JP6469081B2 - 安定化された可溶性融合前rsvfポリペプチド - Google Patents

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Description

本発明は医学の分野に関する。本発明は、具体的には、組換え融合前RSV Fポリペプチド、および例えば免疫原性組成物におけるその使用に関する。
呼吸器合胞体ウイルス(RSV)は、パラミクソウイルス(Paramyxoviridae)科ニューモウイルス(Pneumovirus)属のエンベロープ非分節型マイナス鎖RNAウイルスである。世界中で、毎年6400万件のRSウイルス感染が発生し、その結果160,000人が死亡していると推定されている(WHO Acute Respiratory Infections Update September 2009)。最も重篤な疾患が生じるのは、特に未熟児、高齢および免疫無防備状態の個体である。2歳未満の小児では、RSVが最も一般的な呼吸器系病原体であり、呼吸器感染症による入院の約50%を占め、入院のピークは2〜4ヶ月齢で生じる。ほとんどすべての小児が2歳までにRSVに感染したことが報告されている。生涯にわたり繰り返し感染することは、自然免疫が効果をもたないことに起因する。高齢者における、RSV疾患の負担、死亡率、および罹患率のレベルは、非パンデミックなインフルエンザA型感染症を原因とするものにまさに次ぐものである。
宿主細胞に感染するために、RSVは、インフルエンザウイルスおよびHIVなどの他のエンベロープウイルスのように、宿主細胞膜とウイルス膜の融合を必要とする。RSVの場合、保存的な融合タンパク質(RSV Fタンパク質)が、ウイルスと宿主細胞の細胞性膜を融合させる。パラミクソウイルス研究に基づく現行のモデルでは、RSV Fタンパク質は、最初に、「融合前」コンフォメーションにフォールディングする。細胞侵入中に、融合前コンフォメーションは、リフォールディングし、その「融合後」コンフォメーションにコンフォメーション変化する。したがって、RSV Fタンパク質は、準安定な形態(融合前コンフォメーション)に最初フォールディングすることにより、不可逆的なタンパク質リフォールディングと膜並置を連結することによる膜融合を駆動する準安定なタンパク質であり、これは、その後、よりエネルギーの低いコンフォメーション(融合後コンフォメーション)への個別的/段階的なコンフォメーション変化を起こす。
融合前F三量体と融合後F三量体との間に大きな構造的な差が存在することがRSV−Fの電子顕微鏡検査から明らかなっており、これは最近結晶学によっても確認されている(McLellan J.S.et al.Science 340(6136):1113−7(2013)およびMcLellan J.S.et al.Science 342(6158):592−8(2013))。これらの観察から、融合前RSV Fタンパク質と融合後RSV Fタンパク質は抗原性が異なることが示唆される(Calder,L.J.et al.Virology 271,122−131(2000))。
RSV感染に対するワクチンは、現在入手可能ではないが所望されている。RSV Fタンパク質に基づくワクチン候補は、例えば安定性、純度、再現性、および効力に関する問題のために失敗している。上記に指摘するように、結晶構造から、融合前状態と融合後状態との間に大きな構造変化があることが明らかになっている。再配列の規模から、RSV−Fの融合後コンフォメーションに対する抗体の一部しか、ウイルス表面上の融合前スパイクの天然コンフォメーションと交差反応できないことが示唆された。したがって、RSVに対するワクチンを作製する努力が、RSV Fタンパク質の融合前形態を含有するワクチンの開発に集中的に向けられた(例えば、国際公開第20101149745号パンフレット、国際公開第2010/1149743号パンフレット、国際公開第2009/1079796号パンフレット、国際公開第2012/158613号パンフレットを参照のこと)。しかしながら、これらの努力によっても、ヒトで試験するための候補として使用することができる安定な融合前RSV Fポリペプチドを得るには至っていない。
本発明は、安定な組換え融合前呼吸器合胞体ウイルス(RSV)融合(F)ポリペプチド、すなわち融合前コンフォメーションで安定化する組換えRSV Fポリペプチドを提供する。本発明のRSV Fポリペプチドは、融合前コンフォメーションのFタンパク質に特異的な少なくとも1つのエピトープを含む。特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは可溶性である。特定の実施形態では、ポリペプチドは膜結合型である。本発明はまた、本発明による融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子およびそのような核酸分子を含むベクターを提供する。
本発明はまた、RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターを含む組成物、好ましくは免疫原性組成物、ならびにRSV Fタンパク質に対する免疫応答を誘導する際のその使用、具体的にはワクチンとしてのその使用に関する。本発明はまた、被験体に抗呼吸器合胞体ウイルス(RSV)免疫応答を誘導するための方法であって、有効量の融合前RSV Fポリペプチド、前記RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子、および/または前記核酸分子を含むベクターを被験体に投与することを含む方法に関する。好ましくは、誘導された免疫応答は、RSVに対する中和抗体および/またはRSVに対する防御免疫を特徴とする。特定の態様では、本発明は、被験体に抗呼吸器合胞体ウイルス(RSV)Fタンパク質中和抗体を誘導するための方法であって、融合前RSV Fポリペプチド、前記RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子、および/または前記核酸分子を含むベクターを含む有効量の免疫原性組成物を被験体に投与することを含む方法に関する。
図1Aは、イオン交換カラムからの溶出液A2_F24 N67I+S215Pのセファデックス200ゲル濾過クロマトグラムを示す図である。矢印は、標準タンパク質(1−チログロブリン 669kDa、2−フェリチン 440kDa、および3−IgG 150kDa)の溶出箇所を示す。図1Bは、SECクロマトグラムからの融合前Fタンパク質含有ピークの還元条件下におけるSDS−PAGE分析を示す図である。 1)イソロイシンジッパー(S)F43を有する融合前コンストラクトを発現する細胞の上清、2)主として三量体(上部バンド)融合後RSV Fタンパク質を発現する細胞の上清、および3)精製された三量体融合前A2_F24 N67Iを含有する試料を負荷したNativePAGEのウエスタンブロットを示す図である。 非突然変異A2_F24に比較した点突然変異コンストラクトの発現レベルを示す図である。 図4Aは、CR9501結合の50%が失われる温度を決定する、実施例6(A)に記載の方法の結果を示す図である。図4Bは、融合前特異的抗体CR9501の結合の50%減少により評価したときの、融合前F(A2_F24 N67I+S215P)と非改変外部ドメインの安定性の比較を示す図である。 1、5、および33日目における、融合前コンストラクト;A)A2_F24(配列番号19)、B)A2_F24 K465Q、C)A2_F24 S46G、D)A2_F24 N67I、およびE)A2_F24 E92Dに対する融合前特異的抗体CR9501の結合が保存時間依存的に減少することを示すOctet測定を示す図である。 1、5、および33日目における、融合前コンストラクト;A)A2_F24 K465Q、B)A2_F24 K465Q+N67I、C)A2_F24 S46G、D)A2_F24 S46G+E92D、E)A2_F24 S46G+N67I、F)A2_F24 E92D、G)A2_F24 S46G+E92D、H)A2_F24 N67I+E92D、およびI)A2_F24 E92D+S215Pに対する融合前特異的抗体CR9501の結合が保存時間依存的に減少することを示すOctet測定を示す図である。 表14に記載の免疫原および用量による、0週目および4週目の初回免疫−追加免疫後の6週目におけるマウスのVNA力価を示す図である。 表15に記載の免疫原および用量による、0週目および4週目の初回免疫−追加免疫後の7週目におけるコットンラットのVNA力価を示す図である。 i.n.RSVチャレンジ後5日目の肺および鼻のウイルス負荷を示す図である。
呼吸器合胞体ウイルス(RSV)の融合タンパク質(F)は、感染に必要とされる、宿主細胞膜とウイルス膜の融合に関与する。RSV F mRNAは、小胞体においてシグナルペプチターゼにより除去されるシグナルペプチド配列(例えば、配列番号1のアミノ酸残基1〜26)をN末端に含有するF0と称される574アミノ酸の前駆体タンパク質に翻訳される。F0は、トランスゴルジにおいて、細胞プロテアーゼ(具体的にはフューリン)により2つの部位(アミノ酸残基109/110間および136/137間)で切断され、アミノ酸残基110〜136を含む短いグリコシル化介在配列(p27領域とも呼ばれる)が除去され、F1およびF2と称される2つのドメインまたはサブユニットが生成する。F1ドメイン(アミノ酸残基137〜574)は、そのN末端に疎水性融合ペプチドを含有し、C末端に膜貫通(TM)(アミノ酸残基530〜550)領域および細胞質領域(アミノ酸残基551〜574)を含有する。F2ドメイン(アミノ酸残基27〜109)は、2つのジスルフィド架橋によりF1に共有結合する。F1−F2ヘテロ二量体は、ビリオン中でホモ三量体として集合している。
RSV感染に対するワクチンは、現在入手可能ではないが所望されている。ワクチン作製に有望な1つのアプローチは、精製されたRSV Fタンパク質に基づくサブユニットワクチンである。しかしながら、このアプローチの場合、精製されたRSV Fタンパク質は、RSV Fタンパク質の融合前状態のコンフォメーションに類似したコンフォメーションにあって、経時的に安定でかつ十分な量で作製できることが望ましい。加えて、サブユニットベースのワクチンの場合、RSV Fタンパク質を、膜貫通(TM)領域および細胞質領域の欠失により短縮して、可溶性分泌型Fタンパク質(sF)を生成させる必要がある。TM領域は膜アンカリングおよび三量体形成を担うので、アンカーなしの可溶性Fタンパク質は、完全長タンパク質よりもかなり不安定であり、融合後最終状態に容易にリフォールディングすることになる。したがって、高い発現レベルおよび高い安定性を示す安定な融合前コンフォメーションの可溶性Fタンパク質を得るために、融合前コンフォメーションを安定化する必要がある。
融合前コンフォメーションにある別のパラミクソウイルスFタンパク質の安定化が、パラインフルエンザ5型(PIV5)について成功している。例えば、Yinら(Nature 439:38−44(2006))は、F1およびF2へのプロセシングを遮断する、Fにおけるフューリン切断部位の突然変異により、PIV−5 Fタンパク質の融合前構造を安定化した。さらに、膜貫通(TM)および細胞質のドメインは、周知のヘリックス三量体形成ドメイン:GCN4pIIに置き換えられた。このドメインは、三量体ヘリックスコイルドコイル構造を形成し、天然の二量体ヘリックスコイルドコイルペプチドGCN4を改変したものである(O’Shea et al.,Science 243:538−542(1989))。GCN4ロイシンジッパーのアミノ酸配列が7つ組のa位置およびd位置ごとにイソロイシン残基で置換されたGCN4−pIIペプチドが、三本鎖平行α−ヘリックスコイルドコイルを形成することが示された(Harbury et al.,Science 262:1401−1407(1993))。
融合前コンフォメーションにおけるRSV Fの安定化のために、例えば、フューリン切断部位の突然変異、およびGCN4pII三量体形成ドメイン(例えば、国際公開第2010/149743号パンフレット、国際公開第2010/149745号パンフレット、国際公開第2009/079796号パンフレット、国際公開第2012/158613号パンフレットに開示のように)またはフィブリチン三量体形成ドメイン(MCLellan et al.,Nature Struct.Biol.17:2−248−250(2010))へのRSV−F外部ドメインの融合など、同じ戦略が試された。このフィブリチンドメインまたは「フォルドン」は、T4フィブリチンに由来し、人工的な天然三量体形成ドメインとして以前記載された(Letarov et al.,Biochemistry Moscow 64:817−823(1993);S−Guthe et al.,J.Mol.Biol.337:905−915.(2004))。しかしながら、これらの努力によって、安定な融合前RSVFタンパク質が得られることはなかった。さらに、これらの努力によって、ヒトで試験するのに適した候補を得るに至っていない。
さて、本発明は、安定な組換え融合前RSV Fポリペプチド、すなわち融合前コンフォメーションに安定化されたRSV Fポリペプチドを提供する。本発明に導いた研究では、前記安定な可溶性融合前RSV Fポリペプチドを得るために、いくつかの改変ステップの導入および/または組合せが行われた。本発明の安定な融合前RSV Fポリペプチドは、融合前コンフォメーションで存在する、すなわち、それらは、融合前コンフォメーションFタンパク質に特異的な少なくとも1つのエピトープを含む(示す)。融合前コンフォメーションFタンパク質に特異的なエピトープは、融合後コンフォメーションでは現れないエピトープである。いかなる特定の理論にも拘束されたくはないが、RSV Fタンパク質の融合前コンフォメーションは、天然RSVビリオン上で発現されるRSV Fタンパク質のものと同じエピトープを含有することができ、したがって、予防的中和抗体を誘発する利点を備えることができると考えられる。
特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは、配列番号54の重鎖CDR1領域、配列番号55の重鎖CDR2領域、配列番号56の重鎖CDR3領域と、配列番号62の軽鎖CDR1領域、配列番号63の軽鎖CDR2領域、および配列番号64の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体(これ以降CR9501と呼ばれる)、ならびに/または配列番号58の重鎖CDR1領域、配列番号59の重鎖CDR2領域、配列番号60の重鎖CDR3領域と、配列番号66の軽鎖CDR1領域、配列番号67の軽鎖CDR2領域、および配列番号68の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体(CR9502と呼ばれる)により認識される少なくとも1つのエピトープを含む。CR9501およびCR9502はそれぞれ、抗体58C5および30D8の重鎖および軽鎖可変領域を含み、したがってそれらの抗体の結合特異性を有するが、それらの抗体は、融合後コンフォメーションではなく融合前コンフォメーションのRSV Fタンパク質に特異的に結合することが以前に示されている(国際公開第2012/006596号パンフレットを参照のこと)。
特定の実施形態では、組換え融合前RSV Fポリペプチドは、上記の少なくとも1つの融合前特異的モノクローナル抗体により認識される少なくとも1つのエピトープを含み、かつ三量体である。
特定の実施形態では、本発明による安定な融合前RSV Fポリペプチドは、位置67のアミノ酸残基の突然変異および/または位置215のアミノ酸残基の突然変異を含む。
特定の実施形態では、位置67のアミノ酸は疎水性アミノ酸に突然変異している。
特定の実施形態では、本発明による安定な融合前RSV Fポリペプチドは、位置67のアミノ酸残基NまたはTの突然変異および/または位置215のアミノ酸残基Sの突然変異を含む。
特定の実施形態では、本発明による安定な融合前RSV Fポリペプチドは、F1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記F1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含み、さらに、位置67のアミノ酸残基NまたはTの突然変異および/または位置215のアミノ酸残基Sの突然変異を含む。
特定の実施形態では、本発明による安定な融合前RSV Fポリペプチドは、短縮されたF1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記短縮されたF1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含み、さらに、位置67のアミノ酸残基NまたはTの突然変異および/または位置215のアミノ酸残基Sの突然変異を含む。
したがって、本発明のポリペプチドは、野生型RSV Fタンパク質のRSV F1および/またはF2ドメインに対して、F1および/またはF2ドメインに少なくとも1つの安定化突然変異を含む。
特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは、位置67のアミノ酸残基NまたはTのIへの突然変異(N/T67I)および/または位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異(S215P)を含む。
RSVは2つの抗原性サブグループ:AおよびBを有する単一血清型として存在することが知られている。2つのグループのプロセシングされた成熟Fタンパク質のアミノ酸配列は約93%同一である。本出願の全体にわたって使用されるように、アミノ酸位置は、A2株由来のRSV Fタンパク質の配列(配列番号1)を参照して付与される。したがって、本発明で使用される場合、「RSV Fタンパク質の位置「x」のアミノ酸」という表現は、配列番号1からなるRSV A2株のRSV Fタンパク質の位置「x」にあるアミノ酸に対応するアミノ酸を意味する。本出願の全体にわたって使用される番号方式では、1は未成熟F0タンパク質(配列番号1)のN末端アミノ酸を指すことに留意されたい。A2株以外のRSV株が使用される場合、Fタンパク質のアミノ酸位置は、配列番号1のFタンパク質と他のRSV株の配列を、必要に応じてギャップを挿入しながらアライメントすることによって、配列番号1からなるA2株のFタンパク質の番号付けに関連して番号が付与されることになる。配列アライメントは、当技術分野で周知の方法、例えばCLUSTALW、Bioedit、またはCLC Workbenchを使用して行うことができる。
本発明によるアミノ酸は、20種の天然アミノ酸(もしくは「標準」アミノ酸)または例えばD−アミノ酸(キラル中心を有するアミノ酸のD−エナンチオマー)などそれらの変異体のいずれであってもよく、あるいは例えばノルロイシンなどタンパク質中に天然には見出されない、いずれの変異体であってもよい。標準アミノ酸は、それらの特性に基づいて、いくつかのグループに分類することができる。重要な因子としては、電荷、親水性または疎水性、サイズ、および官能基がある。これらの特性は、タンパク質構造およびタンパク質間相互作用にとって重要である。アミノ酸の中には、他のシステイン残基とジスルフィド共有結合(またはジスルフィド架橋)を形成することができるシステイン、ポリペプチド骨格のターンを誘導するプロリン、および他のアミノ酸よりもフレキシブルなグリシンなど、特別な特性を有するものがある。表11に、標準アミノ酸の略語および特性を示す。
突然変異は、ルーチン的な分子生物学手順により行うことができることは、当業者に認識されている。本発明による突然変異は、好ましくは、これらの突然変異を含まないRSV Fポリペプチドに比較して、融合前RSV Fポリペプチドの発現レベルの増大および/または安定性の増大をもたらす。
特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは可溶性である。
特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドはさらに、前記短縮されたF1ドメインに連結した異種三量体形成ドメインを含む。本発明によれば、場合によってはF1およびF2ドメインを連結する連結配列と組み合わせた、短縮されたF1ドメインのC末端アミノ酸残基への異種三量体形成ドメインの連結ならびに安定化突然変異によって、高発現を示しかつ融合前特異的抗体に結合するRSV Fポリペプチドが提供されることが示されたが、これによってこのポリペプチドは融合前コンフォメーションにあることが示される。加えて、RSV Fポリペプチドは、融合前コンフォメーションで安定化される、すなわち、ポリペプチドのプロセシングの後でも、それらは、融合前特異的抗体CR9501および/またはCR9502に結合して、融合前特異的エピトープが保持されることが示される。
さらなる実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは、
(a)位置46のアミノ酸残基の突然変異;
(b)位置77のアミノ酸残基の突然変異;
(c)位置80のアミノ酸残基の突然変異;
(d)位置92のアミノ酸残基の突然変異;
(e)位置175のアミノ酸残基の突然変異;
(f)位置184のアミノ酸残基の突然変異;
(g)位置185のアミノ酸残基の突然変異;
(h)位置201のアミノ酸残基の突然変異;
(i)位置209のアミノ酸残基の突然変異;
(j)位置421のアミノ酸残基の突然変異;
(k)位置426のアミノ酸残基の突然変異;
(l)位置465のアミノ酸残基の突然変異;
(m)位置486のアミノ酸残基の突然変異;
(n)位置487のアミノ酸残基の突然変異;および
(o)位置508のアミノ酸残基の突然変異
からなる群から選択される、1つまたは複数のさらなる突然変異(野生型のRSV Fタンパク質に対して)を含む。
好ましい実施形態では、1つまたは複数のさらなる突然変異は、
(a)位置46のアミノ酸残基SのGへの突然変異(S46G);
(b)位置77のアミノ酸残基KのEへの突然変異(K77E);
(c)位置80のアミノ酸残基KのEへの突然変異(K80E);
(d)位置92のアミノ酸残基EのDへの突然変異(E92D);
(e)位置175のアミノ酸残基NのPへの突然変異(N175P);
(f)位置184のアミノ酸残基GのNへの突然変異(G184N);
(g)位置185のアミノ酸残基VのNへの突然変異(V185N);
(h)位置201のアミノ酸残基KのQへの突然変異(K201Q);
(i)位置209のアミノ酸残基KのQへの突然変異(K209Q);
(j)位置421のアミノ酸残基KのNへの突然変異(K421N);
(k)位置426のアミノ酸残基NのSへの突然変異(N426S);
(l)位置465のアミノ酸残基KのEへの突然変異Q(K465Q);
(m)位置486のアミノ酸残基DのNへの突然変異(D486N);
(n)位置487のアミノ酸残基EのQ,N、またはIへの突然変異(E487Q/N/I);および
(o)位置508のアミノ酸残基KのEへの突然変異(K508E)
からなる群から選択される。
アミノ酸残基の位置については、配列番号1を参照することに再度留意されたい。当業者ならば、他のRSV株のFタンパク質における対応するアミノ酸残基を判定することができよう。
特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは、少なくとも2つの突然変異(野生型のRV Fタンパク質に対して)を含む。好ましい実施形態では、この少なくとも2つの突然変異は、位置67のアミノ酸NまたはTのIへの突然変異(N/T67I)および位置215のアミノ酸SのPへの突然変異(S215P)である。
特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは、
(a)位置46のアミノ酸残基SのGへの突然変異;
(b)位置77のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(c)位置80のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(d)位置92のアミノ酸残基EのDへの突然変異;
(e)位置175のアミノ酸残基NのPへの突然変異;
(f)位置184のアミノ酸残基GのNへの突然変異;
(g)位置185のアミノ酸残基VのNへの突然変異;
(h)位置201のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(i)位置209のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(j)位置421のアミノ酸残基KのNへの突然変異;
(k)位置426のアミノ酸残基NのSへの突然変異;
(l)位置465のアミノ酸残基KのEまたはQへの突然変異;
(m)位置486のアミノ酸残基DのNへの突然変異;
(n)位置487のアミノ酸残基EのQ,N、またはIへの突然変異;および
(o)位置508のアミノ酸残基KのEへの突然変異
からなる群から選択される、少なくとも1つのさらなる突然変異を含む。
特定の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも3つの突然変異を含む。
特定の実施形態では、異種三量体形成ドメインは、アミノ酸配列EKKIEAIEKKIEAIEKKIEA(配列番号3)を含む。特定の他の実施形態では、異種三量体形成ドメインは、アミノ酸配列GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL(配列番号4)を含む。
上記に記載のように、特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは短縮されたF1ドメインを含む。本明細書で使用される場合、「短縮された」F1ドメインは、完全長F1ドメインでないF1ドメインを指す、すなわち、N末端またはC末端において、1つまたは複数のアミノ酸残基が欠失している。本発明によれば、少なくとも膜貫通ドメインおよび細胞質側末端は、可溶性外部ドメインとしての発現を可能にするために欠失されている。
特定の他の実施形態では、F1ドメインは、RSV Fタンパク質のアミノ酸残基495(配列番号1を参照して)の後が短縮されている、すなわち、アミノ酸残基496(配列番号1を参照して)から始まるF1ドメインのC末端部分が欠失している。特定の他の実施形態では、F1ドメインはRSV Fタンパク質のアミノ酸残基513の後が短縮されている。特定の実施形態では、F1ドメインは、アミノ酸残基486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、525、または525の後が短縮されている。
特定の実施形態では、三量体形成ドメインは、RSV F1ドメインのアミノ酸残基495に連結している。特定の実施形態では、三量体形成ドメインは、配列番号4を含み、RSV F1ドメインのアミノ酸残基495に連結している。
特定の他の実施形態では、三量体形成ドメインは、RSV F1ドメインのアミノ酸残基513に連結している。特定の実施形態では、三量体形成ドメインは、配列番号3を含み、RSV F1ドメインのアミノ酸残基513に連結している。
特定の実施形態では、場合によっては短縮されたF1ドメインおよびF2ドメインは、(場合によっては短縮された)F1ドメインのN末端アミノ酸にF2ドメインのC末端アミノ酸を連結する連結配列により連結されている。特定の実施形態では、連結配列(またはリンカー)は、1〜10アミノ酸残基、好ましくは2〜9アミノ酸残基、好ましくは3〜8アミノ酸残基、好ましくは4〜7アミノ酸残基を含み、より好ましくは、リンカーは5または6アミノ酸残基を含む。融合前RSV Fポリペプチドのコンフォメーションを破壊することなく本発明により使用することができるコンフォメーション的に中立の数多くのリンカーが知られている。好ましい実施形態では、リンカーはアミノ酸配列GSGSG(配列番号5)を含む。
特定の実施形態では、F1ドメインおよび/またはF2ドメインはRSV A株由来である。特定の実施形態では、F1および/またはF2ドメインは、配列番号1からなるRSV A2株由来である。
特定の実施形態では、F1ドメインおよび/またはF2ドメインは、配列番号69からなるRSV A株由来である。
特定の実施形態では、F1ドメインおよび/またはFドメインはRSV B株由来である。特定の実施形態では、F1および/またはF2ドメインは、配列番号2からなるRSV B株由来である。
特定の実施形態では、F1およびF2ドメインは同じRSV株由来である。特定の実施形態では、融合前RSV Fポリペプチドは、キメラポリペプチドである、すなわち、異なるRSV株由来のF1およびF2ドメインを含む。
特定の実施形態では、本発明の融合前RSV Fポリペプチドの発現レベルは、突然変異のない野生型RSV Fポリペプチド外部ドメイン(すなわち、膜貫通領域および細胞質領域のない)と比較して、増大している。特定の実施形態では、発現レベルは少なくとも5倍、好ましくは10倍まで増大している。特定の実施形態では、発現レベルは10倍超増大している。
本発明による融合前RSV Fポリペプチドは安定である、すなわち、例えば精製、凍結融解サイクル、および/または保存など、ポリペプチドの処理の際に融合後コンフォメーションに容易に変化しない。
特定の実施形態では、本発明による融合前RSV Fポリペプチドは、突然変異のないRSV Fポリペプチドに比較して、4℃での保存時の安定性が増大している。特定の実施形態では、ポリペプチドは、4℃での保存時に、少なくとも30日間、好ましくは少なくとも60日間、好ましくは少なくとも6ヶ月間、一層より好ましくは少なくとも1年間安定である。「保存時に安定」とは、例えば、実施例7または9に記載の方法を用いて測定すると、溶液(例えば、培地)中でのポリペプチドの保存時、4℃で少なくとも30日間、融合前特異的抗体(例えば、CR9501)に特異的な少なくとも1つのエピトープを、ポリペプチドが依然として示すことを意味する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、融合前RSV Fポリペプチドの4℃での保存時に、少なくとも6ヶ月間、好ましくは少なくとも1年間、少なくとも1つの融合前特異的エピトープを示す。
特定の実施形態では、本発明による融合前RSV Fポリペプチドは、前記突然変異のないRSV Fタンパク質に比較して、熱に曝されたときの安定性が増大している。特定の実施形態では、融合前REV Fポリペプチドは、55℃の温度で、好ましくは58℃で、より好ましくは60℃で、少なくとも30分間熱に安定である。「熱に安定」とは、例えば、実施例6に記載の方法を用いて測定すると、上昇した温度(すなわち、55℃以上の温度)に少なくとも30分間曝された後に少なくとも1つの融合前特異的エピトープを、ポリペプチドが依然として示すことを意味する。
特定の実施形態では、ポリペプチドは、適切な製剤緩衝剤中で1〜6回の凍結融解サイクルに供された後に少なくとも1つの融合前特異的エピトープを示す。
特定の好ましい実施形態では、本発明の融合前RSV Fポリペプチドは、配列番号21〜52および71〜89からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、本発明の融合前RSV Fポリペプチドは、配列番号21〜52および71〜89からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
本出願の全体にわたって使用される場合、当技術分野での慣例として、ヌクレオチド配列は、5’から3’の方向で提示され、アミノ酸配列は、N末端からC末端の方向で提示される。
特定の実施形態では、本発明によるコード化ポリペプチドはさらに、配列番号1、配列番号2、または配列番号69のアミノ酸1〜26に対応する、シグナル配列またはシグナルペプチドとも呼ばれるリーダー配列を含む。これは、分泌経路の方へ進む運命にある新規合成タンパク質の大多数のN末端に存在する短い(典型的には5〜30アミノ酸長)ペプチドである。特定の実施形態では、本発明によるポリペプチドはリーダー配列を含まない。
特定の実施形態では、ポリペプチドはHISタグを含む。Hisタグまたはポリヒスチジンタグは、多くの場合タンパク質のN末端またはC末端にある、少なくとも5個のヒスチジン(H)残基からなる、タンパク質中のアミノ酸モチーフであり、一般には、精製目的のために使用される。
特定の実施形態では、ポリペプチドはHISタグを含まない。本発明によれば、驚くべきことに、HISタグが欠失すると、発現レベルおよび安定性が、HISタグ含有ポリペプチドに比較して増大することが示された。
本発明はさらに、本発明によるRSV Fポリペプチドをコードする核酸分子を提供する。
好ましい実施形態では、本発明によるポリペプチドをコードする核酸分子は、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞における発現用にコドン最適化される。コドン最適化の方法は公知であり、以前に記載されている(例えば、国際公開第96/09378号パンフレット)。野生型配列に比較して、少なくとも1つの好ましくないコドンがより好ましいコドンに置換される場合、配列はコドン最適化されると見なされる。本明細書では、好ましくないコドンは、生物において、同じアミノ酸をコードする別のコドンよりも使用頻度が低いコドンであり、より好ましいコドンは、生物において、好ましくないコドンよりも使用頻度が高いコドンである。特定の生物についてのコドン使用頻度は、例えばhttp://www.kazusa.or.jp/codonのコドン度数分布表に見出すことができる。好ましくは2つ以上の好ましくないコドン、好ましくは大部分のまたはすべての好ましくないコドンが、より好ましいコドンに置換される。好ましくは、生物で最も使用頻度が高いコドンが、コドン最適化配列に使用される。好ましいコドンに置換すると、一般には、発現が高まる。
数多くの異なるポリヌクレオチドおよび核酸分子が、遺伝暗号の縮重の結果として同じポリペプチドをコードすることができることは、当業者に理解されている。当業者が、ポリペプチドが発現されることになる、任意の特定の宿主生物のコドン使用頻度を反映するように、核酸分子によりコードされるポリペプチド配列に影響を及ぼさないヌクレオチド置換を、ルーチン的な手法を用いて行うことができることも理解されている。したがって、特に明記されない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いの縮重形であって、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。タンパク質およびRNAをコードするヌクレオチド配列はイントロンを含んでも含まなくてもよい。
核酸配列は、ルーチン的な分子生物学手法を用いてクローニングすること、またはDNA合成によりde novo生成することが可能であり、これらは、DNA合成および/または分子クローニングの分野でビジネスをしているサービス企業によりルーチン的な手法を使用して実施され得る(例えば、GeneArt、GenScripts、Invitrogen、Eurofins)。
本発明はまた、上記の核酸分子を含むベクターを提供する。したがって、特定の実施形態では、本発明による核酸分子はベクターの一部である。このようなベクターは、当業者に周知の方法により容易に操作することができ、例えば、原核細胞および/または真核細胞において複製できるように設計することができる。加えて、多くのベクターは、真核細胞の形質転換に使用することができ、そのような細胞のゲノムに全体としてまたは部分的に組み込まれ、その結果、そのゲノムに所望の核酸を含む安定な宿主細胞が得られる。使用されるベクターは、DNAのクローニングに適しかつ目的の核酸の転写に使用することができる任意のベクターとすることができる。本発明による適切なベクターは、例えば、Ad26またはAd35などのアデノベクター、アルファウイルス、パラミクソウイルス、ワクシニアウイルス、ヘルペスウイルス、レトロウイルスベクター等である。当業者は、適切な発現ベクターを選択し、本発明の核酸配列を機能的に挿入することができる。
融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子を含む宿主細胞も、本発明の一部を形成する。融合前RSV Fポリペプチドは、宿主細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、腫瘍細胞株、BHK細胞、ヒト細胞株、例えばHEK293細胞、PER.C6細胞、もしくは酵母、真菌、昆虫細胞等、またはトランスジェニック動物もしくはトランスジェニック植物における分子の発現を含む組換えDNA技術によって生成させることができる。特定の実施形態では、細胞は多細胞生物由来であり、特定の実施形態では、細胞は脊椎動物または無脊椎動物起源である。所定の実施形態では、細胞は哺乳動物細胞である。所定の実施形態では、細胞はヒト細胞である。一般に、宿主細胞における、本発明の融合前RSV Fポリペプチドなどの組換えタンパク質の生成は、発現可能形式でそのポリペプチドをコードする異種核酸分子の宿主細胞への導入、核酸分子の発現に資する条件下での細胞の培養、および前記細胞におけるポリペプチド発現を可能にすることを含む。発現可能形式でタンパク質をコードする核酸分子は、発現カセットの形態であってもよく、通常、エンハンサー、プロモーター、ポリアデニル化シグナル等、核酸の発現をもたらし得る配列を必要とする。当業者は、種々のプロモーターを使用して、宿主細胞で遺伝子を発現させることができることを認識している。プロモーターは構成的であっても調節的であってもよく、ウイルス、原核生物、もしくは真核生物の供給源を含む種々の供給源から入手すること、または人為的に設計することが可能である。
細胞培養培地は種々のベンダーから入手可能であり、適切な培地は、宿主細胞が目的のタンパク質、ここでは融合前RSV Fポリペプチドを発現するように、ルーチン的に選択することができる。適切な培地は血清を含有しても含有しなくてもよい。
「異種核酸分子」(本明細書では「導入遺伝子」とも呼ばれる)は、宿主細胞に天然には存在しない核酸分子である。それは、例えば、標準分子生物学手法によりベクターに導入される。導入遺伝子は、一般に、発現制御配列に機能的に連結されている。これは、導入遺伝子をコードする核酸をプロモーターの制御下に配置することによって行うことができる。さらなる調節配列を加えることもできる。多くのプロモーターは、導入遺伝子の発現のために使用することができ、当業者には公知であり、例えば、これらは、ウイルス、哺乳動物、合成のプロモーター等を含むことができる。真核細胞において発現を得るのに適したプロモーターの非限定例には、CMVプロモーター(米国特許第5,385,839号明細書)、例えばCMV前初期遺伝子エンハンサー/プロモーターからのnt.−735〜+95を含むCMV前初期プロモーターがある。ポリアデニル化シグナル、例えばウシ成長ホルモンのポリAシグナル(米国特許第5,122,458号明細書)を、導入遺伝子の後に存在させることもできる。あるいは、いくつかの広く使用されている発現ベクター、例えば、InvitrogenのpcDNAおよびpEFベクター系列、BD SciencesからのpMSCVおよびpTK−Hyg、StratageneからのpCMV−Script等が、当技術分野で商用供給源から入手可能であり、これらは、目的のタンパク質を組換えにより発現させるために、または適切なプロモーターおよび/もしくは転写ターミネーター配列、ポリA配列等を得るために使用することができる。
細胞培養は、付着細胞、例えば培養容器の表面またはマイクロキャリアに付着した細胞の培養および懸濁培養を含む、任意のタイプの細胞培養であってよい。大抵の大規模懸濁培養は、操作およびスケールアップが最も簡単であるため、バッチまたはフェドバッチ工程として操作される。最近では、灌流原理に基づく連続工程がより一般的になりつつあり、しかも適切でもある。適切な培地はまた、当業者に周知であり、一般に、商用供給源から大量に得ること、または標準プロトコールに従って注文生産することが可能である。培養は、バッチ、フェドバッチ、連続系等を使用して、例えば、ディッシュ、ローラーボトル、またはバイオリアクター中で行うことができる。細胞培養に適した条件は公知である(例えば、Tissue Culture,Academic Press,Kruse and Paterson,editors(1973)およびR.I.Freshney,Culture of animal cells:A manual of basic technique,fourth edition(Wiley−Liss Inc.,2000,ISBN 0−471−34889−9)を参照のこと)。
本発明はさらに、上記のような融合前RSV Fポリペプチドおよび/もしくは核酸分子、ならびに/またはベクターを含む組成物を提供する。したがって、本発明は、RSV Fタンパク質の融合前コンフォメーション中には存在するが、融合後コンフォメーション中には存在しないエピトープを示す融合前RSV Fポリペプチドを含む組成物を提供する。本発明はまた、このような融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子および/またはベクターを含む組成物を提供する。本発明はさらに、上記のような融合前RSV Fポリペプチドおよび/または核酸分子および/またはベクターを含む免疫原性組成物を提供する。本発明はまた、RSV Fタンパク質に対する免疫応答を被験体に誘導するための、本発明による安定化された融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターを提供する。さらに、RSV Fタンパク質に対する免疫応答を被験体に誘導するための方法であって、本発明による融合前RSV Fポリペプチドおよび/または核酸分子および/またはベクターを被験体に投与することを含む方法を提供する。また、RSV Fタンパク質に対する免疫応答を被験体に誘導する際に使用するための、本発明による融合前RSV Fポリペプチドおよび/または核酸分子および/またはベクターを提供する。さらに、RSV Fタンパク質に対する免疫応答を被験体に誘導する際に使用する薬剤の製造のための、本発明による融合前RSV Fポリペプチドおよび/または核酸分子および/またはベクターの使用を提供する。
本発明の融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、またはベクターは、RSV感染の防止(予防)および/または処置に使用することができる。特定の実施形態では、防止および/または処置は、RSV感染に罹りやすい患者群を標的にすることができる。そのような患者群としては、以下に限定されるものではないが、例えば、高齢(例えば、50歳以上、60歳以上、および好ましくは65歳以上)、若齢(例えば、5歳以下、1歳以下)の入院患者、および抗ウイルス性化合物で処置されたが、不十分な抗ウイルス反応を示した患者が挙げられる。
本発明による融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターは、例えば、RSVを原因とする疾患もしくは病態のスタンドアロンの処置および/または予防に、あるいは(既存または将来の)ワクチン、抗ウイルス剤および/またはモノクローナル抗体など、他の予防的処置および/または治療的処置と組み合わせて使用することができる。
本発明はさらに、本発明による融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターを利用して、被験体のRSV感染を防止および/または処置するための方法を提供する。特定の実施形態では、被験体のRSV感染を防止および/または処置するための方法は、上記のような有効量の融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターを、それを必要とする被験体に投与することを含む。治療有効量は、RSVによる感染から生じる疾患または病態を防止、寛解、および/または処置するのに効果的である、ポリペプチド、核酸分子、またはベクターの量を指す。防止は、RSVの伝播の阻害または低減、あるいはRSVによる感染に関連した症状の1つまたは複数の発症、進展、または進行を阻害または低減することを包含する。本明細書で使用される寛解は、目に見えるもしくは認知できる疾患症状、ウイルス血症、またはインフルエンザ感染の他の任意の計測可能な徴候の低減を指す。
ヒトなどの被験体に投与するために、本発明は、本明細書に記載する融合前RSV Fポリペプチド、核酸分子、および/またはベクターと、薬学的に許容される担体または賦形剤とを含む医薬組成物を使用することができる。本文脈では、「薬学的に許容される」という用語は、担体または賦形剤が、その使用される投与量および濃度において、投与されている被験体に何ら望ましくない作用も有害な作用も引き起こさないことを意味する。このような薬学的に許容される担体および賦形剤は、当技術分野で周知である(Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th edition,A.R.Gennaro,Ed.,Mack Publishing Company[1990];Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins,S.Frokjaer and L.Hovgaard,Eds.,Taylor & Francis[2000];およびHandbook of Pharmaceutical Excipients,3rd edition,A.Kibbe,Ed.,Pharmaceutical Press[2000]を参照のこと)。RSV Fポリペプチドまたは核酸分子は、凍結乾燥調製物を利用することが可能なこともあるが、好ましくは、無菌溶液として製剤化および投与される。無菌溶液は、濾過滅菌または当技術分野でそれ自体公知の他の方法により調製される。次いで、その溶液を凍結乾燥するか、または医薬品投与容器に充填する。溶液のpHは、一般に、pH3.0〜9.5の範囲、例えばpH5.0〜7.5の範囲である。RSV Fポリペプチドは、典型的には、薬学的に許容される適切な緩衝剤を含む溶液中にあり、組成物は塩を含有してもよい。場合によっては、アルブミンなどの安定化剤を存在させることもある。特定の実施形態では、界面活性剤を添加する。特定の実施形態では、RSV Fポリペプチドは注射可能な調製物に製剤化することができる。
特定の実施形態では、本発明による組成物はさらに、1つまたは複数のアジュバントを含む。アジュバントは、適用された抗原決定基への免疫応答をさらに増強することが、当技術分野では知られている。「アジュバント」および「免疫刺激物質」という用語は、本明細書では互換的に使用され、免疫系の刺激を引き起こす1つまたは複数の物質として定義される。本文脈では、アジュバントは、本発明のRSV Fポリペプチドに対する免疫応答を増強するために使用される。適切なアジュバントの例としては、水酸化アルミニウムおよび/またはリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩;油−エマルジョン組成物(または水中油型組成物)、例えば、MF59などのスクアレン−水エマルジョン(例えば、国際公開第90/14837号パンフレットを参照のこと);サポニン製剤、例えばQS21および免疫刺激複合体(ISCOMS)など(例えば、米国特許第5,057,540号明細書;国際公開第90/03184号パンフレット、国際公開第96/11711号パンフレット、国際公開第2004/004762号パンフレット、国際公開第2005/002620号パンフレットを参照のこと);細菌または微生物の派生物、これらの例にはモノホスホリルリピドA(MPL)、3−O−脱アシル化MPL(3dMPL)、CpG−モチーフ含有オリゴヌクレオチド、ADP−リボシル化細菌毒素またはその突然変異体、例えば大腸菌(E.coli)易熱性エンテロトキシンLT、コレラ毒素CT等がある;真核生物のタンパク質(例えば、抗体もしくはそのフラグメント(例えば、抗原それ自体またはCD1a、CD3、CD7、CD80に向けられたもの)および受容体へのリガンド(例えば、CD40L、GMCSF、GCSF等)、これらは受容細胞と相互作用すると同時に免疫応答を刺激する)が挙げられる。特定の実施形態では、本発明の組成物は、アジュバントとしてアルミニウムを、例えば水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、アルミニウムリン酸カリウム、またはそれらの組合せの形態で、1用量当たりのアルミニウム含量について0.05〜5mg、例えば0.075〜1.0mgの濃度で含む。
融合前RSV Fポリペプチドはまた、例えばポリマー、リポソーム、ビロソーム、ウイルス様粒子などのナノ粒子と組み合わせて、またはそれにコンジュゲートさせて投与することができる。融合前Fポリペプチドは、アジュバンドを含むまたは含まないナノ粒子と組み合わせるか、その中に封入するか、またはそれにコンジュゲートさせることができる。リポソーム内への封入は、例えば米国特許第4,235,877号明細書に記載されている。高分子へのコンジュゲーションは、例えば米国特許第4,372,945号明細書または米国特許第4,474,757号明細書に開示されている。
他の実施形態では、組成物はアジュバントを含まない。
特定の実施形態では、本発明は、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)に対するワクチンを作製する方法であって、本発明による組成物を準備することと、それを薬学的に許容される組成物の中に製剤化することとを含む方法を提供する。「ワクチン」という用語は、特定の病原体または疾患に対して被験体にある程度の免疫を誘導するのに効果的な活性成分を含有する薬剤または組成物を指し、これにより、病原体による感染に関連した症状または疾患の重症度、期間、または他の徴候が少なくとも低減(最大で完全に消失)する。本発明では、ワクチンは、有効量の融合前RSV Fポリペプチドおよび/または融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子および/または前記核酸分子を含むベクターを含み、これにより、RSVのFタンパク質に対する免疫応答がもたらされる。これは、入院に至る重篤な下気道疾患を防止し、被験体のRSV感染および複製による肺炎および細気管支炎などの合併症の頻度を低減する方法を提供する。本発明による「ワクチン」という用語は、それが医薬組成物であり、したがって、典型的には、薬学的に許容される希釈剤、担体、または賦形剤を含むことを意味する。それは、さらなる活性成分を含んでも含まなくてもよい。特定の実施形態では、それは、例えばRSVの他のタンパク質および/または他の感染病原体に対する免疫応答を誘導する他の成分をさらに含む組合せワクチンであってもよい。さらなる活性成分の投与は、例えば、別個の投与によって行われても、本発明のワクチンとさらなる活性成分の配合剤を投与することによって行われてもよい。
組成物は、被験体、例えばヒト被験体に投与することができる。単回投与のための組成物中のRSV Fポリペプチドの総用量は、例えば約0.01μg〜約10mg、例えば1μg〜1mg、例えば10μg〜100μgとすることができる。推奨用量の決定は実験により行われ、当業者にはルーチン的である。
本発明による組成物の投与は、標準投与経路を使用して実施することができる。非限定的実施形態としては、皮内投与、筋肉内投与、皮下投与、経皮投与、または例えば鼻腔内、口腔内等の粘膜投与など、非経口投与が挙げられる。一実施形態では、組成物は筋肉内注射により投与される。当業者は、ワクチン中の抗原に対する免疫応答を誘導するために、組成物、例えばワクチンを投与するための種々の可能性を知っている。
本明細書で使用する被験体は、好ましくは哺乳動物、例えば、マウス、コットンラットなどのげっ歯類、または非ヒト霊長類、またはヒトである。好ましくは、被験体はヒト被験体である。
ポリペプチド、核酸分子、ベクター、および/または組成物はまた、初回免疫としてまたは追加免疫として、同種または異種初回免疫−追加免疫レジメンで投与することができる。追加免疫ワクチン接種を実施する場合、典型的には、そのような追加免疫ワクチン接種は、最初に被験体に組成物を投与した後(このような場合には、「初回ワクチン接種」と呼ばれる)、1週〜1年の間、好ましくは2週〜4ヶ月の間のある時点で同じ被験体に投与することになる。特定の実施形態では、投与は初回免疫投与および少なくとも1回の追加免疫投与を含む。
加えて、本発明のポリペプチドは、例えば、本発明のポリペプチドに結合することができる抗体が個体の血清中にあるか否かを確定することによって、個体の免疫状態を検査するための診断ツールとして使用することができる。したがって、本発明はまた、患者のRSV感染の存在を検出するためのin vitro診断方法であって、前記方法が、a)前記患者から得られた生体試料を本発明によるポリペプチドと接触させるステップと、b)抗体−ポリペプチド複合体の存在を検出するステップとを含む方法に関する。
本発明はさらに、RSV Fポリペプチドの融合前コンフォメーションを安定化するための方法であって、野生型RSV F1および/またはF2ドメインに対して、RSV F1および/またはF2ドメインに1つまたは複数の突然変異を導入することを含み、この1つまたは複数の突然変異が、
(a)保存的69−212ジスルフィド架橋に隣接した領域中のHRAドメインがヒンジで動かないように固定する安定化変異であって、前記領域がアミノ酸残基66〜68および214〜216を含む安定化変異、
(b)F2ドメインのC末端のアミノ酸残基76〜98を含むヘリックス(F2ドメインのC末端にある)の突然変異;
(c)アミノ酸486、487、および489を含むHRB基部領域(HRBのN末端)の上部間の負電荷斥力を低減する突然変異;ならびに
(d)HRA領域の安定化突然変異
からなる群から選択される方法を提供する。
特定の実施形態では、HRAヒンジ領域の突然変異は位置67にある。
特定の実施形態では、HRAヒンジ領域の突然変異は位置215にある。
特定の実施形態では、HRAヒンジ領域の突然変異は、位置66または68にあり、かつ/または位置214または216にある。
特定の実施形態では、ヘリックスの突然変異は位置77にある。
特定の実施形態では、ヘリックスの突然変異は位置80にある。
特定の実施形態では、位置77および/または80のアミノ酸残基は負荷電のアミノ酸に変更される。
特定の実施形態では、突然変異は位置92にある。
特定の実施形態では、アミノ酸486、487、489を含むHRB基部領域の上部間の負電荷斥力を低減する突然変異。
特定の実施形態では、突然変異は位置489にある。
特定の実施形態では、突然変異は位置486にある。
特定の実施形態では、突然変異は、アミノ酸残基175〜193間のβターンを安定化する。
特定の実施形態では、突然変異は、位置175でターンを安定化している。
特定の実施形態では、突然変異は、位置184〜185でターンを安定化している。
このような方法によって得ることができかつ/または得られる安定化された融合前RSV Fポリペプチドはまた、上記のようなその使用と共に、本発明の一部を形成する。
本発明を、以下の実施例においてさらに詳細に説明する。実施例は、本発明を何ら限定するものではない。実施例は、本発明を単に明確にするためのものである。
実施例1
安定な融合前RSV Fポリペプチドの調製−リンカーおよび三量体形成ドメイン
本発明に導いた研究では、可溶性融合前Fタンパク質(sF)の安定化された変異体を、リフォールディングを惹起する2つの主要な領域を安定化することにより設計した。最初の戦略は、短いループによりF1−F2ドメインを固定しかつ連結することによって、融合ペプチドをその位置に拘束し、融合ペプチドが頭部領域から放出されるのを防止することであった。融合ペプチドの放出は、F1のN末端のF2のC末端への共有結合形成を再構築することにより防止することができる。この実施例で示すように、いくつかの異なるリンカーを試みた。具体的にはアミノ酸配列GSGSG(配列番号5)を含む、F1とF2との間への5アミノ酸ループの挿入によって最も好結果が得られた。このリンカーは、3D構造が公開されている(Yin et.al.,2006)パラインフルエンザ5型のF配列との配列アライメントに基づいてRSV−F A2型について作製した3Dホモロジーモデルで測定した距離に基づいて設計した。










融合前RSV−Fのホモロジーモデルを構築するために使用した、HRSV A型およびB型とPIV5(最上部配列)のF配列間のアライメント
他の不安定領域は、融合前Fタンパク質において三量体ヘリックス基部領域を形成する第2の7アミノ酸繰り返し(HRB)領域である。可溶性Fタンパク質中の膜貫通ドメイン(TM)の欠失により、この領域はさらに不安定化するが、これは種々の異種三量体形成ドメインの付加により補償される。完全にプロセシングされた成熟RSV−F外部ドメインを、種々の三量体形成ドメインとC末端側の種々の位置(すなわち、F1ドメインは種々のアミノ酸残基で短縮された)で融合した。
RSV A2株またはB1株のいずれかに基づいて、いくつかのコンストラクトを作製した。種々の三量体形成ドメインを、種々の位置で短縮されたRSV F1ドメインに連結した。試験した三量体形成ドメインには、フィブリチンモチーフ(アミノ酸配列:GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL(配列番号4)を含む)、およびその天然ヘリックス領域(アミノ酸配列:SSLQGDVQALQEAGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL(配列番号6)を含む)を含む、より長い、N末端伸長のフィブリチンドメインである「長いフィブリチン」モチーフが含まれ、これらは、HRB領域の推定7アミノ酸繰り返しとインフレーム(インレジスター)でRSV F1ドメインに付加された。
作製したさらなるコンストラクトは、7つ組の理想的ヘリックス三量体コイルドコイル、またはアミノ酸配列:IEAIEKK(配列番号7)を含むイソロイシンジッパードメイン(IZ)(Suzuki et al.,Protein Engineering 11:1051−1055(1998))を含んだ。本発明によれば、アミノ酸配列:(I)EKKIEAIEKKIEAIEKKIEAIEAIEKKIEA(配列番号8)を含むイソロイシンジッパー(L)およびアミノ酸配列EKKIEAIEKKIEAIEKKIEA(配列番号3)を含むイソロイシンジッパー(S)と呼ばれる、異なるIZドメインが使用された。
これらのIZドメインは、構造的にGCN4と同等であるが、IZドメインは、天然配列ではなく、最適な三量体形成ドメインになるように、したがって、より安定であるように設計されたものである。
以下に示す他の公知の三量体形成ドメインを含む、さらなるコンストラクトを作製した:
以下のコンストラクトを作製した:
コンストラクトF18は、F1ドメインのアミノ酸残基513に連結されたフィブリチン三量体形成ドメイン(配列番号4)を含んだ。
コンストラクトF19は、F1ドメインのアミノ酸残基499に連結されたフィブリチン三量体形成ドメイン(配列番号4)を含んだ。
コンストラクトF20は、F1ドメインのアミノ酸残基516に連結されたイソロイシンジッパー(L)ドメイン(配列番号8)を含み、7つ組位置の疎水性を最適化し、IZドメインとのインフレーム融合を容易にするような追加の改変を含んだ。
コンストラクトF21もまた、イソロイシンジッパー(L)ドメイン(配列番号8)を含んだが、それはF1ドメインのアミノ酸残基501に連結されたものであり、またHRB領域に追加の改変はなかった。
コンストラクトF22は、F1ドメインのアミノ酸残基495に連結されたイソロイシンジッパー(L)ドメイン(配列番号8)を含み、HRBに追加の改変を含んだ。
コンストラクトF23は、アミノ酸残基495に連結されたイソロイシンジッパー(S)ドメイン(配列番号3)を含んだ。
コンストラクトF46もまた、イソロイシンジッパー(S)ドメイン(配列番号3)を含んだが、それはより長いRSV−F外部ドメインに連結されたものであった、すなわち、F1ドメインは、アミノ酸残基513の後で短縮されたものであった。
すべてのコンストラクトはHISタグを含んだ。
コンストラクトについて、発現レベル、安定性、抗体CR9501との抗体結合を試験した。この抗体の重鎖および軽鎖可変領域のアミノ酸配列および重鎖および軽鎖CDRのアミノ酸配列を以下に示す。CR9501は、国際公開第2012/006596号パンフレット中の58C5と呼ばれる抗体の結合領域を含む。
コンストラクトを、Gene Art(Life Technologies,Carlsbad,CA)で合成しコドン最適化した。部位特異的突然変異誘発およびPCRに関する分野内で広く知られている標準的方法によって、コンストラクトをpCDNA2004にクローニングまたは生成し、配列決定した。使用した発現プラットフォームは、293Freestyle細胞(Life Technologies)とした。製造業者の説明書に従い、293Fectin(Life Technologies)を用いて、細胞に一過性にトランスフェクトし、37℃および10%COで5日間培養した。培養上清を回収し、300gで5分間遠心して、細胞および細胞デブリを除去した。次いで、0.22umの真空フィルターを用いて、遠心上清を滅菌濾過し、使用するまで4℃に保存した。
5日目の上清について、RSV F抗体モタビズマブの重鎖および軽鎖可変領域を含むモノクローナル抗体CR9503(CR9503と呼ばれる)を用いるウエスタンブロットにより、Fタンパク質発現を評価した。融合前RSV Fタンパク質コンストラクトのおよその発現レベルを、CR9503、抗ヒトIR−色素コンジュゲート二次抗体(Li−Cor,Lincoln,NE)、またはHRPコンジュゲートマウス抗ヒトIgG(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)を用いて評価した。次いで、段階希釈した精製RSV標準タンパク質を用い、視覚によりまたはOdyssey CLx赤外線イメージングシステムを用いて、タンパク質量を評価した。あるいは、Quantitative Octet(BioLayer Interferometry)を使用して上清中のタンパク質濃度を測定した。コンストラクト安定性を評価するために、また導入した三量体形成モチーフの正または負の安定化効果を確認するために、CR9501に結合することができるコンストラクトを、45〜65℃の温度範囲で30分間処理して、CR9501エピトープの安定性を試験した。この手順は、実施例8に詳細に記載されている。結果を表1に要約した。
表1でわかるように、発現されたコンストラクトは、フィブリチン変異体(F18)およびF23のみであった。F18は三量体であり、発現を示したが、4℃での保存で不安定であった。これに対して、F23は4℃で安定であり、融合前特異的抗体に結合するが、単量体であるように見えた。したがって、変異体F18およびF28の両方を使用して、安定性と三量体形成の両方について最適化した。
次に、F1のN末端の融合ペプチドがF2ドメインのC末端に融合することによって固定されるいくつかのコンストラクトを作製した。すべてのコンストラクトはHisタグを含んだ。
両方のフューリン切断部位の突然変異によって、p27ペプチドを依然として含有する可溶性Fタンパク質(すなわち、F12、F15.1およびF17)を生じるコンストラクトを含む、いくつかのコンストラクトを作製した。他のコンストラクトでは、RSV−Fの領域をPIV−5 F(生成および結晶化に成功した融合前Fタンパク質)の「相同」領域に置き換えることによって(F25)、またはその領域をF2およびF1の末端を架橋する最小(GS)nループに置き換えることによって(F24)、またはその領域をRSV−Gの中心保存領域に置き換えることによって(F26)、前駆体F0から切断される27残基領域(P27ループ)を別の閉ループもしくは連結配列に置き換える。PIV−5に基づくRSV−Fのホモロジーモデリングによって、残基108と136との間の5アミノ酸残基の最小ループが選択された。リンカーとして、柔軟性および極性があり、かつ適合する見込みが高いGly(G)およびSer(S)残基を選択した(F24)。加えて、このループによって引き起こされる局所的な変化が疎水的なFを動かして不安定にさせ得るため、F137をSに突然変異させた。これを下記に示す。また、R106をQに突然変異させ、27残基(109〜135)をGSGSGに置き換えている。
表2に示すように、野生型RSV Fコンストラクト、すなわち、前記リンカーを含まない類似のコンストラクト(F11)に比較して、極めて高い発現(44μg/ml)を示す短いGSGSGループを有する変異体(F24)以外のすべての変異体は、発現を示さないかほんのわずかな発現しか示さなかった。しかしながら、三量体であるF24は、C末端フィブリチン三量体形成モチーフを有する他のすべての変異体と同様に、保存時不安定であった。すべての変異体はHISタグを含有した。
次に、最適な融合前Fポリペプチドを見出すために、最も好ましい改変を組み合わせた。GSGSGループ、F1のC末端短縮、およびフィブリチン(配列番号4)またはイソロイシンジッパー(S)モチーフ(配列番号3)のいずれかの付加を有する変異体から組合せを作製した(表3を参照)。
GSGSGループを付加すると、機能的なコンストラクトの発現およびタンパク質の熱安定性が常に増大した。短縮Fおよびイソロイシンジッパー(S)モチーフ(F43、F47)とGSGSGループの組合せは、良好な発現、熱安定性、および4℃での保存時における良好な安定性を示した。しかしながら、これらの変異体は依然として単量体であった。イソロイシンジッパー(S)三量体形成モチーフでは、位置495でC末端短縮されたFであるF変異体が高い発現を示した(F43とF56との比較、およびF23とF46との比較)。これに対して、フィブリチン三量体形成ドメインを有する変異体については、位置513での短縮体が、発現を示さない位置495での短縮体に比較して、高い発現を示した(F24とF44との比較)。
HISタグが三量体の天然フォールディングに干渉する可能性があるので、フィブリチンおよびイソロイシンジッパー(S)変異体について、HISタグを有しない変異体を作製した(表4)。
顕著なことには、HISタグが欠失すると、F47において発現が増大した。さらに、F47の場合には、三量体含量がわずかに増大し、F24の場合には、発現レベルが中程度増大しただけであった。
次に、いくつかの別の三量体形成ドメインおよび短縮について、GSGSGループ安定化F変異体(F47)と組み合わせて試験した(表5を参照)。すべての変異体は、GSGSGループを有し、かつHISタグを含有する。
N末端ジッパードメインと三量体間ジスルフィド架橋を形成する可能性があるシステイン残基を有するC末端部分との両方を含有するマトリリン1ドメイン(Dames−SA et.al.,Nat.Struc.Biol.,5(8),1998)のみが、F47よりも高い発現レベルを可能にすることが見出された(表5、長いマトリリン)。さらに、長いマトリリン三量体形成モチーフを有する変異体は、三量体Fタンパク質を示す。しかしながら、この生成物は、融合前特異的Mab CR9501に結合せず、さらに、マトリリン1三量体形成ドメインを三量体天然Fタンパク質の産生に適さないようにする六量体の化学種を示した。マトリリンベースおよびGCN4IIベースのジッパーモチーフはいずれも、F47に比較して発現および安定性の増大を示さなかった(表5、短いマトリリン、最適化GCN4II)。再び、495での短縮により、発現レベルが高くなる。最適化トリガー配列を含有するGCN4モチーフを付加しても発現は示されなかった。
GCN4IIは、使用されてパラインフルエンザ5型の融合前三量体の安定化に成功した三量体形成ドメインであり(Yin et al.,Nature 439:38−44,2006)、RSV融合前Fを安定化するために他研究者により試みられてきた(例えば、国際公開第2010/149743号パンフレット、国際公開第2010/14975号パンフレット、国際公開第2009/079796号パンフレット、国際公開第2010/158613号パンフレットに開示のように)。GCN4II三量体形成ドメインを評価し、イソロイシンジッパー(S)ドメイン(配列番号3)またはフィブリチン(配列番号4)ドメインを含有するコンストラクトと比較した(結果を表6に示す)。また、これらの変異体について、別の改変、すなわち、単一リジンに基づく短いリンカーおよびL512K突然変異と比較した。すべての変異体はHISタグを含有した。
F1とF2との間の短い連結はGSGSGループに匹敵するように見える。GCN4IIモチーフを付加した場合、試験したコンストラクトのいずれにおいても(すなわち、国際公開第2010/149743号パンフレットまたは国際公開第2010/149745号パンフレットに記載のRSV A2 F配列、本発明により使用されたRSV A2 F配列、およびRSV B1 F配列のいずれについても)Fタンパク質の発現はまったく得られなかった。
これらの2つのタイプの改変の導入、すなわち、連結配列および異種三量体形成ドメインの導入は、安定な三量体融合前Fタンパク質の発現を可能にするのには十分ではないことが本発明により示された。安定化された、不安定性の2つの主要な領域、すなわち、上記のHRBおよび融合ペプチドは別として、融合前Fタンパク質の他の領域も、融合後Fへの劇的なリフォールディングに寄与および/または適応しており、配列中のより多くの位置を最適化して、融合前Fタンパク質のリフォールディングを止められる可能性がある。したがって、以下の実施例に記載のように、HRAおよびHRBドメイン、ならびに融合前F中でこれらの領域に接触するすべてのドメインの種々のアミノ酸残基を、融合前構造の安定性を増大させるために突然変異させた。
実施例2
安定な融合前RSV Fポリペプチドの調製−安定化突然変異
三量体含量(コンストラクトF47について)および保存安定性(コンストラクトF24について)が最適ではなかったので、発現レベル、安定性、および天然三量体構造を増大させるための点突然変異を含有するさらなる変異体を作製した。結果を表7および8に示す。
突然変異の名称は野生型配列(配列番号1)に基づいた。すべてのコンストラクトは、F47−:A2型、イソロイシンジッパー(S)モチーフ(配列番号3)、GSGSGリンカー;末端ポイント495、HISタグなしの変異体である(配列番号16)。表7に示すように、多くの突然変異がF47−の発現を増大させたが、変異体F47_S46Gのみが、高発現に加えてより高レベルの三量体を示した。
表8に、F24変異体の発現および安定性の結果を示す。すべての変異体はRSV A2型であり、フィブリチンモチーフ、GSGSGリンカー;末端ポイント513を有し、HISタグを有していなかった。
多くの突然変異により、A2_F24−の発現が増大した。ほとんどの突然変異について、F47−バックグラウンド(表7)とA2_F24−バックグラウンド(表8)の改善された発現間に明らかな相関があった。N67Iは、A2_F24−バックグラウンドのF発現に対して、より正の影響を及ぼした。発現の最も顕著な増大が、単一点突然変異:S46G、S215P、N67I、K80E、E92D、D486N、G184N、V185N、E487N、N175P、K209Q、E487I、E487Q、K77E、K201Q、N426S、およびK465Qで得られた。終了点安定性アッセイを用いる初期スクリーニングでは(実施例7)、最も高い発現を示す変異体は、保存においても最良の安定性を示した(E92D、K465Q、K465E、N426S、S46G、S215P、およびN67I)。これらの突然変異が実際に融合前コンフォメーションを安定化しているか否かを評価するために、培養上清を、定量的ウエスタンの結果に基づき5および10μg/mlに希釈し、4℃で33日目まで保存した。単一点突然変異体として、N67IおよびS215Pのみが、経時的に完全に安定であった(実施例9を参照)。
次いで、融合前コンフォメーションの高発現および良好な安定性を示すいくつかの突然変異を組み合わせて、安定化が相加的であるか、または相乗効果の可能性があるかを評価した(表9)。
すべての変異体は、F24−:A2型、フィブリチンモチーフ、GSGSGリンカー;末端ポイント513、すべてのMabに結合、HISタグなしの変異体である(配列番号19)。
前に同定された点突然変異を組み合わせる場合、最も効力のあるものとしてN67Iを含む組合せにより、特に発現レベルの点から極めて興味深い相乗効果を観察できる可能性がある。N67IおよびS215Pのいずれかが含まれる生成二重突然変異体はすべて、4℃で30日を超える保存後安定であった(実施例9)。顕著なことには、突然変異N67Iは、二重突然変異体に含まれた場合、融合前Fの発現レベルに対して最も強力な効果を示すことが見出された。次に、S215P突然変異との組合せは、妥当な発現をもたらした。N67IおよびS215Pの組合せは、極めて高い発現レベルをもたらし、また両方の点突然変異とも保存時安定であったので、この組合せを選択した。加えて、N67IおよびS215Pは両方とも、単一突然変異として不安定である突然変異体の一部を安定化する能力を有することが観察され、これらの2つの突然変異が見出される領域が、融合後コンフォメーションへの移行の間にタンパク質が受けるコンフォメーション変化にとって重要であることが示された。
したがって、本発明によれば、少なくとも一部の突然変異は、融合前RSVタンパク質の発現レベルの増大および安定性の増大をもたらすことが示された。これらの現象が連結されることが期待される。この実施例に記載の突然変異はすべて、融合前Fポリペプチドの生成を増大させた。これらのポリペプチドの選択によってのみ、長期保存時に安定性が維持された(実施例9を参照)。使用した安定性アッセイは、結合アッセイにおける、融合前Fタンパク質の上部にある融合前特異的CR9501エピトープの減少に基づいており、タンパク質全体の安定性に寄与するものすべてを測定するのに十分な感度はない可能性がある。したがって、発現の増大のみが観察される突然変異は、他の安定化突然変異と組み合わせて、高い安定性および高い発現レベルを有する融合前Fコンストラクトを得ることができる(極めて可能性の高い)有望な突然変異である。
次に、N67I−S215P二重突然変異が、単一突然変異のように、使用した基準に基づいて単一突然変異として不安定と考えられる点突然変異を安定化することができるか否かを確認した。追加の突然変異を、表8に記載の好ましい発現レベルおよび安定性に基づいて選択した。三重突然変異のRSV−F変異体を構築し、発現レベルおよび安定性について試験した(表10)。
さらに、発現レベルに対する相加効果が観察された。D479NおよびE487Rの三重突然変異体は、これらの単一突然変異体も、選択された突然変異のうちの最低レベルのものであったので(表8)、予想通り、いくぶん低いレベルで発現する。N67I+S215P突然変異の安定化効果のために、単一突然変異体としては不安定となる突然変異を追加しても、それらがA2_F24 N67I+S215Pバックグラウンドに加えられた場合には、安定な融合前F変異体が得られた。極めて例示的な例の一部として、単一突然変異体としては高発現を示すものの安定性が低いが、A2_F24 N67I+S215Pバックグラウンドに加えられた場合には、一層高い発現を示しかつ高度に安定である、V185N、G184N、またはE487N(表8)を追加された三重突然変異体がある。
安定化突然変異はまた、他の株に由来するRSV−Fタンパク質と共に、プロセシングされたF変異体のRSV−Fタンパク質も安定化する。
融合前コンフォメーションの高発現および良好な安定性を示すいくつかの突然変異を、他の株のRSV Fタンパク質(配列番号69および70)に適用し、またフューリン切断部位突然変異を含まないRSV A2 F変異体(F18:配列番号71)に適用して、この改変がRSV融合前Fを安定化するための汎用の解決策であるか否かを評価した(表11)。
前に同定された点突然変異をA2_F18(配列番号71)に導入した場合、安定性および発現レベルは、F1とF2との間に短いループを含有する単一鎖F24(配列番号21)変異体と比較すると、極めて類似していた。さらに、突然変異が、N67Iまたは二重突然変異N67I、S215Pを含有する変異体に追加された場合、より高い発現および安定性を示す相乗作用が観察された。二重点突然変異N67I、S215Pは、A2株の融合前Fを安定化するだけでなく、B1およびCL57−v224株の融合前も安定化する(表11)。
安定化突然変異はまた、完全長RSV−Fタンパク質を安定化する。
外部ドメインに対応するRSV−Fの可溶性バージョンにおいて融合前コンフォメーションの高発現および良好な安定性を示すいくつかの突然変異を、完全長RSV−Fタンパク質に適用した。これらの突然変異を、フューリン切断部位の突然変異を含むまたは含まない完全長RSV−Fに導入した。三量体形成ドメインはこれらの変異体に融合しなかった(表12)。
前に同定された安定化点突然変異はまた、完全長Fタンパク質でも安定化していた。発現レベルの増大は、それほど明白ではなかったが、同じ傾向を示した。これは、突然変異が導入されたバックグラウンドが異なることが原因である可能性があるが、定量化方法が異なること(FACS対ウエスタンブロット)および表面タンパク質の再利用により発現に生物学的最大値があることが原因である可能性もある。連結配列(または短いループ)の導入により、発現および安定性が増大し、また点突然変異によっても増大した。点突然変異は、短いループと相乗的ではないかまたはほとんど相乗的でなかった(可溶性タンパク質について見出されたことに類似(表9〜11))。
位置67の点突然変異が発現レベルおよび安定性に対してこのような正の効果を及ぼしたので、最適なものが選ばれているか否か、またはこれらの位置に改善の余地があるか否かを試験するために、この位置についてすべてのアミノ酸置換を試験した(表13)。
表13に示すように、位置67の主として疎水性残基、特にIle、Leu、およびMetは、発現および安定性を増大させることができた。Ileは、発現および安定性を最も増大させた残基である。残基GluおよびGln、最小残基Gly、ならびに正電荷残基ArgおよびLysは、融合前コンフォメーションに対して、位置67における最大の不安定化効果を示した。
本発明によれば、RSV Fタンパク質の融合前コンフォメーションを安定化するアミノ酸突然変異は、異なる様式でコンフォメーションを安定化する、異なるカテゴリに分類することができる。融合前F安定化のための戦略は、PIV5結晶構造(Yin et.al.,2006)および27ページのアライメントに基づくRSV−Fのホモロジーモデルに基づいている。
アミノ酸残基67および215:
位置67および215のアミノ酸残基は、融合前モデルおよび融合後結晶構造の両方の3D構造で極めて近接している。これらの残基は、ヒンジを形成するDIII領域の上部の保存的ジスルフィド架橋に近接しており、HRA領域は、このヒンジに沿って、細長く伸びたコイルドコイル伸長ヘリックス三量体にリフォールディングする。この領域の突然変異はヒンジ機能に影響を及ぼすことになり、したがって、導入された突然変異はヒンジ機能の妨害により融合前コンフォメーションを安定化する。
アミノ酸残基77、80
位置77および80のアミノ酸残基は、融合後コンフォメーションの長いコイルドコイル構造にリフォールディングする、F1のN末端にあるDIIIの二次構造のアンサンブルに密接している、F2のC末端の長いヘリックス(残基76〜98)内に位置している。これらの2つの領域は、融合前から融合後へのリフォールディング中に分離されなければならないので、この分離を妨げる、この領域のアミノ酸は融合前コンフォメーションを安定化するであろう。これらの2つの領域は、リフォールディング中に離れるべきであるので、残基の一部を最適化して相互作用を増強することができる。観察された斥力の一例として、正電荷のLys80との間がある。負電荷のGlu残基へのLys80の突然変異は、融合前Fの発現を増大させた。融合後コンフォメーションに連続的に移行するため、表10に示すように、これらの突然変異をN67IおよびS215Pのような他の安定化突然変異と組み合わせて、この安定化の有益性を十分に得ることができる。
アミノ酸残基92
位置92のアミノ酸残基もまた、融合後コンフォメーションの長いコイルドコイル構造にリフォールディングする、F1のN末端にあるDIIIの二次構造のアンサンブルに密接している、F2のC末端の長いヘリックス(残基76〜98)内に位置している。このヘリックスは、HRA領域から分離される場合、シナジス(Synagis)エピトープ(エピトープII)(Arbiza et al.,J.Gen.Virol.73:2225−2234,1992)を含有するDIII領域に引っ張られ、負電荷のGlu92が移動して、融合後コンフォメーションにおいて正電荷のArg282に近接する。この引っ張りを低減する突然変異は、融合前コンフォメーションを安定化することになる。Glu92の保存的Asp残基への突然変異は、AspがArg282に到達することができないので、この引っ張りを低減することになる。
アミノ酸残基486、487
融合前コンフォメーションにおいてHRBの上部にあるアミノ酸残基486、487、および489は、負電荷のパッチを形成する。Glu487のAsnまたはIleへの突然変異は、融合前F発現を増大させた。Asp486のAsnもしくはGlnへの突然変異および/またはGlu489のAsn、Ile、もしくはGlnへの突然変異には、同じ効果がある。融合後に連続的に移行するため、例えばD486Nについて表10に示すように、これらの突然変異をN67IおよびS215Pのような他の安定化突然変異と組み合わせて、この安定化の有益性を十分に得ることができる。
アミノ酸残基175、184、185
融合前から融合後コンフォメーションにリフォールディングするためには、残基175と193との間の領域は、ループ−βヘアピンからヘリックスに変換しなければならない。この領域は最も劇的な構造移行を示す。この領域の一部については、実際に最も高いαヘリックス予測がある。融合前モデルにおける実際のヘリックス構造を、灰色で強調して以下に示す。この領域全体は、融合後コンフォメーションにリフォールディングすると、1つの大きなヘリックスに変換される。下位配列では、Agadir(http://agadir.crg.es/)に基づいて最も高いヘリックス予測をされた残基を灰色で強調している。融合前コンフォメーションにおいてβ−ヘアピンに維持されているC末端部分(残基187〜202)がα−ヘリックスを形成する傾向が高いことが、この比較から明らかになる。
RSV−Fの残基150〜212の配列を上記に示す。2番目の行に、1番目の行の二次構造を、PIV−5の3Dホモロジーモデルに基づいて、h(ヘリックスの場合)およびs(ストランドの場合)によって示す。ヘリックスは灰色の陰影で強調される。最後の行は、配列のヘリックス傾向に基づいてヘリックスに灰色で陰影をつけた同じ配列である。
したがって、このターンを安定化し、ヘリックスへのリフォールディングを妨げるために、プロリンを位置175に導入したところ、単一突然変異として発現レベルが増大し、プロリンが融合前コンフォメーションを安定化し、タンパク質のより良好なプロセシングを可能にすることが示された。ヘアピンのターン(残基184および185)に関し、リフォールディングをしない安定なタンパク質に由来する構造的に相同なヘアピンについて、Brookhavenデータベースを検索した。高い構造相同性が、プロテインキナーゼA(pdbコード3FHI)のヘアピンループで発見された。下記に示すアライメントに従い、このターンを安定化し、それがリフォールディングすることを妨げるために、残基184Glyまたは185ValをAsnに置き換えた。
表10に示すように、これらの突然変異をN67IおよびS215Pのような他の安定化突然変異と組み合わせて、この安定化の有益性を十分に得ることができる。
アミノ酸残基421、426、および46
位置421および426のアミノ酸残基はDII領域のループにある。残基S46は、DIからDIIIに交差する鎖の上にある。位置426のアミノ酸残基をセリンに突然変異させ、位置46のアミノ酸残基をグリシンに突然変異させた。これらの突然変異により、安定性および融合前発現レベルが増大した。
アミノ酸残基465
アミノ酸残基Lys465は、大きなコンフォメーション変化を受ける別の領域に位置する。Lys465は、DII領域の上部をHRBに連結する交差ループに位置する。HRB領域が下部から上部に上昇し、HRAと複合体形成して、6ヘリックスバンドルを形成するので、交差ループも下部から上部に再配置される。したがって、DIIの分離および別の環境への移動を可能にするためには、このループは準安定でなければならない。交差ループのLys465は、DII領域のLys445に近接している。Lys465のGlnまたはGluへの突然変異は、斥力を中和し、安定性および融合前Fの発現レベルを増大させた。
実施例3
融合前Fタンパク質の発現
組換え融合前RSV Fタンパク質をコードする発現プラスミドを、部位特異的突然変異誘発およびPCRを含む、当技術分野内に広く知られる標準的方法により作製した。使用した発現プラットフォームは、293Freestyle細胞(Life Technologies,Renfreshire,UK)とした。製造業者の説明書に従い、293Fectin(Life Technologies)を用いて、細胞に一過性にトランスフェクトし、37℃および10%COで5日間、振盪インキュベーター中で培養した。培養上清を回収し、300gで5分間遠心して、細胞および細胞デブリを除去した。次いで、0.22umの真空フィルターを用いて、遠心上清を滅菌濾過し、使用するまで4℃に保存した。
実施例4
融合前RSV Fタンパク質の精製
組換えポリペプチドを、初期精製用の陽イオンイオン交換カラム、次いで残存する混入物を除去する洗練ステップ用のセファデックス200カラムを適用する2ステップ精製プロトコールによって精製した。初期イオン交換ステップのために、培養上清を2容量の50mM NaOAc、pH5.0で希釈し、5mlのHiTrap Capto Sカラムに毎分5mlで通した。次いで、カラムを、10カラム容量(CV)の20mM NaOAc、50mM NaCl、0.01%(v/v)tween20、pH5で洗浄し、2CVの20mM NaOAc、1M NaCl、0.01%(v/v)tween20、pH5で溶出した。スピン濃縮器を用いて溶出液を濃縮し、ランニング緩衝液として40mM Tris、500mM NaCl、0.01%(v/v)tween20、pH7.4を用い、セファデックス200カラムを使用してタンパク質をさらに精製した。図1Aに、ゲル濾過カラムからのクロマトグラムを示すが、主要ピークに融合前RSV Fタンパク質が含有される。このピークを含有する画分を再びプールし、OD280を用いてタンパク質濃度を測定し、使用するまで4℃に保存した。図1Bに、最終タンパク質調製物の還元SDS−PAGE分析を示すが、見てわかるように、純度は95%超であった。バンドの同一性はウエスタンブロッティングおよびタンパク質F特異的抗体を用いて確認した(図示せず)。
実施例5
NativePAGE
本発明による融合前Fポリペプチドの多量体状態の初期測定のために、一過性にトランスフェクトされた細胞からの培養上清を、NativePAGE Bis−Trisゲルシステム(Life Technologies)で分析した。次いで、ゲルを、製造業者の説明書に従い、iBlot技術(Life Technologies)を用いてブロットした。RSV Fタンパク質特異的抗体CR9503(下記の表17に示す配列)を、融合前RSV Fタンパク質の検出用一次プローブとして使用し、次いでHRPコンジュゲートマウス抗ヒトIgG(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)またはIRDye800CWコンジュゲート親和性精製抗ヒトIgG(ウサギ)(Rockland Immunochemicals,Gilbertsville,PA)を使用した。ブロットは、標準フィルム(Codak)またはOdyssey CLx赤外線イメージングシステムを用いて検出した。図2に、単量体F47−からの上清(レーン1)、融合後および主として三量体のRSV Fタンパク質(レーン2)、ならびに精製された融合前RSV Fタンパク質(レーン3)のNativePAGE分析を示すが、これから、精製後には、融合後三量体バンドと同様に泳動するため、三量体化学種のみが、融合前RSV Fタンパク質調製物中に存在することがわかる。これは、ゲル濾過カラムからの溶出容量によっても支持される(図1A)。
実施例6
定量的ウエスタンブロッティング
融合前RSV Fタンパク質コンストラクトの定量のために、定量的ウエスタンブロッティングを使用した。培養上清の稀釈液を、4〜12%(w/v)Bis‐Tris NuPAGEゲル(Life Technology)上で還元泳動し、iBlot技術(Life Technology)を用いてブロットした。ブロットをCR9503でプローブし(上記のように)、コンジュゲートマウス抗ヒトIgG(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)またはIRDye800CWコンジュゲート親和性精製抗ヒトIgG(ウサギ)(Rockland Immunochemicals,Gilbertsville,PA)で検出した。次いで、タンパク質量を、段階希釈した精製RSV標準タンパク質と、Odyssey CLx赤外線イメージングシステムまたは視覚によって評価した。図3で、全体的な発現レベルの点から、A2_F24(配列番号19)コンストラクトに相対的な効果を見ることができる。単一突然変異では、発現レベルは5倍まで増大することが示された。これらの突然変異の一部からなる二重突然変異体を作製すると、相乗効果が観察される場合があり、場合によっては、A2_F24の11倍までさらに増大した発現が観察された。
実施例7
終了点安定性アッセイ
本発明による発現ポリペプチドの融合前コンフォメーションの確認は、融合前特異的抗体CR9501またはCR9502またはモタビズマブの重鎖および軽鎖可変領域を含む非コンフォメーション特異的抗体CR9503を用い、BioLayer Interferometry(Octet)技術を使用して行った。標準プロトコールにより抗体をビオチン化し、ストレプトアビジンバイオセンサー(ForteBio,Portsmouth,UK)上に固定した。手順は以下のとおり。カイネティック緩衝液(ForteBio)中で60秒間、センサーを平衡化した後、Tipssを、5ug/mlの所望の抗体を含むPBSに移した。負荷を250秒間行った。次いで、カイネティック緩衝液中で200秒間のさらなる平衡化ステップを入れた。最後に、融合前RSV Fポリペプチドを含有する発現培養上清にTipssを移し、1200秒後に結合応答(nm)を記録した。この段階は結合段階とも呼ばれる。これを、回収直後(1日目)および5日後(5日目)に行い、CR9501結合の差を、融合前コンフォメーションを安定化することができる突然変異を同定するためのスクリーニングツールとして使用した。5日目に20%未満しか結合減少が観察されなかった場合、コンストラクトは安定であると考えられ、20%超の結合減少が観察された場合、不安定と考えられた。次いで、必要に応じて、よりストリンジェントな安定性試験を安定なコンストラクトに課すこともあった。データ解析は、ForteBioデータ解析6.4ソフトウェア(ForteBio)を用いて行った。
実施例8
熱安定性アッセイ
RSV Fポリペプチドに導入した形質の安定化能を、熱ストレスにより評価した。この目的のために、一過性にトランスフェクトされた細胞からの培養上清または精製されたタンパク質を一連の温度を用いて加熱した。次いで、さらなる熱誘導コンフォメーション変化を防止するために、試料を氷上で冷却し、実施例7に記載のように、octet技術プラットフォーム上でCR9501抗体を用いてプローブした。種々の温度での結合段階の終了時に得られた応答を、温度の関数としてプロットし、Prismソフトウェアを用いて、非線形回帰によりフィットさせた。これにより、抗体結合レベルが最大の50%である温度を評価し、この値を使用して、融合前熱安定性の点から、種々のコンストラクトを比較することができる。図4では、未改変外部ドメイン(配列番号13)とA2_F24 N67I+S215Pコンストラクト(配列番号21)が比較される。温度誘発ストレスの効果が、未改変外部ドメインに比較して、A2_F24 N67I+S215Pコンストラクト(配列番号21)に対して少ないことを観察することができる。したがって、本発明による、ポリペプチドに導入した安定化モチーフ、すなわち、三量体形成部位、F1−F2リンカー、および2つの点突然変異は、より安定な融合前Fタンパク質をもたらすと結論することができる。
実施例9
結合段階安定性アッセイ
種々の点突然変異の安定性を評価するために、前に記載した終了点安定性アッセイ(実施例7)の変法であるoctet結合アッセイを開発した。結合段階解析は、よりストリンジェントであり、かつ発現レベルバイアスを完全に防止するので、極めて高い発現レベルを示す一部の点突然変異体のために実行した。CR9501抗体をまた使用するが、結合段階の終了時の結合応答を選択する代わりに、終了点アッセイの濃度バイアスの可能性を低減するために結合曲線全体を使用した。これは、指示されたA2_F24点突然変異体を用い、実験の結合段階全体からのデータポイントを使用して行った。データはチップ上の結合抗体の量について補正した。測定は1、5、および33日目に行い、この3日の曲線の形状を比較した。同一の曲線が得られた場合、このコンストラクトは、安定であると考えられ、そうでなければ、不安定と考えられる。図5に、4つの異なる変異体の解析を見ることができる。不安定なタンパク質融合前コンストラクトは、CR9501結合の時間依存的な減少によって同定することができるが(A2_F24、K465Q、S46G)、安定な融合前コンストラクト(N67I)はそのような低下を示さなかった。突然変異E92Dは、曲線形状にほんのわずかな変化が観察されたので、中間の安定性を有する、この2つの間のグループに入ると考えられる。図6では、選択された点突然変異を組み合わせて、二重突然変異体を作製し、それらを解析した。見てわかるように、異なる突然変異は、安定性および安定性誘導の点から異なる表現型を示した。ポリペプチドが突然変異K465QまたはS46Gを単独でまたは組み合わせて含む場合、3つ、すなわち、2つの単一突然変異体および1つの二重突然変異体はすべて不安定であり、融合前特異的抗体結合は経時的に減少する。突然変異S46Gを、単一突然変異として中間の安定性を有することが前に示されたE92Dと組み合わせた場合、安定性の変化を観察することができなかったが、これは、E92D突然変異によって不安定なタンパク質コンストラクトを補正することができないことを示す。突然変異N67IをS46GまたはE92D突然変異と組み合わせた場合、結果は完全に安定なコンストラクトを示す。これはまた、S215P突然変異をE92D突然変異と組み合わせた場合にも観察することができ、不安定な融合前コンストラクトを安定化する、これらの2つの突然変異のユニークな能力が示された。
実施例10
定量的Octet
細胞培養上清中の融合前RSV Fタンパク質の濃度を測定するために、定量的Octetベースの方法を使用した。CR9501およびCR9503抗体を標準プロトコールによりビオチン化し、ストレプトアビジンバイオセンサー(ForteBio,Portsmouth,UK)上に固定した。その後、コーティングされたバイオセンサーをmock細胞培養上清でブロックした。定量的実験を以下のとおりに行った:温度30℃、振盪速度1000rpm、アッセイ時間300秒。標準曲線を用いて細胞培養上清中のタンパク質濃度を算出した。mock細胞培養上清で希釈したA2_F24_N67I+S215P(配列番号21)タンパク質を用いて、コーティング抗体それぞれについて標準曲線を作成した。測定は、上清回収日(1日目)および4℃で5日間以上の上清保存後に行った。CR9501で測定した濃度の差を、融合前コンフォメーションを安定化することができる突然変異を同定するためのスクリーニングツールとして使用した。5日目に20%未満しか測定濃度の減少が観察されなかった場合、コンストラクトは安定であると考えられた。データ解析は、ForteBioデータ解析6.4ソフトウェア(ForteBio)を用いて行った。
実施例11
FACS解析および熱安定性
組換え完全長融合前RSV Fタンパク質をコードする発現プラスミドを、部位特異的突然変異誘発およびPCRを含む、当技術分野内に広く知られる標準的方法により作製した。製造業者の説明書に従い、293Fectin(Life Technologies)を用いて、HEK293−T細胞に一過性にトランスフェクトし、37℃および10%COで48時間培養した。FACS緩衝液(FBS中5mM EDTA、1%FBS)を用いて、細胞培養ディッシュから細胞を剥離し、同じ緩衝液で洗浄し再懸濁した。ビオチン化されたCR9501またはCR9503抗体、次いでAPC標識ストレプトアビジンにより、表面RSV Fタンパク質に対して細胞を染色した。生細胞と死細胞を識別するために、ヨウ化プロピジウムを染色手順の終わりに細胞懸濁液に加えた。当業者に周知の標準的方法に従って、FACS Canto(BD Biosciences)上で細胞を解析した。データ解析は、FlowJo 9.0ソフトウェア(Tree Star Inc.)を用いて行った。平均蛍光強度(MFI)を、APC陽性生細胞の集団について算出した。
完全長膜結合型RSV Fに導入した形質の安定化能を、熱ストレスにより評価した。上記のように、トランスフェクション後48時間の細胞を細胞培養ディッシュから剥離し、細胞懸濁液を、一連の温度(37、46、55.3、60℃)を用いて5〜10分間加熱した。次いで、上記のように、細胞を染色してFASCにより解析した。APC陽性生細胞の集団について、MFIを算出した。APC陽性細胞のパーセントを生細胞集団について算出した。CR9503による染色により、温度上昇による熱ショックに曝された試料において、同様のMFIおよび%APC陽性細胞が得られた。CR9501による染色は、不安定タンパク質でトランスフェクトされた細胞試料において低下した。CR9501結合の減少から、細胞表面上の融合前RSV Fタンパク質の減少が示された。
実施例12
融合前F免疫原性の前臨床評価
安定化された融合前RSV F(A2F24、N67I、S215P)(配列番号21)の免疫原性を評価するために、0週目および4週目の初回免疫−追加免疫レジメンで、0.5または5ugを用い、表14に従ってマウスを免疫した。図7に示すように、融合前Fで免疫されたマウスは、融合後RSV Fで免疫されたマウスよりも高いVNA力価を示した。
次に、融合後または融合前コンフォメーションのRSV−Fの異なる2用量でコットンラットを免疫した(表15)。動物を0週目および4週目にi.m.で免疫した。図8に、チャレンジの日(7週目)の高い中和抗体価を示す。
チャレンジの5日後に、肺および鼻のウイルス負荷を測定した(図9を参照)。示すように、本発明による融合前Fポリペプチドは、肺、さらには鼻においてもウイルス負荷を低減する強力な防御免疫応答を誘導することができる。
融合前RSV Fコンストラクトのいくつかのアミノ酸配列を以下に示す。本明細書に記載する種々のコンストラクトのアミノ酸番号は、野生型配列(配列番号1)に基づいており、これは、融合前コンストラクトの位置108を含めて、位置1から108のすべてのアミノ酸が野生型配列のアミノ酸位置1〜108に対応するが、位置138から末端までのアミノ酸の番号は、22アミノ酸だけシフトしている、すなわち、野生型配列(配列番号1)におけるL138は、すべての融合前コンストラクトにおいてL116に対応することを意味することに留意されたい。これは融合前コンストラクトで欠失がなされたという事実による、すなわち、GSGSGリンカーの挿入、F1の実際の番号はコンストラクト間で同じではない。したがって、本発明による特定の突然変異に関して用いられる番号、例えばS215Pは、野生型配列のアミノ酸の位置を指す。

本発明は以下の態様を包含し得る。
[1] 組換え融合前呼吸器合胞体ウイルス(RSV)融合(F)ポリペプチドであって、融合前コンフォメーションFタンパク質に特異的な少なくとも1つのエピトープを含み、前記少なくとも1つのエピトープが、配列番号54の重鎖CDR1領域、配列番号55の重鎖CDR2領域、配列番号56の重鎖CDR3領域と、配列番号62の軽鎖CDR1領域、配列番号63の軽鎖CDR2領域、および配列番号64の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体、ならびに/または配列番号58の重鎖CDR1領域、配列番号59の重鎖CDR2領域、配列番号60の重鎖CDR3領域と、配列番号66の軽鎖CDR1領域、配列番号67の軽鎖CDR2領域、および配列番号68の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体により認識される、組換え融合前呼吸器合胞体ウイルス(RSV)融合(F)ポリペプチド。
[2] 前記ポリペプチドが三量体である、上記[1]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[3] 前記ポリペプチドが、位置67のアミノ酸残基の突然変異および/または位置215のアミノ酸残基の突然変異を含む、上記[1]または[2]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[4] 前記ポリペプチドが、F1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記F1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含む、上記[1]、[2]、または[3]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[5] 短縮されたF1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記F1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含み、ポリペプチドが、野生型RSV Fタンパク質のRSV F1および/またはF2ドメインに対して、F1および/またはF2ドメインに少なくとも1つの安定化突然変異を含み、前記少なくとも1つの安定化突然変異が、
(a)位置67のアミノ酸残基N/Tの突然変異、
(b)位置215のアミノ酸残基Sの突然変異
からなる群から選択される、上記[1]〜[4]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[6] 前記少なくとも1つの安定化突然変異が、
(a)位置67のアミノ酸残基N/TのIへの突然変異;および
(b)位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異
からなる群から選択される、上記[1]〜[5]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[7] 前記ポリペプチドが、前記短縮されたF1ドメインに連結された異種三量体形成ドメインを含む、上記[5]または[6]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[8] 前記ポリペプチドが少なくとも1つのさらなる突然変異を含み、前記突然変異が、
(a)位置46のアミノ酸残基の突然変異;
(b)位置77のアミノ酸残基の突然変異;
(c)位置80のアミノ酸残基の突然変異;
(d)位置92のアミノ酸残基の突然変異;
(e)位置175のアミノ酸残基の突然変異;
(f)位置184のアミノ酸残基の突然変異;
(g)位置185のアミノ酸残基の突然変異;
(h)位置201のアミノ酸残基の突然変異;
(i)位置209のアミノ酸残基の突然変異;
(j)位置421のアミノ酸残基の突然変異;
(k)位置426のアミノ酸残基の突然変異;
(l)位置465のアミノ酸残基の突然変異;
(m)位置486のアミノ酸残基の突然変異;
(n)位置487のアミノ酸残基の突然変異;および
(o)位置508のアミノ酸残基の突然変異
からなる群から選択される、上記[1]〜[7]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[9] 前記少なくとも1つのさらなる突然変異が、
(a)位置46のアミノ酸残基SのGへの突然変異;
(b)位置77のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(c)位置80のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(d)位置92のアミノ酸残基EのDへの突然変異;
(e)位置175のアミノ酸残基NのPへの突然変異;
(f)位置184のアミノ酸残基GのNへの突然変異;
(g)位置185のアミノ酸残基VのNへの突然変異;
(h)位置201のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(i)位置209のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(j)位置421のアミノ酸残基KのNへの突然変異;
(k)位置426のアミノ酸残基NのSへの突然変異;
(l)位置465のアミノ酸残基KのEまたはQへの突然変異;
(m)位置486のアミノ酸残基DのNへの突然変異;
(n)位置487のアミノ酸残基EのQ,N、またはIへの突然変異;および
(o)位置508のアミノ酸残基KのEへの突然変異
からなる群から選択される、上記[8]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[10] 前記ポリペプチドが少なくとも2つの突然変異を含む、上記[1]〜[9]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[11] 前記少なくとも2つの突然変異が、位置67のアミノ酸残基N/TのIへの突然変異および位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異を含む、上記[10]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[12] 前記ポリペプチドが、
(a)位置46のアミノ酸残基SのGへの突然変異;
(b)位置77のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(c)位置80のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
(d)位置92のアミノ酸残基EのDへの突然変異;
(e)位置175のアミノ酸残基NのPへの突然変異;
(f)位置184のアミノ酸残基GのNへの突然変異;
(g)位置185のアミノ酸残基VのNへの突然変異;
(h)位置201のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(i)位置209のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
(j)位置421のアミノ酸残基KのNへの突然変異;
(k)位置426のアミノ酸残基NのSへの突然変異;
(l)位置465のアミノ酸残基KのEまたはQへの突然変異;
(m)位置486のアミノ酸残基DのNへの突然変異;
(n)位置487のアミノ酸残基EのQ,N、またはIへの突然変異;および
(o)位置508のアミノ酸残基KのEへの突然変異
からなる群から選択される、少なくとも1つのさらなる突然変異を含む、上記[11]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[13] 前記異種三量体形成ドメインが、アミノ酸配列EKKIEAIEKKIEAIEKKIEA(配列番号3)を含む、上記[1]〜[12]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[14] 前記三量体形成ドメインが、前記RSV Fタンパク質のアミノ酸残基495に連結している、上記[13]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[15] 前記異種三量体形成ドメインが、アミノ酸配列GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL(配列番号4)を含む、上記[1]〜[14]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[16] 前記三量体形成ドメインが、前記RSV Fタンパク質のアミノ酸残基513に連結している、上記[15]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[17] 前記F1と前記F2ドメインとの間の前記リンカーが5アミノ酸残基を含む、上記[1]〜[16]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[18] 前記リンカーがアミノ酸配列GSGSG(配列番号5)を含む、上記[17]に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[19] 前記F1ドメインおよび/または前記F2ドメインがRSV A株由来である、上記[1]〜[18]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[20] 前記F1ドメインおよび/または前記F2ドメインがRSV B株由来である、上記[1]〜[19]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[21] 前記ポリペプチドが、55℃で、好ましくは58℃で、より好ましくは60℃で、少なくとも30分間安定である、上記[1]〜[20]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[22] 前記ポリペプチドが、4℃での保存後、少なくとも30日間、好ましくは少なくとも60日間、好ましくは少なくとも6ヶ月間、一層より好ましくは少なくとも1年間安定である、上記[1]〜[21]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[23] 前記ポリペプチドが、配列番号21〜配列番号52および71〜89からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、上記[1]〜[22]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[24] 前記ポリペプチドがHISタグを含まない、上記[1]〜[23]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
[25] 上記[1]〜[24]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子。
[26] 前記核酸分子が、哺乳動物細胞における発現用にコドン最適化されている、上記[25]に記載の核酸分子。
[27] 上記[25]または上記[26]に記載の核酸分子を含むベクター。
[28] 上記[1]〜[24]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、上記[25]もしくは上記[26]に記載の核酸分子、および/または上記[27]に記載のベクターを含む組成物。
[29] RSV Fタンパク質に対する免疫応答の誘導に使用するための、上記[1]〜[24]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、上記[25]もしくは上記[26]に記載の核酸分子、および/または上記[27]に記載のベクター。
[30] ワクチンとして使用するための、上記[1]〜[24]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、上記[25]もしくは上記[26]に記載の核酸分子、および/または上記[27]に記載のベクター。
[31] RSV感染の予防および/または処置に使用するための、上記[1]〜[24]のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、上記[25]もしくは上記[26]に記載の核酸分子、および/または上記[27]に記載のベクター。
[32] RSV Fポリペプチドの融合前コンフォメーションを安定化するための方法であって、野生型RSV F1および/またはF2ドメインに対して、RSV F1および/またはF2ドメインに1つまたは複数の突然変異を導入することを含み、前記1つまたは複数の突然変異が、
(e)HRAドメインがヒンジで動かないように固定する、保存的69−212ジスルフィド架橋に隣接した領域中の安定化変異であって、前記領域がアミノ酸残基66〜68および214〜216を含む安定化変異、
(f)前記F2ドメインのC末端にあるアミノ酸残基76〜98を含むヘリックスの突然変異;
(g)アミノ酸486、487を含むHRB基部領域の上部間の負電荷斥力を低減する突然変異;および
(h)HRA領域の安定化突然変異
からなる群から選択される方法。
[33] HRAヒンジ領域の前記突然変異が位置67にある、上記[32]に記載の方法。
[34] HRAヒンジ領域の前記突然変異が位置215にある、上記[32]または[33]に記載の方法。
[35] HRAヒンジ領域の前記突然変異が、位置66または68にあり、かつ/または位置214または216にある、上記[32]、[33]、または[34]に記載の方法。
[36] ヘリックスの前記突然変異が位置77にある、上記[32]に記載の方法。
[37] ヘリックスの前記突然変異が位置80にある、上記[32]に記載の方法。
[38] 位置77および/または80の前記アミノ酸残基が負荷電のアミノ酸に変更される、上記[36]または[37]に記載の方法。
[39] 前記突然変異が位置92にある、上記[32]〜[38]のいずれか一項に記載の方法。
[40] 前記突然変異が、アミノ酸486、487、489を含むHRB基部領域の上部間の負電荷斥力を低減する、上記[32]に記載の方法。
[41] 前記突然変異が位置489にある、上記[40]に記載の方法。
[42] 前記突然変異が位置486にある、上記[40]に記載の方法。
[43] 前記突然変異が、アミノ酸残基175〜193間のβターンを安定化する、上記[32]に記載の方法。
[44] 前記突然変異が、位置175でターンを安定化している、上記[43]に記載の方法。
[45] 前記突然変異が、位置184〜185でターンを安定化している、上記[43]に記載の方法。
[46] 上記[32]〜[45]のいずれか一項に記載の方法により得ることができる、安定化された融合前RSV Fポリペプチド。
配列
RSV Fタンパク質A2の完全長配列(配列番号1)

RSV Fタンパク質B1の完全長配列(配列番号2)

配列番号3

配列番号4

配列番号5

F8:RSV A2、野生型外部ドメイン(配列番号13)

F11:RSV B1、野生型外部ドメイン(配列番号14)

F47:RSV A2、リンカー安定化、IZ(S)(配列番号15)

F47−:RSV A2、リンカー安定化、IZ(S)(配列番号16)

F43:RSV B1、リンカー安定化、IZ(S)(配列番号17)

F24:RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号18)

A2_F24:RSV A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号19)

F24−:RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号20)

A2_F24 N67I+S215P:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号21)

F24−N67I+S215P:RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号22)

A2_F24 N67I+E92D:RSV A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号23)

F24− N67I+E92D RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号24)

A2_F24 N67I+K465Q RSV A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号25)

F24− N67I+K465Q RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号26)

A2_F24 N67I+S46G RSV A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号27)

F24− N67I+S46G RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号28)

A2_F24 E92D+S215P:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号29)

F24−E92D+S215P:RSV B1、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号30)

A2_F24 N67I+S215P+K508E:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号31)

A2_F24 N67I+S215P+E487I:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号32)

A2_F24 N67I+S215P+E487Q:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号33)

A2_F24 N67I+S215P+E487N:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号34)

A2_F24 N67I+S215P+D486N:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号35)

A2_F24 N67I+S215P+K465E:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号36)

A2_F24 N67I+S215P+K465Q:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号37)

A2_F24 N67I+S215P+N426S:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号38)

A2_F24 N67I+S215P+K421N:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号39)

A2_F24 N67I+S215P+K209Q:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号40)

A2_F24 N67I+S215P+K201Q:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号41)

A2_F24 N67I+S215P+V185N:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号42)

A2_F24 N67I+S215P+G184N:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号43)

A2_F24 N67I+S215P+N175P:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号44)

A2_F24 N67I+S215P+E92D:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号45)

A2_F24 N67I+S215P+K80E:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号46)

A2_F24 N67I+S215P+K77E:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号47)

A2_F24 N67I+S215P+S46G:A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号48)

A2_F24:RSV S46G A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号49)

A2_F24:RSV K465Q A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号50)

A2_F24:RSV N67I A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号51)

A2_F24:RSV E92D A2、リンカー安定化、フィブリチン(配列番号52)

RSV Fタンパク質CL57−v224完全長配列(配列番号69)

外部ドメイン、RSV CL57−v224(配列番号70)

PreF、RSV A2、フィブリチン(配列番号71)

PreF N67I S215P、RSV A2、フィブリチン(配列番号72)

PreF N67I S215P、RSV B1、フィブリチン(配列番号73)

RSV N67I S215P、RSV CL57−v224、フィブリチン(配列番号74)

PreFL N67I S215P、RSV B1、フィブリチン、ループ(配列番号22)

PreFL N67I S215P、RSV CL57−v224、フィブリチン、ループ(配列番号75)

PreF N67I S215P E487Q、RSV A2、フィブリチン(配列番号76)

PreF N67I S215P K201N、RSV A2、フィブリチン(配列番号77)

PreF N67I S215P E92D、RSV A2、フィブリチン(配列番号78)

PreF N67I S215P D486N、RSV A2、フィブリチン(配列番号79)

Fwt N67I S215P、膜結合型RSV F、A2、(配列番号80)

Fsl N67I S215P、膜結合型RSV F、A2、(配列番号81)

Fwt N67I S215P E92D、膜結合型RSV F、A2、(配列番号82)

Fsl N67I S215P E92D、膜結合型RSV F、A2、(配列番号83)

Fwt N67I S215P E487Q、膜結合型RSV F、A2、(配列番号84)

Fsl N67I S215P E487Q、膜結合型RSV F、A2、(配列番号85)

Fwt N67I S215P D486N、膜結合型RSV F、A2、(配列番号86)

Fsl N67I S215P D486N、膜結合型RSV F、A2、(配列番号87)

Fwt N67I S215P S46G、膜結合型RSV F、A2、(配列番号88)

Fsl N67I S215P S46G、膜結合型RSV F、A2、(配列番号89)

CR9501重鎖(配列番号53):

CR9501軽鎖(配列番号61):

CR9502重鎖(配列番号57):

CR9502軽鎖(配列番号65):

Claims (42)

  1. 融合前コンフォメーションで安定化する組換え呼吸器合胞体ウイルス(RSV)融合(F)ポリペプチドであって、融合前コンフォメーションFタンパク質に特異的な少なくとも1つのエピトープを含み、前記少なくとも1つのエピトープが、配列番号54の重鎖CDR1領域、配列番号55の重鎖CDR2領域、配列番号56の重鎖CDR3領域と、配列番号62の軽鎖CDR1領域、配列番号63の軽鎖CDR2領域、および配列番号64の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体、ならびに/または配列番号58の重鎖CDR1領域、配列番号59の重鎖CDR2領域、配列番号60の重鎖CDR3領域と、配列番号66の軽鎖CDR1領域、配列番号67の軽鎖CDR2領域、および配列番号68の軽鎖CDR3領域を含む融合前特異的モノクローナル抗体により認識され、
    前記ポリペプチドが、位置67のアミノ酸残基N/TのIへの突然変異、および/または位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異を含み、
    アミノ酸位置はA2株由来のRSV Fタンパク質の配列(配列番号1)を参照して付与される、
    融合前RSV Fポリペプチド。
  2. 前記ポリペプチドが三量体である、請求項1に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  3. 前記ポリペプチドが、F1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記F1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含む、請求項1または2に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  4. 短縮されたF1ドメインおよびF2ドメイン、ならびに前記F1ドメインを前記F2ドメインに連結する、1〜10アミノ酸残基を含む連結配列を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  5. 前記ポリペプチドが、前記短縮されたF1ドメインに連結された異種三量体形成ドメインを含む、請求項3または4に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  6. 前記ポリペプチドが少なくとも1つのさらなる突然変異を含み、前記突然変異が、
    (a)位置46のアミノ酸残基の突然変異;
    (b)位置77のアミノ酸残基の突然変異;
    (c)位置80のアミノ酸残基の突然変異;
    (d)位置92のアミノ酸残基の突然変異;
    (e)位置175のアミノ酸残基の突然変異;
    (f)位置184のアミノ酸残基の突然変異;
    (g)位置185のアミノ酸残基の突然変異;
    (h)位置201のアミノ酸残基の突然変異;
    (i)位置209のアミノ酸残基の突然変異;
    (j)位置421のアミノ酸残基の突然変異;
    (k)位置426のアミノ酸残基の突然変異;
    (l)位置465のアミノ酸残基の突然変異;
    (m)位置486のアミノ酸残基の突然変異;
    (n)位置487のアミノ酸残基の突然変異;および
    (o)位置508のアミノ酸残基の突然変異
    からなる群から選択される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  7. 前記少なくとも1つのさらなる突然変異が、
    (a)位置46のアミノ酸残基SのGへの突然変異;
    (b)位置77のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
    (c)位置80のアミノ酸残基KのEへの突然変異;
    (d)位置92のアミノ酸残基EのDへの突然変異;
    (e)位置175のアミノ酸残基NのPへの突然変異;
    (f)位置184のアミノ酸残基GのNへの突然変異;
    (g)位置185のアミノ酸残基VのNへの突然変異;
    (h)位置201のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
    (i)位置209のアミノ酸残基KのQへの突然変異;
    (j)位置421のアミノ酸残基KのNへの突然変異;
    (k)位置426のアミノ酸残基NのSへの突然変異;
    (l)位置465のアミノ酸残基KのEまたはQへの突然変異;
    (m)位置486のアミノ酸残基DのNへの突然変異;
    (n)位置487のアミノ酸残基EのQ,N、またはIへの突然変異;および
    (o)位置508のアミノ酸残基KのEへの突然変異
    からなる群から選択される、請求項6に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  8. 前記ポリペプチドが少なくとも2つの突然変異を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  9. 前記少なくとも2つの突然変異が、位置67のアミノ酸残基N/TのIへの突然変異および位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異を含む、請求項8に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  10. 前記異種三量体形成ドメインが、アミノ酸配列EKKIEAIEKKIEAIEKKIEA(配列番号3)を含む、請求項4〜9のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  11. 前記三量体形成ドメインが、前記RSV Fタンパク質のアミノ酸残基495に連結している、請求項10に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  12. 前記異種三量体形成ドメインが、アミノ酸配列GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL(配列番号4)を含む、請求項4〜9のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  13. 前記三量体形成ドメインが、前記RSV Fタンパク質のアミノ酸残基513に連結している、請求項12に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  14. 前記F1ドメインと前記F2ドメインとの間の前記リンカーが5アミノ酸残基を含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  15. 前記リンカーがアミノ酸配列GSGSG(配列番号5)を含む、請求項14に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  16. 前記F1ドメインおよび/または前記F2ドメインがRSV A株由来である、請求項1〜15のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  17. 前記F1ドメインおよび/または前記F2ドメインがRSV B株由来である、請求項1〜16のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  18. 前記ポリペプチドが、55℃で、好ましくは58℃で、より好ましくは60℃で、少なくとも30分間安定である、請求項1〜17のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  19. 前記ポリペプチドが、4℃での保存後、少なくとも30日間、好ましくは少なくとも60日間、好ましくは少なくとも6ヶ月間、一層より好ましくは少なくとも1年間安定である、請求項1〜18のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  20. 前記ポリペプチドが、配列番号21〜配列番号48、配列番号51および72〜89からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  21. 前記ポリペプチドがHISタグを含まない、請求項1〜20のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド。
  22. 請求項1〜21のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチドをコードする核酸分子。
  23. 前記核酸分子が、哺乳動物細胞における発現用にコドン最適化されている、請求項22に記載の核酸分子。
  24. 請求項22または請求項23に記載の核酸分子を含むベクター。
  25. 請求項1〜21のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、請求項22もしくは請求項23に記載の核酸分子、および/または請求項24に記載のベクターを含む組成物。
  26. RSV Fタンパク質に対する免疫応答の誘導に使用するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、請求項22もしくは請求項23に記載の核酸分子、および/または請求項24に記載のベクターを含む組成物。
  27. ワクチンとして使用するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、請求項22もしくは請求項23に記載の核酸分子、および/または請求項24に記載のベクターを含む組成物。
  28. RSV感染の予防および/または処置に使用するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の融合前RSV Fポリペプチド、請求項22もしくは請求項23に記載の核酸分子、および/または請求項24に記載のベクターを含む組成物。
  29. RSV Fポリペプチドの融合前コンフォメーションを安定化するための方法であって、野生型RSV F1および/またはF2ドメインに対して、RSV F1および/またはF2ドメインに1つまたは複数の突然変異を導入することを含み、前記1つまたは複数の突然変異が、
    位置67のアミノ酸残基N/TのIへの突然変異、および/または位置215のアミノ酸残基SのPへの突然変異を含み、
    アミノ酸位置はA2株由来のRSV Fタンパク質の配列(配列番号1)を参照して付与される、方法。
  30. 前記ポリペプチドが少なくとも1つのさらなる突然変異を含み、前記突然変異が、
    (a)HRAドメインがヒンジで動かないように固定する、保存的69−212ジスルフィド架橋に隣接した領域中の安定化突然変異であって、前記領域がアミノ酸残基66〜68および214〜216を含む安定化突然変異、
    (b)前記F2ドメインのC末端にあるアミノ酸残基76〜98を含むヘリックスの突然変異;
    (c)アミノ酸486、487を含むHRB基部領域の上部間の負電荷斥力を低減する突然変異;および
    (d)HRA領域の安定化突然変異
    からなる群から選択される、請求項29に記載の方法。
  31. HRAヒンジ領域の前記突然変異が、位置66または68にあり、かつ/または位置214または216にある、請求項30に記載の方法。
  32. ヘリックスの前記突然変異が位置77にある、請求項30に記載の方法。
  33. ヘリックスの前記突然変異が位置80にある、請求項30に記載の方法。
  34. 位置77および/または80の前記アミノ酸残基が負荷電のアミノ酸に変更される、請求項32または33に記載の方法。
  35. 前記突然変異が位置92にある、請求項30〜34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記突然変異が、アミノ酸486、487、489を含むHRB基部領域の上部間の負電荷斥力を低減する、請求項30に記載の方法。
  37. 前記突然変異が位置489にある、請求項36に記載の方法。
  38. 前記突然変異が位置486にある、請求項36に記載の方法。
  39. 前記突然変異が、アミノ酸残基175〜193間のβターンを安定化する、請求項30に記載の方法。
  40. 前記突然変異が、位置175でターンを安定化している、請求項39に記載の方法。
  41. 前記突然変異が、位置184〜185でターンを安定化している、請求項39に記載の方法。
  42. 請求項29〜41のいずれか一項に記載の方法により得ることができる、安定化された融合前RSV Fポリペプチド。
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