CN104560962B - 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 - Google Patents
用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104560962B CN104560962B CN201310511334.0A CN201310511334A CN104560962B CN 104560962 B CN104560962 B CN 104560962B CN 201310511334 A CN201310511334 A CN 201310511334A CN 104560962 B CN104560962 B CN 104560962B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sequence
- hpv
- single strand
- strand dna
- sequence table
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 title abstract description 5
- 241001631646 Papillomaviridae Species 0.000 claims abstract description 26
- 241000780272 Mammilla Species 0.000 claims abstract description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 24
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 237
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 94
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 36
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 12
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims description 11
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 9
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 4
- 210000004251 human milk Anatomy 0.000 claims description 4
- 235000020256 human milk Nutrition 0.000 claims description 4
- 210000002445 nipple Anatomy 0.000 claims description 2
- 208000022361 Human papillomavirus infectious disease Diseases 0.000 abstract description 283
- 208000019065 cervical carcinoma Diseases 0.000 abstract description 9
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 2
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 abstract description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 abstract description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 187
- 230000008696 hypoxemic pulmonary vasoconstriction Effects 0.000 description 132
- 238000000034 method Methods 0.000 description 61
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 27
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 27
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 25
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 25
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 25
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 23
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 23
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 22
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 21
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 20
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 20
- 241000341655 Human papillomavirus type 16 Species 0.000 description 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 12
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 9
- 241000701806 Human papillomavirus Species 0.000 description 8
- 241000701828 Human papillomavirus type 11 Species 0.000 description 7
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 7
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 6
- 208000009608 Papillomavirus Infections Diseases 0.000 description 5
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 5
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 5
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 241001301450 Crocidium multicaule Species 0.000 description 4
- 101150040913 DUT gene Proteins 0.000 description 4
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 4
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 239000008213 purified water Substances 0.000 description 4
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 2
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 2
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 239000012925 reference material Substances 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 1
- 206010056286 Nipple neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 208000037581 Persistent Infection Diseases 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000003255 drug test Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 208000020082 intraepithelial neoplasia Diseases 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 208000003154 papilloma Diseases 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 1
- 238000012113 quantitative test Methods 0.000 description 1
- 238000001304 sample melting Methods 0.000 description 1
- 238000012772 sequence design Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于检测人乳头瘤病毒的荧光PCR试剂盒及其专用引物组。本发明提供了一种引物组,由序列表的序列1至序列表的序列44所示的单链DNA分子组成。所述引物组的应用,为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。本发明对于人乳头瘤病毒的早期诊断和宫颈癌的早期预防有重要意义,可广泛用于临床高效诊断和女性体检。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于检测人乳头瘤病毒的荧光PCR试剂盒及其专用引物组。
背景技术
子宫颈癌(又称宫颈癌)是威胁妇女健康的主要疾病之一,发病率在女性恶性肿瘤中居第二位,仅次于乳腺癌。宫颈癌是全球性公共卫生问题,也是发展中国家最常见的癌症。据WHO报道,2005年有超过50万的宫颈癌新发病例,90%来自发展中国家。在已建立了筛查制度的发达国家和一些发展中国家的流行病学资料显示,子宫颈浸润癌发病率和死亡率已经大幅度下降。
对宫颈癌发病病因的研究表明,人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)高危型持续感染是宫颈癌发生、发展的必要因素。人乳头瘤病毒是小型双链DNA病毒,主要引起高级脊椎动物的上皮细胞发生增殖以及乳头瘤样改变。依据不同型HPV与宫颈癌发生的危险性高低将HPV分为:高危型HPV(如HPV-16、HPV-18、HPV-31、HPV-33、HPV-35、HPV-39、HPV-45、HPV-51、HPV-52、HPV-53、HPV-56、HPV-58、HPV-59、HPV-66、HPV-68等)和低危型HPV(如HPV-6、HPV-11、HPV-81、HPV-70等)。
对于HPV感染本身的处理,尽管多数高危HPV感染是一过性的,病毒约经6-8个月后可被清除,但仍有少部分患者(4%)体内病毒不能被清除,感染呈持续性,这将导致宫颈上皮内瘤变(CIN)持续存在或进一步发展为宫颈癌,从高危型HPV感染开始至发展为宫颈癌的时间间隔为15年,因此早期筛查和清除HPV感染,可有效地预防宫颈癌的发生。
目前的流行病学和生物学资料已经证明HPV感染是子宫颈癌及其癌前病变(子宫颈上皮内瘤样变)的主要病因。因此,许多学者提出将检测HPV感染作为子宫颈癌的一种筛查手段。
HPV检测方法有细胞学法、斑点印迹法、荧光原位杂交法、原位杂交法、Southern杂交法、多聚合酶链反应(PCR)法和近年的杂交捕获法等,目前除外多聚合酶链反应(PCR)法和杂交捕获法外,均存在操作繁琐,检测敏感性和特异性差等缺点。杂交捕获法假阳性率高、操作时间长、成本较高,不宜应用于大规模的HPV临床筛查。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于检测人乳头瘤病毒的荧光PCR试剂盒及其专用引物组。
本发明提供了一种引物组,包括22个引物对中的至少1个引物对;所述22个引物对为引物对1至引物对22;
所述引物对1由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成;所述引物对2由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成;所述引物对3由序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成;所述引物对4由序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成;所述引物对5由序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成;所述引物对6由序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成;所述引物对7由序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成;所述引物对8由序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成;所述引物对9由序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成;所述引物对10由序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成;所述引物对11由序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成;所述引物对12由序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成;所述引物对13由序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成;所述引物对14由序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成;所述引物对15由序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成;所述引物对16由序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成;所述引物对17由序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成;所述引物对18由序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成;所述引物对19由序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成;所述引物对20由序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成;所述引物对21由序列表的序列41所示的单链DNA分子和序列表的序列42所示的单链DNA分子组成;所述引物对22由序列表的序列43所示的单链DNA分子和序列表的序列44所示的单链DNA分子组成。
所述引物组具体可由所述22个引物对(即引物对1至引物对22)组成。
所述引物组合物具体可由引物组合物甲和引物组合物乙组成;所述引物组合物甲由所述引物对1至所述引物对18组成;所述引物组合物乙由所述引物对19至所述引物对22组成。
所述引物组还可包括引物对23;所述引物对23由序列表的序列45所示的单链DNA分子和序列表的序列46所示的单链DNA分子组成。
所述引物组具体可由所述22个引物对和所述引物对23组成。
所述引物组合物具体可由引物组合物甲和引物组合物乙组成;所述引物组合物甲由所述引物对23和所述引物对1至所述引物对18组成;所述引物组合物乙由所述引物对23和所述引物对19至所述引物对22组成。
所述引物组的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
本发明还保护以上任一所述的引物组在制备试剂盒中的应用。所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
本发明还保护含有以上任一所述引物组的试剂盒。所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。所述试剂盒中还包括记载有如下判断标准的载体:如果采用所述引物组合物甲时,73.9-81.3℃范围内的导数峰值高于参考值,待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒;如果采用所述引物组合物乙时,74.3-80.35℃范围内的导数峰值高于参考值,待测人乳头瘤病毒为低危型人乳头瘤病毒。
本发明还保护以上任一所述的引物组的应用,为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
本发明还保护一种鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒的方法,包括如下步骤
(1)提取待测人乳头瘤病毒的总DNA;
(2)以步骤(1)提取的总DNA为模板,分别采用引物组合物甲和引物组合物乙进行实时荧光PCR;所述引物组合物甲包括序列表的序列1所示单链DNA分子、序列表的序列2所示单链DNA分子、序列表的序列3所示单链DNA分子、序列表的序列4所示单链DNA分子、序列表的序列5所示单链DNA分子、序列表的序列6所示单链DNA分子、序列表的序列7所示单链DNA分子、序列表的序列8所示单链DNA分子、序列表的序列9所示单链DNA分子、序列表的序列10所示单链DNA分子、序列表的序列11所示单链DNA分子、序列表的序列12所示单链DNA分子、序列表的序列13所示单链DNA分子、序列表的序列14所示单链DNA分子、序列表的序列15所示单链DNA分子、序列表的序列16所示单链DNA分子、序列表的序列17所示单链DNA分子、序列表的序列18所示单链DNA分子、序列表的序列19所示单链DNA分子、序列表的序列20所示单链DNA分子、序列表的序列21所示单链DNA分子、序列表的序列22所示单链DNA分子、序列表的序列23所示单链DNA分子、序列表的序列24所示单链DNA分子、序列表的序列25所示单链DNA分子、序列表的序列26所示单链DNA分子、序列表的序列27所示单链DNA分子、序列表的序列28所示单链DNA分子、序列表的序列29所示单链DNA分子、序列表的序列30所示单链DNA分子、序列表的序列31所示单链DNA分子、序列表的序列32所示单链DNA分子、序列表的序列33所示单链DNA分子、序列表的序列34所示单链DNA分子、序列表的序列35所示单链DNA分子和序列表的序列36所示单链DNA分子(所述引物组合物甲还可包括序列表的序列45所示的单链DNA分子和序列表的序列46所示的单链DNA分子;所述引物组合物甲具体可由序列表的序列1至序列表的序列36所示的单链DNA分子、序列表的序列45所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成);所述引物组合物乙包括序列表的序列37所示单链DNA分子、序列表的序列38所示单链DNA分子、序列表的序列39所示单链DNA分子、序列表的序列40所示单链DNA分子、序列表的序列41所示单链DNA分子、序列表的序列42所示单链DNA分子、序列表的序列43所示单链DNA分子和序列表的序列44所示单链DNA分子(所述引物组合物乙还可包括序列表的序列45所示的单链DNA分子和序列表的序列46所示的单链DNA分子;所述引物组合物乙甲具体可由序列表的序列37至序列表的序列44所示的单链DNA分子、序列表的序列45所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成);
(3)根据实时荧光PCR的熔解曲线,判断待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
判断标准如下:如果采用所述引物组合物甲时,73.9-81.3℃范围内的导数峰值高于参考值,待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒;如果采用所述引物组合物乙时,74.3-80.35℃范围内的导数峰值高于参考值,待测人乳头瘤病毒为低危型人乳头瘤病毒。
所述高危型人乳头瘤病毒具体可为HPV-16、HPV-18、HPV-26、HPV-31、HPV-33、HPV-35、HPV-39、HPV-45、HPV-51、HPV-52、HPV-53、HPV-56、HPV-58、HPV-59、HPV-66、HPV-68、HPV-73或HPV-82。所述低危型人乳头瘤病毒具体可为HPV-6、HPV-11、HPV-70或HPV-81。
所述待检样本可为:用无菌棉拭子获取的疑似人乳头瘤病毒感染患者的宫颈脱落细胞,或用宫颈刷获取的疑似人乳头瘤病毒感染患者的宫颈脱落细胞,这些样本须在低于4℃的环境下运送到检测实验室,并置于-70℃或-20℃冷冻保存。
荧光PCR法具有灵敏度高、特异性强、自动化程度高、成本适中、高通量、无污染等优点。所述实时荧光PCR可为基于染料法的实时荧光PCR。所述实时荧光PCR中的染料可为Eva Green。
多重PCR即在同一个反应体系含有多对引物对多个靶序列进行检测。采用多重PCR的优势在于可以高效、经济简便,可以大大节约时间和成本,更能满足临床需要。而多重PCR劣势在于体系中使用过多引物,引物之间的相互反应,影响彼此的扩增效率。因此,多重PCR中引物设计的难点在于如何避免引物与引物之间的交叉反应。本发明提供的引物组,经过了大量比较和验证,有效避免了交叉反应的问题,所有引物可以分为两组,分别进行多重PCR,扩增效率高且灵敏度高。
本发明提供的试剂盒实现了18种高危型和4种低危型人乳头瘤病毒同时检测,非常适用于人乳头瘤病毒的早期筛查诊断。本发明对于人乳头瘤病毒的早期诊断和宫颈癌的早期预防有重要意义,可广泛用于临床高效诊断和女性体检。
附图说明
图1为HPV-16灵敏度检测结果。
图2为HPV-18灵敏度检测结果。
图3为HPV-26灵敏度检测结果。
图4为HPV-31灵敏度检测结果。
图5为HPV-33灵敏度检测结果。
图6为HPV-35灵敏度检测结果。
图7为HPV-39灵敏度检测结果。
图8为HPV-45灵敏度检测结果。
图9为HPV-51灵敏度检测结果。
图10为HPV-52灵敏度检测结果。
图11为HPV-53灵敏度检测结果。
图12为HPV-56灵敏度检测结果。
图13为HPV-58灵敏度检测结果。
图14为HPV-59灵敏度检测结果。
图15为HPV-66灵敏度检测结果。
图16为HPV-68灵敏度检测结果。
图17为HPV-73灵敏度检测结果。
图18为HPV-82灵敏度检测结果。
图19为HPV-6灵敏度检测结果。
图20为HPV-11灵敏度检测结果。
图21为HPV-70灵敏度检测结果。
图22为HPV-81灵敏度检测结果。
图23为部分样本采用高危型检测体系的特异性检测结果。
图24为部分样本采用低危型检测体系的特异性检测结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
实施例1、试剂盒的制备
一、引物组的制备
研究表明,人乳头瘤病毒各亚型基因组的L1区序列之间,既有一定的同源性(即人乳头瘤病毒保守序列),又具有一定的多态性(即型特异性),根据亚型的特异性序列可以设计型特异性引物。本发明中用于检测22种人乳头瘤病毒(18种高危型人乳头瘤病毒和4种低危型人乳头瘤病毒)的引物对的设计原理为:在人乳头瘤病毒基因组的L1区(靶序列位置约为L1区bp800-bp1200)选择相邻的多态性序列设计特异性正向引物和反向引物。
引物组由23个引物对组成。
1、用于鉴定HPV-16(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGCCACAATAATGG(序列表的序列1);
TCCCCATGTCGTAGGTACTC(序列表的序列2)。
2、用于鉴定HPV-18(5’→3’)的引物对如下:
CACTGTGCCTCAATCCTT(序列表的序列3);
CATATTGCCCAGGTACAGGAG(序列表的序列4)。
3、用于鉴定HPV-26(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGTCATAATAATGG(序列表的序列5);
TGGAGTGGATGCAGATGCTG(序列表的序列6)。
4、用于鉴定HPV-31(5’→3’)的引物对如下:
GCGGCTCAGGGACACAATAATGG(序列表的序列7);
CCGGTAGTATCACTGTTTGCAATTGC(序列表的序列8)。
5、用于鉴定HPV-33(5’→3’)的引物对如下:
CGTGCACAAGGTCATAATAATGG(序列表的序列9);
TGTACGGTCACTAGTTACTTGCGTG(序列表的序列10)。
6、用于鉴定HPV-35(5’→3’)的引物对如下:
GCACAAGGCCATAATAATGG(序列表的序列11);
GAAGACACAGCAGAACACAC(序列表的序列12)。
7、用于鉴定HPV-39(5’→3’)的引物对如下:
AACAATGGTATATGTTGGCAT(序列表的序列13);
GGTATGGAAGACTCTATAGAGGTAG(序列表的序列14)。
8、用于鉴定HPV-45(5’→3’)的引物对如下:
GGTATTTGTTGGCATAATCAGT(序列表的序列15);
AGTAGGGTCATATGTACTTGGC(序列表的序列16)。
9、用于鉴定HPV-51(5’→3’)的引物对如下:
GCGCAGGGTCACAATAATGG(序列表的序列17);
AGTAAATGTTGGGGAAACTGC(序列表的序列18)。
10、用于鉴定HPV-52(5’→3’)的引物对如下:
GCGCAGGGCCACAATAATGG(序列表的序列19);
GTGCTTTCCTTTTTCACCTCAG(序列表的序列20)。
11、用于鉴定HPV-53(5’→3’)的引物对如下:
GGTCAGGCGTTATTGGTGAG(序列表的序列21);
CGTAATTGAGCCTCTGAAGTTATC(序列表的序列22)。
12、用于鉴定HPV-56(5’→3’)的引物对如下:
GCCCAAGGCCATAATAATGG(序列表的序列23);
CTCCACATGTCTAAGGTACTGA(序列表的序列24)。
13、用于鉴定HPV-58(5’→3’)的引物对如下:
GCACAAGGTCATAACAATGG(序列表的序列25);
GTACCTTCCTTAGTTACTTCAGTG(序列表的序列26)。
14、用于鉴定HPV-59(5’→3’)的引物对如下:
GCTCAGGGTTTAAACAATGG(序列表的序列27);
GAAGAAGTAGTAGAAGCACACAC(序列表的序列28)。
15、用于鉴定HPV-66(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGCCATAATAATGG(序列表的序列29);
GTATTGATTGATTTCACGTGCATC(序列表的序列30)。
16、用于鉴定HPV-68(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGACACAACAATGG(序列表的序列31);
GGTACAGCTGATTCAGTAGTAGTAGAC(序列表的序列32)。
17、用于鉴定HPV-73(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGACAAAATAATGG(序列表的序列33);
AGAGTTGGCATACGTTGTAGTAG(序列表的序列34)。
18、用于鉴定HPV-82(5’→3’)的引物对如下:
GCCCAGGGCCACAATAATGG(序列表的序列35);
CCCATGCCTAATGTACTGCTTA(序列表的序列36)。
19、用于鉴定HPV-6(5’→3’)的引物对如下:
GCCCAGGGACATAACAATGG(序列表的序列37);
GGTGTATGTGGAAGATGTAGTTACG(序列表的序列38)。
20、用于鉴定HPV-11(5’→3’)的引物对如下:
GCGCGTCTAAATCTGCTACATACACTA(序列表的序列39);
GTGTACCATTTGGTGGAGGCGAT(序列表的序列40)。
21、用于鉴定HPV-70(5’→3’)的引物对如下:
GTCTGCCTGCACCGAAACGG(序列表的序列41);
CGCAGATGGTGGAGGGGTAACT(序列表的序列42)。
22、用于鉴定HPV-81(5’→3’)的引物对如下:
GCACAGGGCCATAATAATGG(序列表的序列43);
GCGGTTAGAGGCCTTGTATTCT(序列表的序列44)。
23、用于鉴定GAPDH基因(5’→3’;GAPDH基因在NCBI中的序列号为NG_007073)的引物对如下:
CACTAGGCGCTCACTGTTCTCT(序列表的序列45);
CCGTTGACTCCGACCTTCA(序列表的序列46)。
人乳头瘤病毒靶序列扩增产物所依据的基因库编号和位置见表1。
表1人乳头瘤病毒靶序列扩增产物所依据的基因库编号和位置
二、试剂盒的制备
试剂盒包括:(1)聚合酶链反应混合液A;(2)聚合酶链反应混合液B;(3)阳性对照;(4)阴性对照。
聚合酶链反应混合液A(高危型检测体系)由序列表的序列1至36所示的单链DNA分子、序列表的序列45所示的单链DNA分子、序列表的序列46所示的单链DNA分子、5×GoldStar Taq PCR Buffer(康为世纪有限公司,产品目录号:12910j)、dNTPs、dUTPs、Hotstar Taq Polymerase、UNG酶、Rox Reference Dye、Eva Green和纯化水组成。聚合酶链反应混合液A中,各个组分的浓度见表2。
表2聚合酶链反应混合液A中各个组分的浓度
原浓度 | μl/反应 | 终浓度 | |
纯化水 | 8.375 | ||
5×GoldStar Taq PCR Buffer | 5× | 6 | 1× |
dNTP | 2.5mM | 2.4 | 0.2mM |
dUTP | 10mM | 0.075 | 0.025mM |
序列1所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.07 | 0.023μM |
序列2所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.07 | 0.023μM |
序列35所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.1 | 0.033μM |
序列36所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.1 | 0.033μM |
序列19所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.13 | 0.043μM |
序列20所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.13 | 0.043μM |
序列45所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列46所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列5所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列6所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列7所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列8所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列11所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列12所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列15所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列16所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列21所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列22所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列3所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列4所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列13所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列14所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列25所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列26所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列27所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列28所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列29所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列30所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列31所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列32所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列33所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列34所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列9所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
序列10所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
序列17所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
序列18所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
序列23所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
序列24所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.4 | 0.133μM |
Rox Reference Dye | 50× | 0.6 | 1× |
Eva green | 20× | 0.45 | 0.3× |
UNG酶 | 0.1U/μl | 0.3 | 0.3U/反应 |
Hotstar Taq Polymerase | 5U/μl | 0.2 | 1U/反应 |
总量 | 28 |
聚合酶链反应混合液B(低危型检测体系)由序列表的序列37至44所示的单链DNA分子、序列表的序列45所示的单链DNA分子、序列表的序列46所示的单链DNA分子、5×GoldStar Taq PCR Buffer(康为世纪有限公司,产品目录号:12910j)、dNTPs、dUTPs、Hotstar Taq Polymerase、UNG酶、Rox Reference Dye、Eva Green和纯化水组成。聚合酶链反应混合液B中,各个组分的浓度见表3。
表3聚合酶链反应混合液B中各个组分的浓度
原浓度 | 体积μl/反应 | 终浓度 | |
纯化水 | 15.075 | ||
5×GoldStar Taq PCR Buffer | 5× | 6 | 1× |
dNTP | 2.5mM | 2.4 | 0.2mM |
dUTP | 10mM | 0.075 | 0.025mM |
序列37所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.15 | 0.05μM |
序列38所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.15 | 0.05μM |
序列45所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列46所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.2 | 0.067μM |
序列41所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列42所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列43所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列44所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.3 | 0.1μM |
序列39所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.5 | 0.167μM |
序列40所示的单链DNA分子 | 10μM | 0.5 | 0.167μM |
Rox Reference Dye | 50× | 0.6 | 1× |
Eva green | 20× | 0.45 | 0.3× |
UNG酶 | 0.1U/μl | 0.3 | 0.3U/反应 |
Hotstar Taq Polymerase | 5U/μl | 0.2 | 1U/反应 |
总量 | 28 |
阳性对照:采用了两个阳性对照质粒(HPV16型质粒和HPV18型质粒),均为中国食品药品检定研究院的“人乳头瘤病毒L1基因分型参考品”(产品目录号:360002)中的组件。
阴性对照:高压灭菌水。
实施例2、多重PCR扩增程序的优化
为了提高检测体系的灵敏度和特异性,发明人对PCR扩增程序的各个参数(包括退火温度和时间、检测温度和时间)进行优化,最终确定的PCR反应程序如下:
37℃600秒(1个循环)→95℃900秒(1个循环)→95℃20秒,59℃30秒(35个循环)→95℃15秒(1个循环)→60℃60秒(1个循环)→95℃15秒(1个循环)→60℃15秒(1个循环)。其中,59℃是荧光检测温度。
实施例3、试剂盒的结果判读方法
本发明提供的试剂盒通过对样本熔解曲线的分析进行阴阳性判断。通过分别判断高危型检测体系73.9-81.3℃和低危型检测体系74.3-80.35℃范围内的导数峰值是否高于参考值,确定样品是否为HPV高危型阳性或HPV低危型阳性。另外在熔解曲线图中,高于参考值范围还存在质控峰(人组织中含有GAPDH基因,高危型检测体系和低危型检测体系中均含有用于鉴定GAPDH基因的引物对,所以会出现质控峰;由于横坐标为温度,质控峰即目标峰后面的峰),如果出现质控峰,说明结果可信。
实施例4、试剂盒灵敏度检测
等摩尔混合的HPV-16阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-16阳性质粒的浓度约为103copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图1。对于103copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-18阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-18阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图2。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-26阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-26阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图3。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-31阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-31阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图4。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-33阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-33阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图5。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-35阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-35阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图6。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-39阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-39阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图7。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-45阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-45阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图8。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-51阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-51阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图9。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-52阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-52阳性质粒的浓度约为103copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图10。对于103copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-53阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-53阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图11。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-56阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-56阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图12。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-58阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-58阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图13。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-59阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-59阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图14。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-66阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-66阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图15。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-68阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-68阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图16。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-73阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-73阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图17。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-82阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-82阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图18。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-6阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-6阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图19。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-11阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-11阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图20。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-70阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-70阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图21。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
等摩尔混合的HPV-81阳性质粒和GAPDH阳性质粒,得到质粒混合物,将2微升质粒混合物(HPV-81阳性质粒的浓度约为102copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。结果见图22。对于102copies/μl的质粒浓度来说,结果为阳性。
HPV-16阳性质粒为将序列47所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-18阳性质粒为将序列48所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-26阳性质粒为将序列49所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-31阳性质粒为将序列50所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-33阳性质粒为将序列51所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-35阳性质粒为将序列52所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-39阳性质粒为将序列53所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-45阳性质粒为将序列54所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-51阳性质粒为将序列55所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-52阳性质粒为将序列56所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-53阳性质粒为将序列57所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-56阳性质粒为将序列58所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-58阳性质粒为将序列59所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-59阳性质粒为将序列60所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-66阳性质粒为将序列61所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-68阳性质粒为将序列62所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-73阳性质粒为将序列63所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-82阳性质粒为将序列64所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-6阳性质粒为将序列65所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-11阳性质粒为将序列66所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-70阳性质粒为将序列67所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。HPV-81阳性质粒为将序列68所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。GAPDH阳性质粒为将序列69所示的双链DNA分子插入pMD18-T载体得到的重组质粒。
从图1-图22的结果可以看出,本发明的方法和试剂盒可以检测到浓度约为102-103copies/μl的常见18种高危型和4种低危型人乳头瘤病毒DNA模板,可以满足临床的需求。
实施例5、试剂盒特异性检测
对照质粒:含有HPV-40的DNA片段的质粒、含有HPV-42的DNA片段的质粒、含有HPV-43的DNA片段的质粒、含有HPV-44的DNA片段的质粒、含有HPV-54的DNA片段的质粒,均为购自中国食品药品检定研究院的产品名称“人乳头瘤病毒L1基因分型参考品”(产品目录号:360002)的组件。
分别将2微升各个对照质粒(浓度约为107copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。将各个对照质粒的图谱叠加得到图23。
分别将2微升各个对照质粒(浓度约为107copies/μl)与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。将各个对照质粒的图谱叠加得到图24。
从图23和图24的结果可以看出,本发明的方法和试剂盒对本试剂盒检测范围外的浓度为107copies/μl的各型人乳头瘤病毒DNA模板检测结果为阴性,说明试剂盒的特异性良好。
实施例6、试剂盒对临床样本的检测
使用本发明的方法和试剂盒,对53例的临床宫颈标本(已通过DNA测序确认其含有哪种HPV)进行检测,其中28例含高危型人乳头瘤病毒DNA,5例含低危型人乳头瘤病毒DNA,20例不含人乳头瘤病毒DNA。
分别将每个标本提取基因组DNA,然后将2微升基因组DNA与28微升实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液A或实施例1的步骤二制备的聚合酶链反应混合液B混合,采用实施例2优化的程序进行PCR,按照实施例3的方法判断结果。
结果见表4。结果显示:28例高危型人乳头瘤病毒DNA阳性的样本用本发明的试剂盒检测,与测序检测结果的符合率为100%;5例低危型人乳头瘤病毒DNA阳性的样本使用本发明的试剂盒检测,与测序检测结果的符合率为100%;本试剂盒的总阳性检出率为100%;20例不含人乳头瘤病毒DNA的样本用本发明的试剂盒检测,结果均为阴性,特异性100%。
表4分别使用本发明的试剂盒和DNA测序检测53例临床标本的结果比较
样本号 | 本发明检测结果 | 测序检测结果 |
SX-071 | HPV高危阳性 | HPV18 |
XJ-089 | HPV高危阳性 | HPV51 |
XJ-093 | HPV低危阳性 | HPV70 |
XJ-141 | HPV高危阳性 | HPV31 |
XJ-147 | HPV高危阳性 | HPV52 |
XJ-156 | HPV高危阳性 | HPV56 |
XJ-165 | HPV高危阳性 | HPV52 |
XJ-183 | HPV低危阳性 | HPV6 |
XJ-196 | HPV高危阳性 | HPV33 |
XJ-200 | HPV高危阳性 | HPV52 |
XJ-208 | HPV高危阳性 | HPV52 |
XJ-260 | HPV低危阳性 | HPV6 |
XJ-243 | HPV低危阳性 | HPV6 |
XJ-275 | HPV低危阳性 | HPV81 |
XJ-277 | HPV高危阳性 | HPV16 |
XJ-281 | HPV高危阳性 | HPV33 |
XJ-283 | HPV高危阳性 | HPV58 |
XJ-293 | HPV高危阳性 | HPV58 |
XJ-301 | HPV高危阳性 | HPV51 |
XJ-303 | HPV高危阳性 | HPV53 |
XJ-049 | HPV低危阳性 | HPV81 |
XJ-101 | HPV高危阳性 | HPV53 |
XJ-117 | HPV高危阳性 | HPV16 |
XJ-156 | HPV高危阳性 | HPV35 |
XJ-174 | HPV高危阳性 | HPV16 |
XJ-255 | HPV高危阳性 | HPV59 |
XJ-268 | HPV高危阳性 | HPV53 |
XJ-277 | HPV高危阳性 | HPV16 |
XJ-288 | HPV高危阳性 | HPV52 |
XJ-297 | HPV高危阳性 | HPV68 |
XJ-307 | HPV高危阳性 | HPV35 |
XJ-308 | HPV高危阳性 | HPV59 |
XJ-190 | HPV高危阳性 | HPV66 |
XJ-042 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-043 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-044 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-045 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-046 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-047 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-048 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-049 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-050 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-051 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-052 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-053 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-054 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-055 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-056 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-057 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-058 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-059 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-060 | HPV阴性 | HPV阴性 |
XJ-061 | HPV阴性 | HPV阴性 |
Claims (6)
1.一种引物组,由引物组合物甲和引物组合物乙组成;
所述引物组合物甲由序列表的序列1所示单链DNA分子、序列表的序列2所示单链DNA分子、序列表的序列3所示单链DNA分子、序列表的序列4所示单链DNA分子、序列表的序列5所示单链DNA分子、序列表的序列6所示单链DNA分子、序列表的序列7所示单链DNA分子、序列表的序列8所示单链DNA分子、序列表的序列9所示单链DNA分子、序列表的序列10所示单链DNA分子、序列表的序列11所示单链DNA分子、序列表的序列12所示单链DNA分子、序列表的序列13所示单链DNA分子、序列表的序列14所示单链DNA分子、序列表的序列15所示单链DNA分子、序列表的序列16所示单链DNA分子、序列表的序列17所示单链DNA分子、序列表的序列18所示单链DNA分子、序列表的序列19所示单链DNA分子、序列表的序列20所示单链DNA分子、序列表的序列21所示单链DNA分子、序列表的序列22所示单链DNA分子、序列表的序列23所示单链DNA分子、序列表的序列24所示单链DNA分子、序列表的序列25所示单链DNA分子、序列表的序列26所示单链DNA分子、序列表的序列27所示单链DNA分子、序列表的序列28所示单链DNA分子、序列表的序列29所示单链DNA分子、序列表的序列30所示单链DNA分子、序列表的序列31所示单链DNA分子、序列表的序列32所示单链DNA分子、序列表的序列33所示单链DNA分子、序列表的序列34所示单链DNA分子、序列表的序列35所示单链DNA分子和序列表的序列36所示单链DNA分子组成;
所述引物组合物乙由序列表的序列37所示单链DNA分子、序列表的序列38所示单链DNA分子、序列表的序列39所示单链DNA分子、序列表的序列40所示单链DNA分子、序列表的序列41所示单链DNA分子、序列表的序列42所示单链DNA分子、序列表的序列43所示单链DNA分子和序列表的序列44所示单链DNA分子组成。
2.如权利要求1所述的引物组,其特征在于:所述引物组的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
3.权利要求1所述的引物组在制备试剂盒中的应用。
4.如权利要求3所述的应用,其特征在于:所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
5.含有权利要求1所述引物组的试剂盒。
6.如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d):(a)辅助鉴定待测人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒;(b)辅助鉴定人乳头瘤病毒;(c)辅助检测待测样本中是否含有人乳头瘤病毒;(d)辅助鉴定含有人乳头瘤病毒的待测样本中的人乳头瘤病毒为高危型人乳头瘤病毒还是低危型人乳头瘤病毒。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201310511334.0A CN104560962B (zh) | 2013-10-25 | 2013-10-25 | 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201310511334.0A CN104560962B (zh) | 2013-10-25 | 2013-10-25 | 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN104560962A CN104560962A (zh) | 2015-04-29 |
CN104560962B true CN104560962B (zh) | 2017-07-21 |
Family
ID=53078041
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201310511334.0A Active CN104560962B (zh) | 2013-10-25 | 2013-10-25 | 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN104560962B (zh) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106048081A (zh) * | 2016-05-19 | 2016-10-26 | 胤安国际(辽宁)基因科技股份有限公司 | 一种hpv分型检测引物及其检测方法和应用 |
CN108342406A (zh) * | 2018-03-28 | 2018-07-31 | 宁波市凯美生物技术有限公司 | Hpv16-hpv18重组序列、包含其的质粒及其应用 |
JPWO2020050350A1 (ja) * | 2018-09-07 | 2021-08-30 | 株式会社ヘルスケアシステムズ | ヒトパピローマウイルスの検出方法 |
CN112961938B (zh) * | 2019-12-13 | 2022-06-07 | 浙江我武生物科技股份有限公司 | 检测人类乳头瘤病毒的方法和试剂盒 |
CN112981004A (zh) * | 2019-12-17 | 2021-06-18 | 广东菲鹏生物有限公司 | 一种检测hpv的试剂及其试剂盒和应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007066831A2 (en) * | 2005-12-08 | 2007-06-14 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Method of detecting human papilloma virus by using nucleic acid amplification method and nucleic acid chain-immobilized carrier |
CN101956024A (zh) * | 2010-10-18 | 2011-01-26 | 中国科学院微生物研究所 | 用于检测人乳头瘤病毒的试剂 |
CN102367487A (zh) * | 2011-09-09 | 2012-03-07 | 中国医学科学院病原生物学研究所 | 一种高精确度检测人类乳头状瘤病毒基因型的方法 |
-
2013
- 2013-10-25 CN CN201310511334.0A patent/CN104560962B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007066831A2 (en) * | 2005-12-08 | 2007-06-14 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Method of detecting human papilloma virus by using nucleic acid amplification method and nucleic acid chain-immobilized carrier |
CN101956024A (zh) * | 2010-10-18 | 2011-01-26 | 中国科学院微生物研究所 | 用于检测人乳头瘤病毒的试剂 |
CN102367487A (zh) * | 2011-09-09 | 2012-03-07 | 中国医学科学院病原生物学研究所 | 一种高精确度检测人类乳头状瘤病毒基因型的方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN104560962A (zh) | 2015-04-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Abreu et al. | A review of methods for detect human Papillomavirus infection | |
CN102994651B (zh) | 用于18种高危型人乳头瘤病毒荧光pcr检测的引物和探针及其试剂盒 | |
CN101487063B (zh) | 人乳头状瘤病毒感染基因扩增荧光检测试剂盒 | |
CN105087827B (zh) | 16种型别hpv病毒的检测引物、探针及试剂盒 | |
CN101017141A (zh) | 诊断人类乳头状病毒(hpv)感染的荧光聚合酶链式反应(pcr)的方法和试剂盒 | |
MX2007008553A (es) | Sistemas, metodos y composiciones para deteccion del virus de papiloma humano en muestras biologicas. | |
CN104560962B (zh) | 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组 | |
Schmitz et al. | Quantitative multiplex PCR assay for the detection of the seven clinically most relevant high-risk HPV types | |
CN105755169B (zh) | 一种高危型人乳头瘤病毒的检测和分型试剂盒及其应用 | |
Şahiner et al. | Efficiency of MY09/11 consensus PCR in the detection of multiple HPV infections | |
CN103725792A (zh) | 人类乳头瘤病毒(24型)检测(荧光pcr法)试剂盒及其检测方法 | |
WO2024187844A1 (zh) | 引物及其和探针的组合物在制备检测hpv的试剂盒中的应用 | |
CN101613764B (zh) | 一种高危型hpv荧光pcr筛查方法及引物、探针和试剂盒 | |
CN105803110B (zh) | 同时对多种人乳头瘤病毒进行分型及检测的试剂盒及其应用 | |
CN111172328A (zh) | 用于hpv核酸分型检测的成套引物、成套探针、试剂盒和hpv核酸分型检测的方法 | |
CN106048081A (zh) | 一种hpv分型检测引物及其检测方法和应用 | |
CN109609696B (zh) | 用于检测人乳头瘤病毒的核酸试剂、试剂盒、系统及方法 | |
CN101818213A (zh) | 检测人乳头瘤病毒的基因芯片及试剂盒 | |
CN108728578A (zh) | 在单管反应中同时检测多种高危型人乳头瘤病毒及其亚型的方法及试剂盒 | |
CN113584225A (zh) | 一种检测hpv病毒的引物和探针组合及其分型检测的试剂、应用 | |
CN101251469A (zh) | 诊断人乳头瘤病毒感染的荧光pcr方法 | |
CN102140554B (zh) | 检测人乳头状瘤病毒亚型的荧光pcr试剂盒 | |
CN103409560A (zh) | 一种广谱、高效、经济的高危人乳头状瘤病毒的pcr检测方法 | |
CN105695627A (zh) | 一种用于荧光定量pcr检测15型hpv的特异性引物和探针的组合以及试剂盒 | |
KR101761701B1 (ko) | Hpv 특이적 프로브 및 이를 포함하는 hpv 유전자형 검사용 dna 칩 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant |