CN101027408A - 血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒 - Google Patents

血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并用如此扩增并标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型。多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物和至少一种以可检测方式标记的通用引物,优选地为一对以可检测方式标记的通用引物。通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列。每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,各引物包括3′端的血细胞抗原特异性部分和5′端的通用部分。嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列。嵌合引物对的血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。本发明还提供了用于通过此方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,一组血细胞抗原特异性嵌合引物对和一组血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针。

Description

血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞 抗原基因分型的试剂盒
技术领域
本发明涉及血细胞抗原基因分型领域,更具体地涉及对红细胞(血型抗原)、血小板(血小板抗原)和白细胞(白细胞抗原)上的抗原进行基因分型。
本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法和用于血细胞抗原基因分型的试剂盒,并提供了用于血细胞抗原基因分型的引物组和探针组。
背景技术
在将来自供者的血液或者血液成分,例如红细胞、血小板和白细胞施用于另一人(或者更宽泛而言,施用于另一个哺乳动物个体)时,如果供者血液或者血液成分与受者血液不完全匹配,就有可能出现严重的不良反应。熟知的有输血反应(血液凝集),其发生于例如将来自A型血供者的血液给予B型血的人的时候(血型抗原A和B属于ABO系统)。如果将猕猴血型D(RhD)阳性供者的血液给予RhD阴性患者,则很可能形成同种抗体。RhD抗体将导致RhD阳性红细胞迅速破坏并引起输血反应。此外,如果具有红细胞或血小板抗体的妇女怀孕,这些抗体可穿过胎盘并可破坏未出生的孩子的红细胞或血小板。这可引起严重的溶血,导致贫血、黄疸(出生后),且如果治疗不当可能是致命的或者引起脑损伤。因此,为了避免输血反应,当前采用的输血原则是仅输注ABO和RhD相匹配的红细胞。为了避免育龄妇女产生同种抗体以及在妊娠期间出现可能的并发症,因此仅给她们输注ABO、RhD和K1相匹配的红细胞。将来也可能给育龄妇女输注Rhc和RhE相匹配的红细胞。
不过,也存在各种其他血型抗原(红细胞抗原),且如果将不匹配的供者血液输给具有同种抗体的受者,这些抗原也会引起严重的问题。血小板特异性抗原分型对患者的诊断和治疗十分重要,因为可出现不同的同种免疫性血小板减少综合征。如果妇女产生了抗血小板抗原的抗体(绝大多数情况下是1型人血小板抗原(HPA)抗体)且大多数在妊娠期间产生,这些抗体可在未出生的孩子引起致命的血小板破坏,出血倾向增加。在一些病例,这可导致颅内出血。为预防出血,需要输注HPA-1a阴性血小板。
输注血小板通常不预先进行供者和受者的血小板抗原[人类人血小板抗原(HPA)]配型。输注不相配的血液或者血液成分可导致产生同种抗体,对于那些需要频繁或者反复输注红细胞或血小板(或白细胞)的患者来说尤其如此。如果形成了多种同种抗体,或者如果同种抗体针对的是高频率抗原,那么寻找相适合的红细胞或血小板就成了一个问题。根据已经发表的研究(Seltsam et al.,2003),在具有针对高频率抗原的抗体的住院患者中,大约有1/3的患者的输血支持治疗是不令人满意的。
测试血型抗原和抗体的经典方法通过血细胞凝集试验进行表型分型。这一血清学测试技术简单便宜,不过其费用和难度在需要进行多重分析以进行完全配型时将会增加,并且其需要有大量的特异性抗血清。仅在荷兰,血液供者的总数便有500,000人之众,且估计每年增加大约60,000名供者。对于红细胞,存在至少29种血型抗原系统(各具有许多不同的等位基因)。此外,其还涉及对高频率抗原和低频率抗原进行分型。与临床相关的血细胞抗原系统大约有60种。因此,对所有的血液供者进行完全的表型分型是一种昂贵、繁重、耗时的工作,并且由于缺乏足够的分型试剂,这也是不可行的。
绝大多数血细胞抗原系统的分子基础是已知的。绝大多数血型抗原、血小板抗原和中性粒细胞抗原是双等位基因,并且是单核苷酸多态性(SNP)的结果。这些SNP可用于进行基因分型。科技文献中公开了数不清的用于对血型和血小板抗原进行基因分型的基于DNA的测试方法,其中包括PCR-RFLP、等位基因特异性PCR、作为单一或者多重分析的序列特异性PCR、实时定量PCR、单核苷酸染料终止子延伸方法以及高通量珠技术(综述见Reid,2003)。采用质谱分光光度计或者热测序仪(pyrosequencer)的半定量方法也可用于基因分型。
例如,Randen et al.(2003)最近公开了采用LightCycler技术进行解链曲线分析对人血小板抗原1、2、3、4、5和Gov(最近被称为HPA-15,Metcalfe et al.,2003)进行基因分型的方法。疾病最经常涉及双等位基因系统HPA-1至5和Gov(Berry et al.,2000),这使得它们成为基因分型的重要靶位。LightCycler技术涉及使用对每一种上述血小板抗原具有特异性的引物对,通过PCR扩增供者DNA的有关片段。使用荧光杂交探针和解链曲线分析能够实现在同一毛细管同时检测血小板抗原的两个等位基因,其不需要进行以往基因分型方法所使用的繁重而费时的凝胶电泳。
不过,与所有其他的已知的血细胞抗原基因分型方法一样,LightCycler技术不能进行对血液供者进行完全基因分型这一任务量巨大的工作,这一工作需要的是适合进行高通量筛选的方法。对60,000名供者的两次不同的献血进行60种血型和血小板抗原的分型需要进行每年7百万次以上的分型测试,或者每周大约140,000次的分型测试。因此,为完成这一任务,十分需要一种快速可靠的高通量方法。
多重聚合酶链反应
自二十世纪八十年代出现以来,聚合酶链反应(PCR)技术已经有了很大的进展。Chamberlain et al.(1988)披露了以多重PCR作为通用技术来扩增(基因组)DNA中的多基因座。其中,在一个反应混合物中加入的不是用于扩增一个基因座的一对引物,而是多个引物对。不过,扩增反应的复杂性限制了此类多重PCR的进展。反应成分和循环条件必须根据每一额外的引物对而加以调整。为克服这一问题,Shuber et al.(1995)引入了“嵌合”序列特异性引物。这些引物与模板DNA互补并在5′端含有一无关的20个核苷酸的标签(通用序列)。尽管这些引物被设计为使得它们的预期解链温度与其他引物类似并具有低于-10 kcal/mole的形成引物双链的AG计算值,但仍需调整这些引物的浓度以获得相似产率的PCR产物。为克服这一问题,同时也为了进一步降低引物二聚体的形成,Belgrade et al.(1996)仅使用了有限量的嵌合引物(2pmol)并在15个PCR循环后加入过量的通用引物。然后在较低的退火温度下再进行25个循环的热循环。Brownie et al.(1997)加入了最初即已经存在于PCR反应混合物中的通用引物。4个PCR循环后,将退火温度自60℃升高至74℃,并再进行35个PCR循环。此外,Heath et al.(2000)披露了巢式PCR,他们再第二个PCR中加入两种(互补的)通用引物,其中之一在5′端携带荧光标签。
迄今为止,多重PCR仅使用相对较少几组引物对进行等位基因特异性扩增。现有技术中既没有公开在对大量血细胞抗原进行基因分型的方法中使用多重PCR的可行性,也没有公开适合此类血细胞抗原基因分型的PCR条件和引物混合物的特点,也没有公开用于分析扩增产物以进行与临床有关的血细胞抗原基因型分型的实用、快速和可靠的方法。
DNA微阵列
基因分型的通用领域已经有了一些采用微阵列技术的方法,其中之一是所谓的微测序方法(mini-sequencing method),其包括微阵列上的或者是溶液中的等位基因特异性延伸物(Pastinen et al.,1997;Fan et al.,2000)。这种方法的一个困难之处在于出现非特异性引物延伸,因此需要进一步优化引物或者延伸方法本身(Pastinen et al.,2000;Lindroos et al.,2002)。此外,这种方法需要步骤繁多的酶性处理和纯化。
另一种方法称为微阵列上的等位基因特异性寡核苷酸杂交(ASO)。这种方法依赖于用于基因型测定的靶与短寡核苷酸探针的热稳定性(Hacia et al.,1996;Wang et al.,1998)。最初的发光寡核苷酸阵列出现于1991(Fodor et al.)。该方法已经用于确定新的SNP或者用于重复测序(resequencing)。其也用于基因分型(Evans et al.,2002),这通过将衍生自患者样品的PCR扩增产物点样至阵列上并使阵列与等位基因特异性寡聚物接触,以分辨患者的等位基因。已经公开了很多变化形式,它们采用不同的工具,例如酶、纳米颗粒探针、人工核苷酸、热梯度、流通阵列(flow-through arrays)、阻断寡核苷酸,以提高敏感性或者特异性(Lu et al.,2002;Park et al.,2002;Prix et al.,2002;Kajiyama et al.,2003;Jobs et al.,2003;Van Beuningen et al.,2001;Iwasaki et al.,2002)。Wen et al.,2000对以寡核苷酸阵列分析TP53突变的敏感性和特异性与常规的DNA序列分析进行了比较。所使用的寡核苷酸阵列对每一SNP含有多个探针。为了将寡聚物固定于基质支持物,通常是玻片,探针可具有间隔物和胺基(Guoet al.,2001;Wen et al.,2003)。已经公开了多种微阵列格式,例如具有96-微阵列格局的玻片,每个阵列含有250个点,以提高通量(Huang et al.,2001)。已经公开了流通系统(Flow-through systems)以降低杂交时间并由此提高通量(Cheek et al.,2001;Van Beuningen et al.,2001)。
迄今为止,DNA微阵列方法尚未用于血细胞抗原基因分型,且现有技术中既没有公开在对大量血细胞抗原进行基因分型的方法中使用DNA微阵列的可行性,也没有公开适合此类血细胞抗原基因分型的寡核苷酸探针和微阵列格式的特点,也没有公开用于分析杂交结果以进行与临床有关的血细胞抗原基因型分型的实用、快速和可靠的方法。
发明内容
本发明的目的之一是提供可对大量血细胞抗原进行基因分型的实用、快速和可靠的方法和手段。
本发明的另一个目的是开发一种高通量技术,以使得能够就整个现有的供者群体和/或增加的供者群体,在20种且最终在大约60种血细胞抗原系统的数量级上对大量血细胞抗原进行基因分型,由此有助于选择正确的供者血液并提高输血的安全性。
本发明的另一个目的是实现基本上完全和可靠的基因分型,其至少覆盖大多数与临床有关的血细胞抗原系统,实现这一目的可仅使用简单的装置,将单一DNA样品在单一的反应管中进行一轮PCR反应,以同时扩增相关的DNA片段并以可检测的方式对其进行标记,并在短时间内完成,例如少于30小时,或者少于24小时,优选地少于6小时,且更优选地少于2小时,或者更加优选地少于1小时。
为达到上述目的,在一个方面,本发明通过提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增并标记的DNA片段来确定每一所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。
在本发明的方法中,优选地使用一对以可检测方式标记的通用引物,所述通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且优选地对于每一嵌合引物对,所述嵌合引物对的一个成员的通用部分的碱基序列对应于通用引物对的一个成员的碱基序列,且所述嵌合引物对的另一成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的另一成员的碱基序列。
此外,在本发明中,特别优选地通过将多重PCR扩增的产物经变性后与存在于DNA阵列中或以任何其他形式存在例如载于珠上的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针进行杂交,并分析杂交模式,以确定每一所述血细胞抗原的基因型。
在另一方面,本发明提供了用于通过在此所述的方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,其包括针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及一对以可检测方式标记的通用引物,均如在此所定义者。
本发明还提供了一组用于多重PCR的血细胞抗原特异性嵌合引物对,以及一组用于血细胞抗原基因分型的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针。
附图说明
图1显示了在存在或不存在通用MAPH引物时的19种血型抗原的多重PCR结果。在最初的扩增循环过程中仅扩增到极少量的PCR产物(泳道2),但足以在随后的循环中用作通用MAPH引物的模板。MAPH引物进行有效的扩增(泳道3),因此几乎不需要调整引物浓度,且获得了相似产率的PCR产物。
图2显示了来自如本发明所述的19种血型抗原的多重PCR的、通过ABI毛细管测序仪获得的图式。
图3显示了6个供者样品的杂交扫描结果,其各自包括人血小板抗原1至5和Gov的6种PCR产物。一个样品的PCR产物与两个阵列杂交,也就是4个区(blocks)。原始的扫描图具有红色的点和黑色的背景。为了更好的观察,将其转变为反转灰阶图。
发明详述
本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点。
更具体地,本发明提供了一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物和一对以可检测方式标记的通用引物,其中所述通用引物对包括正向通用引物和反向通用引物,所述通用引物各自具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中这些嵌合引物之一的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物之一的碱基序列,且另一嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于另一通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。
本发明包括一系列特定的步骤,这些步骤组合起来能够实现上述的目的。该系列步骤包括自用于进行本发明的基因分型分析的样品中分离DNA,随后进行本发明的关键方面之一,即对携带造成血细胞抗原差别的单核苷酸多态性(SNP)的基因片段进行多重PCR。该多重PCR使用不同引物的混合物,这些引物包括两对或两对以上嵌合引物,此外还包括一种标记的通用引物或一对标记的通用引物。然后将如此扩增并标记的DNA片段变性(例如通过加热),并在能够使得相匹配的序列发生杂交的条件下与一组探针相接触,优选地是存在于微阵列中的探针,所述微阵列包括众多等位基因特异性探针。下一步,测定微阵列中每一个点上的标记片段的存在情况,最后对测定的信号进行解析以对样品进行分型。探针也可以其他形式存在,例如可以是固定于珠(玻璃珠、聚乙烯珠等)上的探针,或者是附着于适当容器的壁上的探针等。不过阵列格式是最为优选的实施方式。
物种
本发明不仅可以进行人类血细胞抗原基因分型,也可以对所有具有血细胞抗原系统的动物进行血细胞抗原基因分型。就实用性目的而言,基因分型涉及哺乳动物的血细胞抗原,包括例如牲畜和宠物、野生动物以及大体上所有具有经济价值、情感价值或者野生动物保护价值的动物。不过,最优选地,本发明涉及对人类进行血细胞抗原基因分型。
血细胞抗原
可通过本发明的方法进行基因分型的血细胞抗原包括典型的血型抗原,例如Kidd、Duffy、Kell和猕猴血型。ABO血型抗原系统也可采用本发明进行基因分型,不过由于其具有极其的重要性,可能必须进行已有的且已经公认的血清学测试。可使用本发明进行基因分型的其他血型抗原包括导致以下血型系统发生基因沉默的抗原变体和/或基因变体:MNS、猕猴血型(Rh)、Kell、Kidd、Duffy、Colton、Diego、Dombrock、Lutheran、Lewis、Cartwright、Landsteiner Wiener(LW)、Cromer、Knops、Kx、Indian、Gerbich、Hh、Chido/Rodgers、GIL、I、JMH、OK、P-related、RAPH-MER2、Scianna、Xg、YT等。
除了血型抗原,本发明的方法也可用于血小板和白细胞(特别是中性粒细胞)抗原进行基因分型。与临床关联最为密切的血小板抗原(至少是在西方世界)包括HPA-1、HPA-2、HPA-3、HPA-4、HPA-5和Gov(或HPA-15)。可使用本发明进行基因分型的其他血小板抗原包括例如人血小板抗原6至14和16,虽然认为这些抗原不是很重要。可使用本发明的方法进行基因分型的典型的人中性粒细胞(Human Neutrophil Antigens)的实例包括HNA-1、4和5,其他抗原,例如HNA-2和3,一旦其分子基础得以阐明即可进行基因分型。
可以设想,即便仅仅对很小量的血细胞抗原进行基因分型,依然可以采用本发明。出于某些目的,可能仅对红细胞抗原、或仅对血小板抗原、或仅对与某一特别情况有关的一组选定的抗原进行基因分型即可。采用本发明进行基因分型的血细胞抗原的最小数量是两种血细胞抗原,例如血细胞抗原RhD和RHD基因变体RhDψ,或者血细胞抗原JK1/2(Jka/Jkb)和血细胞抗原FY1/2(Fya/Fyb)。对更大量的血细胞抗原进行基因分型显然是优选的,例如3、4、5种,且特别是6种或者更多。不过,在大多数情况下,优选地进行至少覆盖绝大多数与临床相关的血细胞抗原的差不多完全的基因分型。最为优选地,本发明包括特异于HPA-1至5和HPA-15的至少6种不同的嵌合引物对,以及特异于红细胞抗原的至少10或11或12种嵌合引物对,例如特异于各种Kidd、Duffy、Kell和猕猴血型抗原。
DNA
进行多重PCR的DNA通常是待进行血细胞抗原基因分型的个体的基因组DNA。
供者DNA可来自任何合适的来源,例如来自EDTA、肝素或柠檬酸盐处理的血液样品或白细胞层(buffy coats),这可采用本领域人员已知的分离方法和手段,例如商品化的Qiagen Blood DNA提取试剂盒,采用盐析方法,例如使用Miller et al.(1988)的标准方案,或者采用RocheMagnapure。
通用引物
本发明的方法使用携带可检测标记物的至少一种通用引物,优选地是携带可检测标记物的一对通用引物。通用引物的序列对应于嵌合引物5’端的通用部分的序列。可以仅使用一种通用引物。在这种情况下,所有嵌合引物在其5’端均具有相同的碱基序列,即嵌合引物5’端的通用部分对应于该单一通用引物的序列。不过,在实践中发现使用两种不同的通用引物(即一对通用引物)是优选的。在这种情况下,每对嵌合引物含有一具有对应于所述通用引物之一的通用部分的引物,以及一具有对应于另一通用引物的通用部分的引物。
重要的是,通用引物不与待基因分型的DNA发生杂交。假定待基因分型的DNA是人基因组DNA,通用引物(以及嵌合引物的相应部分)不应该杂交于人基因组DNA,且因此应该具有不存在于所述DNA中的独特序列。优选地,通用引物的序列明显不同于存在于人基因组中的任何序列。此外,特别优选的是,通用引物被设计为使得其Tm值与嵌合引物中特异于血细胞抗原的部分的Tm值相似。优选地,通用引物的Tm值在50至70℃之间,更优选地在56至68℃之间。此外,通用引物的长度优选地为12至30个碱基,更优选地为15至25个,或者更加优选地为16至20个碱基。
使用White et al.,2002公开的通用引物获得了非常好结果,其中序列ggccgcgggaattcgatt(SEQ ID NO:1,正向MAPH)的Tm为67.55℃,而gccgcgaattcactagtg(SEQ ID NO:2,反向MAPH)的Tm为57.94℃。
可检测标记物
通用引物携带可检测标记物。标记物可以是任何适合于具体目的的标记物,例如放射性原子或基团、酶例如催化其底物发生可测定的转化的酶、染料、荧光物质、化学发光物质、生物素等。最为优选地,标记物是荧光团,本领域人员已知多种这样的荧光团。其中的实例是Cy3、Cy5、荧光素(FITC)、藻红蛋白(PE)、罗丹明、Hex、Tet、Fam等。
最优选地,本发明使用荧光团Cy5,这是一种Sulfoindocyanine染料(Mujumdar et al.,1993)。
通常,特别是如果标记物是连接于寡核苷酸的一种基团,其应该连接于通用引物的寡核苷酸序列的5’端。
由于通用引物是标记的,因此尽管嵌合引物没有标记,本发明仍然在扩增的同时实现了非常高效的标记,同时可以使用未经事先标记的各种嵌合引物。
嵌合引物
本发明所用的嵌合引物在其5’端具有通用部分且在其3’端具有血细胞抗原特异性部分。通用部分的寡核苷酸序列对应于通用引物的序列,在此对其不需要进一步阐述。
至于嵌合引物的血细胞抗原特异性部分,最优选的是这些部分具有相似的Tm值,无论是与混合物中的其他嵌合引物的血细胞抗原特异性部分相比,还是与所用的通用引物相比,均是如此。因此,优选的是嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的Tm值在50至70℃之间,更优选地在55至65℃之间,且最优选地在56至62℃之间。此外,嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的长度优选地为12至35个碱基,更优选地为15至30个,或者更加优选地为16至25个碱基。
此外,所选定的嵌合引物的血细胞抗原特异性部分优选地使得PCR扩增产生的寡核苷酸产物的长度为50至800、优选地80至500、最优选地100至400或300个核苷酸。产物的长度为100至200个核苷酸应该是理想的。
用于设计合适的嵌合引物的血细胞抗原特异性部分的各种软件产品是已知的。基于公众能够获得的编码血细胞抗原的基因的DNA序列,可使用软件Primer3(http://www.broad.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3www.cgi)来设计引物。可使用CELERA数据库来核实任何非特异性的基因组DNA结合,并可使用Oligo6软件(Medprobe)来核实任何引物二聚体的形成。优选地选择AG计算值低于-10kcal/mole的引物。
优选的嵌合引物列表包括以下引物:
HPA1-left      gccgcgaattcactagtgcttcaggtcacagcgaggt          SEQ ID NO:3
HPA1-right     ggccgcgggaattcgattgctccaatgtacggggtaaa         SEQ ID NO:4
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HPA15-left     gccgcgaattcactagtgtgtatcagttcttggttttgtgatg    SEQ ID NO:13
HPA15-right    ggccgcgggaattcgattaaaaccagtagccacccaag         SEQ ID NO:14
JI1/2-left     gccgcgaattcactagtggtctttcagccccatttgag         SEQ ID NO:15
JK1/2-right    ggccgcgggaattcgattgttgaaaccccagagtccaa         SEQ ID NO:16
FY1/2-left          gccgcgaattcactagtggaattcttcctatggtgtgaatga    SEQ ID NO:17
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GATAbox-right       ggccgcgggaattcgattgaaatgaggggcatagggata       SEQ ID NO:20
Fyx-left            gccgcgaattcactagtgtcatgcttttcagacctctcttc     SEQ ID NO:175
Fyx-right           ggccgcgggaattcgattcaagacgggcaccacaat          SEQ ID NO:176
KEL1/2-left         gccgcgaattcactagtgaagggaaatggccatactga        SEQ ID NO:21
KEL1/2-right        ggccgcgggaattcgattagctgtgtaagagccgatcc        SEQ ID NO:22
KEL3/4-left         gccgcgaattcactagtggcctcagaaactggaacagc        SEQ ID NO:23
KEL3/4-right        ggccgcgggaattcgattagcaaggtgcaagaacactct       SEQ ID NO:24
KEL6/7-left         gccgcgaattcactagtggcagcaccaaccctatgttc        SEQ ID NO:177
KEL6/7-right        ggccgcgggaattcgatttcaggcacaggtgagcttc         SEQ ID NO:178
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RHCEex3-right       ggccgcgggaattcgatttttttcaaaaccccggaag         SEQ ID NO:180
RHCEex5-left        gccgcgaattcactagtgggatgttctggccaagtg          SEQ ID NO:27
RHex5rev            ggccgcgggaattcgattggctgtcaccacactgactg        SEQ ID NO:28
RHDψ-left          ggccgcgggaattcgattgtagtgagctggcccatca         SEQ ID NO:29
RHDψ-right         gccgcgaattcactagtgtgtctagtttcttaccggcaagt     SEQ ID NO:30
RHD-leftB           gccgcgaattcactagtgttataataacacttgtccacaggg    SEQ ID NO:31
RHD-rightC          ggccgcgggaattcgattcggctccgacggtatc            SEQ ID NO:32
BigC-left           gccgcgaattcactagtgggccaccaccatttgaa           SEQ ID NO:33
BigC-right intron2  ggccgcgggaattcgattccatgaacatgccacttcac        SEQ ID NO:34
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RhDVI-right(rev)    gccgcgaattcactagtggccagaatcacactcctgct        SEQ ID NO:182
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MN-right       ggccgcgggaattcgattcagaggcaagaattcctcca.        SEQ ID NO:36
Ss-left        gccgcgaattcactagtgtttttctttgcacatgtcttt        SEQ ID NO:183
Ss-right       ggccgcgggaattcgatttctttgtctttacaatttcgtgtg     SEQ ID NO:184
U-left         gccgcgaattcactagtgcgctgatgttatctgtcttatttttc   SEQ ID NO:37
U-right        ggccgcgggaattcgattgatcgttccaataataccagcc       SEQ ID NO:38
DO-left        ggccgcgggaattcgatttgatccctccctatgagctg         SEQ ID NO:185
DO-right       gccgcgaattcactagtgttatatgtgctcaggttcccagt      SEQ ID NO:186
JO-left        gccgcgaattcactagtgcctggcttaaccaaggaaaa         SEQ ID NO:39
JO-right       ggccgcgggaattcgatttcatactgctgtggagtcctg        SEQ ID NO:40
Colton-left    gccgcgaattcactagtggccacgaccctctttgtct          SEQ ID NO:187
Colton-right   ggccgcgggaattcgatttacatgagggcacggaagat         SEQ ID NO:188
Diego-left     gccgcgaattcactagtgacttattcacgggcatccag         SEQ ID NO:189
Diego-right    ggccgcgggaattcgattaagctccacgttcctgaaga         SEQ ID NO:190
Wr-left        gccgcgaattcactagtgggcttcaaggtgtccaactc         SEQ ID NO:636
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Yt-left        ggccgcgggaattcgattccttcgtgcctgtggtagat         SEQ ID NO:638
Yt-right       gccgcgaattcactagtgttctgggacttctgggaatg         SEQ ID NO:639
Lu-left        gccgcgaattcactagtgggacccagagagagagagactg       SEQ ID NO:640
Lu-right       ggccgcgggaattcgattgggagtccagctggtatgg          SEQ ID NO:641。
最优选的是具有SEQ ID NO:3至40的嵌合引物。
上述软件产品能够使得本领域人员设计用于其他血细胞抗原的其他引物。本发明包括使用一组具有相同的血细胞抗原特异性部分但具有不同的通用部分的相似的嵌合引物。
引物的比例
为了实现本发明的目的,且特别是尽可能避免出现引物二聚体,重要的是仅使用最小比例的嵌合引物,而扩增主要是归因于通用引物的延伸。在实践中,所使用的通用引物的摩尔量优选地是每一嵌合引物的摩尔量的至少10倍、更优选地是至少40倍。每一扩增反应优选地使用5nM的每一嵌合引物,且每一嵌合引物对0.2μM的各种通用引物。对于每微升反应体积,每一嵌合引物的量优选地为5 femtomol(5*10-15mol),而对于每一嵌合引物对使用大约0.2pmol(0.2*10-12mol)的各种通用引物。
多重PCR条件
本发明的方法采用的多重PCR使用通用引物和嵌合引物的混合物,这些引物在反应开始时就存在。本发明所用的PCR并不区分其中仅有嵌合引物被延伸的单独的第一部分和其中仅有通用引物被延伸的第二部分。本发明在后面的PCR循环中使用的退火温度或引物延伸温度与最初的几个PCR循环中使用的退火温度或引物延伸温度相同。本发明人发现,改变反应条件以便将嵌合引物延伸转变为通用引物延伸的作法是不必要的。
多重PCR优选地使用耐热DNA聚合酶,例如Taq DNA聚合酶。也可使用其他的耐热DNA聚合酶,甚至可使用不耐热DNA聚合酶,不过这可能需要反复添加新鲜的DNA聚合酶。合适的DNA聚合酶可通过商业途径获得,例如作为多重PCR试剂盒的一个成分,如Qiagen多重试剂。此类试剂盒也含有其他必要的成分,例如所需的各种dNTP以及合适的缓冲系统。
进行PCR热循环的装置也是商品化的,例如MWG AG BiotechPrimusHT热循环仪。
本发明的扩增通常以热处理激活DNA聚合酶开始,例如95℃,15分钟。随后开始热循环,每个循环包括热变性步骤、退火步骤(以便通过杂交将引物结合于模板)和引物延伸或者延长步骤。在本发明中,热变性步骤的加热温度优选地为90至98℃,更优选地为大约94或95℃,且持续时间为15至60秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约30秒。此外,在本发明中,退火步骤的加热温度优选地为54至60℃,更优选地为大约57℃,且持续时间为60至120秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约90秒。此外,在本发明中,引物延伸步骤的加热温度优选地为68至76℃,更优选地为大约72℃,且持续时间为60至120秒(允许短些或者特别是更长些),更优选地为大约90秒。最终在引物延伸步骤的温度处理更长的时间,例如10分钟,可结束热循环。
根据可利用的时间和对精度的要求,可任意选择循环总数。总共30个循环应该就足够了,不过优选40或45或50个循环或者更多。
基因分型
多重PCR产生的是标记的扩增产物的混合物,其中理想地的情况是各产物基本上包括不同血细胞抗原的基因座的区域,该区域含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点。在绝大多数现在已知的血细胞抗原的多态性中,核苷酸多态性是单核苷酸多态性(SNP),但本发明也包括多态性位点覆盖一个以上核苷酸的情况。
已有多种用于分析标记的扩增产物混合物中存在的SNP的策略,包括产物测序,但大多数不适合进行快速、可靠的高通量基因分型。因此本发明优选地使用将多重PCR产物与含有血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针的DNA阵列相接触这一特殊的步骤。所述接触是在将扩增的寡核苷酸产物变性后进行的,例如通过加热,且进行接触的条件适合于这些产物与阵列中相应的探针发生杂交。在与探针接触前对扩增产物进行纯化并不是必要的,因此通常可以将其省略。
探针
探针是包括核苷酸多态性位点的寡核苷酸。由此,它们具有等位基因特异性。虽然它们的长度可以是自8或10个核苷酸直至数百个核苷酸不等,但本发明使用的探针的长度优选地为15至40个核苷酸,更优选地为l6或17至29或30个核苷酸。优选地,所有探针具有相似的Tm值,特别是在55至75℃的范围内,更优选地在60至70℃的范围内,或特别优选地在60至65℃的范围内。
尽管原则上针对每一血细胞抗原的每一等位基因可以仅使用一种探针,但本发明针对每一血细胞抗原的每一等位基因使用数种探针,由此增加该方法的可靠性。根据本发明,针对每一血细胞抗原的每一等位基因,所述阵列含有至少两种、优选地至少5种不同的有义探针和至少两种、优选地至少5种反义探针,它们各自覆盖核苷酸多态性位点,但覆盖的是不同的位置。优选地,这些位置位于或者靠近所述寡聚物的中心。
正如前面谈及引物的血细胞抗原特异性部分时所述,可用于设计合适的血细胞抗原等位基因特异性探针的各种软件产品是已知的(特别是Primer3软件产品)。
优选的探针列表包括如下探针(SNP被突出显示):
HPA1-allele a:
HPA-1aa       tacaggccctgcctctggg    SEQ ID NO:4l
HPA-1ab       aggccctgcctctgggct     SEQ ID NO:42
HPA-1ac       ccctgcctctgggctcacc    SEQ ID NO:43
HPA-1ad       tgcctctgggctcacctcg    SEQ ID NO:44
HPA-1ae       ctctgggctcacctcgctg    SEQ ID NO:45
HPA-1aa CR    cagcgaggtgagcccagag    SEQ ID NO:46
HPA-1ab CR    cgaggtgagcccagaggca    SEQ ID NO:47
HPA-1ac CR    ggtgagcccagaggcaggg    SEQ ID NO:48
HPA-1ad CR    agcccagaggcagggcct     SEQ ID NO:49
HPA-1ae CR    cccagaggcagggcctgta    SEQ ID NO:50
HPA1-allele b:
HPA-1ba       tacaggccctgcctccggg    SEQ ID NO:51
HPA-1bb       aggccctgcctccgggct     SEQ ID NO:52
HPA-1bc      ccctgcctccgggctcac     SEQ ID NO:53
HPA-1bd       ctgcctccgggctcacct     SEQ ID NO:54
HPA-1bc        ctccgggctcacctcgct     SEQ ID NO:55
HPA-1ba CR     agcgaggtgagcccggag     SEQ ID NO:56
HPA-1bb CR     aggtgagcccggaggcag     SEQ ID NO:57
HPA-1bc CR     gtgagcccggaggcaggg     SEQ ID NO:58
HPA-1bd CR     agcccggaggcagggcct     SEQ ID NO:59
HPA-1be CR     cccggaggcagggcctgta    SEQ ID NO:60
HPA2-allele a:
HPA-2aa        ctgacgcccacacccaag     SEQ ID NO:61
HPA-2ab        ctcctgacgcccacaccc     SEQ ID NO:62
HPA-2ac        ggctcctgacgcccacac     SEQ ID NO:63
HPA-2ad        agggctcctgacgcccac     SEQ ID NO:64
HPA-2ae        ccagggctcctgacgccc     SEQ ID NO:65
HPA-2aa CR     cttgggtgtgggcgtcag     SEQ ID NO:66
HPA-2ab CR     gggtgtgggcgtcaggag     SEQ ID NO:67
HPA-2ac CR     gtgtgggcgtcaggagcc     SEQ ID NO:68
HPA-2ad CR     gtgggcgtcaggagccct     SEQ ID NO:69
HPA-2ac CR     gggcgtcaggagccctgg     SEQ ID NO:70
HPA2-allele b:
HPA-2ba        cctgatgcccacacccaag    SEQ ID NO:71
HPA-2bb        ctcctgatgcccacaccca    SEQ ID NO:72
HPA-2bc        ggctcctgatgcccacacc    SEQ ID NO:73
HPA-2bd        agggctcctgatgcccaca    SEQ ID NO:74
HPA-2be        ccagggctcctgatgccc     SEQ ID NO:75
HPA-2ba CR     cttgggtgtgggcatcagg    SEQ ID NO:76
HPA-2bb CR     tgggtgtgggcatcaggag    SEQ ID NO:77
HPA-2bc CR     ggtgtgggcatcaggagcc     SEQ ID NO:78
HPA-2bd CR     tgtgggcatcaggagccct    SEQ ID NO:79
HPA-2be CR     gggcatcaggagccctgg     SEQ ID NO:80
HPA3-allele a:
HPA-3aa        ccatccccagcccctccc     SEQ ID NO:81
HPA-3ab        gcccatccccagcccctc     SEQ ID NO:82
HPA-3ac        ctgcccatccccagcccc     SEQ ID NO:83
HPA-3ad1       gctgcccatccccagccc     SEQ ID NO:84
HPA-3ad        ggctgcccatccccagcc     SEQ ID NO:85
HPA-3ad2       gggctgcccatccccagc     SEQ ID NO:86
HPA-3ae        ggggctgcccatcccca      SEQ ID NO:87
HPA-3aa CR     gggaggggctggggatgg     SEQ ID NO:88
HPA-3ab CR     gaggggctggggatgggc     SEQ ID NO;89
HPA-3ac CR     ggggctggggatgggcag     SEQ ID NO:90
HPA-3ad1 CR    gggctggggatgggcagc     SEQ ID NO:91
HPA-3ad CR             ggctggggatgggcagcc                   SEQ ID NO:92
HPA-3ad2 CR            gctggggatgggcagccc                   SEQ ID NO:93
HPA-3ae CR             tggggatgggcagcccc                    SEQ ID NO:94
HPA3-allele b:
HPA-3ba                ccagccccagcccctcc                    SEQ ID NO:95
HPA-3bb                gcccagccccagcccct                    SEQ ID NO:96
HPA-3bc                ctgcccagccccagccc                    SEQ ID NO:97
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HPA-3bd                ggctgcccagccccagc                    SEQ ID NO:99
HPA-3bd2               gggctgcccagccccag                    SEQ ID NO:100
HPA-3be                ggggctgcccagcccca                    SEQ ID NO:101
HPA-3ba CR             gaggggctggggctgg                     SEQ ID NO:102
HPA-3bb CR             aggggctggggctgggc                    SEQ ID NO:103
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HPA-33bd CR            gctggggctgggcagcc                    SEQ ID NO:106
HPA-3bd2 CR            ctggggctgggcagccc                    SEQ ID NO:107
HPA-3be CR             tggggctgggcagcccc                    SEQ ID NO:108
HPA4-allele a:
HPA-4aa                gccacccagatgcgaaag                   SEQ ID NO:109
HPA-4ab                cacccagatgcgaaagct                   SEQ ID NO:110
HPA-4ac                cccagatgcgaaagctca                   SEQ ID NO:111
HPA-4ad                cagatgcgaaagctcacc                   SEQ ID NO:112
HPA-4ae                gatgcgaaagctcaccag                   SEQ ID NO:113
HPA-4aa CR             ctggtgagctttcgcatc                   SEQ ID NO:114
HPA-4ab CR             ggtgagctttcgcatctg                   SEQ ID NO:115
HPA-4ac CR             tgagctttcgcatctggg                   SEQ ID NO:116
HPA-4ad CR             agctttcgcatctgggtg                   SEQ ID NO:117
HPA-4ac CR             ctttcgcatctgggtggc                   SEQ ID NO:118
HPA4-allele b:
HPA-4ba                gccacccagatgcaaaag                   SEQ ID NO:119
HPA-4bb                ccacccagatgcaaaagct                  SEQ ID NO:120
HPA-4bc                acccagatgcaaaagctcac                 SEQ ID NO:121HPA-4bd                cagatgcaaaagctcacca                  SEQ ID NO:122
HPA-4be                gatgcaaaagctcaccagtaa                SEQ ID NO:123
HPA-4ba CR             ttactggtgagcttttgcatc                SEQ ID NO:124
HPA-4bb CR             tggtgagcttttgcatctg                  SEQ ID NO:125
HPA-4bc CR             gtgagcttttgcatctgggt                 SEQ ID NO:126
HPA-4bd CR             agcttttgcatctgggtgg                  SEQ ID NO:127
HPA-4be CR             cttttgcatctgggtggc                   SEQ ID NO:128
HPA5-allele a:
HPA-5aa                gagtctacctgtttactatcaaagagg           SEQ ID NO:129
HPA-5ab                agtctacctgtttactatcaaagaggta          SEQ ID NO:130
HPA-5ac                gtctacctgtttactatcaaagaggtaa          SEQ ID NO:131
HPA-5ad                ctacctgtttactatcaaagaggtaaaa          SEQ ID NO:132
HPA-5ae                acctgtttactatcaaagaggtaaaaa           SEQ ID NO:133
HPA-5aa CR             tttttacctctttgatagtaaacaggt           SEQ ID NO:134
HPA-5ab CR             ttttacctctttgatagtaaacaggtag          SEQ ID NO:135
HPA-5ac CR             ttacctctttgatagtaaacaggtagac          SEQ ID NO:136
HPA-5ad CR             tacctctttgatagtaaacaggtagact          SEQ ID NO:137
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HPA5-allele b:
HPA-5ba                gagtctacctgtttactatcaaaaagg           SEQ ID NO:139
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HPA15-allele a:
Gov-aa                 ttattatcttgacttcagttacaggattt         SEQ ID NO:149
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Gov-ad                 cttcagttacaggatttaccaagaat            SEQ ID NO:152
Gov-ac                 cagttacaggatttaccaagaatttg            SEQ ID NO:153
Gov-aa CR              caaattcttggtaaatcctgtaactg            SEQ ID NO:154
Gov-ab CR              attcttggtaaatcctgtaactgaag            SEQ ID NO:155
Gov-ac CR              tggtaaatcctgtaactgaagtcaa             SEQ ID NO:156
Gov-ad CR              ggtaaatcctgtaactgaagtcaaga            SEQ ID NO:157
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HPA15-allele b:
Gov-ba                 tatcttgacttcagttccaggatt              SEQ ID NO:159
Gow-bb                 cttgacttcagttccaggatttac              SEQ ID NO:160
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Gov-bd                 ttcagttccaggatttaccaag                SEQ ID NO:162
Gov-be                 cagttccaggatttaccaagaatt              SEQ ID NO:163
Gov-ba CR              aattcttggtaaatcctggaactg              SEQ ID NO:164
Gov-bb CR                cttggtaaatcctggaactgaa               SEQ ID NO:165
Gov-bc CR                ggtaaatcctggaactgaagtca              SEQ ID NO:166
Gov-bd CR                gtaaatcctggaactgaagtcaag             SEQ ID NO:167
Gov-bc CR                aatcctggaactgaagtcaagata.            SEQ ID NO:168
Colton-a-allele:
Co.a.1                   aacaaccagacggcggt                    SEQ ID NO:191
Co.a.2                   accagacggcggtccag                    SEQ ID NO:192
Co.a.3                   cagacggcggtccagga                    SEQ ID NO:193
Co.a.4                   gacggcggtccaggacaa                   SEQ ID NO:194
Co.a.5                   cggcggtccaggacaac                    SEQ ID NO:195
Co.a.1.cr                gttgtcctggaccgccgt                   SEQ ID NO:196
Co.a.2.cr                tcctggaccgccgtctg                    SEQ ID NO:197
Co.a.3.cr                ctggaccgccgtctggt                    SEQ ID NO:198
Co.a.4.cr                ggaccgccgtctggttg                    SEQ ID NO:199
Co.a.5.cr                accgccgtctggttgtt                    SEQ ID NO:200
Colton-b-allele:
Co.b.1                   ggaacaaccagacggtggt                  SEQ ID NO:201
Co.b.2                   acaaccagacggtggtccag                 SEQ ID NO:202
Co.b.3                   accagacggtggtccagga                  SEQ ID NO:203
Co.b.4                   gacggtggtccaggacaacg                 SEQ ID NO:204
Co.b.5                   cggtggtccaggacaacg                   SEQ ID NO:205
Co.b.1.cr                cgttgtcctggaccaccgt                  SEQ ID NO:206
Co.b.2.cr                ttgtcctggaccaccgtctg                 SEQ ID NO:207
Co.b.3.cr                ctggaccaccgtctggttgt                 SEQ ID NO:208
Co.b.4.cr                ggaccaccgtctggttgttc                 SEQ ID NO:209
Co.b.5.cr                accaccgtctggttgttcc                  SEQ ID NO:210
Diego-a-allele:
Di.a.1                   gtgaagtccacgccggc                    SEQ ID NO:211
Di.a.2                   gaagtccacgccggcct                    SEQ ID NO:212
Di.a.3                   agtccacgccggcctcc                    SEQ ID NO:213
Di.a.4                   tccacgccggcctccct                    SEQ ID NO:214
Di.a.5                   acgccggcctccctggcc                   SEQ ID NO:215
Di.a.1.cr                gccagggaggccggcgt                    SEQ ID NO:216
Di.a.2.cr                agggaggccggcgtgga                    SEQ ID NO:217
Di.a.3.cr                ggaggccggcgtggact                    SEQ ID NO:218
Di.a.4.cr                aggccggcgtggacttc                    SEQ ID NO:219
Di.a.5.cr                ggccggcgtggacttca                    SEQ ID NO:220
Diego-b-allele:
Di.b.1                   ggtgaagtccacgctggc                   SEQ ID NO:221
Di.b.2                   gtgaagtccacgctggcct                  SEQ ID NO:222
Di.b.3                   tgaagtccacgctggcctcc                   SEQ ID NO:223
Di.b.4                   gaagtccacgctggcctccct                  SEQ ID NO:224
Di.b.5                   acgctggcctccctggccc                    SEQ ID NO:225
Di.b.1.cr                ggccagggaggccagcgt                     SEQ ID NO:226
Di.b.2.cr                cagggaggccagcgtgga                     SEQ ID NO:227
Di.b.3.cr                agggaggccagcgtggact                    SEQ ID NO:228
Di.b.4.cr                ggaggccagcgtggacttc                    SEQ ID NO:229
Di.b.5.cr                ggccagcgtggacttcacc                    SEQ ID NO:230
Diego Wr-a-allele:
Wr.a.1                   tgggcttgcgttccaagt                     SEQ ID NO:231
Wr.a.2                   ggcttgcgttccaagtttc                    SEQ ID NO:232
Wr.a.3                   ttgcgttccaagtttccca                    SEQ ID NO:233
Wr.a.4                   cgttccaagtttcccatct                    SEQ ID NO:234
Wr.a.5                   tccaagtttcccatctgga                    SEQ ID NO:235
Wr.a.1 CR                tccagatgggaaacttgga                    SEQ ID NO:236
Wr.a.2 CR                agatgggaaacttggaacg                    SEQ ID NO:237
Wr.a.3 CR                tgggaaacttggaacgcaa                    SEQ ID NO:238
Wr.a.4 CR                gaaacttggaacgcaagcc                    SEQ ID NO:239
Wr.a.5 CR                acttggaacgcaagccca                     SEQ ID NO:240
Diego Wr-b-allele:2
Wr.b.1                   gggcttgcgttccgagtt                     SEQ ID NO:241
Wr.b.2                   gcttgcgttccgagtttc                     SEQ ID NO:242
Wr.b.3                   ttgcgttccgagtttccc                     SEQ ID NO:243
Wr.b.4                   cgttccgagtttcccatc                     SEQ ID NO:244
Wr.b.5                   tccgagtttcccatctgg                     SEQ ID NO:245
Wr.b.1 CR                ccagatgggaaactcgga                     SEQ ID NO:246
Wr.b.2 CR                gatgggaaactcggaacg                     SEQ ID NO:247
Wr.b.3 CR                gggaaactcggaacgcaa                     SEQ ID NO:248
Wr.b.4 CR                gaaactcggaacgcaagc                     SEQ ID NO:249
Wr.b.5 CR                aactcggaacgcaagccc                     SEQ ID NO:250
Dombrock-a-allele:
Do.a.1                   taccacccaagaggaaact                    SEQ ID NO:251
Do.a.2                   ccacccaagaggaaactgg                    SEQ ID NO:252
Do.a.3                   acccaagaggaaactggttg                   SEQ ID NO:253
Do.a.4                   caagaggaaactggttgca                    SEQ ID NO:254
Do.a.5                   aggaaactggttgcagttga                   SEQ ID NO:255
Do a 6 cr                ctcaactgcaaccagtttcc                   SEQ ID NO:256
Do a 7 cr                caactgcaaccagtttcctc                   SEQ ID NO:257
Do a 8 cr                tgcaaccagtttcctcttgg                   SEQ ID NO:258
Do a 9 cr                accagtttcctcttgggtgg                   SEQ ID NO:259
Do a 10 cr                cagtttcctcttgggtggta                 SEQ ID NO:260
Dombrock-b-allele:
Do.b.1                    taccacccaagaggagact                  SEQ ID NO:261
Do.b.2                    ccacccaagaggagactgg                  SEQ ID NO:262
Do.b.3                    acccaagaggagactggttg                 SEQ ID NO:263
Do.b.4                    caagaggagactggttgca                  SEQ ID NO:264
Do.b.5                    aggagactggttgcagttga                 SEQ ID NO:265
Do b 6 cr                 ctcaactgcaaccagtctcc                 SEQ ID NO:266
Do b 7 cr                 caactgcaaccagtctcctc                 SEQ ID NO:267
Do b 8 cr                 tgcaaccagtctcctcttgg                 SEQ ID NO:268
Do b 9 cr                 accagtctcctcttgggtgg                 SEQ ID NO:269
Do b 10 cr                cagtctcctcttgggtggt                  SEQ ID NO:270
Dombrock-Joseph(a) positive allele:
Jo.a.pos. 1               ccccagaacatgactaccac                 SEQ ID NO:271
Jo.a.pos.2                ccagaacatgactaccacaca                SEQ ID NO:272
Jo.a.pos.3                agaacatgactaccacacacgc               SEQ ID NO:273
Jo.a.pos.4                catgactaccacacacgctgt                SEQ ID NO:274
Jo.a.pos.5                actaccacacacgctgtgg                  SEQ ID NO:275
Jo.a.pos.1.cr             gccacagcgtgtgtggtagt                 SEQ ID NO:276
Jo.a.pos.2.cr             acagcgtgtgtggtagtcatg                SEQ ID NO:277
Jo.a.pos.3.cr             agcgtgtgtggtagtcatgtt                SEQ ID NO:278
Jo.a.pos.4.cr             cgtgtgtggtagtcatgttctg               SEQ ID NO:279
Jo.a.pos.5.cr             gtggtagtcatgttctgggg                 SEQ ID NO:280
Dombrock-Joscph(a)negative allele:
Jo.a.neg.1                ctaccccagaacatgactatcac              SEQ ID NO:281
Jo.a.neg.2                cccagaacatgactatcacaca               SEQ ID NO:282
Jo.a.neg.3                cagaacatgactatcacacacgc              SEQ ID NO:283
Jo.a.neg.4                catgactatcacacacgctgtg               SEQ ID NO:284
Jo.a.neg.5                actatcacacacgctgtggc                 SEQ ID NO:285
Jo.a.neg.1.cr             aatagccacagcgtgtgtgatagt             SEQ ID NO:286
Jo.a.ncg.2.cr             cacagcgtgtgtgatagtcatg               SEQ ID NO:287
Jo.a.neg.3.cr             cagcgtgtgtgatagtcatgtt               SEQ ID NO:288
Jo.a.neg.4.cr             cgtgtgtgatagtcatgttctgg              SEQ ID NO:289
Jo.a.neg.5.cr             gtgatagtcatgttctggggtag              SEQ ID NO:290
Duffy-a-allele:
Fy.A.1                    ccagatggagactatggtgcc                SEQ ID NO:291
Fy.A.2                    atggagactatggtgccaac                 SEQ ID NO:292
Fy.A.3                    ggagactatggtgccaacctg                SEQ ID NO:293
Fy.A.4                    gactatggtgccaacctgga                 SEQ ID NO:294
Fy.A.5                    tatggtgccaacctggaag                  SEQ ID NO:295
Fy.A.1.cr                 cttccaggttggcaccata                    SEQ ID NO:296
Fy.A.2.cr                 tccaggttggcaccatagtc                   SEQ ID NO:297
Fy.A.3.cr                 aggttggcaccatagtctcc                   SEQ ID NO:298
Fy.A.4.cr                 gttggcaccatagtctccat                   SEQ ID NO:299
Fy.A.5.cr                 gcaccatagtctccatctgg                   SEQ ID NO:300
Duffy-b-allele:
Fy.B.1                    cccagatggagactatgatgcc                 SEQ ID NO:301
Fy.B.2                    gatggagactatgatgccaac                  SEQ ID NO:302
Fy.B.3                    tggagactatgatgccaacctg                 SEQ ID NO:303
Fy.B.4                    gactatgatgccaacctggaa                  SEQ ID NO:304
Fy.B.5                    tatgatgccaacctggaagc                   SEQ ID NO:305
Fy.B.1.cr                 gcttccaggttggcatcata                   SEQ ID NO:306
Fy.B.2.cr                 ttccaggttggcatcatagtc                  SEQ ID NO:307
Fy.B.3.cr                 caggttggcatcatagtctcc                  SEQ ID NO:308
Fy.B.4.cr                 gttggcatcatagtctccatc                  SEQ ID NO:309
Fy.B.5.cr                 gcatcatagtctccatctggg                  SEQ ID NO:310
Duffy GATAbox-normal-allele:
Fy.GATA.normal.1          agtccttggctcttatcttg                   SEQ ID NO:311
Fy.GATA.normal.2          agtccttggctcttatcttgga                 SEQ ID NO:312
Fy.GATA.normal.3          cttggctcttatcttggaagc                  SEQ ID NO:313
Fy.GATA.normal.4          gctcttatcttggaagcacagg                 SEQ ID NO:314
Fy.GATA.normal.5          cttatcttggaagcacaggcgc                 SEQ ID NO:315
Fy.GATA.normal.1.cr       gcctgtgcttccaagataag                   SEQ ID NO:316
Fy.GATA.normal.2.cr        tgtgcttccaagataagagc                   SEQ ID NO:317
Fy.GATA.normal.3.cr       tgcttccaagataagagcca                   SEQ ID NO:318
Fy.GATA.normal.4.cr       ttccaagataagagccaagga                  SEQ ID NO:319
Fy.GATA.normal.5.cr       caagataagagccaaggact                   SEQ ID NO:320
Duffy GATAbox-mutation-allele:
Fy.GATA.mut.1             tccttggctcttaccttg                     SEQ ID NO:321
Fy.GATA.mut.2             tccttggctcttaccttgga                   SEQ ID NO:322
Fy.GATA.mut.3             tggctcttaccttggaagc                    SEQ ID NO:323
Fy.GATA.mut.4             gctcttaccttggaagcacag                  SEQ ID NO:324
Fy.GATA.mut.5             cttaccttggaagcacaggcg                  SEQ ID NO:325
Fy.GATA.mut.1.cr          cctgtgcttccaaggtaag                    SEQ ID NO:326
Fy.GATA.mut.2.cr          gtgcttccaaggtaagagc                    SEQ ID NO:327
Fy.GATA.mut.3.cr          gcttccaaggtaagagcca                    SEQ ID NO:328
Fy.GATA.mut.4.cr          ttccaaggtaagagccaagg                   SEQ ID NO:329
Fy.GATA.mut.5.cr          caaggtaagagccaagga                     SEQ ID NO:330
Duffy Fyx-normal-allele:
Fy.X.(b).1                ttttcagacctctcttccgct                  SEQ ID NO:331
Fy.X.(b).2                agacctctcttccgctggc                    SEQ ID NO:332
Fy.X.(b).3                ctctcttccgctggcagc                     SEQ ID NO:333
Fy.X.(b).4                ctcttccgctggcagctc                     SEQ ID NO:334
Fy.X.(b).5                cttccgctggcagctctg                     SEQ ID NO:335
Fy.X.(b).1.cr             cagagctgccagcggaa                      SEQ ID NO:336
Fy.X.(b).2.cr             agctgccagcggaagag                      SEQ ID NO:337
Fy.X.(b).3.cr             ctgccagcggaagagagg                     SEQ ID NO:338
Fy.X.(b).4.cr             gccagcggaagagaggtc                     SEQ ID NO:339
Fy.X.(b).5.cr             cagcggaagagaggtctg                     SEQ ID NO:340
Duffy Fyx-mutation-allele:
Fy.X.1                    gcttttcagacctctcttctgct                SEQ ID NO:341
Fy.X.2                    tcagacctctcttctgctggc                  SEQ ID NO:342
Fy.X.3                    acctctcttctgctggcagc                   SEQ ID NO:343
Fy.X.4                    ctcttctgctggcagctctg                   SEQ ID NO:344
Fy.X.5                    cttctgctggcagctctgc                    SEQ ID NO:345
Fy.X.1.cr                 gcagagctgccagcagaa                     SEQ ID NO:346
Fy.X.2.cr                 gagctgccagcagaagagag                   SEQ ID NO:347
Fy.X.3.cr                 agctgccagcagaagagagg                   SEQ ID NO:348
Fy.X.4.cr                 gccagcagaagagaggtctg                   SEQ ID NO:349
Fy.X.5.cr                 cagcagaagagaggtctgaaa                  SEQ ID NO:350
Kidd-allele-a:
Jk.a.1                    cagccccatttgaggaca                     SEQ ID NO:351
Jk.a.2                    gccccatttgaggacatcta                   SEQ ID NO:352
Jk.a.3                    ccatttgaggacatctactttg                 SEQ ID NO:353
Jk.a.4                    atttgaggacmctactttgga                  SEQ ID NO:354
Jk.a.5                    gaggacatctactttggactct                 SEQ ID NO:355
Jk.a.1.cr                 cagagtccaaagtagatgtcctc                SEQ ID NO:356
JK.a.2.cr                 agtccaaaagatgtcctcaaa                  SEQ ID NO:357
Jk.a.3.cr                 aaagtagatgtcctcaaatggg                 SEQ ID NO:358
Jk.a.4 cr                 tagatgtcctcaaatggggc                   SEQ ID NO:359
Jk.a.5.cr                 atgtcctcaaatggggctg                    SEQ ID NO:360
Kidd-allele-b:
Jk.b.1                    tcagccccatttgagaaca                    SEQ ID NO:361
Jk.b.2                    gccccaatgagaacatcta                    SEQ ID NO:362
Jk.b.3                    cccatttgagacatctactttg                 SEQ ID NO:363
Jk.b.4                    atttgagaacatctactttggac                SEQ ID NO:364
Jk.b.5                    gagaacatctactttggactctg                SEQ ID NO:365
Jk.b.1.cr                 ccagagtccaaagtagatgttctc               SEQ ID NO:366
Jk.b.2.cr                 agagtccaaagtagatgttctcaaa              SEQ ID NO:367
Jk.b.3.cr                 ccaaagtagatgttctcaaatgg                SEQ ID NO:368
Jk.b.4.cr               agtagatgttctcaaatggggc                SEQ ID NO:369
Jk.b.5.cr               atgttctcaaatggggctga                  SEQ ID NO:370
Kell-K1-allele:
KEL.1.1                 tccttaaactttaaccgaatgct               SEQ ID NO:371
KEL.1.2                 ttaaactttaaccgaatgctgaga              SEQ ID NO:372
KEL.1.3                 aactttaaccgaatgctgagactt              SEQ ID NO:373
KEL.1.4                 aaccgaatgctgagacttctg                 SEQ ID NO:374
KEL.1.5                 cgaatgctgagacttctgatgag               SEQ ID NO:375
KEL 1.6 CR              actcatcagaagtctcagcattc               SEQ ID NO:376
KEL 1.7 CR              tcagaagtctcagcattcggt                 SEQ ID NO:377
KEL 1.8 CR              aagtctcagcattcggttaaag                SEQ ID NO:378
KEL 1.9 CR              tctcagcattcggttaaagtttaa              SEQ ID NO:379
KEL 1.10 CR             agcattcggttaaagtttaagga               SEQ ID NO:380
Kell-K2-allele:
KEL.2.1                 ccttaaactttaaccgaacgct                SEQ ID NO:381
KEL.2.2                 aactttaaccgaacgctgaga                 SEQ ID NO:382
KEL.2.3                 ctttaaccgaacgctgagactt                SEQ ID NO:383
KEL.2.4                 aaccgaacgctgagacttct                  SEQ ID NO:384
KEL.2.5                 cgaacgctgagacttctgatg                 SEQ ID NO:385
KEL 2.6 CR              tcatcagaagtctcagcgttc                 SEQ ID NO:386
KEL 2.7 CR              cagaagtctcagcgttcggt                  SEQ ID NO:387
KEL 2.8 CR              agtctcagcgttcggttaaag                 SEQ ID NO:388
KEL 2.9 CR              tctcagcgttcggttaaagtt                 SEQ ID NO:389
KEL 2.10 CR             agcgttcggttaaagtttaagg                SEQ ID NO:390
Kell-K3-allele:
KEL.3.1                 aatctccatcacttcatggct                 SEQ ID NO:391
KEL.3.2                 tccatcacttcatggctgtt                  SEQ ID NO:392
KEL.3.3                 atcacttcatggctgtcca                   SEQ ID NO:393
KEL.3.4                 acttcatggctgttccagtt                  SEQ ID NO:394
KEL.3.5                 tcatggctgttccagtttc                   SEQ ID NO:395
KEL.3.1.cr              agaaactggaacagccatgaa                 SEQ ID NO:396
KEL.3.2.cr              aactggaacagccatgaagtg                 SEQ ID NO:397
KEL.3.3.cr              tggaacagccatgaagtgatg                 SEQ ID NO:398
KEL.3.4.cr              acagccatgaagtgatggag                  SEQ ID NO:399
KEL.3.5.cr              gccatgaagtgatggagatt                  SEQ ID NO:400
Kell-K4-allele:
KEL.4.1                 tctccatcacttcacggct                   SEQ ID NO:401
KEL.4.2                 ccatcacttcacggctgtt                   SEQ ID NO:402
KEL.4.3                 cacttcacggctgttcca                    SEQ ID NO:403
KEL.4.4                 acttcacggctgttccag                    SEQ ID NO:404
KEL.4.5                  tcacggctgttccagttt                    SEQ ID NO:405
KEL.4.1.cr               aaactggaacagccgtgaa                   SEQ ID NO:406
KEL.4.2.cr               ctggaacagccgtgaagtg                   SEQ ID NO:407
KEL.4.3.cr               ggaacagccgtgaagtgatg                  SEQ ID NO:408
KEL.4.4.cr               acagccgtgaagtgatgg                    SEQ ID NO:409
KEL.4.5.cr               gccgtgaagtgatggaga                    SEQ ID NO:410
Kell-K6-allele:
KEL.6.1                  tactgcctgggggctgccccgcc               SEQ ID NO:411
KEL.6.2                  tgggggctgccccgcctgt                   SEQ ID NO:412
KEL.6.3                  gctgccccgcctgtgac                     SEQ ID NO:413
KEL.6.4                  ctgccccgcctgtgacaa                    SEQ ID NO:414
KEL.6.5                  gccccgcctgtgacaac                     SEQ ID NO:415
KEL.6.1.cr               gttgtcacaggcggggc                     SEQ ID NO:416
KEL.6.2.cr               ttgtcacaggcggggcag                    SEQ ID NO:417
KEL.6.3.cr               tcacaggcggggcagccc                    SEQ ID NO:418
KEL.6.4.cr               acaggcggggcagccccca                   SEQ ID NO:419
KEL.6.5.cr               aggcggggcagccccca                     SEQ ID NO:420
Kell-K7-allele:
KEL.7.1                  actgcctgggggctgcctcgcc                SEQ ID NO:421
KEL.7.2                  cctgggggctgcctcgcctgt                 SEQ ID NO:422
KEL.7.3                  ggctgcctcgcctgtgac                    SEQ ID NO:423
KEL.7.4                  ctgcctcgcctgtgacaacc                  SEQ ID NO:424
KEL.7.5                  gcctcgcctgtgacaacc                    SEQ ID NO:425
KEL.7.1.cr               ggttgtcacaggcgaggc                    SEQ ID NO:426
KEL.7.2.cr               ggttgtcacaggcgaggcag                  SEQ ID NO:427
KEL.7.3.cr               ttgtcacaggcgaggcagccc                 SEQ ID NO:428
KEL.7.4.cr               acaggcgaggcagcccccagg                 SEQ ID NO:429
KEL.7.5.cr               aggcgaggcagcccccagg                   SEQ ID NO:430
Lutheran a-allele:
Lu.a.1                   ggagctcgcccccgcct                     SEQ ID NO:431
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L.u.a.3                  cgcccccgcctagcctc                     SEQ ID NO:433
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Lu.a.1 CR                agccgaggctaggcggg                     SEQ ID NO:436
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Lu.a.5 CR                aggcggggggcgagctcc                    SEQ ID NO:440
Lutheran b-allele:
Lu.b.1                    gggagctcgcccccacct                     SEQ ID NO:441
Lu.b.2                    gagctcgcccccacctagc                    SEQ ID NO:442
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Lu.b.4                    cccccacctagcctcggct                    SEQ ID NO:444
Lu.b.5                    cccacctagcctcggctga                    SEQ ID NO:445
Lu.b.1 CR                 tcagccgaggctaggtggg                    SEQ ID NO:446
Lu.b.2 CR                 agccgaggctaggtggggg                    SEQ ID NO:447
Lu.b.3 CR                 gaggctaggtgggggcgag                    SEQ ID NO:448
Lu.b.4 CR                 gctaggtgggggcgagctc                    SEQ ID NO:449
Lu.b.5 CR                 aggtgggggcgagctccc                     SEQ ID NO:450
MNS M-allele:
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M.3.cr                    ccacaccagtggtacttgatg                  SEQ ID NO:458
M.4.cr                    accagtggtacttgatgct                    SEQ ID NO:459
M.5.cr                    cttgatgctgatatgctcac                   SEQ ID NO:460
MNS N-allele:
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N.2                       atcagcattaagtaccactgagg                SEQ ID NO:462
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N.4                       accactgaggtggcaatgc                    SEQ ID NO:464
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N.3.cr                    ccacctcagtggtacttaatgc                 SEQ ID NO:468
N.4.cr                    cctcagtggtacttaatgct                   SEQ ID NO:469
N.5.cr                    cttaatgctgatatgctcaca                  SEQ ID NO:470
MNS S-allele:
big.S.1                   tttgctttataggagaaatggga                SEQ ID NO:471
big.S.2                   ctttataggagaaatgggaca                  SEQ ID NO:472
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big.S.4                   gagaaatgggacaacttgtcc                  SEQ ID NO:474
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big. S.3.cr               aagttgtcccatttctcctata                SEQ ID NO:478
big S.4.cr                tgtcccatttctcctataaagca               SEQ ID NO:479
big.S.5.cr                cccatttctcctataaagcaaaa               SEQ ID NO:480
MNS s-allele:
little.s.1                tgctttataggagaaacggga                 SEQ ID NO:481
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little.s.1.cr             tggacaagttgtcccgttt                   SEQ ID NO:486
little.s.2.cr             acaagttgtcccgtttctcc                  SEQ ID NO:487
little.s.3.cr             agttgtcccgtttctcctata                 SEQ ID NO:488
little.s.4.cr             tgtcccgtttctcctataaagc                SEQ ID NO:489
little.s.5.cr             cccgtttctcctataaagca                  SEQ ID NO:490
MNS U-positive-allele:
U.pos.1                   ttgctgctctctttagctcc                  SEQ ID NO:491
U.pos.2                   ctctctttagctcctgtagtgat               SEQ ID NO:492
U.pos.3                   agctcctgtagtgataatactca               SEQ ID NO:493
U.pos.4                   gtagtgataatactcattatttttg             SEQ ID NO:494
U.pos.5                   taatactcattatttttggggtg               SEQ ID NO:495
U.pos.1.cr                caccccaaaaataatgagtatta               SEQ ID NO:496
U.pos.2.cr                caaaaataatgagtattatcactaca            SEQ ID NO:497
U.pos.3.cr                agtattatcactacaggagctaaa              SEQ ID NO:498
U.pos.4.cr                atcactacaggagctaaagag                 SEQ ID NO:499
U.pos.5.cr                gagctaaagagagcagcaaa                  SEQ ID NO:500
MNS U-negative-allele:
U.neg.1                   ttttgctgctctctttatctcc                SEQ ID NO:501
U.neg.2                   gctctctttatctcctgtagagat              SEQ ID NO:502
U.neg.3                   tatctcctgtagagataacactca              SEQ ID NO:503
U.neg.4                   gtagagataacactcattattttt              SEQ ID NO:504
U.neg.5                   taacactcattatttttggggt                SEQ ID NO:505
U.neg.1.cr                accccaaaaataatgagtgtta                SEQ ID NO:506
U.neg.2.cr                aaaaataatgagtgttatctctaca             SEQ ID NO:507
U.neg.3.cr                agtgttatctctacaggagataaa              SEQ ID NO:508
U.neg.4.cr                atctctacaggagataaagagag               SEQ ID NO:509
U.neg.5.cr                gagataaagagagcagcaaaatta              SEQ ID NO:510
Rhesus C-allele(307T):
Rh.big.C.1                tgagccagttcccttctgg                   SEQ ID NO:511
Rh.big.C.2                gagccagttcccttctgg                    SEQ ID NO:512
Rh.big.C.3                ctgagccagttcccttctg                   SEQ ID NO:513
Rh.big.C.4                 ccttctgggaaggtggtc                    SEQ ID NO:514
Rh.big.C.5                 ccttctgggaaggtggtca                   SEQ ID NO:515
Rh.big.C.1.cr              tgaccaccttcccagaagg                   SEQ ID NO:516
Rh.big.C.2.cr              gaccaccttcccagaagg                    SEQ ID NO:517
Rh.big.C.3.cr              ccagaagggaactggctc                    SEQ ID NO:518
Rh.big.C.4.cr              ccagaagggaactggctca                   SEQ ID NO:519
Rh.big.C.5.cr              cagaagggaactggctcag                   SEQ ID NO:520
Rhesus c-allele(307C):
Rh.little.c.1              gagccagttccctcctgg                    SEQ ID NO:521
Rh.little.c.2              agccagttccctcctgg                     SEQ ID NO:522
Rh.little.c.3              tgagccagttccctcctg                    SEQ ID NO:523
Rh.little.c.4              cctcctgggaaggtggt                     SEQ ID NO:524
Rh.little.c.5              cctcctgggaaggtggtc                    SEQ ID NO:525
Rh.little.c.1.cr           gaccaccttcccaggagg                    SEQ ID NO:526
Rh.little.c.2.cr           accaccttcccaggagg                     SEQ ID NO:527
Rh.little.c.3.cr           ccaggagggaactggct                     SEQ ID NO:528
Rh.little.c.4.cr           ccaggagggaactggctc                    SEQ ID NO:529
Rh.little.c.5.cr           caggagggaactggctca                    SEQ ID NO:530
Rhesus BigC-intron2-specific-insert-allele:
RhC.intron.2.1             agggtgccctttgtcacttc                  SEQ ID NO:531
RhC.intron.2.2             gccctttgtcacttcccagt                  SEQ ID NO:532
RhC.intron.2.3             cctttgtcacttcccagtgg                  SEQ ID NO:533
RhC.intron.2.4             ttgtcacttcccagtggtacaa                SEQ ID NO:534
RhC.intron.2.5             tcacttcccagtggtacaatca                SEQ ID NO:535
RhC.intron.2.1.cr          gaagtgacaaagggcaccct                  SEQ ID NO:536
RhC.intron.2.2.cr          actgggaagtgacaaagggc                  SEQ ID NO:537
RhC.intron.2.3.cr          ccactgggaagtgacaaagg                  SEQ ID NO:538
RhC.intron.2.4.cr          tgtaccactgggaagtgacaaa                SEQ ID NO:539
RhC.intron.2.5.cr          tgattgtaccactgggaagtga                SEQ ID NO:540
Rhesus BigC-intron2-specitic-insert-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在bigC-intron2-specific-insert时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesus E-allele:
Rh.big.E.1               gccaagtgtcaactctcctct                  SEQ ID NO:541
Rh.big.E.2               caagtgtcaactctcctctgct                 SEQ ID NO:542
Rh.big.E.3               gtgtcaactctcctctgctgag                 SEQ ID NO:543
Rh.big.E.4               caactctcctctgctgagaagtc                SEQ ID NO:544
Rh.big.E.5               tctcctctgctgagaagtcc                   SEQ ID NO:545
Rh.big.E.1.cr            ggacttctcagcagaggagag                  SEQ ID NO:546
Rh.big.E.2.cr            cttctcagcagaggagagttga          SEQ ID NO:547
Rh.big.E.3.cr            ctcagcagaggagagttgacac          SEQ ID NO:548
Rh.big.E.4.cr            gcagaggagagttgacacttg           SEQ ID NO:549
Rh.big.E.5.cr            gaggagagttgacacttggc            SEQ ID NO:550
Rhesus c-allele:
Rh.little.e.1            gccaagtgtcaactetgctct           SEQ ID NO:551
Rh.little.e.2            caagtgtcaactctgctctgct          SEQ ID NO:552
Rh.little.e.3            tgtcaactctgctctgctgag           SEQ ID NO:553
Rh.little.e.4            caactctgctctgctgagaag           SEQ ID NO:554
Rh.little.e.5            tctgctctgctgagaagtcc            SEQ ID NO:555
Rh.little.e.1.cr         ggacttctcagcagagcagag           SEQ ID NO:556
Rh.little.e.2.cr         ttctcagcagagcagagttga           SEQ ID NO:557
Rh.little.e.3.cr         tcagcagagcagagttgacac           SEQ ID NO:558
Rh.little.e.4.cr         gcagagcagagttgacacctg           SEQ ID NO:559
Rh.little.e.5.cr         gagcagagttgacacttggc            SEQ ID NO:560
Rhesus RHD-allele:
RhD1                     ttccccacagctccatcat             SEQ ID NO:561
RhD2                     acagctccatcatgggctac            SEQ ID NO:562
RhD3                     tccatcatgggctcaacttc            SEQ ID NO:563
RhD4                     tcatgggctacaacccagct            SEQ ID NO:564
RhD5                     gggctacaacttcagcttgct           SEQ ID NO:565
RhDcr1                   agcaagctgaagttgtagccc           SEQ ID NO:566
RhDcr2                   agctgcagttgtagcccatga           SEQ ID NO:567
RhDcr3                   gaagttgtagcccatgatgg            SEQ ID NO:568
RhDcr1                   gcccatgatggagctgt               SEQ ID NO:569
RhDcr5                   tgatggagctgtggggaa              SEQ ID NO:570
Rhesus RHD-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在RHD基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesusr′s-allele:
r′s.T.1                 ggaaggtcaacttggtgca             SEQ ID NO:571
r′s.T.2                 ggaaggtcaacttggtgcagt           SEQ ID NO:572
r′s.T.3                 caacttggtgcagttggtg             SEQ ID NO:573
r′s.T.4                 acttggtgcagttggtggt             SEQ ID NO:574
r′s.T.5                 ttggtgcagttggtggtgat            SEQ ID NO:575
r′s.T.1.cr              catcaccaccaactgcacca            SEQ ID NO:576
r′s.T.2.cr              caccaccaactgcaccaagt            SEQ ID NO:577
r′s.T.3.cr              accaactgcaccaagttgac            SEQ ID NO:578
r′s.T.4.cr        actgcaccaagttgaccttcc       SEQ ID NO:579
r′s.T.5.cr        tgcaccaagttgaccttcc         SEQ ID NO:580
Rhesus r′s-negative-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在r′s基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
Rhesus DVI-allele:
PCR的设置被选择为使得仅当存在正常RHD基因时才形成PCR产物。Antitag(用于去除背景)用于计算基因分型的比率。
DVI-probes for presence normal RHD allele:
Rh.DVI.1                 atttcaaccctcttggcctt                  SEQ ID NO:581
Rh.DVI.2                 aaccctcttggcctttgttt                  SEQ ID NO:582
Rh.DVI.3                 tcttggcctttgtttccttg                  SEQ ID NO:583
Rh.DVI.4                 ggtatcagcttgagagctcg                  SEQ ID NO:584
Rh.DVI.5                 atcagcttgagagctcggag                  SEQ ID NO:585
Rh.DVI.1.cr              aaggccaagagggttgaaat                  SEQ ID NO:586
Rh.DVI.2.cr              aaacaaaggccaagagggtt                  SEQ ID NO:587
Rh.DVI.3.cr              caaggaaacaaaggccaaga                  SEQ ID NO:588
Rh.DVI.4.cr              cgagctctcaagctgatacc                  SEQ ID NO:589
Rh.DVI.5.cr              ctccgagctctcaagctgat                  SEQ ID NO:590
Rhesus RHD-Pseudogene-mutation-allele:
RhD Y 1                  tttctttgcagacttaggtgc                 SEQ ID NO:591
RhD Y 2                  ctttgcagacttaggtgcaca                 SEQ ID NO:592
RhD Y 3                  tttgcagacttaggtgcacagt                SEQ ID NO:593
RhD Y 4                  acttaggtgcacagtgcgg                   SEQ ID NO:594
RhD Y 5                  cttaggtgcacagtgcggt                   SEQ ID NO:595
RhD Y cr 1               caccgcactgtgcacctaa                   SEQ ID NO:596
RhD Y cr 2               ccgcactgtgcacctaagtc                  SEQ ID NO:597
RhD Y cr 3               gcactgtgcacctaagtctgc                 SEQ ID NO:598
RhD Y cr 4               tgcacctaagtctgcaaaga                  SEQ ID NO:599
RhD Y cr 5               cacctaagtctgcaaagaaatagcg             SEQ ID NO:600
Rhesus RHD-Pseudogcnc-normal-allele:
RhD non Y 1              ctatttctttgcagacttatgtgc              SEQ ID NO:601
RhD non Y 2              tctttgcagacttatgtgcaca                SEQ ID NO:602
RhD non Y 3              ttgcagacttatgtgcacagtg                SEQ ID NO:603
RhD non Y 4              acttatgtgcacagtgcggt                  SEQ ID NO:604
RhD non Y 5              cttatgtgcacagtgcggtg                  SEQ ID NO:605
RhD non Y cr 1           acaccgcactgtgcacataa                  SEQ ID NO:606
RhD non Y cr 2           accgcactgtgcacataagtc                 SEQ ID NO:607
RhD non Y cr 3           gcactgtgcacataagtctgc                 SEQ ID NO:608
RhD non Y cr 4            tgtgcacataagtctgcaaag                SEQ ID NO:609
RhD non Y cr 5            cacataagtctgcaaagaaatagcg            SEQ ID NO:610
Yt-a-allele:
Yt.a.1                    gcgggagacttccacgg                    SEQ ID NO:611
Yt.a.2                    gggagacttccacggcct                   SEQ ID NO:612
Yt.a.3                    gagacttccacggcctgc                   SEQ ID NO:613
Yt.a.4                    gacttccacggcctgca                    SEQ ID NO:614
Yt.a.5                    ttccacggcctgcaggta                   SEQ ID NO:615
Yt.a.1 CR                 tacctgcaggccgtggaa                   SEQ ID NO:616
Yt.a.2 CR                 tgcaggccgtggaagtc                    SEQ ID NO:617
Yt.a.3 CR                 gcaggccgtggaagtctc                   SEQ ID NO:618
Yt.a.4 CR                 aggccgtggaagtctccc                   SEQ ID NO:619
Yt.a.5 CR                 ccgtggaagtctcccgc                    SEQ ID NO:620
Yt-b-allele:
Yt.b.1                    gcgggagacttcaacggc                   SEQ ID NO:621
Yt.b.2                    gggagacttcaacggcctg                  SEQ ID NO:622
Yt.b.3                    gagacttcaacggcctgca                  SEQ ID NO:623
Yt.b.4                    gacttcaacggcctgcag                   SEQ ID NO:624
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Yt.b.3 CR                 tgcaggccgttgaagtctc                  SEQ ID NO:628
Yt.b.4 CR                 caggccgttgaagtctccc                  SEQ ID NO:629
Yt.b.5 CR                 gccgttgaagtctcccgc                   SEQ ID NO:630
使用已有的软件程序,本领域人员将能够设计出针对其他血细胞抗原等位基因的探针。
DNA阵列可以是包括例如72种不同探针的有限阵列,不过优选地所述阵列包括基本上所有以上所列的探针。
为了有助于促进探针与阵列支持物的结合并能够充分接近扩增产物,探针寡聚物通常会具有接头分子和反应基团,优选地位于寡聚物的5′端,用于与支持物结合。所有这些对于本领域人员来说都是熟知的,仅仅作为例证而言,合适的接头例如是C6(1,6-亚己基(hexamethylene),即-(CH2)6-),而合适的反应基团例如是氨基。
阵列支持物
探针位于合适的支持物上,它们通常通过化学方式与之连接。支持物可以是玻片或任何其他合适的支持物,例如塑料、硅或者多孔金属氧化物。通常要对支持物进行预处理以增强寡聚物的结合,例如通过以聚-L-赖氨酸、氨基硅烷、醛或环氧树脂(epoxy)进行包被而预处理。可以采用各种技术以实现探针的结合,例如UV照射、非特异性静电吸附、采用碳二亚胺(carbodiimide)(EDC)化学方法通过5′氨基或磷酸基团进行共价结合,等等。
为了避免非特异性杂交,通常优选地将携带探针的阵列支持物与预杂交溶液进行孵育,这是本领域人员所熟知的,而为了准备用于杂交的探针,优选地将其变性,例如通过在大约80℃或者更高的温度进行加热。
对照
为了对背景进行校正,优选地加入一些具有不存在于供者DNA中的序列的探针,可预期这些探针不与扩增产物杂交。可通过减去在这些背景对照点上测得的信号来校正在等位基因特异性探针点上测得的信号。此类背景校正探针或者Antitag的合适的实例是以下探针a3、a9、a17、a23、a27、a33、a35、a38、a42和a43:
a3      cagaccataagcacaggcgt        SEQ ID NO:631,
a9      gctcgtccacagtgcgttat        SEQ ID NO:632,
a17     cggcgttcaagcaaaccgaa        SEQ ID NO:633,
a23     gacatatagctccactcaga        SEQ ID NO:634,
a27     tagggtactgatgagcactc        SEQ ID NO:635,
a33     tcagccctatcgcaggatgt        SEQ ID NO:169,
a35     gagacacttgacagtagcca        SEQ ID NO:170,
a38     ggcagggcacctcagtttat        SEQ ID NO:171,
a42     tcaccagccagactgtgtag        SEQ ID NO:172,
a43     cttcacgcaagttgtccaga        SEQ ID NO:173。
此外,可以加入至少一种阳性探针。这种探针应该互补于加入到扩增产物中的一种标记的阳性对照寡聚物。例如阳性探针可以是以下寡聚物CS05:
CS05    gtcctgacttctagctcatg    SEQ ID NO:174,
其能够与其标记的互补物catgagctagaagtcaggac杂交,后者被加入到扩增产物混合物中,然后将混合物施加到DNA阵列上。
杂交条件
扩增产物与DNA阵列中的探针通常在50至65℃之间,优选地在大约56℃,杂交一段充分的时间,例如15分钟至10小时,更优选地为30分钟至4小时。
阵列布局
阵列的布局完全是随心所欲的。通常,一个阵列支持物可携带大量的点,这些点位于可以是彼此相同(这是优选的)或者不同的多个区(blocks)内。每个点含有一种探针,且优选地将相似的探针置于彼此相距尽可能远的点上。优选地,各个等位基因特异性探针在每个区均有一个点,此外每个区还额外含有一些对照点。这样,一个区可包括128个等位基因特异性点、5个背景对照和一个阳性对照,总共134个点。
测定荧光信号
标记的扩增产物与特定点的结合是基于这些点所发出的荧光信号而确定的。信号测定可以使用光电倍增管、扫描激光系统或者任何本领域人员已知的其他装置和技术。
评估所得数据
为了就供者DNA的血细胞抗原基因型对所得数据进行评估,可使用Genepix Pro 5.0(Axon Instruments Inc.)将荧光信号强度转化为可进一步分析(例如采用Excel分析)的信号值。
实施例
以下实施例仅用于阐述本发明,其无意于以任何方式限制本发明。在这些实施例中,实施例1在双等位基因人血小板抗原系统HPA-1至5和Gov上测试了本发明通过特定的多重PCR并结合等位基因特异性探针的DNA微阵列进行血细胞抗原基因分型的构思。对一组盲化的58份供者样品进行了这6种HPA系统的基因分型,其中仅在一个HPA系统中发现了一处偏差。可通过调整评分标准并对新的格式进行验证而克服这一偏差。然后在实施例2中证实了本发明的多重PCR以表2中的所有引物均得到良好结果。
实施例1
表1显示了点样于聚赖氨酸包被的玻片上的探针的序列和Tm值。HPA-3和5的SNP分别位于富GC区域和少GC区域。因此,这些探针较其他寡核苷酸更短些或更长些,且Tm值在60-65℃以外。使用具有16SMP 3微点样针(Telechem)的Omnigrid100微阵列仪(Genemachines),将溶解于0.4M NaHCO3(pH9.4)中的浓度为50μM的探针点样于聚-L-赖氨酸包被的玻片上。每一玻片含有48个区,每个区134个点,其对应于128种等位基因特异性探针、5种背景对照以及阳性对照CS05。相似的探针被点样于彼此相距尽可能远的点上。通过以250mJ/cm2(Stratalinkermodel 1800 UV Illuminator,Stratagene)进行UV照射使DNA交联。为防止非特异性杂交,将载片以100μl的预杂交溶液[400ng/μl酵母tRNA(Roche),400ng/μl鲱精DNA(Gibco BRL),5xDenhardt溶液,3.2xSSC和O.4%SDS]在65℃孵育30分钟。杂交前,将含有预杂交混合物的载片在80℃孵育2分钟以使得点样的DNA变性。预杂交后,将载片在2xSSC中室温条件下洗涤5分钟,共两次,并分别以70%(两次)、90%和100%的乙醇脱水各5分钟。
仅针对6种血小板抗原进行多重PCR,使用了5nM的各种HPA和gov引物(7.5nM的各种HPA-3引物)和1.2μM的各种标记了Cy5的通用引物。此外,如实施例2所述的多重PCR进行多重PCR。按照Pastinenet al.(2000)所述制备杂交反应室。使用硅橡胶格栅将玻片分成24隔不同的格。在对载片进行预加热(65℃,75分钟)的过程中,将40μl的多重PCR产物在95℃变性5分钟,置于冰上,并加入120μl冰冷的杂交溶液[2ng Cy5-标记的CS05(5′-catgagctagaagtcaggac-3′)的互补链和4xSSC]。为进行杂交,每个阵列加入80μl的该混合物并在56℃孵育3.5小时。然后将载片自600ml3xSSC中的杂交容器中取出,在50℃以2xSSC/0.1%SDS洗涤2次,在室温下以0.2xSSC洗涤2次,均各5分钟。以800rpm离心5分钟使玻片干燥,在Agilent G2565BA微阵列扫描仪中以10μm的分辨率进行扫描。光电倍增管电压持续设定在100%。每一载片分析6个不同供者的PCR产物,显示于图3。Genepix分析后,将所得数据转化成Excel。使用一组具有已知HPA分型的12个供者的样品来确定HPA评分标准。表3列出了评分标准。计算阴性对照(C)的中位信号强度Fmed平均值,将该背景值加上3个标准差自各个寡聚物的中位强度Fmed中减去,得到域值Fth,显示于表3第3栏。如果相配探针(allele a)和不相配探针(allele b)的Fth均为负值,则将该引物对自基因分型结果中排除。为进行基因分型,计算一组中的两个寡核苷酸(一个来自allele a,另一个来自allele b)的强度比率。在第6栏中计算出a-等位基因的Fmed-Fbg强度与两个等位基因的Fmed-Fbg强度之和的比率。这一公式a/(a+b)已经由Hinds etal.(2004)披露。原则上,对于基因型aa、ab或bb,这些比率的值应该分别为大约1.0、0.5或0.0。仅使用了正的Fmed-Fbg值,而负值在第5栏被设为1。随后,在第7栏中将这些比率转化为基因型。对于HPA-1、-2、-4和-5,比值超过0.75被分型为aa,低于0.25为bb,而在0.35至0.65之间为ab。由于PCR片段与代表a等位基因的探针具有高结合性,因此将HPA-3和Gov的标准分别调整为:对于aa分别为0.95和0.8,对于bb分别为0.45和0.35,对于ab分别为在0.55至0.85之间和在0.45至0.7之间。在第7栏,频率最高的基因型以橙色示出。对于每一血型、每一区和每一样品,均如此进行。使用12个供者的样品来验收那些正确预测基因型的探针组。作为用于最终评分的标准:如果预测出的是纯合子基因型,50%所使用的探针组应该预测出基因型,而如果预测出的是杂合子基因型,40%所使用的探针组应该预测出基因型(对于HPA-3为30%)。采用这些标准对一组盲化的58份样品进行基因分型。其中9份样品的结果显示于表4。所有58份样品的基因型均列于表5。56份样品的基因型可以按照本标准进行评分。仅在1份样品中获得了与其已知的基因型有偏差的结果。在该例中,33.3%的探针组指示是HPA-3bb基因型,而37.5%指示是HPA-3ab基因型,如表6所示。调整评分标准后使得分型结果完全一致。
实施例2
以表2所列的引物构建引物混合物。PCR混合物中的引物浓度也列于表2。使用Qiagen多重试剂盒进行多重PCR。在多重PCR中,退火温度在PCR过程中没有改变,使用了两种荧光标记的通用引物。更具体地,在开始时,PCR混合物含有极少量的嵌合引物(5nM)和过量的荧光标记的通用引物(每种嵌合引物0.2μM的各种通用引物)。在温度方面,PCR开始为95℃,15分钟,随后是45个循环的94℃持续30秒,57℃持续90秒,72℃持续90秒,方案以72℃持续10分钟的最后聚合步骤结束。在最初几个循环中,扩增出极少量的PCR产物,不过如图1中的8%丙烯酰胺凝胶电泳所见,其足以在随后的循环中用作通用MAPH引物的模板。通过在5’端给MAPH引物标记上荧光标记物Cy5,仅需要两种荧光标记的引物便可对PCR产物进行高效标记。如White et al.(2002)所述,在ABI 3700毛细管测序仪(Applied Biossystems)上进行观察可对多重PCR产物进行更好的辨别,在本例中,仅有MAPH-rev标记了荧光团(FAM)。如图2的层析图所示,以所有设计的PCR引物进行多重PCR均产生了预期的峰型。这表明所有的基因片段均以相似的产率被扩增。
表1、探针的序列和解链温度。
探针     Tm        序列(5′-3′)
PA-1aaHPA-1abHPA-1acHPA-1adHPA-1aeHPA-1aa CRHPA-1ab CRHPA-1ac CRHPA-1ad CRHPA-1ae CRHPA-1baHPA-1bbHPA-1bcHPA-1bdHPA-1beHPA-1ba CRHPA-1bb CRHPA-1bc CRHPA-1bd CRHPA-1be CRHPA-2aaHPA-2abHPA-2acHPA-2adHPA-2aeHPA-2aa CRHPA-2ab CRHPA-2ac CRHPA-2ad CRHPA-2ae CRHPA-2baHPA-2bbHPA-2bcHPA-2bdHPA-2beHPA-2ba CRHPA-2bb CRHPA-2bc CRHPA-2bd CRHPA-2be CRHPA-3aaHPA-3abHPA-3acHPA-3ad1HPA-3adHPA-3ad2HPA-3aeHPA-3aa CRHPA-3ab CRHPA-3ac CRHPA-3ad1 CRHPA-3ad CRHPA-3ad2 CRHPA-3ae CRHPA-3baHPA-3bbHPA-3bcHPA-3bd1HPA-3bdHPA-3bd2HPA-3be     65.8666.9267.7967.3564.6564.6567.3567.7966.9265.8669.9370.9468.8466.2166.3366.3366.2168.8470.9469.9363.8165.2165.3766.1268.8463.8165.2165.3766.1268.8464.8865.5766.3766.4566.4564.8865.5766.3766.4566.4569.4569.6070.5770.7270.7270.7270.0869.4569.6070.5770.7270.7270.7270.0868.7570.3969.9170.0770.0769.9172.50   tacaggccctgcctctgggaggccctgcctctgggctccctgcctctgggctcacctgcctctgggctcacctcgctctgggctcacctcgctgcagcgaggtgagcccagagcgaggtgagcccagaggcaggtgagcccagaggcagggagcccagaggcagggcctcccagaggcagggcctgtatacaggccctgcctccgggaggccctgcctccgggctccctgcctccgggctcacctgcctccgggctcacctctccgggctcacctcgctagcgaggtgagcccggagaggtgagcccggaggcaggtgagcccggaggcagggagcccggaggcagggcctcccggaggcagggcctgtactgacgcccacacccaagctcctgacgcccacacccggctcctgacgcccacacagggctcctgacgcccacccagggctcctgacgccccttgggtgtgggcgtcaggggtgtgggcgtcaggaggtgtgggcgtcaggagccgtgggcgtcaggagccctgggcgtcaggagccctggcctgatgcccacacccaagctcctgatgcccacacccaggctcctgatgccca caccagggctcctgatgcccacaccagggctcctgatgccccttgggtgtgggcatcaggtgggtgtgggcatcaggagggtgtgggcatcaggagcctgtgggcatcaggagccctgggcatcaggagccctggccatccccagcccctcccgcccatccccagcccctcctgcccatccccagccccgctgcccatccccagcccggctgcccatccccagccgggctgcccatccccagcggggctgcccatccccagggaggggctggggatgggaggggctggggatgggcggggctggggatgggcaggggctggggatgggcagcggctggggatgggcagccgctggggatgggcagccctggggatgggcagccccccagccccagcccctccgcccagccccagcccctctgcccagccccagcccgctgcccagccccagccggctgcccagccccagcgggctgcccagccccagggggctgcccagcccca
HPA-3ba CRHPA-3bb CRHPA-3bc CRHPA-3bd1 CRHPA-3bd CRHPA-3bd2 CRHPA-3be CRHPA-4aaHPA-4abHPA-4acHPA-4adHPA-4aeHPA-4aa CRHPA-4ab CRHPA-4ac CRHPA-4ad CRHPA-4ae CRHPA-4baHPA-4bbHPA-4bcHPA-4bdHPA 4beHPA-4ba CRHPA-4bb CRHPA-4bc CRHPA-4bd CRHPA-4be CRHPA-5aaHPA-5abHPA-5acHPA-5adHPA-5aeHPA-5aa CRHPA-5ab CRHPA-5ac CRHPA-5ad CRHPA-5ae CRHPA-5baHPA-5bbHPA-5bcHPA-5adHPA-5beHPA-5ba CRHPA-5bb CRHPA-5bc CRHPA-5bd CRHPA-5be CRGov-aaGov-abGov-acGov-adGov-aeGov-aa CRGov-ab CRGov-ac CRGov-ad CRGov-ae CRGov-baGov-bbGov-bcGov-bdGov-beGov-ba CRGov-bb CR     68.7570.3969.9170.0770.0769.9172.5062.7759.9461.0857.9957.9957.9957.9961.0859.9462.7760.2061.1960.2658.5058.0458.0458.5060.2661.1960.2057.4656.7757.0857.1657.3857.3857.1657.O856.7757.4657.4256.7557.0557.1357.3457.3457.1357.0556.7557.4258.4459.2059.1558.3659.4459.4458.3659.1559.2058.4458.3558.3959.5158.2459.7959.7958.24     ggaggggctggggctggaggggctggggctgggcgggctggggctgggcagggctggggctgggcagcgctggggctgggcagccctggggctgggcagccctggggctgggcagccccgccacccagatgcgaaagcacccagatgcgaaagctcccagatgcgaaagctcacagatgcgaaagctcaccgatgcgaaagctcaccagctggtgagctttcgcatcggtgagctttcgcatctgtgagctttcgcatctgggagctttcgcatctgggtgctttcgcatctgggtggcgccacccagatgcaaaagccacccagatgcaaaagctacccagatgcaaaagctcaccagaatgcaaaagctcaccagatgcaaaagctcaccagtaattactggtgagcttttgcatctggtgagcttttgcatctggtgagcttttgcatctgggtagcttttgcatctgggtggcttttgcatctgggtggcgagtctacctgtttaactatcaaagaggagtctacctgtttactatcaaagaggtagtctacctgtttactatcaaagaggtaactacctgtttactatcaaagaggtaaaaacctgtttactatcaaagaggtaaaaatttttacctctttgatagtaaacaggtttttacctctttgatagtaaacaggtagttacctctttgatagtaaacaggtagactacctctttgatagtaaacaggtagactcctctttgatagtaaacaggtagactcgagtctacctgtttactatcaaaaaggagtctacctgtttactatcaaaaaggtagtctacctgtttactatcaaaaaggtaactacctgtttactatcaaaaaggtaaaaacctgtttactatcaaaaaggtaaaaatttttacctttttgatagtaaacaggtttttacctttttgatagtaaacaggtagttacctttttgatagtaaacaggtagactacctttttgatagtaaacaggtagactcctttttgatagtaaacaggtagacccttattatcttgacttcagttacaggattttcttgacttcagttacaggatttacctgacttcagttacaggatttaccaacttcagttacaggatttaccaagaatcagttacaggatttaccaagaatttgcaaattcttggtaaatcctgtaactgattcttggtaaatcctgtaactgaagtggtaaatcctgtaactgaagtcaaggtaaatcctgtaactgaagtcaagaaaatcctgtaactgaagtcaagataataatatcttgacttcagttccaggattcttgacttcagttccaggatttacgacttcagttccaggatttaccattcagttccaggatttaccaagcagttccaggatttaccaagaattaattcttggtaaatcctggaactgcttggtaaatcctggaactgaa
 Gov-bc CRGov-bd CRGov-be CRa33a35a38a42a43CS05     59.5158.3958.3563.0353.7561.4057.3760.0252.41     ggtaaatcctggaactgaaggtaaatcctggaactgaagtcaagaatcctggaactgaagtcaagatatcagccctatcgcaggatgtgagacacttgacagtagccaggcagggcacctcagtttattcaccagccagactgtgtagcttcacgcaagttgtccagagtcctgacttctagctcatg
每一寡核苷酸探针在其均具有氨基和C6间隔物等位基因特异性探针中多态性位点被突出显示。
表2、用于多重PCR产物的引物
MAPH PCR-引物 Ag系统 序列 Tm* 产物大小(bp)     mpx中引物的浓度(nM)
  HPA1-leftHPA1-rightHPA2-leftHPA2-rightHPA3-leftHPA3-rightHPA4-leftHPA4-rightHPA5-leftHPA5-rightGov-leftGov-rightJK1/2-leftJK1/2-rightFY1/2-leftFY1/2-rightGATAbox-leftGATAbox-rightKEL1/2-leftKEL1/2-rightKEL3/4-leftKEL3/4-rightRHCEex2 forRHex2revRHCEex5-leftRHex5revRHDψ-leftRHDψ-rightRHD-leftBRHD-rightCBigC-leftBigC-rightintron2  HPA-1HPA-1HPA-2HPA-2HPA-3HPA-3HPA-4HPA-4HPA-5HPA-5GovGovKiddKiddDuffyDuffyDuffyDuffyKellKellKellKellRhesusRhesusRhesusRhesusRhesusRhesusRhesusRhesusRhesusRhesus   gccgcgaattcactagtgcttcaggtcacagcgaggtggccgcgggaattcgattgctccaatgtacggggtaaagccgcgaattcactagtgtgaaaggcaatgagctgaagggccgcgggaattcgattagccagactgagcttctccagccgcgaattcactagtggcctgaccactcctttgcggccgcgggaattcgattggaagatctgtctgcgatccgccgcgaattcactagtgatccgcaggttactggtgagggccgcgggaattcgattccatgaaggatgatctgtgggccgcgaattcactagtgtccaaatgcaagttaaattaccagggccgcgggaattcgattacagacgtgctcttggtaggtgccgcgaattcactagtgtgtatcagttcttggttttgtgatgggccgcgggaattcgattaaaaccagtagccacccaaggccgcgaattcactagtggtctttcagccccatttgagggccgcgggaattcgattgttgaaaccccagagtccaagccgcgaattcactagtggaattcttcctatggtgtgaatgaggccgcgggaattcgattaagaagggcagtgcagagtcgccgcgaattcactagtgggccctcattagtccttggggccgcgggaattcgattgaaatgaggggcatagggatagccgcgaattcactagtgaagggaaatggccatactgaggccgcgggaattcgattagctgtgtaagagccgatccgccgcgaattcactagtggcctcagaaactggaacagcggccgcgggaattcgattagcaaggtgcaagaacactctgccgcgaattcactagtgcgtctgcttccccctccggccgcgggaattcgattctgaacagtgtgatgaccaccgccgcgaattcactagtgggatgttctggccaagtgggccgcgggaattcgattggctgtcaccacactgactgggccgcgggaattcgattgtagtgagctggcccatcagccgcgaattcactagtgtgtctagtttcttaccggcaagtgccgcgaattcactagtgttataataacacttgtccacagggggccgcgggaattcgattcggctccgacggtatcgccgcgaattcactagtgggccaccaccatttgaaggccgcgggaattcgattccatgaacatgccacttcac   58.9859.8259.1560.2859.3559.7760.1358.8859.4758.8860.3159.1059.6759.9459.3859.6059.4960.1259.3959.4660.0059.1561.7859.0157.4760.3759.8059.3857.2558.6158.7759.97 18511314112119015686153200207103268143380182393     55557.57.5555555101055555551010555555551515
 MN-leftMN-rightU-leftU-rightJO-leftJO-rightMAPH-reverse#MAPH-forward#     MNSMNSMNSMNSDombrockDombrock   gccgcgaattcactagtgtgagggaatttgtcttttgcaggccgcgggaattcgattcagaggcaagaattcctccagccgcgaattcactagtgcgctgatgttatctgtcttatttttcggccgcgggaattcgattgatcgttccaataataccagccgccgcgaattcactagtgcctggcttaaccaaggaaaaggccgcgggaattcgatttcatactgctgtggagtcctggccgcgaattcactagtgggccgcgggaattcgatt     60.6060.3359.6459.7159.2058.8957.9467.55 394175181     555555200200
*嵌合引物的Tm值不含MAPH-标签。
#Cy5标记的是5′端。
RHDψ-right和RHD-right C引物的基因特异性部分已被公开(Maaskant-van wijk et al.Transfusion 39,546,1999)。公开的引物序列Rex6AD3:5′-HPA-TGTCTAGTTTCTTACCGGCAAGT-3′;R1068:5′ATTGCCGGCTCCGACGGTATC-3′)BigC-left的基因特异性部分已作为公开引物部分被公开且BigC-rightintron2、RHex2rev、RHCEex5for引物部分已经被公开(Tax et al.Transfusion 42,634-44,2002)。
公开的引物序列R348:5′-CTGAACAGTGTGATGACC-3′;c/rev:5′-TGATGACCACCTTCCCAGG-3′;R637:5′GCCCTCTTCTTGTGGATG-3′;C/for:5′-CAGGGCCACCATTTGAA-3′;C/rev:5′-GAACATGCCACTTCACTCCAG-3′)MN-引物部分已经被公开(Akane et al.Vox Sang,79,183-7,2000)
公开的引物序列MN-left:5′-GAGGGAATTTGTCTTTTGCA-3′和MN-right:5′-AGAGGCAAGAATTCCTCC-3′。
表3、用于HPA-1基因分型的评分标准
Figure A20058001784700711
样品的频率最高的基因型结果以粗体表示。被排除的基因型结果以粗体表示并加框。
表4、9份样品盲组的基因分型结果
Figure A20058001784700721
Figure A20058001784700731
样品的频率最高的基因型结果以粗体表示。被排除的基因型结果以粗体表示并加框。
表5、58份样品盲组的基因型
    样品    HPA-1  %pos HPA-1     HPA-2   %pos HPA-2    HPA-3  %pos HPA-3    HPA-4   %pos HPA-4     HPA-5     %pos HPA-5     Gov  %pos gov
    1     aa  100% 28/28     aa   94% 30/32     bb  54% 13/24     aa   85%   17/20     aa   75%   15/20     ab  75% 27/36
    2     aa  95% 24/25     aa   100% 32/32     aa  83% 20/24     aa   100%   20/20     aa   79%   15/19     ab  64% 23/36
    3     bb  70% 19/27     aa   100% 31/31     ab  50% 12/24     aa   84%   16/19     ab   80%   16/20     bb  72% 26/36
    4     ab  43% 10/23     aa   100% 32/32     aa  79% 19/24     aa   94%   17/18     ab   45%   5/11     aa  67% 24/38
    5     aa  96% 27/28     aa   100% 32/32     aa  83% 20/24     aa   100%   20/20     aa   68%   13/19     aa  94% 34/36
    6     aa  93% 25/27     ab   69% 22/32     ab  42% 10/24     aa   100%   20/20     ab   53%   10/19     aa  58% 21/36
    7     ab  54% 15/2a     ab   81% 26/32     aa  79% 19/24     aa   100%   20/20     ab   60%   12/20     ab  72% 26/36
    8     aa  96% 27/28     aa   100% 32/32     aa  83% 20/24     aa   95%   19/20     bb   85%   13/20     ab  81% 29/36
    9     bb  81% 21/26     aa   100% 32/32     ab  38% 9/24     aa   90%   18/20     ab   65%   13/20     ab  78% 28/36
    10     aa  96% 27/28     ab   72% 23/32     aa  79% 19/24     aa   95%   19/20     aa   85%   17/20     ab  83% 30/36
    11     bb  70% 16/23     aa   97% 30/31     bb  44% 7/16     aa   93%   13/14     bb   81%   13/16     aa  83% 30/36
    12     aa  100% 23/23     ab   55% 17/31     ab  46% 11/24     aa   83%   10/12     aa   80%   16/20     bb  75% 27/36
    13     ab  54% 15/28     ab   63% 20/32     ab  50% 12/24     aa   85%   17/20     ab   65%   13/20     aa  64% 23/36
    14     ab  44% 12/27     bb   94% 30/32     ab  50% 12/24     aa   100%   20/20     aa   85%   17/20     bb  64% 23/36
    15     aa  93% 26/28     aa   100% 32/32     ab  38% 9/24     aa   90%   18/20     ab   55%   11/20     aa  72% 26/36
    16     aa  96% 27/28     aa   75% 24/32     ab  42% 10/24     aa   89%   17/19     ab   70%   14/20     ab  81% 29/36
    17     bb  74% 20/27     ab   53% 17/32     ab  39% 9/23     aa   95%   19/20     aa   78%   14/18     ab  67% 24/36
    18     aa  93% 25/27     ab   81% 26/32     ab  33% 8/24     aa   75%   15/20     ab   75%   15/20     aa  94% 34/36
    19     aa  96% 27/28     ab   78% 25/32     ab  54% 13/24     aa   100%   20/20     aa   65%   13/20     ab  69% 25/36
    20     bb  75% 21/28     aa   97% 31/32     aa  83% 20/24     aa   100%   20/20     aa   90%   18/20     ab  64% 23/36
    21     aa  100% 28/28     ab   66% 21/32     bb  61% 14/23     aa   95%   19/20     aa   100%   20/20     bb  61% 22/36
    22     aa  96% 26/27     aa   100% 32/32     aa  88% 21/24     aa   90%   18/20     aa   80%   16/20     bb  83% 30/36
    23     aa  100% 28/28     aa   100% 29/29     aa  88% 21/24     aa   85%   17/20     aa   80%   16/20     bb  78% 28/36
    24     aa  100% 28/28     aa   100% 31/31     ab  42% 10/24     aa   100%   20/20     ab   65%   13/20     bb  53% 19/36
    25     bb  85% 22/26     ab   78% 25/32     ab  38% 9/24     aa   72%   13/18     aa   79%   15/19     aa  94% 34/36
    26     aa  96% 27/28     aa   100% 32/32     aa  79% 19/24     aa   95%   18/19     ab   95%   18/19     ab  64% 23/36
    27     aa  81% 21/26     aa   100% 31/31     aa  63% 15/24     aa   86%   12/14     aa   100%   19/19     ab  64% 23/36
    28     aa  79% 22/28     aa   100% 32/32     bb  68% 15/22     aa   80%   16/20     aa   75%   15/20     ab  72% 26/36
    29     aa  100% 28/28     ab   69% 22/32     ab  54% 13/24     aa   84%   16/19     aa   80%   16/20     ab  67% 24/36
    30     bb  70% 16/23     aa   100% 32/32     bb  72% 13/18     aa   85% 11/13     aa   94%   15/16     ab  54% 19/35
    31     bb  74% 20/27     bb   97% 31/32     ab  50% 12/24     aa   90% 18/20     aa   90%   182/20     bb  58% 21/36
    32     aa  89% 25/28     aa   100% 32/32     bb  52% 12/23     aa   100% 20/20     aa   65%   13/20     aa  86% 31/36
    33     aa  96% 24/25     aa   94% 30/32     aa  63% 15/24     aa   94% 17/18     ab   60%   12/20     ab  64% 23/36
    34     bb  75% 18/24     aa   100% 32/32     aa  71% 17/24     aa   100% 19/19     ab   76%   13/17     ab  78% 28/38
    35     aa  93% 25/27     ab   41% 13/32     ab  46% 11/24     aa   84% 16/19     aa   68%   13/19     ab  69% 25/36
    36     ab  48% 13/27     aa   100% 32/32     bb  52% 11/21     aa   85% 17/20     aa   100%   20/20     aa  86% 31/36
    37     aa  100% 28/28     ab   72% 23/32     bb  63% 15/24     aa   100% 19/19     aa   100%   20/20     ab  78% 28/36
    38     aa  96% 27/28     ab   78% 25/32     ab  46% 11/24     aa   100% 20/20     aa   85%   17/20     ab  78% 28/36
    39     ab  48% 13/27     ab   91% 29/32     ab  50% 12/24     aa   80% 16/20     aa   80%   16/20     ab  75% 27/36
    40     ab  44% 12/27     aa   100% 32/32     bb  64% 14/22     aa   84% 16/19     ab   65%   13/20     aa  86% 31/36
    41     ab  56% 15/27     aa   100% 32/32     ab  54% 13/24     aa   100% 19/19     aa   65%   11/17     ab  75% 27/36
    42     aa  100% 28/28     ab   59% 19/32     ab  54% 13/24     aa   90% 18/20     aa   100%   20/20     bb  67% 24/36
    43     aa  96% 27/28     ab   72% 23/32     aa  79% 19/24     aa   100% 20/20     aa   100%   20/20     bb  53% 19/36
    44     aa  100% 28/28     aa   100% 32/32     bb  71% 17/24     aa   95% 19/20     aa   90%   18/20     bb  53% 19/36
    45     aa  100% 28/28     ab   63% 20/32     bb  68% 15/22     aa   100% 20/20     aa   95%   19/20     bb  56% 20/36
    46     ab  35% 7/20     aa   94% 30/32     ab  35% 8/23     aa   79% 11/14     aa   83%   15/18     ab  61% 22/36
47 aa 81% 21/26 ab 78% 25/32 ab 50% 12/24 aa 71% 12/17 aa 73% 11/15 ab 69% 24/35
    48     aa  93% 25/27     ab   94% 30/32     ab  42% 10/24     aa   84% 16/19     aa   80%   16/20     ab  64% 23/36
49 bb 70% 19/27 aa 100% 32/32 ab 67% 16/24 aa 100% 20/20 aa 63% 10/16 bb 64% 23/36
    50     aa  93% 26/28     aa   100% 32/32     ab  46% 11/24     aa   95% 19/20     aa   80%   16/20     ab  72% 26/36
    51     aa  96% 27/28     ab   72% 23/32     aa  83% 20/24     aa   85% 17/20     aa   75%   15/20     ab  61% 22/36
    52     aa  100% 22/22     aa   100% 32/32     aa  79% 19/24     aa   89% 16/18     aa   84%   16/19     bb  75% 27/36
    53     bb  71% 17/24     aa   100% 32/32     bb  64% 14/22     aa   94% 15/16     aa   78%   14/18     bb  69% 25/36
    54     aa  89% 24/27     aa   100% 32/32     ab  46% 11/24     aa   83% 15/18     ab   67%   12/18     ab  67% 24/36
    55     aa  100% 27/27     aa   100% 32/32     ab  50% 12/24     aa   100% 19/19     aa   90%   18/20     aa  83% 30/36
    56     bb  76% 19/25     aa   100% 32/32     aa  75% 18/24     aa   100% 20/20     bb   63%   12/19     bb  78% 28/36
    57     aa  100% 27/27     aa   100% 32/32     bb  80% 16/20     aa   100% 20/20     bb   68%   13/19     ab  72% 26/36
58 ab 50% 14/28 bb 100% 32/32 ab 50% 12/24 aa 70% 14/20 aa 75% 15/20 bb 83% 30/36
当对纯合子基因型的预测基因型高于50%或者对杂合子基因型的预测基因型高于40%(对HPA-3ab>30%)时,基因型以粗体表示。
表6、与6种其他样品的结果相比,样品9的HPA-3基因分型结果
Figure A20058001784700761
样品的频率最高的基因型结果以粗体表示。被排除的基因型结果以粗体表示并加框。样品9的基因型应该是HPA-3bb,因此以大写字母表示该样品的bb基因型。
表7、为多重PCR所额外测试的引物
在一多重PCR中已经将这些引物与SEQ ID NO:15至40的引物一起进行了测试。获得了具有正确大小的PCR产物。
Ag系统 MAPH PCR-引物 序列 Tm*  产物大小(bp)
DuffyDuffyKellKellRhesusRhesusRhesusRhesusMNSMNSDombrockDombrockColtonColtonDiegoDiegoDiegoDiegoYtYtLutheranLutheran Fyx-left(MAPH)FYx-right(MAPH2)KEL6/7-left(MAPH)KEL6/7-right(MAPH)RHDex3-left(MAPH)RHCEex3-right(MAPH)RhDVI-left(MAPH)(fw)RhDVI-right(MAPH)(rev)Ss-left(MAPH3)Ss-right(MAPH2)DO-left(MAPH)DO-right(MAPH)Colton-left(MAPH)Colton-right(MAPH)Diego-left(MAPH)Diego-right(MAPH)Wr-left(MAPH)Wr-right(MAPH)Yt-left(MAPH)Yt-right(MAPH)Lu-left(MAPH)Lu-right(MAPH) gccgcgaattcactagtgTCATGCTTTTCAGACCTCTCTTCggccgcgggaattcgattCAAGACGGGCACCACAATgccgcgaattcactagtgGCAGCACCAACCCTATGTTCggccgcgggaattcgattTCAGGCACAGGTGAGCTTCgccgcgaattcactagtgTCCTGGCTCTCCCTCTCTggccgcgggaattcgattTTTTTCAAAACCCCGGAAGggccgcgggaattcgattCTTTGAATTAAGCACTTCACAGAgccgcgaattcactagtgGCCAGAATCACACTCCTGCTgccgcgaattcactagtgTTT了TCTTTGCACATG TCTTTggccgcgggaattcgattTCTTTGTCTTTACAATTTCGTGTGggccgcgggaattcgattTGATCCCTCCCTATGAGCTGgccgcgaattcactagtgTTATATGTGCTCAGGTTCCCAGTgccgcgaattcactagtgGCCACGACCCTCTTTGTCTggccgcgggaattcgattTACATGAGGGCACGGAAGATgccgcgaattcactagtgACTTATTCACGGGCATCCAGggccgcgggaattcgattAAGCTCCACGTTCCTGAAGAgccgcgaattcactagtgGGCTTCAAGGTGTCCAACTCggccgcgggaattcgattAGGATGAAGACCAGCAGAGCggccgcgggaattcgattCCTTCGTGCCTGTGGTAGATgccgcgaattcactagtgTTCTGGGACTTCTGGGAATGgccgcgaattcactagtgGGACCCAGAGAGAGAGAGACTGggccgcgggaattcgattGGGAGTCCAGCTGGTATGG 60.0160.5360.5360.1357.4859.9056.4860.4255.2058.4260.1759.9160.2560.4859.9659.9959.7059.5660.1360.0459.6160.48 143154294277276136269185158235220
*Tm值不包括MAPH标签。
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-Metcalfe P,Watkins NA,Ouwehand WH,Kaplan C,Newman P,Kekomaki R,De Haas M,Aster R,Shibata Y,Smith J,Kiefel V and Santoso S.2003.Nomenclature of human platelet antigens.Vox Sang.85,240-245.
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-Wang DG,Fan JB,Siao CJ,Berno A,Young P,Sapolsky R,GhandourG,Perkins N,Winchester E,Spencer J,Kruglyak L,Stein L,Hsie L,Topaloglou T,Hubbell E,Robinson E,Mittmann M,Morris MS,Shen N,Kilburn D,Rioux J,Nusbaum C,Rozen S,Hudson TJ and Lander ES.1998.Large-Scale Identification,Mapping,and Genotyping of Single-NucleotidePolymorphisms in the Human Genome.Science 280,1077-1082.
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Claims (23)

1.一种血细胞抗原基因分型的方法,其包括对来自一哺乳动物物种的个体的DNA进行多重聚合酶链反应(PCR)以便扩增并以可检测方式标记至少两种不同的血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域,并使用如此扩增和标记的DNA片段来确定每一种所述血细胞抗原的基因型,所述多重PCR包括使用针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的至少一对血细胞抗原特异性嵌合引物以及至少一种以可检测方式标记的通用引物,其中所述至少一种通用引物具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列,且其中每一嵌合引物对包括左侧嵌合引物和右侧嵌合引物,它们各自包括位于3′端的血细胞抗原特异性部分和位于5′端的通用部分,其中所述嵌合引物的通用部分的碱基序列对应于所述至少一种通用引物的碱基序列,且其中所述嵌合引物对的所述血细胞抗原特异性部分包含所述血细胞抗原的基因座的含有所述血细胞抗原的核苷酸多态性位点的区域。
2.权利要求1的方法,其中所述至少一种以可检测方式标记的通用引物所使用的摩尔量是每一嵌合引物的摩尔量的至少100倍,更优选地为至少200倍。
3.权利要求1或2的方法,其中使用具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的独特序列的、以可检测方式标记的通用引物对,且其中对于每一嵌合引物对,所述嵌合引物对的一个成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的一个成员的碱基序列,且所述嵌合引物对的另一成员的通用部分的碱基序列对应于所述通用引物对的另一成员的碱基序列。
4.权利要求3的方法,其中一种所述通用引物具有碱基序列gccgcgaattcactagtg(SEQ ID NO:2),而另一所述通用引物具有碱基序列ggccgcgggaattcgatt(SEQ ID NO:1)。
5.权利要求14中任一项的方法,其中每一通用引物在其5′端携带荧光标记物,优选地为Cy5。
6.权利要求1-5中任一项的方法,其中所述哺乳动物物种是人,所述DNA是基因组DNA,且所述血细胞抗原包括选自如下一组中的至少两种成员、优选地所有成员:HPA1、HPA2、HPA3、HPA4、HPA5、Gov、JK1/2、FY1/2、GATAbox、KEL1/2、KEL3/4、RHCEex2/RHex2、RHCEex5/RHex5、RHDψ、RHD、BigC、MN、U和JO。
7.权利要求6的方法,其中所述嵌合引物包括选自如下一组中的至少两对、优选地基本上所有对:
HPA1-left    gccgcgaattcactagtgcttcaggtcacagcgaggt       SEQ ID NO:3
HPA1-right   ggccgcgggaattcgattgctccaatgtacggggtaaa      SEQ ID NO:4
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HPA2-right   ggccgcgggaattcgattagccagactgagcttctcca      SEQ ID NO:6
HPA3-left    gccgcgaattcactagtggcctgaccactcctttgc        SEQ ID NO:7
HPA3-right   ggccgcgggaattcgattggaagatctgtctgcgatcc      SEQ ID NO:8
HPA4-left    gccgcgaattcactagtgatccgcaggttactggtgag      SEQ ID NO:9
HPA4-right   ggccgcgggaattcgattccatgaaggatgatctgtgg      SEQ ID NO:10
HPA5-left    gccgcgaattcactagtgtccaaatgcaagttaaattaccag  SEQ ID NO:11
HPA5-right   ggccgcgggaattcgattacagacgtgctcttggtaggt     SEQ ID NO:12
HPA15-left   gccgcgaattcactagtgtgtatcagttcttggttttgtgatg SEQ ID NO:13
HPA15-right  ggccgcgggaattcgattaaaaccagtagccacccaag      SEQ ID NO:14
JK1/2-left   gccgcgaattcactagtggtctttcagccccatttgag      SEQ ID NO:15
JK1/2-right  ggccgcgggaattcgattgttgaaaccccagagtccaa      SEQ ID NO:16
FY1/2-left   gccgcgaattcactagtggaattcttcctatggtgtgaatga  SEQ ID NO:17
FY1/2-right  ggccgcgggaattcgattaagaagggcagtgcagagtc      SEQ ID NO:18
GATAbox-left       gccgcgaattcactagtgggccctcattagtccttgg          SEQ ID NO:19
GATAbox-right      ggccgcgggaattcgattgaaatgaggggcatagggata        SEQ ID NO:20
Fyx-left           gccgcgaattcactagtgtcatgcttttcagacctctcttc      SEQ ID NO:175
Fyx-right          ggccgcgggaattcgattcaagacgggcaccacaat           SEQ ID NO:176
KEL1/2-left        gccgcgaattcactagtgaagggaaatggccatactga         SEQ ID NO:21
KEL1/2-right       ggccgcgggaattcgattagctgtgtaagagccgatcc         SEQ ID NO:22
KEL3/4-left        gccgcgaattcactagtggcctcagaaactggaacagc         SEQ ID NO:23
KEL3/4-right       ggccgcgggaattcgattagcaaggtgcaagaacaactct       SEQ ID NO:24
KEL6/7-left        gccgcgaattcactagtggcagcaccaaccctatgttc         SEQ ID NO:177
KEL6/7-right       ggccgcgggaattcgatttcaggcacaggtgagcttc          SEQ ID NO:178
RHCEex2for         gccgcgaattcactagtgcgtctgcttccccctcc            SEQ ID NO:25
RHex2rev           ggccgcgggaattcgattctgaacagtgtgatgaccacc        SEQ ID NO:26
RHDex3-left        gccgcgaattcactagtgtcctggctctccctctct           SEQ ID NO:179
RHCEex3-right      ggccgcgggaattcgatttttttcaaaaccccggaag          SEQ ID NO:180
RHCEex5-left       gccgcgaattcactagtgggatgttctggccaagtg           SEQ ID NO:27
RHex5rev           ggccgcgggaattcgattggctgtcaccacactgactg         SEQ ID NO:28
RHDψ-left         ggccgcggga attcgattgtagtgagctggcccatca         SEQ ID NO:29
RHDψ-right        gccgcgaattcactagtgtgtctagtttcttaccggcaagt      SEQ ID NO:30
RHD-leftB          gccgcgaattcactagtgttataataacacttgtccacaggg     SEQ ID NO:31
RHD-rightC         ggccgcgggaattcgattcggctccgacggtatc             SEQ ID NO:32
BigC-left          gccgcgaattcagtagtgggccaccaccatttgaa            SEQ ID NO:33
BigC-rightintron2  ggccgcgggaattcgattccatgaacatgccacttcac         SEQ ID NO:34
RhDVI-left(fw)     ggccgcgggaattcgattctttgaaattaagcacttcacaga     SEQ ID NO:181
RhDVI-right(rev)   gccgcgaattcactagtggccagaatcacactcctgct         SEQ ID NO:182
MN-left        gccgcgaattcactagtgtgagggaatttgtcttttgca       SEQ ID NO:35
MN-right       ggccgcgggaattcgattcagaggcaagaattcctcca.       SEQ ID NO:36
Ss-left        gccgcgaattcactagtgtttttctttgcacatgtcttt       SEQ ID NO:183
Ss-right       ggccgcgggaattcgatttctttgtctttacaatttcgtgtg    SEQ ID NO:184
U-left         gccgcgaattcactagtgcgctgatgttatctgtcttatttttc  SEQ ID NO:37
U-right        ggccgcgggaattcgattgatcgttccaataataccagcc      SEQ ID NO:38
DO-left        ggccgcgggaattcgatttgatccctccctatgagctg        SEQ ID NO:185
DO-right       gccgcgaattcactagtgttatatgtgctcaggttcccagt     SEQ ID NO:186
JO-left        gccgcgaatttcactagtgcctggcttaaccaaggaaaa       SEQ ID NO:39
JO-right       ggccgcgggaattcgatttcatactgctgtggagtcctg       SEQ ID NO:40
Colton-left    gccgcgaattcactagtggccacgaccctctttgtct         SEQ ID NO:187
Colton-right   ggccgcgggaattcgatttacatgagggcacggaagat        SEQ ID NO:188
Diego-left     gccgcgaattcactagtgacttattcacgggcatccag        SEQ ID NO:189
Diego-right    ggccgcgggaattcgattaagctccacgttcctgaaga        SEQ ID NO:190
Wr-left        gccgcgaattcactagtgggcttcaaggtgtccaactc        SEQ ID NO:636
Wr-right       ggccgcgggaattcgattaggatgaagaccagcagagc        SEQ ID NO:637
Yt-left        ggccgcgggaattcgattccttcgtgcctgtggtagat        SEQ ID NO:638
Yt-right       gccgcgaattcactagtgttctgggacttctgggaatg        SEQ ID NO:639
Lu-left        gccgcgaattcactagtgggacccagagagagagagactg      SEQ ID NO:640
Lu-right       ggccgcgggaattcgattgggagtccagctggtatgg         SEQ ID NO:641。
8.权利要求1-7中任一项的方法,其中多重PCR所用的DNA聚合酶是Taq聚合酶或类似的耐热聚合酶,且多重PCR的每一循环包括在90至98℃进行15至60秒(优选地在大约94℃进行大约30秒)的热变性步骤,在54至60℃进行60至120秒(优选地在大约57℃进行大约90秒)的退火步骤,以及在68至76℃进行60至120秒(优选地在大约72℃进行大约90秒)的引物延伸步骤。
9.权利要求1-8中任一项的方法,其中基于50μl的反应体积,所述多重PCR使用来自所述个体的大约100ng的基因组DNA,大约5nM的每一嵌合引物,每一嵌合引物对大约0.2μM的每一种以可检测方式标记的通用引物和大约25μl的2x含MasterMix的缓冲液、各种dNTP和DNA聚合酶。
10.权利要求1-9中任一项的方法,其中通过将多重PCR扩增的产物经变性后与存在于DNA阵列中或以任何其他形式存在例如载于珠上的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针进行杂交,并分析杂交模式,以确定每一所述血细胞抗原的基因型。
11.权利要求10的方法,其中所述等位基因特异性探针的长度为15至40个核苷酸,优选地为17至30个核苷酸。
12.权利要求10或11的方法,其中所述阵列含有针对血细胞抗原的每一等位基因至少两种、优选地至少5种不同的有义探针和至少两种、优选地至少5种不同的反义探针,其中的每一探针均覆盖所述核苷酸多态性位点,但覆盖的是不同的位置。
13.权利要求11的方法,其中所述阵列含有选自如下一组中的至少72种不同的探针、优选地基本上所有探针:
HPA1-allele a:
     HPA-1aa     tacaggccctgcctctggg    SEQ ID NO:41
     HPA-1ab     aggccctgcctctgggct     SEQ ID NO:42
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HPA1-allele b:
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HPA2-allcle a:
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HPA4-allele a:
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HPA4-allele b:
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HPA5-allele a:
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Colton-a-allele:
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Colton-b-allele:
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Diego-a-allele:
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Diego-b-allele:
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Diego Wr-a-allele:
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Dombrock-a-allelc:
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Dombrock-b-allelc:
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Dombrock-Joseph(a)positive allele:
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     Jo.a.pos.2        ccagaacatgactaccacaca       SEQ ID NO:272
     Jo.a.pos.3        agaacatgactaccacacacgc      SEQ ID NO:273
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     Jo.a.pos.5        actaccacacacgctgtgg         SEQ ID NO:275
     Jo.a.pos.1.cr     gccacagcgtgtgtggtagt        SEQ ID NO:276
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     Jo.a.pos.4.cr     cgtgtgtggtagtcatgttctg      SEQ ID NO:279
     Jo.a.pos.5.cr     gtggtagtcatgttctgggg        SEQ ID NO:280
Dombrock-Joseph(a)negative allele:
     Jo.a.neg.1        ctaccccagaacatgactatcac     SEQ ID NO:281
     Jo.a.neg.2        cccagaacatgactatcacaca      SEQ ID NO:282
     Jo.a.neg.3        cagaacatgactatcacacacgc     SEQ ID NO:283
     Jo.a.neg.4        catgactatcacacacgctgtg      SEQ ID NO:284
     Jo.a.neg.5        actatcacacacgctgtggc        SEQ ID NO:285
     Jo.a.neg.1.cr     aatagccacagcgtgtgtgatagt    SEQ ID NO:286
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     Jo.a.neg.3.cr     cagcgtgtgtgatagtcatgtt      SEQ ID NO:288
     Jo.a.neg.4.cr     cgtgtgtgatagtcatgttctgg     SEQ ID NO:289
     Jo.a.neg.5.cr     gtgatagtcatgttctggggtag     SEQ ID NO:290
Duffy-a-allele:
     Fy.A.1            ccagatggagactatggtgcc       SEQ ID NO:291
     Fy.A.2            atggagactatggtgccaac        SEQ ID NO:292
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     Fy.A.5            tatggtgccaacctggaag         SEQ ID NO:295
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     Fy.A.5.cr         gcaccatagtctccatctgg        SEQ ID NO:300
Duffy-b-allele:
      Fy.B.1                    cccagatggagactatgatgcc   SEQ ID NO:301
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      Fy.B.4.cr                 gttggcatcatagtctccatc    SEQ ID NO:309
      Fy.B.5.cr                 gcatcatagtctccatctggg    SEQ ID NO:310
Duffy GATAbox-normal-allele:
      Fy.GATA.normal.1          agtccttggctcttatcttg      SEQ ID NO:311
      Fy.GATA.normal.2          agtccttggctcttatcttgga    SEQ ID NO:312
      Fy.GATA.normal.3          cttggctcttatcttggaagc     SEQ ID NO:313
      Fy.GATA.normal.4          gctcttatcttggaagcacagg    SEQ ID NO:314
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      Fy.GATA.normal.1.cr       gcctgtgcttccaagataag      SEQ ID NO:316
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      Fy.GATA.normal.3.cr       tgcttccaagataagagcca      SEQ ID NO:318
      Fy.GATA.normal.4.cr       ttccaagataagagccaaagga    SEQ ID NO:319
      Fy.GATA.nonnal.5.cr       caagataagagccaaggact      SEQ ID NO:320
Duffy GAJAbox-mutation-allelc:
      Fy.GATA.mut.1             tccttggctcttaccttg        SEQ ID NO:321
      Fy.GATA.mut.2             tccttggctcttaccttgga      SEQ ID NO:322
      Fy.GATA.mut.3             tggctcttaccttggaagc       SEQ ID NO:323
      Fy.GATA.mut.4             gctcttaccttggaagcacag     SEQ ID NO:324
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      Fy.GATA.mut.1.cr          cctgtgcttccaaggtaag       SEQ ID NO:326
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      Fy.GATA.mut.3.cr          gcttccaaggtaagagcca       SEQ ID NO:328
      Fy.GATA.mut.4.cr          ttccaaggtaagagccaagg      SEQ ID NO:329
      Fy.GATA.mut.5.cr          caaggtaagagccaagga        SEQ ID NO:330
Duffy Fyx-normal-allele:
      Fy.X.(b).1                ttttcagacctctcttccgct     SEQ ID NO:331
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Duffy Fyx-mutation-allele:
       Fy.X.1               gcttttcagacctctcttctgct     SEQ ID NO:341
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       Fy.X.5               cttctgctggcagctctgc         SEQ ID NO:345
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       Fy.X.5.cr            cagcagaagagaggtctgaaa       SEQ ID NO:350
Kidd-allele-a:
       Jk.a.1               cagccccatttgaggaca          SEQ ID NO:351
       Jk.a.2               gccccatttgaggacatcta        SEQ ID NO:352
       Jk.a.3               ccatttgaggacatctactttg      SEQ ID NO:353
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       Jk.a.5               gaggacatctactttggactct      SEQ ID NO:355
       Jk.a.1.cr            cagagtccaaagtagatgtcctc     SEQ ID NO:356
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Kidd-allele-b:
       Jk.b.1               tcagccccatttgagaaca         SEQ ID NO:361
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       Jk.b.3               cccatttgagaacatctactttg     SEQ ID NO:363
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Kell-K1-allele:
       KEL.1.1      tccttaaactttaaccgaatgct       SEQ ID NO:371
       KEL.1.2      ttaaactttaaccgaatgctgaga      SEQ ID NO:372
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     Rh.big.C.3.cr      ccagaagggaactggctc          SEQ ID NO:518
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 Rhesus c-allele(307C):
     Rh.little.c.1      gagccagttccctcctgg          SEQ ID NO:521
     Rh.little.c.2      agccagttccctcctgg           SEQ ID NO:522
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     Rh.little.c.4      cctcctgggaaggtggt           SEQ ID NO:524
     Rh.little.c.5      cctcctgggaaggtggtc          SEQ ID NO:525
     Rh.little.c.1.cr   gaccaccttcccaggagg          SEQ ID NO:526
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     Rh.little.c.4.cr   ccaggagggaactggctc          SEQ ID NO:529
     Rh.little.c.5.cr   caggagggaactggctca          SEQ ID NO:530
Rhesus BigC-intron2-specific-insert-allele:
      RhC.intron.2.1       agggtgccctttgtcacttc      SEQ ID NO:531
      RhC.intron.2.2       gccctttgtcacttcccagt      SEQ ID NO:532
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      RhC.intron.2.4       ttgtcacttcccagtggtacaa    SEQ ID NO:534
      RhC.intron.2.5       tcacttcccagtggtacaatca    SEQ ID NO:535
      RhC.intron.2.1.cr    gaagtgacaaagggcaccct      SEQ ID NO:536
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      RhC.intron.2.4.cr    tgtaccactgggaagtgacaaa    SEQ ID NO:539
      RhC.intron.2.5.cr    tgattgtaccactgggaagtga    SEQ ID NO:540
Rhesus E-allele:
      Rh.big.E.1           gccaagtgtcaactctcctct     SEQ ID NO:541
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      Rh.big.E.3           gtgtcaactctcctctgctgag    SEQ ID NO:543
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      Rh.big.E.5           tctcctctgctgagaagtcc      SEQ ID NO:545
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      Rh.big.E.5.cr        gaggagagttgacacttggc      SEQ ID NO:550
Rhesus e-allele:
      Rh.little.e.1        gccaagtgtcaactctgctct     SEQ ID NO:551
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      Rh.little.e.5.cr     gagcagagttgacacttggc      SEQ ID NO:560
Rhesus RHD-allele:
      RhD1                 ttccccacagctccatcat       SEQ ID NO:561
      RhD2                 acagctccatcatgggctac      SEQ ID NO:562
      RbD 3           tccatcatgggctacaacttc    SEQ ID NO:563
      RhD 4           tcatgggctacaacttcagct    SEQ ID NO:564
      RhD 5           gggctacaacttcagcttgct    SEQ ID NO:565
      RhD cr 1        agcaagctgaagttgtagccc    SEQ ID NO:566
      RhD cr 2        agctgaagttgtagcccatga    SEQ ID NO:567
      RhD cr 3        gaagttgtagcccatgatgg     SEQ ID NO:568
      RhD cr 4        gcccatgatggagctgt        SEQ ID NO:569
      RhD cr 5        tgatggagctgtggggaa       SEQ ID NO:570
Rhesus r’s-allele:
      r′s.T.1        ggaaggtcaacttggtgca      SEQ ID NO:571
      r′s.T.2        ggaaggtcaacttggtgcagt    SEQ ID NO:572
      r′s.T.3        caacttggtgcagttggtg      SEQ ID NO:573
      r′s.T.4        acttggtgcagttggtggt      SEQ ID NO:574
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      r′s.T.1.cr     catcaccaccaactgcacca     SEQ ID NO:576
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      r′s.T.3.cr     accaactgcaccaagttgac     SEQ ID NO:578
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      r′s.T.5.cr     tgcaccaagttgaccttcc      SEQ ID NO:580
Rhesus DVI-allele:
      Rh.DVI.1        atttcaaccctcttggcctt     SEQ ID NO:581
      Rh.DVI.2        aaccctcttggcctttgttt     SEQ ID NO:582
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      Rh.DVI.4        ggtatcagcttgagagctcg     SEQ ID NO:584
      Rh.DVI.5        atcagcttgagagctcggag     SEQ ID NO:585
      Rh.DVI.1.cr     aaggccaagagggttgaaat     SEQ ID NO:586
      Rh.DVI.2.cr     aaacaaaggccaagagggtt     SEQ ID NO:587
      Rh.DVI.3.cr     caaggaaacaaaggccaaga     SEQ ID NO:588
      Rh.DVI.4.cr     cgagctctcaagctgatacc     SEQ ID NO:589
      Rh.DVL.5.cr     ctccgagctctcaagctgat     SEQ ID NO:590
Rhesus RHD-Pseudogene-mutation-allele:
      RhD Y 1         tttctttgcagacttaggtgc    SEQ ID NO:591
      RhD Y 2         ctttgcagacttaggtgcaca    SEQ ID NO:592
      RhD Y 3         tttgcagacttaggtgcacagt   SEQ ID NO:593
      RhD Y 4         acttaggtgcacagtgcgg      SEQ ID NO:594
      RhD Y 5         cttaggtgcacagtgcggt      SEQ ID NO:595
      RhD Y cr 1        caccgcactgtgcacctaa          SEQ ID NO:596
      RhD Y cr 2        ccgcactgtgcacctaagtc         SEQ ID NO:597
      RhD Y cr 3        gcactgtgcacctaagtctgc        SEQ ID NO:598
      RhD Y cr 4        tgcacctaagtctgcaaaga         SEQ ID NO:599
      RhD Y cr 5        cacctaagtctgcaaagaaatagcg    SEQ ID NO:600
Rhesus RHD-Pseudogene-normal-allele:
      RhD non Y 1       ctatttctttgcagacttatgtgc     SEQ ID NO:601
      RhD non Y 2       tctttgcagacttatgtgcaca       SEQ ID NO:602
      RhD non Y 3       ttgcagacttatgtgcacagtg       SEQ ID NO:603
      RhD non Y 4       acttatgtgcacagtgcggt         SEQ ID NO:604
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      RhD non Y cr 1    acaccgcactgtgcacataa         SEQ ID NO:606
      RhD non Y cr 2    accgcactgtgcacataagtc        SEQ ID NO:607
      RhD non Ycr 3     gcactgtgcacataagtctgc        SEQ ID NO:608
      RhD non Y cr 4    tgtgcacataagtctgcaaag        SEQ ID NO:609
      RhD non Y cr 5    cacataagtctgcaaagaaatagcg    SEQ ID NO:610
Yt-a-allele:
      Yt.a.1            gcgggagacttccacgg            SEQ ID NO:611
      Yt.a.2            gggagacttccacggcct           SEQ ID NO:612
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Yt-b-allele:
      Yt.b.1            gcgggagacttcaacggc           SEQ ID NO:621
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      Yt.b.1 CR         ttacctgcaggccgttgaa          SEQ ID NO:626
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Yt.b.4 CR    caggccgttgaagtctccc    SEQ ID NO:629
Yt.b.5 CR    gccgttgaagtctcccgc     SEQ ID NO:630。
14.权利要求10-13中任一项的方法,其中所述寡核苷酸探针在5′端包括接头、优选地为-(CH2)6-部分,以及反应基团、优选地为氨基,用于附着于阵列支持物、优选地为聚L-赖氨酸包被的玻片。
15.权利要求10-14中任一项的方法,其中所述阵列包括一或多种具有不存在于所述哺乳动物物种的DNA中的序列的寡核苷酸以降低背景,所述寡核苷酸优选地选自如下一组:
a3    cagaccataagcacaggcgt    SEQ ID NO:631,
a9    gctcgtccacagtgcgttat    SEQ ID NO:632,
a17   cggcgttcaagcaaaccgaa    SEQ ID NO:633,
a23   gacatatagctccactcaga    SEQ ID NO:634,
a27   tagggtactgatgagcactc    SEQ ID NO:635,
a33   tcagccctatcgcaggatgt    SEQ ID NO:169,
a35   gagacacttgacagtagcca    SEQ ID NO:170,
a38   ggcagggcacctcagtttat    SEQ ID NO:171,
a42   tcaccagccagactgtgtag    SEQ ID NO:172,
a43   cttcacgcaagttgtccaga    SEQ ID NO:173。
16.权利要求10-15中任一项的方法,其中所述阵列包括一或多种阳性杂交对照,优选地为
CS05    gtcctgacttctagctcatg    SEQ ID NO:174,
并且其以可检测方式标记的互补物被加入到多重PCR扩增产物中。
17.权利要求10-16中任一项的方法,其中在加入多重PCR扩增产物之前,对所述探针进行预杂交和DNA变性处理。
18.权利要求10-17中任一项的方法,其中将未经过预纯化的变性的多重PCR扩增产物施加于DNA阵列。
19.权利要求10-18中任一项的方法,其中对于每一血细胞抗原,使用各个等位基因的信号强度的比率来指定基因型。
20.用于通过权利要求1-19中任一项的方法进行血细胞抗原基因分型的试剂盒,其包括针对每一种待进行基因分型的血细胞抗原的一对血细胞抗原特异性嵌合引物,以及至少一种如权利要求1-7中任一项所定义的以可检测方式标记的通用引物,优选地为一对以可检测方式标记的通用引物。
21.权利要求20的试剂盒,进一步包括如权利要求10-15中任一项所定义的DNA阵列。
22.一组用于多重PCR的血细胞抗原特异性嵌合引物对,其包括选自如权利要求7中所定义的组中的至少两个引物对、优选地为基本上所有的引物对。
23.一组用于血细胞抗原基因分型的血细胞抗原等位基因特异性寡核苷酸探针,其包括选自如权利要求13中所定义的组中的至少72种不同的探针、优选地为基本上所有的探针。
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