 발현되고 다른 조직에서는 발현되지 않거나 또는 다른 조직 또는 기관 타입들에서 유의한 정도로 발현되지 않는다는 것을 의미한다. 이에 따라, 위 점막의 세포들에서 예외적으로 발현되고 어떠한 다른 조직에서 유의하게 낮은 정도로 발현되는 단백질은 위 점막의 세포들에서 특이적으로 발현된다. 일부 구현예들에서, 종양-연관된 항원은 하나 이상의 조직 타입 또는 기관, 예컨대 조직 타입 2 또는 3 또는 기관들에서 정상 상태 하에서 특이적으로 발현될 수도 있지만, 좋게는 3개 미만의 다른 조직 또는 기관 타입들에서 정상 상태 하에서 특이적으로 발현될 수도 있다. 이러한 경우에서, 상기 종양-연관된 항원은 이후에 상술한 기관들에서 특이적으로 발현된다.
본 발명에 따른 용어 "번역"은 메신저 RNA의 가닥이 아미노산 서열의 어셈블리를 지시하여 단백질 또는 펩타이드를 제조하는 세포의 리보좀들에서의 과정에 관한 것이다.
본 발명에 따르면, 용어 "을 인코딩하는 핵산 (nucleic acid encoding)"은 핵산이 적합한 환경 하, 좋게는 세포 내에 존재하는 경우 상기 핵산이 인코딩하는 단백질 또는 펩타이드를 생산할 수 있는 것을 의미한다.
용어 "펩타이드 (peptide)"는 올리고- 및 폴리펩타이드들을 포함하고 펩타이드 결합에 의해 공유결합적으로 연결된 2개 이상, 좋게는 3개 이상, 좋게는 4개 이상, 좋게는 6개 이상, 좋게는 8개 이상, 좋게는 9개 이상, 좋게는 10개 이상, 좋게는 13개 이상, 좋게는 16개 이상, 좋게는 21개 이상 및 좋게는 8, 10, 20, 30, 40 또는 50개, 특히 100개의 아미노산들을 포함하는 물질들을 의미한다. 용어 "단백질 (protein)"은 큰 펩타이드들로, 좋게는 100개 이상의 아미노산 잔기들을 가지는 펩타이드들을 의미하지만, 일반적으로 용어 "펩타이드들" 및 "단백질들"은 동의어들로 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다.
좋게는, 본 발명에 따라 기재된 단백질들 및 펩타이드들은 분리되었다. 용어 "분리된 (isolated) 단백질" 또는 "분리된 펩타이드"는 단백질 또는 펩타이드가 천연 환경으로부터 분리되었다는 것을 의미한다. 분리된 단백질 또는 펩타이드는 본질적으로 정제된 상태일 수 있다. 용어 "본질적으로 정제된 (essentially purified)"은 상기 단백질 또는 펩타이드가 천연 또는 인 비보에서 연관되어 있는 다른 물질들로부터 본질적으로 자유롭다는 것을 의미한다.
특이적 아미노산 서열들, 예를 들어 서열목록에서 보여지는 서열들에 관하여 본 명세서에서 주어지는 교시내용 (teaching)은 상기 특이적 서열들, 예를 들어 특이적 아미노산 서열들의 특징들과 동일하거나 또는 유사한 특성들을 나타내는 아미노산 서열들과 기능적으로 동등한 서열들을 초래하는 상기 특이적 서열들의 변형들, 즉 변이체들에 관한 것도 포함하는 것으로 이해될 것이다. 하나의 중요한 특징은 항체의 타겟에 대한 항체의 결합능을 보유하는 것이다. 바람직하게는, 항체에서 서열이 특이적 서열을 대체하는 경우 상기 특이적 서열에 대해 변형된 서열은 타겟에 대한 상기 항체의 결합능을 유지한다.
특히 CDR 서열들, 과다가변성 및 가변 영역들의 서열들이 타겟에 대한 결합능을 잃는 것 없이 변형될 수 있다는 것이 당업자들에게 이해될 것이다. 예를 들어, CDR 서열들은 본 명세서에서 특화된 CDR 서열들과 동일하거나 또는 매우 상동적일 수 있다.
"매우 상동적인 (highly homologous)"은 1개부터 5개까지, 좋게는 1개부터 4개까지, 예컨대 1개부터 3개까지 또는 1개 또는 2개의 치환들이 실시될 수 있다는 것으로 고려된다.
본 발명에 따른 용어 "변이체 (variant)"는 돌연변이들, 스플라이싱 변이체들, 형태들, 이소형들, 대립형질성 변이체들, 종 변이체들 및 종 상동체들, 특히 천연에 존재하는 변이체들도 포함한다. 대립형질성 변이체는 유전자의 정상 서열에서의 변형 (alteration), 종종 그 중요성이 명확하지 않은 변형에 관한 것이다. 완전한 유전자 시퀀싱은 주어진 유전자에 대해 종종 수많은 대립형질성 변이체들을 확인시킨다. 종 상동체는 주어진 핵산 또는 아미노산 서열의 기원과 다른 종의 기원을 가지는 핵산 또는 아미노산 서열이다.
본 발명의 목적들을 위해, 아미노산 서열의 "변이체들"은 아미노산 삽입 변이체들, 아미노산 첨가 변이체들, 아미노산 결실 변이체들 및/또는 아미노산 치환 변이체들을 포함한다. 단백질의 N-말단 및/또는 C-말단에서 결실을 포함하는 아미노산 결실 변이체들은 N-말단 및/또는 C-말단 절단된 변이체들로도 명명된다.
아미노산 삽입 변이체들은 특정 아미노산 서열 내에 단일 또는 2개 이상의 아미노산들의 삽입을 포함한다. 삽입을 가지는 아미노산 서열 변이체들의 경우에서, 결과적인 산물에 대한 적절한 스크리닝과 함께 임의적 삽입이 가능할 지라도 하나 이상의 아미노산 잔기들이 아미노산 서열 내 특정 위치로 삽입된다.
아미노산 첨가 변이체들은 하나 이상의 아미노산들, 예컨대, 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 50, 또는 그 이상의 아미노산들의 아미노- 및/또는 카르복시-말단 융합을 포함한다.
아미노산 결실 변이체들은 상기 서열로부터 하나 이상의 아미노산들의 제거, 예컨대 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 50, 또는 그 이상의 아미노산들의 제거에 의해 특징화된다. 상기 결실은 상기 단백질의 어떠한 위치에 존재할 수 있다.
아미노산 치환 변이체들은 상기 서열 내에서 제거될 최소 하나의 잔기 및 그 위치에 삽입될 다른 잔기에 의해 특징화된다. 선호도 (preference)는 상동적 단백질들 또는 펩타이드들 간에 보존되지 않은 아미노산 서열 내 위치들에서의 변형들 및/또는 유사한 특징들을 가지는 다른 아미노산들로 아미노산들을 대체하는 것으로 결정된다. 좋게는, 단백질 변이체들에서 아미노산 변화들 (changes)은 보존적 아미노산 변화들, 즉 유사하게 전하되거나 또는 전하를 가지지 않는 아미노산들의 치환들이다. 보존적 아미노산 변화는 측쇄에 관계되는 아미노산들의 패밀리 중 하나의 치환을 포함한다. 천연 아미노산들은 일반적으로 4개의 패밀리들로 분류된다: 산성 (아스파르트산, 글루탐산), 염기성 (리신, 아르기닌, 히스티딘), 비-극성 (알라닌, 발린, 루이신, 이소루이신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌, 트립토판), 및 전하를 띄지 않는 극성 (글라이신, 아스파라긴, 글루타민, 시스테인, 세린, 트레오닌, 타이로신) 아미노산들. 페닐알라닌, 트립토판, 및 타이로신은 때때로 방향족 아미노산들로 함께 분류된다.
좋게는 유사성, 좋게는 주어진 아미노산 서열과 상기 주어진 아미노산 서열의 변이체인 아미노산 서열 간의 동일성 정도는 최소 약 60%, 65%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%일 것이다. 유사성 또는 동일성의 정도는 좋게는 상기 레퍼런스 아미노산 서열의 전장 서열의 최소 약 10%, 최소 약 20%, 최소 약 30%, 최소 약 40%, 최소 약 50%, 최소 약 60%, 최소 약 70%, 최소 약 80%, 최소 약 90% 또는 약 100%인 아미노산 부위에 대해 주어진다. 예를 들어, 상기 레퍼런스 아미노산 서열이 200개의 아미노산들로 구성되는 경우, 유사성 또는 동일성의 정도는 좋게는 최소 약 20개, 최소 약 40개, 최소 약 60개, 최소 약 80개, 최소 약 100개, 최소 약 120개, 최소 약 140개, 최소 약 160개, 최소 약 180개, 또는 약 200개의 아미노산들, 좋게는 연속 아미노산들에 대해 주어진다. 선호되는 구현예들에서, 유사성 또는 동일성의 정도는 상기 레퍼런스 아미노산 서열의 전장 서열에 대해 주어진다. 좋게는 서열 동일성은 당업계에 알려진 수단들, 좋게는 베스트 서열 정렬 (best sequence alignment), 예컨대 표준 세팅 (standard settings), 좋게는 EMBOSS::needle, Matrix: Blosum62, 갭 오픈 (Gap Open) 10.0, 갭 연장 (Gap Extend) 0.5를 이용하는 얼라인 (Align)을 이용하여 실시될 수 있다.
"서열 유사성 (sequence similarity)"은 동일하거나 또는 보존적 아미노산 치환들을 나타내는 아미노산들의 퍼센트를 나타낸다. 두 개의 아미노산 서열들 간의 "서열 동일성 (sequence identity)"은 상기 서열들 간에 동일한 아미노산들의 퍼센트를 나타낸다.
용어 "퍼센트 동일성 (percentage identity)"은 가장 적합한 정렬 후 얻어지는 비교될 두 개의 서열들 간에 동일한 아미노산 잔기들의 퍼센트를 나타내고자 하는 것으로, 이러한 퍼센트는 오로지 통계적인 퍼센트이고 임의적으로 분포된 두 개의 서열 간의 차이 및 전장 서열에 걸친 두 개의 서열 간의 차이이다. 두 개의 아미노산 서열들 간의 서열 비교는 통상적으로 상술한 서열들을 최적으로 정렬시킨 후 비교함으로써 실시되고, 상기 비교는 절편 또는 "비교 윈도우 (window of comparison)"에 의해 실시되어 서열 유사성의 국소적 부위들을 동정하고 비교하는 것이다. 비교를 위한 서열들 간의 최적 정렬은 수작업을 제외한 Smith and Waterman, 1981, Ads App. Math. 2, 482의 국소 상동성 알고리즘, Neddleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48, 443의 국소 상동성 알고리즘, Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl Acad. Sci. USA 85, 2444의 유사성 탐구 방법, 또는 상술한 알고리즘들을 이용하는 컴퓨터 프로그램들 (GAP, BESTFIT, FASTA, BLAST P, BLAST N and TFASTA in Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wis.)에 의해 얻어질 수 있다.
퍼센트 동일성은 비교되는 두 개의 서열들 간의 동일한 위치들의 수를 결정하는 단계, 비교된 위치들의 수로 상기 동일한 위치들의 수를 나누는 단계 및 얻어진 결과들에 100을 곱하는 단계에 의해 계산되어 상술한 두 개의 서열들 간의 퍼센트 동일성을 얻는다.
본 발명에 따르면 상동성 아미노산 서열들은 아미노산 잔기들의 최소 40%, 특히 최소 50%, 최소 60%, 최소 70%, 최소 80%, 최소 90% 및 좋게는 최소 95%, 최소 98% 또는 최소 99% 동일성을 나타낸다.
본 명세서에 기재된 아미노산 서열 변이체들은 당업자에 의해 용이하게 제조될 수 있는데, 예를 들어 재조합 DNA 조작에 의해 수월하게 제조될 수 있다. 치환들, 첨가들, 삽입들 또는 결실들을 가지는 단백질들 및 펩타이드들을 제조하기 위한 DNA 서열들의 조작은, 예를 들어 Sambrook 등 (1989)에 상세하게 기재되어 있다. 더 나아가, 본 명세서에 기재된 펩타이드들 및 아미노산 변이체들은 알려진 펩타이드 합성 기술들, 예컨대 고상 합성법 및 유사한 방법들을 통해 수월하게 제조될 수 있다.
본 발명은 용어 "펩타이드" 및 "단백질"에 의해 포괄되는 본 명세서에 기재된 펩타이드들 또는 단백질들의 유도체들을 포함한다. 본 발명에 따르면, 단백질들 및 펩타이드들의 "유도체들 (derivatives)"은 단백질들 및 펩타이드들의 변형된 형태들이다. 그러한 변형들은 어떠한 화학적 변형을 포함하고 상기 단백질 또는 펩타이드와 연관된 어떠한 분자들, 예컨대 카르보하이드레이트들, 지질들 및/또는 단백질들 또는 펩타이드들의 단일 또는 복수의 치환들, 결실들 및/또는 첨가들을 포함한다. 하나의 구현예에서, 단백질들 또는 펩타이드들의 "유도체들"은 당화, 아세틸화, 인산화, 아미드화 (amidation), 팔미토일화 (palmitoylation), 미리스토일화 (myristoylation), 이소프레닐화 (isoprenylation), 지질화, 알킬화, 유도체화, 보호기/차단기의 도입, 항체 또는 다른 세포내 리간드에 대한 단백질 가수분해성 절단 또는 결합으로부터 초래되는 이러한 변형된 유사체들을 포함한다. 또한 용어 "유도체"는 상기 단백질들 및 펩타이드들의 모든 기능적 화학적 동등물들 (equivalents)로 확장된다. 좋게는, 변형된 펩타이드는 증가된 안정성 및/또는 증가된 면역원성을 가진다.
본 발명에 따르면, 아미노산 서열, 펩타이드 또는 단백질의 변이체, 유도체, 변형된 형태, 단편, 일부 또는 부위는 좋게는 각각 유래되었던 아미노산 서열, 펩타이드 또는 단백질의 기능적 특성, 즉 기능적으로 동등한 특성을 가진다. 하나의 구현예에서, 아미노산 서열, 펩타이드 또는 단백질의 변이체, 유도체, 변형된 형태, 단편, 일부 또는 부위는 각각 유래되었던 아미노산 서열, 펩타이드 또는 단백질에 대해 면역학적으로 동등하다. 하나의 구현예에서, 상기 기능적 특성은 면역학적 특성이다.
본 발명에 따른 용어 "유래된 (derived)"은 특정 본질 (entity), 특히 특정 서열이 유래된 물체, 특히 생물체 또는 분자에 존재한다는 것을 의미한다. 아미노산 서열들의 경우, 특히 특정 서열 부위들에서, 특히 "유래된"은 관련 아미노산 서열이 존재하는 아미노산 서열로부터 유래된다는 것을 의미한다.
용어 "세포" 또는 "숙주세포 (host cell)"는 좋게는 손상되지 않은 세포 (intact cell), 즉 정상 세포내 구성성분들, 예컨대, 효소들, 소기관들 (organelles), 또는 유전 물질들을 배출하지 않았던 고유 막을 가지는 세포이다. 손상되지 않은 세포는 좋게는 생존가능한 (viable) 세포, 즉 정상 대사적 기능들을 실시할 수 있는 살아있는 세포이다. 본 발명에 따른 용어 "세포"는 원핵세포들 (예컨대, 대장균) 또는 진핵세포들 (예컨대, 수지상세포들, B 세포들, CHO 세포들, COS 세포들, K562 세포들, HEK293 세포들, HELA 세포들, 효모 세포들, 및 곤충 세포들)을 포함한다. 포유동물 세포들은 특히 인간, 마우스, 햄스터, 돼지, 염소 및 영장류로부터 유래된 세포들이 선호된다. 상기 세포들은 많은 수의 조직 타입들로부터 유래될 수 있으며 일차 세포들 및 세포주들을 포함한다. 용어 "세포"는 비-암성 세포들 및 본 명세서에 개시된 암 타입들의 세포들 같은 암세포들을 포함한다.
핵산 분자를 포함하는 세포는 좋게는 상기 핵산에 의해 인코딩되는 펩타이드 또는 단백질을 발현한다.
"타겟 세포 (target cell)"는 항체 같은 면역반응을 위한 타겟인 세포를 의미한다. 타겟 세포들은 본 명세서에 기재된 암세포 같은 어떠한 소망되지 않은 세포를 포함한다. 선호되는 구현예들에서, 상기 타겟 세포는 CLDN18.2를 발현하는 세포이다. CLDN18.2를 발현하는 세포들은 전형적으로 암세포들을 포함한다.
용어 "트랜스제닉 동물 (transgenic animal)"은 하나 이상의 트랜스유전자들, 바람직하게는 항체 중쇄 및/또는 경쇄 트랜스유전자들, 또는 트랜스염색체들 (동물의 천연 게놈 DNA 내로 통합되거나 또는 통합되지 않음)을 포함하는 게놈을 가지는 동물을 의미하고 좋게는 상기 트랜스유전자들을 발현할 수 있는 동물이다. 예를 들어, 트랜스제닉 마우스는 인간 경쇄 트랜스유전자 및 인간 중쇄 트랜스유전자 또는 인간 중쇄 트랜스염색체 중 어느 하나를 가질 수 있으며, 그로 인해 상기 마우스가 CLDN18.2 항원 및/또는 CLDN18.2를 발현하는 세포들로 면역화되는 경우 상기 마우스는 인간 항-CLDN18.2 항체들을 생산한다. 인간 중쇄 트랜스유전자는 트랜스제닉 마우스, 예컨대 HCo7 또는 HCol2 마우스 같은 HuMAb 마우스 또는 인간 중쇄 트랜스유전자의 경우에서처럼 마우스의 염색체 DNA 내로 통합될 수 있거나, 또는 상기 인간 중쇄 트랜스유전자는 WO 02/43478에 기재된 대로 트랜스염색체성 마우스 (예컨대, KM)의 경우 같이 염색체 외적으로 유지될 수 있다. 그러한 트랜스제닉 및 트랜스염색체성 마우스는 V-D-J 재조합 및 이소형 스위칭을 통해 CLDN18.2에 대한 인간 단일클론 항체들의 복수 이소형들 (예컨대, IgG, IgA 및/또는 IgE)을 생산할 수 있을 것이다.
용어 "면역학적으로 동등한 (immunologically equivalent)"은 면역학적으로 동등한 아미노산 서열 같은 면역학적으로 동등한 분자가 동일한 또는 본질적으로 동일한 면역학적 특성을 나타내고/나타내거나 동일한 또는 본질적으로 동일한 면역학적 효과, 예를 들어 체액성 면역반응의 유도, 유도된 면역반응의 강도 및/또는 지속, 또는 면역반응의 특이성 같은 면역학적 효과의 타입에 대한 효과를 나타낸다는 것을 의미한다. 본 발명의 맥락에서, 용어 "면역학적으로 동등한"은 좋게는 면역화 또는 항체에 사용되는 펩타이드 또는 펩타이드 변이체의 면역학적 효과들 또는 특성들에 관하여 사용된다. 특정 면역학적 특성은 항체들에 결합하는 능력이고, 적절하게는 면역반응을 발생시키는, 좋게는 항체들의 생산을 자극함으로써 면역반응을 발생시키는 능력이다. 예를 들어, 아미노산 서열이 대상자의 면역시스템에 노출되는 경우 면역반응, 바람직하게는 레퍼런스 아미노산 서열, 예컨대 CLDN18.2의 일부를 형성하는 레퍼런스 아미노산 서열과 반응하는 특이성을 가지는 면역반응을 유도하는 경우 상기 아미노산 서열은 상기 레퍼런스 아미노산 서열과 면역학적으로 동등하다.
본 발명은 시료에서 CLDN18.2 항원의 존재를 검출하거나, 또는 CLDN18.2 항원의 양을 측정하는 방법들을 제공하며, 상기 방법은 시료, 및 선택적으로 대조군 시료와 CLDN18.2와 결합하는 본 발명의 항체를 상기 항체와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 허용하는 조건들 하에서 접촉시키는 단계를 포함한다. 복합체의 형성은 이후에 검출되고, 대조군 시료와 비교하여 상기 시료 간의 복합체 형성의 차이가 상기 시료 내 CLDN18.2 항원의 존재를 나타낸다.
상기 기재된 방법들은, 특히 암 질환들 같은 CLDN18.2-관계된 질환들을 진단하는 데 유용하다. 좋게는 레퍼런스 또는 대조군 시료 내 CLDN18.2의 양보다 더 높은 시료 내 CLDN18.2의 양은 상기 시료가 유래된 대상자, 특히 인간에서 CLDN18.2-관계된 질환의 존재를 나타낸다.
상기 기재된 방법들에 이용되는 경우, 본 명세서에 기재된 항체는 (i) 검출가능한 시그널을 제공하는 것; (ii) 첫 번째 또는 두 번째 표지에 의해 제공되는 상기 검출가능한 시그널을 변형시키는 두 번째 표지, 예컨대 FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer)와 상호작용하는 것; (iii) 전하, 소수성, 형태 (shape), 또는 다른 물리적 매개변수들에 의한 운동성, 예컨대 전기영동적 운동성에 영향을 미치는 것, 또는 (iv) 캡처 모이어티, 예컨대 친화도, 항체/항원, 또는 이온화 복합체형성 (complexation)을 제공하는 것에 기능하는 표지와 함께 제공될 수 있다. 표지로서 적합한 구조들은, 예컨대 형광성 표지들, 발광성 표지들, 발색단 표지들, 방사성동위원소성 표지들, 동위원소성 표지들, 좋게는 안정적 동위원소성 표지들, 동중원자핵성 (isobaric) 표지들, 효소 표지들, 입자 표지들, 특히 금속 입자 표지들, 자성 입자 표지들, 폴리머 입자 표지들, 바이오틴 같은 작은 유기분자들, 세포 부착 단백질들 또는 렉틴 같은 수용체들 또는 결합 분자들의 리간드들, 핵산을 포함하는 표지-서열들 및/또는 결합제 등의 사용에 의해 검출될 수 있는 아미노산 잔기들이다. 표지들은 황산바륨, 이오세탐산, 이오파노산, 칼슘 이포데이트 (calcium ipodate), 나트륨 디아트리조에이트, 메그루민 디아트리조에이트, 메트리자미드, 나트륨 티로파노에이트, 및 플루오린-18 및 탄소-11 같은 양전자방출핵들 (positron emitters), 이오딘-123, 테크네티움-99m, 이오딘-131 및 인디움-111 같은 감마 방출체, 플루오린 및 가돌리니움 같은 핵자기공명을 위한 뉴클라이드들 (nuclides)을 포함하는 방사성 진단제를 포함하지만, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명에 따르면, 레퍼런스 시료 또는 레퍼런스 생물체 같은 "레퍼런스 (reference)"는 본 발명의 방법들에서 테스트 시료 또는 테스트 생물체로부터 얻어진 결과들을 연관시켜 비교하기 위해 이용될 수 있다. 전형적으로 상기 레퍼런스 생물체는 건강한 생물체, 특히 암 질환 같은 질환으로 고통받지 않는 생물체이다. "레퍼런스 값" 또는 "레퍼런스 레벨"은 충분히 많은 수의 레퍼런스들을 측정함으로써 경험적으로 레퍼런스로부터 결정될 수 있다. 좋게는 상기 레퍼런스 값은 최소 2개, 좋게는 최소 3개, 좋게는 최소 5개, 좋게는 최소 8개, 좋게는 최소 12개, 좋게는 최소 20개, 좋게는 최소 30개, 좋게는 최소 50개, 또는 좋게는 최소 100개의 레퍼런스들을 측정함으로써 결정된다.
본 명세서에서 사용되는 "감소하다 (reduce)" 또는 "억제하다 (inhibit)"는 레벨에서 전체적인 하락 (decrease), 좋게는 5% 또는 그 이상, 10% 또는 그 이상, 20% 또는 그 이상, 보다 좋게는 50% 또는 그 이상, 및 가장 좋게는 75% 또는 그 이상의 하락을 야기하는 능력을 의미한다. 용어 "억제하다" 또는 유사한 구들은 완전한 또는 본질적으로 완전한 억제, 즉 제로 또는 본질적으로 제로까지의 감소를 포함한다.
"증가하다 (increase)" 또는 "증대하다 (enhance)" 같은 용어들은 좋게는 약 최소 10%, 좋게는 최소 20%, 좋게는 최소 30%, 보다 좋게는 최소 40%, 보다 좋게는 최소 50%, 보다 더 좋게는 최소 80%, 및 가장 좋게는 최소 100%까지의 증가 또는 증대에 관한 것이다.
본 명세서에 기재된 제제들, 조성물들 및 방법들은 질환을 가지는 대상자를 진단하는 데 이용될 수 있다. 진단될 수 있는 질환들은 CLDN18.2를 발현하는 모든 질환들을 포괄한다. 특히 선호되는 질환들은 본 명세서에 기재된 암 질환들 같은 암 질환들이다.
본 발명에 따르면, 용어 "질환 (disease)"은 암 질환들, 특히 본 명세서에 기재된 암 질환들의 이러한 형태들을 포함하는 어떠한 병리학적 상태 (pathological state)에 관한 것이다.
용어 "정상 조직" 또는 "정상 상태들"에서 이용되는 것 같은 용어 "정상적 (normal)"은 건강한 조직 또는 건강한 대상자의 상태들, 즉 비-병리학적 상태들을 의미하고, "건강한 (healthy)"은 좋게는 비-암성 (non-cancerous)을 의미한다.
본 발명에 따른 "CLDN18.2를 발현하는 세포들을 포함하는 질환"은 질환성 조직 또는 기관의 세포들에서 CLDN18.2의 발현이 건강한 조직 또는 기관에서의 상태와 비교하여 좋게는 증가된다는 것을 의미한다. 증가는 최소 10%, 특히 최소 20%, 최소 50%, 최소 100%, 최소 200%, 최소 500%, 최소 1000%, 최소 10000% 또는 심지어 그 이상까지의 증가를 의미한다. 하나의 구현예에서, 발현은 질환성 조직에서만 발견되는 반면에, 건강한 조직에서의 발현은 억제된다. 본 발명에 따르면, CLDN18.2를 발현하는 세포들을 포함하거나 또는 이들과 연관되는 질환들은 암 질환들, 특히 본 명세서에 기재된 암의 이러한 형태들을 포함한다.
본 발명에 따르면, 용어 "종양 (tumor)" 또는 "종양 질환 (tumor disease)"은 세포들의 비정상적 성장 (신생형성 세포들 또는 종양 세포들로 불림)에 의해 형성되는 팽창 (swelling) 또는 병소 (lesion)를 의미한다. "종양 세포"는 빠르고 조절되지 않는 세포내 증식에 의한 성장 및 새로운 성장을 개시하였던 자극들이 중단된 후 성장을 지속하는 비정상적인 세포를 의미한다. 종양들은 구조적 조직의 일부 또는 전체적 부재 및 정상 조직과의 기능적 조정 (coordination)을 나타내며, 양성, 전-악성 또는 악성 중 어느 하나일 수 있는 항상 독특한 크기의 조직을 형성한다.
양성 종양은 암의 3개의 악성 특징들이 없는 종양이다. 따라서, 양성 종양은 정의에 따라 무제한적 및 공격적 방식으로 성장하지 않거나, 주위 조직을 공격하지 않고, 비-인접성 조직들로 퍼져가지 않는다 (전이하지 않는다). 양성 종양의 일반적 예들은 기태 (moles) 및 자궁 섬유양들을 포함한다.
용어 "양성 (benign)"은 온화하고 비공격적인 질환을 포함하며, 실제로 많은 종류의 양성 종양들은 건강한 사람에게 해롭지 않다. 하지만, 암의 공격성 특성들을 가지지 않는 "양성 종양들"로 정의된 일부 종양들 (neoplasms)은 음성적 건강 효과들을 여전히 생산할 것이다. 이러한 예들은 "종괴 효과 (mass effect)" (혈관 같은 치명적 기관들의 압박), 또는 어떤 호르몬들을 과다생산할 수 있는 내분비 조직의 "기능적" 종양들 (예들은 갑상선 선종, 부신피질선종, 및 뇌하수체 선종을 포함함)을 생산하는 종양들을 포함한다.
양성 종양들은 전형적으로 악성 방식으로 행동하는 능력을 억제하는 외부 표면 (outer surface)에 의해 둘러싸여 있다. 일부 경우들에서, 어떤 "양성" 종양들은 이후에 종양의 신생형성 세포들의 서브개체군에서 추가적인 유전적 변화들로부터 초래되는 악성 암들을 발생시킬 수 있다. 이러한 현상의 두드러진 예는 대장암에서 중요한 전구체인 일반적 타입의 대장 폴립 (polyp)인 관상 선종이다. 암으로 빈번하게 진행하는 대부분의 종양들과 같이, 관상 선종에서의 세포들은 종합적으로 이형성증 (dysplasia)으로 알려진 세포 성숙 및 외관의 특정 비정상성들을 나타낸다. 상술한 세포내 비정상성은 거의 또는 결코 암성으로 전환하지 않는 양성 종양들에서는 발견되지 않지만, 자궁경부의 전-암성 병소들 같은 독특한 종괴들을 형성하지 않는 다른 전-암성 조직 비정상성에서 보여진다. 일부 권위자들 (authorities)은 "전-악성 (pre-malignant)" 같은 이형성성 종양들을 언급하는 것을 선호하고 거의 또는 결코 암을 발생시키지 않는 종양들을 위한 용어로 "양성"을 사용한다.
신생물 (neoplasm)은 종양 형성 (neoplasia)의 결과로서 조직의 비정상 종괴이다. 종양 형성 (그리스어로 새로운 성장)은 세포들의 비정상적 증식이다. 세포들의 성장이 과다하게 진행되고, 그 주위의 정상 조직의 성장과 조화되지 않는다. 상기 성장은 상기 자극들의 중단 후에도 동일한 과도한 방식으로 지속된다. 상기 성장은 항상 덩어리 (lump) 또는 종양을 야기한다. 신생물은 양성, 전-악성 또는 악성일 수 있다.
본 발명에 따른 "종양의 성장" 또는 "종양 성장"은 종양의 크기를 증가시키는 종양의 경향 및/또는 증식하고자 하는 종양 세포들의 경향에 관한 것이다.
암 (의학적 명명: 악성 신생물 (malignment neoplasm))은 하나의 그룹의 세포들이 조절되지 않는 성장 (정상 한계들을 넘는 분열), 침입 (주변 조직들에 대한 침범 및 이에 대한 파괴), 및 때때로 전이 (림프 또는 혈액을 통해 신체의 다른 위치들로 전파하는 것)를 나타내는 질환들의 클래스이다. 암들의 상술한 3개의 악성 특성들은 자가-제한되고 침입하거나 또는 전이하지 않는 양성 종양들과 암들을 구별시킨다. 대부분의 암들을 종양을 형성하지만 백혈병 같은 몇몇은 종양을 형성하지 않는다. 본 발명에 따르면, 용어 "암" 및 "종양" 또는 "암 질환" 및 "종양 질환"은 일반적으로 세포들이 조절되지 않는 성장 및 선택적으로 침입 (invasion) 및/또는 전이를 나타내는 질환을 의미하기 위해 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다.
좋게는, 본 발명에 따른 "암 질환"은 CLDN18.2를 발현하는 세포들에 의해 특징화된다. CLDN18.2를 발현하는 세포는 바람직하게는 암세포, 바람직하게는 본 명세서에서 기재된 종양들 및 암들이고, 그러한 세포는 위 세포를 제외한 세포이다.
암들은 종양을 닮은 세포의 타입에 의해 분류되고, 이에 따라 상기 조직은 종양의 기원으로 예측되었다. 상술한 것들은 각각 조직학 및 위치 (location)에 해당한다.
본 발명에 따른 용어 "암"은 백혈병들, 고환종들, 흑색종들, 테라토마들, 림프종들, 신경모세포종들, 신경교종들, 직장암, 자궁내막암, 신장암, 부신암, 갑상선암, 혈액암, 피부암, 뇌암, 자궁경부암, 장암 (intestinal cancer), 간암, 대장암, 위암, 장암 (intestine cancer), 두경부암, 위장관암, 림프절암, 기관지암, 직장암 (colorectal cancer), 췌장암, ENT (ear, nose and throat) 암, 유방암, 전립선암, 자궁암, 난소암 및 폐암 및 이의 전이암들을 포함한다. 이의 예들은 폐 암종들, 유방 암종들, 전립선 암종들, 대장 암종들, 신장세포 암종들, 자궁경부 암종들, 또는 상술한 암 타입들 또는 종양들의 전이암들이다. 본 발명에 따른 용어 암은 암 전이들도 포함한다.
주요 타입의 폐암은 소세포성 폐 암종 (SCLC) 및 비-소세포성 폐 암종 (NSCLC)이다. 비-소세포성 폐 암종의 3개의 주요 서브-타입들이 있다: 편평상피성 폐암, 선암 및 큰 세포 폐 암종. 선암들은 약 10%의 폐암들을 차지한다. 소세포 폐암과 편평상피성 폐암이 모두 중심에 위치되는 경향을 가지는 것과는 반대로 이러한 암은 항상 폐에서 말초적으로 보여진다.
본 발명에 따르면, "암종 (carcinoma)"은 상피세포들로부터 유래되는 악성 종양이다. 이러한 그룹은 유방, 전립선, 폐 및 대장암의 공통적 형태들을 포함하는 가장 일반적인 암들을 나타낸다.
"전이 (metastasis)"는 암세포들의 원래 위치들로부터 신체의 다른 부분으로 전파를 의미한다. 전이의 형성은 매우 복잡한 과정으로 일차 종양으로부터 악성 세포들의 이탈 (detachment), 세포외 매트릭스의 침입, 체강 및 혈관으로 진입하기 위한 내피 기저막 (basement membranes)의 투과 및 이후에 혈액에 의한 이동 후 타겟 기관들의 침윤 (infiltration)에 의존적이다. 마지막으로, 타겟 위치에서 새로운 종양의 성장, 즉 이차 종양 또는 전이성 종양이 혈관형성 (angiogenesis)에 의존한다. 종양 전이는 종양세포들 또는 구성성분들이 남아있고 전이능 (metastatic potential)을 발생할 수 있기 때문에 종종 일차 종양의 제거 후에도 발생한다. 하나의 구현예에서, 본 발명에 따른 용어 "전이 (metastasis)"는 일차 종양 및 지역적 림프절 시스템으로부터 떨어져 존재하는 전이에 관계된 "원거리 전이 (distant metastasis)"에 관한 것이다.
이차 또는 전이성 종양 세포들은 원래 종양의 세포들과 같다. 이것은, 예를 들어 난소암이 간으로 전이된 경우 상기 이차 종양이 비정상적 간세포가 아니라 비정상적 난소세포들로 구성된다는 것을 의미한다. 간에서의 종양은 이후 간암이 아니라 전이성 난소암으로 불리운다.
사람이 과거에 영향을 주었던 상태에 의해 다시 영향받는 경우 재발 (relapse) 또는 회귀 (recurrence)가 일어난다. 예를 들어, 환자가 암 질환으로 고통받았거나, 상기 질환의 성공적인 치료를 받았고 다시 상기 질환이 발병한 경우, 상기 새로이 발병된 질환은 재발 또는 회귀로서 고려될 수 있다. 하지만, 본 발명에 따르면, 암 질환의 재발 또는 회귀는 반드시 원래의 암 질환의 위치에서 발생될 필요는 없을 것이다. 따라서, 예를 들어, 환자가 난소 종양으로 고통받았고 성공적인 치료를 받았던 경우 재발 또는 회귀는 난소 종양의 발생이거나 또는 난소와 다른 위치에서 종양의 발생일 수 있다. 또한 종양의 재발 또는 회귀는 종양이 원래 종양의 위치 뿐 아니라 원래 종양의 위치와 다른 위치에서 발생하는 상황들 (situations)을 포함한다. 좋게는, 환자가 치료를 받았던 원래 종양이 일차 종양이고 상기 원래 종양의 위치와 다른 위치에서의 종양이 이차 또는 전이성 종양이다.
"치료하다 (treat)"는 대상자에서 종양의 크기 또는 종양들의 수를 감소시키는 것; 대상자에서 질환을 저지 또는 둔화시키는 것; 대상자에서 새로운 질환의 발병을 억제 또는 둔화시키는 것; 현재 질환을 가지거나 또는 이전에 상기 질환을 가졌었던 대상자에서 증상들 및/또는 재발의 빈도 또는 심각성을 약화시키는 것; 및/또는 대상자의 수명을 연장, 즉 증가시키는 것을 포함하는 질환을 예방 또는 제거하기 위해 대상자에게 화합물 또는 조성물을 투여하는 것을 의미한다.
특히, 용어 "질환의 치료"는 치유 (curing)하거나, 지속기간을 짧게 하거나, 진행을 개선, 예방, 둔감 또는 억제시키거나, 또는 질환의 개시 또는 이의 증상들을 악화, 예방 또는 지연시키는 것을 포함한다.
"위험 하에 있다는 것 (being at risk)"은 일반적인 개체군과 비교하여 질환, 특히 암을 발병할 정상적 기회보다 더 높게 가지는 것으로 동정된 대상자, 즉 환자를 의미한다. 또한, 질환, 특히 암을 가졌었던, 또는 현재 가지고 있는 대상자는 암을 발병할 증가된 위험성을 가지는 대상자로, 보통 그러한 대상자는 질환을 발병시키는 것을 지속할 수 있다. 현재 암을 가지거나, 또는 가졌었던 대상자들은 또한 암 전이에 대한 증가된 위험을 가진다.
용어 "면역치료법 (immunotherapy)"은 특이적 면역반응을 포함하는 치료에 관한 것이다. 본 발명의 맥락에서, "보호하다 (protect)", "예방하다 (prevent)", "예방적 (prophylactic)", "예방적 (preventive)", 또는 "보호적 (protective)" 같은 용어들은 대상자에서 질환의 발생 (occurrence) 및/또는 번식 (propagation)의 예방 또는 치료 또는 모두에 관한 것이고, 특히 대상자가 질환을 발병할 가능성을 최소화시키거나 또는 질환의 발생을 지연시키는 것에 관한 것이다. 예를 들어, 상기 기재된 대로 종양에 대한 위험 하에 있는 사람은 종양을 예방하기 위한 치료법을 위한 후보일 것이다. 면역치료법은 제제들이 환자로부터 유래된 항원-발현 세포들을 제거하는 데 기능하는 다양한 기술들 중 어떠한 것을 이용하여 실시될 수 있다.
어떤 구현예들 내에서, 면역치료법은 능동 (active) 면역치료법일 수 있는데, 상기 면역치료법에서 치료는 면역 반응-변형성 제제들 (예컨대 면역반응성 펩타이드들 및 핵산들)의 투여와 함께 질환성 세포들에 대해 반응하기 위한 내부 숙주 면역 시스템의 인 비보 자극에 의존한다.
다른 구현예들 내에서, 면역치료법은 수동 (passive) 면역치료법일 수 있는데, 상기 면역치료법에서 치료는 항종양 효과들을 직접적으로 또는 간접적으로 매개할 수 있고 반드시 고유의 숙주 면역 시스템에 의존할 필요없는 확립된 종양-면역 반응성 (예컨대 항체들)을 가지는 제제들의 운반을 포함한다.
용어 "인 비보 (in vivo)"는 대상자 내 상황 (situation)에 관한 것이다.
용어들 "대상자 (subject)", "개인 (individual)", "생물체 (organism)" 또는 "환자 (patient)"는 상호교환가능하게 사용되고 척추동물들, 좋게는 포유동물들에 관한 것이다. 예를 들어, 본 발명의 맥락에서 포유동물들은 인간들, 비-인간 영장류들, 개, 고양이, 양, 소, 염소, 돼지, 말 등과 같은 가축류 동물들, 마우스, 랫트, 래빗, 기니아 피그, 등과 같은 실험실 동물들 뿐 아니라 동물원의 동물들 같은 우리 안 동물들이다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "동물"은 또한 인간을 포함한다. 용어 "대상자"는 또한 환자, 즉 동물, 좋게는 질환, 좋게는 본 명세서에 기재된 질환을 가지는 인간을 포함할 수 있다.
본 발명에 따르면, "시료 (sample)"는 본 발명에 따라 유용한 어떠한 시료, 특히 체액을 포함하는 조직 시료 및/또는 세포내 시료 같은 생물학적 시료일 수 있으며 펀치 생검을 포함하는 조직 생검, 및 혈액, 기관지 흡인물 (bronchial aspirate), 가래, 오줌, 대변 또는 다른 체액들의 채취 같은 통상적인 방식으로 얻어질 수 있다. 본 발명에 따르면, 용어 "시료"는 또한 생물학적 시료들의 분획물들 또는 분리체들, 예를 들어 핵산 및 펩타이드/단백질 분리체들 같은 프로세싱된 시료들을 포함한다. 좋게는 시료는 조사될, 예컨대 암을 위해 진단될 기관의 세포들 또는 조직을 포함한다. 예를 들어, 진단될 암이 폐암인 경우 시료는 폐로부터 얻어지는 세포들 또는 조직을 포함할 수 있다.
본 발명에 따르면 시료는 종양 또는 암세포들을 포함하거나 또는 포함하는 것으로 의심되는 환자로부터 유래되는 신체 시료 (bodily sample) 같은 시료일 수 있다. 신체 시료는 혈액 같은 어떠한 조직 시료, 일차 종양 또는 종양 전이들로부터 얻어진 조직 시료 또는 종양 또는 암세포들을 포함하는 어떠한 다른 시료일 수 있다.
도 1: 클라우딘 18 단백질들 (인간/마우스)의 서열 정렬
서열 정렬은 인간과 마우스 클라우딘 18.2 간의 높은 상동성 및 인간 클라우딘 18.1 및 인간 클라우딘 18.2 간의 높은 상동성을 보여준다.
도 2: 마우스 면역화에 사용된 CLDN18.2 (aa191-261)의 C-말단 부위를 포함하는 재조합 단백질
도 3: 43-14A 및 35-22A 항체의 서열-분석
본 발명은 하기 도 및 실시예들에 의해 상세하게 기재되고, 상기 도 및 실시예들은 오직 예시 목적을 위해 이용되고 제한하는 것을 의미하지 않는다. 상세한 설명과 실시예들로 인해, 본 발명에 포함될 것 같은 추가적인 구현예들이 당업자에게 접근가능하다.
실시예들
본 명세서에서 사용되는 기술들 및 방법들은 본 명세서에 기재되거나 또는 그 자체로 알려진 방식 및 기재된 방식, 예컨대 Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.에 기재된 대로 실시한다. 키트 및 시약들의 사용을 포함하는 모든 방법들은 특별하게 지시되지 않는 한 제조자의 정보에 따라 실시한다.
실시예 1: 단일클론 항체들의 제조
이러한 프로젝트의 목적은 위 CA, 식도 CA, 췌장 CA 및 폐 CA FFPE 조직들에서 CLDN18.2를 발현하는 종양세포들을 검출할 수 있는 마우스 단일클론 CLDN18-특이적 항체들을 제조하는 것이었다.
매우 특이적이고 높은 친화도를 가지는 진단성 CLDN18.2 항체를 제조하기 위해 큰 변이성을 가지는 다른 면역원들 및 보조제들을 이용한 면역화 프로토콜들을 시작하는 것이 필수적이었다. 프로젝트 동안, 약 100마리의 마우스 (C57Bl/6 및 Balb/c)에 α-CLDN18 면역반응을 촉발시키기 위한 다양한 면역화 전략들을 이용하여 접종하였다.
마우스 면역 시스템을 촉발시키고 면역 내성을 극복하기 위해 본 발명자들은 바이러스-유사-입자들 (virus-like-particles, VLP), 펩타이드-컨쥬게이트들 및 다른 발현 파트너들 (택들 (tags))과 함께 재조합 융합 단백질들로서 발현되는 다른 부분들의 인간 CLDN18.2를 코딩하는 재조합 단백질들을 사용하였다.
13개의 다른 면역화 전략들 중에서 가장 우수한 결과들은 마우스에 다양한 보조제들 (하기 표 1 참고, 융합 35)과 조합하여 HIS-태깅된 CLDN18 C-말단 재조합 단백질 (도 2 참고; 면역화 #20)을 처리함으로써 달성되었다.
하나의 후보물질 (35-22A)이 4 단계-면역화 전략 (30일)으로부터 얻었다. 추가적인 후보물질 (43-14A)은 7-단계-면역화 프로토콜 (79일)에 따라 제조하였다 (하기 표 1 참고, 융합 43).
비장 절제 2일 전에, 마우스가 타겟팅된 B-세포들을 활성화시키기 위해 마우스를 부스팅 (boost)하였다.
융합 하루째 마우스 비장세포들을 분리하여 마우스 골수종 세포주 Ag8.653과 융합하였다. 상기 골수종과 마우스 세포들의 융합을 위해 본 발명자들은 Khler 및 Milstein 1975에 의해 공개된 표준 프로토콜을 이용하였다. HAT 선택 후 상층액들이 면역화를 위해 사용된 항원을 인지하는 항체들의 분비를 위한 ELISA를 테스팅하였다.
ELISA 양성 상층액들의 하이브리도마 세포들이 서브클로닝되어 단일클론 하이브리도마들을 제조하였으며 상기 서브클로닝된 하이브리도마 세포들의 상층액들을 ELISA로 재스크리닝하였다. 양성 클론들의 하이브리도마 세포들이 증식되고 상층액들을 추가적으로 분석하였다.
실시예 2: 단일클론 하이브리도마 상층액들의 웨스턴 블랏 스크리닝
상층액 내 ELISA-양성 항체들이 재조합 클라우딘 18 또는 안정적으로 트랜스펙션된 클라우딘 18을 발현하는 HEK293 세포들로부터 얻어진 단백질 용해물들 중 어느 하나에 결합할 수 있는 지에 대한 문제를 확인하기 위해 웨스턴 블랏-분석을 실시하였다. 웨스턴 블랏-분석에서 클라우딘 18에 특이적으로 결합할 수 있었던 항체들이 확장되었다. 세포들이 동결보존되었고 항체들은 MABselect (FPLC)을 통해 정제하였다. 웨스턴 블랏 스크리닝에 의해 선택된 항체들이 정제되었고 면역조직화학에 의해 포르말린 고정된 파라핀-임베드된 조직 (FFPE)에서 항원에 결합하는 항체의 능력을 평가하였다.
실시예 3: 조직학적 분석 - 웨스턴 블랏 양성 항체들의 첫 번째 스크리닝
이러한 실험의 목적은 CLDN18 특이성 및 상기 항체들의 민감성을 체크하기 위한 것이었다. 이것은 CLDN18 발현 FFPE 정상 위 조직을 이용하여 실시하였다.
첫 번째 실험에서 상기 웨스턴 블랏으로 테스팅되었던 정제된 항체들을 인간 위 FFPE 절단들에 대해 0.5 μg/ml의 농도로 분석하였다. 민감성 및 특이성을 테스트하기 위해, 잘 기능하고 높은 양의 백그라운드를 생산하지 않았던 항체들을 다양한 정상 위 조직들에 대해 0.2 및 0.1 μg/ml까지 추가적으로 적정하였다. 가장 우수한 항체가 이미 0.2 μg/ml에서 매우 잘 기능하였고 기준 (benchmark)으로 사용하였기 때문에 이후의 발병 단계들에서는 신선하게 제조된 항체들을 0.2 μg/ml의 농도에서 직접적으로 테스팅하였다. 테스팅된 인간 위 조직의 점막 상피에서 강한 시그널들을 나타내고 주변 점막 조직들에서 어떠한 백그라운드 시그널을 발생하지 않는 항체들을 추가적인 적정 실험들 및 특이성 분석을 위해 선택하였다. 두 개의 항체들이 뛰어나게 기능하였다: 35-22A 및 43-14A; 하기 표 2 및 표 3을 참고하라.
테스팅된 정상 위 조직에서 강한 시그널들을 생산하는 항체들을 암 조직들에 대해 추가적으로 분석하엿다. 상응하는 하이브리도마 세포들을 혈청 부재 배지에 적응시켰다. mumAb 43-14A를 이용하여 생산된 시그널들이 mumAb 35-22A를 이용하여 생산된 시그널들보다 약간 더 강력하였다; 하기 표 4를 참조하라.
실시예 4: 조직학적 깊이 분석 및 항체 특징 분석
혈청 없이 생산된 항체들을 위 CA 조직 마이크로어레이 (TMA)를 염색하기 위해 사용하였다. 염색된 경우들의 양, 상기 시그널의 강도 및 양성 종양세포들의 양을 분석하였다.
mumAbs 35-22A 및 43-14A의 염색 강도들이 우수하였다. 테스팅된 항체들인 35-22A 및 43-14A 간의 염색 패턴에서의 어떠한 유의한 차이들이 검출되지 않았으며 이들의 염색 강도에서 약간의 차이만이 검출되었다.
실시예 5: 정상 조직 패널을 이용한 항체 특이성의 분석
선택된 항체들이 다양하고 관련된 정상 조직들에서 테스팅되어 높은 CLDN18 타겟 특이성을 확인하였다; 하기 표 5a 및 표 5b를 참조하라.
상기 항체들인 35-22A 및 43-14A의 염색 패턴 및 염색 강도에서 어떠한 유의적 차이가 이전 실험들에서 볼 수 없었다. 따라서 상기 항체들은 보다 임상적으로 지향된 프로토콜로 염색 실험들에 사용하였다. 표준 병리학 실험실에서 적용되는 염색 과정들을 시뮬레이션하기 위해 짧은 (1시간) 일차 항체 배양 단계를 가지는 One-Day-프로토콜이 확립되었다.
모든 분석된 경우들에서 mumAb 43-14A가 mumAb 35-22A와 비교하여 매우 우수하고 더욱 더 좋게 기능하였다; 하기 표 6을 참조하라.
실시예 6: 관련 조직에서의 깊이 분석 - 호흡기 상피
mumAb 43-14A가 다양한 관련 호흡기 조직들에 대해 추가적으로 분석되어 특이성, 특히 폐/기도의 타겟 조직에서의 특이성을 확인하였다. 상술한 조직들에서 CLDN18.1의 발현이 보고되었다. 상기 진단성 항체가 CLDN18.1의 폐/기관지 발현된 이소형과 교차로 반응하는 지 여부를 분석하기 위해 모든 이용가능한 폐/기관지 조직들을 스크리닝하였다. 어떠한 시그널들도 폐 및 기관지 조직들에서 검출되지 않았다; 하기 표 7을 참조하라. 상술한 호흡기 조직들에서 발현된 CLDN18 이소형은 항체 43-14A에 의해 인지되지 않는다.
실시예 7: mumAbs 43-14A 및 35-22A의 에피토프 맵핑
CLDN18.2 상의 항체-결합 에피토프들을 동정하기 위해 펩타이드 ELISA를 실시하였다. 각각의 정제된 항체가 CLDN18.2의 C-말단 서열을 포함하는 중첩성 펩타이드들에 대해 테스팅되었다. 35-22A 및 43-14A 모두는 펩타이드 TEDEVQSYPSKHDYV에 대해 에피토프 맵핑에 특이적인 결합을 나타냈다. 다음의 서열을 반응성 서열로 결정하였다: EVQSYPSKHDYV.
실시예 8: mumAbs 43-14A 및 35-22A의 서열 분석
43-14A 및 35-22A 항체들의 서열에 대한 분석이 도 3에 제시된다.
실시예 9: 다른 암 조직들의 염색
면역조직화학법 (IHC)을 4% 완충된 포르말린 고정된 파라핀 임베드된 시료들의 슬라이드 상에서 실시하였다. 파라핀 임베딩 (embedding)은 표준 프로토콜에 따라 실시하였다.
탈파라핀화 후, 모든 슬라이드들이 0.05% Tween-20 (pH 6.0)이 보충된 10 mM 시트르산에서 120℃에서 10분 동안 끓인 후 퀀칭 (2% H2O2에 의해)되어 블락킹됨에 따라 항원을 회수하여 0.2 내지 0.5 μg/ml의 진단성 단일클론 마우스 항-CLNDN18.2 항체 43-14A 또는 35-22A와 4℃에서 하룻밤 동안 반응시켰다. 항체 결합은 폴리머-기반된 파워비전 항체 (Power Vision HRP goat-a-mouse; Immunologic, Duiven, The Netherlands) 및 기질-크로모겐 (chromogen) 용액 (VectorRed; Vector Labs, Burlingame, USA)을 이용한 호스래디쉬-퍼록시다제-표지된 이차 항체들로 시각화시켰다. 절단들이 이후에 마이어의 해마톡실린 (Carl Roth GmbH, Karlsruhe, Germany)으로 카운터-염색시켜 평가자에 의해 평가되었다.
조직학적 평가
모든 시료들은 각 절단에 있어서 가시적인 모든 종양세포들에 관한 양성 염색된 종양세포들의 상대적 비율에 대해 분석하였다. 염색 강도는 음성 (-), 약하게 양성 (1+), 중간 양성 (2+) 및 강하게 양성 (3+)으로 분류하였다. 막 염색만이 양성으로 고려하였다. 인간 위 조직이 각 염색을 위한 양성 대조군으로 사용하였다. PanIN (췌장성 상피간 종양 형성)이 빈번하게 강한 양성으로 나타났으며, 상술한 영역들도 강한 양성 (3+)에 대한 내적 염색 강도 레퍼런스로 고려하였다.
강한 막 시그널들이 췌장, 기관지 및 위 암성 조직들에서 항체 모두 (표 8) 또는 폐 암성 조직들에서 항체 43-14A (표 9)에 의해 나타났다. 양성 종양세포들의 수는 개인 간 다른 종양 케이스들 사이에서 다양하였다. 상기 분석된 시료들의 가장 큰 부분은 2+ 내지 3+ 양성이었다.
[표 1]
Figure 112014107512881-pct00001
[표 2]
Figure 112020003729580-pct00014
[표 3]
Figure 112020003729580-pct00015
[표 4]
Figure 112014107512881-pct00004
[표 5a]
Figure 112014107512881-pct00005
[표 5b]
Figure 112014107512881-pct00006
[표 6]
Figure 112014107512881-pct00007
[표 7]
Figure 112014107512881-pct00008
[표 8]
단일클론 마우스 항체들인 43-14A 및 35-22A를 이용한 식도, 췌장 및 위 암성 조직들에서 CLDN18.2의 분석.
Figure 112020003729580-pct00016
PDAC=췌장 관세포암 (pancreatic ductal adenocarcinoma)
[표 9]
단일클론 마우스 항체인 43-14A를 이용하여 폐 암성 조직들에서 CLDN18.2 발현의 분석.
Figure 112020003729580-pct00017
SEQUENCE LISTING <110> Ganymed Pharmaceuticals AG <120> Antibodies useful in cancer diagnosis <130> 342-70 PCT <150> PCT/EP2012/001991 <151> 2012-05-09 <160> 25 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 261 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Ser Thr Thr Thr Cys Gln Val Val Ala Phe Leu Leu Ser Ile Leu 1 5 10 15 Gly Leu Ala Gly Cys Ile Ala Ala Thr Gly Met Asp Met Trp Ser Thr 20 25 30 Gln Asp Leu Tyr Asp Asn Pro Val Thr Ser Val Phe Gln Tyr Glu Gly 35 40 45 Leu Trp Arg Ser Cys Val Arg Gln Ser Ser Gly Phe Thr Glu Cys Arg 50 55 60 Pro Tyr Phe Thr Ile Leu Gly Leu Pro Ala Met Leu Gln Ala Val Arg 65 70 75 80 Ala Leu Met Ile Val Gly Ile Val Leu Gly Ala Ile Gly Leu Leu Val 85 90 95 Ser Ile Phe Ala Leu Lys Cys Ile Arg Ile Gly Ser Met Glu Asp Ser 100 105 110 Ala Lys Ala Asn Met Thr Leu Thr Ser Gly Ile Met Phe Ile Val Ser 115 120 125 Gly Leu Cys Ala Ile Ala Gly Val Ser Val Phe Ala Asn Met Leu Val 130 135 140 Thr Asn Phe Trp Met Ser Thr Ala Asn Met Tyr Thr Gly Met Gly Gly 145 150 155 160 Met Val Gln Thr Val Gln Thr Arg Tyr Thr Phe Gly Ala Ala Leu Phe 165 170 175 Val Gly Trp Val Ala Gly Gly Leu Thr Leu Ile Gly Gly Val Met Met 180 185 190 Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu Ala Pro Glu Glu Thr Asn Tyr Lys Ala 195 200 205 Val Ser Tyr His Ala Ser Gly His Ser Val Ala Tyr Lys Pro Gly Gly 210 215 220 Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe Gly Ser Asn Thr Lys Asn Lys Lys Ile 225 230 235 240 Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser 245 250 255 Lys His Asp Tyr Val 260 <210> 2 <211> 261 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Val Thr Ala Cys Gln Gly Leu Gly Phe Val Val Ser Leu Ile 1 5 10 15 Gly Ile Ala Gly Ile Ile Ala Ala Thr Cys Met Asp Gln Trp Ser Thr 20 25 30 Gln Asp Leu Tyr Asn Asn Pro Val Thr Ala Val Phe Asn Tyr Gln Gly 35 40 45 Leu Trp Arg Ser Cys Val Arg Glu Ser Ser Gly Phe Thr Glu Cys Arg 50 55 60 Gly Tyr Phe Thr Leu Leu Gly Leu Pro Ala Met Leu Gln Ala Val Arg 65 70 75 80 Ala Leu Met Ile Val Gly Ile Val Leu Gly Ala Ile Gly Leu Leu Val 85 90 95 Ser Ile Phe Ala Leu Lys Cys Ile Arg Ile Gly Ser Met Glu Asp Ser 100 105 110 Ala Lys Ala Asn Met Thr Leu Thr Ser Gly Ile Met Phe Ile Val Ser 115 120 125 Gly Leu Cys Ala Ile Ala Gly Val Ser Val Phe Ala Asn Met Leu Val 130 135 140 Thr Asn Phe Trp Met Ser Thr Ala Asn Met Tyr Thr Gly Met Gly Gly 145 150 155 160 Met Val Gln Thr Val Gln Thr Arg Tyr Thr Phe Gly Ala Ala Leu Phe 165 170 175 Val Gly Trp Val Ala Gly Gly Leu Thr Leu Ile Gly Gly Val Met Met 180 185 190 Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu Ala Pro Glu Glu Thr Asn Tyr Lys Ala 195 200 205 Val Ser Tyr His Ala Ser Gly His Ser Val Ala Tyr Lys Pro Gly Gly 210 215 220 Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe Gly Ser Asn Thr Lys Asn Lys Lys Ile 225 230 235 240 Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser 245 250 255 Lys His Asp Tyr Val 260 <210> 3 <211> 264 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 3 Met Ser Val Thr Ala Cys Gln Gly Leu Gly Phe Val Val Ser Leu Ile 1 5 10 15 Gly Phe Ala Gly Ile Ile Ala Ala Thr Cys Met Asp Gln Trp Ser Thr 20 25 30 Gln Asp Leu Tyr Asn Asn Pro Val Thr Ala Val Phe Asn Tyr Gln Gly 35 40 45 Leu Trp Arg Ser Cys Val Arg Glu Ser Ser Gly Phe Thr Glu Cys Arg 50 55 60 Gly Tyr Phe Thr Leu Leu Gly Leu Pro Ala Met Leu Gln Ala Val Arg 65 70 75 80 Ala Leu Met Ile Val Gly Ile Val Leu Gly Val Ile Gly Ile Leu Val 85 90 95 Ser Ile Phe Ala Leu Lys Cys Ile Arg Ile Gly Ser Met Asp Asp Ser 100 105 110 Ala Lys Ala Lys Met Thr Leu Thr Ser Gly Ile Leu Phe Ile Ile Ser 115 120 125 Gly Ile Cys Ala Ile Ile Gly Val Ser Val Phe Ala Asn Met Leu Val 130 135 140 Thr Asn Phe Trp Met Ser Thr Ala Asn Met Tyr Ser Gly Met Gly Gly 145 150 155 160 Met Gly Gly Met Val Gln Thr Val Gln Thr Arg Tyr Thr Phe Gly Ala 165 170 175 Ala Leu Phe Val Gly Trp Val Ala Gly Gly Leu Thr Leu Ile Gly Gly 180 185 190 Val Met Met Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu Thr Pro Asp Asp Ser Asn 195 200 205 Phe Lys Ala Val Ser Tyr His Ala Ser Gly Gln Asn Val Ala Tyr Arg 210 215 220 Pro Gly Gly Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe Gly Ser Asn Thr Arg Asn 225 230 235 240 Lys Lys Ile Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr Glu Asp Asp Glu Gln Ser 245 250 255 His Pro Thr Lys Tyr Asp Tyr Val 260 <210> 4 <211> 261 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Consensus Sequence <220> <221> MISC_FEATURE <222> (18)..(18) <223> Variable Amino Acid <400> 4 Met Ser Val Thr Ala Cys Gln Gly Leu Gly Phe Val Val Ser Leu Ile 1 5 10 15 Gly Xaa Ala Gly Ile Ile Ala Ala Thr Cys Met Asp Gln Trp Ser Thr 20 25 30 Gln Asp Leu Tyr Asn Asn Pro Val Thr Ala Val Phe Asn Tyr Gln Gly 35 40 45 Leu Trp Arg Ser Cys Val Arg Glu Ser Ser Gly Phe Thr Glu Cys Arg 50 55 60 Gly Tyr Phe Thr Leu Leu Gly Leu Pro Ala Met Leu Gln Ala Val Arg 65 70 75 80 Ala Leu Met Ile Val Gly Ile Val Leu Gly Ala Ile Gly Leu Leu Val 85 90 95 Ser Ile Phe Ala Leu Lys Cys Ile Arg Ile Gly Ser Met Glu Asp Ser 100 105 110 Ala Lys Ala Asn Met Thr Leu Thr Ser Gly Ile Met Phe Ile Val Ser 115 120 125 Gly Leu Cys Ala Ile Ala Gly Val Ser Val Phe Ala Asn Met Leu Val 130 135 140 Thr Asn Phe Trp Met Ser Thr Ala Asn Met Tyr Thr Gly Met Gly Gly 145 150 155 160 Met Val Gln Thr Val Gln Thr Arg Tyr Thr Phe Gly Ala Ala Leu Phe 165 170 175 Val Gly Trp Val Ala Gly Gly Leu Thr Leu Ile Gly Gly Val Met Met 180 185 190 Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu Ala Pro Glu Glu Thr Asn Tyr Lys Ala 195 200 205 Val Ser Tyr His Ala Ser Gly His Ser Val Ala Tyr Lys Pro Gly Gly 210 215 220 Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe Gly Ser Asn Thr Lys Asn Lys Lys Ile 225 230 235 240 Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser 245 250 255 Lys His Asp Tyr Val 260 <210> 5 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Peptide For Immunization <400> 5 Thr Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser Lys His Asp Tyr Val 1 5 10 15 <210> 6 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Peptide For Immunization <400> 6 Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser Lys His Asp Tyr Val 1 5 10 <210> 7 <211> 134 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 7 Met Ala Trp Val Trp Thr Leu Leu Phe Leu Met Ala Ala Ala Gln Ser 1 5 10 15 Ile Gln Ala Gln Ile Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Leu Lys Lys 20 25 30 Phe Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe 35 40 45 Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu 50 55 60 Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr Glu Thr Gly Val Pro Thr Tyr Ala 65 70 75 80 Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala Phe Ser Leu Glu Thr Ser Ala Ser 85 90 95 Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn Leu Lys Asn Glu Asp Thr Ala Thr 100 105 110 Tyr Phe Cys Ala Arg Arg Thr Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 115 120 125 Thr Leu Thr Val Ser Ser 130 <210> 8 <211> 8 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 8 Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser 1 5 <210> 9 <211> 8 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 9 Ile Asn Thr Glu Thr Gly Val Pro 1 5 <210> 10 <211> 8 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 10 Ala Arg Arg Thr Gly Phe Asp Tyr 1 5 <210> 11 <211> 132 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 11 Met Arg Phe Ser Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Val Leu Trp Ile Pro 1 5 10 15 Gly Ser Thr Ala Asp Ile Val Met Thr Gln Ala Ala Phe Ser Ile Pro 20 25 30 Val Thr Leu Gly Thr Ser Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Asn 35 40 45 Leu Leu His Ser Asp Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Arg 50 55 60 Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Arg Val Ser Asn Leu Ala 65 70 75 80 Ser Gly Val Pro Asn Arg Phe Ser Gly Ser Glu Ser Gly Thr Asp Phe 85 90 95 Thr Leu Arg Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr 100 105 110 Cys Val Gln Val Leu Glu Leu Pro Phe Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys 115 120 125 Leu Glu Ile Lys 130 <210> 12 <211> 11 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 12 Lys Asn Leu Leu His Ser Asp Gly Ile Thr Tyr 1 5 10 <210> 13 <211> 3 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 13 Arg Val Ser 1 <210> 14 <211> 9 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 14 Val Gln Val Leu Glu Leu Pro Phe Thr 1 5 <210> 15 <211> 140 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 15 Met Asn Phe Gly Leu Ser Leu Ile Phe Leu Val Leu Val Leu Lys Gly 1 5 10 15 Val Gln Cys Glu Val His Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys 20 25 30 Pro Gly Gly Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe 35 40 45 Ser Ser Tyr Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Glu Lys Arg Leu 50 55 60 Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Ser Tyr Tyr Pro 65 70 75 80 Asp Asn Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn 85 90 95 Asn Leu Tyr Leu Gln Met Ser His Leu Lys Ser Glu Asp Thr Ala Ile 100 105 110 Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Ser Tyr Tyr Asp Asn Ser Tyr Val Arg Asp 115 120 125 Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser 130 135 140 <210> 16 <211> 8 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 16 Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Ala 1 5 <210> 17 <211> 8 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 17 Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Ser 1 5 <210> 18 <211> 14 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 18 Ala Arg Asp Ser Tyr Tyr Asp Asn Ser Tyr Val Arg Asp Tyr 1 5 10 <210> 19 <211> 127 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 19 Met Arg Thr Pro Ala Gln Phe Leu Gly Ile Leu Leu Leu Trp Phe Pro 1 5 10 15 Gly Ile Lys Cys Asp Ile Lys Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Met Tyr 20 25 30 Ala Ser Leu Gly Glu Arg Val Ser Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asp 35 40 45 Ile Asn Thr Phe Leu Ser Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ser Pro 50 55 60 Lys Thr Leu Ile Tyr Arg Thr Asn Arg Leu Ile Asp Gly Val Pro Ser 65 70 75 80 Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Gln Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser 85 90 95 Ser Leu Asp Tyr Glu Asp Met Gly Ile Tyr Tyr Cys Leu Gln Tyr Asp 100 105 110 Glu Phe Pro Leu Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys 115 120 125 <210> 20 <211> 6 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 20 Gln Asp Ile Asn Thr Phe 1 5 <210> 21 <211> 3 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 21 Arg Thr Asn 1 <210> 22 <211> 9 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 22 Leu Gln Tyr Asp Glu Phe Pro Leu Thr 1 5 <210> 23 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Nucleic Acid Encoding Peptide For Immunization <400> 23 atgcggggtt ctcatcatca tcatcatcat ggtatggcta gcatgactgg tggacagcaa 60 atgggtcggg atctgtacga cgatgacgat aaggatcgat ggggatccga gctcgagatg 120 atgtgcatcg cctgccgggg cctggcacca gaagaaacca actacaaagc cgtttcttat 180 catgcctcgg gccacagtgt tgcctacaag cctggaggct tcaaggccag cactggcttt 240 gggtccaaca ccaaaaacaa gaagatatac gatggaggtg cccgcacaga ggacgaggta 300 caatcttatc cttccaagca cgactatgtg 330 <210> 24 <211> 110 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Peptide For Immunization <400> 24 Met Arg Gly Ser His His His His His His Gly Met Ala Ser Met Thr 1 5 10 15 Gly Gly Gln Gln Met Gly Arg Asp Leu Tyr Asp Asp Asp Asp Lys Asp 20 25 30 Arg Trp Gly Ser Glu Leu Glu Met Met Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu 35 40 45 Ala Pro Glu Glu Thr Asn Tyr Lys Ala Val Ser Tyr His Ala Ser Gly 50 55 60 His Ser Val Ala Tyr Lys Pro Gly Gly Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe 65 70 75 80 Gly Ser Asn Thr Lys Asn Lys Lys Ile Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr 85 90 95 Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr Pro Ser Lys His Asp Tyr Val 100 105 110 <210> 25 <211> 71 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Peptide For Immunization <400> 25 Met Met Cys Ile Ala Cys Arg Gly Leu Ala Pro Glu Glu Thr Asn Tyr 1 5 10 15 Lys Ala Val Ser Tyr His Ala Ser Gly His Ser Val Ala Tyr Lys Pro 20 25 30 Gly Gly Phe Lys Ala Ser Thr Gly Phe Gly Ser Asn Thr Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Ile Tyr Asp Gly Gly Ala Arg Thr Glu Asp Glu Val Gln Ser Tyr 50 55 60 Pro Ser Lys His Asp Tyr Val 65 70

Claims (25)

  1. (i) TEDEVQSYPSKHDYV(서열번호 5) 또는 EVQSYPSKHDYV(서열번호 6)의 아미노산 서열을 가지는 펩타이드에 결합하고/결합하거나
    (ii) 클로딘 18.2(CLDN18.2)에 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서,
    상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 적어도 TEDEVQSYPSKHDYV(서열번호 5) 또는 EVQSYPSKHDYV(서열번호 6)의 아미노산 서열을 가지는 CLDN18.2 내 에피토프와의 결합에 의해 CLDN18.2와 결합하고,
    상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은
    (a) 다음을 포함하는 항체 중쇄:
    서열번호 8에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 1,
    서열번호 9 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 2, 및
    서열번호 10 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 3; 및
    다음을 포함하는 항체 경쇄:
    서열번호 12 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 1,
    서열번호 13 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 2, 및
    서열번호 14 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 3;
    또는

    (b) 다음을 포함하는 항체 중쇄:
    서열번호 16 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 1,
    서열번호 17 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 2, 및
    서열번호 18 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 3; 및
    다음을 포함하는 항체 경쇄:
    서열번호 20 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 1,
    서열번호 21 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 2, 및
    서열번호 22 에 기재되는 아미노산 서열을 가지는 CDR 3
    를 포함하는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  2. 제1항에 있어서, 상기 CLDN18.2는 세포 표면 막-결합 CLDN18.2인 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  3. 제1항에 있어서, 상기 CLDN18.2는 암세포에 존재하는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  4. 제3항에 있어서, 상기 암세포는 CLDN18.2 발현 암세포인 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  5. 제3항에 있어서, 상기 암세포는 위, 식도, 췌장, 폐, 난소, 대장, 간, 두-경부 및 담낭 암세포로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  6. 제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 최대 0.5 μg/ml의 항체 농도로 또는 최대 0.2 μg/ml의 항체 농도로 면역조직화학 분석에서 시험될 때 위 상피세포를 제외한 비-암성 세포(non-cancerous cells)에 결합하지 않는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  7. 제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 최대 0.5 μg/ml의 항체 농도로 또는 최대 0.2 μg/ml의 항체 농도로 면역조직화학 분석에서 시험될 때 비-암성 폐 세포에 결합하지 않는 것인 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
  8. 제1항에 있어서, 상기 항체는 키메릭(chimeric) 항체, 인간 항체 또는 인간화된 항체인 것인 항체.
  9. 제1항에 있어서, 상기 항체는 단일클론 항체인 것인 항체.
  10. (i) 클로딘 18.2(CLDN18.2)에 결합하는, 수탁번호 DSM ACC3144(muAB 43-14A) 또는 DSM ACC3143(muAB 35-22A)으로 기탁된 클론에 의해 생산된 항체 또는 상기 클론으로부터 얻어질 수 있는 항체,
    (ii) (i)에 따른 항체의 키메라화된 또는 인간화된 형태인 항체,
    및
    (iii) (i)에 따른 항체의 항원 결합 부위 또는 항원 결합 위치를 포함하는 항체로 구성된 군으로부터 선택된 항체, 또는 (i) 내지 (iii) 중 어느 하나에 따른 항체의 항원-결합 단편.
  11. 제10항에 있어서, 상기 (i)에 따른 항체의 항원 결합 부위 또는 항원 결합 위치는 상기 (i)에 따른 항체의 가변 영역(variable region)을 포함하는 것인 항체.
  12. 최소 하나의 검출 가능한 표지와 커플링된 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편을 포함하는 컨쥬게이트.
  13. 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체를 생산할 수 있는 하이브리도마(hybridoma).
  14. 수탁번호 DSM ACC3144(muAB 43-14A) 또는 DSM ACC3143(muAB 35-22A)으로 기탁된 하이브리도마.
  15. 시료에서 CLDN18.2를 검출하거나 또는 CLDN18.2의 양을 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편과 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 항체 또는 항원-결합 단편과 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하거나 또는 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  16. 시료에서 CLDN18.2를 검출하거나 또는 CLDN18.2의 양을 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제12항의 컨쥬게이트와 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 제12항의 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하거나 또는 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  17. 세포가 CLDN18.2를 발현하는지 여부를 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편과 세포 시료(cellular sample)를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 항체 또는 항원-결합 단편과 상기 시료 내 세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  18. 세포가 CLDN18.2를 발현하는지 여부를 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제12항의 컨쥬게이트와 세포 시료(cellular sample)를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 제12항의 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 상기 시료 내 세포들에 의해 발현되는 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  19. 암의 진단을 위한 정보 제공, 검출 또는 모니터링 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편과 생물학적 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 항체 또는 항원-결합 단편과 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하고/검출하거나 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  20. 암의 진단을 위한 정보 제공, 검출 또는 모니터링 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제12항의 컨쥬게이트와 생물학적 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 제12항의 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하고/검출하거나 복합체의 양을 결정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  21. 암이 CLDN18.2를 타겟팅하는 암 치료법에 의해 치료 가능한 지를 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편과 암세포들을 포함하는 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 항체 또는 항원-결합 단편과 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  22. 암이 CLDN18.2를 타겟팅하는 암 치료법에 의해 치료 가능한 지를 결정하는 방법으로, 상기 방법은:
    (i) 제12항의 컨쥬게이트와 암세포들을 포함하는 시료를 접촉시키는 단계 및
    (ii) 상기 제12항의 항체, 항원-결합 단편 또는 컨쥬게이트와 CLDN18.2 간의 복합체 형성을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  23. 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편을 포함하는 암 진단 테스트 키트.
  24. 제12항의 컨쥬게이트를 포함하는 암 진단 테스트 키트.
  25. CLDN18.2는 서열목록의 서열번호 2에 따른 아미노산 서열을 포함하는 것인, 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항의 항체 또는 항원-결합 단편.
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