JP2017533709A - データの速度および密度を増大させるための多数のプライマーからのシーケンシング - Google Patents
データの速度および密度を増大させるための多数のプライマーからのシーケンシング Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017533709A JP2017533709A JP2017524043A JP2017524043A JP2017533709A JP 2017533709 A JP2017533709 A JP 2017533709A JP 2017524043 A JP2017524043 A JP 2017524043A JP 2017524043 A JP2017524043 A JP 2017524043A JP 2017533709 A JP2017533709 A JP 2017533709A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- base
- extension
- nucleotide
- sequencing
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 title claims abstract description 64
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 106
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 99
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 88
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 88
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 98
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 70
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 18
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 13
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 claims description 13
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims description 13
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 claims description 13
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 13
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 claims description 12
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 11
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 11
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 6
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 3
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 3
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 3
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 claims description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 claims description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 abstract description 11
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 9
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 38
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 35
- 241000894007 species Species 0.000 description 23
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 19
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 19
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 16
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 12
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 10
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 10
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 9
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 8
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 7
- 238000007841 sequencing by ligation Methods 0.000 description 7
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 6
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 6
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 5
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 4
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 4
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 4
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 4
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J ATP(4-) Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J 0.000 description 3
- ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N Adenosine triphosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 3
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N Palladium Chemical compound [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 2
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 101710092462 Alpha-hemolysin Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 230000010777 Disulfide Reduction Effects 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004523 Sulfate Adenylyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108010022348 Sulfate adenylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 239000002086 nanomaterial Substances 0.000 description 1
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000005257 nucleotidylation Effects 0.000 description 1
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000002161 passivation Methods 0.000 description 1
- XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M phenylmercury acetate Chemical compound CC(=O)O[Hg]C1=CC=CC=C1 XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/0002—Inspection of images, e.g. flaw detection
- G06T7/0012—Biomedical image inspection
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/30—Subject of image; Context of image processing
- G06T2207/30004—Biomedical image processing
- G06T2207/30072—Microarray; Biochip, DNA array; Well plate
Abstract
Description
・A−アデニン
・C−シトシン
・DNA−デオキシリボ核酸
・G−グアニン
・RNA−リボ核酸
・T−チミン
・U−ウラシル
支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供するステップと、
少なくとも2つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズするステップと、
前記核酸の同一鎖において、前記少なくとも2つのプライマーのそれぞれでプライマー伸長を行うステップと、
前記プライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも1つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得るステップと、
前記シグナルデータから、前記ヌクレオチド塩基の同一性を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるステップとを含む。
(a)支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供するステップと、
(b)(i)前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも2つのプライマーと、(ii)dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも1つ含む4つのプローブの存在下で、伸長リードを複数提供するハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップであって、前記4つのプローブはそれぞれ、その他の3つのプローブの固有の標識とは異なる固有の標識を有し、前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも2つのプライマーの一方から伸長する、ステップと、
(c)未結合のプローブを除去するステップと、
(d)前記対応する固有標識の同一性を判定することにより、ステップ(b)で取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの同一性を判定するステップと、
(e)ヌクレオチド塩基を伸長リードに割り当てるステップ。
(a)支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供するステップと、
(b)(i)前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも2つのプライマーと、(ii)4つの可逆的に終結させるヌクレオチドアナログ、または、dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPのアナログから選択される可逆的ターミネータの存在下で、ポリメラーゼが核酸合成に触媒作用を及ぼして複数の伸長リードを提供することを可能にする条件下で、前記核酸を核酸ポリメラーゼと接触させるステップであって、前記4つのアナログはそれぞれ、その他の3つのアナログの固有標識とは異なる固有標識を有し、前記伸長リードはそれぞれプライマーから伸長する、ステップと、
(c)未結合のヌクレオチドアナログを除去するステップと、
(d)前記対応する固有標識の同一性を判定することにより、ステップ(b)で取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの同一性を判定するステップと、
(e)前記塩基を伸長リードに割り当てるステップ。
(i)前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも2つのプライマーと、(ii)dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも1つ含む4つのプローブの存在下で、複数の伸長リードを提供するハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップであって、前記4つのプローブはそれぞれ、その他の3つのプローブの固有標識とは異なる固有標識を有し、前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも2つのプライマーの一方から伸長する、ステップと、
未結合のプローブを除去するステップと、
前記対応する固有標識の同一性を判定することにより、取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの同一性を判定するステップと、
ヌクレオチド塩基を伸長リードに割り当てるステップとにより核酸配列を決定する手段を含む、核酸配列を決定するためのシステムを提供する。
支持体にハイブリダイズした核酸を少なくとも1つ提供するステップと、
少なくとも2つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズして2つの伸長リードを提供するステップと、
可逆的ターミネータ塩基を用いて前記プライマーそれぞれの伸長を実行するステップと、
塩基の追加それぞれにつき前記の結合した可逆的ターミネータ塩基の画像を得るステップと、
前記画像から、前記支持体上のある位置に存在する前記複数の塩基を決定するステップと、
前記塩基を伸長リードに割り当てるステップとを含む、シーケンシング法を提供する。
支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供し、
少なくとも2つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズし、
前記核酸の同一鎖上の前記少なくとも2つのプライマーそれぞれにおいて、少なくとも2つのプライマー伸長を実行し、
前記少なくとも2つのプライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも1つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得て、
前記シグナルデータから前記ヌクレオチド塩基の同一性を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるための手段とを含む、核酸配列を決定するためのシステムを提供する。
SBS3/SBS8 std PE構造
太字=P5、下線= SBS3、イタリック体 = SBS8、イタリック体および太字= P7
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACCACGACGCTCTTCCGATCT---挿入---
TTACTATGCCGCTGGTGGCTCTAGATGTGAGAAAGGGATGGTGCTGCGAGAAGGCTAGA---挿入---
AGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
TCTAGCCTTCTCGCCAAGTCGTCCTTACGGCTCTGGCTAGAGCATACGGCAGAAGACGAAC
R1、ヒト、AGTCCT
R2、E.coli、GATGCA
より長いリードは各ゲノムに固有である可能性が高いことになる。
本明細書に記載する方法は、種々の核酸シーケンシング技法と共に用いることが可能である。特に適用可能な技法は、核酸がアレイの一定の位置に付着し、その結果、その相対的位置が変わらず、アレイが繰り返しイメージングされるものである。画像が、例えば、あるヌクレオチド塩基種を別のものと識別するのに用いられる種々の標識と一致して、異なる色チャネルで得られる実施形態が、特定に適用可能である。一部の実施形態において、標的核酸のヌクレオチド配列を決定するプロセスは、自動化プロセスであり得る。好適な実施形態には、シーケンシング・バイ・シンセシス(「SBS」)技法が含まれる。
一部の実施形態では、固定DNA断片を、米国特許第7985565号明細書および同第7115400号明細書(これらの各内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)の開示により例示されるように、クラスタ増幅技法を用いて増幅する。米国特許第7985565号明細書および同第7115400号明細書に組み込まれた材料は、固定核酸分子のクラスタまたは「コロニー」からなるアレイを形成するために増幅産物を固体支持体に固定することを可能にする、固相核酸増幅法を記載する。このようなアレイ上の各クラスタまたはコロニーは、複数の同一の固定ポリヌクレオチド鎖および複数の同一の固定ポリヌクレオチド相補鎖から形成される。このように形成されたアレイは、概して、本明細書では「クラスタ化アレイ」という。米国特許第7985565号明細書および同第7115400号明細書に記載されるような固相増幅反応産物は、固定ポリヌクレオチド鎖と固定相補鎖の対をアニールすることにより形成される、いわゆる「ブリッジ状」構造であり、両鎖は5’末端で好適には共有結合を介して固体支持体に固定される。クラスタ増幅技法は、固定核酸鋳型を用いて固定アンプリコンを生成する方法の例である。他の適切な手法を用いて、本明細書で提供する方法に従い生成された固定DNA断片から固定アンプリコンを生成することも可能である。例えば、1つまたは複数のクラスタもしくはコロニーは、各増幅プライマー対の一方のプライマーが固定されていても、両方のプライマーが固定されていても、固相PCRを介して形成され得る。
Claims (25)
- 核酸配列を決定する方法であって、
支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供するステップと、
少なくとも2つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズするステップと、
前記核酸の同一鎖の少なくとも2つのプライマーそれぞれにおいて、プライマー伸長を行うステップと、
前記プライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも1つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得るステップと、
前記シグナルデータから、前記ヌクレオチド塩基の同一性を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるステップとを含む、方法。 - (i)前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な前記少なくとも2つのプライマーと、(ii)dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも1つ含む4つの標識部分の存在下で、複数の伸長リードを提供するハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップを含み、前記4つの標識部分はそれぞれ、その他の3つの標識部分の固有の標識とは異なる固有の標識を有し、前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも2つのプライマーの一方から伸長する、請求項1に記載の方法。
- 未結合の標識部分を除去するステップを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記複数の伸長リードは実質的に同時に起きる伸長リードを含む、請求項2または3に記載の方法。
- 前記4つの標識部分はそれぞれ、単一の可逆的に終結させるヌクレオチドアナログ、または、dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPから選択される可逆的ターミネータアナログ、または、dGTP、dCTP、dTTP、dUTP、およびdATPから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも1つ含むオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項2〜4の何れかに記載の方法。
- 前記酵素にはポリメラーゼまたはリガーゼが含まれる、請求項1〜5の何れかに記載の方法。
- 前記支持体はチップまたはビーズを含む、請求項1〜6の何れかに記載の方法。
- 前記固有標識には色素、フルオロフォア、クロモフォア、コンビナトリアル蛍光エネルギー移動タグ、質量タグ、またはエレクトロホアが含まれる、請求項2〜7の何れかに記載の方法。
- 前記少なくとも2つのプライマーは重複配列を有する、請求項1〜8の何れかに記載の方法。
- 前記少なくとも2つのプライマーは単一塩基の追加により異なる、請求項1〜9の何れかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーは、各伸長リードを化学的に区別するためにブロックプライマーおよび非ブロックプライマーを含む、請求項1〜10の何れかに記載の方法。
- バイオインフォマティクス情報を用いて前記塩基を前記伸長リードに割り当てる、請求項1〜11の何れかに記載の方法。
- 前記少なくとも2つのプライマー伸長のそれぞれに対応するシグナルデータは、実質的に同時に得られる、請求項1〜12の何れかに記載の方法。
- 前記ヌクレオチド塩基の同一性を判定するステップは、前記複数の伸長リードのそれぞれで検出される固有標識に対応するシグナル強度プロファイルを解析するステップを含む、請求項2〜13の何れかに記載の方法。
- 前記シグナルデータは1つまたは複数の画像を含む、請求項1〜14の何れかに記載の方法。
- 前記シグナルデータは、前記プライマー伸長において取り込まれた複数のヌクレオチドアナログに対応する色シグナルとして検出され、各色シグナルは、異なるヌクレオチドアナログまたはヌクレオチドアナログの組み合わせに対応する、請求項15に記載の方法。
- 1つまたは複数のシグナルデコンボリューション、シグナル改良、およびシグナル選択を含むシグナル処理のステップを含む、請求項1〜16の何れかに記載の方法。
- 多数のベースコールが各ハイブリダイゼーションサイクルで作成される、請求項1〜17の何れかに記載の方法。
- 前記塩基を伸長リードに割り当てるステップは、前記ヌクレオチド塩基の位置を決定するステップを含む、請求項1〜18の何れかに記載の方法。
- 前記塩基を伸長リードに割り当てるステップは、各伸長リードに対し暫定ベースコールと最終ベースコールを提供するステップを含む、請求項1〜19の何れかに記載の方法。
- 前記最終ベースコールは、前記暫定ベースコールデータと参照ゲノムとの比較により提供される、請求項20に記載の方法。
- 前記同一の4標識部分セットが各伸長リードに用いられる、請求項2〜21の何れかに記載の方法。
- 少なくとも1つの核酸を固定するための固体支持体を有するシーケンシング装置と、
支持体に結合した核酸を少なくとも1つ提供し、
少なくとも2つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズし、
前記核酸の同一鎖の少なくとも2つのプライマーそれぞれにおいて、少なくとも2つのプライマー伸長を実行し、
前記少なくとも2つのプライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも1つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得て、
前記シグナルデータから前記ヌクレオチド塩基の同一性を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるための手段とを含む、核酸配列を決定するためのシステム。 - 前記シグナルデータを処理するシグナルプロセッサをさらに含む、請求項23に記載のシステム。
- 請求項1〜22の何れかに記載の方法を実行するためのシーケンシング試薬および指示書を含む、核酸配列を決定するためのキット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GBGB1419731.3A GB201419731D0 (en) | 2014-11-05 | 2014-11-05 | Sequencing from multiple primers to increase data rate and density |
GB1419731.3 | 2014-11-05 | ||
PCT/GB2015/053324 WO2016071689A1 (en) | 2014-11-05 | 2015-11-04 | Sequencing from multiple primers to increase data rate and density |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017533709A true JP2017533709A (ja) | 2017-11-16 |
JP2017533709A5 JP2017533709A5 (ja) | 2020-03-12 |
JP6789935B2 JP6789935B2 (ja) | 2020-11-25 |
Family
ID=52118764
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017524043A Active JP6789935B2 (ja) | 2014-11-05 | 2015-11-04 | データの速度および密度を増大させるための多数のプライマーからのシーケンシング |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20170298430A1 (ja) |
EP (2) | EP3974538A1 (ja) |
JP (1) | JP6789935B2 (ja) |
CN (2) | CN107257862B (ja) |
AU (2) | AU2015341568B2 (ja) |
CA (1) | CA2966442C (ja) |
DK (1) | DK3215638T3 (ja) |
ES (1) | ES2889875T3 (ja) |
GB (1) | GB201419731D0 (ja) |
HK (1) | HK1243465A1 (ja) |
SG (1) | SG11201703629XA (ja) |
WO (1) | WO2016071689A1 (ja) |
Families Citing this family (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2017258619B2 (en) | 2016-04-29 | 2020-05-14 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequencing method employing ternary complex destabilization to identify cognate nucleotides |
WO2018034780A1 (en) | 2016-08-15 | 2018-02-22 | Omniome, Inc. | Sequencing method for rapid identification and processing of cognate nucleotide pairs |
WO2018125759A1 (en) | 2016-12-30 | 2018-07-05 | Omniome, Inc. | Method and system employing distinguishable polymerases for detecting ternary complexes and identifying cognate nucleotides |
DE102017218849A1 (de) * | 2017-10-23 | 2019-04-25 | Robert Bosch Gmbh | Reaktionsträger für eine mikrofluidische Vorrichtung und Verfahren zur Bestimmung einer Nukleotidsequenz |
CN113249455A (zh) * | 2020-02-12 | 2021-08-13 | 赛纳生物科技(北京)有限公司 | 一种基因测序中获得背景信号的方法 |
WO2023114392A1 (en) * | 2021-12-16 | 2023-06-22 | Ultima Genomics, Inc. | Systems and methods for sequencing with multi-priming |
WO2023175026A1 (en) * | 2022-03-15 | 2023-09-21 | Illumina, Inc. | Methods of determining sequence information |
CA3223653A1 (en) * | 2022-03-15 | 2023-09-21 | Aathavan KARUNAKARAN | Concurrent sequencing of forward and reverse complement strands on separate polynucleotides for methylation detection |
CN115232867B (zh) * | 2022-07-21 | 2024-01-30 | 深圳赛陆医疗科技有限公司 | 一种快速的二代基因测序方法 |
CN117721191A (zh) * | 2024-02-07 | 2024-03-19 | 深圳赛陆医疗科技有限公司 | 基因测序方法、测序装置、可读存储介质和基因测序系统 |
Family Cites Families (55)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU622426B2 (en) | 1987-12-11 | 1992-04-09 | Abbott Laboratories | Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization |
CA1341584C (en) | 1988-04-06 | 2008-11-18 | Bruce Wallace | Method of amplifying and detecting nucleic acid sequences |
WO1989009835A1 (en) | 1988-04-08 | 1989-10-19 | The Salk Institute For Biological Studies | Ligase-based amplification method |
JP2801051B2 (ja) | 1988-06-24 | 1998-09-21 | アムジエン・インコーポレーテツド | 核酸塩基配列を検出するための方法及び試薬 |
US5130238A (en) | 1988-06-24 | 1992-07-14 | Cangene Corporation | Enhanced nucleic acid amplification process |
EP0425563B1 (en) | 1988-07-20 | 1996-05-15 | David Segev | Process for amplifying and detecting nucleic acid sequences |
US5185243A (en) | 1988-08-25 | 1993-02-09 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Method for detection of specific nucleic acid sequences |
CA2044616A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-04-27 | Roger Y. Tsien | Dna sequencing |
KR950013953B1 (ko) | 1990-01-26 | 1995-11-18 | 애보트 래보라토리즈 | 리가제 연쇄 반응에 적용가능한 표적 핵산의 증폭 방법 |
US5573907A (en) | 1990-01-26 | 1996-11-12 | Abbott Laboratories | Detecting and amplifying target nucleic acids using exonucleolytic activity |
US5455166A (en) | 1991-01-31 | 1995-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification |
AU694187B2 (en) | 1994-02-07 | 1998-07-16 | Beckman Coulter, Inc. | Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysis TM of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis |
AU687535B2 (en) | 1994-03-16 | 1998-02-26 | Gen-Probe Incorporated | Isothermal strand displacement nucleic acid amplification |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
DE19515552A1 (de) * | 1995-04-27 | 1996-10-31 | Europ Lab Molekularbiolog | Simultane Sequenzierung von Nukleinsäuren |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
ES2563643T3 (es) | 1997-04-01 | 2016-03-15 | Illumina Cambridge Limited | Método de secuenciación de ácido nucleico |
US6969488B2 (en) | 1998-05-22 | 2005-11-29 | Solexa, Inc. | System and apparatus for sequential processing of analytes |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
US6274320B1 (en) | 1999-09-16 | 2001-08-14 | Curagen Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
EP1235932A2 (en) * | 1999-10-08 | 2002-09-04 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for performing large numbers of reactions using array assembly |
US7955794B2 (en) | 2000-09-21 | 2011-06-07 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
US7611869B2 (en) | 2000-02-07 | 2009-11-03 | Illumina, Inc. | Multiplexed methylation detection methods |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
US7001792B2 (en) | 2000-04-24 | 2006-02-21 | Eagle Research & Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
EP1975251A3 (en) | 2000-07-07 | 2009-03-25 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
EP1354064A2 (en) | 2000-12-01 | 2003-10-22 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
EP1472335A4 (en) * | 2001-11-08 | 2005-12-28 | Univ Johns Hopkins | METHOD AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
ES2407681T3 (es) | 2002-08-23 | 2013-06-13 | Illumina Cambridge Limited | Nucleótidos modificados para la secuenciación de polinucleótidos. |
US7670810B2 (en) | 2003-06-20 | 2010-03-02 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping |
GB0321306D0 (en) | 2003-09-11 | 2003-10-15 | Solexa Ltd | Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues |
US7169560B2 (en) * | 2003-11-12 | 2007-01-30 | Helicos Biosciences Corporation | Short cycle methods for sequencing polynucleotides |
JP2007525571A (ja) | 2004-01-07 | 2007-09-06 | ソレクサ リミテッド | 修飾分子アレイ |
CA2579150C (en) | 2004-09-17 | 2014-11-25 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Apparatus and method for analysis of molecules |
WO2006064199A1 (en) | 2004-12-13 | 2006-06-22 | Solexa Limited | Improved method of nucleotide detection |
JP4990886B2 (ja) | 2005-05-10 | 2012-08-01 | ソレックサ リミテッド | 改良ポリメラーゼ |
GB0514936D0 (en) | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Preparation of templates for nucleic acid sequencing |
US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
EP3373174A1 (en) | 2006-03-31 | 2018-09-12 | Illumina, Inc. | Systems and devices for sequence by synthesis analysis |
US7754429B2 (en) * | 2006-10-06 | 2010-07-13 | Illumina Cambridge Limited | Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides |
WO2008051530A2 (en) | 2006-10-23 | 2008-05-02 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing |
EP4134667A1 (en) | 2006-12-14 | 2023-02-15 | Life Technologies Corporation | Apparatus for measuring analytes using fet arrays |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
WO2008093098A2 (en) * | 2007-02-02 | 2008-08-07 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
US9115163B2 (en) * | 2007-10-19 | 2015-08-25 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | DNA sequence with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
CN102140534A (zh) * | 2010-12-15 | 2011-08-03 | 深圳华大基因科技有限公司 | 一种hbv基因的核苷酸突变位点的检测方法 |
US8951781B2 (en) | 2011-01-10 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis |
US20120252682A1 (en) * | 2011-04-01 | 2012-10-04 | Maples Corporate Services Limited | Methods and systems for sequencing nucleic acids |
SI3623481T1 (sl) | 2011-09-23 | 2022-01-31 | Illumina, Inc. | Sestavki za sekvenciranje nukleinske kisline |
CA2867665C (en) | 2012-04-03 | 2022-01-04 | Illumina, Inc. | Integrated optoelectronic read head and fluidic cartridge useful for nucleic acid sequencing |
-
2014
- 2014-11-05 GB GBGB1419731.3A patent/GB201419731D0/en not_active Ceased
-
2015
- 2015-11-04 JP JP2017524043A patent/JP6789935B2/ja active Active
- 2015-11-04 US US15/510,191 patent/US20170298430A1/en not_active Abandoned
- 2015-11-04 WO PCT/GB2015/053324 patent/WO2016071689A1/en active Application Filing
- 2015-11-04 EP EP21190518.7A patent/EP3974538A1/en active Pending
- 2015-11-04 CN CN201580069430.1A patent/CN107257862B/zh active Active
- 2015-11-04 CN CN202110829488.9A patent/CN113564238A/zh active Pending
- 2015-11-04 CA CA2966442A patent/CA2966442C/en active Active
- 2015-11-04 DK DK15794241.8T patent/DK3215638T3/da active
- 2015-11-04 EP EP15794241.8A patent/EP3215638B1/en active Active
- 2015-11-04 AU AU2015341568A patent/AU2015341568B2/en active Active
- 2015-11-04 ES ES15794241T patent/ES2889875T3/es active Active
- 2015-11-04 SG SG11201703629XA patent/SG11201703629XA/en unknown
-
2018
- 2018-02-28 HK HK18102912.1A patent/HK1243465A1/zh unknown
-
2020
- 2020-08-03 US US16/983,947 patent/US11555218B2/en active Active
-
2021
- 2021-12-15 AU AU2021286342A patent/AU2021286342A1/en active Pending
-
2023
- 2023-01-12 US US18/153,946 patent/US20230160006A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2015341568A1 (en) | 2017-05-25 |
CA2966442C (en) | 2024-03-12 |
EP3215638B1 (en) | 2021-08-11 |
CN113564238A (zh) | 2021-10-29 |
US20200392573A1 (en) | 2020-12-17 |
CN107257862A (zh) | 2017-10-17 |
WO2016071689A1 (en) | 2016-05-12 |
US20170298430A1 (en) | 2017-10-19 |
SG11201703629XA (en) | 2017-06-29 |
EP3974538A1 (en) | 2022-03-30 |
HK1243465A1 (zh) | 2018-07-13 |
CA2966442A1 (en) | 2016-05-12 |
CN107257862B (zh) | 2021-08-03 |
AU2021286342A1 (en) | 2022-01-20 |
ES2889875T3 (es) | 2022-01-14 |
US20230160006A1 (en) | 2023-05-25 |
US11555218B2 (en) | 2023-01-17 |
DK3215638T3 (da) | 2021-10-18 |
GB201419731D0 (en) | 2014-12-17 |
AU2015341568B2 (en) | 2021-09-16 |
EP3215638A1 (en) | 2017-09-13 |
JP6789935B2 (ja) | 2020-11-25 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11555218B2 (en) | Sequencing from multiple primers to increase data rate and density | |
US20210155985A1 (en) | Surface concatemerization of templates | |
AU2018259202B2 (en) | Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries | |
CN105358709B (zh) | 用于检测基因组拷贝数变化的系统和方法 | |
EP3635136A1 (en) | Single cell whole genome libraries for methylation sequencing | |
EP3320111B1 (en) | Sample preparation for nucleic acid amplification | |
US10011866B2 (en) | Nucleic acid ligation systems and methods | |
EP2971154A1 (en) | Nucleic acid control panels | |
CN107849598B (zh) | 簇中的表面引物的增强利用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20181101 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20181101 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20191029 |
|
A524 | Written submission of copy of amendment under article 19 pct |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A524 Effective date: 20200129 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200303 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200703 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20200703 |
|
C11 | Written invitation by the commissioner to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11 Effective date: 20200721 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20200805 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20200827 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20200901 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20201006 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20201104 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6789935 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |