JP2014204730A5 - - Google Patents

Claims (35)

1. （ａ）ゲノム断片の増幅された表示的集団を、固定化されたプローブ−断片ハイブリッ
   ドが形成される条件下で、少なくとも１０，０００の異なる固定化された核酸プローブの
   アレイと接触させることであって、該ゲノム断片の増幅された表示的集団が、少なくとも
   1μg/μlのDNA濃度、及び少なくとも1ギガ塩基の複雑性を含み、かつ、該プローブが多く
   とも100ヌクレオチドの長さの標的−相補領域を含む、前記接触させること；
   （ｂ）該ゲノム断片にハイブリダイズされた状態で該固定化されたプローブを修飾し、そ
   れにより、修飾された固定化プローブを形成すること；
   （ｃ）該プローブ−断片ハイブリッドから該ゲノム断片を除去すること；及び、
   （ｄ）該ゲノム断片を除去した後に、該修飾された固定化プローブを検出し、それにより
   、該ゲノム断片の型決定可能な遺伝子座を検出すること；を含む、方法。
2. 前記異なる核酸プローブが、表面に結合している、請求項１記載の方法。
3. 前記異なる核酸プローブが、粒子に結合されている、請求項１記載の方法。
4. 前記粒子の各々が、単一の型の核酸プローブに結合されている、請求項３記載の方法。
5. 前記粒子が、基材に結合されている、請求項３記載の方法。
6. 天然ゲノムを表示的に増幅し、それにより、該ゲノム断片の増幅された表示的集団を提
   供することをさらに含む、請求項１記載の方法。
7. 単一工程反応で前記天然ゲノムを表示的に増幅することを含む、請求項６記載の方法。
8. 等温条件下で前記天然ゲノムを表示的に増幅することを含む、請求項６記載の方法。
9. 前記表示的に増幅することが、リンカーアダプター−ＰＣＲを含む、請求項６に記載の
   方法。
10. 前記表示的に増幅することが、ランダムプライマー増幅を含む、請求項６記載の方法。
11. 低反応促進性を有するポリメラーゼを用いて増幅することを含む、請求項１０記載の方
    法。
12. 前記低反応促進性が、重合事象当たり１００塩基未満である、請求項１１記載の方法。
13. 前記表示的に増幅することが、前記ゲノムＤＮＡをエンドヌクレアーゼで処理すること
    を含む、請求項６記載の方法。
14. 前記表示的に増幅することが、前記ゲノム断片をエンドヌクレアーゼで処理することを
    含む、請求項６記載の方法。
15. 前記天然ゲノムの多くとも１×１０^６コピーを、前記表示的に増幅することのためのテ
    ンプレートとして用いる、請求項６記載の方法。
16. 前記天然ゲノムがヒトゲノムである、請求項６記載の方法。
17. 前記ゲノム断片の増幅された表示的集団が、前記天然ゲノムの少なくとも５％と同一で
    ある配列を含む、請求項６記載の方法。
18. 前記複雑性が、少なくとも２ギガ塩基、又は少なくとも３ギガ塩基である、請求項１記
    載の方法。
19. 前記ゲノム断片の表示的集団が、少なくとも１００μｇのＤＮＡを含む、請求項１記載
    の方法。
20. 少なくとも１００，０００の前記異なる核酸プローブがゲノム断片とハイブリダイズし
    てプローブ−断片ハイブリッドを形成する、請求項１記載の方法。
21. 前記検出が、前記ゲノム断片にハイブリダイズされた状態で前記プローブを修飾するこ
    とを含む、請求項１記載の方法。
22. 前記核酸プローブが固定化されている、請求項２１記載の方法。
23. 前記検出に先立って前記修飾された固定化プローブを変性条件に曝露し、それにより、
    前記ゲノム断片を除去することをさらに含む、請求項１または２２記載の方法。
24. 前記修飾が、前記プローブへの検出部分の付加を含み、該検出部分が、親和性リガンド
    を含み、それにより、親和性リガンド−標識プローブを形成することを含む、請求項１ま
    たは２１記載の方法。
25. 前記親和性リガンド−標識プローブを結合部分および増幅試薬と接触させることをさら
    に含み、該結合部分は該リガンドに結合することができる１つ以上の部位を有し、かつ、
    該増幅試薬は該結合部分に対する親和性を有し、それにより、該親和性リガンド−標識プ
    ローブ、該結合部分および該増幅試薬の間にマルチマー複合体が形成される、請求項２４
    記載の方法。
26. 前記検出が、前記マルチマー複合体を検出することを含む、請求項２５記載の方法。
27. 前記修飾が、ポリメラーゼによるヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの付加を含
    む、請求項１または２１記載の方法。
28. 前記修飾が、前記固定化された核酸プローブへのプローブの連結を含む、請求項１また
    は２１記載の方法。
29. 前記修飾が、前記固定化された核酸プローブの切断を含む、請求項１または２１記載の
    方法。
30. 前記プローブを、一本鎖核酸結合蛋白質と接触させることをさらに含む、請求項１また
    は２１記載の方法。
31. 前記プローブ−断片ハイブリッドが、キャピラリーギャップフローセル中で形成される
    、請求項１記載の方法。
32. 前記型決定可能な遺伝子座が検出されたことを同定するレポートを作成することをさら
    に含む、請求項１記載の方法。
33. 前記結合部分が受容体である、請求項２５記載の方法。
34. 1×10⁶〜1×10¹⁰個の胎盤幹細胞を含む、免疫応答を抑制するための医薬組成物であっ
    て、前記1×10⁶〜1×10¹⁰個の胎盤幹細胞の少なくとも80％がCD200を発現し、かつ、前記
    胎盤幹細胞が、混合リンパ球反応（MLR）アッセイ法におけるT細胞増殖を検出可能に抑制
    する、請求項１記載の医薬組成物。
35. 実質的に本願明細書に記載されている方法。