JP2019503678A - Ｒｎａ分子組成物の作製方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むリボ核酸（ＲＮＡ）分子組成物を作製する方法に関し、この方法は、単一の反応槽におけるｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物の並行した、即ち同時のＲＮＡインビトロ転写ステップ、及びＲＮＡ分子組成物を得るステップを含む。また、本発明の方法によって提供されるＲＮＡ組成物及びそれを含む医薬組成物並びに医薬品容器も提供される。更に、本発明は、医薬として用いられる本ＲＮＡ組成物及び本医薬組成物を提供する。

Description

本発明は、ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種に由来するｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むリボ核酸（ＲＮＡ）分子組成物を作製する方法であって、単一の反応槽内でのｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物のＲＮＡインビトロ転写（ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、それによりｎ個の異なるＲＮＡ分子種が作成される）と、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物を得ることと［ｎは少なくとも２の整数であり、及びｍは少なくとも１の整数である］を含む方法に関する。本発明はまた、上記の方法によって作製されるＲＮＡ分子組成物並びにこのＲＮＡ分子組成物を含む医薬組成物及び医薬品容器も提供する。更なる態様において、本発明のＲＮＡ分子組成物及び医薬組成物は、遺伝性疾患、アレルギー、自己免疫疾患、感染症、新生物、癌、及び腫瘍関連疾患、炎症性疾患、血液及び造血臓器疾患、内分泌、栄養及び代謝疾患、神経系疾患、循環系疾患、呼吸器系疾患、消化器系疾患、皮膚及び皮下組織疾患、筋骨格系及び結合組織疾患、及び泌尿生殖器系疾患（遺伝性か後天性かに関わらず）、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される疾患の治療又は予防などにおける医薬として有用である。また、免疫療法剤、遺伝子療法剤としての又はワクチンとしてのこのＲＮＡ分子組成物の使用も提供される。
免疫療法、遺伝子療法及び（遺伝子）ワクチン接種は、現代医療の中で最も有望な、急速に発展している方法である。これらは、多種多様な疾患及び疾患の組み合わせの療法に関して極めて特異性及び個別性の高い治療選択肢を提供し得る。特に、遺伝性の遺伝病は、また自己免疫疾患、感染症、癌性又は腫瘍関連疾患並びに炎症性疾患も、かかる治療手法の対象であり得る。本ＲＮＡ分子組成物を医薬として使用することにより、これらの手法によってかかる疾患の（早期）発症を予防することもまた想定される。
ＤＮＡは比較的安定していて取り扱い易いことが知られているが、療法下でのＤＮＡの使用は、投与されたＤＮＡ断片が患者のゲノムに不必要に挿入され、潜在的に遺伝子の機能喪失が起こるリスクを孕んでいる。更なるリスクとして、不必要な抗ＤＮＡ抗体の発生が浮上している。別の欠点は、ＤＮＡ投与及びその続く転写／翻訳によって実現し得るコードされるペプチド又はタンパク質の発現レベルが限られていることである。
ＤＮＡ分子の代わりにＲＮＡ分子を遺伝子療法又は遺伝子ワクチン接種に使用することにより、不必要なゲノム組込み及び抗ＤＮＡ抗体の発生のリスクは最小限に抑えられ、又は更には完全に防止される。長年、一般にｍＲＮＡは遺伝子療法目的で効率的に使用するには不安定過ぎると認識されていた。しかしながらこの１０年間、幾つかの研究グループがこの課題に取り組み、トランスフェクション効率及びタンパク質発現の持続期間に関して意外な結果をもってｍＲＮＡ媒介トランスフェクションの実現可能性を立証したのみならず、ＤＮＡの使用に優る大きな利点を実証することができた。これらの利点の一つは、ｍＲＮＡがそのコードされているタンパク質を発現させるのに核膜バリアを通過する必要がないことである（非特許文献１においてレビューされている。
遺伝子療法及び遺伝子ワクチン接種の分野における有効な治療選択肢を更に開発するため、最近になって調製量のＲＮＡ分子の組換え生産方法が開発されている。この方法は、好適なＤＮＡ鋳型（例えば、ＤＮＡ鋳型を有するプラスミド）の存在下におけるファージＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔ７、ＳＰ６、Ｔ３）及びそれぞれのヌクレオチドを用いたＲＮＡインビトロ転写を含む（例えば非特許文献２を参照）。
タベルニエ（Ｔａｖｅｒｎｉｅｒ）ら著、ジャーナル・オブ・コントロールド・リリース（Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ）、２０１１年、第１５０巻、第３号、ｐ．２３８〜４７ パスコロ・スティーブ（Ｐａｓｃｏｌｏ，Ｓｔｅｖｅ）著、「メッセンジャーＲＮＡによるワクチン接種（Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ ＲＮＡ）」、『ＤＮＡワクチン（ＤＮＡ Ｖａｃｃｉｎｅｓ）』、ヒューマナ・プレス（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）、２００６年、ｐ．２３〜４０
当該技術分野において公知の現行のＲＮＡ作製方法は、１つの特異的治療標的をコードする１つの単一特異的ＲＮＡ分子種の作成にのみ好適であり、前記単一ＲＮＡ分子種は、１つの別個の作製プロセスで作製しなければならない。
しかしながら、ある種の医学的治療については、本明細書において以下ＲＮＡ分子組成物と称するＲＮＡ種の混合物（即ち、異なるＤＮＡ鋳型に由来する個別の配列を有する２つ以上のＲＮＡ分子種）を適用することが望ましい。
かかる治療の例には、ある病原体の幾つかの血清型又は株（例えば、Ａ型及びＢ型インフルエンザウイルスの複数の血清型の赤血球凝集素（ｈｅａｍａｇｇｌｕｔｉｎ）（ＨＡ））からの防御を提供する多価ＲＮＡ分子組成物；ある病原体の異なる抗原（例えば、ＨＡ、核タンパク質（ＮＰ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）など、インフルエンザの異なる抗原）を提供するＲＮＡ分子組成物；癌抗原の幾つかのアイソフォーム又は変異体（例えば、前立腺癌のコンテクストにおける前立腺特異抗原（ＰＳＡ））からの防御を提供するＲＮＡ分子組成物；ある抗原の異なるエピトープを提供するｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物；癌抗原（発現した抗原又は突然変異した抗原）の癌特異的及び／又は患者特異的ＲＮＡ組成物を含有するｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物；種々の抗体（例えば、異なるエピトープに標的化される抗体、例えばこのような抗体はｍＲＮＡによってコードされる）をコードするｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物、又はｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含む任意の他の治療的に活性なＲＮＡ分子組成物（例えば、分子療法用の酵素の異なるアイソフォーム、患者特異的徴候、例えば、幾つかのタンパク質を補給しなければならない徴候の治療用の異なる治療用タンパク質）の適用が含まれ得る。前記適用はまた、患者の個別（個別化）療法においても適用が見出され得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物を作製してインビボで試験した当該技術分野の例としては、多価インフルエンザｍＲＮＡワクチン（国際公開第２０１５／０２４６６９号パンフレット）が含まれる。しかしながら、前記ＲＮＡワクチン組成物の各単一抗原は別個の作製プロセスで別個に作製されている。
幾つかの抗原を含有する多価ワクチン、又は一般にＲＮＡ分子組成物の従来の生産は、ＤＮＡ鋳型（例えばプラスミドＤＮＡ）及びＲＮＡを作製するランが幾つか必要であるため、面倒で高価である。従って、かかるＲＮＡ分子組成物を唯１つの生産バッチで同時に作製することが望ましい。かかる手順であれば、特にパンデミックシナリオのコンテクスト又は個人化されたＲＮＡ生産のコンテクストで、時間、労働コスト、生産コスト、及び生産能力（例えば、空間、設備）の節約となるであろう。特に、様々な生産工程を実施しなければならないｃＧＭＰ（現行適正製造規範）に準拠したＲＮＡ生産プロセスのコンテクストでは、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含む本発明のＲＮＡ分子組成物について唯１つの生産パイプラインのみを有するならば、コスト及び時間上大きな利点となるであろう。
従って、１つの生産バッチでｎ個の異なるＲＮＡ種を同時に、即ち並行して作製することが可能なロバストな方法があれば、当該技術分野において大きな利点となるであろう。
当該技術分野における上述の問題は、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むリボ核酸（ＲＮＡ）分子組成物を作製する本発明の方法によって解決され、この方法は以下のステップ：
ａ）単一の反応槽におけるｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物の並行した、即ち同時のＲＮＡインビトロ転写ステップであって、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、それによりｎ個の異なるＲＮＡ分子種が作成されるステップ、及び
ｂ）ステップａ）で作成されたｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物を得るステップ
［ｎは少なくとも２の整数であり、及びｍは少なくとも１又は好ましくは少なくとも２の整数である］を含む。
好ましくは、本方法はステップａ）の前に、
ｃ１）細菌増幅を用いてｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、
ｃ２）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いてｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、
ｃ３）化学的ＤＮＡ合成を用いてｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、及び／又は
ｃ４）酵素増幅を用いて、例えばローリングサークル増幅によってｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、を更に含む。
別の好ましい実施形態において、ステップｃ１）は、
ｄ）細菌細胞培養物をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物のうちの少なくとも１つの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換するステップであって、各ＤＮＡプラスミド種がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ、を含む。
更に好ましい実施形態において、ステップｃ１）は、
ｄ１）ｍ個の単一細菌細胞培養物を各々、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種のうちの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換するステップであって、単一ＤＮＡプラスミド種がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ、又は
ｄ２）単一細菌細胞培養物をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物で形質転換するステップであって、各ＤＮＡプラスミド種がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ、を含む。
任意選択で、本方法は、
ｅ）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物の各ＤＮＡプラスミド種につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及び
ｆ）ステップｅ）で単離した少なくとも１つの単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップ、を含む。
別の好ましい実施形態において、本発明の方法は、ステップｄ１）の後に以下のステップ：
ｅ１）ステップｄ１）で形質転換したｍ個の単一細菌細胞培養物の各々の少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、
ｆ１）ステップｅ１）で単離した単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞培養物において成長させるステップ、
ｇ１）任意選択で、ステップｆ１）で成長させた細菌細胞クローン培養物の各々のＤＮＡプラスミド種のアイデンティティを決定するステップ、
ｈ１）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップ、を更に含む。
別の好ましい実施形態において、本発明の方法は、ステップｄ２）の後に以下のステップ：
ｅ２）少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及び
ｆ２）ステップｅ２）で単離した少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップ、
ｇ２）ステップｆ２）で成長させた少なくともｍ個の単一細菌細胞クローン培養物の各々のＤＮＡプラスミド種のアイデンティティを決定するステップ、
ｈ２）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物を選択するステップ、を更に含む。
任意選択で、本方法は、
ｉ）少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物の少なくとも１つの成長動態パラメータ及び／又はプラスミドＤＮＡの量を決定するステップ、及び
ｊ）ステップｉ）で決定されたパラメータに応じてｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つ以上の細菌細胞クローン培養物を選択するステップ、好ましくはｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップ、を含む。
本発明の方法（ｍｅｈｏｄ）の別の好ましい実施形態において、ステップｉ）は、
ｉ１）ある時間間隔後に細菌細胞クローン培養物の光学濃度を好ましくはマイクロプレートリーダーを使用して測定することによるか、又は散乱光オンライン測定によって成長動態パラメータを決定するステップ、及び／又は
ｉ２）細菌細胞培養物の容積及び時間当たりに産生されたプラスミドの量を決定するステップ、を含む。
任意選択で、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物は同様又は同一の成長動態及び／又は同様又は同一のＤＮＡ産生レベルを呈し、好ましくは同様の又は等しい成長動態及び／又は同様同一のＤＮＡ産生レベルは可能な限り高い。
本発明に係る方法において、ステップｃ１）は、
ｋ１）ステップｊ）でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量を単一の反応槽において接種して成長させるステップ、又は
ｋ２）ステップｊ）でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について別個の１つ以上の反応槽において接種して成長させるステップであって、任意選択でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の１つ以上の細菌細胞クローン培養物を単一の反応槽で一緒に成長させるステップ、を更に含む。任意選択で、等量の各細菌細胞クローン培養物が接種される。
好ましくは、ステップｋ１又はｋ２）で接種に使用される各細菌細胞クローン培養物の量は、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々が等しい又は同様の量で得られるように選択される。
好ましくはステップｃ１）は、
ｌ）ステップｋ１）及び／又はｋ２）で成長させた細菌細胞クローン培養物のｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を得るステップ、
ｍ）任意選択でステップｌ）で得られたｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を線状化するステップ、及び
ｎ）ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物を得るステップ、を更に含む。
本方法は、任意選択でステップａ）の前に、
ｏ）ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の各々の転写効率パラメータを決定するステップ、を更に含む。
好ましくは、本発明の方法においてＲＮＡ分子組成物中のｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々の量は、ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物中の対応するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の量に比例する又は少なくとも９０％比例する。「対応するＤＮＡ分子種」とは、本発明の意味では、それぞれのＲＮＡ分子種をコードするＤＮＡ分子を指す。同じように、ＤＮＡ鋳型種は、ＲＮＡインビトロ転写に用いられるそれぞれの（線状化された）ＤＮＡ分子種に（それらが同じＲＮＡ分子種をコードする場合には）対応する。逆もまた同じで、ＤＮＡ分子／鋳型種に対応するＲＮＡ分子種とは、対応するＤＮＡ分子／鋳型種によってコードされるＲＮＡ分子である。
本発明の別の実施形態において、ステップｂ）は、
ｐ）ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を任意選択でＨＰＬＣによって精製するステップ、を含む。
好ましい実施形態において、本方法は、
ｑ）ステップｂ）で得られたＲＮＡ分子組成物を定性的及び／又は定量的に分析するステップ、を更に含む。
任意選択の実施形態において、ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種のＤＮＡ配列は互いに少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％及び最も好ましくは少なくとも９５％同一である。
好ましくは、ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種のＤＮＡプラスミド種は同じプラスミド骨格を有し、及び／又はｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種のＤＮＡプラスミド種のオープンリーディングフレームは互いに少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％及び最も好ましくは少なくとも９５％同一であり、及び／又はｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種のＤＮＡプラスミド種のオープンリーディングフレームはその長さのばらつきが最大で１００又は５０ヌクレオチドである。
好ましい実施形態において、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のＲＮＡ配列は互いに少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％及び最も好ましくは少なくとも９５％同一である。
本発明の好ましい実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、ここでｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、ある病原体の異なる血清型又は株の抗原、異なるアレルゲン、異なる自己免疫抗原、ある病原体の異なる抗原、異なるアジュバントタンパク質、癌又は腫瘍抗原の異なるアイソフォーム又は変異体、１人の患者の異なる腫瘍抗原、タンパク質又はタンパク質群の異なるエピトープを標的とする抗体群の中の１つの抗体、ある代謝経路の異なるタンパク質、対象の欠陥であるタンパク質群の中の単一のタンパク質、又はある分子療法用タンパク質の異なるアイソフォームをコードする。
より好ましくは、病原体は、ウイルス、細菌、プリオン、真菌、原生動物、ウイロイド、及び寄生虫からなる群から選択される。
更により好ましくは、病原体は、アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）、アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、ブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）、ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）、溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）、バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）、ＢＫウイルス、ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ボレリア属種（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｓｐｐ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、マレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐｐ）、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、ＣＪＤプリオン、肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、コクシジオイデス属種（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｓｐｐ）、コロナウイルス類、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）、二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）、エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４、肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）、ＦＦＩプリオン、フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）、フラビウイルス類、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、顎口虫属種（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｐ）、ＧＳＳプリオン、グアナリトウイルス、軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパウイルス）、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）、日本脳炎ウイルス、ＪＣウイルス、フニンウイルス、キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）、クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、クーループリオン、ラッサウイルス、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、マチュポウイルス、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ）、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）、微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、ムンプスウイルス、らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）及びマイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）、肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、フォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）、アメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、ノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ノカルジア属種（Ｎｏｃａｒｄｉａ ｓｐｐ）、回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）、ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（インフルエンザ）、パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、肺吸虫属種（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｓｐｐ）、ウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）、パルボウイルスＢ１９、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、ライノウイルス、ライノウイルス類、痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）、リフトバレー熱ウイルス、ロタウイルス、風疹ウイルス、サビアウイルス、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）、ＳＡＲＳコロナウイルス類、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、シンノンブレウイルス、ハンタウイルス、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）、テニア属（Ｔａｅｎｉａ）、有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）、旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）、膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）、ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）、クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、大痘瘡又は小痘瘡、ｖＣＪＤプリオン、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ウエストナイルウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）、黄熱病ウイルス、腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、及び偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）からなる群から選択され、好ましくは病原体は、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、デングウイルス類、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、狂犬病ウイルス、ロタウイルス及び黄熱病ウイルスからなる群から選択される。
好ましい実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、ここでｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）及びアシネトバクター感染症のインフルエンザ赤血球凝集素、インフルエンザノイラミニダーゼ、インフルエンザ核タンパク質、コロナウイルス糖タンパク質、前立腺特異抗原、外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、バイオフィルム関連タンパク質Ｂａｐ、輸送タンパク質ＭｕｃＫ；ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）の可変表面糖タンパク質（ＶＳＧ）、微小管結合タンパク質ＭＡＰＰ１５、トランスシアリダーゼ（ＴＳＡ）；ＨＩＶのＨＩＶ ｐ２４抗原、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）エンベロープタンパク質Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、及びＧｐ１６０、ポリタンパク質ＧＡＧ、陰性因子タンパク質Ｎｅｆ、転写トランス活性化因子（Ｔａｔ）；赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）のガラクトース阻害性接着タンパク質（ＧＩＡＰ）、２９ｋＤａ抗原Ｅｈ２９、Ｇａｌ／ＧａｌＮＡｃレクチン、タンパク質ＣＲＴ、１２５ｋＤａ免疫優性抗原、タンパク質Ｍ１７、アドヘシンＡＤＨ１１２及びタンパク質ＳＴＩＲＰ；アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）の主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質（ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４）；炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）の防御抗原ＰＡ、浮腫因子ＥＦ、致死因子ＬＦ、Ｓ層相同性タンパク質（ＳＬＨ）；溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）のアクラノリシン（ａｃｒａｎｏｌｙｓｉｎ）、ホスホリパーゼＤ、コラーゲン結合タンパク質ＣｂｐＡ；フニンウイルスのヌクレオカプシドタンパク質（ＮＰ）、糖タンパク質前駆体ＧＰＣ、糖タンパク質ＧＰ１、糖タンパク質ＧＰ２；回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）のキチンタンパク質層タンパク質、１４ｋＤａ表面抗原（ｓｕａｒｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）Ａ１４、主要精子タンパク質（ＭＳＰ）、ＭＳＰ重合オーガナイズタンパク質（ＭＰＯＰ）、ＭＳＰ線維タンパク質２（ＭＦＰ２）、ＭＳＰ重合活性化キナーゼ（ＭＰＡＫ）、ＡＢＡ−１様タンパク質（ＡＬＢ）、タンパク質ＡＢＡ−１、クチクリン（ＣＵＴ−１）；アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）の４１ｋＤａアレルゲンＡｓｐ ｖ１３、アレルゲンＡｓｐ ｆ３、主要分生子表面タンパク質ロッドレットＡ、プロテアーゼＰｅｐ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｇｅｌ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｃｒｆ１ｐ；アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）のファミリーＶＰ２６タンパク質、ＶＰ２９タンパク質；バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）の桿小体結合タンパク質１（ＲＡＰ−１）、メロゾイト表面抗原ＭＳＡ−１、ＭＳＡ−２（ａ１、ａ２、ｂ、ｃ）、１２Ｄ３、１１Ｃ５、２１Ｂ４、Ｐ２９、変異赤血球表面抗原ＶＥＳＡ１、頂端膜抗原１（ＡＭＡ−１）；セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）の溶血毒素、エンテロトキシンＣ、ＰＸＯ１−５１、グリコール酸オキシダーゼ、ＡＢＣトランスポーター、ペニシリン結合（ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ−ｂｉｎｇｄｎ）タンパク質、亜鉛トランスポーターファミリータンパク質、プソイドウリジンシンターゼＲｓｕ、プラスミド複製タンパク質ＲｅｐＸ、オリゴエンドペプチダーゼＦ、プロファージ膜タンパク質、タンパク質ＨｅｍＫ、鞭毛抗原Ｈ、２８．５ｋＤａ細胞表面抗原；ＢＫウイルスのラージＴ抗原ＬＴ、スモールＴ抗原、カプシドタンパク質ＶＰ１、カプシドタンパク質ＶＰ２；ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）の２９ｋＤａタンパク質、カスパーゼ−３様抗原、糖タンパク質類；ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）の酵母表面アドヘシンＷＩ−１；マチュポウイルスの核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質（ＧＰ）；ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）の細胞表層タンパク質Ａ（ＯｓｐＡ）、細胞表層タンパク質Ｂ（ＯｓｐＢ）、細胞表層タンパク質Ｃ（ＯｓｐＣ）、デコリン結合タンパク質Ａ（ＤｂｐＡ）、デコリン結合タンパク質Ｂ（ＤｂｐＢ）、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ前駆体（ＢｍｐＡ）（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ；ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）のボツリヌス神経毒素ＢｏＮＴ／Ａ１、ＢｏＮＴ／Ａ２、ＢｏＮＴ／Ａ３、ＢｏＮＴ／Ｂ、ＢｏＮＴ／Ｃ、ＢｏＮＴ／Ｄ、ＢｏＮＴ／Ｅ、ＢｏＮＴ／Ｆ、ＢｏＮＴ／Ｇ、組換えボツリヌス毒素Ｆ Ｈｃドメイン（ＦＨｃ）；サビアウイルスのヌクレオカプシド、糖タンパク質前駆体；ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）の銅／亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ（ＳｏｄＣ）、バクテリオフェリチン（Ｂｆｒ）、５０Ｓリボソームタンパク質ＲｐｌＬ、ＯｍｐＡ様膜貫通ドメイン含有タンパク質Ｏｍｐ３１、免疫原性３９ｋＤａタンパク質Ｍ５ Ｐ３９、亜鉛ＡＢＣトランスポーターペリプラズム亜鉛結合タンパク質（ｚｉｎｃ−ｂｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）ｚｎｕＡ、ペリプラズム免疫原性タンパク質Ｂｐ２６、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２ ＲｐｓＬ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼギャップ、２５ｋＤａ外膜免疫原性タンパク質前駆体Ｏｍｐ２５、侵入タンパク質Ｂ ｌａｌＢ、トリガー因子Ｔｉｇ、分子シャペロンＤｎａＫ、推定ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼＳｕｒＡ、リポタンパク質Ｏｍｐ１９、外膜タンパク質ＭｏｔＹ Ｏｍｐ１６、保存外膜タンパク質Ｄ１５、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（Ｍｄｈ）、ＩＶ型分泌系（Ｔ４ＳＳ）の成分ＶｉｒＪ、未知機能のリポタンパク質ＢＡＢ１＿０１８７；バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ（ＢｉｍＡ）、細菌伸長因子−Ｔｕ（ＥＦ−Ｔｕ）、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質；マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）のミコリルトランスフェラーゼＡｇ８５Ａ、熱ショックタンパク質６５（Ｈｓｐ６５）、タンパク質ＴＢ１０．４、１９ｋＤａ抗原、タンパク質ＰｓｔＳ３、熱ショックタンパク質７０（Ｈｓｐ７０）；カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、ノロウイルス及びサポウイルスのノロウイルスメジャー及びマイナーウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１及びＶＰ２、ゲノムポリタンパク質、サポウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、タンパク質Ｖｐ３、ゲノムポリタンパク質（ｇｅｏｍｅ ｐｏｌｙｐｒｏｔｅｉｎ）；カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）の主要外膜タンパク質ＰｏｒＡ、フラジェリンＦｌａＡ、表面抗原ＣｊａＡ、フィブロネクチン結合タンパク質ＣａｄＦ、アスパラギン酸／グルタミン酸結合ＡＢＣトランスポータータンパク質Ｐｅｂ１Ａ、タンパク質ＦｓｐＡ１、タンパク質ＦｓｐＡ２；カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）及び他のカンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）種の解糖酵素エノラーゼ、分泌型アスパルチルプロテイナーゼＳＡＰ１−１０、グリコホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）結合細胞壁タンパク質、タンパク質Ｈｙｒ１、補体受容体３関連タンパク質（ＣＲ３−ＲＰ）、アドヘシンＡｌｓ３ｐ、熱ショックタンパク質９０ｋＤａ（Ｈｓｐ９０）、細胞表面疎水性タンパク質（ＣＳＨ）；バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）の１７ｋＤａ抗原、タンパク質Ｐ２６、三量体オートトランスポーターアドヘシンＴＡＡ、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）アドヘシンＡ ＢａｄＡ、可変発現外膜タンパク質Ｖｏｍｐｓ、タンパク質Ｐａｐ３、タンパク質ＨｂｐＡ、エンベロープ結合プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質ＯＭＰ８９、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＬａｌＢ、タンパク質ＯＭＰ４３、ジヒドロリポアミドスクシニルトランスフェラーゼＳｕｃＢ；クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）のアマスチゴート表面タンパク質−２、アマスチゴート特異的表面タンパク質ＳＳＰ４、クルジパイン、トランスシアリダーゼＴＳ、トリポマスチゴート表面グリコールタンパク質ＴＳＡ−１、補体調節タンパク質ＣＲＰ−１０、タンパク質Ｇ４、タンパク質Ｇ２、パラキソネマルロッドタンパク質（ｐａｒａｘｏｎｅｍａｌ ｒｏｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＰＡＲ２、パラフラジェラーロッド成分（ｐａｒａｆｌａｇｅｌｌａｒ ｒｏｄ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）Ｐａｒ１、ムチン結合表面タンパク質ＭＰＳＰ；水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）のエンベロープ糖タンパク質（ｇＢ、ｇＣ、ｇＥ、ｇＨ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＬ）；トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）の主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０及びＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌装置からのタンパク質、リボヌクレオチド還元酵素スモール鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外膜タンパク質Ｎ（ＣｏｐＮ）、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８；肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎クラミジア感染症の低カルシウム応答タンパク質Ｅ（ＬＣｒＥ）、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）、外膜タンパク質２（Ｏｍｐ２）、多形膜タンパク質ファミリー、例えば（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０及びＰｍｐ２１；コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）のコレラ毒素Ｂ（ＣＴＢ）、毒素共調節ピリンＡ（ＴｃｐＡ）、毒素共調節ピリン（ＴｃｐＦ）、毒素共調節線毛生合成タンパク質Ｆ（ＴｃｐＦ）、コレラエンテロトキシンサブユニットＡ、コレラエンテロトキシンサブユニットＢ、耐熱性エンテロトキシンＳＴ、マンノース感受性赤血球凝集素（ＭＳＨＡ）、外膜タンパク質Ｕポーリン（ｏｍｐＵ）、ポーリングＢタンパク質（Ｐｏｒｉｎｇ Ｂ ｐｒｏｔｅｉｎ）、多形膜タンパク質−Ｄ；肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）のプロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼＰＣＣ、１４−３−３タンパク質、プロヒビチン、システインプロテアーゼ類、グルタチオントランスフェラーゼ類、ゲルゾリン、カテプシンＬプロテイナーゼＣａｔＬ、テグメントタンパク質２０．８ｋＤａ ＴＰ２０．８、テグメントタンパク質３１．８ｋＤａ ＴＰ３１．８、リゾホスファチジン酸ホスファターゼＬＰＡＰ；クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の表層タンパク質ＳＬＰ、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ抗原ＧＤＨ、毒素Ａ、毒素Ｂ、システインプロテアーゼＣｗｐ８４、システインプロテアーゼＣｗｐ１３、システインプロテアーゼＣｗｐ１９、細胞壁タンパク質ＣｗｐＶ、鞭毛


タンパク質ＦｌｉＣ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＤ；ライノウイルス類及びコロナウイルス類のライノウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４；コロナウイルススパイクタンパク質（ｓｐｒｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｓ、エンベロープタンパク質Ｅ、膜タンパク質Ｍ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｎ；プリオンタンパク質Ｐｒｐ（ＣＪＤプリオン）；クリミア・コンゴ出血熱ウイルスのエンベロープタンパク質Ｇｃ、エンベロープタンパク質Ｇｎ、ヌクレオカプシドタンパク質；クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）のビルレンス関連ＤＥＡＤボックスＲＮＡヘリカーゼＶＡＤ１、ガラクトキシロマンナンタンパク質ＧａｌＸＭ、グルクロノキシロマンナンＧＸＭ、マンノプロテインＭＰ；クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）の酸性リボソームタンパク質Ｐ２ ＣｐＰ２、ムチン抗原Ｍｕｃ１、Ｍｕｃ２、Ｍｕｃ３Ｍｕｃ４、Ｍｕｃ５、Ｍｕｃ６、Ｍｕｃ７、表面接着タンパク質ＣＰ２０、表面接着タンパク質ＣＰ２３、表面タンパク質ＣＰ１２、表面タンパク質ＣＰ２１、表面タンパク質ＣＰ４０、表面タンパク質ＣＰ６０、表面タンパク質ＣＰ１５、表面関連グリコペプチドｇｐ４０、表面関連グリコペプチドｇｐ１５、オーシスト壁タンパク質ＡＢ、プロフィリンＰＲＦ、アピラーゼ；例えばブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）及びその他の皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）などの病原体の脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１（ＦＡＲ−１）、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子（ＴＩＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、成体特異的分泌第Ｘａ因子セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１；有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）のカテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ；サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）のｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部テグメントタンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、グリコールタンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９；デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）−フラビウイルス類のカプシドタンパク質Ｃ、プレ膜タンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）の３９ｋＤａタンパク質；ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）のジフテリア毒素前駆体Ｔｏｘ、ジフテリア毒素ＤＴ、ピリン特異的ソルターゼＳｒｔＡ、シャフトピリンタンパク質ＳｐａＡ、先端ピリンタンパク質ＳｐａＣ、マイナーピリンタンパク質ＳｐａＢ、表面結合タンパク質ＤＩＰ１２８１；エボラウイルス（ＥＢＯＶ）の糖タンパク質ＧＰ、核タンパク質ＮＰ、マイナーマトリックスタンパク質ＶＰ２４、メジャーマトリックスタンパク質ＶＰ４０、転写活性化因子ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ＲＮＡポリメラーゼＬ；プリオンタンパク質（ｖＣＪＤプリオン、ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）；軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）のＵｖｒＡＢＣ系タンパク質Ｂ、タンパク質Ｆｌｐ１、タンパク質Ｆｌｐ２、タンパク質Ｆｌｐ３、タンパク質ＴａｄＡ、ヘモグロビン受容体ＨｇｂＡ、外膜タンパク質ＴｄｈＡ、タンパク質ＣｐｓＲＡ、調節因子ＣｐｘＲ、タンパク質ＳａｐＡ、１８ｋＤａ抗原、外膜タンパク質ＮｃａＡ、タンパク質ＬｓｐＡ、タンパク質ＬｓｐＡ１、タンパク質ＬｓｐＡ２、タンパク質ＬｓｐＢ、外膜成分ＤｓｒＡ、レクチンＤｌｔＡ、リポタンパク質Ｈｌｐ、主要外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ２；コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）及びコクシジオイデス・ポサダシ（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｐｏｓａｄａｓｉｉ）のアスパルチルプロテアーゼ１ Ｐｅｐ１、ホスホリパーゼＢ ＰＬＢ、α−マンノシダーゼ１ ＡＭＮ１、グルカノシルトランスフェラーゼＧＥＬ１、ウレアーゼＵＲＥ、ペルオキシソームマトリックスタンパク質Ｐｍｐ１、プロリンリッチ抗原Ｐｒａ、ヒトＴ細胞応答性タンパク質（ｈｕｍａｌ Ｔ−ｃｅｌｌ ｒｅａｔｉｖｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＴｃｒＰ；例えば白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ．）、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ．）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）のアレルゲンＴｒｉ ｒ ２、熱ショックタンパク質６０ Ｈｓｐ６０、真菌アクチンＡｃｔ、抗原Ｔｒｉ ｒ２、抗原Ｔｒｉ ｒ４、抗原Ｔｒｉ ｔ１、タンパク質ＩＶ、グリセロール−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧｐｄ１、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ａ、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ｂ、ヒスチジンキナーゼＨｗＨｈｋ７Ｂ、アレルゲンＭａｌａ ｓ １、アレルゲンＭａｌａ ｓ １１、チオレドキシンＴｒｘ Ｍａｌａ ｓ １３、アレルゲンＭａｌａ ｆ、アレルゲンＭａｌａ ｓ；エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）のタンパク質ＥＧ９５、タンパク質ＥＧ１０、タンパク質ＥＧ１８、タンパク質ＥｇＡ３１、タンパク質ＥＭ１８、抗原ＥＰＣ１、抗原Ｂ、抗原５、タンパク質Ｐ２９、タンパク質１４−３−３、８ｋＤａタンパク質、ミオフィリン（ｍｙｏｐｈｉｌｉｎ）、熱ショックタンパク質２０（ＨＳＰ２０）、糖タンパク質ＧＰ−８９、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＰＢ；エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）の主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）の分泌抗原ＳａｇＡ、ｓａｇＡ様タンパク質ＳａｌＡ及びＳａｌＢ、コラーゲンアドヘシンＳｃｍ、表面タンパク質Ｆｍｓ１ ＥｂｐＡ（ｆｍ）、Ｆｍｓ５ ＥｂｐＢ（ｆｍ）、Ｆｍｓ９ ＥｐｂＣ（ｆｍ）及びＦｍｓ１０、タンパク質ＥｂｐＣ（ｆｍ）、９６ｋＤａ免疫保護糖タンパク質Ｇ１；エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）のゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；外膜タンパク質ＯＭ、６０ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、１３４ｋＤａ外膜タンパク質、３１ｋＤａ外膜タンパク質、２９．５ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質Ａｄｒ１（ＲＰ８２７）、細胞表面タンパク質Ａｄｒ２（ＲＰ８２８）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、侵入タンパク質ｉｎｖＡ、細胞分裂タンパク質ｆｔｓ、ｓｅｃファミリーの分泌タンパク質、ビルレンスタンパク質ｖｉｒＢ、ｔｌｙＡ、ｔｌｙＣ、パルブリン様タンパク質Ｐｌｐ、プレタンパク質トランスロカーゼＳｅｃＡ、１２０ｋＤａ表面タンパク質抗原ＳＰＡ、１３８ｋＤ複合抗原、主要１００ｋＤタンパク質（タンパク質Ｉ）、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、発疹チフス）；エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）のエプスタイン・バー核抗原（ＥＢＮＡ−１、ＥＢＮＡ−２、ＥＢＮＡ−３Ａ、ＥＢＮＡ−３Ｂ、ＥＢＮＡ−３Ｃ、ＥＢＮＡ−リーダータンパク質（ＥＢＮＡ−ＬＰ））、潜伏性膜タンパク質（ＬＭＰ−１、ＬＭＰ−２Ａ、ＬＭＰ−２Ｂ）、早期抗原ＥＢＶ−ＥＡ、膜抗原ＥＢＶ−ＭＡ、ウイルスカプシド抗原ＥＢＶ−ＶＣＡ、アルカリ性ヌクレアーゼＥＢＶ−ＡＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質ｇｐ３５０、糖タンパク質ｇｐ１１０、糖タンパク質ｇｐ４２、糖タンパク質ｇＨｇＬ、糖タンパク質ｇＢ；パルボウイルスＢ１９のカプシドタンパク質（ｃｐａｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＶＰ２、カプシドタンパク質ＶＰ１、主要タンパク質ＮＳ１；ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）のｐｐ６５抗原、糖タンパク質１０５、主要カプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｈ、タンパク質Ｕ５１；肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）のチオレドキシングルタチオンレダクターゼＴＧＲ、カテプシンＬ１及びＬ２、Ｋｕｎｉｔｚ型タンパク質ＫＴＭ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ、システインプロテイナーゼＦａｓ２、サポシン様タンパク質−２ ＳＡＰ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰｘ、Ｐｒｘ−１、Ｐｒｘ−２、カテプシンｌシステインプロテイナーゼＣＬ３、プロテアーゼカテプシンＬ ＣＬ１、ホスホグリセリン酸キナーゼＰＧＫ、２７ｋＤａ分泌タンパク質、６０ｋＤａタンパク質ＨＳＰ３５α、グルタチオントランスフェラーゼＧＳＴ、２８．５ｋＤａ外被抗原２８．５ｋＤａ ＴＡ、カテプシンＢ３プロテアーゼＣａｔＢ３、Ｉ型シスタチンステフィン−１、カテプシンＬ５、カテプシンＬ１ｇ及びカテプシンＢ、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＢＰ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ；プリオンタンパク質ＦＦＩプリオン；フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）の毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２；ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）のホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐ


ｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ；フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）のロイコトキシンｌｋｔＡ、付着ＦａｄＡ、外膜タンパク質ＲａｄＤ、高分子量アルギニン結合タンパク質；例えばウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）及び他のクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種のホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ；ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）のリパーゼＡ、リパーゼＢ、ペルオキシダーゼＤｅｃ１；プリオンタンパク質ＧＳＳプリオン；ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）の嚢胞壁タンパク質ＣＷＰ１、ＣＷＰ２、ＣＷＰ３、変異表面タンパク質ＶＳＰ、ＶＳＰ１、ＶＳＰ２、ＶＳＰ３、ＶＳＰ４、ＶＳＰ５、ＶＳＰ６、５６ｋＤａ抗原、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼＰＦＯＲ、アルコールデヒドロゲナーゼＥ ＡＤＨＥ、α−ジアルジン、α８−ジアルジン、α１−ジアルジン（ａｌｐｈａ１−ｇｕｉａｒｄｉｎ）、β−ジアルジン、システインプロテアーゼ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アルギニンデイミナーゼＡＤＩ、フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼ（ｂｉｓｐｈｏｓｐｈａｔ ａｌｄｏｌａｓｅ）ＦＢＡ、ジアルジア・トロフォゾイテス（Ｇｉａｒｄｉａ ｔｒｏｐｈｏｚｏｉｔｅｓ）抗原ＧＴＡ（ＧＴＡ１、ＧＴＡ２）、オルニチンカルボキシルトランスフェラーゼＯＣＴ、ストライエイトファイバーセンブリン様タンパク質（ｓｔｒｉａｔｅｄ ｆｉｂｅｒ−ａｓｓｅｂｌｉｎ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＳＡＬＰ、ウリジンホスホリル様タンパク質ＵＰＬ、α−チューブリン、β−チューブリン；鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質；有棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｉｎｉｇｅｒｕｍ）及び剛棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｈｉｓｐｉｄｕｍ）のシクロフィリンＣｙＰ、２４ｋＤａ第三期幼虫タンパク質（ｔｈｉｒｄ−ｓｔａｇｅ ｌａｒｖａｅ ｐｒｏｔｉｅｎ）ＧＳ２４、排出−分泌産物ＥＳＰ（４０、８０、１２０及び２０８ｋＤａ）；淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）のピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ；クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）の外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、外膜タンパク質Ｃ ＯｍｐＣ、外膜タンパク質Ｋ１７ ＯｍｐＫ１７；化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のフィブロネクチン結合タンパク質Ｓｆｂ、フィブロネクチン／フィブリノゲン結合タンパク質ＦＢＰ５４、フィブロネクチン結合タンパク質ＦｂａＡ、Ｍタンパク質１型Ｅｍｍ１、Ｍタンパク質６型Ｅｍｍ６、免疫グロブリン結合タンパク質３５ Ｓｉｂ３５、表面タンパク質Ｒ２８ Ｓｐｒ２８、スーパーオキシドジスムターゼＳＯＤ、Ｃ５ａペプチダーゼＳｃｐＡ、抗原Ｉ／ＩＩ ＡｇＩ／ＩＩ、アドヘシンＡｓｐＡ、Ｇ関連α２−マクログロブリン結合タンパク質ＧＲＡＢ、表面原線維タンパク質Ｍ５；ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）のＣタンパク質β抗原、アルギニンデイミナーゼタンパク質、アドヘシンＢｉｂＡ、１０５ｋＤＡタンパク質ＢＰＳ、表面抗原ｃ、表面抗原Ｒ、表面抗原Ｘ、トリプシン耐性タンパク質Ｒ１、トリプシン耐性タンパク質Ｒ３、トリプシン耐性タンパク質Ｒ４、表面免疫原性タンパク質Ｓｉｐ、表面タンパク質Ｒｉｂ、ロイシンリッチリピートタンパク質ＬｒｒＧ、セリンリッチリピートタンパク質Ｓｒｒ−２、Ｃタンパク質α抗原Ｂｃａ、Β抗原Ｂａｇ、表面抗原Ε、α様タンパク質ＡＬＰ１、α様タンパク質ＡＬＰ５、表面抗原δ、α様タンパク質ＡＬＰ２、α様タンパク質ＡＬＰ３、α様タンパク質ＡＬＰ４、Ｃβタンパク質Ｂａｃ；インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）のトランスフェリン結合タンパク質２ Ｔｂｐ２、ホスファターゼＰ４、外膜タンパク質Ｐ６、ペプチドグリカン結合リポタンパク質Ｐａｌ、タンパク質Ｄ、タンパク質Ｅ、接着及び透過タンパク質Ｈａｐ、外膜タンパク質２６ Ｏｍｐ２６、外膜タンパク質Ｐ５（フィンブリン）、外膜タンパク質Ｄ１５、外膜タンパク質ＯｍｐＰ２、５’−ヌクレオチダーゼＮｕｃＡ、外膜タンパク質Ｐ１、外膜タンパク質Ｐ２、外膜リポタンパク質Ｐｃｐ、リポタンパク質Ｅ、外膜タンパク質Ｐ４、フクロキナーゼＦｕｃＫ、［Ｃｕ，Ｚｎ］−スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質Ｏ１４５、α−ガラクトシルセラミド；ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、手足口病（ＨＦＭＤ））；シンノンブレウイルス、ハンタウイルスのＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ；ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）の熱ショックタンパク質ＨｓｐＡ、熱ショックタンパク質ＨｓｐＢ、クエン酸シンターゼＧｌｔＡ、タンパク質ＵｒｅＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、好中球活性化タンパク質ＮＡＰ、カタラーゼＫａｔＡ、空胞化サイトトキシンＶａｃＡ、ウレアーゼα ＵｒｅＡ、ウレアーゼβ Ｕｒｅｂ、タンパク質Ｃｐｎ１０、タンパク質ｇｒｏＥＳ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ１０、タンパク質ＭｏｐＢ、細胞毒性関連１０ｋＤａタンパク質ＣＡＧ、３６ｋＤａ抗原、β−ラクタマーゼＨｃｐＡ、β−ラクタマーゼＨｃｐＢ；大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４の内在性膜タンパク質、易凝集性タンパク質、Ｏ−抗原、毒素抗原Ｓｔｘ２Ｂ、毒素抗原Ｓｔｘ１Ｂ、接着抗原断片Ｉｎｔ２８、タンパク質ＥｓｐＡ、タンパク質ＥｓｐＢ、インチミン、タンパク質Ｔｉｒ、タンパク質ＩｎｔＣ３００、タンパク質Ｅａｅ；ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）のＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ；ヘニパウイルス、ヘンドラウイルス又はニパウイルスの糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ、ポリメラーゼＬ、プロテインＷ、プロテインＣ、リンタンパク質ｐ、非構造タンパク質Ｖ；Ａ型肝炎ウイルスのポリタンパク質、糖タンパク質（ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｎ）Ｇｐ２、Ａ型肝炎表面抗原ＨＢＡｇ、タンパク質２Ａ、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、タンパク質Ｐ１Ｂ、タンパク質Ｐ２Ａ、タンパク質Ｐ３ＡＢ、タンパク質Ｐ３Ｄ；Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）のＢ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２ミドル表面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、ラージＳタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４；Ｃ型肝炎ウイルスのエンベロープ糖タンパク質Ｅ１ ｇｐ３２ ｇｐ３５、エンベロープ糖タンパク質Ｅ２ ＮＳ１ ｇｐ６８ ｇｐ７０、カプシドタンパク質Ｃ、コアタンパク質Ｃｏｒｅ、ポリタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、抗原Ｇ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ５Ａ；Ｄ型肝炎ウイルスのウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、ラージデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）、スモールデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）；Ｅ型肝炎ウイルスのウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、カプシドタンパク質Ｅ２；単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）の糖タンパク質Ｌ ＵＬ１、ウラシル−ＤＮＡグリコシラーゼＵＬ２、タンパク質ＵＬ３、タンパク質ＵＬ４、ＤＮＡ複製タンパク質ＵＬ５、ポータルタンパク質ＵＬ６、ビリオン成熟タンパク質ＵＬ７、ＤＮＡヘリカーゼＵＬ８、複製起点結合タンパク質ＵＬ９、糖タンパク質Ｍ ＵＬ１０、タンパク質ＵＬ１１、アルカリ性エキソヌクレアーゼＵＬ１２、セリン−スレオニンプロテインキナーゼＵＬ１３、テグメントタンパク質ＵＬ１４、ターミナーゼＵＬ１５、テグメントタンパク質ＵＬ１６、タンパク質ＵＬ１７、カプシドタンパク質ＶＰ２３ ＵＬ１８、主要カプシドタンパク質ＶＰ５ ＵＬ１９、膜タンパク質ＵＬ２０、テグメントタンパク質ＵＬ２１、糖タンパク質Ｈ（ＵＬ２２）、チミジンキナーゼＵＬ２３、タンパク質ＵＬ２４、タンパク質ＵＬ２５、カプシドタンパク質Ｐ４０（ＵＬ２６、ＶＰ２４、ＶＰ２２Ａ）、グリコールタンパク質Ｂ（ＵＬ２７）、ＩＣＰ１８．５タンパク質（ＵＬ２８）、主要ＤＮＡ結合タンパク質ＩＣＰ８（ＵＬ２９）、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ３０、核マトリックスタンパク質ＵＬ３１、エンベロープグリコールタンパク質ＵＬ３２、タンパク質ＵＬ３３、核内膜タンパク質ＵＬ３４、カプシドタンパク質ＶＰ２６（ＵＬ３５）、ラージテグメントタンパク質ＵＬ３６、カプシド集合タンパク質ＵＬ３７、ＶＰ１９Ｃタンパク質（ＵＬ３８）、リボヌクレオチド還元酵素（大サブユニット）ＵＬ３９、リボヌクレオチド還元酵素（小サブユニット）ＵＬ４０、テグメントタンパク質／ビリオン宿主シャットオフＶＨＳタンパク質（ＵＬ４１）、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子ＵＬ４２、膜タンパク質ＵＬ４３、糖タンパク質Ｃ（ＵＬ４４）、膜タンパク質ＵＬ４５、テグメントタンパク質ＶＰ１１／１２（ＵＬ４６）、テグメントタンパク質ＶＰ１３／１


４（ＵＬ４７）、ビリオン成熟タンパク質ＶＰ１６（ＵＬ４８、α−ＴＩＦ）、エンベロープタンパク質ＵＬ４９、ｄＵＴＰジホスファターゼＵＬ５０、テグメントタンパク質ＵＬ５１、ＤＮＡヘリカーゼ／プライマーゼ複合タンパク質ＵＬ５２、糖タンパク質Ｋ（ＵＬ５３）、転写調節タンパク質ＩＥ６３（ＩＣＰ２７、ＵＬ５４）、タンパク質ＵＬ５５、タンパク質ＵＬ５６、ウイルス複製タンパク質ＩＣＰ２２（ＩＥ６８、ＵＳ１）、タンパク質ＵＳ２、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＵＳ３、糖タンパク質Ｇ（ＵＳ４）、糖タンパク質Ｊ（ＵＳ５）、糖タンパク質Ｄ（ＵＳ６）、糖タンパク質Ｉ（ＵＳ７）、糖タンパク質Ｅ（ＵＳ８）、テグメントタンパク質ＵＳ９、カプシド／テグメントタンパク質ＵＳ１０、Ｖｍｗ２１タンパク質（ＵＳ１１）、ＩＣＰ４７タンパク質（ＩＥ１２、ＵＳ１２）、主要転写活性化因子ＩＣＰ４（ＩＥ１７５、ＲＳ１）、Ｅ３ユビキチンリガーゼＩＣＰ０（ＩＥ１１０）、潜伏期関連タンパク質１ ＬＲＰ１、潜伏期関連タンパク質２ ＬＲＰ２、ニューロビルレンス因子ＲＬ１（ＩＣＰ３４．５）、潜伏期関連転写物ＬＡＴ；ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）の熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、細胞表面タンパク質Ｈ１Ｃ、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ型ＤｐｐＩＶ、Ｍ抗原、７０ｋＤａタンパク質、１７ｋＤａヒストン様タンパク質；ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）及びアメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）の脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−２、成体特異的分泌第Ｘａ因子、セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アスパラギン酸プロテアーゼＡＰＲ−１、アセチルコリンエステラーゼＡＣｈＥ；ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）のタンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＰ１、タンパク質ＶＰ１、タンパク質ＶＰ２、タンパク質ＶＰ３；エー・潟Lア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）の主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）の主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４；ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）のタンパク質ＮＳ１、スモール疎水性タンパク質ＮＳ２、ＳＨタンパク質、融合タンパク質Ｆ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ；エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）の主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複製タンパク質Ｅ１、調節タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、主要カプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２；ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）の融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼ（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ−ｎｅｕｒａｍｉｄａｓｅ）ＨＮ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ；オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、インフルエンザウイルス（流感）の赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外輸送タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質；日本脳炎ウイルスのゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ；キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）のＲＴＸ毒素、ＩＶ型線毛、主要線毛サブユニットＰｉｌＡ、調節性転写因子ＰｉｌＳ及びＰｉｌＲ、タンパク質σ５４、外膜タンパク質；プリオンタンパク質クーループリオン；ラッサウイルスの核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ；レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）のペプチドグリカン結合リポタンパク質ＰＡＬ、６０ｋＤａシャペロニンＣｐｎ６０（ｇｒｏＥＬ、ＨｓｐＢ）、ＩＶ型ピリンＰｉｌＥ、外膜タンパク質ＭＩＰ、主要外膜タンパク質ＭｏｍｐＳ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭＳＰ；リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）のＰ４ヌクレアーゼ、タンパク質ＷＤ、リボヌクレオチド還元酵素Ｍ２、表面膜糖タンパク質Ｐｇ４６、システインプロテイナーゼＣＰ、グルコース調節タンパク質７８ ＧＲＰ−７８、ステージ特異的Ｓ抗原様タンパク質Ａ２、ＡＴＰアーゼＦ１、β−チューブリン、熱ショックタンパク質７０ Ｈｓｐ７０、ＫＭＰ−１１、糖タンパク質ＧＰ６３、タンパク質ＢＴ１、ヌクレオシドヒドロラーゼＮＨ、細胞表面タンパク質Ｂ１、リボソームタンパク質Ｐ１様タンパク質Ｐ１、ステロール２４−ｃ−メチルトランスフェラーゼＳＭＴ、ＬＡＣＫタンパク質、ヒストンＨ１、ＳＰＢ１タンパク質、チオール特異的抗酸化剤ＴＳＡ、タンパク質抗原ＳＴｌ１、シグナルペプチダーゼＳＰ、ヒストンＨ２Ｂ、表面抗原（ｓｕｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）ＰＳＡ−２、システインプロテイナーゼｂ Ｃｐｂ；らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）の主要膜タンパク質Ｉ、セリンリッチ抗原４５ｋＤａ、１０ｋＤａシャペロニン（ｃａｐｅｒｏｎｉｎ）ＧｒｏＥＳ、ＨＳＰ ｋＤａ抗原、アミノオキソノナノエートシンターゼＡＯＮＳ、タンパク質リコンビナーゼＡ ＲｅｃＡ、アセチル−／プロピオニル−補酵素Ａカルボキシラーゼα、アラニンラセマーゼ、６０ｋＤａシャペロニン２、ＥＳＡＴ−６様タンパク質ＥｃｘＢ（Ｌ−ＥＳＡＴ−６）、タンパク質Ｌｓｒ２、タンパク質ＭＬ０２７６、ヘパリン結合赤血球凝集素ＨＢＨＡ、熱ショックタンパク質６５ Ｈｓｐ６５、ｍｙｃＰ１又はＭＬ００４１コードタンパク質、ｈｔｒＡ２又はＭＬ０１７６コードタンパク質、ｈｔｒＡ４又はＭＬ２６５９コードタンパク質、ｇｃｐ又はＭＬ０３７９コードタンパク質、ｃｌｐＣ又はＭＬ０２３５コードタンパク質；レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）の外膜タンパク質ＬｉｐＬ３２、膜タンパク質ＬＩＣ１０２５８、膜タンパク質ＬＰ３０、膜タンパク質ＬＩＣ１２２３８、Ｏｍｐａ様タンパク質Ｌｓａ６６、表面タンパク質ＬｉｇＡ、表面タンパク質ＬｉｇＢ、主要外膜タンパク質ＯｍｐＬ１、外膜タンパク質ＬｉｐＬ４１、タンパク質ＬｉｇＡｎｉ、表面タンパク質ＬｃｐＡ、接着タンパク質ＬｉｐＬ５３、外膜タンパク質ＵｐＬ３２、表面タンパク質Ｌｓａ６３、フラジェリンＦｌａＢ１、膜リポタンパク質（ｍｅｍｂｒａｎ ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ）ＬｉｐＬ２１、膜タンパク質ｐＬ４０、レプトスピラ表面アドヘシンＬｓａ２７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３６、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ４７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ５４、アシルトランスフェラーゼＬｐｘＡ；リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）のリステリオリシンＯ前駆体Ｈｌｙ（ＬＬＯ）、侵入関連タンパク質Ｉａｐ（Ｐ６０）、リステリオリシン調節タンパク質ＰｒｆＡ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭｐｌ、ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ（ＰｌｃＡ、ＰｌｃＢ）、Ｏ−アセチルトランスフェラーゼＯａｔ、ＡＢＣトランスポーター透過酵素Ｉｍ．Ｇ＿１７７１、接着タンパク質ＬＡＰ、ＬＡＰ受容体Ｈｓｐ６０、アドヘシンＬａｐＢ、溶血毒素リステリオリシンＯ ＬＬＯ、タンパク質ＡｃｔＡ、インターナリンＡ ＩｎｌＡ、タンパク質ｌｎｌＢ；例えばボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）及び他のボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）種の細胞表層タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＢ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ ＢｍｐＡ（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ；毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、タンパク質Ｃｏｘ−２（バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）及びマレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、リンパ管フィラリア症（象皮病））；リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）の糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ；トロンボスポンジン関連匿名タンパク質ＴＲＡＰ、ＳＳＰ２スポロゾイト表面タンパク質２、頂端膜抗原１ ＡＭＡ１、ロプトリー膜抗原ＲＭＡ１、酸性塩基性リピート抗原ＡＢＲＡ、細胞通過タンパク質ＰＦ、タンパク質Ｐｖｓ２５、メロゾイト表面タンパク質１ ＭＳＰ−１、メロゾイト表面タンパク質２ ＭＳＰ−２、リング感染赤血球表面抗原ＲＥＳＡ、肝ステージ抗原３ ＬＳＡ−３、タンパク質Ｅｂａ−１７５、セリンリピート抗原５ ＳＥＲＡ−５、スポロゾイト周囲タンパク質ＣＳ、メロゾイト表面タンパク質３ ＭＳＰ３、メロゾイト表面タンパク質８ ＭＳＰ８、エノラ


ーゼＰＦ１０、肝細胞赤血球タンパク質１７ｋＤａ ＨＥＰ１７、赤血球膜タンパク質１ ＥＭＰ１、タンパク質Ｋβメロゾイト表面タンパク質４／５ ＭＳＰ４／５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、グルタミン酸リッチタンパク質ＧＬＵＲＰ、メロゾイト表面タンパク質４ ＭＳＰ−４、タンパク質ＳＴＡＲＰ、スポロゾイト周囲タンパク質関連抗原前駆体ＣＲＡ（プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、マラリア）；マールブルグウイルスの核タンパク質Ｎ、膜結合性タンパク質ＶＰ２４、マイナー核タンパク質ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質ＶＰ４０、エンベロープ糖タンパク質ＧＰ；麻疹ウイルスのプロテインＣ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、非構造タンパク質Ｖ、赤血球凝集素糖タンパク質Ｈ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ；類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質；髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）のピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ、Ｈ因子−結合タンパク質ｆＨｂｐ、アドヘシンＮａｄＡ、タンパク質ＮｈｂＡ、リプレッサーＦａｒＲ；例えば横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）の６６ｋＤａタンパク質、２２ｋＤａタンパク質；微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）の極管タンパク質（グルゲア属（Ｇｌｕｇｅａ）の３４、７５、及び１７０ｋＤａ、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）の３５、５５及び１５０ｋＤａ）、キネシン関連タンパク質、ＲＮＡポリメラーゼＩＩラージストサブユニット、内在性膜タンパク質と類似ＹＩＰＡ、抗サイレンシングタンパク質１、熱ショック転写因子ＨＳＦ、プロテインキナーゼ、チミジンキナーゼ、ＮＯＰ−２様核小体タンパク質；伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）のＣＡＳＰ８及びＦＡＤＤ様アポトーシス調節因子、グルタチオンペルオキシダーゼＧＰＸ１、ＲＮＡヘリカーゼＮＰＨ−ＩＩ ＮＰＨ２、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ触媒サブユニットＰＡＰＬ、主要エンベロープタンパク質Ｐ４３Ｋ、早期転写因子７０ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＳ、早期転写因子８２ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＬ、メタロエンドペプチダーゼＧ１型、ヌクレオシドトリホスファターゼＩ ＮＰＨ１、複製タンパク質Ａ２８様ＭＣ１３４Ｌ、ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅａｓｅ）７ｋＤａサブユニットＲＰＯ７；ムンプスウイルスのマトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ／Ｖ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、核タンパク質Ｎ、タンパク質Ｖ、融合糖タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼＨＮ、ＲＮＡポリメラーゼＬ；発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ、結晶性表層タンパク質ＳＬＰ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ；肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のアドヘシンＰ１、アドヘシン（ａｄｈｅｓｉｏｎ）Ｐ３０、タンパク質ｐ１１６、タンパク質Ｐ４０、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ１、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ２、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ３、ＭＰＮ１５２コードタンパク質、ＭＰＮ４２６コードタンパク質、ＭＰＮ４５６コードタンパク質、ＭＰＮ−５００コードタンパク質；例えばノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び他のノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）種のＮｏｃＡ、鉄依存性調節タンパク質、ＶａｐＡ、ＶａｐＤ、ＶａｐＦ、ＶａｐＧ、カゼイン分解プロテアーゼ、糸状体先端部関連４３ｋＤａタンパク質、タンパク質Ｐ２４、タンパク質Ｐ６１、１５ｋＤａタンパク質、５６ｋＤａタンパク質；回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）の毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ、例えばペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２；パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、糖タンパク質ｇｐ０、糖タンパク質ｇｐ７５、抗原Ｐｂ２７、抗原Ｐｂ４０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、タンパク質Ｐ１０、トリオースリン酸イソメラーゼＴＰＩ、Ｎ−アセチルグルコサミン結合レクチンパラコクシン（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｎ）、２８ｋＤａタンパク質Ｐｂ２８；例えばウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）及び他の肺吸虫属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）種の２８ｋＤａクルジパイン様システインプロテアーゼＰｗ２８ＣＣＰ；パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）の外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質Ｏｍｐ２８、タンパク質ＰＭ１５３９、タンパク質ＰＭ０３５５、タンパク質ＰＭ１４１７、修復タンパク質ＭｕｔＬ、タンパク質ＢｃｂＣ、タンパク質ＰＭ０３０５、ギ酸デヒドロゲナーゼ−Ｎ、タンパク質ＰＭ０６９８、タンパク質ＰＭ１４２２、ＤＮＡジャイレース、リポタンパク質ＰｌｐＥ、接着タンパク質Ｃｐ３９、ヘム獲得システム受容体ＨａｓＲ、３９ｋＤａ被膜タンパク質、鉄調節型ＯＭＰ ＩＲＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ８７、線毛タンパク質Ｐｔｆ、線毛サブユニットタンパク質ＰｔｆＡ、トランスフェリン結合タンパク質Ｔｂｐｌ、エステラーゼ酵素ＭｅｓＡ、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）毒素ＰＭＴ、接着タンパク質Ｃｐ３９；百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）の糸状赤血球凝集素ＦｈａＢ、アデニル酸シクラーゼＣｙａＡ、百日咳毒素サブユニット４前駆体ＰｔｘＤ、パータクチン前駆体Ｐｒｎ、毒素サブユニット１ ＰｔｘＡ、タンパク質Ｃｐｎ６０、タンパク質ｂｒｋＡ、百日咳毒素サブユニット２前駆体ＰｔｘＢ、百日咳毒素サブユニット３前駆体ＰｔｘＣ、百日咳毒素サブユニット５前駆体ＰｔｘＥ、パータクチンＰｒｎ、タンパク質Ｆｉｍ２、タンパク質Ｆｉｍ３；ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）のＦ１カプセル抗原、ビルレンス関連Ｖ抗原、分泌型エフェクタータンパク質ＬｃｒＶ、Ｖ抗原、外膜プロテアーゼＰｌａ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、推定分泌タンパク質−チロシンホスファターゼＹｏｐＨ、ニードル複合体主要サブユニットＹｓｃＦ、プロテインキナーゼＹｏｐＯ、推定オートトランスポータータンパク質ＹａｐＦ、内膜ＡＢＣトランスポーターＹｂｔＱ（Ｉｒｐ７）、推定糖結合タンパク質ＹＰＯ０６１２、熱ショックタンパク質９０ ＨｔｐＧ、推定スルファターゼタンパク質ＹｄｅＮ、外膜リポタンパク質キャリアータンパク質ＬｏｌＡ、分泌シャペロンＹｅｒＡ、推定リポタンパク質ＹＰＯ０４２０、溶血毒素アクチベータータンパク質ＨｐｍＢ、ペスチシン／エルシニアバクチン外膜受容体Ｐｓｎ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＦ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＫ、外膜タンパク質ＹｏｐＮ、外膜タンパク質ＹｏｐＭ、コアグラーゼ／フィブリノリジン前駆体Ｐｌａ；肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のタンパク質ＰｈｐＡ、表面アドヘシンＰｓａＡ、ニューモリシンＰｌｙ、ＡＴＰ依存性プロテアーゼＣｌｐ、リポ酸−タンパク質リガーゼＬｐｌＡ、細胞壁表面アンカータンパク質ｐｓｒＰ、ソルターゼＳｒｔＡ、グルタミル−ｔＲＮＡシンテターゼＧｌｔＸ、コリン結合タンパク質Ａ ＣｂｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ａ ＰｓｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ｃ ＰｓｐＣ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼＧｎｄ、鉄結合タンパク質ＰｉａＡ、ムレインヒドロラーゼＬｙｔＢ、プロテオン（ｐｒｏｔｅｏｎ）ＬｙｔＣ、プロテアーゼＡ１；ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）の主要表面タンパク質Ｂ、ケキシン様プロテアーゼＫＥＸ１、タンパク質Ａ１２、５５ｋＤａ抗原Ｐ５５、主要表面糖タンパク質Ｍｓｇ；ポリオウイルスのゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；例えばフォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）のタンパク質Ｎｆａ１、エキセンディン−３、分泌性リパーゼ、カテプシンＢ様プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、カテプシン、ペルオキシレドキシン、タンパク質Ｃｒｙ１Ａｃ；ＪＣウイルスのアグノプロテイン、ラージＴ抗原、スモールＴ抗原、主要カプシドタンパク質ＶＰ１、マイナーカプシドタンパク質Ｖｐ２；オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）の低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２（Ｏｍｐ２）、多形膜タンパク質ファミリー、例えば、Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１；Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）の外膜タンパク質Ｐ１、熱ショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、ペプチドＡＢＣトランスポーター、ＧＴＰ結合タンパク質、タンパク質ＩｃｍＢ、リボヌクレアーゼＲ、ホスファターゼ（ｐｈｏｓｐｈａｔａｓ）ＳｉｘＡ、タンパク質ＤｓｂＤ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、ＤＮＡ−結合タンパク質ＰｈｏＢ、ＡＴＰアーゼＤｏｔＢ、熱ショックタンパク質Ｂ（ＨｓｐＢ）、膜タンパク質Ｃｏｍ１、２８ｋＤａタンパク質、ＤＮＡ−３−メチルアデニングリコシダーゼＩ、外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タン


パク質ＡｄａＡ、グリシン切断系Ｔタンパク質；狂犬病ウイルスの核タンパク質Ｎ、ラージ構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質（ｐｈｏｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ）Ｐ、マトリックスタンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇ；呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）の融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２；ライノウイルスのゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）の外膜（ＯＭ）タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、タンパク質ＰＳ１２０、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ；痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ；リフトバレー熱ウイルスのエンベロープ糖タンパク質ＧＰ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳＳ；ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ；ロタウイルスの非構造タンパク質６ ＮＳ６、非構造タンパク質２ ＮＳ２、中間カプシドタンパク質ＶＰ６、内側カプシドタンパク質ＶＰ２、非構造タンパク質３ ＮＳ３、ＲＮＡ指向性ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質ＶＰ３、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質５ ＮＳ５、外側カプシド糖タンパク質ＶＰ７、非構造糖タンパク質４ ＮＳ４、外側カプシドタンパク質ＶＰ４；風疹ウイルスのポリタンパク質Ｐ２００、糖タンパク質Ｅ１、糖タンパク質Ｅ２、タンパク質ＮＳ２、カプシドタンパク質Ｃ；サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）のシャペロニンＧｒｏＥＬ（ＭｏｐＡ）、イノシトールリン酸ホスファターゼＳｏｐＢ、熱ショックタンパク質ＨｓｌＵ、シャペロンタンパク質ＤｎａＪ、タンパク質ＴｖｉＢ、タンパク質ＩｒｏＮ、フラジェリンＦｌｉＣ、侵入タンパク質ＳｉｐＣ、糖タンパク質ｇｐ４３、外膜タンパク質ＬａｍＢ、外膜タンパク質ＰａｇＣ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、外膜タンパク質ＮｍｐＣ、外膜タンパク質ＦａｄＬ、輸送タンパク質ＳａｄＡ、トランスフェラーゼＷｇａＰ、エフェクタータンパク質ＳｉｆＡ、ＳｔｅＣ、ＳｓｅＬ、ＳｓｅＪ及びＳｓｅＦ；ＳＡＲＳコロナウイルスのタンパク質１４、非構造タンパク質ＮＳ７ｂ、非構造タンパク質ＮＳ８ａ、タンパク質９ｂ、タンパク質３ａ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳ３ｂ、非構造タンパク質ＮＳ６、タンパク質７ａ、非構造タンパク質ＮＳ８ｂ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープスモール膜タンパク質ＥｓＭ、レプリカーゼポリタンパク質１ａ、スパイク糖タンパク質Ｓ、レプリカーゼポリタンパク質１ａｂ；ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）のセリンプロテアーゼ、異型ヒゼンダニ属（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ）抗原１ ＡＳＡ１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、システインプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、アポリポタンパク質；住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）のグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、パラミオシン、ヘモグルビナーゼ（ｈｅｍｏｇｌｂｉｎａｓｅ）ＳＭ３２、主要虫卵抗原、１４ｋＤａ脂肪酸結合タンパク質Ｓｍ１４、主要幼虫表面抗原Ｐ３７、２２．６ｋＤａ外被抗原、カルパインＣＡＮＰ、三リン酸イソメラーゼ（ｔｒｉｐｈｏｓｐａｔｅ ｉｓｏｍｅｒａｓｅ）Ｔｉｍ、表面タンパク質９Ｂ、外側カプシドタンパク質ＶＰ２、２３ｋＤａ内在性膜タンパク質Ｓｍ２３、Ｃｕ／Ｚｎ−スーパーオキシドジスムターゼ、糖タンパク質Ｇｐ、ミオシン；ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）の６０ｋＤａシャペロニン、５６ｋＤａ型特異的抗原、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、４−ヒドロキシ安息香酸オクタプレニルトランスフェラーゼ；赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）のデヒドロゲナーゼＧｕａＢ、侵入タンパク質Ｓｐａ３２、インベイシンＩｐａＡ、インベイシンＩｐａＢ、インベイシンＩｐａＣ、インベイシンＩｐａＤ、インベイシンＩｐａＨ、インベイシンＩｐａＪ；水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）のタンパク質Ｐ５３、ビリオンタンパク質ＵＳ１０ホモログ、転写調節因子ＩＥ６３、転写トランス活性化因子ＩＥ６２、プロテアーゼＰ３３、αトランス誘導因子７４ｋＤａタンパク質、デオキシウリジン５’−三リン酸ヌクレオチドヒドロラーゼ、転写トランス活性化因子ＩＥ４、膜タンパク質ＵＬ４３ホモログ、核リンタンパク質ＵＬ３ホモログ、核タンパク質ＵＬ４ホモログ、複製起点結合タンパク質、膜タンパク質２、リンタンパク質３２、タンパク質５７、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子、ポータルタンパク質５４、ＤＮＡプライマーゼ、テグメントタンパク質ＵＬ１４ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ２１ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ５５ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ３３ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ１５ホモログ、カプシド結合タンパク質４４、ビリオンパッケージングタンパク質４３；大痘瘡及び小痘瘡のトランケート型３−βヒドロキシ−５−エンステロイドデヒドロゲナーゼホモログ、ビリオン膜タンパク質Ａ１３、タンパク質Ａ１９、タンパク質Ａ３１、トランケート型タンパク質Ａ３５ホモログ、タンパク質Ａ３７．５ホモログ、タンパク質Ａ４７、タンパク質Ａ４９、タンパク質Ａ５１、セマフォリン様タンパク質Ａ４３、セリンプロテアーゼ阻害因子１、セリンプロテアーゼ阻害因子２、セリンプロテアーゼ阻害因子３、タンパク質Ａ６、タンパク質Ｂ１５、タンパク質Ｃ１、タンパク質Ｃ５、タンパク質Ｃ６、タンパク質Ｆ７、タンパク質Ｆ８、タンパク質Ｆ９、タンパク質Ｆ１１、タンパク質Ｆ１４、タンパク質Ｆ１５、タンパク質Ｆ１６；スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）のアドヘシン／糖タンパク質ｇｐ７０、プロテアーゼ；スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、例えば黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）のヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ（ＣｌｆＡ）、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ（ＦｎｂＡ）、エンテロトキシンＡ型（ＥｎｔＡ）、エンテロトキシンＢ型（ＥｎｔＢ）、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型（ＥｎｔＤ）、エンテロトキシンＥ型（ＥｎｔＥ）、毒素性ショック症候群毒素−１（ＴＳＳＴ−１）、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ（ＰＢＰ２ａ、ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ；糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）の抗原Ｓｓ−ＩＲ、抗原ＮＩＥ、ストロンギラスタシン、Ｎａ＋−Ｋ＋ ＡＴＰアーゼＳｓｅａｔ−６、トロポマイシン（ｔｒｏｐｏｍｙｓｉｎ）ＳｓＴｍｙ−１、タンパク質ＬＥＣ−５、４１ｋＤａ抗原（ａａｎｔｉｇｅｎ）Ｐ５、４１ｋＤａ幼虫タンパク質、３１ｋＤａ幼虫タンパク質、２８ｋＤａ幼虫タンパク質；梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）のグリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼＧｌｐＱ（Ｇｐｄ）、外膜タンパク質ＴｍｐＢ、タンパク質Ｔｐ９２、抗原ＴｐＦ１、リピートタンパク質Ｔｐｒ、リピートタンパク質Ｆ ＴｐｒＦ、リピートタンパク質Ｇ ＴｐｒＧ、リピートタンパク質Ｉ ＴｐｒＩ、リピートタンパク質Ｊ ＴｐｒＪ、リピートタンパク質Ｋ ＴｐｒＫ、トレポネーマ膜タンパク質Ａ（ＴｍｐＡ）、リポタンパク質、１５ｋＤａ Ｔｐｐ１５、４７ｋＤａ膜抗原、ミニフェリチンＴｐＦ１、アドヘシンＴｐ０７５１、リポタンパク質ＴＰ０１３６、タンパク質ＴｐＮ１７、タンパク質ＴｐＮ４７、外膜タンパク質ＴＰ０１３６、外膜タンパク質ＴＰ０１５５、外膜タンパク質ＴＰ０３２６、外膜タンパク質ＴＰ０４８３、外膜タンパク質ＴＰ０９５６；テニア属（Ｔａｅｎｉａ）のカテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ；破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）の破傷風毒素ＴｅｔＸ、破傷風毒素Ｃ ＴＴＣ、１４０ｋＤａ Ｓ層タンパク質、フラビンタンパク質β−サブユニットＣＴ３、ホスホリパーゼ（レシチナーゼ）、ホスホキャリアータンパク質ＨＰｒ；ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）のゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ；イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）の５８ｋＤａ抗原、６８ｋＤａ抗原、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）幼虫排泄−分泌抗原ＴＥＳ、３２ｋＤａ糖タンパク質、糖タンパク質ＴＥＳ−７０、糖タンパク質ＧＰ３１、排泄−分泌抗原ＴｃＥＳ−５７、腸周囲液抗原Ｐｅ、可溶性抽出物抗原Ｅｘ、排泄／分泌幼虫抗原ＥＳ、抗原ＴＥＳ−１２０、ポリタンパク質アレルゲンＴＢＡ−１、カテプシンＬ様システインプロテアーゼｃ−ｃｐｌ−１、２６ｋＤａタンパク質；トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）のミクロネームタンパク質、例えば、ＭＩＣ１、ＭＩＣ２、ＭＩＣ３、ＭＩＣ４、ＭＩＣ５、ＭＩＣ６、ＭＩＣ７、又はＭＩＣ８、ロプトリータンパク質Ｒｏｐ２、ロプトリータンパク質、例えば、Ｒｏｐ１、Ｒｏｐ２、Ｒｏｐ３、Ｒｏｐ４、Ｒｏｐ５、Ｒｏｐ６、Ｒｏｐ７、Ｒｏｐ１６、又はＲｊｏｐ１７、タンパク質ＳＲ１、表面抗原Ｐ２２、主要抗原ｐ２４、主要表面抗原ｐ３０、密顆粒タンパク質、例えば、ＧＲＡ１、ＧＲＡ２、ＧＲＡ３、ＧＲＡ４、ＧＲＡ５、ＧＲＡ６、ＧＲＡ７、ＧＲＡ８、ＧＲＡ９、又はＧＲＡ１０、２８ｋＤａ抗原、表面抗原ＳＡＧ１、ＳＡＧ２関連抗原、ヌクレオシドトリホスファターゼ１、ヌクレオシドトリホスファターゼ２、タンパク質Ｓｔｔ３、ＨｅｓＢ様ドメイン含有タンパク質、ロンボイド様プロテアーゼ５、トキソメプシン（ｔｏｘｏｍｅｐｓｉｎ）１；旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）の４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、５３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、パラミオシン、抗原Ｔｓ２１、抗原Ｔｓ８７、抗原ｐ４６０００、ＴＳＬ−１抗原、カベオリン−１ ＣＡＶ−１、４９ｋＤａ新生幼虫抗原、プロサポシンホモログ、セリンプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ阻害因子、４５ｋＤａ糖タンパク質Ｇｐ４５；膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のＭｙｂ様転写因子（Ｍｙｂ１、Ｍｙｂ２、Ｍｙｂ３）、接着タンパク質ＡＰ２３、接着タンパク質ＡＰ３３、アドヘシンタンパク質ＡＰ３３−３、アドヘシンＡＰ５１、アドヘシンＡＰ６５、接着タンパク質ＡＰ６５−１、α−アクチニン、キネシン関連タンパク質、テニューリン、６２ｋＤａプロテイナーゼ、サブチリシン様セリンプロテアーゼＳＵＢ１、システインプロテイナーゼ遺伝子３ ＣＰ３、α−エノラーゼＥｎｏ１、システインプロテイナーゼＣＰ３０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０及びＨｓｐ６０、免疫原性タンパク質Ｐ２７０；鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）のβ−チューブリン、４７ｋＤａタンパク質、分泌白血球様プロテイナーゼ−１ ＳＬＰ−１、５０ｋＤａタンパク質ＴＴ５０、１


７ｋＤａ抗原、４３／４７ｋＤａタンパク質；例えば結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）のタンパク質ＥＳＡＴ−６（ＥｓｘＡ）、１０ｋＤａろ過性抗原ＥｓｘＢ、分泌抗原８５−Ｂ ＦＢＰＢ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｂｐＡ（Ａｇ８５Ａ）、セリンプロテアーゼＰｅｐＡ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１８、フィブロネクチン結合タンパク質Ｄ ＦｂｐＤ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６４、分泌タンパク質ＭＰＴ５１、カタラーゼ−ペルオキシダーゼ−ペルオキシニトリターゼＴ ＫＡＴＧ、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ３（ＰＢＰ−３、Ｐｈｏｓ−１）、鉄調節ヘパリン結合赤血球凝集素Ｈｂｈａ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１４、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ６８、タンパク質Ｍｔｂ７２Ｆ、タンパク質Ａｐａ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６３、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ１（ＰＢＰ−１）、分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系透過酵素タンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンテターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、熱ショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓ；野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）の外膜タンパク質ＦｏｂＡ、外膜タンパク質ＦｏｂＢ、細胞内増殖遺伝子座ｌｇｌＣ１、細胞内増殖遺伝子座ＩｇｌＣ２、アミノトランスフェラーゼＷｂｔｌ、シャペロニンＧｒｏＥＬ、１７ｋＤａ主要膜タンパク質ＴＵＬ４、リポタンパク質ＬｐｎＡ、キチナーゼファミリー１８タンパク質、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎｉｆ３ファミリータンパク質、ＩＶ型線毛グリコシル化タンパク質、外膜タンパク質ｔｏｌＣ、ＦＡＤ結合ファミリータンパク質、ＩＶ型ピリン多量体外膜タンパク質、二成分センサータンパク質ＫｄｐＤ、シャペロンタンパク質ＤｎａＫ、タンパク質ＴｏｌＱ；ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）のＭＢ抗原、ウレアーゼ、タンパク質ＧｙｒＡ、タンパク質ＧｙｒＢ、タンパク質ＰａｒＣ、タンパク質ＰａｒＥ、脂質結合膜タンパク質ＬＡＭＰ、チミジンキナーゼＴＫ、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ１、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ２、ホスホリパーゼＰＬ−Ｃ、表面発現９６ｋＤａ抗原；ベネズエラウマ脳炎ウイルスの非構造ポリタンパク質、構造ポリタンパク質、カプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ１、プロテアーゼＰ２、プロテアーゼＰ３；グアナリトウイルスの糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ；ウエストナイルウイルスのポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質（ｂｒｏｔｅｉｎ）ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；西部ウマ脳炎ウイルスのカプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ２；黄熱病ウイルスのゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）の推定Ｙｏｐターゲティングタンパク質ＹｏｂＢ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、タンパク質ＹｏｐＨ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＪ、タンパク質移行タンパク質ＹｏｐＫ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｐｋＡ、鞭毛生合成タンパク質ＦｌｈＡ、ペプチダーゼＭ４８、カリウム流出系ＫｅｆＡ、転写調節因子ＲｏｖＡ、アドヘシンＩｆｐ、トランスロケータータンパク質（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｏｒ ｐｏｒｔｅｉｎ）ＬｃｒＶ、タンパク質ＰｃｒＶ、インベイシンＩｎｖ、外膜タンパク質ＯｍｐＦ様ポーリン、アドヘシンＹａｄＡ、プロテインキナーゼＣ、ホスホリパーゼＣ１、タンパク質ＰｓａＡ、マンノシルトランスフェラーゼ様タンパク質ＷｂｙＫ、タンパク質ＹｓｃＵ、抗原ＹＰＭａ；腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）のエフェクタータンパク質ＹｏｐＢ、６０ｋＤａシャペロニン、タンパク質ＷｂｃＰ、チロシンタンパク質ホスファターゼ（ｔｙｒｏｓｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ）ＹｏｐＨ、タンパク質ＹｏｐＱ、エンテロトキシン、ガラクトシド透過酵素、レダクターゼ（ｒｅｄｕｃｔａａｓｅ）ＮｒｄＥ、タンパク質ＹａｓＮ、インベイシンＩｎｖ、アドヘシンＹａｄＡ、外膜ポーリンＦ ＯｍｐＦ、タンパク質ＵｓｐＡ１、タンパク質ＥｉｂＡ、タンパク質Ｈｉａ、細胞表面タンパク質Ａｉｌ、シャペロンＳｙｃＤ、タンパク質ＬｃｒＤ、タンパク質ＬｃｒＧ、タンパク質ＬｃｒＶ、タンパク質ＳｙｃＥ、タンパク質ＹｏｐＥ、調節タンパク質ＴｙｅＡ、タンパク質ＹｏｐＭ、タンパク質ＹｏｐＮ、タンパク質ＹｏｐＯ、タンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｏｐＤ、プロテアーゼＣｌｐＰ、タンパク質ＭｙｆＡ、タンパク質ＦｉｌＡ、及びタンパク質ＰｓａＡからなる群から選択される異なる病原性抗原又はその断片若しくは変異体をコードする。
好ましくは、癌又は腫瘍は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、小児カルチノイド腫瘍、消化管カルチノイド腫瘍、原発不明癌腫、原発性中枢神経系リンパ腫、小児小脳星細胞腫、小児大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、小児頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）（胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ））、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭蓋外、性腺外、又は卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性腫瘍、脳幹神経膠腫、小児大脳星細胞腫、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、胃カルチノイド、ヘアリー細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞癌（肝癌）、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、小児視床下部及び視覚伝導路神経膠腫、眼球内黒色腫、膵島細胞癌（膵内分泌部）、カポジ肉腫、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、口唇・口腔癌、脂肪肉腫、肝癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、骨悪性線維性組織球腫／骨肉腫、小児髄芽腫、黒色腫、眼球内（眼球）黒色腫、メルケル細胞癌、成人悪性中皮腫、小児中皮腫、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、口腔癌、小児多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉症、骨髄異形成候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病、成人急性骨髄性白血病、小児急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫（骨髄癌）、慢性骨髄増殖性疾患、鼻腔・副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫／骨悪性線維性組織球腫、卵巣癌、卵巣上皮癌（表層上皮性・間質性腫瘍）、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、膵癌、膵島細胞膵癌、副鼻腔・鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、小児松果体芽細胞腫及びテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞新形成／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、腎盂・尿管癌、網膜芽細胞腫、小児横紋筋肉腫、唾液腺癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、皮膚癌（非黒色腫）、皮膚癌（黒色腫）、メルケル細胞皮膚癌、小腸癌、扁平上皮癌、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、小児テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、咽喉癌、小児胸腺腫、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、小児甲状腺癌、腎盂尿管移行上皮癌、妊娠性絨毛性腫瘍、尿道癌、子宮内膜子宮癌、子宮肉腫、腟癌、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、及び小児ウィルムス腫瘍（腎癌）からなる群から選択される。
好ましくは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、ここでｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、５Ｔ４、７０７−ＡＰ、９Ｄ７、ＡＦＰ、ＡｌｂＺＩＰ ＨＰＧ１、α−５−β−１−インテグリン、α−５−β−６−インテグリン、α−アクチニン−４／ｍ、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ、ＡＲＴ−４、ＡＲＴＣ１／ｍ、Ｂ７Ｈ４、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬ−２、ｂｃｒ／ａｂｌ、β−カテニン／ｍ、ＢＩＮＧ−４、ＢＲＣＡ１／ｍ、ＢＲＣＡ２／ｍ、ＣＡ １５−３／ＣＡ ２７−２９、ＣＡ １９−９、ＣＡ７２−４、ＣＡ１２５、カルレティキュリン、ＣＡＭＥＬ、ＣＡＳＰ−８／ｍ、カテプシンＢ、カテプシンＬ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤＥ３０、ＣＤ３３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ８０、ＣＤＣ２７／ｍ、ＣＤＫ４／ｍ、ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ、ＣＥＡ、ＣＬＣＡ２、ＣＭＬ２８、ＣＭＬ６６、ＣＯＡ−１／ｍ、コアクトシン様タンパク質、コラーゲン（ｃｏｌｌａｇｅ）ＸＸＩＩＩ、ＣＯＸ−２、ＣＴ−９／ＢＲＤ６、Ｃｔｅｎ、サイクリンＢ１、サイクリンＤ１、ｃｙｐ−Ｂ、ＣＹＰＢ１、ＤＡＭ−１０、ＤＡＭ−６、ＤＥＫ−ＣＡＮ、ＥＦＴＵＤ２／ｍ、ＥＧＦＲ、ＥＬＦ２／ｍ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＥｐＣａｍ、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｒｂＢ３、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１、ＥＺＨ２、ＦＧＦ−５、ＦＮ、Ｆｒａｕ−１、Ｇ２５０、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ７ｂ、ＧＡＧＥ−８、ＧＤＥＰ、ＧｎＴ−Ｖ、ｇｐ１００、ＧＰＣ３、ＧＰＮＭＢ／ｍ、ＨＡＧＥ、ＨＡＳＴ−２、ヘプシン、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１−Ｒ１７Ｉ、ＨＬＡ−Ａ１１／ｍ、ＨＬＡ−Ａ２／ｍ、ＨＮＥ、ホメオボックスＮＫＸ３．１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１４／ＳＣＰ−１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＨＰＶ−Ｅ６、ＨＰＶ−Ｅ７、ＨＳＰ７０−２Ｍ、ＨＳＴ−２、ｈＴＥＲＴ、ｉＣＥ、ＩＧＦ−１Ｒ、ＩＬ−１３Ｒａ２、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−５、未熟ラミニン受容体、カリクレイン−２、カリクレイン−４、Ｋｉ６７、ＫＩＡＡ０２０５、ＫＩＡＡ０２０５／ｍ、ＫＫ−ＬＣ−１、Ｋ−Ｒａｓ／ｍ、ＬＡＧＥ−Ａ１、ＬＤＬＲ−ＦＵＴ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ｂ１、ＭＡＧＥ−Ｂ２、ＭＡＧＥ−Ｂ３、ＭＡＧＥ−Ｂ４、ＭＡＧＥ−Ｂ５、ＭＡＧＥ−Ｂ６、ＭＡＧＥ−Ｂ１０、ＭＡＧＥ−Ｂ１６、ＭＡＧＥ−Ｂ１７、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｄ１、ＭＡＧＥ−Ｄ２、ＭＡＧＥ−Ｄ４、ＭＡＧＥ−Ｅ１、ＭＡＧＥ−Ｅ２、ＭＡＧＥ−Ｆ１、ＭＡＧＥ−Ｈ１、ＭＡＧＥＬ２、マンマグロビンＡ、ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ、ＭＡＲＴ−２、ＭＡＲＴ−２／ｍ、マトリックスタンパク質２２、ＭＣ１Ｒ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＥ１／ｍ、メソテリン、ＭＧ５０／ＰＸＤＮ、ＭＭＰ１１、ＭＮ／ＣＡ ＩＸ抗原、ＭＲＰ−３、ＭＵＣ−１、ＭＵＣ−２、ＭＵＭ−１／ｍ、ＭＵＭ−２／ｍ、ＭＵＭ−３／ｍ、ミオシンクラスＩ／ｍ、ＮＡ８８−Ａ、Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素−Ｖ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ／ｍ、ＮＦＹＣ／ｍ、ＮＧＥＰ、ＮＭＰ２２、ＮＰＭ／ＡＬＫ、Ｎ−Ｒａｓ／ｍ、ＮＳＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−Ｂ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＯＡ１、ＯＦＡ−ｉＬＲＰ、ＯＧＴ、ＯＧＴ／ｍ、ＯＳ−９、ＯＳ−９／ｍ、オステオカルシン、オステオポンチン、ｐ１５、ｐ１９０マイナーｂｃｒ−ａｂｌ、ｐ５３、ｐ５３／ｍ、ＰＡＧＥ−４、ＰＡＩ−１、ＰＡＩ−２、ＰＡＰ、ＰＡＲＴ−１、ＰＡＴＥ、ＰＤＥＦ、Ｐｉｍ−１−キナーゼ、Ｐｉｎ−１、Ｐｍｌ／ＰＡＲα、ＰＯＴＥ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５／ｍ、プロステイン、プロテイナーゼ−３、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＧＲ、ＰＳＭ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ／ｍ、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００／ｍ、ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８、ＲＵ１、ＲＵ２、Ｓ−１００、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ−１、ＳＡＲＴ−２、ＳＡＲＴ−３、ＳＣＣ、ＳＩＲＴ２／ｍ、Ｓｐ１７、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２／ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０、ＳＳＸ−４、ＳＴＡＭＰ−１、ＳＴＥＡＰ−１、サバイビン、サバイビン−２Ｂ、ＳＹＴ−ＳＳＸ−１、ＳＹＴ−ＳＳＸ−２、ＴＡ−９０、ＴＡＧ−７２、ＴＡＲＰ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＴＧＦｂｅｔａ、ＴＧＦｂｅｔａＲＩＩ、ＴＧＭ−４、ＴＰＩ／ｍ、ＴＲＡＧ−３、ＴＲＧ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２／６ｂ、ＴＲＰ／ＩＮＴ２、ＴＲＰ−ｐ８、チロシナーゼ、ＵＰＡ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ−２／ＦＬＫ−１、及びＷＴ１からなる群から選択される異なる癌又は腫瘍抗原、又はその断片若しくは変異体をコードする。かかる腫瘍抗原は好ましくは、ｐ５３、ＣＡ１２５、ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ｈＴＥＲＴ、ＰＡＰ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、メソテリン、ＭＵＣ−１、ＧＰ１００、ＭＡＲＴ−１、チロシナーゼ、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ−１、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、Ｒａｓ、ＣＥＡ又はＷＴ１から、及びより好ましくは、ＰＡＰ、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＷＴ１、及びＭＵＣ−１からなる群から選択され、好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１、例えば受託番号Ｍ７７４８１に係るＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ６、例えば受託番号ＮＭ＿００５３６３に係るＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、メラン−Ａ、例えば受託番号ＮＭ＿００５５１１に係るメラン−Ａ、ＧＰ１００、例えば受託番号Ｍ７７３４８に係るＧＰ１００、チロシナーゼ、例えば受託番号ＮＭ＿０００３７２に係るチロシナーゼ、サバイビン（ｓｕｒｖｉｖｉｎｇ）、例えば受託番号ＡＦ０７７３５０に係るサバイビン、ＣＥＡ、例えば受託番号ＮＭ＿００４３６３に係るＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、例えば受託番号Ｍ１１７３０に係るＨｅｒ−２／ｎｅｕ、ＷＴ１、例えば受託番号ＮＭ＿０００３７８に係るＷＴ１、ＰＲＡＭＥ、例えば受託番号ＮＭ＿００６１１５に係るＰＲＡＭＥ、ＥＧＦＲＩ（上皮成長因子受容体１）、例えば受託番号ＡＦ２８８７３８に係るＥＧＦＲＩ（上皮成長因子受容体１）、ＭＵＣ１、ムチン−１、例えば受託番号ＮＭ＿００２４５６に係るムチン−１、ＳＥＣ６１Ｇ、例えば受託番号ＮＭ＿０１４３０２に係るＳＥＣ６１Ｇ、ｈＴＥＲＴ、例えばｈＴＥＲＴ 受託番号ＮＭ＿１９８２５３、５Ｔ４、例えば受託番号ＮＭ＿００６６７０に係る５Ｔ４、ＴＲＰ−２、例えば受託番号ＮＭ＿００１９２２に係るＴＲＰ−２、ＳＴＥＡＰ１、ＰＣＡ、ＰＳＡ、及びＰＳＭＡからなる群から選択され得る。
本発明の好ましい実施形態において、本方法は、本発明に係るＲＮＡ分子（これらの分子の全て又は一部のみ）と、１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物、好ましくは、カチオン性又はポリカチオン性ポリマー、カチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質、例えばプロタミン、カチオン性又はポリカチオン性多糖及び／又はカチオン性又はポリカチオン性脂質とを複合体化するステップを更に含む。
また、本発明に係る方法によって作製されるＲＮＡ分子組成物、及び本発明に係るＲＮＡ分子組成物と薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物も提供される。好ましい実施形態において、本発明の方法により作製されるＲＮＡ分子はｍＲＮＡ分子である。
本発明の好ましい実施形態において、本発明に係るＲＮＡ分子組成物は、カチオン性及びポリカチオン性化合物からなる群から選択される、好ましくは、カチオン性及びポリカチオン性ポリマー、カチオン性及びポリカチオン性ペプチド及びタンパク質、好ましくはプロタミン、カチオン性及びポリカチオン性多糖、及びカチオン性及びポリカチオン性脂質からなる群から選択される１つ以上のメンバーと複合体化した少なくとも１つのＲＮＡ分子を含む。
任意選択で、１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物に対する少なくとも１つのＲＮＡ分子のＮ／Ｐ比（ＲＮＡのリン酸基のモル数に対するカチオン性ポリマーのアミン基のモル数の比）は０．１〜２０の範囲、好ましくは０．３〜４、０．５〜２、０．７〜２及びより好ましくは０．７〜１．５の範囲である。
別の好ましい実施形態において、少なくとも１つのＲＮＡ分子は、６：１（ｗ／ｗ）〜０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは５：１（ｗ／ｗ）〜０．５：１（ｗ／ｗ）、更により好ましくは４：１（ｗ／ｗ）〜１：１（ｗ：ｗ）又は３：１（ｗ／ｗ）〜１：１（ｗ／ｗ）の範囲の重量比、及び最も好ましくは３：１（ｗ／ｗ）〜２：１（ｗ／ｗ）の範囲のＲＮＡ対カチオン性又はポリカチオン性化合物の重量比で１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物と及び／又は対ポリマー担体と；又は任意選択で、約０．１〜１０の範囲、好ましくは０．３〜４又は０．３〜１の範囲、及び最も好ましくは０．５〜１又は０．７〜１の範囲、及び更に最も好ましくは０．３〜０．９又は０．５〜０．９の範囲のＲＮＡ対カチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体の窒素／リン酸比（Ｎ／Ｐ比）で複合体化する。
別の実施形態において、本ＲＮＡ分子組成物は、１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物と複合体化した少なくとも１つのＲＮＡ分子（複合体型ＲＮＡ分子とも称される）と、少なくとも１つの遊離ＲＮＡ分子とを含み得る。任意選択で、少なくとも１つの複合体型ＲＮＡ分子の核酸配列は、少なくとも１つの遊離ＲＮＡ分子と同一である。
複合体型ＲＮＡ分子と遊離ＲＮＡ分子とのモル比は０．００１：１〜１：０．００１のモル比、好ましくは約１：１の比から選択される。
好ましい実施形態において、複合体型ＲＮＡ分子と（遊離）ＲＮＡ分子との比は、約５：１（ｗ／ｗ）〜約１：１０（ｗ／ｗ）の範囲、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：８（ｗ／ｗ）の範囲、更により好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：５（ｗ／ｗ）又は１：３（ｗ／ｗ）の範囲から選択され、及び最も好ましくは複合体型ＲＮＡ分子と遊離ＲＮＡ分子との比は１：１（ｗ／ｗ）の範囲である。
別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの複合体型ＲＮＡ分子は１つ以上の脂質と複合体化し、それによりリポソーム、脂質ナノ粒子及び／又はリポプレックスを形成し得る。
更に、本発明に係るＲＮＡ組成物又は本発明に係る医薬組成物が入った医薬品容器が提供される。任意選択で、この医薬品容器は、シリンジ、バイアル、点滴ボトル、アンプル又はカルプルである。
また、医薬として用いられる本発明のＲＮＡ分子（組成物）又は本発明に係る医薬組成物も提供される。
好ましい実施形態において、本ＲＮＡ分子組成物又は本医薬組成物は、遺伝病、アレルギー、自己免疫疾患、感染症、新生物、癌及び腫瘍関連疾患、炎症性疾患、血液及び造血臓器疾患、内分泌、栄養及び代謝疾患、神経系疾患、遺伝性疾患、循環系疾患、呼吸器系疾患、消化器系疾患、皮膚及び皮下組織疾患、筋骨格系及び結合組織疾患、及び泌尿生殖器系疾患（遺伝性か後天性かに関わらず）及びこれらの組み合わせからなる群から選択される疾患の治療又は予防に用いられる。
更に、免疫療法剤、遺伝子療法剤としての、又はワクチンとしての本ＲＮＡ分子組成物又は本医薬組成物の使用が提供される。
定義
明確さ及び読み易さのため、以下の定義を提供する。これらの定義に関して言及される任意の技術的特徴は、本発明のあらゆる実施形態に読み取ることができる。更なる定義及び説明がこれらの実施形態との関連において具体的に提供され得る。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、概して本発明が属する技術分野の当業者が一般的に理解するのと同じ意味を有する。概して、本明細書で用いられる命名法並びに細胞培養、分子遺伝学、有機化学、及び核酸化学及びハイブリダイゼーションにおける実験室手順は周知であり、当該技術分野において広く用いられている。核酸及びペプチド合成には標準的な技法が用いられる。これらの技法及び手順は概して、当該技術分野における従来方法並びに本文書全体を通じて提供される様々な一般的文献（例えば、サムブルック（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら著、１９８９年、「分子クローニング：実験マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ）」、第２版、コールド・スプリング・ハーバー研究所出版会（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）、ニューヨーク州コールド・スプリング・ハーバー（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ））に従い実施される。
酵素：酵素は、ＤＮＡ依存性ＲＮＡ転写（例えばＲＮＡポリメラーゼ）、又は二本鎖ＤＮＡ消化（例えば制限エンドヌクレアーゼ）などの生化学反応を行う触媒活性生体分子である。酵素は、典型的にはアミノ酸及び／又はＲＮＡ（リボザイム、ｓｎＲＮＡ）で構成される。
タンパク質：タンパク質は、典型的には１つ以上のペプチド又はポリペプチドを含む。タンパク質は典型的には三次元形態に折り畳まれ、タンパク質がその生物学的機能を発揮するにはこの折り畳みが必要であり得る。タンパク質又はペプチドの配列は、典型的にはそのアミノ酸の並び順、即ち連なりであるものと理解される。
核酸：用語の核酸とは、任意のＤＮＡ分子又はＲＮＡ分子を意味し、ポリヌクレオチドと同義的に用いられる。更に、本明細書に定義するとおりの核酸の修飾又は誘導体が総称「核酸」に明示的に含まれる。例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）もまた用語「核酸」に含まれる。
ＲＮＡ、ｍＲＮＡ：ＲＮＡは、リボ核酸の通常の略称である。これは核酸分子であり、即ちヌクレオチドモノマーからなるポリマーである。これらのヌクレオチドは通常、アデノシン一リン酸、ウリジン一リン酸、グアノシン一リン酸及びシチジン一リン酸モノマーであり、これらのモノマーはいわゆる骨格に沿って互いにつながっている。骨格は、第１のモノマーの糖、即ちリボースと、第２の隣接するモノマーのリン酸部分との間のリン酸ジエステル結合によって形成される。モノマーの具体的な並び順、即ち糖／リン酸骨格に連結した塩基の並び順が、ＲＮＡ配列と呼ばれる。通常、ＲＮＡは、例えば細胞内でのＤＮＡ配列の転写によって得られ得る。真核細胞では、転写は典型的には核内又はミトコンドリア内で行われる。生体内では、通常ＤＮＡの転写によっていわゆる未熟ＲＮＡが生じ、これが通常ｍＲＮＡと省略されるいわゆるメッセンジャーＲＮＡになるにはプロセシングを受けなければならない。未熟ＲＮＡのプロセシングには、例えば真核生物では、スプライシング、５’−キャッピング、ポリアデニル化、核外又はミトコンドリア外への輸送など、種々の異なる転写後修飾が含まれる。これらのプロセスの総体は、ＲＮＡの成熟とも称される。成熟メッセンジャーＲＮＡは、通常、特定のペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列に翻訳され得るヌクレオチド配列を提供する。典型的には、成熟ｍＲＮＡは、５’−キャップ、任意選択で５’ＵＴＲ、オープンリーディングフレーム、任意選択で３’ＵＴＲ及びポリ（Ａ）配列を含む。メッセンジャーＲＮＡに加えて、転写及び／又は翻訳の調節、及び免疫刺激に関与し得る幾つかの非コード型ＲＮＡが存在する。本発明との関連において用語「ＲＮＡ」又は「ＲＮＡ分子（種）」には、他のコードＲＮＡ分子、例えば、ウイルスＲＮＡ、レトロウイルスＲＮＡ及びレプリコンＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ、リボザイム、アプタマー、リボスイッチ、免疫刺激性ＲＮＡ、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及びＰｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）が更に含まれる。
好ましい実施形態によれば、本発明の方法のステップａ）はＲＮＡ配列の選択を含む。選択ＲＮＡ配列は、典型的には、本発明の方法によって作製されるＲＮＡ分子に対応するＲＮＡ配列を含む。選択ＲＮＡ配列は、治療適応は同定されていないが、それでもなお研究及び創薬の分野において有用性がある、アジュバントタンパク質、腫瘍抗原、病原性抗原（例えば、動物抗原、ウイルス抗原、原生動物抗原、細菌性抗原から選択される）、アレルゲン性抗原、自己免疫抗原、又は更なる抗原、アレルゲン、抗体、免疫刺激タンパク質又はペプチド、抗原特異的Ｔ細胞受容体、生物学的物質、細胞透過性ペプチド、分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、細胞質又は細胞骨格タンパク質、細胞内膜結合タンパク質、核タンパク質、ヒト疾患に関連するタンパク質、ヒトゲノムによってコードされるターゲティング部分又はそれらのタンパク質を含めた治療用活性タンパク質又はペプチドから好ましくは選択されるタンパク質配列又はその断片若しくは変異体をコードするコードＲＮＡであってもよい。コードＲＮＡは、例えば、ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡ、又はレプリコンＲＮＡであってもよい。
或いは、選択ＲＮＡ配列は、本明細書に定義するとおりの任意の更なるＲＮＡ、特に、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ、リボザイム、アプタマー、リボスイッチ、免疫刺激性ＲＮＡ、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、又はＰｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）であってもよい。
選択の標的ＲＮＡ配列がペプチド又はタンパク質をコードする場合、コード配列は公開されている及び非公式のデータベース、例えばＧｅｎＢａｎｋを使用することにより当業者が容易に同定し得る。
好ましい実施形態において、本発明の方法によって作製されるＲＮＡ分子は、天然に存在するヌクレオチド及び／又は修飾ヌクレオチドを含む。幾つかの修飾が当該技術分野において公知であり、本発明の方法を用いることにより得られるＲＮＡに含まれるヌクレオチドに適用し得る。好ましい実施形態において、本発明はこのように、好ましくは本明細書に定義するとおりの修飾ＲＮＡ分子、より好ましくは本明細書に記載されるとおりの少なくとも１つの修飾を含むＲＮＡ分子を提供する方法を提供する。
化学修飾：用語「ＲＮＡ修飾」は、本明細書で使用されるとき、骨格修飾並びに糖修飾又は塩基修飾を含む化学修飾を指し得る。
これに関連して、本明細書に定義するとおりの修飾ＲＮＡ分子は、ヌクレオチド類似体／修飾、例えば、骨格修飾、糖修飾又は塩基修飾を含み得る。本発明との関連における骨格修飾は、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子に含まれるヌクレオチドの骨格のリン酸が化学的に修飾される修飾である。本発明との関連における糖修飾は、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子のヌクレオチドの糖の化学修飾である。更に、本発明との関連における塩基修飾は、本ＲＮＡ分子のヌクレオチドの塩基部分の化学修飾である。これに関連して、ヌクレオチド類似体又は修飾は、好ましくは、転写及び／又は翻訳に適用可能なヌクレオチド類似体から選択される。
糖修飾：本明細書に記載されるとおりの修飾ＲＮＡ分子に取り入れ得る修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドは、糖部分で修飾することができる。例えば、２’ヒドロキシル基（ＯＨ）を幾つもの異なる「オキシ」又は「デオキシ」置換基で修飾し又は置換することができる。「オキシ」−２’ヒドロキシル基修飾の例としては、限定はされないが、アルコキシ又はアリールオキシ（−ＯＲ、例えば、Ｒ＝Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖）；ポリエチレングリコール類（ＰＥＧ）、−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ；２’ヒドロキシルが例えばメチレン架橋によって同じリボース糖の４’炭素に結合している「ロックド」核酸（ＬＮＡ）；及びアミノ基（−Ｏ−アミノ、ここでアミノ基、例えばＮＲＲは、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノであり得る）又はアミノアルコキシが挙げられる。
「デオキシ」修飾には、水素、アミノ（例えば、ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸）が含まれ；又はアミノ基がリンカーを介して糖に付加されてもよく、ここでリンカーは、原子Ｃ、Ｎ、及びＯのうちの１つ以上を含む。
糖基はまた、リボース中の対応する炭素と逆の立体化学的配置を有する１つ以上の炭素も含有し得る。従って、修飾ＲＮＡ分子は、例えばアラビノースを糖として含有するヌクレオチドを含み得る。
骨格修飾：本明細書に記載されるとおりの修飾ＲＮＡ分子に取り入れ得る修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドにおいては、更にリン酸骨格が修飾されてもよい。骨格のリン酸基は、酸素原子の１つ以上を異なる置換基に置き換えることにより修飾し得る。更に、修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりの修飾リン酸による非修飾リン酸部分の完全な置換を含み得る。修飾リン酸基の例としては、限定はされないが、ホスホロチオエート、ホスホロセレネート類、ボラノホスフェート類、ボラノリン酸エステル類、水素ホスホネート類、ホスホロアミデート類、アルキル又はアリールホスホネート類及びリン酸トリエステル類が挙げられる。ホスホロジチオエート類は両方の非連結酸素が硫黄によって置換される。リン酸リンカーもまた、窒素（架橋ホスホロアミデート類）、硫黄（架橋ホスホロチオエート類）及び炭素（架橋メチレンホスホネート類）による連結酸素の置換によって修飾することができる。
塩基修飾：本明細書に記載されるとおりの修飾ＲＮＡ分子に取り入れ得る修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドは、更に核酸塩基部分で修飾されてもよい。ＲＮＡに見られる核酸塩基の例としては、限定はされないが、アデニン、グアニン、シトシン及びウラシルが挙げられる。例えば、本明細書に記載されるヌクレオシド及びヌクレオチドは、主溝面で化学的に修飾することができる。一部の実施形態において、主溝化学修飾は、アミノ基、チオール基、アルキル基、又はハロ基を含み得る。
本発明の特に好ましい実施形態において、ヌクレオチド類似体／修飾は、２−アミノ−６−クロロプリンリボシド−５’−三リン酸、２−アミノプリンリボシド−５’−三リン酸；２−アミノアデノシン−５’−三リン酸、２’−アミノ−２’−デオキシシチジン三リン酸、２−チオシチジン−５’−三リン酸、２−チオウリジン−５’−三リン酸、２’−フルオロチミジン−５’−三リン酸、２’−Ｏ−メチルイノシン−５’−三リン酸、４−チオウリジン−５’−三リン酸、５−アミノアリルシチジン−５’−三リン酸、５−アミノアリルウリジン−５’−三リン酸、５−ブロモシチジン−５’−三リン酸、５−ブロモウリジン−５’−三リン酸、５−ブロモ−２’−デオキシシチジン−５’−三リン酸、５−ブロモ−２’−デオキシウリジン−５’−三リン酸、５−ヨードシチジン−５’−三リン酸、５−ヨード−２’−デオキシシチジン−５’−三リン酸、５−ヨードウリジン−５’−三リン酸、５−ヨード−２’−デオキシウリジン−５’−三リン酸、５−メチルシチジン−５’−三リン酸、５−メチルウリジン−５’−三リン酸、５−プロピニル−２’−デオキシシチジン−５’−三リン酸、５−プロピニル−２’−デオキシウリジン−５’−三リン酸、６−アザシチジン−５’−三リン酸、６−アザウリジン−５’−三リン酸、６−クロロプリンリボシド−５’−三リン酸、７−デアザアデノシン−５’−三リン酸、７−デアザグアノシン−５’−三リン酸、８−アザアデノシン−５’−三リン酸、８−アジドアデノシン−５’−三リン酸、ベンズイミダゾールリボシド−５’−三リン酸、Ｎ１−メチルアデノシン−５’−三リン酸、Ｎ１−メチルグアノシン−５’−三リン酸、Ｎ６−メチルアデノシン−５’−三リン酸、Ｏ６−メチルグアノシン−５’−三リン酸、プソイドウリジン−５’−三リン酸、又はピューロマイシン−５’−三リン酸、キサントシン−５’−三リン酸から好ましくは選択される塩基修飾から選択される。特に、ヌクレオチドには、５−メチルシチジン−５’−三リン酸、７−デアザグアノシン−５’−三リン酸、５−ブロモシチジン−５’−三リン酸、及びプソイドウリジン−５’−三リン酸からなる塩基修飾ヌクレオチドの群から選択される塩基修飾が好ましい。
一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドには、ピリジン−４−オンリボヌクレオシド、５−アザウリジン、２−チオ−５−アザウリジン、２−チオウリジン、４−チオプソイドウリジン、２−チオプソイドウリジン、５−ヒドロキシウリジン、３−メチルウリジン、５−カルボキシメチルウリジン、１−カルボキシメチルプソイドウリジン、５−プロピニルウリジン、１−プロピニルプソイドウリジン、５−タウリノメチルウリジン、１−タウリノメチルプソイドウリジン、５−タウリノメチル−２−チオウリジン、１−タウリノメチル−４−チオウリジン、５−メチルウリジン、１−メチルプソイドウリジン、４−チオ−１−メチルプソイドウリジン、２−チオ−１−メチルプソイドウリジン、１−メチル−１−デアザプソイドウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザプソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２−チオジヒドロウリジン、２−チオジヒドロプソイドウリジン、２−メトキシウリジン、２−メトキシ−４−チオウリジン、４−メトキシプソイドウリジン、及び４−メトキシ−２−チオプソイドウリジンが含まれる。
一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドには、５−アザシチジン、プソイドイソシチジン、３−メチルシチジン、Ｎ４−アセチルシチジン、５−ホルミルシチジン、Ｎ４−メチルシチジン、５−ヒドロキシメチルシチジン、１−メチルプソイドイソシチジン、ピロロシチジン、ピロロプソイドイソシチジン、２−チオシチジン、２−チオ−５−メチルシチジン、４−チオプソイドイソシチジン、４−チオ−１−メチルプソイドイソシチジン、４−チオ−１−メチル−１−デアザプソイドイソシチジン、１−メチル−１−デアザプソイドイソシチジン、ゼブラリン、５−アザゼブラリン、５−メチルゼブラリン、５−アザ−２−チオゼブラリン、２−チオゼブラリン、２−メトキシシチジン、２−メトキシ−５−メチルシチジン、４−メトキシプソイドイソシチジン、及び４−メトキシ−ｌ−メチルプソイドイソシチジンが含まれる。
他の実施形態において、修飾ヌクレオシドには、２−アミノプリン、２，６−ジアミノプリン、７−デアザアデニン、７−デアザ−８−アザアデニン、７−デアザ−２−アミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２−アミノプリン、７−デアザ−２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリン、１−メチルアデノシン、Ｎ６−メチルアデノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ６−（ｃｉｓ−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−（ｃｉｓ−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６−グリシニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６−ジメチルアデノシン、７−メチルアデニン、２−メチルチオアデニン、及び２−メトキシアデニンが含まれる。
他の実施形態において、修飾ヌクレオシドには、イノシン、１−メチル−イノシン、ワイオシン、ワイブトシン、７−デアザグアノシン、７−デアザ−８−アザグアノシン、６−チオグアノシン、６−チオ−７−デアザグアノシン、６−チオ−７−デアザ−８−アザグアノシン、７−メチルグアノシン、６−チオ−７−メチルグアノシン、７−メチルイノシン、６−メトキシグアノシン、１−メチルグアノシン、Ｎ２−メチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２−ジメチルグアノシン、８−オキソグアノシン、７−メチル−８−オキソグアノシン、１−メチル−６−チオグアノシン、Ｎ２−メチル−６−チオグアノシン、及びＮ２，Ｎ２−ジメチル−６−チオグアノシンが含まれる。
一部の実施形態において、ヌクレオチドは主溝面で修飾されてもよく、メチル基又はハロ基によるウラシルのＣ−５上の水素の置換を含み得る。具体的な実施形態において、修飾ヌクレオシドは、５’−Ｏ−（１−チオホスフェート）−アデノシン、５’−Ｏ−（１−チオホスフェート）−シチジン、５’−Ｏ−（１−チオホスフェート）−グアノシン、５’−Ｏ−（１−チオホスフェート）−ウリジン又は５’−Ｏ−（１−チオホスフェート）−プソイドウリジンである。
更なる具体的な実施形態において、修飾ＲＮＡは、６−アザシチジン、２−チオシチジン、α−チオシチジン、プソイドイソシチジン、５−アミノアリルウリジン、５−ヨードウリジン、Ｎ１−メチルプソイドウリジン、５，６−ジヒドロウリジン、α−チオウリジン、４−チオウリジン、６−アザウリジン、５−ヒドロキシウリジン、デオキシチミジン、５−メチルウリジン、ピロロシチジン、イノシン、α−チオグアノシン、６−メチルグアノシン、５−メチルシチジン（ｍｅｔｈｙｌ−ｃｙｔｄｉｎｅ）、８−オキソグアノシン、７−デアザグアノシン、Ｎ１−メチルアデノシン、２−アミノ−６−クロロプリン、Ｎ６−メチル−２−アミノプリン、プソイドイソシチジン、６−クロロプリン、Ｎ６−メチルアデノシン、α−チオアデノシン、８−アジドアデノシン、７−デアザアデノシンから選択されるヌクレオシド修飾を含み得る。
ＤＮＡ：ＤＮＡは、デオキシリボ核酸の通常の略称である。これは核酸分子であり、即ちヌクレオチドモノマーからなるポリマーである。これらのヌクレオチドは通常、糖部分（デオキシリボース）、塩基部分及びリン酸部分で−それ自体が−構成されている、特徴的骨格構造によって重合したデオキシアデノシン一リン酸、デオキシチミジン一リン酸、デオキシグアノシン一リン酸及びデオキシシチジン一リン酸モノマーである。骨格構造は、典型的には、第１のモノマーのヌクレオチドの糖部分、即ちデオキシリボースと、第２の隣接するモノマーのリン酸部分との間のリン酸ジエステル結合によって形成される。モノマーの特定の並び順、即ち糖／リン酸骨格に連結した塩基の並び順が、ＤＮＡ配列と呼ばれる。ＤＮＡは一本鎖又は二本鎖であり得る。二本鎖形態では、第１の鎖のヌクレオチドが典型的には第２の鎖のヌクレオチドと例えばＡ／Ｔ塩基対合及びＧ／Ｃ塩基対合によってハイブリダイズする。
ＲＮＡ／ＤＮＡ分子種又はＤＮＡプラスミド種のアイデンティティ：ＤＮＡプラスミド種のアイデンティティとは、実務者がｍ個の異なるＤＮＡ分子種又はＤＮＡプラスミド種のうちのどれが混合物中に存在するか、特定の細菌細胞クローンにおいて形質転換されるか、又は特定の細菌細胞（クローン）培養物に存在するかを知る必要があり得るという側面を表している。これは、一部の実施形態では、培養物、クローン又は混合物中に全ての種のメンバーが存在することを確かめるために必要である。ＲＮＡ又はＤＮＡ種のアイデンティティは、シーケンシング、アガロースゲル上で特徴的パターンを示す特定の制限エンドヌクレアーゼによる消化、ＰＣＲなどによって決定することができる。当業者は、ＲＮＡ又はＤＮＡ分子／プラスミド種のアイデンティティを決定する更なる方法を熟知している。
鋳型ＤＮＡ：本明細書で使用されるとき、用語「鋳型ＤＮＡ」（又は「ＤＮＡ鋳型」）は、典型的には、インビトロ転写されるＲＮＡ配列をコードする核酸配列を含むＤＮＡ分子に関する。鋳型ＤＮＡは、その鋳型ＤＮＡによってコードされるＲＮＡを産生するためのＲＮＡインビトロ転写の鋳型として使用される。従って、鋳型ＤＮＡは、ＲＮＡインビトロ転写に必要な全てのエレメント、特に、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列の５’側に、例えばＴ３、Ｔ７及びＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼなどのＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼを結合させるためのプロモーターエレメントを含む。更に、鋳型ＤＮＡは、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列の５’側及び／又は３’側に、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列のアイデンティティを例えばＰＣＲ又はＤＮＡシーケンシングによって決定するためのプライマー結合部位を含み得る。本明細書で使用されるとき、用語「鋳型ＤＮＡ」はまた、ＲＮＡ配列をコードする核酸配列を含むプラスミドＤＮＡなどのＤＮＡベクターも指し得る。更に、本発明との関連において「鋳型ＤＮＡ」は、線状又は環状ＤＮＡ分子であり得る。
標的（ＲＮＡ）配列：「標的配列」は、本明細書で使用されるとき、典型的には、鋳型ＤＮＡに含まれる核酸配列によってコードされるＲＮＡの配列と理解される。従って標的配列は、ＲＮＡインビトロ転写によって合成される配列、例えばタンパク質コード配列又は本明細書に定義するとおりの別のＲＮＡ、例えばｉｓＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ等である。
線状（鋳型）ＤＮＡプラスミド：線状（鋳型）ＤＮＡプラスミドは、好適な条件下でプラスミドＤＮＡを制限酵素に接触させることにより、制限酵素がプラスミドＤＮＡをその１つ又は複数の認識部位で切断してプラスミド構造を分断して得られる。従って、線状鋳型ＤＮＡは、互いに連結していない遊離５’末端及び遊離３’末端を含む。プラスミドＤＮＡが制限酵素認識部位を１つのみ含む場合、線状鋳型ＤＮＡはプラスミドＤＮＡと同じ数のヌクレオチドを有する。プラスミドＤＮＡが２つ以上の制限酵素認識部位を含む場合、線状鋳型ＤＮＡはプラスミドＤＮＡよりも少ない数のヌクレオチドを有する。このとき線状鋳型ＤＮＡは、ＲＮＡインビトロ転写に必要なエレメント、即ちＲＮＡ転写用のプロモーターエレメント及び鋳型ＤＮＡエレメントを含有するプラスミドＤＮＡの断片である。線状鋳型ＤＮＡの標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列が、塩基対合則によって転写ＲＮＡの配列を決定する。
核酸分子の配列／核酸配列：核酸分子の配列は、典型的にはそのヌクレオチドの特定の個別的な並び順、即ち連なりであるものと理解される。
アミノ酸分子の配列／アミノ酸配列：タンパク質又はペプチドの配列は、典型的にはそのアミノ酸の並び順、即ち連なりであるものと理解される。
配列同一性：２つ以上の配列は、それらが同じ長さ及び並び順のヌクレオチド又はアミノ酸を呈する場合、同一である。同一性のパーセンテージは、典型的には２つの配列が同一である程度を表し、即ちそれは、典型的には、その配列位置において参照配列と同一のヌクレオチドに対応するヌクレオチドのパーセンテージを表す。同一性の程度を決定する際には、比較しようとする配列が同じ長さ、即ち比較しようとする配列のうち長い方の配列の長さを呈するものと見なす。これはつまり、８ヌクレオチド／アミノ酸からなる第１の配列は、第１の配列を含む１０ヌクレオチド／アミノ酸からなる第２の配列と８０％同一であることを意味する。換言すれば、本発明との関連において、配列の同一性は好ましくは、同じ長さを有する２つ以上の配列において同じ位置を有する配列のヌクレオチド／アミノ酸のパーセンテージに関する。ギャップは通常、アラインメント上のその実際の位置に関わらず、非同一の位置と見なされる。
オープンリーディングフレーム：オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、本発明との関連において、典型的には、ペプチド又はタンパク質に翻訳され得る幾つかのヌクレオチドトリプレットの配列であり得る。オープンリーディングフレームは、好ましくは、その５’末端に開始コドン、即ち通常アミノ酸メチオニン（ＡＴＧ又はＡＵＧ）をコードする３つの連続したヌクレオチドの組み合わせ、及び通常３ヌクレオチドの倍数である長さを呈する後続の領域を含む。ＯＲＦは、好ましくは終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＡＧ、ＴＧＡ）によって終結する。典型的には、これがオープンリーディングフレームの唯一の終止コドンである。従って、本発明との関連においてオープンリーディングフレームは、好ましくは、開始コドン（例えばＡＴＧ又はＡＵＧ）で始まり、且つ好ましくは終止コドン（例えば、それぞれＴＡＡ、ＴＧＡ、若しくはＴＡＧ又はＵＡＡ、ＵＡＧ、ＵＧＡ）で終わる、３で除すことのできる幾つものヌクレオチドからなるヌクレオチド配列である。オープンリーディングフレームは単離されてもよく、又はより長い核酸配列、例えばベクター又はｍＲＮＡに組み込まれてもよい。オープンリーディングフレームはまた、「タンパク質コード領域」又は「コード領域」とも称され得る。
エピトープ：（「抗原決定基」とも称される）は、Ｔ細胞エピトープ及びＢ細胞エピトープで区別することができる。本発明との関連においてＴ細胞エピトープ又はこのタンパク質の一部は、好ましくは約６〜約２０アミノ酸又は更にそれ以上の長さを有する断片、例えばＭＨＣクラスＩ分子によってプロセシング及び提示されるとおりの、好ましくは約８〜約１０アミノ酸、例えば、８、９、又は１０（又は更には１１、又は１２アミノ酸）の長さを有する断片、又はＭＨＣクラスＩＩ分子によってプロセシング及び提示されるとおりの、好ましくは約１３アミノ酸以上、例えば、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０アミノ酸又は更にそれ以上の長さを有する断片を含むことができ、これらの断片は、アミノ酸配列の任意の部分から選択され得る。これらの断片は、典型的には、ペプチド断片及びＭＨＣ分子からなる複合体の形態のＴ細胞によって認識され、即ち断片は典型的には、そのままの形態では認識されない。Ｂ細胞エピトープは、典型的には、本明細書に定義するとおりの（天然）タンパク質又はペプチド抗原の外表面上に位置する、好ましくは５〜１５アミノ酸を有し、より好ましくは５〜１２アミノ酸を有し、更により好ましくは６〜９アミノ酸を有する断片であり、これは抗体によって、即ちそのままの形態で認識され得る。
タンパク質又はペプチドのかかるエピトープは、更に、かかるタンパク質又はペプチドの本明細書で言及する変異体のいずれかから選択されてもよい。これに関連して抗原決定基は、本明細書に定義するとおりのタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列は不連続であるものの三次元構造では一体となる本明細書に定義するとおりのタンパク質又はペプチドのセグメントで構成される立体又は不連続エピトープであっても、又は単一のポリペプチド鎖で構成される連続又は線状エピトープであってもよい。
配列の断片：配列の断片は、典型的には、例えば核酸分子又はアミノ酸配列の完全長配列のうちのより短い一部分であり得る。従って、断片は、典型的には、完全長配列内の対応するストレッチと同一の配列からなる。本発明との関連において配列の好ましい断片は、その断片の由来である全（即ち完全長）分子の少なくとも５％、１０％、２０％、好ましくは少なくとも３０％、より好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、更により好ましくは少なくとも６０％、更により好ましくは少なくとも７０％、及び最も好ましくは少なくとも８０％に相当する、その断片の由来である分子内の実体の連続ストレッチに対応するヌクレオチド又はアミノ酸などの実体の連続ストレッチからなる。好ましくは、タンパク質の断片は、タンパク質の少なくとも１つのエピトープを含む。更に、核酸配列の断片は、好ましくはタンパク質の少なくとも１つのエピトープをコードする。
配列最適化反応混合物：４つのヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）ＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ及びＵＴＰを含む所与の配列のＲＮＡ分子のインビトロ転写反応に用いられる反応混合物（配列最適化反応混合物中における４つのヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）の各々の割合（２）は、前記ＲＮＡ分子中におけるそれぞれのヌクレオチドの割合（１）に対応する）、緩衝液、ＤＮＡ鋳型、及びＲＮＡポリメラーゼ。あるリボヌクレオチドが前記ＲＮＡ分子に存在しない場合、対応するヌクレオシド三リン酸もまた配列最適化反応混合物中に存在しない。
配列最適化ヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）混合物：４つのヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）ＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ及びＵＴＰを含む所与の配列のＲＮＡ分子のインビトロ転写反応に用いられるヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）の混合物、ここで配列最適化ヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）混合物中における４つのヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）の各々の割合（２）は、前記ＲＮＡ分子中におけるそれぞれのヌクレオチドの割合（１）に対応する。あるリボヌクレオチドがＲＮＡ分子に存在しない場合、対応するヌクレオシド三リン酸もまた配列最適化ヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）混合物中に存在しない。
ＲＮＡ収率：「ＲＮＡ収率」は、ＲＮＡインビトロ転写反応で得られるＲＮＡ産物の量である。ＲＮＡ収率はＲＮＡ濃度（ｇ／ｍｌ又はｍｏｌ／ｌ）として表すことができる。ＲＮＡ濃度に反応容積を乗じると、ＲＮＡの絶対量（グラム又はモル単位）が求まる。
プラスミド：用語「プラスミド」又は「ベクター」は、核酸分子、好ましくは人工核酸分子を指す。本発明との関連においてプラスミドは、オープンリーディングフレームを含む核酸配列など、所望の核酸配列の組込み又は包含に好適である。従って、プラスミドは、例えば、所望のｍＲＮＡ配列又はその一部に対応する配列、例えばｍＲＮＡのオープンリーディングフレーム及び３’−ＵＴＲに対応する配列を含み得る。転写プラスミドは、ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡ、又はペプチド、ポリペプチド又はタンパク質などの発現産物の産生に用いられ得る。例えば、転写プラスミドは、プロモーター配列、例えばＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列など、ベクターの配列ストレッチの転写に必要な配列を含み得る。本発明との関連においてプラスミドは、典型的には、本発明の方法のインビトロ転写ステップにおける鋳型として働くＤＮＡプラスミドである。好ましくは、本願の意味におけるプラスミドは、クローニング部位、抗生物質耐性因子などの選択マーカー、及び複製起点など、プラスミドの増殖に好適な配列を含む。
インビトロ転写ＲＮＡ：「インビトロ転写ＲＮＡ」は、鋳型ＤＮＡ、一般に線状化及び精製されたプラスミド（鋳型）ＤＮＡ、ＰＣＲ産物、又はオリゴヌクレオチドから合成されたＲＮＡ分子である。ＲＮＡ合成は、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼによって触媒される無細胞（「インビトロ」）アッセイで行われる。ＲＮＡインビトロ転写と呼ばれるプロセスでは、ＲＮＡへの事実上全てのヌクレオチド類似体。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの詳細な例は、Ｔ７、Ｔ３、及びＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼである。インビトロ転写ＲＮＡは、５’−キャップ、任意選択で５’ＵＴＲ、オープンリーディングフレーム、任意選択で３’ＵＴＲ及びポリ（Ａ）配列などのエレメントを含み得る。タンパク質産生メッセンジャーＲＮＡに加えて、転写及び／又は翻訳の調節に関与し得る幾つかの非コード型のＲＮＡが存在する。本明細書に定義するとおりのかかるＲＮＡ分子もまた全て、ＲＮＡインビトロ転写によって合成し得る。
ＲＮＡインビトロ転写：用語「ＲＮＡインビトロ転写」（又は「インビトロ転写」）は、ＲＮＡ、詳細にはｍＲＮＡが無細胞系（インビトロ）で合成されるプロセスに関する。好ましくは、クローニングベクターＤＮＡ、特にプラスミドＤＮＡベクターが、ＲＮＡ転写物作成用の鋳型として適用される。これらのクローニングベクターは概して転写ベクターと呼ばれる。ＲＮＡは、適切なＤＮＡ鋳型（本発明によればこれは好ましくは線状化プラスミドＤＮＡ鋳型である）のＤＮＡ依存性インビトロ転写によって得ることができる。ＲＮＡインビトロ転写を制御するプロモーターは、任意のＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼに対する任意のプロモーターであってよい。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの詳細な例は、Ｔ７、Ｔ３、及びＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼである。ＲＮＡインビトロＲＮＡ転写のＤＮＡ鋳型は、インビトロ転写するそれぞれのＲＮＡに対応する核酸、詳細にはｃＤＮＡのクローニング、及びＲＮＡインビトロ転写に適切なベクター、例えばプラスミド環状プラスミドＤＮＡへのその導入によって得ることができる。ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡの逆転写又は化学合成によって得ることができる。更に、インビトロＲＮＡ合成のＤＮＡ鋳型もまた、遺伝子合成によって得ることができる。好ましくはＲＮＡインビトロＲＮＡ転写にはクローニングベクターが用いられ、これは概して転写ベクターと呼ばれる。
形質転換：本発明との関連において、形質転換は、コンピテント細菌へのＤＮＡ、最も一般的にはプラスミドＤＮＡの（非ウイルス性の）導入を含む。一般的な形質転換技法には、ケミカルコンピテントな細菌（最も一般的には大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ））の熱ショック形質転換及び一般に電気穿孔と称される、エレクトロコンピテントな細菌の電気ショック形質転換が含まれる。その後、形質転換された細菌は、抗生物質を含有する好適な培地（例えばＬＢ培地）で選択的に培養される。プラスミドによってコードされる耐性遺伝子により、抗生物質に対する耐性が伝達される。形質転換後、通常は単一の細菌細胞クローンが単離され、その後、それぞれの抗生物質を含む寒天プレート上に形質転換細胞を加えることにより、細菌を大規模で成長させる。細胞の成長後、通常は一晩の後、細菌の単一コロニーは、更なる試験のためのそれぞれの抗生物質を含む多量の好適な培地の接種に用いることができる。
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）：ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、ＤＮＡ断片を数桁増幅して特定のＤＮＡ配列の数千〜数百万コピーを生成するために用いられる分子生物学の技術である。ＰＣＲは１９８３年にキャリー・マリス（Ｋａｒｙ Ｍｕｌｌｉｓ）によって開発され（バートレット・Ｊ・Ｍ・Ｓ（Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｊ．Ｍ．Ｓ．）；スターリング・Ｄ（Ｓｔｉｒｌｉｎｇ，Ｄ．）、２００３年、「ポリメラーゼ連鎖反応小史（Ａ Ｓｈｏｒｔ Ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）」、『ＰＣＲプロトコル、分子生物学の方法（ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）』、第２２６巻（第２版）、ｐ．３〜６）、現在、医学及び生物学研究室において種々の応用に用いられている一般的で多くの場合に不可欠な技法である。この方法は、反応物の反復的な加熱及び冷却サイクルによるＤＮＡ融解とＤＮＡの酵素的複製とからなる熱サイクリングに頼るものである。標的配列に相補的な配列を含有するプライマー（短いＤＮＡ断片）が、Ｔａｑポリメラーゼなどの耐熱性ＤＮＡポリメラーゼと共に、選択的且つ反復的増幅を可能にする。ＰＣＲが進行するにつれ、生成されるＤＮＡそれ自体が複製の鋳型として用いられ、ＤＮＡ鋳型が指数関数的に増幅される連鎖反応が起こり始める。ＤＮＡポリメラーゼは、鋳型としての一本鎖ＤＮＡ及びＤＮＡ合成の開始に必要なＤＮＡオリゴヌクレオチド（ＤＮＡプライマーとも称される）を使用することにより、ＤＮＡ構成要素であるヌクレオチドから新しいＤＮＡ鎖を酵素的にアセンブルする。ＰＣＲ方法の大多数は熱サイクリング、即ち決められた一連の温度ステップを経るＰＣＲ試料の交互の加熱及び冷却を用いる。第１段階で、ＤＮＡ融解と呼ばれるプロセスにおいてＤＮＡ二重らせんの２本の鎖が高温で物理的に分離される。第２段階で、温度が下げられ、２本のＤＮＡ鎖がＤＮＡポリメラーゼの鋳型となって標的ＤＮＡが選択的に増幅される。ＰＣＲの選択性は、特定の熱サイクリング条件下で増幅の標的とするＤＮＡ領域に相補的なプライマーを使用する結果として得られる。
定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）又はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応：リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づく分子生物学の実験技術であり、標的ＤＮＡ分子を増幅すると同時に検出又は定量化するために用いられる。この手順はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の一般的原理に従う；その主な特徴は、反応の進行に伴い増幅されたＤＮＡが「リアルタイム」で検出されることである。定量的ＰＣＲにおいて産物を検出する２つの一般的な方法は、（１）任意の二本鎖ＤＮＡにインターカレートする非特異的蛍光色素、及び（２）蛍光レポーターで標識されていることにより、プローブがその相補配列とハイブリダイズした後に限り核酸の定量化のため検出することが可能なオリゴヌクレオチドからなる配列特異的ＤＮＡプローブである。定量的ＰＣＲは、各試料を指定波長の光線で照射して、励起されたフルオロフォアが発する蛍光を検出する能力を有するサーマルサイクラーで行われる。サーマルサイクラーはまた、試料を急速に加熱及び冷却することも可能であり、それにより核酸及びＤＮＡポリメラーゼの物理化学的特性を上手く利用する。ＰＣＲプロセスは、概して、２５〜４０回繰り返される一連の温度変化からなる。これらのサイクルは通常３段階からなる：第一に、約９５℃で、核酸の二重鎖を分離させる；第二に、約５０〜６０℃の温度で、プライマーをＤＮＡ鋳型に結合させる；第三に、６８〜７２℃で、ＤＮＡポリメラーゼが行う重合を促進する。断片のサイズが小さいため、この種のＰＣＲでは整列段階と変性段階との間の変化の間に酵素がその数を増加させることが可能であること伴いこの最後の段階は通常省略される。加えて、一部のサーマルサイクラーには、非特異的色素の使用時にプライマー二量体の存在によって引き起こされるノイズを低減するため、各サイクルに僅か数秒だけ続く更なる短い温度相を例えば８０℃の温度で加えるものもある。各サイクルに用いられる温度及びタイミングは、ＤＮＡの合成に用いられる酵素、反応中の二価イオン及びデオキシリボヌクレオチド（ｄＮＴＰ）の濃度並びにプライマーの結合温度など、多種多様なパラメータに依存する。用いられる定量的ＰＣＲ技法のタイプは試料中のＤＮＡ配列に依存し、その技法は、非特異的蛍光色素又はハイブリダイゼーションプローブのいずれかを使用し得る。
ＨＰＬＣ：高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ；旧称は高圧液体クロマトグラフィー）は、分析化学において混合物中の成分の分離、各成分の同定、及び各成分の定量化に用いられる技法である。これは、ポンプで試料混合物を含有する加圧液体溶媒を固体吸着剤材料が充填されたカラムに通過させることに頼るものである。試料中の各成分が吸着剤材料と少しずつ別様に相互作用するため、異なる成分について異なる流速が生じ、カラムから流れ出るに従い成分の分離につながる。通常の液体クロマトグラフィーが典型的には移動相をカラムに通過させるのに重力に頼るのに対し、ＨＰＬＣは動作圧力が大幅に高い（５０〜３５０バール）ため、従来の（「低圧」）液体クロマトグラフィーとは区別される。分析的ＨＰＬＣでは分離される試料が少量であるため、典型的なカラム寸法は２．１〜４．６ｍｍ直径、及び３０〜２５０ｍｍ長さである。また、ＨＰＬＣカラムは、より小さい吸着剤粒子でできている（平均粒径２〜５０マイクロメートル）。これによりＨＰＬＣは混合物の分離時に優れた分解能を有し、そのため広く普及しているクロマトグラフ法となっている。ＨＰＬＣ機器の配置図には、典型的には、サンプラー、ポンプ、及び検出器が含まれる。サンプラーが試料混合物を移動相流に持ち込み、移動相流がそれをカラムに運び込む。ポンプによって所望の流量及び組成の移動相がカラムに送り込まれる。検出器が、カラムから出てくる試料成分の量に比例したシグナルを生成し、ひいては試料成分の定量分析が可能となる。デジタルマイクロプロセッサ及びユーザソフトウェアがＨＰＬＣ機器を制御し、データ解析を提供する。ＨＰＬＣ機器の機械的ポンプの一部のモデルには、複数の溶媒を時間によって変化する比で一緒に混合し、移動相の組成勾配を生じさせることができるものもある。ＵＶ／Ｖｉｓ、フォトダイオードアレイ（ＰＤＡ）又は質量分析法に基づくものなど、様々な検出器が一般に用いられている。多くのＨＰＬＣ機器はまた、分離の実施温度の調整が可能なカラムオーブンも有する。
ＤＮＡシーケンシング：ＤＮＡシーケンシングは、ＤＮＡ分子内のヌクレオチドの正確な並び順を決定するプロセスである。これには、ＤＮＡ鎖における４つの塩基−アデニン、グアニン、シトシン、及びチミン−の並び順を決定するために用いられる任意の方法又は技術が含まれる。それとしては、マクサム・ギルバートシーケンシング、サンガーシーケンシング（チェーンターミネーションシーケンシング）、次世代シーケンシング、サイクルシーケンシング、キャピラリー電気泳動ＤＮＡシーケンシング、単一分子リアルタイムシーケンシング、イオントレントシーケンシング、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシングが挙げられる。
ＲＮＡシーケンシング：ＲＮＡを配列決定するには、通常の方法は、初めに試料を逆転写してｃＤＮＡ断片を生成する。次にこれを、ＤＮＡシーケンシングについて上記に記載したとおり配列決定し得る。
ＲＮＡポリメラーゼ／ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ：ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼとしても知られるＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＡＰ又はＲＮＡｐｏｌ）は、一次転写物ＲＮＡを産生する酵素である。細胞では、ＲＮＡＰは、転写と呼ばれるプロセスである、ＤＮＡ遺伝子を鋳型として使用したＲＮＡ鎖の構築に必要である。ＲＮＡポリメラーゼ酵素は生命にとって不可欠であり、あらゆる生物及び多くのウイルスに見られる。化学的観点では、ＲＮＡＰは、ＲＮＡ転写物の３’末端にリボヌクレオチドを重合するヌクレオチジルトランスフェラーゼである。本発明との関連においては、Ｔ３、Ｔ７及びＳｐ６ ＲＮＡポリメラーゼが特に好ましい。
精製：本明細書で使用されるとき、用語「精製」又は「精製する」は、試料中の所望のＲＮＡ又はＤＮＡがそこに存在する不純物、中間体、副産物及び／又は反応成分と分離及び／又は単離されること、又はＲＮＡ又はＤＮＡを含む試料から不純物、中間体、副産物及び／又は反応成分が少なくとも除去されることを意味するものと理解される。ＲＮＡ含有又はＤＮＡ含有試料の望ましくない、従って除去する必要のある構成要素の非限定的な例には、分解された断片又は転写の終結が早過ぎる結果として生じた断片が含まれ、又はプラスミドの線状化が不完全な場合の過剰に長い転写物もまた含まれ得る。更に、例えば鋳型ＤＮＡなど、中間体を試料から除去し得る。加えて、酵素、タンパク質、細菌ＤＮＡ及びＲＮＡ、スペルミジンなどの小分子、緩衝液成分等の反応成分をＲＮＡ／ＤＮＡ試料から除去する必要があり得る。加えて、不純物、例えば有機溶媒、及びヌクレオチド又は他の小分子を分離し得る。理想的には、ＲＮＡは精製後に出発物質よりも高い純度及び／又は完全性を有する。純度は、当業者に一般的に公知の方法、例えば、ガスクロマトグラフィー、定量的ＰＣＲ、分析的ＨＰＬＣ又はゲル電気泳動によって決定し得る。
タンジェンシャルフローろ過（ＴＦＦ）又はクロスフローろ過：クロスフローろ過（タンジェンシャルフローろ過としても知られる）は、ろ過の一種である。クロスフローろ過は、供給液が膜又は床を通り抜け、固形物がフィルタに捕捉されてろ液が他端から放出される点がデッドエンドろ過とは異なる。クロスフローろ過は、供給液フローの大半がフィルタに入り込むのでなく、フィルタの表面にわたって接線方向に進むため、この名前が付いている。その主な利点は、ろ過過程でろ過ケーキ（フィルタを目詰まりさせ得る）が実質的に洗い流され、フィルタユニットの動作可能時間が長くなることである。これは、バッチワイズなデッドエンドろ過と異なり、連続プロセスであり得る。この種のろ過は、典型的には小粒径の固形物を含有する割合が高い供給液（ここでは透過液に最も高い価値がある）に選択され、なぜならデッドエンドろ過では固形物材料がフィルタ表面を急速に閉塞（目詰まり）させるためである。圧力が加えられることによってフロー流の一部が膜を通過し（ろ液／透過液）、一方、残り（保持液）は供給液リザーバに戻され、再循環する。ＴＦＦの一般的な動作原理については文献を参照することができ、例えば、フェルナンデス（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ）ら（「ア・バイオテクノロジカ（Ａ ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＩＣＡ）」、Ｂｄ．１２、１９９２年、ベルリン、ｐ．４９〜５６）又はラソア・ＡＳ（Ｒａｔｈｏｒｅ，ＡＳ）ら（プレパラティブ・バイオケミストリー・アンド・バイオテクノロジー（Ｐｒｅｐ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）、２０１１年、第４１巻、第４号、ｐ．３９８〜４２１）を参照のこと。ＴＦＦの主な適用は、濃縮、ダイアフィルトレーション（脱塩及び緩衝液／溶媒交換）、及び大型生体分子からの小型生体分子の分画である。種々の分子量カットオフ（ＭＷＣＯ）の膜をＴＦＦに使用し得る。本発明との関連においては、好ましくはＴＦＦに限外ろ過膜が使用される。ＴＦＦには、一般に２つの基本的なフィルタ構成が用いられる。カートリッジフィルタ（多くの場合に中空糸フィルタと呼ばれる）では、膜が一組の平行な中空糸を形成する。供給液流が繊維のルーメンを通過し、透過液が繊維の外側から収集される。カートリッジは、繊維長さ、ルーメン直径及び繊維数、並びにフィルタの細孔径の点で特徴付けられる。カセットフィルタでは、数枚のフラット膜シートが支持スクリーンによって互いに及びカセットハウジングから離れて保持されている。供給液流が２枚のシート間の空間を通過し、透過液がシートの反対側から収集される。カセットは、流路長さ及びチャネル高さ、並びに膜の細孔径の点で特徴付けられる。チャネル高さは支持スクリーンの厚さによって決まる。カートリッジ及びカセットの両方とも、機械的強度、化学的及び物理的適合性、及び低レベルの抽出可能物及び／又は毒性化合物に関して選択される材料で構成される。
限外ろ過：限外ろ過は膜を使用したろ過方法であり、圧力又は濃度勾配などの力が半透膜を通じた分離をもたらす。浮遊固形物及び高分子量の溶質がいわゆる保持液中に保持され、一方、水及び低分子量の溶質が透過液中にあって膜を通過する。この分離方法は、工業及び研究において巨大分子（１０３〜１０６Ｄａ）溶液を精製及び濃縮するために用いられる。限外ろ過は精密ろ過と根本的な差異はない。これらは両方ともにサイズ排除又は粒子捕捉に基づき分離する。限外ろ過膜は、２〜１００ｎｍの膜の分子量カットオフ（ＭＷＣＯ）（これは１〜１０００ｋＤａのＭＷＣＯに対応する）によって定義付けられる。限外ろ過はクロスフロー又はデッドエンド方式において適用される。
濃縮：濃縮は、溶液から液体を除去する一方で溶質分子を保持することを伴う単純な方法である。溶質の濃度は溶液容積の低下に正比例して上昇し、即ち容積が半減すると濃度は事実上２倍になる。
ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物：用語「ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物」は、そのＤＮＡ配列及び／又はその配列長さの点で異なり得るｍ個のＤＮＡ分子を含む組成物を指す。混合物中の同一のＤＮＡ分子は同じＤＮＡ分子種に属する。異なる種のＤＮＡ分子はそのＤＮＡ配列及び／又はその配列長さの点で異なる。従って、「種」とは、そのＤＮＡ配列及び／又はその配列長さに差異がない同じＤＮＡ分子の群を指す。ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々は、ｎ個の異なるＲＮＡのうちの１つ以上をコードする。混合物中には、同一の量、同様の量又は異なる量の各種が存在することができ、好ましくはこれらの量は同一又は同様である。整数ｍは、混合物中に存在する異なるＤＮＡ分子種の数を指し、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１などであり得る。理論上、ｍに上限はない。しかしながら、通常、ｍは１〜１００の範囲、好ましくは３〜５０、より好ましくは５〜２５の範囲である。最も好ましくは、ｍは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０などである。一般に、ｍはｎと同一、同様であるか又はそれより小さい。好ましい実施形態においてｍはｎと同一である。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種：用語「ｎ個の異なるＲＮＡ分子種」は、そのＲＮＡ配列及び／又はその配列長さの点で異なり得る複数のｎ個のＲＮＡ分子を指す。従って、「種」とは、そのＲＮＡ配列及び／又はその配列長さに差異がない同じＲＮＡ分子の群を指す。好ましくは、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々が１つの標的ペプチド／タンパク質をコードする。本発明のＲＮＡ分子組成物中には、同一の量、同様の量又は異なる量の各種が存在することができ、好ましくはこれらの量は同一又は同様である。整数ｎは、組成物中に存在する異なるＲＮＡ分子種の数を指し、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１などであり得る。理論上、ｎに上限はない。しかしながら、通常、ｎは２〜１００の範囲、好ましくは３〜５０、より好ましくは５〜２５の範囲である。好ましくは、ｎはｍと同一である。
同様：用語「同様」は、決定因子が同一である、即ち１００％同じである必要がないときに用いられる。それでもなお同様であるためには、あるパラメータの第２の決定パラメータとの差が２０％以下、好ましくは１５％以下、より好ましくは１０％以下、５％以下、更により好ましくは２％以下及び最も好ましくは１％以下でなければならない。細胞培養物の光学濃度（ＯＤ６００）など、少なくとも１つの成長動態パラメータに関して「同様」とは、２つ以上の比較される細菌細胞クローン培養物のパラメータの互いの差が２０％以下、好ましくは１５％以下、より好ましくは１０％以下、５％以下、更により好ましくは２％以下及び最も好ましくは１％以下であることを意味する。μｇ ＤＮＡ／ｍｌ細胞培養物など、プラスミドＤＮＡの量の少なくとも１つのパラメータに関して「同様」とは、比較される量の互いの差が２０％以下、好ましくは１５％以下、より好ましくは１０％以下、５％以下、更により好ましくは２％以下及び最も好ましくは１％以下でなければならないことを意味する。本発明に係る作製方法は、典型的には収率が１００〜６００μｇ ＤＮＡ／ｍＬ細菌細胞培養培地であり得る。ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々の量に関して「同様」とは、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物のうちの１つの種について決定された最も多い量と比べて第２の決定パラメータとの量の差が２０％以下、好ましくは１５％以下、より好ましくは１０％以下、５％以下、更により好ましくは２％以下及び最も好ましくは１％以下でなければならないことを意味する。
細菌増幅：「細菌増幅」は、プラスミドＤＮＡとしてのＤＮＡを細菌細胞に形質転換し、定常期に達するまで成長させる、本発明の方法にも記載されるプロセスを指す。続いて細菌細胞は回収され、市販の標準的な精製キットを使用して回収物からプラスミドＤＮＡが精製される。
酵素増幅：ＲＮＡインビトロ転写方法で鋳型として使用するＤＮＡ分子種の酵素増幅は、例えば、グーセフ（Ｇｕｓｅｖ）ら（アメリカン・ジャーナル・オブ・パソロジー（Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ）、２００１年、第１５９巻、第１号、ｐ．６３〜９）及びモンスール・アリ（Ｍｏｎｓｕｒ Ａｌｉ）ら（ケミカル・ソサエティ・レビューズ（Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．）、２０１４年、第４３巻、ｐ．３３２４）により記載されるとおりのローリングサークル増幅によって行うことができる。
薬学的に許容可能な賦形剤：用語「薬学的に許容可能な賦形剤」は、ＲＮＡ分子種と組み合わせたときにそのＲＮＡ分子の活性を保持し、且つ対象の免疫系と非反応性である任意の材料を含む。例としては、限定はされないが、リン酸緩衝生理食塩水溶液などの緩衝液系、界面活性剤、水、油／水エマルションなどのエマルション、及び各種の湿潤剤、デンプン、乳、糖、特定の種類の粘土、ゼラチン、ステアリン酸又はその塩、ステアリン酸マグネシウム又はカルシウム、タルク、植物性脂肪又は油、ガム、グリコール、又は他の公知の賦形剤などの標準的な医薬賦形剤のいずれかが挙げられる。
遺伝子療法：遺伝子療法は、典型的には、ペプチド又はタンパク質をコードする核酸による患者の身体又は患者の身体から単離された要素、例えば単離組織／細胞の治療を意味するものと理解し得る。これには、典型的には、ａ）核酸、好ましくは本明細書に定義するとおりの人工核酸分子を−いかなる投与経路によるのであれ−患者に直接投与するか又はインビトロで患者の単離細胞／組織に投与するステップ（これによりインビボ／エキソビボ又はインビトロのいずれかで患者の細胞のトランスフェクションがもたらされる）；ｂ）導入された核酸分子の転写及び／又は翻訳ステップ；及び任意選択でｃ）核酸が患者に直接投与されたのでない場合、単離してトランスフェクトした細胞を患者に再投与するステップのうちの少なくとも１つが含まれ得る。
（遺伝子）ワクチン接種：「遺伝子ワクチン接種」又は「ワクチン接種」は、典型的には、抗原又は免疫原又はこれらの断片をコードする核酸分子を投与することによるワクチン接種と理解し得る。核酸分子は対象の身体又は対象の単離細胞に投与され得る。ある種の細胞を身体にトランスフェクトすると、又は単離細胞をトランスフェクトすると、それらの細胞によって抗原又は免疫原が発現し、続いて免疫系に提示されて、適応免疫応答、即ち抗原特異的免疫応答が誘発される。従って、遺伝子ワクチン接種は、典型的には、ａ）核酸、好ましくは本明細書に定義するとおりの人工核酸分子を対象、好ましくは患者、又は対象、好ましくは患者の単離細胞に投与するステップ（これにより通常、インビボ又はインビトロのいずれかで、対象の細胞のトランスフェクションがもたらされる）；ｂ）導入された核酸分子の転写及び／又は翻訳ステップ；及び任意選択でｃ）核酸が患者に直接投与されたのでない場合、単離してトランスフェクトした細胞を対象、好ましくは患者に再投与するステップのうちの少なくとも１つを含む。
免疫療法：用語「免疫療法」は、医学及び療法分野の当業者の一般的な理解に従い理解されるべきである。また、これに関連して用語「生物学的療法」又は「生物療法」も使用される。これは、患者の身体における免疫応答を誘導し、増強し、又は抑制することによる疾患の治療であり、詳細には癌免疫療法を含む。免疫療法はまた、アレルギー、リウマチ様疾患、自己免疫及び移植、並びにＨＩＶ／ＡＩＤＳ及び肝炎など、多くの感染症を含め、他の多くの疾患領域にも適用されるものである。
タンパク質補充療法：用語「タンパク質補充療法」は、医学及び療法分野の当業者の一般的な理解に従い理解されるべきであり、その最も広義の意味においては、患者に存在しない又は必要量が利用可能でないタンパク質を患者に供給する又は「補充」することを指す。一般に、これは、その酵素を含有する静脈内点滴を患者に投与することにより行われる。酵素補充療法は、例えば、ゴーシェ病、ファブリー病、ＭＰＳ Ｉ、ＭＰＳ ＩＩ（ハンター症候群）、ＭＰＳ ＶＩ及びＩＩ型糖原病などのリソソーム病に利用可能である。酵素補充療法は根底にある遺伝的欠陥には影響を及ぼさないが、欠損酵素の濃度を増加させる。
薬学的に有効な量：本発明との関連において薬学的に有効な量とは、典型的には、免疫応答、発現ペプチド又はタンパク質の病的レベルの変化、又は例えば病的状況の場合に欠けている欠損遺伝子産物の置換など、薬学的効果を誘導するのに十分な量と理解される。
ｐＤＮＡ配列（図１Ａ）のパーセント同一性行列。この行列は多重配列アラインメント（クラスタル（Ｃｌｕｓｔａｌ）１２．１）を用いた配列同一性値に基づく。配列番号を示す。 ＲＮＡ配列（図１Ｂ）のパーセント同一性行列。この行列は多重配列アラインメント（クラスタル（Ｃｌｕｓｔａｌ）１２．１）を用いた配列同一性値に基づく。配列番号を示す。 種々のｐＤＮＡクローンの成長曲線（ＯＤ６００）のオーバーレイ。図２Ａでは、宿主としてＤＨ５αを使用した。同様の成長特徴を示す３つの群が同定された（ｇ１、ｇ２、ｇ３）。全てのｐＤＮＡ培養物が同様の成長特徴を呈した。この実験の詳細な説明は実施例７に提供する。 種々のｐＤＮＡクローンの成長曲線（ＯＤ６００）のオーバーレイ。図２Ｂでは、宿主としてコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））株を使用した。全てのｐＤＮＡ培養物が同様の成長特徴を呈した。この実験の詳細な説明は実施例７に提供する。 ＤＨ５α（Ａ）クローンのプレ培養及び本培養成長動態は、クローンの成長特徴がロバストであることを示す。この実験の詳細な説明は実施例７に提供する。Ａ：ＤＨ５αクローン。 同上。 コピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））（Ｂ）クローンのプレ培養及び本培養成長動態は、クローンの成長特徴がロバストであることを示す。この実験の詳細な説明は実施例７に提供する。Ｂ：コピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））クローン。 同上。 ＣｏＳｔｏｃｋ及びＣｏＩｎｏｃ共培養戦略のスキームを示す。この実験の詳細な説明は実施例８に提供する。 種々のレプリケート（４及び５つの異なるクローンの共培養）の成長特徴のオーバーレイを示す。この実験の詳細な説明は実施例８に提供する。 ｐＤＮＡ混合物を鋳型として使用して得られたＲＮＡ分子組成物のＲＮＡアガロースゲル電気泳動を示す。この実験の詳細な説明は実施例９に提供する。 単一ＲＮＡ調製物、ｍｉｘ−４調製物及びｍｉｘ−５調製物の定量分析。この実験の詳細な説明は実施例９に提供する。 ４混合ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物の制限酵素分析。Ｍ：マーカーレーン；対照：無関係のＤＮＡ；Ｍｉｘ−４＿Ａ：Ａ生成物を消化しない制限酵素の組み合わせで処理した４−ｍｉｘＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物；Ｍｉｘ−４＿Ｂ：Ｂ生成物を消化しない制限酵素の組み合わせで処理した４−ｍｉｘＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物；Ｍｉｘ−４＿Ｃ：Ｃ生成物を消化しない制限酵素の組み合わせで処理した４−ｍｉｘＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物；Ｍｉｘ−４＿Ｄ：Ｄ生成物を消化しない制限酵素の組み合わせで処理した４−ｍｉｘＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物；矢印は、ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物中に全てのＤＮＡ種（Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ）が存在したことを示す予想バンドを示す。 ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物を鋳型として使用して得られたＲＮＡ分子組成物のＲＮＡアガロースゲル電気泳動を示す。この実験の詳細な説明は実施例１０に提供する。 ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物を鋳型として使用して得られたＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物及びＲＮＡ組成物（４−ｍｉｘ）のＮＧＳ分析。この実験の詳細な説明は実施例１０に提供する。
当該技術分野における上述の問題を解決するため、本発明は、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むリボ核酸（ＲＮＡ）分子組成物を作製する方法を提供し、この方法は、以下のステップ：
ａ）単一の反応槽におけるｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物の並行した、即ち同時のＲＮＡインビトロ転写ステップであって、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々がｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、それによりｎ個の異なるＲＮＡ分子種が作成されるステップ、及び
ｂ）ステップａ）で作成されたｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物を得るステップ［ｎは少なくとも２の整数であり、及びｍは少なくとも１の整数である］を含む。特に好ましい実施形態において、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、異なるペプチド又はタンパク質、好ましくは本明細書において以下に言及するとおりの抗原をコードする。極めて好ましい実施形態において、ＲＮＡ分子種はｍＲＮＡ分子種である。
ステップａ）は同じ反応槽で並行して、即ち同時に実施される。反応槽は、当業者に公知のインビトロ転写に好適な任意の反応槽であってよい。並行とは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種全てが反応槽に一緒に存在し、並行して、即ち同時に転写されることを意味する。それによりｎ個の異なるＲＮＡ分子種が並行して、即ち同時に、及び対応するｍ個の異なるＤＮＡ分子種の量に応じて産生される。好ましくは、ＲＮＡインビトロ転写反応が終了した後のｎ個の異なるＲＮＡ分子種の互いの比率は、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種間と同じである。
好ましい実施形態において、ＲＮＡインビトロ転写ステップａ）の前に、細菌増幅（ステップｃ１）、及び／又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（ステップｃ２）、及び／又は化学的ＤＮＡ合成（ステップｃ３）によって、及び／又は酵素増幅を用いて、例えばローリングサークル増幅によって（ステップｃ４）ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップが実施される。
ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物がＰＣＲによって作成される場合（ステップｃ２）、ｃＤＮＡ（標的ＲＮＡ分子種配列と相補的）又はｃＤＮＡを含む任意のＤＮＡ（例えばｃＤＮＡを含むプラスミドベクター）を鋳型として使用し得る。この場合、ＰＣＲに使用される５’−プライマーが好ましくはＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのプロモーターの配列を含み、少なくともＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのプロモーターと標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列とを含むＰＣＲ産物が作成される。この合成又は増幅ＰＣＲ産物は、次にＲＮＡインビトロ転写の鋳型としてのｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物として使用し得る。品質尺度として、個々のＰＣＲ増幅鋳型の転写効率が決定されてもよい。それぞれの比は、全ての異なるＤＮＡ分子種について１：１であり得るが、しかしながら、この比はまた、それぞれのＲＮＡ分子種によってコードされる各標的ペプチド／タンパク質の所望の量に応じて、異なるＤＮＡ分子種間で異なってもよい。
詳細には、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物（「鋳型カクテル」とも称される）はオンチップＰＣＲによるか、又はｄｂＤＮＡ鋳型と続くＲＮＡインビトロ転写を用いて作成し得る。
オンチップＰＣＲについては、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするｍ個の異なるＤＮＡ分子種がＤＮＡチップ（例えば、ツイスト・バイオサイエンス（ＴＷＩＳＴ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、米国カリフォルニア州サンフランシスコから入手可能）に固定化される。ｍ個の異なるＤＮＡ分子種は、物理吸着、共有結合及びストレプトアビジン（ｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）−ビオチン相互作用によって固定化されてもよい。調製用ＰＣＲについては、例えば実施例１０に記載される。得られたＰＣＲ産物を任意選択で精製し（例えばピュアメッセンジャー（登録商標）（ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標））；国際公開第２００８０７７５９２号パンフレット）、ＲＮＡインビトロ転写に用いることにより、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種が作成される。
或いは、続くＲＮＡインビトロ転写用のｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物は、ＤＮＡ鋳型を増幅し、且つ増幅されたＤＮＡ分子を閉じた線状の「ドギーボーン」ＤＮＡ（ｄｂＤＮＡ）に変換するインビトロ無細胞プロセスによって作成されてもよい（タッチライト・ジェネティクス（Ｔｏｕｃｈｌｉｇｈｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、英国ロンドン）。ローリングサークルＤＮＡ鋳型増幅及びｄｂＤＮＡの作成は、国際公開第２０１０／０８６６２６号パンフレットに記載のとおり実施される。得られたｄｂＤＮＡ鋳型が、次に典型的には適切な制限酵素（例えばＥｃｏＲＩ）を用いて個々に線状化され、精製され、及び混合されて、線状化されたｍ個の異なるＤＮＡ分子種が鋳型混合物（例えば、ｍｉｘ−４、ｍｉｘ−５；例えば表２を参照）として作成される。この線状化鋳型混合物がＲＮＡインビトロ転写（本質的に実施例９に従い実施される）に使用される。
続いて、ＲＮＡ分子は定量的及び定性的測定（例えば、ＲＮＡ ＡＧＥ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ＮＧＳ、及び分光法）に供され得る。精製ステップが続き、及び任意選択で製剤化ステップ（例えば、プロタミン複合体形成、ＬＮＰ封入）が実施される。
或いは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物は、化学的に（即ち、酵素増幅ステップｃ３なしに）合成されてもよい。かかる実施形態では、合成された異なるＤＮＡ鋳型がＲＮＡインビトロ転写の開始前にそれぞれの比率で一緒に混合されることになり得る。品質尺度として、個々の鋳型の転写効率が決定されてもよい。この実施形態は、例えば個人化したＲＮＡカクテルのコンテクストにおける小規模のＲＮＡ作製に特に好ましい。それぞれの比は、全ての異なるＤＮＡ分子種について１：１であり得るが、しかしながら、この比はまた、それぞれのＲＮＡ分子種によってコードされる各標的ペプチド／タンパク質の所望の量に応じて、異なるＤＮＡ分子種間で異なってもよい。
或いは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物はローリングサークル増幅によって作成されてもよい（ステップｃ４）。ｃＤＮＡを含む好適なプラスミドＤＮＡ（例えばｃＤＮＡを含むプラスミドベクター）が、グーセフ（Ｇｕｓｅｖ）ら（アメリカン・ジャーナル・オブ・パソロジー（Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ）、２００１年、第１５９巻、第１号、ｐ．６３〜９）及びモンスール・アリ（Ｍｏｎｓｕｒ Ａｌｉ）ら（ケミカル・ソサエティ・レビューズ（Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．）、２０１４年、第４３巻、ｐ．３３２４）により記載されるとおりのローリングサークル増幅に用いられ得る。品質尺度として、個々の鋳型の転写効率が決定されてもよい。それぞれの比は、全ての異なるＤＮＡ分子種について１：１であり得るが、しかしながら、この比はまた、それぞれのＲＮＡ分子種によってコードされる各標的ペプチド／タンパク質の所望の量に応じて、異なるＤＮＡ分子種間で異なってもよい。
好ましくは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物は、ステップｃ１）にあるとおり細菌増幅によって作成される。この目的で、細菌細胞培養物がｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物のうちの少なくとも１つの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換され、ここで各ＤＮＡプラスミド種はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードする（ステップｄ）。この場合、ステップａ）におけるＤＮＡ分子種はＤＮＡプラスミド種である。ＤＮＡ分子種並びにＤＮＡプラスミド種は、両方ともにそれぞれのＲＮＡ分子種をコードする。しかしながら、ＤＮＡ分子種と対照的に、ＤＮＡプラスミド種は、当業者に公知のとおりの、及び上記に定義するとおりのプラスミドＤＮＡの典型的な特徴によって更に特徴付けられる。好ましくは、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の全てが別個の形質転換ステップ、即ち本発明の方法のステップｃ１）、更に、ｍ個の単一細菌細胞培養物を各々、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種のうちの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換するステップｄ１）で形質転換され、ここで単一ＤＮＡプラスミド種はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードする。
一実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の全てが単一の形質転換ステップで一緒に、即ち本発明の方法のステップｃ１）、更に単一細菌細胞培養物をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物で形質転換するステップｄ２）で形質転換され、ここで各ＤＮＡプラスミド種はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードする。
本方法は、更に任意選択で、ｅ）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物の各ＤＮＡプラスミド種につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及びステップｅ）で単離した少なくとも１つの単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップを含む。それにより、異なるＤＮＡプラスミドを含むことも又は含まないこともある細菌細胞クローンが分離される。
鋳型ＤＮＡプラスミド種の合成用のプラスミドＤＮＡベクターは、好ましくは宿主生物に応じて選択される。プラスミドＤＮＡの産生／複製／増幅には、細菌、特に大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ））が使用される。ｐＤＰ（アンビオン（Ａｍｂｉｏｎ））、ｐＧＥＭ（プロメガ（Ｐｒｏｍｅｇａ））、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ（ストラタジーン（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ））、ｐＣＲＩＩ（インビトロゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ））、ｐＵＣ５７、ｐＪ２０４（ＤＮＡ２．０から）及びｐＪ３４４（ＤＮＡ２．０から）、ｐＵＣ１８、ｐＢＲ３２２及びｐＵＣ１９を含め、多くのプラスミドがかかる用途に市販されている。
一般に、目的のＲＮＡ配列（標的ＲＮＡ配列）をコードする又はそれに対応するｃＤＮＡは、典型的には幾つもの特徴を含むプラスミドに挿入される（可能性のある特徴は以下に挙げる）。これらには、細菌細胞を特定の抗生物質（通常カナマイシン又はアンピシリン）に対して耐性にする遺伝子、細菌細胞によるプラスミドＤＮＡの複製を可能にする複製起点、及び多重クローニング部位（ＭＣＳ、又はポリリンカー）が含まれる。多重クローニング部位は、幾つかの一般的に用いられる制限部位を含む短い領域であり、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの少なくとも１つをコードするＤＮＡ配列など、ＤＮＡ断片のこの位置への容易な挿入を可能にする。
極めて多数の宿主生物及び分子クローニングベクターが用いられているが、分子クローニング実験のほとんどは、細菌大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の実験室株及びプラスミドクローニングベクターで始まる。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及びプラスミドベクターは、技術的に洗練されており、多用途で、広く利用可能であり、及び最小限の設備で組換え生物の速い成長をもたらすため、よく使われている。
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に特に有用なクローニングベクターは、ｐＵＣ１９又はｐＢＲ３２２をベースとするベクターである（Ｊ・ビエイラ（Ｊ．Ｖｉｅｉｒａ）著、ジーン（Ｇｅｎｅ）、第１９巻、第３号、１９８２年１０月、ｐ．２５９〜２６８、ＩＳＳＮ ０３７８−１１１９、ＰＭＩＤ ６２９５８７９；スー・リン＝チャオ（Ｓｕｅ Ｌｉｎ−Ｃｈａｏ）ら著、モレキュラー・ミクロバイオロジー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）、第６巻、第２２号、１９９２年１１月、ＩＳＳＮ ０９５０−３８２Ｘ、ｐ．Ｓ．３３８５〜３３９３、ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１３６５−２９５８．１９９２．ｔｂ０２２０６．ｘ、ＰＭＩＤ １２８３００２、Ｃ・ヘルマー＝チッテリッチ（Ｃ．Ｈｅｌｍｅｒ−Ｃｉｔｔｅｒｉｃｈ）ら著、１９８８年、ザ・イーエムビーオー・ジャーナル（Ｔｈｅ ＥＭＢＯ ｊｏｕｒｎａｌ）、第７巻、第２号、ｐ．５５７〜６６；Ｃ・ヤニック＝ペロン（Ｃ．Ｙａｎｉｓｃｈ−Ｐｅｒｒｏｎ）ら著、１９８５年、ジーン（Ｇｅｎｅ）、第３３巻、ｐ．１０３〜１１９、ＰＭＩＤ ２９８５４７０；Ｆ・ボリバル（Ｆ．Ｂｏｌｉｖａｒ）ら著、ジーン（Ｇｅｎｅ）、第２巻、ｐ．９５〜１１３、１９７７年；Ｌ・コバルビアス（Ｌ．Ｃｏｖａｒｒｕｂｉａｓ）ら著、ジーン（Ｇｅｎｅ）、第１３巻、ｐ．２５〜３５、１９８１年）。
ＲＮＡインビトロ転写反応における鋳型としての使用には、ＤＮＡプラスミドは典型的にはＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、好ましくはＴ３、Ｔ７又はＳＰ６ポリメラーゼ（Ｔ３、Ｔ７、又はＳＰ６プロモーター）の結合部位を有する。
転写、翻訳及び／又は安定性を増加させるため、プラスミドに任意選択で更なるエレメントが含まれ得る：
５’−ＵＴＲ（特に、国際公開第２０１３／１４３７００号パンフレット及び国際公開第２０１３／１４３６９９号パンフレットに係るＴＯＰ−ＵＴＲが好ましい）；
コザック配列、又は別の翻訳開始エレメント（ＣＣＲ（Ａ／Ｇ）ＣＣＡＵＧＧ、式中、Ｒは開始コドン（ＡＵＧ）の３塩基上流にあるプリン（アデニン又はグアニン）であり、開始コドンの後に別の「Ｇ」が続く。５’ＵＴＲはまた、伸長因子結合に関与する二次構造を形成することも知られている）；
３’−ＵＴＲ（特に、国際公開第２０１３／１４３７００号パンフレットに係るアルブミン遺伝子、α−グロビン遺伝子、β−グロビン遺伝子、チロシンヒドロキシラーゼ遺伝子、リポキシゲナーゼ遺伝子、及びコラーゲンα遺伝子由来の安定ＲＮＡからのＵＴＲが好ましい；ポリ（Ａ）配列；ポリ（Ｃ）配列；及び／又はステム−ループ配列、例えば国際公開第２０１２／０１９７８０号パンフレットに係るヒストンステム−ループ配列。
ＤＮＡプラスミドｐＵＣ１９をベースとするプラスミドが特に好ましい。異なる変異体（ｐＣＶ１９、ｐＣＶ２６、ｐＣＶ３２、及びｐＣＶ２２ｍｉｎ）は、制限部位及び５’−及び／又は３’−ＵＴＲが異なる。ベクターは、好ましくは、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書の図３に示されるとおりｐＣＶ２６をベースとする。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの少なくとも１つをコードする所望のＤＮＡ配列は、当業者に周知の、及び例えばＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書に記載される分子技術分野の標準方法を用いてプラスミド骨格に導入される。
エレクトロコンピテントセルの電気穿孔又はケミカルコンピテントセルの熱ショック形質転換を含め、ＤＮＡプラスミド分子の種々の形質転換方法が当業者に周知である。本明細書では、例えば、ＤＨ５α、ＤＨ１０Ｂ、Ｍａｃｈ１、ＯｍｎｉＭａｘ ２、Ｓｔｂｌ２、Ｔｏｐ １０、又はＴｏｐ １０Ｆを含む株を使用した、ケミカルコンピテントセルの熱ショックによる形質転換が好ましい。
例えば、１〜１０ｎｇ、好ましくは（４〜５ｎｇ）の精製プラスミドを５０μｌのケミカルコンピテントセル、例えばＣａＣｌ２コンピテントセル、好ましくはＤＨ５αと混合する。この混合物を０〜５℃で少なくとも３０分間インキュベートする。続いて、この混合物を４２℃で２０秒間インキュベートする。熱ショックの後、混合物を０〜５℃で数分間インキュベートする。
細胞をプレーティングするため、９００μＬ ＬＢ培地を加える；３７℃で１〜３時間インキュベートし、プラスミドにコードされた抗生物質耐性遺伝子に応じた抗生物質、例えばアンピシリン又はカナマイシンを含有するＬＢ寒天プレートにプレーティングし、３７℃で１２〜２４時間インキュベートする。
形成されたコロニーの数に基づき形質転換の有効性を判定する。ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド分子の各々について大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞を形質転換する。プラスミドにより耐性（アンピシリン耐性）が付与されるため、プラスミドのコピーを取り込んだ細菌のみが生き残る。詳細には、耐性遺伝子が発現し（タンパク質の生成に用いられ）、及び発現したタンパク質がその抗生物質を分解するか、或いは抗生物質によるある種の細菌経路の阻害を阻止する。このように、抗生物質は、プラスミドＤＮＡを含有する細菌のみを選択するためのフィルタとして働く。ここでこれらの細菌を多量に成長させて回収し、溶解させると、目的のプラスミドを単離することができる。
好ましくは細菌細胞は大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ））である。
ステップｄ１）の後に、以下の方法ステップ：
ｅ１）ステップｄ１）で形質転換したｍ個の単一細菌細胞培養物の各々の少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、
ｆ１）ステップｅ１）で単離した単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞培養物において成長させるステップ、
ｇ１）任意選択で、ステップｆ１）で成長させた細菌細胞クローン培養物の各々のＤＮＡプラスミド種のＤＮＡ配列を決定するステップ、
ｈ１）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップ。
ステップｄ２）の後に、本方法は以下のステップを更に含み得る：
ｅ２）少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及び
ｆ２）ステップｅ２）で単離した少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップ、
ｇ２）ステップｆ２）で成長させた少なくともｍ個の単一細菌細胞クローン培養物の各々のＤＮＡプラスミド種のＤＮＡ配列を決定するステップ、
ｈ２）ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物を選択するステップ。
好ましい実施形態において、プラスミドＤＮＡの混合物は均一であり、即ち、全てのＤＮＡプラスミド種が同一又は同様の量で存在し、潜在的にＲＮＡ分子種の均一混合物が作成される。換言すれば、ステップａ）に用いられるｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々の量は、同一であるか、又は少なくとも同様である。これにより、理論上、ＲＮＡ組成物中におけるｎ個の異なるＲＮＡ分子の各々が同一又は少なくとも同様の量であることが実現するはずである。同様の量とは、混合物又は組成物中のＤＮＡ又はＲＮＡ分子の総量を基準として単一ＤＮＡ又はＲＮＡ種の量のばらつきが２０％以下、好ましくは１５％以下、より好ましくは１０％又は５％以下であり、又は更により好ましくは差が２％以下であることを意味する。
この実施形態は、同じ標的ペプチド／タンパク質、例えば抗原の異なる変異体、例えばある病原体の異なる血清型の同じ抗原をコードするＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物を提供しなければならない場合に特に好ましい。
別の好ましい実施形態において、ＲＮＡ分子種はＲＮＡ分子組成物中におけるその量が異なる。この実施形態は、第１の標的ペプチド／タンパク質が、例えば、第２のＲＮＡ分子種によってコードされる第２の抗原よりもはるかに強力な、第１のＲＮＡ分子種によってコードされる抗原である場合に好ましいこともある。例えば、第１の抗原が第２の抗原の２倍強力である場合、第１の抗原をコードするＲＮＡの量は第２の抗原をコードするＲＮＡの量の半分とすることができる。また、分子療法又はタンパク質補充療法のコンテクストにおいても、前記組成物中のそれぞれのＲＮＡ種がその量に違いのあるＲＮＡ組成物を作成することが好ましいことがある。
好ましい実施形態において、各ＲＮＡ分子種の分子の数はＲＮＡインビトロ転写用のｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物中にあるそれぞれのＤＮＡ分子種の分子の数に比例することに留意しなければならない。ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を細菌で作成する場合、各ＤＮＡプラスミド種の分子の数はｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物中のそれぞれのＤＮＡ分子種の分子の数に比例する。従って、異なる量のｎ個の異なるＲＮＡ分子種が所望される場合、本方法には、実務者がＲＮＡ分子組成物中の各ＲＮＡ分子種の最終的な量に影響を及ぼし得る種々のポイントがある。これらのポイントを以下に記載する。
好ましい一実施形態では、微生物宿主、即ち細菌細胞、好ましくは大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞において特定の鋳型プラスミドＤＮＡの形質転換を実施しなければならない細菌増幅が特に好ましい。ＲＮＡインビトロ転写の鋳型として十分な量の各プラスミドＤＮＡを作製するため、異なるプラスミドを担持する細菌クローンを共培養物として１つの発酵槽で一緒に培養することが特に好ましい。
異なるプラスミドＤＮＡを含む幾つかのクローンの共培養に関して１つの重要なポイントは、接種ステップである。導入細胞数又は微生物の生命状態（対数期初期／中期／後期、定常期）などのパラメータに応じて培養結果は異なり得る（フーバー（Ｈｕｂｅｒ）ら著、ミクロビアル・セル・ファクトリーズ（Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｃｅｌｌ Ｆａｃｔｏｒｉｅｓ）、２００９年、第８巻、第４２号）。共培養では、接種ステップにおけるこの差が発酵中の集団比に望ましくない形で影響を与え得る。好適な接種方法は、例えば、フーバー（Ｈｕｂｅｒ）ら著、ビーエムシー・バイオテクノロジー（ＢＭＣ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、２０１０年、第１０巻、第２２号に記載されている。
特に好ましい実施形態において、全てのプラスミドＤＮＡ種の間において可能な範囲で最良の均一性とするには、全ての培養クローンの均一な成長及び産生能力が必要となる（即ち：それぞれのプラスミドを担持する細菌クローンが共培養下で等しく成長して同様の量のＤＮＡプラスミドを実現しなければならない）。
均一なＤＮＡプラスミド種の産生が所望される場合、以下の手段を取ることができる：
（Ｉ）各プラスミド種が異なる標的ＲＮＡ種をコードするにしても、プラスミド配列の違いはあくまでも最小限であることが好ましい。これは、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド及び分子種の配列が均一である、即ち互いに少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％又は好ましくは少なくとも９９％同一であることを意味する。プラスミド骨格は、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、好ましくは少なくとも９９％及び最も好ましくは１００％同一であり、及びｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）プラスミド又は分子種のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は同様の長さでなければならず、即ちその長さのばらつきが最大１００ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、好ましくは最大２０ヌクレオチド、より好ましくは最大１０ヌクレオチド、７ヌクレオチド又は更により好ましくは最大５ヌクレオチドで、ヌクレオチド配列の互いの変化はあくまでも最小限、即ち少なくとも８０％でなければならない。別の好ましい実施形態において、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のＲＮＡ配列は互いに少なくとも８０％同一、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％又は好ましくは少なくとも９９％同一である。
従って、プラスミド複製に起因する代謝負荷は、好ましくは全ての細菌細胞クローンについて同じであり、微生物成長及びプラスミドＤＮＡ複製の大きな違いを上記の手段によって回避することができる。更に、オープンリーディングフレームが同様の長さであることにより、得られたＲＮＡ混合物の精製方法としてＨＰＬＣを使用することが可能になる（例えば国際公開第２００８／０７７５９２ Ａ１号パンフレットに開示されるとおり、そこに記載されるＨＰＣＬ精製方法は参照により本明細書に援用される）。上述の手段は、詳細には、ＲＮＡ分子種が同じ抗原の異なる変異体、例えばある病原体の異なる血清型又は株の同じ抗原をコードする実施形態に適用可能である。
例えば、ＲＮＡ組成物が、例えば代謝経路の異なる酵素が欠損している患者向けの個別的遺伝子療法として提供される場合、ＲＮＡ分子配列、従って必然的にＤＮＡ分子及びプラスミド種配列は、長さに５０ヌクレオチドを超えるばらつきがあり、又は配列同一性が８０％未満であり得る。そのような場合、以下に記載するとおりの手段を取ってＲＮＡ分子組成物中における各ＲＮＡ分子種の所望の量を実現することができる。また、ばらつきが極めて大きい異なるＲＮＡ分子種を含むＲＮＡ分子組成物についても、本発明の方法を適用可能である。この実施形態ではまた、形質転換細胞の成長及び産生挙動も試験される。培養物が同一又は同様の成長挙動を有しない、及び／又は時間間隔及び細胞培養物の容積当たりに同一又は同様の量のプラスミドＤＮＡを産生しない場合、ＲＮＡインビトロ転写用の大規模産生のための細菌細胞培養物の接種には、細菌細胞培養物のそれぞれの量が使用される。かかる産物については、代替的な精製手順（例えば、オリゴｄ（Ｔ）キャプチャ）を適合させる必要がある。
明らかに、混合物中のｍ個の異なるＤＮＡ分子種は種々の方法で、即ちＰＣＲ、プラスミドＤＮＡの細菌増幅及び化学合成（上記に開示されるとおり）によって作成し得る。
（ＩＩ）ＲＮＡインビトロ転写に十分な各ＤＮＡ分子種を産生するため共培養でプラスミドＤＮＡを産生する前に、全てのクローンをその個々の成長及び産生挙動に関して独立したスクリーニングで分析し、即ち少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物の少なくとも１つの成長動態パラメータ及び／又はプラスミドＤＮＡの量を決定する。従って、本発明の方法は、ｉ）少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物の少なくとも１つの成長動態パラメータ及び／又はプラスミドＤＮＡの量を決定するステップ、及びｊ）ステップｉ）で決定されたパラメータに応じてｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つ以上の細菌細胞クローン培養物を選択するステップ、好ましくはｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップを更に含む。任意選択でステップｉ）は、ｉ１）ある時間間隔後に細菌細胞クローン培養物の光学濃度を好ましくはマイクロプレートリーダーを使用して測定することによるか、又は散乱光オンライン測定によって成長動態パラメータを決定するステップ、及び／又はｉ２）細菌細胞培養物の容積及び時間当たりに産生されたプラスミドの量を決定するステップを含む。
好ましくは、これはマルチウェルプレートフォーマット（例えば、２４ウェルプレート、４８ウェルプレート、９６ウェルプレート）においてハイスループット方式で行われる。各クローンが、グリセロールストックから接種したマイクロタイタープレートの１つの培養ウェルで別個にプレ培養される。その後、このプレ培養プレートから第２の一組の培養物が接種され、クローンが個別に特徴付けられる。細菌細胞培養物の成長、培養条件、例えば温度（例えば３０℃又は３７℃）、撹拌速度、及び時間、好適な成長、培地及び選択マーカーは当業者に周知である。
成長動態は、光度測定により、例えば種々の時点で、例えば２時間後、４時間後、６時間後、８時間後、１０時間後、１２時間後、１８時間後、２４時間後などにマイクロプレートリーダーを使用して光学濃度を計測することにより記録し得る。微生物成長はまた、光信号、即ち特殊な機器（マイクロプレートリーダー）における散乱光オンライン測定によっても追跡し得る。加えて、培養終了時にプラスミドＤＮＡ力価の定量化が行われる。任意選択で、均一な成長及び産生特性を示すクローンからグリセロールストックが作成される。
細菌クローンの成長特徴に関する上述の分析結果に基づき、所望のクローン、好ましくは同様の成長特徴を示すクローンが選択され、共培養（即ち、種々のＲＮＡ分子種をコードするｐＤＮＡ（＝プラスミドＤＮＡ種）クローンを担持する細菌を含む発酵手順）に用いられる。
従って、本発明の方法の好ましい実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物は同様又は同一の成長動態及び／又は同様又は同一のＤＮＡ産生レベルを呈し、好ましくは同様の又は等しい成長動態及び／又は同様同一のＤＮＡ産生レベルは可能な限り高い。
任意選択で、本発明の方法のステップｃ１）は、ｋ１）ステップｊ）でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量を単一の反応槽において接種して成長させるステップ、又はｋ２）ステップｊ）でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について別個の１つ以上の反応槽において接種して成長させるステップであって、任意選択でｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の１つ以上の細菌細胞クローン培養物を単一の反応槽で一緒に成長させるステップを更に含む。
ＤＮＡプラスミド種産生のため、選択された、好ましくは一様に成長及び産生する細菌細胞クローンが、任意選択で、以下からなる多段階発酵ステップに適用されてもよい：
（Ｉ）グリセロールストック（一様に成長するクローンのグリセロールストック；ＤＮＡプラスミド種１つにつき１つのクローン）から接種したミネラル又は複合培地（ＬＢ、ＴＢ、又はＭ９培地など）を適用する振盪フラスコ（例えば１００、２５０又は５００ｍＬの培養容積を有する）又は小型バイオリアクターにおけるプレ培養ステップ、
（ＩＩ）プレ培養物から接種したミネラル又は複合培地、例えばＬＢ、ＴＢ、又はＭ９を適用する生産規模のバイオリアクターにおける本培養。この本培養は初期バイオマス生成段階から始まり、温度シフトによって惹起される成長制限プラスミド産生段階が続き得る。或いは、当該技術分野において一般に知られている他のあらゆる高収率発酵手順を適用し得る。全てのクローンが同じ成長及び産生挙動を示すため、全てのプラスミドＤＮＡ変異体が潜在的に同様の量で産生される。生産規模のバイオリアクターの培養容積は主として限定はされず、典型的な容積は１Ｌ〜１０００Ｌの範囲である。
本発明の好ましい一実施形態では、同一の量の各細菌細胞クローン培養物が接種される。或いは、ステップｋ１又はｋ２）で接種に使用される各細菌細胞クローン培養物の量は、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について同一又は同様の量が得られるように選択される。後者の選択肢は、単一細菌細胞クローンが異なる成長動態を呈する（即ち互いに２０％を超えるばらつきを示す）及び／又は産生されるプラスミドＤＮＡの量が異なる（即ち量に２０％を超える収率の差がある）場合に適用可能である。そのような場合、ステップｋ１）又はｋ２）で生産規模の培養容積の接種に用いられるプレ培養物の量は、全てのＤＮＡプラスミド種の産生量を調和させるように変えることができる。
本発明の別の実施形態では、異なる量の各細菌細胞クローン培養物が接種される。ステップｋ１）又はｋ２）で接種に用いられる各細菌細胞クローン培養物の量は、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々の所望の量が得られるように選択される。
各細菌クローンについて、試験ＲＮＡインビトロ転写を実施して転写効率を特徴付けてもよい（これは、長さ及び配列が同様でない多様なＤＮＡ分子／プラスミド種に特に有用である）。この転写効率に基づき、それぞれの鋳型混合物を作成することができる。この実施形態はまた、精製後のＰＣＲベースの鋳型にも好適である。
好ましい実施形態において、ＤＮＡプラスミド／分子混合物はそのアイデンティティ及びその組成に関して例えばシーケンシング、例えば次世代シーケンシング（ＮＧＳ；例えば、イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ））、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ又は制限酵素マッピングによって分析され、各個別のＤＮＡ分子種のアイデンティティ及び分量が確認される。
別の好ましい実施形態において、本発明の方法のステップｃ１）は、ｌ）ステップｋ１）及び／又はｋ２）で成長させた細菌細胞クローン培養物のｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を得るステップを更に含む。このステップは、細菌細胞からプラスミドＤＮＡを精製及び単離するための当該技術分野において公知の標準方法を用いて行われる。本方法は、任意選択で、ｍ）ステップｌ）で得られたｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を線状化するステップを含むことができ、好ましくはステップｌ）及び任意選択のステップｍ）の後に、ｎ）ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物を得るステップが実施される。代替的実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種は別個の発酵で作成され、プラスミドＤＮＡ抽出後、ＲＮＡインビトロ転写の開始前に一緒に混合される。
線状化は、使用されるプラスミドがプラスミドＤＮＡ線状化用の１つのＥｃｏＲＩ制限部位を担持する場合、ＥｃｏＲＩなどの市販の制限エンドヌクレアーゼを使用して実施される。標的配列にＥｃｏＲＩ制限部位などのそれぞれの制限部位が存在する場合、この部位は予め除去される。適切な反応条件については、製造者のマニュアルを参照することができる。線状化の成功は、例えばアガロースゲル電気泳動によってコントロールし得る。
単離されたプラスミドＤＮＡは、典型的には、特異的な、好ましくは唯一つの制限酵素によって線状化され、続くＲＮＡインビトロ転写ステップａ）用の決められた線状鋳型が提供される。これにより転写リードスルーが回避され、インビトロＲＮＡ転写手順が決められたとおり終結することが確実となる。線状化ＤＮＡプラスミド種はまたＤＮＡ分子種も指し、好ましくは精製され、線状ＤＮＡの含有量及び収率が決定される。
ｐＤＮＡ鋳型の線状化に好ましいエンドヌクレアーゼとしては、ＢｃｉＶＩ、Ｘｂａｌ、ＳｐｅＩ、ＨｉｎｄＩＩＩ、Ｎｏｔｌ、ＥｃｏＲＩ、ＮｄｅＩ、ＡｆＩＩＩ、Ｈｉｎｄｌｌｌ、及びＳａｐＩが挙げられる。最も好ましい制限酵素はＥｃｏＲＩである。
以下の条件が特に好ましい：
１反応物の組成：
１μｇプラスミドＤＮＡ
０．５μｌ反応緩衝液
３単位 制限酵素
追加。ＷＦＩ（注射用水）で５μｌ
組成は、線状化に使用されるプラスミドＤＮＡの量（少なくとも１０００反応物、好ましくは１００００反応物）に基づき計算する。この反応物を３７℃で４〜５時間インキュベートする。
線状化した鋳型ＤＮＡは、好ましくは精製される。種々の方法、例えばフェノール／クロロホルム抽出と、続くアルコール沈殿、クロマトグラフィー方法、ろ過方法、又はシリカベースのＤＮＡ捕捉方法を用いることができる。この精製ステップによりまた、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）タンパク質、制限酵素及びＢＳＡ（反応緩衝液に含まれる）を含め、先行する製造ステップからの不純物（例えばタンパク質）の低減も確実となる。
これに関連して、フェノール／クロロホルム／イソアミルアルコール沈殿と、続くイソプロパノール沈殿が好ましい。これらの方法については、サムブルック（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら著、「分子クローニング（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ）」、第２版、１９８９年、コールド・スプリング・ハーバー研究所出版会（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ））に記載されている。沈殿後、プラスミドＤＮＡは好適な緩衝液、好ましくは注射用水に再懸濁する。
線状鋳型プラスミドＤＮＡは、好ましくは線状化の成功／完成に関して分析される。好ましくはアガロースゲル電気泳動によって線状プラスミドＤＮＡのバンドのユニークさ及びバンドサイズが分析される。或いは、ＤＮＡ断片を決定するための当該技術分野において公知の任意の他の方法、詳細にはＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書（参照により本明細書に援用される）に記載されるとおりの方法を用いてもよい。
従って、好ましい実施形態において本発明の方法はまた、ＤＮＡプラスミド種の線状化の成功を分析することも含む。
本発明のステップｎ）後のＤＮＡ断片の例示的分析方法、例えば、アガロースゲル電気泳動、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、チップゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、蛍光ベースの自動ＤＮＡ断片分析及びＨＰＬＣ（例えばＷＡＶＥ（商標）ＤＮＡ断片分析システム）。特に、サムブルック（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら著、「分子クローニング、実験マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ）」、第２版、コールド・スプリング・ハーバー研究所出版会（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）、１９８９年６月に記載されるとおりのアガロースゲル電気泳動が好ましい。
ステップａ）の前に、本発明の方法は、小規模での試験転写ステップを更に含み得る。好ましくは、ＲＮＡポリメラーゼによる重合反応を用いた線状ＤＮＡ分子種によるＲＮＡへの小規模転写試験が実施される。この小規模試験ＲＮＡインビトロ転写は、インビトロ転写ＲＮＡの予想収率を推定し、且つインビトロ転写ＲＮＡのアイデンティティを分析するために実施される。
ＲＮＡインビトロ転写反応物は、一般に、限定はされないが、鋳型としてのＤＮＡ分子種、好適な緩衝液（ＨＥＰＥＳ、トリス−ＨＣｌ ｐＨ７．５）、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（例えばＴ７、Ｔ３、ＳＰ６）、好適なヌクレオチド混合物（天然及び／又は修飾ヌクレオチド）、ＤＴＴ、スペルミジン、ＮａＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＲＮアーゼ阻害剤及びピロホスファターゼを含む。
続いて、好ましくはインビトロ転写ＲＮＡが精製される。フェノール／クロロホルム／イソアミルアルコール抽出と、続くエタノール又はイソプロパノール沈殿、アルコール及びナトリウム又はアンモニウムイオンなどの一価カチオンによる沈殿、ＬｉＣｌ沈殿、クロマトグラフ方法又はろ過方法を含め、種々のＲＮＡ精製方法が当該技術分野において公知である。
これに関連して、ＬｉＣｌ沈殿が特に好ましい。ＬｉＣｌ沈殿は、好ましくは５０％の容積の８Ｍ ＬｉＣｌを加えることにより実施される。この反応物を混合し、室温でインキュベートする。続いて反応物を遠心し、上清を廃棄し、ＲＮＡペレットを７５％エタノールで洗浄する。乾燥後、好ましくはＲＮＡを水に再懸濁する。
好ましくは、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書に記載されるとおりの測光法によって試験ＲＮＡインビトロ転写物の濃度が決定される。従って、インビトロ転写ＲＮＡの収率を推定することができる。
好ましくは、当該技術分野において公知の任意の方法、特にＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書に記載される任意の方法によって（試験）インビトロ転写物中のＲＮＡのアイデンティティが決定される。ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書（参照により本明細書に援用される）に記載されるとおりのアガロースゲル電気泳動が特に好ましい。
以下に、ＲＮＡ分子種をコードする核酸配列を含む鋳型ＤＮＡ分子／プラスミド種の品質を管理するための好ましいステップを記載する。詳細には、本節は、ＤＮＡ分子含有量を決定し、標的ＲＮＡ分子配列をコードするＤＮＡ分子配列のアイデンティティを決定し、及び／又はＤＮＡ分子／プラスミド種の純度を決定するための好ましいステップに関する。
単離鋳型プラスミドＤＮＡ分子（ｄｓＤＮＡ）の濃度は、好ましくは吸光の計測値を用いた核酸の標準的測光法によって決定される。更に、好ましくはＯＤ ２６０／２８０値が決定され、これにより核酸試料の純度が計測される。純粋なＤＮＡはＡ２６０／２８０が約１．８である。
得られたＤＮＡプラスミド／分子種にＲＮＡ分子種配列をコードする核酸配列が含まれることを確認するため、適切なプライマーによるＰＣＲを実施し得る。ＰＣＲには、標的ＲＮＡ配列をコードする核酸配列に位置するプライマー、又は標的ＲＮＡ配列をコードする核酸配列の外側に位置するプライマーを使用し得る。
ステップａ）におけるＲＮＡインビトロ転写の鋳型としてプラスミドＤＮＡプラスミド種が使用される場合、プラスミドＤＮＡベクターの骨格上に位置するプライマー、例えば、標的ＲＮＡ分子種配列をコードするインサートＤＮＡ配列に隣接するＭ１３、Ｓｐ６、又はＴ７プライマーなどの標準的プライマーもまた使用し得る。
得られたＰＣＲ増幅産物は、ゲル電気泳動、例えば、アガロースゲル電気泳動、ＤＮＡシーケンシング又はクロマトグラフィー、例えばＨＰＬＣ）によるなど、当該技術分野において公知の任意の方法によって分析し得る。アガロースゲル電気泳動又はＨＰＬＣによる分析が特に好ましい。
一態様において、本発明は、標的ＲＮＡ分子種配列をコードするＤＮＡ配列のアイデンティティをコントロールするための、鋳型ＤＮＡ分子／プラスミド種の分析方法として用いられるＰＣＲを提供する。特に、この方法は、本発明に係るＲＮＡ分子組成物の作製方法、好ましくはインビトロ転写ＲＮＡの作製方法における鋳型ＤＮＡの作製に関する品質管理として用いられる。
ＰＣＲなどの他の方法に代えて又は加えて、好ましくは、標的ＲＮＡ配列をコードするインサートＤＮＡ配列を含む鋳型プラスミドＤＮＡベクターの制限酵素分析が行われ、得られたプラスミドＤＮＡベクター断片の分析により、鋳型プラスミドＤＮＡベクターに標的ＲＮＡ分子種配列をコードするインサートＤＮＡ配列が含まれることが確認される。
制限酵素は、認識部位として知られる特定の配列の内部の又はそれに隣接した特異的部位にある二本鎖ＤＮＡに特異的に結合してそれを切断する。多くの制限酵素は、４、５又は６ヌクレオチド長の特異的ヌクレオチド配列を認識し、二回転対称を呈する。あるものは両方の鎖を正確に対称軸で切断して、平滑末端を備えたＤＮＡ断片を生じさせ；他のものは各鎖を対称軸の両側にある同様の位置で切断して、一本鎖末端を備えるＤＮＡ断片を作り出す（「定義」を参照）。
制限消化に用いられる反応条件は、使用する制限酵素に依存する。特に塩濃度は、使用する制限酵素に応じて異なる。従って、制限酵素の製造者はその制限酵素用に緩衝液を最適化した。
１つの制限酵素による制限酵素反応に好ましい条件は、以下である：
０．５μｇプラスミドＤＮＡ（０．２〜２μｇプラスミドＤＮＡ）
１．５μｌ １０×反応緩衝液
１μｌ制限酵素（１μｌは通常１ｕを含む）
追加。１５μｌ ＷＦＩ（注射用水）
２つの制限酵素による制限酵素反応に好ましい条件は、以下である：
０．５μｇプラスミドＤＮＡ（０．２〜２μｇプラスミドＤＮＡ）
１．５μｌ １０×反応緩衝液
１μｌ制限酵素１（１μｌは通常１ｕを含む）
１μｌ制限酵素２（１μｌは通常１ｕを含む）
追加。１５μｌ ＷＦＩ（注射用水）
制限酵素反応物は、典型的には上記に示すとおり混合され、好ましくは３７℃で１〜４時間インキュベートされる。
これに関連して、インサートＤＮＡ配列の５’及び３’を切断する制限酵素を組み合わせることが特に好ましい。或いは、インサートＤＮＡ配列に応じて特定の組み合わせの制限酵素が選択される。この場合、特に、ＤＮＡプラスミド骨格で１度のみ切断する制限酵素と、インサートＤＮＡ配列で１度切断する制限酵素とを選択することが好ましい。
特に、標的ＲＮＡ配列をコードする核酸配列を含むインサートＤＮＡ配列のアイデンティティをコントロールするため、異なる１つ又は複数の制限酵素（の組み合わせ）を使用して少なくとも１、２、３、４又は５つの異なる制限酵素反応を実施することが好ましい。
ステップｎ）の後、従来の市販のプラスミド調製キット又は種々のろ過及びクロマトグラフィーステップを適用するカスタマイズした精製プロセスを用いて細菌宿主細胞からｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種が抽出される。精製後、シーケンシング、次世代シーケンシング（ＮＧＳ；例えば、イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ））、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ又は制限酵素マッピングによってプラスミドＤＮＡ混合物をそのアイデンティティ及びその組成に関して分析することにより、各個別のプラスミドのアイデンティティ及び分量が確認される。
鋳型プラスミドＤＮＡベクターに含まれるインサートＤＮＡ配列のアイデンティティは、例えば酵素制限によってコントロールされ、続いて好ましくはアガロースゲル電気泳動で分析される。このために、鋳型プラスミドＤＮＡを特定の数の特異的制限酵素と（好ましくは少なくとも５回の独立した反応で）インキュベートすると、鋳型プラスミドＤＮＡベクターの特異的断片化が生じる。続いて、得られた種々のサイズの断片を例えばアガロースゲル上で、又は例えばＨＰＬＣによって分離することにより、制限されたＤＮＡ試料が分析される。受け取ったＤＮＡの断片化パターンは、理論的に予想される制限パターンと比較される。
標的ＲＮＡ分子種配列をコードするプラスミドＤＮＡのインサートＤＮＡ分子種配列又はＰＣＲ産物の自動ＤＮＡシーケンシングを実施して、標的ＲＮＡ分子種配列をコードするＤＮＡ配列のアイデンティティを確認してもよい。ＤＮＡシーケンシングは当該技術分野において公知の任意の方法、特に本明細書又はＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書に定義される任意の方法により実施し得る。ＤＮＡシーケンシングに適切なプライマーの選択により、ＤＮＡプライマー（プラスミドの骨格上に位置した、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列、例えばインサートＤＮＡ配列に隣接するプライマー、例えば、Ｍ１３フォワード、及びＭ１３リバース）の両方の相補鎖について、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列の完全長が完全に網羅されることが確実となる。受け取った配列情報は、標的ＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列の予想配列と比較される。
従って、本発明との関連においては、ＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするＤＮＡ分子／プラスミド種配列のアイデンティティを確認又はコントロールすることが特に好ましい。
発酵後、従来の市販のプラスミド調製キット又は種々のろ過及びクロマトグラフィーステップを適用するカスタマイズした精製プロセスを用いて宿主細胞からプラスミドＤＮＡが抽出される。精製後、シーケンシング、次世代シーケンシング（ＮＧＳ；例えば、イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ））、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ又は制限酵素マッピングによってプラスミドＤＮＡ混合物をそのアイデンティティ及びその組成に関して分析することにより、各個別のプラスミドのアイデンティティ及び分量が確認される。
ＤＮＡ分子／プラスミド種（本明細書ではまた「鋳型ＤＮＡ」又は「ＤＮＡ鋳型」とも称される）は、ＲＮＡ汚染に関して更にコントロールし得る。好ましくは、鋳型ＤＮＡ、例えばプラスミドＤＮＡ種がＲＮアーゼＡとインキュベートされる。その後、精製鋳型ＤＮＡの濃度が改めて決定され、ＲＮアーゼ処理前と処理後との差が計算される。
以下の反応が特に好ましい：
１〜２０μｇ鋳型ＤＮＡ、好ましくは１０〜１５μｇ鋳型ＤＮＡを１μｌ ＲＮアーゼＡ（１ｇ／ｌ）と３７℃で１時間インキュベートする。
ヌクレオチドは、例えばアルコール沈殿、クロマトグラフィー、好ましくはセファデックス（Ｓｅｐｈａｄｅｘ）カラムで分離する。
好ましくは、単離した鋳型ＤＮＡの、好ましくはＲＮアーゼＡ消化後の濃度は、２６０ｎｍにおける吸光の測定値（ＯＤ２６０）（上記参照）による核酸の標準的な測光法によって決定する。
鋳型ＤＮＡ調製物に含まれる鋳型ＤＮＡの割合の計算：
好ましくは、鋳型ＤＮＡ調製物中のエンドトキシンの存在及び／又は量を決定するため、細菌エンドトキシン試験が行われる。好ましくは、カブトガニ（リムルス・ポリフェムス（Ｌｉｍｕｌｕｓ ｐｏｌｙｐｈｅｍｕｓ）又はタキプレウス・トリデンタツス（Ｔａｃｈｙｐｌｅｕｓ ｔｒｉｄｅｎｔａｔｕｓ））からの変形細胞ライセートを使用することによりグラム陰性菌由来のエンドトキシンが検出及び／又は定量化される。この原理は、レビン（Ｌｅｖｉｎ）によって発見された（レビン・Ｊ（Ｌｅｖｉｎ，Ｊ）著、１９７９年、「細菌エンドトキシンと変形細胞ライセートとの間の反応（Ｔｈｅ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ ａｎｄ ａｍｅｂｏｃｙｔｅ ｌｙｓａｔｅ）」、ｐ．１３１〜１４６、Ｅ・コーエン（Ｅ．Ｃｏｈｅｎ）編、「カブトガニ（カブトガニ科）の生物医学的応用（Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｈｏｒｓｅｓｈｏｅ Ｃｒａｂ（Ｌｉｍｕｌｉｄａｅ））」、臨床及び生物学研究の進歩（Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、第２９巻、アラン・Ｒ・リス社（Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．）、ニューヨーク州）。
一般に、この試験の実施技法は少なくとも３つある：ゲル凝固法（ゲル形成に基づくもの）；比濁法（内因性基質の切断後の濁度の変化に基づく）；及び発色法（合成ペプチド−色原体複合体の切断後の色の変化に基づく）。
ＬＡＬ試験が好ましい。プラスミドＤＮＡの容積当たりのエンドトキシンの量が、Ｐｈ．Ｅｕｒ．２．６．１４（欧州薬局方）に従う動態−濁度測定ＬＡＬ（リムルス変形細胞溶解物）試験によって決定及び評価される。
好ましくは鋳型プラスミドＤＮＡの容積当たりの総タンパク質含有量が計算される。タンパク質の検出には、２８０ｎｍでのＵＶ吸光度測定（芳香族アミノ酸の存在に起因する）、ローリーアッセイ、ビウレットアッセイ、ブラッドフォードアッセイ、及びＢＣＡ（ビシンコニン酸（ｂｉｃｈｉｎｏｎｉｃ ａｃｉｄ））アッセイを含め、幾つかの異なる方法が当該技術分野において公知である。
比色検出法であるＢＣＡ（ビシンコニン酸（ｂｉｃｈｉｎｏｎｉｃ ａｃｉｄ））アッセイは、タンパク質と銅及びＢＣＡとの錯体形成に基づく。ＲＮＡ中に含まれる総タンパク質濃度が、タンパク質標準（ＢＳＡ）と比較した５６２ｎｍにおける吸光によって計測される。ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイの原理は、ローリーの手順（ローリー・Ｏ・Ｈ（Ｌｏｗｒｙ，Ｏ．Ｈ．）ら著、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）、第１９３巻、ｐ．２６５〜２７５、１９５１年）と同様である。両方とも、アルカリ性条件下でのＣｕ２＋−タンパク質錯体の形成と、続くＣｕ２＋からＣｕ＋への還元に頼る。還元量は存在するタンパク質に比例する。システイン、シスチン、トリプトファン、チロシン、及びペプチド結合がＣｕ２＋をＣｕ＋に還元可能であることが示されている。ＢＣＡはアルカリ性環境でＣｕ＋と紫青色の錯体を形成し、ひいては最大吸光度５６２ｎｍでアルカリ性Ｃｕ２＋のタンパク質による還元をモニタする基礎がもたらされる。
タンパク質の決定に用いることのできる別の方法は、ブラッドフォード法である。比色タンパク質アッセイであるブラッドフォードアッセイは、色素クマシーブリリアントブルーＧ−２５０の吸光度シフトに基づくものであり、酸性条件下では赤色型であるこの色素がアッセイ下のタンパク質に結合するとその青色型に変換される。（結合）型の色素は、歴史的に５９５ｎｍと見なされる最大吸収スペクトルを有する。カチオン性の（未結合）型は緑色又は赤色である。この色素がタンパク質に結合すると、青色のアニオン型が安定する。５９５ｎｍにおける吸光度の増加は、結合した色素の量、従って試料中に存在するタンパク質の量（濃度）に比例する。
ＢＣＡアッセイが特に好ましい。ＢＣＡアッセイの実施には、幾つかの市販のキットを使用し得る。
鋳型ＤＮＡ調製物の無菌性を決定するには、ユニバーサルな細菌プライマー（細菌に普遍的に存在する遺伝子を検出する）を使用したＰＣＲを実施し得る。更に、プレーティングアッセイが行われてもよい。
ＰｈＥｕｒ ２．６．１２．に従うプレーティングアッセイが特に好ましい：バイオバーデンの決定には、プラスミドＤＮＡを寒天プレート及び／又はグルコースプレートにプレーティングし、数日間（例えば、それぞれ５及び７日間）インキュベートした後、好気性菌及び嫌気性菌条件下で細菌の存在／非存在が試験される。バイオバーデンは、細菌プレート上で成長した細菌クローンをカウントすることによって評価される。
このために、種々のプレーティング用培地を使用することができる。トリプシン大豆寒天（ＴＳＡ）（大豆カゼイン消化寒天（ＣＳＡ））及びサブローグルコース（２％）寒天プレートが特に好ましい。
鋳型プラスミドＤＮＡの増幅に大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）が用いられる場合、好ましくは残留大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＮＡが決定される。
残留大腸菌（Ｅ ｃｏｌｉ）ＤＮＡは、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）遺伝子に特異的なプライマー及びプローブを使用したＰＣＲ、好ましくは定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によって検出し得る。これに関連して、それぞれの細菌株（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株）に含まれる任意のゲノム配列又は遺伝子に特異的なプライマー及びプローブが、残留細菌ＤＮＡを決定するためのＰＣＲ又はｑＰＣＲの実施に特に有用である。
プラスミドＤＮＡが残留大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＮＡに関して調べられる。このために、陽性及び陰性対照と共にプラスミドＤＮＡ試料で定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）が実施され、ゲノム大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＮＡのコピー数計算値が評価される。このために、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）特異的遺伝子が増幅され、定量化される。好ましくはロシュ（Ｒｏｃｈｅ）のライトサイクラー（Ｌｉｇｈｔ Ｃｙｃｌｅｒ）がファストスタートＤＮＡマスタープラス（ＦａｓｔＳｔａｒｔ ＤＮＡ ＭａｓｔｅｒＰｌｕｓ）ハイブリダイゼーションプローブと併せて用いられる。
好ましくは鋳型ＤＮＡ（例えば線状鋳型プラスミドＤＮＡ種）が、ＲＮアーゼアラート（登録商標）（ＲＮａｓｅＡｌｅｒｔ（登録商標））（アプライド・バイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ））、ＲＮアーゼ汚染アッセイ（ニュー・イングランド・バイオラボ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ））を含めた市販のＲＮアーゼ検出キット又は鋳型ＤＮＡの参照ＲＮＡとのインキュベーションがＲＮアーゼ汚染の読み取りとして働くアッセイを用いてＲＮアーゼ汚染に関して分析される。
鋳型ＤＮＡは、一端に蛍光レポーター分子（蛍光（ｆｌｕｏｒ））及び他端に当該レポーターの消光剤をタグ付加したＲＮＡ基質を利用するＲＮアーゼアラート（登録商標）（ＲＮａｓｅＡｌｅｒｔ（登録商標））キットを使用することにより、ＲＮアーゼ汚染に関して分析し得る。ＲＮアーゼの非存在下では、消光剤が物理的に近接しているため、蛍光からの蛍光が抑えられる。ＲＮアーゼの存在下では、ＲＮＡ基質が切断され、溶液中で蛍光と消光剤とが空間的に離れる。これにより蛍光が適切な波長の光によって励起されたとき明るい緑色のシグナルを放つ。蛍光はフィルタベース又はモノクロメータベースの蛍光光度計で容易に検出することができる。
鋳型ＤＮＡは、或いはＲＮアーゼ汚染に関して、試料中の重金属汚染及び高いｐＨに起因する非酵素ベースのＲＮＡ分解を含めた一般的なＲＮアーゼ活性を検出するＲＮアーゼ汚染アッセイキット（ＲＮａｓｅ Ｃｏｎｔａｍｉｎａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ）（ニュー・イングランド・バイオラボ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ））を使用することにより分析してもよい。アッセイプローブはフルオレセイン標識ＲＮＡ転写物（３００ｍｅｒ）である。ｐＤＮＡ試料とのインキュベーション後、変性ＰＡＧＥと続くサイバーゴールド（ＳＹＢＲ Ｇｏｌｄ）染色で、又は好ましくはＦＡＭ／フルオレセイン可能イメージングシステムでスキャンすることにより、ＲＮＡプローブの完全性が分析される。
好ましい実施形態において、鋳型ＤＮＡは、鋳型ＤＮＡ（好ましくは線状鋳型プラスミドＤＮＡ）を参照ＲＮＡとインキュベートし、続いてＲＮＡアガロースゲル電気泳動によって分析することにより、ＲＮアーゼ汚染に関して分析される。ＲＮアーゼが存在しない場合、アガロースゲル上に線状ＤＮＡ及び参照ＲＮＡの両方を検出することができ、ＲＮアーゼ汚染の場合、ＤＮＡバンドのみを検出することができる。
次に線状化ＤＮＡ分子種混合物は、ヌクレオチド混合物の存在下での例えばＤＮＡ依存性Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを用いたＲＮＡインビトロ転写のステップａ）において鋳型として使用される。
次に、得られたｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物が、ＲＮＡインビトロ転写ステップａ）において使用し得る。
得られたｍ個の異なるＤＮＡプラスミド／分子種の混合物の品質管理として、従来の市販のプラスミド調製キット又は当業者に公知の種々のろ過及びクロマトグラフィーステップを適用するカスタマイズした精製プロセスを用いてＤＮＡプラスミド／分子が細菌細胞から抽出される。
好ましくは、本方法はステップａ）の前に、ｏ）ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の各々の転写効率パラメータを決定するステップを更に含む。
ＲＮＡインビトロ転写は、好ましくは、ヌクレオチド混合物の存在下でＤＮＡ依存性Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを用いて実施される。ｎ個の異なるＲＮＡ分子種が極めて類似した配列（同様のＧ：Ｃ：Ｕ：Ａ比）を有する好ましい実施形態については、開示されるとおり、ＲＮＡ／ＮＴＰ収率を最適化するため配列最適化ＮＴＰ混合物が適用され得る。
ＲＮＡインビトロ転写反応は、典型的には、転写緩衝液、ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）、ＲＮアーゼ阻害剤及びＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼを含む。ＮＴＰは、限定はされないが、天然に存在するＮＴＰ及び修飾ＮＴＰを含め、本明細書に記載されるものから選択することができる。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼは、限定はされないが、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ及び突然変異ポリメラーゼ、例えば、限定はされないが、修飾核酸を組み込むことが可能なポリメラーゼから選択することができる。ＲＮＡインビトロ転写用の酵素としては、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼが特に好ましい。
重合の間、ｍＲＮＡは本明細書に定義するとおりのキャップアナログ（例えばＮ７−ＭｅＧｐｐｐＧ）で５’末端が同時転写的にキャッピングされ得る。
転写緩衝液としては、以下の緩衝液が好ましい：４０ｍＭ トリス ｐＨ７．５又は８０ｍＭ ＨＥＰＥＳ。
鋳型ＤＮＡ：１０〜５００μｇ／ｍｌ、特に５０μｇ／ｍｌが好ましい。
天然に存在するヌクレオチド（例えばヌクレオチドＡＴＰ、ＣＴＰ、ＵＴＰ及びＧＴＰのうちの少なくとも１つ）及び／又は修飾ヌクレオチド、好ましくは本明細書に記載されるとおりの修飾ヌクレオチド、又はこれらの任意の組み合わせを含め、所望のケミストリーのヌクレオチド三リン酸が用いられる。好ましくはＡＴＰ、ＣＴＰ、ＵＴＰ及びＧＴＰが０．５〜１０ｍＭの濃度、好ましくは３〜５ｍＭの濃度、及び最も好ましくは４ｍＭの濃度で用いられる。
有用なキャップアナログとしては、限定はされないが、Ｎ７−ＭｅＧｐｐｐＧ（＝ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ）、ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ａ、ＡＲＣＡ（抗リバースキャップアナログ、修飾ＡＲＣＡ（例えばホスホチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｔｈｉｏａｔｅ）修飾ＡＲＣＡ）、イノシン、Ｎ１−メチルグアノシン、２’−フルオログアノシン、７−デアザグアノシン、８−オキソグアノシン、２−アミノグアノシン、ＬＮＡ−グアノシン、及び２−アジドグアノシンが挙げられる。５’−ＣＡＰ（キャップアナログ）を使用する場合、好ましくはＧＴＰの濃度が他の使用するヌクレオチドと比較して低くされる。更にキャップアナログは、少なくともＡＴＰ、ＣＴＰ及びＵＴＰの濃度と同じ濃度で使用される。
キャップアナログ：ＧＴＰ比は、キャッピングされる産物の割合と転写反応効率との均衡をとって１０：１〜１：１まで様々であってよく、好ましくは４：１〜５：１のキャップアナログ：ＧＴＰ比が用いられる。これに関連して、ＡＴＰ、ＵＴＰ及びＣＴＰを４ｍＭの濃度で使用する場合、５．８ｍＭキャップアナログ及び１．４５ｍＭ ＧＴＰを使用することが特に好ましい。
任意選択で転写反応にＭｇＣｌ２が加えられてもよい。１〜１００ｍＭの濃度が好ましい。５〜３０ｍＭの濃度が特に好ましく、及び最も好ましくは１２〜２４ｍＭ ＭｇＣｌ２が用いられる。
任意選択で転写反応にスペルミジン、好ましくは１〜１０ｍＭ、最も好ましくは２ｍＭのスペルミジンが加えられてもよい。
任意選択で転写反応にジチオスレイトール（ＤＴＴ）が、好ましくは１〜１００ｍＭ、より好ましくは１０〜１００ｍＭ、最も好ましくは４０ｍＭの濃度で加えられてもよい。
任意選択で転写反応にＲＮアーゼ阻害剤が、好ましくは０．１〜１Ｕ／μｌ、最も好ましくは０．２Ｕ／μｌで加えられてもよい。
任意選択で転写反応に大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ピロホスファターゼが、好ましくは１〜１０Ｕ／μｇ鋳型ＤＮＡの濃度、及び最も好ましくは５Ｕ／μｇ鋳型ＤＮＡの濃度で加えられてもよい。これにより、転写に不可欠なマグネシウムが溶液中に留まり、ピロリン酸マグネシウムとして沈殿しないことが確実となる。
以下のウイルスＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼが使用されてもよい：Ｔ３、Ｔ７及びＳｐ６ポリメラーゼ。１〜１０００単位／μｇ ＤＮＡを用いることができる。好ましくは１００Ｕ／μｇ ＤＮＡの濃度。
任意選択でＢＳＡが、好ましくは１〜１０００μｇ／ｍｌの濃度、最も好ましくは１００μｇ／ｍｌの濃度で使用されてもよい。最も好ましくは、転写反応にＢＳＡは存在しない。
最も好ましくは、ＲＮＡインビトロ転写反応物は以下の成分を含む：
鋳型ＤＮＡ混合物
４ｍＭ ＡＴＰ、ＣＴＰ及びＵＴＰ
１．４５ｍＭ ＧＴＰ
５．８ｍＭ ＣＡＰアナログ
８０ｍＭ ＨＥＰＥＳ又はトリスＨＣｌ
２４ｍＭ ＭｇＣｌ２
２ｍＭ スペルミジン
４０ｍＭ ＤＴＴ
５ｕ ピロホスファターゼ
４ｕ ＲＮアーゼ阻害剤
１００ｕ Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ
ＲＮＡインビトロ転写反応物は好ましくは３７℃で、より好ましくは少なくとも４時間インキュベートされる。
更に、好ましくはＲＮＡ分子組成物中のｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々の量は、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物中の対応するＤＮＡ分子種の量に比例する又は少なくとも９０％比例する。
別の好ましい実施形態において、本発明の方法のステップｂ）は、ｐ）ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を任意選択でＨＰＬＣによって精製するステップ、及び任意選択で、ｑ）ステップｂ）で得られたＲＮＡ分子組成物を定性的及び定量的に分析するステップを更に含む。ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の混合物の精製には、ＬｉＣｌ沈殿、及び／又はＴＦＦ（ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０６２００２号明細書、参照により本明細書に援用される）及び／又はＨＰＬＣ方法（ピュアメッセンジャー（登録商標）（ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標））；国際公開第２００８／０７７５９２ Ａ１号パンフレット、参照により本明細書に援用される）を適用し得る。或いは、ポリ（Ｔ）樹脂を適用するアフィニティークロマトグラフィーが用いられてもよい。精製ＲＮＡは、任意選択で定性的及び／又は定量的に分析される。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を精製するステップｐ）は鋳型ＤＮＡの除去を含んでもよく、即ちＤＮＡ分子種がＲＮＡ分子種と分離される。一実施形態において、ＲＮＡ分子は、ポリＡキャプチャ、例えばオリゴｄＴベースのアフィニティー精製ステップを用いてクロマトグラフィーにより除去される。ＲＮＡ分子が親和性基質に結合する一方、ＤＮＡ分子が流れて除去される。しかしながら、ＤＮアーゼＩを用いたＤＮＡ分子の酵素的除去が特に好ましい。
好ましい実施形態において、本発明の方法によって得られたＲＮＡ分子は更にキャッピングされてもよい。ＣＡＰアナログを使用した同時転写キャッピングの代替例として、ＲＮＡは酵素的にキャッピングされてもよい。詳細な実施形態において、本発明の方法によって得られたＲＮＡは、それぞれの緩衝液中のＡＴＰと共に例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）由来の細菌性ポリ（Ａ）ポリメラーゼ（ポリヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ）とインキュベートすることにより、更にポリアデニル化されてもよい。
ＲＮＡ精製のステップｐ）には、アルコール沈殿、クロマトグラフィー、例えばＨＰＬＣ、又はＬｉＣｌ沈殿など、当該技術分野において公知の任意の精製方法が含まれてもよく、ＬｉＣｌ沈殿が好ましい。ＲＮＡの精製方法に関する更なる詳細は、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０６２００２号明細書、国際公開第２００８／０７７５９２ Ａ１号パンフレット（参照により本明細書に援用される）を参照することができる。
好ましい実施形態において、ＲＮＡ分子濃度／ＲＮＡ含有量／ＲＮＡ量が以下及びＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書（参照により本明細書に援用される）に記載のとおり決定される。
ＲＮＡ含有量は、好ましくは分光分析によって決定される。分光分析は、核酸が特定のパターンの紫外線を吸収するという原理に基づく。ＤＮＡ及びＲＮＡの場合、２６０ナノメートル（ｎｍ）の波長の紫外線に曝露された試料が当該の紫外線を吸収することになる。生じる効果は、光検出器を照射する光が減ることであり、これによってより高い光学濃度（ＯＤ）が生じ得る。
２６０ｎｍで測定して１の光学濃度は、４０μｇ／ｍｌの濃度の一本鎖ＲＮＡに相当する。
試験転写の収率は２６０ｎｍにおける吸光の測定値（ＯＤ２６０）で評価される。
ＲＮＡ分子種のアイデンティティ（ｉｎｄｅｎｔｉｔｙ）は、以下に詳細に説明するとおりの様々な方法によって決定することができる。
ｉ）転写物長さ及び転写物のユニークさの決定
好ましくは、本発明の方法のステップｂ）において得られたＲＮＡのアイデンティティ及び純度を検証するため、正しい転写物長さ及び転写物のユニークさが確認される。
ｍＲＮＡのバンドのユニークさ及びバンドサイズは、好ましくは、アガロースゲル電気泳動、キャピラリーゲル電気泳動、ポリアクリルアミドゲル電気泳動又はＨＰＬＣによって分析される。アガロースゲル電気泳動が特に好ましい。
アガロースゲルによる電気泳動は、ＲＮＡを分離するための方法である。ＲＮＡは、アガロースゲルにおいて、蛍光インターカレート色素の臭化エチジウム又は他の市販の色素（サイバーセーフ（ＳｙｂｒＳａｆｅ）ＤＮＡ染色、サイバーグリーン（Ｃｙｂｒ Ｇｒｅｅｎ）、オレンジＤＮＡローディング色素）を加えることにより決定し得る。
ランニングとしては、通常１×ＭＯＰＳ緩衝液が使用される（ＭＯＰＳ、０．７４％ホルムアルデヒド、超純水中）。
アガロースゲルの調製には、１×ランニング緩衝液中に０．５〜３％（ｗ／ｖ）アガロース又はより好ましくは１．２％（ｗ／ｖ）アガロースを融解する。
溶液を型に注入し、硬化させる。ゲルに電場を加えると、負電荷であるＲＮＡがアノードへと移動する。ランニング緩衝液としては、アガロースゲルの調製に使用したものと同じ緩衝液が使用される。
ローディング緩衝液（例えば臭化エチジウム（１０ｍｇ／ｌ）を含むゲルローディング緩衝液）を試料に加え、アガロースゲルにロードする。ゲル泳動後、例えば紫外線によってＲＮＡを決定することができる。ＲＮＡ長さを予想長さと比較することができ、従って標的ＲＮＡ配列をコードする正しいＤＮＡ配列がプラスミドに組み込まれたかどうかを決定することが可能になる。
或いは、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリーゲル電気泳動、又はＨＰＬＣが用いられてもよい。
ｉｉ）ＲＮアーゼ処理と続く分解産物の分析によるＲＮＡアイデンティティの決定
好ましい実施形態では、本発明の方法のステップｂ）で得られたＲＮＡの試料のＲＮアーゼＡ消化を用いる試験によってＲＮＡアイデンティティが確認される。消化されたＲＮＡは、好ましくはＲＮＡゲル電気泳動で未処理試料と比較される。
これに関連して、１μｇ ＲＮＡ転写物を１０μｇ ＲＮアーゼＡで消化することが特に好ましい。
ｉｉｉ）ＲＴ−ＰＣＲと続く産物のアガロースゲル電気泳動分析によるＲＮＡアイデンティティの決定
第１のステップにおいて、好ましくはＲＮＡが酵素リバーストランスクリプターゼを用いて相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に変換される。第２のステップにおいて、得られたｃＤＮＡを適切なプライマーを用いたＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）によって増幅すると、特定のサイズのＰＣＲ産物が提供される。このＰＣＲ産物は、アガロースゲル電気泳動によってバンドサイズの正しさに関して分析される。
好ましくは、ＲＮＡを鋳型として使用するＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡ産物のサイズが決定される。逆転写には、キットが市販されている。
その後、産生されたｃＤＮＡが標的特異的プライマーで増幅され、従来のＤＮＡアガロースゲル電気泳動で産物のバンドサイズが分析される。
ｉｖ）逆転写シーケンシングによるＲＮＡアイデンティティの決定：
ＲＮＡ転写物は逆転写シーケンシングによって特徴付けることができる。ＲＮＡ産物が一般的なリバーストランスクリプターゼ、一組のプライマー、及びｄＮＴＰとインキュベートされ、ｃＤＮＡ試料が得られる。このｃＤＮＡをＰＣＲの鋳型として供することによりｃＤＮＡが増幅される。次にこのＰＣＲ産物は、サンガーシーケンシング又は双方向シーケンシングなどの本明細書に定義するとおりのシーケンシング手順を用いた分析によって特徴付けられる。
ｖ）オリゴヌクレオチドマッピングによるＲＮＡアイデンティティの決定：
本発明の方法のステップｂ）で得られたＲＮＡは、好ましくは、プローブがＲＮＡとハイブリダイズして二重鎖を形成することを可能にするのに十分な条件下で様々なヌクレオチドプローブとインキュベートされ、ここでヌクレオチドプローブの各々は、ＲＮＡ転写物の異なる領域に相補的な配列を含む。
次に、形成された二重鎖は、二重鎖のＲＮアーゼ消化による反応産物の形成を可能にするのに十分な条件下でＲＮアーゼ（ＲＮアーゼＨ又はＲＮアーゼＴｌなど）と接触させる。
次に、例えば逆相高性能液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＨＰＬＣ）、陰イオン交換ＨＰＬＣ（ＡＥＸ）、又は質量分析法（ＭＳ）と組み合わせたＲＰ−ＨＰＬＣなどの手順を用いることにより、反応産物が分析される。最後に、反応産物の分析を用いてＲＮＡの配列を決定することにより、ＲＮＡが特徴付けられる。
ｖｉ）ＲＮＡシーケンシングによるＲＮＡアイデンティティの決定
好ましい実施形態において、ＲＮＡのアイデンティティはＲＮＡシーケンシングによって決定されてもよい。ＲＮＡ配列解析方法は当該技術分野において公知であり、本明細書において用いることができる。
ｖｉｉ）ＲＮＡ完全性の決定
本発明のステップｂ）で得られたＲＮＡの相対的完全性は、好ましくは、ＲＮＡの総量（即ち完全長ＲＮＡと分解されたＲＮＡ断片（ゲル電気泳動でスメアとして現れる））に対する完全長ＲＮＡ（即ち分解されていないＲＮＡ）の割合として決定される。
ｖｉｉｉ）ｐＨの決定
好ましくは、欧州薬局方（ｅｕｒｏｐｅａｎ ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｄｉａ）（ＰｈＥｕｒ）２．２．３に従う従来の電圧計を使用したｐＨ含有量の電位差測定を用いてＲＮＡ調製物のｐＨ値が決定される。
ｉｘ）オスモル濃度の決定
好ましい実施形態において、本発明の方法のステップｂ）で得られたＲＮＡのオスモル濃度が決定される。オスモル濃度の計測は、ＰｈＥｕｒ ２．２．３５に従う従来の浸透圧測定装置を用いて実施される。
ｘ）バイオバーデン／微生物含有量の決定
ＲＮＡ調製物の無菌性を決定するには、ユニバーサルな細菌プライマー（細菌に普遍的に存在する遺伝子を検出する）を使用したＲＴ−ＰＣＲを実施し得る。更に、プレーティングアッセイが行われてもよい。
ＰｈＥｕｒ ２．６．１２．に従うプレーティングアッセイが特に好ましい：
バイオバーデンの決定には、ＲＮＡを寒天プレート及び／又はグルコースプレートにプレーティングし、数日間（例えば、それぞれ５及び７日間）インキュベートした後、好気性菌及び嫌気性菌条件下で細菌の存在／非存在が試験される。バイオバーデンは、細菌プレート上で成長した細菌クローンをカウントすることによって評価される。
このために、種々のプレーティング用培地を使用することができる。トリプシン大豆寒天（ＴＳＡ）（大豆カゼイン消化寒天（ＣＳＡ））及びサブローグルコース（２％）寒天プレートが特に好ましい。
ｘｉ）エンドトキシン汚染の決定：
好ましくは、カブトガニ（リムルス・ポリフェムス（Ｌｉｍｕｌｕｓ ｐｏｌｙｐｈｅｍｕｓ）又はタキプレウス・トリデンタツス（Ｔａｃｈｙｐｌｅｕｓ ｔｒｉｄｅｎｔａｔｕｓ））からの変形細胞ライセートを使用することにより、細菌エンドトキシンの決定を用いてグラム陰性菌由来のエンドトキシンが検出又は定量化される。この原理は、レビン（Ｌｅｖｉｎ）によって発見された（レビン・Ｊ（Ｌｅｖｉｎ，Ｊ）著、１９７９年、「細菌エンドトキシンと変形細胞ライセートとの間の反応（Ｔｈｅ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ ａｎｄ ａｍｅｂｏｃｙｔｅ ｌｙｓａｔｅ）」、ｐ．１３１〜１４６、Ｅ・コーエン（Ｅ．Ｃｏｈｅｎ）編、「カブトガニ（カブトガニ科）の生物医学的応用（Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｈｏｒｓｅｓｈｏｅ Ｃｒａｂ（Ｌｉｍｕｌｉｄａｅ））」、臨床及び生物学研究の進歩（Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、第２９巻、アラン・Ｒ・リス社（Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．）、ニューヨーク州）。
一般に、この試験の実施技法は３つある：ゲル凝固法（ゲル形成に基づくもの）；比濁法（内因性基質の切断後の濁度の変化に基づく）；及び発色法（合成ペプチド−色原体複合体の切断後の色の変化に基づく）。
ＬＡＬ試験が好ましい。ＲＮＡの容積当たりのエンドトキシンの量が、Ｐｈ．Ｅｕｒ．２．６．１４（欧州薬局方（Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅａ Ｅｕｒｏｐａｅａ））に従う動態−濁度測定ＬＡＬ（リムルス変形細胞溶解物）試験によって決定及び評価される。
ｘｉｉ）タンパク質汚染の決定：
本発明の方法のステップｂ）で得られたＲＮＡの容積当たりの総タンパク質含有量が計算される。タンパク質の検出には、２８０ｎｍでのＵＶ吸光度測定（芳香族アミノ酸の存在に起因する）、ローリーアッセイ、ビウレットアッセイ、ブラッドフォードアッセイ、及びＢＣＡ（ビシンコニン酸（ｂｉｃｈｉｎｏｎｉｃ ａｃｉｄ））アッセイを含め、当該技術分野において幾つかの異なる方法が公知である。
タンパク質と銅及びＢＣＡとの錯体形成に基づく比色検出法であるＢＣＡ（ビシンコニン酸（ｂｉｃｈｉｎｏｎｉｃ ａｃｉｄ））アッセイ。ＲＮＡ中に含まれる総タンパク質濃度が、タンパク質標準（ＢＳＡ）と比較した５６２ｎｍにおける吸光によって計測される。ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイの原理は、ローリーの手順（ローリー・Ｏ・Ｈ（Ｌｏｗｒｙ，Ｏ．Ｈ．）ら著、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）、第１９３巻、ｐ．２６５〜２７５、１９５１年）と同様である。両方とも、アルカリ性条件下でのＣｕ２＋−タンパク質錯体の形成と、続くＣｕ２＋からＣｕ＋への還元に頼る。還元量は存在するタンパク質に比例する。システイン、シスチン、トリプトファン、チロシン、及びペプチド結合がＣｕ２＋をＣｕ＋に還元可能であることが示されている。ＢＣＡはアルカリ性環境でＣｕ＋と紫青色の錯体を形成し、ひいては最大吸光度５６２ｎｍでアルカリ性Ｃｕ２＋のタンパク質による還元をモニタする基礎がもたらされる。
タンパク質の決定に用い得る別の方法は、ブラッドフォード法である。比色タンパク質アッセイであるブラッドフォードアッセイは、色素クマシーブリリアントブルーＧ−２５０の吸光度シフトに基づくものであり、酸性条件下では赤色型であるこの色素がアッセイ下のタンパク質に結合するとその青色型に変換される。（結合）型の色素は、歴史的に５９５ｎｍと見なされる最大吸収スペクトルを有する。カチオン性の（未結合）型は緑色又は赤色である。この色素がタンパク質に結合すると、青色のアニオン型が安定する。５９５ｎｍにおける吸光度の増加は、結合した色素の量、従って試料中に存在するタンパク質の量（濃度）に比例する。
ＢＣＡアッセイが特に好ましい。ＢＣＡアッセイの実施には、幾つかの市販のキットを使用し得る。
ｘｉｉｉ）プラスミドＤＮＡ汚染の決定：
任意選択で、ＲＮＡインビトロ転写に用いられるＤＮＡプラスミドに対する特異的プライマー及びプローブを使用した本明細書に記載されるとおりのＰＣＲ又は定量的ＰＣＲにより、残留プラスミドＤＮＡが決定され得る。産生ベクターを宿主とするアンピシリン遺伝子に対する特異的プライマー及びプローブを使用した本明細書に記載されるとおりの定量的ＰＣＲによる残留プラスミドＤＮＡの検出が特に好ましい。プローブは陽性対照として使用され、従ってプラスミドＤＮＡ濃度の計算に用いられる。
ｘｉｖ）細菌ＤＮＡ汚染の決定：
任意選択で、例えば、細菌ゲノム配列に対する特異的プライマー及びプローブを使用したＰＣＲ又は定量的ＰＣＲにより、残留細菌ＤＮＡが決定され得る。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）遺伝子用の特異的プライマー及びプローブを使用した定量的ＰＣＲによって検出される残留細菌ＤＮＡの検出が特に好ましい。プローブは好ましくは陽性対照として使用され、従って細菌ＤＮＡ濃度の計算に用いられる。
ｘｖ）残留溶媒汚染の決定
好ましくは、標準的な付加方法を用いたヘッドスペースガスクロマトグラフィーによるＰｈＥｕｒ ２．２．２８方法に基づき残留溶媒が分析される。試料が８０℃に加熱され、平衡化され、及び気相が注入され、ＦＩＤ（水素炎イオン化検出）を用いて分析される。
分析には、好ましくは、アセトニトリル、クロロホルム、酢酸トリエチルアンモニウム（ＴＥＡＡ）、イソプロパノール、及びフェノールが含まれる。
上記に概説したとおり、任意選択で特定の品質管理が実施されてもよく、それにより例えば細菌クローンの成長特徴を分析し、又はプラスミドＤＮＡ、若しくはＲＮＡインビトロ転写における他のＤＮＡ鋳型（例えば、ＰＣＲを用いて作成したもの）のパフォーマンスを特徴付けることができる。更に、任意選択で品質管理が実施されてもよく、それによりＤＮＡ鋳型混合物及び／又はインビトロ転写ＲＮＡ分子組成物の組成を定量的にも定性的にも分析することができる。加えて、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書及び国際公開第２０１４／１４４０３９号パンフレット（両方ともに参照により本明細書に援用される）に開示されるとおり、本発明との関連において鋳型作製及びＲＮＡ作製過程で好適な品質管理が用いられ得る。ＲＮＡ分子混合物の精製方法については、例えば、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０００９５９号明細書、ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０６２００２号明細書、国際公開第２００８／０７７５９２号パンフレット（これらの内容は参照により本明細書に援用される）を参照することができる。
好ましくは、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、ここでｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、ある病原体の抗原の異なる血清型又は株、異なるアレルゲン、異なる自己免疫抗原、ある病原体の異なる抗原、癌又は腫瘍抗原の異なるアイソフォーム又は変異体、１人の患者の異なる腫瘍抗原、タンパク質又はタンパク質群の異なるエピトープを標的とする抗体群の中の１つの抗体、ある代謝経路の異なるタンパク質、対象の欠陥であるタンパク質群の中の単一のタンパク質、又はある分子療法用タンパク質の異なるアイソフォームをコードする。
より好ましくは、病原体は、ウイルス、細菌、原生動物、プリオン、真菌、ウイロイド、及び寄生虫からなる群から選択される。
好ましくは、病原体は、アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）、アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、ブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）、ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）、溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）、バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）、ＢＫウイルス、ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ボレリア属種（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｓｐｐ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、マレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐｐ）、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、ＣＪＤプリオン、肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、コクシジオイデス属種（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｓｐｐ）、コロナウイルス類、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）、二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）、エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４、肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）、ＦＦＩプリオン、フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）、フラビウイルス類、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、顎口虫属種（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｐ）、ＧＳＳプリオン、グアナリトウイルス、軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパウイルス）、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）、日本脳炎ウイルス、ＪＣウイルス、フニンウイルス、キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）、クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、クーループリオン、ラッサウイルス、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、マチュポウイルス、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ）、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）、微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、ムンプスウイルス、らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）及びマイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）、肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、フォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）、アメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、ノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ノカルジア属種（Ｎｏｃａｒｄｉａ ｓｐｐ）、回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）、ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（インフルエンザ）、パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、肺吸虫属種（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｓｐｐ）、ウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）、パルボウイルスＢ１９、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、ライノウイルス、ライノウイルス類、痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）、リフトバレー熱ウイルス、ロタウイルス、風疹ウイルス、サビアウイルス、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）、ＳＡＲＳコロナウイルス類、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、シンノンブレウイルス、ハンタウイルス、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）、テニア属（Ｔａｅｎｉａ）、有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）、旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）、膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）、ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）、クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、大痘瘡又は小痘瘡、ｖＣＪＤプリオン、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ウエストナイルウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）、黄熱病ウイルス、腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、及び偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）からなる群から選択され、好ましくは病原体は、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、デングウイルス類、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、狂犬病ウイルス、ロタウイルス及び黄熱病ウイルスからなる群から選択される。
本発明の方法の別の好ましい実施形態において、ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々はｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々は、（由来生物及び対応する疾患を括弧内に示す）インフルエンザ赤血球凝集素、インフルエンザノイラミニダーゼ、インフルエンザ核タンパク質、コロナウイルス糖タンパク質、前立腺特異抗原、外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、バイオフィルム関連タンパク質Ｂａｐ、輸送タンパク質ＭｕｃＫ（アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アシネトバクター感染症））；可変表面糖タンパク質ＶＳＧ、微小管結合タンパク質ＭＡＰＰ１５、トランスシアリダーゼＴＳＡ（ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症））；ＨＩＶ ｐ２４抗原、ＨＩＶエンベロープタンパク質（Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、Ｇｐ１６０）、ポリタンパク質ＧＡＧ、陰性因子タンパク質Ｎｅｆ、トランス転写活性化因子Ｔａｔ（ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群））；ガラクトース阻害性接着タンパク質ＧＩＡＰ、２９ｋＤａ抗原Ｅｈ２９、Ｇａｌ／ＧａｌＮＡｃレクチン、タンパク質ＣＲＴ、１２５ｋＤａ免疫優性抗原、タンパク質Ｍ１７、アドヘシンＡＤＨ１１２、タンパク質ＳＴＩＲＰ（赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、アメーバ症）；主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質（ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４）（アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）、アナプラズマ症）；防御抗原ＰＡ、浮腫因子ＥＦ、致死因子（ｌｅｔｈａｌ ｆａｃｏｔｏｒ）ＬＦ、Ｓ層相同性タンパク質ＳＬＨ（炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、炭疽）；アクラノリシン（ａｃｒａｎｏｌｙｓｉｎ）、ホスホリパーゼＤ、コラーゲン結合タンパク質ＣｂｐＡ（溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、溶血性アルカノバクテリア感染症）；ヌクレオカプシドタンパク質ＮＰ、糖タンパク質前駆体ＧＰＣ、糖タンパク質ＧＰ１、糖タンパク質ＧＰ２（フニンウイルス、アルゼンチン出血熱）；キチンタンパク質層タンパク質、１４ｋＤａ表面抗原（ｓｕａｒｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）Ａ１４、主要精子タンパク質ＭＳＰ、ＭＳＰ重合オーガナイズタンパク質ＭＰＯＰ、ＭＳＰ線維タンパク質２ＭＦＰ２、ＭＳＰ重合活性化キナーゼＭＰＡＫ、ＡＢＡ−１様タンパク質ＡＬＢ、タンパク質ＡＢＡ−１、クチクリンＣＵＴ−１（回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）、回虫症）；４１ｋＤａアレルゲンＡｓｐ ｖ１３、アレルゲンＡｓｐ ｆ３、主要分生子表面タンパク質ロッドレットＡ、プロテアーゼＰｅｐ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｇｅｌ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｃｒｆ１ｐ（アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アスペルギルス症）；ファミリーＶＰ２６タンパク質、ＶＰ２９タンパク質（アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、アストロウイルス感染症）；桿小体結合タンパク質１ ＲＡＰ−１、メロゾイト表面抗原ＭＳＡ−１、ＭＳＡ−２（ａ１、ａ２、ｂ、ｃ）、１２Ｄ３、１１Ｃ５、２１Ｂ４、Ｐ２９、変異赤血球表面抗原ＶＥＳＡ１、頂端膜抗原１ ＡＭＡ−１（バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バベシア症）；溶血毒素、エンテロトキシンＣ、ＰＸＯ１−５１、グリコール酸オキシダーゼ、ＡＢＣトランスポーター、ペニシリン結合（ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ−ｂｉｎｇｄｎ）タンパク質、亜鉛トランスポーターファミリータンパク質、プソイドウリジンシンターゼＲｓｕ、プラスミド複製タンパク質ＲｅｐＸ、オリゴエンドペプチダーゼＦ、プロファージ膜タンパク質、タンパク質ＨｅｍＫ、鞭毛抗原Ｈ、２８．５ｋＤａ細胞表面抗原（セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）、セレウス菌感染症）；ラージＴ抗原ＬＴ、スモールＴ抗原、カプシドタンパク質ＶＰ１、カプシドタンパク質ＶＰ２（ＢＫウイルス、ＢＫウイルス感染症）；２９ｋＤａタンパク質、カスパーゼ−３様抗原、糖タンパク質類（ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ブラストシスチス感染症）；酵母表面アドヘシンＷＩ−１（ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、ブラストミセス症）；核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ（マチュポウイルス、ボリビア出血熱）；細胞表層タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＢ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ前駆体ＢｍｐＡ（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ（ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ボレリア感染症）；ボツリヌス神経毒素ＢｏＮＴ／Ａ１、ＢｏＮＴ／Ａ２、ＢｏＮＴ／Ａ３、ＢｏＮＴ／Ｂ、ＢｏＮＴ／Ｃ、ＢｏＮＴ／Ｄ、ＢｏＮＴ／Ｅ、ＢｏＮＴ／Ｆ、ＢｏＮＴ／Ｇ、組換えボツリヌス毒素Ｆ ＨｃドメインＦＨｃ（ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、ボツリヌス中毒（及び乳児ボツリヌス中毒））；ヌクレオカプシド、糖タンパク質前駆体（サビアウイルス、ブラジル出血熱）；銅／亜鉛スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、バクテリオフェリチンＢｆｒ、５０Ｓリボソームタンパク質ＲｐｌＬ、ＯｍｐＡ様膜貫通ドメイン含有タンパク質Ｏｍｐ３１、免疫原性３９ｋＤａタンパク質Ｍ５ Ｐ３９、亜鉛ＡＢＣトランスポーターペリプラズム亜鉛結合タンパク質（ｚｉｎｃ−ｂｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）ｚｎｕＡ、ペリプラズム免疫原性タンパク質Ｂｐ２６、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２ ＲｐｓＬ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼギャップ、２５ｋＤａ外膜免疫原性タンパク質前駆体Ｏｍｐ２５、侵入タンパク質Ｂ ｌａｌＢ、トリガー因子Ｔｉｇ、分子シャペロンＤｎａＫ、推定ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼＳｕｒＡ、リポタンパク質Ｏｍｐ１９、外膜タンパク質ＭｏｔＹ Ｏｍｐ１６、保存外膜タンパク質Ｄ１５、リンゴ酸デヒドロゲナーゼＭｄｈ、ＩＶ型分泌系（Ｔ４ＳＳ）の成分ＶｉｒＪ、未知機能のリポタンパク質ＢＡＢ１＿０１８７（ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、ブルセラ症）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質（バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種、バークホルデリア感染症）；ミコリルトランスフェラーゼＡｇ８５Ａ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６５、タンパク質ＴＢ１０．４、１９ｋＤａ抗原、タンパク質ＰｓｔＳ３、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０（マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）、ブルーリ潰瘍）；ノロウイルスメジャー及びマイナーウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１及びＶＰ２、ゲノムポリタンパク質、サポウイルス（Ｓａｐｏｖｉｕｒｕｓ）カプシドタンパク質ＶＰ１、タンパク質Ｖｐ３、ゲノムポリタンパク質（ｇｅｏｍｅ ｐｏｌｙｐｒｏｔｅｉｎ）（カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス））；主要外膜タンパク質ＰｏｒＡ、フラジェリンＦｌａＡ、表面抗原ＣｊａＡ、フィブロネクチン結合タンパク質ＣａｄＦ、アスパラギン酸／グルタミン酸結合ＡＢＣトランスポータータンパク質Ｐｅｂ１Ａ、タンパク質ＦｓｐＡ１、タンパク質ＦｓｐＡ２（カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カンピロバクター症）；解糖酵素エノラーゼ、分泌型アスパルチルプロテイナーゼＳＡＰ１−１０、グリコホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）結合細胞壁タンパク質、タンパク質Ｈｙｒ１、補体受容体３関連タンパク質ＣＲ３−ＲＰ、アドヘシンＡｌｓ３ｐ、熱ショックタンパク質９０ｋＤａ ｈｓｐ９０、細胞表面疎水性タンパク質ＣＳＨ（通常カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）及び他のカンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）種、カンジダ症）；１７ｋＤａ抗原、タンパク質Ｐ２６、三量体オートトランスポーターアドヘシンＴＡＡ、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）アドヘシンＡ ＢａｄＡ、可変発現外膜タンパク質Ｖｏｍｐｓ、タンパク質Ｐａｐ３、タンパク質ＨｂｐＡ、エンベロープ結合プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質ＯＭＰ８９、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＬａｌＢ、タンパク質ＯＭＰ４３、ジヒドロリポアミドスクシニルトランスフェラーゼＳｕｃＢ（バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）、ネコ引っ掻き病）；アマスチゴート表面タンパク質−２、アマスチゴート特異的表面タンパク質ＳＳＰ４、クルジパイン、トランスシアリダーゼＴＳ、トリポマスチゴート表面糖タンパク質ＴＳＡ−１、補体調節タンパク質ＣＲＰ−１０、タンパク質Ｇ４、タンパク質Ｇ２、パラキソネマルロッドタンパク質（ｐａｒａｘｏｎｅｍａｌ ｒｏｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＰＡＲ２、パラフラジェラーロッド成分（ｐａｒａｆｌａｇｅｌｌａｒ ｒｏｄ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）Ｐａｒ１、ムチン結合表面タンパク質ＭＰＳＰ（クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）、シャーガス病（アメリカトリパノソーマ症））；エンベロープ糖タンパク質（ｇＢ、ｇＣ、ｇＥ、ｇＨ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＬ）（水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘）；主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０ ＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌装置からのタンパク質、リボヌクレオチド還元酵素スモール鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８（トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、クラミジア感染症）；低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２ Ｏｍｐ２、多形膜タンパク質ファミリー（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１）（肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎クラミジア感染症）；コレラ毒素Ｂ ＣＴＢ、毒素共調節ピリンＡ ＴｃｐＡ、毒素共調節ピリンＴｃｐＦ、毒素共調節線毛生合成タンパク質Ｆ ＴｃｐＦ、コレラエンテロトキシンサブユニットＡ、コレラエンテロトキシンサブユニットＢ、耐熱性エンテロトキシンＳＴ、マンノース感受性赤血球凝集素ＭＳＨＡ、外膜タンパク質ＵポーリンｏｍｐＵ、ポーリングＢタンパク質（Ｐｏｒｉｎｇ Ｂ ｐｒｏｔｅｉｎ）、多形膜タンパク質−Ｄ（コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、コレラ）；プロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼ


ＰＣＣ、１４−３−３タンパク質、プロヒビチン、システインプロテアーゼ類、グルタチオントランスフェラーゼ類、ゲルゾリン、カテプシンＬプロテイナーゼＣａｔＬ、テグメントタンパク質２０．８ｋＤａ ＴＰ２０．８、テグメントタンパク質３１．８ｋＤａ ＴＰ３１．８、リゾホスファチジン酸ホスファターゼＬＰＡＰ（肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、肝吸虫症）；表層タンパク質ＳＬＰ、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ抗原ＧＤＨ、毒素Ａ、毒素Ｂ、システインプロテアーゼＣｗｐ８４、システインプロテアーゼＣｗｐ１３、システインプロテアーゼＣｗｐ１９、細胞壁タンパク質ＣｗｐＶ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＣ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＤ（クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・ディフィシル感染症）；ライノウイルス類：カプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４；コロナウイルス類：スパイクタンパク質（ｓｐｒｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｓ、エンベロープタンパク質Ｅ、膜タンパク質Ｍ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｎ（通常ライノウイルス類及びコロナウイルス類、かぜ（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性コリーザ））；プリオンタンパク質Ｐｒｐ（ＣＪＤプリオン、クロイツフェルトヤコブ病（ＣＪＤ））；エンベロープタンパク質Ｇｃ、エンベロープタンパク質Ｇｎ、ヌクレオカプシドタンパク質（クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ））；ビルレンス関連ＤＥＡＤボックスＲＮＡヘリカーゼＶＡＤ１、ガラクトキシロマンナンタンパク質ＧａｌＸＭ、グルクロノキシロマンナンＧＸＭ、マンノプロテインＭＰ（クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、クリプトコッカス症）；酸性リボソームタンパク質Ｐ２ ＣｐＰ２、ムチン抗原Ｍｕｃ１、Ｍｕｃ２、Ｍｕｃ３Ｍｕｃ４、Ｍｕｃ５、Ｍｕｃ６、Ｍｕｃ７、表面接着タンパク質ＣＰ２０、表面接着タンパク質ＣＰ２３、表面タンパク質ＣＰ１２、表面タンパク質ＣＰ２１、表面タンパク質ＣＰ４０、表面タンパク質ＣＰ６０、表面タンパク質ＣＰ１５、表面関連グリコペプチドｇｐ４０、表面関連グリコペプチドｇｐ１５、オーシスト壁タンパク質ＡＢ、プロフィリンＰＲＦ、アピラーゼ（クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、クリプトスポリジウム症）；脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、成体特異的分泌第Ｘａ因子セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１（通常ブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）；他の複数の寄生虫、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ））；カテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ（有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）、嚢虫症）；ｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部テグメントタンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、糖タンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ（ｇｌｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｈ）、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９（サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、サイトメガロウイルス感染症）；カプシドタンパク質Ｃ、プレ膜タンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）−フラビウイルス類、デング熱）；３９ｋＤａタンパク質（二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、二核アメーバ症）；ジフテリア毒素前駆体Ｔｏｘ、ジフテリア毒素ＤＴ、ピリン特異的ソルターゼＳｒｔＡ、シャフトピリンタンパク質ＳｐａＡ、先端ピリンタンパク質ＳｐａＣ、マイナーピリンタンパク質ＳｐａＢ、表面結合タンパク質ＤＩＰ１２８１（ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ジフテリア）；糖タンパク質ＧＰ、核タンパク質ＮＰ、マイナーマトリックスタンパク質ＶＰ２４、メジャーマトリックスタンパク質ＶＰ４０、転写活性化因子ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ＲＮＡポリメラーゼＬ（エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エボラ出血熱）；プリオンタンパク質（ｖＣＪＤプリオン、変異型クロイツフェルトヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ））；ＵｖｒＡＢＣ系タンパク質Ｂ、タンパク質Ｆｌｐ１、タンパク質Ｆｌｐ２、タンパク質Ｆｌｐ３、タンパク質ＴａｄＡ、ヘモグロビン受容体ＨｇｂＡ、外膜タンパク質ＴｄｈＡ、タンパク質ＣｐｓＲＡ、調節因子ＣｐｘＲ、タンパク質ＳａｐＡ、１８ｋＤａ抗原、外膜タンパク質ＮｃａＡ、タンパク質ＬｓｐＡ、タンパク質ＬｓｐＡ１、タンパク質ＬｓｐＡ２、タンパク質ＬｓｐＢ、外膜成分ＤｓｒＡ、レクチンＤｌｔＡ、リポタンパク質Ｈｌｐ、主要外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ２（軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）、軟性下疳）；アスパルチルプロテアーゼ１ Ｐｅｐ１、ホスホリパーゼＢ ＰＬＢ、α−マンノシダーゼ１ ＡＭＮ１、グルカノシルトランスフェラーゼＧＥＬ１、ウレアーゼＵＲＥ、ペルオキシソームマトリックスタンパク質Ｐｍｐ１、プロリンリッチ抗原Ｐｒａ、ヒトＴ細胞応答性タンパク質ＴｃｒＰ（コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）及びコクシジオイデス・ポサダシ（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｐｏｓａｄａｓｉｉ）、コクシジオイデス症）；アレルゲンＴｒｉ ｒ ２、熱ショックタンパク質６０ Ｈｓｐ６０、真菌アクチンＡｃｔ、抗原Ｔｒｉ ｒ２、抗原Ｔｒｉ ｒ４、抗原Ｔｒｉ ｔ１、タンパク質ＩＶ、グリセロール−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧｐｄ１、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ａ、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ｂ、ヒスチジンキナーゼＨｗＨｈｋ７Ｂ、アレルゲンＭａｌａ ｓ １、アレルゲンＭａｌａ ｓ １１、チオレドキシンＴｒｘ Ｍａｌａ ｓ １３、アレルゲンＭａｌａ ｆ、アレルゲンＭａｌａ ｓ（通常白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ．）、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ．）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、皮膚糸状菌症）；タンパク質ＥＧ９５、タンパク質ＥＧ１０、タンパク質ＥＧ１８、タンパク質ＥｇＡ３１、タンパク質ＥＭ１８、抗原ＥＰＣ１、抗原Ｂ、抗原５、タンパク質Ｐ２９、タンパク質１４−３−３、８ｋＤａタンパク質、ミオフィリン（ｍｙｏｐｈｉｌｉｎ）、熱ショックタンパク質２０ ＨＳＰ２０、糖タンパク質ＧＰ−８９、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＰＢ（エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エキノコックス症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質（エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エーリキア症）；分泌抗原ＳａｇＡ、ｓａｇＡ様タンパク質ＳａｌＡ及びＳａｌＢ、コラーゲンアドヘシンＳｃｍ、表面タンパク質Ｆｍｓ１（ＥｂｐＡ（ｆｍ）、Ｆｍｓ５（ＥｂｐＢ（ｆｍ）、Ｆｍｓ９（ＥｐｂＣ（ｆｍ）及びＦｍｓ１０、タンパク質ＥｂｐＣ（ｆｍ）、９６ｋＤａ免疫保護糖タンパク質Ｇ１（エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エンテロコッカス感染症）；ゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）、エンテロウイルス感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、６０ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、１３４ｋＤａ外膜タンパク質、３１ｋＤａ外膜タンパク質、２９．５ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質Ａｄｒ１（ＲＰ８２７）、細胞表面タンパク質Ａｄｒ２（ＲＰ８２８）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、侵入タンパク質ｉｎｖＡ、細胞分裂タンパク質ｆｔｓ、分泌タンパク質ｓｅｃ ０ファミリー、ビルレンスタンパク質ｖｉｒＢ、ｔｌｙＡ、ｔｌｙＣ、パルブリン様タンパク質Ｐｌｐ、プレタンパク質トランスロカーゼＳｅｃＡ、１２０ｋＤａ表面タンパク質抗原ＳＰＡ、１３８ｋＤ複合抗原、主要１００ｋＤタンパク質（タンパク質Ｉ）、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、発疹チフス）；エプスタイン・バー核抗原（ＥＢＮＡ−１、ＥＢＮＡ−２、ＥＢＮＡ−３Ａ、ＥＢＮＡ−３Ｂ、ＥＢＮＡ−３Ｃ、ＥＢＮＡ−リーダータンパク質（ＥＢＮＡ−ＬＰ））、潜伏性膜タンパク質（ＬＭＰ−１、ＬＭＰ−２Ａ、ＬＭＰ−２Ｂ）、早期抗原ＥＢＶ−ＥＡ、膜抗原ＥＢＶ−ＭＡ、ウイルスカプシド抗原ＥＢＶ−ＶＣＡ、アルカリ性ヌクレアーゼＥＢＶ−ＡＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質ｇｐ３５０、糖タンパク質ｇｐ１１０、糖タンパク質ｇｐ４２、糖タンパク質ｇＨｇＬ、糖タンパク質ｇＢ（エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、エプスタイン・バーウイルス伝染性単核球症）；カプシドタンパク質（ｃｐａｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＶＰ２、カプシドタンパク質ＶＰ１、主要タンパク質ＮＳ１（パルボウイルスＢ１９、伝染性紅斑（第五病））；ｐｐ６５抗原、糖タンパク質１０５、主要カプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｈ、タンパク質Ｕ５１（ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）、突発性発疹）；チオレドキシングルタチオンレダクターゼＴＧＲ、カテプシンＬ１及びＬ２、Ｋｕｎｉｔｚ型タンパク質ＫＴＭ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ、システインプロテイナーゼＦａｓ２、サポシン様タンパク質−２ ＳＡＰ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰｘ、Ｐｒｘ−１、Ｐｒｘ−２、カテプシンｌシステインプロテイナーゼＣＬ３、プロテアーゼカテプシンＬ ＣＬ１、ホスホグリセリン酸キナーゼＰＧＫ、２７ｋＤａ分泌タンパク質、６０ｋＤａタンパク質ＨＳＰ３５α、グルタチオントランスフェラーゼＧＳＴ、２８．５ｋＤａ外被抗原２８．５ｋＤａ ＴＡ、カテプシンＢ３プロテアーゼＣａｔＢ３、Ｉ型シスタチンステフィン−１、カテプシンＬ５、カテプシンＬ１ｇ及びカテプシンＢ、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＢＰ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ（肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）、肝蛭症）；プリオンタンパク質（ＦＦＩプリオン、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ））；毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダー


ゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２（フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）、フィラリア症）；ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ（ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ウェルシュ菌食中毒）；ロイコトキシンｌｋｔＡ、付着ＦａｄＡ、外膜タンパク質ＲａｄＤ、高分子量アルギニン結合タンパク質（フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム感染症）；ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ（通常ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）；他のクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、ガス壊疽（クロストリジウム筋壊死））；リパーゼＡ、リパーゼＢ、ペルオキシダーゼＤｅｃ１（ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ゲオトリクム症）；プリオンタンパク質（ＧＳＳプリオン、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー症候群（ＧＳＳ））；嚢胞壁タンパク質ＣＷＰ１、ＣＷＰ２、ＣＷＰ３、変異表面タンパク質ＶＳＰ、ＶＳＰ１、ＶＳＰ２、ＶＳＰ３、ＶＳＰ４、ＶＳＰ５、ＶＳＰ６、５６ｋＤａ抗原、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼＰＦＯＲ、アルコールデヒドロゲナーゼＥ ＡＤＨＥ、α−ジアルジン、α８−ジアルジン、α１−ジアルジン（ａｌｐｈａ１−ｇｕｉａｒｄｉｎ）、β−ジアルジン、システインプロテアーゼ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アルギニンデイミナーゼＡＤＩ、フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼ（ｂｉｓｐｈｏｓｐｈａｔ ａｌｄｏｌａｓｅ）ＦＢＡ、ジアルジア・トロフォゾイテス（Ｇｉａｒｄｉａ ｔｒｏｐｈｏｚｏｉｔｅｓ）抗原ＧＴＡ（ＧＴＡ１、ＧＴＡ２）、オルニチンカルボキシルトランスフェラーゼＯＣＴ、ストライエイトファイバーセンブリン様タンパク質（ｓｔｒｉａｔｅｄ ｆｉｂｅｒ−ａｓｓｅｂｌｉｎ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＳＡＬＰ、ウリジンホスホリル様タンパク質ＵＰＬ、α−チューブリン、β−チューブリン（ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ジアルジア症）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質（鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、鼻疽）；シクロフィリンＣｙＰ、２４ｋＤａ第三期幼虫タンパク質（ｔｈｉｒｄ−ｓｔａｇｅ ｌａｒｖａｅ ｐｒｏｔｉｅｎ）ＧＳ２４、排出−分泌産物ＥＳＰ（４０、８０、１２０及び２０８ｋＤａ）（有棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｉｎｉｇｅｒｕｍ）及び剛棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｈｉｓｐｉｄｕｍ）、顎口虫症）；ピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ（淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、淋疾）；外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、外膜タンパク質Ｃ ＯｍｐＣ、外膜タンパク質Ｋ１７ ＯｍｐＫ１７（クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、鼠径部肉芽腫（ドノバン症））；フィブロネクチン結合タンパク質Ｓｆｂ、フィブロネクチン／フィブリノゲン結合タンパク質ＦＢＰ５４、フィブロネクチン結合タンパク質ＦｂａＡ、Ｍタンパク質１型Ｅｍｍ１、Ｍタンパク質６型Ｅｍｍ６、免疫グロブリン結合タンパク質３５ Ｓｉｂ３５、表面タンパク質Ｒ２８ Ｓｐｒ２８、スーパーオキシドジスムターゼＳＯＤ、Ｃ５ａペプチダーゼＳｃｐＡ、抗原Ｉ／ＩＩ ＡｇＩ／ＩＩ、アドヘシンＡｓｐＡ、Ｇ関連α２−マクログロブリン結合タンパク質ＧＲＡＢ、表面原線維タンパク質Ｍ５（化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ａ群連鎖球菌感染症）；Ｃタンパク質β抗原、アルギニンデイミナーゼタンパク質、アドヘシンＢｉｂＡ、１０５ｋＤＡタンパク質ＢＰＳ、表面抗原ｃ、表面抗原Ｒ、表面抗原Ｘ、トリプシン耐性タンパク質Ｒ１、トリプシン耐性タンパク質Ｒ３、トリプシン耐性タンパク質Ｒ４、表面免疫原性タンパク質Ｓｉｐ、表面タンパク質Ｒｉｂ、ロイシンリッチリピートタンパク質ＬｒｒＧ、セリンリッチリピートタンパク質Ｓｒｒ−２、Ｃタンパク質α抗原Ｂｃａ、Β抗原Ｂａｇ、表面抗原Ε、α様タンパク質ＡＬＰ１、α様タンパク質ＡＬＰ５、表面抗原δ、α様タンパク質ＡＬＰ２、α様タンパク質ＡＬＰ３、α様タンパク質ＡＬＰ４、Ｃβタンパク質Ｂａｃ（ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、Ｂ群連鎖球菌感染症）；トランスフェリン結合タンパク質２ Ｔｂｐ２、ホスファターゼＰ４、外膜タンパク質Ｐ６、ペプチドグリカン結合リポタンパク質Ｐａｌ、タンパク質Ｄ、タンパク質Ｅ、接着及び透過タンパク質Ｈａｐ、外膜タンパク質２６ Ｏｍｐ２６、外膜タンパク質Ｐ５（フィンブリン）、外膜タンパク質Ｄ１５、外膜タンパク質ＯｍｐＰ２、５’−ヌクレオチダーゼＮｕｃＡ、外膜タンパク質Ｐ１、外膜タンパク質Ｐ２、外膜リポタンパク質Ｐｃｐ、リポタンパク質Ｅ、外膜タンパク質Ｐ４、フクロキナーゼＦｕｃＫ、［Ｃｕ，Ｚｎ］−スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質Ｏ１４５、α−ガラクトシルセラミド（インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、インフルエンザ菌感染症）；ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、手足口病（ＨＦＭＤ））；ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ（シンノンブレウイルス、ハンタウイルス、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ））；熱ショックタンパク質ＨｓｐＡ、熱ショックタンパク質ＨｓｐＢ、クエン酸シンターゼＧｌｔＡ、タンパク質ＵｒｅＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、好中球活性化タンパク質ＮＡＰ、カタラーゼＫａｔＡ、空胞化サイトトキシンＶａｃＡ、ウレアーゼα ＵｒｅＡ、ウレアーゼβ Ｕｒｅｂ、タンパク質Ｃｐｎ１０、タンパク質ｇｒｏＥＳ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ１０、タンパク質ＭｏｐＢ、細胞毒性関連１０ｋＤａタンパク質ＣＡＧ、３６ｋＤａ抗原、β−ラクタマーゼＨｃｐＡ、Β−ラクタマーゼＨｃｐＢ（ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ヘリコバクター・ピロリ感染症）；内在性膜タンパク質、易凝集性タンパク質、Ｏ−抗原、毒素抗原Ｓｔｘ２Ｂ、毒素抗原Ｓｔｘ１Ｂ、接着抗原断片Ｉｎｔ２８、タンパク質ＥｓｐＡ、タンパク質ＥｓｐＢ、インチミン、タンパク質Ｔｉｒ、タンパク質ＩｎｔＣ３００、タンパク質Ｅａｅ（大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４、溶血性尿毒症候群（ＨＵＳ））；ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ（ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ））；糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ、ポリメラーゼＬ、プロテインＷ、プロテインＣ、リンタンパク質ｐ、非構造タンパク質Ｖ（ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパウイルス）、ヘニパウイルス感染症）；ポリタンパク質、糖タンパク質（ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｎ）Ｇｐ２、Ａ型肝炎表面抗原ＨＢＡｇ、タンパク質２Ａ、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、タンパク質Ｐ１Ｂ、タンパク質Ｐ２Ａ、タンパク質Ｐ３ＡＢ、タンパク質Ｐ３Ｄ（Ａ型肝炎ウイルス、Ａ型肝炎）；Ｂ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２ミドル表面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、ラージＳタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４（Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｂ型肝炎）；エンベロープ糖タンパク質Ｅ１ ｇｐ３２ ｇｐ３５、エンベロープ糖タンパク質Ｅ２ ＮＳ１ ｇｐ６８ ｇｐ７０、カプシドタンパク質Ｃ、コアタンパク質Ｃｏｒｅ、ポリタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、抗原Ｇ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ５Ａ（Ｃ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎）；ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、ラージデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）、スモールデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）（Ｄ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎）；ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２


、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、カプシドタンパク質Ｅ２（Ｅ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎）；糖タンパク質Ｌ ＵＬ１、ウラシル−ＤＮＡグリコシラーゼＵＬ２、タンパク質ＵＬ３、タンパク質ＵＬ４、ＤＮＡ複製タンパク質ＵＬ５、ポータルタンパク質ＵＬ６、ビリオン成熟タンパク質ＵＬ７、ＤＮＡヘリカーゼＵＬ８、複製起点結合タンパク質ＵＬ９、糖タンパク質Ｍ ＵＬ１０、タンパク質ＵＬ１１、アルカリ性エキソヌクレアーゼＵＬ１２、セリン−スレオニンプロテインキナーゼＵＬ１３、テグメントタンパク質ＵＬ１４、ターミナーゼＵＬ１５、テグメントタンパク質ＵＬ１６、タンパク質ＵＬ１７、カプシドタンパク質ＶＰ２３ ＵＬ１８、主要カプシドタンパク質ＶＰ５ ＵＬ１９、膜タンパク質ＵＬ２０、テグメントタンパク質ＵＬ２１、糖タンパク質Ｈ（ＵＬ２２）、チミジンキナーゼＵＬ２３、タンパク質ＵＬ２４、タンパク質ＵＬ２５、カプシドタンパク質Ｐ４０（ＵＬ２６、ＶＰ２４、ＶＰ２２Ａ）、糖タンパク質Ｂ（ＵＬ２７）、ＩＣＰ１８．５タンパク質（ＵＬ２８）、主要ＤＮＡ結合タンパク質ＩＣＰ８（ＵＬ２９）、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ３０、核マトリックスタンパク質ＵＬ３１、エンベロープ糖タンパク質ＵＬ３２、タンパク質ＵＬ３３、核内膜タンパク質ＵＬ３４、カプシドタンパク質ＶＰ２６（ＵＬ３５）、ラージテグメントタンパク質ＵＬ３６、カプシド集合タンパク質ＵＬ３７、ＶＰ１９Ｃタンパク質（ＵＬ３８）、リボヌクレオチド還元酵素（大サブユニット）ＵＬ３９、リボヌクレオチド還元酵素（小サブユニット）ＵＬ４０、テグメントタンパク質／ビリオン宿主シャットオフＶＨＳタンパク質（ＵＬ４１）、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子ＵＬ４２、膜タンパク質ＵＬ４３、糖タンパク質Ｃ（ＵＬ４４）、膜タンパク質ＵＬ４５、テグメントタンパク質ＶＰ１１／１２（ＵＬ４６）、テグメントタンパク質ＶＰ１３／１４（ＵＬ４７）、ビリオン成熟タンパク質ＶＰ１６（ＵＬ４８、α−ＴＩＦ）、エンベロープタンパク質ＵＬ４９、ｄＵＴＰジホスファターゼＵＬ５０、テグメントタンパク質ＵＬ５１、ＤＮＡヘリカーゼ／プライマーゼ複合タンパク質ＵＬ５２、糖タンパク質Ｋ（ＵＬ５３）、転写調節タンパク質ＩＥ６３（ＩＣＰ２７、ＵＬ５４）、タンパク質ＵＬ５５、タンパク質ＵＬ５６、ウイルス複製タンパク質ＩＣＰ２２（ＩＥ６８、ＵＳ１）、タンパク・ソＵＳ２、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＵＳ３、糖タンパク質Ｇ（ＵＳ４）、糖タンパク質Ｊ（ＵＳ５）、糖タンパク質Ｄ（ＵＳ６）、糖タンパク質Ｉ（ＵＳ７）、糖タンパク質Ｅ（ＵＳ８）、テグメントタンパク質ＵＳ９、カプシド／テグメントタンパク質ＵＳ１０、Ｖｍｗ２１タンパク質（ＵＳ１１）、ＩＣＰ４７タンパク質（ＩＥ１２、ＵＳ１２）、主要転写活性化因子ＩＣＰ４（ＩＥ１７５、ＲＳ１）、Ｅ３ユビキチンリガーゼＩＣＰ０（ＩＥ１１０）、潜伏期関連タンパク質１ ＬＲＰ１、潜伏期関連タンパク質２ ＬＲＰ２、ニューロビルレンス因子ＲＬ１（ＩＣＰ３４．５）、潜伏期関連転写物ＬＡＴ（単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）、単純ヘルペス）；熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、細胞表面タンパク質Ｈ１Ｃ、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ型ＤｐｐＩＶ、Ｍ抗原、７０ｋＤａタンパク質、１７ｋＤａヒストン様タンパク質（ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ヒストプラスマ症）；脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−２、成体特異的分泌第Ｘａ因子、セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アスパラギン酸プロテアーゼＡＰＲ−１、アセチルコリンエステラーゼＡＣｈＥ（ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）及びアメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）、鉤虫感染症）；タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＰ１、タンパク質ＶＰ１、タンパク質ＶＰ２、タンパク質ＶＰ３（ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトボカウイルス感染症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質（エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）、ヒトエウィンギイエーリキア症）；主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４（アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ））；タンパク質ＮＳ１、スモール疎水性タンパク質ＮＳ２、ＳＨタンパク質、融合タンパク質Ｆ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ（ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒトメタニューモウイルス感染症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質（エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、ヒト単球性エーリキア症）；複製タンパク質Ｅ１、調節タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、主要カプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２（ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染）；融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼ（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ−ｎｅｕｒａｍｉｄａｓｅ）ＨＮ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ（ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症）；赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外輸送タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質（オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、インフルエンザウイルス（流感））；ゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ（日本脳炎ウイルス、日本脳炎）；ＲＴＸ毒素、ＩＶ型線毛、主要線毛サブユニットＰｉｌＡ、調節性転写因子ＰｉｌＳ及びＰｉｌＲ、タンパク質σ５４、外膜タンパク質（キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）、キンゲラ・キンゲ感染症）；プリオンタンパク質（クーループリオン、クールー）；核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ（ラッサウイルス、ラッサ熱）；ペプチドグリカン結合リポタンパク質ＰＡＬ、６０ｋＤａシャペロニンＣｐｎ６０（ｇｒｏＥＬ、ＨｓｐＢ）、ＩＶ型ピリンＰｉｌＥ、外膜タンパク質ＭＩＰ、主要外膜タンパク質ＭｏｍｐＳ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭＳＰ（レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、レジオネラ症（レジオネラ病、ポンティアック熱））；Ｐ４ヌクレアーゼ、タンパク質ＷＤ、リボヌクレオチド還元酵素Ｍ２、表面膜糖タンパク質Ｐｇ４６、システインプロテイナーゼＣＰ、グルコース調節タンパク質７８ ＧＲＰ−７８、ステージ特異的Ｓ抗原様タンパク質Ａ２、ＡＴＰアーゼＦ１、β−チューブリン、熱ショックタンパク質７０ Ｈｓｐ７０、ＫＭＰ−１１、糖タンパク質ＧＰ６３、タンパク質ＢＴ１、ヌクレオシドヒドロラーゼＮＨ、細胞表面タンパク質Ｂ１、リボソームタンパク質Ｐ１様タンパク質Ｐ１、ステロール２４−ｃ−メチルトランスフェラーゼＳＭＴ、ＬＡＣＫタンパク質、ヒストンＨ１、ＳＰＢ１タンパク質、チオール特異的抗酸化剤ＴＳＡ、タンパク質抗原ＳＴｌ１、シグナルペプチダーゼＳＰ、ヒストンＨ２Ｂ、表面抗原（ｓｕｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）ＰＳＡ−２、システインプロテイナーゼｂ Ｃｐｂ（リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、リーシュマニア症）；主要膜タンパク質Ｉ、セリンリッチ抗原４５ｋＤａ、１０ｋＤａシャペロニン（ｃａｐｅｒｏｎｉｎ）ＧｒｏＥＳ、ＨＳＰ ｋＤａ抗原、アミノオキソノナノエートシンターゼＡＯＮＳ、タンパク質リコンビナーゼＡ ＲｅｃＡ、アセチル−／プロピオニル−補酵素Ａカルボキシラーゼα、アラニンラセマーゼ、６０ｋＤａシャペロニン２、ＥＳＡＴ−６様タンパク質ＥｃｘＢ（Ｌ−ＥＳＡＴ−６）、タンパク質Ｌｓｒ２、タンパク質ＭＬ０２７６、ヘパリン結合赤血球凝集素ＨＢＨＡ、熱ショックタンパク質６５ Ｈｓｐ６５、ｍｙｃＰ１又はＭＬ００４１コードタンパク質、ｈｔｒＡ２又はＭＬ０１７６コードタンパク質、ｈｔｒＡ４又はＭＬ２６５９コードタンパク質、ｇｃｐ又はＭＬ０３７９コードタンパク質、ｃｌｐＣ又はＭＬ０２３５コードタンパク質（らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）及びマイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、らい）；外膜タンパク質ＬｉｐＬ３２、膜タンパク質ＬＩＣ１０２５８、膜タンパク質ＬＰ３０、膜タンパク質ＬＩＣ１２２３８、Ｏｍｐａ様タンパク質Ｌｓａ６６、表面タンパク質ＬｉｇＡ、表面タンパク質ＬｉｇＢ、主要外膜タンパク質ＯｍｐＬ１、外膜タンパク質ＬｉｐＬ４１、タンパク質ＬｉｇＡｎｉ、表面タンパク質ＬｃｐＡ、接着タンパク質ＬｉｐＬ５３、外膜タンパク質ＵｐＬ３２、表面タンパク質Ｌｓａ６３、フラジェリンＦｌａＢ１、膜リポタンパク質（ｍｅｍｂｒａｎ ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ）ＬｉｐＬ２１、膜タンパク質ｐＬ４０、レプトスピラ表面アドヘシンＬｓａ２７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３６、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ４７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ５４、アシルトランスフェラーゼＬｐｘＡ（レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、レプトスピラ症）；リステリオリシンＯ前駆体Ｈｌｙ（ＬＬＯ）、侵入関連タンパク質Ｉａｐ（Ｐ６０）、リステリオリシン調節タンパク質ＰｒｆＡ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭｐｌ、ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ（ＰｌｃＡ、ＰｌｃＢ）、Ｏ−アセチルトランスフェラーゼＯａｔ、ＡＢＣトランスポーター透過酵素Ｉｍ．Ｇ＿１７７１、接着タンパク質ＬＡＰ、ＬＡＰ受容体Ｈｓｐ６０、アドヘシンＬａｐＢ、溶血毒素リステリオリシンＯ ＬＬＯ、タンパク質ＡｃｔＡ、インターナリンＡ ＩｎｌＡ、タンパク質ｌｎｌＢ


（リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リステリア症）；細胞表層タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＢ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ ＢｍｐＡ（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ（通常ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）及び他のボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）種、ライム病（ライムボレリア症））；毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、タンパク質Ｃｏｘ−２（バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）及びマレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、リンパ管フィラリア症（象皮病））；糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ（リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、リンパ球性脈絡髄膜炎）；トロンボスポンジン関連匿名タンパク質ＴＲＡＰ、ＳＳＰ２スポロゾイト表面タンパク質２、頂端膜抗原１ ＡＭＡ１、ロプトリー膜抗原ＲＭＡ１、酸性塩基性リピート抗原ＡＢＲＡ、細胞通過タンパク質ＰＦ、タンパク質Ｐｖｓ２５、メロゾイト表面タンパク質１ ＭＳＰ−１、メロゾイト表面タンパク質２ ＭＳＰ−２、リング感染赤血球表面抗原ＲＥＳＡ、肝ステージ抗原３ ＬＳＡ−３、タンパク質Ｅｂａ−１７５、セリンリピート抗原５ ＳＥＲＡ−５、スポロゾイト周囲タンパク質ＣＳ、メロゾイト表面タンパク質３ ＭＳＰ３、メロゾイト表面タンパク質８ ＭＳＰ８、エノラーゼＰＦ１０、肝細胞赤血球タンパク質１７ｋＤａ ＨＥＰ１７、赤血球膜タンパク質１ ＥＭＰ１、タンパク質Ｋβメロゾイト表面タンパク質４／５ ＭＳＰ４／５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、グルタミン酸リッチタンパク質ＧＬＵＲＰ、メロゾイト表面タンパク質４ ＭＳＰ−４、タンパク質ＳＴＡＲＰ、スポロゾイト周囲タンパク質関連抗原前駆体ＣＲＡ（プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、マラリア）；核タンパク質Ｎ、膜結合性タンパク質ＶＰ２４、マイナー核タンパク質ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質ＶＰ４０、エンベロープ糖タンパク質ＧＰ（マールブルグウイルス、マールブルグ熱（ＭＨＦ））；プロテインＣ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、非構造タンパク質Ｖ、赤血球凝集素糖タンパク質Ｈ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ（麻疹ウイルス、麻疹）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質（類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、類鼻疽（ホイットモーア病））；ピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ、Ｈ因子−結合タンパク質ｆＨｂｐ、アドヘシンＮａｄＡ、タンパク質ＮｈｂＡ、リプレッサーＦａｒＲ（髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、髄膜炎菌性疾患）；６６ｋＤａタンパク質、２２ｋＤａタンパク質（通常横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）、メタゴニムス症）；極管タンパク質（グルゲア属（Ｇｌｕｇｅａ）の３４、７５、及び１７０ｋＤａ、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）の３５、５５及び１５０ｋＤａ）、キネシン関連タンパク質、ＲＮＡポリメラーゼＩＩラージストサブユニット、内在性膜タンパク質と類似ＹＩＰＡ、抗サイレンシングタンパク質１、熱ショック転写因子ＨＳＦ、プロテインキナーゼ、チミジンキナーゼ、ＮＯＰ−２様核小体タンパク質（微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、微胞子虫症）；ＣＡＳＰ８及びＦＡＤＤ様アポトーシス調節因子、グルタチオンペルオキシダーゼＧＰＸ１、ＲＮＡヘリカーゼＮＰＨ−ＩＩ ＮＰＨ２、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ触媒サブユニットＰＡＰＬ、主要エンベロープタンパク質Ｐ４３Ｋ、早期転写因子７０ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＳ、早期転写因子８２ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＬ、メタロエンドペプチダーゼＧ１型、ヌクレオシドトリホスファターゼＩ ＮＰＨ１、複製タンパク質Ａ２８様ＭＣ１３４Ｌ、ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅａｓｅ）７ｋＤａサブユニットＲＰＯ７（伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、伝染性軟属腫（ＭＣ））；マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ／Ｖ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、核タンパク質Ｎ、タンパク質Ｖ、融合糖タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼＨＮ、ＲＮＡポリメラーゼＬ（ムンプスウイルス、ムンプス）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ、結晶性表層タンパク質ＳＬＰ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）、ネズミチフス（発疹熱））；アドヘシンＰ１、アドヘシン（ａｄｈｅｓｉｏｎ）Ｐ３０、タンパク質ｐ１１６、タンパク質Ｐ４０、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ１、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ２、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ３、ＭＰＮ１５２コードタンパク質、ＭＰＮ４２６コードタンパク質、ＭＰＮ４５６コードタンパク質、ＭＰＮ−５００コードタンパク質（肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、マイコプラズマ肺炎）；ＮｏｃＡ、鉄依存性調節タンパク質、ＶａｐＡ、ＶａｐＤ、ＶａｐＦ、ＶａｐＧ、カゼイン分解プロテアーゼ、糸状体先端部関連４３ｋＤａタンパク質、タンパク質Ｐ２４、タンパク質Ｐ６１、１５ｋＤａタンパク質、５６ｋＤａタンパク質（通常ノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び他のノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）種、ノカルジア症）；毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２（回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）、オンコセルカ症（河川盲目症））；４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、糖タンパク質ｇｐ０、糖タンパク質ｇｐ７５、抗原Ｐｂ２７、抗原Ｐｂ４０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、タンパク質Ｐ１０、トリオースリン酸イソメラーゼＴＰＩ、Ｎ−アセチルグルコサミン結合レクチンパラコクシン（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｎ）、２８ｋＤａタンパク質Ｐｂ２８（パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラコクシジオイデス症（南アメリカブラストミセス症））；２８ｋＤａクルジパイン様システインプロテアーゼＰｗ２８ＣＣＰ（通常ウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）及び他の肺吸虫属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）種、肺吸虫症）；外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質Ｏｍｐ２８、タンパク質ＰＭ１５３９、タンパク質ＰＭ０３５５、タンパク質ＰＭ１４１７、修復タンパク質ＭｕｔＬ、タンパク質ＢｃｂＣ、タンパク質（ｐｒｔｅｉｎ）ＰＭ０３０５、ギ酸デヒドロゲナーゼ−Ｎ、タンパク質ＰＭ０６９８、タンパク質ＰＭ１４２２、ＤＮＡジャイレース、リポタンパク質ＰｌｐＥ、接着タンパク質Ｃｐ３９、ヘム獲得システム受容体ＨａｓＲ、３９ｋＤａ被膜タンパク質、鉄調節型ＯＭＰ ＩＲＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ８７、線毛タンパク質Ｐｔｆ、線毛サブユニットタンパク質ＰｔｆＡ、トランスフェリン結合タンパク質Ｔｂｐｌ、エステラーゼ酵素ＭｅｓＡ、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）毒素ＰＭＴ、接着タンパク質Ｃｐ３９（パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、パスツレラ症）；”糸状赤血球凝集素ＦｈａＢ、アデニル酸シクラーゼＣｙａＡ、百日咳毒素サブユニット４前駆体ＰｔｘＤ、パータクチン前駆体Ｐｒｎ、毒素サブユニット１ ＰｔｘＡ、タンパク質Ｃｐｎ６０、タンパク質ｂｒｋＡ、百日咳毒素サブユニット２前駆体ＰｔｘＢ、百日咳毒素サブユニット３前駆体ＰｔｘＣ、百日咳毒素サブユニット５前駆体ＰｔｘＥ、パータクチンＰｒｎ、タンパク質Ｆｉｍ２、タンパク質Ｆｉｍ３；”（百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、百日咳（Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）（百日咳（Ｗｈｏｏｐｉｎｇ ｃｏｕｇｈ）））；”Ｆ１カプセル抗原、ビルレンス関連Ｖ抗原、分泌型エフェクタータンパク質ＬｃｒＶ、Ｖ抗原、外膜プロテアーゼＰｌａ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、推定分泌タンパク質−チロシンホスファターゼＹｏｐＨ、ニードル複合体主要サブユニットＹｓｃＦ、プロテインキナーゼＹｏｐＯ、推定オートトランスポータータンパク質ＹａｐＦ、内膜ＡＢＣトランスポーターＹｂｔＱ（Ｉｒｐ７）、推定糖結合タンパク質ＹＰＯ０６１２、熱ショックタンパク質９０ ＨｔｐＧ、推定スルファターゼタンパク質ＹｄｅＮ、外膜リポタンパク質キャリアータンパク質ＬｏｌＡ、分泌シャペロンＹｅｒＡ、推定リポタンパク質ＹＰＯ０４２０、溶血毒素アクチベータータンパク質ＨｐｍＢ、ペスチシン／エルシニアバクチン外膜受容体Ｐｓｎ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、分泌


型エフェクタータンパク質ＹｏｐＦ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＫ、外膜タンパク質ＹｏｐＮ、外膜タンパク質ＹｏｐＭ、コアグラーゼ／フィブリノリジン前駆体Ｐｌａ；”（ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ペスト）；タンパク質ＰｈｐＡ、表面アドヘシンＰｓａＡ、ニューモリシンＰｌｙ、ＡＴＰ依存性プロテアーゼＣｌｐ、リポ酸−タンパク質リガーゼＬｐｌＡ、細胞壁表面アンカータンパク質ｐｓｒＰ、ソルターゼＳｒｔＡ、グルタミル−ｔＲＮＡシンテターゼＧｌｔＸ、コリン結合タンパク質Ａ ＣｂｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ａ ＰｓｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ｃ ＰｓｐＣ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼＧｎｄ、鉄結合タンパク質ＰｉａＡ、ムレインヒドロラーゼＬｙｔＢ、プロテオン（ｐｒｏｔｅｏｎ）ＬｙｔＣ、プロテアーゼＡ１（肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌感染症）；主要表面タンパク質Ｂ、ケキシン様プロテアーゼＫＥＸ１、タンパク質Ａ１２、５５ｋＤａ抗原Ｐ５５、主要表面糖タンパク質Ｍｓｇ（ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ））；ゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（ポリオウイルス、灰白髄炎）；タンパク質Ｎｆａ１、エキセンディン−３、分泌性リパーゼ、カテプシンＢ様プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、カテプシン、ペルオキシレドキシン、タンパク質Ｃｒｙ１Ａｃ（通常フォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ））；アグノプロテイン、ラージＴ抗原、スモールＴ抗原、主要カプシドタンパク質ＶＰ１、マイナーカプシドタンパク質Ｖｐ２（ＪＣウイルス、進行性多巣性白質脳症）；低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２ Ｏｍｐ２、多形膜タンパク質ファミリー（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１）（オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、オウム病）；外膜タンパク質Ｐ１、熱ショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、ペプチドＡＢＣトランスポーター、ＧＴＰ結合タンパク質、タンパク質ＩｃｍＢ、リボヌクレアーゼＲ、ホスファターゼ（ｐｈｏｓｐｈａｔａｓ）ＳｉｘＡ、タンパク質ＤｓｂＤ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、ＤＮＡ−結合タンパク質ＰｈｏＢ、ＡＴＰアーゼＤｏｔＢ、熱ショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、膜タンパク質Ｃｏｍ１、２８ｋＤａタンパク質、ＤＮＡ−３−メチルアデニングリコシダーゼＩ、外膜タンパク質（ｐｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＯｍｐＨ、外膜タンパク質ＡｄａＡ、グリシン切断系Ｔタンパク質（Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、Ｑ熱）；核タンパク質Ｎ、ラージ構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質（ｐｈｏｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ）Ｐ、マトリックスタンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇ（狂犬病ウイルス、狂犬病）；融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質（ｐｈｏｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ）Ｐ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２（呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、呼吸器合胞体ウイルス感染症）；ゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（ライノウイルス、ライノウイルス感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、タンパク質ＰＳ１２０、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ（リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、リケッチア感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ（痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）、リケッチア痘）；エンベロープ糖タンパク質ＧＰ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳＳ（リフトバレー熱ウイルス、リフトバレー熱（ＲＶＦ））；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ（ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ））；”非構造タンパク質６ ＮＳ６、非構造タンパク質２ ＮＳ２、中間カプシドタンパク質ＶＰ６、内側カプシドタンパク質ＶＰ２、非構造タンパク質３ ＮＳ３、ＲＮＡ指向性ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質ＶＰ３、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質５ ＮＳ５、外側カプシド糖タンパク質ＶＰ７、非構造糖タンパク質４ ＮＳ４、外側カプシドタンパク質ＶＰ４；；”（ロタウイルス、ロタウイルス感染症）；ポリタンパク質Ｐ２００、糖タンパク質Ｅ１、糖タンパク質Ｅ２、タンパク質ＮＳ２、カプシドタンパク質Ｃ（風疹ウイルス、風疹）；シャペロニンＧｒｏＥＬ（ＭｏｐＡ）、イノシトールリン酸ホスファターゼＳｏｐＢ、熱ショックタンパク質ＨｓｌＵ、シャペロンタンパク質ＤｎａＪ、タンパク質ＴｖｉＢ、タンパク質ＩｒｏＮ、フラジェリンＦｌｉＣ、侵入タンパク質ＳｉｐＣ、糖タンパク質ｇｐ４３、外膜タンパク質ＬａｍＢ、外膜タンパク質ＰａｇＣ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、外膜タンパク質ＮｍｐＣ、外膜タンパク質ＦａｄＬ、輸送タンパク質ＳａｄＡ、トランスフェラーゼＷｇａＰ、エフェクタータンパク質ＳｉｆＡ、ＳｔｅＣ、ＳｓｅＬ、ＳｓｅＪ及びＳｓｅＦ（サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、サルモネラ症）；”タンパク質１４、非構造タンパク質ＮＳ７ｂ、非構造タンパク質ＮＳ８ａ、タンパク質９ｂ、タンパク質３ａ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳ３ｂ、非構造タンパク質ＮＳ６、タンパク質７ａ、非構造タンパク質ＮＳ８ｂ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープスモール膜タンパク質ＥｓＭ、レプリカーゼポリタンパク質１ａ、スパイク糖タンパク質Ｓ、レプリカーゼポリタンパク質１ａｂ；”（ＳＡＲＳコロナウイルス類、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群））；セリンプロテアーゼ、異型ヒゼンダニ属（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ）抗原１ ＡＳＡ１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＧＳＴ、システインプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、アポリポタンパク質（ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）、疥癬）；グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＧＳＴ、パラミオシン、ヘモグルビナーゼ（ｈｅｍｏｇｌｂｉｎａｓｅ）ＳＭ３２、主要虫卵抗原、１４ｋＤａ脂肪酸結合タンパク質Ｓｍ１４、主要幼虫表面抗原Ｐ３７、２２．６ｋＤａ外被抗原、カルパインＣＡＮＰ、三リン酸イソメラーゼ（ｔｒｉｐｈｏｓｐａｔｅ ｉｓｏｍｅｒａｓｅ）Ｔｉｍ、表面タンパク質９Ｂ、外側カプシドタンパク質ＶＰ２、２３ｋＤａ内在性膜タンパク質Ｓｍ２３、Ｃｕ／Ｚｎ−スーパーオキシドジスムターゼ、糖タンパク質Ｇｐ、ミオシン（住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症））；６０ｋＤａシャペロニン、５６ｋＤａ型特異的抗原、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、４−ヒドロキシ安息香酸オクタプレニルトランスフェラーゼ（ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、ツツガムシ病）；デヒドロゲナーゼＧｕａＢ、侵入タンパク質Ｓｐａ３２、インベイシンＩｐａＡ、インベイシンＩｐａＢ、インベイシンＩｐａＣ、インベイシンＩｐａＤ、インベイシンＩｐａＨ、インベイシンＩｐａＪ（赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、シゲラ症（細菌性赤痢））；タンパク質Ｐ５３、ビリオンタンパク質ＵＳ１０ホモログ、転写調節因子ＩＥ６３、転写トランス活性化因子ＩＥ６２、プロテアーゼＰ３３、αトランス誘導因子７４ｋＤａタンパク質、デオキシウリジン５’−三リン酸ヌクレオチドヒドロラーゼ、転写トランス活性化因子ＩＥ４、膜タンパク質ＵＬ４３ホモログ、核リンタンパク質ＵＬ３ホモログ、核タンパク質ＵＬ４ホモログ、複製起点結合タンパク質、膜タンパク質２、リンタンパク質３２、タンパク質５７、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子、ポータルタンパク質５４、ＤＮＡプライマーゼ、テグメントタンパク質ＵＬ１４ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ２１ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ５５ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ３３ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ１５ホモログ、カプシド結合タンパク質４４、ビリオンパッケージングタンパク質４３（水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、帯状疱疹（帯状疱疹））；トランケート型３−βヒドロキシ−５−エンステロイドデヒドロゲナーゼホモログ、ビリオン膜タンパク質Ａ１３、タンパク質Ａ１９、タンパク質Ａ３１、トランケート型タンパク質Ａ３５ホモログ、タンパク質Ａ３７．５ホモログ、タンパク質Ａ４７、タンパク質Ａ４９、タンパク質Ａ５１、セマフォリン様タンパク質Ａ４３、セリンプロテアーゼ阻害因子１、セリンプロテアーゼ阻害因子２、セリンプロテアーゼ阻害因子３、タンパク質Ａ６、タンパク質Ｂ１５、タンパク質Ｃ１、タンパク質Ｃ５、タンパク質Ｃ６、タンパク質Ｆ７、タンパク質Ｆ８、タンパク質Ｆ９、タンパク質Ｆ１１、タンパク質Ｆ１４、タンパク質Ｆ１５、タンパク質Ｆ１６（大痘瘡又は小痘瘡、天然痘（痘瘡））；アドヘシン／糖タンパク質ｇｐ７０、プロテアーゼ（スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、スポロトリコーシス）；ヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ ＣｌｆＡ、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｎｂＡ、エンテロトキシンＡ型ＥｎｔＡ、エンテロトキシンＢ型ＥｎｔＢ、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型ＥｎｔＤ、エンテロトキシンＥ型ＥｎｔＥ、毒素性ショック症候群毒素−１ ＴＳＳＴ−１、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ ＰＢＰ２ａ（ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ（スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌食中毒）；ヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ ＣｌｆＡ、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｎｂＡ、エンテロトキシンＡ型ＥｎｔＡ、エンテロトキシンＢ型ＥｎｔＢ、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型ＥｎｔＤ、エンテロトキシンＥ型ＥｎｔＥ、毒素性ショック症候群毒素−１ ＴＳＳＴ−１、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ ＰＢＰ２ａ（ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ（スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、例えば黄色ブドウ球菌（ａｕｒｅｕｓ）、ブドウ球菌感染症）；抗原Ｓｓ−ＩＲ、抗原ＮＩＥ、ストロンギラスタシン、Ｎａ＋−Ｋ＋ ＡＴＰアーゼＳｓｅａｔ−６、トロポマイシン（ｔｒｏｐｏｍｙｓｉｎ）ＳｓＴｍｙ−１、タンパク質ＬＥＣ−５、４１ｋＤａ抗原（ａａｎｔｉｇｅｎ


）Ｐ５、４１ｋＤａ幼虫タンパク質、３１ｋＤａ幼虫タンパク質、２８ｋＤａ幼虫タンパク質（糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）、糞線虫症）；グリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼＧｌｐＱ（Ｇｐｄ）、外膜タンパク質ＴｍｐＢ、タンパク質Ｔｐ９２、抗原ＴｐＦ１、リピートタンパク質Ｔｐｒ、リピートタンパク質Ｆ ＴｐｒＦ、リピートタンパク質Ｇ ＴｐｒＧ、リピートタンパク質Ｉ ＴｐｒＩ、リピートタンパク質Ｊ ＴｐｒＪ、リピートタンパク質Ｋ ＴｐｒＫ、トレポネーマ膜タンパク質Ａ ＴｍｐＡ、リポタンパク質、１５ｋＤａ Ｔｐｐ１５、４７ｋＤａ膜抗原、ミニフェリチンＴｐＦ１、アドヘシンＴｐ０７５１、リポタンパク質ＴＰ０１３６、タンパク質ＴｐＮ１７、タンパク質ＴｐＮ４７、外膜タンパク質ＴＰ０１３６、外膜タンパク質ＴＰ０１５５、外膜タンパク質ＴＰ０３２６、外膜タンパク質ＴＰ０４８３、外膜タンパク質ＴＰ０９５６（梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）、梅毒）；カテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ（テニア属（Ｔａｅｎｉａ）、条虫症）；破傷風毒素ＴｅｔＸ、破傷風毒素Ｃ ＴＴＣ、１４０ｋＤａ Ｓ層タンパク質、フラビンタンパク質β−サブユニットＣＴ３、ホスホリパーゼ（レシチナーゼ）、ホスホキャリアータンパク質ＨＰｒ（破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、破傷風（牙関緊急））；ゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ（ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、ダニ媒介脳炎）；５８ｋＤａ抗原、６８ｋＤａ抗原、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）幼虫排泄−分泌抗原ＴＥＳ、３２ｋＤａ糖タンパク質、糖タンパク質ＴＥＳ−７０、糖タンパク質ＧＰ３１、排泄−分泌抗原ＴｃＥＳ−５７、腸周囲液抗原Ｐｅ、可溶性抽出物抗原Ｅｘ、排泄／分泌幼虫抗原ＥＳ、抗原ＴＥＳ−１２０、ポリタンパク質アレルゲンＴＢＡ−１、カテプシンＬ様システインプロテアーゼｃ−ｃｐｌ−１、２６ｋＤａタンパク質（イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ）））；ミクロネームタンパク質（ＭＩＣ１、ＭＩＣ２、ＭＩＣ３、ＭＩＣ４、ＭＩＣ５、ＭＩＣ６、ＭＩＣ７、ＭＩＣ８）、ロプトリータンパク質Ｒｏｐ２、ロプトリータンパク質（Ｒｏｐ１、Ｒｏｐ２、Ｒｏｐ３、Ｒｏｐ４、Ｒｏｐ５、Ｒｏｐ６、Ｒｏｐ７、Ｒｏｐ１６、Ｒｊｏｐ１７）、タンパク質ＳＲ１、表面抗原Ｐ２２、主要抗原ｐ２４、主要表面抗原ｐ３０、密顆粒タンパク質（ＧＲＡ１、ＧＲＡ２、ＧＲＡ３、ＧＲＡ４、ＧＲＡ５、ＧＲＡ６、ＧＲＡ７、ＧＲＡ８、ＧＲＡ９、ＧＲＡ１０）、２８ｋＤａ抗原、表面抗原ＳＡＧ１、ＳＡＧ２関連抗原、ヌクレオシドトリホスファターゼ１、ヌクレオシドトリホスファターゼ２、タンパク質Ｓｔｔ３、ＨｅｓＢ様ドメイン含有タンパク質、ロンボイド様プロテアーゼ５、トキソメプシン（ｔｏｘｏｍｅｐｓｉｎ）１（トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、トキソプラズマ症）；４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、５３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、パラミオシン、抗原Ｔｓ２１、抗原Ｔｓ８７、抗原ｐ４６０００、ＴＳＬ−１抗原、カベオリン−１ ＣＡＶ−１、４９ｋＤａ新生幼虫抗原、プロサポシンホモログ、セリンプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ阻害因子、４５ｋＤａ糖タンパク質Ｇｐ４５（旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）、旋毛虫症）；Ｍｙｂ様転写因子（Ｍｙｂ１、Ｍｙｂ２、Ｍｙｂ３）、接着タンパク質ＡＰ２３、接着タンパク質ＡＰ３３、アドヘシンタンパク質ＡＰ３３−３、アドヘシンＡＰ５１、アドヘシンＡＰ６５、接着タンパク質ＡＰ６５−１、α−アクチニン、キネシン関連タンパク質、テニューリン、６２ｋＤａプロテイナーゼ、サブチリシン様セリンプロテアーゼＳＵＢ１、システインプロテイナーゼ遺伝子３ ＣＰ３、α−エノラーゼＥｎｏ１、システインプロテイナーゼＣＰ３０、熱ショックタンパク質（Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ６０）、免疫原性タンパク質Ｐ２７０（膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、トリコモナス症）；β−チューブリン、４７ｋＤａタンパク質、分泌白血球様プロテイナーゼ−１ ＳＬＰ−１、５０ｋＤａタンパク質ＴＴ５０、１７ｋＤａ抗原、４３／４７ｋＤａタンパク質（鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）、鞭虫症（鞭虫感染））；タンパク質ＥＳＡＴ−６（ＥｓｘＡ）、１０ｋＤａろ過性抗原ＥｓｘＢ、分泌抗原８５−Ｂ ＦＢＰＢ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｂｐＡ（Ａｇ８５Ａ）、セリンプロテアーゼＰｅｐＡ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１８、フィブロネクチン結合タンパク質Ｄ ＦｂｐＤ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６４、分泌タンパク質ＭＰＴ５１、カタラーゼ−ペルオキシダーゼ−ペルオキシニトリターゼＴ ＫＡＴＧ、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ３（ＰＢＰ−３、Ｐｈｏｓ−１）、鉄調節ヘパリン結合赤血球凝集素Ｈｂｈａ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１４、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ６８、タンパク質Ｍｔｂ７２Ｆ、タンパク質Ａｐａ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６３、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ１（ＰＢＰ−１）、分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系透過酵素タンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンテターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、熱ショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓ（通常結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、結核）；外膜タンパク質ＦｏｂＡ、外膜タンパク質ＦｏｂＢ、細胞内増殖遺伝子座ｌｇｌＣ１、細胞内増殖遺伝子座ＩｇｌＣ２、アミノトランスフェラーゼＷｂｔｌ、シャペロニンＧｒｏＥＬ、１７ｋＤａ主要膜タンパク質ＴＵＬ４、リポタンパク質ＬｐｎＡ、キチナーゼファミリー１８タンパク質、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎｉｆ３ファミリータンパク質、ＩＶ型線毛グリコシル化タンパク質、外膜タンパク質ｔｏｌＣ、ＦＡＤ結合ファミリータンパク質、ＩＶ型ピリン多量体外膜タンパク質、二成分センサータンパク質ＫｄｐＤ、シャペロンタンパク質ＤｎａＫ、タンパク質ＴｏｌＱ（野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、野兎病）；”ＭＢ抗原、ウレアーゼ、タンパク質ＧｙｒＡ、タンパク質ＧｙｒＢ、タンパク質ＰａｒＣ、タンパク質ＰａｒＥ、脂質結合膜タンパク質ＬＡＭＰ、チミジンキナーゼＴＫ、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ１、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ２、ホスホリパーゼＰＬ−Ｃ、表面発現９６ｋＤａ抗原；”（ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症）；非構造ポリタンパク質、構造ポリタンパク質、カプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ１、プロテアーゼＰ２、プロテアーゼＰ３（ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳炎）；糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ（グアナリトウイルス、ベネズエラ出血熱）；ポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（ウエストナイルウイルス、西ナイル熱）；カプシドタンパク質（ｃｐａｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ２（西部ウマ脳炎ウイルス、西部ウマ脳炎）；ゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（黄熱病ウイルス、黄熱）；推定Ｙｏｐターゲティングタンパク質ＹｏｂＢ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、タンパク質ＹｏｐＨ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＪ、タンパク質移行タンパク質ＹｏｐＫ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｐｋＡ、鞭毛生合成タンパク質ＦｌｈＡ、ペプチダーゼＭ４８、カリウム流出系ＫｅｆＡ、転写調節因子ＲｏｖＡ、アドヘシンＩｆｐ、トランスロケータータンパク質（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｏｒ ｐｏｒｔｅｉｎ）ＬｃｒＶ、タンパク質ＰｃｒＶ、インベイシンＩｎｖ、外膜タンパク質ＯｍｐＦ様ポーリン、アドヘシンＹａｄＡ、プロテインキナーゼＣ、ホスホリパーゼＣ１、タンパク質ＰｓａＡ、マンノシルトランスフェラーゼ様タンパク質ＷｂｙＫ、タンパク質ＹｓｃＵ、抗原ＹＰＭａ（偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、偽結核菌感染症）；エフェクタータンパク質ＹｏｐＢ、６０ｋＤａシャペロニン、タンパク質ＷｂｃＰ、チロシンタンパク質ホスファターゼ（ｔｙｒｏｓｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ）ＹｏｐＨ、タンパク質ＹｏｐＱ、エンテロトキシン、ガラクトシド透過酵素、レダクターゼＮｒｄＥ、タンパク質ＹａｓＮ、インベイシンＩｎｖ、アドヘシンＹａｄＡ、外膜ポーリンＦ ＯｍｐＦ、タンパク質ＵｓｐＡ１、タンパク質ＥｉｂＡ、タンパク質Ｈｉａ、細胞表面タンパク質Ａｉｌ、シャペロンＳｙｃＤ、タンパク質ＬｃｒＤ、タンパク質ＬｃｒＧ、タンパク質ＬｃｒＶ、タンパク質ＳｙｃＥ、タンパク質ＹｏｐＥ、調節タンパク質ＴｙｅＡ、タンパク質ＹｏｐＭ、タンパク質ＹｏｐＮ、タンパク質ＹｏｐＯ、タンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｏｐＤ、プロテアーゼＣｌｐＰ、タンパク質ＭｙｆＡ、タンパク質ＦｉｌＡ、及びタンパク質ＰｓａＡ（腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、エルシニア症）からなる群から選択される異なる病原性抗原をコードする（括弧内には、１つ又は複数の抗原が由来する特定の病原体又は病原体ファミリー及びその病原体が関連する感染症を示す）。
特に好ましい実施形態において、病原性抗原は以下から選択される。
・感染症がＨＩＶ、好ましくはヒト免疫不全ウイルスによる感染である場合、ＨＩＶ ｐ２４抗原、ＨＩＶエンベロープタンパク質（Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、Ｇｐ１６０）、ポリタンパク質ＧＡＧ、陰性因子タンパク質Ｎｅｆ、トランス転写活性化因子Ｔａｔ、
・感染症がトラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）による感染である場合、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０ ＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌装置からのタンパク質、リボヌクレオチド還元酵素スモール鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８、
・感染症がサイトメガロウイルス感染、好ましくはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）による感染である場合、ｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部テグメントタンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、糖タンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９；
・感染症がデング熱、好ましくはデングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）−フラビウイルス類による感染である場合、カプシドタンパク質Ｃ、プレ膜タンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；
・感染症がＢ型肝炎（Ｈｅｐａｔｉｔｓ Ｂ）、好ましくはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）による感染である場合、Ｂ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２ミドル表面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、ラージＳタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４；
・感染症がヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染、好ましくはヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）による感染である場合、複製タンパク質Ｅ１、調節タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、メジャーカプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２；
・感染症がヒトパラインフルエンザウイルス感染、好ましくはヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）による感染である場合、融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼ（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ−ｎｅｕｒａｍｉｄａｓｅ）ＨＮ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ；
・赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外輸送タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質（オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、インフルエンザウイルス（流感））；
・感染症が狂犬病、好ましくは狂犬病ウイルスによる感染である場合、核タンパク質Ｎ、ラージ構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質Ｐ、マトリックスタンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇ；
・感染症が呼吸器合胞体ウイルス感染、好ましくは呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）による感染である場合、融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２；
・感染症が結核、好ましくは結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）による感染である場合、分泌抗原ＳｓｓＡ（スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌食中毒）；分泌抗原ＳｓｓＡ（スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、例えば黄色ブドウ球菌（ａｕｒｅｕｓ）、ブドウ球菌感染症）；分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系透過酵素タンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンテターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、熱ショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓ；
・感染症が黄熱、好ましくは黄熱病ウイルスによる感染である場合、ゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、５Ｔ４、７０７−ＡＰ、９Ｄ７、ＡＦＰ、ＡｌｂＺＩＰ ＨＰＧ１、α−５−β−１−インテグリン、α−５−β−６−インテグリン、α−アクチニン−４／ｍ、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ、ＡＲＴ−４、ＡＲＴＣ１／ｍ、Ｂ７Ｈ４、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬ−２、ｂｃｒ／ａｂｌ、β−カテニン／ｍ、ＢＩＮＧ−４、ＢＲＣＡ１／ｍ、ＢＲＣＡ２／ｍ、ＣＡ １５−３／ＣＡ ２７−２９、ＣＡ １９−９、ＣＡ７２−４、ＣＡ１２５、カルレティキュリン、ＣＡＭＥＬ、ＣＡＳＰ−８／ｍ、カテプシンＢ、カテプシンＬ、ＣＤ１、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤＥ３０、ＣＤ３３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ８０、ＣＤＣ２７／ｍ、ＣＤＫ４／ｍ、ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ、ＣＥＡ、ＣＬＣＡ２、ＣＭＬ２８、ＣＭＬ６６、ＣＯＡ−１／ｍ、コアクトシン様タンパク質、コラーゲン（ｃｏｌｌａｇｅ）ＸＸＩＩＩ、ＣＯＸ−２、ＣＴ−９／ＢＲＤ６、Ｃｔｅｎ、サイクリンＢ１、サイクリンＤ１、ｃｙｐ−Ｂ、ＣＹＰＢ１、ＤＡＭ−１０、ＤＡＭ−６、ＤＥＫ−ＣＡＮ、ＥＦＴＵＤ２／ｍ、ＥＧＦＲ、ＥＬＦ２／ｍ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＥｐＣａｍ、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｒｂＢ３、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１、ＥＺＨ２、ＦＧＦ−５、ＦＮ、Ｆｒａｕ−１、Ｇ２５０、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ７ｂ、ＧＡＧＥ−８、ＧＤＥＰ、ＧｎＴ−Ｖ、ｇｐｌ ＯＯ、ＧＰＣ３、ＧＰＮＭＢ／ｍ、ＨＡＧＥ、ＨＡＳＴ−２、ヘプシン、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１−Ｒ１ ７１、ＨＬＡ−Ａ１１／ｍ、ＨＬＡ−Ａ２／ｍ、ＨＮＥ、ホメオボックスＮＫＸ３．１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１４／ＳＣＰ−１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＨＰＶ−Ｅ６、ＨＰＶ−Ｅ７、ＨＳＰ７０−２Ｍ、ＨＳＴ−２、ｈＴＥＲＴ、ｉＣＥ、ＩＧＦ−１Ｒ、ＩＬ−１３Ｒａ２、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−５、未熟ラミニン受容体、カリクレイン−２、カリクレイン−４、Ｋｉ６７、ＫＩＡＡ０２０５、ＫＩＡＡ０２０５／ｍ、ＫＫ−ＬＣ−１、Ｋ−Ｒａｓ／ｍ、ＬＡＧＥ−Ａ１、ＬＤＬＲ−ＦＵＴ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ｂ１、ＭＡＧＥ−Ｂ２、ＭＡＧＥ−Ｂ３、ＭＡＧＥ−Ｂ４、ＭＡＧＥ−Ｂ５、ＭＡＧＥ−Ｂ６、ＭＡＧＥ−Ｂ１０、ＭＡＧＥ−Ｂ１６、ＭＡＧＥ−Ｂ１７、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｄ１、ＭＡＧＥ−Ｄ２、ＭＡＧＥ−Ｄ４、ＭＡＧＥ−Ｅｌ、ＭＡＧＥ−Ｅ２、ＭＡＧＥ−Ｆ１、ＭＡＧＥ−Ｈ１、ＭＡＧＥＬ２、マンマグロビンＡ、ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ、ＭＡＲＴ−２、ＭＡＲＴ−２／ｍ、マトリックスタンパク質２２、ＭＣ１Ｒ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＥＩ／ｍ、メソテリン、ＭＧ５０／ＰＸＤＮ、ＭＭＰ１１、ＭＮ／ＣＡ ＩＸ抗原、ＭＲＰ−３、ＭＵＣ−１、ＭＵＣ−２、ＭＵＭ−１／ｍ、ＭＵＭ−２／ｍ、ＭＵＭ−３／ｍ、ミオシンクラスｌ／ｍ、ＮＡ８８−Ａ、Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素−Ｖ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ／ｍ、ＮＦＹＣ／ｍ、ＮＧＥＰ、ＮＭＰ２２、ＮＰＭ／ＡＬＫ、Ｎ−Ｒａｓ／ｍ、ＮＳＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−Ｂ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＯＡ１、ＯＦＡ−ｉＬＲＰ、ＯＧＴ、ＯＧＴ／ｍ、ＯＳ−９、ＯＳ−９／ｍ、オステオカルシン、オステオポンチン、ｐｉ ５、ｐ１９０マイナーｂｃｒ−ａｂｌ、ｐ５３、ｐ５３／ｍ、ＰＡＧＥ−４、ＰＡＩ−１、ＰＡＩ−２、ＰＡＰ、ＰＡＲＴ−１、ＰＡＴＥ、ＰＤＥＦ、Ｐｉｍ−１−キナーゼ、Ｐｉｎ−１、Ｐｍｌ／ＰＡＲα、ＰＯＴＥ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５／ｍ、プロステイン、プロテイナーゼ−３、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＧＲ、ＰＳＭ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ ｍ、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００／ｍ、ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８、ＲＵ１、ＲＵ２、Ｓ−１００、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ−１、ＳＡＲＴ−２、ＳＡＲＴ−３、ＳＣＣ、ＳＩＲＴ２／ｍ、Ｓｐ１７、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２／ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０、ＳＳＸ−４、ＳＴＡＭＰ−１、ＳＴＥＡＰ−１、サバイビン、サバイビン−２Ｂ、ＳＹＴ−ＳＳＸ−１、ＳＹＴ−ＳＳＸ−２、ＴＡ−９０、ＴＡＧ−７２、ＴＡＲＰ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＴＧＦｂｅｔａ、ＴＧＦｂｅｔａＲＩＩ、ＴＧＭ−４、ＴＰＩ／ｍ、ＴＲＡＧ−３、ＴＲＧ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２／６ｂ、ＴＲＰ／ＩＮＴ２、ＴＲＰ−ｐ８、チロシナーゼ、ＵＰＡ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ−２／ＦＬＫ−１、及びＷＴ１からなる群から選択される癌又は腫瘍抗原の異なるアイソフォーム又は変異体もコードし得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、異なるアレルギー又はアレルギー性疾患関連アレルゲン（アレルゲン又はアレルギー抗原）もコードし得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、異なる自己免疫性自己抗原（ｓｅｌｆ−ａｎｔｉｇｅｎ）（自己抗原（ａｕｔｏａｎｔｉｇｅｎ））もコードし得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、とりわけ、癌又は腫瘍疾患、免疫障害、感染症、アルツハイマー病、喘息の治療に用いられる抗体からなる群から選択される異なる治療用抗体、及び多種多様な障害、例えば、骨粗鬆症、虫歯、特発性肺線維症、巣状分節性糸球体硬化症、疼痛、筋ジストロフィー、及び血管新生加齢黄斑変性症の治療に用いられる抗体もコードし得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、とりわけ代謝又は内分泌障害の治療に用いることのできる治療用タンパク質からなる群から選択される治療用タンパク質の異なるアイソフォーム又は変異体もコードし得る。
これら及び他のタンパク質は、機能タンパク質のその欠損した内因性産生を十分な量で補充することにより対象を治療することが意図されるため、治療用であると理解される。従って、かかる治療用タンパク質は、典型的には哺乳類タンパク質、詳細にはヒトタンパク質である。
血液障害、循環系疾患、呼吸器系疾患、癌又は腫瘍疾患、感染症又は免疫不全の治療のため、ｎ個の異なるＲＮＡ分子種によって治療用タンパク質がコードされ得る。
ｎ個の異なるＲＮＡ分子種はまた、各々、アジュバントタンパク質の異なるアイソフォーム又は変異体もコードし得る。
更に、本ＲＮＡ組成物は、体細胞の多能性又は全能性幹細胞への再プログラム化に用いられ得る。この目的上、幾つかの因子、特に、Ｏｃｔ−３／４、Ｓｏｘ遺伝子ファミリー（Ｓｏｘ１、Ｓｏｘ２、Ｓｏｘ３、及びＳｏｘ１５）、Ｋｌｆファミリー（Ｋｌｆ１、Ｋｌｆ２、Ｋｌｆ４、及びＫｌｆ５）、Ｍｙｃファミリー（ｃ−ｍｙｃ、Ｌ−ｍｙｃ、及びＮ−ｍｙｃ）、Ｎａｎｏｇ、及びＬＩＮ２８が記載されている。
好ましくは、本発明の意味において感染症は、好ましくは、ウイルス、細菌、原生動物及びプリオン感染症からなる群から選択される。かかる感染症は、典型的には、アシネトバクター感染症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ症、炭疽、虫垂炎、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、水虫、バベシア症、セレウス菌感染症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性腟症（ＢＶ）、バクテロイデス感染症、バランチジウム症、アライグマ回虫感染症、ビルハルツ住血吸虫症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛、ブラストシスチス感染症、ブラストミセス症、ボリビア出血熱、ボレリア感染症（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓｓ）（ボレリア症）、ボツリヌス中毒（及び乳児ボツリヌス中毒）、牛条虫、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（ｃａｎｄｉｄｉａｓｉｓ）（カンジダ症（ｃａｎｄｉｄｏｓｉｓ））、イヌ条虫感染症、ネコ引っ掻き病、シャーガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア感染症、トラコーマクラミジア感染症、肺炎クラミジア感染症、コレラ、黒色分芽菌症、気候性横痃、肝吸虫症、クロストリジウム・ディフィシル感染症、コクシジオイデス症、感冒、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、かぜ（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性コリーザ）、尖圭コンジローマ、結膜炎、クロイツフェルトヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコッカス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、皮膚リーシュマニア症、サイクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、皮膚糸状菌症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、ドノバン症（ｄｏｎａｖａｎｏｓｉｓ）、メジナ虫症、初夏髄膜脳炎（Ｅａｒｌｙ ｓｕｍｍｅｒ ｍｅｎｉｎｇｏｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ：ＦＳＭＥ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、蟯虫症（蟯虫感染）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、喉頭蓋炎、エプスタイン・バーウイルス伝染性単核球症、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、第五病、フィラリア症、魚中毒（シガテラ）、魚条虫、インフルエンザ、ウェルシュ菌食中毒、キツネ条虫、自由生活アメーバ感染、フソバクテリウム感染症、ガス壊疽、ゲオトリクム症、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア症、鼻疽、顎口虫症、淋疾、鼠径部肉芽腫（ドノバン症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ヘリコバクター・ピロリ感染症、溶血性尿毒症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、ヘニパウイルス感染症、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、単純ヘルペスＩ型、単純ヘルペスＩＩ型、帯状疱疹、ヒストプラスマ症、中空の疣贅（ｈｏｌｌｏｗ ｗａｒｔ）、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエウィンギイエーリキア症、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球性エーリキア症、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、膜様条虫症、インフルエンザ、イソスポーラ症、日本脳炎、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー、ラムブル鞭毛虫症（ジアルジア症）、ラッサ熱、レジオネラ症（レジオネラ病、ポンティアック熱）、リーシュマニア症、らい、レプトスピラ症、シラミ、リステリア症、ライムボレリア症、ライム病、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ熱（ＭＨＦ）、マールブルグウイルス、麻疹、類鼻疽（ホイットモーア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、メタゴニムス症、微胞子虫症、微小条虫、流産（前立腺炎）、伝染性軟属腫（ＭＣ）、単核球症、ムンプス、ネズミチフス（発疹熱）、菌腫、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、マイコプラズマ肺炎、ハエ蛆症、おむつ（ｎａｐｐｙ）／おむつ（ｄｉａｐｅｒ）皮膚炎、新生児結膜炎（新生児眼炎）、新生児敗血症（絨毛羊膜炎）、ノカルジア症、ノーマ、ノーウォークウイルス感染症、オンコセルカ症（河川盲目症）、骨髄炎、中耳炎、パラコクシジオイデス症（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パラチフス、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ（ｐｕｂｉｃ ｌｉｃｅ）、ケジラミ（ｃｒａｂ ｌｉｃｅ））、骨盤内炎症性疾患（ＰＩＤ）、百日咳（Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）（百日咳（Ｗｈｏｏｐｉｎｇ ｃｏｕｇｈ））、パイフェル腺熱、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ（小児跛行）、灰白髄炎、豚条虫、プレボテラ感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多巣性白質脳症、仮性クループ、オウム病、Ｑ熱、野兎熱、狂犬病、鼠咬熱、ライター症候群、呼吸器合胞体ウイルス感染症（ＲＳＶ）、リノスポリジウム症、ライノウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染症、風疹、サルモネラパラチフス、サルモネラチフス、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、猩紅熱、住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症）、ツツガムシ病、敗血症、シゲラ症（細菌性赤痢）、帯状疱疹、天然痘（痘瘡）、軟性下疳、スポロトリコーシス、ブドウ球菌食中毒、ブドウ球菌感染症、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風、三日熱、ダニ媒介脳炎、白癬性毛瘡（床屋かゆみ症）、頭部白癬（頭皮の白癬）、体部白癬（体部の白癬）、股部白癬（いんきんたむし）、手白癬（手の白癬）、黒癬、足白癬（水虫）、爪白癬（爪真菌症）、黒なまず（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラズマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染）、淋疾、トリパノソーマ症（睡眠病）、ツツガムシ病、結核、野兎病、チフス、発疹チフス、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、腟炎（Ｖａｇｉｎｉｔｉｓ）（腟炎（Ｃｏｌｐｉｔｉｓ））、変異型クロイツフェルトヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、内臓リーシュマニア症、疣贅、西ナイル熱、西部ウマ脳炎、白色砂毛（白癬（ｔｉｎｅａ ｂｌａｎｃａ））、百日咳、酵母菌斑点（ｙｅａｓｔ ｆｕｎｇｕｓ ｓｐｏｔｓ）、黄熱、偽結核菌感染症、エルシニア症、及び接合菌症からなるリストから選択される。
癌及び腫瘍関連疾患は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、小児カルチノイド腫瘍、消化管カルチノイド腫瘍、原発不明癌腫、原発性中枢神経系リンパ腫、小児小脳星細胞腫、小児大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、小児頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）（胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ））、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭蓋外、性腺外、又は卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性腫瘍、脳幹神経膠腫、小児大脳星細胞腫、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、胃カルチノイド、ヘアリー細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞癌（肝癌）、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、小児視床下部及び視覚伝導路神経膠腫、眼球内黒色腫、膵島細胞癌（膵内分泌部）、カポジ肉腫、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、口唇・口腔癌、脂肪肉腫、肝癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、骨悪性線維性組織球腫／骨肉腫、小児髄芽腫、黒色腫、眼球内（眼球）黒色腫、メルケル細胞癌、成人悪性中皮腫、小児中皮腫、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、口腔癌、小児多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉症、骨髄異形成候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病、成人急性骨髄性白血病、小児急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫（骨髄癌）、慢性骨髄増殖性疾患、鼻腔・副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫／骨悪性線維性組織球腫、卵巣癌、卵巣上皮癌（表層上皮性・間質性腫瘍）、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、膵癌、膵島細胞膵癌、副鼻腔・鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、小児松果体芽細胞腫及びテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞新形成／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、腎盂・尿管癌、網膜芽細胞腫、小児横紋筋肉腫、唾液腺癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、皮膚癌（非黒色腫）、皮膚癌（黒色腫）、メルケル細胞皮膚癌、小腸癌、扁平上皮癌、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、小児テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、咽喉癌、小児胸腺腫、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、小児甲状腺癌、腎盂尿管移行上皮癌、妊娠性絨毛性腫瘍、尿道癌、子宮内膜子宮癌、子宮肉腫、腟癌、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、及び小児ウィルムス腫瘍（腎癌）からなる群から選択される。
アジソン病（自己免疫性副腎炎、アジソン病（Ｍｏｒｂｕｓ Ａｄｄｉｓｏｎ））、円形脱毛症、アジソン貧血（ビールメル病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｂｉｅｒｍｅｒ））、自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）、寒冷型の自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）（寒冷血球凝集素病（ｃｏｌｄ ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ）、寒冷自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）（寒冷凝集素症）（ＣＨＡＤ））、温暖型の自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）（温暖ＡＩＨＡ、温暖自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ））、自己免疫性ドナート・ランドシュタイナー溶血性貧血（発作性寒冷ヘモグロビン尿症）、抗リン脂質症候群（ＡＰＳ）、アテローム性動脈硬化症、自己免疫性関節炎、側頭動脈炎、高安動脈炎（高安病、大動脈弓疾患）、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、自己免疫性慢性胃炎、自己免疫性不妊症、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、バセドウ病（バセドウ病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｂａｓｅｄｏｗ））、ベヒテレフ病（ベヒテレフ病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｂｅｃｈｔｅｒｅｗ）、強直性脊椎炎（ａｎｋｙｌｏｓｉｎｇ ｓｐｏｎｄｙｌｉｔｉｓ）、強直性脊椎炎（ｓｐｏｎｄｙｌｉｔｉｓ ａｎｋｙｌｏｓａｎｓ））、ベーチェット症候群（ベーチェット病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｂｅｈｃｅｔ））、自己免疫性炎症性腸疾患を含む腸疾患（潰瘍性大腸炎（クローン病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｃｒｏｈｎ）、クローン病を含む）、心筋症、特に自己免疫性心筋症、特発性拡張型心筋症（ＤＣＭ）、セリアックスプルー皮膚炎（グルテン性腸疾患（ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｉａ））、慢性疲労免疫不全症候群（ＣＦＩＤＳ）、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー（ＣＩＤＰ）、慢性多発性関節炎、チャーグ・シュトラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、クレスト症候群（皮膚石灰沈着症、レイノー現象、食道の運動性障害、強皮指（ｓｋｌｅｒｏｄａｋｔｙｌｉａ）及び毛細血管拡張症を伴う症候群）、クローン病（クローン病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｃｒｏｈｎ）、潰瘍性大腸炎）、デューリング疱疹状皮膚炎（ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ ｄｕｒｉｎｇ）、皮膚自己免疫疾患、皮膚筋炎、糖尿病、１型真性糖尿病（Ｉ型糖尿病、インスリン依存性真性糖尿病）、２型真性糖尿病（ＩＩ型糖尿病）、本態性混合型クリオグロブリン血症、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症、線維筋炎、グッドパスチャー症候群（抗ＧＢＭ性糸球体腎炎）、移植片対宿主病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＭ、多発性神経根炎（ｐｏｌｙｒａｄｉｋｕｌｏｎｅｕｒｉｔｉｓ））、血液学的自己免疫疾患、橋本甲状腺炎、血友病、後天性血友病、肝炎、自己免疫性肝炎、特に自己免疫型の慢性肝炎、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、特発性血小板減少性紫斑病、免疫血小板減少性紫斑病（ウェルホフ病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｗｅｒｌｈｏｆ）；ＩＴＰ）、ＩｇＡ腎症、不妊症、自己免疫性不妊症、若年性関節リウマチ（スチール病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｓｔｉｌｌ）、スチール症候群）、ランバート・イートン症候群、扁平苔癬、硬化性苔癬、紅斑性狼瘡、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、紅斑性狼瘡（円板状型）、ライム関節炎（ライム病、ボレリア関節炎）、メニエール病（メニエール病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｍｅｎｉｅｒｅ））；混合結合組織病（ＭＣＴＤ）、多発性硬化症（ＭＳ、播種性脳脊髄炎（ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅ）、シャルコー病）、重症筋無力症（筋無力症、ＭＧ）、筋炎（ｍｙｏｓｉｔｓ）、多発筋炎、神経自己免疫疾患、神経皮膚炎、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、類天疱瘡を形成する瘢痕；結節性多発動脈炎（結節性動脈周囲炎（ｐｅｒｉａｒｔｅｉｉｔｉｓ ｎｏｄｏｓａ））、多発性軟骨炎（多発性軟骨炎）、多発内分泌腺（自己免疫性）症候群（ＰＧＡ症候群、シュミット症候群）、リウマチ性多発筋痛症、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆汁性肝硬変ＰＢＣ、原発性自己免疫性胆管炎）、進行性全身性硬化症（ＰＳＳ）、乾癬、尋常性乾癬、レイノー現象、ライター症候群（ライター病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｒｅｉｔｅｒ）、尿道・結膜・滑膜症候群））、関節リウマチ（ＲＡ、慢性多発性関節炎、リウマチ性関節疾患、リウマチ熱）、サルコイドーシス（ベック病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｂｏｅｃｋ）、ベニエー・ベック・シャウマン病）、スティフマン症候群、強皮症（ｓｃｌｅｒｏｄｅｒｍｉａ）、強皮症、シェーグレン症候群、交感性眼炎；一過性グルテン不耐性、移植臓器拒絶反応、ブドウ膜炎、自己免疫性ブドウ膜炎、脈管炎、白斑（白なまず、白黒まだらの皮膚（ｐｉｅｂｏｌｄ ｓｋｉｎ））、及びウェゲナー病（ウェゲナー病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｗｅｇｎｅｒ）、ウェゲナー肉芽腫症）から選択される自己免疫疾患、又は前記自己免疫自己抗原の断片、変異体若しくは誘導体。
好ましくは、本明細書において言及するとおりの疾患は、好ましくは、感染症、新生物（例えば癌又は腫瘍疾患）、血液及び造血臓器疾患、内分泌、栄養及び代謝疾患、神経系疾患、循環系疾患、呼吸器系疾患、消化器系疾患、皮膚及び皮下組織疾患、筋骨格系及び結合組織疾患、及び泌尿生殖器系疾患から選択される。
これに関連して、１ｐ３６欠失症候群；１８ｐ欠失症候群；２１−ヒドロキシラーゼ欠損症；４５，Ｘ（ターナー症候群）；４７，ＸＸ，＋２１（ダウン症候群）；４７，ＸＸＸ（トリプルＸ症候群）；４７，ＸＸＹ（クラインフェルター症候群）；４７，ＸＹ，＋２１（ダウン症候群）；４７，ＸＹＹ症候群；５−ＡＬＡ脱水酵素欠損性ポルフィリン症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；５−アミノレブリン酸脱水酵素欠損症性ポルフィリン症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；５ｐ欠失症候群（ネコ鳴き病）５ｐ−症候群（ネコ鳴き病）；Ａ−Ｔ（毛細血管拡張性運動失調症）；ＡＡＴ（α１−アンチトリプシン欠乏症）；輸精管欠損（先天性両側精管欠損症）；管欠損（ａｂｓｅｎｔ ｖａｓａ）（先天性両側精管欠損症）；無セルロプラスミン血症；ＡＣＧ２（軟骨無発生症ＩＩ型）；ＡＣＨ（軟骨無形成症）；軟骨無発生症ＩＩ型；軟骨無形成症；酸性β−グルコシダーゼ欠損症（ゴーシェ病１型）；尖頭合指症（アペール）（アペール症候群）；尖頭合指症、Ｖ型（パイフェル症候群）；尖頭症（アペール症候群）；急性脳性ゴーシェ病（ゴーシェ病２型）；急性間欠性ポルフィリン症；ＡＣＹ２欠損症（カナバン病）；ＡＤ（アルツハイマー病）；アデレード型頭蓋骨癒合症（ミュエンク症候群（Ｍｕｅｎｋｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ））；腺腫性結腸ポリポーシス（家族性腺腫性ポリポーシス）；結腸の腺腫性ポリポーシス（家族性腺腫性ポリポーシス）；ＡＤＰ（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；アデニロコハク酸リアーゼ欠損症；副腎障害（２１−ヒドロキシラーゼ欠損症）；副腎性器症候群（２１−ヒドロキシラーゼ欠損症）；副腎白質ジストロフィー；ＡＩＰ（急性間欠性ポルフィリン症）；ＡＩＳ（アンドロゲン不感性症候群）；ＡＫＵ（アルカプトン尿症）；ＡＬＡ脱水酵素ポルフィリン症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；ＡＬＡ−Ｄポルフィリン症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；ＡＬＡ脱水酵素欠損症；アルカプトン尿症（ａｌｃａｐｔｏｎｕｒｉａ）（アルカプトン尿症（ａｌｋａｐｔｏｎｕｒｉａ））；アレキサンダー病；アルカプトン尿症；アルカプトン尿症性オクロノーシス（アルカプトン尿症）；α１−アンチトリプシン欠乏症；α−１プロテイナーゼ阻害剤（α１−アンチトリプシン欠乏症）；α−１関連気腫（α１−アンチトリプシン欠乏症）；α−ガラクトシダーゼＡ欠乏症（ファブリー病）；ＡＬＳ（筋萎縮性側索硬化症）；アルストレーム症候群；ＡＬＸ（アレキサンダー病）；アルツハイマー病；エナメル質形成不全；アミノレブリン酸脱水酵素欠損症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；アミノアシラーゼ２欠損症（カナバン病）；筋萎縮性側索硬化症；アンダーソン・ファブリー病（ファブリー病）；アンドロゲン不感性症候群；貧血；貧血、遺伝性鉄芽球性（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；貧血、性染色体性低色素性鉄芽球性（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；貧血、脾性、家族性（ゴーシェ病）；アンジェルマン症候群；びまん性体幹被角血管腫（ファブリー病）；びまん性被角血管腫（ファブリー病）；網膜血管腫症（フォン・ヒッペル・リンドウ病）；ＡＮＨ１（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；ＡＰＣ不応症、ライデン型（第Ｖ因子ライデン血栓形成傾向）；アペール症候群；ＡＲ欠乏症（アンドロゲン不感性症候群）；ＡＲ−ＣＭＴ２ ｅｅ（シャルコー・マリー・ツース病、２型）；クモ指症（マルファン症候群）；ＡＲＮＳＨＬ（常染色体劣性遺伝性非症候性難聴）；関節眼症、遺伝性進行性（スティックラー症候群ＣＯＬ２Ａ１）；先天性多発性関節弛緩症（エーラース・ダンロス症候群関節弛緩型）；ＡＳ（アンジェルマン症候群）；Ａｓｐ欠損症（カナバン病）；Ａｓｐａ欠損症（カナバン病）；アスパルトアシラーゼ欠損症（カナバン病）；毛細血管拡張性運動失調症；閉症−認知症−運動失調−目的のない手の動き症候群（レット症候群）；常染色体優性若年性ＡＬＳ（筋萎縮性側索硬化症、４型）；常染色体優性オピッツＧ／ＢＢＢ症候群（２２ｑ１１．２欠失症候群）；常染色体劣性遺伝型若年性ＡＬＳ ３型（筋萎縮性側索硬化症２型）；常染色体劣性遺伝性非症候性聴力損失（常染色体劣性遺伝性非症候性難聴）；常染色体劣性遺伝性感音難聴及び甲状腺腫（ペンドレッド症候群）；ＡｘＤ（アレキサンダー病）；アイエルザ症候群（原発性肺高血圧症）；ヘキソサミニダーゼＧＭ２ガングリオシドーシスのＢバリアント（サンドホフ病）；ＢＡＮＦ（神経線維腫症２）；ベーレ・スティーブンソン脳回状頭皮症候群；良性発作性腹膜炎（地中海熱、家族性）；ベンジャミン症候群；βサラセミア；ＢＨ４欠乏症（テトラヒドロビオプテリン欠乏症）；両側性聴神経腫瘍（神経線維腫症２型）；ビオチニダーゼ欠損症；膀胱癌；出血性障害（第Ｖ因子ライデン血栓形成傾向）；ブロッホ・ザルツバーガー症候群（色素失調症）；ブルーム症候群；骨疾患；骨髄疾患（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；ボネビ・ウルリッヒ症候群（ターナー症候群）；ブルヌヴィーユ病（結節性硬化症）；ブルヌヴィーユ母斑症（結節性硬化症）；脳疾患（プリオン病）；乳癌；バート・ホッグ・デュベ症候群；ブリットル骨疾患（骨形成不全症）；幅広母指／母趾症候群（ルビンシュタイン・テイビ症候群）；青銅色糖尿病（ヘモクロマトーシス）；青銅硬変（ヘモクロマトーシス）；球脊髄性筋萎縮症、Ｘ連鎖性（ケネディ病）；ビュルガー・グリュッツ症候群（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；カダシル（ＣＡＤＡＳＩＬ）；ＣＧＤ慢性肉芽腫性障害；屈曲肢異形成；カナバン病；癌；癌ファミリー症候群（遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌）；乳房の癌（乳癌）；膀胱の癌（膀胱癌）；カルボキシラーゼ欠損症、多発性、遅発性（ビオチニダーゼ欠損症）；心筋症（ヌーナン症候群）；ネコ鳴き症候群（ネコ鳴き病）；ＣＡＶＤ（先天性両側精管欠損症）；カイロー（Ｃａｙｌｏｒ）心臓顔面症候群（２２ｑ１１．２欠失症候群）；ＣＢＡＶＤ（先天性両側精管欠損症）；セリアック病；ＣＥＰ（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；セラミドトリヘキソシダーゼ欠損症（ファブリー病）；小脳網膜血管腫症、家族性（フォン・ヒッペル・リンドウ病）；皮質下梗塞及び白質脳症を伴う脳動脈症（ＣＡＤＡＳＩＬ）；皮質下梗塞及び白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症（Ｃｅｒｅｂｒａｌ ａｕｔｏｓｏｍａｌ ｄｏｍｉｎａｎｔ ａｔｅｒｉｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｓｕｂｃｏｒｔｉｃａｌ ｉｎｆａｒｃｔｓ ａｎｄ ｌｅｕｋｏｅｎｃｅｐｈａｌｏｐａｔｈｙ）（ＣＡＤＡＳＩＬ）；脳硬化症（結節性硬化症）；脳萎縮性高アンモニア血症（レット症候群）；セレブロシドリピドーシス症候群（ゴーシェ病）；ＣＦ（嚢胞性線維症）；ＣＨ（先天性甲状腺機能低下症）；シャルコー病（筋萎縮性側索硬化症）；シャルコー・マリー・トゥース病；軟骨発育不全（軟骨無形成症）；軟骨形成異常症候群（軟骨無形成症）；感音難聴を伴う軟骨異栄養症（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；（軟骨形成不全（軟骨無発生症、ＩＩ型）；舞踏アテトーゼ・自傷・高尿酸血症候群（レッシュ・ナイハン症候群）；古典的ガラクトース血症（ガラクトース血症）；古典的エーラース・ダンロス症候群（エーラース・ダンロス症候群＃古典型）；古典的フェニルケトン尿症（フェニルケトン尿症）；口唇口蓋裂（スティックラー症候群）；致死性小人症を伴うクローバー葉頭蓋（致死性骨異形成＃２型）；ＣＬＳ（コフィン・ローリー症候群）；ＣＭＴ（シャルコー・マリー・トゥース病）；コケイン症候群；コフィン・ローリー症候群；コラーゲン異常症、ＩＩ型及びＸＩ型；結腸癌、家族性非ポリポーシス（遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌）；結腸癌、家族性（家族性腺腫性ポリポーシス）；結腸直腸癌；完全ＨＰＲＴ欠損症（レッシュ・ナイハン症候群）；完全ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｈｙｐｏｘａｎｔｈｉｎｅ−ｇｕａｎｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙ ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ）（レッシュ・ナイハン症候群）；圧迫性ニューロパチー（遺伝性圧脆弱性ニューロパチー）；先天性副腎過形成（２１−ヒドロキシラーゼ欠損症）；先天性両側精管欠損症（先天性輸精管欠損）；先天性赤芽球性ポルフィリン症；先天性心疾患；先天性ミエリン形成不全（シャルコー・マリー・トゥース病１型／シャルコー・マリー・トゥース病４型）；先天性甲状腺機能低下症；先天性メトヘモグロビン血症（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ｍｅｔｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎｅｍｉａ）（メトヘモグロビン血症、先天性メトヘモグロビン血症（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ｍｅｔｈａｅｍｏｇｌｏｂｉｎａｅｍｉａ））；先天性骨硬化症（軟骨無形成症）；先天性鉄芽球性貧血（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；結合組織疾患；円錐動脈幹異常顔貌症候群（２２ｑ１１．２欠失症候群）；クーリー貧血（βサラセミア）；銅蓄積症（ウィルソン病）；銅輸送疾患（メンケス病）；コプロポルフィリン症、遺伝性（遺伝性コプロポルフィリン症）；コプロポルフィリノーゲンオキシダーゼ欠損症（遺伝性コプロポルフィリン症）；カウデン症候群；ＣＰＯ欠損症（遺伝性コプロポルフィリン症）；ＣＰＲＯ欠損症（遺伝性コプロポルフィリン症）；ＣＰＸ欠損症（遺伝性コプロポルフィリン症）；頭蓋顔面関節異常（クルーゾン症候群）；頭蓋顔面異骨症（クルーゾン症候群）；クレチン病（先天性甲状腺機能低下症）；クロイツフェルトヤコブ病（プリオン病）；ネコ鳴き病（クローン病、線維狭窄性）；クルーゾン症候群；黒色表皮腫を伴うクルーゾン症候群（クルーゾン皮膚骨格症候群）；クルーゾン皮膚骨格症候群；ＣＳ（コケイン症候群）（カウデン症候群）；クルシュマン・バッテン・スタイネルト症候群（筋強直性ジストロフィー）；ベーレ・スティーブンソンの脳回状頭皮症候群（ベーレ・スティーブンソン脳回状頭皮症候群）；異常・突然変異・染色体（Ｄｉｓｏｒｄｅｒ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ）；Ｄ−グリセリン酸デヒドロゲナーゼ欠損症（高シュウ酸尿症、原発性）；まだらの骨幹端症候群（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；ＤＡＴ−認知症アルツハイマー型（アルツハイマー病）；遺伝性高カルシウム尿症（デント病）；ＤＢＭＤ（筋ジストロフィー、デュシェンヌ型及びベッカー型）；甲状腺腫を伴う難聴（ペンドレッド症候群）；難聴−網膜色素変性症候群（アッシャー症候群）；欠乏性疾患、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ（フェニル−ケトン尿症）；変性神経疾患；ド・グルーシー症候群１型（ド・グルーシー症候群）；デジェリン・ソッタス症候群（シャルコー・マリー・トゥース病）；δ−アミノレブリン酸脱水酵素欠損性ポルフィリン症（ＡＬＡ脱水酵素欠損症）；認知症（ＣＡＤＡＳＩＬ）；脱髄性白質ジストロフィー（アレキサンダー病）；皮膚脆弱型エーラース・ダンロス症候群（エーラース・ダンロス症候群皮膚脆弱症型）；皮膚脆弱症（エーラース・ダンロス症候群皮膚脆弱症型）；発育障害；ｄＨＭＮ（筋萎縮性側索硬化症４型）；ＤＨＭＮ−Ｖ（遠位型脊髄性筋萎縮症、Ｖ型）；ＤＨＴＲ欠損性（アンドロゲン不感性症候群）；びまん性グロボイド硬化症（クラッベ病）；ディジョージ症候群；ジヒドロテストステロン受容体欠損症（アンドロゲン不感性症候群）；遠位型脊髄性筋萎縮症、Ｖ型；ＤＭ１（筋強直性ジストロフィー１型）；ＤＭ２（筋強直性ジストロフィー２型）；ダウン症候群；ＤＳＭＡＶ（遠位型脊髄性筋萎縮症、Ｖ型）；ＤＳＮ（シャルコー・マリー・トゥース病４型）；ＤＳＳ（シャルコー・マリー・トゥース病、４型）；デュシェンヌ型／ベッカー型筋ジストロフィー（筋ジストロフィー、デュシェンヌ型及びベッカー型）；小人症、軟骨形成不全（軟骨無形成症）；萎縮、致死性（致死性骨異形成）；小人症；小人症−網膜萎縮−難聴症候群（コケイン症候群）；脱髄性白質ジストロフィー（アレキサンダー病）；筋強直性ジストロフィー（筋強直性ジストロフィー）；異栄養症網膜色素異骨症候群（アッシャー症候群）；早期発症型家族性アルツハイマー病（ＥＯＦＡＤ）（アルツハイマー病）；ＥＤＳ（エーラース・ダンロス症候群）；エーラース・ダンロス症候群；エクマン・ロブシュタイン病（骨形成不全症）；絞扼性ニューロパチー（遺伝性圧


脆弱性ニューロパチー）；エピロイア（結節性硬化症）；ＥＰＰ（赤血球生成性プロトポルフィリン症）；赤芽球性貧血（βサラセミア）；赤芽球性肝性プロトポルフィリン症（赤血球生成性プロトポルフィリン症）；赤血球５−アミノレブリン酸合成酵素欠損症（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；赤血球生成性ポルフィリン症（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；赤血球生成性プロトポルフィリン症；赤血球生成性ウロポルフィリン症（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；眼癌（網膜芽細胞腫ＦＡ−フリードライヒ失調症）；ファブリー病；顔面傷害及び障害；第Ｖ因子ライデン血栓形成傾向；ＦＡＬＳ（筋萎縮性側索硬化症）；家族性聴神経腫（神経線維腫症ＩＩ型）；家族性腺腫性ポリポーシス；家族性アルツハイマー病（ＦＡＤ）（アルツハイマー病）；家族性筋萎縮性側索硬化症（筋萎縮性側索硬化症）；家族性自律神経失調症；家族性脂肪誘導性高トリグリセリド血症（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；家族性ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス）；家族性ＬＰＬ欠損症（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；家族性非ポリポーシス結腸癌（遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌）；家族性発作性多漿膜炎（地中海熱、家族性）；家族性ＰＣＴ（晩発性皮膚ポルフィリン症）；家族性圧力感受性ニューロパチー（遺伝性圧脆弱性ニューロパチー）；家族性原発性肺高血圧症（ＦＰＰＨ）（原発性肺高血圧症）；家族性ターナー症候群（ヌーナン症候群）；家族性血管性白質脳症（ＣＡＤＡＳＩＬ）；ＦＡＰ（家族性腺腫性ポリポーシス）；ＦＤ（家族性自律神経失調症）；女性プソイドターナー症候群（ヌーナン症候群）；フェロケラターゼ欠損症（赤血球生成性プロトポルフィリン症）；フェロポーチン疾患（ヘモクロマトーシス４型）；発熱（地中海熱、家族性）；ＦＧ症候群；ＦＧＦＲ３関連冠状縫合癒合（ミュエンク症候群）；星状細胞のフィブリノイド変性（アレキサンダー病）；膵臓の線維嚢胞性疾患（嚢胞性線維症）；ＦＭＦ（地中海熱、家族性）；フォリング病（フェニルケトン尿症）；ｆｒａ（Ｘ）症候群（脆弱Ｘ症候群）；脆弱Ｘ症候群；骨脆弱症（骨形成不全症）；ＦＲＡＸＡ症候群（脆弱Ｘ症候群）；ＦＲＤＡ（フリードライヒ失調症）；フリードライヒ失調症（Ｆｒｉｅｄｒｅｉｃｈ ａｔａｘｉａ）（フリードライヒ失調症（Ｆｒｉｅｄｒｅｉｃｈ’ｓ ａｔａｘｉａ））；フリードライヒ失調症；ＦＸＳ（脆弱Ｘ症候群）；Ｇ６ＰＤ欠損症；ガラクトキナーゼ欠損疾患（ガラクトース血症）；ガラクトース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼ欠乏性疾患（ガラクトース血症）；ガラクトース血症；ガラクトシルセラミダーゼ欠損疾患（クラッベ病）；ガラクトシルセラミドリピドーシス（クラッベ病）；ガラクトシルセレブロシダーゼ欠損症（クラッベ病）；ガラクトシルスフィンゴシンリピドーシス（クラッベ病）；ＧＡＬＣ欠損症（クラッベ病）；ＧＡＬＴ欠損症（ガラクトース血症）；ゴーシェ病；ゴーシェ様疾患（偽ゴーシェ病）；ＧＢＡ欠損症（ゴーシェ病１型）；ＧＤ（ゴーシェ病）；遺伝的脳障害；遺伝性気腫（α１−アンチトリプシン欠乏症）；遺伝性ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス）；巨細胞肝炎、新生児（新生児ヘモクロマトーシス）；ＧＬＡ欠損症（ファブリー病）；膠芽腫、網膜（網膜芽細胞腫）；神経膠腫、網膜（網膜芽細胞腫）；グロボイド細胞型白質ジストロフィー（ＧＣＬ、ＧＬＤ）（クラッベ病）；グロボイド細胞型白質脳症（クラッベ病）；グルコセレブロシダーゼ欠損症（ゴーシェ病）；グルコセレブロシドーシス（ゴーシェ病）；グルコシルセレブロシドリピドーシス（ゴーシェ病）；グルコシルセラミダーゼ欠損症（ゴーシェ病）；グルコシルセラミドβ−グルコシダーゼ欠損症（ゴーシェ病）；グルコシルセラミドリピドーシス（ゴーシェ病）；グリセリン酸尿症（高シュウ酸尿症、原発性）；グリシン脳症（非ケトン性高グリシン血症）；グリコール酸尿症（高シュウ酸尿症、原発性）；ＧＭ２ガングリオシドーシス、１型（テイ・サックス病）；甲状腺腫−難聴症候群（ペンドレッド症候群）；グレーフェ・アッシャー症候群（アッシャー症候群）；グレンブラッド・ストランドベリー症候群（弾性線維性仮性黄色腫）；ギュンターポルフィリン症（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；ギュンター病（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス）；ハルグレン症候群（アッシャー症候群）；道化師様魚鱗癬；Ｈｂ Ｓ疾患（鎌状赤血球貧血）；ＨＣＨ（軟骨低形成症）；ＨＣＰ（遺伝性コプロポルフィリン症）；頭部・脳形成異常；聴覚障害及び難聴；小児の聴覚問題；ＨＥＦ２Ａ（ヘモクロマトーシス２型）；ＨＥＦ２Ｂ（ヘモクロマトーシス２型）；ヘマトポルフィリン症（ポルフィリン症）；ヘム合成酵素欠損症（赤血球生成性プロトポルフィリン症）；ヘモクロマトーシス群（ヘモクロマトーシス）；ヘモクロマトーシス；ヘモグロビンＭ症（メトヘモグロビン血症β−グロビン型）；ヘモグロビンＳ症（鎌状赤血球貧血）；血友病；ＨＥＰ（骨髄肝性ポルフィリン症）；肝ＡＧＴ欠損症（高シュウ酸尿症、原発性）；骨髄肝性ポルフィリン症；肝レンズ核変性症候群（ウィルソン病）；遺伝性関節眼症（スティックラー症候群）；遺伝性コプロポルフィリン症；遺伝性異所性リピドーシス（ファブリー病）；遺伝性ヘモクロマトーシス（ＨＨＣ）（ヘモクロマトーシス）；遺伝性封入体ミオパチー（骨格筋再生）；遺伝性鉄負荷貧血（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；遺伝性運動感覚性ニューロパチー（シャルコー・マリー・トゥース病）；遺伝性運動神経細胞障害（脊髄筋萎縮症）；遺伝性運動神経細胞障害、Ｖ型（遠位型脊髄性筋萎縮症、Ｖ型）；遺伝性多発性外骨腫；遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌；遺伝性周期熱症候群（地中海熱、家族性）；遺伝性大腸ポリポーシス（家族性腺腫性ポリポーシス）；遺伝性肺気腫（α１−アンチトリプシン欠乏症）；遺伝性活性化プロテインＣ抵抗性（第Ｖ因子ライデン血栓形成傾向）；遺伝性感覚・自律神経性ニューロパチーＩＩＩ型（家族性自律神経失調症）；遺伝性痙性対麻痺（乳児期発症型上行性遺伝性痙性麻痺）；遺伝性脊髄性運動失調症（フリードライヒ失調症）；遺伝性脊髄硬化症（フリードライヒ失調症）；ヘリック貧血（鎌状赤血球貧血）；ヘテロ接合性ＯＳＭＥＤ（ワイセンバーチャー・ツバイミューラー症候群）；ヘテロ接合性耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成（ワイセンバーチャー・ツバイミューラー症候群）；ＨｅｘＡ欠損症（テイ・サックス病）；ヘキソサミニダーゼＡ欠損症（テイ・サックス病）；ヘキソサミニダーゼα−サブユニット欠損症（バリアントＢ）（テイ・サックス病）；ＨＦＥ関連ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス）；ＨＧＰＳ（早老症）；ヒッペル・リンダウ病（フォン・ヒッペル・リンドウ病）；ＨＬＡＨ（ヘモクロマトーシス）；ＨＭＮ Ｖ（遠位型脊髄性筋萎縮症、Ｖ型）；ＨＭＳＮ（シャルコー・マリー・トゥース病）；ＨＮＰＣＣ（遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌）；ＨＮＰＰ（遺伝性圧脆弱性ニューロパチー）；ホモシスチン尿症；ホモゲンチジン酸酸化酵素欠損症（アルカプトン尿症）；ホモゲンチジン酸尿（アルカプトン尿症）；ホモ接合性晩発性皮膚ポルフィリン症（骨髄肝性ポルフィリン症）；ＨＰ１（高シュウ酸尿症、原発性）；ＨＰ２（高シュウ酸尿症、原発性）；ＨＰＡ（高フェニルアラニン血症）；ＨＰＲＴ−ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症（レッシュ・ナイハン症候群）；ＨＳＡＮ ＩＩＩ型（家族性自律神経失調症）；ＨＳＡＮ３（家族性自律神経失調症）；ＨＳＮ−ＩＩＩ（家族性自律神経失調症）；ヒト皮膚脆弱症（エーラース・ダンロス症候群＃皮膚脆弱型）；ハンチントン病；ハッチンソン・ギルフォード早老症候群（早老症）；アンドロゲン過剰症、非古典型、２１−ヒドロキシラーゼ欠損症に起因（２１−ヒドロキシラーゼ欠損症）；高カイロミクロン血症、家族性（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；ケトアシドーシス及び白血球減少症を伴う高グリシン血症（プロピオン酸血症）；高リポタンパク血症Ｉ型（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；高シュウ酸尿症、原発性；高フェニルアラニン血症（ｈｙｐｅｒｐｈｅｎｙｌａｌａｎｉｎａｅｍｉａ）（高フェニルアラニン血症（ｈｙｐｅｒｐｈｅｎｙｌａｌａｎｉｎｅｍｉａ））；高フェニルアラニン血症；軟骨異低形成（軟骨低形成症）；軟骨低発生症；軟骨低形成症；低色素性貧血（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；低銅血症、先天性；メンケス症候群）；ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ｈｙｐｏｘａｎｔｈｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒｓｅ）（ＨＰＲＴ）欠損症（レッシュ・ナイハン症候群）；ＩＡＨＳＰ（乳児期発症型上行性遺伝性痙性麻痺）；特発性ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス、３型）；特発性新生児ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス、新生児）；特発性肺高血圧症（原発性肺高血圧症）；免疫系障害（Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症）；色素失調症；脳性小児ゴーシェ病（ゴーシェ病２型）；乳児ゴーシェ病（ゴーシェ病２型）；乳児期発症型上行性遺伝性痙性麻痺；不妊症；遺伝性気腫（α１−アンチトリプシン欠乏症）；遺伝性ヒト伝染性海綿状脳症（プリオン病）；遺伝的圧脆弱性傾向（遺伝性圧脆弱性ニューロパチー）；インスレイ・アスレイ（Ｉｎｓｌｅｙ−Ａｓｔｌｅｙ）症候群（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；急性間欠性ポルフィリン症候群（急性間欠性ポルフィリン症）；腸ポリポーシス−皮膚色素沈着症候群（ポイツ・ジェガース症候群）；ＩＰ（色素失調症）；鉄蓄積障害（ヘモクロマトーシス）；同腕二動原体１５番染色体（ｉｄｉｃ１５）；単独難聴（非症候性難聴）；ジャクソン・ワイス症候群；ＪＨ（ヘモクロマトーシス２型）；ジュベール症候群；ＪＰＬＳ（若年性原発性側索硬化症）；若年性筋萎縮性側索硬化症（筋萎縮性側索硬化症２型）；若年性痛風、舞踏アテトーゼ、精神遅滞症候群（レッシュ・ナイハン症候群）；若年性高尿酸血症候群（レッシュ・ナイハン症候群）；ＪＷＳ（ジャクソン・ワイス症候群）；ＫＤ（Ｘ連鎖性脊髄延髄性筋萎縮症）；ケネディ病（Ｘ連鎖性脊髄延髄性筋萎縮症）；ケネディ脊髄延髄性筋萎縮症（Ｘ連鎖性脊髄延髄性筋萎縮症）；ケラシン組織球増殖症（ゴーシェ病）；ケラシンリポイドーシス（ゴーシェ病）；ケラシン蓄積症（ゴーシェ病）；ケトーシス型グリシン血症（プロピオン酸血症）；ケトーシス型高グリシン血症（プロピオン酸血症）；腎疾患（高シュウ酸尿症、原発性）；クラインフェルター症候群；クラインフェルター症候群；クニースト骨異形成；クラッベ病；まだら認知症（ＣＡＤＡＳＩＬ）；ランガー・サルディーノ軟骨無発生症（軟骨無発生症、ＩＩ型）；ランガー・サルディーノ異形成（軟骨無発生症、ＩＩ型）；遅発性アルツハイマー病（アルツハイマー病２型）；遅発性家族性アルツハイマー病（ＡＤ２）（アルツハイマー病２型）；遅発性クラッベ病（ＬＯＫＤ）（クラッベ病）；学習障害（学習能力障害）；黒子症、口囲（ポイツ・ジェガース症候群）；レッシュ・ナイハン症候群；白質ジストロフィー；ローゼンタール線維を伴う白質ジストロフィー（アレキサンダー病）；白質ジストロフィー、海綿状（カナバン病）；ＬＦＳ（リー・フラウメニ症候群）；リー・フラウメニ症候群；リパーゼＤ欠損症（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；ＬＩＰＤ欠損症（リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性）；リピドーシス、セレブロシド（ゴーシェ病）；リピドーシス、ガングリオシド、乳児（テイ・サックス病）；類脂質性組織球増殖症（ケラシン型）（ゴーシェ病）；リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性；肝疾患（ガラクトース血症）；ルー・ゲーリック病（筋萎縮性側索硬化症）；ルイ・バール症候群（毛細血管拡張性運動失調症）；リンチ症候群（遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌）；リシルヒドロキシラーゼ欠損症（エーラース・ダンロス症候群脊柱後側弯症型）；マシャド・ジョセフ病（脊髄小脳失調症３型）；男性乳癌（乳癌）；男性生殖器障害；男性ターナー症候群（ヌーナン症候群）；乳房の悪性新生物（乳癌）；乳


房の悪性腫瘍（乳癌）；膀胱の悪性腫瘍（膀胱癌）；乳癌（ｍａｍｍａｒｙ ｃａｎｃｅｒ）（乳癌（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ））；マルファン症候群１５；マーカーＸ症候群（脆弱Ｘ症候群）；マーチン・ベル症候群（脆弱Ｘ症候群）；マッキューン・オルブライト症候群；マクラウド症候群；ＭＥＤＮＩＫ；地中海貧血（βサラセミア）；地中海熱、家族性；巨大骨端小人症（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；メンケア症候群（Ｍｅｎｋｅａ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）（メンケス症候群）；メンケス症候群；骨軟骨異常を伴う精神遅滞（コフィン・ローリー症候群）；代謝障害；遡及性小人症、ＩＩ型（クニースト骨異形成）；変容性骨異形成ＩＩ型（クニースト骨異形成）；メトヘモグロビン血症β−グロビン型；メチルマロン酸血症；ＭＦＳ（マルファン症候群）；ＭＨＡＭ（カウデン症候群）；ＭＫ（メンケス症候群）；ミクロ症候群；小頭症；ＭＭＡ（メチルマロン酸血症）；ＭＮＫ（メンケス症候群）；モノソミー１ｐ３６症候群（１ｐ３６欠失症候群）；モノソミーＸ（ターナー症候群）；運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症（筋萎縮性側索硬化症）；運動障害；モワット・ウィルソン症候群；ムコ多糖症（ＭＰＳ Ｉ）；ムコヴィスイドーシス（嚢胞性線維症）；ミュエンク症候群；多発脳梗塞性認知症（ＣＡＤＡＳＩＬ）；マルチプルカルボキシラーゼ欠損症、遅発性（ビオチニダーゼ欠損症）；多発性過誤腫症候群（カウデン症候群）；多発性神経線維腫症（神経線維腫症）；筋ジストロフィー；筋ジストロフィー、デュシェンヌ型及びベッカー型；萎縮性筋緊張症（筋強直性ジストロフィー）；異栄養性ミオトニー（筋強直性ジストロフィー）；筋強直性ジストロフィー；粘液水腫、先天性（先天性甲状腺機能低下症）；ナンス・インスレー（Ｎａｎｃｅ−Ｉｎｓｌｅｙ）症候群（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；ナンス・スウィーニー（Ｎａｎｃｅ−Ｓｗｅｅｎｅｙ）軟骨異形成（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；ＮＢＩＡ１（パントテン酸キナーゼ関連神経変性症）；ニール・ディグワール症候群（コケイン症候群）；神経芽細胞腫、レチナール（網膜芽細胞腫）；脳鉄蓄積を伴う神経変性１型（パントテン酸キナーゼ関連神経変性症）；神経線維腫症Ｉ型；神経線維腫症ＩＩ型；神経疾患；神経筋障害；神経細胞障害、遠位遺伝性運動性、Ｖ型（遠位型脊髄性筋萎縮症Ｖ型）；神経細胞障害、遠位遺伝性運動性、錐体路特徴を伴う（筋萎縮性側索硬化症４型）；ＮＦ（神経線維腫症）；ニーマン・ピック（ニーマン・ピック病）；ノアク症候群（パイフェル症候群）；非ケトン性高グリシン血症（グリシン脳症）；非神経細胞障害性ゴーシェ病（ゴーシェ病１型）；非フェニルケトン尿症高フェニルアラニン血症（テトラヒドロビオプテリン欠損症）；非症候性難聴；ヌーナン症候群；ノルボットン型ゴーシェ病（ゴーシェ病３型）；オクロノーシス（アルカプトン尿症）；アルカプトン尿性関節炎（アルカプトン尿症）；ＯＩ（骨形成不全症）；ＯＳＭＥＤ（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成）；骨形成不全症；骨脆弱症（骨形成不全症）；先天性骨硬化症（軟骨無形成症）；耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成（Ｏｔｏ−ｓｐｏｎｄｙｌｏ−ｍｅｇａｅｐｉｐｈｙｓｅａｌ ｄｙｓｐｌａｓｉａ）（耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成（ｏｔｏｓｐｏｎｄｙｌｏｍｅｇａｅｐｉｐｈｙｓｅａｌ ｄｙｓｐｌａｓｉａ））；耳・脊椎・巨大骨端軟骨異形成；シュウ酸症（高シュウ酸尿症、原発性）；シュウ酸塩尿、原発性（高シュウ酸尿症、原発性）；パントテン酸キナーゼ関連神経変性症；パトー症候群（１３トリソミー）；ＰＢＧＤ欠損症（急性間欠性ポルフィリン症）；ＰＣＣ欠損症（プロピオン酸血症）；ＰＣＴ（晩発性皮膚ポルフィリン症）；ＰＤＭ（筋強直性ジストロフィー＃２型）；ペンドレッド症候群；周期性疾患（地中海熱、家族性）；周期性腹膜炎（地中海熱、家族性）；開口周辺部黒子症候群（ポイツ・ジェガース症候群）；末梢神経障害（家族性自律神経失調症）；末梢性神経線維腫症（神経線維腫症１型）；腓骨筋萎縮症（シャルコー・マリー・トゥース病）；ペルオキシソームアラニン：グリオキシル酸アミノトランスフェラーゼ欠損症（高シュウ酸尿症、原発性）；ポイツ・ジェガース症候群；パイフェル症候群；フェニルアラニンヒドロキシラーゼ欠損疾患（フェニルケトン尿症）；フェニルケトン尿症；褐色細胞腫（フォン・ヒッペル・リンドウ病）；胎児軟骨異形成を伴うピエール・ロバン症候群（ワイセンバーチャー・ツバイミューラー症候群）；色素沈着性肝硬変（ヘモクロマトーシス）；ＰＪＳ（ポイツ・ジェガース症候群）；ＰＫＡＮ（パントテン酸キナーゼ関連神経変性症）；ＰＫＵ（フェニルケトン尿症）；鉛ポルフィリン症（ＡＬＡ欠損性ポルフィリン症）；ＰＭＡ（シャルコー・マリー・トゥース病）；多骨性線維性骨異形成（マッキューン・オルブライト症候群）；大腸ポリポージス（家族性腺腫性ポリポーシス）；ポリポーシス、過誤腫性大腸（ポイツ・ジェガース症候群）；ポリポーシス、大腸、ＩＩ型（ポイツ・ジェガース症候群）；ポリープ・スポット症候群（ポイツ・ジェガース症候群）；ポルホビリノーゲンシンターゼ欠損症（ＡＬＡ欠損性ポルフィリン症）；ポルフィリン症；ポルフィリン障害（ポルフィリン症）；ＰＰＨ（原発性肺高血圧症）；ＰＰＯＸ欠損症（多彩性ポルフィリン症）；プラダー・ラブハート・ウィリー症候群（プラダー・ウィリー症候群）；プラダー・ウィリー症候群；初老期及び老年性認知症（アルツハイマー病）；原発性ヘモクロマトーシス（ヘモクロマトーシス）；原発性高尿酸血症候群（レッシュ・ナイハン症候群）；原発性肺高血圧症；原発性老年性変性認知症（アルツハイマー病）；プリオン病；プロコラーゲンＥＤＳ ＶＩＩ型、突然変異型（エーラス・ダンロス症候群関節弛緩型）；早老症（ハッチンソン・ギルフォード早老症候群）；早老症様症候群（コケイン症候群）；早老性小人症（コケイン症候群）；進行性舞踏病、慢性遺伝性（ハンチントン）（ハンチントン病）；進行性筋萎縮症（脊髄性筋萎縮症）；正常な強膜を伴う進行性変形性骨形成不全症（骨形成不全症ＩＩＩ型）；ＰＲＯＭＭ（筋強直性ジストロフィー２型）；プロピオン酸血症（ｐｒｏｐｉｏｎｉｃ ａｃａｄｅｍｉａ）；プロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼ欠損症（プロピオン酸血症）；プロテインＣ欠乏症；プロテインＳ欠乏症；プロトポルフィリン症（赤血球生成性プロトポルフィリン症）；プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ欠損症（多彩性ポルフィリン症）；近位型筋強直性ジストロフィー（筋強直性ジストロフィー２型）；近位型筋強直性ミオパチー（筋強直性ジストロフィー２型）；偽ゴーシェ病；偽ウルリッヒ・ターナー症候群（ヌーナン症候群）；弾性線維性仮性黄色腫；サイコシンリピドーシス（クラッベ病）；肺動脈高血圧症（原発性肺高血圧症）；肺高血圧症（原発性肺高血圧症）；ＰＷＳ（プラダー・ウィリー症候群）；ＰＸＥ−弾性線維性仮性黄色腫（弾性線維性仮性黄色腫）；Ｒｂ（網膜芽細胞腫）；レックリングハウゼン病、神経（神経線維腫症１型）；再発性多漿膜炎（地中海熱、家族性）；網膜障害；網膜色素変性症−難聴症候群（アッシャー症候群）；網膜芽細胞腫；レット症候群；ＲＦＡＬＳ ３型（筋萎縮性側索硬化症２型）；リッカー症候群（筋強直性ジストロフィー２型）；ライリー・デイ症候群（家族性自律神経失調症）；ルシー・レヴィ症候群（シャルコー・マリー・トゥース病）；ＲＳＴＳ（ルビンシュタイン・テイビ症候群）；ＲＴＳ（レット症候群）（ルビンシュタイン・テイビ症候群）；ＲＴＴ（レット症候群）；ルビンシュタイン・テイビ症候群；サック・バラバス症候群（エーラース・ダンロス症候群、血管型）；ＳＡＤＤＡＮ；リー・フラウメニの肉腫ファミリー症候群（リー・フラウメニ症候群）；肉腫、乳房、白血病、及び副腎（ＳＢＬＡ）症候群（リー・フラウメニ症候群）；ＳＢＬＡ症候群（リー・フラウメニ症候群）；ＳＢＭＡ（Ｘ連鎖性脊髄延髄性筋萎縮症）；ＳＣＤ（鎌状赤血球貧血）；シュワン腫、聴覚性、両側性（神経線維腫症２型）；ＳＣＩＤＸ１（Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症）；結節性硬化症（ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ｔｕｂｅｒｏｓａ）（結節性硬化症（ｔｕｂｅｒｏｕｓ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ））；ＳＤＡＴ（アルツハイマー病）；先天性ＳＥＤ（先天性脊椎骨端異形成）；ストラドウィック型ＳＥＤ（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；ＳＥＤｃ（先天性脊椎骨端異形成）；ＳＥＭＤ、ストラドウィック型（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；老年性認知症（アルツハイマー病２型）；発育遅延及び黒色表皮腫を伴う重度軟骨無形成症（ＳＡＤＤＡＮ）；シュプリンツェン症候群（２２ｑ１１．２欠失症候群）；鎌状赤血球貧血；骨格・皮膚・脳症候群（ＳＡＤＤＡＮ）；皮膚色素沈着障害；ＳＭＡ（脊髄性筋萎縮症）；ＳＭＥＤ、ストラドウィック型（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；ＳＭＥＤ、Ｉ型（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；スミス・レムリ・オピッツ症候群；南アフリカ遺伝性ポルフィリン症（多彩性ポルフィリン症）；痙性麻痺、乳児期発症型上行性（乳児期発症型上行性遺伝性痙性麻痺）；発話及びコミュニケーション障害；スフィンゴリピドーシス、テイ・サックス（テイ・サックス病）；脊髄延髄性筋萎縮症；脊髄性筋萎縮症；脊髄性筋萎縮症、遠位Ｖ型（遠位型脊髄性筋萎縮症Ｖ型）；脊髄性筋萎縮症、遠位型、上肢優位（遠位型脊髄性筋萎縮症Ｖ型）；脊髄小脳失調症；脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型；先天性脊椎骨端異形成；脊椎骨端異形成（コラーゲン異常症、ＩＩ型及びＸＩ型）；先天性脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；脊椎骨端骨幹端異形成（ＳＭＤ）（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；中枢神経系海綿状変性症（カナバン病）；脳海綿状変性症（カナバン病）；乳児期における白質の海綿状変性（カナバン病）；散発性原発性肺高血圧症（原発性肺高血圧症）；ＳＳＢ症候群（ＳＡＤＤＡＮ）；剛毛症候群（メンケス症候群）；シュタイネルト病（筋強直性ジストロフィー）；シュタイネルト筋強直性ジストロフィー症候群（筋強直性ジストロフィー）；スティックラー症候群；脳卒中（ＣＡＤＡＳＩＬ）；ストラドウィック症候群（脊椎骨端骨幹端異形成、ストラドウィック型）；亜急性ニューロノパチーゴーシェ病（ゴーシェ病３型）；スウェーデン型遺伝性ポルフィリン症（急性間欠性ポルフィリン症）；スウェーデン型ポルフィリン症（急性間欠性ポルフィリン症）；スイスチーズ様軟骨異形成（クニースト骨異形成）；テイ・サックス病；ＴＤ−致死性小人症（致死性骨異形成）；真っ直ぐな大腿骨及びクローバー葉頭蓋を伴うＴＤ（致死性骨異形成２型）；毛細血管拡張症、小脳眼皮膚（毛細血管拡張性運動失調症）；精巣性女性化症候群（アンドロゲン不感性症候群）；テトラヒドロビオプテリン欠損症；ＴＦＭ−精巣性女性化症候群（アンドロゲン不感性症候群）；中間型サラセミア（βサラセミア）；重症型サラセミア（βサラセミア）；致死性骨異形成；真性糖尿病及び感音難聴を伴うチアミン応答性巨赤芽球性貧血；活性化プロテインＣの補因子欠損に起因する血栓形成傾向、ライデン型（第Ｖ因子ライデン血栓形成傾向）；甲状腺疾患；ソーセージ様ニューロパチー（遺伝性圧脆弱性ニューロパチー）；ＨＰＲＴ完全欠損症（レッシュ・ナイハン症候群）；ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ完全欠損症（レッシュ・ナイハン症候群）；トゥレット症候群；伝播性認知症（プリオン病）；伝達性海綿状脳症（プリオン病）；トリーチャー・コリンズ症候群；骨脆弱症（Ｔｒｉａｓ ｆｒａｇｉｌｉｔｉｓ ｏｓｓｉｕｍ）（骨形成不全症Ｉ型）；トリプルＸ症候群；トリプロＸ症候群（Ｔｒｉｐｌｏ Ｘ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）（トリプルＸ症候群）；２１トリソミー（ダウン症候群）；Ｘ染色体トリソミー（トリプルＸ症候群）；トロアジェ・アノー・ショファール症候群（ヘモクロマトーシス）；ＴＳ


（ターナー症候群）；ＴＳＤ（テイ・サックス病）；ＴＳＥ（プリオン病）；結節性硬化症（ｔｕｂｅｒｏｓｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）（結節性硬化症（ｔｕｂｅｒｏｕｓ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ））；結節性硬化症；ターナー症候群；Ｘ染色体に伴う女性ターナー症候群（ヌーナン症候群）；ターナー表現型、正常核型（ヌーナン症候群）；ターナー症候群（Ｔｕｒｎｅｒ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）（ターナー症候群（Ｔｕｒｎｅｒ ｓｙｎｄｒｏｍｅ））；ターナー様症候群（ヌーナン症候群）；２型ゴーシェ病（ゴーシェ病２型）；３型ゴーシェ病（ゴーシェ病３型）；ＵＤＰ−ガラクトース−４−エピメラーゼ欠損疾患（ガラクトース血症）；ＵＤＰグルコース４−エピメラーゼ欠損疾患（ガラクトース血症）；ＵＤＰグルコースヘキソース−１−リン酸ウリジリルトランスフェラーゼ欠損症（ガラクトース血症）；ウールリッヒ・ヌーナン症候群（ヌーナン症候群）；ウルリッヒ・ターナー症候群（ターナー症候群）；非特定難聴（非症候性難聴）；ＵＰＳ欠損症（急性間欠性ポルフィリン症）；膀胱癌（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）（膀胱癌（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ））；ＵＲＯＤ欠損症（晩発性皮膚ポルフィリン症）；ウロポルフィリノーゲン脱炭酸酵素欠損症（晩発性皮膚ポルフィリン症）；ウロポルフィリノーゲン合成酵素欠損症（急性間欠性ポルフィリン症）；ＵＲＯＳ欠損症（先天性赤芽球性ポルフィリン症）；アッシャー症候群；ＵＴＰヘキソース−１−リン酸ウリジリルトランスフェラーゼ欠損症（ガラクトース血症）；ヴァンボゲール・ベルトラン症候群（カナバン病）；ヴァンデルヘーヴェ症候群（骨形成不全症Ｉ型）；多彩性ポルフィリン症；口蓋心臓顔面症候群（２２ｑ１１．２欠失症候群）；ＶＨＬ症候群（フォン・ヒッペル・リンドウ病）；視力障害及び失明（アルストレーム症候群）；ヴァンボゲール・ベルトラン病（Ｖｏｎ Ｂｏｇａｅｒｔ−Ｂｅｒｔｒａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ）（カナバン病）；フォン・ヒッペル・リンドウ病；フォンレックリングハウゼン・アップルバウム病（ヘモクロマトーシス）；フォンレックリングハウゼン病（神経線維腫症１型）；ＶＰ（多彩性ポルフィリン症）；フロリク病（骨形成不全症）；ワールデンブルグ症候群；ワールブルグ・ショー・フレデリウス症候群（Ｗａｒｂｕｒｇ Ｓｊｏ Ｆｌｅｄｅｌｉｕｓ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ）（ミクロ症候群）；Ｗ・c（ウィルソン病）；ワイセンバーチャー・ツバイミューラー症候群；ウィルソン病；ウィルソン病（Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）（ウィルソン病（Ｗｉｌｓｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ））；ウォルフ・ヒルシュホーン症候群；ウォルフ周期性疾患（地中海熱、家族性）；ＷＺＳ（ワイセンバーチャー・ツバイミューラー症候群）；色素性乾皮症；Ｘ連鎖性精神遅滞及び巨精巣症（脆弱Ｘ症候群）；Ｘ連鎖性原発性高尿酸血症（レッシュ・ナイハン症候群）；Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症；Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血；Ｘ連鎖性脊髄延髄性筋萎縮症（ケネディ病）；Ｘ連鎖性尿酸尿酵素欠損（レッシュ・ナイハン症候群）；Ｘ−ＳＣＩＤ（Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症）；ＸＬＳＡ（Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血）；ＸＳＣＩＤ（Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症）；ＸＸＸ症候群（トリプルＸ症候群）；ＸＸＸＸ症候群（４８，ＸＸＸＸ）；ＸＸＸＸＸ症候群（４９，ＸＸＸＸＸ）；ＸＸＹ症候群（クラインフェルター症候群）；ＸＸＹトリソミー（クラインフェルター症候群）；ＸＹＹ核型（４７，ＸＹＹ症候群）；ＸＹＹ症候群（４７，ＸＹＹ症候群）；及びＹＹ症候群（４７，ＸＹＹ症候群）から選択される遺伝性疾患が特に好ましい。
本発明の好ましい実施形態において、本方法は、本発明に係るＲＮＡ分子（これらの分子の全て又は一部のみ）と、１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物、好ましくは、カチオン性又はポリカチオン性ポリマー、カチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質、例えばプロタミン、カチオン性又はポリカチオン性多糖及び／又はカチオン性又はポリカチオン性脂質とを複合体化するステップを更に含む。
また、本発明に係る方法によって作製されるＲＮＡ分子組成物及び本発明に係るＲＮＡ分子組成物と薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物も提供される。薬学的に許容可能な賦形剤には、通常医薬組成物に使用されるあらゆる物質が含まれる。例は、生理学的に許容可能な緩衝液、例えば、リン酸塩緩衝液（好ましくはリン酸一水素ナトリウム−リン酸二水素ナトリウム系）、クエン酸塩緩衝液、乳酸塩緩衝液、酢酸塩緩衝液、炭酸塩緩衝液、ビストリス、ＭＥＳ、及びグリシンＨＣｌ；界面活性剤、例えば、ポリオキシエチレンソルビタンアルキルエステル類；ポリオール類、例えばマンニトール又はソルビトールなどの糖アルコールである。ＲＮＡ分子組成物のｐＨは、好ましくは６〜８の範囲、より好ましくは６．５〜７．５の範囲である。
好ましい実施形態において、本発明に係るＲＮＡ分子組成物中のＲＮＡ分子は、全て又は一部が、１つ以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物、好ましくは、カチオン性又はポリカチオン性ポリマー、カチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質、例えばプロタミン、カチオン性又はポリカチオン性多糖及び／又はカチオン性又はポリカチオン性脂質と複合体化される。
好ましい実施形態によれば、本発明に係る組成物のＲＮＡ分子は、全て又は一部が脂質と複合体化して１つ以上のリポソーム、リポプレックス、又は脂質ナノ粒子を形成し得る。従って、一実施形態において、ＲＮＡ分子組成物は、リポソーム、リポプレックス、及び／又は脂質ナノ粒子を含む。
脂質ベースの製剤が、その生体適合性及びその大規模生産の容易さから、最も有望なＲＮＡ送達系の一つとしてますます認められるようになっている。カチオン性脂質はＲＮＡ送達用の合成材料として広く研究されている。一緒に混合した後、核酸がカチオン性脂質によって縮合されると、リポプレックスとして知られる脂質／核酸複合体が形成される。これらの脂質複合体は遺伝物質をヌクレアーゼの作用から保護し、負電荷細胞膜との相互作用によってそれを細胞に送達することが可能である。リポプレックスは、生理的ｐＨで正電荷脂質を負電荷核酸と直接混合することにより調製し得る。
従来のリポソームは、カチオン性、アニオン性、又は中性（ホスホ）脂質及びコレステロールで構成されてもよい脂質二重層からなり、脂質二重層は水性コアを囲い込んでいる。脂質二重層及び水性空間は両方とも、それぞれ疎水性又は親水性化合物を取り込むことができる。インビボでのリポソームの特性及び挙動は、親水性ポリマーコーティング、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）をリポソーム表面に加えて立体的安定性を付与することにより修飾し得る。更に、リポソームは、リガンド（例えば、抗体、ペプチド、及び炭水化物）をその表面又は付加されるＰＥＧ鎖の末端端部に付加することにより、特異的ターゲティングに使用することができる。
リポソームは、水性区画を取り囲むリン脂質二重層で構成されたコロイド状脂質ベース及び界面活性剤ベースの送達系である。リポソームは球形ベシクルとして存在することができ、サイズが２０ｎｍ〜数ミクロンの範囲であり得る。カチオン性脂質ベースのリポソームは、負電荷核酸と静電相互作用によって複合体化可能であり、結果としてインビボでの臨床応用に必要な生体適合性、低毒性、及び大規模生産の可能性を提供する複合体をもたらす。リポソームは細胞膜と融合して取り込まれ得る；細胞内に入ると、リポソームはエンドサイトーシス経路によってプロセシングされ、次にはエンドソーム／担体から細胞質へと遺伝物質が放出される。リポソームが基本的に生体膜の類似体であることを所与として、リポソームはその優れた生体適合性ゆえに長い間薬物送達媒体として認められており、天然及び合成の両方のリン脂質から調製することができる。
カチオン性リポソームは、プラスミドＤＮＡ、アンチセンスオリゴ、及びｓｉＲＮＡ／低分子ヘアピンＲＮＡ−ｓｈＲＮＡ）を含め、従来、最も一般的に用いられているオリゴヌクレオチドの非ウイルス送達系となっている。カチオン性脂質、例えば、ＤＯＴＡＰ（１，２−ジオレオイル−３−トリメチルアンモニウムプロパン）及びＤＯＴＭＡ（Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムメチルスルフェート）は負電荷核酸と静電相互作用によって複合体又はリポプレックスを形成してナノ粒子を形成することができ、高いインビトロトランスフェクション効率をもたらし得る。更に、ＲＮＡ送達用の中性脂質ベースのナノリポソーム、例えば、中性の１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）ベースのナノリポソームなどが開発された。
従って、一実施形態においてＲＮＡ分子はカチオン性脂質及び／又は中性脂質と複合体を形成し、それによりリポソーム、脂質ナノ粒子、リポプレックス又は中性脂質ベースのナノリポソームを形成する。
好ましい実施形態において、本発明に係るＲＮＡ分子組成物中のＲＮＡ分子はカチオン性又はポリカチオン性化合物と共に、及び／又はポリマー担体と共に製剤化される。従って、本発明の更なる実施形態において、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子又は本発明の（医薬）組成物又はワクチンに含まれる任意の他の核酸がカチオン性又はポリカチオン性化合物又はポリマー担体と、任意選択で約６：１（ｗ／ｗ）〜約０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約５：１（ｗ／ｗ）〜約０．５：１（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）又は約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）の範囲、及び最も好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約２：１（ｗ／ｗ）の範囲から選択されるＲＮＡ又は核酸とカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体との重量比；又は任意選択で、約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４又は０．３〜１の範囲、及び最も好ましくは約０．５〜１又は０．７〜１の範囲、及び更に最も好ましくは約０．３〜０．９又は０．５〜０．９の範囲のＲＮＡ分子又は核酸とカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体との窒素／リン酸（Ｎ／Ｐ）比で会合又は複合体化することが好ましい。より好ましくは、ＲＮＡと１つ以上のポリカチオンとのＮ／Ｐ比は、約０．３〜４、約０．５〜２、約０．７〜２及び約０．７〜１．５の範囲を含め、約０．１〜１０の範囲である。
ここで、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ及びＲＮＡ分子又は本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンに含まれる任意の他の核酸はまた、本発明に係るＲＮＡ／ｍＲＮＡ又は任意選択で含まれる更に含まれる核酸のトランスフェクション効率及び／又は免疫刺激特性を高めるため、ビヒクル、トランスフェクション剤又は複合体形成剤と会合されてもよい。
これに関連して特に好ましい薬剤であるカチオン性又はポリカチオン性化合物としては、プロタミン、ヌクレオリン、スペルミン又はスペルミジン、又は他のカチオン性ペプチド又はタンパク質、例えば、ポリ−Ｌ−リジン（ＰＬＬ）、ポリアルギニン、塩基性ポリペプチド、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、ＨＩＶ結合ペプチド、ＨＩＶ−１ Ｔａｔ（ＨＩＶ）、Ｔａｔ由来ペプチド、ペネトラチン、ＶＰ２２由来又は類似体ペプチド、ＨＳＶ ＶＰ２２（単純ヘルペス）、ＭＡＰ、ＫＡＬＡ又はタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）、ＰｐＴ６２０、プロリンリッチ（ｐｒｏｌｉｎ−ｒｉｃｈ）ペプチド、アルギニンリッチペプチド、リジンリッチペプチド、ＭＰＧ−ペプチド、Ｐｅｐ−１、Ｌ−オリゴマー、カルシトニンペプチド、アンテナペディア由来ペプチド（特にショウジョウバエアンテナペディア由来）、ｐＡｎｔｐ、ｐＩｓｌ、ＦＧＦ、ラクトフェリン、トランスポータン、ブフォリン２、Ｂａｃ７１５−２４、ＳｙｎＢ、ＳｙｎＢ（１）、ｐＶＥＣ、ｈＣＴ由来ペプチド、ＳＡＰ、又はヒストンが挙げられる。より好ましくは、本発明に係るｍＲＮＡ／ＲＮＡは、１つ以上のポリカチオン、好ましくはプロタミン又はオリゴフェクトアミン、最も好ましくはプロタミンと複合体化される。これに関連して、プロタミンが特に好ましい。
加えて、好ましいカチオン性又はポリカチオン性タンパク質又はペプチドは、以下の全体式（Ｉ）：
（Ａｒｇ）ｌ；（Ｌｙｓ）ｊ；（Ｈｉｓ）ｈ；（Ｏｒｎ）ｏ；（Ｘａａ）ｘ、（式（Ｉ））
［式中、ｌ＋ｊ＋ｈ＋ｏ＋ｘ＝８〜１５、及びｌ、ｊ、ｈ又はｏは、互いに独立に、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５から選択される任意の数であってよく、但し、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ及びＯｒｎの全含有量がこのオリゴペプチドの全アミノ酸の少なくとも５０％を占めるものとし；及びＸａａは、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ又はＯｒｎを除く未変性の（＝天然に存在する）又は非天然のアミノ酸から選択される任意のアミノ酸であってよく；及びｘは、０、１、２、３又は４から選択される任意の数であってよく、但し、Ｘａａの全含有量がこのオリゴペプチドの全アミノ酸の５０％を超えないものとする］を有する以下のタンパク質又はペプチドから選択され得る。これに関連して特に好ましいカチオン性ペプチドは、例えば、Ａｒｇ７、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、Ｈ３Ｒ９、Ｒ９Ｈ３、Ｈ３Ｒ９Ｈ３、ＹＳＳＲ９ＳＳＹ、（ＲＫＨ）４、Ｙ（ＲＫＨ）２Ｒ等である。これに関連して、国際公開第２００９／０３０４８１号パンフレットの開示が本明細書によって参照により援用される。
トランスフェクション剤又は複合体形成剤として使用し得る更に好ましいカチオン性又はポリカチオン性化合物としては、カチオン性多糖類、例えば、キトサン、ポリブレン、カチオン性ポリマー、例えばポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、カチオン性脂質、例えば、ＤＯＴＭＡ：［１−（２，３−ジオレイルオキシ（ｓｉｏｌｅｙｌｏｘｙ））プロピル）］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド、ＤＭＲＩＥ、ジ−Ｃ１４−アミジン、ＤＯＴＩＭ、ＳＡＩＮＴ、ＤＣ−Ｃｈｏｌ、ＢＧＴＣ、ＣＴＡＰ、ＤＯＰＣ、ＤＯＤＡＰ、ＤＯＰＥ：ジオレイルホスファチジルエタノールアミン、ＤＯＳＰＡ、ＤＯＤＡＢ、ＤＯＩＣ、ＤＭＥＰＣ、ＤＯＧＳ：ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン、ＤＩＭＲＩ：ジミリストオキシプロピルジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド、ＤＯＴＡＰ：ジオレオイルオキシ−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン、ＤＣ−６−１４：Ｏ，Ｏ−ジテトラデカノイル−Ｎ−（−トリメチルアンモニオアセチル）ジエタノールアミンクロリド、ＣＬＩＰ１：ｒａｃ−［（２，３−ジオクタデシルオキシプロピル）（２−ヒドロキシエチル）］−ジメチルアンモニウムクロリド、ＣＬＩＰ６：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピルオキシメチルオキシ）エチル］トリメチルアンモニウム、ＣＬＩＰ９：ｒａｃ−２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピルオキシスクシニルオキシ）エチル−トリメチルアンモニウム、オリゴフェクトアミン、又はカチオン性若しくはポリカチオン性ポリマー、例えば修飾ポリアミノ酸類、例えば、α−アミノ酸ポリマー又は逆ポリアミド等、修飾ポリエチレン、例えば、ＰＶＰ（ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド））等、修飾アクリレート類、例えば、ｐＤＭＡＥＭＡ（ポリ（ジメチルアミノエチルメチルアクリレート））等、修飾アミドアミン類、例えば、ｐＡＭＡＭ（ポリ（アミドアミン））等、修飾ポリβ−アミノエステル（ＰＢＡＥ）、例えば、ジアミン末端修飾１，４ブタンジオールジアクリレート−ｃｏ−５−アミノ−１−ペンタノールポリマー等、デンドリマー、例えば、ポリプロピルアミンデンドリマー又はｐＡＭＡＭベースのデンドリマー等、ポリイミン（類）、例えば、ＰＥＩ：ポリ（エチレンイミン）、ポリ（プロピレンイミン）等、ポリアリルアミン、糖骨格ベースのポリマー、例えば、シクロデキストリンベースのポリマー、デキストランベースのポリマー、キトサン等、シラン骨格ベースのポリマー、例えば、ＰＭＯＸＡ−ＰＤＭＳ共重合体等、１つ以上のカチオン性ブロック（例えば上述のとおりのカチオン性ポリマーから選択される）と１つ以上の親水性又は疎水性ブロック（例えばポリエチレングリコール）との組み合わせからなるブロック重合体等を挙げることができる。
好ましい実施形態によれば、本発明のＲＮＡ分子組成物は、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子とポリマー担体とを含む。本発明により用いられるポリマー担体は、ジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体であってもよい。ジスルフィド架橋カチオン性成分は、互いに同じであっても、又は異なってもよい。ポリマー担体はまた、更なる成分も含有することができる。また、本発明により用いられるポリマー担体が、カチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマーと、任意選択で、本明細書に記載されるとおりのジスルフィド結合によって架橋される本明細書に定義するとおりの更なる成分との混合物を含むことも特に好ましい。これに関連して、国際公開第２０１２／０１３３２６号パンフレットの開示が本明細書によって参照により援用される。
これに関連して、ジスルフィド架橋によってポリマー担体のベースを形成するカチオン性成分は、典型的には、この目的に好適な任意の好適なカチオン性又はポリカチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマー、本明細書に定義するとおりのｍＲＮＡ又は本組成物中に含まれる更なる核酸を複合体化し、及びそれにより好ましくは（ｍ）ＲＮＡ又は核酸を縮合させる能力を有する任意の特定のカチオン性又はポリカチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマーから選択される。カチオン性又はポリカチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマーは、好ましくは直鎖分子であるが、しかしながら、分枝状カチオン性又はポリカチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマーもまた使用し得る。
本発明に係るＲＮＡ分子又は本発明の（医薬）組成物又はワクチンに含まれる任意の更なる核酸を複合体化するために使用し得る、ポリマー担体のジスルフィド架橋結合カチオン性又はポリカチオン性タンパク質、ペプチド又はポリマーはいずれも、本明細書において言及するとおりのポリマー担体のカチオン性成分として少なくとも１つの更なるカチオン性又はポリカチオン性タンパク質、ペプチド又はポリマーと縮合したときにジスルフィド結合の形成能を有する少なくとも１つの−ＳＨ部分、最も好ましくは少なくとも１つのシステイン残基又は−ＳＨ部分を呈する任意の更なる化学基を含む。
上記に定義するとおり、本発明のＲＮＡ分子又は本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンに含まれる任意の更なる核酸を複合体化するために使用し得るポリマー担体は、ジスルフィド架橋カチオン性（又はポリカチオン性）成分によって形成されてもよい。好ましくは、ポリマー担体のかかるカチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質又はポリマーは、少なくとも１つの−ＳＨ部分を含むか又はそれを含むように更に修飾されるものであり、複合体形成剤に関して本明細書に定義するとおりのタンパク質、ペプチド及びポリマーから選択される。
更なる詳細な実施形態において、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子又は本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンに含まれる任意の更なる核酸を複合体化するために使用し得るポリマー担体は、一般式（ＩＩ）：
Ｌ−Ｐ１−Ｓ−［Ｓ−Ｐ２−Ｓ］ｋ−Ｓ−Ｐ３−Ｌ 式（ＩＩ）
［式中、
Ｐ１及びＰ３は、互いに異なるか又は同一であり、線状又は分枝状親水性ポリマー鎖を表し、各Ｐ１及びＰ３は、成分Ｐ２との、或いはかかる成分をＰ１とＰ２との間又はＰ３とＰ２との間のリンカーとして使用した場合に（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、又は［（ＡＡ）ｘ］ｚ）との、及び／又は更なる成分（例えば（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、［（ＡＡ）ｘ］ｚ又はＬ）との縮合時にジスルフィド結合を形成する能力を有する少なくとも１つの−ＳＨ部分を呈し、線状又は分枝状親水性ポリマー鎖は、互いに独立に、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリ−Ｎ−（２−ヒドロキシプロピル）メタクリルアミド、ポリ−２−（メタクリロイルオキシ）エチルホスホリルコリン類、ポリ（ヒドロキシアルキルＬ−アスパラギン）、ポリ（２−（メタクリロイルオキシ）エチルホスホリルコリン）、ヒドロキシエチルデンプン又はポリ（ヒドロキシアルキルＬ−グルタミン）から選択され、ここで親水性ポリマー鎖は、約１ｋＤａ〜約１００ｋＤａ、好ましくは約２ｋＤａ〜約２５ｋＤａ；又はより好ましくは約２ｋＤａ〜約１０ｋＤａ、例えば約５ｋＤａ〜約２５ｋＤａ又は５ｋＤａ〜約１０ｋＤａの分子量を呈し；
Ｐ２は、例えば上記にジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体に関して定義するとおりの、且つ好ましくは約３〜約１００アミノ酸の長さを有する、より好ましくは約３〜約５０アミノ酸の長さを有する、更により好ましくは約３〜約２５アミノ酸の長さ、例えば約３〜１０、５〜１５、１０〜２０又は１５〜２５アミノ酸の長さ、より好ましくは約５〜約２０の長さ及び更により好ましくは約１０〜約２０の長さを有する、カチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質であるか；又は
例えば上記にジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体に関して定義するとおりの、典型的には約０．５ｋＤａ〜約３０ｋＤａの分子量、例えば約１ｋＤａ〜約２０ｋＤａ、更により好ましくは約１．５ｋＤａ〜約１０ｋＤａの分子量を有する、又は約０．５ｋＤａ〜約１００ｋＤａの分子量、例えば約１０ｋＤａ〜約５０ｋＤａ、更により好ましくは約１０ｋＤａ〜約３０ｋＤａの分子量を有する、カチオン性又はポリカチオン性ポリマーであり；
各Ｐ２は、更なる成分Ｐ２又は成分Ｐ１及び／又はＰ３との、或いは更なる成分（例えば（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、又は［（ＡＡ）ｘ］ｚ）との縮合時にジスルフィド結合を形成する能力を有する少なくとも２つの−ＳＨ部分を呈し；
−Ｓ−Ｓ−は、（可逆的）ジスルフィド結合（読み易くするため括弧は省略する）であり、式中、Ｓは好ましくは、（可逆的）ジスルフィド結合を形成している硫黄又は−ＳＨ担持部分を表す。（可逆的）ジスルフィド結合は、好ましくは、成分Ｐ１及びＰ２、Ｐ２及びＰ２、又はＰ２及びＰ３のいずれか、又は任意選択で本明細書に定義するとおりの更なる成分（例えばＬ、（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、［（ＡＡ）ｘ］ｚ等）の−ＳＨ−部分の縮合によって形成され；−ＳＨ部分はこれらの成分の構造の一部であっても、又は以下に定義するとおりの修飾によって付加されてもよく；
Ｌは、存在しても又はしなくてもよい任意選択のリガンドであり、ＲＧＤ、トランスフェリン、葉酸塩、シグナルペプチド又はシグナル配列、局在性シグナル又は配列、核移行シグナル又は配列（ＮＬＳ）、抗体、細胞透過性ペプチド（例えばＴＡＴ又はＫＡＬＡ）、受容体のリガンド（例えば、サイトカイン、ホルモン、成長因子等）、小分子（例えばマンノース若しくはガラクトースなどの炭水化物又は合成リガンド）、受容体の小分子アゴニスト、阻害因子又はアンタゴニスト（例えばＲＧＤペプチドミメティクス類似体）、又は本明細書に定義するとおりの任意の更なるタンパク質等から他と独立に選択されてもよく；
ｋは、典型的には、約１〜５０の範囲、好ましくは約１、２又は３〜３０の範囲、より好ましくは約１、２、３、４、又は５〜２５の範囲、又は約１、２、３、４、又は５〜２０の範囲、又は約１、２、３、４、又は５〜１５の範囲、又は約１、２、３、４、又は５〜１０の範囲、例えば、約４〜９、４〜１０、３〜２０、４〜２０、５〜２０、又は１０〜２０の範囲、又は約３〜１５、４〜１５、５〜１５、又は１０〜１５の範囲、又は約６〜１１又は７〜１０の範囲から選択される整数である。最も好ましくは、ｋは、約１、２、３、４、又は５〜１０の範囲、より好ましくは約１、２、３、又は４〜９の範囲、約１、２、３、又は４〜８の範囲、又は約１、２、又は３〜７の範囲である］に係るポリマー担体分子から選択され得る。
これに関連して、国際公開第２０１１／０２６６４１号パンフレットの開示が本明細書によって参照により援用される。親水性ポリマーＰ１及びＰ３の各々は、典型的には少なくとも１つの−ＳＨ部分を呈し、少なくとも１つの−ＳＨ部分は、成分Ｐ２との、又は以下に定義するとおりＰ１とＰ２との間又はＰ３とＰ２との間のリンカーとして使用した場合に成分（ＡＡ）又は（ＡＡ）ｘとの、及び任意選択で、例えば２つ以上の−ＳＨ部分が含まれる場合に更なる成分、例えばＬ及び／又は（ＡＡ）又は（ＡＡ）ｘとの反応時にジスルフィド結合を形成することが可能である。上記の一般式（ＩＩ）内の以下のサブ式「Ｐ１−Ｓ−Ｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｓ−Ｓ−Ｐ３」（読み易くするため括弧は省略する）、式中、Ｓ、Ｐ１及びＰ３のいずれも本明細書に定義するとおりであり、典型的には、上記の一般式（ＩＩ）の親水性ポリマーＰ１及びＰ３の１つの−ＳＨ部分が成分Ｐ２の１つの−ＳＨ部分と縮合した状況を表し、ここでこれらの−ＳＨ部分の両方の硫黄が本明細書において式（ＩＩ）に定義するとおりのジスルフィド結合−Ｓ−Ｓ−を形成する。これらの−ＳＨ部分は、典型的には親水性ポリマーＰ１及びＰ３の各々によって、例えば内部システイン又は−ＳＨ部分を有する任意の更なる（修飾）アミノ酸又は化合物から提供される。従って、サブ式「Ｐ１−Ｓ−Ｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｓ−Ｓ−Ｐ３」はまた、−ＳＨ部分がシステインによって提供される場合、「Ｐ１−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−Ｐ３」と書くこともでき、ここで用語Ｃｙｓ−Ｃｙｓは、ペプチド結合でなく、ジスルフィド結合によってカップリングした２つのシステインを表す。この場合、これらの式中の用語「−Ｓ−Ｓ−」はまた、「−Ｓ−Ｃｙｓ」、「−Ｃｙｓ−Ｓ」又は「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」と書くこともできる。これに関連して、用語「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」は、ペプチド結合を表すのではなく、それらの−ＳＨ部分を介した２つのシステインの連結によるジスルフィド結合の形成を表す。従って、用語「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」は、概して、「−（Ｃｙｓ−Ｓ）−（Ｓ−Ｃｙｓ）−」とも理解することができ、この特定の場合にＳはシステインの−ＳＨ部分の硫黄を示す。同様に、用語「−Ｓ−Ｃｙｓ」及び「−Ｃｙｓ−Ｓ」は、−ＳＨ含有部分とシステインとの間のジスルフィド結合を示し、これらはまた、「−Ｓ−（Ｓ−Ｃｙｓ）」及び「−（Ｃｙｓ−Ｓ）−Ｓ」と書くこともできる。或いは、親水性ポリマーＰ１及びＰ３は、親水性ポリマーＰ１及びＰ３の各々が少なくとも１つのかかる−ＳＨ部分を有するように、好ましくは−ＳＨ部分を有する化合物との化学反応によって−ＳＨ部分で修飾されてもよい。かかる−ＳＨ部分を有する化合物は、例えば、−ＳＨ部分を有する（追加の）システイン又は任意の更なる（修飾）アミノ酸であってもよい。かかる化合物はまた、本明細書に定義するとおり−ＳＨ部分を含有する又は親水性ポリマーＰ１及びＰ３へのその導入を可能にする任意の非アミノ化合物又は部分であってもよい。かかる非アミノ化合物は、本発明に係るポリマー担体の式（ＩＩ）の親水性ポリマーＰ１及びＰ３に化学反応又は化合物の結合によって、例えば３−チオプロピオン酸又はチオイモラン（ｔｈｉｏｉｍｏｌａｎｅ）の結合によるか、アミド形成によるか（例えばカルボン酸、スルホン酸、アミン等）、マイケル付加によるか（例えばマレインイミド部分、α，β−不飽和（ｕｎｓａｔｕｒｅｄ）カルボニル類等）、クリック化学によるか（例えばアジド類又はアルキン類）、アルケン／アルキンメタセシス（ｍｅｔｈａｔｅｓｉｓ）（例えばアルケン類又はアルキン類）、イミン又はヒドラゾン（ｈｙｄｒｏｚｏｎｅ）形成（アルデヒド類又はケトン類、ヒドラジン類（ｈｙｄｒａｚｉｎｓ）、ヒドロキシルアミン類（ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｓ）、アミン類）、複合体形成反応（アビジン、ビオチン、プロテインＧ）又はＳｎ型置換反応を可能にする成分（例えば、ハロゲンアルカン類（ｈａｌｏｇｅｎａｌｋａｎｓ）、チオール類、アルコール類、アミン類、ヒドラジン類、ヒドラジド類、スルホン酸エステル類、オキシホスホニウム塩）又は更なる成分の付加に利用し得る他の化学的部分によって付加し得る。これに関連して特に好ましいＰＥＧ誘導体は、α−メトキシ−ω−メルカプトポリ（エチレングリコール）である。いずれの場合も、ＳＨ部分、例えばシステインのＳＨ部分又は任意の更なる（修飾）アミノ酸又は化合物のＳＨ部分は、親水性ポリマーＰ１及びＰ３の末端端部又は内部の任意の位置に存在し得る。本明細書に定義するとおり、親水性ポリマーＰ１及びＰ３の各々は、典型的には好ましくは一方の末端端部に少なくとも１つの−ＳＨ部分を呈するが、また２つ又は更に多くの−ＳＨ部分を含有してもよく、それらは本明細書に定義するとおりの更なる成分、好ましくは更なる機能性ペプチド又はタンパク質、例えば、リガンド、アミノ酸成分（ＡＡ）又は（ＡＡ）ｘ、抗体、細胞透過性ペプチド又はエンハンサーペプチド（例えばＴＡＴ、ＫＡＬＡ）等の付加に用いられ得る。
好ましくは、本発明の組成物は、１つ以上のポリカチオンと複合体化した、本明細書に定義するとおりの少なくとも１つのＲＮＡ分子と、少なくとも１つの遊離ＲＮＡとを含み、少なくとも１つの複合体型ＲＮＡは、好ましくは少なくとも１つの遊離ＲＮＡと同一である。これに関連して、本発明の組成物は、カチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体、好ましくはカチオン性タンパク質又はペプチドと少なくとも部分的に複合体化した本発明に係るＲＮＡ分子を含むことが特に好ましい。これに関連して、国際公開第２０１０／０３７５３９号パンフレット及び国際公開第２０１２／１１３５１３号パンフレットの開示が参照により本明細書に援用される。「部分的に」とは、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子の一部分のみが本発明に係る組成物においてカチオン化合物と複合体化していること、及び（本発明の（医薬）組成物又はワクチンに含まれる）本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子の残りの部分は複合体化していない形態（「遊離」）であることを意味する。好ましくは、複合体型ＲＮＡ分子と遊離ＲＮＡ分子とのモル比は、約１：１の比を含め、約０．００１：１〜約１：０．００１のモル比から選択される。より好ましくは、（本発明の（医薬）組成物又はワクチン中の）複合体型ＲＮＡ分子と遊離ＲＮＡ分子との比は、約５：１（ｗ／ｗ）〜約１：１０（ｗ／ｗ）の範囲、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：８（ｗ／ｗ）の範囲、更により好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：５（ｗ／ｗ）又は１：３（ｗ／ｗ）の範囲から選択され、及び最も好ましくは本発明の医薬組成物又はワクチン中の複合体型ＲＮＡ分子と遊離ＲＮＡ分子との比は、約１：１（ｗ／ｗ）の比から選択される。
本発明に係る（医薬）組成物又はワクチン中の複合体型ＲＮＡ分子は、好ましくは、本発明に係るＲＮＡ分子と、好ましくは本明細書に定義するとおりのカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体とを安定複合体が形成される特定の比で複合体化する第１のステップに従い調製される。これに関連して、ＲＮＡ分子の複合体化後に複合体型ＲＮＡ分子の成分中に遊離カチオン性又はポリカチオン性化合物又はポリマー担体が全く又は無視できるほど少量しか残らないことが極めて好ましい。従って、複合体型ＲＮＡ分子の成分中のＲＮＡ分子とカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体との比は、典型的には、ＲＮＡ分子が完全に複合体化して、組成物中に遊離カチオン性又はポリカチオン性化合物又はポリマー担体は全く又は無視できるほど少量のそれしか残らないような範囲で選択される。
好ましくは本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子と、好ましくは本明細書に定義するとおりのカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体との比は、約６：１（ｗ／ｗ）〜約０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約５：１（ｗ／ｗ）〜約０．５：１（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）又は約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）、及び最も好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約２：１（ｗ／ｗ）の比の範囲から選択される。或いは、複合体型ＲＮＡ分子の成分中における本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子と、好ましくは本明細書に定義するとおりのカチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体との比はまた、複合体全体の窒素／リン酸比（Ｎ／Ｐ比）に基づき計算されてもよい。本発明との関連において、Ｎ／Ｐ比は、複合体中における好ましくは本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子：カチオン性又はポリカチオン性化合物及び／又はポリマー担体の比に関して好ましくは約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４の範囲及び最も好ましくは約０．５〜２又は０．７〜２の範囲、及び最も好ましくは約０．７〜１．５、０．５〜１又は０．７〜１の範囲、及び更に最も好ましくは約０．３〜０．９又は０．５〜０．９の範囲であり、但し、好ましくは、複合体中のカチオン性又はポリカチオン性化合物は上記に定義するとおりのカチオン性又はポリカチオン性カチオン性又はポリカチオン性タンパク質又はペプチド及び／又はポリマー担体であるものとする。この具体的な実施形態において、本明細書に定義するとおりの複合体型ＲＮＡ分子はまた、用語「アジュバント成分」にも包含される。
他の実施形態において、本明細書に定義するとおりのＲＮＡ分子を含む本発明に係る組成物は、いかなる更なるビヒクル、トランスフェクション剤又は複合体形成剤とも会合することなくネイキッドで投与されてもよい。
本発明によれば、本発明の組成物は、本明細書に定義するとおりの少なくとも１つのネイキッドＲＮＡ分子及び／又は本明細書に定義するとおりの少なくとも１つの製剤型／複合体型ＲＮＡ分子を含み得ることが理解及び認識されなければならず、ここでは上記に開示されるとおりのあらゆる製剤及び／又は複合体を用いることができる。
本発明はまた、本発明に係るＲＮＡ分子組成物又は医薬組成物を含む医薬品容器も提供する。この医薬品容器は、好ましくはシリンジ、バイアル、点滴ボトル、アンプル又はカルプルである。
また、医薬として用いられる、好ましくは、遺伝病、アレルギー、自己免疫疾患、感染症、新生物、癌及び腫瘍関連疾患、炎症性疾患、血液及び造血臓器疾患、内分泌、栄養及び代謝疾患、神経系疾患、循環系疾患、呼吸器系疾患、消化器系疾患、皮膚及び皮下組織疾患、筋骨格系及び結合組織疾患、及び泌尿生殖器系疾患（遺伝性か後天性かに関わらず）、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される疾患の治療又は予防に用いられる本発明に係るＲＮＡ分子組成物又は医薬組成物も提供される。
また、免疫療法剤、遺伝子療法剤として又はワクチンとしてのＲＮＡ分子組成物の使用も提供される。
（実施例）
以下の例は本発明を別の方法で例示することを意図している。これらは単に例示に過ぎず、本発明の主題を限定する意図はない。
実施例１：幾つかの血清型のＨＡタンパク質をコードするＤＮＡの調製：
この例のため、インフルエンザウイルス（Ａ型インフルエンザ及びＢ型インフルエンザ）の表面に見られる糖タンパク質である種々の赤血球凝集素（ｈｅａｍａｇｇｌｕｔｉｎ）タンパク質をコードするＤＮＡ配列を作成した。この例には、様々な血清型の幾つかのＨＡタンパク質を使用した（以下の表１を参照）。ＤＮＡ配列は、ＧＣ最適化配列の導入によって安定化させることにより野生型コードＤＮＡ配列を修飾して調製した。配列は同じベクター骨格、ｐＵＣ１９由来ベクターに導入し、３２Ｌ４リボソームタンパク質由来の５’−ＵＴＲ（３２Ｌ４ ＴＯＰ ５’−ＵＴＲ）及びアルブミン由来の３’−ＵＴＲ、ヒストンステムループ構造、及び３’側末端にある６４個のアデノシンのストレッチを含むように修飾した。それぞれのプラスミドＤＮＡ配列並びに対応するＲＮＡ配列を配列プロトコルに提供する（配列番号１〜１４（ＲＮＡ配列）及び配列番号１５〜２８（プラスミドＤＮＡ配列）。作成した配列は高い配列類似性を示す（図１に提供するプラスミドＤＮＡ配列の配列及び予想ＲＮＡ配列の同一性行列）。得られたプラスミドＤＮＡコンストラクトは当該技術分野において公知の一般的なプロトコルを用いて細菌（大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ））において形質転換及び増殖し、グリセロールストックを調製した。
実施例２：個々のクローンの成長挙動のスクリーニング
この実験の目標は、実施例１で得られたプラスミドを担持する細菌培養物の個々の成長及び産生挙動を評価することである。この分析は、ＨＡプラスミドＤＮＡ（表１を参照）から、全てのプラスミドＤＮＡ変異体が同様の量で産生されることを保証する（実施例３を参照）一様に成長するクローンを同定するために必要である。
２．１．グリセロールストックからのプレ培養
各細菌クローンについて、１ｍｌ ＬＢ培地（１００μｇ／ｍｌアンピシリン含有）にそれぞれのグリセロールストックを接種し、振盪インキュベーターにおいて３７℃で１６時間インキュベートする。その後、１０μｌの個々の細菌培養物を固体ＬＢ培地（１００μｇ／ｍｌアンピシリン補足）に移し、３７℃で１６時間インキュベートして単一個別コロニーを得る。各プレートから単一個別コロニーを取り、１ｍｌの液体ＬＢ培地（１００μｇ／ｍｌアンピシリン含有）に接種してプレ培養した後、本培養物をスクリーニングする。このようにして、最初の成長同期を実現する。
２．２．マイクロタイタープレートにおける成長能力のスクリーニング
プレートリーダーでの光学濃度測定によってプレ培養物のバイオマス濃度を決定した後、各クローンのそれぞれの容積を１ｍＬの液体ＴＢ培地（１００μｇ／ｍｌアンピシリン含有）に移し、０．１の一様な初期細胞密度となるように接種する。透明底の特殊なマイクロタイタープレートでオンライン測定（散乱光及び溶存酸素圧（ＤＯＴ）測定）を用いて個々のクローンの成長をモニタする。記録されたオンラインシグナルにより、誘導期の持続期間、成長速度、及び最終的なバイオマス形成など、成長動態を詳細に決定することが可能である。培養後、プラスミド力価の定量化及び次世代シーケンシングを実施する。一様に成長するクローンが同定され、それを用いてグリセロールストックを作成する。続いて、これらのクローンは大規模プラスミドＤＮＡ産生に用いられる。
２．３．個々のクローンのＲＮＡインビトロ転写能力のスクリーニング
ＤＮＡプラスミドをＥｃｏＲＩを用いて酵素的に線状化し、それぞれの緩衝液条件下にヌクレオチド混合物の存在下でＤＮＡ依存性Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを用いてインビトロで転写する。個々のクローンの経時的な転写効率を評価するため、種々の時点で取った試料を定量的に分析する。
２．４．個々のｍＲＮＡコンストラクトのインビトロ及びインビボでの特徴付け
・個々のｍＲＮＡの発現解析（インビトロ翻訳、インビトロ発現並びにウエスタンブロット、ＦＡＣＳ、及びＥＬＩＳＡによる分析。
・抗原の抗原性の個々の分析
実施例３：大規模プラスミドＤＮＡ産生
各ＨＡ抗原（表１を参照）から、１つの一様に成長する予め選択したクローンを取り（グリセロールストック）、振盪フラスコ（１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含有する２００ｍｌ ＬＢ培地）において異種プレ培養物（各抗原からのクローンを含有する）を３７℃で１６時間接種する。１００ｍｌの当該のプレ培養物を取り、生産規模の発酵槽（エッペンドルフ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）バイオフロ（ＢｉｏＦｌｏ）４１５、容積１５リットル）に接種する。
最適な細菌成長を達成するため、発酵槽タンクに供給溶液（２％グルコース含有アンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）を含むＬＢ培地）を常に供給する。発酵中は標準パラメータを厳密に調節し、継続的にモニタする（例えば、ｐＨ：７．０、温度：３７℃）。６００ｎｍにおける光度定量によって細胞密度を管理する。２０時間のインキュベーション時間後、発酵手順を停止させる。細菌培養物を室温において６０００ｇで１５分間遠心し、上清を廃棄して、細胞ペレットをプラスミドＤＮＡ単離に使用する。
全てのクローンが同じ成長及び産生挙動を示すため、全てのプラスミドＤＮＡ種が潜在的に同様の量で産生される。
実施例４：プラスミドＤＮＡ調製及び品質管理
得られた細菌細胞ペレット（実施例３を参照）を用いることにより、市販のエンドトキシン不含プラスミドＤＮＡギガ調製キット（マッハライ・ナーゲル（Ｍａｃｈｅｒｅｙ Ｎａｇｅｌ））を使用してプラスミドを調製する。精製後、プラスミドＤＮＡ混合物をそのアイデンティティ及び分量に関して次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、ｑＰＣＲ又は制限酵素マッピングによって分析し、各個別の抗原コードプラスミドがそれぞれの量で存在することを確認する。
加えて、プラスミドＤＮＡ含有量及び純度を紫外吸収及び陰イオン交換クロマトグラフィーによって決定する。
実施例５：ＲＮＡインビトロ転写
ＤＮＡプラスミド混合物をＥｃｏＲＩを用いて酵素的に線状化し、それぞれの緩衝液条件下にヌクレオチド混合物の存在下でＤＮＡ依存性Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを用いてインビトロで転写する。得られたｍＲＮＡ混合物をピュアメッセンジャー（登録商標）（ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標））（キュアバック（ＣｕｒｅＶａｃ）、独国テュービンゲン；国際公開第２００８／０７７５９２ Ａ１号パンフレット）を使用して精製し、インビトロ及びインビボ実験に使用する。
実施例６：多価ＨＡワクチンの製剤化
６．１．プロタミンとの製剤化
ｍＲＮＡ混合物は、インビボワクチン接種で使用する前にプロタミンと更に複合体化する。ｍＲＮＡ製剤は、遊離ｍＲＮＡ５０％とｍＲＮＡがプロタミンと２：１の重量比で複合体化したもの５０％との混合物からなる（国際公開第２０１０／０３７５３９号パンフレットによる）。初めに、プロタミン−乳酸リンゲル液をｍＲＮＡに加えることにより、ｍＲＮＡをプロタミンと複合体化する。１０分間インキュベートした後、複合体が安定的に生成されたところで遊離ｍＲＮＡを加え、ワクチンの最終濃度を乳酸リンゲル液で調整する。
６．２．ＬＮＰ封入
イオン化可能なアミノ脂質（カチオン性脂質）、リン脂質、コレステロール及びＰＥＧ化脂質を用いて脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）封入ｍＲＮＡ混合物を調製する。ＬＮＰは以下のとおり調製する。カチオン性脂質、ＤＳＰＣ、コレステロール及びＰＥＧ脂質をエタノール中に可溶化する。簡潔に言えば、ｍＲＮＡ混合物を５０ｍＭクエン酸塩緩衝液、ｐＨ４中０．０５ｍｇ／ｍＬの総濃度となるように希釈する。シリンジポンプを使用してエタノール脂質溶液をｍＲＮＡ混合物と約１：６〜１：２（ｖｏｌ／ｖｏｌ）の比で混合する。次にエタノールを除去し、透析によって外部緩衝液をＰＢＳと交換する。最後に、脂質ナノ粒子を０．２μｍ細孔滅菌フィルタでろ過する。脂質ナノ粒子の粒子直径サイズをマルバーン・ゼータサイザー・ナノ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｚｅｔａｓｉｚｅｒ Ｎａｎｏ）（マルバーン（Ｍａｌｖｅｒｎ）、英国）を用いた準弾性光散乱によって決定する。
実施例７：種々のｐＤＮＡ株の培養及び成長挙動の特徴付け
１２個の異なるＨＡ ｐＤＮＡコンストラクト（実施例１により得られた）をＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株で増殖させて、それらの成長挙動に関して特徴付けた。
７．１ 大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）におけるｐＤＮＡの再形質転換：
インフルエンザ抗原コード配列（配列番号１〜１１、１３）を有するｐＤＮＡ（実施例１により得られた）の再形質転換のため、１２３μｌ ＳＯＣ培地を調製し、３７℃で維持した。２５μｌコンピテントセル（ＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標）））を氷上で解凍し、混合し、及び２μＬのそれぞれのｐＤＮＡを加えた。氷上で３０分間インキュベートした後、細胞に４２℃で３０秒間熱の熱ショックを与えた。次に、細胞を氷上で２分間冷却した。１２３μＬ ＳＯＣ培地を加えた後、細胞を５００ｒｐｍ及び３７℃で６０分間インキュベートした。その後、細胞を１．５％アガロースＬＢ ＡＰＳアンピシリン［１００ｍｇ／Ｌ］にプレーティングし、３７℃で一晩インキュベートして個別コロニーを成長させた。
７．２ 得られたクローンの成長挙動の特徴付け：
クローンの成長特徴をスクリーニングするため、ｐＨ及びＤＯのオプトードを備える４８マルチウェルＢＯＨフラワープレートを使用した。ＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））宿主上の本培養物で培養及び成長の特徴付けを実施した。プレ培養物を接種するため、１回の形質転換当たり２つの個別のコロニーを選び取り、別個のウェル内の１．２ｍＬ ＬＢ ＡＰＳアンピシリン［１００ｍｇ／Ｌ］に移した。４８ウェルフラワープレートを低蒸発性のガス透過性シーリングフォイルで密閉し、バイオレクター（登録商標）（Ｂｉｏｌｅｃｔｏｒ（登録商標））（ｍ２ｐラボ（ｍ２ｐ−ｌａｂｓ））マイクロバイオリアクターで培養した（条件：３７℃；１２００ｒｐｍ振盪数；２０．９５％Ｏ２；８５％湿度；ウェルの読取り：サイクル時間１０分；バイオマスゲイン２５；ｐＯ２ゲイン３８；ｐＨゲイン２２）。ＯＤ６００が０．４〜０．７に達するまでプレートをインキュベートした。本培養物にプレ培養物を１．１ｍｌ ＬＢ ＡＰＳアンピシリン［１００ｍｇ／Ｌ］中０．０５〜０．１の最終ＯＤ６００となるように接種し、コピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））クローンは誘導溶液で更に処理した。全てのクローンが定常期に達するまで、同じ培養セッティングで培養を継続した。ｐＤＮＡ調製用に細胞を回収した。ＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））クローンを特徴付けた後、更なる実験用に１．０の最終ＯＤ６００の全クローンのグリセロールストックを調製した。図２は、ＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））株について各個別の本培養物の成長特徴を示す。図２は、ＤＨ５α及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））株についてｐＤＮＡコンストラクト毎の２つの異なるクローンに関するプレ培養物及び本培養物の成長動態の比較を示す。
７．３ 結果：
図２の結果は、ＤＨ５α株及びコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））株の両方について、分析した幾つかのクローンが同様の成長特徴を示すことを示している。例えば、ＤＨ５αクローンは、潜在的に一緒に培養し得る３つの特徴グループにまとめることができる（ｇ１、ｇ２、ｇ３）。コピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））クローンは、より均衡のとれた均一な成長特徴を示す。これらのクローンは潜在的に一緒にまとめて培養し得る。このデータは、ＲＮＡインビトロ転写用のｐＤＮＡ鋳型混合物を作製するためのクローンの共培養物の作成が実現可能であることを示唆しており、これはＲＮＡ作製プロセスを劇的に効率化及び合理化し得る。
図３の結果は、同じｐＤＮＡコンストラクトを有する種々のクローンの成長特徴が互いに同等であることを示しており、このことは、成長挙動の特徴がロバストで、従って共培養のセッティングのためにも成長挙動の評価及び予想に好適であることを示唆している。
上記をまとめると、このデータは、クローンのグループの共培養がＲＮＡ混合物の（工業的）生産に適用可能であることを示している。
実施例８：種々のクローン混合物の共培養及び特徴付け
実施例７の結果に基づき、同様の成長特徴を有するコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））クローンを選択し、それらを使用して種々のインフルエンザ抗原クローンを共培養し、ｐＤＮＡ鋳型混合物を作製した。一つのセットアップでは、共培養に４つの異なるｐＤＮＡ（「４−ｍｉｘ」）を選択し（Ａ；Ｂ；Ｃ；Ｄ）、もう一つのセットアップでは、共培養に５つの異なるｐＤＮＡ（「５−ｍｉｘ」）を選択した（Ａ；Ｂ；Ｃ；Ｄ；Ｅ）；選択したコンストラクトは、ＲＮＡレベルで配列長さ、ＧＣ含量及び配列類似性の点で高い類似性を示す（表２及び表３を参照）。
共培養の２つの構想：共ストック（「ＣｏＳｔｏｃｋ」）戦略及び共接種材料（「ＣｏＩｎｏｃ」）戦略を試験した（図４Ａを参照）。ＣｏＳｔｏｃｋ戦略では、それぞれのクローンのグリセロールストックを等モル比で混合し、プレ培養物（１．２ｍＬ ＬＢ ＡＰＳアンピシリン［１００ｍｇ／Ｌ］）の接種材料として使用した。４つのクローンの混合物については、各グリセロールストックから１５μＬ（ＯＤ６００＝１）を使用した（合計６０μＬ）。５つのクローンの混合物については、各グリセロールストックから１２．５μＬ（ＯＤ６００＝１）を使用した（合計６０μＬ）。プレ培養物のＯＤ６００が１０に達した後、それらのプレ培養物を本培養物の接種材料として使用した。ＣｏＩｎｏｃ戦略では、各個別のグリセロールストックの６０μＬ（ＯＤ６００＝１）を個別のプレ培養物（１．２ｍＬ ＬＢ ＡＰＳアンピシリン［１００ｍｇ／Ｌ］）の接種材料として使用した。各クローンの培養は、個別の培養物のＯＤ６００が１０に達するまでプレ培養物中で別個に実施した。前記プレ培養物の混合物を本培養物の接種に使用した。
両方の戦略とも、本培養物はＯＤ６０００．２の濃度まで成長させた。各本培養物にコピーカッター（商標）（ＣｏｐｙＣｕｔｔｅｒ（商標））誘導溶液を加えた。約７時間後、それぞれの培養物が対数後期に達したところで細胞を回収した。その後、ｐＤＮＡを抽出し、分光測定法で計測し、定量的に分析した（制限酵素分析、シーケンシング、定量的ＰＣＲ）。それぞれの共培養レプリケート（幾つかのレプリケートによるＣｏＳｔｏｃｋ戦略及びＣｏＩｎｏｃ戦略）の成長特徴は、実施例７に概説するとおり観察した。結果は図４Ｂに示す。
結果：
図４は、試験したそれぞれのセットアップ（ＣｏＩｎｏｃ戦略、ＣｏＳｔｏｃｋ戦略、４−ｍｉｘ、及び５−ｍｉｘ）に大きな違いが認められなかったことを示しており、それぞれの共培養物の全体的な成長特徴が互いに同等であったことが示唆される。この実験では、ＣｏＳｔｏｃｋ培養レプリケートが極めて均一な成長挙動を示し、試料間のばらつきが極めて小さかった。
上記をまとめると、このデータは、幾つかの異なるクローンの共培養がロバストな且つ再現性のある形で機能することを示している。従って、ＲＮＡインビトロ転写用のｐＤＮＡ混合物の作成を共培養物の細菌増幅によって達成することができ、これはＲＮＡ混合物ベースの治療薬の作製プロセスを合理化し、改善するものである。
実施例９：ｐＤＮＡ鋳型混合物を使用したＲＮＡインビトロ転写
この実験の目標は、ｐＤＮＡカクテルを鋳型として使用したＲＮＡインビトロ転写によってｍＲＮＡ混合物を１つの反応で作成し得ることを示すことであった。本例では、４−ｍｉｘ及び５−ｍｉｘ ＲＮＡ混合物を作製した（表２及び表３を参照）。
９．１ ｐＤＮＡ鋳型混合物の作成：
初めに、ｍｉｘ−４及びｍｉｘ−５のｐＤＮＡ（表２を参照）をそれぞれの消化緩衝液中で６０μＬ ＥｃｏＲＩ（１０Ｕ／μＬ）酵素を使用して別個に線状化した（各２００μｇのｐＤＮＡ）。これらの反応物を３７℃で４〜５時間インキュベートした。線状化したｐＤＮＡをイソプロパノール沈殿を用いて回収した。得られた線状化ｐＤＮＡ試料をＷＦＩ中に再溶解し、アガロースゲル電気泳動を用いて線状化の完全性に関して分析した。これらの線状化ｐＤＮＡ鋳型を使用してｐＤＮＡ ｍｉｘ−４及びｍｉｘ−５混合物を作成した（各０．０９μｇ／μＬの線状化ｐＤＮＡ）。
９．２ ｐＤＮＡ鋳型混合物を使用したＲＮＡインビトロ転写：
トリスＨＣｌ転写緩衝液中のキャップアナログ（４×ＧＴＰ）、２５００Ｕ／ｍＬ Ｔ７ポリメラーゼ、２４ｍＭ ＭｇＣｌ２、５Ｕ／ｍＬピロホスファターゼ（ＰＰａｓｅ）、及び０．２Ｕ／μＬリボロック（Ｒｉｂｏｌｏｃｋ）を含む配列最適化ＮＴＰ−ｍｉｘ（１３．４５ｍＭ）の存在下においてそれぞれのｍｉｘ−４及びｍｉｘ−５ ｐＤＮＡ混合物（合計２５μｇ／ｍＬ ＤＮＡ）でＲＮＡインビトロ転写を実施した。これらの反応物を３７℃でインキュベートした。９０分間のインキュベーション時間後、トリスＨＣｌ転写緩衝液及びＮＴＰを加え（２６．９ｍＭ最終ＮＴＰ濃度）、３７℃で更に５時間インキュベートした。その後、ＤＮアーゼＩ消化を用いてＤＮＡ鋳型を除去した。この消化反応を２５ｍＭ ＥＤＴＡで停止させ、試料をＬｉＣｌ沈殿に供した。沈殿したＲＮＡをＷＦＩ中に再溶解した。その後ＲＮＡアガロースゲル電気泳動を用いてＲＮＡを分析した（図５を参照）。ＲＮＡ混合物の組成を定量的及び定性的に分析した（図６を参照）。更に、得られたＲＮＡ組成物はＮＧＳ及びｑＰＣＲを用いて特徴付けられる。得られたｍＲＮＡ混合物は更に実施例６に従い製剤化されてもよい。
９．３ 結果：
ＲＮＡアガロースゲル電気泳動（図５Ａを参照）から、対照反応（単一ＲＮＡ調製物）、ｍｉｘ−４反応物及びｍｉｘ−５反応物についてＲＮＡが同等の量で作製されたことが示された。標準、ｍｉｘ−４及びｍｉｘ−５について予想されたサイズで定義付けられたバンドが現れた。更に、副産物を決定することはできず、それぞれのデュプリケートにおけるバンド強度のばらつきは認めることができなかった。このデータは、ｐＤＮＡ混合物を鋳型として使用した１つのＲＮＡインビトロ転写反応でのＲＮＡ混合物の作成が実現可能であることを実証している。更にこのデータは、このＲＮＡインビトロ反応が予想産物をロバストでクリーンな且つ再現性のある形で生じさせることを実証している。
図６は、ｐＤＮＡ鋳型混合物に対するＲＮＡインビトロ転写によって、単一ＲＮＡ調製物から得られるのと同等の量のＲＮＡが生じることを示している。更に、このデータは、ｍｉｘ−４及びｍｉｘ−５ ＲＮＡ調製物における試料間のばらつきが極めて小さいことを示しており、このプロセスがロバストで再現性のある形で機能することが示唆される。
上記をまとめると、これらのデータは、ｐＤＮＡ混合物に対するＲＮＡインビトロ転写がロバストで再現性のある形で機能することを示している。更に、得られるＲＮＡ混合物は単一ＲＮＡ調製物と同じ品質特性を示す。従って、本発明のＲＮＡインビトロ転写手順はＲＮＡ混合物ベースの治療薬の作製プロセスを合理化及び効率化する。
実施例１０：調製用ＰＣＲと続くＲＮＡインビトロ転写を用いた鋳型カクテルの作製
この実験の目標は、ＤＮＡ混合物に対するＰＣＲがＲＮＡインビトロ転写用のＤＮＡ鋳型混合物の作成に好適かどうかを評価することであった。
１０．１ ＰＣＲ増幅ＤＮＡ鋳型混合物の作成：
ＰＣＲ鋳型として、４−ｍｉｘ ｐＤＮＡ混合物を使用した（実施例９．１を参照）。ＷＦＩ中の全ての成分の最終濃度は、１×ＫＡＰＡハイファイ・ホットスタート・レディミックス（ＫＡＰＡ ＨｉＦｉ ＨｏｔＳｔａｒｔ ＲｅａｄｙＭｉｘ）、１ｎｇ ４−ｍｉｘ ＤＮＡ混合物、１Ｍベタイン、０．３μＭ Ｔ７フォワードプライマー、及び０．３μＭリバースプライマーであった。ＰＣＲは市販のサーモサイクラーを使用して実施した。得られたＰＣＲ産物混合物をアジェンコート（登録商標）（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ（登録商標））エーエムピュア（登録商標）（ＡＭＰｕｒｅ（登録商標））ＸＰキットを（製造者の指示に従い）使用して精製し、４−ｍｉｘ ＰＣＲ産物に対する制限酵素分析で分析すると、各産物が同程度に増幅されたことが明らかになった（図７を参照）。加えて、ＮＧＳを用いてＰＣＲ産物を分析した（図９）。
１０．２ ＰＣＲ増幅ＤＮＡ鋳型混合物を使用したＲＮＡインビトロ転写：
得られた精製４−ｍｉｘ ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物を実施例９．２に記載するとおりのＲＮＡインビトロ転写に使用した。作製されたＲＮＡ混合物の組成物をＲＮＡアガロースゲル電気泳動（図８を参照）及びＮＧＳ（図９を参照）を用いて定量的及び定性的に分析した。更に、得られたＲＮＡ分子組成物はｑＰＣＲを用いて特徴付けられる。得られたｍＲＮＡ混合物は更に実施例６に従い製剤化されてもよい。
１０．３ 結果：
図７は、ＲＮＡインビトロ転写によるＲＮＡ混合物の作製用鋳型として使用することのできるＤＮＡ混合物の増幅及び作成にＰＣＲが好適であることを示している。得られた４−ｍｉｘ ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物中には各ＰＣＲ産物が存在した。
ＲＮＡ ＡＧＥ（図８を参照）から、対照反応物（対照ＲＮＡ）及びｍｉｘ−４反応物についてＲＮＡが同等の量で作製されたことが示された。対照及びｍｉｘ−４について予想されたサイズで定義付けられたバンドが現れた。更に、副産物を決定することはできず、それぞれのデュプリケートにおけるバンド強度のばらつきは認めることができなかった。このデータは、ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物を鋳型として使用した１つの反応でのＲＮＡインビトロ転写によるＲＮＡ混合物の作成が実現可能であることを実証している。加えて、このデータは、このＲＮＡインビトロ反応が予想産物をロバストでクリーンな且つ再現性のある形で生じさせることを実証している。
次世代シーケンシング（図９を参照）から、ＤＮＡ鋳型混合物の同時ＰＣＲ増幅によってほぼ等量のＤＮＡが生じたことが示された。加えて、ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物を同時ＲＮＡインビトロ転写の鋳型として使用して均一なＲＮＡ混合物（４−ｍｉｘ）が作成され（２５：２７：２５：２２）、これは１：１：１：１の理論的に予想される比とほぼ一致した。顕著には、ＮＧＳ結果もまたこのプロセスの線形性を実証しており、これはつまり、ＰＣＲで作成された混合物の比が最終的なＲＮＡ混合物の比と一致したことを意味する。従って、これらの結果は、本発明の方法が適用又は目的に応じて他の比のＲＮＡ混合物の作成にも好適であることを示している。
上記をまとめると、このデータは、ＰＣＲ増幅ＤＮＡ混合物に対するＲＮＡインビトロ転写がロバストで再現性のある形で機能することを示している。更に、得られたＲＮＡ混合物は単一ＲＮＡ調製物と同じ品質特性を示す。従って、本発明のＲＮＡインビトロ転写手順はＲＮＡ混合物ベースの治療薬の作製プロセスを合理化及び効率化する。
実施例１１：オンチップＰＣＲと続くＲＮＡインビトロ転写を用いた鋳型カクテルの作製
固定化した合成ＤＮＡの混合物を有するチップを調製用ＰＣＲの鋳型として使用する（ＤＮＡチップはツイスト・バイオサイエンス（ＴＷＩＳＴ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）から入手）。調製用ＰＣＲは本質的に実施例１０に従い実施する。得られたＰＣＲ産物を精製し、ＲＮＡインビトロ転写に使用してＲＮＡの混合物を作成し（本質的に実施例１０に従い実施する）、定量的及び定性的測定（例えば、ＲＮＡ ＡＧＥ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ＮＧＳ、及び分光法）に供する。その後、精製ステップ（例えばピュアメッセンジャー（登録商標）（ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標））；国際公開第２００８０７７５９２号パンフレット）、及び任意選択で製剤化ステップ（例えば、プロタミン複合体形成、ＬＮＰ封入）を実施する。
実施例１２：ｄｂＤＮＡ鋳型と続くＲＮＡインビトロ転写を用いた鋳型カクテルの作製
ＤＮＡ鋳型を増幅し、増幅されたＤＮＡを閉じた線状の「ドギーボーン」ＤＮＡ（ｄｂＤＮＡ）に変換するインビトロ無細胞プロセスを行い、続くＲＮＡインビトロ転写用のＤＮＡ混合物を作成する。ローリングサークルＤＮＡ鋳型増幅及びｄｂＤＮＡの作成は、国際公開第２０１０／０８６６２６号パンフレットに従い実施する。得られたｄｂＤＮＡ鋳型を適切な制限酵素（例えばＥｃｏＲＩ）を使用して個別に線状化し、精製して混合することにより、線状化鋳型混合物（例えば、ｍｉｘ−４、ｍｉｘ−５；例えば表２を参照）を作成する。これらの線状化鋳型混合物を使用してＲＮＡインビトロ転写し（本質的に実施例９に従い実施する）、定量的及び定性的測定（例えば、ＲＮＡ ＡＧＥ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ＮＧＳ、及び分光法）に供する。その後、精製ステップ（例えばピュアメッセンジャー（登録商標）（ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標））；国際公開第２００８０７７５９２号パンフレット）及び任意選択で製剤化ステップ（例えば、プロタミン複合体形成、ＬＮＰ封入）を実施する。

Claims (39)

  1. ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含むリボ核酸（ＲＮＡ）分子組成物を作製する方法であって、以下のステップ：
    ａ）単一の反応槽におけるｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物の同時ＲＮＡインビトロ転写ステップであって、前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、それにより前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種が作成されるステップ、及び
    ｂ）ステップａ）で作成されたｎ個の異なるＲＮＡ分子種を含む前記ＲＮＡ分子組成物を得るステップ
    ［ｎは少なくとも２の整数であり、及びｍは少なくとも２の整数である］を含む方法。
  2. ステップａ）の前に、
    ｃ１）細菌増幅を用いて前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、
    ｃ２）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、
    ｃ３）化学的ＤＮＡ合成を用いて前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、及び
    ｃ４）酵素増幅を用いて、例えばローリングサークル増幅によって前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物を作成するステップ、の少なくとも１つ
    を更に含む、請求項１に記載の方法。
  3. ステップｃ１）が、
    ｄ）細菌細胞培養物を前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物のうちの少なくとも１つの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換するステップであって、各ＤＮＡプラスミド種が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ
    を含む、請求項２に記載の方法。
  4. ステップｃ１）が、
    ｄ１）ｍ個の単一細菌細胞培養物を各々、前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種のうちの単一ＤＮＡプラスミド種で形質転換するステップであって、前記単一ＤＮＡプラスミド種が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ、又は
    ｄ２）単一細菌細胞培養物をｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物で形質転換するステップであって、各ＤＮＡプラスミド種が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードするステップ
    を含む、請求項３に記載の方法。
  5. ｅ）前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の混合物の各ＤＮＡプラスミド種につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及び
    ｆ）ステップｅ）で単離した前記少なくとも１つの単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップ
    を更に含む、請求項３又は４に記載の方法。
  6. ステップｄ１）の後に、以下のステップ：
    ｅ１）ステップｄ１）で形質転換した前記ｍ個の単一細菌細胞培養物の各々の少なくとも１つの単一細菌細胞クローンを単離するステップ、
    ｆ１）ステップｅ１）で単離した前記単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞培養物において成長させるステップ、
    ｇ１）任意選択で、ステップｆ１）で成長させた前記細菌細胞クローン培養物の各々の前記ＤＮＡプラスミド種のアイデンティティを決定するステップ、
    ｈ１）前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップ
    を更に含む、請求項４に記載の方法。
  7. ステップｄ２）の後に、以下のステップ：
    ｅ２）少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンを単離するステップ、及び
    ｆ２）ステップｅ２）で単離した前記少なくともｍ個の単一細菌細胞クローンの各々を別個の細菌細胞クローン培養物において成長させるステップ、
    ｇ２）ステップｆ２）で成長させた前記少なくともｍ個の単一細菌細胞クローン培養物の各々の前記ＤＮＡプラスミド種のアイデンティティを決定するステップ、
    ｈ２）前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物を選択するステップ
    を更に含む、請求項４に記載の方法。
  8. ｉ）前記少なくとも１つの単一細菌細胞クローン培養物の少なくとも１つの成長動態パラメータ及びプラスミドＤＮＡの量の少なくとも一方を決定するステップ、及び
    ｊ）前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つ以上の細菌細胞クローン培養物をステップｉ）で決定された前記パラメータに応じて選択するステップ、好ましくは前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々につき１つの細菌細胞クローン培養物を選択するステップ
    を更に含む、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
  9. ステップｉ）が、
    ｉ１）ある時間間隔後に前記細菌細胞クローン培養物の光学濃度を好ましくはマイクロプレートリーダーを使用して測定することによるか、又は散乱光オンライン測定によって成長動態パラメータを決定するステップ、及び
    ｉ２）細菌細胞培養物の容積及び時間当たりに産生されたプラスミドの量を決定するステップ、の少なくとも一方
    を含む、請求項８に記載の方法。
  10. 前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について前記選択された１つ以上の細菌細胞クローン培養物が、同様又は同一の成長動態及び同様又は同一のＤＮＡ産生レベルの少なくとも一方を呈し、好ましくは、前記同様の又は等しい成長動態及び同様同一のＤＮＡ産生レベルの少なくとも一方が、可能な限り高い、請求項８又は９に記載の方法。
  11. ステップｃ１）が、
    ｋ１）ステップｊ）で前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された前記１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量を単一の反応槽において接種して成長させるステップ、又は
    ｋ２）ステップｊ）で前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について選択された前記１つ以上の細菌細胞クローン培養物のうちの少なくとも１つのある量を前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々について別個の１つ以上の反応槽において接種して成長させるステップであって、任意選択で前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の１つ以上の細菌細胞クローン培養物を単一の反応槽で一緒に成長させるステップ
    を更に含む、請求項２〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 等量の各細菌細胞クローン培養物を接種する、請求項１１に記載の方法。
  13. ステップｋ１又はｋ２）で接種に使用される各細菌細胞クローン培養物の量が、前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種の各々が等しい又は同様の量で得られるように選択される、請求項１１又は１２に記載の方法。
  14. ステップｃ１）が、
    ｌ）ステップｋ１）及びｋ２）の少なくとも一方で成長させた前記細菌細胞クローン培養物の前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を得るステップ、
    ｍ）任意選択で、ステップｌ）で得られた前記ｍ個の異なるＤＮＡプラスミド種を線状化するステップ、及び
    ｎ）前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の混合物を得るステップ
    を更に含む、請求項２〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. ステップａ）の前に、
    ｏ）前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の各々の転写効率パラメータを決定するステップ
    を更に含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記ＲＮＡ分子組成物中の前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々の量が、前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の混合物中の対応するＤＮＡ分子種の量に比例する又は少なくとも９０％比例する、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. ステップｂ）が、
    ｐ）前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種を任意選択でＨＰＬＣによって精製するステップ
    を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. ｑ）ステップｂ）で得られた前記ＲＮＡ分子組成物を定性的及び定量的の少なくとも一方で分析するステップ
    を更に含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種のＤＮＡ配列が互いに少なくとも８０％同一である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の前記ＤＮＡプラスミド種が同じプラスミド骨格を有する、請求項３〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の前記ＤＮＡプラスミド種のオープンリーディングフレームが互いに少なくとも８０％同一である、請求項３〜２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記ｍ個の異なるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子種の前記ＤＮＡプラスミド種のオープンリーディングフレームが、その長さのばらつきが最大で１００又は５０ヌクレオチドである、請求項３〜２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のＲＮＡ配列が互いに少なくとも８０％同一である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々が、ある病原体の異なる血清型又は株の抗原、異なるアレルゲン、異なる自己免疫抗原、ある病原体の異なる抗原、異なるアジュバントタンパク質、癌又は腫瘍抗原の異なるアイソフォーム又は変異体、１人の患者の異なる腫瘍抗原、タンパク質又はタンパク質群の異なるエピトープを標的とする抗体群の中の１つの抗体、ある代謝経路の異なるタンパク質、対象の欠陥であるタンパク質群の中の単一のタンパク質、又はある分子療法用タンパク質の異なるアイソフォームをコードする、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記病原体が、ウイルス、細菌、プリオン、真菌、原生動物、ウイロイド、及び寄生虫からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記病原体が、アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）、アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、ブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）、ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）、溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）、バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）、ＢＫウイルス、ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ボレリア属種（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｓｐｐ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、マレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐｐ）、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、ＣＪＤプリオン、肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、コクシジオイデス属種（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｓｐｐ）、コロナウイルス類、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）、二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）、エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４、肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）、ＦＦＩプリオン、フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）、フラビウイルス類、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、顎口虫属種（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｐ）、ＧＳＳプリオン、グアナリトウイルス、軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパウイルス）、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）、日本脳炎ウイルス、ＪＣウイルス、フニンウイルス、キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）、クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、クーループリオン、ラッサウイルス、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、マチュポウイルス、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ）、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）、微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、ムンプスウイルス、らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）及びマイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）、肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、フォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）、アメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、ノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ノカルジア属種（Ｎｏｃａｒｄｉａ ｓｐｐ）、回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）、ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（インフルエンザ）、パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、肺吸虫属種（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｓｐｐ）、ウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）、パルボウイルスＢ１９、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、ライノウイルス、ライノウイルス類、痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）、リフトバレー熱ウイルス、ロタウイルス、風疹ウイルス、サビアウイルス、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）、ＳＡＲＳコロナウイルス類、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、シンノンブレウイルス、ハンタウイルス、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）、テニア属（Ｔａｅｎｉａ）、有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）、旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）、膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）、ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）、クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、大痘瘡又は小痘瘡、ｖＣＪＤプリオン、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ウエストナイルウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）、黄熱病ウイルス、腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、及び偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）からなる群から選択され、好ましくは前記病原体が、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、デングウイルス類、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、狂犬病ウイルス、ロタウイルス及び黄熱病ウイルスからなる群から選択される、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々が、アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）及びアシネトバクター感染症のインフルエンザ赤血球凝集素、インフルエンザノイラミニダーゼ、インフルエンザ核タンパク質、コロナウイルス糖タンパク質、前立腺特異抗原、外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、バイオフィルム関連タンパク質Ｂａｐ、輸送タンパク質ＭｕｃＫ；ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）の可変表面糖タンパク質（ＶＳＧ）、微小管結合タンパク質ＭＡＰＰ１５、トランスシアリダーゼ（ＴＳＡ）；ＨＩＶのＨＩＶ ｐ２４抗原、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）エンベロープタンパク質Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、及びＧｐ１６０、ポリタンパク質ＧＡＧ、陰性因子タンパク質Ｎｅｆ、転写トランス活性化因子（Ｔａｔ）；赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）のガラクトース阻害性接着タンパク質（ＧＩＡＰ）、２９ｋＤａ抗原Ｅｈ２９、Ｇａｌ／ＧａｌＮＡｃレクチン、タンパク質ＣＲＴ、１２５ｋＤａ免疫優性抗原、タンパク質Ｍ１７、アドヘシンＡＤＨ１１２及びタンパク質ＳＴＩＲＰ；アナプラズマ属（Ａｎａｐｌａｓｍａ）の主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質（ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４）；炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）の防御抗原ＰＡ、浮腫因子ＥＦ、致死因子ＬＦ、Ｓ層相同性タンパク質（ＳＬＨ）；溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）のアクラノリシン（ａｃｒａｎｏｌｙｓｉｎ）、ホスホリパーゼＤ、コラーゲン結合タンパク質ＣｂｐＡ；フニンウイルスのヌクレオカプシドタンパク質（ＮＰ）、糖タンパク質前駆体ＧＰＣ、糖タンパク質ＧＰ１、糖タンパク質ＧＰ２；回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）のキチンタンパク質層タンパク質、１４ｋＤａ表面抗原（ｓｕａｒｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）Ａ１４、主要精子タンパク質（ＭＳＰ）、ＭＳＰ重合オーガナイズタンパク質（ＭＰＯＰ）、ＭＳＰ線維タンパク質２（ＭＦＰ２）、ＭＳＰ重合活性化キナーゼ（ＭＰＡＫ）、ＡＢＡ−１様タンパク質（ＡＬＢ）、タンパク質ＡＢＡ−１、クチクリン（ＣＵＴ−１）；アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）の４１ｋＤａアレルゲンＡｓｐ ｖ１３、アレルゲンＡｓｐ ｆ３、主要分生子表面タンパク質ロッドレットＡ、プロテアーゼＰｅｐ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｇｅｌ１ｐ、ＧＰＩアンカー型タンパク質Ｃｒｆ１ｐ；アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）のファミリーＶＰ２６タンパク質、ＶＰ２９タンパク質；バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）の桿小体結合タンパク質１（ＲＡＰ−１）、メロゾイト表面抗原ＭＳＡ−１、ＭＳＡ−２（ａ１、ａ２、ｂ、ｃ）、１２Ｄ３、１１Ｃ５、２１Ｂ４、Ｐ２９、変異赤血球表面抗原ＶＥＳＡ１、頂端膜抗原１（ＡＭＡ−１）；セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）の溶血毒素、エンテロトキシンＣ、ＰＸＯ１−５１、グリコール酸オキシダーゼ、ＡＢＣトランスポーター、ペニシリン結合（ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ−ｂｉｎｇｄｎ）タンパク質、亜鉛トランスポーターファミリータンパク質、プソイドウリジンシンターゼＲｓｕ、プラスミド複製タンパク質ＲｅｐＸ、オリゴエンドペプチダーゼＦ、プロファージ膜タンパク質、タンパク質ＨｅｍＫ、鞭毛抗原Ｈ、２８．５ｋＤａ細胞表面抗原；ＢＫウイルスのラージＴ抗原ＬＴ、スモールＴ抗原、カプシドタンパク質ＶＰ１、カプシドタンパク質ＶＰ２；ヒトブラストシスチス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）の２９ｋＤａタンパク質、カスパーゼ−３様抗原、糖タンパク質類；ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）の酵母表面アドヘシンＷＩ−１；マチュポウイルスの核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質（ＧＰ）；ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）の細胞表層タンパク質Ａ（ＯｓｐＡ）、細胞表層タンパク質Ｂ（ＯｓｐＢ）、細胞表層タンパク質Ｃ（ＯｓｐＣ）、デコリン結合タンパク質Ａ（ＤｂｐＡ）、デコリン結合タンパク質Ｂ（ＤｂｐＢ）、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ前駆体（ＢｍｐＡ）（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ；ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）のボツリヌス神経毒素ＢｏＮＴ／Ａ１、ＢｏＮＴ／Ａ２、ＢｏＮＴ／Ａ３、ＢｏＮＴ／Ｂ、ＢｏＮＴ／Ｃ、ＢｏＮＴ／Ｄ、ＢｏＮＴ／Ｅ、ＢｏＮＴ／Ｆ、ＢｏＮＴ／Ｇ、組換えボツリヌス毒素Ｆ Ｈｃドメイン（ＦＨｃ）；サビアウイルスのヌクレオカプシド、糖タンパク質前駆体；ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）の銅／亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ（ＳｏｄＣ）、バクテリオフェリチン（Ｂｆｒ）、５０Ｓリボソームタンパク質ＲｐｌＬ、ＯｍｐＡ様膜貫通ドメイン含有タンパク質Ｏｍｐ３１、免疫原性３９ｋＤａタンパク質Ｍ５ Ｐ３９、亜鉛ＡＢＣトランスポーターペリプラズム亜鉛結合タンパク質（ｚｉｎｃ−ｂｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）ｚｎｕＡ、ペリプラズム免疫原性タンパク質Ｂｐ２６、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２ ＲｐｓＬ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼギャップ、２５ｋＤａ外膜免疫原性タンパク質前駆体Ｏｍｐ２５、侵入タンパク質Ｂ ｌａｌＢ、トリガー因子Ｔｉｇ、分子シャペロンＤｎａＫ、推定ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼＳｕｒＡ、リポタンパク質Ｏｍｐ１９、外膜タンパク質ＭｏｔＹ Ｏｍｐ１６、保存外膜タンパク質Ｄ１５、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（Ｍｄｈ）、ＩＶ型分泌系（Ｔ４ＳＳ）の成分ＶｉｒＪ、未知機能のリポタンパク質ＢＡＢ１＿０１８７；バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）種のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ（ＢｉｍＡ）、細菌伸長因子−Ｔｕ（ＥＦ−Ｔｕ）、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質；マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）のミコリルトランスフェラーゼＡｇ８５Ａ、熱ショックタンパク質６５（Ｈｓｐ６５）、タンパク質ＴＢ１０．４、１９ｋＤａ抗原、タンパク質ＰｓｔＳ３、熱ショックタンパク質７０（Ｈｓｐ７０）；カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、ノロウイルス及びサポウイルスのノロウイルスメジャー及びマイナーウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１及びＶＰ２、ゲノムポリタンパク質、サポウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、タンパク質Ｖｐ３、ゲノムポリタンパク質（ｇｅｏｍｅ ｐｏｌｙｐｒｏｔｅｉｎ）；カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）の主要外膜タンパク質ＰｏｒＡ、フラジェリンＦｌａＡ、表面抗原ＣｊａＡ、フィブロネクチン結合タンパク質ＣａｄＦ、アスパラギン酸／グルタミン酸結合ＡＢＣトランスポータータンパク質Ｐｅｂ１Ａ、タンパク質ＦｓｐＡ１、タンパク質ＦｓｐＡ２；カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）及び他のカンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）種の解糖酵素エノラーゼ、分泌型アスパルチルプロテイナーゼＳＡＰ１−１０、グリコホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）結合細胞壁タンパク質、タンパク質Ｈｙｒ１、補体受容体３関連タンパク質（ＣＲ３−ＲＰ）、アドヘシンＡｌｓ３ｐ、熱ショックタンパク質９０ｋＤａ（Ｈｓｐ９０）、細胞表面疎水性タンパク質（ＣＳＨ）；バルトネラ・ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）の１７ｋＤａ抗原、タンパク質Ｐ２６、三量体オートトランスポーターアドヘシンＴＡＡ、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）アドヘシンＡ ＢａｄＡ、可変発現外膜タンパク質Ｖｏｍｐｓ、タンパク質Ｐａｐ３、タンパク質ＨｂｐＡ、エンベロープ結合プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質ＯＭＰ８９、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＬａｌＢ、タンパク質ＯＭＰ４３、ジヒドロリポアミドスクシニルトランスフェラーゼＳｕｃＢ；クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）のアマスチゴート表面タンパク質−２、アマスチゴート特異的表面タンパク質ＳＳＰ４、クルジパイン、トランスシアリダーゼＴＳ、トリポマスチゴート表面糖タンパク質ＴＳＡ−１、補体調節タンパク質ＣＲＰ−１０、タンパク質Ｇ４、タンパク質Ｇ２、パラキソネマルロッドタンパク質（ｐａｒａｘｏｎｅｍａｌ ｒｏｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＰＡＲ２、パラフラジェラーロッド成分（ｐａｒａｆｌａｇｅｌｌａｒ ｒｏｄ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）Ｐａｒ１、ムチン結合表面タンパク質ＭＰＳＰ；水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）のエンベロープ糖タンパク質（ｇＢ、ｇＣ、ｇＥ、ｇＨ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＬ）；トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）の主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０及びＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌装置からのタンパク質、リボヌクレオチド還元酵素スモール鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外膜タンパク質Ｎ（ＣｏｐＮ）、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８；肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎クラミジア感染症の低カルシウム応答タンパク質Ｅ（ＬＣｒＥ）、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）、外膜タンパク質２（Ｏｍｐ２）、多形膜タンパク質ファミリー、例えば（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０及びＰｍｐ２１；コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）のコレラ毒素Ｂ（ＣＴＢ）、毒素共調節ピリンＡ（ＴｃｐＡ）、毒素共調節ピリン（ＴｃｐＦ）、毒素共調節線毛生合成タンパク質Ｆ（ＴｃｐＦ）、コレラエンテロトキシンサブユニットＡ、コレラエンテロトキシンサブユニットＢ、耐熱性エンテロトキシンＳＴ、マンノース感受性赤血球凝集素（ＭＳＨＡ）、外膜タンパク質Ｕポーリン（ｏｍｐＵ）、ポーリングＢタンパク質（Ｐｏｒｉｎｇ Ｂ ｐｒｏｔｅｉｎ）、多形膜タンパク質−Ｄ；肝吸虫（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）のプロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼＰＣＣ、１４−３−３タンパク質、プロヒビチン、システインプロテアーゼ類、グルタチオントランスフェラーゼ類、ゲルゾリン、カテプシンＬプロテイナーゼＣａｔＬ、テグメントタンパク質２０．８ｋＤａ ＴＰ２０．８、テグメントタンパク質３１．８ｋＤａ ＴＰ３１．８、リゾホスファチジン酸ホスファターゼＬＰＡＰ；クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の表層タンパク質ＳＬＰ、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ抗原ＧＤＨ、毒素Ａ、毒素Ｂ、システインプロテアーゼＣｗｐ８４、システインプロテアーゼＣｗｐ１３、システインプロテアーゼＣｗｐ１９、細胞壁タンパク質ＣｗｐＶ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＣ、鞭毛タン


    パク質ＦｌｉＤ；ライノウイルス類及びコロナウイルス類のライノウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４；コロナウイルススパイクタンパク質（ｓｐｒｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｓ、エンベロープタンパク質Ｅ、膜タンパク質Ｍ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｎ；プリオンタンパク質Ｐｒｐ（ＣＪＤプリオン）；クリミア・コンゴ出血熱ウイルスのエンベロープタンパク質Ｇｃ、エンベロープタンパク質Ｇｎ、ヌクレオカプシドタンパク質；クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）のビルレンス関連ＤＥＡＤボックスＲＮＡヘリカーゼＶＡＤ１、ガラクトキシロマンナンタンパク質ＧａｌＸＭ、グルクロノキシロマンナンＧＸＭ、マンノプロテインＭＰ；クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）の酸性リボソームタンパク質Ｐ２ ＣｐＰ２、ムチン抗原Ｍｕｃ１、Ｍｕｃ２、Ｍｕｃ３Ｍｕｃ４、Ｍｕｃ５、Ｍｕｃ６、Ｍｕｃ７、表面接着タンパク質ＣＰ２０、表面接着タンパク質ＣＰ２３、表面タンパク質ＣＰ１２、表面タンパク質ＣＰ２１、表面タンパク質ＣＰ４０、表面タンパク質ＣＰ６０、表面タンパク質ＣＰ１５、表面関連グリコペプチドｇｐ４０、表面関連グリコペプチドｇｐ１５、オーシスト壁タンパク質ＡＢ、プロフィリンＰＲＦ、アピラーゼ；例えばブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）及びその他の皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）などの病原体の脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１（ＦＡＲ−１）、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子（ＴＩＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、成体特異的分泌第Ｘａ因子セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１；有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）のカテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ；サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）のｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部テグメントタンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、糖タンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９；デングウイルス類（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）−フラビウイルス類のカプシドタンパク質Ｃ、プレ膜タンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）の３９ｋＤａタンパク質；ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）のジフテリア毒素前駆体Ｔｏｘ、ジフテリア毒素ＤＴ、ピリン特異的ソルターゼＳｒｔＡ、シャフトピリンタンパク質ＳｐａＡ、先端ピリンタンパク質ＳｐａＣ、マイナーピリンタンパク質ＳｐａＢ、表面結合タンパク質ＤＩＰ１２８１；エボラウイルス（ＥＢＯＶ）の糖タンパク質ＧＰ、核タンパク質ＮＰ、マイナーマトリックスタンパク質ＶＰ２４、メジャーマトリックスタンパク質ＶＰ４０、転写活性化因子ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ＲＮＡポリメラーゼＬ；プリオンタンパク質（ｖＣＪＤプリオン、ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）；軟性下疳菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）のＵｖｒＡＢＣ系タンパク質Ｂ、タンパク質Ｆｌｐ１、タンパク質Ｆｌｐ２、タンパク質Ｆｌｐ３、タンパク質ＴａｄＡ、ヘモグロビン受容体ＨｇｂＡ、外膜タンパク質ＴｄｈＡ、タンパク質ＣｐｓＲＡ、調節因子ＣｐｘＲ、タンパク質ＳａｐＡ、１８ｋＤａ抗原、外膜タンパク質ＮｃａＡ、タンパク質ＬｓｐＡ、タンパク質ＬｓｐＡ１、タンパク質ＬｓｐＡ２、タンパク質ＬｓｐＢ、外膜成分ＤｓｒＡ、レクチンＤｌｔＡ、リポタンパク質Ｈｌｐ、主要外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ２；コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）及びコクシジオイデス・ポサダシ（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｐｏｓａｄａｓｉｉ）のアスパルチルプロテアーゼ１ Ｐｅｐ１、ホスホリパーゼＢ ＰＬＢ、α−マンノシダーゼ１ ＡＭＮ１、グルカノシルトランスフェラーゼＧＥＬ１、ウレアーゼＵＲＥ、ペルオキシソームマトリックスタンパク質Ｐｍｐ１、プロリンリッチ抗原Ｐｒａ、ヒトＴ細胞応答性タンパク質（ｈｕｍａｌ Ｔ−ｃｅｌｌ ｒｅａｔｉｖｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＴｃｒＰ；例えば白癬菌属種（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ）、エピデルモフィトン属種（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｓｐｐ．）、マラセジア属種（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ．）、ホルタエア・ウェルネキイ（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）のアレルゲンＴｒｉ ｒ ２、熱ショックタンパク質６０ Ｈｓｐ６０、真菌アクチンＡｃｔ、抗原Ｔｒｉ ｒ２、抗原Ｔｒｉ ｒ４、抗原Ｔｒｉ ｔ１、タンパク質ＩＶ、グリセロール−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧｐｄ１、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ａ、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ｂ、ヒスチジンキナーゼＨｗＨｈｋ７Ｂ、アレルゲンＭａｌａ ｓ １、アレルゲンＭａｌａ ｓ １１、チオレドキシンＴｒｘ Ｍａｌａ ｓ １３、アレルゲンＭａｌａ ｆ、アレルゲンＭａｌａ ｓ；エキノコックス属（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）のタンパク質ＥＧ９５、タンパク質ＥＧ１０、タンパク質ＥＧ１８、タンパク質ＥｇＡ３１、タンパク質ＥＭ１８、抗原ＥＰＣ１、抗原Ｂ、抗原５、タンパク質Ｐ２９、タンパク質１４−３−３、８ｋＤａタンパク質、ミオフィリン（ｍｙｏｐｈｉｌｉｎ）、熱ショックタンパク質２０（ＨＳＰ２０）、糖タンパク質ＧＰ−８９、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＰＢ；エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）の主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）の分泌抗原ＳａｇＡ、ｓａｇＡ様タンパク質ＳａｌＡ及びＳａｌＢ、コラーゲンアドヘシンＳｃｍ、表面タンパク質Ｆｍｓ１ ＥｂｐＡ（ｆｍ）、Ｆｍｓ５ ＥｂｐＢ（ｆｍ）、Ｆｍｓ９ ＥｐｂＣ（ｆｍ）及びＦｍｓ１０、タンパク質ＥｂｐＣ（ｆｍ）、９６ｋＤａ免疫保護糖タンパク質Ｇ１；エンテロウイルス属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）のゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；外膜タンパク質ＯＭ、６０ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、１３４ｋＤａ外膜タンパク質、３１ｋＤａ外膜タンパク質、２９．５ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質Ａｄｒ１（ＲＰ８２７）、細胞表面タンパク質Ａｄｒ２（ＲＰ８２８）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、侵入タンパク質ｉｎｖＡ、細胞分裂タンパク質ｆｔｓ、ｓｅｃファミリーの分泌タンパク質、ビルレンスタンパク質ｖｉｒＢ、ｔｌｙＡ、ｔｌｙＣ、パルブリン様タンパク質Ｐｌｐ、プレタンパク質トランスロカーゼＳｅｃＡ、１２０ｋＤａ表面タンパク質抗原ＳＰＡ、１３８ｋＤ複合抗原、主要１００ｋＤタンパク質（タンパク質Ｉ）、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、発疹チフス）；エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）のエプスタイン・バー核抗原（ＥＢＮＡ−１、ＥＢＮＡ−２、ＥＢＮＡ−３Ａ、ＥＢＮＡ−３Ｂ、ＥＢＮＡ−３Ｃ、ＥＢＮＡ−リーダータンパク質（ＥＢＮＡ−ＬＰ））、潜伏性膜タンパク質（ＬＭＰ−１、ＬＭＰ−２Ａ、ＬＭＰ−２Ｂ）、早期抗原ＥＢＶ−ＥＡ、膜抗原ＥＢＶ−ＭＡ、ウイルスカプシド抗原ＥＢＶ−ＶＣＡ、アルカリ性ヌクレアーゼＥＢＶ−ＡＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質ｇｐ３５０、糖タンパク質ｇｐ１１０、糖タンパク質ｇｐ４２、糖タンパク質ｇＨｇＬ、糖タンパク質ｇＢ；パルボウイルスＢ１９のカプシドタンパク質（ｃｐａｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＶＰ２、カプシドタンパク質ＶＰ１、主要タンパク質ＮＳ１；ヒトヘルペスウイルス６型（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７型（ＨＨＶ−７）のｐｐ６５抗原、糖タンパク質１０５、主要カプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｈ、タンパク質Ｕ５１；肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）のチオレドキシングルタチオンレダクターゼＴＧＲ、カテプシンＬ１及びＬ２、Ｋｕｎｉｔｚ型タンパク質ＫＴＭ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ、システインプロテイナーゼＦａｓ２、サポシン様タンパク質−２ ＳＡＰ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰｘ、Ｐｒｘ−１、Ｐｒｘ−２、カテプシンｌシステインプロテイナーゼＣＬ３、プロテアーゼカテプシンＬ ＣＬ１、ホスホグリセリン酸キナーゼＰＧＫ、２７ｋＤａ分泌タンパク質、６０ｋＤａタンパク質ＨＳＰ３５α、グルタチオントランスフェラーゼＧＳＴ、２８．５ｋＤａ外被抗原２８．５ｋＤａ ＴＡ、カテプシンＢ３プロテアーゼＣａｔＢ３、Ｉ型シスタチンステフィン−１、カテプシンＬ５、カテプシンＬ１ｇ及びカテプシンＢ、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＢＰ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ；プリオンタンパク質ＦＦＩプリオン；フィラリア上科（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）の毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２；ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）のホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシ


    ンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ；フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）のロイコトキシンｌｋｔＡ、付着ＦａｄＡ、外膜タンパク質ＲａｄＤ、高分子量アルギニン結合タンパク質；例えばウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）及び他のクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種のホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、易熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、αトキソイドＡＴｄ、εトキソイドＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大型細胞毒ＴｐｅＬ、エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ；ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）のリパーゼＡ、リパーゼＢ、ペルオキシダーゼＤｅｃ１；プリオンタンパク質ＧＳＳプリオン；ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）の嚢胞壁タンパク質ＣＷＰ１、ＣＷＰ２、ＣＷＰ３、変異表面タンパク質ＶＳＰ、ＶＳＰ１、ＶＳＰ２、ＶＳＰ３、ＶＳＰ４、ＶＳＰ５、ＶＳＰ６、５６ｋＤａ抗原、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼＰＦＯＲ、アルコールデヒドロゲナーゼＥ ＡＤＨＥ、α−ジアルジン、α８−ジアルジン、α１−ジアルジン（ａｌｐｈａ１−ｇｕｉａｒｄｉｎ）、β−ジアルジン、システインプロテアーゼ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アルギニンデイミナーゼＡＤＩ、フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼ（ｂｉｓｐｈｏｓｐｈａｔ ａｌｄｏｌａｓｅ）ＦＢＡ、ジアルジア・トロフォゾイテス（Ｇｉａｒｄｉａ ｔｒｏｐｈｏｚｏｉｔｅｓ）抗原ＧＴＡ（ＧＴＡ１、ＧＴＡ２）、オルニチンカルボキシルトランスフェラーゼＯＣＴ、ストライエイトファイバーセンブリン様タンパク質（ｓｔｒｉａｔｅｄ ｆｉｂｅｒ−ａｓｓｅｂｌｉｎ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＳＡＬＰ、ウリジンホスホリル様タンパク質ＵＰＬ、α−チューブリン、β−チューブリン；鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質；有棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｉｎｉｇｅｒｕｍ）及び剛棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｈｉｓｐｉｄｕｍ）のシクロフィリンＣｙＰ、２４ｋＤａ第三期幼虫タンパク質（ｔｈｉｒｄ−ｓｔａｇｅ ｌａｒｖａｅ ｐｒｏｔｉｅｎ）ＧＳ２４、排出−分泌産物ＥＳＰ（４０、８０、１２０及び２０８ｋＤａ）；淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）のピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ；クレブシエラ・グラヌロマティス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）の外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、外膜タンパク質Ｃ ＯｍｐＣ、外膜タンパク質Ｋ１７ ＯｍｐＫ１７；化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のフィブロネクチン結合タンパク質Ｓｆｂ、フィブロネクチン／フィブリノゲン結合タンパク質ＦＢＰ５４、フィブロネクチン結合タンパク質ＦｂａＡ、Ｍタンパク質１型Ｅｍｍ１、Ｍタンパク質６型Ｅｍｍ６、免疫グロブリン結合タンパク質３５ Ｓｉｂ３５、表面タンパク質Ｒ２８ Ｓｐｒ２８、スーパーオキシドジスムターゼＳＯＤ、Ｃ５ａペプチダーゼＳｃｐＡ、抗原Ｉ／ＩＩ ＡｇＩ／ＩＩ、アドヘシンＡｓｐＡ、Ｇ関連α２−マクログロブリン結合タンパク質ＧＲＡＢ、表面原線維タンパク質Ｍ５；ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）のＣタンパク質β抗原、アルギニンデイミナーゼタンパク質、アドヘシンＢｉｂＡ、１０５ｋＤＡタンパク質ＢＰＳ、表面抗原ｃ、表面抗原Ｒ、表面抗原Ｘ、トリプシン耐性タンパク質Ｒ１、トリプシン耐性タンパク質Ｒ３、トリプシン耐性タンパク質Ｒ４、表面免疫原性タンパク質Ｓｉｐ、表面タンパク質Ｒｉｂ、ロイシンリッチリピートタンパク質ＬｒｒＧ、セリンリッチリピートタンパク質Ｓｒｒ−２、Ｃタンパク質α抗原Ｂｃａ、Β抗原Ｂａｇ、表面抗原Ε、α様タンパク質ＡＬＰ１、α様タンパク質ＡＬＰ５、表面抗原δ、α様タンパク質ＡＬＰ２、α様タンパク質ＡＬＰ３、α様タンパク質ＡＬＰ４、Ｃβタンパク質Ｂａｃ；インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）のトランスフェリン結合タンパク質２ Ｔｂｐ２、ホスファターゼＰ４、外膜タンパク質Ｐ６、ペプチドグリカン結合リポタンパク質Ｐａｌ、タンパク質Ｄ、タンパク質Ｅ、接着及び透過タンパク質Ｈａｐ、外膜タンパク質２６ Ｏｍｐ２６、外膜タンパク質Ｐ５（フィンブリン）、外膜タンパク質Ｄ１５、外膜タンパク質ＯｍｐＰ２、５’−ヌクレオチダーゼＮｕｃＡ、外膜タンパク質Ｐ１、外膜タンパク質Ｐ２、外膜リポタンパク質Ｐｃｐ、リポタンパク質Ｅ、外膜タンパク質Ｐ４、フクロキナーゼＦｕｃＫ、［Ｃｕ，Ｚｎ］−スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質Ｏ１４５、α−ガラクトシルセラミド；ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス類、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１型（ＥＶ７１）、手足口病（ＨＦＭＤ））；シンノンブレウイルス、ハンタウイルスのＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ；ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）の熱ショックタンパク質ＨｓｐＡ、熱ショックタンパク質ＨｓｐＢ、クエン酸シンターゼＧｌｔＡ、タンパク質ＵｒｅＢ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、好中球活性化タンパク質ＮＡＰ、カタラーゼＫａｔＡ、空胞化サイトトキシンＶａｃＡ、ウレアーゼα ＵｒｅＡ、ウレアーゼβ Ｕｒｅｂ、タンパク質Ｃｐｎ１０、タンパク質ｇｒｏＥＳ、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ１０、タンパク質ＭｏｐＢ、細胞毒性関連１０ｋＤａタンパク質ＣＡＧ、３６ｋＤａ抗原、β−ラクタマーゼＨｃｐＡ、β−ラクタマーゼＨｃｐＢ；大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４の内在性膜タンパク質、易凝集性タンパク質、Ｏ−抗原、毒素抗原Ｓｔｘ２Ｂ、毒素抗原Ｓｔｘ１Ｂ、接着抗原断片Ｉｎｔ２８、タンパク質ＥｓｐＡ、タンパク質ＥｓｐＢ、インチミン、タンパク質Ｔｉｒ、タンパク質ＩｎｔＣ３００、タンパク質Ｅａｅ；ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）のＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリタンパク質Ｍ；ヘニパウイルス、ヘンドラウイルス又はニパウイルスの糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ、ポリメラーゼＬ、プロテインＷ、プロテインＣ、リンタンパク質ｐ、非構造タンパク質Ｖ；Ａ型肝炎ウイルスのポリタンパク質、糖タンパク質（ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｎ）Ｇｐ２、Ａ型肝炎表面抗原ＨＢＡｇ、タンパク質２Ａ、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、タンパク質Ｐ１Ｂ、タンパク質Ｐ２Ａ、タンパク質Ｐ３ＡＢ、タンパク質Ｐ３Ｄ；Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）のＢ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２ミドル表面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、ラージＳタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４；Ｃ型肝炎ウイルスのエンベロープ糖タンパク質Ｅ１ ｇｐ３２ ｇｐ３５、エンベロープ糖タンパク質Ｅ２ ＮＳ１ ｇｐ６８ ｇｐ７０、カプシドタンパク質Ｃ、コアタンパク質Ｃｏｒｅ、ポリタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、抗原Ｇ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ５Ａ；Ｄ型肝炎ウイルスのウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、ラージデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）、スモールデルタ肝炎抗原（ｈｅｐａｐｔｉｔｉｓ ｄｅｌｔａ ａｎｔｉｇｅｎ）；Ｅ型肝炎ウイルスのウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、カプシドタンパク質Ｅ２；単純ヘルペスウイルス１型及び２型（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）の糖タンパク質Ｌ ＵＬ１、ウラシル−ＤＮＡグリコシラーゼＵＬ２、タンパク質ＵＬ３、タンパク質ＵＬ４、ＤＮＡ複製タンパク質ＵＬ５、ポータルタンパク質ＵＬ６、ビリオン成熟タンパク質ＵＬ７、ＤＮＡヘリカーゼＵＬ８、複製起点結合タンパク質ＵＬ９、糖タンパク質Ｍ ＵＬ１０、タンパク質ＵＬ１１、アルカリ性エキソヌクレアーゼＵＬ１２、セリン−スレオニンプロテインキナーゼＵＬ１３、テグメントタンパク質ＵＬ１４、ターミナーゼＵＬ１５、テグメントタンパク質ＵＬ１６、タンパク質ＵＬ１７、カプシドタンパク質ＶＰ２３ ＵＬ１８、主要カプシドタンパク質ＶＰ５ ＵＬ１９、膜タンパク質ＵＬ２０、テグメントタンパク質ＵＬ２１、糖タンパク質Ｈ（ＵＬ２２）、チミジンキナーゼＵＬ２３、タンパク質ＵＬ２４、タンパク質ＵＬ２５、カプシドタンパク質Ｐ４０（ＵＬ２６、ＶＰ２４、ＶＰ２２Ａ）、糖タンパク質Ｂ（ＵＬ２７）、ＩＣＰ１８．５タンパク質（ＵＬ２８）、主要ＤＮＡ結合タンパク質ＩＣＰ８（ＵＬ２９）、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ３０、核マトリックスタンパク質ＵＬ３１、エンベロープ糖タンパク質ＵＬ３２、タンパク質ＵＬ３３、核内膜タンパク質ＵＬ３４、カプシドタンパク質ＶＰ２６（ＵＬ３５）、ラージテグメントタンパク質ＵＬ３６、カプシド集合タンパク質ＵＬ３７、ＶＰ１９Ｃタンパク質（ＵＬ３８）、リボヌクレオチド還元酵素（大サブユニット）ＵＬ３９、リボヌクレオチド還元酵素（小サブユニット）ＵＬ４０、テグメントタンパク質／ビリオン宿主シャットオフＶＨＳタンパク質（ＵＬ４１）、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子ＵＬ４２、膜タンパク質ＵＬ４３、糖タンパク質Ｃ（ＵＬ４４）、膜タンパク質ＵＬ４５、テグメントタンパク質ＶＰ１１／１２（ＵＬ４６）、テグメントタンパク質ＶＰ１３／１４（ＵＬ４７）、ビリオン成熟タンパク質ＶＰ１６（ＵＬ


    ４８、α−ＴＩＦ）、エンベロープタンパク質ＵＬ４９、ｄＵＴＰジホスファターゼＵＬ５０、テグメントタンパク質ＵＬ５１、ＤＮＡヘリカーゼ／プライマーゼ複合タンパク質ＵＬ５２、糖タンパク質Ｋ（ＵＬ５３）、転写調節タンパク質ＩＥ６３（ＩＣＰ２７、ＵＬ５４）、タンパク質ＵＬ５５、タンパク質ＵＬ５６、ウイルス複製タンパク質ＩＣＰ２２（ＩＥ６８、ＵＳ１）、タンパク質ＵＳ２、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＵＳ３、糖タンパク質Ｇ（ＵＳ４）、糖タンパク質Ｊ（ＵＳ５）、糖タンパク質Ｄ（ＵＳ６）、糖タンパク質Ｉ（ＵＳ７）、糖タンパク質Ｅ（ＵＳ８）、テグメントタンパク質ＵＳ９、カプシド／テグメントタンパク質ＵＳ１０、Ｖｍｗ２１タンパク質（ＵＳ１１）、ＩＣＰ４７タンパク質（ＩＥ１２、ＵＳ１２）、主要転写活性化因子ＩＣＰ４（ＩＥ１７５、ＲＳ１）、Ｅ３ユビキチンリガーゼＩＣＰ０（ＩＥ１１０）、潜伏期関連タンパク質１ ＬＲＰ１、潜伏期関連タンパク質２ ＬＲＰ２、ニューロビルレンス因子ＲＬ１（ＩＣＰ３４．５）、潜伏期関連転写物ＬＡＴ；ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）の熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６０、細胞表面タンパク質Ｈ１Ｃ、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ型ＤｐｐＩＶ、Ｍ抗原、７０ｋＤａタンパク質、１７ｋＤａヒストン様タンパク質；ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）及びアメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）の脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼ組織阻害因子ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害因子ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−２、成体特異的分泌第Ｘａ因子、セリンプロテアーゼ阻害因子抗凝固薬ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＧＳＴ、アスパラギン酸プロテアーゼＡＰＲ−１、アセチルコリンエステラーゼＡＣｈＥ；ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）のタンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＰ１、タンパク質ＶＰ１、タンパク質ＶＰ２、タンパク質ＶＰ３；エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇ・奄堰jの主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）の主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系（ｓｅｃｒｅｏｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ）タンパク質ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４；ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）のタンパク質ＮＳ１、スモール疎水性タンパク質ＮＳ２、ＳＨタンパク質、融合タンパク質Ｆ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ；エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）の主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質（ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｄｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤＡ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質；ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複製タンパク質Ｅ１、調節タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、主要カプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２；ヒトパラインフルエンザウイルス類（ＨＰＩＶ）の融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼ（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ−ｎｅｕｒａｍｉｄａｓｅ）ＨＮ、糖タンパク質Ｇ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ；オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、インフルエンザウイルス（流感）の赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外輸送タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質；日本脳炎ウイルスのゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ；キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）のＲＴＸ毒素、ＩＶ型線毛、主要線毛サブユニットＰｉｌＡ、調節性転写因子ＰｉｌＳ及びＰｉｌＲ、タンパク質σ５４、外膜タンパク質；プリオンタンパク質クーループリオン；ラッサウイルスの核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ；レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）のペプチドグリカン結合リポタンパク質ＰＡＬ、６０ｋＤａシャペロニンＣｐｎ６０（ｇｒｏＥＬ、ＨｓｐＢ）、ＩＶ型ピリンＰｉｌＥ、外膜タンパク質ＭＩＰ、主要外膜タンパク質ＭｏｍｐＳ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭＳＰ；リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）のＰ４ヌクレアーゼ、タンパク質ＷＤ、リボヌクレオチド還元酵素Ｍ２、表面膜糖タンパク質Ｐｇ４６、システインプロテイナーゼＣＰ、グルコース調節タンパク質７８ ＧＲＰ−７８、ステージ特異的Ｓ抗原様タンパク質Ａ２、ＡＴＰアーゼＦ１、β−チューブリン、熱ショックタンパク質７０ Ｈｓｐ７０、ＫＭＰ−１１、糖タンパク質ＧＰ６３、タンパク質ＢＴ１、ヌクレオシドヒドロラーゼＮＨ、細胞表面タンパク質Ｂ１、リボソームタンパク質Ｐ１様タンパク質Ｐ１、ステロール２４−ｃ−メチルトランスフェラーゼＳＭＴ、ＬＡＣＫタンパク質、ヒストンＨ１、ＳＰＢ１タンパク質、チオール特異的抗酸化剤ＴＳＡ、タンパク質抗原ＳＴｌ１、シグナルペプチダーゼＳＰ、ヒストンＨ２Ｂ、表面抗原（ｓｕｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ）ＰＳＡ−２、システインプロテイナーゼｂ Ｃｐｂ；らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）の主要膜タンパク質Ｉ、セリンリッチ抗原４５ｋＤａ、１０ｋＤａシャペロニン（ｃａｐｅｒｏｎｉｎ）ＧｒｏＥＳ、ＨＳＰ ｋＤａ抗原、アミノオキソノナノエートシンターゼＡＯＮＳ、タンパク質リコンビナーゼＡ ＲｅｃＡ、アセチル−／プロピオニル−補酵素Ａカルボキシラーゼα、アラニンラセマーゼ、６０ｋＤａシャペロニン２、ＥＳＡＴ−６様タンパク質ＥｃｘＢ（Ｌ−ＥＳＡＴ−６）、タンパク質Ｌｓｒ２、タンパク質ＭＬ０２７６、ヘパリン結合赤血球凝集素ＨＢＨＡ、熱ショックタンパク質６５ Ｈｓｐ６５、ｍｙｃＰ１又はＭＬ００４１コードタンパク質、ｈｔｒＡ２又はＭＬ０１７６コードタンパク質、ｈｔｒＡ４又はＭＬ２６５９コードタンパク質、ｇｃｐ又はＭＬ０３７９コードタンパク質、ｃｌｐＣ又はＭＬ０２３５コードタンパク質；レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）の外膜タンパク質ＬｉｐＬ３２、膜タンパク質ＬＩＣ１０２５８、膜タンパク質ＬＰ３０、膜タンパク質ＬＩＣ１２２３８、Ｏｍｐａ様タンパク質Ｌｓａ６６、表面タンパク質ＬｉｇＡ、表面タンパク質ＬｉｇＢ、主要外膜タンパク質ＯｍｐＬ１、外膜タンパク質ＬｉｐＬ４１、タンパク質ＬｉｇＡｎｉ、表面タンパク質ＬｃｐＡ、接着タンパク質ＬｉｐＬ５３、外膜タンパク質ＵｐＬ３２、表面タンパク質Ｌｓａ６３、フラジェリンＦｌａＢ１、膜リポタンパク質（ｍｅｍｂｒａｎ ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ）ＬｉｐＬ２１、膜タンパク質ｐＬ４０、レプトスピラ表面アドヘシンＬｓａ２７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３６、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ４７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ５４、アシルトランスフェラーゼＬｐｘＡ；リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）のリステリオリシンＯ前駆体Ｈｌｙ（ＬＬＯ）、侵入関連タンパク質Ｉａｐ（Ｐ６０）、リステリオリシン調節タンパク質ＰｒｆＡ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭｐｌ、ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ（ＰｌｃＡ、ＰｌｃＢ）、Ｏ−アセチルトランスフェラーゼＯａｔ、ＡＢＣトランスポーター透過酵素Ｉｍ．Ｇ＿１７７１、接着タンパク質ＬＡＰ、ＬＡＰ受容体Ｈｓｐ６０、アドヘシンＬａｐＢ、溶血毒素リステリオリシンＯ ＬＬＯ、タンパク質ＡｃｔＡ、インターナリンＡ ＩｎｌＡ、タンパク質ｌｎｌＢ；例えばボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）及び他のボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）種の細胞表層タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＢ、細胞表層タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛繊維４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ ＢｍｐＡ（免疫優勢抗原Ｐ３９）、表層２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異性表層リポタンパク質ｖｌｓＥ；毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、タンパク質Ｃｏｘ−２（バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）及びマレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、リンパ管フィラリア症（象皮病））；リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）の糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ；トロンボスポンジン関連匿名タンパク質ＴＲＡＰ、ＳＳＰ２スポロゾイト表面タンパク質２、頂端膜抗原１ ＡＭＡ１、ロプトリー膜抗原ＲＭＡ１、酸性塩基性リピート抗原ＡＢＲＡ、細胞通過タンパク質ＰＦ、タンパク質Ｐｖｓ２５、メロゾイト表面タンパク質１ ＭＳＰ−１、メロゾイト表面タンパク質２ ＭＳＰ−２、リング感染赤血球表面抗原ＲＥＳＡ、肝ステージ抗原３ ＬＳＡ−３、タンパク質Ｅｂａ−１７５、セリンリピート抗原５ ＳＥＲＡ−５、スポロゾイト周囲タンパク質ＣＳ、メロゾイト表面タンパク質３ ＭＳＰ３、メロゾイト表面タンパク質８ ＭＳＰ８、エノラーゼＰＦ１０、肝細胞赤血球タンパク質１７ｋＤａ ＨＥ


    Ｐ１７、赤血球膜タンパク質１ ＥＭＰ１、タンパク質Ｋβメロゾイト表面タンパク質４／５ ＭＳＰ４／５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、グルタミン酸リッチタンパク質ＧＬＵＲＰ、メロゾイト表面タンパク質４ ＭＳＰ−４、タンパク質ＳＴＡＲＰ、スポロゾイト周囲タンパク質関連抗原前駆体ＣＲＡ（プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、マラリア）；マールブルグウイルスの核タンパク質Ｎ、膜結合性タンパク質ＶＰ２４、マイナー核タンパク質ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ポリメラーゼＬ、マトリックスタンパク質ＶＰ４０、エンベロープ糖タンパク質ＧＰ；麻疹ウイルスのプロテインＣ、マトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、非構造タンパク質Ｖ、赤血球凝集素糖タンパク質Ｈ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ；類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）のＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラジェリンＦｌｉＣ、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）細胞内運動Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質；髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）のピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポーリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜透過酵素ＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ、Ｈ因子−結合タンパク質ｆＨｂｐ、アドヘシンＮａｄＡ、タンパク質ＮｈｂＡ、リプレッサーＦａｒＲ；例えば横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）の６６ｋＤａタンパク質、２２ｋＤａタンパク質；微胞子虫門（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）の極管タンパク質（グルゲア属（Ｇｌｕｇｅａ）の３４、７５、及び１７０ｋＤａ、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）の３５、５５及び１５０ｋＤａ）、キネシン関連タンパク質、ＲＮＡポリメラーゼＩＩラージストサブユニット、内在性膜タンパク質と類似ＹＩＰＡ、抗サイレンシングタンパク質１、熱ショック転写因子ＨＳＦ、プロテインキナーゼ、チミジンキナーゼ、ＮＯＰ−２様核小体タンパク質；伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）のＣＡＳＰ８及びＦＡＤＤ様アポトーシス調節因子、グルタチオンペルオキシダーゼＧＰＸ１、ＲＮＡヘリカーゼＮＰＨ−ＩＩ ＮＰＨ２、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ触媒サブユニットＰＡＰＬ、主要エンベロープタンパク質Ｐ４３Ｋ、早期転写因子７０ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＳ、早期転写因子８２ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＬ、メタロエンドペプチダーゼＧ１型、ヌクレオシドトリホスファターゼＩ ＮＰＨ１、複製タンパク質Ａ２８様ＭＣ１３４Ｌ、ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅａｓｅ）７ｋＤａサブユニットＲＰＯ７；ムンプスウイルスのマトリックスタンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ／Ｖ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、核タンパク質Ｎ、タンパク質Ｖ、融合糖タンパク質Ｆ、赤血球凝集素ノイラミニダーゼＨＮ、ＲＮＡポリメラーゼＬ；発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ、結晶性表層タンパク質ＳＬＰ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ；肺炎マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のアドヘシンＰ１、アドヘシン（ａｄｈｅｓｉｏｎ）Ｐ３０、タンパク質ｐ１１６、タンパク質Ｐ４０、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ１、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ２、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ３、ＭＰＮ１５２コードタンパク質、ＭＰＮ４２６コードタンパク質、ＭＰＮ４５６コードタンパク質、ＭＰＮ−５００コードタンパク質；例えばノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び他のノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）種のＮｏｃＡ、鉄依存性調節タンパク質、ＶａｐＡ、ＶａｐＤ、ＶａｐＦ、ＶａｐＧ、カゼイン分解プロテアーゼ、糸状体先端部関連４３ｋＤａタンパク質、タンパク質Ｐ２４、タンパク質Ｐ６１、１５ｋＤａタンパク質、５６ｋＤａタンパク質；回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）の毒アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−１、大量幼虫転写物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ（ｔｈｉｏｒｄｏｘｉｎ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ、例えばペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、クチクラコラーゲンＣｏｌ−４、分泌型幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２；パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、糖タンパク質ｇｐ０、糖タンパク質ｇｐ７５、抗原Ｐｂ２７、抗原Ｐｂ４０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ６５、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ９０、タンパク質Ｐ１０、トリオースリン酸イソメラーゼＴＰＩ、Ｎ−アセチルグルコサミン結合レクチンパラコクシン（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｎ）、２８ｋＤａタンパク質Ｐｂ２８；例えばウェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）及び他の肺吸虫属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）種の２８ｋＤａクルジパイン様システインプロテアーゼＰｗ２８ＣＣＰ；パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）の外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質Ｏｍｐ２８、タンパク質ＰＭ１５３９、タンパク質ＰＭ０３５５、タンパク質ＰＭ１４１７、修復タンパク質ＭｕｔＬ、タンパク質ＢｃｂＣ、タンパク質ＰＭ０３０５、ギ酸デヒドロゲナーゼ−Ｎ、タンパク質ＰＭ０６９８、タンパク質ＰＭ１４２２、ＤＮＡジャイレース、リポタンパク質ＰｌｐＥ、接着タンパク質Ｃｐ３９、ヘム獲得システム受容体ＨａｓＲ、３９ｋＤａ被膜タンパク質、鉄調節型ＯＭＰ ＩＲＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ８７、線毛タンパク質Ｐｔｆ、線毛サブユニットタンパク質ＰｔｆＡ、トランスフェリン結合タンパク質Ｔｂｐｌ、エステラーゼ酵素ＭｅｓＡ、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）毒素ＰＭＴ、接着タンパク質Ｃｐ３９；百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）の糸状赤血球凝集素ＦｈａＢ、アデニル酸シクラーゼＣｙａＡ、百日咳毒素サブユニット４前駆体ＰｔｘＤ、パータクチン前駆体Ｐｒｎ、毒素サブユニット１ ＰｔｘＡ、タンパク質Ｃｐｎ６０、タンパク質ｂｒｋＡ、百日咳毒素サブユニット２前駆体ＰｔｘＢ、百日咳毒素サブユニット３前駆体ＰｔｘＣ、百日咳毒素サブユニット５前駆体ＰｔｘＥ、パータクチンＰｒｎ、タンパク質Ｆｉｍ２、タンパク質Ｆｉｍ３；ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）のＦ１カプセル抗原、ビルレンス関連Ｖ抗原、分泌型エフェクタータンパク質ＬｃｒＶ、Ｖ抗原、外膜プロテアーゼＰｌａ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、推定分泌タンパク質−チロシンホスファターゼＹｏｐＨ、ニードル複合体主要サブユニットＹｓｃＦ、プロテインキナーゼＹｏｐＯ、推定オートトランスポータータンパク質ＹａｐＦ、内膜ＡＢＣトランスポーターＹｂｔＱ（Ｉｒｐ７）、推定糖結合タンパク質ＹＰＯ０６１２、熱ショックタンパク質９０ ＨｔｐＧ、推定スルファターゼタンパク質ＹｄｅＮ、外膜リポタンパク質キャリアータンパク質ＬｏｌＡ、分泌シャペロンＹｅｒＡ、推定リポタンパク質ＹＰＯ０４２０、溶血毒素アクチベータータンパク質ＨｐｍＢ、ペスチシン／エルシニアバクチン外膜受容体Ｐｓｎ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＦ、分泌型エフェクタータンパク質ＹｏｐＫ、外膜タンパク質ＹｏｐＮ、外膜タンパク質ＹｏｐＭ、コアグラーゼ／フィブリノリジン前駆体Ｐｌａ；肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のタンパク質ＰｈｐＡ、表面アドヘシンＰｓａＡ、ニューモリシンＰｌｙ、ＡＴＰ依存性プロテアーゼＣｌｐ、リポ酸−タンパク質リガーゼＬｐｌＡ、細胞壁表面アンカータンパク質ｐｓｒＰ、ソルターゼＳｒｔＡ、グルタミル−ｔＲＮＡシンテターゼＧｌｔＸ、コリン結合タンパク質Ａ ＣｂｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ａ ＰｓｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ｃ ＰｓｐＣ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼＧｎｄ、鉄結合タンパク質ＰｉａＡ、ムレインヒドロラーゼＬｙｔＢ、プロテオン（ｐｒｏｔｅｏｎ）ＬｙｔＣ、プロテアーゼＡ１；ニューモシスチス・イロベチ（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）の主要表面タンパク質Ｂ、ケキシン様プロテアーゼＫＥＸ１、タンパク質Ａ１２、５５ｋＤａ抗原Ｐ５５、主要表面糖タンパク質Ｍｓｇ；ポリオウイルスのゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；例えばフォーラーネグレリア（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）のタンパク質Ｎｆａ１、エキセンディン−３、分泌性リパーゼ、カテプシンＢ様プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、カテプシン、ペルオキシレドキシン、タンパク質Ｃｒｙ１Ａｃ；ＪＣウイルスのアグノプロテイン、ラージＴ抗原、スモールＴ抗原、主要カプシドタンパク質ＶＰ１、マイナーカプシドタンパク質Ｖｐ２；オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）の低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア外膜タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニン−プロテインキナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２（Ｏｍｐ２）、多形膜タンパク質ファミリー、例えば、Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１；Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）の外膜タンパク質Ｐ１、熱ショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、ペプチドＡＢＣトランスポーター、ＧＴＰ結合タンパク質、タンパク質ＩｃｍＢ、リボヌクレアーゼＲ、ホスファターゼ（ｐｈｏｓｐｈａｔａｓ）ＳｉｘＡ、タンパク質ＤｓｂＤ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、ＤＮＡ−結合タンパク質ＰｈｏＢ、ＡＴＰアーゼＤｏｔＢ、熱ショックタンパク質Ｂ（ＨｓｐＢ）、膜タンパク質Ｃｏｍ１、２８ｋＤａタンパク質、ＤＮＡ−３−メチルアデニングリコシダーゼＩ、外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質ＡｄａＡ、グリシン切断系Ｔタンパク質；狂犬病ウ


    イルスの核タンパク質Ｎ、ラージ構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質（ｐｈｏｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ）Ｐ、マトリックスタンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇ；呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）の融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、マトリックスタンパク質Ｍ、マトリックスタンパク質Ｍ２−１、マトリックスタンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、スモール疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２；ライノウイルスのゲノムポリタンパク質、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ；リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）の外膜（ＯＭ）タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、タンパク質ＰＳ１２０、細胞質内タンパク質Ｄ、防御表面タンパク質抗原ＳＰＡ；痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ；リフトバレー熱ウイルスのエンベロープ糖タンパク質ＧＰ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳＳ；ロッキー山紅斑熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）の外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ；ロタウイルスの非構造タンパク質６ ＮＳ６、非構造タンパク質２ ＮＳ２、中間カプシドタンパク質ＶＰ６、内側カプシドタンパク質ＶＰ２、非構造タンパク質３ ＮＳ３、ＲＮＡ指向性ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質ＶＰ３、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質５ ＮＳ５、外側カプシド糖タンパク質ＶＰ７、非構造糖タンパク質４ ＮＳ４、外側カプシドタンパク質ＶＰ４；風疹ウイルスのポリタンパク質Ｐ２００、糖タンパク質Ｅ１、糖タンパク質Ｅ２、タンパク質ＮＳ２、カプシドタンパク質Ｃ；サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）のシャペロニンＧｒｏＥＬ（ＭｏｐＡ）、イノシトールリン酸ホスファターゼＳｏｐＢ、熱ショックタンパク質ＨｓｌＵ、シャペロンタンパク質ＤｎａＪ、タンパク質ＴｖｉＢ、タンパク質ＩｒｏＮ、フラジェリンＦｌｉＣ、侵入タンパク質ＳｉｐＣ、糖タンパク質ｇｐ４３、外膜タンパク質ＬａｍＢ、外膜タンパク質ＰａｇＣ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、外膜タンパク質ＮｍｐＣ、外膜タンパク質ＦａｄＬ、輸送タンパク質ＳａｄＡ、トランスフェラーゼＷｇａＰ、エフェクタータンパク質ＳｉｆＡ、ＳｔｅＣ、ＳｓｅＬ、ＳｓｅＪ及びＳｓｅＦ；ＳＡＲＳコロナウイルスのタンパク質１４、非構造タンパク質ＮＳ７ｂ、非構造タンパク質ＮＳ８ａ、タンパク質９ｂ、タンパク質３ａ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳ３ｂ、非構造タンパク質ＮＳ６、タンパク質７ａ、非構造タンパク質ＮＳ８ｂ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープスモール膜タンパク質ＥｓＭ、レプリカーゼポリタンパク質１ａ、スパイク糖タンパク質Ｓ、レプリカーゼポリタンパク質１ａｂ；ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）のセリンプロテアーゼ、異型ヒゼンダニ属（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ）抗原１ ＡＳＡ１、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、システインプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、アポリポタンパク質；住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）のグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、パラミオシン、ヘモグルビナーゼ（ｈｅｍｏｇｌｂｉｎａｓｅ）ＳＭ３２、主要虫卵抗原、１４ｋＤａ脂肪酸結合タンパク質Ｓｍ１４、主要幼虫表面抗原Ｐ３７、２２．６ｋＤａ外被抗原、カルパインＣＡＮＰ、三リン酸イソメラーゼ（ｔｒｉｐｈｏｓｐａｔｅ ｉｓｏｍｅｒａｓｅ）Ｔｉｍ、表面タンパク質９Ｂ、外側カプシドタンパク質ＶＰ２、２３ｋＤａ内在性膜タンパク質Ｓｍ２３、Ｃｕ／Ｚｎ−スーパーオキシドジスムターゼ、糖タンパク質Ｇｐ、ミオシン；ツツガムシ病リケッチア（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）の６０ｋＤａシャペロニン、５６ｋＤａ型特異的抗原、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、４−ヒドロキシ安息香酸オクタプレニルトランスフェラーゼ；赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）のデヒドロゲナーゼＧｕａＢ、侵入タンパク質Ｓｐａ３２、インベイシンＩｐａＡ、インベイシンＩｐａＢ、インベイシンＩｐａＣ、インベイシンＩｐａＤ、インベイシンＩｐａＨ、インベイシンＩｐａＪ；水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）のタンパク質Ｐ５３、ビリオンタンパク質ＵＳ１０ホモログ、転写調節因子ＩＥ６３、転写トランス活性化因子ＩＥ６２、プロテアーゼＰ３３、αトランス誘導因子７４ｋＤａタンパク質、デオキシウリジン５’−三リン酸ヌクレオチドヒドロラーゼ、転写トランス活性化因子ＩＥ４、膜タンパク質ＵＬ４３ホモログ、核リンタンパク質ＵＬ３ホモログ、核タンパク質ＵＬ４ホモログ、複製起点結合タンパク質、膜タンパク質２、リンタンパク質３２、タンパク質５７、ＤＮＡポリメラーゼプロセシビティー因子、ポータルタンパク質５４、ＤＮＡプライマーゼ、テグメントタンパク質ＵＬ１４ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ２１ホモログ、テグメントタンパク質ＵＬ５５ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ３３ホモログ、トリパータイトターミナーゼサブユニットＵＬ１５ホモログ、カプシド結合タンパク質４４、ビリオンパッケージングタンパク質４３；大痘瘡及び小痘瘡のトランケート型３−βヒドロキシ−５−エンステロイドデヒドロゲナーゼホモログ、ビリオン膜タンパク質Ａ１３、タンパク質Ａ１９、タンパク質Ａ３１、トランケート型タンパク質Ａ３５ホモログ、タンパク質Ａ３７．５ホモログ、タンパク質Ａ４７、タンパク質Ａ４９、タンパク質Ａ５１、セマフォリン様タンパク質Ａ４３、セリンプロテアーゼ阻害因子１、セリンプロテアーゼ阻害因子２、セリンプロテアーゼ阻害因子３、タンパク質Ａ６、タンパク質Ｂ１５、タンパク質Ｃ１、タンパク質Ｃ５、タンパク質Ｃ６、タンパク質Ｆ７、タンパク質Ｆ８、タンパク質Ｆ９、タンパク質Ｆ１１、タンパク質Ｆ１４、タンパク質Ｆ１５、タンパク質Ｆ１６；スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）のアドヘシン／糖タンパク質ｇｐ７０、プロテアーゼ；スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、例えば黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）のヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ（ＣｌｆＡ）、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ（ＦｎｂＡ）、エンテロトキシンＡ型（ＥｎｔＡ）、エンテロトキシンＢ型（ＥｎｔＢ）、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型（ＥｎｔＤ）、エンテロトキシンＥ型（ＥｎｔＥ）、毒素性ショック症候群毒素−１（ＴＳＳＴ−１）、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ（ＰＢＰ２ａ、ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ；糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）の抗原Ｓｓ−ＩＲ、抗原ＮＩＥ、ストロンギラスタシン、Ｎａ＋−Ｋ＋ ＡＴＰアーゼＳｓｅａｔ−６、トロポマイシン（ｔｒｏｐｏｍｙｓｉｎ）ＳｓＴｍｙ−１、タンパク質ＬＥＣ−５、４１ｋＤａ抗原（ａａｎｔｉｇｅｎ）Ｐ５、４１ｋＤａ幼虫タンパク質、３１ｋＤａ幼虫タンパク質、２８ｋＤａ幼虫タンパク質；梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）のグリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼＧｌｐＱ（Ｇｐｄ）、外膜タンパク質ＴｍｐＢ、タンパク質Ｔｐ９２、抗原ＴｐＦ１、リピートタンパク質Ｔｐｒ、リピートタンパク質Ｆ ＴｐｒＦ、リピートタンパク質Ｇ ＴｐｒＧ、リピートタンパク質Ｉ ＴｐｒＩ、リピートタンパク質Ｊ ＴｐｒＪ、リピートタンパク質Ｋ ＴｐｒＫ、トレポネーマ膜タンパク質Ａ（ＴｍｐＡ）、リポタンパク質、１５ｋＤａ Ｔｐｐ１５、４７ｋＤａ膜抗原、ミニフェリチンＴｐＦ１、アドヘシンＴｐ０７５１、リポタンパク質ＴＰ０１３６、タンパク質ＴｐＮ１７、タンパク質ＴｐＮ４７、外膜タンパク質ＴＰ０１３６、外膜タンパク質ＴＰ０１５５、外膜タンパク質ＴＰ０３２６、外膜タンパク質ＴＰ０４８３、外膜タンパク質ＴＰ０９５６；テニア属（Ｔａｅｎｉａ）のカテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ；破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）の破傷風毒素ＴｅｔＸ、破傷風毒素Ｃ ＴＴＣ、１４０ｋＤａ Ｓ層タンパク質、フラビンタンパク質β−サブユニットＣＴ３、ホスホリパーゼ（レシチナーゼ）、ホスホキャリアータンパク質ＨＰｒ；ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）のゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ；イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）の５８ｋＤａ抗原、６８ｋＤａ抗原、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）幼虫排泄−分泌抗原ＴＥＳ、３２ｋＤａ糖タンパク質、糖タンパク質ＴＥＳ−７０、糖タンパク質ＧＰ３１、排泄−分泌抗原ＴｃＥＳ−５７、腸周囲液抗原Ｐｅ、可溶性抽出物抗原Ｅｘ、排泄／分泌幼虫抗原ＥＳ、抗原ＴＥＳ−１２０、ポリタンパク質アレルゲンＴＢＡ−１、カテプシンＬ様システインプロテアーゼｃ−ｃｐｌ−１、２６ｋＤａタンパク質；トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）のミクロネームタンパク質、例えば、ＭＩＣ１、ＭＩＣ２、ＭＩＣ３、ＭＩＣ４、ＭＩＣ５、ＭＩＣ６、ＭＩＣ７、又はＭＩＣ８、ロプトリータンパク質Ｒｏｐ２、ロプトリータンパク質、例えば、Ｒｏｐ１、Ｒｏｐ２、Ｒｏｐ３、Ｒｏｐ４、Ｒｏｐ５、Ｒｏｐ６、Ｒｏｐ７、Ｒｏｐ１６、又はＲｊｏｐ１７、タンパク質ＳＲ１、表面抗原Ｐ２２、主要抗原ｐ２４、主要表面抗原ｐ３０、密顆粒タンパク質、例えば、ＧＲＡ１、ＧＲＡ２、ＧＲＡ３、ＧＲＡ４、ＧＲＡ５、ＧＲＡ６、ＧＲＡ７、ＧＲＡ８、ＧＲＡ９、又はＧＲＡ１０、２８ｋＤａ抗原、表面抗原ＳＡＧ１、ＳＡＧ２関連抗原、ヌクレオシドトリホスファターゼ１、ヌクレオシドトリホスファターゼ２、タンパク質Ｓｔｔ３、ＨｅｓＢ様ドメイン含有タンパク質、ロンボイド様プロテアーゼ５、トキソメプシン（ｔｏｘｏｍｅｐｓｉｎ）１；旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）の４３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、５３ｋＤａ分泌型糖タンパク質、パラミオシン、抗原Ｔｓ２１、抗原Ｔｓ８７、抗原ｐ４６０００、ＴＳＬ−１抗原、カベオリン−１ ＣＡＶ−１、４９ｋＤａ新生幼虫抗原、プロサポシンホモログ、セリンプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ阻害因子、４５ｋＤａ糖タンパク質Ｇｐ４５；膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のＭｙｂ様転写因子（Ｍｙｂ１、Ｍｙｂ２、Ｍｙｂ３）、接着タンパク質ＡＰ２３、接着タンパク質ＡＰ３３、アドヘシンタンパク質ＡＰ３３−３、アドヘシンＡＰ５１、アドヘシンＡＰ６５、接着タンパク質ＡＰ６５−１、α−アクチニン、キネシン関連タンパク質、テニューリン、６２ｋＤａプロテイナーゼ、サブチリシン様セリンプロテアーゼＳＵＢ１、システインプロテイナーゼ遺伝子３ ＣＰ３、α−エノラーゼＥｎｏ１、システインプロテイナーゼＣＰ３０、熱ショックタンパク質Ｈｓｐ７０及びＨｓｐ６０、免疫原性タンパク質Ｐ２７０；鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）のβ−チューブリン、４７ｋＤａタンパク質、分泌白血球様プロテイナーゼ−１ ＳＬＰ−１、５０ｋＤａタンパク質ＴＴ５０、１７ｋＤａ抗原、４３／４７ｋＤａタンパク質；例えば結核


    菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）のタンパク質ＥＳＡＴ−６（ＥｓｘＡ）、１０ｋＤａろ過性抗原ＥｓｘＢ、分泌抗原８５−Ｂ ＦＢＰＢ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｂｐＡ（Ａｇ８５Ａ）、セリンプロテアーゼＰｅｐＡ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１８、フィブロネクチン結合タンパク質Ｄ ＦｂｐＤ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６４、分泌タンパク質ＭＰＴ５１、カタラーゼ−ペルオキシダーゼ−ペルオキシニトリターゼＴ ＫＡＴＧ、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ３（ＰＢＰ−３、Ｐｈｏｓ−１）、鉄調節ヘパリン結合赤血球凝集素Ｈｂｈａ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１４、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ６８、タンパク質Ｍｔｂ７２Ｆ、タンパク質Ａｐａ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６３、ペリプラズムリン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ１（ＰＢＰ−１）、分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系透過酵素タンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンテターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、熱ショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓ；野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）の外膜タンパク質ＦｏｂＡ、外膜タンパク質ＦｏｂＢ、細胞内増殖遺伝子座ｌｇｌＣ１、細胞内増殖遺伝子座ＩｇｌＣ２、アミノトランスフェラーゼＷｂｔｌ、シャペロニンＧｒｏＥＬ、１７ｋＤａ主要膜タンパク質ＴＵＬ４、リポタンパク質ＬｐｎＡ、キチナーゼファミリー１８タンパク質、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎｉｆ３ファミリータンパク質、ＩＶ型線毛グリコシル化タンパク質、外膜タンパク質ｔｏｌＣ、ＦＡＤ結合ファミリータンパク質、ＩＶ型ピリン多量体外膜タンパク質、二成分センサータンパク質ＫｄｐＤ、シャペロンタンパク質ＤｎａＫ、タンパク質ＴｏｌＱ；ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）のＭＢ抗原、ウレアーゼ、タンパク質ＧｙｒＡ、タンパク質ＧｙｒＢ、タンパク質ＰａｒＣ、タンパク質ＰａｒＥ、脂質結合膜タンパク質ＬＡＭＰ、チミジンキナーゼＴＫ、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ１、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ２、ホスホリパーゼＰＬ−Ｃ、表面発現９６ｋＤａ抗原；ベネズエラウマ脳炎ウイルスの非構造ポリタンパク質、構造ポリタンパク質、カプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ１、プロテアーゼＰ２、プロテアーゼＰ３；グアナリトウイルスの糖タンパク質ＧＰ、マトリックスタンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ；ウエストナイルウイルスのポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質（ｂｒｏｔｅｉｎ）ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；西部ウマ脳炎ウイルスのカプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ２；黄熱病ウイルスのゲノムポリタンパク質、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５；偽結核菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）の推定Ｙｏｐターゲティングタンパク質ＹｏｂＢ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、タンパク質ＹｏｐＨ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＪ、タンパク質移行タンパク質ＹｏｐＫ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｐｋＡ、鞭毛生合成タンパク質ＦｌｈＡ、ペプチダーゼＭ４８、カリウム流出系ＫｅｆＡ、転写調節因子ＲｏｖＡ、アドヘシンＩｆｐ、トランスロケータータンパク質（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｏｒ ｐｏｒｔｅｉｎ）ＬｃｒＶ、タンパク質ＰｃｒＶ、インベイシンＩｎｖ、外膜タンパク質ＯｍｐＦ様ポーリン、アドヘシンＹａｄＡ、プロテインキナーゼＣ、ホスホリパーゼＣ１、タンパク質ＰｓａＡ、マンノシルトランスフェラーゼ様タンパク質ＷｂｙＫ、タンパク質ＹｓｃＵ、抗原ＹＰＭａ；腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）のエフェクタータンパク質ＹｏｐＢ、６０ｋＤａシャペロニン、タンパク質ＷｂｃＰ、チロシンタンパク質ホスファターゼ（ｔｙｒｏｓｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ）ＹｏｐＨ、タンパク質ＹｏｐＱ、エンテロトキシン、ガラクトシド透過酵素、レダクターゼ（ｒｅｄｕｃｔａａｓｅ）ＮｒｄＥ、タンパク質ＹａｓＮ、インベイシンＩｎｖ、アドヘシンＹａｄＡ、外膜ポーリンＦ ＯｍｐＦ、タンパク質ＵｓｐＡ１、タンパク質ＥｉｂＡ、タンパク質Ｈｉａ、細胞表面タンパク質Ａｉｌ、シャペロンＳｙｃＤ、タンパク質ＬｃｒＤ、タンパク質ＬｃｒＧ、タンパク質ＬｃｒＶ、タンパク質ＳｙｃＥ、タンパク質ＹｏｐＥ、調節タンパク質ＴｙｅＡ、タンパク質ＹｏｐＭ、タンパク質ＹｏｐＮ、タンパク質ＹｏｐＯ、タンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｏｐＤ、プロテアーゼＣｌｐＰ、タンパク質ＭｙｆＡ、タンパク質ＦｉｌＡ、及びタンパク質ＰｓａＡからなる群から選択される異なる病原性抗原又はその断片若しくは変異体をコードする、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記癌又は腫瘍が、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、小児カルチノイド腫瘍、消化管カルチノイド腫瘍、原発不明癌腫、原発性中枢神経系リンパ腫、小児小脳星細胞腫、小児大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、小児頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）（胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ））、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭蓋外、性腺外、又は卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性腫瘍、脳幹神経膠腫、小児大脳星細胞腫、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、胃カルチノイド、ヘアリー細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞癌（肝癌）、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、小児視床下部及び視覚伝導路神経膠腫、眼球内黒色腫、膵島細胞癌（膵内分泌部）、カポジ肉腫、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、口唇・口腔癌、脂肪肉腫、肝癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、骨悪性線維性組織球腫／骨肉腫、小児髄芽腫、黒色腫、眼球内（眼球）黒色腫、メルケル細胞癌、成人悪性中皮腫、小児中皮腫、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、口腔癌、小児多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉症、骨髄異形成候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病、成人急性骨髄性白血病、小児急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫（骨髄癌）、慢性骨髄増殖性疾患、鼻腔・副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫／骨悪性線維性組織球腫、卵巣癌、卵巣上皮癌（表層上皮性・間質性腫瘍）、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、膵癌、膵島細胞膵癌、副鼻腔・鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、小児松果体芽細胞腫及びテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞新形成／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、腎盂・尿管癌、網膜芽細胞腫、小児横紋筋肉腫、唾液腺癌、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、皮膚癌（非黒色腫）、皮膚癌（黒色腫）、メルケル細胞皮膚癌、小腸癌、扁平上皮癌、原発不明の頸部転移性扁平上皮癌、小児テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、咽喉癌、小児胸腺腫、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、小児甲状腺癌、腎盂尿管移行上皮癌、妊娠性絨毛性腫瘍、尿道癌、子宮内膜子宮癌、子宮肉腫、腟癌、小児視覚伝導路及び視床下部神経膠腫、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、及び小児ウィルムス腫瘍（腎癌）からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
  29. 前記ｍ個の異なるＤＮＡ分子種の各々が前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種のうちの１つ以上をコードし、前記ｎ個の異なるＲＮＡ分子種の各々が、５Ｔ４、７０７−ＡＰ、９Ｄ７、ＡＦＰ、ＡｌｂＺＩＰ ＨＰＧ１、α−５−β−１−インテグリン、α−５−β−６−インテグリン、α−アクチニン−４／ｍ、α−メチルアシル補酵素Ａラセマーゼ、ＡＲＴ−４、ＡＲＴＣ１／ｍ、Ｂ７Ｈ４、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬ−２、ｂｃｒ／ａｂｌ、β−カテニン／ｍ、ＢＩＮＧ−４、ＢＲＣＡ１／ｍ、ＢＲＣＡ２／ｍ、ＣＡ １５−３／ＣＡ ２７−２９、ＣＡ １９−９、ＣＡ７２−４、ＣＡ１２５、カルレティキュリン、ＣＡＭＥＬ、ＣＡＳＰ−８／ｍ、カテプシンＢ、カテプシンＬ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤＥ３０、ＣＤ３３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ８０、ＣＤＣ２７／ｍ、ＣＤＫ４／ｍ、ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ、ＣＥＡ、ＣＬＣＡ２、ＣＭＬ２８、ＣＭＬ６６、ＣＯＡ−１／ｍ、コアクトシン様タンパク質、コラーゲン（ｃｏｌｌａｇｅ）ＸＸＩＩＩ、ＣＯＸ−２、ＣＴ−９／ＢＲＤ６、Ｃｔｅｎ、サイクリンＢ１、サイクリンＤ１、ｃｙｐ−Ｂ、ＣＹＰＢ１、ＤＡＭ−１０、ＤＡＭ−６、ＤＥＫ−ＣＡＮ、ＥＦＴＵＤ２／ｍ、ＥＧＦＲ、ＥＬＦ２／ｍ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＥｐＣａｍ、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｒｂＢ３、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１、ＥＺＨ２、ＦＧＦ−５、ＦＮ、Ｆｒａｕ−１、Ｇ２５０、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ７ｂ、ＧＡＧＥ−８、ＧＤＥＰ、ＧｎＴ−Ｖ、ｇｐ１００、ＧＰＣ３、ＧＰＮＭＢ／ｍ、ＨＡＧＥ、ＨＡＳＴ−２、ヘプシン、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１−Ｒ１７Ｉ、ＨＬＡ−Ａ１１／ｍ、ＨＬＡ−Ａ２／ｍ、ＨＮＥ、ホメオボックスＮＫＸ３．１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−１４／ＳＣＰ−１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＨＰＶ−Ｅ６、ＨＰＶ−Ｅ７、ＨＳＰ７０−２Ｍ、ＨＳＴ−２、ｈＴＥＲＴ、ｉＣＥ、ＩＧＦ−１Ｒ、ＩＬ−１３Ｒａ２、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−５、未熟ラミニン受容体、カリクレイン−２、カリクレイン−４、Ｋｉ６７、ＫＩＡＡ０２０５、ＫＩＡＡ０２０５／ｍ、ＫＫ−ＬＣ−１、Ｋ−Ｒａｓ／ｍ、ＬＡＧＥ−Ａ１、ＬＤＬＲ−ＦＵＴ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ｂ１、ＭＡＧＥ−Ｂ２、ＭＡＧＥ−Ｂ３、ＭＡＧＥ−Ｂ４、ＭＡＧＥ−Ｂ５、ＭＡＧＥ−Ｂ６、ＭＡＧＥ−Ｂ１０、ＭＡＧＥ−Ｂ１６、ＭＡＧＥ−Ｂ１７、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｄ１、ＭＡＧＥ−Ｄ２、ＭＡＧＥ−Ｄ４、ＭＡＧＥ−Ｅ１、ＭＡＧＥ−Ｅ２、ＭＡＧＥ−Ｆ１、ＭＡＧＥ−Ｈ１、ＭＡＧＥＬ２、マンマグロビンＡ、ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ、ＭＡＲＴ−２、ＭＡＲＴ−２／ｍ、マトリックスタンパク質２２、ＭＣ１Ｒ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＥ１／ｍ、メソテリン、ＭＧ５０／ＰＸＤＮ、ＭＭＰ１１、ＭＮ／ＣＡ ＩＸ抗原、ＭＲＰ−３、ＭＵＣ−１、ＭＵＣ−２、ＭＵＭ−１／ｍ、ＭＵＭ−２／ｍ、ＭＵＭ−３／ｍ、ミオシンクラスＩ／ｍ、ＮＡ８８−Ａ、Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素−Ｖ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ、Ｎｅｏ−ＰＡＰ／ｍ、ＮＦＹＣ／ｍ、ＮＧＥＰ、ＮＭＰ２２、ＮＰＭ／ＡＬＫ、Ｎ−Ｒａｓ／ｍ、ＮＳＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−Ｂ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＯＡ１、ＯＦＡ−ｉＬＲＰ、ＯＧＴ、ＯＧＴ／ｍ、ＯＳ−９、ＯＳ−９／ｍ、オステオカルシン、オステオポンチン、ｐ１５、ｐ１９０マイナーｂｃｒ−ａｂｌ、ｐ５３、ｐ５３／ｍ、ＰＡＧＥ−４、ＰＡＩ−１、ＰＡＩ−２、ＰＡＰ、ＰＡＲＴ−１、ＰＡＴＥ、ＰＤＥＦ、Ｐｉｍ−１−キナーゼ、Ｐｉｎ−１、Ｐｍｌ／ＰＡＲα、ＰＯＴＥ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５／ｍ、プロステイン、プロテイナーゼ−３、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＧＲ、ＰＳＭ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ／ｍ、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００／ｍ、ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８、ＲＵ１、ＲＵ２、Ｓ−１００、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ−１、ＳＡＲＴ−２、ＳＡＲＴ−３、ＳＣＣ、ＳＩＲＴ２／ｍ、Ｓｐ１７、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２／ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０、ＳＳＸ−４、ＳＴＡＭＰ−１、ＳＴＥＡＰ−１、サバイビン、サバイビン−２Ｂ、ＳＹＴ−ＳＳＸ−１、ＳＹＴ−ＳＳＸ−２、ＴＡ−９０、ＴＡＧ−７２、ＴＡＲＰ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＴＧＦｂｅｔａ、ＴＧＦｂｅｔａＲＩＩ、ＴＧＭ−４、ＴＰＩ／ｍ、ＴＲＡＧ−３、ＴＲＧ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２／６ｂ、ＴＲＰ／ＩＮＴ２、ＴＲＰ−ｐ８、チロシナーゼ、ＵＰＡ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ−２／ＦＬＫ−１、及びＷＴ１からなる群から選択される異なる癌又は腫瘍抗原をコードする。かかる腫瘍抗原は好ましくは、ｐ５３、ＣＡ１２５、ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ｈＴＥＲＴ、ＰＡＰ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、メソテリン、ＭＵＣ−１、ＧＰ１００、ＭＡＲＴ−１、チロシナーゼ、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ−１、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、Ｒａｓ、ＣＥＡ又はＷＴ１から、及びより好ましくは、ＰＡＰ、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＷＴ１、及びＭＵＣ−１からなる群から選択され、好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１、例えば受託番号Ｍ７７４８１に係るＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ６、例えば受託番号ＮＭ＿００５３６３に係るＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、メラン−Ａ、例えば受託番号ＮＭ＿００５５１１に係るメラン−Ａ、ＧＰ１００、例えば受託番号Ｍ７７３４８に係るＧＰ１００、チロシナーゼ、例えば受託番号ＮＭ＿０００３７２に係るチロシナーゼ、サバイビン（ｓｕｒｖｉｖｉｎｇ）、例えば受託番号ＡＦ０７７３５０に係るサバイビン、ＣＥＡ、例えば受託番号ＮＭ＿００４３６３に係るＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、例えば受託番号Ｍ１１７３０に係るＨｅｒ−２／ｎｅｕ、ＷＴ１、例えば受託番号ＮＭ＿０００３７８に係るＷＴ１、ＰＲＡＭＥ、例えば受託番号ＮＭ＿００６１１５に係るＰＲＡＭＥ、ＥＧＦＲＩ（上皮成長因子受容体１）、例えば受託番号ＡＦ２８８７３８に係るＥＧＦＲＩ（上皮成長因子受容体１）、ＭＵＣ１、ムチン−１、例えば受託番号ＮＭ＿００２４５６に係るムチン−１、ＳＥＣ６１Ｇ、例えば受託番号ＮＭ＿０１４３０２に係るＳＥＣ６１Ｇ、ｈＴＥＲＴ、例えばｈＴＥＲＴ 受託番号ＮＭ＿１９８２５３、５Ｔ４、例えば受託番号ＮＭ＿００６６７０に係る５Ｔ４、ＴＲＰ−２、例えば受託番号ＮＭ＿００１９２２に係るＴＲＰ−２、ＳＴＥＡＰ１、ＰＣＡ、ＰＳＡ、及びＰＳＭＡからなる群から選択され得る、請求項１〜２４及び２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法によって作製されるＲＮＡ分子組成物。
  31. カチオン性及びポリカチオン性化合物（複合体型ＲＮＡ分子）から選択され、好ましくは、カチオン性及びポリカチオン性ポリマー、カチオン性及びポリカチオン性ペプチド及びタンパク質、好ましくはプロタミン、カチオン性及びポリカチオン性多糖、及びカチオン性及びポリカチオン性脂質からなる群から選択される１つ以上のメンバーと複合体化した少なくとも１つのＲＮＡ分子を含む、請求項３０に記載のＲＮＡ分子組成物。
  32. カチオン性及びポリカチオン性化合物からなる群から選択される１つ以上のメンバーと複合体化した少なくとも１つのＲＮＡ分子を含み、且つ少なくとも１つの遊離ＲＮＡ分子を含む、請求項３０又は３１に記載のＲＮＡ分子組成物。
  33. 前記少なくとも１つの複合体型ＲＮＡ分子が１つ以上の脂質と複合体化して、それによりリポソーム、脂質ナノ粒子及びリポプレックスの少なくとも１つを形成し得る、請求項３０〜３２のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物。
  34. 請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物と薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物。
  35. 請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物又は請求項３４に記載の医薬組成物を含む医薬品容器。
  36. シリンジ、バイアル、点滴ボトル、アンプル又はカルプルである、請求項３５に記載の医薬品容器。
  37. 医薬として用いられる、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物又は請求項３４に記載の医薬組成物。
  38. 遺伝性疾患、アレルギー、自己免疫疾患、感染症、新生物、癌及び腫瘍関連疾患、炎症性疾患、血液及び造血臓器疾患、内分泌、栄養及び代謝疾患、神経系疾患、遺伝性疾患、循環系疾患、呼吸器系疾患、消化器系疾患、皮膚及び皮下組織疾患、筋骨格系及び結合組織疾患、及び泌尿生殖器系疾患（遺伝性か後天性かに関わらず）及びこれらの組み合わせからなる群から選択される疾患の治療又は予防に用いられる、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物又は請求項３４に記載の医薬組成物。
  39. 免疫療法剤、遺伝子療法剤としての、又はワクチンとしての、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子組成物又は請求項３４に記載の医薬組成物の使用。
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