JP2009518001A5 - - Google Patents

Description

本発明のさらなる利点及び改変は当業者には容易であり、それ故、本発明はその広い側面において、本明細書中に示された詳細な説明及び代表的な態様に限定されるものではない。従って、請求の範囲で定義された本発明の概念とその等価であるものの意図及び範囲から逸脱することなく種々の改変を行うことができる。
以下に、本願出願の当初の特許請求の範囲に記載された発明を付記する。
［１］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定するために用いるＬＡＭＰ増幅用核酸プライマーであって、以下の（ｅ）及び（ｆ）から選択される核酸プライマー：
（ｅ） 表４に記載された第４配列群から選択される配列、又は、それに相補的な配列を含む核酸プライマー；及び
（ｆ） 核酸プライマー（ｅ）の選択された配列と、一以上の塩基の挿入、欠失、又は置換によって異なる配列を含み、且つ、核酸プライマー（ｅ）の前記選択された配列に相補的な配列を有する核酸鎖とハイブリダイズすることができる核酸プライマー。
［２］請求項１の核酸プライマーを含む核酸プライマーセットであって、該核酸プライマーセットが、
配列番号１３６及び１３２の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号２７８及び２７６の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号５２７及び５２４の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号１６４及び１６７の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号３２０及び３２７の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号４５４及び４５７の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号３６３及び３５９の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号３９９及び３９１の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号４７４及び４７６の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号５４９及び５４７の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号２０８及び２０３の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、
配列番号２５１及び２４４の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット、及び、
配列番号４２２及び４２５の配列をそれぞれ含む２種の核酸プライマーのセット；から成る群から選択されるプライマーセット。
［３］請求項１の核酸プライマーを含む核酸プライマーセットであって、該核酸プライマーセットが、
配列番号１３６，１３２，１２６及び１２８の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号２７８，２７６，２７７及び２８１の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号５２７，５２４，５２６及び５２３の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号１６４，１６７，１６２及び１６６の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号３２０，３２７，３１９及び３２４の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号４５４，４５７，４５３及び４５６の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号３６３，３５９，３６６及び３６１の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号３９９，３９１，３９５及び３８８の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号４７４，４７６，４７７及び４７５の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号５４９，５４７，５４８及び５４６の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号２０８，２０３，２１０及び２０５の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、
配列番号２５１，２４４，２４８及び２４２の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット、及び
配列番号４２２，４２５，４２０及び４２９の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット；
から成る群から選択される核酸プライマーセット。
［４］請求項１の核酸プライマーを含む核酸プライマーセットであって、該核酸プライマーセットが、
配列番号１３６，１３２，１２６，１２８及び１３８の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号２７８，２７６，２７７，２８１及び２８０の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号５２７，５２４，５２６，５２３及び５２９の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号１６４，１６７，１６２，１６６及び１７０の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号３２０，３２７，３１９，３２４及び３２８の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号４５４，４５７，４５３，４５６及び４５８の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号３６３，３５９，３６６，３６１及び３７０の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号３９９，３９１，３９５，３８８及び４０２の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号４７４，４７６，４７７，４７５及び４８０の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号５４９，５４７，５４８，５４６及び５７２の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号２０８，２０３，２１０，２０５及び２１４の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、
配列番号２５１，２４４，２４８，２４２及び２５５の配列をそれぞれ含む５種の核酸プライマーのセット、及び
配列番号４２２，４２５，４２０，４２９及び４３１の配列をそれぞれ含む４種の核酸プライマーのセット；
から成る群から選択される核酸プライマーセット。
［５］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定するために用いるＬＡＭＰ増幅用キットであって、請求項１に記載の核酸プライマーを含むキット。
［６］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、
請求項１に記載の核酸プライマーから選択される少なくとも１つのプライマーを含む複数のプライマーを使用して、ＬＡＭＰ反応により検体試料の核酸鎖の増幅反応を行う工程と、
前記増幅反応後に増幅産物の存在を検出し、それらの遺伝子型を同定する工程と、
を含む方法。
［７］請求項６に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記増幅反応後に、増幅産物の存在を検出するかまたはそれらの遺伝子型を同定する工程は、
前記増幅産物と、ウイルス特異的または遺伝子型特異的な核酸鎖とをハイブリダイズさせる工程と、
前記ハイブリダイズによって形成した二本鎖を検出してヒト乳頭種ウイルスを検出するか又はその遺伝子型を同定する工程と、
を含む方法。
［８］請求項７に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記ウイルス特異的又は遺伝子型特異的な核酸鎖が、
（ｇ） 表５に記載された第５配列群から選択される配列又はそれに相補的な配列を含む核酸プローブ、又は
（ｈ） 核酸プローブ（ｇ）の選択された配列と、一以上の塩基の挿入、欠失、又は置換によって異なる配列を含み、且つ、核酸プローブ（ｇ）の前記選択された配列に相補的な配列を有する核酸鎖とハイブリダイズすることができる核酸プローブ；
であることを特徴とする方法。
［９］請求項８に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記ウイルス特異的または遺伝子型特異的な核酸鎖が基体表面に固定化されることを特徴とする方法。
［１０］請求項９に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記基体表面が電極材料で構成されることを特徴とする方法。
［１１］請求項１０に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、電気化学的に活性な核酸鎖認識体を用いることを特徴とする方法。
［１２］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定するために用いるＬＡＭＰ増幅用核酸プライマーであって、以下の（ａ）〜（ｆ）から選択される核酸プライマー：
（ａ） 表１に記載された第１配列群から選択される配列と相補的な配列、及び、表２に記載された第２配列群から選択される配列を、同一鎖上に含む核酸プライマー；
（ｂ） 前記第１配列群から選択される配列と相補的な配列、及び、表３に記載された第３配列群から選択される配列を、同一鎖上に含む核酸プライマー；
（ｃ） 前記第２配列群から選択される配列と相補的な配列、及び、前記第３配列群から選択される配列を、同一鎖上に含む核酸プライマー；
（ｄ） 核酸プライマー（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）のうちの一つの選択された配列と、一以上の塩基の挿入、欠失、又は置換によって異なる配列を含み、且つ、核酸プライマー（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）のうちの一つの選択された前記配列に相補的な配列を有する核酸鎖とハイブリダイズすることができる核酸プライマー；
（ｅ） 表４に記載された第４配列群から選択される配列、又は、それに相補的な配列を含む核酸プライマー；及び
（ｆ） 核酸プライマー（ｅ）の選択された配列と、一以上の塩基の挿入、欠失、又は置換によって異なる配列を含み、且つ、核酸プライマー（ｅ）の前記選択された配列に相補的な配列を有する核酸鎖とハイブリダイズすることができる核酸プライマー。
［１３］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定するために用いるＬＡＭＰ増幅用キットであって、請求項１２に記載の核酸プライマーを含むキット。
［１４］ヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、
請求項１２に記載の核酸プライマーから選択される少なくとも１つのプライマーを含む複数のプライマーを使用して、ＬＡＭＰ反応により検体試料の核酸鎖の増幅反応を行う工程と、
前記増幅反応後に増幅産物の存在を検出し、それらの遺伝子型を同定する工程と、
を含む方法。
［１５］請求項１４に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記増幅反応後に、増幅産物の存在を検出するかまたはそれらの遺伝子型を同定する工程は、
前記増幅産物と、ウイルス特異的または遺伝子型特異的な核酸鎖とをハイブリダイズさせる工程と、
前記ハイブリダイズによって形成した二本鎖を検出してヒト乳頭種ウイルスを検出するか又はその遺伝子型を同定する工程と、
を含む方法。
［１６］請求項１５に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記ウイルス特異的又は遺伝子型特異的な核酸鎖が、
（ｇ） 表５に記載された第５配列群から選択される配列又はそれに相補的な配列を含む核酸プローブ、又は
（ｈ） 核酸プローブ（ｇ）の選択された配列と、一以上の塩基の挿入、欠失、又は置換によって異なる配列を含み、且つ、核酸プローブ（ｇ）の前記選択された配列に相補的な配列を有する核酸鎖とハイブリダイズすることができる核酸プローブ；
であることを特徴とする方法。
［１７］請求項１６に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記ウイルス特異的または遺伝子型特異的な核酸鎖が基体表面に固定化されることを特徴とする方法。
［１８］請求項１７に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、前記基体表面は、電極材料で構成されることを特徴とする方法。
［１９］請求項１８に記載のヒト乳頭腫ウイルスの検出およびその遺伝子型を同定する方法であって、電気化学的に活性な核酸鎖認識体を用いることを特徴とする方法。

Claims (11)

1. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出に用いるためのＬＡＭＰ増幅用核酸プライマーセットであって、以下からなる群から選択されるセット：
   それぞれ配列番号１３６，１３２，１２６，１２８及び１３８の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット１、
   それぞれ配列番号２７８，２７６，２７７，２８１及び２８０の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット２、
   それぞれ配列番号５２７，５２４，５２６，５２３及び５２９の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット３、
   それぞれ配列番号１６４，１６７，１６２，１６６及び１７０の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット４、
   それぞれ配列番号３２０，３２７，３１９，３２４及び３２８の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット５、
   それぞれ配列番号４５４，４５７，４５３，４５６及び４５８の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット６、
   それぞれ配列番号３６３，３５９，３６６，３６１及び３７０の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット７、
   それぞれ配列番号３９９，３９１，３９５，３８８及び４０２の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット８、
   それぞれ配列番号４７４，４７６，４７７，４７５及び４８０の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット９、
   それぞれ配列番号５４９，５４７，５４８，５４６及び５７２の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット１０、
   それぞれ配列番号２０８，２０３，２１０，２０５及び２１４の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット１１、
   それぞれ配列番号２５１，２４４，２４８，２４２及び２５５の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット１２、及び
   それぞれ配列番号４２２，４２５，４２０，４２９及び４３１の配列から成る５種の核酸プライマーから成るセット１３。
2. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出に用いるためのＬＡＭＰマルチ増幅用のプライマーセットの混合物であって、以下から成る群から選択される混合物：
   請求項１に記載のセット１、セット２及びセット３を含む混合物Ａ；
   請求項１に記載のセット４、セット５及びセット６を含む混合物Ｂ；
   請求項１に記載のセット７、セット８、セット９及びセット１０を含む混合物Ｃ；
   請求項１に記載のセット１１、セット１２及びセット１３を含む混合物Ｄ。
3. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出に用いるための検出キットであって、以下から成る群から選択される少なくとも一つのプライマー・プローブセットを含むキット：
   請求項１に記載のセット１と、それぞれ配列番号６００及び５９７からなる核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１；
   請求項１に記載のセット２と、配列番号６５４から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット２；
   請求項１に記載のセット３と、それぞれ配列番号７７１及び７６８から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット３；
   請求項１に記載のセット４と、配列番号６２３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット４；
   請求項１に記載のセット５と、それぞれ配列番号６７３及び６６７から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット５；
   請求項１に記載のセット６と、それぞれ配列番号７５０及び７４１から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット６；
   請求項１に記載のセット７と、配列番号６７６から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット７；
   請求項１に記載のセット８と、それぞれ配列番号６９９及び６８４から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット８；
   請求項１に記載のセット９と、配列番号７５２から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット９；
   請求項１に記載のセット１０と、配列番号７８３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１０；
   請求項１に記載のセット１１と、配列番号６３０から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１１；
   請求項１に記載のセット１２と、配列番号６４１から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１２；及び、
   請求項１に記載のセット１３と、それぞれ配列番号７２５及び７１３から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１３。
4. 前記核酸プローブが基体表面に固定化されていることを特徴とする、請求項３に記載のキット。
5. 前記基体表面が電極であることを特徴とする、請求項４に記載のキット。
6. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出方法であって、
   核酸プライマーを使用して、検体試料中の核酸鎖のＬＡＭＰ増幅による増幅産物を得る工程と、
   前記増幅産物と核酸プローブをハイブリダイズさせる工程と、
   前記ハイブリダイズによって形成された二本鎖を検出して、ヒト乳頭種ウイルスを検出する工程と、を含み、
   前記核酸プライマー及び前記核酸プローブが、以下から成る群から選択されるプライマー・プローブセットに含まれることを特徴とする方法：
   請求項１に記載のセット１と、それぞれ配列番号６００及び５９７から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１；
   請求項１に記載のセット２と、配列番号６５４から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット２；
   請求項１に記載のセット３と、それぞれ配列番号７７１及び７６８から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット３；
   請求項１に記載のセット４と、配列番号６２３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット４；
   請求項１に記載のセット５と、それぞれ配列番号６７３及び６６７から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット５；
   請求項１に記載のセット６と、それぞれ配列番号７５０及び７４１から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット６；
   請求項１に記載のセット７と、配列番号６７６から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット７；
   請求項１に記載のセット８と、それぞれ配列番号６９９及び６８４から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット８；
   請求項１に記載のセット９と、配列番号７５２から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット９；
   請求項１に記載のセット１０と、配列番号７８３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１０；
   請求項１に記載のセット１１と、配列番号６３０から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１１；
   請求項１に記載のセット１２と、配列番号６４１から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１２；及び
   請求項１に記載のセット１３と、それぞれ配列番号７２５及び７１３から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１３。
7. 前記核酸プローブが基体表面に固定化されることを特徴とする、請求項６に記載の方法。
8. 前記基体表面が電極材料で構成されることを特徴とする、請求項７に記載の方法。
9. 二本鎖を検出する工程において、電気化学的に活性な核酸鎖認識体を用いることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
10. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出に用いるための検出キットであって、検出セットＡ、Ｂ、Ｃ、及びＤから成る群から選択される少なくとも一つの検出セットを含むキット：
    ここにおいて、
    検出セットＡは以下からなる群から選択される少なくとも一つのプライマー・プローブセットを含み：
    請求項１に記載のセット１と、それぞれ配列番号６００及び５９７から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１；
    請求項１に記載のセット２と、配列番号６５４から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット２；
    請求項１に記載のセット３と、それぞれ配列番号７７１及び７６８から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット３；
    検出セットＢは以下からなる群から選択される少なくとも一つのプライマー・プローブセットを含み：
    請求項１に記載のセット４と、配列番号６２３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット４；
    請求項１に記載のセット５と、それぞれ配列番号６７３及び６６７から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット５；
    請求項１に記載のセット６と、それぞれ配列番号７５０及び７４１から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット６；
    検出セットＣは以下からなる群から選択される少なくとも一つのプライマー・プローブセットを含み：
    請求項１に記載のセット７と、配列番号６７６から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット７；
    請求項１に記載のセット８と、それぞれ配列番号６９９及び６８４から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット８；
    請求項１に記載のセット９と、配列番号７５２から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット９；
    請求項１に記載のセット１０と、配列番号７８３から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１０；
    検出セットＤは以下からなる群から選択される少なくとも一つのプライマー・プローブセットを含む：
    請求項１に記載のセット１１と、配列番号６３０から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１１；
    請求項１に記載のセット１２と、配列番号６４１から成る核酸プローブと、から成るプライマー・プローブセット１２；及び
    請求項１に記載のセット１３と、それぞれ配列番号７２５及び７１３から成る核酸プローブの少なくとも一つと、から成るプライマー・プローブセット１３。
11. ヒト乳頭腫ウイルスの遺伝子型の検出に用いるための検出キットであって、プライマーセットの混合物の少なくとも一つと、ＤＮＡチップとを含み、
    前記プライマーセットの混合物は以下から成る群から選択され、
    請求項１に記載のセット１、２及び３を含む混合物Ａ；
    請求項１に記載のセット４、５及び６を含む混合物Ｂ；
    請求項１に記載のセット７、８、９及び１０を含む混合物Ｃ；
    請求項１に記載のセット１１、１２及び１３を含む混合物Ｄ；
    前記ＤＮＡチップは、それぞれ以下の配列からなる核酸プローブを含み、
    配列番号６００及び５９７の一つ；
    配列番号６５４；
    配列番号７７１及び７６８の一つ；
    配列番号６２３；
    配列番号６７３及び６６７の一つ；
    配列番号７５０及び７４１の一つ；
    配列番号６７６；
    配列番号６９９及び６８４の一つ；
    配列番号７５２；
    配列番号７８３；
    配列番号６３０；
    配列番号６４１；及び
    配列番号７２５及び７１３の一つ；
    前記核酸プローブが基体表面に固定されていることを特徴とするキット。