JP6772062B2 - 癌の免疫療法 - Google Patents

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Description

[相互参照]
本出願は2013年12月2日付けで出願された米国仮出願第61/910728号に基づく優先権を主張するものであり、該仮出願はその全体が引用することにより本明細書の一部をなす。
本発明は、例えば癌及び自己免疫障害を含む細胞増殖性障害又は感染性疾患の治療のための、免疫原性組成物、免疫原性組成物の作製方法、及び免疫原性組成物を使用する方法に関する。
より詳細には、本発明は腫瘍免疫耐性機構に関与する標的遺伝子の発現を調節するよう特異的に設計された、オリゴヌクレオチドで処理された細胞を提供する。
免疫療法は、「免疫応答を誘導し、亢進させ、又は抑制することによる疾患の治療」である。免疫応答を惹起し、又は増幅させるよう設計された免疫療法には、免疫活性化療法があり、一方、免疫応答を減少させ、又は抑制する免疫療法は、免疫抑制療法として分類される。
癌の免疫療法は、この数十年にわたり臨床診療においてますます重要となってきている。今日の治療標準における主要なアプローチには、組換えモノクローナル抗体(mAb)を使用した受動免疫療法がある。mAbは、抗体依存性細胞介在性細胞傷害(ADCC)といった、個体自身の体液性免疫応答に関連する機構を介して、腫瘍の発生に関与する主要な抗原に結合し、中等度の細胞介在性免疫力を生じることによって作用する。
免疫療法アプローチを示す別のグループは腫瘍細胞を破壊することができる細胞の投与を基礎としている。投与される細胞は、患者自身の、単離してex−vivoにて増殖させた腫瘍浸潤リンパ球(TIL)であってよい。TILは種々の腫瘍関連抗原(TAA)を認識することができる場合もあれば、特定の抗原を認識させるようin vitroにてTILを再活性化させ、増殖させることができる場合もある。TILを基礎とした治療アプローチは通常、「養子細胞移入」(ACT)と呼ばれる。
ACTを更に発展させたものに、特異的腫瘍関連抗原(TAA)を認識する受容体を発現させるT細胞の遺伝子改変がある。このような改変は、特異的T細胞受容体(TCR)の発現又はCD3/共刺激分子膜貫通及び細胞質ドメインに融合させたTAA特異的抗体からなるキメラ抗原受容体(CAR)の発現を誘導することができる。
ACT法はまた、免疫応答の拡大を誘起させることなく、腫瘍細胞に直接作用するという点で、受動免疫療法アプローチとして考えることもできる。しかし、mAbとは異なり、ACT剤は、選択された受容体の遮断、及びADCC等の中等度の細胞応答とは対照的に、腫瘍細胞を完全に破壊することができる。
個体自身の免疫系の抗腫瘍応答を生じる能力を回復させる多くの能動的免疫療法の開発が進められている。能動的免疫治療剤は多くの場合、癌治療用ワクチン又は単に癌ワクチンと呼ばれる。多くの癌ワクチンは現在臨床試験中であり、最近では、sipuleucell−Tが米国FDAによって承認されたこのようなワクチンの最初のものとなった。
細胞介在性免疫応答を生じる様々な抗原及び様々な機序を用いた癌ワクチンにはいくつかのクラスがある。或るクラスのワクチンは、腫瘍細胞によって選択的に発現した抗原のペプチド断片を基材としている。このペプチドは単独で又は補助剤及びサイトカイン、例えば顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)を含み得る免疫刺激剤と組み合わせて投与される。
別のクラスの癌ワクチンは抗原として使用される改変(例えば、亜致死的に照射した)腫瘍細胞を、また免疫刺激剤と組み合わせたものを基材とする。現在臨床試験中のこの種のワクチンは、自己(例えば、OncoVAX、LipoNova)と同種(例えば、Canvaxin、Onyvax−P、GVAX)との両方の腫瘍細胞株を基材とする。
更に別のクラスの癌ワクチンは樹状細胞を使用する。樹状細胞(DC)はその性質により、強力な抗原依存性細胞介在性免疫応答を生じ、in vivoにて治療用T細胞を惹起することができる「プロフェッショナルな」抗原提示細胞である。DCを基材とした癌ワクチンは通常、患者から単離され又は患者の造血前駆細胞若しくは単球を培養することによりex vivoにて作製されたDCを含む。DCに更に腫瘍抗原を負荷し、時にはGM−CSF等の免疫刺激剤と組み合わせる。多くのDCワクチンが現在臨床試験中であり、最初にFDAに承認されたワクチンである、sipuleucell−TはDCを基材とする。
免疫抑制の機序及び免疫抑制緩和に対する治療アプローチ
免疫系の主要な生理学的機能の1つは、新生物細胞を認識し、かつ排除することであり、そのため、腫瘍の何らかの進行に必須となるのは、免疫耐性機構を発達させることである。一旦発達すると、これらの機構は、天然の免疫系が腫瘍の成長に作用するのを妨げるだけでなく、癌への任意の免疫療法アプローチの有効性を制限する。重大な免疫耐性機構は、免疫チェックポイントと呼ばれることもある免疫抑制経路を含む。免疫抑制経路は、腫瘍細胞と、ACT治療剤を含むCD8+細胞傷害性Tリンパ球との間の相互作用において特に重要な役割を果たす。重大な免疫チェックポイントには、T細胞表面上に発現する抑制性受容体、とりわけ例えばCTLA−4、PD1、及びLAG3がある。
科学及び医療の団体は、免疫チェックポイントを減弱させる重要性について認識していた。免疫抑制を緩和する一方法は、特別に設計された薬剤により免疫チェックポイントを遮断することである。CTLA−4遮断抗体であるイピリムマブは、近年FDAによって承認された。PD1を遮断するいくつかの分子は現在臨床開発中である。
免疫抑制機構はまた、樹状細胞の機能に対して、結果としてDCを基材とする癌ワクチンの有効性に負の方向に影響を及ぼす。免疫抑制機構は、DCのMHCクラスI経路を介した腫瘍抗原を提示し、かつ抗腫瘍免疫のためにナイーブCD8+T細胞をプライミングする能力を阻害するおそれがある。DCの免疫抑制機構に関与する重要な分子にはユビキチンリガーゼA20及び広域免疫抑制タンパク質SOCS1がある。
癌に対する免疫療法アプローチの有効性をこのアプローチと免疫チェックポイントの阻害剤とを組み合わせることにより増大させることができる。多くの進行中の前臨床試験及び臨床試験では、癌ワクチンと他の免疫治療剤とチェックポイント遮断剤、例えばイピリムマブとの間の潜在的な相乗効果を探索している。このような併用アプローチは、有意に改善された臨床成果をもたらす可能性がある。
しかし、癌免疫治療剤をチェックポイント遮断剤と組み合わせて使用するには多くの欠点がある。例えば、免疫チェックポイント遮断は免疫自己寛容の破壊につながり、それにより主に発疹、大腸炎、肝炎、及び内分泌障害を含む「免疫関連有害事象」と呼ばれる自己免疫/自己炎症性副作用の新規の症候群を誘発するおそれがある(非特許文献1)。
報告されているチェックポイント阻害剤の毒性プロファイルは、他のクラスの腫瘍崩壊剤(oncologic agents)について報告された毒性プロファイルとは異なる。これらの毒性プロファイルは、皮膚、消化管、内分泌腺、肺、肝臓、眼内、及び神経系を含む多臓器系の炎症事象を含む(非特許文献2)。
上記の観点から、チェックポイント阻害剤におけるこれまでに報告されている多臓器系の有害な炎症事象の危険がなく、チェックポイント阻害剤及び他のクラスの腫瘍崩壊剤と組み合わせて使用することができる新たな癌治療剤が必要とされている。腫瘍又は感染疾患耐性機構と関連した遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチド作用物質を組み合わせて細胞を処理することによって調製された本発明の免疫療法用細胞、このような治療用細胞を作製する方法、及び作製された治療用細胞を用いて疾患を治療する方法は、この長い間望まれていた必要性を満たすものである。
Corsello他、J.Clin. Endocrinol. Metab., 2013, 98:1361 Hodi, 2013, Annals of Oncology, 24: Supp1, i7
細胞増殖性障害及び感染性疾患に対する免疫療法アプローチの有効性を、これらのアプローチと免疫チェックポイントの遮断剤とを組み合わせることにより増大させることができる。癌ワクチンと他の免疫治療剤とチェックポイント阻害剤との間の多くの相乗効果により、併用アプローチが細胞増殖性障害及び免疫疾患における臨床転帰を有意に改善させることができる機会が得られる。
本明細書に開示の本発明の種々の実施の形態は、免疫抑制機構に関与する標的遺伝子の発現を調節するよう、ex vivoにてオリゴヌクレオチドで細胞を処理することによって得られた治療用細胞を含む組成物を含む。オリゴヌクレオチド作用物質は、ロックド核酸(LNA)、メトキシエチルギャップマー(gapmers)等を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)又はsiRNA、miRNA、miRNA阻害剤、モルフォリノ、PNA等であってよい。オリゴヌクレオチドは自己送達性(sd)RNAi作用物質が好ましい。オリゴヌクレオチドに、例えば少なくとも1つの2−O−メチル修飾、2’−フルオロ修飾、及び/又はホスホロチオエート修飾を含む化学修飾を行うことができる。オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の疎水性の修飾物、例えば1つ又は複数のステロール、コレステロール、ビタミンD、ナフチル、イソブチル、ベンジル、インドール、トリプトファン、又はフェニル疎水性修飾物を含むことができる。オリゴヌクレオチドは、疎水性に修飾されたsiRNA−アンチセンスハイブリッドであってよい。オリゴヌクレオチドは、膜貫通送達系、例えば脂質を含む送達系と組み合わせて使用することができる。
一つの実施の形態において、細胞は癌又は感染性疾患患者から得られ、及び/又はそれらの患者に由来し、例えば腫瘍浸潤リンパ球(TIL)及び/又はT細胞、抗原提示細胞、例えば樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、人工多能性幹細胞、幹細胞セントラル記憶型T細胞等であってよい。T細胞及びNK細胞は、高親和性T細胞受容体(TCR)及び/又はキメラ抗体又は抗体断片−T細胞受容体(CAR)を発現するよう遺伝子操作されることが好ましい。一つの実施の形態において、キメラ抗体/抗体断片は、好ましくは腫瘍細胞に発現した抗原に結合することができる。免疫細胞を、プラスミド、ウイルス性送達ビークル又はmRNAを用いたトランスフェクションにより操作することができる。
一つの実施の形態において、キメラ抗体又は断片は、B細胞のCD19受容体と結合し、及び/又は黒色腫腫瘍等の腫瘍上に発現する抗原に結合することができる。このような黒色腫発現型抗原には、例えばGD2、GD3、HMW−MAA、VEGF−R2等がある。
修飾のための本明細書にて同定される標的遺伝子としては、細胞傷害性T細胞抗原4(CTLA4)、プログラム細胞死タンパク質1(PD1)、腫瘍成長因子受容体ベータ(TGFR−ベータ)、LAG3、TIM3及びアデノシンA2a受容体;BAX、BAC、Casp8及びP53を含むがそれらに限定されない抗アポトーシス遺伝子;A20ユビキチンリガーゼ(TNFAIP3、SOCS 1(サイトカインシグナル伝達の抑制因子、IDO(インドールアミン−2,3−ジオキシゲナーゼ;トリプトファン分解酵素)、PD−L1(CD274)(表面受容体、T細胞上でのPD 1との結合因子)、ノッチリガンドデルタ1(DLL 1)、Jagged 1、Jagged 2、FasL(アポトーシス促進表面分子)、CCL17、CCL22(制御性T細胞を誘引する分泌型ケモカイン)、IL10受容体(IL10RA)、p38(MAPK14)、STAT3、TNFSF4(OX40L)、マイクロRNAのmiR−155、miR−146a、BAX、BAC、Casp8及びP53を含むがそれらに限定されない抗アポトーシス遺伝子、及び同様の遺伝子、並びにそれらの組合せが挙げられる。代表的な標的配列を表1に挙げる。
操作された治療用細胞を、標的遺伝子の1つ又は複数の発現を阻害するよう設計されたRNAi作用物質を用いて処理する。RNAi作用物質は標的遺伝子にハイブリダイズするガイド配列を含むことができ、RNA干渉機構を介して標的遺伝子の発現を阻害するが、この場合標的領域は表1に挙げた群から選択される。RNA作用物質を化学修飾することができ、少なくとも1つの2’−O−メチル、2’−O−フルオロ、及び/又はホスホロチオエート修飾物、並びに少なくとも1つの疎水性修飾物、例えばコレステロール等を含むことが好ましい。
本明細書に記載の免疫原性組成物は、癌及び/又は感染性疾患を含む増殖性障害の治療に有用であり、腫瘍免疫耐性機構に関与する標的遺伝子の発現を調節するよう、オリゴヌクレオチドを用いたex−vivoでの細胞の処理によって作製される。ex vivoでの細胞の処理は、腫瘍抑制機構に関与する遺伝子、例えば表1に挙げる遺伝子を標的とし、かつその発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを細胞に投入することを含む。オリゴヌクレオチドは、脂質(複数の場合もあり)及びベクター、例えばウイルスベクターの1つ又は複数を含み得る膜貫通送達系と組み合わせて使用することができる。
本発明は、腫瘍免疫耐性機構に関与する1つ又は複数の標的遺伝子、例えば表1の標的遺伝子の1つ又は複数の発現を調節するよう、1つ又は複数のオリゴヌクレオチドで処理した細胞を含む免疫原性組成物を、その組成物を必要とする対象に投与することにより細胞増殖性障害又は感染性疾患を治療する方法を含む。
本発明は好ましくは、本明細書に記載の標的遺伝子の組合せを標的とする複数のオリゴヌクレオチド作用物質で処理した免疫原性細胞を含む。この組合せは、腫瘍免疫耐性機構を阻害するため、複数の抑制性受容体遺伝子、サイトカイン受容体遺伝子、調節遺伝子、及び/又はアポトーシス因子を標的とすることができる。
本発明は、新規の免疫療法用細胞、免疫療法用細胞を作製する方法、及びこのような細胞を使用する治療方法に関する。
本明細書において、例えばTIL、TCR、CAR、及び他の細胞型、並びに樹状細胞を基材とした癌ワクチンを基礎とした受動細胞移入を含むがそれらに限定されない広範な種々の細胞を基礎とした免疫療法への適用可能な免疫チェックポイント阻害の新たな方法について説明する。自己送達性RNAi技術は、免疫細胞を含む任意の細胞型の短鎖オリゴヌクレオチドの効率的なトランスフェクションをもたらし、免疫療法の治療の有効性の増大をもたらす。さらに、アポトーシス経路の主要活性因子、とりわけ例えばBAC、BAX、Casp8、及びP53の阻害を介してアポトーシスを阻止することによって活性化した免疫細胞を保護することができる。
オリゴヌクレオチドによって改変された活性化免疫細胞が、対象に投与する単一の治療剤に移入されているが、ワクチンと免疫治療剤との組合せが個別に投与され、またチェックポイント阻害剤が個別に投与された場合に比べ多くの利点をもたらしている。これらの利点には、単一の治療剤(免疫耐性遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドにより改変された活性化免疫細胞)中にはチェックポイント阻害剤に関連する副作用がないことがある。
請求された、免疫療法用細胞、免疫耐性経路を標的とするオリゴヌクレオチド分子の導入により免疫療法用細胞を作製する方法、並びに増殖性及び感染性疾患を治療する方法は、任意の既知の免疫療法用細胞及び免疫療法用細胞を作製する方法よりも改善されているが、それは、
1)チェックポイント阻害剤と他の免疫耐性機構阻害剤とを組み合わせる単一の治療用組成物と、
2)傷害性の減少と、
3)他の組成物と比べたときの有効性の増大と、
が得られるためである。
上記の実施形態の特徴は、添付の図面を参照するとともに以下の詳細な説明を参照することにより容易に理解されるだろう。
sdRNA分子の構造を示す概略図である。 HeLa細胞のGAPDH及びMAP4K4のsdRNA誘導性サイレンシングを示すグラフである。 NK−92細胞の3つの遺伝子に関するsdRNA作用物質を用いた多重標的のsdRNA誘導性ノックダウンを示すグラフである。 TP53及びMAP4K4を標的とするsdRNA作用物質による、ヒト初代T細胞の遺伝子発現のノックダウンを示すグラフである。 ヒト初代T細胞のCTLA4及びPD1のsdRNA誘導性ノックダウンを示すグラフである。 ヒト初代T細胞のsdRNAによるPDCD1及びCTLA−4表面発現の減少を示すグラフである。 ヒトPBMCのT細胞及びB細胞へのMAP4K4−cy3のsdRNA送達を示すグラフである。
本発明は特許請求の範囲により規定されており、免疫耐性(阻害性オリゴヌクレオチド)の抑制因子の発現を減少させ、及び/又は阻害するよう特別に設計され、選択されたオリゴヌクレオチド、このような阻害性オリゴヌクレオチドでの処理によって改変された細胞を含む組成物、このような組成物を作製する方法、及び上記組成物を増殖性及び/又は感染性疾患の治療に用いる方法を含む。特に、それぞれが標的とする免疫抑制因子に干渉し、その活性を減少させるよう特に設計されたオリゴヌクレオチド作用物質の組合せを用いて細胞を処理する。
好ましくは、オリゴヌクレオチド作用物質の組合せは、チェックポイント阻害剤遺伝子、例えばCTLA4、PD−1/PD−1L、BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3、B7−H4受容体、及びTGF−ベータ2型受容体;免疫細胞を不活性化するサイトカイン受容体、例えばTGF−ベータ受容体A及びIL−10受容体;免疫細胞によるサイトカイン産生を調節する調節遺伝子/転写因子、例えばSTAT−3及びP38、miR−155、miR−146a;並びに細胞死につながるカスケードに関与するアポトーシス因子、例えばp53及びCacp8から選択される多数の免疫抑制遺伝子を標的とする。
最も好ましくは、オリゴヌクレオチド作用物質は自己送達性RNAi作用物質であり、これは疎水性に修飾されたsiRNA−アンチセンスハイブリッド分子であり、該分子はセンス及びアンチセンス鎖のそれぞれの3’末端にオーバーハングを含む又は含まない、約13塩基対〜22塩基対の二本鎖領域と、約2ヌクレオチド〜9ヌクレオチドのアンチセンス鎖の3’末端に一本鎖の尾部とを含む。オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’−O−メチル修飾物、少なくとも1つの2’−O−フルオロ修飾物、及び少なくとも1つのホスホロチオエート修飾物、並びにステロール、コレステロール、ビタミンD、ナフチル、イソブチル、ベンジル、インドール、トリプトファン、フェニル等の疎水性調節因子(図1を参照)から選択される少なくとも1つの疎水性修飾物を含有する。オリゴヌクレオチドは複数のこのような修飾物を含有することができる。
定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲に使用される場合、以下の用語は他に求められない限り、記載の意味を有するものとする。
本明細書で使用される増殖性疾患としては、癌、アテローム性動脈硬化症、関節リウマチ、乾癬、特発性肺線維症、強皮症、肝硬変等を含む、細胞の過剰増殖及び細胞基質の交替を特徴とする疾患及び障害が挙げられる。癌としては、小細胞肺癌、結腸癌、乳癌、肺癌、前立腺癌、卵巣癌、膵臓癌、黒色腫、慢性骨髄白血病等の血液系腫瘍、及び腫瘍関連の免疫耐性を抑える免疫療法による介在が必要な同様の癌の1つ又は複数が挙げられるが、これらに限定されない。
免疫標的遺伝子を少なくとも4つの一般的な分類:(1)チェックポイント阻害剤、(2)免疫細胞を不活性化させるサイトカイン受容体、(3)抗アポトーシス遺伝子、及び(4)調節遺伝子、例えば転写因子にグループ分けすることができる。
本明細書において使用される場合、免疫チェックポイント阻害剤(ICI)は、細胞傷害性Tリンパ球抗原−4(CTLA−4)並びにプログラム細胞死タンパク質−1(PD−1)及びそのリガンドPD−L1等のいくつかのチェックポイントタンパク質に結合して遮断し、免疫系による癌細胞等の罹患細胞の攻撃を妨げる阻害性タンパク質を無効化することで、腫瘍特異的T細胞を放出して、腫瘍細胞に対するエフェクター機能を発揮する免疫治療剤を含む。
本明細書において使用される場合、腫瘍関連免疫耐性遺伝子は免疫応答のチェックポイント阻害に関与する遺伝子、例えばCTLA−4及びPD−1/PD−L1;TGF−ベータ、LAG3、Tim3、アデノシンA2a受容体を含む。
本明細書において使用される場合、調節遺伝子は免疫細胞によるサイトカイン産生を調節する転写因子等を含み、p38、STAT3、マイクロRNA、miR−155、miR−146aを含む。
本明細書において使用される場合、抗アポトーシス遺伝子は、BAX、BAC、Casp8、P53等及びそれらの組合せを含む。
本明細書において使用される場合、感染性疾患は、細菌、ウイルス、寄生生物、又は真菌の1つ又は複数を含むがそれらに限定されない病原性微生物により生じる疾患を含むがそれらに限定されず、この場合、免疫療法の干渉として病原関連免疫耐性及び/又は過活動性免疫応答を抑制する。
本明細書において使用される場合、免疫原性組成物は、1つ又は複数のオリゴヌクレオチド作用物質で処理した細胞を含み、この場合細胞はT細胞を含む。T細胞を、例えば高親和性T細胞受容体(TCR)、キメラ抗体−T細胞受容体(CAR)を発現するよう遺伝子操作することができ、この場合キメラ抗体断片は、B細胞のCD19受容体及び/又は腫瘍細胞上で発現される抗原に結合することができる。一実施形態において、キメラ抗体断片は、GD2、GD3、HMW−MAA、及びVEGF−R2から選択された、黒色腫腫瘍で発現される抗原に結合する。
本明細書に記載の免疫原性組成物には、抗原提示細胞、樹状細胞、操作されたT細胞、ナチュラルキラー細胞、人工多能性幹細胞及び幹細胞セントラル記憶型T細胞を含む幹細胞を含む細胞が含まれる。処理した細胞はまた、1つ又は複数のオリゴヌクレオチド作用物質、好ましくは免疫抑制機構に関与する遺伝子を特異的に標的とするsdRNAi作用物質を含み、この場合オリゴヌクレオチド作用物質は上記の標的遺伝子の発現を阻害する。
一実施形態において、標的遺伝子は、A20ユビキチンリガーゼ、例えばTNFAIP3、SOCS 1(サイトカインシグナル伝達の抑制因子)、Tyro3/Ax1/Mer(TLRシグナル伝達の抑制因子)、IDO(インドールアミン−2,3−ジオキシゲナーゼ、トリプトファン分解酵素)、PD−L1/CD274(表面受容体、T細胞のPD1に結合)、ノッチリガンドデルタ(DLL 1)、Jagged 1、Jagged 2、FasL(アポトーシス促進表面分子)、CCL17、CCL22(制御性T細胞を誘引する分泌型ケモカイン)、IL−10受容体(IL10Ra)、p38(MAPK14)、STAT3、TNFSF4(OX40L)、マイクロRNAのmiR−155、miR−146a、BAX、BAC、Casp8、及びP53を含むがそれらに限定されない抗アポトーシス遺伝子、及びそれらの組合せから選択される。
特に好ましい標的遺伝子は表1に示すものである。
本明細書において使用される場合、ex−vivoでの処理は、免疫抑制機構に関与する標的遺伝子の発現を調節するオリゴヌクレオチド作用物質で処理された細胞を含む。オリゴヌクレオチド作用物質は、例えば、ロックドヌクレオチド類似体、メチルオキシエチルギャップマー、シクロ−エチル−B核酸、siRNA、miRNA、miRNA阻害剤、モルフォリノ、PNA等を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドであってよい。好ましくは、オリゴヌクレオチド作用物質は、免疫抑制機構に関与する遺伝子を標的とするsdRNAi作用物質である。オリゴヌクレオチド作用物質によりin vitroにて処理される細胞は、in vitroにて増殖させた免疫細胞であってよく、増殖性又は感染性疾患を有する対象から得られた細胞であってよい。代替法として、細胞又は組織を例えばin situの注入及び/又は静脈内注射によりin vivoにて処理することができる。
本明細書において使用される場合、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド作用物質は、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、又は修飾ヌクレオチド、及び一本鎖若しくは二本鎖の形態のそれらのポリマーを含む複数の「ヌクレオチド」を含有する分子を指す。この用語は、既知のヌクレオチド類似体又は修飾骨格残基若しくは結合を含有するヌクレオチドを包含し、これらのヌクレオチドは合成、天然、及び非天然であり、基準となる核酸と類似の結合特性を有し、基準となるヌクレオチドと同じように代謝する。このような類似体の例として、ホスホロチオエート、ホスホロアミド酸、メチルホスホン酸、キラル−メチルホスホン酸、2−O−メチルリボヌクレオチド、ペプチド−核酸(PNA)を含むがそれらに限定されない。
本明細書において使用される場合、ヌクレオチドは、天然の塩基(標準)及び当技術分野において既知の修飾塩基を含むものを包含する。ヌクレオチドは、非修飾であるか、又は糖、リン酸及び/又は塩基部分にて修飾することができる(同義的にヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、非標準的ヌクレオチド等とも呼ばれる;例えば、国際公開92/07065号及び国際公開93/15187号を参照のこと)。核酸分子に導入することができる塩基修飾の非限定的な例としては、ヒポキサンチン、プリン、ピリジン−4−オン、ピリジン−2−オン、フェニル、プソイドウラシル、2,4,6−トリメトキシベンゼン、3−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、5−アルキルシチジン(例えば5−メチルシチジン)、5−アルキルウリジン(例えばリボチミジン)、5−ハロウリジン(例えば5−ブロモウリジン)又は6−アザピリミジン又は6−アルキルピリミジン(例えば6−メチルウリジン及びプソイドウリジン)、プロピン等が挙げられる。「修飾塩基」という句は、例えば、1’位にて修飾された、アデニン、グアニン、シトシン、及びウラシル以外のヌクレオチド塩基又はそれらの等価物を含む。
本明細書において使用される場合、「デオキシリボヌクレオチド」という用語は、天然及び合成の、非修飾及び修飾されたデオキシリボヌクレオチドを包含する。修飾物は、オリゴヌクレオチドの糖部分に対する変化、塩基部分に対する変化及び/又はデオキシリボヌクレオチド間の結合に対する変化を含む。
本明細書において使用される場合、「RNA」という用語は、少なくとも1つのリボヌクレオチド残基を含む分子と定義される。「リボヌクレオチド」という用語は、b−D−リボフラノース部分の2’位にヒドロキシル基を含むヌクレオチドと定義される。RNAという用語は、二本鎖RNA、一本鎖RNA、単離されたRNA、例えば部分的に精製されたRNA、本質的に純粋なRNA、合成RNA、組換えにより作製されたRNA、並びに1つ又は複数のヌクレオチドの付加、欠失、置換及び/又は変異により天然のRNAと異なる変異RNAを含む。本明細書に記載のRNA分子のヌクレオチドは、非標準的なヌクレオチド、例えば非天然のヌクレオチド若しくは化学合成されたヌクレオチド又はデオキシヌクレオチドも含むことができる。これらの変異RNAを類似体又は天然RNAの類似体と呼ぶことができる。
本明細書において使用される場合、「修飾ヌクレオチド」はヌクレオシド、ヌクレオ塩基、ペントース環、又はリン酸基に1つ又は複数の修飾を有するヌクレオチドを指す。例えば、修飾ヌクレオチドには、アデノシン一リン酸、グアノシン一リン酸、ウリジン一リン酸及びシチジン一リン酸を含有するリボヌクレオチドと、デオキシアデノシン一リン酸、デオキシグアノシン一リン酸、デオキシチミジン一リン酸及びデオキシシチジン一リン酸を含有するデオキシリボヌクレオチドとが除外される。修飾物は、ヌクレオチドを修飾する酵素、例えばメチルトランスフェラーゼによる修飾から得た天然のものを含む。
修飾ヌクレオチドはまた、合成又は非天然のヌクレオチドを含む。ヌクレオチドの合成又は非天然の修飾物は、2’修飾物、例えば2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、及び2’−O−(N−メチルカーバメート)を含むもの又は塩基類似体を含むものを含む。本開示に記載の2’−修飾ヌクレオチドと関連して、「アミノ」は修飾又は非修飾され得る2’−NH2又は2’−O−NH2を意味する。このような修飾基は、例えば米国特許第5672695号及び同第6248878号に記載されている。
本明細書において使用される場合、「マイクロRNA」すなわち「miRNA」は一本鎖RNAを形成する核酸を指し、この一本鎖RNAは、miRNAを遺伝子又は標的遺伝子と同じ細胞内にて発現させるとき、遺伝子又は標的遺伝子の発現を変化させる(発現を減少させ、又は阻害し、発現を調節し、発現を直接又は間接的に亢進させる)能力を有する。一実施形態において、miRNAは標的遺伝子に対して実質的又は完全な同一性を有し、一本鎖miRNAを形成する核酸を指す。いくつかの実施形態において、miRNAは、pre−miRNAの形態であってよく、この場合pre−miRNAは二本鎖RNAである。miRNAの配列は完全長の標的遺伝子又はそれらの部分配列に対応し得る。通例、miRNAは少なくとも約15ヌクレオチド長〜50ヌクレオチド長である(例えば、一本鎖miRNAの各配列が15ヌクレオチド長〜50ヌクレオチド長であり、二本鎖pre−miRNAが約15塩基対〜50塩基対の長さである)。いくつかの実施形態において、miRNAは20塩基ヌクレオチド〜30塩基ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、miRNAは20ヌクレオチド長〜25ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、miRNAは20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長、27ヌクレオチド長、28ヌクレオチド長、29ヌクレオチド長、又は30ヌクレオチド長である。
本明細書において使用される場合、標的遺伝子は、免疫耐性機構に関与する遺伝子の発現を調節するとして知られる又は同定される遺伝子を含み、抑制性受容体等の遺伝子のいくつかのグループ、例えば、CTLA4及びPD1;免疫細胞を不活性化させるサイトカイン受容体、例えばTGF−ベータ受容体、LAG3、Tim3、アデノシンA2a受容体、及びIL10受容体;調節遺伝子、例えばSTAT3、p38、mir155、及びmir146a;並びに細胞死につながるカスケードに関与するアポトーシス因子、例えばP53、Casp8、BAX、BAC、及びそれらの組合せの1つであってよい。表1に挙げた好ましい標的遺伝子も参照されたい。
本明細書において使用される場合、低分子干渉RNA(siRNA)は、短鎖干渉RNA又はサイレンシングRNAとしても知られており、センス及びアンチセンスRNA鎖を含み、それぞれが一般に約1022ヌクレオチド長であり、場合により3’末端に1ヌクレオチド〜3ヌクレオチドのオーバーハングを含む、二本鎖RNA分子の一グループと定義される。siRNAはRNA干渉(RNAi)経路において活性であり、相補的ヌクレオチド配列により特異的標的遺伝子の発現を干渉する。
本明細書において使用される場合、sdRNAは、非対称な二本鎖RNA−アンチセンスオリゴヌクレオチドハイブリッドとして形成される「自己送達性」RNAi作用物質を指す。二本鎖RNAは、約19ヌクレオチド〜25ヌクレオチドのガイド(センス)鎖及び約10ヌクレオチド〜19ヌクレオチドのパッセンジャー(アンチセンス)鎖を含み、この二本鎖形成により約5ヌクレオチド〜9ヌクレオチドの一本鎖のホスホロチオエート化された尾部が生じる。
RNA配列は安定化及び疎水性の修飾物、例えばステロール、例えばコレステロール、ビタミンD、ナフチル、イソブチル、ベンジル、インドール、トリプトファン、及びフェニルを用いて修飾されてよく、これらは任意のトランスフェクション試薬又は配合物の非存在下において、安定性及び効率的な細胞の取り込みをもたらす。IFN−誘導性タンパク質に対する免疫応答アッセイ試験では、sdRNAが他のRNAi作用物質に比べ、免疫賦活性プロファイルの低下を生じることが示されている。例えば、Byrne他、Dec. 2013, J. Ocular Pharmacology and Therapeutics, 29(10): 855-864を参照されたい。
細胞を基材とした免疫治療剤:
一般に、細胞は、癌等の増殖性疾患又はウイルス感染症等の感染性疾患の対象から得られる。得られた細胞を得られたまま直接処理し、又はオリゴヌクレオチドを用いた処理の前に細胞培養において増殖させることができる。細胞を、腫瘍細胞表面(CAR)上に発現される特異的抗原又はMHCクラスIに提示される細胞内腫瘍抗原(TCR)を認識する受容体を発現するよう遺伝的に改変することもできる。
オリゴヌクレオチド作用物質
アンチセンスオリゴヌクレオチド
低分子干渉RNA(siRNA)は、短鎖干渉RNA又はサイレンシングRNAとしても知られ、二本鎖のRNA分子であり、一般に19塩基対〜25塩基対の長さである。siRNAを、相補的ヌクレオチド配列により特異的遺伝子の発現を干渉するRNA干渉(RNAi)に使用する。
二本鎖DNA(dsRNA)は一般にRNAの一対の相補鎖、一般にセンス(パッセンジャー)鎖及びアンチセンス(ガイド)鎖を含む任意の分子を定義するために使用することができ、一本鎖オーバーハング領域を含むことができる。dsRNAという用語は、siRNAと対照的に一般に、ダイサーを含む切断酵素系の作用によってより大きなdsRNA分子から放出されたsiRNA分子の配列を含む前駆体分子を指す。
sdRNA(自己送達性)は、細胞に取り込ませるための送達ビークルを必要とせず、従来のsiRNAと比べ薬理学的に改良された、新しいクラスの共有結合により修飾したRNAi化合物である。「自己送達性RNA」、すなわちsdRNAは疎水性に修飾されたRNA干渉−アンチセンスハイブリッドであり、in vitroでの初代細胞において、及びin vivoでの局所投与時に高い効果を示している。毒性のない堅固な取り込み及び/又はサイレンシングが、真膚、筋肉、腫瘍、肺胞マクロファージ、脊髄、並びに網膜細胞及び網膜組織を含むいくつかの組織において明示されている。真膚層及び網膜において、sdRNAのmg用量での皮内及び硝子体内注射は強力な長時間のサイレンシングを誘導した。
sdRNAは優れた機能的ゲノミクスツールであり、初代細胞及びin vivoでのRNAiを可能にするが、従来のsiRNAに比べ比較的ヒット率が低い。1つの遺伝子に対して多くの配列をスクリーニングする必要があり、これが治療用途に対する制限因子とはならないが、sdRNA技術の機能的ゲノミクスへの応用に対してかなりの制約となり、何千の遺伝子に対する費用効率のよい化合物選択が必要となる。sdRNA構造、化学特性、標的位置、配列選択等を最適化するため、独自のアルゴリズムを開発し、sdRNA潜在性の予測に利用している。ex vivo及びin vivoにて全ての細胞型に活性であるsdRNA試薬の利用可能性が、機能的ゲノミクス及び標的層化/検証研究を可能にする。
独自のアルゴリズム
sdRNA配列を、HeLa細胞のルシフェラーゼレポーターアッセイにおける500個を超えるsdRNA配列の機能的スクリーニングに基づき設計された独自の選択アルゴリズムを元に選択した。その回帰分析を使用し、遺伝子抑制アッセイにおいて、sdRNA二本鎖の特異的ヌクレオチドの発生頻度と任意の特定位置での修飾との相関及びその機能性について確立した。このアルゴリズムにより機能的sdRNA配列の予測が可能になり、40%を超える確率で1μM濃度にて70%を超えるノックダウンと規定される。
表1は独自のアルゴリズムを用いて同定され、細胞免疫療法の組成物及び本明細書に記載の方法に有用である予測遺伝子標的を示す。
RNAi作用物質の送達:
BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;Applic BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;prim BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体におけるRNAi技術の機能的ゲノミクス試験への応用;ary細胞及びin vivoではsiRNAの脂質への配合又は他の細胞送達技法の使用に対する要件により制限される。送達問題を回避するため、自己送達性RNAi技術は追加の配合物又は技法を必要とすることなく、RNAi作用物質を用いて細胞を直接トランスフェクションさせる方法を提供する。トランスフェクションが困難な細胞株をトランスフェクションさせる能力、in vivoでの高い活性、及び使用の簡便さは、従来のsiRNAを基礎とした技法に対して有意な機能的利点を示す組成物及び方法の特徴である。sdRNAi技術は、化学合成された化合物を広範囲の初代細胞及び組織にex−vivo及びin vivoの両方にて直接送達することを可能にする。
BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体の自己送達を可能にするため、従来のsiRNA分子では、大きさを実質的に小さくし、RNAi装置による耐性があまり高くない膨大な化学修飾物を導入する必要があり、活性分子を見つける可能性が極めて低くなる(低ヒット率)。対照的に、sdRNA技術はヒトにおけるサイレンシング効率が明示され、in vitro及びin vivoでの初代細胞及び組織への効率的なRNAi送達を可能にする。
sdRNA分子の一般的な構造を図1に示す。sdRNAは疎水性に修飾されたsiRNA−アンチセンスオリゴヌクレオチドハイブリッド構造体として形成され、例えばByrne他、Dec. 2013, J. Ocular Pharmacology and Therapeutics, 29(10): 855-864に開示されている。
オリゴヌクレオチド修飾物:2’−O−メチル、2’−O−フルオロ、ホスホロチオエート
オリゴヌクレオチド作用物質は、治療剤の安定性及び/又は有効性を増大させ、治療する細胞又は組織へのオリゴヌクレオチドの効率的な送達を行うために1つ又は複数の修飾物を含むことが好ましい。このような修飾物は少なくとも1つのBTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;2’−O−メチル修飾物、少なくとも1つの2’−O−フルオロ修飾物及び少なくとも1つのジホスホロチオエート修飾物を含む。さらに、オリゴヌクレオチドをステロール、コレステロール、ビタミンD、ナフチル、イソブチル、ベンジル、インドール、トリプトファン、及びフェニルから選択される1つ又は複数の疎水性修飾物を含むよう修飾する。疎水性修飾物はステロールが好ましい。
オリゴヌクレオチド作用物質の細胞への送達
オリゴヌクレオチドを好ましくは脂質、ウイルスベクター等を含む膜貫通送達系と組み合わせて細胞に送達することができる。最も好ましくは、オリゴヌクレオチド作用物質は自己送達RNAi作用物質であり、いかなる送達作用物質も必要としない。
併用療法
本発明において、例えば特定の要件のための要素及び/又は代替物の特定の組合せが最も好ましい。この目的は、免疫抑制遺伝子をサイレンシングするためにオリゴヌクレオチドの標的とするのに適切な遺伝子を決定し、独自のアルゴリズムを使用し、最も適切な標的配列を選択することにより実現される。
免疫療法用細胞は、免疫抑制に関与し、選択された標的疾患及び遺伝子に適切な種々の遺伝子を標的とする多数のオリゴヌクレオチド作用物質を含むよう修飾されることが好ましい。例えば、好ましい免疫療法の細胞はCTLA−4とPD−1との両方をノックダウンするよう修飾されたT細胞である。
オリゴヌクレオチドと免疫抑制に関与する関連遺伝子との更なる組合せには、表1の選択された標的配列の種々の組合せがある。
BTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;好ましいBTLA(B及びTリンパ球アテニュエーター)、KIR(キラー免疫グロブリン様受容体)、B7−H3受容体及びB7−H4受容体並びにTGF−ベータ2型受容体;治療剤の組合せには以下の標的の遺伝子発現をノックダウンするよう操作された細胞を含む:
a) CTLA4及びPD1
b) STAT3及びp38
c) PD1並びにBaxPD1、CTLA4、Lag−1、ILM−3及びTP53
d) PD1及びCasp8
e) PD1及びIL10R
本明細書に記載の治療用組成物は、増殖性障害又は感染性疾患に罹患した対象を治療するのに有用である。特に、免疫療法の組成物は、対象の免疫機構の抑制を特徴とする疾患の治療に有用である。本明細書に記載のsdRNA作用物質は、疾患関連免疫抑制経路に関与する標的遺伝子に特異的に設計される。
対象を治療する方法は、免疫抑制機構に関与する遺伝子、例えば表1又は別途本明細書に記載の遺伝子のいずれかの発現を阻害することができるsdRNAi作用物質を含む免疫原性組成物を、その組成物を必要とする対象に投与することを含む。
上記の本発明の実施形態は単なる例示を意図するものであり、多くの変形及び変更が当業者であれば明らかであるだろう。全てのこのような変形及び変更は、添付のいずれかの特許請求の範囲に記載の本発明の範囲内であることが意図される。
実施例1
自己送達性RNAi免疫治療剤
本明細書に記載の免疫治療剤を、免疫抑制機構に関与する特定の遺伝子を標的とし、ノックダウンするよう設計された特定のsdRNA作用物質で細胞を処理することにより作製した。特に、以下の細胞及び細胞株をsdRNAで処理することに成功し、特定のヒト細胞の標的となる遺伝子発現の少なくとも70%をノックダウンすることが示された。
これらの試験は、これらの免疫原性作用物質をトランスフェクションに対して正常なかなり耐性の高い細胞の標的遺伝子の発現を抑制することに利用されることを明示し、作用物質が任意の細胞型の標的細胞の発現を減少させることができることを示唆する。
実施例2
標的遺伝子の発現を阻害するオリゴヌクレオチド配列
以下の遺伝子を含む多くのヒト遺伝子を免疫抑制機構に関与することから、候補標的遺伝子として選択した。BAX(NM_004324) BAK1(NM_001 188) CASP8(NM_001228) ADORA2A(NM_000675) CTLA4(NM_005214) LAG3(NM002286) PDCD1(NM_NM005018) TGFBR1(NM−004612) HAVCR2(NM_032782) CCL17(NM_002987) CCL22(NM_002990) DLL2(NM_005618) FASLG(NM_000639) CD274(NM_001267706) IDO1(NM_002164) IL10RA(NM_001558) JAG 1(NM_000214) JAG2(NM_002226) MAPK14(NM_001315) SOCS1(NM_003745) STAT3(NM_003150) TNFA1P3(NM 006290) TNFSF4(NM 003326) TYR02(NM_006293) TP53(NM_000546)
上記に挙げた遺伝子のそれぞれを独自のアルゴリズムを用いて分析し、抗原提示細胞及びT細胞の免疫抑制を阻止する各遺伝子の配列及び標的領域を標的とする好ましいsdRNAを同定した。結果を表1に示す。
実施例3
HeLa細胞のsdRNAによる標的遺伝子(GAPDH)のノックダウン
HeLa細胞(ATCC CRM−CCL−2)を24時間、継代培養した後にトランスフェクションし、対数増殖期を維持した。表1に挙げるG13のsdRNAを含む数種のGAPDHのsdRNAの有効性をqRT−PCRにより試験した。
必要とする濃度の2倍のGAPDH、MAP4K4(陽性対照)及びNTC(非標的対照)のsdRNAの溶液を血清非含有EMEM培地において、100μMのオリゴヌクレオチドを0.2μM〜4μMに希釈することにより調製した。
各オリゴ濃度点の培地の総容量を(50μl/ウェル)×(各血清点の複製物の数)として算出した。オリゴヌクレオチドを96ウェルプレートに50μl/ウェルにて分注した。
細胞をトランスフェクション用にトリプシン処理により50mlチューブに回収し、抗生物質を含まない10%FBS含有培地を用いて2回洗浄し、室温にて5分間200×gにて遠沈し、実験に必要なFBS量(6%)の2倍を含有し、抗生物質を含まないEMEM培地に再懸濁させた。細胞の濃度を120000/mlに調節し、6000細胞/50μl/ウェルの最終濃度を得た。細胞を予め希釈したオリゴを含む96ウェルプレートに50μl/ウェルにて分注し、48時間インキュベーターに入れた。
qRT−PCRを用いたHeLa細胞の遺伝子発現分析
PureLink(商標) Pro96 total RNA精製キット(Ambion、品番12173−011A)を用いて、Quanta qScript XLT One−Step RT−qPCR ToughMix、ROX(VWR、89236672)により、トランスフェクションさせたHeLa細胞からRNAを単離した。単離したRNAの遺伝子発現をヒトMAP4K4−FAM(Taqman Hs0377405_m1)及びヒトGAPDH−VIC(Applied Biosystems、品番4326317E)遺伝子発現アッセイを用いて分析した。
インキュベーションしたプレートを遠沈し、100μl/ウェルのPBSを用いて1回洗浄し、キットに含まれる60μl/ウェル緩衝液を用いて溶解させた。RNAの単離が製造業者の説明書に従い行われ、RNAを100μlのRNase非含有水を用いて溶出し、1ステップqRT−PCR用に希釈せずに使用した。
非トランスフェクション(NT)細胞の1:5及び1:25希釈物を、RNase非含有水を用いて標準曲線用に調製した。qRT−PCRは、9μl/ウェルをロープロファイルPCRプレートに分注し、先に調製したRNAサンプルから1μlのRNA/ウェルを添加することで行われた。短時間の遠心分離後、サンプルをリアルタイムサイクラーに入れ、製造業者が推奨する設定を用いて増幅させた。
GAPDH遺伝子発現をqPCRにより測定し、MAP4K4に対して正規化し、非標的sdRNAの存在下において発現の割合としてプロットした。その結果を標準曲線に従い正規化したものと比較した。図2に示されるように、GAPDH又はMAP4K4を標的とするいくつかのsdRNA作用物質は有意にmRNAレベルを減少させ、1μMのsdRNAにおいて80%〜90%超のノックダウンを生じた(図2を参照のこと)。
実施例4
NK−92細胞のsdRNAによる多重標的のサイレンシング
NK−92細胞をConqwestから入手し、FastLane Cell Multiplex Kit(Qiagen、品番216513)を用いてRNAの精製を行うことなく1ステップRT−PCR分析を行った。トランスフェクションのため、NK−92細胞を遠心分離により回収し、4%FBS及び1000U/mlのIL2を含有するRPMI培地を用いて希釈し、1000000細胞/mlに調節した。
MAP4K4、PPIB又はGADPHを標的とする多数のsdRNA作用物質を血清非含有RPMI培地において個別に4μMに希釈し、50μl/ウェルにて個々に96ウェルプレートに分取した。次いで調製された細胞を50μlの細胞/ウェルにてMAP4K4、PPIB又はGAPDHのsdRNAのいずれかを含むウェルに添加した。細胞を24時間、48時間、又は72時間インキュベーションした。
特定の時点にて、プレートに播種したトランスフェクション細胞を100μl/ウェルのPBSを用いて1回洗浄し、FCW緩衝液を用いて1回洗浄した。上清を除去後、23.5μlのFCPL及び1.5μlのgDNAの除去溶液(wipeout solution)の細胞プロセッシングミックスを各ウェルに添加し、室温にて5分間インキュベーションした。次いで、溶解物をPCRストリップに移し、75℃にて5分間加熱した。
qRT−PCRを設定するため、溶解物をFastLane Cell Multiplex KitのQuantiTect試薬及びMAP4K4−FAM/GAPDH−VIC又はPPIB−FAM/GAPDH−VIC用プライマープローブミックスと混合させた。以下のTaqman遺伝子発現アッセイを使用した:ヒトMAP4K4−FAM(Taqman、Hs00377405_m1)、ヒトPPIB−FAM(Taqman、Hs00168719_m1)、及びヒトGAPDH−VIC(Applied Biosystems、品番4326317E)。
9μl/ウェルの容量の各反応ミックスをロープロファイルPCRプレートに分注した。先に調製した溶解物から1ウェル当たり1μlの溶解物を添加した。製造業者が推奨する設定を用いてサンプルを増幅させた。
図3に示す結果は、NK−92細胞にトランスフェクションさせたsdRNA作用物質による、多重標的であるMAP4K4、PPIB、及びGADPHのそれぞれの、24時間〜72時間のインキュベーションにおいて各標的の発現の75%を超える阻害を含む有意なサイレンシングを明示している。
実施例5
ヒト初代T細胞のsdRNAによるTP53及びMAP4K4のサイレンシング
初代ヒトT細胞をAllcells(カルフォルニア州)から入手し、1000IU/mlのIL2を含有する完全RPMI培地において培養した。細胞を抗CD3/CD28 Dynabeads(Gibco、11131)を用いて、製造業者の説明書に従いトランスフェクションの前に少なくとも4日間活性化させた。短時間のボルテックスにより、細胞からビーズを除去し、指定の磁石を用いてビーズを分離することにより細胞を回収した。
TP53又はMAP4K4を標的とするsdRNA作用物質を1サンプル(ウェル)当たり血清非含有RPMIにおいて、sdRNAを0.2μM〜4μMに個別に希釈することにより調製して、100μl/ウェルにて96ウェルプレートに個々に分取した。細胞を4%FBS及び2000U/mlのIL2を含有するRPMI培地において1000000細胞/mlにて調製し、100μl/ウェルにて予め希釈したsdRNAを含む96ウェルプレートに播種した。
トランスフェクションのインキュベーション時間の終わりに、プレートに播種したトランスフェクション細胞を100μl/ウェルのPBSを用いて1回洗浄し、本質的に実施例4に記載のように、製造業者の説明書に従いFastLane Cell Multiplex Kit試薬を用いてプロセッシングした。Taqman遺伝子発現アッセイを以下の組合せを用いて使用した:ヒトMAP4K4−FAM/GAPDH−VIC又はヒトTP53−FAM(Taqman、Hs01034249_m1)/GAPDH−VIC。予め調製した溶解物から18μl/ウェルの容量の各反応ミックスを1ウェル当たり2μlの溶解物と混合させた。サンプルをこれまでのように増幅させた(実施例4を参照のこと)。
図4に示す結果は、T細胞にトランスフェクションさせたsdRNA作用物質による、MAP4K4及びTP53の両方の、1μM〜2μMのsdRNAによる遺伝子発現の70%〜80%の阻害に達する有意なサイレンシングを明示している。
実施例6
黒色腫を治療するためのsdRNAの免疫治療剤の併用
黒色腫はT細胞の免疫機能を抑制するため少なくとも2つの特定の経路を利用し、そのそれぞれがPD1及びCTLA4の両方を含む。PD1リガンドであるPD1Lを発現する黒色腫腫瘍は、PD1を標的とするよう特異的に設計され、PD1発現を干渉するsd−RNAi作用物質を用いてex−vivoにて前処理されたT細胞の標的とすることができる。PD1はPDCD1としても知られ、sdRNA介在性抑制において特に機能されると同定され、予測される特定の標的配列及び遺伝子領域をPDCD1(NM_005018)及びCTLA4(NM005214)として表1に示す。
黒色腫腫瘍の治療は、黒色腫細胞に、T細胞、例えばPD1/PDCD1及びCTLA4を標的とし、例えばPD1/PDCD1及び/又はCTLA4として挙げた20個の標的配列の1つ又は複数を標的とするsdRNAを組み合わせてex−vivoにて前処理した腫瘍浸潤リンパ球を投入することによって行うことができる。PD1/PDCD1及びFASLG(NM_000639)及び/又はCTLA4を標的とするsdRNAの組合せは、PD1L及びFASの両方を発現する腫瘍内のT細胞傷害性を増大させ得る。
抗CTLA−4及び抗PD1のsdRNAに加えて、及びそれらと組み合わせて、黒色腫の免疫療法に使用するT細胞を腫瘍による免疫抑制を示す他の遺伝子を標的とするsdRNAで処理することもできる。これらの受容体は、TGF−ベータ1型及び2型受容体、BTLA(黒色腫細胞で発現されるヘルペスウイルスエントリインディケーター(HVEM)の結合因子)、並びに骨髄由来抑制細胞(MDSC)により発現するインテグリンの受容体、例えばCD11b、CD18、及びCD29を含むが、それらに限定されない。
発現した抑制タンパク質のプロファイルが未知である腫瘍に対して、PD1/PDCD1を標的とするsdRNAと既知の抑制性受容体のいずれか1つとの任意の組合せは、免疫抑制の減少及び治療有効性の増大に役立てることができる。
実施例7
免疫細胞抑制を緩和するsdRNAの組合せ
T細胞又は樹状細胞抑制を、種々のサイトカイン、例えばIL10及び/又はTGF−ベータにより調節することができる。T細胞及び樹状細胞の対応する受容体の抑制は、サイトカインの活性に利点を有し得る。例えば、抗PD1と抗IL10RのsdRNAとを組み合わせることは、抗PD1のみと比べ、サイトカインにより誘導されるT細胞及び樹状細胞の抑制を緩和することが期待される。
実施例8
免疫細胞抑制を緩和するsdRNAの組合せ
免疫細胞の腫瘍抑制の機構が知られていない可能性があるとき、アポトーシス(プログラム細胞死)に関与する遺伝子、例えばp53、Casp8、又はアポトーシスを活性化させる他の遺伝子を抑制するためにsdRNA作用物質を使用することは、免疫細胞の活性を増大させる利点を有し得る。抗受容体sdRNAとアポトーシス促進遺伝子に対するsdRNAとの組合せは、更に免疫細胞の死を減少させるため、それらの活性を増大させることができる。例えば、抗PD1と抗p53のsdRNAとの組合せは更に、アポトーシスの活性を阻害することによって抑制からT細胞を保護することができる。
実施例9
ヒト初代T細胞のsdRNAによるCTLA−4及びPDCD1のサイレンシング
本質的に実施例5に記載のように、初代ヒトT細胞を培養し、活性化させた。PDCD1及びCTLA−4を標的とするsdRNA作用物質を1サンプル(ウェル)当たり血清非含有RPMIにおいて、sdRNAを0.4μM〜4μMに個別に希釈することにより調製して、100μl/ウェルにて96ウェルプレートに個々に分取した。細胞を4%FBS及び2000U/mlのIL2を含有するRPMI培地において1000000細胞/mlにて調製し、100μl/ウェルにて予め希釈したsdRNAを含む96ウェルプレートに播種した。
72時間後、本質的に実施例4に記載のように、製造業者の説明書に従い、トランスフェクションさせた細胞を100μl/ウェルのPBSを用いて1回洗浄し、FastLane Cell Multiplex Kit試薬を用いてプロセッシングした。Taqman遺伝子発現アッセイを以下の組合せを用いて使用した:ヒトPDCD1−FAM(Taqman、Hs01550088_m1)/GAPDH−VIC又はヒトCTLA4−FAM(Taqman、Hs03044418_m1)/GAPDH−VIC。予め調製した溶解物から18μl/ウェルの容量の各反応ミックスを1ウェル当たり2μlの溶解物と混合させた。サンプルをこれまでのように増幅させた(実施例4を参照のこと)。
図5に示す結果は、T細胞に送達されたsdRNA作用物質の組合せを使用することにより2μMのsdRNAで遺伝子発現の60%〜70%を超える阻害が得られ、PDCD1及びCTLA−4の有意なサイレンシングを明示している。
実施例10
ヒト初代T細胞のsdRNAによるCTLA−4及びPDCD1表面の発現の減少
本質的に実施例5に記載のように、初代ヒトT細胞を培養し、活性化させた。
CTLA−4又はPD1を標的とするsdRNA作用物質を1サンプル(ウェル)当たり血清非含有RPMIにおいて、5μMに個別に希釈し、250μl/ウェルにて24ウェルプレートに分取した。磁性ビーズと混合させた細胞を回収し、4%FBS及び2000IU/mlのIL2を含有する250μlのRPMI培地において500000個の細胞に調節した。予め希釈したsdRNAを含有して調製したプレートに細胞を250μl/ウェルにて播種した。24時間後、FBSを細胞に添加し、10%の最終濃度を得た。
72時間のインキュベーション後、トランスフェクションさせた細胞を回収し、実施例5に記載のように磁石を用いて活性化ビーズから分離した。細胞を、PBSを用いて洗浄し、遠沈し、ブロック緩衝液(3%BSAを含むPBS)に200000細胞/50μl/サンプルにて再懸濁させた。
抗体希釈液をブロック緩衝液において調製した。抗体を2つの組合せで混合した:抗PD1/抗CD3(両抗体に対して1:100の希釈液)及び抗CTLA4/抗CD3(抗CTLA4に対して10μl/10個の細胞;CD3に対して1:100)。以下の抗体を使用した:CD3に対してウサギモノクローナル[SP7](Abcam、ab16669);CTLA4に対してマウスモノクローナル[BNI3](Abcam、ab33320)及びPD1に対してマウスモノクローナル[NAT105](Abcam、ab52587)。細胞を希釈した抗体と混合させ、氷上で30分間インキュベーションした。次いで、細胞を0.2%Tween−20及び0.1%アジ化ナトリウムを含有するPBSを用いて2回洗浄した。
二次抗体をブロック緩衝液において希釈し、合わせて混合し、抗マウスCy5(Abcam、ab97037)に対して1:500及び抗ウサギAlexa−488(Abcam、ab150077)に対して1:2000の最終希釈液を得た。細胞を1:1の比にて希釈した抗体と混合させ、氷上にて30分間インキュベーションした。細胞をこれまでのように洗浄し、1チューブ当たり500μlのPBSで希釈した。データはAttune Acoustic Focusing Cytometer(Applied Biosystems)にて即時に得られた。
図6に示されるように、sdRNAは、活性化したヒト初代T細胞におけるCTLA−4及びPD1の表面発現を効率的に減少させた。
実施例11
MAP4K4のsdRNAのヒト末梢血単核細胞(PBMC)のCD3−及びCD19−陽性部分集合体への送達
PBMCを1.5%PHA溶液及び500U/mlのIL2を補充した完全RPMIにおいて培養した。トランスフェクションのため、PBMCを遠心分離により回収し、4%FBS及び1000U/mlのIL2を含有するRPMI培地を用いて希釈し、500000細胞/ウェルにて24ウェルプレートに播種した。
cy3を用いて標識したMAP4K4のsdRNAを0.1μMの最終濃度となるように細胞に添加した。72時間のインキュベーション後、トランスフェクションさせた細胞を回収し、PBSを用いて洗浄し、遠沈し、ブロック緩衝液(3%BSAを含むPBS)に200000細胞/50μl/サンプルにて希釈した。
抗体希釈液を以下のようにブロック緩衝液において調製した:1:100の最終希釈の抗CD3(Abcam、ab16669)及び10μl/1000000個の細胞の抗CD19(Abcam、ab31947)。細胞を希釈した抗体と混合させ、氷上で30分間インキュベーションした。次いで、細胞を0.2%Tween−20及び0.1%アジ化ナトリウムを含有するPBSを用いて2回洗浄した。
二次抗体をブロック緩衝液において、抗マウスCy5(Abcam、ab97037)に対して1:500及び抗ウサギAlexa−488(Abcam、ab150077)に対して1:2000の最終希釈液にて希釈した。細胞を1:1の比にて希釈した抗体と混合させ、氷上にて30分間インキュベーションした。細胞をこれまでのように洗浄し、1チューブ当たり500μlのPBSで希釈した。データはAttune Acoustic Focusing Cytometer(Applied Biosystems)にて即時に得られた。
図7は、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)におけるCD3陽性(t細胞)の97%超及びCD19陽性(B細胞)の98%超の部分集合体の効率的なトランスフェクションを示す。

Claims (23)

  1. PD1の発現を抑制することができるsdRNAを含み、ここで該sdRNAが、配列番号281〜300から選択される配列を標的とする免疫調節因子。
  2. PD1の発現を抑制することができるsdRNAを含み、ここで該sdRNAが、配列番号281〜300から選択される配列を標的とし、ここでPD1の発現を抑制するようにsdRNAによって改変された免疫細胞をさらに含む免疫原性組成物。
  3. 組成物中の免疫細胞が、異なる免疫チェックポイント遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変された、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  4. 組成物中の免疫細胞が、少なくとも1つの抗アポトーシス遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変されている、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  5. 組成物中の免疫細胞が少なくとも1つのサイトカイン受容体遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変されている、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  6. 組成物中の免疫細胞が少なくとも1つの調節遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変されている、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  7. 組成物中の免疫細胞が、表1に挙げた少なくとも1つの標的遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変されている、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  8. 組成物中の免疫細胞が、CTLA4、TGFBR1、TGFRBR2、IL10RA、TP53、BAX、BAK1、CASP8、ADORA2A、LAG3、HAVCR2、CCL17、CCL22、DLL2、FASLG、CD274、IDO1、ILIORA、JAG1、JAG2、MAPK14、SOCS1、STAT3、TNFAIP3、並びにTYRO3、BTLA、KIR、B7−H3受容体及びB7−H4受容体からなる群から選択される少なくとも1つの標的遺伝子の発現を抑制するようにさらに改変されている、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  9. 組成物中の免疫細胞がT細胞、NK細胞、抗原提示細胞、樹状細胞、幹細胞、人工多能性幹細胞、及び/又は幹細胞セントラル記憶型T細胞からなる群から選択される、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  10. 免疫細胞が高親和性T細胞受容体(TCR)及び/又はキメラ抗体−T細胞受容体(CAR)を発現する1つ又は複数のトランス遺伝子を含むT細胞である、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  11. 免疫原性組成物がCTLA4、FAS、TGFR−ベータ、IL−10R、STAT3、P38、LAG3、TIM3、BTLA、B7−H3及びB7−H4受容体、並びにアデノシンA2a受容体の1つ又は複数を標的とするsdRNAを含む、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  12. 免疫原性組成物がBAX、BAC、TP53、及びCasp8からなる群から選択される1つ又は複数の抗アポトーシス遺伝子を標的とする1つ又は複数のsdRNAを含む、請求項4に記載の免疫原性組成物。
  13. sdRNAがPD1の発現の少なくとも50%の阻害を誘導する、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  14. sdRNAが少なくとも1つの2’−O−メチル修飾及び/又は少なくとも1つの2’−O−フルオロ修飾、及び少なくとも1つのホスホロチオエート修飾を含む、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  15. sdRNAが少なくとも1つの疎水性修飾を含む、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  16. sdRNAが少なくとも1つのコレステロール分子を含むように改変される、請求項2に記載の免疫原性組成物。
  17. 請求項2に記載の免疫原性組成物を製造する方法であって、当前記方法は、PD1の発現を抑制することができるsdRNAを用いて形質転換することを含み、前記sdRNAは、配列番号281〜300から選択される配列を標的とする、方法。
  18. 免疫細胞が、CTLA4、TGFBR1、TGFRBR2、IL10RA、TP53、BAX、BAK1、CASP8、ADORA2A、LAG3、HAVCR2、CCL17、CCL22、DLL2、FASLG、CD274、IDO1、ILIORA、JAG1、JAG2、MAPK14、SOCS1、STAT3、TNFAIP3、並びにTYRO3、BTLA、KIR、B7−H3及びB7−H4受容体からなる群から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現を阻害するsdRNAにより、さらに形質転換される、請求項17に記載の方法。
  19. 免疫細胞がT細胞、NK細胞、抗原提示細胞、樹状細胞、幹細胞、人工多能性幹細胞、及び幹細胞セントラル記憶型T細胞からなる群から選択される、請求項17に記載の方法。
  20. 免疫細胞が高親和性T細胞受容体(TCR)及び/又はキメラ抗体−T細胞受容体(CAR)を発現する1つ又は複数のトランス遺伝子を含むT細胞である、請求項17に記載の方法。
  21. 増殖性疾患又は感染性疾患を治療することに使用するための、請求項2に記載の免疫原性組成物
  22. 前記増殖性疾患が癌である、請求項21に記載の免疫原性組成物
  23. 前記感染性疾患が病原性感染症である、請求項21に記載の免疫原性組成物
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