CN101429541A - 一种ssr分子指纹鉴定方法 - Google Patents

一种ssr分子指纹鉴定方法 Download PDF

Info

Publication number
CN101429541A
CN101429541A CNA2007101771410A CN200710177141A CN101429541A CN 101429541 A CN101429541 A CN 101429541A CN A2007101771410 A CNA2007101771410 A CN A2007101771410A CN 200710177141 A CN200710177141 A CN 200710177141A CN 101429541 A CN101429541 A CN 101429541A
Authority
CN
China
Prior art keywords
ssr
abundance
cotton
numerator
fingerprint identification
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CNA2007101771410A
Other languages
English (en)
Other versions
CN101429541B (zh
Inventor
杜雄明
潘兆娥
孙君灵
周忠丽
贾银华
董薇
刘国强
庞保印
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Original Assignee
Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences filed Critical Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority to CN2007101771410A priority Critical patent/CN101429541B/zh
Publication of CN101429541A publication Critical patent/CN101429541A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN101429541B publication Critical patent/CN101429541B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种SSR分子指纹鉴定方法,通过筛选SSR引物对DNA进行扩增,建立指纹图谱,并进行SSR丰度统计,进一步区分各个品种。采用本发明SSR分子指纹鉴定方法可以大量区分不同类型的植物品种,具有快捷高效,灵敏度高、分辨力好、结果准确可靠等优点,适用于棉花品种遗传鉴定、新品种保护、区域试验和品种纯度鉴定等方面。

Description

一种SSR分子指纹鉴定方法
技术领域
本发明属于新品种分子检测技术领域,具体地涉及一种SSR分子指纹鉴定方法。
背景技术
SSR标记是建立在PCR基础上的一种新型遗传标记,能够反映植物在遗传物质DNA水平上的差异,具有较高的多态性信息量、共显性分离、标记位点专化性、试验重复性好等特点。已在生物起源、进化、遗传多样性研究和品种资源鉴定中得到广泛应用。在棉花上SSR标记已逐步用于种质保存的完整性的遗传评价,种质资源的遗传多样性、遗传相似性分析,用于种子纯度和杂交种亲本鉴定和检测。陈光(2005)对我国陆地棉基础种质及其衍生种质进行遗传多样性研究,发现自育品种SSR相似系数比国外品种高,各棉区衍生品种相似性与该区基础种质的相似性一致,黄河流域棉区多样性低于长江流域。刘勤红等(2005)筛选出了能够鉴别抗虫杂交棉鲁研棉15号杂交种纯度的SSR标记位点。孙东磊(2006)对彩色棉和棕色棉SSR多样性分析发现棕色棉的遗传多样性高于绿色棉。SSR技术是一种必要的棉花种质资源遗传多样性研究工具,它具有建立品种的指纹图谱和分子身份证的潜在优势,并且在分子水平上为育种者选择性状遗传稳定、品质抗性优良的种质提供理论依据,许多育种工作者已将该方法应用于棉花种质资源遗传多样性评价和杂交种纯度鉴定上。
DNA指纹图谱是指能够鉴别生物个体之间差异的DNA电泳图谱,它是建立在DNA分子标记的基础之上的。DNA指纹图谱是鉴别品种、品系(含杂交亲本、自交系)的有力工具,具有快速、准确等优点。2003年,马轩等用SSR技术建立了18个彩色棉品系的DNA指纹图谱,建立了一种快速准确鉴定彩色棉品种的方法。2005年,新疆农业大学秦利等从筛选出的10对多态性好的引物中随机挑选了2对,对当前新疆主栽品种进行了指纹图谱构建和杂交种纯度鉴定,可将3个杂交种与它们的亲本加以区分,可以用于杂交种的分子鉴定和种子纯度检测。2006年,艾呈祥等从筛选出的10对扩增产物具有稳定多态性的引物中选出7对构建了2个甜瓜杂交种的指纹图谱,分析表明用SSR技术进行甜瓜杂交种纯度的鉴定是可行有效的。2007年,郭海林等从45对Xgwm系列SSR引物中筛选出2对产物清晰、稳定的引物,建立了11个结缕草优良品系的DNA指纹图谱,将三个优良品系与形态上相似的主栽品种区别开。但是,指纹图谱都是建立在有限的品种或种质的指纹图谱,构建的指纹图谱所用的PCR扩增的引物较少,目前,在植物中,开展的分子标记和分子指纹往往存在随着品种群体的增大,分子指纹码可能会出现重码等问题,也没有解决建立的指纹图谱是否具有该品种的特异性、构建的指纹图谱鉴别具有完全相同的指纹图谱两个品种的、具有相同的表现型和相同的生物学功能的两个不同指纹图谱的品种的问题。
目前SSR仅作为分子标记而被广泛应用于图谱构建、品种鉴定和遗传多样性分析,对其丰度的研究也仅限于在某一基因组数据或文库中进行SSR搜索和比较分析,还不能建立起对不同基因型品种的比较研究。
发明内容
本发明的目的是提供一种可以精确鉴别品种间及种内差异的SSR分子指纹鉴定方法。
本发明的一种SSR分子指纹鉴定方法,通过筛选SSR引物对DNA进行扩增,建立指纹图谱,进行SSR丰度统计,其中SSR丰度统计方法为:对等位基因片段的简单重复序列丰度进行赋值,确定其丰度数;对所考察的SSR位点的丰度数求和,即得品种的SSR丰度值。SSR丰度值表示简单重复序列类型和数量在不同品种间的丰富程度,从基因组水平反映了不同种质DNA重复序列的差异。
本发明所述的SSR丰度统计的方法为:以0.2为等差从小到大对等位基因片段的简单重复序列丰度进行赋值,确定其丰度数;对所考察SSR位点的丰度数求和,即为某一种质的SSR丰度值。以0.2为等差的选择是基于考虑到各等位基因分子量大小的差别,需要对各等位基因进行分级赋值,由于相邻等位基因的重复拷贝数通常相差2-3,变幅较小。
本发明所述的SSR丰度统计的具体方法为:设定某一品种的第I个SSR位点的第1个等位基因丰度数为1,第2到第J个等位基因的丰度数分别为Aij=1+0.2(J-1),品种的丰度值D=∑Aij,D为品种的所有SSR位点各等位基因的丰度数之和,Aij为第I个SSR位点第J个等位基因的丰度数,I为SSR位点数,J为等位基因数。利用丰度值以达到完全区分和鉴定供试品种的目的。
本发明所述的建立指纹图谱的方法是:根据SSR分子标记的迁移率及其有无统计所有的二元数据,有带记为1,无带记为0,绘制SSR的01指纹图谱。
本发明所述的SSR引物要求为品种间多样性好、丰度高的引物,对于棉花而言,SSR引物要求为每对引物在96个品种间,最好能区别10多个品种,而且丰度高的SSR引物作为指纹鉴别的核心引物。
所述的SSR分子指纹鉴定方法可用于棉花品种间的鉴定,筛选因为的方法为:筛选不同类型的SSR引物,合成不同类型的棉花SSR引物6000多对,筛选出品种间多样性好的引物对、丰度高的130对引物,而且分布于A和D染色体组的26对染色体上的130对引物,平均每对染色体3-5对引物,作为构建棉花SSR分子指纹图谱的核心引物。
所述SSR分子指纹鉴定方法也适用于如小麦、玉米、水稻等品种间的鉴定。
本发明所述的棉花SSR引物是能覆盖整个棉花基因组的SSR引物对,均匀分布于棉花基因组所有染色体。针对分子指纹代码数字繁多,很难通过眼观马上就获得各品种的差异信息。为此,我们除了给予每个品种赋予分子指纹代码外,建立了一种计算各个品种的SSR分子丰度统计方法。其基本原理是:根据SSR位点不同和等位基因片段的重复拷贝数不同,并且随着PCR产物大小的增加而增加,建立不同基因型个体间的重复序列丰度统计方法。
本发明的一种SSR分子指纹鉴定方法的有益效果:第一,筛选和鉴定足够多的SSR引物对,而且它们的多样性好,均匀分布于棉花基因组所有染色体,避免随着品种群体的增大,分子指纹出现重码,保证了每个品种或品种特有的分子特征,可以作为区别其它指纹的每个品种的身份证。第二,除了绘制各个品种的SSR分子指纹图谱外,结合各自的品种的所考察的SSR位点的SSR丰度值,则可以达到完全区分和鉴定供试品种的目的。采用本发明SSR分子指纹鉴定方法可以大量区分不同类型的品种,具有快捷高效、灵敏度高、分辨力好、结果准确可靠等优点,该方法适用于棉花品种遗传鉴定、新品种保护、区域试验和品种纯度鉴定等方面。
附图说明
图1是SSR丰度统计方法示意图。
其中:Allele1(170bp)、Allele2(164bp)、Allele3(158bp)分别为某一SSR位点的等位基因片段;a、b、c分别为三个不同品种;I:等位基因片段的核心序列及串联重复拷贝数;II:该SSR位点在三个品种中的PCR扩增带型;III:每个等位基因片段的SSR丰度数及不同品种在此SSR位点上具有的简单重复序列丰度值。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
实施例1
选用96个四大棉种的具有代表性的不同品种作为试验的棉花品种,如表1所示。
表1  试验的棉花品种及其编号
 
No. 品种名称 特性 No. 品种名称 特性
1 临泽草棉 草棉 49 石系亚黑子 亚洲棉
2 褐子草棉 草棉 50 肖山白子 亚洲棉
3 金塔草棉 草棉 51 肖山黑子 亚洲棉
4 石系亚1号 亚洲棉 52 印度N.V507 亚洲棉
5 遂宁中棉光子 亚洲棉 53 印度N.V508 亚洲棉
6 遂宁中棉毛子 亚洲棉 54 云南黄绒土棉 亚洲棉
7 7124 海岛棉 55 紫茎中棉 亚洲棉
8 7125 海岛棉 56 新海18号 海岛棉
9 E24-3389 海岛棉 57 吉扎45 海岛棉
10 军海1号 海岛棉 58 引字6022 海岛棉
11 新库K106 海岛棉 59 大铃棉1号 中大铃
12 德保巴头大棉 退化 60 大铃棉69号 中大铃
13 南丹巴地大花 退化 61 大铃启东 中大铃
14 库车96486 感黄萎 62 大桃棉(豫) 大铃
15 石河子875 感黄萎 63 反帝大桃 中大铃
16 Arcot-1 抗黄萎 64 湖北枣阳 中大铃
17 常抗棉 抗黄萎 65 梅福大铃 中大铃
18 中36 早熟 66 襄汾大铃 大铃
19 中棉所27 早熟 67 赵岗大桃棉 中大铃
20 阿肯色971 中熟 68 冀棉11 感黄萎
21 中12901系 中熟 69 豫棉2067 抗黄萎
22 LAPAR45 晚熟 70 春矮早 早熟
23 赞比亚棉 晚熟 71 中37 早熟
24 Acala① 优质大铃 72 ST474 中熟
25 FJA 优质大铃 73 中棉所35 中熟
26 PD3249 优质 74 HG-BR-8 晚熟
27 爱字棉927 优质大铃 75 MCU-5 晚熟
28 大铃棉(喀) 大铃 76 PAR-51 晚熟
29 松滋大铃 大铃 77 Sudan2 晚熟
30 越南大桃 中大铃 78 巴西合作社棉 晚熟
31 TM-1 标准系 79 非洲E40 晚熟
 
32 3-79 标准系 80 乍得棉 晚熟
33 东兰那亨大花 退化 81 中AR40772 优质大铃
34 富川湿坝大花 退化 82 Acala1517-2 一般品质
35 桂平康连大花 退化 83 Acala1517-70 一般品质
36 河北清苑樊庄乡洋棉 退化 84 Acala1517-77 优质大铃
37 交力大花 退化 85 DPLcamd215-7-801 一般品质
38 临沂中山庄小棉花 退化 86 Hopical 优质大铃
39 罗甸铁籽棉 退化 87 IRMA96+97 优质
40 纳上区大花 退化 88 Line F 优质
41 南丹怀里大花 退化 89 sicala34 优质
42 平果果化大棉 退化 90 UA887(优) 大铃优质
43 平果那沙大棉 退化 91 upland 优质大铃
44 三江八江大花 退化 92 贝尔斯诺 一般品质
45 三江大花 退化 93 川77-1 一般品质
46 凸桥大花 退化 94 岱字棉55 优质大铃
47 青茎中棉墨子 亚洲棉 95 苏联8908 一般品质
48 石系亚白子 亚洲棉 96 苏联棉85系 优质
本实施例所用的96个棉花品种来自国家棉花种质库,也可以市购得到。
DNA提取:
棉花富含棉酚、多糖、单宁等物质,在细胞破碎时,棉酚等多酚类物质自动氧化,然后跟蛋白质、核酸等发生不可逆反应,结果形成棕色胶状复合物,影响高质量DNA的获取。因此,我们采用CTAB法提取棉花gDNA,参照参照Zhang和James(2000)方法,并略有改进。
(1)称取3克新鲜棉花叶片于研钵中,加入液氮并迅速研磨成粉末,转移至离心管中并加入15ml提取缓冲液,摇匀,4℃下2700rpm离心15min;
(2)倒出上清液,在管中加入15ml的65℃的CTAB裂解缓冲液,混匀后置于65℃水浴40~60min,每隔10min混匀一次,使样品充分散开;
(3)水浴后,取出离心管,向管中加入15ml的体积比为氯仿:异戊醇=24:1的氯仿和异戊醇的混合液,反复颠倒混合至不分层为止,并不断释放出反应产生的气体,16℃下4000rpm离心15min;
(4)吸取上清至新的离心管中,按步骤(3)重复抽提一次;
(5)吸取上清至新的离心管中,加入0.6倍体积的冰冻异丙醇,缓慢摇匀至沉淀析出,-20℃下放置30min以上;
(6)25℃下10000rpm离心5min,将沉淀转入离心管,加入70%乙醇洗至脱色,换无水乙醇洗一遍,尽可能倒干净乙醇,风干45min,在DNA沉淀仍有些潮湿的时候,用2ml的TE(pH8.0)溶解,于65℃温育,至DNA完全溶解;
(7)按照10ug Rnase A/100ulDNA比例加入无DNA的RNA酶,37℃水浴1h,加入等体积的体积比为氯仿:异戊醇=24:1的氯仿和异戊醇的混合液,混合40次,25℃下10000rpm离心15min;
(8)吸取上清液,加入2倍体积的冰冻无水乙醇和0.1倍体积的3M pH5.2的醋酸钠,缓慢摇匀至沉淀析出,-20℃下放置30min以上;取出DNA沉淀,用70%的乙醇洗至无色,用无水乙醇洗一遍,尽可能倒干净乙醇,风干45min,在DNA沉淀仍有些潮湿的时候,用1mlTE溶解,即得模板DNA。
筛选SSR引物:SSR引物下载于Cotton microsatellite database(http://www.cottonmarker.org/),包括由Brookhaven National Lab开发的BNL引物,南京农业大学开发的NAU引物,CIRAD开发的CIR引物,TAMU College station开发的JESPR引物和由USDA-ARS开发的MGHES引物。根据上述的引物合成6030对引物,筛选出在陆地棉品种间多样性好的引物对,每对引物在96个品种间,能区别10多个品种,并在此基础上筛选出丰度高,而且,分布于A和D染色体组的26对染色体上的130对引物,平均每个染色体5对引物,用于构建棉花指纹图谱的核心引物,130对引物对应的SSR如表2所示。表2中的所有SSR的序列本身来自于公开的网络资源。130对引物序列也可在Cotton microsatellite database(http://www.cottonmarker.org/)查到。
PCR扩增的条件:利用核心引物,进行PCR扩增,PCR反应在PTC-100TM下运行,PCR反应体系及扩增程序见表3、4。每对SSR引物具有特定的退火温度,PCR扩增程序可根据引物实际Tm值设定。
表2  用于棉花SSR分子指纹鉴定的SSR
 
SSR名称    所在染色体   SSR名称    所在染色体             SSR名称    所在染色体            
NAU2798    C01          JES208    C09,23                NAU3685    C18                  
NAU4891    C01          BNL1672   C09,C23               BNL3254    C18                  
BNL2921 C01 BNL2960 C10 BNL2652 C18,C13,C10,C20                   
BNL2440 C01,C15 BNL3563 C10 BNL0193 C18,LG05,C12               
CIR009   C01,C15     NAU0440   C10                    DPL0071    C19                   
DPL0046    C02          NAU0620   C10                    DPL0417    C19                   
NAU2343    C02          TMB0323   C10                    NAU2629    C19                   
CIR184   C02          DPL0253   C11                    NAU3092    C19                   
NAU0680    C02          NAU3748   C11/C21               NAU3139    C19                   
CIR381     C02,C14     NAU0462   C11/LGA03             NAU1169    C20                   
CIR332     C03          NAU2504   C11/LGA03            BNL0169    C20                   
NAU2277    C03          TMB1692   C11/LGA03            CIR166     C20                   
NAU0622    C03          DPL0594   c12                    NAU0740    C20                   
NAU1190    C03          BNL0598   C12                    BNL3482    C20,C26,C12       
NAU1248    C03          NAU0736   C12                    DPL0475    C21                   
DPL0494    C04          TMB0325   C12                    DPL0777    C21                  
NAU3205    C04          CIR272   C12,C26               NAU3156    C21                   
CIR249    C04          DPL0635   C13                    NAU3493    C21                   
BNL0632    C04          NAU3468   C13                    NAU3895    C21                   
NAU1158    C04          NAU0640   C13/LGA01             DPL0489    C22                   
NAU934     C05          TMB0400    C13/LGA01             NAU2634    C22                   
BNL1053    C05          BNL2449    C13/LGA01,LG40,C10 BNL0448    C22                   
NAU0445    C05          NAU2929   C14                    BNL4030    C22,C05              
NAU2443 C05 NAU5467 C14 BNL1045 C22,C26,C03,C12                   
 
JESPR65 C05,07 NAU0358 C14 DPL0378 C23
NAU0732 C06 NAU998 C14 NAU4079 C23
NAU905 C06,25 BNL1059 C14,LG16,LGD05,C03 JES114 C23
BNL3955 C06,C17,C22 DPL0264 C15 BNL0597 C23
NAU2363 C06,C25 NAU3347 C15 TMB0380 C23
CIR167 C06,C26 NAU3901 C15 DPL0202 C24
DPL0448 C07 BNL0786 C15 DPL0461 C24
NAU1048 C07 BNL3090 C15,C01 NAU2926 C24
NAU1362 C07 NAU3053 C16 NAU3904 C24
NAU1222 C07 NAU3678 C16 NAU5335 C24
NAU4030 C07/C16 NAU4956 C16 DPL0323 C25
DPL0220 C08 JES102 C16 JES227 C25
BNL1017 C08/LGA02 BNL1551 C16,LG02,C05 TMB0312 C25
BNL3556 C08/LGA02 DPL0405 C17 BNL0827 C25
NAU0569 C08/LGA02 NAU2898 C17 TMB0429 C25
NAU0641 C08/LGA02 NAU1028 C17 DPL0665 C26
BNL2655 C09 BNL0834 C17 CIR391 C26
NAU0414 C09 NAU0889 C17 NAU0663 C26
TMB1701 C09 NAU3589 C18 NAU2302 C26
BNL0840 C26(LG25)
表3  PCR反应体系
 
PCR反应试剂 终浓度 用量
dd H2O - 6.40μL
10×PCRbuffer(含20mM Mg2+) 1.00μL
dNTP(10mM) 0.5mM 0.50μL
Taq DNA聚合酶(5U/μL) 0.05U/μL 0.10μL
F.P(5μM) 0.5μM 1.00μL
R.P(5μM) 0.5μM 1.00μL
模板DNA(30ng/μL) 3.0ng/μL 1.00μL
表4  SSR PCR扩增程序
 
步骤 作用 温度 时间 备注
Step1 预变性 95℃ 3min
Step2 变性 95℃ 50s
Step3 退火 55℃ 45s
Step4 延伸 72℃ 50s
 
Step5 循环 从步骤(2)开始循环29次
Step6 延伸 72℃ 7min
Step7 保存 4℃ 至取出
扩增产物采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶分离PCR扩增产物,硝酸银银染后,根据各SSR分子标记的迁移率及其有无统计所有的二元数据,有带记为1,无带记为0,绘制棉花01指纹图谱。
根据96个棉花品种的01指纹图谱,以0.2为等差从小到大对等位基因片段的简单重复序列丰度进行赋值,方法如图1所示,对所考察SSR位点的丰度数求和即为某一棉花品种的SSR丰度值。本实施例以96个品种第3个SSR位点为例列举计算SSR丰度值,首先,确定96个品种在3个位点的01指纹图谱,见表5。然后,根据PCR扩增片段从小到大的排列,对各等位基因进行等差赋值,从而得到96个品种在3个位点上各等位基因的丰度数,结果见表6和表7。最后,对各个位点的等位基因丰度数求和,则可得到96个棉花品种的SSR丰度值,结果见表8。如果考察的SSR位点数足够多,则可以完全把96个棉花品种的区分开。
表5  96个品种在3个位点的01指纹图谱
 
品种代码 BNL193-1 BNL193-2 BNL193-3 BNL193-4 BNL193-5 BNL193-6 BNL193-7 BNL193-8 BNL193-9 BNL193-10 BNL193-11 BNL193-12 BNL2449-1 BNL2449-2 BNL2449-3 BNL2449-4 BNL2449-5 BNL2449-6 BNL2449-7 BNL2449-8 NAU998-1 NAU998-2 NAU998-3 NAU998-4 NAU998-5 NAU998-6 NAU998-7 NAU998-8
1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
7 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
8 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
 
9 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
10 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
11 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
12 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
13 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
14 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
15 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
16 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
17 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
18 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
19 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
20 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
21 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
22 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
23 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
24 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
25 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
26 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
27 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
28 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
29 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
30 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
31 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
32 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
33 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
34 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
35 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
36 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
37 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
38 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
39 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
40 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
41 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
42 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
43 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
44 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
45 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
46 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
47 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
48 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
49 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
50 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
51 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
52 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
 
53 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
54 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
55 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0
56 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
57 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
58 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1
59 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
60 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
61 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
62 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
63 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
64 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
65 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
66 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
67 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
68 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
69 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
70 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
71 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
72 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
73 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
74 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
75 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
76 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
77 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
78 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
79 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
80 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
81 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
82 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0
83 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
84 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
85 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
86 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
87 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
88 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
89 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
90 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0
91 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
92 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
93 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
94 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
95 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
96 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
表6  96份品种在1个位点上各等位基因的丰度数
 
品种代码 BNL193-1    BNL193-2    BNL193-3    BNL193-4    BNL193-5    BNL193-6    BNL193-7    BNL193-8    BNL193-9    BNL193-10   BNL193-11   BNL193-12   A1j
1 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
2 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
3 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
4 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
5 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
6 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
7 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
8 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
9 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
10 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
11 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
12 1 0 1.4 1.6 0 0 0 0 0 0 3 3.2 10.2
13 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
14 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
15 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
16 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
17 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
18 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
19 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
20 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
21 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
22 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
23 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
24 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
25 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
26 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
27 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
28 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
29 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
30 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
31 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
32 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
33 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
34 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
35 1 0 1.4 1.6 0 0 0 0 0 0 3 3.2 10.2
36 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
37 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
38 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
39 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
40 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
41 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
42 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
43 1 0 1.4 1.6 0 0 0 0 0 0 3 3.2 10.2
 
44 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
45 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
46 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
47 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
48 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
49 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
50 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
51 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
52 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
53 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
54 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
55 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4
56 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
57 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
58 0 0 1.4 0 1.8 0 0 0 0 0 0 0 3.2
59 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
60 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
61 0 1.2 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 9.2
62 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
63 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
64 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
65 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
66 0 1.2 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 9.2
67 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
68 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
69 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
70 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
71 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
72 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
73 0 1.2 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 9.2
74 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
75 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
76 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
77 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
78 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
79 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
80 0 0 1.4 0 0 2 2.2 0 0 0 0 0 5.6
81 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
82 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
83 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
84 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
85 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
8???6 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
87 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
88 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
89 0 0
90 1 0 1.4 1.6 0 0 0 0 0 0 3 3.2 10.2
91 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
 
92 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
93 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
94 1 0 1.4 1.6 0 0 2.2 2.4 2.6 2.8 3 3.2 20.2
95 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
96 0 0 1.4 1.6 0 0 2.2 0 0 2.8 0 0 8
表7  96份品种2个位点上等位基因的丰度数
 
品种代码 BNL2449-1 BNL2449-2 BNL2449-3 BNL2449-4 BNL2449-5 BNL2449-6 BNL2449-7 BNL2449-8 A2j NAU998-1   NAU998-2   NAU998-3   NAU998-4   NAU998-5   NAU998-6   NAU998-7   NAU998-8   A3j
1 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
2 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
3 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
4 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
5 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
6 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
7 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
8 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
9 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
10 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
11 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
12 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
13 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
14 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
15 1 1.2 0 1.6 0 2 0 0 5.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
16 0 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 7.2 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
17 0 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 7.2 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
18 0 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 7.2 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
19 0 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 7.2 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
20 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
21 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
22 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
23 1 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 8.2 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
24 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
25 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
26 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
27 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
28 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
29 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
30 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
31 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
32 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
33 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 0 1.2 0 0 0 0 0 0 1.2
34 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
 
35 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
36 0 1.2 0 1.6 0 2 0 2.4 7.2 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
37 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
38 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
39 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
40 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
41 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
42 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
43 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
44 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
45 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
46 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 0 1.2 0 0 0 0 0 0 1.2
47 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
48 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
49 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
50 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
51 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
52 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
53 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
54 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
55 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 1.8 2 0 0 6.4
56 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
57 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
58 0 0 1.4 0 1.8 0 2.2 0 5.4 1 0 0 1.6 0 2 2.2 2.4 9.2
59 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
60 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
61 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
62 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
63 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
64 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
65 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
66 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
67 0 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
68 0 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
69 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
70 1 1.2 0 1.6 0 2 0 0 5.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
71 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
72 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
73 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
74 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
75 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
76 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
77 1 1.2 0 1.6 0 2 0 0 5.8 0 1.2 0 0 0 0 0 0 1.2
78 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
79 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
80 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 0 1.2 0 0 0 0 0 0 1.2
81 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
82 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 0 1.2 0 0 0 0 0 0 1.2
 
83 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
84 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
85 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
86 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
87 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
88 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
89 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
90 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
91 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
92 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 1.4 0 0 0 0 0 3.6
93 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
94 0 1.2 0 1.6 0 2 0 0 4.8 1 0 1.4 0 0 0 0 0 2.4
95 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
96 0 0 0 1.6 0 2 0 2.4 6 1 1.2 0 0 0 0 0 0 2.2
表8  96个品种在3个位点上的丰度值
Figure A200710177141D00191
Figure A200710177141D00201
Figure A200710177141D00211

Claims (6)

1、一种SSR分子指纹鉴定方法,通过筛选SSR引物对DNA进行扩增,建立指纹图谱,进行SSR丰度统计,其中SSR丰度统计方法为:对SSR位点的等位基因片段的简单重复序列丰度进行赋值,确定其丰度数;对SSR位点的丰度数求和。
2、如权利要求1所述的SSR分子指纹鉴定方法,其特征在于,所述的SSR丰度统计的方法为:以0.2为等差从小到大对等位基因片段的简单重复序列丰度进行赋值,确定其丰度数;对SSR位点的丰度数求和。
3、如权利要求2所述的SSR分子指纹鉴定方法,其特征在于,所述的SSR分度统计的方法为:设定某一品种的第I个SSR位点的第1个等位基因丰度数为1,第2到第J个等位基因的丰度数分别为Aij=1+0.2(J-1),品种的丰度值D=∑Aij,D为品种的所有SSR位点各等位基因的丰度数之和,Aij为第I个SSR位点第J个等位基因的丰度数,I为SSR位点数,J为等位基因数。
4、如权利要求1-3任一所述的SSR分子指纹鉴定方法,其特征在于,所述的建立指纹图谱的方法是:根据SSR分子标记的迁移率及其有无统计所有的二元数据,有带记为1,无带记为0,绘制SSR的01指纹图谱。
5、如权利要求3或4所述的SSR分子指纹鉴定方法,其特征在于,所述的品种为棉花。
6、如权利要求5所述的SSR分子指纹鉴定方法,其特征在于,筛选SSR引物的方法为:选用不同类型的引物,合成棉花SSR引物,筛选130个SSR引物对,分布于A和D染色体组的26对染色体上,平均每对染色体3~5对引物,作为构建棉花指纹图谱的核心引物。
CN2007101771410A 2007-11-09 2007-11-09 一种ssr分子指纹鉴定方法 Expired - Fee Related CN101429541B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2007101771410A CN101429541B (zh) 2007-11-09 2007-11-09 一种ssr分子指纹鉴定方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2007101771410A CN101429541B (zh) 2007-11-09 2007-11-09 一种ssr分子指纹鉴定方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN101429541A true CN101429541A (zh) 2009-05-13
CN101429541B CN101429541B (zh) 2011-12-07

Family

ID=40645178

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN2007101771410A Expired - Fee Related CN101429541B (zh) 2007-11-09 2007-11-09 一种ssr分子指纹鉴定方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN101429541B (zh)

Cited By (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101807249A (zh) * 2010-04-02 2010-08-18 厦门市润德源生物技术应用研究中心 作物的指纹识别方法
CN101824484A (zh) * 2010-06-09 2010-09-08 中国农业科学院棉花研究所 一种用于棉花品种真实性鉴定的dna指纹检测方法
CN101921866A (zh) * 2010-09-03 2010-12-22 山东农业大学 一种利用ssr核心引物鉴定棉花品种的方法
CN102080080A (zh) * 2010-09-28 2011-06-01 中国农业科学院棉花研究所 一种用于陆地棉抗黄萎病性状辅助选择育种的分子标记
CN101654707B (zh) * 2009-09-21 2012-02-29 安徽师范大学 多花黄精微卫星标记
CN101654708B (zh) * 2009-09-21 2012-07-04 安徽师范大学 长梗黄精微卫星标记
CN102719543A (zh) * 2012-06-25 2012-10-10 中国科学院植物研究所 利用核苷酸化学分子式鉴定植物品种的方法
CN102719554A (zh) * 2012-07-17 2012-10-10 天津市农业质量标准与检测技术研究所 一种芹菜est-ssr指纹图谱构建方法及其应用
CN103060430A (zh) * 2012-03-22 2013-04-24 艾先涛 用于棉花种子鉴定的引物和试剂盒
CN103555836A (zh) * 2013-10-25 2014-02-05 中国农业科学院棉花研究所 鉴定待测品种是否为瑞杂816的方法及其专用引物组
CN103614456A (zh) * 2013-09-02 2014-03-05 石河子农业科技开发研究中心 鉴别新疆彩色棉系列1至23号品种的微卫星标记特异性引物及其应用
CN104561284A (zh) * 2014-12-26 2015-04-29 中国农业科学院棉花研究所 棉花零式果枝基因的分子鉴定方法
CN104862387A (zh) * 2015-04-14 2015-08-26 新疆农垦科学院 棉花品种指纹图谱及数字化身份证的建立方法
CN105624289A (zh) * 2016-01-07 2016-06-01 中国农业科学院棉花研究所 引物组及其应用、利用该引物组进行棉花种质资源遗传多样性分析的方法
CN105734124A (zh) * 2016-02-23 2016-07-06 新疆农垦科学院 基于ssr标记和毛细管电泳的棉花种质遗传鉴定方法
CN107312827A (zh) * 2017-03-22 2017-11-03 新疆农业科学院经济作物研究所 一种鉴定常规棉花品种真实性的ssr分子标记方法
CN108300798A (zh) * 2018-04-10 2018-07-20 新疆农业科学院园艺作物研究所 一种核桃微卫星dna标记指纹图谱构建方法及其应用的引物对
CN108486275A (zh) * 2018-04-16 2018-09-04 中国科学院昆明植物研究所 一种ssr指纹图谱鉴别秋海棠品种的方法及其应用
CN108570514A (zh) * 2018-04-24 2018-09-25 中国农业科学院棉花研究所 用于构建中棉所50指纹图谱的ssr引物及其应用
CN108570513A (zh) * 2018-04-24 2018-09-25 中国农业科学院棉花研究所 用于构建陆地棉品种指纹图谱的ssr引物及其应用
CN110527743A (zh) * 2019-09-20 2019-12-03 石河子大学 用于鉴别新疆彩色棉品种的多态性分子标记及应用

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1790375A (zh) * 2005-12-27 2006-06-21 云南省农业科学院质量标准与检测技术研究所 农业植物新品种的快速鉴别技术
CN1858251A (zh) * 2006-03-10 2006-11-08 江苏省家禽科学研究所 家禽品种ssr指纹技术鉴定方法
CN101041852A (zh) * 2006-03-21 2007-09-26 北京杂交小麦工程技术研究中心 一种建立小麦品种的ssr指纹代码的方法

Cited By (32)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101654708B (zh) * 2009-09-21 2012-07-04 安徽师范大学 长梗黄精微卫星标记
CN101654707B (zh) * 2009-09-21 2012-02-29 安徽师范大学 多花黄精微卫星标记
CN101807249A (zh) * 2010-04-02 2010-08-18 厦门市润德源生物技术应用研究中心 作物的指纹识别方法
CN101824484A (zh) * 2010-06-09 2010-09-08 中国农业科学院棉花研究所 一种用于棉花品种真实性鉴定的dna指纹检测方法
CN101921866A (zh) * 2010-09-03 2010-12-22 山东农业大学 一种利用ssr核心引物鉴定棉花品种的方法
CN102080080B (zh) * 2010-09-28 2012-11-07 中国农业科学院棉花研究所 一种用于陆地棉抗黄萎病性状辅助选择育种的分子标记
CN102080080A (zh) * 2010-09-28 2011-06-01 中国农业科学院棉花研究所 一种用于陆地棉抗黄萎病性状辅助选择育种的分子标记
CN103060430A (zh) * 2012-03-22 2013-04-24 艾先涛 用于棉花种子鉴定的引物和试剂盒
CN103060430B (zh) * 2012-03-22 2014-06-18 艾先涛 用于棉花种子鉴定的引物和试剂盒
CN102719543A (zh) * 2012-06-25 2012-10-10 中国科学院植物研究所 利用核苷酸化学分子式鉴定植物品种的方法
CN102719554A (zh) * 2012-07-17 2012-10-10 天津市农业质量标准与检测技术研究所 一种芹菜est-ssr指纹图谱构建方法及其应用
CN103614456A (zh) * 2013-09-02 2014-03-05 石河子农业科技开发研究中心 鉴别新疆彩色棉系列1至23号品种的微卫星标记特异性引物及其应用
CN103614456B (zh) * 2013-09-02 2016-01-20 石河子农业科技开发研究中心 鉴别新疆彩色棉系列1至23号品种的微卫星标记特异性引物及其应用
CN103555836A (zh) * 2013-10-25 2014-02-05 中国农业科学院棉花研究所 鉴定待测品种是否为瑞杂816的方法及其专用引物组
CN104561284B (zh) * 2014-12-26 2016-06-01 中国农业科学院棉花研究所 棉花零式果枝基因的分子鉴定方法
CN104561284A (zh) * 2014-12-26 2015-04-29 中国农业科学院棉花研究所 棉花零式果枝基因的分子鉴定方法
CN104862387A (zh) * 2015-04-14 2015-08-26 新疆农垦科学院 棉花品种指纹图谱及数字化身份证的建立方法
CN105624289A (zh) * 2016-01-07 2016-06-01 中国农业科学院棉花研究所 引物组及其应用、利用该引物组进行棉花种质资源遗传多样性分析的方法
CN105624289B (zh) * 2016-01-07 2019-05-21 中国农业科学院棉花研究所 引物组及其应用、利用该引物组进行棉花种质资源遗传多样性分析的方法
CN105734124B (zh) * 2016-02-23 2019-03-22 新疆农垦科学院 基于ssr标记和毛细管电泳的棉花种质遗传鉴定方法
CN105734124A (zh) * 2016-02-23 2016-07-06 新疆农垦科学院 基于ssr标记和毛细管电泳的棉花种质遗传鉴定方法
CN107312827B (zh) * 2017-03-22 2021-06-25 新疆农业科学院经济作物研究所 一种鉴定常规棉花品种真实性的ssr分子标记方法
CN107312827A (zh) * 2017-03-22 2017-11-03 新疆农业科学院经济作物研究所 一种鉴定常规棉花品种真实性的ssr分子标记方法
CN108300798A (zh) * 2018-04-10 2018-07-20 新疆农业科学院园艺作物研究所 一种核桃微卫星dna标记指纹图谱构建方法及其应用的引物对
CN108486275A (zh) * 2018-04-16 2018-09-04 中国科学院昆明植物研究所 一种ssr指纹图谱鉴别秋海棠品种的方法及其应用
CN108486275B (zh) * 2018-04-16 2021-08-31 中国科学院昆明植物研究所 一种ssr指纹图谱鉴别秋海棠品种的方法及其应用
CN108570514A (zh) * 2018-04-24 2018-09-25 中国农业科学院棉花研究所 用于构建中棉所50指纹图谱的ssr引物及其应用
CN108570513A (zh) * 2018-04-24 2018-09-25 中国农业科学院棉花研究所 用于构建陆地棉品种指纹图谱的ssr引物及其应用
CN108570513B (zh) * 2018-04-24 2021-10-29 中国农业科学院棉花研究所 用于构建陆地棉品种指纹图谱的ssr引物及其应用
CN108570514B (zh) * 2018-04-24 2021-10-29 中国农业科学院棉花研究所 用于构建中棉所50指纹图谱的ssr引物及其应用
CN110527743A (zh) * 2019-09-20 2019-12-03 石河子大学 用于鉴别新疆彩色棉品种的多态性分子标记及应用
CN110527743B (zh) * 2019-09-20 2022-05-03 石河子大学 用于鉴别新疆彩色棉品种的多态性分子标记及应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN101429541B (zh) 2011-12-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101429541B (zh) 一种ssr分子指纹鉴定方法
Gebremichael et al. Genetic variability among landraces of sesame in Ethiopia
Wambulwa et al. Nuclear microsatellites reveal the genetic architecture and breeding history of tea germplasm of East Africa
CN101921866A (zh) 一种利用ssr核心引物鉴定棉花品种的方法
CN103194539B (zh) 一种利用ssr分子标记鉴定苎麻品种的方法
CN110331226B (zh) 一种鉴定甜瓜品种真实性的方法及其专用ssr引物组合
CN101560556B (zh) 棉花杂交种的纯度检测方法
CN101824484A (zh) 一种用于棉花品种真实性鉴定的dna指纹检测方法
JP7398121B2 (ja) カンキツの品種の識別方法および識別キット
Tomaszewska et al. Complex polyploid and hybrid species in an apomictic and sexual tropical forage grass group: genomic composition and evolution in Urochloa (Brachiaria) species
Huang et al. Constructing DNA fingerprinting of Hemarthria cultivars using EST-SSR and SCoT markers
Kuwi et al. Genetic diversity and population structure of Urochloa grass accessions from Tanzania using simple sequence repeat (SSR) markers
CN102994643B (zh) 用于检测鸡fmo3基因a1034t突变的引物和探针
Wu et al. Characterization of each St and Y genome chromosome of Roegneria grandis based on newly developed FISH markers
CN106636436A (zh) 一种香菇l9015菌种的ssr标记指纹图谱及其构建方法与应用
CN101240340B (zh) 青岛结缕草与沟叶结缕草杂交后代真实性的分子鉴定方法
Jie et al. Genetic diversity and population structure analysis of sand pear (Pyrus pyrifolia)‘Nakai’varieties using SSR and AFLP markers
CN108531642A (zh) 一组用于鉴别玉米品种的ssr分子标记及其应用
CN104611442B (zh) 用于鉴别宁夏水稻品种的引物组合物及其应用
Houmanat et al. Appropriate statistical methods for analysis of safflower genetic diversity using agglomerative hierarchical cluster analysis through combination of phenotypic traits and molecular markers
CN103937873A (zh) 棉花品种‘中棉所49号’的dna指纹检测方法
Singh et al. Genetic purity assessment in linseed (Linum usitatissimum L.) varieties using microsatellite markers
CN113197089A (zh) 一种便于早代选择软质弱筋小麦的育种方法
CN106591302A (zh) 基于象草转录组序列开发的ssr核心引物组及其应用
CN102296124B (zh) 一种利用rapd快速区分枣品种的方法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
EE01 Entry into force of recordation of patent licensing contract

Assignee: Anhui Royee Seed Co., Ltd.

Assignor: Institute of Cotton Chinese Academy of Agricultural Science

Contract record no.: 2012340000018

Denomination of invention: SSR numerator fingerprint identification method

Granted publication date: 20111207

License type: Exclusive License

Open date: 20090513

Record date: 20120315

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20111207

Termination date: 20191109

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee