KR102237248B1 - 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 - Google Patents
소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명에서는 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 포함하는 마이크로 어레이, 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트, 및 소나무 집단의 유전형 분석 방법이 개시된다.
본 발명에 따른 신규 SNP 마커 세트 조성물, 프로브, 및 이를 포함하는 마이크로 어레이 또는 키트를 이용하면, 대량의 소나무 집단의 유전형 분석이 용이하면서도 정확하게 수행될 수 있다. 뿐만 아니라 이와 같은 소나무 집단의 유전형 분석 결과를 이용하여 소나무의 유전변이 분석, 유전자원 평가, 개체식별, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있다.
본 발명에 따른 신규 SNP 마커 세트 조성물, 프로브, 및 이를 포함하는 마이크로 어레이 또는 키트를 이용하면, 대량의 소나무 집단의 유전형 분석이 용이하면서도 정확하게 수행될 수 있다. 뿐만 아니라 이와 같은 소나무 집단의 유전형 분석 결과를 이용하여 소나무의 유전변이 분석, 유전자원 평가, 개체식별, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있다.
Description
본 발명은 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 SNP 마커 세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 더 상세하게는 소나무 집단의 유전형(genotype) 분석용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 세트 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 포함하는 마이크로 어레이, 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트, 및 소나무 집단의 유전형 분석 방법에 관한 것이다.
소나무는 우리나라 사람들이 가장 좋아하는 나무로 선정하는데 주저하지 않는 중요한 임목자원 중의 하나이지만, 소나무의 생물학적, 생태적, 유전적 특성들에 관한 기초적인 정보의 확보는 미흡한 실정이다. 또한 소나무는 우리나라에 자생하고 있는 주요 경제수종 및 희귀/멸종위기 수종 중 하나로서 유전자원 탐색, 평가 및 보존사업이 필요로 한다.
최근 SSR(simple sequence repeat), RAPD(random amplified polymorphic DNAs), RFLP(restriction fragment length polymorphism), SNP(single nucleotide polymorphisms), AFLP(amplified fragment length polymorphism) 등 분자마커를 이용한 식물의 유전형 선별 기술이 대두되고 있다. 그 중에서 SNP는 여러 분자마커 중 종내 또는 개체별 유전적인 변이를 가장 잘 나타낼 수 있는 분자마커이다.
차세대 염기서열 분석 기술의 발달로 임목을 대상으로 SNP 마커 발굴 등 많은 연구가 시도되고 있다. 그 일례로서 등록특허 제1409012호는 몇몇 소나무 종(species) 구별용 SNP 프라이머 및 이를 이용한 소나무 종 구별방법을 개시하고 있다. 그러나 유전체의 규모가 크고 이형접합성이 높은 소나무의 경우, 아직 기준 염기서열이 밝혀지지 않아 소나무 집단의 유전형 분석에 활용될 수 있는 SNP 마커 세트의 개발이 어려운 상황이다.
따라서 우리나라의 소나무의 유전자원 평가, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있도록 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트의 개발이 시급히 요구되고 있는 실정이다.
이에 본 발명자들은 종래 기술에서의 요구에 부응하기 위해 지속적으로 연구한 결과, 소나무 집단의 유전형을 분석할 수 있는 SNP 마커 세트를 발굴하고, 이를 이용하여 여러 지역의 소나무 집단들에서 유전형(genotype), 유전적 유연관계 및 유전적 분화정도를 분석할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서 본 발명의 목적은 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트 또는 이의 cDNA 세트를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트를 이용하여 소나무 집단의 유전형 분석하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명의 목적은 서열번호 1 내지 96의 염기서열에 각각 포함되어 있는 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들의 상보적 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물을 제공한다.
상기 SNP 마커 세트 조성물은 바람직하게는, 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위(locus)인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함한다.
상기 서열번호 1 내지 96은 각각의 SNP 부위를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드이다.
본 발명에서 ‘SNP 마커’는 DNA 서열상의 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 대립인자 염기쌍을 의미한다. 상기 SNP는 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 다형성 부위(polymorphic site)에서 단일 염기만이 다른 경우를 의미하는데, 이는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있어, 개체의 유전적 다양성을 발생시킨다.
본 발명에서 ‘대립유전자(allele)’는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.
본 발명에서 '다형성 폴리뉴클레오티드'는 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 나타내는 다형성 부위를 포함하는 서열을 말한다.
본 발명에서는 소나무 집단의 유전형 분석에 사용될 수 있는 96종의 SNP 마커를 발굴하였으며, 본 발명에 따른 SNP 마커들에서 상기 SNP (다형성 염기)의 정보(좌위/종류)는 표 2 ~ 표 4에 나타낸 바와 같다.
본 발명의 실시예에 의하면, 본 발명에 따른 96종의 SNP 마커를 조합하여 사용시 16 지역 유래의 소나무 집단 284 개체의 유전형을 식별할 수 있었으며, 또한 계통수를 작성할 수 있으며, 유연관계 및 유전적 분화정도를 분석할 수 있었다 (도 7a ~ 도 13).
본 발명은 또한 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물을 제공한다.
'SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제'란, 상기와 같은 SNP를 증폭시킬 수 있거나 상기 SNP에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하는 제제를 의미한다. 바람직하게는 상기 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머(primer) 또는 SNP가 포함된 다형성 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브(probe)일 수 있다.
본 발명에서 프라이머는, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머라제 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
상기 프라이머 염기서열의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 10 내지 30 뉴클레오티드이다. 상기 프라이머 염기서열은 상기 SNP 마커와 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 SNP 마커와 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 하고, 바람직하게는 서열번호 10 내지 30으로 구성된 폴리뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다.
또한 프라이머는 5' 말단에 taq 서열을 포함할 수 있으며, tag 서열은 형광표지 인자를 갖는 프로브와 결합될 수 있다.
본 발명에서 ‘프로브’란 SNP가 포함된 다형성 부위와 특이적 결합을 이룰 수 있는, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 라벨링(labeling) 되어 있는 핵산 단편을 의미한다. 프로브는 올리고뉴클레오티드 프로브, 단일 사슬 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중 사슬 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명에서, SNP 마커에 결합 및 인식하는 프로브는 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열에 대해 상보적인 서열을 포함하며, 이에 제한되지 않으나 DNA, RNA 또는 DNA-RNA 잡종(hybrid) 형태일 수 있다. 또한, 육안으로 인식가능하도록 하기 위해 프로브의 5' 또는 3' 말단에 형광 표지인자, 방사선 표지 인자 등을 추가로 부착할 수 있다.
본 발명은 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트를 제공한다.
상기 키트는 PCR 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 추가로 포함하는 키트일 수 있다. 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다.
또한 본 발명은 서열번호 1 내지 96의 염기서열 각각의 SNP 다형성 폴리뉴클레오티드, 이에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 이의 cDNA를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이를 제공한다.
본 발명에 따른 마이크로어레이는 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들, 이들에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 이들의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.
바람직하게는, 상기 다형성 폴리뉴클레오티드들은 아미노-실란, 폴리-L-라이신 또는 알데히드의 활성기가 코팅된 기판에 고정될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 바람직하게는, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 또는 플라스틱일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 상기 다형성 폴리뉴클레오티드들을 기판에 고정화시키는 방법으로는 피에조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting) 법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.
본 발명은 또한,
(a) 소나무 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 상기 SNP 마커 부위를 검출 또는 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 소나무 집단의 유전형 분석 방법을 제공한다.
상기에서 SNP 마커는 본 발명에 따른 신규한 SNP 마커를 의미한다.
본 발명의 용어 '개체'란, 유전형을 분석하고자 하는 대상인 소나무 집단의 소나무 개체를 의미하며, 상기 소나무 개체로부터 얻어진 검체를 이용하여, 상기 SNP 마커 부위의 염기를 분석함으로써 소나무 유전형을 판단할 수 있다.
상기 (a) 단계의 DNA 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻거나, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplication) 및 자가유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
바람직하게는 (a) 단계에서 검출 또는 증폭은 서열번호 97 내지 480으로 구성된 프라이머 세트를 사용하여 행하여질 수 있다.
상기 (b) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위(다형성 부위)의 염기를 결정하는 단계도 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 그 예로는 시퀀싱 분석, 마이크로 어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR, 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석, HRM 분석 또는 TaqMan 기법, Luna 기법, PNA 기법, Fluidigm 시스템, SNPlex 플랫폼, 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템, CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에 따른 신규 SNP 마커 세트 조성물, 프로브, 및 이를 포함하는 마이크로 어레이 또는 키트를 이용하면, 대량의 소나무 개체와 집단의 유전형 분석이 용이하면서도 정확하게 수행될 수 있다. 뿐만 아니라 이와 같은 소나무 집단의 유전형 분석 결과를 이용하여 소나무의 유전변이 분석, 유전자원 평가, 개체식별, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있다.
도 1은 소나무 배유 DNA의 제한효소 처리 결과를 보여주는 사진이다.
도 2는 분석용 라이브러리의 DNA 크기 분포를 나타내는 그래프이다.
도 3은 Ion Proton 시퀀서를 이용하여 시퀀싱 분석 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 4는 SNP 마커 좌위 주변 서열을 IGV 이지미를 통해 검증한 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 5는 Fluidigm 장비에 사용가능한 대립유전자-특이적 프라이머 제작 과정을 보여준다.
도 6은 본 발명에 따른 96개 SNP의 염색체 별 개수와 분포를 나타낸다.
도 7a 내지 도 7f는 본 발명에 따른 96개 SNP 및 이를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드들을 나타낸다.
도 8은 본 발명에 따른 96종의 프라이머 세트를 사용하여 Fuidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다.
도 9는 본 발명에 따른 SNP 마커별 프라이머 세트를 사용하여 Fluidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다 (SNP 1 ~ 10).
도 10은 본 발명의 SNP 마커 세트를 사용한 소나무 284 개체의 계통수(Phylogenetic tree) 분석결과이다.
도 11은 소집단 사이의 Pairwise FST 값을 나타낸다.
도 2는 분석용 라이브러리의 DNA 크기 분포를 나타내는 그래프이다.
도 3은 Ion Proton 시퀀서를 이용하여 시퀀싱 분석 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 4는 SNP 마커 좌위 주변 서열을 IGV 이지미를 통해 검증한 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 5는 Fluidigm 장비에 사용가능한 대립유전자-특이적 프라이머 제작 과정을 보여준다.
도 6은 본 발명에 따른 96개 SNP의 염색체 별 개수와 분포를 나타낸다.
도 7a 내지 도 7f는 본 발명에 따른 96개 SNP 및 이를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드들을 나타낸다.
도 8은 본 발명에 따른 96종의 프라이머 세트를 사용하여 Fuidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다.
도 9는 본 발명에 따른 SNP 마커별 프라이머 세트를 사용하여 Fluidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다 (SNP 1 ~ 10).
도 10은 본 발명의 SNP 마커 세트를 사용한 소나무 284 개체의 계통수(Phylogenetic tree) 분석결과이다.
도 11은 소집단 사이의 Pairwise FST 값을 나타낸다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 구체적인 실시예를 통하여 본 발명의 구성 및 효과를 보다 상세히 설명하기로 한다. 그러나 하기 실시예는 본 발명을 보다 명확하게 이해시키기 위하여 예시한 것일 뿐이며, 본 발명의 권리범위가 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 차세대 염기서열 분석를 이용한 소나무 유전체에서 SNP 정보 탐색
소나무(Pinus densiflora) 수형목 경북 4호로부터 채취된 134개 종자의 배유에서 추출된 DNA를 대상으로 PstI 제한효소와 MspI 제한효소를 처리하여 약 260~280 bp에 해당하는 분석용 라이브러리를 구축하였다 (도 1 및 도 2).
구축된 라이브러리는 Ion Proton 시퀀서(Life Technologies)를 이용하여 시퀀싱 분석을 실시하였다 (도 3). 시퀀싱 분석을 통해 생성된 염기서열 정보는 바코드 DNA 정보를 이용하여 디멀티플랙싱(demultiplexing)을 실시하여 개체별 염기서열 정보를 분리하였다. 라이브러리를 13회의 분석단위로 염기서열을 분석한 결과 총 111.4 Gbp의 염기서열을 확보하였다. 이 염기서열로부터 소나무 반수체 유전체에 분포하는 SNP 정보를 탐색하기 위하여 SNP 매트릭스를 작성하고 ‘동형/이형/기타(homozygous/heterozygous/etc.)’의 유형으로 구분하였다. 최종적으로 탐색된 SNP 마커를 이용하여 연관분석을 실시하여 상위 12개의 연관군을 형성하는 1,007개의 SNP 마커를 확보하였다.
실시예 2: SNP 선발 및 필터링(filtering)
실시예 1에서 탐색된 SNP들을 대상으로 SNP를 선발 및 필터링하였다.
총 1,007개 SNP 마커의 플랭킹 서열(Flanking sequence) 600bp를 레퍼런스에 블래스트(blast)하여 반복 영역에 위치하는 SNP 좌위 제거 (블래스트 필터기준: identity 90 이상,query coverage 50 이상)하고, PIC > 0.3인 것을 선별하여 790개의 SNP 마커를 선별한 후, 하기 표 1과 같은 기준을 적용하여 325개의 후보 SNP 마커를 선발하였다:
마커 선발 기준 | 선발된 SNP | |
Rank=1) 정방향 기준, specific-primer와 common-primer 모두에서 var<=0, gap<=0 |
143 | 합계: 325 |
Rank=2) 역방향 기준, specific-primer와 common-primer 모두에서 var<=0, gap<=0 |
80 | |
Rank=3) 정방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고, common-primer에서 var<=0, gap<=2 |
18 | |
Rank=4) 역방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고, common-primer에서 var<=0, gap<=2 |
12 | |
Rank=5) 정방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고, common-primer에서 var<=1, gap<=1 |
39 | |
Rank=6) 역방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고, common-primer에서 var<=1, gap<=1 |
33 |
선발된 325개의 후보 SNP 마커 좌위 주변 서열을 IGV 이지미를 통해 검증하였다. SNP 마커 좌 주변의 리드 맵핑(read mapping) 결과를 눈으로 확인함으로써 SNP 주변 서열에서 PCR 프로브 및 프라이머 제작에 적합하지 않는 서열이 있는지 직접 확인하여 288개의 SNP 마커 후보 세트를 선발하였고, 선발된 SNP 마커 부위의 리딩 맵핑 결과로부터 컨센서스 서열(consensus sequence)를 추출하였다(도 4).
선발된 SNP 마커 후보 세트는 Fluidigm 장비에 사용가능한 지노타입핑 프라이머로 디자인하였다. SNP 지노타입핑 마커는 대립유전자-특이적 프라이머(allele specific primer; ASP) 방식으로 제작하였으며, 각각의 SNP 타입별 2개의 ASP(allele specific primer) 프라이머, 1개의 LSP(locus specific primer) 프라이머, 1개의 STA(specific target amplification primer) 프라이머로 각각 디자인하였다. LSP 프라이머는 지노타입핑 단계 이전에 pre-amplification 단계에 사용하는 프라이머로 시료 DNA 영역 부위를 증폭한 이후 지노타입핑 단계로 들어감으로써 지노타입핑에 좀 더 구분 능력을 높일 수 있다 (도 5).
288개의 SNP 마커를 이용하여 제작된 Fluidigm 장비용 ASP(allele specific primer) 세트를 이용하여 다수 집단의 소나무 300 개체의 소나무 gDNA 샘플을 랜덤하게 선발하여 이를 대상으로 Fluidigm 장비로 지노타입핑을 진행하여, 유전형 분석에 유용할 것으로 판단되는 기준 (Call rate 90% 이상, 지노타이핑 결과 XX/XY/YY 중 두가지 타입 이상으로 나타날 것, Clustering이 상대적으로 잘된 것, 염색체 12개 내에 고루 분포해 있을 것)에 부합한 96개의 SNP 마커 세트를 최종적으로 선발하였고, 그 결과를 표 2~표 4 및 도 6에 나타냈다.
서열번호 | SNP NAME | SNP 좌위 | Allele X | Allele Y |
1 | APFE020521922.1_501210 | 서열번호 1의 71번째 염기 | A | G |
2 | APFE020524656.1_78186 | 서열번호 2의 71번째 염기 | G | C |
3 | APFE020520264.1_59742 | 서열번호 3의 71번째 염기 | G | T |
4 | APFE020521515.1_72067 | 서열번호 4의 71번째 염기 | G | T |
5 | APFE020521936.1_100644 | 서열번호 5의 71번째 염기 | C | T |
6 | APFE020522283.1_3909 | 서열번호 6의 71번째 염기 | C | T |
7 | APFE020541901.1_40076 | 서열번호 7의 71번째 염기 | G | T |
8 | APFE020518605.1_28151 | 서열번호 8의 71번째 염기 | G | C |
9 | APFE020520334.1_163930 | 서열번호 9의 71번째 염기 | A | C |
10 | APFE020521203.1_22297 | 서열번호 10의 71번째 염기 | G | C |
11 | APFE020521550.1_401108 | 서열번호 11의 71번째 염기 | C | T |
12 | APFE020521941.1_752717 | 서열번호 12의 71번째 염기 | G | T |
13 | APFE020541901.1_40099 | 서열번호 13의 71번째 염기 | A | G |
14 | APFE020519813.1_287558 | 서열번호 14의 71번째 염기 | G | C |
15 | APFE020523277.1_335426 | 서열번호 15의 71번째 염기 | C | T |
16 | APFE020524133.1_1249 | 서열번호 16의 71번째 염기 | C | T |
17 | APFE020505462.1_43239 | 서열번호 17의 71번째 염기 | C | T |
18 | APFE020519819.1_704971 | 서열번호 18의 71번째 염기 | A | T |
19 | APFE020520465.1_43219 | 서열번호 19의 71번째 염기 | A | C |
20 | APFE020522523.1_33954 | 서열번호 20의 71번째 염기 | C | T |
21 | APFE020518847.1_91726 | 서열번호 21의 71번째 염기 | G | T |
22 | APFE020524364.1_304073 | 서열번호 22의 71번째 염기 | G | C |
23 | APFE020518409.1_69054 | 서열번호 23의 71번째 염기 | A | C |
24 | APFE020519048.1_127081 | 서열번호 24의 71번째 염기 | A | G |
25 | APFE020520121.1_448877 | 서열번호 25의 71번째 염기 | A | C |
26 | APFE020521905.1_45302 | 서열번호 26의 71번째 염기 | G | C |
27 | APFE020522610.1_38876 | 서열번호 27의 71번째 염기 | G | T |
28 | APFE020523349.1_439158 | 서열번호 28의 71번째 염기 | A | T |
29 | APFE020520809.1_160617 | 서열번호 29의 71번째 염기 | A | G |
30 | APFE020521915.1_3480 | 서열번호 30의 71번째 염기 | G | T |
31 | APFE020522182.1_335997 | 서열번호 31의 71번째 염기 | A | T |
32 | APFE020524535.1_273780 | 서열번호 32의 71번째 염기 | A | T |
서열번호 | SNP NAME | SNP 좌위 | Allele X | Allele Y |
33 | APFE020541176.1_248238 | 서열번호 33의 71번째 염기 | C | T |
34 | APFE020546773.1_85671 | 서열번호 34의 71번째 염기 | A | G |
35 | APFE020546889.1_88402 | 서열번호 35의 71번째 염기 | A | C |
36 | APFE020575505.1_27499 | 서열번호 36의 71번째 염기 | A | G |
37 | APFE020576407.1_223133 | 서열번호 37의 71번째 염기 | C | T |
38 | APFE020577424.1_1003388 | 서열번호 38의 71번째 염기 | C | T |
39 | APFE020578244.1_66851 | 서열번호 39의 71번째 염기 | A | G |
40 | APFE020579192.1_275513 | 서열번호 40의 71번째 염기 | C | T |
41 | APFE020579648.1_114435 | 서열번호 41의 71번째 염기 | A | G |
42 | APFE020580004.1_722382 | 서열번호 42의 71번째 염기 | A | T |
43 | APFE020581588.1_173442 | 서열번호 43의 71번째 염기 | C | T |
44 | APFE026159731.1_9719 | 서열번호 44의 71번째 염기 | C | T |
45 | APFE020546899.1_177093 | 서열번호 45의 71번째 염기 | C | T |
46 | APFE020557882.1_718 | 서열번호 46의 71번째 염기 | C | T |
47 | APFE020576650.1_1002876 | 서열번호 47의 71번째 염기 | C | T |
48 | APFE020577651.1_889384 | 서열번호 48의 71번째 염기 | A | G |
49 | APFE020578401.1_157346 | 서열번호 49의 71번째 염기 | C | T |
50 | APFE020580004.1_722448 | 서열번호 50의 71번째 염기 | G | C |
51 | APFE020580871.1_160655 | 서열번호 51의 71번째 염기 | A | T |
52 | APFE020581719.1_112228 | 서열번호 52의 71번째 염기 | A | C |
53 | APFE026164836.1_20647 | 서열번호 53의 71번째 염기 | A | G |
54 | APFE020557973.1_61109 | 서열번호 54의 71번째 염기 | A | C |
55 | APFE020575580.1_114286 | 서열번호 55의 71번째 염기 | A | C |
56 | APFE020576840.1_19332 | 서열번호 56의 71번째 염기 | A | G |
57 | APFE020577736.1_89272 | 서열번호 57의 71번째 염기 | A | G |
58 | APFE020579671.1_545466 | 서열번호 58의 71번째 염기 | G | C |
59 | APFE020580953.1_36826 | 서열번호 59의 71번째 염기 | A | C |
60 | APFE020582040.1_239411 | 서열번호 60의 71번째 염기 | G | T |
61 | APFE020574434.1_39918 | 서열번호 61의 71번째 염기 | G | T |
62 | APFE020575632.1_39655 | 서열번호 62의 71번째 염기 | G | T |
63 | APFE020576929.1_4369 | 서열번호 63의 71번째 염기 | G | T |
64 | APFE020579437.1_329783 | 서열번호 64의 71번째 염기 | C | T |
서열번호 | SNP NAME | SNP 좌위 | Allele X | Allele Y |
65 | APFE020581227.1_172900 | 서열번호 65의 71번째 염기 | G | C |
66 | APFE020582444.1_312443 | 서열번호 66의 71번째 염기 | A | G |
67 | APFE020551801.1_21920 | 서열번호 67의 71번째 염기 | C | T |
68 | APFE020575281.1_87506 | 서열번호 68의 71번째 염기 | A | G |
69 | APFE020575998.1_69394 | 서열번호 69의 71번째 염기 | G | T |
70 | APFE020578042.1_81025 | 서열번호 70의 71번째 염기 | A | G |
71 | APFE020578716.1_626668 | 서열번호 71의 71번째 염기 | C | T |
72 | APFE020580284.1_88583 | 서열번호 72의 71번째 염기 | A | G |
73 | APFE020581295.1_171651 | 서열번호 73의 71번째 염기 | A | G |
74 | APFE020582495.1_379263 | 서열번호 74의 71번째 염기 | C | T |
75 | APFE020551965.1_19394 | 서열번호 75의 71번째 염기 | C | T |
76 | APFE020578157.1_15619 | 서열번호 76의 71번째 염기 | A | G |
77 | APFE020579492.1_9005 | 서열번호 77의 71번째 염기 | G | T |
78 | APFE020579761.1_109506 | 서열번호 78의 71번째 염기 | A | C |
79 | APFE020580320.1_112610 | 서열번호 79의 71번째 염기 | C | T |
80 | APFE020581399.1_178731 | 서열번호 80의 71번째 염기 | C | T |
81 | APFE026156888.1_18448 | 서열번호 81의 71번째 염기 | G | T |
82 | APFE020555798.1_37734 | 서열번호 82의 71번째 염기 | A | G |
83 | APFE020575415.1_94547 | 서열번호 83의 71번째 염기 | G | C |
84 | APFE020576204.1_200404 | 서열번호 84의 71번째 염기 | A | G |
85 | APFE020577091.1_163611 | 서열번호 85의 71번째 염기 | A | G |
86 | APFE020578163.1_331764 | 서열번호 86의 71번째 염기 | C | T |
87 | APFE020578875.1_116388 | 서열번호 87의 71번째 염기 | C | T |
88 | APFE020579801.1_352979 | 서열번호 88의 71번째 염기 | C | T |
89 | APFE020580388.1_76323 | 서열번호 89의 71번째 염기 | A | G |
90 | APFE020581442.1_21489 | 서열번호 90의 71번째 염기 | C | T |
91 | APFE026181342.1_56245 | 서열번호 91의 71번째 염기 | A | C |
92 | APFE020556295.1_32956 | 서열번호 92의 71번째 염기 | A | C |
93 | APFE020578882.1_97200 | 서열번호 93의 71번째 염기 | A | G |
94 | APFE020580796.1_359907 | 서열번호 94의 71번째 염기 | A | C |
95 | APFE020581456.1_49365 | 서열번호 95의 71번째 염기 | A | G |
96 | APFE026181921.1_12112 | 서열번호 96의 71번째 염기 | C | T |
96개 SNP 영역을 PCR 분석하였고 각각의 SNP를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드들의 염기서열을 서열번호 1 내지 96 및 및 도 7a ~ 도 7f에 나타내었다.
실시예 3: Fluidigm 시스템 분석을 통한 SNP 검정
Fluidium 장비를 사용하고 실시예 2에서와 같이 선발된 96개의 SNP 마커 세트를 이용하여 소나무 집단의 유전형을 분석하기 위하여, 각 SNP 부위별(다양성 부위별) 특이적 4종의 프라이머 즉, 2종의 ASP(Allele specific primer), 1종의 LSP(locus specific primer), 1종의 STA(specific target amplification) 프라이머로 각각 제작하였다 (표 5). 상기 프라이머 중, 2종의 ASP는 동일한 염기서열 좌의 SNP 부위에 결합할 수 있도록 디자인되었으며, 프라이머의 5' 말단에는 형광물질로 표지된 프로브와 결합할 수 있는 taq 서열을 포함하고 있다. Tag 서열은 PCR 과정에서 첨가되는 형광물질인 FAM 및 HEX로 표지된 프로브에 상보적으로 결합할 수 있는 부위이다. STA 프라이머는 PCR 반응 이전에 주형 DNA의 양을 증폭하기 위해서 사용하는 pre-amplification 반응을 위한 프라이머로 최종 결과에서 좀 더 분명한 형광 시그널을 볼 수 있도록 역할을 한다.
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
1 | CATTGATCTCATTCAAAGGTATGT | 97 | CATTGATCTCATTCAAAGGTATGC | 98 | AAATTTTCTGCAGCAGAAGAAATTTA | 99 | TCCACAAGTTTGAAGGTGTCC | 100 |
2 | GCAAGTCCACTTCAAAAGTTGTCTC | 101 | GCAAGTCCACTTCAAAAGTTGTCTG | 102 | GATTTGCTTGACCTACTTGCAAGA | 103 | AGACTTTCTATTGCAAGTCCACT | 104 |
3 | CTTAAAACACCCAAAACATTCAGCG | 105 | ACTTAAAACACCCAAAACATTCAGCT | 106 | CCCCGCCCCGTGTACAAA | 107 | TGTTTCCATACTCTGCAGCTCT | 108 |
4 | ACTGGGATGGGGTTCATCTG | 109 | AACTGGGATGGGGTTCATCTT | 110 | GGCTATCTTGCCGTAAGCCG | 111 | GGTTTCATGTGCAAATCCTCAAC | 112 |
5 | TGGTTCATTTCCTAGGCCACG | 113 | TGGTTCATTTCCTAGGCCACA | 114 | GAGCGCATCAACACGTCCA | 115 | CTAGGAGTAAAACTAAATCTTAACCAGGTG | 116 |
6 | AGGATTTCATACTTTTGACAAAATATAC | 117 | AGGATTTCATACTTTTGACAAAATATAt | 118 | AGACTTGTCTAGCCATTATTTCAA | 119 | CCAAACATGGCATATAAAACCC | 120 |
7 | CAAAGGATGGCTATTGTTGGTTC | 121 | CAAAGGATGGCTATTGTTGGTTA | 122 | CTGCAGCGCTTCAAGTCTCAA | 123 | TAAAATAAGTTATACACATTTATTGCCTTAGTTAATAGAG | 124 |
8 | CGACTGGTAGAGTCCCCGAG | 125 | GACTGGTAGAGTCCCCGAC | 126 | GCCAAGCTCGGATACCTGGA | 127 | GGCTCGCAGTTCGCTTAA | 128 |
9 | CACCTGGAAAACCAGAACATTGATA | 129 | CACCTGGAAAACCAGAACATTGATC | 130 | CGCTACTGAAGGGAGACTGGT | 131 | CGAAAAGCCCCAGCAGC | 132 |
10 | GTGATGACTCCATATCCGATACCG | 133 | GTGATGACTCCATATCCGATACCC | 134 | CTCCCAAGGTGTCCGAGAGT | 135 | TGTTGCCGGGGCTCAT | 136 |
11 | GATCCAGAATCGAGACCCCG | 137 | AGATCCAGAATCGAGACCCCA | 138 | CGATCTTTTGGTGCTGCACAGT | 139 | CTGAAACGCGGATCTGCA | 140 |
12 | CAGTGAGGAAGCTGAATTCAACC | 141 | ACAGTGAGGAAGCTGAATTCAACA | 142 | TGCAGTTTTCTTGAGACCGGGA | 143 | ATCCTTGAACGTTGATGAGATGAC | 144 |
13 | AACCAACAATAGCCATCCTTTGA | 145 | AACCAACAATAGCCATCCTTTGG | 146 | TAAAATAAGTTATACACATTTATTGCCTTAGTTAATAGAG | 147 | CTTCAAGTCTCAAAAGCATTTACACTAAAAT | 148 |
14 | CAGTTCTAGAAACCTTTGAAACATATCAATATCG | 149 | CAGTTCTAGAAACCTTTGAAACATATCAATATCC | 150 | TGTCGGACATTGTAAGCAGTGTGA | 151 | GTGACAACTAAGCCTGCAGT | 152 |
15 | GGTGGCCTAGATGGAGGAG | 153 | AGGTGGCCTAGATGGAGGAA | 154 | GGCACAACTGCATACACACCA | 155 | AGCTGCAGGGTGCTGA | 156 |
16 | GATGTCCAGTTTCTTGCACAGG | 157 | TGATGTCCAGTTTCTTGCACAGA | 158 | ACCCTGCAGCCTCATCCA | 159 | TGTTGTTTCTGCAGCCACTG | 160 |
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
17 | CAAATGAGAAAAAAAATGCAATc | 161 | CAAATGAGAAAAAAAATGCAATt | 162 | TTTTGTCTATGTCCTGAATGATGA | 163 | GCTTTGCCCTCTAAAAACATTC | 164 |
18 | CCAATTGAGTCCAGGCATTCCT | 165 | CCAATTGAGTCCAGGCATTCCA | 166 | CGTTATATGAGGCACTTCAAATTCAACTGT | 167 | GCCCAATAACATTGTTTTCTTCCAC | 168 |
19 | GAAACGACCCAGGATCCCAA | 169 | AAACGACCCAGGATCCCAC | 170 | TGGCGGAGGATTTGGCTTCT | 171 | CGAGCACTGATGTCCAAAGAG | 172 |
20 | GGCAATAGTTTGAGCAGAACTTCC | 173 | GGCAATAGTTTGAGCAGAACTTCT | 174 | CCCAGAAAATATGCTAAAGGCTGCAA | 175 | AGCTGAAATTTCAGAGCATTCCG | 176 |
21 | GTTGATCTCTGCATTCAGAATGGC | 177 | TGTTGATCTCTGCATTCAGAATGGA | 178 | CTTGGCAGCCTGCCTCC | 179 | TGGATTTCATCATGTGCATTCTGT | 180 |
22 | GTTTGAACGGAATTCTTCTGGGG | 181 | GTTTGAACGGAATTCTTCTGGGC | 182 | GCCTCCTGCTGCTGCC | 183 | AGCAGCAGACTGTTTGAACG | 184 |
23 | CTTAGCATTCACATTTACATCAAATCAAACAA | 185 | CTTAGCATTCACATTTACATCAAATCAAACAC | 186 | TCTGATTAAAAGAGTAAGAATGAAAAGCCTGGA | 187 | AACAGTTAAATTGAACTTAGCATTCACA | 188 |
24 | AGATGAGGATTTAATTCTTCAGCAAATTGAA | 189 | AGATGAGGATTTAATTCTTCAGCAAATTGAG | 190 | AAGATAAATTTGCTGAAGCTTTGCTAGTGTC | 191 | GGGACAACCAGTTCTGCA | 192 |
25 | CAGTAGCAATAGTTGCATACAAAt | 193 | CAGTAGCAATAGTTGCATACAAAg | 194 | TCCATATCAAACCATATTTAAACTCG | 195 | GACTCCAGAAAAATGGTCCAA | 196 |
26 | TCAGAAAGCACTTGTGGGTAAGAG | 197 | CAGAAAGCACTTGTGGGTAAGAC | 198 | CTTTCCCTTCCGGTGTGCC | 199 | GGTGTCTCCTGCAGAGCTT | 200 |
27 | TGTGAAATCGATACATTACAGAGTTACGAG | 201 | TGTGAAATCGATACATTACAGAGTTACGAT | 202 | CATCCTCGCGCCCCG | 203 | CTGGCTTCAATGCTGAGGT | 204 |
28 | CAATCAGCTCCTAACAAAAAACAAGAAAAAA | 205 | CAATCAGCTCCTAACAAAAAACAAGAAAAAT | 206 | GGGATAAGACATCAATGCTCTTACAAACAT | 207 | TCCTTTGATTTTCCTTTACCGGC | 208 |
29 | GGATATACTCCATTTTCTGTTGCTGAA | 209 | GGATATACTCCATTTTCTGTTGCTGAG | 210 | CCGGCAGAGACAAAAGAAACCA | 211 | ATGATTTTGTTCTCCGCGGATATAC | 212 |
30 | CCAGCTACTCTTTATTTGCAAGg | 213 | CCAGCTACTCTTTATTTGCAAGt | 214 | GCTTACCCTGCAGCAATTTT | 215 | AAAAGAATAAATAAAATGAAATCCCG | 216 |
31 | CTGCAGGGAGTGAGATGTATTTTATAATTT | 217 | CCTGCAGGGAGTGAGATGTATTTTATAATTA | 218 | AACGCCGGGTTCTTTGAACTTTC | 219 | ATGCTCCTGCAGGGAGT | 220 |
32 | CCCACTTCCTGCAGTGCT | 221 | CCCACTTCCTGCAGTGCA | 222 | GCCCATTATGGTTGCCTGCC | 223 | CCAGGACTTGCAGAGGGA | 224 |
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
33 | CGAACCCGAGCGCCATC | 225 | CGAACCCGAGCGCCATT | 226 | TCTGTGCCAACCACGTACGA | 227 | TCCATCCACCAGGACTCG | 228 |
34 | GATGGAGCAACTAAATCAAAGAAA | 229 | GATGGAGCAACTAAATCAAAGAAg | 230 | TTCAAGGAATTGTGACGTGG | 231 | GGTCGTAAGAAGCAGCATCA | 232 |
35 | AGCATCTTTCCTTATGAATTCCCTGT | 233 | GCATCTTTCCTTATGAATTCCCTGG | 234 | CCCTTCTCCGGGTAAGAATGGT | 235 | CTTTCAATTGACATTCCTTTGCCA | 236 |
36 | CTAGTCTTCTCTGTGACCAAGCTT | 237 | CTAGTCTTCTCTGTGACCAAGCTC | 238 | ACCTTATGACAGTTTGCACTACATCTTGA | 239 | AGGAACATTACACTTTGGCTTATTTACT | 240 |
37 | ATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCATAGAAACG | 241 | CATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCATAGAAACA | 242 | GCTATTCTATCTACTTGATTTGGCCCTGT | 243 | GTTTCATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCA | 244 |
38 | GGATGGAGAAATCACAATCTTTGCAG | 245 | GGATGGAGAAATCACAATCTTTGCAA | 246 | AACCCTAGAAACCAGGCCGT | 247 | CGTGTCTTGTAGTCAATTTGTTTGC | 248 |
39 | CCTGCAGACTTACAATTGCATTCAT | 249 | CCTGCAGACTTACAATTGCATTCAC | 250 | GGTAATTCACAGACCCAATTTGCGT | 251 | GGAGTACCAGTATCCGAGCC | 252 |
40 | GGCTTGTGAAAACAGGGTGC | 253 | GGCTTGTGAAAACAGGGTGT | 254 | GATTAACGGTGCCGTCGCTT | 255 | GTGTCCGGTTGCTCTGTTG | 256 |
41 | CTTCTGCAGTAAACTTCTGCACTT | 257 | CTTCTGCAGTAAACTTCTGCACTC | 258 | TGTAATGTTTCCTTGGTCCGGTCA | 259 | AGGCCCTGAACTGTCTAGC | 260 |
42 | ATCCCATCTCTTTGGCCTTACAA | 261 | ATCCCATCTCTTTGGCCTTACAT | 262 | TTGGACAAGAGGACTGCCAGAA | 263 | GGAACTTAATGACCGGCAAAAGA | 264 |
43 | GCAGGGAGTGTCACTCTGc | 265 | GCAGGGAGTGTCACTCTGt | 266 | TGATCTGCAGCAAGTCCTTT | 267 | TGCAAGTAAGATATATAGACTACACCC | 268 |
44 | GCAAAATCACTGCAATGCAAAATGG | 269 | GCAAAATCACTGCAATGCAAAATGA | 270 | GGGAAACTGCAGAGATGCACA | 271 | TGCAAAATCACTGCAATGCAAAA | 272 |
45 | AAGGCACCACTACCTGTCG | 273 | CAAGGCACCACTACCTGTCA | 274 | CACGTCCCAACCCCGC | 275 | CATGGGATATGGCCACGAG | 276 |
46 | TGCAACAGAGACGGGAGATG | 277 | GTGCAACAGAGACGGGAGATA | 278 | CGGGTGTTCCGGCCTAAAG | 279 | GCCTGTGCATTGTGCAAC | 280 |
47 | CTCTCTGGTCTCCATACCTCAATC | 281 | CTCTCTGGTCTCCATACCTCAATT | 282 | GTTGCAAGAAGGTGACCTCACA | 283 | CAACTGCAAGAGGAAGGTAACT | 284 |
48 | GAATTCTCTGGATCAAGTAACTCTAACT | 285 | GAATTCTCTGGATCAAGTAACTCTAACC | 286 | TGGCCTGCAGTTTAGTCAGTGA | 287 | ATTATTTAAACTTTTTTGACCGAAGCAGAA | 288 |
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
49 | ACCTCTCGTGTTTCCATGTCG | 289 | ACCTCTCGTGTTTCCATGTCA | 290 | CCTTCGTCTGAGTCTGGAGCA | 291 | CTGTCGCTTCACCTCTCG | 292 |
50 | TGGCATACATTCTGTGGCTCTAG | 293 | TGGCATACATTCTGTGGCTCTAC | 294 | TCCCACCTCAGTTAGAACACT | 295 | GTCCTCTTGTCCAACATGCTT | 296 |
51 | CCATGCAATGTACTGCAACCT | 297 | CCATGCAATGTACTGCAACCA | 298 | TCTGGCTCCCTGTTAACGTCC | 299 | TGAATGAGCATATTACGTGCATGG | 300 |
52 | GTCCAGTTACCTCCTAAATCAGATTTCTAT | 301 | GTCCAGTTACCTCCTAAATCAGATTTCTAG | 302 | ACTTCCTAGGGGCCTTTACAAACAAT | 303 | ACAGAAGGTTAGACATGTCCAGT | 304 |
53 | ACAGCAAAAGTAATATTGTAAAATGa | 305 | ACAGCAAAAGTAATATTGTAAAATGg | 306 | TCCGGATTCTGTCGAATGAT | 307 | TGGGTACCTGCAGTTCCAAG | 308 |
54 | CCGGCTCATTGTAAAGGTATTTCAGA | 309 | CGGCTCATTGTAAAGGTATTTCAGC | 310 | GCCTAAAAATATGCAAATGAAGTGTGGC | 311 | CGGTGTTTTGAGGTGCCC | 312 |
55 | GAAAAGACATAAAAGCATCGTCGGA | 313 | AAAAGACATAAAAGCATCGTCGGC | 314 | GTATCTGCCGTACCGATTCAGT | 315 | GGCTGGGCAGAGTGAAA | 316 |
56 | CATAATACTTTGAGGTTTTAACTCTGCACA | 317 | CATAATACTTTGAGGTTTTAACTCTGCACG | 318 | CTGCAGATTTTGGAGGTGTTTTCTCT | 319 | CCAGAAACAACTGTATCTGCTACTC | 320 |
57 | CACCACCTCCACCGTCATT | 321 | CACCACCTCCACCGTCATC | 322 | AGGTAAATGAAAGGCTGGGG | 323 | CCAAATTGCTGGACGACACAT | 324 |
58 | TAAGAGGTCGGGGAAGAGTg | 325 | TAAGAGGTCGGGGAAGAGTc | 326 | GCAGACTCTGGGCGTACAAT | 327 | AGATGACTGCTCCGCACTG | 328 |
59 | ACAGTAATGCGAAGGCTGCATA | 329 | CAGTAATGCGAAGGCTGCATC | 330 | CAGTGAAATATGAGGTCACTTTTGACCAT | 331 | GTTCCAGGCTTGATTGTCTTCAA | 332 |
60 | GCACAAACCAGCAGAATCTTCTAG | 333 | GCACAAACCAGCAGAATCTTCTAT | 334 | CATTAATTCAGATGCATCCAACTGAAGC | 335 | GAGAGGACATCCCTTTGAGAAATG | 336 |
61 | ACTTGCACAAAAGAAGGGAAAACG | 337 | CATACTTGCACAAAAGAAGGGAAAACT | 338 | CCATAAGGTTATAAATATTCCTTAAAAGTAACTTGGCCT | 339 | GGGAAGCCATACTTGCACA | 340 |
62 | TCAATATATCATGGATAGTGGCACAGC | 341 | GTCAATATATCATGGATAGTGGCACAGA | 342 | CCCAGCTTCCTCTGTATGGATCAATT | 343 | GCACCAAGTGCTGCAGG | 344 |
63 | ATTTTCTCCCAGACCCAGTCC | 345 | CATTTTCTCCCAGACCCAGTCA | 346 | GGCTCAGCGCAGTCAGC | 347 | TACTGAATTGGAAGCATTTTCTCC | 348 |
64 | AATTTTTACAACCCTACAGGACTAATTATTGAC | 349 | GAATTTTTACAACCCTACAGGACTAATTATTGAT | 350 | GGGCACTGAATTATTTGTATACTTCGTAATAACC | 351 | GCAATCAGCTAGGGTTGTGAA | 352 |
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
65 | GCACAGCAGGGAGAACATC | 353 | GCACAGCAGGGAGAACATG | 354 | TTGTTGCTTCATGGCTATGGT | 355 | AGCAATCAACATGGCGGAG | 356 |
66 | ACTACTGCTGTCTGATAAAGAAGCA | 357 | ACTACTGCTGTCTGATAAAGAAGCG | 358 | CATGGCAGTCCAAGAATGGCATC | 359 | GCTCTGGGACTGCTTCCA | 360 |
67 | CTCAGAGCCATGCATATTTCTTAGAATTC | 361 | CTCAGAGCCATGCATATTTCTTAGAATTT | 362 | ACAGGGGCTGCGTTTAGCTAT | 363 | ACGCTCTGCAGGTTGGT | 364 |
68 | CAGGAGACACCAATCCCCTAA | 365 | CAGGAGACACCAATCCCCTAG | 366 | GCAACTTGAAAACGTAGGTCAGTGC | 367 | TTTTGTAGACACTGACCTACAGGA | 368 |
69 | TGATGGTTCGTTACAGAAGGCg | 369 | TGATGGTTCGTTACAGAAGGCt | 370 | TCCTCATCAAATGCAGACCA | 371 | CATGGTGGTTGGTGTCAAAG | 372 |
70 | GGCAGATTAATGGCCTAGATTTGGAT | 373 | GCAGATTAATGGCCTAGATTTGGAC | 374 | ACCTAAACCTAAATCTAAACCTAAATCCAAATCCA | 375 | GGGCGCTCTATGGAAAGAATT | 376 |
71 | AGGAAAGCTTGACTAGCTGCG | 377 | AGGAAAGCTTGACTAGCTGCA | 378 | CACTGCATTGTCTCCTGTCCA | 379 | GTTGGCTGCACATGGAAG | 380 |
72 | AGCCATTAACAGACTGAAGACAAAGA | 381 | GCCATTAACAGACTGAAGACAAAGG | 382 | GCGCACTGTCCGCAGA | 383 | TGTATAGGAATGCAATATCTTGAAGC | 384 |
73 | GAACACCTTGAAGCTGGCAAAA | 385 | AACACCTTGAAGCTGGCAAAG | 386 | TTGCTTCAATCTCGTTTTCTATTTTTGCCT | 387 | AAAGTTTGAACACCTTGAAGCTG | 388 |
74 | TCATTTCTGGCAGGCTGTACC | 389 | ATCATTTCTGGCAGGCTGTACT | 390 | TCAAAGTGCCCAGAAATTCTCT | 391 | TCTTTTGACTGTGATTTTTGTGGGA | 392 |
75 | CTGCAACCAACTTGTCCCAC | 393 | TCTGCAACCAACTTGTCCCAT | 394 | ACGGGATGGGAAACAGTGCA | 395 | CGTCAACAACCTCCTTGTACT | 396 |
76 | CTTCCGCCCTCCACGA | 397 | CTTCCGCCCTCCACGG | 398 | TCCCAATAAAACGCTGTTTACTGTACGA | 399 | ACCGGTTTCCCTCGGTC | 400 |
77 | TGTTATTATAACTCTCCGGCGTCAC | 401 | TTGTTATTATAACTCTCCGGCGTCAA | 402 | GCTATATCATCCACACCTTTCTCC | 403 | CTCTGTGAAAGCCCGAAGTT | 404 |
78 | CATCAGTTTAACTAGCATGCATGCAA | 405 | ATCAGTTTAACTAGCATGCATGCAC | 406 | GCTGCAAACACTACTGCAGTTATAGG | 407 | ACTGATACCCAAATATCAATCAATCTTCA | 408 |
79 | TCCCAAGTTCAAGAGATGATACCTTG | 409 | GATCCCAAGTTCAAGAGATGATACCTTA | 410 | ACAGCACTTTATGTGTTCTGCAGC | 411 | GGCATCAGCCAAAGATGAGA | 412 |
80 | GCTTAGATTGTTTTATTTCTTCCAAGGTTCTAATAG | 413 | GCTTAGATTGTTTTATTTCTTCCAAGGTTCTAATAA | 414 | AGATCAAATCTCTGAAATTTGCATTTCT | 415 | CATGTTTTCAAGATTCTGCAGCTTA | 416 |
S N P 번호 |
ASP1_primer | 서열번호 | ASP2_primer | 서열번호 | LSP_primer | 서열번호 | STA_primer | 서열번호 |
81 | CCCATCATTCTATAAATTCAGGACACTCC | 417 | CCCATCATTCTATAAATTCAGGACACTCA | 418 | GCAGTGACTGATATCAGACTTGGT | 419 | ATAAACAATTTAACCCCACCCATCA | 420 |
82 | CTTTCACCCTCATAAAATGCCCTT | 421 | CTTTCACCCTCATAAAATGCCCTC | 422 | TTGGGGCGTCTCCGACAT | 423 | ATAGGCCAACAACTTTTCTCCTC | 424 |
83 | ACATCAAGATTATGAAAGATCTTCCTAGAGG | 425 | ACATCAAGATTATGAAAGATCTTCCTAGAGC | 426 | CCTTGCTGGGCAGATTGAGAT | 427 | ACCTGCAGAACCAAACTTTACAC | 428 |
84 | GGACTGCAGCTTTTGCAAGT | 429 | GGACTGCAGCTTTTGCAAGC | 430 | GGCCCATGTGTGAACTACCCT | 431 | GCCAATTTCTTTCAGATCAGGGA | 432 |
85 | CGTTCCAATGGAATGTAGGCATAGAT | 433 | GTTCCAATGGAATGTAGGCATAGAC | 434 | CTATACAGGTTTTGCTGCAGGG | 435 | GGGTAGCAGCGACCCG | 436 |
86 | ACCTTCGGCCAGCCC | 437 | CACCTTCGGCCAGCCT | 438 | GGATCAGGCCCCATGTCTGT | 439 | AGGTAATGGCTAGCCTTTTCTCA | 440 |
87 | TTCAAATGCGACATGCTTATGGG | 441 | ATTTTCAAATGCGACATGCTTATGGA | 442 | ACTTGGAATAGCTGCAGGCCA | 443 | TAATTTTCAAATGCGACATGCTTATG | 444 |
88 | GAGCCTCTGCAGAGAGCg | 445 | GAGCCTCTGCAGAGAGCa | 446 | CCAAAATCTTGGACTGGGC | 447 | GTCAGGTTCCCAACCGAGT | 448 |
89 | GGGTTTGAAAGCTTGCTGTAATTTGT | 449 | GGTTTGAAAGCTTGCTGTAATTTGC | 450 | CTGCAGAGGGACAACCAACAAA | 451 | AGGTTTGATACATGGGGTATCTCT | 452 |
90 | CCTTCCCACCCAGAATGTAGAAC | 453 | CCTTCCCACCCAGAATGTAGAAT | 454 | TGCAAGCTCATTGCAGTGGC | 455 | AACCGTTGAACGCACACC | 456 |
91 | CCCTGTTCCTAAAAATCCCTCAGA | 457 | CCTGTTCCTAAAAATCCCTCAGC | 458 | ATGGGCATTCTATCTTATGGAAGGA | 459 | GTGACCACATACTACAAGGAGC | 460 |
92 | GCCTAGTAACCAGCCCTTCTAGT | 461 | CCTAGTAACCAGCCCTTCTAGG | 462 | CTGGCTGTTTTTCCTGTGGGT | 463 | TGGACCAGGCAAGTCTGA | 464 |
93 | TGGGCGATTATCTACCAAACTTGT | 465 | GGGCGATTATCTACCAAACTTGC | 466 | TGGACCATCTTACTCGTGCAAAGATT | 467 | TCCCTGTGACTGCAGCT | 468 |
94 | GCATGAGTCTGATGTTTTCTTCTTGAAAATAT | 469 | GCATGAGTCTGATGTTTTCTTCTTGAAAATAG | 470 | GCCTGCATTCTGCTGCAGAAA | 471 | TCTGAGACAGTTTGACATATGCATG | 472 |
95 | TTAAACTGCAGCGGCTATACTGTA | 473 | ACTGCAGCGGCTATACTGTG | 474 | AAGGTTTCCGTGGGGATCGT | 475 | CCGTTAACAGTTTGGAAGAAATCAC | 476 |
96 | TCTTGCCTCGTGCTCCTG | 477 | CATCTTGCCTCGTGCTCCTA | 478 | ACGGGAAAGGTGCGCAAATG | 479 | GTCCGGCATTGTCTTACACG | 480 |
제작된 총 96 세트 (서열번호 97~480)의 프라이머들을 사용하여 표 11의 190개 소나무 샘플을 2개의 96×plate 2개로 나누어 Fluidigm 분석을 수행하였다. 구체적으로는 산점도(scatter plot)을 더 확실하게 클러스터링(clustering)하기 위해 PCR cycle 기존 38에 10을 추가하였고 Fuidigm 장비를 사용하여 소나무 지노타입핑 실험을 진행할 때에 좀 더 명확한 지노타입 핑 결과를 얻기 위해 일부 PCR 조건을 최적화 (Hot start; 95℃-5m, Denature; 95℃-15s, Annealing; 64~61℃(touch down 1cycle)& 65℃-45s, Extension; 72℃-15s, Cooling; 25℃- 10s, 35 cycle)시켰다. 그 결과를 도 8 및 도 9에 나타냈다.
도 8 및 도 9에 나타낸 바와 같이, 190개체에서 96종의 SNP에 대하여 X/X 유전자형(Homo), X/Y 유전자형(Hetero) 및 Y/Y(Homo) 유전자형이 뚜렷하게 구별되어 유전자형의 구분이 가능한 마커로 최종 선발하였다. 기본적으로 FAM-표지된 프로브는 빨간색 점(spot)을 확인할 수 있고 HEX-표지된 프로브는 초록색 점을 확인할 수 있으며 두 개의 형광염료(dye)가 모두 결합한 헤테로 타입의 유전자형은 파란색 점으로 확인할 수 있다. 선발된 96개 세트의 마커로 190개체를 검정한 결과, X/X 유전자형, X/Y 유전자형 및 Y/Y 유전자형으로 뚜렷이 구분되었다. 지역별 소나무 집단 간의 차등 없이 96개 마커 세트로 유전자형이 분석가능함에 따라 마커 선발이 적절하였음을 알 수 있다.
실시예 4: 소나무 집단의 계통수(Phylogenetic tree) 구축 및 개체식별
16개 지역 [AK(안강), AMD(안면도), BA(부안), GA(관악), GDD(가덕도), GH(고흥), GHW(강화), GS(괴산), HLS(한라산), IJ(인제), ODS1(오대산1), ODS2(오대산2), RSA(러시아), SC(삼척), WJ(울진), YP(양평)]으로부터의 소나무 집단의 284개 개체의 샘플에 대하여 본 발명에 따른 총 96종의 프라이머 세트를 사용하여 지노타이핑한 결과를 이용하여 본 발명에 따른 96종의 SNP 마커에 대한 계통수(Phylogenetic tree)를 Mega X 프로그램을 이용하여 Neighbor-Joining 법으로 제작하여 그 결과를 도 10에 나타냈다.
도 10에 나타낸 바와 같이, 16개 지역 유래의 소나무 집단의 유전형이 모두 구분되었고, 대립유전자의 빈도를 이용하여 산출된 각 개체의 유전형 확률은 평균 3.1x10-21 으로 극히 낮은 값을 나타내었다. 즉, 각 개체는 매우 높은 확률로 고유한 유전형으로 식별될 수 있다는 것을 의미한다.
실시예 5: 유전다양성 분석
16개 지역으로부터의 각각의 소집단에 대하여 GenAlEx 프로그램을 통해 Ho(관측이형접합율)과 He(기대이형접합율)을 산출하여 유전다양성 분석을 수행하였고, 그 결과를 표 12에 나타냈다.
각각의 소집단별로 대부분이 비슷한 수치를 나타내는 것을 확인할 수 있으며, 평균 Ho(관측이형접합율)과 He(기대이형접합율)는 각각 0.349와 0.345로 매우 유사하게 나타났다.
실시예 6: 유전분화 분석
<F-statistics 분석>
F-statistics 분석은 이형접합체 감소 정도를 나타내는 척도로써 집단 내 유전적 고정 정도에 따른 근친 정도 (FIS), 전체집단에 대한 유전적 고정 정도 (FIT), 서로 다른 집단 내에 개체들 간의 이형접합체 감소 정도 (FST)를 분석할 수 있다.
GenAlEx 프로그램을 이용하여 유전분화 분석(F-statistics)을 통해 본 발명에 따른 SNP 좌위별 집단, 집단 내, 및 집단 간의 다형성 정도를 분석하였고, 그 결과를 표 13에 나타냈다.
표 13에 나타낸 바와 같이, FIS의 경우 집단 내 변이도를 나타내며, 모든 좌위에 대해 각각의 집단의 유전적 고정에 따른 근친화 정도의 통합을 나타내며, 전체 소나무 집단의 경우 평균 -0.001로 확인되었으며 -0.105 (ODS2)에서 0.126 (AK) 사이에 나타났다. FIT와 FST는 평균 0.042와 0.041로 각각 산출되었다.
* SE 스탠다드 에러 |
* FIS = 1-(Ho/He) |
각 소집단별 F 평균의 통계 | 각 소집단별 F 평균의 통계 |
FIS = 1-(HO/HE) FST = (HT-HO)/HT FIT = (HT-HE)/HT |
|
F-statistics 전체 집단의 통계 |
<Pairwise FST>
16개의 각 지역 소집단 간의 유전적 유연관계를 조사하기 위해 GenAlEx 프로그램을 통해 각 소집단들 사이에서 유전적 분화정도를 나타내는 FST 값을 계산하였고, 그 결과를 도 11에 나타냈다.
도 11에 도시된 바와 같이, 소집단 사이의 분화 정도를 나타내는 FST 값의 전체 평균 수치는 0.041로 전체 유전변이의 약 4.1%가 집단 분화에 기인하는 것으로 나타났다.
<110> National Institute of Forest Science
SEEDERS
<120> SNP marker set for individual identification and population
genetic analysis of Pinus densiflora and their use
<130> P-10402
<160> 480
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 1
ttatataaat tttctgcagc agaagaaatt tayttaagat ctgcaattyt atgagagaaa 60
gtcagattka rcataccttt gaatgagatc aatgggcaca agaaacyggt caaggacacc 120
ttcaaacttg tggatgtgtt t 141
<210> 2
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 2
aactgcatct aaaacatggc agagaaccct ygtcactaga tagawgattt gcttgaccta 60
cttgcaagat sagacaactt ttgaagtgga cttgcaatag aaagtctsra caccaagggg 120
ccaatctgta gaaaaaaarg t 141
<210> 3
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 3
ctcctccaaa gatgtaaatg tttccatact ctgcagctct ttttaactta aaacacccaa 60
aacattcagc kgccmaatct ttgtacacgg ggcggggrat ccttagtggc actacctccc 120
tctcaaagac aagtagagrt g 141
<210> 4
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 4
catgtggcgt ggsaggagcg gtttcatgtg caaatcctca acggtacttc aactgggatg 60
gggttcatct kaccgacgcg gcttacggca agatagccaa tttgtttttg gatggaactt 120
tcacaactcc gcccctgaac a 141
<210> 5
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 5
tggacagagt ccctctgttt agtaaaaatc tgcagtgagc gcatcaacac gtccatacat 60
catgaatcta ygtggcctag gaaatgaacc acctggttaa gatttagttt tactcctagt 120
attcaaaacc caaactggtg a 141
<210> 6
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 6
agtttgtcca aacatggcat ataaaaccca cytcgtttgc taaaggattt catacttttg 60
acaaaatata yaattttctc ataattkraa aaaaarrrgg grrsaattgt ctaactattg 120
aaataatggc tagacaagtc t 141
<210> 7
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 7
acaaaataca atattagaac acttctgcag cgcttcaagt ctcaaaagca tttacactaa 60
aatatagtta kaaccaacaa tagccatcct ttgrctctat taactaaggc aataaatgtg 120
tataacttat tttaagaatt c 141
<210> 8
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 8
gattgttttt aaagagatac agcgtgtgaa gggctcgcag ttcgcttaat tcgactggta 60
gagtccccga saggcctgca gatgcaatgt ccaggtatcc gagcttggcc atgtggccga 120
tttcgggggg aattttgcta g 141
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 9
aattatggga tttcrgcaca acaaccatct cgaaaagccc cagcagcacc tggaaaacca 60
gaacattgat mtagcaaatc ccaagaattc caatgaatga ccagtctccc ttcagtagcg 120
ttaatgtttc gaaaagtctg c 141
<210> 10
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<212> DNA
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<400> 10
tcaraccggc tacgttgtgg ggcttctgtt gccggggctc atatccggtg atgactccat 60
atccgatacc sagatgaagg gcacactctc ggacaccttg ggagatctgc agttcctgga 120
agttttgkac ctgtggggct t 141
<210> 11
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<212> DNA
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<400> 11
gcagagacaa gcacagacaa acattcgatc ttttggtgct gcacagtcta tatctgtgtt 60
actggattca yggggtctcg attctggatc tgcagatccg cgtttcagat ayggatccac 120
ctagatccgc attggatatg c 141
<210> 12
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tggtgatatc tttcccgggg acacaaccac tgtttgcagt tttcttgaga ccgggaccgt 60
atcggtggat kgttgaattc agcttcctca ctgtcatctc atcaacgttc aaggatgctg 120
ccactactct caraggaatt t 141
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tctgcagcgc ttcaagtctc aaaagcattt acactaaaat atagttakaa ccaacaatag 60
ccatcctttg rctctattaa ctaaggcaat aaatgtgtat aacttatttt aagaattcca 120
tggatgttag aaattaccgg a 141
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taataaacgt ttttctaaat agtgacaact aagcctgcag ttctagaaac ctttgaaaca 60
tatcaatatc staataatat aataaataat cacactgctt acaatgtccg acaattcact 120
acatcattct agatatttaa a 141
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<400> 15
ctaagagctg ctacaggttt gcggggcaca actgcataca caccaagtar cccctattct 60
tcatgacttc ytcctccatc taggccacct cagcaccctg cagctgtgtg caccagccca 120
agattgtccc ccaaagttga a 141
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<400> 16
atggccagac agatcccttt ttcaaccctg cagcctcatc cacattcaga aaggttccct 60
gtgcaactcc yctgtgcaag aaactggaca tcagtggctg cagaaacaac aggtattgtg 120
aataccaagt gtcctatgga g 141
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 17
taattttgag ccctkagctt tgccctctaa aaacattcag cacgaggcca aatgagaaaa 60
aaaatgcaat ygsatcatca ttcaggacat agacaaaata caagaactac tgcagtcaaa 120
aactgtccat ccgtaaacat a 141
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<400> 18
attttcacac attttatgtc catcgtcaat acgttatatg aggcacttca aattcaactg 60
ttatttagta wggaatgcct ggactcaatt ggtggaagaa aacaatgtta ttgggcaccg 120
agagaagtat gctgcctact g 141
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<212> DNA
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<400> 19
gaaatggaat gctcgccatt tgggggtcct tcgagcactg atgtccaaag agaaacgacc 60
caggatccca matgatgcac ccagttgcaa caagaagcca aatcctccgc cagtgtaagg 120
ggtccctcca tacacctaat g 141
<210> 20
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ttgggttttg ggagaggagt tcagagctga aatttcagag cattccgggc aatagtttga 60
gcagaacttc yagttccatt tgcagccttt agcatatttt ctgggyaatg ctcattatca 120
gtttgaagcc attyctgcag t 141
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<400> 21
tgagcttcac ttcttcaaag tgggagccyt gcagggcctt ggcagcctgc ctccaattca 60
gagggtctgg kccattctga atgcagagat caacagaatg cacatgatga aatccatttc 120
cattttgatt tccattggcc t 141
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accttttaac ctgtgttgac ctcgcatttg cagatgyagc agcagactgt ttgaacggaa 60
ttcttctggg sragttctgg gaagtagacc aaggtttctg ggcagcagca ggaggccaaa 120
attcggcctg tttcctggaa g 141
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ttagaatttt taatcattwa aatkaacagt taaattgaac ttagcattca catttacatc 60
aaatcaaaca maarccaata attccaggct tttcattctt actcttttaa tcagatccac 120
aggttccatt gctcgacgaa t 141
<210> 24
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 24
gtccctggaa aaactccaga ggggggacaa ccagttctgc agatgaggat ttaattcttc 60
agcaaattga raatgtacat aaaytgcctt ctygacacta gcaaagcttc agcaaattta 120
tcttcacttc aactgaccaa a 141
<210> 25
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 25
tcttttatra gatgtatamt agattttttt tgttacataw wtttccatat caaaccatat 60
ttaaactcga mtttgtatgc aactattgct actgcagttt gttgcttgta tttggaccat 120
ttttctggag tctaaagttt g 141
<210> 26
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 26
attggagatg acgacaaggt catagaaggg gtgtctcctg cagagcttca gaaagcactt 60
gtgggtaaga sggttgttgc ggcacaccgg aagggaaaga acatgtggct ggagctggac 120
acgccaccct ttccttcatt c 141
<210> 27
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 27
agatgctgca gaggttgggc tatctggctt caatgctgag gtgtgaaatc gatacattac 60
agagttacga kaggcaggac tttcaaygcc ggggcgcgag gatggcttat gttggaaagg 120
aaccctgcga gacggaaatg t 141
<210> 28
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 28
acacgagtta catgagcttc ctttgatttt cctttaccgg caatcagctc ctaacaaaaa 60
acaagaaaaa wtgataattt caaataatgt ttgtaagagc attgatgtct tatccccaaa 120
ctattcagat tcatggaaca g 141
<210> 29
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 29
gtctcaggtg ggctcaatat cctatatatg attttgttct ccgcggatat actccatttt 60
ctgttgctga rctatgggca tatatttggt ttcttttgtc tctgccggtg atttatatgt 120
ttttgttata ttcggtcatt g 141
<210> 30
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 30
tcttatttaa aagaataaat aaaatgaaat cccggygtat gtatgaatcc agctactctt 60
tatttgcaag ktaagagtma sccaatgggt gcaaagtaga tcrarcagaa caaamaaaat 120
tgctgcaggg taagctgaaa g 141
<210> 31
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 31
tcgggtacgg gtacagccca aaacgccggg ttctttgaac tttcrtrcaa catagctatc 60
aactcattct waattataaa atacatctca ctccctgcag gagcattttt tctgaaagta 120
cagaaaggcc cagaatcaaa a 141
<210> 32
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 32
cggcataagg gctctcagtt gggcccatta tggttgcctg ccaatgaaat aaatcttcgc 60
ccacaggccc wgcactgcag gaagtggggg gatccctctg caagtcctgg agttcttttt 120
gaatgcgctt gctggccatg t 141
<210> 33
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 33
catataaaat cctcgtccgt ctcaccaatg gcagattttc catccaccag gactcgaacc 60
cgagcgccat yagtcttgtt agaactggtt tcagatcgta cgtggttggc acagagaagg 120
agcgtccaaa accataatcg g 141
<210> 34
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 34
agactgatgg tcgtaagaag cagcatcatg aaagacactc gccaaccgat ggagcaacta 60
aatcaaagaa rgcaaaaatt actagtattt attccgatga twaawttcga gcagtgccca 120
cgtcacaatt ccttgaacca g 141
<210> 35
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 35
acaaataaat ccaaggagaa cacaatgatc aatatccctt ctccgggtaa gaatggtata 60
cataatgata mcagggaatt cataaggaaa gatgctggca aaggaatgtc aattgaaagc 120
aggttgctct gcagaggaag a 141
<210> 36
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 36
acactgaata tttcatcgag atgtatggct gcaggaatac cttatgacag tttgcactac 60
atcttgaagt ragcttggtc acagagaaga ctagtaaata agccaaagtg taatgttcct 120
ttttttggtg ttccttatga c 141
<210> 37
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 37
agatctgtga actgggtaaa ttagctattc tatctacttg atttggccct gttattckca 60
gataaattgg ygtttctatg actctgagaa tactagagaa atgaaacyct catgtgcttt 120
ttgttccttg ccctacgttg a 141
<210> 38
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 38
ccagatggaa cgtatggcaa attttcatga tgagaagaac cggatgaaac cctagaaacc 60
aggccgtctt ytgcaaagat tgtgatttct ccatcccttc tgcaaacaaa ttgactacaa 120
gacacgacat atttctttgg t 141
<210> 39
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 39
catggttata ctatctatgg acaccaatat aggtaattca cagacccaat ttgcgttatt 60
tgggyttcaa rtgaatgcaa ttgtaagtct gcagggctcg gatactggta ctccgaggga 120
cttttatatg gggaaagaaa g 141
<210> 40
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 40
tggaatccag cctggtaagc tcgctccctc atcgtgtccg gttgctctgt tggcttgtga 60
aaacagggtg ygatatctgc aggaraagcg acggcaccgt taatcggtgc ctcggaacgt 120
ggtttaactg yaaggctcct g 141
<210> 41
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 41
accttgtgtc tggaagacca gaaaggtttt gtaatgtttc cttggtccgg tcarccagca 60
agtgggtgyt ragtgcagaa gtttactgca gaagctagac agttcagggc ctgacactga 120
tatcaccagg ctagtagctg c 141
<210> 42
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 42
ttccttaaga ccatatgaaa tacaaggaac ttaatgaccg gcaaaagaat cccatctctt 60
tggccttaca wgcaagcttt gatttcttct ggcagtcctc ttgtccaaca tgcttggcat 120
acattctgtg gctctastct g 141
<210> 43
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 43
tatgcagtgt taccttgcaa gtaagatata tagactacac cctatgaatt ctgcagggag 60
tgtcactctg yatgaaattc tgaatcttyt accagaagca cwtaaaggac ttgctgcaga 120
tcatatagca ggagaaaata c 141
<210> 44
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 44
gaataatata tatcgcatgt actaggggaa actgcagaga tgcacaaaaa tcagttttcc 60
tgaaataatg ycattttgca ttgcagtgat tttgcaaaat aagttaayca aaacatgaaa 120
wagtaacacc agcaagcaag g 141
<210> 45
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 45
ccgtttcgtc cctggtgcgc aattggcgca cacgtcccaa ccccgccgct ggccgctgcc 60
actcaagatt ygacaggtag tggtgccttg gctcgtggcc atatcccatg gattgcccgt 120
cctggcctct gcacgctgca g 141
<210> 46
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 46
tatttcccat gcaaataacc agcagaaagc gggtgttccg gcctaaagga ctgcagaaat 60
tctccttwaw yatctcccgt ctctgttgca caatgcacag gctaactstt aaattaaaga 120
acgttgcctg tggctcgaaa c 141
<210> 47
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 47
ctccaccttg tcccagacta tgcttaacaa ctgcaagagg aaggtaactc tctggtctcc 60
atacctcaat ygaagcagct accaactcac tttcaagtgt gaggtcacct tcttgcaacc 120
ggttcttcag attgcctggt a 141
<210> 48
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 48
cacacaaatc aattaaaaag ttgagtggcc tgcagtttag tcagtgaaaa tttacaacaa 60
cgtacaggga rgttagagtt acttgatcca gagaattcra ttctgcttcg gtcaaaaaag 120
tttaaataat taagttgaaa a 141
<210> 49
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 49
tttytacaww tggacgacga cgatgmtgtt tgaaggaata tccttcgtct gagtctggag 60
catggagcga ygacatggaa acacgagagg tgaagcgaca gragtttcct ccacgcggtt 120
gatcactcaa aacgaaagtg c 141
<210> 50
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 50
tacawgcaag ctttgatttc ttctggcagt cctcttgtcc aacatgcttg gcatacattc 60
tgtggctcta stctgaagct caatattagt gttctaactg aggtgggawt ttattcattt 120
taatgcttct ctaagcagct g 141
<210> 51
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 51
acatgctcct ccggttgggt tttgcrgtac ttctcttcat ctctggctcc ctgttaacgt 60
ccgtcctgtt wggttgcagt acattgcatg gccatgcacg taatatgctc attcactttt 120
gcctttctgt gtctacaccc c 141
<210> 52
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 52
tctccaaagg catcacttcc taggggcctt tacaaacaat twaaacyagt cattctatca 60
ataaagacta mtagaaatct gatttaggag gtaactggac atgtctaacc ttctgtttaa 120
gtatctctaa ctgtttcttg t 141
<210> 53
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 53
attatgggta cctgcagttc caagycttcc agaagtgaat rcgagacagc aaaagtaata 60
ttgtaaaatg rcacattgac ccartacgga gaacatatca aagcagaaga gatcattcga 120
cagaatccgg accacctcct c 141
<210> 54
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 54
tttcaaattt gaatatctca ggggatactc ggtgttttga ggtgcccggc tcattgtaaa 60
ggtatttcag mgtactacac ttccaaccca tagccacact tcatttgcat atttttaggc 120
ttgtgggcaa cctggaagtg g 141
<210> 55
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 55
gagtggtatt cttcacctat gtcatcmaag tamggctggg cagagtgaaa agacataaaa 60
gcatcgtcgg matgcgaaaa cactgaatcg gtacggcaga tacmaktgga tgggraaggg 120
ttcttggatt cggtgtcggt a 141
<210> 56
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 56
aaacatcggc acagtttcca gaaacaactg tatctgctac tcataatact ttgaggtttt 60
aactctgcac rtaacagaga aaacacctcc aaaatctgca gaaatagaaa actagcaata 120
aagcctaaat aagatgatta c 141
<210> 57
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 57
ggaggggatt cgaaccgccg acttctctga gccccawttt yaggtaaatg aaaggctggg 60
ggtctattat ratgacggtg gaggtggtgr ctgtatgtgt cgtccagcaa tttggacatt 120
tcttgtcgca tgtgctcatg g 141
<210> 58
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 58
agatgactgc tccgcactgg cacggccatg cccatgcaat ttcaatggta wtaagaggtc 60
ggggaagagt sgagattgta cgcccagagt ctgcagactc gaggcagcgg ggtagagaaa 120
gcgaaaggga aagagaaaga g 141
<210> 59
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 59
aagtgctgca gacgagtaat ttctattgtt ccaggcttga ttgtcttcaa cagtaatgcg 60
aaggctgcat mcatcttcta gatatggtca aaagtgacct catatttcac tggaagcttt 120
ctttgaattt gtgaagctta t 141
<210> 60
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 60
ccattttcac atgataaagg raatgagagg acatcccttt gagaaatgca caaaccagca 60
gaatcttcta kagcttcagt tggatgcatc tgaattaatg rttctgtcat attgtcgtgr 120
tcaagtttaa tgggaagtgg a 141
<210> 61
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 61
gtgaccattk gaaatgagat aaagttataa aagagagggg aagccatact tgcacaaaag 60
aagggaaaac kttaacttaa ggccaagtta cttttaagga atatttataa ccttatggtt 120
aatcatcaag atccggtgtt a 141
<210> 62
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 62
aagaagacgc aatccccagc ttcctctgta tggatcaatt ttaactaagc tatcagcaat 60
attctctgtt kctgtgccac tatccatgat atattgacct gcagcacttg gtgctggaag 120
ggttctactg atctctgctg g 141
<210> 63
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 63
gcttgaccac acccagagat gtttgcaggc tcagcgcagt cagccacaca ttcaggttgg 60
ccgggaactc kgactgggtc tgggagaaaa tgcttccaat tcagtaycgc catcttcttg 120
aaagactsga ttcgccyctg c 141
<210> 64
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 64
gttaaagatc ataaagacag caatcagcta gggttgtgaa tttttacaac cctacaggac 60
taattattga ygcaaataat atataattta ggttattacg aagtatacaa ataattcagt 120
gcccattcta actattcytt t 141
<210> 65
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 65
cagtgttctg ttttctggtt catgscatcc ggygmttgtt gcttcatggc tatggttctg 60
ctctgttgat satgttctcc ctgctgtgcc atgactccgc catgttgatt gctgggagaa 120
tcgttctgca ragatgcatg c 141
<210> 66
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 66
gtttggcggc tgctgctgct gcagcaactg ctctgggact gcttccacta ctgctgtctg 60
ataaagaagc ragcgttttc tgtaaaacgc cagttggkga tgccattctt ggactgccat 120
gaggactcaa atcccaggcc t 141
<210> 67
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 67
caacggcaag cgtcagcgag tcttacgctc tgcaggttgg tactcagagc catgcatatt 60
tcttagaatt yatagctaaa cgcagcccct gttcyatttc aaattatgtt ctagccagta 120
gaatcttgat tggcccggta a 141
<210> 68
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 68
cactaatyct ytgtaagcac caacttacaa sttttgtaga cactgaccta caggagacac 60
caatccccta rctkakcacc aacttagcga actgcargca ctgacctacg ttttcaagtt 120
gctcggatat gccaacaaga a 141
<210> 69
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 69
tttcctgaga tcgactggaa tgccatggtg gttggtgtca aagataaggt gatggttcgt 60
tacagaaggc kaccattgts tgttgattga taattatcca wttggtctgc atttgatgag 120
gattgactgg attagtttct g 141
<210> 70
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 70
tgatccatca tatattttcm aaacctaaac ctaaacctaa atctaaacct aaatccaaat 60
ccaaatcaaa rtccaaatct aggccattaa tctgccaatt ctttccatag agcgccctaa 120
tcctgatccc gctgcagtcc t 141
<210> 71
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 71
cttcctgatt gtgcaatgga ggaactgcgc agccgycttg ycactgcatt gtctcctgtc 60
catgcacctg ygcagctagt caagctttcc ttccatgtgc agccaacyac ttctctgtca 120
ccccttcatt cacctstgyg g 141
<210> 72
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 72
cagaggctcc caagacgaca artgtatagg aatgcaatat cttgaagcca ttaacagact 60
gaagacaaag rgatatcagc ctctgcggac agtgcgcgtg tcctttgtcc cggatgaaga 120
gattggtggg agggatggtg c 141
<210> 73
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 73
gtagtttcgt acataaattg attcctaccg gawtttyttt twaaagtttg aacaccttga 60
agctggcaaa ragtagtaga ataggcaaaa atagaaaacg agattgaagc aaaacataaw 120
wttttcarat tcagctactc t 141
<210> 74
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 74
tgaccaggca ctttgactta tcttttgact gtgatttttg tgggaaaaaa tcatttctgg 60
caggctgtac ygtttggcac agaaacagag aatttctggg cactttgamc tgcgttgrcc 120
rcaggctktt tgactgcaga g 141
<210> 75
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 75
aatasgggct ctctccgcgg tcccttttcc cgtcaacaac ctccttgtac tctgcaacca 60
acttgtccca yttctctctg cactgtttcc catcccgtct tatgccctct ctggccagca 120
gccctgccac ttcatcccac a 141
<210> 76
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 76
ttcacgtgaa agcctgacgt ccagtcgacg ggttaaaccg gtttccctcg gtcgacttcc 60
gccctccacg raatattcta atcgtacagt aaacagcgtt ttattgggaa tattctgtaa 120
ttttgcaaat tttgacatgg r 141
<210> 77
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 77
caatratgga tccttaaaac cctaaamgct atatcatcca cacctttctc ctacccattg 60
gataaatgaa ktgacgccgg agagttataa taacaacttc gggctttcac agagttttca 120
ttgttgcagt gatgactgta c 141
<210> 78
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 78
tgmattaggt taggaatcac tgatacccaa atatcaatca atcttcatca gtttaactag 60
catgcatgca mcctataact gcagtagtgt ttgcagctag aaaggttaca atctatgaat 120
atttatgcac agtacactga t 141
<210> 79
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 79
ttgatcaaag agtatatttt atgtcgttta tattattggt taacagcact ttatgtgttc 60
tgcagcatta yaaggtatca tctcttgaac ttgggatctc atctttggct gatgccattg 120
tttgccggat tgcggttcgt g 141
<210> 80
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 80
tctttcatat atattgttct ataccctcaa aaastayaga tcaaatctct gaaatttgca 60
tttcttatay ytattagaac cttggaagaa ataaaacaat ctaagctgca gaatcttgaa 120
aacatggtta gtatctgaaa g 141
<210> 81
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 81
gagaatgctr aaagatgtcc tgtaaattct tgtcasgcag tgactgatat cagacttggt 60
ttctcaatgt kgagtgtcct gaatttatag aatgatgggt ggggttaaat tgtttatcta 120
ttattaatgc agactgtaat c 141
<210> 82
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 82
gcagcaggga attattcttg cytgcagtta ctgatttggg gcgtctccga cataataatt 60
tggtgcctct ragggcattt tatgagggtg aaagaggaga aaagttgttg gcctatgatt 120
atatgcccaa aggtagcttg g 141
<210> 83
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 83
gtgtttgccc atgagtttaa cctgcagaac caaactttac acatcaagat tatgaaagat 60
cttcctagag stagaagggt tggttatctc aatctgccca gcaaggcctt tcagccagga 120
gcataccgag ttggaagcat t 141
<210> 84
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 84
attcmaactc tcactgaagt taaggcccat gtgtgaacta ccctctagct accttaaaac 60
tctcttcacc rcttgcaaaa gctgcagtcc ctgatctgaa agaaattggc ttagtcgatt 120
tacagaaaaa gcaatgtcca a 141
<210> 85
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 85
gcttgctcat tctgctctcc atggagtcat ggcggrctat acaggttttg ctgcagggat 60
gataaatggg rtctatgcct acattccatt ggaacgggtc gctgctaccc agaactttgt 120
ggatgtcaat gatcataagt g 141
<210> 86
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<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 86
agcctccttg ctgaaccttc cagcaatctc aaacaggtaa tggctagcct tttctcacct 60
tcggccagcc yttcctagct gcagccagct ctgaacagac atggggcctg atccttaggc 120
ctcaaccctc cctttgcygc c 141
<210> 87
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 87
aaaatcccac catatgtttg tgcaagagaa aatatgtggt ttatgacttg gaatagctgc 60
aggccacaag yccataagca tgtcgcattt gaaaattaym aagaacrtat ycagacaagg 120
taactcatcg atggatgcca c 141
<210> 88
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 88
cgatctgcag acgctcccag actcagttgg raatctartg ggcctccaaa atcttggact 60
gggcggctgc ygctctctgc agaggctccc agactcggtt gggaacctga cgggcctccg 120
aagccttgar ctgrgwggkt g 141
<210> 89
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 89
atgaattagt gcgattccac tgcagaggga caaccaacaa ataataacaa acatctgaat 60
agagtaagtg rcaaattaca gcaagctttc aaacccaaga gataccccat gtatcaaacc 120
ttggtctgaa gtactgccgg t 141
<210> 90
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 90
gcaacgttcg ggtgcaccga atgcattggt gaaccgttga acgcacaccc ttcccaccca 60
gaatgtagaa yacaccttgc ctctgccact gcaatgagct tgcaaaggtg gacttggtac 120
ataactttgc aatgtcacgg t 141
<210> 91
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 91
aggctccggc gcgagaatat ctcaggtgac cacatactac aaggagcccc tgttcctaaa 60
aatccctcag mggactctcc ttccataaga tagaatgccc atstayaaac acgaatgcaa 120
gcccagtcct cttagaacac c 141
<210> 92
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 92
aagatagacg cagccctaga agaattgatt gcaataaggt ctggctgttt ttcctgtggg 60
tagctgcagc mctagaaggg ctggttacta ggccgckgat ctcagacttg cctggtccac 120
ctcgctgtaa wtaactgtgc t 141
<210> 93
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 93
ccggagacaa gtttgataga tcatggacca tcttactcgt gcaaagattt gkkccaactg 60
caaatcttgg rcaagtttgg tagataatcg cccagctgca gtcacaggga tccttttatt 120
tgagcttgga tggcaatatt t 141
<210> 94
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 94
tctgtctttt ccaccccacg agtttctcat tctctctgcc tgcattctgc tgcagaaatt 60
agggyctaga mtattttcaa gaagaaaaca tcagactcat gcatatgtca aactgtctca 120
gaaaaactca tgrtcagttt t 141
<210> 95
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 95
acatggactc tgtcacgccg ttaacagttt ggaagaaatc actggtgtta aactgcagcg 60
gctatactgt rtacgatccc cacggaaacc ttatcttcag agtagacaac tattgctccg 120
accccawgaa cgaagtcctg c 141
<210> 96
<211> 141
<212> DNA
<213> Pinus densiflora
<400> 96
tcgaaagcac gtatgaattt gggagtatta ttggagcagg acgaacggga aaggtgcgca 60
aatgcatttg yaggagcacg aggcaagatg tggcgtgtaa gacaatgccg gacacccaga 120
atgcacrtgc tgagttaata a 141
<210> 97
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 97
cattgatctc attcaaaggt atgt 24
<210> 98
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 98
cattgatctc attcaaaggt atgc 24
<210> 99
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 99
aaattttctg cagcagaaga aattta 26
<210> 100
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 100
tccacaagtt tgaaggtgtc c 21
<210> 101
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 101
gcaagtccac ttcaaaagtt gtctc 25
<210> 102
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 102
gcaagtccac ttcaaaagtt gtctg 25
<210> 103
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 103
gatttgcttg acctacttgc aaga 24
<210> 104
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 104
agactttcta ttgcaagtcc act 23
<210> 105
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 105
cttaaaacac ccaaaacatt cagcg 25
<210> 106
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 106
acttaaaaca cccaaaacat tcagct 26
<210> 107
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 107
ccccgccccg tgtacaaa 18
<210> 108
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 108
tgtttccata ctctgcagct ct 22
<210> 109
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 109
actgggatgg ggttcatctg 20
<210> 110
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 110
aactgggatg gggttcatct t 21
<210> 111
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 111
ggctatcttg ccgtaagccg 20
<210> 112
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 112
ggtttcatgt gcaaatcctc aac 23
<210> 113
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 113
tggttcattt cctaggccac g 21
<210> 114
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 114
tggttcattt cctaggccac a 21
<210> 115
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 115
gagcgcatca acacgtcca 19
<210> 116
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 116
ctaggagtaa aactaaatct taaccaggtg 30
<210> 117
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 117
aggatttcat acttttgaca aaatatac 28
<210> 118
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 118
aggatttcat acttttgaca aaatatat 28
<210> 119
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 119
agacttgtct agccattatt tcaa 24
<210> 120
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 120
ccaaacatgg catataaaac cc 22
<210> 121
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 121
caaaggatgg ctattgttgg ttc 23
<210> 122
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 122
caaaggatgg ctattgttgg tta 23
<210> 123
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 123
ctgcagcgct tcaagtctca a 21
<210> 124
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 124
taaaataagt tatacacatt tattgcctta gttaatagag 40
<210> 125
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 125
cgactggtag agtccccgag 20
<210> 126
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 126
gactggtaga gtccccgac 19
<210> 127
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 127
gccaagctcg gatacctgga 20
<210> 128
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 128
ggctcgcagt tcgcttaa 18
<210> 129
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 129
cacctggaaa accagaacat tgata 25
<210> 130
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 130
cacctggaaa accagaacat tgatc 25
<210> 131
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 131
cgctactgaa gggagactgg t 21
<210> 132
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 132
cgaaaagccc cagcagc 17
<210> 133
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 133
gtgatgactc catatccgat accg 24
<210> 134
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 134
gtgatgactc catatccgat accc 24
<210> 135
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 135
ctcccaaggt gtccgagagt 20
<210> 136
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 136
tgttgccggg gctcat 16
<210> 137
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 137
gatccagaat cgagaccccg 20
<210> 138
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 138
agatccagaa tcgagacccc a 21
<210> 139
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 139
cgatcttttg gtgctgcaca gt 22
<210> 140
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 140
ctgaaacgcg gatctgca 18
<210> 141
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 141
cagtgaggaa gctgaattca acc 23
<210> 142
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 142
acagtgagga agctgaattc aaca 24
<210> 143
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 143
tgcagttttc ttgagaccgg ga 22
<210> 144
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 144
atccttgaac gttgatgaga tgac 24
<210> 145
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 145
aaccaacaat agccatcctt tga 23
<210> 146
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 146
aaccaacaat agccatcctt tgg 23
<210> 147
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 147
taaaataagt tatacacatt tattgcctta gttaatagag 40
<210> 148
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 148
cttcaagtct caaaagcatt tacactaaaa t 31
<210> 149
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 149
cagttctaga aacctttgaa acatatcaat atcg 34
<210> 150
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 150
cagttctaga aacctttgaa acatatcaat atcc 34
<210> 151
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 151
tgtcggacat tgtaagcagt gtga 24
<210> 152
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 152
gtgacaacta agcctgcagt 20
<210> 153
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 153
ggtggcctag atggaggag 19
<210> 154
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 154
aggtggccta gatggaggaa 20
<210> 155
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 155
ggcacaactg catacacacc a 21
<210> 156
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 156
agctgcaggg tgctga 16
<210> 157
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 157
gatgtccagt ttcttgcaca gg 22
<210> 158
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 158
tgatgtccag tttcttgcac aga 23
<210> 159
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 159
accctgcagc ctcatcca 18
<210> 160
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 160
tgttgtttct gcagccactg 20
<210> 161
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 161
caaatgagaa aaaaaatgca atc 23
<210> 162
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 162
caaatgagaa aaaaaatgca att 23
<210> 163
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 163
ttttgtctat gtcctgaatg atga 24
<210> 164
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 164
gctttgccct ctaaaaacat tc 22
<210> 165
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 165
ccaattgagt ccaggcattc ct 22
<210> 166
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 166
ccaattgagt ccaggcattc ca 22
<210> 167
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 167
cgttatatga ggcacttcaa attcaactgt 30
<210> 168
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 168
gcccaataac attgttttct tccac 25
<210> 169
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 169
gaaacgaccc aggatcccaa 20
<210> 170
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 170
aaacgaccca ggatcccac 19
<210> 171
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 171
tggcggagga tttggcttct 20
<210> 172
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 172
cgagcactga tgtccaaaga g 21
<210> 173
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 173
ggcaatagtt tgagcagaac ttcc 24
<210> 174
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 174
ggcaatagtt tgagcagaac ttct 24
<210> 175
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 175
cccagaaaat atgctaaagg ctgcaa 26
<210> 176
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 176
agctgaaatt tcagagcatt ccg 23
<210> 177
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 177
gttgatctct gcattcagaa tggc 24
<210> 178
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 178
tgttgatctc tgcattcaga atgga 25
<210> 179
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 179
cttggcagcc tgcctcc 17
<210> 180
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 180
tggatttcat catgtgcatt ctgt 24
<210> 181
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 181
gtttgaacgg aattcttctg ggg 23
<210> 182
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 182
gtttgaacgg aattcttctg ggc 23
<210> 183
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 183
gcctcctgct gctgcc 16
<210> 184
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 184
agcagcagac tgtttgaacg 20
<210> 185
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 185
cttagcattc acatttacat caaatcaaac aa 32
<210> 186
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 186
cttagcattc acatttacat caaatcaaac ac 32
<210> 187
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 187
tctgattaaa agagtaagaa tgaaaagcct gga 33
<210> 188
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 188
aacagttaaa ttgaacttag cattcaca 28
<210> 189
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 189
agatgaggat ttaattcttc agcaaattga a 31
<210> 190
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 190
agatgaggat ttaattcttc agcaaattga g 31
<210> 191
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 191
aagataaatt tgctgaagct ttgctagtgt c 31
<210> 192
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 192
gggacaacca gttctgca 18
<210> 193
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 193
cagtagcaat agttgcatac aaat 24
<210> 194
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 194
cagtagcaat agttgcatac aaag 24
<210> 195
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 195
tccatatcaa accatattta aactcg 26
<210> 196
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 196
gactccagaa aaatggtcca a 21
<210> 197
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 197
tcagaaagca cttgtgggta agag 24
<210> 198
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 198
cagaaagcac ttgtgggtaa gac 23
<210> 199
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 199
ctttcccttc cggtgtgcc 19
<210> 200
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 200
ggtgtctcct gcagagctt 19
<210> 201
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 201
tgtgaaatcg atacattaca gagttacgag 30
<210> 202
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 202
tgtgaaatcg atacattaca gagttacgat 30
<210> 203
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 203
catcctcgcg ccccg 15
<210> 204
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 204
ctggcttcaa tgctgaggt 19
<210> 205
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 205
caatcagctc ctaacaaaaa acaagaaaaa a 31
<210> 206
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 206
caatcagctc ctaacaaaaa acaagaaaaa t 31
<210> 207
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 207
gggataagac atcaatgctc ttacaaacat 30
<210> 208
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 208
tcctttgatt ttcctttacc ggc 23
<210> 209
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 209
ggatatactc cattttctgt tgctgaa 27
<210> 210
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 210
ggatatactc cattttctgt tgctgag 27
<210> 211
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 211
ccggcagaga caaaagaaac ca 22
<210> 212
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 212
atgattttgt tctccgcgga tatac 25
<210> 213
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 213
ccagctactc tttatttgca agg 23
<210> 214
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 214
ccagctactc tttatttgca agt 23
<210> 215
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 215
gcttaccctg cagcaatttt 20
<210> 216
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 216
aaaagaataa ataaaatgaa atcccg 26
<210> 217
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 217
ctgcagggag tgagatgtat tttataattt 30
<210> 218
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 218
cctgcaggga gtgagatgta ttttataatt a 31
<210> 219
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 219
aacgccgggt tctttgaact ttc 23
<210> 220
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 220
atgctcctgc agggagt 17
<210> 221
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 221
cccacttcct gcagtgct 18
<210> 222
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 222
cccacttcct gcagtgca 18
<210> 223
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 223
gcccattatg gttgcctgcc 20
<210> 224
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 224
ccaggacttg cagaggga 18
<210> 225
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 225
cgaacccgag cgccatc 17
<210> 226
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 226
cgaacccgag cgccatt 17
<210> 227
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 227
tctgtgccaa ccacgtacga 20
<210> 228
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 228
tccatccacc aggactcg 18
<210> 229
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 229
gatggagcaa ctaaatcaaa gaaa 24
<210> 230
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 230
gatggagcaa ctaaatcaaa gaag 24
<210> 231
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 231
ttcaaggaat tgtgacgtgg 20
<210> 232
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 232
ggtcgtaaga agcagcatca 20
<210> 233
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 233
agcatctttc cttatgaatt ccctgt 26
<210> 234
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 234
gcatctttcc ttatgaattc cctgg 25
<210> 235
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 235
cccttctccg ggtaagaatg gt 22
<210> 236
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 236
ctttcaattg acattccttt gcca 24
<210> 237
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 237
ctagtcttct ctgtgaccaa gctt 24
<210> 238
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 238
ctagtcttct ctgtgaccaa gctc 24
<210> 239
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 239
accttatgac agtttgcact acatcttga 29
<210> 240
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 240
aggaacatta cactttggct tatttact 28
<210> 241
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 241
atttctctag tattctcaga gtcatagaaa cg 32
<210> 242
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 242
catttctcta gtattctcag agtcatagaa aca 33
<210> 243
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 243
gctattctat ctacttgatt tggccctgt 29
<210> 244
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 244
gtttcatttc tctagtattc tcagagtca 29
<210> 245
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 245
ggatggagaa atcacaatct ttgcag 26
<210> 246
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 246
ggatggagaa atcacaatct ttgcaa 26
<210> 247
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 247
aaccctagaa accaggccgt 20
<210> 248
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 248
cgtgtcttgt agtcaatttg tttgc 25
<210> 249
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 249
cctgcagact tacaattgca ttcat 25
<210> 250
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 250
cctgcagact tacaattgca ttcac 25
<210> 251
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 251
ggtaattcac agacccaatt tgcgt 25
<210> 252
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 252
ggagtaccag tatccgagcc 20
<210> 253
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 253
ggcttgtgaa aacagggtgc 20
<210> 254
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 254
ggcttgtgaa aacagggtgt 20
<210> 255
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 255
gattaacggt gccgtcgctt 20
<210> 256
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 256
gtgtccggtt gctctgttg 19
<210> 257
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 257
cttctgcagt aaacttctgc actt 24
<210> 258
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 258
cttctgcagt aaacttctgc actc 24
<210> 259
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 259
tgtaatgttt ccttggtccg gtca 24
<210> 260
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 260
aggccctgaa ctgtctagc 19
<210> 261
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 261
atcccatctc tttggcctta caa 23
<210> 262
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 262
atcccatctc tttggcctta cat 23
<210> 263
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 263
ttggacaaga ggactgccag aa 22
<210> 264
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 264
ggaacttaat gaccggcaaa aga 23
<210> 265
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 265
gcagggagtg tcactctgc 19
<210> 266
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 266
gcagggagtg tcactctgt 19
<210> 267
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 267
tgatctgcag caagtccttt 20
<210> 268
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 268
tgcaagtaag atatatagac tacaccc 27
<210> 269
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 269
gcaaaatcac tgcaatgcaa aatgg 25
<210> 270
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 270
gcaaaatcac tgcaatgcaa aatga 25
<210> 271
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 271
gggaaactgc agagatgcac a 21
<210> 272
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 272
tgcaaaatca ctgcaatgca aaa 23
<210> 273
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 273
aaggcaccac tacctgtcg 19
<210> 274
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 274
caaggcacca ctacctgtca 20
<210> 275
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 275
cacgtcccaa ccccgc 16
<210> 276
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 276
catgggatat ggccacgag 19
<210> 277
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 277
tgcaacagag acgggagatg 20
<210> 278
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 278
gtgcaacaga gacgggagat a 21
<210> 279
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 279
cgggtgttcc ggcctaaag 19
<210> 280
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 280
gcctgtgcat tgtgcaac 18
<210> 281
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 281
ctctctggtc tccatacctc aatc 24
<210> 282
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 282
ctctctggtc tccatacctc aatt 24
<210> 283
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 283
gttgcaagaa ggtgacctca ca 22
<210> 284
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 284
caactgcaag aggaaggtaa ct 22
<210> 285
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 285
gaattctctg gatcaagtaa ctctaact 28
<210> 286
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 286
gaattctctg gatcaagtaa ctctaacc 28
<210> 287
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 287
tggcctgcag tttagtcagt ga 22
<210> 288
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 288
attatttaaa cttttttgac cgaagcagaa 30
<210> 289
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 289
acctctcgtg tttccatgtc g 21
<210> 290
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 290
acctctcgtg tttccatgtc a 21
<210> 291
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 291
ccttcgtctg agtctggagc a 21
<210> 292
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 292
ctgtcgcttc acctctcg 18
<210> 293
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 293
tggcatacat tctgtggctc tag 23
<210> 294
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 294
tggcatacat tctgtggctc tac 23
<210> 295
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 295
tcccacctca gttagaacac t 21
<210> 296
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 296
gtcctcttgt ccaacatgct t 21
<210> 297
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 297
ccatgcaatg tactgcaacc t 21
<210> 298
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 298
ccatgcaatg tactgcaacc a 21
<210> 299
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 299
tctggctccc tgttaacgtc c 21
<210> 300
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 300
tgaatgagca tattacgtgc atgg 24
<210> 301
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 301
gtccagttac ctcctaaatc agatttctat 30
<210> 302
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 302
gtccagttac ctcctaaatc agatttctag 30
<210> 303
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 303
acttcctagg ggcctttaca aacaat 26
<210> 304
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 304
acagaaggtt agacatgtcc agt 23
<210> 305
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 305
acagcaaaag taatattgta aaatga 26
<210> 306
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 306
acagcaaaag taatattgta aaatgg 26
<210> 307
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 307
tccggattct gtcgaatgat 20
<210> 308
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 308
tgggtacctg cagttccaag 20
<210> 309
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 309
ccggctcatt gtaaaggtat ttcaga 26
<210> 310
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 310
cggctcattg taaaggtatt tcagc 25
<210> 311
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 311
gcctaaaaat atgcaaatga agtgtggc 28
<210> 312
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 312
cggtgttttg aggtgccc 18
<210> 313
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 313
gaaaagacat aaaagcatcg tcgga 25
<210> 314
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 314
aaaagacata aaagcatcgt cggc 24
<210> 315
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 315
gtatctgccg taccgattca gt 22
<210> 316
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 316
ggctgggcag agtgaaa 17
<210> 317
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 317
cataatactt tgaggtttta actctgcaca 30
<210> 318
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 318
cataatactt tgaggtttta actctgcacg 30
<210> 319
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 319
ctgcagattt tggaggtgtt ttctct 26
<210> 320
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 320
ccagaaacaa ctgtatctgc tactc 25
<210> 321
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 321
caccacctcc accgtcatt 19
<210> 322
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 322
caccacctcc accgtcatc 19
<210> 323
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 323
aggtaaatga aaggctgggg 20
<210> 324
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 324
ccaaattgct ggacgacaca t 21
<210> 325
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 325
taagaggtcg gggaagagtg 20
<210> 326
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 326
taagaggtcg gggaagagtc 20
<210> 327
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 327
gcagactctg ggcgtacaat 20
<210> 328
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 328
agatgactgc tccgcactg 19
<210> 329
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 329
acagtaatgc gaaggctgca ta 22
<210> 330
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 330
cagtaatgcg aaggctgcat c 21
<210> 331
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 331
cagtgaaata tgaggtcact tttgaccat 29
<210> 332
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 332
gttccaggct tgattgtctt caa 23
<210> 333
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 333
gcacaaacca gcagaatctt ctag 24
<210> 334
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 334
gcacaaacca gcagaatctt ctat 24
<210> 335
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 335
cattaattca gatgcatcca actgaagc 28
<210> 336
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 336
gagaggacat ccctttgaga aatg 24
<210> 337
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 337
acttgcacaa aagaagggaa aacg 24
<210> 338
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 338
catacttgca caaaagaagg gaaaact 27
<210> 339
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 339
ccataaggtt ataaatattc cttaaaagta acttggcct 39
<210> 340
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 340
gggaagccat acttgcaca 19
<210> 341
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 341
tcaatatatc atggatagtg gcacagc 27
<210> 342
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 342
gtcaatatat catggatagt ggcacaga 28
<210> 343
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 343
cccagcttcc tctgtatgga tcaatt 26
<210> 344
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 344
gcaccaagtg ctgcagg 17
<210> 345
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 345
attttctccc agacccagtc c 21
<210> 346
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 346
cattttctcc cagacccagt ca 22
<210> 347
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 347
ggctcagcgc agtcagc 17
<210> 348
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 348
tactgaattg gaagcatttt ctcc 24
<210> 349
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 349
aatttttaca accctacagg actaattatt gac 33
<210> 350
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 350
gaatttttac aaccctacag gactaattat tgat 34
<210> 351
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 351
gggcactgaa ttatttgtat acttcgtaat aacc 34
<210> 352
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 352
gcaatcagct agggttgtga a 21
<210> 353
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 353
gcacagcagg gagaacatc 19
<210> 354
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 354
gcacagcagg gagaacatg 19
<210> 355
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 355
ttgttgcttc atggctatgg t 21
<210> 356
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 356
agcaatcaac atggcggag 19
<210> 357
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 357
actactgctg tctgataaag aagca 25
<210> 358
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 358
actactgctg tctgataaag aagcg 25
<210> 359
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 359
catggcagtc caagaatggc atc 23
<210> 360
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 360
gctctgggac tgcttcca 18
<210> 361
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 361
ctcagagcca tgcatatttc ttagaattc 29
<210> 362
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 362
ctcagagcca tgcatatttc ttagaattt 29
<210> 363
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 363
acaggggctg cgtttagcta t 21
<210> 364
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 364
acgctctgca ggttggt 17
<210> 365
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 365
caggagacac caatccccta a 21
<210> 366
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 366
caggagacac caatccccta g 21
<210> 367
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 367
gcaacttgaa aacgtaggtc agtgc 25
<210> 368
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 368
ttttgtagac actgacctac agga 24
<210> 369
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 369
tgatggttcg ttacagaagg cg 22
<210> 370
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 370
tgatggttcg ttacagaagg ct 22
<210> 371
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 371
tcctcatcaa atgcagacca 20
<210> 372
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 372
catggtggtt ggtgtcaaag 20
<210> 373
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 373
ggcagattaa tggcctagat ttggat 26
<210> 374
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 374
gcagattaat ggcctagatt tggac 25
<210> 375
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 375
acctaaacct aaatctaaac ctaaatccaa atcca 35
<210> 376
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 376
gggcgctcta tggaaagaat t 21
<210> 377
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 377
aggaaagctt gactagctgc g 21
<210> 378
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 378
aggaaagctt gactagctgc a 21
<210> 379
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 379
cactgcattg tctcctgtcc a 21
<210> 380
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 380
gttggctgca catggaag 18
<210> 381
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 381
agccattaac agactgaaga caaaga 26
<210> 382
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 382
gccattaaca gactgaagac aaagg 25
<210> 383
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 383
gcgcactgtc cgcaga 16
<210> 384
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 384
tgtataggaa tgcaatatct tgaagc 26
<210> 385
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 385
gaacaccttg aagctggcaa aa 22
<210> 386
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 386
aacaccttga agctggcaaa g 21
<210> 387
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 387
ttgcttcaat ctcgttttct atttttgcct 30
<210> 388
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 388
aaagtttgaa caccttgaag ctg 23
<210> 389
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 389
tcatttctgg caggctgtac c 21
<210> 390
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 390
atcatttctg gcaggctgta ct 22
<210> 391
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 391
tcaaagtgcc cagaaattct ct 22
<210> 392
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 392
tcttttgact gtgatttttg tggga 25
<210> 393
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 393
ctgcaaccaa cttgtcccac 20
<210> 394
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 394
tctgcaacca acttgtccca t 21
<210> 395
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 395
acgggatggg aaacagtgca 20
<210> 396
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 396
cgtcaacaac ctccttgtac t 21
<210> 397
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 397
cttccgccct ccacga 16
<210> 398
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 398
cttccgccct ccacgg 16
<210> 399
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 399
tcccaataaa acgctgttta ctgtacga 28
<210> 400
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 400
accggtttcc ctcggtc 17
<210> 401
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 401
tgttattata actctccggc gtcac 25
<210> 402
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 402
ttgttattat aactctccgg cgtcaa 26
<210> 403
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 403
gctatatcat ccacaccttt ctcc 24
<210> 404
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 404
ctctgtgaaa gcccgaagtt 20
<210> 405
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 405
catcagttta actagcatgc atgcaa 26
<210> 406
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 406
atcagtttaa ctagcatgca tgcac 25
<210> 407
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 407
gctgcaaaca ctactgcagt tatagg 26
<210> 408
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 408
actgataccc aaatatcaat caatcttca 29
<210> 409
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 409
tcccaagttc aagagatgat accttg 26
<210> 410
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 410
gatcccaagt tcaagagatg atacctta 28
<210> 411
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 411
acagcacttt atgtgttctg cagc 24
<210> 412
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 412
ggcatcagcc aaagatgaga 20
<210> 413
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 413
gcttagattg ttttatttct tccaaggttc taatag 36
<210> 414
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 414
gcttagattg ttttatttct tccaaggttc taataa 36
<210> 415
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 415
agatcaaatc tctgaaattt gcatttct 28
<210> 416
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 416
catgttttca agattctgca gctta 25
<210> 417
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 417
cccatcattc tataaattca ggacactcc 29
<210> 418
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 418
cccatcattc tataaattca ggacactca 29
<210> 419
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 419
gcagtgactg atatcagact tggt 24
<210> 420
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 420
ataaacaatt taaccccacc catca 25
<210> 421
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 421
ctttcaccct cataaaatgc cctt 24
<210> 422
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 422
ctttcaccct cataaaatgc cctc 24
<210> 423
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 423
ttggggcgtc tccgacat 18
<210> 424
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 424
ataggccaac aacttttctc ctc 23
<210> 425
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 425
acatcaagat tatgaaagat cttcctagag g 31
<210> 426
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 426
acatcaagat tatgaaagat cttcctagag c 31
<210> 427
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 427
ccttgctggg cagattgaga t 21
<210> 428
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 428
acctgcagaa ccaaacttta cac 23
<210> 429
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 429
ggactgcagc ttttgcaagt 20
<210> 430
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 430
ggactgcagc ttttgcaagc 20
<210> 431
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 431
ggcccatgtg tgaactaccc t 21
<210> 432
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 432
gccaatttct ttcagatcag gga 23
<210> 433
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 433
cgttccaatg gaatgtaggc atagat 26
<210> 434
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 434
gttccaatgg aatgtaggca tagac 25
<210> 435
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 435
ctatacaggt tttgctgcag gg 22
<210> 436
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 436
gggtagcagc gacccg 16
<210> 437
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 437
accttcggcc agccc 15
<210> 438
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 438
caccttcggc cagcct 16
<210> 439
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 439
ggatcaggcc ccatgtctgt 20
<210> 440
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 440
aggtaatggc tagccttttc tca 23
<210> 441
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 441
ttcaaatgcg acatgcttat ggg 23
<210> 442
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 442
attttcaaat gcgacatgct tatgga 26
<210> 443
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 443
acttggaata gctgcaggcc a 21
<210> 444
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 444
taattttcaa atgcgacatg cttatg 26
<210> 445
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 445
gagcctctgc agagagcg 18
<210> 446
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 446
gagcctctgc agagagca 18
<210> 447
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 447
ccaaaatctt ggactgggc 19
<210> 448
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 448
gtcaggttcc caaccgagt 19
<210> 449
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 449
gggtttgaaa gcttgctgta atttgt 26
<210> 450
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 450
ggtttgaaag cttgctgtaa tttgc 25
<210> 451
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 451
ctgcagaggg acaaccaaca aa 22
<210> 452
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 452
aggtttgata catggggtat ctct 24
<210> 453
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 453
ccttcccacc cagaatgtag aac 23
<210> 454
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 454
ccttcccacc cagaatgtag aat 23
<210> 455
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 455
tgcaagctca ttgcagtggc 20
<210> 456
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 456
aaccgttgaa cgcacacc 18
<210> 457
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 457
ccctgttcct aaaaatccct caga 24
<210> 458
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 458
cctgttccta aaaatccctc agc 23
<210> 459
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 459
atgggcattc tatcttatgg aagga 25
<210> 460
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 460
gtgaccacat actacaagga gc 22
<210> 461
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 461
gcctagtaac cagcccttct agt 23
<210> 462
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 462
cctagtaacc agcccttcta gg 22
<210> 463
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 463
ctggctgttt ttcctgtggg t 21
<210> 464
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 464
tggaccaggc aagtctga 18
<210> 465
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 465
tgggcgatta tctaccaaac ttgt 24
<210> 466
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 466
gggcgattat ctaccaaact tgc 23
<210> 467
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 467
tggaccatct tactcgtgca aagatt 26
<210> 468
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 468
tccctgtgac tgcagct 17
<210> 469
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 469
gcatgagtct gatgttttct tcttgaaaat at 32
<210> 470
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 470
gcatgagtct gatgttttct tcttgaaaat ag 32
<210> 471
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 471
gcctgcattc tgctgcagaa a 21
<210> 472
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 472
tctgagacag tttgacatat gcatg 25
<210> 473
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 473
ttaaactgca gcggctatac tgta 24
<210> 474
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 474
actgcagcgg ctatactgtg 20
<210> 475
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 475
aaggtttccg tggggatcgt 20
<210> 476
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 476
ccgttaacag tttggaagaa atcac 25
<210> 477
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 1
<400> 477
tcttgcctcg tgctcctg 18
<210> 478
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Allele specific primer 2
<400> 478
catcttgcct cgtgctccta 20
<210> 479
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Locus specific primer
<400> 479
acgggaaagg tgcgcaaatg 20
<210> 480
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Specific target amplification primer
<400> 480
gtccggcatt gtcttacacg 20
Claims (9)
- 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함하는, 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물.
- 제 1항에 따른 SNP 마커 세트 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 10 내지 30 뉴클레오티드 길이의 프로브 또는 프라이머를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
- 제 3항에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 97 내지 480의 프라이머 세트를 포함하는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
- 제 3항에 있어서, 상기 프라이머는 5' 말단에 Tag 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
- 제 3항 내지 제 5항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트.
- 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들, 또는 이들에 의해 코딩되는 폴리펩티드들 또는 이의 cDNA를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이.
- (a) 소나무 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 SNP 마커 부위 부위를 검출 또는 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석 방법으로,
상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기인 것인 방법.
- 제 8항에 있어서, (a) 단계에서 검출 또는 증폭은 서열번호 96 내지 480의 프라이머 세트로 행하여지는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석 방법.
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Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
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KR102237248B1 true KR102237248B1 (ko) | 2021-04-07 |
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Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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KR1020200045790A KR102237248B1 (ko) | 2020-04-16 | 2020-04-16 | 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 |
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Citations (3)
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---|---|---|---|---|
KR20130136264A (ko) * | 2012-06-04 | 2013-12-12 | 충북대학교 산학협력단 | 소나무류 구별용 snp 프라이머, 이를 포함하는 키트 및 이를 이용한 소나무 구별방법 |
KR20170048882A (ko) * | 2015-10-27 | 2017-05-10 | 대한민국(농촌진흥청장) | 배추의 대량 유전자형 분석용 단일염기다형성 탐침 및 용도 |
KR20190049567A (ko) * | 2017-10-31 | 2019-05-09 | 서울대학교산학협력단 | 벼의 아종 감별용 snp 마커 세트 및 이의 용도 |
-
2020
- 2020-04-16 KR KR1020200045790A patent/KR102237248B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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Title |
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