CN101027408B - 血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒 - Google Patents

血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并用如此扩增并标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型。多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物和至少一种以可检测方式标记的通用引物,优选地为一对以可检测方式标记的通用引物。通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列。每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,各引物包括3′端的血细胞抗原特异性部分和5′端的通用部分。嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列。嵌合引物对的血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。本发明还提供了用于通过此方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,一组血细胞抗原特异性嵌合引物对和一组血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针。

Description

血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒
技术领域
本发明涉及血细胞抗原基因分型领域,更具体地涉及对红细胞(血型抗原)、血小板(血小板抗原)和白细胞(白细胞抗原)上的抗原进行基因分型。
本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒,并提供了用于血细胞抗原基因分型的引物组和探针组。
背景技术
在将来自供者的血液或者血液成分,例如红细胞、血小板和白细胞施用于另一人(或者更宽泛而言,施用于另一个哺乳动物个体)时,如果供者血液或者血液成分与受者血液不完全匹配,就有可能出现严重的不良反应。熟知的有输血反应(血液凝集),其发生于例如将来自A型血供者的血液给予B型血的人的时候(血型抗原A和B属于ABO系统)。如果将猕猴血型D(RhD)阳性供者的血液给予RhD阴性患者,则很可能形成同种抗体。RhD抗体将导致RhD阳性红细胞迅速破坏并引起输血反应。此外,如果具有红细胞或血小板抗体的妇女怀孕,这些抗体可穿过胎盘并可破坏未出生的孩子的红细胞或血小板。这可引起严重的溶血,导致贫血、黄疸(出生后),且如果治疗不当可能是致命的或者引起脑损伤。因此,为了避免输血反应,当前采用的输血原则是仅输注ABO和RhD相匹配的红细胞。为了避免育龄妇女产生同种抗体以及在妊娠期间出现可能的并发症,因此仅给她们输注ABO、RhD和K1相匹配的红细胞。将来也可能给育龄妇女输注Rhc和RhE相匹配的红细胞。
不过,也存在各种其他血型抗原(红细胞抗原),且如果将不匹配的供者血液输给具有同种抗体的受者,这些抗原也会引起严重的问题。血小板特异性抗原分型对患者的诊断和治疗十分重要,因为可出现不同的同种免疫性血小板减少综合征。如果妇女产生了抗血小板抗原的抗体(绝大多数情况下是1型人血小板抗原(HPA)抗体)且大多数在妊娠期间产生,这些抗体可在未出生的孩子引起致命的血小板破坏,出血倾向增加。在一些病例,这可导致颅内出血。为预防出血,需要输注HPA-1a阴性血小板。
输注血小板通常不预先进行供者和受者的血小板抗原[人类人血小板抗原(HPA)]配型。输注不相配的血液或者血液成分可导致产生同种抗体,对于那些需要频繁或者反复输注红细胞或血小板(或白细胞)的患者来说尤其如此。如果形成了多种同种抗体,或者如果同种抗体针对的是高频率抗原,那么寻找相适合的红细胞或血小板就成了一个问题。根据已经发表的研究(Seltsam et al.,2003),在具有针对高频率抗原的抗体的住院患者中,大约有1/3的患者的输血支持治疗是不令人满意的。
测试血型抗原和抗体的经典方法通过血细胞凝集试验进行表型分型。这一血清学测试技术简单便宜,不过其费用和难度在需要进行多重分析以进行完全配型时将会增加,并且其需要有大量的特异性抗血清。仅在荷兰,血液供者的总数便有500,000人之众,且估计每年增加大约60,000名供者。对于红细胞,存在至少29种血型抗原系统(各具有许多不同的等位基因)。此外,其还涉及对高频率抗原和低频率抗原进行分型。与临床相关的血细胞抗原系统大约有60种。因此,对所有的血液供者进行完全的表型分型是一种昂贵、繁重、耗时的工作,并且由于缺乏足够的分型试剂,这也是不可行的。
绝大多数血细胞抗原系统的分子基础是已知的。绝大多数血型抗原、血小板抗原和中性粒细胞抗原是双等位基因,并且是单核苷酸多态性(SNP)的结果。这些SNP可用于进行基因分型。科技文献中公开了数不清的用于对血型和血小板抗原进行基因分型的基于DNA的测试方法,其中包括PCR-RFLP、等位基因特异性PCR、作为单一或者多重分析的序列特异性PCR、实时定量PCR、单核苷酸染料终止子延伸方法以及高通量珠技术(综述见Reid,2003)。采用质谱分光光度计或者热测序仪(pyrosequencer)的半定量方法也可用于基因分型。
例如,Randen et al.(2003)最近公开了采用LightCycler技术进行解链曲线分析对人血小板抗原1、2、3、4、5和Gov(最近被称为HPA-15,Metcalfe et al.,2003)进行基因分型的方法。疾病最经常涉及双等位基因系统HPA-1至5和Gov(Berry et al.,2000),这使得它们成为基因分型的重要靶位。LightCycler技术涉及使用对每一种上述血小板抗原具有特异性的引物对,通过PCR扩增供者DNA的有关片段。使用荧光杂交探针和解链曲线分析能够实现在同一毛细管同时检测血小板抗原的两个等位基因,其不需要进行以往基因分型方法所使用的繁重而费时的凝胶电泳。
不过,与所有其他的已知的血细胞抗原基因分型方法一样,LightCycler技术不能进行对血液供者进行完全基因分型这一任务量巨大的工作,这一工作需要的是适合进行高通量筛选的方法。对60,000名供者的两次不同的献血进行60种血型和血小板抗原的分型需要进行每年7百万次以上的分型测试,或者每周大约140,000次的分型测试。因此,为完成这一任务,十分需要一种快速可靠的高通量方法。
多重聚合酶链反应
自二十世纪八十年代出现以来,聚合酶链反应(PCR)技术已经有了很大的进展。Chamberlain et al.(1988)披露了以多重PCR作为通用技术来扩增(基因组)DNA中的多基因座。其中,在一个反应混合物中加入的不是用于扩增一个基因座的一对引物,而是多个引物对。不过,扩增反应的复杂性限制了此类多重PCR的进展。反应成分和循环条件必须根据每一额外的引物对而加以调整。为克服这一问题,Shuber et al.(1995)引入了“嵌合”序列特异性引物。这些引物与模板DNA互补并在5端含有一无关的20个核苷酸的标签(通用序列)。尽管这些引物被设计为使得它们的预期解链温度与其他引物类似并具有低于-10kcal/mole的形成引物双链的AG计算值,但仍需调整这些引物的浓度以获得相似产率的PCR产物。为克服这一问题,同时也为了进一步降低引物二聚体的形成,Belgrade et al.(1996)仅使用了有限量的嵌合引物(2pmol)并在15个PCR循环后加入过量的通用引物。然后在较低的退火温度下再进行25个循环的热循环。Brownie et al.(1997)加入了最初即已经存在于PCR反应混合物中的通用引物。4个PCR循环后,将退火温度自60℃升高至74℃,并再进行35个PCR循环。此外,Heath et al.(2000)披露了巢式PCR,他们再第二个PCR中加入两种(互补的)通用引物,其中之一在5′端携带荧光标签。
迄今为止,多重PCR仅使用相对较少几组引物对进行等位基因特异性扩增。现有技术中既没有公开在对大量血细胞抗原进行基因分型的方法中使用多重PCR的可行性,也没有公开适合此类血细胞抗原基因分型的PCR条件和引物混合物的特点,也没有公开用于分析扩增产物以进行与临床有关的血细胞抗原基因型分型的实用、快速和可靠的方法。
DNA微阵列
基因分型的通用领域已经有了一些采用微阵列技术的方法,其中之一是所谓的微测序方法(mini-sequencing method),其包括微阵列上的或者是溶液中的等位基因特异性延伸物(Pastinen et al.,1997;Fan et al.,2000)。这种方法的一个困难之处在于出现非特异性引物延伸,因此需要进一步优化引物或者延伸方法本身(Pastinen et al.,2000;Lindroos et al.,2002)。此外,这种方法需要步骤繁多的酶性处理和纯化。
另一种方法称为微阵列上的等位基因特异性寡核苷酸杂交(ASO)。这种方法依赖于用于基因型测定的靶与短寡核苷酸探针的热稳定性(Hacia et al.,1996;Wang et al.,1998)。最初的发光寡核苷酸阵列出现于1991(Fodor et al.)。该方法已经用于确定新的SNP或者用于重复测序(resequencing)。其也用于基因分型(Evans et al.,2002),这通过将衍生自患者样品的PCR扩增产物点样至阵列上并使阵列与等位基因特异性寡聚物接触,以分辨患者的等位基因。已经公开了很多变化形式,它们采用不同的工具,例如酶、纳米颗粒探针、人工核苷酸、热梯度、流通阵列(flow-through arrays)、阻断寡核苷酸,以提高敏感性或者特异性(Lu et al.,2002;Park et al.,2002;Prix et al.,2002;Kajiyama et al.,2003;Jobs et al.,2003;Van Beuningen et al.,2001;Iwasaki et al.,2002)。Wen et al.,2000对以寡核苷酸阵列分析TP53突变的敏感性和特异性与常规的DNA序列分析进行了比较。所使用的寡核苷酸阵列对每一SNP含有多个探针。为了将寡聚物固定于基质支持物,通常是玻片,探针可具有间隔物和胺基(Guoet al.,2001;Wen et al.,2003)。已经公开了多种微阵列格式,例如具有96-微阵列格局的玻片,每个阵列含有250个点,以提高通量(Huang et al.,2001)。已经公开了流通系统(Flow-through systems)以降低杂交时间并由此提高通量(Cheek et al.,2001;Van Beuningen et al.,2001)。
迄今为止,DNA微阵列方法尚未用于血细胞抗原基因分型,且现有技术中既没有公开在对大量血细胞抗原进行基因分型的方法中使用DNA微阵列的可行性,也没有公开适合此类血细胞抗原基因分型的寡核苷酸探针和微阵列格式的特点,也没有公开用于分析杂交结果以进行与临床有关的血细胞抗原基因型分型的实用、快速和可靠的方法。
发明内容
本发明的目的之一是提供可对大量血细胞抗原进行基因分型的实用、快速和可靠的方法和手段。
本发明的另一个目的是开发一种高通量技术,以使得能够就整个现有的供者群体和/或增加的供者群体,在20种且最终在大约60种血细胞抗原系统的数量级上对大量血细胞抗原进行基因分型,由此有助于选择正确的供者血液并提高输血的安全性。
本发明的另一个目的是实现基本上完全和可靠的基因分型,其至少覆盖大多数与临床有关的血细胞抗原系统,实现这一目的可仅使用简单的装置,将单一DNA样品在单一的反应管中进行一轮PCR反应,以同时扩增相关的DNA片段并以可检测的方式对其进行标记,并在短时间内完成,例如少于30小时,或者少于24小时,优选地少于6小时,且更优选地少于2小时,或者更加优选地少于1小时。
为达到上述目的,在一个方面,本发明通过提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增并标记的DNA片段来确定每一所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。
在本发明的方法中,优选地使用一对以可检测方式标记的通用引物,所述通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且优选地对于每一嵌合引物对,所述嵌合引物对的一个成员的通用部分的碱基序列对应于通用引物对的一个成员的碱基序列,且所述嵌合引物对的另一成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的另一成员的碱基序列。
此外,在本发明中,特别优选地通过将多重PCR扩增的产物经变性后与存在于DNA阵列中或以任何其他形式存在例如载于珠上的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针进行杂交,并分析杂交模式,以确定每一所述血细胞抗原的基因型。
在另一方面,本发明提供了用于通过在此所述的方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,其包括针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及一对以可检测方式标记的通用引物,均如在此所定义者。
本发明还提供了一组用于多重PCR的血细胞抗原特异性嵌合引物对,以及一组用于血细胞抗原基因分型的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针。
附图说明
图1显示了在存在或不存在通用MAPH引物时的19种血型抗原的多重PCR结果。在最初的扩增循环过程中仅扩增到极少量的PCR产物(泳道2),但足以在随后的循环中用作通用MAPH引物的模板。MAPH引物进行有效的扩增(泳道3),因此几乎不需要调整引物浓度,且获得了相似产率的PCR产物。
图2显示了来自如本发明所述的19种血型抗原的多重PCR的、通过ABI毛细管测序仪获得的图式。
图3显示了6个供者样品的杂交扫描结果,其各自包括人血小板抗原1至5和Gov的6种PCR产物。一个样品的PCR产物与两个阵列杂交,也就是4个区(blocks)。原始的扫描图具有红色的点和黑色的背景。为了更好的观察,将其转变为反转灰阶图。
发明详述
本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点。
更具体地,本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物和一对以可检测方式标记的通用引物,其中所述通用引物对包括正向通用引物和反向通用引物,所述通用引物各自具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中这些嵌合引物之一的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物之一的碱基序列,且另一嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于另一通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。
本发明包括一系列特定的步骤,这些步骤组合起来能够实现上述的目的。该系列步骤包括自用于进行本发明的基因分型分析的样品中分离DNA,随后进行本发明的关键方面之一,即对携带造成血细胞抗原差别的单核苷酸多态性(SNP)的基因片段进行多重PCR。该多重PCR使用不同引物的混合物,这些引物包括两对或两对以上嵌合引物,此外还包括一种标记的通用引物或一对标记的通用引物。然后将如此扩增并标记的DNA片段变性(例如通过加热),并在能够使得相匹配的序列发生杂交的条件下与一组探针相接触,优选地是存在于微阵列中的探针,所述微阵列包括众多等位基因特异性探针。下一步,测定微阵列中每一个点上的标记片段的存在情况,最后对测定的信号进行解析以对样品进行分型。探针也可以其他形式存在,例如可以是固定于珠(玻璃珠、聚乙烯珠等)上的探针,或者是附着于适当容器的壁上的探针等。不过阵列格式是最为优选的实施方式。
物种
本发明不仅可以进行人类血细胞抗原基因分型,也可以对所有具有血细胞抗原系统的动物进行血细胞抗原基因分型。就实用性目的而言,基因分型涉及哺乳动物的血细胞抗原,包括例如牲畜和宠物、野生动物以及大体上所有具有经济价值、情感价值或者野生动物保护价值的动物。不过,最优选地,本发明涉及对人类进行血细胞抗原基因分型。
血细胞抗原
可通过本发明的方法进行基因分型的血细胞抗原包括典型的血型抗原,例如Kidd、Duffy、Kell和猕猴血型。ABO血型抗原系统也可采用本发明进行基因分型,不过由于其具有极其的重要性,可能必须进行已有的且已经公认的血清学测试。可使用本发明进行基因分型的其他血型抗原包括导致以下血型系统发生基因沉默的抗原变体和/或基因变体:MNS、猕猴血型(Rh)、Kell、Kidd、Duffy、Colton、Diego、Dombrock、Lutheran、Lewis、Cartwright、Landsteiner Wiener(LW)、Cromer、Knops、Kx、Indian、Gerbich、Hh、Chido/Rodgers、GIL、I、JMH、OK、P-related、RAPH-MER2、Scianna、Xg、YT等。
除了血型抗原,本发明的方法也可用于血小板和白细胞(特别是中性粒细胞)抗原进行基因分型。与临床关联最为密切的血小板抗原(至少是在西方世界)包括HPA-1、HPA-2、HPA-3、HPA-4、HPA-5和Gov(或HPA-15)。可使用本发明进行基因分型的其他血小板抗原包括例如人血小板抗原6至14和16,虽然认为这些抗原不是很重要。可使用本发明的方法进行基因分型的典型的人中性粒细胞(Human Neutrophil Antigens)的实例包括HNA-1、4和5,其他抗原,例如HNA-2和3,一旦其分子基础得以阐明即可进行基因分型。
可以设想,即便仅仅对很小量的血细胞抗原进行基因分型,依然可以采用本发明。出于某些目的,可能仅对红细胞抗原、或仅对血小板抗原、或仅对与某一特别情况有关的一组选定的抗原进行基因分型即可。采用本发明进行基因分型的血细胞抗原的最小数量是两种血细胞抗原,例如血细胞抗原RhD和RHD基因变体RhDψ,或者血细胞抗原JK1/2(Jka/Jkb)和血细胞抗原FY1/2(Fya/Fyb)。对更大量的血细胞抗原进行基因分型显然是优选的,例如3、4、5种,且特别是6种或者更多。不过,在大多数情况下,优选地进行至少覆盖绝大多数与临床相关的血细胞抗原的差不多完全的基因分型。最为优选地,本发明包括特异于HPA-1至5和HPA-15的至少6种不同的嵌合引物对,以及特异于红细胞抗原的至少10或11或12种嵌合引物对,例如特异于各种Kidd、Duffy、Kell和猕猴血型抗原。
DNA
进行多重PCR的DNA通常是待进行血细胞抗原基因分型的个体的基因组DNA。
供者DNA可来自任何合适的来源,例如来自EDTA、肝素或柠檬酸盐处理的血液样品或白细胞层(buffy coats),这可采用本领域人员已知的分离方法和手段,例如商品化的Qiagen Blood DNA提取试剂盒,采用盐析方法,例如使用Miller et al.(1988)的标准方案,或者采用RocheMagnapure。
通用引物
本发明的方法使用携带可检测标记物的至少一种通用引物,优选地是携带可检测标记物的一对通用引物。通用引物的序列对应于嵌合引物5’端的通用部分的序列。可以仅使用一种通用引物。在这种情况下,所有嵌合引物在其5’端均具有相同的碱基序列,即嵌合引物5’端的通用部分对应于该单一通用引物的序列。不过,在实践中发现使用两种不同的通用引物(即一对通用引物)是优选的。在这种情况下,每对嵌合引物含有一具有对应于所述通用引物之一的通用部分的引物,以及一具有对应于另一通用引物的通用部分的引物。
重要的是,通用引物不与待基因分型的DNA发生杂交。假定待基因分型的DNA是人基因组DNA,通用引物(以及嵌合引物的相应部分)不应该杂交于人基因组DNA,且因此应该具有不存在于所述DNA中的独特序列。优选地,通用引物的序列明显不同于存在于人基因组中的任何序列。此外,特别优选的是,通用引物被设计为使得其Tm值与嵌合引物中特异于血细胞抗原的部分的Tm值相似。优选地,通用引物的Tm值在50至70℃之间,更优选地在56至68℃之间。此外,通用引物的长度优选地为12至30个碱基,更优选地为15至25个,或者更加优选地为16至20个碱基。
使用White et al.,2002公开的通用引物获得了非常好结果,其中序列ggccgcgggaattcgatt(SEQ ID NO:1,正向MAPH)的Tm为67.55℃,而gccgcgaattcactagtg(SEQ ID NO:2,反向MAPH)的Tm为57.94℃。
可检测标记物
通用引物携带可检测标记物。标记物可以是任何适合于具体目的的标记物,例如放射性原子或基团、酶例如催化其底物发生可测定的转化的酶、染料、荧光物质、化学发光物质、生物素等。最为优选地,标记物是荧光团,本领域人员已知多种这样的荧光团。其中的实例是Cy3、Cy5、荧光素(FITC)、藻红蛋白(PE)、罗丹明、Hex、Tet、Fam等。
最优选地,本发明使用荧光团Cy5,这是一种Sulfoindocyanine染料(Mujumdar et al.,1993)。
通常,特别是如果标记物是连接于寡核苷酸的一种基团,其应该连接于通用引物的寡核苷酸序列的5’端。
由于通用引物是标记的,因此尽管嵌合引物没有标记,本发明仍然在扩增的同时实现了非常高效的标记,同时可以使用未经事先标记的各种嵌合引物。
嵌合引物
本发明所用的嵌合引物在其5’端具有通用部分且在其3’端具有血细胞抗原特异性部分。通用部分的寡核苷酸序列对应于通用引物的序列,在此对其不需要进一步阐述。
至于嵌合引物的血细胞抗原特异性部分,最优选的是这些部分具有相似的Tm值,无论是与混合物中的其他嵌合引物的血细胞抗原特异性部分相比,还是与所用的通用引物相比,均是如此。因此,优选的是嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的Tm值在50至70℃之间,更优选地在55至65℃之间,且最优选地在56至62℃之间。此外,嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的长度优选地为12至35个碱基,更优选地为15至30个,或者更加优选地为16至25个碱基。
此外,所选定的嵌合引物的血细胞抗原特异性部分优选地使得PCR扩增产生的寡核苷酸产物的长度为50至800、优选地80至500、最优选地100至400或300个核苷酸。产物的长度为100至200个核苷酸应该是理想的。
用于设计合适的嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的各种软件产品是已知的。基于公众能够获得的编码血细胞抗原的基因的DNA序列,可使用软件Primer3(http://www.broad.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3www.cgi)来设计引物。可使用CELERA数据库来核实任何非特异性的基因组DNA结合,并可使用Oligo6软件(Medprobe)来核实任何引物二聚体的形成。优选地选择AG计算值低于-10kcal/mole的引物。
优选的嵌合引物列表包括以下引物:
HPA1-left     gccgcgaattcactagtgcttcaggtcacagcgaggt       SEQ ID NO:3
HPA1-right    ggccgcgggaattcgattgctccaatgtacggggtaaa      SEQ ID NO:4
HPA2-left     gccgcgaattcactagtgtgaaaggcaatgagctgaag      SEQ ID NO:5
HPA2-right    ggccgcgggaattcgattagccagactgagcttctcca      SEQ ID NO:6
HPA3-left     gccgcgaattcactagtggcctgaccactcctttgc        SEQ ID NO:7
HPA3-right    ggccgcgggaattcgattggaagatctgtctgcgatcc      SEQ ID NO:8
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HPA4-right    ggccgcgggaattcgattccatgaaggatgatctgtgg      SEQ ID NO:10
HPA5-left     gccgcgaattcactagtgtccaaatgcaagttaaattaccag  SEQ ID NO:11
HPA5-right    ggccgcgggaattcgattacagacgtgctcttggtaggt     SEQ ID NO:12
HPA15-left    gccgcgaattcactagtgtgtatcagttcttggttttgtgatg SEQ ID NO:13
HPA15-right   ggccgcgggaattcgattaaaaccagtagccacccaag      SEQ ID NO:14
JI1/2-left    gccgcgaattcactagtggtctttcagccccatttgag      SEQ ID NO:15
JK1/2-right   ggccgcgggaattcgattgttgaaaccccagagtccaa      SEQ ID NO:16
FY1/2-left          gccgcgaattcactagtggaattcttcctatggtgtgaatga     SEQ ID NO:17
FY1/2-right         ggccgcgggaattcgattaagaagggcagtgcagagtc         SEQ ID NO:18
GATAbox-left        gccgcgaattcactagtgggccctcattagtccttgg          SEQ ID NO:19
GATAbox-right       ggccgcgggaattcgattgaaatgaggggcatagggata        SEQ ID NO:20
Fyx-left            gccgcgaattcactagtgtcatgcttttcagacctctcttc      SEQ ID NO:175
Fyx-right           ggccgcgggaattcgattcaagacgggcaccacaat           SEQ ID NO:176
KEL1/2-left         gccgcgaattcactagtgaagggaaatggccatactga         SEQ ID NO:21
KEL1/2-right        ggccgcgggaattcgattagctgtgtaagagccgatcc         SEQ ID NO:22
KEL3/4-left         gccgcgaattcactagtggcctcagaaactggaacagc         SEQ ID NO:23
KEL3/4-right        ggccgcgggaattcgattagcaaggtgcaagaacactct        SEQ ID NO:24
KEL6/7-left         gccgcgaattcactagtggcagcaccaaccctatgttc         SEQ ID NO:177
KEL6/7-right        ggccgcgggaattcgatttcaggcacaggtgagcttc          SEQ ID NO:178
RHCEex2for          gccgcgaattcactagtgcgtctgcttccccctcc            SEQ ID NO:25
RHex2rev            ggccgcgggaattcgattctgaacagtgtgatgaccacc        SEQ ID NO:26
RHDex3-left         gccgcgaattcactagtgtcctggctctccctctct           SEQ ID NO:179
RHCEex3-right       ggccgcgggaattcgatttttttcaaaaccccggaag          SEQ ID NO:180
RHCEex5-left        gccgcgaattcactagtgggatgttctggccaagtg           SEQ ID NO:27
RHex5rev            ggccgcgggaattcgattggctgtcaccacactgactg         SEQ ID NO:28
RHDψ-left          ggccgcgggaattcgattgtagtgagctggcccatca          SEQ ID NO:29
RHDψ-right         gccgcgaattcactagtgtgtctagtttcttaccggcaagt      SEQ ID NO:30
RHD-left B          gccgcgaattcactagtgttataataacacttgtccacaggg     SEQ ID NO:31
RHD-right C         ggccgcgggaattcgattcggctccgacggtatc             SEQ ID NO:32
BigC-left           gccgcgaattcactagtgggccaccaccatttgaa            SEQ ID NO:33
BigC-right intron2  ggccgcgggaattcgattccatgaacatgccacttcac         SEQ ID NO:34
RhDVI-left(fw)      ggccgcgggaattcgattctttgaattaagcacttcacaga      SEQ ID NO:181
RhDVI-right(rev)    gccgcgaattcactagtggccagaatcacactcctgct         SEQ ID NO:182
MN-left             gccgcgaattcactagtgtgagggaatttgtcttttgca        SEQ ID NO:35
MN-right        ggccgcgggaattcgattcagaggcaagaattcctcca.       SEQ ID NO:36
Ss-left         gccgcgaattcactagtgtttttctttgcacatgtcttt       SEQ ID NO:183
Ss-right        ggccgcgggaattcgatttctttgtctttacaatttcgtgtg    SEQ ID NO:184
U-left          gccgcgaattcactagtgcgctgatgttatctgtcttatttttc  SEQ ID NO:37
U-right         ggccgcgggaattcgattgatcgttccaataataccagcc      SEQ ID NO:38
DO-left         ggccgcgggaattcgatttgatccctccctatgagctg        SEQ ID NO:185
DO-right        gccgcgaattcactagtgttatatgtgctcaggttcccagt     SEQ ID NO:186
JO-left         gccgcgaattcactagtgcctggcttaaccaaggaaaa        SEQ ID NO:39
JO-right        ggccgcgggaattcgatttcatactgctgtggagtcctg       SEQ ID NO:40
Colton-left     gccgcgaattcactagtggccacgaccctctttgtct         SEQ ID NO:187
Colton-right    ggccgcgggaattcgatttacatgagggcacggaagat        SEQ ID NO:188
Diego-left      gccgcgaattcactagtgacttattcacgggcatccag        SEQ ID NO:189
Diego-right     ggccgcgggaattcgattaagctccacgttcctgaaga        SEQ ID NO:190
Wr-left         gccgcgaattcactagtgggcttcaaggtgtccaactc        SEQ ID NO:636
Wr-right        ggccgcgggaattcgattaggatgaagaccagcagagc        SEQ ID NO:637
Yt-left         ggccgcgggaattcgattccttcgtgcctgtggtagat        SEQ ID NO:638
Yt-right        gccgcgaattcactagtgttctgggacttctgggaatg        SEQ ID NO:639
Lu-left         gccgcgaattcactagtgggacccagagagagagagactg      SEQ ID NO:640
Lu-right        ggccgcgggaattcgattgggagtccagctggtatgg         SEQ ID NO:641。
最优选的是具有SEQ ID NO:3至40的嵌合引物。
上述软件产品能够使得本领域人员设计用于其他血细胞抗原的其他引物。本发明包括使用一组具有相同的血细胞抗原特异性部分但具有不同的通用部分的相似的嵌合引物。
引物的比例
为了实现本发明的目的,且特别是尽可能避免出现引物二聚体,重要的是仅使用最小比例的嵌合引物,而扩增主要是归因于通用引物的延伸。在实践中,所使用的通用引物的摩尔量优选地是每一嵌合引物的摩尔量的至少10倍、更优选地是至少40倍。每一扩增反应优选地使用5 nM的每一嵌合引物,且每一嵌合引物对0.2μM的各种通用引物。对于每微升反应体积,每一嵌合引物的量优选地为5femtomol(5*10-15mol),而对于每一嵌合引物对使用大约0.2pmol(0.2*10-12mol)的各种通用引物。
多重PCR条件
本发明的方法采用的多重PCR使用通用引物和嵌合引物的混合物,这些引物在反应开始时就存在。本发明所用的PCR并不区分其中仅有嵌合引物被延伸的单独的第一部分和其中仅有通用引物被延伸的第二部分。本发明在后面的PCR循环中使用的退火温度或引物延伸温度与最初的几个PCR循环中使用的退火温度或引物延伸温度相同。本发明人发现,改变反应条件以便将嵌合引物延伸转变为通用引物延伸的作法是不必要的。
多重PCR优选地使用耐热DNA聚合酶,例如Taq DNA聚合酶。也可使用其他的耐热DNA聚合酶,甚至可使用不耐热DNA聚合酶,不过这可能需要反复添加新鲜的DNA聚合酶。合适的DNA聚合酶可通过商业途径获得,例如作为多重PCR试剂盒的一个成分,如Qiagen多重试剂。此类试剂盒也含有其他必要的成分,例如所需的各种dNTP以及合适的缓冲系统。
进行PCR热循环的装置也是商品化的,例如MWG AG BiotechPrimusHT热循环仪。
本发明的扩增通常以热处理激活DNA聚合酶开始,例如95℃,15分钟。随后开始热循环,每个循环包括热变性步骤、退火步骤(以便通过杂交将引物结合于模板)和引物延伸或者延长步骤。在本发明中,热变性步骤的加热温度优选地为90至98℃,更优选地为大约94或95℃,且持续时间为15至60秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约30秒。此外,在本发明中,退火步骤的加热温度优选地为54至60℃,更优选地为大约57℃,且持续时间为60至120秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约90秒。此外,在本发明中,引物延伸步骤的加热温度优选地为68至76℃,更优选地为大约72℃,且持续时间为60至120秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约90秒。最终在引物延伸步骤的温度处理更长的时间,例如10分钟,可结束热循环。
根据可利用的时间和对精度的要求,可任意选择循环总数。总共30个循环应该就足够了,不过优选40或45或50个循环或者更多。
基因分型
多重PCR产生的是标记的扩增产物的混合物,其中理想地的情况是各产物基本上包括不同血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点。在绝大多数现在已知的血细胞抗原的多态性中,核苷酸多态性是单核苷酸多态性(SNP),但本发明也包括多态性位点覆盖一个以上核苷酸的情况。
已有多种用于分析标记的扩增产物混合物中存在的SNP的策略,包括产物测序,但大多数不适合进行快速、可靠的高通量基因分型。因此本发明优选地使用将多重PCR产物与含有血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针的DNA阵列相接触这一特殊的步骤。所述接触是在将扩增的寡核苷酸产物变性后进行的,例如通过加热,且进行接触的条件适合于这些产物与阵列中相应的探针发生杂交。在与探针接触前对扩增产物进行纯化并不是必要的,因此通常可以将其省略。
探针
探针是包括核苷酸多态性位点的寡核苷酸。由此,它们具有等位基因特异性。虽然它们的长度可以是自8或10个核苷酸直至数百个核苷酸不等,但本发明使用的探针的长度优选地为15至40个核苷酸,更优选地为16或17至29或30个核苷酸。优选地,所有探针具有相似的Tm值,特别是在55至75℃的范围内,更优选地在60至70℃的范围内,或特别优选地在60至65℃的范围内。
尽管原则上针对每一血细胞抗原的每一等位基因可以仅使用一种探针,但本发明针对每一血细胞抗原的每一等位基因使用数种探针,由此增加该方法的可靠性。根据本发明,针对每一血细胞抗原的每一等位基因,所述阵列含有至少两种、优选地至少5种不同的有义探针和至少两种、优选地至少5种反义探针,它们各自覆盖核苷酸多态性位点,但覆盖的是不同的位置。优选地,这些位置位于或者靠近所述寡聚物的中心。
正如前面谈及引物的血细胞抗原特异性部分时所述,可用于设计合适的血细胞抗原等位基因特异性探针的各种软件产品是已知的(特别是Primer3软件产品)。
优选的探针列表包括如下探针(SNP被突出显示):
HPA1-allele a:
     HPA-1aa        tacaggccctgcctctggg    SEQ ID NO:41
     HPA-1ab        aggccctgcctctgggct     SEQ ID NO:42
     HPA-1ac        ccctgcctctgggctcacc    SEQ ID NO:43
     HPA-1ad        tgcctctgggctcacctcg    SEQ ID NO:44
     HPA-1ae        ctctgggctcacctcgctg    SEQ ID NO:45
     HPA-1aa CR     cagcgaggtgagcccagag    SEQ ID NO:46
     HPA-1ab CR     cgaggtgagcccagaggca    SEQ ID NO:47
     HPA-1ac CR     ggtgagcccagaggcaggg    SEQ ID NO:48
     HPA-1ad CR     agcccagaggcagggcct     SEQ ID NO:49
     HPA-1ae CR     cccagaggcagggcctgta    SEQ ID NO:50
HPA1-allele b:
     HPA-1ba        tacaggccctgcctccggg    SEQ ID NO:51
     HPA-1bb        aggcectgcctccgggct     SEQ ID NO:52
     HPA-1bc        ccctgcctccgggctcac     SEQ ID NO:53
     HPA-1bd        ctgcctccgggctcacct     SEQ ID NO:54
     HPA-1bc                ctccgggctcacctcgct                SEQ ID NO:55
     HPA-1ba CR             agcgaggtgagcccggag                SEQ ID NO:56
     HPA-1bb CR             aggtgagcccggaggcag                SEQ ID NO:57
     HPA-1bc CR             gtgagcccggaggcaggg                SEQ ID NO:58
     HPA-1bd CR             agcccggaggcagggcct                SEQ ID NO:59
     HPA-1be CR             cccggaggcagggcctgta               SEQ ID NO:60
HPA2-allele a:
     HPA-2aa                ctgacgcccacacccaag                SEQ ID NO:61
     HPA-2ab                ctcctgacgcccacaccc                SEQ ID NO:62
     HPA-2ac                ggctcctgacgcccacac                SEQ ID NO:63
     HPA-2ad                agggctcctgacgcccac                SEQ ID NO:64
     HPA-2ae                ccagggctcctgacgccc                SEQ ID NO:65
     HPA-2aa CR             cttgggtgtgggcgtcag                SEQ ID NO:66
     HPA-2ab CR             gggtgtgggcgtcaggag                SEQ ID NO:67
     HPA-2ac CR             gtgtgggcgtcaggagcc                SEQ ID NO:68
     HPA-2ad CR             gtgggcgtcaggagccct                SEQ ID NO:69
     HPA-2ae CR             gggcgtcaggagccctgg                SEQ ID NO:70
HPA2-allele b:
     HPA-2ba                cctgatgcccacacccaag               SEQ ID NO:71
     HPA-2bb                ctcctgatgcccacaccca               SEQ ID NO:72
     HPA-2bc                ggctcctgatgcccacacc               SEQ ID NO:73
     HPA-2bd                agggctcctgatgcccaca               SEQ ID NO:74
     HPA-2be                ccagggctcctgatgccc                SEQ ID NO:75
     HPA-2ba CR             cttgggtgtgggcatcagg               SEQ ID NO:76
     HPA-2bb CR             tgggtgtgggcatcaggag               SEQ ID NO:77
     HPA-2bc CR             ggtgtgggcatcaggagcc               SEQ ID NO:78
     HPA-2bd CR             tgtgggcatcaggagccct               SEQ ID NO:79
     HPA-2be CR             gggcatcaggagccctgg                SEQ ID NO:80
HPA3-allele a:
     HPA-3aa                ccatccccagcccctccc                SEQ ID NO:81
     HPA-3ab                gcccatccccagcccctc                SEQ ID NO:82
     HPA-3ac                ctgcccatccccagcccc                SEQ ID NO:83
     HPA-3ad1               gctgcccatccccagccc                SEQ ID NO:84
     HPA-3ad                ggctgcccatccccagcc                SEQ ID NO:85
     HPA-3ad2               gggctgcccatccccagc                SEQ ID NO:86
     HPA-3ae                ggggctgcccatcccca                 SEQ ID NO:87
     HPA-3aa CR             gggaggggctggggatgg                SEQ ID NO:88
     HPA-3ab CR             gaggggctggggatgggc                SEQ ID NO:89
     HPA-3ac CR             ggggctggggatgggcag                SEQ ID NO:90
     HPA-3ad1 CR            gggctggggatgggcagc                SEQ ID NO:91
     HPA-3ad CR            ggctggggatgggcagcc              SEQ ID NO:92
     HPA-3ad2 CR           gctggggatgggcagccc              SEQ ID NO:93
     HPA-3ae CR            tggggatgggcagcccc               SEQ ID NO:94
HPA3-allele b:
     HPA-3ba               ccagccccagcccctcc               SEQ ID NO:95
     HPA-3bb               gcccagccccagcccct               SEQ ID NO:96
     HPA-3bc               ctgcccagccccagccc               SEQ ID NO:97
     HPA-3bd1              gctgcccagccccagcc               SEQ ID NO:98
     HPA-3bd               ggctgcccagccccagc               SEQ ID NO:99
     HPA-3bd2              gggctgcccagccccag               SEQ ID NO:100
     HPA-3be               ggggctgcccagcccca               SEQ ID NO:101
     HPA-3ba CR            ggaggggctggggctgg               SEQ ID NO:102
     HPA-3bb CR            aggggctggggctgggc               SEQ ID NO:103
     HPA-3bc CR            gggctggggctgggcag               SEQ ID NO:104
     HPA-3bd1 CR           ggctggggctgggcagc               SEQ ID NO:105
     HPA-3bd CR            gctggggctgggcagcc               SEQ ID NO:106
     HPA-3bd2 CR           ctggggctgggcagccc               SEQ ID NO:107
     HPA-3be CR            tgggggctgggcagcccc              SEQ ID NO:108
HPA4-allele a:
     HPA-4aa               gccacccagatgcgaaag              SEQ ID NO:109
     HPA-4ab               cacccagatgcgaaagct              SEQ ID NO:110
     HPA-4ac               cccagatgcgaaagctca              SEQ ID NO:111
     HPA-4ad               cagatgcgaaagctcacc              SEQ ID NO:112
     HPA-4ae               gatgcgaaagctcaccag              SEQ ID NO:113
     HPA-4aa CR            ctggtgagctttcgcatc              SEQ ID NO:114
     HPA-4ab CR            ggtgagctttcgcatctg              SEQ ID NO:115
     HPA-4ac CR            tgagctttcgcatctggg              SEQ ID NO:116
     HPA-4ad CR            agctttcgcatctgggtg              SEQ ID NO:117
     HPA-4ac CR            ctttcgcatctgggtggc              SEQ ID NO:118
HPA4-allele b:
     HPA-4ba               gccacccagatgcaaaag              SEQ ID NO:119
     HPA-4bb               ccacccagatgcaaaagct             SEQ ID NO:120
     HPA-4bc               acccagatgcaaaagctcac            SEQ ID NO:121
     HPA-4bd               cagatgcaaaagctcacca             SEQ ID NO:122
     HPA-4be               gatgcaaaagctcaccagtaa           SEQ ID NO:123
     HPA-4ba CR            ttactggtgagcttttgcatc           SEQ ID NO:124
     HPA-4bb CR            tggtgagcttttgcatctg             SEQ ID NO:125
     HPA-4bc CR            gtgagcttttgcatctgggt            SEQ ID NO:126
     HPA-4bd CR            agcttttgcatctgggtgg             SEQ ID NO:127
     HPA-4be CR            cttttgcatctgggtggc              SEQ ID NO:128
HPA5-allele a:
     HPA-5aa               gagtctacctgtttactatcaaagagg           SEQ ID NO:129
     HPA-5ab               agtctacctgtttactatcaaagaggta          SEQ ID NO:130
     HPA-5ac               gtctacctgtttactatcaaagaggtaa          SEQ ID NO:131
     HPA-5ad               ctacctgtttactatcaaagaggtaaaa          SEQ ID NO:132
     HPA-5ae               acctgtttactatcaaagaggtaaaaa           SEQ ID NO:133
     HPA-5aa CR            tttttacctctttgatagtaaacaggt           SEQ ID NO:134
     HPA-5ab CR            ttttacctctttgatagtaaacaggtag          SEQ ID NO:135
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     HPA-5ad CR            tacctctttgatagtaaacaggtagact          SEQ ID NO:137
     HPA-5ae CR            cctctttgatagtaacaggtagactc            SEQ ID NO:138
HPA5-allele b:
     HPA-5ba               gagtctacctgtttactatcaaaaagg           SEQ ID NO:139
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     HPA-5ad               ctacctgtttactatcaaaaaggtaaaa          SEQ ID NO:142
     HPA-5be               acctgtttactatcaaaaaggtaaaaa           SEQ ID NO:143
     HPA-5ba CR            tttttacctttttgatagtaaacaggt           SEQ ID NO:144
     HPA-5bb CR            ttttacctttttgatagtaaacaggtag          SEQ ID NO:145
     HPA-5bc CR            ttacctttttgatagtaaacaggtagac          SEQ ID NO:146
     HPA-5bd CR            tacctttttgatagtaaacaggtagact          SEQ ID NO:147
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HPA15-allele a:
     Gov-aa                ttattatcttgacttcagttacaggattt         SEQ ID NO:149
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HPA15-allele b:
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Diego Wr-b-allele:2
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Dombrock-a-allele:
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Dombrock-Joseph(a)positive allele:
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     Jo.a.pos.1.cr          gccacagcgtgtgtggtagt             SEQ ID NO:276
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     Jo.a.pos.5.cr          gtggtagtcatgttctgggg             SEQ ID NO:280
Dombrock-Joseph(a)negative allele:
     Jo.a.neg. 1            ctaccccagaacatgactatcac          SEQ ID NO:281
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Duffy-a-allele:
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Duffy-b-allele:
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Duffy GATAbox-normal-allele:
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Duffy GATAbox-mutation-allele:
      Fy.GATA.mut.1           tccttggctcttaccttg                   SEQ ID NO:321
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Duffy Fyx-normal-allele:
      Fy.X.(b).1               ttttcagacctctcttccgct                SEQ ID NO:331
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Duffy Fyx-mutation-allele:
      Fy.X.1                    gcttttcagacctctcttctgct             SEQ ID NO:341
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Kidd-allele-a:
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Kidd-allele-b:
      Jk.b.1                    tcagccccatttgagaaca                 SEQ ID NO:361
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Kell-K1-allele:
       KEL.1.1              tccttaaactttaaccgaatgct             SEQ ID NO:371
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Kell-K3-allele:
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Kell-K4-allele:
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Kell-K6-allele:
      KEL.6.1                tactgcctgggggctgccccgcc             SEQ ID NO:411
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Kell-K7-allele:
      KEL.7. 1               actgcctgggggctgcctcgcc               SEQ ID NO:421
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Lutheran a-allele:
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Lutheran b-allele:
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     big.S.1                 tttgctttataggagaaatggga            SEQ ID NO:471
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     bigS.4.cr                 tgtcccatttctcctataaagca             SEQ ID NO:479
     big.S.5.cr                cccatttctcctataaagcaaaa             SEQ ID NO:480
MNS s-allele:
     Iittle.s.1                tgctttataggagaaacggga               SEQ ID NO:481
     little.s.2                tttataggagaaacgggaca                SEQ ID NO:482
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     little.s.5                aaacgggacaacttgtccat                SEQ ID NO:485
     little.s.1.cr             tggacaagttgtcccgttt                 SEQ ID NO:486
     little.s.2.cr             acaagttgtcccgtttctcc                SEQ ID NO:487
     little.s.3.cr             agttgtcccgtttctcctata               SEQ ID NO:488
     little.s.4.cr             tgtcccgtttctcctataaagc              SEQ ID NO:489
     little.s.5.cr             cccgtttctcctataaagca                SEQ ID NO:490
MNS U-positive-allele:
     U.pos.1                   ttgctgctctctttagctcc                SEQ ID NO:491
     U.pos.2                   ctctctttagctcctgtagtgat             SEQ ID NO:492
     U.pos.3                   agctcctgtagtgataatactca             SEQ ID NO:493
     U.pos.4                   gtagtgataatactcattatttttg           SEQ ID NO:494
     U.pos.5                   taatactcattatttttggggtg             SEQ ID NO:495
     U.pos.1.cr                caccccaaaaataatgagtatta             SEQ ID NO:496
     U.pos.2.cr                caaaaataatgagtattatcactaca          SEQ ID NO:497
     U.pos.3.cr                agtattatcactacaggagctaaa            SEQ ID NO:498
     U.pos.4.cr                atcactacaggagctaaagag               SEQ ID NO:499
     U.pos.5.cr                gagctaaagagagcagcaaa                SEQ ID NO:500
MNS U-negative-allele:
     U.neg.1                   ttttgctgctctctttatctcc              SEQ ID NO:501
     U.neg.2                   gctctctttatctcctgtagagat            SEQ ID NO:502
     U.neg.3                   tatctcctgtagagataacactca            SEQ ID NO:503
     U.neg.4                   gtagagataacactcattattttt            SEQ ID NO:504
     U.neg.5                   taacac tcattatttttggggt             SEQ ID NO:505
     U.neg.1.cr                accccaaaaataatgagtgtta              SEQ ID NO:506
     U.neg.2.cr                aaaaata atgagtgttatctctaca          SEQ ID NO:507
     U.neg.3.cr                agtgttatctctacaggagataaa            SEQ ID NO:508
     U.neg.4.cr                atctctacaggagataaagagag             SEQ ID NO:509
     U.neg.5.cr                gagataaagagagcagcaaaatta            SEQ ID NO:510
Rhesus C-allele(307T):
     Rh.big.C.1                tgagccagttcccttctgg                 SEQ ID NO:511
     Rh.big.C.2                gagccagttcccttctgg                  SEQ ID NO:512
     Rh.big.C.3                ctgagccagttcccttctg                 SEQ ID NO:513
       Rh.big.C.4             ccttctgggaaggtggtc                 SEQ ID NO:514
       Rh.big.C.5             ccttctgggaaggtggtca                SEQ ID NO:515
       Rh.big.C.1.cr          tgaccaccttcccagaagg                SEQ ID NO:516
       Rh.big.C.2.cr          gaccaccttcccagaagg                 SEQ ID NO:517
       Rh.big.C.3.cr          ccagaagggaactggctc                 SEQ ID NO:518
       Rh.big.C.4.cr          ccagaagggaactggctca                SEQ ID NO:519
       Rh.big.C.5.cr          cagaagggaactggctcag                SEQ ID NO:520
Rhesus c-allele(307C):
       Rh.little.c.1          gagccagttccctcctgg                 SEQ ID NO:521
       Rh.little.c.2          agccagttccctcctgg                  SEQ ID NO:522
       Rh.little.c.3          tgagccagttccctcctg                 SEQ ID NO:523
       Rh.little.c.4          cctcctgggaaggtggt                  SEQ ID NO:524
       Rh.little.c.5          cctcctgggaaggtggtc                 SEQ ID NO:525
       Rh.little.c.1.cr       gaccaccttcccaggagg                 SEQ ID NO:526
       Rh.littlc.c.2.cr       accaccttcccaggagg                  SEQ ID NO:527
       Rh.little.c.3.cr       ccaggagggaactggct                  SEQ ID NO:528
       Rh.little.c.4.cr       ccaggagggaactggctc                 SEQ ID NO:529
       Rh.little.c.5.cr       caggagggaactggctca                 SEQ ID NO:530
Rhesus BigC-intron2-specific-insert-allele:
       RhC.intron.2.1         agggtgccctttgtcacttc               SEQ ID NO:531
       RhC.intron.2.2         gccctttgtcacttcccagt               SEQ ID NO:532
       RhC.intron.2.3         cctttgtcacttcccagtgg               SEQ ID NO:533
       RhC.intron.2.4         ttgtcacttcccagtggtacaa             SEQ ID NO:534
       RhC.intron.2.5         tcacttcccagtggtacaatca             SEQ ID NO:535
       RhC intron.2.1.cr      gaagtgacaaagggcaccct               SEQ ID NO:536
       RhC.intron.2.2.cr      actgggaagtgacataagggc              SEQ ID NO:537
       RhC.intron.2.3.cr      ccactgggaagtgacaaagg               SEQ ID NO:538
       RhC.intron.2.4.cr      tgtaccactgggaagtgacaaa             SEQ ID NO:539
       RhC.intron.2.5.cr      tgattgtaccactgggaagtga             SEQ ID NO:540
Rhesus BigC-intron2-specitic-insert-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在bigC-intron2-specific-insert时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesus E-allele:
       Rh.big.E.1             gccaagtgtcaactctcctct              SEQ ID NO:541
       Rh.big.E.2             caagtgtcaactctcctctgct             SEQ ID NO:542
       Rh.big.E.3             gtgtcaactctcctctgctgag             SEQ ID NO:543
       Rh.big.E.4             caactctcctctgctgagaagtc            SEQ ID NO:544
       Rh.big.E.5             tctcctctgctgagaagtcc               SEQ ID NO:545
       Rh.big.E.1.cr          ggacttctcagcagaggagag              SEQ ID NO:546
       Rh.big.E.2.cr             cttctcagcagaggagagttga         SEQ ID NO:547
       Rh.big.E.3.cr             ctcagcagaggagagttgacac         SEQ ID NO:548
       Rh.big.E.4.cr             gcagaggagagttgacacttg          SEQ ID NO:549
       Rh.big.E.5.cr             gaggagagttgacacttgge           SEQ ID NO:550
Rhesus c-allele:
       Rh.little.e.1             gccaagtgtcaactctgctct          SEQ ID NO:551
       Rh.liltlc.e.2             caagtgtcaactctgctctgct         SEQ ID NO:552
       Rh.little.e.3             tgtcaactctgctctgctgag          SEQ ID NO:553
       Rh.little.e.4             caactctgctctgctgagaag          SEQ ID NO:554
       Rh.little.e.5             tctgctctgctgagaagtcc           SEQ ID NO:555
       Rh.little.e.1.cr          ggacttctcagcagagcagag          SEQ ID NO:556
       Rh.little.e.2.cr          ttctcagcagagcagagttga          SEQ ID NO:557
       Rh.little.e.3.cr          tcagcagagcagagttgacac          SEQ ID NO:558
       Rh.little.e.4.cr          gcagagcagagttgacacttg          SEQ ID NO:559
       Rh.little.e.5.cr          gagcagagttgacacttggc           SEQ ID NO:560
Rhesus RHD-allele:
      
Figure G05817847X20061207D000321
      
Figure G05817847X20061207D000322
      
      
Figure G05817847X20061207D000324
Rhesus RHD-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在RHD基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesus r′s-allele:
       r′s.T.1                  ggaaggtcaacttggtgca            SEQ ID NO: 571
       r′s.T.2                  ggaaggtcaacttggtgcagt          SEQ ID NO: 572
       r′s.T.3                  caacttggtgcagttggtg            SEQ ID NO: 573
       r′s.T.4                  acttggtgcagttggtggt            SEQ ID NO: 574
       r′s.T.5                  ttggtgcagttggtggtgat           SEQ ID NO: 575
       r′s.T.1.cr               catcaccaccaactgcacca           SEQ ID NO: 576
       r′s.T.2.cr               caccaccaactgcaccaagt           SEQ ID NO: 577
       r′s.T.3.cr               accaactgcaccaagttgac           SEQ ID NO: 578
       r′s.T.4.cr        actgcaccaagttgaccttcc       SEQ ID NO:579
       r′s.T.5.cr        tgcaccaagttgaccttcc         SEQ ID NO:5 80
Rhesus r′s-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在r′s基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesus DVI-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在正常RHD基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
DVI-probes for presence nonmal RHD allele:
     Rh.DVI.1              atttcaaccctcttggcctt               SEQ ID NO:581
     Rh.DVI.2              aaccctcttggcctttgttt               SEQ ID NO:582
     Rh.DVI.3              tcttggcctttgtttccttg               SEQ ID NO:583
     Rh.DVI.4              ggtatcagcttgagagctcg               SEQ ID NO:584
     Rh.DVI.5              atcagcttgagagctcggag               SEQ ID NO:585
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使用已有的软件程序,本领域人员将能够设计出针对其他血细胞抗原等位基因的探针。
DNA阵列可以是包括例如72种不同探针的有限阵列,不过优选地所述阵列包括基本上所有以上所列的探针。
为了有助于促进探针与阵列支持物的结合并能够充分接近扩增产物,探针寡聚物通常会具有接头分子和反应基团,优选地位于寡聚物的5′端,用于与支持物结合。所有这些对于本领域人员来说都是熟知的,仅仅作为例证而言,合适的接头例如是C6(1,6-亚己基(hexamethylene),即-(CH2)6-),而合适的反应基团例如是氨基。
阵列支持物
探针位于合适的支持物上,它们通常通过化学方式与之连接。支持物可以是玻片或任何其他合适的支持物,例如塑料、硅或者多孔金属氧化物。通常要对支持物进行预处理以增强寡聚物的结合,例如通过以聚-L-赖氨酸、氨基硅烷、醛或环氧树脂(epoxy)进行包被而预处理。可以采用各种技术以实现探针的结合,例如UV照射、非特异性静电吸附、采用碳二亚胺(carbodiimide)(EDC)化学方法通过5′氨基或磷酸基团进行共价结合,等等。
为了避免非特异性杂交,通常优选地将携带探针的阵列支持物与预杂交溶液进行孵育,这是本领域人员所熟知的,而为了准备用于杂交的探针,优选地将其变性,例如通过在大约80℃或者更高的温度进行加热。
对照
为了对背景进行校正,优选地加入一些具有不存在于供者DNA中的序列的探针,可预期这些探针不与扩增产物杂交。可通过减去在这些背景对照点上测得的信号来校正在等位基因特异性探针点上测得的信号。此类背景校正探针或者Antitag的合适的实例是以下探针a3、a9、a17、a23、a27、a33、a35、a38、a42和a43:
a3     cagaccataagcacaggcgt    SEQ ID NO:631,
a9     gctcgtccacagtgcgttat    SEQ ID NO:632,
a17    cggcgttcaagcaaaccgaa    SEQ ID NO:633,
a23    gacatatagctccactcaga    SEQ ID NO:634,
a27    tagggtactgatgagcactc    SEQ ID NO:635,
a33    tcagccctatcgcaggatgt    SEQ ID NO:169,
a35    gagacacttgacagtagcca    SEQ ID NO:170,
a38    ggcagggcacctcagtttat    SEQ ID NO:171,
a42    tcaccagccagactgtgtag    SEQ ID NO:172,
a43    cttcacgcaagttgtccaga    SEQ ID NO:173。
此外,可以加入至少一种阳性探针。这种探针应该互补于加入到扩增产物中的一种标记的阳性对照寡聚物。例如阳性探针可以是以下寡聚物CS05:
CS05    gtcctgacttctagctcatg    SEQ ID NO:174,
其能够与其标记的互补物catgagctagaagtcaggac杂交,后者被加入到扩增产物混合物中,然后将混合物施加到DNA阵列上。
杂交条件
扩增产物与DNA阵列中的探针通常在50至65℃之间,优选地在大约56℃,杂交一段充分的时间,例如15分钟至10小时,更优选地为30分钟至4小时。
阵列布局
阵列的布局完全是随心所欲的。通常,一个阵列支持物可携带大量的点,这些点位于可以是彼此相同(这是优选的)或者不同的多个区(blocks)内。每个点含有一种探针,且优选地将相似的探针置于彼此相距尽可能远的点上。优选地,各个等位基因特异性探针在每个区均有一个点,此外每个区还额外含有一些对照点。这样,一个区可包括128个等位基因特异性点、5个背景对照和一个阳性对照,总共134个点。
测定荧光信号
标记的扩增产物与特定点的结合是基于这些点所发出的荧光信号而确定的。信号测定可以使用光电倍增管、扫描激光系统或者任何本领域人员已知的其他装置和技术。
评估所得数据
为了就供者DNA的血细胞抗原基因型对所得数据进行评估,可使用Genepix Pro 5.0(Axon Instruments Inc.)将荧光信号强度转化为可进一步分析(例如采用Excel分析)的信号值。
实施例
以下实施例仅用于阐述本发明,其无意于以任何方式限制本发明。在这些实施例中,实施例1在双等位基因人血小板抗原系统HPA-1至5和Gov上测试了本发明通过特定的多重PCR并结合等位基因特异性探针的DNA微阵列进行血细胞抗原基因分型的构思。对一组盲化的58份供者样品进行了这6种HPA系统的基因分型,其中仅在一个HPA系统中发现了一处偏差。可通过调整评分标准并对新的格式进行验证而克服这一偏差。然后在实施例2中证实了本发明的多重PCR以表2中的所有引物均得到良好结果。
实施例1
表1显示了点样于聚赖氨酸包被的玻片上的探针的序列和Tm值。HPA-3和5的SNP分别位于富GC区域和少GC区域。因此,这些探针较其他寡核苷酸更短些或更长些,且Tm值在60-65℃以外。使用具有16SMP 3微点样针(Telechem)的
Figure G05817847X20061207D000371
微阵列仪(Genemachines),将溶解于0.4M NaHCO3(pH 9.4)中的浓度为50μM的探针点样于聚-L-赖氨酸包被的玻片上。每一玻片含有48个区,每个区134个点,其对应于128种等位基因特异性探针、5种背景对照以及阳性对照CS05。相似的探针被点样于彼此相距尽可能远的点上。通过以250mJ/cm2(Stratalinkermodel 1800UV Illuminator,Stratagene)进行UV照射使DNA交联。为防止非特异性杂交,将载片以100μl的预杂交溶液[400ng/μl酵母tRNA(Roche),400ng/μl鲱精DNA(Gibco BRL),5x Denhardt溶液,3.2×SSC和0.4%SDS]在65℃孵育30分钟。杂交前,将含有预杂交混合物的载片在80℃孵育2分钟以使得点样的DNA变性。预杂交后,将载片在2×SSC中室温条件下洗涤5分钟,共两次,并分别以70%(两次)、90%和100%的乙醇脱水各5分钟。
仅针对6种血小板抗原进行多重PCR,使用了5nM的各种HPA和gov引物(7.5nM的各种HPA-3引物)和1.2μM的各种标记了Cy5的通用引物。此外,如实施例2所述的多重PCR进行多重PCR。按照Pastinenet al.(2000)所述制备杂交反应室。使用硅橡胶格栅将玻片分成24隔不同的格。在对载片进行预加热(65℃,75分钟)的过程中,将40μl的多重PCR产物在95℃变性5分钟,置于冰上,并加入120μl冰冷的杂交溶液[2ng Cy5-标记的CS05(5′-catgagctagaagtcaggac-3′)的互补链和4×SSC]。为进行杂交,每个阵列加入80μl的该混合物并在56℃孵育3.5小时。然后将载片自600ml 3×SSC中的杂交容器中取出,在50℃以2×SSC/0.1%SDS洗涤2次,在室温下以0.2×SSC洗涤2次,均各5分钟。以800rpm离心5分钟使玻片干燥,在Agilent G2565BA微阵列扫描仪中以10μm的分辨率进行扫描。光电倍增管电压持续设定在100%。每一载片分析6个不同供者的PCR产物,显示于图3。Genepix分析后,将所得数据转化成Excel。使用一组具有已知HPA分型的12个供者的样品来确定HPA评分标准。表3列出了评分标准。计算阴性对照(C)的中位信号强度Fmed平均值,将该背景值加上3个标准差自各个寡聚物的中位强度Fmed中减去,得到域值Fth,显示于表3第3栏。如果相配探针(allele a)和不相配探针(allele b)的Fth均为负值,则将该引物对自基因分型结果中排除。为进行基因分型,计算一组中的两个寡核苷酸(一个来自allele a,另一个来自allele b)的强度比率。在第6栏中计算出a-等位基因的Fmed-Fbg强度与两个等位基因的Fmed-Fbg强度之和的比率。这一公式a/(a+b)已经由Hinds etal.(2004)披露。原则上,对于基因型aa、ab或bb,这些比率的值应该分别为大约1.0、0.5或0.0。仅使用了正的Fmed-Fbg值,而负值在第5栏被设为1。随后,在第7栏中将这些比率转化为基因型。对于HPA-1、-2、-4和-5,比值超过0.75被分型为aa,低于0.25为bb,而在0.35至0.65之间为ab。由于PCR片段与代表a等位基因的探针具有高结合性,因此将HPA-3和Gov的标准分别调整为:对于aa分别为0.95和0.8,对于bb分别为0.45和0.35,对于ab分别为在0.55至0.85之间和在0.45至0.7之间。在第7栏,频率最高的基因型以橙色示出。对于每一血型、每一区和每一样品,均如此进行。使用12个供者的样品来验收那些正确预测基因型的探针组。作为用于最终评分的标准:如果预测出的是纯合子基因型,50%所使用的探针组应该预测出基因型,而如果预测出的是杂合子基因型,40%所使用的探针组应该预测出基因型(对于HPA-3为30%)。采用这些标准对一组盲化的58份样品进行基因分型。其中9份样品的结果显示于表4。所有58份样品的基因型均列于表5。56份样品的基因型可以按照本标准进行评分。仅在1份样品中获得了与其已知的基因型有偏差的结果。在该例中,33.3%的探针组指示是HPA-3bb基因型,而37.5%指示是HPA-3ab基因型,如表6所示。调整评分标准后使得分型结果完全一致。
实施例2
以表2所列的引物构建引物混合物。PCR混合物中的引物浓度也列于表2。使用Qiagen多重试剂盒进行多重PCR。在多重PCR中,退火温度在PCR过程中没有改变,使用了两种荧光标记的通用引物。更具体地,在开始时,PCR混合物含有极少量的嵌合引物(5nM)和过量的荧光标记的通用引物(每种嵌合引物0.2μM的各种通用引物)。在温度方面,PCR开始为95℃,15分钟,随后是45个循环的94℃持续30秒,57℃持续90秒,72℃持续90秒,方案以72℃持续10分钟的最后聚合步骤结束。在最初几个循环中,扩增出极少量的PCR产物,不过如图1中的8%丙烯酰胺凝胶电泳所见,其足以在随后的循环中用作通用MAPH引物的模板。通过在5’端给MAPH引物标记上荧光标记物Cy5,仅需要两种荧光标记的引物便可对PCR产物进行高效标记。如White et al.(2002)所述,在ABI 3700毛细管测序仪(Applied Biossystems)上进行观察可对多重PCR产物进行更好的辨别,在本例中,仅有MAPH-rev标记了荧光团(FAM)。如图2的层析图所示,以所有设计的PCR引物进行多重PCR均产生了预期的峰型。这表明所有的基因片段均以相似的产率被扩增。
表1、探针的序列和解链温度。
Figure G05817847X20061207D000411
Figure G05817847X20061207D000421
Figure G05817847X20061207D000431
每一寡核苷酸探针在其均具有氨基和C6间隔物等位基因特异性探针中多态性位点被突出显示。
Figure G05817847X20061207D000441
Figure G05817847X20061207D000451
Figure G05817847X20061207D000461
Figure G05817847X20061207D000471
Figure G05817847X20061207D000481
Figure G05817847X20061207D000491
Figure G05817847X20061207D000501
Figure G05817847X20061207D000511
Figure G05817847X20061207D000521
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-Wang DG,Fan JB,Siao CJ,Berno A,Young P,Sapolsky R,GhandourG,Perkins N,Winchester E,Spencer J,Kruglyak L,Stein L,Hsie L,Topaloglou T,Hubbell E,Robinson E,Mittmann M,Morris MS,Shen N,Kilburn D,Rioux J,Nusbaum C,Rozen S,Hudson TJ and Lander ES.1998.Large-Scale Identification,Mapping,and Genotyping of Single-NucleotidePolymorphisms in the Human Genome.Science 280,1077-1082.
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Claims (30)

1.一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一人类个体的基因组DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,其中所述血细胞抗原包括选自如下一组中的至少两个成员:HPA1、HPA2、HPA3、HPA4、HPA5、Gov、JK1/2、FY1/2、GATAbox、KEL1/2、KEL3/4、RHCEex2/RHex2、RHCEex5/RHex5、RHDψ、RHD、BigC、MN、U和JO,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于人类DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,其中所述至少一种以可检测方式标记的通用引物所使用的摩尔量是每一嵌合引物的摩尔量的至少10倍,且其中所述嵌合引物包括选自如下一组中的至少两对:
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Lu-right ggccgcgggaattcgattgggagtccagctggtatgg SEQ ID NO:641。
2.权利要求1的方法,其中所述至少一种以可检测方式标记的通用引物所使用的摩尔量是每一嵌合引物的摩尔量的至少40倍。
3.权利要求1或2的方法,其中使用具有不存在于所述人类DNA中的独特序列的、以可检测方式标记的通用引物对,且其中对于每一嵌合引物对,所述嵌合引物对的一个成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的一个成员的碱基序列,且所述嵌合引物对的另一成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的另一成员的碱基序列。
4.权利要求3的方法,其中一种所述通用引物具有碱基序列gccgcgaattcactagtg(SEQ ID NO:2),而另一所述通用引物具有碱基序列ggccgcgggaattcgatt(SEQ ID NO:1)。
5.权利要求1的方法,其中每一通用引物在其5′端携带荧光标记物。
6.权利要求5的方法,其中所述荧光标记物为Cy5。
7.权利要求1的方法,其中多重PCR所用的DNA聚合酶是Taq聚合酶或类似的耐热聚合酶,且多重PCR的每一循环包括在90至98℃进行15至60秒的热变性步骤,在54至60℃进行60至120秒的退火步骤,以及在68至76℃进行60至120秒的引物延伸步骤。 
8.权利要求1的方法,其中基于50μl的反应体积,所述多重PCR使用来自所述个体的100ng的基因组DNA,5nM的每一嵌合引物,对应于每一嵌合引物对的0.2μM的每一种以可检测方式标记的通用引物和25μl的含缓冲液、各种dNTP和DNA聚合酶的2xMasterMix。
9.权利要求1的方法,其中通过将多重PCR扩增的产物经变性后与存在于DNA阵列中或以任何其他形式存在的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针进行杂交,并分析杂交模式,以确定每一所述血细胞抗原的基因型,
其中所述阵列含有选自如下一组中的至少72种不同的探针:
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Diego-a-allele:
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Di.a.2        gaagtccacgccggcct      SEQ ID NO:212
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Diego-b-allele:
Di.b.1        ggtgaagtccacgctggc     SEQ ID NO:221
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Diego Wr-a-allele:
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Diego Wr-b-allele:
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Dombrock-a-allele:
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Dombrock-b-allele:
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Do b 9 cr        accagtctcctcttgggtgg        SEQ ID NO:269
Do b 10 cr       cagtctcctcttgggtggt         SEQ ID NO:270
Dombrock-Joseph(a)positive allele:
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Dombrock-Joseph(a)negative allele:
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Duffy-a-allele:
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Duffy-b-allele: 
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Duffy GATAbox-normal-allele:
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Duffy GATAbox-mutation-allele:
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Duffy Fyx-normal-allele:
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Duffy Fyx-mutation-allele:
Fy.X.1           gcttttcagacctctcttctgct   SEQ ID NO:341
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Fy.X.5.cr        cagcagaagagaggtctgaaa     SEQ ID NO:350
Kidd-allele-a:
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Jk.a.2           gccccatttgaggacatcta      SEQ ID NO:352
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Kidd-allele-b:
Jk.b.1           tcagccccatttgagaaca       SEQ ID NO:361
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Jk.b.3           cccatttgagaacatctactttg   SEQ ID NO:363
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Kell-K1-allele:
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Kell-K2-allele:
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Kell-K3-allele:
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Kell-K7-allele:
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Lutheran a-allele:
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Lu.a.1 CR   agccgaggctaggcggg          SEQ ID NO:436
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Lu.b.1      gggagctcgcccccacct         SEQ ID NO:441
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MNS M-allele:
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MNS N-allele:
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Yt-a-allele:
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Yt-b-allele:
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Yt.b.4CR    caggccgttgaagtctccc    SEQ ID NO:629
Yt.b.5CR    gccgttgaagtctcccgc    SEQ ID NO:630
10.权利要求9的方法,其中所述其他形式为载于珠上。
11.权利要求9的方法,其中所述等位基因特异性探针的长度为15至40个核苷酸。
12.权利要求9的方法,其中所述等位基因特异性探针的长度为17至30个核苷酸。
13.权利要求9的方法,其中所述阵列含有针对血细胞抗原的每一等位基因至少两种不同的有义探针和至少两种不同的反义探针,其中的每一探针均覆盖所述核苷酸多态性位点,但覆盖的是不同的位置。
14.权利要求13的方法,其中所述阵列含有所有所述的探针。
15.权利要求9的方法,其中所述寡核苷酸探针在5′端包括接头,以及反应基团,用于附着于阵列支持物。
16.权利要求15的方法,其中所述接头部分为-(CH2)6-部分。
17.权利要求15的方法,其中所述反应基团为氨基。
18.权利要求15的方法,其中所述阵列支持物为聚L-赖氨酸包被的玻片。
19.权利要求9的方法,其中所述阵列包括一或多种具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的序列的寡核苷酸以降低背景。
20.权利要求19的方法,其中所述寡核苷酸选自如下一组:
a3     cagaccataagcacaggcgt    SEQ ID NO:631,
a9     gctcgtccacagtgcgttat    SEQ ID NO:632,
a17    cggcgttcaagcaaaccgaa    SEQ ID NO:633,
a23    gacatatagctccactcaga    SEQ ID NO:634,
a27    tagggtactgatgagcactc    SEQ ID NO:635,
a33    tcagccctatcgcaggatgt    SEQ ID NO:169, 
a35  gagacacttgacagtagcca    SEQ ID NO:170,
a38  ggcagggcacctcagtttat    SEQ ID NO:171,
a42  tcaccagccagactgtgtag    SEQ ID NO:172,
a43  cttcacgcaagttgtccaga    SEQ ID NO:173。
21.权利要求9的方法,其中所述阵列包括一或多种阳性杂交对照,并且其以可检测方式标记的互补物被加入到多重PCR扩增产物中。
22.权利要求9的方法,其中在加入多重PCR扩增产物之前,对所述探针进行预杂交和DNA变性处理。
23.权利要求9的方法,其中将未经过预纯化的变性的多重PCR扩增产物施加于DNA阵列。
24.权利要求9的方法,其中对于每一血细胞抗原,使用各个等位基因的信号强度的比率来指定基因型。
25.用于通过权利要求1-24中任一项的方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,其包括针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的一对血细胞抗原特异性嵌合引物,以及至少一对如权利要求1-6中任一项所定义的以可检测方式标记的通用引物。
26.权利要求25的试剂盒,进一步包括如权利要求9-16中任一项所定义的DNA阵列。
27.一组用于多重PCR的血细胞抗原特异性嵌合引物对,其包括选自如权利要求1中所定义的组中的至少两个引物对。
28.权利要求27的嵌合引物对,其包括选自如权利要求1中所定义的组中的所有的引物对。
29.一组用于血细胞抗原基因分型的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针,其包括选自如权利要求13中所定义的组中的至少72种不同的探针。 
30.权利要求29的探针,其包括选自如权利要求13中所定义的组中的所有的探针。 
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