JP2014530011A5 - - Google Patents
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Description
本発明の具体的な実施態様をいくつか例示的に以下に列挙する。
(1)核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号688の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーは、配列番号145の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含み;前記プローブは、配列番号160の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
(2)第2のプライマーが、配列番号191の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む核酸配列を含む、(1)に記載の方法。
(3)第1のプライマーが、配列番号146〜159からなる群から選択される配列を含み、第2のプライマーが、配列番号192〜205からなる群から選択される配列を含み、プローブが、配列番号161〜175からなる群から選択される配列を含む、(2)に記載の方法。
(4)プローブの3’末端が第1のプライマーの5’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、(1)〜(3)のいずれかに記載の方法。
(5)前記反応混合物が、配列番号176の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、(4)に記載の方法。
(6)核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号686の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーおよびプローブは:
(I)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号16の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;
(II)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号49の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;ならびに
(III)配列番号55またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号56またはそれと相補的な配列を含むプローブ;
からなる群から選択される、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
(7)第2のプライマーが、配列番号58の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むか、または配列番号73を含む核酸配列を含む、(6)に記載の方法。
(8)第1のプライマーが、配列番号2〜15、48からなる群から選択される配列を含み;第2のプライマーが、配列番号59〜72からなる群から選択される配列を含み;前記プローブは、配列番号17〜30、49〜52からなる群から選択される配列を含む。(7)に記載の方法。
(9)プローブの前記3’末端が第1のプライマーの前記5’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、(6)〜(8)のいずれか一項に記載の方法。
(10)反応混合物が、配列番号53、54、もしくは57を含むか、または配列番号31の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、(9)に記載の方法。
(11)核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号687の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーおよびプローブは:
(I)配列番号74の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号89の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;
(II)配列番号120またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号121もしくは122またはそれと相補的な配列を含むプローブ;ならびに
(III)配列番号125またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号126またはそれと相補的な配列を含むプローブ
からなる群から選択される、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
(12)前記第2のプライマーが、配列番号128の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むか、または配列番号143もしくは144を含む核酸配列を含む、(11)に記載の方法。
(13)第1のプライマーが、配列番号75〜88からなる群から選択される配列を含み;第2のプライマーが、配列番号129〜144からなる群から選択される配列を含み;前記プローブが、配列番号90〜104からなる群から選択される配列を含む、(12)に記載の方法。
(14)プローブの前記3’末端が第1のプライマーの前記5’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、(11)〜(13)のいずれか一項に記載の方法。
(15)反応混合物が、配列番号123、124、もしくは127を含むか、または配列番号105の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、(14)に記載の方法。
(16)試料が食物試料または水試料を含む、請求項1、6、または11のいずれか一項に記載の方法。
(17)プライマー−プローブ複合体を含むポリヌクレオチドであって、前記プライマープローブ複合体は:
(A)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプライマー領域および配列番号16の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域;
(B)配列番号48を含むプライマー領域および配列番号49〜52からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域;
(C)配列番号55を含むプライマー領域および配列番号56を含むプローブ領域;
(D)配列番号74の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号89の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域;
(E)配列番号120を含むプライマー領域および配列番号121〜122からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域;
(F)配列番号125を含むプライマー領域および配列番号126を含むプローブ領域;ならびに
(G)配列番号145の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号160の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域
を含み;
前記プローブ領域および前記プライマー領域はそれぞれ、5’および3’末端を有し、前記プローブ領域の前記3’末端は、前記プライマー領域の前記5’末端にリンカー部分を介して結合しており、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能な標識をさらに含む、前記ポリヌクレオチド。
(18)(17)に記載のポリヌクレオチドを含む、試料中のSTEC細菌の検出のためのキット。
(19)(18)に記載の複製組成物を含む試薬錠剤。
Claims (4)
- 核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号688の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーは、配列番号145の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含み;前記プローブは、配列番号160の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。 - 核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号686の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーおよびプローブは:
(I)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号16の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;
(II)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号49の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;ならびに
(III)配列番号55またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号56またはそれと相補的な配列を含むプローブ;
からなる群から選択される、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。 - 核酸を含む試料中のSTEC細菌の存在を検出する方法であって、
(a)配列番号687の少なくとも一部の増幅および検出のための第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第1のプライマー、第2のプライマー、およびプローブのそれぞれは、5’末端および3’末端を含み;前記第1のプライマーおよびプローブは:
(I)配列番号74の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号89の少なくとも15個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ;
(II)配列番号120またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号121もしくは122またはそれと相補的な配列を含むプローブ;ならびに
(III)配列番号125またはそれと相補的な配列を含む第1のプライマーおよび配列番号126またはそれと相補的な配列を含むプローブ
からなる群から選択される、前記ステップと、
(b)工程(a)の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のPCR増幅を実施するステップと、
(c)工程(b)の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。 - プライマー−プローブ複合体を含むポリヌクレオチドであって、前記プライマープローブ複合体は:
(A)配列番号1の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプライマー領域および配列番号16の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域;
(B)配列番号48を含むプライマー領域および配列番号49〜52からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域;
(C)配列番号55を含むプライマー領域および配列番号56を含むプローブ領域;
(D)配列番号74の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号89の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域;
(E)配列番号120を含むプライマー領域および配列番号121〜122からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域;
(F)配列番号125を含むプライマー領域および配列番号126を含むプローブ領域;ならびに
(G)配列番号145の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号160の少なくとも15個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域
を含み;
前記プローブ領域および前記プライマー領域はそれぞれ、5’および3’末端を有し、前記プローブ領域の前記3’末端は、前記プライマー領域の前記5’末端にリンカー部分を介して結合しており、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能な標識をさらに含む、前記ポリヌクレオチド。
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