JP7458785B2 - ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用 - Google Patents

ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用 Download PDF

Info

Publication number
JP7458785B2
JP7458785B2 JP2019539795A JP2019539795A JP7458785B2 JP 7458785 B2 JP7458785 B2 JP 7458785B2 JP 2019539795 A JP2019539795 A JP 2019539795A JP 2019539795 A JP2019539795 A JP 2019539795A JP 7458785 B2 JP7458785 B2 JP 7458785B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
rna
hsd17b13
transcript
seq
nucleic acid
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
JP2019539795A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2020505920A5 (ja
JP2020505920A (ja
Inventor
エス． アブル－フスン、ノウラ
ゴッテスマン、オムリ
リー、アレクサンダー
チェン、シーピン
シン、ユーロン
グロマダ、ジェスパー
イー． デューイ、フレデリック
バラス、アリス
シュルディナー、アラン
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Regeneron Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Regeneron Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Regeneron Pharmaceuticals Inc filed Critical Regeneron Pharmaceuticals Inc
Publication of JP2020505920A publication Critical patent/JP2020505920A/ja
Publication of JP2020505920A5 publication Critical patent/JP2020505920A5/ja
Priority to JP2023135380A priority Critical patent/JP2023175705A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7458785B2 publication Critical patent/JP7458785B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0006—Oxidoreductases (1.) acting on CH-OH groups as donors (1.1)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
    • A61K38/44—Oxidoreductases (1)
    • A61K38/443—Oxidoreductases (1) acting on CH-OH groups as donors, e.g. glucose oxidase, lactate dehydrogenase (1.1)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
    • A61K38/46—Hydrolases (3)
    • A61K38/465—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1), e.g. lipases, ribonucleases
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/56—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule
    • A61K47/61—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule the organic macromolecular compound being a polysaccharide or a derivative thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • A61K48/0066—Manipulation of the nucleic acid to modify its expression pattern, e.g. enhance its duration of expression, achieved by the presence of particular introns in the delivered nucleic acid
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1137—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/067—Hepatocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/96—Stabilising an enzyme by forming an adduct or a composition; Forming enzyme conjugates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/26—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase
    • C12Q1/32—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase involving dehydrogenase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
    • C12Y101/01051—3 (or 17)-Beta-hydroxysteroid dehydrogenase (1.1.1.51)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
    • C12Y101/01062—17Beta-estradiol 17-dehydrogenase (1.1.1.62)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
    • G01N33/5067—Liver cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • C12N2310/531—Stem-loop; Hairpin
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/34—Allele or polymorphism specific uses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/24—Vectors characterised by the absence of particular element, e.g. selectable marker, viral origin of replication
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
    • G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
    • G01N2333/4701—Details
    • G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
    • G01N2333/4704—Inhibitors; Supressors
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/08—Hepato-biliairy disorders other than hepatitis
    • G01N2800/085—Liver diseases, e.g. portal hypertension, fibrosis, cirrhosis, bilirubin

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)

Description

本願には、２０１８年１月１８日に作成した１８９２３８００８０２ＳＥＱという名称の１４７キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子的に提出した配列表が含まれる。この配列表は、参照により、本明細書に援用される。
本開示は広くは、遺伝学の分野に関するものである。さらに詳細には、本開示は、例えば肝疾患と関連のあるヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）における遺伝子の改変とポリペプチドバリアントに関するものである。
本明細書全体を通じて、様々な参照文献（特許、特許出願、アクセッション番号、技術論文及び学術論文を含む）が引用されている。各参照文献は、参照により、その全体が、あらゆる目的で、本明細書に援用される。
慢性肝疾患と肝硬変は、米国において主要な罹患原因及び死因であり、２０１４年における死亡数は３８，１７０件に及んでいる（総死亡数の１．５％）（非特許文献１）。米国において、肝硬変の病因として特に多いのは、アルコール性肝疾患、慢性Ｃ型肝炎及び非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）であり、２００４～２０１３年では、肝移植を待っている患者の約８０％をこれらの３つが占めていた（非特許文献２）。米国におけるＮＡＦＬＤの推定存在率は１９～４６パーセントであり（非特許文献３～５）、おそらくは、ＮＡＦＬＤの主な危険因子である肥満率の上昇と連動して（非特許文献６）、時間の経過とともに上昇している（非特許文献７）。Ｃ型肝炎の治療は大きく進歩しているが（非特許文献８～９）、現時点では、アルコール性または非アルコール性肝疾患及び肝硬変に対するエビデンスベースの治療は存在しない。
過去のゲノムワイド関連性解析（ＧＷＡＳ）によって、慢性肝疾患と関連のある遺伝子とバリアントが限られた数、同定されている。これまでで最も明確に立証された遺伝的関連性は、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有３遺伝子における共通のミスセンスバリアントに対するものであり（ＰＮＰＬＡ３ ｐ．Ｉｌｅ１４８Ｍｅｔ、ｒｓ７３８４０９）、このバリアントはまず、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）リスクの上昇と関連することが分かり（非特許文献１０～１１）、その後、疾患重症度（非特許文献１２～１３）と進行（非特許文献１４）と関連のあることが分かった。トランスメンブレン６スーパーファミリーメンバー２（ＴＭ６ＳＦ２）遺伝子の変化も、ＮＡＦＬＤリスクを上昇させることが示されている（非特許文献１５～１７）。これらの２つのタンパク質の正常な機能は、充分には分かっていないが、両方とも、肝細胞脂質の代謝に関与することが提議されている。ＰＮＰＬＡ３とＴＭ６ＳＦ２のバリアントが、肝疾患リスクの上昇に寄与する仕組みは、まだ明らかになっていない。ＧＷＡＳによって、臨床で頻繁に測定する肝細胞傷害と肝脂肪蓄積の量的マーカーである血清中アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパルテートアミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）と関連のあるいくつかの遺伝因子も特定されている（非特許文献１８～１９）。これまで、慢性肝疾患に対する保護的な遺伝的バリアントが示されたことはない。他の状態における保護的な遺伝的バリアント（心血管疾患リスクを軽減する、ＰＣＳＫ９の機能欠損バリアントなど）が、新たな種類の治療剤の開発につながってきた。
慢性肝疾患の発症と進行の根底にある遺伝因子を明らかにすれば、リスクの層別化を進めて、新規治療策の土台を築くことができる。肝疾患に関して、リスクの層別化を進めて、新規療法を生み出すには、根底にある遺伝因子への理解を深める必要がある。
Ｋｏｃｈａｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｌ．Ｖｉｔａｌ Ｓｔａｔ．Ｒｅｐ．，２０１６，６５，１－１２２ Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１５，１４８，５４７－５５５ Ｂｒｏｗｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２００４，４０，１３８７－１３９５ Ｌａｚｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．，２０１３，１７８，３８－４５ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１１，１４０，１２４－１３１ Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１１，３３２，１５１９－１５２３ Ｙｏｕｎｏｓｓｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，２０１１，９，５２４－５３０ ｅ１；ｑｕｉｚ ｅ６０，２０１１ Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，２０１３，１５８，３２９－３３７ ｖａｎ ｄｅｒ Ｍｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｍｅｄ．Ａｓｓｏｃ．，２０１２，３０８，２５８４－２５９３ Ｒｏｍｅｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２００８，４０，１４６１－１４６５ Ｓｐｅｌｉｏｔｅｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，７：ｅ１００１３２４ Ｒｏｔｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５２，８９４－９０３ Ｓｏｏｋｏｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．，２００９，５０，２１１１－２１１６ Ｔｒｅｐｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，２０１６，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｈｅｐ．２０１６．０３．０１１ Ｋｏｚｌｉｔｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１４，４６，３５２－３５６ Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２０１４，５，４３０９ Ｓｏｏｋｏｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１５，６１，５１５－５２５ Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，４３，１１３１－１１３８ Ｙｕａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，２００８，８３，５２０－５２８
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３の生物学的現象の理解を助けるとともに、肝疾患の対象の診断と治療を容易にすることになる新規ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントを提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームに関連する核酸分子、ポリペプチド、プローブ、プライマー、組成物及び方法を提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームをコードする核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、その核酸分子は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のアイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＦ、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨをコードする。いくつかの実施形態では、その核酸分子は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＤをコードする。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２における対応配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であり、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する核酸分子も提供する。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むかまたはそれらからなる核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、その核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄのヌクレオチド配列（配列番号６、１５、２４または３３）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるヌクレオチド配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、この核酸分子は、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における変化部またはその変化部の近くにハイブリダイズする核酸分子（変化部特異的プローブまたは変化部特異的プライマーのようなプローブ及びプライマーなど）も提供する。
本開示は、配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む領域で、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子も提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズする約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはｉｉ）ｉ）のヌクレオチド配列の相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子も提供する。
本開示は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子、ｉｉ）転写産物Ｄのエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含む約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むか、あるいはそれらからなる核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるＲＮＡ分子、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズするか、あるいは、その核酸分子は、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるｍＲＮＡ、配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡ、またはそれらの相補体に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、異種核酸に連結されているか、または異種標識を含む。
本開示は、これらの核酸分子のいずれかを含むベクターも提供する。
本開示は、これらの核酸分子のいずれかを含む細胞も提供する。
本開示は、これらのベクターのいずれかを含む細胞も提供する。
本開示は、これらの核酸分子のいずれかを含む組成物も提供する。
本開示は、これらのベクターのいずれかを含む組成物も提供する。
本開示は、これらの細胞のいずれかを含む組成物も提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくは転写産物を検出したり、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性もしくはリスクを判断したり、またはヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクを割り出したりするための、これらの核酸分子のいずれかの使用も提供する。
本開示は、それぞれ異なるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームと対応するポリペプチドも提供する。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなるポリペプチドも提供する。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、配列番号４２のアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、異種分子に連結されている。
本開示は、これらのポリペプチドのいずれかを含む組成物も提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物（転写産物Ｄなど）及びバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォーム（アイソフォームＤなど）の検出方法も提供する。
本開示は、ヒト対象におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の検出方法であって、ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含み、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するかを判断し、チミンの存在によって、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が示される方法も提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含むか、または配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域のうち、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
本開示は、ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在の検出方法であって、その対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含み、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する方法も提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの核酸配列もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーもしくはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたかを判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子、ｉｉ）転写産物Ｄのエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むか、あるいはこれらからなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはこれらからなる核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄを特異的に検出することをさらに含むか、あるいはこのことからなる。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及び／またはＨの１つ以上に特異的にハイブリダイズするが、転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブを用いることと、ハイブリダイズが行われなかったことを判断することをさらに含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在の検出方法であって、そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含み、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在を判断する方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、対象から得た試料に、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物（転写産物Ｄなど）及びバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォーム（アイソフォームＤなど）が存在するか判断することによって、肝疾患を発症することに対する対象の感受性を判断する方法及び／または肝疾患の対象を診断する方法も提供する。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するかを判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類すること、またはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはこれらからなる方法も提供する。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置または配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置または配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ストリンジェント条件下で、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、シークエンシングによって検出する。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類すること、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはこれらからなる方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。いくつかの実施形態では、このアッセイによって、生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断し、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示され、このコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが同じであるかまたは低下していることによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの核酸配列もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子、ｉｉ）転写産物Ｄのエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含む約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含む核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄを特異的に検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及び／またはＨの１つ以上に特異的にハイブリダイズするが、転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブを用いることと、ハイブリダイズが行われなかったことを判断することをさらに含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、そのヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出された場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出されなかった場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはこれらからなる方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、その検出作業（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）は、シークエンシングを含む。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはこれらからなる方法も提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置または配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置または配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ストリンジェント条件下で、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、シークエンシングによって検出する。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはこれらからなる方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。いくつかの実施形態では、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断し、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下していることが示され、このコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが同じであるかまたは低下していることによって、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの核酸配列もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたかを判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子、ｉｉ）転写産物Ｄのエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含む約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含む核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄを特異的に検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及び／またはＨの１つ以上に特異的にハイブリダイズするが、転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブを用いることと、ハイブリダイズが行われなかったことを判断することをさらに含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、そのヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出された場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、その検出作業は、シークエンシングを含む。
添付の図面は、本明細書に援用されるとともに、本明細書の一部を構成するが、いくつかの態様を図示するとともに、説明と併せて、本開示の原理を説明する役割を果たす。
ＧＨＳ発見コホートにおけるシングルヌクレオチドバリアントと、血清中トランスアミナーゼレベルとの関連性のマンハッタンプロット（左）と分位点－分位点プロット（右）を示しており、Ｐ＜１．０×１０－７で、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）レベルと有意に関連付けられた遺伝子のバリアントが示されている。 ＧＨＳ発見コホートにおけるシングルヌクレオチドバリアントと、血清中トランスアミナーゼレベルとの関連性のマンハッタンプロット（左）と分位点－分位点プロット（右）を示しており、Ｐ＜１．０×１０－７で、アスパルテートアミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）レベルと有意に関連付けられた遺伝子のバリアントが示されている。エキソームワイドな分位点－分位点プロットとジェノミックコントロールのλ値によって示されているように、関連性解析を充分に較正した。 ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡが、アルコール性肝疾患及び非アルコール性肝疾患の表現型のリスクの低下と関連することを示している。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７は、アレル量依存的に、非アルコール性肝疾患、アルコール性肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌のオッズ比の低下と関連付けられた。これらのオッズ比は、年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭI及び祖先系統の主成分で調整して、ロジスティック回帰を用いて算出した。ヘテロ型キャリアの遺伝子型のオッズ比（Ｈｅｔ ＯＲ）とホモ型キャリアの遺伝子型のオッズ比（Ｈｏｍ ＯＲ）も示されている。 ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡが、アルコール性肝疾患及び非アルコール性肝疾患の表現型のリスクの低下と関連することを示している。Ｄａｌｌａｓ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７は、アレル量依存的に、すべての肝疾患のオッズ比の低下と関連付けられた。肝疾患のサブタイプ全体にわたって、同様のアレル量依存的作用が観察された。オッズ比は、年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び自己申告の民族性で調整して、ロジスティック回帰を用いて算出した。 ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡが、単純性脂肪肝から脂肪肝炎及び線維症に進行するリスクの低下と関連することを示している。ＧＨＳ肥満外科手術コホートから得た、肝臓生検標本のある２，３９１人の個体における、病理組織学的に特徴付けた肝疾患の存在率であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子型ごとの存在率である。正常な肝臓の存在率には、遺伝子型による違いがないようであった（比率のトレンドに関するカイ二乗検定によるＰ＝０．５）が、各ＴＡアレルでは、ＮＡＳＨの存在率は低下し（Ｐ＝１．６×１０－４）、単純性脂肪肝の存在率は上昇した（Ｐ＝１．１×１０－３）。 ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡが、単純性脂肪肝から脂肪肝炎及び線維症に進行するリスクの低下と関連することを示している。ＧＨＳ肥満外科手術コホートにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７は、ヘテロ型ＴＡキャリアでは、ＮＡＳＨのオッズ比の１３％低下と、線維症のオッズ比の１３％低下、ホモ型ＴＡキャリアでは、ＮＡＳＨのオッズ比の５２％低下と、線維症のオッズ比の６１％低下と関連付けられた。オッズ比は、年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び祖先系統の主成分で調整して、ロジスティック回帰を用いて算出した。ヘテロ型キャリアの遺伝子型のオッズ比（Ｈｅｔ ＯＲ）とホモ型キャリアの遺伝子型のオッズ比（Ｈｏｍ ＯＲ）も示されている。 新規ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物の発現、細胞内局在及び酵素活性を示している。図４Ａは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７スプライスバリアントの参照ホモ型（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型（Ｔ／ＴＡ）キャリア及びバリアントホモ型（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＤの発現量である。ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のコード領域が、縦型長方形で示されており、非翻訳領域が太い線として示されており、イントロンが、細い線として示されている。転写産物Ｄにおけるアステリスクは、ｒｓ７２６１３５６７由来の、Ａの挿入を示している。ｍＲＮＡ発現量は、ＦＰＫＭの単位（１００万マッピングリード当たりの転写産物の１キロベース当たりの断片数）で示されている。図４Ｂは、新鮮な凍結ヒト肝臓とＨＥＫ２９３細胞試料から得たＨＳＤ１７Ｂ１３のウエスタンブロットである。ヒト肝臓試料は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７スプライスバリアントの参照ホモ型（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型（Ｔ／ＴＡ）キャリア及びバリアントホモ型（ＴＡ／ＴＡ）キャリアから得たものである。細胞試料は、タグが付加されていないＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＤを過剰発現するＨＥＫ２９３細胞から得たものであり、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＡよりも低分子量のトランケート型タンパク質ＩｓｏＤに翻訳された。図４Ｃでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＤタンパク質レベルが、ヒト肝臓試料（左）と細胞試料（右）の両方において、ＩｓｏＡタンパク質レベルよりも低かった。アクチンに対して正規化したタンパク質レベルを棒グラフで示した。＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５であった。図４Ｄでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ及びＤのいずれも、脂肪滴膜に局在化していた。ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＡまたはＤを安定的に過剰発現するＨｅｐＧ２をＢＯＤＩＰＹで標識し、脂肪滴を示すようにし、抗Ｍｙｃで標識して、ＨＳＤ１７Ｂ１３の局在を示すようにした。いずれの図も、同じ程度まで拡大されており、スケールバーは、１０μｍを示している。挿入図は、元の画像の４倍拡大図を表している。図４Ｅは、１７－βエストラジオール（エストラジオール）、ロイコトリエンＢ４（ＬＴＢ４）及び１３－ヒドロキシオクタデカジエン酸（１３（Ｓ）－ＨＯＤＥ）に対するＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ及びＤの酵素活性である。ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤでは、アイソフォームＡの酵素活性値の１０％未満の酵素活性が見られた。図４Ｆでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤをＨＥＫ２９３細胞で過剰発現させたところ、培養培地で測定したときに、エストラジオール（基質）のエストロン（生成物物）への変換は、あまり見られなかったが、過剰発現させたＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡでは、活発な変換が見られた。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 ＧＨＳ発見コホートにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３の周辺領域でのアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）レベルの領域関連プロットを示している。 ＧＨＳ発見コホートにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３の周辺領域でのアスパルテートアミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）レベルの領域関連プロットを示している。ひし形は、スプライスバリアントｒｓ７２６１３５６７を示しており、各円は、シングルヌクレオチドバリアントを示しており、円の色は、そのバリアントとｒｓ７２６１３５６７との連鎖不均衡を示しており（ＤｉｓｃｏｖＥＨＲコホートで算出したｒ２）、線は、ＨａｐＭａｐにおける推定組み換え率を示しており、下のパネルは、その座位における各遺伝子の相対位置と転写鎖を示している。隣接遺伝子ＨＳＤ１７Ｂ１１では、ＡＬＴまたはＡＳＴと、コーディングまたはスプライス領域バリアントとの間に、有意な関連性は見られなかった（最も有意性の高いＰ値：ＡＬＴでは１．４×１０－１、ＡＳＴでは４．３×１０－２）。 図６Ａは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＡのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｂは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＢのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｃは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＣのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｄは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＤのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｅは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＥのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｆは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＦのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｇは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、バリアントホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＧのｍＲＮＡ発現量を示している。図６Ｈは、ＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの参照ホモ型アレル（Ｔ／Ｔ）キャリア、バリアントヘテロ型アレル（Ｔ／ＴＡ）キャリア、変異ホモ型アレル（ＴＡ／ＴＡ）キャリアにおけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＨのｍＲＮＡ発現量を示している。各転写産物は、対応する遺伝子モデルとともに図示されている。遺伝子モデルのコード領域は、縦型長方形で示されており、非翻訳領域は、太い線として示されており、イントロンは、細い線として示されており、アステリスクは、ｒｓ７２６１３５６７由来の、Ａの挿入を示している。転写産物の発現量は、ボックスプロットによって示されているように、ＨＳＤ１７Ｂ１３の遺伝子型によって異なっている。ｍＲＮＡ発現量は、ＦＰＫＭ単位（１００万マッピングリード当たりの転写産物の１キロベース当たりの断片数）で示されている。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同定したすべてのＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォーム（Ａ～Ｈ）のタンパク質配列アラインメントを示している。 同定したすべてのＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォーム（Ａ～Ｈ）のタンパク質配列アラインメントを示している。 ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤタンパク質は、分子量が低く、ＨＥＫ２９３細胞で過剰発現させると、不安定であることが示されている。図８Ａでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ（ＩｓｏＡ）及びＤ（ＩｓｏＤ）を過剰発現するＨＥＫ２９３細胞由来のＨＳＤ１７Ｂ１３のＲＴ－ＰＣＲによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＤ ＲＮＡレベルが、ＩｓｏＡ ＲＮＡレベルよりも高かったことが示された。図８Ｂでは、同じ細胞株由来のウエスタンブロットによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａと比べて低分子量のトランケート型タンパク質に翻訳されたことが示された。図８Ｃでは、ＲＮＡレベルは、ＩｓｏＤの方がＩｓｏＡよりも高かったが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＤタンパク質レベルは、ＩｓｏＡタンパク質レベルよりも低かった。ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質レベルは、アクチンに対して正規化した。＊Ｐ＜０．０５。 同上。 同上。 ＨｅｐＧ２安定細胞株由来の単離脂肪滴（ＬＤ）に対するＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ及びアイソフォームＤの局在パターンが似ていることを示している。ＡＤＲＰとＴＩＰ４７を脂肪滴マーカーとして用いた。ＬＡＭＰ１はリソソーム区画のマーカーとして、カルレティキュリンは小胞体区画のマーカーとして、ＣＯＸ ＩＶはミトコンドリア区画のマーカーとして用いた。ＧＡＰＤＨは細胞質マーカーとして含め、アクチンは細胞骨格マーカーとして用いた。この実験は、ＨｅｐＧ２細胞で２回繰り返したものであり、図は、これら２回のランのうちの代表的なものである。ＰＮＳ＝各除去後画分、ＴＭ＝全膜である。 ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＡまたはＤを過剰発現するＨｅｐＧ２細胞において、オレイン酸によってトリグリセリド量が増加したことを示している。図１０Ａは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａを発現するＨｅｐＧ２細胞株と、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄを発現するＨｅｐＧ２細胞株の両方における脂肪滴で、同程度までオレイン酸処置したものである。細胞をＢＯＤＩＰＹで標識して、脂肪滴を示すようにし、抗Ｍｙｃで標識して、ＨＳＤ１７Ｂ１３局在を示すようにした。スケールバーは１０μｍを示しており、いずれの画像においても、挿入図は、元の画像の４倍拡大図を表している。図１０Ｂは、コントロール（ＧＦＰ過剰発現細胞）、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ細胞株及びＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ細胞株において、漸増濃度のオレイン酸による処置によって、トリグリセリド（ＴＧ）量が同程度に増加した。図１０Ｃでは、上記の細胞株において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＤのＲＮＡレベルは、同程度であった。ＲＮＡレベルは、１００万マッピングリード当たりの転写産物の１キロベース当たりのリード数（ＲＰＫＭ）で示されている。図１０Ｄは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＤを過剰発現するＨｅｐＧ２細胞由来のウエスタンブロットである。ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａと比べて低分子量のトランケート型タンパク質に翻訳された。図１０Ｅでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＤタンパク質レベルは、ＩｓｏＡタンパク質レベルよりも低かった。タンパク質レベルは、アクチンに対して正規化した。＊＊Ｐ＜０．０１。 同上。 同上。 同上。 同上。 精製組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質を用いたエストラジオールのＫｍとＶｍａｘの値を示している。ＫｍとＶｍａｘを求めるために、５分～１８０分の時点における０．２μＭ～２００μＭの用量範囲の１７β－エストラジオールと、５００μＭのＮＡＤ＋及び２２８ｎＭのＨＳＤ１７Ｂ１３によって、アッセイを行った。続いて、ミカエリス・メンテンモデルとＰｒｉｓｍというソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＵＳＡ）を用いて、ＶｍａｘとＫｍを求めた。
本開示のさらなる利点は、以下の説明に部分的に示すとともに、その説明から一部が明らかになるか、または本明細書に開示されている実施形態を実施することによって認識することができる。本開示の利点は、添付の請求項に具体的に示されている要素と組み合わせによって認識及び実現される。上記の一般的な説明と下記の詳細な説明は、例示と説明に過ぎないことと、特許請求されているような実施形態を制限するものではないことのいずれも理解されたい。
本明細書と請求項にわたって、本開示の態様に関連する様々な用語が用いられている。別段に示されていない限り、このような用語には、当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。具体的に定義されているその他の用語は、本明細書に示されている定義と一致する形で解釈するものとする。
別段に明示的な定めのない限り、本明細書に示されているいずれの方法または態様も、その工程を特定の順序で行う必要があるものとして解釈するようには意図されていない。したがって、工程を特定の順序に限定すべきことが、請求項または説明において、方法クレームによって具体的に定められていない場合には、いかなる点においても、順序を定めるようには意図されていない。このことは、工程もしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。
本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という単数形には、複数の言及物が含まれる。
本明細書で使用する場合、「対象」及び「患者」という用語は、同義的に用いられている。対象としては、哺乳類動物を含むいずれかの動物を挙げてよい。哺乳類動物としては、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジなど）、ペット（例えば、イヌ、ネコなど）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギなど）、及びヒト以外の霊長類動物（例えば、サル、猿人類など）が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
本明細書で使用する場合、「核酸」、「核酸分子」、「ヌクレオチド配列」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、いずれかの長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含んでよく、一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の一方の鎖は、その相補体ともいう。
本開示全体を通じて、「含む」という用語は、特定的な実施形態では、所望に応じて、「なる」または「～から本質的になる」と置き換えてもよい。
本明細書で使用する場合、「～に対応する」という語句またはその文法上の変形表現は、特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列または位置の番号の関連で用いるときには、その特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列を所定の参照配列と比べたときの、その参照配列の番号を指す（例えば、本発明における参照配列は、（野生型または完全長）ＨＳＤ１７Ｂ１３の核酸分子またはポリペプチドである）。換言すると、特定のポリマーの残基（例えば、アミノ酸もしくはヌクレオチド）の番号または残基（例えば、アミノ酸もしくはヌクレオチド）の位置は、その特定のアミノ酸またはヌクレオチド配列におけるその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準に割り当てられている。例えば、特定のアミノ酸配列は、ギャップを導入して、２つの配列間の残基一致度を最適化することによって、参照配列にアラインメントできる。これらのケースでは、ギャップが存在していても、その特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列における残基の番号付けは、その配列をアラインメントした参照配列を基準に行う。
例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間（または配列番号２の１２６６６位に対応する位置）にチミンが挿入されている核酸分子は、対象とする特定のＨＳＤ１７Ｂ１３核酸と、配列番号１及び／または配列番号２のヌクレオチド配列との間で配列アラインメントを行うことによって特定できる。配列アラインメントを行うのに用いることができる計算アルゴリズムには、様々なものがある。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴというアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ Ｒｅｓ．，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷというソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１０７９，１０５－１１６）を用いることによって、配列アラインメントを行ってよい。しかしながら、配列は、手動でアラインメントすることもできる。
本開示によれば、ＨＳＤ１７Ｂ１３の特定の変化は、肝疾患を発症するリスクの低下と関連があることが観察されている。罹患血縁者において、肝疾患を発症するリスクが低下している表現型を持った状態で分離したＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子バリアントが、本開示に従って特定されている。例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位（または配列番号２の１２６６６位）に対応する位置にチミンを挿入させる遺伝子変化は、そのような変化を持つヒトにおいて、肝疾患を発症するリスクが低下している可能性があることを示すことが観察されている。したがって、このチミンの挿入が見られないヒト対象、すなわち、肝疾患を発症するリスクが上昇しているか、または肝疾患を罹患している可能性のある対象に治療を行って肝疾患を阻害したり、その症状を軽減したり、及び／または症状の発現を抑えたりするようにしてよい。したがって、本開示は、組み換えバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３核酸分子（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含む）と、組み換えバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ポリペプチドを提供する。加えて、本開示は、対象においてこのようなバリアントを特定することを活用して、その対象が肝疾患を発症するリスクを特定もしくは層別化するか、または肝疾患を罹患しているとして対象を診断して、リスクのある対象または活動性疾患の対象を治療できるようにする方法を提供する。
本発明で提供するのは、アラニントランスアミナーゼ及びアスパルテートトランスアミナーゼのレベルの低下と、慢性肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌を含む）のリスクの低下と、単純性脂肪肝から、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患への進行の緩和と関連のあることが分かったＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントである。また、本発明で提供するのは、このバリアントと関連のあるＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子転写産物のうち、これまで同定されていなかった転写産物である。
本発明では、ＨＳＤ１７Ｂ１３のバリアントに関連する核酸分子とポリペプチドと、これらの核酸分子とポリペプチドを含む細胞を提供する。また、提供するのは、ゲノムＤＮＡを含む生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子の存在の検出方法と、ＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含む生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つ、特には転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在またはレベルの検出方法と、タンパク質を含む生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨのうちのいずれか１つ、特にはＤの存在またはレベルの検出方法である。また、提供するのは、対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法である。また、提供するのは、肝疾患であるか、または肝疾患を発症するリスクのある対象の診断方法である。また、提供するのは、対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法である。また、提供するのは、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を発現させるための発現ベクターの使用を通じて、細胞を改変する方法である。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３（ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３、１７－β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ１３、１７β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ－１３、１７β－ＨＳＤ１３、短鎖デヒドロゲナーゼ／レダクターゼ９、ＳＣＤＲ９、ＨＭＦＮ０３７６、ＮＩＩＬ４９７及びＳＤＲ１６Ｃ３としても知られている）のバリアントに関連する核酸分子とポリペプチドを提供する。ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、長さがおよそ１９ｋｂであり、７つのエキソンと６つのイントロンを含み、ゲノムにおいて４ｑ２２．１に位置する。例示的なヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質配列には、ＵｎｉＰｒｏｔ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｑ７Ｚ５Ｐ４（それぞれ、Ｑ７Ｚ５Ｐ４－１及びＱ７Ｚ５Ｐ４－２）、ならびにＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｎｏ．ＮＰ＿８３５２３６及びＮＰ＿００１１２９７０２が割り当てられている。例示的なヒトＨＳＤ１７Ｂ１３核酸分子には、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｎｏ．ＮＭ＿１７８１３５及びＮＭ＿００１１３６２３０が割り当てられている。
特に、提供するのは、イントロン６のドナースプライス部位に隣接してアデニンが挿入されているＨＳＤ１７Ｂ１３のスプライスバリアント（ｒｓ７２６１３５６７）である。このアデニンは、染色体のフォワード（プラス）鎖上の挿入体であり、染色体のリバース（マイナス）鎖上のチミンの挿入に対応する。ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、逆方向に転写されるので、このヌクレオチド挿入は、配列番号１に示されている例示的な野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子配列に対して、配列番号２に示されている例示的なバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７配列におけるチミンの挿入として反映される。したがって、この挿入は、配列番号１における１２６６５位と１２６６６位の間または配列番号２における１２６６６位に挿入されたチミンとして言及されている。
２つの転写産物（転写産物Ａ（配列番号２１）及び転写産物Ｂ（配列番号２２））が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を有する対象において発現されることが以前特定された。転写産物Ａは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の７つのエキソンをすべて含み、転写産物Ｂでは、エキソン２がスキップされている。転写産物Ａは、野生型の対象において優性な転写産物である。しかしながら、本発明で提供するのは、発現するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のうち、これまで特定されたことのない６つの追加のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物（配列番号２３の転写産物Ｃ、配列番号２４の転写産物Ｄ、配列番号２５の転写産物Ｅ、配列番号２６の転写産物Ｆ、配列番号２８の転写産物Ｇ及び配列番号２９の転写産物Ｈ）である。転写産物Ｃでは、転写産物Ａと比べると、エキソン６がスキップされている。転写産物Ｄでは、転写産物Ａと比べると、エキソン６の３’にグアニンが挿入されていることにより、エキソン７におけるフレームシフトと、エキソン７の早期トランケーションが生じている。転写産物Ｅでは、転写産物Ａと比べると、エキソン３とエキソン４の間に、追加のエキソンが存在している。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントキャリアにおいてのみ発現する転写産物Ｆでは、転写産物Ａを比べると、エキソン６からのイントロン６への読み過ごし部（ｒｅａｄ－ｔｈｒｏｕｇｈ）が見られる。転写産物Ｇでは、転写産物Ａと比べると、エキソン２がスキップされており、エキソン６の３’にグアニンが挿入されていることにより、エキソン７におけるフレームシフトと、エキソン７の早期トランケーションが生じている。転写産物Ｈでは、転写産物Ａと比べると、エキソン３とエキソン４の間に、追加のエキソンが存在しており、エキソン６の３’にグアニンが挿入されていることにより、エキソン７におけるフレームシフトと、エキソン７の早期トランケーションが生じている。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントキャリアでは、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨが優性であり、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアにおいては、転写産物Ｄが最も豊富な転写産物である。また、本発明で提供するのは、これまで同定されたことのない追加のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物であって、低レベルで発現する１つの転写産物（Ｆ’、配列番号２７）である。転写産物Ｆのように、転写産物Ｆ’では、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部が見られるが、転写産物Ｆとは対照的に、この読み過ごし部では、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入が含まれない。
添付の配列表に列挙されているヌクレオチド配列とアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準的な略記と、アミノ酸の３文字表記を用いて示されている。ヌクレオチド配列では、配列の５’末端から３’末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的なしきたりに従っている。各ヌクレオチド配列の一本鎖のみが示されているが、いずれも、示されている鎖を参照することによって、相補鎖が含まれていることが分かるはずである。アミノ酸配列では、配列のアミノ末端からカルボキシ末端まで（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的なしきたりに従っている。
配列番号１は、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３ゲノム配列（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ ＧＲＣｈ３８）である。野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を持つ対象でよく見られる転写産物には、転写産物Ａ、転写産物Ｂ、転写産物Ｅ及び転写産物Ｆ’が含まれる。
配列番号２は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ゲノム配列バリアント（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ ＧＲＣｈ３８、ｒｓ７２６１３５６７、ｃｈｒ４：８７３１０２４１～８７３１０２４０でのＴの挿入、１２６６６位でのＴの挿入）である。バリアントｒｓ７２６１３５６７ ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を持つ対象でよく見られる転写産物には、転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｆ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈが含まれる。
配列番号５３は、内因性ＨＳＤ１７Ｂ１３プロモーターである（転写開始部位（ＴＳＳ）の４９９～１００上流）。
本明細書で使用する場合、「転写産物」という用語は、この用語が使われている文脈によって別段に示されていない限り、下記の表に開示されているＲＮＡもしくはｍＲＮＡ分子、またはこれらに由来する対応するｃＤＮＡ分子のうちのいずれかの１つ以上を意味する。各種の転写産物の配列識別子名は、下記の表に列挙されている。ＲＮＡ転写産物は、そのｃＤＮＡ対応物とともに示されており、ｍＲＮＡ転写産物は、そのｃＤＮＡ対応物とともに示されている。
したがって、本明細書で使用する場合、文脈によって別段に示されていない限り、「転写産物Ａ」という用語は、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１及び／または配列番号３０のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｂ」は、配列番号４、配列番号１３、配列番号２２及び／または配列番号３１のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｃ」は、配列番号５、配列番号１４、配列番号２３及び／または配列番号３２のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｄ」は、ｉｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｅ」は、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５及び／または配列番号３４のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｆ」は、配列番号８、配列番号１７、配列番号２６及び／または配列番号３５のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｆ’」は、配列番号９、配列番号１８、配列番号２７及び／または配列番号３６のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｇ」は、配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８及び／または配列番号３７のうちのいずれか１つ以上を意味し、「転写産物Ｈ」は、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９及び／または配列番号３８のうちのいずれか１つ以上を意味する。
転写産物ごとに、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子におけるエキソンのヌクレオチド位置が下に示されている。
野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型である対象でよく見られるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソンの、配列番号１におけるヌクレオチド位置
＊エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含む。読み過ごし部＝１２６６５～１３５０１位
ｒｓ７２６１３５６７ ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアント遺伝子（１２６６６位にＴが挿入されている）においてホモ型である対象でよく見られるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソンの、配列番号２におけるヌクレオチド位置
∧転写産物Ａと比べると、３’末端に追加の残基１２６６５を含む。
＊エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含む。読み過ごし部＝１２６６５～１３５０２位
対応するＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質には、ｉ）アイソフォームＡ（配列番号３９、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン４によってコードされる領域＝１５１～１８５、エキソン５によってコードされる領域＝１８６～２３２、エキソン６ｖ１によってコードされる領域＝２３３～２７１、エキソン７によってコードされる領域＝２７２～３００）、ｉｉ）タンパク質アイソフォームＢ（配列番号４０、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２＝スキップされている、エキソン３によってコードされる領域＝７１～１１４、エキソン４によってコードされる領域＝１１５～１４９、エキソン５によってコードされる領域＝１５０～１９６、エキソン６ｖ１によってコードされる領域＝１９７～２３５、エキソン７によってコードされる領域＝２３６～２６４）、ｉｉｉ）タンパク質アイソフォームＣ（配列番号４１、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン４によってコードされる領域＝１５１～１８５、エキソン５によってコードされる領域＝１８６～２３２、エキソン６＝スキップされている、エキソン７によってコードされる領域＝２３３～２６１）、ｉｖ）タンパク質アイソフォームＤ（配列番号４２、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン４によってコードされる領域＝１５１～１８５、エキソン５によってコードされる領域＝１８６～２３２、エキソン６ｖ２によってコードされる領域＝２３３～２７１、エキソン７によってコードされる領域＝２７２～２７４）、ｖ）タンパク質アイソフォームＥ（配列番号４３、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン３’によってコードされる領域＝１５１～１７４、エキソン４によってコードされる領域＝１７５～２０９、エキソン５によってコードされる領域＝２１０～２５６、エキソン６ｖ１によってコードされる領域＝２５７～２９５、エキソン７によってコードされる領域＝２９６～３２４）、ｖｉ）タンパク質アイソフォームＦ（配列番号４４、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン４によってコードされる領域＝１５１～１８５、エキソン５によってコードされる領域＝１８６～２３２、エキソン６ｖ３によってコードされる領域＝２３３～２８４、イントロン６への読み過ごし部によってコードされる領域＝２７２～２８４）、ｖｉｉ）タンパク質アイソフォームＦ’（配列番号４５、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン４によってコードされる領域＝１５１～１８５、エキソン５によってコードされる領域＝１８６～２３２、エキソン６ｖ４によってコードされる領域＝２３３～２７１）、ｖｉｉｉ）タンパク質アイソフォームＧ（配列番号４６、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２＝スキップされている、エキソン３によってコードされる領域＝７１～１１４、エキソン４によってコードされる領域＝１１５～１４９、エキソン５によってコードされる領域＝１５０～１９６、エキソン６ｖ２によってコードされる領域＝１９７～２３５、エキソン７によってコードされる領域＝２３６～２３８）、及びｉｘ）タンパク質アイソフォームＨ（配列番号４７、エキソン１によってコードされる領域＝１～７０、エキソン２によってコードされる領域＝７１～１０６、エキソン３によってコードされる領域＝１０７～１５０、エキソン３’によってコードされる領域＝１５１～１７４、エキソン４によってコードされる領域＝１７５～２０９、エキソン５によってコードされる領域＝２１０～２５６、エキソン６ｖ２によってコードされる領域＝２５７～２９５、エキソン７によってコードされる領域＝２９６～２９８）が含まれる。
本明細書の別の箇所でさらに詳細に説明されているように、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７は、アラニントランスアミナーゼ及びアスパルテートトランスアミナーゼのレベルの低下と、慢性肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌を含む）のリスクの低下と関連がある。バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７は、単純性脂肪肝から、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患への進行の緩和とも関連がある。
本明細書で開示するのは、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３核酸分子（バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子及びバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を含む）である。また、開示するのは、ストリンジェント条件または適度な条件で、本明細書に開示されている核酸分子のいずれかとハイブリダイズする核酸分子である。このような核酸分子は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントタンパク質を発現させるのに、またはプライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ及びｓｉＲＮＡとして有用であることができ、これらはそれぞれ、本明細書の別の箇所でさらに詳細に説明されている。本明細書に記載されている実施形態のいずれにおいても、本開示の核酸分子及び／またはポリペプチドは、単離核酸分子または単離ポリペプチドであることができる。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２における対応配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であり、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなり、その連続するヌクレオチドは、配列番号２における対応配列と少なくとも約９０％同一であり、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、この核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、この核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、これらの核酸分子は、２７４個のアミノ酸を有するポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、これらの核酸分子は、Ｃ末端のＶａｌ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒを有するポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、これらの核酸分子は、本明細書に記載されている肝疾患のいずれかを発症するリスクの低下、または臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの低下と関連のあるポリペプチドをコードする。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むとともに、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子（配列番号２）の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する（または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置にチミンを有する）核酸分子を提供する。すなわち、本明細書で開示するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むとともに、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（配列番号１）の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンが挿入されている核酸分子である。このような核酸分子は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントの転写産物及びアイソフォームタンパク質を発現させるのに有用であることができる。
ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、いずれかの生物から得たＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子であることができる。例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、または別の生物（ヒト以外の哺乳類動物、齧歯類動物、マウスもしくはラットなど）に由来するオルソログであることができる。ある集団内の遺伝子配列は、多型（一塩基多型など）により変動し得ることが分かっている。本明細書に示されている例は、例示的な配列に過ぎない。他の配列も可能である。一例として、上記の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント（配列番号２）における対応配列（配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位を含む）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であることができる。いくつかの実施形態では、上記の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント（配列番号２）における対応配列（配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位を含む）と少なくとも約９０％同一であることができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位を含め、配列番号２の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、上記の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドは、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（配列番号１）における対応配列（配列番号１の１２６６５位と１２６６６位を含む）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であることができ、チミンが、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に存在する。いくつかの実施形態では、上記の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドは、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（配列番号１）における対応配列（配列番号１の１２６６５位と１２６６６位を含む）と少なくとも約９０％同一であることができ、チミンが、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に存在する。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位を含め、配列番号１の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含み、チミンが、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に存在する。
いくつかのケースでは、本発明の単離核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子であって、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の非必須セグメントが１つ以上欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子を含むことができる。一例として、この欠失セグメントは、１つ以上のイントロン配列を含む。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄのエキソン１～７に対応するエキソンと、配列番号２におけるイントロン６に対応するイントロンを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子は、配列番号２のエキソン１～７とイントロン６を含んでよい。ミニ遺伝子は、本明細書の別の箇所でさらに詳細に説明されている。
本開示は、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ａ、転写産物Ｂ、転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ａ、転写産物Ｂ、転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡのすべてまたは一部に対応する核酸分子を提供する。
本開示は、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡのすべてまたは一部に対応する核酸分子を提供する。
本開示は、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｆ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｆ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはそれらの対応するｃＤＮＡのすべてまたは一部に対応する核酸分子を提供する。
本開示は、ＲＮＡ転写産物Ｄもしくは対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物Ｄもしくは対応するｃＤＮＡのすべてまたは一部に対応する核酸分子を提供する。
このような単離核酸分子は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントの転写産物とタンパク質を発現させるのに有用であることができる。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（配列番号６、１５、２４もしくは３３）のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、この核酸分子は、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。
ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈは、転写産物Ａと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンの挿入を含むことによって、エキソン７におけるフレームシフトと、エキソン７によってコードされるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の領域の早期トランケーションが生じる。したがって、本発明で提供するのは、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含む核酸分子である。また、本発明で提供するのは、転写産物Ｄ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含む核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｄ、転写産物Ｇまたは転写産物Ｈのエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であり、そのセグメントが、転写産物Ｄのエキソン６の３’末端における８７８位の残基に対応する残基に、グアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ａと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）か、転写産物Ｇのエキソン６の３’末端における７７０位の残基に対応する残基に、グアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ｂと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）か、または転写産物Ｈのエキソン６の３’末端における９５０位の残基に対応する残基に、グアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ｅと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）核酸分子である。このような核酸は、挿入されているグアニンを、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン７の開始点におけるグアニン、転写産物Ｆにおけるイントロン６への読み過ごし部、または転写産物Ｃにおける欠失エキソン６）と区別するために、エキソン６とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。
一例として、本開示の核酸分子は、転写産物Ｄの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）であって、エキソン６とエキソン７の境界に広がり、転写産物Ｄのエキソン６とエキソン７を任意に含み、転写産物Ｄの配列全体を任意に含むヌクレオチドを含むか、またはそれらからなることができる。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、転写産物Ｄ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ｇ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントをさらに含み、この核酸分子は、転写産物Ｄ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ｈ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントをさらに含む。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、このような核酸分子は、転写産物Ｈと区別するために、転写産物Ｄのエキソン３とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）のセグメントを含むか、またはそのセグメントからなることができる。同様に、このような核酸分子は、転写産物Ｇと区別するために、転写産物Ｄのエキソン２内の領域、転写産物Ｄのエキソン１とエキソン２の境界に広がる領域もしくは転写産物Ｄのエキソン２とエキソン３の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）のセグメントを含むか、またはそのセグメントからなることができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、転写産物Ｄに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなることができ、アイソフォームＤに示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質をコードする。転写産物Ｄのように、転写産物Ｈは、転写産物Ａと比べると、エキソン６の３’にグアニンの挿入を含む。転写産物Ｈは、転写産物Ａと転写産物Ｄと比べると、エキソン３とエキソン４との間に追加のエキソン（エキソン３’）をさらに含む。したがって、本発明で提供するのは、上記のような核酸分子であって、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（またはそれらの断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含むが、転写産物Ｈ（またはその断片もしくはホモログ）のセグメントであって、転写産物Ｄ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）をさらに含む核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、本発明で提供するのは、転写産物Ｄに関して説明したような核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｈのエキソン３’内の領域、転写産物Ｈのエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域または転写産物Ｈのエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン３とエキソン４の境界）と区別するために、エキソン３とエキソン３’のそれぞれまたはエキソン３’とエキソン４のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。例えば、エキソン３’の領域は、エキソン３’全体を含むことができる。任意に、本開示の核酸分子は、転写産物Ｈに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなることができ、アイソフォームＨを含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、核酸分子は、エキソン３’内の領域、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域もしくはエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域を含め、転写産物Ｈの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、転写産物Ｈのエキソン３’全体を任意に含むとともに、転写産物Ｈの配列全体を任意に含む。
転写産物Ｄのように、転写産物Ｇは、転写産物Ａと比べると、エキソン６の３’にグアニンの挿入を含む。しかしながら、これに加えて、転写産物Ｇは、転写産物Ａと転写産物Ｄと比べると、エキソン２が欠失している（すなわち、転写産物Ｇは、転写産物Ａと転写産物Ｄに存在しない、エキソン１とエキソン３の境界を含む）。したがって、本発明で提供するのは、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（またはそれらの断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなるが、転写産物Ｇ（またはその断片もしくはホモログ）に由来するセグメントであって、転写産物Ｄ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）をさらに含む、上記のような核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、本発明で提供するのは、転写産物Ｄに関して説明した核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｇのエキソン１とエキソン３の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン１とエキソン２の境界またはエキソン２とエキソン３の境界）と区別するために、エキソン１とエキソン３のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。例えば、その領域は、転写産物Ｇのエキソン１とエキソン３の全体を含むことができる。任意に、本開示の核酸分子は、転写産物Ｇに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなり、アイソフォームＧに示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、本開示の核酸分子は、エキソン１とエキソン３の境界に広がる領域を含め、転写産物Ｇの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、転写産物Ｇのエキソン１とエキソン３を任意に含み、転写産物Ｇの配列全体を任意に含む。
また、本発明で提供するのは、転写産物Ｅ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）であって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｅは、転写産物Ａと比べると、エキソン３とエキソン４との間に追加のエキソンを含む。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてもしくは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｅのエキソン３’内の領域、転写産物Ｅのエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域または転写産物Ｅのエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン３とエキソン４の境界）と区別するために、エキソン３とエキソン３’のそれぞれまたはエキソン３’とエキソン４のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。例えば、エキソン３’の領域は、エキソン３’全体を含むことができる。任意に、本開示の核酸分子は、転写産物Ｅ（またはその断片もしくはホモログ）由来のセグメントであって、転写産物Ｈ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）をさらに含む。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、本発明で提供するのは、上記のような核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｅのエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（特には、転写産物Ｈのエキソン６の３’末端における追加のグアニン）と区別するために、エキソン６とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。例えば、その領域は、転写産物Ｅのエキソン６とエキソン７の全体を含むことができる。任意に、本開示の単離核酸は、転写産物Ｅに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなり、アイソフォームＥに示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、本開示の核酸分子は、エキソン３’内の領域、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域もしくはエキソン３’とエキソン４との境界に広がる領域を含め、転写産物Ｅの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、転写産物Ｅのエキソン３’全体を任意に含み、転写産物Ｅの配列全体を任意に含む。
また、本発明で提供するのは、転写産物Ｆ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｆは、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含み、その読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含む。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてもしくは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｆにおけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、または転写産物Ｆにおけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、上記の読み過ごし部を、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、上記の読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆに存在する配列であって、転写産物Ｆ’に存在しない配列（すなわち、チミンの挿入）を含む。転写産物Ｆ’も、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含むが、その読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含まない。例えば、その領域は、転写産物Ｆにおけるイントロン６への読み過ごし部全体であることができる。任意に、本開示の単離核酸分子は、転写産物Ｆに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなり、タンパク質アイソフォームＦに示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、本開示の核酸分子は、イントロン６への読み過ごし部内の領域もしくはイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域を含め、転写産物Ｆの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、イントロン６への読み過ごし部全体を任意に含み、転写産物Ｆの配列全体を任意に含む。
また、本発明で提供するのは、転写産物Ｆ’（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｆ’は、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含み、その読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含まない。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてもしくは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｆ’におけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、または転写産物Ｆ’におけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、その読み過ごし部を、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、その読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆ’に存在する配列であって、転写産物Ｆに存在しない配列を含む。転写産物Ｆにおける読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含み、そのチミンの挿入は、転写産物Ｆ’における読み過ごし部には含まれない。例えば、その領域は、転写産物Ｆ’におけるイントロン６への読み過ごし部全体であることができる。任意に、本開示の単離核酸分子は、転写産物Ｆ’に示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなり、アイソフォームＦ’に示されている配列を含むか、その配列から本質的になるか、またはその配列からなるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、本開示の核酸分子は、イントロン６への読み過ごし部内の領域もしくはイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域を含め、転写産物Ｆ’の少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、イントロン６への読み過ごし部全体を任意に含み、転写産物Ｆ’の配列全体を任意に含む。
また、本発明で提供するのは、転写産物Ｃ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、転写産物Ａ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｃは、転写産物Ａと比べると、エキソン６が欠失している（すなわち、転写産物Ｃは、転写産物Ａに存在しない、エキソン５とエキソン７の境界を含む）。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてもしくは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドのセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）が、転写産物Ｃのエキソン５とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン５とエキソン６の境界またはエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、エキソン５とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドを含むことになるのが分かる。例えば、その領域は、転写産物Ｃのエキソン５とエキソン７の全体を含むことができる。任意に、本発明の核酸分子は、転写産物Ｃに示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である配列を含むか、またはその配列からなり、アイソフォームＣに示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする。
一例として、本開示の核酸分子は、エキソン５とエキソン７との境界に広がる領域を含め、転写産物Ｃの少なくとも１５個の連続するヌクレオチド（例えば、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも３０個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそれらからなることができ、転写産物Ｃのエキソン５とエキソン７の全体を任意に含み、転写産物Ｃの配列全体を任意に含む。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物の全配列よりも少ないヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、特定の転写産物の少なくとも約５個、少なくとも約８個、少なくとも約１０個、少なくとも約１２個、少なくとも約１５個、少なくとも約２０個、少なくとも約２５個、少なくとも約３０個、少なくとも約３５個、少なくとも約４０個、少なくとも約４５個、少なくとも約５０個、少なくとも約６０個、少なくとも約７０個、少なくとも約８０個、少なくとも約９０個、少なくとも約１００個、少なくとも約２００個、少なくとも約３００個、少なくとも約４００個、少なくとも約５００個もしくは少なくとも約６００個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、特定の転写産物の少なくとも約２００～少なくとも約５００個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。この点では、長い核酸分子の方が短い核酸分子よりも好ましい。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、特定の転写産物の少なくとも約５０個、少なくとも約６０個、少なくとも約７０個、少なくとも約８０個、少なくとも約９０個、少なくとも約１００個、少なくとも約２００個、少なくとも約３００個、少なくとも約４００個もしくは少なくとも約５００個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。この点では、長い核酸分子の方が短い核酸分子よりも好ましい。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、例えば、プライマー及びプローブとして有用であることができる。
本開示は、配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む領域で、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズする約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる核酸分子であって、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子を提供する。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズする約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはｉｉ）ｉ）のヌクレオチド配列の相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄに特異的にハイブリダイズする約５個のヌクレオチドから最大で約５０個のヌクレオチドを含むかまたはそれらからなり、この核酸分子は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％同一であるヌクレオチド配列、またはｉｉ）ｉ）のヌクレオチド配列の相補体に特異的にハイブリダイズする。
本開示は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列、またはその相補体、ｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくは、ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むか、あるいはそれらからなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるＲＮＡ分子、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズするか、あるいは、その核酸分子は、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるｍＲＮＡ、配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡ、またはそれらの相補体に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、異種核酸に連結されているか、または異種標識を含む。
いくつかの実施形態では、このような核酸分子は、少なくとも約５個、少なくとも約８個、少なくとも約１０個、少なくとも約１１個、少なくとも約１２個、少なくとも約１３個、少なくとも約１４個、少なくとも約１５個、少なくとも約１６個、少なくとも約１７個、少なくとも約１８個、少なくとも約１９個、少なくとも約２０個、少なくとも約２１個、少なくとも約２２個、少なくとも約２３個、少なくとも約２４個、少なくとも約２５個、少なくとも約３０個、少なくとも約３５個、少なくとも約４０個、少なくとも約４５個、少なくとも約５０個、少なくとも約５５個、少なくとも約６０個、少なくとも約６５個、少なくとも約７０個、少なくとも約７５個、少なくとも約８０個、少なくとも約８５個、少なくとも約９０個、少なくとも約９５個、少なくとも約１００個、少なくとも約２００個、少なくとも約３００個、少なくとも約４００個、少なくとも約５００個、少なくとも約６００個、少なくとも約７００個、少なくとも約８００個、少なくとも約９００個、少なくとも約１０００個、少なくとも約２０００個、少なくとも約３０００個、少なくとも約４０００個、少なくとも約５０００個、少なくとも約６０００個、少なくとも約７０００個、少なくとも約８０００個、少なくとも約９０００個、少なくとも約１００００個、少なくとも約１１０００個もしくは少なくとも約１１５００個を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、少なくとも１５個のヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、少なくとも１５個のヌクレオチド～少なくとも約３５個のヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態では、このような核酸分子は、ストリンジェント条件下で、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ゲノムＤＮＡ、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ（もしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡ（もしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）にハイブリダイズする。このような核酸分子は、本明細書に記載または例示されているように、例えば、プローブ、プライマー、変化部特異的プローブまたは変化部特異的プライマーとして用いてよい。
また、本明細書で開示するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント（配列番号２）の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を含むセグメント、またはその位置の１０００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、４５ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、３５ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１０ヌクレオチドもしくは５ヌクレオチド以内であるセグメントにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子）にハイブリダイズする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むか、あるいはそれらからなる核酸分子である。このような核酸分子は、例えば、プライマーまたはプローブとして有用であることができる。
いくつかの実施形態では、上記の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント（配列番号２）における対応配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一であり（または少なくとも約９０％同一であり）、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するセグメントにハイブリダイズできる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号２の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズできる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号２における１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位、または配列番号２における１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を含むセグメントにハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子がハイブリダイズできるセグメントは例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームをコードする核酸分子の少なくとも２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、７５個、９０個、９５個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個または２０００個の連続するヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子がハイブリダイズできるセグメントは例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームをコードする核酸の最大で２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、７５個、９０個、９５個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個または１０００個の連続するヌクレオチドであることができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１０００個、２０００個、３０００個、４０００個、５０００個、６０００個、７０００個、８０００個、９０００個、１００００個、１１０００個、１２０００個、１３０００個、１４０００個、１５０００個、１６０００個、１７０００個、１８０００個または１９０００個の連続するヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子がハイブリダイズできるセグメントは例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の最大で２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、７５個、９０個、９５個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個または１０００個の連続するヌクレオチドであることができる。いくつかの実施形態では、このセグメントは、約１５～１００ヌクレオチド長または約１５～３５ヌクレオチド長であることができる。
また、提供するのは、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ａ、転写産物Ｂ、転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ａ、転写産物Ｂ、転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡのセグメントにハイブリダイズする核酸分子である。
また、提供するのは、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｅ、転写産物Ｆ、転写産物Ｆ’、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡのセグメントにハイブリダイズする核酸分子である。
また、提供するのは、ＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｆ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物（転写産物Ｃ、転写産物Ｄ、転写産物Ｆ、転写産物Ｇ及び転写産物Ｈなど）もしくはその対応するｃＤＮＡのセグメントにハイブリダイズする核酸分子である。
また、提供するのは、ＲＮＡ転写産物Ｄもしくは対応するｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡ転写産物Ｄもしくは対応するｃＤＮＡのセグメントにハイブリダイズする核酸分子である。
本発明で提供するのは、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはそれらの断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなり、そのセグメントが、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６の３’末端における８７８位の残基に対応する残基に、グアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ａと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）核酸分子である。あるいは、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸のセグメントの少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｇのエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドもしくは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、またはそのセグメントからなり、そのセグメントが、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６の３’末端における７７０位の残基に対応する残基にグアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ｂと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）核酸分子である。あるいは、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなり、そのセグメントが、転写産物Ｈのエキソン６の３’末端における９５０位の残基に対応する残基にグアニンを含む（すなわち、エキソン７の開始点におけるグアニンに加えて、転写産物Ｅと比べて、エキソン６の３’末端にグアニンが挿入されている）核酸分子である。このような核酸分子は、挿入されているグアニンを、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、転写産物Ｆにおけるイントロン６への読み過ごし部、または転写産物Ｃにおけるエキソン６の欠失）と区別するために、エキソン６とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。
一例として、そのセグメントは、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン６とエキソン７の境界に広がる領域（すなわち、転写産物Ｄの８７８位の残基におけるグアニンを含む領域）を含むか、あるいはその領域からなることができる。別の例として、そのセグメントは、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン６とエキソン７の境界に広がる領域（すなわち、転写産物Ｇの７７０位の残基におけるグアニンを含む領域）を含むか、あるいはその領域からなることができる。別の例として、そのセグメントは、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン６とエキソン７の境界に広がる領域（すなわち、転写産物Ｈの９５０位の残基におけるグアニンを含む領域）を含むか、あるいはその領域からなることができる。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子はさらに、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなり、この核酸分子はさらに、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域を含むか、あるいはその領域からなる。このようなセグメントは、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）は、転写産物Ｈと区別するために、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ことができる。同様に、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）は、転写産物Ｇと区別するために、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２内の領域、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン１とエキソン２の境界に広がる領域、あるいは転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２とエキソン３の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ことができる。
本発明で提供するのは、上記のような核酸分子であって、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはそれらの断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域を含むかまたはその領域からなるが、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）をさらに含む核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、そのセグメントは、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’内の領域（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ことができる。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン３とエキソン４の境界）と区別するために、エキソン３とエキソン３’のそれぞれまたはエキソン３’とエキソン４のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン３’内の領域、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域またはエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域を含むか、あるいはその領域からなることができる。
本発明で提供するのは、上記のような核酸分子であって、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはそれらの断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域を含むか、あるいはその領域からなるが、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）をさらに含む核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、そのセグメントは、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン１とエキソン３の境界に広がる領域（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ことができる。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン１とエキソン２の境界またはエキソン２とエキソン３の境界）と区別するために、エキソン１とエキソン３のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン１とエキソン３の境界に広がる領域を含むか、あるいはその領域からなることができる。
また、提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸のセグメントであって、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するが、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｅは、転写産物Ａと比べると、エキソン３とエキソン４との間に追加のエキソンを含む。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’内の領域（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、あるいは転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン３とエキソン４の境界）と区別するために、エキソン３とエキソン３’のそれぞれまたはエキソン３’とエキソン４のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン３’内の領域、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、あるいはエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）を含むか、あるいはその領域からなることができる。
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子はさらに、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するセグメントであって、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる。このようなセグメントは、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログ存在するセグメントであって、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片もしくはホモログに存在しないセグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）は、転写産物Ｇと区別するために、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ことができる。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（特には、転写産物Ｈのエキソン６の３’末端における追加のグアニン）と区別するために、エキソン６とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。
また、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸のセグメントであって、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するが、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる核酸分子も提供する。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｆは、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含む。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような核酸分子は、その読み過ごし部を、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物におけるエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、その読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在する配列であって、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない配列（すなわち、チミンの挿入）を含むか、あるいはその配列からなる。転写産物Ｆ’も、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含むが、その読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含まない。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域であって、イントロン６への読み過ごし部内の領域、またはイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域を含むか、あるいはその領域からなることができる。
また、提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸のセグメントであって、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するが、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｆ’は、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含む。したがって、提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような核酸分子は、その読み過ごし部を、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物におけるエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、その読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在する配列であって、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない配列を含むか、あるいはその配列からなる。転写産物Ｆにおける読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含むが、転写産物Ｆ’における読み過ごし部は、このチミンの挿入を含まない。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域であって、イントロン６への読み過ごし部内の領域、またはイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域を含むか、あるいはその領域からなることができる。
また、提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸のセグメントであって、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在するが、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいはその断片またはホモログに存在しないセグメントにハイブリダイズする領域（例えば、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはその領域からなる核酸分子である。このような領域は、転写産物の配列を比較することによって、容易に特定できる。転写産物Ｃは、転写産物Ａと比べると、エキソン６が欠失している（すなわち、転写産物Ｃは、転写産物Ａに存在しない、エキソン５とエキソン７の境界を含む）。したがって、本発明で提供するのは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン５とエキソン７の境界に広がる領域と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも５個の連続するヌクレオチド、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたは少なくとも１５個の連続するヌクレオチド）を含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子である。このような核酸分子は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン５とエキソン６またはエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、エキソン５とエキソン７における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。一例として、そのセグメントは、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の領域のうち、エキソン５とエキソン７の境界に広がる領域を含むか、あるいはその領域からなることができる。
本開示は、本明細書に開示されているプローブのうちのいずれか１つ以上が結合されている基質を含む支持体も提供する。固体支持体は、分子（本明細書に開示されているプローブのいずれかなど）が会合できる固体状態の基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の種類のプローブがアレイ状、グリッド状またはその他の組織化されたパターンで結合してある固体支持体である。
固体支持体で用いる固体状態の基質としては、分子が結合できるいずれかの固体物質を挙げることができる。この物質としては、アクリルアミド、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセテート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリアンハイドライド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、ポリプロピルフメレート、コラーゲン、グリコサミノグリカン及びポリアミノ酸のような物質が挙げられる。固体状態の基質は、薄いフィルム、膜、ボトル、ディッシュ、繊維、織り繊維、成形ポリマー、粒子、ビーズ、微小粒子または組み合わせたものを含むいずれかの有用な形態であることができる。固体状態の基質と固体支持体は、多孔性であることも、非多孔性であることもできる。固体状態の基質の形態は、標準的な９６ウェルタイプのようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、１ウェル当たりに１つのアレイを通常含むマルチウェルスライドガラスを用いることができる。いくつかの実施形態では、支持体は、マイクロアレイである。
本明細書に開示されている核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含むことができる。本開示の核酸分子は、ベクターなどにおけるように、異種ヌクレオチド配列に連結もしくは融合されていることも、または異種標識に連結もしくは融合されていることもできる。例えば、本明細書に開示されている核酸分子は、その核酸分子と異種ヌクレオチド配列とを含むベクターまたは外来ドナー配列内にあることができる。本開示の核酸分子は、蛍光標識のような異種標識に連結または融合されていることもできる。標識の他の例は、本明細書の他の箇所に開示されている。
標識は、直接検出可能なもの（例えばフルオロフォア）であることも、間接的に検出可能なもの（例えば、ハプテン、酵素またはフルオロフォアクエンチャー）であることもできる。このような標識は、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段または化学的手段によって検出可能であることができる。このような標識としては、例えば、放射線計測装置で測定できる放射性標識、分光光度計を用いて目視で観察または測定できる顔料、色素またはその他の色原体、スピンラベルアナライザーで測定できるスピンラベル、及び蛍光標識（例えばフルオロフォア）であって、好適な分子付加体の励起によって出力シグナルが生成され、その色素に吸収される光による励起によって可視化できるか、または標準的な蛍光光度計もしくはイメージングシステムによって測定できる蛍光標識が挙げられる。標識は、例えば、化学発光物質（シグナル化合物の化学修飾によって、出力シグナルが生成される）、金属含有物質、または酵素（無色の基質から着色生成物が形成されるなど、酵素に依存して二次的にシグナルが生成される）であることもできる。「標識」という用語は、「タグ」またはハプテン（コジュゲート分子に選択的に結合でき、結合後、基質を加えると、そのコジュゲート分子を利用して、検出可能なシグナルを生成させるようにする）を指すこともできる。例えば、ビオチンをタグとして使用した後、西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンコジュゲートを用いて、そのタグに結合させてから、熱量測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））または蛍光発生基質を用いて、ＨＲＰの存在を検出できる。精製を促すタグとして使用できる例示的な標識としては、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧ、３ＸＦＬＡＧ、６ＸＨｉｓ、ポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグまたは免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限らない。多くの標識が知られており、例えば、粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素とそれらの熱量測定基質、蛍光発生基質及び化学発光基質、ならびにその他の標識が挙げられる。
本開示の核酸分子は、改変核酸分子であることができ、例えば、ヌクレオチド、または非天然ヌクレオチドもしくは改変ヌクレオチド（ヌクレオチドアナログもしくはヌクレオチド置換体など）を含むことができる。このようなヌクレオチドとしては、改変された塩基、糖もしくはホスフェート基を含むか、またはその構造に非天然部分が導入されているヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド及びフルオロフォア標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限らない。
本明細書に開示されている核酸分子は、１つ以上のヌクレオチドアナログまたはヌクレオチド置換を含むこともできる。ヌクレオチドアナログは、塩基部分、糖部分またはホスフェート部分のいずれかに対する改変を含むヌクレオチドである。塩基部分に対する改変としては、Ａ、Ｃ、Ｇ及びＴ／Ｕの天然の改変と合成の改変、ならびに異なるプリン塩基またはピリミジン塩基（例えば、プソイドウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）及び２－アミノアデニン－９－イルなど）が挙げられるが、これらに限らない。改変塩基としては、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（プソイドウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニン及びグアニン、５－ハロ、特に、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン及び７－メチルアデニン、８－アザグアニン及び８－アザアデニン、７－デアザグアニン及び７－デアザアデニン、ならびに３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられるが、これらに限らない。特定のヌクレオチドアナログ、例えば、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、ならびにＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換プリンなど（２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン及び５－メチルシトシンが挙げられるが、これらに限らない）は、二重鎖形成の安定性を高めることができる。塩基の改変は、例えば、糖の改変（２’－Ｏ－メトキシエチルなど）と組み合わせて、二重鎖の安定性の向上のような特有の特性をもたらすことができることが多い。
ヌクレオチドアナログは、糖部分の改変を含むこともできる。糖部分に対する改変としては、リボース及びデオキシリボースの天然の改変と、合成の改変が挙げられるが、これらに限らない。糖の改変としては、ＯＨ、Ｆ、Ｏ－アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ－アルキニルまたはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルという、２’位における改変が挙げられるが、これに限らず、これらのアルキル、アルケニル及びアルキニルは、置換または非置換のＣ１－１０アルキルまたはＣ２－１０アルケニル及びＣ２－１０アルキニルであってよい。例示的な２’での糖の改変としては、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎ－ＯＮＨ２及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中のｎとｍは、１～約１０である）も挙げられるが、これらに限らない。
２’位におけるその他の改変としては、Ｃ１－１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬理学的特性を改善するための基、及び同様の特性を有するその他の置換基が挙げられるが、これらに限らない。糖の他の位置で、特には、３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’結合オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位と、５’末端ヌクレオチドの５’位で同様の改変が行われていてもよい。改変糖としては、架橋環酸素に、ＣＨ２及びＳのような改変部を含む糖も挙げることができる。ヌクレオチド糖アナログは、ペントフラノシル糖の代わりに、シクロブチル部分のような糖模倣体も有することができる。
ヌクレオチドアナログは、ホスフェート部分で改変されていることもできる。改変ホスフェート部分としては、２つのヌクレオチド間の結合に、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチル及びその他のアルキルホスホネート（３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含む）、ホスフィネート、ホスホルアミダート（３’－アミノホスホルアミダート及びアミノアルキルホスホルアミダートを含む）、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートが含まれるように改変できる部分が挙げられるが、これらに限らない。２つのヌクレオチド間のこれらのホスフェート結合または改変ホスフェート結合は、３’－５’結合または２’－５’結合を介したものであることができ、その結合は、３’－５’から５’－３’または２’－５’から５’－２’のような極性の反転を含むことができる。様々な塩、混合塩及び遊離酸形態も含まれる。
ヌクレオチド置換体としては、ホスフェート部分または糖部分が置き換えられているヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログも挙げられる。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド置換体は、標準的なリン原子を含まなくてもよい。ホスフェートに対する置換部は、例えば、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルインターヌクレオシド結合、ヘテロ原子とアルキルもしくはシクロアルキルが混合されているインターヌクレオシド結合、または１つ以上の短鎖ヘテロ原子もしくは複素環インターヌクレオシド結合であることができる。これらの置換部としては、モルホリノ結合（部分的に、ヌクレオシドの糖部分から形成されている）、シロキサン骨格、スルフィド、スルホキシド及びスルホン骨格、ホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格、メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格、アルケン含有骨格、スルファメート骨格、メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格、スルホネート及びスルホンアミド骨格、アミド骨格、ならびに、Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２という構成部分が混合されている他の部分を有する置換部が挙げられる。
ヌクレオチド置換体では、ヌクレオチドの糖部分とホスフェート部分の両方が、例えばアミド型結合（アミノエチルグリシン）（ＰＮＡ）によって置き換えられていることができるのも分かる。
他のタイプの分子（コンジュゲート）をヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに結合して、例えば、細胞取り込みを高めることも可能である。コンジュゲートは、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに化学的に連結できる。このようなコンジュゲートとしては、例えば、脂質部分（コレステロール部分など）、コール酸、チオエーテル（ヘキシル－Ｓ－トリチルチオールなど）、チオコレステロール、脂肪族鎖（ドデカンジオールもしくはウンデシル残基など）、リン脂質（ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネートなど）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分が挙げられる。
また、本明細書で開示するのは、本明細書に開示されている核酸分子によってコードされるポリペプチド、及び本明細書に開示されている核酸またはポリペプチドと、その単離核酸もしくはタンパク質の安定性を向上させる（例えば、分解生成物を閾値未満（初期の核酸もしくはタンパク質の０．５重量％未満など）に保つ期間を所定の保管条件下（例えば、－２０℃、４℃もしくは周囲温度）で延長するか、またはインビボでの安定性を向上させる）担体とを含む組成物である。このような担体の非限定例としては、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート及び脂質微小管が挙げられる。
また、本発明で提供するのは、開示されている核酸分子と相互作用できる機能性ポリヌクレオチドである。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子と結合したり、または特有の反応を触媒したりするなどの特有の機能を持つ核酸分子である。機能性ポリヌクレオチドの例としては、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子及びエクスターナルガイドシークエンスが挙げられるが、これらに限らない。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子が有する特有の活性のエフェクター、インヒビター、モジュレーター及び刺激因子として作用でき、あるいは、機能性ポリヌクレオチドは、いずれかの他の分子とは無関係なデノボ活性を有することができる。
アンチセンス分子は、カノニカルな塩基対形成または非カノニカルな塩基対形成のいずれかを通じて、標的核酸分子と相互作用するように設計されている。アンチセンス分子と標的分子との相互作用は、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈの媒介による、ＲＮＡ－ＤＮＡハイブリッドの分解を通じて、その標的分子の破壊を促すように設計されている。あるいは、アンチセンス分子は、転写または複製のように、標的分子において通常行われるプロセシング機能を妨げるように設計されている。アンチセンス分子は、標的分子の配列に基づいて設計できる。標的分子の領域のうち、最も接触可能な領域を特定することによって、アンチセンス効率を最適化する方法は、数多く存在する。例示的な方法としては、ＤＭＳとＤＥＰＣを用いたインビトロ選択実験とＤＮＡ改変試験が挙げられるが、これらに限らない。アンチセンス分子は概して、約１０－６以下、約１０－８以下、約１０－１０以下または約１０－１２以下の解離定数（ｋｄ）で、標的分子と結合する。アンチセンス分子の例としては、アンチセンスＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限らない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ミニ遺伝子、ＲＮＡ分子、ｍＲＮＡ分子またはｃＤＮＡ分子のいずれも、精製されていることができ、例えば、少なくとも約９０％の純度である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている核酸分子のいずれも、精製されていることができ、例えば、少なくとも約９５％の純度である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている核酸分子のいずれも、精製されていることができ、例えば、少なくとも約９９％の純度である。精製は、人間の手によって、人間が作成した精製技法を用いるものである。
本開示は、本明細書に開示されている核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、本明細書に開示されている核酸分子のうちのいずれか１つ以上と、異種核酸とを含む。本開示のベクターは、核酸分子を輸送できるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであることができる。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、プラスミドまたはコスミドである。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、ウイルスベクターであって、追加のＤＮＡセグメントをそのウイルスゲノムにライゲーションできるウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、そのベクターが導入される宿主細胞において、自己複製できる。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、宿主細胞に導入すると、宿主細胞のゲノムに組み込まれることができ、それによって、宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、そのベクターが機能的に連結される遺伝子の発現を誘導できる。このようなベクターは、本明細書では、「組み換え発現ベクター」または「発現ベクター」という。このようなベクターは、ターゲティングベクターであることもできる。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されている様々な遺伝的バリアントによってコードされるタンパク質は、開示されている遺伝的バリアントをコードする核酸分子を発現ベクターに挿入して、その遺伝子が、転写調節配列及び翻訳調節配列のような発現調節配列に機能的に連結されるようにすることによって発現させる。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス（カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルスなど）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタインバー（ＥＢＶ）由来エピソーム、ならびに当該技術分野知られているその他の発現ベクターが挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、開示されている遺伝的バリアントを含む核酸分子は、ベクターにライゲーションして、そのベクター内の転写調節配列と翻訳調節配列が、その遺伝的バリアントの転写と翻訳の調節という意図されている機能を果たすようにできる。
本開示の組み換え発現ベクターは、開示されている遺伝的バリアントを含むヌクレオチド配列に加えて、例えば、レトロウイルスＬＴＲに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）に由来するプロモーター及び／またはエンハンサー（ＣＭＶプロモーター／エンハンサーなど）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）に由来するプロモーター及び／またはエンハンサー（ＳＶ４０プロモーター／エンハンサーなど）、アデノウイルスに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー（例えばアデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ）など）、ポリオーマプロモーター及び強力哺乳類動物プロモーター（ネイティブ免疫グロブリン及びアクチンプロモーターなど）のように、宿主細胞でのその遺伝的バリアントの発現を調節する調節配列を有することができる。細菌細胞または真菌細胞（例えば酵母細胞）においてポリペプチドを発現させる方法も周知である。
プロモーターは、例えば、構成的活性型プロモーター、条件的プロモーター、誘導性プロモーター、時間的制限型プロモーター（例えば発生的調節型プロモーター）または空間的制限型プロモーター（例えば、細胞特異的プロモーターもしくは組織特異的プロモーター）であることができる。
本開示の組み換え発現ベクターは、開示されている遺伝的バリアントと調節配列とを含むヌクレオチド配列に加えて、宿主細胞におけるベクターの複製を調節する配列のような追加の配列と、選択可能なマーカー遺伝子を有することができる。例示的な選択可能なマーカー遺伝子としては、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）遺伝子（ＤＨＦＲ－宿主細胞において、メトトレキセートによる選択／増幅で用いるための遺伝子）、Ｎｅｏ遺伝子（Ｇ４１８による選択用）及びグルタメートシンターゼ（ＧＳ）遺伝子が挙げられるが、これらに限らない。
本開示は、本開示の核酸分子を含むベクターを含め、本開示の核酸分子のうちのいずれか１つ以上及び／または本明細書で開示されているポリペプチドのうちのいずれか１つ以上を含む細胞（例えば組み換え宿主細胞）も提供する。この細胞は、インビトロ細胞、エキソビボ細胞またはインビボ細胞であることができる。核酸分子は、発現して、コードタンパク質が産生されるように、プロモーターとその他の調節配列に連結されていることができる。さらに、このような細胞の細胞株を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、全能性細胞または多能性細胞（例えば、胚性幹（ＥＳ）細胞（齧歯類動物ＥＳ細胞、マウスＥＳ細胞またはラットＥＳ細胞など））である。多能性及び／または全能性細胞は、例えば、ＥＳ細胞またはＥＳ様細胞（誘導多能性幹（ｉＰＳ）細胞など）であることができる。本開示によれば、胚性幹細胞は、ヒト以外の胚性幹細胞であってよい。いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、初代体細胞または初代体細胞ではない細胞である。このような細胞は、従来の技法によって単離でき、この細胞としては、例えば、体細胞、造血細胞、内皮細胞、上皮細胞、線維芽細胞、間葉細胞、角化細胞、メラニン細胞、単球、単核球、脂肪細胞、前駆脂肪細胞、ニューロン、グリア細胞、肝細胞、骨格筋芽細胞及び平滑筋細胞が挙げられる。例えば、初代細胞は、結合組織、筋肉組織、神経系組織または上皮組織に由来することができる。
いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、通常は無限に増殖しなくてもよいが、変異または改変により、通常の細胞老化が回避されており、その代わりに、分裂を継続して起こすことができる。このような変異または改変は、自然に起きるものであることも、意図的に誘導したものであることもできる。不死化細胞の例としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児腎細胞（例えばＨＥＫ２９３細胞）及びマウス胎児線維芽細胞（例えば３Ｔ３細胞）が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、肝細胞（例えばヒト肝細胞）のような分化細胞である。
本開示の細胞は、いずれの供給源から得たものであることができる。例えば、本開示の細胞は、真核細胞、動物細胞、植物細胞または真菌（例えば酵母）細胞であることができる。このような細胞は、魚細胞またはトリ細胞であることができ、あるいは、このような細胞は、哺乳動物細胞（ヒト細胞、ヒト以外の哺乳動物細胞、齧歯類動物細胞、マウス細胞またはラット細胞など）であることができる。哺乳類動物としては、ヒト、ヒト以外の霊長類動物、サル、猿人類、ネコ、イヌ、ウマ、未去勢の雄牛、シカ、バイソン、ヒツジ、齧歯類動物（例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット）、家畜（例えば、ウシ亜科の種（ウシ、去勢雄牛など）、ヒツジ類（ヒツジ、ヤギなど）、ブタ類（ブタ、イノシシなど）が挙げられるが、これらに限らない。トリとしては、ニワトリ、シチメンチョウ、ダチョウ、ガチョウ、アヒルなどが挙げられるが、これらに限らない。飼育動物と畜産動物も含まれる。「ヒト以外の動物」という用語には、ヒトは含まれない。いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、ヒト細胞である。
本開示は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を検出するため、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性もしくはリスクを判断するため、またはヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクを判断するためのプローブまたはプライマーとして、本明細書に記載されている核酸分子のいずれかの使用を提供する。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームポリペプチドとその断片、特には、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントによって産生されるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームポリペプチドとその断片を提供する。
本開示は、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはその配列からなるポリペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、このポリペプチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤのアミノ酸配列（配列番号４２）と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、配列番号４２のアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、これらのポリペプチドは、２７４個のアミノ酸を有する。いくつかの実施形態では、これらのポリペプチドは、Ｃ末端にＶａｌ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒを有する。いくつかの実施形態では、これらのポリペプチドは、本明細書に記載されている肝疾患のいずれかを発症するリスクの低下、または臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの低下と関連がある。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＡ、アイソフォームＢ、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＥ、アイソフォームＦ、アイソフォームＦ’、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）アミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質は、アイソフォームＡ、アイソフォームＢ、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＥ、アイソフォームＦ、アイソフォームＦ’、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨである。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＥ、アイソフォームＦ、アイソフォームＦ’、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）アミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＥ、アイソフォームＦ、アイソフォームＦ’、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨである。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＦ、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（または少なくとも約９０％）アミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＣ、アイソフォームＤ、アイソフォームＦ、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨである。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＤと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＤと少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含むかまたはその配列からなる。いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＤである。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは例えば、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧもしくはＨ、またはその断片、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧもしくはＨ、またはその断片、ｉｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨ、またはその断片、あるいは、ｉｖ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤまたはその断片の少なくとも５個、６個、８個、１０個、１２個、１４個、１５個、１６個、１８個、２０個、２２個、２４個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個または３００個の連続するアミノ酸を含むか、あるいはそれらからなる。集団内の遺伝子配列と、そのような遺伝子によってコードされるタンパク質は、一塩基多型のような多型により、変動し得ることが分かる。各ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関して本明細書に示されている配列は、例示的な配列に過ぎない。他の配列も可能である。
一例として、本開示のポリペプチドは、アイソフォームＤ、アイソフォームＧまたはアイソフォームＨ（あるいはその断片またはホモログ）における、エキソン７によってコードされた領域であって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しない領域の少なくとも一部を含むセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）セグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含むか、あるいはそのセグメントからなることができる。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。アイソフォームＤ、Ｇ及びＨにおける、エキソン７によってコードされた領域は、アイソフォームＡにおける、エキソン７によってコードされた領域と比べると、フレームシフトとトランケーションが生じている。
このようなポリペプチドはさらに、アイソフォームＤ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＧ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含むかまたはそのセグメントからなることができ、アイソフォームＤ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＨ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントをさらに含むことができる。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、このようなポリペプチドは、アイソフォームＨと区別するために、アイソフォームＤの、エキソン３とエキソン４によってコードされた領域の境界に広がるセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）連続するアミノ酸（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）のセグメントを含むか、またはそのセグメントからなることができる。同様に、このようなポリペプチドは、アイソフォームＧと区別するために、アイソフォームＤにおける、エキソン２によってコードされた領域内のセグメント、アイソフォームＤにおける、エキソン１とエキソン２によってコードされた領域の境界に広がるセグメント、もしくはアイソフォームＤにおける、エキソン２とエキソン３によってコードされた領域の境界に広がるセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）連続するアミノ酸（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）のセグメントを含むか、またはそのセグメントからなることができる。
アイソフォームＤと同様に、アイソフォームＨにおける、エキソン７によってコードされた領域は、アイソフォームＡと比べると、フレームシフトとトランケーションが生じている。しかしながら、これに加えて、アイソフォームＨは、アイソフォームＡとアイソフォームＤと比べると、エキソン３とエキソン４との間の追加のエキソン（エキソン３’）によってコードされた領域を含む。したがって、このようなポリペプチドは、上記のように、アイソフォームＤ、Ｇ及びＨ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含んでいるか、あるいはそのセグメントからなっていることができるが、さらに、アイソフォームＨ（またはその断片もしくはホモログ）由来のセグメントであって、アイソフォームＤ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含んでいることができる。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、このようなポリペプチドは、アイソフォームＨにおける、エキソン３’によってコードされた領域の少なくとも一部を含むセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）連続するアミノ酸（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）のセグメントをさらに含むか、またはそのセグメントからなることができる。
アイソフォームＤと同様に、アイソフォームＧにおける、エキソン７によってコードされた領域は、アイソフォームＡと比べると、フレームシフトとトランケーションが生じている。しかしながら、これに加えて、アイソフォームＧは、アイソフォームＡとアイソフォームＤと比べると、エキソン２によってコードされる領域が欠失しているので、アイソフォームＡとアイソフォームＤには存在しない、エキソン１とエキソン３の境界を含む。したがって、このようなポリペプチドは、上記のように、アイソフォームＤ、Ｇ及びＨ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメントを含んでいるか、あるいはそのセグメントからなっていることができるが、さらに、アイソフォームＧ（またはその断片もしくはホモログ）由来のセグメントであって、アイソフォームＤ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含んでいることができる。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、このようなポリペプチドは、アイソフォームＧにおける、エキソン１とエキソン３によってコードされた領域の境界に広がるセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）連続するアミノ酸（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）のセグメントをさらに含むか、またはそのセグメントからなることができる。
また、本発明で提供するのは、アイソフォームＥ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含むか、あるいはそのセグメントからなるポリペプチドである。アイソフォームＥは、エキソン３とエキソン４との間の追加のエキソンであって、アイソフォームＡに存在しないエキソン（エキソン３’）によってコードされた領域を含む。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。したがって、本開示のポリペプチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質の少なくとも５個、６個、８個、１０個、１２個、１４個、１５個、１６個、１８個、２０個、２２個、２４個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、もしくは２００個の連続するアミノ酸（例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）を含むか、またはそれらからなることができ、その連続するアミノ酸のセグメント（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸または少なくとも１５個の連続するアミノ酸）は、アイソフォームＥまたはアイソフォームＨにおける、エキソン３’によってコードされた領域の少なくとも一部を含むセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）。任意に、このようなポリペプチドは、アイソフォームＥ（またはその断片もしくはホモログ）由来のセグメントであって、アイソフォームＨ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）をさらに含むか、あるいはそのセグメントからなることができる。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。例えば、このようなポリペプチドは、アイソフォームＥのエキソン６とエキソン７によってコードされる領域の境界に広がるセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）連続するアミノ酸（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸または少なくとも１５個の連続するアミノ酸）のセグメントをさらに含むか、あるいはそのセグメントからなることができる。
また、本発明で提供するのは、アイソフォームＦ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含むか、あるいはそのセグメントからなるポリペプチドである。アイソフォームＦは、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部によってコードされた領域であって、アイソフォームＡに存在しない領域を含む。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。したがって、本開示のポリペプチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質の少なくとも５個、６個、８個、１０個、１２個、１４個、１５個、１６個、１８個、２０個、２２個、２４個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個もしくは２００個の連続するアミノ酸（例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸もしくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸）を含むか、またはそれらからなることができ、その連続するアミノ酸のセグメント（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸または少なくとも１５個の連続するアミノ酸）は、アイソフォームＦにおける、イントロン６への読み過ごし部によってコードされた領域の少なくとも一部を含むセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）。
本発明で提供するのは、アイソフォームＣ（またはその断片もしくはホモログ）に存在するセグメントであって、アイソフォームＡ（またはその断片もしくはホモログ）に存在しないセグメント（例えば、少なくとも８個の連続するアミノ酸）を含むか、あるいはそのセグメントからなるポリペプチドである。アイソフォームＣは、アイソフォームＡと比べると、エキソン６によってコードされる領域が欠失しており、アイソフォームＡに存在しない、エキソン５とエキソン７の境界を含む。このような領域は、アイソフォームの配列を比較することによって、容易に特定できる。したがって、本開示のポリペプチドは、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームの少なくとも５個、６個、８個、１０個、１２個、１４個、１５個、１６個、１８個、２０個、２２個、２４個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個または２００個の連続するアミノ酸（例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸または少なくとも１５個の連続するアミノ酸）を含むことができ、その連続するアミノ酸のセグメント（例えば、少なくとも３個の連続するアミノ酸、少なくとも５個の連続するアミノ酸、少なくとも８個の連続するアミノ酸、少なくとも１０個の連続するアミノ酸または少なくとも１５個の連続するアミノ酸）は、アイソフォームＣにおける、エキソン５とエキソン７によってコードされた領域の境界に広がるセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）。
本明細書に開示されている単離ポリペプチドのいずれも、異種分子または異種標識に連結されていることができる。このような異種分子または標識の例は、本明細書の他の箇所に開示されている。例えば、この異種分子は、免疫グロブリンＦｃドメイン、本明細書の他の箇所に開示されているようなペプチドタグ、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸またはグリコール酸であることができる。
本開示は、本明細書に開示されているポリペプチドまたはその断片のいずれかの作製方法も提供する。例えば、ポリペプチドまたはその断片は、そのポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（例えば組み換え発現ベクター）を含む宿主細胞から産生させることができる。このような方法は、ポリペプチドまたはその断片を産生させるのに十分な条件下で、ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（例えば組み換え発現ベクター）を含む宿主細胞を培養することによって、そのポリペプチドまたはその断片を作製することを含むことができる。この核酸は、宿主細胞において活性なプロモーターに機能的に連結されていることができ、培養は、その核酸を発現させる条件下で行うことができる。このような方法は、その発現したポリペプチドまたはその断片を回収することさらに含むことができる。この回収は、ポリペプチドまたはその断片を精製することをさらに含むことができる。
好適なタンパク質発現系の例としては、例えば、細菌細胞発現系（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、酵母細胞発現系（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）、昆虫細胞発現系（例えばバキュロウイルスの媒介によるタンパク質発現）及び哺乳動物細胞発現系のような宿主細胞が挙げられる。
いくつかの実施形態では、この核酸分子は、タンパク質の精製を容易にするように、ポリペプチドまたはその断片とインフレームなタグをコードする。タグの例は、本明細書の他の箇所に開示されている。このようなタグは、例えば、パートナーリガンド（例えば、樹脂に固定したパートナーリガンド）に結合して、そのタグが付加されたタンパク質を他のすべてのタンパク質（例えば宿主細胞タンパク質）から単離できるようにできる。
他の方法を用いて、ポリペプチドまたはその断片を作製することもできる。例えば、タンパク質化学の技法によって、２つ以上のペプチドまたはポリペプチドを連結し合うことができる。例えば、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｆｍｏｃ（９－フルオレニルメチルオキシカルボニル）またはＢｏｃ（ｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル）のいずれかの化学的物質を用いて化学合成できる。あるいは、ペプチドまたはポリペプチドは、本明細書に記載されているように、インビボで独立して合成できる。単離したら、これらの独立したペプチドまたはポリペプチドを連結して、同様のペプチド縮合反応を介して、ペプチドまたはその断片を形成してよい。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、例えば、グリコシル化、アセチル化及びリン酸化のような発現後修飾部と、当該技術分野において知られているその他の修飾部（天然において生じるものと、天然では生じないものの両方）を有することができる。ポリペプチドは、タンパク質全体であっても、その部分配列であってもよい。
本開示は、本明細書に開示されているポリペプチドのいずれかの作製方法であって、本明細書に開示されているポリペプチドまたはその相補体の１つ以上をコードできるポリヌクレオチドを含む核酸分子を含む組み換え発現ベクターを含む宿主細胞を培養することによって、そのポリペプチドを産生させることを含む方法も提供する。
本明細書に開示されているポリペプチドは、天然のＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質のアミノ酸配列を含むことができ、あるいは、非天然の配列を含むことができる。一例では、この非天然の配列は、保存的アミノ酸置換による非天然の配列と異なることができる。例えば、配列は、保存的アミノ酸置換以外は、同一であることができる。
本明細書に開示されているポリペプチドのいずれも、１つ以上の置換（保存的アミノ酸置換など）、挿入または欠失をさらに有することができる。挿入としては、例えば、アミノ末端融合またはカルボキシル末端融合と、１つまたは複数のアミノ酸残基の配列内挿入が挙げられる。既知の配列を有するＤＮＡの所定の部位で置換を行う技法は周知である（例えば、Ｍ１３プライマー変異誘発及びＰＣＲ変異誘発）。アミノ酸置換は典型的には、１つの残基の置換であるが、１度に、多くの異なる位置で置換したものであることができ、挿入は通常、約１～１０個のアミノ酸残基の規模となり、欠失は、約１～３０個の残基の範囲となる。欠失または挿入は、隣接する対で行うことができる（すなわち、２残基の欠失または２残基の挿入）。置換、欠失、挿入またはこれらのいずれかの組み合わせを組み合わせて、最終的なコンストラクトに到達するようにしてよい。いくつかの実施形態では、これらの変異によって、配列がリーディングフレーム外に配置されず、ｍＲＮＡの二次構造をもたらすことができる相補領域が生じない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されているポリペプチドは、異種ポリペプチド、または異種分子もしくは標識に連結または融合されており、その例は、本明細書の他の箇所に数多く開示されている。例えば、本開示のタンパク質は、安定性を向上または低下させる異種ポリペプチドに融合できる。融合されたドメインまたは異種ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ－末端、Ｃ－末端または内部に位置することができる。融合パートナーは、例えば、Ｔヘルパーエピトープをもたらすのを補助してもよく（免疫学的融合パートナー）、あるいはネイティブ組み換えポリペプチドよりも高い収率で、ポリペプチドを発現させるのを補助してもよい（発現エンハンサー）。特定の融合パートナーは、免疫学的パートナーと、発現を高める融合パートナーの両方である。ポリペプチドの溶解性を向上させたり、または所望の細胞内コンパートメントへのポリペプチドのターゲティングを促したりするように、他の融合パートナーを選択してもよい。いくつかの融合パートナーは、ポリペプチドの精製を促すアフィニティータグを含む。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、異種分子に直接融合されているか、またはペプチドリンカーのようなリンカーを介して、異種分子に連結されている。例えば、ペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎ及びＳｅｒの残基を含んでよい。リンカー配列では、他の中性付近のアミノ酸（Ｔｈｒ及びＡｌａなど）も用いてよい。リンカー配列は概して、例えば１～約５０個のアミノ酸の長さであってよい。機能ドメインを分離したり、立体的干渉を防止したりするのに利用できる非必須Ｎ－末端アミノ酸領域を第１及び第２のポリペプチドが有するときには、リンカー配列は概ね不要である。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、細胞透過ドメインに機能的に連結されている。例えば、細胞透過ドメインは、ＨＩＶ－１ ＴＡＴタンパク質、ヒトＢ型肝炎ウイルス由来のＴＬＭ細胞透過モチーフ、ＭＰＧ、Ｐｅｐ－１、ＶＰ２２、単純ヘルペスウイルス由来の細胞透過ペプチド、またはポリアルギニンペプチド配列に由来することができる。細胞透過ドメインは、タンパク質のＮ－末端、Ｃ－末端またはいずれかの位置に配置できる。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、追跡または精製をしやすいように、蛍光タンパク質、精製タグまたはエピトープタグのような異種ポリペプチドに機能的に連結することができる。蛍光タンパク質の例としては、緑色蛍光タンパク質（例えば、ＧＦＰ、ＧＦＰ－２、ｔａｇＧＦＰ、ｔｕｒｂｏＧＦＰ、ｅＧＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、Ａｚａｍｉ Ｇｒｅｅｎ、Ｍｏｎｏｍｅｒｉｃ Ａｚａｍｉ Ｇｒｅｅｎ、ＣｏｐＧＦＰ、ＡｃｅＧＦＰ、ＺｓＧｒｅｅｎｌ）、黄色蛍光タンパク質（例えば、ＹＦＰ、ｅＹＦＰ、Ｃｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＰｈｉＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗｌ）、青色蛍光タンパク質（例えば、ｅＢＦＰ、ｅＢＦＰ２、Ａｚｕｒｉｔｅ、ｍＫａｌａｍａｌ、ＧＦＰｕｖ、Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｔ－ｓａｐｐｈｉｒｅ）、シアン蛍光タンパク質（例えば、ｅＣＦＰ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ＣｙＰｅｔ、ＡｍＣｙａｎｌ、Ｍｉｄｏｒｉｉｓｈｉ－Ｃｙａｎ）、赤色蛍光タンパク質（例えば、ｍＫａｔｅ、ｍＫａｔｅ２、ｍＰｌｕｍ、ＤｓＲｅｄ Ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＲＦＰ１、ＤｓＲｅｄ－Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＤｓＲｅｄ－Ｍｏｎｏｍｅｒ、ＨｃＲｅｄ－Ｔａｎｄｅｍ、ＨｃＲｅｄｌ、ＡｓＲｅｄ２、ｅｑＦＰ６１１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊｒｅｄ）、オレンジ色蛍光タンパク質（例えば、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、Ｋｕｓａｂｉｒａ－Ｏｒａｎｇｅ、Ｍｏｎｏｍｅｒｉｃ Ｋｕｓａｂｉｒａ－Ｏｒａｎｇｅ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｔｄＴｏｍａｔｏ）及びいずれかの他の好適な蛍光タンパク質が挙げられるが、これらに限らない。タグの例としては、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、マルトース結合タンパク質、チオレドキシン（ＴＲＸ）、ポリ（ＮＡＮＰ）、タンデムアフィニティー精製（ＴＡＰ）タグ、ｍｙｃ、ＡｃＶ５、ＡＵ１、ＡＵ５、Ｅ、ＥＣＳ、Ｅ２、ＦＬＡＧ、ヘマグルチニン（ＨＡ）、ｎｕｓ、Ｓｏｆｔａｇ１、Ｓｏｆｔａｇ３、Ｓｔｒｅｐ、ＳＢＰ、Ｇｌｕ－Ｇｌｕ、ＨＳＶ、ＫＴ３、Ｓ、Ｓ１、Ｔ７、Ｖ５、ＶＳＶ－Ｇ、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、ビオチンカルボキシルキャリアタンパク質（ＢＣＣＰ）及びカルモジュリンが挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、異種分子は、免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチドタグ、トランスダクションドメイン、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸またはグリコール酸である。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、非天然であるかまたは改変されたアミノ酸またはペプチドアナログを含む。例えば、Ｄ－アミノ酸、または天然のアミノ酸とは異なる機能性置換基を有するアミノ酸は、数多く存在する。天然のペプチドの逆の立体異性体と、ペプチドアナログの立体異性体が開示されている。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、ペプチド模倣体であり、この模倣体は、ペプチドに似るように作製できるが、天然のペプチド結合を介して連結されているものではない。例えば、アミノ酸またはアミノ酸アナログの結合部としては、－ＣＨ２ＮＨ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－（シス及びトランス）、－ＣＯＣＨ２－、－ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２－、ならびに－ＣＨＨ２ＳＯ－が挙げられるが、これらに限らない。ペプチドアナログは、ｂ－アラニン、ｇアミノ酪酸などのように、結合原子間に２個以上の原子を有することができる。
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチドは、Ｄ－アミノ酸を含み、そのＤ－アミノ酸は、より安定したペプチドを生成する目的で用いることができる。Ｄアミノ酸は、ペプチダーゼによって認識されないからである。コンセンサス配列の１つ以上のアミノ酸を同じタイプのＤ－アミノ酸で系統的に置換すること（例えば、Ｌ－リシンをＤ－リシンに置換すること）を利用して、より安定したペプチドを生成できる。システイン残基を用いて、２つ以上のペプチドを合わせて環化または結合できる。
本開示は、本明細書に開示されているポリペプチドのいずれかをコードする核酸分子も提供する。この分子には、ある特定のポリペプチド配列に関連するすべての縮重配列（１つの特定的なポリペプチド配列をコードする配列を有するすべての核酸分子と、開示されているバリアントとそのタンパク質配列の誘導体をコードするすべての核酸（縮重核酸を含む））が含まれる。したがって、特定の核酸配列をそれぞれ、本明細書に書き出すことはできないが、本明細書では実際には、開示されているポリペプチド配列を通じて、あらゆる配列が開示及び説明されている。
核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の領域間の同一率（％）（または相補率（％））は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本アラインメント検索ツール）とＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０、Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を用いるか、または、デフォルト設定を用いて、Ｇａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）（スミスとウォーターマンのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するプログラム）を用いることによって、常法的に求めることができる。本明細書において、配列同一率（％）に言及している場合、配列同一率（％）は、低いよりも高い方が好ましい。
本開示は、本明細書に開示されている核酸分子のうちのいずれか１つ以上及び／または本明細書に開示されているポリペプチドのうちのいずれか１つ以上と、担体及び／または賦形剤とを含む組成物も提供する。いくつかの実施形態では、この担体は、本開示の核酸分子及び／またはポリペプチドの安定性を向上させる（例えば、分解生成物を閾値未満（初期の核酸もしくはタンパク質の０．５重量％未満など）に保つ期間を所定の保管条件下（例えば、－２０℃、４℃もしくは周囲温度）で延長するか、またはインビボでの安定性を向上させる）。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限らない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳなどのような緩衝化塩溶液を含んでよい。
本明細書に開示されている核酸分子とポリペプチドは、いずれかの手段によって、細胞に導入できる。非限定的なトランスフェクション方法としては、リポソーム、ナノ粒子、カルシウム、デンドリマー及びカチオン性ポリマー（ＤＥＡＥ－デキストランまたはポリエチレンイミンなど）を用いる化学ベースのトランスフェクション方法が挙げられる。ウイルスによる方法も、トランスフェクションに用いることができる（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、レトロウイルスによるか、トランスフェクションによるか、脂質の媒介によるトランスフェクションによるか、またはヌクレオフェクションによる）。いくつかの実施形態では、ヌクレオフェクションは、ＬＯＮＺＡ（登録商標）ＮＵＣＬＥＯＦＥＣＴＯＲ（商標）というシステムを用いて行う。細胞への核酸分子またはタンパク質の導入は、マイクロインジェクションによって行うこともできる。非化学的な方法としては、エレクトロポレーション、ソノポレーション、光学的トランスフェクション、粒子ベースのトランスフェクション（遺伝子銃の使用または磁気によるトランスフェクションを含む）、細胞内注入が挙げられる。細胞への核酸分子及びタンパク質の導入は、ハイドロダイナミック送達法（ＨＤＤ）によって行うこともできる。いくつかの実施形態では、核酸またはタンパク質は、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエートまたは脂質微小管のような担体中で、細胞に導入できる。
細胞への核酸分子またはタンパク質の導入は、１回またはある期間にわたって複数回行うことができる。例えば、この導入は、ある期間にわたって少なくとも２回、ある期間にわたって少なくとも３回、ある期間にわたって少なくとも４回、ある期間にわたって少なくとも５回、ある期間にわたって少なくとも６回、ある期間にわたって少なくとも７回、ある期間にわたって少なくとも８回、ある期間にわたって少なくとも９回、ある期間にわたって少なくとも１０回、少なくとも１１回、ある期間にわたって少なくとも１２回、ある期間にわたって少なくとも１３回、ある期間にわたって少なくとも１４回、ある期間にわたって少なくとも１５回、ある期間にわたって少なくとも１６回、ある期間にわたって少なくとも１７回、ある期間にわたって少なくとも１８回、ある期間にわたって少なくとも１９回またはある期間にわたって少なくとも２０回行うことができる。
本開示は、ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含むか、またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含む生体試料における、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及びＨのうちのいずれか１つまたはこれらの組み合わせ、特にはＤの存在またはレベルを検出するため、あるいは、タンパク質を含む生体試料における、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧもしくはＨのいずれか１つまたはこれらの組み合わせ、特にはＤの存在またはレベルを検出するために、ゲノムＤＮＡを含む生体試料におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子の存在を検出する方法を提供する。集団内の遺伝子配列と、その遺伝子によってコードされるＲＮＡ、ｍＲＮＡ及びタンパク質は、一塩基多型のような多型により、変動し得ることが分かる。本明細書に示されている配列のうち、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関する配列は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物（ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、及びそれらに由来するｃＤＮＡ）、ならびにＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関する例示的な配列に過ぎない。ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関する他の配列も可能である。
上記の生体試料は、対象のいずれかの細胞、組織または生体液に由来することができる。この試料は、骨髄試料、腫瘍生検標本、細針吸引生検標本、または体液（血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿など）の試料のようないずれかの臨床的に関連する組織を含んでよい。いくつかのケースでは、この試料は、口腔スワブを含む。本明細書に開示されている方法で使用する試料は、アッセイ形態、検出方法の性質、及び試料として使用する組織、細胞または抽出物に基づき、変化することになる。
生体試料には、用いるアッセイに応じて、異なる処理を行うことができる。例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント核酸分子を検出するときには、試料のゲノムＤＮＡを単離または濃縮するように設計した予備的な処理を用いることができる。この目的では、様々な既知の技法を用いてよい。ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧまたはＨのｍＲＮＡレベルを検出するときには、様々な技法を用いて、生体試料のｍＲＮＡを濃縮できる。特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント核酸分子の存在またはレベルを検出するための様々な方法を用いることができる。
本開示は、細胞または対象（ヒト対象など）におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子の検出方法を提供する。
本開示は、ヒト対象におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の検出方法であって、そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するかを判断し、前記チミンの存在によって、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が示される方法を提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含むか、もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含むか、またはそのことからなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置、もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料を対象から採取することと、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置が、チミンによって占められているか、もしくは野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に、チミンが挿入されていることを判断するアッセイをその生体試料に対して行うことを含むか、またはそれらからなる。ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置が、チミンによって占められていることを判断するとは、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていることを判断できるように、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置に挟まれている位置において、充分な数のヌクレオチドの種類を判断することを意味するのが分かる。このようなアッセイは、例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位（または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位）に対応する位置と、１つ以上の周辺の位置（例えば、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位の片側またはそれぞれの側に隣接する少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個の位置）にあるものを判断することを含むことができる。
上記のような方法におけるアッセイは、例えば、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を含め、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の一部をシークエンシングすることを含むことができる。同様に、このアッセイは、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含め、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の一部をシークエンシングすることを含むことができる。例として、この方法は、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置に近接しているセグメントにハイブリダイズするプライマー（変化部特異的プライマー）と、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置にあるものを判断することを含むことができる。別の例として、この方法は、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５と１２６６６に対応する位置に近接しているセグメントにハイブリダイズするプライマー（変化部特異的プライマーなど）と、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６５と１２６６６に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが存在するか判断することを含むことができる。いくつかの実施形態では、この変化部特異的プローブまたは変化部特異的プライマーは、特定のＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくは転写産物（転写産物Ｄなど）と相補的であったり、及び／またはハイブリダイズもしくは特異的にハイブリダイズしたりするが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（配列番号１）にハイブリダイズもしくは特異的にハイブリダイズしないヌクレオチド配列を含むか、あるいはその配列からなる。本明細書で使用する場合、「近接している」とは、示されている特定の位置の約５０ヌクレオチド以内、約４５ヌクレオチド以内、約４０ヌクレオチド以内、約３５ヌクレオチド以内、約３０ヌクレオチド以内、約２５ヌクレオチド以内、約２０ヌクレオチド以内、約１５ヌクレオチド以内、約１０ヌクレオチド以内または約５ヌクレオチド以内を意味する。
あるいは、上記のような方法におけるアッセイは、（例えば、ストリンジェント条件下で）ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするが、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列と特異的にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することとを含むことができる。
本開示は、ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物の存在の検出方法を提供する。
本開示は、ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在の検出方法であって、その対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する方法を提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の核酸配列、あるいはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列、またはその相補体と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列、ｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むか、あるいはそれらからなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）を特異的に検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、細胞または対象（ヒト対象など）におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちの１つ、あるいはこれらの組み合わせの存在の検出方法を提供する。このような方法は、例えば、ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含むか、またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ含む生体試料を対象から採取することと、その対象における転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断するアッセイをその試料に対して行うことを含むか、あるいはそれらからなることができる。例えば、このようなアッセイは、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちの１つ以上に存在する領域または領域の組み合わせであって、転写産物Ａ及びＢ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない領域または領域の組み合わせ（例えば、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨのうちの１つ以上に特有である領域または領域の組み合わせ）を検出できる。このような領域は、特定の転写産物に特有であったり（例えば、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に特有であったり）、または転写産物の組み合わせに特有であったり（例えば、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に特有であったり）してよい。このような領域は、転写産物Ａ～Ｈの配列を比較することによって容易に特定でき、本明細書の他の箇所にさらに詳細に説明されている。
一例として、このアッセイは、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含むことができる。別の例として、このアッセイは、１つ以上の配列（その組み合わせは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、Ｇ及びＨの中でも、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｆ’、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の１つ、あるいはそれらの組み合わせに特有である（すなわち、転写産物Ａ及びＢ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない）１つ以上の配列に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。任意に、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含むことができる。上記のようなアッセイは、特定のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物の特定の組み合わせに対して特異的であることができる。例えば、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨはそれぞれ、転写産物Ａ、Ｂ及びＥと比べると、エキソン６の３’末端に挿入されている追加のグアニンを含み（転写産物Ｃは、エキソン６を含まない）、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨはそれぞれ、エキソン７を含むが、転写産物Ｆでは、エキソン６からイントロン６まで読み過ごされている。したがって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域にハイブリダイズするプライマーまたはプローブは、転写産物Ｄ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の組み合わせを特異的に検出できる。このようなプライマーまたはプローブは、挿入されているグアニンと、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部、または転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）における欠失エキソン６）とを区別するために、エキソン６とエキソン７のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。同様に、転写産物Ｅ及びＨはそれぞれ、他のすべての転写産物と比べると、エキソン３’を含む。したがって、エキソン３’内の領域、またはエキソン３’とエキソン３もしくはエキソン４との境界に特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブは、転写産物Ｅ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の組み合わせを特異的に検出できる。このようなプライマーまたはプローブは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン３とエキソン４の境界）と区別するために、エキソン３とエキソン３’のそれぞれ、またはエキソン３’とエキソン４のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。同様に、転写産物Ｂ及びＧはそれぞれ、エキソン２が欠失している。したがって、エキソン１とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブは、転写産物Ｂ及びＧ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の組み合わせを特異的に検出できる。プライマーまたはプローブは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、エキソン１とエキソン２の境界またはエキソン２とエキソン３の境界）と区別するために、エキソン１とエキソン３のそれぞれにおける充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。
一具体例においては、この１つ以上のプライマーまたはプローブは、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）（すなわち、エキソン６の３’末端に追加のグアニン（他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン６には存在しない）を含む）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。任意に、この１つ以上のプライマーまたはプローブはさらに、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’内の領域、転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズするか、あるいは、さらに、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン１とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。任意に、この１つ以上のプライマーまたはプローブはさらに、転写産物Ａ～Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれかのエキソン１内の領域（転写産物Ａ～Ｈに共通の領域）に特異的にハイブリダイズする。例えば、転写産物Ａ～Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれかのエキソン１内の領域に特異的にハイブリダイズするプライマーと、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて、介在配列を増幅して、増幅産物のサイズに基づき、転写産物Ｄと転写産物Ｇと転写産物Ｈとを区別できる。転写産物Ｇは、転写産物Ｄと比べると、エキソン２が欠失しており、転写産物Ｈは、転写産物Ｄと比べると、エキソン３とエキソン４との間に、追加のエキソンを含むからである。
別の具体例では、この１つ以上のプライマーまたはプローブは、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’内の領域か、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域か、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。任意に、この１つ以上のプライマーまたはプローブはさらに、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズできる。あるいは、１つ以上のプライマーまたはプローブはさらに、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズできる。例えば、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’内の領域か、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域か、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズするプライマーと、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて、介在配列を増幅して、転写産物Ｅと転写産物Ｈとを区別できる。転写産物Ｈのみが、エキソン６の３’末端に追加のグアニンを含み、転写産物Ｅは含まないからである。
別の具体例では、この１つ以上のプライマーまたはプローブは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。このようなプライマーまたはプローブは、この読み過ごし部と、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物におけるエキソン６とエキソン７の境界）を区別するために、読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在する配列であって、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない配列（すなわち、チミンの挿入）を含む。転写産物Ｆ’も、転写産物Ａと比べると、エキソン６からイントロン６への読み過ごし部を含むが、その読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含まない。
別の具体例では、１つ以上のプライマーまたはプローブは、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。このようなプライマーまたはプローブは、この読み過ごし部と、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物におけるエキソン６とエキソン７の境界）を区別するために、読み過ごし部における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。任意に、その連続するヌクレオチドは、転写産物Ｆ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在する配列であって、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない配列を含む。転写産物Ｆにおける読み過ごし部は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子に存在するチミンの挿入を含むが、転写産物Ｆ’における読み過ごし部は、このチミンの挿入を含まない。
さらに別の具体例では、１つ以上のプライマーまたはプローブは、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン５とエキソン７との境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする。このようなプライマーまたはプローブは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物における他の特徴（例えば、他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物におけるエキソン５とエキソン６またはエキソン６とエキソン７の境界）と区別するために、エキソン５とエキソン７における充分な数のヌクレオチドにハイブリダイズするように設計することになることが分かる。
特定の方法では、標的ＤＮＡ配列に結合して、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント、あるいは特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ転写産物もしくはｍＲＮＡ転写産物、またはそれに由来するｃＤＮＡを含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または特定するのに充分なヌクレオチド長のプローブとプライマー（本明細書の他の箇所で、さらに詳細に説明されている）を使用する。この結果を得るために、ハイブリダイズ条件または反応条件を作業者が定めることができる。上記の長さは、選択した検出方法において有用となるのに充分であるいずれかの長さであってよい。上記のようなプローブとプライマーは、高ストリンジェントなハイブリダイズ条件下で標的配列に特異的にハイブリダイズできる。プローブとプライマーは、標的配列と完全なＤＮＡ配列同一性を示す連続するヌクレオチドを有してもよいが、標的ＤＮＡ配列と異なるプローブであって、標的ＤＮＡ配列を特異的に検出及び／または特定する能力を保持するプローブを従来の方法によって設計してもよい。したがって、プローブとプライマーは、標的ポリヌクレオチドに対する配列同一性または相補性が、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％または１００％であることができる。いくつかの実施形態では、プローブとプライマーは、標的ポリヌクレオチドに対する配列同一性または相補性が、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％または１００％であることができる。いくつかの実施形態では、プローブとプライマーは、標的ポリヌクレオチドに対する配列同一性または相補性が、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％または１００％であることができる。
特異的プライマーを用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子、及び／または特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ転写産物もしくはｍＲＮＡ転写産物を増幅して、「特異的プローブ」として使用できるか、あるいは生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子を特定するか、または特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡもしくはｍＲＮＡ転写産物のレベルを判断する目的で、それ自体を検出できるアンプリコンを作製できる。ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアント遺伝子を用いて、配列番号２における１２６６６位の残基に対応する位置を含むゲノム核酸配列（配列番号１に示されている野生型ゲノム遺伝子座に対するチミンの挿入（すなわち、配列番号１における１２６６５位と１２６６６位の間に挿入されている））を示すことができる。プローブを生体試料に結合可能にする条件下で、そのプローブが、その試料のポリヌクレオチドとハイブリダイズすると、この結合を検出でき、すなわち、生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子の存在、または特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ転写産物もしくはｍＲＮＡ転写産物の存在もしくはレベルを示せるようになる。このように、結合したプローブを特定することは、説明されてきている。特異的プローブは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ転写産物もしくはｍＲＮＡ転写産物、またはそれらに由来するＨＳＤ１７Ｂ１３ ｃＤＮＡの特定の領域と少なくとも約８０％、約８０％～約８５％、約８５％～約９０％、約９０％～約９５％及び約９５％～約１００％同一である（約９０％～約９５％または約９５％～約１００％同一である）（または相補的である）配列を含んでよい。
生体試料内の核酸分子が、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子（例えば、配列番号２）における１２６６６位の残基に、チミンの挿入を含むか（すなわち、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３座位（配列番号１）における１２６６５位と１２６６６位の残基の間にチミンの挿入を含むか）判断するために、チミンの挿入部に隣接する５’フランキング配列に由来する第１のプライマーと、チミンの挿入部に隣接する３’フランキング配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を用いて、生体試料に対して、ポリヌクレオチド増幅法を行って、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子（配列番号２）における１２６６６位の残基でのチミンの挿入（すなわち、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子（配列番号１）における１２６６５位と１２６６６位の残基の間のチミンの挿入）の存在について診断するアンプリコンを作製してよい。いくつかのケースでは、このアンプリコンの長さは、プライマー対の長さを合わせた長さと１ヌクレオチド塩基対を加えた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって作製可能なアンプリコンのいずれかの長さまでの範囲であってよい。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から、最大で、増幅反応の限界、すなわち、約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であることができる。任意に、上記のプライマー対は、チミンの挿入を含む領域と、チミンのそれぞれの側における少なくとも１ヌクレオチド、２ヌクレオチド、３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、またはこれを上回る数のヌクレオチドを挟む。
ＰＣＲプライマー対は、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）におけるＰＣＲプライマー解析ツール、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）など、プライマー対を得るためのものとして意図されているコンピュータープログラムを用いることによって、既知の配列から得ることができる。加えて、既知のガイドラインを用いて、その配列を目視で調べて、プライマーを手動で特定できる。
下にさらに詳細に述べられているように、いずれかの従来の核酸ハイブリダイズ方法、核酸増幅方法、または核酸シークエンシング方法を用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント座位の存在、及び／または特定のＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡ転写産物もしくはｍＲＮＡ転写産物のレベルを特異的に検出できる。「特異的に検出する」とは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ポリヌクレオチドの領域を増幅するためのプライマーのいずれかとして、そのポリヌクレオチドを使用できること、あるいはストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子を含むポリヌクレオチド、または特定のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物、特に、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧもしくはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブとして、そのポリヌクレオチドを使用できることが意図されている。
当該技術分野では、例えば、核酸シークエンシング、核酸ハイブリダイズ及び核酸増幅を含め、様々な技法が利用可能である。核酸シークエンシング技法の実例的な例としては、チェーンターミネーター（サンガー）シークエンシング及びダイターミネーターシークエンシングが挙げられるが、これらに限らない。
他の方法には、精製ＤＮＡ、増幅ＤＮＡ及び固定細胞標本に対する標識プライマーまたはプローブの使用（蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））を含め、シークエンシング以外の核酸ハイブリダイゼーション法が含まれる。いくつかの方法では、標的核酸は、検出の前または検出と同時に増幅してよい。核酸増幅技法の実例的な例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）及びヌクレオチド配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限らない。他の方法としては、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅及び好熱ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限らない。
例えば、ハイブリダイゼーションプロテクションアッセイ（ＨＰＡ）、リアルタイムでの増幅プロセスの定量的評価を含め、増幅されなかったポリヌクレオチドまたは増幅されたポリヌクレオチドを検出するために、いずれかの方法を用いることができ、また、最初に試料に存在している標的配列の量を判断するためには、いずれかの方法を用いることができる（ただし、これは、リアルタイム増幅ベースではない）。
また、核酸分子を特定する方法であって、配列の増幅を必ずしも必要としない方法も提供し、この方法は、例えば、既知の方法である、染色体物質のサザン（ＤＮＡ：ＤＮＡ）ブロットハイブリダイゼーション、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）及び蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）に基づくものである。サザンブロット法を用いて、特定のヌクレオチド配列を検出できる。このような方法では、試料から抽出される核酸を断片化し、マトリックスゲル上で電気泳動分離し、メンブレンフィルターに転写する。
好適な定量アッセイの例としては、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、等温ＤＮＡ増幅、固定プローブ（複数可）への定量ハイブリダイゼーション、ＩＮＶＡＤＥＲ（登録商標）プローブ、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＢｅａｃｏｎプローブまたはＥＣＬＩＰＳＥ（商標）プローブの技術が挙げられる。ロングレンジＰＣＲ、サザンブロット法またはサンガーシークエンシングなど、標的改変部のスクリーニングを行うための従来のアッセイも用いることができる。次世代シークエンシング（ＮＧＳ）もスクリーニングに用いることができる。次世代シークエンシングは、「ＮＧＳ」、「超並列シークエンシング」または「高スループットシークエンシング」ということもできる。
ハイブリダイゼーション技法では、ストリンジェント条件を用いて、プローブまたはプライマーが、その標的に特異的にハイブリダイズするようにできる。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列（例えばバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡもしくはそのＲＮＡに対応するｃＤＮＡ、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡもしくはそのｍＲＮＡに対応するｃＤＮＡ）に、他の配列（例えば、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲＮＡもしくはそのＲＮＡに対応するｃＤＮＡ、または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡもしくはそのｍＲＮＡに対応するｃＤＮＡ）よりも検出可能に大きい程度（少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍またはバックグランドよりも大きい程度（バックグラウンドの１０倍超を含む）など）でハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の配列よりも検出可能に大きい程度（少なくとも２倍）でハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の配列よりも検出可能に大きい程度（少なくとも３倍）でハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の配列よりも検出可能に大きい程度（少なくとも４倍）でハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の配列よりも検出可能に大きい程度（バックグランドの１０倍超）でハイブリダイズすることになる。ストリンジェント条件は、配列によって決まり、環境によって異なることになる。
ＤＮＡのハイブリダイゼーションを促す適切なストリンジェント条件、例えば、約４５℃で６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）の後、５０℃で２×ＳＳＣによって洗浄する条件が知られており、あるいは、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見ることができる。典型的には、ハイブリダイゼーションと検出のためのストリンジェント条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．５Ｍ未満のＮａイオン、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａイオン濃度（またはその他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）では少なくとも約６０℃である条件となる。ストリンジェント条件は、ホルムアミドのような脱安定化剤を加えることによってもたらしてもよい。例示的な低ストリンジェント条件としては、３０～３５％のホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％のＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）の緩衝液での３７℃におけるハイブリダイゼーションと、１×ＳＳＣ～２×ＳＳＣ（２０×ＳＳＣ＝３．０ＭのＮａＣｌ／０．３Ｍのクエン酸三ナトリウム）での５０～５５℃における洗浄が挙げられる。例示的な中ストリンジェント条件としては、４０～４５％のホルムアミド、１．０ＭのＮａＣｌ、１％のＳＤＳでの３７℃におけるハイブリダイゼーションと、０．５×ＳＳＣ～１×ＳＳＣでの５５～６０℃における洗浄が挙げられる。例示的な高ストリンジェント条件としては、５０％のホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％のＳＤＳでの３７℃におけるハイブリダイゼーションと、０．１×ＳＳＣでの６０～６５℃における洗浄が挙げられる。任意に、洗浄緩衝液は、約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでよい。ハイブリダイゼーションの持続期間は、概ね約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄持続期間は、少なくとも、平衡に達するのに十分な長さの時間となる。
本開示は、ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在の検出方法であって、そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、そのアッセイによって、生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在を判断する方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
本開示は、生体試料におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ポリペプチドの存在を検出するか、またはそのレベルを定量する方法（例えば、タンパク質シークエンシング及びイムノアッセイを含む）を提供する。いくつかの実施形態では、ヒト対象におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ポリペプチドの存在の検出方法は、ヒト対象から得た生体試料におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ポリペプチドの存在を検出するアッセイを、その生体試料に対して行うことを含む。
タンパク質シークエンシング技法の実例的な非限定例としては、質量分析法及びエドマン分解が挙げられるが、これらに限らない。イムノアッセイの実例的な例としては、免疫沈降、ウエスタンブロット、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、免疫細胞化学、フローサイトメトリー及びイムノＰＣＲが挙げられるが、これらに限らない。様々な既知の技法を用いて、検出可能に標識した（例えば、熱量測定標識、蛍光標識、化学発光標識または放射性標識した）ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体が、イムノアッセイでの使用に適している。イムノアッセイに関しては、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームは、野生型の状態に対応するＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームと比べると、サイズが異なるので、異なる分子量で、タンパク質ゲル上を移動する。したがって、同じ抗体を用いることによって、野生型の状態に対応するＨＳＤ１７Ｂ１３ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームは、例えばウエスタンブロットアッセイで、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームと区別できる。
いくつかの実施形態では、検出されるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームは、細胞膜から移動していない。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームは、膜結合タンパク質である。このような会合は、特定の生体試料の処理（すなわち、膜調製試料の採取）を助けることができる。
本開示は、本開示の組成物を作製するとともに、本明細書に記載されている方法を利用するためのキットも提供する。本明細書に記載されているキットは、対象の試料中の１つ以上の遺伝的バリアントを検出するための１つのアッセイまたは複数のアッセイを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントをヒトで同定するためのキットにおいて、上記の組成物と方法を用いる。いくつかの実施形態では、基本的なキットは、本明細書に開示されている核酸分子のいずれかにハイブリダイズするためのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブ（変化部特異的プローブまたは変化部特異的プライマーなど）が少なくとも１対入った容器を含むことができる。キットは、使用説明書も任意に含むことができる。キットは、例えば、増幅される各座位に対するアレリックラダー、充分な量の増幅用酵素、増幅を促す増幅用緩衝液、酵素活性を高める二価陽イオン溶液、増幅の際の鎖伸長用のｄＮＴＰ、電気泳動用増幅物質を調製するためのローディング溶液、テンプレートコントロールとしてのゲノムＤＮＡ、物質が分離媒体において見込みどおりに移動するようにするサイズマーカー、ならびにユーザーに説明するとともに、使用時のエラーを限定的にするプロトコール及びマニュアルのうちの１つ以上など、他の任意のキット成分も含むことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されているキットのいずれも、ヌクレオチドラダー、プロトコール、酵素（ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの増幅で使用する酵素など）、ｄＮＴＰ、緩衝液、１つの塩または複数の塩及びコントロール核酸試料のうちのいずれか１つ以上をさらに含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されているキットのいずれも、検出可能な標識、アニーリング反応を行うのに必要な生成物及び試薬、ならびに説明書のうちのいずれか１つ以上をさらに含んでよい。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に開示されているプライマーまたはプローブのうちの１つ以上を含むことができる。例えば、キットは、開示されている遺伝的バリアントのうちの１つ以上にハイブリダイズする１つ以上のプローブを含むことができる。いくつかの実施形態では、キットは、開示されている細胞または細胞株のうちの１つを含むことができる。キットは、細胞培養のための培地をさらに含むことができる。
本開示は、対象が肝疾患（例えば慢性肝疾患）を発症する感受性もしくはリスクを判断するか、または対象の肝疾患（例えば、脂肪肝疾患、ＮＡＦＬＤもしくは単純性脂肪肝）について、もしくは肝疾患を発症するリスクについて診断する方法を提供する。この対象は、いずれかの生物（例えば、ヒト、ヒト以外の哺乳類動物、齧歯類動物、マウスまたはラットを含む）であることができる。上記のような方法は、例えば、ゲノムＤＮＡを含む生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子の存在を検出すること、ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含むか、またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含む生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つ、特にＤ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在またはレベルを検出すること、あるいはタンパク質を含む生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨのうちのいずれか１つ、特にＤの存在またはレベルを検出することを含むか、あるいはそのことからなることができる。集団内の遺伝子配列と、その遺伝子によってコードされるＲＮＡ、ｍＲＮＡ及びタンパク質は、一塩基多型のような多型により、変動し得ることが分かる。ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関して本明細書に示されている配列は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームの例示的な配列に過ぎない。ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子、各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物及びＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームに関する他の配列も可能である。
本明細書に記載されている方法または使用法のいずれにおいても、肝疾患は、慢性肝疾患、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症または非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）であることができる。いくつかの実施形態では、肝疾患は、脂肪肝疾患、ＮＡＦＬＤまたは単純性脂肪肝である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、脂肪肝疾患である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、ＮＡＦＬＤである。いくつかの実施形態では、肝疾患は、アルコール性脂肪肝疾患である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、線維症である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、肝硬変である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、ウイルス性肝炎である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、ＮＡＳＨである。いくつかの実施形態では、肝疾患は、肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、単純性脂肪肝である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、脂肪肝炎である。いくつかの実施形態では、肝疾患は、線維症、ＮＡＳＨまたは肝硬変である。
慢性肝疾患のような肝疾患には、６カ月間にわたって継続する肝疾患が含まれ、例えば、肝実質の進行性破壊と再生を伴い、線維症及び肝硬変に至ることのある肝疾患を含めることができる。慢性肝疾患に含まれる肝臓病態としては、例えば、炎症（例えば慢性肝炎）、肝硬変及び肝細胞癌を挙げることができる。慢性肝疾患の種類は、本明細書の他の箇所に開示されており、例えば、脂肪肝疾患、ウイルス性肝炎、非アルコール性脂肪肝疾患、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌が挙げられる。慢性肝疾患の症状と徴候は知られており、例えば、肝臓肥大、疲労感、右上腹部の痛み、腹部膨満（腹水）、表皮すぐ下の血管の拡大、男性における胸部拡大、脾臓の拡大、手掌紅斑、ならびに皮膚及び目の黄変（黄疸）を挙げることができる。慢性肝疾患の検査には、血液検査、肝臓の画像診断及び肝臓の生検が伴うことがある。対象が、既知の危険因子（例えば、病原性変異のような遺伝因子）を少なくとも１つ有する場合には、その個体は、慢性肝疾患のリスクが向上しており、その危険因子を有する個体は、危険因子のない個体よりも、その疾患を発症するリスクが統計的に有意な形で高い者と位置付けられる。慢性肝疾患の危険因子も周知であり、例えば、アルコールの過剰摂取、肥満症、高コレステロール、高レベルの血中トリグリセリド、多嚢胞性卵巣症候群、睡眠時無呼吸、２型糖尿病、甲状腺機能低下（甲状腺機能低下症）、下垂体機能低下（下垂体機能低下症）及びメタボリックシンドローム（血中脂質の増大を含む）を挙げることができる。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するかを判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ストリンジェント条件下で、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、シークエンシングによって検出する。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ゲノムＤＮＡを含む生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアント遺伝子の存在を検出することを含むかまたはそのことからなる。このような方法は、ａ）対象から採取した生体試料であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を占めているヌクレオチドの種類を判定することと、ｂ）配列番号２の１２６６６位に対応する位置が、チミンによって占められているか、もしくは配列番号２の１２６６６位と１２６６７位が、チミンによって占められている場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、その対象を分類することを含むか、またはそれらからなることができる。あるいは、上記の位置がチミンによって占められていない場合、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、その対象を分類できる。同様に、上記のような方法は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を占めているヌクレオチドの種類を判定するアッセイを生体試料に対して行うことを含むことができる。野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合には、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、その対象を分類できる。あるいは、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に、チミンの挿入が見られない場合には、慢性肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、その対象を分類できる。
ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置（または配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置）を占めているヌクレオチドの種類を判定するためのいずれかのアッセイを用いることができる。一例として、このアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号２の１２６６６位または１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含むかまたはそのことからなることができる。シークエンシングは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置に近接しているセグメントにハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置にあるものを判定することを含むか、またはそれらからなることができる。本明細書で使用する場合、「近接している」とは、示されている特定の位置の約５０ヌクレオチド以内、約４５ヌクレオチド以内、約４０ヌクレオチド以内、約３５ヌクレオチド以内、約３０ヌクレオチド以内、約２５ヌクレオチド以内、約２０ヌクレオチド以内、約１５ヌクレオチド以内、約１０ヌクレオチド以内または約５ヌクレオチド以内を意味する。
別の例として、上記のアッセイは、ストリンジェント条件下で、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７遺伝子に特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブ（変化部特異的プライマーもしくは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなることができる。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。いくつかの実施形態では、上記のアッセイによって、生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断し、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示され、このコントロール試料と比べて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが同じであるかまたは低下していることによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、上記のアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の核酸配列、あるいはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列、またはその相補体と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列、ｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むかまたはその配列からなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）を特異的に検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ａ）対象から採取した生体試料であって、ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含むか、またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡを含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料における転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨが存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、その対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる。このようなアッセイは、例えば、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちの１つ以上に存在する領域または領域の組み合わせであって、転写産物Ａ及びＢ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しないか、転写産物Ａ、Ｂ及びＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しないか、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、Ｅ及びＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない領域または領域の組み合わせ（例えば、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨに特有である領域または領域の組み合わせ）を検出できる。このような領域は、転写産物Ａ～Ｈの配列を比較することによって容易に特定でき、本明細書の他の箇所で、さらに詳細に説明されている。あるいは、その生体試料に、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨが存在しない場合には、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、その対象を分類できる。具体例では、このアッセイは、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断でき、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から採取したコントロール試料と比べて、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現レベルが上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。あるいは、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現レベルが低下しているか、または発現レベルが変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。別の具体例では、上記のアッセイは、生体試料において、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）と比べて判断することを含むことができ、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’、特に転写産物Ａの発現に対する転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。あるいは、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、Ｅ及びＦ’、特に転写産物Ａの発現に対する転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて低いかまたは変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。
転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つ、特にＤ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在またはレベルを検出するためのいくつかの方法では、アッセイは、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域（すなわち、エキソン６の３’末端に追加のグアニンを含む領域（他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン６には、追加のグアニンは存在しない））に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（例えば、変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブ）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、そのアッセイは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むことができる。加えて、または代わりに、そのアッセイは、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン５とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むことができる。
本明細書に開示されている方法で用いることができる他のアッセイとしては、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）が挙げられる。本明細書に開示されている方法で用いることができるさらに別のアッセイとしては、例えば、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの存在と量を判断するものが挙げられる。
他の方法は、生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、Ｂ及びＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、Ｅ及びＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つの存在またはレベルを検出することを含むことができる。このような方法は、ａ）その対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料における転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’が存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、その対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなることができる。このようなアッセイは、例えば、転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちの１つ以上に存在する領域または領域の組み合わせであって、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）に存在しない領域または領域の組み合わせ（例えば、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’のうちの１つ以上に特有である領域または領域の組み合わせ）を検出できる。このような領域は、転写産物Ａ～Ｈの配列を比較することによって容易に特定でき、本明細書の他の箇所で、さらに詳細に説明されている。あるいは、生体試料に、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’が存在しない場合には、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、その対象を分類できる。具体例では、このアッセイは、生体試料中の転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断でき、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。あるいは、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。別の具体例では、このアッセイは、生体試料において、転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）と比べて判断することを含むことができ、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現に対する転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現の比率が、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。あるいは、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現に対する転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現の比率が、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて低いかまたは変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。
転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つの存在またはレベルを検出するためのいくつかの方法では、アッセイは、転写産物Ｅを転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ及びＧと区別するために、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン３’内の領域、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、またはエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ｅを転写産物Ｈと区別するために、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマー及びプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ｂを転写産物Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ及びＨと区別するために、転写産物Ｂ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン１とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ｂを転写産物Ｇと区別するために、転写産物Ｂ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ａを転写産物Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ａを転写産物Ｃと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６内の領域、エキソン５とエキソン６の境界に広がる領域、またはエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。任意に、このアッセイは、転写産物Ａを転写産物Ｂ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン２内の領域、エキソン１とエキソン２の境界に広がる領域、またはエキソン２とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ａを転写産物Ｅ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン３とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することをさらに含むことができる。
本明細書に開示されている方法で用いることができる他のアッセイとしては、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）が挙げられる。本明細書に開示されている方法で用いることができるさらに別のアッセイとしては、例えば、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の存在と量を判断するものが挙げられる。
本開示は、ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、そのヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出された場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出されなかった場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）アミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、慢性肝疾患である。いくつかの実施形態では、その肝疾患は、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、その検出作業は、シークエンシングを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、タンパク質を含む生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨのうちのいずれか１つ、特にＤの存在もしくはレベルを検出することを含むか、またはそのことからなる。そのようなエピトープは、アイソフォームＡ～Ｈの配列を比較することによって、容易に特定でき、本明細書の他の箇所で、さらに詳細に説明されている。あるいは、生体試料に、アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨが存在しない場合には、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、対象を分類できる。
いくつかの実施形態では、その検出作業によって、生体試料中のアイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルを判断し、アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。あるいは、アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。
いくつかの実施形態では、この検出作業によって、生体試料中のアイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルを判断し、アイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される。あるいは、アイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法を提供する。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するかを判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の領域であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置の５０ヌクレオチド以内である領域にハイブリダイズするプライマーと、生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置もしくは配列番号２の１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このアッセイは、ストリンジェント条件下で、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子に特異的にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはこれらからなる。いくつかの実施形態では、このバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子は、シークエンシングによって検出する。いくつかの実施形態では、この方法は、そのヒト対象が、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子においてホモ型であるか判断することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ａ）対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置を占めているヌクレオチドの種類を判定することと、ｂ）配列番号２の１２６６６位に対応する位置がチミンによって占められているか、もしくは配列番号２の１２６６６位と１２６６７位がチミンによって占められている場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下している者として、その対象を分類することを含むか、またはそれらからなる。あるいは、上記の位置がチミンによって占められていない場合には、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇している者として、対象を分類できる。同様に、上記のような方法は、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を占めているヌクレオチドの種類を判定するアッセイを生体試料に対して行うことを含むかまたはそのことからなることができる。野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合には、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下している者として、対象を分類できる。あるいは、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンの挿入が見られない場合には、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇している者として、対象を分類できる。
いくつかの実施形態では、対象が、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’を有すると判断されている場合、その対象は、後期のＮＡＳＨとして顕在化し得る線維症を発症するリスクが上昇している。これに対して、対象が、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨ、または転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨを有すると判断されている場合には、その対象は、線維症を発症するリスクが低下している。いくつかの実施形態では、線維症を発症するリスクが上昇しているか、または上昇している疑いのある対象においては、ＮＡＳＨの組織病理学的な特徴（例えば、小葉炎症と肝細胞風船様腫大を含む）も調べることができる。ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨ、または転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨを有する対象は、小葉炎症と肝細胞風船様腫大を発現するリスクが低下している。
ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号２の１２６６６位もしくは１２６６６位と１２６６７位に対応する位置（または配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置）を占めているヌクレオチドの種類を判定するためのいずれかのアッセイ（本明細書に記載されているアッセイなど）を用いることができる。加えて、ストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブ（変化部特異的プライマーもしくは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなるいずれかのアッセイ（本明細書に記載されているアッセイなど）。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、その生体試料に存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、配列番号６、１５、２４もしくは３３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ＲＮＡであり、配列番号６を含むかもしくは配列番号６からなるか、または配列番号２４を含むかもしくは配列番号２４からなるそのｃＤＮＡであり、あるいは、このＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄは、ｍＲＮＡであり、配列番号１５を含むかもしくは配列番号１５からなるか、または配列番号３３を含むかもしくは配列番号３３からなるそのｃＤＮＡである。いくつかの実施形態では、そのアッセイによって、生体試料中のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下していることが示され、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルが、このコントロール試料と比べて同じであるかまたは低下していることによって、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される。いくつかの実施形態では、上記のアッセイは、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の核酸配列、あるいはその相補体に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなる。いくつかの実施形態では、この方法は、ｉ）配列番号６、１５、２４もしくは３３のヌクレオチド配列、またはその相補体と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）ヌクレオチド配列、ｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン２に特異的にハイブリダイズする核酸分子、及び／またはｉｉｉ）転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４を架橋する領域に特異的にハイブリダイズする核酸分子を含むかまたはそれらからなる約５ヌクレオチドから最大で約５０ヌクレオチドを含む核酸分子を用いることによって、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）を特異的に検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、その１つ以上のプライマーまたはプローブは、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４及び／または配列番号３３に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、このアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このアッセイは、シークエンシングを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料における転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下している者として、その対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる。あるいは、その生体試料に、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇している者として、その対象を分類できる。具体例では、そのアッセイによって、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断でき、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。あるいは、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているか、または変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。別の具体例では、本開示のアッセイは、生体試料において、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを、転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）と比べて判断することを含むか、あるいはそのことからなることができ、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’、特に転写産物Ａの発現に対する転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。あるいは、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’、特に転写産物Ａの発現に対する転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて低いかまたは変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。
いくつかの実施形態では、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つ、特にＤ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在またはレベルを検出するために、アッセイは、転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、転写産物Ｇ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ｈ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域（すなわち、エキソン６の３’末端に追加のグアニンを含む領域（他のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のエキソン６には、この追加のグアニンは存在しない））に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（例えば、変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブ）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部内の領域、あるいは転写産物Ｆ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるイントロン６への読み過ごし部とエキソン６の残部との境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ｃ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン５とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。
本明細書に開示されている方法で用いることができる他のアッセイとしては、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）が挙げられる。本明細書に開示されている方法で用いることができるさらに別のアッセイとしては、例えば、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、生体試料中の転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの存在と量を判断するものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ａ）対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、生体試料中の転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’が存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇している者として、その対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる。あるいは、生体試料に、転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’が存在しない場合には、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下している者として、その対象を分類できる。具体例では、このアッセイによって、生体試料中の転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを判断でき、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。あるいは、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。別の具体例では、このアッセイは、生体試料において、転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現レベルを、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）と比べて判断することを含むことができ、転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ、特に転写産物Ｄの発現に対する転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現の比率が、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。あるいは、Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、特に転写産物Ｄ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現に対する転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）の発現の比率が、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料における比率と比べて低いかまたは変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。
いくつかの実施形態では、転写産物Ａ、ＢまたはＥ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）、あるいは転写産物Ａ、Ｂ、ＥまたはＦ’（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のうちのいずれか１つの存在またはレベルを検出するために、本開示のアッセイは、転写産物Ｅを転写産物Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ及びＧと区別するように、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン３’内の領域、エキソン３とエキソン３’の境界に広がる領域、またはエキソン３’とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ｅを転写産物Ｈと区別するように、転写産物Ｅ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマー及びプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ｂを転写産物Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ及びＨと区別するために、転写産物Ｂ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン１とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ｂを転写産物Ｇと区別するために、転写産物Ｂ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。加えて、または代わりに、このアッセイは、転写産物Ａを転写産物Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ａを転写産物Ｃと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン６内の領域、エキソン５とエキソン６の境界に広がる領域、またはエキソン６とエキソン７の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなることができる。任意に、このアッセイは、転写産物Ａを転写産物Ｂ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）におけるエキソン２内の領域、エキソン１とエキソン２の境界に広がる領域、またはエキソン２とエキソン３の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、さらに、転写産物Ａを転写産物Ｅ及びＨと区別するために、転写産物Ａ（ＲＮＡもしくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、及び／またはｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、好ましくはＲＮＡまたはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ）のエキソン３とエキソン４の境界に広がる領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブ（変化部特異的プライマーまたは変化部特異的プローブなど）と、生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することをさらに含むか、あるいはそれらからなることができる。
本明細書に開示されている方法で用いることができる他のアッセイとしては、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）が挙げられる。本明細書に開示されている方法で用いることができるさらに別のアッセイとしては、例えば、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、生体試料中の転写産物Ａ、ＢもしくはＥ、または転写産物Ａ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の存在と量を判断するものが挙げられる。
本開示は、ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、そのヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出すること、ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、その生体試料において検出された場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含むかまたはそれらからなる方法を提供する。いくつかの実施形態では、このＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤは、配列番号４２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である（すなわち、少なくとも約９０％同一である）アミノ酸配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、その検出作業は、シークエンシングを含む。
いくつかの実施形態では、その検出作業によって、生体試料中のアイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルを判断し、アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。あるいは、アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。
いくつかの実施形態では、その検出作業によって、生体試料中のアイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルを判断し、アイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇していることが示される。あるいは、アイソフォームＡ、ＢもしくはＥ、またはアイソフォームＡ、Ｂ、ＥもしくはＦ’の発現レベルが、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントアレルにおいてホモ型であるコントロールの対象から得たコントロール試料と比べて低下しているかまたは変わらないことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が低下していることが示される。
本明細書に記載されている方法のうちのいずれか１つ以上は、インビトロで行うことができる。
本明細書に開示されている方法のいずれにおいても、プライマーまたはプローブは、意図されているその標的核酸分子にハイブリダイズするか、意図されているその標的核酸分子に特異的にハイブリダイズするかのいずれかであってよい。いくつかの実施形態では、特定の標的に特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブは、野生型核酸分子（例えば、配列番号１、または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３と関連する機能活性を有する転写産物など）にはハイブリダイズしない。
本明細書に開示されている方法のうち、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスク（例えば、病理組織学的に、単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上に進行するリスク）が上昇している者として、または肝疾患（例えば慢性肝疾患）を発症するリスクが上昇している者として、対象を分類する方法のいずれにおいても、その方法は、治療方法または予防方法をさらに含むことができる。あるいは、本開示の方法は、治療剤を投与して、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患への進行（例えば、単純性脂肪肝から、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患への進行、または単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上への進行）と関連する１つ以上の症状を予防または緩和することをさらに含むことができる。例えば、このような治療では、炎症の予防もしくは軽減、または線維症の予防もしくは軽減に重点を置くことができる。開発中であるこのような治療剤の例としては、オベチコール酸、ＧＳ－９６７４、Ｓｉｍｔｕｚｕｍａｂ、ＧＳ－４９９７、ＮＤＩ－０１０９７６、ＧＦＴ５０５／Ｅｌａｆｉｂｒａｎｏｒ、Ａｒａｍｃｈｏｌ、Ｃｅｎｉｃｒｉｖｉｒｏｃ、ＧＲ－ＭＤ－０２、ＴＤ１３９、ＳＨＰ６２６、ＰＸＳ４７２８Ａ及びＲＰ１０３－システアミン酒石酸塩が挙げられるが、これらに限らない。本開示は、上に開示されている治療剤からなる群から選択した治療剤であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアント遺伝子のキャリアではないヒト対象の肝疾患の治療、予防または緩和で用いるための治療剤を提供する。一態様では、そのヒト対象は、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子について陰性と判定されている。一態様では、この治療は、そのヒト対象がバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のキャリアであるか否か判断する工程を含む。一態様では、そのヒト患者は、本明細書に記載されている方法のいずれかに従って、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を有すると判断されている。本開示は、上に開示されている治療剤からなる群から選択した治療剤であって、本開示の方法のいずれかに従って、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクがあると判断されているヒト対象の脂肪肝疾患の治療、予防または緩和で用いるための治療剤も提供する。
アンチセンス分子（アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ及びｓｈＲＮＡなど）と、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片と、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を発現させるための発現ベクターをいずれかに組み合わせたものの使用を通じて、細胞を改変する方法は、様々なものが提供されている。その方法は、インビトロ、エキソビボまたはインビボで行うことができる。アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ及びｓｈＲＮＡなどのアンチセンス分子と、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片と、発現ベクターは、いずれかの形態の細胞に、本明細書の他の箇所に記載されているようないずれかの手段によって導入でき、すべてまたは一部を、いずれかの組み合わせで同時または順次に導入できる。
アンチセンス分子を用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質をコードする核酸の発現を改変できる。アンチセンス分子の例としては、アンチセンスＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられる。このようなアンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡは、ｍＲＮＡのいずれかの領域をターゲティングするように設計できる。例えば、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡは、本明細書に開示されているＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のうちの１つ以上に特有である領域、または本明細書に開示されているＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物のうちの１つ以上に共通の領域をターゲティングするように設計できる。
対象は、例えば、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではない（または、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのヘテロ接合体キャリアに過ぎない）とともに、肝疾患を発症しているか、または発症しやすい対象（例えばヒト）であることができる。
以下に、代表的な実施形態を示す。
実施形態１．ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなるとともに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置のヌクレオチド間にチミンが挿入されている核酸分子。
実施形態２．その連続するヌクレオチドが、配列番号２における対応配列であって、配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一である、実施形態１に記載の核酸分子。
実施形態３．そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子である、実施形態１または２に記載の核酸分子。
実施形態４．その単離核酸分子が、配列番号２の連続するヌクレオチドに対応する少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個、少なくとも２０００個、少なくとも３０００個、少なくとも４０００個、少なくとも５０００個、少なくとも６０００個、少なくとも７０００個、少なくとも８０００個、少なくとも９０００個、少なくとも１００００個、少なくとも１１０００個、少なくとも１２０００個、少なくとも１３０００個、少なくとも１４０００個、少なくとも１５０００個、少なくとも１６０００個、少なくとも１７０００個、少なくとも１８０００個もしくは少なくとも１９０００個のヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる、実施形態１～３のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態５．その単離核酸分子が、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の１つ以上の非必須セグメントが欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子を含むかまたはその遺伝子からなる、実施形態１～４のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態６．その欠失セグメントが、１つ以上のイントロン配列を含む、実施形態５に記載の核酸分子。
実施形態７．その単離核酸分子が、配列番号２のイントロン６に対応するイントロンをさらに含む、実施形態５または６に記載の核酸分子。
実施形態８．そのイントロンが、配列番号２のイントロン６である、実施形態７に記載の核酸分子。
実施形態９．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続する核酸分子が、ｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）、またはｉｉｉ）配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるセグメントを含む核酸分子。
実施形態１０．その連続するヌクレオチドが、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在する対応セグメントであって、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９または配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含むかまたはそのセグメントからなり、その連続するヌクレオチドが、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在する対応セグメントであって、配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８または配列番号３７（転写産物Ｇ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含むかまたはそのセグメントからなる、実施形態９に記載の核酸分子。
実施形態１１．その連続するヌクレオチドが、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９または配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する対応セグメントであって、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含むかまたはそのセグメントからなる、実施形態９に記載の核酸分子。
実施形態１２．その連続するヌクレオチドがさらに、配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）に存在する対応セグメントであって、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる、実施形態９に記載の核酸分子。
実施形態１３．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５もしくは配列番号３４（転写産物Ｅ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなり、任意に、その連続するヌクレオチドがさらに、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５もしくは配列番号３４（転写産物Ｅ）に存在する対応セグメントであって、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態１４．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号８、配列番号１７、配列番号２６もしくは配列番号３５（転写産物Ｆ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態１５．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号５、配列番号１４、配列番号２３もしくは配列番号３２（転写産物Ｃ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態１６．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質である、実施形態９～１５のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態１７．その単離核酸分子が、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてもしくは一部をコードする少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個もしくは少なくとも２０００個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる、実施形態９～１６のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態１８．ｉ）配列番号５、配列番号１４、配列番号２３もしくは配列番号３２（転写産物Ｃ）、ｉｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉｉ）配列番号７、配列番号１６、配列番号２５もしくは配列番号３４（転写産物Ｅ）、ｉｖ）配列番号８、配列番号１７、配列番号２６もしくは配列番号３５（転写産物Ｆ）、ｖ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）、またはｖｉ）配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に示されている配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一である配列を含むか、あるいはその配列からなるとともに、配列番号４１（アイソフォームＣ）、配列番号４２（アイソフォームＤ）、配列番号４３（アイソフォームＥ）、配列番号４４（アイソフォームＦ）、配列番号４６（アイソフォームＧ）もしくは配列番号４７（アイソフォームＨ）に示されている配列を含むか、またはその配列からなるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸分子。
実施形態１９．その連続するヌクレオチドが、介在イントロンなしに、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも２つの異なるエキソンの配列を含むかまたはその配列からなる、実施形態９～１８のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態２０．実施形態１～１９のいずれか１つに記載の核酸分子によってコードされるポリペプチド。
実施形態２１．配列番号２の１２６６６位に対応する位置の１０００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、４５ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、３５ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１０ヌクレオチドもしくは５ヌクレオチドを含むか、またはその数のヌクレオチド以内であるセグメントにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子にハイブリダイズする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる核酸分子。
実施形態２２．そのセグメントが、配列番号２における対応配列と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であるとともに、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する、実施形態２１に記載の核酸分子。
実施形態２３．そのセグメントが、配列番号２の少なくとも２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個もしくは２０００個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる、実施形態２１または２２に記載の核酸分子。
実施形態２４．そのセグメントが、配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む、実施形態２１～２３のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態２５．そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子である、実施形態２１～２４のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態２６．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、ｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）、またはｉｉｉ）配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％同一であるセグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態２７．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５もしくは配列番号３４（転写産物Ｅ）、または配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であるセグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態２８．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号８、配列番号１７、配列番号２６または配列番号３５（転写産物Ｆ）における対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一であるセグメントを含むか、あるいはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態２９．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号５、配列番号１４、配列番号２３もしくは配列番号３２（転写産物Ｃ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる核酸分子。
実施形態３０．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質である、実施形態２６～２９のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３１．その単離核酸が、アンチセンスＲＮＡ、ショートヘアピンＲＮＡまたは低分子干渉ＲＮＡである、実施形態２６～２９のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３２．その単離核酸が、５ヌクレオチド長から、最大で約３０ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド長、５０ヌクレオチド長、１００ヌクレオチド長、２００ヌクレオチド長、３００ヌクレオチド長、４００ヌクレオチド長、５００ヌクレオチド長、６００ヌクレオチド長、７００ヌクレオチド長、８００ヌクレオチド長、９００ヌクレオチド長もしくは１０００ヌクレオチド長を含むか、またはそれらからなる、実施形態２１～３１のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３３．ＤＮＡを含むかまたはＤＮＡからなる、実施形態１～１９、２１～３０及び３２のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３４．ＲＮＡを含むかまたはＲＮＡからなる、実施形態１～１９及び２１～３２のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３５．異種核酸に連結されているか、または異種標識を含む、実施形態１～１９及び２１～３４のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３６．その異種標識が蛍光標識である、実施形態３５に記載の核酸分子。
実施形態３７．実施形態１～１９及び２１～３６のいずれか１つに記載の核酸分子と、異種核酸分子とを含むベクターまたは外来ドナー配列。
実施形態３８．非天然ヌクレオチドを含む、実施形態１～１９及び２１～３６のいずれか１つに記載の核酸分子。
実施形態３９．対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントの検出方法、対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３核酸分子（転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧもしくはＨ）の存在の検出方法、対象が肝疾患を発症する感受性の判断方法、または対象の肝疾患もしくは肝疾患の発症リスクの診断方法において、実施形態１～１９及び２１～３８のいずれか１つに記載の核酸分子の使用。
実施形態４０．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含むかまたはそれからなるポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４２（アイソフォームＤ）、配列番号４６（アイソフォームＧ）もしくは配列番号４７（アイソフォームＨ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３９（アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％と同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなるポリペプチド。
実施形態４１．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４２（アイソフォームＤ）に存在する対応セグメントであって、配列番号４７（アイソフォームＨ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなり、その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４２（アイソフォームＤ）に存在する対応セグメントであって、配列番号４６（アイソフォームＧ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる、実施形態４０に記載のポリペプチド。
実施形態４２．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４７（アイソフォームＨ）に存在する対応セグメントであって、配列番号４２（アイソフォームＤ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる、実施形態４０に記載のポリペプチド。
実施形態４３．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４６（アイソフォームＧ）に存在する対応セグメントであって、配列番号４２（アイソフォームＤ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなる、実施形態４０に記載のポリペプチド。
実施形態４４．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含むかまたはそれからなるポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４３（アイソフォームＥ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３９（アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなり、任意に、その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４３（アイソフォームＥ）に存在する対応セグメントであって、配列番号４７（アイソフォームＨ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなるポリペプチド。
実施形態４５．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含むかまたはそれからなるポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４４（ＨＳＤ１７Ｂ１３）に存在する対応セグメントであって、配列番号３９（アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなるポリペプチド。
実施形態４６．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含むかまたはそれからなるポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４１（アイソフォームＣ）に存在する対応セグメントであって、配列番号３９（アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一であるセグメントを含むか、またはそのセグメントからなるポリペプチド。
実施形態４７．配列番号４１（アイソフォームＣ）、配列番号４２（アイソフォームＤ）、配列番号４３（アイソフォームＥ）、配列番号４４（アイソフォームＦ）、配列番号４６（アイソフォームＧ）または配列番号４７（アイソフォームＨ）と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である配列を含むか、またはその配列からなるポリペプチド。
実施形態４８．異種分子に連結されている、実施形態５３～６０のいずれか１つに記載のポリペプチド。
実施形態４９．その異種分子が、免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチドタグ、トランスダクションドメイン、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸またはグリコール酸である、実施形態４８に記載のポリペプチド。
実施形態５０．実施形態５３～６２のいずれか１つに記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
実施形態５１．実施形態５０に記載の核酸分子を含む宿主細胞であって、その宿主細胞において活性な異種プロモーターに、その核酸分子が機能的に連結されている宿主細胞。
実施形態５２．細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または哺乳動物細胞である、実施形態５１に記載の宿主細胞。
実施形態５３．実施形態５３～６２のいずれか１つに記載の単離ポリペプチドの作製方法であって、実施形態５１または５２に記載の宿主細胞を培養することによって、その核酸分子を発現させることと、そのポリペプチドを回収することを含む方法。
実施形態５４．実施形態２０及び４０～４９のいずれか１つに記載のポリペプチド、実施形態１～１９、２１～３６、３８及び５０のいずれか１つに記載の核酸分子、実施形態３７に記載のベクター、または実施形態５１及び５２に記載の宿主細胞と、担体とを含む組成物。
実施形態５５．その担体が、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエートまたは脂質微小管を含む、実施形態５４に記載の組成物。
実施形態５６．実施形態２０及び４０～４９のいずれか１つに記載のポリペプチド、実施形態１～１９、２１～３６、３８及び５０のいずれか１つに記載の核酸、または実施形態３７に記載のベクターを含む細胞。
実施形態５７．ヒト細胞である、実施形態５６に記載の細胞。
実施形態５８．肝細胞である、実施形態５６または５７に記載の細胞。
実施形態５９．齧歯類動物細胞、マウス細胞またはラット細胞である、実施形態５６に記載の細胞。
実施形態６０．多能性細胞である、実施形態５９に記載の細胞。
実施形態６１．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントの検出方法であって、そのヒト対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料に対してアッセイを行うことを含み、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断する方法。
実施形態６２．そのアッセイが、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含むかまたはそのことからなる、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６３．そのアッセイが、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントのうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置の約５０ヌクレオチド以内であるセグメントにハイブリダイズするプライマーと、その生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間に、チミンが挿入されているか判断することを含むかまたはそれらからなる、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４．そのアッセイが、ストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなる、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６５．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在の検出方法であって、その対象から採取した、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断する方法。
実施形態６６．そのアッセイが、１つ以上の配列であって、その配列の組み合わせが、ｉ）配列番号５、配列番号１４、配列番号２３もしくは配列番号３２（転写産物Ｃ）、ｉｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉｉ）配列番号７、配列番号１６、配列番号２５もしくは配列番号３４（転写産物Ｅ）、ｉｖ）配列番号８、配列番号１７、配列番号２６もしくは配列番号３５（転写産物Ｆ）、ｖ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）及びｖｉ）配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）のうちの１つ以上に特有である配列に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーもしくはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなる、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７．そのアッセイが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、実施形態６６に記載の方法。
実施形態６８．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、ｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）、またはｉｉｉ）配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する領域であって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６５または６６に記載の方法。
実施形態６９．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在する領域であって、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９または配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在しない領域と、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在する領域であって、配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８または配列番号３７（転写産物Ｇ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６８に記載の方法。
実施形態７０．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９または配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在する領域であって、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６８に記載の方法。
実施形態７１．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８または配列番号３７（転写産物Ｇ）に存在する領域であって、配列番号６、配列番号１５、配列番号２４または配列番号３３（転写産物Ｄ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６８に記載の方法。
実施形態７２．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５または配列番号３４（転写産物Ｅ）に存在する領域であって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズし、任意に、その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号７、配列番号１６、配列番号２５または配列番号３４（転写産物Ｅ）に存在する領域であって、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９または配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６５または６６に記載の方法。
実施形態７３．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号８、配列番号１７、配列番号２６または配列番号３５（転写産物Ｆ）に存在する領域であって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６５または６６に記載の方法。
実施形態７４．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号５、配列番号１４、配列番号２３または配列番号３２（転写産物Ｃ）に存在する領域であって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しない領域に対応する領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態６５または６６に記載の方法。
実施形態７５．そのアッセイが、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７６．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧまたはＨのうちの１つ以上の存在の検出方法であって、そのヒト対象から採取した、ｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡを含む生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧまたはＨのうちの１つ以上の存在を判断する方法。
実施形態７７．ヒト対象が肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、もしくは野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはそれらからなる方法。
実施形態７８．その肝疾患が、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている、実施形態７７に記載の方法。
実施形態７９．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断することと、ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むかまはたそれらからなる方法。
実施形態８０．そのアッセイが、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含む、実施形態７９に記載の方法。
実施形態８１．そのアッセイが、ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の約５０ヌクレオチド以内であるセグメントにハイブリダイズするプライマーと、その生体試料とを接触させることと、ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断することを含むかまたはそれらからなる、実施形態７７～８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８２．そのアッセイが、ストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列にハイブリダイズしないプライマーもしくはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなる、実施形態７７～８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８３．ヒト対象が肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはその生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法。
実施形態８４．工程ａ）におけるアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８５．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示され、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、このコントロール試料と比べて同じであるかまたは低下していることによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８６．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢまたはＥに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示され、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、このコントロール試料における比率と比べて同じであるかもしくは低いことによって、肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８７．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現レベルに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断する、実施形態８６に記載の方法。
実施形態８８．その肝疾患が、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている、実施形態８２～８７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８９．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料に対してアッセイを行うことであって、そのアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断することと、ｂ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはその生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、あるいはそれらからなる方法。
実施形態９０．工程ａ）におけるアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する、実施形態８９に記載の方法。
実施形態９１．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下していることが示されるか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現レベルが、このコントロール試料と比べて同じであるかもしくは低下していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される、実施形態８９に記載の方法。
実施形態９２．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢまたはＥに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下していることが示されるか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、このコントロール試料における比率と比べて同じであるかまたは低いことによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される、実施形態８９に記載の方法。
実施形態９３．工程ａ）におけるアッセイによって、その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現レベルに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断する、実施形態９２に記載の方法。
実施形態９４．工程ａ）におけるアッセイが、ｉ）配列番号６、配列番号１５、配列番号２４もしくは配列番号３３（転写産物Ｄ）、ｉｉ）配列番号１０、配列番号１９、配列番号２８もしくは配列番号３７（転写産物Ｇ）、または配列番号１１、配列番号２０、配列番号２９もしくは配列番号３８（転写産物Ｈ）に存在するセグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１または配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントに対応するセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、あるいはそれらからなる、実施形態８３～９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９５．工程ａ）におけるアッセイが、配列番号８、配列番号１７、配列番号２６もしくは配列番号３５（転写産物Ｆ）に存在するセグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントに対応するセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーもしくはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むか、またはそれらからなる、実施形態８２～９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９６．工程ａ）におけるアッセイが、配列番号５、配列番号１４、配列番号２３もしくは配列番号３２（転写産物Ｃ）に存在するセグメントであって、配列番号３、配列番号１２、配列番号２１もしくは配列番号３０（転写産物Ａ）に存在しないセグメントに対応するセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーもしくはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含むかまたはそれらからなる、実施形態８２～９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９７．工程ａ）におけるアッセイが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む、実施形態８２～９６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９８．工程ａ）におけるアッセイが、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在と量を判断することを含む、実施形態８５～９６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９９．ヒト対象が肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上が、そのヒト対象から採取した、タンパク質を含む生体試料に存在するか検出することと、ｂ）その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが検出された場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはそれらからなる方法。
実施形態１００．その肝疾患が、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変、ウイルス性肝炎、肝細胞癌、単純性脂肪肝、脂肪肝炎、線維症及び非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）からなる群から選択されている、実施形態９９に記載の方法。
実施形態１０１．工程ａ）における検出作業によって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される、実施形態９９または１００に記載の方法。
実施形態１０２．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、ａ）そのヒト対象から採取した、タンパク質を含む生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨのうちの１つ以上が存在するか検出することと、ｂ）その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが検出された場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含むか、またはそれらからなる方法。
実施形態１０３．工程ａ）における検出作業によって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下していることが示される、実施形態１０２に記載の方法。
実施形態１０４．単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上への進行と関連のある症状を予防または緩和する治療剤を投与することをさらに含むかまたはそのことからなる、実施形態７７～１０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０５．ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含むとともに、配列番号１と最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンが挿入されている単離核酸。
実施形態１０６．その連続するヌクレオチドが、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２における対応配列であって、配列番号２の１２６６６位を含む対応配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一である、実施形態１０５に記載の単離核酸。
実施形態１０７．そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子である、実施形態１０５または１０６に記載の単離核酸。
実施形態１０８．配列番号２の少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個、少なくとも２０００個、少なくとも３０００個、少なくとも４０００個、少なくとも５０００個、少なくとも６０００個、少なくとも７０００個、少なくとも８０００個、少なくとも９０００個、少なくとも１００００個、少なくとも１１０００個、少なくとも１２０００個、少なくとも１３０００個、少なくとも１４０００個、少なくとも１５０００個、少なくとも１６０００個、少なくとも１７０００個、少なくとも１８０００個または少なくとも１９０００個の連続するヌクレオチドを含む、いずれかの先行実施形態に記載の単離核酸。
実施形態１０９．対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の１つ以上の非必須セグメントが欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子を含む、いずれかの先行実施形態に記載の単離核酸。
実施形態１１０．その欠失セグメントが、１つ以上のイントロン配列を含む、実施形態１０９に記載の単離核酸。
実施形態１１１．配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２のイントロン６に対応するイントロンをさらに含む、実施形態１０９または１１０に記載の単離核酸。
実施形態１１２．そのイントロンが、配列番号２のイントロン６である、実施形態１１１に記載の単離核酸。
実施形態１１３．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む単離核酸であって、その連続する核酸が、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）及び配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１１４．その連続するヌクレオチドが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在するセグメントであって、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含み、その連続するヌクレオチドが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在するセグメントであって、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含む、実施形態１１３に記載の単離核酸。
実施形態１１５．その連続するヌクレオチドが、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在するセグメントであって、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含む、実施形態１１３に記載の単離核酸。
実施形態１１６．その連続するヌクレオチドが、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）に存在するセグメントであって、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含む、実施形態１１３に記載の単離核酸。
実施形態１１７．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含み、任意に、その連続するヌクレオチドが、配列番号２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）に存在するセグメントのうち、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントをさらに含む単離核酸。
実施形態１１８．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２６（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｆ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１１９．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２３（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１２０．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質である、実施形態１１３～１１９のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１２１．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質のすべてまたは一部をコードする少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個または少なくとも２０００個の連続するヌクレオチドを含む、実施形態１１３～１２０のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１２２．配列番号２３（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ）、２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）、２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）、２６（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｆ）、２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）または２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ））に示されている配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一である配列を含むとともに、配列番号４１（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ）、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）、配列番号４３（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＥ）、配列番号４４（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＦ）、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）または配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）に示されている配列を含むＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする単離核酸。
実施形態１２３．その連続するヌクレオチドが、介在イントロンなしに、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の少なくとも２つの異なるエキソン由来の配列を含む、実施形態１１３～１２２のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１２４．いずれかの先行実施形態に記載の単離核酸によってコードされるタンパク質。
実施形態１２５．配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２における１２６６６位に対応する位置の１０００個、５００個、４００個、３００個、２００個、１００個、５０個、４５個、４０個、３５個、３０個、２５個、２０個、１５個、１０個もしくは５個のヌクレオチドを含むか、または配列番号２の１２６６６位に対応する位置の１０００ヌクレオチド以内、５００ヌクレオチド以内、４００ヌクレオチド以内、３００ヌクレオチド以内、２００ヌクレオチド以内、１００ヌクレオチド以内、５０ヌクレオチド以内、４５ヌクレオチド以内、４０ヌクレオチド以内、３５ヌクレオチド以内、３０ヌクレオチド以内、２５ヌクレオチド以内、２０ヌクレオチド以内、１５ヌクレオチド以内、１０ヌクレオチド以内もしくは５ヌクレオチド以内であるセグメントにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子にハイブリダイズする少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む単離核酸。
実施形態１２６．そのセグメントが、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２における対応配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一である、実施形態１２５に記載の単離核酸。
実施形態１２７．そのセグメントが、配列番号２の少なくとも２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個または２０００個の連続するヌクレオチドを含む、実施形態１２５または１２６に記載の単離核酸。
実施形態１２８．そのセグメントが、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２における１２６６６位または配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む、実施形態１２５～１２７のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１２９．そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子である、実施形態１２５～１２８のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３０．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）及び配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１３１．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）及び配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１３２．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２６（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｆ）におけるセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１３３．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする単離核酸であって、その連続するヌクレオチドが、配列番号２３（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ）に存在するセグメントのうち、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一であるセグメントを含む単離核酸。
実施形態１３４．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質が、ヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質である、実施形態１３０～１３３のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３５．アンチセンスＲＮＡ、ショートヘアピンＲＮＡまたは低分子干渉ＲＮＡである、実施形態１３０～１３３のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３６．最長で約３０ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド長、５０ヌクレオチド長、１００ヌクレオチド長、２００ヌクレオチド長、３００ヌクレオチド長、４００ヌクレオチド長、５００ヌクレオチド長、６００ヌクレオチド長、７００ヌクレオチド長、８００ヌクレオチド長、９００ヌクレオチド長または１０００ヌクレオチド長である、実施形態１２５～１３５のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３７．ＤＮＡを含む、実施形態１０５～１２３、１２５～１３４及び１３６のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３８．ＲＮＡを含む、実施形態１０５～１２３及び１２５～１３６のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１３９．異種核酸に連結されているか、または異種標識を含む、実施形態１０５～１２３及び１２５～１３８のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１４０．その異種標識が蛍光標識である、実施形態１３９に記載の単離核酸。
実施形態１４１．実施形態１０５～１２３及び１２５～１４０のいずれか１つに記載の単離核酸と、異種核酸配列とを含むベクター。
実施形態１４２．非天然ヌクレオチドを含む、実施形態１０５～１２３及び１２５～１４０のいずれか１つに記載の単離核酸。
実施形態１４３．対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントの検出方法、対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧもしくはＨの存在の検出方法、対象が慢性肝疾患を発症する感受性の判断方法、脂肪肝疾患である対象の診断方法、細胞中のＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の改変方法、または細胞におけるＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の発現の改変方法で、実施形態１０５～１２３及び１２５～１４２のいずれか１つに記載の単離核酸の使用。
実施形態１４４．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含む単離ポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）及び配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）に存在するセグメントのうち、配列番号３９（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離ポリペプチド。
実施形態１４５．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）に存在するセグメントであって、配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含むとともに、その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）に存在するセグメントであって、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む、実施形態１４４に記載の単離ポリペプチド。
実施形態１４６．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）に存在するセグメントであって、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む、実施形態１４４に記載の単離ポリペプチド。
実施形態１４７．その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）に存在するセグメントであって、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む、実施形態１４４に記載の単離ポリペプチド。
実施形態１４８．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含む単離ポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４３（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＥ）に存在するセグメントのうち、配列番号３９（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含み、任意に、その連続するアミノ酸がさらに、配列番号４３（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＥ）に存在するセグメントのうち、配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離ポリペプチド。
実施形態１４９．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含む単離ポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４４（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＦ）に存在するセグメントのうち、配列番号３９（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一であるセグメントを含む単離ポリペプチド。
実施形態１５０．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含む単離ポリペプチドであって、その連続するアミノ酸が、配列番号４１（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ）に存在するセグメントのうち、配列番号３９（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡ）に存在しないセグメントと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるセグメントを含む単離ポリペプチド。
実施形態１５１．配列番号４１（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ）、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）、配列番号４３（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＥ）、配列番号４４（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＦ）、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）または配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）と最適にアラインメントしたときに、配列番号４１（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ）、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）、配列番号４３（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＥ）、配列番号４４（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＦ）、配列番号４６（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＧ）または配列番号４７（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＨ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一である配列を含む単離ポリペプチド。
実施形態１５２．異種分子に連結されている、実施形態１４４～１５１のいずれか１つに記載の単離ポリペプチド。
実施形態１５３．その異種分子が、免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチドタグ、トランスダクションドメイン、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸またはグリコール酸である、実施形態１５２に記載の単離ポリペプチド。
実施形態１５４．実施形態１４４～１５３のいずれか１つに記載の単離ポリペプチドをコードする単離核酸。
実施形態１５５．実施形態１５４に記載の単離核酸を含む宿主細胞であって、その単離核酸が、その宿主細胞において活性な異種プロモーターに機能的に連結されている宿主細胞。
実施形態１５６．細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または哺乳動物細胞である、実施形態１５５に記載の宿主細胞。
実施形態１５７．実施形態１４４～１５３のいずれか１つに記載の単離ポリペプチドの作製方法であって、実施形態１５５または１５６に記載の宿主細胞を培養することによって、その核酸を発現させることと、その単離ポリペプチドを回収することを含む方法。
実施形態１５８．実施形態１２４及び１４４～１５３のいずれか１つに記載の単離ポリペプチドまたは実施形態１０５～１２３、１２５～１４０、１４２及び１５４のいずれか１つに記載の単離核酸、実施形態１４１に記載のベクター、ならびにその単離ポリペプチド、その単離核酸またはそのベクターの安定性を向上させる担体を含む組成物。
実施形態１５９．その担体が、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエートまたは脂質微小管を含む、実施形態１５８に記載の組成物。
実施形態１６０．実施形態１２４及び１４４～１５３のいずれか１つに記載の単離ポリペプチドもしくは実施形態１０５～１２３、１２５～１４０、１４２及び１５４のいずれか１つに記載の単離核酸、または実施形態１４１に記載のベクターを含む細胞。
実施形態１６１．ヒト細胞である、実施形態１６０に記載の細胞。
実施形態１６２．肝細胞である、実施形態１６０または１６１に記載の細胞。
実施形態１６３．齧歯類動物細胞、マウス細胞またはラット細胞である、実施形態１６０に記載の細胞。
実施形態１６４．多能性細胞である、実施形態１６３に記載の細胞。
実施形態１６５．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントの検出方法であって、（ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていることを判断するアッセイをその生体試料に対して行うことを含む方法。
実施形態１６６．そのアッセイが、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含む、実施形態１６５に記載の方法。
実施形態１６７．そのアッセイが、（ｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置に近接しているセグメントにハイブリダイズするプライマーと、その生体試料とを接触させることと、（ｉｉ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、（ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断することを含む、実施形態１６６に記載の方法。
実施形態１６８．そのアッセイが、ストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１６５に記載の方法。
実施形態１６９．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在の検出方法であって、（ａ）ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断するアッセイをその生体試料に対して行うことを含む方法。
実施形態１７０．そのアッセイが、１つ以上の配列に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることであって、その配列の組み合わせが、配列番号２１、２２、２３、２４、２５、２６、２８及び２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ～Ｈ）の中でも、配列番号２３、２４、２５、２６、２８及び２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ～Ｈ）のうちの１つ以上に特有であることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１６９に記載の方法。
実施形態１７１．そのアッセイが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、実施形態１７０に記載の方法。
実施形態１７２．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）及び配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在する領域であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１６９または１７０に記載の方法。
実施形態１７３．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在する領域であって、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在しない領域と、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在する領域であって、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１７２に記載の方法。
実施形態１７４．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在する領域であって、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１７２に記載の方法。
実施形態１７５．その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）に存在する領域であって、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１７２に記載の方法。
実施形態１７６．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）に存在する領域であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズし、任意に、その１つ以上のプライマーまたはプローブがさらに、配列番号２５（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｅ）に存在する領域であって、配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１６９または１７０に記載の方法。
実施形態１７７．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号２６（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｆ）に存在する領域であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１６９または１７０に記載の方法。
実施形態１７８．その１つ以上のプライマーまたはプローブが、配列番号２３（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ）に存在する領域であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しない領域に特異的にハイブリダイズする、実施形態１６９または１７０に記載の方法。
実施形態１７９．そのアッセイが、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む、実施形態１６９に記載の方法。
実施形態１８０．ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧまたはＨのうちの１つ以上の存在の検出方法であって、（ａ）ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＧまたはＨのうちの１つ以上の存在を判断するアッセイをその生体試料に対して行うことを含む方法。
実施形態１８１．ヒト対象が慢性肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、（ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断するアッセイをその生体試料に対して行うことと、（ｃ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合に、慢性肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはそのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合に、慢性肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態１８２．その慢性肝疾患が、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌からなる群から選択されている、実施形態１８１に記載の方法。
実施形態１８３．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、（ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断するアッセイをその生体試料に対して行うことと、（ｃ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合に、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはそのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合に、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態１８４．そのアッセイが、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の部分のうち、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を含む部分をシークエンシングすることを含む、実施形態１８３に記載の方法。
実施形態１８５．そのアッセイが、（ｉ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子のセグメントであって、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と配列番号１を最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置に近接しているセグメントにハイブリダイズするプライマーと、その生体試料とを接触させることと、（ｉｉ）そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置を少なくとも通るように、そのプライマーを伸長させることと、（ｉｉｉ）そのプライマーの伸長産物において、そのＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の位置のうち、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか判断することを含む、実施形態１８１～１８４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８６．そのアッセイが、ストリンジェント条件下で、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントに特異的にハイブリダイズするとともに、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３配列にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１８１～１８４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８７．ヒト対象が慢性肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、（ａ）ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断するアッセイをその生体試料に対して行うことと、（ｃ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在する場合に、慢性肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはその生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在しない場合に、慢性肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態１８８．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する、実施形態１８７に記載の方法。
実施形態１８９．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、慢性肝疾患を発症するリスクが低下していることが示され、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、このコントロール試料と比べて同じであるかまたは低下していることによって、慢性肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される、実施形態１８７に記載の方法。
実施形態１９０．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢまたはＥに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、慢性肝疾患を発症するリスクが低下していることが示されるか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、このコントロール試料における比率と比べて同じであるかまたは低いことによって、慢性肝疾患を発症するリスクが上昇していることが示される、実施形態１８７に記載の方法。
実施形態１９１．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現レベルに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断する、実施形態１９０に記載の方法。
実施形態１９２．その慢性肝疾患が、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌からなる群から選択されている、実施形態１８７～１９１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９３．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、（ａ）ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在を判断するアッセイをその生体試料に対して行うことと、（ｃ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類するか、またはその生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態１９４．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する、実施形態１９３に記載の方法。
実施形態１９５．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下していることが示されるか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現レベルが、このコントロール試料と比べて同じであるかもしくは低下していることによって、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される、実施形態１９３に記載の方法。
実施形態１９６．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢまたはＥに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料における比率と比べて高いことによって、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下していることが示されるか、またはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、ＢもしくはＥの発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、ＧもしくはＨの発現の比率が、このコントロール試料における比率と比べて同じであるかまたは低いことによって、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが上昇していることが示される、実施形態１９３に記載の方法。
実施形態１９７．その工程（ｂ）におけるアッセイによって、その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現レベルに対するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの発現レベルを判断する、実施形態１９６に記載の方法。
実施形態１９８．その工程（ｂ）におけるアッセイが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）、配列番号２８（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｇ）及び配列番号２９（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｈ）に存在するセグメントであって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１８７～１９７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９９．その工程（ｂ）におけるアッセイが、配列番号２６（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｆ）に存在するセグメントであって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１８７～１９７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２００．その工程（ｂ）におけるアッセイが、配列番号２３（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ）に存在するセグメントであって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）に存在しないセグメントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーまたはプローブと、その生体試料とを接触させることと、ハイブリダイズが行われたか判断することを含む、実施形態１８７～１９７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０１．その工程（ｂ）におけるアッセイが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を含む、実施形態１８７～２００のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０２．その工程（ｂ）におけるアッセイが、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）の後、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の存在と量を判断することを含む、実施形態１８７～２００のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０３．ヒト対象が慢性肝疾患を発症する感受性の判断方法であって、（ａ）タンパク質を含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上が存在するか検出することと、（ｃ）その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨが検出された場合に、慢性肝疾患を発症するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態２０４．その慢性肝疾患が、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変及び肝細胞癌からなる群から選択されている、実施形態２０３に記載の方法。
実施形態２０５．その工程（ｂ）における検出作業によって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、慢性肝疾患を発症するリスクが低下していることが示される、実施形態２０３または２０４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０６．脂肪肝疾患であるヒト対象の診断方法であって、（ａ）タンパク質を含む生体試料をそのヒト対象から採取することと、（ｂ）その生体試料に、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨのうちの１つ以上が存在するか検出することと、（ｃ）その生体試料において、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨが検出された場合に、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下している者として、そのヒト対象を分類することを含む方法。
実施形態２０７．その工程（ｂ）における検出作業によって、その生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ及びＨのうちの１つ以上の発現レベルを判断し、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＣ、Ｄ、Ｆ、ＧまたはＨの発現レベルが、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３アレルにおいてホモ型であるコントロールのヒト対象から得たコントロール試料と比べて上昇していることによって、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患に進行するリスクが低下していることが示される、実施形態２０６に記載の方法。
実施形態２０８．（ｄ）単純性脂肪肝から、脂肪肝炎、線維症、肝硬変及び肝細胞癌のうちの１つ以上への進行と関連のある症状を予防もしくは緩和する治療剤を投与すること、または実施形態２３３～２３７のいずれか１つに記載の方法を行うことをさらに含む、実施形態１８１～２０７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０９．細胞におけるＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の発現の減少方法であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）のエキソン７内の配列にハイブリダイズするアンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡと、その細胞のゲノムとを接触させて、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現を減少させることを含む方法。
実施形態２１０．発現ベクターをその細胞に導入することをさらに含み、その発現ベクターが、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含み、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、配列番号１と最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンの挿入を含む、実施形態２０９に記載の方法。
実施形態２１１．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒト遺伝子である、実施形態２１０に記載の方法。
実施形態２１２．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の１つ以上の非必須セグメントが欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子である、実施形態２１０または２１１に記載の方法。
実施形態２１３．その欠失セグメントが、１つ以上のイントロン配列を含む、実施形態２１２に記載の方法。
実施形態２１４．そのＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子が、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２のイントロン６に対応するイントロンを含む、実施形態２１２または２１３に記載の方法。
実施形態２１５．発現ベクターをその細胞に導入することをさらに含み、その発現ベクターが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を含む、実施形態２０９に記載の方法。
実施形態２１６．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸が、配列番号２４と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一である、実施形態２１５に記載の方法。
実施形態２１７．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片をその細胞に導入することをさらに含む、実施形態２０９に記載の方法。
実施形態２１８．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片が、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２１７に記載の方法。
実施形態２１９．細胞の改変方法であって、発現ベクターをその細胞に導入することを含み、その発現ベクターが、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含み、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、配列番号１と最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンの挿入を含む方法。
実施形態２２０．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒト遺伝子である、実施形態２１９に記載の方法。
実施形態２２１．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の１つ以上の非必須セグメントが欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子である、実施形態２１９または２２０に記載の方法。
実施形態２２２．実施その欠失セグメントが、１つ以上のイントロン配列を含む、実施形態２２１に記載の方法。
実施形態２２３．そのＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子が、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２のイントロン６に対応するイントロンを含む、実施形態２２１または２２２に記載の方法。
実施形態２２４．細胞の改変方法であって、発現ベクターをその細胞に導入することを含み、その発現ベクターが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を含む方法。
実施形態２２５．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸が、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２２４に記載の方法。
実施形態２２６．細胞の改変方法であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片をその細胞に導入することを含む方法。
実施形態２２７．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片が、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２２６に記載の方法。
実施形態２２８．その細胞が、齧歯類動物細胞、マウス細胞またはラット細胞である、実施形態２０９～２２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２９．その細胞が、ヒト細胞である、実施形態２０９～２２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３０．その細胞が、多能性細胞である、実施形態２０９～２２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３１．その細胞が、分化細胞である、実施形態２０９～２２９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３２．その細胞が、肝細胞である、実施形態２３１に記載の方法。
実施形態２３３．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではなく、慢性肝疾患であるか、または慢性肝疾患を発症しやすい対象の治療方法であって、配列番号２１（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ）のエキソン７内の配列またはエキソン６とエキソン７の境界に広がる配列にハイブリダイズするアンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡをその対象に導入して、その対象の肝細胞において、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａの発現を減少させることを含む方法。
実施形態２３４．発現ベクターをその対象に導入することをさらに含み、その発現ベクターが、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含み、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、配列番号１と最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンの挿入を含み、その発現ベクターが、その対象の肝細胞において、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を発現させる、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３５．発現ベクターをその対象に導入することをさらに含み、その発現ベクターが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を含み、その発現ベクターが、その対象の肝細胞において、そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸を発現させる、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３６．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸が、配列番号２４と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一である、実施形態２３５に記載の方法。
実施形態２３７．メッセンジャーＲＮＡをその対象に導入することをさらに含み、そのメッセンジャーＲＮＡが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードし、そのｍＲＮＡが、その対象の肝細胞において、そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質を発現させる、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２３８．そのメッセンジャーＲＮＡから逆転写される相補的ＤＮＡが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２３７に記載の方法。
実施形態２３９．ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片をその対象に導入することをさらに含む、実施形態２３３に記載の方法。
実施形態２４０．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片が、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％と同一である、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４１．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではなく、慢性肝疾患であるか、または慢性肝疾患を発症しやすい対象の治療方法であって、発現ベクターをその対象に導入することを含み、その発現ベクターが、組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を含み、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、配列番号１と最適にアラインメントしたときに、配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応するヌクレオチドの間にチミンの挿入を含み、その発現ベクターが、その対象の肝細胞において、その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子を発現させる方法。
実施形態２４２．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、ヒト遺伝子である、実施形態２３４及び２４１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４３．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一である、実施形態２３４、２４１及び２４２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４４．その組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が、対応する野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子と比べると、その遺伝子の１つ以上の非必須セグメントが欠失しているＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子である、実施形態２３４、２４１及び２４２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４５．その欠失セグメントが、１つ以上のイントロン配列を含む、実施形態２４４に記載の方法。
実施形態２４６．そのＨＳＤ１７Ｂ１３ミニ遺伝子が、配列番号２と最適にアラインメントしたときに、配列番号２のイントロン６に対応するイントロンを含む、実施形態２４４または２４５に記載の方法。
実施形態２４７．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではなく、慢性肝疾患であるか、または慢性肝疾患を発症しやすい対象の治療方法であって、発現ベクターをその対象に導入することを含み、その発現ベクターが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードする核酸を含み、その発現ベクターが、その対象の肝細胞において、そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸を発現させる方法。
実施形態２４８．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードするその核酸が、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２４７に記載の方法。
実施形態２４９．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではなく、慢性肝疾患であるか、または慢性肝疾患を発症しやすい対象の治療方法であって、メッセンジャーＲＮＡをその対象に導入することを含み、そのメッセンジャーＲＮＡが、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質をコードし、そのｍＲＮＡが、その対象の肝細胞において、そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質を発現させる方法。
実施形態２５０．そのメッセンジャーＲＮＡから逆転写される相補的ＤＮＡが、配列番号２４（ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄ）と最適にアラインメントしたときに、配列番号２４と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２４９に記載の方法。
実施形態２５１．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントのキャリアではなく、慢性肝疾患であるか、または慢性肝疾患を発症しやすい対象の治療方法であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片をその対象の肝臓に導入する方法。
実施形態２５２．そのＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質またはその断片が、配列番号４２（ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤ）と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である、実施形態２５１に記載の方法。
実施形態２５３．その対象がヒトである、実施形態２３３～２５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５４．その慢性肝疾患が、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪肝疾患、肝硬変または肝細胞癌である、実施形態２３３～２５３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５５．その対象へのその導入作業が、ハイドロダイナミック送達、ウイルス媒介送達、脂質ナノ粒子媒介送達または静脈内注入である、実施形態２３３～２５４のいずれか１つに記載の方法。
上記または下記で引用されているすべての特許出願、ウェブサイト、その他の刊行物、アクセッション番号などは、参照により、その全体が、あらゆる目的で、個々の項目がそれぞれ参照により援用されることが具体的かつ個々に記された場合と同程度に援用される。あるアクセッション番号と関連付けられている配列のバージョンが、時期によって異なる場合には、本願の有効出願日に、そのアクセッション番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、そのアクセッション番号について言及している実際の出願日と、優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、時期によって、刊行物、ウェブサイトなどの異なるバージョンが刊行されている場合には、別段に示されていない限り、本願の有効出願日における最新刊行バージョンを意味する。本発明のいずれの特徴、工程、要素、実施形態または態様も、特に別段に示されていない限り、いずれかの他のものと組み合わせて使用できる。本発明の実施形態について、明確化と理解のために、実例と実施例によって、ある程度詳細に説明してきたが、添付の請求項の範囲内で、特定の変更と修正を行ってよいことは明らかであろう。
本明細書に示されているヌクレオチド配列とアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準的な略記と、アミノ酸の１文字表記を用いて示されている。ヌクレオチド配列では、配列の５’末端から３’末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進むという標準的なしきたりに従っている。各ヌクレオチド配列の一本鎖のみが示されているが、いずれも、示されている鎖を参照することによって、相補鎖が含まれていることが分かるはずである。アミノ酸配列では、配列のアミノ末端からカルボキシ末端まで（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的なしきたりに従っている。
下記の実施例は、実施形態をさらに詳細に説明する目的で示されている。これらの実施例は、例示するためのものとして意図されており、請求されている実施形態を限定するためのものではない。
以下の実施例は、本開示で特許請求する化合物、組成物、物品、装置及び／または方法がどのように作製され評価されるかについての完全な開示及び説明を当業者に行うために示されるものであり、単に例示的なものであるように意図されており、本発明者が本発明としてみなす範囲を限定するようには意図されていない。数字（例えば、量、温度など）については、精度を確保するように努めてあるが、ある程度の誤差と偏差は考慮されたい。別段に示されていない限り、部は、重量部であり、温度は、℃または周囲温度であり、圧力は、大気圧または大気圧近傍である。実施例に定められている疾患が好ましい。
実施例１：バリアント１７β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ１３は、慢性肝疾患から保護する。
慢性肝疾患に寄与する遺伝因子を特定するために、我々は、ＤｉｓｃｏｖＥＨＲという人類遺伝学研究の参加者４６，５４４人から得たエキソーム配列データと電子的な健康記録を利用した。我々は、確立されている肝傷害バイオマーカー（血清中のアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパルテートアミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ））と関連のある遺伝的バリアントを特定して、慢性肝疾患と関連し得る候補を定めた。続いて、３つの追加コホート（１２，５２７人の個体）で再現したバリアント候補について、ＤｉｓｃｏｖＥＨＲと２つの独立コホート（合わせて３７，８９２人の個体）における慢性肝疾患の臨床診断との関連性を評価した。我々は、独立肥満外科手術コホート（ｎ＝２，３９１個のヒト肝臓試料）において、肝疾患の病理組織学的な重症度との関連性も調べた。
肝臓脂肪滴タンパク質１７－βヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ１３をコードするＨＳＤ１７Ｂ１３のスプライスバリアント（ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡ）は、ＡＬＴレベルの低下と再現可能に関連付けられた（Ｐ＝４．２×１０－１２）とともに、ＡＳＴレベルの低下と再現可能に関連付けられた（Ｐ＝６．２×１０－１０）。ＤｉｓｃｏｖＥＨＲにおいて、このバリアントは、アレル量依存的に、アルコール性肝疾患及び非アルコール性肝疾患のリスクの低下と関連付けられたとともに（それぞれのｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルに関連して、アルコール性肝疾患は３８％低下（９５％信頼区間（ＣＩ）：１９％～５２％）、非アルコール性肝疾患は１６％低下（９５％ＣＩ：９％～２２％））、肝硬変のリスクの低下と関連付けられ（それぞれのｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルに関連して、アルコール性肝硬変は４４％低下（９５％ＣＩ：２２～５９％）、非アルコール性肝硬変は２６％低下（９５％ＣＩ：１２％～３８％）、２つの独立コホートにおいて、関連性が確認された。ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは、非アルコール性脂肪肝炎（ＮＡＳＨ）の組織学的な特徴の重症度の低下と関連付けられた（それぞれのｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルに関連して、脂肪肝疾患の個体間で、２３％低下（９５％ＣＩ：１０％～３４％））。ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡにより、ステロイド基質に対する酵素活性の低下した不安定なトランケート型タンパク質が産生される。
ＨＳＤ１７Ｂ１３の機能欠損バリアントは、アルコール性肝疾患、非アルコール性肝疾患、及び脂肪肝からＮＡＳＨへの進行のリスクの低下と関連付けられた。
試験設計と参加者
ヒト遺伝子研究は、ＤｉｓｃｏｖＥＨＲ ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｅｎｔｅｒ ａｎｄ Ｇｅｉｓｉｎｇｅｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔｅｍ（ＧＨＳ）の一環として行った。２つのＤｉｓｃｏｖＥＨＲ試験集団（発見コホートと肥満外科手術コホート）は、ＧＨＳのＭｙＣｏｄｅ（登録商標）Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｈｅａｌｔｈ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅから得た１８歳以上の同意した最初の参加者５０，７２６人に由来していた。ＧＨＳ発見コホートは、２００７～２０１６年に外来のプライマリーケア外来と専門外来から採用した欧州人個体から、肥満外科手術コホートに採用した全員を除いた欧州人個体４６，５４４人から構成されていた。ＧＨＳ肥満外科手術コホートは、肥満外科手術のために受診した欧州人個体２，６４４人から構成されていた。
肝臓トランスアミナーゼとの関連性に関する再現試験には、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙから得た欧州人個体１，３５７人と、Ｐｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋから得た欧州人個体８，５２７人を含めた。Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙは、３０～６５歳のＤａｌｌａｓ Ｃｏｕｎｔｙ在住者からなる確率ベースの集団コホート研究である（Ｖｉｃｔｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｌ．，２００４；９３，１４７３－８０）。Ｐｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋには、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔｅｍから採用した参加者であって、生物試料の保管、ＥＨＲデータへのアクセス及び再度連絡することへの許可に同意した参加者が含まれる。
慢性肝疾患との関連性の再現試験には、Ｄａｌｌａｓ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＤＬＳ）から得た個体５１７人と、Ｄａｌｌａｓ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＤＰＬＳ）から得た個体４４７人を含めた。ＤＬＳは、ウイルス以外の病因の肝疾患である患者のバイオバンクである。採用は、２０１５年に１月に開始し、継続中である。参加者は、ＵＴ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ ａｎｄ Ｐａｒｋｌａｎｄ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｄａｌｌａｓの肝臓外来から採用した。参加者は、民族／人種背景、病歴、生活様式因子、ならびに肝疾患及びその他の疾患の家族歴に関する質問書に記入した。追加の臨床情報は、熟練技術者による医療記録から得た。我々は、今回の試験時にＤＮＡを入手可能なアフリカ系アメリカ人患者、ヨーロッパ系アメリカ人患者及びヒスパニック系アメリカ人患者の全員（ｎ＝５１７人）と、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙから得たコントロールを含めた。ＤＰＬＳは、ＵＴ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ ａｎｄ Ｐａｒｋｌａｎｄ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｄａｌｌａｓの小児肝臓外来と、Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｄａｌｌａｓの肥満症外来から採用したヒスパニック系小児のバイオバンクである。臨床情報は、熟練技術者による医療記録から得た。患者の９５％超がヒスパニック系アメリカ人であったので、我々は、ヒスパニック系アメリカ人患者とコントロールのみを今回の試験に含めた（ｎ＝患者２０５人、コントロール２３４人）。
発見コホートにおける臨床測定値と慢性肝疾患の定義
ＡＬＴとＡＳＴに関する臨床上のラボ測定値は、ＧＨＳ発見コホートと肥満外科手術コホートの参加者のＥＨＲから得た。参加者全員において、２つ以上の測定値で、ＡＬＴ値とＡＳＴ値の中央値を算出し、関連性解析の前に、ｌｏｇ１０変換して、分布を正規化した。
Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｎｉｎｔｈ Ｒｅｖｉｓｉｏｎ（ＩＣＤ－９）疾病診断コードをＥＨＲから抽出し、非ウイルス性非アルコール性肝疾患の症状定義の臨床疾患カテゴリー（ＩＣＤ－９ ５７１．４０、５７１．４１、５７１．４９、５７１．５、５７１．８、５７１．９）またはアルコール性肝疾患の症状定義の臨床疾患カテゴリー（ＩＣＤ－９ ５７１．０、５７１．１、５７１．２、５７１．３）に分類した。１つの診断コードに基づく追加の症状定義には、アルコール性肝硬変（ＩＣＤ－９ ５７１．２）、非アルコール性肝硬変（ＩＣＤ－９ ５７１．５）及びＨＣＣ（ＩＣＤ－９ １５５．０）を含めた。これらの症状定義では、肝疾患ではない共通のコントロール群（「肝疾患非罹患群」）は、症状基準が見られないか、または単回診察もしくはプロブレムリストの診断コードによって、いずれのタイプの肝疾患も示されていない参加者として定義した。
肥満外科手術コホートにおける肝臓組織病理学的な表現型の定義
ＧＨＳ肥満外科手術コホートは、ヨーロッパ民族の個体２，６４４人から構成させた。これらの個体の２，３９１人から、肥満外科手術中に、肝臓の楔状生検標本を採取した。これらの生検標本は一貫して、肝圧排または腹部の手術のいずれかの前に、鎌状間膜の左側１０ｃｍから採取した。これらの生検標本は、切片に分け、主な切片は、肝臓組織診断のために臨床病理医に送り（１０％中性緩衝ホルマリン中で固定し、常法の組織診断のために、ヘマトキシリン及びエオシンで染色し、線維症の評価のために、マッソントリクロームで染色した）、残りの切片は、研究用バイオバンクに保管した（ＲＮＡｌａｔｅｒ及び／または液体窒素中で凍結した）。肝臓組織診断は、脂肪肝グレード０（実質性病変が５％未満）、脂肪肝グレード１（実質性病変が５％～３３％未満）、脂肪肝グレード２（実質性病変が３４％～６６％未満）及び脂肪肝グレード３（実質性病変が６７％未満）、小葉炎症グレード０（病巣なし）、小葉炎症グレード１（軽度、２００倍視野で病巣が２個未満）、小葉炎症グレード２（中度、２００倍視野で病巣が２～４個）、小葉炎症グレード３（重度、２００倍視野で病巣が４個超）、線維症ステージ０（線維化なし）、線維症ステージ１（類洞周囲または門脈周囲の線維化）、線維症ステージ２（類洞周囲及び門脈周囲の線維化）、線維症ステージ３（架橋線維化）及び線維症ステージ４（肝硬変）という、ＮＡＳＨ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋのスコア化システム（Ｋｌｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２００５，４１，１３１３－２１）を用いて、熟練の病理医が行い、その後、２人目の熟練の病理医が再検討した。これらの組織学的診断を用いて、１）正常：脂肪肝、ＮＡＳＨまたは線維症のエビデンスなし、２）単純性脂肪肝：ＮＡＳＨまたは線維症のエビデンスのない脂肪症（グレードにかかわらない）、３）ＮＡＳＨ：小葉炎症もしくは肝細胞風船様腫大（グレードにかかわらない）のいずれかの存在、または線維症（ステージにかかわらない）のいずれかの存在、４）線維症：線維症（ステージにかかわらない）のいずれかの存在という表現型を定義した。
試料の調製、シークエンシング及びジェノタイピング
ＤｉｓｃｏｖＥＨＲ研究、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙ及びＰｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋの参加者のＤＮＡ試料の調製と全エキソームのシークエンシングは、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓで行った（Ｄｅｗｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｉｎ Ｐｒｅｓｓ，２０１６）。Ｄａｌｌａｓ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ及びＤａｌｌａｓ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７をＴａｑｍａｎアッセイによってジェノタイピングした（そして、５個体の各遺伝子型で、サンガーシークエンシングによって検証した）。
具体的には、ＮｉｍｂｌｅＧｅｎのプローブをメーカー推奨のプロトコール（Ｒｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ）に従って用いて、エキソームキャプチャーを行った。キャプチャーしたＤＮＡをＰＣＲで増幅し、ｑＲＴ－ＰＣＲ（Ｋａｐａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）によって定量した。その多重化した試料は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｖ４ ＨｉＳｅｑ ２５００で、７５ｂｐペアエンドシークエンシングを用いて、試料の９６％における標的塩基の８５％超の半数体リード深度を２０×超とするのに充分なカバレッジ深度までシークエンシングした（標的塩基の平均半数体リード深度は約８０×であった）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｉｓｅｑ２５００での各ランから得たシーケンス生データを、配列リードのアラインメントとバリアントの同定のために、ＤＮＡｎｅｘｕｓプラットフォーム（Ｒｅｉｄ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１４，１５，３０）にアップロードした。簡潔に述べると、シーケンス生データをＢＣＬファイルから試料固有のＦＡＳＴＱファイルに変換し、ＢＷＡ－ＭＥＭを用いて、このファイルをヒトリファレンスビルドＧＲＣｈ３７．ｐ１３にアラインメントした（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００９，２５，１７５４－６０）。Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｔｏｏｌｋｉｔを用いて、シングルヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）及び挿入／欠失（インデル）配列バリアントを特定した（ＭｃＫｅｎｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，２０１０，２０，１２９７－３０３）。
肝臓酵素及び慢性肝疾患の表現型のエキソームワイド関連性解析
我々は、線形混合モデルを用いて、欠落データ率が１％未満であり、Ｐ値＞１．０×１０－６でハーディー・ワインバーグ平衡が成立しており、マイナーアレル頻度が０．１％超である５０２，２１９個のバイアレルバリアントにおいて、トランスアミナーゼレベルとの関連性を調べた。ＧＨＳ発見コホートにおいて、トランスアミナーゼとエキソームワイドに有意な関連性を持つバリアントについて（ｐ＜１×１０－７）、我々は、上記のヨーロッパ系祖先の再現試験において、関連性解析とメタ解析を行った。我々は、試験を行うバリアントの数によって決定したボンフェローニの有意性閾値を用いて、関連性の再現性を定義した。発見試験と再現試験のメタ解析も行った。本明細書の文に報告されているＰ値はすべて、アレルモデルに対応している。
続いて、我々は、トランスアミナーゼと関連付けられたシングルヌクレオチドバリアントにおいて、慢性肝疾患の表現型との関連性を調べた。我々は、バリアントの数と、広範な慢性肝疾患カテゴリーによって決定したボンフェローニの有意性閾値を用いて、関連性の有意性を決定した。さらに、我々は、再現された新規バリアントにおいて、ＧＨＳ肥満外科手術コホートから病理組織学的に定義した肝臓表現型との関連性を調べた。我々は、再現された新規バリアントと、４０５個の定量的臨床測定値及び３，１６８件の臨床診断との関連性の現象ワイドな解析も行った。
具体的には、我々は、欠落データ率が１％未満であり、１．０×１０－６超のＰ値でハーディー・ワインバーグ平衡が成立し、マイナーアレル頻度が０．１％超であるバイアレルバリアント５０２，２１９個において、トランスアミナーゼレベルとの関連性を調べた。ｌｏｇ１０変換したＡＬＴとＡＳＴの中央値を年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び祖先系統の第１～第４主成分で調整した。また、我々は、試験参加者間の類縁性を考慮するために、遺伝的類縁性マトリックスを変量効果共変量として適合させた。主成分と遺伝的類縁性マトリックスのいずれも、概ね連鎖平衡な状態であるとともに、マイナーアレル頻度が０．１％超である３９，８５８個の非ＭＨＣマーカーから構築した。我々は、ＧＣＴＡパッケージ（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，８８，７６－８２）に実装されているような線形混合モデルを用いて、形質残差とシングルヌクレオチドバリアントとの関連性を調べた。本明細書の文に報告されているＰ値はすべて、アレルモデルに対応している。
我々は、ＧＨＳ肥満外科手術コホート、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙ及びＰｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋ（上記）という３つの別々のヨーロッパ系祖先のコホートにおいて、ＧＨＳ発見コホートにおける関連性を再現しようと努めた。ＧＨＳ肥満外科手術コホートとＰｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋから得たＡＬＴとＡＳＴの測定値をｌｏｇ１０変換し、年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び祖先系統の第１～第４主成分で調整した。遺伝的類縁性マトリックスを変量効果共変量として含め、ＧＣＴＡの線形混合モデルを用いて、解析を行った。Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙでは、ｌｏｇ１０変換したＡＬＴとＡＳＴの測定値を年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び祖先系統の第１～第１０主成分で調整し、ＰＬＩＮＫに実装されている線形回帰を用いて、解析を行った。ＭＥＴＡＬを用いて、３つの再現コホートの要約統計をメタ解析した（Ｗｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１０，２６，２１９０－１）（再現メタ解析）。発見コホートと３つの再現コホートの要約統計を同様にメタ解析した（共同メタ解析）。
慢性肝疾患の表現型との関連性解析
我々は、肝臓酵素のＥｘＷＡＳに由来するシングルヌクレオチドバリアントのうち、有意かつ再現された１３個のシングルヌクレオチドバリアントにおいて、上記のようにＧＨＳ発見コホートから定義した慢性肝疾患の表現型との関連性を解析した。我々は、Ｐ＜０．０５／２６（Ｐ＜１．９２×１０－３）というボンフェローニの有意性閾値を用いて、試験した１３個のバリアントと、２つの広範な慢性肝疾患カテゴリー（アルコール性慢性肝疾患及び非アルコール性慢性肝疾患）について検討した。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７バリアントにおいて、上記のようにＧＨＳ肥満外科手術コホートから病理組織学的に定義した肝臓表現型との関連性をさらに調べた。年齢、年齢の二乗、性別、ＢＭＩ及び祖先系統の第１～第４主成分で調整後、ロジスティック回帰のファースのペナルティ付き尤度の方法を用いて、オッズ比を推定した。同じ共変量を用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７に関して、遺伝子型のオッズ比を推定した。
ロジスティック回帰によって、ＤＬＳにおける肝疾患のオッズ比を推定し、年齢、年齢の二乗、性別、肥満度指数及び自己申告の民族性で調整した。Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙからの参加者で、ｒｓ７２６１３５６７の遺伝子型が利用可能な参加者を正常なコントロールとして使用した（ｎ＝４，２７９）。ＤＰＬＳにおけるオッズ比をロジスティック回帰によって推定した。
ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７の現象ワイド関連性解析
我々は、４０５個の定量的なＥＨＲ由来の身体測定値、バイタルサイン測定値、ラボ測定値、心電測定値、心エコー測定値及び骨密度測定値と、さらに３，１６８件のＥＨＲ由来の臨床診断によって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７の現象ワイドな関連性解析を行った。誤っている可能性の高い値（個体内中央値から３標準偏差超の値）を除外した後に、外来での連続的な測定値がある個体のラボ値の中央値を算出し、最大値と最小値も算出した。我々は続いて、年齢、年齢の二乗、性別及び祖先系統の第１～第１０主成分で調整後、すべての実験用形質の形質残差を算出し、関連性解析の前に、適切な変換を適用した。Ｄｅｎｎｙらの提案したグループ化（Ｄｅｎｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１３，３１，１１０２－１０及びＤｅｎｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１０，２６，１２０５－１０）の修正版を用いて、ＩＣＤ－９ベースの診断コードを階層的な臨床疾患群と、対応するコントロールに分類した。ＩＣＤ－９ベースの診断には、診断コードのプロブレムリストへの記載、または別の暦日における２回の別々の臨床診察で記録した診察診断コードのうちの１つ以上を必要とした。
線形回帰を用いて、変換した定量的臨床測定値残差との関連性の解析を行い、ロジスティック回帰を用いて、臨床診断との関連性の解析を行い、年齢、年齢の二乗、性別及び第１～第４主成分で調整した。相加モデル（参照アレルのホモ型では０、ヘテロ型では１、非参照アレルのホモ型では２）と、劣性モデル（参照アレルのホモ型とヘテロ型では０、非参照アレルのホモ型では１）の両方を用いて、アレルをコード化した。
ソフトウェア
遺伝子関連性解析は、ＧＣＴＡソフトウェア（バージョン１．２５．０７）とＰＬＩＮＫ（バージョン１．９．０）を用いて行った。分位点－分位点プロットとマンハッタンプロットは、Ｒソフトウェアバージョン３．２．１（Ｒ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ）を用いて作成した。領域関連プロットは、ＬｏｃｕｓＺｏｏｍ（Ｐｒｕｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１０，２６，２３３６－７）を用いて作成した。
ＲＮＡシークエンシング試験
全ＲＮＡをＡｇｉｌｅｎｔ ＲＮＡ Ｎａｎｏ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒのチップにかけることによって、ＲＮＡの品質と濃度を評価したところ、すべての試料のＲＮＡ ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ ｎｕｍｂｅｒ（ＲＩＮ）は８超であった。オリゴ（ｄＴ）２５ビーズ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いた濃縮を２ラウンド用いて、ポリアデニル化ＲＮＡ転写産物を単離した。試料を精製し、ＲＮＡｃｌｅａｎ ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で濃縮し、熱によって、およそ１４０塩基対まで断片化した。ランダムヘキサマーを用いて、逆転写酵素ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって第一鎖合成を完了させ、第二鎖合成の際に、ｄＴＴＰをｄＵＴＰに置き換えた。エキソームのために、上で言及した我々の標準的なＤＮＡライブラリー調製方法に従うとともに、ウラシル－ＤＮＡグリコシラーゼ工程を加えて、試料を処理して、鎖特異的なシークエンシングライブラリーを作製した。
新規ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物の同定と検証
ＡｒｒａｙＳｔｕｄｉｏ（登録商標）というソフトウェア（ＯｍｉｃＳｏｆｔ（登録商標），Ｃａｒｙ，ＮＣ）を用いて、リードをＨｕｍａｎ．Ｂ３８にマッピングしたところ、２つのミスマッチが認められた。２つのアプローチを用いて、新規ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を特定した。ＡｒｒａｙＳｔｕｄｉｏを用いて、Ｇｅｎｃｏｄｅ ｖ２４に基づき、新規エキソンジャンクションを発見した。Ｔｒｉｎｉｔｙ（ｖ２．２．０）をデフォルト設定で用いて、転写産物のデノボアセンブルを行った。カスタム遺伝子モデルを構築して、ＨＳＤ１７Ｂ１３の新規転写産物を組み込み、そのカスタム遺伝子モデルにリードをアラインメントすることによって、転写産物の量を推定した。同定したすべてのＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームのタンパク質配列アラインメントが、図７Ａ及び７Ｂに示されている。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（商標）Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ＰＣＲ ＳｙｓｔｅｍをＰｌａｔｉｎｕｍ（商標）Ｔａｑ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）とともに用いて、ヒト肝臓試料由来の全ＲＮＡに対して、ＲＴ－ＰＣＲを行った。ＲＴ－ＰＣＲ反応液５０μＬにはそれぞれ、１×Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｉｘと、フォワードプライマー及びリバースプライマー（ＰＳＴ５１６：ＡＴＧＡＡＣＡＴＣＡＴＣＣＴＡＧＡＡＡＴＣＣＴＴＣ（配列番号４８）及びＰＳＴ５１７：ＡＴＣＡＴＧＣＡＴＡＣＡＴＣＴＣＴＧＧＣＴＧＧＡＧ（配列番号４９））をそれぞれ５００ｎＭと、ＲＴ／Ｐｌａｔｉｎｕｍ Ｔａｑを１μＬと、ＲＮＡを７５ｎｇ含めた。サイクリング条件は、４５℃で３０分を１サイクル、９４℃で２分を１サイクル、９４℃で２０秒、５３℃で３０秒及び７２℃で９０秒を４０サイクル、７２℃で５分を１サイクル行った後、１０℃で静置するものであった。ＱＩＡｑｕｉｃｋ ＰＣＲ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて産物を精製し、プライマーのＤＥ００２（ＡＴＣＡＧＡＡＣＴＴＣ ＡＧＧＣＣＴＴＧＧ（配列番号５０））を用いた直接サンガーシークエンシングのために提出した。転写産物Ｂ及びＣを同定するために、ＳＹＢＲ ＧｏｌｄＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｏｌｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｇｅｌ Ｓｔａｉｎ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で染色した２％アガロースゲルにＲＴ－ＰＣＲ産物を流し、予想される分子量のバンドを切り出し、ＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて精製してから、ＴＯＰＯ（登録商標）ＴＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）によるクローニングを行った。Ｍ１３Ｆ及びＭ１３Ｒというシークエンシングプライマーを用いて、ＴＯＰＯクローンのシークエンシングを行った。Ｓｅｑｕｅｎｃｈｅｒ ＤＮＡという解析ソフトウェア（Ｇｅｎｅ Ｃｏｄｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を用いて、配列解析を行った。
Ｐｌａｔｉｎｕｍ Ｔａｑ Ｈｉｇｈ Ｆｉｄｅｌｉｔｙ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）とともに、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ Ｏｎｅ－ｓｔｅｐ ＲＴ－ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍによって、第一エキソン（ＧＣＡＡＡＧＣＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＡＴＣＣ（配列番号５１））と最後のエキソン（ＴＣＴＴＧＡＴＧＴＡＧＴＧＧＧＡＧＴＣＧＧＡＴＴ（配列番号５２））において遺伝子特異的プライマーを用いて、５０ｎｇの全ＲＮＡから完全長ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を直接増幅して、約２．２ｋｂのアンプリコン（最大予想サイズの転写産物）を作製した。
アンプリコンをＡｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒで検証した。ＰａｃＢｉｏ適合性のバーコード付きアダプターをアンプリコンにライゲーションして、ＰａｃＢｉｏ ＰＢビーズ（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で洗浄した。ライブラリーを等量でプールし、１つのＳＭＲＴセルで１８０分、ＰａｃＢｉｏ ＲＳＩＩプラットフォームでシークエンシングした。ＰａｃＢｉｏのソフトウェアｓｍｒｔａｎａｌｙｓｉｓ ｖ２．３のツールｌａｂｅｌｚｍｗを用いて、そのデータをデマルチプレックス化してから、ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＴｏｏｌｓ ＡｍｐｌｉｃｏｎＡｎａｌｙｓｉｓによって解析した。得られたアンプリコンをＨＳＤ１７Ｂ１３ ＲｅｆＳｅｑ遺伝子と比較して、アイソフォームと遺伝子型の状態を判定した。
ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームの細胞内局在
１０％ウシ胎仔血清を添加したイーグル最小必須培地で、ＨｅｐＧ２細胞を培養した。ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＤをＭｙｃ－ＤＤＫ骨格レンチウイルスコンストラクトにサブクローニングし、レンチウイルスを作製した。ＨｅｐＧ２細胞に、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を担持しているレンチウイルスを感染させた。各ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物を発現する安定な細胞株を２週間、完全培養培地中で１～３ｍｇ／ｍｌのジェネティシンＧ－４１８サルフェートによって選択した。固定後、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームをマウス抗Ｍｙｃ抗体で検出した。脂肪滴をＢＯＤＩＰＹ ＦＬ色素（Ｓｉｇｍａ）で標識した。免疫蛍光用の二次抗体は、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８ロバ抗ウサギＩｇＧとＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５９４ロバ抗マウスＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）であった。
ヒト肝臓生検組織と安定な細胞株におけるＨＳＤ１７１Ｂ３タンパク質の発現の定量
氷冷した１×ＲＩＰＡ溶解緩衝液（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）において、プロテアーゼとホスファターゼインヒビター混合物（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）の存在下で、ヒト肝臓と細胞ペレット試料をホモジナイズした。上清を回収し、ＢＣＡタンパク質アッセイ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を用いたタンパク質濃縮に用いた。ヒト組織と細胞溶解液をＳＤＳ／ＰＡＧＥゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）に流して分離し、ＰＶＤＦ膜（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）に転写した。０．１％Ｔｗｅｅｎ２０（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）を添加した１×ＴＢＳ中の５％（ｗｔ／ｖｏｌ）ミルクで、その膜を１時間ブロックした。ＨＳＤ１７Ｂ１３（１：２００、Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ）及びＢ－アクチン（１：５００、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）に対する抗体とともに、４℃で一晩、膜をインキュベートした。ＨＲＰコンジュゲート抗ウサギ抗体（１：１０，０００、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を用いて、結合した抗体を検出し、化学発光試薬（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を用いて増強した。Ｉｍａｇｅ Ｊというソフトウェアを用いて、バンド強度を定量した。
リアルタイム半定量ＰＣＲ
ＴＲＩｚｏｌ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて、細胞からＲＮＡを抽出した。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ ＲＴ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、第１鎖ｃＤＮＡを合成し、イントロンスパニングプライマーに基づく半定量ＰＣＲに用いた。ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ６ Ｆｌｅｘ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍを用いて、転写産物の発現レベルを測定した。ＨＳＤ１７Ｂ１３とＴＢＰのプライマーは、ＩＤＴ（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）から取り寄せた。ΔΔＣｔ法によって、相対的な遺伝子発現量を解析して、ハウスキーピング遺伝子ＴＢＰに対して正規化した、発現の倍数変化（ΔＣｔ）を求めた。
脂肪滴の単離とウエスタンブロットによる特徴付け
以前報告されたようにして（Ｂｒａｓａｅｍｌｅ ＤＬ，Ｗｏｌｉｎｓ ＮＥ．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｉｐｉｄ ｄｒｏｐｌｅｔｓ ｆｒｏｍ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｄｅｎｓｉｔｙ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｔｉｏｎ，Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ ｃｅｌｌ ｂｉｏｌｏｇｙ ２００６；Ｃｈａｐｔｅｒ ３：Ｕｎｉｔ ３ １５及びＤｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２０１３，８，４３－５１）、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ（ＩｓｏＡ）または転写産物Ｄ（ＩｓｏＤ）を安定的に発現するＨｅｐＧ２細胞から、脂肪滴を調製した。簡潔に述べると、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ＩｓｏＡ、ＩｓｏＤまたは親系統を安定的に発現するＨｅｐＧ２細胞を一晩、１ｍＭのオレイン酸とともにインキュベートした。脂質負荷後、細胞をかきとり、１×Ｈａｌｔ（商標）プロテアーゼ／ホスファターゼインヒビター（Ｔｈｅｒｍｏ）を添加した低張性溶解緩衝液（２０ｍＭのトリス、ｐＨ７．５、１ｍＭのＥＤＴＡ）に再懸濁し、５０バールで８分キャビテーションをもたらすことによって溶解させた。溶解液を１０００ｇ／４℃で１０分遠心分離し、その核除去後上清（ＰＮＳ）を超遠心チューブにおいてスクロースと混合して、終体積２ｍＬ及び濃度２０％にした。続いて、その溶解液の上に、５％スクロースを１．５ｍＬと、低張性溶解緩衝液をさらに１．５ｍＬ重層した。チューブを１８２，０００ｇ／４℃で４０分遠心分離し、脂肪滴（ＬＤ）層を新しいチューブに移した。チューブの残部を吸引除去し、ペレット状部分（全膜画分、ＴＭ）を０．５ｍＬの低張性溶解緩衝液に再懸濁した。ＰＮＳ画分、ＬＤ画分及びＴＭ画分を１×放射性免疫沈降（ＲＩＰＡ）緩衝液（ＥＭＤ）＋ＮｕＰＡＧＥ（商標）ＬＤＳ Ｓａｍｐｌｅ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ）及びβ－メルカプトエタノールと混合し、３時間、３７℃で超音波処理した。ＴＭ溶解液は、２．５倍に希釈して、ＰＮＳに合わせた。溶解液を４～２０％のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル（Ｂｉｏｒａｄ）に流し、Ｔｒａｎｓ－Ｂｌｏｔ（Ｂｉｏｒａｄ）を用いて低蛍光ＰＶＤＦ膜に転写し、Ｏｄｙｓｓｅｙ ＴＢＳ Ｂｌｏｃｋｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒにおいて１時間ブロックした。膜を一晩、α－ＨＳＤ１７Ｂ１３（Ａｂｇｅｎｔ、カタログ番号ＡＰ５７２９ａ、１：５００）、ＬＤマーカー：α－ＡＤＲＰ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ、１５２－９４－１－ＡＰ、１：２５００）、ＬＤマーカー：α－ＴＩＰ４７（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ、１０６９４、１：２０００）、リソソームマーカー：α－ＬＡＭＰ１（Ｎｏｖｕｓ、ＮＢＰ２－２５１８３、１：１０００）、細胞質マーカー：α－ＧＡＰＤＨ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ、６０００４－１－Ｉｇ、１：２０００）、小胞体マーカー：α－カルレティキュリン（Ａｂｃａｍ、ａｂ９２５１６、１：１０００）、ミトコンドリアマーカー：α－ＣＯＸ ＩＶ（Ａｂｃａｍ、ａｂ３３９８５、１：５００）、細胞骨格マーカー：α－アクチン（Ｓｉｇｍａ、Ａ５４４１、１：４０００）という抗体とともにインキュベートした。翌日、膜をトリス緩衝食塩液＋０．１％Ｔｗｅｅｎで４回洗浄してから、ＩＲＤｙｅ（登録商標）α－ウサギ（８００ＣＷ）（希釈倍率１：５，０００）とα－マウス（６８０ＲＤ）二次抗体（Ｌｉ－Ｃｏｒ）（希釈倍率１：１０，０００）を含むブロッキング緩衝液とともに、１時間、室温でインキュベートした。ゲルをＴＢＳＴで再度洗浄し、Ｏｄｙｓｓｅｙを用いてイメージングした。
細胞内トリグリセリド量の定量
トリグリセリド定量キット（Ａｂｃａｍ）を用いて、安定な細胞から得られたＴＧ量を割り出した。このアッセイでは、ＴＧを遊離脂肪酸とグリセロールに変換する。続いて、そのグリセロールを酸化して、生成物を作製し、それを定量する（λ＝５７０ｎＭでの分光測光法）。
精製組み換えＨＳＤ１７Ｂ１３に対するステロイド及び生物活性脂質ライブラリーの基質スクリーニング
５００μＭのＮＡＤ＋、５μＭの生物活性脂質または５０μＭのステロイド（すべて、終濃度５％のＤＭＳＯ中）及び１００ｎｇの組み換えヒトＨＳＤ１７Ｂ１３を含む終体積４０μｌのアッセイ緩衝液（０．２Ｍのトリス－ＨＣｌ、ｐＨ７．５）において、反応を行った。反応物を３時間、２３℃でインキュベートした後、等体積のＮＡＤＨ－Ｇｌｏ検出試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を加えた。１時間、２３℃でインキュベート後、Ｅｎｖｉｓｉｏｎ Ｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）で相対発光値（ＲＬＵ）を測定した。コントロールに対する割合（ＰＯＣ）（％）＝１００×（試料（ＲＬＵ）－ネガティブコントロール平均）／（ポジティブコントロール平均－ネガティブコントロール平均）という式を用いて、ネガティブコントロール（５％ＤＭＳＯ）を減じた後のコントロール（５０μＭのエストラジオール）に対する割合（％）として、生ＲＬＵ値を正規化した。
ＨＳＤ１７Ｂ１３酵素活性のインビトロ及び細胞での特徴付け
ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａまたは転写産物Ｄを保有するプラスミドＤＮＡによってトランスフォーメーションしたＥ．ｃｏｌｉ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）から、組み換えヒトＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質を精製した。そのＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントには、Ｃ末端に１０ｘＨｉｓタグを含め、可溶性画分から、Ｎｉ２＋アフィニティー精製を用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントを精製した。ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ－Ｇｌｏ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてＮＡＤＨの産生を測定することを通じて、酵素活性を割り出した。反応は、３時間、２５℃で、０．２Ｍのトリス－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、０．５ｍＭのＮＡＤ＋、７５μＭの基質（Ｓｉｇｍａ）及び５００ｎｇの精製酵素において、終体積１００μＬで行った。インキュベート後、２０μＬの反応液を２０μＬのルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）と合わせ、室温で１時間インキュベートし、Ｅｎｖｉｓｉｏｎ Ｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）で測定した。
ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ、転写産物Ｄまたは緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ、コントロール）を過剰発現するＨＥＫ２９３細胞を用いて、細胞ベースのアッセイにおいて、エストラジオールに対するＨＳＤ１７Ｂ１３の活性を調べた。エストラジオール（１μＭ）を各タイプの細胞に供給した。４８時間後、培地を回収し、エストラジオールとその変換生成物のエストロンの濃度を特定し、ＬＣ－ＭＳによって定量した。
エキソンバリアントと、アスパルテートアミノトランスフェラーゼ及びアラニンアミノトランスフェラーゼとの関連性
我々は、ＤｉｓｃｏｖＥＨＲ研究から得たヨーロッパ民族の４６，５４４人の個体（「ＧＨＳ発見コホート」、表１の基本的デモグラフィック）における５０２，２１９個のバイアレル単一遺伝子バリアントと、血清中ＡＬＴレベルまたは血清中ＡＳＴレベルとの関連性を調べた。１９個の遺伝子における合計３５個のバリアントが、Ｐ＜１．０×１０－７で、ＡＬＴまたはＡＳＴと関連することが分かった（図１Ａ及び１Ｂ、ならびに表２）。我々は、１）ＤｉｓｃｏｖＥＨＲから得た肥満外科手術患者（ｎ＝２，６４４）（「ＧＨＳ肥満外科手術コホート」）、２）Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙから得た１，３５７人の個体及び３）Ｐｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋから得た８，５２６人の個体という、ヨーロッパ系祖先の個体の３つのコホートで再現試験を行った。この再現コホートのメタ解析では、９個の遺伝子における１３個のバリアントが、ＡＬＴまたはＡＳＴの血清中レベルと有意に関連付けられた（調べた３５個のバリアントにおけるボンフェローニの有意性閾値：Ｐ＜１．４３×１０－３、表３）。これらのバリアントには、トランスアミナーゼレベルの上昇と関連があると以前報告されたバリアント（ＰＮＰＬＡ３７、ＴＭ６ＳＦ２１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２２、ＳＡＭＭ５０２３及びＥＲＬＩＮ１２４など）が含まれていた。ＳＥＲＰＩＮＡ１は、α－１－アンチトリプシン（その機能欠損は、肝疾患の原因となる）をコードし、ＳＡＭＭ５０との関連性は、ＰＮＰＬＡ３のバリエーションとの連鎖不均衡を介して媒介され、ＥＲＬＩＮ１は、肝脂肪沈着に関与している。我々は、肝疾患と関連があることがこれまで報告されなかったバリアントも同定した。これらのバリアントには、ＧＰＴ（ＡＬＴをコードする遺伝子）、ＧＯＴ１（ＡＳＴをコードする遺伝子）及びＳＬＣ３９Ａ１２（溶質キャリアファミリー３９メンバー１２をコードする）のいくつかのバリアントが含まれた。
我々は、ＨＳＤ１７Ｂ１３（ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（１７－βヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼファミリーのうちの特徴付けられていないメンバー）をコードする遺伝子）のバリアントと、ＡＬＴレベルの低下との再現性のある関連性（発見時のＰ＝４．２×１０－１２、再現時のＰ＝１．７×１０－４）及びＨＳＤ１７Ｂ１３のバリアントと、ＡＳＴレベルの低下との再現性のある関連性（発見時のＰ＝６．２×１０－１０、再現時のＰ＝１．７×１０－４、表３）も特定した。関連付けられたバリアント（ｒｓ７２６１３５６７）は、エキソン６のドナースプライス部位に隣接してアデニンが挿入されたもの（ＴＡアレル）であり、そのアレル頻度は、ＧＨＳ発見コホートにおいて２６．０％であった。以前、Ｃｈａｍｂｅｒｓらは、４ｑ２２において、ＡＬＴレベルと関連のある、近い座位（ｒｓ６８３４３１４）を同定し（Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，４３，１１３１－１１３８，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｇ．９７０）、これまで、ｒｓ７２６１３５６７は、トランスアミナーゼレベルと関連のあることが報告されたことはない。ＨＳＤ１７Ｂ１３は、同じ遺伝子ファミリーの別のメンバーであるＨＳＤ１７Ｂ１１の３０ｋｂ上流にある。我々は、発見コホート（図５Ａ及び５Ｂ）において、または発見コホートと３つの再現コホートとの共同メタ解析において、ＨＳＤ１７Ｂ１１のコーディングバリアントまたはスプライスバリアントと、トランスアミナーゼレベルとのエキソームワイドに有意な関連性を観察しなかった。さらに、ＨＳＤ１７Ｂ１１のバリアントと、ｒｓ７２６１３５６７の連鎖不均衡は、すべての祖先系統群にわたって中程度であった（すべての祖先系統群において、確認されたすべてのＨＳＤ１７Ｂ１１バリアントとのｒ２は０．４未満であった）。勘案すると、これらの所見によって、ＨＳＤ１７Ｂ１３は、トランスアミナーゼレベルに機能的に関連している可能性が非常に高いゲノム領域の遺伝子として示唆されている。
表１．発見コホートと再現コホートから得たヨーロッパ系祖先の個体のうち、シークエンシングした個体のデモグラフィック及び臨床特徴
表２．発見コホートにおいて、Ｐ＜１．０×１０－７で、血清中トランスアミナーゼレベルと関連付けられたシングルヌクレオチドバリアント
表２（続き）

＊ＡＬＴとＡＳＴの両方とエキソームワイドに有意な関連性のあるバリアントを示している。
略記：ＡＡＦ：バリアントアレル頻度、Ａｌｔ：バリアントアレル、ＡＬＴ：アラニンアミノトランスフェラーゼ、ＡＳＴ：アスパルテートアミノトランスフェラーゼ、Ｒｅｆ：参照アレル、ＳＥ：標準誤差
表３．３つの別々のヨーロッパ系祖先のコホートにおける発見コホートから得たエキソームワイドに有意なシングルヌクレオチドバリアント３５個の再現及び共同メタ解析
表３（続き）
表３（続き）
＊Ｐ＜１．４３×１０－３というボンフェローニの有意性閾値をＰ値が満たしていることを示している。
＊＊再現メタ解析には、ＧＨＳ肥満外科手術コホート、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙ及びＰｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋという３つの再現コホートが含まれる。
＊＊＊共同メタ解析には、ＧＨＳ発見コホート、ＧＨＳ肥満外科手術コホート、Ｄａｌｌａｓ Ｈｅａｒｔ Ｓｔｕｄｙ及びＰｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｂｉｏｂａｎｋという発見コホート及び３つの再現コホートが含まれる。
略記：ＡＡＦ：バリアントアレル頻度、Ａｌｔ：バリアントアレル、ＡＬＴ：アラニンアミノトランスフェラーゼ、ＡＳＴ：アスパルテートアミノトランスフェラーゼ、Ｒｅｆ：参照アレル、ＳＥ：標準誤差、ａｎｎ：アノテーション、ｍｉｓ：ミスセンス、ｓｙｎ：同義、ｓｐｌ：スプライスドナー、ｓｔｏｐ：停止コドンの生成、ｆｓ：フレームシフト、ｉｎｆ：インフレームインデル
エキソンバリアントと、慢性肝疾患の臨床診断との関連性
次に、我々は、発見コホートと再現コホートで明らかになった９個の遺伝子においてトランスアミナーゼと関連づけられたバリアント１３個と、慢性肝疾患（アルコール性肝疾患及び非アルコール性（非ウイルス性）肝疾患を含む）と、最も進行した形の慢性肝疾患（アルコール性肝硬変、非アルコール性肝硬変及び肝細胞癌（ＨＣＣ））との関係を解析した。我々は、試験した１３個のバリアントにおいて、Ｐ＜１．９２×１０－３というボンフェローニの有意性閾値を用いて、５個の遺伝子（ＨＳＤ１７Ｂ１３、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＰＮＰＬＡ３及びＳＡＭＭ５０）における６個のバリアントと、慢性肝疾患の表現型との間に、有意な関連性を見出した（表４）。ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＴＭ６ＳＦ２、ＰＮＰＬＡ３及びＳＡＭＭ５０の関連性によって、以前報告された関連性が確認される。発見コホートでは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは、アレル量依存的に、ＥＨＲ由来の全カテゴリーのアルコール性肝疾患と非アルコール性肝疾患の両方のオッズ比の低下と関連付けられた（図２Ａ）（全カテゴリーのアルコール性肝疾患：ヘテロ型のオッズ比（ＯＲｈｅｔ）（９５％信頼区間）：０．５８（０．４２－０．８０）、ホモ型のＯＲ（ＯＲｈｏｍ）：０．４７（０．２３－０．９７）、アレルのＯＲ（ＯＲａｌｌｅｌｉｃ）：０．６２（０．４８－０．８１）、Ｐ＝１．８×１０－４、全カテゴリーの非アルコール性肝疾患：ＯＲｈｅｔ：０．８３（０．７５－０．９２）、ＯＲｈｏｍ：０．７０（０．５７－０．８７）、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．８４（０．７８－０．９１）、Ｐ＝１．３×１０－５）。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは、アルコール性肝硬変と非アルコール性肝硬変のオッズ比の低下とも関連付けられ、アルコール性肝硬変のオッズ比は、ヘテロ型では４２％低下し、ホモ型では７３％低下し（ＯＲｈｅｔ：０．５８（０．３９－０．８６）、ＯＲｈｏｍ：０．２７（０．０９－０．８５）、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．５６（０．４１－０．７８）、Ｐ＝３．４×１０－４）、非アルコール性肝硬変のオッズ比は、ヘテロ型では２６％低下し、ホモ型では４９％低下した（ＯＲｈｅｔ：０．７４（０．６０－０．９３）、ＯＲｈｏｍ：０．５１（０．３１－０．８５）、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７４（０．６２－０．８８）、Ｐ＝４．５×１０－４）。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは名目上、ＨＣＣのオッズ比の低下とも関連付けられた。
我々は、これらの所見を多民族のＤａｌｌａｓ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＤＬＳ）とＤａｌｌａｓ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＤＰＬＳ、表５）において確認及び拡張しようとした。ＤＬＳにおいて、ＴＡアレルは、アレル量依存的に、すべての肝疾患のオッズ比の低下と関連付けられた（ＯＲｈｅｔ：０．７４（０．５７－０．９７）、ＯＲｈｏｍ：０．４１（０．２１－０．８３）、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７０（０．５－０．８８）、Ｐ＝１．８×１０－３、図２Ｂ）。同様の作用は、進行性の肝硬変型のアルコール性肝疾患との保護的関連性（ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７２（０．５３－０．９９）、Ｐ＝４．４×１０－２）と、非アルコール性肝疾患との保護的関連性（ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．６５（０．４０－１．０７）、Ｐ＝９．０×１０－２）を含め、ＥＨＲ由来の肝疾患のサブタイプの全体にわたって観察された。自己申告の民族性によってグループ化した個体のサブセット解析では、肝疾患との関連性は、ヒスパニック系アメリカ人において有意であった（ｎ＝ケース３２６、コントロール７２２、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．５１（０．３５－０．７４）、Ｐ＝４．０×１０－４）とともに、同様の数値的傾向（統計的有意性は得られなかった）が、アフリカ系アメリカ人のＤＬＳサブセットにおいても（ｎ＝ケース３３、コントロール２，２９１、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７４（０．２５－２．４７）、Ｐ＝０．６７）、ヨーロッパ系アメリカ人のＤＬＳサブセットにおいても（ｎ＝ケース１５８、コントロール１，２６６、ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．８７（０．６５－１．１５）、Ｐ＝０．３２）見られた。ＤＰＬＳ（ヒスパニック系アメリカ人の小児の肝疾患患者と肥満のコントロールの別の試験）でも、ＴＡアレルが、肝疾患のオッズ比の低下と関連付けられた（ＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．６１（０．３７－０．９９）、Ｐ＝４．６×１０－２）。したがって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは、３つの独立集団の成人と小児において、複数の形態の慢性肝疾患（肝硬変を含む）のオッズ比の低下と関連付けられた。
表４．発見コホートにおける、エキソームワイドで有意な再現性のシングルヌクレオチドバリアント１２個と、肝疾患表現型との関連性
＊Ｐ＜２．０８×１０－３というボンフェローニの有意性閾値をＰ値が満たしていることを示している。
表４（続き）
表５．Ｄａｌｌａｓ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙ及びＰｅｄｉａｔｒｉｃ Ｌｉｖｅｒ Ｓｔｕｄｙから得た多民族のケースとコントロールのうち、ジェノタイピングしたケースとコントロールのデモグラフィックと臨床特徴
ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡと肝臓病態との関連性
ＮＡＦＬＤは、顕著な炎症のエビデンスのない肝脂肪蓄積（単純性脂肪肝）から、より臨床的影響の大きいＮＡＳＨまでに及ぶ疾患スペクトラムを示す。我々は、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡとＥＨＲ由来の肝疾患診断コードとの関連性を確認するとともに、ＮＡＳＨへの脂肪肝の病理組織学的進行との関連性をさらに理解するために、ＧＨＳ肥満外科手術コホートにおいて、関連性の試験を行った。全エキソームシークエンシングした個体のうち、肥満外科手術時に肝生検によって評価した２，３９１人のこのコホートにおいては、合計５５５人（２３％）の個体で、脂肪肝、脂肪肝炎または線維症のエビデンスが見られず（「正常」）、８３０人（３５％）で単純性脂肪肝が見られ、１００６人（４２％）でＮＡＳＨが見られた。遺伝子型による、正常な肝臓、単純性脂肪肝及びＮＡＳＨの存在率を比較したところ、正常な肝臓の存在率には、遺伝子型による違いがないようであったが（Ｔ／Ｔキャリアでは２３％、Ｔ／ＴＡキャリアでは２４％及びＴＡ／ＴＡキャリアでは２３％、比率のトレンドに関するカイ二乗検定によるＰ＝０．５）、各ＴＡアレルでは、ＮＡＳＨの存在率は低下し（Ｔ／Ｔキャリアでは４５％、Ｔ／ＴＡキャリアでは４０％及びＴＡ／ＴＡキャリアでは３１％、Ｐ＝１．６×１０－４）、単純性脂肪肝の存在率は向上した（Ｔ／Ｔキャリアでは３３％、Ｔ／ＴＡキャリアでは３５％、ＴＡ／ＴＡキャリアでは４７％、Ｐ＝１．１×１０－３）（図３Ａ）ことが観察された。脂肪肝の個体間では、ＴＡアレルは、ＮＡＳＨと線維症の両方のオッズ比が、単純性脂肪肝と比べて、アレル量依存的に、統計的に有意に低下することと関連付けられた（ＮＡＳＨのＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７７（０．６６－０．９０）、Ｐ＝６．５×１０－４、線維症のＯＲａｌｌｅｌｉｃ：０．７４（０．６２－０．８８）、Ｐ＝４．１５×１０－４、図３Ｂ）。勘案すると、これらのデータによって、ＮＡＦＬＤが単純性脂肪肝から、より進行したステージのＮＡＳＨ及び線維症に進行するのを媒介する際のＨＳＤ１７Ｂ１３の役割が示唆されている。
ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡと、臨床定量形質及び診断との関連性
我々は、このＨＳＤ１７Ｂ１３スプライスバリアントの臨床的帰結をさらに総合的に調べるために、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡと、４０５個の定量的なＥＨＲ由来の身体測定値、バイタルサイン測定値、ラボ測定値、心電測定値、心エコー測定値及び骨密度測定値、ならびに、３，１６８個のＥＨＲ由来の臨床診断との現象ワイドな関連性解析を行った。我々は、定量的臨床測定値との関連性では１．２３×１０－４、臨床診断との関連性では１．５８×１０－５というボンフェローニの有意性閾値を用いて、肝トランスアミナーゼとの関連性に加えて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルと血小板数の上昇との統計的に有意な関連性を特定した（表６）。慢性肝疾患以外の臨床診断との統計的に有意な関連性は見られなかった（ＯＲ（９５％ＣＩ）＝０．８８（０．８４－０．９３）、Ｐ＝９．１４×１０－６、ＡＡＦ＝０．２６３、ケース合計数＝４０３１、Ｔ／Ｔ＝２３３１、Ｔ／ＴＡ＝１４４９、ＴＡ／ＴＡ＝２５１、コントロール合計数＝３５７０１、Ｔ／Ｔ＝１９２３８、Ｔ／ＴＡ＝１３９８４、ＴＡ／ＴＡ＝２４７９）。
表６．ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡと定量的臨床測定値との現象ワイドな関連性解析
ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡ及びＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡの作用
我々は次に、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の既知及び新規の転写産物の発現に対するＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルの作用を調べた。我々は、ＲＮＡシークエンシングを用いて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７スプライスバリアントのＴ／Ｔホモ型キャリア２２人、Ｔ／ＴＡヘテロ型キャリア３０人及びＴＡ／ＴＡホモ型キャリア１７人から得た組織学的に正常な肝臓試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｍＲＮＡの発現を評価した。２つの既知のＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ａ及びＢに加えて、２つの新規な転写産物（エキソン６が欠損している転写産物Ｃと、エキソン６の３’末端にグアニンヌクレオチドの挿入を含む転写産物Ｄ（タンパク質の早期トランケーションをもたらすと予想される））を特定した。４つの追加的な転写産物（Ｅ～Ｈ）が非常に低レベルで発現した（図６Ａ、６Ｂ、６Ｃ、６Ｄ、６Ｅ、６Ｆ、６Ｇ及び６Ｈ）。これらの転写産物をＲＴ－ＰＣＲ及びサンガーシークエンシングによって検証した。ロングリードｃＤＮＡシークエンシングを用いて、Ｄ転写産物も検証した。同定されたすべてのＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォーム（Ａ～Ｈ）のタンパク質配列アラインメントは、図７Ａ及び７Ｂに示されている。これらの転写産物の発現レベルは、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７の遺伝子型によって異なり、各ＴＡアレルでは、転写産物Ａ及びＢのレベルは低下したのに対し、転写産物Ｃ及びＤのレベルは、アレル量依存的に上昇した（図４Ａ）。Ｔ／Ｔホモ型では、３００個のアミノ酸の完全長タンパク質をコードする転写産物Ａが主な転写産物であったのに対して、ＴＡ／ＴＡホモ型では、早期トランケート型タンパク質をコードする転写産物Ｄが主な転写産物であった。ヒト肝臓生検組織では、トランケート型アイソフォームＤタンパク質は、ヘテロ型とＴＡ／ＴＡホモ型には最小限しか存在せず、アイソフォームＡタンパク質の存在量は、アレル量依存的に減少した（図４Ｂ～４Ｃ）。ＨＥＫ２９３細胞におけるアイソフォームＡ及びＤの異種発現によって、ｍＲＮＡの発現量に対するアイソフォームＤの存在量が少ないことが示され、アイソフォームＡと比べると、Ｄアイソフォームが不安定なことが示唆されている（図８）。これらのデータは、ｍＲＮＡスプライシングを改変して、その結果、ヒト肝臓において、トランケート型タンパク質を実質的に減少した発現量で合成させるＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７と整合している。
ヒト肝細胞におけるＨＳＤ１７Ｂ１３の発現
ＨＳＤ１７Ｂ１３は主に肝臓で発現し（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｐｏｌ．２００７，５４，２１３－２１８）、肝臓においては、ＨＳＤ１７Ｂ１３は脂肪滴に局在し（Ｓｕ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２０１４，１１１，１１４３７－１１４４２，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１４１０７４１１１１）、脂肪肝疾患の発症機序における役割と整合している。我々は、ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物ＡまたはＤを発現するレンチウイルスで安定的にトランスダクションした不死化ヒト肝細胞株において、ＨＳＤ１７Ｂ１３の発現と、その局在を評価した。ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡは主に、ＢＯＤＩＰＹ標識脂肪滴を取り囲んでいる膜上で検出された（図４Ｄ）。ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤについても、同様の細胞内局在が脂肪滴表面で観察された（図４Ｄ及び図９）。ＧＦＰコントロール、またはＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡもしくはＤを過剰発現する細胞株のオレイン酸処置では、細胞内トリグリセリド量の差は観察されなかった（図１０）。
インビトロ及び細胞モデルにおける、ＨＳＤ１７Ｂ１３活性に対するｒｓ７２６１３５６７：ＴＡの作用
我々は、ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡによる、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の早期トランケーションの機能的帰結を理解するために、組み換えタンパク質及びニコチンアミドアデノシンジヌクレオチドを補因子として用いて、インビトロでのアイソフォームＡ及びＤの酵素活性を評価した。我々は、２６５個の特有の推定基質を試験し、ＨＳ１７Ｂ１３の酵素基質として、ステロイド基質と生物活性脂質（例えばロイコトリエンＢ４）を特定した。続いて、エストラジオールの酵素変換（ヒドロキシルをケトン基に酸化させる）におけるＨＳＤ１７Ｂ１３の酵素活性を特徴付けることに重点を置いた（図１１におけるＶｍａｘ及びＫｍ値）。ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤでは、インビトロの酵素変換アッセイ（図４Ｅ）及び細胞ベースの酵素変換アッセイ（図４Ｆ）において、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＡと比べて、エストラジオールに対する活性の大幅な低下が見られた。
我々は、大規模なエキソームシークエンシングをＥＨＲ由来の臨床表現型に結び付けることによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３のスプライスバリアントと、血清中トランスアミナーゼレベルの低下、ならびに非アルコール性型及びアルコール性型の肝疾患リスクの低下との新規な関連性を特定した。これらの関連性は、４つの独立コホートにおいて、かつ数種類の肝疾患カテゴリー（進行性肝硬変型の肝疾患及びＨＣＣを含む）にわたって一貫して観察された。ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルは、単純性脂肪肝とは関連付けられなかったが、ＮＡＳＨ及び線維症のリスクの低下と関連付けられたことから、このバリアントアレルは、臨床的にさらに進行した段階の慢性肝疾患への進行から保護されることが示唆されている。現象ワイド関連性解析において、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡは、慢性肝疾患以外の臨床診断または測定値と、関連臨床測定値（肝トランスアミナーゼ及び血小板数）とは有意に関連付けられなかったことから、このバリアントアレルの臨床的作用は、慢性肝疾患に特異的である可能性が示唆されている。
他のヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼファミリーメンバーは、性ステロイド及び脂肪酸の代謝に関わっている（Ｍｏｅｌｌｅｒ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．，２００９，３０１，７－１９，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｍｃｅ．２００８．１０．０４０）が、ＨＳＤ１７Ｂ１３の機能については、ほとんど分かっていない。以前、ＨＳＤ１７Ｂ１３の過剰発現によって、マウス肝臓における脂質生成が増大し、培養肝細胞における脂肪滴の数が増大し、そのサイズが拡大することが示された（Ｓｕ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２０１４，１１１，１１４３７－１１４４２，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１４１０７４１１１１）。過去の２つの研究によって、脂肪肝の患者において、ＨＳＤ１７Ｂ１３タンパク質の肝発現が増加することも示された（Ｓｕ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２０１４，１１１，１１４３７－１１４４２，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１４１０７４１１１１、Ｋａｍｐｆ ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ．，２０１４，２８，２９０１－２９１４，ｄｏｉ：１０．１０９６／ｆｊ．１４－２５０５５５）。我々のデータによって、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームのいずれも、脂肪滴膜上で発現するが、細胞内中性脂肪量を調節しないようであることが示唆されており、これは、ヒトにおいて、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡと単純性脂肪肝との関連性がないことを映し出す所見である。ＨＳＤ１７Ｂ１３の生理的基質は分かっていないが、酵素試験によって、ＨＳＤ１７Ｂ１３ ｒｓ７２６１３５６７：ＴＡアレルによってコードされるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームが、エストラジオールに対して触媒的に作用しないことが示されている。現時点では、試験したいずれかの基質が肝疾患にとって重要であるかは不明であるが、以前（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２０１５，２１，２３９－２４７，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ．３８００）、脂質の媒介による炎症に結び付けられたいくつかの生物活性脂質種（例えばロイコトリエンＢ４）に対する酵素活性が、ＨＳＤ１７Ｂ１３にあることは興味深い。
他の領域における新たな治療剤の実現へと導いてきた遺伝的バリアントと同様に、このＨＳＤ１７Ｂ１３バリアントは、慢性肝疾患を標的とする新たな治療策の実現への道筋を示し得る。我々のデータによって、肝疾患が脂肪肝から後期のＮＡＳＨ、線維症及び肝硬変（これらは、重大な病的状態と死亡と関連付けられているとともに、現在、これらに対する有効な治療法は存在しない）に進行するのをＨＳＤ１７Ｂ１３が調節することが示されている。

Claims (26)

  1. ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の連続するヌクレオチドを含む核酸分子であって、ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームタンパク質の発現に使用するための核酸分子において、前記連続するヌクレオチドが、配列番号２によって表される配列を含むとともに配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有する、核酸分子。
  2. ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの配列番号４２によって表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
  3. 前記核酸分子は、そのヌクレオチド配列が配列番号６によって表されるＲＮＡであるか、またはそのヌクレオチド配列が配列番号２４によって表されるそのｃＤＮＡであるか、あるいは、前記核酸分子はそのヌクレオチド配列が配列番号１５によって表されるｍＲＮＡであるか、またはそのヌクレオチド配列が配列番号３３によって表されるそのｃＤＮＡである、請求項２に記載の核酸分子。
  4. 前記核酸分子は、そのヌクレオチド配列が配列番号６によって表されるＲＮＡであるか、またはそのヌクレオチド配列が配列番号２４によって表されるそのｃＤＮＡである、請求項２に記載の核酸分子。
  5. 請求項１～４のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
  6. 請求項１～４のいずれか一項に記載の核酸分子を含む細胞。
  7. 配列番号２の１２６６６位に対応する位置を含む領域で、ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子もしくはその相補体に特異的にハイブリダイズされることができるものである１５～５０ヌクレオチドを含む核酸分子であって、配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンを有するＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸分子において、
    前記核酸分子は、プライマーまたはプローブとして有用である、核酸分子。
  8. 前記核酸分子は、そのヌクレオチド配列が配列番号６によって表されるＲＮＡ、またはそのヌクレオチド配列が配列番号２４によって表されるそのｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズされることができるものである、あるいは、前記核酸分子は、そのヌクレオチド配列が配列番号１５によって表されるｍＲＮＡ、またはそのヌクレオチド配列が配列番号３３によって表されるそのｃＤＮＡ、またはその相補体に特異的にハイブリダイズされることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  9. 前記核酸分子は、そのヌクレオチド配列が配列番号６によって表されるＲＮＡ、またはそのヌクレオチド配列が配列番号２４によって表されるそのｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズされることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  10. 前記核酸分子は、異種核酸に連結されているか、または異種標識を含む、請求項７～９のいずれか一項に記載の核酸分子。
  11. 請求項７～１０のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
  12. 請求項７～１０のいずれか一項に記載の核酸分子を含む細胞。
  13. 前記核酸分子は、配列番号６に従うヌクレオチド配列を有するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄにハイブリダイズすることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  14. 前記核酸分子は、配列番号２４に従うヌクレオチド配列を有するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄにハイブリダイズすることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  15. 前記核酸分子は、配列番号１５に従うヌクレオチド配列を有するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄにハイブリダイズすることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  16. 前記核酸分子は、配列番号３３に従うヌクレオチド配列を有するＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄにハイブリダイズすることができるものである、請求項７に記載の核酸分子。
  17. ヒト対象におけるバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の検出方法であって、前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断し、前記チミンの存在によって、バリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子が示される検出方法。
  18. ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在の検出方法であって、前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、前記生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断する検出方法。
  19. ヒト対象におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在の検出方法であって、前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことを含むかまたはそのことからなり、前記アッセイによって、前記生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤの存在を判断する検出方法。
  20. ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、
    ａ）前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、前記アッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することと、
    ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類すること、または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、前記ヒト対象を分類することと、
    を含むか、あるいはそれらからなる判断方法。
  21. ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、
    ａ）前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、前記アッセイによって、前記生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断することと、
    ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、前記生体試料に存在する場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類すること、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、前記生体試料に存在しない場合に、肝疾患を発症するリスクが上昇している者として、そのヒト対象を分類することと、
    を含むか、またはそれらからなる判断方法。
  22. ヒト対象が肝疾患を発症する感受性またはリスクの判断方法であって、
    ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、前記ヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出することと、
    ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、前記生体試料において検出された場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類すること、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、前記生体試料において検出されなかった場合に、肝疾患を発症するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類することと、
    を含むか、またはそれらからなる判断方法。
  23. ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、
    ａ）前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、前記アッセイによって、野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されているか、またはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在するか判断することと、
    ｂ）野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されている場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類すること、または野生型ＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号１の１２６６５位と１２６６６位に対応する位置の間にチミンが挿入されていない場合、もしくはバリアントＨＳＤ１７Ｂ１３遺伝子の配列番号２の１２６６６位に対応する位置にチミンが存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、前記ヒト対象を分類することと、
    を含むか、あるいはそれらからなる判断方法。
  24. ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、
    ａ）前記ヒト対象から採取した生体試料に対してアッセイを行うことであって、前記アッセイによって、前記生体試料におけるＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄの存在を判断することと、
    ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、前記生体試料に存在する場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類すること、もしくはＨＳＤ１７Ｂ１３転写産物Ｄが、前記生体試料に存在しない場合に、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクが上昇している者として、前記ヒト対象を分類することと、
    を含むか、またはそれらからなる判断方法。
  25. ヒト対象の、臨床的にさらに進行した段階の脂肪肝疾患に進行するリスクの判断方法であって、
    ａ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、前記ヒト対象から採取した生体試料に存在するか検出することと、
    ｂ）ＨＳＤ１７Ｂ１３アイソフォームＤが、前記生体試料において検出された場合に、臨床的にさらに進行した段階の肝疾患に進行するリスクが低下している者として、前記ヒト対象を分類することと、
    を含むかまたはそれらからなる判断方法。
  26. 前記核酸分子が、異種標識に連結もしくは融合されている、請求項１、７～１０および１３～１６のいずれか一項に記載の核酸分子。
JP2019539795A 2017-01-23 2018-01-19 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用 Active JP7458785B2 (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2023135380A JP2023175705A (ja) 2017-01-23 2023-08-23 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762449335P 2017-01-23 2017-01-23
US62/449,335 2017-01-23
US201762472972P 2017-03-17 2017-03-17
US62/472,972 2017-03-17
US201762581918P 2017-11-06 2017-11-06
US62/581,918 2017-11-06
PCT/US2018/014357 WO2018136702A1 (en) 2017-01-23 2018-01-19 Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 (hsd17b13) variants and uses thereof

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2023135380A Division JP2023175705A (ja) 2017-01-23 2023-08-23 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2020505920A JP2020505920A (ja) 2020-02-27
JP2020505920A5 JP2020505920A5 (ja) 2021-03-04
JP7458785B2 true JP7458785B2 (ja) 2024-04-01

Family

ID=61768397

Family Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019539795A Active JP7458785B2 (ja) 2017-01-23 2018-01-19 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用
JP2019539270A Active JP7094963B2 (ja) 2017-01-23 2018-01-19 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用
JP2022067544A Active JP7425106B2 (ja) 2017-01-23 2022-04-15 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用
JP2023135380A Pending JP2023175705A (ja) 2017-01-23 2023-08-23 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用
JP2023217935A Pending JP2024038085A (ja) 2017-01-23 2023-12-25 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用

Family Applications After (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019539270A Active JP7094963B2 (ja) 2017-01-23 2018-01-19 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用
JP2022067544A Active JP7425106B2 (ja) 2017-01-23 2022-04-15 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用
JP2023135380A Pending JP2023175705A (ja) 2017-01-23 2023-08-23 ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用
JP2023217935A Pending JP2024038085A (ja) 2017-01-23 2023-12-25 Ｈｓｄ１７ｂ１３バリアントおよびその使用

Country Status (13)

Country Link
US (6) US11845963B2 (ja)
EP (2) EP3571301A1 (ja)
JP (5) JP7458785B2 (ja)
KR (3) KR102619197B1 (ja)
CN (2) CN110199032A (ja)
AU (4) AU2018209950B2 (ja)
BR (1) BR112019014841A2 (ja)
CA (2) CA3047429A1 (ja)
IL (5) IL301053A (ja)
MX (5) MX2019008675A (ja)
RU (3) RU2021133626A (ja)
SG (2) SG11201905508VA (ja)
WO (2) WO2018136758A1 (ja)

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102619197B1 (ko) 2017-01-23 2024-01-03 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 Hsd17b13 변종 및 이것의 용도
JP2020516283A (ja) 2017-04-11 2020-06-11 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドＲｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ． ヒドロキシステロイド（１７−ベータ）デヒドロゲナーゼ（ｈｓｄ１７ｂ）ファミリーのメンバーのモジュレーターの活性をスクリーニングするためのアッセイ
WO2019075181A1 (en) 2017-10-11 2019-04-18 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. INHIBITION OF HSD17B13 IN THE TREATMENT OF HEPATIC DISEASE IN PATIENTS EXPRESSING PNPLA3 I148M VARIATION
US20210000906A1 (en) * 2018-03-21 2021-01-07 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of hsd17b13 expression
WO2019183164A1 (en) 2018-03-21 2019-09-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. 17β-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 13 (HSD17B13) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
CN117534769A (zh) 2018-04-19 2024-02-09 加利福尼亚大学董事会 用于基因编辑的组合物和方法
CA3109553A1 (en) * 2018-09-19 2020-03-26 Arrowhead Pharmaceuticals, Inc. Rnai agents for inhibiting expression of 17beta-hsd type 13 (hsd17b13), compositions thereof, and methods of use
PE20211755A1 (es) * 2018-12-21 2021-09-07 Ionis Pharmaceuticals Inc Moduladores de la expresion de hsd17b13
US11957687B2 (en) 2019-07-02 2024-04-16 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Modulators of HSD17B13 and methods of use thereof
CN112626199A (zh) * 2021-01-04 2021-04-09 杭州艾迪康医学检验中心有限公司 检测慢性肝炎转化为肝硬化的风险预测位点的引物和方法
AU2022261027A1 (en) * 2021-04-22 2023-10-26 Tuojie Biotech (Shanghai) Co., Ltd. Sirna targeting 17β-hydroxysteroid dehydrogenase type 13 and sirna conjugate
WO2023091644A2 (en) * 2021-11-19 2023-05-25 Wave Life Sciences Ltd. Hsd17b13-related double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004512803A (ja) 1998-03-10 2004-04-30 ジェネンテック・インコーポレーテッド 新規なポリペプチド及びそれをコードする核酸
WO2013190075A2 (en) 2012-06-20 2013-12-27 Meyer Helmut E Specific biomarkers for hepatocellular carcinoma (hcc)

Family Cites Families (313)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4209A (en) * 1845-09-27 Straw-cutter
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US4399216A (en) 1980-02-25 1983-08-16 The Trustees Of Columbia University Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials
US5179017A (en) 1980-02-25 1993-01-12 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials
US4634665A (en) 1980-02-25 1987-01-06 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
JPS5927900A (ja) 1982-08-09 1984-02-14 Wakunaga Seiyaku Kk 固定化オリゴヌクレオチド
US4510245A (en) 1982-11-18 1985-04-09 Chiron Corporation Adenovirus promoter system
FR2540122B1 (fr) 1983-01-27 1985-11-29 Centre Nat Rech Scient Nouveaux composes comportant une sequence d'oligonucleotide liee a un agent d'intercalation, leur procede de synthese et leur application
US4605735A (en) 1983-02-14 1986-08-12 Wakunaga Seiyaku Kabushiki Kaisha Oligonucleotide derivatives
US4948882A (en) 1983-02-22 1990-08-14 Syngene, Inc. Single-stranded labelled oligonucleotides, reactive monomers and methods of synthesis
US4824941A (en) 1983-03-10 1989-04-25 Julian Gordon Specific antibody to the native form of 2'5'-oligonucleotides, the method of preparation and the use as reagents in immunoassays or for binding 2'5'-oligonucleotides in biological systems
US4587044A (en) 1983-09-01 1986-05-06 The Johns Hopkins University Linkage of proteins to nucleic acids
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
US5118802A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology DNA-reporter conjugates linked via the 2' or 5'-primary amino group of the 5'-terminal nucleoside
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5258506A (en) 1984-10-16 1993-11-02 Chiron Corporation Photolabile reagents for incorporation into oligonucleotide chains
US5430136A (en) 1984-10-16 1995-07-04 Chiron Corporation Oligonucleotides having selectably cleavable and/or abasic sites
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
US4828979A (en) 1984-11-08 1989-05-09 Life Technologies, Inc. Nucleotide analogs for nucleic acid labeling and detection
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5168062A (en) 1985-01-30 1992-12-01 University Of Iowa Research Foundation Transfer vectors and microorganisms containing human cytomegalovirus immediate-early promoter-regulatory DNA sequence
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4751180A (en) 1985-03-28 1988-06-14 Chiron Corporation Expression using fused genes providing for protein product
US4762779A (en) 1985-06-13 1988-08-09 Amgen Inc. Compositions and methods for functionalizing nucleic acids
US4935233A (en) 1985-12-02 1990-06-19 G. D. Searle And Company Covalently linked polypeptide cell modulators
US4968615A (en) 1985-12-18 1990-11-06 Ciba-Geigy Corporation Deoxyribonucleic acid segment from a virus
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US5317098A (en) 1986-03-17 1994-05-31 Hiroaki Shizuya Non-radioisotope tagging of fragments
JPS638396A (ja) 1986-06-30 1988-01-14 Wakunaga Pharmaceut Co Ltd ポリ標識化オリゴヌクレオチド誘導体
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US4904582A (en) 1987-06-11 1990-02-27 Synthetic Genetics Novel amphiphilic nucleic acid conjugates
ATE113059T1 (de) 1987-06-24 1994-11-15 Florey Howard Inst Nukleosid-derivate.
US5585481A (en) 1987-09-21 1996-12-17 Gen-Probe Incorporated Linking reagents for nucleotide probes
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
US5525465A (en) 1987-10-28 1996-06-11 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine Oligonucleotide-polyamide conjugates and methods of production and applications of the same
DE3738460A1 (de) 1987-11-12 1989-05-24 Max Planck Gesellschaft Modifizierte oligonukleotide
US5082830A (en) 1988-02-26 1992-01-21 Enzo Biochem, Inc. End labeled nucleotide probe
JPH03503894A (ja) 1988-03-25 1991-08-29 ユニバーシィティ　オブ　バージニア　アランミ　パテンツ　ファウンデイション オリゴヌクレオチド　ｎ‐アルキルホスホラミデート
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5109124A (en) 1988-06-01 1992-04-28 Biogen, Inc. Nucleic acid probe linked to a label having a terminal cysteine
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5294533A (en) 1988-07-05 1994-03-15 Baylor College Of Medicine Antisense oligonucleotide antibiotics complementary to the macromolecular synthesis operon, methods of treating bacterial infections and methods for identification of bacteria
US5262536A (en) 1988-09-15 1993-11-16 E. I. Du Pont De Nemours And Company Reagents for the preparation of 5'-tagged oligonucleotides
US5512439A (en) 1988-11-21 1996-04-30 Dynal As Oligonucleotide-linked magnetic particles and uses thereof
US5457183A (en) 1989-03-06 1995-10-10 Board Of Regents, The University Of Texas System Hydroxylated texaphyrins
US5599923A (en) 1989-03-06 1997-02-04 Board Of Regents, University Of Tx Texaphyrin metal complexes having improved functionalization
US5391723A (en) 1989-05-31 1995-02-21 Neorx Corporation Oligonucleotide conjugates
US4958013A (en) 1989-06-06 1990-09-18 Northwestern University Cholesteryl modified oligonucleotides
US5451463A (en) 1989-08-28 1995-09-19 Clontech Laboratories, Inc. Non-nucleoside 1,3-diol reagents for labeling synthetic oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5254469A (en) 1989-09-12 1993-10-19 Eastman Kodak Company Oligonucleotide-enzyme conjugate that can be used as a probe in hybridization assays and polymerase chain reaction procedures
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
EP0942000B1 (en) 1989-10-24 2004-06-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-Modified oligonucleotides
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5292873A (en) 1989-11-29 1994-03-08 The Research Foundation Of State University Of New York Nucleic acids labeled with naphthoquinone probe
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5486603A (en) 1990-01-08 1996-01-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide having enhanced binding affinity
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5578718A (en) 1990-01-11 1996-11-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Thiol-derivatized nucleosides
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5214136A (en) 1990-02-20 1993-05-25 Gilead Sciences, Inc. Anthraquinone-derivatives oligonucleotides
AU7579991A (en) 1990-02-20 1991-09-18 Gilead Sciences, Inc. Pseudonucleosides and pseudonucleotides and their polymers
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
EP0455905B1 (en) 1990-05-11 1998-06-17 Microprobe Corporation Dipsticks for nucleic acid hybridization assays and methods for covalently immobilizing oligonucleotides
US5135917A (en) 1990-07-12 1992-08-04 Nova Pharmaceutical Corporation Interleukin receptor expression inhibiting antisense oligonucleotides
US5218105A (en) 1990-07-27 1993-06-08 Isis Pharmaceuticals Polyamine conjugated oligonucleotides
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5138045A (en) 1990-07-27 1992-08-11 Isis Pharmaceuticals Polyamine conjugated oligonucleotides
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5688941A (en) 1990-07-27 1997-11-18 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of making conjugated 4' desmethyl nucleoside analog compounds
WO1992002258A1 (en) 1990-07-27 1992-02-20 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant, pyrimidine modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
AU667459B2 (en) 1990-08-03 1996-03-28 Sanofi Compounds and methods for inhibiting gene expression
US5245022A (en) 1990-08-03 1993-09-14 Sterling Drug, Inc. Exonuclease resistant terminally substituted oligonucleotides
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5512667A (en) 1990-08-28 1996-04-30 Reed; Michael W. Trifunctional intermediates for preparing 3'-tailed oligonucleotides
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
CA2092002A1 (en) 1990-09-20 1992-03-21 Mark Matteucci Modified internucleoside linkages
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5271941A (en) 1990-11-02 1993-12-21 Cho Chung Yoon S Antisense oligonucleotides of human regulatory subunit RI.sub.α of cAMP-dependent protein kinases
WO1992008728A1 (en) 1990-11-08 1992-05-29 Hybridon, Inc. Incorporation of multiple reporter groups on synthetic oligonucleotides
US5719262A (en) 1993-11-22 1998-02-17 Buchardt, Deceased; Ole Peptide nucleic acids having amino acid side chains
US5714331A (en) 1991-05-24 1998-02-03 Buchardt, Deceased; Ole Peptide nucleic acids having enhanced binding affinity, sequence specificity and solubility
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US5371241A (en) 1991-07-19 1994-12-06 Pharmacia P-L Biochemicals Inc. Fluorescein labelled phosphoramidites
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
EP0538194B1 (de) 1991-10-17 1997-06-04 Novartis AG Bicyclische Nukleoside, Oligonukleotide, Verfahren zu deren Herstellung und Zwischenprodukte
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5595726A (en) 1992-01-21 1997-01-21 Pharmacyclics, Inc. Chromophore probe for detection of nucleic acid
US5565552A (en) 1992-01-21 1996-10-15 Pharmacyclics, Inc. Method of expanded porphyrin-oligonucleotide conjugate synthesis
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5272250A (en) 1992-07-10 1993-12-21 Spielvogel Bernard F Boronated phosphoramidate compounds
US5574142A (en) 1992-12-15 1996-11-12 Microprobe Corporation Peptide linkers for improved oligonucleotide delivery
US5786138A (en) 1993-01-29 1998-07-28 Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural And Mechanical College Hyperstabilizing antisense nucleic acid binding agents
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
DK0691968T3 (da) 1993-03-30 1998-02-23 Sanofi Sa Acykliske nukleosid-analoge og oligonukleotidsekvenser indeholdende disse
WO1994022891A1 (en) 1993-03-31 1994-10-13 Sterling Winthrop Inc. Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
DE4311944A1 (de) 1993-04-10 1994-10-13 Degussa Umhüllte Natriumpercarbonatpartikel, Verfahren zu deren Herstellung und sie enthaltende Wasch-, Reinigungs- und Bleichmittelzusammensetzungen
CA2164288A1 (en) 1993-06-04 1994-12-22 Barbara Ensoli Method for treating kaposi's sarcoma with antisense oligonucleotides
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5578716A (en) 1993-12-01 1996-11-26 Mcgill University DNA methyltransferase antisense oligonucleotides
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5641754A (en) 1994-01-10 1997-06-24 The Board Of Regents Of The University Of Nebraska Antisense oligonucleotide compositions for selectively killing cancer cells
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5624813A (en) 1994-04-21 1997-04-29 Mahant; Vijay K. NAD(P)+ /NAD(P)H based chemiluminescent diagnostics
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597696A (en) 1994-07-18 1997-01-28 Becton Dickinson And Company Covalent cyanine dye oligonucleotide conjugates
JPH10503934A (ja) 1994-08-09 1998-04-14 ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト 抗腫瘍性アンチセンスオリゴヌクレオチド
US5580731A (en) 1994-08-25 1996-12-03 Chiron Corporation N-4 modified pyrimidine deoxynucleotides and oligonucleotide probes synthesized therewith
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5856103A (en) 1994-10-07 1999-01-05 Board Of Regents The University Of Texas Method for selectively ranking sequences for antisense targeting
US5994320A (en) 1995-02-06 1999-11-30 Regents Of The University Of Minnesota Antisense oligonucleotides and methods for treating central nervous system tumors
IT1275862B1 (it) 1995-03-03 1997-10-24 Consiglio Nazionale Ricerche Trascritto antisenso associato ad alcuni tipi di cellule tumorali ed oligodeossinucleotidi sintetici utili nella diagnosi e nel trattamento
US6040296A (en) 1995-06-07 2000-03-21 East Carolina University Specific antisense oligonucleotide composition & method for treatment of disorders associated with bronchoconstriction and lung inflammation
FR2739029B1 (fr) 1995-09-21 1997-11-21 Roussel Uclaf Nouvelle application therapeutique des composes antimineralo-corticoides
WO1997014709A1 (en) 1995-10-13 1997-04-24 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligomers
WO1997019097A1 (en) 1995-11-21 1997-05-29 Icn Pharmaceuticals, Inc. Inhibition of tumor growth by antisense oligonucleotides for il-8 and il-8 receptor
WO1997020942A1 (en) 1995-12-05 1997-06-12 Piao Yun Shang Hsd17b1 promoter, enhancer, silencer and use thereof
WO1997029757A1 (en) 1996-02-15 1997-08-21 National Institutes Of Health Rnase l activators and antisense oligonucleotides effective to treat rsv infections
US5955590A (en) 1996-07-15 1999-09-21 Worcester Foundation For Biomedical Research Conjugates of minor groove DNA binders with antisense oligonucleotides
US6046004A (en) 1997-02-27 2000-04-04 Lorne Park Research, Inc. Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
JPH1142091A (ja) 1997-07-25 1999-02-16 Toagosei Co Ltd アンチセンス核酸化合物
US6391311B1 (en) 1998-03-17 2002-05-21 Genentech, Inc. Polypeptides having homology to vascular endothelial cell growth factor and bone morphogenetic protein 1
CA2248762A1 (en) 1997-10-22 1999-04-22 University Technologies International, Inc. Antisense oligodeoxynucleotides regulating expression of tnf-.alpha.
CA2323089A1 (en) 1998-03-11 1999-09-16 Endorecherche, Inc. Inhibitors of type 5 and type 3 17.beta.-hydroxysteroid dehydrogenase and methods for their use
US6007995A (en) 1998-06-26 1999-12-28 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense inhibition of TNFR1 expression
US6599692B1 (en) 1999-09-14 2003-07-29 Sangamo Bioscience, Inc. Functional genomics using zinc finger proteins
US6013522A (en) 1999-02-23 2000-01-11 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense inhibition of human Smad1 expression
US20030104526A1 (en) 1999-03-24 2003-06-05 Qiang Liu Position dependent recognition of GNN nucleotide triplets by zinc fingers
US6025198A (en) 1999-06-25 2000-02-15 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense modulation of Ship-2 expression
US6033910A (en) 1999-07-19 2000-03-07 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense inhibition of MAP kinase kinase 6 expression
FR2801218B1 (fr) 1999-11-23 2001-12-28 Hoechst Marion Roussel Inc Compositions pharmaceutiques comprenant de la trimegestone, leurs procedes de preparation ainsi que le conditionnement primaire les renfermant
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
US20050144655A1 (en) 2000-10-31 2005-06-30 Economides Aris N. Methods of modifying eukaryotic cells
US7026462B2 (en) 2000-12-07 2006-04-11 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins
WO2002057308A2 (en) 2001-01-22 2002-07-25 Sangamo Biosciences, Inc. Zinc finger polypeptides and their use
AU2002241946B2 (en) 2001-01-22 2007-04-26 Sangamo Therapeutics, Inc. Modified zinc finger binding proteins
CA2474486C (en) 2002-01-23 2013-05-14 The University Of Utah Research Foundation Targeted chromosomal mutagenesis using zinc finger nucleases
EP2368982A3 (en) 2002-03-21 2011-10-12 Sangamo BioSciences, Inc. Methods and compositions for using zinc finger endonucleases to enhance homologous recombination
EP2806025B1 (en) 2002-09-05 2019-04-03 California Institute of Technology Use of zinc finger nucleases to stimulate gene targeting
US7754709B2 (en) 2003-06-10 2010-07-13 Solvay Pharmaceuticals Bv Tetracyclic thiophenepyrimidinone compounds as inhibitors of 17β hydroxysteroid dehydrogenase compounds
US7888121B2 (en) 2003-08-08 2011-02-15 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
US8409861B2 (en) 2003-08-08 2013-04-02 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted deletion of cellular DNA sequences
US20050158376A1 (en) 2003-10-23 2005-07-21 Sardi William F. Dietary supplement and method of processing same
US20090169585A1 (en) 2003-10-23 2009-07-02 Resveratrol Partners, Llc Resveratrol-Containing Compositions And Their Use In Modulating Gene Product Concentration Or Activity
WO2005108415A2 (en) 2004-04-30 2005-11-17 Biogen Idec Ma Inc. Membrane associated molecules
WO2005111241A2 (en) 2004-05-07 2005-11-24 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with liver fibrosis methods of detection and uses thereof
KR20070060115A (ko) 2004-09-16 2007-06-12 상가모 바이오사이언스 인코포레이티드 단백질 생산을 위한 조성물 및 방법
FR2904000A1 (fr) 2006-07-19 2008-01-25 Galderma Res & Dev S N C Snc Modulateurs de hsd17b7 dans le traitement de l'acne ou de l'hyperseborrhee
US20100267052A1 (en) 2006-09-01 2010-10-21 American Type Culture Collection Compositions and methods for diagnosis and treatment of type 2 diabetes
US20090203602A1 (en) 2006-09-01 2009-08-13 Cohava Gelber Compositions and methods for diagnosis and treatment of type 2 diabetes
US20080300170A1 (en) 2006-09-01 2008-12-04 Cohava Gelber Compositions and methods for diagnosis and treatment for type 2 diabetes
US7951776B2 (en) 2006-09-01 2011-05-31 American Type Culture Collection Methods for treatment of type 1 diabetes
WO2008091873A2 (en) 2007-01-24 2008-07-31 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for the identification, assessment, prevention and therapy of thymic lymphoma or hamartomatous tumours
NZ597995A (en) 2006-12-14 2013-05-31 Dow Agrosciences Llc Optimized non-canonical zinc finger proteins
WO2009039195A1 (en) 2007-09-20 2009-03-26 Resveratrol Partners, Llc Resveratrol-containing compositions for modulating gene product concentration or activity
KR20100120226A (ko) 2008-04-11 2010-11-12 유티씨 파워 코포레이션 매니폴드 섬프를 갖는 바이폴라 플레이트 및 연료 전지
WO2009148137A1 (ja) 2008-06-04 2009-12-10 協和発酵キリン株式会社 肥満細胞の脱顆粒を制御する核酸
US20100056384A1 (en) 2008-09-04 2010-03-04 Board Of Regents, The University Of Texas System Sequence Variations in PNPLA3 Associated with Hepatic Steatosis
US20100209427A1 (en) 2008-09-24 2010-08-19 Yu Li Lysine acetylation sites
EP2177615A1 (en) 2008-10-10 2010-04-21 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Method for a genome wide identification of expression regulatory sequences and use of genes and molecules derived thereof for the diagnosis and therapy of metabolic and/or tumorous diseases
WO2010064702A1 (ja) 2008-12-05 2010-06-10 国立大学法人 東京大学 癌の予後を予測するためのバイオマーカー
US20110239315A1 (en) 2009-01-12 2011-09-29 Ulla Bonas Modular dna-binding domains and methods of use
EP2206723A1 (en) 2009-01-12 2010-07-14 Bonas, Ulla Modular DNA-binding domains
US20100266618A1 (en) 2009-03-18 2010-10-21 Children's Hospital Of Eastern Ontario Research Institute Compositions and methods for augmenting activity of oncolytic viruses
CA2755192C (en) 2009-03-20 2018-09-11 Sangamo Biosciences, Inc. Modification of cxcr4 using engineered zinc finger proteins
US20120028816A1 (en) 2009-03-31 2012-02-02 Warren Stephen T Methods and systems for screening for and diagnosing dna methylation associated with autism spectrum disorders
US8772008B2 (en) 2009-05-18 2014-07-08 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for increasing nuclease activity
WO2010147992A1 (en) 2009-06-15 2010-12-23 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods for increasing efficacy of lipid formulated sirna
ES2546663T3 (es) 2009-07-15 2015-09-25 Calimmune Inc. Vector dual para la inhibición del virus de la inmunodeficiencia humana
WO2011006214A1 (en) 2009-07-16 2011-01-20 Peter Maccallum Cancer Institute Method of detecting radiation exposure and adverse toxicity thereto
US20120178647A1 (en) 2009-08-03 2012-07-12 The General Hospital Corporation Engineering of zinc finger arrays by context-dependent assembly
WO2011020005A1 (en) 2009-08-14 2011-02-17 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. miRNA-REGULATED DIFFERENTIATION-DEPENDENT SELF-DELETING CASSETTE
DK2494047T3 (en) 2009-10-29 2017-04-10 Regeneron Pharma MULTIFUNCTIONAL ALLELS
JP2013511988A (ja) 2009-11-25 2013-04-11 ネステク ソシエテ アノニム 過敏性腸症候群診断用の新規なゲノムバイオマーカー
PL2510096T5 (pl) 2009-12-10 2018-06-29 Regents Of The University Of Minnesota Modyfikacja DNA zależna od efektora TAL
WO2011084747A2 (en) 2009-12-21 2011-07-14 The Johns Hopkins University Compositions and methods for somatic tissue induced pluripotent stem cells having an endoderm origin
US20130029873A1 (en) 2010-04-12 2013-01-31 University Health Network Methods and compositions for diagnosing pulmonary fibrosis subtypes and assessing the risk of primary graft dysfunction after lung transplantation
WO2011128096A1 (en) 2010-04-16 2011-10-20 Roche Diagnostics Gmbh Polymorphism markers for predicting response to interleukin-6 receptor-inhibiting monoclonal antibody drug treatment
DK2569446T3 (en) 2010-05-12 2018-10-29 Steven E Schutzer DIAGNOSTIC MARKERS FOR NEUROPsychiatric Disease
WO2011145121A1 (en) 2010-05-18 2011-11-24 Scatolificio Mogliani S.N.C. Di Mogliani Mauro E Andrea Cardboard box for stable stacking with other identical specimens
US8945847B2 (en) 2010-05-24 2015-02-03 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Methods and kits for ascertaining biosafety of an agent
US20120058088A1 (en) 2010-06-28 2012-03-08 Resveratrol Partners, Llc Resveratrol-Containing Compositions And Methods Of Use
EP2593566B1 (en) 2010-07-14 2018-01-24 The Regents of The University of California Biomarkers for diagnosis of transient ischemic attacks
US20140045915A1 (en) 2010-08-31 2014-02-13 The General Hospital Corporation Cancer-related biological materials in microvesicles
WO2012052953A1 (en) 2010-10-20 2012-04-26 Fondazione Centro San Raffaele Del Monte Tabor MiRNA
RU2603731C2 (ru) 2010-10-26 2016-11-27 Бак Инститьют Фор Эйдж Рисёрч Понижающая регуляция трансктипции sine/alu ретротранспозонов для индукции или восстановления способности к пролиферации и/или плюрипотентности стволовой клетки
US9920317B2 (en) 2010-11-12 2018-03-20 The General Hospital Corporation Polycomb-associated non-coding RNAs
JP6336755B2 (ja) 2010-11-12 2018-06-06 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション ポリコームに関連する非コードｒｎａ
WO2012070014A2 (en) 2010-11-26 2012-05-31 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Identification of novel cell surface markers for pancreatic progenitor cells and definite endodermal cells
US20140057800A1 (en) 2010-12-16 2014-02-27 Norwegian Univeristy of Science and Technology (NTNU) Single nucleotide polymorphism associated with risk of insulin resistance development
CA2822462A1 (en) 2010-12-20 2012-06-28 The General Hospital Corporation Polycomb-associated non-coding rnas
EP2704728A4 (en) 2011-05-03 2015-04-22 Dermachip Inc EXPRESSION SIGNATURES OF AGENTS ASSOCIATED WITH SKIN AGING AND GEN NETWORKS
GB201112246D0 (en) 2011-07-15 2011-08-31 Univ Birmingham Diagnosis of alzheimer's disease
US20130079241A1 (en) 2011-09-15 2013-03-28 Jianhua Luo Methods for Diagnosing Prostate Cancer and Predicting Prostate Cancer Relapse
WO2013126565A1 (en) 2012-02-24 2013-08-29 Lunyak Victoria V Downregulation of sine/alu retrotransposon transcription to induce or restore proliferative capacity and/or pluripotency to a stem cell
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
WO2013141680A1 (en) 2012-03-20 2013-09-26 Vilnius University RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX
WO2013166264A2 (en) 2012-05-02 2013-11-07 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Methods for altering virus replication
WO2013177060A2 (en) * 2012-05-20 2013-11-28 Trustees Of Boston University Methods and systems for monitoring, diagnosing, and treating chronic obstructive polmonary disease
LT2800811T (lt) * 2012-05-25 2017-09-11 The Regents Of The University Of California Būdai ir kompozicijos, skirti tikslinės dnr modifikavimui, panaudojant adresuotą rnr, ir transkripcijos moduliavimui, panaudojant adresuotą rnr
US20140004153A1 (en) 2012-07-02 2014-01-02 Lancell, L.L.C. Use of somatic mutations in the extracellular domain of transmembrane proteins in a patient's tumor as immunogens for active humoral immunotherapy of cancer
US9526720B2 (en) 2012-08-17 2016-12-27 The Broad Institute, Inc. Modulators of hepatic lipoprotein metabolism
WO2014033644A2 (en) 2012-08-28 2014-03-06 Novartis Ag Methods of nuclease-based genetic engineering
US9375433B2 (en) 2012-09-26 2016-06-28 Tangent Reprofiling Limited Modulators of androgen synthesis
AU2013322612B2 (en) 2012-09-26 2017-06-01 Tangent Reprofiling Limited Modulators of androgen synthesis
KR101656237B1 (ko) 2012-10-23 2016-09-12 주식회사 툴젠 표적 DNA에 특이적인 가이드 RNA 및 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 또는 Cas 단백질을 포함하는, 표적 DNA를 절단하기 위한 조성물 및 이의 용도
PT2929031T (pt) 2012-12-05 2018-01-19 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composições de irna de pcsk9 e métodos de seu uso
PL3138910T3 (pl) 2012-12-06 2018-01-31 Sigma Aldrich Co Llc Oparta na CRISPR modyfikacja i regulacja genomu
WO2014089486A1 (en) 2012-12-07 2014-06-12 Shire Human Genetic Therapies, Inc. Lipidic nanoparticles for mrna delivering
IL239317B (en) 2012-12-12 2022-07-01 Broad Inst Inc Providing, engineering and optimizing systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
EP2940140B1 (en) 2012-12-12 2019-03-27 The Broad Institute, Inc. Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
MX2015007743A (es) 2012-12-17 2015-12-07 Harvard College Ingenieria del genoma humano guiada por ácido robonucleico.
SG10201706741VA (en) 2013-02-20 2017-10-30 Regeneron Pharma Genetic modification of rats
EP2922393B2 (en) 2013-02-27 2022-12-28 Helmholtz Zentrum München - Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Gene editing in the oocyte by cas9 nucleases
EP3626308A1 (en) * 2013-03-14 2020-03-25 Veracyte, Inc. Methods for evaluating copd status
US20160032395A1 (en) 2013-03-14 2016-02-04 Elai Davicioni Cancer biomarkers and classifiers and uses thereof
US20160184458A1 (en) 2013-03-14 2016-06-30 Shire Human Genetic Therapies, Inc. Mrna therapeutic compositions and use to treat diseases and disorders
CN109504768A (zh) 2013-03-15 2019-03-22 威拉赛特公司 用于诊断肺病的生物标记物及其使用方法
WO2014144592A2 (en) 2013-03-15 2014-09-18 The General Hospital Corporation Using truncated guide rnas (tru-grnas) to increase specificity for rna-guided genome editing
US20140329704A1 (en) 2013-03-28 2014-11-06 President And Fellows Of Harvard College Markers for mature beta-cells and methods of using the same
CN105518146B (zh) 2013-04-04 2022-07-15 哈佛学院校长同事会 利用CRISPR/Cas系统的基因组编辑的治疗性用途
GB201306536D0 (en) 2013-04-10 2013-05-22 Gt Biolog Ltd Polypeptide and immune modulation
CA2910427C (en) 2013-05-10 2024-02-20 Sangamo Biosciences, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
ES2677915T3 (es) 2013-06-03 2018-08-07 Nestec S.A. Método para diagnosticar valvulopatías crónicas
US9574241B2 (en) 2013-06-03 2017-02-21 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Recurrent mutations in epigenetic regulators, RHOA and FYN kinase in peripheral T-cell lymphomas
US9267135B2 (en) 2013-06-04 2016-02-23 President And Fellows Of Harvard College RNA-guided transcriptional regulation
EP3620524A1 (en) 2013-06-17 2020-03-11 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for targeting and modeling diseases and disorders of post mitotic cells
CN113425857A (zh) 2013-06-17 2021-09-24 布罗德研究所有限公司 用于肝靶向和治疗的crispr-cas系统、载体和组合物的递送与用途
EP3019186A4 (en) 2013-07-12 2017-03-29 Patrick J. Casey Method for the harvesting, processing, and storage of proteins from the mammalian feto-placental unit and use of such proteins in compositions and medical treatment
US20150079062A1 (en) 2013-07-12 2015-03-19 Patrick J. Casey Method for harvesting, processing, and storage of proteins from the mammalian feto-placental unit and use of such proteins in compositions and medical treatment
RU2545990C2 (ru) 2013-07-16 2015-04-10 Государственное бюджетное учреждение здравоохранения города Москвы Московский клинический научно-практический центр Департамента здравоохранения города Москвы Способ дифференциальной диагностики стеатоза печени и стеатогепатита
US9957526B2 (en) 2013-10-17 2018-05-01 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
CN112656954A (zh) 2013-10-22 2021-04-16 夏尔人类遗传性治疗公司 用于递送信使rna的脂质制剂
CN103520724B (zh) 2013-10-23 2016-05-25 江苏美迪森生物医药有限公司 Hsd17b13蛋白或其编码基因的抑制剂的新用途
GB201320061D0 (en) 2013-11-13 2013-12-25 Electrophoretics Ltd Materials nad methods for diagnosis and prognosis of liver cancer
WO2015127439A1 (en) 2014-02-24 2015-08-27 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for nuclease-mediated targeted integration
JP6730194B2 (ja) 2014-05-09 2020-07-29 タンジェント リプロファイリング リミテッド アンドロゲン合成モジュレーター
WO2015191693A2 (en) 2014-06-10 2015-12-17 Massachusetts Institute Of Technology Method for gene editing
CN114686483A (zh) 2014-06-16 2022-07-01 约翰斯·霍普金斯大学 用于使用h1启动子表达crispr向导rna的组合物和方法
US10588980B2 (en) 2014-06-23 2020-03-17 Novartis Ag Fatty acids and their use in conjugation to biomolecules
US20150376586A1 (en) 2014-06-25 2015-12-31 Caribou Biosciences, Inc. RNA Modification to Engineer Cas9 Activity
WO2016004387A1 (en) 2014-07-02 2016-01-07 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Gene expression signature for cancer prognosis
WO2016009246A1 (en) 2014-07-14 2016-01-21 Casey Patrick J Method for the harvesting, processing, and storage of proteins from the mammalian feto-placental unit and use of such proteins in compositions and medical treatment
WO2016028638A1 (en) 2014-08-18 2016-02-25 Drexel University Methods, computer-readable media, and systems for assessing samples and wounds, predicting whether a wound will heal, and monitoring effectiveness of a treatment
EP3770274A1 (en) 2014-11-05 2021-01-27 Veracyte, Inc. Systems and methods of diagnosing idiopathic pulmonary fibrosis on transbronchial biopsies using machine learning and high dimensional transcriptional data
AU2016219263B2 (en) 2015-02-13 2022-12-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Patatin-like phospholipase domain containing 3 (PNPLA3) iRNA compositions and methods of use thereof
CN104698108B (zh) 2015-03-26 2016-11-09 中国药科大学 一种利用固定化酶筛选I型17β羟类固醇脱氢酶抑制剂的方法
EP3350328A1 (en) 2015-09-14 2018-07-25 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotide agents targeting patatin-like phospholipase domain containing 3 (pnpla3) and methods of use thereof
EP3159407A1 (en) 2015-10-23 2017-04-26 Silence Therapeutics (London) Ltd Guide rnas, methods and uses
WO2017100542A1 (en) 2015-12-10 2017-06-15 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Sterol regulatory element binding protein (srebp) chaperone (scap) irna compositions and methods of use thereof
EP3389671A4 (en) 2015-12-14 2019-07-17 Cold Spring Harbor Laboratory ANTISENSE OLIGOMERS FOR THE TREATMENT OF ALAGILLE'S SYNDROME
EP3390634A4 (en) 2015-12-14 2019-08-14 Cold Spring Harbor Laboratory COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF EYE DISEASES
WO2017106292A1 (en) 2015-12-14 2017-06-22 Cold Spring Harbor Laboratory Compositions and methods for treatment of kidney diseases
ES2903394T3 (es) 2015-12-14 2022-04-01 Cold Spring Harbor Laboratory Composiciones para el tratamiento de la retinitis pigmentosa 13
WO2017106382A1 (en) 2015-12-14 2017-06-22 Cold Spring Harbor Laboratory Compositions and methods for treatment of central nervous system diseases
EP3390635A4 (en) 2015-12-14 2019-05-01 Cold Spring Harbor Laboratory Antisense oligomers for the treatment of a tuberous sclerosis complex
WO2017106283A1 (en) 2015-12-14 2017-06-22 Cold Spring Harbor Laboratory Compositions and methods for treatment of liver diseases
US20190071795A1 (en) 2016-03-09 2019-03-07 Molecular Stethoscope, Inc. Methods and systems for detecting tissue conditions
EP3429347A4 (en) 2016-03-16 2020-07-29 Spogen Biotech Inc. PROCESSES FOR PROMOTING PLANT HEALTH USING FREE ENZYMES AND MICRO-ORGANISMS OVEREXPRESSING ENZYMES
EP3452101A2 (en) 2016-05-04 2019-03-13 CureVac AG Rna encoding a therapeutic protein
US10036024B2 (en) 2016-06-03 2018-07-31 Purdue Research Foundation siRNA compositions that specifically downregulate expression of a variant of the PNPLA3 gene and methods of use thereof for treating a chronic liver disease or alcoholic liver disease (ALD)
GB201609977D0 (en) 2016-06-08 2016-07-20 Cancer Rec Tech Ltd Chemosensitivity predictive biomarkers
US10767175B2 (en) 2016-06-08 2020-09-08 Agilent Technologies, Inc. High specificity genome editing using chemically modified guide RNAs
BR112019011509A2 (pt) 2016-12-08 2020-01-28 Intellia Therapeutics Inc rnas guias modificados
AU2017374042B2 (en) 2016-12-09 2024-02-15 Acuitas Therapeutics, Inc. Delivery of target specific nucleases
CN110582302A (zh) 2016-12-14 2019-12-17 利甘达尔股份有限公司 用于核酸和/或蛋白有效负载递送的组合物和方法
KR102619197B1 (ko) 2017-01-23 2024-01-03 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 Hsd17b13 변종 및 이것의 용도
WO2018220211A1 (en) 2017-06-02 2018-12-06 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Viral vector combining gene therapy and genome editing approaches for gene therapy of genetic disorders
WO2019075181A1 (en) 2017-10-11 2019-04-18 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. INHIBITION OF HSD17B13 IN THE TREATMENT OF HEPATIC DISEASE IN PATIENTS EXPRESSING PNPLA3 I148M VARIATION
WO2019183164A1 (en) 2018-03-21 2019-09-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. 17β-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 13 (HSD17B13) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
US20210000906A1 (en) 2018-03-21 2021-01-07 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of hsd17b13 expression
US11690921B2 (en) 2018-05-18 2023-07-04 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery of target specific nucleases
KR20210029772A (ko) 2018-06-08 2021-03-16 인텔리아 테라퓨틱스, 인크. 유전자 편집을 위한 변형된 가이드 rna
EP3810148A4 (en) 2018-06-19 2022-06-08 The Board Of Regents Of The University Of Texas System LIPID NANOPARTICLE COMPOSITIONS FOR DELIVERING MRNA AND LONG NUCLEIC ACIDS

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004512803A (ja) 1998-03-10 2004-04-30 ジェネンテック・インコーポレーテッド 新規なポリペプチド及びそれをコードする核酸
WO2013190075A2 (en) 2012-06-20 2013-12-27 Meyer Helmut E Specific biomarkers for hepatocellular carcinoma (hcc)

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Endocr J.，2014年05月01日，61(7)，p. 683-689

Also Published As

Publication number Publication date
US20180216084A1 (en) 2018-08-02
KR20190112004A (ko) 2019-10-02
EP3571321A1 (en) 2019-11-27
US20220267743A1 (en) 2022-08-25
MX2022015079A (es) 2023-01-18
RU2021133626A (ru) 2022-01-31
RU2019126483A3 (ja) 2021-06-29
RU2019126483A (ru) 2021-02-24
BR112019014841A2 (pt) 2020-04-28
JP2020505920A (ja) 2020-02-27
CA3049980A1 (en) 2018-07-26
JP2023175705A (ja) 2023-12-12
JP7425106B2 (ja) 2024-01-30
CN110446785B (zh) 2024-04-26
SG11201906735RA (en) 2019-08-27
RU2019126354A3 (ja) 2021-05-04
JP7094963B2 (ja) 2022-07-04
JP2020513784A (ja) 2020-05-21
JP2022095909A (ja) 2022-06-28
US11753628B2 (en) 2023-09-12
IL293377B1 (en) 2023-04-01
NZ755715A (en) 2021-10-29
IL293377B2 (en) 2023-08-01
IL268156A (en) 2019-09-26
IL267925B (en) 2021-08-31
CN110199032A (zh) 2019-09-03
MX2019008755A (es) 2019-12-16
EP3571301A1 (en) 2019-11-27
MX2022015080A (es) 2023-01-18
KR102619197B1 (ko) 2024-01-03
IL293377A (en) 2022-07-01
KR20190111067A (ko) 2019-10-01
CN110446785A (zh) 2019-11-12
IL285053A (en) 2021-08-31
RU2019126354A (ru) 2021-02-24
US20180216104A1 (en) 2018-08-02
IL285053B (en) 2022-07-01
MX2022015081A (es) 2023-01-18
WO2018136758A1 (en) 2018-07-26
KR20240001333A (ko) 2024-01-03
WO2018136702A1 (en) 2018-07-26
AU2018210364B2 (en) 2022-03-17
AU2023202663A1 (en) 2023-05-25
AU2022203239A1 (en) 2022-06-02
AU2018209950B2 (en) 2023-02-09
US10787647B2 (en) 2020-09-29
US20200354693A1 (en) 2020-11-12
US20240141305A1 (en) 2024-05-02
RU2760851C2 (ru) 2021-11-30
CA3047429A1 (en) 2018-07-26
AU2018209950A1 (en) 2019-09-12
SG11201905508VA (en) 2019-08-27
JP2024038085A (ja) 2024-03-19
IL301053A (en) 2023-05-01
IL267925A (en) 2019-09-26
US20230031669A1 (en) 2023-02-02
US11485958B2 (en) 2022-11-01
AU2018210364A1 (en) 2019-08-15
US11845963B2 (en) 2023-12-19
MX2019008675A (es) 2019-09-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7458785B2 (ja) ヒドロキシステロイド１７－βデヒドロゲナーゼ１３（ＨＳＤ１７Ｂ１３）バリアント及びその使用
JP7434151B2 (ja) Ｐｎｐｌａ３ ｉ１４８ｍの変異を発現している患者の肝疾患の治療におけるｈｓｄ１７ｂ１３の阻害
JP2023071704A (ja) Ｇｐｒ１５６変異体及びその使用
US20220017964A1 (en) Cornulin (CRNN) Variants And Uses Thereof
EP1701165A1 (en) Therapeutic and diagnostic uses of TKTL1 and inhibitors and activators thereof
JP2012519009A (ja) Ｂａｎｋ１関連ｓｎｐ及びｓｌｅ並びに／又はｍｓ感受性
WO2013106002A1 (en) Bap1 mutational analysis in determining susceptibility to, prognosis of, and treatment of melanocytic neoplasia
WO2008049022A2 (en) Methods for detection of cancer
US20210230609A1 (en) Solute Carrier Family 14 Member 1 (SLC14A1) Variants And Uses Thereof
JP2017135985A (ja) Ｂ前駆細胞性急性リンパ芽球性白血病新規キメラ遺伝子
JP7237064B2 (ja) 単一免疫グロブリンインターロイキン－１受容体関連（ｓｉｇｉｒｒ）変異型及びその使用
RU2815068C2 (ru) Варианты белка, родственного рецептору интерлейкина-1 и содержащего одиночный домен иммуноглобулина (sigirr), и их применение
JP5354484B2 (ja) がん検出方法
Rhodes The role of sequestosome 1 (SQSTM1) in Paget's Disease of Bone
CN104789644A (zh) X染色体变异对甲亢易感性影响的检测方法和试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20210118

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20210118

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20220222

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20220523

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20220805

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20221129

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230227

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20230425

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230823

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20230823

A911 Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911

Effective date: 20230912

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20231031

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20240129

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20240220

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20240319

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 7458785

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150