JP6720234B2 - コードされている病原体抗原の発現を増加させるための、ヒストンステムループとポリ（ａ）配列又はポリアデニル化シグナルとを含むか又はコードしている核酸 - Google Patents

コードされている病原体抗原の発現を増加させるための、ヒストンステムループとポリ（ａ）配列又はポリアデニル化シグナルとを含むか又はコードしている核酸 Download PDF

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Description

本発明は、病原体抗原又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、少なくとも１つのヒストンステムループと、ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルとを含むか又はコードする核酸配列に関する。更に、本発明は、コードされている前記ペプチド又はタンパク質の発現を増加させるための前記核酸の使用を提供する。また、例えば、感染性疾患の治療において使用するための医薬組成物、特にワクチンを調製するための前記核酸の使用についても開示する。本発明は、更に、ヒストンステムループとポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルとを含むか又はコードする核酸を用いて、病原体抗原又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法について記載する。
ワクチン接種による適応免疫の増強は、インビボにおいて病原体中に存在する特定の抗原に対する有効な応答を促進することを目的としている。弱毒化生病原体又は加熱死病原体を用いる従来のワクチン接種方法は、天然痘、ポリオ、及びジフテリア等の感染性疾患の予防及び治療においては成功しているが、有効なワクチンが入手不可能であるか（例えば、マラリア及びＨＩＶ）又は入手可能なワクチンでは一時的若しくは部分的な保護しか得られない（例えば、コレラ及びインフルエンザ）主要疾患も存在する。新たなストラテジは、抗原提示細胞サブセットに対する選択された抗原のターゲティング、及び特定の病原体からの保護に関連するＴｈ１及び／又はＴｈ２型免疫応答への免疫系の誘導を目的としている。また、目的がより限定的であるこれらストラテジは、免疫回避のために病原体によって誘導される免疫不全の一部を克服することができる治療ワクチンの開発に繋がる可能性がある（非特許文献１）。これら新たなストラテジのうちの１つが、遺伝子ワクチンである。
遺伝子治療及び遺伝子ワクチンは、疾患の治療及び予防において既に効果が認められている分子医学の方法であり、一般的に、日常の医療行為、特に上記疾患の治療において著しい効果を示す。遺伝子治療及び遺伝子ワクチンは、両方とも、患者の細胞又は組織に核酸を導入し、次いで、前記細胞又は組織に導入された前記核酸によってコードされている情報を処理する、即ち、所望のポリペプチド（タンパク質）を発現させることに基づいている。
遺伝子治療のアプローチでは、近年の開発においてＲＮＡも知られているにもかかわらず、典型的にＤＮＡが用いられる。重要なことに、全てのこれら遺伝子治療のアプローチでは、ＤＮＡ、ウイルスＲＮＡ、又はｍＲＮＡのいずれが用いられるかに関係なく、ｍＲＮＡが、コードされているタンパク質の配列情報のメッセンジャーとして機能する。
一般的に、ＲＮＡは、不安定な分子であると考えられている。それは、ＲＮａｓｅが遍在しており且つ不活化が困難であることがよく知られているためである。更に、ＲＮＡは、ＤＮＡよりも化学的に不安定でもある。したがって、真核細胞におけるｍＲＮＡの「デフォルト状態」が、比較的安定であることを特徴とし且つ個々のｍＲＮＡの分解を促進するためには特定のシグナルが必要であることは、恐らく驚くべきことである。この知見の主な理由は、細胞内におけるｍＲＮＡの分解が、殆どエキソヌクレアーゼによってのみ触媒されることであると考えられる。しかし、真核生物のｍＲＮＡの末端は、特定の末端構造及びそれに関連するタンパク質（５’末端のｍ７ＧｐｐｐＮ、及び典型的には３’末端のポリ（Ａ）配列）によってこれら酵素から保護されている。したがって、これら２つの末端修飾の除去が、ｍＲＮＡ分解の律速要因であると考えられる。安定化エレメントは、アルファ−グロビンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおいて特性評価されているが、真核生物のｍＲＮＡのターンオーバーに影響を及ぼすＲＮＡ配列は、典型的に、通常脱アデニル化を促進することによって分解のプロモータとして作用する（非特許文献２に概説）。
上述の通り、真核生物のｍＲＮＡの５’末端は、典型的に、メチル化ＣＡＰ構造、例えばｍ７ＧｐｐｐＮを有するように転写後修飾される。ＲＮＡのスプライシング、安定化、及び輸送における役割とは別に、ＣＡＰ構造は、翻訳開始時における４０ＳリボソームサブユニットのｍＲＮＡの５’末端への動員を著しく強化する。後者の機能は、真核生物の翻訳開始因子複合体ｅＩＦ４ＦによるＣＡＰ構造の認識を必要とする。ポリ（Ａ）配列は、更に、４０ＳサブユニットのｍＲＮＡへの動員増加を介して翻訳を刺激するが、これは、ポリ（Ａ）結合タンパク質（ＰＡＢＰ）の介在を必要とする効果である。ＰＡＢＰは、ＣＡＰ結合ｅＩＦ４Ｆ複合体の一部であるｅＩＦ４Ｇと物理的に相互作用することが最近実証された。したがって、キャップ付加ポリアデニル化ｍＲＮＡにおける翻訳開始の閉ループモデルが主張された（非特許文献３）。
殆ど全ての真核生物のｍＲＮＡは、遍在性の切断／ポリアデニル化機構によってその３’末端に付加されるポリ（Ａ）配列で終端する。３’末端におけるポリ（Ａ）配列の存在は、真核生物のｍＲＮＡの最も明確な特徴のうちの１つである。切断後、大部分のプレｍＲＮＡは、複製依存性ヒストン転写産物を除いて、ポリアデニル化テールを獲得する。これに関連して、３’末端のプロセシングは、核から細胞質へのｍＲＮＡの輸送を促進し、ｍＲＮＡの安定性及び翻訳に影響を及ぼす核の同時転写プロセスである。３’末端の形成は、切断／ポリアデニル化機構によって指揮される２段階反応で行われ、ｍＲＮＡ前駆体（プレｍＲＮＡ）における２つの配列エレメント（高度に保存されている６個のヌクレオチドＡＡＵＡＡＡ（ポリアデニル化シグナル）及び下流のＧ／Ｕリッチ配列）の存在に依存している。第１の段階では、これら２つのエレメントの間でプレｍＲＮＡが切断される。第１の段階と緊密に関連している第２の段階では、新たに形成された３’末端が、２００アデニレート〜２５０アデニレートからなるポリ（Ａ）配列の付加によって伸長し、これは、後に、ｍＲＮＡのエクスポート、安定性、及び翻訳を含むｍＲＮＡ代謝の全ての局面に影響を及ぼす（非特許文献４）。
このルールの唯一知られている例外は、ポリ（Ａ）配列の代わりにヒストンステムループで終端する複製依存的ヒストンｍＲＮＡである。ヒストンステムループ配列の例は、Ｌｏｐｅｚらによって記載されている（非特許文献５）。
ヒストンプレｍＲＮＡにおけるステムループは、典型的に、ヒストン下流要素（ＨＤＥ）として知られているプリンリッチ配列へと続く。これらプレｍＲＮＡは、Ｕ７ ｓｎＲＮＡとＨＤＥとの塩基対形成を通してＵ７ ｓｎＲＮＰによって触媒される、ステムループの約５ヌクレオチド下流の単一ヌクレオチド鎖切断によって核内でプロセシングされる。ヒストンステムループ構造及びヒストン下流要素（ＨＤＥ）を含む３’−ＵＴＲ配列（Ｕ７ ｓｎＲＮＰの結合部位）は、通常、ヒストン３’−プロセシングシグナルと呼ばれる（例えば、非特許文献６を参照）。
新たに合成されたＤＮＡをクロマチンにパッケージ化する必要があるので、ヒストン合成は、細胞周期に呼応して調節される。Ｓ期におけるヒストンタンパク質の合成増加は、ヒストン遺伝子の転写活性化及びヒストンｍＲＮＡレベルの転写後調節によって行われる。ヒストンステムループは、ヒストン発現調節の全ての転写後工程にとって必須であることが示されている。それは、効率的なプロセシング、ｍＲＮＡの細胞質へのエクスポート、ポリリボソームへのローディング、及びｍＲＮＡの安定性の調節に必要である。
上記に関連して、核及び細胞質の両方においてヒストンメッセージの３’末端におけるヒストンステムループと結合する３２ｋＤａのタンパク質が同定された。このステムループ結合タンパク質（ＳＬＢＰ）の発現レベルは、細胞周期によって調節され、ヒストンｍＲＮＡレベルが増加するＳ期において最も高い。ＳＬＢＰは、Ｕ７ ｓｎＲＮＰによるヒストンプレｍＲＮＡの効率的な３’末端プロセシングに必要である。プロセシング完了後、ＳＬＢＰは、依然として成熟ヒストンｍＲＮＡの末端におけるステムループと結合しており、細胞質において前記成熟ヒストンｍＲＮＡのヒストンタンパク質への翻訳を刺激する（非特許文献４）。興味深いことに、ＳＬＢＰのＲＮＡ結合ドメインは、後生動物及び原生動物に亘って保存されており（非特許文献５）、ヒストンステムループ配列への結合がステムループ構造に依存していること、並びに最小結合部位が、ステムループの５’に少なくとも３ヌクレオチド及び３’に２ヌクレオチドを含むことが示されている（非特許文献７及び８）。
ヒストン遺伝子は、一般的に、ｍＲＮＡがヒストンステムループで終端する「複製依存的」ヒストン又は代わりにポリ（Ａ）テールを有するｍＲＮＡが生じる「置換型」ヒストンに分類されるが、一部の非常に稀なケースでは、その３’にヒストンステムループとポリ（Ａ）又はオリゴ（Ａ）とを含有するｍＲＮＡが自然界で同定されている。Ｓａｎｃｈｅｚらは、レポータータンパク質としてルシフェラーゼを用いて、アフリカツメガエルの卵形成中における、ヒストンｍＲＮＡのヒストンステムループの３’に付加された自然界に存在するオリゴ（Ａ）テールの効果について研究し、前記オリゴ（Ａ）テールが、卵形成中にヒストンｍＲＮＡをサイレンシングする翻訳抑制機構の活性部分であり、その除去が、ヒストンｍＲＮＡの翻訳を活性化させる機構の一部であることを見出した（非特許文献９）。
更に、イントロンの無いヒストン遺伝子とは対照的にグロビン遺伝子がイントロンを含んでいることを利用し、プレｍＲＮＡのプロセシングのレベルにおける複製依存的ヒストンの調節の要件及びｍＲＮＡの安定性についてマーカータンパク質アルファグロビンをコードする人工コンストラクトを用いて調べられた。この目的のために、アルファグロビンコード配列の後にヒストンステムループシグナル（ヒストンステムループにヒストン下流要素が続く）及びポリアデニル化シグナルが続くコンストラクトが作製された（非特許文献１０〜１２）。
別のアプローチでは、Ｌｕｅｓｃｈｅｒらが、組み換えヒストンＨ４遺伝子の細胞周期依存的調節について研究した。Ｈ４コード配列の後にヒストンステムループシグナル及びポリアデニル化シグナルが続くコンストラクトを作製し、ガラクトキナーゼコード配列によって２つのプロセシングシグナルを偶発的に分断した（非特許文献１３）。
更に、Ｓｔａｕｂｅｒらは、ヒストンＨ４ｍＲＮＡレベルを細胞周期依存的に調節するのに必要な最小配列を同定した。これら研究では、ヒストンステムループとそれに続くポリアデニル化シグナルの前に選択マーカーであるキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ）のコード配列を含むコンストラクトが用いられた（非特許文献１４）。
ヒストンプレｍＲＮＡプロセシングの研究において、Ｗａｇｎｅｒらは、ヒストンプレｍＲＮＡプロセシングが妨害された場合にのみＥＧＦＰが発現するように、ヒストンステムループシグナルとポリアデニル化シグナルとの間にＥＧＦＰを配置したレポーターコンストラクトを用いて、ヒストンプレｍＲＮＡの切断に必要な因子を同定した（非特許文献１５）。
ポリアデニル化ｍＲＮＡの翻訳は、通常、３’ポリ（Ａ）配列を５’ＣＡＰに近接させることを必要とすることに留意すべきである。これは、ポリ（Ａ）結合タンパク質と真核生物開始因子ｅＩＦ４Ｇとの間のタンパク質−タンパク質相互作用を通して媒介される。複製依存的ヒストンｍＲＮＡに関しても、類似の機構が明らかになっている。これに関連して、Ｇａｌｌｉｅらは、効率的な翻訳レベルを確立するために翻訳効率を高め、５’−ＣＡＰに共依存するという点で、ヒストンステムループがポリ（Ａ）配列に機能的に類似していることを示している。Ｇａｌｌｉｅらは、ヒストンステムループが、感染させたチャイニーズハムスター卵巣細胞においてレポーターｍＲＮＡの翻訳を増加させるのに必要十分であるが、最適に機能するためには３’末端に位置しなければならないことを示した。したがって、他のｍＲＮＡにおけるポリ（Ａ）テールと同様に、これらヒストンｍＲＮＡの３’末端は、インビボにおける翻訳に必須であり且つポリ（Ａ）テールに機能的に類似していると考えられる（非特許文献１６）。
更に、ＳＬＢＰは、細胞質ヒストンｍＲＮＡに結合し、その翻訳に必要であることが示されている。ＳＬＢＰは、ｅＩＦ４Ｇと直接には相互作用しないが、ヒストンｍＲＮＡの翻訳に必要なドメインが、最近同定されたタンパク質ＳＬＩＰ１と相互作用する。更なる工程では、ＳＬＩＰ１は、ｅＩＦ４Ｇと相互作用して、ヒストンｍＲＮＡを環状化させるとともに、ポリアデニル化ｍＲＮＡの翻訳に類似する機序によってヒストンｍＲＮＡの効率的な翻訳を支持する。
上述の通り、遺伝子治療のアプローチでは、通常、コード情報を細胞に輸送するためにＤＮＡを使用し、これは、次いで、コードされている治療用タンパク質又は抗原タンパク質を確実に発現させるために自然界に存在するｍＲＮＡのエレメント、特に５’−ＣＡＰ構造及び３’ポリ（Ａ）配列を有するｍＲＮＡに転写される。
しかし、多くの場合、患者の細胞又は組織にかかる核酸を導入し、続いて、これら核酸によってコードされている所望のポリペプチドを発現させることに基づく発現系は、ＤＮＡが用いられるかＲＮＡが用いられるかに関係なく、効率的な治療を可能にすることができる所望の、又は更には必要な発現レベルを示さない。
関連技術では、これまで、インビトロ及び／又はインビボにおいて、特に改善された発現系を使用することによってコードされているタンパク質の発現量を増加させる様々な試みが行われてきた。関連技術において一般的に記載されている発現を増加させる方法は、従来、特定のプロモータ及び対応する調節エレメントを含有する発現ベクター又はカセットの使用に基づいている。これら発現ベクター又はカセットは、典型的に、特定の細胞系に限定されるので、様々な細胞系で使用するためにはこれら発現系を適応させなければならない。次いで、このように適応させた発現ベクター又はカセットは、通常、細胞にトランスフェクトされ、典型的には、特定の細胞株に応じて処理される。したがって、特定の細胞種に特異的なプロモータ及び調節エレメントとは無関係に、細胞に固有の系によってコードされているタンパク質を標的細胞において発現させることができる核酸分子が主に好ましい。これに関連して、ｍＲＮＡ安定化エレメントとｍＲＮＡの翻訳効率を高めるエレメントとを区別することができる。
コード配列が最適化されており且つ一般的にかかる目的に適しているｍＲＮＡは、特許文献１に記載されている。例えば、特許文献１は、一般形態で安定化されており且つコード領域が翻訳に最適化されているｍＲＮＡについて記載している。特許文献１は、更に、配列修飾を決定する方法についても開示している。特許文献１は、更に、配列のグアニン／シトシン（Ｇ／Ｃ）含量を増加させるために、ｍＲＮＡ配列中のアデニル及びウラシルヌクレオチドを置換する可能性についても記載している。特許文献１によれば、Ｇ／Ｃ含量を増加させるためのかかる置換及び適応は、遺伝子治療用途に用いることができるだけではなく、癌又は感染性疾患の治療において遺伝子ワクチンにも使用することができる。これに関連して、特許文献１は、一般的に、かかる改変を行うための基本配列としての配列に言及しており、改変されたｍＲＮＡは、少なくとも１つの生物活性ペプチド又はポリペプチドをコードしており、例えば、全く治療を受けていないか、不適切な治療を受けたか、又は誤った治療を受けた患者において翻訳される。或いは、特許文献１は、かかる改変を行うための基本配列として、抗原、例えば、病原体抗原又はウイルス抗原をコードするｍＲＮＡを提案している。
コードされているタンパク質の発現を増加させる更なるアプローチにおいて、特許文献２は、ｍＲＮＡの安定性及び翻訳活性に対する長いポリ（Ａ）配列（具体的には、１２０ｂｐよりも長い）とベータグロビン遺伝子の少なくとも２つの３’非翻訳領域の組み合わせとの有益な効果について記載している。
しかし、これら後者の関連技術の全ての文書が、既に、遺伝子治療のアプローチのための非常に効率的なツール、更には改善されたｍＲＮＡ安定性及び翻訳活性を提供しようと試みているにもかかわらず、ＤＮＡワクチン及びＤＮＡを用いる遺伝子治療的アプローチに対して、ＲＮＡを用いる用途の安定性が一般的に低いという問題が依然として存在している。したがって、好ましくは遺伝子治療及び遺伝子ワクチンのために、例えば、更に改善されたｍＲＮＡ安定性及び／又は翻訳活性を介して、コードされているタンパク質をインビボでよりよく提供することができる、遺伝子治療アプローチ及び遺伝子ワクチンのための又は上記のような従来の治療の補助療法としての改善されたツールを提供することが、当技術分野において依然として必要とされている。
更に、当技術分野におけるあらゆる進歩にもかかわらず、無細胞系、細胞、又は生物においてコードされているペプチド又はタンパク質を効率的に発現（組み換え発現）させることは、依然として挑戦的課題である。
国際公開第０２／０９８４４３号パンフレット（ＣｕｒｅＶａｃ ＧｍｂＨ） 国際公開第２００７／０３６３６６号パンフレット
Ｇａｍｖｒｅｌｌｉｓ，Ａ．，Ｄ．Ｌｅｏｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００４），Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ８２，５０６−５１６． Ｍｅｙｅｒ，Ｓ．，Ｃ．Ｔｅｍｍｅ，ｅｔ ａｌ．（２００４），Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９（４）：１９７−２１６． Ｍｉｃｈｅｌ，Ｙ．Ｍ．，Ｄ．Ｐｏｎｃｅｔ，ｅｔ ａｌ．（２０００），Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７５（４１）：３２２６８−７６． Ｄｏｍｉｎｓｋｉ，Ｚ．ａｎｄ Ｗ．Ｆ．Ｍａｒｚｌｕｆｆ（２００７），Ｇｅｎｅ ３９６（２）：３７３−９０． Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８． Ｃｈｏｄｃｈｏｙ，Ｎ．，Ｎ．Ｂ．Ｐａｎｄｅｙ，ｅｔ ａｌ．（１９９１）．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ １１（１）：４９７−５０９． Ｐａｎｄｅｙ，Ｎ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．（１９９４），Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１４（３），１７０９−１７２０ Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ａ．Ｓ．，＆Ｍａｒｚｌｕｆｆ，Ｗ．Ｆ．，（１９９５），Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２３（４），６５４−６６２． Ｓａｎｃｈｅｚ，Ｒ．ａｎｄ Ｗ．Ｆ．Ｍａｒｚｌｕｆｆ（２００４），Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２４（６）：２５１３−２５ Ｗｈｉｔｅｌａｗ，Ｅ．，ｅｔ ａｌ．（１９８６）．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１４（１７），７０５９−７０７０． Ｐａｎｄｅｙ，Ｎ．Ｂ．，＆Ｍａｒｚｌｕｆｆ，Ｗ．Ｆ．（１９８７）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，７（１２），４５５７−４５５９． Ｐａｎｄｅｙ，Ｎ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．（１９９０）．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１８（１１），３１６１−３１７０ Ｌｕｅｓｃｈｅｒ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．，（１９８５）．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８２（１３），４３８９−４３９３ Ｓｔａｕｂｅｒ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．，（１９８６）．ＥＭＢＯ Ｊ，５（１２），３２９７−３３０３ Ｗａｇｎｅｒ，Ｅ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，（２００７）．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ ２８（４），６９２−９ Ｇａｌｌｉｅ，Ｄ．Ｒ．，Ｌｅｗｉｓ，Ｎ．Ｊ．，＆Ｍａｒｚｌｕｆｆ，Ｗ．Ｆ．（１９９６），Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２４（１０），１９５４−１９６２
したがって、本発明の根底にある目的は、感染性疾患の治療的処置又は予防的処置における遺伝子ワクチンで使用するための関連技術において知られている核酸に関連して、好ましくはｍＲＮＡの更なる安定化及び／又はｍＲＮＡの翻訳効率の上昇を介して、コードされているタンパク質の発現を増加させるための更なる方法及び／又は別の方法を提供することにある。
前記目的は、添付の特許請求の範囲の発明主題によって解決される。具体的には、本発明の根底にある目的は、第１の態様に従って、
ａ）病原体抗原又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている本発明の核酸配列によって解決される。
或いは、（ヒストン遺伝子、特にＨ１、Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、及びＨ４ファミリーのヒストン遺伝子に由来する）ヒストンステムループ配列以外の任意の適切なステムループ配列を、本発明の全ての態様及び実施形態で用いてよい。
以下の図は、本発明を更に説明することを意図し、本発明がこれらに限定されると解釈すべきではない。
図１は、後生動物及び原生動物のステムループ配列から見出したヒストンステムループのコンセンサス配列を示す（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８に報告されている）。後生動物及び原生動物由来の４，００１個のヒストンステムループ配列をアラインメントし、ステムループ配列の全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を示した。解析した全ての配列中に存在するヌクレオチドを表す見出されたコンセンサス配列を、ヌクレオチドの１文字表記を用いて記載する。コンセンサス配列に加えて、解析した配列のうちの少なくとも９９％、９５％、及び９０％中に存在するヌクレオチドを表す配列を示す。 図２は、原生動物のステムループ配列から見出されたヒストンステムループのコンセンサス配列を示す（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８に報告されている）。原生動物由来の１３１個のヒストンステムループ配列をアラインメントし、ステムループ配列の全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を示した。解析した全ての配列中に存在するヌクレオチドを表す見出されたコンセンサス配列を、ヌクレオチドの１文字表記を用いて記載する。コンセンサス配列に加えて、解析した配列のうちの少なくとも９９％、９５％、及び９０％中に存在するヌクレオチドを表す配列を示す。 図３は、後生動物のステムループ配列から見出されたヒストンステムループのコンセンサス配列を示す（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８に報告されている）。後生動物由来の３，８７０個のヒストンステムループ配列をアラインメントし、ステムループ配列の全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を示した。解析した全ての配列中に存在するヌクレオチドを表す見出されたコンセンサス配列を、ヌクレオチドの１文字表記を用いて記載する。コンセンサス配列に加えて、解析した配列のうちの少なくとも９９％、９５％、及び９０％中に存在するヌクレオチドを表す配列を示す。 図４は、脊椎動物のステムループ配列から見出されたヒストンステムループのコンセンサス配列を示す（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８に報告されている）。脊椎動物由来の１，３３３個のヒストンステムループ配列をアラインメントし、ステムループ配列の全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を示した。解析した全ての配列中に存在するヌクレオチドを表す見出されたコンセンサス配列を、ヌクレオチドの１文字表記を用いて記載する。コンセンサス配列に加えて、解析した配列のうちの少なくとも９９％、９５％、及び９０％中に存在するヌクレオチドを表す配列を示す。 図５は、ヒトのステムループ配列から見出されたヒストンステムループのコンセンサス配列を示す（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８に報告されている）。ヒト由来の８４個のヒストンステムループ配列をアラインメントし、ステムループ配列の全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を示した。解析した全ての配列中に存在するヌクレオチドを表す見出されたコンセンサス配列を、ヌクレオチドの１文字表記を用いて記載する。コンセンサス配列に加えて、解析した配列のうちの少なくとも９９％、９５％、及び９０％中に存在するヌクレオチドを表す配列を示す。 図６〜１９は、インビトロ転写から得られたｍＲＮＡを示す。インビトロ転写によって得られたｍＲＮＡの名称及び配列を記載する。以下の略記を用いる。 ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）：キタアメリカホタル（Ｐｈｏｔｉｎｕｓ ｐｙｒａｌｉｓ）ルシフェラーゼをコードしているＧＣリッチなｍＲＮＡ配列 ａｇ：アルファグロビン遺伝子の３’非翻訳領域（ＵＴＲ） Ａ６４：６４個のアデニレートを含むポリ（Ａ）配列 Ａ１２０：１２０個のアデニレートを含むポリ（Ａ）配列 ヒストンＳＬ：ヒストンステムループ ａＣＰＳＬ：αＣＰ−２ＫＬタンパク質の特異的結合について、ライブラリから選択されたステムループ ポリオＣＬ：ポリオウイルスゲノムＲＮＡ由来の５’クローバーリーフ Ｇ３０：３０個のグアニレートを含むポリ（Ｇ）配列 Ｕ３０：３０個のウリジレートを含むポリ（Ｕ）配列 ＳＬ：非特異的／人工ステムループ Ｎ３２：３２個のヌクレオチドの非特異的配列 配列において、以下のエレメントを強調する：コード領域（ＯＲＦ）（大文字）、ａｇ（太字）、ヒストンＳＬ（下線）、試験した更に別の配列（イタリック体）。 図６は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ（配列番号４３）のｍＲＮＡ配列を示す。アルファグロビン３’−ＵＴＲ（ａｇ）直後の制限酵素部位でオリジナルベクターを直鎖化することによって、ポリ（Ａ）配列を有しないｍＲＮＡが得られる。 図７は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４（配列番号４４）のｍＲＮＡ配列を示す。Ａ６４ポリ（Ａ）配列直後の制限酵素部位でオリジナルベクターを直鎖化することによって、Ａ６４ポリ（Ａ）配列で終端するｍＲＮＡが得られる。 図８は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−ヒストンＳＬ（配列番号４５）のｍＲＮＡ配列を示す。Ａ６４ポリ（Ａ）配列をヒストンＳＬで置換した。実施例で用いたヒストンステムループ配列は、Ｃａｋｍａｋｃｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２８（３），１１８２−１１９４から得た。 図９は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ヒストンＳＬ（配列番号４６）のｍＲＮＡ配列を示す。ヒストンＳＬをＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。 図１０は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ１２０（配列番号４７）のｍＲＮＡ配列を示す。Ａ６４ポリ（Ａ）配列をＡ１２０ポリ（Ａ）配列で置換した。 図１１は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ａｇ（配列番号４８）のｍＲＮＡ配列を示す。第２のアルファグロビン３’−ＵＴＲをＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。 図１２は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ａＣＰＳＬ（配列番号４９）のｍＲＮＡ配列を示す。ステムループをＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。ステムループは、αＣＰ−２ＫＬタンパク質の特異的結合についてライブラリから選択した（Ｔｈｉｓｔｅｄ ｅｔ ａｌ．，（２００１），Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２７６（２０），１７４８４−１７４９６）。αＣＰ−２ＫＬは、αＣＰ−２のアイソフォームであり、最も強く発現するαＣＰタンパク質（アルファグロビンｍＲＮＡポリ（Ｃ）結合タンパク質）であり（Ｍａｋｅｙｅｖ ｅｔ ａｌ．，（２０００），Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，６７（３），３０１−３１６）、アルファグロビン３’−ＵＴＲに結合するＲＮＡ結合タンパク質のグループである（Ｃｈｋｈｅｉｄｚｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９９），Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９（７），４５７２−４５８１）。 図１３は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ポリオＣＬ（配列番号５０）のｍＲＮＡ配列を示す。ポリオウイルスゲノムＲＮＡ由来の５’クローバーリーフをＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。 図１４は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｇ３０（配列番号５１）のｍＲＮＡ配列を示す。３０個のグアニレート伸長をＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。 図１５は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｕ３０（配列番号５２）のｍＲＮＡ配列を示す。３０個のウリジレート伸長をＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。 図１６は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ＳＬ（配列番号５３）のｍＲＮＡ配列を示す。ステムループをＡ６４ポリ（Ａ）の３’に付加した。ステム及びループの上部を取り除いた（Ｂａｂｅｎｄｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，（２００６），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１２（５），８５１−８６１）。ステムループは、１７塩基対長のＣＧリッチステムと６塩基対長のループとからなる。 図１７は、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｎ３２（配列番号５４）を示す。別の制限酵素部位でオリジナルベクターを直鎖化することによって、ポリ（Ａ）配列に続いて３２個の更なるヌクレオチドを有するｍＲＮＡが得られる。 図１８は、ＨＡ（Ｈ１Ｎ１／ＰＲ８）（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｃ３０（配列番号５５）のｍＲＮＡ配列を示す。 図１９は、ＨＡ（Ｈ１Ｎ１／ＰＲ８）（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｃ３０−ヒストンＳＬ（配列番号５６）のｍＲＮＡ配列を示す。 図２０は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、ｍＲＮＡからのタンパク質発現を相乗的に増加させることを示す。ｍＲＮＡからのルシフェラーゼ発現に対するポリ（Ａ）配列、ヒストンＳＬ、及びポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果を調べた。したがって、様々なｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にエレクトロポレーションした。トランスフェクションの６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した。ポリ（Ａ）配列もヒストンＳＬも有しない小さなルシフェラーゼが、ｍＲＮＡから発現する。ポリ（Ａ）配列又はヒストンＳＬは、両方ともルシフェラーゼレベルを増加させる。しかし、驚くべきことに、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させたので、相乗的に作用する。トリプリケートのトランスフェクションについて、平均ＲＬＵ±ＳＤ（相対光単位±標準偏差）としてデータをグラフ化する。具体的なＲＬＵを実施例１１．２に要約する。 図２１は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、その順序にかかわらず、ｍＲＮＡからのタンパク質発現を増加させることを示す。ｍＲＮＡからのルシフェラーゼ発現に対するポリ（Ａ）配列、ヒストンＳＬ、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせ、及びこれらの順序の効果を調べた。したがって、様々なｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にリポフェクションした。トランスフェクション開始の６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した。Ａ６４ポリ（Ａ）配列又はヒストンＳＬは、両方とも、同程度のルシフェラーゼレベルを生じさせる。Ａ６４からＡ１２０又はＡ３００へとポリ（Ａ）配列の長さを増加させると、ルシフェラーゼレベルが中程度増加する。対照的に、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、ポリ（Ａ）配列の延長よりも遥かに多くルシフェラーゼレベルを増加させる。ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させたので、相乗的に作用する。Ａ６４−ヒストンＳＬ又はヒストンＳＬ−Ａ２５０ｍＲＮＡにおいて、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの順序並びにポリ（Ａ）の長さにかかわらず、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの相乗効果がみられる。トリプリケートのトランスフェクションについて、平均ＲＬＵ±ＳＤとしてデータをグラフ化する。具体的なＲＬＵを実施例１１．３に要約する。 図２２は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせによるタンパク質発現の増加が特異的であることを示す。ｍＲＮＡからのルシフェラーゼ発現に対するポリ（Ａ）とヒストンＳＬ、又はポリ（Ａ）と別の配列とを組み合わせることの効果を調べた。したがって、様々なｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にエレクトロポレーションした。トランスフェクションの６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した。ポリ（Ａ）配列又はヒストンＳＬは、両方とも同程度のルシフェラーゼレベルを生じさせる。ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させたので、相乗的に作用する。対照的に、ポリ（Ａ）と他の配列のいずれかとの組み合わせは、ポリ（Ａ）配列のみを含有するｍＲＮＡに比べてルシフェラーゼに対する効果を有しない。したがって、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、特異的且つ相乗的に作用する。トリプリケートのトランスフェクションについて、平均ＲＬＵ±ＳＤとしてデータをグラフ化する。具体的なＲＬＵを実施例１１．４に要約する。 図２３は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、インビボにおいてｍＲＮＡからのタンパク質発現を相乗的に増加させることを示す。インビボにおけるｍＲＮＡからのルシフェラーゼ発現に対するポリ（Ａ）配列、ヒストンＳＬ、及びポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果を調べた。したがって、様々なｍＲＮＡをマウスに皮内注射した。注射の１６時間後にマウスを屠殺し、注射部位におけるルシフェラーゼレベルを測定した。ヒストンＳＬ又はポリ（Ａ）配列のいずれかを有するｍＲＮＡからルシフェラーゼが発現する。しかし、驚くべきことに、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させたので、相乗的に作用する。平均ＲＬＵ±ＳＥＭ（相対光単位±標準誤差の平均）としてデータをグラフ化する。具体的なＲＬＵを実施例１１．５に要約する。 図２４は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、ｍＲＮＡのワクチン接種によって誘発される抗体のレベルを増加させることを示す。ｍＲＮＡのワクチン接種によって誘発される抗ＨＡの誘導に対するポリ（Ａ）配列及びポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果を調べた。したがって、Ｂａｌｂ／ｃマウスに様々なｍＲＮＡを皮内ワクチン接種した。ワクチン接種マウス及びコントロールマウスにおけるＨＡ特異的抗体のレベルを、血清の連続希釈物を用いたＥＬＩＳＡによって分析した。抗ＨＡ ＩｇＧ１は、ポリ（Ａ）配列のみを有するｍＲＮＡによって誘導される。しかし、驚くべきことに、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、ポリ（Ａ）配列のみでみられるレベルを超えて抗ＨＡ ＩｇＧ１レベルを増加させる。
これに関連して、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸は、好ましくは本明細書に記載する通りＤＮＡ又はＲＮＡの合成によって少なくとも部分的に作製されるか、又は単離核酸であることが特に好ましい。
本発明は、ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと少なくとも１つのヒストンステムループとの組み合わせが、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もタンパク質発現を増加させることから、自然界では別の機序を表すにもかかわらず、相乗的に作用するという本発明者らの驚くべき知見に基づいている。ポリ（Ａ）と少なくとも１つのヒストンステムループとの組み合わせの相乗効果は、ポリ（Ａ）及びヒストンステムループの順序、並びにポリ（Ａ）配列の長さにかかわらずみられる。
したがって、本発明の核酸配列は、ａ）病原体抗原又はその断片、変異体又は誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、（好ましくはコードされている前記ペプチド又はタンパク質の発現レベルを増加させるために）ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化配列とを含むか又はコードし、コードされている前記タンパク質が、好ましくは、ヒストンタンパク質、特にＨ４、Ｈ３、Ｈ２Ａ、及び／又はＨ２Ｂヒストンファミリーのヒストンタンパク質、或いはヒストン（様）機能、即ちヌクレオソームを形成する機能を保持しているその断片、誘導体、又は変異体ではないことが特に好ましい。また、コードされている前記タンパク質は、典型的に、Ｈ１ヒストンファミリーのヒストンリンカータンパク質には相当しない。本発明の核酸分子は、典型的に、（マウスヒストン遺伝子、特にマウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ、更に最も好ましくはマウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４の５’及び／又は特に３’に）任意の調節シグナルを含有しない。特に、本発明の核酸分子は、マウスヒストン遺伝子、特にマウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ、最も好ましくはマウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４由来のヒストンステムループ及び／又はヒストンステムループプロセシングシグナルを含有しない。
また、本発明の核酸は、典型的に、その要素（ａ）において、レポータータンパク質（例えば、ルシフェラーゼ、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β−ガラクトシダーゼ、特にＥＧＦＰ）、ガラクトキナーゼ（ｇａｌＫ）及び／又はマーカー若しくは選択タンパク質（例えば、アルファグロビン、ガラクトキナーゼ、及びキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ））、或いは細菌のレポータータンパク質（例えば、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ））、或いは他の細菌の抗生物質耐性タンパク質（例えば、細菌ｎｅｏ遺伝子由来の抗生物質耐性タンパク質）を提供しない。
レポーター、マーカー、又は選択タンパク質は、典型的に、本発明に係る抗原タンパク質ではないと理解される。レポーター、マーカー、若しくは選択タンパク質、又はその基本となる遺伝子は、細菌、細胞培養物、動物、又は植物における研究用ツールとして一般的に用いられている。これらは、（好ましくは、異種性に）それを発現する生物に対して、測定することができるか又は選択を可能にする容易に同定可能な性質を付与する。具体的には、マーカー又は選択タンパク質は、選択可能な機能を示す。典型的には、かかる選択、マーカー、又はレポータータンパク質は、自然界ではヒト又は他の哺乳類には存在せず、他の生物、特に細菌又は植物に由来する。したがって、下等種（例えば、細菌）に由来する選択、マーカー、又はレポーター機能を有するタンパク質は、好ましくは、本発明に係る「抗原タンパク質」であると理解されるものから除外される。これに関して、抗原タンパク質は、被験体において病的反応を発現させて疾患状態にする生物又はウイルスによる感染から前記被験体を免疫学的に保護することができる免疫反応を誘発するタンパク質に相当することを意味する。具体的には、選択、マーカー又はレポータータンパク質は、例えば、蛍光又は他の分光学的技術、及び抗生物質に対する耐性に基づくインビトロアッセイによって形質転換細胞を同定することを可能にする。したがって、かかる性質を形質転換細胞に付与する選択、レポーター、又はマーカー遺伝子は、典型的に、本発明に係る病原体抗原タンパク質であるとは理解されない。
いずれの場合も、レポーター、マーカー、又は選択タンパク質は、通常、病原体抗原に対する（治療を受ける被験体の）免疫応答の結果として抗原効果を全く発揮しない。任意の単一のレポーター、マーカー、又は選択タンパク質が、（そのレポーター、選択、又はマーカー機能に加えて）抗原効果を発揮する場合であっても、かかるレポーター、マーカー又は選択タンパク質は、好ましくは、本発明の意味の範囲内で「病原体抗原」であるとは理解されない。
対照的に、本発明に係る病原体抗原（その断片、変異体、及び誘導体を含む）、特に、Ｈ１、Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、及びＨ４ファミリーのヒストン遺伝子を除く病原体抗原は、典型的に、選択、マーカー、又はレポーター機能を示さない。任意の単一の「病原体抗原」が（その抗原機能に加えて）選択、マーカー、又はレポーター機能を示す場合であっても、かかる病原体抗原は、好ましくは、本発明の意味の範囲内で「選択、マーカー、又はレポータータンパク質」であるとは理解されない。
最も好ましくは、本発明に係る病原体抗原は、免疫機能を発揮する病原性生物、好ましくは、細菌又はウイルスに由来すると理解される。典型的に、かかる抗原は、選択、マーカー、又はレポータータンパク質として適切ではない。
したがって、（ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域は、少なくとも、（ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループ、又はより広くは、任意の適切なステムループと異種であることが好ましい。言い換えれば、本発明において「異種」とは、少なくとも１つのステムループ配列が、本発明の核酸の要素（ａ）の（病原体）抗原タンパク質又はペプチドをコードしている特定の遺伝子の（例えば、３’ＵＴＲにおける）（調節）配列として自然界で存在することはないことを意味する。したがって、本発明の核酸の（ヒストン）ステムループは、本発明の核酸の要素（ａ）のコード領域を含む遺伝子以外の遺伝子の３’ＵＴＲに由来することが好ましい。例えば、要素（ａ）のコード領域は、本発明の核酸が異種である場合、ヒストンタンパク質、又は（ヒストンタンパク質の機能を保持している）その断片、変異体、若しくは誘導体をコードするのではなく、生物学的機能、好ましくはヒストン（様）機能以外の抗原機能を発揮する（同じ種又は別の種の）任意の他のペプチド又は配列をコードし、例えば、（例えば、被験体の免疫系の反応を誘発することによって、例えば、抗体反応によって、抗原機能を発揮する）抗原タンパク質をコードして、本発明の核酸が、例えば哺乳類、特にヒトにおいてワクチンとして作用することができるようにする。
これに関連して、本発明の核酸は、５’から３’方向に、
ａ）病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）任意でヒストンステムループの３’にヒストン下流要素（ＨＤＥ）を有しない、少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードすることが特に好ましい。
用語「ヒストン下流要素（ＨＤＥ）」は、ヒストンプレｍＲＮＡの成熟ヒストンｍＲＮＡへのプロセシングに関与するＵ７ｓｎＲＮＡの結合部位を表す、自然界に存在するヒストンステムループの３’における約１５個〜約２０個のヌクレオチドのプリンリッチポリヌクレオチド伸長を指す。例えばウニでは、ＨＤＥは、ＣＡＡＧＡＡＡＧＡである（Ｄｏｍｉｎｓｋｉ，Ｚ．ａｎｄ Ｗ．Ｆ．Ｍａｒｚｌｕｆｆ（２００７），Ｇｅｎｅ ３９６（２）：３７３−９０）。
更に、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸は、イントロンを含まないことが好ましい。
別の特に好ましい実施形態では、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、５’から３’に向かって
ａ）好ましくは、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｃ）ポリ（Ａ）配列と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと
を含むか又はコードする。
本発明の第１の実施形態に係る本発明の核酸配列は、例えば、任意の（一本鎖又は二本鎖）ＤＮＡ（好ましくは、ゲノムＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ分子、二本鎖ＤＮＡ分子等であるがこれらに限定されない）から選択されるか、例えば、任意のＰＮＡ（ペプチド核酸）から選択してよいか、又は例えば、任意の（一本鎖又は二本鎖）ＲＮＡ（好ましくはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ））から選択してよい任意の好適な核酸を含む。また、本発明の核酸配列は、ウイルスＲＮＡ（ｖＲＮＡ）を含んでいてもよい。しかし、本発明の核酸配列は、ウイルスＲＮＡではなくてもよく、ウイルスＲＮＡを含有していなくてもよい。より具体的には、本発明の核酸配列は、ウイルス配列エレメント、例えば、ウイルスエンハンサー又はウイルスプロモーター（例えば、不活化ウイルスプロモーター又は配列エレメントを含有しない、より具体的には、置換ストラテジによって不活化されない）、或いは、他のウイルス配列エレメント又はウイルス若しくはレトロウイルスの核酸配列を含有していなくてもよい。より具体的には、本発明の核酸配列は、レトロウイルス若しくはウイルスのベクター、又は改変されているレトロウイルス若しくはウイルスのベクターでなくてよい。
いずれの場合も、本発明の核酸配列は、エンハンサー及び／又はプロモーター配列を含有していてもよく、含有していなくてもよく、前記エンハンサー及び／若しくはプロモーター配列は、改変されていてもよく、改変されていなくてもよい、又は活性化されていてもよく、活性化されていなくてもよい。前記エンハンサー又はプロモーター配列は、植物で発現可能であってもよく発現可能でなくてもよく、及び／又は真核生物で発現可能であってもよく発現可能でなくてもよく、及び／又は原核生物で発現可能であってもよく発現可能でなくてもよい。本発明の核酸配列は、（自己スプライシング）リボザイムをコードしている配列を含有していてもよく、含有していなくてもよい。
具体的な実施形態では、本発明の核酸配列は、自己スプライシングＲＮＡ（レプリコン）を含んでいてもよく、含んでいなくてもよい。
好ましくは、本発明の核酸配列は、プラスミドＤＮＡ、又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡである。
本発明の第１の態様の特定の実施形態では、本発明の核酸は、特に適切なインビトロ転写ベクターにおいて、インビトロ転写に好適な核酸に含まれる核酸である（例えば、Ｔ３、Ｔ７、又はＳｐ６プロモーター等、インビトロ転写のための特定のプロモーターを含むプラスミド又は直鎖状核酸配列）。
本発明の第１の態様の更なる特に好ましい実施形態では、本発明の核酸は、（例えば、発現ベクター又はプラスミドにおける）発現系、特に原核生物（例えば、大腸菌等の細菌）又は真核生物（例えば、ＣＨＯ細胞等の哺乳類細胞、酵母細胞、若しくは昆虫細胞、又は植物若しくは動物等の生物全体）の発現系における転写及び／又は翻訳に好適な核酸に含まれる。
用語「発現系」は、ペプチド、タンパク質、又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡの生成（組み換え発現）に好適な系（細胞培養物又は生物全体）を意味する。
本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、少なくとも１つのヒストンステムループを含むか又はコードする。本発明では、かかるヒストンステムループは、典型的に、ヒストン遺伝子に由来し、２つの隣接する全体的に又は部分的に逆相補的な配列が分子内塩基対合してステムループを形成したものを含む。一般的に、ヒストンステムループであるかどうかにかかわらず、ステムループは、一本鎖ＤＮＡ、又はより一般的にはＲＮＡにおいて形成され得る。また、その構造は、ヘアピン又はヘアピンループとして知られており、通常、連続配列内のステム及び（末端）ループからなり、前記ステムは、ステムループ構造のループを構成する一種のスペーサーとしての短い配列によって分断されている２つの隣接する全体的に又は部分的に逆相補的な配列によって形成される。前記２つの隣接する全体的に又は部分的に逆相補的な配列は、例えば、ステムループエレメント、ステム１及びステム２として定義することができる。ステムループは、これら２つの隣接する全体的に又は部分的に逆相補的な配列（例えば、ステムループエレメント、ステム１及びステム２）が互いに塩基対を形成するときに形成されて、連続配列におけるステムループエレメント、ステム１とステム２との間に位置する短い配列によって形成される不対ループを末端に含む二本鎖核酸配列伸長をもたらす。したがって、不対ループは、典型的に、これらステムループ要素のいずれとも塩基対合することができない核酸の領域を表す。得られるロリポップ形構造は、多くのＲＮＡ二次構造の重要な構成要素である。したがって、ステムループ構造の形成は、得られるステム及びループ領域の安定性に依存し、第１の必要条件は、典型的に、折り重ねられて対合二本鎖を形成することができる配列の存在である。対合ステムループエレメントの安定性は、対合領域の長さ、含まれているミスマッチ又はバルジの数（特に長い二本鎖伸長では、少数のミスマッチは、典型的に許容可能である）、及び塩基組成によって決定される。本発明では、３塩基〜１５塩基のループ長が考えられるが、より好ましい最適なループ長は、３塩基〜１０塩基、より好ましくは３塩基〜８塩基、３塩基〜７塩基、３塩基〜６塩基、又は更により好ましくは４塩基〜５塩基、最も好ましくは４塩基である。二本鎖構造を形成するステム配列は、典型的に、５塩基長〜１０塩基長、より好ましくは５塩基長〜８塩基長を有する。
本発明では、ヒストンステムループは、典型的に、ヒストン遺伝子（例えば、ヒストンファミリーＨ１、Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、Ｈ４に由来する遺伝子）に由来し、２つの隣接する全体的に又は部分的に逆相補的な配列が分子内塩基対合してステムループを形成したものを含む。典型的に、ヒストン３’ＵＴＲステムループは、ヒストンｍＲＮＡの核細胞質輸送、並びに細胞質における安定性及び輸送効率の調節に関与するＲＮＡエレメントである。後生動物のヒストン遺伝子のｍＲＮＡは、ポリアデニル化及びポリ（Ａ）テールを含まず、その代わりに、高度に保存されているステムループと約２０ヌクレオチド下流のプリンリッチ領域（ヒストン下流要素、又はＨＤＥ）との間の部位において３’プロセシングが行われる。ヒストンステムループは、３１ｋＤａのステムループ結合タンパク質（ＳＬＢＰ、ヒストンヘアピン結合タンパク質又はＨＢＰとも呼ばれる）によって結合する。かかるヒストンステムループ構造は、好ましくは、他の配列エレメント及び構造と組み合わせて本発明で使用されるが、前記他の配列エレメント及び構造は、自然界（これは、形質転換されていない生存生物／細胞を意味する）でヒストン遺伝子中に存在するのではなく、人工の異種核酸を提供するために本発明に従って組み合わせられる。したがって、本発明は、具体的には、ヒストン遺伝子又は後生動物のヒストン遺伝子には存在せず、且つヒストン以外のタンパク質をコードしている遺伝子の操作可能及び／又は調節性の配列領域（転写及び／又は翻訳に影響を及ぼす）から単離される他の異種配列エレメントとヒストンステムループ構造との人工的な（非ネイティブな）組み合わせが、有利な効果をもたらすという知見に基づいている。したがって、本発明の１つの態様は、後生動物のヒストン遺伝子には存在しない、ヒストンステムループ構造とポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルを表す配列（コード領域の３’末端）との組み合わせを提供する。本発明の別の好ましい態様によれば、ヒストンステムループ構造と好ましくは後生動物のヒストン遺伝子には存在しない病原体抗原をコードしているコード領域との組み合わせをこれと共に提供する（コード領域とヒストンステムループ配列とは異種である）。かかる病原体抗原は、後生動物には全く存在せず、単一細胞生物（例えば、細菌又はウイルス）に由来することが好ましい。更に好ましい実施形態では、本発明の核酸の全ての要素（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）は、互いに異種であり、３つの異なる起源から人工的に組み合わせられる（例えば、抗原コード領域は、細菌又はウイルスに由来し、ヒストンステムループは、後生動物のヒストン遺伝子に由来し、ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルは、例えば、ヒストン遺伝子以外の後生動物遺伝子に由来する）。
したがって、ヒストンステムループは、本明細書に記載するステムループ構造であり、これは、機能的に定義されることが好ましい場合、その自然界における結合パートナーであるステムループ結合タンパク質（ＳＬＢＰ、ヒストンヘアピン結合タンパク質又はＨＢＰとも呼ばれる）に対して結合する性質を示す／保持している。
本発明によれば、請求項１に記載の成分（ｂ）に係るヒストンステムループ配列は、マウスヒストンタンパク質に由来していなくてもよい。より具体的には、前記ヒストンステムループ配列は、マウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４に由来していなくてもよい。また、本発明の核酸は、マウスヒストンステムループ配列もマウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４も含有していなくてよい。更に、本発明の核酸配列が少なくとも１つの哺乳類ヒストン遺伝子を含有していてよい場合でさえも、本発明の核酸配列は、ステムループプロセシングシグナル、より具体的には、マウスヒストンプロセシングシグナル、最も具体的には、マウスステムループプロセシングシグナルＨ２ｋＡ６１４を含有していなくてよい。しかし、前記少なくとも１つの哺乳類ヒストン遺伝子は、国際公開第０１／１２８２４号パンフレットに記載の配列番号７でなくてもよい。
本発明の第１の態様の１つの好ましい実施形態によれば、本発明の核酸配列は、少なくとも１つのヒストンステムループ配列、好ましくは、以下の式（Ｉ）又は（ＩＩ）のうちの少なくとも１つに係るヒストンステムループ配列を含むか又はコードする：
式（Ｉ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
式（ＩＩ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、
ステム１又はステム２の境界エレメントＮ１−６は、１個〜６個、好ましくは２個〜６個、より好ましくは２個〜５個、更により好ましくは３個〜５個、最も好ましくは４個〜５個、又は５個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、
ステム１［Ｎ０−２ＧＮ３−５］は、エレメントステム２に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、５個〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、Ｎ０−２は、０個〜２個、好ましくは０個〜１個、より好ましくは１個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、Ｎ３−５は、３個〜５個、好ましくは４個〜５個、より好ましくは４個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、Ｇは、グアノシン又はそのアナログであり、任意でシチジン又はそのアナログによって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム２におけるその相補的ヌクレオチドであるシチジンも、グアノシンによって置換され、
ループ配列［Ｎ０−４（Ｕ／Ｔ）Ｎ０−４］は、エレメントステム１とステム２との間に位置し、３個〜５個のヌクレオチド、より好ましくは４個のヌクレオチドの連続配列であり、各Ｎ０−４は、互いに独立して、０個〜４個、好ましくは１個〜３個、より好ましくは１個〜２個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、Ｕ／Ｔは、ウリジン又は任意でチミジンを表し、
ステム２［Ｎ３−５ＣＮ０−２］は、エレメントステム１に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、５個〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、Ｎ３−５は、３個〜５個、好ましくは４個〜５個、より好ましくは４個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、Ｎ０−２は、０個〜２個、好ましくは０個〜１個、より好ましくは１個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチドアナログから選択され、Ｃは、シチジン又はそのアナログであり、任意でグアノシン又はそのアナログによって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム１におけるその相補的ヌクレオチドであるグアノシンも、シチジンによって置換され、
ステム１及びステム２は、互いに塩基対合して逆相補的配列を形成することができ、前記塩基対合は、例えば、ヌクレオチドＡとＵ／Ｔ又はＧとＣとのワトソン−クリック塩基対合、又は非ワトソン−クリック塩基対合（例えば、ゆらぎ塩基対合、逆ワトソン−クリック塩基対合、フーグスティーン塩基対合、逆フーグスティーン塩基対合）によってステム１とステム２との間で生じ得るか、或いは、互いに塩基対合して部分的に逆相補的な配列を形成することができ、この場合、１つのステムにおける１以上の塩基が、他のステムの逆相補的な配列に相補的塩基を有しないことに基づいて、ステム１とステム２との間で不完全な塩基対合が生じ得る）。
上記に関連して、ゆらぎ塩基対合は、典型的に、２つのヌクレオチド間の非ワトソン−クリック塩基対合である。（用いることができる）本状況における４つの主なゆらぎ塩基対は、グアノシン−ウリジン、イオシン−ウリジン、イオシン−アデノシン、イオシン−シチジン（Ｇ−Ｕ／Ｔ、Ｉ−Ｕ／Ｔ、Ｉ−Ａ、及びＩ−Ｃ）、及びアデノシン−シチジン（Ａ−Ｃ）である。
したがって、本発明では、ゆらぎ塩基は、上記の通り別の塩基とゆらぎ塩基対を形成する塩基である。したがって、非ワトソン−クリック塩基対合、例えば、ゆらぎ塩基対合は、本発明に係るヒストンステムループ構造のステムにおいて生じ得る。
上記に関連して、部分的に逆相補的な配列は、ステム１及びステム２の塩基対合によって形成されるステムループ配列のステム構造においてミスマッチを最大２個、好ましくは１個のみ含む。言い換えれば、ステム１及びステム２は、好ましくは、ステム１及びステム２の全配列に亘って互いに（完全な）塩基対合（１００％可能な正確なワトソン−クリック塩基対合又は非ワトソン−クリック塩基対合）を形成して逆相補的な配列を形成することができ、ここで、各塩基は、相補的結合パートナーとして正確なワトソン−クリック塩基ペンダント又は非ワトソン−クリック塩基ペンダントを有する。或いは、ステム１及びステム２は、好ましくは、ステム１及びステム２の全配列に亘って互いに部分的に塩基対合することができ、この場合、１００％可能な正確なワトソン−クリック塩基対合又は非ワトソン−クリック塩基対合のうちの少なくとも約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、又は約９５％が、前記正確なワトソン−クリック塩基対合又は非ワトソン−クリック塩基対合で占められ、最大約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、又は約５％の残りの塩基は、不対である。
本発明の第１の態様の好ましい実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列の少なくとも１つのヒストンステムループ配列（ステム境界エレメントを含む）は、約１５ヌクレオチド長〜約４５ヌクレオチド長、好ましくは約１５ヌクレオチド長〜約４０ヌクレオチド長、好ましくは約１５ヌクレオチド長〜約３５ヌクレオチド長、好ましくは約１５ヌクレオチド長〜約３０ヌクレオチド長、更により好ましくは約２０ヌクレオチド長〜約３０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２４ヌクレオチド長〜約２８ヌクレオチド長を有する。
本発明の第１の態様の更に好ましい実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列の少なくとも１つのヒストンステムループ配列（ステム境界エレメントを含まない）は、約１０ヌクレオチド長〜約３０ヌクレオチド長、好ましくは約１０ヌクレオチド長〜約２０ヌクレオチド長、好ましくは約１２ヌクレオチド長〜約２０ヌクレオチド長、好ましくは約１４ヌクレオチド長〜約２０ヌクレオチド長、更により好ましくは約１６ヌクレオチド長〜約１７ヌクレオチド長、最も好ましくは約１６ヌクレオチド長を有する。
本発明の第１の態様の更に好ましい実施形態によれば、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、以下の特定の式（Ｉａ）又は（ＩＩａ）のうちの少なくとも１つに係る少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含むか又はコードしていてよい：
式（Ｉａ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
式（ＩＩａ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、Ｎ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、及びＵは、上に定義した通りである）。
第１の態様の更により好ましい実施形態によれば、本発明の核酸配列は、以下の特定の式（Ｉｂ）又は（ＩＩｂ）のうちの少なくとも１つに係る少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含むか又はコードしていてよい：
式（ＩＩｂ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
式（ＩＩｂ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、Ｎ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、及びＵは、上に定義した通りである）。
本発明の第１の態様の更により好ましい実施形態によれば、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、ステムループ構造で及び実施例１に従って作製したヒストンステムループ配列を表す直鎖配列として示される以下の特定の式（Ｉｃ）〜（Ｉｈ）又は（ＩＩｃ）〜（ＩＩｈ）のうちの少なくとも１つに係る少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含むか又はコードしていてよい：
式（Ｉｃ）（ステム境界エレメントを含まない後生動物及び原生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（ＩＩｃ）（ステム境界エレメントを含む後生動物及び原生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（Ｉｄ）（ステム境界エレメントを含まない）：
式（ＩＩｄ）（ステム境界エレメントを含む）：
式（Ｉｅ）（ステム境界エレメントを含まない原生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（ＩＩｅ）（ステム境界エレメントを含む原生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（Ｉｆ）（ステム境界エレメントを含まない後生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（ＩＩｆ）（ステム境界エレメントを含む後生動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（Ｉｇ）（ステム境界エレメントを含まない脊椎動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（ＩＩｇ）（ステム境界エレメントを含む脊椎動物のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（Ｉｈ）（ステム境界エレメントを含まないヒト（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ）のヒストンステムループコンセンサス配列）：
式（ＩＩｈ）（ステム境界エレメントを含むヒトのヒストンステムループコンセンサス配列）：
上記式（Ｉｃ）〜（Ｉｈ）又は（ＩＩｃ）〜（ＩＩｈ）のそれぞれにおいて、Ｎ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｔ、及びＵは、上に定義した通りであり、各Ｕは、Ｔで置換されてもよく、ステムエレメント１及び２におけるそれぞれの（高度に）保存されているＧ又はＣは、その相補的ヌクレオチド塩基であるＣ又はＧで置換されてもよいが、但し、その場合、対応するステムにおける相補的ヌクレオチドが、並行してその相補的ヌクレオチドによって置換され、及び／又はＧ、Ａ、Ｔ、Ｕ、Ｃ、Ｒ、Ｙ、Ｍ、Ｋ、Ｓ、Ｗ、Ｈ、Ｂ、Ｖ、Ｄ、及びＮは、以下の表に定義するヌクレオチド塩基である：
これに関連して、本発明の式（Ｉ）又は（Ｉａ）〜（Ｉｈ）又は（ＩＩ）又は（ＩＩａ）〜（ＩＩｈ）のうちの少なくとも１つに係るヒストンステムループ配列は、特に好ましくは自然界に存在するヒストンステムループ配列から、より特に好ましくは原生動物又は後生動物のヒストンステムループ配列から、更により特に好ましくは脊椎動物のヒストンステムループ配列から、最も好ましくは哺乳類のヒストンステムループ配列から、特にヒトのヒストンステムループ配列から選択される。
第１の態様の特に好ましい実施形態によれば、本発明の式（Ｉ）又は（Ｉａ）〜（Ｉｈ）又は（ＩＩ）又は（ＩＩａ）〜（ＩＩｈ）のうちの少なくとも１つに係るヒストンステムループ配列は、図１〜５に示す後生動物及び原生動物（図１）、原生動物（図２）、後生動物（図３）、脊椎動物（図４）、及びヒト（図５）における自然界に存在するヒストンステムループ配列のうちの最も頻繁に生じるヌクレオチド、又は最も頻繁に若しくは２番目に頻繁に生じるヌクレオチドを各ヌクレオチド位置に含むヒストンステムループ配列である。これに関連して、全てのヌクレオチドのうちの少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、又は最も好ましくは少なくとも９０％が、自然界に存在するヒストンステムループ配列のうちの最も頻繁に生じるヌクレオチドに対応することが特に好ましい。
第１の態様の更に具体的な実施形態では、本発明の特定の式（Ｉ）又は（Ｉａ）〜（Ｉｈ）のうちの少なくとも１つに係るヒストンステムループ配列は、実施例１に従って作製されるヒストンステムループ配列を表す以下のヒストンステムループ配列（ステム境界エレメントを含まない）から選択される：
ＶＧＹＹＹＹＨＨＴＨＲＶＶＲＣＢ（式（Ｉｃ）に係る配列番号１３）
ＳＧＹＹＹＴＴＹＴＭＡＲＲＲＣＳ（式（Ｉｃ）に係る配列番号１４）
ＳＧＹＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＲＣＳ（式（Ｉｃ）に係る配列番号１５）

ＤＧＮＮＮＢＮＮＴＨＶＮＮＮＣＨ（式（Ｉｅ）に係る配列番号１６）
ＲＧＮＮＮＹＨＢＴＨＲＤＮＮＣＹ（式（Ｉｅ）に係る配列番号１７）
ＲＧＮＤＢＹＨＹＴＨＲＤＨＮＣＹ（式（Ｉｅ）に係る配列番号１８）

ＶＧＹＹＹＴＹＨＴＨＲＶＲＲＣＢ（式（Ｉｆ）に係る配列番号１９）
ＳＧＹＹＣＴＴＹＴＭＡＧＲＲＣＳ（式（Ｉｆ）に係る配列番号２０）
ＳＧＹＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＲＣＳ（式（Ｉｆ）に係る配列番号２１）

ＧＧＹＹＣＴＴＹＴＨＡＧＲＲＣＣ（式（Ｉｇ）に係る配列番号２２）
ＧＧＣＹＣＴＴＹＴＭＡＧＲＧＣＣ（式（Ｉｇ）に係る配列番号２３）
ＧＧＣＴＣＴＴＴＴＭＡＧＲＧＣＣ（式（Ｉｇ）に係る配列番号２４）

ＤＧＨＹＣＴＤＹＴＨＡＳＲＲＣＣ（式（Ｉｈ）に係る配列番号２５）
ＧＧＣＹＣＴＴＴＴＨＡＧＲＧＣＣ（式（Ｉｈ）に係る配列番号２６）
ＧＧＣＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＧＣＣ（式（Ｉｈ）に係る配列番号２７）
更に、これに関連して、特定の式（ＩＩ）又は（ＩＩａ）〜（ＩＩｈ）のうちの１つに係る実施例１に従って作製される以下のヒストンステムループ配列（ステム境界エレメントを含む）が特に好ましい：
Ｈ＊Ｈ＊ＨＨＶＶＧＹＹＹＹＨＨＴＨＲＶＶＲＣＢＶＨＨ＊Ｎ＊Ｎ＊（式（ＩＩｃ）に係る配列番号２８）
Ｍ＊Ｈ＊ＭＨＭＳＧＹＹＹＴＴＹＴＭＡＲＲＲＣＳＭＣＨ＊Ｈ＊Ｈ＊（式（ＩＩｃ）に係る配列番号２９）
Ｍ＊Ｍ＊ＭＭＭＳＧＹＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＲＣＳＡＣＨ＊Ｍ＊Ｈ＊（式（ＩＩｃ）に係る配列番号３０）

Ｎ＊Ｎ＊ＮＮＮＤＧＮＮＮＢＮＮＴＨＶＮＮＮＣＨＮＨＮ＊Ｎ＊Ｎ＊（式（ＩＩｅ）に係る配列番号３１）
Ｎ＊Ｎ＊ＨＨＮＲＧＮＮＮＹＨＢＴＨＲＤＮＮＣＹＤＨＨ＊Ｎ＊Ｎ＊（式（ＩＩｅ）に係る配列番号３２）
Ｎ＊Ｈ＊ＨＨＶＲＧＮＤＢＹＨＹＴＨＲＤＨＮＣＹＲＨＨ＊Ｈ＊Ｈ＊（式（ＩＩｅ）に係る配列番号３３）

Ｈ＊Ｈ＊ＭＨＭＶＧＹＹＹＴＹＨＴＨＲＶＲＲＣＢＶＭＨ＊Ｈ＊Ｎ＊（式（ＩＩｆ）に係る配列番号３４）
Ｍ＊Ｍ＊ＭＭＭＳＧＹＹＣＴＴＹＴＭＡＧＲＲＣＳＭＣＨ＊Ｈ＊Ｈ＊（式（ＩＩｆ）に係る配列番号３５）
Ｍ＊Ｍ＊ＭＭＭＳＧＹＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＲＣＳＡＣＨ＊Ｍ＊Ｈ＊（式（ＩＩｆ）に係る配列番号３６）

Ｈ＊Ｈ＊ＭＡＭＧＧＹＹＣＴＴＹＴＨＡＧＲＲＣＣＶＨＮ＊Ｎ＊Ｍ＊（式（ＩＩｇ）に係る配列番号３７）
Ｈ＊Ｈ＊ＡＡＭＧＧＣＹＣＴＴＹＴＭＡＧＲＧＣＣＶＣＨ＊Ｈ＊Ｍ＊（式（ＩＩｇ）に係る配列番号３８）
Ｍ＊Ｍ＊ＡＡＭＧＧＣＴＣＴＴＴＴＭＡＧＲＧＣＣＭＣＹ＊Ｍ＊Ｍ＊（式（ＩＩｇ）に係る配列番号３９）

Ｎ＊Ｈ＊ＡＡＨＤＧＨＹＣＴＤＹＴＨＡＳＲＲＣＣＶＨＢ＊Ｎ＊Ｈ＊（式（ＩＩｈ）に係る配列番号４０）
Ｈ＊Ｈ＊ＡＡＭＧＧＣＹＣＴＴＴＴＨＡＧＲＧＣＣＶＭＹ＊Ｎ＊Ｍ＊（式（ＩＩｈ）に係る配列番号４１）
Ｈ＊Ｍ＊ＡＡＡＧＧＣＹＣＴＴＴＴＭＡＧＲＧＣＣＲＭＹ＊Ｈ＊Ｍ＊（式（ＩＩｈ）に係る配列番号４２）
本発明の第１の態様の更に好ましい実施形態によれば、本発明の核酸配列は、特定の式（Ｉ）又は（Ｉａ）〜（Ｉｈ）又は（ＩＩ）又は（ＩＩａ）〜（ＩＩｈ）のうちの少なくとも１つに係るヒストンステムループ配列における（１００％ではないが）保存されているヌクレオチド又は自然界に存在するヒストンステムループ配列と、少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、又は更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を示す少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含むか又はコードする。
好ましい実施形態では、ヒストンステムループ配列は、ループ配列５’−ＵＵＵＣ−３’を含有しない。より具体的には、ヒストンステムループは、それぞれ、ステム１配列５’−ＧＧＣＵＣＵ−３’及び／又はステム２配列５’−ＡＧＡＧＣＣ−３’を含有しない。別の好ましい実施形態では、ステムループ配列は、ループ配列５’−ＣＣＵＧＣＣＣ−３’又はループ配列５’−ＵＧＡＡＵ−３’を含有しない。より具体的には、ステムループは、それぞれ、ステム１配列５’−ＣＣＵＧＡＧＣ−３’を含有しないか若しくはステム１配列５’−ＡＣＣＵＵＵＣＵＣＣＡ−３’を含有しない、及び／又はステム２配列５’−ＧＣＵＣＡＧＧ−３’若しくは５’−ＵＧＧＡＧＡＡＡＧＧＵ−３’を含有しない。また、本発明がヒストンステムループ配列に明確に限定されない限り、ステムループ配列は、好ましくは、哺乳類インスリン受容体の３’−非翻訳領域に由来するものではない。また、好ましくは、本発明の核酸は、ヒストンステムループプロセシングシグナルを含有していなくてよく、具体的には、マウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４遺伝子（Ｈ２ｋＡ６１４）に由来するものでなくてない。
本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、任意で、ポリ（Ａ）配列を含むか又はコードしていてよい。前記ポリ（Ａ）配列を含むか又はコードしている場合、かかるポリ（Ａ）配列は、約３０個又はより好ましくは約２５個〜約４００個のアデノシンヌクレオチドの配列、好ましくは約５０個〜約４００個のアデノシンヌクレオチドの配列、より好ましくは約５０個〜約３００個のアデノシンヌクレオチドの配列、更により好ましくは約５０個〜約２５０個のアデノシンヌクレオチドの配列、最も好ましくは約６０個〜約２５０個のアデノシンヌクレオチドの配列を含む。これに関連して、用語「約」は、それが付される値の±１０％の偏差を指す。したがって、前記ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２５個又は２５個超、より好ましくは少なくとも３０個、より好ましくは少なくとも５０個のアデノシンヌクレオチドを含有する。したがって、かかるポリ（Ａ）配列は、典型的に、２０個未満のアデノシンヌクレオチドを含有しない。より具体的には、１０個及び／又は１０個未満のアデノシンヌクレオチドを含有しない。
好ましくは、本発明に係る核酸は、以下からなる群の構成要素のうちの１つ又は２つ又は少なくとも１つ又は１つを除く全て又は全てを含有しない：リボザイム（好ましくは自己スプライシングリボザイム）をコードしている配列、ウイルス核酸配列、ヒストンステムループプロセシングシグナル（特にマウスヒストンＨ２Ａ６１４遺伝子に由来するヒストンステムループプロセシング配列）、Ｎｅｏ遺伝子、不活化プロモーター配列、及び不活化エンハンサー配列。更により好ましくは、本発明に係る核酸は、リボザイム（好ましくは自己スプライシングリボザイム）と、以下からなる群のうちの１つとを含有しない：Ｎｅｏ遺伝子、不活化プロモーター配列、不活化エンハンサー配列、ヒストンステムループプロセシングシグナル（特にマウスヒストンＨ２Ａ６１４遺伝子に由来するヒストンステムループプロセシング配列）。したがって、前記核酸は、好ましい態様では、リボザイム（好ましくは自己スプライシングリボザイム）もＮｅｏ遺伝子も含有しなくてよく、或いは、リボザイム（好ましくは自己スプライシングリボザイム）も任意の耐性遺伝子（例えば、通常、選択のために適用される）も含有しなくてよい。別の好ましい態様では、本発明の核酸は、リボザイム（好ましくは自己スプライシングリボザイム）もヒストンステムループプロセシングシグナル（特に、マウスヒストンＨ２Ａ６１４遺伝子に由来するヒストンステムループプロセシング配列）も含有しなくてよい。
或いは、本発明の第１の態様によれば、本発明の核酸は、任意で、特定のタンパク質因子（例えば、切断及びポリアデニル化特異性因子（ＣＰＳＦ）、切断刺激因子（ＣｓｔＦ）、切断因子Ｉ及びＩＩ（ＣＦ Ｉ及びＣＦ ＩＩ）、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ（ＰＡＰ））によって（転写された）ｍＲＮＡをポリアデニル化するシグナルとして、本明細書に定義されているポリアデニル化シグナルを含む。これに関連して、ＮＮ（Ｕ／Ｔ）ＡＮＡコンセンサス配列を含むコンセンサスポリアデニル化シグナルが好ましい。特に好ましい態様では、ポリアデニル化シグナルは、以下の配列：ＡＡ（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡ又はＡ（Ｕ／Ｔ）（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡ（式中、ウリジンは、通常、ＲＮＡに存在し、チミジンは、通常、ＤＮＡに存在する）のうちの１つを含む。幾つかの実施形態では、本発明の核酸において用いられるポリアデニル化シグナルは、Ｕ３ ｓｎＲＮＡ、Ｕ５、ヒト遺伝子Ｇ−ＣＳＦに由来するポリアデニル化プロセシングシグナル、又はＳＶ４０ポリアデニル化シグナル配列には相当しない。具体的には、上記ポリアデニル化シグナルは、本発明の核酸の要素（ａ）に係るコード領域の遺伝子として、任意の抗生物質耐性遺伝子（又は任意の他のレポーター、マーカー若しくは選択遺伝子）、特に、耐性ｎｅｏ遺伝子（ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ）とは組み合わせられない。また、上記ポリアデニル化シグナル（典型的に、本発明の核酸中には存在しない）のうちのいずれかは、好ましくは、本発明の核酸において、マウスヒストン遺伝子Ｈ２Ａ６１４に由来するヒストンステムループ又はヒストンステムループプロセシングシグナルとは組み合わせられない。
本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列は、更に、病原体抗原又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むタンパク質又はペプチドをコードしていてよい。かかる病原体抗原は、病原性生物、具体的には細菌、ウイルス、又は原生動物（多細胞）の病原性生物に由来し、被験体、具体的には哺乳類被験体、より具体的にはヒトによる免疫反応を誘発するものである。より具体的には、病原体抗原は、好ましくは、ウイルス又は細菌又は原生動物の表面に位置する表面抗原、例えばタンパク質（又はタンパク質の断片、例えば、表面抗原の外側部分）である。
病原体抗原は、好ましくは、以下の病原体に由来する抗原から選択される感染性疾患に関連する病原体に由来するペプチド又はタンパク質抗原であることが好ましい：アシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アナプラズマ（Ａｎａｐｌａｓｍａ）属、アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、ブラジル鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ）、ズビニ鉤虫（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ）、溶血性アルカノバクテリア（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、回虫（Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）属、アストロウイルス（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）科、バベシア（Ｂａｂｅｓｉａ）属、炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、セレウス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）、ヘンセラ菌（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｈｅｎｓｅｌａｅ）、ＢＫウイルス、ブラストシスチス・ホミニス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ブラストマイセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ライム病ボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）属、ボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）属の種、ブルセラ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）属、マレー糸状虫（Ｂｒｕｇｉａ ｍａｌａｙｉ）、ブニヤウイルス（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）科、セパシア菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）及び他のバークホルデリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）属の種、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、カリシウイルス（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）科、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）属、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）属の種、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、肺炎クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、ＣＪＤプリオン、肝臓ジストマ（Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属の種、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、コクシジオイデス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）属の種、コロナウイルス、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、Ｑ熱コクシエラ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、クリミア−コンゴ出血熱ウイルス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、デングウイルス（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３、及びＤＥＮ−４）、二核アメーバ（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エキノコックス（Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属、エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、エーリキア・エウィンギイ（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｅｗｉｎｇｉｉ）、エーリキア（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）属、赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）属、エンテロウイルス（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）属、エンテロウイルス、主にコクサッキーＡウイルス及びエンテロウイルス７１（ＥＶ７１）、エピデルモフィトン（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）属の種、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１、及びＯ１０４：Ｈ４、肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｈｅｐａｔｉｃａ）及び巨大肝蛭（Ｆａｓｃｉｏｌａ ｇｉｇａｎｔｉｃａ）、ＦＦＩプリオン、フィラリア（Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ）上科、フラビウイルス、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、フゾバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ）属の種、ＧＳＳプリオン、グアナリトウイルス、デュクレー菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ピロリ菌（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパーウイルス）、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス１及び２（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２））、ヒストプラスマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ホルタエ・ウェルネッキー（Ｈｏｒｔａｅａ ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトヘルペスウイルス６（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７（ＨＨＶ−７）、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、日本脳炎ウイルス、ＪＣウイルス、フニンウイルス、キンゲラ・キンゲ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｋｉｎｇａｅ）、クレブシエラ・グラヌロマチス（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、クーループリオン、ラッサウイルス、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、リーシュマニア（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）属、レプトスピラ（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）属、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、マチュポウイルス、マラセジア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）属の種、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、横川吸虫（Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋａｇａｗａｉ）、微胞子虫（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）門、伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、流行性耳下腺炎ウイルス、らい菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）及びマイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ）、肺炎マイコプラスマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ネグレリア・フォーレリ（Ｎａｅｇｌｅｒｉａ ｆｏｗｌｅｒｉ）、アメリカ鉤虫（Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、ノカルジア・アステロイデス（Ｎｏｃａｒｄｉａ ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ノカルジア（Ｎｏｃａｒｄｉａ）属の種、回旋糸状虫（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ ｖｏｌｖｕｌｕｓ）、オリエンティア・ツツガムシ（Ｏｒｉｅｎｔｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、オルソミクソウイルス（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）科（インフルエンザ）、ブラジルパラコクシジオイデス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）属の種、ヴェステルマン肺吸虫（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ ｗｅｓｔｅｒｍａｎｉ）、パルボウイルスＢ１９、パスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）属、プラスモディウム（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）属、ニューモシスチス肺炎菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、鼻炎ウイルス、ライノウイルス、痘瘡リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ａｋａｒｉ）、リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）属、発疹チフスリケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、斑点熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、発疹熱リケッチア（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｙｐｈｉ）、リフトバレー熱ウイルス、ロタウイルス、風疹ウイルス、サビアウイルス（Ｓａｂｉａ ｖｉｒｕｓ）、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）属、ヒゼンダニ（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ ｓｃａｂｉｅｉ）、ＳＡＲＳコロナウイルス、住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）属、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）属、シンノンブルウイルス、ハンタウイルス、スポロトリックス・シェンキィ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）属、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）属、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、糞線虫（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ）、テニア（Ｔａｅｎｉａ）属、有鉤条虫（Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、イヌ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｎｉｓ）又はネコ回虫（Ｔｏｘｏｃａｒａ ｃａｔｉ）、トキソプラズマ・ゴンヂ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）、旋毛虫（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ ｓｐｉｒａｌｉｓ）、膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、白癬菌（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）属の種、ヒト鞭虫（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ）、トリパノソーマ・ブルーセイ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ）、クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、大痘瘡又は小痘瘡、ｖＣＪＤプリオン、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、西ナイルウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、バンクロフト糸状虫（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ ｂａｎｃｒｏｆｔｉ）、黄熱病ウイルス、腸炎エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、及び偽結核エルジニア菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）。
これに関連して、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体由来の抗原が特に好ましい。
更に、前記病原体抗原（感染性疾患に関連する病原体に由来する抗原）は、好ましくは、以下の抗原から選択してよい：
外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、バイオフィルム関連タンパク質Ｂａｐ、輸送タンパク質ＭｕｃＫ（アシネトバクター・バウマンニ、アシネトバクター感染症）；変異表面糖タンパク質ＶＳＧ、微小管関連タンパク質ＭＡＰＰ１５、トランスシアリダーゼＴＳＡ（トリパノソーマ・ブルーセイ、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症））；ＨＩＶ ｐ２４抗原、ＨＩＶエンベロープタンパク質（Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、Ｇｐ１６０）、ポリプロテインＧＡＧ、負因子タンパク質Ｎｅｆ、転写のトランス活性化因子Ｔａｔ（ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群））；ガラクトース阻害性接着タンパク質ＧＩＡＰ、２９ｋＤａ抗原Ｅｈ２９、Ｇａｌ／ＧａｌＮＡｃレクチン、タンパク質ＣＲＴ、１２５ｋＤａ免疫優性抗原、タンパク質Ｍ１７、アドヘシンＡＤＨ１１２、タンパク質ＳＴＩＲＰ（赤痢アメーバ、アメーバ症）；主要表面タンパク質１〜５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系タンパク質（ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４）（アナプラズマ属、アナプラズマ病）；保護抗原ＰＡ、浮腫因子ＥＦ、致死因子ＬＦ、Ｓ層相同タンパク質ＳＬＨ（炭疽菌、炭疽）；アクラノリシン（ａｃｒａｎｏｌｙｓｉｎ）、ホスホリパーゼＤ、コラーゲン結合タンパク質ＣｂｐＡ（溶血性アルカノバクテリア、溶血性アルカノバクテリア感染症）；ヌクレオカプシドタンパク質ＮＰ、糖タンパク質前駆体ＧＰＣ、糖タンパク質ＧＰ１、糖タンパク質ＧＰ２（フニンウイルス、アルゼンチン出血熱）；キチンタンパク質層タンパク質、１４ｋＤａ表面抗原Ａ１４、主要精子タンパク質ＭＳＰ、ＭＳＰ重合オーガナイズタンパク質ＭＰＯＰ、ＭＳＰ繊維タンパク質２ ＭＦＰ２、ＭＳＰ重合活性化キナーゼＭＰＡＫ、ＡＢＡ−１様タンパク質ＡＬＢ、タンパク質ＡＢＡ−１、クチクリンＣＵＴ−１（回虫、回虫症）；４１ｋＤａアレルゲンＡｓｐ ｖ１３、アレルゲンＡｓｐ ｆ３、主要分生子表面タンパク質ｒｏｄｌｅｔ Ａ、プロテアーゼＰｅｐ１ｐ、ＧＰＩアンカータンパク質Ｇｅｌ１ｐ、ＧＰＩアンカータンパク質Ｃｒｆ１ｐ（アスペルギルス属、アスペルギルス症）；ファミリーＶＰ２６タンパク質、ＶＰ２９タンパク質（アストロウイルス科、アストロウイルス感染症）；桿小体関連タンパク質１ ＲＡＰ−１、メロゾイト表面抗原ＭＳＡ−１、ＭＳＡ−２（ａ１、ａ２、ｂ、ｃ）、１２Ｄ３、１１Ｃ５、２１Ｂ４、Ｐ２９、変異赤血球表面抗原ＶＥＳＡ１、頂端膜抗原１ ＡＭＡ−１（バベシア属、バベシア症）；溶血素、エンテロトキシンＣ、ＰＸＯ１−５１、グリコレートオキシダーゼ、ＡＢＣトランスポーター、ペニシリン結合タンパク質、亜鉛トランスポーターファミリータンパク質、プソイドウリジンシンターゼＲｓｕ、プラスミド複製タンパク質ＲｅｐＸ、オリゴエンドペプチダーゼＦ、プロファージ膜タンパク質、タンパク質ＨｅｍＫ、鞭毛抗原Ｈ、２８．５ｋＤａ細胞表面抗原（セレウス菌、セレウス菌感染症）；大Ｔ抗原ＬＴ、小Ｔ抗原、カプシドタンパク質ＶＰ１、カプシドタンパク質ＶＰ２（ＢＫウイルス、ＢＫウイルス感染症）；２９ｋＤａ−タンパク質、カスパーゼ−３様抗原、糖タンパク質（ブラストシスチス・ホミニス、ブラストシスチス・ホミニス感染症）；酵母表面アドヘシンＷＩ−１（ブラストマイセス・デルマチチジス、ブラストミセス症）；核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、基質タンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ（マチュポウイルス、ボリビア出血熱）；外表面タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、外表面タンパク質ＯｓｐＢ、外表面タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛フィラメント４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ前駆体ＢｍｐＡ（免疫優性抗原Ｐ３９）、外表面２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、変異表面リポタンパク質ｖｌｓＥ（ボレリア属、ボレリア感染症）；ボツリヌス神経毒素ＢｏＮＴ／Ａ１、ＢｏＮＴ／Ａ２、ＢｏＮＴ／Ａ３、ＢｏＮＴ／Ｂ、ＢｏＮＴ／Ｃ、ＢｏＮＴ／Ｄ、ＢｏＮＴ／Ｅ、ＢｏＮＴ／Ｆ、ＢｏＮＴ／Ｇ、組み換えボツリヌス毒素Ｆ ＨｃドメインＦＨｃ（ボツリヌス菌、ボツリヌス症（及び乳児ボツリヌス症））；ヌクレオカプシド、糖タンパク質前駆体（サビアウイルス、ブラジル出血熱）；銅／亜鉛スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、バクテリオフェリチンＢｆｒ、５０Ｓリボソームタンパク質ＲｐｌＬ、ＯｍｐＡ様膜貫通ドメイン含有タンパク質Ｏｍｐ３１、免疫原性３９ｋＤａタンパク質Ｍ５ Ｐ３９、亜鉛ＡＢＣトランスポーター周辺質亜鉛結合タンパク質ｚｎｕＡ、周辺質免疫原性タンパク質Ｂｐ２６、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２ ＲｐｓＬ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐ、２５ｋＤａ外膜免疫原性タンパク質前駆体Ｏｍｐ２５、侵入タンパク質Ｂ ｌａｌＢ、誘発因子Ｔｉｇ、分子シャペロンＤｎａＫ、推定ペプチジル−プロリルｃｉｓ−ｔｒａｎｓイソメラーゼＳｕｒＡ、リポタンパク質Ｏｍｐ１９、外膜タンパク質ＭｏｔＹ Ｏｍｐ１６、保存外膜タンパク質Ｄ１５、リンゴ酸デヒドロゲナーゼＭｄｈ、ＩＶ型分泌系の成分（Ｔ４ＳＳ）ＶｉｒＪ、機能未知のリポタンパク質ＢＡＢ１＿０１８７（ブルセラ属、ブルセラ症）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラゲリンＦｌｉＣ、バークホルデリア細胞内運動性Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質（セパシア菌及び他のバークホルデリア属の種、バークホルデリア感染症）；ミコリルトランスフェラーゼＡｇ８５Ａ、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６５、タンパク質ＴＢ１０．４、１９ｋＤａ抗原、タンパク質ＰｓｔＳ３、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ７０（マイコバクテリウム・ウルセランス、ブルーリ潰瘍）；ノロウイルスメジャー及びマイナーウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１及びＶＰ２、ゲノムポリプロテイン、サポウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、タンパク質Ｖｐ３、ゲノムポリプロテイン（カリシウイルス科、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス））；主要外膜タンパク質ＰｏｒＡ、フラゲリンＦｌａＡ、表面抗原ＣｊａＡ、フィブロネクチン結合タンパク質ＣａｄＦ、アスパラギン酸／グルタミン酸結合ＡＢＣトランスポータータンパク質Ｐｅｂ１Ａ、タンパク質ＦｓｐＡ１、タンパク質ＦｓｐＡ２（カンピロバクター属、カンピロバクター症）；解糖酵素エノラーゼ、分泌アスパルチルプロテイナーゼＳＡＰ１−１０、グリコホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）結合細胞壁タンパク質、タンパク質Ｈｙｒ１、補体受容体３関連タンパク質ＣＲ３−ＲＰ、アドヘシンＡｌｓ３ｐ、ヒートショックタンパク質９０ｋＤａ ｈｓｐ９０、細胞表面疎水性タンパク質ＣＳＨ（通常カンジダ・アルビカンス及び他のカンジダ属の種、カンジダ症）；１７ｋＤａ抗原、タンパク質Ｐ２６、三量体オートトランスポーターアドヘシンＴＡＡ、バルトネラ属アドヘシンＡ ＢａｄＡ、可変発現外膜タンパク質Ｖｏｍｐ、タンパク質Ｐａｐ３、タンパク質ＨｂｐＡ、エンベロープ関連プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質ＯＭＰ８９、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＬａｌＢ、タンパク質ＯＭＰ４３、ジヒドロリポアミドスクシニルトランスフェラーゼＳｕｃＢ（ヘンセラ菌、ネコひっかき病）；無鞭毛表面タンパク質２、無鞭毛特異的表面タンパク質ＳＳＰ４、クルジパイン、トランスシアリダーゼＴＳ、トリポマスティゴート表面糖タンパク質ＴＳＡ−１、補体調節タンパク質ＣＲＰ−１０、タンパク質Ｇ４、タンパク質Ｇ２、副鞭毛棹タンパク質ＰＡＲ２、副鞭毛棹成分Ｐａｒ１、ムチン関連表面タンパク質ＭＰＳＰ（クルーズトリパノソーマ、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症））；エンベロープ糖タンパク質（ｇＢ、ｇＣ、ｇＥ、ｇＨ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＬ）（水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、水痘）；主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合体タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６０ ＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌系由来のタンパク質、リボヌクレオチドレダクターゼ短鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外部タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８（トラコーマクラミジア、クラミジア属）；低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア外部タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２ Ｏｍｐ２、多形膜タンパク質ファミリー（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１）（肺炎クラミジア、肺炎クラミジア感染症）；コレラ毒素Ｂ ＣＴＢ、毒素同時制御ピリンＡ ＴｃｐＡ、毒素同時制御
ピリンＴｃｐＦ、毒素同時制御ピリン生合成タンパク質Ｆ ＴｃｐＦ、コレラエンテロトキシンサブユニットＡ、コレラエンテロトキシンサブユニットＢ、熱安定性エンテロトキシンＳＴ、マンノース感受性赤血球凝集素ＭＳＨＡ、外膜タンパク質Ｕ ポリンｏｍｐＵ、Ｐｏｒｉｎｇ Ｂタンパク質、多形膜タンパク質Ｄ（コレラ菌、コレラ）；プロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼＰＣＣ、１４−３−３タンパク質、プロヒビチン、システインプロテアーゼ、グルタチオントランスフェラーゼ、ゲルソリン、カテプシンＬプロテイナーゼＣａｔＬ、外被タンパク質２０．８ｋＤａ ＴＰ２０．８、外被タンパク質３１．８ｋＤａ ＴＰ３１．８、リゾホスファチジン酸ホスファターゼＬＰＡＰ、（肝臓ジストマ、肝ジストマ症）；表面層タンパク質ＳＬＰ、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ抗原ＧＤＨ、毒素Ａ、毒素Ｂ、システインプロテアーゼＣｗｐ８４、システインプロテアーゼＣｗｐ１３、システインプロテアーゼＣｗｐ１９、細胞壁タンパク質ＣｗｐＶ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＣ、鞭毛タンパク質ＦｌｉＤ（クロストリジウム・ディフィシル、クロストリジウム・ディフィシル感染症）；鼻炎ウイルス：カプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４；コロナウイルス：スパイクタンパク質Ｓ、エンベロープタンパク質Ｅ、膜タンパク質Ｍ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｎ（通常、鼻炎ウイルス及びコロナウイルス、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒））；プリオンタンパク質Ｐｒｐ（ＣＪＤプリオン、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ））；エンベロープタンパク質Ｇｃ、エンベロープタンパク質Ｇｎ、ヌクレオカプシドタンパク質（クリミア−コンゴ出血熱ウイルス、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ））；ビルレンス関連ＤＥＡＤボックスＲＮＡヘリカーゼ ＶＡＤ１、ガラクトキシロマンナン−タンパク質ＧａｌＸＭ、グルクロノキシロマンナンＧＸＭ、マンノタンパク質ＭＰ（クリプトコッカス・ネオフォルマンス、クリプトコックス症）；酸性リボソームタンパク質Ｐ２ ＣｐＰ２、ムチン抗原Ｍｕｃ１、Ｍｕｃ２、Ｍｕｃ３ Ｍｕｃ４、Ｍｕｃ５、Ｍｕｃ６、Ｍｕｃ７、表面接着タンパク質ＣＰ２０、表面接着タンパク質ＣＰ２３、表面タンパク質ＣＰ１２、表面タンパク質ＣＰ２１、表面タンパク質ＣＰ４０、表面タンパク質ＣＰ６０、表面タンパク質ＣＰ１５、表面関連糖タンパク質ｇｐ４０、表面関連糖タンパク質ｇｐ１５、オーシスト壁タンパク質ＡＢ、プロフィリンＰＲＦ、アピラーゼ（クリプトスポリジウム属、クリプトスポリジウム症）；脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼの組織阻害剤ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害剤ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、成体特異的分泌因子Ｘａセリンプロテアーゼ阻害剤抗凝固剤ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１（通常ブラジル鉤虫；複数の他の寄生虫、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ））；カテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーのメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ（有鉤条虫、嚢虫症）；ｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部外被タンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、糖タンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９（サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、サイトメガロウイルス感染症）；カプシドタンパク質Ｃ、プレメンブレンタンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（デングウイルス（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３及びＤＥＮ−４）−フラビウイルス、デング熱）；３９ｋＤａタンパク質（二核アメーバ、二核アメーバ症）；ジフテリア毒素前駆体Ｔｏｘ、ジフテリア毒素ＤＴ、ピリン特異的ソルターゼＳｒｔＡ、シャフトピリンタンパク質ＳｐａＡ、先端ピリンタンパク質ＳｐａＣ、マイナーピリンタンパク質ＳｐａＢ、表面関連タンパク質ＤＩＰ１２８１（ジフテリア菌、ジフテリア）；糖タンパク質ＧＰ、核タンパク質ＮＰ、マイナー基質タンパク質ＶＰ２４、メジャー基質タンパク質ＶＰ４０、転写活性化因子ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ＲＮＡポリメラーゼＬ（エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エボラ出血熱）；プリオンタンパク質（ｖＣＪＤプリオン、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ））；ＵｖｒＡＢＣ系タンパク質Ｂ、タンパク質Ｆｌｐ１、タンパク質Ｆｌｐ２、タンパク質Ｆｌｐ３、タンパク質ＴａｄＡ、ヘモグロビン受容体ＨｇｂＡ、外膜タンパク質ＴｄｈＡ、タンパク質ＣｐｓＲＡ、調節因子ＣｐｘＲ、タンパク質ＳａｐＡ、１８ｋＤａ抗原、外膜タンパク質ＮｃａＡ、タンパク質ＬｓｐＡ、タンパク質ＬｓｐＡ１、タンパク質ＬｓｐＡ２、タンパク質ＬｓｐＢ、外膜成分ＤｓｒＡ、レクチンＤｌｔＡ、リポタンパク質Ｈｌｐ、主要外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ２（デュクレー菌、軟性下疳）；アスパルチルプロテアーゼ１ Ｐｅｐ１、ホスホリパーゼＢ ＰＬＢ、アルファマンノシダーゼ１ ＡＭＮ１、グルカノシルトランスフェラーゼＧＥＬ１、ウレアーゼＵＲＥ、ペルオキシソーム基質タンパク質Ｐｍｐ１、プロリンリッチ抗原Ｐｒａ、ヒトＴ細胞反応性タンパク質ＴｃｒＰ（コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）及びコクシジオイデス・ポサダシ（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｐｏｓａｄａｓｉｉ）、コクシジオイデス真菌症）；アレルゲンＴｒｉ ｒ ２、ヒートショックタンパク質６０ Ｈｓｐ６０、真菌アクチンＡｃｔ、抗原Ｔｒｉ ｒ２、抗原Ｔｒｉ ｒ４、抗原Ｔｒｉ ｔ１、タンパク質ＩＶ、グリセロール３リン酸デヒドロゲナーゼＧｐｄ１、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ａ、浸透圧センサＨｗＳｈｏ１Ｂ、ヒスチジンキナーゼＨｗＨｈｋ７Ｂ、アレルゲンＭａｌａ ｓ １、アレルゲンＭａｌａ ｓ １１、チオレドキシンＴｒｘ Ｍａｌａ ｓ １３、アレルゲンＭａｌａ ｆ、アレルゲンＭａｌａ ｓ（通常白癬菌属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）の種、表皮糸状菌属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）の種、マラセジア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）の種、ホルタエ・ウェルネッキー、皮膚糸状菌症）；タンパク質ＥＧ９５、タンパク質ＥＧ１０、タンパク質ＥＧ１８、タンパク質ＥｇＡ３１、タンパク質ＥＭ１８、抗原ＥＰＣ１、抗原Ｂ、抗原５、タンパク質Ｐ２９、タンパク質１４−３−３、８ｋＤａタンパク質、ミオフィリン、ヒートショックタンパク質２０ ＨＳＰ２０、糖タンパク質ＧＰ−８９、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＰＢ（エキノコックス属、エキノコックス症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤａ主要外膜タンパク質、ＧＥ １００ｋＤａタンパク質、ＧＥ １３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ １６０ｋＤａタンパク質（エーリキア属、エーリキア症）；分泌抗原ＳａｇＡ、ｓａｇＡ様タンパク質ＳａｌＡ及びＳａｌＢ、コラーゲンアドヘシンＳｃｍ、表面タンパク質Ｆｍｓ１（ＥｂｐＡ（ｆｍ）、Ｆｍｓ５（ＥｂｐＢ（ｆｍ）、Ｆｍｓ９（ＥｐｂＣ（ｆｍ）及びＦｍｓ１０、タンパク質ＥｂｐＣ（ｆｍ）、９６ｋＤａ免疫保護糖タンパク質Ｇ１（エンテロコッカス属、エンテロコッカス感染症）；ゲノムポリプロテイン、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス属、エンテロウイルス感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、６０ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、１３４ｋＤａ外膜タンパク質、３１ｋＤａ外膜タンパク質、２９．５ｋＤａ外膜タンパク質、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質Ａｄｒ１（ＲＰ８２７）、細胞表面タンパク質Ａｄｒ２（ＲＰ８２８）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、侵入タンパク質ｉｎｖＡ、細胞分裂タンパク質ｆｔｓ、分泌タンパク質ｓｅｃ ０ファミリー、ビルレンスタンパク質ｖｉｒＢ、ｔｌｙＡ、ｔｌｙＣ、パルブリン様タンパク質Ｐｌｐ、プレタンパク質トランスロカーゼＳｅｃＡ、１２０ｋＤａ表面タンパク質抗原ＳＰＡ、１３８ｋＤ複合体抗原、主要１００−ｋＤタンパク質（タンパク質Ｉ）、細胞質内タンパク質Ｄ、保護表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹チフスリケッチア、発疹チフス）；エプスタイン−バー核抗
原（ＥＢＮＡ−１、ＥＢＮＡ−２、ＥＢＮＡ−３Ａ、ＥＢＮＡ−３Ｂ、ＥＢＮＡ−３Ｃ、ＥＢＮＡ−リーダータンパク質（ＥＢＮＡ−ＬＰ））、潜在膜タンパク質（ＬＭＰ−１、ＬＭＰ−２Ａ、ＬＭＰ−２Ｂ）、早期抗原ＥＢＶ−ＥＡ、膜抗原ＥＢＶ−ＭＡ、ウイルスカプシド抗原ＥＢＶ−ＶＣＡ、アルカリ性ヌクレアーゼＥＢＶ−ＡＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質ｇｐ３５０、糖タンパク質ｇｐ１１０、糖タンパク質ｇｐ４２、糖タンパク質ｇＨｇＬ、糖タンパク質ｇＢ（エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、エプスタイン−バーウイルス感染性単核球症）；カプシドタンパク質ＶＰ２、カプシドタンパク質ＶＰ１、主要タンパク質ＮＳ１（パルボウイルス属Ｂ１９、伝染性紅斑（第五病））；ｐｐ６５抗原、糖タンパク質１０５、主要カプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質Ｈ、タンパク質Ｕ５１（ヒトヘルペスウイルス６（ＨＨＶ−６）及びヒトヘルペスウイルス７（ＨＨＶ−７）、突発性発疹）；チオレドキシン−グルタチオンレダクターゼＴＧＲ、カテプシンＬ１及びＬ２、クニッツ型タンパク質ＫＴＭ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ、システインプロテイナーゼＦａｓ２、サポシン様タンパク質−２ ＳＡＰ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰｘ、Ｐｒｘ−１、Ｐｒｘ−２、カテプシンＩシステインプロテイナーゼＣＬ３、プロテアーゼカテプシンＬ ＣＬ１、ホスホグリセレートキナーゼＰＧＫ、２７ｋＤａ分泌タンパク質、６０ｋＤａタンパク質ＨＳＰ３５アルファ、グルタチオントランスフェラーゼＧＳＴ、２８．５ｋＤａ外被抗原２８．５ｋＤａ ＴＡ、カテプシンＢ３プロテアーゼＣａｔＢ３、Ｉ型シスタチンステフィン−１、カテプシンＬ５、カテプシンＬ１ｇ及びカテプシンＢ、脂肪酸結合タンパク質ＦＡＢＰ、ロイシンアミノペプチダーゼＬＡＰ（肝蛭及び巨大肝蛭、肝蛭症）；プリオンタンパク質（ＦＦＩプリオン、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ））；毒物アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量に存在する幼虫転写産物（ａｂｕｎｄａｎｔ ｌａｒｖａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ）ＡＬＴ−１、大量に存在する幼虫転写産物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、角質コラーゲンＣｏｌ−４、分泌幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２（フィラリア上科、フィラリア症）；ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、非耐熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、アルファ類毒素ＡＴｄ、イプシロン−類毒素ＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大細胞毒素ＴｐｅＬ、エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ（ウェルシュ菌、ウェルシュ菌による食中毒）；ロイコトキシンｌｋｔＡ、アドヘシンＦａｄＡ、外膜タンパク質ＲａｄＤ、高分子量アルギニン結合タンパク質（フゾバクテリウム属、フゾバクテリウム感染症）；ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ、非耐熱性エンテロトキシンＢ、イオタ毒素成分Ｉｂ、タンパク質ＣＰＥ１２８１、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、伸長因子Ｇ ＥＦ−Ｇ、パーフリンゴリジンＯ Ｐｆｏ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧａｐＣ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡｌｆ２、ウェルシュ菌エンテロトキシンＣＰＥ、アルファ毒素ＡＴ、アルファ類毒素ＡＴｄ、イプシロン−類毒素ＥＴｄ、タンパク質ＨＰ、大細胞毒素ＴｐｅＬ、エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼＮａｇｌｕ、ホスホグリセロムターゼＰｇｍ（通常ウェルシュ菌；他のクロストリジウム属の種、ガス壊疽（クロストリジウム性筋壊死））；リパーゼＡ、リパーゼＢ、ペルオキシダーゼＤｅｃ１（ゲオトリクム・カンジドゥム、ゲオトリクム症）；プリオンタンパク質（ＧＳＳプリオン、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ））；包嚢壁タンパク質ＣＷＰ１、ＣＷＰ２、ＣＷＰ３、変異表面タンパク質ＶＳＰ、ＶＳＰ１、ＶＳＰ２、ＶＳＰ３、ＶＳＰ４、ＶＳＰ５、ＶＳＰ６、５６ｋＤａ抗原、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼＰＦＯＲ、アルコールデヒドロゲナーゼＥ ＡＤＨＥ、アルファ−ジアルジン、アルファ８−ジアルジン、アルファ１−ジアルジン、ベータ−ジアルジン、システインプロテアーゼ、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、アルギニンデイミナーゼＡＤＩ、フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦＢＡ、ジアルジア属栄養体抗原ＧＴＡ（ＧＴＡ１、ＧＴＡ２）、オルニチンカルボキシルトランスフェラーゼＯＣＴ、横紋筋繊維−アセブリン様タンパク質ＳＡＬＰ、ウリジンホスホリル様タンパク質ＵＰＬ、アルファ−チューブリン、ベータ−チューブリン（ランブル鞭毛虫、ランブル鞭毛虫症）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラゲリンＦｌｉＣ、バークホルデリア細胞内運動性Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質（鼻疽菌、鼻疽）；シクロフィリンＣｙｐ、２４ｋＤａ第３段階幼虫タンパク質ＧＳ２４、排出−分泌産物ＥＳＰ（４０ｋＤａ、８０ｋＤａ、１２０ｋＤａ及び２０８ｋＤａ）（有棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｓｐｉｎｉｇｅｒｕｍ）及び剛棘顎口虫（Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ ｈｉｓｐｉｄｕｍ）、顎口虫症）；ピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、メジャーピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜パーミアーゼＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制制御因子ＭｐｅＲ（淋菌、淋病）；外膜タンパク質Ａ ＯｍｐＡ、外膜タンパク質Ｃ ＯｍｐＣ、外膜タンパク質Ｋ１７ ＯｍｐＫ１７（クレブシエラ・グラヌロマチス、鼡径部肉芽腫（ドノヴァン症））；フィブロネクチン結合タンパク質Ｓｆｂ、フィブロネクチン／フィブリノーゲン結合タンパク質ＦＢＰ５４、フィブロネクチン結合タンパク質ＦｂａＡ、Ｍタンパク質１型Ｅｍｍ１、Ｍタンパク質６型Ｅｍｍ６、免疫グロブリン結合タンパク質３５ Ｓｉｂ３５、表面タンパク質Ｒ２８ Ｓｐｒ２８、スーパーオキシドジスムターゼ ＳＯＤ、Ｃ５ａペプチダーゼＳｃｐＡ、抗原Ｉ／ＩＩ ＡｇＩ／ＩＩ、アドヘシンＡｓｐＡ、Ｇ関連アルファ２−マクログロブリン結合タンパク質ＧＲＡＢ、表面原線維タンパク質Ｍ５（化膿性連鎖球菌、Ａ群連鎖球菌感染症）；Ｃタンパク質β抗原、アルギニンデイミナーゼタンパク質、アドヘシンＢｉｂＡ、１０５ｋＤａタンパク質ＢＰＳ、表面抗原ｃ、表面抗原Ｒ、表面抗原Ｘ、トリプシン耐性タンパク質Ｒ１、トリプシン耐性タンパク質Ｒ３、トリプシン耐性タンパク質Ｒ４、表面免疫原性タンパク質Ｓｉｐ、表面タンパク質Ｒｉｂ、ロイシンリッチ反復タンパク質ＬｒｒＧ、セリンリッチ反復タンパク質Ｓｒｒ−２、Ｃタンパク質アルファ抗原Ｂｃａ、ベータ抗原Ｂａｇ、表面抗原イプシロン、アルファ様タンパク質ＡＬＰ１、アルファ様タンパク質ＡＬＰ５表面抗原デルタ、アルファ様タンパク質ＡＬＰ２、アルファ様タンパク質ＡＬＰ３、アルファ様タンパク質ＡＬＰ４、Ｃベータタンパク質Ｂａｃ（ストレプトコッカス・アガラクチア、Ｂ群連鎖球菌感染症）；トランスフェリン結合タンパク質２ Ｔｂｐ２、ホスファターゼＰ４、外膜タンパク質Ｐ６、ペプチドグリカン関連リポタンパク質Ｐａｌ、タンパク質Ｄ、タンパク質Ｅ、接着及び貫通タンパク質Ｈａｐ、外膜タンパク質２６ Ｏｍｐ２６、外膜タンパク質Ｐ５（フィンブリン）、外膜タンパク質Ｄ１５、外膜タンパク質ＯｍｐＰ２、５’−ヌクレオチダーゼＮｕｃＡ、外膜タンパク質Ｐ１、外膜タンパク質Ｐ２、外膜リポタンパク質Ｐｃｐ、リポタンパク質Ｅ、外膜タンパク質Ｐ４、フクロキナーゼＦｕｃＫ、［Ｃｕ，Ｚｎ］−スーパーオキシドジスムターゼＳｏｄＣ、プロテアーゼＨｔｒＡ、タンパク質Ｏ１４５、アルファ−ガラクトシルセラミド（インフルエンザ菌、インフルエンザ菌感染症）；ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタン
パク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（エンテロウイルス、主にコクサッキーＡ型ウイルス及びエンテロウイルス７１（ＥＶ７１）、手足口病（ＨＦＭＤ））；ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｓ、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリプロテインＭ（シンノンブルウイルス、ハンタウイルス、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ））；ヒートショックタンパク質ＨｓｐＡ、ヒートショックタンパク質ＨｓｐＢ、シトレートシンターゼＧｌｔＡ、タンパク質ＵｒｅＢ、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６０、好中球活性化タンパク質ＮＡＰ、カタラーゼＫａｔＡ、空胞化細胞毒素ＶａｃＡ、ウレアーゼアルファＵｒｅＡ、ウレアーゼベータＵｒｅｂ、タンパク質Ｃｐｎ１０、タンパク質ｇｒｏＥＳ、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ１０、タンパク質ＭｏｐＢ、細胞毒性関連１０ｋＤａタンパク質ＣＡＧ、３６ｋＤａ抗原、ベータ−ラクタマーゼＨｃｐＡ、ベータ−ラクタマーゼＨｃｐＢ（ピロリ菌、ピロリ菌感染症）；一体膜タンパク質、凝集傾向タンパク質、Ｏ−抗原、毒素抗原Ｓｔｘ２Ｂ、毒素抗原Ｓｔｘ１Ｂ、接着抗原断片Ｉｎｔ２８、タンパク質ＥｓｐＡ、タンパク質ＥｓｐＢ、インチミン、タンパク質Ｔｉｒ、タンパク質ＩｎｔＣ３００、タンパク質Ｅａｅ（大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１及びＯ１０４：Ｈ４、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ））；ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質Ｌ、糖タンパク質Ｇｎ、糖タンパク質Ｇｃ、ヌクレオカプシドタンパク質Ｓ、エンベロープ糖タンパク質Ｇ１、核タンパク質ＮＰ、タンパク質Ｎ、ポリプロテインＭ（ブニヤウイルス科、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ））；糖タンパク質Ｇ、基質タンパク質Ｍ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ、ポリメラーゼＬ、タンパク質Ｗ、タンパク質Ｃ、リンタンパク質ｐ、非構造タンパク質Ｖ（ヘニパウイルス（ヘンドラウイルス、ニパーウイルス）、ヘニパウイルス感染症）；ポリプロテイン、糖タンパク質Ｇｐ２、Ａ型肝炎表面抗原ＨＢＡｇ、タンパク質２Ａ、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、タンパク質Ｐ１Ｂ、タンパク質Ｐ２Ａ、タンパク質Ｐ３ＡＢ、タンパク質Ｐ３Ｄ（Ａ型肝炎ウイルス、Ａ型肝炎）；Ｂ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２中央面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、大Ｓタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４（Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｂ型肝炎）；エンベロープ糖タンパク質Ｅ１ ｇｐ３２ ｇｐ３５、エンベロープ糖タンパク質Ｅ２ ＮＳ１ ｇｐ６８ ｇｐ７０、カプシドタンパク質Ｃ、コアタンパク質Ｃｏｒｅ、ポリプロテイン、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、抗原Ｇ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ５Ａ、（Ｃ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎）；ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、大肝炎デルタ抗原、小肝炎デルタ抗原（Ｄ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎）；ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４、カプシドタンパク質Ｅ２（Ｅ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎）；糖タンパク質Ｌ ＵＬ１、ウラシル−ＤＮＡグリコシラーゼＵＬ２、タンパク質ＵＬ３、タンパク質ＵＬ４、ＤＮＡ複製タンパク質ＵＬ５、ポータルタンパク質ＵＬ６、ビリオン成熟タンパク質ＵＬ７、ＤＮＡヘリカーゼＵＬ８、複製開始点結合タンパク質ＵＬ９、糖タンパク質Ｍ ＵＬ１０、タンパク質ＵＬ１１、アルカリ性エキソヌクレアーゼＵＬ１２、セリン−スレオニンタンパク質キナーゼＵＬ１３、外被タンパク質ＵＬ１４、ターミナーゼＵＬ１５、外被タンパク質ＵＬ１６、タンパク質ＵＬ１７、カプシドタンパク質ＶＰ２３ ＵＬ１８、主要カプシドタンパク質ＶＰ５ ＵＬ１９、膜タンパク質ＵＬ２０、外被タンパク質ＵＬ２１、糖タンパク質Ｈ（ＵＬ２２）、チミジンキナーゼＵＬ２３、タンパク質ＵＬ２４、タンパク質ＵＬ２５、カプシドタンパク質Ｐ４０（ＵＬ２６、ＶＰ２４、ＶＰ２２Ａ）、糖タンパク質Ｂ（ＵＬ２７）、ＩＣＰ１８．５タンパク質（ＵＬ２８）、主要ＤＮＡ結合タンパク質ＩＣＰ８（ＵＬ２９）、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ３０、核基質タンパク質ＵＬ３１、エンベロープ糖タンパク質ＵＬ３２、タンパク質ＵＬ３３、核内膜タンパク質ＵＬ３４、カプシドタンパク質ＶＰ２６（ＵＬ３５）、大外被タンパク質ＵＬ３６、カプシド集合タンパク質ＵＬ３７、ＶＰ１９Ｃタンパク質（ＵＬ３８）、リボヌクレオチドレダクターゼ（大サブユニット）ＵＬ３９、リボヌクレオチドレダクターゼ（小サブユニット）ＵＬ４０、外被タンパク質／ビリオンホストシャットオフＶＨＳタンパク質（ＵＬ４１）、ＤＮＡポリメラーゼ前進因子ＵＬ４２、膜タンパク質ＵＬ４３、糖タンパク質Ｃ（ＵＬ４４）、膜タンパク質ＵＬ４５、外被タンパク質ＶＰ１１／１２（ＵＬ４６）、外被タンパク質ＶＰ１３／１４（ＵＬ４７）、ビリオン成熟タンパク質ＶＰ１６（ＵＬ４８、アルファ−ＴＩＦ）、エンベロープタンパク質ＵＬ４９、ｄＵＴＰジホスファターゼＵＬ５０、外被タンパク質ＵＬ５１、ＤＮＡヘリカーゼ／プライマーゼ複合体タンパク質ＵＬ５２、糖タンパク質Ｋ（ＵＬ５３）、転写調節タンパク質ＩＥ６３（ＩＣＰ２７、ＵＬ５４）、タンパク質ＵＬ５５、タンパク質ＵＬ５６、ウイルス複製タンパク質ＩＣＰ２２（ＩＥ６８、ＵＳ１）、タンパク質ＵＳ２、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＵＳ３、糖タンパク質Ｇ（ＵＳ４）、糖タンパク質Ｊ（ＵＳ５）、糖タンパク質Ｄ（ＵＳ６）、糖タンパク質Ｉ（ＵＳ７）、糖タンパク質Ｅ（ＵＳ８）、外被タンパク質ＵＳ９、カプシド／外被タンパク質ＵＳ１０、Ｖｍｗ２１タンパク質（ＵＳ１１）、ＩＣＰ４７タンパク質（ＩＥ１２、ＵＳ１２）、主要転写活性化因子ＩＣＰ４（ＩＥ１７５、ＲＳ１）、Ｅ３ユビキチンリガーゼＩＣＰ０（ＩＥ１１０）、潜在関連タンパク質１ ＬＲＰ１、潜在関連タンパク質２ ＬＲＰ２、神経毒性因子ＲＬ１（ＩＣＰ３４．５）、潜在関連転写産物ＬＡＴ（単純ヘルペスウイルス１及び２（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）、単純ヘルペス）；ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６０、細胞表面タンパク質Ｈ１Ｃ、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ型ＤｐｐＩＶ、Ｍ抗原、７０ｋＤａタンパク質、１７ｋＤａヒストン様タンパク質（ヒストプラスマ・カプスラーツム、ヒストプラスマ症）；脂肪酸及びレチノール結合タンパク質−１ ＦＡＲ−１、メタロプロテイナーゼの組織阻害剤ＴＩＭＰ（ＴＭＰ）、システインプロテイナーゼＡＣＥＹ−１、システインプロテイナーゼＡＣＣＰ−１、表面抗原Ａｃ−１６、分泌タンパク質２ ＡＳＰ−２、メタロプロテアーゼ１ ＭＴＰ−１、アスパルチルプロテアーゼ阻害剤ＡＰＩ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−１、表面関連抗原ＳＡＡ−２、成体特異的分泌因子Ｘａ、セリンプロテアーゼ阻害剤抗凝固剤ＡＰ、カテプシンＤ様アスパラギン酸プロテアーゼＡＲＲ−１、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、アスパラギン酸プロテアーゼＡＰＲ−１、アセチルコリンエステラーゼＡＣｈＥ（ズビニ鉤虫及びアメリカ鉤虫、鉤虫感染症）；タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＰ１、タンパク質ＶＰ１、タンパク質ＶＰ２、タンパク質ＶＰ３（ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、ヒトボカウイルス感染症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤａ主要外膜タンパク質、ＧＥ１００ｋＤａタンパク質、ＧＥ１３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ１６０ｋＤａタンパク質（エーリキア・エウィンギイ、ヒトエーリキア・エウィンギイ症）；主要表面タンパク質１−５（ＭＳＰ１ａ、ＭＳＰ１ｂ、ＭＳＰ２、ＭＳＰ３、ＭＳＰ４、ＭＳＰ５）、ＩＶ型分泌系タンパク質ＶｉｒＢ２、ＶｉｒＢ７、ＶｉｒＢ１１、ＶｉｒＤ４（アナプラズマ・ファゴサイトフィルム、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ））；タンパク質ＮＳ１、小疎水性タンパク質ＮＳ２、ＳＨタンパク質、融合タンパク質Ｆ、糖タンパク質Ｇ、基質タンパク質Ｍ、基質タンパク質Ｍ２−１、基質タンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ（ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、ヒトメタニューモウイルス感染症）；主要表面タンパク質２ ＭＳＰ２、主要表面タンパク質４ ＭＳＰ４、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ１、ＭＳＰ変異体ＳＧＶ２、外膜タンパク質ＯＭＰ、外膜タンパク質１９ ＯＭＰ−１９、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−２、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１Ｂ、主要抗原タンパク質ＭＡＰ１−３、Ｅｒｕｍ２５１０コードタンパク質、タンパク質ＧｒｏＥＬ、タンパク質ＧｒｏＥＳ、３０ｋＤａ主要外膜タンパク質、
ＧＥ１００ｋＤａタンパク質、ＧＥ１３０ｋＤａタンパク質、ＧＥ１６０ｋＤａタンパク質（エーリキア・シャフェンシス、ヒト単球エーリキア症）；複製タンパク質Ｅ１、調節タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、主要カプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２（ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症）；融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素−ノイラミニダーゼＨＮ、糖タンパク質Ｇ、基質タンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ（ヒトパラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症）；赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外移行タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質（オルソミクソウイルス科、インフルエンザウイルス（インフルエンザ））；ゲノムポリプロテイン、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ（日本脳炎ウイルス、日本脳炎）；ＲＴＸ毒素、ＩＶ型ピリ、主要ピラスサブユニットＰｉｌＡ、調節性転写因子ＰｉｌＳ及びＰｉｌＲ、タンパク質ｓｉｇｍａ５４、外膜タンパク質（キンゲラ・キンゲ、キンゲラ・キンゲ感染症）；プリオンタンパク質（クーループリオン、クールー）；核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬ、基質タンパク質Ｚ、糖タンパク質ＧＰ（ラッサウイルス、ラッサ熱）；ペプチドグリカン関連リポタンパク質ＰＡＬ、６０ｋＤａシャペロニンＣｐｎ６０（ｇｒｏＥＬ、ＨｓｐＢ）、ＩＶ型ピリンＰｉｌＥ、外膜タンパク質ＭＩＰ、主要外膜タンパク質ＭｏｍｐＳ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭＳＰ（レジオネラ・ニューモフィラ、在郷軍人病（レジオネラ病、ポンティアック熱））；Ｐ４ヌクレアーゼ、タンパク質ＷＤ、リボヌクレオチドレダクターゼＭ２、表面膜糖タンパク質Ｐｇ４６、システインプロテイナーゼＣＰ、グルコース調節タンパク質７８ ＧＲＰ−７８、ステージ特異的Ｓ抗原様タンパク質Ａ２、ＡＴＰａｓｅ Ｆ１、ベータ−チューブリン、ヒートショックタンパク質７０ Ｈｓｐ７０、ＫＭＰ−１１、糖タンパク質ＧＰ６３、タンパク質ＢＴ１、ヌクレオシドヒドロラーゼＮＨ、細胞表面タンパク質Ｂ１、リボソームタンパク質Ｐ１様タンパク質Ｐ１、ステロール２４−ｃ−メチルトランスフェラーゼＳＭＴ、ＬＡＣＫタンパク質、ヒストンＨ１、ＳＰＢ１タンパク質、チオール特異的抗酸化剤ＴＳＡ、タンパク質抗原ＳＴｌ１、シグナルペプチダーゼＳＰ、ヒストンＨ２Ｂ、表面抗原ＰＳＡ−２、システインプロテイナーゼｂ Ｃｐｂ（リーシュマニア属、リーシュマニア症）；主要膜タンパク質Ｉ、セリンリッチ抗原−４５ｋＤａ、１０ｋＤａシャペロニンＧｒｏＥＳ、ＨＳＰｋＤａ抗原、アミノ−オキソノナノエートシンターゼＡＯＮＳ、タンパク質組み換え酵素Ａ ＲｅｃＡ、アセチル−／プロピオニル−補酵素Ａカルボキシラーゼアルファ、アラニンラセマーゼ、６０ｋＤａシャペロニン２、ＥＳＡＴ−６様タンパク質ＥｃｘＢ（Ｌ−ＥＳＡＴ−６）、タンパク質Ｌｓｒ２、タンパク質ＭＬ０２７６、ヘパリン結合赤血球凝集素ＨＢＨＡ、ヒートショックタンパク質６５ Ｈｓｐ６５、ｍｙｃＰ１又はＭＬ００４１コードタンパク質、ｈｔｒＡ２又はＭＬ０１７６コードタンパク質、ｈｔｒＡ４又はＭＬ２６５９コードタンパク質、ｇｃｐ又はＭＬ０３７９コードタンパク質、ｃｌｐＣ又はＭＬ０２３５コードタンパク質（らい菌及びマイコバクテリウム・レプロマトシス、らい病）；外膜タンパク質ＬｉｐＬ３２、膜タンパク質ＬＩＣ１０２５８、膜タンパク質ＬＰ３０、膜タンパク質ＬＩＣ１２２３８、Ｏｍｐａ様タンパク質Ｌｓａ６６、表面タンパク質ＬｉｇＡ、表面タンパク質ＬｉｇＢ、主要外膜タンパク質ＯｍｐＬ１、外膜タンパク質ＬｉｐＬ４１、タンパク質ＬｉｇＡｎｉ、表面タンパク質ＬｃｐＡ、接着タンパク質ＬｉｐＬ５３、外膜タンパク質ＵｐＬ３２、表面タンパク質Ｌｓａ６３、フラゲリンＦｌａＢ１、膜リポタンパク質ＬｉｐＬ２１、膜タンパク質ｐＬ４０、レプトスピラ表面アドヘシンＬｓａ２７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３６、外膜タンパク質ＯｍｐＬ３７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ４７、外膜タンパク質ＯｍｐＬ５４、アシルトランスフェラーゼＬｐｘＡ（レプトスピラ属、レプトスピラ症）；リステリオリシンＯ前駆体Ｈｌｙ（ＬＬＯ）、侵入関連タンパク質Ｉａｐ（Ｐ６０）、リステリオリシン調節タンパク質ＰｒｆＡ、亜鉛メタロプロテイナーゼＭｐｌ、ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ ＰＬＣ（ＰｌｃＡ、ＰｌｃＢ）、Ｏ−アセチルトランスフェラーゼＯａｔ、ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼＩｍ．Ｇ＿１７７１、接着タンパク質ＬＡＰ、ＬＡＰ受容体Ｈｓｐ６０、アドヘシンＬａｐＢ、ヘモリシンリステリオリシンＯ ＬＬＯ、タンパク質ＡｃｔＡ、インターナリンＡ ＩｎｌＡ、タンパク質ｌｎｌＢ（リステリア菌、リステリア症）；外表面タンパク質Ａ ＯｓｐＡ、外表面タンパク質ＯｓｐＢ、外表面タンパク質ＯｓｐＣ、デコリン結合タンパク質Ａ ＤｂｐＡ、デコリン結合タンパク質Ｂ ＤｂｐＢ、鞭毛フィラメント４１ｋＤａコアタンパク質Ｆｌａ、塩基性膜タンパク質Ａ ＢｍｐＡ（免疫優性抗原Ｐ３９）、外側表面２２ｋＤａリポタンパク質前駆体（抗原ＩＰＬＡ７）、可変表面リポタンパク質ｖｌｓＥ（通常、ライム病ボレリア及び他のボレリア属の種、ライム病（ライムボレリア症））；毒物アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量に存在する幼虫転写産物ＡＬＴ−１、大量に存在する幼虫転写産物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、角質コラーゲンＣｏｌ−４、分泌幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、タンパク質Ｃｏｘ−２（バンクロフト糸状虫及びマレー糸状虫、リンパ管フィラリア症（象皮病））；糖タンパク質ＧＰ、基質タンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ（リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、リンパ球性脈絡髄膜炎）；トロンボスポンジン関連匿名タンパク質ＴＲＡＰ、ＳＳＰ２スポロゾイト表面タンパク質２、頂端膜抗原１ ＡＭＡ１、桿小体膜抗原ＲＭＡ１、酸性塩基性反復抗原ＡＢＲＡ、細胞横断タンパク質ＰＦ、タンパク質Ｐｖｓ２５、メロゾイト表面タンパク質１ ＭＳＰ−１、メロゾイト表面タンパク質２ ＭＳＰ−２、リング感染赤血球表面抗原ＲＥＳＡ肝臓期抗原３ ＬＳＡ−３、タンパク質Ｅｂａ−１７５、セリン反復抗原５ ＳＥＲＡ−５、スポロゾイト周囲タンパク質ＣＳ、メロゾイト表面タンパク質３ ＭＳＰ３、メロゾイト表面タンパク質８ ＭＳＰ８、エノラーゼＰＦ１０、肝細胞赤血球タンパク質１７ｋＤａ ＨＥＰ１７、赤血球膜タンパク質１ ＥＭＰ１、タンパク質Ｋベータメロゾイト表面タンパク質４／５ ＭＳＰ４／５、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ９０、グルタミン酸リッチタンパク質ＧＬＵＲＰ、メロゾイト表面タンパク質４ ＭＳＰ−４、タンパク質ＳＴＡＲＰ、スポロゾイト周囲タンパク質関連抗原前駆体ＣＲＡ（プラスモディウム属、マラリア）；核タンパク質Ｎ、膜関連タンパク質ＶＰ２４、マイナー核タンパク質ＶＰ３０、ポリメラーゼ補因子ＶＰ３５、ポリメラーゼＬ、基質タンパク質ＶＰ４０、エンベロープ糖タンパク質ＧＰ（マールブルグウイルス、マールブルグ病（ＭＨＦ））；タンパク質Ｃ、基質タンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、非構造タンパク質Ｖ、赤血球凝集素糖タンパク質Ｈ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、融合タンパク質Ｆ（麻疹ウイルス、麻疹）；ＡＢＣトランスポーターファミリーのメンバー（ＬｏｌＣ、ＯｐｐＡ、及びＰｏｔＦ）、推定リポタンパク質放出系膜貫通タンパク質ＬｏｌＣ／Ｅ、フラゲリンＦｌｉＣ、バークホルデリア細胞内運動性Ａ ＢｉｍＡ、細菌伸長因子−Ｔｕ ＥＦ−Ｔｕ、１７ｋＤａ ＯｍｐＡ様タンパク質、ｂｏａＡコードタンパク質、ｂｏａＢコードタンパク質（類鼻疽菌、類鼻疽（ホイットモア病））；ピリンタンパク質、マイナーピリン関連サブユニットｐｉｌＣ、主要ピリンサブユニット及び変異体ｐｉｌＥ、ｐｉｌＳ、相変異タンパク質ｐｏｒＡ、ポリンＢ ＰｏｒＢ、タンパク質ＴｒａＤ、ナイセリア外膜抗原Ｈ．８、７０ｋＤａ抗原、主要外膜タンパク質ＰＩ、外膜タンパク質ＰｌＡ及びＰｌＢ、Ｗ抗原、表面タンパク質Ａ ＮｓｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＡ、トランスフェリン結合タンパク質ＴｂｐＢ、ＰＢＰ２、ｍｔｒＲコードタンパク質、ｐｏｎＡコードタンパク質、膜パーミアーゼＦｂｐＢＣ、ＦｂｐＡＢＣタンパク質系、ＬｂｐＡＢタンパク質、外膜タンパク質Ｏｐａ、外膜
トランスポーターＦｅｔＡ、鉄抑制調節因子ＭｐｅＲ、Ｈ因子結合タンパク質ｆＨｂｐ、アドヘシンＮａｄＡ、タンパク質ＮｈｂＡ、抑制因子ＦａｒＲ（髄膜炎菌、髄膜炎菌性疾患）；６６ｋＤａタンパク質、２２ｋＤａタンパク質（通常、横川吸虫、横川吸虫症）；極性管状タンパク質（グルケア属（Ｇｌｕｇｅａ）では３４ｋＤａ、７５ｋＤａ、及び１７０ｋＤａ、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）では３５ｋＤａ、５５ｋＤａ及び１５０ｋＤａ）、キネシン関連タンパク質、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ最大サブユニット、類似又は一体膜タンパク質ＹＩＰＡ、抗サイレンシングタンパク質１、ヒートショック転写因子ＨＳＦ、タンパク質キナーゼ、チミジンキナーゼ、ＮＯＰ−２様核小体タンパク質（微胞子虫門、微胞子虫症）；ＣＡＳＰ８及びＦＡＤＤ様アポトーシス調節因子、グルタチオンペルオキシダーゼＧＰＸ１、ＲＮＡヘリカーゼＮＰＨ−ＩＩ ＮＰＨ２、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ触媒サブユニットＰＡＰＬ、主要エンベロープタンパク質Ｐ４３Ｋ、早期転写因子７０ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＳ、早期転写因子８２ｋＤａサブユニットＶＥＴＦＬ、メタロエンドペプチダーゼＧ１型、ヌクレオシドトリホスファターゼＩ ＮＰＨ１、複製タンパク質Ａ２８様ＭＣ１３４Ｌ、ＲＮＡポリメラーゼ７ｋＤａサブユニットＲＰＯ７（伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、伝染性軟属腫（ＭＣ））；基質タンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ／Ｖ、小疎水性タンパク質ＳＨ、核タンパク質Ｎ、タンパク質Ｖ、融合糖タンパク質Ｆ、赤血球凝集素−ノイラミニダーゼＨＮ、ＲＮＡポリメラーゼＬ（流行性耳下腺炎ウイルス、流行性耳下腺炎）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ、結晶質表面層タンパク質ＳＬＰ、保護表面タンパク質抗原ＳＰＡ（発疹熱リケッチア、発疹熱（地方性発疹チフス））；アドヘシンＰ１、アドヘシンＰ３０、タンパク質ｐ１１６、タンパク質Ｐ４０、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ１、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ２、細胞骨格タンパク質ＨＭＷ３、ＭＰＮ１５２コードタンパク質、ＭＰＮ４２６コードタンパク質、ＭＰＮ４５６コードタンパク質、ＭＰＮ−５００コードタンパク質（肺炎マイコプラスマ、マイコプラスマ肺炎）；ＮｏｃＡ、鉄依存性調節因子タンパク質、ＶａｐＡ、ＶａｐＤ、ＶａｐＦ、ＶａｐＧ、カゼイン分解性プロテアーゼ、フィラメント先端関連４３ｋＤａタンパク質、タンパク質Ｐ２４、タンパク質Ｐ６１、１５ｋＤａタンパク質、５６ｋＤａタンパク質（通常、ノカルジア・アステロイデス及び他のノカルジア属の種、ノカルジア症）；毒物アレルゲンホモログ様タンパク質ＶＡＬ−１、大量に存在する幼虫転写産物ＡＬＴ−１、大量に存在する幼虫転写産物ＡＬＴ−２、チオレドキシンペルオキシダーゼＴＰＸ、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、チオレドキシンペルオキシダーゼ２ ＴＰＸ−２、抗原タンパク質ＳＸＰ（ペプチドＮ、Ｎ１、Ｎ２、及びＮ３）、活性化関連タンパク質−１ ＡＳＰ−１、チオレドキシンＴＲＸ、トランスグルタミナーゼＢｍＴＧＡ、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、ミオシン、スズメバチアレルゲンホモログＶＡＨ、１７５ｋＤａコラゲナーゼ、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼＧＡＰＤＨ、角質コラーゲンＣｏｌ−４、分泌幼虫酸性タンパク質ＳＬＡＰ、キチナーゼＣＨＩ−１、マルトース結合タンパク質ＭＢＰ、解糖酵素フルクトース−１，６−二リン酸アルドラーゼＦｂａ、トロポミオシンＴＭＹ−１、線虫特異的遺伝子産物ＯｖＢ２０、オンコシスタチンＣＰＩ−２、Ｃｏｘ−２（回旋糸状虫、オンコセルカ症（河川盲目症））；４３ｋＤａ分泌糖タンパク質、糖タンパク質ｇｐ０、糖タンパク質ｇｐ７５、抗原Ｐｂ２７、抗原Ｐｂ４０、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６５、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ７０、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ９０、タンパク質Ｐ１０、トリオースホスフェートイソメラーゼＴＰＩ、Ｎ−アセチル−グルコサミン結合レクチンパラコクシン、２８ｋＤａタンパク質Ｐｂ２８（ブラジルパラコクシジオイデス、パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症））；２８ｋＤａクルジパイン様システインプロテアーゼＰｗ２８ＣＣＰ（通常、ヴェステルマン肺吸虫及び他の肺吸虫属の種、肺吸虫症）；外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質Ｏｍｐ２８、タンパク質ＰＭ１５３９、タンパク質ＰＭ０３５５、タンパク質ＰＭ１４１７、修復タンパク質ＭｕｔＬ、タンパク質ＢｃｂＣ、タンパク質ＰＭ０３０５、ギ酸デヒドロゲナーゼＮ、タンパク質ＰＭ０６９８、タンパク質ＰＭ１４２２、ＤＮＡジャイレース、リポタンパク質ＰｌｐＥ、接着タンパク質Ｃｐ３９、ヘム獲得系受容体ＨａｓＲ、３９ｋＤａカプセル状タンパク質、鉄調節ＯＭＰ ＩＲＯＭＰ、外膜タンパク質ＯｍｐＡ８７、線毛タンパク質Ｐｔｆ、線毛サブユニットタンパク質ＰｔｆＡ、トランスフェリン結合タンパク質Ｔｂｐｌ、エステラーゼ酵素ＭｅｓＡ、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）毒素ＰＭＴ、接着タンパク質Ｃｐ３９（パスツレラ属、パスツレラ症）；”線維状赤血球凝集素ＦｈａＢ、アデニレートシクラーゼＣｙａＡ、百日咳毒素サブユニット４前駆体ＰｔｘＤ、ペルタクチン前駆体Ｐｒｎ、毒素サブユニット１ ＰｔｘＡ、タンパク質Ｃｐｎ６０、タンパク質ｂｒｋＡ、百日咳毒素サブユニット２前駆体ＰｔｘＢ、百日咳毒素サブユニット３前駆体ＰｔｘＣ、百日咳毒素サブユニット５前駆体ＰｔｘＥ、ペルタクチンＰｒｎ、タンパク質Ｆｉｍ２、タンパク質Ｆｉｍ３；”（百日咳菌、百日咳）；”Ｆ１カプセル抗原、ビルレンス関連Ｖ抗原、分泌エフェクタータンパク質ＬｃｒＶ、Ｖ抗原、外膜プロテアーゼＰｌａ，分泌エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、推定分泌タンパク質チロシンホスファターゼＹｏｐＨ、ニードル複合体主要サブユニットＹｓｃＦ、タンパク質キナーゼＹｏｐＯ、推定オートトランスポータータンパク質ＹａｐＦ、内膜ＡＢＣトランスポーターＹｂｔＱ（Ｉｒｐ７）、推定糖結合タンパク質ＹＰＯ０６１２、ヒートショックタンパク質９０ ＨｔｐＧ、推定スルファターゼタンパク質ＹｄｅＮ、外膜リポタンパク質キャリアータンパク質ＬｏｌＡ、分泌シャペロンＹｅｒＡ、推定リポタンパク質ＹＰＯ０４２０、溶血素活性化因子タンパク質ＨｐｍＢ、ペスチシン／エルシニアバクチン外膜受容体Ｐｓｎ、分泌エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、分泌エフェクタータンパク質ＹｏｐＦ、分泌エフェクタータンパク質ＹｏｐＫ、外膜タンパク質ＹｏｐＮ、外膜タンパク質ＹｏｐＭ、コアグラーゼ／フィブリノリジン前駆体Ｐｌａ；”（ペスト菌、ペスト）；タンパク質ＰｈｐＡ、表面アドヘシンＰｓａＡ、ニューモリシンＰｌｙ、ＡＴＰ依存性プロテアーゼＣｌｐ、リポエート−タンパク質リガーゼＬｐｌＡ、細胞壁表面アンカータンパク質ｐｓｒＰ、ソルターゼＳｒｔＡ、グルタミル−ｔＲＮＡシンテターゼＧｌｔＸ、コリン結合タンパク質Ａ ＣｂｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ａ ＰｓｐＡ、肺炎球菌表面タンパク質Ｃ ＰｓｐＣ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼＧｎｄ、鉄結合タンパク質ＰｉａＡ、ムレインヒドロラーゼＬｙｔＢ、プロテオンＬｙｔＣ、プロテアーゼＡ１（肺炎球菌、肺炎球菌感染症）；主要表面タンパク質Ｂ、ケシン様プロテアーゼＫＥＸ１、タンパク質Ａ１２、５５ｋＤａ抗原Ｐ５５、主要表面糖タンパク質Ｍｓｇ（ニューモシスチス肺炎菌、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ））；ゲノムポリプロテイン、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（ポリオウイルス、ポリオ）；タンパク質Ｎｆａ１、エキセンジン−３、分泌リパーゼ、カテプシンＢ様プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、カテプシン、ペルオキシレドキシン、タンパク質Ｃｒｙ１Ａｃ（通常、ネグレリア・フォーレリ、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ））；アグノプロテイン、大Ｔ抗原、小Ｔ抗原、主要カプシドタンパク質ＶＰ１、マイナーカプシドタンパク質Ｖｐ２（ＪＣウイルス、進行性多病巣性白質脳障害）；低カルシウム応答タンパク質Ｅ ＬＣｒＥ、クラミジア属外部タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＰｋｎＤ、アシルキャリアータンパク質Ｓ−マロニルトランスフェラーゼＦａｂＤ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質Ｓｓｂ、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、外膜タンパク質２ Ｏｍｐ２、多形膜タンパク質ファミリー（Ｐｍｐ１、Ｐｍｐ２、Ｐｍｐ３、Ｐｍｐ４、Ｐｍｐ５、Ｐｍｐ６、Ｐｍｐ７、Ｐｍｐ８、Ｐｍｐ９、Ｐｍｐ１０、Ｐｍｐ１１、Ｐｍｐ１２、Ｐｍｐ１３、Ｐｍｐ１４、Ｐｍｐ１５、Ｐｍｐ１６、Ｐｍｐ１７、Ｐｍｐ１８、Ｐｍｐ１９、Ｐｍｐ２０、Ｐｍｐ２１）（オウム病クラミジア、オウム病）；外膜タンパク質Ｐ１、ヒートショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、ペプチドＡＢＣトランスポーター、ＧＴＰ結合タンパク質、タンパク質ＩｃｍＢ、リボヌクレアーゼＲ、ホスファターゼＳｉｘＡ、タンパク質ＤｓｂＤ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、ＤＮＡ結合タンパク質ＰｈｏＢ、ＡＴＰａｓｅ ＤｏｔＢ、ヒートショックタンパク質Ｂ ＨｓｐＢ、膜タンパク質Ｃｏｍ１、２８ｋＤａタンパク質、ＤＮＡ−３−メチルアデニングリコシダーゼＩ
、外膜タンパク質ＯｍｐＨ、外膜タンパク質ＡｄａＡ、グリシン切断系Ｔタンパク質（Ｑ熱コクシエラ、Ｑ熱）；核タンパク質Ｎ、大構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質Ｐ、基質タンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇ（狂犬病ウイルス、狂犬病）；融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、基質タンパク質Ｍ、基質タンパク質Ｍ２−１、基質タンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、小疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２（ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、ＲＳウイルス感染症）；ゲノムポリプロテイン、ポリメラーゼ３Ｄ、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ３、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ４、プロテアーゼ２Ａ、プロテアーゼ３Ｃ（鼻炎ウイルス、鼻炎ウイルス感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、タンパク質ＰＳ１２０、細胞質内タンパク質Ｄ、保護表面タンパク質抗原ＳＰＡ（リケッチア属、リケッチア感染症）；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ（痘瘡リケッチア、リケッチア痘）；エンベロープ糖タンパク質ＧＰ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳＳ（リフトバレー熱ウイルス、リフトバレー熱（ＲＶＦ））；外膜タンパク質ＯＭ、細胞表面抗原ＯｍｐＡ、細胞表面抗原ＯｍｐＢ（ｓｃａ５）、細胞表面タンパク質ＳＣＡ４、細胞表面タンパク質ＳＣＡ１、細胞質内タンパク質Ｄ（斑点熱リケッチア、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ））；”非構造タンパク質６ ＮＳ６、非構造タンパク質２ ＮＳ２、中間カプシドタンパク質ＶＰ６、内部カプシドタンパク質ＶＰ２、非構造タンパク質３ ＮＳ３、ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼＬ、タンパク質ＶＰ３、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質５ ＮＳ５、外部カプシド糖タンパク質ＶＰ７、非構造糖タンパク質４ ＮＳ４、外部カプシドタンパク質ＶＰ４；；”（ロタウイルス、ロタウイルス感染症）；ポリプロテインＰ２００、糖タンパク質Ｅ１、糖タンパク質Ｅ２、タンパク質ＮＳ２、カプシドタンパク質Ｃ（風疹ウイルス、風疹）；シャペロニンＧｒｏＥＬ（ＭｏｐＡ）、イノシトールリン酸ホスファターゼＳｏｐＢ、ヒートショックタンパク質ＨｓｌＵ、シャペロンタンパク質ＤｎａＪ、タンパク質ＴｖｉＢ、タンパク質ＩｒｏＮ、フラゲリンＦｌｉＣ、侵入タンパク質ＳｉｐＣ、糖タンパク質ｇｐ４３、外膜タンパク質ＬａｍＢ、外膜タンパク質ＰａｇＣ、外膜タンパク質ＴｏｌＣ、外膜タンパク質ＮｍｐＣ、外膜タンパク質ＦａｄＬ、輸送タンパク質ＳａｄＡ、トランスフェラーゼＷｇａＰ、エフェクタータンパク質ＳｉｆＡ、ＳｔｅＣ、ＳｓｅＬ、ＳｓｅＪ及びＳｓｅＦ（サルモネラ属、サルモネラ症）；”タンパク質１４、非構造タンパク質ＮＳ７ｂ、非構造タンパク質ＮＳ８ａ、タンパク質９ｂ、タンパク質３ａ、核タンパク質Ｎ、非構造タンパク質ＮＳ３ｂ、非構造タンパク質ＮＳ６、タンパク質７ａ、非構造タンパク質ＮＳ８ｂ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープ小膜タンパク質ＥｓＭ、レプリカーゼポリプロテイン１ａ、スパイク糖タンパク質Ｓ、レプリカーゼポリプロテイン１ａｂ；”（ＳＡＲＳコロナウイルス、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群））；セリンプロテアーゼ、不定型サルコプテス（Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ）属抗原１ ＡＳＡ１、グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、システインプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、アポリポタンパク質（ヒゼンダニ、疥癬）；グルタチオンＳトランスフェラーゼＧＳＴ、パラミオシン、ヘモグルビナーゼＳＭ３２、主要卵抗原、１４ｋＤａ脂肪酸結合タンパク質Ｓｍ１４、主要幼虫表面抗原Ｐ３７、２２、６ｋＤａ外被抗原、カルパインＣＡＮＰ、三リン酸イソメラーゼＴｉｍ、表面タンパク質９Ｂ、外部カプシドタンパク質ＶＰ２、２３ｋＤａ一体膜タンパク質Ｓｍ２３、Ｃｕ／Ｚｎ−スーパーオキシドジスムターゼ、糖タンパク質Ｇｐ、ミオシン（住血吸虫属、住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症））；６０ｋＤａシャペロニン、５６ｋＤａ型特異的抗原、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、４−ヒドキシベンゾエートオクタプレニルトランスフェラーゼ（オリエンティア・ツツガムシ、ツツガムシ病）；デヒドロゲナーゼＧｕａＢ、侵入タンパク質Ｓｐａ３２、インベイシンＩｐａＡ、インベイシンＩｐａＢ、インベイシンＩｐａＣ、インベイシンＩｐａＤ、インベイシンＩｐａＨ、インベイシンＩｐａＪ（赤痢菌属、赤痢（細菌性赤痢））；タンパク質Ｐ５３、ビリオンタンパク質ＵＳ１０ホモログ、転写調節因子ＩＥ６３、転写トランス活性化因子ＩＥ６２、プロテアーゼＰ３３、アルファトランス誘導因子７４ｋＤａタンパク質、デオキシウリジン５’−トリホスフェートヌクレオチドヒドロラーゼ、転写トランス活性化因子ＩＥ４、膜タンパク質ＵＬ４３ホモログ、核リンタンパク質ＵＬ３ホモログ、核タンパク質ＵＬ４ホモログ、複製開始点結合タンパク質、膜タンパク質２、リンタンパク質３２、タンパク質５７、ＤＮＡポリメラーゼ前進因子、ポータルタンパク質５４、ＤＮＡプライマーゼ、外被タンパク質ＵＬ１４ホモログ、外被タンパク質ＵＬ２１ホモログ、外被タンパク質ＵＬ５５ホモログ、三連ターミナーゼサブユニットＵＬ３３ホモログ、三連ターミナーゼサブユニットＵＬ１５ホモログ、カプシド結合タンパク質４４、ビリオンパッケージングタンパク質４３（水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、帯状疱疹（帯状ヘルペス））；短縮型３−ベータヒドロキシ−５−エンステロイドデヒドロゲナーゼホモログ、ビリオン膜タンパク質Ａ１３、タンパク質Ａ１９、タンパク質Ａ３１、短縮型タンパク質Ａ３５ホモログ、タンパク質Ａ３７．５ホモログ、タンパク質Ａ４７、タンパク質Ａ４９、タンパク質Ａ５１、セマホリン様タンパク質Ａ４３、セリンプロテイナーゼ阻害剤１、セリンプロテイナーゼ阻害剤２、セリンプロテイナーゼ阻害剤３、タンパク質Ａ６、タンパク質Ｂ１５、タンパク質Ｃ１、タンパク質Ｃ５、タンパク質Ｃ６、タンパク質Ｆ７、タンパク質Ｆ８、タンパク質Ｆ９、タンパク質Ｆ１１、タンパク質Ｆ１４、タンパク質Ｆ１５、タンパク質Ｆ１６（大痘瘡又は小痘瘡、天然痘（痘瘡））；アドヘシン／糖タンパク質ｇｐ７０、プロテアーゼ（スポロトリックス・シェンキィ、スポロトリクス症）；ヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ ＣｌｆＡ、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｎｂＡ、エンテロトキシンＡ型ＥｎｔＡ、エンテロトキシンＢ型ＥｎｔＢ、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型ＥｎｔＤ、エンテロトキシンＥ型ＥｎｔＥ、毒素ショック症候群毒素−１ ＴＳＳＴ−１、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ ＰＢＰ２ａ（ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ（ブドウ球菌属、ブドウ球菌性食中毒）；ヘム鉄結合タンパク質ＩｓｄＢ、コラーゲンアドヘシンＣｎａ、クランピング因子Ａ ＣｌｆＡ、タンパク質ＭｅｃＡ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｎｂＡ、エンテロトキシンＡ型ＥｎｔＡ、エンテロトキシンＢ型ＥｎｔＢ、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ１、エンテロトキシンＣ型ＥｎｔＣ２、エンテロトキシンＤ型ＥｎｔＤ、エンテロトキシンＥ型ＥｎｔＥ、毒素ショック症候群毒素−１ ＴＳＳＴ−１、スタフィロキナーゼ、ペニシリン結合タンパク質２ａ ＰＢＰ２ａ（ＭｅｃＡ）、分泌抗原ＳｓｓＡ（ブドウ球菌属、例えば、黄色ブドウ球菌、ブドウ球菌感染症）；抗原Ｓｓ−ＩＲ、抗原ＮＩＥ、ストロンギラスタチン、Ｎａ＋−Ｋ＋ ＡＴＰａｓｅ Ｓｓｅａｔ−６、トロポミシンＳｓＴｍｙ−１、タンパク質ＬＥＣ−５、４１ｋＤａ抗原Ｐ５、４１ｋＤａ幼虫タンパク質、３１ｋＤａ幼虫タンパク質、２８ｋＤａ幼虫タンパク質（糞線虫、糞線虫症）；グリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼＧｌｐＱ（Ｇｐｄ）、外膜タンパク質ＴｍｐＢ、タンパク質Ｔｐ９２、抗原ＴｐＦ１、反復タンパク質Ｔｐｒ、反復タンパク質Ｆ ＴｐｒＦ、反復タンパク質Ｇ ＴｐｒＧ、反復タンパク質Ｉ ＴｐｒＩ、反復タンパク質Ｊ ＴｐｒＪ、反復タンパク質Ｋ ＴｐｒＫ、トレポネーマ膜タンパク質Ａ ＴｍｐＡ、リポタンパク質、１５ｋＤａ Ｔｐｐ１５、４７ｋＤａ膜抗原、ミニフェリチンＴｐＦ１、アドヘシンＴｐ０７５１、リポタンパク質ＴＰ０１３６、タンパク質ＴｐＮ１７、タンパク質ＴｐＮ４７、外膜タンパク質ＴＰ０１３６、外膜タンパク質ＴＰ０１５５、外膜タンパク質ＴＰ０３２６、外膜タンパク質ＴＰ０４８３、外膜タンパク質ＴＰ０９５６（梅毒トレポネーマ、梅毒）；カテプシンＬ様プロテアーゼ、５３／２５ｋＤａ抗原、８ｋＤａファミリーのメンバー、辺縁トリプシン様活性を有する嚢虫タンパク質ＴｓＡｇ５、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ１８、六鉤幼虫タンパク質ＴＳＯＬ４５−１Ａ、乳酸デヒドロゲナーゼＡ ＬＤＨＡ、乳酸デヒドロゲナーゼＢ ＬＤＨＢ（テニア属、条虫症）；破傷風毒素ＴｅｔＸ、破傷風毒素Ｃ ＴＴＣ、１４０ｋＤａ Ｓ層タンパク質、フラボタンパク質ベータ−サブユニットＣＴ３、ホスホリパーゼ（レシチナーゼ）、ホスホキャリアータンパク質ＨＰｒ（破傷風菌、破傷風（開口障害））；ゲノム
ポリプロテイン、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ（ダニ媒介性脳炎ウイルス（ＴＢＥＶ）、ダニ媒介脳炎）；５８ｋＤａ抗原、６８ｋＤａ抗原、トキソカラ幼虫排出−分泌抗原ＴＥＳ、３２ｋＤａ糖タンパク質、糖タンパク質ＴＥＳ−７０、糖タンパク質ＧＰ３１、排出−分泌抗原ＴｃＥＳ−５７、腸周囲液抗原Ｐｅ、可溶性抽出物抗原Ｅｘ、排出／分泌幼虫抗原ＥＳ、抗原ＴＥＳ−１２０、ポリプロテインアレルゲンＴＢＡ−１、カテプシンＬ様システインプロテアーゼｃ−ｃｐｌ−１、２６ｋＤａタンパク質（イヌ回虫又はネコ回虫、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ）））；短糸タンパク質（ＭＩＣ１、ＭＩＣ２、ＭＩＣ３、ＭＩＣ４、ＭＩＣ５、ＭＩＣ６、ＭＩＣ７、ＭＩＣ８）、桿小体タンパク質Ｒｏｐ２、桿小体タンパク質（Ｒｏｐ１、Ｒｏｐ２、Ｒｏｐ３、Ｒｏｐ４、Ｒｏｐ５、Ｒｏｐ６、Ｒｏｐ７、Ｒｏｐ１６、Ｒｊｏｐ１７）、タンパク質ＳＲ１、表面抗原Ｐ２２、主要抗原ｐ２４、主要表面抗原ｐ３０、高密度顆粒タンパク質（ＧＲＡ１、ＧＲＡ２、ＧＲＡ３、ＧＲＡ４、ＧＲＡ５、ＧＲＡ６、ＧＲＡ７、ＧＲＡ８、ＧＲＡ９、ＧＲＡ１０）、２８ｋＤａ抗原、表面抗原ＳＡＧ１、ＳＡＧ２関連抗原、ヌクレオシドトリホスファターゼ１、ヌクレオシドトリホスファターゼ２、タンパク質Ｓｔｔ３、ＨｅｓＢ様ドメイン含有タンパク質、菱形様プロテアーゼ５、トキソメプシン１（トキソプラズマ・ゴンヂ、トキソプラスマ症）；４３ｋＤａ分泌糖タンパク質、５３ｋＤａ分泌糖タンパク質、パラミオシン、抗原Ｔｓ２１、抗原Ｔｓ８７、抗原ｐ４６０００、ＴＳＬ−１抗原、カベオリン−１ ＣＡＶ−１、４９ｋＤａ新生幼虫抗原、プロサポニンホモログ、セリンプロテアーゼ、セリンプロテイナーゼ阻害剤、４５ｋＤａ糖タンパク質Ｇｐ４５（旋毛虫、旋毛虫症）；Ｍｙｂ様転写因子（Ｍｙｂ１、Ｍｙｂ２、Ｍｙｂ３）、接着タンパク質ＡＰ２３、接着タンパク質ＡＰ３３、接着タンパク質ＡＰ３３−３、アドヘシンＡＰ５１、アドヘシンＡＰ６５、接着タンパク質ＡＰ６５−１、アルファ−アクチニン、キネシン関連タンパク質、テニューリン、６２ｋＤａプロテイナーゼ、サブチリシン様セリンプロテアーゼＳＵＢ１、システインプロテイナーゼ遺伝子３ ＣＰ３、アルファ−エノラーゼＥｎｏ１、システインプロテイナーゼＣＰ３０、ヒートショックタンパク質（Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ６０）、免疫原性タンパク質Ｐ２７０、（膣トリコモナス、トリコモナス症）；ベータ−チューブリン、４７ｋＤａタンパク質、分泌白血球様プロテイナーゼ−１ ＳＬＰ−１、５０ｋＤａタンパク質ＴＴ５０、１７ｋＤａ抗原、４３／４７ｋＤａタンパク質（ヒト鞭虫、鞭虫症（鞭虫感染症））；タンパク質ＥＳＡＴ−６（ＥｓｘＡ）、１０ｋＤａ濾過抗原ＥｓｘＢ、分泌抗原８５−Ｂ ＦＢＰＢ、フィブロネクチン結合タンパク質Ａ ＦｂｐＡ（Ａｇ８５Ａ）、セリンプロテアーゼＰｅｐＡ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１８、フィブロネクチン結合タンパク質Ｄ ＦｂｐＤ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６４、分泌タンパク質ＭＰＴ５１、カタラーゼ−ペルオキシダーゼ−ペルオキシニトリラーゼＴ ＫＡＴＧ、周辺質リン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ３（ＰＢＰ−３、Ｐｈｏｓ−１）、鉄調節ヘパリン結合赤血球凝集素Ｈｂｈａ、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ１４、ＰＰＥファミリータンパク質ＰＰＥ６８、タンパク質Ｍｔｂ７２Ｆ、タンパク質Ａｐａ、免疫原性タンパク質ＭＰＴ６３、周辺質リン酸結合リポタンパク質ＰＳＴＳ１（ＰＢＰ−１）、分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系パーミアーゼタンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンテターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、ヒートショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓ（通常、結核菌、結核）；外膜タンパク質ＦｏｂＡ、外膜タンパク質ＦｏｂＢ、細胞内成長遺伝子座ＩｇｌＣ１、細胞内成長遺伝子座ＩｇｌＣ２、アミノトランスフェラーゼＷｂｔｌ、シャペロニンＧｒｏＥＬ、１７ｋＤａ主要膜タンパク質ＴＵＬ４、リポタンパク質ＬｐｎＡ、キチナーゼファミリー１８タンパク質、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎｉｆ３ファミリータンパク質、ＩＶ型ピリグリコシル化タンパク質、外膜タンパク質ｔｏｌＣ、ＦＡＤ結合ファミリータンパク質、ＩＶ型ピリン多量体外膜タンパク質、二成分センサタンパク質ＫｄｐＤ、シャペロンタンパク質ＤｎａＫ、タンパク質ＴｏｌＱ（野兎病菌、野兎病）；”ＭＢ抗原、ウレアーゼ、タンパク質ＧｙｒＡ、タンパク質ＧｙｒＢ、タンパク質ＰａｒＣ、タンパク質ＰａｒＥ、脂質関連膜タンパク質ＬＡＭＰ、チミジンキナーゼＴＫ、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ１、ホスホリパーゼＰＬ−Ａ２、ホスホリパーゼＰＬ−Ｃ、表面発現９６ｋＤａ抗原；”（ウレアプラズマ・ウレアリチカム、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症）；非構造ポリプロテイン、構造ポリプロテイン、カプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ１、プロテアーゼＰ２、プロテアーゼＰ３（ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳炎）；糖タンパク質ＧＰ、基質タンパク質Ｚ、ポリメラーゼＬ、核タンパク質Ｎ（グアナリトウイルス、ベネズエラ出血熱）；ポリプロテイン、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（西ナイルウイルス、西ナイル熱）；カプシドタンパク質ＣＰ、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、プロテアーゼＰ２（西部ウマ脳炎ウイルス、西部ウマ脳炎）；ゲノムポリプロテイン、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５（黄熱病ウイルス、黄熱病）；推定Ｙｏｐターゲティングタンパク質ＹｏｂＢ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＤ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＥ、タンパク質ＹｏｐＨ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＪ、タンパク質移行タンパク質ＹｏｐＫ、エフェクタータンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｐｋＡ、鞭毛生合成タンパク質ＦｌｈＡ、ペプチダーゼＭ４８、カリウム流出系ＫｅｆＡ、転写調節因子ＲｏｖＡ、アドヘシンＩｆｐ、トランスロケータータンパク質ＬｃｒＶ、タンパク質ＰｃｒＶ、インベイシンＩｎｖ、外膜タンパク質ＯｍｐＦ様ポリン、アドヘシンＹａｄＡ、タンパク質キナーゼＣ、ホスホリパーゼＣ１、タンパク質ＰｓａＡ、マンノシルトランスフェラーゼ様タンパク質ＷｂｙＫ、タンパク質ＹｓｃＵ、抗原ＹＰＭａ（偽結核エルジニア菌、偽結核エルジニア菌感染症）；エフェクタータンパク質ＹｏｐＢ、６０ｋＤａシャペロニン、タンパク質ＷｂｃＰ、チロシン−タンパク質ホスファターゼＹｏｐＨ、タンパク質ＹｏｐＱ、エンテロトキシン、ガラクトシドパーミアーゼ、レダクターゼＮｒｄＥ、タンパク質ＹａｓＮ、インベイシンＩｎｖ、アドヘシンＹａｄＡ、外膜ポリンＦ ＯｍｐＦ、タンパク質ＵｓｐＡ１、タンパク質ＥｉｂＡ、タンパク質Ｈｉａ、細胞表面タンパク質Ａｉｌ、シャペロンＳｙｃＤ、タンパク質ＬｃｒＤ、タンパク質ＬｃｒＧ、タンパク質ＬｃｒＶ、タンパク質ＳｙｃＥ、タンパク質ＹｏｐＥ、調節因子タンパク質ＴｙｅＡ、タンパク質ＹｏｐＭ、タンパク質ＹｏｐＮ、タンパク質ＹｏｐＯ、タンパク質ＹｏｐＴ、タンパク質ＹｏｐＤ、プロテアーゼＣｌｐＰ、タンパク質ＭｙｆＡ、タンパク質ＦｉｌＡ、及びタンパク質ＰｓａＡ（腸炎エルシニア、エルジニア症）。
（括弧内は、抗原が由来する具体的な病原体又は病原体の科、及び前記病原体が関連する感染性疾患である）。
本発明の第１の態様に係る本発明の核酸のコード配列は、モノ−、ジ−、又は更にはマルチシストロン性核酸、即ち、１、２、又はそれ以上のタンパク質又はペプチドのコード配列を有する核酸として存在してよい。ジ−又は更にはマルチシストロン性核酸におけるかかるコード配列は、例えば、本明細書に記載する少なくとも１つの内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）配列によって、又は幾つかのタンパク質又はペプチドを含む得られるポリペプチドの切断を誘導するシグナルペプチドによって分断されていてもよい。
本発明の第１の態様によれば、本発明の核酸配列は、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域を含む。好ましくは、コードされている病原体抗原は、ヒストンタンパク質ではない。本発明では、かかるヒストンタンパク質は、典型的に、真核生物細胞の核にみられる強アルカリ性タンパク質であり、ＤＮＡに指令を出し、ヌクレオソームと呼ばれる構造ユニットにパッケージングする。ヒストンタンパク質は、クロマチンの主なタンパク質成分であり、その周囲にＤＮＡが巻きつく糸巻きとして作用し、遺伝子調節において役割を果たす。ヒストンがないと、巻きがほどけた染色体中のＤＮＡは、非常に長くなる（ヒトＤＮＡでは、長さ対幅比が１，０００万超対１）。例えば、各ヒト細胞は、約１．８メートルのＤＮＡを有するが、ヒストンに巻きついて、約９０ミリメートルのクロマチンを形成する。クロマチンは、有糸分裂中に複製及び凝縮するときに約１２０マイクロメートルの染色体となる。より好ましくは、本発明では、かかるヒストンタンパク質は、典型的に、以下のヒストンの５つの主なクラス：Ｈ１／Ｈ５、Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、及びＨ４”のうちの１つから選択され、好ましくは哺乳類ヒストンから選択され、より好ましくはヒトヒストン又はヒストンタンパク質から選択される、高度に保存されているタンパク質として定義される。かかるヒストン又はヒストンタンパク質は、典型的に、ヒストンＨ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、及びＨ４”を含むコアヒストン並びにヒストンＨ１及びＨ５を含むリンカーヒストンとして定義される２つのスーパークラスに体系付けられる。
これに関連して、好ましくは係属中の発明の保護範囲から除外されるリンカーヒストン、好ましくは哺乳類リンカーヒストン、より好ましくはヒトリンカーヒストンは、典型的に、Ｈ１Ｆを含むＨ１（具体的には、Ｈ１Ｆ０、Ｈ１ＦＮＴ、Ｈ１ＦＯＯ、Ｈ１ＦＸを含む）、及びＨ１Ｈ１（具体的には、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ａ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｔを含む）から選択される。
更に、好ましくは係属中の発明の保護範囲から除外されるコアヒストン、好ましくは哺乳類コアヒストン、より好ましくはヒトコアヒストンは、典型的に、Ｈ２ＡＦ（具体的には、Ｈ２ＡＦＢ１、Ｈ２ＡＦＢ２、Ｈ２ＡＦＢ３、Ｈ２ＡＦＪ、Ｈ２ＡＦＶ、Ｈ２ＡＦＸ、Ｈ２ＡＦＹ、Ｈ２ＡＦＹ２、Ｈ２ＡＦＺを含む）、及びＨ２Ａ１（具体的には、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＡ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＣ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＤ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＥ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＧ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＩ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＪ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＫ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＬ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＭを含む）、及びＨ２Ａ２（具体的には、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣを含む）を含むＨ２Ａ；Ｈ２ＢＦ（具体的には、Ｈ２ＢＦＭ、Ｈ２ＢＦＯ、Ｈ２ＢＦＳ、Ｈ２ＢＦＷＴ）、Ｈ２Ｂ１（具体的には、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＡ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＥ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＩ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＪ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＫ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＬ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＮ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＯを含む）、及びＨ２Ｂ２（具体的には、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥを含む）を含むＨ２Ｂ；Ｈ３Ａ１（具体的には、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｊを含む）、及びＨ３Ａ２（具体的には、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｃを含む）、及びＨ３Ａ３（具体的には、ＨＩＳＴ３Ｈ３を含む）を含むＨ３；Ｈ４１（具体的には、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｈ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｉ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｊ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｋ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｌを含む）及びＨ４４（具体的には、ＨＩＳＴ４Ｈ４を含む）を含むＨ４；並びにＨ５から選択される。
本発明の第１の態様によれば、本発明の核酸配列は、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域を含む。好ましくは、コードされている病原体抗原は、レポータータンパク質（例えば、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、高感度緑色蛍光タンパク質（ＥＧＦＰ）、β−ガラクトシダーゼ）ではなく、且つマーカー又は選択タンパク質（例えば、アルファグロビン、ガラクトキナーゼ、及びキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ））ではない。好ましくは、本発明の核酸配列は、抗生物質耐性遺伝子、例えば、（細菌）ｎｅｏ遺伝子配列（ネオマイシン耐性遺伝子）又はＣＡＴ遺伝子配列（クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼをコードしている；クロラムフェニコール耐性遺伝子）を含有しない。
上に定義した通り本発明の核酸は、ａ）病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、（好ましくは、コードされている前記ペプチド又はタンパク質の発現を増加させるために）ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルとを含むか又はコードし、コードされている前記ペプチド又はタンパク質は、好ましくは、上に定義した通り、ヒストンタンパク質、レポータータンパク質、及び／又はマーカー若しくは選択タンパク質ではない。本発明の核酸の要素ｂ）〜ｃ）は、任意の順序で本発明の核酸中に存在してよく、即ち、要素ａ）、ｂ）、及びｃ）は、本発明の核酸配列の５’から３’方向にａ）、ｂ）、及びｃ）又はａ）、ｃ）、及びｂ）の順序で存在してよく、５’−ＣＡＰ構造、ポリ（Ｃ）配列、安定化配列、ＩＲＥＳ配列等の本明細書に定義する更なる要素を含有していてもよい。本発明の核酸の各要素ａ）〜ｃ）、特に、ジ−若しくはマルチシストロン性コンストラクトにおけるａ）並びに／又は各要素ｂ）及びｃ）、より好ましくは要素ｂ）は、本発明の核酸において少なくとも１回、好ましくは２回以上反復していてもよい。一例として、本発明の核酸は、配列エレメントａ）、ｂ）、及び任意でｃ）を、例えば以下の順序で含んでよい：
５’−コード領域−ヒストンステムループ−ポリ（Ａ）配列−３’；又は
５’−コード領域−ヒストンステムループ−ポリアデニル化シグナル−３’；又は
５’−コード領域−ポリ（Ａ）配列−ヒストンステムループ−３’；又は
５’−コード領域−ポリアデニル化シグナル−ヒストンステムループ−３’；又は
５’−コード領域−コード領域−ヒストンステムループ−ポリアデニル化シグナル−３’；又は
５’−コード領域−ヒストンステムループ−ヒストンステムループ−ポリ（Ａ）配列−３’；又は
５’−コード領域−ヒストンステムループ−ヒストンステムループ−ポリアデニル化シグナル−３’等。
これに関連して、本発明の核酸配列は、ａ）病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含むペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、（好ましくは、コードされている前記ペプチド又はタンパク質の発現レベルを増加させるために）ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化配列とを含むか又はコードし、コードされている前記タンパク質は、好ましくは、ヒストンタンパク質、レポータータンパク質（例えば、ルシフェラーゼ、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β−ガラクトシダーゼ、特にＥＧＦＰ）、及び／又はマーカー若しくは選択タンパク質（例えば、アルファグロビン、ガラクトキナーゼ、及びキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ））ではない。
第１の態様の更に好ましい実施形態では、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、改変核酸の形態で存在してもよい。
これに関連して、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、「安定化核酸」、好ましくは安定化ＲＮＡ、より好ましくは（例えば、エキソヌクレアーゼ又はエンドヌクレアーゼによる）インビボにおける分解に対して本質的に耐性であるＲＮＡを提供するために修飾してよい。安定化核酸は、例えば、本発明の核酸配列のコード領域のＧ／Ｃ含量を変化させることによって、ヌクレオチドアナログ（例えば、骨格修飾、糖修飾、又は塩基修飾を有するヌクレオチド）を導入することによって、或いは本発明の核酸配列の３’及び／又は５’非翻訳領域に安定化配列を導入することによって得ることができる。
上述の通り、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、ヌクレオチドアナログ／修飾、例えば、骨格修飾、糖修飾、又は塩基修飾等を含有していてよい。本発明に関連する骨格修飾は、本明細書に定義する本発明の核酸配列に含まれるヌクレオチドの骨格のリン酸が化学的に修飾される修飾である。本発明に関連する糖修飾は、本明細書に定義する本発明の核酸配列のヌクレオチドの糖の化学修飾である。更に、本発明に関連する塩基修飾は、本発明の核酸配列の核酸分子のヌクレオチドの塩基部分の化学修飾である。これに関連して、ヌクレオチドアナログ又は修飾は、好ましくは、転写及び／又は翻訳に適用可能なヌクレオチドアナログから選択される。
本発明の第１の態様の特に好ましい実施形態では、本明細書に定義するヌクレオチドアナログ／修飾は、コードされているタンパク質の発現を更に増加させ且つ好ましくは以下から選択される塩基修飾から選択される：２−アミノ−６−クロロプリンリボシド−５’−トリホスフェート、２−アミノアデノシン−５’−トリホスフェート、２−チオシチジン−５’−トリホスフェート、２−チオウリジン−５’−トリホスフェート、４−チオウリジン−５’−トリホスフェート、５−アミノアリルシチジン−５’−トリホスフェート、５−アミノアリルウリジン−５’−トリホスフェート、５−ブロモシチジン−５’−トリホスフェート、５−ブロモウリジン−５’−トリホスフェート、５−ヨードシチジン−５’−トリホスフェート、５−ヨードウリジン−５’−トリホスフェート、５−メチルシチジン−５’−トリホスフェート、５−メチルウリジン−５’−トリホスフェート、６−アザシチジン−５’−トリホスフェート、６−アザウリジン−５’−トリホスフェート、６−クロロプリンリボシド−５’−トリホスフェート、７−デアザアデノシン−５’−トリホスフェート、７−デアザグアノシン−５’−トリホスフェート、８−アザアデノシン−５’−トリホスフェート、８−アジドアデノシン−５’−トリホスフェート、ベンズイミダゾール−リボシド−５’−トリホスフェート、Ｎ１−メチルアデノシン−５’−トリホスフェート、Ｎ１−メチルグアノシン−５’−トリホスフェート、Ｎ６−メチルアデノシン−５’−トリホスフェート、Ｏ６−メチルグアノシン−５’−トリホスフェート、プソイドウリジン−５’−トリホスフェート、又はピューロマイシン−５’−トリホスフェート、キサントシン−５’−トリホスフェート。５−メチルシチジン−５’−トリホスフェート、７−デアザグアノシン−５’−トリホスフェート、５−ブロモシチジン−５’−トリホスフェート、及びプソイドウリジン−５’−トリホスフェートからなる塩基修飾ヌクレオチドの群から選択される塩基修飾のためのヌクレオチドが特に好ましい。
更なる実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、脂質修飾を含有していてよい。かかる脂質修飾核酸は、典型的に、本明細書に定義する核酸を含む。本明細書に定義する本発明の核酸配列のかかる脂質修飾核酸分子は、典型的に、前記核酸分子と共有結合している少なくとも１つのリンカーと、それぞれの前記リンカーと共有結合している少なくとも１つの脂質とを更に含む。或いは、前記脂質修飾核酸分子は、本明細書に定義する少なくとも１つの核酸分子と、前記核酸分子と（リンカーなしで）共有結合している少なくとも１つの（二官能性）脂質とを含む。第３の選択肢によれば、前記脂質修飾核酸分子は、本明細書に定義する核酸分子と、前記核酸分子と共有結合している少なくとも１つのリンカーと、それぞれの前記リンカーと共有結合している少なくとも１つの脂質と、前記核酸分子と（リンカーなしで）共有結合している少なくとも１つの（二官能性）脂質とを含む。これに関連して、脂質修飾は、直鎖状の本発明の核酸配列の末端に存在することが特に好ましい。
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、特に（ｍ）ＲＮＡとして提供される場合、所謂「５’ＣＡＰ」構造の付加によってＲＮａｓｅ分解に対して安定化させることができる。
本発明の第１の態様の更に好ましい実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、少なくとも１０個のシチジン、好ましくは少なくとも２０個のシチジン、より好ましくは少なくとも３０個のシチジンの配列（所謂、「ポリ（Ｃ）配列」によって修飾してよい。好ましくは、本発明の核酸配列は、典型的に約１０個〜約２００個のシチジンヌクレオチド、好ましくは約１０個〜約１００個のシチジンヌクレオチド、より好ましくは約１０個〜約７０個のシチジンヌクレオチド、又は更により好ましくは約２０個〜約５０個、又は更には２０個〜３０個のシチジンヌクレオチドのポリ（Ｃ）配列を含有していてもよく、コードしていてもよい。前記ポリ（Ｃ）配列は、好ましくは、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸に含まれるコード領域の３’に位置する。
本発明の特に好ましい実施形態では、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域のＧ／Ｃ含量を、その特定の野生型コード領域、即ち、非修飾コード領域のＧ／Ｃ含量に比べて変化させる、好ましくは増加させる。コード領域にコードされているアミノ酸配列は、好ましくは、特定の野生型コード領域にコードされているアミノ酸配列に比べて変化しない。
本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域のＧ／Ｃ含量の変更は、翻訳される任意のｍＲＮＡ領域の配列が、そのｍＲＮＡの効率的な翻訳にとって重要であるという事実に基づいている。したがって、様々なヌクレオチドの組成及び配列が重要である。具体的には、Ｇ（グアノシン）／Ｃ（シトシン）含量の多いｍＲＮＡ配列は、Ａ（アデノシン）／Ｕ（ウラシル）含量の多いｍＲＮＡ配列よりも安定である。本発明によれば、含まれるＧ／Ｃヌクレオチドの量が増加するように、翻訳されるアミノ酸配列を保持しながら、その野生型コード領域に対してコード領域のコドンを変化させる。幾つかのコドンが１つの同じアミノ酸をコードしている（所謂、遺伝コードの縮重）という事実に関連して、安定性のために最も好ましいコドンを決定することができる（所謂、代替コドンの利用）。
本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域によってコードされているアミノ酸によっては、その野生型コード領域に対して、核酸配列、例えばコード領域を様々に改変できる可能性がある。Ｇ又はＣヌクレオチドのみを含有するコドンによってコードされているアミノ酸の場合、コドンを改変する必要はない。したがって、Ｐｒｏ（ＣＣＣ又はＣＣＧ）、Ａｒｇ（ＣＧＣ又はＣＧＧ）、Ａｌａ（ＧＣＣ又はＧＣＧ）、及びＧｌｙ（ＧＧＣ又はＧＧＧ）のコドンは、ＡもＵも存在しないので、改変する必要がない。
対照的に、Ａ及び／又はＵヌクレオチドを含有するコドンは、同じアミノ酸をコードしているがＡ及び／又はＵを含有していない他のコドンで置換することによって改変してよい。その例は、以下の通りである：
Ｐｒｏのコドンは、ＣＣＵ又はＣＣＡからＣＣＣ又はＣＣＧに改変してよい；
Ａｒｇのコドンは、ＣＧＵ又はＣＧＡ又はＡＧＡ又はＡＧＧからＣＧＣ又はＣＧＧに改変してよい；
Ａｌａのコドンは、ＧＣＵ又はＧＣＡからＧＣＣ又はＧＣＧに改変してよい；
Ｇｌｙのコドンは、ＧＧＵ又はＧＧＡからＧＧＣ又はＧＧＧに改変してよい。
他の場合、Ａ又はＵヌクレオチドをコドンからなくすことはできないが、Ａ及び／又はＵヌクレオチドの含量が低いコドンを使用することによってＡ及びＵ含量を減少させることができる。その例は、以下の通りである：
Ｐｈｅのコドンは、ＵＵＵからＵＵＣに改変してよい；
Ｌｅｕのコドンは、ＵＵＡ、ＵＵＧ、ＣＵＵ又はＣＵＡからＣＵＣ又はＣＵＧに改変してよい；
Ｓｅｒのコドンは、ＵＣＵ又はＵＣＡ又はＡＧＵからＵＣＣ、ＵＣＧ又はＡＧＣに改変してよい；
Ｔｙｒのコドンは、ＵＡＵからＵＡＣに改変してよい；
Ｃｙｓのコドンは、ＵＧＵからＵＧＣに改変してよい；
Ｈｉｓのコドンは、ＣＡＵからＣＡＣに改変してよい；
Ｇｌｎのコドンは、ＣＡＡからＣＡＧに改変してよい；
Ｉｌｅのコドンは、ＡＵＵ又はＡＵＡからＡＵＣに改変してよい；
Ｔｈｒのコドンは、ＡＣＵ又はＡＣＡからＡＣＣ又はＡＣＧに改変してよい；
Ａｓｎのコドンは、ＡＡＵからＡＡＣに改変してよい；
Ｌｙｓのコドンは、ＡＡＡからＡＡＧに改変してよい；
Ｖａｌのコドンは、ＧＵＵ又はＧＵＡからＧＵＣ又はＧＵＧに改変してよい；
Ａｓｐのコドンは、ＧＡＵからＧＡＣに改変してよい；
Ｇｌｕのコドンは、ＧＡＡからＧＡＧに改変してよい；
終止コドンＵＡＡは、ＵＡＧ又はＵＧＡに改変してよい。
他方、Ｍｅｔ（ＡＵＧ）及びＴｒｐ（ＵＧＧ）のコドンの場合、配列を改変することはできない。
上記置換は、その特定の野生型コード領域（即ち、オリジナル配列）に比べて、本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域のＧ／Ｃ含量を増加させるために個々に又は全ての可能な組み合わせで用いることができる。したがって、例えば、野生型配列に存在するＴｈｒの全てのコドンをＡＣＣ（又はＡＣＧ）に改変してもよい。
上記では、ｍＲＮＡ中に存在しているコドンを示す。したがって、ｍＲＮＡ中に存在するウリジンは、特定のｍＲＮＡをコードしているそれぞれのＤＮＡにおいてチミジンとして存在し得る。
本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域のＧ／Ｃ含量は、野生型コード領域のＧ／Ｃ含量に比べて、好ましくは少なくとも７％、より好ましくは少なくとも１５％、特に好ましくは少なくとも２０％増加させる。特定の実施形態によれば、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域における置換可能なコドンのうちの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも８０％、最も好ましくは少なくとも９０％、９５％、又は更には１００％を置換して、前記コード領域のＧ／Ｃ含量を増加させる。
これに関連して、本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域のＧ／Ｃ含量を、野生型コード領域に比べて最大まで（即ち、置換可能なコドンの１００％）増加させることが特に好ましい。
本発明によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域の更に好ましい改変は、細胞内のｔＲＮＡの異なる発生頻度によっても翻訳効率が決定されるという知見に基づく。したがって、本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域に所謂「レアコドン」が存在している場合、前記レアコドンに対応する改変核酸配列は、比較的「高頻度の」ｔＲＮＡをコードしているコドンが存在する場合よりも、翻訳される程度が著しく低くなる確率が高い。
これに関連して、本発明の核酸配列のコード領域は、好ましくは、細胞内で比較的レアなｔＲＮＡをコードしている野生型配列のうちの少なくとも１つのコドンが、細胞内で比較的高頻度で存在するｔＲＮＡをコードしており且つ前記比較的レアなｔＲＮＡと同じアミノ酸を運搬するコドンと交換されるように、対応する野生型コード領域に対して改変される。この改変により、本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域は、高頻度で存在するｔＲＮＡを利用可能なコドンが挿入されるように改変される。言い換えれば、本発明によれば、この改変により、細胞内で比較的レアなｔＲＮＡをコードしている野生型コード領域の全てのコドンを、細胞内で比較的高頻度で存在し且つそれぞれの場合において前記比較的レアなｔＲＮＡと同じアミノ酸を運搬するコドンと交換してよい。
どのｔＲＮＡが細胞内で比較的高頻度で存在するか、及び対照的にどのｔＲＮＡが比較的低頻度で存在するかは、当業者に公知である。例えば、Ａｋａｓｈｉ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．２００１，１１（６）：６６０−６６６を参照されたい。特定のアミノ酸について最も高頻度で存在するｔＲＮＡを用いるコドン、例えば、（ヒト）細胞内で最も高頻度で存在するｔＲＮＡを用いるＧｌｙコドンが特に好ましい。
本発明によれば、核酸配列のコード領域によってコードされているペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列を改変することなしに、本明細書に定義する本発明の核酸配列のコード領域において配列のＧ／Ｃ含量を（特に、最大限）増加させることと、「高頻度の」コドンとを組み合わせることが特に好ましい。この好ましい実施形態により、特に効率的に翻訳され且つ安定化（改変）されている本明細書に定義する本発明の核酸配列を提供することができる。
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態によれば、本明細書に定義する本発明の核酸配列は、好ましくは、少なくとも１つの５’及び／又は３’安定化配列を更に有する。５’及び／又は３’非翻訳領域におけるこれら安定化配列は、核酸、特にサイトゾルにおけるｍＲＮＡの半減期を延長する効果を有する。これら安定化配列は、ウイルス、細菌、及び原核生物に存在する天然配列と１００％の配列同一性を有していてもよいが、部分的に又は完全に合成してもよい。例えば、安定化核酸のために本発明で用いることができる安定化配列の例として、ヒト又はアフリカツメガエル由来の（アルファ）グロビン遺伝子の非翻訳配列（ＵＴＲ）を挙げることができる。安定化配列の別の例は、一般式（Ｃ／Ｕ）ＣＣＡＮｘＣＣＣ（Ｕ／Ａ）ＰｙｘＵＣ（Ｃ／Ｕ）ＣＣ（配列番号５５）を有する配列であり、これは、（アルファ）グロビン、（Ｉ）型コラーゲン、１５−リポキシゲナーゼ、又はチロシンヒドロキシラーゼをコードしている非常に安定なＲＮＡの３’−ＵＴＲに含まれている（Ｈｏｌｃｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １９９７，９４：２４１０−２４１４を参照）。かかる安定化配列は、無論、個々に又は互いに組み合わせて用いてよく、また、当業者に公知の他の安定化配列と組み合わせて用いてもよい。これに関連して、アルファグロビン遺伝子の３’ＵＴＲ配列は、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列に含まれる病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域の３’に位置することが特に好ましい。
塩基の置換、付加、又は除去は、好ましくは、周知の部位特異的突然変異誘発の技術によって核酸配列を調製するためのＤＮＡマトリクスを用いて又はオリゴヌクレオチドライゲーションストラテジを用いて、本明細書に定義する本発明の核酸配列を用いて行われる（例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，２００１を参照）。上記改変はいずれも、本発明において用いるとき、本明細書に定義する本発明の核酸配列、更には任意の核酸に適用することができ、好ましい又は必要な場合、これら改変の組み合わせがそれぞれの核酸において互いに干渉しない限り、任意の組み合わせで互いに組み合わせてよい。当業者は、適宜選択を行うことができる。
本明細書に定義する本発明に従って用いられる核酸配列は、例えば、固相合成等の合成方法に加えて、インビトロ転写反応等のインビトロ方法、又は細菌におけるＤＮＡプラスミドのインビボ増殖等のインビボ反応を含む当技術分野において公知の任意の方法を用いて調製することができる。
本明細書に定義する本発明の核酸配列を調製するためのかかるプロセスでは、特に核酸がｍＲＮＡの形態である場合、対応するＤＮＡ分子をインビトロで転写させてよい。このＤＮＡマトリクスは、好ましくは、インビトロ転写用に例えばＴ７又はＳＰ６プロモーター等の好適なプロモーターを含み、この後に、調製される核酸分子（例えば、ｍＲＮＡ）の所望のヌクレオチド配列、及びインビトロ転写のための終止シグナルが続く。少なくとも１つの対象ＲＮＡのマトリクスを形成するＤＮＡ分子は、発酵増殖させ、次いで細菌内で複製され得るプラスミドの一部として単離することによって調製することができる。本発明にとって好適であり得るプラスミドは、例えば、プラスミドｐＴ７Ｔ（Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ２６４０４；Ｌａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １９９５，１２１：２３４９−２３６０）、ｐＧＥＭ（登録商標）シリーズ、例えば、ｐＧＥＭ（登録商標）−１（Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｘ６５３００；Ｐｒｏｍｅｇａ製）、及びｐＳＰ６４（Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｘ６５３２７）である。Ｇｒｉｆｆｉｎ ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ（ｅｄ．），ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，ＦＬ，２００１のＭｅｚｅｉ ａｎｄ Ｓｔｏｒｔｓ，Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＰＣＲ Ｐｒｏｄｕｃｔｓも参照。
本明細書に定義する本発明の核酸配列に加えて、この核酸配列によってコードされているタンパク質又はペプチドは、これら配列の断片又は変異体を含んでいてよい。かかる断片又は変異体は、典型的に、核酸レベル又はアミノ酸レベルで、全野生型配列に対して、上記核酸のうちの１つ、或いは本発明の核酸配列によってコードされている場合、タンパク質又はペプチド又は配列のうちの１つと、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、又は更には９７％、９８％若しくは９９％の配列同一性を有する配列を含んでいてよい。
（例えば、本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされているとき）本発明におけるタンパク質又はペプチドの「断片」は、本明細書に定義するタンパク質又はペプチドの配列を含んでいてよく、前記配列は、そのアミノ酸配列に関して（又はコードしている核酸分子に関して）、オリジナル（ネイティブ）タンパク質のアミノ酸配列（又はコードしている核酸分子）に比べてＮ末端、Ｃ末端、及び／又は配列内が切断／短縮されている。したがって、かかる切断は、アミノ酸レベルで、又は対応する核酸レベルで生じ得る。したがって、本明細書に定義する前記断片に関する配列同一性は、好ましくは、本明細書に定義する全タンパク質又はペプチド、或いはかかるタンパク質又はペプチドの全（コード）核酸分子を参照してよい。同様に、本発明における核酸の「断片」は、本明細書に定義する核酸の配列を含んでいてよく、前記配列は、その核酸分子に関して、オリジナル（ネイティブ）核酸分子の核酸分子に比べて５’、３’、及び／又は配列内が切断／短縮されている。したがって、本明細書に定義するかかる断片に関する配列同一性は、好ましくは、本明細書に定義する全核酸を参照してよく、好ましい配列同一性レベルは、本明細書に指定する通りである。断片は、完全長ネイティブペプチド又はタンパク質に比べて、同じ生物機能又は特異的活性（例えば、特異的抗原性）を有するか、或いは天然完全長タンパク質の活性の少なくとも５０％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも９０％（例えば、生物のＢ細胞応答の定量等の適切な機能アッセイで測定したとき）を少なくとも保持している。したがって、好ましい実施形態では、「断片」は、本明細書に記載する通り免疫系に対して抗原性を発揮する、完全長抗原タンパク質の一部である。
（例えば、本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされているとき）本明細書におけるタンパク質又はペプチドの断片は、約６アミノ酸長〜約２０アミノ酸長、又は更に長いアミノ酸長を有する本明細書に定義するタンパク質又はペプチドの配列を更に含んでいてもよく、前記配列は、例えば、好ましくは約８アミノ酸長〜約１０アミノ酸長（例えば、８アミノ酸長、９アミノ酸長、又は１０アミノ酸長（或いは、更には６アミノ酸長、７アミノ酸長、１１アミノ酸長又は１２アミノ酸長））を有するＭＨＣクラスＩ分子によって処理及び提示される断片、或いは、好ましくは約１３以上のアミノ酸長（例えば、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、１９アミノ酸長、２０アミノ酸長、又は更にはそれ以上のアミノ酸長）を有するＭＨＣクラスＩＩ分子によって処理及び提示される断片であり、これら断片は、アミノ酸配列の任意の部分から選択してよい。これら断片は、典型的に、ペプチド断片及びＭＨＣ分子からなる複合体の形態のＴ細胞によって認識され、即ち、前記断片は、典型的に、ネイティブな形態では認識されない。本明細書に定義するタンパク質又はペプチドの断片は、これらタンパク質又はペプチドの少なくとも１つのエピトープを含んでいてよい。更に、細胞外ドメイン、細胞内ドメイン、又は膜貫通ドメイン等のタンパク質のドメイン、及びタンパク質の短縮型又は切頭型も、タンパク質の断片を含むと理解してよい。
また、（例えば、本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされているとき）本明細書に定義するタンパク質又はペプチドの断片は、これらタンパク質又はペプチドのエピトープを含んでいてよい。本発明においてＴ細胞エピトープ又はタンパク質の一部は、好ましくは、約６アミノ酸長〜約２０アミノ酸長、又は更に長いアミノ酸長を有する断片を更に含んでいてもよく、例えば、前記断片は、好ましくは約８アミノ酸長〜約１０アミノ酸長（例えば、８アミノ酸長、９アミノ酸長、又は１０アミノ酸長（或いは、更には１１アミノ酸長又は１２アミノ酸長））を有するＭＨＣクラスＩ分子によって処理及び提示される断片、或いは、好ましくは約１３以上のアミノ酸長（例えば、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、１９アミノ酸長、２０アミノ酸長、又は更にはそれ以上のアミノ酸長）を有するＭＨＣクラスＩＩ分子によって処理及び提示される断片であり、これら断片は、アミノ酸配列の任意の部分から選択してよい。これら断片は、典型的に、ペプチド断片及びＭＨＣ分子からなる複合体の形態のＴ細胞によって認識され、即ち、前記断片は、典型的に、ネイティブな形態では認識されない。
Ｂ細胞エピトープは、典型的に、好ましくは５アミノ酸〜１５アミノ酸、より好ましくは５アミノ酸〜１２アミノ酸、更により好ましくは６アミノ酸〜９アミノ酸を有する本明細書に定義する（ネイティブ）タンパク質又はペプチド抗原の外表面に位置する断片であり、これは、即ちそのネイティブな形態の抗体によって認識され得る。
タンパク質又はペプチドのかかるエピトープは、更に、かかるタンパク質又はペプチドの本明細書で言及する変異体のいずれかから選択してよい。これに関連して、抗原決定基は、本明細書に定義するタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列において不連続であるが、三次元構造では近接する本明細書に定義するタンパク質又はペプチドのセグメントで構成される高次構造的エピトープ又は不連続エピトープであってもよく、単一ポリペプチド鎖で構成される連続エピトープ又は線状エピトープであってもよい。
本発明において定義されるタンパク質又はペプチドの「変異体」は、本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされ得る。それによって、１以上のアミノ酸の置換、挿入、及び／又は欠失等、１以上（２、３、４、５、６、７、又はそれ以上）の突然変異によってオリジナル配列とは異なるアミノ酸配列を有するタンパク質又はペプチドが生成され得る。完全長タンパク質配列における「変異体」の好ましい配列同一性レベルは、典型的に、本明細書で指定する通りである。好ましくは、これら断片及び／又は変異体は、完全長ネイティブペプチド又はタンパク質に比べて、同じ生物機能又は特異的活性（例えば、特異的抗原性）を有するか、或いは天然完全長タンパク質の活性の少なくとも５０％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも９０％（例えば、生物のＢ細胞応答の定量等の適切な機能アッセイで測定したとき）を少なくとも保持している。したがって、好ましい実施形態では、「変異体」は、完全長抗原タンパク質の変異体であり、本明細書に記載する程度に免疫系に対して抗原性を発揮する。
（例えば、本明細書に定義する核酸によってコードされているとき）本発明において定義されるタンパク質又はペプチドの「変異体」は、ネイティブな、即ち、突然変異していない生理学的な配列に比べて、保存的アミノ酸置換を含んでいてよい。特に、これらアミノ酸配列に加えて、それをコードしているヌクレオチド配列も、本明細書に定義する変異体という用語に含まれる。同じ分類に由来するアミノ酸が交換されている置換を保存的置換と呼ぶ。具体的には、脂肪族側鎖、正又は負に帯電している側鎖、側鎖又はアミノ酸における芳香族基、水素結合し得る側鎖、例えば、ヒドロキシル官能基を有する側鎖を有するアミノ酸がある。前記保存的置換とは、例えば、極性側鎖を有するアミノ酸が同様に極性側鎖を有する別のアミノ酸によって置換されたり、例えば、疎水性側鎖を特徴とするアミノ酸が同様に疎水性側鎖を有する別のアミノ酸によって置換されたりする（例えば、セリン（スレオニン）がスレオニン（セリン）によって、又はロイシン（イソロイシン）がイソロイシン（ロイシン）によって置換される）ことを意味する。特に、三次元構造を変化させない又は結合領域に影響を及ぼさない配列位置においては、挿入及び置換が可能である。挿入又は欠失による三次元構造の変化は、例えば、ＣＤスペクトル（円二色性スペクトル）を用いて容易に決定することができる（Ｍｏｄｅｒｎ Ｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（ｅｄ．），Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，ＡｍｓｔｅｒｄａｍにおけるＵｒｒｙ，１９８５，Ａｂｓｏｒｐｔｉｏｎ，Ｃｉｒｃｕｌａｒ Ｄｉｃｈｒｏｉｓｍ ａｎｄ ＯＲＤ ｏｆ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｓ）。
更に、本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされ得る本明細書に定義するタンパク質又はペプチドの変異体は、核酸のヌクレオチドが、前記タンパク質又はペプチドのそれぞれのアミノ酸配列を変化させることなしに遺伝コードの縮重に従って交換されている配列を含んでいてもよく、即ち、前記アミノ酸配列又はその少なくとも一部は、上記意味においては、１以上の突然変異を含んでいてもオリジナル配列とは異なっていない場合もある。
２つの配列、例えば、本明細書に定義する核酸配列又はアミノ酸配列、好ましくは本明細書に定義する本発明の核酸配列によってコードされているアミノ酸配列又はアミノ酸配列自体が同一である割合を求めるために、後で互いに比較するために配列をアラインメントしてよい。これによって、例えば、第１の配列のある位置を第２の配列の対応する位置と比較することができる。第１の配列のある位置が第２の配列の対応する位置と同じ成分によって占有されている場合、２つの配列は、その位置において同一である。これが当てはまらない場合、前記配列は、その位置において異なっている。第１の配列と比べて第２の配列に挿入が行われている場合、第１の配列にギャップを挿入して更にアラインメントしてよい。第１の配列に比べて第２の配列が欠失している場合、第２の配列にギャップを挿入して更にアラインメントしてよい。次いで、２つの配列が同一である割合は、同一である位置の数を１つの配列においてのみ占有されている位置を含む位置の合計数で除した数の関数である。２つの配列が同一である割合は、数学的アルゴリズムを用いて求めることができる。用いることができる数学的アルゴリズムの好ましいが非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３），ＰＮＡＳ ＵＳＡ，９０：５８７３−５８７７又はＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７），Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２５：３３８９−３４０２のアルゴリズムである。かかるアルゴリズムは、ＢＬＡＳＴプログラムに統合されている。ある程度本発明の核酸と同一である配列を、このプログラムによって同定することができる。
本明細書に定義する本発明の核酸配列は、ペプチド又はタンパク質の誘導体をコードし得る。ペプチド又はタンパク質のかかる誘導体は、前記ペプチド又はタンパク質等の別の分子に由来する分子である。「誘導体」は、典型的に、天然のペプチド又はタンパク質の完全長配列と、例えばＮ末端又はＣ末端に更なる配列特徴とを含有し、前記配列特徴は、天然の完全長ペプチド／タンパク質に対して更なる機能を発揮し得る。また、かかる誘導体は、（適切な機能アッセイで測定したとき）、天然の完全長タンパク質と同じ生物機能又は特異的活性（例えば、特異的抗原性）を有するか、或いは天然の完全長タンパク質の活性の少なくとも５０％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも９０％を少なくとも保持している。したがって、「誘導体」は、例えば、本発明で用いられるペプチド又はタンパク質を含む（キメラ）融合タンパク質／ペプチド、或いは２以上の生物機能を融合ペプチド／タンパク質に付与する別のペプチド／タンパク質と融合している天然の完全長タンパク質（又はその変異体若しくは断片）も含む。例えば、融合は、標識、例えば、ＦＬＡＧエピトープ又はＶ５エピトープ又はＨＡエピトープ等のエピトープを含む。例えば、エピトープは、ＦＬＡＧエピトープである。かかるタグは、例えば、融合タンパク質の精製に有用である。
これに関連して、タンパク質又はペプチドの「変異体」は、前記タンパク質又はペプチドの１０個、２０個、３０個、５０個、７５個、又は１００個のアミノ酸伸長に亘って少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％のアミノ酸同一性を有し得る。同様に、核酸配列の「変異体」、特に「断片」は、前記核酸配列の１０個、２０個、３０個、５０個、７５個、又は１００個のヌクレオチド伸長に亘って少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％のヌクレオチド同一性を有し得るが、典型的には、自然界に存在する完全長配列を参照する。「断片」の場合、典型的に、最高レベルの配列同一性を示す（断片と同じ長さを表す）完全長タンパク質の部分における（断片の）長さに亘って、断片についての配列同一性が決定される。
本発明の第１の態様の更に好ましい実施形態では、本発明の核酸配列のトランスフェクション効率及び／又は免疫刺激性を上昇させるために、本発明の核酸配列をビヒクル、トランスフェクション剤、又は複合体化剤と結合させる。これに関連してトランスフェクション効率を上昇させるのに好適な特に好ましい剤は、カチオン性又はポリカチオン性の化合物であり、例えば、プロタミン、ヌクレオリン、スペルミン若しくはスペルミジン、又は他のカチオン性のペプチド又はタンパク質（例えば、ポリ−Ｌ−リシン（ＰＬＬ）、ポリアルギニン、塩基性ポリペプチド、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）（ＨＩＶ結合ペプチド、ＨＩＶ−１ Ｔａｔ（ＨＩＶ）、Ｔａｔ由来ペプチド、ペネトラチン、ＶＰ２２由来ペプチド又はアナログペプチドを含む）、ＨＳＶ ＶＰ２２（単純ヘルペス）、ＭＡＰ、ＫＡＬＡ、又はタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）、ＰｐＴ６２０、プロリンリッチペプチド、アルギニンリッチペプチド、リシンリッチペプチド、ＭＰＧ−ペプチド、Ｐｅｐ−１、Ｌ−オリゴマー、カルシトニンペプチド、アンテナペディア由来ペプチド（特にショウジョウバエのアンテナペディア由来）、ｐＡｎｔｐ、ｐＩｓｌ、ＦＧＦ、ラクトフェリン、トランスポータン、ブフォリン−２、Ｂａｃ７１５−２４、ＳｙｎＢ、ＳｙｎＢ（１）、ｐＶＥＣ、ｈＣＴ由来ペプチド、ＳＡＰ、又はヒストン）が挙げられる。更に、好ましいカチオン性又はポリカチオン性のタンパク質又はペプチドは、以下の式を有するタンパク質又はペプチドから選択してよい：（Ａｒｇ）ｌ；（Ｌｙｓ）ｍ；（Ｈｉｓ）ｎ；（Ｏｒｎ）ｏ；（Ｘａａ）ｘ（式中、ｌ＋ｍ＋ｎ＋ｏ＋ｘ＝８〜１５であり、ｌ、ｍ、ｎ、又はｏは、互いに独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５から選択される任意の数であってよいが、但しＡｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ及びＯｒｎの総含量は、オリゴペプチドの全アミノ酸の少なくとも５０％であり；Ｘａａは、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ又はＯｒｎを除くネイティブ（＝自然界に存在する）又は非ネイティブなアミノ酸から選択される任意のアミノ酸であってよく；ｘは、０、１、２、３又は４から選択される任意の数であってよいが、但し、Ｘａａの総含量は、オリゴペプチドの全アミノ酸の５０％を超えない）。これに関連して、特に好ましいカチオン性ペプチドは、例えば、Ａｒｇ７、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、Ｈ３Ｒ９、Ｒ９Ｈ３、Ｈ３Ｒ９Ｈ３、ＹＳＳＲ９ＳＳＹ、（ＲＫＨ）４、Ｙ（ＲＫＨ）２Ｒ等である。トランスフェクション剤として用いることができる更に好ましいカチオン性又はポリカチオン性の化合物は、カチオン性多糖類（例えば、キトサン）、ポリブレン、カチオン性ポリマー（例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ））、カチオン性脂質（例えば、ＤＯＴＭＡ：［１−（２，３−シオレイルオキシ）プロピル）］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド、ＤＭＲＩＥ、ジ−Ｃ１４−アミジン、ＤＯＴＩＭ、ＳＡＩＮＴ、ＤＣ−Ｃｈｏｌ、ＢＧＴＣ，ＣＴＡＰ、ＤＯＰＣ、ＤＯＤＡＰ、ＤＯＰＥ：ジオレイルホスファチジルエタノールアミン、ＤＯＳＰＡ、ＤＯＤＡＢ、ＤＯＩＣ、ＤＭＥＰＣ、ＤＯＧＳ：ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン、ＤＩＭＲＩ：ジミリスト−オキシプロピルジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド、ＤＯＴＡＰ：ジオレオイルオキシ−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン、ＤＣ−６−１４：Ｏ，Ｏ−ジテトラデカノイル−Ｎ−（α−トリメチルアンモニオアセチル）ジエタノールアミンクロリド、ＣＬＩＰ１：ｒａｃ−［（２，３−ジオクタデシルオキシプロピル）（２−ヒドロキシエチル）］−ジメチルアンモニウムクロリド、ＣＬＩＰ６：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピル−オキシメチルオキシ）エチル］トリメチルアンモニウム、ＣＬＩＰ９：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピル−オキシスクシニルオキシ）エチル］−トリメチルアンモニウム、オリゴフェクタミン）、又はカチオン性若しくはポリカチオン性のポリマー（例えば、β−アミノ酸ポリマー又は逆ポリアミド等の修飾ポリアミノ酸；ＰＶＰ（ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド））等の修飾ポリエチレン；ｐＤＭＡＥＭＡ（ポリ（ジメチルアミノエチルメチルメタクリレート））等の修飾アクリレート；ｐＡＭＡＭ（ポリ（アミドアミン））等の修飾アミドアミン；ジアミン末端修飾１，４ブタンジオールジアクリレート−ｃｏ−５−アミノ−１−ペンタノールポリマー等の修飾ポリベータアミノエステル（ＰＢＡＥ）；ポリプロピルアミンデンドリマー又はｐＡＭＡＭ系デンドリマー等のデンドリマー；ＰＥＩ：ポリ（エチレンイミン）、ポリ（プロピレンイミン）等のポリイミン；ポリアリルアミン；シクロデキストリン系ポリマー、デキストラン系ポリマー、キトサン等の糖骨格系ポリマー；ＰＭＯＸＡ−ＰＤＭＳコポリマー等のシラン骨格系ポリマー）、１以上のカチオン性ブロック（例えば、上述のカチオン性ポリマーから選択される）と１以上の親水性又は疎水性のブロックとの組み合わせからなるブロックポリマー（例えば、ポリエチレングリコール）等を含んでいてよい。
これに関連して、本発明の核酸は、カチオン性又はポリカチオン性の化合物、好ましくはカチオン性のタンパク質又はペプチドと少なくとも部分的に複合体化することが特に好ましい。部分的にとは、本発明の核酸配列の一部のみがカチオン性又はポリカチオン性の化合物と複合体化し、本発明の核酸配列の残りは、複合体化していない（「遊離」）形態であることを意味する。好ましくは、複合体化核酸の遊離核酸に対する比は、約５：１（ｗ／ｗ）〜約１：１０（ｗ／ｗ）、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：８（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：５（ｗ／ｗ）又は１：３（ｗ／ｗ）の範囲から選択され、最も好ましくは、複合体化核酸の遊離核酸に対する比は、約１：１（ｗ／ｗ）の比から選択される。
本発明の核酸配列は、ネイキッド形態で提供されるか、或いは例えばあらゆる化学構造のポリカチオン性化合物によって、好ましくは、ポリカチオン性（ポリ）ペプチド又は合成ポリカチオン性化合物によって複合体化している形態で提供されることが好ましい。好ましくは、前記核酸配列は、パッケージング細胞と一緒には提供されない。
更なる態様では、本発明は、複数の、即ち１超、好ましくは２〜１０、より好ましくは２〜５、最も好ましくは２〜４の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。本発明の組成物は、好ましくは様々な病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含む様々なペプチド又はタンパク質をコードしていることが好ましい１超の本発明の核酸配列を含む。
更なる態様によれば、本発明は、例えば、ａ）本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を提供する工程と、ｂ）本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を、発現系、例えば、無細胞発現系、細胞（例えば、発現ホスト細胞又は体細胞）、組織、又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。前記方法は、実験、研究、診断、ペプチド若しくはタンパク質の市販製品、及び／又は治療目的のために応用することができる。これに関連して、典型的に、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物は、調製された後、典型的には、例えば、ネイキッド形態又は複合体化形態で、或いは本明細書に記載する医薬組成物又はワクチンとして、好ましくはトランスフェクションを介して、又は本明細書に記載する投与方法のいずれかを用いることによって、無細胞発現系、細胞（例えば、発現ホスト細胞又は体細胞）、組織、又は生物に適用又は投与される。前記方法は、インビトロ、インビボ、又はエキソビボで実施してよい。前記方法は、更に、好ましくは本明細書に定義する通り、特に感染性疾患の治療において、特定の疾患の治療に使用してよい。
これに関連して、インビトロとは、生物外の培養物において、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を細胞にトランスフェクション又はトランスダクションすることと本明細書では定義される。インビボとは、生物又は個体全体に対して本発明の核酸又は本発明の組成物を適用することにより、本発明の核酸配列又は複数の本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を細胞にトランスフェクション又はトランスダクションすることと本明細書では定義される。エキソビボとは、生物又は個体外において、本発明の核酸配列又は複数の本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を細胞にトランスフェクション又はトランスダクションし、次いで、トランスフェクションされた細胞を前記生物又は個体に適用することと本明細書では定義される。
同様に、別の態様によれば、本発明は、また、例えば、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を、例えば、無細胞発現系、細胞（例えば、発現ホスト細胞又は体細胞）、組織、又は生物に適用又は投与することによる、好ましくは、診断目的又は治療目的のため、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させるための、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物の使用を提供する。前記使用は、実験、研究、診断、ペプチド若しくはタンパク質の市販製品、及び／又は治療目的のために応用することができる。これに関連して、典型的に、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物は、調製された後、典型的には、例えば、ネイキッド形態又は複合体化形態で、或いは本明細書に記載する医薬組成物又はワクチンとして、好ましくはトランスフェクションを介して、又は本明細書に記載する投与方法のいずれかを用いることによって、無細胞発現系、細胞（例えば、発現ホスト細胞又は体細胞）、組織、又は生物に適用又は投与される。前記使用は、インビトロ、インビボ、又はエキソビボで実施してよい。前記使用は、更に、好ましくは本明細書に定義する通り、特に感染性疾患の治療において、特定の疾患の治療に使用してよい。
更に別の態様では、本発明は、また、本発明の第１の態様に係る本発明の核酸配列、又は発現ベクター、又はプラスミドを含む本発明の発現系に関する。これに関連して、前記発現系は、ペプチド又はタンパク質（例えば、植物又はウシ等の動物）の発現に用いられる無細胞発現系（例えば、インビトロ転写／翻訳系）、細胞発現系（例えば、ＣＨＯ細胞等の哺乳類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、大腸菌等の細菌細胞）、又は生物であってよい。
更に、別の態様によれば、本発明は、また、好ましくはネイキッド形態又は複合体化形態で、或いは本明細書に記載する医薬組成物又はワクチンとして、より好ましくは本明細書に記載する投与方法のいずれかを用いて、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を細胞（例えば、発現ホスト細胞又は体細胞）、組織、又は生物に適用又は投与することによる、好ましくは本明細書に定義する通り（例えば、感染性疾患を治療するために）コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる医薬組成物を調製するための、本明細書に定義する本発明の核酸配列又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列（これは、典型的に１個超、２個超、３個超、４個超、５個超、６個超、又は１０個超の核酸、例えば、２個〜１０個、好ましくは２個〜５個の核酸を意味する）を含む本発明の組成物の使用に関する。
したがって、特に好ましい態様では、本発明は、また、本明細書に定義する本発明の核酸又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物と、任意で薬学的に許容できる担体及び／又はビヒクルとを含む医薬組成物を提供する。
第１の成分として、本発明の医薬組成物は、少なくとも１つの本明細書に定義する本発明の核酸を含む。
第２の成分として、本発明の医薬組成物は、任意で、少なくとも１つの更なる医薬活性成分を含んでよい。これに関連して医薬活性成分とは、本明細書で言及する特定の適応症又は疾患、好ましくは感染性疾患を治癒させる、寛解させる、又は予防する治療効果を有する化合物である。前記化合物としては、限定するものではないが、（好ましくは本明細書に定義する）ペプチド又はタンパク質、（好ましくは本明細書に定義する）核酸、（治療的に活性のある）低分子量の有機化合物又は無機化合物（分子量：５，０００未満、好ましくは１，０００未満）、糖類、（好ましくは本明細書に定義する）抗原又は抗体、関連技術において既に知られている治療剤、抗原細胞、抗原細胞断片、細胞画分、細胞壁成分（例えば、多糖類）、（例えば、化学的に又は放射線照射により）改変、弱毒化、又は不活化された病原体（ウイルス、細菌等）、（好ましくは本明細書に定義する）アジュバント等が挙げられる。
更に、本発明の医薬組成物は、薬学的に許容できる担体及び／又はビヒクルを含んでいてよい。本発明では、前記薬学的に許容できる担体は、典型的に、本発明の医薬組成物の液体又は非液体の基剤を含む。本発明の医薬組成物が液体形態で提供される場合、前記担体は、典型的に、パイロジェンフリー水；等張生理食塩水又は緩衝（水）溶液、例えば、リン酸、クエン酸等の緩衝溶液である。注射用バッファは、特定のレファレンス媒体に対して高張、等張、又は低張であってよい。即ち、前記バッファは、特定のレファレンス媒体に対してより高い、同一の、又はより低い塩含量を有してよく、ここで、好ましくは、浸透圧又は他の濃度効果により細胞を損傷させない濃度の前述の塩を用いてよい。前記レファレンス媒体は、例えば、血液、リンパ液、サイトゾル液、又は他の体液等の「インビボ」法で用いられる液体、或いは一般的なバッファ若しくは液体等の「インビトロ」法でレファレンス媒体として用いることができる液体である。かかる一般的なバッファ又は液体は、当業者に公知である。乳酸リンゲル液が、液体基剤として特に好ましい。
しかし、本発明の医薬組成物のために、治療を受ける患者に投与するのに適している１以上の相溶性の固体又は液体の充填剤又は希釈剤、或いは封入化合物を同様に用いてもよい。用語「相溶性」とは、本明細書で使用するとき、典型的な使用条件下で本発明の医薬組成物の薬学的有効性を実質的に低減させる相互作用が生じないように、本発明医薬組成物のこれら成分と本明細書に定義する本発明の核酸とを混合できることを意味する。
特定の実施形態によれば、本発明の医薬組成物は、アジュバントを含んでいてよい。これに関連して、アジュバントとは、自然免疫系の免疫応答、即ち、非特異的免疫応答を開始又は増加させるのに好適な任意の化合物として理解され得る。言い換えれば、投与されたとき、本発明の医薬組成物は、任意で含有されているアジュバントにより自然免疫応答を誘発することが好ましい。好ましくは、かかるアジュバントは、当業者に公知であり且つ本件に好適である、即ち、哺乳類における自然免疫応答の誘導を支持するアジュバント、例えば、上に定義したアジュバントタンパク質又は以下に定義するアジュバントから選択してよい。
デポー剤及び送達に好適なアジュバントとして特に好ましいのは、ビヒクル、トランスフェクション剤、又は複合体化剤として本発明の核酸配列について上に定義したカチオン性又はポリカチオン性の化合物である。
本発明の医薬組成物は、必要に応じてその免疫原性又は免疫刺激能を増大させるために、１以上の補助物質を更に含有してよい。これによって、本明細書に定義する本発明の核酸配列と任意で本発明の医薬組成物に含有され得る補助物質との相乗作用が得られることが好ましい。これに関連して、補助物質の様々な種類に応じて様々な機序が検討され得る。例えば、樹状細胞（ＤＣ）を成熟させる化合物（例えば、リポ多糖類、ＴＮＦ−アルファ、又はＣＤ４０リガンド）は、好適な補助物質の第１のクラスを形成する。一般に、「危険シグナル」（ＬＰＳ、ＧＰ９６等）のように免疫系に影響を及ぼす任意の剤、或いは特異的に免疫応答を強化する及び／又は免疫応答に影響を及ぼすことができるＧＭ−ＣＦＳ等のサイトカインを補助物質として用いることができる。特に好ましい補助物質は、自然免疫応答を更に促進するモノカイン、リンホカイン、インターロイキン、又はケモカイン等のサイトカイン、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−１９、ＩＬ−２０、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３、ＩＬ−２４、ＩＬ−２５、ＩＬ−２６、ＩＬ−２７、ＩＬ−２８、ＩＬ−２９、ＩＬ−３０、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＩＬ−３３、ＩＦＮ−アルファ、ＩＦＮ−ベータ、ＩＦＮ−ガンマ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＬＴ−ベータ、又はＴＮＦ−アルファ、ｈＧＨ等の成長因子である。
本発明の医薬組成物に含まれ得る更なる添加剤は、例えば、Ｔｗｅｅｎ（登録商標）等の乳化剤；例えば、ラウリル硫酸ナトリウム等の湿潤剤；着色剤；風味付与剤；医薬担体；打錠剤；安定剤；酸化防止剤；保存剤である。
また、本発明の医薬組成物は、ヒトＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０に対する（リガンドとしての）結合親和性に起因して、又はマウスＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１１、ＴＬＲ１２若しくはＴＬＲ１３に対する（リガンドとしての）結合親和性に起因して免疫刺激性であることが知られている任意の更なる化合物を更に含有していてもよい。
本発明の医薬組成物は、経口的に、非経口的に、吸入スプレーによって、局所的に、直腸内に、経鼻的に、口腔内に、膣内に、又は埋め込まれたレザーバを介して投与してよい。本明細書で使用するとき、非経口という用語は、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑液包内、基質内、鞘内、肝臓内、病変内、頭蓋内、経皮、皮内、肺内、腹腔内、手根内、動脈内、及び舌下への注射又は注入技術を含む。
好ましくは、本発明の医薬組成物は、非経口注射によって投与してよく、より好ましくは、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑液包内、基質内、鞘内、肝臓内、病変内、頭蓋内、経皮、皮内、肺内、腹腔内、手根内、動脈内、及び舌下への注射又は注入技術を介して投与してよい。皮内及び筋肉内への注射が特に好ましい。本発明の医薬組成物の滅菌注射用形態は、水性又は油性の懸濁液であってよい。これら懸濁液は、好適な分散剤又は湿潤剤と懸濁化剤とを用いて当業者に公知の技術に従って製剤され得る。
また、本明細書に定義する本発明の医薬組成物は、カプセル剤、錠剤、水性懸濁剤、又は液剤が挙げられるがこれらに限定されない任意の経口的に許容できる剤形で経口投与してよい。
また、本発明の医薬組成物は、例えば、皮膚又は任意の他のアクセス可能な上皮組織の疾患を含む、局所塗布によって容易にアクセス可能な領域又は臓器が治療標的に含まれる場合は特に、局所投与してもよい。これら領域又は臓器のそれぞれについて、好適な局所製剤は容易に調製される。局所塗布については、本発明の医薬組成物を、１以上の担体に懸濁又は溶解している本明細書に定義する本発明の核酸を含有する好適な軟膏に製剤してよい。
本発明の医薬組成物は、典型的に、「安全且つ有効な量」の本発明の医薬組成物の成分、特に、本明細書に定義する本発明の核酸を含む。本明細書で使用するとき、「安全且つ有効な量」とは、本明細書に定義する疾患又は疾病の好ましい変化を著しく誘導するのに十分である本明細書に定義する本発明の核酸配列の量を意味する。しかし、同時に、「安全且つ有効な量」は、重篤な副作用を避け、且つ利益とリスクとの間の道理に適った関係を可能にするのに十分な程度少ない量である。これらの限度は、典型的に、道理に適った医学的判断の範囲内で決定される。
本発明の医薬組成物は、広く医薬組成物として又はワクチンとして、ヒトに、また獣医学的目的のために、好ましくはヒトの医学的目的のために用いてよい。
別の特に好ましい態様によれば、本発明の医薬組成物（又は本明細書に定義する本発明の核酸配列若しくは複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物）は、ワクチンとして提供又は使用してよい。典型的に、かかるワクチンは、医薬組成物について上に定義した通りである。更に、かかるワクチンは、典型的に、本明細書に定義する本発明の核酸配列、又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物を含有する。
また、本発明のワクチンは、本発明の医薬組成物について本明細書に定義した薬学的に許容できる担体、アジュバント、及び／又はビヒクルを含んでいてよい。特に本発明のワクチンに関連して、薬学的に許容できる担体の選択肢は、原則として、本発明のワクチンを投与する方法によって決定される。本発明のワクチンは、例えば、全身に又は局所に投与してよい。一般に、全身投与経路としては、例えば、経皮、経口、非経口経路（皮下、静脈内、筋肉内、関節内、皮内、及び腹腔内への注射、並びに／又は鼻内投与経路を含む）が挙げられる。一般に、局部投与経路としては、例えば、局所投与経路が挙げられ、皮内、経皮、皮下、若しくは筋肉内への注射、又は病変内、頭蓋内、肺内、手根内、及び舌下への注射も含まれる。より好ましくは、ワクチンは、経皮、皮下、又は筋肉内経路によって投与してよい。したがって、本発明のワクチンは、好ましくは、液体（又は時には固体）形態に製剤される。
本発明のワクチンは、必要に応じてその免疫原性又は免疫刺激能を増大させるために、１以上の補助物質を更に含有していてもよい。医薬組成物について上に定義した補助物質又は添加剤としてのアジュバントが特に好ましい。
本発明は、更に、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物の、本発明の医薬組成物の、本発明のワクチンの（これらは全て、本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む）、又はこれらを含むキットの幾つかの用途及び使用を提供する。
１つの特定の態様によれば、本発明は、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物の、特に感染性疾患の治療における医薬としての、好ましくはワクチンとしての第一医薬用途に関する。
別の態様によれば、本発明は、本明細書に定義する感染性疾患の治療のための、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物の第二医薬用途、好ましくは、本明細書に定義する感染性疾患を予防、治療、及び／又は寛解する医薬を調製するための、本明細書に定義する本発明の核酸配列の、複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物の、これらを含む医薬組成物若しくはワクチンの、又はこれらを含むキットの使用に関する。好ましくは、前記医薬組成物又はワクチンは、この目的のためにそれを必要としている患者に用いられるか又は投与される。
好ましくは、本明細書で言及する感染性疾患は、好ましくは、ウイルス、細菌、原生動物、及びプリオン感染性疾患から選択される。かかる感染性疾患は、典型的に、以下からなる群より選択される：アシネトバクター感染症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ病、炭疽、虫垂炎、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、水虫、バベシア症、セレウス菌感染症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性膣炎（ＢＶ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）属感染症、バランチジウム症、バイリスアスカリス（Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ）属感染症、ビルハルツ住血吸虫症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛症、ブラストシスチス・ホミニス感染症、バランチジウム症、ボリビア出血熱、ボレリア感染症（ボレリア症）、ボツリヌス症（及び乳児ボツリヌス症）、ウシ条虫、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（カンジダ病）、イヌ条虫感染症、ネコひっかき病、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア感染症、トラコーマクラミジア感染症、肺炎クラミジア感染症、コレラ、クロモブラストミコーシス、鼠径リンパ肉芽腫、肝ジストマ症、クロストリジウム・ディフィシル感染症、コクシジオイデス真菌症、風邪、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒）、尖圭コンジローム、結膜炎、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコックス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、皮膚リーシュマニア症、シクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、皮膚糸状菌症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、鼠径リンパ肉芽腫症、メジナ虫症、初夏髄膜脳炎（ＦＳＭＥ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、ぎょう虫症（ぎょう虫感染症）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、喉頭蓋炎、エプスタイン−バーウイルス感染性単核球症、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、第五病、フィラリア症、魚中毒（シグアテラ）、魚類条虫、流行性感冒、ウェルシュ菌による食中毒、キツネ条虫、自由生活アメーバ感染症、フゾバクテリウム感染症、ガス壊疽、ゲオトリクム症、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア鞭毛虫症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼡径部肉芽腫（ドノヴァン症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ピロリ菌感染症、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、ヘニパウイルス感染症、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、Ｉ型単純ヘルペス、ＩＩ型単純ヘルペス、帯状疱疹、ヒストプラスマ症、凹窩いぼ（Ｈｏｌｌｏｗ ｗａｒｔｓ）、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエーリキア・エウィンギイ症、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球エーリキア症、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、膜様条虫症、インフルエンザ、イソスポーラ症、日本脳炎、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー、ランブル鞭毛虫症（ジアルジア鞭毛虫症）、ラッサ熱、在郷軍人病（レジオネラ病、ポンティアック熱）、リーシュマニア症、らい病、レプトスピラ症、シラミ、リステリア症、ライムボレリア症、ライム病、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ病（ＭＨＦ）、マールブルグウイルス、麻疹、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、横川吸虫症、微胞子虫症、小条虫、流産（前立腺炎症）、伝染性軟属腫（ＭＣ）、単核細胞症、耳下腺炎、発疹熱（地方性発疹チフス）、足菌腫、マイコプラズマ・ホミニス、マイコプラスマ肺炎、ハエウジ病、おむつ皮膚炎、新生児結膜炎（新生児眼炎）、新生児敗血症（絨毛羊膜炎）、ノカルジア症、水癌、ノーウォークウイルス感染症、オンコセルカ症（河川盲目症）、骨髄炎、中耳炎、パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パラチフス、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ）、骨盤腹膜炎（ＰＩＤ）、百日咳、ファイファー腺熱、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ（小児跛行）、小児麻痺、ブタ条虫、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多病巣性白質脳障害、偽性クループ、オウム病、Ｑ熱、野兎熱、狂犬病、鼡咬熱、ライター症候群、ＲＳウイルス感染症（ＲＳＶ）、リノスポリジウム症、鼻炎ウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染症、風疹、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｕｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｕｓ）、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、猩紅熱 住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症）、ツツガムシ病、敗血症、シゲラ症（細菌性赤痢）、帯状ヘルペス、天然痘（痘瘡）、軟性下疳、スポロトリクス症、ブドウ球菌性食中毒、ブドウ球菌感染症、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風、三日熱、ダニ媒介脳炎、須毛白癬（床屋かゆみ症）、頭部白癬、体部白癬、股部白癬（いんきん）、手白癬、黒色輪癬、足部白癬（水虫）、爪白癬（爪真菌症）、黒なまず（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラスマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染症）、トリッパー（Ｔｒｉｐｐｅｒ）、トリパノソーマ症（睡眠病）、ツツガムシ病、結核、野兎病、発疹チフス、発疹チフス、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、膣炎、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、内臓リーシュマニア症、いぼ、西ナイル熱、西部ウマ脳炎、白色砂毛症（須毛白癬）、百日咳、酵母斑（Ｙｅａｓｔ ｆｕｎｇｕｓ ｓｐｏｔｓ）、黄熱病、偽結核エルジニア菌感染症、エルジニア症、及び接合真菌症。
更なる好ましい態様では、本明細書に定義する本発明の核酸配列、又は複数の本明細書に定義する本発明の核酸配列を含む本発明の組成物は、医薬組成物又はワクチンを調製するため、特に本明細書に定義する目的のために用いてよい。
本発明の医薬組成物又はワクチンは、更に、疾患又は疾病、好ましくは本明細書に定義する感染性疾患の治療のために用いてよい。
また、最後の態様によれば、本発明は、キット、特にキットのパーツを提供する。かかるキット、特にキットのパーツは、典型的に、単独で又は本明細書に定義する更なる構成要素と組み合わせて、少なくとも１つの本明細書に定義する本発明の核酸配列、本発明の核酸配列を含む本発明の医薬組成物又はワクチンを構成要素として含む。少なくとも１つの本明細書に定義する本発明の核酸配列は、例えば、任意で本明細書に定義する更なる構成要素と組み合わせられ、前記少なくとも１つの本発明の核酸は、１以上の他の構成要素を含むキットの少なくとも１つの他のパーツとは別々に（キットの第１のパーツ）提供される。本発明の医薬組成物及び／又は本発明のワクチンは、例えば、キットの１つのパーツ、又は異なるパーツに存在してよい。一例として、例えば、キットの少なくとも１つのパーツは、少なくとも１つの本明細書に定義する本発明の核酸配列と、キットの少なくとも１つの更なるパーツ（本明細書に定義する少なくとも１つの他の構成要素）とを含んでよい。例えば、キットの少なくとも１つの他のパーツは、少なくとも１つの医薬組成物若しくはワクチン、又はこれらの一部を含んでいてよい。例えば、キットの少なくとも１つのパーツは、本明細書に定義する本発明の核酸配列と、キットの少なくとも１つの更なるパーツ（本明細書に定義する少なくとも１つの他の構成要素）と、キットの少なくとも１つの更なるパーツ（本発明の医薬組成物若しくはワクチンの少なくとも１つの構成要素、又は全体としての本発明の医薬組成物若しくはワクチン）と、キットの少なくとも１つの更なるパーツ（例えば、少なくとも１つの医薬担体又はビヒクル）とを含んでいてよい。キット又はキットのパーツが複数の本発明の核酸配列（これは、典型的に１個超、２個超、３個超、４個超、５個超、６個超、又は１０個超の核酸、例えば、２個〜１０個、好ましくは２個〜５個の核酸を意味する）を含む場合、キットの１つの構成要素は、キットに含まれる本発明の核酸配列を１つだけ、幾つか、又は全て含んでいてよい。別の実施形態では、各構成要素がキットのパーツを形成するように、キットの異なる／別々の構成要素に全ての本発明の核酸配列が含まれていてよい。また、キットのパーツとして１超の核酸が第１の構成要素に含まれていてよく、一方、（キットの１以上の他のパーツを提供する）１以上の他の（第２の、第３の等）構成要素が、１つ又は１超の本発明の核酸を含有していてもよく、前記核酸は、第１の構成要素と同一であっても、部分的に同一であっても、異なっていてもよい。キット又はキットのパーツは、本発明の核酸配列、本発明の医薬組成物、又は本発明のワクチンの、或いはキットがキットのパーツとして調製される場合はその構成要素又はパーツのいずれかの投与及び投与量に関する情報が記載された技術指示書を更に含んでいてよい。
まとめると、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含む核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは、前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来する核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは、前記感染性疾患がＨＩＶ、好ましくはヒト免疫不全ウイルスによる感染症である場合、前記抗原が、ＨＩＶ ｐ２４抗原、ＨＩＶエンベロープタンパク質（Ｇｐ１２０、Ｇｐ４１、Ｇｐ１６０）、ポリプロテインＧＡＧ、負因子タンパク質Ｎｅｆ、転写のトランス活性化因子Ｔａｔから選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは、前記感染性疾患がトラコーマクラミジアによる感染症である場合、前記抗原が、主要外膜タンパク質ＭＯＭＰ、推定外膜タンパク質ＰＭＰＣ、外膜複合体タンパク質Ｂ ＯｍｃＢ、ヒートショックタンパク質Ｈｓｐ６０ ＨＳＰ１０、タンパク質ＩｎｃＡ、ＩＩＩ型分泌系由来のタンパク質、リボヌクレオチドレダクターゼ短鎖タンパク質ＮｒｄＢ、プラスミドタンパク質Ｐｇｐ３、クラミジア外部タンパク質Ｎ ＣｏｐＮ、抗原ＣＴ５２１、抗原ＣＴ４２５、抗原ＣＴ０４３、抗原ＴＣ００５２、抗原ＴＣ０１８９、抗原ＴＣ０５８２、抗原ＴＣ０６６０、抗原ＴＣ０７２６、抗原ＴＣ０８１６、抗原ＴＣ０８２８から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が、サイトメガロウイルス感染症、好ましくはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）による感染症である場合、前記抗原が、ｐｐ６５抗原、膜タンパク質ｐｐ１５、カプシド基部外被タンパク質ｐｐ１５０、タンパク質Ｍ４５、ＤＮＡポリメラーゼＵＬ５４、ヘリカーゼＵＬ１０５、糖タンパク質ｇＭ、糖タンパク質ｇＮ、糖タンパク質Ｈ、糖タンパク質Ｂ ｇＢ、タンパク質ＵＬ８３、タンパク質ＵＬ９４、タンパク質ＵＬ９９から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が、デング熱、好ましくはデングウイルス（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３、及びＤＥＮ−４）−フラビウイルスによる感染症である場合、前記抗原が、カプシドタンパク質Ｃ、プレメンブレンタンパク質ｐｒＭ、膜タンパク質Ｍ、エンベロープタンパク質Ｅ（ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩ）、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＮＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ３、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質２Ｋ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患がＢ型肝炎、好ましくはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）による感染症である場合、前記抗原が、Ｂ型肝炎表面抗原ＨＢｓＡｇ、Ｂ型肝炎コア抗原ＨｂｃＡｇ、ポリメラーゼ、タンパク質Ｈｂｘ、ｐｒｅＳ２中央面タンパク質、表面タンパク質Ｌ、大Ｓタンパク質、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ウイルスタンパク質ＶＰ２、ウイルスタンパク質ＶＰ３、ウイルスタンパク質ＶＰ４から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患がヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症、好ましくは乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）による感染症である場合、前記抗原が、複製タンパク質Ｅ１、制御タンパク質Ｅ２、タンパク質Ｅ３、タンパク質Ｅ４、タンパク質Ｅ５、タンパク質Ｅ６、タンパク質Ｅ７、タンパク質Ｅ８、メジャーカプシドタンパク質Ｌ１、マイナーカプシドタンパク質Ｌ２から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、好ましくはヒトパラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）による感染症である場合、前記抗原が、融合タンパク質Ｆ、赤血球凝集素−ノイラミニダーゼＨＮ、糖タンパク質Ｇ、基質タンパク質Ｍ、リンタンパク質Ｐ、核タンパク質Ｎ、ポリメラーゼＬから選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が狂犬病、好ましくは狂犬病ウイルスによる感染症である場合、前記抗原が、赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外移行タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質（オルソミクソウイルス科、インフルエンザウイルス（インフルエンザ））；核タンパク質Ｎ、大構造タンパク質Ｌ、リンタンパク質Ｐ、基質タンパク質Ｍ、糖タンパク質Ｇから選択され、最も好ましくは前記抗原が、オルソミクソウイルス科のウイルス、最も好ましくはインフルエンザウイルス、最も好ましくは赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、基質タンパク質（Ｍ１）及び（Ｍ２）のうちの一方又は両方、ポリメラーゼタンパク質（ＰＢ１）、（ＰＢ２）、並びにタンパク質ＮＳ１及びＮＳ２に由来する核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患がＲＳウイルス感染症、好ましくはＲＳウイルス（ＲＳＶ）による感染症である場合、前記抗原が、融合タンパク質Ｆ、核タンパク質Ｎ、基質タンパク質Ｍ、基質タンパク質Ｍ２−１、基質タンパク質Ｍ２−２、リンタンパク質Ｐ、小疎水性タンパク質ＳＨ、主要表面糖タンパク質Ｇ、ポリメラーゼＬ、非構造タンパク質１ ＮＳ１、非構造タンパク質２ ＮＳ２から選択される核酸配列を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が、結核、好ましくは結核菌による感染症である場合、前記抗原が、分泌抗原ＳｓｓＡ（ブドウ球菌属、ブドウ球菌性食中毒）；分泌抗原ＳｓｓＡ（ブドウ球菌属、例えば、黄色ブドウ球菌、ブドウ球菌感染症）；分子シャペロンＤｎａＫ、細胞表面リポタンパク質Ｍｐｔ８３、リポタンパク質Ｐ２３、リン酸輸送系パーミアーゼタンパク質ｐｓｔＡ、１４ｋＤａ抗原、フィブロネクチン結合タンパク質Ｃ ＦｂｐＣ１、アラニンデヒドロゲナーゼＴＢ４３、グルタミンシンターゼ１、ＥＳＸ−１タンパク質、タンパク質ＣＦＰ１０、ＴＢ１０．４タンパク質、タンパク質ＭＰＴ８３、タンパク質ＭＴＢ１２、タンパク質ＭＴＢ８、Ｒｐｆ様タンパク質、タンパク質ＭＴＢ３２、タンパク質ＭＴＢ３９、クリスタリン、ヒートショックタンパク質ＨＳＰ６５、タンパク質ＰＳＴ−Ｓから選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
更に好ましくは、本発明は、
ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
を含むか又はコードしている核酸配列であって、
前記ペプチド又はタンパク質が、病原体抗原、又はその断片、変異体、若しくは誘導体、特に、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原、好ましくは細菌感染症、ウイルス感染症、原生動物感染症、真菌感染症等である感染性疾患に関連する病原体由来の抗原を含み、より好ましくは前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、プラスモディウム、黄色ブドウ球菌、デングウイルス、トラコーマクラミジア、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、結核菌、狂犬病ウイルス、及び黄熱病ウイルスから選択される病原体に由来し、更により好ましくは前記感染性疾患が黄熱病、好ましくは黄熱病ウイルスによる感染症である場合、前記抗原が、ゲノムポリプロテイン、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ、カプシドタンパク質Ｃ、プロテアーゼＮＳ３、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ２Ａ、タンパク質ＡＳ２Ｂ、タンパク質ＮＳ４Ａ、タンパク質ＮＳ４Ｂ、タンパク質ＮＳ５から選択される核酸配列を提供する。本発明は、更に、前記核酸配列のうちの少なくとも１つを含む組成物又はキット又はキットのパーツを提供する。更に、本発明は、医薬としての、好ましくは感染性疾患を治療するための医薬としての、より好ましくは薬学的に許容できる担体を更に含む感染性疾患を治療するための医薬組成物における前記核酸配列の使用を提供する。更に、本発明は、前記核酸配列又は前記核酸配列を含有する組成物を提供する工程と、前記核酸配列又は前記組成物を無細胞発現系、細胞、組織、及び／又は生物に適用又は投与する工程とを含む、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させる方法を提供する。
本発明では、特に指示しない場合、異なる特徴の代替物及び実施形態を互いに組み合わせてもよい。更に、用語「含む」は、特に明記しない場合、「からなる」を意味すると解釈しないものとする。しかし、本発明では、用語「含む」は、該当する場合、用語「からなる」で置換してもよい。
以下の実施例は、本発明を更に例示することを意図し、本発明がそれに限定されると解釈するものではない。
１． ヒストンステムループコンセンサス配列の作製
実験前に、後生動物及び原生動物のヒストンステムループ配列に基づいてヒストンステムループコンセンサス配列を決定した。ゲノム配列及び発現配列タグを探索することによって多数の天然ヒストンステムループ配列を同定したＬｏｐｅｚら（Ｄａｖｉｌａ Ｌｏｐｅｚ，Ｍ．，＆Ｓａｍｕｅｌｓｓｏｎ，Ｔ．（２００８），ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），１４（１），１−１０．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．７８２３０８）によって提供された補遺から配列を取り出した。先ず、後生動物及び原生動物由来の全配列（４，００１配列）又は原生動物由来の全配列（１３１配列）、又は後生動物由来の全配列（３，８７０配列）、又は脊椎動物由来の全配列（１，３３３配列）、又はヒト由来の全配列（８４配列）をグループ分けし、アラインメントした。次いで、全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を決定した。このようにして得られた表に基づいて、解析した全配列中に存在するヌクレオチドを表す、５つの異なるグループの配列についてのコンセンサス配列を作製した。更に、保存されているヌクレオチドを段階的に強調するために、より限定的なコンセンサス配列を得た。
２． ＤＮＡテンプレートの調製
Ｔ７プロモーターに続いて、キタアメリカホタルルシフェラーゼ（ｐｐＬｕｃ（ＧＣ））をコードしているＧＣリッチ配列、アルファグロビンの３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の中心部分（ａｇ）、及びポリ（Ａ）配列を含むインビトロ転写用ベクターを構築した。Ａ６４ポリ（Ａ）配列で終端するｍＲＮＡを得るために、インビトロ転写前にベクターを直鎖状にするために用いられる制限酵素部位をポリ（Ａ）配列の直後に配置した。したがって、インビトロ転写によってこのベクターから得られたｍＲＮＡを「ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４」と命名した。
インビトロ転写前に別の制限酵素部位においてこのベクターを直鎖状にすることによって、Ａ６４の３’が更なるヌクレオチドによって伸長しているｍＲＮＡ又はＡ６４の欠損しているｍＲＮＡを得ることができた。更に、別の配列を含むようにオリジナルベクターを改変した。要約すると、インビトロ転写によってこれらベクターから以下のｍＲＮＡを得た（ｍＲＮＡ配列は、図６〜１７に示す）。
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ （配列番号４３）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４ （配列番号４４）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−ヒストンＳＬ （配列番号４５）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ヒストンＳＬ （配列番号４６）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ１２０ （配列番号４７）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ａｇ （配列番号４８）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ａＣＰＳＬ （配列番号４９）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ポリオＣＬ （配列番号５０）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｇ３０ （配列番号５１）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｕ３０ （配列番号５２）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−ＳＬ （配列番号５３）
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｎ３２ （配列番号５４）
更に、病原体抗原ＨＡ（Ｈ１Ｎ１／ＰＲ８）をコードしているＤＮＡプラスミド配列を上記の通り調製した。要約すると、インビトロ転写によってこれらベクターから以下のｍＲＮＡを得た（ｍＲＮＡ配列は、図１８〜１９に示す）。
ＨＡ（Ｈ１Ｎ１／ＰＲ８）（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｃ３０（配列番号５５）
ＨＡ（Ｈ１Ｎ１／ＰＲ８）（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４−Ｃ３０−ヒストンＳＬ（配列番号５６）
３． インビトロ転写
実施例２に係るＤＮＡテンプレートを直鎖状にし、Ｔ７−ポリメラーゼを用いてインビトロで転写させた。次いで、ＤＮＡテンプレートをＤＮａｓｅ処理によって分解した。過剰のＮ７−メチル−グアノシン−５’−トリホスフェートー５’−グアノシンを転写反応物に添加することによって、５’−ＣＡＰ構造を含む全ｍＲＮＡ転写産物を得た。このようにして得られたｍＲＮＡを精製し、水に再懸濁させた。
４． ｍＲＮＡの酵素的アデニル化
２つのｍＲＮＡを酵素でアデニル化した：
ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ６４及びｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−ヒストンＳＬ。
このために、製造業者の指示書に従って、大腸菌ポリ（Ａ）−ポリメラーゼ及びＡＴＰ（ポリ（Ａ）ポリメラーゼテーリングキット、Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＵＳＡ）と共にＲＮＡをインキュベートした。伸長したポリ（Ａ）配列を含むｍＲＮＡを精製し、水に再懸濁させた。アガロースゲル電気泳動を介してポリ（Ａ）配列の長さを決定した。出発ｍＲＮＡを約２５０アデニレート伸長させ、得られたｍＲＮＡを、それぞれ、ｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−Ａ３００及びｐｐＬｕｃ（ＧＣ）−ａｇ−ヒストンＳＬ−Ａ２５０と命名した。
５． ｍＲＮＡエレクトロポレーションによるルシフェラーゼ発現
ＨｅＬａ細胞をトリプシン処理し、ｏｐｔｉ−ＭＥＭで洗浄した。ｏｐｔｉ−ＭＥＭ２００μＬ中１×１０５個の細胞に、それぞれ、ｐｐＬｕｃをコードしているｍＲＮＡ０．５μｇをエレクトロポレーションした。コントロールとして、ｐｐＬｕｃをコードしていないｍＲＮＡを別個にエレクトロポレーションした。エレクトロポレーションされた細胞を２４ウェルプレート中のＲＰＭＩ１６４０培地１ｍＬに播種した。トランスフェクションの６時間後、２４時間後、又は４８時間後に、培地を吸引し、リシスバッファ２００μＬ（２５ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．５（ＨＣｌ）、２ｍＭ ＥＤＴＡ、１０％ グリセロール、１％ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、２ｍＭ ＤＴＴ、１ｍＭ ＰＭＳＦ）に細胞を溶解させた。ｐｐＬｕｃ活性を測定するまで溶解物を−２０℃で保存した。
６． ｍＲＮＡリポフェクションによるルシフェラーゼ発現
１ウェル当たり２×１０４個の細胞という密度になるようにＨｅＬａ細胞を９６ウェルプレートに播種した。次の日、細胞をｏｐｔｉ−ＭＥＭで洗浄し、次いで、ｏｐｔｉ−ＭＥＭ１５０μＬ中リポフェクチン複合体化ｐｐＬｕｃコードｍＲＮＡ０．２５μｇをトランスフェクトした。コントロールとして、ｐｐＬｕｃをコードしていないｍＲＮＡを別個にリポフェクトした。幾つかのウェルにおいて、トランスフェクション開始の６時間後に、ｏｐｔｉ−ＭＥＭを吸引し、リシスバッファ２００μＬに細胞を溶解させた。残りのウェルでは、そのとき、ｏｐｔｉ−ＭＥＭをＰＴＭＩ１６４０培地に交換した。これらウェルでは、トランスフェクション開始の２４時間後又は４８時間後に、培地を吸引し、リシスバッファ２００μＬに細胞を溶解させた。ｐｐＬｕｃ活性を測定するまで溶解物を−２０℃で保存した。
７． ルシフェラーゼ測定
溶解物５０μＬ及びルシフェリンバッファ２００μＬ（２５ｍＭ グリシルグリシン、ｐＨ７．８（ＮａＯＨ）、１５ｍＭ ＭｇＳＯ４、２ｍＭ ＡＴＰ、７５μＭ ルシフェリン）を用いて、５秒間の測定時間でＢｉｏＴｅｋ ＳｙｎｅｒｇｙＨＴプレートリーダーによって相対光単位（ＲＬＵ）としてｐｐＬｕｃ活性を測定した。合計ＲＬＵからコントロールＲＮＡのＲＬＵを減じることによって、比ＲＬＵを計算した。
８． 経皮ｍＲＮＡ注射によるルシフェラーゼ発現（インビボにおけるルシフェラーゼ発現）
ＲｏｍｐｕｎとＫｅｔａｖｅｔとの混合物を用いてマウスに麻酔をかけた。ｐｐＬｕｃをコードしているｍＲＮＡをそれぞれ経皮注射した（注射１回当たり５０μＬ中ｍＲＮＡ０．５μｇ）。コントロールとして、ｐｐＬｕｃをコードしていないｍＲＮＡを別個に注射した。注射の１６時間後、マウスを屠殺し、組織を回収した。組織サンプルを液体窒素で急速冷凍し、リシスバッファ８００μＬ（２５ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．５（ＨＣｌ）、２ｍＭ ＥＤＴＡ、１０％グリセロール、１％ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、２ｍＭ ＤＴＴ、１ｍＭ ＰＭＳＦ）中の組織溶解液（Ｑｉａｇｅｎ）に溶解させた。次いで、４℃で１０分間１３，５００ｒｐｍにてサンプルを遠心分離した。ｐｐＬｕｃ活性を測定するまで溶解物を−８０℃で保存した（７．ルシフェラーゼ発現を参照）。
９． 抗原特異的Ｂ細胞免疫応答（抗体）の検出
ＨＡをコードしているｍＲＮＡ１０μｇ（Ａ／Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／８／３４の赤血球凝集素、配列番号５５及び５６）を含むワクチンを、ＢＡＬＢ／ｃマウス（１群当たり８匹）に７日間以内に２回経皮的にワクチン接種した。ネガティブコントロールとして、マウスをバッファで処理した。
ＨＡタンパク質特異的抗体を検出することによって、抗原特異的免疫応答を検出した。したがって、最後のワクチン接種の４週間後に、ワクチン接種したマウスから血液サンプルを採取し、血清を調製した。ＭａｘｉＳｏｒｐ（登録商標）プレート（Ｎａｌｇｅｎｅ Ｎｕｎｃ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）をＨＡ タンパク質（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）でコーティングした。０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０及び１％ＢＳＡを含有する１×ＰＢＳでブロッキングした後、希釈マウス血清（１：５０）と共にプレートをインキュベートした。次いで、ビオチン結合二次抗体（抗マウスＩｇＧ Ｄｉａｎｏｖａ、カタログ番号１１５０３５００３）を添加した。洗浄後、セイヨウワサビペルオキシダーゼ−ストレプトアビジンと共に前記プレートをインキュベートし、次いで、ＡＢＴＳ基質（２，２’−アジノ−ビス（３−エチル−ベンズチアゾリン−６−スルホン酸）の変換を測定した。この実験結果を図２４に示す。
１０． ＥＬＩＳＰＯＴによる抗原特異的細胞免疫応答（Ｔ細胞免疫応答）の検出
プロタミンと複合体化しているＨＡをコードしているｍＲＮＡ（Ａ／Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／８／３４の赤血球凝集素、配列番号５５及び５６）をＣ５７ＢＬ／６マウスに経皮的にワクチン接種した（７日間以内に２回）。コントロールマウスをバッファで処理した。最後のワクチン接種の１週間後にマウスを屠殺し、脾臓を摘出し、脾臓細胞を単離した。前記脾臓細胞を、上記抗原由来のペプチド（ペプチドライブラリー）の存在下で７日間再刺激するか、又はネイティブ同系マウスの骨髄細胞から生成された樹状細胞と共にコインキュベートし、これに抗原をコードしているｍＲＮＡをエレクトロポレーションした。抗原特異的細胞免疫応答を求めるために、再刺激後にＩＮＦガンマの分泌を測定した。ＩＮＦガンマを検出するために、ＩＮＦγ（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に対する抗体を含むコーティングバッファ（０．１Ｍ炭酸−重炭酸塩バッファ、ｐＨ９．６、１０．５９ｇ／Ｌ Ｎａ２ＣＯ３、８．４ｇ／Ｌ ＮａＨＣＯ３）と共に、コートマルチスクリーンプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を一晩インキュベートする。刺激物質及びエフェクター細胞を、２４時間１：２０の比でプレート中にて一緒にインキュベートする。前記プレートを１×ＰＢＳで洗浄し、ビオチン結合二次抗体と共にインキュベートする。１×ＰＢＳ／０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０で洗浄した後、基質（５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート／ニトロブルーテトラゾリウム液体基質系（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｔａｕｆｋｉｒｃｈｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ製））を前記プレートに添加したところ、基質の変換を目視で検出することができた。
１１． 結果
１１．１ ヒストンステムループ配列：
ヒストンステムループ配列の特性評価を行うために、後生動物及び原生動物由来の配列（４，００１配列）、又は原生動物由来の配列（１３１配列）、又は後生動物由来の配列（３，８７０配列）、又は脊椎動物由来の配列（１，３３３配列）、又はヒト由来の配列（８４配列）をグループ分けし、アラインメントした。次いで、全ての位置について、存在するヌクレオチドの数を決定した。このようにして得られた表に基づいて、解析した全配列中に存在するヌクレオチドを表す、５つの異なるグループの配列についてのコンセンサス配列を作製した。後生動物と原生動物とを合わせたコンセンサス配列では、ループにおけるＴ／Ｕ、並びにステムにおけるＧ及びＣ（これらは、塩基対を形成する）の３個のヌクレオチドが保存されていた。構造的には、典型的に、６塩基対のステム及び４ヌクレオチドのループが形成される。しかし、異なる構造も一般的である：８４個のヒトヒストンステムループのうち、２個は、４塩基対及び１個の不一致を含む５ヌクレオチドのみのステムを含有する。別のヒトヒストンステムループは、５塩基対のみのステムを含有する。４個の更なるヒトヒストンステムループは、６ヌクレオチド長のステムを含有するが、それぞれ、３箇所の異なる位置において１個の不一致を含む。更に、４個のヒトヒストンステムループは、それぞれ、２箇所の異なる位置において１個のゆらぎ塩基対を含有する。ループについては、細胞性粘菌（Ｄ．ｄｉｓｃｏｉｄｅｕｍ）で同定されている５ヌクレオチドのループのように、厳密に４ヌクレオチド長である必要はないと考えられる。
解析した全配列中に存在するヌクレオチドを表すコンセンサス配列に加えて、保存されているヌクレオチドを段階的に強調するためにより限定的なコンセンサス配列も得た。要約すると、以下の配列が得られた：
（Ｃｏｎｓ）：存在する全てのヌクレオチドを表す
（９９％）：存在する全てのヌクレオチドのうちの少なくとも９９％を表す
（９５％）：存在する全てのヌクレオチドのうちの少なくとも９５％を表す
（９０％）：存在する全てのヌクレオチドのうちの少なくとも９０％を表す
ヒストンステムループ配列の解析結果を以下の表１〜５に要約する（図１〜５も参照）：
ここで用いた略記は、以下の通り定義した：
１１．２ ポリ（Ａ）とヒストンＳＬの組み合わせがｍＲＮＡからのタンパク質発現を相乗的に増加させる
ｍＲＮＡからのタンパク質発現に対するポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果について調べるために、アルファグロビン３’−ＵＴＲの３’に様々な配列を含むｍＲＮＡを合成した：丁度３’−ＵＴＲの３’で終端し、ポリ（Ａ）配列もヒストンＳＬも欠損しているｍＲＮＡ、又はＡ６４ポリ（Ａ）配列若しくはヒストンＳＬのいずれかを含むｍＲＮＡ、又は３’−ＵＴＲの３’にＡ６４ポリ（Ａ）配列及びヒストンＳＬの両方を含むｍＲＮＡ。ルシフェラーゼをコードしているｍＲＮＡ又はコントロールｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にエレクトロポレーションした。トランスフェクションの６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した（以下の表６及び図２０を参照）。
ポリ（Ａ）配列もヒストンＳＬも有しないｍＲＮＡからは、ルシフェラーゼが殆ど発現しなかった。ポリ（Ａ）配列又はヒストンＳＬは、両方とも、ルシフェラーゼレベルを同様の程度増加させた。これらｍＲＮＡからは、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの両方が欠損しているｍＲＮＡよりも遥かに高いルシフェラーゼレベルが得られた。しかし、驚くべきことに、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させた。同じｍＲＮＡにおいてポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせることによるルシフェラーゼレベルの増加の大きさは、これらが相乗的に作用することを証明する。
ポリ（Ａ）−ヒストンＳＬ ｍＲＮＡ（＋／＋）から得られたシグナルをヒストンＳＬ ｍＲＮＡ（−／＋）から得られたシグナルとポリ（Ａ）ｍＲＮＡ（＋／−）から得られたシグナルとの合計で除すことによって、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの相乗効果を定量した（以下の表７を参照）。
このようにして計算された係数は、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの効果が純粋に相加的である場合に予測されるよりも、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルの方がどれだけ高いかを示す。ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルは、これらの効果が純粋に相加的である場合の最大１６．６倍高かった。この結果は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、タンパク質発現における著しい相乗的増加に影響を及ぼすことを確認するものである。
１１．３ ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、その順序に関係なくｍＲＮＡからのタンパク質発現を増加させる
ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果は、ポリ（Ａ）配列の長さ及びポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの順序に依存している可能性があった。したがって、ポリ（Ａ）配列を伸長したｍＲＮＡ、及びポリ（Ａ）とヒストンＳＬの順序を逆にしたｍＲＮＡを合成した。２つのｍＲＮＡは、３’−ＵＴＲの３’にＡ１２０ポリ（Ａ）配列又はＡ３００ポリ（Ａ）配列を含有していた。１つの更なるｍＲＮＡは、３’−ＵＴＲの３’に先ずヒストンＳＬ、続いてＡ２５０ポリ（Ａ）配列を含有していた。ルシフェラーゼをコードしているｍＲＮＡ又はコントロールｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にリポフェクトした。トランスフェクション開始の６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した（以下の表８及び図２１を参照）。
Ａ６４ポリ（Ａ）配列及びヒストンＳＬからは、同等のルシフェラーゼレベルが得られた。前述の実験と一致して、Ａ６４とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを強く増加させた。同じｍＲＮＡにおいてポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせることによるルシフェラーゼレベルの増加の大きさは、これらが相乗的に作用することを証明する。前述の通り、Ａ６４−ヒストンＳＬ ｍＲＮＡ、Ａ６４ｍＲＮＡ、及びヒストンＳＬ ｍＲＮＡのルシフェラーゼレベルに基づいて、Ａ６４とヒストンＳＬとの相乗効果を定量した（以下の表９を参照）。Ａ６４とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルは、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの効果が純粋に相加的である場合の最大６１．７倍高かった。
対照的に、Ａ６４からＡ１２０、又はＡ３００へとポリ（Ａ）配列の長さを伸長しても、ルシフェラーゼレベルはほんの僅かしか増加しなかった（表８及び図１９を参照）。また、最も長いポリ（Ａ）配列（Ａ３００）を有するｍＲＮＡを、同様の長さのポリ（Ａ）配列をヒストンＳＬと組み合わせたｍＲＮＡ（ヒストンＳＬ−Ａ２５０）と比較した。Ａ６４−ヒストンＳＬ ｍＲＮＡと比べてこのｍＲＮＡでは、長いポリ（Ａ）配列を有することに加えて、ヒストンＳＬとポリ（Ａ）の順序が逆になっている。Ａ２５０とヒストンＳＬとの組み合わせは、ヒストンＳＬ又はＡ３００でみられるレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを強く増加させた。また、前述の通り、ヒストンＳＬ−Ａ２５０ｍＲＮＡから得られたＲＬＵとＡ３００ｍＲＮＡから得られたＲＬＵ＋ヒストンＳＬ ｍＲＮＡから得られたＲＬＵとを比較することにより、Ａ２５０とヒストンＳＬとの相乗効果を定量した（表１０を参照）。Ａ２５０とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルは、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの効果が純粋に相加的である場合の最大１７．０倍高かった。
要約すると、実質的に異なる長さのポリ（Ａ）について、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬの順序には関係なく、ｍＲＮＡからのタンパク質発現に対してヒストンＳＬとポリ（Ａ）との組み合わせが高い相乗効果を示すことが証明された。
１１．４ ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせによるタンパク質発現の増加は特異的である
ｍＲＮＡからのタンパク質発現に対するポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果が特異的であるかどうかを調べるために、ポリ（Ａ）と別の配列との組み合わせを含むｍＲＮＡを合成した：これらｍＲＮＡは、それぞれ、Ａ６４の３’に７つの異なる配列のうちの１つを含有していた。ルシフェラーゼをコードしているｍＲＮＡ又はコントロールｍＲＮＡをＨｅＬａ細胞にエレクトロポレーションした。トランスフェクションの６時間後、２４時間後、及び４８時間後にルシフェラーゼレベルを測定した（以下の表１１及び図２２を参照）。
ポリ（Ａ）配列及びヒストンＳＬからは、同等のルシフェラーゼレベルが得られた。また、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを強く増加させた。したがって、相乗的に作用した。対照的に、ポリ（Ａ）と別の配列のいずれかとの組み合わせは、ポリ（Ａ）配列のみを含有するｍＲＮＡに比べてルシフェラーゼレベルに対する効果はなかった。したがって、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、相乗的にｍＲＮＡからのタンパク質発現を増加させる、この効果は特異的である。
１１．５ ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、インビボにおいてｍＲＮＡからのタンパク質発現を相乗的に増加させる
インビボにおけるｍＲＮＡからのタンパク質発現に対するポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果を調べるために、アルファグロビン３’−ＵＴＲの３’に様々な配列を含むルシフェラーゼをコードしているｍＲＮＡ又はコントロールｍＲＮＡをマウスに経皮注射した：前記ｍＲＮＡは、３’−ＵＴＲの３’にＡ６４ポリ（Ａ）配列、ヒストンＳＬ、又はＡ６４ポリ（Ａ）配列とヒストンＳＬの両方を含んでいた。注射の１６時間後にルシフェラーゼレベルを測定した（以下の表１２及び図２３を参照）。
ヒストンＳＬ又はポリ（Ａ）配列を有するｍＲＮＡからルシフェラーゼが発現した。しかし、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、個々のエレメントのいずれかでみられたレベルの何倍もルシフェラーゼレベルを更に強く増加させた。同じｍＲＮＡにおいてポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせることによるルシフェラーゼレベルの増加の大きさは、これらが相乗的に作用することを証明する。
ポリ（Ａ）−ヒストンＳＬ ｍＲＮＡ（＋／＋）から得られたシグナルをヒストンＳＬ ｍＲＮＡ（−／＋）から得られたシグナルとポリ（Ａ）ｍＲＮＡ（＋／−）から得られたシグナルとの合計で除すことによって、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの相乗効果を定量した（以下の表１３を参照）。
このようにして計算された係数は、ポリ（Ａ）及びヒストンＳＬの効果が純粋に相加的である場合に予測されるよりも、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルの方がどれだけ高いかを示す。ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとを組み合わせたｍＲＮＡから得られるルシフェラーゼレベルは、これらの効果が純粋に相加的である場合の８倍高かった。この結果は、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせが、インビボにおけるタンパク質発現における著しい相乗的増加に影響を及ぼすことを確認するものである。
１１．６ ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、ｍＲＮＡのワクチン接種により誘発される抗体のレベルを増加させる
ｍＲＮＡのワクチン接種による誘発される抗体の誘導に対する、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせの効果を調べるために、突然変異型アルファグロビン３’−ＵＴＲの３’に様々な配列を含むＨＡをコードしているｍＲＮＡをＢａｌｂ／ｃマウスに経皮的にワクチン接種した。前記ｍＲＮＡは、３’−ＵＴＲの３’にＡ６４ポリ（Ａ）配列又はＡ６４ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの両方を含有していた。ワクチン接種マウス及びコントロールマウスにおけるＨＡ特異的抗体のレベルを、血清の連続希釈物を用いてＥＬＩＳＡによって分析した（図２４を参照）。
抗ＨＡ ＩｇＧ１は、ポリ（Ａ）配列のみを有するｍＲＮＡによって誘導された。しかし、ポリ（Ａ）とヒストンＳＬとの組み合わせは、ポリ（Ａ）配列のみでみられたレベルを超えて抗ＨＡ ＩｇＧ１レベルを著しく強く増加させた。

Claims (22)

  1. ａ）少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域と、
    ｂ）少なくとも１つのヒストンステムループと、
    ｃ）ポリ（Ａ）配列又はポリアデニル化シグナルと
    を含むか又はコードしている改変核酸であって、
    前記改変核酸の少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域のＧ／Ｃ含量が、野生型核酸のコード領域のＧ／Ｃ含量に比べて増加しており、前記改変核酸にコードされているアミノ酸配列が、前記野生型核酸にコードされているアミノ酸配列に比べて改変されておらず、
    前記ペプチド又はタンパク質が、感染性疾患に関連する病原体由来の抗原又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含み、
    前記断片、又は変異体が、野生型ペプチド又はタンパク質の全アミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列を含み、かつ、野生型ペプチド又はタンパク質に比べて、同じ生物機能又は特異的活性を有し、
    前記誘導体が、野生型ペプチド又はタンパク質の完全長配列、及びＮ末端又はＣ末端の更なる配列特徴を含み、
    前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス抗原であることを特徴とする核酸。
  2. 前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス由来の、赤血球凝集素（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、Ｍ１タンパク質、Ｍ２タンパク質、ＮＳ１タンパク質、ＮＳ２タンパク質（ＮＥＰタンパク質：核外移行タンパク質）、ＰＡタンパク質、ＰＢ１タンパク質（ポリメラーゼ塩基性１タンパク質）、ＰＢ１−Ｆ２タンパク質及びＰＢ２タンパク質からなる群から選択される請求項１に記載の核酸。
  3. 前記病原体抗原が、インフルエンザウイルス由来の、赤血球凝集素（ＨＡ）である請求項１から２のいずれかに記載の核酸。
  4. 前記少なくとも１つのヒストンステムループが、少なくとも１つのペプチド又はタンパク質をコードしているコード領域とは異種である請求項１から３のいずれかに記載の核酸。
  5. 前記コード領域が、ヒストンタンパク質又はヒストン若しくはヒストン様機能を有する前記ヒストンタンパク質の断片、誘導体、若しくは変異体をコードしておらず、
    前記断片、又は変異体が、野生型ペプチド又はタンパク質の全アミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列を含み、かつ、野生型ペプチド又はタンパク質に比べて、同じ生物機能又は特異的活性を有し、
    前記誘導体が、野生型ペプチド又はタンパク質の完全長配列、及びＮ末端又はＣ末端の更なる配列特徴を含む請求項４に記載の核酸。
  6. 前記コード領域が、レポータータンパク質又はマーカー若しくは選択タンパク質をコードしていない請求項１から５のいずれかに記載の核酸。
  7. 前記核酸が、ＲＮＡである請求項１から６のいずれかに記載の核酸。
  8. 前記核酸が、ｍＲＮＡである請求項１から７のいずれかに記載の核酸。
  9. 少なくとも１つのヒストンステムループが、以下の式（Ｉ）又は（ＩＩ）から選択される請求項１から８のいずれかに記載の核酸：
    式（Ｉ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
    式（ＩＩ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
    （式中、
    ステム１境界エレメント又はステム２境界エレメントＮ １−６ は、１個〜６個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、
    ステム１［Ｎ ０−２ ＧＮ ３−５ ］は、エレメントステム２に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、且つ５個〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、Ｎ ０−２ は、０個〜２個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、Ｎ ３−５ は、３個〜５個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、Ｇは、グアノシンであり、任意でシチジンによって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム２におけるその相補的ヌクレオチドであるシチジンも、グアノシンによって置換され、
    ループ配列［Ｎ ０−４ （Ｕ／Ｔ）Ｎ ０−４ ］は、エレメントステム１とステム２との間に位置し、且つ３個〜５個のヌクレオチドの連続配列であり、各Ｎ ０−４ は、互いに独立して、０個〜４個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、Ｕ／Ｔは、ウリジン又はチミジンを表し、
    ステム２［Ｎ ３−５ ＣＮ ０−２ ］は、エレメントステム１に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、且つ５個〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、Ｎ ３−５ は、３個〜５個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、Ｎ ０−２ は、０個〜２個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチドから選択され、Ｃは、シチジンであり、グアノシンによって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム１におけるその相補的ヌクレオチドであるグアノシンも、シチジンによって置換され、
    ステム１及びステム２は、互いに塩基対合して逆相補的配列を形成することができ、ステム１とステム２との間で前記塩基対合が生じ得るか、又は互いに塩基対合して部分的に逆相補的な配列を形成することができ、ステム１とステム２との間で不完全な塩基対合が生じ得る）。
  10. 少なくとも１つのヒストンステムループが、以下の式（Ｉａ）又は（ＩＩａ）のうちの少なくとも１つから選択される請求項９に記載の核酸：
    式（Ｉａ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
    式（ＩＩａ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
    。
  11. 前記ポリ（Ａ）配列が、２５個〜４００個のアデノシンヌクレオチドの配列を含む請求項１から１０のいずれかに記載の核酸。
  12. 前記ポリ（Ａ）配列が、６０個〜２５０個のアデノシンヌクレオチドの配列を含む請求項１から１１のいずれかに記載の核酸。
  13. 前記ポリアデニル化シグナルが、コンセンサス配列：ＮＮ（Ｕ／Ｔ）ＡＮＡを含む請求項１から１２のいずれかに記載の核酸。
  14. 前記ポリアデニル化シグナルが、ＡＡ（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡ又はＡ（Ｕ／Ｔ）（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡを含む請求項１から１３のいずれかに記載の核酸。
  15. 前記核酸が、安定化核酸である請求項１から１４のいずれかに記載の核酸。
  16. 複数、即ち１超の請求項１から１５のいずれかに記載の核酸を含むことを特徴とする組成物、キット又はキットのパーツ。
  17. 医薬として使用するための請求項１から１５のいずれかに記載の核酸又は請求項１６に記載の組成物、キット若しくはキットのパーツ。
  18. 感染性疾患の治療において使用するための請求項１から１５のいずれかに記載の核酸又は請求項１６に記載の組成物、キット若しくはキットのパーツ。
  19. 請求項１から１５のいずれかに記載の核酸又は請求項１６に記載の組成物とを含むことを特徴とする医薬組成物。
  20. さらに、薬学的に許容できる担体を含むことを特徴とする請求項１９に記載の医薬組成物。
  21. コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させるための請求項１から１５のいずれかに記載の核酸又は請求項１６に記載の組成物、キット若しくはキットのパーツのインビトロでの使用。
  22. ａ）請求項１から１５のいずれかに記載の核酸又は請求項１６に記載の組成物を提供する工程と、
    ｂ）前記核酸又は前記組成物を、無細胞発現系、細胞、又は組織に適用又は投与する工程と
    を含むことを特徴とする、コードされているペプチド又はタンパク質の発現を増加させるインビトロでの方法。
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