CN108779132B - 用于亚磷酰胺和寡核苷酸合成的组合物和方法 - Google Patents
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Abstract
除了其他之外，本公开提供了制备和纯化用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺的技术。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求于2016年3月13日提交的美国临时申请号62/307,542的优先权，该临时申请的全部内容以引用方式并入本文。
背景技术
寡核苷酸可用于许多目的，包括治疗各种疾病。需要寡核苷酸的高效合成方法。
发明内容
本公开涵盖制备亚磷酰胺的许多技术的问题来源识别。如本领域所知，亚磷酰胺常被用作合成寡核苷酸的单体。制备亚磷酰胺的许多技术可能面临收率低和/或纯度低的问题。除了其他之外，本公开提供了技术(例如，化合物、组合物、方法等)，其为亚磷酰胺和/或其他中间体和产物的制备提供显著改善的收率和/或纯度，这些产品可用于例如改善寡核苷酸制备的效率和/或降低寡核苷酸制备的成本。
本公开涵盖某些令人惊奇的发现，包括预处理纯化介质的某些方法可令人惊奇地改善该介质的效用和/或有效性，特别是对于在亚磷酰胺的制备中的使用。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括去活化方法。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括从介质去除或驱逐水。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用包含一种或多种吸湿溶剂的吸湿溶剂体系处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用吸湿溶剂处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用醇处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用甲醇处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用乙醇处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用异丙醇处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用碳酸二甲酯处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用乙腈处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用乙酸乙酯处理。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括用丙酮处理。在一些实施方案中，本公开证实某些此类方法，包括先前理解或预期会降解或以其他方式损害一种或多种纯化介质的某些方法，实际上可改善此类介质的效用和/或有效性，特别是在亚磷酰胺的制备中。在一些实施方案中，本公开的教导涉及一种介质，其为或包含二氧化硅介质。在一些实施方案中，本公开的教导涉及一种介质，其为或包含硅胶。
在一些实施方案中，本公开认识到利用色谱纯化(例如，使用硅胶、氧化铝等纯化)制备亚磷酰胺的现有技术的问题的一个来源可能在于显著量的亚磷酰胺可能在色谱过程中损失。不希望受任何特定理论的束缚，本公开提出，在一些情况下，亚磷酰胺可能通过不可逆吸附到纯化介质(例如，在色谱纯化过程中不易洗脱)和/或在与纯化介质如硅胶、氧化铝等接触时分解而损失。在一些实施方案中，本公开涵盖以下认识：亚磷酰胺的低收率和/或纯度可大大增加寡核苷酸和/或其药物组合物的成本，特别是在大规模下，如制备用于治疗的基于寡核苷酸的药剂所需的那些。本公开提供了一种特别的见解，在一些实施方案中，如本文所述纯化介质的处理可改善其在亚磷酰胺的纯化中的性能(并因此改善其效用和/或功效)。
在一些实施方案中，本公开提供了用于制备亚磷酰胺和/或寡核苷酸的新技术，例如，化合物、组合物、方法等。在一些实施方案中，本公开提供了用于纯化亚磷酰胺的新技术。在一些实施方案中，所提供的技术大大改善亚磷酰胺合成的效率，和/或显著降低亚磷酰胺及由其制备的寡核苷酸、组合物和药剂的成本。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理纯化介质；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
b)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理纯化介质；和
b)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理包含硅胶的纯化介质；和
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理包含硅胶的纯化介质；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理硅胶；和
b)使硅胶与亚磷酰胺接触。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)预处理硅胶；和
b)使用硅胶来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，预处理从纯化介质去除水。在一些实施方案中，预处理使纯化介质去活化。在一些实施方案中，预处理包括使纯化介质与第一溶剂体系接触。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系为吸湿溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为甲醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为异丙醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为丙酮。在一些实施方案中，吸湿溶剂为碳酸二甲酯。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙腈。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系使纯化介质的反应位点去活化。在一些实施方案中，预处理包括加热纯化介质。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；和
b)使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种改善亚磷酰胺的回收率的方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)向所述纯化介质中加入所述亚磷酰胺；和
c)使用溶剂体系从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺；
其中所述回收率高于当不存在步骤a)时的参考回收率。
在一些实施方案中，本公开提供了一种在亚磷酰胺接触纯化介质时减少亚磷酰胺的分解的方法，其包括：
a)从所述纯化介质去除水。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)使纯化介质去活化；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺；
以便经去活化的纯化介质比未去活化的纯化介质提供更高的回收率。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用吸湿溶剂处理纯化介质；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用醇处理纯化介质；和
b)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用一种或多种醇处理纯化介质；
b)用极性低于所述一种或多种醇的溶剂体系再平衡纯化介质；
c)使用硅胶来纯化亚磷酰胺，其中洗脱溶剂体系极性低于所述一种或多种醇。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用甲醇处理纯化介质；
b)用包含乙酸乙酯和己烷的溶剂体系再平衡纯化介质；
c)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺，其中洗脱溶剂体系包含乙酸乙酯、己烷和任选地改性剂。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用甲醇处理纯化介质；
b)用包含乙酸乙酯和己烷的溶剂体系再平衡纯化介质；
c)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺，其中洗脱溶剂体系为乙酸乙酯和己烷的混合物。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括步骤：
a)用甲醇处理纯化介质；
b)用包含乙酸乙酯和己烷的溶剂体系再平衡纯化介质；
c)使用纯化介质来纯化亚磷酰胺，其中洗脱溶剂体系为乙酸乙酯、己烷和三乙胺的混合物。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括：
使化合物与介质接触；
其中所述介质是去活化的。
在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括：
用介质纯化化合物；
其中所述介质是去活化的。
在一些实施方案中，化合物为亚磷酰胺。在一些实施方案中，化合物为核苷。在一些实施方案中，化合物为核苷酸。在一些实施方案中，化合物为寡核苷酸。在一些实施方案中，介质为纯化介质。在一些实施方案中，介质包含硅胶。在一些实施方案中，介质为硅胶。在一些实施方案中，介质如本公开中所述经机械去活化。在一些实施方案中，介质使用如本公开中所述的溶剂体系或溶剂去活化。在一些实施方案中，通过与溶剂体系接触使介质去活化，所述溶剂体系为或包含如本公开中所述的吸湿溶剂。
在一些实施方案中，所提供的方法为色谱法，其包括使用如本公开中所述的介质。在一些实施方案中，介质为或包含硅胶。在一些实施方案中，介质是通过例如机械措施、与吸湿溶剂(体系)接触等去活化的。
在一些实施方案中，本公开提供了来自制备亚磷酰胺的组合物。在一些实施方案中，本公开提供了一种组合物，其包含：
a)经去活化的纯化介质；
b)亚磷酰胺。
在一些实施方案中，亚磷酰胺与经去活化的纯化介质接触。在一些实施方案中，亚磷酰胺被吸附在经去活化的纯化介质上。
在一些实施方案中，用溶剂体系或溶剂处理纯化介质是或包括使纯化介质与溶剂体系或溶剂接触。
在一些实施方案中，亚磷酰胺为核苷亚磷酰胺。在一些实施方案中，亚磷酰胺为WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中所描述的亚磷酰胺，其每一者的亚磷酰胺以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，亚磷酰胺是立体化学富集的。在一些实施方案中，亚磷酰胺是立体化学纯的。在一些实施方案中，亚磷酰胺被用于制备手性受控的寡核苷酸组合物，如WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中描述的那些，其每一者的手性受控寡核苷酸组合物以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，亚磷酰胺具有式I的结构：
其中每一个变量独立地如下文所定义和描述。
附图说明
图1。色谱图：未经预处理的二氧化硅。
图2。色谱图：经预处理的二氧化硅。
具体实施方式
1.定义
如本文所用，除非另有指出，否则以下定义适用。就本公开的目的而言，化学元素根据元素周期表CAS版、Handbook of Chemistry and Physics第75版进行识别。另外，有机化学的一般原理见述于“OrganicChemistry”，Thomas Sorrell，University ScienceBooks，Sausalito：1999和“March’s Advanced Organic Chemistry”，5thEd.，Ed.：Smith，M.B.and March，J.，John Wiley & Sons，New York：2001中，其整个内容以引用方式并入本文。
脂族：如本文所用，“脂族”指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元的直链(即，无支链)或支链、取代或未取代烃链，或者完全饱和或含有一个或多个不饱和单元的取代或未取代单环、双环或多环烃环，或它们的组合。除非另有规定，否则脂族基团含1-100个脂族碳原子。在一些实施方案中，脂族基团含1-20个脂族碳原子。在其他实施方案中，脂族基团含1-10个脂族碳原子。在其他实施方案中，脂族基团含1-9个脂族碳原子。在其他实施方案中，脂族基团含1-8个脂族碳原子。在其他实施方案中，脂族基团含1-7个脂族碳原子。在其他实施方案中，脂族基团含1-6个脂族碳原子。在还其他实施方案中，脂族基团含1-5个脂族碳原子，在再其他实施方案中，脂族基团含1、2、3或4个脂族碳原子。合适的脂族基团包括但不限于线形或支化、取代或未取代的烷基、烯基、炔基基团以及它们的杂化物。
烷基：如本文所用，术语“烷基”以本领域中其普通含义给出并可包括饱和脂族基团，包括直链烷基基团、支链烷基基团、环烷基(脂环族)基团、烷基取代的环烷基基团和环烷基取代的烷基基团。在一些实施方案中，烷基具有1-100个碳原子。在某些实施方案中，直链或支链烷基在其主链中具有1-20个碳原子(例如，对于直链，C1-C20，对于支链，C2-C20)，或者，约1-10个。在一些实施方案中，环烷基环在其环结构中具有约3-10个碳原子，其中此类环为单环、双环或多环，或者在环结构中具有约5、6或7个碳。在一些实施方案中，烷基基团可为低级烷基基团，其中低级烷基基团包含1-4个碳原子(例如，对于直链低级烷基，C1-C4)。
烯基：如本文所用，术语“烯基”是指具有一个或多个双键的如本文所定义的烷基基团。
炔基：如本文所用，术语“炔基”是指具有一个或多个三键的如本文所定义的烷基基团。
芳基：单独使用或作为“芳烷基”、“芳烷氧基”或“芳氧基烷基”中较大部分的一部分使用的术语“芳基”是指具有总共五至三十个环成员的单环、双环或多环环系，其中所述环系中至少一个环是芳族的。在一些实施方案中，芳基基团为具有总共五至十四个环成员的单环、双环或多环环系，其中所述环系中至少一个环是芳族的，并且其中所述环系中的每一个环含3至7个环成员。在一些实施方案中，芳基基团为联芳基基团。术语“芳基”可与术语“芳基环”互换地使用。在本公开的某些实施方案中，“芳基”是指包括但不限于苯基、联苯基、萘基、联萘基、蒽基等的芳族环系，其可带有一个或多个取代基。在本文使用的术语“芳基”的范围内还包括其中芳族环与一个或多个非芳族环稠合的基团，如茚满基、邻苯二甲酰亚胺基、萘基亚胺基、菲啶基或四氢萘基等。在一些实施方案中，芳基基团在芳族环上具有连接基或连接点。
环脂族：如本文所用，术语“环脂族”是指具有例如3至30个成员的饱和或部分不饱和脂族单环、双环或多环环系，其中脂族环系任选地被取代。环脂族基团包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基、环庚烯基、环辛基、环辛烯基、降冰片基、金刚烷基和环辛二烯基。在一些实施方案中，环烷基具有3-6个碳。术语“环脂族”可还包括与一个或多个芳族或非芳族环稠合的脂族环，如十氢萘基或四氢萘基，其中连接基或连接点在脂族环上。在一些实施方案中，碳环基团是双环的。在一些实施方案中，碳环基团是三环的。在一些实施方案中，碳环基团是多环的。在一些实施方案中，“环脂族”(或“碳环”或“环烷基”)是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但不是芳族的单环C3-C6烃或C8-C10双环烃，其与分子的其余部分具有单一连接点，或者是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但不是芳族的C9-C16三环烃，其与分子的其余部分具有单一连接点。
卤素：术语“卤素”指F、Cl、Br或I。
杂脂族：术语“杂脂族”以本领域中其普通含义给出并且是指其中一个或多个碳原子被杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)替代的如本文所述的脂族基团。
杂烷基：术语“杂烷基”以本领域中其普通含义给出并且是指其中一个或多个碳原子被杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)替代的如本文所述的烷基基团。杂烷基基团的实例包括但不限于烷氧基、聚(乙二醇)、烷基取代的氨基、四氢呋喃基、哌啶基、吗啉基等。
杂芳基：单独使用或作为较大部分例如“杂芳烷基”或“杂芳烷氧基”的一部分使用的术语“杂芳基”和“杂芳-”是指具有总共五至三十个环成员的单环、双环或多环环系，其中所述环系中至少一个环是芳族的并且至少一个芳族环原子为杂原子。在一些实施方案中，杂芳基基团为具有5至10个环原子(即，单环、双环或多环)、在一些实施方案中5、6、9或10个环原子的基团。在一些实施方案中，杂芳基基团具有以环状阵列共享的6、10或14个π电子；并且除碳原子外，还具有一至五个杂原子。杂芳基基团包括但不限于噻吩基、呋喃基、吡咯基、咪唑基、吡唑基、三唑基、四唑基、恶唑基、异恶唑基、恶二唑基、噻唑基、异噻唑基、噻二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、吲嗪基、嘌呤基、萘啶基和哌啶基。在一些实施方案中，杂芳基为杂双芳基基团，如联吡啶基等。如本文所用，术语“杂芳基”和“杂芳-”还包括其中杂芳族环与一个或多个芳基、环脂族或杂环基环稠合的基团，其中连接基或连接点在杂芳族环上。非限制性实例包括吲哚基、异吲哚基、苯并噻吩基、苯并呋喃基、二苯并呋喃基、吲唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、喹啉基、异喹啉基、邻二氮杂萘基、酞嗪基、喹唑啉基、喹喔啉基、4H-喹嗪基、咔唑基、吖啶基、吩嗪基、吩噻嗪基、苯并恶嗪基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基和吡啶并[2，3-b]-1，4-恶嗪-3(4H)-酮。杂芳基基团可以是单环、双环或多环的。术语“杂芳基”可与术语“杂芳基环”、“杂芳基基团”或“杂芳族”互换地使用，这些术语中的任何之一包括任选被取代的环。术语“杂芳烷基”是指被杂芳基基团取代的烷基基团，其中所述烷基和杂芳基部分独立地任选被取代。
杂原子：术语“杂原子”指不为碳或氢的原子。在一些实施方案中，杂原子为氧、硫、氮、磷或硅(包括氮、硫、磷或硅的任何氧化形式；杂环基环的任何碱性氮或可取代氮的季铵形式(例如，N(如在3，4-二氢-2H-吡咯基中)、NH(如在吡咯烷基中)或NR+(如在N-取代吡咯烷基中)等)。
杂环基：如本文所用，术语“杂环”、“杂环基”、“杂环原子团”和“杂环基环”可互换地使用并且是指饱和或部分不饱和并且具有一个或多个杂原子环原子的单环、双环或多环环部分(例如，3-30元)。在一些实施方案中，杂环基基团为稳定的5-至7-元单环或7-至10-元双环杂环部分，其或是饱和的或是部分不饱和的并除碳原子外还具有一个或多个、优选地一至四个如上所定义的杂原子。当结合杂环的环原子使用时，术语“氮”包括取代的氮。作为实例，在具有0-3个选自氧、硫或氮的杂原子的饱和或部分不饱和环中，氮可为N(如在3，4-二氢-2H-吡咯基中)、NH(如在吡咯烷基中)或+NR(如在N-取代的吡咯烷基中)。杂环基环可在任何杂原子或碳原子处连接到其侧基，其导致稳定的结构并且任何环原子可任选被取代。这样的饱和或部分不饱和杂环原子团的实例包括但不限于四氢呋喃基、四氢噻吩基、吡咯烷基、哌啶基、吡咯啉基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、十氢喹啉基、恶唑烷基、哌嗪基、二恶烷基、二氧戊环基、二氮杂革基、氧氮杂革基、硫氮杂革基、吗啉基和奎宁环基。术语“杂环”、“杂环基”、“杂环基环”、“杂环基基团”、“杂环基部分”和“杂环基原子团”在本文中可互换地使用，并还包括其中杂环基环稠合到一个或多个芳基、杂芳基或环脂族环的基团，如吲哚啉基、3H-吲哚基、色满基、菲啶基或四氢喹啉基。杂环基基团可以是单环、双环或多环的。术语“杂环基烷基”是指被杂环基取代的烷基基团，其中所述烷基和杂环基部分独立地任选被取代。
部分不饱和：如本文所用，术语“部分不饱和”是指包含至少一个双键或三键的部分。术语“部分不饱和”意在涵盖具有多个不饱和位点的基团，但意在包括芳基或杂芳基部分。
保护基团：如本文所用，表述“保护基团”是指保护潜在反应性官能团使之免于发生不希望有的化学变换的临时取代基。此类保护基团的实例分别包括羧酸的酯、醇的甲硅烷基醚及醛和酮的缩醛和缩酮。“Si保护基团”为包含Si原子的保护基团，如Si-三烷基(例如，三甲基甲硅烷基、三丁基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基)、Si-三芳基、Si-烷基-二苯基(例如，叔丁基二苯基甲硅烷基)或Si-芳基-二烷基(例如，Si-苯基二烷基)。通常，Si保护基团连接到氧原子。保护基团化学领域已有综述(Greene，T.W.；Wuts，P.G.M.ProtectiveGroups in Organic Synthesis，2nd ed.；Wiley：New York，1991)。此类保护基团(和相关的受保护部分)将在下文详细描述。
受保护的羟基基团是本领域熟知的并包括在Protecting Groups in OrganicSynthesis，T.W.Greene and P.G.M.Wuts，3rdeditjon，John Wiley & Sons，1999中详细描述的那些，该文献的全部内容以引用方式并入本文。合适地保护的羟基基团的实例还包括但不限于酯、碳酸酯、磺酸酯、烯丙基醚、醚、甲硅烷基醚、烷基醚、芳基烷基醚和烷氧基烷基醚。合适的酯的实例包括甲酸酯、乙酸酯、丙酸酯、戊酸酯、巴豆酸酯和苯甲酸酯。合适的酯的具体实例包括甲酸酯、苯甲酰甲酸酯、氯乙酸酯、三氟乙酸酯、甲氧基乙酸酯、三苯基甲氧基乙酸酯、对氯苯氧基乙酸酯、3-苯基丙酸酯、4-氧代戊酸酯、4，4-(亚乙基二硫代)戊酸酯、新戊酸酯(三甲基乙酸酯)、巴豆酸酯、4-甲氧基巴豆酸酯、苯甲酸酯、对苯甲酰苯甲酸酯、2，4，6-三甲基苯甲酸酯。合适的碳酸酯的实例包括9-芴基甲基、乙基、2，2，2-三氯乙基、2-(三甲基甲硅烷基)乙基、2-(苯基磺酰)乙基、乙烯基、烯丙基和对硝基苄基碳酸酯。合适的甲硅烷基醚的实例包括三甲基甲硅烷基、三乙基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基二苯基甲硅烷基、三异丙基甲硅烷基醚和其他三烷基甲硅烷基醚。合适的烷基醚的实例包括甲基、苄基、对-甲氧基苄基、3，4-二甲氧基苄基、三苯甲基、叔丁基和烯丙基醚或它们的衍生物。烷氧基烷基醚包括缩醛如甲氧基甲基、甲硫基甲基、(2-甲氧基乙氧基)甲基、苄氧基甲基、β-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基和四氢吡喃-2-基醚。合适的芳基烷基醚的实例包括苄基、对-甲氧基苄基(MPM)、3，4-二甲氧基苄基、邻-硝基苄基、对-硝基苄基、对-卤代苄基、2，6-二氯苄基、对-氰基苄基、2-和4-吡啶甲基醚。
受保护的胺是本领域熟知的并包括Greene(1999)中详细描述的那些。合适的单保护胺还包括但不限于芳烷基胺、氨基甲酸酯、烯丙基胺、酰胺等。合适的单保护氨基部分的实例包括叔-丁氧基羰基氨基(-NHBOC)、乙氧基羰基氨基、甲氧基羰基氨基、三氯乙氧基羰基氨基、烯丙氧基羰基氨基(-NHAlloc)、苄氧基羰基氨基(-NHCBZ)、烯丙基氨基、苄基氨基(-NHBn)、芴基甲基羰基(-NHFmoc)、甲酰氨基、乙酰氨基、氯乙酰氨基、二氯乙酰氨基、三氯乙酰氨基、苯乙酰氨基、三氟乙酰氨基、苯甲酰氨基、叔-丁基二苯基甲硅烷基等。合适的二保护胺包括被两个独立地选自上文作为单保护胺所述那些的取代基取代的胺，并还包括环状酰亚胺，如邻苯二甲酰亚胺、马来酰亚胺、琥珀酰亚胺等。合适的二保护胺还包括吡咯等、2，2，5，5-四甲基-[1，2，5]氮杂二硅杂环戊烷等、和叠氮化物。
受保护的醛是本领域熟知的并包括Greene(1999)中详细描述的那些。合适的受保护醛还包括但不限于无环缩醛、环状缩醛、腙、亚胺等。此类基团的实例包括二甲基缩醛、二乙基缩醛、二异丙基缩醛、二苄基缩醛、双(2-硝基苄基)缩醛、1，3-二氧六环、1，3-二氧戊环、缩氨基脲及它们的衍生物。
受保护的羧酸是本领域熟知的并包括Greene(1999)中详细描述的那些。合适的受保护羧酸还包括但不限于任选被取代的C1-6脂族酯、任选被取代的芳基酯、甲硅烷基酯、活化酯、酰胺、肼等。此类酯基团的实例包括甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、苄基、和苯基酯，其中每一个基团任选被取代。另外的合适的受保护羧酸包括恶唑啉和原酸酯。
受保护的硫醇是本领域熟知的并包括Greene(1999)中详细描述的那些。合适的受保护硫醇还包括但不限于二硫化物、硫醚、甲硅烷基硫醚、硫酯、硫代碳酸酯和硫代氨基甲酸酯等。举几个例来说，此类基团的实例包括但不限于烷基硫醚、苄基和取代的苄基硫醚、三苯基甲基硫醚和三氯乙氧基羰基硫酯。
取代：如本文所述，本公开的化合物可含任选被取代和/或被取代的部分。通常，术语“被取代”，无论前面是否有术语“任选”，都指指定部分的一个或多个氢被合适的取代基所替代。除非另有指出，否则“任选被取代”的基团可在基团的每一个可取代位置处具有合适的取代基，并且当任何给定结构中不止一个位置可被不止一个选自指定基团的取代基所取代时，每一个位置处取代基可相同或不同。本公开所设想的取代基的组合优选为导致形成稳定或化学上可行的化合物的那些。如本文所用，术语“稳定的”是指在经受允许其生产、检测的条件及在某些实施方案中就本文公开的一个或多个目的而言经受允许其回收、纯化和使用的条件时基本上不改变的化合物。
合适的单价取代基包括卤素；-(CH2)0-4R°；-(CH2)0-4OR°；-O(CH2)0-4R°；-O-(CH2)0- 4C(O)OR°；-(CH2)0-4CH(OR°)2；-(CH2)0-4Ph，其可被R°所取代；-(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph，其可被R°所取代；-CH＝CHPh，其可被R°所取代；-(CH2)0-4O(CH2)0-1-吡啶基，其可被R°所取代；-NO2；-CN；-N3；-(CH2)0-4N(R°)2；-(CH2)0-4N(R°)C(O)R°；-N(R°)C(S)R°；-(CH2)0-4N(R°)C(O)NR°2；-N(R°)C(S)NR°2；-(CH2)0-4N(R°)C(O)OR°；-N(R°)N(R°)C(O)R°；-N(R°)N(R°)C(O)NR°2；-N(R°)N(R°)C(O)OR°；-(CH2)0-4C(O)R°；-C(S)R°；-(CH2)0-4C(O)OR°；-(CH2)0-4C(O)SR°；-(CH2)0-4C(O)OSiR°3；-(CH2)0-4OC(O)R°；-OC(O)(CH2)0-4SR；-SC(S)SR°；-(CH2)0-4SC(O)R°；-(CH2)0-4C(O)NR°2；-C(S)NR°2；-C(S)SR°；-SC(S)SR°；-(CH2)0-4OC(O)NR°2；-C(O)N(OR°)R°；-C(O)C(O)R°；-C(O)CH2C(O)R°；-C(NOR°)R°；-(CH2)0-4SSR°；-(CH2)0-4S(O)2R°；-(CH2)0-4S(O)2OR°；-(CH2)0-4OS(O)2R°；-S(O)2NR°2；-(CH2)0-4S(O)R°；-N(R°)S(O)2NR°2；-N(R°)S(O)2R°；-N(OR°)R°；-C(NH)NR°2；-P(O)2R°；-P(O)R°2；-OP(O)R°2；-OP(O)(OR°)2；-SiR°3；-OSiR°3；-(C1-4直链或支链亚烷基)O-N(R°)2；或-(C1-4直链或支链亚烷基)C(O)O-N(R°)2，其中每一个R°可如下文所定义那样被取代或者独立地为氢、C1-20脂族、具有1-5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的C1-20杂脂族；-CH2-(C6-14芳基)；-O(CH2)0-1(C6-14芳基)；-CH2-(5-14元杂芳基环)；具有0-5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的5-20元单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳族环；或者，尽管有上述定义，两个独立出现的R°与介于它们中间的一个或多个原子一起形成具有0-5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的5-20元单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基环，其可如下文所定义那样被取代。
R°(或由两个独立出现的R°与介于它们中间的原子一起形成的环)上合适的单价取代基独立地为卤素、-(CH2)0-2R●、-(卤代R●)、-(CH2)0-2OH、-(CH2)0-2OR●、-(CH2)0-2CH(OR●)2、-O(卤代R●)、-CN、-N3、-(CH2)0-2C(O)R●、-(CH2)0-2C(O)OH、-(CH2)0-2C(O)OR●、-(CH2)0-2SR●、-(CH2)0-2SH、-(CH2)0-2NH2、-(CH2)0-2NHR●、-(CH2)0-2NR●2、-NO2、-SiR●3、-OSiR●3、-C(O)SR●、-(C1-4直链或支链亚烷基)C(O)OR●、或-SSR●，其中每一个R●未被取代或其中前面有“卤素”的仅被一个或多个卤素所取代，并独立地选自C1-4脂族、-CH1-2Ph、-O(CH2)0-1Ph或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6-元饱和、部分不饱和或芳基环。R°的饱和碳原子上合适的二价取代基包括＝O和＝S。
合适的二价取代基包括以下：＝O、＝S、＝NNR* 2、＝NNHC(O)R*、＝NNHC(O)OR*、＝NNHS(O)2R*、＝NR*、＝NOR*、-O(C(R* 2))2-3O-或-S(C(R* 2))2-3S-，其中每一个独立出现的R*选自氢、可如下文所定义那样被取代的C1-6脂族或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6-元饱和、部分不饱和或芳基环。与“任选被取代”的基团的邻位可取代碳键合的合适的二价取代基包括：-O(CR* 2)2-3O-，其中每一个独立出现的R*选自氢、可如下文所定义那样被取代的C1-6脂族或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6-元饱和、部分不饱和或芳基环。
R*的脂族基团上合适的取代基包括卤素、-R●、-(卤素R●)、-OH、-OR●、-O(卤素R●)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR●、-NH2、-NHR●、-NR●2或-NO2，其中每一个R●未被取代或其中前面有“卤素”的仅被一个或多个卤素所取代，并独立地为C1-4脂族、-CH2Ph、-O(CH2)0-1Ph或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6-元饱和、部分不饱和或芳基环。
在一些实施方案中，可取代的氮上合适的取代基包括
或
其中每一个
独立地为氢、可如下文所定义那样被取代的C1-6脂族、未被取代的-OPh或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6-元饱和、部分不饱和或芳基环，或者，尽管有上述定义，两个独立出现的
与介于它们中间的一个或多个原子一起形成具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未取代3-12-元饱和、部分不饱和或芳基单环或双环。
不饱和的：如本文所用，术语“不饱和的”指一个部分具有一个或多个不饱和单元。
2.某些实施方案的具体描述
亚磷酰胺具有多种应用，例如，核苷亚磷酰胺被广泛用作合成寡核苷酸的单体。制备亚磷酰胺的许多技术面临收率低和/或纯度低的问题。除了其他之外，这样的低收率和/或低纯度可能导致亚磷酰胺以及其下游的任何产品例如由其制备的寡核苷酸的高成本和/或低品质。
除了其他之外，本公开涵盖以下认识：在一些情况下，当通过例如色谱法将亚磷酰胺与其他物质分离时，低收率和/或低纯度可归因于纯化过程。在一些实施方案中，本公开认识到利用色谱纯化(例如，使用硅胶、氧化铝等纯化)制备亚磷酰胺的现有技术的问题的一个来源可能在于显著量的亚磷酰胺可能在色谱过程中损失。不希望受任何特定理论的束缚，本公开提出，在一些情况下，在色谱过程中，亚磷酰胺可能通过不可逆吸收/吸附到纯化介质和/或在与纯化介质接触时分解而损失。在一些实施方案中，亚磷酰胺可能因不可逆吸收/吸附到纯化介质而损失，因为其不能容易地洗脱。在一些实施方案中，亚磷酰胺可能在色谱纯化过程中分解。例如，如示例部分中所述，在一些实施方案中，亚磷酰胺可能在使用硅胶作为纯化介质的纯化过程中分解。
除了其他之外，亚磷酰胺的低收率和/或低纯度可能显著增加由它们制成的组合物的成本，特别是在大的工艺规模下。在一些实施方案中，当被用于寡核苷酸合成时，亚磷酰胺的高成本可能使得寡核苷酸、其组合物及来自其的药剂非常昂贵。
本公开涵盖某些令人惊奇的发现，包括预处理纯化介质的某些方法可令人惊奇地改善该介质的效用和/或有效性，特别是对于在亚磷酰胺的制备中的使用。在一些实施方案中，此类方法可为或可包括去活化方法。在一些实施方案中，预处理为去活化方法。在一些实施方案中，预处理包括纯化介质的去活化。在一些实施方案中，当纯化介质被去活化时，在这样的纯化介质被用于纯化亚磷酰胺时，与相同的未经去活化的纯化介质相比，亚磷酰胺的不可逆吸收/吸附和/或分解将较少。在一些实施方案中，不可逆吸收/吸附将较少。在一些实施方案中，分解将较少。在一些实施方案中，不可逆吸收/吸附将较少，分解也将较少。在一些实施方案中，经预处理的介质提供比未经处理的介质高的亚磷酰胺回收收率和/或纯度。在一些实施方案中，经预处理的介质提供更高的回收收率。在一些实施方案中，经预处理的介质提供更高的纯度。在一些实施方案中，经预处理的介质提供更高的回收收率和更高的纯度。
在一些实施方案中，预处理可为或可包括从纯化介质去除或驱逐水。在一些实施方案中，预处理包括从纯化介质去除或驱逐水。在一些实施方案中，预处理从纯化介质去除水。在一些实施方案中，预处理从纯化介质驱逐水。
在一些实施方案中，预处理以机械方式进行。在一些实施方案中，纯化介质用热预处理。在一些实施方案中，纯化介质用真空预处理。在一些实施方案中，纯化介质用热和真空预处理。在一些实施方案中，这样的机械预处理方法使纯化介质去活化。本领域普通技术人员应理解，除了其他之外，热和/或真空可从根据本公开的纯化介质去除水或其他溶剂。在一些实施方案中，加热达到至少50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250、300、400或500℃的温度。在一些实施方案中，真空不超过50kPa、40kPa、30kPa、20kPa、10kPa、5kPa、2kPa、1kPa、0.5kPa、0.2kPa、0.1kPa、50Pa、40Pa、30Pa、20Pa、10Pa、5Pa、2Pa、1Pa、0.5Pa、0.2Pa、0.1Pa、0.05Pa、0.02Pa或0.01Pa。在一些实施方案中，处理持续较长时间。在一些实施方案中，处理持续5分钟、10分钟、30分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、10小时、12小时、16小时、24小时、36小时、48小时或更久。
在一些实施方案中，纯化介质用第一溶剂体系预处理。在一些实施方案中，第一溶剂体系为或包含吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系为吸湿溶剂体系。在一些实施方案中，吸湿溶剂体系为如本公开中所述的第一溶剂体系。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂为吸湿溶剂。在一些实施方案中，通过使纯化介质与第一溶剂体系接触来使纯化介质去活化。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含可与水混溶的溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含可与水混溶的有机溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系为可与水混溶的溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系为可与水混溶的有机溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含两种或更多种溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含两种或更多种可与水混溶的溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含两种或更多种可与水混溶的有机溶剂。示例性的可与水混溶的有机溶剂包括乙醛、乙酸、丙酮、乙腈、1，2-丁二醇、1，3-丁二醇、1，4-丁二醇、2-丁氧基乙醇、丁酸、二乙醇胺、二亚乙基三胺、二甲基甲酰胺、二甲氧基乙烷、二甲基亚砜、1，4-二恶烷、乙醇、乙胺、乙二醇、甲酸、糠醇、甘油、甲醇、甲基二乙醇胺、甲基异腈、1-丙醇、1，3-丙二醇、1，5-戊二醇、2-丙醇、丙酸、丙二醇、吡啶、四氢呋喃、三乙二醇等。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系为吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含两种或更多种吸湿溶剂，例如，为两种或更多种吸湿溶剂的混合物的吸湿溶剂体系、包含两种或更多种吸湿溶剂和一种或多种干燥的非吸湿溶剂的吸湿溶剂体系。在一些实施方案中，第一吸湿溶剂为可与水混溶的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为可与水混溶的有机溶剂。在一些实施方案中，如本领域普通技术人员应理解，吸湿溶剂体系可自其环境吸收水，例如，当与纯化介质接触时，吸湿溶剂体系可自纯化介质吸收水，如果有的话。当流过填充有纯化介质作为固定相的柱时，吸湿溶剂可从纯化介质去除水。在一些实施方案中，用于去活化的吸湿溶剂可含不超过0.5％、0.4％、0.3％、0.2％、0.1％、0.09％、0.08％、0.07％、0.06％、0.05％、0.04％、0.03％、0.02％、0.01％、0.009％、0.008％、0.007％、0.006％、0.005％、0.004％、0.003％、0.002％、0.001％、0.0009％、0.0008％、0.0007％、0.0006％、0.0005％、0.0004％、0.0003％、0.0002％或0.0001％的水(体积/体积)。在一些实施方案中，吸湿溶剂直接以从商业供应商(例如，Sigma-Aldrich、Acros Organics等)购买的无水溶剂使用。或者或另外，吸湿溶剂可按本领域已知的方案进一步纯化和/或干燥。
根据本公开，许多吸湿溶剂可用于所提供的溶剂体系中，例如，第一溶剂体系、吸湿溶剂体系等。在一些实施方案中，吸湿溶剂为醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为甲醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为异丙醇。在一些实施方案中，吸湿溶剂为丙酮。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙腈。在一些实施方案中，吸湿溶剂为碳酸二甲酯。在一些实施方案中，吸湿溶剂为乙酸乙酯。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比氯仿更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比亚甲基氯更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比乙酸乙酯更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比丙酮更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比乙腈更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比碳酸二甲酯更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比甲醇更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比乙醇更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为比异丙醇更吸湿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于氯仿的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于亚甲基氯的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于乙酸乙酯的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于丙酮的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于乙腈的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于碳酸二甲酯的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于甲醇的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于乙醇的溶剂。在一些实施方案中，吸湿溶剂为吸湿性不亚于异丙醇的溶剂。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含醇和另一有机溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的醇。在一些实施方案中，醇为C1-6醇。在一些实施方案中，醇为甲醇。在一些实施方案中，醇为乙醇。在一些实施方案中，醇为异丙醇。在一些实施方案中，醇为1-丙醇。在一些实施方案中，醇为丁醇。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的甲醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为甲醇。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的乙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙醇。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的1-丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为1-丙醇。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的异丙醇。在一些实施方案中，第一溶剂体系为异丙醇。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系为丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的丙酮。在一些实施方案中，第一溶剂体系为丙酮。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的乙腈。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙腈。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系为碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的碳酸二甲酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系为碳酸二甲酯。
在一些实施方案中，第一溶剂体系包含乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少10％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少20％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少30％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少40％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少50％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少60％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少70％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少80％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少90％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少95％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少96％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少97％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少98％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含至少99％(体积/体积)的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一溶剂体系为乙酸乙酯。
在一些实施方案中，第一溶剂是吸湿的。在一些实施方案中，第一溶剂是吸湿的，因为其包含吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂是吸湿的，因为其为吸湿溶剂。在一些实施方案中，第一溶剂是吸湿的，因为其为吸湿溶液。在一些实施方案中，吸湿溶液包含有机溶剂和吸湿溶质。
在一些实施方案中，第一溶剂体系任选地包含改性剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系包含改性剂。在一些实施方案中，第一溶剂体系不包含改性剂。
本领域技术人员应理解，可根据本公开使用许多流动相改性剂以例如改性溶剂体系作为流动相的某些性质。在一些实施方案中，改性剂为碱。在一些实施方案中，改性剂为氨。在一些实施方案中，改性剂为三乙胺。在一些实施方案中，改性剂为酸。在一些实施方案中，改性剂为甲酸。改性剂可以各种量加入，例如，约0.05％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.5％、2％、2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％或更多(体积/体积)。
在一些实施方案中，第一溶剂体系从纯化介质去除水。在一些实施方案中，第一溶剂可与纯化介质的反应性位点反应并使纯化介质去活化，以便化合物如亚磷酰胺在与纯化介质接触时较少分解。在一些实施方案中，第一溶剂体系可通过热提供预处理。例如，当甲醇与硅胶接触时，可生成热。
本领域普通技术人员应理解，可根据所提供的方法使用各种程序来预处理纯化介质。例如，可使第一溶剂体系流过填充有纯化介质作为固定相的柱来预处理固定相。在一些实施方案中，使1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多倍于柱体积的第一溶剂体系流过柱以预处理纯化介质。
在一些实施方案中，本公开证实，所提供的预处理方法，包括先前理解或预计会在色谱过程中降解或以其他方式损伤或洗出纯化介质的那些，可实际上改善此类介质的效用和/或有效性，特别是在亚磷酰胺的纯化和/或制备中。例如，在本公开的同期，通常教导的是不应使高百分数的某些醇如甲醇流过填充有某些纯化介质例如硅胶的柱。然而，如由本公开所例示，可使纯甲醇流过二氧化硅柱，并且用甲醇预处理的二氧化硅可出人意料地提供比未经预处理的二氧化硅高的亚磷酰胺收率和/或纯度。
在一些实施方案中，所提供的方法在预处理过程后包括平衡过程。在一些实施方案中，平衡过程包括使经预处理的纯化介质与第二溶剂体系接触。在一些实施方案中，第二溶剂体系比用来预处理纯化介质的第一溶剂体系极性低。
在一些实施方案中，第二溶剂体系由一种溶剂和任选地改性剂组成。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含两种或更多种溶剂和任选地改性剂。在一些实施方案中，改性剂为碱。在一些实施方案中，改性剂为三乙胺。
在一些实施方案中，第二溶剂体系在平衡过程中包含等度体系。在一些实施方案中，第二溶剂体系在平衡过程中是等度的。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含梯度体系。在一些实施方案中，第二溶剂体系为梯度体系。在一些实施方案中，平衡过程包括第一等度过程、梯度过程和任选地第二等度过程。在一些实施方案中，梯度过程从第一等度过程开始并以第二等度过程结束。在一些实施方案中，第二等度过程比第一等度过程使用更极性的溶剂体系，例如，在乙酸乙酯/己烷体系中含较多的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第二等度过程比第一等度过程使用极性较低的溶剂体系，例如，在乙酸乙酯/己烷体系中含较少的乙酸乙酯。在一些实施方案中，用于平衡的第一等度过程使用与第一溶剂体系相同的溶剂体系。
在一些实施方案中，第二溶剂体系包含乙酸乙酯。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含乙酸乙酯和作为改性剂的三乙胺。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含己烷。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含己烷和作为改性剂的三乙胺。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含己烷和乙酸乙酯。在一些实施方案中，第二溶剂体系为己烷和乙酸乙酯的混合物。在一些实施方案中，第二溶剂体系包含己烷、乙酸乙酯和三乙胺。在一些实施方案中，第二溶剂体系为己烷、乙酸乙酯和三乙胺的混合物。在一些实施方案中，第二溶剂体系为在乙酸乙酯/己烷中的20％乙酸乙酯与5％三乙胺。
本领域普通技术人员应理解，可使用各种方法来平衡纯化介质。在一些实施方案中，对于填充有纯化介质作为固定相的柱，使0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9、10或更多倍于柱体积的第二溶剂体系(包括等度和/或梯度)流过柱以平衡经预处理的纯化介质。
在一些实施方案中，在平衡过程之后，将亚磷酰胺加载到经预处理和平衡的纯化介质中，并利用第三溶剂体系洗脱、分离和/或纯化亚磷酰胺。本领域普通技术人员应理解，可采用许多合适的溶剂体系作为根据本公开的第三溶剂体系。在一些实施方案中，第三溶剂体系极性低于第一溶剂体系。在一些实施方案中，第三溶剂体系与用于平衡的第二溶剂体系相同。在一些实施方案中，第三溶剂体系与平衡过程结束时的第二溶剂体系相同。
在一些实施方案中，第三溶剂体系由一种溶剂和任选地改性剂组成。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含两种或更多种溶剂和任选地改性剂。在一些实施方案中，改性剂为碱。在一些实施方案中，改性剂为三乙胺。
在一些实施方案中，在洗脱过程中，第三溶剂体系包含等度体系。在一些实施方案中，在洗脱过程中，第三溶剂体系是等度的。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含梯度体系。在一些实施方案中，第三溶剂体系为梯度体系。在一些实施方案中，洗脱过程包括第一等度过程、梯度过程和任选地第二等度过程。在一些实施方案中，梯度过程从第一等度过程开始并以第二等度过程结束。在一些实施方案中，第二等度过程比第一等度过程使用更极性的溶剂体系，例如，在乙酸乙酯/己烷体系中含较多的乙酸乙酯。在一些实施方案中，第一等度洗脱过程使用与平衡过程结束时的溶剂体系相同的溶剂体系。在一些实施方案中，洗脱过程包括两个或更多个第一等度-梯度-第二等度过程，如实施例中所示。
在一些实施方案中，第三溶剂体系包含乙酸乙酯。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含乙酸乙酯和作为改性剂的碱。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含乙酸乙酯和作为改性剂的胺。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含乙酸乙酯和作为改性剂的三乙胺。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含己烷。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含己烷和作为改性剂的三乙胺。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含己烷和乙酸乙酯。在一些实施方案中，第三溶剂体系为己烷和乙酸乙酯的混合物。在一些实施方案中，第三溶剂体系包含己烷、乙酸乙酯和三乙胺。在一些实施方案中，第三溶剂体系为己烷、乙酸乙酯和三乙胺的混合物。实施例中示意了用于洗脱的示例性溶剂体系。
本领域普通技术人员应理解，可使用各种方法来洗脱、分离和/或纯化亚磷酰胺。在一些实施方案中，对于填充有纯化介质作为固定相的柱，使0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100或更多倍于柱体积的第三溶剂体系(包括等度和/或梯度)流过柱。
本领域技术人员应理解，可使用各种纯化介质来纯化亚磷酰胺，并可根据本公开使用所提供的方法预处理、平衡和/或洗脱以改善亚磷酰胺的收率和/或纯度。在一些实施方案中，纯化介质为二氧化硅介质。在一些实施方案中，纯化介质为硅胶。在一些实施方案中，纯化介质为氧化铝。在一些实施方案中，纯化介质为碱性氧化铝。在一些实施方案中，纯化介质可用于除纯化外的其他目的。
可根据本公开预处理和采用各种粒度的纯化介质。在一些实施方案中，粒度为直径约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、150、200微米或更大。在一些实施方案中，粒度小于直径约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、150或200微米。在一些实施方案中，粒度大于直径约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、150或200微米。在一些实施方案中，纯化介质为直径约10微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约15微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约20微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约25微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约30微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约35微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约40微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约45微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约50微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约60微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约70微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约80微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约90微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径约100微米的二氧化硅。在一些实施方案中，纯化介质为直径大于约100微米的二氧化硅。
在一些实施方案中，纯化介质被填充到柱中。在一些实施方案中，纯化介质为硅胶。在一些实施方案中，使若干倍于柱体积的甲醇流经柱以使硅胶去活化。在一些实施方案中，在加载粗亚磷酰胺之前，使用若干倍于柱体积的乙酸乙酯和己烷与作为改性剂的三乙胺的混合物来平衡经处理的硅胶。在一些实施方案中，用乙酸乙酯和己烷与作为改性剂的三乙胺的混合物洗脱亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了一种组合物，其包含如本文所述经预处理的纯化介质和亚磷酰胺。在一些实施方案中，本公开提供了一种组合物，其包含如本文所述经预处理并平衡的纯化介质和亚磷酰胺。在一些实施方案中，纯化介质为硅胶。在一些实施方案中，硅胶用醇预处理。在一些实施方案中，硅胶用甲醇预处理。在一些实施方案中，硅胶用包含己烷的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶用包含乙酸乙酯的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶用包含乙酸乙酯和己烷的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶用由乙酸乙酯和己烷组成的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶用包含乙酸乙酯、己烷和三乙胺的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶用由乙酸乙酯、己烷和三乙胺组成的溶剂体系平衡。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与己烷接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与乙酸乙酯接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与三乙胺接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与己烷和乙酸乙酯接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与己烷和三乙胺接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与乙酸乙酯和三乙胺接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡包括与己烷、乙酸乙酯和三乙胺接触。在一些实施方案中，硅胶经平衡，其中所述平衡由与己烷、乙酸乙酯和三乙胺接触组成。
在一些实施方案中，亚磷酰胺为核苷亚磷酰胺。
在一些实施方案中，亚磷酰胺具有式I的结构：
其中：
BA为R或选自以下的任选被取代基团：3-30元环脂族环；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；天然核碱基部分和改性核碱基部分。
SU为糖部分、改性糖部分、-L-O-或
其中SU通过氧原子连接到式I中的磷原子；
L为共价键或任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-，-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代；
R5s为R’或-OR’；
R2s为-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-R’-OR’、-SR’、-N(R’)2、-L-R’、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L；
-Cy-为任选被取代的二价环，选自：3-30元亚碳环基；6-30元亚芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基；
R1、R2和R3中的每一者独立地为R’，或者R1、R2和R3中的两者或三者与介于它们中间的原子一起形成：
环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；
每一个Rs独立地为R’或-L-R’；
t为0-5；
每一个R’独立地为-R、-C(O)R、-CO2R或-SO2R，或者：
两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；和
每一个R独立地为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。
在一些实施方案中，亚磷酰胺具有式I的结构：
其中：
BA为任选被取代的基团，选自：C1-30环脂族；C6-30芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C3-30杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C5-30杂芳基；天然核碱基部分和改性核碱基部分；
SU为-L-O-或
其中SU通过氧原子连接到式I中的磷原子；
L为共价键或任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-，-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代；
R5s为R’或-OR’；
R2s为-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-R’-OR’、-SR’、-N(R’)2、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L；
-Cy-为任选被取代的二价环，选自：3-30元亚碳环基；6-30元亚芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基；
R1、R2和R3中的每一者独立地为R’，或者R1、R2和R3中的两者或三者与介于它们中间的原子一起形成：
环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；
每一个Rs独立地为R’或-L-R’；
t为0-5；
每一个R’独立地为-R、-C(O)R、-CO2R或-SO2R，或者：
两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；和
每一个R独立地为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；C6-30芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。
在一些实施方案中，BA为任选被取代的基团，选自：3-30元环脂族环；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；天然核碱基部分和改性核碱基部分。在一些实施方案中，BA为任选被取代的C1-30环脂族。在一些实施方案中，BA为任选被取代的C6-30芳基。在一些实施方案中，BA为任选被取代的3-30元杂环基。在一些实施方案中，BA为任选被取代的C3-30杂环基。在一些实施方案中，BA为任选被取代的5-30元杂芳基。在一些实施方案中，BA为任选被取代的C5-30杂芳基。在一些实施方案中，BA为任选被取代的天然碱基部分。在一些实施方案中，BA为任选被取代的改性碱基部分。在一些实施方案中，BA为选自C1-30环脂族、C6-30芳基、C3-30杂环基和C5-30杂芳基的任选被取代基团。在一些实施方案中，BA为选自C1-30环脂族、C6-30芳基、C3-30杂环基、C5-30杂芳基和天然核碱基部分的任选被取代基团。在一些实施方案中，BA为任选被取代的A、T、C或G。在一些实施方案中，BA为A、T、C、G或5-mC。
在一些实施方案中，BA通过芳族环连接到SU。在一些实施方案中，BA通过杂原子连接到SU。在一些实施方案中，BA通过芳族环的环杂原子连接到SU。在一些实施方案中，BA通过芳族环的环氮原子连接到SU。在一些实施方案中，连接为如在天然核苷中存在的连接。
在一些实施方案中，BA为天然核碱基部分。在一些实施方案中，BA为任选被取代的天然核碱基部分。在一些实施方案中，BA为被取代的天然核碱基部分。
在一些实施方案中，BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。在一些实施方案中，BA为任选被取代的基团，所述基团选自
在一些实施方案中，BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。在一些实施方案中，BA为任选被取代的基团，所述基团选自
在一些实施方案中，BA为
在一些实施方案中，BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中O6-位置不受保护。
本领域技术人员应理解，多种改性核碱基适合于根据本公开的式I中。示例性的改性碱基包括但不限于WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中描述的那些，这些专利中的每一者的改性核碱基以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，BA为被取代的核碱基以便亚磷酰胺由一个或多个保护基团适当保护并可用于寡核苷酸合成。用于核碱基的合适保护基团是本领域公知的，包括可用于寡核苷酸合成的那些，并可根据本公开使用。在一些实施方案中，保护基团为乙酰基(Ac)、苯乙酰基、苯甲酰基(Bz)、异丁酰基(iBu)、苯氧基乙酰基(Pac)、异丙基-Pac、叔丁基-Pac、烷基-Pac、二甲基甲脒(DMF)或二烷基甲脒。在一些实施方案中，保护基团为邻苯二甲酰亚氨基、9-芴基甲氧基羰基(FMOC)、三苯基甲基硫基、t-BOC、4，4’-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、4-甲氧基三苯甲基(MMTr)、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)、三苯甲基(Tr)或9-(对-甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。对于另外的合适的保护基团，参见Green and Wuts，ProtectiveGroups in Organic Synthesis，2nd Ed.，John Wiley & Sons，New York，1991及WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448和WO/2012/073857，它们中每一者的保护基团以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，SU为如寡核苷酸中所用的糖部分。在一些实施方案中，SU为如寡核苷酸中所用的改性糖部分。在一些实施方案中，SU为天然核苷的糖部分。在一些实施方案中，SU为任选被取代的天然核苷中存在的糖部分。在一些实施方案中，SU为天然核苷中存在的改性糖部分，其中2’-位经改性。在一些实施方案中，SU为天然核苷中存在的改性糖部分，其中2’-位通过用R2s替代2’-H和/或2’-OH改性。在一些实施方案中，R2s不为-H。在一些实施方案中，R2s不为-OH。在一些实施方案中，R2s不为-H并且不为-OH。
在一些实施方案中，SU为-L-O-。在一些实施方案中，L为-Cy-。在一些实施方案中，L为任选被取代的3-30元亚碳环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的6-30元亚芳基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有一个氧原子的5-10元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有一个氧原子的5-元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有一个氧原子的6-元亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有一个或两个氧原子的5-10元双环亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有一个或两个氧原子的7-10元双环亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有两个氧原子的7-10元双环亚杂环基。在一些实施方案中，L为任选被取代的具有两个氧原子的7-元双环亚杂环基。
在一些实施方案中，SU为寡核苷酸合成中使用的糖部分。本领域普通技术人员应理解，当采用所提供的技术来制备它们时，具有各种糖部分的亚磷酰胺可受益于改善的收率和/或纯度。在一些实施方案中，SU为任选被取代的饱和单环、双环或多环饱和脂族环，其中一个或多个亚甲基单元被-O-所替代。在一些实施方案中，SU为天然DNA或RNA分子中存在的核糖或脱氧核糖部分。
在一些实施方案中，SU为
在一些实施方案中，SU为具有以下结构的改性糖：
其中R5s为-OR’；R2s为-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-R’、-OR’、-SR’、-N(R’)2、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L。在一些实施方案中，R2s为-H。在一些实施方案中，R2s为-F。在一些实施方案中，R2s为-OMe。在一些实施方案中，R2s为-OCH2CH2OMe。
在一些实施方案中，改性糖在2’位(例如，R2s)含有一个或多个取代基，所述取代基包括以下中之一：-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-OR’、-SR’或-N(R’)2，其中每一个R’独立地为如上文所定义和本文中所述；-O-(C1-10烷基)、-S-(C1-10烷基)、-NH-(C1-10烷基)或-N(C1-10烷基)2；-O-(C2-10烯基)、-S-(C2-10烯基)、-NH-(C2-10烯基)或-N(C2-10烯基)2；-O-(C2-10炔基)、-S-(C2-10炔基)、-NH-(C2-10炔基)或-N(C2-10炔基)2；或者-O--(C1-10亚烷基)-O--(C1-10烷基)、-O-(C1-10亚烷基)-NH-(C1-10烷基)或-O-(C1-10亚烷基)-NH(C1-10烷基)2、-NH-(C1-10亚烷基)-O-(C1-10烷基)或-N(C1-10烷基)-(C1-10亚烷基)-O-(C1-10烷基)，其中所述烷基、亚烷基、烯基和炔基可以是被取代或未取代的。取代基的实例包括但不限于-O(CH2)nOCH3和-0(CH2)nNH2(其中n为1至约10)、MOE、DMAOE和DMAEOE。
本文还涵盖了WO 2001/088198和Martin et al.，Helv.Chim.Acta，1995，78，486-504中描述的改性糖。在一些实施方案中，改性糖包含一个或多个选自以下的基团：被取代甲硅烷基基团、RNA切割基团、报告基团、荧光标记、嵌入剂、用于改善核酸的药代动力学性质的基团、用于改善核酸的药效学性质的基团或具有类似性质的其他取代基。在一些实施方案中，在糖或改性糖的2’、3’、4’、5’或6’位中的一个或多个处进行改性，包括3’-端核苷上糖的3’位或5’-端核苷的5’位中。
改性糖还包括锁核酸(LNA)。在一些实施方案中，糖碳原子上的两个取代基一起形成二价部分。在一些实施方案中，两个取代基在两个不同的糖碳原子上。在一些实施方案中，所形成的二价部分具有如本文所定义的-L-结构。在一些实施方案中，R2s为-L-。在一些实施方案中，-L-为-O-CH2-，其中-CH2-任选被取代。在一些实施方案中，-L-为-O-CH2-。在一些实施方案中，-L-为-O-CH(Et)-。在一些实施方案中，-L-为(S)-cEt。在一些实施方案中，-L-在糖部分的C2和C4之间。在一些实施方案中，锁核酸具有下面示出的结构。示出了下面结构的锁核酸，其中Ba表示如本文所述的核碱基或改性核碱基，并且其中R2s为-OCH2C4’-。
在一些实施方案中，改性糖为ENA，如例如Seth et al.，J Am ChemSoc.2010October 27；132(42)：14942-14950中描述的那些。在一些实施方案中，改性糖为XNA(异核酸)中存在的任何糖，例如阿拉伯糖、脱水己糖醇、苏糖、2’氟阿拉伯糖或环己烯。
改性糖包括糖模拟物，如代替呋喃戊糖基糖的环丁基或环戊基部分。教导此类改性糖结构的制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号：4,981,957、5,118,800、5,319,080和5,359,044。涵盖的一些改性糖包括其中核糖环内的氧原子被氮、硫、硒或碳所替代的糖。在一些实施方案中，改性糖为改性核糖，其中核糖环内的氧原子被氮所替代并且其中的氮任选被烷基基团(例如，甲基、乙基、异丙基等)所取代。
在一些实施方案中，糖部分中的一个或多个羟基基团任选地并独立地被卤素、-R’-N(R’)2、-OR’或-SR’所替代，其中每一个R’独立地如上文所定义和本文中所述。
在一些实施方案中，SU为
在一些实施方案中，SU为
在一些实施方案中，SU为
在一些实施方案中，L为共价键。在一些实施方案中，L不为共价键。在一些实施方案中，L为任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代。在一些实施方案中，L为任选被取代的直链或支链二价C1-30脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代。在一些实施方案中，L为任选被取代的直链或支链二价C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代。在一些实施方案中，L为任选被取代的直链或支链二价C1-30杂脂族基团。在一些实施方案中，L包含一个或多个Si。
在一些实施方案中，R5s为R’。在一些实施方案中，R5s为-OR’。在一些实施方案中，R5s为适合于寡核苷酸合成的受保护羟基基团。在一些实施方案中，R5s为DMTrO-。根据本公开使用的示例性的保护基团是本领域广为人知的。对于另外的实例，参见Greene，T.W.；Wuts，P.G.M.Protective Groups in Organic Synthesis，2nd ed.；Wiley：New York，1991及WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178，其每一者的保护基团以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，R2s为-F。在一些实施方案中，R2s为-CN。在一些实施方案中，R2s为-N3。在一些实施方案中，R2s为-NO。在一些实施方案中，R2s为-N02。在一些实施方案中，R2s为-R’。在一些实施方案中，R2s为-OR’。在一些实施方案中，R2s为-OR’，其中R’为任选被取代的C1-6脂族。在一些实施方案中，R2s为-OMe。在一些实施方案中，R2s为-SR’。在一些实施方案中，R2s为-N(R’)2。在一些实施方案中，R2s为-O-L-OR’。在一些实施方案中，R2s为-0-(任选被取代的C1-6亚烷基)-OR’。在一些实施方案中，R2s为-O-(任选被取代的C1-6亚烷基)-OR’，其中R’为任选被取代的C1-6烷基。在一些实施方案中，R2s为-OCH2CH2OMe。在一些实施方案中，R2s为-O-L-SR’。在一些实施方案中，R2s为-O-L-N(R’)2。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C1的L。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C2的L。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C3的L。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C4的L。在一些实施方案中，R2s为连接C2与C5的L。在一些实施方案中，R2s为(C2)-O-(任选被取代的亚亚基)-(C4)。在一些实施方案中，R2s为(C2)-O-(亚甲基)-(C4)。在一些实施方案中，R2s为(C2)-O-(乙基亚甲基)-(C4)。在一些实施方案中，R2s为(C2)-O-((R)-乙基亚甲基)-(C4)。在一些实施方案中，R2s为(C2)-O-((S)-e乙基亚甲基)-(C4)。在一些实施方案中，R2s不为-H。在一些实施方案中，R2s不为-OH。在一些实施方案中，R2s不为-OMe。在一些实施方案中，R2s不为-OCH2CH2OMe.。在一些实施方案中，R2s不为选自-OH、-OMe和OCH2CH2OMe的基团。
在一些实施方案中，C1连接到BA。
在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的二价3-30元亚碳环基。在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的二价6-30元亚芳基。在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价5-30元亚杂芳基。在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价3-30元亚杂环基。在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价5-30元亚杂芳基。在一些实施方案中，-Cy-为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价3-30元亚杂环基。
在一些实施方案中，R1为R’。在一些实施方案中，R2为R’。在一些实施方案中，R3为R’。
在一些实施方案中，R1、R2和R3中的每一者独立地为R’，或者R1、R2和R3中的两者或更多者与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，环A的价为t+1。
在一些实施方案中，R1为R。在一些实施方案中，R1为R，其中R不为氢。在一些实施方案中，R1为任选被取代的C1-10脂族。在一些实施方案中，R1为任选被取代的C1-10烷基。在一些实施方案中，R1为任选被取代的甲基。在一些实施方案中，R1为任选被取代的乙基。在一些实施方案中，R1为-O(CH2)2CN。
在一些实施方案中，R2为R。在一些实施方案中，R2为R，其中R不为氢。在一些实施方案中，R2为任选被取代的C1-10脂族。在一些实施方案中，R2为任选被取代的C1-10烷基。在一些实施方案中，R2为任选被取代的甲基。在一些实施方案中，R2为任选被取代的乙基。在一些实施方案中，R2为异丙基。
在一些实施方案中，R3为R。在一些实施方案中，R3为R，其中R不为氢。在一些实施方案中，R3为任选被取代的C1-10脂族。在一些实施方案中，R3为任选被取代的C1-10烷基。在一些实施方案中，R3为任选被取代的甲基。在一些实施方案中，R3为任选被取代的乙基。在一些实施方案中，R3为异丙基。
在一些实施方案中，R2和R3相同。在一些实施方案中，R2和R3不同。
在一些实施方案中，R1和R2与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，R1和R2与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，R1和R3与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，R2和R3与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，R1、R2和R3与介于它们中间的原子一起形成
在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子。
在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0个杂原子。
在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价单环饱和5-7元环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价单环饱和5-元环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价单环饱和6-元环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价单环饱和7-元环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。
在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、双环饱和、部分不饱和或芳基5-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、双环饱和、部分不饱和或芳基5-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子。在一些实施方案中，环A为多价双环饱和8-10元双环基环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为多价双环饱和8-元双环基环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为多价双环饱和9-元双环基环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A为多价双环饱和10-元双环基环，具有介于它们中间的氮、磷和氧原子而不具有另外的杂原子。在一些实施方案中，环A是双环的并包含与5-元环稠合的5-元环。在一些实施方案中，环A是双环的并包含与6-元环稠合的5-元环。在一些实施方案中，5-元环包含介于它们中间的氮、磷和氧原子作为环原子。在一些实施方案中，环A包含具有
的骨架结构的环系。在一些实施方案中，环A为任选被取代的
在一些实施方案中，环A为
其每一者独立地被1-5个Rs所取代。在一些实施方案中，环A为
其每一者独立地被1-5个Rs所取代，其中连接到氧原子的碳原子被1或2个Rs所取代。在一些实施方案中，环A，如选自
和
的被取代基团，包含一个或多个非磷原子的手性中心并且叔碳原子连接到氮。在一些实施方案中，连接到氧原子的碳原子为手性中心，例如由于该碳原子处被一个或两个Rs的取代。在一些实施方案中，Rs为苯基。在一些实施方案中，Rs为烷基。在一些实施方案中，Rs为甲基。在一些实施方案中，一个Rs为苯基并且一个Rs为甲基。在一些实施方案中，环A选自WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中描述的那些，这些专利以引用方式并入本文。在一些实施方案中，化合物例如亚磷酰胺是手性的并且是立体化学纯的。在一些实施方案中，所提供的化合物例如亚磷酰胺具有不低于80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的纯度。
在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子。在一些实施方案中，环A为任选被取代的多价、多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的氮、磷和氧原子外具有0-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子。
在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-10元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-9元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-8元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-7元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-6元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。
在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的6-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的7-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的8-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的9-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的10-元单环基环，其环原子包含介于它们中间的氮、磷和氧原子。
在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的5-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的6-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的7-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的8-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的9-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。在一些实施方案中，环A是单环、双环或多环的并包含任选被取代的10-元环，其环原子由介于它们中间的氮、磷和氧原子及碳原子组成。
在一些实施方案中，环A包含具有
的骨架结构的环系。
在一些实施方案中，Rs为R’。在一些实施方案中，Rs为R。在一些实施方案中，Rs为任选被取代的C1-30杂脂族。在一些实施方案中，Rs包含一个或多个硅原子。在一些实施方案中，Rs为-CH2Si(Ph)2CH3。
在一些实施方案中，Rs为-L-R’。在一些实施方案中，Rs为-L-R’，其中-L-为任选被取代的二价C1-30杂脂族基团。在一些实施方案中，Rs为-CH2Si(Ph)2CH3。
在一些实施方案中，t为0。在一些实施方案中，t为1-5。在一些实施方案中，t为1。在一些实施方案中，t为2。在一些实施方案中，t为3。在一些实施方案中，t为4。在一些实施方案中，t为5。
在一些实施方案中，R’为-R。在一些实施方案中，R’为-C(O)R。在一些实施方案中，R’为-CO2R。在一些实施方案中，R’为-SO2R。在一些实施方案中，两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子。在一些实施方案中，R’为氢。在一些实施方案中，R’不为氢。
在一些实施方案中，R为氢。在一些实施方案中，R不为氢。在一些实施方案中，R为选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；C6-30芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。
在一些实施方案中，R为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-20脂族；苯基；3-7元饱和或部分不饱和碳环基环；8-10元双环饱和、部分不饱和或芳基环；具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元单环杂芳基环；具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的4-7元饱和或部分不饱和杂环基环；具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的7-10元双环饱和或部分不饱和杂环基环；或具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的8-10元双环杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-30脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-20脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-15脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-10脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-6脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C1-6烷基。在一些实施方案中，R为任选被取代的己基、戊基、丁基、丙基、乙基或甲基。在一些实施方案中，R为任选被取代的己基。在一些实施方案中，R为任选被取代的戊基。在一些实施方案中，R为任选被取代的丁基。在一些实施方案中，R为任选被取代的丙基。在一些实施方案中，R为任选被取代的乙基。在一些实施方案中，R为任选被取代的甲基。在一些实施方案中，R为己基。在一些实施方案中，R为戊基。在一些实施方案中，R为丁基。在一些实施方案中，R为丙基。在一些实施方案中，R为乙基。在一些实施方案中，R为甲基。在一些实施方案中，R为异丙基。在一些实施方案中，R为正-丙基。在一些实施方案中，R为叔-丁基。在一些实施方案中，R为仲-丁基。在一些实施方案中，R为正-丁基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的C3-30环脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C3-20环脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的C3-10环脂族。在一些实施方案中，R为任选被取代的环己基。在一些实施方案中，R为环己基。在一些实施方案中，R为任选被取代的环戊基。在一些实施方案中，R为环戊基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的3-30元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的3-7元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的3-元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的4-元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的5-元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的6-元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的7-元饱和或部分不饱和碳环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的环庚基。在一些实施方案中，R为环庚基。在一些实施方案中，R为任选被取代的环己基。在一些实施方案中，R为环己基。在一些实施方案中，R为任选被取代的环戊基。在一些实施方案中，R为环戊基。在一些实施方案中，R为任选被取代的环丁基。在一些实施方案中，R为环丁基。在一些实施方案中，R为任选被取代的环丙基。在一些实施方案中，R为环丙基。
在一些实施方案中，R为具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族。在一些实施方案中，R为具有1-10个杂原子的C1-20杂脂族。在一些实施方案中，R为具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷或硅的杂原子的C1-20杂脂族，任选地包含氮、硫、磷或硒的一种或多种氧化形式。在一些实施方案中，R为C1-30杂脂族，其包含1-10个独立地选自
-N＝、≡N、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、＝O、
的基团。
在一些实施方案中，R为任选被取代的C6-30芳基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯基。在一些实施方案中，R为苯基。在一些实施方案中，R为被取代的苯基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的8-10元双环饱和、部分不饱和或芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的8-10元双环饱和环。在一些实施方案中，R为任选被取代的8-10元双环部分不饱和环。在一些实施方案中，R为任选被取代的8-10元双环芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的萘基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元单环杂芳基环。在一些实施方案中，R为被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元单环杂芳基环。在一些实施方案中，R为未被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元单环杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧或硫的杂原子的5-元单环杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6-元单环杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的5-元单环杂芳基环。在一些实施方案中，R选自任选被取代的吡咯基、呋喃基或噻吩基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-元杂芳基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有一个氮原子和另一个选自硫或氧的杂原子的5-元杂芳基环。示例性的R基团包括但不限于任选被取代的吡唑基、咪唑基、噻唑基、异噻唑基、恶唑基或异恶唑基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-元杂芳基环。示例性的R基团包括但不限于任选被取代的三唑基、恶二唑基或噻二唑基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-元杂芳基环。示例性的R基团包括但不限于任选被取代的四唑基、恶三唑基或噻三唑基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-4个氮原子的6-元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个氮原子的6-元杂芳基环。在其他实施方案中，R为任选被取代的具有1-2个氮原子的6-元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有四个氮原子的6-元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有三个氮原子的6-元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有两个氮原子的6-元杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有一个氮原子的6-元杂芳基环。示例性的R基团包括但不限于任选被取代的吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、三嗪基或四嗪基。
在一些实施方案中，R为具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。在一些实施方案中，R为具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-30元杂环基环。在一些实施方案中，R为具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。在一些实施方案中，R为具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-30元杂环基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的3-7元饱和或部分不饱和杂环基环。在一些实施方案中，R为被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的3-7元饱和或部分不饱和杂环基环。在一些实施方案中，R为未被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的3-7元饱和或部分不饱和杂环基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-7元部分不饱和单环基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元部分不饱和单环基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-元部分不饱和单环基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6-元部分不饱和单环基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的7-元部分不饱和单环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有一个选自氮、氧或硫的杂原子的3-元杂环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的4-元杂环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-元杂环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6-元杂环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的7-元杂环基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的7-10元双环饱和或部分不饱和杂环基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的吲哚啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的异吲哚啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的1，2，3，4-四氢喹啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的1，2，3，4-四氢异喹啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的氮杂双环[3.2.1]辛基。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的8-10元双环杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的1，4-二氢吡咯并[3，2-b]吡咯基、4H-呋喃并[3，2-b]吡咯基、4H-噻吩并[3，2-b]吡咯基、呋喃并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]噻吩基、1H-吡咯并[1，2-a]咪唑基、吡咯并[2，1-b]恶唑基或吡咯并[2，1-b]噻唑基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的二氢吡咯并咪唑基、1H-呋喃并咪唑基、1H-噻吩并咪唑基、呋喃并恶唑基、呋喃并异恶唑基、4H-吡咯并恶唑基、4H-吡咯并异恶唑基、噻吩并恶唑基、噻吩并异恶唑基、4H-吡咯并噻唑基、呋喃并噻唑基、噻吩并噻唑基、1H-咪唑并咪唑基、咪唑并恶唑基或咪唑并[5，1-b]噻唑基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。
在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在其他实施方案中，R为任选被取代的具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有一个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的吲哚基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯并呋喃基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯并[b]噻吩基。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的氮杂吲哚基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯并咪唑基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯并噻唑基。在一些实施方案中，R为任选被取代的苯并恶唑基。在一些实施方案中，R为任选被取代的吲唑基。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的恶唑并吡啶基、噻唑并吡啶基或咪唑并吡啶基。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的嘌呤基、恶唑并嘧啶基、噻唑并嘧啶基、恶唑并吡嗪基、噻唑并吡嗪基、咪唑并吡嗪基、恶唑并哒嗪基、噻唑并哒嗪基或咪唑并哒嗪基。在某些实施方案中，R为任选被取代的具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5，6-稠合杂芳基环。
在某些实施方案中，R为任选被取代的具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在其他实施方案中，R为任选被取代的具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的喹啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的异喹啉基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的喹唑啉基、酞嗪基、喹喔啉基或萘啶基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的吡啶并嘧啶基、吡啶并哒嗪基、吡啶并吡嗪基或苯并三嗪基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施方案中，R为任选被取代的吡啶并三嗪基、蝶啶基、吡嗪并吡嗪基、吡嗪并哒嗪基、哒嗪并哒嗪基、嘧啶并哒嗪基或嘧啶并嘧啶基。在一些实施方案中，R为任选被取代的具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的6，6-稠合杂芳基环。
在一些实施方案中，R1、R2、R3或
包含一个或多个手性元素，例如手性中心。在一些实施方案中，R1、R2、R3或
是不对称的。除了其他之外，包含此类不对称部分的亚磷酰胺可被用于制备手性受控的寡核苷酸组合物，如WO/2014/012081、WO/2015/107425等中描述的那些。在一些实施方案中，当用于寡核苷酸合成中时，此类亚磷酰胺可在新形成的P-手性中心处提供高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的非对映选择性，任选地收率高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
在一些实施方案中，
为
其中一个或多个Rs不为氢。在一些实施方案中，
为
在一些实施方案中，
为
在一些实施方案中，
为
如本领域普通技术人员应理解，亚磷酰胺可由核苷和手性助剂制备，包括如实施例中所示的包含氨基基团和羟基基团的那些。合适的手性助剂包括但不限于WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中描述的那些，其每一者的手性助剂以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，亚磷酰胺为WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中所描述的亚磷酰胺，其每一者的亚磷酰胺以引用方式并入本文。在一些实施方案中，本公开提供了一种方法，其包括在这些申请之一中描述的寡核苷酸制备方法，其中使用本文所述的方法纯化亚磷酰胺。
在一些实施方案中，亚磷酰胺为：
表1：实例亚磷酰胺。
在一些实施方案中，本公开提供了用于制备亚磷酰胺和/或寡核苷酸的新技术，例如，化合物、组合物、方法等。在一些实施方案中，本公开提供了用于纯化亚磷酰胺的新技术。在一些实施方案中，所提供的技术大大改善亚磷酰胺合成的效率，和/或显著降低亚磷酰胺及由其制备的寡核苷酸、组合物和药剂的成本。除了其他之外，所提供的技术可用于制备用于各种寡核苷酸合成方法的亚磷酰胺，这些方法包括但不限于WO/2011/005761、US/2012/0316224、WO/2013/012758、US/2014/0194610、WO/2014/012081、US/2015/0211006、WO/2015/107425、US/2017/0037399、WO/2010/064146、US/2011/0294124、WO/2014/010250、US/2015/0197540、WO/2011/108682、US/2013/0184450、WO/2012/039448、US/2013/0178612、WO/2012/073857或US/2013/0253178中描述的那些，其每一者的方法以引用方式并入本文。在一些实施方案中，本文提供的方法特别可用于制备手性受控的寡核苷酸组合物，如WO/2014/012081、WO/2015/107425等中描述的那些。
如本文所证实，所提供的技术可令人惊奇地改善亚磷酰胺的收率和/或纯度。在一些实施方案中，绝对改善为约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多。在一些实施方案中，绝对改善大于约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多。在一些实施方案中，来自所提供的技术的收率高于约80％，而来自未经预处理的相应技术的收率低于约60％(对应于大于20％的绝对改善)。在一些实施方案中，相对于未经预处理的相应技术的改善大于约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、150％、200％、250％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％或更多。
在一些实施方案中，所提供的技术可部分或完全地在高于和/或低于室温的温度下进行。在一些实施方案中，所提供的技术包括在高于室温的温度下例如在30、40、50、60、70、80、90、100℃或更高温度下的程序。在一些实施方案中，所提供的技术包括在低于室温的温度下例如在15、10、5、0、-5、-10℃或更低温度下的程序。在一些实施方案中，纯化例如使用纯化介质(常经预处理)进行的亚磷酰胺色谱纯化在高于室温的温度下进行。在一些实施方案中，纯化例如使用纯化介质(常经预处理)进行的亚磷酰胺色谱纯化在低于室温的温度下进行。在一些实施方案中，控制更高和/或更低的温度，使得温度变化控制在一定范围内。
除非另有说明，否则本文描述的结构还意在包括该结构的所有异构(例如，对映异构、非对映异构和几何异构(或构象异构))形式；例如，每一个不对称中心的R和S构型、(Z)和(E)双键异构体及(Z)和(E)构象异构体。因此，本发明化合物的单一立体化学异构体以及对映异构、非对映异构和几何异构(或构象异构)混合物都在本公开的范围内。除非另有说明，否则本公开的化合物的所有互变异构形式都在本公开的范围内。另外，除非另有说明，否则本文描述的结构还意在包括仅在一个或多个同位素富集原子的存在方面不同的化合物。例如，具有本发明结构的化合物，除了用氘或氚替代氢或用富11C-或13C-或14C-的碳替代碳外，都在本发明的范围内。这样的化合物可例如用作生物测定中的分析工具或探针。
如本文所用及在权利要求书中，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代，上下文中明确指出相反除外。因此，例如，“一种化合物”的提及包括多种这样的化合物。
在一些实施方案中，本公开提供了以下实施方案：
1.一种用于纯化化合物的方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与所述化合物接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化所述化合物。
2.一种用于纯化化合物的方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与所述化合物接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化所述化合物。
3.一种用于纯化化合物的方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使用所述纯化介质来纯化所述化合物。
4.一种改善化合物的回收率的方法，其包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)向所述纯化介质中加入所述化合物；和
c)使用溶剂体系从所述纯化介质洗脱所述化合物；
其中所述回收率高于当不存在步骤a)时的参考回收率。
5.一种在化合物接触纯化介质时减少化合物的分解的方法，其包括：
从纯化介质去除水。
6.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与化合物接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化所述化合物。
7.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使用所述纯化介质来纯化化合物。
8.一种方法，所述方法包括步骤：
使纯化介质与化合物接触，其中所述介质经预处理，其中所述预处理包括去除水。
9.一种方法，所述方法包括步骤：
使用经预处理的纯化介质纯化化合物，其中所述介质经预处理，其中所述预处理包括去除水。
10.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与化合物接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化所述化合物。
11.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使所述纯化介质与化合物接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化化合物。
12.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使所述纯化介质与化合物接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化化合物。
13.前述实施方案中任一项的方法，其中所述化合物为亚磷酰胺。
14.一种用于纯化亚磷酰胺的方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
15.一种用于纯化亚磷酰胺的方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
16.一种用于纯化亚磷酰胺的方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
17.一种用于改善亚磷酰胺的回收率的方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)向所述纯化介质中加入所述亚磷酰胺；和
c)使用溶剂体系从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺；
其中所述回收率高于当不存在步骤a)时的参考回收率。
18.实施方案4或17的方法，其中所述改善的回收率与所述参考回收率之间的差异为至少约10％、20％、30％、40％或50％。
19.一种用于在亚磷酰胺接触纯化介质时减少所述亚磷酰胺的分解的方法，所述方法包括：
a)从所述纯化介质去除水。
20.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
21.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
22.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化所述亚磷酰胺。
23.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
24.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
25.一种方法，所述方法包括步骤：
a)从纯化介质机械去除水；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
26.在使用纯化介质来纯化亚磷酰胺的方法中，改善包括用从纯化介质去除水的方法预处理所述纯化介质。
27.前述实施方案中任一项的方法，其中从纯化介质去除水包括加热所述纯化介质。
28.前述实施方案中任一项的方法，其中从纯化介质去除水包括使所述纯化介质与吸湿溶剂体系接触。
29.实施方案28的方法，其中所述吸湿溶剂体系由一种吸湿溶剂组成。
30.实施方案28的方法，其中所述吸湿溶剂体系包含一种吸湿溶剂和另一溶剂。
31.实施方案30的方法，其中所述吸湿溶剂体系由两种或更多种溶剂组成，其中每一溶剂独立地为吸湿溶剂。
32.前述实施方案中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂选自乙醛、乙酸、丙酮、乙腈、1，2-丁二醇、1，3-丁二醇、1，4-丁二醇、2-丁氧基乙醇、丁酸、二乙醇胺、二亚乙基三胺、碳酸二甲酯、二甲基甲酰胺、二甲氧基乙烷、二甲基亚砜、1，4-二恶烷、乙醇、乙酸乙酯、乙胺、乙二醇、甲酸、糠醇、甘油、甲醇、甲基二乙醇胺、甲基异腈、1-丙醇、1，3-丙二醇、1，5-戊二醇、2-丙醇、丙酸、丙二醇、吡啶、四氢呋喃和三乙二醇。
33.前述实施方案中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂选自乙醛、乙酸、丙酮、乙腈、1，2-丁二醇、1，3-丁二醇、1，4-丁二醇、2-丁氧基乙醇、丁酸、二乙醇胺、二亚乙基三胺、二甲基甲酰胺、二甲氧基乙烷、二甲基亚砜、1，4-二恶烷、乙醇、乙胺、乙二醇、甲酸、糠醇、甘油、甲醇、甲基二乙醇胺、甲基异腈、1-丙醇、1，3-丙二醇、1，5-戊二醇、2-丙醇、丙酸、丙二醇、吡啶、四氢呋喃和三乙二醇。
34.前述实施方案中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂选自甲醇和乙醇。
35.前述实施方案中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为甲醇。
36.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙醇。
37.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为异丙醇。
38.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为丙酮。
39.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙腈。
40.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为碳酸二甲酯。
41.实施方案1-35中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙酸乙酯。
42.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理纯化介质；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
43.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理纯化介质；和
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触。
44.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理纯化介质；和
b)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
45.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理包含二氧化硅的纯化介质；
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触；和
c)任选地使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
46.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理包含二氧化硅的纯化介质；和
b)使所述纯化介质与亚磷酰胺接触。
47.一种方法，所述方法包括步骤：
a)预处理包含二氧化硅的纯化介质；和
b)使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺。
48.在使用纯化介质来纯化亚磷酰胺的方法中，改善包括所述纯化介质的预处理。
49.在使用包含二氧化硅的纯化介质来纯化亚磷酰胺的方法中，改善包括所述纯化介质的预处理。
50.实施方案42-49中任一项的方法，其中所述预处理包括加热所述纯化介质。
51.实施方案42-50中任一项的方法，其中所述预处理包括使所述纯化介质与第一溶剂体系接触。
52.实施方案42-50中任一项的方法，其中所述预处理包括使所述纯化介质与第一溶剂体系接触，其中所述第一溶剂体系包含吸湿溶剂。
53.实施方案42-50中任一项的方法，其中所述预处理包括使所述纯化介质与第一溶剂体系接触，其中所述第一溶剂体系包含醇。
54.实施方案42-53中任一项的方法，其中所述第一溶剂体系包含甲醇。
55.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙醇。
56.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为异丙醇。
57.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为碳酸二甲酯。
58.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为丙酮。
59.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙腈。
60.实施方案42-52中任一项的方法，其中所述吸湿溶剂为乙酸乙酯。
61.实施方案42-54中任一项的方法，其中所述第一溶剂体系由一种溶剂组成。
62.实施方案42-62中任一项的方法，其中所述第一溶剂体系包含改性剂。
63.实施方案62的方法，其中所述改性剂为至多50体积/体积％的三乙胺。
64.前述实施方案中任一项的方法，其还包括：
a1)在使纯化体系接触亚磷酰胺之前用第二溶剂体系平衡所述纯化介质。
65.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系极性低于所述第一溶剂体系。
66.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系与所述第一溶剂体系相比包含较低百分数(体积/体积)的至少一种醇。
67.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系不包含醇。
68.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系包含己烷或乙酸乙酯和任选地改性剂。
69.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系包含己烷、乙酸乙酯和有机碱。
70.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第二溶剂体系包含己烷、乙酸乙酯和三乙胺。
71.前述实施方案中任一项的方法，其中使用所述纯化介质来纯化亚磷酰胺，并使用第三溶剂体系来从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺。
72.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第一溶剂体系。
73.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第一溶剂体系相比包含较低百分数(体积/体积)的至少一种醇。
74.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第二溶剂体系。
75.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第二溶剂体系相同。
76.前述实施方案中任一项的方法，其中使用梯度来从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺。
77.前述实施方案中任一项的方法，其中在所述梯度洗脱开始时的溶剂体系与在平衡结束时的所述第二溶剂体系相同。
78.前述实施方案中任一项的方法，其中所述纯化介质为硅胶。
79.前述实施方案中任一项的方法，其中所述纯化介质为具有50μM或更大粒度的硅胶。
80.前述实施方案中任一项的方法，其中所述纯化介质为具有50μM粒度的硅胶。
81.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第一溶剂体系包含碱。
82.前述实施方案中任一项的方法，其中所述第三溶剂体系包含碱、乙酸乙酯和己烷。
83.前述实施方案中任一项的方法，其中所述碱为三乙胺。
84.前述实施方案中任一项的方法，其中所述碱为至多50体积/体积％。
85.前述实施方案中任一项的方法，其中所述碱为5体积/体积％。
86.前述实施方案中任一项的方法，其包括使用所述纯化介质进行亚磷酰胺的色谱纯化。
87.前述实施方案中任一项的方法，其包括使用所述纯化介质在高于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
88.前述实施方案中任一项的方法，其包括使用所述纯化介质在低于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
89.一种组合物，所述组合物包含：
a)通过前述实施方案中任一项的步骤a)预处理的纯化介质；
b)亚磷酰胺。
90.实施方案89的组合物，其中经去活化的纯化介质为硅胶。
91.一种组合物，所述组合物包含：
a)通过前述实施方案中任一项的步骤a)预处理的二氧化硅；
b)亚磷酰胺。
92.实施方案89-91中任一项的组合物，其中所述经预处理的纯化介质为用吸湿溶剂体系预处理的硅胶。
93.实施方案92中任一项的组合物，其中所述吸湿溶剂体系为前述实施方案中任一项的吸湿溶剂体系或第一溶剂体系。
94.实施方案89-91中任一项的组合物，其中所述纯化介质用第二溶剂体系平衡。
95.前述实施方案中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺为核苷亚磷酰胺。
96.前述实施方案中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺具有式II的结构：
其中：
BA为R或选自以下的任选被取代基团：3-30元环脂族环；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；天然核碱基部分和改性核碱基部分。
SU为糖部分、改性糖部分、-L-O-或
其中SU通过氧原子连接到式I中的磷原子；
L为共价键或任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-，-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代；
R5s为R’或-OR’；
R2s为-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-R’-OR’、-SR’、-N(R’)2、-L-R’、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L；
-Cy-为任选被取代的二价环，选自：3-30元亚碳环基；6-30元亚芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基；
R1、R2和R3中的每一者独立地为R’，或者R1、R2和R3中的两者或三者与介于它们中间的原子一起形成：
环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；
每一个Rs独立地为R’或-L-R’；
t为0-5；
每一个R’独立地为-R、-C(O)R、-CO2R或-SO2R，或者：
两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；和
每一个R独立地为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。
97.实施方案88的方法或组合物，其中BA为任选被取代的基团，选自：3-30元环脂族环；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；天然核碱基部分和改性核碱基部分。
98.前述实施方案中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺具有式II的结构：
其中：
BA为任选被取代的基团，选自：C1-30环脂族；C6-30芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C3-30杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C5-30杂芳基；天然核碱基部分和改性核碱基部分；
SU为-L-O-或
其中SU通过氧原子连接到式I中的磷原子；
L为共价键或任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基-c≡c-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-，-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代；
R5s为R’或-OR’；
R2s为-F、-CN、-N3、-NO、-NO2、-R’-OR’、-SR’、-N(R’)2、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L；
-Cy-为任选被取代的二价环，选自：3-30元亚碳环基；6-30元亚芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基；
R1、R2和R3中的每一者独立地为R’，或者R1、R2和R3中的两者或三者与介于它们中间的原子一起形成：
环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；
每一个Rs独立地为R’或-L-R’；
t为0-5；
每一个R’独立地为-R、-C(O)R、-CO2R或-SO2R，或者：
两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；和
每一个R独立地为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；C6-30芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环。
99.实施方案96-98中任一项的方法或组合物，其中BA为选自C1-30环脂族、C6-30芳基、C3-30杂环基、C5-30杂芳基和天然核碱基部分的任选被取代基团。
100.实施方案96-98中任一项的方法或组合物，其中BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。
101.实施方案100的方法或组合物，其中BA为任选被取代的基团，所述基团选自
和
102.实施方案96-99中任一项的方法或组合物，其中BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中其O6未受保护。
103.实施方案96-99中任一项的方法或组合物，其中BA为改性碱基。
104.实施方案96-103中任一项的方法或组合物，其中SU为改性或未经改性的糖部分。
105.实施方案96-104中任一项的方法或组合物，其中SU为-L-0-。
106.实施方案96-105中任一项的方法或组合物，其中SU为-L-O-，并且L为任选被取代的具有一个氧原子的5-10元亚杂环基。
107.实施方案96-106中任一项的方法或组合物，其中SU为-L-O-，并且L为任选被取代的具有一个氧原子的5-元亚杂环基。
108.实施方案96-106中任一项的方法或组合物，其中SU为-L-0-，并且L为任选被取代的具有两个氧原子的7-10元双环亚杂环基。
109.实施方案96-106中任一项的方法或组合物，其中SU为
110.实施方案109的方法或组合物，其中R5s为-OR’。
111.实施方案109-110中任一项的方法或组合物，其中R5s为-ODMTr。
112.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-H。
113.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-F。
114.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-OR’。
115.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-O-L-OR’。
116.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-OMe。
117.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为-OCH2CH2OMe。
118.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，其中R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L。
119.实施方案109-111中任一项的方法或组合物，R2s为连接C2与C4的L。
120.实施方案118或119的方法或组合物，其中L为(C2)-O-(任选被取代的亚甲基)-。
121.实施方案120的方法或组合物，其中L为(C2)-O-(任选被取代的亚甲基)-，其中所述亚甲基基团被乙基所取代。
122.实施方案121的方法或组合物，其中所述亚甲基基团的碳原子为S。
123.实施方案121的方法或组合物，其中所述亚甲基基团的碳原子为R。
124.实施方案96-123中任一项的方法或组合物，其中R2和R3与介于它们中间的氮原子一起形成
125.实施方案96-123中任一项的方法或组合物，其中R1与R2和R3中之一及介于它们中间的氮、磷和氧原子一起形成
126.实施方案96-123中任一项的方法或组合物，其中R1、R2和R3与介于他们中间的氮、磷和氧原子一起形成
127.实施方案125或126的方法或组合物，其中环A包含具有
的骨架结构的环系。
128.实施方案126或127的方法或组合物，其中环A包含具有
的骨架结构的环系。
129.实施方案96-128中任一项的方法或组合物，其中t为0。
130.实施方案96-128中任一项的方法或组合物，其中t为1-5。
131.实施方案96-128中任一项的方法或组合物，其中一个Rs为R’或-L-R’，其中-L-为任选被取代的二价C1-30杂脂族基团。
132.实施方案96-128中任一项的方法或组合物，其中一个Rs为-CH2Si(Ph)2CH3。
133.实施方案96-132中任一项的方法或组合物，其中
包含一个或多个手性元素并且是不对称的。
134.实施方案96-133中任一项的方法或组合物，其中当用于寡核苷酸合成中时，亚磷酰胺可在新形成的P-手性中心处提供高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的非对映选择性，任选地收率高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
135.实施方案134的方法或组合物，其中所述寡核苷酸合成方法为WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448或WO/2012/073857中所描述的一种。
136.实施方案96-134中任一项的方法或组合物，其中
137.实施方案96-134中任一项的方法或组合物，其中
138.实施方案1-137中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺为WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448或WO/2012/073857中描述的一种。
139.实施方案1-137中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺选自、
140.实施方案1-137中任一项的方法或组合物，其中所述亚磷酰胺选自表1。
141.实施方案96-132中任一项的方法或组合物，其中
为
142.一种制备寡核苷酸的方法，其包括前述实施方案中任一项的方法。
143.一种制备寡核苷酸的方法，其包括提供前述实施方案中任一项的组合物。
144.实施方案142或143的方法，其中所述制备寡核苷酸的方法为WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448或WO/2012/073857中描述的一种。
实施例
下文提供非限制性实例。本领域普通技术人员应理解，其他亚磷酰胺可类似地制备和纯化，并且如本文所示大大改善收率和/或纯度。
通过与无水甲苯(110mL)共沸蒸发来干燥(S)-2-(甲基二苯基甲硅烷基)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇，1，(28.3g，91.Ommol)并在高真空下放置过夜。在氩气下将溶解在无水甲苯(150mL)中的此经干燥的1(28.3g，91.Ommol)和4-甲基吗啉(18.59g，184mmol)的溶液通过插管加到溶解在无水甲苯(80mL)中的三氯膦(12.6g，8.OmL，92mmol)的冰冷溶液中并将反应混合物于0℃下搅拌40分钟。让反应混合物温热至室温(rt)并搅拌1小时，然后使用Schlenk无空气过滤管在真空及氩气反吹下过滤白色沉淀物。在25℃下真空除去溶剂，并将由此得到的粗半固体在高真空下干燥12小时，不经进一步纯化用于下一合成步骤。
通过先与无水吡啶(60mL)、然后与无水甲苯(110mL)共沸蒸发来干燥核苷5’-DMT-dA(N6-Bz)3(40g，60.8mmol)并于高真空下干燥24小时。将此经干燥的化合物溶解在THF(140mL)中，随后加入三乙胺(30.8g，42.4mL，304mmol)，然后使用IPA/干冰浴冷却至-78℃。通过插管加入粗化合物2(如上所述获得)的THF溶液(80mL)，15分钟加完，然后将混合物逐渐温热至室温。在室温下1小时后，TLC指示SM完全转化为产物。混合物在0℃下冷却，然后加入CHCl3(800mL)，随后加入饱和NaHCO3(400mL)。分离有机层并用饱和NaHCO3(2x400mL)洗涤。合并水层，用CHCl3(200mL)提取，然后用饱和NaHCO3(200mL)洗涤。合并CHCl3提取物，用无水Na2SO4干燥，过滤并通过于25℃下旋转蒸发除去挥发物，得到淡黄色固体。71g粗化合物4。
纯化方法
使用经预处理的硅胶柱或未经预处理的硅胶柱在来自Teledyne的Combiflash仪器上纯化上述粗物质。在任一情况下，分离方法的每个其他特征都相同。
使用未经预处理的二氧化硅柱进行纯化
将3.0g粗化合物4溶解在含5％Et3N的亚甲基氯：己烷的2∶1体积：体积混合物中，然后加载到24g二氧化硅柱上，该柱已用5倍于柱体积的含5％Et3N的20％己烷/EtOAc平衡。在将样品加载到柱上后，使用以下梯度进行纯化过程：含5％Et3N的20至80％的EtOAc/己烷，如色谱图(图1)中所示。将通过TLC均相的级分，图1中示出的14-22，合并在一起并通过旋转蒸发除去挥发物，然后在高真空下超过18小时以除去残余溶剂，得到无色白色固体(纯化合物4的收率＝1.3g，56％)。在一些实施方案中，较晚的级分显示出分解，而较早的级分显示出非极性杂质。不希望受任何特定理论的束缚，在一些情况下，分解归因于亚磷酰胺基团处的转化。
使用经预处理的二氧化硅柱进行纯化
遵循针对未经预处理的方法所述的确切方法，不同的是在此情况下，24g硅胶柱先通过用5倍于柱体积的甲醇洗脱来预处理，然后用5倍于柱体积的含5％Et3N的20％EtOAc/己烷平衡。在此情况下，类似地得到由级分15-23的合并和蒸发产生的无色白色固体(纯化合物4的收率＝2.0g，83％)。在一些实施方案中，如由实施例所证实，经预处理的纯化介质提供更好的分离、更好的峰形状和/或更少的拖尾。
通过在CDCl3中记录的31P-NMR确认产物，并且使用任一方法都相同。31P-NMR：6151.14。
按本公开中描述的技术，成功制备和纯化了许多具有不同取代基的实例亚磷酰胺(例如，表1中描述的那些)，提供了高的收率和/或纯度。如本公开中所述，除了其他之外，所提供的技术能够改善洗脱效率和/或减少或消除分解。如由实施例所证实，成功地纯化了包含O6-未保护鸟嘌呤残基的亚磷酰胺，提供了高的收率和纯度。
如本公开中所述，可根据本公开采用其他吸湿溶剂并实现显著改善的收率和/或纯度。在一些实施方案中，与本文所述实施例中的甲醇类似地采用乙腈，并提供了收率和/或纯度的显著改善。在一些实施方案中，与本文所述实施例中的甲醇类似地采用乙酸乙酯，并提供了收率和/或纯度的显著改善。
如本文所证实，所提供的技术比现有技术提供了令人惊奇地高的收率和/或纯度。除了其他之外，所提供的技术在抑制纯化过程中亚磷酰胺的分解方面出乎意料地有效。
虽然本文已描述和示意了本公开的若干实施方案，本领域普通技术人员应容易想到用于实现本文所述功能和/或获得本文所述结果和/或本文所述优点中的一者或多者的各种其他措施和/或结构，并且此类变化和/或修改中的每一者均被认为是在本公开的范围内。更一般地，本领域技术人员应容易理解，本文描述的所有参数、尺寸、材料和配置意在示例，并且实际的参数、尺寸、材料和/或配置将取决于具体的应用或使用本公开的教导的应用。本领域技术人员应认识或者能够使用不超过常规的实验确定本文所述本公开的具体实施方案的许多等同物。因此应理解，前述实施方案仅作为示例呈现，并且在附随的权利要求及其等同物的范围内，本公开可以不同于具体描述和要求保护的方式实施。本公开涉及本文描述的每个单独的特征、系统、物品、材料、套件和/或方法。另外，如果此类特征、系统、物品、材料、套件和/或方法不相互矛盾，则两种或更多种此类特征、系统、物品、材料、套件和/或方法的任何组合包括在本公开的范围内。
Claims (119)
1.一种方法，其包括步骤：
a)预处理硅胶；
b)使所述硅胶与亚磷酰胺接触；和
c)使用所述硅胶来纯化所述亚磷酰胺；
其中所述亚磷酰胺具有式I的结构：
其中：
BA为R或选自以下的任选被取代基团：3-30元环脂族环；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；天然核碱基部分和改性核碱基部分；
SU为糖部分、改性糖部分、-L-O-或
其中SU通过氧原子连接到式I中的磷原子；
L为共价键或任选被取代的直链或支链二价基团，选自具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30脂族和C1-30杂脂族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地并独立地被任选被取代的C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-C≡C-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-N(R’)S(O)2-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-或-C(O)O-所替代；
R5s为R’或-OR’；
R2s为-F、–CN、–N3、–NO、–NO2、-R’–OR’、–SR’、–N(R’)2、-L-R’、-O-L-OR’、-O-L-SR’或-O-L-N(R’)2，或者R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L；
–Cy–为任选被取代的二价环，选自：3-30元亚碳环基；6-30元亚芳基；具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-30元亚杂芳基；和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元亚杂环基；
R1、R2和R3与介于它们中间的原子一起形成：
环A为任选被取代的多价、单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子，并且其中环A包含具有
的骨架结构的环系；
每一个Rs独立地为R’或-L-R’；
t为0-5；
每一个R’独立地为–R、-C(O)R、-CO2R或–SO2R，或者：
两个或更多个R’与介于它们中间的原子一起形成任选被取代的单环、双环或多环饱和、部分不饱和或芳基3-30元环，除介于它们中间的原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子；和
每一个R独立地为氢或选自以下的任选被取代基团：C1-30脂族；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C1-30杂脂族；6-30元芳基环；具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基环；和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基环；并且
其中所述预处理包括使所述硅胶与第一溶剂体系接触，所述第一溶剂体系为吸湿溶剂体系，其包含至少50％体积/体积的醇或至少50％体积/体积的乙腈。
2.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系包含至少50％体积/体积的甲醇。
3.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系包含至少50％体积/体积的乙醇。
4.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系包含至少50％体积/体积的异丙醇。
5.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系包含至少50％体积/体积的乙腈。
6.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由一种溶剂组成。
7.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由醇组成。
8.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由甲醇组成。
9.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由乙醇组成。
10.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由异丙醇组成。
11.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系由乙腈组成。
12.权利要求1的方法，其中所述第一溶剂体系包含改性剂。
13.权利要求12的方法，其中所述改性剂为至多50体积/体积％的三乙胺。
14.权利要求1的方法，其还包括：
a1)在使纯化体系接触亚磷酰胺之前用第二溶剂体系平衡所述硅胶。
15.权利要求1至13中任一项的方法，其还包括：
a1)在使纯化体系接触亚磷酰胺之前用第二溶剂体系平衡所述硅胶。
16.权利要求14的方法，其中所述第二溶剂体系极性低于所述第一溶剂体系。
17.权利要求14的方法，其中所述第二溶剂体系与所述第一溶剂体系相比包含较低体积/体积百分数的至少一种醇。
18.权利要求14的方法，其中所述第二溶剂体系不包含醇。
19.权利要求14的方法，其中所述第二溶剂体系包含乙酸乙酯和任选地改性剂。
20.权利要求14方法，其中所述第二溶剂体系包含己烷、乙酸乙酯和有机碱。
21.权利要求14的方法，其中所述第二溶剂体系包含乙酸乙酯和三乙胺。
22.权利要求1至14和16至21中任一项的方法，其中当使用所述硅胶来纯化亚磷酰胺时，使用第三溶剂体系来从所述硅胶洗脱所述亚磷酰胺。
23.权利要求15的方法，其中当使用所述硅胶来纯化亚磷酰胺时，使用第三溶剂体系来从所述硅胶洗脱所述亚磷酰胺。
24.权利要求22的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第一溶剂体系。
25.权利要求22的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第一溶剂体系相比包含较低体积/体积百分数的至少一种醇。
26.权利要求22的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第二溶剂体系。
27.权利要求22的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第二溶剂体系相同。
28.权利要求22的方法，其中使用梯度来从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺。
29.权利要求22的方法，其中在所述梯度洗脱开始时的溶剂体系与在平衡结束时的所述第二溶剂体系相同。
30.权利要求22的方法，其中所述硅胶具有50μM或更大粒度。
31.权利要求22的方法，其中所述硅胶具有50μM粒度。
32.权利要求22的方法，其中所述第三溶剂体系包含碱、乙酸乙酯和己烷。
33.权利要求32的方法，其中所述碱为三乙胺。
34.权利要求33的方法，其中所述碱为5体积/体积％。
35.权利要求23的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第一溶剂体系。
36.权利要求23的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第一溶剂体系相比包含较低体积/体积百分数的至少一种醇。
37.权利要求23的方法，其中所述第三溶剂体系极性低于所述第二溶剂体系。
38.权利要求23的方法，其中所述第三溶剂体系与所述第二溶剂体系相同。
39.权利要求23的方法，其中使用梯度来从所述纯化介质洗脱所述亚磷酰胺。
40.权利要求23的方法，其中在所述梯度洗脱开始时的溶剂体系与在平衡结束时的所述第二溶剂体系相同。
41.权利要求23的方法，其中所述硅胶具有50μM或更大粒度。
42.权利要求23的方法，其中所述硅胶具有50μM粒度。
43.权利要求23的方法，其中所述第三溶剂体系包含碱、乙酸乙酯和己烷。
44.权利要求43的方法，其中所述碱为三乙胺。
45.权利要求43的方法，其中所述碱为5体积/体积％。
46.权利要求1至14、16至21和23至45中任一项的方法，其包括使用硅胶进行亚磷酰胺的色谱纯化。
47.权利要求15的方法，其包括使用硅胶进行亚磷酰胺的色谱纯化。
48.权利要求22的方法，其包括使用硅胶进行亚磷酰胺的色谱纯化。
49.权利要求46的方法，其包括使用硅胶在高于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
50.权利要求46的方法，其包括使用硅胶在低于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
51.权利要求47的方法，其包括使用硅胶在高于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
52.权利要求47的方法，其包括使用硅胶在低于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
53.权利要求48的方法，其包括使用硅胶在高于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
54.权利要求48的方法，其包括使用硅胶在低于室温的温度下进行亚磷酰胺的色谱纯化。
55.权利要求1至14、16至21、23至45和47至54中任一项的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。
56.权利要求15的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。
57.权利要求22的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。
58.权利要求46的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团通过从
去除-H形成。
59.权利要求55的方法，其中BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中其O6未受保护。
60.权利要求55的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团选自
61.权利要求56的方法，其中BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中其O6未受保护。
62.权利要求56的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团选自
63.权利要求57的方法，其中BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中其O6未受保护。
64.权利要求57的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团选自
65.权利要求58的方法，其中BA为任选被取代的鸟嘌呤残基，其中其O6未受保护。
66.权利要求58的方法，其中BA为任选被取代的基团，所述基团选自
67.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54和56至66中任一项的方法，其中SU为改性或未经改性的糖部分。
68.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54和56至66中任一项的方法，其中SU为
69.权利要求68的方法，其中R5s为-OR’。
70.权利要求68的方法，其中R2s为-H。
71.权利要求68的方法，其中R2s为-F。
72.权利要求68的方法，其中R2s为-OR’。
73.权利要求68的方法，其中R2s为-O-L-OR’。
74.权利要求68的方法，其中R2s为-OMe。
75.权利要求68的方法，其中R2s为-OCH2CH2OMe。
76.权利要求68的方法，其中R2s为连接C2与C1、C2、C3、C4或C5的L。
77.权利要求76的方法，R2s为连接C2与C4的L。
78.权利要求76的方法，其中L是(C2)-O-CH2-(C4)。
79.权利要求76的方法，其中L为(C2)-O-(取代的亚甲基)-(C4)。
80.权利要求76所述的方法，其中L是(S)-cEt。
81.权利要求68所述的方法，其中R5s为-ODMTr。
82.权利要求69至80中任一项所述的方法，其中R5s为-ODMTr。
83.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中环A包含具有
的骨架结构的环系。
84.权利要求83的方法，其中
是
其中一个或多个Rs不为氢。
85.权利要求83的方法，其中t为0。
86.权利要求83的方法，其中t为1-5。
87.权利要求84的方法，其中Rs是-L-R’，其中R’是–SO2R。
88.权利要求87的方法，其中–SO2R中的R是任选被取代的苯基。
89.权利要求84的方法，其中一个Rs为R’或-L-R’，其中-L-为任选被取代的二价C1-30杂脂族基团。
90.权利要求84的方法，其中一个Rs为-CH2Si(Ph)2CH3。
91.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中
包含一个或多个非磷原子的手性元素并且是不对称的。
92.权利要求67的方法，其中
包含一个或多个非磷原子的手性元素并且是不对称的。
93.权利要求68的方法，其中
包含一个或多个非磷原子的手性元素并且是不对称的。
94.权利要求82的方法，其中
包含一个或多个非磷原子的手性元素并且是不对称的。
95.权利要求84的方法，其中当用于寡核苷酸合成中时，亚磷酰胺可在新形成的P-手性中心处提供高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的非对映选择性，任选地收率高于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
96.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中
是选自
的被取代基团，其各自独立地包含一个或多个非磷原子的手性中心并且叔碳原子连接到氮。
97.权利要求67的方法，其中
是选自
的被取代基团，其各自独立地包含一个或多个非磷原子的手性中心并且叔碳原子连接到氮。
98.权利要求68的方法，其中
是选自
的被取代基团，其各自独立地包含一个或多个非磷原子的手性中心并且叔碳原子连接到氮。
99.权利要求82的方法，其中
是选自
的被取代基团，其各自独立地包含一个或多个非磷原子的手性中心并且叔碳原子连接到氮。
100.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项所述的方法，其中
是
其中一个或多个Rs不为氢。
101.权利要求67所述的方法，其中
是
其中一个或多个Rs不为氢。
102.权利要求68所述的方法，其中
是
其中一个或多个Rs不为氢。
103.权利要求82所述的方法，其中
是
其中一个或多个Rs不为氢。
104.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中
为
105.权利要求67的方法，其中
为
106.权利要求68的方法，其中
为
107.权利要求82的方法，其中
为
108.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中
为
109.权利要求67的方法，其中
为
110.权利要求68的方法，其中
为
111.权利要求82的方法，其中
为
112.权利要求1至14、16至21、23至45、47至54、56至66和69至81中任一项的方法，其中所述亚磷酰胺选自
113.权利要求112的方法，其中所述亚磷酰胺选自
114.权利要求112的方法，其中所述亚磷酰胺选自
115.权利要求112的方法，其中所述亚磷酰胺选自
116.权利要求112的方法，其中所述亚磷酰胺选自
117.一种制备寡核苷酸的方法，其包括权利要求1-116中任一项的方法。
118.一种组合物，其包含：
a)通过权利要求1至13中任一项中的步骤a)预处理的硅胶；
b)权利要求55至116中任一项中的亚磷酰胺。
119.一种制备寡核苷酸的方法，其包括提供权利要求118的组合物。
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