JP2020514370A - 組合せ抗癌療法のためのｒｎａワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤 - Google Patents

組合せ抗癌療法のためのｒｎａワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤 Download PDF

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Abstract

本発明は、生物医学の分野、特に治療用核酸の分野に関する。本発明は、エピトープをコードするＲＮＡと免疫チェックポイント阻害剤との新規な組合せを提供する。前記組合せを含む医薬組成物、ワクチン、及びキットオブパーツも提供する。更に、本発明は、医学、特に癌、感染症、並びに他の疾患及び障害の治療及び／又は予防に使用するための組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツに関する。【選択図】図１

Description

本発明は、特に、抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含むＲＮＡと、少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と、少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤とを含む組合せ、前記組合せを含む（医薬）組成物及びキットオブパーツ、並びに医学、特に様々な疾患の治療におけるそれらの使用に関する。
癌の顕著な特徴の１つは、悪性細胞の、免疫系による根絶から免れる能力である。悪性細胞の表面に発現する腫瘍抗原の発見は、適応免疫系が免疫応答性の宿主における癌の発症の予防を司るとする癌免疫監視の仮説の刺激となった。免疫チェックポイントに指向したアプローチによる最近の進歩にもかかわらず、「免疫療法」という概念は１９世紀にまでさかのぼり、ワクチン、非特異的サイトカイン、及び養子細胞療法などの各種ストラテジを含む。
この概念は、免疫系を、原則として、癌抗原などの抗原によって活性化させることができ、一旦抗原刺激されると、癌細胞破壊をもたらし得る免疫応答を誘発し得るという知見に基づいている。残念なことに、抗癌免疫が得られるか否かは、免疫応答が適切であるかを直接決定し得る多くの要因によってしばしば妨げられる。癌細胞は、調節免疫細胞、免疫抑制ケモカイン、及び免疫エフェクター機能を抑制する免疫チェックポイントを含む複数のメカニズムを介して免疫寛容を誘導することができる。癌細胞のそのような回避戦略の１つは、活性化Ｔ細胞においてアップレギュレートされる負の調節性Ｔ細胞表面分子に結合してそれらの活性を減衰させることによってＴ細胞アネルギー又は消耗を媒介する特定の表面リガンドのアップレギュレーションを含む。これらの阻害性分子は、Ｔ細胞共刺激性分子ＣＤ２８に対するそれらの相同性のために負の共刺激性分子と呼ばれた。免疫チェックポイントタンパク質とも称されるこれらのタンパク質は、早期活性化シグナルの減衰、正の共刺激に対する競合、及び抗原提示細胞の直接阻害などの複数の経路で機能する（非特許文献１）。このタンパク質ファミリーの１つのメンバーは、プログラム死−１（ＰＤ−１）並びにそのリガンドＢ７−Ｈ１／ＰＤ−Ｌ１（ＣＤ２７４）及びＢ７−ＤＣ／ＰＤ−Ｌ２（ＣＤ２７３）である。ＰＤ−１経路の主な機能は、Ｔ細胞活性の遮断である。したがって、活性化Ｔ細胞上のＰＤ−１と、腫瘍細胞又は抗原提示細胞上のＰＤ−Ｌ１との相互作用が、Ｔ細胞応答、例えば、Ｔ細胞が媒介する腫瘍細胞の死滅を阻害する。別の免疫チェックポイントタンパク質はＬＡＧ−３であり、これは活性化Ｔ細胞及びナチュラルキラー細胞のサブセット上でアップレギュレートされる。ＬＡＧ−３の１つのリガンドは、抗原提示細胞上に発現されるＭＨＣクラスＩＩである。ＰＤ−１シグナル伝達と同様に、ＬＡＧ−３経路はＴ細胞活性及びエフェクター機能を弱めると考えられている。
免疫チェックポイント療法は、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１又はＬＡＧ−３／ＭＨＣ−ＩＩの相互作用などのＴ細胞における調節経路を標的とすることによって免疫寛容を逆転させ、それによってそれらのエフェクター機能を増強することを目的とする。多種多様な新しい免疫ベースの癌療法が、固形腫瘍に対して現在開発されている。免疫チェックポイント阻害剤は、固形腫瘍及び他の癌に対する治療オプションとして大きな可能性を示している。特に、ＰＤ−１、及びＰＤ−Ｌ１、並びにＬＡＧ−３に対する幾つかのモノクローナル抗体が開発されている。前記抗体は通常、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３とそれらの各リガンドとの間の相互作用を遮断又は破壊することによって作用し、それによってＴ細胞阻害を防ぎ、Ｔ細胞媒介性抗腫瘍免疫応答を回復させる。
今日までに、ＰＤ−１を標的とする２つのチェックポイント阻害剤、即ち、ニボルマブ及びペンブロリズマブが、以前に処置された転移性ＮＳＣＬＣに対する米国食品医薬品局（ＦＤＡ）の承認を受けた。しかし、腫瘍免疫療法の分野における並外れた開発努力にもかかわらず、固形腫瘍及び他の癌の治療は、依然として、充足されていない医学的ニーズの高い分野の代表である。免疫チェックポイント阻害剤単独での治療から利益が得られないかなりの数の腫瘍及び癌患者が依然として存在する。
これまでのところ、チェックポイント阻害剤を用いた臨床試験はいずれも、黒色腫、非小細胞肺癌、ミスマッチ修復欠損結腸直腸癌、又は転移性メルケル細胞癌を含む、分析対象悪性腫瘍タイプの疾患後期段階で約１０％〜４０％の客観的奏効率にとどまった。したがって、患者における固形腫瘍又は他の癌、特に免疫チェックポイント阻害単独に対して応答性ではないものの治療は、依然として、充足されていない医学的ニーズの高い分野である。
（慢性）感染症は、別の主要な臨床的負担を示し、利用可能な抗生物質又は抗ウイルス治療薬に対する感染性病原体の耐性によってしばしば特徴付けられる。（慢性）感染症では、Ｔ細胞は、持続的な抗原及び／又は炎症性シグナルに曝される。このシナリオは、しばしばＴ細胞機能の低下、即ち、「消耗」と呼ばれる状態を伴う。消耗したＴ細胞は、頑健なエフェクター機能を喪失し、複数の阻害性受容体を発現し、変更された転写プログラムにより定義される。Ｔ細胞の消耗は、持続性感染症の非効率的な制御をしばしば伴う。現在利用可能な治療法は、一般に感染性病原体を標的とする有機低分子に依存しているが、急速に進化する耐性によってしばしば妨げられている。したがって、持続性病原体に対するＴ細胞媒介免疫を再活性化するために、消耗した病原体特異的Ｔ細胞を再活性化することができる新規治療薬を提供するという当技術分野における喫緊の必要性がある。
Ｂｏｕｒ−Ｊｏｒｄａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．２４１（１）：１８０−２０５；ＰＭＩＤ：２１４８８８９８
本発明の課題は、これらの必要性を満たし、癌、感染症、並びに本明細書中に定義された他の疾患及び状態を治療するための改善された治療アプローチを提供することである。本発明の根底にある課題は、特許請求された主題によって解決される。
抗ＰＤ−１及び抗ＬＡＧ−３治療と組み合わせたＲＮＡワクチン接種は、Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡ腫瘍モデルにおいて腫瘍増殖を減少させる。Ｃ５７ＢＬ／６マウス（１群当たりｎ≧９）の右側腹部に３×１０５の同系Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡリンパ腫細胞（オボアルブミン発現ＥＬ４リンパ腫細胞株）を皮下接種した。腫瘍細胞接種の４日後、マウスにＯＶＡをコードするＲＮＡ（「ＲＮＡｃｔｉｖｅ」）を皮内接種し、２００μｇの抗ＰＤ−１（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）及び２００μｇの抗ＬＡＧ−３抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を１週間に２回、３〜４週間腹腔内投与した。非特異的ＲＮＡワクチン接種で処置したマウスを対照とした。各群の腫瘍体積中央値は、研究の倫理的エンドポイントを満たすために、１頭のマウスを実験から除外する必要が生じた時点まで示されている。＊対応のない両側マンホイットニー検定。 ＰＤ−１及びＬＡＧ−３遮断単独では、Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡ腫瘍モデルにおけるＰＤ−１及びＬＡＧ−３阻害とＲＮＡワクチンとの組合せの場合と比較して腫瘍増殖を有意に効率的には低下させない。Ｃ５７ＢＬ／６マウス（１群当たりｎ≧９）の右側腹部に３×１０５の同系Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡリンパ腫細胞（オボアルブミン発現ＥＬ４リンパ腫細胞株）を皮下接種した。腫瘍細胞接種の４日後、マウスにＯＶＡをコードするＲＮＡ（ＲＮＡｃｔｉｖｅ）を皮内接種し、２００μｇの抗ＰＤ−１（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）及び２００μｇの抗ＬＡＧ−３抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を１週間に２回、３〜４週間腹腔内投与した。抗ＰＤ１、抗ＬＡＧ−３、又はそれらの組合でのみ処置したマウス及び非特異的ＲＮＡワクチン接種で処置したマウスを対照とした。各群の腫瘍体積中央値は、研究の倫理的エンドポイントを満たすために、１頭のマウスを実験から除外する必要が生じた時点まで示されている。＊対応のない両側マンホイットニー検定。 抗ＰＤ−１及び抗ＬＡＧ−３治療と組み合わせたＲＮＡワクチン接種は、Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡ腫瘍モデルにおいて生存率を上昇させる。Ｃ５７ＢＬ／６マウス（１群当たりｎ≧９）の右側腹部に３×１０５の同系Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡリンパ腫細胞（オボアルブミン発現ＥＬ４リンパ腫細胞株）を皮下接種した。腫瘍細胞接種の４日後、マウスにＯＶＡをコードするＲＮＡ（ＲＮＡｃｔｉｖｅ）を皮内接種し、２００μｇの抗ＰＤ−１（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）及び２００μｇの抗ＬＡＧ−３抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を１週間に２回、３〜４週間腹腔内投与した。非特異的ＲＮＡｃｔｉｖｅワクチン接種で処置したマウスを対照とした。倫理的エンドポイントを満たすために除外まで試験に残っているマウスのカプランマイヤープロットを示す。＊生存曲線のログランク比較。 ＰＤ−１及びＬＡＧ−３免疫チェックポイント阻害は、Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡ腫瘍モデルにおける全体的な生存率に有意な効果を及ぼさなかった。Ｃ５７ＢＬ／６マウス（１群当たりｎ≧９）の右側腹部に３×１０５の同系Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡリンパ腫細胞（オボアルブミン発現ＥＬ４リンパ腫細胞株）を皮下接種した。腫瘍細胞接種の４日後、マウスにＯＶＡをコードするＲＮＡ（ＲＮＡｃｔｉｖｅ）を皮内接種し、２００μｇの抗ＰＤ−１（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）及び２００μｇの抗ＬＡＧ−３抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を１週間に２回、３〜４週間腹腔内投与した。抗ＰＤ１、抗ＬＡＧ−３、又はそれらの組合せでのみ処置したマウス及び非特異的ＲＮＡワクチン接種で処置したマウスを対照とした。倫理的エンドポイントを満たすために除外まで試験に残っているマウスのカプランマイヤープロットを示す。＊生存曲線のログランク比較。
本発明について以下に詳細に説明するが、この発明は本明細書に記載する特定の方法、プロトコル、及び試薬に限定されるものではない（これらは変更し得る）ことを理解すべきである。また、本明細書で使用される用語は、本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解すべきである。特に規定しない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、当業者が一般的に理解する意味と同じ意味を有する。
以下に、本発明の構成要素について説明する。これら構成要素は、特定の実施形態と共に列挙されるが、これらを任意の方式で任意の数組み合わせて更なる実施形態を生み出すことができると理解すべきである。様々に記載される実施例及び好ましい実施形態は、本発明を明示的に記載される実施形態のみに限定すると解釈すべきではない。この説明は、明示的に記載される実施形態を、任意の数の開示する及び／又は好ましい構成要素と組み合わせた実施形態をサポート及び包含すると理解すべきである。更に、特に文脈上示されていない限り、本願に記載する全ての構成要素の任意の順序及び組合せが、本願の記載によって開示されているとみなすべきである。
特に文脈上必要としない限り、以下の本明細書及び特許請求の範囲全体を通して、用語「含む」並びに「含み」及び「含んでいる」などの変形は、指定の部材、整数、又は工程を含むことを意味するが、任意の他の指定されていない部材、整数、又は工程を除外するものではないと理解される。用語「からなる」は、任意の他の指定されていない部材、整数、又は工程が除外される、用語「含む」の特定の実施形態である。本発明の状況では、用語「含む」は、用語「からなる」を包含する。したがって、用語「を含む」は、「を含める」及び「からなる」を包含し、例えば、Ｘ「を含む」組成物は、Ｘのみからなっていてもよく、追加の要素を含んでいてもよい（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
用語「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」、並びに（特に、特許請求の範囲において）本発明を説明する際に用いる類似の参照物は、本明細書において特に指定しない限り又は文脈上明らかに矛盾していない限り、単数及び複数の両方を網羅すると解釈すべきである。本明細書における値の範囲の列挙は、単に、範囲内の各個別の値に個々に参照する簡略な方法として機能することを意図する。本明細書において特に指定しない限り、各個別の値は、それが個々に本明細書に列挙されているかのように明細書に組み込まれる。明細書中の如何なる言語も、本発明の実施に必須である任意の請求されていない構成要素を示すと解釈すべきではない。
用語「実質的に」は、「完全に」を除外するものではなく、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含んでいなくてもよい。必要な場合、用語「実質的に」を本発明の定義から省略する場合がある。
数値ｘに関する用語「約」は、ｘ±１０％を意味する。
本発明においては、特に断りのない限り、代替及び実施形態の異なる特徴を互いに組み合わせてもよい。
明確に且つ読みやすくするために、以下の定義を提供する。これら定義について言及される任意の技術的特徴は、本発明の各実施形態及び全実施形態において読み取ることができる。これら実施形態に関連して更なる定義及び説明を具体的に提供する場合がある。
定義
適応免疫応答：適応免疫応答は、典型的に、免疫系の抗原特異的応答であると理解される。抗原特異性により、例えば、特定の病原体又は病原体に感染している細胞に合わせた応答を生じさせることができる。これら病原体又は細胞に合わせた応答を開始させる能力は、通常、「記憶細胞」によって体内に維持されている。身体がある病原体に１回超感染した場合、これら特異的記憶細胞を用いて、前記病原体を速やかに排除する。これに関連して、適応免疫応答の第１の工程は、抗原提示細胞による抗原特異的免疫応答を誘導することができる抗原特異的なナイーブＴ細胞又は様々な免疫細胞の活性化である。これは、ナイーブＴ細胞が常に通過しているリンパ組織及び器官で生じる。抗原提示細胞として機能し得る３種の細胞は、樹状細胞、マクロファージ、及びＢ細胞である。これら細胞は、それぞれ、免疫応答の誘発において異なる機能を有する。樹状細胞は、食作用及びマクロピノサイトーシスによって抗原を取り込むことができ、また、例えば外来抗原と接触することによって刺激されて、樹状細胞が成熟樹状細胞に分化する局所リンパ組織に遊走することができる。マクロファージは、細菌などの特定の抗原を摂取し、感染因子又は他の適切な刺激によって誘導されてＭＨＣ分子を発現させる。また、受容体を介して可溶性タンパク質抗原に結合し、内部に取り込むＢ細胞の独自の能力は、Ｔ細胞の誘導にとって重要であり得る。ＭＨＣ分子は、典型的に、抗原のＴ細胞への提示を担当する。ＭＨＣ分子における抗原の提示により、Ｔ細胞が活性化されて、前記Ｔ細胞の増殖及びアームドエフェクターＴ細胞への分化が誘導される。エフェクターＴ細胞の最も重要な機能は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞によって感染細胞を殺傷し、共に細胞媒介免疫を構成するＴｈ１細胞によってマクロファージを活性化させ、Ｔｈ２細胞及びＴｈ１細胞の両方によってＢ細胞を活性化させて様々な分類の抗体を産生させ、それによって体液性免疫応答を駆動することである。Ｔ細胞は、抗原を直接認識したり結合したりはしないが、その代わり、例えば、他の細胞の表面上のＭＨＣ分子に結合している病原体由来のタンパク質抗原の短いペプチド断片（例えば、所謂エピトープ）を認識するＴ細胞受容体によって抗原を認識する。
適応免疫系：適応免疫系は、本質的に、病原体の成長を停止させるか又は妨げることに専念している。適応免疫系は、典型的に、特定の病原体を認識及び記憶し（免疫を生じさせ）、前記病原体に遭遇したときにより強い攻撃を開始する能力を脊椎動物の免疫系に付与することによって適応免疫応答を制御する。前記系は、体細胞超変異（体細胞の突然変異が加速されるプロセス）及びＶ（Ｄ）Ｊ組み換え（抗原受容体遺伝子セグメントの不可逆的な遺伝子組み替え）により、高度に適応可能である。この機序により、少数の遺伝子が膨大な数の異なる抗原受容体を産生することができ、前記抗原受容体は、後に、個々のリンパ球で一意的に発現する。遺伝子の再配置により各細胞のＤＮＡが不可逆的に変化するので、かかる細胞の後代（子孫）は全て、長命特異的免疫にとって重要であるメモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞を含む、同じ受容体特異性をコードしている遺伝子を受け継ぐ。
人工核酸分子：人工核酸分子は、典型的に、自然界には存在しない核酸分子（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）であると理解してよい。言い換えれば、人工核酸分子は、非天然核酸分子として理解してよい。かかる核酸分子は、その個々の配列（自然界には存在しない）及び／又は他の修飾（例えば、自然界には存在しないヌクレオチドの構造的修飾）から非天然であり得る。人工核酸分子は、ＤＮＡ分子であってもよく、ＲＮＡ分子であってもよく、ＤＮＡ部分とＲＮＡ部分とを含むハイブリッド分子であってもよい。典型的に、人工核酸分子は、所望の人工ヌクレオチド配列（異種配列）に相当するように遺伝子改変方法によって設計及び／又は作製することができる。これに関連して、人工配列は、通常、自然界には存在し得ない配列である、即ち、少なくとも１つのヌクレオチドが野生型配列とは異なる。用語「野生型」とは、自然界に存在する配列であると理解してよい。更に、用語「人工核酸分子」の意味は、「１つの単一分子」には限定されず、典型的に、同一分子の集合体を含むと理解される。したがって、人工核酸分子とは、アリコートに含有されている複数の同一分子に関する場合もある。
細胞免疫／細胞免疫応答：細胞免疫は、典型的に、マクロファージ、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ）、抗原特異的細胞傷害性Ｔリンパ球の活性化、及び抗原に応答する様々なサイトカインの放出を指す。より一般的な用語では、細胞免疫は、抗体に基づくのではなく、免疫系の細胞の活性化に基づく。典型的に、細胞免疫応答は、細胞（例えば、樹状細胞又は他の細胞などの特定の免疫細胞）においてアポトーシスを誘導することができる抗原特異的細胞傷害性Ｔリンパ球を活性化し、その表面上に外来抗原のエピトープを提示することを特徴とし得る。かかる細胞は、ウイルスに感染していてもよく、細胞内細菌に感染していてもよく、腫瘍抗原を提示する癌細胞であってもよい。更なる特徴は、マクロファージ及びナチュラルキラー細胞を活性化して病原体を破壊させたり、細胞を刺激して適応免疫応答及び自然免疫応答に関与している他の細胞の機能に影響を及ぼす様々なサイトカインを分泌させたりすることであり得る。
ＤＮＡ：ＤＮＡは、デオキシリボ核酸の一般的な略称である。ＤＮＡは、核酸分子、即ち、ヌクレオチドからなるポリマーである。これらヌクレオチドは、通常、デオキシアデノシン一リン酸、デオキシチミジン一リン酸、デオキシグアノシン一リン酸、及びデオキシシチジン一リン酸のモノマーであり、これらは、単独で、糖部分（デオキシリボース）、塩基部分、及びリン酸部分で構成され、特徴的な骨格構造によって重合する。前記骨格構造は、典型的に、第１のヌクレオチドの糖部分（即ち、デオキシリボース）と、隣接する第２のモノマーのリン酸部分との間のホスホジエステル結合によって形成される。モノマーの特定の順序、即ち、糖／リン酸骨格に結合している塩基の順序が、ＤＮＡ配列と呼ばれる。ＤＮＡは、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。二本鎖形態では、第１の鎖のヌクレオチドは、典型的に、例えばＡ／Ｔ塩基対合及びＧ／Ｃ塩基対合によって第２の鎖のヌクレオチドとハイブリダイズする。
配列の断片：配列の断片は、典型的に、例えば、核酸分子又はアミノ酸の配列の完全長配列のより短い部分であってよい。したがって、断片は、典型的に、完全長配列内の相当する一続きと同一である配列からなる。本発明における好ましい配列の断片は、前記断片が由来する分子における連続する一続きの実体に相当するヌクレオチド又はアミノ酸などの連続する一続きの実体からなり、これは、前記断片が由来する分子全体（即ち、完全長分子）の少なくとも２０％、好ましくは少なくとも３０％、より好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、更により好ましくは少なくとも６０％、更により好ましくは少なくとも７０％、最も好ましくは少なくとも８０％を表す。
異種配列：２つの配列は、典型的に、同一の遺伝子に由来していない場合、「異種」であると理解される。即ち、異種配列は、同一の生物に由来し得たとしても、天然で（自然界で）同一の核酸分子（例えば、同一のｍＲＮＡ）中に存在することはない。
体液性免疫／体液性免疫応答：体液性免疫は、典型的に、抗体産生と、任意で抗体産生に付随する付属プロセスとを指す。体液性免疫応答は、典型的に、例えば、Ｔｈ２活性化及びサイトカイン産生、胚中心の形成及びアイソタイプの切り換え、親和性成熟及び記憶細胞の産生を特徴とし得る。また、体液性免疫は、典型的に、病原体及び毒素の中和、古典的補体活性化、並びに食作用及び病原体排除のオプソニンによる促進を含む抗体のエフェクター機能を指す場合もある。
免疫原：本発明において、免疫原は、典型的に、免疫応答を刺激することができる化合物であると理解してよい。好ましくは、免疫原は、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質である。特に好ましい実施形態では、本発明の意味における免疫原は、提供される核酸分子、好ましくは本明細書に定義する人工核酸分子の翻訳産物である。典型的に、免疫原は、少なくとも適応免疫応答を誘発する。
免疫賦活組成物：本発明において、免疫賦活組成物は、典型的に、免疫応答を誘導することができるか、又は免疫応答を誘導することができる成分が由来する少なくとも１つの成分を含有する組成物であると理解してよい。かかる免疫応答は、好ましくは、自然免疫応答又は適応免疫応答と自然免疫応答との組合せであってよい。本発明における免疫賦活組成物は、好ましくは、少なくとも１つの人工核酸分子、より好ましくはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）分子を含有する。ｍＲＮＡなどの免疫賦活成分は、好適な担体と複合体化し得る。したがって、免疫賦活組成物は、ｍＲＮＡ／担体複合体を含んでいてよい。更に、免疫賦活組成物は、ｍＲＮＡなどの免疫賦活成分用のアジュバント及び／又は好適なビヒクルを含んでいてよい。
免疫応答：免疫応答は、典型的に、特定の抗原に対する適応免疫系の特異的反応（所謂、特異的又は適応免疫応答）、又は自然免疫系の非特異的反応（所謂、非特異的又は自然免疫応答）、又はこれらの組合せであってよい。
免疫系：免疫系は、生物を感染から保護することができる。病原体が、生物の物理的障壁の通過に成功し、この生物に侵入した場合、自然免疫系が、即座にではあるが非特異的に応答する。病原体がこの自然応答から逃れた場合、脊椎動物は、第２の保護層である適応免疫系を有している。ここで、免疫系は、感染中の応答に適応してその病原体認識を向上させる。その後、この向上した応答は、病原体が排除された後も免疫記憶の形態で保持され、この病原体に遭遇したときにはいつも適応免疫系がより速やかに且つより強力な攻撃を行うことが可能になる。これによれば、免疫系は、自然免疫系及び適応免疫系を含む。これら２つの部分はそれぞれ、典型的に、所謂体液性成分及び細胞性成分を含有する。
免疫賦活ＲＮＡ：本発明における免疫賦活ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）は、典型的に、自然免疫応答を誘導することができるＲＮＡであってよい。これは、通常、オープンリーディングフレームを有しないので、ペプチド抗原又は免疫原を提供しないが、例えば、特定の種類のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）又は他の好適な受容体に結合することによって免疫応答を誘発する。しかし、無論、オープンリーディングフレームを有し且つペプチド／タンパク質をコードしているｍＲＮＡも自然免疫応答を誘導し得るので、免疫賦活ＲＮＡであり得る。
自然免疫系：非特異的免疫系としても知られている自然免疫系は、典型的に、非特異的に他の生物による感染からホストを守る細胞及び機構を含む。これは、自然免疫系の細胞が、包括的に病原体を認識し、応答することはできるが、適応免疫系とは異なり、ホストに対して長期間免疫を付与することも、防御免疫を付与することもないことを意味する。自然免疫系は、例えば、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のリガンド、又はリポ多糖類などの他の補助物質、ＴＮＦ−アルファ、ＣＤ４０リガンド、又はサイトカイン、モノカイン、リンホカイン、インターロイキン、又はケモカイン、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−１９、ＩＬ−２０、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３、ＩＬ−２４、ＩＬ−２５、ＩＬ−２６、ＩＬ−２７、ＩＬ−２８、ＩＬ−２９、ＩＬ−３０、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＩＬ−３３、ＩＦＮ−アルファ、ＩＦＮ−ベータ、ＩＦＮ−ガンマ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＬＴ−ベータ、ＴＮＦ−アルファ、成長因子及びｈＧＨ、ヒトＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０のリガンド、マウスＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１１、ＴＬＲ１２、又はＴＬＲ１３のリガンド、ＮＯＤ様受容体のリガンド、ＲＩＧ−Ｉ様受容体のリガンド、免疫賦活核酸、免疫賦活ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）、ＣｐＧ−ＤＮＡ、抗菌剤、又は抗ウイルス剤によって活性化され得る。本発明に係る医薬組成物は、１以上のかかる物質を含んでいてよい。典型的に、自然免疫系の応答は、サイトカインと呼ばれる特殊な化学メディエーターを含む化学因子の産生を介して感染部位に免疫細胞を動員し、補体カスケードを活性化し、特殊な白血球によって器官、組織、血液、及びリンパ中に存在する外来物質を同定及び除去し、適応免疫系を活性化し、及び／又は感染因子に対する物理的及び化学的な障壁として作用することを含む。
クローニングサイト：クローニングサイトは、典型的に、核酸配列、例えば、オープンリーディングフレームを含む核酸配列の挿入に好適である核酸分子のセグメントであると理解される。挿入は、例えば、制限酵素処理及びライゲーションによって当業者に公知の任意の分子生物学的方法によって実施してよい。クローニングサイトは、典型的に、１以上の制限酵素認識部位（制限酵素部位）を含む。これら１以上の制限酵素部位は、これら部位においてＤＮＡを切断する制限酵素によって認識され得る。１超の制限酵素部位を含むクローニングサイトは、マルチクローニングサイト（ＭＣＳ）又はポリリンカーと呼ばれる場合もある。
核酸分子：核酸分子は、核酸成分を含む、好ましくは核酸成分からなる分子である。核酸分子という用語は、好ましくは、ＤＮＡ又はＲＮＡの分子を指す。好ましくは、用語「ポリヌクレオチド」と同義的に用いられる。好ましくは、核酸分子は、糖／リン酸骨格のホスホジエステル結合によって互いに共有結合しているヌクレオチドモノマーを含むか又はからなるポリマーである。また、用語「核酸分子」は、例えば、塩基が修飾されている、糖が修飾されている、又は骨格が修飾されているＤＮＡ又はＲＮＡの分子などの修飾核酸分子も含む。
オープンリーディングフレーム：本発明におけるオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、典型的に、ペプチド又はタンパク質に翻訳され得る幾つかのヌクレオチドトリプレットの配列であってよい。オープンリーディングフレームは、好ましくは、その５’末端における開始コドン、即ち、通常アミノ酸メチオニンをコードしている３つの連続するヌクレオチドの組合せ（ＡＴＧ）と、その後に、通常３の倍数である長さのヌクレオチドを有する領域とを含む。ＯＲＦは、好ましくは、終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＡＧ、ＴＧＡ）によって終結する。典型的に、これは、オープンリーディングフレームの唯一の終止コドンである。したがって、本発明におけるオープンリーディングフレームは、好ましくは、開始コドン（例えば、ＡＴＧ）で始まり、好ましくは、終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＧＡ、又はＴＡＧ）で終結する、３で割り切れる多数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列である。オープンリーディングフレームは、単離することができたり、例えば、ベクター又はｍＲＮＡにおけるより長い核酸配列に組み込むことができたりする。また、オープンリーディングフレームは、「（タンパク質）コード配列」、又は好ましくは「コード配列」と呼ばれる場合もある。
ペプチド：ペプチド又はポリペプチドは、典型的に、ペプチド結合によって連結されているアミノ酸モノマーのポリマーである。典型的に、５０個未満のモノマーユニットを含む。しかし、ペプチドという用語は、５０個超のモノマーユニットを有する分子を除外するものではない。また、典型的に５０〜６００個のモノマーユニットを有する長いペプチドは、ポリペプチドとも呼ばれる。
タンパク質：タンパク質は、典型的に、１以上のペプチド又はタンパク質を含む。タンパク質は、典型的に、３次元形態に折り畳まれており、このことは、タンパク質がその生物学的機能を発揮するのに必要である場合がある。
制限酵素部位：「制限酵素認識部位」とも呼ばれる制限酵素部位は、制限酵素によって認識されるヌクレオチド配列である。制限酵素部位は、典型的に短く、好ましくは、回文構造のヌクレオチド配列、例えば、４〜８個のヌクレオチドを含む配列である。制限酵素部位は、好ましくは、制限酵素によって特異的に認識される。制限酵素は、典型的に、この部位において制限酵素部位を含むヌクレオチド配列を切断する。二本鎖ＤＮＡ配列などの二本鎖ヌクレオチド配列では、制限酵素は、典型的に、ヌクレオチド配列の両方の鎖を切断する。
ＲＮＡ、ｍＲＮＡ：ＲＮＡは、リボ核酸の一般的な略称である。ＲＮＡは、核酸分子、即ち、ヌクレオチドからなるポリマーである。これらヌクレオチドは、通常、所謂骨格に沿って互いに結合しているアデノシン一リン酸、ウリジン一リン酸、グアノシン一リン酸、及びシチジン一リン酸のモノマーである。骨格は、第１のモノマーの糖（即ち、リボース）と第２の隣接するモノマーのリン酸部分との間のホスホジエステル結合によって形成される。特定の連続するモノマーをＲＮＡ配列と呼ぶ。通常、ＲＮＡは、例えば、細胞内部のＤＮＡ配列の転写によって得ることができる。真核細胞では、転写は、通常、核又はミトコンドリア内部で実施される。インビボでは、ＤＮＡの転写により、通常、所謂未成熟ＲＮＡが得られ、これは、所謂メッセンジャーＲＮＡ（通常、ｍＲＮＡと略される）にプロセシングされなければならない。例えば、真核生物における未成熟ＲＮＡのプロセシングは、スプライシング、５’−キャッピング、ポリアデニル化、核又はミトコンドリアからのエクスポートなどの様々な異なる転写後修飾を含む。これらプロセス全体をＲＮＡの成熟とも呼ぶ。成熟メッセンジャーＲＮＡは、通常、特定のペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列に翻訳され得るヌクレオチド配列を提供する。典型的に、成熟ｍＲＮＡは、５’−キャップ、５’−ＵＴＲ、オープンリーディングフレーム、３’−ＵＴＲ、及びポリ（Ａ）配列を含む。メッセンジャーＲＮＡは別として、転写及び／又は翻訳の制御に関与し得る幾つかの非コード型のＲＮＡが存在する。
核酸分子の配列：核酸分子の配列は、典型的に、そのヌクレオチドの特定の及び個々の順序、即ち、連続物であると理解される。タンパク質又はペプチドの配列は、典型的に、そのアミノ酸の順序、即ち、連続物であると理解される。
配列同一性：同じ長さ及び順序のヌクレオチド又はアミノ酸を有する場合、２以上の配列は同一である。同一性の割合は、典型的に、２つの配列が同一である程度について説明する。即ち、典型的に、その配列位置においてレファレンス配列の同一ヌクレオチドと一致するヌクレオチドの割合について説明するものである。同一性の程度を決定する場合、比較する配列は、同じ長さ、即ち、比較する配列のうちの最長の配列の長さを有するとみなされる。これは、８ヌクレオチドからなる第１の配列が、前記第１の配列を含む１０ヌクレオチドからなる第２の配列と８０％同一であることを意味する。言い換えれば、本発明において、配列同一性は、好ましくは、同じ長さを有する２以上の配列において配列のうちの同一位置を有するヌクレオチドの割合に関する。ギャップは、アラインメントにおけるその実際の位置にかかわらず、通常、非同一位置であるとみなされる。
安定化核酸分子：安定化核酸分子は、例えば、環境因子又はエキソヌクレアーゼ若しくはエンドヌクレアーゼによる分解などの酵素分解によって、修飾されていない核酸分子よりも崩壊又は分解に対して安定であるように修飾されている核酸分子、好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡの分子である。好ましくは、本発明における安定化核酸分子は、細胞（例えば、原核細胞又は真核細胞）、好ましくは哺乳類細胞（例えば、ヒト細胞）において安定化される。また、安定化効果は、例えば、安定化核酸分子を含む医薬組成物の製造過程において、細胞外、例えば、バッファ溶液中などでも発揮され得る。
トランスフェクション：用語「トランスフェクション」は、ＤＮＡ又はＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）の分子などの核酸分子を細胞、好ましくは真核細胞に導入することを指す。本発明において、用語「トランスフェクション」は、核酸分子を細胞、好ましくは真核細胞、例えば哺乳類細胞に導入するための当業者に公知の任意の方法を含む。かかる方法は、例えば、エレクトロポレーション、（例えば、カチオン性脂質及び／又はリポソームに基づく）リポフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ナノ粒子に基づくトランスフェクション、ウイルスに基づくトランスフェクション、又はカチオン性ポリマー（例えば、ＤＥＡＥ−デキストラン又はポリエチレンイミンなど）に基づくトランスフェクションを含む。好ましくは、非ウイルス的に導入される。
ベクター：用語「ベクター」は、核酸分子、好ましくは人工核酸分子を指す。本発明におけるベクターは、オープンリーディングフレームを含む核酸配列などの所望の核酸配列を組み込むか又は有するのに好適である。かかるベクターは、ストレージベクター、発現ベクター、クローニングベクター、トランスファーベクターなどであってよい。ストレージベクターは、核酸分子、例えば、ｍＲＮＡ分子を便利に保管することができるベクターである。したがって、このベクターは、例えば、所望のｍＲＮＡ配列又はその一部に相当する配列（例えば、ｍＲＮＡの３’−ＵＴＲ及びコード配列に相当する配列）を含んでいてよい。発現ベクターは、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、又はペプチド、ポリペプチド、若しくはタンパク質などの発現産物を産生するために用いることができる。例えば、発現ベクターは、プロモータ配列（例えば、ＲＮＡポリメラーゼプロモータ配列）などのベクターの一続きの配列の転写に必要な配列を含んでいてよい。クローニングベクターは、典型的に、核酸配列をベクターに組み込むために用いることができるクローニングサイトを含むベクターである。クローニングベクターは、例えば、プラスミドベクター又はバクテリオファージベクターであってよい。トランスファーベクターは、細胞又は生物に核酸分子を移入するのに好適なベクター、例えば、ウイルスベクターであってよい。本発明におけるベクターは、例えば、ＲＮＡベクターであってもＤＮＡベクターであってもよい。好ましくは、ベクターは、ＤＮＡ分子である。好ましくは、本願の意味におけるベクターは、クローニングサイト、選択マーカー（例えば、抗生物質耐性因子）、及びベクターの増殖に好適な配列（例えば、複製起点）を含む。好ましくは、本願におけるベクターは、プラスミドベクターである。
ビヒクル：ビヒクルは、典型的に、化合物（例えば、薬学的に活性のある化合物）を保管、輸送、及び／又は投与するのに好適な材料であると理解される。例えば、薬学的に活性のある化合物を保管、輸送、及び／又は投与するのに好適な生理学的に許容できる液体であってよい。
本発明は、腫瘍抗原をコードするＲＮＡと、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤との併用投与が、抗腫瘍免疫応答を効果的に増強することができるという驚くべき発見に一部基づく。前記ＲＮＡと両阻害剤との組合せは、有意に減少した腫瘍増殖をもたらすだけでなく、完全な腫瘍根絶をもたらすことも可能であった（一方、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３チェックポイント阻害剤単独の投与では、完全な腫瘍寛解は起こらなかった）。ＲＮＡとＰＤ−１及びＬＡＧ−３遮断との組合せだけが相乗的に作用し、非特異的ＲＮＡ、単一阻害剤、又は更には特異的ＲＮＡでの単一処置に比べて生存率の有意な上昇を誘導した。したがって、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３の免疫チェックポイント阻害と治療用ＲＮＡワクチンとの組合せは、抗腫瘍免疫応答及び臨床結果を改善するだけでなく、感染症並びに本明細書に記載の他の疾患及び状態に対抗するための魅力的な治療アプローチを示す。
したがって、第１の態様において、本発明は、（ｉ）抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのＲＮＡと、（ｉｉ）少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と、（ｉｉｉ）少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤とを含む組合せに関する。
したがって、本発明の組合せは、少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのＲＮＡを含む。したがって、前記ＲＮＡは、前記ＲＮＡの少なくとも１つのコード配列（又は「コード領域」）中に、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、又はそれ以上のエピトープなど、１つ又は幾つかのエピトープをコードしてもよい。したがって、ＲＮＡは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の異なるエピトープをコードする１つのコード領域を含んでもよい。或いは、前記ＲＮＡは、１超のエピトープをコードする１超のコード領域を含んでもよい。前記ＲＮＡはまた、本明細書において「エピトープコードＲＮＡ」とも称される。
「ＲＮＡ」という用語は、リボ核酸分子であって、前記分子を形成するために結合されるそれらのヌクレオチドの特異的な連続（即ち、それらのＲＮＡ配列）によって特徴付けられるリボ核酸分子を意味することが理解される。したがって、用語「ＲＮＡ」は、それぞれの文脈において当業者によって容易に理解されるように、ＲＮＡ分子又はＲＮＡ配列を意味するために使用され得る。例えば、本発明の組合せの文脈で使用される「少なくとも１つのＲＮＡ」という用語は、好ましくは前記組合せ中に存在する少なくとも１つのＲＮＡ分子を意味する（前記分子は、特に、その特定のＲＮＡ配列によって特徴付けられる）。配列修飾の文脈における用語「ＲＮＡ」は、修飾されたＲＮＡ配列に関すると理解されるが、典型的には得られるＲＮＡ分子（それらのＲＮＡ配列に関して修飾されている）も含む。
「エピトープ」又は「抗原決定基」という用語は、典型的には、適応免疫系によって認識される抗原の一部を意味する。「抗原」は、免疫系によって、好ましくは適応免疫系によって（典型的にはそのエピトープを介して）認識されることができ、例えば、適応免疫応答の一部としての抗体及び／又は抗原特異的Ｔ細胞の形成によって、抗原特異的免疫応答を誘発することができる物質である。典型的には、抗原は、抗原提示細胞によってＭＨＣ表面分子上の（抗原特異的）Ｔ細胞に提示され得るペプチド又はタンパク質であり得る、又はそれらを含み得る。本発明の文脈において、抗原は、提供された核酸分子、好ましくは本明細書に定義されるようなエピトープコードＲＮＡの翻訳の産物であり得る。この文脈においては、少なくとも１つのエピトープを含む抗原（ペプチド又はタンパク質など）の断片又は変異体も抗原として理解される。
本明細書中で使用される場合、用語「エピトープ」は、特に、ＭＨＣ表面分子上に提示される抗原の一部又は断片を意味する。本明細書で使用されるエピトープを含む又はからなるそのような断片は、典型的には約５〜約２０個のアミノ酸を含み得る。エピトープは、Ｔ細胞エピトープとＢ細胞エピトープで区別することができる。本発明の文脈におけるＴ細胞エピトープ又はタンパク質の一部は、好ましくは約６〜約２０個又はそれ以上のアミノ酸の長さを有する断片を含むことができ、例えば、ＭＨＣクラスＩ分子によって処理され提示される断片であって、好ましくは約８〜約１０個のアミノ酸の長さ、例えば、８、９、若しくは１０個（又は更には１１又は１２個のアミノ酸）を有する断片、又はＭＨＣクラスＩＩ分子によって処理され提示される断片であって、好ましくは約１３個以上のアミノ酸の長さ、例えば、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれ以上のアミノ酸を有する断片であり、これらの断片はアミノ酸配列の任意の部分から選択されることができる。これらの断片は、典型的にはペプチド断片とＭＨＣ表面分子とからなる複合体の形態でＴ細胞によって認識される。即ち、断片は、典型的にはそれらのネイティブの形態では認識されない。Ｂ細胞エピトープは、典型的には、本明細書に定義される（ネイティブの）タンパク質又はペプチド抗原の外表面に位置する断片であり、好ましくは５〜１５個のアミノ酸、より好ましくは５〜１２個のアミノ酸、更により好ましくは６〜９個のアミノ酸を有し、これは、抗体によって認識され得る、即ち、それらのネイティブな形態で認識され得る。「エピトープ」という用語は、抗原のアミノ酸の不連続な配列からなるが三次元構造にまとめられている「立体構造」（又は「不連続」）エピトープ、及び抗原に由来するアミノ酸の連続配列によって形成される「線状」エピトープを含む。
本発明の組合せの「エピトープコード」ＲＮＡは、完全長（ペプチド若しくはタンパク質）抗原、又はその変異体若しくは断片をコードすることができる。前記完全長（ペプチド若しくはタンパク質）抗原、又はその変異体若しくは断片は、少なくとも１つの（機能的）エピトープを含む、からなる、又は提供する。即ち、前記抗原性ペプチド若しくはタンパク質（又はその変異体若しくは断片）は、好ましくは、（好ましくはＢ細胞によって認識される）ネイティブエピトープを含む若しくはからなる、又は（好ましくはＴ細胞によって認識される）ＭＨＣ結合エピトープを提供するように処理及び／又は結合される。前記エピトープは、好ましくは機能的である、即ち、被験体において所望の適応免疫応答を誘導することができる。したがって、コードされた抗原、変異体、又は断片は、それらが被験体において所望の適応免疫応答を誘導することができる少なくとも１つの機能的エピトープを含む、からなる、又は提供する限り、任意の長さであることができる。したがって、「エピトープコード」ＲＮＡは、（ｉ）本明細書に定義される完全長抗原配列（又はその変異体）、又は（ｉｉ）本明細書に定義される前記抗原配列の断片（又はその変異体）の少なくとも１つ以上をコードし得る。前記抗原断片は、線状又は立体構造エピトープを形成する短いアミノ酸であることができる、又はＭＨＣ表面分子によって処理及び結合される断片であることができる。抗原断片は、好ましくは、少なくとも１つの「機能的」エピトープ、即ち、所望の（適応的）免疫応答を誘導することができるエピトープを含む。
完全長抗原
野生型抗原
好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列、特にそのＲＮＡ配列は、本明細書に定義される「完全長」抗原をコードするコード配列を含み得る。本明細書で使用される「完全長抗原」という用語は通常、天然に存在する（野生型）抗原の全アミノ酸配列を実質的に含む抗原を意味する。
天然に存在する（野生型）抗原は、天然に存在する（野生型）核酸配列、特にＲＮＡ配列によって、又は（遺伝暗号の縮重のために）核酸配列「変異体」によってコードされ得る。したがって、好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは、野生型核酸配列又は本明細書に定義される完全長の野生型抗原をコードする核酸配列「変異体」を含む。好ましい実施形態によれば、前記抗原は、以下のリスト１に列挙される抗原から選択される。
変異体
更なる好ましい実施形態によれば、エピトープコードＲＮＡ、特にそのＲＮＡ配列は、本明細書に定義される抗原の変異体をコードする少なくとも１つのコード配列を含む。
好ましくは、抗原「変異体」又は「配列変異体」の配列は、参照（又は「親」）配列である天然に存在する（野生型）抗原のアミノ酸配列と少なくとも１つのアミノ酸残基が異なる。したがって、変異体抗原は、それらのそれぞれの参照配列と比較して、少なくとも１つのアミノ酸の突然変異、置換、挿入、又は欠失を含むことが好ましい。好ましくは、本明細書で使用される「変異体」という用語は、本明細書に定義されるタンパク質抗原の任意のホモログ、アイソフォーム、又は転写産物変異体を含み、前記ホモログ、アイソフォーム、又は転写産物変異体は、好ましくはそれぞれ本明細書に定義される同一性又は相同性の程度によって特徴付けられる。
本発明の組合せのＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされる抗原「変異体」は、野生型（天然に存在する）抗原アミノ酸配列と比較して少なくとも１つのアミノ酸置換を含み得る。前記置換は、保存的又は非保存的置換から選択され得る。幾つかの実施形態では、エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされるタンパク質「変異体」は、同じクラスに由来するアミノ酸が互いに交換される少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を含むことが好ましい。特に、これらは脂肪族側鎖、正又は負に帯電した側鎖、側鎖又はアミノ酸中の芳香族基を有するアミノ酸であり、それらの側鎖は水素架橋を形成することができる（例えば、ヒドロキシル官能性を有する側鎖など）。保存的な構成によって、例えば、極性側鎖を有するアミノ酸は、対応する極性側鎖を有する別のアミノ酸によって置換されてもよく、又は、例えば、疎水性側鎖を特徴とするアミノ酸は、対応する疎水性側鎖を有する別のアミノ酸によって置換されてもよい（例えば、セリン（スレオニン）がスレオニン（セリン）で置換される、又はロイシン（イソロイシン）がイソロイシン（ロイシン）で置換される）。
「変異体」は、特に、コードされた抗原のエピトープの機能性を損なわない、配列位置におけるアミノ酸の突然変異、挿入、欠失、及び／又は非保存的置換も含み得る。
好ましくは、抗原の「変異体」は、典型的には、それぞれの天然に存在する（野生型）抗原のアミノ酸配列と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、又は更には９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
断片
更なる好ましい実施形態によれば、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、抗原の断片（又はその変異体）をコードしていてもよい。前記断片は、それが好ましくは少なくとも１つの機能的エピトープを含む限り、任意の長さのものであることができる。
本発明の文脈において、抗原（又はその変異体）の「断片」は、天然に存在する抗原又はその変異体（又はそれをコードする核酸配列）のアミノ酸配列と比較して、そのアミノ酸配列（又はそれをコードする核酸配列）に関して、Ｎ末端、Ｃ末端、及び／又は配列内でトランケートされている、上で定義される抗原（又はその変異体）の配列を含み得る。したがって、そのようなトランケーションは、それぞれ、アミノ酸レベル又は核酸レベルのいずれかで起こり得る。したがって、本明細書に定義されるそのような断片に関する配列同一性は、好ましくは、本明細書に定義される全抗原（又はその変異体）又はそのような抗原（又はその変異体）の全（コード）核酸配列を意味する。
抗原（又はその変異体）の「断片」は、約５〜約２０個又はそれ以上のアミノ酸の長さを有し、好ましくはＭＨＣ複合体によって処理及び提示される、本明細書に定義される前記抗原（又はその変異体）のアミノ酸配列を含む又はからなることができる。好ましくは、抗原（又はその変異体）の断片は、約６〜約２０個又はそれ以上のアミノ酸の長さを有する、本明細書に定義される前記抗原（又はその変異体）のアミノ酸配列を含む又はからなることができる。例えば、ＭＨＣクラスＩ分子によって処理され提示される断片であって、好ましくは約８〜約１０個（８、９、若しくは１０個（又は更に６、７、１１、若しくは１２個のアミノ酸）のアミノ酸の長さを有する断片、又はＭＨＣクラスＩＩ分子によって処理され提示される断片であって、好ましくは約１３個以上のアミノ酸の長さ、例えば、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれ以上のアミノ酸の長さを有する断片であり、ここで断片は、アミノ酸配列の任意の部分から選択され得る。これらの断片は、典型的には、ペプチド断片とＭＨＣ分子とからなる複合体の形態でＴ細胞によって認識される、即ち、断片は、それらの「ネイティブ」又は「遊離」の形態では認識されず、ＭＨＣ結合形態で認識される。
好ましくは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされる抗原（又はその変異体）の「断片」は、典型的には、それぞれの完全長野生型抗原（又はその変異体）のアミノ酸配列と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む又はからなり得る。
エピトープコードＲＮＡによってコードされる少なくとも１つの抗原「断片」は、（ａ）野生型抗原又は（ｂ）本明細書に定義される抗原変異体の（Ｎ末端、Ｃ末端、及び／又は配列内で）トランケートされた断片であり得ることが想定される。しかし、「断片」という用語は、（ａ）野生型抗原又は（ｂ）本明細書に定義される抗原変異体に対して、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、又は更には９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む又はからなる「断片変異体」も含み得る。
抗原
腫瘍抗原
本発明者らは、驚くべきことに、腫瘍抗原をコードするＲＮＡがインビボで腫瘍抗原の発現を提供することができることを発見した。予想外なことに、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤と組み合わせたワクチンとしての前記ＲＮＡの提供により、改善された抗腫瘍免疫応答を誘導することができた。
好ましい実施形態では、ＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされるエピトープは、腫瘍又は癌疾患に由来する又は関連する、本明細書に定義される腫瘍抗原のエピトープである。好ましくは、腫瘍は悪性腫瘍である。腫瘍抗原は、好ましくは癌疾患に関連する抗原である。本明細書で使用される場合、腫瘍抗原は、典型的には腫瘍細胞、好ましくは哺乳動物の腫瘍細胞に由来する。腫瘍抗原は、好ましくは、全身性又は固形腫瘍など、哺乳動物（好ましくはヒト）の腫瘍に由来する腫瘍細胞中又はその表面上に位置する。
腫瘍抗原はまた、正常細胞と比較して腫瘍細胞において過剰発現されるタンパク質から選択されてもよい。更に、「腫瘍抗原」という表現には、それ自体は変性されていない（いなかった）（又は本来、それ自体は変性されていない）が、想定される腫瘍と関連している細胞において発現される抗原も含む。腫瘍供給血管（ｔｕｍｏｒ−ｓｕｐｐｌｙｉｎｇ ｖｅｓｓｅｌｓ）又はその（再）形成に関連している抗原、特に血管新生に関連している抗原、ＶＥＧＦ、ｂＦＧＦなどの成長因子もまた本明細書に含まれる。腫瘍に関連する更なる抗原には、典型的には腫瘍を埋包する細胞又は組織に由来する抗原が含まれる。更に、幾つかの物質（通常、タンパク質又はペプチド）は、（自覚しているかどうかにかかわらず）癌疾患に罹患している患者において発現され、それらは前記患者の体液中に高濃度で存在する。幾つかの物質は、免疫応答誘導物質の最も厳密な意味における抗原でなくても、本明細書において「腫瘍抗原」とも称される。腫瘍抗原のクラスは更に、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に分類することができ、これらはいずれも、本明細書で使用される前記表現に包含される。ＴＳＡは、腫瘍細胞によってのみ提示され、正常な「健常な」細胞によっては提示されない。それらは典型的には、腫瘍特異的突然変異から生じる。より一般的なＴＡＡは、通常、腫瘍細胞と健常な細胞の両方によって提示される。これらの抗原は認識され、抗原提示細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞によって破壊され得る。更に、腫瘍抗原はまた、例えば突然変異受容体の形態で腫瘍の表面に存在し得る。この場合、それらは抗体によって認識され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「腫瘍抗原」は、好ましくは、以下のリスト１に提供される腫瘍抗原のうちのいずれか１つを意味する。したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、好ましくは、リスト１に提供される抗原から選択される腫瘍抗原、又はその断片若しくは変異体に由来するエピトープをコードする。
この文脈においては、エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列が、腫瘍抗原、又はその断片若しくは変異体をコードし、前記腫瘍抗原が、リスト１に列挙される抗原から選択される抗原であることが更に好ましい。
リスト１：腫瘍抗原のリスト（遺伝子名（ＵｎｉＰｒｏｔ、ＲｅｆＳｅｑ、又はＧｅｎｂａｎｋのタンパク質アクセッション番号））：
１Ａ０１＿ＨＬＡ−Ａ／ｍ（Ｐ３０４４３）；１Ａ０２（Ｐ０１８９２）；５Ｔ４（Ｑ１３６４１）；ＡＣＲＢＰ（Ｑ８ＮＥＢ７）；ＡＦＰ（Ｐ０２７７１）；ＡＫＡＰ４（Ｑ５ＪＱＣ９）；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ（Ｂ４ＤＳＸ０）；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ（Ｂ４Ｅ３３７）；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ（Ｏ４３７０７）；アルファ−メチルアシル−コエンザイム＿Ａ＿ラセマーゼ（Ａ０Ａ０２４ＲＥ１６）；アルファ−メチルアシル−コエンザイム＿Ａ＿ラセマーゼ（Ａ８ＫＡＣ３）；ＡＮＤＲ（Ｐ１０２７５）；ＡＲＴ−４（Ｑ９ＵＬＸ３）；ＡＲＴＣ１／ｍ（Ｐ５２９６１）；ＡＵＲＫＢ（Ｑ９６ＧＤ４）；Ｂ２ＭＧ（Ｐ６１７６９）；Ｂ３ＧＮ５（Ｑ９ＢＹＧ０）；Ｂ４ＧＮ１（Ｑ００９７３）；Ｂ７Ｈ４（Ｑ７Ｚ７Ｄ３）；ＢＡＧＥ−１（Ｑ１３０７２）；ＢＡＳＩ（Ｐ３５６１３）；ＢＣＬ−２（Ａ９ＱＸＧ９）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＥＺ４）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＥＺ７）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＥＺ８）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＥＺ９）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ００）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０１）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０３）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０４）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０５）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０６）；ｂｃｒ／ａｂｌ（Ａ９ＵＦ０８）；ベータ−カテニン／ｍ（Ｐ３５２２２）；ベータ−カテニン／ｍ（Ｑ８ＷＹＡ６）；ＢＩＮＧ−４（Ｏ１５２１３）；ＢＩＲＣ７（Ｑ９６ＣＡ５）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ａ０Ａ０２４Ｒ１Ｖ０）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ａ０Ａ０２４Ｒ１Ｖ７）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ａ０Ａ０２４Ｒ１Ｚ８）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ａ０Ａ０６８ＢＦＸ７）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ｃ６ＹＢ４５）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ｃ６ＹＢ４７）；ＢＲＣＡ１／ｍ（Ｇ３ＸＡＣ３）；ＢＹ５５（Ｏ９５９７１）；カルレティキュリン（Ｂ４ＤＨＲ１）；カルレティキュリン（Ｂ４Ｅ２Ｙ９）；カルレティキュリン（Ｐ２７７９７）；カルレティキュリン（Ｑ９６Ｌ１２）；ＣＡＭＥＬ（Ｏ９５９８７）；ＣＡＳＰ−８／ｍ（Ｑ１４７９０）；ＣＡＳＰＡ（Ｑ９２８５１−４）；カテプシン＿Ｂ（Ａ０Ａ０２４Ｒ３７４）；カテプシン＿Ｂ（Ｐ０７８５８）；カテプシン＿Ｌ（Ａ０Ａ０２４Ｒ２７６）；カテプシン＿Ｌ（Ｐ０７７１１）；カテプシン＿Ｌ（Ｑ９ＨＢＱ７）；ＣＤ１Ａ（Ｐ０６１２６）；ＣＤ１Ｂ（Ｐ２９０１６）；ＣＤ１Ｃ（Ｐ２９０１７）；ＣＤ１Ｄ（Ｐ１５８１３）；ＣＤ１Ｅ（Ｐ１５８１２）；ＣＤ２０（Ｐ１１８３６）；ＣＤ２２（Ｏ６０９２６）；ＣＤ２２（Ｐ２０２７３）；ＣＤ２２（Ｑ０ＥＡＦ５）；ＣＤ２７６（Ｑ５ＺＰＲ３）；ＣＤ３３（Ｂ４ＤＦ５１）；ＣＤ３３（Ｐ２０１３８）；ＣＤ３３（Ｑ５４６Ｇ０）；ＣＤ３Ｅ（Ｐ０７７６６）；ＣＤ３Ｚ（Ｐ２０９６３）；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿１（Ｐ１６０７０）；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿６（Ｐ１６０７０−６）；ＣＤ４（Ｐ０１７３０）；ＣＤ５２（Ｐ３１３５８）；ＣＤ５２（Ｑ６ＩＢＤ０）；ＣＤ５２（Ｖ９ＨＷＮ９）；ＣＤ５５（Ｂ１ＡＰ１５）；ＣＤ５５（Ｄ３ＤＴ８５）；ＣＤ５５（Ｄ３ＤＴ８６）；ＣＤ５５（Ｐ０８１７４）；ＣＤ５６（Ｐ１３５９１）；ＣＤ８０（Ａ０Ｎ０Ｐ２）；ＣＤ８０（Ｐ３３６８１）；ＣＤ８６（Ｐ４２０８１）；ＣＤ８Ａ（Ｐ０１７３２）；ＣＤＣ２７／ｍ（Ｇ５ＥＡ３６）；ＣＤＣ２７／ｍ（Ｐ３０２６０）；ＣＤＥ３０（Ｐ２８９０８）；ＣＤＫ４／ｍ（Ａ０Ａ０２４ＲＢＢ６）；ＣＤＫ４／ｍ（Ｐ１１８０２）；ＣＤＫ４／ｍ（Ｑ６ＬＣ８３）；ＣＤＫ４／ｍ（Ｑ９６ＢＥ９）；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ（Ｄ１ＬＹＸ３）；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ（Ｇ３ＸＡＧ３）；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ（Ｋ７ＰＭＬ８）；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ（Ｌ８Ｅ９４１）；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ（Ｑ８Ｎ７２６）；ＣＥＡ（ＮＰ＿００４３５４）；ＣＥＡＭ６（Ｐ４０１９９）；ＣＨ３Ｌ２（Ｑ１５７８２）；ＣＬＣＡ２（Ｑ９ＵＱＣ９）；ＣＭＬ２８（Ｑ９ＮＱＴ４）；ＣＭＬ６６（Ｑ９６ＲＳ６）；ＣＯＡ−１／ｍ（Ｑ５Ｔ１２４）；コアクトシン様＿タンパク質（Ｑ１４０１９）；コラーゲン＿ＸＸＩＩＩ（Ｌ８ＥＡＳ４）；コラーゲン＿ＸＸＩＩＩ（Ｑ８６Ｙ２２）；ＣＯＸ−２（Ｑ６ＺＹＫ７）；ＣＰ１Ｂ１（Ｑ１６６７８）；ＣＳＡＧ２（Ｑ９Ｙ５Ｐ２−２）；ＣＳＡＧ２（Ｑ９Ｙ５Ｐ２）；ＣＴ４５Ａ１（Ｑ５ＨＹＮ５）；ＣＴ５５（Ｑ８ＷＵＥ５）；ＣＴ−＿９／ＢＲＤ６（Ｑ５８Ｆ２１）；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ａ（Ｏ７５６３８−２）；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ｂ（Ｏ７５６３８）；ＣＴＣＦＬ（Ｑ８ＮＩ５１）；Ｃｔｅｎ（Ｑ８ＩＺＷ８）；サイクリン＿Ｂ１（Ｐ１４６３５）；サイクリン＿Ｄ１（Ｐ２４３８５）；ｃｙｐ−Ｂ（Ｐ２３２８４）；ＤＡＭ−１０（Ｐ４３３６６）；ＤＥＰ１Ａ（Ｑ５ＴＢ３０）；Ｅ７（Ｐ０３１２９）；Ｅ７（Ｐ０６７８８）；Ｅ７（Ｐ１７３８７）；Ｅ７（Ｐ０６４２９）；Ｅ７（Ｐ２７２３０）；Ｅ７（Ｐ２４８３７）；Ｅ７（Ｐ２１７３６）；Ｅ７（Ｐ２６５５８）；Ｅ７（Ｐ３６８３１）；Ｅ７（Ｐ３６８３３）；Ｅ７（Ｑ９ＱＣＺ１）；Ｅ７（Ｑ８１９６５）；Ｅ７（Ｑ８０９５６）；ＥＦ１Ａ２（Ｑ０５６３９）；ＥＦＴＵＤ２／ｍ（Ｑ１５０２９）；ＥＧＦＲ（Ａ０Ａ０Ｂ４Ｊ１Ｙ５）；ＥＧＦＲ（Ｅ７ＢＳＶ０）；ＥＧＦＲ（Ｌ０Ｒ６Ｇ１）；ＥＧＦＲ（Ｐ００５３３−２）；ＥＧＦＲ（Ｐ００５３３）；ＥＧＦＲ（Ｑ１４７Ｔ７）；ＥＧＦＲ（Ｑ５０４Ｕ８）；ＥＧＦＲ（Ｑ８ＮＤＵ８）；ＥＧＬＮ３（Ｑ９Ｈ６Ｚ９）；ＥＬＦ２／ｍ（Ｂ７Ｚ７２０）；ＥＭＭＰＲＩＮ（Ｑ５４Ａ５１）；ＥｐＣａｍ（Ｐ１６４２２）；ＥｐｈＡ２（Ｐ２９３１７）；ＥｐｈＡ３（Ｐ２９３２０）；ＥｐｈＡ３（Ｑ６Ｐ４Ｒ６）；ＥｒｂＢ３（Ｂ３ＫＷＧ５）；ＥｒｂＢ３（Ｂ４ＤＧＱ７）；ＥＲＢＢ４（Ｑ１５３０３）；ＥＲＧ（Ｐ１１３０８）；ＥＴＶ６（Ｐ４１２１２）；ＥＷＳ（Ｑ０１８４４）；ＥＺＨ２（Ｆ２ＹＭＭ１）；ＥＺＨ２（Ｇ３ＸＡＬ２）；ＥＺＨ２（Ｌ０Ｒ８５５）；ＥＺＨ２（Ｑ１５９１０）；ＥＺＨ２（Ｓ４Ｓ３Ｒ８）；ＦＡＢＰ７（Ｏ１５５４０）；ＦＣＧＲ３Ａ（Ｐ０８６３７）；ＦＧＦ５（Ｐ１２０３４）；ＦＧＦ５（Ｑ６０５１８）；ＦＧＦＲ２（Ｐ２１８０２）；フィブロネクチン（Ａ０Ａ０２４Ｒ５Ｉ６）；フィブロネクチン（Ａ０Ａ０２４ＲＢ０１）；フィブロネクチン（Ａ０Ａ０２４ＲＤＴ９）；フィブロネクチン（Ａ０Ａ０２４ＲＤＶ５）；フィブロネクチン（Ａ６ＮＨ４４）；フィブロネクチン（Ａ８Ｋ６Ａ５）；フィブロネクチン（Ｂ２Ｒ６２７）；フィブロネクチン（Ｂ３ＫＸＭ５）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＩＣ５）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＮ２１）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＳ９８）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＴＨ２）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＴＫ１）；フィブロネクチン（Ｂ４ＤＵ１６）；フィブロネクチン（Ｂ７Ｚ３Ｗ５）；フィブロネクチン（Ｂ７Ｚ９３９）；フィブロネクチン（Ｇ５Ｅ９Ｘ３）；フィブロネクチン（Ｑ９Ｈ３８２）；ＦＯＳ（Ｐ０１１００）；ＦＯＸＰ３（Ｑ９ＢＺＳ１）；ＦＵＴ１（Ｐ１９５２６）；Ｇ２５０（Ｑ１６７９０）；ＧＡＧＥ−１（ＡＡＡ８２７４４）；ＧＡＧＥ−２（Ｑ６ＮＴ４６）；ＧＡＧＥ−３（Ｑ１３０６７）；ＧＡＧＥ−４（Ｑ１３０６８）；ＧＡＧＥ−５（Ｑ１３０６９）；ＧＡＧＥ−６（Ｑ１３０７０）；ＧＡＧＥ７ｂ（Ｏ７６０８７）；ＧＡＧＥ−８＿ＧＡＧＥ−２Ｄ（Ｑ９ＵＥＵ５）；ＧＡＳＲ（Ｐ３２２３９）；ＧｎＴ−Ｖ（Ｑ０９３２８）；ＧＰＣ３（Ｉ６ＱＴＧ３）；ＧＰＣ３（Ｐ５１６５４）；ＧＰＣ３（Ｑ８ＩＹＧ２）；ＧＰＮＭＢ／ｍ（Ａ０Ａ０２４ＲＡ５５）；ＧＰＮＭＢ／ｍ（Ｑ１４９５６）；ＧＰＮＭＢ／ｍ（Ｑ８ＩＸＪ５）；ＧＰＮＭＢ／ｍ（Ｑ９６Ｆ５８）；ＧＲＭ３（Ｑ１４８３２）；ＨＡＧＥ（Ｑ９ＮＸＺ２）；ヘプシン（Ｂ２ＺＤＱ２）；ヘプシン（Ｐ０５９８１）；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（Ｂ４ＤＴＲ１）；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（Ｌ８Ｅ８Ｇ２）；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（Ｐ０４６２６）；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（Ｑ９ＵＫ７９）；ＨＬＡ−Ａ２／ｍ（Ｑ９５３８７）；ＨＬＡ−Ａ２／ｍ（Ｑ９ＭＹＦ８）；ホメオボックス＿ＮＫＸ３．１（Ｑ９９８０１）；ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５（Ｂ２ＲＢＱ６）；ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５（Ｑ９Ｐ１２７）；ＨＰＧ１ Ｐｕｂｍｅｄ： １２５４３７８４）；ＨＳ７１Ａ（Ｐ０ＤＭＶ８）；ＨＳ７１Ｂ（Ｐ０ＤＭＶ９）；ＨＳＴ−２（Ｐ１０７６７）；ｈＴＥＲＴ（Ｏ９４８０７）；ｉＣＥ（Ｏ００７４８）；ＩＦ２Ｂ３（Ｏ００４２５）；ＩＬ１０（Ｐ２２３０１）；ＩＬ−１３Ｒａ２（Ｑ１４６２７）；ＩＬ２−ＲＡ（Ｐ０１５８９）；ＩＬ２−ＲＢ（Ｐ１４７８４）；ＩＬ２−ＲＧ（Ｐ３１７８５）；ＩＬ−５（Ｐ０５１１３）；ＩＭＰ３（Ｑ９ＮＶ３１）；ＩＴＡ５（Ｐ０８６４８）；ＩＴＢ１（Ｐ０５５５６）；ＩＴＢ６（Ｐ１８５６４）；カリクレイン−２（Ａ０Ａ０２４Ｒ４Ｊ４）；カリクレイン−２（Ａ０Ａ０２４Ｒ４Ｎ３）；カリクレイン−２（Ｂ０ＡＺＵ９）；カリクレイン−２（Ｂ４ＤＵ７７）；カリクレイン−２（Ｐ２０１５１）；カリクレイン−２（Ｑ６Ｔ７７４）；カリクレイン−２（Ｑ６Ｔ７７５）；カリクレイン−４（Ａ０Ａ０Ｃ４ＤＦＱ５）；カリクレイン−４（Ｑ５ＢＱＡ０）；カリクレイン−４（Ｑ９６ＰＴ０）；カリクレイン−４（Ｑ９６ＰＴ１）；カリクレイン−４（Ｑ９Ｙ５Ｋ２）；ＫＩ２０Ａ（Ｏ９５２３５）；ＫＩＡＡ０２０５（Ｑ９２６０４）；ＫＩＦ２Ｃ（Ｑ９９６６１）；ＫＫ−ＬＣ−１（Ｑ５Ｈ９４３）；ＬＤＬＲ（Ｐ０１１３
０）；ＬＧＭＮ（Ｑ９９５３８）；ＬＩＲＢ２（Ｑ８Ｎ４２３）；ＬＹ６Ｋ（Ｑ１７ＲＹ６）；ＭＡＧＡ５（Ｐ４３３５９）；ＭＡＧＡ８（Ｐ４３３６１）；ＭＡＧＡＢ（Ｐ４３３６４）；ＭＡＧＥ−Ａ１０（Ａ０Ａ０２４ＲＣ１４）；ＭＡＧＥ−Ａ１２（Ｐ４３３６５）；ＭＡＧＥ−Ａ１（Ｐ４３３５５）；ＭＡＧＥ−Ａ２（Ｐ４３３５６）；ＭＡＧＥ−Ａ３（Ｐ４３３５７）；ＭＡＧＥ−Ａ４（Ａ０Ａ０２４ＲＣ１２）；ＭＡＧＥ−Ａ４（Ｐ４３３５８）；ＭＡＧＥ−Ａ４（Ｑ１ＲＮ３３）；ＭＡＧＥ−Ａ６（Ａ８Ｋ０７２）；ＭＡＧＥ−Ａ６（Ｐ４３３６０）；ＭＡＧＥ−Ａ６（Ｑ６ＦＨＩ５）；ＭＡＧＥ−Ａ９（Ｐ４３３６２）；ＭＡＧＥ−Ｂ１０（Ｑ９６ＬＺ２）；ＭＡＧＥ−Ｂ１６（Ａ２Ａ３６８）；ＭＡＧＥ−Ｂ１７（Ａ８ＭＸＴ２）；ＭＡＧＥ−＿Ｂ１（Ｑ９６ＴＧ１）；ＭＡＧＥ−Ｂ２（Ｏ１５４７９）；ＭＡＧＥ−Ｂ３（Ｏ１５４８０）；ＭＡＧＥ−Ｂ４（Ｏ１５４８１）；ＭＡＧＥ−Ｂ５（Ｑ９ＢＺ８１）；ＭＡＧＥ−Ｂ６（Ｑ８Ｎ７Ｘ４）；ＭＡＧＥ−Ｃ１（Ｏ６０７３２）；ＭＡＧＥ−Ｃ２（Ｑ９ＵＢＦ１）；ＭＡＧＥ−Ｃ３（Ｑ８ＴＤ９１）；ＭＡＧＥ−Ｄ１（Ｑ９Ｙ５Ｖ３）；ＭＡＧＥ−Ｄ２（Ｑ９ＵＮＦ１）；ＭＡＧＥ−Ｄ４（Ｑ９６ＪＧ８）；ＭＡＧＥ−＿Ｅ１（Ｑ６ＩＡＩ７）；ＭＡＧＥ−Ｅ１＿（ＭＡＧＥ１）（Ｑ９ＨＣＩ５）；ＭＡＧＥ−Ｅ２（Ｑ８ＴＤ９０）；ＭＡＧＥ−Ｆ１（Ｑ９ＨＡＹ２）；ＭＡＧＥ−Ｈ１（Ｑ９Ｈ２１３）；ＭＡＧＥＬ２（Ｑ９ＵＪ５５）；マンマグロビン＿Ａ（Ｑ１３２９６）；マンマグロビン＿Ａ（Ｑ６ＮＸ７０）；ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ（Ｑ１６６５５）；ＭＡＲＴ−２（Ｑ５ＶＴＹ９）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ０１７２６）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＬ４）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＬ６）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＬ８）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＬ９）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＭ０）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＭ２）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＭ３）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＭ４）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ１ＪＵＭ５）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９２）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９４）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９５）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９６）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９７）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９８）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲ９９）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ６ＵＲＡ０）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｑ８６ＹＷ１）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ５Ｓ２）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ６７１）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ７８３）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ７Ｆ１）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ８Ｎ１）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ９７７）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ９Ｐ５）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９Ｑ９Ｒ８）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＡＥ０）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＡＲ２）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＡＷ３）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＢ０２）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＢ５８）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＢＹ６）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＣ１７）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＣ６６）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＣＱ４）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＤＦ４）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＤＮ７）；ＭＣ１＿Ｒ（Ｖ９ＱＤＱ６）；Ｍ−ＣＳＦ（Ｐ０９６０３）；メソテリン（Ｑ１３４２１）；ＭＩＴＦ（Ｏ７５０３０−８）；ＭＩＴＦ（Ｏ７５０３０−９）；ＭＩＴＦ（Ｏ７５０３０）；ＭＭＰ１＿１（Ｂ３ＫＱＳ８）；ＭＭＰ７（Ｐ０９２３７）；ＭＵＣ−１（ＡＡＡ６００１９）；ＭＵＭ−１／ｍ（ＮＰ＿１１６２４２）；ＭＵＭ−２／ｍ（Ｑ９Ｙ５Ｒ８）；ＭＹＣＮ（Ｐ０４１９８）；ＭＹＯ１Ａ（Ｑ９ＵＢＣ５）；ＭＹＯ１Ｂ（Ｏ４３７９５）；ＭＹＯ１Ｃ（Ｏ００１５９）；ＭＹＯ１Ｄ（Ｏ９４８３２）；ＭＹＯ１Ｅ（Ｑ１２９６５）；ＭＹＯ１Ｆ（Ｏ００１６０）；ＭＹＯ１Ｇ（Ｂ０Ｉ１Ｔ２）；ＭＹＯ１Ｈ（ＮＰ＿００１０９４８９１）；ＮＡ１７（Ｑ３Ｖ５Ｌ５）；ＮＡ８８−Ａ Ｐｕｂｍｅｄ： １０７９０４３６）；Ｎｅｏ−ＰＡＰ（Ｑ９ＢＷＴ３）；ＮＦＹＣ／ｍ（Ｑ１３９５２）；ＮＧＥＰ（Ｑ６ＩＷＨ７）；ＮＰＭ（Ｐ０６７４８）；ＮＲＣＡＭ（Ｑ９２８２３）；ＮＳＥ（Ｐ０９１０４）；ＮＵＦ２（Ｑ９ＢＺＤ４）；ＮＹ−ＥＳＯ−１（Ｐ７８３５８）；ＯＡ１（Ｐ５１８１０）；ＯＧＴ（Ｏ１５２９４）；ＯＳ−９（Ｂ４ＤＨ１１）；ＯＳ−９（Ｂ４Ｅ３２１）；ＯＳ−９（Ｂ７Ｚ８Ｅ７）；ＯＳ−９（Ｑ１３４３８）；オステオカルシン（Ｐ０２８１８）；オステオポンチン（Ａ０Ａ０２４ＲＤＥ２）；オステオポンチン（Ａ０Ａ０２４ＲＤＥ６）；オステオポンチン（Ａ０Ａ０２４ＲＤＪ０）；オステオポンチン（Ｂ７Ｚ３５１）；オステオポンチン（Ｆ２ＹＱ２１）；オステオポンチン（Ｐ１０４５１）；ｐ５３（Ｐ０４６３７）；ＰＡＧＥ−４（Ｏ６０８２９）；ＰＡＩ−１（Ｐ０５１２１）；ＰＡＩ−２（Ｐ０５１２０）；ＰＡＰ（Ｑ０６１４１）；ＰＡＰ（Ｑ５３Ｓ５６）；ＰＡＴＥ（Ｑ８ＷＸＡ２）；ＰＡＸ３（Ｐ２３７６０）；ＰＡＸ５（Ｑ０２５４８）；ＰＤ１Ｌ１（Ｑ９ＮＺＱ７）；ＰＤＣＤ１（Ｑ１５１１６）；ＰＤＥＦ（Ｏ９５２３８）；ＰＥＣＡ１（Ｐ１６２８４）；ＰＧＣＢ（Ｑ９６ＧＷ７）；ＰＧＦＲＢ（Ｐ０９６１９）；Ｐｉｍ−１＿−キナーゼ（Ａ０Ａ０２４ＲＤ２５）；Ｐｉｎ−１（Ｏ１５４２８）；Ｐｉｎ−１（Ｑ１３５２６）；Ｐｉｎ−１（Ｑ４９ＡＲ７）；ＰＬＡＣ１（Ｑ９ＨＢＪ０）；ＰＭＥＬ（Ｐ４０９６７）；ＰＭＬ（Ｐ２９５９０）；ＰＯＴＥＦ（Ａ５Ａ３Ｅ０）；ＰＯＴＥ（Ｑ８６ＹＲ６）；ＰＲＡＭＥ（Ａ０Ａ０２４Ｒ１Ｅ６）；ＰＲＡＭＥ（Ｐ７８３９５）；ＰＲＤＸ５／ｍ（Ｐ３００４４）；ＰＲＭ２（Ｐ０４５５４）；プロステイン（Ｑ９６ＪＴ２）；プロテイナーゼ−３（Ｄ６ＣＨＥ９）；プロテイナーゼ−３（Ｐ２４１５８）；ＰＳＡ（Ｐ５５７８６）；ＰＳＢ９（Ｐ２８０６５）；ＰＳＣＡ（Ｄ３ＤＷＩ６）；ＰＳＣＡ（Ｏ４３６５３）；ＰＳＧＲ（Ｑ９Ｈ２５５）；ＰＳＭ（Ｑ０４６０９）；ＰＴＰＲＣ（ＮＰ＿００２８２９）；ＲＡＢ８Ａ（Ｐ６１００６）；ＲＡＧＥ−１（Ｑ９ＵＱ０７）；ＲＡＲＡ（Ｐ１０２７６）；ＲＡＳＨ（Ｐ０１１１２）；ＲＡＳＫ（Ｐ０１１１６）；ＲＡＳＮ（Ｐ０１１１１）；ＲＧＳ５（Ｏ１５５３９）；ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８（Ｏ７５３３０）；ＲＨＯＣ（Ｐ０８１３４）；ＲＳＳＡ（Ｐ０８８６５）；ＲＵ１（Ｑ９ＵＨＪ３）；ＲＵ２（Ｑ９ＵＨＧ０）；ＲＵＮＸ１（Ｑ０１１９６）；Ｓ−１００（Ｖ９ＨＷ３９）；ＳＡＧＥ（Ｑ９ＮＸＺ１）；ＳＡＲＴ−＿１（Ｏ４３２９０）；ＳＡＲＴ−２（Ｑ９ＵＬ０１）；ＳＡＲＴ−３（Ｑ１５０２０）；ＳＥＰＲ（Ｑ１２８８４）；ＳＥＲＰＩＮＢ５（Ｐ３６９５２）；ＳＩＡ７Ｆ（Ｑ９６９Ｘ２）；ＳＩＡ８Ａ（Ｑ９２１８５）；ＳＩＡＴ９（Ｑ９ＵＮＰ４）；ＳＩＲＴ２／ｍ（Ａ０Ａ０２４Ｒ０Ｇ８）；ＳＩＲＴ２／ｍ（Ｑ８ＩＸＪ６）；ＳＯＸ１０（Ｐ５６６９３）；ＳＰ１７（Ｑ１５５０６）；ＳＰＮＸＡ（Ｑ９ＮＳ２６）；ＳＰＸＮ３（Ｑ５ＭＪ０９）；ＳＳＸ−１（Ｑ１６３８４）；ＳＳＸ−２（Ｑ１６３８５）；ＳＳＸ３（Ｑ９９９０９）；ＳＳＸ−４（Ｏ６０２２４）；ＳＴ１Ａ１（Ｐ５０２２５）；ＳＴＡＧ２（Ｑ８Ｎ３Ｕ４−２）；ＳＴＡＭＰ−１（Ｑ８ＮＦＴ２）；ＳＴＥＡＰ−１（Ａ０Ａ０２４ＲＡ６３）；ＳＴＥＡＰ−１（Ｑ９ＵＨＥ８）；サバイビン−２Ｂ（Ｏ１５３９２−２）；サバイビン（Ｏ１５３９２）；ＳＹＣＰ１（Ａ０Ａ０２４Ｒ０Ｉ２）；ＳＹＣＰ１（Ｂ７ＺＬＳ９）；ＳＹＣＰ１（Ｑ１５４３１）；ＳＹＣＰ１（Ｑ３ＭＨＣ４）；ＳＹＴ−ＳＳＸ−１（Ａ４ＰＩＶ７）；ＳＹＴ−ＳＳＸ−１（Ａ４ＰＩＶ８）；ＳＹＴ−ＳＳＸ−２（Ａ４ＰＩＶ９）；ＳＹＴ−ＳＳＸ−２（Ａ４ＰＩＷ０）；ＴＡＲＰ（Ｑ０ＶＧＭ３）；ＴＣＲｇ（Ａ２ＪＧＶ３）；ＴＦ２ＡＡ（Ｐ５２６５５）；ＴＧＦＢ１（Ｐ０１１３７）；ＴＧＦＲ２（Ｐ３７１７３）；ＴＧＭ−４（Ｂ２Ｒ７Ｄ１）；ＴＩＥ２（Ｑ０２７６３）；ＴＫＴＬ１（Ｐ５１８５４）；ＴＰＩ／ｍ（Ｐ６０１７４）；ＴＲＧＶ１１（Ｑ９９６０１）；ＴＲＧＶ９（Ａ４Ｄ１Ｘ２）；ＴＲＧＶ９（Ｑ９９６０３）；ＴＲＧＶ９（Ｑ９９６０４）；ＴＲＰＣ１（Ｐ４８９９５）；ＴＲＰ−ｐ８（Ｑ７Ｚ２Ｗ７）；ＴＳＧ１０（Ｑ９ＢＺＷ７）；ＴＳＰＹ１（Ｑ０１５３４）；ＴＶＣ＿ＴＲＧＶ３（Ｍ１３２３１．１）；ＴＸ１０１（Ｑ９ＢＹ１４−２）；チロシナーゼ（Ａ０Ａ０２４ＤＢＧ７）；チロシナーゼ（Ｌ８Ｂ０８２）；チロシナーゼ（Ｌ８Ｂ０８６）；チロシナーゼ（Ｌ８Ｂ０Ｂ９）；チロシナーゼ（Ｏ７５７６７）；チロシナーゼ（Ｐ１４６７９）；チロシナーゼ（Ｕ３Ｍ８Ｎ０）；チロシナーゼ（Ｕ３Ｍ９Ｄ５）；チロシナーゼ（Ｕ３Ｍ９Ｊ２）；ＴＹＲＰ１（Ｐ１７６４３）；ＴＹＲＰ２（Ｐ４０１２６）；ＵＰＡ（Ｑ９６ＮＺ９）；ＶＥＧＦＲ１（Ｂ５Ａ９２４）；ＷＴ１（Ａ０Ａ０Ｈ５ＡＵＹ０）；ＷＴ１（Ｐ１９５４４）；ＷＴ１（Ｑ０６２５０）及びＸＡＧＥ１（Ｑ９ＨＤ６４）。
完全長及び野生型の腫瘍抗原
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、完全長腫瘍抗原（したがって、それに含まれる少なくとも１つのエピトープ）をコードし、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。
したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、好ましくは、完全長腫瘍抗原をコードする野生型核酸配列（したがって、それに含まれる少なくとも１つのエピトープ）を含む又はからなることができ、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される腫瘍抗原である。
或いは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、少なくとも１つの核酸残基が、それぞれの天然に存在する（野生型）核酸配列と異なる核酸配列「変異体」、好ましくは、（縮重した遺伝暗号のために）コードされたアミノ酸配列の変更をもたらさない核酸配列「変異体」を含む又はからなる。したがって、核酸配列「変異体」は、完全長の野生型腫瘍抗原をコードし得る。好ましい実施形態によれば、完全長の野生型腫瘍抗原をコードする前記「変異型」核酸配列は、リスト１に定義される腫瘍抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原、又はその変異体若しくは断片と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の配列同一性を有する核酸配列を含む又はからなる。
腫瘍抗原変異体
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、腫瘍抗原の変異体（したがって、それに含まれる少なくとも１つのエピトープ）をコードし、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。前記腫瘍抗原の変異体は、典型的には、それぞれの天然に存在する（野生型）完全長腫瘍抗原のアミノ酸配列と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。
したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、好ましくは、腫瘍抗原の変異体（及びそれに含まれる少なくとも１つのエピトープ）をコードする核酸配列「変異体」を含む又はからなることができ、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。好ましい実施形態によれば、前記核酸配列「変異体」は、リスト１に定義される腫瘍抗原、好ましくはリスト１の各欄に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原、又はその変異体若しくは断片をコードする野生型核酸と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有する核酸配列を含む又はからなる。
腫瘍抗原断片
更に好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、好ましくは前記腫瘍抗原（又はその変異体）の少なくとも１つのエピトープを含む腫瘍抗原（又はその変異体）の断片をコードし、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１のデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原、又はその変異体である。前記腫瘍抗原（又はその変異体）の断片は、典型的には、それぞれの完全長腫瘍抗原（又はその変異体）のアミノ酸配列と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む又はからなることができ、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１のデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。
したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、好ましくは、腫瘍抗原の断片（及びそれに含まれる少なくとも１つのエピトープ）をコードする核酸配列「断片」を含む又はからなることができ、ここで腫瘍抗原は、リスト１に列挙された抗原から選択される抗原、好ましくはリスト１に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原から選択される抗原である。好ましい実施形態によれば、前記核酸配列「断片」は、リスト１に定義される完全長腫瘍抗原（又はその変異体）、好ましくはリスト１に記載されるデータベースアクセッション番号によって定義される抗原（又はその変異体）から選択される抗原をコードする核酸配列と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有する核酸配列を含む又はからなる。
好ましい実施形態によれば、エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、腫瘍抗原（又はその変異体）、又は前記腫瘍抗原（又はその変異体）の断片をコードし、前記腫瘍抗原は、好ましくは下記からなる群から選択される：１Ａ０１＿ＨＬＡ−Ａ／ｍ；１Ａ０２；５Ｔ４；ＡＣＲＢＰ；ＡＦＰ；ＡＫＡＰ４；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ；アルファ−メチルアシル−コエンザイム＿Ａ＿ラセマーゼ；ＡＮＤＲ；ＡＲＴ−４；ＡＲＴＣ１／ｍ；ＡＵＲＫＢ；Ｂ２ＭＧ；Ｂ３ＧＮ５；Ｂ４ＧＮ１；Ｂ７Ｈ４；ＢＡＧＥ−１；ＢＡＳＩ；ＢＣＬ−２；ｂｃｒ／ａｂｌ；ベータ−カテニン／ｍ；ＢＩＮＧ−４；ＢＩＲＣ７；ＢＲＣＡ１／ｍ；ＢＹ５５；カルレティキュリン；ＣＡＭＥＬ；ＣＡＳＰ−８／ｍ；ＣＡＳＰＡ；カテプシン＿Ｂ；カテプシン＿Ｌ；ＣＤ１Ａ；ＣＤ１Ｂ；ＣＤ１Ｃ；ＣＤ１Ｄ；ＣＤ１Ｅ；ＣＤ２０；ＣＤ２２；ＣＤ２７６；ＣＤ３３；ＣＤ３Ｅ；ＣＤ３Ｚ；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿１；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿６；ＣＤ４；ＣＤ５２；ＣＤ５５；ＣＤ５６；ＣＤ８０；ＣＤ８６；ＣＤ８Ａ；ＣＤＣ２７／ｍ；ＣＤＥ３０；ＣＤＫ４／ｍ；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ；ＣＥＡ；ＣＥＡＭ６；ＣＨ３Ｌ２；ＣＬＣＡ２；ＣＭＬ２８；ＣＭＬ６６；ＣＯＡ−１／ｍ；コアクトシン様＿タンパク質；コラーゲン＿ＸＸＩＩＩ；ＣＯＸ−２；ＣＰ１Ｂ１；ＣＳＡＧ２；ＣＴ４５Ａ１；ＣＴ５５；ＣＴ−＿９／ＢＲＤ６；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ａ；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ｂ；ＣＴＣＦＬ；Ｃｔｅｎ；サイクリン＿Ｂ１；サイクリン＿Ｄ１；ｃｙｐ−Ｂ；ＤＡＭ−１０；ＤＥＰ１Ａ；Ｅ７；ＥＦ１Ａ２；ＥＦＴＵＤ２／ｍ；ＥＧＦＲ；ＥＧＬＮ３；ＥＬＦ２／ｍ；ＥＭＭＰＲＩＮ；ＥｐＣａｍ；ＥｐｈＡ２；ＥｐｈＡ３；ＥｒｂＢ３；ＥＲＢＢ４；ＥＲＧ；ＥＴＶ６；ＥＷＳ；ＥＺＨ２；ＦＡＢＰ７；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿１；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿２；ＦＧＦ５；ＦＧＦＲ２；フィブロネクチン；ＦＯＳ；ＦＯＸＰ３；ＦＵＴ１；Ｇ２５０；ＧＡＧＥ−１；ＧＡＧＥ−２；ＧＡＧＥ−３；ＧＡＧＥ−４；ＧＡＧＥ−５；ＧＡＧＥ−６；ＧＡＧＥ７ｂ；ＧＡＧＥ−８＿（ＧＡＧＥ−２Ｄ）；ＧＡＳＲ；ＧｎＴ−Ｖ；ＧＰＣ３；ＧＰＮＭＢ／ｍ；ＧＲＭ３；ＨＡＧＥ；ヘプシン；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ；ＨＬＡ−Ａ２／ｍ；ホメオボックス＿ＮＫＸ３．１；ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５；ＨＰＧ１；ＨＳ７１Ａ；ＨＳ７１Ｂ；ＨＳＴ−２；ｈＴＥＲＴ；ｉＣＥ；ＩＦ２Ｂ３；ＩＬ１０；ＩＬ−１３Ｒａ２；ＩＬ２−ＲＡ；ＩＬ２−ＲＢ；ＩＬ２−ＲＧ；ＩＬ−５；ＩＭＰ３；ＩＴＡ５；ＩＴＢ１；ＩＴＢ６；カリクレイン−２；カリクレイン−４；ＫＩ２０Ａ；ＫＩＡＡ０２０５；ＫＩＦ２Ｃ；ＫＫ−ＬＣ−１；ＬＤＬＲ；ＬＧＭＮ；ＬＩＲＢ２；ＬＹ６Ｋ；ＭＡＧＡ５；ＭＡＧＡ８；ＭＡＧＡＢ；ＭＡＧＥ−Ａ１０；ＭＡＧＥ−Ａ１２；ＭＡＧＥ−Ａ１；ＭＡＧＥ−Ａ２；ＭＡＧＥ−Ａ３；ＭＡＧＥ−Ａ４；ＭＡＧＥ−Ａ６；ＭＡＧＥ−Ａ９；ＭＡＧＥ−Ｂ１０；ＭＡＧＥ−Ｂ１６；ＭＡＧＥ−Ｂ１７；ＭＡＧＥ−＿Ｂ１；ＭＡＧＥ−Ｂ２；ＭＡＧＥ−Ｂ３；ＭＡＧＥ−Ｂ４；ＭＡＧＥ−Ｂ５；ＭＡＧＥ−Ｂ６；ＭＡＧＥ−Ｃ１；ＭＡＧＥ−Ｃ２；ＭＡＧＥ−Ｃ３；ＭＡＧＥ−Ｄ１；ＭＡＧＥ−Ｄ２；ＭＡＧＥ−Ｄ４；ＭＡＧＥ−＿Ｅ１；ＭＡＧＥ−Ｅ１＿（ＭＡＧＥ１）；ＭＡＧＥ−Ｅ２；ＭＡＧＥ−Ｆ１；ＭＡＧＥ−Ｈ１；ＭＡＧＥＬ２；マンマグロビン＿Ａ；ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ；ＭＡＲＴ−２；ＭＣ１＿Ｒ；Ｍ−ＣＳＦ；メソテリン；ＭＩＴＦ；ＭＭＰ１＿１；ＭＭＰ７；ＭＵＣ−１；ＭＵＭ−１／ｍ；ＭＵＭ−２／ｍ；ＭＹＣＮ；ＭＹＯ１Ａ；ＭＹＯ１Ｂ；ＭＹＯ１Ｃ；ＭＹＯ１Ｄ；ＭＹＯ１Ｅ；ＭＹＯ１Ｆ；ＭＹＯ１Ｇ；ＭＹＯ１Ｈ；ＮＡ１７；ＮＡ８８−Ａ；Ｎｅｏ−ＰＡＰ；ＮＦＹＣ／ｍ；ＮＧＥＰ；ＮＰＭ；ＮＲＣＡＭ；ＮＳＥ；ＮＵＦ２；ＮＹ−ＥＳＯ−１；ＯＡ１；ＯＧＴ；ＯＳ−９；オステオカルシン；オステオポンチン；ｐ５３；ＰＡＧＥ−４；ＰＡＩ−１；ＰＡＩ−２；ＰＡＰ；ＰＡＴＥ；ＰＡＸ３；ＰＡＸ５；ＰＤ１Ｌ１；ＰＤＣＤ１；ＰＤＥＦ；ＰＥＣＡ１；ＰＧＣＢ；ＰＧＦＲＢ；Ｐｉｍ−１＿−キナーゼ；Ｐｉｎ−１；ＰＬＡＣ１；ＰＭＥＬ；ＰＭＬ；ＰＯＴＥＦ；ＰＯＴＥ；ＰＲＡＭＥ；ＰＲＤＸ５／ｍ；ＰＲＭ２；プロステイン；プロテイナーゼ−３；ＰＳＡ；ＰＳＢ９；ＰＳＣＡ；ＰＳＧＲ；ＰＳＭ；ＰＴＰＲＣ；ＲＡＢ８Ａ；ＲＡＧＥ−１；ＲＡＲＡ；ＲＡＳＨ；ＲＡＳＫ；ＲＡＳＮ；ＲＧＳ５；ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８；ＲＨＯＣ；ＲＳＳＡ；ＲＵ１；ＲＵ２；ＲＵＮＸ１；Ｓ−１００；ＳＡＧＥ；ＳＡＲＴ−＿１；ＳＡＲＴ−２；ＳＡＲＴ−３；ＳＥＰＲ；ＳＥＲＰＩＮＢ５；ＳＩＡ７Ｆ；ＳＩＡ８Ａ；ＳＩＡＴ９；ＳＩＲＴ２／ｍ；ＳＯＸ１０；ＳＰ１７；ＳＰＮＸＡ；ＳＰＸＮ３；ＳＳＸ−１；ＳＳＸ−２；ＳＳＸ３；ＳＳＸ−４；ＳＴ１Ａ１；ＳＴＡＧ２；ＳＴＡＭＰ−１；ＳＴＥＡＰ−１；サバイビン−２Ｂ；サバイビン；ＳＹＣＰ１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−２；ＴＡＲＰ；ＴＣＲｇ；ＴＦ２ＡＡ；ＴＧＦＢ１；ＴＧＦＲ２；ＴＧＭ−４；ＴＩＥ２；ＴＫＴＬ１；ＴＰＩ／ｍ；ＴＲＧＶ１１；ＴＲＧＶ９；ＴＲＰＣ１；ＴＲＰ−ｐ８；ＴＳＧ１０；ＴＳＰＹ１；ＴＶＣ＿（ＴＲＧＶ３）；ＴＸ１０１；チロシナーゼ；ＴＹＲＰ１；ＴＹＲＰ２；ＵＰＡ；ＶＥＧＦＲ１；ＷＴ１；及びＸＡＧＥ１。前記腫瘍抗原又はその変異体若しくは断片は、好ましくは少なくとも１つの機能的エピトープを含む。
更なる有用な抗原、その変異体、断片、及び誘導体、それをコードするＲＮＡ、並びに前記ＲＮＡを含む組成物は、参照によりその全体を本明細書に援用する国際公開第２０１３１２０５００号及び国際公開第２０１３１２０６２６号に開示されており、前記ＲＮＡ及び組成物は、本発明の組合せの一部として等しく想定される。
本発明の意味における好適な腫瘍抗原又はその変異体若しくは断片は、国際公開第２０１７１８２６３４号の配列番号５０５〜４０３３、４５６１〜４５９１、国際公開第２００９０４６９７４号の配列番号１〜２６、及び国際公開第２０１７１８２６３４号の配列番号５０５〜４０３３に係る核酸配列である。これらの特許出願は、参照により本明細書に援用される。
腫瘍抗原の組合せ
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡを、複数又は１超、好ましくは２〜２０個、より好ましくは２〜２０個、最も好ましくは２〜６個含む。前記組合せは、典型的には、１超のエピトープコードＲＮＡを含み、これは、好ましくは異なるエピトープ、特に異なる腫瘍抗原又は病原性抗原のエピトープを含む又は提供する異なるペプチド又はタンパク質を好ましくはコードする。
特に好ましい実施形態によれば、本発明の組合せは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、サバイビン、（任意に）５Ｔ４、及び（任意に）ＭＵＣ−１から選択される腫瘍抗原、又は前記腫瘍抗原のいずれかの変異体若しくは断片をコードする少なくとも１つのＲＮＡを含む。
この文脈において、特に好ましくは、本発明の組合せ（具体的には、肺癌、特に非小肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用することが想定される場合）は、複数（典型的には少なくとも１、２、３、４、５、６又は１０超、例えば２〜１０個、好ましくは２〜６個）含み、好ましくは６個のエピトープコードＲＮＡを含み、前記エピトープコードＲＮＡが好ましくはモノシストロン性であり、以下をコードする：
ａ）ＮＹ−ＥＳＯ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｄ）ＭＡＧＥ−Ｃ１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｅ）ＭＡＧＥ−Ｃ２の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｆ）サバイビンの少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び；及び任意に、
ｇ）５Ｔ４の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び；及び任意に、
ｈ）ＭＵＣ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び；及び任意。
特に好ましい実施形態では、前記組合せは、少なくとも１つのＲＮＡ、好ましくは少なくとも２つのＲＮＡ、より好ましくは少なくとも３つのＲＮＡ、更により好ましくは少なくとも４つのＲＮＡ、更により好ましくは少なくとも５つのＲＮＡ、又は更により好ましくは少なくとも６つのＲＮＡを含み、そのそれぞれが、配列番号１、２、３、４、５、又は６（ＰＣＴ／ＥＰ２０１４／００２２９９の配列番号１９、２０、２１、２２、２３、及び２４）のＲＮＡ配列、又は配列番号１、２、３、４、５、又は６（ＰＣＴ／ＥＰ２０１４／００２２９９の配列番号１９、２０、２１、２２、２３、及び２４）と、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは少なくとも７０％、好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％、更には９７％の配列同一性を有するＲＮＡ配列を含む又はからなるＲＮＡ配列から選択される少なくとも１つのコード配列を含む。更なる有用な抗原、その変異体、断片、及び誘導体、それをコードするＲＮＡ、並びに前記ＲＮＡを含む組成物は、参照によりその全体を本明細書に援用するＰＣＴ／ＥＰ２００８／００８５０３（ＷＯ２００９／０４６９７４ Ａ２として公開）及びＰＣＴ／ＥＰ２０１４／００２２９９（ＷＯ２０１５／０２４６６６ Ａ１として公開）に開示されており、前記ＲＮＡ及び組成物は、本発明の組合せの一部として等しく想定される。以下では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの様々な実施形態、設計、及び修飾が記載される。前記エピトープコードＲＮＡは、例えば、（ａ）モノ−、ビ−、又はマルチシストロン性であることができる、（ｂ）それらの化学的性質及び／又は配列に関して修飾されることができる、及び／又は（ｃ）５’キャップ、ポリ（Ａ）配列又はシグナル、ポリ（Ｃ）配列、ＵＴＲ、ヒストンステムループ、シグナルペプチドなどの様々な構造エレメントを含むことができる。
本発明の組合せのＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤は、例えば、前記ＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤（例えば、抗体、融合タンパク質、又は可溶性受容体）をコードするＲＮＡなどの核酸の形態で提供されてもよいことが特筆される。そのような核酸、特にＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤をコードするＲＮＡは、本明細書のエピトープコードＲＮＡの文脈において記載されると同じ修飾を含み得る。即ち、そのような「阻害剤をコードする」核酸、特にＲＮＡは、（ａ）モノ−、ビ−、又はマルチシストロン性であることができる、（ｂ）それらの化学的性質及び／又は配列に関して修飾されることができる、及び／又は（ｃ）５’キャップ、ポリ（Ａ）配列又はシグナル、ポリ（Ｃ）配列、ＵＴＲ、ヒストンステムループ、シグナルペプチドなどの様々な構造エレメントを含むことができる。即ち、エピトープコードＲＮＡの文脈で以下に記載される（ａ）〜（ｃ）に係る修飾／設計に関する以下の開示はＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤をコードする、核酸、特に、ＲＮＡにも、必要な変更を加えて、等しく適用可能である。
モノ−、ビ−、又はマルチシストロン性ＲＮＡ
本発明の幾つかの実施形態によれば、エピトープコードＲＮＡは、好ましくは本明細書に定義される、モノ−、ビ−、又はマルチシストロン性である。ビ−又はマルチシストロン性ＲＮＡは、典型的には、２つ（ビシストロン性）又はそれ以上（マルチシストロン性）のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む。この文脈におけるオープンリーディングフレームは、ペプチド又はタンパク質に翻訳可能なコドンの配列である。ビシストロン性又はマルチシストロン性のエピトープコードＲＮＡ中のコード配列は、好ましくは、本明細書に定義される、異なるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする。ビ−又はマルチシストロン性エピトープコードＲＮＡは、例えば、本明細書に定義される少なくとも２、３、４、５、６個以上の（好ましくは異なる）エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードすることができる。「２つ以上のエピトープ／経路阻害剤をコードする」という用語は、ビシストロン性又はマルチシストロン性のエピトープコードＲＮＡが、例えば、少なくとも２、３、４、５、６個以上の（好ましくは異なる）エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードすることができることを意味し得るが、これに限定されない。
幾つかの実施形態においては、２つ以上のエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードするコード配列は、少なくとも１つのＩＲＥＳ（内部リボソーム侵入部位）配列によってビ−又はマルチシストロンＲＮＡ中で分離され得る。用語「ＩＲＥＳ」（内部リボソーム侵入部位）は、翻訳開始を可能にするＲＮＡ配列を意味する。ＩＲＥＳは、唯一のリボソーム結合部位として機能することができるが、互いに独立してリボソームによって翻訳される幾つかのエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする、上で定義されるビシストロン又はマルチシストロン性エピトープコードＲＮＡを提供するように機能することもできる。本発明にしたがって使用することができるＩＲＥＳ配列の例としては、ピコルナウイルス（例えばＦＭＤＶ）、ペスチウイルス（ＣＦＦＶ）、ポリオウイルス（ＰＶ）、脳心筋炎ウイルス（ＥＣＭＶ）、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、古典的ブタ熱ウイルス（ＣＳＦＶ）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、又はクリケット麻痺ウイルス（ＣｒＰＶ）に由来するものである。
更なる実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８個以上の、本明細書に定義されるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードしてもよい。これらのエピトープは、アミノ酸リンカー配列によって又はアミノ酸リンカー配列なしで結合されている。前記リンカー配列は、リジッドリンカー、フレキシブルリンカー、切断可能リンカー（例えば、自己切断ペプチド）、又はそれらの組合せを含むことができる。その中で、エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）は、同一でも異なっていてもよく、又はそれらの組合せでもよい。
好ましくは、エピトープコードＲＮＡは、約５０〜約２００００、又は１００〜約２００００個のヌクレオチド、好ましくは約２５０〜約２００００個のヌクレオチド、より好ましくは約５００〜約１００００個、更により好ましくは約５００〜約５０００個の長さを有する。
本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは更に、一本鎖又は二本鎖であることができる。二本鎖ＲＮＡとして提供される場合、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは、好ましくはセンス鎖及び対応するアンチセンス鎖を含む。
好ましい態様において、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡ、又はレプリコンＲＮＡであり、好ましくはｍＲＮＡである。
ＲＮＡの修飾
本明細書に定義される核酸、特に本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、又は本明細書に定義される任意の他の核酸は、修飾核酸の形態で提供されてもよい。本発明の文脈において想定される好適な核酸修飾を以下に記載する。前記のように、「本明細書に定義される任意の他の核酸」という表現は、ＰＤ−１又はＬＡＧ−３経路阻害剤（例えば、抗体、拮抗性結合タンパク質、ペプチド、融合タンパク質、可溶性受容体など）をコードするものとして本明細書に開示される核酸、具体的にはＲＮＡを意味する。この表現は、通常はそうではないが、本明細書に開示されるような拮抗性核酸を意味することがある。
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（配列）（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、本明細書に定義されるように修飾される。この文脈において、本明細書に定義される修飾は、好ましくは前記ＲＮＡ又は本明細書に定義の他の核酸の安定化をもたらす。したがって、より好ましくは、本発明は、安定化されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）を含む本発明の組合せを提供する。
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、したがって、「安定化された」エピトープコードＲＮＡ、特にｍＲＮＡとして提供することができる。即ち、インビボ分解（例えば、エキソ−又はエンドヌクレアーゼによる）に対して本質的に耐性である。
そのような安定化は、例えば、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の修飾されたリン酸骨格によって達成することができる。本発明に関連する骨格修飾は、前記ＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に含まれるヌクレオチドの骨格のリン酸が化学的に修飾される修飾である。これに関連して好ましく使用され得るヌクレオチドは、例えば、ホスホロチオアート修飾リン酸骨格、好ましくはリン酸骨格に含まれるリン酸酸素の少なくとも１つが硫黄原子で置換されている。安定化されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）は、例えば、帯電ホスホナート酸素が、アルキル又はアリール基に置き換わっているアルキル及びアリールホスホナート、又は帯電酸素残基がアルキル化形態で存在するホスホジエステル及びアルキルホスホトリエステルなどの非イオンホスファート類似体を更に含み得る。そのような骨格修飾は、限定することを意図するものではないが、典型的には、メチルホスホナート、ホスホルアミダート、及びホスホロチオアート（例えば、シチジン−５’−Ｏ−（１−チオホスファート）からなる群からの修飾を含む。
以下に、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）を好ましくは「安定化」させることができる具体的な修飾を記載する。
化学修飾
本明細書で使用される「修飾」という用語は、骨格修飾並びに糖修飾又は塩基修飾を含む化学修飾を意味し得る。
この文脈において、「修飾された」エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）はヌクレオチド類似体／修飾、例えば、骨格修飾、糖修飾、又は塩基修飾を含み得る。本発明に関連する骨格修飾は、前記エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に含まれるヌクレオチドの骨格のリン酸が化学的に修飾される修飾である。本発明に関連する糖修飾は、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のヌクレオチドの糖の化学修飾である。更に、本発明に関連する塩基修飾は、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のヌクレオチドの塩基部分の化学修飾である。この文脈において、ヌクレオチド類似体又は修飾は、転写及び／又は翻訳に適用可能なヌクレオチド類似体から選択されることが好ましい。
糖修飾：
「修飾された」エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に組み込まれてもよい修飾されたヌクレオシド及びヌクレオチドを、糖部分において修飾することができる。例えば、２”ヒドロキシル基（ＯＨ）を、多数の異なる「オキシ」又は「デオキシ」置換基で修飾又は置換することができる。「オキシ」−２”ヒドロキシル基修飾の例としては、アルコキシ又はアリールオキシ（−ＯＲ、例えば、Ｒ＝Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、又は糖）；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ；２”ヒドロキシルが、例えば、メチレン架橋などによって、同じリボース糖の４”炭素に結合された「ロックされた」核酸（ＬＮＡ）；及びアミノ基（−Ｏ−アミノ、ここでアミノ基（例えば、ＮＲＲ）は、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノであり得る）又はアミノアルコキシを含むがこれらに限定されない。
「デオキシ」修飾は、水素、アミノ（例えば、ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸）を含み、アミノ基はリンカーを介して糖に結合することができ、リンカーは原子Ｃ、Ｎ、及びＯの１つ以上を含む。
糖基はまた、リボース中の対応する炭素とは反対の立体化学配置を有する１つ以上の炭素を含み得る。したがって、修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、糖として例えばアラビノースを含有するヌクレオチドを含み得る。
骨格修飾：
リン酸骨格は更に、（修飾された）ヌクレオシド及びヌクレオチドで修飾されてもよく、それらは修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に組み込まれてもよい。
骨格のリン酸基は、酸素原子１つ以上を異なる置換基で置き換えることによって修飾することができる。更に、（修飾された）ヌクレオシド及びヌクレオチドは、本明細書に記載されるように、修飾されたリン酸による未修飾リン酸部分の完全置換を含むことができる。
修飾されたリン酸基の例としては、ホスホロチオアート、ホスホロセレナート、ボラノホスファート、ボラノホスファートエステル、ホスホン酸水素、ホスホロアミダート、アルキル又はアリールホスホナート、及びホスホトリエステルが挙げられるが、これらに限定されない。ホスホロジチオアートは、非結合酸素の両方が硫黄によって置き換わっている。リン酸リンカーは、結合酸素を窒素（架橋されたホスホロアミダート）、硫黄（架橋されたホスホロチオアート）、及び炭素（架橋されたメチレン−ホスホナート）で置き換えることによっても修飾することができる。
塩基修飾：
「修飾された」エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に組み込むことができる修飾されたヌクレオシド及びヌクレオチドを、核酸塩基部分において更に修飾することができる。
ＲＮＡ中に存在する核酸塩基の例としては、アデニン、グアニン、シトシン、及びウラシルが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、本明細書に記載されるヌクレオシド及びヌクレオチドを、主溝面上で化学的に修飾することができる。幾つかの実施形態においては、主溝化学修飾は、アミノ基、チオール基、アルキル基、又はハロ基を含むことができる。本発明の幾つかの実施形態では、ヌクレオチド類似体／修飾は、塩基修飾から選択され、好ましくは、２−アミノ−６−クロロプリンリボシド−５’−トリホスファート、２−アミノプリン−リボシド−５’−トリホスファート；２−アミノアデノシン−５’−トリホスファート、２”−アミノ−２”−デオキシシチジン−トリホスファート、２−チオシチジン−５’−トリホスファート、２−チオウリジン−５’−トリホスファート、２”−フルオロチミジン−５’−トリホスファート、２”−Ｏ−メチル−イノシン−５’−トリホスファート ４−チオウリジン−５’−トリホスファート、５−アミノアリルシチジン−５’−トリホスファート、５−アミノアリルウリジン−５’−トリホスファート、５−ブロモシチジン−５’−トリホスファート、５−ブロモウリジン−５’−トリホスファート、５−ブロモ−２”−デオキシシチジン−５’−トリホスファート、５−ブロモ−２”−デオキシウリジン−５’−トリホスファート、５−ヨードシチジン−５’−トリホスファート、５−ヨード−２”−デオキシシチジン−５’−トリホスファート、５−ヨードウリジン−５’−トリホスファート、５−ヨード−２”−デオキシウリジン−５’−トリホスファート、５−メチルシチジン−５’−トリホスファート、５−メチルウリジン−５’−トリホスファート、５−プロピニル−２”−デオキシシチジン−５’−トリホスファート、５−プロピニル−２”−デオキシウリジン−５’−トリホスファート、６−アザシチジン−５’−トリホスファート、６−アザウリジン−５’−トリホスファート、６−クロロプリンリボシド−５’−トリホスファート、７−デアザアデノシン−５’−トリホスファート、７−デアザグアノシン−５’−トリホスファート、８−アザアデノシン−５’−トリホスファート、８−アジドアデノシン−５’−トリホスファート、ベンズイミダゾール−リボシド−５’−トリホスファート、Ｎ１−メチルアデノシン−５’−トリホスファート、Ｎ１−メチルグアノシン−５’−トリホスファート、Ｎ６−メチルアデノシン−５’−トリホスファート、Ｏ６−メチルグアノシン−５’−トリホスファート、シュードウリジン−５’−トリホスファート、又はピューロマイシン−５’−トリホスファート、キサントシン−５’−トリホスファートから選択される。５−メチルシチジン−５’−トリホスファート、７−デアザグアノシン−５’−トリホスファート、５−ブロモシチジン−５’−トリホスファート、及びシュードウリジン−５’−トリホスファートからなる塩基修飾されたヌクレオチドの群から選択される、塩基修飾のためのヌクレオチドが特に好ましい。幾つかの実施形態においては、修飾されたヌクレオシドは、ピリジン−４−オンリボヌクレオシド、５−アザ−ウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオウリジン、４−チオ−シュードウリジン、２−チオ−シュードウリジン、５−ヒドロキシウリジン、３−メチルウリジン、５−カルボキシメチル−ウリジン、１−カルボキシメチル−シュードウリジン、５−プロピニル−ウリジン、１−プロピニル−シュードウリジン、５−タウリノメチルウリジン、１−タウリノメチル−シュードウリジン、５−タウリノメチル−２−チオ−ウリジン、１−タウリノメチル−４−チオ−ウリジン、５−メチル−ウリジン、１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−メトキシウリジン、２−メトキシ−４−チオ−ウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジンを含む。
幾つかの実施形態においては、修飾されたヌクレオシドは、５−アザ−シチジン、シュードイソシチジン、３−メチル−シチジン、Ｎ４−アセチルシチジン、５−ホルミルシチジン、Ｎ４−メチルシチジン、５−ヒドロキシメチルシチジン、１−メチル−シュードイソシチジン、ピロロ−シチジン、ピロロ−シュードイソシチジン、２−チオ−シチジン、２−チオ−５−メチル−シチジン、４−チオ−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、ゼブラリン、５−アザ−ゼブラリン、５−メチル−ゼブラリン、５−アザ−２−チオ−ゼブラリン、２−チオ−ゼブラリン、２−メトキシ−シチジン、２−メトキシ−５−メチル−シチジン、４−メトキシ−シュードイソシチジン、及び４−メトキシ−１−メチル−シュードイソシチジンを含む。他の実施形態においては、修飾されたヌクレオシドは、２−アミノプリン、２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−アデニン、７−デアザ−８−アザ−アデニン、７−デアザ−２−アミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２−アミノプリン、７−デアザ−２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリン、１−メチルアデノシン、Ｎ６−メチルアデノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６−グリシニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６−ジメチルアデノシン、７−メチルアデニン、２−メチルチオ−アデニン、及び２−メトキシ−アデニンを含む。他の実施形態においては、修飾されたヌクレオシドは、イノシン、１−メチル−イノシン、ウィオシン（ｗｙｏｓｉｎｅ）、ウィブトシン（ｗｙｂｕｔｏｓｉｎｅ）、７−デアザ−グアノシン、７−デアザ−８−アザ−グアノシン、６−チオ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−８−アザ−グアノシン、７−メチル−グアノシン、６−チオ−７−メチル−グアノシン、７−メチルイノシン、６−メトキシ−グアノシン、１−メチルグアノシン、Ｎ２−メチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２−ジメチルグアノシン、８−オキソ−グアノシン、７−メチル−８−オキソ−グアノシン、１−メチル−６−チオ−グアノシン、Ｎ２−メチル−６−チオ−グアノシン、及びＮ２，Ｎ２−ジメチル−６−チオグアノシンを含む。幾つかの実施形態においては、ヌクレオチドは、主溝面上で修飾することができ、ウラシルのＣ−５上の水素をメチル基又はハロ基で置き換えることを含むことができる。特定の実施形態においては、修飾されたヌクレオシドは、５’−Ｏ−（１−チオホスファート）−アデノシン、５’−Ｏ−（１−チオホスファート）−シチジン、５’−Ｏ−（１−チオホスファート）−グアノシン、５’−Ｏ−（１−チオホスファート）−ウリジン、又は５’−Ｏ−（１−チオホスファート）−シュードウリジンである。
幾つかの実施形態においては、修飾されたＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、６−アザ−シチジン、２−チオ−シチジン、α−チオ−シチジン、シュード−イソ−シチジン、５−アミノアリル−ウリジン、５−ヨード−ウリジン、Ｎ１−メチル−シュードウリジン、５，６−ジヒドロウリジン、α−チオ−ウリジン、４−チオ−ウリジン、６−アザ−ウリジン、５−ヒドロキシ−ウリジン、デオキシ−チミジン、５−メチル−ウリジン、ピロロ−シチジン、イノシン、α−チオ−グアノシン、６−メチル−グアノシン、５−メチル−シチジン、８−オキソ−グアノシン、７−デアザ−グアノシン、Ｎ１−メチル−アデノシン、２−アミノ−６−クロロ−プリン、Ｎ６−メチル−２−アミノ−プリン、シュード−イソ−シチジン、６−クロロ−プリン、Ｎ６−メチル−アデノシン、α−チオ−アデノシン、８−アジド−アデノシン、７−デアザ−アデノシンから選択されるヌクレオシド修飾を含み得る。幾つかの実施形態では、修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、本明細書に記載される化学修飾のいずれをも含まない。前記修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、以下に記載されるように脂質修飾又は配列修飾を含み得る。
脂質修飾
更なる実施形態によれば、修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、少なくとも１つの脂質修飾を含む。
そのような脂質修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）は、典型的には、（ｉ）本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と、（ｉｉ）前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と共有結合した少なくとも１つのリンカーと、（ｉｉｉ）各リンカーと共有結合している少なくとも１つの脂質とを含む。
或いは、脂質修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸）は、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と、前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と（リンカーなしで）共有結合した少なくとも１つの（二官能性）脂質とを含む。
或いは、脂質修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、（ｉ）エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と、（ｉｉ）前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と共有結合した少なくとも１つのリンカーと、（ｉｉｉ）各リンカーと共有結合している少なくとも１つの脂質と、また（ｉｖ）前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と（リンカーなしで）共有結合した少なくとも１つの（二官能性）脂質とを含む。
この文脈においては、脂質修飾は、線状のエピトープコードＲＮＡ配列（又は本明細書に定義される任意の他の核酸配列）の末端に存在することが特に好ましい。
配列修飾
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡ、又は本明細書に定義される任意の他の核酸（特に、本明細書に定義されるＰＤ−１又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする核酸）は、下記のような少なくとも１つの配列修飾を含む。
Ｇ／Ｃ含量の修飾
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、前記ＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の、好ましくは前記ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の少なくとも１つのコード配列のグアノシン／シトシン（Ｇ／Ｃ）含量を変更することによって、修飾され、したがって安定化されることができる。換言すれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、Ｇ／Ｃ修飾することができる。
「Ｇ／Ｃ修飾された」ＲＮＡは、典型的には、修飾された野生型ＲＮＡ配列に基づくＲＮＡ配列を含み、前記野生型ＲＮＡ配列と比較して個数が変更されたグアノシン及び／又はシトシンヌクレオチドを含む。そのような変更された個数のＧ／Ｃヌクレオチドは、アデノシン又はチミジンヌクレオチドを含むコドンをグアノシン又はシトシンヌクレオチドを含む「同義」コドンで置換することによって生成され得る。したがって、コドン置換は、コードされたアミノ酸残基を変更せずに、核酸分子のＧ／Ｃ含量のみを変更することが好ましい。
本発明の特に好ましい実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列のＧ／Ｃ含量が、それぞれの野生型ＲＮＡ、即ち、未修飾ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列のＧ／Ｃ含量に比較して変更される、特に増大される。ＲＮＡ（又は本明細書で定義される他の核酸、特にＲＮＡ）によってコードされるアミノ酸配列は、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）によってコードされるアミノ酸配列に比較して変更されないことが好ましい。
本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）のそのような修飾は、翻訳される任意のＲＮＡ（又は他の核酸、特にＲＮＡ）領域の配列が、前記ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の効率的な翻訳にとって重要であるという事実に基づく。したがって、ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の組成及び各種ヌクレオチドの配列が重要である。特に、増大したＧ（グアノシン）／Ｃ（シトシン）含量を有する配列は、増大したＡ（アデノシン）／Ｕ（ウラシル）含量を有する配列よりも安定である。
したがって、本発明によれば、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のコドンは、翻訳されるアミノ酸配列を維持しつつ、それらが増大した量のＧ／Ｃヌクレオチドを含むよう、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）に比較して変化させる。
幾つかのコドンが同一のアミノ酸をコードするという事実（いわゆる遺伝コードの縮重）に関しては、安定性にとって最も好ましいコドンを決定することができる（いわゆる代替コドンの使用）。エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）によってコードされるアミノ酸に応じて、ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）配列の、その野生型配列に対する修飾について様々な可能性がある。Ｇ又はＣヌクレオチドのみを含むコドンによってコードされるアミノ酸の場合、コドンの変更は必要ではない。
したがって、Ｐｒｏ（ＣＣＣ又はＣＣＧ）、Ａｒｇ（ＣＧＣ又はＣＧＧ）、Ａｌａ（ＧＣＣ又はＧＣＧ）、及びＧｌｙ（ＧＧＣ又はＧＧＧ）のコドンは、Ａ又はＵが存在しないので変更を必要としない。対照的に、Ａ及び／又はＵヌクレオチドを含むコドンは、同じアミノ酸をコードするがＡ及び／又はＵを含まない他のコドンの置換によって変更することができる。これらの例として、Ｐｒｏのコドンは、ＣＣＵ又はＣＣＡからＣＣＣ又はＣＣＧに変更でき；Ａｒｇのコドンは、ＣＧＵ又はＣＧＡ又はＡＧＡ又はＡＧＧからＣＧＣ又はＣＧＧに変更でき；Ａｌａのコドンは、ＧＣＵ又はＧＣＡからＧＣＣ又はＧＣＧに変更でき；Ｇｌｙのコドンは、ＧＧＵ又はＧＧＡからＧＧＣ又はＧＧＧに変更できる。他の場合では、Ａ又はＵヌクレオチドをコドンから排除することはできないが、Ａ及び／又はＵヌクレオチドの含量がより少ないコドンを使用することによってＡ及びＵの含量を減少させることが可能である。これらの例として、Ｐｈｅのコドンは、ＵＵＵからＵＵＣに変更でき、Ｌｅｕのコドンは、ＵＵＡ、ＵＵＧ、ＣＵＵ又はＣＵＡからＣＵＣ又はＣＵＧに変更でき、Ｓｅｒのコドンは、ＵＣＵ又はＵＣＡ又はＡＧＵからＵＣＣ、ＵＣＧ又はＡＧＣに変更でき、Ｔｙｒのコドンは、ＵＡＵからＵＡＣに変更でき、Ｃｙｓのコドンは、ＵＧＵからＵＧＣに変更でき、Ｈｉｓのコドンは、ＣＡＵからＣＡＣに変更でき、Ｇｌｎのコドンは、ＣＡＡからＣＡＧに変更でき、Ｉｌｅのコドンは、ＡＵＵ又はＡＵＡからＡＵＣに変更でき、Ｔｈｒのコドンは、ＡＣＵ又はＡＣＡからＡＣＣ又はＡＣＧに変更でき、Ａｓｎのコドンは、ＡＡＵからＡＡＣに変更でき、Ｌｙｓのコドンは、ＡＡＡからＡＡＧに変更でき、Ｖａｌのコドンは、ＧＵＵ又はＧＵＡからＧＵＣ又はＧＵＧに変更でき、Ａｓｐのコドンは、ＧＡＵからＧＡＣに変更でき、Ｇｌｕのコドンは、ＧＡＡからＧＡＧに変更でき、終止コドンＵＡＡは、ＵＡＧ又はＵＧＡに変更できる。一方、Ｍｅｔ（ＡＵＧ）及びＴｒｐ（ＵＧＧ）のコドンの場合には、配列修飾の可能性はない。本発明の組合せの少なくとも１つのＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のＧ／Ｃ含量を、その特定の野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）配列（即ち、元の配列）に比較して増大させるために、上に挙げた置換を個別に又は全ての可能な組合せで使用することができる。したがって、例えば、野生型配列中に存在するＴｈｒの全てのコドンを、ＡＣＣ（又はＡＣＧ）に変更することができる。しかし、例えば、前記置換可能性の以下のような組合せを使用することが好ましい。

元の配列（野生型ＲＮＡ）中のＴｈｒをコードする全てのコドンのＡＣＣ（又はＡＣＧ）への置換、及び
Ｓｅｒを元来コードする全てコドンのＵＣＣ（又はＵＣＧ又はＡＧＣ）への置換；元の配列中のＩｌｅをコードする全てのコドンのＡＵＣへの置換、及び
Ｌｙｓを元来コードする全てのコドンのＡＡＧへの置換、及び
Ｔｙｒを元来コードする全てコドンのＵＡＣへの置換；元の配列中のＶａｌをコードする全てのコドンのＧＵＣ（又はＧＵＧ）への置換、及び
Ｇｌｕを元来コードする全てのコドンのＧＡＧへの置換、及び
Ａｌａを元来コードする全てのコドンのＧＣＣ（又はＧＣＧ）への置換、及び
Ａｒｇを元来コードする全てのコドンのＣＧＣ（又はＣＧＧ）への置換、及び元の配列中のＶａｌをコードする全てコドンのＧＵＣ（又はＧＵＧ）への置換、及び
Ｇｌｕを元来コードする全てのコドンのＧＡＧへの置換、及び
Ａｌａを元来コードする全てのコドンのＧＣＣ（又はＧＣＧ）への置換、及び
Ｇｌｙを元来コードする全てのコドンのＧＧＣ（又はＧＧＧ）への置換、及び
Ａｓｎを元来コードする全てのコドンのＡＡＣへの置換；元の配列中のＶａｌをコードする全てのコドンのＧＵＣ（又はＧＵＧ）への置換、及び
Ｐｈｅを元来コードする全てのコドンのＵＵＣへの置換、及び
Ｃｙｓを元来コードする全てのコドンのＵＧＣへの置換、及び
Ｌｅｕを元来コードする全てのコドンのＣＵＧ（又はＣＵＣ）への置換、及び
Ｇｌｎを元来コードする全てのコドンのＣＡＧへの置換、及び
Ｐｒｏを元来コードする全てのコドンのＣＣＣ（又はＣＣＧ）への置換、などである。
好ましくは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列のＧ／Ｃ含量は、本明細書に定義される少なくとも１つのエピトープをコードする野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列のＧ／Ｃ含量に比べて、少なくとも７％、より好ましくは少なくとも１５％、特に好ましくは少なくとも２０％増大する。
好ましい実施形態によれば、本明細書に定義されるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくはその断片）をコードする領域、又は野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）配列の全配列における置換可能なコドンの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも８０％、最も好ましくは少なくとも９０％、９５％、更には１００％が置換され、それによって前記配列のＧ／Ｃ含量が増大する。
この文脈においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）、好ましくはその少なくとも１つのコード配列のＧ／Ｃ含量を、野生型配列に比較して最大限（即ち、置換可能なコドンの１００％）増大させることが特に好ましい。
本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の更に好ましい修飾は、翻訳効率が、細胞内のｔＲＮＡの出現頻度によっても決定されるという知見に基づく。したがって、いわゆる「レアコドン」が本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）中に高程度で存在する場合、対応する修飾されたＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）配列は、比較的「高頻度の」ｔＲＮＡをコードするコドンが存在する場合よりも著しく低い程度で翻訳される。
幾つかの好ましい実施形態では、本明細書に定義される修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）では、エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする領域が、細胞内において比較的稀であるｔＲＮＡをコードする野生型配列の少なくとも１つのコドンが、細胞内において比較的高頻度で存在し、且つ比較的稀なｔＲＮＡと同じアミノ酸を運搬するｔＲＮＡをコードするコドンと交換されるよう、野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の対応する領域と比較して修飾される。
それによって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の配列は、高頻度で存在するｔＲＮＡが利用可能であるコドンが挿入されるように修飾される。換言すれば、本発明によれば、この修飾により、細胞内において比較的稀であるｔＲＮＡをコードする野生型配列の全てのコドンをそれぞれ、細胞内において比較的高頻度で存在し、且つそれぞれが比較的稀なｔＲＮＡと同じアミノ酸を運搬するｔＲＮＡをコードするコドンと交換することができる。どのｔＲＮＡが細胞内において比較的高頻度で存在し、逆に、比較的稀であるかについては、当業者に知られている（例えば、Ａｋａｓｈｉ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｇｅｎｅｔ． Ｄｅｖ． ２００１， １１（６）： ６６０−６６６参照）。特定のアミノ酸に対して最も高頻度で存在するｔＲＮＡを用いるコドン（例えば、（ヒト）細胞に最も高頻度で存在するｔＲＮＡを使用するＧｌｙコドン）が特に好ましい。
本発明によれば、本発明の組合せの修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）において増大する、特に最大となる配列Ｇ／Ｃ含量（ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ Ｇ／Ｃ ｃｏｎｔｅｎｔ）を、例えば、前記エピトープコードＲＮＡのコード配列によりコードされるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）などのコードされたアミノ酸配列を変更することなく、「高頻度」コドンと結び付けることが特に好ましい。そのような好ましい実施形態は、本発明の組合せの特に効率的に翻訳され安定化された（修飾された）ＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の提供を可能にする。
前記のような（Ｇ／Ｃ含量が増大した；ｔＲＮＡが交換された）修飾エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の決定は、その開示内容が本発明の全範囲に含まれる国際公開第０２／０９８４４３号に説明されるコンピュータープログラムを使用して行うことができる。このコンピュータープログラムを使用して、任意の所望の核酸、特にＲＮＡのヌクレオチド配列を、遺伝子コード又はその縮重的性質を用いて修飾することができる。この修飾は、最大のＧ／Ｃ含量が、細胞内で可能な限り高頻度で存在するｔＲＮＡをコードするコドンの使用との組み合わせで、修飾核酸（特にＲＮＡ）によってコードされるアミノ酸配列、好ましくは非修飾配列と比較して修飾されていないものを生じるように行われる。
或いは、元の配列と比較してＧ／Ｃ含量のみ又はコドンの使用のみを改変することも可能である。Ｖｉｓｕａｌ Ｂａｓｉｃ ６．０（使用される展開環境：Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｖｉｓｕａｌ Ｓｔｕｄｉｏ Ｅｎｔｅｒｐｒｉｓｅ ６．０、Ｓｅｒｖｉｃｅｐａｃｋ ３）のソースコードも、国際公開第０２／０９８４４３号に記載されている。
本発明の更なる好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のリボソーム結合部位の環境におけるＡ／Ｕ含量は、そのそれぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のリボソーム結合部位の環境におけるＡ／Ｕ含量に比較して増加する。
この改変（リボソーム結合部位周辺の増加したＡ／Ｕ含量）は、前記エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）へのリボソームの結合効率を高める。リボソーム結合部位（コザック配列：配列番号７；ＡＵＧが開始コドンを形成する）へのリボソームの効果的な結合は、次に、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の効率的な翻訳の効果を奏する。
本発明の更なる実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、潜在的な不安定化配列エレメントに関して改変され得る。特に、前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列及び／又は５’及び／又は３’非翻訳領域は、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記他の野生型核酸）と比較して、不安定化配列エレメントを含まないように改変することができ、改変ＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のコードされたアミノ酸配列は、そのそれぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記他の野生型核酸）と比較して改変されていないことが好ましい。
例えば、真核生物のＲＮＡの配列において、不安定化配列エレメント（ＤＳＥ）が生じ、それにシグナルタンパク質が結合してインビボでＲＮＡの酵素的分解を調節することが知られている。修飾エピトープコードＲＮＡの更なる安定化のために、任意に、エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原若しくはその変異体若しくは断片）又は本明細書に定義される任意の他の核酸をコードする領域をコードする領域において、不安定化配列エレメントが含まれない又は実質的に含まれないように、野生型ＲＮＡ（又は前記他の野生型核酸）の対応する領域と比較して１つ以上のそのような改変を行うことができる。
本発明によれば、非翻訳領域（３’−及び／又は５’−ＵＴＲ）に存在するＤＳＥも、そのような改変によって、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）から排除することができる。そのような不安定化配列は、例えば、多数の不安定なＲＮＡの３’−ＵＴＲ部分に存在するＡＵ−リッチ配列（ＡＵＲＥＳ）である（Ｃａｐｕｔ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １９８６， ８３： １６７０〜１６７４）。したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）がそのような不安定化配列を含まないように、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は前記それぞれの他の野生型核酸）と比較して改変されることが好ましい。このことは、可能なエンドヌクレアーゼによって認識される配列モチーフ（例えば、トランスフェリン受容体をコードする遺伝子の３’−ＵＴＲセグメントに含まれる配列ＧＡＡＣＡＡＧ）にも当てはまる（Ｂｉｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ． １９９４， １３： １９６９〜１９８０）。これらの配列モチーフはまた、前記エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）から除去されることが好ましい。
ヒトのコドン使用に適合させた配列：
本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の更なる好ましい修飾は、同じアミノ酸をコードするコドンが典型的には異なる頻度で存在するという知見に基づく。更に好ましい実施形態によれば、修飾されたエピトープコードＲＮＡ（又は他の核酸、特にＲＮＡ）において、コード配列を、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は他の野生型核酸）の対応する領域に比較して、同じアミノ酸をコードするコドンの頻度が、例えば、表１に示されるように、ヒトのコドンの使用にしたがう当該コドンの天然に存在する頻度に対応するように修飾される。
例えば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の少なくとも１つのコード配列によってコードされるアミノ酸配列中に存在するアミノ酸アラニン（Ａｌａ）の場合、野生型コード配列は、コドン「ＧＣＣ」が０．４０の頻度で使用され、コドン「ＧＣＴ」が０．２８の頻度で使用され、コドン「ＧＣＡ」が０．２２の頻度で使用され、コドン「ＧＣＧ」が０．１０の頻度で使用されるなどのように適合させることが好ましい（表１参照）。
コドン最適化配列：
前述したように、本発明によれば、細胞内において比較的稀なｔＲＮＡをコードする野生型配列の全てのコドンを、細胞内において比較的高頻度であり、且ついずれも前記比較的稀なｔＲＮＡと同一のアミノ酸を運搬するｔＲＮＡをコードするコドンと交換されることが好ましい。
したがって、最も高頻度のコドンが各コードアミノ酸に対して使用されることが特に好ましい（表１を参照のこと、最も高頻度のコドンはアスタリスクで示されている）。そのような最適化手順は、コドン適合度指数（ＣＡＩ）を上昇させ、最終的にＣＡＩを最大にする。本発明の文脈において、上昇又は最大化されたＣＡＩを有する配列は、典型的には「コドン最適化」配列及び／又はＣＡＩ上昇及び／又は最大化配列と称される。好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、少なくとも１つのコード配列を含み、前記コード配列は、本明細書に記載されるようにコドン最適化される。より好ましくは、少なくとも１つのコード配列のコドン適合度指数（ＣＡＩ）は、少なくとも０．５、少なくとも０．８、少なくとも０．９、又は少なくとも０．９５である。最も好ましくは、少なくとも１つのコード配列のコドン適合度指数（ＣＡＩ）は１である。
例えば、本発明の組合せ（又は他の任意の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされるアミノ酸配列中に存在するアミノ酸アラニン（Ａｌａ）の場合、野生型コード配列が、最も高頻度のヒトコドン「ＧＣＣ」が常に前記アミノ酸のために使用されるように適合される、又はアミノ酸システイン（Ｃｙｓ）の場合には、野生型配列が、最も高頻度のヒトコドン「ＴＧＣ」が常に前記アミノ酸のために使用されるように適合される。
Ｃ最適化配列：
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、前記エピトープコードＲＮＡ（又は他の核酸、特にＲＮＡ）、特にその少なくとも１つのコード配列におけるシトシン（Ｃ）含量を変更する、好ましくは増加させることによって改変される。
好ましい実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のコード配列のＣ含量を、それぞれの野生型ＲＮＡ、即ち、未修飾ＲＮＡ（又はそれぞれの他の野生型核酸）の配列のコード配列のＣ含量と比較して改変、好ましくは増加させる。本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされるアミノ酸配列は、それぞれの野生型ｍＲＮＡ（又はそれぞれの他の野生型核酸）によってコードされるアミノ酸配列と比較して変更がないことが好ましい。
好ましい実施形態においては、前記改変エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、理論的に可能な最大シトシン含量の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、又は８０％、又は少なくとも９０％、更には最大シトシン含量が達成されるように改変される。
更に好ましい実施形態においては、野生型ＲＮＡ配列のコドンの、「シトシン含量最適化可能な」少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、更には１００％が、野生型配列に存在するものよりも高いシトシン含量を有するコドンによって置き換えられる。
更なる好ましい実施形態においては、野生型コード配列の幾つかのコドンは、細胞内において比較的稀なｔＲＮＡのコドンが、細胞内において比較的高頻度のｔＲＮＡのコドンに置き換わるように改変される。ただし、比較的高頻度のｔＲＮＡの置換コドンは、元の野生型コドンの比較的稀なｔＲＮＡと同じアミノ酸を運搬する。好ましくは、シトシンを含まないコドンによってのみコードされるアミノ酸をコードするコドンを除き、又はそれぞれ同じ数のシトシンを含む２つのコドンによってコードされるグルタミン（Ｇｌｎ）を除き、比較的稀なｔＲＮＡのコドンの全てが、細胞内において比較的高頻度のｔＲＮＡのコドンによって置き換えられる。
本発明の更なる好ましい実施形態において、改変エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、理論的に可能な最大シトシン含量、又は最大シトシン含量の少なくとも８０％、又は少なくとも９０％、更には最大シトシン含量が、細胞内において比較的高い頻度のｔＲＮＡをコードするコドンによって、アミノ酸配列は変化しないように改変される。
遺伝暗号の天然に生じる縮重のために、１超のコドンが特定のアミノ酸をコードし得る。したがって、２０個の天然アミノ酸のうち１８個は、１つより多いコドンによってコードされる（ただし、ＴｒｙｐとＭｅｔは例外である）例えば、２種類のコドン（例えば、Ｃｙｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ）、３種類のコドン（例えば、Ｉｌｅ）、４種類のコドン（例えば、Ａｌ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ）、又は６種類のコドン（例えば、Ｌｅｕ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ）。しかし、同じアミノ酸をコードする全てのコドンがインビボ条件下で同じ頻度で利用される訳ではない。それぞれの単一生物によって、典型的なコドン使用プロファイルが確立されている。
本発明の文脈において使用される「シトシン含量最適化可能コドン」という用語は、同じアミノ酸をコードする他のコドンよりも低いシトシン含量を示すコドンを意味する。したがって、同じアミノ酸をコードし、そのコドン内でより多くのシトシンを示す別のコドンによって置き換えられ得る任意の野生型コドンは、シトシン最適化可能（Ｃ最適化可能）であるとみなされる。野生型コード配列内の特定のＣ最適化コドンによるＣ最適化可能野生型コドンのそのような置換は、その全体のＣ含量を増加させ、Ｃがリッチな改変ＲＮＡ配列を反映する。
幾つかの好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）、特にその少なくとも１つのコード配列は、全ての潜在的なＣ最適化可能コドンのためのＣ最適化コドンを含むＣ最大化配列を含む又はからなる。したがって、理論的に置換可能なＣ最適化可能コドンの１００％、即ち全てが、コード配列の全長に亘ってＣ最適化コドンによって置換されることが好ましい。
この文脈において、シトシン含量最適化可能コドンは、同じアミノ酸をコードする他のコドンよりも少ない数のシトシンを含むコドンである。
コドンＧＣＧ、ＧＣＡ、ＧＣＵのいずれもアミノ酸Ａｌａをコードするが、これらは同じアミノ酸をコードするコドンＧＣＣで交換することができる、及び／又は
ＣｙｓをコードするコドンＵＧＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＵＧＣで交換することができる、及び／又は
ＡｓｐをコードするコドンＧＡＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＧＡＣで交換することができる、及び／又は
ＰｈｅをコードするＵＵＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＵＵＣで交換することができる、及び／又は
ＧｌｙをコードするコドンＧＧＧ、ＧＧＡ、ＧＧＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＧＧＣで交換することができる、及び／又は
ＨｉｓをコードするコドンＣＡＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＣＡＣで交換することができる、及び／又は
ＩｌｅをコードするコドンＡＵＡ、ＡＵＵのいずれも、コドンＡＵＣで交換することができる、及び／又は
ＬｅｕをコードするコドンＵＵＧ、ＵＵＡ、ＣＵＧ、ＣＵＡ、ＣＵＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＣＵＣで交換することができる、及び／又は
ＡｓｎをコードするコドンＡＡＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＡＡＣで交換することができる、及び／又は
ＰｒｏをコードするコドンＣＣＧ、ＣＣＡ、ＣＣＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＣＣＣで交換することができる、及び／又は
ＡｒｇをコードするコドンＡＧＧ、ＡＧＡ、ＣＧＧ、ＣＧＡ、ＣＧＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＣＧＣで交換することができる、及び／又は
ＳｅｒをコードするコドンＡＧＵ、ＡＧＣ、ＵＣＧ、ＵＣＡ、ＵＣＵのいずれかも、同じアミノ酸をコードするコドンＵＣＣで交換することができる、及び／又は
ＴｈｒをコードするコドンＡＣＧ、ＡＣＡ、ＡＣＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＡＣＣで交換することができる、及び／又は
ＶａｌをコードするコドンＧＵＧ、ＧＵＡ、ＧＵＵのいずれも、同じアミノ酸をコードするコドンＧＵＣで交換することができる、及び／又は
ＴｙｒをコードするコドンＵＡＵは、同じアミノ酸をコードするコドンＵＡＣで交換することができる。
前記の例のいずれにおいても、シトシンの数は交換されたコドン当たり１つ増加する。コード配列の全ての非Ｃ最適化コドン（Ｃ最適化可能コドンに対応する）の交換により、Ｃ最大化コード配列がもたらされる。本発明の文脈において、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の少なくとも１つのコード配列内の非Ｃ最適化コドンの少なくとも７０％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％が、Ｃ最適化コドンによって置き換えられる。
幾つかのアミノ酸については、Ｃ最適化コドンによって置換されたＣ最適化可能コドンの割合が７０％未満であり、一方、他のアミノ酸については、置換されたコドンの割合が７０％より高いことにより、コード配列の全てのＣ最適化可能野生型コドンの少なくとも７０％の全体的なＣ最適化割合を満たすことが好ましい場合がある。
好ましくは、Ｃ最適化エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）では、任意の所与のアミノ酸についてのＣ最適化可能野生型コドンの少なくとも５０％がＣ最適化コドンによって置き換えられる。例えば、任意の改変ＣリッチＲＮＡ（又は他の核酸、特にＲＮＡ）は、好ましくは、前記アミノ酸Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ａｓｐ、Ｐｈｅ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ａｓｎ、Ｐｒｏ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、及びＴｙｒのいずれか１つをコードするＣ最適化可能野生型コドン位置に少なくとも５０％、好ましくは少なくとも６０％のＣ最適化コドンを含む。
この文脈において、シトシン含量を最適化可能ではないが、少なくとも２種類のコドンによってコードされるアミノ酸をコードするコドンは、更なる選択プロセスなしに使用され得る。しかし、細胞内、例えば、ヒト細胞において比較的稀なｔＲＮＡをコードする野生型配列のコドンは、細胞内において比較的高頻度のｔＲＮＡをコードするコドンと交換することができ、ここで両者とも同じアミノ酸をコードする。したがって、Ｇｌｕをコードする比較的稀なコドンＧＡＡは、同じアミノ酸をコードする比較的高頻度のコドンＧＡＧで交換することができ、及び／又は
Ｌｙｓをコードする比較的稀なコドンＡＡＡは、同じアミノ酸をコードする比較的高頻度のコドンＡＡＧで交換することができ、及び／又は
Ｇｌｎをコードする比較的稀なコドンＣＡＡは、同じアミノ酸をコードする比較的高頻度のコドンＣＡＧで交換することができる。
この文脈において、それぞれ１つのコドンのみによってコードされるアミノ酸Ｍｅｔ（ＡＵＧ）及びＴｒｐ（ＵＧＧ）は変化しないままである。終止コドンは、シトシン含量について最適化されないが、比較的稀な終止コドンであるアンバー、オーカー（ＵＡＡ、ＵＡＧ）は、比較的高頻度の終止コドンであるオパール（ＵＧＡ）で交換することができる。
上に列挙した各置換は、改変されたエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に記載される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のシトシン含量をそのそれぞれの野生型核酸配列と比較して最適化するために、別々に且つ可能な全ての組合せで使用することができる。
したがって、本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列は、少なくとも２つ以上のコドン（そのうちの１つは、１つの追加のシトシンを含む）によってコードされるアミノ酸について、それぞれの野生型ＲＮＡ（又は他の野生型核酸）のコード配列と比較して変更することができ、そのようなコドンは、１つの追加のシトシンを含むＣ最適化されたコドンで交換することができ、前記アミノ酸は野生型配列と比較して変化しないことが好ましい。
特に好ましい実施形態によれば、本発明の組合せは、本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列を含むエピトープコードＲＮＡを含み、（ａ）前記エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列のＧ／Ｃ含量が、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含量と比較して増加し、及び／又は（ｂ）前記エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列のＣ含量が、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＣ含量と比較して増加し、及び／又は（ｃ）前記エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列中のコドンが、ヒトのコドン使用に適合されており、コドン適合度指数（ＣＡＩ）が、好ましくは、前記エピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列において増加又は最大化されており、前記エピトープコードＲＮＡによってコードされるアミノ酸配列が、好ましくは、対応する野生型ＲＮＡによってコードされるアミノ酸配列と比較して変化しない。
５’キャップ
本発明の更なる好ましい実施形態によれば、本明細書に定義される改変エピトープコードＲＮＡ（又は任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、いわゆる「５’キャップ」構造の付加によって修飾することができ、これにより、本明細書に記載されるように、前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）が安定化する。
５’−キャップは、一般に成熟ｍＲＮＡの５’末端を「キャップ」する実体、典型的には修飾されたヌクレオチド実体である。５’−キャップは、典型的には修飾ヌクレオチド、特にグアニンヌクレオチドの誘導体によって形成され得る。好ましくは、５’−キャップは、５’−５’−トリホスファート結合を介して５’末端に結合する。５’−キャップは、メチル化されていてもよく、例えば、ｍ７ＧｐｐｐＮがある（ここでＮは、５’−キャップを有する核酸の末端５’ヌクレオチド、典型的にはｍＲＮＡの５’末端である）。ｍ７ＧｐｐｐＮは、ポリメラーゼＩＩによって転写されたｍＲＮＡ中に天然に存在するので、この文脈では、修飾ｍＲＮＡ中に含まれる修飾と考えないことが好ましい５’−キャップ構造である。したがって、「修飾された」エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、５’−キャップとしてｍ７ＧｐｐｐＮを含むことができるが、これに加えて、前記修飾エピトープコードＲＮＡ（又は他の核酸）は、本明細書に定義される少なくとも１つの更なる修飾を含む。
５’キャップ構造の更なる例としては、グリセリル、反転デオキシ脱塩基残基（部分）、４”，５’メチレンヌクレオチド、１−（ベータ−Ｄ−エリスロフラノシル）ヌクレオチド、４”−チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、１，５−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、Ｌ−ヌクレオチド、アルファ−ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド、非環式３’，４”−セコヌクレオチド、非環式３，４−ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環式３，５−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、３’−３’−反転ヌクレオチド部分、３’−３’−反転脱塩基部分、３’−２”−反転脱塩基部分、３’−２”−反転脱塩基部分、１，４−ブタンジオールホスファート、３’−ホスホルアミダート、ヘキシルホスファート、アミノヘキシルホスファート、３’−ホスファート、３’−ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート、又は架橋若しくは非架橋メチルホスホナート部分が挙げられる。これらの改変５’−キャップ構造は、この文脈において、少なくとも１つの改変とみなされる。
特に好ましい改変５’−キャップ構造は、ｃａｐ１（ｍ７Ｇの隣接ヌクレオチドのリボースのメチル化）、ｃａｐ２（ｍ７Ｇの下流の２番目のヌクレオチドのリボースの更なるメチル化）、ｃａｐ３（ｍ７Ｇの下流の３番目のリボースの更なるメチル化）、ｃａｐ４（ｍ７Ｇの下流の４番目のヌクレオチドのリボースのメチル化）、ＡＲＣＡ（アンチリバースキャップ類似体、改変ＡＲＣＡ（例えば、ホスホチオアート修飾ＡＲＣＡ）、イノシン、Ｎ１−メチル−グアノシン、２”−フルオロ−グアノシン、７−デアザ−グアノシン、８−オキソ−グアノシン、２−アミノ−グアノシン、ＬＮＡ−グアノシン、及び２−アジド−グアノシンである。
ポリ（Ａ）
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、ポリ（Ａ）配列又はポリ（Ａ）テールを含む。
ポリ（Ａ）テール又は３’−ポリ（Ａ）テールとも呼ばれるポリ（Ａ）配列は、典型的にはアデノシンヌクレオチドの配列、例えば最大約４００個のアデノシンヌクレオチドの配列、例えば約２０〜約４００個、好ましくは約５０〜約４００個、より好ましくは約５０〜約３００個、更により好ましくは約５０〜約２５０個、最も好ましくは約６０〜約２５０個のアデノシンヌクレオチドの配列であると理解される。本明細書中で使用される場合、ポリ（Ａ）配列はまた、約１０〜２００個のアデノシンヌクレオチド、好ましくは約１０〜１００個のアデノシンヌクレオチド、より好ましくは約４０〜８０個のアデノシンヌクレオチド、又は更により好ましくは約５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドを含み得る。ポリ（Ａ）配列は、典型的には、ＲＮＡ、特にｍＲＮＡの３’末端に位置する。
したがって、更なる好ましい実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、その３’末端に、典型的には約１０〜２００個のアデノシンヌクレオチド、好ましくは約１０〜１００個のアデノシンヌクレオチド、より好ましくは約４０〜８０個のアデノシンヌクレオチド、又は更により好ましくは約５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドのポリ（Ａ）テールを含む。
好ましくは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）中のポリ（Ａ）配列は、ＲＮＡインビトロ転写によってＤＮＡ鋳型から誘導される。或いは、ポリ（Ａ）配列はまた、必ずしもＤＮＡ前駆体から転写されることなく、一般的な化学合成法によってインビトロで得ることができる。
更に、ポリ（Ａ）配列、又はポリ（Ａ）テールは、市販のポリアデニル化キット及び当技術分野において公知の対応するプロトコルを使用して、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の酵素的ポリアデニル化によって生成され得る。ポリアデニル化は、典型的には、ＲＮＡ分子（例えば未成熟ｍＲＮＡ）などの核酸分子へのポリ（Ａ）配列の付加であると理解される。ポリアデニル化は、いわゆるポリアデニル化シグナルによって誘発され得る。このシグナルは、ポリアデニル化されるｍＲＮＡの３’末端の幾つかのヌクレオチド内に位置することが好ましい。ポリアデニル化シグナルは、典型的には、アデニン及びウラシル／チミンヌクレオチドからなるヘキサマー、好ましくはヘキサマー配列ＡＡＵＡＡＡを含む。他の配列、好ましくはヘキサマー配列も考えられる。ポリアデニル化は、典型的にはプレｍＲＮＡ（未成熟ｍＲＮＡとも呼ばれる）のプロセシング中に生じる。典型的には、（プレｍＲＮＡから成熟ｍＲＮＡへの）ＲＮＡ成熟は、ポリアデニル化の工程を含む。
したがって、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、特定のタンパク質因子（例えば、切断及びポリアデニル化特異性因子（ＣＰＳＦ）、切断刺激因子（ＣｓｔＦ）、切断因子Ｉ及びＩＩ（ＣＦ Ｉ及びＣＦ ＩＩ）、ポリ（Ａ）ポリメラーゼ（ＰＡＰ））によってポリアデニル化を（転写）ＲＮＡに伝達するポリアデニル化シグナルを含み得る。
この文脈において、ＮＮ（Ｕ／Ｔ）ＡＮＡコンセンサス配列を含むコンセンサスポリアデニル化シグナルが好ましい。特に好ましい態様においては、ポリアデニル化シグナルは以下の配列のうちの１つを含む：ＡＡ（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡ又はＡ（Ｕ／Ｔ）（Ｕ／Ｔ）ＡＡＡ（ここで、ウリジンは通常、ＲＮＡ中に存在し、チミジンは通常、ＤＮＡ中に存在する）。
ポリ（Ｃ）
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、３’末端に、典型的には約１０〜２００個のシトシンヌクレオチド、好ましくは約１０〜１００個のシトシンヌクレオチド、より好ましくは約２０〜７０個のシトシンヌクレオチド、更により好ましくは約２０〜６０個、更には１０〜４０個のシトシンヌクレオチドのポリ（Ｃ）テールを含む。
ＵＴＲ
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、少なくとも１つの５’−又は３’−ＵＴＲエレメントを含む。この文脈においては、ＵＴＲエレメントは、任意の天然に存在する遺伝子の５’−又は３’−ＵＴＲに由来する、又は遺伝子の５’−又は３’−ＵＴＲの断片、ホモログ、若しくは変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。好ましくは、本発明にしたがって使用される５’−又は３’−ＵＴＲエレメントは、前記エピトープコードＲＮＡ（又は他の核酸、特にＲＮＡ）の少なくとも１つのコード配列に対して異種である。天然に存在する遺伝子に由来する５’−又は３’−ＵＴＲエレメントが好ましいとしても、合成的に操作されたＵＴＲエレメントも本発明の文脈において使用することができる。
３’ＵＴＲ
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、更に少なくとも１つの３’ＵＴＲエレメントを含む。
「３’ＵＴＲエレメント」という用語は、典型的には、３’ＵＴＲ又は３’ＵＴＲの変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる核酸配列を意味する。
一般に、「３’−ＵＴＲ」という用語は、オープンリーディングフレームの３’（即ち、「下流」）に位置し、タンパク質に翻訳されない核酸分子の一部を意味する。本発明の文脈において、３’−ＵＴＲは、タンパク質コード配列の終止コドン（好ましくはタンパク質コード配列の終止コドンに対してすぐ３’側）と、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のポリ（Ａ）配列との間に位置する配列に対応する。
「対応する」という用語は、３’−ＵＴＲ配列が、３’−ＵＴＲ配列を定義するために使用されるｍＲＮＡ配列などにおけるＲＮＡ配列、又はそのようなＲＮＡ配列に対応するＤＮＡ配列であり得ることを意味する。本発明の文脈においては、「リボソームタンパク質遺伝子の３’−ＵＴＲ」などの「遺伝子の３’−ＵＴＲ」という用語は、この遺伝子に由来する成熟ｍＲＮＡ、即ち、遺伝子の転写及び成熟前ｍＲＮＡの成熟によって得られるｍＲＮＡの３’−ＵＴＲに対応する配列である。「遺伝子の３’−ＵＴＲ」という用語は、３’−ＵＴＲのＤＮＡ配列とＲＮＡ配列（センス鎖とアンチセンス鎖の両方、成熟型と未成熟型の両方）を包含する。
本発明の意味における３’ＵＴＲエレメントは、ＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡの３’ＵＴＲを表し得る。したがって、本発明の意味において、好ましくは、３’ＵＴＲエレメントはＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡの３’ＵＴＲであり得る、又はＲＮＡの３’ＵＴＲのための転写テンプレートであり得る。したがって、３’ＵＴＲエレメントは、好ましくは、ＲＮＡの３’ＵＴＲに対応する、好ましくはｍＲＮＡ、例えば、遺伝子操作されたベクター構築物の転写によって得られるのｍＲＮＡの３’ＵＴＲに対応する核酸配列である。好ましくは、３’ＵＴＲエレメントは、３’ＵＴＲの機能を果たす、又は３’ＵＴＲの機能を果たす配列をコードする。
好ましくは、少なくとも１つの３’ＵＴＲエレメントは、脊索動物遺伝子、好ましくは脊椎動物遺伝子、より好ましくは哺乳動物遺伝子、最も好ましくはヒト遺伝子の３’ＵＴＲ、又は脊索動物遺伝子、好ましくは脊椎動物遺伝子、より好ましくは哺乳動物遺伝子、最も好ましくはヒト遺伝子の３’ＵＴＲ変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。
好ましくは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、（安定なｍＲＮＡを提供する）半減期が延長されたｍＲＮＡに関する遺伝子から誘導することができる３’ＵＴＲエレメント、例えば、以下に定義され記載される３’ＵＴＲエレメントを含む。好ましくは、３’ＵＴＲエレメントは、好ましくは安定なｍＲＮＡをコードする遺伝子の３’ＵＴＲ、又は前記遺伝子のホモログ、断片、若しくは変異体に由来する核酸配列である。
特に好ましい態様においては、３’ＵＴＲエレメントは、アルブミン遺伝子、アルファ−グロビン遺伝子、ベータ−グロビン遺伝子、チロシンヒドロキシラーゼ遺伝子、リポキシゲナーゼ遺伝子、及びコラーゲンアルファ遺伝子（例えば、コラーゲンアルファ１（Ｉ）遺伝子）からなる群から選択される遺伝子の３’ＵＴＲに由来する、又はアルブミン遺伝子、アルファ−グロビン遺伝子、ベータ−グロビン遺伝子、チロシンヒドロキシラーゼ遺伝子、リポキシゲナーゼ遺伝子、及びコラーゲンアルファ遺伝子（例えば、国際公開第２０１３／１４３７００号（その開示内容を参照により本明細書に援用する）の配列番号１３６９〜１３９０に係るコラーゲンアルファ１（Ｉ）遺伝子）からなる群から選択される遺伝子の３’ＵＴＲの変異体に由来する、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。
「［・・・］遺伝子の３’ＵＴＲに由来する核酸配列」という用語は、好ましくは、［・・・］遺伝子の３’ＵＴＲ配列又はその一部に基づく核酸配列を意味する。例えば、アルブミン遺伝子、アルファ−グロビン遺伝子、ベータ−グロビン遺伝子、チロシンヒドロキシラーゼ遺伝子、リポキシゲナーゼ遺伝子、又はコラーゲンアルファ遺伝子（例えば、コラーゲンアルファ１（Ｉ）遺伝子）の３’ＵＴＲなどに基づく核酸配列を意味する。この用語は、遺伝子の３’ＵＴＲの変異体の全配列に対応する配列（即ち、遺伝子の全長変異体３’ＵＴＲ配列）、及び遺伝子の変異体３’ＵＴＲ配列の断片に対応する配列を含む。この文脈における断片は、好ましくは全長変異体３’ＵＴＲ中の連続する一続きのヌクレオチドに対応する連続的する一続きのヌクレオチドからなり、これは全長変異体３’ＵＴＲの少なくとも２０％、好ましくは少なくとも３０％、より好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、更により好ましくは少なくとも６０％、更により好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは少なくとも８０％、最も好ましくは少なくとも９０％である。本発明の意味において、変異体のそのような断片は、本明細書に記載される変異体の機能的断片であることが好ましい。
アルブミン由来の３’ＵＴＲ
特に好ましい態様において、３’ＵＴＲエレメントは、アルブミン遺伝子、好ましくは脊椎動物アルブミン遺伝子、より好ましくは哺乳動物アルブミン遺伝子、最も好ましくは配列番号８に係るヒトアルブミン遺伝子又は対応するＲＮＡ配列の３’ＵＴＲに由来する核酸配列を含む又はからなる。
この文脈において、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１３６９〜１３９０に係る核酸に由来する対応するＲＮＡ配列を含む３’−ＵＴＲエレメントを含むことが特に好ましい。
最も好ましくは、３’−ＵＴＲエレメントは、配列番号９に係るヒトアルブミン遺伝子の断片に由来する核酸配列を含む。
この文脈においては、本発明に係るＲＮＡの３’−ＵＴＲエレメント（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、配列番号８又は９に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む又はからなることが特に好ましい。
グロビン由来の３’ＵＴＲ
別の特に好ましい実施形態では、３’ＵＴＲエレメントは、アルファ−グロビン遺伝子、好ましくは脊椎動物のアルファ−又はベータ−グロビン遺伝子、より好ましくは哺乳動物のアルファ−又はベータ−グロビン遺伝子、最も好ましくは配列番号１０、１１、若しくは１２に係るヒトのアルファ−又はベータ−グロビン遺伝子又は対応するＲＮＡ配列の３’ＵＴＲに由来する核酸配列を含む又はからなる。
例えば、３’ＵＴＲエレメントは、ヒトのアルファ−グロビン遺伝子などのアルファ−グロビン遺伝子、又は（好ましくは配列番号１３に係る）アルファ−グロビン遺伝子のホモログ、断片、若しくは変異体の３’ＵＴＲの中央のアルファ複合体結合部分を含む又はからなることができる。
アルファグロビン遺伝子の３’ＵＴＲの中央のアルファ複合体結合部分（本明細書では「ｍｕａｇ」とも称される）
ＧＣＣＣＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＣＣＡＡＣＧＧＧＣＣＣＴＣＣＴＣＣＣＣＴＣＣＴＴＧＣＡＣＣＧ（国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１３９３に対応する配列番号１３）。
この文脈においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの３’−ＵＴＲエレメント（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、配列番号１３に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む又はからなることが特に好ましい。
実施形態では、本明細書に定義されるＲＮＡは、国際公開第２０１６／１０７８７７号に記載される３’−ＵＴＲを含む。この文脈においては、３’−ＵＴＲ配列に関する国際公開第２０１６／１０７８７７号の開示を参照により本明細書に援用する。特に好適な３’−ＵＴＲは、国際公開第２０１６／１０７８７７号の配列番号１〜２４及び配列番号４９〜３１８、又はこれらの配列の断片若しくは変異体である。したがって、本発明のＲＮＡの３’−ＵＴＲは、国際公開第２０１６／１０７８７７号の配列番号１〜２４及び配列番号４９〜３１８に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む又はからなることができる。
実施形態では、本明細書に定義されるＲＮＡは、国際公開第２０１７／０３６５８０号に記載される３’−ＵＴＲを含む。この文脈においては、３’−ＵＴＲ配列に関する国際公開第２０１７／０３６５８０号の開示を参照により本明細書に援用する。特に好適な３’−ＵＴＲは、国際公開第２０１７／０３６５８０号の配列番号１５２〜２０４、又はこれらの配列の断片若しくは変異体である。したがって、本発明のＲＮＡの３’−ＵＴＲは、国際公開第２０１７／０３６５８０号の配列番号１５２〜２０４に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む又はからなることができる。
５’ＵＴＲ
特に好ましい実施形態によれば、本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、少なくとも１つの５’−非翻訳領域エレメント（５’ＵＴＲエレメント）を含む。
５’−ＵＴＲは、通常、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の特定のセクションであると理解される。それは、ｍＲＮＡのオープンリーディングフレームの５’に位置する。典型的には、５’−ＵＴＲは転写開始部位から開始し、オープンリーディングフレームの開始コドン前１ヌクレオチドで終結する。５’−ＵＴＲは、調節エレメントとも呼ばれる遺伝子発現を制御するためのエレメントを含んでもよい。そのような調節エレメントは、例えば、リボソーム結合部位であり得る。５’−ＵＴＲは、例えば５’−キャップの付加によって、転写後に改変することができる。本発明の文脈においては、５’−ＵＴＲは、５’−キャップと開始コドンとの間に位置する成熟ｍＲＮＡの配列に対応する。好ましくは、５’−ＵＴＲは、３’から５’−キャップまでに位置するヌクレオチドから、好ましくは３’直近から５’−キャップまでに位置するヌクレオチドから、タンパク質コード配列の開始コドンの５’側に位置するヌクレオチドまで、好ましくはタンパク質コード配列の開始コドンの５’直近に位置するヌクレオチドまで延びる配列に対応する。成熟ｍＲＮＡの３’直近から５’−キャップに位置するヌクレオチドは、典型的には、転写開始部位に対応する。「対応する」という用語は、５’−ＵＴＲ配列が、５’−ＵＴＲ配列を定義するために使用されるｍＲＮＡ配列などにおけるＲＮＡ配列、又はそのようなＲＮＡ配列に対応するＤＮＡ配列であり得ることを意味する。本発明の文脈においては、「遺伝子の５’−ＵＴＲ」という用語は、この遺伝子に由来する成熟ｍＲＮＡ、即ち、遺伝子の転写と成熟前ｍＲＮＡの成熟によって得られるｍＲＮＡの５’−ＵＴＲに対応する配列である。「遺伝子の５’−ＵＴＲ」という用語は、５’−ＵＴＲのＤＮＡ配列とＲＮＡ配列を包含する。本発明の実施形態においては、そのような５’−ＵＴＲは、コード配列の５’末端に設けられ得る。その長さは、典型的には５００、４００、３００、２５０個、又は２００個未満のヌクレオチドである。他の実施形態では、その長さは少なくとも１０、２０、３０、又は４０個から、好ましくは１００又は１５０個までのヌクレオチドの範囲であり得る。
ＴＯＰ遺伝子由来の５’ＵＴＲ
特に好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、少なくとも１つの５’−非翻訳領域エレメント（５’ＵＴＲエレメント）を含み、これは、ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する、又はＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲの断片、ホモログ、若しくは変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。
５’末端オリゴピリミジントラクト（ＴＯＰ）は、典型的には核酸分子の５’末端領域、例えば特定のｍＲＮＡ分子の５’末端領域又は特定の遺伝子の機能的実体（例えば、転写領域）の５’末端領域に位置する一続きのピリミジンヌクレオチドである。配列は、シチジンで始まり、通常、これは転写開始部位に対応し、続いて、通常約３〜３０個のピリミジンヌクレオチドが続く。例えば、ＴＯＰは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、更にはそれ以上のヌクレオチドを含むことができる。一続きのピリミジンは、したがって５’ＴＯＰは、ＴＯＰの下流に位置する最初のプリンヌクレオチドに対して５’側の１ヌクレオチドで終結する。５’末端オリゴピリミジントラクトを含むｍＲＮＡは、しばしばＴＯＰｍＲＮＡと呼ばれる。したがって、そのようなメッセンジャーＲＮＡを提供する遺伝子は、ＴＯＰ遺伝子と呼ばれる。ＴＯＰ配列は、例えば、ペプチド伸長因子及びリボソームタンパク質をコードする遺伝子及びｍＲＮＡ中に見出されている。
ＴＯＰ遺伝子は、典型的には、５’末端オリゴピリミジントラクト（ＴＯＰ）の存在によって特徴付けられる。更に、大部分のＴＯＰ遺伝子は、成長に関連した翻訳調節によって特徴付けられる。しかし、組織特異的翻訳調節を有するＴＯＰ遺伝子も知られている。上で定義したように、ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲは、ＴＯＰ遺伝子に由来する成熟ｍＲＮＡの５’ＵＴＲの配列に対応し、ＴＯＰ遺伝子は、好ましくは、３’から５’−キャップまでに位置するヌクレオチドから、５’から開始コドンまでに位置するヌクレオチドまで延びることが好ましい。ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲは、典型的には開始コドンを含まず、好ましくは上流のＡＵＧ（ｕＡＵＧ）又は上流のオープンリーディングフレーム（ｕＯＲＦ）を含まない。その中で、上流のＡＵＧ及び上流のオープンリーディングフレームは、典型的には、翻訳されるべきオープンリーディングフレームの開始コドン（ＡＵＧ）の５’に存在するＡＵＧ及びオープンリーディングフレームであると理解される。ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲは、通常、幾分短い。ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲの長さは、２０ヌクレオチドから５００ヌクレオチドの間であり、典型的には、約２００ヌクレオチド未満、好ましくは約１５０ヌクレオチド未満、より好ましくは約１００ヌクレオチド未満である。本発明の意味におけるＴＯＰ遺伝子の例示的な５’ＵＴＲは、国際公開第２０１３／１４３７００号（その開示内容を参照により本明細書に援用する）の配列番号１〜１３６３に係る配列における、位置５のヌクレオチドから開始コドン（例えば、ＡＴＧ）に対して５’直近に位置するヌクレオチドまで延びる核酸配列である。この文脈において、ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲの特に好ましい断片は、５’ＴＯＰモチーフを欠くＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲである。「ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲ」又は「５’−ＴＯＰ ＵＴＲ」という用語は、好ましくは、天然に存在するＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲを意味する。
本発明の文脈において、「ＴＯＰモチーフ」は、上で定義されるように５’ＴＯＰに対応する核酸配列である。したがって、本発明の文脈におけるＴＯＰモチーフは、好ましくは、３〜３０ヌクレオチドの長さを有する一続きのピリミジンヌクレオチドである。好ましくは、ＴＯＰモチーフは、少なくとも３個のピリミジンヌクレオチド、好ましくは少なくとも４個のピリミジンヌクレオチド、好ましくは少なくとも５個のピリミジンヌクレオチド、より好ましくは少なくとも６個のピリミジンヌクレオチド、更に好ましくは少なくとも７個のピリミジンヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも８個のピリミジンヌクレオチドからなり、一続きのピリミジンヌクレオチドは、その５’末端において、シトシンヌクレオチドで始まるのが好ましい。ＴＯＰ遺伝子及びＴＯＰｍＲＮＡにおいて、ＴＯＰモチーフは、好ましくは、その５’末端において、転写開始部位で開始し、前記遺伝子又はｍＲＮＡの最初のプリン残基に対して５’側の１ヌクレオチドで終結する。本発明の意味におけるＴＯＰモチーフは、好ましくは、５’ＵＴＲを表す配列の５’末端、又は５’ＵＴＲをコードする配列の５’末端に位置する。したがって、好ましくは、３個以上の一続きのピリミジンヌクレオチドは、この一続きがそれぞれの配列（例えば、人工核酸分子、人工核酸分子の５’ＵＴＲエレメント、又は本明細書に記載されるＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する核酸配列）の５’末端に位置する場合、本発明の意味において「ＴＯＰモチーフ」と呼ばれる。換言すれば、５’ＵＴＲ又は５’ＵＴＲエレメントの５’末端ではなく、５’ＵＴＲ又は５’ＵＴＲエレメント内の任意の場所に位置する３個以上の一続きのピリミジンヌクレオチドは、「ＴＯＰモチーフ」と呼ばないことが好ましい。
特に好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの５’ＵＴＲエレメント（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）は、定義されるＴＯＰモチーフ又は５’ＴＯＰを含まない。
幾つかの実施形態では、ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する５’ＵＴＲエレメントの核酸配列は、その３’末端において、それが由来する遺伝子又はｍＲＮＡの開始コドン（例えば、Ａ（Ｕ／Ｔ）Ｇ）の上流の１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０位に位置するヌクレオチドで終結する。したがって、５’ＵＴＲエレメントは、タンパク質コード配列のいかなる部分も含まない。したがって、好ましくは、本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）のアミノ酸コード部分は、コード配列によってのみ提供される。
ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する核酸配列は、好ましくは真核生物のＴＯＰ遺伝子、好ましくは植物又は動物のＴＯＰ遺伝子、より好ましくは脊索動物のＴＯＰ遺伝子、更により好ましくは脊椎動物のＴＯＰ遺伝子、最も好ましくは哺乳動物のＴＯＰ遺伝子（例えば、ヒトＴＯＰ遺伝子など）に由来する。
例えば、５’ＵＴＲエレメントは、好ましくは、国際公開第２０１３／１４３７００号（その開示内容を参照により本明細書に援用する）の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２からなる群から選択される核酸配列、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２のホモログ、その変異体、又は好ましくは対応するＲＮＡ配列に由来する核酸配列を含む又はからなる。「国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２のホモログ」という用語は、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２に係る配列と相同である、ホモサピエンス以外の他の種の配列を意味する。
好ましい実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡの５’ＵＴＲエレメント（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２からなる群から選択される核酸配列のヌクレオチド位置５（即ち、配列中の位置５に位置するヌクレオチド）から開始コドン（配列の３’末端に位置する）の５’側の直近のヌクレオチド位置（例えば、ＡＴＧ配列の５’側直近のヌクレオチド位置）まで延びる核酸配列、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２のホモログ、その変異体、又は対応するＲＮＡ配列に由来する核酸配列を含む又はからなる。５’ＵＴＲエレメントは、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２からなる群から選択される核酸配列の５’ＴＯＰの３’側直近のヌクレオチド位置から開始コドン（配列の３’末端に位置する）の５’側直近のヌクレオチド位置（例えば、ＡＴＧ配列の５’側直近のヌクレオチド位置）まで延びる核酸配列、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１〜１３６３、配列番号１３９５、配列番号１４２１、及び配列番号１４２２のホモログ、その変異体、又は対応するＲＮＡ配列に由来することが特に好ましい。
特に好ましい実施形態において、５’ＵＴＲエレメントは、リボソームタンパク質をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲ、又はリボソームタンパク質をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲの変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。例えば、５’ＵＴＲエレメントは、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号６７、１７０、１９３、２４４、２５９、５５４、６５０、６７５、７００、７２１、９１３、１０１６、１０６３、１１２０、１１３８、及び１２８４〜１３６０のいずれかに係る核酸配列の５’ＵＴＲ、対応するＲＮＡ配列、そのホモログ、又は本明細書に記載されるその変異体（好ましくは５’ＴＯＰモチーフを欠いている）に由来する核酸配列を含む又はからなる。前記したように、位置５からＡＴＧ（これは、配列の３’末端に位置する）の５’側直近のヌクレオチドまで延びる配列は、前記配列の５’ＵＴＲに対応する。
幾つかの実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は、本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、哺乳動物などの脊椎動物のＴＯＰ遺伝子（例えば、ヒトのＴＯＰ遺伝子）の５’ＵＴＲに由来する核酸配列を含む又はからなる５’ＵＴＲエレメントを含み、これは、ＲＰＳＡ、ＲＰＳ２、ＲＰＳ３、ＲＰＳ３Ａ、ＲＰＳ４、ＲＰＳ５、ＲＰＳ６、ＲＰＳ７、ＲＰＳ８、ＲＰＳ９、ＲＰＳ１０、ＲＰＳ１１、ＲＰＳ１２、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１４、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１５Ａ、ＲＰＳ１６、ＲＰＳ１７、ＲＰＳ１８、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２０、ＲＰＳ２１、ＲＰＳ２３、ＲＰＳ２４、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２６、ＲＰＳ２７、ＲＰＳ２７Ａ、ＲＰＳ２８、ＲＰＳ２９、ＲＰＳ３０、ＲＰＬ３、ＲＰＬ４、ＲＰＬ５、ＲＰＬ６、ＲＰＬ７、ＲＰＬ７Ａ、ＲＰＬ８、ＲＰＬ９、ＲＰＬ１０、ＲＰＬ１０Ａ、ＲＰＬ１１、ＲＰＬ１２、ＲＰＬ１３、ＲＰＬ１３Ａ、ＲＰＬ１４、ＲＰＬ１５、ＲＰＬ１７、ＲＰＬ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２１、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２３、ＲＰＬ２３Ａ、ＲＰＬ２４、ＲＰＬ２６、ＲＰＬ２７、ＲＰＬ２７Ａ、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ２９、ＲＰＬ３０、ＲＰＬ３１、ＲＰＬ３２、ＲＰＬ３４、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３５Ａ、ＲＰＬ３６、ＲＰＬ３６Ａ、ＲＰＬ３７、ＲＰＬ３７Ａ、ＲＰＬ３８、ＲＰＬ３９、ＲＰＬ４０、ＲＰＬ４１、ＲＰＬＰ０、ＲＰＬＰ１、ＲＰＬＰ２、ＲＰＬＰ３、ＲＰＬＰ０、ＲＰＬＰ１、ＲＰＬＰ２、ＥＥＦ１Ａ１、ＥＥＦ１Ｂ２、ＥＥＦ１Ｄ、ＥＥＦ１Ｇ、ＥＥＦ２、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＩＦ３Ｆ、ＥＩＦ３Ｈ、ＥＩＦ２Ｓ３、ＥＩＦ３Ｃ、ＥＩＦ３Ｋ、ＥＩＦ３ＥＩＰ、ＥＩＦ４Ａ２、ＰＡＢＰＣ１、ＨＮＲＮＰＡ１、ＴＰＴ１、ＴＵＢＢ１、ＵＢＡ５２、ＮＰＭ１、ＡＴＰ５Ｇ２、ＧＮＢ２Ｌ１、ＮＭＥ２、ＵＱＣＲＢ、又はそのホモログ若しくは変異体から選択され、好ましくは５’ＵＴＲエレメントは、前記遺伝子のＴＯＰモチーフ又は５’ＴＯＰを含まず、任意に、５’ＵＴＲエレメントは、５’末端オリゴピリミジントラクト（ＴＯＰ）の下流の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０に位置するヌクレオチドで、その５’末端で始まり、更に任意に、ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する５’ＵＴＲエレメントは、それが由来する遺伝子の開始コドン（Ａ（Ｕ／Ｔ）Ｇ）の上流の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０に位置するヌクレオチドで、その３’末端で終結する。
更に特に好ましい実施形態において、５’ＵＴＲエレメントは、リボソームタンパク質ラージ３２遺伝子（ＲＰＬ３２）、リボソームタンパク質ラージ３５遺伝子（ＲＰＬ３５）、リボソームタンパク質ラージ２１遺伝子（ＲＰＬ２１）、ＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送ミトコンドリアＦ１複合体、アルファサブユニット１、心筋（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、ヒドロキシステロイド（１７−ベータ）デヒドロゲナーゼ４遺伝子（ＨＳＤ１７Ｂ４）、アンドロゲン誘導１遺伝子（ＡＩＧ１）、チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ遺伝子（ＣＯＸ６Ｃ）、若しくはＮ−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ（酸性セラミダーゼ）１遺伝子（ＡＳＡＨ１）、又はその変異体に由来する核酸配列、好ましくは脊椎動物のリボソームタンパク質ラージ３２遺伝子（ＲＰＬ３２）、脊椎動物のリボソームタンパク質ラージ３５遺伝子（ＲＰＬ３５）、脊椎動物のリボソームタンパク質ラージ２１遺伝子（ＲＰＬ２１）、脊椎動物のＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送ミトコンドリアＦ１複合体、アルファサブユニット１、心筋（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、脊椎動物のヒドロキシステロイド（１７−ベータ）デヒドロゲナーゼ４遺伝子（ＨＳＤ１７Ｂ４）、脊椎動物のアンドロゲン誘導１遺伝子（ＡＩＧ１）、脊椎動物のチトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ遺伝子（ＣＯＸ６Ｃ）、若しくは脊椎動物のＮ−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ（酸性セラミダーゼ）１遺伝子（ＡＳＡＨ１）、又はその変異体に由来する核酸配列、より好ましくは哺乳動物のリボソームタンパク質ラージ３２遺伝子（ＲＰＬ３２）、リボソームタンパク質ラージ３５遺伝子（ＲＰＬ３５）、リボソームタンパク質ラージ２１遺伝子（ＲＰＬ２１）、哺乳動物のＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送ミトコンドリアＦ１複合体、アルファサブユニット１、心筋（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、哺乳動物のヒドロキシステロイド（１７−ベータ）デヒドロゲナーゼ４遺伝子（ＨＳＤ１７Ｂ４）、哺乳動物のアンドロゲン誘導１遺伝子（ＡＩＧ１）、哺乳動物のチトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ遺伝子（ＣＯＸ６Ｃ）、若しくは哺乳動物のＮ−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ（酸性セラミダーゼ）１遺伝子（ＡＳＡＨ１）、又はその変異体に由来する核酸配列、最も好ましくはヒトのリボソームタンパク質ラージ３２遺伝子（ＲＰＬ３２）、ヒトのリボソームタンパク質ラージ３５遺伝子（ＲＰＬ３５）、ヒトのリボソームタンパク質ラージ２１遺伝子（ＲＰＬ２１）、ヒトのＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送ミトコンドリアＦ１複合体、アルファサブユニット１、心筋（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、ヒトのヒドロキシステロイド（１７−ベータ）デヒドロゲナーゼ４遺伝子（ＨＳＤ１７Ｂ４）、ヒトのアンドロゲン誘導１遺伝子（ＡＩＧ１）、ヒトのチトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ遺伝子（ＣＯＸ６Ｃ）、若しくはヒトのＮ−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ（酸性セラミダーゼ）１遺伝子（ＡＳＡＨ１）、又はその変異体に由来する核酸配列を含む又はからなり、好ましくは５’ＵＴＲエレメントは、前記遺伝子の５’ＴＯＰを含まない。
ＡＴＰ５Ａ１由来の５’ＵＴＲ
幾つかの好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファをコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する、又はミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファをコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲのホモログ若しくは変異体（好ましくは５’ＴＯＰモチーフを欠く）に由来する核酸配列を含む又はからなる。
この文脈においては、５’ＵＴＲエレメントは、好ましくは、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物のミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、より好ましくは哺乳動物のミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、最も好ましくはヒトのミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、又はミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物のミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、より好ましくは哺乳動物のミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子、最も好ましくはヒトのミトコンドリアＡＴＰシンターゼサブユニットアルファ（ＡＴＰ５Ａ１）遺伝子の変異体に由来する核酸配列を含む又はからなり、好ましくは５’ＵＴＲエレメントは、前記遺伝子の５’ＴＯＰを含まない。
したがって、特に好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１４に係る核酸配列（５’末端オリゴピリミジントラクトを欠くＡＴＰ５Ａ１の５’−ＵＴＲ：ＧＣＧＧＣＴＣＧＧＣＣＡＴＴＴＴＧＴＣＣＣＡＧＴＣＡＧＴＣＣＧＧＣＴＧＣＡＧＡＡＧＴＡＣＣＧＣＣＴＧＣＧＧＴＡＡＣＴＧＣＡＡＡＧ；国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１４１４に対応）、又は好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列を含む又はからなる、又は５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１４に係る核酸配列又はより好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列の断片を含む又はからなり、好ましくは、前記断片は上に記載されたものであり、即ち、完全長５’ＵＴＲの、例えば、少なくとも２０％を表す連続した一続きのヌクレオチドである。好ましくは、前記断片は、少なくとも約２０ヌクレオチド以上、好ましくは少なくとも約３０ヌクレオチド以上、より好ましくは少なくとも約４０ヌクレオチド以上の長さを示す。好ましくは、前記断片は、本明細書に記載の機能的断片である。
Ｌ３２由来の５’ＵＴＲ
幾つかの好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、リボソームラージタンパク質（ＲＰＬ）をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲ、又はリボソームラージタンパク質（ＲＰＬ）をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲのホモログ若しくは変異体に由来する核酸配列を含む又はからなる。例えば、５’ＵＴＲエレメントは、国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号６７、２５９、１２８４〜１３１８、１３４４、１３４６、１３４８〜１３５４、１３５７、１３５８、１４２１、及び１４２２のいずれかに係る核酸配列の５’ＵＴＲ、対応するＲＮＡ配列、そのホモログ、又は本明細書に記載されるその変異体（好ましくは５’ＴＯＰモチーフを欠く）に由来する核酸配列を含む又はからなる。
この文脈においては、５’ＵＴＲエレメントは、好ましくはリボソームタンパク質ラージ３２遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物のリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子、より好ましくは哺乳動物のリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子、最も好ましくはヒトのリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子、又はリボソームタンパク質ラージ３２遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物のリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子、より好ましくは哺乳動物のリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子、最も好ましくはヒトのリボソームタンパク質ラージ３２（Ｌ３２）遺伝子の変異体に由来する核酸配列を含む又はからなり、好ましくは５’ＵＴＲエレメントは、前記遺伝子の５’ＴＯＰを含まない。
したがって、幾つかの特に好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１５に係る核酸配列（５’末端オリゴピリミジントラクトを欠くヒトのリボソームタンパク質ラージ３２の５’−ＵＴＲ：ＧＧＣＧＣＴＧＣＣＴＡＣＧＧＡＧＧＴＧＧＣＡＧＣＣＡＴＣＴＣＣＴＴＣＴＣＧＧＣＡＴＣ；国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１３６８に対応）、又は好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列を含む又はからなる、又は少なくとも１つの５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１５に係る核酸配列又はより好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列の断片を含む又はからなり、好ましくは、前記断片は上に記載されたものであり、即ち、完全長５’ＵＴＲの、例えば、少なくとも２０％を表す連続した一続きのヌクレオチドである。好ましくは、前記断片は、少なくとも約２０ヌクレオチド以上、好ましくは少なくとも約３０ヌクレオチド以上、より好ましくは少なくとも約４０ヌクレオチド以上の長さを示す。好ましくは、前記断片は、本明細書に記載の機能的断片である。
ＨＳＤ１７Ｂ４由来の５’ＵＴＲ
幾つかの好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲ、又は１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４をコードするＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲのホモログ若しくは変異体（好ましくは５’ＴＯＰモチーフを欠く）に由来する核酸配列を含む又はからなる。
この文脈においては、５’ＵＴＲエレメントは、好ましくは、１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ペルオキシソーム多機能酵素２型とも呼ばれる）遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物の１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子、より好ましくは哺乳動物の１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子、最も好ましくはヒトの１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子、又は１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４遺伝子の５’ＵＴＲ、好ましくは脊椎動物の１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子、より好ましくは哺乳動物の１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子、最も好ましくはヒトの１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４（ＨＳＤ１７Ｂ４）遺伝子の変異体に由来する核酸配列を含む又はからなり、好ましくは５’ＵＴＲエレメントは、前記遺伝子の５’ＴＯＰを含まない。
したがって、幾つかの特に好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１６に係る核酸配列（５’末端オリゴピリミジントラクトを欠くヒトの１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４の５’−ＵＴＲ：ＧＴＣＣＣＧＣＡＧＴＣＧＧＣＧＴＣＣＡＧＣＧＧＣＴＣＴＧＣＴＴＧＴＴＣＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＣＧＴＴＧＣＡＧＧＣＣＴＴＡＴＴＣ；国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１４１５に対応）に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列を含む又はからなる。
したがって、幾つかの特に好ましい実施形態においては、５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１６に係る核酸配列（５’末端オリゴピリミジントラクトを欠くヒトの１７−ベータ−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ４の５’−ＵＴＲ：ＧＴＣＣＣＧＣＡＧＴＣＧＧＣＧＴＣＣＡＧＣＧＧＣＴＣＴＧＣＴＴＧＴＴＣＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＣＧＴＴＧＣＡＧＧＣＣＴＴＡＴＴＣ；国際公開第２０１３／１４３７００号の配列番号１４１５に対応）、又は好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列を含む又はからなる、又は少なくとも１つの５’ＵＴＲエレメントは、配列番号１６に係る核酸配列又はより好ましくは対応するＲＮＡ配列に対して、少なくとも約４０％、好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％、更により好ましくは少なくとも約９５％、更により好ましくは少なくとも約９９％の同一性を有する核酸配列の断片を含む又はからなり、好ましくは、前記断片は上に記載されたものであり、即ち、完全長５’ＵＴＲの、例えば、少なくとも２０％を表す連続した一続きのヌクレオチドである。好ましくは、前記断片は、少なくとも約２０ヌクレオチド以上、好ましくは少なくとも約３０ヌクレオチド以上、より好ましくは少なくとも約４０ヌクレオチド以上の長さを示す。好ましくは、前記断片は、本明細書に記載の機能的断片である。
実施形態では、本発明のＲＮＡは、国際公開第２０１６／１０７８７７号に記載される５’−ＵＴＲを含む。この文脈においては、５’−ＵＴＲ配列に関する国際公開第２０１６／１０７８７７号の開示を参照により本明細書に援用する。特に好ましい５’−ＵＴＲは、国際公開第２０１６／１０７８７７号の配列番号２５〜３０及び配列番号３１９〜３８２、又はこれらの配列の断片若しくは変異体である。この文脈においては、ＲＮＡの５’−ＵＴＲが、国際公開第２０１６／１０７８７７号の配列番号２５〜３０及び配列番号３１９〜３８２に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む又はからなることが特に好ましい。
実施形態では、本発明のＲＮＡは、国際公開第２０１７／０３６５８０号に記載される５’−ＵＴＲを含む。この文脈においては、５’−ＵＴＲ配列に関する国際公開第２０１７／０３６５８０号の開示を参照により本明細書に援用する。特に好ましい５’−ＵＴＲは、国際公開第２０１７／０３６５８０号の配列番号１〜１５１、又はこれらの配列の断片若しくは変異体である。この文脈においては、ＲＮＡの５’−ＵＴＲが、国際公開第２０１７／０３６５８０号の配列番号１〜１５１に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む又はからなることが特に好ましい。
好ましくは、少なくとも１つの５’ＵＴＲエレメント及び少なくとも１つの３’ＵＴＲエレメントは、相乗的に作用して、前記本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は任意の他の核酸、特にＲＮＡ）からのタンパク質産生を増加させる。
ヒストンステムループ
幾つかの好ましい実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、ヒストンステムループ配列／構造を含む。そのようなヒストンステムループ配列は、その開示が参照により本明細書に援用される国際公開第２０１２／０１９７８０号に開示されるヒストンステムループ配列から選択されることが好ましい。
本発明において用いるのに好適なヒストンステムループ配列は、以下の式（Ｉ）又は（ＩＩ）のうちの少なくとも１つから選択することが好ましい：
式（Ｉ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
式（ＩＩ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、
ステム１又はステム２の境界エレメントＮ１−６は、１〜６個、好ましくは２〜６個、より好ましくは２〜５個、更により好ましくは３〜５個、最も好ましくは４〜５個、又は５個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
ステム１［Ｎ０−２ＧＮ３−５］は、エレメントステム２に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、且つ５〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、
Ｎ０−２は、０〜２個、好ましくは０〜１個、より好ましくは１個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
Ｎ３−５は、３〜５個、好ましくは４〜５個、より好ましくは４個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
Ｇは、グアノシン又はその類似体であり、任意でシチジン又はその類似体によって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム２におけるその相補的ヌクレオチドであるシチジンも、グアノシンによって置換され、
ループ配列［Ｎ０−４（Ｕ／Ｔ）Ｎ０−４］は、エレメントステム１とステム２との間に位置し、且つ３〜５個のヌクレオチド、より好ましくは４個のヌクレオチドの連続配列であり、
各Ｎ０−４は、互いに独立して、０〜４個、好ましくは１〜３個、より好ましくは１〜２個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
Ｕ／Ｔは、ウリジン又は任意でチミジンを表し、
ステム２［Ｎ３−５ＣＮ０−２］は、エレメントステム１に対して逆相補的であるか又は部分的に逆相補的であり、且つ５〜７個のヌクレオチドの連続配列であり、
Ｎ３−５は、３〜５個、好ましくは４〜５個、より好ましくは４個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、及びＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
Ｎ０−２は、０〜２個、好ましくは０〜１個、より好ましくは１個のＮの連続配列であり、各Ｎは、互いに独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、若しくはＣから選択されるヌクレオチド、又はこれらのヌクレオチド類似体から選択され、
Ｃは、シチジン又はその類似体であり、任意でグアノシン又はその類似体によって置換されてもよいが、但し、その場合、ステム１におけるその相補的ヌクレオチドであるグアノシンも、シチジンによって置換され、
ステム１及びステム２は、互いに塩基対合して逆相補的配列を形成することができる（前記塩基対合は、例えば、ヌクレオチドＡとＵ／Ｔ若しくはＧとＣとのワトソン−クリック塩基対合、又は非ワトソン−クリック塩基対合（例えば、ゆらぎ塩基対合、逆ワトソン−クリック塩基対合、フーグスティーン塩基対合、逆フーグスティーン塩基対合）によってステム１とステム２との間で生じ得る）か、或いは、互いに塩基対合して部分的に逆相補的な配列を形成することができる（一方のステムにおける１以上の塩基が、他方のステムの逆相補的な配列において相補的塩基を有しないことに基づいて、ステム１とステム２との間で不完全な塩基対合が生じ得る）。
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、以下の特定の式（Ｉａ）又は（ＩＩａ）の少なくとも１つに係る少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含み得る。
式（Ｉａ）（ステム境界エレメントを含まないステムループ配列）：
式（ＩＩａ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、Ｎ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、及びＵは、上に定義した通りである）。
更により好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、以下の特定の式（Ｉｂ）又は（ＩＩｂ）の少なくとも１つに係る少なくとも１つのヒストンステムループ配列を含み得る。
式（ＩＩｂ）（ステム境界エレメントを含むステムループ配列）：
（式中、Ｎ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、及びＵは、上に定義した通りである）。
特に好ましいヒストンステムループ配列は、配列ＣＡＡＡＧＧＣＴＣＴＴＴＴＣＡＧＡＧＣＣＡＣＣＡ（配列番号１７に係る）又はより好ましくは対応するＲＮＡ配列ＣＡＡＡＧＧＣＵＣＵＵＵＵＣＡＧＡＧＣＣＡＣＣＡ（配列番号１８に係る）である。
シグナルペプチド
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、追加的又は代替的に分泌シグナルペプチドをコードしてもよい。
そのようなシグナルペプチドは、典型的には約１５〜３０個のアミノ酸の長さを示し、好ましくはコードされたペプチドのＮ末端に位置する配列であるが、これに限定されない。本明細書に定義されるシグナルペプチドは、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡによってコードされるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）の、規定の細胞区画への、好ましくは細胞表面、小胞体（ＥＲ）、又はエンドソーム−リソソーム区画への輸送を可能にする。
本明細書に定義される分泌シグナルペプチド配列の例としては、限定されるものではないが、古典的又は非古典的ＭＨＣ分子のシグナル配列（例えば、ＭＨＣ Ｉ及びＩＩ分子のシグナル配列、例えば、ＭＨＣクラスＩ分子ＨＬＡ−Ａ＊０２０１のシグナル配列）、サイトカイン又は免疫グロブリンのシグナル配列、免疫グロブリン又は抗体の不変鎖のシグナル配列、Ｌａｍｐ１、Ｔａｐａｓｉｎ、Ｅｒｐ５７、Ｃａｌｒｅｔｉｋｕｌｉｎ、Ｃａｌｎｅｘｉｎ、ＰＬＡＴ、ＥＰＯ、又はアルブミンのシグナル配列、更には、膜関連タンパク質若しくは小胞体（ＥＲ）又はエンドソーム−リソソーム区画に関連するタンパク質のシグナル配列が挙げられる。最も好ましくは、シグナル配列は、（ヒトの）ＨＬＡ−Ａ２；（ヒトの）ＰＬＡＴ；（ヒトの）ｓＥＰＯ；（ヒトの）ＡＬＢ；（ヒトの）ＩｇＥリーダー；（ヒトの）ＣＤ５；（ヒトの）ＩＬ２；（ヒトの）ＣＴＲＢ２；（ヒトの）ＩｇＧ−ＨＣ；（ヒトの）ＩｇＧ−ＨＣ；（ヒトの）Ｉｇ−ＨＣ；ＧｐＬｕｃ；（ヒトの）Ｉｇカッパ、又は前述のタンパク質のいずれかの断片若しくは変異体、特にＨＬＡ−Ａ２；ＨｓＰＬＡＴ；ｓＨｓＥＰＯ；ＨｓＡＬＢ；ＨｓＰＬＡＴ（ａａ１−２１）；ＨｓＰＬＡＴ（ａａ１−２２）；ＩｇＥリーダー；ＨｓＣＤ５（ａａ１−２４）；ＨｓＩＬ２（ａａ１−２０）；ＨｓＣＴＲＢ２（ａａ１−１８）；ＩｇＧ−ＨＣ（ａａ１−１９）；Ｉｇ−ＨＣ（ａａ１−１９）；Ｉｇ−ＬＣ（ａａ１−１９）；ＧｐＬｕｃ（１−１７）；ＭｍＩｇカッパ、又はその断片若しくは変異体に由来する。
そのようなシグナルペプチドは、本明細書に記載のエピトープを含むコードされた抗原（又はその変異体若しくは断片）の分泌を促進するために好ましく使用される。前記シグナルペプチドをコードするＲＮＡ配列は、前記エピトープを含む抗原（又はその変異体若しくは断片）をコードする配列に融合されていることが好ましく、その結果、前記エピトープコードＲＮＡ配列の発現によって、コードされたシグナルペプチドに融合されたエピトープを含む抗原（又はその変異体若しくは断片）を生成することが好ましい。
前記いずれの改変も、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡに適用することができ、更には、本発明の文脈において使用される任意の核酸、特にＲＮＡにも適用することができ、適切である又は必要である場合、改変の組合せが、それぞれの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）において互いに干渉しない限り、任意の組合せで互いに組み合わせてもよい。当業者であれば、適宜選択することができよう。
ＲＮＡ構築物
本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）を含む本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは、少なくとも１つのヒストンステムループを含んでいてもよい５’ＵＴＲ及び／又は３’ＵＴＲを含むことが好ましい。
本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は他の核酸、特に本明細書に定義されるＲＮＡ）の３’ＵＴＲは、本明細書に定義されるポリ（Ａ）及び／又はポリ（Ｃ）配列も含むことが好ましい。３’ＵＴＲの各単一エレメントは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）の配列に沿って５’から３’に任意の順でその中に存在することができる。
更に、本明細書に記載の更なるエレメント、例えば、本明細書に定義される安定化配列（例えば、グロビン遺伝子のＵＴＲに由来する）、ＩＲＥＳ配列なども含まれ得る。各エレメントはまた、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）において、少なくとも１回（特にジ−又はマルチシストロン性構築物において）、好ましくは２回以上繰り返されてもよい。一例として、各単一エレメントは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）中に以下の順で存在することができる。

５’−コード配列−ヒストンステムループ−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−３’、又は
５’−コード配列−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−ヒストンステムループ−３’、又は
５’−コード配列−ヒストンステムループ−ポリアデニル化シグナル−３’、又は
５’−コード配列−ポリアデニル化シグナル−ヒストンステムループ−３’、又は
５’−コード配列−ヒストンステムループ−ヒストンステムループ−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−３’、又は
５’−コード配列−ヒストンステムループ−ヒストンステムループ−ポリアデニル化シグナル−３’、又は
５’−コード配列−安定化配列−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−ヒストンステムループ−３’、又は
５’−コード配列−安定化配列−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−ポリ（Ａ）／（Ｃ）配列−ヒストンステムループ−３’、など。
更なる実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、以下の構造エレメントのうちの少なくとも１つを含むことが好ましい：ＴＯＰ遺伝子の５’−ＵＴＲ又はその断片、ホモログ、若しくは変異体に由来する核酸配列を含む又はからなることが好ましい５’−及び／又は３’−非翻訳領域エレメント（ＵＴＲエレメント）（特に５’−ＵＴＲエレメント）又は安定なｍＲＮＡを提供する遺伝子又はそのホモログ、断片、若しくは変異体から誘導され得ることが好ましい５’−及び／又は３’−ＵＴＲエレメント；ヒストンステムループ構造（好ましくは、その３’非翻訳領域におけるヒストンステムループ）；５’−キャップ構造；ポリＡテール；又はポリ（Ｃ）配列。
幾つかの実施形態によれば、特に好ましくは、エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）に加えて、更なるペプチド又はタンパク質が本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列によってコードされる場合、前記コードされるペプチド又はタンパク質は、好ましくはヒストンタンパク質ではない、レポータータンパク質（例えば、ルシフェラーゼ、ＧＦＰ、及びその変異体（例えば、ｅＧＦＰ、ＲＦＰ、又はＢＦＰ））ではない、及び／又はマーカー又は選択タンパク質（例えば、アルファ−グロビン、ガラクトキナーゼ、及びキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ）、ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）、ベータ−ガラクトシダーゼ、ガラクトキナーゼ、アルカリホスファターゼ、分泌型胚性アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）、又は耐性遺伝子（例えば、ネオマイシン、ピューロマイシン、ハイグロマイシン、及びゼオシンに対する耐性遺伝子など）ではない。好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡは、レポーター遺伝子又はマーカー遺伝子をコードしない。本発明の組合せ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）は、ルシフェラーゼをコードしない。他の実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）は、ＧＦＰ又はその変異体をコードしない。
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、好ましくは５’から３’方向に以下のエレメントを含む：
ａ）５’−キャップ構造、好ましくはｍ７ＧｐｐｐＮｂ、
ｂ）本明細書に定義される抗原（又はＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤）又はその断片若しくは変異体の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列、
ｃ）好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０、又は５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドからなるポリ（Ａ）テール、
ｄ）任意に、好ましくは１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０、又は１０〜４０個のシトシンヌクレオチドからなるポリ（Ｃ）テール、及び
ｅ）任意に、好ましくは配列番号１８のＲＮＡ配列を含むヒストンステムループ。
より好ましくは、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、好ましくは５’から３’方向に以下のエレメントを含む：
ａ）５’−キャップ構造、好ましくはｍ７ＧｐｐｐＮｂ、
ｂ）本明細書に定義される抗原（又はＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤）又はその断片若しくは変異体の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列、
ｃ）アルファ−グロビン遺伝子に由来する、好ましくは配列番号１３に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む核酸配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む３’−ＵＴＲエレメント、
ｄ）好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０、又は５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドからなるポリ（Ａ）テール、
ｅ）任意に、好ましくは１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０、又は１０〜４０個のシトシンヌクレオチドからなるポリ（Ｃ）テール、及び
ｆ）任意に、好ましくは配列番号１８のＲＮＡ配列を含むヒストンステムループ。
更なる好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、好ましくは５’から３’方向に以下のエレメントを含む：
ａ）５’−キャップ構造、好ましくはｍ７ＧｐｐｐＮｂ、
ｂ）ＴＯＰ遺伝子の５’−ＵＴＲに由来する、好ましくは配列番号１５に係る核酸配列に対応するＲＮＡ配列を含む核酸配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む又はなることが好ましい５’−ＵＴＲエレメント、
ｃ）本明細書に定義される抗原（又はＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤）又はその断片若しくは変異体の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列、
ｄ）好ましくはアルファ−グロビン遺伝子に由来する、好ましくは配列番号８に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む核酸配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む３’−ＵＴＲエレメント、及び／又は
アルブミン遺伝子に由来する、好ましくは配列番号９に係る核酸配列の対応するＲＮＡ配列を含む核酸配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む３’−ＵＴＲエレメント、
ｅ）好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０、又は５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドからなるポリ（Ａ）テール、
ｆ）任意に、好ましくは１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０、又は１０〜４０個のシトシンヌクレオチドからなるポリ（Ｃ）テール、及び
ｇ）任意に、好ましくは配列番号１８のＲＮＡ配列を含むヒストンステムループ。
更なる好ましい実施形態では、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、好ましくは５’から３’方向に以下のエレメントを含む：
ａ）５’−キャップ構造、好ましくはｍ７ＧｐｐｐＮｂ、
ｂ）ＴＯＰ遺伝子の５’−ＵＴＲに由来する、好ましくは配列番号１６に係る核酸配列に対応するＲＮＡ配列を含む核酸配列、又はそのホモログ、断片、若しくは変異体を含む又はなることが好ましい５’−ＵＴＲエレメント、
ｃ）本明細書に定義される抗原（又はＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤）又はその断片若しくは変異体の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列、
ｄ）好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０、又は５０〜７０個のアデノシンヌクレオチドからなるポリ（Ａ）テール。
好ましくは、本明細書に定義されるＲＮＡは、本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列を含み、典型的には、約５０〜約２００００、又は５００〜約２００００個のヌクレオチド、又は約５００〜約２００００個のヌクレオチド、又は約５００〜約１００００個のヌクレオチドの長さ、又は約１０００〜約１００００ヌクレオチドの長さ、又は好ましくは約１０００〜約５０００個のヌクレオチド、又は更により好ましくは約１０００〜約２５００個のヌクレオチドの長さを含む。
好ましい実施形態によれば、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、自己複製ＲＮＡ、環状ＲＮＡ、又はレプリコンＲＮＡであり得る。
実施形態では、ＲＮＡは環状ＲＮＡである。本明細書中で使用される場合、「環状ＲＮＡ」は、本明細書に定義される少なくとも１つの抗原性ペプチド又はタンパク質をコードし得る環状ポリヌクレオチドと理解されなければならない。したがって、好ましい実施形態では、前記環状ＲＮＡは、ＹＦＶ由来の少なくとも１つの抗原性ペプチド若しくはタンパク質、又は本明細書で定義されるその断片若しくは変異体をコードする少なくとも１つのコード配列を含む。ｃｉｒｃＲＮＡ（環状ＲＮＡ）の産生は、当該分野で提供される様々な方法を使用して行うことができる。例えば、米国特許第６２１０９３１号明細書は、自発的切断及び自己環状化の能力を有する配列を含むプラスミドにＤＮＡ断片を挿入することによってｃｉｒｃＲＮＡを合成する方法を記載する。米国特許第５７７３２４４号明細書は、ＲＮＡシクラーゼリボザイムをコードするＤＮＡ構築物を作製し、そのＤＮＡ構築物をＲＮＡとして発現させ、次いでそのＲＮＡを自己スプライス（これにより、インビトロでイントロンを含まないｃｉｒｃＲＮＡが生成する）させることにより、ｃｉｒｃＲＮＡを製造することを記載する。国際公開第１９９２００１８１３号は、線状ポリヌクレオチドを合成し、ハイブリダイゼーション条件下で線状ヌクレオチドを相補的連結オリゴヌクレオチドと組み合わせと、線状ポリヌクレオチドをライゲートすることによって一本鎖環状核酸を作製する方法を記載する。当業者はまた、環状ＲＮＡを製造するために国際公開第２０１５０３４９２５号又は国際公開第２０１６０１１２２２号に提供される方法を使用することができる。したがって、米国特許第６２１０９３１号明細書、米国特許第５７７３２４４号明細書、国際公開第１９９２００１８１３号、国際公開第２０１５０３４９２５号、及び国際公開第２０１６０１１２２２号に提供される環状ＲＮＡの製造方法を、参照により本明細書に援用する。
実施形態では、ＲＮＡはレプリコンＲＮＡである。用語「レプリコンＲＮＡ」は、当業者によって認識及び理解され、例えば、最適化された自己複製人工ＲＮＡ構築物であることが意図される。そのような構築物は、アルファウイルス由来の複製エレメント（レプリカーゼ）及び目的の人工核酸による構造ウイルスタンパク質の置換（本発明の文脈においては、ＹＦＶ由来の少なくとも１つの抗原ペプチド又はタンパク質をコードする少なくとも１つのコード配列を含む人工核酸）を含む。或いは、レプリカーゼは、例えば、セムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮ）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）、ロスリバーウイルス（ＲＲＶ）、又はアルファウイルスファミリーに属するウイルスなどに由来するレプリカーゼＲＮＡ配列を含む独立した構築物上に提供され得る。レプリカーゼの下流には、本発明の人工核酸、即ち、ＹＦＶ由来の少なくとも１つの抗原ペプチド又はタンパク質をコードする少なくとも１つのコード配列を含む人工核酸、の複製を制御するサブゲノムプロモータが存在する。
好ましい実施形態においては、本発明のＲＮＡはｍＲＮＡである。
本発明のＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して調製することができ、例えば、固相ＲＮＡ合成、並びにインビトロ法（例えば、ＲＮＡインビトロ転写反応など）を用いることができる。
好ましい実施形態においては、ＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）は、ＲＮＡインビトロ転写によって得られる。したがって、本発明のＲＮＡは、好ましくはインビトロ転写されたＲＮＡである。
「ＲＮＡインビトロ転写」又は「インビトロ転写」という用語は、ＲＮＡが無細胞系で（インビトロで）合成されるプロセスに関する。ＲＮＡは、本発明によれば線状化プラスミドＤＮＡテンプレート又はＰＣＲ増幅ＤＮＡテンプレートである適切なＤＮＡテンプレートのＤＮＡ依存性インビトロ転写によって得ることができる。ＲＮＡのインビトロ転写を制御するためのプロモータは、任意のＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのための任意のプロモータであることができる。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの具体的な例は、Ｔ７、Ｔ３、ＳＰ６、又はＳｙｎ５のＲＮＡポリメラーゼである。本発明の好ましい実施形態においては、ＤＮＡテンプレートは、ＲＮＡインビトロ転写に供される前に、適切な制限酵素で線状化される。
ＲＮＡインビトロ転写に使用される試薬は、典型的には以下を含む：バクテリオファージコードＲＮＡポリメラーゼ（Ｔ７、Ｔ３、ＳＰ６、又はＳｙｎ５）などのそれぞれのＲＮＡポリメラーゼに対して高い結合親和性を有するプロモータ配列を有するＤＮＡテンプレート（線状プラスミドＤＮＡ又はＰＣＲ産物）；４塩基（アデニン、シトシン、グアニン、及びウラシル）のためのリボヌクレオチドトリホスファート（ＮＴＰ）；任意に、本明細書に定義されるキャップ類似体（例えば、ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ（ｍ７Ｇ））；任意に、本明細書に定義される更なる改変ヌクレオチド；ＤＮＡ鋳型内のプロモータ配列に結合することができるＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔ７、Ｔ３、ＳＰ６、又はＳｙｎ５ＲＮＡポリメラーゼ）；任意に、混入する可能性のあるＲＮａｓｅを不活性化するリボヌクレアーゼ（ＲＮａｓｅ）阻害剤；任意に、ＲＮＡインビトロ転写を阻害し得るピロホスファートを分解するピロホスファターゼ；ポリメラーゼの補因子としてＭｇ２＋イオンを供給するＭｇＣｌ２；抗酸化剤（例えば、ＤＴＴ）をも含み得る、好適なｐＨ値を維持する緩衝剤（ＴＲＩＳ又はＨＥＰＥＳ）、及び／又は最適濃度のスペルミジンなどのポリアミン（例えば、国際公開第２０１７／１０９１６１号に開示されるＴＲＩＳ−クエン酸塩を含む緩衝系）。
実施形態では、ＲＮＡインビトロ転写で使用されるヌクレオチド混合物は、本明細書に定義される修飾ヌクレオチドを更に含んでもよい。その文脈においては、好ましい修飾ヌクレオチドは、シュードウリジン（Ψ）、Ｎ１−メチルシュードウリジン（ｍ１Ψ）、５−メチルシトシン、及び５−メトキシウリジンを含む。
好ましい実施形態では、ＲＮＡインビトロ転写反応に使用されるヌクレオチド混合物（即ち、混合物中の各ヌクレオチドの割合）は、好ましくは国際公開第２０１５／１８８９３３号に記載されるように、所与のＲＮＡ配列に対して最適化することができる。
本明細書に定義される１超の異なるＲＮＡが製造しなければならない実施形態、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上の異なる人工ＲＮＡ（例えば、異なるＹＦＶｐｒＭＥ抗原をコードする）を製造しなければならない実施形態においては、国際公開第２０１７／１０９１３４号に記載される手続を好適に使用することができる。
ＲＮＡワクチンの生産の文脈においては、ＧＭＰグレードのＲＮＡを提供することが必要とされることがある。ＧＭＰグレードのＲＮＡは、規制当局によって承認された製造プロセスを使用して製造することができる。したがって、特に好ましい実施形態では、ＲＮＡ生産は、現在の適正製造基準（ｇｏｏｄ ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｒａｃｔｉｃｅ；ＧＭＰ）の下で行われ、好ましくは国際公開第２０１６／１８０４３０号にしたがって、ＤＮＡ及びＲＮＡレベルで様々な品質管理工程を実施する。好ましい実施形態においては、本発明のＲＮＡは、ＧＭＰグレードのＲＮＡ、特にＧＭＰグレードのｍＲＮＡである。
得られたＲＮＡ産物は、ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標）（ＣｕｒｅＶａｃ、Ｔｕｂｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ；国際公開第２００８／０７７５９２号にしたがうＲＰ−ＨＰＬＣ）及び／又はタンジェンシャルフローフィルトレーション（国際公開第２０１６／１９３２０６号に記載）を用いて精製されることが好ましい。
更に好ましい実施形態では、ＲＮＡ、特に精製されたＲＮＡは、国際公開第２０１６／１６５８３１号又は国際公開第２０１１／０６９５８６号にしたがって凍結乾燥され、本明細書に定義される温度安定性乾燥人工ＲＮＡ（粉末）が得られる。本発明のＲＮＡ、特に精製されたＲＮＡはまた、国際公開第２０１６／１８４５７５号又は国際公開第２０１６１８４５７６号にしたがって噴霧乾燥又は噴霧凍結乾燥を使用して乾燥され、本明細書に定義される温度安定性ＲＮＡ（粉末）が得られる。したがって、ＲＮＡの製造及び精製の文脈においては、国際公開第２０１７／１０９１６１号、国際公開第２０１５／１８８９３３号、国際公開第２０１６／１８０４３０号、国際公開第２００８／０７７５９２号、国際公開第２０１６／１９３２０６号、国際公開第２０１６／１６５８３１号、国際公開第２０１１／０６９５８６号、国際公開第２０１６／１８４５７５号、及び国際公開第２０１６／１８４５７６号の開示を参照により本明細書に援用する。
したがって、好ましい実施形態においては、ＲＮＡは乾燥ＲＮＡ、特に乾燥ｍＲＮＡである。
本明細書で使用される「乾燥ＲＮＡ」という用語は、温度安定性乾燥ＲＮＡ（粉末）を得るために、上で定義されたように凍結乾燥される、噴霧乾燥される、又は噴霧凍結乾燥されたＲＮＡとして理解されるべきである。
好ましい実施形態においては、本発明の人工ＲＮＡは、精製ＲＮＡ、特に精製ｍＲＮＡである。
本明細書で使用される「精製ＲＮＡ」又は「精製ｍＲＮＡ」という用語は、特定の精製工程（例えば、ＨＰＬＣ、ＴＦＦ、オリゴｄ（Ｔ）精製、沈殿工程）後に出発材料（例えば、インビトロ転写ＲＮＡ）よりも高い純度を有するＲＮＡとして理解されるべきである。精製ＲＮＡ中に本質的に存在しない典型的な不純物は、ペプチド又はタンパク質（例えば、ＤＮＡ依存性ＲＮＡインビトロ転写から誘導された酵素、例えば、ＲＮＡポリメラーゼ、ＲＮａｓｅ、ピロホスファターゼ、制限エンドヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅ）、スペルミジン、ＢＳＡ、不活性（ａｂｏｒｔｉｖｅ）ＲＮＡ配列、ＲＮＡ断片、（短い二本鎖ＲＮＡ断片、不活性（ａｂｏｒｔｉｖｅ）配列など）、遊離ヌクレオチド（修飾ヌクレオチド、従来のＮＴＰ、キャップ類似体）、鋳型ＤＮＡ断片、緩衝液成分（ＨＥＰＥＳ、ＴＲＩＳ、ＭｇＣｌ２）などを含む。発酵手続などに由来する他の潜在的な不純物は、細菌性不純物（バイオバーデン、細菌性ＤＮＡ）又は精製手続由来の不純物（有機溶媒など）を含む。したがって、この点に関して、「ＲＮＡ純度の程度」はできるだけ１００％に近いことが望ましい。完全長ＲＮＡ転写物の量ができるだけ１００％に近いことがＲＮＡ純度の程度にとっても望ましい。したがって、本明細書に使用される「精製ＲＮＡ」は、７５％、８０％、８５％超、特に９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、最も好ましくは９９％以上である純度の程度を有する。純度の程度は、例えば、分析用ＨＰＬＣによって決定することができ、ここで上記のパーセントは、標的ＲＮＡについてのピークの面積と副生成物を表す全てのピークの総面積との間の比に対応する。或いは、純度の程度は、例えば、分析用アガロースゲル電気泳動又はキャピラリーゲル電気泳動によって決定され得る。
本明細書に定義される「乾燥ＲＮＡ」及び本明細書に定義される「精製ＲＮＡ」又は本明細書に定義される「ＧＭＰグレードｍＲＮＡ」は、優れた安定性特性（インビトロ、インビボ）及び改善された効率（例えば、インビボにおけるｍＲＮＡのより優れた翻訳特性）を有し得、したがって、本発明の文脈において特に適していると理解すべきである。
少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（上で定義）とは別に、本発明の組合せは、更に、少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤及び少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤を含む。前記経路阻害剤について、以下により詳細に記載する。
阻害剤
ＰＤ−１経路
Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ−１（ＰＤ−１、ＰＤＣＤ１）は、Ｔ細胞調節因子の拡張ＣＤ２８ファミリーに属するＩ型膜貫通タンパク質である。ＰＤ−１は、ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーのホモ二量体化に必要な膜近位システイン残基を欠いている。構造的及び生化学的分析により、ＰＤ−１が溶液中及び細胞表面上で単量体であることが示された（Ｏｋａｚａｋｉ ａｎｄ Ｈｏｎｊｏ，２００７．Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９（７）：８１３−２４）。ＰＤ−１は、活性化Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球に発現する。ＰＤ−１のより広範な発現は、Ｔ細胞に対する他のＣＤ２８ファミリーメンバーの限定された発現とは対照的であり、ＰＤ−１が他のＣＤ２８ファミリーメンバーと比較してより広範囲の免疫応答を調節することを示唆する。
ＰＤ−１は、２つのリガンドのいずれか、ＰＤ−Ｌ１又はＰＤ−Ｌ２と相互作用すると、タンパク質チロシンホスファターゼＳＨＰ−２を動員することによって抗原受容体シグナル伝達を負に調節する。
ＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１、ＣＤ２７４）及びＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ、ＣＤ２７３）は、ＩｇＣ型及びＩｇＶ型の細胞外ドメインからなるＩ型膜貫通糖タンパク質である。ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２は、４０％のアミノ酸同一性を共有し、一方、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２のヒト及びマウスオルソログは、７０％のアミノ酸同一性を共有する。ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２はいずれも、シグナル伝達のための公知のモチーフを有しない短い細胞質テールを有し、これらのリガンドがＰＤ−１と相互作用してもシグナルを伝達しないことを示唆する。
ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の相互作用は、Ｔ細胞に重大な負の共刺激シグナルを与え、細胞死誘導剤として機能する。低濃度のＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用は、抗原特異的ＣＤ８＋細胞の増殖を阻害する阻害シグナルの伝達をもたらす。より高い濃度では、この相互作用は、Ｔ細胞増殖を阻害しないが、複数のサイトカインの産生を減少させる。したがって、抗原刺激が弱く、Ｔ細胞応答のダウンレギュレーションにおいて重要な役割を果たす場合、ＰＤ−Ｌ１への結合はＢ７−ＣＤ２８シグナルに拮抗できる。
Ｔ細胞活性化及び増殖の阻害におけるＰＤ−１及びＰＤ−１リガンドの役割は、これらのタンパク質が炎症、癌、又は感染症の治療のための治療標的として役立ち得ることを示唆した。所望の治療結果に応じて、ＰＤ−１経路のアップ又はダウンレギュレーションが必要とされる。免疫系のアップレギュレーションは、癌及び慢性感染症の治療において特に必要である。これは、例えば、ＰＤ−１遮断又はＰＤ−１経路の阻害によって達成することができる。ＰＤ−１経路の阻害は、例えば、ＰＤ−１又はＰＤ−１リガンドに対する抗体によって達成することができる。この文脈においては、ＰＤ−１経路阻害剤は、ＰＤ−１シグナル伝達に起因するＴ細胞消耗を逆転させ、それによってＴ細胞機能（例えば、増殖、サイトカイン産生、標的細胞の死滅）を回復又は増強し得る。更に、抗原刺激に反応しないアネルギーＴ細胞を再活性化できる。
ＰＤ−１経路のメンバーは、ＰＤ−１シグナル伝達と関連する全てのタンパク質である。一方で、これらは、例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２のリガンド、並びにシグナル伝達受容体ＰＤ−１として、ＰＤ−１の上流のＰＤ−１シグナル伝達を誘導するタンパク質であり得る。一方、これらは、ＰＤ−１受容体の下流のシグナル伝達タンパク質であり得る。本発明の文脈においてＰＤ−１経路のメンバーとして特に好ましいのは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２である。
本発明の文脈において、「ＰＤ−１経路阻害剤」は、好ましくはＰＤ−１経路シグナル伝達、好ましくはＰＤ−１受容体によって媒介されるシグナル伝達を損なうことができる化合物として本明細書において定義される。したがって、ＰＤ−１経路阻害剤は、ＰＤ−１経路シグナル伝達を損なう（即ち、減少させる、阻害する、防止する）ことができる、ＰＤ−１経路の任意のメンバーに対する任意の阻害剤であり得る。ＰＤ−１経路阻害剤は、細胞内で（例えば、ＰＤ−１のそのそれぞれのリガンドへの結合によって誘導されるシグナル伝達に典型的に関与するＰＤ−１経路の細胞内シグナル伝達成分に干渉することによって）又は細胞外で（例えば、ＰＤ−１又はそのそれぞれのリガンドに干渉することによって）作用し得る。この文脈において、その全ての文法的用語における「干渉」は、それぞれのシグナル伝達経路が好ましく損なわれる程度に「相互作用する」、「調節する」、又は「変更する」ことを意味する。
この文脈において、阻害剤は、ＰＤ−１経路の任意のメンバー、好ましくはＰＤ−１受容体、又はそのリガンドＰＤ−Ｌ１若しくはＰＤ−Ｌ２を標的とする、本明細書に定義される拮抗抗体であり得る。ＰＤ−１経路阻害剤は、ポリペプチドＰＤ−１経路阻害剤をコードする核酸、特に拮抗抗体であり得る。或いは、ＰＤ−１経路阻害剤は、拮抗性結合タンパク質、例えば、可溶性ＰＤ−１受容体若しくは融合タンパク質、又は前記拮抗性結合タンパク質をコードする核酸であり得る。ＰＤ−Ｌ１若しくはＰＤ−Ｌ２又はそれらの断片若しくは誘導体も、同様にＰＤ１経路阻害剤として使用され得る。ＰＤ−Ｌ１若しくはＰＤ−Ｌ２又はその断片若しくは誘導体をコードする核酸もまた、本明細書においてＰＤ−１経路阻害剤として想定される。更に、ＰＤ−１経路阻害剤は、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、又はＰＤ−１経路のメンバー、好ましくはＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２に対する任意の他のアンチセンスＲＮＡなどの拮抗性核酸であり得る。更に、ＰＤ−１経路阻害剤は、ＰＤ−１経路シグナル伝達を阻害することができる低分子阻害剤、例えば、ＰＤ−１結合ペプチド又は有機低分子などであり得る。
したがって、好ましくは、ＰＤ−１経路阻害剤は、本明細書に定義される拮抗抗体又は前記抗体をコードする核酸、本明細書に定義される拮抗性結合タンパク質、又は前記拮抗性結合タンパク質をコードする核酸、ペプチド又は前記ペプチドをコードする核酸、拮抗性核酸又は有機低分子から選択される。
ＬＡＧ−３経路
ＬＡＧ−３（ＣＤ２２３とも呼ばれる）は、免疫グロブリンスーパーファミリー（ＩｇＳＦ）のメンバーであり、Ｔ細胞機能に対して多種多様な生物学的影響を及ぼす。ＬＡＧ−３は、ＣＤ４に対して構造的相同性を有する膜貫通タンパク質であり、４つの細胞外ＩｇＧドメインを含む。膜−遠位ＩｇＧドメインは、短いアミノ酸配列を含み、他のＩｇＧスーパーファミリータンパク質には見られない、いわゆるエクストラループを含む。ＬＡＧ−３は、Ｄ１ドメインに局在する少数のアミノ酸セットを主に介して高親和性でクラスＩＩ ＭＨＣに結合することが実証されている。これは、複数の残基を含むかなり大きな表面を通してクラスＩＩ ＭＨＣと相互作用するＣＤ４とは著しく異なっている。ＬＡＧ−３の細胞内ドメインは比較的短く、Ｔ細胞機能のＬＡＧ−３媒介調節に必要な独特のアミノ酸配列（ＫＩＥＥＬＥ）を含む。
ＬＡＧ−３は、様々な免疫チェックポイント受容体の１つであり、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ）、Ｂ細胞、Ｔ細胞、樹状細胞（ＤＣ）の細胞膜に発現する。ＬＡＧ−３は、多くの点で、Ｔ細胞活性化マーカーであり、活性化後３〜４日でＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方で発現する。ＬＡＧ−３／ＭＨＣクラスＩＩ分子の相互作用により、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の抗原依存性刺激をダウンレギュレーションするが、抗原非依存性刺激はダウンレギュレーションしないと報告されている。ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方のインビトロ及びインビボでの増殖を軽減することが更に実証されており、したがって負の調節因子としてのその役割を裏付けている。更に、ＫＩＥＥＬＥドメインがＬＡＧ−３の負の調節機能において重要な役割を果たすことが明らかにされた。即ち、このドメインを欠くＬＡＧ−３分子は、インビトロ又はインビボでＴ細胞機能を負に調節することはできなかった（Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ａｎｄ Ｄｒａｋｅ， Ｃｕｒｒ Ｔｏｐ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０１１；３４４： ２６９−２７８ ａｎｄ Ｈｅ ｅｔ ａｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ． ２０１６ Ｓｅｐ；１０７（９）： １１９３−１１９７）。
Ｔ細胞媒介免疫応答の負の調節因子として、ＬＡＧ−３は、感染に対する体の抵抗力や癌に対する体の対抗力を低下させる可能性がある。したがって、ＬＡＧ−３媒介シグナル伝達の障害は、感染性病原体及び悪性細胞に対する免疫応答を増強すると考えられる。本明細書に記載のＬＡＧ−３経路阻害剤は、好ましくは、ＬＡＧ−３シグナル伝達に起因するＴ細胞消耗及びアネルギーを改善し、それによって癌又は感染症におけるＴ細胞機能（例えば、増殖、刺激、サイトカイン産生、標的細胞の死滅）を回復又は増強する。
ＬＡＧ−３経路のメンバーは、ＬＡＧ−３シグナル伝達に関連する全てのタンパク質である。一方、これらはＬＡＧ−３の上流のＬＡＧ−３シグナル伝達を、ＬＡＧ−３リガンドとしてのＭＨＣ−ＩＩ又はＬＡＧ−３それ自体として誘導するタンパク質であり得る。一方、これらは、ＬＡＧ−３受容体の下流のシグナル伝達タンパク質であり得る。本発明の文脈において、ＬＡＧ−３経路のメンバーとして特に好ましいのは、ＬＡＧ−３である。
本発明の文脈において、「ＬＡＧ−３経路阻害剤」は、本明細書において、ＬＡＧ−３経路シグナル伝達、好ましくはＬＡＧ−３受容体によって媒介されるシグナル伝達を損なうことができる化合物として好ましくは定義される。したがって、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、ＬＡＧ−３経路シグナル伝達を損なう（即ち、減少させる、阻害する、防止する）ことができる、ＬＡＧ−３経路の任意のメンバーに対する任意の阻害剤であり得る。ＬＡＧ−３経路阻害剤は、細胞内で（例えば、ＬＡＧ−３のそのそれぞれのリガンドへの結合によって誘導されるシグナル伝達に典型的に関与するＬＡＧ−３経路の細胞内シグナル伝達成分に干渉することによって）又は細胞外で（例えば、ＬＡＧ−３又はそのそれぞれのリガンドに干渉することによって）作用し得る。この文脈において、その全ての文法的用語における「干渉」は、それぞれのシグナル伝達経路が好ましく損なわれる程度に「相互作用する」、「調節する」、又は「変更する」ことを意味する。
この文脈において、阻害剤は、ＬＡＧ−３経路の任意のメンバー、好ましくはＬＡＧ−３受容体、又はそのリガンドＭＨＣ−ＩＩを標的とする、本明細書に定義される拮抗抗体であり得る。ＬＡＧ−３経路阻害剤は、ポリペプチドＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする核酸、特に拮抗抗体であり得る。また、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、拮抗性結合タンパク質、例えば、可溶性ＬＡＧ−３受容体若しくは融合タンパク質、又は前記拮抗性結合タンパク質をコードする核酸であり得る。ＭＨＣ−ＩＩ又はそれらの断片若しくは誘導体も、同様にＰＤ−１経路阻害剤として作用し得る。ＭＨＣ−ＩＩ又はその断片若しくは誘導体をコードする核酸もまた、ＬＡＧ−３経路阻害剤として想定される。更に、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、又はＬＡＧ−３経路のメンバー、好ましくはＬＡＧ−３又はＭＨＣ−ＩＩに対する任意の他のアンチセンスＲＮＡなどの拮抗性核酸であり得る。更に、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、ＬＡＧ−３経路シグナル伝達を阻害することができる低分子阻害剤、例えば、ＬＡＧ−３結合ペプチド又は有機低分子などであり得る。
したがって、好ましくは、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、本明細書に定義される拮抗抗体又は前記抗体をコードする核酸、本明細書に定義される拮抗性結合タンパク質、又は前記拮抗性結合タンパク質をコードする核酸、ペプチド又は前記ペプチドをコードする核酸、拮抗性核酸又は有機低分子から選択される。
ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤の種類
前記したように、本発明の組合せに含まれるＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤は、抗体（又は前記抗体をコードする核酸）、タンパク質（又は前記タンパク質をコードする核酸）、ペプチド（又は前記ペプチドをコードする核酸）、核酸、及び有機低分子から独立して選択され得る。以下において、本開示は、一般に、ＰＤ−１経路阻害剤及びＬＡＧ−３経路阻害剤を「経路阻害剤」又は「阻害剤」と称することがある。通常、特段の断りがない限り、「経路阻害剤」又は「阻害剤」に言及するとき、本開示は、ＰＤ−１経路阻害剤、ＬＡＧ−３経路阻害剤、又はその両方に関する。
ＰＤ−１経路阻害剤は、好ましくは、ＰＤ−１経路シグナル伝達、好ましくはＰＤ−１によって媒介されるシグナル伝達を損なう（即ち、減少させる、阻害する、防止する）ことができる。それは、競合的又は非競合的ＰＤ−１アンタゴニストとして作用し得る。ＬＡＧ−３経路阻害剤は、好ましくは、ＬＡＧ−３シグナル伝達、好ましくはＬＡＧ−３によって媒介されるシグナル伝達を損なう（即ち、減少させる、阻害する、防止する）ことができる。それは、競合的又は非競合的ＬＡＧ−３アンタゴニストとして作用し得る。
この文脈においては、「アンタゴニスト」は、標的受容体に結合することによってアゴニスト媒介生物学的応答を阻害する又は減少させる物質である。一方「アゴニスト」は、標的受容体に結合して生物学的応答を引き起こす物質である。これに関して、「競合的アンタゴニスト」は、それらの標的受容体に結合するが活性化しない。それらは典型的には、（活性）結合部位について利用可能なアゴニストと競合し、したがってアゴニストを前記結合部位から除くことができ（特に十分な量で存在する場合）、その結果、より低い頻度の標的受容体活性化をもたらす。競合的アンタゴニストには、可逆的競合的アンタゴニスト（非共有相互作用を介してそれらの標的受容体に結合する）又は不可逆的競合的アンタゴニスト（共有結合相互作用を介して恒久的にそれらの標的受容体に結合する）が含まれる。「非競合的アンタゴニスト」は、それらの標的受容体のアロステリック部位（即ち、活性部位と異なる結合部位）に結合する。したがって、非競合的アンタゴニストは、典型的には、活性部位での結合についてアゴニストと競合しない。一旦結合すると、そのようなアンタゴニストは、標的受容体における立体構造変化を誘導又は防止することができ、その結果、アゴニスト結合時の受容体媒介シグナル伝達が損なわれる。
抗体及びそれをコードする核酸
好ましい実施形態において、本発明の組合せの経路阻害剤は、抗体、又はその変異体、断片、若しくは誘導体から独立して選択される。前記抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体、抗体重鎖及び／又は抗体軽鎖から選択することができる。更に好ましい実施形態において、本発明の組合せの経路阻害剤は、そのような抗体、変異体、断片、又は誘導体をコードする核酸から選択される。
抗体
「抗体」は任意の抗体から選択することができ、例えば、当技術分野で公知の任意の組換え抗体又は天然に存在する抗体、特に治療、診断、又は科学的目的に適した抗体、特にＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤用）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤用）に対する任意の抗体から選択することができる。本明細書では、「抗体」という用語は、その最も広い意味で使用され、具体的にはモノクローナル抗体及びポリクローナル抗体（アンタゴニスト、並びに遮断又は中和抗体を含む）及びポリエピトープ特異性を有する抗体種を包含する。本発明によれば、「抗体」は、典型的には、当技術分野で公知の任意の抗体（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、及びＩｇＥ抗体）、例えば、天然抗体、宿主生物における免疫によって産生される抗体、天然に存在する抗体から単離同定された抗体、宿主生物における免疫によって産生され、当技術分野で公知の生体分子法によって組換えにより製造される抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、二重特異性抗体、細胞内抗体（即ち、細胞内に発現し、任意に特定の細胞区画に局在する抗体）、及び前記抗体の断片及び変異体を含む。一般に、抗体は、可変ドメイン及び定常ドメインの両方を有する軽鎖及び重鎖から構成される。軽鎖は、Ｎ末端可変ドメインＶＬ及びＣ末端定常ドメインＣＬから構成される。一方、ＩｇＧ抗体の重鎖は、例えば、Ｎ末端可変ドメインＶＨ、及び３つの定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３から構成される。一本鎖抗体も本発明にしたがって使用することができる。
抗体は、好ましくは完全長抗体、即ち、前記したように完全重鎖及び完全軽鎖からなる抗体を含み得る。しかし、抗体断片、変異体、又は付加体などの抗体の誘導体もまた、本発明に係るＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤として使用され得る。抗体断片は、前述の（完全長）抗体のＦａｂ、Ｆａｂ”、Ｆ（ａｂ”）２、Ｆｃ、Ｆａｃｂ、ｐＦｃ”、Ｆｄ、Ｆｄ”、及びＦｖの各断片から選択することができる。一般に、抗体断片は、当技術分野において公知である。例えば、Ｆａｂ（「断片、抗原結合」）断片は、重鎖及び軽鎖のそれぞれの１つの定常ドメイン及び１つの可変ドメインから構成される。２つの可変ドメインは、特定の抗原上のエピトープに結合する。２本の鎖はジスルフィド結合を介して結合している。例えば、ｓｃＦｖ（「一本鎖可変断片」）断片は、典型的には、軽鎖及び重鎖の可変ドメインからなる。ドメインは、人工的な結合、一般的には１５〜２５個のグリシン、プロリン、及び／又はセリン残基から構成されるペプチドなどのポリペプチド結合によって結合される。
「ポリクローナル抗体」という用語は、典型的には、哺乳動物（例えば、ヤギ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコ、ロバ、サル、類人猿、マウスなどのげっ歯類、ハムスター、ウサギなど）などの宿主生物の免疫によって生成された、特定の抗原又は免疫原又はタンパク質のエピトープに対する抗体の混合物を意味する。ポリクローナル抗体は、一般的に同一ではなく、したがって通常同一抗原由来の異なるエピトープ又は領域を認識する。したがって、そのような場合、典型的には、異なる抗体の混合物（組成物）が使用され、各抗体は、特定の抗原又は免疫原又はタンパク質のエピトープ、特にＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）に対するもの、又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に対するものである。
本明細書における「モノクローナル抗体」という用語は、典型的には、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を意味する。即ち、集団を構成する個々の抗体は、少量存在し得る天然の突然変異を除き同一である。モノクローナル抗体は非常に特異的であり、単一の抗原部位に向けられる。更に、典型的には異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を含む従来の（ポリクローナル）抗体調製物とは異なり、各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対するものである。例えば、前記のモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４９５（１９７５）によって最初に記述されたハイブリドーマ法によって作製することができ、又は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される組換えＤＮＡ法によって作製することができる。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．、Ｎａｔｕｒｅ、３４８：５５２−５５４（１９９０）に記載される技術を用いて作製されたファージライブラリーから単離することもできる。Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎによれば、目的の免疫原（抗原）をマウスなどの宿主に注射し、免疫原に応答して産生されたＢ細胞リンパ球を一定期間後に回収する。Ｂ細胞をマウスから得られた骨髄腫細胞と混合し、Ｂ細胞が骨髄腫細胞と融合することを可能にする培地中に導入し、ハイブリドーマを産生する。次にこれらの融合細胞（ハイブリドーマ）をマイクロタイタープレートの別々のウェルに入れ、モノクローナル抗体を産生するために増殖させる。モノクローナル抗体は、それらのどれが目的の抗原を検出するのに適しているかを決定するために試験される。選択された後、モノクローナル抗体は細胞培養物中で、又はハイブリドーマをマウスに注射することにより増殖させることができる。本発明の文脈において、特に好ましいのは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に対するモノクローナル抗体である。
「キメラ抗体」は、好ましくは、前記の抗体の定常ドメインが他の生物由来の抗体の配列、好ましくはヒトの配列によって置き換えられている抗体である。
「ヒト化（非ヒト）抗体」は、抗体の定常ドメイン及び可変ドメイン（超可変ドメインを除く）が、ヒトの配列によって置き換えられている抗体である。
「ヒト抗体」は、ヒトの組織又はヒトのＩｇＧ遺伝子座の導入遺伝子である免疫化された非ヒト宿主生物から単離することができる。更に、ヒト抗体は、ファージディスプレイの使用により提供され得る。
本発明の文脈における「二重特異性抗体」は、好ましくは、ＣＴＬ、ＮＫ細胞、マクロファージ、顆粒球などのエフェクター細胞を標的とする、毒素、薬物、サイトカインなどのエフェクター分子を動員する目的などのために、２つの異なる抗原結合ドメインによってエフェクターとそれぞれの標的との間のアダプターとして作用する抗体である（参考：Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ Ｒ．Ｅ．， Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｉｎ， ２００５， ２６（１）： １〜９参照）。本明細書に記載の二重特異性抗体は、一般に、２つの異なる抗原結合ドメイン、例えば２つの異なる抗原、免疫原、エピトープ、薬物、細胞（又は細胞上の受容体）、又は本明細書に記載される他の分子（又は構造）によって認識されるように構成される。「二重特異性の」又は「二重特異性」は、抗体の２つの異なる抗原結合領域が、２つの異なるエピトープに対して特異的であることを意味する。したがって、異なる抗原、免疫原、又はエピトープなどを互いに接近させることができ、これにより、任意に、２つの成分の直接的相互作用を可能にする。例えば、エフェクター細胞及び標的細胞などの異なる細胞を、二重特異性抗体を介して結合させることができる。本発明に包含されるのは、細胞表面（例えば、腫瘍細胞）上のＰＤ−１及び／又はそのリガンドＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）及び／又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に結合する二重特異性抗体又はその断片であり、前記相互作用がＰＤ−１又はＬＡＧ−３シグナル伝達経路の障害をもたらすことが好ましい。
本発明の文脈における「三重特異性抗体」は、好ましくは、ＣＴＬ、ＮＫ細胞、マクロファージ、顆粒球などのエフェクター細胞を標的とする、毒素、薬物、サイトカインなどのエフェクター分子を動員する目的などのために、３つの異なる抗原結合ドメインによってエフェクターとそれぞれの標的との間のアダプターとして作用する抗体である（参考：Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ Ｒ．Ｅ．， Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｉｎ， ２００５， ２６（１）： １〜９参照）。本明細書に記載の三重特異性抗体は、一般に、３つの異なる抗原結合ドメイン、例えば３つの異なる抗原、免疫原、エピトープ、薬物、細胞（又は細胞上の受容体）、又は本明細書に記載される他の分子（又は構造）によって認識されるように構成される。「三重特異性の」又は「三重特異性」は、抗体の３つの異なる抗原結合領域が、３つの異なるエピトープに対して特異的であることを意味する。したがって、異なる抗原、免疫原、又はエピトープなどを互いに接近させることができ、これにより、任意に、２つの成分の直接的相互作用を可能にする。例えば、エフェクター細胞及び標的細胞などの異なる細胞を、三重特異性抗体を介して結合させることができる。本発明に包含されるのは、細胞表面（例えば、腫瘍細胞）上のＰＤ−１及び／又はそのリガンドＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）及び／又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に結合する二重特異性抗体又はその断片であり、前記相互作用がＰＤ−１又はＬＡＧ−３シグナル伝達経路の障害をもたらすことが好ましい。
本発明の組合せにおいてＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３阻害剤として使用される特に好ましい抗体は、２つ又は３つの異なるチェックポイント分子を認識する二重特異性抗体又は三重特異性抗体であり、例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、Ｂ７−Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られる）及びＢ７−Ｈ４（Ｂ７−Ｓ１、Ｂ７ｘ、及びＶＣＴＮ１としても知られる）、ＣＴＬＡ４、Ａ２ａＲなど、特にＰａｒｄｏｌｌ ＤＭ Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ． ２０１２ Ｍａｒ ２２；１２（４）：２５２−６４に見られるものを認識する二重特異性抗体又は三重特異性抗体である。
抗体は、それらの標的エピトープに特異的に結合することができることが好ましい。本明細書で使用される「特異的に結合する」という用語は、剤（例えば、抗体）が異なる非特異的標的よりもその意図する標的（即ち、前記抗体によって認識されるエピトープ）により容易に結合することを意味する。換言すれば、定量可能なアッセイによって測定可能な他の非標的実体の存在下においてさえも、優先的に標的に結合又は認識すれば、剤（例えば、抗体）は、その標的に特異的に結合する。例えば、結合特異性は、放射性リガンド結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、蛍光ベースの技術（例えば、蛍光偏光（ＦＰ）、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ））、又は表面プラズモン共鳴などの様々なリガンド結合アッセイによって決定することができる。好ましくは、標的に特異的に結合する剤は、他の非標的実体と（有意には）交差反応しない。
抗体をコードする核酸
本明細書に記載のＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤は、互いに独立して、本明細書に記載の抗体、又はその断片、変異体、若しくは誘導体をコードする核酸から選択することができる。
そのような核酸は、好ましくはＤＮＡ（例えば、ウイルスＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、ＰＣＲ産物、ｃＤＮＡ）又はＲＮＡから選択され、より好ましくはＲＮＡ（例えば、ウイルスＲＮＡ、レプリコンＲＮＡ、ｍＲＮＡ）から選択され、最も好ましくはｍＲＮＡであり、それぞれの抗体（又は抗体断片、変異体、若しくは誘導体）及び任意にその発現を駆動する調節エレメントをコードする少なくとも１つのコード配列を含む。そのような核酸は、転写開始部位、抗体（又は抗体断片、変異体、若しくは誘導体）をコードするオープンリーディングフレーム、及び転写終結部位を含む。前記したように、前記核酸（特にＲＮＡ）、エピトープをコードするＲＮＡに関して記載された任意の改変、設計、又は実施形態は、必要な変更を加えて、本明細書に記載された抗体をコードする核酸に等しく適用可能である。
したがって、前記コード核酸の少なくとも１つのコード配列は、抗体又はその断片、変異体若しくは誘導体をコードすることができる。具体的には、核酸の少なくとも１つのコード配列は、（ａ）本明細書に記載の抗体、（ｂ）抗体変異体、特に本明細書に記載の抗体の配列変異体、（ｃ）本明細書に記載される抗体（又はその変異体）の断片、特にＦａｂ、Ｆａｂ”、Ｆ（ａｂ”）２、Ｆａｃｂ、Ｆａｂ／ｃ、Ｆｄ、Ｆｄ”、Ｆｖ、重鎖抗体、ｓｄＡｂ（ナノボディ）などの抗原結合断片、又は（ｄ）そのような抗体（又はその変異体）の誘導体又は前記抗体の断片（又はその変異体）、特にｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ”、ｓｃＦｖ二量体（ダイアボディ）、ｓｃＦｖ三量体（トリアボディ）、又はミニボディなどの含む抗原結合誘導体、をコードすることができる。
以下に、ＰＤ−１又はＬＡＧ−３経路阻害剤としての使用に適した抗体の幾つかの好ましい例を提供する。したがって、前記抗体は、本発明の組合せにおけるＰＤ−１又はＬＡＧ−３経路阻害剤として想定される。前記抗体の変異体、特に配列変異体又はグリコシル化変異体もまた想定される。抗体の「配列変異体」は、「参照」（又は「親」）抗体と比較して変更されたアミノ酸配列を含む抗体である。抗体配列変異体は、親抗体のアミノ酸配列と、好ましくは少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９６％、より好ましくは少なくとも９７％同一であるアミノ酸配列を含む又はからなると考えられる。抗体配列変異体は、親抗体のアミノ酸配列と比較して、欠失、置換、又は挿入などの少なくとも１つのアミノ酸改変を含み得る。アミノ酸修飾は、相補性決定領域（ＣＤＲ）、フレームワーク領域、又はＦｃ部分などの、抗体の可変領域又は定常領域において起こり得る。しばしば、保存的アミノ酸置換が好ましい。用語「抗体変異体」は、親抗体と比較して異なるグリコシル化パターンを含む「グリコシル化変異体」を更に含む。用語「抗体変異体」は、それぞれの親抗体と比較して共有結合修飾を含む抗体を更に含む。そのような共有結合修飾としては、例えば、リン酸化、Ｓ−ニトロシル化、メチル化、Ｎ−アセチル化、脂質化、ジスルフィド結合形成、硫酸化、アシル化、及びアミノ酸の脱アミノ化などが挙げられる。抗体配列変異体は、それぞれの親抗体と比較して匹敵する又は更に改善された抗原結合特性（例えば、結合親和性、結合特異性）を示すことが好ましい。
更に、前記抗体の断片（又は抗体変異体）を経路阻害剤として使用することができる。「抗体断片」は、前記抗体の一部又は一部分である。好ましくは、経路阻害剤として使用される抗体断片は抗原結合断片であり、好ましくは完全長抗体の抗原結合特性を保持する。更に、前記抗体の誘導体（又はその変異体若しくは断片）を経路阻害剤として使用することができる。抗体誘導体は、任意に適切なリンカーを介して、好ましくは新たな又は追加の機能性を付与する部分に結合した少なくとも１つの抗体（又はその変異体）又は前記抗体の断片を含む。抗体誘導体は、２つ以上の抗体断片を含み得る。前記誘導体は、それぞれの親抗体に匹敵する又は更に改善された抗原結合特性（例えば、結合親和性、結合特異性）を示すことが好ましい。
ＰＤ−１経路阻害抗体
好ましい態様において、ＰＤ−１経路阻害剤は、抗体又はそのような抗体をコードする核酸である。
ＰＤ−１経路阻害剤として使用される抗体は、それらのそれぞれの標的（即ち、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２を含むＰＤ−１経路のメンバー）に特異的に結合し、ＰＤ−１経路シグナル伝達を阻害することができる。
したがって、そのような抗体は、ＰＤ−１（特に、その細胞外ドメイン）、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２に特異的に結合すると考えられる。例えば、これは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１又はＰＤ−Ｌ２との間の受容体−リガンド相互作用が防止又は妨害され、それによってＰＤ−１経路シグナル伝達が損なわれるような方法で行われる。例えば、ＰＤ−１経路阻害剤抗体は、受容体リガンド相互作用に必要な結合部位に近接して結合し得る。受容体リガンド相互作用を立体的に妨げること、及び／又はＰＤ−１受容体におけるそれらの活性結合部位からＰＤ１リガンドを除くことによって、ＰＤ−１媒介シグナル伝達は防止又は妨害され得る。例えば、そのような拮抗抗体は、ＰＤ−１上のＰＤ−Ｌ１結合部位の近くに結合することができ、これにより、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する。
ＰＤ−１経路阻害剤として使用される好ましい抗体は以下を含む。
（ａ）抗ＰＤ−１抗体ニボルマブ（ＭＤＸ−１１０６、ＢＭＳ−９３６５５８、ＯＮＯ−４５３８、商品名ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ＣＡＳ番号９４６４１４−９４−４）とも呼ばれる）（（Ｂｒａｈｍｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１０． Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ． ２８（１９）：３１６７−７５），；ピジリズマブ（ＣＴ−０１１とも呼ばれる）（Ｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８． Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １４（１０）：３０４４−５１），；ペンブロリズマブ（ＭＫ−３４７５、商品名ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、ＣＡＳ番号１３７４８５３−９１−４）（，Ｐｏｏｌｅ ＲＭ Ｄｒｕｇｓ． ２０１４；７４（１６）：１９７３−８１）；，ＰＦ−０６８０１５９１（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２５７３２５９），；ｍＤＸ−４００（Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ）、ＢＧＢ−Ａ３１７（Ｄｅｓａｉ、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ３４、２０１６（ｓｕｐｐｌ；ａｂｓｔｒ ３０６６），；ＭＥＤＩ０６８０（ＡＭＰ−５１４とも呼ばれる）（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２０１３８０４，），；ＰＤＲ００１（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２６７８２６０），；スパルタリズマブ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ ＡＧ、ＣＡＳ番号１９３５６９４−８８−４）、セミプリマブ（ＲＥＧＮ２８１０、ＣＡＳ番号１８０１３４２−６０−８、（Ｆａｌｃｈｏｏｋ ｅｔ ａｌ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ． ２０１６ Ｎｏｖ；４：７０），；ピジリズマブ（ファイザー、ＣＡＳ番号１０３６７３０−４２−３）、ＳＨＲ−１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ、Ｊｉａｎｇｓｕ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｃｏ Ｌｔｄ，、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２７４２９３５）、ＴＳＲ−０４２（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２７１５２８４）；，ＡＮＡ０１１（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ，Ｉｎｃ．），；ＡＧＥＮ−２０３４（Ａｇｅｎｕｓ、Ｉｎｃ．）；ＡＭ−０００１（ＡＲＭＯ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；，ＢＧＢ−１０８（ＢｅｉＧｅｎｅ）；，ＡＫ−１０４及びＡＫ−１０５（Ａｋｅｓｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ）、ＡＢＢＶ−１８１（ＡｂｂＶｉｅ）、ＢＡＴ−１３０６（Ｂｉｏ−Ｔｈｅｒａ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ）、ＡＭＰ−２２４（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＬＺＭ−００９（Ｌｉｖｚｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｇｒｏｕｐ）、ＧＬＳ−０１０（Ａｒｃｕｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ドスターリマブ（Ｔｅｓａｒｏ Ｉｎｃ、ＣＡＳ番号２０２２２１５−５９−２）、ＭＧＡ−０１２（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ）、チスレリズマブ（ＢＧＢ−Ａ３１７、（ＢｅｉＧｅｎｅ、ＣＡＳ番号１８５８１６８−５９−８），；ＢＩ−７５４０９１（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ），；ＣＢＴ−５０１（ＣＢＴ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｉｎｃ．），；ＥＮＵＭ−００３（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｉｎｃ），；ＥＮＵＭ−３８８Ｄ４（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｉｎｃ），；ＥＮＵＭ−２４４Ｃ８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｉｎｃ）、ＩＢＩ−３０８（Ｅｌｉ ＬｉｌｌｙＩｎｎｏｖｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｉｎｃ．），；ＪＮＪ−６３７２３２８３（Ｊｏｈｎｓｏｎ ＆ Ｊｏｈｎｓｏｎ Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＆ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、ＬＬＣ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子 ＮＣＴ０２９０８９０６），；ＣＳ−１００３（ＣＳｔｏｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｓｙｍ−０１６及びＳｙｍ−０２１（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ）、ＪＳ−００１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子 ＮＣＴ０２８５７１６６、ＪＴＸ−４０１４（Ｊｏｕｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、Ｉｎｃ．），；ＪＹ−０３４（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｅａｓｔｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏ）、ＳＳＩ−３６１（Ｌｙｖｇｅｎ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ Ｌｔｄ）、ＹＢＬ−００６（Ｙ−Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＡＫ−１０３（Ａｋｅｓｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ Ｉｎｃ），；ＭＣＬＡ−１３４（Ｍｅｒｕｓ），；ＨＡＢ−２１（Ｓｕｚｈｏｕ Ｓｔａｉｎｗｅｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｉｎｃ）、ＣＸ−１８８（ＣｙｔｏｍＸ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＰＦ−０６８０１５９１（Ｐｆｉｚｅｒ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子 ＮＣＩ−２０１６−００７０４）；，ＨＥＩＳＣＯＩＩＩ−００３（Ｓｉｃｈｕａｎ Ｈａｉｓｃｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ）、ＸｍＡｂ−２０７１７（Ｘｅｎｃｏｒ Ｉｎｃ、二重特異性、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ１を認識）、ＸｍＡｂ−２３１０４（Ｘｅｎｃｏｒ Ｉｎｃ）、ＭＧＤ−０１９（ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ Ｉｎｃ、二重特異性、ＣＴＬＡ４及びＰＤ１を認識）、ＡＫ−１１２（Ａｋｅｓｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ、二重特異性）、ＡＴ−１６２０１（ＡＩＭＭ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ＢＶ）、ＢＣＤ−１００（Ｂｉｏｃａｒｄ）、ＴＳＲ−０７５（Ｔｅｓａｒｏ Ｉｎｃ、二重特異性、ＬＡＧ３及びＰＤ１を認識する）、ＭＧＤ−０１３（ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ；二重特異性；ＰＤ−１及びＬＡＧ−３を認識）、ＢＨ−２９２２（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｈａｎｍｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ、二重特異性、ＥＧＦＲ及びＰＤ１を認識）、ＢＨ−２９４１（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｈａｎｍｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ、二重特異性、ＰＤＬ１及びＰＤ１を認識）、ＢＨ−２９５０（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｈａｎｍｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ、二重特異性、Ｈｅｒ２及びＰＤ１を識別）、ＢＨ−２９５４（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｈａｎｍｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ、二重特異性）、ＳＴＩＡ−１１１０（Ｌｅｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｉｒｅｓ Ｓｅｒｖｉｅｒ ＳＡＳＳｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ），；２４４Ｃ８及び３８８Ｄ４（Ｓｃｈｅｕｐｌｅｉｎ Ｆ ｅｔ ａｌ．［アブストラクト］参照、Ｐｒｏｃ １０７ｔｈ Ａｎｎ Ｍｅｅｔ Ａｍ Ａｓｓ Ｃａｎｃ Ｒｅｓ；２０１６ Ａｐｒ １６−２０；Ｎｅｗ Ｏｒｌｅａｎｓ、ＬＡ、フィラデルフィア（ＰＡ）：ＡＡＣＲ；Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１６；７６（１４ Ｓｕｐｐｌ）：アブストラクト番号４８７１）；
ｂ）抗ＰＤＬ１抗体ＢＭＳ−９３６５５９（ＭＤＸ−１１０５とも呼ばれる、ＶｉｉＶ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ＵＫ Ｌｔｄ）（Ｂｒａｈｍｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３６６（２６）：２４５５−６５）、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａとも呼ばれる；Ｒｏｃｈｅ、商品名ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）、ＣＡＳ番号１３８０７２３−４４−３）（Ｃｈａ ｅｔ ａｌ． Ｓｅｍｉｎ Ｏｎｃｏｌ． ２０１５ Ｊｕｎ；４２（３）：４８４−７）、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅとも呼ばれる、Ａｓｔｒａｚｅｎｅｃａ、ＣＡＳ番号１４２８９３５−６０−７）（Ａｎｔｏｎｉａ ｅｔ ａｌ． Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ． ２０１６ Ｍａｒ；１７（３）：２９９−３０８），；アヴェルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃとも呼ばれる、Ｍｅｒｃｋ、ＣＡＳ番号１５３７０３２−８２−８）（Ｂｏｙｅｒｉｎａｓ ｅｔ ａｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ． ２０１５ Ｏｃｔ；３（１０）：１１４８−５７），；ＢＧＢＡ−３３３（ＢｅｉＧｅｎｅ Ｌｔｄ）、ＣＸ−０７２（ＣｙｔｏｍＸ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＫＤ０３３（Ｋａｄｍｏｎ Ｃｏｒｐ、ＬＬＣ）、ＫＮ−０３５（ＡｌｐｈａＭａｂ Ｃｏ）、ＢＣＤ−１３５（Ｂｉｏｃａｄ，；ＣＢＡ−０７１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＣＫ−３０１（Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＭＳＢ−２３１１（ＭａｂＳｐａｃｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＬＹ−３３０００５４（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＣＳ−１００１（ＣＳｔｏｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｃｏ）、ＦＡＺ−０５３（Ｎｏｖａｒｔｉｓ ＡＧ）、ＳＨＲ−１３１６（Ｊｉａｎｇｓｕ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｃｏ）、ＦＳ−１１８（Ｆ−ｓｔａｒｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ、二重特異性、ＰＤ−Ｌ１及びＬＡＧ−３を認識）、ＨＬＸ−１０（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｈｅｎｌｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏ）、ＳＴＩＡ−１０１５（Ｓｏｌｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＨ−２９４１（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｈａｎｍｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ、二重特異性、ＰＤＬ１及びＰＤ１を認識）、ＣＢＴ−５０２（Ｃｈｉａ Ｔａｉ Ｔｉａｎｑｉｎｇ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｇｒｏｕｐ Ｃｏ）、ＳＴＴ−０１（Ｓｔｃｕｂｅ Ｉｎｃ）、ＪＳ−００３（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃｏ，、二重特異性）、ＨＬＸ−２０（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｈｅｎｌｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏ）、ＹＢＬ−００７（Ｙ−Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＹＢＬ−００８（Ｙ−Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、二重特異性、ＶＥＧＦ及びＰＤＬ１を認識）、ＩＭＭ−２５（ＩｍｍｕｎｅＯｎｃｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｃｏ）、ＫＤ−０３６（Ｋａｄｍｏｎ Ｃｏｒｐ ＬＬＣ）、ＫＹ−１００３（Ｋｙｍａｂ Ｌｔｄ）、ＳＴＩＡ−１０１１（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＰＭＣ−３０５（ＰｈａｒｍＡｂｃｉｎｅ Ｉｎｃ）、ＩＫＴ−２０３（Ｉｃｅｌｌ Ｋｅａｌｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）、ＡＫ−１０６（Ａｋｅｓｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ Ｉｎｃ）、ＩＫＴ−７０３（Ｉｃｅｌｌ Ｋｅａｌｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＭＳＢ−００２（ＭａｂＳｐａｃｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｓｕｚｈｏｕ）Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＳＴＩＡ−１００Ｘ（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＳＴＩＡ−１０１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＳＴＩＡ−１０１２（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＳＴＩＢ−０１０Ｘ（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、ＳＴＩ−Ａ１０１４（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ），；ＭＣＬＡ−１４５（Ｍｅｒｕｓ、二重特異性）；及びＳＰ１４２（Ｓｐｒｉｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；
（ｃ）抗ＰＤＬ２抗体ｒＨＩｇＭ１２Ｂ７（Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃ）及びＣＡ−１７０（Ａｕｒｉｇｅｎｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｌｔｄ、Ｃｕｒｉｓ）。
この文脈においては、特に好ましいのは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２に対する二重特異性及び／又は三重特異性抗体であり、例えば、ＭＣＬＡ−１３４（二重特異性；ＰＤ−１及びＴＩＭ−３を認識；ＭＧＤ−０１３（二重特異性；ＰＤ−１及びＬＡＧ−３を認識）、Ｓｙｍ−０１６（三重特異性；ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ−３、及びＴＩＭ−３を認識）、ＸｍＡｂ−２０７１７（二重特異性；ＰＤ−１及びＣＴＬＡ−４を認識）である。
好ましい実施形態においては、ＰＤ−１経路阻害剤は、（ａ）前記のような抗体、（ｂ）抗体変異体、特に前記抗体の配列変異体、（ｃ）前記抗体の断片（又はその変異体）、特にＦａｂ、Ｆａｂ”、Ｆ（ａｂ”）２、Ｆａｃｂ、Ｆａｂ／ｃ、Ｆｄ、Ｆｄ”、Ｆｖ、重鎖抗体、ｓｄＡｂ（ナノボディ）、又は（ｄ）そのような抗体（又はその変異体）の誘導体又は前記した抗体の断片（又はその変異体）、特にｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ”、ｓｃＦｖ二量体（ダイアボディ）、ｓｃＦｖ三量体（ｓｃＦｖトリアボディ）、又はミニボディなどの抗原結合誘導体、又は（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び／又は（ｄ）をコードする核酸（好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡ）から選択される。
更に好ましい実施形態においては、ＰＤ−１経路阻害剤抗体は以下を含む。
（ａ）配列番号１９に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の配列番号４７６１）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号２０に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４７６８）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｂ）配列番号２１に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４２９２）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号２２に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４２９９）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｃ）配列番号２３に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の５１３９）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号２４に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の５１４６）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｄ）配列番号２５に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４８５２）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号２６によるアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４８５９）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｅ）配列番号２７によるアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の１５９０）を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号２８に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の１５９７）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｆ）配列番号２９によるアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の３７９）を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号３０に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の３６８）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖；又は
（ｇ）配列番号３１に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４２８）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体重鎖、及び／又は配列番号３２に係るアミノ酸配列（ＰＣＴ／ＥＰ２０１６／０５９７１１の４３５）又はその変異体若しくは断片を含む又はからなる抗体軽鎖。
ＬＡＧ−３経路阻害抗体
ＬＡＧ−３経路のメンバー（ＬＡＧ−３を含む）に対する抗体は、本発明にしたがってＬＡＧ−３経路阻害剤として使用することができる。ＬＡＧ−３経路阻害剤として使用される抗体は、それらのそれぞれの標的に特異的に結合し、ＬＡＧ−３経路シグナル伝達を阻害することができることが好ましい。
したがって、そのような抗体は、ＬＡＧ−３（特にその細胞外ドメイン）に特異的に結合すると考えられる。例えば、ＬＡＧ−３とＭＨＣ−ＩＩとの間の受容体−リガンド相互作用が防止又は妨害され、それによってＬＡＧ−３経路シグナル伝達が損なわれるような方法で行われる。例えば、ＬＡＧ−３経路阻害剤抗体は、受容体リガンド相互作用に必要な結合部位に近接して結合し得る。受容体リガンド相互作用を立体的に妨げること、及び／又はＬＡＧ−３受容体におけるそれらの活性結合部位からＬＡＧ−３リガンドを除くことによって、ＬＡＧ−３媒介シグナル伝達は防止又は妨害され得る。
ＬＡＧ−３経路阻害剤として使用される好ましい抗体としては、ＢＭＳ−９８６０１６、ＬＡＧ５２５、及びＧＳＫ２８３１７８１（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２１９５３４９）ＢＩ−７５４１１１（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、ＥＮＵＭ−００６（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇ Ｉｎｃ）、ＦＳ−１８、ＩＭＰ−７０１（ＣｏＳｔｉｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＩＭＰ−７３１（Ｉｍｍｕｔｅｐ）、ＭＧＤ−０１３（ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ；二重特異性；ＰＤ−１及びＬＡＧ−３を認識）、Ｓｙｍ−０１６（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ；三重特異性；ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ−３及びＴＩＭ−３を認識）、ＴＲＬ−７１１７（Ｔｒｅｌｌｉｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、及びＴＳＲ−０３３（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｌａｂｓ）が挙げられる。
多重特異性結合タンパク質
ＰＤ−１経路阻害剤及びＬＡＧ−３経路阻害剤は、同じ結合タンパク質、特に同じ抗体に含まれることが特に好ましい。したがって、好ましい実施形態では、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤は、ＬＡＧ−３と、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び／又はＰＤ−Ｌ２の少なくともいずれかとに特異的に結合する多重特異性抗体、好ましくは二重特異性抗体又は三重特異性抗体であって、前記二重又は三重特異性抗体は、任意に、ＭＧＤ−０１３（二重特異性；ＰＤ−１及びＬＡＧ−３を認識）、Ｓｙｍ−０１６（三重特異性；ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ−３、及びＴＩＭ−３を認識）から選択される。
この文脈においては、「多重特異性抗体」は、その抗原結合部位を介して幾つか（少なくとも２つ）の異なるエピトープ（及び任意にそれを含む２つの異なる抗原）を特異的に認識することができる抗体又は抗体断片、変異体、又は誘導体として定義される。この用語は、本明細書の他の箇所に定義される二重特異性及び三重特異性抗体を含む。
好ましい実施形態においては、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、（ａ）前記のような抗体、（ｂ）抗体変異体、特に前記抗体の配列変異体、（ｃ）前記した抗体の断片（又はその変異体）、特にＦａｂ、Ｆａｂ”、Ｆ（ａｂ”）２、Ｆａｃｂ、Ｆａｂ／ｃ、Ｆｄ、Ｆｄ”、Ｆｖ、重鎖抗体、ｓｄＡｂ（ナノボディ）、又は（ｄ）そのような抗体（又はその変異体）の誘導体又は前記抗体の断片（又はその変異体）、特にｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ”、ｓｃＦｖ二量体（ダイアボディ）、ｓｃＦｖ三量体（ｓｃＦｖトリアボディ）、又はミニボディなどの抗原結合誘導体、又は（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び／又は（ｄ）をコードする核酸（好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡ）から選択される。
拮抗性結合タンパク質及びそれをコードする核酸
更なる好ましい実施形態において、少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤及び／又は少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤は、互いに独立して、拮抗性結合タンパク質又はそれをコードする核酸から選択される。
拮抗性結合タンパク質
「拮抗性結合タンパク質」は、（上で定義したように）アンタゴニストとして作用するタンパク質である。「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、本明細書において相互変換可能に使用され、ペプチド結合によって互いに結合した少なくとも２つのアミノ酸を含む（マクロ）分子を意味する。本明細書で使用される場合、用語「拮抗性結合タンパク質」は、好ましくは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３阻害剤の場合）に特異的に結合することができ、それらのそれぞれのリガンドの作用に拮抗し、それによってＰＤ−１又はＬＡＧ−３シグナル伝達を損なうことができるタンパク質を意味する。したがって、本発明の文脈における拮抗性結合タンパク質は、好ましくは、ＰＤ−１又はＬＡＧ−３に結合することができるが、ＰＤ−１経路シグナル伝達又はＬＡＧ−３経路シグナル伝達を損なうことができる。「特異的に結合する」という用語は、前記した抗体の文脈で定義されており、本明細書に定義される拮抗性結合タンパク質にも同様に当てはまる。「拮抗性結合タンパク質」という用語は、上で定義したような抗体を含み得るが、含まないことが好ましい。本発明の組合せにおける使用が想定される拮抗性結合タンパク質は、一重特異性、二重特異性、又は多重特異性であり得る。拮抗性結合タンパク質は、キメラ融合タンパク質であり得るか、又は本明細書中で議論される受容体の断片、変異体、若しくは誘導体又はそれらのそれぞれのリガンドであり得る。
本発明の文脈における好ましい拮抗性結合タンパク質は、融合タンパク質及び可溶性受容体を含む。
拮抗性結合タンパク質をコードする核酸
本明細書に記載のＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤は、互いに独立して、本明細書に記載の拮抗結合タンパク質をコードする核酸から選択することができる。
そのような核酸は、好ましくはＤＮＡ、ｃＤＮＡ、又はＲＮＡ、より好ましくはＲＮＡ、最も好ましくはｍＲＮＡから選択され、それぞれの拮抗性結合タンパク質及び任意にその発現を駆動する調節エレメントをコードする少なくとも１つのコード配列を含む。前記核酸、特にＲＮＡは、前記のエピトープコードＲＮＡの文脈において記載された改変（即ち、化学、脂質、又は配列改変）のいずれかを含み得る。
融合タンパク質
「融合タンパク質」又は「キメラタンパク質」は、もともと別々のタンパク質をコードしていた２つ以上の「親」遺伝子の結合によって作り出されたタンパク質である。前記融合遺伝子の翻訳は、単一のポリペプチド（即ち、融合タンパク質）をもたらす。前記融合タンパク質は、「親」ポリペプチド配列の一部（例えば、ドメイン）又はその誘導体をコードする、「親」遺伝子によってコードされる完全ポリペプチド配列、又はその断片若しくは変異体を含み得る。したがって、融合タンパク質は、「親」遺伝子産物の生物学的機能を保持している場合がある、又は追加の若しくは代替の生物学的機能を含む場合がある。融合タンパク質は、正しい折り畳みを可能にし、及び／又は融合された実体の立体障害を防止するように、融合ポリペプチド配列間にペプチドリンカー又は（「スペーサー」）を含み得る。本発明の文脈において、融合タンパク質は、特に、組換え融合タンパク質、即ち、組換えＤＮＡ技術（遺伝子工学）によって人工的に作製された融合タンパク質を包含する。ＰＤ−１又はＬＡＧ−３経路を阻害する拮抗性結合タンパク質として使用される融合タンパク質は、典型的には、ＰＤ−１（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に結合することができるが、それぞれのシグナル伝達カスケードを誘発しない部分を含む。典型的には、そのような融合タンパク質は、ＰＤ−１リガンド又はその断片（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３リガンド又はその断片（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）を含み得、これらは、そのそれぞれの標的に対する前記リガンドの結合特異性を維持するが、典型的には前記リガンドのその標的への結合によって引き起こされるそれぞれの下流のシグナル伝達経路を阻害する又は誘発しない。融合タンパク質は、更なる標的（例えば、抗体又はその断片若しくは変異体、又は他の結合タンパク質）の結合、毒性（例えば、毒素）、エフェクター機能（例えば、抗体Ｆｃ部分）、又は最適化された薬物動態特性（例えば、安定性、バイオアベイラビリティー、吸収性の向上、分布及び／又はクリアランスの減少）を媒介し得る更なる実体（タンパク質断片、タンパク質ドメイン若しくは他の部分）を含み得る。
ＰＤ−１経路阻害剤融合タンパク質
したがって、本発明にしたがってＰＤ−１経路阻害剤として使用される融合タンパク質は、（ｉ）ＰＤ−Ｌ１リガンド又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び／又は（ｉｉ）ＰＤ−Ｌ２リガンド又はその断片、変異体、若しくは誘導体；任意に、（ｉｉｉ）Ｆｃ免疫グロブリンから任意に選択される更なる部分を含み得る。
用語「ＰＤ−Ｌ１」は、好ましくは、ＣＤ２７４遺伝子によってコードされる、ヒトの「プログラム細胞死１リガンド１」（「Ｂ７ホモログ１」又は「Ｂ７−Ｈ１」とも呼ばれる、ＵｎｉＰｒｏｔ Ａｃｃ．Ｎｏ．Ｑ９ＮＺＱ７、エントリーバージョン＃１４４（最終更新日２０１６年１１月２日、配列バージョン＃１））を意味する。用語「ＰＤ−Ｌ２」は、好ましくは、ＰＤＣＤ１ＬＧ２遺伝子によってコードされる、ヒトの「プログラム細胞死１リガンド２」（「ブチロフィリン」又は「Ｂ７−ＤＣ」とも呼ばれる、ＵｎｉＰｒｏｔ Ａｃｃ．Ｎｏ．Ｑ９ＢＱ５１；エントリーバージョン＃１２８（最終更新日２０１６年１１月２日、配列バージョン＃２））を意味する。
ＰＤ−１阻害剤として想定される融合タンパク質は、完全長のＰＤ−１Ｌ及び／又はＰＤ−２Ｌ、又はそれらの断片、変異体、又は誘導体のいずれかを含み得る。用語「断片」、「変異体」、及び「誘導体」は、抗体の文脈において定義されている。それぞれの定義は、必要な変更を加えて、本明細書に記載の融合タンパク質に適用可能である。
そのような融合タンパク質の好ましい例は、ＡＭＰ−２２４である。ＡＭＰ−２２４は、ＰＤ−１リガンドプログラム細胞死リガンド２（ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−ＤＣ）の細胞外ドメイン及びヒト免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｇ１のＦｃ領域から構成される、免疫チェックポイント阻害と抗新生物活性を有する可能性がある組換え融合タンパク質である。抗ＰＤ−１融合タンパク質ＡＭＰ−２２４は、慢性的に刺激される（しかし正常には活性化されない）Ｔ細胞上のＰＤ−１に特異的に結合し、それらの増殖を低減すると報告されている。これは、免疫機能を回復させ、細胞傷害性Ｔ細胞の活性化及び腫瘍細胞に対する細胞媒介免疫応答をもたらし得る（Ｓｍｏｔｈｅｒｓ ｅｔ ａｌ． Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ（２０１３） ２４（ｓｕｐｐｌ １）： ｉ７ ａｎｄ Ｍｋｒｔｉｃｈｙａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１２． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． １８９（５）：２３３８−４７参照）。
本発明は更に、ＰＤ−１経路阻害剤として、前記した融合タンパク質をコードする核酸も想定する。
ＬＡＧ−３経路阻害剤融合タンパク質
本発明にしたがってＬＡＧ−３経路阻害剤として使用される融合タンパク質は、（ｉ）ＬＡＧ−３リガンド又はその断片、変異体、若しくは誘導体、及び任意に（ｉｉ）Ｆｃ免疫グロブリンから任意に選択される更なる部分を含み得る。
ＬＡＧ−３阻害剤として想定される融合タンパク質は、例えば、完全長ＭＨＣ−ＩＩ又はその断片、変異体、若しくは誘導体を含み得る。用語「断片」、「変異体」、及び「誘導体」は、抗体の文脈において定義されている。それぞれの定義は、必要な変更を加えて、本明細書に記載の融合タンパク質に適用可能である。
本発明は更に、ＬＡＧ−３経路阻害剤として、前記した融合タンパク質をコードする核酸を想定する。
可溶性ＰＤ−１又はＬＡＧ−３受容体
本明細書に記載のＰＤ−１又はＬＡＧ−３の可溶性形態（本明細書ではそれぞれ「可溶性ＰＤ−１受容体」又は「ｓＰＤ−１」及び「可溶性ＬＡＧ−３受容体」又は「ｓＬＡＧ−３」とも呼ばれる）は、本発明の文脈において更に好ましい経路阻害剤である。このようなＰＤ−１及びＬＡＧ−３の可溶性形態は、好ましくは、膜結合形態のリガンド結合能を保持しており、したがってそれぞれのリガンドの結合の競合的阻害剤として（即ち、競合的アンタゴニストとして）作用する。それによって、ｓＰＤ−１及びｓＬＡＧ−３は、それぞれのリガンドがその膜結合ＰＤ−１又はＬＡＧ−３受容体に結合することによって引き起こされるシグナル伝達を阻害することができることが好ましい。好ましくは、ｓＰＤ−１及びｓＬＡＧ−３は、それらの膜結合相当物と同等の結合親和性及び結合特異性を示す。
本発明の文脈におけるｓＰＤ−１及びｓＬＡＧ−３は、それらの膜結合相当物の細胞外ドメイン（その配列を以下に示す）を保持するが、シグナルペプチド、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインの全部又は一部を欠くことが好ましい。
本発明の文脈において、可溶性ＰＤ−１及びＬＡＧ−３受容体は、以下に示すＰＤ−１配列（配列番号３３）及びＬＡＧ−３配列（配列番号３４）（の一部）に対して１００％の同一性を示す細胞外ドメインを含む又はからなるＰＤ−１又はＬＡＧ−３受容体に限定されない。むしろ、配列変異体（例えば、アミノ酸置換（特に、保存的置換）、欠失、及び／又は挿入など）を含む変異体、並びに化学的及び／又は翻訳後改変を含む改変変異体もまた、用語「ｓＰＤ−１」及び「ｓＬＡＧ−３」に包含される。前記用語は更に、それぞれｓＰＤ−１及びｓＬＡＧ３の誘導体を含み、これらは更なる機能性、例えば、最適化された製造特性（溶解度の上昇若しくは排泄の増加、又は精製を可能にする部分を含む）又はインビボでの使用のための薬物動態／薬力学（安定性、バイオアベイラビリティー、吸収、分布、及び／又は減少したクリアランスをもたらす部分を含む）を有するように改変される。例えば、そのような可溶性ＰＤ−１又はＬＡＧ−３受容体誘導体は、更なる部分を、典型的には、例えば、精製タグ又は安定剤として機能するアミノ及び／又はカルボキシル末端残基に含むことができる。
本明細書に記載の可溶性受容体は、特に、膜貫通及びサイトゾルドメイン若しくはリガンド結合に必要ではない配列の任意の他の部分を欠くトランケートされた受容体、又は好ましくは前記の更なる機能性をもたらす更なる部分又はドメインを含むトランケートされた受容体誘導体であり得る。
その変異体及び誘導体を含むＰＤ−１及びＬＡＧ−３の可溶性形態は、適切なポリペプチド又はペプチドをコードするヌクレオチド配列を用いて、よく知られたインビトロ組換えＤＮＡ技術を用いて調製することができる。当業者によく知られた方法を使用して、関連のコード配列及び適切な転写／翻訳制御シグナルを含む発現ベクターを構築することができる。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ Ｅｄ．） ［Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎ．Ｙ．， ２０００］に記載の技術を参照されたい。
可溶性ＰＤ−１受容体
好ましい実施形態においては、ＰＤ−１経路阻害剤は、可溶性ＰＤ−１（受容体）又はその変異体若しくは誘導体、又はそれをコードする核酸である。
用語「可溶性ＰＤ−１（受容体）」又は「ｓＰＤ−１」は、本明細書では、膜貫通ドメイン及び細胞内（細胞質）ポリペプチドドメインを実質的に含まない、即ち、これらのセグメントにおける、膜固着又はシグナル伝達をそれぞれもたらすのに十分な部分を欠くＰＤ−１ポリペプチドを意味するために用いられる。
本明細書中で使用される場合、用語「ＰＤ−１」又は「ＰＤ−１タンパク質」又は「ＰＤ−１ポリペプチド」又は「ＰＤ−１受容体」は、好ましくは、ＰＤＣＤ１遺伝子又はその対立遺伝子変異体若しくはオルソログによりコードされる、ヒトの「プログラム細胞死タンパク質１」（ＵｎｉＰｒｏｔ Ａｃｃ． Ｎｏ．Ｑ１５１１６、エントリーバージョン＃１５２（最終更新日２０１６年１１月２日、配列バージョン＃３））を意味する。したがって、本発明の文脈における可溶性ＰＤ−１受容体は、以下の配列番号３３に示されるように、下記アミノ酸配列（の一部）を含み得る。
前記したように、前記したポリペプチド配列のアイソフォーム、変異体、及び誘導体（及び特に細胞外ドメイン）を含む可溶性受容体もまた、それらが可溶性であり且つＰＤ−１受容体のリガンド結合能を保持する限り想定される。
したがって、好ましい実施形態では、ＰＤ−１経路阻害剤は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列の一部を含む、又は配列番号３３に示されるアミノ酸配列の一部に対して少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９６％、より好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは少なくとも９８％、最も好ましくは少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む「可溶性ＰＤ−１受容体」である。ＰＤ−１の可溶性形態は、好ましくは、配列番号３３のアミノ酸残基２１〜１７０に対応するアミノ酸残基を含む細胞外ＰＤ−１ドメインを含み、及び／又は、好ましくは、上に示した配列番号３３のアミノ酸残基１７１〜１９１に対応するアミノ酸残基を含むＰＤ−１膜貫通ドメイン及び／又は上に示した配列番号３３のアミノ酸残基１９２〜２８８に対応するアミノ酸残基を含むＰＤ−１細胞質ドメインの全部又は一部を欠いていてもよい。
更に好ましい実施形態においては、ＰＤ−１経路阻害剤は、上に定義した可溶性ＰＤ−１をコードする少なくとも１つのコード配列を含む、核酸、好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡである。
可溶性ＬＡＧ−３受容体
好ましい実施形態においては、ＬＡＧ−３経路阻害剤は、可溶性ＬＡＧ−３（受容体）又はその変異体若しくは誘導体、又はそれをコードする核酸である。
本明細書中で使用される場合、用語「ＬＡＧ−３」又は「ＬＡＧ−３タンパク質」又は「ＬＡＧ−３ポリペプチド」又は「ＬＡＧ−３受容体」は、好ましくは、ＬＡＧ３遺伝子又はその対立遺伝子変異体若しくはオルソログによりコードされる、ヒトの「リンパ球活性化遺伝子３タンパク質」（ＵｎｉＰｒｏｔ Ａｃｃ． Ｎｏ．Ｐ１８６２７、エントリーバージョン＃１５０（最終更新日２０１６年１１月３０日、配列バージョン＃５））を意味する。したがって、本発明の文脈における可溶性ＬＡＧ−３受容体は、以下の配列番号３４に示されるように、下記アミノ酸配列（の一部）を含み得る。
前記したように、前記したポリペプチド配列（特に細胞外ドメイン）の変異体、断片、及び誘導体を含む可溶性受容体もまた、それらが可溶性であり且つＬＡＧ−３受容体のリガンド結合能を保持する限り、本明細書において想定される。
したがって、好ましい実施形態においては、ＬＡＧ−３阻害剤は、配列番号３４に示されるアミノ酸配列の一部を含む、又は配列番号３４又はその一部に対して少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９６％、より好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは少なくとも９８％、最も好ましくは少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む「可溶性ＬＡＧ−３」である。ＬＡＧ−３の可溶性形態は、好ましくは、上に示した配列番号３４のアミノ酸残基２９〜４５０（下線部分）に対応するアミノ酸残基を含む細胞外ＬＡＧ−３ドメインを含み、及び／又は、好ましくは、上に示した配列番号３４のアミノ酸残基４５１〜４７１に対応するアミノ酸残基を含むＬＡＧ−３膜貫通ドメイン及び／又は上に示した配列番号３４のアミノ酸残基４７２〜５２５に対応するアミノ酸残基を含むＬＡＧ−３細胞質ドメインの全部又は一部を欠いていてもよい。
可溶性ＬＡＧ−３受容体誘導体の好ましい例は、ＩＭＰ３２１である。ＩＭＰ２３１は、ヒトＩｇＧ１のＦｃ部分に融合したヒトＬＡＧ−３の細胞外部分からなる可溶性ＬＡＧ−３由来受容体である。ＩＭＰ３２１は、ＡＰＣの表面上のＭＨＣ ＩＩに結合することによって正常なＬＡＧ−３シグナル伝達に拮抗し、強い免疫賦活効果を有することが示されている（Ｂｒｉｇｎｏｎｅ Ｃ ｅｔ ａｌ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００７；１７９（６）：４２０２−１１）。
更に好ましい実施形態では、ＬＡＧ−３阻害剤は、上に定義した可溶性ＬＡＧ−３をコードする少なくとも１つのコード配列を含む、核酸、好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡ、特にｍＲＮＡである。
拮抗性核酸
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤は、拮抗性核酸から互いに独立して選択され、任意に、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、又はアプタマーから選択される。
用語「拮抗性核酸」は、標的に結合することによってアゴニスト媒介生物学的受容体シグナル伝達を阻害又は低減することができる（上に定義されるような）核酸を意味する。この文脈においては、標的は、それぞれの受容体アゴニスト又はそのリガンドをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）であり得る。例えば、拮抗性核酸は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２をコードするＤＮＡ又はＲＮＡ配列（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３をコードするＤＮＡ又はＲＮＡ配列（ＬＡＧ−３阻害剤の場合）に結合し得る。対象となる拮抗性核酸には、アンチセンスＲＮＡ、特にマイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、又はｓｈＲＮＡが含まれる。
「アンチセンスＲＮＡ」又は「ａｓＲＮＡ」は、天然に存在するｍＲＮＡ配列の一部に対して（ｄｓＲＮＡのヌクレオチドの）少なくとも９０％、より好ましくは９５％、特に１００％の配列同一性を示す一本鎖又は二本鎖ＲＮＡ分子である。本発明の文脈において、そのような天然に存在するｍＲＮＡ配列は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）をコードし得る。アンチセンスＲＮＡは、典型的には、コード部分又は非コード部分のいずれかに対して相補性を示すが、場合により、アンチセンスＲＮＡのその標的に結合し、標的とするシグナル伝達経路を損なう能力が損なわれない限り、ゆらぎ塩基（Ｇ：Ｕ）対合、ヌクレオチドバルジ、及び／又はミスマッチが起こってもよい。
「マイクロＲＮＡ」又は「ｍｉＲＮＡ」は、ＡＧＯ−２ ＲＩＳＣ複合体を相補的標的転写物に動員することができ、それによって好ましくは、ｍｉＲＮＡ媒介ＲＮＡｉ経路を誘導することができる小型（〜２０〜２４ヌクレオチド）の非コード二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）である。マイクロＲＮＡは、典型的には、プリマイクロＲＮＡからプレマイクロＲＮＡと呼ばれる短いステムループ構造にプロセシングされ、最後に成熟ｍｉＲＮＡにプロセシングされる。プレマイクロＲＮＡのステムの両方の鎖は、成熟マイクロＲＮＡにプロセシングされてもよい。プロセシング後、ＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）のＡｒｇｏｎａｕｔｅ ２（ＡＧＯ２）に結合した成熟一本鎖マイクロＲＮＡは、通常、細胞質ゾルｍＲＮＡ標的の３’ＵＴＲに結合し、翻訳の低減又は脱アデニル化のいずれか、及びｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。したがって、マイクロＲＮＡの主な機能は、標的ｍＲＮＡの相補配列に結合することによってタンパク質翻訳を（負に）調節することである。用語「マイクロＲＮＡ」は、ｍｉＲＮＡ、成熟一本鎖ｍｉＲＮＡ、前駆体ｍｉＲＮＡ（プレｍｉＲＮＡ）、一次ｍｉＲＮＡ転写物（プリｍｉＲＮＡ）、二本鎖ｍｉＲＮＡ、及びそれらの変異体を含む。マイクロＲＮＡは、標的核酸の３’非翻訳領域内の標的部位に結合することができることが特に想定される。
「低分子干渉ＲＮＡ」又は「ｓｉＲＮＡ」は、ＲＮＡｉを誘発することができる低分子（〜１２〜３５ヌクレオチド）非コードＲＮＡ分子である。ｓｉＲＮＡは、リン酸化された５’末端及びヒドロキシル化された３’末端と、任意に１つ又は２つの一本鎖オーバーハンギングヌクレオチドと相補的塩基対合によって形成されたＲＮＡデュープレックス（二本鎖領域）を含む。デュープレックス部分は、典型的には、１７〜２９ヌクレオチドを含む。ｓｉＲＮＡは、互いにハイブリダイズする２つのＲＮＡ分子から生成されてもよく、或いは自己ハイブリダイズ部分（ｓｈＲＮＡ）を含む単一のＲＮＡ分子から生成されてもよい。ｓｉＲＮＡのデュープレック部分は、デュープレックの一方又は両方の鎖に１以上の不対及び／又はミスマッチヌクレオチドを含む１以上のバルジを含むことができるが、通常は含まない。ｓｉＲＮＡの一方の鎖（アンチセンス鎖と呼ばれる）は、標的転写物（例えば、標的ｍＲＮＡ）とハイブリダイズする部分を含む。アンチセンス鎖は、標的転写物の相補性領域と正確に相補的であり得る（即ち、ｓｉＲＮＡアンチセンス鎖は、１つのミスマッチ、ゆらぎ塩基対形成、又はヌクレオチドバルジなしに標的配列とハイブリダイズし得る）、又は１つ以上のミスマッチ、ゆらぎ（Ｇ：Ｕ）塩基対合、及び／又はｓｉＲＮＡアンチセンス鎖と標的転写物の相補的領域との間にヌクレオチドバルジが存在し得る。
好ましい実施形態によれば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に対するｓｉＲＮＡは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）をコードする天然に存在するｍＲＮＡ配列の一部、コード部分又は非コード部分のいずれか、好ましくはコード部分に相補的である（ｄｓＲＮＡのヌクレオチドの）１７〜２９個、好ましくは１９〜２５個、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、特に１００％の長さを有する二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）である。天然に存在するｍＲＮＡ配列のそのような部分は、本明細書において「標的配列」と称することができ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）をコードする天然に存在するｍＲＮＡの任意の部分であり得る。しかし、本発明にしたがって使用される二本鎖ｓｉＲＮＡの配列は、その一般的構造において標的配列の一部と完全に相補的であることが好ましい。この文脈においては、複合体の核酸分子は、一般的構造５’−（Ｎ１７−２９）−３’、好ましくは一般的構造５’−（Ｎ１９−２５）−３’、より好ましくは一般的構造５’−（Ｎ１９−２４）−３’、又は更により好ましくは一般的構造５’−（Ｎ２１−２３）−３’を有するｄｓＲＮＡであることができ、ここで、各一般的構造について、各Ｎは、好ましくは標的配列の一部の１７〜２９個のヌクレオチドの連続する数から選択され、一般的構造５’−（Ｎ１７−２９）−３’中にそれらの天然の順で存在する、標的配列の一部の（好ましくは異なる）ヌクレオチドである。原則として、標的配列中に存在する１７〜２９、好ましくは１９〜２５の塩基対の長さを有する全ての部分が、本明細書に定義されるｄｓＲＮＡの調製に役立ち得る。同様に、ｓｉＲＮＡとして使用されるｄｓＲＮＡはまた、コード配列、特に標的配列の５’非コード配列に存在しないｍＲＮＡ配列、したがって、例えば、調節機能を有する標的の非コード配列に対するものとすることができる。したがって、ｓｉＲＮＡとして使用されるｄｓＲＮＡの標的配列は、標的配列の翻訳及び非翻訳領域及び／又はｍＲＮＡ配列の制御エレメントの領域に存在し得る。ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＰＤ−Ｌ２（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）に対するｓｉＲＮＡとして使用されるｄｓＲＮＡの標的配列はまた、非翻訳及び翻訳配列の重複領域に存在することができ、特に、標的配列は、ｍＲＮＡ配列のコード配列の開始トリプレットの上流に少なくとも１つのヌクレオチドを含むことができる。
「短鎖ヘアピンＲＮＡ」又は「ｓｈＲＮＡ」は、ＲＮＡｉを媒介するのに十分に長い二本鎖（デュープレックス）構造を形成するようにハイブリダイズされた又はハイブリダイズすることができる少なくとも２つの相補的部分を含む一本鎖ＲＮＡ分子である。これらの相補的部分は、一般に、長さが１７〜２９ヌクレオチド、典型的には、少なくとも１９塩基対の長さである。ｓｈＲＮＡは、更に、デュープレックス部分を形成する相補鎖を接続するループを形成する、典型的には１〜１０ヌクレオチドの長さの少なくとも１つの一本鎖部分を含む。デュープレックス部分は、１以上の不対ヌクレオチドからなる１以上のバルジを含むことができるが、通常は含まない。前記したように、ｓｈＲＮＡは、ＲＮＡｉ機構によってｓｉＲＮＡ（前記参照）にプロセシングされると考えられている。したがって、ｓｈＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ前駆体であり、ｓｉＲＮＡ媒介ＲＮＡｉ経路を介して遺伝子サイレンシングを誘発すると考えられている。
「アプタマー」又は「オリゴヌクレオチドアプタマー」は、それらの標的に対して高い特異性及び親和性を有するＲＮＡ又は一本鎖ＤＮＡオリゴヌクレオチドから構成される低分子核酸リガンドである。これらの短い化学合成オリゴヌクレオチドは、特定の三次元（３Ｄ）構造に折り畳まれる。他の核酸分子プローブとは異なり、アプタマーは構造認識、即ち、抗原−抗体反応のプロセスと同様のプロセスを介してそれらの標的と相互作用し結合する。アプタマーは、ＰＤ−１又はＬＡＧ−３に拮抗するために、ＰＤ−１シグナル伝達経路（ＰＤ−１経路阻害剤の場合）又はＬＡＧ−３シグナル伝達経路（ＬＡＧ−３経路阻害剤の場合）の任意のメンバーを標的とするために使用され得る。本明細書で使用される「アプタマー」という用語は、一価、二価、及び多価のアプタマー、一重、二重、及び多重特異性アプタマー、任意に適切なリンカーを介して薬物に共有結合されたアプタマーを含むアプタマー−薬物コンジュゲート（ＡｐＤＣ）、高分子量ポリマー（例えば、ＰＥＧ）に結合されたアプタマー、アプタマー係留ＤＮＡナノトレイン（ａｐｔＮＴｒｓ）、担体（例えば、コポリマー、リポソーム金属ナノ粒子、又はウイルス様粒子）に結合したアプタマー、アプタマー−Ｆｃコンジュゲート、及びアプタマー−ｓｉＲＮＡ又はアプタマー−ｍｉＲＮＡキメラ（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（２０１４） ３， ｅ１８２参照）を含む。
低分子
更なる好ましい実施形態によれば、本発明の組合せのＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤は、ＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３経路のシグナル伝達を阻害する低分子から互いに独立して選択される。この文脈における特に好ましい例は、ＣＡ−１７０（経口低分子；ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２／ＶＩＳＴＡアンタゴニスト）、ＣＡ−３２７（経口低分子；ＰＤ−Ｌ１／ＴＩＭ３アンタゴニスト）、及びＸＣＥ８５３（合成化合物；ＰＤ−１アンタゴニスト）である。
（医薬）組成物
更なる態様では、本発明は、本発明に係る組合せと少なくとも１つの薬学的に許容される担体とを含む組成物を提供する。本発明に係る組成物は、医薬組成物として又はワクチンとして提供されるのが好ましい。
「ワクチン」は、典型的には、抗原、好ましくは免疫原の少なくとも１つのエピトープを提供する予防的又は治療的材料であると理解される。「少なくとも１つのエピトープを提供する」とは、例えば、ワクチンがエピトープを含むこと、又はワクチンが、例えばエピトープをコードする分子若しくはエピトープを含む分子を含むことを意味する。本発明に係るワクチンは、エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡを含む。前記エピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）は、感染性病原体又は腫瘍若しくは癌細胞に由来し、好ましくは前記感染性病原体又は腫瘍若しくは癌細胞を排除する適応免疫応答を引き起こす。
本明細書に提供される（医薬）組成物又はワクチンは、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、又は更なる成分（例えば、添加剤、補助物質、など）を更に含み得る。
幾つかの好ましい実施形態によれば、本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンは、本発明の組合せを含み、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列が、抗原の少なくとも１つのエピトープ、好ましくはリスト１に定義される腫瘍抗原の少なくとも１つのエピトープ、又は本明細書に定義されるこれらの抗原のいずれか１つの断片若しくは変異体をコードする。したがって、本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンは、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤と共に、本発明の組合せの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡを含むことができ、ＲＮＡは、１つの特定のエピトープ（又は前記エピトープを含む本明細書に定義される抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする。そのような実施形態では、（医薬）組成物又はワクチンは、好ましくは、前記エピトープ（又は前記エピトープを含む本明細書に定義される抗原又はその変異体又は断片）をコードする本明細書に定義される少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡを含む。
或いは、本発明の（医薬）組成物又はワクチンは、少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤及び少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤に加えて、本明細書に定義される少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡを含むことができ、前記少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡは、本明細書に定義される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２個の異なるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする。そのような実施形態においては、（医薬）組成物又はワクチンは、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤と組み合わせて幾つかのクラスのエピトープコードＲＮＡを含むことが好ましく、各エピトープコードＲＮＡ種は、本明細書に定義される異なるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする。
他の実施形態では、（医薬）組成物又はワクチンに含まれるエピトープコードＲＮＡは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２個の異なるエピトープ（又は前記エピトープを含む抗原又はその変異体若しくは断片）をコードする、本明細書に定義されるビシストロン又はマルチシストロン性ＲＮＡである。
これらの実施形態間の混合物、例えば、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ種がモノシストロン性であり得る一方、少なくとも１つの他のエピトープコードＲＮＡ種がビ−又はマルチシストロン性であり得る、１超のエピトープコードＲＮＡ種を含む組成物も想定される。
複合体化
好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、複合体化形態、即ち、１以上の（ポリ）カチオン性化合物、好ましくは（ポリ）カチオンポリマー、（ポリ）カチオン性ペプチド又はタンパク質、例えば、プロタミン、（ポリ）カチオン性多糖類及び／又は（ポリ）カチオン性脂質などと複合体化又は会合されて提供される。この文脈においては、用語「複合体化された」又は「会合された」は、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）と前記化合物の１以上との、共有結合を介さない、より大きな複合体又はアセンブリへの本質的に安定な組合せを意味する。
脂質
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、脂質（特に、カチオン性及び／又は中性脂質）と複合体化又は会合し、１以上のリポソーム、リポプレックス、脂質ナノ粒子、又はナノリポソームを形成する。
したがって、幾つかの実施形態においては、本発明の組合せのエピトープコードＲＮＡ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、脂質ベース製剤の形態、特に、前記エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）を含むリポソーム、リポプレックス、及び／又は脂質ナノ粒子の形態で提供される。１以上のリポソーム、リポプレックス、又は脂質ナノ粒子を形成するために脂質と複合体化又は会合したＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤を提供することも考えられる。
脂質ナノ粒子
幾つかの好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）は、脂質（特にカチオン性及び／又は中性脂質）と複合体化又は会合し、１以上の脂質ナノ粒子を形成する。
好ましくは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）は、（ａ）本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）、（ｂ）カチオン性脂質、（ｃ）凝集低減剤（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）脂質又はＰＥＧ改変脂質）、（ｄ）任意に、非カチオン性脂質（例えば、中性脂質）、及び（ｅ）任意に、ステロールを含む。
幾つかの実施形態では、ＬＮＰは、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）に加えて、（ｉ）少なくとも１つのカチオン性脂質；（ｉｉ）中性脂質；（ｉｉｉ）ステロール、例えば、コレステロール；及び（ｉｖ）約２０〜６０％のカチオン性脂質：５〜２５％の中性脂質：２５〜５５％のステロール；０．５〜１５％ＰＥＧ−脂質のモル比のＰＥＧ脂質を含む。
幾つかの実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義されて任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、アミノアルコールリピドイドに製剤化することができる。本発明にで使用できるアミノアルコールリピドイドは、その全体を参照により本明細書に援用する米国特許第８，４５０，２９８号に記載される方法によって調製することができる。
（ｉ）カチオン性脂質
ＬＮＰは、脂質ナノ粒子を形成するのに適した任意のカチオン性脂質を含み得る。好ましくは、カチオン性脂質は、ほぼ生理学的ｐＨで正味の正電荷を帯びている。
カチオン性脂質は、アミノ脂質であり得る。本明細書で使用される場合、用語「アミノ脂質」は、１つ又は２つの脂肪酸又は脂肪アルキル鎖及び生理学的ｐＨでプロトン化してカチオン性脂質を形成し得るアミノヘッド基（アルキルアミノ又はジアルキルアミノ基を含む）を有する脂質を含むことを意味する。
カチオン性脂質は、例えば、Ｎ，Ｎ−ジオレイル−Ｎ，Ｎ−ジメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＤＡＣ）、Ｎ，Ｎ−ジステアリル−Ｎ，Ｎ−ジメチルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、１，２−ジオレオイルトリメチルアンモニウムプロパンクロリド（ＤＯＴＡＰ）（Ｎ−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル）−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド及び１，２−ジオレイルオキシ−３−トリメチルアミノプロパンクロリド塩としても知られる）、Ｎ−（１−（２，３−）ジオイルオキシ）プロピル）−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）、Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，３−ジオレイルオキシ）プロピルアミン（ＤＯＤＭＡ）、１，２−ジリノレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＤＭＡ）、１，２−ジリノレニルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｅｎＤＭＡ）、１，２−ジ−ｙ−リノレニルオキシ−Ｎ、Ｎ−ジメチルアミノプロパン（γ−ＤＬｅｎＤＭＡ）、１，２−ジリノレイルカルバモイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ−Ｃ−ＤＡＰ）、１，２−ジリノレイルオキシ−３−（ジメチルアミノ）アセトキシプロパン（ＤＬｉｎ−ＤＡＣ）、１，２−ジリノレイオキシ−３−モルホリノプロパン（ＤＬｉｎ−ＭＡ）、１，２−ジリノレオイル−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＤＡＰ）、１，２−ジリノレイルチオ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ−Ｓ−ＤＭＡ）、１−リノレオイル−２−リノレイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ−２−ＤＭＡＰ）、１，２−ジリノレイルオキシ−３−トリメチルアミノプロパンクロリド塩（ＤＬｉｎ−ＴＭＡ．Ｃｌ）、１，２−ジリノレオイル−３−トリメチルアミノプロパンクロリド塩（ＤＬｉｎ−ＴＡＰ．Ｃｌ）、１，２−ジリノレイルオキシ−３−（Ｎ−メチルピペラジノ）プロパン（ＤＬｉｎ−ＭＰＺ）又は３−（Ｎ，Ｎ−ジリノレイルアミノ）−１，２−プロパンジオール（ＤＬｉｎＡＰ）、３−（Ｎ，Ｎ−ジオレイルアミノ）−１，２−プロパンジオ（ＤＯＡＰ）、１，２−ジリノレイルオキソ−３−（２−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノ）エトキシプロパン（ＤＬｉｎ−ＥＧ−ＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノメチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ）又はその類似体、（３ａＲ，５ｓ，６ａＳ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，２−ジ（（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエニル）テトラヒドロ−３ａＨ−シクロペンタ［ｄ］［１，３］ジオキソール−５−アミン、（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）−ヘプタトリアコンタ−６，９，２８，３１−テトラエン−１９−イル４−（ジメチルアミノ）ブタノアート（ＭＣ３）、１，１’−（２−（４−（２−（（２−（ビス（２−ヒドロキシドデシル）アミノ）エチル）（２−ヒドロキシドデシル）アミノ）エチル）ピペラジン−１−イル）エチル−アザンジイル）ジドデカン−２−オール（Ｃ１２〜２００）、２，２−ジリノレイル−４−（２−ジメチルアミノエチル）−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−Ｋ−Ｃ２−ＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノメチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ）、（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）−ヘプタトリアコンタ−６，９，２８，３１−テトラエン−１９−イル４−（ジメチルアミノ）ブタノアート（ＤＬｉｎ−Ｍ−Ｃ３−ＤＭＡ）、３−（（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）−ヘプタトリアコンタ−６，９，２８，３−１−テトラエン−１９−イルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルプロパン−１−アミン（ＭＣ３エーテル）、４−（（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）−ヘプタトリアコンタ−６，９，２８，３１−テトラエン−１９−イルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルブタン−１−アミン（ＭＣ４エーテル）、又はこれらの任意の組合せであることができる。
他のカチオン性脂質としては、Ｎ，Ｎ−ジステアリル−Ｎ、Ｎ−ジメチルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、３Ｐ−（Ｎ−（Ｎ’、Ｎ”−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル）コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）、Ｎ−（１−（２，３−ジオレイルオキシ）プロピル）−Ｎ−２−（スペルミン−カルボキサミド）エチル）−Ｎ，Ｎ−ジメチルアンモニウムトリフルオロアセタート（ＤＯＳＰＡ）、ジオクタデシルアミドグリシルカルボキシスペルミン（ＤＯＧＳ）、１，２−ジレオイル−ｓｎ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、１，２−ジオレオイル−３−ジメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＤＡＰ）、Ｎ−（１，２−ジミリスチルオキシプロパン−３−イル）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−Ｎ−ヒドロキシエチルアンモニウムブロミド（ＤＭＲＩＥ）、及び２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＸＴＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。更に、例えば、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（ＤＯＴＭＡ及びＤＯＰＥなど、ＧＩＢＣＯ／ＢＲＬから入手可能）及びＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（ＤＯＳＰＡ及びＤＯＰＥなど、ＧＩＢＣＯ／ＢＲＬから入手可能）などのカチオン性脂質の市販調製物を使用することができる。
他の適切なカチオン性脂質は、国際公開第０９／０８６５５８号、国際公開第０９／１２７０６０号、国際公開第１０／０４５４３６号、国際公開第１０／０５４４０６号、国際公開第１０／０８８５３７号、国際公開第１０／１２９７０９号、及び国際公開第２０１１／１５３４９３号；米国特許公開第２０１１／０２５６１７５号明細書、米国特許公開第２０１２／０１２８７６０号明細書、及び米国特許公開第２０１２／００２７８０３号明細書；米国特許第８，１５８，６０１号明細書；Ｌｏｖｅ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ，１０７（５），１８６４−６９，２０１０に開示されている。
他の適切なアミノ脂質としては、アルキル置換基が異なるもの（例えば、Ｎ−エチル−Ｎ−メチルアミノ−、及びＮ−プロピル−Ｎ−エチルアミノ−）を含む、代替の脂肪酸基及び他のジアルキルアミノ基を有するものが挙げられる。一般に、飽和度の低いアシル鎖を有するアミノ脂質は、特に、フィルター滅菌の目的で複合体を約０．３ミクロン未満のサイズにしなければならない場合に、より容易にサイズ調整される。Ｃ１４〜Ｃ２２の範囲の炭素鎖長を有する不飽和脂肪酸を含有するアミノ脂質が使用され得る。アミノ基とアミノ脂質の脂肪酸又は脂肪アルキル部分とを分離するために他の足場を使用することもできる。
幾つか実施形態において、アミノ又はカチオン性脂質は、脂質が生理学的ｐＨ（例えばｐＨ７．４）以下のｐＨで正に帯電し、第２のｐＨ、好ましくは生理学的ｐＨ以上で中性になるように少なくとも１つのプロトン化可能又は脱プロトン化可能基を有する。当然のことながら、ｐＨの関数としてのプロトンの付加又は脱離は平衡プロセスであり、帯電脂質又は中性脂質への言及は、主となる種の性質を意味し、全ての脂質が、帯電又は中性の形で存在することを必要としないと理解される。１超のプロトン化可能基又は脱プロトン化可能基を有する、又は双性イオン性である脂質は、本発明での使用から除外されない。
幾つか実施形態において、プロトン化可能脂質は、プロトン化可能基のｐＫａが、約４〜約１１、例えば、約５〜約７の範囲である。
ＬＮＰは、２以上のカチオン性脂質を含み得る。カチオン性脂質は、種々の有利な特性に寄与するように選択することができる。例えば、アミンｐＫａ、化学的安定性、循環中の半減期、組織中の半減期、組織中の正味の蓄積、又は毒性などの性質が異なるカチオン性脂質をＬＮＰに使用することができる。特に、カチオン性脂質は、混合ＬＮＰの特性が個々の脂質の単一ＬＮＰの特性よりも望ましくなるように選択することができる。
幾つか実施形態において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する総脂質の約２０モル％〜約７０若しくは７５モル％、又は約４５〜約６５モル％、又は約２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、又は約７０モル％の割合で存在する。更なる実施形態では、ＬＮＰは、カチオン性脂質を、モル基準で約２５％〜約７５％含み、例えば、（脂質ナノ粒子中の脂質の総モル（１００％）に基づく）モル基準で、約２０〜約７０％、約３５〜約６５％、約４５〜約６５％、約４５〜約６５％、６０％、約５０％、又は約４０％含む。幾つか実施形態では、核酸に対するカチオン性脂質の比は、約３〜約１５、例えば、約５〜約１３又は約７〜約１１である。
他の好適な（カチオン性）脂質は、国際公開第２００９／０８６５５８号、国際公開第２００９／１２７０６０号、国際公開第２０１０／０４８５３６号、国際公開第２０１０／０５４４０６号、国際公開第２０１０／０８８５３７号、国際公開第２０１０／１２９７０９号、国際公開第２０１１／１５３４９３号、米国特許公開第２０１１／０２５６１７５号明細書、米国特許公開第２０１２／０１２８７６０号明細書、米国特許公開第２０１２／００２７８０３号明細書、米国特許第８１５８６０１号明細書、国際公開第２０１６１１８７２４号、国際公開第２０１６１１８７２５号、国際公開第２０１７０７０６１３号、国際公開第２０１７０７０６２０号、国際公開第２０１７０９９８２３号、及び国際公開第２０１７１１２８６５号に開示される。この文脈において、ＬＮＰに好適な（カチオン性）脂質に具体的に関連する国際公開第２００９／０８６５５８号、国際公開第２００９／１２７０６０号、国際公開第２０１０／０４８５３６号、国際公開第２０１０／０５４４０６号、国際公開第２０１０／０８８５３７号、国際公開第２０１０／１２９７０９号、国際公開第２０１１／１５３４９３号、米国特許公開第２０１１／０２５６１７５号明細書、米国特許公開第２０１２／０１２８７６０号明細書、米国特許公開第２０１２／００２７８０３号明細書、米国特許第８１５８６０１号明細書、国際公開第２０１６１１８７２４号、国際公開第２０１６１１８７２５号、国際公開第２０１７０７０６１３号、国際公開第２０１７０７０６２０号、国際公開第２０１７０９９８２３号、及び国際公開第２０１７１１２８６５号の開示内容を、参照により本明細書に援用する。
（ｉｉ）中性及び非カチオン性脂質
非カチオン性脂質は、中性脂質、アニオン性脂質、又は両親媒性脂質であり得る。存在する場合、中性脂質は、生理学的ｐＨで非帯電又は中性双性イオン形態のいずれかで存在する任意の数の脂質種であり得る。そのような脂質には、例えば、ジアシルホスファチジルコリン、ジアシルホスファチジルエタノールアミン、セラミド、スフィンゴミエリン、ジヒドロスフィンゴミエリン、セファリン、及びセレブロシドが含まれる。本明細書に記載の粒子における使用のための中性脂質の選択は、一般に、例えば、ＬＮＰサイズ及び血流中でのＬＮＰの安定性を考慮することによって導かれる。好ましくは、中性脂質は、２つのアシル基を有する脂質（例えば、ジアシルホスファチジルコリン及びジアシルホスファチジルエタノールアミン）である。
幾つか実施形態では、中性脂質は、Ｃ１０〜Ｃ２０の範囲の炭素鎖長を有する飽和脂肪酸を含有する。他の実施形態では、Ｃ１０〜Ｃ２０の範囲の炭素鎖長を有するモノ又はジ不飽和脂肪酸を有する中性脂質が使用される。更に、飽和及び不飽和脂肪酸鎖の混合物を有する中性脂質を使用することができる。
好適な中性脂質としては、限定されるものではないが、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（ＤＰＰＧ）、ジオレオイル−ホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＰＯＰＥ）、ジオレオイル−ホスファチジルエタノールアミン４−（Ｎ−マレイミドメチル）−シクロヘキサン−ｌ−カルボキシラート（ＤＯＰＥ−ｍａｌ）、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＰＰＥ）、ジミリストイルホスホエタノールアミン（ＤＭＰＥ）、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）、ジステアロイル−ホスファチジル−エタノールアミン（ＤＳＰＥ）、ＳＭ、１６−０−モノメチルＰＥ、１６−Ｏ−ジメチルＰＥ、１８−１−トランスＰＥ、ｌ−ステアロイル−２−オレオイル−ホスファチジルエタノールアミン（ＳＯＰＥ）、コレステロール、又はそれらの混合物が挙げられる。ＬＮＰでの使用に適したアニオン性脂質としては、限定されるものではないが、ホスファチジルグリセロール、カルジオリピン、ジアシルホスファチジルセリン、ジアシルホスファチジル酸、Ｎ−ドデカノイルホスファチジルエタノールアミン、Ｎ−スクシニルホスファチジルエタノールアミン、Ｎ−グルタリルホスファチジルエタノールアミン、リシルホスファチジルグリセロール、及び他のアニオン性修飾基が結合した中性脂質が挙げられる。
両親媒性脂質は、脂質材料の疎水性部分が疎水性相に向き、親水性部分が水相に向く任意の適切な材料を意味する。そのような化合物としては、限定されるものではないが、リン脂質、アミノ脂質、及びスフィンゴ脂質が挙げられる。代表的なリン脂質としては、スフィンゴミエリン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジン酸、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン、リゾホスファチジルコリン、リゾホスファチジルホスファチジルエタノールアミン、ジパルミトイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリン、ジステアロイルホスファチジルコリン、又はジリノレオイルホスファチジルコリンが挙げられる。スフィンゴ脂質、グリコスフィンゴ脂質ファミリー、ジアシルグリセロール、及びベータ−アシルオキシ酸などの他のリン欠乏化合物も使用することができる。
幾つか実施形態では、非カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する総脂質の約５モル％〜約９０モル％、約５モル％〜約１０モル％、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、又は約９０モル％の割合で存在する。
幾つか実施形態では、ＬＮＰは、中性脂質をモル基準で、約０％〜約１５又は４５％、例えば、約３〜約１２％又は約５〜約１０％含む。例えば、ＬＮＰは、（ＬＮＰ中の脂質の総モル（１００％）に基づく）モル基準で、約１５％、約１０％、約７．５％、又は約７．１％の中性脂質を含み得る。
（ｉｉｉ）ステロール
ステロールは、好ましくはコレステロールである。
ステロールは、ＬＮＰの約１０モル％〜約６０モル％又は約２５モル％〜約４０モル％の割合で存在することができる。幾つか実施形態では、ステロールは、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、又は約６０モル％の割合で存在する。他の実施形態においては、ＬＮＰは、ステロールをモル基準で、約５％〜約５０％、例えば、（ＬＮＰ中の脂質の総モル（１００％）に基づく）モル基準で、約１５％〜約４５％、約２０％〜約４０％、約４８％、約４０％、約３８．５％、約３５％、約３４．４％、約３１．５％、又は約３１％を含む。
（ｉｖ）凝集低減剤
凝集低減剤は、凝集を低減することができる脂質であることができる。
そのような脂質の例としては、限定されるものではないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）修飾脂質、モノシアロガングリオシドＧｍｌ、及びポリアミドオリゴマー（ＰＡＯ）、例えば、その全体を参照により本明細書に援用する米国特許第６，３２０，０１７号に記載されているものなどが挙げられる。ＰＥＧ、Ｇｍｌ、又はＡＴＴＡのような、処方中の凝集を防ぐ、帯電していない親水性の立体障壁部分を有する他の化合物も脂質に結合することができる。ＡＴＴＡ−脂質は、例えば、米国特許第６，３２０，０１７号に記載されており、ＰＥＧ−脂質コンジュゲートは、例えば、米国特許第５，８２０，８７３号、第５，５３４，４９９号、及び第５，８８５，６１３号に記載されている（これらのそれぞれの全体を参照により本明細書に援用する）。
凝集低減剤は、例えば、限定するものではないが、ＰＥＧ−ジアシルグリセロール（ＤＡＧ）、ＰＥＧ−ジアルキルグリセロール、ＰＥＧ−ジアルキルオキシプロピル（ＤＡＡ）、ＰＥＧ−リン脂質、ＰＥＧ−セラミド（Ｃｅｒ）、又はそれらの混合物（ＰＥＧ−Ｃｅｒ１４又はＰＥＧ−Ｃｅｒ２０など）を含むポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質から選択することができる。ＰＥＧ−ＤＡＡコンジュゲートは、例えば、ＰＥＧ−ジラウリルオキシプロピル（Ｃ１２）、ＰＥＧ−ジミリスチルオキシプロピル（Ｃ１４）、ＰＥＧ−ジパルミチルオキシプロピル（Ｃ１６）、又はＰＥＧ−ジステアリルオキシプロピル（Ｃ１８）であり得る。他のペグ化脂質としては、限定するものではないが、ポリエチレングリコール−ジミリストイルグリセロール（Ｃ１４−ＰＥＧ又はＰＥＧ−Ｃ１４、ここで、ＰＥＧは２０００Ｄａの平均分子量を有する）（ＰＥＧ−ＤＭＧ）；（Ｒ）−２，３−ビス（オクタデシルオキシ）プロピル−１−（メトキシポリ（エチレングリコール）２０００）プロピルカルバマート）（ＰＥＧ−ＤＳＧ）；ＰＥＧ−カルバモイル−１，２−ジミリスチルオキシプロピルアミン、ここで、ＰＥＧは２０００Ｄａの平均分子量を有する（ＰＥＧ−ｃＤＭＡ）；Ｎ−アセチルガラクトサミン−（（Ｒ）−２，３−ビス（オクタデシルオキシ）プロピル−１−（メトキシポリ（エチレングリコール）２０００）プロピルカルバマート））（ＧａｌＮＡｃ−ＰＥＧ−ＤＳＧ）；ｍＰＥＧ（ｍｗ２０００）−ジアステアロイルホスファチジル−エタノールアミン（ＰＥＧ−ＤＳＰＥ）；及びポリエチレングリコール−ジパルミトイルグリセロール（ＰＥＧ−ＤＰＧ）が挙げられる。
幾つか実施形態では、凝集低減剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧである。他の実施形態では、凝集低減剤は、ＰＥＧ−ｃ−ＤＭＡである。
この文脈において好適なＰＥＧ脂質の更なる例は、米国特許公開第２０１５０３７６１１５号明細書及び国際公開第２０１５１９９９５２号に示されており、これらのそれぞれの全体を参照により援用する。
ＬＮＰ組成
ＬＮＰの組成は、特に、カチオン性脂質成分の選択、カチオン性脂質飽和度、ＰＥＧ化の性質、全成分の比率、及びそのサイズなどの生物物理学的パラメータによって影響され得る。Ｓｅｍｐｌｅらによる１例では（Ｓｅｍｐｌｅ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２０１０ ２８： １７２−１７６；その全体を参照により本明細書に援用する）、ＬＮＰ組成物は、５７．１％のカチオン性脂質、７．１％のジパルミトイルホスファチジルコリン、３４．３％のコレステロール、及び１．４％のＰＥＧ−ｃ−から構成された（Ｂａｓｈａ ｅｔ ａｌ． Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ． ２０１１ １９：２１８６−２２００；その全体を参照により本明細書に援用する）。
幾つか実施形態では、ＬＮＰは、約３５〜約４５％のカチオン性脂質、約４０％〜約５０％のカチオン性脂質、約５０％〜約６０％のカチオン性脂質、及び／又は約５５％〜約６５％のカチオン性脂質を含み得る。幾つか実施形態では、脂質の（エピトープをコードする）ＲＮＡ（又は核酸）に対する比は、約５：１〜約２０：１、約１０：１〜約２５：１、約１５：１〜約３０：１、及び／又は少なくとも３０：１であることができる。
ＰＥＧ修飾脂質中のＰＥＧ部分の平均分子量は、約５００〜約８，０００ダルトン（例えば、約１，０００〜約４，０００ダルトン）の範囲であり得る。好ましい一実施形態では、ＰＥＧ部分の平均分子量は、約２，０００ダルトンである。
凝集低減剤の濃度は、ＬＮＰ中の脂質の総モル１００％当たり、約０．１〜約１５モル％の範囲であり得る。幾つか実施形態においては、ＬＮＰは、ＬＮＰ中の脂質の総モルに基づいて、約３、２、又は１モルパーセント未満のＰＥＧ又はＰＥＧ修飾脂質を含む。更なる実施形態では、ＬＮＰは、ＰＥＧ修飾脂質をモル基準で、約０．１％〜約２０％、例えば、（ＬＮＰ中の脂質の総モル（１００％）に基づく）モル基準で、約０．５〜約１０％、約０．５〜約５％、約１０％、約５％、約３．５％、約１．５％、約０．５％、又は約０．３％含む。
（脂質ナノ粒子中の脂質の総モルに基づく）モル基準で、カチオン性脂質、非カチオン性（又は中性）脂質、ステロール（例えば、コレステロール）、及び凝集低減剤（例えば、ＰＥＧ修飾脂質）を各種モル比で有する各種ＬＮＰを以下の表２に示す。

幾つか実施形態において、ＬＮＰは、以下に更に詳細に記載されるように、リポソーム又はリポプレックスとして生じる。
ＬＮＰサイズ
幾つか実施形態では、ＬＮＰは、約５０ｎｍ〜約３００ｎｍのメジアン径サイズを有し、例えば、約５０ｎｍ〜約２５０ｎｍ、例えば、約５０ｎｍ〜約２００ｎｍのメジアン径サイズを有する。
幾つか実施形態では、より小さなＬＮＰを使用することができる。そのような粒子は、０．１ｕｍ未満で１００ｎｍまでの直径を有することができ、例えば、限定するものではないが、未満０．１ｕｍ、１．０ｕｍ未満、未満、５ｕｍ未満、１０ｕｍ未満、１５ｕｍ未満、２０ｕｍ未満、２５ｕｍ未満、３０ｕｍ未満、３５ｕｍ未満、４０ｕｍ未満、５０ｕｍ未満、５５ｕｍ未満、未満、６０ｕｍ未満、６５ｕｍ未満、７０ｕｍ未満、７５ｕｍ未満、８０ｕｍ未満、８５ｕｍ未満、９０ｕｍ未満、９５ｕｍ未満、１００ｕｍ未満、１２５ｕｍ未満、１５０ｕｍ未満、１７５ｕｍ未満、２００ｕｍ未満、２２５ｕｍ未満、２５０ｕｍ未満、２７５ｕｍ未満、３００ｕｍ未満、３２５ｕｍ未満、３５０ｕｍ未満、３７５ｕｍ未満、４００ｕｍ未満、４２５ｕｍ未満、４５０ｕｍ未満、４７５ｕｍ未満、５００ｕｍ未満、５２５ｕｍ未満、５５０ｕｍ未満、５７５ｕｍ未満、６００ｕｍ未満、６２５ｕｍ未満、６５０ｕｍ未満、６７５ｕｍ未満、７００ｕｍ未満、７２５ｕｍ未満、７５０ｕｍ未満、７７５ｕｍ未満、８００ｕｍ未満、８２５ｕｍ未満、８５０ｕｍ未満、８７５ｕｍ未満、９００ｕｍ未満、９２５ｕｍ未満、９５０ｕｍ未満、９７５ｕｍ未満である。別の実施形態においては、より小さいＬＮＰを用いて核酸を送達することができ、このＬＮＰは、約１ｎｍ〜約１００ｎｍ、約１ｎｍ〜約１０ｎｍ、約１ｎｍ〜約２０ｎｍ、約１ｎｍ〜約３０ｎｍ、約１ｎｍ〜約４０ｎｍ、約１ｎｍ〜約５０ｎｍ、約１ｎｍ〜約６０ｎｍ、約１ｎｍ〜約７０ｎｍ、約１ｎｍ〜約８０ｎｍ、約１ｎｍ〜約９０ｎｍ、約５ｎｍ〜約１００ｎｍ、約５ｎｍ〜約１０ｎｍ、約５ｎｍ〜約２０ｎｍ、約５ｎｍ〜約３０ｎｍ、約５ｎｍ〜約４０ｎｍ、約５ｎｍ〜約５０ｎｍ、約５ｎｍ〜約６０ｎｍ、約５ｎｍ〜約７０ｎｍ、約５ｎｍ〜約８０ｎｍ、約５ｎｍ〜約９０ｎｍ、約１０〜約５０ｎＭ、約２０〜約５０ｎｍ、約３０〜約５０ｎｍ、約４０〜約５０ｎｍ、約２０〜約６０ｎｍ、約３０〜約６０ｎｍ、約４０〜約６０ｎｍ、約２０〜約７０ｎｍ、約３０〜約７０ｎｍ、約４０〜約７０ｎｍ、約５０〜約７０ｎｍ、約６０〜約７０ｎｍ、約２０〜約８０ｎｍ、約３０〜約８０ｎｍ、約４０〜約８０ｎｍ、約５０〜約８０ｎｍ、約６０〜約８０ｎｍ、約２０〜約９０ｎｍ、約３０〜約９０ｎｍ、約４０〜約９０ｎｍ、約５０〜約９０ｎｍ、約６０〜約９０ｎｍ、及び／又は約７０〜約９０ｎｍの直径を有することができる。
幾つか実施形態では、ＬＮＰは、１００ｎｍ超、１５０ｎｍ超、２００ｎｍ超、２５０ｎｍ超、３００ｎｍ超、３５０ｎｍ超、４００ｎｍ超、４５０ｎｍ超、５００ｎｍ超、５５０ｎｍ超、６００ｎｍ超、６５０ｎｍ超、７００ｎｍ超、７５０ｎｍ超、８００ｎｍ超、８５０ｎｍ超、９００ｎｍ超、９５０ｎｍ超、又は１０００ｎｍ超の直径を有することができる。
他の実施形態では、ＬＮＰは、シングルモード粒度分布を有する（即ち、それらは二峰性又は多峰性ではない）。
他の成分
ＬＮＰは、上記のものに加えて、１以上の脂質及び／又は他の成分を更に含み得る。
脂質の酸化を防止するため、又はリガンドをリポソーム表面に付着させるためなどの様々な目的のために、他の脂質をリポソーム組成物に含有させることができる。両親媒性、中性、カチオン性、及びアニオン性脂質を含む、任意の多数の脂質がＬＮＰ中に存在し得る。そのような脂質は、単独で又は組み合わせて使用することができる。
ＬＮＰ中に存在し得る更なる成分としては、ポリアミドオリゴマー（例えば、その全体を参照により本明細書に援用する米国特許第６，３２０，０１７号を参照）、ペプチド、タンパク質、及び洗剤などの二層安定化成分が挙げられる。
リポソーム
幾つか実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、リポソームとして製剤化される。
カチオン性脂質ベースのリポソームは、静電的相互作用を介して負に帯電した核酸（例えば、ＲＮＡ）と複合化を形成することができ、生体適合性、低毒性、及びインビボ臨床用途に必要な大規模生産の可能性を提供する複合体をもたらす。リポソームは取り込みのために原形質膜と融合することができる。一旦細胞内に入ると、リポソームはエンドサイトーシス経路を介してプロセシングされ、次いで核酸は、エンドソーム／担体から細胞質内に放出される。リポソームは基本的に生体膜の類似体であり、天然及び合成リン脂質の両方から調製できることから、リポソームはその優れた生体適合性のために薬物送達媒体として長年認識されている（Ｉｎｔ Ｊ Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ． ２０１４；９： １８３３−１８４３）。
リポソームは、典型的には、カチオン性、アニオン性、又は中性（ホスホ）脂質と、水性コアを取り囲むコレステロールとから構成することができる脂質二重層からなる。脂質二重層及び水性空間の両方は、それぞれ疎水性又は親水性化合物を組み込むことができる。リポソームは１つ以上の脂質膜を有し得る。リポソームは、ユニラメラと呼ばれる単層、又はマルチラメラと呼ばれる多層であることができる。
インビボでのリポソームの特徴及び挙動は、親水性ポリマーコーティング（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ））をリポソーム表面に加えて、立体安定化を付与することによって改変することができる。更に、リポソームは、リガンド（例えば、抗体、ペプチド、及び炭水化物）をその表面又は結合したＰＥＧ鎖の末端に結合させることによって、特異的標的化に使用することができる（Ｆｒｏｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． ２０１５ Ｄｅｃ １；６：２８６）。
リポソームは、典型的には、球状小胞として存在し、２０ｎｍから数ミクロンのサイズの範囲であり得る。
リポソームは、直径が数百ナノメートルであることがあり、狭い水性区画によって分離された一連の同心二重層を含むことがあるマルチラメラ小胞（ＭＬＶ）、直径が５０ｎｍよりも小さいことがある小さい単細胞小胞（ＳＵＶ）、及び直径が５０〜５００ｎｍであることがある大きいユニラメラ小胞（ＬＵＶ）などの異なるサイズのものであり得るが、これらに限定されない。リポソーム設計は、リポソームの不健康な組織への結合を改善するため、又は限定されるものではないが、エンドサイトーシスなどの事象を活性化するために、オプソニン又はリガンドを含み得るが、これらに限定されない。リポソームは、医薬製剤の送達を改善するために低い又は高いｐＨを有し得る。
非限定的な例として、合成膜小胞などのリポソームは、米国特許公開第２０１３０１７７６３８号明細書、米国特許公開第２０１３０１７７６３７号明細書、米国特許公開第２０１３０１７７６３６号明細書、米国特許公開第２０１３０１７７６３５号明細書、米国特許公開第２０１３０１７７６３４号明細書、米国特許公開第２０１３０１７７６３３号明細書、米国特許公開第２０１３０１８３３７５号明細書、米国特許公開第２０１３０１８３３７３号明細書、及び米国特許公開第２０１３０１８３３７２号明細書（これらのそれぞれの内容の全体を参照により本明細書に援用する）に記載された方法、装置、及びデバイスによって製造することができる。本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡは、リポソームによってカプセル化されてもよく、及び／又は水性コアに含有された後、リポソームによってカプセル化されてもよい（国際公開第２０１２０３１０４６号、国際公開第２０１２０３１０４３号、国際公開第２０１２０３０９０１号、及び国際公開第２０１２００６３７８号、及び米国特許公開第２０１３０１８９３５１号明細書、米国特許公開第２０１３０１９５９６９号明細書、及び米国特許公開第２０１３０２０２６８４号明細書（これらのそれぞれの内容の全体を参照により本明細書に援用する）を参照）。
幾つか実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、限定するものではないが、ＤｉＬａ２リポソーム（Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、ボセル、ＷＡ）、ＳＭＡＲＴＩＣＬＥＳ（登録商標）（Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、ボセル、ＷＡ）、中性ＤＯＰＣ（ｌ，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン）ベースのリポソーム（例えば、卵巣癌に対するｓｉＲＮＡ送達（Ｌａｎｄｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ＆ Ｔｈｅｒａｐｙ ２００６ ５（１２）１７０８−１７１３）；全体を参照により本明細書に援用する）ヒアルロナン被覆リポソーム（Ｑｕｉｅｔ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、イスラエル）などのリポソームに製剤化することができる。
リポプレックス
幾つか実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、リポプレックス、即ち、核酸（例えば、エピトープコード）ＲＮＡ又はＤＮＡ）の層の間に挟まれたカチオン性脂質二重層として製剤化される。
ＤＯＴＡＰ、（１，２−ジオレオイル−３−トリメチルアンモニウム−プロパン）及びＤＯＴＭＡ（Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチル−アンモニウムメチルサルファート）などのカチオン性脂質は、負に帯電した核酸と複合体又はリポプレックスを形成し、静電気的相互作用によってナノ粒子を形成し、高いインビトロトランスフェクション効率を提供することができる。
ナノリポソーム
幾つか実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）ベースのナノリポソームなどの中性脂質ベースのナノリポソームとして製剤化される（Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ． ２０１４ Ｆｅｂ；６６： １１０−１１６．）。
エマルジョン
幾つか実施形態では、本発明の（医薬）組成物又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、エマルジョンとして製剤化される。別の実施形態では、前記エピトープコードＲＮＡ（及び任意に阻害剤）は、カチオン性水中油型エマルジョンに製剤化され、エマルジョン粒子は、オイルコアとカチオン性脂質を含み、カチオン性脂質は、核酸と相互作用し、該分子をエマルジョン粒子に固定することができる（国際公開第２０１２００６３８０号を参照；その全体を参照により本明細書に援用する）。幾つか実施形態では、前記ＲＮＡは、親水性相が分散している連続疎水性相を含む油中水型エマルジョンに製剤化される。非限定的な例として、エマルジョンは、国際公開第２０１０８７７９１号に記載される方法によって製造することができ、その内容の全体を参照により本明細書に援用する。
（ポリ）カチオン化合物及び担体
好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、カチオン性又はポリカチオン性化合物（「（ポリ）カチオン性化合物」）及び／又はポリマー担体と複合体化又は会合する。
「（ポリ）カチオン性化合物」という用語は、典型的には、１〜９のｐＨ値、好ましくは９以下（例えば、５〜９）、８以下（例えば、５〜８）、７以下（例えば、５〜７）のｐＨ値、最も好ましくは生理学的ｐＨ（例えば、７．３〜７．４）で正に帯電する（カチオン）帯電分子を通常意味する。
したがって、「（ポリ）カチオン性化合物」は、生理学的条件下、特にインビボでの生理学的条件下で正に帯電する任意の正電荷を帯びた化合物又はポリマー、好ましくはカチオン性ペプチド又はタンパク質であり得る。「（ポリ）カチオン性ペプチド又はタンパク質」は、少なくとも１つの正電荷を帯びたアミノ酸、又は１超の正電荷を帯びたアミノ酸（例えば、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、又はＯｒｎから選択される）を含有することができる。
（ポリ）カチオン性アミノ酸、ペプチド、及びタンパク質
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡの複合体化又は会合のための特に好ましい剤である（ポリ）カチオン性化合物としては、プロタミン、ヌクレオリン、スペルミン、又はスペルミジン、又は他のカチオン性ペプチド又はタンパク質、例えば、ポリ−Ｌ−リジン（ＰＬＬ）、ポリアルギニン、塩基性ポリペプチド、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）（ＨＩＶ結合ペプチドを含む）、ＨＩＶ−１ Ｔａｔ（ＨＩＶ）、Ｔａｔ由来ペプチド、ペネトラチン、ＶＰ２２由来又は類似体ペプチド、ＨＳＶ ＶＰ２２（単純ヘルペス）、ＭＡＰ、ＫＡＬＡ、又はタンパク質導入ドメイン（ＰＴＤ）、ＰｐＴ６２０、プロリンリッチペプチド、アルギニンリッチペプチド、リジンリッチペプチド、ＭＰＧ−ペプチド、Ｐｅｐ−１、Ｌ−オリゴマー、カルシトニンペプチド、アンテナペディア由来ペプチド（特に、ショウジョウバエアンテナペディア）、ｐＡｎｔｐ、ｐＩｓｌ、ＦＧＦ、ラクトフェリン、トランスポータン、ブフォリン−２、Ｂａｃ７１５−２４、ＳｙｎＢ、ＳｙｎＢ（１）、ｐＶＥＣ、ｈＣＴ由来ペプチド、ＳＡＰ、又はヒストンが挙げられる。
より好ましくは、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、１以上のポリカチオン、好ましくはプロタミン又はオリゴフェクタミン（後述）、最も好ましくはプロタミンと共に複合体化される。この文脈においては、プロタミンが特に好ましい。
更に、好ましい（ポリ）カチオン性タンパク質又はペプチドは、以下の合計式（ＩＩＩ）を有する以下のタンパク質又はペプチドから選択することができる。
（Ａｒｇ）ｌ；（Ｌｙｓ）ｍ；（Ｈｉｓ）ｎ；（Ｏｒｎ）ｏ；（Ｘａａ）ｘ
式（ＩＩＩ）
式中、ｌ＋ｍ＋ｎ＋ｏ＋ｘ＝８〜１５であり、ｌ、ｍ、ｎ又はｏは、互いに独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５から選択される任意の数であるが、但し、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ及びＯｒｎの全体含量がオリゴペプチドの全アミノ酸の少なくとも５０％を表し；Ｘａａは、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ又はＯｒｎを除くネイティブの（＝天然）又は非ネイティブのアミノ酸から選択される任意のアミノ酸であってよく；ｘは、０、１、２、３又は４から選択される任意の数であってよいが、但し、Ｘａａの全体含量がオリゴペプチドの全アミノ酸の５０％を超えない）を有する以下のタンパク質又はペプチドから選択してよい。この状況において特に好ましいカチオン性ペプチドは、例えば、Ａｒｇ７、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、Ｈ３Ｒ９、Ｒ９Ｈ３、Ｈ３Ｒ９Ｈ３、ＹＳＳＲ９ＳＳＹ、（ＲＫＨ）４、及びＹ（ＲＫＨ）２Ｒなどである。この文脈において、国際公開第２００９／０３０４８１号の開示を参照により本明細書に援用する。
（ポリ）カチオン性多糖類
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の複合体化又は会合のための更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物としては、カチオン性多糖類、例えば、キトサン、ポリブレン、カチオン性ポリマー、例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）などが挙げられる。
（ポリ）カチオン性脂質
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）の複合体化又は会合のための更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物としては、例えば、ＤＯＴＭＡ：［１−（２，３−シオレイルオキシ）プロピル）］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド、ＤＭＲＩＥ、ジ−Ｃ１４−アミジン、ＤＯＴＩＭ、ＳＡＩＮＴ、ＤＣ−Ｃｈｏｌ、ＢＧＴＣ、ＣＴＡＰ、ＤＯＰＣ、ＤＯＤＡＰ、ＤＯＰＥ：ジオレイルホスファチジルエタノール−アミン、ＤＯＳＰＡ、ＤＯＤＡＢ、ＤＯＩＣ、ＤＭＥＰＣ、ＤＯＧＳ：ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン、ＤＩＭＲＩ：ジミリスト−オキシプロピルジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド、ＤＯＴＡＰ：ジオレオイルオキシ−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン、ＤＣ−６−１４：Ｏ，Ｏ−ジテトラデカノイル−Ｎ−（アルファ−トリメチルアンモニオアセチル）ジエタノールアミンクロリド、ＣＬＩＰ１：ｒａｃ−［（２，３）−ジオクタデシルオキシプロピル）（２−ヒドロキシエチル）］−ジメチルアンモニウムクロリド、ＣＬＩＰ６：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピル−オキシメチルオキシ）エチル］トリメチルアンモニウム、ＣＬＩＰ９：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピル−オキシスクシニルオキシ）エチル］−トリメチルアンモニウム、又はオリゴフェクタミンなどのカチオン性脂質が挙げられる。
（ポリ）カチオン性ポリマー
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡの複合体化又は会合のための更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物としては、（ポリ）カチオン性ポリマー、例えば、変性ポリアミノ酸（例えば、ベータ−アミノ酸−ポリマー又は逆ポリアミドなど）、変性ポリエチレン（例えば、ＰＶＰ（ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド））など、変性アクリラート（例えば、ｐＤＭＡＥＭＡ（ポリ（ジメチルアミノエチルメチルアクリラート））など、変性アミドアミン（例えば、ｐＡＭＡＭ（ポリ（アミドアミン））など、変性ポリベータアミノエステル（ＰＢＡＥ）（例えば、ジアミン末端変性１，４−ブタンジオールジアクリラート−ｃｏ−５−アミノ−１−ペンタノールポリマーなど、デンドリマー（例えば、ポリプロピレンアミンデンドリマー又はｐＡＭＡＭベースデンドリマーなど）、ポリイミン（例えば、ＰＥＩ：ポリ（エチレンイミン）、ポリ（プロピレンイミン））など、ポリアリルアミン、糖骨格ベースポリマー（例えば、シクロデキストリン系ポリマー、デキストラン系ポリマー、キトサンなど）、シラン骨格系ポリマー（例えば、ＰＭＯＸＡ−ＰＤＭＳコポリマー）など、１以上のカチオン性ブロック（例えば、前記したカチオン性ポリマーから選択される）と１以上の親水性又は疎水性ブロック（例えば、ポリエチレングリコール）との組合せからなるブロックポリマー、などが挙げられる。
ポリマー担体
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）は、ポリマー担体と複合体化又は会合する。
本発明にしたがって使用される「ポリマー担体」は、ジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体であり得る。ジスルフィド架橋カチオン性成分は、互いに同一でも異なっていてもよい。ポリマー担体はまた、更なる成分を含み得る。
本発明にしたがって使用されるポリマー担体は、カチオン性ペプチド、タンパク質又はポリマーと、任意に、本明細書に記載されるジスルフィド結合によって架橋される本明細書に定義される更なる成分との混合物を含むことも特に好ましい。この文脈においては、国際公開第２０１２／０１３３２６号の開示を参照により本明細書に援用する。
この文脈においては、ジスルフィド架橋によってポリマー担体の基礎を形成するカチオン性成分は、通常、この目的に適した任意の適切な（ポリ）カチオン性ペプチド、タンパク質、又はポリマー、特に、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）と複合体化でき、それによって好ましくは縮合できる任意の（ポリ）カチオン性ペプチド、タンパク質、又はポリマーから選択される。（ポリ）カチオン性ペプチド、タンパク質、又はポリマーは、好ましくは線状分子であるが、分枝状（ポリ）カチオン性ペプチド、タンパク質、又はポリマーもまた使用され得る。
（医薬）組成物又はワクチンのエピトープコードＲＮＡ（又は任意の他の核酸、特にＲＮＡ）を複合体化するために使用され得るポリマー担体のジスルフィド架橋（ポリ）カチオン性タンパク質、ペプチド、又はポリマーはいずれも、少なくとも１つの−ＳＨ部分、最も好ましくは少なくとも１つのシステイン残基、又は、本明細書に記載されるポリマー担体のカチオン成分として少なくとも１つの更なる（ポリ）カチオン性タンパク質、ペプチド、又はポリマーとの縮合時にジスルフィド結合を形成することができる−ＳＨ部分を示す任意の更なる化学基を含む。
上に定義したように、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡを複合体化するために使用できるポリマー担体は、ジスルフィド架橋カチオン性（又はポリカチオン性）成分によって形成され得る。好ましくは、少なくとも１つの−ＳＨ部分を含む又は含むように更に修飾されている、ポリマー担体のそのような（ポリ）カチオン性ペプチド又はタンパク質又はポリマーは、本明細書に定義されるタンパク質、ペプチド、及びポリマーから選択される。
幾つか実施形態では、ポリマー担体は、一般式（ＩＶ）に係るポリマー担体分子から選択することができる。
Ｌ−Ｐ１−Ｓ−［Ｓ−Ｐ２−Ｓ］ｎ−Ｓ−Ｐ３−Ｌ
式（ＩＶ）
式中
Ｐ１及びＰ３は、互いに異なるか又は同一であり、直鎖状又は分枝状の親水性ポリマー鎖を表し、各々のＰ１及びＰ３は、成分Ｐ２との縮合により、或いは、（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ又は［（ＡＡ）ｘ］ｚ（そのような成分がＰ１及びＰ２又はＰ３及びＰ２の間のリンカーとして使用される場合）、及び／又は更なる成分（例えば、（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、［（ＡＡ）ｘ］ｚ又はＬ）との縮合によりジスルフィド結合を形成可能な、少なくとも１つの−ＳＨ部分を提示し、前記直鎖状又は分枝状の親水性ポリマー鎖は、互いに独立して、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリ−Ｎ−（２−ヒドロキシプロピル）メタクリルアミド、ポリ−２−（メタクリロイルオキシ）エチルホスホリルコリン、ポリ（ヒドロキシアルキルＬ−アスパラギン）、ポリ（２−（メタクリロイルオキシ）エチルホスホリルコリン）、ヒドロキシエチルデンプン、又はポリ（ヒドロキシアルキルＬ−グルタミン）から選択され、ここで、前記親水性ポリマー鎖は、約１ｋＤａ〜約１００ｋＤａ、好ましくは約２ｋＤａ〜約２５ｋＤａ、より好ましくは約２ｋＤａ〜約１０ｋＤａ、例えば約５ｋＤａ〜約２５ｋＤａ又は５ｋＤａ〜約１０ｋＤａの分子量を示し、
Ｐ２は、例えば、ジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体について上で定義される、好ましくは約３〜１００アミノ酸長を有し、より好ましくは約３〜約５０アミノ酸長を有し、更により好ましくは約３〜約２５アミノ酸長、例えば約３〜１０アミノ酸長、５〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長又は１５〜２５アミノ酸長、より好ましくは約５〜２０アミノ酸長、及び更により好ましくは約１０〜約２０アミノ酸長を有する（ポリ）カチオン性のペプチド又はタンパク質である、又は、
Ｐ２は、例えば、ジスルフィド架橋カチオン性成分によって形成されるポリマー担体について上で定義される、典型的には、約１ｋＤａ〜約２０ｋＤａ、更に好ましくは約１．５ｋＤａ〜約１０ｋＤａの分子量を含む約０．５ｋＤａ〜約３０ｋＤａの分子量を有する、又は、約１０ｋＤａ〜約５０ｋＤａ、更に好ましくは約１０ｋＤａ〜約３０ｋＤａの分子量を含む約０．５ｋＤａ〜約１００ｋＤａの分子量を有する（ポリ）カチオン性のペプチド又はタンパク質であり、
各Ｐ２は、更なる成分Ｐ２、又は成分Ｐ１及び／又は成分Ｐ３と、或いは代替的に更なる成分（例えば、（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、又は［（ＡＡ）ｘ］ｚ）との縮合によりジスルフィド結合を形成可能な少なくとも２つの−ＳＨ部分を提示し、
−Ｓ−Ｓ−は、（可逆の）ジスルフィド結合（読み易くするために括弧は省略されている）であり、ここで、Ｓは、好ましくは、硫黄、又は（可逆の）ジスルフィド結合を形成した−ＳＨ担持部分を表す。前記（可逆の）ジスルフィド結合は、好ましくは、成分Ｐ１及びＰ２、Ｐ２及びＰ２、又はＰ２及びＰ３、或いは任意に本明細書で定義する更なる成分（例えば、Ｌ、（ＡＡ）、（ＡＡ）ｘ、［（ＡＡ）ｘ］ｚなど）のいずれかの−ＳＨ部分の縮合により形成され、前記−ＳＨ部分は、これらの成分の構造の一部であるか、又は以下で定義する修飾によって付加されてもよく、
Ｌは、存在してもしなくてもよい任意のリガンドであり、互いに独立して、ＲＧＤ、トランスフェリン、葉酸、シグナルペプチド又はシグナル配列、局在化シグナル又は局在化配列、核酸局在化シグナル又は核酸局在化配列（ＮＬＳ）、抗体、細胞透過性ペプチド（例えば、ＴＡＴ、又はＫＡＬＡ）、受容体のリガンド（例えば、サイトカイン、ホルモン、成長因子など）、低分子（例えば、マンノース、ガラクトース、又は合成リガンドなどの炭水化物）、低分子アゴニスト、受容体の阻害剤又はアンタゴニスト（例えば、ＲＧＤペプチド模倣薬類似体）、又は本明細書に定義する任意の更なるタンパク質から選択することができ、
ｎは、典型的には、例えば、約４〜９、４〜１０、３〜２０、４〜２０、５〜２０又は１０〜２０の範囲、約３〜１５、４〜１５、５〜１５又は１０〜１５の範囲、或いは約６〜１１又は７〜１０の範囲を含む、約１〜５０の範囲、好ましくは約１、２又は３〜３０の範囲、より好ましくは約１、２、３、４又は５〜２５の範囲、約１、２、３、４又は５〜２０の範囲、約１、２、３、４又は５〜１５の範囲、又は約１、２、３、４又は５〜１０の範囲から選択される整数である。最も好ましくは、ｎは、約１、２、３、４又は５〜１０の範囲、より好ましくは約１、２、３又は４〜９の範囲、約１、２、３又は４〜８の範囲、又は約１、２又は３〜７の範囲である。
この文脈において、国際公開第２０１１／０２６６４１号の開示を、参照により本明細書に援用する。親水性ポリマーＰ１及びＰ３のそれぞれは、典型的には、少なくとも１つの−ＳＨ−部分を示し、ここで少なくとも１つの−ＳＨ−部分は、成分Ｐ２又は成分（ＡＡ）若しくは（ＡＡ）ｘ（以下に定義されるように、Ｐ１及びＰ２又はＰ３及びＰ２の間のリンカーとして使用される場合）及び任意に更なる成分（例えば、Ｌ及び／又は（ＡＡ）若しくは（ＡＡ）ｘ）（例えば、２つ以上の−ＳＨ−部分が含まれる場合）との反応でジスルフィド結合を形成することができる。前記一般式（ＩＶ）に包含される次の下位式「Ｐ１−Ｓ−Ｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｓ−Ｓ−Ｐ３」（読み易くするために括弧は省略されている）（式中、Ｓ、Ｐ１、及びＰ３はいずれも本明細書で定義した通りであり、典型的には、状況（ｓｉｔｕａｔｉｏｎ）を表し、親水性ポリマーＰ１及びＰ３の一方の−ＳＨ−部分が前記一般式（ＩＶ）の成分Ｐ２の一方の−ＳＨ−部分と縮合しており、これらの−ＳＨ−部分の両方の硫黄が、本明細書において式（ＩＶ）に定義されている通りジスルフィド結合−Ｓ−Ｓ−を形成する。これらの−ＳＨ−部分は、典型的には、親水性ポリマーＰ１及びＰ３のそれぞれによって、例えば、内部システイン、又は他の（修飾された）アミノ酸、或いは−ＳＨ部分を有する化合物を介して提供される。したがって、下位式「Ｐ１−Ｓ−Ｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｓ−Ｓ−Ｐ３」は、−ＳＨ−部分がシステインによって提供される場合、「Ｐ１−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−Ｐ２」及び「Ｐ２−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−Ｐ３」と表記することもでき、ここで、Ｃｙｓ−Ｃｙｓという用語は、ペプチド結合ではなくジスルフィド結合を介して結合した２つのシステインを表す。この場合、これらの式中の用語「−Ｓ−Ｓ−」もまた、「−Ｓ−Ｃｙｓ」、「−Ｃｙｓ−Ｓ」、又は「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」と表記することがある。これに関連して、用語「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」は、ペプチド結合ではなく、ジスルフィド結合を形成するためのそれらの−ＳＨ−部分を介した２つのシステインの結合を表す。したがって、用語「−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−」はまた、通常「−（Ｃｙｓ−Ｓ）−（Ｓ−Ｃｙｓ）−」として理解することもでき、この特定の場合においては、Ｓは、システインの−ＳＨ−部分の硫黄を示す。同様に、用語「−Ｓ−Ｃｙｓ」及び「−Ｃｙｓ−Ｓ」は、−ＳＨ含有部分とシステインとの間のジスルフィド結合を示し、これはまた、「−Ｓ−（Ｓ−Ｃｙｓ）」及び「−（Ｃｙｓ−Ｓ）−Ｓ」と表記するもできる。或いは、親水性ポリマーＰ１及びＰ３は、親水性ポリマーＰ１及びＰ３のそれぞれが少なくとも１つのそのような−ＳＨ部分を有するように、好ましくは−ＳＨ部分を有する化合物との化学反応を介して−ＳＨ部分で修飾され得る。−ＳＨ部分を有するそのような化合物は、例えば、−ＳＨ部分を有する（追加の）システイン又は任意の更なる（修飾された）アミノ酸であり得る。そのような化合物はまた、本明細書で定義されるように親水性ポリマーＰ１及びＰ３に−ＳＨ部分を含有させる又は導入することを可能にする任意の非アミノ化合物又は部分であり得る。そのような非アミノ化合物は、化学反応又は化合物の結合を介して本発明に係るポリマー担体の式（ＩＶ）の親水性ポリマーＰ１及びＰ３に結合することができ、例えば、３−チオプロピオン酸又はチオモランの結合、アミド形成（例えば、カルボン酸、スルホン酸、アミンなど）、マイケル付加（例えば、マレインイミド部分、α、β−不飽和カルボニル、など）、クリック化学（例えば、アジド又はアルキン）、アルケン／アルキンメタセシス（例えば、アルケン又はアルキン）、イミン又はヒドラゾン形成（アルデヒド又はケトン、ヒドラジン、ヒドロキシルアミン、アミン）、複合体形成反応（アビジン、ビオチン、プロテインＧ）、又はＳｎ型置換反応を許容する化合物（例えば、ハロゲン化アルカン、チオール、アルコール、アミン、ヒドラジン、ヒドラジド、スルホン酸エステル、オキシホスホニウム塩）又は更なる成分の連結に利用できる他の化学的部分によって結合することができる。この文脈において特に好ましいＰＥＧ誘導体は、アルファ−メトキシ−オメガ−メルカプトポリ（エチレングリコール）である。それぞれの場合において、例えばシステイン又は任意の更なる（修飾）アミノ酸又は化合物のＳＨ部分は、親水性ポリマーＰ１及びＰ３の任意の位置の末端又は内部に存在していてもよい。本明細書で定義するように、各々の親水性ポリマーＰ１及びＰ３は、典型的には、好ましくは１つの末端における少なくとも１つの−ＳＨ部分を提示するが、２つ又はそれ以上の−ＳＨ部分を含んでいてもよく、これらは、本明細書で定義する更なる成分、好ましくは、更なる機能性ペプチド又はタンパク質、例えばリガンド、アミノ酸成分（ＡＡ）又は（ＡＡ）ｘ、抗体、細胞透過性ペプチド又はエンハンサーペプチド（例えば、ＴＡＴ、ＫＡＬＡ）などを追加で付加するために使用されてもよい。
重量比とＮ／Ｐ比
本発明の好ましい実施形態では、エピトープコードＲＮＡ（又は前記他の核酸、特にＲＮＡ）は、（ポリ）カチオン性化合物又はポリマー担体と、任意に、エピトープコード（又は他の）ＲＮＡの（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体に対する重量比として約６：１（ｗ／ｗ）〜約０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約５：１（ｗ／ｗ）〜約０．５：１（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）又は約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）、最も好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約２：１（ｗ／ｗ）の範囲から選択される重量比で、又は任意に、エピトープコード（又は他の）ＲＮＡの（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体に対する窒素／ホスファート（Ｎ／Ｐ）比として約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４又は０．３〜１、最も好ましくは約０．５〜１又は０．７〜１の範囲、更に最も好ましくは約０．３〜０．９又は０．５〜０．９の範囲で会合又は複合体化される。より好ましくは、少なくとも１つのエピトープコード（又は他の）ＲＮＡの１以上のポリカチオンに対するＮ／Ｐ比は、約０．１〜１０の範囲であり、約０．３〜４、約０．５〜２、約０．７〜２、及び約０．７〜１．５の範囲を含む。
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン（又は本明細書に定義される任意の他の核酸、特にＲＮＡ）のエピトープコードＲＮＡはまた、前記エピトープコードＲＮＡのトランスフェクション効率及び／又は免疫賦活特性を高めるためのビヒクル、トランスフェクション、又は複合体化剤と会合し得る。
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、本明細書に定義される少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤及び少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤に加えて、１以上の（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体と複合体化している少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、及び少なくとも１つの「遊離」エピトープコードＲＮＡを含むことができ、少なくとも１つの複合体化したＲＮＡは、少なくとも１つの「遊離」ＲＮＡと同一であることが好ましい。
この文脈において、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体、好ましくはカチオン性タンパク質又はペプチドと少なくとも部分的に複合体を形成するエピトープコードＲＮＡを含むことが特に好ましい。この文脈において、国際公開第２０１０／０３７５３９号及び国際公開第２０１２／１１３５１３号の開示を、参照により本明細書に援用する。「部分的に」とは、前記エピトープコードＲＮＡの一部のみが（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体と複合体を形成し、前記エピトープコードＲＮＡの残りの部分は、複合体を形成しない形態で存在する（「遊離」）ことを意味する。
好ましくは、複合体化されたエピトープコードＲＮＡの、遊離のエピトープコードＲＮＡに対するモル比は、約１：１の比を含む約０．００１：１〜約１：０．００１のモル比から選択される。より好ましくは、複合体化されたエピトープコードＲＮＡの、遊離のエピトープコードＲＮＡに対するモル比は、約５：１（ｗ／ｗ）〜約１：１０（ｗ／ｗ）の範囲、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：８（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：５（ｗ／ｗ）又は１：３（ｗ／ｗ）の範囲から選択され、最も好ましくは、複合体化されたエピトープコードＲＮＡの、遊離のエピトープコードＲＮＡに対するモル比は、約１：１（ｗ／ｗ）の比から選択される。
本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの複合体化されたエピトープコードＲＮＡは、好ましくは第１の工程にしたがって、エピトープコードＲＮＡを、好ましくは本明細書に定義される（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体と、安定な複合体を形成するための特定の比率で複合体化させることにより調製する。これに関連して、前記エピトープコードＲＮＡを複合体化した後の複合体化されたエピトープコードＲＮＡの画分中に、遊離の（ポリ）カチオン性化合物若しくはポリマー担体が存在しない、又は無視できる程度に僅かな量しか残らないことが非常に好ましい。したがって、複合体化されたＲＮＡの画分中のエピトープコードＲＮＡ及び（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体の比率は、典型的には、エピトープコードＲＮＡが完全に複合体化され、前記画分中に遊離の（ポリ）カチオン性化合物若しくはポリマー担体が存在しない、又は無視できる程度に僅かな量しか残らないような範囲で選択される。
好ましくは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡの、好ましくは本明細書に定義される（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体に対する比は、約６：１（ｗ／ｗ）〜０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約５：１（ｗ／ｗ）〜約０．５：１（ｗ／ｗ）、更により好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）又は約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）の範囲から選択され、最も好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約２：１の比である。
或いは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡの、（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体に対する比はまた、複合体全体の窒素／ホスファート比（Ｎ／Ｐ比）に基づき計算することがもできる。本発明の文脈において、Ｎ／Ｐ比は、複合体中のエピトープコードＲＮＡ：（ポリ）カチオン性化合物及び／又はポリマー担体（好ましくは本明細書に定義されるもの）に関して、好ましくは約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４の範囲、最も好ましくは約０．５〜２又は０．７〜２の範囲であり、最も好ましくは約０．７〜１．５、０．５〜１、又は０．７〜１の範囲、更に最も好ましくは約０．３〜０．９又は０．５〜０．９の範囲であり、ただし、複合体中の（ポリ）カチオン性化合物は、（ポリ）カチオン性タンパク質又はペプチド、及び／又は上で定義したポリマー担体であることが好ましい。
他の実施形態では、本明細書に定義される本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのエピトープコードＲＮＡは、更なるビヒクル、トランスフェクション、又は複合体化剤と会合されることなく、遊離又はネイキッドの形態で使用され得る。
本発明によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤及び少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤に加えて、本明細書に定義される少なくとも１つの遊離のエピトープコードＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡ、及び／又は本明細書に定義される少なくとも１つの複合化されたエピトープコードＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡを含むことができ、本明細書に開示のいずれの剤も複合体化に用いることができることが理解及び認識されるべきである。
アジュバント
更なる実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、アジュバントを含んでもよく、これは前記組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの免疫賦活特性を増強するために添加されることが好ましい。
最も広い意味でのアジュバント又はアジュバント成分は、典型的には、他の剤、例えば、治療薬又はワクチンの効果を変更、例えば、向上し得る薬理学的及び／又は免疫学的物質である。これに関連して、アジュバントは、本発明に係る組成物の投与及び送達を支援するのに好適な任意の化合物として理解され得る。
更に、そのようなアジュバントは、拘束されるものではないが、先天性免疫系の免疫応答、即ち、非特異的免疫応答を開始又は増大させ得る。「アジュバント」は通常、適応免疫応答を誘発しない。その限りにおいて、「アジュバント」は抗原として適格ではない。換言すれば、投与されると、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、典型的には、前記組合せ、医薬組成物、又はワクチンに含まれるエピトープコードＲＮＡの少なくとも１つのコード配列によってコードされるエピトープによる適応免疫応答を開始する。更に、本発明に係る組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン中に存在するアジュバントは、（支援的）先天性免疫応答を生じ得る。更に、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンのＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路阻害剤は、好ましくは、免疫チェックポイントＰＤ−１及びＬＡＧ−３の阻害作用を拮抗することによって適応免疫応答を支援する。
そのようなアジュバントは、当業者に公知であり、本発明の場合に好適な、即ち、哺乳類における免疫応答の誘導を支援するアジュバントから選択され得る。好ましくは、アジュバントは、限定するものではないが、ＴＤＭ、ＭＤＰ、ムラミルジペプチド、プルロニック、ミョウバン溶液、水酸化アルミニウム、ＡＤＪＵＭＥＲ（商標）（ポリホスファゼン）、リン酸アルミニウムゲル、藻類由来のグルカン、アルガミュリン（ａｌｇａｍｍｕｌｉｎ）、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）、高タンパク質吸着性水酸化アルミニウムゲル、低粘度水酸化アルミニウムゲル、ＡＦ又はＳＰＴ（スクアレン（５％）、Ｔｗｅｅｎ８０（０．２％）、Ｐｌｕｒｏｎｉｃ Ｌ１２１（１．２５％）、及びｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水のエマルジョン）、ＡＶＲＩＤＩＮＥ（商標）（プロパンジアミン）、ＢＡＹ Ｒ１００５（商標）（（Ｎ−（２−デオキシ−２−Ｌ−ロイシルアミノ−ｂ−Ｄ−グルコピラノシル）−Ｎ−オクタデシルドデカノイルアミドヒドロアセタート）、ＣＡＬＣＩＴＲＩＯＬ（商標）（１α，２５−ジヒドロキシビタミンＤ３）、リン酸カルシウムゲル、ＣＡＰ（商標）（リン酸カルシウムナノ粒子）、コレラホロトキシン、コレラ毒素Ａ１−プロテインＡ−Ｄ断片融合タンパク質、コレラ毒素のＢサブユニット、ＣＲＬ １００５（ブロックコポリマーＰ１２０５）、サイトカイン含有リポソーム、ＤＤＡ（ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド）、ＤＨＥＡ（デヒドロエピアンドロステロン）、ＤＭＰＣ（ジミリストイルホスファチジルコリン）、ＤＭＰＧ（ジミリストイルホスファチジルグリセロール）、ＤＯＣ／ミョウバン複合体（デオキシコール酸ナトリウム塩）、フロイントの完全アジュバント、フロイントの不完全アジュバント、ガンマイヌリン、Ｇｅｒｂｕアジュバント（以下の混合物：ｉ）Ｎ−アセチルグルコサミニル−（Ｐｌ−４）−Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−グルタミン（ＧＭＤＰ）、ｉｉ）ジメチルジオクタデシルアンモニウムクロリド（ＤＤＡ）、ｉｉｉ）亜鉛Ｌ−プロリン塩複合体（ＺｎＰｒｏ−８）、ＧＭ−ＣＳＦ、ＧＭＤＰ（Ｎ−アセチルグルコサミニル−（ｂ１−４）−Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン）、イミキモド（ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ）（１−（２−メチプロピル）−１Ｈ−イミダゾ［４，５−ｃ］キノリン−４−アミン）、ＩｍｍＴｈｅｒ（商標）（Ｎ−アセチルグルコサミニル−Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−Ａｌａ−Ｄ−イソＧｌｕ−Ｌ−Ａｌａ−グリセロールジパルミタート）、ＤＲＶ類（脱水−再水和小胞から調製した免疫リポソーム）、インターフェロン−ガンマ、インターロイキン−１ベータ、インターロイキン−２、インターロイキン−７、インターロイキン−１２、ＩＳＣＯＭＳ（商標）、ＩＳＣＯＰＲＥＰ ７．０．３．（商標）、リポソーム、ＬＯＸＯＲＩＢＩＮＥ（商標）（７−アリル−８−オキソグアノシン）、ＬＴ 経口アジュバント（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）不安定内毒素プロトキシン）、任意の組成物の微小球体及び微小粒子、ＭＦ５９（商標）、（スクアレン水エマルジョン）、ＭＯＮＴＡＮＩＤＥ ＩＳＡ ５１（商標）（精製不完全フロイントアジュバント）、ＭＯＮＴＡＮＩＤＥ ＩＳＡ ７２０（商標）（代謝可能油アジュバント）、ＭＰＬ（商標）（３−Ｑ−デスアシル−４”−モノホスホリル脂質Ａ）、ＭＴＰ−ＰＥ及びＭＴＰ−ＰＥリポソーム（（Ｎ−アセチル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−（ヒドロキシホスホリルオキシ））−エチルアミド、一ナトリウム塩）、ＭＵＲＡＭＥＴＩＤＥ（商標）（Ｎａｃ−Ｍｕｒ−Ｌ−Ａｌａ−Ｄ−Ｇｌｎ−ＯＣＨ３）、ＭＵＲＡＰＡＬＭＩＴＩＮＥ（商標）及びＤ−ＭＵＲＡＰＡＬＭＩＴＩＮＥ（商標）（Ｎａｃ−Ｍｕｒ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｄ−イソＧｌｎ−ｓｎ−グリセロールジパルミトイル）、ＮＡＧＯ（ノイラミニダーゼ−ガラクトースオキシダーゼ）、任意の組成物のナノスフェア又はナノ粒子、ＮＩＳＶ類（非イオン性界面活性剤小胞）、ＰＬＥＵＲＡＮ（商標）（ベータ−グルカン）、ＰＬＧＡ、ＰＧＡ及びＰＬＡ（乳酸及びグリコール酸のホモポリマー及びコポリマー、ミクロスフェア／ナノスフェア）、ＰＬＵＲＯＮＩＣ Ｌ１２１（商標）、ＰＭＭＡ（ポリメチルメタクリラート）、ＰＯＤＤＳ（商標）（プロテイノイドミクロスフェア）、ポリエチレンカルバマート誘導体、ポリｒＡ：ポリｒＵ（ポリアデニル酸−ポリウリジル酸複合体）、ポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ ８０）、渦巻き型タンパク質（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｏｃｈｌｅａｔｅｓ）（Ａｖａｎｔｉ Ｐｏｌａｒ Ｌｉｐｉｄｓ， Ｉｎｃ．、アラバマ州アラバスター）、ＳＴＩＭＵＬＯＮ（商標）（ＱＳ−２１）、Ｑｕｉｌ−Ａ（Ｑｕｉｌ−Ａ サポニン）、Ｓ−２８４６３（４−アミノ−オテック−ジメチル−２−エトキシメチル−ｌＨ−イミダゾ［４，５−ｃ］キノリン−１−エタノール）、ＳＡＦ−１（商標）（Ｓｙｎｔｅｘ アジュバント配合物）、センダイプロテオリポソーム及びセンダイ含有脂質マトリックス、Ｓｐａｎ−８５（トリオレイン酸ソルビタン）、Ｓｐｅｃｏｌ（Ｍａｒｃｏｌ ５２、Ｓｐａｎ ８５及びＴｗｅｅｎ ８５のエマルジョン）、スクアレン又はＲｏｂａｎｅ（登録商標）（２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチルテトラコサン及び２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２テトラコサヘキサン）、ステアリルチロシン（オクタデシルチロシンヒドロクロリド）、Ｔｈｅｒａｍｉｄ（登録商標）（Ｎ−アセチルグルコサミニル−Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−Ａｌａ−Ｄ−イソＧｌｕ−Ｌ−Ａｌａ−ジパルミトキシプロピルアミド）、スレオニル−ＭＤＰ（Ｔｅｒｍｕｒｔｉｄｅ（商標）又は［ｔｈｒ１］−ＭＤＰ、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン）、Ｔｙ粒子（Ｔｙ−ＶＬＰ又はウイルス様粒子）、Ｐａｍ３Ｃｙｓを含むＷａｌｔｅｒ−Ｒｅｅｄリポソーム（水酸化アルミニウムに吸着させた脂質Ａを含有するリポソーム）、特に、Ａｄｊｕ−ｐｈｏｓ、Ａｌｈｙｄｒｏｇｅｌ及びＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ等のアルミニウム塩、ＣＦＡ、ＳＡＦ、ＩＦＡ、ＭＦ５９、Ｐｒｏｖａｘ、ＴｉｔｅｒＭａｘ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ及びＶａｘｆｅｃｔｉｎを含むエマルジョン、Ｏｐｔｉｖａｘ（ＣＲＬ１００５）、Ｌ１２１及びＰｏｌｏａｘｍｅｒ４０１０を含むコポリマー、Ｓｔｅａｌｔｈを含むリポソーム、ＢＩＯＲＡＬを含む渦巻き型のもの、ＱＳ２１、Ｑｕｉｌ Ａ、Ｉｓｃｏｍａｔｒｉｘ及びＩＳＣＯＭを含む植物由来のアジュバント、Ｔｏｍａｔｉｎｅを含む同時刺激に好適なアジュバント、ＰＬＧ、ＰＭＭ及びＩｎｕｌｉｎを含むバイオポリマー、Ｒｏｍｕｒｔｉｄｅ、ＤＥＴＯＸ、ＭＰＬ、ＣＷＳ、マンノース、ＣｐＧ核酸配列、ＣｐＧ７９０９、ヒトＴＬＲ１−１０のリガンド、マウスＴＬＲ１−１３のリガンド、ＩＳＳ−１０１８、ＩＣ３１、イミダゾキノリン類、Ａｍｐｌｉｇｅｎ、Ｒｉｂｉ５２９、ＩＭＯｘｉｎｅ、ＩＲＩＶ類、ＶＬＰ類、コレラ毒素、易熱性毒素、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｆｌａｇｅｌｌｉｎ、ＧＰＩアンカー、ＬＮＦＰＩＩＩ／Ｌｅｗｉｓ Ｘ、抗菌ペプチド、ＵＣ−１Ｖ１５０、ＲＳＶ融合タンパク質及びｃｄｉＧＭＰを含む微生物由来のペプチド、並びにＣＧＲＰ神経ペプチドを含むアンタゴニストとして好適なアジュバントからなる群から選択されてもよい。
特に好ましくは、アジュバントは、Ｔｈ１免疫応答の誘導又はナイーブＴ細胞の成熟を支援するアジュバント、例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、ＩＦＮγ、上で定義した任意の免疫賦活性核酸、好ましくは免疫賦活性ＲＮＡ、ＣｐＧ ＤＮＡなどから選択され得る。
（ポリ）カチオン性化合物
適切なアジュバントはまた、エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に定義される他の核酸、特にＲＮＡ）の複合体化のために本明細書に記載される（ポリ）カチオン性化合物から選択され得る。本明細書に定義される（医薬）組成物又はワクチンのエピトープコードＲＮＡを（ポリ）カチオン性化合物と会合又は複合体化させることにより、アジュバント特性がもたらされ、組成物のＲＮＡに安定化効果を付与することが好ましい。
特に、アジュバントとして使用される好ましい（ポリ）カチオン性化合物は、前記の担体に関する「（ポリ）カチオン性アミノ酸、ペプチド、及びタンパク質」と題されたセクションに開示される（ポリ）カチオン性ペプチド又はタンパク質から選択される。アジュバントとして使用される更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物は、前記の担体に関する「（ポリ）カチオン性多糖類」と題されたセクションに開示される（ポリ）カチオン性多糖類を含み得る。アジュバントとして使用される更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物は、前記の担体に関する「（ポリ）カチオン性脂質」と題されたセクションに開示される（ポリ）カチオン性脂質を含み得る。アジュバントとして使用される更なる好ましい（ポリ）カチオン性化合物は、前記の担体に関する「（ポリ）カチオン性ポリマー」と題されたセクションに開示される（ポリ）カチオン性ポリマーを含み得る。
アジュバント成分中のエピトープコードＲＮＡの（ポリ）カチオン性化合物に対する比は、複合体全体の窒素／ホスファート比（Ｎ／Ｐ比）、即ち、（ポリ）カチオン性化合物の正に帯電した（窒素）原子のエピトープコードＲＮＡの負に帯電したホスファート原子に対する比に基づいて計算することができる。例えば、１μｇのエピトープコードＲＮＡは、前記ＲＮＡが塩基の統計的分布を示すならば、典型的には約３ｎｍｏｌのリン酸残基を含む。更に、分子量及び塩基性アミノ酸の数に依存して、１μｇのペプチドは、典型的には約ｘ ｎｍｏｌの窒素残基を含む。例示的に（Ａｒｇ）９（分子量１４２４ｇ／ｍｏｌ、９個の窒素原子）について計算すると、１μｇの（Ａｒｇ）９は、約７００ｐｍｏｌ（Ａｒｇ）９を含み、したがって、７００×９＝６３００ｐｍｏｌ塩基性アミノ酸＝６．３ｎｍｏｌの窒素原子となる。約１：１のＲＮＡ／（Ａｒｇ）９の質量比について、約２のＮ／Ｐ比を計算することができる。２μｇのＲＮＡを用いて約２：１の質量比でプロタミン（サケ由来のプロタミンを用いる場合、分子量約４２５０ｇ／ｍｏｌ、２１個の窒素原子）について例示的に計算すると、６ｎｍｏｌのリン酸がＲＮＡについて計算されることになり、１μｇのプロタミンは、約２３５ｐｍｏｌのプロタミン分子を含み、したがって、２３５×２１＝４９３５ｐｍｏｌの塩基性窒素原子＝４．９ｎｍｏｌの窒素原子となる。約２：１のＲＮＡ／プロタミンの質量比について、約０．８１のＮ／Ｐ比が計算することができる。約８：１のＲＮＡ／プロタミンの質量比について、約０．２のＮ／Ｐ比を計算することができる。本発明の文脈において、Ｎ／Ｐ比は、複合体中のＲＮＡ：ペプチドの比に関して、好ましくは約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４の範囲、最も好ましくは約０．５〜２又は０．７〜２の範囲であり、最も好ましくは約０．７〜１．５の範囲である。
調製
好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、前記組合せ、組成物、又はワクチンに含まれるエピトープコードＲＮＡの効率的な免疫賦活効果及び効率的な翻訳の両方を得るために２つの別々の工程で得られる。
第１の工程では、ＲＮＡを特定の比で（ポリ）カチオン性化合物と複合体化させて安定な複合体（「複合体化（ＲＮＡ）」）を形成する。前記ＲＮＡは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡ、又は異なるＲＮＡであり得る。この文脈において、複合体化ＲＮＡの画分中に遊離の（ポリ）カチオン性化合物が存在しない、又は無視できる程度に僅かな量しか残っていないことが重要である。したがって、（エピトープコード）ＲＮＡと（ポリ）カチオン性化合物との比は、典型的には、エピトープコードＲＮＡが完全に複合体化され、前記組成物中に遊離の（ポリ）カチオン性化合物若しくはポリマー担体が存在しない、又は無視できる程度に僅かな量しか残らないような範囲で選択される。好ましくは、（エピトープコード）ＲＮＡの（ポリ）カチオン性化合物に対する比は、約６：１（ｗ／ｗ）〜約０．２５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約５：１（ｗ／ｗ）〜約０．５：１（ｗ／ｗ）、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）又は約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：１（ｗ／ｗ）、最も好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約２：１（ｗ／ｗ）の比の範囲から選択される。
好ましい実施形態によれば、第２の工程において、本発明の（免疫賦活性）組成物を形成するために、エピトープコードＲＮＡが、複合体化された（エピトープコード）ＲＮＡに添加される。そこでは、前記添加されたエピトープコードＲＮＡは遊離ＲＮＡとして、好ましくは遊離ｍＲＮＡとして存在し、これは他の化合物と複合体を形成しない。添加前、遊離ＲＮＡは複合体化されておらず、好ましくは、複合体化された（エピトープコード）ＲＮＡへの添加に際して検出可能な又は有意な複合体化反応を受けない。これは、（ポリ）カチオン性化合物が、複合体化した（エピトープコード）ＲＮＡに強く結合しているためである。換言すれば、遊離のエピトープコードＲＮＡが複合体化（エピトープコード）ＲＮＡに添加したときに、前記遊離エピトープコードＲＮＡと複合体を形成し得る遊離の（ポリ）カチオン性化合物が存在しない又は実質的に存在しないことが好ましい。したがって、本発明の（医薬）組成物又はワクチンの遊離エピトープコードＲＮＡは、インビボで効率的に転写することができる。その中で、遊離のエピトープコードＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）は、モノ−、ジ−、又はマルチシストロン性（ｍ）ＲＮＡ、即ち、１以上のエピトープ（又は抗原）のコード配列を有するＲＮＡとして存在し得る。ジ−又はマルチシストロン性ｍＲＮＡ中のこのようなコード配列は、例えば、本明細書に定義される少なくとも１つのＩＲＥＳ配列によって分離されてもよい。
特に好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンに含まれる、本明細書に定義される遊離エピトープコードＲＮＡは、治療の特定の要件に応じて複合体化ＲＮＡと同一又は異なり得る。更により好ましくは、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンに含まれる遊離エピトープコードＲＮＡは、複合体化エピトープコードＲＮＡと同一である。換言すれば、組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、遊離の形態及び複合体の形態の両方のエピトープコードＲＮＡを含む。
特に好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡを含み、前記エピトープコードＲＮＡは、前記組合せ、（医薬）組成物、又はワクチン中、一部遊離ＲＮＡとして、一部複合体化ＲＮＡとして存在する。好ましくは、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）は、前記のように複合体化され、次いで、同じエピトープコード（ｍ）ＲＮＡが遊離ＲＮＡの形態で添加され、好ましくは、エピトープコードＲＮＡを複合体化するために使用される化合物が、遊離エピトープコードＲＮＡの添加時に、遊離形態で組成物中に存在しない。
複合体化（エピトープコード）ＲＮＡと遊離エピトープコードＲＮＡの比は、具体的な治療の特定の要件に応じて選択され得る。典型的には、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡと遊離エピトープコードＲＮＡとの比は、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの存在により先天性免疫系の有意な刺激が誘発されるように選択される。これと共に、かなりの量の遊離エピトープコードＲＮＡがインビボで提供され、インビボで発現したエピトープ（又はそれを含む抗原）の効率的な翻訳及び濃縮をもたらすことができるように、比が選択される。好ましくは、本発明の（医薬）組成物又はワクチン中の複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの遊離エピトープコードＲＮＡに対する比は、約５：１（ｗ／ｗ）〜約１：１０（ｗ／ｗ）の範囲、より好ましくは約４：１（ｗ／ｗ）〜約１：８（ｗ／ｗ）の範囲、更により好ましくは約３：１（ｗ／ｗ）〜約１：５（ｗ／ｗ）又は１：３（ｗ／ｗ）の範囲、最も好ましくは約１：１（ｗ／ｗ）から選択される。
追加的又は代替的に、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡと遊離（エピトープコード）ＲＮＡとの比は、ＲＮＡ複合体全体の窒素／ホスファート比（Ｎ／Ｐ比）に基づいて計算することができる。本発明の文脈において、Ｎ／Ｐ比は、複合体中のＲＮＡ：ペプチドの比に関して、好ましくは約０．１〜１０の範囲、好ましくは約０．３〜４の範囲、最も好ましくは約０．５〜２又は０．７〜２の範囲であり、最も好ましくは約０．７〜１．５の範囲である。
追加的又は代替的に、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡと遊離エピトープコードＲＮＡの比はまた、両ＲＮＡの互いに対するモル比に基づいて選択され得る。典型的には、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの遊離エピトープコードＲＮＡに対するモル比は、モル比が、前記（ｗ／ｗ）及び／又はＮ／Ｐの定義を満足するように選択され得る。より好ましくは、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの遊離エピトープコードＲＮＡに対するモル比は、例えば、以下のモル比から選択することができる：約０．００１：１、０．０１：１、０．１：１、０．２：１、０．３：１、０．４：１、０．５：１、０．６：１、０．７：１、０．８：１、０．９：１、１：１、１：０．９、１：０．８、１：０．７、１：０．６、１：０．５、１：０．４、１：０．３、１：０．２、１：０．１、１：０．０１、１：０．００１、など、又は前記値の任意の２つによって形成される任意の範囲、例えば、約０．００１：１〜１：０．００１から選択される範囲、例えば、約０．０１：１〜１：０．００１、０．１：１〜１：０．００１、０．２：１〜１：０．００１、０．３：１〜１：０．００１、０．４：１〜１：０．００１、０．５：１〜１：０．００１、０．６：１〜１：０．００１、０．７：１〜１：０．００１、０．８：１〜１：０．００１、０．９：１〜１：０．００１、１：１〜１：０．００１、１：０．９〜１：０．００１、１：０．８〜１：０．００１、１：０．７〜１：０．００１、１：０．６〜１：０．００１、１：０．５〜１：０．００１、１：０．４〜１：０．００１、１：０．３〜１：０．００１、１：０．２〜１：０．００１、１：０．１〜１：０．００１、１：０．０１〜１：０．００１の範囲、又は約０．０１：１〜１：０．０１、０．１：１〜１：０．０１、０．２：１〜１：０．０１、０．３：１〜１：０．０１、０．４：１〜１：０．０１、０．５：１〜１：０．０１、０．６：１〜１：０．０１、０．７：１〜１：０．０１、０．８：１〜１：０．０１、０．９：１〜１：０．０１、１：１〜１：０．０１、１：０．９〜１：０．０１、１：０．８〜１：０．０１、１：０．７〜１：０．０１、１：０．６〜１：０．０１、１：０．５〜１：０．０１、１：０．４〜１：０．０１、１：０．３〜１：０．０１、１：０．２〜１：０．０１、１：０．１〜１：０．０１、１：０．０１〜１：０．０１の範囲、又は約０．００１：１〜１：０．０１、０．００１：１〜１：０．１、０．００１：１〜１：０．２、０．００１：１〜１：０．３、０．００１：１〜１：０．４、０．００１：１〜１：０．５、０．００１：１〜１：０．６、０．００１：１〜１：０．７、０．００１：１〜１：０．８、０．００１：１〜１：０．９、０．００１：１〜１：１、０．００１〜０．９：１、０．００１〜０．８：１、０．００１〜０．７：１、０．００１〜０．６：１、０．００１〜０．５：１、０．００１〜０．４：１、０．００１〜０．３：１、０．００１〜０．２：１、０．００１〜０．１：１の範囲、又は約０．０１：１〜１：０．０１、０．０１：１〜１：０．１、０．０１：１〜１：０．２、０．０１：１〜１：０．３、０．０１：１〜１：０．４、０．０１：１〜１：０．５、０．０１：１〜１：０．６、０．０１：１〜１：０．７、０．０１：１〜１：０．８、０．０１：１〜１：０．９、０．０１：１〜１：１、０．００１〜０．９：１、０．００１〜０．８：１、０．００１〜０．７：１、０．００１〜０．６：１、０．００１〜０．５：１、０．００１〜０．４：１、０．００１〜０．３：１、０．００１〜０．２：１、０．００１〜０．１：１の範囲、など。
更により好ましくは、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの遊離エピトープコードＲＮＡに対するモル比は、例えば、約０．０１：１〜１：０．０１の範囲から選択することができる。最も好ましくは、複合体化（エピトープコード）ＲＮＡの遊離エピトープコードＲＮＡに対するモル比は、例えば、約１：１のモル比から選択することができる。（ｗ／ｗ）及び／又はＮ／Ｐ比に関する前記定義のいずれも適用することができる。
アジュバント核酸
核酸を、本発明にしたがってアジュバントとして使用することができる。そのような核酸はまた、「免疫賦活性」又は「ｉｓ」核酸又はＲＮＡとも呼ぶことができる。特に好ましい実施形態によれば、アジュバント核酸は、以下の式（Ｖ）又は（ＶＩ）の核酸を含む。

ＧｌＸｍＧｎ
式（Ｖ）
式中：
Ｇは、グアニン、ウラシル、又はグアニン若しくはウラシルの類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｘは、グアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含むヌクレオチドであり；
ｌは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｌ＝１のとき、Ｇは、グアニン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｌ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン又はその類似体を含み；
ｍは、整数で、少なくとも３であり、
ここで、ｍ＝３のとき、Ｘは、ウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｍ＞３のとき、ウラシル又はウラシルの類似体を含む少なくとも３つの連続したヌクレオチドが生じ、
ｎは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｎ＝１のとき、Ｇは、グアニン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｎ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン又はその類似体を含む。

ＣｌＸｍＣｎ
式（ＶＩ）
式中：
Ｃは、シトシン、ウラシル、又はシトシン若しくはウラシルの類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｘは、グアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含むヌクレオチドであり；
ｌは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｌ＝１のとき、Ｃは、シトシン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｌ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がシトシン又はその類似体を含み；
ｍは、整数で、少なくとも３であり、
ここで、ｍ＝３のとき、Ｘは、ウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｍ＞３のとき、ウラシル又はウラシルの類似体を含む少なくとも３つの連続したヌクレオチドが生じ、
ｎは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｎ＝１のとき、Ｃは、シトシン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｎ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がシトシン又はその類似体を含む。
ｉｓＲＮＡとして使用され得る式（Ｖ）又は（ＶＩ）の核酸は、約５〜１００（特定の実施形態では、１００ヌクレオチドよりも長くてもよい、例えば、最長２００ヌクレオチド）、５〜９０又は５〜８０ヌクレオチド、好ましくは約５〜７０の長さ、より好ましくは約８〜６０の長さ、更に好ましくは約１５〜６０ヌクレオチドの長さ、より好ましくは２０〜６０、最も好ましくは３０〜６０ヌクレオチドの典型的な長さを有する比較的短い核酸分子であり得る。エピトープコードＲＮＡ（又は本明細書に開示される他の任意の核酸、特にＲＮＡ）が、例えば、１００ヌクレオチドの最大長を有する場合、ｍは、典型的には≦９８である。
式（Ｖ）の核酸中のヌクレオチド「Ｇ」の数は、ｌ又はｎによって決定される。ｌ及びｎは、互いに独立して、それぞれ１〜４０の整数であり、ｌ又はｎ＝１のとき、Ｇは、グアニン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、ｌ又はｎ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン、又はその類似体を含む。
例えば、限定を意味するものではないが、ｌ又はｎ＝４のとき、Ｇｌ又はＧｎは、例えば、ＧＵＧＵ、ＧＧＵＵ、ＵＧＵＧ、ＵＵＧＧ、ＧＵＵＧ、ＧＧＧＵ、ＧＧＵＧ、ＧＵＧＧ、ＵＧＧＧ、又はＧＧＧＧなどであり得る。ｌ又はｎ＝５のとき、Ｇｌ又はＧｎは、例えば、ＧＧＧＵＵ、ＧＧＵＧＵ、ＧＵＧＧＵ、ＵＧＧＧＵ、ＵＧＧＵＧ、ＵＧＵＧＧ、ＵＵＧＧＧ、ＧＵＧＵＧ、ＧＧＧＧＵ、ＧＧＧＵＧ、ＧＧＵＧＧ、ＧＵＧＧＧ、ＵＧＧＧＧ、又はＧＧＧＧＧなどであり得る。
式（Ｖ）の核酸中のＸｍに隣接するヌクレオチドは、好ましくはウラシルを含まない。
同様に、式（ＶＩ）の核酸中のヌクレオチド「Ｃ」の数は、ｌ又はｎによって決定される。ｌ及びｎは、互いに独立して、それぞれ１〜４０の整数であり、ｌ又はｎ＝１のとき、Ｃは、シトシン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、ｌ又はｎ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも５０％がシトシン、又はその類似体を含む。
例えば、限定を意味するものではないが、ｌ又はｎ＝４のとき、Ｃｌ又はＣｎは、例えば、ＣＵＣＵ、ＣＣＵＵ、ＵＣＵＣ、ＵＵＣＣ、ＣＵＵＣ、ＣＣＣＵ、ＣＣＵＣ、ＣＵＣＣ、ＵＣＣＣ、又はＣＣＣＣなどであり得る。ｌ又はｎ＝５のとき、Ｃｌ又はＣｎは、例えば、ＣＣＣＵＵ、ＣＣＵＣＵ、ＣＵＣＣＵ、ＵＣＣＣＵ、ＵＣＣＵＣ、ＵＣＵＣＣ、ＵＵＣＣＣ、ＣＵＣＵＣ、ＣＣＣＣＵ、ＣＣＣＵＣ、ＣＣＵＣＣ、ＣＵＣＣＣ、ＵＣＣＣＣ、又はＣＣＣＣＣなどであり得る。
式（ＶＩ）の核酸中のＸｍに隣接するヌクレオチドは、ウラシルを含まないことが好ましい。好ましくは、式（Ｖ）について、ｌ又はｎ＞１のとき、ヌクレオチドの少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％さえもが、上に定義したグアニン又はその類似体を含む。
フランキング配列Ｇ１及び／又はＧｎ中の１００％までの残りのヌクレオチド（グアニンを含むヌクレオチドが１００％未満のヌクレオチドを構成するとき）は、ウリジン又は上で定義したその類似体である。また好ましくは、ｌ及びｎは、互いに独立して、それぞれ２〜３０の整数、より好ましくは２〜２０の整数、更により好ましくは２〜１５の整数である。ｌ又はｎの下限は、必要に応じて変動することがあり、少なくとも１であり、好ましくは少なくとも２、より好ましくは少なくとも３、４、５、６、７、８、９、又は１０である。この定義は、式（ＶＩ）にも同様に適用される。
更に好ましい実施形態によれば、本明細書に記載のｉｓＲＮＡは、式（ＶＩＩ）又は（ＶＩＩＩ）の核酸からなる又は含む。

（ＮｕＧｌＸｍＧｎＮｖ）ａ
式（ＶＩＩ）
式中：
Ｇは、グアニン、ウラシル、又はグアニン若しくはウラシルの類似体を含む、好ましくはグアニン若しくはその類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｘは、グアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含む、好ましくはウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｎは、約４〜５０、好ましくは約４〜４０、より好ましくは約４〜３０、又は４〜２０の核酸の長さを有する核酸配列であり、各Ｎは、独立してグアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含むヌクレオチドから選択され；
ａは、１〜２０、好ましくは１〜１５、最も好ましくは１〜１０の整数であり；
ｌは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｌ＝１のとき、Ｇは、グアニン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｌ＞１のとき、これらのヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン又はその類似体を含み；
ｍは、整数であり、少なくとも３であり、
ここで、ｍ＝３のとき、Ｘは、ウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｍ＞３のとき、ウラシル又はウラシルの類似体を含む少なくとも３つの連続したヌクレオチドが生じ；
ｎは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｎ＝１のとき、Ｇは、グアニン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｎ＞１のとき、これらのヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン又はその類似体を含み；
ｕ、ｖは、互いに独立して０〜５０の整数であり得
好ましくは、ｕ＝０のとき、ｖ≧１、又はｖ＝０のとき、ｕ≧１であり；
式（ＶＩＩ）の核酸分子は、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも１５０ヌクレオチド、更により好ましくは少なくとも２００ヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも２５０ヌクレオチドの長さを有する。

（ＮｕＣｌＸｍＣｎＮｖ）ａ
式（ＶＩＩＩ）
式中：
Ｃは、シトシン、ウラシル、又はシトシン若しくはウラシルの類似体を含む、好ましくはシトシン若しくはその類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｘは、グアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含む、好ましくはウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり；
Ｎは、約４〜５０、好ましくは約４〜４０、より好ましくは約４〜３０、又は４〜２０の核酸の長さを有する核酸配列であり、各Ｎは、独立してグアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含むヌクレオチドから選択され；
ａは、１〜２０、好ましくは１〜１５、最も好ましくは１〜１０の整数であり；
ｌは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｌ＝１のとき、Ｃは、シトシン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｌ＞１のとき、これらのヌクレオチドの少なくとも５０％がグアニン又はその類似体を含み；
ｍは、整数であり、少なくとも３であり、
ここで、ｍ＝３のとき、Ｘは、ウラシル又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｍ＞３のとき、ウラシル又はウラシルの類似体を含む少なくとも３つの連続したヌクレオチドが生じ；
ｎは、１〜４０の整数であり、
ここで、ｎ＝１のとき、Ｃは、シトシン又はその類似体を含むヌクレオチドであり、
ｎ＞１のとき、これらのヌクレオチドの少なくとも５０％がシトシン又はその類似体を含み；
ｕ、ｖは、互いに独立して０〜５０の整数であり得
好ましくは、ｕ＝０のとき、ｖ≧１、又はｖ＝０のとき、ｕ≧１であり；
本発明に係る式（ＶＩＩＩ）の核酸分子は、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも１５０ヌクレオチド、更により好ましくは少なくとも２００ヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも２５０ヌクレオチドの長さを有する。
式（ＶＩＩＩ）について、元素Ｎ（即ち、Ｎｕ及びＮｖ）及びＸ（Ｘｍ）についての前記定義のいずれか、特に上に定義したコア構造、並びに整数ａ、ｌ、ｍ、ｎ、ｕ、及びｖは、式（ＩＶ）の元素にも同様に適用され、式（ＶＩＩＩ）において、コア構造は、ＣｌＸｍＣｎによって定義される。境界エレメントＮｕ及びＮｖの定義は、Ｎｕ及びＮｖについて上で与えた定義と同一である。
特に、前記式（Ｖ）〜（ＶＩＩＩ）の文脈において、「ヌクレオチド」は、含窒素塩基（好ましくはアデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、又はウラシル（Ｕ）から選択される）と、ペントース糖（リボース又はデオキシリボース）と、少なくとも１つのリン酸基とからなる分子と理解される。「ヌクレオシド」は、核酸塩基とペントース糖とからなる（即ち、「リン酸基を有しないヌクレオチド」とも言うことができる）。したがって、特定の塩基（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ又はＵ）を含む「ヌクレオチド」は、好ましくは、それぞれのヌクレオシド（それぞれアデノシン、シチジン、グアノシン、チミジン、又はウリジン）と、１つ（２つ、３つ、又はそれ以上）のリン酸基とを含む。
即ち、「ヌクレオチド」という用語は、ヌクレオシド一リン酸（ＡＭＰ、ＣＭＰ、ＧＭＰ、ＴＭＰ、及びＵＭＰ）、ヌクレオシド二リン酸（ＡＤＰ、ＣＤＰ、ＧＤＰ、ＴＤＰ、及びＵＤＰ）、ヌクレオシド三リン酸（ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、ＴＴＰ、及びＵＴＰ）を含む。前記式（Ｖ）〜（ＶＩＩＩ）の文脈においては、ヌクレオシド一リン酸が特に好ましい。表現「（・・・）又はその類似体を含むヌクレオチド」は、修飾（リン酸）骨格、ペントース糖、又は核酸塩基を含む修飾ヌクレオチドを意味する。この文脈においては、核酸塩基の修飾が特に好ましい。例として、「グアニン、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、又はそれらの類似体を含むヌクレオチド」に言及する場合、「それらの類似体」という用語は、ヌクレオチド及び列挙された核酸塩基の両方、好ましくは列挙された核酸塩基を意味する。
更なる剤
更に好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、少なくとも１つの（ｉ）エピトープコードＲＮＡ、（ｉｉ）ＰＤ−１経路阻害剤、及び（ｉｉｉ）ＬＡＧ−３経路阻害剤に加えて、以下を含む群から選択される更なる剤又は成分、を含有することも可能である：更なる抗原（例えば、ペプチド又はタンパク質の形態）又は更なるエピトープコード核酸；更なる免疫療法剤；１以上の補助物質；又はヒトＴｏｌｌ様受容体への（リガンドとしての）その結合親和性のために免疫賦活性であることが知られている任意の更なる化合物；及び／又はアジュバント核酸、好ましくは免疫賦活性ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）。
補助物質
したがって、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、所望により、その免疫原性又は免疫賦活能を高めるために、更に１以上の補助物質を含んでもよい。本発明の組成物中に任意に含まれていてもよい、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡ及び阻害剤と補助物質との相乗作用が、それによって達成されることが好ましい。
一般に、免疫応答を標的としてこれを強化する及び／又は影響を与える「危険シグナル」（ＬＰＳ、ＧＰ９６、など）又はサイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＦＳなど）のように免疫系に影響を及ぼす任意の剤を補助物質として使用することが可能である。特に好ましい補助物質は、先天性免疫応答を更に促進する
モノカイン、リンホカイン、インターロイキン、又はケモカインなどのサイトカインであり、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−１９、ＩＬ−２０、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３、ＩＬ−２４、ＩＬ−２５、ＩＬ−２６、ＩＬ−２７、ＩＬ−２８、ＩＬ−２９、ＩＬ−３０、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＩＬ−３３、ＩＦＮ−アルファ、ＩＦＮ−ベータ、ＩＦＮ−ガンマ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＬＴ−ベータ又はＴＮＦ−アルファ、成長因子（例えば、ｈＧＨなど）が挙げられる。
本発明の（医薬）組成物又はワクチンはまた、ヒトＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０に対する（リガンドとしての）その結合親和性により、又はマウスＴｏｌｌ様受容体ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１１、ＴＬＲ１２、又はＴＬＲ１３に対する（リガンドとしての）その結合親和性により、免疫賦活性であることが知られている任意の更なる化合物を更に含み得る。
本発明の（医薬）組成物又はワクチンに添加することができる化合物の別のクラスは、ＣｐＧ核酸、特にＣｐＧ−ＲＮＡ又はＣｐＧ−ＤＮＡであり得る。ＣｐＧ−ＲＮＡ又はＣｐＧ−ＤＮＡは、一本鎖ＣｐＧ−ＤＮＡ（ｓｓ ＣｐＧ−ＤＮＡ）、二本鎖ＣｐＧ−ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）、一本鎖ＣｐＧ−ＲＮＡ（ｓｓ ＣｐＧ−ＲＮＡ）、又は二本鎖ＣｐＧ−ＲＮＡ（ｄｓ ＣｐＧ−ＲＮＡ）であり得る。ＣｐＧ核酸は、好ましくはＣｐＧ−ＲＮＡの形態、より好ましくは一本鎖ＣｐＧ−ＲＮＡ（ｓｓ ＣｐＧ−ＲＮＡ）の形態である。ＣｐＧ核酸は、少なくとも１つ以上の（分裂促進性）シトシン／グアニンジヌクレオチド配列（ＣｐＧモチーフ）を含むことが好ましい。第１の好ましい代替例によれば、これらの配列に含まれる少なくとも１つのＣｐＧモチーフ、即ち、ＣｐＧモチーフのＣ（シトシン）及びＧ（グアニン）はメチル化されていない。これらの配列に任意に含まれる全ての更なるシトシン又はグアニンは、メチル化又は非メチル化のいずれかであり得る。しかし、更に好ましい代替例によれば、ＣｐＧモチーフのＣ（シトシン）及びＧ（グアニン）はまた、メチル化形態で存在し得る。
したがって、本発明の（医薬）組成物又はワクチンに添加することができる化合物の別のクラスは、免疫賦活性ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）、即ち、先天性免疫応答を誘導することができるＲＮＡであり得る。そのような免疫賦活性ＲＮＡは、前記式（Ｉ）〜（ＩＶ）を任意に含む又はからなってもよい。ｉｓＲＮＡは、通常、オープンリーディングフレームを含まず、したがってエピトープ又は抗原又は免疫原を提供しないが、例えば、特定の種類のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）又は他の適切な受容体に結合することによって免疫応答を誘導する。しかし、言うまでもなく、オープンリーディングフレームを有し、ペプチド／タンパク質をコードするｍＲＮＡもまた、先天性免疫応答を誘導することができ、したがって免疫賦活性ＲＮＡであり得る。
薬学的に許容される賦形剤及び担体
好ましくは、本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンは、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤、特に少なくとも１つの薬学的に許容される担体を含む。「薬学的に許容される」という用語は、１以上の活性剤（ここでは、エピトープコードＲＮＡ、ＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤）と適合性があり、それらの医薬活性に干渉しない及び／又は実質的に低下させない化合物又は剤を意味する。薬学的に許容される担体は、治療される被験体への投与のためにそれらを適切なものとするために十分に高い純度及び十分に低い毒性を有することが好ましい。
薬学的に許容される賦形剤は、種々の機能的役割を示すことができ、限定するものではないが、希釈剤、フィラー、増量剤、担体、崩壊剤、結合剤、潤滑剤、滑剤、コーティング剤、溶媒及び共溶媒、緩衝剤、保存剤、補助剤、酸化防止剤、湿潤剤、消泡剤、増粘剤、甘味剤、香味剤、及び保湿剤が挙げられる。
適切な薬学的に許容される担体は、典型的には、（医薬）組成物又はワクチンの処方に基づいて選択される。
液体形態の（医薬）組成物又はワクチンの場合、一般に、有用な薬学的に許容される賦形剤としては、溶媒、（パイロジェンフリー）水などの希釈剤又は担体、リン酸又はクエン酸緩衝食塩水などの（等張）食塩水、固定油、植物油（例えば、落花生油、綿実油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）；レシチン；界面活性剤；ベンジルアルコール、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどの保存剤；糖、マンニトール、ソルビトールなどの多価アルコール、又は塩化ナトリウムなどの等張剤；モノステアリン酸アルミニウム又はゼラチン；アスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウムなどの酸化防止剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）などのキレート剤；酢酸塩、クエン酸塩、又はリン酸塩などの緩衝剤、及び塩化ナトリウム又はデキストロースなどの張度調整剤が挙げられる。ｐＨは、塩酸又は水酸化ナトリウムなどの酸又は塩基で調整することができる。緩衝剤は、特定の参照媒体に関して高張性、等張性、又は低張性であり得る、即ち、緩衝剤は、特定の参照媒体に関してより高い、同一、又はより低い塩含量を有することができ、前記塩を、浸透又は他の濃度の影響による細胞の損傷をもたらさないそのような濃度で使用することができることが好ましい。参照媒体は、例えば、血液、リンパ液、サイトゾル液、又は他の体液などの「インビボ」法で生じる液体、又は一般的な緩衝液又は液体などの「インビトロ」法で参照媒体として使用され得る液体である。そのような一般的な緩衝液又は液体は当業者に知られている。リンゲルラクタート溶液は、液体ベースとして特に好ましい。
担体
適切な薬学的に許容される担体は、典型的には、（医薬）組成物又はワクチンの処方に基づいて選択される。
注射（特に、ｉ．ｖ．注射）により投与される液体（医薬）組成物又はワクチンは、製造及び保存の条件下で無菌且つ安定であるべきである。そのような組成物は、典型的には、パイロジェンフリーであり、適切なｐＨを有し、等張性であり、活性成分の安定性を維持する、非経口的に許容される水溶液として処方される。
本発明に係る液体（医薬）組成物又はワクチンのための特に有用な薬学的に許容される担体としては、水、典型的にはパイロジェンフリー水；等張食塩水又は緩衝（水）溶液、例えば、リン酸塩、クエン酸塩などの緩衝溶液が挙げられる。特に、本発明の（医薬）組成物又はワクチンの注射のためには、水又は好ましくは緩衝液、より好ましくは水性緩衝液を使用することができ、これは、ナトリウム塩、好ましくは少なくとも５０ｍＭのナトリウム塩、カルシウム塩、好ましくは少なくとも０．０１ｍＭのカルシウム塩、及び任意にカリウム塩、好ましくは少なくとも３ｍＭのカリウム塩を含有する。
好ましい実施形態によれば、ナトリウム塩、カルシウム塩、及び任意にカリウム塩は、それらのハロゲン化物の形態（例えば、塩化物、ヨウ化物、又は臭化物）、それらの水酸化物、炭酸塩、炭酸水素塩、又は硫酸塩などで存在してもよい。限定するものではないが、ナトリウム塩の例としては、例えば、ＮａＣｌ、ＮａＩ、ＮａＢｒ、Ｎａ２ＣＯ３、ＮａＨＣＯ３、Ｎａ２ＳＯ４が挙げられ、任意のカリウム塩の例としては、例えば、ＫＣｌ、ＫＩ、ＫＢｒ、Ｋ２ＣＯ３、ＫＨＣＯ３、Ｋ２ＳＯ４が挙げられ、カルシム塩の例としては、例えば、ＣａＣｌ２、ＣａＩ２、ＣａＢｒ２、ＣａＣＯ３、ＣａＳＯ４、Ｃａ（ＯＨ）２が挙げられる。更に、前記カチオンの有機アニオンも緩衝剤中に含有されれもよい。
より好ましい実施形態によれば、上に定義される注射目的に適した緩衝剤は、塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）、塩化カルシウム（ＣａＣｌ２）、及び任意に塩化カリウム（ＫＣｌ）から選択される塩を含むことができ、前記塩化物に加えて更なるアニオンが存在してもよい。ＣａＣｌ２はまた、ＫＣｌのような他の塩で置き換えることができる。典型的には、注射緩衝液中の塩は、少なくとも５０ｍＭの塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）、少なくとも３ｍＭの塩化カリウム（ＫＣｌ）、及び少なくとも０．０１ｍＭの塩化カルシウム（ＣａＣｌ２）の濃度で存在する。注射緩衝液は、特定の参照媒体に関して高張性、等張性、又は低張性であり得る、即ち、緩衝剤は、特定の参照媒体に関してより高い、同一、又はより低い塩含量を有し得る。前記塩を、浸透又は他の濃度の影響による細胞の損傷をもたらさないそのような濃度で使用することができることが好ましい。参照媒体は、例えば、血液、リンパ液、サイトゾル液、又は他の体液などの「インビボ」法で生じる液体、又は一般的な緩衝液又は液体などの「インビトロ」法で参照媒体として使用され得る液体である。そのような一般的な緩衝液又は液体は当業者に知られている。リンゲルラクタート溶液は、液体ベースとして特に好ましい。
（半）固体形態の（医薬）組成物の場合、有用な薬学的に許容される賦形剤としては、微結晶セルロース、トラガカントガム、又はゼラチンなどの結合剤；デンプン又はラクトース；例えば、ラクトース、グルコース、及びスクロースなどの糖；例えば、コーンスターチ又はポテトスターチなどのデンプン；セルロース及びその誘導体、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、酢酸セルロースなど；アルギン酸などの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤；ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウムなどの滑剤；硫酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素など；スクロース又はサッカリンなどの甘味剤；ペパーミント、サリチル酸メチル、又はオレンジ香味料などの香味剤などが挙げられる。
処方
局所投与用の（医薬）組成物は、クリーム、軟膏、ゲル、ペースト、又は散剤として処方することができる。経口投与用の（医薬）組成物は、錠剤、カプセル剤、液剤、散剤として、又は持続放出形式で処方することができる。
好ましい実施形態によれば、本発明の（医薬）組成物又はワクチンは、特に皮内又は筋肉内注射を介して非経口的に投与される。したがって、本発明の（医薬）組成物又はワクチンは、好ましくは非経口投与（特に注射）用に処方され、したがって典型的には液体形態（例えば、脂質ベース又は生理食塩水ベース）又は凍結乾燥形態で提供される。非経口製剤は、典型的にはバイアル、ＩＶバッグ、アンプル、カートリッジ、又はプレフィルドシリンジに保管され、注射剤、吸入剤、又はエアロゾルとして投与することができるが、注射剤が好ましい。注射用の好ましい非経口製剤は、約７．４の生理学的ｐＨを有する水、生理食塩水、又はそれらの混合物の滅菌溶液を含有する。
凍結乾燥製剤
好ましい実施形態では、（医薬）組成物又はワクチンは、凍結乾燥形態で提供される。好ましくは、凍結乾燥（医薬）組成物又はワクチンは、投与前に、有利には水性担体に基づく、適切な緩衝液中で再構成される。これは、例えば、リンゲルラクタート溶液（これが好ましい）、リンゲル溶液、リン酸緩衝溶液である。幾つかの実施形態では、本発明に係る（医薬）組成物又はワクチンは、少なくとも２、３、４、５、６、又はそれ以上のエピトープコードＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡを含み、これらは、前記エピトープコードＲＮＡの各々の個々の投与が可能となるように、（任意に、少なくとも１つの更なる添加剤と共に）凍結乾燥形態で別々に提供され、それらの使用前に適切な緩衝液（例えば、リンゲルラクタート溶液）中で別々に再構成されることが好ましい。
液体製剤
更に好ましい実施形態では、（医薬）組成物又はワクチンは、食塩水又は脂質ベース製剤の形態で提供される。脂質ベース製剤は、限定するものではないが、「複合体化」と題されたセクションに記載されるリポソーム、リポプレックス、ナノリポソーム、及び脂質ナノ粒子から選択され得る。
用量
（医薬）組成物又はワクチンは、典型的には、安全且つ有効な量のエピトープコードＲＮＡ、ＰＤ−１、及びＬＡＧ−３経路阻害剤を含む。
本明細書に使用される場合、「安全且つ有効な量」は、治療されるべき疾患の積極的な変化を有意に誘発するのに十分な活性剤の量を意味する。しかし、同時に、「安全且つ有効な量」は、深刻な副作用を回避するのに十分、即ち、利益とリスクの間に良好なな関係をもたらすのに十分小さい。
本発明の文脈において、「安全且つ有効な量」という表現は、好ましくは、所望の治療効果を引き出すのに適した活性剤の量、例えば、本発明の（医薬）組成物又はワクチンの場合、過剰又は有害な免疫反応が生じないように適応免疫系を刺激する（好ましくは、測定可能なレベル未満の免疫反応も誘発しない）のに適した活性剤の量を意味する。
「安全且つ有効な量」は更に、治療されるべき特定の状態に関連して、また、医師の知識及び経験の範囲内における、治療対象患者の年齢及び体調、状態の重症度、治療期間、付随する治療の性質、使用される特定の薬学的に許容される担体の性質、及び類似の要因にも関連して変化する。
具体的には、「安全且つ有効な量」のエピトープコードＲＮＡを、エピトープコードＲＮＡの種類、例えば、モノシストロン性、ビシストロン性、更にはマルチシストロン性のＲＮＡに応じて更に選択することができる。これは、ビシストロン性、更にはマルチシストロン性のＲＮＡは、等量のモノシストロン性ＲＮＡの使用よりも、コードされた抗原の有意に高い発現をもたらし得るからである。
キット
更なる態様では、本発明は、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンを含むキット又はキットオブパーツに関する。換言すれば、キットオブパーツは、典型的には、（ｉ）本明細書に定義される少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、（ｉｉ）本明細書に定義される少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤、及び（ｉｉｉ）本明細書に定義される少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤を、その成分として含む。
前述の成分はそれぞれ、キットオブパーツ中に医薬組成物の形態で提供されてもよい。その限りにおいて、（医薬）組成物又はワクチンについて上に与えた定義及び説明は、必要な変更を加えて、キットオブパーツの個々の成分に等しく適用可能である。
例えば、（ｉ）少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、（ｉｉ）ＰＤ−１経路阻害剤、及び（ｉｉｉ）ＬＡＧ−３経路阻害剤は、互いに独立して、凍結乾燥形態又は液体形態で、任意に、医薬組成物の文脈において前記した１以上の薬学的に許容される担体、賦形剤、アジュバント、又は更なる剤と共に提供され得る。
任意に、キットオブパーツは、医薬組成物、抗菌剤、ＲＮＡｓｅ阻害剤、可溶化剤などの文脈において本明細書に定義される少なくとも１つの更なる剤を含み得る。
キットオブパーツは、２つ以上のパーツのキットであることができ、典型的には適切な容器中に各成分を含む。例えば、容器が成分の適時前の混合を防止するように構成されている限り、各容器は、バイアル、ボトル、スクイーズボトル、ジャー、密封スリーブ、エンベロープ若しくはポーチ、チューブ若しくはブリスターパッケージ、又は他の好適な形態であり得る。異なる成分はそれぞれ、別々に提供されてもよく、又は異なる構成要素の幾つかは、一緒に（即ち同じ容器内に）提供されてもよい。薬剤師又は医師による意図的な混合の前に、１つの区画の内容物が別の区画の内容物と物理的に関連することができないという限り、容器は、バイアル、チューブ、ジャー、又はエンベロープ、又はスリーブ、又はブリスターパッケージ、又はボトル内の区画又はチャンバーでもあり得る。
キットオブパーツは、その成分のいずれかの投与及び投与量に関する情報を含む技術的な説明書を更に含み得る。
医療用途と治療
本明細書に定義される本発明の組合せ、（医薬組成物）、ワクチン、又はキットオブパーツは、ヒト及び獣医学の医学的目的のために、好ましくはヒトの医学的目的のために使用され得る。
更なる態様によれば、本発明は、したがって、医薬として使用するための本発明の組合せ、（医薬組成物）、ワクチン、又はキットオブパーツに関する。したがって、本発明は、本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡと組み合わせて治療に使用するための本明細書に定義されるＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤を包含する。更に、本発明は、本明細書に定義されるＰＤ−１経路阻害剤及びＬＡＧ−３経路阻害剤と組み合わせて治療に使用するための本明細書に定義されるエピトープコードＲＮＡを特徴とする。
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツは、それを必要とする被験体における、Ｔ細胞機能及びＴ細胞媒介免疫応答（例えば、増殖、サイトカイン放出、標的細胞殺傷、エフェクター細胞活性化）の刺激又は回復から利益が得られるであろう疾患の治療及び／又は予防に特に有用である。
更なる態様によれば、本発明は、したがって、腫瘍若しくは癌の疾患、感染症、アレルギー、又は自己免疫疾患の予防又は治療の方法において使用するための本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツに関する。
疾患の「治療」又は「治療すること」という用語は、その疾患を予防又はそれに対し防御すること（即ち、臨床症状が発症しないようにすること）；疾患を阻害すること（即ち、臨床症状の発症を阻止又は抑制すること、及び／又は疾患を軽減すること（即ち、臨床症状の後退を引き起こすこと）を含む。理解されるように、最終的な１つ又は複数の誘発事象は未知又は潜在的であり得るので、疾患又は障害を「予防する」ことと「抑制すること」とを区別することは常に可能という訳ではない。したがって、用語「予防」は、「予防すること」及び「抑制すること」の両方を包含する一種の「治療」を構成すると理解される。したがって、用語「治療」は「予防」を含む。
本明細書で使用される「被験体」、「患者」、又は「個体」という用語は、一般に、ヒト及び非ヒト動物、好ましくは哺乳動物（例えば、マーモセット、タマリン、クモザル、フクロウザル、ベルベットサル、リスザル、ヒヒ、マカク、チンパンジー、オランウータン、ゴリラ；ウシ；ウマ；ヒツジ；ブタ；トリ；ネコ；イヌ；マウス；ラット；ウサギ；モルモットなどの非ヒト霊長類）、例えば、キメラ及びトランスジェニック動物並びに疾患モデルを含む。本発明の文脈において、「被験体」という用語は、好ましくは非ヒト霊長類又はヒト、最も好ましくはヒトを意味する。
したがって、本発明は更に、それを必要とする被験体に薬学的に有効な量の本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツを投与することによって、癌、感染症、自己免疫疾患、又はアレルギーを治療又は予防する方法を提供する。そのような方法は、本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツを調製する任意の第１の工程、及び（薬学的及び／又は治療的に有効な量の）前記組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツを、それを必要とする患者／被験体に投与することを含む第２の工程を含み得る。
本発明はまた、好ましくは被験体における免疫応答を調節するための、好ましくは誘導又は増強するための、より好ましくは本明細書に定義される癌、感染症、アレルギー、又は自己免疫疾患の治療又は予防のための、本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの本発明に係る使用に関する。
投与
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ（又はそれらの成分）は、例えば、全身的又は局所的に投与することができる。
全身投与のための経路としては、一般に、例えば、経皮、経口、非経口経路が挙げられ、皮下、静脈内、筋肉内、動脈内、皮内、及び腹腔内注射、及び／又は鼻腔内投与経路を含む。
局所投与のための経路としては、一般に、例えば、局所投与経路だけでなく、皮内、経皮、皮下、若しくは筋肉内注射又は病巣内、腫瘍内、頭蓋内、肺内、心臓内、及び舌下注射も含む。
例えば、前記（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツが幾つかのエピトープコードＲＮＡ種を含む場合、本発明の（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの異なる成分に対して異なる投与経路を使用することが更に考えられる。
好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ（又はそれらの成分）は、非経口経路によって、好ましくは皮内経路、皮下経路、又は筋肉内経路によって投与される。好ましくは、前記組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツは注射、例えば、皮下、筋肉内、又は皮内注射（これは無針注射及び／又は針注射であり得る）によって投与される。したがって、好ましい実施形態において、本発明に係る医学的使用及び／又は治療方法は、皮下、筋肉内又は皮内注射、好ましくは筋肉内又は皮内注射、より好ましくは皮内注射による前記組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ（又はそれらの成分）の投与を含む。このような注射は、従来の針注射又はジェット注射、好ましくはジェット注射を用いて行うことができる。
投与計画
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ及びそれぞれの成分（即ち、エピトープコードＲＮＡ、ＰＤ−１経路阻害剤、及びＬＡＧ−３経路阻害剤）は、それを必要とする被験体に、１日間に数回、１日間に１回、１日間おき、１週間に１回、又は１ヶ月間に１回投与することができる。
成分は、同時に（即ち、同一又は異なる投与経路を介して同時に）又は別々に（即ち、異なる時点で及び／又は異なる投与経路を介して順次）投与することができる。順次投与スキームは、「時間差」投与とも呼ばれる。本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの幾つかの成分の時間差投与は、前記成分によって引き起こされる別々のメカニズムが互いに負の影響を及ぼさないことを確実にすることができる。時間差投与は、例えば、１つのエピトープコードＲＮＡ種が、ＰＤ−１及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤の前、同時、又は後に、及び／又は異なるエピトープコードＲＮＡ種の前、同時、又は後に投与されることを意味し得る。この手順は、好ましくは、同時投与、又はＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤がエピトープコードＲＮＡの前に投与される投与が、同一又は少なくとも同等の結果をもたらし得るとしても、免疫系がＰＤ−１及びＬＡＧ−３経路の阻害によって刺激される前に、抗原提示細胞及びＴ細胞などの免疫細胞がＲＮＡコードエピトープに遭遇することを可能にする。
幾つかの好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの成分（即ち、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、ＰＤ−１経路阻害剤、及びＬＡＧ−３経路阻害剤）は、同時に（即ち、同一又は異なる投与経路を介して同時に）投与される。
幾つかの好ましい実施形態によれば、本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの成分（即ち、少なくとも１つのエピトープコードＲＮＡ、ＰＤ−１経路阻害剤、及びＬＡＧ−３経路阻害剤）は、別々に（即ち、異なる時点で及び／又は異なる投与経路を介して順次）投与される。
投与量
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ、及びそれぞれの成分は、それを必要とする被験体に「薬学的に有効な」量で投与されることが好ましい。
本発明の文脈における「薬学的に有効な量」は、典型的には、免疫応答などの所望の薬学的効果を誘導するのに十分な量として理解される。本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの投与量も「治療的に有効」であることが好ましく、即ち、治療される疾患又は状態の症状の軽減及び／又は予防される疾患又は状態の症状の予防のために十分な量である。換言すれば、「治療的に有効な量」とは、疾患又は障害の積極的な変化を有意に誘発するのに十分な本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの量、即ち、対象とされる組織、系、動物、又はヒトにおいて生物学的又は医学的応答を引き起こす活性成分の量を意味する。
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ、又はそれぞれの成分の治療効果及び毒性は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％致死量）及びＥＤ５０（集団の５０％に治療的に有効な用量）を決定するための、細胞培養又は実験動物における標準的な医薬手続によって決定できる。毒性効果と治療効果との間の用量比が治療指数であり、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として表すことができる。大きな治療指数を示す組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツが一般に好ましい。細胞培養アッセイ及び動物実験から得られたデータは、ヒトに使用するための投与量の範囲を処方するのに使用することができる。そのような化合物の投与量は、好ましくは、毒性が殆どない又は全くないＥＤ５０を含む血中濃度の範囲内にある。
この用語はまた、例えば、腫瘍増殖を低減又は阻害するために、疾患の進行を低減するのに十分な量の本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツを含む。しかし、同時に、「治療的に有効な量」は、重篤な副作用を回避する、即ち、利益とリスクとの間の良好な関係を可能にするのに十分に低いことが好ましい。これらの限界値の決定は、通常、賢明な医学的判断の範囲内にある。本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツの「治療的に有効な量」は、更に、治療対象の特定の疾患又は状態、患者の特徴（年齢、体調、体重、性別、及び食事など）、同時治療、活性成分の薬物動態特性、治療計画、及び所望の効果（改善対完全寛解）などに関連して変動する。
例えば、本明細書に記載の本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、若しくはキットオブパーツ、又はそれぞれの成分の治療有効用量は、投与単位当たり約０．００１ｍｇ〜１０ｍｇ、好ましくは約０．０１ｍｇ〜５ｍｇ、より好ましくは約０．１ｍｇ〜２ｍｇ、又は投与単位当たり約０．０１ｎｍｏｌ〜１ｍｍｏｌ、特に、投与単位当たり１ｎｍｏｌ〜１ｍｍｏｌ、好ましくは投与単位当たり１μｍｏｌ〜１ｍｍｏｌである。本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ（又はそれらの成分）の治療有効用量は、（体重１ｋｇ当たり）約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｇ／ｋｇ、好ましくは約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜５ｇ／ｋｇ、より好ましくは約０．１ｍｇ／ｋｇ〜２．５ｇ／ｋｇの範囲であり得ることもまた想定される。
本発明に係る本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツ、又はそれらの成分の「薬学的に有効な量」は、通常の実験、例えば、動物モデルを使用して決定することができる。そのようなモデルとしては、限定するものではないが、ウサギ、ヒツジ、マウス、ラット、イヌ、及び非ヒト霊長類モデルが挙げられる。
併用療法
本発明の組合せ、（医薬）組成物、ワクチン、又はキットオブパーツはまた、併用療法において使用され得る。本明細書に定義される疾患及び障害を治療又は予防するために有用な任意の他の療法は、本明細書に開示される使用及び方法と組み合わせることができる。
例えば、本発明に係る組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンを受ける被験体は、化学療法（例えば、第１選択又は第２選択療法）、放射線療法、化学放射線療法（化学療法と放射線療法の併用）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤）、抗体療法及び／又は阻害性及び／又は刺激性チェックポイント分子（例えば、ＣＴＬＡ４阻害剤）を受けている、好ましくは本明細書に定義される癌又は関連する状態を有する患者、又は、又は上で特定した治療のうちの１つ以上を受けた後、部分奏効を達成した又は疾患が安定した患者であり得る。或いは、本発明に係る組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンが投与される被験体は、抗生物療法、抗真菌療法、又は抗ウイルス療法を受けている、好ましくは本明細書に定義される感染症を有する患者であり得る。
更なる態様において、本発明は、したがって、癌、感染症、アレルギー、又は自己免疫疾患の別の治療を支援するための本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの使用にも関する。
癌の治療又は予防の「支援」は、例えば、外科手術、放射線療法、化学療法（例えば、第１選択又は第２選択化学療法）、化学放射線療法、チロシンキナーゼ阻害剤による治療、阻害性及び／又は刺激性チェックポイント分子による治療、好ましくはＣＴＬＡ４阻害剤、抗体療法、又はこれらの任意の組合せ、並びに本明細書に定義される本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンを用いる療法などの従来の癌治療法の任意の組合せであり得る。
本発明に係る本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの投与は、別の治療薬の投与すること、又は治療対象の特定の疾患又は状態の治療に有用な別の治療を患者に施すことの前、それと同時、及び／又はその後に達成できる。
癌
好ましい実施形態では、本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンは、癌の治療又は予防に使用される。
本明細書中で使用される場合、用語「癌」は、周囲の組織に侵入し、離れた身体部位に転移する傾向を示す細胞の制御されない、通常急速な増殖によって特徴付けられる新生物を意味する。この用語は、良性及び悪性の新生物を包含する。癌における悪性腫瘍は、通常、無形成症、浸潤性、及び転移によって特徴付けられ、一方、良性悪性腫瘍は、通常、これらの特性は有しない。この用語は、腫瘍の増殖、並びに血液及びリンパ系の癌を特徴とする新生物を含む。本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンを用いて治療することができる癌の具体例としては、急性リンパ芽球性白血病、成体；急性リンパ芽球性白血病、小児期；急性骨髄性白血病、成体；副腎皮質癌；副腎皮質癌、小児期；エイズ関連リンパ腫；エイズ関連悪性腫瘍；肛門癌；星状細胞腫、小児小脳；星状細胞腫、小児脳；胆管癌、肝外；膀胱癌；膀胱癌、小児期；骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫；脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、成体；脳腫瘍、脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小脳星細胞腫、小児期；脳腫瘍、脳星細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；脳腫瘍、上衣腫、小児期；脳腫瘍、髄芽腫、小児期；脳腫瘍、テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；脳腫瘍、視覚経路及び視床下部神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小児期（その他）；乳癌；乳癌と妊娠；乳癌、小児期；乳癌、雄性；気管支腺腫／カルチノイド、小児期：カルチノイド腫瘍、小児期；カルチノイド腫瘍、消化管；癌、副腎皮質；癌、膵島細胞；原発不明の癌；中枢神経系リンパ腫、原発性；小脳星細胞腫、小児期；脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；子宮頸癌；小児癌；慢性リンパ性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；腱鞘の明細胞肉腫；大腸癌；結腸直腸癌、小児期；皮膚Ｔ細胞リンパ腫；子宮内膜癌；上衣腫、小児期；上皮癌、卵巣；食道癌；食道癌、小児期；ユーイング腫瘍ファミリー；頭蓋外胚細胞腫瘍、小児期；性腺外胚細胞腫瘍；肝外胆管癌；眼癌；眼内黒色腫；眼癌、網膜芽細胞腫；胆嚢癌；胃（胃臓）癌；胃（胃臓）癌、小児期；消化管カルチノイド腫瘍；胚細胞腫瘍、頭蓋外、小児期；胚細胞腫瘍、性腺外；胚細胞腫瘍、卵巣；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫、小児脳幹；神経膠腫、小児視覚経路及び視床下部；有毛細胞白血病；頭頸部癌；肝細胞（肝臓）癌、成体（原発性）；肝細胞（肝臓）癌、小児期（原発性）；ホジキンリンパ腫、成体；ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中のホジキンリンパ腫；下咽頭癌；視床下部及び視覚経路神経膠腫、小児期；眼内黒色腫；膵島細胞癌（内分泌膵臓）；カポジ肉腫；腎臓癌；喉頭癌；喉頭癌、小児期；白血病、急性リンパ芽球性、成体；白血病、急性リンパ芽球性、小児期；白血病、急性骨髄性、成体；白血病、急性骨髄性、小児期；白血病、慢性リンパ球性；白血病、慢性骨髄性；白血病、有毛細胞；口唇癌及び口腔癌；肝癌、成体（原発性）；肝癌、小児期（原発性）；肺癌、非小細胞；肺癌、小細胞；リンパ芽球性白血病、成体急性；リンパ芽球性白血病、小児期急性；リンパ球性白血病、慢性；リンパ腫、エイズ−関連；リンパ腫、中枢神経系（原発性）；リンパ腫、皮膚Ｔ細胞；リンパ腫、ホジキン、成体；リンパ腫、ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中のホジキン；リンパ腫、非ホジキン、成体；リンパ腫、非ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中の非ホジキン；リンパ腫、原発性中枢神経系；マクログロブリン血症、ワルデンストレーム雄性乳癌；悪性中皮腫、成体；悪性中皮腫、小児期；悪性胸腺腫；髄芽腫、小児期；黒色腫；黒色腫、眼内；メルケル細胞癌；中皮腫、悪性；原発不明の転移性扁平上皮頸部癌；多発性内分泌腫瘍症候群、小児期；多発性骨髄腫／形質細胞新生物；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄性白血病、慢性；骨髄性白血病、小児期急性；骨髄腫、多発性；骨髄増殖性障害、慢性；鼻腔及び副鼻腔癌；上咽頭癌；上咽頭癌、小児期；神経芽細胞腫；神経線維腫；非ホジキンリンパ腫、成体；非ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中の非ホジキンリンパ腫；非小細胞肺癌；口腔癌、小児期；口腔及び口唇癌；中咽頭癌；骨肉腫／骨の悪性線維性組織球腫；卵巣癌、小児期；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵癌；膵癌、小児期；膵癌、膵島細胞；副鼻腔及び鼻腔癌；副甲状腺癌；陰茎癌；褐色細胞腫；松果体及びテント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；下垂体腫瘍；形質細胞新生物／多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；妊娠と乳癌；妊娠とホジキンリンパ腫；妊娠と非ホジキンリンパ腫；原発性中枢神経系リンパ腫；原発性肝癌、成体；原発性肝癌、小児期；前立腺癌；直腸癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌、小児期；腎盂と尿管、移行上皮癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫、小児期；唾液腺癌；唾液腺癌、小児期；肉腫、ユーイング腫瘍ファミリー；肉腫、カポジ；肉腫（骨肉腫）／骨の悪性線維性組織球腫；肉腫、横紋筋肉腫、小児期；肉腫、軟組織、成体；肉腫、軟組織、小児期；セザリー症候群；皮膚癌；皮膚癌、小児期；皮膚癌（黒色腫）；皮膚癌、メルケル細胞；小細胞肺癌；小腸癌、軟部組織肉腫、成体；軟部肉腫、小児期；原発不明の扁平上皮頸部癌、転移性；胃臓（胃）癌；胃臓（胃）癌、小児期；テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；Ｔ細胞リンパ腫、皮膚；精巣癌；胸腺腫、小児期；胸腺腫、悪性；甲状腺癌；甲状腺癌、小児期；腎盂及び尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍、妊娠中；小児期の原発不明癌；異常な小児癌；尿管及び腎盂、移行上皮癌；尿道癌；子宮肉腫；膣癌；視覚経路と視床下部神経膠腫、小児期；外陰癌；ワルデンストレームのマクログロブリン血症；及びウィルムス腫瘍が挙げられる。
感染症
本発明の組合せ、医薬組成物、又はキットは、感染症を治療するためにも使用され得る。「感染」又は「感染症」という用語は、体内に通常存在しない細菌、ウイルス、及び寄生虫などの微生物の侵入及び増殖に関する。感染は、症状を引き起こさず無症状である場合、又は症状を引き起こし、臨床的に明らかになる場合がある。感染は限局性のままである、又はそれが血液又はリンパ系を介して拡散し全身性になることがある。この文脈における感染症は、好ましくは、ウイルス性、細菌性、真菌性、又は原虫性の感染症を含む。本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンで治療することができる感染症の具体例としては、アシネトバクター感染症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ病、炭疽、虫垂炎、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、水虫、バベシア症、セレウス菌感染症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性膣炎（ＢＶ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）属感染症、バランチジウム症、バイリスアスカリス（Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ）属感染症、ビルハルツ住血吸虫症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛症、ブラストシスチス・ホミニス感染症、バランチジウム症、ボリビア出血熱、ボレリア感染症（ボレリア症）、ボツリヌス症（及び乳児ボツリヌス症）、ウシ条虫、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（カンジダ病）、イヌ条虫感染症、ネコひっかき病、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア感染症、トラコーマクラミジア感染症、肺炎クラミジア感染症、コレラ、クロモブラストミコーシス、鼠径リンパ肉芽腫、肝ジストマ症、クロストリジウム・ディフィシル感染症、コクシジオイデス真菌症、風邪、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒）、尖圭コンジローム、結膜炎、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコックス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、皮膚リーシュマニア症、シクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、皮膚糸状菌症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、鼠径リンパ肉芽腫症、メジナ虫症、初夏髄膜脳炎（ＦＳＭＥ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、ぎょう虫症（ぎょう虫感染症）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、喉頭蓋炎、エプスタイン−バーウイルス感染性単核球症、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、第五病、フィラリア症、魚中毒（シグアテラ）、魚類条虫、流行性感冒、ウェルシュ菌による食中毒、キツネ条虫、自由生活アメーバ感染症、フゾバクテリウム感染症、ガス壊疽、ゲオトリクム症、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア鞭毛虫症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼡径部肉芽腫（ドノヴァン症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ピロリ菌感染症、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、ヘニパウイルス感染症、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、Ｉ型単純ヘルペス、ＩＩ型単純ヘルペス、帯状疱疹、ヒストプラスマ症、凹窩いぼ（Ｈｏｌｌｏｗ ｗａｒｔｓ）、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエーリキア・エウィンギイ症、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球エーリキア症、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、膜様条虫症、インフルエンザ、イソスポーラ症、日本脳炎、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー、ランブル鞭毛虫症（ジアルジア鞭毛虫症）、ラッサ熱、在郷軍人病（レジオネラ病、ポンティアック熱）、リーシュマニア症、らい病、レプトスピラ症、シラミ、リステリア症、ライムボレリア症、ライム病、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ病（ＭＨＦ）、マールブルグウイルス、麻疹、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、横川吸虫症、微胞子虫症、小条虫、流産（前立腺炎症）、伝染性軟属腫（ＭＣ）、単核細胞症、耳下腺炎、発疹熱（地方性発疹チフス）、足菌腫、マイコプラズマ・ホミニス、マイコプラスマ肺炎、ハエウジ病、おむつ皮膚炎、新生児結膜炎（新生児眼炎）、新生児敗血症（絨毛羊膜炎）、ノカルジア症、水癌、ノーウォークウイルス感染症、オンコセルカ症（河川盲目症）、骨髄炎、中耳炎、パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パラチフス、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ）、骨盤腹膜炎（ＰＩＤ）、百日咳、ファイファー腺熱、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ（小児跛行）、小児麻痺、ブタ条虫、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多病巣性白質脳障害、偽性クループ、オウム病、Ｑ熱、野兎熱、狂犬病、鼡咬熱、ライター症候群、ＲＳウイルス感染症（ＲＳＶ）、リノスポリジウム症、鼻炎ウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染症、風疹、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｕｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｕｓ）、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、猩紅熱 住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症）、ツツガムシ病、敗血症、シゲラ症（細菌性赤痢）、帯状ヘルペス、天然痘（痘瘡）、軟性下疳、スポロトリクス症、ブドウ球菌性食中毒、ブドウ球菌感染症、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風、三日熱、ダニ媒介脳炎、須毛白癬（床屋かゆみ症）、頭部白癬（頭部の白癬）、体部白癬（体部の白癬）、股部白癬（いんきん）、手白癬（手部の白癬）、黒色輪癬、足部白癬（水虫）、爪白癬（爪真菌症）、黒なまず（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラスマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染症）、トリッパー（Ｔｒｉｐｐｅｒ）、トリパノソーマ症（睡眠病）、ツツガムシ病、結核、野兎病、発疹チフス、発疹チフス、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、膣炎、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、内臓リーシュマニア症、いぼ、西ナイル熱、西部ウマ脳炎、白色砂毛症（須毛白癬）、百日咳、酵母斑（Ｙｅａｓｔ ｆｕｎｇｕｓ ｓｐｏｔｓ）、黄熱病、偽結核エルジニア菌感染症、エルジニア症、及び接合真菌症が挙げられる。
本明細書に記載される疾患又は状態の治療及び／又は予防のための本発明の組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの使用は、それを必要とする被験体に、前記組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの薬学的に有効な量を投与することを含み得る。本明細書に記載される疾患を治療する方法は、それを必要とする被験体に、前記組合せ、（医薬）組成物、又はワクチンの薬学的に有効な量を投与することを含み得る。投与の適切な方法は上に記載した通りである。
項目のリスト
項目１：
（ｉ）抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのＲＮＡと、
（ｉｉ）少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と、
（ｉｉｉ）少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤と
を含むこと特徴とする組合せ。
項目２：
前記ＰＤ−１経路阻害剤及び／又は前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、抗体若しくは前記抗体をコードする核酸、タンパク質若しくは前記タンパク質をコードする核酸、ペプチド若しくは前記ペプチドをコードする核酸、拮抗性核酸、及び有機低分子から選択される前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目３：
（ａ）前記ＰＤ−１経路阻害剤が、競合的又は非競合的ＰＤ−１アンタゴニストである、及び／又は
（ｂ）前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、競合的又は非競合的ＬＡＧ−３アンタゴニストである前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目４：
（ａ）前記ＰＤ−１経路阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び／又はＰＤ−Ｌ２に結合する、及び／又は
（ｂ）前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、ＬＡＧ−３及び／又はＭＨＣ−ＩＩに結合する前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目５：
前記ＰＤ−１経路阻害剤が、抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体、又は前記抗体をコードする核酸又はその変異体、断片、若しくは誘導体である前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目６：
前記ＰＤ−１経路阻害剤が、ニボルマブ；ペンブロリズマブ；ピジリズマブ；ＢＧＢ−Ａ３１７；ＭＥＤＩ０６８０；ＰＤＲ００１；ＲＥＧＮ２８１０；ＴＳＲ−０４２；ＡＧＥＮ−２０３４；ＡＭ−０００１；ＢＧＢ−１０８；ＢＩ−７５４０９１；ＣＢＴ−５０１；ＥＮＵＭ−００３；ＥＮＵＭ−３８８Ｄ４；ＩＢＩ−３０８；ＪＮＪ−６３７２３２８３；ＪＳ−００１；ＪＴＸ−４０１４；ＪＹ−０３４；ＭＣＬＡ−１３４；ＰＦ−０６８０１５９１；ＳＴＩＡ−１１１０；２４４Ｃ８及び３８８Ｄ４から選択される抗ＰＤ１抗体；ＢＭＳ−９３６５５９、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、アヴェルマブ、ＫＤ０３３、ＳＴＩ−Ａ１０１４、ＭＣＬＡ−１４５、及びＳＰ１４２から選択される抗ＰＤＬ１抗体；又はｒＨＩｇＭ１２Ｂ７から選択される抗ＰＤＬ２抗体である項目５に記載の組合せ。
項目７：
前記ＰＤ−１経路阻害剤が、融合タンパク質及び可溶性受容体から任意に選択される拮抗性結合タンパク質、又は融合タンパク質及び可溶性受容体から任意に選択される拮抗性結合タンパク質をコードする核酸である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目８：
前記融合タンパク質が、（ｉ）ＰＤ−Ｌ１リガンド又はそのドメイン、断片、若しくは変異体、及び／又は（ｉｉ）ＰＤ−Ｌ２リガンド又はそのドメイン、断片、若しくは変異体、任意に（ｉｉｉ）Ｆｃ免疫グロブリンから任意に選択される更なる実体を含む項目７に記載の組合せ。
項目９：
前記融合タンパク質が、ＡＭＰ−２２４である項目８に記載の組合せ。
項目１０：
前記可溶性受容体が、可溶性ＰＤ−１受容体又はその断片若しくは変異体である項目７に記載の組合せ。
項目１１：
前記ＰＤ−１経路阻害剤が、項目７から１１のいずれかに記載のＰＤ−１経路阻害剤をコードする核酸、好ましくはＲＮＡ、より好ましくはｍＲＮＡである、又はその断片若しくは変異体である項目１から５のいずれかに記載の組合せ。
項目１２：
前記ＰＤ−１経路阻害剤が、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、又はアプタマーから任意に選択される拮抗性核酸である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目１３：
前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体、又は抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体をコードする核酸である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目１４：
前記抗体が、ＢＭＳ−９８６０１６、ＬＡＧ５２５、ＧＳＫ２８３１７８１、ＢＩ−７５４１１１、ＥＮＵＭ−００６、ＦＳ−１８、ＩＭＰ−７０１、ＩＭＰ−７３１、ＴＲＬ−７１１７、及びＴＳＲ−０３３から選択される抗ＬＡＧ−３抗体である項目１３に記載の組合せ。
項目１５：
前記抗体が、ＭＧＤ−０１３及びＳｙｍ−０１６から任意に選択される、ＬＡＧ−３並びにＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び／又はＰＤ−Ｌ２の少なくとも１つに特異的に結合する多重特異性抗体、好ましくは二重特異性抗体又は三重特異性抗体である項目５及び／又は１３に記載の組合せ。
項目１６：
前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、拮抗結合タンパク質又は拮抗結合タンパク質をコードする核酸である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目１７：
前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、項目１３から１５のいずれかに記載のＬＡＧ−３阻害剤をコードする核酸、好ましくはＲＮＡ、より好ましくはｍＲＮＡである、又はその断片若しくは変異体である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目１８：
前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、又はアプタマーから任意に選択される拮抗性核酸である項目１から４のいずれかに記載の組合せ。
項目１９：
抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、単離されたＲＮＡである前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目２０：
抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、安定化されたＲＮＡである前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目２１：
抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、修飾ＲＮＡ配列を含み、前記修飾ＲＮＡ配列において、
（ａ）前記ＲＮＡ配列の少なくとも１つのオープンリーディングフレームのＧ／Ｃ含量が、野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含量に比較して増加している；及び／又は
（ｂ）前記修飾ＲＮＡ配列の少なくとも１つのオープンリーディングフレーム内のコドン使用が、ヒトのコドン使用に適合されている；及び／又は
（ｃ）前記コドン適合度指数（ＣＡＩ）が、前記ＲＮＡ配列のコード配列において増加又は最大化されており、
前記少なくとも１つの修飾ＲＮＡ配列によってコードされるアミノ酸配列が、好ましくは、対応する非修飾ＲＮＡ配列によってコードされるアミノ酸配列と比較して変化していない前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目２２：抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡにおいて、前記抗原は、１Ａ０１＿ＨＬＡ−Ａ／ｍ；１Ａ０２；５Ｔ４；ＡＣＲＢＰ；ＡＦＰ；ＡＫＡＰ４；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ；アルファ−メチルアシル−コエンザイム＿Ａ＿ラセマーゼ；ＡＮＤＲ；ＡＲＴ−４；ＡＲＴＣ１／ｍ；ＡＵＲＫＢ；Ｂ２ＭＧ；Ｂ３ＧＮ５；Ｂ４ＧＮ１；Ｂ７Ｈ４；ＢＡＧＥ−１；ＢＡＳＩ；ＢＣＬ−２；ｂｃｒ／ａｂｌ；ベータ−カテニン／ｍ；ＢＩＮＧ−４；ＢＩＲＣ７；ＢＲＣＡ１／ｍ；ＢＹ５５；カルレティキュリン；ＣＡＭＥＬ；ＣＡＳＰ−８／ｍ；ＣＡＳＰＡ；カテプシン＿Ｂ；カテプシン＿Ｌ；ＣＤ１Ａ；ＣＤ１Ｂ；ＣＤ１Ｃ；ＣＤ１Ｄ；ＣＤ１Ｅ；ＣＤ２０；ＣＤ２２；ＣＤ２７６；ＣＤ３３；ＣＤ３Ｅ；ＣＤ３Ｚ；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿１；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿６；ＣＤ４；ＣＤ５２；ＣＤ５５；ＣＤ５６；ＣＤ８０；ＣＤ８６；ＣＤ８Ａ；ＣＤＣ２７／ｍ；ＣＤＥ３０；ＣＤＫ４／ｍ；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ；ＣＥＡ；ＣＥＡＭ６；ＣＨ３Ｌ２；ＣＬＣＡ２；ＣＭＬ２８；ＣＭＬ６６；ＣＯＡ−１／ｍ；コアクトシン様＿タンパク質；コラーゲン＿ＸＸＩＩＩ；ＣＯＸ−２；ＣＰ１Ｂ１；ＣＳＡＧ２；ＣＴ４５Ａ１；ＣＴ５５；ＣＴ−＿９／ＢＲＤ６；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ａ；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ｂ；ＣＴＣＦＬ；Ｃｔｅｎ；サイクリン＿Ｂ１；サイクリン＿Ｄ１；ｃｙｐ−Ｂ；ＤＡＭ−１０；ＤＥＰ１Ａ；Ｅ７；ＥＦ１Ａ２；ＥＦＴＵＤ２／ｍ；ＥＧＦＲ；ＥＧＬＮ３；ＥＬＦ２／ｍ；ＥＭＭＰＲＩＮ；ＥｐＣａｍ；ＥｐｈＡ２；ＥｐｈＡ３；ＥｒｂＢ３；ＥＲＢＢ４；ＥＲＧ；ＥＴＶ６；ＥＷＳ；ＥＺＨ２；ＦＡＢＰ７；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿１；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿２；ＦＧＦ５；ＦＧＦＲ２；フィブロネクチン；ＦＯＳ；ＦＯＸＰ３；ＦＵＴ１；Ｇ２５０；ＧＡＧＥ−１；ＧＡＧＥ−２；ＧＡＧＥ−３；ＧＡＧＥ−４；ＧＡＧＥ−５；ＧＡＧＥ−６；ＧＡＧＥ７ｂ；ＧＡＧＥ−８＿（ＧＡＧＥ−２Ｄ）；ＧＡＳＲ；ＧｎＴ−Ｖ；ＧＰＣ３；ＧＰＮＭＢ／ｍ；ＧＲＭ３；ＨＡＧＥ；ヘプシン；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ；ＨＬＡ−Ａ２／ｍ；ホメオボックス＿ＮＫＸ３．１；ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５；ＨＰＧ１；ＨＳ７１Ａ；ＨＳ７１Ｂ；ＨＳＴ−２；ｈＴＥＲＴ；ｉＣＥ；ＩＦ２Ｂ３；ＩＬ１０；ＩＬ−１３Ｒａ２；ＩＬ２−ＲＡ；ＩＬ２−ＲＢ；ＩＬ２−ＲＧ；ＩＬ−５；ＩＭＰ３；ＩＴＡ５；ＩＴＢ１；ＩＴＢ６；カリクレイン−２；カリクレイン−４；ＫＩ２０Ａ；ＫＩＡＡ０２０５；ＫＩＦ２Ｃ；ＫＫ−ＬＣ−１；ＬＤＬＲ；ＬＧＭＮ；ＬＩＲＢ２；ＬＹ６Ｋ；ＭＡＧＡ５；ＭＡＧＡ８；ＭＡＧＡＢ；ＭＡＧＥ−Ａ１０；ＭＡＧＥ−Ａ１２；ＭＡＧＥ−Ａ１；ＭＡＧＥ−Ａ２；ＭＡＧＥ−Ａ３；ＭＡＧＥ−Ａ４；ＭＡＧＥ−Ａ６；ＭＡＧＥ−Ａ９；ＭＡＧＥ−Ｂ１０；ＭＡＧＥ−Ｂ１６；ＭＡＧＥ−Ｂ１７；ＭＡＧＥ−＿Ｂ１；ＭＡＧＥ−Ｂ２；ＭＡＧＥ−Ｂ３；ＭＡＧＥ−Ｂ４；ＭＡＧＥ−Ｂ５；ＭＡＧＥ−Ｂ６；ＭＡＧＥ−Ｃ１；ＭＡＧＥ−Ｃ２；ＭＡＧＥ−Ｃ３；ＭＡＧＥ−Ｄ１；ＭＡＧＥ−Ｄ２；ＭＡＧＥ−Ｄ４；ＭＡＧＥ−＿Ｅ１；ＭＡＧＥ−Ｅ１＿（ＭＡＧＥ１）；ＭＡＧＥ−Ｅ２；ＭＡＧＥ−Ｆ１；ＭＡＧＥ−Ｈ１；ＭＡＧＥＬ２；マンマグロビン＿Ａ；ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ；ＭＡＲＴ−２；ＭＣ１＿Ｒ；Ｍ−ＣＳＦ；メソテリン；ＭＩＴＦ；ＭＭＰ１＿１；ＭＭＰ７；ＭＵＣ−１；ＭＵＭ−１／ｍ；ＭＵＭ−２／ｍ；ＭＹＣＮ；ＭＹＯ１Ａ；ＭＹＯ１Ｂ；ＭＹＯ１Ｃ；ＭＹＯ１Ｄ；ＭＹＯ１Ｅ；ＭＹＯ１Ｆ；ＭＹＯ１Ｇ；ＭＹＯ１Ｈ；ＮＡ１７；ＮＡ８８−Ａ；Ｎｅｏ−ＰＡＰ；ＮＦＹＣ／ｍ；ＮＧＥＰ；ＮＰＭ；ＮＲＣＡＭ；ＮＳＥ；ＮＵＦ２；ＮＹ−ＥＳＯ−１；ＯＡ１；ＯＧＴ；ＯＳ−９；オステオカルシン；オステオポンチン；ｐ５３；ＰＡＧＥ−４；ＰＡＩ−１；ＰＡＩ−２；ＰＡＰ；ＰＡＴＥ；ＰＡＸ３；ＰＡＸ５；ＰＤ１Ｌ１；ＰＤＣＤ１；ＰＤＥＦ；ＰＥＣＡ１；ＰＧＣＢ；ＰＧＦＲＢ；Ｐｉｍ−１＿−キナーゼ；Ｐｉｎ−１；ＰＬＡＣ１；ＰＭＥＬ；ＰＭＬ；ＰＯＴＥＦ；ＰＯＴＥ；ＰＲＡＭＥ；ＰＲＤＸ５／ｍ；ＰＲＭ２；プロステイン；プロテイナーゼ−３；ＰＳＡ；ＰＳＢ９；ＰＳＣＡ；ＰＳＧＲ；ＰＳＭ；ＰＴＰＲＣ；ＲＡＢ８Ａ；ＲＡＧＥ−１；ＲＡＲＡ；ＲＡＳＨ；ＲＡＳＫ；ＲＡＳＮ；ＲＧＳ５；ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８；ＲＨＯＣ；ＲＳＳＡ；ＲＵ１；ＲＵ２；ＲＵＮＸ１；Ｓ−１００；ＳＡＧＥ；ＳＡＲＴ−＿１；ＳＡＲＴ−２；ＳＡＲＴ−３；ＳＥＰＲ；ＳＥＲＰＩＮＢ５；ＳＩＡ７Ｆ；ＳＩＡ８Ａ；ＳＩＡＴ９；ＳＩＲＴ２／ｍ；ＳＯＸ１０；ＳＰ１７；ＳＰＮＸＡ；ＳＰＸＮ３；ＳＳＸ−１；ＳＳＸ−２；ＳＳＸ３；ＳＳＸ−４；ＳＴ１Ａ１；ＳＴＡＧ２；ＳＴＡＭＰ−１；ＳＴＥＡＰ−１；サバイビン−２Ｂ；サバイビン；ＳＹＣＰ１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−２；ＴＡＲＰ；ＴＣＲｇ；ＴＦ２ＡＡ；ＴＧＦＢ１；ＴＧＦＲ２；ＴＧＭ−４；ＴＩＥ２；ＴＫＴＬ１；ＴＰＩ／ｍ；ＴＲＧＶ１１；ＴＲＧＶ９；ＴＲＰＣ１；ＴＲＰ−ｐ８；ＴＳＧ１０；ＴＳＰＹ１；ＴＶＣ＿（ＴＲＧＶ３）；ＴＸ１０１；チロシナーゼ；ＴＹＲＰ１；ＴＹＲＰ２；ＵＰＡ；ＶＥＧＦＲ１；ＷＴ１；及びＸＡＧＥ１から選択される腫瘍抗原又はその変異体若しくは断片であり、前記少なくとも１つのＲＮＡが、任意にモノシストロン性、ビシストロン性、又はマルチシストロン性である前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目２３：
前記組合せが、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、好ましくは６個の複数のエピトープコードＲＮＡを含み、前記エピトープコードＲＮＡが、好ましくはモノシストロン性であり、
ａ）ＮＹ−ＥＳＯ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｄ）ＭＡＧＥ−Ｃ１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｅ）ＭＡＧＥ−Ｃ２の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
ｆ）サバイビンの少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び任意に、
ｇ）５Ｔ４の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び任意に、
ｈ）ＭＵＣ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体をコードする項目２２に記載の組合せ。
項目２４：
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡである前記項目のいずれかに記載の組合せ。
項目２５：
抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、以下の１以上を含む前記項目のいずれかに記載の組合せ：
（ａ）少なくとも１つの５’キャップ構造；及び／又は
（ｂ）任意に少なくとも１つの５’−ＵＴＲ；及び／又は
（ｃ）少なくとも１つの３’−ＵＴＲ；及び／又は
（ｄ）任意に少なくとも１つのヒストンステムループ；及び
（ｅ）少なくとも１つのポリ（Ａ）配列及び／又はポリ（Ｃ）配列。
項目２６：
抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、以下から選択される少なくとも１つの担体と複合体化又は会合している前記項目のいずれかに記載の組合せ：
（ａ）１以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物、好ましくはカチオン性又はポリカチオン性ポリマー、プロタミンを含むカチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質、カチオン性又はポリカチオン性多糖類、及び／又はカチオン性又はポリカチオン性脂質；及び／又は
（ｂ）１以上の脂質（それによって、リポソーム、脂質ナノ粒子、及び／又はリポプレックスを形成する）。
項目２７：
前記項目のいずれかに記載の組合せと、薬学的に許容される賦形剤、好ましくは薬学的に許容される担体とを含むことを特徴とする医薬組成物。
項目２８：
薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、更なる抗原、エピトープをコードする更なる核酸、免疫療法剤又は免疫賦活剤、好ましくは免疫賦活性ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）のうちの１以上を更に含む項目２７に記載の医薬組成物。
項目２９：
前記医薬組成物が、ワクチンである項目２７から２８のいずれかに記載の医薬組成物。
項目３０：
項目１から２６のいずれかに記載の組合せ、又は項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物を含むことを特徴とするキットオブパーツ。
項目３１：
（ｉ）前記項目のいずれかに定義される抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのＲＮＡと；
（ｉｉ）前記項目のいずれかに定義される少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と；
（ｉｉｉ）前記項目のいずれかに定義される少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤
とを含む項目３０に記載のキットオブパーツ。
項目３２：
医薬として使用するための、項目１から２６のいずれかに記載の組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ。
項目３３：
ワクチンとして使用するための、項目１から２６のいずれかに記載の組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ。
項目３４：
腫瘍若しくは癌の疾患、感染症、アレルギー、又は自己免疫疾患の予防又は治療の方法における使用のための、項目１から２６のいずれかに記載の組合せ又は項目３２から３３のいずれかに記載の使用のための組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は項目３２から３３のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ又は項目３２から３３のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
項目３５：
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病、成体；急性リンパ芽球性白血病、小児期；急性骨髄性白血病、成体；副腎皮質癌；副腎皮質癌、小児期；エイズ関連リンパ腫；エイズ関連悪性腫瘍；肛門癌；星状細胞腫、小児小脳；星状細胞腫、小児脳；胆管癌、肝外；膀胱癌；膀胱癌、小児期；骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫；脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、成体；脳腫瘍、脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小脳星細胞腫、小児期；脳腫瘍、脳星細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；脳腫瘍、上衣腫、小児期；脳腫瘍、髄芽腫、小児期；脳腫瘍、テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；脳腫瘍、視覚経路及び視床下部神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小児期（その他）；乳癌；乳癌と妊娠；乳癌、小児期；乳癌、雄性；気管支腺腫／カルチノイド、小児期：カルチノイド腫瘍、小児期；カルチノイド腫瘍、消化管；癌、副腎皮質；癌、膵島細胞；原発不明の癌；中枢神経系リンパ腫、原発性；小脳星細胞腫、小児期；脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；子宮頸癌；小児癌；慢性リンパ性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；腱鞘の明細胞肉腫；大腸癌；結腸直腸癌、小児期；皮膚Ｔ細胞リンパ腫；子宮内膜癌；上衣腫、小児期；上皮癌、卵巣；食道癌；食道癌、小児期；ユーイング腫瘍ファミリー；頭蓋外胚細胞腫瘍、小児期；性腺外胚細胞腫瘍；肝外胆管癌；眼癌；眼内黒色腫；眼癌、網膜芽細胞腫；胆嚢癌；胃（胃臓）癌；胃（胃臓）癌、小児期；消化管カルチノイド腫瘍；胚細胞腫瘍、頭蓋外、小児期；胚細胞腫瘍、性腺外；胚細胞腫瘍、卵巣；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫、小児脳幹；神経膠腫、小児視覚経路及び視床下部；有毛細胞白血病；頭頸部癌；肝細胞（肝臓）癌、成体（原発性）；肝細胞（肝臓）癌、小児期（原発性）；ホジキンリンパ腫、成体；ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中のホジキンリンパ腫；下咽頭癌；視床下部及び視覚経路神経膠腫、小児期；眼内黒色腫；膵島細胞癌（内分泌膵臓）；カポジ肉腫；腎臓癌；喉頭癌；喉頭癌、小児期；白血病、急性リンパ芽球性、成体；白血病、急性リンパ芽球性、小児期；白血病、急性骨髄性、成体；白血病、急性骨髄性、小児期；白血病、慢性リンパ球性；白血病、慢性骨髄性；白血病、有毛細胞；口唇癌及び口腔癌；肝癌、成体（原発性）；肝癌、小児期（原発性）；肺癌、非小細胞；肺癌、小細胞；リンパ芽球性白血病、成体急性；リンパ芽球性白血病、小児期急性；リンパ球性白血病、慢性；リンパ腫、エイズ−関連；リンパ腫、中枢神経系（原発性）；リンパ腫、皮膚Ｔ細胞；リンパ腫、ホジキン、成体；リンパ腫、ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中のホジキン；リンパ腫、非ホジキン、成体；リンパ腫、非ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中の非ホジキン；リンパ腫、原発性中枢神経系；マクログロブリン血症、ワルデンストレーム雄性乳癌；悪性中皮腫、成体；悪性中皮腫、小児期；悪性胸腺腫；髄芽腫、小児期；黒色腫；黒色腫、眼内；メルケル細胞癌；中皮腫、悪性；原発不明の転移性扁平上皮頸部癌；多発性内分泌腫瘍症候群、小児期；多発性骨髄腫／形質細胞新生物；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄性白血病、慢性；骨髄性白血病、小児期急性；骨髄腫、多発性；骨髄増殖性障害、慢性；鼻腔及び副鼻腔癌；上咽頭癌；上咽頭癌、小児期；神経芽細胞腫；神経線維腫；非ホジキンリンパ腫、成体；非ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中の非ホジキンリンパ腫；非小細胞肺癌；口腔癌、小児期；口腔及び口唇癌；中咽頭癌；骨肉腫／骨の悪性線維性組織球腫；卵巣癌、小児期；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵癌；膵癌、小児期；膵癌、膵島細胞；副鼻腔及び鼻腔癌；副甲状腺癌；陰茎癌；褐色細胞腫；松果体及びテント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；下垂体腫瘍；形質細胞新生物／多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；妊娠と乳癌；妊娠とホジキンリンパ腫；妊娠と非ホジキンリンパ腫；原発性中枢神経系リンパ腫；原発性肝癌、成体；原発性肝癌、小児期；前立腺癌；直腸癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌、小児期；腎盂と尿管、移行上皮癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫、小児期；唾液腺癌；唾液腺癌、小児期；肉腫、ユーイング腫瘍ファミリー；肉腫、カポジ；肉腫（骨肉腫）／骨の悪性線維性組織球腫；肉腫、横紋筋肉腫、小児期；肉腫、軟組織、成体；肉腫、軟組織、小児期；セザリー症候群；皮膚癌；皮膚癌、小児期；皮膚癌（黒色腫）；皮膚癌、メルケル細胞；小細胞肺癌；小腸癌、軟部組織肉腫、成体；軟部肉腫、小児期；原発不明の扁平上皮頸部癌、転移性；胃臓（胃）癌；胃臓（胃）癌、小児期；テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；Ｔ細胞リンパ腫、皮膚；精巣癌；胸腺腫、小児期；胸腺腫、悪性；甲状腺癌；甲状腺癌、小児期；腎盂及び尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍、妊娠中；小児期の原発不明癌；異常な小児癌；尿管及び腎盂、移行上皮癌；尿道癌；子宮肉腫；膣癌；視覚経路と視床下部神経膠腫、小児期；外陰癌；ワルデンストレームのマクログロブリン血症；及びウィルムス腫瘍から選択される項目１から２６のいずれかに記載の組合せ又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のための組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
項目３６：
前記感染症が、アシネトバクター感染症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ病、炭疽、虫垂炎、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、水虫、バベシア症、セレウス菌感染症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性膣炎（ＢＶ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）属感染症、バランチジウム症、バイリスアスカリス（Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ）属感染症、ビルハルツ住血吸虫症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛症、ブラストシスチス・ホミニス感染症、バランチジウム症、ボリビア出血熱、ボレリア感染症（ボレリア症）、ボツリヌス症（及び乳児ボツリヌス症）、ウシ条虫、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（カンジダ病）、イヌ条虫感染症、ネコひっかき病、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア感染症、トラコーマクラミジア感染症、肺炎クラミジア感染症、コレラ、クロモブラストミコーシス、鼠径リンパ肉芽腫、肝ジストマ症、クロストリジウム・ディフィシル感染症、コクシジオイデス真菌症、風邪、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒）、尖圭コンジローム、結膜炎、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコックス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、皮膚リーシュマニア症、シクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、皮膚糸状菌症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、鼠径リンパ肉芽腫症、メジナ虫症、初夏髄膜脳炎（ＦＳＭＥ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、ぎょう虫症（ぎょう虫感染症）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、喉頭蓋炎、エプスタイン−バーウイルス感染性単核球症、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、第五病、フィラリア症、魚中毒（シグアテラ）、魚類条虫、流行性感冒、ウェルシュ菌による食中毒、キツネ条虫、自由生活アメーバ感染症、フゾバクテリウム感染症、ガス壊疽、ゲオトリクム症、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア鞭毛虫症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼡径部肉芽腫（ドノヴァン症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ピロリ菌感染症、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、ヘニパウイルス感染症、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、Ｉ型単純ヘルペス、ＩＩ型単純ヘルペス、帯状疱疹、ヒストプラスマ症、凹窩いぼ（Ｈｏｌｌｏｗ ｗａｒｔｓ）、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエーリキア・エウィンギイ症、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球エーリキア症、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、膜様条虫症、インフルエンザ、イソスポーラ症、日本脳炎、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー、ランブル鞭毛虫症（ジアルジア鞭毛虫症）、ラッサ熱、在郷軍人病（レジオネラ病、ポンティアック熱）、リーシュマニア症、らい病、レプトスピラ症、シラミ、リステリア症、ライムボレリア症、ライム病、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ病（ＭＨＦ）、マールブルグウイルス、麻疹、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、横川吸虫症、微胞子虫症、小条虫、流産（前立腺炎症）、伝染性軟属腫（ＭＣ）、単核細胞症、耳下腺炎、発疹熱（地方性発疹チフス）、足菌腫、マイコプラズマ・ホミニス、マイコプラスマ肺炎、ハエウジ病、おむつ皮膚炎、新生児結膜炎（新生児眼炎）、新生児敗血症（絨毛羊膜炎）、ノカルジア症、水癌、ノーウォークウイルス感染症、オンコセルカ症（河川盲目症）、骨髄炎、中耳炎、パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パラチフス、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ）、骨盤腹膜炎（ＰＩＤ）、百日咳、ファイファー腺熱、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ（小児跛行）、小児麻痺、ブタ条虫、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多病巣性白質脳障害、偽性クループ、オウム病、Ｑ熱、野兎熱、狂犬病、鼡咬熱、ライター症候群、ＲＳウイルス感染症（ＲＳＶ）、リノスポリジウム症、鼻炎ウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染症、風疹、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｕｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｕｓ）、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、猩紅熱 住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症）、ツツガムシ病、敗血症、シゲラ症（細菌性赤痢）、帯状ヘルペス、天然痘（痘瘡）、軟性下疳、スポロトリクス症、ブドウ球菌性食中毒、ブドウ球菌感染症、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風、三日熱、ダニ媒介脳炎、須毛白癬（床屋かゆみ症）、頭部白癬（頭部の白癬）、体部白癬（体部の白癬）、股部白癬（いんきん）、手白癬（手部の白癬）、黒色輪癬、足部白癬（水虫）、爪白癬（爪真菌症）、黒なまず（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラスマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染症）、トリッパー（Ｔｒｉｐｐｅｒ）、トリパノソーマ症（睡眠病）、ツツガムシ病、結核、野兎病、発疹チフス、発疹チフス、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、膣炎、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、内臓リーシュマニア症、いぼ、西ナイル熱、西部ウマ脳炎、白色砂毛症（須毛白癬）、百日咳、酵母斑（Ｙｅａｓｔ ｆｕｎｇｕｓ ｓｐｏｔｓ）、黄熱病、偽結核エルジニア菌感染症、エルジニア症、及び接合真菌症から選択される項目１から２１及び２３から２６のいずれかに記載の組合せ又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のための組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ又は項目３２から３４のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
項目３７：
更に、少なくとも１つのアジュバントを含む、項目１から２６のいずれかに記載の組合せ又は項目３２から３６のいずれかに記載の使用のための組合せ、項目２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は項目３２から３６のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は項目３１に記載のキットオブパーツ又は項目３２から３６のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
項目３８：
前記使用が、前記ＲＮＡ、前記ＰＤ−１経路阻害剤、及び前記ＬＡＧ−３経路阻害剤を、それを必要とする被験体に順次又は同時に投与することを含む項目３２から３７のいずれかに記載の使用のための組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツ。
項目３９：
前記ＲＮＡ、前記ＰＤ−１経路阻害剤、及び前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、それを必要とする被験体に異なる投与経路を介して投与される項目３２から３８のいずれかに記載の使用のための組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツ。
項目４０：
前記項目のいずれかに定義されるＲＮＡと組み合わせて治療に使用するための、前記項目のいずれかに定義されるＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤。
項目４１：
前記項目のいずれかに定義されるＰＤ−１経路阻害剤及びＬＡＧ−３経路阻害剤と組み合わせて治療に使用するための、前記項目のいずれかに記載のＲＮＡ。
項目４２：
前記項目のいずれかに記載の組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツの治療的に有効な量を、それを必要とする被験体に投与することを含む、癌、感染症、自己免疫疾患、又はアレルギーを治療又は予防する方法。
実施例
以下に、本発明の様々な実施形態及び態様を説明する具体例を提示する。しかし、本発明は、本明細書に記載する特定の実施形態によって範囲が限定されるものではない。以下の調製及び実施例は、当業者が本発明をより明確に理解し、実施することができるように与えられるものである。しかし、本発明は、例示される実施形態によって範囲が限定されるものではなく、前記実施形態は、本発明の１つの態様を説明することのみを意図し、機能的に等価な方法は、本発明の範囲内である。実際、本明細書に記載するものに加えて本発明の様々な変形例は、前述の記載、添付図面、及び以下の実施例から当業者に容易に明らかになる。全てのかかる変形例は、添付の特許請求の範囲の範囲内である。
実施例１
１．１ ＤＮＡ及びｍＲＮＡ構築物の調製
本実施例では、セキショクヤケイオボアルブミンｍＲＮＡ（Ｒ１７１０）をコードするＤＮＡ配列を調製し、その後のインビトロ転写反応に使用した。
第１の調製にしたがって、前記したｍＲＮＡをコードするＤＮＡ配列を調製した。安定化のためにＧＣ最適化配列を導入し、続いてアルファ−グロビン−３’−ＵＴＲ（ｍｕａｇ（変異アルファ−グロビン−３’−ＵＴＲ）由来の安定化配列）、一続きの６４アデノシン（ポリＡ配列）、一続きの３０シトシン（ポリＣ配列）、及びヒストンステムループを導入することによって野生型コード配列を改変することによって構築物を調製した。配列番号３５に、対応するｍＲＮＡの配列を示す。
１．２ インビトロ転写
実施例１にしたがって調製したそれぞれのＤＮＡプラスミドを、Ｔ７ポリメラーゼを用いてインビトロで転写した。続いて、ＰｕｒｅＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（登録商標）（ＣｕｒｅＶａｃ、Ｔｕｂｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてｍＲＮＡを精製した。
１．３ ワクチンの調製
ｍＲＮＡにプロタミンを（１：２）（ｗ／ｗ）（アジュバント成分）の割合で添加することによって、ｍＲＮＡ Ｒ１７１０をプロタミンと複合体化させた。１０分間インキュベートした後、抗原提供ＲＮＡとして使用したのと同じ量の遊離ｍＲＮＡ Ｒ１７１０を添加した。
ＯＶＡ−ＲＮＡｃｔｉｖｅワクチン（Ｒ１７１０）：プロタミンと２：１（ｗ／ｗ）の比で複合体を形成した配列番号３５に係るセキショクヤケイオボアルブミン（Ｒ１７１０）をコードするｍＲＮＡからなるアジュバント成分と、配列番号３５に係るセキショクヤケイオボアルブミン（Ｒ１７１０）をコードする抗原提供遊離ｍＲＮＡとを含む（比率１：１；複合体化ＲＮＡ：遊離ＲＮＡ）。
実施例２：抗ＰＤ１、抗ＬＡＧ−３抗体、及びＲＮＡワクチンの組合せ
二重免疫チェックポイント阻害と組み合わせたＲＮＡワクチン接種の有効性を分析するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、マウス１頭当たり３×１０５個のＥ．Ｇ７−ＯＶＡリンパ腫細胞（ＰＢＳ中の容量１００μｌ）を皮下移植した。Ｅ．Ｇ７−ＯＶＡは、セキショクヤケイオボアルブミン（ＯＶＡ）を安定的に発現するマウスＴ細胞リンパ腫細胞株である。
ＯＶＡｍＲＮＡ １７１０を含むＲＮＡワクチンによる皮内ワクチン接種（３２μｇ／マウス／ワクチン接種日）（実施例１にしたがう）及び抗ＰＤ−１／ＣＤ２７９モノクローナル抗体（１９０μｇ ｉ．ｐ．）＋抗ＬＡＧ−３抗体（１９０μｇ ｉ．ｐ．）又はアイソタイプ対照による処置を、４日目に開始し、７、１１、１４、１８、及び２１日目に繰り返した。動物に午前中に抗体注射を受けさせ、午後にＲＮＡワクチンをワクチン接種した。ＰｐＬｕｃをコードするＲＮＡ（「ＰｐＬｕｃ ＲＮＡｃｔｉｖｅ」）又は拮抗性抗体を投与された動物は、対照としてのみ用いた。
抗ＰＤ−１／ＣＤ２７９抗体（クローンＲＭＰ１−１４、ラットＩｇＧ２ａ）、抗ＬＡＧ−３抗体、及びアイソタイプ対照抗体（クローン２Ａ３、ラットＩｇＧ２ａ）は、ＢｉｏＸＣｅｌｌ（Ｗｅｓｔ Ｌｅｂａｎｏｎ、ＮＨ、ＵＳＡ）から購入した。
腫瘍増殖
ノギスを用いて腫瘍サイズを３次元で測定することによって腫瘍増殖をモニターした。ノギスを用いて腫瘍サイズを３次元で測定することによって腫瘍増殖測定をモニターした。以下の式にしたがって体積を計算した。
マウスの健康状態のスコアリング
腫瘍増殖の間、マウスを腫瘍苦痛スコアリングシート（行動の観察並びに腫瘍の外観及びサイズ）によって健康状態について日常的に評価した。マウス及び／又は腫瘍の異常な行動又は状態が観察された場合、これを記録し、スコアを安楽死の根拠として使用する。
結果
ＲＮＡワクチンによって誘導された抗腫瘍応答は、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３免疫チェックポイント阻害との組合せによって有意に増強された。ＰＤ−１阻害剤、ＬＡＧ−３阻害剤、又はそれらの組合せによるＥＧ．７−ＯＶＡ腫瘍担持マウスの治療は、二重のＰＤ−１及びＬＡＧ−３チェックポイント阻害とＲＮＡワクチンとを併用した場合と比較して、誘導した腫瘍増殖低下は有意に少なかった。更に、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３遮断とＲＮＡワクチンとの併用治療は、大部分の処置動物において完全な腫瘍根絶を誘導したが、ＰＤ−１及びＬＡＧ−３チェックポイントの阻害のみで処置されたマウスでは完全な腫瘍寛解は起こらなかった。ＲＮＡワクチンとＰＤ−１及びＬＡＧ−３遮断との組合せのみが、非特異的ＲＮＡワクチン、単一チェックポイント阻害剤、更には特異的ＲＮＡワクチンの単独処置と比較して、生存率の有意な上昇を誘導した。

Claims (42)

  1. （ｉ）抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのＲＮＡと、
    （ｉｉ）少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と、
    （ｉｉｉ）少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤と
    を含むこと特徴とする組合せ。
  2. 前記ＰＤ−１経路阻害剤及び／又は前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、抗体若しくは前記抗体をコードする核酸、タンパク質若しくは前記タンパク質をコードする核酸、ペプチド若しくは前記ペプチドをコードする核酸、拮抗性核酸、及び有機低分子から選択される請求項１に記載の組合せ。
  3. （ａ）前記ＰＤ−１経路阻害剤が、競合的又は非競合的ＰＤ−１アンタゴニストである、及び／又は
    （ｂ）前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、競合的又は非競合的ＬＡＧ−３アンタゴニストである請求項１から２のいずれかに記載の組合せ。
  4. （ａ）前記ＰＤ−１経路阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び／又はＰＤ−Ｌ２に結合する、及び／又は
    （ｂ）前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、ＬＡＧ−３及び／又はＭＨＣ−ＩＩに結合する請求項１から３のいずれかに記載の組合せ。
  5. 前記ＰＤ−１経路阻害剤が、抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体、又は前記抗体をコードする核酸又はその変異体、断片、若しくは誘導体である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  6. 前記ＰＤ−１経路阻害剤が、ニボルマブ；ペンブロリズマブ；ピジリズマブ；ＢＧＢ−Ａ３１７；ＭＥＤＩ０６８０；ＰＤＲ００１；ＲＥＧＮ２８１０；ＴＳＲ−０４２；ＡＧＥＮ−２０３４；ＡＭ−０００１；ＢＧＢ−１０８；ＢＩ−７５４０９１；ＣＢＴ−５０１；ＥＮＵＭ−００３；ＥＮＵＭ−３８８Ｄ４；ＩＢＩ−３０８；ＪＮＪ−６３７２３２８３；ＪＳ−００１；ＪＴＸ−４０１４；ＪＹ−０３４；ＭＣＬＡ−１３４；ＰＦ−０６８０１５９１；ＳＴＩＡ−１１１０；２４４Ｃ８及び３８８Ｄ４から選択される抗ＰＤ１抗体；ＢＭＳ−９３６５５９、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、アヴェルマブ、ＫＤ０３３、ＳＴＩ−Ａ１０１４、ＭＣＬＡ−１４５、及びＳＰ１４２から選択される抗ＰＤＬ１抗体；又はｒＨＩｇＭ１２Ｂ７から選択される抗ＰＤＬ２抗体である請求項５に記載の組合せ。
  7. 前記ＰＤ−１経路阻害剤が、融合タンパク質及び可溶性受容体から任意に選択される拮抗性結合タンパク質、又は融合タンパク質及び可溶性受容体から任意に選択される拮抗性結合タンパク質をコードする核酸である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  8. 前記融合タンパク質が、（ｉ）ＰＤ−Ｌ１リガンド又はそのドメイン、断片、若しくは変異体、及び／又は（ｉｉ）ＰＤ−Ｌ２リガンド又はそのドメイン、断片、若しくは変異体、任意に（ｉｉｉ）Ｆｃ免疫グロブリンから任意に選択される更なる実体を含む請求項７に記載の組合せ。
  9. 前記融合タンパク質が、ＡＭＰ−２２４である請求項８に記載の組合せ。
  10. 前記可溶性受容体が、可溶性ＰＤ−１受容体又はその断片若しくは変異体である請求項７に記載の組合せ。
  11. 前記ＰＤ−１経路阻害剤が、請求項７から１１のいずれかに記載のＰＤ−１経路阻害剤をコードする核酸、好ましくはＲＮＡ、より好ましくはｍＲＮＡである、又はその断片若しくは変異体である請求項１から５のいずれかに記載の組合せ。
  12. 前記ＰＤ−１経路阻害剤が、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、又はアプタマーから任意に選択される拮抗性核酸である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  13. 前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体、又は抗体又はその変異体、断片、若しくは誘導体、特に、その抗原結合変異体、断片、若しくは誘導体をコードする核酸である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  14. 前記抗体が、ＢＭＳ−９８６０１６、ＬＡＧ５２５、ＧＳＫ２８３１７８１、ＢＩ−７５４１１１、ＥＮＵＭ−００６、ＦＳ−１８、ＩＭＰ−７０１、ＩＭＰ−７３１、ＴＲＬ−７１１７、及びＴＳＲ−０３３から選択される抗ＬＡＧ−３抗体である請求項１３に記載の組合せ。
  15. 前記抗体が、ＭＧＤ−０１３及びＳｙｍ−０１６から任意に選択される、ＬＡＧ−３並びにＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び／又はＰＤ−Ｌ２の少なくとも１つに特異的に結合する多重特異性抗体、好ましくは二重特異性抗体又は三重特異性抗体である請求項５及び／又は１３に記載の組合せ。
  16. 前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、拮抗結合タンパク質又は拮抗結合タンパク質をコードする核酸である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  17. 前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、請求項１３から１５のいずれかに記載のＬＡＧ−３阻害剤をコードする核酸、好ましくはＲＮＡ、より好ましくはｍＲＮＡである、又はその断片若しくは変異体である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  18. 前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、又はアプタマーから任意に選択される拮抗性核酸である請求項１から４のいずれかに記載の組合せ。
  19. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、単離されたＲＮＡである請求項１から１８のいずれかに記載の組合せ。
  20. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、安定化されたＲＮＡである請求項１から１９のいずれかに記載の組合せ。
  21. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、修飾ＲＮＡ配列を含み、前記修飾ＲＮＡ配列において、
    （ａ）前記ＲＮＡ配列の少なくとも１つのオープンリーディングフレームのＧ／Ｃ含量が、野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含量に比較して増加している；及び／又は
    （ｂ）前記修飾ＲＮＡ配列の少なくとも１つのオープンリーディングフレーム内のコドン使用が、ヒトのコドン使用に適合されている；及び／又は
    （ｃ）前記コドン適合度指数（ＣＡＩ）が、前記ＲＮＡ配列のコード配列において増加又は最大化されており、
    前記少なくとも１つの修飾ＲＮＡ配列によってコードされるアミノ酸配列が、好ましくは、対応する非修飾ＲＮＡ配列によってコードされるアミノ酸配列と比較して変化しない請求項１から２０のいずれかに記載の組合せ。
  22. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡにおいて、前記抗原は、１Ａ０１＿ＨＬＡ−Ａ／ｍ；１Ａ０２；５Ｔ４；ＡＣＲＢＰ；ＡＦＰ；ＡＫＡＰ４；アルファ−アクチニン−＿４／ｍ；アルファ−メチルアシル−コエンザイム＿Ａ＿ラセマーゼ；ＡＮＤＲ；ＡＲＴ−４；ＡＲＴＣ１／ｍ；ＡＵＲＫＢ；Ｂ２ＭＧ；Ｂ３ＧＮ５；Ｂ４ＧＮ１；Ｂ７Ｈ４；ＢＡＧＥ−１；ＢＡＳＩ；ＢＣＬ−２；ｂｃｒ／ａｂｌ；ベータ−カテニン／ｍ；ＢＩＮＧ−４；ＢＩＲＣ７；ＢＲＣＡ１／ｍ；ＢＹ５５；カルレティキュリン；ＣＡＭＥＬ；ＣＡＳＰ−８／ｍ；ＣＡＳＰＡ；カテプシン＿Ｂ；カテプシン＿Ｌ；ＣＤ１Ａ；ＣＤ１Ｂ；ＣＤ１Ｃ；ＣＤ１Ｄ；ＣＤ１Ｅ；ＣＤ２０；ＣＤ２２；ＣＤ２７６；ＣＤ３３；ＣＤ３Ｅ；ＣＤ３Ｚ；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿１；ＣＤ４４＿アイソフォーム＿６；ＣＤ４；ＣＤ５２；ＣＤ５５；ＣＤ５６；ＣＤ８０；ＣＤ８６；ＣＤ８Ａ；ＣＤＣ２７／ｍ；ＣＤＥ３０；ＣＤＫ４／ｍ；ＣＤＫＮ２Ａ／ｍ；ＣＥＡ；ＣＥＡＭ６；ＣＨ３Ｌ２；ＣＬＣＡ２；ＣＭＬ２８；ＣＭＬ６６；ＣＯＡ−１／ｍ；コアクトシン様＿タンパク質；コラーゲン＿ＸＸＩＩＩ；ＣＯＸ−２；ＣＰ１Ｂ１；ＣＳＡＧ２；ＣＴ４５Ａ１；ＣＴ５５；ＣＴ−＿９／ＢＲＤ６；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ａ；ＣＴＡＧ２＿アイソフォーム＿ＬＡＧＥ−１Ｂ；ＣＴＣＦＬ；Ｃｔｅｎ；サイクリン＿Ｂ１；サイクリン＿Ｄ１；ｃｙｐ−Ｂ；ＤＡＭ−１０；ＤＥＰ１Ａ；Ｅ７；ＥＦ１Ａ２；ＥＦＴＵＤ２／ｍ；ＥＧＦＲ；ＥＧＬＮ３；ＥＬＦ２／ｍ；ＥＭＭＰＲＩＮ；ＥｐＣａｍ；ＥｐｈＡ２；ＥｐｈＡ３；ＥｒｂＢ３；ＥＲＢＢ４；ＥＲＧ；ＥＴＶ６；ＥＷＳ；ＥＺＨ２；ＦＡＢＰ７；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿１；ＦＣＧＲ３Ａ＿バージョン＿２；ＦＧＦ５；ＦＧＦＲ２；フィブロネクチン；ＦＯＳ；ＦＯＸＰ３；ＦＵＴ１；Ｇ２５０；ＧＡＧＥ−１；ＧＡＧＥ−２；ＧＡＧＥ−３；ＧＡＧＥ−４；ＧＡＧＥ−５；ＧＡＧＥ−６；ＧＡＧＥ７ｂ；ＧＡＧＥ−８＿（ＧＡＧＥ−２Ｄ）；ＧＡＳＲ；ＧｎＴ−Ｖ；ＧＰＣ３；ＧＰＮＭＢ／ｍ；ＧＲＭ３；ＨＡＧＥ；ヘプシン；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ；ＨＬＡ−Ａ２／ｍ；ホメオボックス＿ＮＫＸ３．１；ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５；ＨＰＧ１；ＨＳ７１Ａ；ＨＳ７１Ｂ；ＨＳＴ−２；ｈＴＥＲＴ；ｉＣＥ；ＩＦ２Ｂ３；ＩＬ１０；ＩＬ−１３Ｒａ２；ＩＬ２−ＲＡ；ＩＬ２−ＲＢ；ＩＬ２−ＲＧ；ＩＬ−５；ＩＭＰ３；ＩＴＡ５；ＩＴＢ１；ＩＴＢ６；カリクレイン−２；カリクレイン−４；ＫＩ２０Ａ；ＫＩＡＡ０２０５；ＫＩＦ２Ｃ；ＫＫ−ＬＣ−１；ＬＤＬＲ；ＬＧＭＮ；ＬＩＲＢ２；ＬＹ６Ｋ；ＭＡＧＡ５；ＭＡＧＡ８；ＭＡＧＡＢ；ＭＡＧＥ−Ａ１０；ＭＡＧＥ−Ａ１２；ＭＡＧＥ−Ａ１；ＭＡＧＥ−Ａ２；ＭＡＧＥ−Ａ３；ＭＡＧＥ−Ａ４；ＭＡＧＥ−Ａ６；ＭＡＧＥ−Ａ９；ＭＡＧＥ−Ｂ１０；ＭＡＧＥ−Ｂ１６；ＭＡＧＥ−Ｂ１７；ＭＡＧＥ−＿Ｂ１；ＭＡＧＥ−Ｂ２；ＭＡＧＥ−Ｂ３；ＭＡＧＥ−Ｂ４；ＭＡＧＥ−Ｂ５；ＭＡＧＥ−Ｂ６；ＭＡＧＥ−Ｃ１；ＭＡＧＥ−Ｃ２；ＭＡＧＥ−Ｃ３；ＭＡＧＥ−Ｄ１；ＭＡＧＥ−Ｄ２；ＭＡＧＥ−Ｄ４；ＭＡＧＥ−＿Ｅ１；ＭＡＧＥ−Ｅ１＿（ＭＡＧＥ１）；ＭＡＧＥ−Ｅ２；ＭＡＧＥ−Ｆ１；ＭＡＧＥ−Ｈ１；ＭＡＧＥＬ２；マンマグロビン＿Ａ；ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ；ＭＡＲＴ−２；ＭＣ１＿Ｒ；Ｍ−ＣＳＦ；メソテリン；ＭＩＴＦ；ＭＭＰ１＿１；ＭＭＰ７；ＭＵＣ−１；ＭＵＭ−１／ｍ；ＭＵＭ−２／ｍ；ＭＹＣＮ；ＭＹＯ１Ａ；ＭＹＯ１Ｂ；ＭＹＯ１Ｃ；ＭＹＯ１Ｄ；ＭＹＯ１Ｅ；ＭＹＯ１Ｆ；ＭＹＯ１Ｇ；ＭＹＯ１Ｈ；ＮＡ１７；ＮＡ８８−Ａ；Ｎｅｏ−ＰＡＰ；ＮＦＹＣ／ｍ；ＮＧＥＰ；ＮＰＭ；ＮＲＣＡＭ；ＮＳＥ；ＮＵＦ２；ＮＹ−ＥＳＯ−１；ＯＡ１；ＯＧＴ；ＯＳ−９；オステオカルシン；オステオポンチン；ｐ５３；ＰＡＧＥ−４；ＰＡＩ−１；ＰＡＩ−２；ＰＡＰ；ＰＡＴＥ；ＰＡＸ３；ＰＡＸ５；ＰＤ１Ｌ１；ＰＤＣＤ１；ＰＤＥＦ；ＰＥＣＡ１；ＰＧＣＢ；ＰＧＦＲＢ；Ｐｉｍ−１＿−キナーゼ；Ｐｉｎ−１；ＰＬＡＣ１；ＰＭＥＬ；ＰＭＬ；ＰＯＴＥＦ；ＰＯＴＥ；ＰＲＡＭＥ；ＰＲＤＸ５／ｍ；ＰＲＭ２；プロステイン；プロテイナーゼ−３；ＰＳＡ；ＰＳＢ９；ＰＳＣＡ；ＰＳＧＲ；ＰＳＭ；ＰＴＰＲＣ；ＲＡＢ８Ａ；ＲＡＧＥ−１；ＲＡＲＡ；ＲＡＳＨ；ＲＡＳＫ；ＲＡＳＮ；ＲＧＳ５；ＲＨＡＭＭ／ＣＤ１６８；ＲＨＯＣ；ＲＳＳＡ；ＲＵ１；ＲＵ２；ＲＵＮＸ１；Ｓ−１００；ＳＡＧＥ；ＳＡＲＴ−＿１；ＳＡＲＴ−２；ＳＡＲＴ−３；ＳＥＰＲ；ＳＥＲＰＩＮＢ５；ＳＩＡ７Ｆ；ＳＩＡ８Ａ；ＳＩＡＴ９；ＳＩＲＴ２／ｍ；ＳＯＸ１０；ＳＰ１７；ＳＰＮＸＡ；ＳＰＸＮ３；ＳＳＸ−１；ＳＳＸ−２；ＳＳＸ３；ＳＳＸ−４；ＳＴ１Ａ１；ＳＴＡＧ２；ＳＴＡＭＰ−１；ＳＴＥＡＰ−１；サバイビン−２Ｂ；サバイビン；ＳＹＣＰ１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−１；ＳＹＴ−ＳＳＸ−２；ＴＡＲＰ；ＴＣＲｇ；ＴＦ２ＡＡ；ＴＧＦＢ１；ＴＧＦＲ２；ＴＧＭ−４；ＴＩＥ２；ＴＫＴＬ１；ＴＰＩ／ｍ；ＴＲＧＶ１１；ＴＲＧＶ９；ＴＲＰＣ１；ＴＲＰ−ｐ８；ＴＳＧ１０；ＴＳＰＹ１；ＴＶＣ＿（ＴＲＧＶ３）；ＴＸ１０１；チロシナーゼ；ＴＹＲＰ１；ＴＹＲＰ２；ＵＰＡ；ＶＥＧＦＲ１；ＷＴ１；及びＸＡＧＥ１から選択される腫瘍抗原又はその変異体若しくは断片であり、前記少なくとも１つのＲＮＡが、任意にモノシストロン性、ビシストロン性、又はマルチシストロン性である請求項１から２２のいずれかに記載の組合せ。
  23. 前記組合せが、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、好ましくは６個の複数のエピトープコードＲＮＡを含み、前記エピトープコードＲＮＡが、好ましくはモノシストロン性であり、
    ａ）ＮＹ−ＥＳＯ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
    ｄ）ＭＡＧＥ−Ｃ１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
    ｅ）ＭＡＧＥ−Ｃ２の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び
    ｆ）サバイビンの少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び任意に、
    ｇ）５Ｔ４の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体；及び任意に、
    ｈ）ＭＵＣ−１の少なくとも１つのエピトープ、又はその断片、変異体、若しくは誘導体をコードする請求項２２に記載の組合せ。
  24. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡである請求項１から２３のいずれかに記載の組合せ。
  25. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、以下の１以上を含む請求項１から２４のいずれかに記載の組合せ：
    （ａ）少なくとも１つの５’キャップ構造；及び／又は
    （ｂ）任意に少なくとも１つの５’−ＵＴＲ；及び／又は
    （ｃ）少なくとも１つの３’−ＵＴＲ；及び／又は
    （ｄ）任意に少なくとも１つのヒストンステムループ；及び
    （ｅ）少なくとも１つのポリ（Ａ）配列及び／又はポリ（Ｃ）配列。
  26. 抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする前記ＲＮＡ、及び／又はＰＤ−１経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡ及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤をコードする前記ＲＮＡが、以下から選択される少なくとも１つの担体と複合体化又は会合している請求項１から２５のいずれかに記載の組合せ：
    （ａ）１以上のカチオン性又はポリカチオン性化合物、好ましくはカチオン性又はポリカチオン性ポリマー、プロタミンを含むカチオン性又はポリカチオン性ペプチド又はタンパク質、カチオン性又はポリカチオン性多糖類、及び／又はカチオン性又はポリカチオン性脂質；及び／又は
    （ｂ）１以上の脂質（それによって、リポソーム、脂質ナノ粒子、及び／又はリポプレックスを形成する）。
  27. 請求項１から２６のいずれかに記載の組合せと、薬学的に許容される賦形剤、好ましくは薬学的に許容される担体とを含むことを特徴とする医薬組成物。
  28. 薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、更なる抗原、エピトープをコードする更なる核酸、免疫療法剤又は免疫賦活剤、好ましくは免疫賦活性ＲＮＡ（ｉｓＲＮＡ）のうちの１以上を更に含む請求項２７に記載の医薬組成物。
  29. 前記医薬組成物が、ワクチンである請求項２７から２８のいずれかに記載の医薬組成物。
  30. 請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ、又は請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物を含むことを特徴とするキットオブパーツ。
  31. （ｉ）請求項１から３０のいずれかに定義される抗原の少なくとも１つのエピトープをコードする少なくとも１つのコード配列を含む少なくとも１つのＲＮＡと；
    （ｉｉ）請求項１から３０のいずれかに定義される少なくとも１つのＰＤ−１経路阻害剤と；
    （ｉｉｉ）請求項１から３０のいずれかに定義される少なくとも１つのＬＡＧ−３経路阻害剤
    とを含む請求項３０に記載のキットオブパーツ。
  32. 医薬として使用するための、請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ。
  33. ワクチンとして使用するための、請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ。
  34. 腫瘍若しくは癌の疾患、感染症、アレルギー、又は自己免疫疾患の予防又は治療の方法における使用のための、請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ又は請求項３２から３３のいずれかに記載の使用のための組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は請求項３２から３３のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ又は請求項３２から３３のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
  35. 前記癌が、急性リンパ芽球性白血病、成体；急性リンパ芽球性白血病、小児期；急性骨髄性白血病、成体；副腎皮質癌；副腎皮質癌、小児期；エイズ関連リンパ腫；エイズ関連悪性腫瘍；肛門癌；星状細胞腫、小児小脳；星状細胞腫、小児脳；胆管癌、肝外；膀胱癌；膀胱癌、小児期；骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫；脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、成体；脳腫瘍、脳幹神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小脳星細胞腫、小児期；脳腫瘍、脳星細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；脳腫瘍、上衣腫、小児期；脳腫瘍、髄芽腫、小児期；脳腫瘍、テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；脳腫瘍、視覚経路及び視床下部神経膠腫、小児期；脳腫瘍、小児期（その他）；乳癌；乳癌と妊娠；乳癌、小児期；乳癌、雄性；気管支腺腫／カルチノイド、小児期：カルチノイド腫瘍、小児期；カルチノイド腫瘍、消化管；癌、副腎皮質；癌、膵島細胞；原発不明の癌；中枢神経系リンパ腫、原発性；小脳星細胞腫、小児期；脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、小児期；子宮頸癌；小児癌；慢性リンパ性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；腱鞘の明細胞肉腫；大腸癌；結腸直腸癌、小児期；皮膚Ｔ細胞リンパ腫；子宮内膜癌；上衣腫、小児期；上皮癌、卵巣；食道癌；食道癌、小児期；ユーイング腫瘍ファミリー；頭蓋外胚細胞腫瘍、小児期；性腺外胚細胞腫瘍；肝外胆管癌；眼癌；眼内黒色腫；眼癌、網膜芽細胞腫；胆嚢癌；胃（胃臓）癌；胃（胃臓）癌、小児期；消化管カルチノイド腫瘍；胚細胞腫瘍、頭蓋外、小児期；胚細胞腫瘍、性腺外；胚細胞腫瘍、卵巣；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫、小児脳幹；神経膠腫、小児視覚経路及び視床下部；有毛細胞白血病；頭頸部癌；肝細胞（肝臓）癌、成体（原発性）；肝細胞（肝臓）癌、小児期（原発性）；ホジキンリンパ腫、成体；ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中のホジキンリンパ腫；下咽頭癌；視床下部及び視覚経路神経膠腫、小児期；眼内黒色腫；膵島細胞癌（内分泌膵臓）；カポジ肉腫；腎臓癌；喉頭癌；喉頭癌、小児期；白血病、急性リンパ芽球性、成体；白血病、急性リンパ芽球性、小児期；白血病、急性骨髄性、成体；白血病、急性骨髄性、小児期；白血病、慢性リンパ球性；白血病、慢性骨髄性；白血病、有毛細胞；口唇癌及び口腔癌；肝癌、成体（原発性）；肝癌、小児期（原発性）；肺癌、非小細胞；肺癌、小細胞；リンパ芽球性白血病、成体急性；リンパ芽球性白血病、小児期急性；リンパ球性白血病、慢性；リンパ腫、エイズ−関連；リンパ腫、中枢神経系（原発性）；リンパ腫、皮膚Ｔ細胞；リンパ腫、ホジキン、成体；リンパ腫、ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中のホジキン；リンパ腫、非ホジキン、成体；リンパ腫、非ホジキン、小児期；リンパ腫、妊娠中の非ホジキン；リンパ腫、原発性中枢神経系；マクログロブリン血症、ワルデンストレーム雄性乳癌；悪性中皮腫、成体；悪性中皮腫、小児期；悪性胸腺腫；髄芽腫、小児期；黒色腫；黒色腫、眼内；メルケル細胞癌；中皮腫、悪性；原発不明の転移性扁平上皮頸部癌；多発性内分泌腫瘍症候群、小児期；多発性骨髄腫／形質細胞新生物；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄性白血病、慢性；骨髄性白血病、小児期急性；骨髄腫、多発性；骨髄増殖性障害、慢性；鼻腔及び副鼻腔癌；上咽頭癌；上咽頭癌、小児期；神経芽細胞腫；神経線維腫；非ホジキンリンパ腫、成体；非ホジキンリンパ腫、小児期；妊娠中の非ホジキンリンパ腫；非小細胞肺癌；口腔癌、小児期；口腔及び口唇癌；中咽頭癌；骨肉腫／骨の悪性線維性組織球腫；卵巣癌、小児期；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵癌；膵癌、小児期；膵癌、膵島細胞；副鼻腔及び鼻腔癌；副甲状腺癌；陰茎癌；褐色細胞腫；松果体及びテント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；下垂体腫瘍；形質細胞新生物／多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；妊娠と乳癌；妊娠とホジキンリンパ腫；妊娠と非ホジキンリンパ腫；原発性中枢神経系リンパ腫；原発性肝癌、成体；原発性肝癌、小児期；前立腺癌；直腸癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌、小児期；腎盂と尿管、移行上皮癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫、小児期；唾液腺癌；唾液腺癌、小児期；肉腫、ユーイング腫瘍ファミリー；肉腫、カポジ；肉腫（骨肉腫）／骨の悪性線維性組織球腫；肉腫、横紋筋肉腫、小児期；肉腫、軟組織、成体；肉腫、軟組織、小児期；セザリー症候群；皮膚癌；皮膚癌、小児期；皮膚癌（黒色腫）；皮膚癌、メルケル細胞；小細胞肺癌；小腸癌、軟部組織肉腫、成体；軟部肉腫、小児期；原発不明の扁平上皮頸部癌、転移性；胃臓（胃）癌；胃臓（胃）癌、小児期；テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期；Ｔ細胞リンパ腫、皮膚；精巣癌；胸腺腫、小児期；胸腺腫、悪性；甲状腺癌；甲状腺癌、小児期；腎盂及び尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍、妊娠中；小児期の原発不明癌；異常な小児癌；尿管及び腎盂、移行上皮癌；尿道癌；子宮肉腫；膣癌；視覚経路と視床下部神経膠腫、小児期；外陰癌；ワルデンストレームのマクログロブリン血症；及びウィルムス腫瘍から選択される請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のための組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
  36. 前記感染症が、アシネトバクター感染症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ病、炭疽、虫垂炎、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、水虫、バベシア症、セレウス菌感染症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性膣炎（ＢＶ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）属感染症、バランチジウム症、バイリスアスカリス（Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ）属感染症、ビルハルツ住血吸虫症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛症、ブラストシスチス・ホミニス感染症、バランチジウム症、ボリビア出血熱、ボレリア感染症（ボレリア症）、ボツリヌス症（及び乳児ボツリヌス症）、ウシ条虫、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症（ノロウイルス及びサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（カンジダ病）、イヌ条虫感染症、ネコひっかき病、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア感染症、トラコーマクラミジア感染症、肺炎クラミジア感染症、コレラ、クロモブラストミコーシス、鼠径リンパ肉芽腫、肝ジストマ症、クロストリジウム・ディフィシル感染症、コクシジオイデス真菌症、風邪、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒）、尖圭コンジローム、結膜炎、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコックス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、皮膚リーシュマニア症、シクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、皮膚糸状菌症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、鼠径リンパ肉芽腫症、メジナ虫症、初夏髄膜脳炎（ＦＳＭＥ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、ぎょう虫症（ぎょう虫感染症）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、喉頭蓋炎、エプスタイン−バーウイルス感染性単核球症、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、第五病、フィラリア症、魚中毒（シグアテラ）、魚類条虫、流行性感冒、ウェルシュ菌による食中毒、キツネ条虫、自由生活アメーバ感染症、フゾバクテリウム感染症、ガス壊疽、ゲオトリクム症、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア鞭毛虫症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼡径部肉芽腫（ドノヴァン症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ピロリ菌感染症、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、ヘニパウイルス感染症、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、Ｉ型単純ヘルペス、ＩＩ型単純ヘルペス、帯状疱疹、ヒストプラスマ症、凹窩いぼ（Ｈｏｌｌｏｗ ｗａｒｔｓ）、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエーリキア・エウィンギイ症、ヒト顆粒球アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球エーリキア症、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、膜様条虫症、インフルエンザ、イソスポーラ症、日本脳炎、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー、ランブル鞭毛虫症（ジアルジア鞭毛虫症）、ラッサ熱、在郷軍人病（レジオネラ病、ポンティアック熱）、リーシュマニア症、らい病、レプトスピラ症、シラミ、リステリア症、ライムボレリア症、ライム病、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ病（ＭＨＦ）、マールブルグウイルス、麻疹、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、横川吸虫症、微胞子虫症、小条虫、流産（前立腺炎症）、伝染性軟属腫（ＭＣ）、単核細胞症、耳下腺炎、発疹熱（地方性発疹チフス）、足菌腫、マイコプラズマ・ホミニス、マイコプラスマ肺炎、ハエウジ病、おむつ皮膚炎、新生児結膜炎（新生児眼炎）、新生児敗血症（絨毛羊膜炎）、ノカルジア症、水癌、ノーウォークウイルス感染症、オンコセルカ症（河川盲目症）、骨髄炎、中耳炎、パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パラチフス、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ）、骨盤腹膜炎（ＰＩＤ）、百日咳、ファイファー腺熱、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ（小児跛行）、小児麻痺、ブタ条虫、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多病巣性白質脳障害、偽性クループ、オウム病、Ｑ熱、野兎熱、狂犬病、鼡咬熱、ライター症候群、ＲＳウイルス感染症（ＲＳＶ）、リノスポリジウム症、鼻炎ウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染症、風疹、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｕｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｕｓ）、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、猩紅熱 住血吸虫症（ビルハルツ住血吸虫症）、ツツガムシ病、敗血症、シゲラ症（細菌性赤痢）、帯状ヘルペス、天然痘（痘瘡）、軟性下疳、スポロトリクス症、ブドウ球菌性食中毒、ブドウ球菌感染症、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風、三日熱、ダニ媒介脳炎、須毛白癬（床屋かゆみ症）、頭部白癬（頭部の白癬）、体部白癬（体部の白癬）、股部白癬（いんきん）、手白癬（手部の白癬）、黒色輪癬、足部白癬（水虫）、爪白癬（爪真菌症）、黒なまず（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ）及び内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラスマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染症）、トリッパー（Ｔｒｉｐｐｅｒ）、トリパノソーマ症（睡眠病）、ツツガムシ病、結核、野兎病、発疹チフス、発疹チフス、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、膣炎、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、内臓リーシュマニア症、いぼ、西ナイル熱、西部ウマ脳炎、白色砂毛症（須毛白癬）、百日咳、酵母斑（Ｙｅａｓｔ ｆｕｎｇｕｓ ｓｐｏｔｓ）、黄熱病、偽結核エルジニア菌感染症、エルジニア症、及び接合真菌症から選択される請求項１から２１及び２３から２６のいずれかに記載の組合せ又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のための組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ又は請求項３２から３４のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
  37. 更に、少なくとも１つのアジュバントを含む、請求項１から２６のいずれかに記載の組合せ又は請求項３２から３６のいずれかに記載の使用のための組合せ、請求項２７から２９のいずれかに記載の医薬組成物又は請求項３２から３６のいずれかに記載の使用のための医薬組成物、又は請求項３１に記載のキットオブパーツ又は請求項３２から３６のいずれかに記載の使用のためのキットオブパーツ。
  38. 前記使用が、前記ＲＮＡ、前記ＰＤ−１経路阻害剤、及び前記ＬＡＧ−３経路阻害剤を、それを必要とする被験体に順次又は同時に投与することを含む請求項３２から３７のいずれかに記載の使用のための組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツ。
  39. 前記ＲＮＡ、前記ＰＤ−１経路阻害剤、及び前記ＬＡＧ−３経路阻害剤が、それを必要とする被験体に異なる投与経路を介して投与される請求項３２から３８のいずれかに記載の使用のための組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツ。
  40. 請求項１から３９のいずれかに定義されるＲＮＡと組み合わせて治療に使用するための、請求項１から３９のいずれかに定義されるＰＤ−１経路阻害剤及び／又はＬＡＧ−３経路阻害剤。
  41. 請求項１から４０のいずれかに定義されるＰＤ−１経路阻害剤及びＬＡＧ−３経路阻害剤と組み合わせて治療に使用するための、請求項１から４０のいずれかに記載のＲＮＡ。
  42. 請求項１から４１のいずれかに記載の組合せ、医薬組成物、又はキットオブパーツの治療的に有効な量を、それを必要とする被験体に投与することを含む、癌、感染症、自己免疫疾患、又はアレルギーを治療又は予防する方法。
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