JP6219481B2 - L−リジン生産能を有する微生物を用いてl−リジンを生産する方法 - Google Patents

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Description

本発明は、開始コドンをATGに置換した変異型ポリヌクレオチド、それらを含むベク
ター、それらのポリヌクレオチドを含む微生物、及びそれを用いてL−リジンを生産する
方法に関する。
コリネバクテリウム(Corynebacterium)属微生物、特にコリネバクテリウムグルタミカ
ム(Corynebacterium glutamicum)は、L−リジン生産に多く用いられるグラム陽性の微生
物である。L−リジンは、動物飼料、人間の医薬品及び化粧品産業に使用されており、コ
リネバクテリウム属菌株を用いた発酵により生産されている。
従来、リジン生合成関連遺伝子が強化されたコリネバクテリウム属菌株及びそれを用い
たL−リジンの生産方法が周知である。例えば、特許文献1には、lysE遺伝子(リジ
ン排出キャリア遺伝子)が強化され、dapA遺伝子、lysC遺伝子、pyc遺伝子及
びdapB遺伝子からなる群から選択される遺伝子がさらに導入されたコリネバクテリウ
ムを培養してL−リジンを生産する方法が開示されている。
他の方法として、リジン生合成経路上の遺伝子を増幅する方法や、プロモーターを改変
する方法が用いられてきた。例えば、特許文献2と特許文献3では、それぞれddhとl
ysC−asdオペロンのプロモーターを改良し、コリネバクテリウムに導入してL−リ
ジンを生産する方法が開示されており、特許文献4では、リジン生合成経路遺伝子である
aspB、lysC、asd、dapA、dapB、lysA、pycを染色体内で2コ
ピーに増幅してリジン生産効率を向上させる方法が開示されている。
一方、一般に染色体内の遺伝子の翻訳(translation)時にリボソームが認識して翻訳を
開始する開始コドンはATGであり、遺伝子の開始コドンによって翻訳レベルが異なって
調節されうるので、開始コドンの塩基配列はタンパク質活性調節において重要である。し
かし、一般的な開始コドンであるATGとは異なり、コリネバクテリウムグルタミカム由
来リジンの生合成関連遺伝子のうち、lysCとpycの開始コドンがGTGであり、ペ
ントースリン酸経路上に存在するtktの開始コドンがTTGであることが確認された(
非特許文献1)。
米国特許第6746855号明細書 韓国公開特許第2009−0082702号公報 韓国公開特許第2009−0084099号公報 韓国公開特許第10−0924065号公報 韓国登録特許第10−0159812号公報 韓国登録特許第10−0397322号公報 韓国登録特許第10−0073610号公報
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本発明者らはリジン生産効率を向上させる方法を見出すために鋭意努力した結果、野生
型であるlysC、tkt及びpyc遺伝子の開始コドンをATGに置換することにより
、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ及びピルビン酸カルボキシラーゼの活性
を内在的活性より増加させることができることを確認し、本発明を完成するに至った。
本発明の目的は、アスパラギン酸キナーゼ(aspartate kinase; EC: 2.7.2.4; 以下、L
ysCともいう)、トランスケトラーゼ(transketolase; EC: 2.2.1.1; 以下、Tktとも
いう)、又はピルビン酸カルボキシラーゼ(pyruvate carboxylase; EC: 6.4.1.1; 以下、
Pycともいう)をコードするそれぞれのポリヌクレオチドの開始コドンをATGに置換
した変異型ポリヌクレオチドを提供することである。
本発明の他の目的は、ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナー
ゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリヌクレ
オチドの少なくとも1つの変異型ポリヌクレオチドを含むベクターを提供することである
さらに、本発明の他の目的は、前記酵素の少なくとも1つの酵素の活性が内在的活性よ
り増加した微生物を提供することである。
さらに、本発明の他の目的は、微生物を培養する工程と、培養した微生物又は培養培地
からL−リジンを回収する工程とを含む、L−リジンを生産する方法を提供することであ
る。
本発明によれば、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ、ピルビン酸カルボキ
シラーゼをコードする各遺伝子、又は様々な組み合わせを含む全遺伝子の開始コドンを置
換することにより、当該酵素の活性が天然微生物の内在的活性より増加し、L−リジンの
生産能が向上したコリネバクテリウム属微生物を提供することができる。
本発明の一態様は、アスパラギン酸キナーゼ(aspartate kinase; EC: 2.7.2.4; 以下、
LysCともいう)、トランスケトラーゼ(transketolase; EC: 2.2.1.1; 以下、Tktと
もいう)、又はピルビン酸カルボキシラーゼ(pyruvate carboxylase; EC: 6.4.1.1; 以下
、Pycともいう)をコードするそれぞれのポリヌクレオチドの開始コドンをATGに置
換した変異型ポリヌクレオチドを提供する。
前記アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼを
コードするそれぞれのポリヌクレオチドは、それぞれの酵素活性を有するものであれば、
一部のヌクレオチドが置換、欠失、挿入及び付加されたものも含まれ、70%以上、好ま
しくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ま
しくは100%の相同性を有する。
本発明における「相同性(homologous)」とは、野生型のlysC遺伝子、tkt遺伝子
及びpyc遺伝子と、それらに対応する変異型遺伝子であって、一部のヌクレオチドが置
換、欠失、挿入及び付加されたlysC遺伝子、tkt遺伝子及びpyc遺伝子との核酸
配列の同一性の程度を示すものである。
本発明における「開始コドン(initiation codon)」とは、mRNA(messenger RNA)の
コード配列がタンパク質に翻訳される際の翻訳開始点に該当する3つのヌクレオチドを意
味する。一般に微生物の染色体上で見られる開始コドンとしては、ATG(mRNA上で
はAUG)、GTG(mRNA上ではGUG)、及びTTG(mRNA上ではUUG)があり
、コリネバクテリウムグルタミカムの全ゲノム塩基配列の分析結果によれば、これらはそ
れぞれ62.5%〜66.5%、23.1%〜24.3%、及び10.3%〜13.2%
の割合で存在することが分かる(非特許文献2)。
さらに、現在までに報告されているコリネバクテリウム由来のリジン生合成関連遺伝子
のうちlysCとpycはGTGを開始コドンとして用い、tktはTTGを開始コドン
として用いる。すなわち、前記遺伝子はATGを開始コドンとして用いず、これはコリネ
バクテリウム固有の特徴とみなされる。
本発明による変異型ポリヌクレオチドは、前記lysC、tkt又はpyc遺伝子の開
始コドンがATGに置換されたことを特徴とし、この開始コドンが置換された変異型ポリ
ヌクレオチドは、本発明者らにより最初に見出されたものである。より具体的には、本発
明により前記アスパラギン酸キナーゼ(LysC)及びピルビン酸カルボキシラーゼ(Py
c)をコードするポリヌクレオチドの開始コドンはGTGからATGに置換され、前記ト
ランスケトラーゼ(Tkt)をコードするポリヌクレオチドの開始コドンはTTGからAT
Gに置換される。より好ましくは、前記lysC、tkt、pycの遺伝子配列がそれぞ
れ配列番号13、14、15である場合、開始コドンがATGに置換された遺伝子配列は
それぞれ配列番号16、17、18である。
開始コドンの塩基置換は、当業界で公知の任意の方法、例えば、部位特異的突然変異(s
ite-specific mutagenesis)、相同組換えにより行われるが、これらに限定されるもので
はない。
本発明の他の態様は、ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナー
ゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリヌクレ
オチドの少なくとも1つの変異型ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本発明のベクターに含まれるATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸
キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリ
ヌクレオチドは、それぞれの酵素活性を有するものであれば、遺伝子の一部のヌクレオチ
ドが置換、欠失、挿入及び付加されたものも含まれ、70%以上、好ましくは80%以上
、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ましくは100%の
相同性を有する。
また、本発明のベクターに含まれるATGに置換された開始コドンを有する、アスパラ
ギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異
型ポリヌクレオチドは、ATGに置換された開始コドンが含まれるものであれば、アスパ
ラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする遺
伝子の一部のみを含むものも含まれる。
本発明における「ベクター」とは、好適な宿主内で標的遺伝子を発現させることができ
るように、好適な調節配列に作動可能に連結された遺伝子の塩基配列を含有するDNA産
物を意味する。前記調節配列は、転写を開始しうるプロモーター、その転写を調節するた
めの任意のオペレーター配列、好適なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、並
びに転写及び翻訳の終結を調節する配列を含む。本発明において用いられるベクターは、
宿主内で複製可能なものであれば特に限定されるものではなく、当業界で公知の任意のベ
クターを用いることができる。例えば、プラスミド、ファージ粒子、又は単に潜在的ゲノ
ム挿入物であってもよく、好ましくは、pDZ(特許文献4)を用いることができるが、こ
れらに限定されるものではない。ベクターは好適な宿主内に形質転換された後、宿主ゲノ
ムに関係なく複製又は機能することができ、ゲノム自体に組み込まれてもよい。
具体的には、lysC、tkt又はpyc遺伝子のうち、開始コドン部位を含む塩基配
列(それぞれ配列番号13、14及び15)を確保し、それに基づいて開始コドンがATG
に置換されたプライマーを合成した。このプライマーを用いて、L−リジン生産菌株の染
色体DNAを鋳型としてPCRを行うことにより、一方の末端がATGに置換されたDN
Aが得られた。得られたDNA断片をベクターにクローニングすることにより、最終的に
組換えベクターが得られた。より具体的には、本発明において、それぞれベクターpDZ
−lysC(ATG)、pDZ−tkt(ATG)及びpDZ−pyc(ATG)を作製した。
本発明のさらに他の態様は、ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸
キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼからなる群から選択され
る少なくとも1つの酵素をコードする変異型ポリヌクレオチドを含み、これらから転写さ
れたmRNAのタンパク質への翻訳レベルが向上した結果として、前記酵素の少なくとも
1つの酵素の活性が内在的活性より増加した微生物を提供する。本発明の微生物は、AT
Gに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又は
ピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリヌクレオチドを用いて、それぞれ1
種、2種又は3種の組み合わせにより当該酵素の活性が増加した形態であってもよい。
微生物の染色体上で標的遺伝子の開始コドンをATGに置換するために、当業界で公知
の様々な方法を用いることができる。例えば、微生物に内在するlysC、tkt及びp
ycの開始コドン配列を染色体上に置換することができ、他の方法としては、開始コドン
配列が置換された当該遺伝子をプラスミドの形態で微生物内に導入することもできる。
前記微生物には、L−リジン生産能を有する微生物であればあらゆるものが含まれるが
、コリネバクテリウム属又はブレビバクテリウム属微生物であることが好ましく、例えば
前記コリネバクテリウム属又はブレビバクテリウム属微生物としては、コリネバクテリウ
ムグルタミカムATCC13032、コリネバクテリウムサーモアミノゲネス(Corynebac
terium thermoaminogenes)FERM BP−1539、ブレビバクテリウムフラバム(Brev
ibacterium flavum)ATCC14067、ブレビバクテリウムラクトファーメンタム(Bre
vibacterium lactofermentum)ATCC13869が挙げられる。また、これらから作製
されたL−リジン生産突然変異体又は菌株、例えば、コリネバクテリウムグルタミカムK
CCM11016P(前記微生物はKFCC10881で公開されたが、ブダペスト条約
上の国際寄託機関に再寄託されてKCCM11016Pの寄託番号が与えられた;特許文
献5,特許文献6)、コリネバクテリウムグルタミカムKFCC11001が含まれ、最
も好ましくは、受託番号KCCM11016Pのコリネバクテリウムグルタミカムである
具体的には、受託番号KCCM11016Pのコリネバクテリウムグルタミカムを、そ
れぞれATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケト
ラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードするポリヌクレオチドを含むベクターで
形質転換することにより組換えコリネバクテリウムグルタミカムが得られ、より具体的に
は、受託番号KCCM11016Pのコリネバクテリウムグルタミカムにそれぞれベクタ
ーpDZ−lysC(ATG)、pDZ−tkt(ATG)又はpDZ−pyc(ATG)を導
入することにより組換えコリネバクテリウムグルタミカムが得られた。
また、ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードするポリヌクレオチドの組み合わせにより2つ以上のポリヌクレオチドを含むベクターで形質転換してもよい。具体的には、ATGに置換された開始コドンを有するトランスケトラーゼをコードする遺伝子を含むベクターであるpDZ−tkt(ATG)ベクターを、lysCの開始コドンがGTGからATGに置換されたコリネバクテリウムグルタミカムKCCM11016P−lysCに形質転換し、2次交差過程を経ることによって、染色体上でlysCとtktの開始コドンがATGに置換されたコリネバクテリウムグルタミカムKCCM11016P−lysC−tktが得ることができた。また、ATGに置換された開始コドンを有するピルビン酸カルボキシラーゼをコードするポリヌクレオチドを含むベクターであるpDZ−pyc(ATG)ベクターを、lysCの開始コドンがGTGからATGに置換されたKCCM11016P−lysCに形質転換し、2次交差過程を経ることにより、染色体上でlysCとpycの開始コドンがATGに置換されたKCCM11016P−lysC−pycが得られた。また、pDZ−tkt(ATG)ベクターを、前記作製されたlysCとpycの開始コドンがGTGからATGに置換されたKCCM11016P−lysC−pycに形質転換し、2次交差過程を経ることにより、染色体上でlysC、pyc及びtktの開始コドンがATGに置換されたKCCM11016P−lysC−pyc−tktが得られた。同様に、KFCC10750(前記微生物はKFCC10750で公開されたが、ブダペスト条約上の国際寄託機関に再寄託されてKCCM11347Pの寄託番号が与えられた;特許文献7)、KCCM10770P(特許文献4)、CJ3P(非特許文献3)のコリネバクテリウムグルタミカム属に属する他のリジン生産菌株においても、同様の方法でlysC、pyc及びtktの開始コドンをATGに置換できることが確認された。これらの結果は、本発明の変異型ポリヌクレオチドが様々なコリネバクテリウム属菌株に安定して導入されてL−リジン生産量を増加させることができることを裏付けるものである。
特に、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ及びピルビン酸カルボキシラーゼ
をコードするポリヌクレオチドを含むベクターpDZ−lysC(ATG)、pDZ−tk
t(ATG)及びpDZ−pyc(ATG)をコリネバクテリウムグルタミカムKCCM11
016Pに導入して得た形質転換体KCCM11016P−lysC−pyc−tktを
コリネバクテリウムグルタミカムCA01−2059と命名し、2011年5月2日付け
でブダペスト条約上の国際寄託機関である韓国微生物保存センター(Korean Culture cent
er of Microorganisms, 以下、「KCCM」略称する)に受託番号KCCM11188P
として寄託した。すなわち、前記寄託は、ブダペスト条約に基づいて国際寄託機関に寄託
されたものである。
本発明による微生物は、前述したように野生型の開始コドンがそれぞれATGに置換さ
れたことを特徴とし、それによりlysC、tkt及びpyc遺伝子から転写された各m
RNAのタンパク質への翻訳レベルが大幅に増加した結果、アスパラギン酸キナーゼ、ト
ランスケトラーゼ及びピルビン酸カルボキシラーゼの酵素活性が野生型酵素の内在的活性
より増加したことを特徴とする。
本発明における「内在的活性」とは、微生物が天然状態で有する酵素の活性状態を意味
し、例えば、コリネバクテリウム属微生物が天然に有する、アスパラギン酸キナーゼ、ト
ランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼの酵素活性を意味する。「内在的活性
の増加」とは、天然状態の酵素活性に比べて活性がさらに向上したことを意味する。
具体的には、lysC遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌株が示すアスパラギ
ン酸キナーゼ酵素活性を親菌株であるKCCM11016Pと比較した結果、2.73倍
増加したアスパラギン酸キナーゼ活性を示すことが確認された(表4)。また、tkt遺伝
子の開始コドンがATGに置換された菌株が示すトランスケトラーゼ酵素活性を親菌株で
あるKCCM11016Pと比較した結果、3.5倍増加したトランスケトラーゼ活性を
示すことが確認された(表5)。また、pyc遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌
株が示すピルビン酸カルボキシラーゼ活性を親菌株であるKCCM11016Pと比較し
た結果、1.89倍増加したピルビン酸カルボキシラーゼ活性を示すことが確認された(
表6)。
アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ、ピルビン酸カルボキシラーゼ又はその
組み合わせの活性を増加させることにより、微生物のL−リジン生産性が向上する。
本発明において、具体的にL−リジン生産菌株であるコリネバクテリウムグルタミカム
KCCM11016P−lysC、KCCM11016P−tkt、KCCM11016
P−pyc、KCCM11016P−lysC−tkt、KCCM11016P−lys
C−pyc、KCCM11016P−lysC−pyc−tktから生産されたL−リジ
ン生産量を測定した結果、親菌株であるKCCM11016Pと比較して著しく向上した
L−リジン生産量を示すことが分かった(表7)。同様に、lysC、pyc及びtktの
開始コドンがATGに置換された、KFCC10750(特許文献7)、KCCM1077
0P(特許文献4)、CJ3P(非特許文献3)のコリネバクテリウムグルタミカム属に属す
る他のリジン生産菌株においても、親菌株と比較して著しく向上したL−リジン生産量を
示すことが分かった(表8〜10)。このような結果は、染色体上でATGに変異した開始
コドンを有するLysC、Tkt、Pycをコードする変異型ポリヌクレオチドをそれぞ
れ1種類ずつ保有する微生物、LysC及びTkt、LysC及びPyc、Tkt及びP
ycをコードする変異型ポリヌクレオチドをそれぞれ2種類ずつ保有する微生物、Lys
C、Tkt及びPycをコードする変異型ポリヌクレオチドを3種類全て保有する微生物
が野生型のGTG又はTTG開始コドンを有する微生物より著しく向上したL−リジン生
産効率を示すことを裏付けるものである。
本発明のさらに他の態様は、前述した微生物を培養する工程と、培養した微生物又は培
養培地からL−リジンを回収する工程とを含む、L−リジンを生産する方法を提供する。
前記培養は、微生物を用いてL−リジンを培養する当業界で周知の様々な方法を用いる
ことができる。前記培養は、周知の方法で行うことができ、培養温度、培養時間、培地の
pHなどの条件は適宜調節することができる。これら周知の培養方法は、非特許文献4及
び5に詳細に記述されている。また、培養方法にはバッチ培養(batch culture)、連続培
養(continuous culture)及び流加培養(fed-batch culture)が含まれ、好ましくは、バッ
チプロセス又は流加もしくは反復流加プロセス(fed batch or repeated fed batch proce
ss)で連続して培養することができるが 、これらに限定されるものではない。
培養に用いられる培地は、好適な方法で特定菌株の条件を満たさなければならない。コ
リネバクテリウム属微生物の培養培地は公知である(例えば、非特許文献6)。用いること
のできる糖源としては、グルコース、サッカロース、ラクトース、フルクトース、マルト
ース、デンプン、セルロースなどの糖及び炭水化物、大豆油、ヒマワリ油、ヒマシ油、コ
コナッツ油などの油脂、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸などの脂肪酸、グリセ
リン、エタノールなどのアルコール、酢酸などの有機酸が挙げられる。これらの物質は、
単独で用いることもでき、混合物として用いることもできる。用いることのできる窒素源
としては、ペプトン、酵母抽出物、肉汁、麦芽抽出物、トウモロコシ浸漬液、大豆ミール
及び尿素、又は無機化合物、例えば硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモ
ニウム、炭酸アンモニウム及び硝酸アンモニウムが挙げられる。窒素源は、単独で用いる
こともでき、混合物として用いることもできる。用いることのできるリン源としては、リ
ン酸二水素カリウム又はリン酸水素二カリウム、若しくはそれらに相当するナトリウム含
有塩が挙げられる。また、培養培地は、成長に必要な硫酸マグネシウム又は硫酸鉄などの
金属塩を含有しなければならない。前記物質以外にも、アミノ酸及びビタミンなどの必須
成長物質が含まれてもよい。また、培養培地に好適な前駆体が用いられてもよい。前述し
た原料は、培養過程において培養物に好適な方法でバッチ式又は連続的に添加されてもよ
い。
水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、アンモニアのような塩化合物、又はリン酸、硫酸
のような酸化合物を好適な方法で用いて培養物のpHを調節することができる。また、脂
肪酸ポリグリコールエステルなどの消泡剤を用いて気泡生成を抑制することができる。好
気状態を保持するために、培養物内に酸素又は酸素含有気体(例えば、空気)を注入する。
培養物の温度は、通常20℃〜45℃、好ましくは25℃〜40℃である。培養は、L−
リジンの所望の生成量が最大限に得られるまで続ける。このような目的で、通常10〜1
60時間で達成される。L−リジンは、培養培地中に排出されるか、微生物中に含まれて
いる場合もある。
また、本発明のL−リジンを生産する方法は、培養した微生物又は培養培地からL−リ
ジンを回収する工程を含む。微生物又は培養培地からL−リジンを回収する方法は当業界
で周知である。前記L−リジン回収方法には、濾過、陰イオン交換クロマトグラフィー、
結晶化及びHPLCなどを用いることができるが、これらに限定されるものではない。
発明を実施するための形態
以下、実施例を挙げて本発明をより詳細に説明する。しかし、これらの実施例は本発明
を例示的に示すものであり、本発明の範囲がこれらの実施例に限定されるものではない。
本実施例においては、リジン生産菌株のコリネバクテリウムグルタミカムKCCM11
016Pに由来するアスパラギン酸キナーゼの遺伝子lysC、トランスケトラーゼの遺
伝子tkt、及びピルビン酸カルボキシラーゼの遺伝子pycの開始コドンをGTG又は
TTGからATGに置換するための組換えベクターを作製した。前記ベクターをコリネバ
クテリウムグルタミカムKCCM11016P菌株に形質転換して染色体上の開始コドン
が置換された菌株を得ることにより、リジン生産効率が増加した菌株を作製した。
本発明において用いるコリネバクテリウムグルタミカムKCCM11016P菌株は、
コリネバクテリウムグルタミカム野生株(ATCC13032)を親菌株として人工変異法
により作製された、S−(2−アミノエチル)システイン(AEC)に対する耐性及びホモセリ
ン流出(homoserine leaky)の特徴を有する菌株である(KFCC10881で公開された
。特許文献5、6参照)。また、KFCC10750菌株は、人工変異法により作製され
たホモセリン栄養要求性と、L−ロイシン類似体である4−アザロイシン及び抗生剤の一
種であるリファンピシンに対する耐性とを有するコリネバクテリウムグルタミカムL−リ
ジン生産菌株であり(特許文献7)、KCCM10770P菌株は、リジン生合成経路構成
遺伝子のうち6種を染色体上に2コピーずつ保有する、KCCM11016P由来のL−
リジン生産菌株であり(特許文献4)、CJ3P菌株は、Binderらにより報告された
技術(非特許文献3)に基づいて、野生株のpyc、hom、lysC遺伝子3種にそれぞ
れP458S、V59A、T311I変異を導入してL−リジン生産能を付与したコリネ
バクテリウムグルタミカム菌株である。
実施例1:コリネバクテリウムグルタミカム由来lysCの開始コドンがATGに置換
された組換えベクター(pDZ−lysC(ATG))の作製、及び開始コドン置換菌株の作

組換えベクターは、pDZ(特許文献4参照)を基本ベクターとして用いた。作製過程は
次の通りである。
(1)pDZ−lysC(ATG)組換えベクターの作製
コリネバクテリウムグルタミカム由来lysC遺伝子を確保するために、人工変異法に
より作製されたリジン生産菌株(コリネバクテリウムグルタミカムKCCM11016P)
の染色体DNAを鋳型として用いた。米国国立保健研究所の遺伝子バンク(NIH GenBank)
に基づいてlysC遺伝子(NCBI登録番号NC_003450,Ncgl0247)の
開始コドン部位を含む塩基配列を確保し(配列番号13)、これに基づいて開始コドンをG
TGからATGに置換するための2対のプライマー(表1,配列番号1〜4)を合成した。
KCCM11016Pの染色体DNAを鋳型とし、下記表1のプライマーを用いてPC
Rを行った。ポリメラーゼにはPfuUltraTMハイファイDNAポリメラーゼ(Str
atagene社)を用いた。PCR条件は、96℃で30秒間の変性、55℃で30秒間のアニ
ーリング、及び72℃で30秒間の重合反応を30サイクル繰り返した。こうして得られ
た2つのDNA断片を、制限酵素XbaIで処理したpDZベクターにIn−Fusio
n PCR クローニングキット(Clontech社)でクローニングすることにより、最終的にp
DZ−lysC(ATG)組換えベクターを作製した。
(2)菌株の作製
作製したpDZ−lysC(ATG)ベクターをKCCM11016Pに電気パルス法で
形質転換し(非特許文献7による形質転換法を用いる)、その後カナマイシン25mg/L
を含有する選択培地で染色体上の同遺伝子との相同性に基づいて挿入された菌株を選択し
た。ベクターの染色体挿入が成功したか否かは、X−gal(5−ブロモ−4−クロロ−
3−インドリル−β−D−ガラクトシド)を含む固体培地で青色を示すか否かにより確認
することができる。染色体が1次挿入された菌株を栄養培地で振盪培養(30℃,8時間)
し、その後それぞれ10−4から10−10に希釈し、X−galを含む固体培地に塗抹
した。ほとんどのコロニーが青色を示すのに対して、低い割合で出現する白色のコロニー
を選択することにより、2次交差(crossover)によりlysCの開始コドン部位の塩基配
列が置換された菌株を選択した。選択した菌株の開始コドンの塩基置換が行われたか否か
は、配列番号1及び4のプライマーを用いてPCRを行い、その後標的部位の塩基配列分
析過程を経て最終確認した。
Figure 0006219481
実施例2:コリネバクテリウムグルタミカム由来tktの開始コドンがATGに置換さ
れた組換えベクター(pDZ−tkt(ATG))の作製、及び開始コドン置換菌株の作製
tkt遺伝子は配列上に開始コドンと予想される2つのコドンが存在するが、RBS(
リポゾーム結合部位)との距離プロテオミクス(proteomics)の結果とに基づいて、本発明
においては下流に存在するコドンを開始コドンとした。
(1)pDZ−tkt(ATG)組換えベクターの作製
コリネバクテリウムグルタミカム由来tkt遺伝子を確保するために、KCCM110
16Pの染色体DNAを鋳型として用いた。米国国立保健研究所のジェンバンク(NIH Gen
Bank)に基づいてtkt遺伝子(NCBI登録番号NC_003450,Ncgl1512
)の開始コドン部位を含む塩基配列を確保し(配列番号14)、これに基づいて開始コドン
をTTGからATGに置換するための2対のプライマー(表2,配列番号5〜8)を合成し
た。
KCCM11016Pの染色体DNAを鋳型とし、下記表2のプライマーを用いて実施
例1−1の条件でPCRを行った。こうして得られた2つのDNA断片を、制限酵素Xb
aIで処理したpDZベクターにIn−Fusion PCR クローニングキット(Clont
ech社)でクローニングすることにより、最終的にpDZ−tkt(ATG)組換えベクター
を作製した。
(2)菌株の作製
作製したpDZ−tkt(ATG)ベクターを実施例1−2と同じ過程でリジン生産菌株
KCCM11016Pに形質転換し、2次交差過程を経て染色体上でtktの開始コドン
がATGに置換されたKCCM11016P−tktを得た。遺伝子の開始コドンの塩基
置換が行われた否かは、配列番号5及び8のプライマーを用いてPCRを行い、その後標
的部位の塩基配列分析により最終確認した。
Figure 0006219481
実施例3:コリネバクテリウムグルタミカム由来pycの開始コドンがATGに置換さ
れた組換えベクター(pDZ−pyc(ATG))の作製、及び開始コドン置換菌株の作製
(1)pDZ−pyc(ATG)組換えベクターの作製
コリネバクテリウムグルタミカム由来pyc遺伝子を確保するために、KCCM110
16Pの染色体DNAを鋳型として用いた。米国国立保健研究所のジェンバンクに基づい
てpyc遺伝子(NCBI登録番号NC_003450,Ncgl0659)の開始コドン
部位を含む塩基配列を確保し(配列番号15)、これに基づいて開始コドンをGTGからA
TGに置換するための2対のプライマー(表3,配列番号9〜12)を合成した。
KCCM11016Pの染色体DNAを鋳型とし、下記表3のプライマーを用いて実施
例1−1の条件でPCRを行った。こうして得られた2つのDNA断片を、制限酵素Xb
aIで処理したpDZベクターにIn−Fusion PCR クローニングキット(Clont
ech社)でクローニングすることにより、最終的にpDZ−pyc(ATG)組換えベクター
を作製した。
(2)菌株の作製
作製したpDZ−pyc(ATG)ベクターを実施例1−2と同じ過程でリジン生産菌株
KCCM11016Pに形質転換し、2次交差過程を経て染色体上でpycの開始コドン
がATGに置換されたKCCM11016P−pycを得た。遺伝子の開始コドンの塩基
置換が行われたか否かは、配列番号9及び12のプライマーを用いてPCRを行い、その
後標的部位の塩基配列分析により最終確認した。
Figure 0006219481
実施例4:lysC遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌株におけるアスパラギ
ン酸キナーゼ酵素活性の測定
対数期の菌体を遠心分離(5,000rpm,15分)により回収し、0.1%Tris
.HCl(pH8.0)緩衝液で3回洗浄し、その後同緩衝液で610nmの濁度が160
程度になるように懸濁した。懸濁液1.5ml当たり1.25gのガラスビーズ(glass b
ead)を添加し、その後ビーズ式粉砕機(bead beater)を用いて6分間菌体を破砕した。遠
心分離(15,000rpm,20分)により上清を回収し、ブラッドフォード方法(非特
許文献8)によりタンパク質濃度を定量し、その後アスパラギン酸キナーゼ(LysC)酵
素活性の測定のための粗タンパク質溶液として用いた。LysC酵素活性の測定は、0.
1M Tris.HCl(pH8.0)、0.01M塩化マグネシウム(MgCl)、0.
6M塩酸ヒドロキシルアミン(Hydroxylamine.HCl)(pH7.0)、4mM ATP、0.2
Mアスパラギン酸塩(Aspartate)を含む反応液に0.05mlの粗タンパク質溶液を添加
することにより反応を開始した。30℃で30分間反応させ、その後停止液(stop soluti
on)(10%FeCl,3.3%TCA,0.7N HCl)を添加して反応を終了させ、
遠心分離により上清を回収し、540nmで吸光度を測定した。LysC酵素活性単位(
U)は、1分間に1mgのタンパク質を生成するアスパラギン酸塩ヒドロキサメートのn
moleと定義した。
KCCM11016P−lysC菌株が示すLysC活性を親菌株であるKCCM11
016Pと比較した結果、2.73倍増加したLysC活性を示すことが確認された(表
4)。
Figure 0006219481
実施例5:tkt遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌株におけるトランスケト
ラーゼ酵素活性の測定
対数期の菌体を遠心分離(5,000rpm,15分)により回収し、0.1%Tris
.HCl(pH7.5)緩衝液で3回洗浄し、その後同緩衝液で610nmの濁度が160
程度になるように懸濁した。懸濁液1.5ml当たり1.25gのガラスビーズを添加し
、その後ビーズ式粉砕機を用いて6分間菌体を破砕した。遠心分離(15,000rpm
,20分)により上清を回収し、ブラッドフォード方法によりタンパク質濃度を定量し、
その後トランスケトラーゼ(Tkt)酵素活性の測定のための粗タンパク質溶液として用い
た。Tkt酵素活性の測定は、1ml当たり0.1M Tris.HCl(pH7.5)、
10mM D−R5P、2mM D−Xu5P、10μM ThDP、1.2mM MgCl
、100μM NADH、1unitトリオースリン酸イソメラーゼ(triosephosphate
isomerase)、1unitグリセロール−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(glycerol-3-phosph
ate dehydrogenase)を含む反応液に粗タンパク質溶液を添加することにより反応を開始し
た。30℃で20〜30分間反応させ、340nmで吸光度を測定した。Tkt酵素活性
単位(U)は、1分間に1μmolのグリセルアルデヒド3−リン酸(glyceraldehyde 3-ph
osphate)の形成を促進する酵素の量(mg)と定義し、比活性度(specific activity)はu
nits/mgと定義した(非特許文献9)。
KCCM11016P−tkt菌株が示すTkt活性を親菌株であるKCCM1101
6Pと比較した結果、3.5倍増加したTkt活性を示すことが確認された(表5)。
Figure 0006219481
実施例6:pyc遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌株におけるピルビン酸カ
ルボキシラーゼ酵素活性の測定
対数期の菌体を遠心分離(5,000rpm,15分)により回収し、50mM塩化ナト
リウムを含む50mM Tris.HCl(pH6.3)緩衝液で2回洗浄し、その後20
%グリセリンを含む100mM HEPES(pH7.5)緩衝液で懸濁した。懸濁液にC
TABを0.3%となるように添加し、その後氷中に1分間放置した。菌体を遠心分離(
5,000rpm,10分)により回収し、その後100mM Tris.HCl(pH7
.3)緩衝液で懸濁した。ブラッドフォード方法によりタンパク質濃度を定量し、その後
ピルビン酸カルボキシラーゼ(Pyc)酵素活性の測定のための粗タンパク質溶液として用
いた。Pyc酵素活性の測定は、25mM NaHCO、5mM MgCl、3mMピ
ルビン酸塩、4mM ATPを含む反応液に粗タンパク質を添加することにより反応を開
始した。30℃で1.5分間反応させ、その後80μlの停止液(30% ο-リン酸)を添加
して反応を終了させ、遠心分離(12,000rpm,15分,4℃)により上清を回収し
た。1ml当たり50μlの上清、150mM Tris.HCl(pH7.8)、150
μM NADH、2.5U乳酸デヒドロゲナーゼ(lactate dehydrogenase)を添加し、その
後37℃、340nmで吸光度を測定した。Pyc酵素活性単位(U)は、1分間に1mg
のタンパク質を生成する乳酸塩のnmoleと定義した。
KCCM11016P−pyc菌株が示すPyc活性を親菌株であるKCCM1101
6Pと比較した結果、1.89倍増加したPyc活性を示すことが確認された(表6)。
Figure 0006219481
実施例7:KCCM11016P由来lysC、tkt、pyc遺伝子のうち組み合わ
せにより少なくとも2つの遺伝子の開始コドンがATGに置換された菌株の開発
組換えベクターは、実施例1、2、3で作製したpDZ−lysC(ATG)、pDZ−
tkt(ATG)、pDZ−pyc(ATG)を用いた。作製過程は次の通りである。
pDZ−tkt(ATG)ベクターを、実施例1で作製した、lysCの開始コドンがG
TGからATGに置換されたKCCM11016P−lysCに形質転換し、2次交差過
程を経て染色体上でlysCとtktの開始コドンがATGに置換されたKCCM110
16P−lysC−tktを得た。遺伝子の開始コドンの塩基置換が行われたか否かは、
配列番号5及び8のプライマーを用いてPCRを行い、その後標的部位の塩基配列分析に
より最終確認した。
実施例1と同じ過程でpDZ−pyc(ATG)ベクターを、実施例1で作製した、ly
sCの開始コドンがGTGからATGに置換されたKCCM11016P−lysCに形
質転換し、2次交差過程を経て染色体上でlysCとpycの開始コドンがATGに置換
されたKCCM11016P−lysC−pycを得た。遺伝子の開始コドンの塩基置換
が行われた否かは、配列番号9及び12のプライマーを用いてPCRを行い、その後標的
部位の塩基配列分析により最終確認した。
pDZ−tkt(ATG)ベクターを、本実施例で作製した、lysCとpycの開始コ
ドンがGTGからATGに置換されたKCCM11016P−lysC−pycに形質転
換し、2次交差過程を経て染色体上でlysC、pyc及びtktの開始コドンがATG
に置換されたKCCM11016P−lysC−pyc−tktを得た。遺伝子の開始コ
ドンの塩基置換が行われたか否かは、配列番号5及び8のプライマーを用いてPCRを行
い、その後標的部位の塩基配列分析により最終確認した。
前述した遺伝子の組み合わせは例示的に示すものであり、遺伝子の組み合わせの範囲が
これらに限定されるものではない。
実施例8:開始コドンATG置換菌株におけるリジンの生産
実施例1、2、3、7で最終的に作製したKCCM11016P−lysC、KCCM
11016P−tkt、KCCM11016P−pyc、KCCM11016P−lys
C−tkt、KCCM11016P−lysC−pyc、KCCM11016P−lys
C−pyc−tktをL−リジンの生産のために下記の方法で培養した。
下記の種培地25mlを含有する250mlのバッフル付三角フラスコに親菌株KCC
M11016P、KCCM11016P−lysC、KCCM11016P−tkt、K
CCM11016P−pyc、KCCM11016P−lysC−tkt、KCCM11
016P−lysC−pyc、KCCM11016P−lysC−pyc−tktを接種
し、30℃で20時間(200rpm)振盪培養した。下記の生産培地24mlを含有する
250mlのバッフル付三角フラスコに1mlの種培養液を接種し、30℃で120時間
(200rpm)振盪培養した。
培養終了後に、HPLCを用いた方法によりL−リジンの生産量を測定した。KCCM
11016P、KCCM11016P−lysC、KCCM11016P−tkt、KC
CM11016P−pyc、KCCM11016P−lysC−tkt、KCCM110
16P−lysC−pyc、KCCM11016P−lysC−pyc−tktに対する
培養液中のL−リジンの生産量の結果は下記表7の通りである。
Figure 0006219481
種培地(pH7.0)
原糖20g,ペプトン10g,酵母抽出物5g,尿素1.5g,KHPO 4g,
HPO 8g,MgSO7HO 0.5g,ビオチン100μg,チアミンHC
l 1000μg,パントテン酸カルシウム2000μg,ニコチンアミド2000μg(
蒸留水1リットル中)
生産培地(pH7.0)
ブドウ糖100g,(NH)SO 40g,大豆タンパク質2.5g,コーンステ
ィープソリッド(Corn Steep Solids)5g,尿素3g,KHPO 1g,MgSO
O 0.5g,ビオチン100μg,チアミン塩酸塩1000μg,パントテン酸カ
ルシウム2000μg,ニコチンアミド3000μg,CaCO 30g(蒸留水1リッ
トル中)
上記表7に示すように、開始コドンがATGに置換されたコリネバクテリウムグルタミ
カムKCCM11016P−lysC、KCCM11016P−tkt、KCCM110
16P−pyc、KCCM11016P−lysC−tkt、KCCM11016P−l
ysC−pycは、親菌株であるKCCM11016Pに比べて、L−リジン生産が4〜
9%増加したことが確認され、特に、3種の形質が全て導入されたKCCM11016P
−lysC−pyc−tktは、親菌株であるKCCM11016Pに比べて、L−リジ
ン生産が実に12%も増加したことが確認された。
実施例9:lysC、tkt、pyc遺伝子の開始コドンがATGに置換されたKFC
C10750由来菌株の開発、及びリジン生産能の比較
コリネバクテリウムグルタミカムに属する他のリジン生産菌株においても、lysC、
pyc、tkt遺伝子の開始コドンをATGに置換した場合にリジン生産能増加効果があ
るかを確認するために、L−リジン生産菌株であるコリネバクテリウムグルタミカムKF
CC10750(特許文献7)に、実施例8で最も優れたリジン生産能増加効果を示した3
種の形質を全て導入した組換え菌株を作製し、KFCC10750−lysC−pyc−
tktと命名した。実施例8と同様の方法で培養し、そのL−リジン濃度を分析した(表
8)。
Figure 0006219481
上記表8に示すように、3種の形質が全て導入されたコリネバクテリウムグルタミカム
KFCC10750−lysC−pyc−tktは、親菌株KFCC10750に比べて
、リジン生産が15%増加した。
実施例10:lysC、tkt、pyc遺伝子の開始コドンがATGに置換されたKC
CM10770P由来菌株の開発、及びリジン生産能の比較
他のL−リジン生産菌株であるコリネバクテリウムグルタミカムKCCM10770P
(特許文献4)に、実施例8で最も優れたリジン生産能増加効果を示した3種の形質を全て
導入した組換え菌株を作製し、KCCM10770P−lysC−pyc−tktと命名
した。実施例8と同様の方法で培養し、そのL−リジン濃度を分析した(表9)。
Figure 0006219481
上記表9に示すように、3種の形質が全て導入されたコリネバクテリウムグルタミカム
KCCM10770P−lysC−pyc−tktは、親菌株KCCM10770Pに比
べて、リジン生産が11%増加した。
実施例11:CJ3P由来lysC、tkt、pyc遺伝子の開始コドンがATGに置
換された菌株の開発、及びリジン生産能の比較
さらに他のL−リジン生産菌株であるコリネバクテリウムグルタミカムCJ3P(非特
許文献3)に、実施例8で最も優れたリジン生産能増加効果を示した3種の形質を全て導
入した組換え菌株を作製し、CJ3P−lysC−pyc−tktと命名した。実施例8
と同様の方法で培養し、そのL−リジン濃度を分析した(表10)。
Figure 0006219481
上記表10に示すように、3種の形質が全て導入されたコリネバクテリウムグルタミカムCJ3P−lysC−pyc−tktは、親菌株CJ3Pに比べて、リジン生産が18%以上増加した。

本発明は以下の態様を包含し得る。
[1] アスパラギン酸キナーゼ(LysC)、トランスケトラーゼ(Tkt)、又はピルビン酸カルボキシラーゼ(Pyc)をコードするそれぞれのポリヌクレオチドの開始コドンをATGに置換した変異型ポリヌクレオチド。
[2] 前記アスパラギン酸キナーゼ(LysC)又はピルビン酸カルボキシラーゼ(Pyc)をコードするポリヌクレオチドの開始コドンがGTGであり、前記トランスケトラーゼ(Tkt)をコードするポリヌクレオチドの開始コドンがTTGである上記[1]に記載の変異型ポリヌクレオチド。
[3] 前記変異型ポリヌクレオチドが、配列番号16、17又は18の塩基配列で表される上記[1]に記載の変異型ポリヌクレオチド。
[4] ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリヌクレオチドを少なくとも1つ含むベクター。
[5] ATGに置換された開始コドンを有する、アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ又はピルビン酸カルボキシラーゼをコードする変異型ポリヌクレオチドを少なくとも1つ含むことにより、前記酵素の少なくとも1つの酵素の活性が内在的活性より増加した微生物。
[6] 前記微生物が、上記[4]のベクターで形質転換された上記[5]に記載の微生物。
[7] 前記微生物が、コリネバクテリウム属微生物である上記[5]に記載の微生物。
[8] 前記コリネバクテリウム属微生物が、コリネバクテリウムグルタミカム(Corynebacterium glutamicum)である上記[7]に記載の微生物。
[9] 上記[5]〜[8]のいずれかによる微生物を培養する工程と、
前記培養した微生物又は培養培地からL−リジンを回収する工程とを含む、L−リジンを生産する方法。
Figure 0006219481
Figure 0006219481

Claims (4)

  1. アスパラギン酸キナーゼ、トランスケトラーゼ及びピルビン酸カルボキシラーゼからなる群より選択される2つの酵素活性が内在的活性より増加したリジン生産微生物であって、
    前記酵素をコードするポリヌクレオチドの開始コドンが、ATGに置換されており
    前記微生物が、コリネバクテリウムグルタミカム(Corynebacterium glutamicum)である、リジン生産微生物。
  2. 請求項1に記載の微生物を培養する工程と、
    前記培養した微生物又は培養培地からL−リジンを回収する工程とを含む、L−リジンを生産する方法。
  3. 前記アスパラギン酸キナーゼ(LysC)又はピルビン酸カルボキシラーゼ(Pyc)をコードするポリヌクレオチドの置換前の開始コドンがGTGであり、前記トランスケトラーゼ(Tkt)をコードするポリヌクレオチドの置換前の開始コドンがTTGである、請求項1に記載のリジン生産微生物。
  4. 前記置換ポリヌクレオチドが、配列番号16、17又は18の塩基配列で表される請求項1に記載のリジン生産微生物。
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