JP2020522510A - オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 Download PDF

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Abstract

とりわけ、本開示は、設計されたオリゴヌクレオチド、組成物、及びその方法を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを改善する。とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの構造的要素がオリゴヌクレオチドの特性及び活性(たとえば、RNA干渉(RNAi)活性、安定性、送達など)に顕著な影響を与え得るという認識を含むものであり、こうした構造的要素は、塩基配列、化学修飾(たとえば、糖の修飾、塩基の修飾、及び/またはヌクレオチド間結合の修飾)またはそのパターン、追加の化学的部分との複合体化、及び/または立体化学[たとえば、骨格キラル中心(キラルヌクレオチド間結合)の立体化学]、及び/またはそのパターンなどである。一部の実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を使用して疾患を治療するための方法を提供し、この治療では、当該オリゴヌクレオチド組成物が使用されることで、たとえば、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンが生じる。【選択図】図1A

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2017年6月2日に出願された米国仮特許出願第62/514,769号、2017年6月2日に出願された米国仮特許出願第62/514,771号、2018年4月12日に出願された米国仮特許出願第62/656,949号、2018年5月11日に出願された米国仮特許出願第62/670,686号、及び2018年5月11日に出願された米国仮特許出願第62/670,709号の優先権を主張し、それら各出願の全体は参照により本明細書に組み込まれる。
遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドは、さまざまな用途(たとえば、治療用途、診断用途、研究用途、及びナノ材料用途)において有用である。天然起源の核酸(たとえば、非修飾DNAまたは非修飾RNA)の用途は、たとえば、こうした天然起源の核酸がエンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼによる作用を受けやすいことによって限られたものとなり得る。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの構造的要素を制御することで、オリゴヌクレオチドの特性及び/または活性に顕著な影響を与え得るという認識を含むものであり、こうした構造的要素は、化学修飾(たとえば、糖の修飾、塩基の修飾、及び/またはヌクレオチド間結合の修飾)またはそのパターン、立体化学(たとえば、骨格のキラルヌクレオチド間結合の立体化学)の改変またはそのパターン、及び/または追加の化学的部分(たとえば、脂質部分、標的化部分、炭水化物部分、アシアロ糖タンパク質受容体またはASGPRに結合する部分(たとえば、GalNAc部分)など)との複合体化などである。一部の実施形態では、特性及び/または活性としては、限定されないが、遺伝子またはその遺伝子産物の発現、活性、またはレベルの減少への関与、誘導が挙げられ、こうした減少は、たとえば、RNA干渉(RNAi干渉)、一本鎖RNA干渉(ssRNAi)、RNaseH介在性ノックダウン、翻訳の立体障害などによって媒介される。
一部の実施形態では、本開示は、構造的要素が制御されたオリゴヌクレオチド(及び具体的には、一本鎖オリゴヌクレオチド)を含む組成物から、予想外の特性及び/または活性が得られることを示す。
一部の実施形態では、本開示は、立体化学(具体的には、骨格キラル中心の立体化学)がオリゴヌクレオチドの特性を予想外に改善し得るという認識を含む。安定性を増加させる構造的要素のいくつかは、活性(たとえば、RNA干渉)の低下もさせ得るということがこれまでは多く観察されたのとは対照的に、本開示は、立体化学を制御することで、驚くべきことに、活性を顕著に減少させることなく、安定性が増加し得ることを示す。
一部の実施形態では、本開示は、安定性が改善したオリゴヌクレオチドの組成物を含めて、活性を維持または増加させつつオリゴヌクレオチドの安定性を改善するための技術(たとえば、化合物、方法など)を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ある特定の5’末端構造を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
とりわけ、本開示は、そのようなオリゴヌクレオチドが所望の特性を有し得ることを示す。
一部の実施形態では、本開示は、本開示に従って使用すると高い生物学的活性(たとえば、RNAi活性)を有するオリゴヌクレオチドが生成し得る5’末端構造を提供する。
多くの場合、RNAi活性には5’リン酸(または修飾リン酸)部分の存在が必要であることが文献によって報告されているが、一部の実施形態では、本開示は、驚くべきことに、非修飾5’末端を有する(すなわち、5’−OHを有する)オリゴヌクレオチドが、5’リン酸(または修飾リン酸)部分を含む以外は同一のオリゴヌクレオチドに匹敵するのRNAi活性を達成できることを示す。したがって、とりわけ、本開示は、一部の実施形態では、配列がRNAi標的部位に指向化されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該オリゴヌクレオチドは、RNAi活性に有用な(または有害ではない)他の構造的特徴(本明細書に記載され、及び/または当該技術分野においてその他に知られるもの)を1つ以上含み得、当該オリゴヌクレオチドは、5’−OH部分を有する。
一部の実施形態では、本開示は、さまざまな追加の化学的部分(脂質部分及び/または炭水化物部分など)が、オリゴヌクレオチドに組み込まれると、1つ以上のオリゴヌクレオチド特性(標的遺伝子またはその遺伝子産物のノックダウンなど)を改善し得るという認識を含む。一部の実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つより多いの追加の化学的部分を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つ以上の追加の化学的部分を含み得、追加の化学的部分は、同一のものであるか、もしくは異なるものであるか、または同じカテゴリー(たとえば、標的化部分、炭水化物部分、ASPGRに結合する部分、脂質部分など)のものであるか、もしくは異なるカテゴリーのものである。一部の実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、所望の細胞、組織、及び/または臓器へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。一部の実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの内部移行を促進し、及び/またはオリゴヌクレオチドの安定性を増加させる。
一部の実施形態では、本開示は、さまざまな追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、たとえば、核酸塩基を介して追加の化学的部分を(たとえば、核酸塩基上の部位への(任意でリンカーを介する)共有結合によって)導入するための試薬及び方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の特徴を1つ以上含む構造を有するオリゴヌクレオチドを用いると、驚くほど高い標的特異性を達成できることを示す。
一部の実施形態では、本開示は、アレル特異的な抑制を達成する技術(たとえば、オリゴヌクレオチド組成物及びその方法)を提供し、特定の標的遺伝子の1つのアレルに由来する転写産物が、同じ遺伝子の少なくとも1つの他のアレルと比較して選択的にノックダウンされる。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドに組み込むことができ、その1つ以上の特性を(たとえば、関連する技術または特徴を欠く以外は同一のオリゴヌクレオチドと比較して)付与または調整できる構造的要素、技術、及び/または特徴を提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供される技術及び/または特徴の1つ以上を、さまざまな配列のオリゴヌクレオチド(複数可)に有用に組み込めることを記載する。
一部の実施形態では、本開示は、RNAi機序に関与し、及び/またはRNAi機序を誘導するオリゴヌクレオチド(たとえば、RNAi剤)のために、ある特定の提供される構造的要素、技術、及び/または特徴が特に有用であることを示す。しかしながら、いずれにせよ、本開示の教示内容は、いずれかの特定の機序に関与するオリゴヌクレオチド、またはいずれかの特定の機序を介して機能するオリゴヌクレオチドに限定されるものではない。一部の実施形態では、本開示は、任意の目的に有用な任意のオリゴヌクレオチドに関するものであり、こうしたオリゴヌクレオチドは、任意の機序を介して機能し、本明細書に記載の任意の配列、構造、もしくは形式(またはその一部)を含む。一部の実施形態では、本開示は、任意の目的に有用なオリゴヌクレオチドを提供し、こうしたオリゴヌクレオチドは、任意の機序を介して機能し、本明細書に記載の任意の配列、構造、もしくは形式(またはその一部)を含み、こうした配列、構造、もしくは形式(またはその一部)としては、限定されないが、任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域(限定されないが、シード領域が挙げられる)、第2の領域(限定されないが、ポストシード領域が挙げられる)、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物部分、APGRと結合する部分、及び脂質部分が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合パターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンが挙げられる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNAi機序に関与(例えばRNAi機序を誘導)し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH(リボヌクレアーゼH)機序に関与し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、翻訳阻害剤として作用し得る(たとえば、翻訳を立体的に遮断し得る)。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、エクソンスキップ機序に関与し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アプタマーであり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、タンパク質、低分子、核酸、または細胞に結合し、その機能を阻害し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、細胞における二本鎖核酸との三重らせんの形成に関与し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ゲノム(たとえば、染色体)核酸に結合し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ゲノム(たとえば、染色体)核酸に結合し、それによって(たとえば、転写、転写増進、修飾などを阻止または低減することによって)核酸の発現を阻止または低減し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、DNA四重鎖に結合し得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫調節性であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫刺激性であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫刺激性であり得、CpG配列を含み得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫刺激性であり得、CpG配列を含み得、アジュバントとして有用であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫刺激性であり得、CpG配列を含み得、疾患(たとえば、感染性疾患またはがん)の治療におけるアジュバントとして有用であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、治療的なものであり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、非治療的なものであり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、治療的または非治療的なものであり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、治療用途、診断用途、研究用途、及び/またはナノ材料用途において有用である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、実験的な目的に有用であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、マイクロアレイなどにおいて(たとえば、プローブとして)実験的な目的に有用であり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、複数の生物学的機序に関与し得、ある特定のそのような実施形態では、たとえば、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNAi機序及びRNaseH機序の両方に関与し得る。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的(たとえば、標的配列、標的RNA、標的mRNA、標的mRNA前駆体(pre−mRNA)、標的遺伝子など)に指向化される。標的遺伝子は、1つ以上の遺伝子産物(たとえば、RNA及び/またはタンパク質産物)の発現及び/または活性の改変が意図される遺伝子である。多くの実施形態では、標的遺伝子は、阻害が意図される。したがって、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドが特定の標的遺伝子に作用する場合、当該オリゴヌクレオチドが存在すると、それが存在しないときと比較してその遺伝子の1つ以上の遺伝子産物の存在及び/または活性が改変される。
一部の実施形態では、標的は、1つ以上の産物(たとえば、RNA及び/またはタンパク質産物)の発現及び/または活性の改変が意図される特定のアレルである。多くの実施形態では、標的アレルは、存在及び/または発現が1つ以上の疾患及び/または状態の存在、発症、及び/または重篤度と関連(たとえば、相関)するものである。あるいは、またはさらに、一部の実施形態では、標的アレルは、1つ以上の遺伝子産物のレベル及び/または活性の改変が疾患及び/または状態の1つ以上の側面の改善(たとえば、発症の遅延、重篤度の低減、他の治療に対する応答性など)と相関するものである。
一部の実施形態では、特定のアレル(疾患関連アレル)の存在及び/または活性が1つ以上の障害、疾患、及び/または状態の存在、発症、及び/または重篤度と関連(たとえば、相関)する場合、同じ遺伝子の異なるアレルが存在し、こうした異なるアレルは、そのように関連することがないか、または関連するにしてもその程度が低い(たとえば、示す相関の有意性が低いか、または示す相関が統計的に有意ではない)。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド及びその方法は、関連性が低い/関連性のない1つ以上のアレル(複数可)と比較して、関連するアレルを優先的または特異的に標的とし、それによってアレル特異的な抑制を媒介し得る。
一部の実施形態では、標的配列は、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドが結合する配列である。多くの実施形態では、標的配列は、提供されるオリゴヌクレオチドの配列もしくはそこに存在する連続残基の配列と同一であるか、またはその正確な相補体である(たとえば、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的配列と同一の標的結合配列、または標的配列の正確な相補体である標的結合配列を含む)。一部の実施形態では、標的結合配列は、転写産物(たとえば、mRNA前駆体(pre−mRNA)、mRNAなど)の標的配列の正確な相補体である。標的結合配列/標的配列は、所望の活性及び/または特性を有する、提供されるオリゴヌクレオチドに対してさまざまな長さのものであり得る。一部の実施形態では、標的結合配列/標的配列は、5〜50個(たとえば、10〜40個、15〜30個、15〜25個、16〜25個、17〜25個、18〜25個、19〜25個、20〜25個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、または26個以上)の塩基を含む。一部の実施形態では、限定されないが、標的配列及び/またはオリゴヌクレオチド配列の5’末端領域及び/または3’末端領域を含めて、オリゴヌクレオチド(の関連部分)とその標的配列との間の少数の差異/ミスマッチは許容される。多くの実施形態では、標的配列は、標的遺伝子内に存在する。多くの実施形態では、標的配列は、標的遺伝子から産生する転写産物(たとえば、mRNA及び/またはmRNA前駆体(pre−mRNA))内に存在する。
一部の実施形態では、標的配列は、1つ以上のアレル部位(すなわち、標的遺伝子内でアレル変異が生じる位置)を含む。一部の実施形態では、アレル部位は、変異である。一部の実施形態では、アレル部位は、SNPである。一部のそのような実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の他のアレルと比較して優先的または特異的に1つのアレルに結合する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、疾患関連アレルに優先的に結合する。たとえば、一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド(またはその標的結合配列部分)は、特定のアレルバージョンの標的配列と完全もしくは少なくとも部分的に同一の配列を有するか、または特定のアレルバージョンの標的配列の正確な相補体である配列を有する。
一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド(またはその標的結合配列部分)は、アレル部位または疾患関連アレルのアレル部位を含む標的配列と同一の配列を有するか、または当該標的配列の正確な相補体である配列を有する。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、アレル(多くの実施形態では、疾患関連アレル)の転写産物のアレル部位を含む標的配列の正確な相補体である標的結合配列を有し、アレル部位は、変異である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、アレル(多くの実施形態では、疾患関連アレル)の転写産物のアレル部位を含む標的配列の正確な相補体である標的結合配列を有し、アレル部位は、SNPである。一部の実施形態では、配列は、本明細書に開示の任意の配列である。
別段の指定がない限り、配列(限定されないが、塩基配列、ならびに化学パターン、修飾パターン、及び/または立体化学パターンを含む)はすべて、5’から3’の順序で示される。
一部の実施形態では、本開示は、標的に特異的であり、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの任意の形式、構造的要素、または塩基配列を有するオリゴヌクレオチドと関連する組成物及び方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、標的に特異的なオリゴヌクレオチドであって、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列、または本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15個の連続ヌクレオチドの領域、を有するか、または含むオリゴヌクレオチドと関連する組成物及び方法を提供し、当該塩基配列の第1のヌクレオチドまたは当該少なくとも15個の連続ヌクレオチドの第1のヌクレオチドは、TまたはDNA Tによって任意で置換され得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ssRNAiを誘導する能力を有する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤によって誘導されるRNA干渉のための組成物及び方法を提供する。一部の実施形態では、そのような組成物のオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの形式、構造的要素、または塩基配列を有し得る。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド(たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチド)によって誘導される標的遺伝子RNAのRNaseH介在性ノックダウンのための組成物及び方法を提供する。
提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの任意の形式、構造的要素、または塩基配列を有し得る。一部の実施形態では、構造的要素は、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップ、またはこれらの構造のいずれかの任意の部分、GC含量、長いGC区間、及び/または上記のもののいずれかの、任意の修飾、化学、立体化学、修飾パターン、化学パターン、または立体化学パターン、または化学的部分(たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分、炭水化物部分などが挙げられる)、任意の構成要素、または任意の組み合わせである。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物及び使用方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、標的遺伝子RNAのRNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導することができるオリゴヌクレオチドの組成物及び使用方法を提供する。一部の実施形態では、そのような組成物のオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの形式、構造的要素、または塩基配列を有し得る。
一部の実施形態では、特定の事象または活性を誘導するオリゴヌクレオチドは、特定の事象または活性に関与し、たとえば、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現、レベル、または活性の低減に関与する。一部の実施形態では、事象または活性が生じ得る系におけるオリゴヌクレオチドの存在が、事象また活性の検出可能な発生、頻度、強度、及び/またはレベルの増加と相関するとき、オリゴヌクレオチドは、特定の事象または活性を「誘導する」と見なされる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドの任意の1つ以上の構造的要素を含み、たとえば、塩基配列(またはその少なくとも15個の連続塩基部分)、ヌクレオチド間結合(またはその少なくとも5つの連続ヌクレオチド間結合部分)のパターン、ヌクレオチド間結合(またはその少なくとも5つの連続ヌクレオチド間結合部分)の立体化学パターン、5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップであり得る)、ならびに任意選択の追加の化学的部分を含み、一部の実施形態では、少なくとも1つの構造的要素は、キラル制御されたキラル中心を含む。一部の実施形態では、3’末端ジヌクレオチドが含むヌクレオチドの総数は、2であり得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非限定的な例として、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、脂質部分、及び本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の他の化学的部分、から選択される化学的部分をさらに含む。一部の実施形態では、APGRと結合する部分は、GalNAc部分、あるいは本明細書に記載され、及び/または当該技術分野において知られるそのバリアント、誘導体、または修飾バージョンである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、第1の領域は、シード領域である。一部の実施形態では、第2の領域は、ポストシード領域である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の一本鎖RNAi剤の任意の1つ以上の構造的要素を含み、たとえば、5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域(シード領域と3’末端領域との間の領域)、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップであり得る)、ならびに任意選択の追加の化学的部分を含み、一部の実施形態では、少なくとも1つの構造的要素は、キラル制御されたキラル中心を含む。一部の実施形態では、3’末端ジヌクレオチドが含むヌクレオチドの総数は、2であり得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非限定的な例として、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、及び脂質部分から選択される化学的部分をさらに含む。一部の実施形態では、APGRと結合する部分は、任意のGalNAc、または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られるそのバリアント、誘導体、もしくは修飾体である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドの任意の1つ以上の構造的要素(たとえば、5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、3’末端領域、及び任意選択の追加の化学的部分)を含み、少なくとも1つの構造的要素は、キラル制御されたキラル中心を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−修飾を有さないヌクレオチドの総数が少なくとも5である区間を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非限定的な例として、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、及び脂質部分から選択される追加の化学的部分をさらに含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、第1の領域は、シード領域である。一部の実施形態では、第2の領域は、ポストシード領域である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi剤の任意の1つ以上の構造的要素(たとえば、5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、及び3’末端領域、ならびに任意選択の追加の化学的部分)を含み、少なくとも1つの構造的要素は、キラル制御されたキラル中心を含み、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子RNAのRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力も有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−デオキシヌクレオチドの総数が少なくとも5である区間を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非限定的な例として、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、及び脂質部分、ならびに本明細書に記載の任意の他の追加の化学的部分、から選択される化学的部分をさらに含む。
一部の実施形態では、本開示は、化学修飾を介してオリゴヌクレオチド特性を調節できることを示す。一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を有し、1つ以上のヌクレオチド間結合、糖、及び/または塩基修飾を含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物であって、共通塩基配列を有し、1つ以上のヌクレオチド間結合、及び/または1つ以上の糖、及び/または1つ以上の塩基修飾を含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子RNAのRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力も有する。一部の実施形態では、本開示は、糖、核酸塩基、及び/またはヌクレオチド間結合の化学修飾を介してオリゴヌクレオチド特性(たとえば、活性、毒性など)を調節できることを示す。一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を有し、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合(または「非天然のヌクレオチド間結合」(天然のDNA及びRNAに見られる天然のヌクレオチド間リン酸結合(−OP(O)(OH)O−(生理学的pHでは塩形態(−OP(O)(O)O−)として存在し得る)の代わりに利用できる結合))、1つ以上の修飾糖部分、及び/または1つ以上の天然リン酸結合を含む複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の型の修飾ヌクレオチド間結合を含み得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分、アルキン部分、または環状グアニジン部分を含む。そのような部分は、任意で置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合、及び中性骨格ではない別のヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含む、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御され、組成物における複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、制御または前もって決定され、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学配置を共有する。たとえば、一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、35個、40個、45個、50個、またはそれ以上のキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学配置を共有し、こうした立体化学配置はそれぞれ、独立してRpまたはSpである。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれのキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学配置を共有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、組成物における制御されたレベルのオリゴヌクレオチドが共通の立体化学配置(独立してRp配置またはSp配置をとる)を共有する場合、キラル制御されたヌクレオチド間結合と称される。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、あるpH(たとえば、ヒトの生理学的pH(約7.4)、送達部位(たとえば、オルガネラ、細胞、組織、臓器、生物体など)のpHなど)において、当該修飾ヌクレオチド間結合の大部分(たとえば、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%など、一部の実施形態では、少なくとも30%、一部の実施形態では、少なくとも40%、一部の実施形態では、少なくとも50%、一部の実施形態では、少なくとも60%、一部の実施形態では、少なくとも70%、一部の実施形態では、少なくとも80%、一部の実施形態では、少なくとも90%、一部の実施形態では、少なくとも99%など)が、(アニオン形態(たとえば、−O−P(O)(O)−O−(天然リン酸結合のアニオン形態)、−O−P(O)(S)−O−(ホスホロチオエート結合のアニオン形態)など)と比較して)中性形態またはカチオン形態として存在するという点において非負荷電(それぞれ中性またはカチオン性の)ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、あるpHにおいてその大部分が中性形態として存在するという点において中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、あるpHにおいてその大部分がカチオン性形態として存在するという点においてカチオン性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、pHは、ヒトの生理学的pH(約7.4)である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、水溶液のpHが7.4のときに当該ヌクレオチド間結合の少なくとも90%がその中性形態として存在するという点において中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチドの水溶液において当該ヌクレオチド間結合の少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも99%がその中性形態として存在するという点において中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、割合は、少なくとも90%である。一部の実施形態では、割合は、少なくとも95%である。一部の実施形態では、割合は、少なくとも99%である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合(たとえば、中性のヌクレオチド間結合)は、その中性形態をとるとき、pKaが8未満、9未満、10未満、11未満、12未満、13未満、または14未満の部分を有さない。一部の実施形態では、本開示におけるヌクレオチド間結合のpKaは、CH−ヌクレオチド間結合−CH(すなわち、ヌクレオチド間結合によって連結された2つのヌクレオシド単位を2つの−CH基で置き換えたもの)のpKaによって示すことができる。いずれかの特定の理論によって拘束されることを望むものではないが、少なくともいくつかの場合では、オリゴヌクレオチドにおける中性のヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合を含まない同等の核酸と比較して特性及び/または活性を改善することができ、たとえば、送達を改善し、エキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレアーゼに対する耐性を改善し、細胞取り込みを改善し、エンドソーム脱出を改善し、及び/または核取り込みを改善するなどする。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、たとえば、式I−n−1、式I−n−2、式I−n−3、式II、式II−a−1、式II−a−2、式II−b−1、式II−b−2、式II−c−1、式II−c−2、式II−d−1、式II−d−2などの構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分またはアルキン部分を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態では、環状グアニジン部分を含む修飾ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、環状グアニジン部分を含む中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。一部の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Sp配置にキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートは、Rp配置にキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、本開示は、任意で置換されるトリアゾリル基を含む中性のヌクレオチド間結合、任意で置換されるアルキニル基を含む中性のヌクレオチド間結合、及びTmg基
Figure 2020522510
を含む中性のヌクレオチド間結合から選択される少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートと、を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態では、本開示は、任意で置換されるトリアゾリル基を含む中性のヌクレオチド間結合、任意で置換されるアルキニル基を含む中性のヌクレオチド間結合、及びTmg基を含む中性のヌクレオチド間結合から選択される少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートと、を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートは、Sp配置にキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、本開示は、任意で置換されるトリアゾリル基を含む中性のヌクレオチド間結合、任意で置換されるアルキニル基を含む中性のヌクレオチド間結合、及びTmg基を含む中性のヌクレオチド間結合から選択される少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートと、を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートは、Rp配置にキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
さまざまな型のヌクレオチド間結合は、特性が異なる。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、天然リン酸結合(ホスホジエステルヌクレオチド間結合)は、アニオン性であり、他の化学修飾を施すことなくそのままin vivoで使用すると不安定であり得ることを明記する。ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、アニオン性であり、一般に、天然リン酸結合と比較してin vivoでの安定性が高く、一般に、より疎水性であり、環状グアニジン部分を含む中性のヌクレオチド間結合(本開示で例示されるものなど)は、生理学的pHで中性であり、天然リン酸結合と比較してin vivoでの安定性が高く、より疎水性であり得る。
一部の実施形態では、キラル制御された中性のヌクレオチド間結合は、生理学的pHで中性であり、キラル制御されており、in vivoで安定であり、疎水性であり、エンドソーム脱出を増加させ得る。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の領域(たとえば、ブロック領域、ウィング領域、コア領域、5’末端領域、3’末端領域、中間領域、シード領域、ポストシード領域など)を含む。一部の実施形態では、領域(たとえば、ブロック領域、ウィング領域、コア領域、5’末端領域、3’末端領域、中間領域など)は、非負荷電ヌクレオチド間結合(たとえば、式I−n−1、式I−n−2、式I−n−3、式II、式II−a−1、式II−a−2、式II−b−1、式II−b−2、式II−c−1、式II−c−2、式II−d−1、式II−d−2などのもの)を含む。一部の実施形態では、領域は、中性のヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、領域は、トリアゾール部分またはアルキン部分を含むヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、領域は、環状グアニジングアニジンを含むヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、領域は、環状グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、領域は、
Figure 2020522510
の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、キラル制御される。
一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を有し、1つ以上のヌクレオチド間結合、糖、及び/または塩基修飾を含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物であって、共通塩基配列を有し、1つ以上のヌクレオチド間結合、及び/または1つ以上の糖、及び/または1つ以上の塩基修飾を含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子RNAのRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力も有する。
一部の実施形態では、ヌクレオチドは、天然のヌクレオチドである。一部の実施形態では、ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ヌクレオチドは、ヌクレオチドアナログである。一部の実施形態では、塩基は、修飾塩基である。一部の実施形態では、塩基は、保護された核酸塩基(オリゴヌクレオチド合成において使用される保護された核酸塩基など)である。一部の実施形態では、塩基は、塩基アナログである。一部の実施形態では、糖は、修飾糖である。一部の実施形態では、糖は、糖アナログである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ヌクレオチドは、塩基、糖、及びヌクレオチド間結合を含み、塩基、糖、及びヌクレオチド間結合はそれぞれ、独立して、かつ任意で、天然起源または非天然起源のものである。一部の実施形態では、ヌクレオシドは、塩基及び糖を含み、塩基及び糖はそれぞれ、独立して、かつ任意で、天然起源または非天然起源のものである。ヌクレオチドの非限定的な例としては、DNA(2’−デオキシ)ヌクレオチド及びRNA(2’−OH)ヌクレオチド、ならびに塩基、糖、及び/またはヌクレオチド間結合に1つ以上の修飾を含むものが挙げられる。糖の非限定的な例としては、リボース及びデオキシリボース、ならびに2’−修飾を有するリボース及びデオキシリボースが挙げられ、こうした2’−修飾としては、限定されないが、2’−F修飾、LNA修飾、2’−OMe修飾、及び2’−MOE修飾が挙げられる。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、本開示に記載の式Iの構造を有し得る。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、リンを含まないが、2つの天然糖または非天然糖の連結に役立つ部分である。
一部の実施形態では、本開示は、参照条件と比較したときに特性及び/または活性を改善させるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、こうした参照条件は、たとえば、組成物の非存在、または参照組成物(たとえば、同じ塩基配列及び化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物)の存在である。
一部の実施形態では、本開示は、参照条件と比較したときに、遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現、活性、及び/またはレベルの減少、一本鎖RNA干渉、及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを、より強く誘導するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、こうした参照条件は、たとえば、組成物の非存在、または参照組成物(たとえば、同じ塩基配列及び化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物)の存在である。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドがいずれのキラルヌクレオチド間結合においても共通の立体化学を共有しないという点において立体不規則的である。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが1つ以上のキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学を共有するという点においてキラル制御される。一部の実施形態では、キラル制御された第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、立体不規則的な第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と比較して、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼに対する感受性が減少している。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子RNAのRNaseH介在性ノックダウン及びRNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、第1のRNA標的のRNaseH介在性ノックダウン、及び第2のRNA標的のRNA干渉を誘導する能力を有し、第1のRNA標的と第2のRNA標的とは、同じか、または異なる。
一部の実施形態では、組成物は、任意の第1の複数のオリゴヌクレオチド及び/または第2の複数のオリゴヌクレオチドのうちの2つ以上の多量体を含み、第1の複数のオリゴヌクレオチド及び第2の複数のオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを独立して介して、同じまたは異なる標的のノックダウンを独立して誘導することができる。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通塩基配列、
2)骨格結合の共通パターン、
3)少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、少なくとも25個、少なくとも26個、少なくとも27個、少なくとも28個、少なくとも29個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも45個、または少なくとも50個のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)に独立して共通する立体化学、
を共有し、
当該組成物は、当該組成物における第1の複数のオリゴヌクレオチドのレベルが前もって決定されるという点においてキラル制御される。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(たとえば、第1の複数のオリゴヌクレオチド)を含むオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが1つ以上のキラルヌクレオチド間結合に独立して共通する立体化学を共有するという点においてキラル制御される。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、35個、40個、45個、50個、またはそれ以上のキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学配置を共有し、こうした立体化学配置はそれぞれ、独立してRpまたはSpである。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれのキラルヌクレオチド間結合に共通する立体化学配置を共有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、組成物における所定レベルのオリゴヌクレオチドが共通の立体化学配置(独立してRpまたはSp)を共有する場合、キラル制御されたヌクレオチド間結合と称される。
一部の実施形態では、提供される組成物における所定レベルのオリゴヌクレオチド(たとえば、ある特定の組成物例の第1の複数のオリゴヌクレオチド)は、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、35個、40個、45個、50個、またはそれ以上含む。
一部の実施形態では、少なくとも5つのヌクレオチド間結合がキラル制御される。一部の実施形態では、少なくとも10個のヌクレオチド間結合がキラル制御される。一部の実施形態では、少なくとも15個のヌクレオチド間結合がキラル制御される。一部の実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御される。
一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合の1%〜100%がキラル制御される。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%がキラル制御される。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通塩基配列、
2)骨格結合の共通パターン、及び
3)骨格キラル中心の共通パターン
を共有し、
当該組成物は、組成物中の所定レベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、キラル制御されたキラル中心を含む少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの所定レベルは、提供される組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの所定レベルは、提供される組成物における、共通塩基配列を含むすべてのオリゴヌクレオチドまたは塩基配列が共通するすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、提供される組成物における、共通塩基配列を含むすべてのオリゴヌクレオチドまたは塩基配列が共通するすべてのオリゴヌクレオチドは、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの所定レベルは、提供される組成物における、共通の塩基配列、塩基修飾、糖修飾、及び/または修飾ヌクレオチド間結合を含むすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは塩基配列、塩基修飾、糖修飾、及び/または修飾ヌクレオチド間結合が共通するすべてのオリゴヌクレオチド、の少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、提供される組成物における、共通の塩基配列、塩基修飾、糖修飾、及び/または修飾ヌクレオチド間結合を含むすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは塩基配列、塩基修飾、糖修飾、及び/または修飾ヌクレオチド間結合が共通するすべてのオリゴヌクレオチドは、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの所定レベルは、提供される組成物における、共通の塩基配列、塩基修飾パターン、糖修飾パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合パターンを含むすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは塩基配列、塩基修飾パターン、糖修飾パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合パターンが共通するすべてのオリゴヌクレオチド、の少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、提供される組成物における、共通の塩基配列、塩基修飾パターン、糖修飾パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合パターンを含むすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは塩基配列、塩基修飾パターン、糖修飾パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合パターンが共通するすべてのオリゴヌクレオチドは、組成物におけるすべてのすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの所定レベルは、提供される組成物における、共通塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有するすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、提供される組成物における、共通塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、及び/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有するすべてのオリゴヌクレオチドは、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。
一部の実施形態では、所定レベルは、1〜100%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも1%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも5%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも10%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも20%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも30%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも40%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも50%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも60%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも10%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも70%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも80%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも90%である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも5*(1/2)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも10*(1/2)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも100*(1/2)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.80)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.80)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.80)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.85)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.90)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.95)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.96)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.97)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.98)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、所定レベルは、少なくとも(0.99)であり、式中、gは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合をg個有するオリゴヌクレオチドの、組成物におけるレベルを決定するために、g個のキラル制御されたヌクレオチド間結合のそれぞれのジアステレオ純度の積(キラル制御されたヌクレオチド間結合1のジアステレオ純度)*(キラル制御されたヌクレオチド間結合2のジアステレオ純度)*…*(キラル制御されたヌクレオチド間結合gのジアステレオ純度)がレベルとして利用され、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じヌクレオチド間結合と、当該ヌクレオチド間結合に隣接するヌクレオシドと、を含む二量体であって、当該オリゴヌクレオチドと同等の方法(たとえば、試薬及び反応条件が同等または好ましくは同一であることを含めて、同等または好ましくは同一のオリゴヌクレオチド調製サイクル)の下で調製された二量体のジアステレオ純度によって独立して示される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドのレベル及び/またはジアステレオ純度は、分析方法(たとえば、クロマトグラフィー法、分光測定法、分光法、またはそれらの任意の組み合わせ)によって決定することができる。
とりわけ、本開示は、立体不規則的なオリゴヌクレオチド調製物が、(たとえば、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造(または立体化学)が)互いに異なる複数の別々の化学的実体を含むという認識を含む。骨格キラル中心の立体化学が制御されないと、立体不規則的なオリゴヌクレオチド調製物は、オリゴヌクレオチド立体異性体の含有レベルが不確定の非制御組成物となる。こうした立体異性体は、同じ塩基配列及び/または化学修飾を有し得るものの、こうした立体異性体は、少なくともその骨格立体化学が異なるという理由から、異なる化学的実体であり、こうした立体異性体は、本明細書に示されるように、異なる特性(たとえば、ヌクレアーゼ感受性、活性、分布など)を有し得る。一部の実施形態では、特定の立体異性体は、たとえばその塩基配列、その長さ、その骨格結合パターン、及びその骨格キラル中心パターンによって、定義され得る。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド内の立体化学を制御することで達成される特性及び活性の改善が、化学修飾の使用によって達成されるものと比較してそれに匹敵するまたはさらに良好なものであり得ることを示す。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド(たとえば、一本鎖RNAi剤、ssRNA、またはssRNAi)、あるいは一本鎖RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドなど)は、
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’という構造によって示され、
式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、PX0は、5’末端構造である。一部の実施形態では、PX1〜PX26はそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、PX27は、ヌクレオチド間結合またはOHである。一部の実施形態では、N1〜N27は、独立してヌクレオシドを示す。一部の実施形態では、N1−PX1からN27−PX27は、独立してヌクレオチドを示す。ヌクレオシドはいずれも、いずれかの隣接ヌクレオシドと同じか、または異なり得る。ヌクレオチドはいずれも、いずれかの隣接ヌクレオチドと同じか、または異なり得る。一部の実施形態では、mz〜yzのいずれかが>1である場合、N18〜N27の塩基はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはN18〜N27のヌクレオシドはそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、同じか、もしくは異なる修飾(たとえば、2’−修飾)を独立して含み得る。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得る。一部の実施形態では、−(N18−PX18)mz−においてmzが>1であるならば、N18はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX18はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N19−PX19)nz−においてnzが>1であるならば、N19はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX19はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N20−PX20)pz−においてpzが>1であるならば、N20はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX20はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N21−PX21)rz−においてrzが>1であるならば、N21はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX21はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N22−PX22)sz−においてszが>1であるならば、N22はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX22はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N23−PX23)tz−においてtzが>1であるならば、N23はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX23はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N24−PX24)vz−においてvzが>1であるならば、N24はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX24はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N25−PX25)wz−においてwzが>1であるならば、N25はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX26はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得る。−(N26−PX26−N27−PX27)yz−においてyzが>1であるならば、N26はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、N27はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、N26及びN27はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX26はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX27はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得、及び/またはPX26及びPX27はそれぞれ、同じか、もしくは異なり得るなどする。
一部の実施形態では、NまたはPXはそれぞれ、1つ以上の追加の化学的部分(たとえば、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、脂質部分など)を、独立して、かつ任意で、さらに含み得る。
一部の実施形態では、PX1〜PX27はそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合を示し、PX1〜PX27はそれぞれ、同じか、または異なり得る。一部の実施形態では、PX1〜PX27はそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合を示し、当該ヌクレオチド間結合は、ホスホロジエステル、ホスホロチオエート、Sp配置のホスホロチオエート、Rp配置のホスホロチオエート、ヌクレオチド間結合、Sp配置のヌクレオチド間結合、またはRp配置のヌクレオチド間結合であり、PX1〜PX27はそれぞれ、同じか、または異なり得る。
一部の実施形態では、3’末端領域は、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz(yz=1かつzz=0、もしくはyz=0かつzz=1、もしくはyz=1かつzz=1)、−(N26−PX26−N27−PX27)yz(yz=1)、−(CAP)zz(zz=1)、または−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz(yz=1かつzz=1)によって示される。
一部の実施形態では、PX27は、ヌクレオチド間結合または−OHを示す。一部の実施形態では、zz=0かつyz=1であり、PX27は、−OHである。一部の実施形態では、zz=1かつyz=1であり、PX27は、ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、PX27は、ヌクレオチド間結合を示し、当該ヌクレオチド間結合は、ホスホロジエステル、ホスホロチオエート、Sp配置のホスホロチオエート、Rp配置のホスホロチオエート、ヌクレオチド間結合、Sp配置のヌクレオチド間結合、またはRp配置のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、PX27は、−OHである。
一部の実施形態では、zz=1の場合(たとえば、CAPが存在する場合)、PX27は、ヌクレオチド間結合を示し、当該ヌクレオチド間結合は、ホスホロジエステル、ホスホロチオエート、Sp配置のホスホロチオエート、Rp配置のホスホロチオエート、ヌクレオチド間結合、Sp配置のヌクレオチド間結合、またはRp配置のヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、及び3’末端領域を5’から3’の順序で含み、追加の化学的部分を任意でさらに含む。
一部の実施形態では、5’末端領域は、シード領域に対して5’に位置するオリゴヌクレオチドの全部分である。一部の実施形態では、3’末端領域は、ポストシード領域に対して3’に位置するオリゴヌクレオチドの全部分である。
一部の実施形態では、5’末端領域は、PX0−、PX0−N1−、PX0−N1−PX1−、PX0−N1−PX1−N2−、PX0−N1−PX1−N2−PX2−、PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−、またはPX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−のいずれかによって示される。
一部の実施形態では、5’末端領域は、PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−のいずれかによって示される。
一部の実施形態では、5’末端構造は、PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−のいずれかによって示される。
一部の実施形態では、5’末端構造は、PX0−によって示される。
一部の実施形態では、5’末端構造は、5’末端基である。
一部の実施形態では、5’末端構造は、5’末端基を含む。
一部の実施形態では、−N1−PX1−は、5’ヌクレオチド部分を示す。一部の実施形態では、−N1−は、5’ヌクレオシドを示す。
一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシドは、−N1−である。
一部の実施形態では、5’末端ヌクレオチドは、−N1−PX1−である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’末端ヌクレオシド、または5’末端ヌクレオチドを含み得る。
一部の実施形態では、−PX0−、−PX0−N1−、及び−PX0−N1−PX1−は、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド、修飾5’ヌクレオチド、5’ヌクレオチドアナログ、または5’ヌクレオシド、修飾5’ヌクレオシド、もしくは5’ヌクレオシドアナログ、の本明細書に記載の構造によって示される。
一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示す。一部の実施形態では、−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示す。
一部の実施形態では、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域(たとえば、シード領域と3’末端領域との間の領域)を示す。
一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−は、シード領域を示し、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−は、シード領域を示し、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示し、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示し、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示し、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−は、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−は、シード領域を示し、−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−は、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzは、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−は、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−は、シード領域を示し、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzは、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−は、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−は、シード領域を示し、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzは、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−は、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−は、シード領域を示し、−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzは、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−は、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−は、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzは、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’は、3’末端領域を示す。
一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10である。
一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約49ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約45ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約40ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約35ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約30ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約25ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約23ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzはそれぞれ、独立して0〜10であり得、オリゴヌクレオチドの全長は、約21ヌクレオチド以下である。
一部の実施形態では、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−は、3’末端ジヌクレオチドを示し、式中、yzは、1である。yz=0であるとき、3’末端ジヌクレオチドは存在しない。yz=1であるとき、3’末端ジヌクレオチドは存在する。
一部の実施形態では、−(CAP)zz−は、任意選択の3’末端キャップを示し、式中、zzは、0または1である。zz=0であるとき、CAPは存在しない。zz=1であるとき、CAPは存在する。
一部の実施形態では、yz=1であるならば、zz=0である。一部の実施形態では、yz=0であるならば、zz=1である。一部の実施形態では、yz=1かつzz=1であり、分子が3’末端ジヌクレオチドとCAPとの両方を含むことを示す。
一部の実施形態では、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、シード領域、ポストシード領域、3’末端、ジヌクレオチド、及び/または3’末端キャップは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の構造を独立して有する。一部の実施形態では、本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、5’末端の任意の構造、及び/または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、5’ヌクレオチド部分の任意の構造、及び/または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、シード領域の任意の構造、及び/または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、ポストシード領域の任意の構造、及び/または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、3’末端ジヌクレオチドの任意の構造、及び/または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる、3’末端キャップの任意の構造、を組み合わせることができる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のブロックを含み、ブロックは、1つまたは複数の連続するヌクレオシド、及び/またはヌクレオチド、及び/または糖、または塩基、及び/またはヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ブロックは、シード領域全体またはその一部を含む。一部の実施形態では、ブロックは、ポストシード領域全体またはその一部を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマー(blockmer)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマー(altmer)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含むアルトマーである。一部の実施形態では、ブロックマーまたはアルトマーは、化学修飾(存在または非存在を含む)によって定義することができ、こうした化学修飾は、たとえば、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学など、またはそのパターンである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なるヌクレオチド間結合を含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド間結合及び天然リン酸結合を合わせて2つ以上含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なる修飾ヌクレオチド間結合を含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なるヌクレオチド間結合を含むブロックを交互の並びで含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド間結合及び天然リン酸結合を合わせて2つ以上含むブロックを交互の並びで含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なる修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックを交互の並びで含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、本明細書に記載される骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含む各ブロックは、骨格キラル中心の同じパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、骨格キラル中心の異なるパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、異なる長さ及び/または修飾を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、同じ長さ及び/または修飾を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、同じ長さを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含むブロックは、同じヌクレオチド間結合を有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、シード領域に第1のブロック(シード領域ブロック)を含み、ポストシード領域に第2のブロック(ポストシード領域ブロック)を含み、これらのブロックはそれぞれ、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、または8つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、4つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、5つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、6つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、7つの修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、4つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、5つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、6つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、7つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも4つの修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも5つの修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも6つの修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも7つの修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、ブロック内の修飾ヌクレオチド間結合は、連続する。一部の実施形態では、シード領域ブロックの結合はそれぞれ、独立してホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、シード領域ブロックの結合はそれぞれ、独立してキラル制御される。一部の実施形態では、シード領域ブロックの結合はそれぞれ、Spである。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックの結合はそれぞれ、独立して修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックの結合はそれぞれ、独立してホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックの結合はそれぞれ、独立してキラル制御される。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックの結合はそれぞれ、Spである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖修飾を含む。一部の実施形態では、糖修飾は、2’位に対するものである。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−F、2’−OMe、及び2’−MOEから選択される。2’−Fは、2’フルオロとも呼ばれる。2’−OMeは、2’−O−メチルとも呼ばれる。2’−MOEは、2’−メトキシエチルまたはMOEとも呼ばれる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、シード領域に第1のブロック(シード領域ブロック)を含み、ポストシード領域に第2のブロック(ポストシード領域ブロック)を含み、これらのブロックはそれぞれ、1つ以上の2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、または8つ以上の2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、または8つ以上の連続する2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、4つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、5つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、6つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、7つの2’−Fを含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、4つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、5つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、6つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、7つ以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも4つの2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも5つの2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも6つの2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、シード領域ブロック及びポストシード領域ブロックはそれぞれ、少なくとも7つの2’−Fを独立して含む。一部の実施形態では、ブロック内の2’−Fは、連続する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、または11個以上含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを含む糖部分を連続して2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、または11個以上含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含み、これら2つのヌクレオチドは、2番目及び14番目の位置に存在する。そのようなオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式70(図1F)のオリゴヌクレオチド、ならびにWV−7540のオリゴヌクレオチド及びWV−7543のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含み、これら2つのヌクレオチドは、2番目及び14番目の位置に存在し、第1のヌクレオチド(5’末端ヌクレオチドまたは−N1−PX1−)は、2’−デオキシである。そのようなオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式70(図1F)、ならびにWV−7540及びWV−7543が挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含み、これら2つのヌクレオチドは、2番目及び14番目の位置に存在し、第1のヌクレオチド(5’末端ヌクレオチドまたは−N1−PX1−)は、2’−デオキシTである。そのようなオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式70(図1F)、ならびにWV−7540及びWV−7543が挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含み、これら2つのヌクレオチドは、2番目及び14番目の位置に存在し、第1のヌクレオチド(5’末端ヌクレオチドまたは−N1−PX1−)は、2’−デオキシであり、5’末端構造(PX0)は、−OHである。そのようなオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式70(図1F)のオリゴヌクレオチド、ならびにWV−7540のオリゴヌクレオチド及びWV−7543のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’−Fを2つのみ含み、これら2つのヌクレオチドは、2番目及び14番目の位置に存在し、第1のヌクレオチド(5’末端ヌクレオチドまたは−N1−PX1−)は、2’−デオキシTであり、5’末端構造(PX0)は、−OHである。そのようなオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式70(図1F)、ならびにWV−7540及びWV−7543が挙げられる。
本明細書の実施形態の一部では、オリゴヌクレオチドを参照する場合、「第1の」(たとえば、第1のヌクレオチド)は、オリゴヌクレオチドの5’末端を指し、「最後の」または「末端」(たとえば、最後のヌクレオチドまたは末端ヌクレオチド)は、3’末端を指す。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、特定の修飾を有する糖と、修飾を有さない糖または異なる修飾を有する糖と、を交互に含む。一部の実施形態では、特定の修飾を有する糖が、1つ以上のブロックに見られる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、特定の2’−修飾を有する糖と、独立して、修飾を有さないか、または異なる修飾を有する糖と、を交互に含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−F修飾を有する糖と、独立して、修飾を有さないか、または異なる修飾を有する糖と、を交互に含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−OMe修飾を有する糖と、独立して、修飾を有さないか、または異なる修飾を有する糖と、を交互に含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−OMe修飾を有する糖と、2’−F修飾を有する糖と、を交互に含む1つ以上のブロックを含む。
一部の実施形態では、糖のブロックは、ff、fffm、fffmm、fffmmm、fffmmmm、fffmmmmm、fffmmmmmm、fffmmmmmmf、fffmmmmmmff、fffmmmmmmffm、fffmmmmmmffmm、fffmmmmmmffmmf、fffmmmmmmffmmfm、fffmmmmmmffmmfmf、fffmmmmmmffmmfmfm、fffmmmmmmffmmfmfmf、fffmmmmmmffmmfmfmfm、fffmmmmmmffmmfmfmfmm、fffmmmmmmffmmfmfmfmmm、ffmmffmm、ffmmmmmmffmmfmfmfmmm、fmfmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfmfmfmf、fmfmfmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfmfmfmfmf、fmfmfmfmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfmfmfmfmfmf、fmfmfmfmfmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfmfmfmfmfmfmm、fmfmfmfmfmfmfmfmfmm、fmfmfmfmfmfmfmfmm、fmfmfmfmfmfmfmm、fmfmfmfmfmfmmm、fmmffmm、fmmmmmmffmmfmfmfmmm、mff、mffm、mffmf、mffmff、mffmffm、mffmmffmm、mfmfm、mfmfmfmfmfffmfmfmfmmm、mfmfmfmfmfmfmfm、mfmfmfmfmfmfmfmfmfmm、mfmfmfmfmfmfmfmfmfmmm、mfmfmfmfmfmfmfmfmm、mfmfmfmfmfmfmfmm、mfmfmfmfmfmfmm、mfmfmfmfmfmfmmm、mfmfmfmfmfmmm、mfmfmfmfmfmmmfm、mfmfmfmfmfmmmmm、mfmfmfmfmmm、mfmfmfmfmmmfmfm、mfmfmfmfmmmfmmm、mfmfmfmfmmmmmfm、mfmfmfmmm、mfmfmfmmmfmfmfm、mfmfmfmmmfmfmmm、mfmfmfmmmfmmmfm、mfmfmfmmmmmfmfm、mfmfmmm、mfmfmmmfmfmfmfm、mfmfmmmfmfmfmmm、mfmfmmmfmfmmmfm、mfmfmmmfmmmfmfm、mfmfmmmmmfmfmfm、mfmmm、mfmmmfmfmfmfmfm、mfmmmfmfmfmfmmm、mfmmmfmfmfmmmfm、mfmmmfmfmmmfmfm、mfmmmfmmmfmfmfm、mfmmmfmmmfmfmfm、mfmmmmmfmfmfmfm、mmffm、mmffmm、mmffmm、mmffmmf、mmffmmff、mmffmmffm、mmffmmffmm、mmffmmfmfmfmmm、mmm、mmmffmmfmfmfmmm、mmmfmfmfmfmfmfm、mmmfmfmfmfmfmmm、mmmfmfmfmfmmmfm、mmmfmfmfmmmfmfm、mmmfmfmmmfmfmfm、mmmfmmmfmfmfmfm、mmmmffmmfmfmfmmm、mmm、mmmm、mmmmm、mmmmmffmmfmfmfmmm、mmmmmfmfmfmfmfm、mmmmmm、mmmmmmffmmfmfmfmmm、mfmf、mfmf、mfmfmf、fmfm、fmfmfm、fmfmfmf、dfdf、dfdfdf、dfdfdfdf、fdfd、fdfdfd、fdfdfdfd、dfdfmfmf、dfmfmf、mfdfmf、またはdfmfdf、のうちのいずれかの2’−修飾パターンを有するか、または含み、式中、mは、2’−OMeを示し、fは、2’−Fを示し、dは、2’位に置換を有さないことを示す。一部の実施形態では、シード領域及び/またはポストシード領域は、糖修飾のブロックを含み得る。
一部の実施形態では、ブロックは、立体化学ブロックである。一部の実施形態では、ブロックは、当該ブロックの各ヌクレオチド間結合が、Rpであるという点で、Rpブロックである。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態では、ブロックは、当該ブロックの各ヌクレオチド間結合が、Spであるという点で、Spブロックである。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rpブロック及びSpブロックの両方を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRpブロックを含むが、Spブロックは含まない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のSpブロックを含むが、Rpブロックは含まない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のPOブロックを含み、ブロックのヌクレオチド間結合はそれぞれ、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、シード領域ブロックは、Spブロックであり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、Spブロックであり、ヌクレオチド間結合はそれぞれ、修飾ヌクレオチド間結合であり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、Spブロックであり、ヌクレオチド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエート結合であり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、4つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、ヌクレオシド単位は、ある1つのヌクレオシドである。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、5つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、6つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、シード領域ブロックは、7つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、Spブロックであり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、Spブロックであり、ヌクレオチド間結合はそれぞれ、修飾ヌクレオチド間結合であり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、Spブロックであり、ヌクレオチド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエート結合であり、糖部分はそれぞれ、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、4つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、5つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、6つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、ポストシード領域ブロックは、7つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態では、シード領域及び/またはポストシード領域は、ブロックを含み得る。一部の実施形態では、シード領域及び/またはポストシード領域は、立体化学ブロックを含む。
一部の実施形態では、領域、ブロック、またはオリゴヌクレオチドにおいて、あるタイプのヌクレオシドの後に、特定のタイプのヌクレオチド間結合、たとえば、天然リン酸結合、修飾ヌクレオチド間結合、Rpキラルヌクレオチド間結合、Spキラルヌクレオチド間結合などが位置する。一部の実施形態では、Aの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Aの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Aの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。一部の実施形態では、Uの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Uの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Uの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。一部の実施形態では、Cの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Cの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Cの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。一部の実施形態では、Gの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Gの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、Gの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。一部の実施形態では、C及びUの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、C及びUの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、C及びUの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。一部の実施形態では、A及びGの後に、Spヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、A及びGの後に、Rpヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、A及びGの後に、天然リン酸結合(PO)が位置する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、修飾糖部分と非修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、修飾糖部分は、2’−F修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶ2’−OMeの修飾糖部分と非修飾糖部分を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−F修飾糖部分を含有し、その糖部分の3’ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、及びRpである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、及びSpである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−OR修飾糖部分を含有し、その糖部分の3’ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)m(別段の指定がない限り、修飾パターン及び立体化学パターンは、当該技術分野において通常使用されるように、5’から3’の向きで記載される)であるか、またはそれを含む骨格キラル中心パターンを有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)nを含むか、または(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Np)tRp(Sp)mを含むか、または(Np)tRp(Sp)mである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)tRp(Sp)mを含むか、または(Sp)tRp(Sp)mである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mという単位が繰り返すものを含む。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpSpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、RpRpSpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。
一部の実施形態では、t、n、及びmはそれぞれ、独立して1〜20である。一部の実施形態では、nは、1である。一部の実施形態では、mは、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。一部の実施形態では、mは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15である。一部の実施形態では、tは、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。一部の実施形態では、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15である。一部の実施形態では、m及びtはそれぞれ、独立して少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。一部の実施形態では、m及びtはそれぞれ、独立して2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15である。一部の実施形態では、m及びtのうちの少なくとも1つは、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。一部の実施形態では、mは、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。一部の実施形態では、tは、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15である。
一部の実施形態では、領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mというパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む(当該領域は、それぞれ(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mというパターンまたは繰り返しパターンを有するヌクレオチド間結合の第1のヌクレオチド間結合から構造的に始まり、その最後のヌクレオチド間結合で構造的に終わるものであり、繰り返しの有無に応じて、それぞれ「(Sp)m(Rp)n(が繰り返す)領域」、「(Rp)n(Sp)m(が繰り返す)領域」、「(Np)t(Rp)n(Sp)m(が繰り返す)領域」、または「(Sp)t(Rp)n(Sp)m(が繰り返す)領域」である。たとえば、(Sp)t(Rp)n(Sp)m領域(WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmUにおける((Sp)7(Rp)1(Sp)3))は、2’−OR糖修飾を含まない。一部の実施形態では、領域における糖部分はそれぞれ、2’位が−CH−である。一部の実施形態では、領域における糖部分はそれぞれ、非修飾、天然のDNAの2’−デオキシリボース部分である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであるパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む領域は、5’末端領域と隣接し、当該5’末端領域は、ヌクレオシド部分で構造的に終わる(当該ヌクレオシド部分は、その3’末端において、領域の第1のヌクレオチド間結合に連結されており、当該領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであるパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む。たとえば、WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmUにおける隣接5’末端領域である)。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであるパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む領域は、3’末端領域と隣接し、当該3’末端領域は、ヌクレオシド部分から構造的に始まる(当該ヌクレオシド部分は、その5’末端において、領域の最後のヌクレオチド間結合に連結されており、当該領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであるパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む。たとえば、WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmUにおける隣接3’末端領域である)。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであるパターンまたは繰り返しパターンの骨格キラル中心を含む領域は、5’末端領域及び3’末端領域と隣接する。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、Sp結合リンを含む修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、Spホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、1つまたは複数の連続する天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端は、5’末端ヌクレオチド間結合である唯一の修飾ヌクレオチド間結合、及び1つまたは複数の連続する天然リン酸結合(たとえば、WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmU(SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)におけるもの)を含む。一部の実施形態では、隣接3’末端は、3’末端ヌクレオチド間結合である唯一の修飾ヌクレオチド間結合、及び1つまたは複数の連続する天然リン酸結合(たとえば、WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmU(SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)におけるもの)を含む。一部の実施形態では、隣接5’末端領域及び/または隣接3’末端領域は、2’−修飾糖単位を含む。一部の実施形態では、5’末端領域及び/または3’末端領域における糖単位はそれぞれ、独立して修飾される。一部の実施形態では、5’末端領域及び/または3’末端領域における糖単位はそれぞれ、2’−修飾(たとえば、WV−2555:mASmGmCmUmUSCSTSTSGSTSCSCRASGSCSmUmUmUmASmUにおけるもの)を独立して含む。一部の実施形態では、5’末端領域及び/または3’末端領域における糖単位はそれぞれ、同じ2’−修飾を含む。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、2’−修飾は、LNA修飾(ある型のC2−C4架橋を含む)である。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)を含む。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)を含む。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てSp)−(Sp)を含む。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)を含む。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)を含む。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しSpSpRp)−(Rp/Sp)を含む。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てSp)−(Sp)である。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しSpSpRp)−(Rp/Sp)である。
一部の実施形態では、シード領域及び/またはポストシード領域、あるいはその任意の部分は、ある1つのパターンの骨格キラル中心を含み得る。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、特定の型のヌクレオチド間結合と、異なる型のヌクレオチド間結合と、を交互に含む。一部の実施形態では、さまざまな型のヌクレオチド間結合としては、限定されないが、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、立体不規則的ホスホロチオエート、立体制御されたホスホロチオエート(RpもしくはSp)、ホスホジチオエート、または本明細書に記載されるか、もしくは当該技術分野において知られる任意の他の型のヌクレオチド間結合が挙げられる。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通塩基配列を有し、
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物における標的配列に相補的な共通塩基配列を有し、
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、参照条件は、組成物の非存在である。一部の実施形態では、参照条件は、参照組成物の存在である。参照用の複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物の例は、本開示に詳細に記載される。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと比べ、異なる構造的要素(化学修飾、立体化学など)を有する。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、第1の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1つ以上含むという点においてキラル制御される。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、第1の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1〜20個含むという点においてキラル制御される。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、または15個含む。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物である。一部の実施形態では、参照組成物は、立体異性体の混合物であり、一方で、提供される組成物は、1つの立体異性体の一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ化学修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ糖修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じヌクレオチド間結合修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列及び同じ化学修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第1の複数のオリゴヌクレオチドと同じ立体化学を有するが、異なる化学修飾(たとえば、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾など)を有する。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、ヌクレオチドの総数で約15〜約49の長さを有し、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの非天然の塩基、糖、及び/またはヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、一本鎖RNAi剤は、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、ヌクレオチドの総数で約15〜約49の長さを有し、標的特異的なRNA干渉を誘導する能力を有し、一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つの非天然の塩基、糖、及び/またはヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、長さは、ヌクレオチドの総数で15〜49、約17〜約49、17〜49、約19〜約29、19〜29、約19〜約25、19〜25、約19〜約23、または19〜23である。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物における標的配列に相補的または実質的に相補的な共通塩基配列を有し、
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含み、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物における標的配列に相補的な共通塩基配列を有し、
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含み、
オリゴヌクレオチド組成物は、それがRNA干渉系において転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のRNAi介在性ノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチド型のものである。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチド型のものである。
一部の実施形態では、本開示は、ある1つのオリゴヌクレオチド型の第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型は、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義され、
当該組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して当該組成物が富化されるという点においてキラル制御され、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、ある1つのオリゴヌクレオチド型のものである第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型は、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義され、
当該組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して当該組成物が富化されるという点においてキラル制御され、
オリゴヌクレオチド組成物は、それがRNA干渉系において転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のRNAi介在性ノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、図1に示される形式のいずれかを有するか、または図1に示される形式のいずれかに示される任意の構造的要素を有する。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、図1に示される形式のいずれかを有するか、または図1に示される形式のいずれかに示される任意の構造的要素を有する。
とりわけ、本開示は、開示の形式のさまざまなオリゴヌクレオチドが、いくつかの異なる遺伝子のいずれかにおけるいくつかの異なる配列のいずれかに対して標的化されると、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有することを示すデータを提示する。一部の実施形態では、本開示は、開示の形式のさまざまなRNAi剤が、多くの異なる遺伝子のいずれかにおける多くの異なる配列のいずれかに対してRNA干渉を誘導する能力を有することを示すデータを提示する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式1のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式2のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式3のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式4のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式5のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式6のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式7のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式8のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式9のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式10のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式11のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式12のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式13のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式14のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式15のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式16のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式17のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式18のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式19のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式20のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式21のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式22のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式23のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式24のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式25のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式26のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式27のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式28のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式29のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式30のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式31のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式32のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式33のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式34のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式35のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式36のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式37のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式38のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式39のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式40のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式41のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式42のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式43のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式44のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式45のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式46のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式47のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式48のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式49のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式50のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式51のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式52のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式53のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式54のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式55のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式56のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式57のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式58のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式59のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式60のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式61のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式62のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式63のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式64のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式65のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式66のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式67のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式68のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式69のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式70のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式71のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式72のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式73のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式74のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式75のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式76のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式77のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式78のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式79のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式80のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式81のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式82のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式83のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式84のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式85のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式86のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式87のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式88のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式89のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式90のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式91のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式92のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式93のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式94のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式95のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式96のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式97のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式98のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式99のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式100のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式101のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式102のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式103のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式104のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式105のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式106のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式107のものである。立体制御された(キラル制御された)オリゴヌクレオチドの形式は、非限定的な例として、さまざまなものが表71A〜71Cに示される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S1のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S2のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S3のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S4のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S5のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S6のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S7のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S8のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S9のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S10のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S11のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S12のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S13のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S14のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S15のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S16のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S17のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S18のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S19のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S20のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S21のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S22のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S23のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S24のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S25のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S26のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S27のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S28のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S29のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S30のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S31のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S32のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S33のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S34のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S35のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S36のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S37のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S38のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S39のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S40のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S41のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S42のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S43のものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S44のものである。
一部の実施形態では、本明細書に記載され、及び/または示される構造のいずれかを有するオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載され、及び/または示される構造のいずれかを有するオリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載され、及び/または示される構造のいずれかを有するオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素、または本明細書に記載されるか、もしくは図1に示される任意の形式、を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素、または本明細書に記載されるか、もしくは図1に示される任意の形式、を含み、RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素、または本明細書に記載されるか、もしくは図1に示される任意の形式、を含み、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素、または本明細書に記載されるか、もしくは図1に示される任意の形式、を含み、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。
一部の実施形態では、RNAi剤は、5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、及び3’末端領域、ならびに任意選択の追加の化学的部分、のうちの任意の1つ以上を含む。一部の実施形態では、シード領域は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のシード領域である。一部の実施形態では、ポストシード領域は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる、シード領域と3’末端領域との間の任意の領域であり得る。一部の実施形態では、3’末端領域は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の3’末端領域であり得る。一部の実施形態では、任意の任意選択の追加の化学的部分は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の任意選択の追加の化学的部分であり得る。本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の個々の5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、及び任意選択の追加の化学的部分を、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意の他の5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、及び任意選択の追加の化学的部分と独立して組み合わせることができる。一部の実施形態では、非限定的な例として、一本鎖RNAi剤の領域は、5’末端構造、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、シード領域の一部、ポストシード領域の一部、または3’末端ジヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列からなる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の15個の連続塩基の配列を含む配列を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の、最大で5つのミスマッチを有する20個の連続塩基の配列を含む配列を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドが標的とする任意の転写産物または遺伝子を標的とする配列を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ACVR2BまたはMSTN−Rを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、APOBを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、FXI(第XI因子)を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、KRT14を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、MSTNを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、PCSK9を標的とする。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とする。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、遺伝子またはその遺伝子産物の活性、レベル、及び/または発現を低減または阻害するために使用することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、遺伝子またはその遺伝子産物の活性、レベル、及び/または発現を低減または阻害するために使用することができ、遺伝子またはその遺伝子産物の異常または過剰な活性、レベル、及び/または発現、遺伝子またはその遺伝子産物における有害な変異、あるいは遺伝子またはその遺伝子産物の異常な組織分布または細胞間分布もしくは細胞内分布は、障害と関係し、障害を引き起こし、及び/または障害と関連する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、遺伝子またはその遺伝子産物の異常または過剰な活性、レベル、及び/または発現、あるいは遺伝子またはその遺伝子産物の異常な分布と関係し、それを引き起こし、及び/またはそれと関連する障害を治療し、及び/または当該障害を治療するための薬剤を製造するために使用することができる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、特定の遺伝子または遺伝子産物と関連する障害を治療するか、または当該障害を治療するための薬剤を製造するために使用することができる。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2Bを標的とする能力を有し、ACVR2B関連障害の治療及び/またはACVR2B関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、APOBを標的とする能力を有し、APOB関連障害の治療及び/またはAPOB関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3を標的とする能力を有し、APOC3関連障害の治療及び/またはAPOC3関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、FXI(第XI因子)を標的とする能力を有し、FXI(第XI因子)関連障害の治療及び/またはFXI(第XI因子)関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRTまたはKRT14を標的とする能力を有し、KRT関連障害もしくはKRT14関連障害の治療及び/またはKRT関連障害もしくはKRT14関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン(MSTN)を標的とする能力を有し、ミオスタチン(MSTN)関連障害の治療及び/またはミオスタチン(MSTN)関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9を標的とする能力を有し、PCSK9関連障害の治療及び/またはPCSK9関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3を標的とする能力を有し、PNPLA3関連障害の治療及び/またはPNPLA3関連障害の治療物の製造に有用な、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。
一部の実施形態では、遺伝子を標的とする能力を有するオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の塩基配列の一部である塩基配列を含むか、または標的遺伝子の塩基配列の一部に相補的もしくは実質的に相補的な塩基配列を含む。一部の実施形態では、一部分の長さは、少なくとも15塩基である。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の塩基配列は、特定の塩基配列との最大ミスマッチ数が特定数である塩基配列を含むか、または当該塩基配列からなり得る。
一部の実施形態では、ミスマッチは、2つの配列が最大限にアライメント及び比較されるときの塩基配列間または長さ間の差異である。非限定的な例として、一方の配列の特定の位置の塩基と、もう一方の配列の対応位置の塩基と、の間に差異が存在するのであれば、ミスマッチとして数えられる。したがって、たとえば、一方の配列のある1つの位置に特定の塩基(たとえば、A)が存在し、異なる塩基(たとえば、G、C、またはU)がもう一方の配列の対応位置に存在するのであれば、ミスマッチとして数えられる。たとえば、一方の配列のある1つの位置に塩基(たとえば、A)が存在し、もう一方の対応位置に塩基が存在しないか(たとえば、その位置は、リン酸−糖骨格を含むが、塩基は含まない脱塩基ヌクレオチドである)、またはその位置がスキップされるのであっても、ミスマッチとして数えられる。いずれかの配列(またはセンス鎖もしくはアンチセンス鎖)に一本鎖ニックが存在してもミスマッチとしては数えられないこともあり得、たとえば、一方の配列が5’−AG−3’という配列を含むが、もう一方の配列がAとGとの間に一本鎖ニックを有する5’−AG−3’という配列を含むのであれば、ミスマッチとしては数えられないことになる。塩基修飾は、一般に、ミスマッチとは見なされず、たとえば、一方の配列がCを含み、もう一方の配列が同じ位置に修飾C(たとえば、5mC)を含むのであれば、ミスマッチとしては数えられないこともあり得る。一部の実施形態では、ミスマッチを数えるという目的では、TがUに置き換わっていてもミスマッチとは見なされず、逆もまた同様である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列(たとえば、mRNAなどのRNA)に相補的または完全に相補的もしくは100%相補的であり、このことは、オリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的配列に完全に相補的な(たとえば、ワトソンクリック塩基対形成を介して塩基対形成する)配列とのミスマッチを有さないことを意味する。いかなるの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一本鎖RNAi剤については、5’末端ヌクレオチド部分または3’末端ジヌクレオチドが標的と塩基対を形成することは必ずしも必要ではないことを明記する。こうしたものは、ミスマッチであり得る。さらに、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、少数の内部ミスマッチを有し得るが、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少、及び/またはNaseH介在性ノックダウン及び/またはRNA干渉、を依然として誘導し得る。オリゴヌクレオチド(たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤)の第1の塩基配列が、標的配列に100%相補的な参照塩基配列とのミスマッチを有し、その数が少数であれば、第1の塩基配列は、標的配列に実質的に相補的である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド(たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤)は、標的配列に相補的または実質的に相補的な塩基配列を有し得る。一部の実施形態では、相補性は、ワトソンクリック塩基対(グアニン−シトシン及びアデニン−チミン/ウラシル)に基づいて決定され、グアニン、シトシン、アデニン、チミン、ウラシルは、任意かつ独立して修飾され得るが、非修飾の場合に見られるその対形成水素結合パターンを維持する。一部の実施形態では、別の配列に相補的な配列は、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個の塩基を含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド型は、骨格結合の共通パターンを有する。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも10個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または少なくとも20個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも15個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも19個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンが含む修飾ヌクレオチド間結合の数は、10以下、11以下、12以下、13以下、14以下、15以下、16以下、17以下、18以下、19以下、または20以下である。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンが含む修飾ヌクレオチド間結合の数は、19以下である。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンが含む修飾ヌクレオチド間結合の数は、15以下である。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、11〜21個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、ホスホジエステルを含まない。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、1つのホスホジエステルを含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、または19個のホスホジエステルを含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも2〜19個のホスホジエステルを含む。一部の実施形態では、ホスホジエステルは、任意で、連続するか、または連続しない。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、任意で、連続するか、または連続しない。
一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも10個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも11個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも12〜19個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または少なくとも20個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、ホスホジエステルを含まない。一部の実施形態では、骨格結合の共通パターンは、1〜6つのホスホジエステル及び13〜19個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、ホスホジエステルは、任意で、連続するか、または連続しない。一部の実施形態では、ホスホロチオエート結合は、任意で、連続するか、または連続しない。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド型は、骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む。
一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも5つ含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも6〜19個含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または少なくとも20個含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンが含むRp配置のヌクレオチド間結合の数は、8以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンが含むRp配置のヌクレオチド間結合の数は、1〜7以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの(非限定的な例として、ホスホジエステル)の数は、8以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないものの数は、1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、6以下、または7以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも10個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないものの数は、8以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも11個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの数は、7以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも12個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの数は、6以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも13個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの数は、6以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも14個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの数は、5以下である。一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のヌクレオチド間結合を少なくとも15個含み、当該共通パターンが含むヌクレオチド間結合で、キラルではないもの数は、4以下である。一部の実施形態では、Sp配置のヌクレオチド間結合は、任意で、連続するか、または連続しない。一部の実施形態では、Rp配置のヌクレオチド間結合は、任意で、連続するか、または連続しない。一部の実施形態では、キラルではないヌクレオチド間結合は、任意で、連続するか、または連続しない。
一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、当該組成物が、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含むという点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、オリゴヌクレオチド型は以下により定義される:
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン。
上述され、当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、当該オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性及び/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、及びウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖及び/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、及び/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、以下により定義され得る:
1A)塩基同一性、
1B)塩基修飾のパターン、
1C)糖修飾のパターン、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン。
従って一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基を共有し得るが、塩基修飾及び/または糖修飾のそれらのパターンにおいて異なっている。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基及び塩基修飾のパターン(たとえば塩基修飾の不在を含む)を共有し得るが、糖修飾のパターンにおいて異なっていてもよい。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同じ塩基配列(長さを含む)、糖及び塩基部分への同じ化学修飾パターン、同じ骨格結合パターン(たとえば、天然リン酸結合、非負荷電結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、及びそれらの組み合わせのパターン)、同じ骨格キラル中心パターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)パターン)、及び同じ骨格リン修飾パターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン(−Sなど)、及び式Iの−L−R)を有するという点で化学的に同一である。
一部の実施形態では、本開示は、複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド、特に複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のキラルヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を提供するものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物またはラセミ調製物において、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、95:5超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、96:4超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、97:3超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、99:1超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド中のキラルヌクレオチド間結合のジアステレオ選択性は、モデル反応を介して測定することができ、こうしたモデル反応は、たとえば、本質的に同じまたは同等の条件の下での二量体形成であり、この二量体形成条件においては、二量体は、キラルヌクレオチド間結合と同じのヌクレオチド間結合を有し、二量体の5’ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の5’末端側のヌクレオシドと同じであり、二量体の3’ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の3’末端側のヌクレオシドと同じである。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合における結合リンのジアステレオ純度は、90%〜100%(たとえば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%)である。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合における結合リンのジアステレオ純度は、95%〜100%(たとえば、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%)である。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合における結合リンのジアステレオ純度は、97%〜100%(たとえば、97%、98%、99%、または99.5%)である。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも97%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも98%ジアステレオ純度を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも99%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態では、キラル制御されない(ラセミ/立体不規則的)ヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、90%未満である。
とりわけ、本開示は、特性を最適化するためのオリゴヌクレオチド組成物及び技術を提供する。
とりわけ、本開示は、特性を最適化(たとえば、一本鎖RNA干渉、RNaseH介在性ノックダウンなどを改善)するためのオリゴヌクレオチド組成物及び技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の投与と関連する免疫応答を弱めるための方法(すなわち、組成物におけるオリゴヌクレオチドに対する望ましくない免疫応答が、たとえば同等または同一のヌクレオチド配列の参照ヌクレオチド組成物で観察されるものと比較して、低減されるようにオリゴヌクレオチド組成物の投与するもの)を提供する。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物による、ある特定のタンパク質への結合を増加させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物による、ある特定のタンパク質への結合を増加させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の送達を増進させるための方法を提供する。とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドをその標的に最適に送達するには、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドが所望の位置に輸送され得るようにある特定のたんぱく質にオリゴヌクレオチドが結合することと、ある特定のタンパク質からオリゴヌクレオチドが適切に遊離して、その所望の機能(たとえば、その標的とのハイブリダイゼーション、その標的の切断、翻訳の阻害、転写産物プロセッシングの調節など)を発揮し得るようにオリゴヌクレオチドが遊離することと、のバランスが必要であるという認識を含む。本開示に例示されるように、本開示は、とりわけ、化学修飾及び/または立体化学を介してオリゴヌクレオチド特性の改善を達成できるという認識を有する。
一部の実施形態では、本開示は、疾患を治療または予防するための方法を提供し、当該方法は、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む。
一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後に、一本鎖RNA干渉を介して標的核酸がノックダウンされることで、治癒、回復、または新たな有益な機能が導入され得る疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、がんである。
一部の実施形態では、共通配列は、表1Aから選択される配列を含む。一部の実施形態では、共通配列は、表1Aから選択される配列である。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、表1Aに記載されるものから選択される。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与を含む方法を提供し、当該組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物と比較して送達の改善を示し、当該参照組成物に含まれる当該複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、同様に共通塩基配列を有するが、当該複数のオリゴヌクレオチドは、
この参照の当該複数のオリゴヌクレオチドに含まれる個々のオリゴヌクレオチドの立体化学構造が互いに異なり、及び/または
この参照の当該複数のオリゴヌクレオチドに含まれる少なくともいくつかのオリゴヌクレオチドが、組成物の当該複数のオリゴヌクレオチドが示す構造とは異なる構造を有する
という点において第1の複数のオリゴヌクレオチドとは構造的に異なる。
一部の実施形態では、本開示は、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有し、共通ヌクレオチド配列を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物の投与方法を提供し、この改善には、
第1の複数のオリゴヌクレオチドを構成するオリゴヌクレオチドの投与が、同じ共通ヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比較して送達が改善することによって特徴付けられるものであること
を含む。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、共通ヌクレオチド配列を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物の投与方法を提供し、この改善には、
第1の複数のオリゴヌクレオチドを構成するオリゴヌクレオチドの投与が、同じ共通ヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比較して送達が改善することによって特徴付けられるものであること
を含む。
一部の実施形態では、本開示は、表(限定されないが、表1Aを含む)またはその他の箇所で本明細書に開示されるもの、のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドの一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、表(限定されないが、表1Aを含む)またはその他の箇所で本明細書に開示されるもの、のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドの一本鎖RNAi剤を提供し、オリゴヌクレオチドは、脂質部分に複合体化される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、25塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、30塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、35塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、40塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、45塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、50塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、55塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、60塩基以下の長さである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含む。一部の実施形態では、脂質部分は、脂質との複合体化によって組み込まれる。一部の実施形態では、脂質部分は、脂肪酸である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脂肪酸に複合体化される。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質をさらに含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、9番目または11番目(5’末端から数えた位置)のヌクレオチドに複合体化された脂質部分を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基において脂肪酸に複合体化される。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質部分を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、9番目または11番目(5’末端から数えた位置)のヌクレオチドの塩基に複合体化された脂質部分を含む。
一部の実施形態では、本開示は、化合物を提供し、当該化合物は、たとえば、式O−I:
Figure 2020522510
の構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩であり、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、本開示は、
−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、または(A−L−(R
という構造の化合物またはその塩を提供し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Aはそれぞれ、独立して、式O−Iのオリゴヌクレオチドまたはその塩のオリゴヌクレオチド部分である(たとえば、[H]−Aまたは[H]−Aは、式O−Iのオリゴヌクレオチドまたはその塩である)。一部の実施形態では、本開示は、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(R)の構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩を提供する。一部の実施形態では、本開示は、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rの構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rの構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩を所定レベル(本開示に記載されるもの)で含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rの構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、複数の(たとえば、第1の複数の)オリゴヌクレオチド、またはある1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rの構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩である。一部の実施形態では、提供される組成物(たとえば、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)におけるオリゴヌクレオチドは、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rの構造、またはその塩の構造を有する。一部の実施形態では、構造は、A−[−L−(Rまたはその塩である。一部の実施形態では、構造は、[(A−L−Rまたはその塩である。一部の実施形態では、構造は、(A−L−(Aまたはその塩である。一部の実施形態では、構造は、A−[−L−(Rまたはその塩である。
一部の実施形態では、Aはそれぞれ、独立して、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩のオリゴヌクレオチド部分である。
一部の実施形態では、複合体は、A−[−LLD−(RLDの構造を有し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、本開示は、
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD
の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
式中:
はそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(たとえば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aは、1〜1000であり、
bは、1〜1000であり、
各LLDは、独立してリンカー部分であり、
各RLDは、独立して脂質部分または標的化部分である。
一部の実施形態では、本開示は、
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD
の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
式中:
はそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(たとえば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aは、1〜1000であり、
bは、1〜1000であり、
各LLDは、独立して共有結合であるか、または任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、TLD、またはC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各RLDは、独立して、水素、または任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基もしくは部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
LDは式I’:
Figure 2020522510
の構造を有し、
Wは、O、SまたはSeであり、
X、Y及びZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10脂肪族であり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−C脂肪族部分、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−B(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または、
2つ以上のR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、アリール、カルボシクリル、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意で置換されるC−C14基を形成し、
−Cy−は、フェニレン、C−C14カルボシクリレン、C10−C14アリーレン、C−C14ヘテロアリーレン、及びC−C14ヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C20脂肪族、C−C20カルボシクリル、C−C20アリール、C−C20ヘテロアリール、及びC−C20ヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、[H]−Aまたは[H]−Aは、式O−Iの構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩である。一部の実施形態では、[H]−Aまたは[H]−Aは、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有するオリゴヌクレオチドまたはその塩である。
一部の実施形態では、TLD中のPは、Pである。一部の実施形態では、複合体は、[(A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、複合体は、(A−LLD−RLDの構造を有する。
一部の実施形態では、aは、1〜100である。一部の実施形態では、aは、1〜50である。一部の実施形態では、aは、1〜40である。一部の実施形態では、aは、1〜30である。一部の実施形態では、aは、1〜20である。一部の実施形態では、aは、1〜15である。一部の実施形態では、aは、1〜10である。一部の実施形態では、aは、1〜9である。一部の実施形態では、aは、1〜8である。一部の実施形態では、aは、1〜7である。一部の実施形態では、aは、1〜6である。一部の実施形態では、aは、1〜5である。一部の実施形態では、aは、1〜4である。一部の実施形態では、aは、1〜3である。一部の実施形態では、aは、1〜2である。一部の実施形態では、aは、1である。一部の実施形態では、aは、2である。一部の実施形態では、aは、3である。一部の実施形態では、aは、4である。一部の実施形態では、aは、5である。一部の実施形態では、aは、6である。一部の実施形態では、aは、7である。一部の実施形態では、aは、8である。一部の実施形態では、aは、9である。一部の実施形態では、aは、10である。一部の実施形態では、aは、10より大きい。一部の実施形態では、bは、1〜100である。一部の実施形態では、bは、1〜50である。一部の実施形態では、bは、1〜40である。一部の実施形態では、bは、1〜30である。一部の実施形態では、bは、1〜20である。一部の実施形態では、bは、1〜15である。一部の実施形態では、bは、1〜10である。一部の実施形態では、bは、1〜9である。一部の実施形態では、bは、1〜8である。一部の実施形態では、bは、1〜7である。一部の実施形態では、bは、1〜6である。一部の実施形態では、bは、1〜5である。一部の実施形態では、bは、1〜4である。一部の実施形態では、bは、1〜3である。一部の実施形態では、bは、1〜2である。一部の実施形態では、bは、1である。一部の実施形態では、bは、2である。一部の実施形態では、bは、3である。一部の実施形態では、bは、4である。一部の実施形態では、bは、5である。一部の実施形態では、bは、6である。一部の実施形態では、bは、7である。一部の実施形態では、bは、8である。一部の実施形態では、bは、9である。一部の実施形態では、bは、10である。一部の実施形態では、bは、10より大きい。一部の実施形態では、複合体は、A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、Aは、それ自体の糖、塩基、及び/またはヌクレオチド間結合部分の内の1つ以上を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、それ自体の5’−OH(5’−O−)を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、それ自体の3’−OH(3’−O−)を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、ヌクレオチド間結合を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、核酸塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、糖を介して複合体化される。一部の実施形態では、複合体化の前、A−(H)(bはAの価数に依存して1〜1000の整数である)は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、例えば表のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドのうちの1つである。一部の実施形態では、LLDは、−L−である。一部の実施形態では、LLDは、ホスホロチオエート基を含む。一部の実施形態では、LLDは、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(S)−O−である。一部の実施形態では、−C(O)NH末端はRLDに連結され、−O−末端はオリゴヌクレオチドに、たとえば5’−末端または3’−末端を介して連結される。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、またはC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70、またはC80の脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、またはC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70、またはC80の脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−30脂肪族である。
一部の実施形態では、RLDは、水素ではない。一部の実施形態では、RLDは、脂質部分である。一部の実施形態では、RLDは、標的化部分である。一部の実施形態では、RLDは、炭水化物部分を含む標的化部分である。一部の実施形態では、RLDは、GalNAc部分である。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、前述の組成物のいずれか1つであって、1つ以上の追加の構成要素をさらに含む組成物である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH機序とRNAi機序との両方を介して標的転写産物(たとえば、RNA)を分解する能力を有する。
一部の実施形態では、脂質部分をオリゴヌクレオチドに複合体化することによって、当該オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性が改善される。一部の実施形態では、改善される特性としては、活性の増加(例えば、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導し、及び/または一本鎖RNA干渉を誘導し、及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力の増加)及び/または組織分布の改善が挙げられる。一部の実施形態では、組織は、筋組織である。一部の実施形態では、組織は骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜である。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アゴニスト活性の低下が挙げられる。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性が挙げられる。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性の上昇が挙げられる。
一般に、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド組成物の特性は、任意の適切なアッセイを使用して評価することができる。
当分野の当業者であれば、特定のオリゴヌクレオチド組成物に対して適切なアッセイを認識し、及び/または開発することは容易に可能であろう。
定義
本明細書中で使用される場合、他に示されない限り、以下の定義が適用される。本開示の目的に対し、化学元素は、元素の周期律表、CASバージョン、Handbook of Chemistry and Physics、第75版に従って同定される。更に、有機化学の一般原則は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999、及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B及びMarch,J.,John Wiley&Sons,New York:2001。
脂肪族:本明細書で使用される場合には、「脂肪族」は、完全に飽和した、もしくは1つ以上の不飽和単位を含む、直鎖状の(即ち、非分枝状の)または分枝状の、置換または非置換の炭化水素鎖、または完全に飽和した、もしくは1つ以上の不飽和単位(芳香族ではない)を含む、置換または非置換の単環式、二環式または多環式の炭化水素環、またはそれらの組み合わせを意味する。一部の実施形態では、脂肪族基は1〜50個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は1〜20個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜10個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜9個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜8個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜7個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜6個の脂肪族炭素原子を含む。更に別の実施形態では、脂肪族基は1〜5個の脂肪族炭素原子を含み、更に他の実施形態では、脂肪族基は1、2、3又は4個の脂肪族炭素原子を含む。好適な脂肪族基には、直鎖状の又は分枝状の、置換又は非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル基及びそれらのハイブリッド((シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル、または(シクロアルキル)アルケニルなど)が含まれるが、これらに限定されない。
アルケニル:本明細書で使用される「アルケニル」は、本明細書で定義されるように1つ又は複数の二重結合を有するアルキル基を指す。
アルキル:本明細書で使用される「アルキル」という用語は、当該技術分野で通常の意味を有し、直鎖アルキル基、分枝鎖アルキル基、シクロアルキル(脂環式)基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含み得る。いくつかの実施形態では、アルキルは1〜100個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖アルキルまたは分枝鎖アルキルはその主鎖中に約1〜20個(例えば、直鎖の場合はC−C20、分枝鎖の場合はC−C20)、あるいは約1〜10個の炭素原子を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環は、環が単環式、二環式又は多環式であるその環構造中に約3〜10個の炭素原子、あるいは環構造中に約5、6又は7個の炭素を有する。一部の実施形態では、アルキル基は低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基は1〜4個の炭素原子(例えば、直鎖低級アルキルの場合はC−C)を含む。
アルキニル:本明細書で使用される「アルキニル」という用語は、本明細書で定義されるように1つ又は複数の三重結合を有するアルキル基を指す。
動物:本明細書において使用される場合、「動物」という用語は、動物界の任意のものを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発達段階にあるヒトを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発達段階にある非ヒト動物を指す。ある特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類(例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び/またはブタ)である。一部の実施形態では、動物としては、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、及び/または蠕虫類を挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子組み換え動物、及び/またはクローンであってもよい。
およそ:本明細書中で使用される場合、数に関連した場合の「およそ」または「約」という用語は、概して、特に明記もしくは特に文脈から明白でない限り、(かかる数が、0%より小さいまたは100%を越える可能性がある値である場合を除き)当該数のいずれの方向(より大きいまたはより小さい)における、5%、10%、15%、または20%の範囲内の数を含むととらえられる。一部の実施形態では、投与量に関連した場合の「約」という用語の使用は、±5/mg/kg/日を意味する。
アリール:本明細書において使用される場合、単独で、又は「アラルキル」、「アラルコキシ」若しくは「アリールオキシアルキル」内のより大きな部分の一部として使用される「アリール」という用語は、総計5〜30個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系を指し、系内の少なくとも1個の環は芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、総計5〜14個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系であり、系内の少なくとも1個の環は芳香族であり、系中の各環は3〜7個の環員を含む。いくつかの実施形態では、アリール基はビアリール基である。「アリール」は、「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示のいくつかの実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル等を含み、1つ又は複数の置換基を有し得る芳香環系を指すが、これらに限定されない。また、本明細書で使用される「アリール」という用語の範囲内に含まれるのは、芳香環が1個又は複数の非芳香環に縮合している基、例えばインダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチル等である。
特徴的な部分:本明細書において使用される場合、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的な部分」という表現は、連続的アミノ酸、または連続的アミノ酸の集まりを含む部分であり、それら両方ともがタンパク質またはポリペプチドの特徴である。かかる各連続鎖は、概して、少なくとも2つのアミノ酸を含むであろう。さらに当分野の当業者は、多くの場合、少なくとも5、10、15、20またはそれ以上のアミノ酸が、タンパク質の特徴であるために必要であると認識するであろう。概して、特徴的部分は、上記で特定される配列同一性に加えて、関連無傷タンパク質と少なくとも1つの機能的特徴を共有する部分である。
特徴的な構造的要素:「特徴的構造要素」または「構造的要素」という用語は、ポリペプチド、低分子、または核酸のファミリーの全メンバーに存在する、明確に異なる構造的要素を指し、ゆえに当該ファミリーのメンバーを定義するために当分野の当業者により使用され得る。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の構造的要素としては、限定されないが、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’キャップ、修飾パターン、骨格における立体化学パターン、追加の化学的部分などが挙げられる。
同等:「同等」という用語は、得られた結果または観察された現象の比較が可能な、互いに充分に類似した状態または環境の2つ(またはそれ以上)の設定を記載するために、本明細書で使用される。一部の実施形態では、状態または環境の同等な設定は、複数の実質的に同一の特徴、及び1つまたは少数の変更された特徴により特徴付けられる。当分野の当業者は、条件の設定は、充分な数と実質的に同一な特性の型により特徴づけられ、当該異なる条件設定または環境設定下で得られた結果と観察された現象における差異が、変更されたそれら特性における変化により引き起こされた、または変化の指標であると合理的に結論づけることが正当化されたときに互いに同等であると認識するであろう。
脂環式:「脂環式」、「炭素環式」、「カルボシクリル」、「炭素環式ラジカル」、及び「炭素環」という用語は、互換的に使用され、本明細書で使用されるように、3〜30個の環員を別段の指定がない限り有する、本明細書に記載の、飽和または部分不飽和であるが、非芳香族である環式脂肪族の単環式環系、二環式環系、または多環式環系を指す。脂環式基は、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、脂環式基は、3〜6個の炭素を有する。一部の実施形態では、脂環式基は、飽和しており、シクロアルキルである。「脂環式」という用語はまた、1つ若しくは複数の芳香又は非芳香環、例えばデカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチルに縮合している脂肪族環を含むことができる。いくつかの実施形態では、脂環式基は二環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は三環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は多環式である。いくつかの実施形態では、「脂環式」は、完全に飽和している若しくは1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではなく、分子の残りの部分へ単一の結合点を有するC−C単環式炭化水素、またはC−C10二環式炭化水素もしくはC−C10多環式炭化水素、又は、完全に飽和している若しくは1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではなく、分子の残りの部分へ単一の結合点を有するC−C16多環式炭化水素を指す。
投与計画:本明細書において使用される場合、「投与計画」または「治療レジメン」は多くの場合、ある期間により分けられる、対象に個別に投与される1組の単位用量(多くの場合、2つ以上)を指す。一部の実施形態では、所与の治療剤は、推奨される投与計画を有しており、それらは1つ以上の投与量を含む場合がある。一部の実施形態では、投与計画は複数の投与を含み、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離される。一部の実施形態では、投与計画は、複数の投与と、個々の投与を分ける少なくとも2つの異なる期間を含む。一部の実施形態では、投与計画内のすべての投与量は、同じ単位用量である。一部の実施形態では、投与計画内の異なる投与量は、異なる量である。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量とは異なる2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量と同じ2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。
均等な剤:本開示を読むことで、当分野の当業者は、本開示の文脈中の有用な剤の範囲が、本明細書で具体的に言及または例示されたものに限定されないことを認識するだろう。具体的には、当分野の当業者は、活性剤は多くの場合、コアと付加された懸垂部分から成る構造を有することを認識しており、従ってかかるコア及び/または懸垂部分のシンプルな変更が、当該剤の活性を大きく変化させ得ないことを理解するだろう。例えば、一部の実施形態では、同等の3次元構造及び/または化学反応特性の基を有する1つ以上の懸垂部分の置換は、元の基準化合物または部分と同等の置換化合物または部分を生成する場合がある。一部の実施形態では、1つ以上の懸垂部分の付加または除去は、元の基準化合物に対して均等な置換化合物を生成する場合がある。一部の実施形態では、例えば少数の結合(多くの場合、5、4、3、2以下、または1つの結合、及びしばしば一重結合のみ)の付加または除去によるコア構造の変更は、元の基準化合物に対し均等な置換化合物を生成する場合がある。多くの実施形態では、均等な化合物は、例えば、容易に入手可能な開始物質、試薬、及び従来的な、または提供される合成手順を使用し、下記の一般的反応スキームで示された方法、またはその変法により、合成され得る。これらの反応において、それ自体では公知であるが、本明細書において言及されていないバリアントの使用も可能である。
均等な投与量:「均等な投与量」という用語は、同じ生物学的結果をもたらす、薬剤的に異なる活性剤の投与量を比較するために、本明細書で使用される。2つの異なる薬剤の投与量は、それらが同等のレベルまたは同程度の生物学的結果を達成するならば、本開示に従い互いに「均等」であると見なされる。一部の実施形態では、本開示に従う用途に対する異なる薬品の均等な投与量は、本明細書に記載されるin vitro及び/またはin vivoのアッセイを使用して決定される。一部の実施形態では、本開示に従う用途に対する1種以上のリソソーム活性化剤は、基準リソソーム活性化剤の投与量に対し均等な投与量で利用される。一部の実施形態では、かかる目的に対する基準リソソーム活性化剤は、低分子アロステリック活性化剤(たとえばピラゾールピリミジン)、イミノ糖(たとえばイソファゴミン)、抗酸化剤(たとえばn−アセチル−システイン)、及び細胞輸送制御剤(たとえばRab1aポリペプチド)からなる群から選択される。
ヘテロ脂肪族:「ヘテロ脂肪族」という用語は、当技術分野で通常の意味が与えられ、1個以上の炭素原子が独立して1個以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置換された、本明細書に記載の脂肪族基を指す。一部の実施形態では、C、CH、CH、及びCHから選択される1個以上の単位は、独立して1個以上のヘテロ原子(その酸化型及び/または置換型を含む)により置換される。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル:本明細書において使用される場合、「ヘテロアルキル」という用語は、当技術分野で通常の意味が与えられ、1個以上の炭素原子が独立して1個以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置換された、本明細書に記載の脂肪族基を指す。ヘテロアルキル基の例としては、アルコキシ、ポリ(エチレングリコール)−、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニル等が挙げられるが、これらに限定されない。
ヘテロアリール:本明細書において使用される場合、単独で使用される、またはより大きい部分、例えば「ヘテロアラルキル」又は「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される「ヘテロアリール」及び「ヘテロar−」という用語は、総計5〜30個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系内の少なくとも1個の環は芳香族であり、少なくとも1個の芳香環原子はヘテロ原子である。ヘテロアリール基は、いくつかの実施形態では5〜10個の環原子(即ち、単環式、二環式又は多環式)、いくつかの実施形態では5、6、9、又は10個の環原子を有する基である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、環状配列中で共有され、及び炭素原子に加えて1〜5個のヘテロ原子を有する、6、10、又は14個のπ電子を有する。ヘテロアリール基には、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールはヘテロビアリール基、例えばビピリジル等である。本明細書で使用される「ヘテロアリール」及び「ヘテロアラルキル」という用語はまた、ヘテロ芳香環が1個若しくは複数のアリール、脂環式又はヘテロシクリル環に縮合している基を含み、ここでラジカル又は結合点はヘテロ芳香環上にある。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド[2,3−b]−1,4−オキサジン−3(4H)−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式又は多環式であってもよい。「ヘテロアリール」は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」という用語と互換的に使用されることができ、これらの用語のいずれかは、置換されていてもよい環を含む。「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリール基で置換されたアルキル基を指し、アルキル部分及びヘテロアリール部分は、独立して置換されていてもよい。
ヘテロ原子:本明細書において使用される場合、「ヘテロ原子」という用語は、炭素でも水素でもない原子を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、(窒素、硫黄、リン、又はケイ素の任意の酸化形態、任意の塩基性窒素又は複素環式環の置換可能な窒素の四級化形態(例えば、3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中のN)、(ピロリジニル中の)NH、又は(N−置換ピロリジニル中の)NR等を含む)酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素である。
複素環:本明細書において使用される場合、「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、及び「複素環式環」という用語は、相互交換可能に使用され、飽和または部分不飽和であり、1個以上のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式、又は多環式環部分(例えば3〜30員)を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、炭素原子に加えて1個又は複数の、好ましくは上で定義した1〜4個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和のいずれかの、安定な5員〜7員単環式又は7員〜10員二環式複素環式部分である。複素環の環原子に関して使用される場合、「窒素」という用語は置換された窒素を含む。例として、酸素、硫黄、及び窒素から選択される0〜3個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和の環において、窒素は(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中の)N、(ピロリジニルの中の)NH、又は(N−置換ピロリジニル中の)NRであることができる。複素環式環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、任意の環原子は置換されていてもよい。このような飽和又は部分不飽和複素環式ラジカルの例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式基」、「複素環式部分」、及び「複素環式ラジカル」という用語は、本明細書では互換的に使用され、また、ヘテロシクリル環が1つ若しくは複数のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えばインドリニル、3H−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、若しくはテトラヒドロキノリニル、に縮合した基を含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式、又は多環式であってもよい。「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリルで置換されたアルキル基を指し、アルキル部分及びヘテロシクリル部分は、独立して置換されていてもよい。
腹腔内:本明細書において使用される場合、「腹腔内投与」及び「腹腔内に投与された」という表現は、対象の腹膜中への化合物または組成物の投与を表す、当該技術分野で理解される意味を有する。
In vitro:本明細書において使用される場合、「in vitro」という用語は、生物体(たとえば、動物、植物、及び/または微生物)内でなく、人工的環境、たとえば、試験管または反応器中、細胞培養液中、などで発生する事象を指す。
In vivo:本明細書において使用される場合、「in vivo」という用語は、生物体(たとえば、動物、植物、及び/または微生物)内で起こる事象を指す。
低級アルキル:「低級アルキル」という用語は、C1−4の直線状または分枝状のアルキル基を指す。低級アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、及びtert−ブチルである。
低級ハロアルキル:「低級ハロアルキル」という用語は、1つ以上のハロゲン原子で置換されたC1−4の直線状または分枝状のアルキル基を指す。
任意で置換された:本明細書において記載される場合、たとえば本開示のオリゴヌクレオチドは、任意で置換された及び/または置換された部分を含有してもよい。一般に、「置換された」は、「任意に」という用語が前にあるか否かにかかわらず、指定された部分の1つ又は複数の水素が好適な置換基で置換されていることを意味する。特に指示しない限り、「置換されていてもよい」基は、基の各置換可能な位置に好適な置換基を有していてもよく、任意の所定の構造中の2つ以上の位置が特定の基から選択される2つ以上の置換基で置換され得る場合、その置換基はあらゆる位置で同じであっても又は異なっていてもよい。一部の実施形態では、任意で置換される基は、置換されない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらす置換基である。本明細書で使用される「安定な」という用語は、化合物の産生、検出、並びに、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される1つ又は複数の目的のためのそれらの回収、精製、及び使用を可能にする条件にさらされた場合に、実質的に改変されない化合物を指す。
置換可能な原子(たとえば、適切な炭素原子)に対する好適な一価置換基は、独立して、ハロゲン;−(CH0−4;−(CH0−4OR;−O(CH0−4、−O−(CH0−4C(O)OR°;−(CH0−4CH(OR;R°で置換されていてもよい−(CH0−4Ph;R°で置換されていてもよい−(CH0−4O(CH0−1Ph;R°で置換されていてもよい−CH=CHPh;R°で置換されていてもよい−(CH0−4O(CH0−1−ピリジル;−NO;−CN;−N;−(CH0−4N(R;−(CH0−4N(R)C(O)R;−N(R)C(S)R;−(CH0−4N(R)C(O)NR ;−N(R)C(S)NR ;−(CH0−4N(R)C(O)OR;−N(R)N(R)C(O)R;−N(R)N(R)C(O)NR ;−N(R)N(R)C(O)OR;−(CH0−4C(O)R;−C(S)R;−(CH0−4C(O)OR;−(CH0−4C(O)SR;−(CH0−4C(O)OSiR ;−(CH0−4OC(O)R;−OC(O)(CH0−4SR,−SC(S)SR°;−(CH0−4SC(O)R;−(CH0−4C(O)NR ;−C(S)NR ;−C(S)SR°;−SC(S)SR°,−(CH0−4OC(O)NR ;−C(O)N(OR)R;−C(O)C(O)R;−C(O)CHC(O)R;−C(NOR)R;−(CH0−4SSR;−(CH0−4S(O);−(CH0−4S(O)OR;−(CH0−4OS(O);−S(O)NR ;−(CH0−4S(O)R;−N(R)S(O)NR ;−N(R)S(O);−N(OR)R;−C(NH)NR ;−Si(R);−OSi(R);−B(R);−OB(R);−OB(OR);−P(R);−P(OR);−OP(R);−OP(OR);−P(O)(R);−P(O)(OR);−OP(O)(R);−OP(O)(OR);−OP(O)(OR)(SR);−SP(O)(R);−SP(O)(OR);−N(R)P(O)(R);−N(R)P(O)(OR);−P(R)[B(R)];−P(OR)[B(R)];−OP(R)[B(R)];−OP(OR)[B(R)];−(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)O−N(R;又は、−(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)C(O)O−N(R、(式中、各Rは、以下に定義されるように置換されていてもよく、独立して、水素、C1−20脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1−20、ヘテロ脂肪族、−CH−(C6−14アリール)、−O(CH0−1(アリール)、(C6−14アリール)、−CH−(5〜14員ヘテロアリール環)、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員の、単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環であり、又は、上記定義にかかわらず、独立して出現する2つのは、それらの介在する原子と一緒になって、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員の、単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環を形成し、これらは以下に定義されるように置換されていてもよい)である。
好適なR上の一価置換基(又は独立して出現する2つのR°がその介在する原子と一緒になって形成する環)は、独立して、ハロゲン、−(CH0−2、−(ハロR)、−(CH0−2OH、−(CH0−2OR、−(CH0−2CH(OR;−O(ハロR)、−CN、−N、−(CH0−2C(O)R、−(CH0−2C(O)OH、−(CH0−2C(O)OR、−(CH0−2SR、−(CH0−2SH、−(CH0−2NH、−(CH0−2NHR、−(CH0−2NR 、−NO、−SiR 、−OSiR 、−C(O)SR −(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)C(O)OR、又は−SSR、(式中、各Rは、非置換の、若しくは「ハロ」が前に付く場合には1つ若しくは複数のハロゲンでのみ置換され、及び、独立して、C1−4脂肪族、−CHPh、−O(CH0−1Ph、ならびに窒素、酸素及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)である。R°の飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、=O及び=Sを含む。
好適な二価置換基(たとえば、適切な炭素原子に対するもの)は、独立して、=O、=S、=NNR 、=NNHC(O)R、=NNHC(O)OR、=NNHS(O)、=NR、=NOR、−O(C(R ))2−3O−、又は−S(C(R ))2−3S−、(式中、独立して出現する各Rは、水素、以下に定義されるように置換されていてもよいC1−6脂肪族、ならびに、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)である。「置換されていてもよい」基の隣接の置換可能な炭素に結合している好適な二価置換基は、−O(CR 2−3O−、(式中、独立して出現する各Rは、水素、以下に定義されるように置換されていてもよいC1−6脂肪族、ならびに、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)を含む。
の脂肪族基上の好適な置換基は、独立してハロゲン、−R、−(ハロR)、−OH、−OR、−O(ハロR)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR、−NH、−NHR、−NR 、または−NOであり、式中、各Rは、非置換であるか、または「ハロ」が前に付く場合には1個以上のハロゲンでのみ置換され、及び独立して、C1−4脂肪族、−CHPh、−O(CH0−1Ph、または窒素、酸素及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の、飽和、部分不飽和もしくはアリールの環である。
経口:本明細書において使用される場合、「経口投与」及び「経口的に投与される」という表現は、化合物または組成物の口による投与を指す、当該技術分野で理解される意味を有する。
非経口:本明細書において使用される場合、「非経口投与」及び「非経口的に投与される」という表現は、腸内及び局所的投与以外の通常は注射による投与様式を指す、当該技術分野で理解される意味を有し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、及び胸骨内の注射及び点滴が挙げられるが、これに限定されない。
部分不飽和:本明細書で使用される「部分不飽和」という用語は、少なくとも1つの二重又は三重結合を含む部分を指す。「部分不飽和」という用語は、不飽和の複数の部位を有する環を含むことが意図されるが、本明細書に定義されるアリール部分及びヘテロアリール部分のいずれも含むことを意図するものではない。
医薬組成物:本明細書において使用される場合、「医薬組成物」という用語は、1種以上の薬学的に許容可能な担体とともに製剤化された活性剤を指す。一部の実施形態では、活性剤は、関連集団に投与したときに、所定の治療効果を達成する統計的有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適した単位投与量中に存在する。一部の実施形態では、医薬組成物は、以下に対し適合したものを含む、固体または液体の形態での投与用に特に製剤化されてもよい:経口投与、たとえば飲薬(drenches)(水溶液もしくは非水溶液または懸濁液)、錠剤、たとえば口腔、舌下及び全身吸収を標的とした錠剤、ボーラス投与、粉末、顆粒、舌への適用のためのペースト;非経口投与、たとえば滅菌溶液もしくは懸濁液または徐放製剤として、皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射または硬膜外注射;局所投与、たとえばクリーム、軟膏もしくは放出制御パッチまたは皮膚、肺もしくは口腔内に塗布されるスプレー;膣内投与または直腸内投与、たとえばペッサリー、クリームまたは泡状物質;舌下投与;眼内投与;経皮投与;または鼻内、肺内、及びその他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容可能:薬学的に許容可能:本明細書中で使用されるとき、「薬学的に許容可能」という表現は、正当な医学的判断の範囲内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過剰な有害性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴わずに、ヒト及び動物の組織と接触して使用するのに適切な化合物、物質、組成物、及び/または剤形を指す。
薬学的に許容可能な担体:本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」という用語は、1つの臓器、または身体の部分から、別の臓器、または身体の部分への対象化合物の運搬または輸送に関与する液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料などの薬学的に許容可能な材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、対象に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体として使用することができる材料のいくつかの例としては以下が挙げられる:ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖類;コーンスターチ及びジャガイモデンプンなどのデンプン類;カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロースなどのセルロース及びその誘導体;粉末化トラガカント;麦芽;ゼラチン;タルク;カカオバター及び坐薬蝋などの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油などの油類;プロピレングリコールなどのグルコール類;グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール類;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチルなどのエステル類;アガー;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギン酸;発熱物質フリー水;等張食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル類、ポリカーボネート類及び/またはポリ無水物;及び医薬製剤で使用される他の無毒性の適合物質。
薬学的に許容可能な塩:本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な塩」という用語は、薬学的な文脈中での使用に適切なかかる化合物の塩、すなわち、正当な医学的判断の範囲内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過度の有害性、刺激、アレルギー応答などを伴わずにヒト及び下等動物の組織と接触した使用に適切な塩を指す。薬学的に許容可能な塩は、当技術分野で公知である。例えば、S.M.Bergeらは、J.Pharmaceutical Sciences,66:1−19(1977)で、薬学的に許容可能な塩を詳細に記載している。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、限定されないが、たとえば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸などの無機酸と形成された、またはたとえば酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、またはマロン酸などの有機酸と形成された、またはイオン交換など糖分で使用される他の方法を使用することで形成されたアミノ基の塩である非毒性の酸付加塩が挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩(camphorate)、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリル酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸、メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、提供される化合物(たとえば、オリゴヌクレオチド)は、1つ以上の酸性基を含み、薬学的に許容可能な塩は、アルカリ塩、アルカリ土類金属塩、またはアンモニウム塩(たとえば、N(R)のアンモニウム塩であり、式中、Rはそれぞれ、本開示に独立して定義及び記載される)。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩類としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩は、カリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩は、カルシウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合には、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1〜6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して生成された非毒性のアンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。一部の実施形態では、提供される化合物は、複数の酸性基を含み、たとえば、提供されるオリゴヌクレオチドは、(たとえば、天然リン酸結合及び/または修飾ヌクレオチド間結合において)2つ以上の酸性基を含み得る。一部の実施形態では、そのような化合物の薬学的に許容可能な塩または一般的な塩は、2つ以上のカチオンを含み、これらのカチオンは、同じか、または異なり得る。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩(または一般的な塩)では、酸性基におけるイオン化可能な水素はすべて、カチオンで置き換えられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、それぞれの酸性リン酸基は、塩形態(すべてナトリウム塩)として存在し、こうしたナトリウム塩は、たとえば、Naを19個含む、WV−2555のナトリウム塩、またはNaを23個含む、WV−2555のナトリウム塩である。
プロドラッグ:一般的な「プロドラッグ」は、この用語が本明細書で使用され、当該技術分野において理解されるように、生物体に投与されると、体内で代謝されて目的活性剤(例えば、治療剤または診断剤)を送達する実体である。典型的には、そのような代謝では、少なくとも1つの「プロドラッグ部分」が除去される結果、活性剤が形成される。さまざまな形態の「プロドラッグ」が当該技術分野において知られている。そのようなプロドラッグ部分の例については、以下を参照のこと:
a)Design of Prodrugs,edited by H.Bundgaard,(Elsevier,1985)and Methods in Enzymology,42:309−396,edited by K.Widder,et al.(Academic Press,1985)、
b)Prodrugs and Targeted Delivery,edited by by J.Rautio(Wiley,2011)、
c)A Textbook of Drug Design and Development,edited by Krogsgaard−Larsen、
d)Bundgaard,Chapter 5 “Design and Application of Prodrugs”,by H.Bundgaard,p.113−191(1991)、
e)Bundgaard,Advanced Drug Delivery Reviews,8:1−38(1992)、
f)Bundgaard,et al.,Journal of Pharmaceutical Sciences,77:285(1988)、及び
g)Kakeya,et al.,Chem.Pharm.Bull.,32:692(1984)。
本明細書に記載の他の化合物と同様に、プロドラッグは、さまざまな形態(たとえば、結晶形態、塩形態など)のいずれかにおいて提供され得る。一部の実施形態では、プロドラッグは、その薬学的に許容可能な塩として提供される。
保護基:本明細書において使用される場合、「保護基」という用語は当分野において公知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rd edition,John Wiley&Sons,1999に詳述される保護基を含む。当該文献は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,edited by Serge L.Beaucage et al.06/2012に記載されるヌクレオシド及びヌクレオチド化学に特に適合される保護基もまた含まれる。当該文献のチャプター2の全体が、参照により本明細書に組み込まれる。適切なアミノ保護基としては、カルバミン酸メチル、カルバミン酸エチル、カルバミン酸9−フルオレニルメチル(Fmoc)、カルバミン酸9−(2−スルホ)フルオレニルメチル、カルバミン酸9−(2,7−ジブロモ)フルオレニルメチル、カルバミン酸2,7−ジ−t−ブチル−[9−(10,10−ジオキソ−10,10,10,10−テトラヒドロチオキサンチル)]メチル(DBD−Tmoc)、カルバミン酸4−メトキシフェナシル(Phenoc)、カルバミン酸2,2,2−トリクロロエチル(Troc)、カルバミン酸2−トリメチルシリルエチル(Teoc)、カルバミン酸2−フェニルエチル(hZ)、カルバミン酸1−(1−アダマンチル)−1−メチルエチル(Adpoc)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2−ハロエチル、カルバミン酸1,1−ジメチル−2,2−ジブロモエチル(DB−t−BOC)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2,2,2−トリクロロエチル(TCBOC)、カルバミン酸1−メチル−1−(4−ビフェニルイル)エチル(Bpoc)、カルバミン酸1−(3,5−ジ−t−ブチルフェニル)−1−メチルエチル(t−Bumeoc)、カルバミン酸2−(2’−及び4’−ピリジル)エチル(Pyoc)、カルバミン酸2−(N,N−ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチル、カルバミン酸t−ブチル(BOC)、カルバミン酸1−アダマンチル(Adoc)、カルバミン酸ビニル(Voc)、カルバミン酸アリル(Alloc)、カルバミン酸1−イソプロピルアリル(Ipaoc)、カルバミン酸シンナミル(Coc)、カルバミン酸4−ニトロシンナミル(Noc)、カルバミン酸8−キノリル、カルバミン酸N−ヒドロキシピペリジニル、カルバミン酸アルキルジチオ、カルバミン酸ベンジル(Cbz)、カルバミン酸p−メトキシベンジル(Moz)、カルバミン酸p−ニトベンジル、カルバミン酸p−ブロモベンジル、カルバミン酸p−クロロベンジル、カルバミン酸2,4−ジクロロベンジル、カルバミン酸4−メチルスルフィニルベンジル(Msz)、カルバミン酸9−アントリルメチル、カルバミン酸ジフェニルメチル、カルバミン酸2−メチルチオエチル、カルバミン酸2−メチルスルホニルエチル、カルバミン酸2−(p−トルエンスルホニル)エチル、カルバミン酸[2−(1,3−ジチアニル)]メチル(Dmoc)、カルバミン酸4−メチルチオフェニル(Mtpc)、カルバミン酸2,4−ジメチルチオフェニル(Bmpc)、カルバミン酸2−ホスホニオエチル(Peoc)、カルバミン酸2−トリフェニルホスホニオイソプロピル(Ppoc)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2−シアノエチル、カルバミン酸m−クロロ−p−アシルオキシベンジル、カルバミン酸p−(ジヒドロキシボリル)ベンジル、カルバミン酸5−ベンズイソキサゾルイルメチル、カルバミン酸2−(トリフルオロメチル)−6−クロモニルメチル(Tcroc)、カルバミン酸m−ニトロフェニル、カルバミン酸3,5−ジメトキシベンジル、カルバミン酸o−ニトロベンジル、カルバミン酸3,4−ジメトキシ−6−ニトロベンジル、カルバミン酸フェニル(o−ニトロフェニル)メチル、フェノチアジニル−(10)−カルボニル誘導体、N’−p−トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’−フェニルアミノチオカルボニル誘導体、カルバミン酸t−アミル、チオカルバミン酸S−ベンジル、カルバミン酸p−シアノベンジル、カルバミン酸シクロブチル、カルバミン酸シクロヘキシル、カルバミン酸シクロペンチル、カルバミン酸シクロプロピルメチル、カルバミン酸p−デシルオキシベンジル、カルバミン酸2,2−ジメトキシカルボニルビニル、カルバミン酸o−(N,N−ジメチルカルボキサミド)ベンジル、カルバミン酸1,1−ジメチル−3−(N,N−ジメチルカルボキサミド)プロピル、カルバミン酸1,1−ジメチルプロピニル、カルバミン酸ジ(2−ピリジル)メチル、カルバミン酸2−フラニルメチル、カルバミン酸2−ヨードエチル、カルバミン酸イソボリニル、カルバミン酸イソブチル、カルバミン酸イソニコチニル、カルバミン酸p−(p’−メトキシフェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸1−メチルシクロブチル、カルバミン酸1−メチルシクロヘキシル、カルバミン酸1−メチル−1−シクロプロピルメチル、カルバミン酸1−メチル−1−(3,5−ジメトキシフェニル)エチル、カルバミン酸1−メチル−1−(p−フェニルアゾフェニル)エチル、カルバミン酸1−メチル−1−フェニルエチル、カルバミン酸1−メチル−1−(4−ピリジル)エチル、カルバミン酸フェニル、カルバミン酸p−(フェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸2,4,6−トリ−t−ブチルフェニル、カルバミン酸4−(トリメチルアンモニウム)ベンジル、カルバミン酸2,4,6−トリメチルベンジル、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミドトリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、3−フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、3−ピリジルカルボキサミド、N−ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p−フェニルベンズアミド、o−ニトフェニルアセトアミド、o−ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、(N’−ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3−(p−ヒドロキシフェニル)プロパンアミド、3−(o−ニトロフェニル)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4−クロロブタンアミド、3−メチル−3−ニトロブタンアミド、o−ニトロシンナミド、N−アセチルメチオニン誘導体、o−ニトロベンズアミド、o−(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5−ジフェニル−3−オキサゾリン−2−オン、N−フタルイミド、N−ジチアスクシンイミド(Dts)、N−2,3−ジフェニルマレイミド、N−2,5−ジメチルピロール、N−1,1,4,4−テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物(STABASE)、5−置換1,3−ジメチル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、5−置換1,3−ジベンジル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、1−置換3,5−ジニトロ−4−ピリドン、N−メチルアミン、N−アリルアミン、N−[2−(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N−3−アセトキシプロピルアミン、N−(1−イソプロピル−4−ニトロ−2−オキソ−3−ピロオリン−3−イル)アミン、四級アンモニウム塩、N−ベンジルアミン、N−ジ(4−メトキシフェニル)メチルアミン、N−5−ジベンゾスベリルアミン、N−トリフェニルメチルアミン(Tr)、N−[(4−メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N−9−フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N−2,7−ジクロロ−9−フルオレニルメチレンアミン、N−フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N−2−ピコリルアミノN’−オキシド、N−1,1−ジメチルチオメチレンアミン、N−ベンジリデンアミン、N−p−メトキシベンジリデンアミン、N−ジフェニルメチレンアミン、N−[(2−ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N−(N’,N’−ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’−イソプロピリデンジアミン、N−p−ニトロベンジリデンアミン、N−サリチリデンアミン、N−5−クロロサリチリデンアミン、N−(5−クロロ−2−ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N−シクロヘキシリデンアミン、N−(5,5−ジメチル−3−オキソ−1−シクロヘキセニル)アミン、N−ボラン誘導体、N−ジフェニルボロン酸誘導体、N−[フェニル(ペンタカルボニルクロミウム−またはタングステン)カルボニル]アミン、N−銅キレート、N−亜鉛キレート、N−ニトロアミン、N−ニトロソアミン、アミンN−オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホラミダート、ジベンジルホスホラミダート、ジフェニルホスホラミダート、ベンゼンスルフェンアミド、o−ニトロベンゼンスルフェンアミド(Nps)、2,4−ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、2−ニトロ−4−メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、3−ニトロピリジンスルフェンアミド(Npys)、p−トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,−トリメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6−トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6−ジメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6−テトラメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6−トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6−ジメトキシ−4−メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8−ペンタメチルクロマン−6−スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β−トリメチルシリルエタンスルホンアミド(SES)、9−アントラセンスルホンアミド、4−(4’,8’−ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド,及びフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
適切に保護されたカルボン酸としては、シリル−、アルキル−、アルケニル−、アリール−、及びアリールアルキル−保護されたカルボン酸が挙げられるが、これらに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。適切なアルキル基の例としてはメチル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、トリチル、t−ブチル、テトラヒドロピラン−2−イルが挙げられる。適切なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、任意で置換されるフェニル、ビフェニル、またはナフチルが挙げられる。適切なアリールアルキル基の例としては、任意で置換されるベンジル(例えば、p−メトキシベンジル(MPM)、3,4−ジメトキシベンジル、O−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル)、ならびに2−及び4−ピコリルが挙げられる。
適切なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t−ブチルチオメチル、(フェニルジメチルシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p−メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4−メトキシフェノキシ)メチル(p−AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t−ブトキシメチル、4−ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2−メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2−トリクロロエトキシメチル、ビス(2−クロロエトキシ)メチル、2−(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニル(THP)、3−ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1−メトキシシクロヘキシル、4−メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4−メトキシテトラヒドロチオピラニル、4−メトキシテトラヒドロチオピラニルS,S−ジオキド、1−[(2−クロロ−4−メチル)フェニル]−4−メトキシピぺリジン−4−イル(CTMP)、1,4−ジオキサン−2−イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a−オクタヒドロ−7,8,8−トリメチル−4,7−メタノベンゾフラン−2−イル、1−エトキシメチル、1−(2−クロロエトキシ)メチル、1−メチル−1−メトキシメチル、1−メチル−1−ベンジルオキシメチル、1−メチル−1−ベンジルオキシ−2−フルオロメチル、2,2,2−トリクロロメチル、2−トリメチルシリルメチル、2−(フェニルセレニル)メチル、t−ブチル、アリル、p−クロロフェニル、p−メトキシフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、o−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル、p−フェニルベンジル、2−ピコリル、4−ピコリル、3−メチル−2−ピコリルN−オキシド、ジフェニルメチル、p,p’−ジニトロベンズヒドリル、5−ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α−ナフチルジフェニルメチル、p−メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p−メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p−メトキシフェニル)メチル、4−(4’−ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’−トリス(4,5−ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(レブリノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3−(イミダゾール−1−イル)ビス(4’,4’’−ジメトキシフェニル)メチル、1,1−ビス(4−メトキシフェニル)−1’−ピレニルメチル、9−アントリル、9−(9−フェニル)キサンテニル、9−(9−フェニル−10−オキソ)アントリル、1,3−ベンゾジチオラン−2−イル、ベンズイソチアゾリルS,S−ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリメチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジメチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t−ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ−p−キシルイルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t−ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸塩、ギ酸ベンゾイル、酢酸塩、クロロアセテート、ジクロロアセテート、トリクロロアセテート、トリフルオロアセテート、メトキシアセテート、トリフェニルメトキシアセテート、フェノキシアセテート、p−クロロフェノキシアセテート、プロピオン酸3−フェニル、4−オキソ吉草酸塩(レブリン酸塩)、4,4−(メチレンジチオ)吉草酸(レブリノイルジチオアセタール)、ピバルサン塩(pivaloate)、アダマントエート(adamantoate)、クロトン酸塩、4−メトキシクロトン酸塩、安息香酸塩、安息香酸p−フェニル、安息香酸2,4,6−トリメチル(メシトエート)、炭酸アルキルメチル、炭酸9−フルオレニルメチル(Fmoc)、炭酸アルキルメチル、2,2,2−トリクロロメチル炭酸アルキル(Troc)、炭酸2−(トリメチルシリル)メチル(TMSEC)、炭酸2−(フェニルスルホニル)メチル(Psec)、炭酸2−(トリフェニルホスホニオ)メチル(Peoc)、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルp−ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルp−メトキシベンジル、炭酸アルキル3,4−ジメトキシベンジル、炭酸アルキルo−ニトロベンジル、炭酸アルキルp−ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルS−ベンジル、炭酸4−エトキシ−1−ナフチル、ジチオ炭酸メチル、2−ヨード安息香酸、4−アジド酪酸塩、吉草酸4−ニトロ−4−メチル、o−(ジブロモメチル)安息香酸塩、2−ホルミルベンゼンスルホン酸塩、2−(メチルチオメトキシ)メチル、4−(メチルチオメトキシ)酪酸塩、2−(メチルチオメトキシメチル)安息香酸塩、2,6−ジクロロ−4−メチルフェノキシアセテート、2,6−ジクロロ−4−(1,1,3,3−テトラメチルブチル)フェノキシアセテート、2,4−ビス(1,1−ジメチルプロピル)フェノキシアセテート、クロロジフェニルアセテート、イソ酪酸塩、モノスクシノエート、(E)−2−メチル−2−ブタノエート、o−(メトキシカルボニル)安息香酸塩、α−ナフトエ酸、硝酸塩、アルキルN,N,N’,N’−テトラメチルホスホロジアミダート、アルキルN−フェニルカルバミン酸塩、ホウ酸塩、ジメチルホスフィノチオイル、アルキル2,4−ジニトロフェニルスルフェナート、硫酸塩、メタンスルホン酸塩(メシラート)、スルホン酸ベンジル、及びトシラート(Ts)が挙げられる。1,2−または1,3−ジオール類の保護に関し、保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、1−t−ブチルエチリデンケタール、1−フェニルエチリデンケタール、(4−メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2−トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p−メトキシベンジリデンアセタール、2,4−ジメトキシベンジリデンケタール、3,4−ジメトキシベンジリデンアセタール、2−ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1−メトキシエチリデンオルトエステル、1−エトキシエチリジンオルトエステル、1,2−ジメトキシエチリデンオルトエステル、α−メトキシベンジリデンオルトエステル、1−(N,N−ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α−(N,N’−ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2−オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ−t−ブチルシリレン基(DTBS)、1,3−(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ−t−ブトキシジシロキサン−1,3−ジイリデン誘導体(TBDS)、環状炭酸エステル類、環状ボロン酸エステル類、ボロン酸エチル、及びボロン酸フェニルが挙げられる。
一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t−ブチル、t−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1−エトキシエチル、1−(2−クロロエトキシ)エチル、2−トリメチルシリルエチル、p−クロロフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p−フェニルベンゾイル、2,6−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p−ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’−ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、炭酸9−フルオレニルメチル、メシレート、トシレート、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’−ジメトキシトリチル、(DMTr)及び4,4’,4’’−トリメトキシトリチル(TMTr)、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2−(2−ニトロフェニル)エチル、2−(4−シアノフェニル)エチル2−(4−ニトロフェニル)エチル(NPE)、2−(4−ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5−ジクロロフェニル、2,4−ジメチルフェニル、2−ニトロフェニル、4−ニトロフェニル、2,4,6−トリメチルフェニル、2−(2−ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2−(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2−(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9−フェニルキサンテン−9−イル(pixyl)または9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)である。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル及び4,4’−ジメトキシトリチルから選択される。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチル及び4,4’−ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。
一部の実施形態では、亜リン酸結合保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体を通して、亜リン酸結合(たとえば、ヌクレオチド間結合)に付加される基である。一部の実施形態では、保護基は、ホスホロチオエート基の硫黄原子に付加される。一部の実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間リン酸結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、保護基は、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−トリメチルシリルエチル、2−ニトロエチル、2−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o−ニトロベンジル、2−(p−ニトロフェニル)エチル(NPEまたはNpe)、2−フェニルエチル、3−(N−tert−ブチルカルボキサミド)−1−プロピル、4−オキソペンチル、4−メチルチオ−l−ブチル、2−シアノ−1,1−ジメチルエチル、4−N−メチルアミノブチル、3−(2−ピリジル)−1−プロピル、2−[N−メチル−N−(2−ピリジル)]アミノエチル、2−(N−ホルミル,N−メチル)アミノエチル、または4−[N−メチル−N−(2,2,2−トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。
タンパク質:本明細書において使用される場合、「タンパク質」という用語は、ポリペプチド(すなわち、ペプチド結合により互いに連結された少なくとも2つのアミノ酸の鎖)を指す。一部の実施形態では、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。一部の実施形態では、タンパク質は、1つ以上の天然に存在しないアミノ酸(例えば、隣接アミノ酸と1つ以上のペプチド結合を形成する部分)を含む。一部の実施形態では、タンパク質鎖中の1つ以上の残基は、非アミノ酸部分(例えば、グリカン、他)を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、例えば、1つ以上のジスルフィド結合により連結された、または他手段により会合した2つ以上のポリペプチド鎖を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、l−アミノ酸、d−アミノ酸、またはその両方を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、当分野で公知の1つ以上のアミノ酸修飾またはアナログを含む。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化、他が挙げられる。「ペプチド」という用語は概して、約100個未満のアミノ酸、約50個未満のアミノ酸、約20個未満のアミノ酸、または約10個未満のアミノ酸の長さを有するポリペプチドを指すために使用される。一部の実施形態では、タンパク質は、抗体、抗体断片、その生物学的活性部分、及び/またはその特徴的部分である。
RNA干渉:本明細書で使用される「RNA干渉」または「RNAi」という用語は、RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)が関与する、転写後の標的遺伝子サイレンシングプロセスを指す。報告によれば、より長いdsRNAがリボヌクレアーゼIII(Dicer)によって切断されて、siRNAと呼ばれる、より短い断片へと変換されると、RNAiのプロセスが天然に生じる。天然に生成するsiRNA(低分子干渉RNA)は、典型的には、長さが約21〜23ヌクレオチドであり、約19塩基対の二重鎖及び2つの一本鎖オーバーハングを有し、典型的には、RNAである。報告によれば、こうしたRNAセグメントは、次に、標的核酸(mRNAまたはmRNA前駆体(pre−mRNA)など)の分解を誘導する。報告によれば、Dicerは、翻訳制御に関与する保存された構造を有する前駆体RNAから21ヌクレオチド及び22ヌクレオチドの小分子RNA(stRNA)を切り出すことにも関与している。Hutvagner et al.2001,Science,293,834。RNAiは、標的配列(たとえば、標的mRNAにおけるもの)に相補的または実質的に相補的な配列を含む一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチドによって媒介され得ることが当業者に知られている。したがって、本開示の実施形態の一部では、本明細書に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドは、RNAi剤として働き得るものであり、一部の実施形態では、本明細書に記載の二本鎖オリゴヌクレオチドは、RNAi剤として働き得るものである。一部の実施形態では、RNAi応答には、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)と一般に称されるエンドヌクレアーゼ複合体が関与し、RISCは、siRNAのアンチセンス鎖に相補的な一本鎖mRNAの切断を誘導する。一部の実施形態では、RISCは、一本鎖RNAi剤として機能し得る提供されるオリゴヌクレオチドに相補的な標的RNAの切断を誘導する。一部の実施形態では、siRNA二重鎖RNAi剤またはsiRNA一本鎖RNAi剤のアンチセンス鎖に相補的な領域の中央で標的RNAの切断が生じる。一部の実施形態では、RISC経路が関与する機序においてRNA干渉を誘導し得る一本鎖RNAi剤として働く一本鎖オリゴヌクレオチドによってRNA干渉が誘導される。
RNAi剤:本明細書で使用される「RNAi剤」、「iRNA剤」という用語、及び同様のものは、標的遺伝子産物(たとえば、標的遺伝子の転写産物(mRNA前駆体(pre−mRNA)またはmRNAなど))が発現中の系または発現する系に投与されると、その標的遺伝子産物のレベル及び/または活性(たとえば、翻訳)を低減するオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態では、RNAi剤は、一本鎖オリゴヌクレオチドもしくは二本鎖オリゴヌクレオチドであるか、または一本鎖オリゴヌクレオチドもしくは二本鎖オリゴヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、RNAi剤は、siRNA(短鎖阻害性RNA)、shRNA(短鎖ヘアピンRNAまたは低分子ヘアピンRNA)、dsRNA(二本鎖RNA)、マイクロRNAなどとして当該技術分野において認識される構造を有し得る。一部の実施形態では、RNAi剤は、RNA標的(たとえば、標的遺伝子の転写産物)に特異的に結合し得る。一部の実施形態では、RNAi剤は、その標的に結合すると、RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)に組み込まれる。一部の実施形態では、RNAi剤は、その標的の分解を誘導し、及び/またはその標的の翻訳を抑制し、こうした誘導及び抑制は、一部の実施形態では、RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)経路が関与する機序を介して生じる。一部の実施形態では、RNAi剤は、RISC複合体/経路を活性化するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、RNAi剤は、アンチセンス鎖配列を含む。一部の実施形態では、RNAi剤は、(たとえば、一本鎖オリゴヌクレオチドである)オリゴヌクレオチド鎖を1つのみ含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤オリゴヌクレオチドは、センス鎖配列もしくはアンチセンス鎖配列であるか、またはセンス鎖配列もしくはアンチセンス鎖配列を含み得、このことは、Sioud 2005 J.Mol.Biol.348:1079−1090によって説明されている。一部の実施形態では、RNAi剤は、RNA干渉を誘導する能力を有する化合物である。一部の実施形態では、RNAi剤は、「正統な」siRNA構造に見られる構造または形式を有し得る。一部の実施形態では、RNAi剤は、「正統な」siRNA構造とは異なる構造を有し得る。例を少数挙げるにすぎないが、一部の実施形態では、RNAi剤は、正統なものと比較して長いかまたは短くあり得、平滑末端を有し得、及び/または1つ以上の修飾、ミスマッチ、ギャップ、及び/またはヌクレオチドの置き換えを含み得る。一部の実施形態では、RNAi剤は、本開示に記載の3’末端キャップを含む。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、出願人は、一部の実施形態では、3’末端キャップによって、以下の2つの機能の両方が可能になり得ることを提唱する:(1)RNA干渉の実現、ならびに(2)活性の持続時間及び/または生物学的半減期の長期化(こうしたことは、たとえば、DicerのPAZドメイン及び/または1つ以上のAgoタンパク質のPAZドメインへの結合増加、及び/またはRNAi剤の分解(たとえば、ヌクレアーゼ(血清もしくは腸液におけるものなど)によるもの)の低減もしくは阻止、によって達成され得る)。一部の実施形態では、本開示のRNAi剤は、標的mRNAを標的とする(たとえば、標的mRNAに結合、アニーリングなどする)。一部の実施形態では、RNAi剤がその標的に曝露されると、標的の活性、レベル、及び/または発現が減少し、たとえば、標的が「ノックダウン」または「ノックアウト」される。具体的には、一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態が、標的遺伝子の過剰発現及び/または活性亢進によって特徴付けられるものである場合、細胞、組織、または対象にRNAi剤を投与することで、活性を正常なレベルに回復させる上で十分であるか、あるいは疾患、障害、及び/または疾患状態、障害状態、及び/または状態の1つ以上の症状または特徴の軽減、寛解、緩和、抑制、予防、発症遅延、重篤度低減、及び/または発症率低減が可能なレベルにまで活性を低減する上で十分なほどに、標的遺伝子がノックダウンされる。一部の実施形態では、RNAi剤は、本明細書に記載の一本鎖RNAi剤であるアンチセンス鎖をセンス鎖と組み合わせて含む二本鎖であり、このアンチセンス鎖は、センス鎖と組み合わさって、RNA干渉を誘導できるものである。
試料:本明細書において使用される場合、「試料」は、特定の生物体、またはそれから取得される物質である。一部の実施形態において、試料は、本明細書に記載される、対象となる源から取得される、または由来する生物試料である。一部の実施形態では、対象となる源は、たとえば動物またはヒトなどの生物体を含む。一部の実施形態では、生物試料は、生物組織または体液を含む。一部の実施形態では、生物試料は、骨髄;血液;血液細胞;腹水;組織または細針生検試料;細胞含有体液;浮遊核酸;痰;唾液:尿;脳脊髄液、腹水;胸水;糞便:リンパ液;婦人科液;皮膚スワブ;膣スワブ;口腔スワブ;鼻スワブ;導管洗浄液または気管支肺胞洗浄液などの洗液または洗浄液;吸引液;擦過;骨髄検体;組織生検検体;外科検体;糞便、他の体液、分泌液、及び/もしくは排出液;ならびに/またはそれら由来の細胞などであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、生物試料は、個体から得られる細胞であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、試料は、いずれかの適切な手段により、対象となる源から直接取得される「一次試料」である。例えば、一部の実施形態では、一次生物試料は、生検(例えば、細針吸引または組織生検)、手術、体液(例えば、血液、リンパ液、糞便など)の収集などから成る群から選択される方法により取得される。一部の実施形態では、文脈から明白であるように、「試料」という語は、一次試料を処理することにより(例えば、その1つ以上の成分を除去することにより、及び/またはそれに1つ以上の剤を添加することにより)得られる調製物を表す。例えば、半透膜を用いた濾過。かかる「処理試料」は、例えば、試料から抽出される核酸もしくはタンパク質、またはたとえばmRNAの増幅もしくは逆転写、ある成分の単離及び/または精製などの技術を一次試料に行うことにより取得される核酸もしくはタンパク質を含有してもよい。一部の実施形態において、試料は生物体である。一部の実施形態において、試料は植物である。一部の実施形態において、試料は動物である。一部の実施形態において、試料はヒトである。一部の実施形態において、試料は、ヒト以外の生物体である。
一本鎖RNA干渉:本明細書で使用される「一本鎖RNAi」もしくは「一本鎖RNA干渉」という表現または同様のものは、一本鎖RNAi剤を、その剤によってRNAiが誘導されるべき系(たとえば、細胞、組織、臓器、対象など)に投与することによって少なくとも部分的に誘導され、かつRISC経路を必要とする遺伝子サイレンシングのプロセスまたは方法を指す。これらの用語は、「二本鎖RNAi」または「二本鎖RNA干渉」と区別するために、ある特定の場合に、本明細書で利用され得るものであり、「二本鎖RNAi」または「二本鎖RNA干渉」では、二本鎖RNAi剤が系に投与され、さらにプロセッシングを受け得る結果、たとえば、その2つの鎖のうちの1つがRISCに組み込まれることで、たとえば、翻訳の抑制、標的RNAの切断などが生じる。
一本鎖RNAi剤:本明細書で使用される「一本鎖RNAi剤」という表現は、RISC経路を介して一本鎖RNA干渉(RNAiもしくはiRNA)または遺伝子サイレンシングを誘導することができる一本鎖オリゴヌクレオチドを指す。一本鎖RNAi剤は、1つ以上の一本鎖ヌクレオチドのポリマーを含み得る。
対象:本明細書で使用される「対象」または「被験対象」という用語は、たとえば実験目的、診断目的、予防目的、及び/または治療目的のために、提供される化合物または組成物が本開示に従って投与される任意の生物体を指す。典型的な対象としては、動物(たとえば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳類;昆虫;蠕虫;他など)及び植物が挙げられる。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害、及び/または状態に罹患、及び/または感受性があってもよい。
実質的:本明細書において使用される場合、「実質的」という用語は、対象の特徴または特性の全て、もしくはほとんど全ての範囲または程度を示す定性的状態を指す。第2の配列に実質的に相補的な塩基配列は、第2の配列と同一ではないが、第2の配列とほとんどまたはほぼ同一である。さらに、当生物学分野の当業者であれば、生物学的現象及び化学的現象が、めったに完結まで行かないこと、及び/または完了まで進行しないこと、または絶対的帰結を達成もしくは回避しないことを理解するであろう。従って、「実質的」という用語は、多くの生物学的減少及び/または化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を取り込むために、本明細書で使用される。
罹患している:疾患、障害、及び/または状態を「罹患している」個体は、疾患、障害、及び/または状態の1種以上の症状を有すると診断された、及び/または示している。
感受性がある:疾患、障害、及び/または状態に対し「感受性がある」個体は、一般社会の個体よりも、当該疾患、障害、及び/または状態を発生させるリスクが高い個体である。一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、及び/または状態を有すると診断されていなくてもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、及び/または状態の症状を示してもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、及び/または状態の症状を示さなくてもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、及び/または状態を発生させるであろう。一部の実施形態では、疾患、障害、及び/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、及び/または状態を発生させないであろう。
全身的:本明細書において使用される場合、「全身的投与」、「全身的に投与された」、「末梢的投与」、及び「末梢的に投与された」という表現は、レシピエントの全身に入るように化合物または組成物を投与することを指す、当該技術分野で理解される意味を有する。
互変異性体:本明細書において使用される場合、「互変異性体」という表現は、容易に相互変換可能な異なる異性体の有機化合物を記載するために使用される。互変異性体は、一重結合及び隣接する二重結合の転換に付随する、水素原子またはプロトンのホルマール移動により特徴付けられ得る。一部の実施形態では、互変異性体は、プロトトロピー互変異性(prototropic tautomerism)(すなわち、プロトンの再配置)から生じてもよい。一部の実施形態では、互変異性体は、原子価互変異性(すなわち、結合電子の急速な再構築)から生じてもよい。かかる互変異性体はすべて、本開示の範囲内に含まれることが意図される。一部の実施形態では、化合物の互変異性体は互いに可動平衡状態で存在するため、別個の物質を調製しようとすると、混合物の形成が生じる。一部の実施形態では、化合物の互変異性体は、分離可能及び単離可能な化合物である。本開示の一部の実施形態では、化合物の単一の互変異性体の純粋な調製物である、またはそれを含む化学組成物が提供されてもよい。本開示の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の2種以上の互変異性体の混合物として提供され得れてもよい。ある特定の実施形態では、かかる混合物は、等量の異なる互変異性体を含有する。ある特定の実施形態では、かかる混合物は、化合物の、異なる量の少なくとも2種の互変異性体を含有する。本開示の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の互変異性体のすべてを含有してもよい。本開示の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の互変異性体のすべては含有しなくてもよい。本開示の一部の実施形態では、化学組成物は、相互変換の結果として経時的に変化する量で、化合物の1種以上の互変異性体を含有してもよい。本開示の一部の実施形態では、互変異性は、ケトエノール互変異性である。化学技術分野の当業者は、ケトエノール互変異性体は、化学技術分野で公知の任意の適切な試薬を使用して「捕捉」(すなわち、「エノール」体を保持するように化学的に修飾)され、エノール誘導体を生成し、その後にこれを当技術分野で公知の1つ以上の適切な技術を使用して単離することができることを認識している。別段の指定が無い限り、本開示は、純粋な形態または互いの混合物のいずれであっても、関連する化合物の互変異性体のすべてを包含する。
治療剤:本明細書において使用される場合、「治療剤」という表現は、対象に投与されたとき、治療効果を有する、ならびに/または所望の生物学的作用及び/もしくは薬理学的作用を惹起する任意の剤を指す。一部の実施形態では、治療剤を使用して、疾患、障害、及び/または状態の1つ以上の症状もしくは特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、及び/または発生率を低下させることができる任意の物質である。
治療有効量:本明細書において使用される場合、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一部として投与されるとき、所望の生物学的応答を惹起する物質(たとえば、治療剤、組成物、及び/または製剤)の量を意味する。一部の実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、及び/または状態に罹患する、または感受性のある対象に投与するとき、当該疾患、障害、及び/または状態を治療、診断、予防、及び/または発生を遅延するために十分な量である。当分野の当業者により認識されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的の細胞または組織などの要因に依存して変化し得る。例えば、疾患、障害、及び/または状態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、当該疾患、障害、及び/または状態の1つ以上の症状または特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、及び/または発生率を低下させる量である。一部の実施形態では、治療有効量は、単回投与で投与される。一部の実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要である。
治療する:本明細書において使用される場合、「治療する」、「治療」または「治療すること」という用語は、疾患、障害、及び/または状態の1つ以上の症状または特徴を、部分的にもしくは完全に、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、及び/または発生率を低下させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害、及び/または状態の兆候を示さない対象に対して行われる場合がある。一部の実施形態では、たとえば疾患、障害、及び/または状態に関連した病態を発生させるリスクを低下させる目的で、当該疾患、障害、及び/または状態の初期兆候のみを示す対象に投与される場合もある。
不飽和:本明細書で使用される「不飽和」という用語は、部分が1つ又は複数の不飽和単位を有することを意味する。
単位用量:本明細書において使用される場合、「単位用量」という表現は、医薬組成物の単回投与として投与される、及び/または物理的に別個の単位で投与される量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含有する。一部の実施形態では、単位用量は、剤の単回投与全体を含有する。一部の実施形態では、2以上の単位用量が、全ての単回投与を達成するために投与される。一部の実施形態では、意図された効果を達成するために、複数の単位用量の投与が必要とされる、または必要であると予測される。単位用量は、たとえば所定量の1種以上の治療剤、所定量の固形の1種以上の治療剤を含有する液体(たとえば許容可能な担体)体積であってもよく、所定量の1種以上の治療剤を含有する徐放製剤または薬剤送達デバイスであってもよい。単位用量は、治療剤に加えて任意の様々な成分を含む製剤中に存在し得ることが認識されるであろう。例えば、許容可能な担体(たとえば薬学的に許容可能な担体)、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤などが下記のように含有されてもよい。多くの実施形態では、特定治療剤の1日の適切な全投与量が、単位容量の一部、または複数部分を含み得ること、例えば正当な医学的判断の範囲内で主治医により決定され得ることが、当分野の当業者により理解されるだろう。一部の実施形態では、任意の特定の対象または生物体に対する個別の有効用量レベルは、治療される障害及び当該障害の重篤度、利用される個別の活性化合物の活性、利用される個別の組成物、対象の年齢、体重、一般健康状態、性別及び食事、投与時間、及び利用される個別の活性化物の排出速度、治療期間、利用される個別の化合物と組み合わせて、もしくは同時に使用される薬剤及び/または療法を含む様々な要因、ならびに医学分野で公知の同様の要因に依存し得る。
野生型:本明細書において使用される場合、「野生型」という用語は、(突然変異の、疾患性の、改変された等とは対照的に)「正常な」状態または状況において、自然界に存在する構造及び/または活性を有する実体を表す、当該技術分野で理解される意味を有する。当分野の当業者であれ、野生型の遺伝子及びポリペプチドが、しばしば、複数の異なる形態(例えば、アレル)で存在することを認識するだろう。
核酸:本明細書において使用される場合、「核酸」という用語は、任意のヌクレオチド及びそのポリマーを含む。本明細書において使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド(RNA)またはデオキシリボヌクレオチド(DNA)のいずれかの任意の長さのヌクレオチドの多量体型を指す。これらの用語は、当該分子の一次構造を指しており、従って、二本鎖及び一本鎖のDNA、及び二本鎖及び一本鎖のRNAを含む。これらの用語は、均等物として、限定されないが、メチル化、保護化及び/もしくはキャップ化されたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどの修飾ヌクレオチド及び/または修飾ポリヌクレオチドから作製されたRNAあるいはDNAいずれかのアナログを含む。当該用語は、ポリリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチド(RNA)、及びポリデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基及び/もしくは修飾核酸塩基のNグリコシドまたはCグリコシドから誘導されたRNAまたはDNA;糖類及び/または修飾糖類から誘導された核酸;ならびにリン酸架橋及び/もしくは修飾ヌクレオチド間結合から誘導された核酸、を包含する。当該用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾糖類、リン酸架橋または修飾ヌクレオチド間結合のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。別段の指定がない限り、接頭語のポリ‐は、2〜約10,000個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指し、接頭語のオリゴ‐は、2〜約200個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指す。
ヌクレオチド:本明細書において使用される場合、「ヌクレオチド」という用語は、複素環式塩基、糖、及び1つ以上のヌクレオチド間結合からなるポリヌクレオチドのモノマー単位を指す。天然塩基(グアニン(G)、アデニン(A)、シトシン(C)、チミン(T)、及びウラシル(U))は、プリンまたはピリミジンの誘導体であるが、天然及び非天然の塩基アナログも含まれると理解すべきである。天然糖は、ペントース(五炭糖)のデオキシリボース(DNAを形成する)またはリボース(RNAを形成する)であるが、天然及び非天然の糖アナログも含まれると理解すべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して結合して、核酸、またはポリヌクレオチドを形成する。多くのヌクレオチド間結合が当分野に公知である(限定されないが、たとえばリン酸塩、ホスホロチオエート、ボラノリン酸塩など)。人工核酸としては、PNA(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル、ホスホロチオナート、H−ホスホン酸塩、アミド亜リン酸塩、ボラノリン酸塩、メチルホスホン酸塩、ホスホノ酢酸塩、チオホスホノ酢酸塩、及び本明細書に記載されるものなど、天然核酸のリン酸骨格の他のバリアントが挙げられる。一部の実施形態では、天然のヌクレオチドは、天然起源の塩基、糖、及びヌクレオチド間結合を含む。本明細書で使用される「ヌクレオチド」という用語は、天然または天然起源のヌクレオチドの代わりに使用される構造アナログ(修飾ヌクレオチド及びヌクレオチドアナログなど)も包含する。
修飾ヌクレオチド:「修飾ヌクレオチド」という用語は、天然のヌクレオチドとは構造的に異なるが、天然のヌクレオチドの少なくとも1つの機能を発揮する能力を有する任意の化学的部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、糖、塩基、及び/またはヌクレオチド間結合に修飾を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾核酸塩基、及び/または修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を発揮する能力を有し、こうした機能は、たとえば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対を形成する能力を有するポリマーのサブ単位を形成することである。
アナログ:「アナログ」という用語は、参照の化学的部分または参照クラスの部分とは構造的に異なるが、そのような参照の化学的部分または参照クラスの部分の少なくとも1つの機能を発揮する能力を有する任意の化学的部分を含む。非限定的な例としては、ヌクレオチドアナログは、ヌクレオチドとは構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を発揮し、核酸塩基アナログは、核酸塩基とは構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を発揮することなどが挙げられる。
ヌクレオシド:「ヌクレオシド」という用語は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾糖に共有結合される部分を指す。
修飾ヌクレオシド:「修飾ヌクレオシド」という用語は、天然のヌクレオシドに由来す部分または天然のヌクレオシドと化学的に類似する部分であるが、その部分を天然のヌクレオシドとは異なるものにする化学修飾を含む部分を指す。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、塩基及び/または糖に修飾を含むものが挙げられる。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、糖に2’修飾を有するものが挙げられる。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、脱塩基ヌクレオシド(核酸塩基を欠くもの)も挙げられる。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を発揮する能力を有し、こうした機能は、たとえば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対を形成する能力を有するポリマーの一部分を形成することである。
ヌクレオシドアナログ:「ヌクレオシドアナログ」という用語は、天然のヌクレオシドとは化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を発揮する能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態では、ヌクレオシドアナログは、糖のアナログ及び/または核酸塩基のアナログを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を発揮する能力を有し、こうした機能は、たとえば、相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対を形成する能力を有するポリマーの一部分を形成することである。
糖:「糖」という用語は、閉状態及び/または開状態の単糖類または多糖類を指す。一部の実施形態では、糖は、単糖類である。一部の実施形態では、糖は、多糖類である。糖類としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、及びヘキソピラノース部分を挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において使用される場合、「糖」という用語は、たとえばグリコールなど、従来的な糖分子に代わり使用される構造アナログも包含し、そのポリマーは、核酸アナログのグリコール核酸(GNA)などの骨格を形成する。本明細書で使用される「糖」という用語は、天然または天然起源のヌクレオチドの代わりに使用される構造アナログ(修飾糖及びヌクレオチド糖など)も包含する。
修飾糖:「修飾糖」という用語は、糖を置き換えることができる部分を指す。修飾糖は、空間配置、電子状態、または糖の他のなんらかの物理化学的特性を模倣する。
核酸塩基:「核酸塩基」という用語は、配列特異的な様式で1つの核酸鎖を別の相補的な鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。もっとも一般的な天然核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、及びチミン(T)である。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、核酸塩基は、たとえばアデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、及びチミン(T)以外の核酸塩基などの「修飾核酸塩基」である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、修飾核酸塩基模倣体は、空間配置、電子状態、または核酸塩基の他のなんらかの物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で、1つの核酸鎖を別の核酸鎖に結合する水素結合の特性を保持する。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二重鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、5種のすべての天然塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン)と対形成することができる。本明細書で使用される「核酸塩基」という用語は、天然または天然起源のヌクレオチドの代わりに使用される構造アナログ(修飾核酸塩基及び核酸塩基アナログなど)も包含する。
修飾核酸塩基:「修飾核酸塩基」、「修飾塩基」という用語、及び同様のものは、核酸塩基とは化学的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を発揮する能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも1つの機能を発揮する能力を有し、こうした機能は、たとえば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対を形成する能力を有するポリマーの一部分を形成することである。
3’末端キャップ:「3’末端キャップ」という用語は、オリゴヌクレオチド(たとえば、RNAi剤)の3’末端に結合した非ヌクレオチドの化学的部分を指す。一部の実施形態では、3’末端ジヌクレオチドが3’末端キャップによって置き換えられ得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの3’末端キャップは、下記の機能のうちの少なくとも1つの機能を発揮する:オリゴヌクレオチドによって誘導されるRNA干渉の実現、オリゴヌクレオチドの分解からのオリゴヌクレオチドの保護またはオリゴヌクレオチドの分解量もしくは分解速度の低減(こうした分解は、たとえば、ヌクレアーゼによるものである)、センス鎖のオフターゲット効果の低減、あるいはオリゴヌクレオチドによって誘導されるRNA干渉の活性、持続時間、または効率の増進。3’末端キャップが「非ヌクレオチド」として記載される場合、3’末端キャップは、ヌクレオチド部分またはオリゴヌクレオチド部分ではなく、オリゴヌクレオチドの残りの糖部分に連結されるものであり、この連結は、3’末端キャップをオリゴヌクレオチド鎖の一部と仮定した場合と同様に行われることが意図される。3’末端キャップのある特定の例は、本明細書に記載される。当業者であれば、当該技術分野に知られる他の3’末端キャップを、本開示に従って利用できることを理解する。
ブロッキング基:「ブロッキング基」という用語は、官能基の反応性を覆い隠す基を指す。その後、官能基はブロッキング基の除去により覆いを取り払われてもよい。一部の実施形態では、ブロッキング基は、保護基である。
部分:「部分」という用語は、分子の官能基の特定のセグメントを指す。化学的部分は、分子中に組み込まれた、または分子に付加された、広く認識されている化学的実体である。
固形支持体:「固形支持体」という用語は、核酸合成を可能とする任意の支持体を指す。一部の実施形態では、当該用語は、ガラスまたはポリマーを指し、それらは核酸を合成するために実施される反応ステップにおいて利用される培地中で不溶性であり、そして誘導体化されて反応基を含む。一部の実施形態では、固形支持体は、高度架橋ポリスチレン(HCP:Highly Cross−linked Polystyrene)または制御ポアガラス(CPG:Controlled Pore Glass)である。一部の実施形態では、固形支持体は、制御ポアガラス(CPG)である。一部の実施形態では、固形支持体は、制御ポアガラス(CPG)と高度架橋ポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。
リンカーまたは結合部分:「リンカー」、「結合部分」という用語、及び同様のものは、一方の化学的部分をもう一方に連結する任意の化学的部分を指す。一部の実施形態では、リンカーは、多量体において一方のオリゴヌクレオチドをもう一方のオリゴヌクレオチドに連結する部分である。一部の実施形態では、リンカーは、末端ヌクレオシドと固形支持体との間、または末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸との間、に任意で配置される部分である。
遺伝子:本明細書で使用される「遺伝子」、「組換え遺伝子」、及び「遺伝子構築物」という用語は、タンパク質またはその一部をコードするDNA分子またはDNA分子の一部を指す。DNA分子は、(エクソン配列として)タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを含み得ることに加えて、イントロン配列をさらに含有し得る。本明細書で使用される「イントロン」という用語は、所与の遺伝子に存在するDNA配列であって、タンパク質に翻訳されず、すべての場合ではないが、場合によってはエクソン間に見られるDNA配列を指す。1つ以上のプロモーター、エンハンサー、リプレッサー、及び/または他の制御性配列に遺伝子が機能可能なように連結されことで(または遺伝子がこうしたものを含み得ることで)、当該遺伝子の活性または発現が調節されることが望ましくあり得、このことは、当該技術分野においてよく知られている。
相補的DNA:本明細書で使用される「相補的DNA」または「cDNA」は、mRNAの逆転写によって合成される組換えポリヌクレオチドであって、介在配列(イントロン)が除去されている組換えポリヌクレオチドを含む。
相同性:「相同性」または「同一性」または「類似性」は、2つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性及び同一性は各々、比較目的で配置し得る各配列中の位置の比較により決定され得る。比較される配列の同等の位置が、同じ塩基により占有されるとき、当該分子はその位置で同一である。同等の部位が、同一または類似(例えば、立体的及び/または電子的な性質において類似)の核酸残基により占有されるとき、当該分子はその位置で相同(類似)と呼称され得る。相同性/類似性または同一性の百分率としての表現は、比較される配列により共有される位置での、同一または類似の核酸の数の関数を指す。「無関係」または「非相同」な配列は、本明細書に記載される配列と、40%未満の同一性、35%未満の同一性、30%未満の同一性、または25%未満の同一性を共有する。2つの配列の比較において、残基(アミノ酸または核酸)の欠如または余剰な残基の存在も、同一性及び相同性/類似性を低下させる。
一部の実施形態では、「相同性」という用語は、数学に基づいた配列類似性の比較を解説するものであり、類似の機能またはモチーフを有する遺伝子を特定するために使用される。本明細書に記載される核酸配列を「クエリ配列」として使用し、公開データベースに対する検索を実行することで、たとえば他のファミリーのメンバー、関連配列、またはホモログを特定することができる。一部の実施形態では、かかる検索は、Altschul,et al.(1990)J.Mol.Biol.215:403−10のNBLAST及びXBLASTプログラム(バージョン2.0を使用して実施することができる。一部の実施形態では、BLASTヌクレオチド検索を、NBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12で実行して、本開示の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を取得することができる。一部の実施形態では、比較目的でギャップ化アライメントを得るため、Altschul et al.,(1997)Nucleic Acids Res.25(17):3389−3402に記載されるように、ギャップ化BLASTを利用してもよい。BLAST及びギャップ化BLASTプログラムを利用する際、それぞれのプログラム(例えば、XBLAST及びBLAST)のデフォルトパラメータを使用してもよい(www.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと)。
同一性:本明細書において使用される場合、「同一性」は、2つ以上の配列中の対応する位置での同一なヌクレオチド残基の割合を意味する。その際、当該配列は配列マッチングが最大化されるように、すなわち、ギャップと挿入が考慮されてアライメントされる。同一性は公知の方法により容易に算出することができる。当該方法としては限定されないが、Computational Molecular Biology,Lesk,A.M.,ed.,Oxford University Press,New York,1988;Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,ed.,Academic Press,New York,1993;Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.,and Griffin,H.G.,eds.,Humana Press,New Jersey,1994;Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987;and Sequence Analysis Primer,Gribskov,M.and Devereux,J.,eds.,M Stockton Press,New York,1991;及びCarillo,H.,and Lipman,D.,SIAM J.Applied Math.,48:1073(1988)に記載される方法が挙げられる。同一性を決定する方法は、検証される配列の間の合致が最大となるよう設計される。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムにおいて体系化されている。2つの配列間の同一性を決定するためのコンピュータープログラム方法としては、GCGプログラムパッケージ(Devereux,J.,et al.,Nucleic Acids Research 12(1):387(1984))、BLASTP、BLASTN、及びFASTA(Altschul,S.F.et al.,J.Molec.Biol.215:403−410(1990)及びAltschul et al.Nuc.AcidsRes.25:3389−3402(1997))が挙げられるが、これらに限定されない。BLAST Xプログラムは、NCBI及び他のソースから公的に入手可能である(BLAST Manual,Altschul,S.,et al.,NCBI NLM NIH Bethesda,Md.20894;Altschul,S.,et al.,J.Mol.Biol.215:403−410(1990)。公知のスミスウォーターマンアルゴリズム(Smith Waterman algorithm)も、同一性決定に使用することができる。
オリゴヌクレオチド:「オリゴヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチドのポリマーまたはオリゴマーを指し、天然及び非天然の核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有し得る。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖であってもよい。本明細書において使用される場合、「オリゴヌクレオチド鎖」という用語は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域(一本鎖オリゴヌクレオチドの2つの部分によって形成される)を有してもよく、二本鎖オリゴヌクレオチド(2つのオリゴヌクレオチド鎖を含む)は、一本鎖領域を有してもよく、こうした一本鎖領域は、たとえば、2つのオリゴヌクレオチド鎖が互いに相補的ではない領域におけるものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。オリゴヌクレオチドの例としては、構造遺伝子、制御領域及び終結領域を含む遺伝子、たとえばウイルスDNAまたはプラスミドDNAなどの自己複製系、一本鎖RNAi剤及び二本鎖RNAi剤ならびに他のRNA干渉試薬(RNAi剤またはiRNA剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロRNA、マイクロRNA模倣体、スーパーマイクロRNA(supermirs)、アプタマー、抗マイクロRNA(antimirs)、アンタゴマイクロRNA(antagomir)、Ulアダプター、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、グアニン四重鎖オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、及びデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
RNA干渉の誘導に有効である二本鎖及び一本鎖のオリゴヌクレオチドは、本明細書中、RNAi剤またはiRNA剤とも呼称される。一部の実施形態では、これらのRNA干渉誘導オリゴヌクレオチドは、RNAi誘導型サイレンシング複合体(RISC)として知られる細胞質マルチタンパク質複合体と関連する。多くの実施形態では、二本鎖RNAi剤は充分に長く、それにより内因性分子、たとえばDicerにより切断されて、より小さなオリゴヌクレオチドが生成され、それらがRISC機序へと入り、標的配列、たとえば、標的mRNA配列のRISC介在性の切断及び/または翻訳抑制に関与することができる。
本開示のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであってもよい。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約2〜約200ヌクレオチドの長さの範囲であってもよい。様々な関連実施形態では、一本鎖、二本鎖、及び三本鎖のオリゴヌクレオチドは、約4〜約10ヌクレオチド、約10〜約50ヌクレオチド、約20〜約50ヌクレオチド、約15〜約30ヌクレオチド、または約20〜約30ヌクレオチドの長さの範囲であってもよい。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約10〜約40ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約9〜約39ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチドの長さの相補二重鎖である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチドの長さの相補二重鎖である。一部の実施形態では、長さが数えられるヌクレオチドはそれぞれ、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、及びウラシルから選択される任意で置換される核酸塩基を独立して含む。
ヌクレオチド間結合:本明細書において使用される場合、「ヌクレオチド間結合」という表現は概して、オリゴヌクレオチドまたは核酸のヌクレオシド単位を連結する結合を指す。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然起源のDNA分子及びRNA分子中に見られるホスホジエステル結合(天然リン酸結合)である。一部の実施形態において、「ヌクレオチド間結合」という用語は、修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、「修飾ヌクレオチド間結合」であり、ここで、ホスホジエステル結合の各酸素原子は任意で、及び独立して有機部分または無機部分により置き換えられる。一部の実施形態では、かかる有機部分または無機部分は、限定されないが、=S、=Se、=NR’、−SR’、−SeR’、−N(R’)、B(R’)3、−S−、−Se−、及び−N(R’)−から選択され、式中、各R’は、本開示に規定され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合
Figure 2020522510
または修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、たとえば、PNA(ペプチド核酸)結合またはPMO(ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー)結合のうちの1つである。
当分野の当業者であれば、ヌクレオチド間結合は、当該結合中の酸性部分または塩基性部分の存在によって、所与のpHでアニオンまたはカチオンとして存在し得ることを理解する。
別段の指定が無い限り、オリゴヌクレオチド配列とともに使用される場合、s、s1、s2、s3、s4、s5、s6及びs7の各々は独立して、以下に図示される以下の修飾ヌクレオチド間結合を表す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
たとえば、(Rp、Sp)−ATsCs1GAは、1)TとCの間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合
Figure 2020522510
及び2)CとGの間の
Figure 2020522510
の構造を有するホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合、を有する。別段の指定が無い限り、オリゴヌクレオチド配列の前のRp/Spという記号表示は、当該オリゴヌクレオチド配列のヌクレオチド間結合中のキラル結合リン原子の立体配置を5’から3’の方向に順々に記載するものである。たとえば(Rp、Sp)−ATsCs1GAにおいて、TとCの間の「s」結合のリンは、Rpの立体配置を有し、CとGの間の「s1」結合は、Spの立体配置を有する。
一部の実施形態では、「全(All)‐(Rp)」または「全−(Sp」は、オリゴヌクレオチドのすべてのキラル結合リン原子が、それぞれ、同じRpまたはSpの立体配置を有することを示すために使用される。
オリゴヌクレオチド型:本明細書において使用される場合、「オリゴヌクレオチド型」という表現は、特定の塩基配列、骨格結合パターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエートなど)、骨格キラル中心パターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、及び骨格リン修飾のパターン(たとえば、式Iの「−XLR」基のパターン)を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。一部の実施形態では、共通に指定される「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当分野の当業者であれば、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖合成を行う間にある程度の制御をもたらし、それにより当該オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンで特定の立体化学及び/もしくは結合リンで特定の修飾、ならびに/または特定の塩基、ならびに/または特定の糖を有するようにあらかじめ設計可能及び/または選択可能であることを認識するであろう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように前もって設計及び/または選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように、設計され及び/または決定される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように、設計され及び/または選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上述の構造特性のうちの1つ以上の特定の組み合わせを有するように、設計及び/または選択される。一部の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含む、またはからなる組成物を提供する(たとえばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)。一部の実施形態では、かかる分子のすべてが同じ型の分子である(すなわち、そのような分子はすべて、構造的に互いに同一である)。しかしながら、多くの実施形態では、提供される組成物は異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを、典型的には所定の相対量で含む。
キラル制御:本明細書において使用される場合、「キラル制御」とは、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合中のキラル結合リンの立体化学指定の制御を指す。一部の実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖部分と塩基部分に無いキラル要素を介して達成される。たとえば一部の実施形態では、制御は、本開示において例示されるように、オリゴヌクレオチド調製の間に1つ以上のキラル補助基を使用して達成され、こうしたキラル補助基は、オリゴヌクレオチド調製の間に使用されるキラルホスホロアミダイトの一部であることが多い。キラル制御とは対照的に、当分野の当業者であれば、キラル補助基を使用しない従来的なオリゴヌクレオチド合成では、当該従来的なオリゴヌクレオチド合成を使用してキラルヌクレオチド間結合を形成させた場合に、キラルヌクレオチド間結合で立体化学を制御することができないことを認識する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合におけるそれぞれのキラル結合リンの立体化学指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:本明細書において使用される場合、「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された核酸組成物」などの用語は、1)共通塩基配列、2)骨格結合の共通パターン、及び3)骨格リン修飾の共通パターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(または核酸)を含む組成物を指し、ここで、当該複数のオリゴヌクレオチド(または核酸)は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ立体化学を共有し、及び当該組成物中の複数のオリゴヌクレオチド(または核酸)のレベルは、前もって決定されている(こうしたことは、たとえば、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を形成するためのキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製を介して行われる)。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチドの約1%〜100%(たとえば、約5%〜100%、約10%〜100%、約20%〜100%、約30%〜100%、約40%〜100%、約50%〜100%、約60%〜100%、約70%〜100%、約80〜100%、約90〜100%、約95〜100%、約50%〜90%、または約5%、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%、あるいは少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%)が当該複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における、共通塩基配列を共有するすべてのオリゴヌクレオチドの約1%〜100%(たとえば、約5%〜100%、約10%〜100%、約20%〜100%、約30%〜100%、約40%〜100%、約50%〜100%、約60%〜100%、約70%〜100%、約80〜100%、約90〜100%、約95〜100%、約50%〜90%、または約5%、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%、あるいは少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%)が当該複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、及び骨格リン修飾の共通パターンを共有するすべてのオリゴヌクレオチドの約1%〜100%(たとえば、約5%〜100%、約10%〜100%、約20%〜100%、約30%〜100%、約40%〜100%、約50%〜100%、約60%〜100%、約70%〜100%、約80〜100%、約90〜100%、約95〜100%、約50%〜90%、または約5%、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%、あるいは少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%)が当該複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、所定レベルは、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは共通塩基配列(たとえば、複数のオリゴヌクレオチドのもの、またはある1つのオリゴヌクレオチド型のもの)を共有する、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、及び骨格リン修飾の共通パターンを共有する、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチド、あるいは共通塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、ヌクレオチド間結合型の共通パターン、及び/またはヌクレオチド間結合修飾の共通パターンを共有する、組成物におけるすべてのオリゴヌクレオチド、の約1%〜100%(たとえば、約5%〜100%、約10%〜100%、約20%〜100%、約30%〜100%、約40%〜100%、約50%〜100%、約60%〜100%、約70%〜100%、約80〜100%、約90〜100%、約95〜100%、約50%〜90%、または約5%、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%、あるいは少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%)が当該複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1〜50個(たとえば、約1〜10個、約1〜20個、約5〜10個、約5〜20個、約10〜15個、約10〜20個、約10〜25個、約10〜30個、約または約1つ、約2つ、約3つ、約4つ、約5つ、約6つ、約7つ、約8つ、約9つ、約10個、約11個、約12個、約13個、約14個、約15個、約16個、約17個、約18個、約19個、もしくは約20個、または少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、もしくは少なくとも20個)のキラルヌクレオチド間結合において同じ立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の約1%〜100%(たとえば、約5%〜100%、約10%〜100%、約20%〜100%、約30%〜100%、約40%〜100%、約50%〜100%、約60%〜100%、約70%〜100%、約80〜100%、約90〜100%、約95〜100%、約50%〜90%、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、もしくは約100%、または少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、もしくは少なくとも99%)において同じ立体化学を共有する。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、全てではないキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド型または核酸型を含む。たとえば一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチド型を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2種以上のオリゴヌクレオチド型を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数種のオリゴヌクレオチド型を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ある1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの組成物であり、当該組成物は、当該オリゴヌクレオチド型の複数のオリゴヌクレオチドを所定レベルで含む。
キラル的に均一:本明細書において使用される場合、「キラル的に均一」という表現は、その中のすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ立体化学を有するオリゴヌクレオチド分子または型を記載するために使用される。たとえば、そのヌクレオチド単位がすべて結合リンでRpの立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル的に均一である。同様に、そのヌクレオチド単位がすべて結合リンでSpの立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル的に均一である。
所定の:所定の(または前もって決定された)とは、たとえば制御されることなく無作為に発生する、または実現される事とは対照的に、意図的に選択されたことが意味される。当分野の当業者であれば、本明細書を読むことで、本開示が、オリゴヌクレオチド組成物に組み込まれる特定の化学及び/または立体化学の選択が可能となる技術を提供し、さらにかかる化学及び/または立体化学の特性を有するオリゴヌクレオチド組成物の調製制御を可能とする技術を提供することを理解するであろう。かかる提供される組成物は、本明細書に記載される場合、「所定」である。あるオリゴヌクレオチドを含有し得る組成物は、特定の化学及び/または立体化学を意図して生成するための制御がなされないプロセスを介してたまたま生成された組成物であり、これは「所定の」組成物ではない。一部の実施形態では、所定の組成物は、(たとえば制御されたプロセスの反復を介して)意図して再生産されることができる組成物である。一部の実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの所定レベルとは、当該組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量及び/または相対量(比率、割合など)が制御されていることを意味する。一部の実施形態では、組成物における複数のオリゴヌクレオチドの所定レベルは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製を介して達成される。
結合リン:本明細書において定義されるように、「結合リン」という表現は、言及される特定のリン原子が、ヌクレオチド間結合中に存在するリン原子であり、そのリン原子は、天然のDNA及びRNA中に存在するヌクレオチド間結合のホスホジエステルリン酸原子に相当することを示すために使用される。一部の実施形態では、結合リン原子は、修飾ヌクレオチド間結合中にあり、ここで、ホスホジエステル結合の各酸素原子は任意で、及び独立して有機部分または無機部分により置き換えられる。一部の実施形態では、結合リン原子は、式IのPである。一部の実施形態では、結合リン原子は、キラルである。
P−修飾:本明細書において使用される場合、「P−修飾」という用語は、立体化学的修飾以外の結合リンでの任意の修飾を指す。一部の実施形態では、P−修飾は、結合リンに共有結合した懸垂部分の付加、置換、または除去を含む。一部の実施形態では、「P−修飾」は、−X−L−Rであり、式中、X、L及びRの各々は独立して本開示に定義され、記載されるとおりである。
ブロックマー:本明細書において使用される場合、「ブロックマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、当該ヌクレオチド間リン結合で共通の構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続したヌクレオチド単位の存在により特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴とは、結合リンでの共通立体化学、または結合リンでの共通修飾を意味する。一部の実施形態では、ヌクレオチド間リン結合で共通構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ブロック」と呼称される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「ステレオブロックマー」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ立体化学を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ステレオブロック」を形成する。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「P−修飾ブロックマー」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ修飾を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「P−修飾ブロック」を形成する。たとえば、(Rp、Sp)−ATsCsGAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位であるTsとCsが、同じP−修飾を有していることから(すなわち、両方ともホスホロチオエートジエステルである)、P−修飾ブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドの(Rp、Sp)−ATsCsGAにおいて、TsCsはブロックを形成し、これはP−修飾ブロックである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「結合ブロックマー」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同一の立体化学と同一の修飾を有する。少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。たとえば、(Rp、Rp)−ATsCsGAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位であるTsとCsが、同じ立体化学(両方ともRp)とP−修飾(両方ともホスホロチオエート)を有していることから、結合ブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドの(Rp、Rp)−ATsCsGAにおいて、TsCsはブロックを形成し、これは結合ブロックである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、ステレオブロック、P−修飾ブロック、及び結合ブロックから独立して選択される1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態では、ブロックマーは、1つのブロックに関してはステレオブロックマーであり、及び/または別のブロックに関してはP−修飾ブロックマーであり、及び/またはさらに別のブロックに関しては結合ブロックマーである。
アルトマー:本明細書において使用される場合、「アルトマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、オリゴヌクレオチド鎖の2つの連続ヌクレオチド単位が、ヌクレオチド間リン結合で特定の構造的特徴を共有しないという点で特徴付けられるオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態では、アルトマーは、繰り返しパターンを含むように設計される。一部の実施形態では、アルトマーは、繰り返しパターンを含まないように設計される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。
一部の実施形態では、アルトマーは、「ステレオアルトマー」であり、たとえば2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ立体化学を有しない。
一部の実施形態では、アルトマーは、「P−修飾アルトマー」であり、たとえば、結合リンで、同じ修飾を有する2つの連続ヌクレオチド単位はない。たとえば、全−(Sp)−CAs1GsTは、その中の各結合リンが、他とは異なるP−修飾を有している。
一部の実施形態では、アルトマーは、「結合アルトマー」であり、たとえば、2つの連続するヌクレオチド単位は、結合リンで同一の立体化学または同一の修飾を有しない。
ユニマー:本明細書において使用される場合、「ユニマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンは、当該鎖内のすべてのヌクレオチド単位が、ヌクレオチド間リン結合で少なくとも1つの共通の構造的特徴を共有することであるオリゴヌクレオチドを指す。共通の構造的特徴とは、結合リンでの共通立体化学、または結合リンでの共通修飾を意味する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。
一部の実施形態では、ユニマーは、「ステレオユニマー」であり、たとえば、すべてのヌクレオチド単位が、結合リンで、同じ立体化学を有する。
一部の実施形態では、ユニマーは、「P−修飾ユニマー」であり、たとえばすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ修飾を有している。
一部の実施形態では、ユニマーは、「結合ユニマー」であり、たとえばすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ立体化学と同じ修飾を有している。
ギャップマー:本明細書において使用される場合、「ギャップマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖の少なくとも1つのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、たとえば天然のDNAまたはRNAで存在するものなどであることで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を指す。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の2つ以上のヌクレオチド間リン結合は、天然のDNAまたはRNAに存在しているものなどのリン酸ジエステル結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
スキップマー:本明細書において使用される場合、「スキップマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖の1つおきのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、たとえば天然のDNAまたはRNA中に存在しているものなどであり、当該オリゴヌクレオチド鎖のその他のヌクレオチド間リン結合は、修飾ヌクレオチド間結合であるギャップマー型を指す。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
本開示の目的では、化学元素は、元素の周期表、CASバージョン、Handbook of Chemistry and Physics,67th Ed.,1986−87の内表紙に従って特定される。
本開示の化合物及び組成物に関し本明細書に記載される方法及び構造は、薬学的に許容可能な酸付加塩または塩基付加塩、ならびにこれら化合物及び組成物のすべての立体異性体にも適用される。
さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなssRNAi形式及びハイブリッド形式の模式図を示す。 さまざまなアンチセンスオリゴヌクレオチド形式の模式図を示す。 多量体形式の例を示す。オリゴヌクレオチドを、直接的に、及び/またはリンカーを介して、連結することができる。示されるように、多量体は、同じまたは異なる構造/型のオリゴヌクレオチドモノマーを含み得る。一部の実施形態では、多量体のモノマーは、ssRNAi剤である。一部の実施形態では、多量体のモノマーは、RNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)である。さまざまな位置を介してモノマーを連結することができ、たとえば、5’末端、3’末端、またはこれらの間に介在する位置を介してモノマーを連結することができる。 モノマーを連結して多量体を形成するための化学手法の例を示し、こうしたモノマーは、さまざまな経路を介してその機能を発揮し得る。
合成オリゴヌクレオチドからは、さまざまな用途において有用な分子ツールが得られる。たとえば、オリゴヌクレオチドは、治療用途、診断用途、研究用途、及び新たなナノ材料用途において有用である。天然起源の核酸(たとえば、非修飾DNAまたは非修飾RNA)の用途は、たとえば、こうした天然起源の核酸がエンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼによる作用を受けやすいことによって限られている。したがって、こうした欠点を回避すべくさまざまな合成対応物が開発されている。こうした合成対応物としては、化学修飾(たとえば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾など)を含有する合成オリゴヌクレオチドが挙げられ、こうした化学修飾は、とりわけ、こうした分子の分解感受性を下げ、オリゴヌクレオチドの他の特性を改善するものである。構造的な観点からすれば、ヌクレオチド間リン酸結合を修飾するとキラリティーを導入できることに加えて、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の配置によって、オリゴヌクレオチドのある特定の特性が影響を受け得る。たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの特性(結合アフィニティ、相補的RNAへの配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性など)が、とりわけ、骨格リン原子のキラリティーによって影響を受けることがin vitroの研究によって示されている。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの構造的要素が、特性及び活性(たとえば、標的遺伝子の産物(転写産物及び/またはタンパク質)のレベルを低減するための安定性、特異性、選択性、活性など)に顕著な影響を与え得るという認識を含むものであり、こうした構造的要素は、化学修飾(たとえば、糖の修飾、塩基の修飾、及び/またはヌクレオチド間結合の修飾)またはそのパターン、脂質または他の部分への複合体化、及び/または立体化学[たとえば、骨格キラル中心(キラルヌクレオチド間結合)の立体化学、及び/またはそのパターン]などである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの特性は、化学修飾(塩基の修飾、糖の修飾、及び/またはヌクレオチド間結合部分の修飾)、化学修飾パターン、立体化学、及び/または立体化学パターンを最適化することによって調整できる。
一部の実施形態では、本開示は、構造的要素が制御されたオリゴヌクレオチド(化学修飾が制御され、及び/または骨格立体化学パターンが制御されたもの)を含むオリゴヌクレオチド組成物が、予想外の特性及び活性(限定されないが、本明細書に記載ものを含む)を与えることを示す。一部の実施形態では、化学修飾(たとえば、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾など)またはそのパターンを有するオリゴヌクレオチドを含む、提供される組成物は、特性及び活性が改善されている。そのような改善される特性の非限定的な例としては、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少の誘導、及び/またはRNA干渉の誘導、及び/またはRNaseH介在性ノックダウンの誘導、が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAiについての技術(たとえば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など)を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ssRNAi剤である。
一部の実施形態では、RNA干渉は、報告によれば、転写後の標的遺伝子サイレンシング技術であり、この標的遺伝子サイレンシング技術では、RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)経路によって媒介される切断を生じさせるためにRNAi剤が使用されることで、当該RNAi剤に相補的な配列を含むRNA(たとえば、メッセンジャーRNA(mRNA)などの遺伝子転写産物)が標的とされる。天然では、報告によれば、長いdsRNA(二本鎖RNA)(たとえば、哺乳類細胞に導入される外来dsRNA)がリボヌクレアーゼIII(Dicer)によって切断されて、siRNAと呼ばれる、より短い断片へと変換されると、ある型のRNAiが生じる。siRNA(低分子干渉RNAまたは短い阻害性RNA)は、典型的には、約21〜23ヌクレオチドの長さを有し、約19塩基対の二重鎖を含む。報告によれば、次に、より小さなRNAセグメントによって標的mRNAの分解が媒介される。報告によれば、RNAi応答は、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)と一般に称されるエンドヌクレアーゼ複合体を特徴付けるものでもあり、RISCは、siRNAのアンチセンス鎖に相補的な一本鎖mRNAの切断を誘導する。報告によれば、siRNA二重鎖のアンチセンス鎖に相補的な領域の中央で標的RNAの切断が生じる。報告によれば、標的転写産物に対してRNAi剤を使用すると、遺伝子の活性、レベル、及び/または発現が減少し、たとえば、標的遺伝子または標的配列が「ノックダウン」または「ノックアウト」される。人工siRNAは、治療用途にも実験用途にも有用である。
1つの態様では、RNA干渉剤は、標的RNA配列と相互作用して標的RNAの切断を誘導する一本鎖RNAを含む。理論によって拘束されることを望むものではないが、報告によれば、植物及び無脊椎動物細胞に導入された長い二本鎖RNAは、Dicerとして知られるIII型エンドヌクレアーゼによる分解を受けてsiRNAへと変換される(Sharp et al.,Genes Dev.2001,15:485)。報告によれば、Dicer(リボヌクレアーゼIII様酵素)は、dsRNAのプロセッシングを行うことで、特徴的な2つの塩基3’オーバーハングを有する19〜23塩基対の短い干渉RNAへとdsRNAを変換する(Bernstein,et al.,(2001)Nature 409:363)。報告によれば、次に、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)にsiRNAが組み込まれ、このRISCにおいて、1つ以上のヘリカーゼによってsiRNA二重鎖がほどかれることで、相補的アンチセンス鎖による標的認識のガイドが可能になる(Nykanen,et al.,(2001)Cell 107:309)。RISC内の1つ以上のエンドヌクレアーゼが、適切な標的mRNAに結合すると、標的が切断されてサイレンシングが誘導される(Elbashir,et al.,(2001)Genes Dev.15:188)。したがって、1つの態様では、本開示は、RISC複合体の形成を促進して標的遺伝子のサイレンシングを引き起こす一本鎖RNAに関する。
一部の実施形態では、当該技術分野において知られる任意のプロセス、または本開示に従って当業者が考え得る任意のプロセスによって適切なRNAi剤を選択することができる。たとえば、選択基準は、下記のステップのうちの1つまたは複数を含み得る:標的遺伝子配列の最初の分析及びRNAi剤の設計(この設計では、種(ヒト、カニクイザル、マウスなど)にまたがる配列類似性、及び他の(非標的)遺伝子に対する相違性、が考慮され得る)、RNAi剤のin vitroでのスクリーニング(たとえば、標的転写産物を発現する細胞において10nMで行うもの)、細胞におけるEC50またはIC50の決定、RNAi剤で処理した細胞の生存率の決定(一部の実施形態では、標的に対するRNAi剤によってこうした細胞の生存率が抑制されないことが望まれる)、ヒトPBMC(末梢血単核球)を用いた試験(たとえば、TNF−アルファのレベルを試験して免疫原性を推定するものであり、この場合、免疫刺激性配列は、通常、あまり望まれない)、ヒト全血アッセイにおける試験(新鮮なヒト血液がRNAi剤で処理され、サイトカイン/ケモカイン[たとえば、TNF−アルファ(腫瘍壊死因子−アルファ)及び/またはMCP1(単球走化性タンパク質1)]のレベルが決定され、この場合、免疫刺激性配列は、通常、あまり望まれない)、試験動物における細胞または腫瘍を使用するin vivoでの遺伝子ノックダウンの決定、ならびにRNAi剤の特定の修飾の最適化。
報告によれば、いわゆる正統なsiRNA構造は二本鎖RNA分子であり、鎖はそれぞれ、約21ヌクレオチドの長さである。報告によれば、これら2つの鎖は、アンチセンス(または「ガイド」)鎖(標的転写産物における相補的配列を認識し、それに結合する)、及びセンス(または「パッセンジャー」)鎖(アンチセンス鎖に相補的である)である。報告によれば、これらのセンス鎖及びアンチセンス鎖は、大部分が相補的であり、典型的には、両末端に2つのヌクレオチドの3’オーバーハングを2つ形成する。
報告によれば、正統なsiRNA構造は二本鎖であるが、RNAi剤は一本鎖の場合もあり得る。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、二本鎖siRNAのアンチセンス鎖に相当するものであり、こうした一本鎖RNAi剤は、対応するパッセンジャー鎖を含まない。
一方で、一本鎖RNAi剤について試験された構造的要素のすべてが有効というわけでないことが報告されており、報告によれば、オリゴヌクレオチドに導入される構造的要素によっては、一本鎖RNA干渉活性を妨害し得る。
一部の実施形態では、本開示は、RNAi剤として有用なオリゴヌクレオチド及び組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤として有用なオリゴヌクレオチド及び組成物を提供する。本開示,とりわけ、RNA干渉を誘導する能力を有する新規構造の一本鎖オリゴヌクレオチドを提供する。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一本鎖RNAi剤が二本鎖RNAi剤を上回る利点を有することを明記する。たとえば、一本鎖RNAi剤は、必要なことは1つの鎖のみの構築であるため、原価が低く抑えられる。さらに、またはあるいは、標的転写産物を標的とするために投与される鎖は1つ(アンチセンス鎖)のみである。dsRNAによって誘導されるオフターゲット効果の源泉は、センス鎖がRISCに組み込まれ、望ましくない標的に結合し、それをノックダウンしてしまうことであるが(Jackson et al.2003 Nat.Biotech.21:635−637)、一本鎖RNAi剤は、対応する二本鎖RNAi剤と比較して、誘導するオフターゲット効果が少なくあり得る。さらに、本明細書に開示のいくつかのものを含めて、一本鎖RNAi剤によっては、これまでに二本鎖RNAi剤を用いて標的とすることに成功していない特定の配列を標的とすることができる(たとえば、一本鎖RNAi剤によっては、配列のレベル及び/または配列の産物(転写産物及び/またはタンパク質)のレベルを、二本鎖RNAi剤と比較して、より顕著に低減することができる)。本開示は、とりわけ、一本鎖RNA干渉を誘導することができるオリゴヌクレオチドの新規形式(修飾、立体化学、それらの組み合わせなど)を提供する。
オリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的産物のレベルの低減を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の転写産物のレベルを低減することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のmRNAのレベルを低減することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを低減することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへの結合後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって標的遺伝子またはの遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本開示に従って、本明細書に記載の構造的要素または当該技術分野において知られる構造的要素を1つ以上含み、こうした構造的要素は、たとえば、塩基配列、修飾、立体化学、ヌクレオチド間結合パターン、GC含量、長いGC区間、骨格結合パターン、骨格キラル中心パターン、骨格リン修飾パターン、追加の化学的部分(限定されないが、1つ以上の標的化部分、脂質部分、及び/または炭水化物部分などが挙げられる)、シード領域、ポストシード領域、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップなどである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドのシード領域は、5’末端から数えると、2番目〜8番目のヌクレオチド、2番目〜7番目のヌクレオチド、2番目〜6番目のヌクレオチド、3番目〜8番目のヌクレオチド、3番目〜7番目のヌクレオチド、3番目〜7番目のヌクレオチド、または4番目〜8番目のヌクレオチドもしくは4番目〜7番目ヌクレオチドであるか、あるいはそれを含むものであり、オリゴヌクレオチドのポストシード領域は、シード領域の3’側に直接隣接する領域であり、シード領域と3’末端領域との間に介在する。
一部の実施形態では、提供される組成物は、オリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上の脂質部分、1つ以上の炭水化物部分(別段の指定がない限り、ヌクレオチド間結合でオリゴヌクレオチド鎖を形成するヌクレオシド単位の糖部分以外のもの)、及び/または1つ以上の標的化構成要素を含む。
一部の実施形態では、本開示は、式O−I:
Figure 2020522510
の構造を有する、提供される化合物(たとえば、提供される組成物のオリゴヌクレオチド)またはその塩を提供し、式中:
は、5’末端基であり、
BAはそれぞれ、独立して、C1−30脂環式、C6−30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、ならびに修飾核酸塩基部分、から選択される任意で置換される基であり、
はそれぞれ、独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
sは、0〜20であり、
Lはそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、当該基では、1つ以上のメチレン単位は、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子は、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyはそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
A環はそれぞれ、独立して、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
はそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合であり、
zは、1〜1000であり、
3Eは、Lまたは−L−L−であり、
3Eは、−R’、−L−R’、−OR’、または固形支持体であり、
R’はそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rはそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基は、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基は、当該原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する。
一部の実施形態では、Lはそれぞれ、独立して、式I:
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有し、式中:
は、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wは、O、S、またはSeであり、
は、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、及びZはそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Lはそれぞれ、式Iの構造を独立して有し、Rは、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Rは、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、
BAはそれぞれ、独立して、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、
A環はそれぞれ、独立して、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
はそれぞれ、式Iの構造を独立して有し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Rは、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、
BAはそれぞれ、独立して、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換されるC5−30ヘテロアリールであり、当該ヘテロアリールは、酸素及び窒素から選択される1つ以上のヘテロ原子を含み、
A環はそれぞれ、独立して、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜5つのヘテロ原子を有する任意で置換される5〜10員の単環式飽和環または二環式飽和環であり、当該環は、少なくとも1つの酸素原子を含み、
はそれぞれ、式Iの構造を独立して有し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Rは、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、
BAはそれぞれ、独立して、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、及びウラシルから選択される任意で置換または保護される核酸塩基であり、
A環はそれぞれ、独立して、1つ以上の酸素原子を有する任意で置換される5〜7員の単環式飽和環または二環式飽和環であり、
はそれぞれ、式Iの構造を独立して有し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。
一部の実施形態では、Rは、本明細書に記載の5’末端基である。一部の実施形態では、Rは、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOHである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OR)(SR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(SH)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、(E)−CH=CHP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、(E)−CH=CHP(O)(OH)である。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの多量体を提供する。一部の実施形態では、多量体は、同じオリゴヌクレオチドの多量体である。一部の実施形態では、多量体は、構造的に異なるオリゴヌクレオチドの多量体である。一部の実施形態では、多量体のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、それ自体の経路(たとえば、RNAi、RNase−H依存性のものなど)を介してその機能を独立して発揮する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、オリゴマー形態またはポリマー形態で存在し、こうした形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチド部分は、当該オリゴヌクレオチド部分の核酸塩基、糖、及び/またはヌクレオチド間結合を介して、リンカー(たとえば、L、Lなど)によって共に連結される。たとえば、一部の実施形態では、提供される多量体化合物は、(A−L−(Aの構造を有し、式中、可変部分はそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。多量体技術の例としては、図89に示されるものが挙げられ、オリゴヌクレオチドはそれぞれ、異なる経路(たとえば、RNAi及び/またはRNase−H依存性のもの)を介して独立して機能することができる。
一部の実施形態では、提供される化合物(たとえば、提供される組成物のオリゴヌクレオチド)は、
−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、または(A−L−(R
の構造、またはその塩の構造を有し、式中:
はそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(たとえば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aは、1〜1000であり、
bは、1〜1000であり、
は、多価リンカーであり、
はそれぞれ、独立して、脂質部分、炭水化物部分、または標的化部分である。
一部の実施形態では、提供される化合物(たとえば、提供される組成物のオリゴヌクレオチド)は、
−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、または(A−L−(R
の構造、またはその塩の構造を有し、式中:
はそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(たとえば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aは、1〜1000であり、
bは、1〜1000であり、
はそれぞれ、独立して、RLD、RCD、またはRTDであり、
CDは、C1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状または分枝状の基であり、当該基では、1つ以上のメチレン単位は、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子は、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
LDは、C1−100脂肪族基から選択される任意で置換される直線状または分枝状の基であり、当該基では、1つ以上のメチレン単位は、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子は、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
TDは、標的化部分であり、
はそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基もしくは多価の基であり、当該基では、1つ以上のメチレン単位は、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子は、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyはそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’はそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rはそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基は、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基は、当該原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する。
一部の実施形態では、Rは、−CHOHである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(R)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(OR)(SR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CHOP(O)(SH)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、(E)−CH=CHP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、(E)−CH=CHP(O)(OH)である。
一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OHであり、式中、R5sは、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OP(O)(R)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OP(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OP(O)(OR)(SR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−CH(R5s)−OP(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OHであり、式中、R5sは、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OP(O)(R)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OP(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OP(O)(OR)(SR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(R5s)−OP(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OHであり、式中、R5sは、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OP(O)(R)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、R5s及びRはそれぞれ、独立して、本開示に記載のものである。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OP(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OP(O)(OR)(SR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(R5s)−OP(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、R5sは、任意で置換されるC脂肪族、C脂肪族、C脂肪族、またはC脂肪族である。一部の実施形態では、R5sは、C脂肪族、C脂肪族、C脂肪族、もしくはC脂肪族、またはハロ脂肪族である。一部の実施形態では、R5sは、任意で置換される−CHである。一部の実施形態では、R5sは、−CHである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、式O−Iの構造を有する。一部の実施形態では、式O−Iの化合物は、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、または(A−L−(Rの構造を有する。一部の実施形態では、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、または(A−L−(Rの化合物は、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、A−[−L−(Rの構造を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、[(A−L−Rの構造を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、(A−L−(Aの構造を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造を有する、提供されるオリゴヌクレオチド)は、(A−L−(Rの構造を有する。一部の実施形態では、そのような提供されるオリゴヌクレオチド、またはそのようなオリゴヌクレオチドを含む、提供される組成物は、RNaseH経路を介して系(たとえば、生化学的アッセイ、細胞、組織、臓器、生物体、対象など)において機能することで、たとえば、核酸のレベルまたはそれにコードされる産物のレベルを低減する。一部の実施形態では、そのような提供されるオリゴヌクレオチド、またはそのようなオリゴヌクレオチドを含む、提供される組成物は、RNAi経路を介して系において機能することで、たとえば、核酸のレベルまたはそれにコードされる産物のレベルを低減する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖として系に投与される。
一部の実施形態では、提供される化合物(たとえば、式O−I、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rのオリゴヌクレオチド、または5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’のオリゴヌクレオチド)は、塩として存在し得る。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの塩及びその医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、塩は、薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態では、(たとえば、水溶液、医薬組成物などの条件下で)塩基に供与され得る水素イオンはそれぞれ、非Hカチオンによって置き換えられる。たとえば、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は、すべてが金属イオンの塩であり、それぞれのヌクレオチド間結合(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合など)の水素イオン(たとえば、−OH、−SHなどのもの)はそれぞれ、金属イオンによって置き換えられる。一部の実施形態では、提供される塩は、すべてがナトリウムの塩である。一部の実施形態では、提供される薬学的に許容可能な塩は、すべてがナトリウムの塩である。一部の実施形態では、提供される塩は、すべてがナトリウムの塩であり、天然リン酸結合(酸形態−O−P(O)(OH)−O−)であるヌクレオチド間結合はそれぞれ、存在するのであれば、そのナトリウム塩形態(−O−P(O)(ONa)−O−)として存在し、ホスホロチオエートジエステル結合(酸形態−O−P(O)(SH)−O−)であるヌクレオチド間結合はそれぞれ、存在するのであれば、そのナトリウム塩形態(−O−P(O)(SNa)−O−)として存在する。
一部の実施形態では、特定のアレル(及び/またはその1つ以上の産物(たとえば、RNA及び/またはタンパク質産物))(疾患関連アレル)の存在及び/または活性が、1つ以上の疾患及び/または状態の存在、発症率、及び/または重篤度と関連(たとえば、相関)する場合、同じ配列(例えば、遺伝子)の異なるアレルが存在し、こうした異なるアレルは、そのようには関連しないか、または関連度が低いものである(たとえば、低い相関有意性を示すか、または統計的に有意な相関を示さない)。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド及びその方法は、1つ以上の低関連/非関連アレル(複数可)と比較して優先的または特異的に関連アレルを標的とし得る。
一部の実施形態では、標的配列は、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドが結合する配列である。多くの実施形態では、標的配列は、提供されるオリゴヌクレオチドの配列もしくはそこに存在する連続残基の配列と同一であるか、またはその正確な相補体である(たとえば、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的配列と同一の標的結合配列、または標的配列の正確な相補体である標的結合配列を含む)。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド(の関連部分)とその標的配列との間の少数の差異/ミスマッチは許容される。多くの実施形態では、標的配列は、標的遺伝子内に存在する。多くの実施形態では、標的配列は、標的遺伝子から産生する転写産物(たとえば、mRNA及び/またはmRNA前駆体(pre−mRNA))内に存在する。
一部の実施形態では、標的配列は、1つ以上のアレル部位(すなわち、標的遺伝子内でアレル変異が生じる位置)を含む。一部のそのような実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の他のアレルと比較して優先的または特異的に1つのアレルに結合する。一部の実施形態では、標的結合配列は、1つのアレルの標的配列と同一であるか、または1つのアレルの標的配列の正確な相補体である。一部の実施形態では、標的結合配列は、1つのアレルの標的配列と同一である。一部の実施形態では、標的結合配列は、1つのアレルの標的配列の正確な相補体である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、疾患関連アレルに優先的に結合する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、疾患関連アレルに優先的に結合するものであり、疾患関連アレルの標的配列と同一であるが、他のアレル(複数可)に対してはそうではない標的結合配列を含むか、または疾患関連アレルの標的配列の正確な相補体であるが、他のアレル(複数可)に対してはそうではない標的結合配列を含む。たとえば、一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド(またはその標的結合配列部分)は、特定のアレルバージョンの標的配列と同一の配列を有するか、または特定のアレルバージョンの標的配列の正確な相補体である配列を有する。一部の実施形態では、標的配列は、特定のアレルの配列である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド(またはその標的結合配列部分)は、疾患関連アレルのアレル部位と同一の配列を有するか、または疾患関連アレルのアレル部位の正確な相補体である配列を有する。
そうしたものと同一の標的結合配列及び/または標的配列、あるいはそうしたものの正確な相補体である標的結合配列及び/または標的配列は、さまざまな長さのものであり得る。一部の実施形態では、長さは、2〜30塩基以上である。一部の実施形態では、長さは、5〜20塩基である。一部の実施形態では、長さは、10〜20塩基である。一部の実施形態では、長さは、2塩基である。一部の実施形態では、長さは、3塩基である。一部の実施形態では、長さは、4塩基である。一部の実施形態では、長さは、5塩基である。一部の実施形態では、長さは、6塩基である。一部の実施形態では、長さは、7塩基である。一部の実施形態では、長さは、8塩基である。一部の実施形態では、長さは、9塩基である。一部の実施形態では、長さは、10塩基である。一部の実施形態では、長さは、11塩基である。一部の実施形態では、長さは、12塩基である。一部の実施形態では、長さは、13塩基である。一部の実施形態では、長さは、14塩基である。一部の実施形態では、長さは、15塩基である。一部の実施形態では、長さは、16塩基である。一部の実施形態では、長さは、17塩基である。一部の実施形態では、長さは、18塩基である。一部の実施形態では、長さは、19塩基である。一部の実施形態では、長さは、20塩基である。一部の実施形態では、塩基は、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである。一部の実施形態では、相補性は、A=T/U及びG≡Cに基づいて決定される。
当業者であれば理解することであるが、本開示によれば、標的配列はさまざまなアレル部位を含み得る。一部の実施形態では、標的配列は、SNPを含む。一部の実施形態では、標的配列は、変異を含む。一部の実施形態では、SNPは、PNPLA3におけるSNPである。
当該技術分野において知られる多くのものを含めて、さまざまなリンカー、脂質部分、炭水化物部分、及び標的化部分を、本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、脂質部分が標的化部分である。一部の実施形態では、炭水化物部分が標的化部分である。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質部分である。一部の実施形態では、標的化部分は、炭水化物部分である。当業者であれば容易に理解することであるが、本開示に記載のものを含めて、さまざまなリンカーを本開示に従って利用することで、2つの部分を連結することができ、たとえば、脂質/炭水化物/標的化構成要素をオリゴヌクレオチド部分と連結することができる。当業者であれば容易に理解することであるが、2つの部分を連結するための記載のリンカーは、他の部分の連結にも使用することができ、たとえば、脂質部分とオリゴヌクレオチド部分とを連結するためのリンカーは、炭水化物部分または標的部分をオリゴヌクレオチド部分と連結するためにも使用することができ、逆もまた同様である。
一部の実施形態では、Aは、その対応オリゴヌクレオチド(たとえば、[H]−Aまたは[H]−A)が、本開示に記載のオリゴヌクレオチドとなるような構造のものであり、脂質部分、炭水化物部分、及び/または標的化部分を任意で含む。一部の実施形態では、Aは、脂質部分を含まず、炭水化物部分を含まず、標的化部分を含まない。一部の実施形態では、Aは、脂質部分を含まず、炭水化物部分を含まない。一部の実施形態では、Aは、脂質部分を含まない。一部の実施形態では、Aは、炭水化物部分を含まない。一部の実施形態では、Aは、標的化部分を含まない。一部の実施形態では、Aは、式O−Iの構造を有するオリゴヌクレオチドの一価、二価、または多価のオリゴヌクレオチド部分である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を提供する。たとえば一部の実施形態では、提供される組成物は、所定レベルの1個以上の個々のオリゴヌクレオチド型を含有し、ここで、、オリゴヌクレオチド型は以下により定義される:1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格P−修飾のパターン。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、1A)塩基同一性;1B)塩基修飾のパターン;1C)糖修飾のパターン;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格P−修飾のパターン、により定義されてもよい。一部の実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物は、所定レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、複数のオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列を共有し、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、または少なくとも25個のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)において同じ配置の結合リンを含む。
一部の実施形態では、所定レベルのオリゴヌクレオチド及び/または提供される複数のオリゴヌクレオチド(たとえば、式O−I、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(Rのオリゴヌクレオチド、または5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’のオリゴヌクレオチド)は、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1〜30個含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を2〜30個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を5〜30個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を10〜30個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を2つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を3つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を4つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を5つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を6つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を7つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を8つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を9つ含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を10個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を11個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を12個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を13個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を14個含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を15個有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を16個有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を17個有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を18個有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を19個有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を20個有する。
一部の実施形態では、すべてのヌクレオチド間結合の約1〜100%が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、割合は、約5%〜100%である。一部の実施形態では、割合は、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも965、少なくとも96%、少なくとも98%、または少なくとも99%である。一部の実施形態では、割合は、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約965、約96%、約98%、または約99%である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾ユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rp立体配置のステレオユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Sp立体配置のステレオユニマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ヘミマーである。一部の実施形態では、ヘミマーは、当該オリゴヌクレオチドの残りの部分が有さない構造的特性を保有する配列を5’末端領域または3’末端領域が有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、5’末端領域または3’末端領域は、2〜20ヌクレオチドを有するか、または含む。一部の実施形態では、構造的特性は、塩基修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、糖修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、P−修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、キラルヌクレオチド間結合の立体化学である。一部の実施形態では、構造的特性は、塩基修飾、糖修飾、P−修飾、もしくはキラルヌクレオチド間結合の立体化学、またはそれらの組み合わせであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、ヘミマーは、5’末端領域の糖部分のそれぞれが共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、ヘミマーは、3’末端領域の糖部分のそれぞれが共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、5’末端領域または3’末端領域の共通糖修飾は、オリゴヌクレオチドにおける他の糖部分のいずれによっても共有されない。一部の実施形態では、ヘミマーの例は、一方の末端領域に、置換または非置換の2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β−D−リボヌクレオシドまたはβ−D−デオキシリボヌクレオシド(例えば、2’−MOE修飾ヌクレオシド、及びLNA(商標)またはENA(商標)二環式糖修飾ヌクレオシド)の配列、もう一方の末端領域に、異なる糖部分を有するヌクレオシド(たとえば置換または非置換の2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシドまたは天然型ヌクレオシドなど)の配列を含むオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマー及びスキップマーのうちの1個以上の組み合わせである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、及びスキップマーのうちの1個以上の組み合わせである。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーとギャップマーの両方である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーとスキップマーの両方である。数多くの別のパターンの組み合わせが利用可能であり、それらは、本発明による方法に基づき提供されるオリゴヌクレオチドを合成するために必要とされる構成要素が市販及び/または合成での入手可能性によってのみ限定されることが、化学及び合成分野の当業者により認識されるであろう。一部の実施形態では、ヘミマーの構造は、有益な利益をもたらす。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾糖部分を含む5’−ヘミマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾2’−糖部分を含む5’−ヘミマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるLNAを含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される核酸塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される天然型核酸塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される修飾核酸塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の5−メチルシチジン;5−ヒドロキシメチルシチジン、5−ホルミルシトシン、または5−カルボキシルシトシンを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の5−メチルシチジンを含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、式O−I、A−[−L−(R、[(A−L−R、(A−L−(A、もしくは(A−L−(R、または5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’のうちの1つ)の核酸塩基はそれぞれ、独立して、任意で置換または保護された、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシル核酸塩基である。
一部の実施形態では、塩基(BA)はそれぞれ、独立して、任意で置換または保護されたアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシル核酸塩基である。当業者であれば理解することであるが、当該技術分野において広く知られるもの(たとえば、オリゴヌクレオチド調製物において使用されるもの(たとえば、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO2017/015555、及びWO2017/062862に記載の保護された核酸塩基が挙げられ、これらの文献のそれぞれの保護された核酸塩基は、参照によって本明細書に組み込まれる))を含めて、さまざまな保護された核酸塩基を、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される糖を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然型のDNA及びRNA中に存在する1個以上の任意で置換される糖を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるリボースまたはデオキシリボースを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるリボースまたはデオキシリボースを含有し、ここで、当該リボース部分またはデオキシリボース部分のヒドロキシル基の1個以上は任意で、及び独立して、ハロゲン、−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、ハロゲン、−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、ハロゲンで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、1個以上の−F.ハロゲンで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、任意で置換されるC−Cの脂肪族である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、任意で置換されるC−Cのアルキルである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、−OMeで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、ここで、当該デオキシリボースの2’位は任意で、及び独立して、−O−メトキシエチルで置換される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある特定の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、部分的にハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある特定の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、完全にハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある特定の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、三本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、三重鎖)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キメラ性である。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、DNA−RNAのキメラ、DNA−LNAのキメラなどである。
一部の実施形態では、WO2012/030683に記載されるオリゴヌクレオチドを含む構造のいずれか1個が本開示方法に従い修飾され、そのキラル制御された組成物が生成され得る。たとえば、一部の実施形態では、キラル制御された組成物は、WO2012/030683または本開示に記載の1つ以上のP−修飾を任意で組み込むことによって、キラル結合リン原子のうちの任意の1つ以上の立体化学が制御される。たとえば、一部の実施形態では、WO2012/030683に記載のオリゴヌクレオチドの特定のヌクレオチド単位が、事前に選択されることで、そのヌクレオチド単位の結合リンのキラル制御を伴って得られ、及び/またはそのヌクレオチド単位の結合リンのキラル制御を伴ってP−修飾される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸アナログを含み、こうした核酸アナログは、たとえば、GNA、LNA、PNA、TNA、F−HNA(F−THPまたは3’−フルオロテトラヒドロピラン)、MNA(マンニトール核酸、たとえば、Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.10:841−854)、ANA(アニトール(anitol)核酸)、及びモルホリノである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、タンパク質の活性、またはタンパク質発現の阻害もしくは促進を直接または間接的に増加させ、または減少させる能力を有するとして特徴付けられる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、細胞増殖、ウイルス複製、及び/または任意のその他の細胞シグナル伝達過程の制御に有用であるという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜500ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5〜500ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10〜50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15〜50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、ヌクレオチド単位はそれぞれ、ヘテロアリール核酸塩基単位(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルであり、これらはそれぞれ、任意かつ独立して置換または保護される)、5〜10員のヘテロシクリル環を含む糖単位、及び式Iの構造を有するヌクレオチド間結合を独立して含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約200ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約180ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約160ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約140ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約120ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約100ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約90ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約80ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約70ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約60ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約40ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約29ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約28ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約27ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約26ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約20ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約200ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約180ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約160ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約140ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約120ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約100ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約90ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約80ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約70ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約60ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約40ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約29ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約28ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約27ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約26ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約20ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5〜約10ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも2ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも2ヌクレオチド単位、少なくとも3ヌクレオチド単位、少なくとも4ヌクレオチド単位、少なくとも5ヌクレオチド単位、少なくとも6ヌクレオチド単位、少なくとも7ヌクレオチド単位、少なくとも8ヌクレオチド単位、少なくとも9ヌクレオチド単位、少なくとも10ヌクレオチド単位、少なくとも11ヌクレオチド単位、少なくとも12ヌクレオチド単位、少なくとも13ヌクレオチド単位、少なくとも14ヌクレオチド単位、少なくとも15ヌクレオチド単位、少なくとも16ヌクレオチド単位、少なくとも17ヌクレオチド単位、少なくとも18ヌクレオチド単位、少なくとも19ヌクレオチド単位、少なくとも20ヌクレオチド単位、少なくとも21ヌクレオチド単位、少なくとも22ヌクレオチド単位、少なくとも23ヌクレオチド単位、少なくとも24ヌクレオチド単位、または少なくとも25ヌクレオチド単位、の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも13ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも14ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも16ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも17ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも19ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチド単位の長さである。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチド単位の長さである。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド単位の長さの相補的二重鎖である。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド単位の長さの相補的二重鎖である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端及び/または3’末端が修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端及び/または3’末端は、末端キャップ部分を用いて修飾される。末端キャップ部分を含む、かかる修飾の例は、本明細書、及びたとえば米国特許出願公開US2009/0023675A1に記載されるものなど、当分野において詳述される。
一部の実施形態では、1)共通の塩基配列と長さ、2)骨格結合の共通パターン、及び3)骨格キラル中心の共通パターンにより特徴付けられるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構造を有する。たとえばそれらは同じ塩基配列、同じヌクレオチド修飾パターン、同じ骨格結合パターン(すなわち、たとえばリン酸、ホスホロチオエートなどのヌクレオチド間結合型のパターン)、同じ骨格キラル中心のパターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、及び同じ骨格リン修飾のパターン(たとえば、式Iの「−XLR」基のパターン)を有する。
一本鎖RNAi剤及びアンチセンスオリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルを低減するオリゴヌクレオチドを提供する。当業者であれば、本開示を読めば、提供されるオリゴヌクレオチドが、一部の実施形態では、RNAi剤として働き得ることを理解するであろう。あるいは、またはさらに、一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH依存性機序、及び/またはRNA干渉が関与しない別の生化学的機序、を介して働き得る。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドに特に望ましく、及び/または有効であり得る、ある特定の構造的属性を定義する。とりわけ、本開示は、RNAi剤として働くオリゴヌクレオチドに特に望ましく、及び/または有効であり得る、ある特定の構造的属性を定義する。一部の実施形態では、本開示は、RNaseH依存性機序及び/または他の生化学的機序を介して働くオリゴヌクレオチドに特に望ましく、及び/または有効であり得る、ある特定の構造的属性を定義する。一部の実施形態では、本開示は、一本鎖ssRNAi剤(ssRNAiまたはssRNAi剤)に特に望ましく、及び/または有効であり得る、ある特定の構造的属性を定義し、一部のそのような実施形態では、本明細書にさらに後述されるように、そのような構造的属性は、二本鎖RNAi剤(dsRNAiまたはdsRNAi剤)の対応鎖に特に望ましく、及び/または有効な構造的属性とは異なり得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi剤(たとえば、RISCに組み込まれ得、及び/またはRISC介在性の標的化を誘導もしくは増進し得るもの)である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド(たとえば、RNaseHに組み込まれ、及び/または標的のRNase−H介在性切断を誘導もしくは増進し、及び/または異なる生化学的機序を介して機能し得るもの)である。
一部の実施形態(いくつかの一本鎖オリゴヌクレオチド実施形態を含む)では、RNAi剤として働くオリゴヌクレオチドは、RNaseH依存性機序を介して働くオリゴヌクレオチドとは異なる構造的属性及び/または機能特性を1つ以上有し得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへの結合後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン(たとえば、スキップ)、によって標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCに依存することなく、機能を発揮するか、またはかなりの割合(たとえば、10〜100%、10%以上、20%以上、30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上、90%以上、または90%超)の機能を発揮することができる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseHによって媒介され、RISC(RNA干渉サイレンシング複合体)によっては媒介されない標的RNAの切断を誘導するアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RISC(RNA干渉サイレンシング複合体)によって媒介され、RNaseH酵素によっては媒介されない標的mRNAの切断を誘導する一本鎖RNAi(ssRNAi)剤である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNaseHに依存することなく、機能を発揮するか、またはかなりの割合(たとえば、10〜100%、10%以上、20%以上、30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上、90%以上、または90%超)の機能を発揮することができる。
二本鎖RNAi剤もまた、RISCを使用し、RNaseH酵素を使用せずに、標的mRNAの切断を誘導することができる。一部の実施形態では、ssRNAi剤が単一オリゴヌクレオチド鎖のみを含み、一般に、有意な長さの二本鎖領域を含まないのに対し、dsRNAi剤は有意な長さ(たとえば、少なくとも約15bp、または「正統な」siRNAでは約19bp)の二本鎖領域を含むという点において、一本鎖RNAi剤は二本鎖RNAi剤と異なる。一部の実施形態では、dsRNAiは、二本鎖領域(たとえば、「正統な」siRNAにおけるもの)を形成する2つの別々の相補的な鎖(共有結合では連結されないもの)を含むか、または二本鎖領域(たとえば、shRNAもしくは短鎖ヘアピンRNAにおけるもの)を一緒に形成する2つの相補的配列を含む長い一本鎖を含む。dsRNAiの実施形態の一部では、パッセンジャー鎖は、一本鎖ニックを有し、2つの鎖を形成する。一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤が有効であるために必要な配列及び/または構造的要素(化学修飾、立体化学など)が、二本鎖RNAi剤が有効であるために必要なものとは異なり得ることを示す。
とりわけ、本開示は、二本鎖RNAi剤に適し得るある特定の設計(たとえば、配列及び/または構造的要素)が一本鎖RNAi剤(本明細書に記載の提供される形式の一本鎖RNAi剤を含む)には適し得ず、逆もまた同様であるという認識を含む。一部の実施形態では、本開示は、有効なssRNAiの設計を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ある特定の塩基配列を、本開示に従って構造的要素(修飾、立体化学、追加の化学的部分、または部分など)と組み合わせると、予想外に高い活性を有するオリゴヌクレオチドが生じ得ることを示し、たとえば、こうしたオリゴヌクレオチドは、ssRNAi剤として投与されると、同じ配列を含むが、二本鎖であるオリゴヌクレオチドがdsRNAi剤として投与されたときと比較すると特に、予想外に高い活性を有する。一部の実施形態では、本開示は、ある特定の塩基配列を、本開示に従って構造的要素(修飾、立体化学、追加の化学的部分、または部分など)と組み合わせると、予想外に高い活性(たとえば、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルを低減する能力)を有するオリゴヌクレオチドが生じ得ることを示す。
一本鎖RNAi(ssRNAi)剤、二本鎖RNAi(dsRNAi)剤、及びRNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)の間の構造的及び機能的な差異
一部の実施形態では、一本鎖RNAi(ssRNAi)剤、二本鎖RNAi(dsRNAi)剤、及びRNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)はすべて、剤もしくはオリゴヌクレオチド(またはその一部)が、相補的な(または実質的に相補的な)標的RNA(たとえば、mRNAまたはmRNA前駆体(pre−mRNA))に結合した後、標的RNAを切断し、及び/または標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルを低減するものである。一部の実施形態では、RNAi剤は、二本鎖であろうと一本鎖であろうと、RISCまたはRNA干渉サイレンシング複合体(Ago−2(アルゴノート−2)酵素を含む)を利用するものである。一部の実施形態では、RNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチドは、一本鎖であり、異なる酵素であるRNaseHを利用するものである。報告によれば、RNAseHは、RNA:DNA二重鎖のRNA鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。米国特許第7,919,472号を参照のこと。Saetrom(2004 Bioinformatics 20:3055−3063)、Kretschmer−Kazemi Far et al.(2003 Nucleic Acids 31:4417−4424)、Bertrand et al.(2002)Biochem.Biophys.Res.Comm.296:1000−1004)、Vickers et al.(2003 J.Biol.Chem.278:7108)も併せて参照のこと。一部の実施形態では、RNaseH介在性ノックダウンを誘導することができるオリゴヌクレオチドとしては、限定されないが、2’−修飾を含まない連続する2’−デオキシヌクレオチド単位の領域からなるもの、または当該領域を含むものが挙げられる。一部の実施形態では、RNaseH介在性ノックダウンを誘導することができるオリゴヌクレオチドは、ギャップによって広がったオリゴヌクレオチド、またはギャップマーである。一部の実施形態では、ギャップマーは、内部領域を含んでおり、この内部領域は、RNaseHによる切断を支援する複数のヌクレオチドを含み、当該内部領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外部領域の間に位置する。一部の実施形態では、ギャップマーは、1つまたは2つのウィングと隣り合うか、またはそれに隣接する、2’−修飾を含まない2’−デオキシヌクレオチドの区間を含む。一部の実施形態では、ギャップは、RNaseHによる対応RNA標的の切断を誘導する。一部の実施形態では、ウィングは、RNaseHによる切断を誘導しないか、RNaseHによる切断の基質としては働かない。ウィングは、長さが異なるものであり得(限定されないが、1〜8ntのものが挙げられる)、さまざまな修飾またはアナログ(限定されないが、2’−修飾(限定されないが、2’−OMe及び2’−MOEが挙げられる)が挙げられる)を含み得る。非限定的な例として、米国特許第9,550,988号、同第7,919,472号、同第5,013,830号、同第5,149,797号、同第5,220,007号、同第5,256,775号、同第5,366,878号、同第5,403,711号、同第5,491,133号、同第5,565,350号、同第5,623,065号、同第5,652,355号、同第5,652,356号、及び同第5,700,922号を参照のこと。一部の実施形態では、そのような修飾またはアナログの1つ以上の存在は、RNaseHによる標的の切断の改変(たとえば、増加、減少、または変化)と相関し得る。
一部の実施形態では、二本鎖RNAi剤は、そのアンチセンス鎖でさえ、RNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチドと構造的に異なる。一部の実施形態では、RNaseH依存性アンチセンスオリゴヌクレオチドとsiRNAオリゴヌクレオチドとは、5’末端構造に関しても全体的な二重鎖安定性に関しても、正反対の特徴を有するように思われる。
報告によれば、二本鎖RNAi剤は、Dicer酵素によって細胞において天然に生じ得るものであり、Dicer酵素は、より長いRNA分子(侵入ウイルスに由来する二本鎖RNAなど)を切断してdsRNAに変換する。dsRNA剤の正統な構造は、2つのRNA鎖を含み、それぞれのRNA鎖が約19〜23ntの長さを有し、これら2つのRNA鎖がアニーリングすることで、約19〜21bpの二本鎖領域及び2つの3’ジヌクレオチドオーバーハングが形成される。二本鎖RNAi剤については、報告によれば、二重鎖からセンス鎖がほどかれた後にアンチセンス鎖がRISCに組み込まれる。二本鎖RNAi剤がアンチセンス鎖とセンス鎖とに天然に分離されることは別として、一本鎖RNAi剤がヒト細胞において天然に生じるということは報告されていない。
とりわけ、本開示は、たとえば、有効なdsRNAi剤のアンチセンス鎖の有効性が当該dsRNAi剤と比較して非常に低くあり得ることに加えて、ssRNAi剤をdsRNAi剤として構築(たとえば、センス鎖とのアニーリングによって構築)すると、当該ssRNAi剤と比較して有効性が非常に低くなり得るという点において、多くの場合、一本鎖RNAi剤は、単純に、二本鎖RNAi剤の単離されたアンチセンス鎖というわけではないという教示を提供する。一部の実施形態では、二本鎖RNAi剤と一本鎖RNAi剤とは、多くの顕著な点で異なる。二本鎖RNAi剤の構造的なパラメータは、一本鎖RNAi剤に必ずしも反映されない。
一部の実施形態では、本開示は、二本鎖RNAi剤に適した標的配列が一本鎖RNAi剤には適し得ず、逆もまた同様であることを教示する。たとえば、少なくともいくつかの場合では、二本鎖RNAi剤の一本鎖バージョンは、非効果的なものであり得る。非限定的な例として、dsRNAiに由来する配列で構築されたssRNAi剤が表46Aにいくつか示される。dsRNAiに基づくこうしたssRNAiは、一般に、対応するdsRNAiと比較して有効性が低いものであった。
一部の実施形態では、二本鎖RNAi剤と一本鎖RNAi剤とは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の組み込みに対する感受性も異なる。たとえば、Matranga et al.(2005 Cell 123:607−620)では、単一のSpヌクレオチド間結合(たとえば、単一のSp PS)を二本鎖RNAi剤のセンス鎖に導入すると、RISCの構築及びRNA干渉活性が大幅に減少することが報告された。対照的に、一部の実施形態では、本明細書に示されるデータは、驚くべきことに、Spヌクレオチド間結合(たとえば、Sp PS)の組み込みが、一本鎖RNAi剤に対して以下の2つの機能を発揮し得ることを示す:(a)この組み込みは、ヌクレアーゼに対する安定性を向上させ、(b)この組み込みは、RNA干渉活性を妨害しない。例としてのオリゴヌクレオチドの多くが、キラル制御されたヌクレオチド間結合(たとえば、本明細書ではSpヌクレオチド間結合またはSp PS(ホスホロチオエート)が示される)を1つ以上含む有効な一本鎖RNAi剤として働くことができる。
あるいは、またはさらに、一部の実施形態では、二本鎖RNAi剤と一本鎖RNAi剤とは、その最大GC含量が異なる。一部の実施形態では、二本鎖RNAi剤は、たとえば、GC含量が高すぎると二重鎖がほどかれにくくなるため、そのGC含量において受ける制限がより大きい。このことは、たとえば、Khvorova et al.に付与された米国特許第7,507,811号において報告されており、この特許では、二本鎖RNAi剤が有し得るGC含量は最大52%であることが報告されている。対照的に、一部の実施形態では、本明細書に示されるデータは、有効な一本鎖RNAi剤が有し得るGC含量は最大70%であることを示す。とりわけ、標的配列によっては、そのGC含量が70%に達していても、ssRNAiとしての使用のために探索することが可能であり得るが、こうした標的配列はdsRNAiには適さない。
あるいは、またはさらに、二本鎖RNAi剤と一本鎖RNAi剤とは、GC区間の最大長が異なり得る。たとえば、Naito et al.2004 Nucl.Acids Res.32:W124−W129では、二本鎖RNAi剤が高度に有効であれば、長さが9bpを超えるGC区間を含まないことを示す法則が報告された。一部の実施形態では、本開示は、最大11の長さのGC区間を含む有効な一本鎖RNAi剤の例を示す。
あるいは、またはさらに、二本鎖RNAi剤と一本鎖RNAi剤とは、免疫原性が異なり得る。一部の実施形態では、報告によれば、一本鎖RNAi剤によっては、二本鎖RNAi剤と比較して免疫原性が高い。Sioud J.Mol.Biol.(2005)348,1079−1090。一部の実施形態では、報告によれば、いくつかの二本鎖RNAi剤は免疫応答を誘導しなかった一方で、対応する一本鎖RNAi剤は免疫応答を誘導した。一部の実施形態では、本開示は、免疫原性が低いオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドをssRNAi試薬として利用することができる。
とりわけ、本開示は、二本鎖RNAi剤から、塩基配列を含めて、一本鎖RNAi剤を得るという、一本鎖RNAi剤のある特定の従来設計は、多くの場合、有効な一本鎖RNAi剤を得ることに失敗するという認識を含む。一部の実施形態では、本開示は、驚くべきことに、有効なRNaseH依存性ASOの塩基配列に由来するssRNAi剤から、有効なssRNAi剤を得ることができることを示す(表46Aを参照のこと)。
一部の実施形態では、本開示は、有効なRNase−H依存性ASOとして利用できるオリゴヌクレオチドを提供し、当該オリゴヌクレオチドは、2’−修飾を有さない2’−デオキシヌクレオチドの領域を含み、RNA配列またはその一部に相補的または実質的に相補的である。一部の実施形態では、領域は、たとえば、ウィングが片側または両側に隣接する約10ntのコア配列であり得、こうしたウィングは、コアとは化学が異なり、非限定的な例として、2’−修飾またはヌクレオチド間結合修飾を含み得る。
オリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへの結合後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導することができる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の構造的要素もしくは形式またはその一部を有する。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の構造的要素もしくは形式またはその一部を有する。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの形式を有し、こうしたオリゴヌクレオチドは、たとえば、表1Aまたは図もしくは表に示されるもの、あるいはその他の箇所で本明細書に開示されるものである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、図1に示される形式のいずれかを有する。
本開示は、さまざまな形式のさまざまなオリゴヌクレオチドが、複数の異なる種において、複数の異なる遺伝子の中で、複数の異なる配列のいずれかを標的として、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有することを示すデータを提示する。未掲載ではあるが、開示の形式のssRNAi剤の有効性を裏付ける追加のデータが得られた。
一部の実施形態では、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の構造的要素もしくは形式またはその一部を有する。
一部の実施形態では、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの形式を有し、こうしたオリゴヌクレオチドは、たとえば、表1Aまたは図もしくは表に示されるもの、あるいはその他の箇所で本明細書に開示されるものである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、図1に示される形式のいずれかを有する。
本開示は、さまざまな形式のさまざまなオリゴヌクレオチドが、複数の異なる種において、複数の異なる遺伝子の中で、複数の異なる配列のいずれかに対してRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有することを示すデータを提示する。未掲載ではあるが、開示の形式のssRNAi剤の有効性を裏付ける追加のデータが得られた。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の構造的要素もしくは形式またはその一部を有する。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチドの形式を有し、こうしたオリゴヌクレオチドは、たとえば、表1Aまたは図もしくは表に示されるもの、あるいはその他の箇所で本明細書に開示されるものである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、図1に示される形式のいずれかを有する。
本開示は、さまざまな形式のさまざまなRNAi剤が、複数の異なる遺伝子のいずれかにおいて、複数の異なる配列のいずれかに対してRNA干渉を誘導する能力を有することを示すデータを提示する。未掲載ではあるが、開示の形式のssRNAi剤の有効性を裏付ける追加のデータが得られた。
一部の実施形態では、RNAiの標的は、転写産物である。一部の実施形態では、転写産物は、mRNA前駆体である。一部の実施形態では、転写産物は、成熟RNAである。一部の実施形態では、転写産物は、mRNAである。一部の実施形態では、転写産物は、変異を含む。一部の実施形態では、変異は、フレームシフトである。一部の実施形態では、転写産物は、未成熟な終結コドンを含む。一部の実施形態では、RNAiの標的は、mRNAではないRNAである。一部の実施形態では、RNAiの標的は、非コードRNAである。一部の実施形態では、RNAiの標的は、長鎖非コードRNAである。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、たとえば第1の複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、及び/またはヌクレオチド間結合修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾と糖修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾とヌクレオチド間結合修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾とヌクレオチド間結合修飾を含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、塩基修飾、糖修飾、及びヌクレオチド間結合修飾を含む。たとえば塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾などの化学修飾の例は、当分野に広く公知であり、本開示に記載される修飾が挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、修飾塩基は、置換されたA、T、C、GまたはUである。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2−F修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態において、2’−修飾は、2’−ORであり、式中、Rは任意で置換アルキルである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、修飾糖部分は、架橋された二環または多環の環である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、5〜20個の環原子を有する架橋された二環または多環の環であり、式中、1個以上の還原子が任意で、及び独立してヘテロ原子である。環構造の例は当分野に広く公知であり、たとえばBNA、LNAなどに見出されるものがある。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と1つ以上の天然リン酸結合の両方を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合と天然リン酸結合の両方を含むオリゴヌクレオチドと、その組成物は、たとえば活性などの改善された特性を提供する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、置換ホスホロチオエート結合である。
特に本開示は、立体不規則的オリゴヌクレオチド調製物が、たとえばオリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において、互いに異なる複数の別個の化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御が伴わない場合、立体不規則的なオリゴヌクレオチド調製物は、未確定レベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む、非制御の組成物を提供する。これらの立体異性体は同じ塩基配列を有し得るが、これらの立体異性体は、少なくともそれらの異なる骨格立体化学に起因する異なる化学実体であり、本明細書に示されるように、異なる特性、例えば、活性などを有し得る。特に本開示は、対象のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、またはそれを含む、新たな組成物を提供する。一部の実施形態では、特定の立体異性体は、たとえばその塩基配列、長さ、骨格結合パターン、及び骨格キラル中心パターンにより規定されてもよい。当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、塩基配列は、オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性及び/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、及びウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖及び/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、及び/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。一部の実施形態では、本開示は、化学的に同一である個々のオリゴヌクレオチド型の所定レベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供するものであり、たとえばそれらは、同じ塩基配列、同じパターンのヌクレオシド修飾(存在する場合、糖部分及び塩基部分への修飾)、同じパターンの骨格キラル中心、及び同じパターンの骨格リン修飾を有する。本開示は特に、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性及び/または活性を示し得ることを示す。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めること及び/または配置することによって達成される適切な改良は、特定の骨格結合、残基修飾などを使用することによって(たとえば、あるタイプの修飾リン酸塩[たとえば、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエートなど]、糖修飾[たとえば、2’−修飾など]、及び/または塩基修飾[たとえば、メチル化など]の使用することによって)、達成されるものに匹敵するか、またはより優れている場合がある。特に、本開示は、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの1個以上のその他の特性(たとえば結合パターン、ヌクレオシド修飾パターンなど)の調節/最適化と任意で組み合わせて、骨格キラル中心のパターンを最適化することによって、オリゴヌクレオチドの特性(たとえば活性など)を調節することができることを認識している。本開示のさまざまな例によって例示されるように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、たとえば一本鎖RNA干渉活性の改善、RNaseH介在性ノックダウン、送達の改善などの改善された特性を示し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの特性は、立体化学(骨格キラル中心のパターン)及び化学修飾(塩基、糖及び/またはヌクレオチド間結合の修飾)あるいはそのパターンを最適化することによって調節することができる。
一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、安定性の上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、活性の驚くべき上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、安定性及び活性の上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、あるタンパク質への結合を驚くほど増加させる。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、驚くほど強化された送達を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、またはこれらである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有し、またはこれらであり、式中、m>2である。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有し、またはこれらであり、式中、nは1であり、t>1であり、及びm>2である。一部の実施形態では、m>3である。一部の実施形態では、m>4である。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、1つ以上のアキラルな天然リン酸結合を含む。
一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであり、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の2’−修飾を1つ以上含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであり、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の2’−F修飾を1つ以上含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mであり、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の2’−OR修飾を1つ以上含む。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)nを含むか、または(Sp)t(Rp)nである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Sp)mを含むか、または(Sp)t(Sp)mであり、アキラルなリン酸ジエステルヌクレオチド間結合及び/または立体不規則的(キラル制御されない)キラルヌクレオチド間結合を、(Sp)tを有する区間と(Sp)mを有する区間との間に任意でn個有する。一部の実施形態では、アキラルなリン酸ジエステルヌクレオチド間結合がn個介在する。一部の実施形態では、立体不規則的キラルヌクレオチド間結合がn個介在する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含むか、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、t及びmはそれぞれ、独立して、1以上、2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、7以上、8以上、9以上、10以上、11以上、12以上、13以上、14以上、15以上、16以上、17以上、18以上、19以上、または20以上である。
一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターン(たとえば、一本鎖RNAi剤における骨格キラル中心のパターン)は、i−i−i−i−i、i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i、i−i−i−i、i−i−i−i、i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i、i−i−i−i−i−i−i−i−i、またはi−i−iというパターンを含み、式中、iは、Sp配置のヌクレオチド間結合を示し、iは、アキラルなヌクレオチド間結合を示し、iは、Rp配置のヌクレオチド間結合を示す。
一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターン(たとえば、一本鎖RNAi剤における骨格キラル中心のパターン)は、OSOSO、OSSSO、OSSSOS、SOSO、SOSO、SOSOS、SOSOSO、SOSOSOSO、SOSSSO、SSOSSSOSS、SSSOSOSSS、SSSSOSOSSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SSSSSSSS、SSSSSSSSS、またはRRRというパターンを含み、式中、Sは、Sp配置のホスホロチオエートを示し、Oは、ホスホジエステルを示し、Rは、Rp配置のホスホロチオエートを示す。
一部の実施形態では、非キラル中心は、ホスホジエステル結合である。一部の実施形態では、Sp配置のキラル中心は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、非キラル中心は、ホスホジエステル結合である。一部の実施形態では、Sp配置のキラル中心は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも2つの対を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも3つの対を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも2つの対を含み、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を連続して5つ以上含むブロックをさらに含み、少なくとも1つのホスホロチオエート結合がキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも2つの対を含み、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を連続して3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはそれ以上含むブロックをさらに含み、少なくとも1つのホスホロチオエート結合がキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも5つの対を含み、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を連続して3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはそれ以上含むブロックをさらに含み、少なくとも1つのホスホロチオエート結合がキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも6つの対を含み、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を連続して3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはそれ以上含むブロックをさらに含み、少なくとも1つのホスホロチオエート結合がキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステルヌクレオチド間結合とホスホロチオエートヌクレオチド間結合とが交互に並ぶ少なくとも2つの対を含み、ホスホジエステルヌクレオチド間結合を連続して5つ以上含むブロックをさらに含み、少なくとも1つのホスホロチオエート結合がキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の天然リン酸結合、及び1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。提供されるオリゴヌクレオチドは、さまざまな数の天然リン酸結合を含み得る。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含まない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つの天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、転写産物に結合し、転写産物の一本鎖RNA干渉を改善することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の適切な条件の下で、同等のオリゴヌクレオチドと比較して高い効率で一本鎖RNA干渉を改善する。
一部の実施形態では、もたらされる一本鎖RNA干渉の改善は、1つ以上の適切な条件の下での同等のオリゴヌクレオチドのものと比較して、少なくとも10%超、少なくとも20%超、少なくとも30%超、少なくとも40%超、少なくとも50%超、少なくとも60%超、少なくとも70%超、少なくとも80%超、少なくとも90%超、少なくとも100%超、少なくとも110%超、少なくとも120%超、少なくとも130%超、少なくとも140%超、少なくとも150%超、少なくとも160%超、少なくとも170%超、少なくとも180%超、少なくとも190%超高いものであるか、または2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍、50倍、もしくは50倍超のものである。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルは、オリゴヌクレオチドの投与によって、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、または少なくとも約80%低減される。一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルは、オリゴヌクレオチドによって誘導されるRNaseH介在性ノックダウン及び/またはRNA干渉によって全体として少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、または少なくとも約80%低減される。一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルは、in vitroで、細胞(複数可)中濃度が5nm以下のオリゴヌクレオチドによって誘導されるRNaseH介在性ノックダウン及び/またはRNA干渉によって全体として少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、または少なくとも約80%低減される。一部の実施形態では、細胞(複数可)は、哺乳類細胞(複数可)である。一部の実施形態では、細胞(複数可)は、ヒト細胞(複数可)である。一部の実施形態では、細胞(複数可)は、肝細胞(複数可)である。一部の実施形態では、細胞(複数可)は、Huh7細胞(複数可)またはHep3B細胞(複数可)である。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、25nM以下の濃度で、in vitroで細胞(複数可)における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルを少なくとも約20%低減する能力を有する。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、25nM以下の濃度で、in vitroで細胞(複数可)における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルを少なくとも約50%低減する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、25nM以下の濃度で、in vitroで細胞(複数可)における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルを少なくとも約20%低減する能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、25nM以下の濃度で、in vitroで細胞(複数可)における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルを少なくとも約50%低減する能力を有する。一部の実施形態では、IC50は、in vitroで細胞(複数可)における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現またはレベルを50%低減する阻害濃度である。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、in vitroの細胞(複数可)において約10nM以下のIC50を有する。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、in vitroの細胞(複数可)において約2nM以下のIC50を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、in vitroの細胞(複数可)において約10nM以下のIC50を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、in vitroの細胞(複数可)において約2nM以下のIC50を有する。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供し、こうしたオリゴヌクレオチドは、たとえば、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mを含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、本開示は、Rp(Sp)mを含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、(Sp)mRpを含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、本開示は、Rp(Sp)を含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、(Sp)Rp(Sp)を含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、(Rp)Rp(Sp)を含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RpSpRp(Sp)を含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、SpRpRp(Sp)を含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示は、(Sp)Rpを含む骨格キラル中心パターンのオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤を提供する。
本明細書において定義されるように、mは、1〜50である。一部の実施形態では、mは、1である。一部の実施形態では、mは、2〜50である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、7または8である。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、mは、3である。一部の実施形態では、mは、4である。一部の実施形態では、mは、5である。一部の実施形態では、mは、6である。一部の実施形態では、mは、7である。一部の実施形態では、mは、8である。一部の実施形態では、mは、9である。一部の実施形態では、mは、10である。一部の実施形態では、mは、11である。一部の実施形態では、mは、12である。一部の実施形態では、mは、13である。一部の実施形態では、mは、14である。一部の実施形態では、mは、15である。一部の実施形態では、mは、16である。一部の実施形態では、mは、17である。一部の実施形態では、mは、18である。一部の実施形態では、mは、19である。一部の実施形態では、mは、20である。一部の実施形態では、mは、21である。一部の実施形態では、mは、22である。一部の実施形態では、mは、23である。一部の実施形態では、mは、24である。一部の実施形態では、mは、25である。一部の実施形態では、mは、25よりも大きい。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含み、RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含み、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含み、RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含み、RNA干渉を誘導する能力を有し、立体化学パターンは、シード領域及び/またはポストシード領域に存在する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の立体化学パターンを含み、RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有し、立体化学パターンは、シード領域及び/またはポストシード領域に存在する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾または修飾パターンを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾または修飾パターンを含み、RNA干渉を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾パターンを含み、RNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾パターンを含み、RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾パターンを含み、RNA干渉を誘導する能力を有し、修飾パターンは、シード領域及び/またはポストシード領域に存在する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の任意の修飾パターンを含み、RNA干渉及びRNaseH介在性ノックダウンを誘導する能力を有し、修飾パターンは、シード領域及び/またはポストシード領域に存在する。一部の実施形態では、修飾または修飾パターンは、糖の2’位の修飾または修飾パターンである。一部の実施形態では、修飾または修飾パターンは、糖の修飾または修飾パターンであり、こうした糖の修飾または修飾パターンは、たとえば、糖の2’位におけるもの(限定されないが、2’−デオキシ、2’−F、2’−OMe、2’−MOE、及び2’−OR1(R1は、任意で置換されるC1−6アルキルである)が挙げられる)である。
一部の実施形態では、本開示は、2’−F修飾が、とりわけ、一本鎖RNA干渉を改善し得ることを示す。一部の実施形態では、本開示は、Spヌクレオチド間結合が、とりわけ、5’末端及び3’末端に位置すると、オリゴヌクレオチドの安定性を改善し得ることを示す。一部の実施形態では、本開示は、とりわけ、天然リン酸結合及び/またはRpヌクレオチド間結合が、系からのオリゴヌクレオチドの除去を改善し得ることを示す。当業者であれば理解することであるが、本開示によるそのような特性を評価するために、当該技術分野において知られるさまざまなアッセイを利用することができる。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の5%以上が修飾される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、または100%が修飾される。一部の実施形態では、修飾糖部分は、2’−修飾を含む。一部の実施形態では、修飾糖部分は、2’−修飾を含む。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、2’−修飾は、LNA糖修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−Fである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−修飾である。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fであり、少なくとも1つは、2’−Fである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルであり、少なくとも1つは、2’−ORである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fであり、少なくとも1つは、2’−Fであり、少なくとも1つは、2’−ORである。一部の実施形態では、糖修飾はそれぞれ、独立して2’−ORまたは2’−Fであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルであり、少なくとも1つは、2’−Fであり、少なくとも1つは、2’−ORである。
一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、修飾ヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、修飾ヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−Fを含むヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−Fを含むヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−Fを含むヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、2’−Fを含むヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含むか、または1つ以上の天然リン酸結合及び1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、または35個の修飾糖部分を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、11個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、12個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、13個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、14個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35個以上の2’−Fを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、修飾ヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、修飾ヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−Fを含むヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおいて、2’−Fを含むヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、2’−Fを含むヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、2’−修飾を含むヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、2’−Fを含むヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合が位置する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の天然リン酸結合と、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数の天然リン酸結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含まない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約5個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約95%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約50%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドの糖部分はそれぞれ、独立して修飾される。提供されるオリゴヌクレオチドは、さまざまな数の天然リン酸結合を含み得る。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含まない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約25個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約20個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約15個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約10個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約9つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約8つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約7つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約6つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約5つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約4つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約3つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約2つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約25個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約20個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約15個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約10個以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を連続して約5つ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約95%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約90%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約85%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約80%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約70%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約60%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約50%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約40%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約30%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約20%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約10%以下である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドが含む非修飾糖部分の割合は約5%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドの糖部分はそれぞれ、独立して修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。
一部の実施形態では、提供される組成物は、転写産物の一本鎖RNA干渉を変化させ、その結果、望ましくない標的及び/または生物学的機能が抑制される。一部の実施形態では、そのような場合、提供される組成物は、ハイブリダイゼーション後に転写産物の切断も誘導することができる。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、1つ以上の修飾糖部分及び/または1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む非修飾糖部分の割合は約95%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む非修飾糖部分の割合は約50%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む非修飾糖部分の割合は約5%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドの各糖部分は、独立して修飾される。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、2個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、3個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、10個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、約15個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、約20個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、約25個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む天然リン酸結合の割合は約30%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む天然リン酸結合の割合は約20%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む天然リン酸結合の割合は約10%以下である。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが含む天然リン酸結合の割合は約5%以下である。
一部の実施形態では、参照条件と比較して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、驚くほど有効である。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果(たとえば、望ましいmRNA、タンパク質などのレベルの上昇、望ましくないmRNA、タンパク質などのレベルの低下により測定される)は、5倍超、10倍超、15倍超、20倍超、25倍超、30倍超、40倍超、50倍超、または100倍超まで強化され得る。一部の実施形態では、変化は、参照条件と比較した、望ましいmRNAレベルの上昇により測定される。一部の実施形態では、変化は、参照条件と比較した、望ましくないmRNAレベルの低下により測定される。一部の実施形態では、参照条件は、オリゴヌクレオチド処置が無い。一部の実施形態では、参照条件は、同じ塩基配列と化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1種以上の同位体の含有レベルが高められる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは標識され、この標識は、たとえば、1種以上の元素(たとえば、水素、炭素、窒素など)の1種以上の同位体によって行われる。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、たとえば第1の複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、及び/またはヌクレオチド間結合修飾を含有し、オリゴヌクレオチドは、重水素の含有レベルが高められる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の位置が重水素で標識される(−Hが−Hで置き換えられる)。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドに複合体化された任意の部分(たとえば、標的化部分、脂質部分など)の1つ以上のHがHで置き換えられる。かかるオリゴヌクレオチドを、本明細書に記載される任意の組成物または方法に使用することができる。
本発明は、薬学的に許容可能な同位体標識化合物のすべてを含み、こうした化合物においては、同じ原子番号を有するが、天然に通常見られる原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子によって1個以上の原子が置き換えられる。
本発明の化合物に含めるのに適した同位体の例としては、水素の同位体(H及びHなど)、炭素の同位体(11C、13C、及び14Cなど)、塩素の同位体(36Clなど)、フッ素の同位体(18Fなど)、ヨウ素の同位体(123I、124I、及び125Iなど)、窒素の同位体(13N及び15Nなど)、酸素の同位体(15O、17O、及び18Oなど)、リンの同位体(32Pなど)、ならびに硫黄の同位体(35Sなど)が挙げられる。
式(I)のある特定の同位体標識化合物(たとえば、放射性同位体が組み込まれたもの)は、薬物試験及び/または基質組織分布試験において有用である。放射性同位体である三重水素(すなわち、H)及び炭素−14(すなわち、14C)は、その組み込みが容易であり、その検出手段が整っていることを考慮すると、この目的に特に有用である。
重同位体(重水素(すなわちH)など)での置き換えは、代謝安定性の向上(たとえば、in vivo半減期の長期化)または必要投与量の低減に起因してある特定の治療利点が生じ得るため、状況によっては好ましくあり得る。
陽電子放出同位体(11C、18F、15O、及び13Nなど)での置き換えは、基質の受容体占有を調べるための陽電子放出断層撮影(PET)試験において有用であり得る。
同位体標識化合物は、一般に、当業者に知られる従来手法によって調製するか、または以前に利用された非標識試薬の代わりに適切な同位体標識試薬を使用して添付の実施例及び調製事例に記載のものと類似のプロセスによって調製することができる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの構造的要素の制御することで、所望の生物学的効果に対して顕著な影響を与えることができ、こうした構造的要素は、化学修飾(たとえば、糖の修飾、塩基の修飾、及び/またはヌクレオチド間結合の修飾)またはそのパターン、立体化学(たとえば、骨格のキラルヌクレオチド間結合の立体化学)の改変またはそのパターン、同じ元素の同位体での原子の置き換え、及び/または追加の化学的部分(たとえば、脂質部分、標的化部分など)との複合体化などである。一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、2倍超に増進する。
一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、3倍超、4倍超、5倍超、6倍超、7倍超、8倍超、9倍超、10倍超、11倍超、12倍超、13倍超、14倍超、15倍超、20倍超、25倍超、30倍超、40倍超、50倍超、60倍超、70倍超、80倍超、90倍超、または100倍超に増進する。
一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少の誘導である。一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、一本鎖RNA干渉の改善である。一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、RNaseH介在性ノックダウンの改善である。一部の実施形態では、所望の生物学的効果は、一本鎖RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンの改善である。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物における標的配列に相補的な共通塩基配列を有し、
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、それが一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のRNAi介在性ノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチド型は、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義され、
当該組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して当該組成物が富化されるという点においてキラル制御され、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、それが一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のRNAi介在性ノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。
一部の実施形態では、連続ヌクレオシド単位はそれぞれ、独立して、修飾ヌクレオチド間結合の後及び/または前に位置する。一部の実施形態では、連続ヌクレオシド単位はそれぞれ、独立して、ホスホロチオエート結合の後及び/または前に位置する。一部の実施形態では、連続ヌクレオシド単位はそれぞれ、独立して、キラル制御された修飾ヌクレオチド間結合の後及び/または前に位置する。一部の実施形態では、連続ヌクレオシド単位はそれぞれ、独立して、キラル制御されたホスホロチオエート結合の後及び/または前に位置する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式I−aの構造を有する。
一部の実施形態では、本開示は、所定レベルの第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはそれ以上含むシード領域と、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含むポストシード領域と、を含む。
一部の実施形態では、シード領域は、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して2つ以上含む。一部の実施形態では、シード領域は、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含む。一部の実施形態では、シード領域は、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して3つ以上含む。一部の実施形態では、シード領域は、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して4つ以上含む。一部の実施形態では、ポストシード領域は、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して4つ以上含む。
一部の実施形態では、本開示は、所定レベルの第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、またはそれ以上含むシード領域と、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含むポストシード領域と、天然リン酸結合を1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含む、シード領域と3’領域との間に位置する中間領域と、を含む。
一部の実施形態では、本開示は、所定レベルの第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して5つ、6つ、7つ、8つ、またはそれ以上含むシード領域と、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含むポストシード領域と、天然リン酸結合を2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、またはそれ以上含む、シード領域と3’領域との間に位置する中間領域と、を含む。
一部の実施形態では、本開示は、所定レベルの第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して6つ、7つ、またはそれ以上含むシード領域と、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含むポストシード領域と、を含む。
一部の実施形態では、本開示は、所定レベルの第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤を提供し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して6つ、7つ、8つ、またはそれ以上含むシード領域と、Sp修飾ヌクレオチド間結合を連続して6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含むポストシード領域と、を含む。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式I−aの構造を有する。
本開示に記載されるように、一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、それが一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触すると、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件の下で観察されるものと比較して転写産物のRNAi介在性ノックダウンが改善するという点において特徴付けられる。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉は、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%増加するか、または2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、21倍、22倍、23倍、24倍、25倍、26倍、27倍、28倍、29倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、200倍、300倍、400倍、500倍、600倍、700倍、800倍、900倍、1000倍、もしくは1000倍超に増加する。一部の実施形態では、本開示に例示されるように、提供される組成物における複数のオリゴヌクレオチド(たとえば、第1の複数のオリゴヌクレオチド)のレベルは、前もって決定される。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列及び長さ、
2)骨格結合の共通パターン、及び
3)骨格キラル中心の共通パターンであって
を有することによって定義され、当該組成物は、当該組成物中の所定レベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
一部の実施形態では、共通の塩基配列及び長さは、共有塩基配列と呼称される場合がある。一部の実施形態では、共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、同じパターンのたとえば糖修飾、塩基修飾などのヌクレオシド修飾を有してもよい。一部の実施形態では、ヌクレオシド修飾のパターンは、位置と修飾の組み合わせにより表される場合がある。一部の実施形態では、骨格結合のパターンは、それぞれのヌクレオチド間結合の位置及び型(たとえば、リン酸、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエートなど)を含む。オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、5’から3’にかけての結合リン立体化学(Rp/Sp)の組み合わせによって指定することができる。上に例示さえるように、非キラル結合の位置は、たとえば、骨格結合のパターンから把握され得る。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物またはラセミ調製物は、多くの場合、いずれのキラル補助基、キラル修飾試薬及び/またはキラル触媒も使用しない、非立体選択的及び/または低立体選択的なヌクレオチドモノマーのカップリングにより調製される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな(またはキラル的に非制御な)調製物において、全てまたは大部分のカップリングステップが、当該カップリングステップは立体選択性の強化をもたらすように特異的に実施されていないという点で、キラル的に制御されていない。オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな調製物の例は、当分野に公知のプロセスである、テトラエチルチウラムジスルフィドまたは(TETD)または3H−1,2−ベンゾジチオール(bensodithiol)−3−オン 1,1−ジオキシド(BDTD)のいずれかを用いた、一般的に使用されるホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成から、亜リン酸トリエステルを硫化することによる、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな調製物は、実質的にラセミなオリゴヌクレオチド組成物(またはキラル非制御なオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。
一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも1個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、立体不規則的調製物またはラセミ調製物では、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、約60:40、約70:30、約80:20、約85:15、約90:10、約91:9、約92:8、約97:3、約98:2、または約99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。
一部の実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合(キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドのものなど)は、90:10、91:9、92:8、93:7、94:6、95:5、96:4、97:3、98:2、99:1、または99:1を上回る比のジアステレオ選択性を有する。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、一部の実施形態では、カップリングまたは結合のジアステレオ選択性は、同一または同等の条件下での二量体生成のジアステレオ選択性を介して評価することができ、ここで、当該二量体は、同じ5’−ヌクレオシド及び3’−ヌクレオシドならびにヌクレオチド間結合を有する。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)オリゴヌクレオチド組成物を提供し、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列及び長さ、
2)骨格結合の共通パターン、
3)骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義され、当該組成物は、組成物中の少なくとも約10%のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、単一オリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して富化されるという点においてキラル制御される。一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、単一オリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して富化され、当該単一オリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列及び長さ、
2)骨格結合の共通パターン、及び
3)骨格キラル中心の共通パターン
を共有する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列及び長さ、
2)骨格結合の共通パターン、及び
3)骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものであり、
当該組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列と長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して、富化されているという点でキラル制御される。
一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及び塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及びヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、同一の構造を有する。
一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及び糖修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及び塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及びヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約25%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約35%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約45%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約55%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約65%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約75%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約85%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約92%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約94%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約99%超が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、ある1つのオリゴヌクレオチドの一本鎖RNAi剤の純度は、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの割合として表され得る。
一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及びヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及び糖修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及び塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターン及びヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、及び骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、あるオリゴヌクレオチド型の塩基配列である。一部の実施形態では、提供される組成物は、当該組成物が個々のオリゴヌクレオチド型の第1の複数のオリゴヌクレオチドを所定レベルで含むという点においてキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチド型は、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される。
上述され、当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、当該オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性及び/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、及びウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖及び/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、及び/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同じ塩基配列(長さを含む)、糖及び塩基部分への同じ化学修飾パターン、同じ骨格結合パターン(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、及びそれらの組み合わせのパターン)、同じ骨格キラル中心パターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)パターン)、及び同じ骨格リン修飾パターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン、たとえば式Iの−S、及び−L−R)を有するという点で化学的に同一である。
一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型の一本鎖RNAi剤の純度は、当該組成物中の当該オリゴヌクレオチド型であるオリゴヌクレオチドの割合として表される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の純度は、その調製プロセスにおける各カップリングステップの立体選択性により制御され得る。一部の実施形態では、カップリングステップは、60%の立体選択性(たとえば、ジアステレオ選択性)を有する(当該カップリングステップから形成された新たなヌクレオチド間結合の60%が、意図された立体化学を有している)。かかるカップリングステップの後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、60%の純度を有すると呼称され得る。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも95%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも96%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも97%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも98%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも99%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、少なくとも99.5%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングステップは、実質的に100%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、カップリングステップは、分析的方法(たとえば、NMR、HPLCなど)により検出可能な当該カップリングステップ由来のすべての産物が、意図された立体選択性を有するという点で、実質的に100%の立体選択性を有する。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの構造的要素(たとえば、化学修飾のパターン、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、及び/または骨格リン修飾のパターン)を組み合わせることで、特性(生物活性など)を驚くほど改善できることを認識するものである。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、RNAi剤オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、1個以上の修飾された骨格結合、塩基、及び/または糖を含むオリゴヌクレオチドの調製物である。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも8塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも14塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも15〜25塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(及び/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも30塩基、少なくとも35塩基、少なくとも40塩基、少なくとも45塩基、少なくとも50塩基、少なくとも55塩基、少なくとも60塩基、少なくとも65塩基、少なくとも70塩基、または少なくとも75塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。
一部の実施形態では、提供される組成物は、糖部分で修飾される1つ以上の残基を含むオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、糖部分の2’位で修飾される(本明細書において、「2’−修飾」と呼称される)残基を1個以上含むオリゴヌクレオチドを含む。そのような修飾の例は、上述及び本明細書に記載され、2’−OMe、2’−MOE、2’−LNA、2’−F、FRNA、FANA、S−cEtなどが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、提供される組成物は、2’−修飾される残基を1個以上含むオリゴヌクレオチドを含む。たとえば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−O−メトキシエチル(2’−MOE)修飾される残基を1個以上含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、任意の2’−修飾を含まないオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、任意の2’−MOE残基を含まないオリゴヌクレオチドである。すなわち一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、MOE修飾されない。糖修飾の追加例は、本開示に記載される。
一部の実施形態では、1個以上は、1個である。一部の実施形態では、1個以上は、2個である。一部の実施形態では、1個以上は、3個である。一部の実施形態では、1個以上は、4個である。一部の実施形態では、1個以上は、5個である。一部の実施形態では、1個以上は、6個である。一部の実施形態では、1個以上は、7個である。一部の実施形態では、1個以上は、8個である。一部の実施形態では、1個以上は、9個である。一部の実施形態では、1個以上は、10個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも1個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも2個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも3個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも4個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも5個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも6個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも7個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも8個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも9個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも10個である。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾のない糖部分は、天然DNAヌクレオシド中に存在する糖部分である。
当分野の当業者であれば、標的転写産物の様々な領域が、提供される組成物及び方法により標的化され得ることを理解する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロン配列を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、エクソン配列を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロン配列とエクソン配列を含む。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は特に、非常に多くの核酸ポリマーを標的とすることができる。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、核酸配列の転写産物を標的とすることができ、ここで、オリゴヌクレオチドの共通塩基配列(たとえば、あるオリゴヌクレオチド型の塩基配列)は、その転写産物の配列に対し相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列を含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列である。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列を含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列である。
一部の実施形態では、本開示に記載されるように、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、新たな切断パターン、速い切断速度、高い切断度、高い切断選択性などを提供し得る。一部の実施形態では、提供される組成物は、対象内または集団内に存在する1個以上の類似配列を有する標的核酸配列からの転写産物を選択的に抑制する(例えば、切断する)ことができ、標的配列及びその類似配列の各々は、類似配列と比較して標的配列を定義する固有のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含む。一部の実施形態では、たとえば標的配列は、野生型アレルまたは遺伝子のコピーであり、類似配列は、非常に類似した塩基配列を有する配列であり、たとえばSNP、突然変異などを有する配列である。
一部の実施形態では、類似配列は、標的配列と60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%を越える配列相同性を有する。一部の実施形態において、標的配列は、1個以上の突然変異及び/またはSNPを含む核酸配列の疾患原因となるコピーであり、類似配列は、疾患原因とならないコピー(野生型)である。一部の実施形態において、標的配列は突然変異を含み、ここで、類似配列は、対応する野生型配列である。一部の実施形態において、標的配列は変異アレルであり、一方で類似配列は野生型アレルである。一部の実施形態において、標的配列は、疾患原因となるアレルに関連するSNPを含み、一方で類似配列は、疾患原因となるアレルに関連しない同じSNPを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%を越える配列相同性を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、5塩基対未満、4塩基対未満、3塩基対未満、2塩基対未満、またはたった1塩基対で異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、1つの突然変異部位またはSNP部位のみで異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、1つの突然変異部位のみで異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、SNP部位のみで異なる。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列を含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列である。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列を含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列である。本明細書の実施形態の一部では、特徴的な配列要素は、非限定的な例として、シード領域、ポストシード領域、またはシード領域の一部、またはポストシード領域の一部、または3’末端ジヌクレオチドである。
一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、変異を含むか、または変異である。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、変異を含む。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、変異である。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、点変異を含むか、または点変異である。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、点変異を含む。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、点変異である。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、SNPを含むか、またはSNPである。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、SNPを含む。一部の実施形態では、特徴的な配列要素は、SNPである。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的配列と100%マッチし、当該標的配列は、標的配列の類似配列とは100%マッチしない。
たとえば、一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的核酸配列の疾患原因となるコピーまたはアレルにおける変異とマッチするが、当該変異部位における疾患原因とならないコピーまたはアレルとはマッチしない。一部の他の実施形態では、共通塩基配列は、標的核酸配列の疾患原因となるアレルにおけるSNPとマッチするが、対応部位における疾患原因とならないアレルとはマッチしない。
特に本開示は、塩基配列は、オリゴヌクレオチドの特性に影響を与え得ると認識している。一部の実施形態では、ある塩基配列を有するオリゴヌクレオチドが、たとえばRNaseHを含む経路を介した標的の抑制に利用されるとき、当該塩基配列は標的の切断パターンに影響を与え得る。たとえば、異なる配列を有する構造的には類似な(すべてのホスホロチオエート結合、すべての立体化学)オリゴヌクレオチドは、異なる切断パターンを有し得る。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、SNPを含む塩基配列である。
当業者であれば理解することであるが、提供されるオリゴヌクレオチド組成物及び方法は、当業者に知られるさまざまな用途を有する。提供される組成物の評価方法、ならびにその特性及び用途もまた、当業者によって広く知られ、実践されている。特性、用途、及び/または方法の例としては、限定されないが、WO/2014/012081及びWO/2015/107425に記載のものが挙げられる。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列または疾患関連核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患原因とならない核酸配列と、疾患原因となる核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患原因とならない核酸配列と、疾患原因となる核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患に関連しない核酸配列と、疾患に関連した核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患に関連しない核酸配列と、疾患に関連した核酸配列を識別する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子に対して相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子と、当該遺伝子と相同性を共有する類似の配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子と、当該遺伝子と相同性を共有する類似の配列を識別する。一部の実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子のその他のコピー、たとえば当該遺伝子の野生型のコピーや、当該遺伝子の別の変異型コピー中には存在しない突然変異を含む。一部の実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子のその他のコピー、たとえば当該遺伝子の野生型のコピーや、当該遺伝子の別の変異型コピー中には存在しない突然変異を含む。
一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチド中の各キラルヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチド中の各キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾塩基部分を含む。当分野の通常の技能を有する当業者には公知であり、及び本開示に記載されるように、様々な修飾を当及び/または部分に導入することができる。たとえば一部の実施形態では、修飾は、US9006198、WO2014/012081、及びWO/2015/107425に記載される修飾であり、それら各々の糖修飾及び塩基修飾は、参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、糖修飾は、2’−修飾である。普遍的に使用される2’−修飾としては限定されないが、2’−ORが挙げられ、式中、Rは水素ではない。一部の実施形態では、修飾は2’−ORであり、式中、Rは任意で置換される脂肪族である。一部の実施形態では、修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、修飾は、2’−O−MOEである。一部の実施形態では、本開示は、特定のキラル的に純粋なヌクレオチド間結合の含有及び/または配置は、修飾された骨格結合、塩基、及び/または糖の使用を介して達成されるものに匹敵、またはより優れた安定性の改善をもたらし得ることを示す。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、糖上に修飾を有さない。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、糖の2’−位置上に修飾を有さない(すなわち、2’−位置の2個の基は、−H/−Hまたは−H/−OHのいずれかである)。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、2’−MOE修飾を1個も有さない。
一部の実施形態では、2’−修飾は、−O−L−または−L−であり、それらは糖部分の2’−炭素を、糖部分の別の炭素に繋げる。一部の実施形態では、2’−修飾は、−O−L−または−L−であり、それらは糖部分の2’−炭素を、糖部分の4’−炭素に繋げる。一部の実施形態では、2’−修飾は、S−cEtである。一部の実施形態では、修飾糖部分は、LNA部分である。
一部の実施形態では、2’−修飾は、−Fである。一部の実施形態では、2’−修飾は、FANAである。一部の実施形態では、2’−修飾は、FRNAである。
一部の実施形態では、糖修飾は、5’−修飾であり、たとえばR−5’−Me、S−5’−Meなどである。
一部の実施形態では、糖修飾は、糖の環のサイズを変化させる。一部の実施形態では、糖修飾は、FHNA中の糖部分である。
一部の実施形態では、糖修飾は、糖部分を、別の環式部分または非環式部分と置き換える。このような部分の例は当分野に広く公知であり、限定されないが、モルホリノで(任意でそのホスホロジアミデート結合とともに)使用されるもの、グリコール核酸などが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約25%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約30%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約35%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約40%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約45%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約50%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約55%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約60%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約65%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約70%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約75%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約80%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約85%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の単一オリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約90%がSp立体配置である。
一部の実施形態では、ssRNAi剤は、WV−1275、WV−1277、WV−1307、WV−1308、WV−1308、WV−1828、WV−1829、WV−1830、WV−1831、WV−2110、WV−2110、WV−2110、WV−2110、WV−2110、WV−2110、WV−2111、WV−2111、WV−2112、WV−2113、WV−2113、WV−2146、WV−2147、WV−2148、WV−2149、WV−2150、WV−2151、WV−2152、WV−2153、WV−2154、WV−2155、WV−2156、WV−2157、WV−2386、WV−2386、WV−2420、WV−2477、WV−2652、WV−2653、WV−2654、WV−2655、WV−2656、WV−2657、WV−2658、WV−2693、WV−2696、WV−2697、WV−2698、WV−2699、WV−2712、WV−2713、WV−2714、WV−2715、WV−2716、WV−2717、WV−2718、WV−2719、WV−2720、WV−2721、WV−2721、WV−2817、WV−2818、WV−3021、WV−3068、WV−3069、WV−3107、WV−3122、WV−3122、WV−3124〜WV−3127、WV−3133〜WV−3137、WV−3242、WV−3247、WV−3755、WV−3755〜WV−3764、WV−3756、WV−3757、WV−3758、WV−3759、WV−3760、WV−3761、WV−3762、WV−3763、WV−3764、WV−3981、WV−3981〜WV−3985、WV−3982、WV−3983、WV−3984、WV−3985、WV−4007、WV−4007〜WV−4011、WV−4008、WV−4009、WV−4010、WV−4011、WV−4012、WV−4012〜WV−4017、WV−4013、WV−4014、WV−4015、WV−4016、WV−4017、WV−4018、WV−4019、WV−4020、WV−4021、WV−4022、WV−4023、WV−4024、WV−4025、WV−4026、WV−4027、WV−4028、WV−4029、WV−4030、WV−4031、WV−4032、WV−4033、WV−4034、WV−4035、WV−4036、WV−4037、WV−4038、WV−4039、WV−4040、WV−4041、WV−4042、WV−4043、WV−4044、WV−4045、WV−4046、WV−4047、WV−4048、WV−4049、WV−4050、WV−4051、WV−4052、WV−4053、WV−4054、WV−4055、WV−4056、WV−4057、WV−4058、WV−4059、WV−4060、WV−4061、WV−4062、WV−4063、WV−4064、WV−4065、WV−4075、WV−4098、WV−4161、WV−4264、WV−4264〜WV−4267、WV−4265、WV−4266、WV−4267、WV−4268、WV−4268〜WV−4277、WV−4269、WV−4270、WV−4271、WV−4272、WV−4273、WV−4274、WV−4275、WV−4276、WV−4277、WV−5288、WV−5289、WV−5289、WV−5290、WV−5291、WV−5292、WV−5293、WV−5294、WV−5295、WV−5296、WV−5297、WV−5298、WV−5299、WV−5300、WV−5301、WV−6214、WV−6215、WV−6411〜6430、WV−6431、WV−6431〜WV−6438、WV−6439、WV−6763、WV−6764、WV−6764、WV−6765、WV−6766、WV−7316、WV−7462、WV−7462、WV−7463、WV−7464、WV−7465、WV−7465、WV−7466、WV−7466、WV−7467、WV−7468、WV−7468、WV−7469、WV−7521、WV−7522、WV−7523、WV−7524、WV−7525、WV−7526、WV−7527、WV−7528、WV−7540〜WV−7544、WV−7542、WV−7542、WV−7635、WV−7636、WV−7637、WV−7638、WV−7639、WV−7640、WV−7641、WV−7642、WV−7643、WV−7644、WV−7645、WV−7646、WV−7647、WV−7648、WV−7649、WV−7650、WV−7672、WV−7673、WV−2111、WV−2113、WV−2114、WV−2148、WV−2149、WV−2152、WV−2153、WV−2156、WV−2157、WV−2387、WV−3069、WV−7523、WV−7524、WV−7525、WV−7526、WV−7527、WV−7528、及び図1またはその他の箇所で本明細書に記載される任意の形式の任意のssRNAi、からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドであるか、または当該オリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、ssRNAi剤は、図1またはその他の箇所で本明細書に記載される任意の形式の任意のssRNAiからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドであるか、または当該オリゴヌクレオチドを含む。当業者であれば、本明細書を読めば、ssRNAi剤と表記される本明細書に記載のオリゴヌクレオチドはいずれも、別の機序(たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドとしてのもの、RNaseH機序を介してノックダウンを媒介するもの、翻訳を立体的に妨害するもの、または任意の他の生化学的機序)を介して付加的または代替的に機能し得るという可能性を本開示が明確に排除しないことを理解するであろう。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)は、WV−1308、WV−1391〜WV−1481、WV−1422、WV−1434、WV−1436、WV−1441、WV−1443、WV−1452、WV−1850〜WV−1891、WV−1863、WV−1864、WV−1868、WV−1870、WV−1871、WV−1876、WV−1878、WV−1883、WV−1884、WV−1885、WV−1886、WV−1887、WV−2110、WV−2111、WV−2114、WV−2115〜WV−2124、WV−2126、WV−2128〜WV−2139、WV−2134、WV−2134、WV−2141、WV−2372、WV−2372、WV−2386、WV−2387、WV−2420、WV−2477WV−2549、WV−2549〜WV−2554、WV−2549〜WV−2554、WV−2550、WV−2551、WV−2552、WV−2553、WV−2553、WV−2554、WV−2554、WV−2644、WV−2645、WV−2646、WV−2647、WV−2677、WV−2678、WV−2678、WV−2722、WV−2723、WV−2724、WV−2725、WV−2726、WV−2727、WV−3021、WV−3367〜WV−3380、WV−3380、WV−3381、WV−3381〜WV−3394、WV−3387、WV−3387、WV−3390、WV−3391、WV−3392、WV−3393、WV−3394、WV−3394、WV−3394、WV−3395〜WV−3408、WV−3398、WV−3399、WV−3399、WV−3402、WV−3404、WV−3408、WV−3409〜WV−3422、WV−3411、WV−3413、WV−3416、WV−3421、WV−3423〜WV−3436、WV−3433、WV−3437〜WV−3450、WV−3443、WV−3443、WV−3451、WV−3452、WV−3453、WV−3454、WV−3455、WV−3456、WV−3457、WV−3458、WV−3459、WV−3460、WV−3461、WV−3462、WV−3858〜WV−3864、WV−3860〜WV−3864、WV−3860〜WV−3864、WV−3968、WV−4054、WV−437、WV−6003、WV−6003、WV−6822、WV−6823、WV−6824、WV−6825、WV−692〜WV−777、WV−723、WV−737、WV−742、WV−744、WV−753、WV−7778〜WV−7793、WV−7794〜WV−7816、WV−779〜WV−787、WV−7804〜WV−7808、WV−7804〜WV−7808、WV−7817〜WV−7839、WV−7827〜WV−7831、WV−7827〜WV−7831、WV−7840〜WV−7862、WV−7850〜WV−7854、WV−7850〜WV−7854、WV−788〜WV−873、WV−8030、WV−8044、WV−8111、WV−8112、WV−819、WV−833、WV−838、WV−840、WV−849、WV−875〜WV−883、WV−993、WV−1868、WV−2134、WV−3367、WV−3368、WV−3369、WV−3370、WV−3371、WV−3372、WV−3373、WV−3374、WV−3375、WV−3376、WV−3377、WV−3378、WV−3379、WV−3380、WV−3387、WV−6825、WV−2111、WV−2113、WV−2114、WV−2148、WV−2149、WV−2152、WV−2153、WV−2156、WV−2157、WV−2387、WV−3069、WV−7523、WV−7524、WV−7525、WV−7526、WV−7527、WV−7528、及び図2に記載の任意の形式の任意のオリゴヌクレオチド、からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドであるか、または当該オリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)は、図2に記載の任意の形式の任意のオリゴヌクレオチドからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドであるか、または当該オリゴヌクレオチドを含む。当業者であれば、本明細書を読めば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)と表記される本明細書に記載のオリゴヌクレオチドはいずれも、別の機序(たとえば、RISCを利用するssRNAiとしてのもの)を介して付加的または代替的に機能し得るという可能性を本開示が明確に排除しないことを理解するであろう。本開示は、異なる機序(RNaseHを利用するもの、翻訳または他の転写後プロセスを立体的に遮断するもの、標的核酸の立体構造を変えるものなど)を介してさまざまなASOが機能し得ることも明記する。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、WV−2111、WV−2113、WV−2114、WV−2148、WV−2149、WV−2152、WV−2153、WV−2156、WV−2157、WV−2387、WV−3069、WV−7523、WV−7524、WV−7525、WV−7526、WV−7527、WV−7528、及び図1Lの形式S40〜S42のいずれかの任意のオリゴヌクレオチド、または図1の形式30〜32、形式66〜69、もしくは形式101〜103のいずれかの任意のオリゴヌクレオチド、からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドであるか、または当該オリゴヌクレオチドを含む。当業者であれば、本明細書を読めば、ハイブリッドオリゴヌクレオチドと表記される本明細書に記載のオリゴヌクレオチドはいずれも、別の機序(たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドとしてのもの、RNaseH機序を介してノックダウンを媒介するもの、翻訳を立体的に妨害するもの、または任意の他の生化学的機序)を介して付加的または代替的に機能し得るという可能性を本開示が明確に排除しないことを理解するであろう。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド、及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御される。
本開示は、粗純度が高いか、またはジアステレオマー純度が高い、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、粗純度が高い、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ジアステレオマー純度が高い、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、ある1つのオリゴヌクレオチド型のものではないオリゴヌクレオチドが組成物に存在するならば、こうしたオリゴヌクレオチドが、当該オリゴヌクレオチド型の調製プロセスに由来する(場合によっては、ある特定の精製手順の後の)不純物であるという点において、一本鎖RNAi剤は、当該オリゴヌクレオチド型の実質的に純粋な調製物である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル結合リンに関し、1個以上のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、キラル結合リンに関し、ジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上含有し、及び1個以上のリン酸ジエステル結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では本開示は、式Iの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上、及びリン酸ジエステル結合を1個以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では本開示は、式I−cの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上、及びリン酸ジエステル結合を1個以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態ではかかるオリゴヌクレオチドは、本出願に記載される、立体選択的オリゴヌクレオチド合成を使用することにより調製され、キラル結合リンに関して予め設計されたジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を形成する。ヌクレオチド間結合の例としては、式Iの構造を有するものが挙げられ、ヌクレオチド間結合の例は、以下にさらに記載される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2つが、互いに異なる立体化学及び/または互いに異なるP−修飾を有する。
ヌクレオチド間結合
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害が挙げられる)を介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNaseH介在性ノックダウンを介して標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNaseH介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のヌクレオチド間結合を含み得る。
ヌクレオチド間結合または非修飾ヌクレオチド間結合の非限定的な例は、ホスホジエステルであり、修飾ヌクレオチド間結合の非限定的な例としては、ホスホジエステルの1つ以上の酸素が、非限定的な例として、硫黄(ホスホロチオエートに見られるもの)、H、アルキル、または別の部分もしくは酸素ではない元素、によって置き換えられているものが挙げられる。ヌクレオチド間結合の非限定的な例は、リンを含まないが、2つの糖の連結に役立つ部分である。ヌクレオチド間結合の非限定的な例は、リンを含まないが、オリゴヌクレオチドの骨格における2つの糖の連結に役立つ部分である。ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド間結合、修飾ヌクレオチド間結合、塩基、修飾塩基、及び塩基アナログ、糖、修飾糖、及び糖アナログ、ならびにヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、及びヌクレオシドアナログの非限定的な例は、本明細書にさらに開示される。
ある特定の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、以下の式Iの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変部分は、以下に定義され、及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、式Iの結合は、キラルである。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、及びここで、当該オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なるP−修飾を有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なる−X−L−Rを有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なるXを有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なる−L−Rを有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチド型のものである提供される組成物におけるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合パターン、及び共通の骨格キラル中心パターンを有する、提供される組成物におけるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチド型の組成物であるキラル制御された組成物中のオリゴヌクレオチドであり、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、当該型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、所定レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む提供される組成物中のオリゴヌクレオチドであり、当該複数のオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、共通パターンの骨格結合、及び共通パターンの骨格キラル中心を共有し、及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、共通パターンの骨格結合、及び共通パターンの骨格キラル中心を共有する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、非負荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、正荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、任意で置換されるトリアゾリルを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、任意で置換されるアルキニルを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分またはアルキン部分を含む。一部の実施形態では、トリアゾール部分(たとえば、トリアゾリル基)は、任意で置換される。一部の実施形態では、トリアゾール部分(たとえば、トリアゾリル基)は、置換される。一部の実施形態では、トリアゾール部分は、置換されない。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、任意で置換される環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、任意で置換される環状グアニジン部分を含み、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、Wは、Oである。一部の実施形態では、Wは、Sである。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(たとえば、DMDオリゴヌクレオチド)においてトリアゾール部分(たとえば、任意で置換されるトリアゾリル基)を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の式を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、アルキン部分(たとえば、任意で置換されるアルキニル基)を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の式を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態では、環状グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、環状グアニジン部分を含む中性ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
一部の実施形態では、DMDオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基
Figure 2020522510
を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、
Figure 2020522510
の構造(「Tmgヌクレオチド間結合」)を有する。一部の実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、PNAヌクレオチド間結合及びPMOヌクレオチド間結合、ならびにTmgヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、特定のオリゴヌクレオチド型の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、当該特定のオリゴヌクレオチド型は、
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義され、
複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または少なくとも20個含み、
複数のオリゴヌクレオチドは、非負荷電ヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または少なくとも20個含む。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式Iの構造、式I−aの構造、式I−bの構造、式I−cの構造、式I−n−1の構造、式I−n−2の構造、式I−n−3の構造、式IIの構造、式II−a−1の構造、式II−a−2の構造、式II−b−1の構造、式II−b−2の構造、式II−c−1の構造、式II−c−2の構造、式II−d−1の構造、式II−d−2の構造など、またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式Iの構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、式I−aの構造またはその塩形態を有する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、非負荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、正荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、式Iの構造、式I−aの構造、式I−bの構造、式I−cの構造、式I−n−1の構造、式I−n−2の構造、式I−n−3の構造、式IIの構造、式II−a−1の構造、式II−a−2の構造、式II−b−1の構造、式II−b−2の構造、式II−c−1の構造、式II−c−2の構造、式II−d−1の構造、式II−d−2の構造など、またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル基またはヘテロアリール基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル基またはヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、そのようなヘテロシクリル基またはヘテロアリール基は、5員環のものである。一部の実施形態では、そのようなヘテロシクリル基またはヘテロアリール基は、6員環のものである。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員のヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、結合リンに直接的に結合される。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、任意で置換されるトリアゾリル基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、非置換トリアゾリル基
Figure 2020522510
を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、置換トリアゾリル基
Figure 2020522510
を含む。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロシクリル基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員のヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、少なくとも2つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンに直接的に結合される。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、リンカーを介して結合リンに結合され、こうしたリンカーは、例えば、グアニジン部分の=N−を介して結合リンに直接的に結合したグアニジン部分の一部にヘテロシクリル基がなるときの=N−である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、任意で置換される
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、置換された
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、Rはそれぞれ、独立して、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rはそれぞれ、独立してメチルである。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、トリアゾール部分またはアルキン部分を含み、こうした部分はそれぞれ、任意で置換される。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、非置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、アルキル部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、任意で置換されるアルキニル基を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、非置換アルキニル基を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、置換アルキニル基を含む。一部の実施形態では、アルキニル基は、結合リンに直接的に結合される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、異なる型のヌクレオチド間リン結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合、及び少なくとも1つの修飾(非天然)ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合、及び少なくとも1つのホスホロチオエートを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合、及び少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、少なくとも1つの天然リン酸結合、及び少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非負荷電ヌクレオチド間結合を1つ以上(たとえば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、またはそれ以上)含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、所与のpHの水溶液において当該ヌクレオチド間結合が負荷電塩形態として存在する割合が50%未満、40%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、5%未満、または1%未満であるという点において、負に荷電しない。一部の実施形態では、pHは、約7.4である。一部の実施形態では、pHは、約4〜9である。一部の実施形態では、割合は、10%未満である。一部の実施形態では、割合は、5%未満である。一部の実施形態では、割合は、1%未満である。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、当該ヌクレオチド間結合の中性形態の水中pKaが約1以下、約2以下、約3以下、約4以下、約5以下、約6以下、または約7以下ではないという点において、非負荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、pKaは、7以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、6以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、5以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、4以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、3以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、2以下ではない。一部の実施形態では、pKaは、1以下ではない。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合の中性形態のpKaは、CH−当該ヌクレオチド間結合−CHの構造を有する化合物の中性形態のpKaによって示すことができる。たとえば、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合の中性形態のpKaは、
Figure 2020522510
の構造を有する化合物の中性形態のpKaによって示すことができ、
Figure 2020522510
のpKaは、
Figure 2020522510
のpKaによって示すことができる。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、正荷電ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、グアニジン部分を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、ヘテロアリール塩基部分を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、アルキニル部分を含む。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、式Iの構造、式I−aの構造、式I−bの構造、式I−cの構造、式I−n−1の構造、式I−n−2の構造、式I−n−3の構造、式IIの構造、式II−a−1の構造、式II−a−2の構造、式II−b−1の構造、式II−b−2の構造、式II−c−1の構造、式II−c−2の構造、式II−d−1の構造、式II−d−2の構造、またはその塩形態(負に荷電しないもの)を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式I−n−1の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、Xは、共有結合であり、−X−Cy−Rは、−Cy−Rである。一部の実施形態では、−Cy−は、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される二価の基である。一部の実施形態では、−Cy−は、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される二価の5〜20員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、−Cy−Rは、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール環であり、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、−Cy−Rは、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環であり、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、−Cy−Rは、1〜4つのヘテロ原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環であり、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、−Cy−Rは、任意で置換されるトリアゾリルである。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式I−n−2の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、Rは、R’である。一部の実施形態では、Lは、共有結合である。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式I−n−3の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、異なる窒素原子上の2つのR’は、一緒になって記載の環を形成する。一部の実施形態では、形成される環は、5員のものである。一部の実施形態では、形成される環は、6員のものである。一部の実施形態では、形成される環は、置換される。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基はそれぞれ、独立してRである。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基はそれぞれ、独立して、水素、または任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基はそれぞれ、独立して、水素、または任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、同じである。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、異なる。一部の実施形態では、一緒になって環を形成しない2つのR’基は両方とも、−CHである。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式IIの構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有し、式中:
は、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wは、O、N(−L−R)、S、またはSeであり、
X、Y、及びZはそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
環は、0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
はそれぞれ、独立して、−H、ハロゲン、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−Si(R)、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−R’、−O−L−Si(R)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
gは、0〜20であり、
Lはそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状または分枝状の二価の基であり、当該基では、1つ以上のメチレン単位は、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、1〜5つのヘテロ原子を有する二価のC−Cヘテロ脂肪族基、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上のCHまたは炭素原子は、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
−Cy−はそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される二価の基であり、
Cyはそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される三価または四価の基であり、
R’はそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rはそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基は、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基は、当該原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、または多環式環を形成し、または
2個以上の原子上の2つ以上のR基は、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、当該介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、または多環式環を形成する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式IIの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−a−1の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式IIの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−a−2の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、Aは、炭素原子を介して−N=またはLに結合される。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、または式II−a−1、式II−a−2の非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−b−1の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、式II−a−1または式II−a−2の構造は、式II−aの構造を指し得る。一部の実施形態では、式II−b−1または式II−b−2の構造は、式II−bの構造を指し得る。一部の実施形態では、式II−c−1または式II−c−2の構造は、式II−cの構造を指し得る。一部の実施形態では、式II−d−1または式II−d−2の構造は、式II−dの構造を指し得る。
一部の実施形態では、Aは、炭素原子を介して−N=またはLに結合される。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、または式II−a−1、式II−a−2の非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−b−2の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、A環は、(式II−bの2つの窒素原子に加えて)0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環である。一部の実施形態では、A環は、任意で置換される5員の単環式飽和環である。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、式II−a、または式II−bの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−c−1の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、式II−a、または式II−bの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−c−2の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、式II−a、式II−b、または式II−cの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−d−1の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合(たとえば、式II、式II−a、式II−b、または式II−cの非負荷電ヌクレオチド間結合)は、式II−d−2の構造またはその塩形態:
Figure 2020522510
を有する。
一部の実施形態では、R’はそれぞれ、独立して、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、R’はそれぞれ、独立して、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、R’はそれぞれ、独立して−CHである。一部の実施形態では、Rはそれぞれ、−Hである。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、Wは、Oである。一部の実施形態では、Wは、Sである。
一部の実施形態では、Lはそれぞれ、式Iの構造、式I−aの構造、式I−bの構造、式I−cの構造、式I−n−1の構造、式I−n−2の構造、式I−n−3の構造、式IIの構造、式II−a−1の構造、式II−a−2の構造、式II−b−1の構造、式II−b−2の構造、式II−c−1の構造、式II−c−2の構造、式II−d−1の構造、式II−d−2の構造、またはその塩形態を独立して有する。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、式I−n−1の構造、式I−n−2の構造、式I−n−3の構造、式IIの構造、式II−a−1の構造、式II−a−2の構造、式II−b−1の構造、式II−b−2の構造、式II−c−1の構造、式II−c−2の構造、式II−d−1の構造、式II−d−2の構造、またはその塩形態を有する。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、任意で置換されるトリアゾリル基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、置換トリアゾリル基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、任意で置換されるアルキニル基を含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。
一部の実施形態では、本開示は、環状グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、環状グアニジンを含み、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、環状グアニジンを含むヌクレオチド間結合(たとえば、非負荷電ヌクレオチド間結合)は、立体化学的に制御される。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合または中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
から選択される構造であるか、または当該構造を含み、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、環状グアニジン部分を含む修飾ヌクレオチド間結合を含む核酸またはオリゴヌクレオチドは、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴマイクロRNA(antagomir)、マイクロRNA、マイクロRN前駆体、抗マイクロRNA(antimir)、スーパーマイクロRNA(supermirs)、リボザイム、UIアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマーまたはアジュバントである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合、及びキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合と、Rp配置またはSp配置のホスホロチオエートであるキラル制御されたヌクレオチド間結合と、を含む。一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合と、1つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるホスホロチオエートヌクレオチド間結合はそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合と、1つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるホスホロチオエートヌクレオチド間結合はそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくともそれ以上含む。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合(PS)は、ホスホジエステル結合(天然リン酸結合(PO))と比較して疎水性が高いが、中性のヌクレオチド間結合は、PSよりも疎水性が高くあり得ることを本開示は明記する。典型的には、PSまたはPOとは異なり、中性のヌクレオチド間結合が有する電荷は少ない。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合をオリゴヌクレオチドに組み込むことで、オリゴヌクレオチドが細胞に取り込まれ、及び/またはエンドソームから脱出する能力が高まり得ることを本開示は明記する。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、1以上の中性のヌクレオチド間結合の組み込みを利用することで、オリゴヌクレオチドとその標的核酸との間の融解温度を調節できることを本開示は明記する。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合(たとえば、中性のヌクレオチド間結合)をオリゴヌクレオチドに組み込むことで、オリゴヌクレオチドが機能(エクソンスキップまたは遺伝子ノックダウンなど)を媒介する能力を向上させることできる可能性があることを本開示は明記する。一部の実施形態では、核酸またはそのコード産物のレベルのノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、キラル制御される。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、その結合リンは、Rpである。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、その結合リンは、Spである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、非負荷電ヌクレオチド間結合を1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合を1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上含む。一部の実施形態では、非負荷電ヌクレオチド間結合及び/または中性のヌクレオチド間結合はそれぞれ、任意かつ独立してキラル制御される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける非負荷電ヌクレオチド間結合はそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける中性のヌクレオチド間結合はそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、結合リンの配置がRpである少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合と、結合リンの配置がSpである少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合と、を含む。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、当該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2個は、互いに異なる立体化学、及び/または互いに異なるP−修飾を有し、当該オリゴヌクレオチドは、以下の式により表される構造を有する:
[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]
式中:
各Rは独立して、結合リンでR立体配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
各Sは独立して、結合リンでS立体配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
n1〜nyの各々は、ゼロまたは整数であり、少なくとも1個の奇数nと、少なくとも1個の偶数nが、ゼロではなく、それにより当該オリゴヌクレオチドは、互いに異なる立体化学を有する個々のヌクレオチド間結合を少なくとも2個含み:及び
ここで、n1〜nyの合計は、2〜200の間であり、一部の実施形態では、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25またはそれ以上からなる群から選択される下限と、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、及び200からなる群から選択される上限の間であり、当該上限は、当該下限よりも大きい。
一部のかかる実施形態では、各nは、同じ値を有する。一部の実施形態では、各偶数nは、互いの偶数nと同じ値を有する。一部の実施形態では、各奇数nは、互いの奇数nと同じ値を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個の偶数nは、互いに異なる値を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個の奇数nは、互いに異なる値を有する。
一部の実施形態では、少なくとも2個の隣接するnは、互いに等しい。それにより提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのS立体化学結合と、R立体化学結合の隣接するブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのS及びRの立体化学結合の繰り返しブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、S及びRの立体化学結合の繰り返しブロックを含み、そこで少なくとも2個のそのようなブロックは、互いに異なる長さのブロックである。一部のかかる実施形態では、各S立体化学ブロックは、同じ長さのブロックであり、各R立体化学ブロックの長さとは異なる長さのブロックであり、各R立体化学ブロックは互いに任意で同じ長さのブロックであっても良い。
一部の実施形態では、少なくとも2個のスキップして隣接するnは、互いに等しく、それにより、提供されるオリゴヌクレオチドは、第1の立体化学の結合のブロックを少なくとも2個含み、当該第1の立体化学の結合のブロックは、互いに長さが等しく、及びその他の立体化学の結合のブロックにより分離される。それら分離ブロックは、第1の立体化学のブロックと同じ長さまたは異なる長さのブロックであってもよい。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの末端で結合ブロックと関連したnは、同じ長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、同じ結合立体化学の末端ブロックを有する。一部のかかる実施形態では、末端ブロックは、その他の結合立体化学の中間ブロックにより互いに分離される。
一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、上述のパターンのいずれかのオリゴヌクレオチドであり、及びP−修飾のパターンをさらに含む。たとえば一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーであり、及びP−修飾スキップマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーであり、及びP−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーであり、及びP−修飾ブロックマーである。
一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、独立して以下の式I:
Figure 2020522510
の構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドであり、
式中:
は、不斉リン原子であるか、またはRpもしくはSpのいずれかの不斉リン原子であり、
Wは、O、SまたはSeであり、
X、Y及びZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または、
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し、
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり;及び

Figure 2020522510
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−によって任意かつ独立して置き換えられ、
は、ハロゲン、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、1つ以上のメチレン単位は、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−によって任意かつ独立して置き換えられ、
R’はそれぞれ、独立して、−R、C(O)R、COR、もしくは−SORであり、または:
同じ窒素上の2つのR’は、それらの間の介在原子と一緒になることで、任意で置換される複素環式環もしくはヘテロアリール環を形成し、または
同じ炭素上の2つのR’は、それらの間の介在原子と一緒になることで、任意で置換されるアリール環、炭素環、複素環式環、もしくはヘテロアリール環を形成し、
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり、
Rはそれぞれ、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される任意で置換される基であり、

Figure 2020522510
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチド間リン結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、たとえばホスホロチオエート結合またはホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも4個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも5個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。そのような修飾ヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間リン結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個の修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも3個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも4個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも5個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。そのような修飾ヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含有し、たとえばそれを使用して、反応の立体選択性を制御する。一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含まない。一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象への投与まで、及び/または対象への投与の間、意図的に維持される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固形支持体に結合される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固形支持体から切り離される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個の連続的なホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、提供される複数のオリゴヌクレオチドからなる、またはこれを含む組成物を提供する(たとえばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)。一部の実施形態では、そのような提供されるオリゴヌクレオチドはすべて同じ型のものである。すなわち、すべてが、同じ塩基配列、骨格結合パターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエートなど)、骨格キラル中心パターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、及び骨格リン修飾パターン(たとえば、本明細書に開示の式Iの「−XLR」基のパターン)を有する。一部の実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のすべてが、同一である。しかしながら多くの実施形態において、提供される組成物は複数のオリゴヌクレオチド型を、典型的には所定の相対量で含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ある1つ骨格結合パターンを含む。一部の実施形態では、ある1つの骨格結合パターンは、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOO、OOOOOOOOO、OOOOOOOOOO、OXOX、OXOX、OXXO、XOOX、XXOOXX、XOXOXOXX、OXOXOXOO、XXX、XXXX、XXXXX、XXXXXX、XXXXXXX、XXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXXX、OOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、XOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXXOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXXOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOXXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、またはXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXのうちのいずれかの配列であるか、または当該配列を含み、式中、Oは、ホスホジエステルを示し、Xは、ホスホジエステルではないヌクレオチド間結合または修飾ヌクレオチド間結合を示し、一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートであり、一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御されたホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNaseH介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のヌクレオチド間結合を含み得る。一部の実施形態では、ASPGRと結合する部分(たとえば、GalNAc部分)は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のGalNAcまたはそのバリアントもしくは修飾物である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNaseH介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において知られる任意のヌクレオチド間結合を、本明細書に記載の任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含み得、こうした他の構造的要素または修飾としては、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基(核酸塩基)、立体化学もしくはそのパターン、追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分などが挙げられる)、シード領域、ポストシード領域、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップ、長さ、GC含量、追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAcなどが挙げられる)、形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載の任意の他の構造的要素もしくは修飾が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間リン結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、たとえば、ホスホロチオエートまたはホスホロチオエートトリエステル結合を含む。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも2つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも3つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも4つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも5つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。修飾ヌクレオチド間リン結合の例は、本明細書さらに記載される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間リン結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステルヌクレオチド間結合、及び少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステルヌクレオチド間結合、及び少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステルヌクレオチド間結合、及び少なくとも2つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステルヌクレオチド間結合、及び少なくとも3つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステルヌクレオチド間結合、及び少なくとも4つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、独立して式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。
Figure 2020522510
Wは、O、SまたはSeであり、
X、Y及びZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10脂肪族であり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−C脂肪族部分、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−B(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または、
2つ以上のR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、アリール、カルボシクリル、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される、任意で置換されるC−C14基を形成し、
−Cy−は、フェニレン、C−C14カルボシクリレン、C10−C14アリーレン、C−C14ヘテロアリーレン、及びC−C14ヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C20脂肪族、C−C20カルボシクリル、C−C20アリール、C−C20ヘテロアリール及びC−C20ヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
式Iの実施形態のいくつかでは、TLDにおけるPは、Pである。一部の実施形態では、Pは、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかである。一部の実施形態では、Pは、Rpである。他の実施形態では、Pは、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各Pは独立して、RpまたはSpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各Pは、Rpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各Pは、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Pは、Rpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Pは、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Pは、Rpであり、及び式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Pは、Spである。
式Iの実施形態のいくつかでは、Wは、O、S、またはSeである。一部の実施形態では、WはOである。一部の実施形態では、WはSである。一部の実施形態では、WはSeである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはOである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはSである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはSeである。
式Iの実施形態のいくつかでは、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Wは、Oである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Wは、Sである。
一部の実施形態では、各Rは独立して水素であるか、またはC−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
いくつかの実施形態では、Rは水素である。一部の実施形態では、Rは、C−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のヘキシルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のペンチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のブチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のプロピルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるメチルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは置換フェニルである。一部の実施形態では、Rはフェニルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるカルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるC−C10カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される単環式カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される二環式アリール環である。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、ピロリル、フラニル、及びチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素原子、ならびに硫黄及び酸素から選択される追加のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、又はイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態では、各R’は独立して、−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または
同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成する。
一部の実施形態では、R’は、−R、−C(O)R、−COR、または−SORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、R’は、−Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、水素である。
一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、−CORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、−SORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成する。一部の実施形態では、同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成する。
一部の実施形態では、−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環である。
一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるフェニレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるカルボシクリレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるアリーレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるヘテロアリーレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるヘテロシクリレンである。
一部の実施形態では、X、Y及びXの各々は独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、式中、L及びRの各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Xは、−O−である。一部の実施形態では、Xは、−S−である。一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Xは、−O−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Xは、−S−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式中、Xは、−O−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式中、Xは、−S−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式中、Xは、−O−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式中、Xは、−S−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び、式中、Lは任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンである式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Xは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Xは、−NH−である。
一部の実施形態では、Xは、Lである。一部の実施形態では、Xは、共有結合である。一部の実施形態では、Xは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Xは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Xは、メチレンである。
一部の実施形態では、Yは、−O−である。一部の実施形態では、Yは、−S−である。
一部の実施形態では、Yは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Yは、−NH−である。
一部の実施形態では、Yは、Lである。一部の実施形態では、Yは、共有結合である。一部の実施形態では、Yは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Yは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Yは、メチレンである。一部の実施形態では、Yは、Lであり、Lの少なくとも1つのメチレン単位は、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意で置き換えられ、Yは、−O−、−S−、または−N(R’)−を介してPに連結される。一部の実施形態では、Yは、Lであり、Lは、−L−G−である。一部の実施形態では、Gは、Pに結合される。一部の実施形態では、Gは、−O−である。一部の実施形態では、Gは、−S−である。一部の実施形態では、Gは、−N(R’)−である。
一部の実施形態では、Zは、−O−である。一部の実施形態では、Zは、−S−である。
一部の実施形態では、Zは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Zは、−NH−である。
一部の実施形態では、Zは、Lである。一部の実施形態では、Zは、共有結合である。一部の実施形態では、Zは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Zは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Zは、メチレンである。一部の実施形態では、Zは、Lであり、Lの少なくとも1つのメチレン単位は、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意で置き換えられ、Zは、−O−、−S−、または−N(R’)−を介してPに連結される。一部の実施形態では、Zは、Lであり、Lは、−L−G−である。一部の実施形態では、Gは、Pに結合される。一部の実施形態では、Gは、−O−である。一部の実施形態では、Gは、−S−である。一部の実施形態では、Gは、−N(R’)−である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Lは、共有結合である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Lは、−L−V−の構造を有し、式中:
は、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、カルボシクリレン、アリーレン、C−Cヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、及びヘテロアリーレンから選択される任意の置換基であり;
Vは、−O−、−S−、−NR’−、C(R’)、−S−S−、−B−S−S−C−、
Figure 2020522510
、ならびにC−Cアルキレン、アリーレン、C−Cヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、及びヘテロアリーレンから選択される任意の置換基から選択され;
Aは、=O、=S、=NR’、または=C(R’)であり;
B及びCの各々は独立して、−O−、−S−、−NR’−、−C(R’)−、またはC−Cアルキレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロシクリレン、及びヘテロアリーレンから選択される任意で置換される基であり;及び
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
であり、式中、環Cy’は、任意で置換されるアリーレン、カルボシクリレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンである。一部の実施形態では、Lは任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、L
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、Zに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
から選択される任意で置換される基であり、硫黄原子は、Vに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
から選択される任意で置換される基であり、炭素原子は、Xに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり;及び
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
以下の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し、
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合する2つの炭素原子と一緒になることで、任意で置換されるアリール環、C−C10炭素環、ヘテロアリール環、または複素環式環を形成し、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合する2つの炭素原子と一緒になることで、任意で置換されるアリール環、C−C10炭素環、ヘテロアリール環、または複素環式環を形成し、R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合する2つの炭素原子と一緒になることで、任意で置換されるアリール環、C−C10炭素環、ヘテロアリール環、または複素環式環を形成し、R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’はそれぞれ、独立して、上に定義され、本明細書に記載されるものである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり、
R’は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中、フェニル環は任意で置換される。一部の実施形態では、フェニル環は置換されない。一部の実施形態では、フェニル環は置換される。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中、フェニル環は任意で置換される。一部の実施形態では、フェニル環は置換されない。一部の実施形態では、フェニル環は置換される。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり、
Figure 2020522510
は、一重結合または二重結合であり、
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、または−NR’−である。一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、Eは、−O−である。一部の実施形態では、Eは、−S−である。一部の実施形態では、Eは、−NH−である。
一部の実施形態では、Gは、−O−、−S−、または−NR’−であり、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Gは、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、Gは、−O−である。一部の実施形態では、Gは、−S−である。一部の実施形態では、Gは、−NH−である。
一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中:
は、任意で置換されるC−Cのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−,−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2020522510
により置き換えられ;及び
式中、G、R’及び環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、−L−S−であり、式中、Lは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−O−であり、式中、Lは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−N(R’)−であり、式中、L及びR’の各々は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−NH−であり、式中、L及びR’の各々は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2020522510
により置き換えられ、ならびにR’及び環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCアルキレンである。一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2020522510
により置き換えられ、ならびにR’及び環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2020522510
により置き換えられ、ならびにR’及び環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
または
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−,−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2020522510
により置き換えられ、ならびにR’及びCy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2020522510
であり、式中、G及びCy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるC−Cアルキレンであり;及びGは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるC−Cアルキレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;及びGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるメチレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;及びGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lはメチレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;及びGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換される−(CH−であり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;及びGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは−(CH−であり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;及びGは、Rに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、及びGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、及びGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、及びGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、硫黄原子はRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、酸素原子はRに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは
Figure 2020522510
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換される、直線状または分枝状のC−Cアルキレンであり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−より置き換えられ、式中、R’及び−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルケニレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、一部の実施形態では、RL3は任意で置換される−S−(C−Cアルケニレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、−S−CO−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、または−S−CO−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における硫黄原子は、Xに繋がれる。一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における硫黄原子は、Rに繋がれる。
一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、Rまたは任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、Rまたは任意で置換されるC−C10脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、ハロゲンである。一部の実施形態では、Rは、−Fである。一部の実施形態では、Rは、−Clである。一部の実施形態では、Rは、−Brである。一部の実施形態では、Rは、−Iである。
一部の実施形態では、Rは、Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、C−C50脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは、置換フェニルである。一部の実施形態では、Rは、フェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるカルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される単環式カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50多環式炭化水素である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50多環式炭化水素であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含む、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含む、任意で置換されるC−C50の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される
Figure 2020522510
を含む、任意で置換されるC−C50の脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式アリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、ピロリル、フラニル、及びチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素原子と、硫黄及び酸素から選択される追加のヘテロ原子とを有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリルまたはイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾオキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、及びテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、CH−、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH−部分を含む。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含む。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’及び−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、硫黄原子は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’及び−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中のGと結合される。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルケニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるヘテロシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−C10カルボシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、2個のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、2個のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。RL2基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、水素であるか、または
Figure 2020522510
−S−(C−C10脂肪族)、C−C10脂肪族、アリール、C−Cヘテロアルキル、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
または−S−(C−C10脂肪族)である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、−S−(C−C脂肪族)、C−C10脂肪族、C−Cヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態における硫黄原子は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態における−C(O)−部分は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。
一部の実施形態では、−L−Rは、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態ならびにRの実施形態の任意の組み合わせである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−S−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−C(O)−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、RL2は、任意で置換されるC−Cの脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、及び各Gは、独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−S−S−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−C(O)−S−S−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、
式中:
フェニル環は任意で置換され、
各R及びXは独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、CH−、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH−部分を含む。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH−部分を含む。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含む。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH)−部分を含む。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、CH−、
Figure 2020522510
であり、Xは、−S−である。
一部の実施形態では、−L−Rは、CH−、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
であり、Xは、−S−であり、Wは、Oであり、Yは、−O−であり、及びZは、−O−である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、及びRは、
Figure 2020522510
または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
、−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であり、−L−Rは、Rである。
一部の実施形態では、−L−Rは、水素ではない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、Rは、
Figure 2020522510
−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、Y’は、−O−、−S−または−NH−である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、X’は、OまたはSであり、及び
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、置換されない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(O)−S−L−S−であり、式中、Lは、
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、(CHC−S−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−C(R)−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−CH−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。
当分野の当業者に認識されるように、本明細書に記載される−X−L−R基の多くが切断可能であり、対象に投与された後、−Xへと転換され得る。一部の実施形態では、−X−L−Rは、切断可能である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、−S−L−Rであり、対象に投与された後、−Sへと転換される。一部の実施形態では、転換は、対象の酵素により促進される。当分野の当業者により認識されるように、−S−L−R基が、投与後に−Sへと転換されるか否かを決定する方法は当分野に広く公知であり、及び実施されており、薬物代謝及び薬物動態の研究に使用される方法が挙げられる。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、式I−a
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、式Iのとおり、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、式I−c
Figure 2020522510
の構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合であり、
式中:
は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または、
同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成し、
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり、

Figure 2020522510
は、独立してヌクレオシドとの結合を表し、
は、Lが共有結合の場合、−Hではない。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、式I−cの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、リン酸ジエステル結合を1個以上、及び式I−a、I−b、またはI−cを有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、Iの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−aの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−bの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−cの構造を有する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。式Iの構造を有するヌクレオチド間結合の例は当分野において広く公知である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、たとえば、以下に記載されるものから選択される:US20110294124、US20120316224、US20140194610、US20150211006、US20150197540、WO2015107425、PCT/US2016/043542、及びPCT/US2016/043598。これら各々は参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ビニルホスホネートである。Whittaker et al.2008 Tetrahedron Letters 49:6984−6987。
ヌクレオチド間結合の非限定的な例としては、当分野に報告されるものなどが挙げられ、限定されないが、以下のいずれかに記載されるものが挙げられる:Gryaznov,S.;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143,Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983,Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630,Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531,Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256,Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226,Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81,Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966,Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220、及びVasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006。
提供される技術のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであってもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、26個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、27個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、28個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、29個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、40個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、50個以上の塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、26merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、27merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、28merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、29merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30merである。
一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも1個含む。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも2個含む。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも3個含む。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも4個含む。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも5個含む。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、1個以上のUが、Tと置き換えられる。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と50%を超える同一性を有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と60%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と70%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と80%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と90%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と95%を超える同一性を有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、及び/または骨格リン修飾のパターンを有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、1個以上のTが、Uで置換される。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と50%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と60%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と70%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と80%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と90%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と95%を超える同一性を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、式Iーcの構造を有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各ヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つの結合リンは、Rpである。キラル制御されたオリゴヌクレオチドがRNA配列を含むある特定の実施形態では、各Tが独立して、Uと任意で置き換えられることは、当分野の当業者によって理解される。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンは、Rpである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つの結合リンは、Spである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンは、Spである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P−修飾ブロックマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ユニマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P−修飾ユニマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは任意で、及び独立して、5−メチルシトシンにより置き換えられる。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのシトシンは任意で、及び独立して、5−メチルシトシンにより置き換えられる。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは任意で、及び独立して、5−メチルシトシンにより置き換えられる。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1個以上のヌクレオチドが、ある条件下で「自己放出」する傾向があるリン修飾を含むよう設計される。すなわちある条件下で、特定のリン修飾は、オリゴヌクレオチドから自己開裂し、たとえば天然型のDNA及びRNAに存在するものなどのリン酸ジエステルを生成するように設計される。一部の実施形態では、かかるリン修飾は、−O−L−Rの構造を有し、式中、L及びRの各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、自己放出基は、モルホリノ基を含む。一部の実施形態では、自己放出基は、剤をヌクレオチド間リン結合に送達する能力により特徴付けられる。当該剤は、たとえば脱硫など、リン原子のさらなる修飾を促進する。一部の実施形態では、当該剤は水であり、当該さらなる修飾は、天然型のDNA及びRNAに存在するものなどのリン酸ジエステルを形成する加水分解である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、得られた薬剤学的性質が、リンでの1個以上の特定の修飾を介して改善されるよう設計される。当分野において、あるオリゴヌクレオチドはヌクレアーゼにより急速に分解され、細胞質膜を介した細胞取り込みが少ないことが多く報告されている(Poijarvi−Virta et al.,Curr.Med.Chem.(2006),13(28);3441−65;Wagner et al.,Med.Res.Rev.(2000),20(6):417−51;Peyrottes et al.,Mini Rev.Med.Chem.(2004),4(4):395−408;Gosselin et al.,(1996),43(1):196−208;Bologna et al.,(2002),Antisense&Nucleic Acid Drug Development 12:33−41)。たとえばVivesら(Nucleic Acids Research(1999),27(20):4071−76)は、親オリゴヌクレオチドと比較し、SATEtert−ブチル プロ−オリゴヌクレオチドは細胞透過性の著しい上昇を示すことを発見した。
一部の実施形態では、結合リンでの修飾は、たとえば天然型のDNA及びRNAに存在するものなどのようなリン酸ジエステルに、1個以上のエステラーゼ、ヌクレアーゼ、及び/または、限定されないが以下のものなどのチトクロームP450の酵素により変換される能力により特徴付けられる:CYP1A1、CYP1A2、CYP1B1(ファミリー:CYP1);CYP2A6、CYP2A7、CYP2A13、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C18、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1、CYP2F1、CYP2J2、CYP2R1、CYP2S1、CYP2U1、CYP2W1(CYP2);CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP3A43(CYP3);CYP4A11、CYP4A22、CYP4B1、CYP4F2、CYP4F3、CYP4F8、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F22、CYP4V2、CYP4X1、CYP4Z1(CYP4);CYP5A1(CYP5);CYP7A1、CYP7B1(CYP7);CYP8A1(プロスタサイクリンシンターゼ)、CYP8B1(胆汁酸生合成)(CYP8);CYP11A1、CYP11B1、CYP11B2(CYP11);CYP17A1(CYP17);CYP19A1(CYP19);CYP20A1(CYP20);CYP21A2(CYP21);CYP24A1(CYP24);CYP26A1、CYP2XXX1、CYP26C1(CYP26);CYP27A1(胆汁酸生合成)、CYP27B1(ビタミンD3 1−アルファヒドロキシラーセ、ビタミンD3を活性化)、CYP27C1(機能不明)(CYP27);CYP39A1(CYP39);CYP46A1(CYP46);またはCYP51A1(ラノステロール14−アルファデメチラーゼ)(CYP51)。
一部の実施形態では、リンでの修飾は、P−修飾部分を生じさせ、当該P−修飾部分は、プロドラッグとして作用するという点で特徴付けられる。たとえばP−修飾部分は、所望される位置へのオリゴヌクレオチドの送達を促進した後、除去される。たとえば一部の実施形態では、P−修飾部分は、結合リンでのPEG化から生じる。関連分野の当業者であれば、様々なPEG鎖長が有用であること、及び鎖長の選択は、PEG化により達成されようとする結果により部分的に決定されることを認識するであろう。たとえば一部の実施形態では、PEG化は、RES取り込みの低下、及びオリゴヌクレオチドのin vivo循環存続期間の延長に効果的である。
一部の実施形態では、本開示に従う用途に対するPEG化試薬は、約300g/モル〜約100,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約300g/モル〜約10,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約300g/モル〜約5,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約500g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約1000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約3000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約5000g/モルの分子量のものである。
ある特定の実施形態では、PEG化試薬は、PEG500である。ある特定の実施形態では、PEG化試薬は、PEG1000である。ある特定の実施形態では、PEG化試薬は、PEG3000である。ある特定の実施形態では、PEG化試薬は、PEG5000である。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、たとえば脂質、PEG化脂質など、PKエンハンサーとして作用するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、たとえば膜−破壊性の脂質またはペプチドなど、細胞への侵入及び/またはエンドソーム回避を促進する剤として作用するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、標的化剤として作用するという点で特徴付けられる。一部の実施形態では、P−修飾部分は、標的化剤である、またはそれを含む。本明細書において使用される場合、「標的化剤」という文言は、対象のペイロードと(例えば、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と)関連する実体であり、及び対象の標的部位と相互作用し、対象のペイロードが当該標的化剤と関連していない場合の別段の同等条件下で観察される場合よりも大幅に、当該標的化剤と関連した場合には、対象の標的部位に、対象のペイロードを標的化させる実体である。標的化剤は、例えば、低分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物をはじめとする様々な任意の化学的部分であってもよい、またはこれらを含んでもよい。標的化剤はさらに、Adarsh et al.,“Organelle Specific Targeted Drug Delivery−A Review,” International Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical Sciences,2011,p.895に解説される。
かかる標的化剤の例としては、限定されないが、タンパク質(例えば、トランスフェリン)、オリゴペプチド(例えば、環式及び非環式のRGD含有オリゴペプチド)、抗体(モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、例えば、IgG、IgA、IgM、IgD、IgEの抗体)、糖/炭水化物(例えば、単糖及び/またはオリゴ糖(マンノース、マンノース−6−リン酸、ガラクトースなど))、ビタミン(例えば、葉酸)、またはその他の生体低分子が挙げられる。一部の実施形態では、標的化部分は、ステロイド分子である(例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸;コルチゾン;ジゴキシゲニン;テストステロン;コレステロール;コルチゾン環の3位での二重結合を通じて結合されるトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなどのカチオン性ステロイドなど)。一部の実施形態では、標的化部分は、脂溶性分子(例えば、脂環式炭化水素、飽和及び不飽和の脂肪酸、ワックス、テルペン、ならびにたとえばアダマンティン(adamantine)及びバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素)である。一部の実施形態では、脂溶性分子は、たとえばビタミンA、レチノイン酸、レチナール、またはデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。一部の実施形態では、標的化部分は、ペプチドである。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、式−−X−L−Rの標的化剤であり、式中、X、L及びRの各々は、本明細書に開示の式Iにおいて定義されるとおりである。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、細胞特異的送達を促進するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、上記のカテゴリーの内の1個以上に含まれるという点で特徴付けられる。たとえば一部の実施形態では、P−修飾部分は、PKエンハンサー及び標的化リガンドとして作用する。一部の実施形態では、P−修飾部分は、プロドラッグ及びエンドソーム回避剤として作用する。関連技術の当業者であれば、本開示により、そのような組み合わせが他にも数多く可能であり、予期されることを理解するであろう。
一部の実施形態では、カルボシクリル基、アリール基、ヘテロアリール基、もしくはヘテロシクリル基、またはそれらの二価もしくは多価の基は、C−C30のカルボシクリル基、アリール基、ヘテロアリール基、もしくはヘテロシクリル基、またはそれらの二価もしくは多価の基である。
塩基(核酸塩基)
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の核酸塩基を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中に存在する核酸塩基は、天然の核酸塩基、または天然核酸塩基から誘導された修飾核酸塩基である。例としては、限定されないが、それぞれのアミノ基がアシル保護基により保護されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニンと、フルオロウラシル、2−フルオロシトシン、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、2,6−ジアミノプリン、アザシトシン、疑似イソシトシンや疑似ウラシルなどのピリミジンアナログ、8−置換のプリン、キサンチン、またはヒポキサンチンなどのその他の修飾核酸塩基が挙げられる(最後の2つは、自然分解生成物である)。修飾核酸塩基の例は、Chiu and Rana,RNA,2003,9,1034−1048,Limbach et al.Nucleic Acids Research,1994,22,2183−2196及びRevankar and Rao,Comprehensive Natural Products Chemistry,vol.7,313に記載されている。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシンまたはグアニンである。いくつかの実施形態において、修飾核酸塩基は、例えば、ウラシル、チミン、アデニン、シトシンまたはグアニンの水素結合及び/または塩基対形成に関する、機能的な置き換えである。いくつかの実施形態において、核酸塩基は任意で、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシンまたはグアニンである。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシンまたはグアニンである。
一部の実施形態では、修飾塩基は任意で、置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシルである。いくつかの実施形態において、修飾核酸塩基は独立して、1つ以上の修飾によって修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシルであり、当該修飾により:
(1)核酸塩基は、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換シリル、及びこれらの組み合わせから独立して選択される、1個以上の任意で置換される基によって修飾され、
(2)核酸塩基の1個以上の原子が独立して、炭素、窒素または硫黄から選択される異なる原子で置き換えられ、
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が、独立して水素化されているか、または
(4)1個以上のアリール環またはヘテロアリール環は独立して核酸塩基に挿入される。
以下の一般式で表される化合物は、修飾核酸塩基としても企図される:
Figure 2020522510
式中、Rは、1〜15個の炭素原子を有する、脂肪族、アリール基、アラルキル基、アリールオキシルアルキル基、カルボシクリル基、ヘテロシクリル基及びヘテロアリール基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、例にすぎないが、メチル、イソプロピル、フェニル、ベンジル、またはフェノキシメチル基が挙げられる。R及びR10のそれぞれは独立して、直線状または分枝状の脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロシクリル及びヘテロアリールから選択される任意で置換される基である。
修飾された核酸塩基としては、例えばフェニル環などの1個以上のアリール環が付加された、大きさが拡大された核酸塩基が挙げられる。Glen Research catalog(www.glenresearch.com);Krueger AT et al,Acc.Chem.Res.,2007,40,141−150;Kool,ET,Acc.Chem.Res.,2002,35,936−943;Benner S.A.,et al.,Nat.Rev.Genet.,2005,6,553−543;Romesberg,F.E.,et al.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2003,7,723−733;Hirao,I.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2006,10,622−627に記載される核酸塩基置換も、本明細書に記載される核酸合成に有用であると予期される。大きさが拡大された核酸塩基のいくつかの例を、以下に示す:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
本明細書において、修飾核酸塩基には、核酸塩基とは見做されず、その他の部分である構造も包含され、たとえば限定されないが、コリンまたはポルフィリンから誘導される環が挙げられる。ポルフィリン誘導塩基置換は、Morales−Rojas,H and Kool,ET,Org.Lett.,2002,4,4377−4380に記載される。塩基置換として使用され得るポルフィリン誘導環の一例を以下に示す:
Figure 2020522510
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、任意で置換される、以下の構造のいずれかのものである:
Figure 2020522510
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、蛍光性である。そのような蛍光性の修飾塩基例としては、以下に示すフェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン(isozanthopterin)、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ−ウラシル、及びナフト−ウラシルが挙げられる:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、核酸塩基または修飾核酸塩基は、C5−プロピンT、C5−プロピンC、C5−チアゾール、フェノキサジン、2−チオ−チミン、5−トリアゾリルフェニル−チミン、ジアミノプリン、及びN−アミノプロピルグアニンから選択される。
一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、5−置換ピリミジン、6−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、及びN−2、N−6及び0−6置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、2−アミノプロピルアデニン、5−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2−アミノアデニン、6−N−メチルグアニン、6−N−メチルアデニン、2−プロピルアデニン、2−チオウラシル、2−チオチミン及び2−チオシトシン、5−プロピニル(−C≡C−CH)ウラシル、5−プロピニルシトシン、6−アゾウラシル、6−アゾシトシン、6−アゾチミン、5−リボシルウラシル(シュードウラシル)、4−チオウラシル、8−ハロ、8−アミノ、8−チオール、8−チオアルキル、8−ヒドロキシル、8−アザ及び他の8−置換のプリン、5−ハロ、特に5−ブロモ、5−トリフルオロメチル、5−ハロウラシル、及び5−ハロシトシン、7−メチルグアニン、7−メチルアデニン、2−F−アデニン、2−アミノアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザアデニン、3−デアザグアニン、3−デアザアデニン、6−N−ベンゾイルアデニン、2−N−イソブチリルグアニン、4−N−ベンゾイルシトシン、4−N−ベンゾイルウラシル、5−メチル4−N−ベンゾイルシトシン、5−メチル4−N−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、乱交雑塩基(promiscuous bases)、大きさが拡大された塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、1,3−ジアザフェノキサジン−2−オン、1,3−ジアザフェノチアジン−2−オン及び9−(2−アミノエトキシ)−1,3−ジアザフェノキサジン−2−オン(G−クランプ)などの三環式ピリミジンが挙げられる。修飾核酸塩基としてはまた、プリン塩基またはピリミジン塩基が他の複素環、たとえば、7−デアザ−アデニン、7−デアザグアノシン、2−アミノピリジン及び2−ピリドンと置き換えられたものを挙げることができる。さらなる核酸塩基としては、米国特許第3,687,808号に開示されるもの、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley&Sons,1990,858−859;Englisch et al.,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613;Sanghvi,Y.S.,Chapter 15,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273−288に開示されるもの;及びChapters 6 and 15,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.,Ed.,CRC Press,2008,163−166 and 442−443に開示されるものが挙げられる。
上記の修飾核酸塩基及び他の修飾核酸塩基のいくつかの調製について教示する米国特許の例としては、US2003/0158403,U.S.3,687,808;4,845,205;5,130,302;5,134,066;5,175,273;5,367,066;5,432,272;5,434,257;5,457,187;5,459,255;5,484,908;5,502,177;5,525,711;5,552,540;5,587,469;5,594,121;5,596,091;5,614,617;5,645,985;5,681,941;5,750,692;5,763,588;5,830,653;及び6,005,096が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、非置換である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、置換される。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、例えば、蛍光性部分、ビオチンもしくはアビジン部分、またはその他のタンパク質もしくはペプチドに結合されたヘテロ原子、アルキル基、または結合部分を含むように置換される。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、最も古典的な意味では核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。そのようなユニバーサル塩基の代表的な例の1つは、3−ニトロピロールである。
一部の実施形態において、別のヌクレオシドもまた本明細書中に開示されるプロセスにおいて使用することができ、修飾核酸塩基、または修飾糖と共有結合する核酸塩基を組み込んだヌクレオシドを含む。修飾核酸塩基を組み込んだヌクレオシドのいくつかの例としては、4−アセチルシチジン、5−(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン、2’’−O−メチルシチジン、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ジヒドロウリジン、2’’−O−メチルシュードウリジン、ベータ,D−ガラクトシルキューオシン(ベータ,D−galactosylqueosine)、2’’−O−メチルグアノシン、N6−イソペンテニルアデノシン、1−メチルアデノシン、1−メチルシュードウリジン、1−メチルグアノシン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアノシン、2−メチルアデノシン、2−メチルグアノシン、N7−メチルグアノシン、3−メチル−シチジン、5−メチルシチジン、5−ヒドロキシメチルシチジン、5−ホルミルシトシン、5−カルボキシルシトシン、N6−メチルアデノシン、7−メチルグアノシン、5−メチルアミノエチルウリジン、5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン、ベータ,D−マンノシルキューオシン(ベータ,D−mannosylqueosine)、5−メトキシカルボニルメチルウリジン、5−メトキシウリジン、2−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデノシン、N−((9−ベータ,D−リボフラノシル−2−メチルチオプリン−6−イル)カルバモイル)トレオニン、N−((9−ベータ,D−リボフラノシルプリン−6−イル)−N−メチルカルバモイル)トレオニン、ウリジン−5−オキシ酢酸メチルエステル、ウリジン−5−オキシ酢酸(v)、シュードウリジン、キューオシン(queosine)、2−チオシチジン、5−メチル−2−チオウリジン、2−チオウリジン、4−チオウリジン、5−メチルウリジン、2’’−O−メチル−5−メチルウリジン、及び2’’−O−メチルウリジンが挙げられる。
一部の実施形態において、ヌクレオシドは、6位に(R)または(S)のいずれかのキラリティーを有する6−修飾二環式ヌクレオシドを含み、及び米国特許第7,399,845号に記載されるアナログを含む。他の実施形態において、ヌクレオシドは、5位に(R)または(S)のいずれかのキラリティーを有する5−修飾二環式ヌクレオシドを含み、及び米国特許出願20070287831に記載されるアナログを含む。
一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、またはキレート部分などの1個以上の生体分子結合部分を含む。別の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、または2,6−ジアミノプリンである。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、蛍光性部分または生体分子結合部分との置換により修飾される。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基上の置換基は、蛍光性部分である。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基上の置換基は、ビオチンまたはアビジンである。
上述の特定の修飾核酸塩基ならびに他の修飾核酸塩基の調製を教示する代表的な米国特許としては、限定されないが、上述の米国特許第3,687,808号ならびに米国特許第4,845,205号;第5,130,30号;第5,134,066号;第5,175,273号;第5,367,066号;第5,432,272号;第5,457,187号;第5,457,191号;第5,459,255号;第5,484,908号;第5,502,177号;第5,525,711号;第5,552,540号;第5,587,469号;第5,594,121号、第5,596,091号;第5,614,617号;第5,681,941号;第5,750,692号;第6,015,886号;第6,147,200号;第6,166,197号;第6,222,025号;第6,235,887号;第6,380,368号;第6,528,640号;第6,639,062号;第6,617,438号;第7,045,610号;第7,427,672号;及び第7,495,088号が挙げられ、それら各々の修飾核酸塩基、修飾糖、及び修飾ヌクレオチド間結合は参照により組み込まれる。
一部の実施形態では、塩基は、任意で置換されるA、T、C、GまたはUであり、この場合において1個以上の−NHが独立して、及び任意で、−C(−L−Rと置き換えられ、1個以上の−NH−が独立して、及び任意で、−C(−L−R−と置き換えられ、1個以上=NH−が独立して、及び任意で、−C(−L−R)−と置き換えられ、1個以上の=CH−が独立して、及び任意で、=N−と置き換えられ、ならびに1個以上の=Oが独立して、及び任意で、=S、=N(−L−R)、または=C(−L−Rと置き換えられ、この場合において2個以上の−L−Rが任意で、それらの間に挟まれる原子とともに、0〜10個のヘテロ原子環原子を有する3〜30員の二環式または多環式の環を形成する。一部の実施形態では、修飾塩基は、任意で置換されるA、T、C、GまたはUであり、この場合において1個以上の−NHが独立して、及び任意で、−C(−L−Rと置き換えられ、1個以上の−NH−が独立して、及び任意で、−C(−L−R−と置き換えられ、1個以上=NH−が独立して、及び任意で、−C(−L−R)−と置き換えられ、1個以上の=CH−が独立して、及び任意で、=N−と置き換えられ、ならびに1個以上の=Oが独立して、及び任意で、=S、=N(−L−R)、または=C(−L−Rと置き換えられ、この場合において2個以上の−L−Rが任意で、それらの間に挟まれる原子とともに、0〜10個のヘテロ原子環原子を有する3〜30員の二環式または多環式の環を形成し、この場合において当該修飾塩基は、天然型のA、T、C、G及びUとは異なる。一部の実施形態では、塩基は任意で置換されるA、T、C、GまたはUである。一部の実施形態では、修飾塩基は、置換されたA、T、C、GまたはUであり、この場合において当該修飾塩基は、天然型のA、T、C、G及びUとは異なる。
一部の実施形態では、ヌクレオシドは、以下のいずれかに記載されるものである:Gryaznov,S;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Seth,Punit P;Siwkowski,Andrew;Allerson,Charles R;Vasquez,Guillermo;Lee,Sam;Prakash,Thazha P;Kinberger,Garth;Migawa,Michael T;Gaus,Hans;Bhat,Balkrishen;et al.From Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;WO20070900071;WO20070900071;またはWO2016/079181。
核酸塩基の例は、US20110294124、US20120316224、US20140194610、US20150211006、US20150197540、WO2015107425、PCT/US2016/043542、及びPCT/US2016/043598にも記載されており、それら各々は参照により本明細書に組み込まれる。様々な追加の核酸塩基が当分野で報告されており、本開示に従って利用することができる。
糖類
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の糖を含む。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然糖部分に加えて、1個以上の修飾糖部分を含む。
最も普遍的な天然ヌクレオチドは、核酸塩基のアデノシン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、及びチミン(T)またはウラシル(U)に結合したリボース糖から構成される。また、ヌクレオチド内のリン酸基または結合したリン酸が、糖または修飾された糖のさまざまな位置に結合可能である修飾されたヌクレオチドが企図される。非限定的な例としては、リン酸基または結合リンは、糖または修飾糖の2’’、3’’、4’’または5’’のヒドロキシル部分に結合可能である。本明細書中で記載される修飾核酸塩基を組み込むヌクレオチドもまたこの文脈において予期される。一部の実施形態において、保護されていない−OH部分を含むヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドが、本開示方法に従い使用される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の塩基(核酸塩基)、修飾塩基または塩基アナログを含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の塩基を含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、任意の糖を含み得る。
一部の実施形態では、糖は、
Figure 2020522510
の構造を有する。
修飾糖が、提供されるオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。一部の実施形態では、修飾糖は、以下のうちの1個を含む2’’位で1個以上の置換基を含む:−F;−CF、−CN、−N、−NO、−NO、−OR’、−SR’、もしくは−N(R’)であって、式中、各R’は独立して上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである;−O−(C−C10アルキル)、−S−(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル);−O−(C−C10アルケニル)、−S−(C−C10アルケニル)、−NH−(C−C10アルケニル)、もしくは−N(C−C10アルケニル);−O−(C−C10アルキニル)、−S−(C−C10アルキニル)、−NH−(C−C10アルキニル)、もしくは−N(C−C10アルキニル);または−O−−(C−C10アルキレン)−O−−(C−C10アルキル)、−O−(C−C10アルキレン)−NH−(C−C10アルキル)もしくは−O−(C−C10アルキレン)−NH(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル)−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)であって、式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは置換されても、非置換であってもよい。置換基の例としては、−O(CHOCH、及び−O(CHNHであって、式中、nは1〜約10であるもの、他にMOE、DMAOE、DMAEOEが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書ではまた、WO2001/088198;及びMartin et al.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486−504に記載される修飾糖が予期される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換シリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、核酸の薬物動態特性を改善するための基、核酸の薬力学的特性を改善するための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される1つ又は複数の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、3’−末端ヌクレオチドの糖の3’位又は5’−末端ヌクレオチド5’位を含む、糖又は修飾された糖の2’、3’、4’、5’、又は6’位の1つ又は複数において修飾が行われる。
一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−Fである。
一部の実施形態では、リボースの2’−OHは、以下のうちの1つを含む置換基で置き換えられる:−H、−F、−CF、−CN、−N、−NO、−NO、−OR’、−SR’、もしくは−N(R’)(式中、各R’は独立して上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである);−O−(C−C10アルキル)、−S−(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル);−O−(C−C10アルケニル)、−S−(C−C10アルケニル)、−NH−(C−C10アルケニル)、もしくは−N(C−C10アルケニル);−O−(C−C10アルキニル)、−S−(C−C10アルキニル)、−NH−(C−C10アルキニル)、もしくは−N(C−C10アルキニル);または−O−−(C−C10アルキレン)−O−−(C−C10アルキル)、−O−(C−C10アルキレン)−NH−(C−C10アルキル)もしくは−O−(C−C10アルキレン)−NH(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル)−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは置換されても、非置換であってもよい)。一部の実施形態では、2’−OHは、−H(デオキシリボース)と置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−Fと置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OR’と置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OMeと置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OCHCHOMeと置き換えられる。
修飾された糖は、ロックド核酸(LNA)を含む。いくつかの実施形態では、糖炭素原子上の2つの置換基が一緒になって二価部分を形成する。いくつかの実施形態では、2つの置換基は、2個の異なる糖炭素原子上にある。いくつかの実施形態では、形成された二価部分は、本明細書で定義される−L−の構造を有する。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH−であり、−CH−は置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH−である。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH(Et)−である。いくつかの実施形態では、−L−は糖部分のC2とC4との間にある。いくつかの実施形態では、ロックド核酸は、以下に示す構造を有する。ロックド核酸の構造を以下に示す。Baは本明細書に記載の核酸塩基又は修飾された核酸塩基を表し、R2sは−OCHC4’−である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、Bは、塩基である。
いくつかの実施形態では、修飾糖は、例えば、Seth et al.,J Am Chem Soc.2010 October 27;132(42):14942−14950に記載されるものなどのENAである。一部の実施形態では、修飾された糖は、XNA(ゼノ核酸)、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、2’フルオロアラビノース、又はシクロヘキセンに見られる糖のいずれかである。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりに、シクロブチル又はシクロペンチル部分を含む。このような修飾された糖の構造の調製を教示する代表的な米国特許は、米国特許第4,981,957号、5,118,800号、5,319,080号、及び5,359,044号であるが、これらに限定されない。考慮されるいくつかの修飾された糖は、リボース環内の酸素原子が窒素、硫黄、セレン、又は炭素で置換される糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素と置換される修飾リボースであり、当該窒素はアルキル基(例えば、メチル、エチル、イソプロピル等)で任意で置換される。
修飾糖の非限定的な例としては、グリセロールが挙げられ、これはグリセロール核酸(GNA)を形成する。GNAの1つの例は以下に示され、またZhang,R et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,5846−5847;Zhang L,et al.,J.Am.Chem.Soc.,2005,127,4174−4175、及びTsai CH et al.,PNAS,2007,14598−14603に記載される:一部の実施形態では、ヌクレオシドは、
Figure 2020522510
以下の構造を有し、式中、Bは、塩基である。
ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールに基づく柔軟性核酸(FNA)は、Joyce GF et al.,PNAS,1987,84,4398−4402 and Heuberger BD and Switzer C,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,412−413に記載される。一部の実施形態では、ヌクレオシドは、
Figure 2020522510
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、ペントピラノシル(4’→2’)の糖を含み、以下の式中のいずれか1つの構造を有し:
Figure 2020522510

式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、ペントピラノシル(4’→3’)の糖を含み、以下の式中のいずれか1つのものであり:
Figure 2020522510

式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、テトロフラノシル(3’→2’)の糖を含み、以下の式中のいずれかのものであり:
Figure 2020522510

式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、修飾糖を含み、以下の式中のいずれか1つのものであり:
Figure 2020522510

式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基である。
一部の実施形態では、糖部分中の1個以上のヒドロキシル基は任意で、及び独立して、ハロゲン、R’−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、以下に例示され、式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、XLRは、X−L−Rと均等であり、X、L、及びRは、本明細書に開示の式Iに定義されるとおりであり、Bは、塩基であり、ならびにXは、−S−、−Se−、−CH−、−NMe−、−NEt−及び−NiPr−から選択される。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中の糖の少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上(たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上)(それらを含む)が修飾される。一部の実施形態では、プリン残基のみが修飾される(たとえば、プリン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上[たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上]が修飾される)。一部の実施形態では、ピリミジン残基のみが修飾される(たとえば、ピリミジン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上[たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上]が修飾される)。一部の実施形態では、プリン残基とピリミジン残基の両方が修飾される。
修飾糖は、限定されないが、以下をはじめとする当分野に公知の方法により調製することができる:A.Eschenmoser,Science(1999),284:2118;M.Bohringer et al,Helv.Chim.Acta(1992),75:1416−1477;M.Egli et al,J.Am.Chem.Soc.(2006),128(33):10847−56;A.Eschenmoser in Chemical Synthesis:Gnosis to Prognosis,C.Chatgilialoglu and V.Sniekus,Ed.,(Kluwer Academic,Netherlands,1996),p.293;K.−U.Schoning et al,Science(2000),290:1347−1351;A.Eschenmoser et al,Helv.Chim.Acta(1992),75:218;J.Hunziker et al,Helv.Chim.Acta(1993),76:259;G.Otting et al,Helv.Chim.Acta(1993),76:2701;K.Groebke et al,Helv.Chim.Acta(1998),81:375;及びA.Eschenmoser,Science(1999),284:2118。2’修飾への修飾は、Verma,S.et al.Annu.Rev.Biochem.1998,67,99−134ならびに当該文献中のすべての参照文献中に見出すことができる。リボースへの特定の修飾は、以下の参照文献中に見出すことができる:2’−フルオロ(Kawasaki et.al.,J.Med.Chem.,1993,36,831− 841)、2’−MOE(Martin,P.Helv.Chim.Acta 1996,79,1930−1938)、「LNA」(Wengel,J.Acc.Chem.Res.1999,32,301−310)。一部の実施形態では、修飾糖は、PCT国際特許出願公開WO2012/030683に記載されるもののいずれかであり、当該文献は参照により本明細書に組み込まれ、及び/または本明細書に図示される。一部の実施形態では、修飾糖は、以下のいずれかにおいて記載される任意の修飾糖である:Gryaznov,S;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Seth,Punit P;Siwkowski,Andrew;Allerson,Charles R;Vasquez,Guillermo;Lee,Sam;Prakash,Thazha P;Kinberger,Garth;Migawa,Michael T;Gaus,Hans;Bhat,Balkrishen;et al.From Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;WO20070900071;WO20070900071;またはWO2016/079181。
一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるペントース部分またはヘキソース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるペントース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるヘキソース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるリボース部分またはヘキシトール部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるリボース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるヘキシトール部分である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドの例は、以下のものから選択される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、ヌクレオチドは、以下のいずれかから選択される構造を有する:
Figure 2020522510

一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、以下から選択される構造を有する:
Figure 2020522510
(式中、R及びRは独立して、−H、−F、−OMe、−MOEまたは置換もしくは
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、ヌクレオチド及び隣接ヌクレオシドは、
Figure 2020522510
以下の構造を有する。一部の実施形態では、Rは、本明細書に定義され、記載されるRである。一部の実施形態では、RはRである。一部の実施形態では、RはRである。一部の実施形態では、RはH、CH、Bn、COCF、ベンゾイル、ベンジル、ピレン−1−イルカルボニル、ピレン−1−イルメチル、2−アミノエチルである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合または糖の非限定的な例は、N−メタノカルバ、C3−アミド、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、MMI、PMO(ホスホロジアミデート結合モルホリノ)、PNA(ペプチド核酸)、LNA、cMOEBNA、cEtBNA、α−L−NAもしくは関連アナログ、HNA、Me−ANA、MOE−ANA、Ara−FHNA、FHNA、R−6’−Me−FHNA、S−6’−Me−FHNA、ENAまたはc−ANAのいずれかの構成要素であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合または糖の非限定的な例は、Allerson et al.2005 J.Med.Chem.48:901−4;BMCL 2011 21:1122;BMCL 2011 21:588;BMCL 2012 22:296;Chattopadhyaya et al.2007 J.Am.Chem.Soc.129:8362;Chem.Bio.Chem.2013 14:58;Curr.Prot.Nucl.Acids Chem.2011 1.24.1;Egli et al.2011 J.Am.Chem.Soc.133:16642;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Imanishi 1997 Tet.Lett.38:8735;J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;J.Med.Chem.2009 52:10;J.Org.Chem.2010 75:1589;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Jung et al.2014 ACIEE 53:9893;Kodama et al.2014 AGDS;Koizumi 2003 BMC 11:2211;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;Lima et al.2012 Cell 150:883−894;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Migawa et al.2013 Org.Lett.15:4316;Mol.Ther.Nucl.Acids 2012 1:e47;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Murray et al.2012 Nucl.Acids Res.40:6135;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Obika et al.2008 J.Am.Chem.Soc.130:4886;Obika et al.2011 Org.Lett.13:6050;Oestergaard et al.2014 JOC 79:8877;Pallan et al.2012 Biochem.51:7;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Prakash et al.2010 J.Med.Chem.53:1636;Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993−3011;Prakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:2817−2820;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2008 Nucl.Acid Sym.Ser.52:553;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2010 J.Am.Chem.Soc.132:14942;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Seth et al.2011 BMCL 21:4690;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Seth et al.,Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Starrup et al.2010 Nucl.Acids Res.38:7100;Swayze et al.2007 Nucl.Acids Res.35:687;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;WO20070900071;WO2016/079181;US6,326,199;US6,066,500;及びUS6,440,739に記載されるもののいずれかの構成要素であるか、またはこれを含み、これらの各々の塩基及び糖修飾は参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の糖を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の糖を含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。様々な追加の糖が当分野で報告されており、本開示に従って利用することができる。
オリゴヌクレオチドの塩基配列
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含むことができ、ここで、一部は、少なくとも15個の連続塩基のスパンまたは1〜5個のミスマッチを有する少なくとも15個の連続塩基のスパンである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含み得、ここで、一部は、15個の連続塩基のスパンまたは1〜5個のミスマッチを有する15個の連続塩基のスパンである。
一本鎖RNAi剤の配列は、転写物の標的に対して十分な長さと同一性を有し、標的特異的RNA干渉を介在する。一部の実施形態では、RNAi剤は、転写物の標的配列の一部に対し相補的である。
一本鎖RNAi剤の塩基配列は、標的転写産物の塩基配列に対し相補的である。本明細書で使用されるとき、「標的転写産物配列」、「標的配列」、「標的遺伝子」などは、一次転写産物のRNAプロセシングの産物であるmRNAを含む、遺伝子の転写中に形成されるmRNA分子のヌクレオチド配列の連続部分、たとえば、標的遺伝子を指す。
本明細書における「相補的」、「完全に相補的」及び「実質的に相補的」という用語は、それらが使用される文脈から理解されるように、一本鎖RNAi剤の鎖と標的配列との間、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドと標的配列との間の塩基マッチングに関して使用され得る。一本鎖RNAi剤またはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは他のオリゴヌクレオチドの鎖は、一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは他のオリゴヌクレオチドの各塩基が、最大限アラインメントされたとき、標的鎖上の連続塩基と塩基対合することができる場合、標的配列の鎖に相補的である。非限定的な例として、標的配列が、たとえば、5’−GCAUAGCGAGCGAGGGAAAAC−3’の塩基配列を有する場合、5’GUUUUCCCUCGCUCGCUAUGC−3’の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、当該標的配列に相補的または完全に相補的である。当然のことながら、UのTへの置換またはその逆は、相補性の量を変更しないことに留意されたい。
本明細書で使用されるとき、標的配列に「実質的に相補的」であるポリヌクレオチドは、大部分またはほとんど相補的であるが、100%相補的ではない。一部の実施形態では、実質的に相補的である配列(たとえば、一本鎖RNAi剤またはアンチセンスオリゴヌクレオチドの鎖)は、標的配列に100%相補的である配列と比較して1つ、2つ、3つ、4つまたは5つのミスマッチを有する。一本鎖RNAi剤の場合、本開示は、多くの場合、5’末端ヌクレオチド(N1)が標的配列の相補体と比較してミスマッチを有することに留意する。同様に、一本鎖RNAi剤では、3’末端ジヌクレオチドが、存在する場合には、標的配列の相補体と比較してミスマッチであり得る。非限定的な例として、標的配列が、たとえば、5’−GCAUAGCGAGCGAGGGAAAAC−3’の塩基配列を有する場合、5’TUUUUCCCUCGCUCGCUAUTU−3’の塩基配列を有する一本鎖RNAi剤は、当該標的配列に実質的に相補的である。
本開示は、表1A及びその他の箇所において、それぞれが定義された塩基配列を有する、様々な一本鎖RNAi剤及びアンチセンスオリゴヌクレオチド及び他のオリゴヌクレオチドを提示する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意の様々な一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び他のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む塩基配列を有する、任意のオリゴヌクレオチドを包含する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意の様々な一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び他のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む塩基配列を有する、任意のオリゴヌクレオチドを包含し、これは、本明細書に記載される任意の化学修飾、立体化学、形式、構造的特徴(たとえば、オリゴヌクレオチドが一本鎖RNAi剤である場合、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップ、または任意の構造、パターンもしくはその一部)、及び/または任意の他の修飾(たとえば、別の部分、たとえば、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、脂質部分などとの複合体化;及び/または多量体化)を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ACVR2Bを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOBを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、FXIを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、KRTを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、KRT14を標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、MSTNを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、MSTN−Rを標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PCSK9を標的とし、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAAGCTGGACAAGAAGCTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AACCTTAGCTGGGTCTGCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGCAGCTTCTTGTCCAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGGAGGCATCCTCGGCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGTTGGTCTGACCTCAGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AATAAAGCTGGACAAGAAGCTGCTAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AATACTGTCCCTTTTAAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACACCACCCTCTCAACTTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACACCCATGTCCCCACTGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCGCCAAGGATGCACTGAGCAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACTTGTCCAGCTTTATTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCAGCTTCTTGTCCAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCAGCTTCTTGTCCAGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCAGCTTCTTGTCCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCCACGGCTGAAGTTGGTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCCATCGGTCACCCAGCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCTTTAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCTTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCTTTATTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCTTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTTCTTGTCCAGCTTTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCATCCTCGGCCTCTGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCCAGCATGCCTGGAGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCCAGCATGCCTGGAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGGAGGCATCCTCGGCCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGGTTACATGAAGCACGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGTCTCAGGCAGCCACGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGTCTCAGGCAGCCACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGTCTCAGGCAGCCACGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGTCCAGCTTTATTGGGAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAGCAGCTTCTTGTCGAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAGCAGCTTCTTGTCCAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAGCAGCTTCTTGTCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAGCAGCTTCTTGTCCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATCCTTGGCGGTCTTGGTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATCGGTCACCCAGCCCCTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATCTTGTCCAGCTTTATTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGAAGCACGCCACCAAGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGCACTGAGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGTCCAGCTTTATTGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAATAAAGCTGGACAAGAAGCTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACCAAGACCGCCAAGGATGCACTGAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACCCATTGGGACTGGGATC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACGCTGCTCAGTGCATCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACGGCTGAAGTTGGTCTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACTGAGAATACTGTCCCAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACTGAGAATACTGTCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGCCGTGGCTGCCTGAGACCTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGCCGTGGCTGCCTGAGACCTCAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGCTTCTTGTCCAGCTTTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGCTTCTTGTCCAGCTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGCTTCTTGTCCAGCTTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGGGGCTGGGTGACCGATGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CAGTGCATCCTTGGCGGTCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATAGCAGCTTCTTGTCCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATCCTCGGCCTCTGAAGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATCCTTGGCGGTCTTGGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATCCTCGGCCTCTGAAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATCCTTGGCGGTCTTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATCGGTCACCCAGCCCCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACCAAGACCGCCAAGGATGCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACCTGGGACTCCTGCACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACCTGGGACTCCTGCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACGGCTGAAGTTGGTCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGCTTTATTAGGGACAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGCTTTATTGGGAGGCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGCTTTATTAGGGAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGCTTTATTGGGAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGGAGCGCCAGGAGGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCATCGGTCACCCAGCCCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCATCGGTCACCCAGCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCTGGAGATTGCAGGAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCGTGGCTGCCTGAGACCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCAGTCTGCTTCGCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCAGTCTGCTTCGCACCTTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCAGTCTGCTTCGCACCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCCAGGCATGCTGGCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCCCAATAAAGCTGGACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCGGCCTCTGAAGCTCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCGGCCTCTGAAGCTCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCTGAAAGTGGATTACCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCTGAAGCTCGGGCAGAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGGAGATTGCAGGACCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGGGACTCCTGCACGCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTTGCAGGAACCCCAGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTTGGCGGTCTTGGTGGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTTGGCGGTCTTGGTGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGGCCTCTGAAGCTCGGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGGCCTCTGAAGCTCGGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGGTCACCCAGCCCCTGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGTGCTTCATGTAACCCTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCAGGCAGCCACGGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCCTGCACGCTGCTCAGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCCTGCTTGACCACCCATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCCTTGGGTCCTGCAACTCCAGGGCTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCGGCCTCTGAAGCTCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCTGAAGCTCGGGCAGAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGAAGCCATCGGTCACCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCATGGCACCTCTGTTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCCTCTAGGGATGAACTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTGGGCCACCTGGGACT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTGGGCCACCTGGGAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGAGATTGCAGGACCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGAGCACCGTTAAGGACAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGCCTGCTGGGCCACCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGCCTCCCAATAAAGCTGGACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGGACTCCTGCACGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTCAGCCGTGGCTGCCTGAGACCTCAATA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTCTTGTCCAGCTTTATTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTCTTGTCCAGCTTTAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTCTTGTCCAGCTTTATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGGCGGTCTTGGTGGCGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGGGTCCTGCAATCTCCAGGGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGGTGGCGTGCTTCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGGTGGCGTGCTTCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTCCAGCTTTATTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTCCAGCTTTATTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTCCAGCTTTATTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTCCAGCTTTATTGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTCCTTAACGGTGCTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGCCATCGGTCACCCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGCCATCGGTCACCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGGGAGGCATCCTCGGCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGTTGGTCTGACCTCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGTTGGTCTGACCTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACCCTGAGGTCAGACCAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGAACTCCTCTGTAGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGAAGGGAGGCATCCTCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGGCATCCTCGGCCTCTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGGTCTCAGGCAGCCACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGGTCAGACCAACTTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGGTCTCAGGCAGCCACGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAGGTCTCAGGCAGCCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCACTGAGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCAGCTTCTTGTCCAGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCAGCTTCTTGTCCAGCTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCAGGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCATCCTTGGCGGTCTTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCATCCTTGGCGGTCTTGGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCATCCTTGGCGGTCTTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACGGCTGAAGTTGGTCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCATCGGTCACCCAGCCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCATCGGTCACCCAGCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCCCTGGCCTGCTGGGCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCCTGGAGATTGCAGGACC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCGTGGCTGCCTGAGACCTCAAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTGACAAAGGCCCTGTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTCCCAATAAAGCTGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTCTAGGGATGAACTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTCTGAAGCTCGGGCAGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCGGTCTTGGTGGCGTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCGTGCTTCATGTAACCCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTCAGTGCATCCTTGGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTCAGTGCATCCTTGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTCCTGCTTGACCACCCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGAAGTTGGTCTGACCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGGCCTCCCAATAAAGCTGGACAAGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGGGCCACCTGGGAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTAAAAGGGACAGTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTAAAAGGGACAGTATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTCAGAGGCCGAGGATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTCTTGTCCAGCTTTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTCTTGTCCAGCTTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTTCTTGTCCAGCTTTAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGACTCCTGCACGCTGCTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGAGCACCGTTAAGGACAAGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGAGCAGCTGCCTCTAGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGAGCAGCTGCCTCTAGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGAGGCATCCTCGGCCTCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCAGAGGCCAGGAGCGCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCATCCTCGGCCTCTGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCAGGGGCTGGGTGACCGATGGCTTCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCAGGGGCTGGGTGACCGATGGCTTCAGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCTCCCAATAAAGCTGGACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCTCCCAATAAAGCTGGACAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCTCCCAATAAAGCTGGACAAGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCGGTCTTGGTGGCGTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCGGTCTTGGTGGCGTGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCTGGGTGACCGATGGCTTCAGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGACAGTATTCTCAGTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGACTCCTGCACGCTGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGACTCCTGCACGCTGCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGAGGCATCCTCGGCCTCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGCCTCCCAAGGCAAACCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGCTCCTGCTTGACCACC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGCTGCATGGCACCTCTGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGCTGGGTGACCGATGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTCTGACCTCAGGGTCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTCTCAGGCAGCCACGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTCTTGGTGGCGTGCTTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTATTGGGAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAGGCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAGGCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCAGCTTTATTGGGAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCCCAGGTGGCCCAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCTCAGGCAGCCACGGCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCTTGGTGGCGTGCTTCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTGCAGGAGTCCCAGGTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTGCATCCTTGGCGGTCTTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTGCATCCTTGGCGGTCTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTCCTGGAGCAGCTGCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTGCTTAAAAGGGACAGTATTCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTTATGCCCCTGGGCCTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TCTTGTCCAGCTTTATTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TCTTGTCCAGCTTTATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TCTTGTCCAGCTTTATTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGGCGGTCTTGGTGGCGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGGGTCCTGCAATCTCCAGGGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGGTCTGACCTCAGGGTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGGTCTGACCTCAGGGTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGGTGGCGTGCTTCATGTA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTCCAGCTTTATTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTCCAGCTTTATTGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTCCAGCTTTATTGGGAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTCCTTAACGGTGCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAAGGCATGAAGCAGGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAAGGCATGAAGCAGGAACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AACGTCTCCATGGCGGGGGTAACAAGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCATGAAGCAGGAAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCATGAAGCAGGAACAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAGGCATGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAGGCATGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGCCACTGTAGAAAGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGGACCCTCTGCACTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAGGGCATGAAGCAGGAACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCCCCGCCATGGAGACGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCCCCGCCATGGAGACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCCCCGCCATGGAGACGTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCCCGCGGTCCATCCTCAGGTCCAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCCTGCCTCAGTGTCTCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCTGAGGATGGACCGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCTGAGGATGGACCGCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACGTTGTCACTCACTCCTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACTGTAGAAAGGCATGAAGCAGGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACTGTAGAAAGGCATGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACTGTAGAAAGGCATGAAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAAAGGCATGAAGCAGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAAAGGCATGAAGCAGGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAAAGGCATGAAGCAGGAACATA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAAAGGCATGAAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAAAGGCATGAAGCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AAATGCCTTTCTACAGTGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AATCATGCCTTTCTACAGTGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACATGGGCCAGCCTACCCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ACCTGTGAGGTCACCCACTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATCTTGTTACCCCCGCCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGCCTTTCTACAGTGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGCCACTGTAGAAAGGCATGATT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TCATGCCTTTCTACAGTGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGCCACTGTAGAAAGGCATTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGAGGCTGGGATCCTCCACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCGAGCCTGGGCGAGAGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCGCTCTCTACCCTGCCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGCTGGTGGACATTGGCCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCATGAAGCAGGAACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCATGAAGCAGGAACATA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCCACTGTAGAAAGGCATGAAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCCACTGTAGAAAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCCACTGTAGAAAGGCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGCTGGGATCCTCCACGTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:AGGGACCCTCTGCACTGGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAAGGCCACTGTAGAAAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATAAGGCCACTGTAGAAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATCTTGTTACCCCCGCCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGACACCAGGAAGCCCAGTGCAGAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATGTTCCGACTCCTGGCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:ATTTGGGACCTGGAGGCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACATGGGCCAGCCTACCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACCCCTTCCCACAGCATGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACTGTAGAAAGGCATGAAGCAGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CACTGTAGAAAGGCATGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATGAAGCAGGAACATAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CATGAAGCAGGAACATACCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACTGTAGAAAGGCATGAAGCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACTGTAGAAAGGCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCACTGTAGAAAGGCATGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCAGCACCTTGAGATCCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCAGCACCTTGAGATCCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCCCAGGCAGGAGCCAAGCACAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCCCGCCATGGAGACGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCCCGCCATGGAGACGTTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCCGCCATGGAGACGTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCCTGCCTCAGTGTCTCGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCGACTCCTGGCCTTCCGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCGACTCCTGGCCTTCCGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTCAGTGTCTCGGCCAGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGAGGATGGACCGCGGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGCCTCAGTGTCTCGGCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGCTGTGCTTGGCTCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGCTGTGCTTGGCTCCTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGGGCGAGAGGGTGTCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGTGAGGTCACCCACTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CCTGTTGGCTGCTCACTGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGAACTGCACCCCTTCCCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGACCTCAGGATCCATCCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGACTCCTGGCCTTCCGCAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CGGCCAGGGCATTCCCAGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCAGAGGCTGGGATCCTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCAGGCAGCGGGTCGCCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCCTGCTGTGCTTGGCTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCGGCCAGGGCATTCCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTCTGCTGGACAGCCCTTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGAGGATGGACCGCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCACTGGGCTTCCTGGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCACTGGGCTTCCTGGTG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCCTCAGTGTCTCGGCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTAGACTCGCCTCCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTCCAGCGGGATACCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTCCAGCGGGATACCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTGGACAGCCCTTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTGGACAGCCCTTGGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGCTGTGCTTGGCTCCTGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGACCTGAGGATGGACCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGGCATGGCGACCTCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGGTGGACATTGGCCGGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGTAGAAAGGCATGAAGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGTAGAAAGGCATGAAGCAGGAAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGTAGAAAGGCATGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGTAGAAAGGCATGAAGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTGTTGGCTGCTCACTGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTTACCCCCGCCATGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:CTTGTTACCCCCGCCATGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAAGGCATGAAGCAGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAAGGCATGAAGCAGGAAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGCCCAGTGCAGAGGGTCCCTTACT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GAAGGGCATGAAGCAGGAAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACCCTCTGCACTGGGCTTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACCCTCTGCACTGGGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACCTGAGGATGGACCGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACCTGAGGATGGACCGCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACGAACTGCACCCCTTCCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GACTCCTGGCCTTCCGCACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GATAAGGCCACTGTAGAAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCACTGGGCTTCCTGGTGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCAGAGACCCTGTCGGAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCATGAAGCAGGAACATACC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCATGAAGCAGGAACATA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGAAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAACGCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGCCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGCCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGAATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGAAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCATGT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCGTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGCTTGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGGAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAAAGGTATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAATGGCAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCACTGTAGAGAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTCAGTGTCTCGGCCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTGGGCGAGAGGGTGTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCCTGTTGGCTGCTCACTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCGCTCTCTACCCTGCCTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTCCAGCGGGATACCGGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTCGGCCTCCAGTTCCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGGTGGACATTGGCCGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGTAGCGAGCCTGGGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GCTGTGCTTGGCTCCTGCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGACCCTCTGCACTGGGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGACCCTCTGCACTGGGCTT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGACCTGAGGATGGACCGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGACCTGAGGATGGACCGCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGATAAGGCCACTGTAGAAA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCATGAAGCAGGAACAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCATGAAGCAGGAACATAC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCACTGTAGAAAGGCATGAAGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCACTGTAGAAAGGCATG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCACTGTAGAAAGGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGCTGGGATCCTCCACGTCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGACCCTCTGCACTGGGCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGAGGCCTGTTGGCTGCTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGATCCTCCACGTCACAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGCGAGAGGGTGTCCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGGTGGCCTCTGCTTTGGTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTCTCTGCTGGACAGCCCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTGGACATTGGCCGGGAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GGTGGCCTCTGCTTTGGTCT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCAGGAACA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCAGGAACAT。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCAG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTAGAAAGGCATGAAGCAGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTCACTGTAGAAAGGCATGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTGCTTGGCTCCTGCCTGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTGCTTGGCTCCTGCCTGGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTACCCCCGCCATGGAGA。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTCCGACTCCTGGCCTTC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:GTTCCGACTCCTGGCCTTCC。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TACCCCCGCCATGGAGACG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TCCGACTCCTGGCCTTCCG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTTACCCCCGCCATGG。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とし、以下のものであるか、これを含むか、またはその一部を含む、塩基配列を有する:TGTTACCCCCGCCATGGAG。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書で列挙される配列のオリゴヌクレオチドを開示する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書で列挙される配列のオリゴヌクレオチドを開示し、ここで、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、列挙される配列のオリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、列挙される配列のオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンを誘導するアンチセンスオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、列挙される配列のオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する。一部の実施形態では、列挙される配列のオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の構造(たとえば、本明細書に記載される任意の5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド部分、シード領域、ポストシード領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップ、もしくはこれらの構造のいずれかの任意の一部、または任意の化学、立体化学、追加の化学的部分など)を含む。オリゴヌクレオチドがssRNAi剤である場合、配列はTが先行してもよく(非限定的な例として、2’−デオキシ T、5’−(R)−Me OH T、5’−(R)−Me PO T、5’−(R)−Me PS T、5’−(R)−Me PH T、5’−(S)−Me OH T、5’−(S)−Me PO T、5’−(S)−Me PS Tまたは5’−(S)−PH T)、または最初の核酸塩基がTに置き換えられ(非限定的な例として、2’−デオキシ T、5’−(R)−Me OH T、5’−(R)−Me PO T、5’−(R)−Me PS T、5’−(R)−Me PH T、5’−(S)−Me OH T、5’−(S)−Me PO T、5’−(S)−Me PS Tまたは5’−(S)−PH T)、及び/または3’末端ジヌクレオチド(たとえば、非限定的な例として:TT、UU、TUなど)が続く。様々な配列で、UをTで置き換えるか、もしくはその逆を行うことができ、または配列は、U及びTの組み合わせを含むことができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約49、約45、約40、約30、約35、約25、約23以下の長さの総ヌクレオチドを有する。一部の実施形態では、一部は、0〜3個のミスマッチを有する少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25の総ヌクレオチドのスパンである。一部の実施形態では、一部は、0〜3個のミスマッチを有する少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25の総ヌクレオチドのスパンであり、ここで、ミスマッチが0のスパンは相補的であり、ミスマッチが1以上であるスパンは実質的相補性の非限定的な例である。上に列挙される配列が5’末端でUから始まる一部の実施形態では、Uの削除及び/または別の塩基による置き換えを行うことができる。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、これを含むか、またはその一部を含む塩基配列を有し、本明細書に開示される形式または形式の一部を有する、任意のオリゴヌクレオチドを包含する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含み得、ここで、一部は、15個の連続塩基のスパンまたは1〜5個のミスマッチを有する15個の連続塩基のスパンである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載される任意の塩基配列またはその一部を含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
様々な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例が、以下の表1Aに記載される。
表1A.オリゴヌクレオチド。
パート1.ACVR2Bオリゴヌクレオチド
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート2.APOBオリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート3.FXI(第XI因子)オリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート4.KRTオリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート5.KRT14オリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート6.MSTNオリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート7.MSTN−Rオリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート8.PCSK9オリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート9.APOC3オリゴヌクレオチド。
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表1A.オリゴヌクレオチド。
パート10.PNPLA3オリゴヌクレオチド。
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本開示は、一部の配列が、その長さにより、複数の行に分割されることを述べる。しかしながら、これらの配列は、表1A中のすべてのオリゴヌクレオチドと同様に、一本鎖である(別途記載しない限り)。
表中に列記される部分及び修飾(またはこれらの部分もしくは修飾を含む構築物オリゴヌクレオチドに使用される化合物:
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一部の実施形態では、リンカー、たとえば、L009、L010などは、糖を置き換えることができ、ヌクレオチド間結合にいずれかの末端で結合している。たとえば、
WV−9266は、...mAL009mUfG...を含み、これは、5’から3’へ、ホスホロチオエート()、2’−OMe(m)が塩基(A)に結合した糖、ホスホジエステル結合(示さず)、L009リンカー(L009)、ホスホロチオエート()、2’−OMeがUの塩基に結合した糖(mU)、ホスホジエステル結合(示さず)、2’−F(f)が塩基(G)に結合した糖及びホスホロチオエートを表す。
WV−9267は、...mAfCL009fG...を含み、これは、5’から3’へ、ホスホロチオエート()、2’−OMe(m)が塩基(A)に結合した糖、ホスホジエステル(示さず)、2’−F(f)が塩基(C)に結合した糖、ホスホロチオエート、L009リンカー(L009)、ホスホジエステル結合(示さず)、2’−F(f)が塩基(G)に結合した糖、及びホスホロチオエートを表す。
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一部の実施形態では、L010は、糖を置き換えることができ、L010は、ヌクレオチド間結合にいずれかの末端で結合している。
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追加の略語:
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L001:−NH−(CH−リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカーまたはC6アミノリンカー)であり、例示するように、−NH−を介してMod(存在する場合)に繋がれ(Modがない場合は、−H、たとえば、WV−8240)、リン酸結合(OまたはPO)またはホスホロチオエート結合(ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合には;またキラル制御され、Sp立体配置を有する場合にはSp、キラル制御され、Rp立体配置を有する場合にはRpと示され得る)のいずれかを介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端(たとえば、WV−2406)または3’末端に繋がれている。たとえば、WV−2406では、L001は、−NH−を介してMod001に繋がれ(アミド基−C(O)−NH−を形成)、リン酸結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に繋がれている(OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX);WV−2422では、L001は、−NH−を介してどのModにも繋がれていないが、−Hに繋がれ、リン酸結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に繋がれている(OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX)。
L003:
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リンカーであり、例示するように、そのアミノ基を介してMod(存在する場合)に繋がれ(Modがない場合は、−H、たとえば、WV−2426)、リン酸結合(OまたはPO)またはホスホロチオエート結合(ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合には;またキラル制御され、Sp立体配置を有する場合にはSp、キラル制御され、Rp立体配置を有する場合にはRpと示され得る)のいずれかを介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端(たとえば、WV−2407)または3’末端(たとえば、WV−8070)に繋がれている。たとえば、WV−2407では、L003は、アミノ基を介してMod001に繋がれ
(アミド基
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を形成)、リン酸結合を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に繋がれている(OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX);WV−2426では、L001は、−NH−を介してどのModにも繋がれていないが、−Hに繋がれ、リン酸結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に繋がれている(OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX);WV−8070では、L003は、アミノ基を介してMod001に繋がれ(アミド基
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を形成)、リン酸結合を介してオリゴヌクレオチド鎖の3’末端に繋がれている(…XXXXXXXXXXXXXXXXXXXO)。
m:2’−OMe
m5:5位のCにメチルがあるもの(核酸塩基は5−メチルシトシン)
m5Ceo:5−メチル2’−メトキシエチルC
OMe:2’−OMe
O、PO:ホスホジエステル(リン酸);末端基(典型的に「PO」;たとえば、WV−4260:POTfC…)または結合、たとえば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合などであり得る。
、PS:ホスホロチオエート;末端基(典型的に「PS」、たとえば、WV−2653:PSTfA…)または結合、たとえば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合などであり得る。
R、Rp:Rp立体配置におけるホスホロチオエート
S、Sp:Sp立体配置におけるホスホロチオエート
X:立体不規則的ホスホロチオエート
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、表に列記される1個以上の部分及び/または修飾、たとえば、上記されるもの(塩基修飾、糖修飾、修飾ヌクレオチド間結合、リンカー、5’末端基、追加部分(たとえば、標的化部分、炭水化物含有部分など)など)と、任意で、及び独立して、表(たとえば、表1Aのパート)に列記される結合/立体化学パターンとを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、表中の結合/立体化学パターンと、任意で、及び独立して、表に列記される1個以上の部分及び/または修飾とを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、表1Aに列記されるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、表1Aに列記されるまたは本明細書に別途記載される一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの例示的な特性が実証された。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、図1に例示される形式のいずれかの構造を有する。
一部の実施形態では、本開示は、標的遺伝子をノックダウンする能力を有する一本鎖のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、構造:
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
またはその塩を有するか、またはこれを含み、
式中:
N1〜N27の各々は独立して、ヌクレオシドであり、
PX0〜PX13の各々は独立して、ヌクレオチド間結合の構造を有し、
mz〜wzは独立して、0〜10であり、
−(N26−PX26−N27−PX27)yz−は、3’末端ジヌクレオチドであり、(CAP)zzは、3’末端キャップであり、yz及びzzは、0または1である。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド、たとえば、標的遺伝子をノックダウンする能力を有する一本鎖のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、構造:
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
またはその塩を有するか、またはこれを含み、
式中:
N1〜N27の各々は独立して、ヌクレオシド残基であり、
PX1〜PX26の各々は独立して、ヌクレオチド間結合であり、
PX0は、−H、−OH、−LPX−Hまたは−L−Hであり、
PXは、ヌクレオチド間結合の構造を有し、
Lは、本開示に記載するとおりであり、
PX27は、zzが0であるとき−H、−OH、−LPX−Hまたは−L−Hであり、zzが0でないとき−O−、−LPX−または−L−であり、
mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、及びwzは独立して、0〜10であり、
N26−PX26−N27−PX27は、3’末端ジヌクレオチドであり、
CAPは、3’末端キャップであり、
yz及びzzは独立して、0または1である。
一部の実施形態では、yz=1及びzz=0、またはyz=0及びzz=1のいずれかである。
一部の実施形態では、mz、nz及びpzの各々は、0〜10の整数であり、mz+nz+pzの合計は、8〜20の整数である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15の総塩基を含む。
一部の実施形態では、(a)mz、nzまたはpzのうちの少なくとも1つは、1以上であり、及びPX9、PX10またはPX11のうちの少なくとも1つは、ホスホジエステルである、(b)mz、nzまたはpzのうちの少なくとも1つは、1以上であり、及びPX9、PX10またはPX11のうちの少なくとも1つは、ホスホロチオエートである、(c)N13は、脱塩基ヌクレオシド及び/または2’−修飾であるヌクレオシドである、及び/または(d)N12は、2’−デオキシヌクレオシドである。
一部の実施形態では、標的遺伝子をノックダウンすることは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現、安定性及び/または活性を減少させるステップを含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子をノックダウンすることは、標的遺伝子mRNAの発現、安定性及び/または活性を減少させるステップを含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子をノックダウンすることは、RNA干渉を介して、標的遺伝子mRNAの発現、安定性及び/または活性を減少させるステップを含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子をノックダウンすることは、RNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子mRNAの発現、安定性及び/または活性を減少させるステップを含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子をノックダウンすることは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子mRNAの発現、安定性及び/または活性を減少させるステップを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖のオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を誘導する能力を有し、ここでオリゴヌクレオチドは、構造:
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
を有するか、またはこれを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、複数のヌクレオシド(それぞれ独立して、N1〜N27のいずれかによって表される)と、複数のヌクレオチド間結合(それぞれ独立して、PX0〜PX12のいずれかによって表される)とを含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、3’末端ジヌクレオチド(N26−PX26−N27−PX27)yzを含み、3’末端キャップを含まない(式中、yz=1及びzz=0)。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、3’末端キャップ(CAP)zzを含み、3’末端ジヌクレオチド(N26−PX26−N27−PX27)yzを含有せず、ならびにyz=0及びzz=1である。
一部の実施形態では、PX0〜PX13のいずれも、ホスホジエステル、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエート、または本明細書に記載されるもしくは当分野に公知のヌクレオチド間結合の任意の修飾形態またはバリアントから独立して選択されるヌクレオチド間結合であり得る。一部の実施形態では、ホスホロチオエートは、不規則である(この場合、オリゴヌクレオチド組成物は、当該位置のホスホロチオエートにRpとSpの両方のキラリティーを有する、オリゴヌクレオチドを含む)。一部の実施形態では、ホスホロチオエートは、キラル制御されている(この場合、オリゴヌクレオチド組成物は、複数もしくは大部分のオリゴヌクレオチドが、この位置のホスホロチオエートにSpキラリティーを有するか、または複数もしくは大部分のオリゴヌクレオチドが、当該位置のホスホロチオエートにRpキラリティーを有する、オリゴヌクレオチドを含む)。
一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの1つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの2つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの3つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの4つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの5つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの6つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの7つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの8つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの9つ以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの10個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの11個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの12個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの13個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの14個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの15個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの16個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの17個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの18個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの19個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの20個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの21個以上がSpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの2つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの3つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの4つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの5つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの6つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの7つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの8つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの9つ以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの10個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの11個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの12個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの13個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの14個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの15個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの16個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの17個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの18個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの19個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの20個以上がRpホスホロチオエートである。一部の実施形態では、PX0〜PX13のうちの21個以上がRpホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、N1〜N27の各々は独立して、ヌクレオシドである。一部の実施形態では、ヌクレオシドは、2’−修飾ヌクレオシドまたは脱塩基ヌクレオシド(糖を含むが核酸塩基を欠く)である。
一部の実施形態では、N1〜N27のうちの1つ以上が脱塩基ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの1つ以上が2’−デオキシヌクレオシド(DNA)である。N1〜N27のうちの2つ以上が2’−デオキシヌクレオシド(DNA)である。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの1つ以上が2’−修飾ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの5つ以上が2’−修飾ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの10個以上が2’−修飾ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの15個以上が2’−修飾ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの20個以上が2’−修飾ヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの1つ以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの5つ以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの10個以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの15個以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの20個以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの21個以上が2’−Fヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの1つ以上が2’−OMeヌクレオシドである。一部の実施形態では、N1〜N27のうちの10個以上が2’−OMeヌクレオシドである。
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’の構造の一本鎖RNAi剤の様々な例は、本明細書、たとえば、表1Aならびに各図及び各表に開示される。これらの一本鎖RNAi剤、及び様々な構造的要素の様々な非限定的な例は、以下及び本明細書に記載される。これらの構造的要素としては、5’末端構造、5’末端領域、シード領域、標的配列、及び長さ、3’末端領域、ならびに一本鎖RNAi剤に複合体化される任意選択部分が挙げられるが、これらに限定されない。
本開示は、一本鎖RNA干渉を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドの多くの非限定的な例(たとえば、一本鎖RNAi剤)を提示する。実際、実験データ(図示せず)は、想定される様々な一本鎖RNAi剤がRNA干渉を介在する能力を有することを示した。いくつかの実験では、RNA被験基質WV−2372(APOC3)の使用を含む、in vitro Ago−2アッセイを使用した。RNA被験基質を表すバンドは、オリゴヌクレオチドWV−1308及びWV−2420の存在下では存在せず、これは、これらのオリゴヌクレオチドが、RNA干渉を介在する能力を有する一本鎖RNAi剤であることを示す。残りのレーンは対照である:陰性対照ASO WV−2134の非存在下における基質、陰性対照ASO WV−2134の存在下における基質(RNA干渉を介在せず)、被験オリゴヌクレオチドWV−1308の非存在下における基質、被験オリゴヌクレオチドWV−2420の非存在下における基質、基質単独、基質なしでWV−2134追加、及び基質なしでWV−1308追加。また、Hep3B細胞における3’RACEアッセイで、APOC3 mRNAを被験基質として使用して、in vitro Ago−2アッセイを実施した(データ図示せず)。被験オリゴヌクレオチドWV−3021の存在下でAPOC3 mRNAの切断産物が検出され、当該産物は、WV−3021の位置10と位置11の間での切断に対応する部位でのmRNAの切断に対応した。人工的な切断産物も検出された。実験データ(図示せず)は、二重機序のオリゴヌクレオチドWV−2111がRNase HとRNA干渉の両方によるノックダウンを介在する能力を有することを示した。実験では、いくつかのオリゴヌクレオチドがRNA干渉を介在する能力を有した。RNA被験基質は、WV−2372であった。実験は、被験オリゴヌクレオチドWV−1308、WV−2114、WV−2386、及びWV−2387の存在下でRNA被験基質が消失することを示した。これは、これら全てのオリゴヌクレオチドが、RNA干渉を介在する一本鎖RNAi剤として機能する能力を有することを示している。残りのレーンは対照である。したがって、実験は、オリゴヌクレオチドWV−1308、WV−2114、WV−2386、及びWV−2387が全てRNA干渉を介在できることを示した。したがって、実験は、いくつかの一本鎖RNAi剤(たとえば、WV−1308、WV−2420、WV−3021、WV−2111、WV−2114、WV−2386、及びWV−2387)がRNA干渉を介在できることを示した。本開示は、様々な配列、形式、修飾、5’末端領域、シード領域、ポストシード領域、及び3’末端領域のいずれかを有し、一本鎖RNA干渉を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドの多くの非限定的な例(たとえば、一本鎖RNAi剤)を提示する。
オリゴヌクレオチドの形式
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその一部またはその構造的要素を有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド(ssRNAi剤またはssRNAi)は、以下の構造によって表される:
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’。
一部の実施形態では、ssRNAiは、図1に示される形式を有する。
形式1のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−4270。
形式2のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−4271、及びWV−3122。
形式3のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2696。
形式4のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2716。
形式5のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2717。
形式6のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2146。
形式7のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2155。
形式8のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1831。
形式9のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2110。
形式10のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2112。
形式11のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1275。
形式12のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1307。
形式13のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1830。
形式14のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1829。
形式15のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−1277。
形式16のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2721。
形式17のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−4010。
形式18のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−4011、及びWV−4017。
形式19のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5301。
形式20のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2712。
形式21のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2713。
形式22のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−3068。
形式23のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−3245、及びWV−3248。
形式24のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−3249。
形式25のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−3532。
形式26のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2652。
形式27のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2653。
形式28のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2654。
形式29のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6766。
形式30のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2157、WV−2113、及びWV−2149。
形式31のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2148、及びWV−2156。
形式32のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−3069。
形式33のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2818。
形式34のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5297。
形式35のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5292、及びWV−5293。
形式36のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5288、及びWV−5289。
形式38のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6035。
形式39のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5298、及びWV−5299。
形式40のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5294、及びWV−5295。
形式41のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6439、及びWV−7542。
形式42のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6765、及びWV−6763。
形式43のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6731。
形式44のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6458。
形式45のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6459。
形式46のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6460。
形式47のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6461。
形式48のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6462。
形式49のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6463。
形式50のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6464。
形式51のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6465。
形式52のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6466。
形式53のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6467。
形式54のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6468。
形式55のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6469。
形式56のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6470。
形式57のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6496。
形式58のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6497。
形式59のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6498。
形式60のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6499。
形式61のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6500。
形式62のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6501。
形式63のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6502。
形式64のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6503。
形式65のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7521、及びWV−7522。
形式66のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7523、及びWV−7524。
形式67のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7525。
形式68のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7526。
形式69のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7527、及びWV−7528。
形式70のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7540、及びWV−7543。
形式71のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7544。
形式72のssRNAiの非限定的な例としては、WV−6432が挙げられる。
形式73のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6433。
形式74のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6434。
形式75のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6435。
形式76のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6436。
形式77のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6437。
形式78のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6438。
形式79のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7635、WV−7636、WV−7643、及びWV−7644。
形式80のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7637、WV−7638、WV−7645、及びWV−7646。
形式81のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7639、WV−7640、WV−7647、及びWV−7648。
形式82のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7641、WV−7642、WV−7649、及びWV−7650。
形式79〜82のいくつかでは、5’−Meは、5’−(R)−Meまたは5’−(S)−Meであってもよい。
形式83のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−5300。
形式84のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6416。
形式85のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6417。
形式86のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6418。
形式87のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6426。
形式88のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6427。
形式89のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6428。
形式90のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−4949。
形式91のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−6035。
形式92のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2718。
形式93のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2719。
形式94のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2714。
形式95のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2715。
形式96のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2386。
形式97のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2655。
形式98のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2656。
形式99のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2657。
形式100のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2658。
形式101のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2111。
形式102のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2153。
形式103のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−2819。
形式104のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7302。
形式105のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7303。
形式106のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7304。
形式107のssRNAiの非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7305。
様々なssRNAi形式の追加の非限定的な例は、本明細書に記載される様々な一本鎖RNAi剤によって具体化される。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の5’末端によって表される、5’末端を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の5’末端構造または5’末端領域によって表される、5’末端構造または5’末端領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の5’ヌクレオチドによって表される、5’ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の5’ヌクレオシドによって表される、5’ヌクレオシドを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のシード領域によって表される、シード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域によって表される、ポストシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域またはその構成要素によって表される、ポストシード領域またはその構成要素を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の3’末端ジヌクレオチドによって表される、3’末端ジヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のシード領域のヌクレオチド間結合のパターンによって表される、ヌクレオチド間結合のパターンを有するシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域のヌクレオチド間結合のパターンによって表される、ヌクレオチド間結合のパターンを有するポストシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域またはその構成要素のヌクレオチド間結合のパターンによって表される、ヌクレオチド間結合のパターンを有するポストシード領域またはその構成要素を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の3’末端ジヌクレオチドのヌクレオチド間結合のパターンによって表される、ヌクレオチド間結合のパターンを有する3’末端ジヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のシード領域の化学修飾パターンによって表される、化学修飾パターンを有するシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域の化学修飾パターンによって表される、化学修飾パターンを有するポストシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意のポストシード領域またはその構成要素の化学修飾パターンによって表される、化学修飾パターンを有するポストシード領域またはその構成要素を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の3’末端ジヌクレオチドの化学修飾パターンによって表される、化学修飾パターンを有する3’末端ジヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式または本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi剤もしくは一本鎖RNAi形式の任意の化学修飾によって表される、化学修飾を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示されるまたは本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi形式の任意の化学修飾によって表される化学修飾を含み、ここで、化学修飾は、リン酸、リンカー、または標的化部分を含む部分の複合体化である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、図1に示されるまたは本明細書に記載される任意の一本鎖RNAi形式の任意の化学修飾によって表される化学修飾を含み、ここで、化学修飾は、リン酸、リンカー、または標的化部分を含む部分の複合体化であり、標的化部分は、GalNAc部分を含む。一部の実施形態では、GalNAcは、保護されたGalNAcまたは脱保護されているGalNAcである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子及び/またはその遺伝子産物の発現、活性及び/またはレベルを減少させる能力を有し、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの形式を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性機序または翻訳の立体障害に関係する機序を介して、標的遺伝子及び/またはその遺伝子産物の発現、活性及び/またはレベルを減少させる能力を有し、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの形式を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性機序または翻訳の立体障害に関係する機序を介して、標的遺伝子及び/またはその遺伝子産物の発現、活性及び/またはレベルを減少させる能力を有し、非対称形式を有する。一部の実施形態では、非対称形式を有するオリゴヌクレオチドは、第1のウィング、コア及び第2のウィングを含み、コアは、標的mRNAにアニーリングして、RNaseHによって認識される構造を形成する能力を有する5つ以上連続する2’−デオキシヌクレオチドの領域を含み、第1及び第2のウィングの構造は異なる。一部の実施形態では、第1及び第2のウィングは、それらの2’−修飾及び/またはヌクレオチド間結合、もしくはヌクレオチド間結合の立体化学のパターンが異なる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子及び/またはその遺伝子産物の発現、活性及び/またはレベルを減少させる能力を有し、中性ヌクレオチド間結合(たとえば、中性骨格)を含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性骨格を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、トリアゾール、中性トリアゾール、またはアルキンであるか、またはこれを含む、ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、核酸(限定されないが、オリゴヌクレオチドを含む)は、トリアゾール、中性トリアゾール、またはアルキンを含むヌクレオチド間結合を含み、ここで、ヌクレオチド間結合は、立体制御されており、RpまたはSpの立体配置である。一部の実施形態では、トリアゾールを含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の式を有する。一部の実施形態では、中性トリアゾールを含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の式を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、アルキンを含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
の式を有し、式中、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、環式グアニジンを含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、環式グアニジンを含み、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、中性ヌクレオチド間結合または環式グアニジンを含むヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御されている。一部の実施形態では、中性ヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチドの活性、送達及び/もしくは安定性、及び/またはオリゴヌクレオチドがエンドソーム脱出を実施する能力を改善する。
オリゴヌクレオチドの長さ
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意の長さを有し得、ここで、オリゴヌクレオチドの長さは、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような長さである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの長さは、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような長さである。
一部の実施形態では、RNAi剤の長さは、RNAi剤が配列特異的な様式で特定の標的転写産物のRNA干渉を誘導する能力を有するような長さである。一部の実施形態では、RNAi剤は、標的転写産物を認識するのに十分な同一性の十分な数の核酸塩基を含む。一部の実施形態では、RNAi剤はまた、RNAi干渉を介在するのに適した長さである。
配列の標的部分は、少なくとも、その位置で、またはその位置近傍で、iRNA誘導切断の基質として機能するのに十分な長さである。たとえば、標的配列は、一般に、約9〜36ヌクレオチド(「nt」)の長さ、たとえば、約15〜30ヌクレオチドの長さであり、その間の全ての部分範囲を含む。
非限定的な例として、標的配列は、約15〜30nt、約15〜26nt、約15〜23nt、約15〜22nt、約15〜21nt、約15〜20nt、約15〜19nt、約15〜18nt、約15〜17nt、約18〜30nt、約18〜26nt、約18〜23nt、約18〜22nt、約18〜21nt、約18〜20nt、約19〜30nt、約19〜26nt、約19〜23nt、約19〜22nt、約19〜21nt、約19〜20nt、約20〜30nt、約20〜26nt、約20〜25nt、約20〜24nt、約20〜23nt、約20〜22nt、約20〜21nt、約21〜30nt、約21〜26nt、約21〜25nt、約21〜24nt、約21〜23nt、または約21〜22ntであり得る。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、19塩基未満、20塩基未満、21塩基未満、22塩基未満、23塩基未満、24塩基未満、25塩基未満、26塩基未満、27塩基未満、28塩基未満、29塩基未満、30塩基未満、31塩基未満、32塩基未満、33塩基未満、34塩基未満、35塩基未満、36塩基未満、37塩基未満、38塩基未満、39塩基未満、40塩基未満、41塩基未満、42塩基未満、43塩基未満、44塩基未満、45塩基未満、46塩基未満、47塩基未満、48塩基未満、49塩基未満または50塩基未満の長さである(本明細書で使用される「塩基」という用語は、塩基の任意の組み合わせを含む)。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、19塩基超、20塩基超、21塩基超、22塩基超、23塩基超、24塩基超、25塩基超、26塩基超、27塩基超、28塩基超、29塩基超、30塩基超、31塩基超、32塩基超、33塩基超、34塩基超、35塩基超、36塩基超、37塩基超、38塩基超、39塩基超、40塩基超、41塩基超、42塩基超、43塩基超、44塩基超、45塩基超、46塩基超、47塩基超、48塩基超、49塩基超または50塩基超の長さである。
様々な長さの一本鎖RNAi剤の例は、表1Aに示される。
図1は、19〜25の長さを有する一本鎖RNAi剤の非限定的な例を例示する。これらの長さの各々のいずれかを有する一本鎖RNAi剤を構築し、これらが標的遺伝子をノックダウンする能力があることがわかった。したがって、提供される一本鎖RNAi剤は、様々な異なる長さのいずれかであり得る。
19塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、図1の形式20〜21が挙げられる。
19塩基長であるssRNAi剤の非限定的な例としては、表20のWV−2712及びWV−2713が挙げられる。
20塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、図1の形式19が挙げられる。
20塩基長であるssRNAi剤の非限定的な例としては、表36のWV−5300及び表37のWV−5301が挙げられる:。
21塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、図1の形式1〜18、22〜30、及び34〜38が挙げられる。
23塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、図1の形式39〜43が挙げられる。23塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、WV−5298、WV−5299、WV−5294、WV−5295、WV−6439、WV−7542、WV−6765、WV−6763、及びWV−6731が挙げられる。
25塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、図1の形式31〜33が挙げられる。25塩基長であるssRNAi剤の形式の非限定的な例としては、WV−2148、WV−2156、WV−3069、WV−2818が挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の長さを含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の長さを含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドのGC含量
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意のGC含量を有し得、ここで、オリゴヌクレオチドのGC含量は、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような量である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドのGC含量は、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような量である。
一部の実施形態では、RNAi剤のGC含量は、RNAi剤が配列特異的な様式で特定の標的転写産物のRNA干渉を誘導する能力を有するような量である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、高GC含量を有する。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、高GC含量を有する。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、高GC含量を有する。
本明細書に提示されるデータは、本明細書に開示される形式を有するものを含むssRNAi剤が高GC含量を有し得ることを示す。
一部の例では、一本鎖RNAi剤は、二本鎖RNAi剤よりも高いGC含量を有し得る。たとえば、Khvorovaらの米国特許第7,507,811号は、二本鎖RNAi剤を設計するための基準を報告している。この特許は、以下の基準、たとえば、低GC含量、好ましくは、約30〜52%の間を含む基準の1つ以上を最大化することによって、合理的に設計された二本鎖siRNAを同定できると報告している。当該特許はまた、GC含量は、二本鎖のsiRNA二重螺旋の巻き戻しを容易にするために重要であり得、この二重螺旋の巻き戻しは、in vivoにおけるsiRNAの機能性に重要であることが示されていることも報告している。また同様にdsRNAiのGC含量が30〜52%の範囲であることを報告している、Reynolds et al.2004 Nature Biotech.22:326−330も参照のこと。
しかしながら、アンチセンス鎖とセンス鎖の二重螺旋の巻き戻しは、一本鎖RNAi剤の機能性にとっては、一本鎖RNAi剤にセンス鎖がないため、必要ではない。
本明細書に示されるデータは、52%よりも高いGC含量で有効なssRNAi剤を示している。本開示は、GC含量が最大74%までの有効な一本鎖RNAi剤が、in vitroでRNA干渉を誘導する能力を有することを示している。
二本鎖RNAiと比較して、一本鎖RNAiの好適なGC含量範囲が大きくなると、より多くの潜在的な標的配列を探索することが可能になる。したがって、一本鎖RNAi剤における使用に対して、二本鎖RNAi剤よりも高いGC含量範囲での潜在的な標的配列を探求することができる。
非限定的な例として:
GC含量が74%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例を構築したところ、in vitroで、Cos7細胞の標的遺伝子に対してRNA干渉を誘導する能力を有することがわかった(データ図示せず)。
GC含量が70%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例を構築したところ、in vitroで、Cos7細胞の標的遺伝子に対してRNA干渉を誘導する能力を有することがわかった(データ図示せず)。
GC含量が62%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表4CのWV−4017、表4CのWV−4016、表32のWV−3137、表12のWV−1831、表12のWV−1830、表12のWV−1829;表12のWV−1828、表12のWV−1277、及び表12のWV−1275が挙げられる。
GC含量が57%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表7A及び表4DのWV−4275、表7A及び表4DのWV−4274、表4DのWV−4269、表4CのWV−4015、表4CのWV−4014、表4BのWV−4009、表4BのWV−4007、表3BのWV−2146、表3AのWV−2112、表3CのWV−2148、ならびに表3AのWV−2113が挙げられる。
本明細書に開示される追加の有効なssRNAi剤は、最低32%までのGC含量範囲を有する。
GC含量が52%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表4DのWV−4273、表4DのWV−4272、表4DのWV−4271、表4DのWV−4270;表4CのWV−4013、表4CのWV−4012、表4BのWV−4011、表4BのWV−4010、表4AのWV−3762、表4AのWV−3761、表3BのWV−2147、及び表3CのWV−2149が挙げられる。
GC含量が48%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表25のWV−3069、表26のWV−2820、表24のWV−2157、表24のWV−2156、表21のWV−2111、及び表38のWV−6763が挙げられる。
GC含量が44%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表69BのWV−7469、表69AのWV−7468、表69AのWV−7466、表69AのWV−7465、表68のWV−7464、及び表68のWV−7462が挙げられる。
GC含量が43%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表40及び表41のWV−6766、表37のWV−5296、表37のWV−5292、表37のWV−5288、ならびに表40及び表41のWV−4161が挙げられる。
GC含量が40%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表18のWV−2134、及び表67のWV−4064が挙げられる。
GC含量が38%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、本明細書に開示される多くの他の有効なssRNAi剤に加えて、表36のWV−3242、表36のWV−5297、表36のWV−5293、及び表36のWV−5289が挙げられる。
GC含量が36%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表29CのWV−2152、及び表29CのWV−2114が挙げられる。
GC含量が35%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表20のWV−2714、表36のWV−5291、表39のWV−6765、表39のWV−6764、及び表36のWV−5299が挙げられる。
GC含量が33%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表66のWV−4051、及び表22のWV−2699が挙げられる。
GC含量が32%である有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表29のWV−2153が挙げられる。
したがって、本開示は、GC含量が70%〜33%である有効な一本鎖RNAi剤について記載する。
一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約32%〜約74%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約32%〜約70%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも32%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約74%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約70%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約62%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約61%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約57%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約52%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約48%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約44%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約43%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約62%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約61%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約57%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約52%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約48%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約44%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約43%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約38%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約36%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約33%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約32%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約70%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約65%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約60%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約55%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約50%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約45%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大約35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約65%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約60%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約55%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約50%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約45%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも約30%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約50%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約45%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約55%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約40%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約35%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約50%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約45%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約40%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約35%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約65%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約60%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約55%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約50%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約45%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約40%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約35%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、約32%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大70%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大62%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大61%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大57%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大52%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大48%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大44%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大43%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも62%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも61%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも57%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも52%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも48%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも44%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも43%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも38%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも36%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも33%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも32%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大70%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大65%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大60%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大55%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大50%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大45%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最大35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも65%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも60%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも55%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも50%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも45%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも40%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも35%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも30%のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、50%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、45%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、55%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、40%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、35%〜60%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、50%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、45%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、40%〜65%の間のGC含量を有
する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、35%〜65%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、65%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、60%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、55%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、50%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、45%〜74%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、40%〜70%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、35%〜70%の間のGC含量を有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、32%〜70%の間のGC含量を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のGC含量、例えば、限定されないが、32〜74%を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のGC含量を含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
長いGCストレッチを有するオリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意の長さの最長GCストレッチを有し得、ここで、オリゴヌクレオチドの最長GCストレッチの長さは、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような長さである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの最長GCストレッチの長さは、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような長さである。
一部の実施形態では、RNAi剤の最長GCストレッチの長さは、RNAi剤が配列特異的な様式で特定の標的転写産物のRNA干渉を誘導する能力を有するような長さである。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、長いGCストレッチを有し、ここで、GCストレッチは、本明細書において、すべての塩基がGもしくはCまたはGもしくはCのバリアントのいずれかである塩基の配列として定義される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、GCストレッチを少なくとも6nt(たとえば、連続する6塩基がGもしくはCまたはGもしくはCのバリアント)、7nt、8nt、9nt、10nt、11nt、12nt、または13nt有する。
本明細書に提示されるデータは、本明細書に開示される形式を有するものを含むssRNAi剤が長いGCストレッチを有し得ることを示す。一部の例では、一本鎖RNAi剤は、二本鎖RNAi剤よりも長いGCストレッチを有し得る。
たとえば、Naito et al.2004 Nucl.Acids Res.32:W124−W129は、ルールにより、9bpの長さを超える任意のGCストレッチが存在しないことを含む、いくつかの条件を同時に満たす(二本鎖)siRNAが、きわめて効果的なRNAiを哺乳類細胞及びニワトリ胚で生じることが示されると報告している。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、長いGCストレッチにより、RNAi剤の総GC含量を増加させることができることを示す。また上記したとおり、Khvorovaらの米国特許第7,507,811号は、以下の基準、たとえば、低GC含量、好ましくは、約30〜52%の間を含む基準の1つ以上を最大化することによって、合理的に設計された二本鎖siRNAを同定できると報告している。また同様にdsRNAiのGC含量が30〜52%の範囲であることを報告している、Reynolds et al.2004 Nature Biotech.22:326−330も参照のこと。
本開示は、9ntの長さを超えるGCストレッチを有する有効な一本鎖RNAi剤を構築することができることを示す。
非限定的な例として、構築した後、in vitroで、Cos7細胞の標的遺伝子に対してRNAi干渉を誘導する能力を有することがわかった有効な一本鎖RNAi剤は、11ntのGCストレッチを有している(データ図示せず)。
したがって、本開示は、一本鎖RNAi剤が長いGCストレッチを含むことができることを示す。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、本明細書に示されるような一本鎖RNAi剤が最大GC含量及び最大GCストレッチ長による制約を受けにくいという事実により、一本鎖RNAi剤の潜在的な標的として、二本鎖RNAi剤よりも多くの可能なmRNA配列を探索することが可能になることを述べる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の長いGCストレッチを含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の長いGCストレッチを含み得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一本鎖RNAi剤を含むオリゴヌクレオチドの5’末端
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’ヌクレオシド、または5’ヌクレオチドを含み得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端の構造は、オリゴヌクレオチドが標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの減少を誘導する能力を有するような構造である。
一部の実施形態では、RNAi剤の5’末端の構造は、RNAi剤が配列特異的な様式で特定の標的転写産物のRNA干渉を誘導する能力を有するような構造である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’末端ヌクレオシド、または5’末端ヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’末端ヌクレオシド、または5’末端ヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、RNA干渉を誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’末端ヌクレオシド、または5’末端ヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の5’末端領域、5’末端構造、5’末端基、5’末端ヌクレオシド、または5’末端ヌクレオチドを含み得る。
とりわけ、本開示は、任意で追加の特徴と組み合わせた、本開示によるオリゴヌクレオチドの5’末端構造が、予想外の利点を提供することができることを認めるものである。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性及び/または活性(たとえば、安定性、活性、製造コストなど)を驚くほど改善することができる5’末端基(天然RNAに見出されるリボース(または天然DNAに見出されるデオキシリボース)の5’−HO−CH−に対応する)を提供する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’−OH基は、修飾されておらず、すなわち、遊離−OHとして存在する。一部の実施形態では、5’末端基は、5’−HO−CH−である。とりわけ、本開示は、ある特定の活性、たとえば、RNAi活性には、5’リン酸基の存在が必要であるという文献の報告にもかかわらず、遊離5’−OH基を有する提供されるオリゴヌクレオチドが、5’リン酸(またはその誘導体)基を含むこと以外の点では同一のオリゴヌクレオチドに匹敵する特性及び/または活性(たとえば、ss−RNAi剤として使用した場合の安定性、RNAi活性など)を達成する能力を有することを示す。
一部の実施形態では、5’末端基は、リン原子を含まない。一部の実施形態では、5’末端基は、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体を含まない。一部の実施形態では、5’末端基は、酸性基を含まない。一部の実施形態では、5’末端基は、カルボキシル基を含まない。一部の実施形態では、5’末端は、リン原子もカルボキシル基も含まない。一部の実施形態では、5’末端基は、5’−HO−CH−である。とりわけ、本開示は、5’リン酸またはその誘導体もしくは生物学的等価体を有さない提供されるオリゴヌクレオチドが、驚くべきことに、5’リン酸を有すること以外では同一であるオリゴヌクレオチドに匹敵する活性、たとえば、RNAi経路を介した標的遺伝子のmRNAレベルのノックダウンを達成する能力を有することを示す。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’ヌクレオシド単位(糖部分及び核酸塩基部分を含むが、5’ヌクレオシド単位と5’末端から2番目のヌクレオシド単位との間のヌクレオチド間結合は含まない)は、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体を含まない。一部の実施形態では、5’ヌクレオシド単位は、リン原子を含まない。一部の実施形態では、5’ヌクレオシドは、酸性基を含まない。一部の実施形態では、5’ヌクレオシド単位は、−COOH基またはその塩形態を含まない。
一部の実施形態では、5’末端基は、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、5’ヌクレオシド単位は、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である5’基を含む。当分野の当業者により認識されるように、そのような基は多くが当分野で公知であり、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、5’末端基は、−CH−O−P(O)(OH)−(OH)またはその塩形態である。
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、式5−Iの構造:
Figure 2020522510

またはその塩形態を有し、式中:
は、5’末端基であり、
BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、ならびに修飾核酸塩基部分から選択される、任意で置換される基であり、
各R1sは独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−OR’、−SR’、−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり;
tは、0〜20であり、
環Aは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択されるから独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式、二環式または多環式の環であり、
Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられ、
各Cyは独立して、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基であり、
各R’は独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、及び
各Rは独立して、−Hであるか、またはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であるか、または
2つのR基は任意で、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または:
同一原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その原子と一緒になって、その原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成するか、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その介在する原子と一緒になって、その介在する原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成する。
一部の実施形態では、5’末端基Rは、−C(R5sの構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、式5−I−1の構造:
Figure 2020522510

またはその塩形態を有し、式中:
BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、ならびに修飾核酸塩基部分から選択される、任意で置換される基であり、
1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの各々は独立して、Rであり、
各Rは独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられ、
各Cyは独立して、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基であり、
各R’は独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、及び
各Rは独立して、−Hであるか、またはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であるか、または
2つのR基は任意で、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または:
同一原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その原子と一緒になって、その原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成するか、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その介在する原子と一緒になって、その介在する原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Lは、L5sであり、式中、L5sは、共有結合であるか、または任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状のC1−30脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、または−C(O)O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。
一部の実施形態では、5’末端基−C(R5sは、−C(R’)−L−OR’の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−C(R5sは、−C(R’)−L−OHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−C(R5sは、−C(R’)−L−OHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりであり、−C(R5sは、リン原子を含まない。一部の実施形態では、−C(R5sは、−C(R’)−L−OHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりであり、−C(R5sは、リン原子も酸性基も含まない。一部の実施形態では、−C(R5sは、−C(R’)−L−OHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりであり、−C(R5sは、リン原子もカルボン酸基も含まない。一部の実施形態では、−C(R5sは、−CHOHである。
一部の実施形態では、5’末端基Rは、−L−PDBの構造またはその塩形態を有し、式中、Lは独立して、本開示に記載されるとおりであり、PDBは、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−PDBの構造またはその塩形態を有し、式中、Lは独立して、本開示に記載されるとおりであり、PDBは、リン酸基、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OR)またはその塩形態であり、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OR)(H)またはその塩形態であり、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OR)(SR)またはその塩形態であり、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)(OR)またはその塩形態であり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−Hである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、n−プロピルである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)(OCHCHCH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)(OCHCHCH)またはその塩形態である。
一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)(R)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(R)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(H)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Xは、OまたはSである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)(R)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SR)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OR)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)またはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、二価の任意で置換されるC1−10脂肪族基である。一部の実施形態では、Lは、二価の任意で置換されるC1−10アルキレンである。一部の実施形態では、Lは、二価のC1−10アルキレンである。一部の実施形態では、Lは、−CHC(CHCH−である。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−CHC(CHCH−O−P(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−CHC(CHCH−O−P(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、PDBは、−OP(O)(SH)−O−CHC(CHCH−O−P(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。
一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OR)の構造またはその塩形態を有し、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(SR)の構造またはその塩形態を有し、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OR)(SR)の構造またはその塩形態を有し、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OR)(R)の構造またはその塩形態を有し、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OH)の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OH)(SH)の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CH−OP(O)(OH)Hの構造またはその塩形態を有する。
一部の実施形態では、5’−OHは、リン酸化されていない。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−C(R5sOHの構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−C(R)OHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、5’末端基Rは、−CHOHの構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、各Rは、−Hである。一部の実施形態では、R2s及びR4sは、その介在する原子と一緒になって、本開示に記載されるような環を形成する。一部の実施形態では、R2sは、−Fまたは−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−Fであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2s及びR2sは両方ともHである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるピリミジン核酸塩基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるシトシンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるチミンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるウラシルである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、5’末端基Rは、−L−R5sの構造またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−CHOCHである。一部の実施形態では、Rは、−CHFである。一部の実施形態では、Rは、−CHOHである。一部の実施形態では、Rは、−CHである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、式5−I−2の構造:
Figure 2020522510

またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、R2s及びR4sは、その介在する原子と一緒になって、本開示に記載されるような環を形成する。一部の実施形態では、R2sは、−Fまたは−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−Fであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2s及びR2sは両方ともHである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるピリミジン核酸塩基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるシトシンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるチミンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるウラシルである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、5’末端基Rは、−L−P5s−L−R5sの構造またはその塩形態を有し、式中、P5sは、式Iの構造:
Figure 2020522510

またはその塩形態を有する基であり、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−PDBである。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(XR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(OH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(OH)(SH)またはその塩形態である。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、式5−Iの構造:
Figure 2020522510

またはその塩形態を有し、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−Z−P(O)(XR)−Y−R5sまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−Z−P(O)(OR)−Y−R5sまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、Rは、−Z−P(O)(OR)−Y−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、Rは、−Z−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、Rは、−C(R)−O−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−CHR−O−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6ハロ−アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、−CH(CH)−O−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−X−Hまたはその塩形態であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、R2s及びR4sは、その介在する原子と一緒になって、本開示に記載されるような環を形成する。一部の実施形態では、R2sは、−Fまたは−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−Fであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2sは、−ORであり、R4sは、−Hである。一部の実施形態では、R2s及びR2sは両方ともHである。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるピリミジン核酸塩基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるシトシンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるチミンである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるウラシルである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、Xは、Oである。一部の実施形態では、Xは、Sである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−S−Hまたはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−O−Hまたはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−S−Hまたはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(CH)−O−P(O)(OH)−O−Hまたはその塩形態である。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する。
当分野の当業者により容易に認識されるように、提供される化合物、たとえば、オリゴヌクレオチド、またはその部分構造、たとえば、オリゴヌクレオチドの5’末端構造、ヌクレオチド間結合などは、部分的に、場合によっては主に、たとえば、その中の1つ以上の酸性部分及び/または塩基性部分に起因して、ある特定のpH、たとえば、生理的なpHで、1つ以上のその塩形態として存在し得る。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、部分的に、場合によっては主に、1つ以上のその塩形態として存在し得る。たとえば、pHに応じて、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
またはこれらの組み合わせとして存在し得る。特に明記しない限り、提供される化合物または構造が列挙される場合、全ての塩形態が含まれる。
一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(XR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、各Xは独立して、−O−、−S−、または共有結合である。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(OR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(OR)(SR)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(OR)(R)またはその塩形態である。一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、または任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状のC1−6脂肪族であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−O−、−S−または−N(R’)−と置き換えられる。一部の実施形態では、Rは、−L−R5sである。一部の実施形態では、Rは、−X−L−Rである。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、R中のXは、−C(R)−である。一部の実施形態では、Xは、−O−である。一部の実施形態では、Xは、−S−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される、二価または多価の
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
基を含む。一部の実施形態では、Rは独立して、−H、またはC1−10アルキル、C1−10アリル、及びC6−14アリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Rは、−Hである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
多くのリン酸誘導体及び/または生物学的等価体、ならびに5’ヌクレオシド単位が文献に記載されており、本開示に従って利用することができ、たとえば、いくつかのそのような構造は、たとえば、US2016−0194349、US2016−0186175、US20130323836などに記載されている。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、US2016−0186185の
Figure 2020522510
の構造を式Icの一部として、または
Figure 2020522510
を式IIdの一部として、または
Figure 2020522510
を式IIeの一部として、または
Figure 2020522510
を式Ibの一部として有し、当該特許出願は、他の好適な構造及びより具体的な例についても記載している。一部の実施形態では、5’リン酸誘導体は、US2016−0186185の
Figure 2020522510
の構造を有し、当該特許出願は、他の好適な構造及びより具体的な例についても記載している。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、WO2011/133871の
Figure 2020522510
式(1)、または
Figure 2020522510
式(2)、または
Figure 2020522510
式(3)、または
Figure 2020522510
式(4)に記載されているようなヌクレオシドであり、当該特許出願は、他の好適な構造及びより具体的な例についても記載している。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、WO2011/133871の
Figure 2020522510
もしくは
Figure 2020522510
(式1−aの一部として)、または
Figure 2020522510
(式1−bの一部として)、または
Figure 2020522510
(式1−cの一部として)、または
Figure 2020522510
(式1−dの一部として)であり、当該特許出願は、他の好適な構造及びより具体的な例についても記載している。一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、US20130323836に記載されている以下から選択される:
Figure 2020522510

当該特許出願は、他の好適な構造及びより具体的な例についても記載している。
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、提供される5’ヌクレオシド単位は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、5’末端基R、または5’ヌクレオシド単位は、たとえば、Allerson et al.2005 J.Med.Chem.48:901−04;Lima et al.2012 Cell 150:883−894;Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993−3011;及び/またはPrakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:26:2817−2820(たとえば、T−VP、T−POなど)に記載されている。
架橋型のモルホリノ及びシクロヘキセニルのヌクレオチド及びヌクレオシドは、たとえば、米国特許出願公開2016−0186175に記載されており、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−は、ヌクレオチド間リンカーであり、Aは、本開示に記載される5’ヌクレオシド単位である。
一部の実施形態では、5’末端構造、たとえば、PX0、またはPX0−N1−PX1は、以下から選択される構造を有し:
Figure 2020522510
式中:
X’は、OまたはSeであり、
は、−L−Rであり、
は、R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
52、X53、X54及びX55の各々は独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、−N(RTD)、またはLであり、
52、R53、R54、R54’、R55、及びR55’の各々は独立して、R、−OR、−SR、または−N(Rであり、
BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、ならびに修飾核酸塩基部分から選択される、任意で置換される基であり、
Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられ、
各Cyは独立して、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基であり、
TDは、標的化部分、RCD、またはRLDであり、
CDは、1つ以上の炭水化物または二環式ケタール部分を含む部分であり、
各R’は独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、及び
各Rは独立して、−Hであるか、またはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であるか、または
2つのR基は任意で、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または:
同一原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その原子と一緒になって、その原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成するか、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その介在する原子と一緒になって、その介在する原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成する。
一部の実施形態では、RTDは、RLDであり、式中、RLDは独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、RTDは、RCDであり、式中、RCDは独立して、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、RCDは、C1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。一部の実施形態では、RCDは、C1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が独立して、単糖、二糖または多糖部分と置き換えられる。一部の実施形態では、RCDは、C1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子が独立して、GalNac部分と置き換えられる。
一部の実施形態では、5’ヌクレオチド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、5’ヌクレオチド単位は、以下から選択される:
Figure 2020522510
可変部分の実施形態の例は、本開示に広く記載されている。2つ以上の可変部分を有する構造について、特に明記しない限り、各可変部分は独立して、本明細書に記載される任意の実施形態であり得る。
一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるC1−30環式脂肪族である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるC6−30アリールである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるC3−30ヘテロシクリルである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるC5−30ヘテロアリールである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される天然塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される修飾塩基部分である。BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、C3−30ヘテロシクリル、及びC5−30ヘテロアリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、C3−30ヘテロシクリル、C5−30ヘテロアリール、及び天然核酸塩基部分から選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、BAは、芳香環を介して、糖環、たとえば、環Aに繋がれている。一部の実施形態では、BAは、ヘテロ原子を介して、糖環に繋がれている。一部の実施形態では、BAは、芳香環の環ヘテロ原子を介して、糖環に繋がれている。一部の実施形態では、BAは、芳香環の環窒素原子を介して、糖環に繋がれている。
一部の実施形態では、BAは、天然核酸塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換される天然核酸塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、置換された天然核酸塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、天然核酸塩基A、T、C、またはGである。一部の実施形態では、BAは、天然核酸塩基A、T、C、及びGから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
から−Hを除去することによって形成される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
から−Hを除去することによって形成される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
から−Hを除去することによって形成される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
から−Hを除去することによって形成される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシド単位のBAは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるプリン塩基の残基である。一部の実施形態では、BAは、保護されたプリン塩基の残基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるアデニン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護されたアデニン残基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるグアニン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護されたグアニン残基である。一部の実施形態では、提供される技術は、特に調製が困難であり、多くの場合、収率及び/または純度の低さに悩まされ得る、プリンホスホラミダイトの調製について、驚くほど改善された収率及び/または純度を提供する。
一部の実施形態では、BAは、オリゴヌクレオチド調製で使用されるような、保護された塩基残基である。一部の実施形態では、BAは、US2011/0294124、US2015/0211006、US2015/0197540、及びWO2015/107425に例示される塩基残基であり、これら各々は参照により本明細書に組み込まれる。
当分野の当業者は、様々な修飾核酸塩基が本開示に従った使用に好適であることを認識する。修飾塩基の例としては、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448、及びWO/2012/073857に限定されるものが挙げられるが、これらに限定されない。これらの各々の修飾核酸塩基は、参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、BAは、置換された核酸塩基であるので、ホスホラミダイトが1つ以上の保護基で適切に保護され、オリゴヌクレオチド合成に使用することができる。核酸塩基に好適な保護基は、オリゴヌクレオチド合成に有用なものを含め、当分野に広く公知であり、本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、保護基は、アセチル(Ac)、フェニルアセチル、ベンゾイル(Bz)、イソブチリル(iBu)、フェノキシアセチル(Pac)、イソプロピル−Pac、tertブチル−Pac、アルキル−Pac、ジメチルホルムアミジン(DMF)、またはジアルキルホルムアミジンである。一部の実施形態では、保護基は、フタルイミド、9−フルドレニルメトキシカルボニル(FMOC)、トリフェニルメチルスルフェニル、t−BOC、4,4’−ジメトキシトリチル(DMTr)、4−メトキシトリチル(MMTr)、9−フェニルキサンチン−9−イル(Pixyl)、トリチル(Tr)、または9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)である。追加の好適な保護基については、Green and Wuts,Protective Groups in Organic Synthesis,2nd Ed.,John Wiley&Sons,New York,1991,ならびにWO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448、及びWO/2012/073857を参照のこと。
一部の実施形態では、Rは、本開示に記載されるとおりの5’末端基である。一部の実施形態では、Rは、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10つ、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、または100個以下の炭素原子及びヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、炭素原子及びヘテロ原子の数を数えるとき、Rの全ての酸形態が使用され、たとえば、−CHOP(O)(OH)のモノ塩またはジ塩は、−CHOP(O)(OH)のその全ての酸形態が炭素原子及びヘテロ原子を6個(1個の炭素原子、4個の酸素原子及び1個のリン原子)を含有するので、炭素原子及びヘテロ原子を6個有するとみなされる。
一部の実施形態では、各Rは独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)である。一部の実施形態では、Rは、−Fである。一部の実施形態では、Rは、−Clである。一部の実施形態では、Rは、−Brである。一部の実施形態では、Rは、−Iである。一部の実施形態では、Rは、−CNである。一部の実施形態では、Rは、−Nである。一部の実施形態では、Rは、−NOである。一部の実施形態では、Rは、−NOである。一部の実施形態では、Rは、−L−R’である。一部の実施形態では、Rは、−R’である。一部の実施形態では、Rは、−L−OR’である。一部の実施形態では、Rは、−OR’である。一部の実施形態では、Rは、−L−SR’である。一部の実施形態では、Rは、−SR’である。一部の実施形態では、Rは、L−L−N(R’)である。一部の実施形態では、Rは、−N(R’)である。一部の実施形態では、Rは、水素である。
一部の実施形態では、2’位のR(BAは1’位)は、−Fである。一部の実施形態では、2’位のRは、−Clである。一部の実施形態では、2’位のRは、−Brである。一部の実施形態では、2’位のRは、−Iである。一部の実施形態では、2’位のRは、−CNである。一部の実施形態では、2’位のRは、−Nである。一部の実施形態では、2’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、2’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、2’位のRは、−L−R’である。一部の実施形態では、2’位のRは、−R’である。一部の実施形態では、2’位のRは、−L−OR’である。一部の実施形態では、2’位のRは、−OR’である。一部の実施形態では、2’位のRは、−L−SR’である。一部の実施形態では、2’位のRは、−SR’である。一部の実施形態では、2’位のRは、L−L−N(R’)である。一部の実施形態では、2’位のRは、−N(R’)である。一部の実施形態では、2’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、2’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、2’位のRは、−OMeである。一部の実施形態では、2’位のRは、−MOEである。一部の実施形態では、2’位のRは、水素である。一部の実施形態では、2’位の一方のRは、水素であり、2’位の他方のRは、本明細書に記載されるように水素ではない。一部の実施形態では、2’位の両方のRは、水素である。一部の実施形態では、2’位の一方のRは、水素であり、2’位の他方のRは、ヌクレオチド間結合に繋がれている。
一部の実施形態では、3’位のR(BAは1’位)は、−Fである。一部の実施形態では、3’位のRは、−Clである。一部の実施形態では、3’位のRは、−Brである。一部の実施形態では、3’位のRは、−Iである。一部の実施形態では、3’位のRは、−CNである。一部の実施形態では、3’位のRは、−Nである。一部の実施形態では、3’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、3’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、3’位のRは、−L−R’である。一部の実施形態では、3’位のRは、−R’である。一部の実施形態では、3’位のRは、−L−OR’である。一部の実施形態では、3’位のRは、−OR’であり、一部の実施形態では、3’位のRは、−L−SR’である。一部の実施形態では、3’位のRは、−SR’である。一部の実施形態では、3’位のRは、L−L−N(R’)である。一部の実施形態では、3’位のRは、−N(R’)である。一部の実施形態では、3’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、3’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、3’位のRは、−OMeである。一部の実施形態では、3’位のRは、−MOEである。一部の実施形態では、3’位のRは、水素である。一部の実施形態では、3’位の一方のRは、水素であり、3’位の他方のRは、本明細書に記載されるように水素ではない。一部の実施形態では、3’位の両方のRは、水素である。一部の実施形態では、3’位の一方のRは、水素であり、3’位の他方のRは、ヌクレオチド間結合に繋がれている。
一部の実施形態では、4’位のR(BAは1’位)は、−Fである。一部の実施形態では、4’位のRは、−Clである。一部の実施形態では、4’位のRは、−Brである。一部の実施形態では、4’位のRは、−Iである。一部の実施形態では、4’位のRは、−CNである。一部の実施形態では、4’位のRは、−Nである。一部の実施形態では、4’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、4’位のRは、−NOである。一部の実施形態では、4’位のRは、−L−R’である。一部の実施形態では、4’位のRは、−R’である。一部の実施形態では、4’位のRは、−L−OR’である。一部の実施形態では、4’位のRは、−OR’であり、一部の実施形態では、4’位のRは、−L−SR’である。一部の実施形態では、4’位のRは、−SR’である。一部の実施形態では、4’位のRは、L−L−N(R’)である。一部の実施形態では、4’位のRは、−N(R’)である。一部の実施形態では、4’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、4’位のRは、−OR’であり、式中、R’は、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、4’位のRは、−OMeである。一部の実施形態では、4’位のRは、−MOEである。一部の実施形態では、4’位のRは、水素である。一部の実施形態では、4’位の一方のRは、水素であり、4’位の他方のRは、本明細書に記載されるように水素ではない。一部の実施形態では、4’位の両方のRは、水素である。一部の実施形態では、4’位の一方のRは、水素であり、4’位の他方のRは、ヌクレオチド間結合に繋がれている。一部の実施形態では、Rは、本開示に記載されるとおりのR1s、R2s、R3s、R4s、またはR5sである。
一部の実施形態では、gは、0〜20である。一部の実施形態では、gは、1〜20である。一部の実施形態では、gは、1〜5である。一部の実施形態では、gは、1である。一部の実施形態では、gは、2である。一部の実施形態では、gは、3である。一部の実施形態では、gは、4である。一部の実施形態では、gは、5である。一部の実施形態では、gは、6である。一部の実施形態では、gは、7である。一部の実施形態では、gは、8である。一部の実施形態では、gは、9である。一部の実施形態では、gは、10である。一部の実施形態では、gは、11である。一部の実施形態では、gは、12である。一部の実施形態では、gは、13である。一部の実施形態では、gは、14である。一部の実施形態では、gは、15である。一部の実施形態では、gは、16である。一部の実施形態では、gは、17である。一部の実施形態では、gは、18である。一部の実施形態では、gは、19である。一部の実施形態では、gは、20である。
一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、sは、0〜20である。一部の実施形態では、sは、1〜20である。一部の実施形態では、sは、1である。一部の実施形態では、sは、2である。一部の実施形態では、sは、3である。一部の実施形態では、sは、4である。一部の実施形態では、sは、5である。一部の実施形態では、sは、6である。一部の実施形態では、sは、7である。一部の実施形態では、sは、8である。一部の実施形態では、sは、9である。一部の実施形態では、sは、10である。一部の実施形態では、sは、11である。一部の実施形態では、sは、12である。一部の実施形態では、sは、13である。一部の実施形態では、sは、14である。一部の実施形態では、sは、15である。一部の実施形態では、sは、16である。一部の実施形態では、sは、17である。一部の実施形態では、sは、18である。一部の実施形態では、sは、19である。一部の実施形態では、sは、20である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−Cy−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−Cy−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−と置き換えられる。一部の実施形態では、脂肪族及び/またはヘテロ脂肪族基は、C1−30である。一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10脂肪族であり、式中、Lの1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−C脂肪族部分、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−B(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、脂肪族基及びヘテロ脂肪族基は独立して、C1−30、C1−25、C1−20、C1−15、C1−10、C1−9、C1−8、C1−7、C1−6、C1−5、C1−4、C1−3、C1−2、またはCである。一部の実施形態では、脂肪族基またはヘテロ脂肪族基は独立して、C1−30、C1−25、C1−20、C1−15、C1−10、C1−9、C1−8、C1−7、C1−6、C1−5、C1−4、C1−3、C1−2、またはCである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、Cである。一部の実施形態では、当該基は、C10である。一部の実施形態では、当該基は、C15である。一部の実施形態では、当該基は、C20である。一部の実施形態では、当該基は、C25である。
一部の実施形態では、Lは、−CH−である。一部の実施形態では、Lは、−C(R)−であり、式中、少なくとも1つのRは、水素ではない。一部の実施形態では、Lは、−CHR−である。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Lは、−CHR−であり、式中、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、−(R)−CHR−であり、式中、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、−(S)−CHR−であり、式中、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−6ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−5ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−5ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−4ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−4ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−3ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−3ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、Cハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1つ以上のハロゲンで置換されたメチルである。一部の実施形態では、Rは、−CFである。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される(E)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される(Z)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、−C≡C−である。
一部の実施形態では、Lは、−L−G−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される−CH−である。一部の実施形態では、Lは、−CH−である。一部の実施形態では、Lは、−C(R)−であり、式中、少なくとも1つのRは、水素ではない。一部の実施形態では、Lは、−CHR−である。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Lは、−CHR−であり、式中、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、−(R)−CHR−であり、式中、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、−(S)−CHR−であり、式中、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、C1−6ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−6ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−5ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−5ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−4ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−4ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1−3ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1−3ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、Cハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1つ以上のハロゲンで置換されたメチルである。一部の実施形態では、Rは、−CFである。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される(E)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される(Z)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lは、−C≡C−である。一部の実施形態では、Lは、−Cy−である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換される二価の直線状または分枝状のC1−30脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、本開示に記載されるように置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される二価の直線状または分枝状のC1−30ヘテロ脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、本開示に記載されるように置き換えられる。
一部の実施形態では、本開示のヘテロ脂肪族基、たとえば、L、R(Rとなり得る任意の可変部分を含む)などのヘテロ脂肪族基は、
Figure 2020522510
部分を含む。一部の実施形態では、=N−は、リン原子に直接結合している。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、
Figure 2020522510
部分を含む。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、
Figure 2020522510
部分を含む。一部の実施形態では、かかる部分は、リン原子に直接結合している。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、イソプロピルである。
一部の実施形態では、Cyは、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基である(ヘテロ原子は、既に有している4つの結合に加えてである)。一部の実施形態では、Cyは、任意で置換されるC3−20環式脂肪族環である。一部の実施形態では、Cyは、任意で置換されるC6−20アリール環である。一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素、硫黄及びリンから選択される。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素及び窒素から選択される。
一部の実施形態では、Cyは、単環式である。一部の実施形態では、Cyは、二環式である。一部の実施形態では、Cyは、多環式である。
一部の実施形態では、Cyは、飽和である。一部の実施形態では、Cyは、部分不飽和である。一部の実施形態では、Cyは、芳香族である。一部の実施形態では、Cyは、飽和環部分であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、Cyは、部分不飽和環部分であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、Cyは、芳香環部分であるか、またはこれを含む。
一部の実施形態では、Cyは、本開示に記載されているような任意で置換されるC3−20環式脂肪族環である(たとえば、Rについて記載されているものであるが、四価のもの)。一部の実施形態では、環は、任意で置換される飽和C3−20環式脂肪族環である。一部の実施形態では、環は、任意で置換される部分不飽和C3−20環式脂肪族環である。環式脂肪族環は、本開示に記載されているように、様々な大きさであり得る。一部の実施形態では、環は、3員、4員、5員、6員、7員、8員、9員、または10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロプロピル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロブチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロペンチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロヘキシル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロヘプチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるシクロオクタニル部分である。一部の実施形態では、環式脂肪族環は、シクロアルキル環である。一部の実施形態では、環式脂肪族環は、単環式である。一部の実施形態では、環式脂肪族環は、二環式である。一部の実施形態では、環式脂肪族環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの価数を有する、Rについて本開示に記載されるような環式脂肪族部分である。
一部の実施形態では、Cyは、任意で置換される6〜20員のアリール環である。一部の実施形態では、環は、任意で置換される三価または四価のフェニル部分である。一部の実施形態では、環は、四価のフェニル部分である。一部の実施形態では、環は、任意で置換されるナフタレン部分である。環は、本開示に記載されているように、異なる大きさであり得る。一部の実施形態では、アリール環は、6員である。一部の実施形態では、アリール環は、10員である。一部の実施形態では、アリール環は、14員である。一部の実施形態では、アリール環は、単環式である。一部の実施形態では、アリール環は、二環式である。一部の実施形態では、アリール環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの価数を有する、Rについて本開示に記載されるようなアリール部分である。
一部の実施形態では、Cyは、たとえば、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Cyは、たとえば、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Cyは、たとえば、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Cyは、たとえば、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Cyは、たとえば、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、本開示に記載されるように、ヘテロアリール環は、様々な大きさであり得、様々な数及び/または種類のヘテロ原子を含み得る。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、ヘテロ原子を1つしか含まない。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1つを超えるヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1種類のヘテロ原子しか含まない。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1種を超えるヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、5員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、6員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、8員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、9員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、10員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、多環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、核酸塩基部分、たとえば、A、T、C、G、Uなどである。一部の実施形態では、環は、より多くの価数を有する、Rについて本開示に記載されるようなヘテロアリール部分である。一部の実施形態では、本開示に記載されるリンカーのように、Cy
一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜20員のヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜20員のヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、飽和である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、部分不飽和である。ヘテロシクリル環は、本開示に記載されているように、様々な大きさであり得る。一部の実施形態では、環は、3員、4員、5員、6員、7員、8員、9員、または10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。ヘテロシクリル環は、様々な数及び/または種類のヘテロ原子を含み得る。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、ヘテロ原子を1つしか含まない。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1つを超えるヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1種類のヘテロ原子しか含まない。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1種を超えるヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの価数を有する、Rについて本開示に記載されるようなヘテロシクリル部分である。
当分野の当業者により容易に認識されるように、多くの好適な環部分が広く記載されており、本開示に従って利用することができる(たとえば、Rについて記載されているもの(Cyについてより多くの価数を有し得るもの))。
一部の実施形態では、Cyは、核酸の糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意で置換されるフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、ピラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、DNAに見出される、任意で置換されるフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、RNAに見出される、任意で置換されるフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意で置換される2’−デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意で置換されるリボフラノース部分である。一部の実施形態では、置換は、本開示に記載されるような糖修飾を提供する。一部の実施形態では、任意で置換される2’−デオキシリボフラノース部分及び/または任意で置換されるリボフラノース部分は、2’位に置換を含む。一部の実施形態では、2’位は、本開示に記載されるような2’−修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、−Fである。一部の実施形態では、2’−修飾は、−ORであり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Cyは、LNA、アルファ−L−LNAまたはGNAにおける糖部分などの、修飾糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、ENAにおける糖部分などの、修飾糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、ヌクレオチド間結合と核酸塩基を繋ぐオリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、たとえば、末端が任意でリンカーを介して固形支持体に繋がれている場合、オリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、2つのヌクレオチド間結合と核酸塩基を繋ぐ糖部分である。糖及び糖部分の例は、本開示に広く記載されている。
一部の実施形態では、Cyは、核酸塩基部分である。一部の実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G、Uなどの天然核酸塩基である。一部の実施形態では、核酸塩基は、修飾核酸塩基である。一部の実施形態では、Cyは、A、T、C、G、U、及び5mCから選択される、任意で置換される核酸塩基部分である。核酸塩基及び核酸塩基部分の例は、本開示に広く記載されている。
一部の実施形態では、2つのCy部分は、互いに結合しており、一方のCyは糖部分であり、他方は核酸塩基部分である。一部の実施形態では、かかる糖部分及び核酸塩基部分は、ヌクレオシド部分を形成する。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、天然である。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、修飾されている。一部の実施形態では、Cyは、アデノシン、5−メチルウリジン、シチジン、グアノシン、ウリジン、5−メチルシチジン、2’−デオキシアデノシン、チミジン、2’−デオキシシチジン、2’−デオキシグアノシン、2’−デオキシウリジン、及び5−メチル−2’−デオキシシチジンから選択される、任意で置換される天然ヌクレオシド部分である。ヌクレオシド及びヌクレオシド部分の例は、本開示に広く記載されている。
環Aは、一価、二価または多価のいずれであってもよい。一部の実施形態では、環Aは、一価(たとえば、gが0であり、置換がない場合)。一部の実施形態では、環Aは、二価である。一部の実施形態では、環Aは、多価である。一部の実施形態では、環Aは、二価であり、−Cy−である。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される二価のトリアゾール環である。一部の実施形態では、環Aは、三価であり、Cyである。一部の実施形態では、環Aは、四価であり、Cyである。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−Cy−は、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基である(ヘテロ原子は、既に有している4つの結合に加えてである)。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるC3−20環式脂肪族環である。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるC6−20アリール環である。一部の実施形態では、−Cy−は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜20員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、−Cy−は、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素、硫黄及びリンから選択される。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素及び窒素から選択される。
一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換される二価の単環式、二環式または多環式のC3−20環式脂肪族である。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換される二価の単環式、二環式または多環式のC6−20アリールである。一部の実施形態では、−Cy−は、1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される単環式、二環式または多環式の3〜20員ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、−Cy−は、1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される単環式、二環式または多環式の5〜20員ヘテロシクリル環であり、少なくとも1つのヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、−Cy−は、3〜10員である。一部の実施形態では、−Cy−は、3員である。一部の実施形態では、−Cy−は、4員である。一部の実施形態では、−Cy−は、5員である。一部の実施形態では、−Cy−は、6員である。一部の実施形態では、−Cy−は、7員である。一部の実施形態では、−Cy−は、8員である。一部の実施形態では、−Cy−は、9員である。一部の実施形態では、−Cy−は、10員である。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換される二価のテトラヒドロフラン環である。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるフラノース部分である。一部の実施形態では、−Cy−は、1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される二価の5員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、各ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換される二価のトリアゾール環である。一部の実施形態では、一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−Cy−は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、イソプロピルである。
一部の実施形態では、環Aは、(構造中に示される1つ以上の結合に加えて)酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択されるから独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式、二環式または多環式の環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価の、単環式、二環式または多環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの3〜30員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価の、単環式、二環式または多環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの3〜30員環である。
一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、0個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価の、単環式、二環式または多環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの3〜30員環である。
一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、任意で置換される多価の単環式飽和5〜7員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、任意で置換される多価の単環式飽和5員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、任意で置換される多価の単環式飽和6員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、任意で置換される多価の単環式飽和7員環である。
一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価二環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの5〜30員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価二環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの5〜30員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、多価の二環式及び飽和の8〜10員の二環式環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、多価の二環式及び飽和の8員の二環式環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、多価の二環式及び飽和の9員の二環式環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子を有し、更なるヘテロ原子を有しない、多価の二環式及び飽和の10員の二環式環である。一部の実施形態では、環Aは、二環式であり、5員環に縮合した5員環を含む。一部の実施形態では、環Aは、二環式であり、6員環に縮合した5員環を含む。一部の実施形態では、5員環は、環原子として、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
の骨格構造を有する環系を含む。
一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価多環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの3〜30員環である。一部の実施形態では、環Aは、介在する窒素、リン及び酸素原子に加えて、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される多価多環式の、飽和、部分不飽和またはアリールの3〜30員環である。
一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5〜10員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5〜9員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5〜8員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5〜7員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5〜6員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。
一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される6員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される7員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される8員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される9員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される10員の単環式環を含み、その単環式環の環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子を含む。
一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される5員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される6員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される7員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される8員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される9員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。一部の実施形態では、環Aは、単環式、二環式または多環式であり、任意で置換される10員環を含み、その環原子は、介在する窒素、リン及び酸素原子ならびに炭素原子からなる。
一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
の骨格構造を有する環系を含む。
一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、結合である。一部の実施形態では、各Lは独立して、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、Lは、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、Lは、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、Lは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、ホスホロチオエートジエステル結合である。
一部の実施形態では、Pは、P(=W)である。一部の実施形態では、Pは、Pである。一部の実施形態では、Pは、P→B(R’)である。
一部の実施形態では、Wは、OまたはSまたはSeである。一部の実施形態では、Wは、OまたはSである。一部の実施形態では、Wは、Oである。一部の実施形態では、Wは、Sである。一部の実施形態では、Wは、Seである。
一部の実施形態では、Rは、R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)である。一部の実施形態では、Rは、−L−Rである。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、Rである。
一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、Rは、Rである。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、Rまたは任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、Rまたは任意で置換されるC−C10脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、ハロゲンである。一部の実施形態では、Rは、−Fである。一部の実施形態では、Rは、−Clである。一部の実施形態では、Rは、−Brである。一部の実施形態では、Rは、−Iである。
一部の実施形態では、Rは、Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、C−C50脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは、置換フェニルである。一部の実施形態では、Rは、フェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるカルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される単環式カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50多環式炭化水素である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50多環式炭化水素であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含む、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含む、任意で置換されるC−C50の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される
Figure 2020522510
Figure 2020522510
を含む、任意で置換されるC−C50の脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式アリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換された5〜6員単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、ピロリル、フラニル、及びチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素原子と、硫黄及び酸素から選択される追加のヘテロ原子とを有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリルまたはイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾオキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある実施形態では、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、及びテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、CH−、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH−部分を含有する。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含有する。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’及び−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、硫黄原子は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’及び−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中のGと結合される。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルケニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるヘテロシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−C10カルボシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、2個のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、ここで、2個のメチレン単位が任意で、及び独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。RL2基の例を以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Rは、水素であるか、または
Figure 2020522510

−S−(C−C10脂肪族)、C−C10脂肪族、アリール、C−Cヘテロアルキル、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510

または−S−(C−C10脂肪族)である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、−S−(C−C脂肪族)、C−C10脂肪族、C−Cヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態における硫黄原子は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。一部の実施形態では、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態における−C(O)−部分は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。
一部の実施形態では、−L−Rは、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態ならびにRの実施形態の任意の組み合わせである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−S−RL2であり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−C(O)−RL2であり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、RL2は、任意で置換されるC−Cの脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、及び各Gは、独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−S−S−RL2であり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−C(O)−S−S−RL2であり、式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
式中:
フェニル環は任意で置換され、
各R及びXは独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下である:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH−部分を含有する。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH−部分を含有する。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含有する。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH)−部分を含有する。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、Xは、−S−である。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、Xは、−S−であり、Wは、Oであり、Yは、−O−であり、Zは、−O−である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510

または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、Rは、
Figure 2020522510
、または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、Rは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510

−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であり、−L−Rは、Rである。
一部の実施形態では、−L−Rは、水素ではない。
一部の実施形態では、−X−L−RはRであり、
Figure 2020522510

−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、X’は、OまたはSであり、Y’は、−O−、−S−、または−NR’−であり、及び
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、Y’は、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、X’は、OまたはSであり、及び
Figure 2020522510
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、
Figure 2020522510
は、置換されない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(O)−S−L−S−であり、式中、Lは、
Figure 2020522510
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、(CHC−S−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−C(R)−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−CH−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
である。
当分野の当業者に認識されるように、本明細書に記載される−X−L−R基の多くが切断可能であり、対象に投与された後、−Xへと転換され得る。一部の実施形態では、−X−L−Rは、切断可能である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、−S−L−Rであり、対象に投与された後、−Sへと転換される。一部の実施形態では、転換は、対象の酵素により促進される。当分野の当業者により認識されるように、−S−L−R基が、投与後に−Sへと転換されるか否かを決定する方法は当分野に広く公知であり、及び実施されており、薬物代謝及び薬物動態の研究に使用される方法が挙げられる。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−aの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−bの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、各可変要素は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合である:
Figure 2020522510
式中:
は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ;
は、ハロゲン、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、ここで、1個以上のメチレン単位は任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ;
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、もしくは−SORであるか、または;
同じ窒素上の2つのR’は、それらの介在する原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成するか、もしくは
同じ炭素上の2つのR’は、それらの介在する原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成し、
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり、

Figure 2020522510
は、独立してヌクレオシドとの結合を表し、
は、Lが共有結合の場合、−Hではない。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、式I−cの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、本開示は、リン酸ジエステル結合を1個以上、及び式I−a、I−b、またはI−cを有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも1個含有する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも2個含有する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも3個含有する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも4個含有する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、及び式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも5個含有する。一部の実施形態では、−X−L−Rは−Rである。一部の実施形態では、Rは−CHである。一部の実施形態では、Rは−CHCHである。一部の実施形態では、Rは−CHCHCHである。一部の実施形態では、Rは−CHOCHである。一部の実施形態では、RはCHCHOCH−である。一部の実施形態では、RはPhCHOCH−である。一部の実施形態では、RはHC≡C−CH−である。一部の実施形態では、RはHC−C≡C−CH−である。一部の実施形態では、RはCH=CHCH−である。一部の実施形態では、RはCHSCH−である。一部の実施形態では、Rは−CHCOOCHである。一部の実施形態では、Rは−CHCOOCHCHである。一部の実施形態では、Rは−CHCONHCHである。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、グアニジン部分を含有する。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2020522510
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、−X−L−Rは、−L−Wであり、式中、Wは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
から選択され、ここで、R”はR’であり、nは0〜15である。一部の実施形態では、R’及びR”は、独立して、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは−O−CHCH−である。一部の実施形態では、nは0〜3である。一部の実施形態では、各Rは、独立して、−H、−OCH、−F、−CN、−CH、−NO、−CF、または−OCFである。一部の実施形態では、R’及びR”は同じである。一部の実施形態では、R’及びR”は異なる。
一部の実施形態では、−X−L−R
Figure 2020522510
であり、式中、各R’は独立して、本開示に記載のとおりである。一部の実施形態では、2個の異なる窒素原子上の2個のR’は、一緒になって本開示に記載の任意で置換される環を形成する。一部の実施形態では、環は飽和である。一部の実施形態では、環は単環式である。一部の実施形態では、環は3〜10員である。一部の実施形態では、環は3員である。一部の実施形態では、環は4員である。一部の実施形態では、環は5員である。一部の実施形態では、環は6員である。一部の実施形態では、環は7員である。一部の実施形態では、環は、当該2個の窒素原子の他に、さらなる環ヘテロ原子を有さない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、任意で置換されるアルキニルである。一部の実施形態では、−X−L−Rは−C≡CHである。一部の実施形態では、アルキニル基、例えば、−C≡CHは、様々な反応を介して多くの試薬と反応し、さらなる修飾を提供することができる。例えば、一部の実施形態では、アルキニル基は、クリック化学を介してアジドと反応することができる。一部の実施形態では、アジドは、R−Nの構造を有する。
一部の実施形態では、ZはOである。一部の実施形態では、ZはSである。一部の実施形態では、Zは−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Zは、本開示に記載されるLである。
一部の実施形態では、YはOであり、ZはOである。一部の実施形態では、YはOであり、ZはOであり、XはSである。一部の実施形態では、PはP(=W)であり、YはOであり、ZはOであり、XはSである。一部の実施形態では、PはP(=W)であり、YはOであり、ZはOであり、XはSである。一部の実施形態では、PはP(=O)であり、YはOであり、ZはOであり、XはSである。一部の実施形態では、PはP(=S)であり、YはOであり、ZはOであり、XはOである。
一部の実施形態では、aは1〜1000である。一部の実施形態では、aは1〜200である。一部の実施形態では、aは1〜100である。一部の実施形態では、aは1〜90である。一部の実施形態では、aは1〜80である。一部の実施形態では、aは1〜70である。一部の実施形態では、aは1〜60である。一部の実施形態では、aは1〜50である。一部の実施形態では、aは1〜40である。一部の実施形態では、aは1〜35である。一部の実施形態では、aは1〜30である。一部の実施形態では、aは1〜29である。一部の実施形態では、aは1〜28である。一部の実施形態では、aは1〜27である。一部の実施形態では、aは1〜26である。一部の実施形態では、aは1〜25である。一部の実施形態では、aは1〜24である。一部の実施形態では、aは1〜23である。一部の実施形態では、aは1〜22である。一部の実施形態では、aは1〜21である。一部の実施形態では、aは1〜20である。一部の実施形態では、aは1〜19である。一部の実施形態では、aは1〜18である。一部の実施形態では、aは1〜17である。一部の実施形態では、aは1〜16である。一部の実施形態では、aは1〜15である。一部の実施形態では、aは1〜14である。一部の実施形態では、aは1〜13である。一部の実施形態では、aは1〜12である。一部の実施形態では、aは1〜11である。一部の実施形態では、aは1〜10である。一部の実施形態では、aは1〜9である。一部の実施形態では、aは1〜8である。一部の実施形態では、aは1〜7である。一部の実施形態では、aは1〜6である。一部の実施形態では、aは1〜5である。一部の実施形態では、aは1〜4である。一部の実施形態では、aは1〜3である。一部の実施形態では、aは1〜2である。一部の実施形態では、aは4〜30である。一部の実施形態では、aは4〜29である。一部の実施形態では、aは4〜28である。一部の実施形態では、aは4〜27である。一部の実施形態では、aは4〜26である。一部の実施形態では、aは4〜25である。一部の実施形態では、aは4〜24である。一部の実施形態では、aは4〜23である。一部の実施形態では、aは4〜22である。一部の実施形態では、aは4〜21である。一部の実施形態では、aは4〜20である。一部の実施形態では、aは4〜19である。一部の実施形態では、aは4〜18である。一部の実施形態では、aは4〜17である。一部の実施形態では、aは4〜16である。一部の実施形態では、aは4〜15である。一部の実施形態では、aは4〜14である。一部の実施形態では、aは9〜30である。一部の実施形態では、aは9〜29である。一部の実施形態では、aは9〜28である。一部の実施形態では、aは9〜27である。一部の実施形態では、aは9〜26である。一部の実施形態では、aは9〜25である。一部の実施形態では、aは9〜24である。一部の実施形態では、aは9〜23である。一部の実施形態では、aは9〜22である。一部の実施形態では、aは9〜21である。一部の実施形態では、aは9〜20である。一部の実施形態では、aは9〜19である。一部の実施形態では、aは9〜18である。一部の実施形態では、aは9〜17である。一部の実施形態では、aは9〜16である。一部の実施形態では、aは9〜15である。一部の実施形態では、aは9〜14である。一部の実施形態では、aは14〜30である。一部の実施形態では、aは14〜29である。一部の実施形態では、aは14〜28である。一部の実施形態では、aは14〜27である。一部の実施形態では、aは14〜26である。一部の実施形態では、aは14〜25である。一部の実施形態では、aは14〜24である。一部の実施形態では、aは14〜23である。一部の実施形態では、aは14〜22である。一部の実施形態では、aは14〜21である。一部の実施形態では、aは14〜20である。一部の実施形態では、aは14〜19である。一部の実施形態では、aは14〜18である。一部の実施形態では、aは14〜17である。一部の実施形態では、aは14〜16である。一部の実施形態では、aは14〜15である。
一部の実施形態では、aは1である。一部の実施形態では、aは2である。一部の実施形態では、aは3である。一部の実施形態では、aは4である。一部の実施形態では、aは5である。一部の実施形態では、aは6である。一部の実施形態では、aは7である。一部の実施形態では、aは8である。一部の実施形態では、aは9である。一部の実施形態では、aは10である。一部の実施形態では、aは11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30である。一部の実施形態では、aは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30である。一部の実施形態では、aは、少なくとも10〜30である。
一部の実施形態では、bは1〜1000である。一部の実施形態では、bは1〜200である。一部の実施形態では、bは1〜100である。一部の実施形態では、bは1〜90である。一部の実施形態では、bは1〜80である。一部の実施形態では、bは1〜70である。一部の実施形態では、bは1〜60である。一部の実施形態では、bは1〜50である。一部の実施形態では、bは1〜40である。一部の実施形態では、bは1〜35である。一部の実施形態では、bは1〜30である。一部の実施形態では、bは1〜29である。一部の実施形態では、bは1〜28である。一部の実施形態では、bは1〜27である。一部の実施形態では、bは1〜26である。一部の実施形態では、bは1〜25である。一部の実施形態では、bは1〜24である。一部の実施形態では、bは1〜23である。一部の実施形態では、bは1〜22である。一部の実施形態では、bは1〜21である。一部の実施形態では、bは1〜20である。
一部の実施形態では、bは1である。一部の実施形態では、bは2である。一部の実施形態では、bは3である。一部の実施形態では、bは4である。一部の実施形態では、bは5である。一部の実施形態では、bは6である。一部の実施形態では、bは7である。一部の実施形態では、bは8である。一部の実施形態では、bは9である。一部の実施形態では、bは10である。一部の実施形態では、bは、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30である。一部の実施形態では、bは10〜30である。一部の実施形態では、bは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30である。一部の実施形態では、bは、少なくとも5である。一部の実施形態では、bは、少なくとも10である。一部の実施形態では、bは、少なくとも15である。一部の実施形態では、bは、少なくとも20である。
一部の実施形態では、zは1〜1000である。一部の実施形態では、zは1〜200である。一部の実施形態では、zは1〜100である。一部の実施形態では、zは1〜90である。一部の実施形態では、zは1〜80である。一部の実施形態では、zは1〜70である。一部の実施形態では、zは1〜60である。一部の実施形態では、zは1〜50である。一部の実施形態では、zは1〜40である。一部の実施形態では、zは1〜35である。一部の実施形態では、zは1〜30である。一部の実施形態では、zは1〜29である。一部の実施形態では、zは1〜28である。一部の実施形態では、zは1〜27である。一部の実施形態では、zは1〜26である。一部の実施形態では、zは1〜25である。一部の実施形態では、zは1〜24である。一部の実施形態では、zは1〜23である。一部の実施形態では、zは1〜22である。一部の実施形態では、zは1〜21である。一部の実施形態では、zは1〜20である。一部の実施形態では、zは1〜19である。一部の実施形態では、zは1〜18である。一部の実施形態では、zは1〜17である。一部の実施形態では、zは1〜16である。一部の実施形態では、zは1〜15である。一部の実施形態では、zは1〜14である。一部の実施形態では、zは1〜13である。一部の実施形態では、zは1〜12である。一部の実施形態では、zは1〜11である。一部の実施形態では、zは1〜10である。一部の実施形態では、zは4〜30である。一部の実施形態では、zは4〜29である。一部の実施形態では、zは4〜28である。一部の実施形態では、zは4〜27である。一部の実施形態では、zは4〜26である。一部の実施形態では、zは4〜25である。一部の実施形態では、zは4〜24である。一部の実施形態では、zは4〜23である。一部の実施形態では、zは4〜22である。一部の実施形態では、zは4〜21である。一部の実施形態では、zは4〜20である。一部の実施形態では、zは4〜19である。一部の実施形態では、zは4〜18である。一部の実施形態では、zは4〜17である。一部の実施形態では、zは4〜16である。一部の実施形態では、zは4〜15である。一部の実施形態では、zは4〜14である。一部の実施形態では、zは9〜30である。一部の実施形態では、zは9〜29である。一部の実施形態では、zは9〜28である。一部の実施形態では、zは9〜27である。一部の実施形態では、zは9〜26である。一部の実施形態では、zは9〜25である。一部の実施形態では、zは9〜24である。一部の実施形態では、zは9〜23である。一部の実施形態では、zは9〜22である。一部の実施形態では、zは9〜21である。一部の実施形態では、zは9〜20である。一部の実施形態では、zは9〜19である。一部の実施形態では、zは9〜18である。一部の実施形態では、zは9〜17である。一部の実施形態では、zは9〜16である。一部の実施形態では、zは9〜15である。一部の実施形態では、zは9〜14である。一部の実施形態では、zは14〜30である。一部の実施形態では、zは14〜29である。一部の実施形態では、zは14〜28である。一部の実施形態では、zは14〜27である。一部の実施形態では、zは14〜26である。一部の実施形態では、zは14〜25である。一部の実施形態では、zは14〜24である。一部の実施形態では、zは14〜23である。一部の実施形態では、zは14〜22である。一部の実施形態では、zは14〜21である。一部の実施形態では、zは14〜20である。一部の実施形態では、zは14〜19である。一部の実施形態では、zは14〜18である。一部の実施形態では、zは14〜17である。一部の実施形態では、zは14〜16である。一部の実施形態では、zは14〜15である。
一部の実施形態では、zは1である。一部の実施形態では、zは2である。一部の実施形態では、zは3である。一部の実施形態では、zは4である。一部の実施形態では、zは5である。一部の実施形態では、zは6である。一部の実施形態では、zは7である。一部の実施形態では、zは8である。一部の実施形態では、zは9である。一部の実施形態では、zは10である。一部の実施形態では、zは11である。一部の実施形態では、zは12である。一部の実施形態では、zは13である。一部の実施形態では、zは14である。一部の実施形態では、zは15である。一部の実施形態では、zは16である。一部の実施形態では、zは17である。一部の実施形態では、zは18である。一部の実施形態では、zは19である。一部の実施形態では、zは20である。一部の実施形態では、zは21である。一部の実施形態では、zは22である。一部の実施形態では、zは23である。一部の実施形態では、zは24である。一部の実施形態では、zは25である。一部の実施形態では、zは26である。一部の実施形態では、zは27である。一部の実施形態では、zは28である。一部の実施形態では、zは29である。一部の実施形態では、zは30である。一部の実施形態では、zは少なくとも2である。一部の実施形態では、zは少なくとも3である。一部の実施形態では、zは少なくとも4である。一部の実施形態では、zは少なくとも5である。一部の実施形態では、zは少なくとも6である。一部の実施形態では、zは少なくとも7である。一部の実施形態では、zは少なくとも8である。一部の実施形態では、zは少なくとも9である。一部の実施形態では、zは少なくとも10である。一部の実施形態では、zは少なくとも11である。一部の実施形態では、zは少なくとも12である。一部の実施形態では、zは少なくとも13である。一部の実施形態では、zは少なくとも14である。一部の実施形態では、zは少なくとも15である。一部の実施形態では、zは少なくとも16である。一部の実施形態では、zは少なくとも17である。一部の実施形態では、zは少なくとも18である。一部の実施形態では、zは少なくとも19である。一部の実施形態では、zは少なくとも20である。一部の実施形態では、zは少なくとも21である。一部の実施形態では、zは少なくとも22である。一部の実施形態では、zは少なくとも23である。一部の実施形態では、zは少なくとも24である。一部の実施形態では、zは少なくとも25である。一部の実施形態では、zは少なくとも26である。一部の実施形態では、zは少なくとも27である。一部の実施形態では、zは少なくとも28である。一部の実施形態では、zは少なくとも29である。一部の実施形態では、zは少なくとも30である。
一部の実施形態では、aは1であり、bは1である。一部の実施形態では、aは1であり、bは1より大きい。一部の実施形態では、bは1であり、aは1より大きい。
一部の実施形態では、L3Eは−L−である。一部の実施形態では、L3Eは−L−L−である。一部の実施形態では、L3Eは共有結合である。一部の実施形態では、L3Eは−O−である。
一部の実施形態では、R3Eは−R’である。一部の実施形態では、R3Eは−L−R’である。一部の実施形態では、R3Eは−OR’である。一部の実施形態では、R3Eは固形支持体である。
一部の実施形態では、R3Eは−Hである。一部の実施形態では、−L−R3Eは−Hである。一部の実施形態では、−L−R3Eは−OHである。
一部の実施形態では、R3Eは任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、R3Eは任意で置換されるC1−6アルキルである。
一部の実施形態では、R3Eは−OR’である。一部の実施形態では、R3Eは−OHである。一部の実施形態では、R3Eは−OR’であり、ここで、R’は水素ではない。一部の実施形態では、R3Eは−OR’であり、ここで、R’は任意で置換されるC1−6アルキルである。
一部の実施形態では、R3Eは、本開示に記載される3’末端キャップである。一部の実施形態では、R3Eは(CAP)zzである。
一部の実施形態では、R3Eは固形支持体である。一部の実施形態では、R3Eは、オリゴヌクレオチド合成用の固形支持体である。一部の実施形態では、R3Eは送達用である。
一部の実施形態では、R’は−Rである。一部の実施形態では、R’は−C(O)Rである。一部の実施形態では、R’は−CORである。一部の実施形態では、R’は−SORである。一部の実施形態では、2つ以上のR’は、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される単環式、二環式、または多環式の飽和、部分不飽和、またはアリール3〜30員環を形成する。一部の実施形態では、R’は水素である。一部の実施形態では、R’は水素ではない。
一部の実施形態では、各Rは独立して−Hであるか、もしくは、C1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基であるか、または、2つのR基は、任意に、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、あるいは、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成する。
一部の実施形態では、各Rは独立して−Hであるか、もしくは、C1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基であるか、または、2つのR基は、任意に、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成する。2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
一部の実施形態では、各Rは独立して−Hであるか、もしくは、C1−20脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基であるか、または、2つのR基は、任意に、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または:同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成する。2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
一部の実施形態では、各Rは独立して−Hであるか、または、C1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基である。
一部の実施形態では、各Rは独立して−Hであるか、または、C1−20脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは水素である。一部の実施形態では、Rは水素ではない。一部の実施形態では、Rは、C1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員の複素環式環から選択される任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは水素であるか、または、C1−20脂肪族、フェニル、3〜7員の飽和もしくは部分不飽和炭素環、8〜10員の二環式飽和、部分不飽和、もしくはアリール環、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する4〜7員の飽和もしくは部分不飽和の複素環式環、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する7〜10員の二環式飽和もしくは部分不飽和の複素環式環、または、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する8〜10員の二環式ヘテロアリール環から選択される任意で置換される基である。
一部の実施形態では、各Rは独立して水素であるか、またはC−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは水素である。一部の実施形態では、Rは、C−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−30脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−20脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−15脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘキシル、ペンチル、ブチル、プロピル、エチル、またはメチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。一部の実施形態では、Rはヘキシルである。一部の実施形態では、Rはペンチルである。一部の実施形態では、Rはブチルである。一部の実施形態では、Rはプロピルである。一部の実施形態では、Rはエチルである。一部の実施形態では、Rはメチルである。一部の実施形態では、Rはイソプロピルである。一部の実施形態では、Rはn−プロピルである。一部の実施形態では、Rはtert−ブチルである。一部の実施形態では、Rはsec−ブチルである。一部の実施形態では、Rはn−ブチルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−30脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−20脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−10脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−6脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−10脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される3〜30員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される3員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される4員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される7員の飽和または部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC3−30シクロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20員のシクロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロへプチルである。一部の実施形態では、Rはシクロへプチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロへキシルである。一部の実施形態では、Rはシクロへキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rはシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rはシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロピロピルである。一部の実施形態では、Rはシクロピロピルである。
一部の実施形態では、Rが環構造、例えば、脂環式、ヘテロ脂環式、アリール、ヘテロアリール等であるか、またはこれを含む場合、該環構造は、単環式でも、二環式でも、多環式でもよい。一部の実施形態では、Rは、単環構造であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、Rは、二環構造であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、Rは、多環構造であるか、またはこれを含む。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族であり、任意に、窒素、硫黄、またはリンの1つ以上の酸化型を含む。一部の実施形態では、Rは、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−6ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
から独立して選択される1〜10個の基を含有するC1−30ヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは置換フェニルである。一部の実施形態では、Rはフェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC6−30アリールである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rはフェニルである。一部の実施形態では、Rは置換フェニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式または多環式アリールである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換される8〜10員の二環式飽和、部分不飽和、またはアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される8〜10員の二環式飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される8〜10員の二環式部分不飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される8〜10員の二環式アリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるナフチルである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜30員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜30員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜30員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜30員のヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるピロリル、フラニル、またはチエニルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素原子、及び硫黄または酸素から選択されるさらなるヘテロ原子を有する任意で置換される5員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、またはイソオキサゾリルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する任意で置換される5員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるトリアゾリル、オキサジアゾリル、またはチアジアゾリルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される4個のヘテロ原子を有する任意で置換される5員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラゾリル、オキサトリアゾリル、及びチアトリアゾリルである。
一部の実施形態では、Rは、1〜4個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、4個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、3個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、1個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルである。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾオキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾフラニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾ[b]チエニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾオキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるオキサゾロピリジイル(oxazolopyridiyl)、チアゾロピリジニル、またはイミダゾピリジニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるプリニル、オキサゾロピリミジニル、チアゾロピリミジニル、オキサゾロピラジニル、チアゾロピラジニル、イミダゾピラジニル、オキサゾロピリダジニル、チアゾロピリダジニル、またはイミダゾピリダジニルである。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,4−ジヒドロピロロ[3,2−b]ピロリル、4H−フロ[3,2−b]ピロリル、4H−チエノ[3,2−b]ピロリル、フロ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]チエニル、1H−ピロロ[1,2−a]イミダゾリル、ピロロ[2,1−b]オキサゾリル、またはピロロ[2,1−b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるジヒドロピロロイミダゾリル、1H−フロイミダゾリル、1H−チエノイミダゾリル、フロオキサゾリル、フロイソオキサゾリル、4H−ピロロオキサゾリル、4H−ピロロイソオキサゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイソオキサゾリル、4H−ピロロチアゾリル、フロチアゾリル、チエノチアゾリル、1H−イミダゾイミダゾリル、イミダゾオキサゾリル、またはイミダゾ[5,1−b]チアゾリルである。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する3〜30員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する3〜30員の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換された3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜7員の部分不飽和単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される7員の部分不飽和単環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、及び酸素から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される4員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される7員の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される4員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2つの酸素原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2つの窒素原子を有する、任意で置換される5員の部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1つのヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環であり、この場合、該ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2つの酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2つの窒素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、任意で置換されるオキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。
ある特定の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある特定の実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される7〜10員の二環式飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC6−30アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC6−20アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC6−10アリール脂肪族である。一部の実施形態では、該アリール脂肪族のアリール部分は、6、10、または14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、該アリール脂肪族のアリール部分は、6個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、該アリール脂肪族のアリール部分は、10個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、該アリール脂肪族のアリール部分は、14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール部分は、任意で置換されるフェニルである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−10アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC6−10アリールヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態では、2つのR基は、任意に、及び独立して、一緒になって共有結合を形成する。一部の実施形態では、−C=Oが形成される。一部の実施形態では、−C=C−が形成される。一部の実施形態では、−C≡C−が形成される。
一部の実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜10員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜3個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜6員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜3個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜5員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜10員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜10員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜3個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜6員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。一部の実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜3個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜5員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
一部の実施形態では、R基中の、または2つ以上のR基が一緒になって形成される構造中のヘテロ原子は、酸素、窒素、及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、形成される環は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20員である。一部の実施形態では、形成される環は飽和である。一部の実施形態では、形成される環は部分飽和である。一部の実施形態では、形成される環は芳香族である。一部の実施形態では、形成される環は、飽和、部分飽和、または芳香環部分を含有する。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個の芳香環原子を含有する。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個以下の芳香環原子を含有する。一部の実施形態では、芳香環原子は、窒素、酸素、及び硫黄から選択される。
一部の実施形態では、5’末端領域は、以下のいずれかで表される:PX0−、PX0−N1−、PX0−N1−PX1−、PX0−N1−PX1−N2−、PX0−N1−PX1−N2−PX2−、PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−、またはPX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−。一部の実施形態では、5’末端領域は、以下のいずれかで表される:PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−。一部の実施形態では、5’末端構造は、以下のいずれかで表される:PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−。一部の実施形態では、5’末端構造は、PX0−で表される。一部の実施形態では、5’末端構造は、5’末端基である。一部の実施形態では、5’末端は、5’末端領域または構造を含有する。一部の実施形態では、5’末端は、5’−ヌクレオチド部分を含有する。一部の実施形態では、5’末端は、5’−ヌクレオチド部分を含有し、これはヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、−N1−PX1−は、5’−ヌクレオチド部分を表す。一部の実施形態では、−N1−は、5’−ヌクレオシドを表す。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオシドは−N1−である。一部の実施形態では、5’末端ヌクレオチドは、−N1−PX1−である。
一部の実施形態では、−PX0−、−PX0−N1−、及び−PX0−N1−PX1−は、任意の5’末端構造、5’末端領域、5’−ヌクレオチド、修飾された5’−ヌクレオチド、5’−ヌクレオチドアナログ、または5’−ヌクレオシド、修飾された5’−ヌクレオシドもしくは5’−ヌクレオシドアナログの本明細書に記載される構造で表される。
一部の実施形態では、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意の5’末端を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意の5’末端を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意の5’末端を含有し得る。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、リン含有部分(例えば、PX0で表される5’末端は、リンを含む)を含む。5’末端がリン含有部分を含むssRNAi形式の非限定的な例としては、図1の形式1〜15、20〜21、23〜31、80〜82、92〜95、97〜102、及び104〜107が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、リン含有部分(例えば、PX0で表される5’末端は、リンを含む)を含まない。一部の実施形態では、PX0は−OHである。5’末端がリン含有部分を含まないssRNAi形式の非限定的な例としては、図1の形式16〜19、22、32〜79、83〜91、96、及び103が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、リン酸を含む部分、例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、H−ホスホネート、または、リン酸含有ヌクレオチド間結合と同様もしくは同一の他の部分を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、リン酸を含む部分を含むが、これはホスホジエステルではなく、一部の実施形態におけるかかる部分は、リン酸模倣体、修飾されたリン酸、またはリン酸アナログと呼ばれる。一部の実施形態では、リン酸を含むこの部分は、一本鎖RNAi剤の構造中、PX0−として表される。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、リン酸を含む部分を含まない。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(R)−Me OH T、5’−(R)−Me PO T、5’−(R)−Me PS T、5’−(R)−Me PH T、5’−(S)−Me OH T、5’−(S)−Me PO T、5’−(S)−Me PS T、及び5’−(S)−PH Tから選択される構造を有する。
PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−で表される、5’末端構造にリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態は、式III−a〜式III−lのいずれかの構造から選択される構造で表される:
Figure 2020522510
は、接続部位を示す。
一部の実施形態では、式III−a〜III−lのいずれかにおけるPは、SpまたはRp立体配置におけるように立体不規則的または立体規定的である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表される。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、RはCHであり、R5’はHである。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOである。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、RはF、H、OH、OMe、またはMOEである。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、PはSp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、RはCHであり、R5’はHであり、PはSp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、PはSp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、RはF、H、OH、OMe、またはMOEであり、PはSp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、PはRp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、RはCHであり、R5’はHであり、PはRp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、PはRp立体配置である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式III−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、RはF、H、OH、OMe、またはMOEであり、PはRp立体配置である。
5’末端構造PX0−においてリン含有部分を含む、提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、これは、式IV−a(Mod022、C3 PO及びn−プロピルとしても知られる)、IV−b(Mod022)、IV−c(POMod023)、IV−d(PSMod023)、及びIV−e(PHMod023)から選択される構造で表される:
Figure 2020522510
C3 POとしても知られる式IV−a(Mod022)の構造で表される、5’末端構造PX0−においてリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表28のWV−2654;及び表31のWV−2655が挙げられる。POMod023(C3ジメチルOとしても知られる)の構造で表される、5’末端構造PX0−においてリン含有部分を含む一本鎖RNAiの非限定的な例は、表31のWV−2657である。PHMod023(C3ジメチルHとしても知られる)の構造で表される、5’末端構造PX0−においてリン含有部分を含む一本鎖RNAiの非限定的な例は、表31のWV−2656である。PSMod023(C3ジメチルPSとしても知られる)の構造で表される、5’末端構造PX0−においてリン含有部分を含む一本鎖RNAiの非限定的な例は、表31のWV−2658である。
5’末端構造においてリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−f(n−プロピル、C3 POまたはMod22としても知られる)の構造の選択された構造で表される:
Figure 2020522510
n−プロピル(Mod022)、
式中、5’は、糖の5’炭素への結合点を示す(例えば、N1の)。
5’末端構造においてリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、以下の構造(C3 PSまたはMod022としても知られる)の構造の選択された構造で表される:
Figure 2020522510
n−プロピル(Mod022)、
式中、5’は、糖の5’炭素への結合点を示す(例えば、N1の)。
5’末端構造においてリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−g(ジメチルC3もしくはC3ジメチルPSまたはMod023としても知られる)の構造の選択された構造で表される:
Figure 2020522510
ジメチルC3(Mod023)、
式中、5’は、糖の5’炭素への結合点を示す(例えば、N1の)。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、5’末端構造、またはPX0−の構造を含み、該構造は、PO(ホスホロジエステル)、式IV−h、PH(H−ホスホネート)、式IV−i、及びPS(ホスホロチオエート)、式IV−jのいずれかから選択される:
Figure 2020522510
5’末端構造においてリン含有部分を含む提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、以下のいずれかから選択される構造で表される:
Figure 2020522510
式中、5’は、糖の5’炭素への結合点を示す(例えば、N1の)。
5’末端構造、またはPX0−の構造を含み、該構造が、PO、PH、及びPSのいずれかから選択される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表28のWV−2652(PH)、WV−2653(PS)、及びWV−2420(PO)が挙げられる。
一部の実施形態では、式IV−a〜IV−jのいずれかにおけるPは、SpまたはRp立体配置におけるように立体不規則的または立体規定的である。
一部の実施形態では、5’末端構造、またはPX0−の構造は、以下のいずれかから選択される:リン酸、リン酸アナログ、5’−一リン酸((HO)2(O)P−O−5’)、5’−二リン酸((HO)2(O)P−O−P(HO)(O)−O−5’)、5’−三リン酸((HO)2(O)P−O−(HO)(O)P−O−P(HO)(O)−O−5’)、5’−グアノシンキャップ(7−メチル化または非メチル化)(7m−G−O−5’−(HO)(O)P−O−(HO)(O)P−O−P(HO)(O)−O−5’)、5’−アデノシンキャップ(Appp)、及び任意の修飾または非修飾ヌクレオチドキャップ構造(N−O−5’−(HO)(O)P−O−(HO)(O)P−O−P(HO)(O)−O−5’)、5’−モノチオホスフェート(ホスホロチオエート、(HO)2(S)P−O−5’)、5’−モノジチオホスフェート(ホスホロジチオエート、(HO)(HS)(S)P−O−5’)、5’−ホスホロチオレート((HO)2(O)P−S−5’)、酸素/硫黄置換一リン酸、二リン酸、及び三リン酸の任意のさらなる組み合わせ(例えば、5’−アルファ−チオ三リン酸、5’−ガンマ−チオ三リン酸等)、5’−ホスホロアミデート((HO)2(O)P−NH−5’、(HO)(NH2)(O)P−O−5’)、5’−アルキルホスホネート(R=アルキル=メチル、エチル、イソプロピル、プロピル等、例えば、RP(OH)(O)−O−5’−、(OH)2(O)P−5’−CH2−)、5’−アルキルエーテルホスホネート(R=アルキルエーテル=メトキシメチル(MeOCH2−)、エトキシメチル等、例えば、RP(OH)(O)−O−5’−)。
一部の実施形態では、PX0−またはPX0−N1−PX1−で表される5’末端構造は、式II−a〜II−lの構造で表される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、式II−a〜II−lのいずれかにおけるPは、SpまたはRp立体配置におけるように立体不規則的または立体規定的である。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式II−aの構造で表される。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式II−aの構造で表され、式中、RはCHであり、R5’はHである。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式II−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOである。
一部の実施形態では、PX0−で表される5’末端構造は、式II−aの構造で表され、式中、R5はCHであり、R5’はHであり、XはOまたはSであり、X’、X、及びXはOであり、RはF、H、OH、OMe、またはMOEである。
一部の実施形態では、PX0−またはPX0−N1−PX1−で表される5’末端構造は、式V−a〜V−dのいずれかの構造で表される:
Figure 2020522510
一本鎖RNAi剤PX0−N1−PX1−の非限定的な例は、式V−d(ITとしても知られる)の構造であり、WV−3818である。
一部の実施形態では、5’末端は、PX0−またはPX0−N1−PX1−が、式V−fまたはV−gの構造で表される構造を有する:
Figure 2020522510
Th、Gu、Ad=それぞれ、核酸塩基チミン、グアニン、及びアデニン。一部の実施形態では、Th、Gu、またはAdは、任意の塩基で置き換えることができる。
一部の実施形態では、リン含有部分を含む5’末端は、それらを含む一本鎖RNAi剤が、RNA干渉において活性がより高い場合があるという点で、特別な利点を有し得る。
一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−、PX0−N1−、またはPX0−N1−PX1−は、5’−ヌクレオチドまたは修飾された5’−ヌクレオチド、5’−ヌクレオチドアナログ、5’−ヌクレオシドもしくは修飾された5’−ヌクレオシド、または5’−ヌクレオシドアナログの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−は、以下のいずれかの構造を有する:5’−グアノシンキャップ、5’−アデノシンキャップ、5’−モノチオホスフェート、5’−モノジチオホスフェート、5’−ホスホロチオレート、5’−ホスホロアミデート、5’−アルキルホスホネート、及び5’−アルキルエーテルホスホネート、5’−一リン酸、5’−二リン酸、及び5’−三リン酸、5’−三リン酸、一リン酸、二リン酸、または三リン酸の少なくとも1つの酸素原子が硫黄原子で置換されている、当該一リン酸、二リン酸、または三リン酸、5’−アルファ−チオ三リン酸及び5’−ガンマ−チオ三リン酸、アルキルホスホネート、アルキルホスホネートは、式RP(OH)(O)−−O−5’−または(OH)(O)P−5’−CH−−を有し、式中、RはC−Cアルキルであるもの、アルキルエーテルホスホネート、または式RP(OH)(O)−−O−5’のアルキルエーテルホスホネート、式中、Rはアルキルエーテルである。
様々な5’−ヌクレオシドが、例えば、米国特許出願第14/959,714号、US 2016−0194349 A1として公開、米国特許出願第14/983,907号、US 2016−0186175 A1として公開、または米国特許出願第13/696,796号、US 20130323836として公開、に記載されている。
一部の実施形態では、5’末端構造、PX0−N1−は、式VIII−a:
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、
は、Hであるか、または、任意で保護されるリン部分であり、
Aは、以下の式のうちの1つを有し:
Figure 2020522510
及びQは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、置換C−Cアルキニル、またはN(R)(R)であり、
は、O、S、N(R)、またはC(R)(R)であり、
各R、R、R及びRは、独立して、H、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、またはC−Cアルコキシであり、
は、O、S、NR14、C(R15)(R16)、C(R15)(R16)C(R17)(R18)、C(R15)=C(R17)、OC(R15)(R16)、またはOC(R15)(Bx)であり、
14は、H、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、または置換C−Cアルキニルであり、R15、R16、R17及びR18は各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、または置換C−Cアルキニルであり、
Bxは、塩基であるか、
または、Bxが存在する場合、Bxは、塩基であり、Bxは、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、もしくは置換C−Cアルキニルであり、
、J、J及びJは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、もしくは置換C−Cアルキニルであるか、
または、Jは、JもしくはJのうちの1つと架橋を形成し、ここで、該架橋は、O、S、NR19、C(R20)(R21)、C(R20)=C(R21)、C[=C(R)(R21)]及びC(=O)から選択される1〜3個の結合したバイラジカル基を含み、J、J及びJのうちの他の2つは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、もしくは置換C−Cアルキニルであり、
各R19、R20及びR21は、独立して、H、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、または置換C−Cアルキニルであり、
Gは、H、OH、ハロゲン、またはO−−[C(R)(R)]n−−[(C=O)m−−X]j−−Zであり、
各R及びRは、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、または置換C−Cアルキルであり、
は、O、S、またはN(E)であり、
Zは、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、置換C−Cアルキニル、またはN(E)(E)であり、
、E及びEは各々、独立して、H、C−Cアルキル、または置換C−Cアルキルであり、
nは、1〜約6であり、
mは、0または1であり、
jは、0または1であり、
各置換された基は、ハロゲン、OJ、N(J)(J)、SJ、N、CN、OC(=X)J、OC(=X)N(J)(J)及びC(=X)N(J)(J)から独立して選択される1つ以上の任意で保護される置換基を含み、
は、O、S、またはNJであり、
各J、J及びJは、独立して、HまたはC−Cアルキルであり、
jが1の場合、Zは、ハロゲンまたはN(E)(E)以外であり、
該オリゴマー化合物は、8〜40個のモノマーサブユニットを含み、標的核酸の少なくとも一部にハイブリダイズできる。
一部の実施形態では、MはO、CH=CH、OCH、またはOC(H)(Bx)である。一部の実施形態では、MはOである。
一部の実施形態では、J、J、J及びJは各々Hである。一部の実施形態では、Jは、JまたはJのうちの1つと架橋を形成する。
一部の実施形態では、Aは、以下の式のうちの1つを有し:
Figure 2020522510
式中、Q及びQは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、または置換C−Cアルコキシである。一部の実施形態では、Q及びQは各々Hである。一部の実施形態では、Q及びQは各々、独立して、Hまたはハロゲンである。一部の実施形態では、Q及びQはHであり、Q及びQの他方は、F、CH、またはOCHである。
一部の実施形態では、Tは、式IX−a:
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、R及びRは各々、独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり、
はOまたはSである。一部の実施形態では、RはOであり、R及びRは各々、独立して、OCH、OCHCH、またはCH(CHである。
一部の実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH、OCHF、OCHF、OCF、OCHCH、O(CHF、OCHCHF、OCHCF、OCH−−CH=CH、O(CH−−OCH、O(CH−−SCH、O(CH−−OCF、O(CH−−N(R10)(R11)、O(CH−−(R10)(R11)、O(CH−−O(CH−−N(R10)(R11)、OCHC(=O)−−N(R10)(R11)、OCHC(=O)−−N(R12)−−(CH−−N(R10)(R11)、またはO(CH−−N(R12)−−C(=NR13)[N(R10)(R11−)]であり、式中、R10、R11、R12、及びR13は各々、独立して、HまたはC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH、OCF、OCHCH、OCHCF、OCH−−CH=CH、O(CH−−OCH、O(CH−−O(CH−−N(CH、OCHC(O)−−N(H)CH、OCHC(O)−−N(H)−−(CH−−N(CH、またはOCH−−N(H)−−C(=NH)NHである。一部の実施形態では、Gは、F、OCH、またはO(CH−−OCHである。一部の実施形態では、Gは、O(CH−−OCHである。
ある特定の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−bの立体配置を有するか、または、PX0−N1−がVIII−bの構造を有する:
Figure 2020522510
Bxは塩基であるか、または、ピリミジン、置換ピリミジン、及びプリンまたは置換プリンから選択される複素環式塩基部分である。
ある特定の実施形態では、Aは、以下の式を有する:
Figure 2020522510
式中、Q及びQは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、または置換C−Cアルコキシである。ある特定の実施形態では、Q及びQは各々、独立して、H、F、CH、またはOCHである。
ある特定の実施形態では、Tは、以下の式を有する:
Figure 2020522510
式中、RはOであり、
及びRは各々、独立して、OCH、OCHCH、またはOCH(CHである。
一部の実施形態では、5’末端構造はビニルホスホネートである。
ある特定の実施形態では、5’末端構造、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−cの構造を有するか、または、PX0−N1−がVIII−cの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、Bxは塩基であり、
Gは、ハロゲン、OCH、OCF、OCHCH、OCHCF、OCH−−CH=CH、O(CH−−OCH、O(CH−−O(CH−−N(CH、OCHC(=O)−−N(H)CH、OCHC(=O)−−N(H)−−(CH−−N(CH、またはOCH−−N(H)−−C(=NH)NHである。
ある特定の実施形態では、当該5’末端化合物が式VIII−cを有し、式中、GがF、OCH、またはO(CH−−OCHであるオリゴマー化合物を提供する。
一部の実施形態では、5’末端構造、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−dの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−dの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、Bxは塩基であり、
は、Hまたは任意で保護されるリン部分であり、
及びQは各々、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、置換C−Cアルキニル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、またはN(R)(R)であり、
各R及びRは、独立して、H、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、またはC−Cアルコキシであり、
Gは、H、OH、ハロゲンまたはO−−[C(R)(R)]−−[(C=O)−−X]−−Zであり、
各R及びRは、独立して、H、ハロゲン、C−Cアルキルまたは置換C−Cアルキルであり、
Xは、O、SまたはN(E)であり、
Zは、H、ハロゲン、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、置換C−CアルキニルまたはN(E)(E)であり、
、E及びEは各々、独立して、H、C−Cアルキルまたは置換C−Cアルキルであり、
nは、1〜約6であり、
mは、0または1であり、
jは、0または1であり、
各置換された基は、ハロゲン、OJ、N(J)(J)、=NJ、SJ、N、CN、OC(=L)J、OC(=L)N(J)(J)及びC(=L)N(J)(J)から独立して選択される1つ以上の任意で保護される置換基を含み、
Lは、O、SまたはNJであり、
各J、J及びJは、独立して、HまたはC−Cアルキルであり、
jが1の場合、Zは、ハロゲンまたはN(E)(E)以外である。
1つの実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−eの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−e:
Figure 2020522510
またはそのアイソマーの構造を有し、式中、
Figure 2020522510
は、4、5、6、7、もしくは8個の複素環式またはシクロアルキル環であり、
及びTは各々、独立して、H、OR’’、SR’’、NQ、置換または非置換の脂肪族であり、代替的に、T及びTは、それらが結合する炭素と一緒になって、C=O、C=S、C=NQを形成することができ、式中、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルから選択され、
R’’は、H、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルであり、
は、O、S、NQ、または(CRであり、ここで、各R及びRは、独立して、H、F、C−Cハロアルキル、またはC−Cアルキルであり、ここで、tは、1〜6であり、
Zは、OP(Z10)Y10NQ、R10、OR10、COR10、CO(CRCOR10、CO10、NR2030、CONR2030、CON(H)NR2030、ONR2030、CON(H)N=CR4050、N(R20)C(=NR30)NR2030、N(R20)C(O)NR2030、N(R20)C(S)NR2030、OC(O)NR2030、SC(O)NR2030、N(R20)C(S)OR10、N(R20)C(O)OR10、N(R20)C(O)SR10、N(R20)N=CR4050、ON=CR4050、SO10、SOR10、SR10及び置換または非置換の複素環式から選択され、ここで、R10は、独立して、水素、脂肪族、置換または非置換の脂肪族、アリール、ヘテロアリール、または複素環式であり、R20、R30、R40及びR50は独立して、水素、アシル、脂肪族または置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、OR10、COR10、CO10、NQから独立して選択され、R20及びR30は一緒になって、複素環式環を形成することができ、Y10及びZ10は各々独立して、O、S、アルキル、またはNQであり、
Bは、水素、脂肪族、置換脂肪族、または塩基から選択され、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式である。
1つの実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−fの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−fの構造を有する:
Figure 2020522510
は、OR’’、SR’’、NQ、Q、及び置換もしくは非置換の脂肪族、C−Cアルキル、C−Cアルケニル、置換C−Cアルキル、置換C−Cアルケニル、または置換C−Cアルキニルから選択され、
Qは、O、S、NQ、CRであり、
は、存在しないか、O、S、NQ、または(CRであり、ここで、各R及びRは、独立して、H、F、C−Cハロアルキル、またはC−Cアルキルであり、tは、1〜6であり、
Zは、H、OH、OP(Z10)Y10NQ、R10、OR10、COR10、CO(CRCOR10、CO10、NR2030、CONR2030、CON(H)NR2030、ONR2030、CON(H)N=CR4050、N(R20)C(=NR30)NR2030、N(R20)C(O)NR2030、N(R20)C(S)NR2030、OC(O)NR2030、SC(O)NR2030、N(R20)C(S)OR10、N(R20)C(O)OR10、N(R20)C(O)SR10、N(R20)N=CR4050、ON=CR4050、SO10、SOR10、SR10、及び置換もしくは非置換の複素環式から選択され、ここで、R10は、独立して、水素、脂肪族、置換もしくは非置換の脂肪族、アリール、ヘテロアリール、または複素環式であり、R20、R30、R40、及びR50は、独立して、水素、アシル、脂肪族、または置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、OR10、COR10、CO10、NQから選択され、R20及びR30は一緒になって、複素環式環を形成することができるか、または、Zは、以下の構造を有し:
Figure 2020522510

式中、Y10及びZ10は各々、独立して、O、S、アルキル、またはNQであり、
Bは、水素、脂肪族、置換脂肪族、及び塩基から選択され、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアシル、置換もしくは非置換のカルボキシル、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、及び置換もしくは非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
、R、R、及びRは各々、独立して、H、ハロゲン、OH、C−Cアルキル、C−Cハロアルキルから選択され、代替的に、R、R、R、及びRのうちの2つが一緒になって、5〜8員環を形成することができ、ここで、該環は、任意にヘテロ原子を含むことができる。
1つの実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−gの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−gの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、Qは、O、S、NQ、またはCRであり、
は、存在しないか、O、S、NQ、または(CRであり、
及びRは各々、独立して、H、F、C−Cハロアルキル、またはC−Cアルキルであり、
tは、1〜6であり、
Zは、OP(Z10)(Y10)NQ、R10、OR10、COR10、CO(CRCOR10、CO10、NR2030、CONR2030、CON(H)NR2030、ONR2030、CON(H)N=CR4050、N(R20)C(=NR30)NR2030、N(R20)C(O)NR2030、N(R20)C(S)NR2030、OC(O)NR2030、SC(O)NR2030、N(R20)C(S)OR10、N(R20)C(O)OR10、N(R20)C(O)SR10、N(R20)N=CR4050、ON=CR4050、SO10、SOR10、SR10、置換または非置換の複素環式、Y’、
Figure 2020522510
からなる群から選択され、
100は、OH、SH、NQ、(CHCOR100、(CHNQ、(CHOH、(CHSH、アルキル、アルコキシ、アラルキル、アリール、複素環式、ヘテロアリール、環状アルキル、アルケニル、アルキニル、アラルケニル、及びアラルキニルからなる群から選択され、
Y’及びY’’は各々、独立して、H、OH、OR10、(CHOH、SH、(CHSCH、(CHSH、COR100、(CHCOR100、(CHCONQ、(CHNQ、(CHNHC(=NQ)NQ、(CHCONQ、OP(Z10)(Y10)NQ、OP(Z10)(X10)Y10、直線状または分枝状の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリールアルキル、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリールアキル(arylakyl)、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
pは、0〜10であり、
10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
20、R30、R40及びR50は各々、独立して、水素、アシル、脂肪族もしくは置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、OR10、COR10、CO10、及びNQからなる群から選択されるか、または、R20及びR30が一緒になって、複素環式環を形成することができ、あるいは、Zは、以下の構造を有し:
Figure 2020522510

10及びZ10は各々、独立して、O、S、アルキル、またはNQであり、
Bは、水素、脂肪族、置換脂肪族、及び塩基からなる群から選択され、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
、R、R、及びRは各々、独立して、H、ハロゲン、OH、C−Cアルキル、及びC−Cハロアルキルからなる群から選択されるか、またはR、R、R及びRのうちの2つが一緒になって、5〜8員環を形成することができ、ここで、該環は、任意にヘテロ原子を含むことができ、
及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択される。
1つの実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−hの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−hの構造を有する:
Figure 2020522510
は、OR’’、SR’’、NQ、及び置換または非置換の脂肪族からなる群から選択され、
R’及びR’’は各々、独立して、H、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルであり、
Qは、O、S、NQ、またはCRであり、
は、存在しないか、O、S、NQ、または(CRであり、
及びRは各々、独立して、H、F、C−Cハロアルキル、またはC−Cアルキルであり、
tは、1〜6であり、
Zは、OP(Z10)(Y10)NQ、R10、OR10、COR10、CO(CRCOR10、CO10、NR2030、CONR2030、CON(H)NR2030、ONR2030、CON(H)N=CR4050、N(R20)C(=NR30)NR2030、N(R20)C(O)NR2030、N(R20)C(S)NR2030、OC(O)NR2030、SC(O)NR2030、N(R20)C(S)OR10、N(R20)C(O)OR10、N(R20)C(O)SR10、N(R20)N=CR4050、ON=CR4050、SO10、SOR10、SR10、置換または非置換の複素環式、Y’、
Figure 2020522510
からなる群から選択され、
100は、OH、SH、NQ、(CHCOR100、(CHNQ、(CHOH、(CHSH、アルキル、アルコキシ、アラルキル、アリール、複素環式、ヘテロアリール、環状アルキル、アルケニル、アルキニル、アラルケニル、及びアラルキニルからなる群から選択され、
Y’及びY’’は各々、独立して、H、OH、OR100、(CHOH、SH、(CHSCH、(CHSH、COR100、(CHCOR100、(CHCONQ、(CHNQ、(CHNHC(=NQ)NQ、(CHCONQ、OP(Z10)(Y10)NQ、OP(Z10)(X10)Y10、直線状または分枝状の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリールアルキル、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリールアキル(arylakyl)、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
pは、0〜10であり、
10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換または非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
20、R30、R40及びR50は各々、独立して、水素、アシル、脂肪族もしくは置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、OR10、COR10、CO10、及びNQからなる群から選択されるか、または、R20及びR30が一緒になって、複素環式環を形成することができ、あるいは、Zは、以下の構造を有し
Figure 2020522510

10及びZ10は各々、独立して、O、S、アルキル、またはNQであり、
Bは、水素、脂肪族、置換脂肪族、及び塩基からなる群から選択され、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換または非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
、R、R、及びRは各々、独立して、H、ハロゲン、OH、C−Cアルキル、及びC−Cハロアルキルからなる群から選択されるか、または、R、R、R及びRのうちの2つが一緒になって、5〜8員環を形成することができ、ここで、該環は、任意にヘテロ原子を含むことができ、
及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択される。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−iもしくはVIII−jの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−iもしくはVIII−jの構造を有する:
Figure 2020522510
式VIII−i及びVIII−jにおいて:
10及びZ10は各々、独立して、O、OH、S、SH、アルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、シアノアルキル、シアノアルコキシ、NQ、またはNQであり、
Bは塩基であり、
C1’、C2’、またはC3’位の立体配置は、独立して、アルファまたはベータまたはそれらの組み合わせであり、当該非対称位置(複数可)は、独立して、R、S、ラセミ、またはそれらの組み合わせであり、pは、0〜6であり、R〜R41は、独立して、H、OH、SH、NQ、(CHCOR、(CHN(R’)(R’’)、(CHOH、(CHSH、アルキル、アラルキル、アリール、複素環式、環状アルキル、アルケニル、アルキニル、アラルケニル、アラルキニルから選択され、ここで、nは、1〜10であり、
及びTは各々、独立して、H、OR’’、SR’’、NQ、置換または非置換の脂肪族であり、代替的に、T及びTは、それらが結合する炭素と一緒になって、C=O、C=S、C=NQを形成することができ、
及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルから選択され、R’’は、H、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルであり、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換または非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式である。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−kもしくはVIII−lの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−kもしくはVIII−lの構造を有する:
Figure 2020522510
式VIII−k及びVIII−lにおいて:
は、存在しないか、C(O)、−−P(O)(YM)−O−−、−−C(O)(CHC(O)−−、(CRであり、ここで、nは、1〜10である。
Zは、H、D及びLの立体化学を備えた天然及び非天然のa−アミノ酸、ペプチド、置換アミン、カルボン酸、アミノ酸、ヒドロキシ酸、オリゴ及びポリアミンから選択され、
及びTは各々、独立して、H、OR’’、SR’’、NQ、置換または非置換の脂肪族であり、代替的に、T及びTは、それらが結合する炭素と一緒になって、C=O、C=S、C=NQを形成することができ、
及びTは各々、独立して、H、OR’’、SR’’、NQ、置換または非置換の脂肪族であり、代替的に、T及びTは、それらが結合する炭素と一緒になって、C=O、C=S、C=NQを形成することができ、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換または非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式である。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−m、VIII−n、VIII−o、またはVIII−pのいずれかの構造を有するか、またはPX0−N1−が、式VIII−m、VIII−n、VIII−o、またはVIII−pのいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
式VIII−m、VIII−n、VIII−o、またはVIII−pにおいて:
及びTは各々、独立して、H、OR’’、SR’’、NQ、及び置換または非置換の脂肪族からなる群から選択され、
R’及びR’’は各々、独立して、H、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルであり、
は、存在しないか、O、S、NQ、または(CRであり、
及びRは各々、独立して、H、F、C−Cハロアルキル、またはC−Cアルキルであり、
tは、1〜6であり、
Zは、OP(Z10)(Y10)NQ、R10、OR10、COR10、CO(CRCOR10、CO10、NR2030、CONR2030、CON(H)NR2030、ONR2030、CON(H)N=CR4050、N(R20)C(=NR30)NR2030、N(R20)C(O)NR2030、N(R20)C(S)NR2030、OC(O)NR2030、SC(O)NR2030、N(R20)C(S)OR10、N(R20)C(O)OR10、N(R20)C(O)SR10、N(R20)N=CR4050、ON=CR4050、SO10、SOR10、SR10、置換または非置換の複素環式、Y’、
Figure 2020522510
からなる群から選択され、
100は、OH、SH、NQ、(CHCOR100、(CHNQ、(CHOH、(CHSH、アルキル、アルコキシ、アラルキル、アリール、複素環式、ヘテロアリール、環状アルキル、アルケニル、アルキニル、アラルケニル、及びアラルキニルからなる群から選択され、
Y’及びY’’は各々、独立して、H、OH、OR100、(CHOH、SH、(CHSCH、(CHSH、COR100、(CHCOR100、(CHCONQ、(CHNQ、(CHNHC(=NQ)NQ、(CHCONQ、OP(Z10)(Y10)NQ、OP(Z10)(X10)Y10、直線状または分枝状の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリールアルキル、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリールアキル(arylakyl)、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
20、R30、R40及びR50は各々、独立して、水素、アシル、脂肪族もしくは置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、OR10、COR10、CO10、及びNQからなる群から選択されるか、または、R20及びR30が一緒になって、複素環式環を形成することができ、
10、Y10及びZ10は各々、独立して、存在しないか、O、S、アルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、シアノアルキル、シアノアルコキシ、NQ、またはNQであり、
Bは、水素、脂肪族、置換脂肪族、及び塩基からなる群から選択され、
Wは、H、ハロゲン、OR10、SR10、NQ、置換もしくは非置換の脂肪族、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクリル、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり、ここで、Q及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、R10は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、置換もしくは非置換の脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換脂肪族、アリール、アリール脂肪族、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール脂肪族、ヘテロアリール、複素環式、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換ヘテロアリール、またはヒドロキシルもしくはアルコキシ置換複素環式であり、
及びQは各々、独立して、H、OH、置換または非置換の脂肪族、置換または非置換のアシル、置換または非置換のカルボキシル、置換または非置換のアリール、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のヘテロシクリル、及び置換または非置換のシクロアルキルからなる群から選択され、
21、R31及びR41は各々、独立して、OH、SH、NQ、(CHCOR31、(CHNQ、(CHOH、(CHSH、アルキル、アルコキシ、アラルキル、アリール、複素環式、環状アルキル、アルケニル、アルキニル、アラルケニル、及びアラルキニルからなる群から選択され、
nは、1〜10であり、
pは、0〜10である。
一部の実施形態では、上記式のZは、D及びLの立体化学を備えた天然及び非天然のa−アミノ酸、ペプチド、置換アミン、カルボン酸、アミノ酸、ヒドロキシ酸、オリゴ及びポリアミンから選択され得る。
一部の実施形態では、T、T、R’及びR’’は各々、独立して、H、アルキル、またはアルコキシであり得る。
一部の実施形態では、Y’及びY’’は、OH、OR100、(CHOH、SH、(CHSCH、(CHSH、COR100、(CHCOR100、(CHCONQ、(CHNQ、(CHNHC(=NQ)NQ、(CHCONQ、OP(Z10)(Y10)NQ、OP(Z10)(X10)Y10、直線状または分枝状のアルキル、アリール、ヒドロキシルもしくはアルコキシ置換アリール、ヘテロアリール、または複素環式であり得る。一部の実施形態では、Y’及びY’’は、出現ごとに独立する場合があり、Y’は、(CHOH、(CHSCH、(CHSH、COR100、(CHCOR100、(CHNQ、OP(Z10)(Y10)NQ、OP(Z10)(X10)Y10、直線状または分枝状のアルキル、アリール、ヘテロアリール、または複素環式である。
一部の実施形態では、nは、1〜4であり得る。
一部の実施形態では、pは、0〜6であり得る。
一部の実施形態では、R100は、OHまたはアルコキシであり得る。
一部の実施形態では、Wは、H、OH、アルコキシ、アルコキシ置換アルコキシ、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり得る。
一部の実施形態では、Zは、H、OH、アルコキシ、アルコキシ置換アルコキシ、保護基、反応性リン基、またはオリゴヌクレオチドであり得る。
一部の実施形態では、該保護基は、アセチル、ベンジル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリチル、モノメトキシトリチル、及びジメトキシトリチルからなる群から選択されるヒドロキシル保護基である。
一部の実施形態では、該反応性リン基は、ホスホラミダイト、H−ホスホネート、アルキル−ホスホネート、及びリン酸トリエステルからなる群から選択され得る。
一部の実施形態では、Zは、ホスホラミダイトである。
一部の実施形態では、Zは、オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、式VIII−qの構造を有するか、または、PX0−N1−が式VIII−qの構造を有する:
Figure 2020522510
Rは、H、ハロゲン、リン酸基、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルコキシ、置換C−Cアルコキシ、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、置換C−Cアルキニル、ベンジル、3−ヒドロキシフェニル、n−ブチル、4−フルオロベンジル、3−ニトロフェニル、4−メトキシベンジル、ピリジン−4−イルメチル、5−メチルフラン−2−イルメチル、または4−メチルベンジルであり、Bは塩基である。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、3omeU、3fU、3daraT、3rT、vmoeTもしくはv3dTのいずれかの構造を有するか、または、PX0−N1−が、3omeU、3fU、3daraT、3rT、vmoeT、もしくはv3dTのいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
3omeU、3fU、3daraT、3rT、vmoeT、及びv3dTの一部の実施形態では、核酸塩基TまたはUは、異なる塩基で置換される。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、5’−OH、5’−OMe、5’H、もしくは5’−Fのいずれかの構造を有するか、または、PX0−N1−が、以下のいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、(R)−5’−MeOMe−P、(S)−5’−F−Me−P、(R)−5’−NH2−Me−P、もしくは(S)−5’−カルボキシ−Pのいずれかの構造を有するか、または、PX0−N1−が、(R)−5’−MeOMe−P、(S)−5’−F−Me−P、(R)−5’−NH2−Me−P、もしくは(S)−5’−カルボキシ−Pのいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、(E)−5’−VP、(Z)−5’−VP、(E)−5’−F−VP、もしくは(Z)−5’−F−VPのいずれかの構造を有するか、または、PX0−N1−が、(E)−5’−VP、(Z)−5’−VP、(E)−5’−F−VP、もしくは(Z)−5’−F−VPのいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、以下のいずれかの構造を有するか、またはPX0−N1−が以下のいずれかの構造を有し:
Figure 2020522510
Bxは塩基である。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、以下のいずれかの構造を有するか、またはPX0−N1−が以下のいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
10、R100、Q、Q、B、W、Y’、Y’’、p、R’’は、式VIII−hで定義されるとおりである。
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、以下のいずれかの構造を有するか、またはPX0−N1−が以下のいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、PX0−は、A−B−の構造を有し、式中、−B−はヌクレオチド間結合であり、Aは、以下の構造を有するか、またはPX0−N1−が以下の構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、PX0−は、以下のいずれかを含むか、または以下のいずれかからなる:5’−一リン酸((HOMO)P−0−5’)、5’−二リン酸((H0)2(0)P−−O−P(H0)(0)−0−5’)、5’−三リン酸((H0)2(0)P−−O−(HO)(O)P−O−P(HO)(0)−−−0−5’)、5’−グアノシンキャップ(7−メチル化または非メチル化)(7m−G−0−5’−(HO)(O)P−O−(HO)(O)P−−O−P(HO)30(0)−−−0−5’)、5’−アデノシンキャップ(Appp)、及び任意の修飾または非修飾ヌクレオチドキャップ構造(N−0−5’−(HO)(O)PO−(HO)(O)P−O−P(H0)(0)−−−0−5’)、5’−モノチオホスフェート(ホスホロチオエート、(HOMS)P−0−5’)、5’−モノジチオホスフェート(ホスホロジチオエート、(HO)(HS)(S)P−0−5’)、35 5’−ホスホロチオレート((HOMO)P−S−5’)、酸素/硫黄置換一リン酸、二リン酸、及び三リン酸の任意のさらなる組み合わせ(例えば、5’−アルファ−チオ三リン酸、5’−ガンマ−チオ三リン酸等)、5’−ホスホロアミデート((HOMO)P−NH−5’、(HO)(NH2)(0)P−0−5’)、40 5’−アルキルホスホネート(R=アルキル=メチル、エチル、イソプロピル、プロピル等、例えば、RP(OH)(O)−0−5’−、(OHMO)P−5’−CH2−)、5’−アルキルエーテルホスホネート(R=アルキルエーテル=メトキシメチル(MeOCH2−)、エトキシメチル等、例えば、RP(OH)(O)−−−0−5’−)。
一部の実施形態では、PX0−は、リン酸、修飾されたリン酸、リン酸アナログ、5’−ヌクレオシド、修飾された5’−ヌクレオシドもしくは5’−ヌクレオシドアナログ、または5’−ヌクレオチド、修飾された5’−ヌクレオチドもしくは5’−ヌクレオチドアナログを含むか、またはそれからなり、−N1−は、モルホリノ、架橋モルホリノ、またはシクロヘキセニルを含むか、またはそれからなる。
一部の実施形態では、ヌクレオチドは、シクロヘキセニルまたは架橋モルホリノである。
架橋モルホリノ及びシクロヘキセニルヌクレオチドならびにヌクレオシドは、例えば、公開特許出願US2016−0186175 A1に記載されている。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分を含み、ここでは該リン酸はキラル中心である。
本明細書に記載される様々な5’末端において、該リン酸はキラル中心である。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分を含み、ここでは該リン酸はキラル中心であり、該リン酸は立体不規則的混合物である。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分を含み、ここでは該リン酸はキラル中心であり、該リン酸は立体制御されている。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分を含み、ここでは該リン酸はキラル中心であり、該リン酸は立体制御されており、Sp立体配置である。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分を含み、ここでは該リン酸はキラル中心であり、該リン酸は立体制御されており、Rp立体配置である。
提供される一本鎖RNAi剤に好適な様々な5’末端は、例えば、EP 1520022 B1に記載されている。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−i(PH)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−j(PS)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−a(n−プロピル、C3 POまたはMod022)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−g(ジメチルC3もしくはC3ジメチルPSまたはMod023)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式Mod022の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−c(POMod023)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−d(PSMod023)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式IV−e(PHMod023)の構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−aの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−bの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−cの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−dの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−eの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−fの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−gの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−hの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−iの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−jの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−kの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−lの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式II−a〜II−lの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−aの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−bの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−cの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−dの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−eの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−fの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−gの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−hの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−iの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−jの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−kの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−lの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式III−a〜III−lの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式V−aの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式V−bの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式V−cの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式V−dの構造を有する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、PX0−は、式V−a〜V−dのいずれかの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(R)−Me OH T、5’−(R)−Me PO T、5’−(R)−Me PS T、5’−(R)−Me PH T、5’−(S)−Me OH T、5’−(S)−Me PO T、5’−(S)−Me PS T、及び5’−(S)−PH Tから選択される構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(R)−Me OH Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(R)−Me PO Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(R)−Me PS Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(R)−Me PH Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(S)−Me OH Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(S)−Me PO Tの構造を有する。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(S)−Me PS Tの構造を有する。
かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7643及びWV−7644が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(R)−Me PO Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7645及びWV−7646が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(R)−Me PS Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7647及びWV−7648が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(R)−Me PH Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7649及びWV−7650が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(S)−Me OH Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7635及びWV−7636が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(S)−Me PO Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7637及びWV−7638が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(S)−Me PS Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7639及びWV−7640が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、5’末端構造、例えば、PX0−N1−は、5’−(S)−Me PH Tの構造を有する。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表46のWV−7641及びWV−7642が挙げられる。
一部の実施形態では、5’末端構造PX0−N1−は、5’−(S)−Me PH Tの構造を有する。さらに、いくつかの参考文献、例えば、EP 1520022 B1、パラグラフ6は、5’リン酸は、siRNA二本鎖の標的相補的な鎖(例えば、アンチセンス鎖)で、RISC活性に必要であることを報告している。米国特許第8,729,036号、カラム2はまた、5’リン酸が、RNA干渉にとって必須であることが報告されることを注記した。米国特許第8,729,036号、カラム3はまた、5’リン酸が、HeLa S100抽出物中で一本鎖アンチセンスsiRNAがRNAiを引き起こすのに必要であることを報告した。しかしながら、本開示は、5’リン酸を含まない様々な一本鎖RNAi剤が、RNA干渉を誘導する能力を有することを示している。
一部の実施形態では、5’末端は、リン酸含有部分、例えば、T−VPもしくはT−PO、または、任意の他の適切なRNAi剤の5’末端化合物、例えば、Allerson et al.2005 J.Med.Chem.48:901−04、Lima et al.2012 Cell 150:883−894、Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993−3011、及び/またはPrakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:26:2817−2820に記載のものを含む。
一部の実施形態では、リン含有部分を含まない5’末端は、当該一本鎖RNAi剤の合成がより容易であり得るという点、及びリン含有部分を分解から保護する必要がない場合があるという点で特別な利点を有し得る。一部の実施形態では、リン含有部分を含まない提供される一本鎖RNAi剤の5’末端は、標的細胞内で当該一本鎖RNAi剤の5’末端でリン含有部分に結合することができる哺乳類キナーゼの基質の役割を果たすことができる部分を含む。
当該5’末端がリン含有部分を含まない有効な一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−3068、WV−3069、WV−2818、WV−2817、WV−2721、及びWV−2386が挙げられる。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まない。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−は、HまたはOHである。
当該5’末端がリン含有部分を含まない有効な一本鎖RNAi剤の一部の非限定的な実施形態では、PX0−はOHであり、−N1−は、2’−デオキシまたは2’−OMeである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、当該5’末端はリン含有部分を含まず、PX0−はOHであり、−N1−は2’−デオキシTである。この構造を備えた有効な一本鎖RNAi剤の一部の非限定的な例としては、WV−3068、WV−2818、及びWV−2817が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、当該5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−はOHであり、−N1−は、2’−デオキシAである。この構造を備えた有効な一本鎖RNAi剤の一部の非限定的な例としては、WV−2721が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、当該5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−はOHであり、−N1−は、2’−OMeである。この構造を備えた有効な一本鎖RNAi剤の一部の非限定的な例としては、WV−2386が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、当該5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−はOHであり、−N1−は、2’−OMe Uである。この構造を備えた有効な一本鎖RNAi剤の一部の非限定的な例としては、WV−2386が挙げられる。
一部の実施形態では、PX0−とPX0−N1−のどちらもリン含有部分を含まない。
一部の実施形態では、PX0−は、リン含有部分を含まない。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−またはPX0−N1−は、HまたはOHである。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−は、HまたはOHである。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−はHである。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−はOHである。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−N1−はHである。
一部の実施形態では、5’末端は、リン含有部分を含まず、PX0−N1−はOHである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシTである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシUである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシAである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシGである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシCである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み(例えば、PX0=OH)、第1のヌクレオシドは2’−デオキシである(例えば、N1=2’−デオキシ)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表13のWV−3068、WV−2817、WV−2818、WV−2721、及び本明細書に開示されるさらに多くの一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシTである(例えば、N1=2’−デオキシT)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表13のWV−3068、WV−2817、WV−2818、及び本明細書に開示されるさらに多くの一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシUである(例えば、N1=2’−デオキシU)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシAである(例えば、N1=2’−デオキシA)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表13のWV−2721が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシGである(例えば、N1=2’−デオキシG)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシCである(例えば、N1=2’−デオキシC)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMeである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Tである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Uである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Aである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Gである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Cである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMeである(例えば、N1=2’−OMe)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Tである(例えば、N1=2’−OMe T)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Uである(例えば、N1=2’−OMe U)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例は、表35のWV−2386である。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Aである(例えば、N1=2’−OMe A)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Gである(例えば、N1=2’−OMe G)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Cである(例えば、N1=2’−OMe C)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−Fである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Tである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Uである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Aである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Gである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Cである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−Fである(例えば、N1=2’−F)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Tである(例えば、N1=2’−F T)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Uである(例えば、N1=2’−F U)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Aである(例えば、N1=2’−F A)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例は、表36BのWV−5301である。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Gである(例えば、N1=2’−F G)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例は、表37のWV−5300である。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端OHを含み、第1のヌクレオシドは2’−F Cである(例えば、N1=2’−F C)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシTである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシUである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシAである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシGである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシCである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み(例えば、PX0=リン酸)、第1のヌクレオシドは2’−デオキシである(例えば、N1=2’−デオキシ)。非限定的な例としては、表13のWV−3021;表18のWV−2420;表19のWV−2716〜WV−2719;表26のWV−2720;及び本明細書に開示されるさらに多くの一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシTである(例えば、N1=2’−デオキシT)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表13のWV−3021;表18のWV−2420;表19のWV−2716〜WV−2719;及び本明細書に開示されるさらに多くの一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシUである(例えば、N1=2’−デオキシU)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシAである(例えば、N1=2’−デオキシA)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表26のWV−2720が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシGである(例えば、N1=2’−デオキシG)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−デオキシCである(例えば、N1=2’−デオキシC)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−Fである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Tである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Uである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Aである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Gである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Cである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−Fである(例えば、N1=2’−F)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275、WV−1277、WV−1829、及びWV−1830;ならびに表17のWV−1307が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Tである(例えば、N1=2’−F T)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Uである(例えば、N1=2’−F U)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表17のWV−1307が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Aである(例えば、N1=2’−F A)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275、WV−1277、WV−1829、及びWV−1830が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Gである(例えば、N1=2’−F G)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−F Cである(例えば、N1=2’−F C)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMeである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Tである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Uである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Aである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Gである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Cである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMeである(例えば、N1=2’−OMe)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表26及び27のWV−2110;表17のWV−1308;表20のWV−2712、WV−2713、WV−2714、WV−2715;表21のWV−2111;表23のWV−2154、WV−2155;ならびに表24のWV−2156及びWV−2157;ならびに表12のWV−1831が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Tである(例えば、N1=2’−OMe T)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Uである(例えば、N1=2’−OMe U)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表26及び27のWV−2110;表17のWV−1308;表20のWV−2712、WV−2713、WV−2714、WV−2715;表21のWV−2111;表23のWV−2154、WV−2155;ならびに表24のWV−2156及びWV−2157が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Aである(例えば、N1=2’−OMe A)。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1831が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Gである(例えば、N1=2’−OMe G)。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、該一本鎖RNAi剤は、5’末端リン酸を含み、第1のヌクレオシドは2’−OMe Cである(例えば、N1=2’−OMe C)。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ASPGRに結合するさらなる成分を含む。一部の実施形態では、該さらなる成分は、当該オリゴヌクレオチドの5’末端上である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、さらなる成分を含み、それは、式(K)の化合物であるか、または式(K)の化合物を含む。
Figure 2020522510
式中、R61は、−CN、−CH−CN、−C≡CH、−CH−N、−CH−NH、−CH−N(R64)−S(O)−R65、−CH−COH、−COH、−CH−OH、−CH−SH、−CH=CH−R65、−CH−R65、−CH−S−R65、−CH−N(R64)−R65、−CH−N(R64)−C(O)−R65、−CH−N(R64)−C(O)−O−R65、−CH−N(R64)−C(O)−N(R64)−R65、−CH−O−R65、−CH−O−C(O)−R65、−CH−O−C(O)−N(R64)−R65、−CH−O−C(O)−O−R65、−CH−S(O)−R65、−CH−S(O)−R65、−CH−S(O)−N(R64)−R65、−C(O)−NH、−C(O)−O−R65、−C(O)−N(R64)−R65、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、ここで、該アリールもしくはヘテロアリールは、R65で任意に置換されるか、あるいは、R61は、−Z−X−Yであり、ここで、Xは、リンカーまたは薬物送達系であり、Yは、存在しないか、または、小分子、アミノ酸配列、核酸配列、抗体、オリゴマー、ポリマー、遺伝子的に誘導された物質、リポソーム、ナノ粒子、染料、蛍光プローブ、もしくはそれらの組み合わせからなる群から選択されるリガンドであり、Zは、存在しないか、あるいは、−C≡C−、−CH=CH−、−CH−、−CH−O−、−C(O)−N(R64)−、−CH−S−、−CH−S(O)−、−CH−S(O)−、−CH−S(O)−N(R64)−、−C(O)−O−、−CH−N(R64)−、−CH2−N(R64)−C(O)−、−CH−N(R64)−S(O)−、−CH−N(R64)−C(O)−O−、−CH−N(R64)−C(O)−N(R64)−、−CH−O−C(O)−、−CH−O−C(O)−N(R64)−、−CH−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、ここで、該アリールまたはヘテロアリールは、R65で任意に置換され、
62は、−OH、−N、−N(R63、−N(R63)−C(O)−R63、−N(R63)−C(O)−N(R63、−N(R63)−C(O)−OR63、テトラゾール、またはトリアゾールであり、ここで、該テトラゾール及びトリアゾールは、R63で任意に置換され、ここで、R61が−CH−OHの場合、R62は、−N、−N(R63、−N(R63)−C(O)−R63、−N(R63)−C(O)−N(R63、−N(R63)−C(O)−OR63、テトラゾール、またはトリアゾールであり、ここで、該テトラゾール及びトリアゾールは、R63で任意に置換され、
各R63は、独立して、−H、−(C−C)アルキル、ハロ置換(C−C)アルキル、または(C−C)シクロアルキルであり、ここで、該アルキルまたはシクロアルキルの−CH−基は、−O−、−S−、及び−N(R64)−から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、該アルキルの−CHは、−N(R64、−OR64、及び−S(R64)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており
各R64は、独立して、−H、−(C−C20)アルキル、または(C−C)シクロアルキルであり、ここで、少なくとも2つの炭素原子で分離された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH−基は、−O−、−S−、または−N(R64)−で置き換えられてもよく、該アルキルの−CHは、−N(R64、−OR64、及び−S(R64)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、ここで、該アルキル及びシクロアルキルは、1〜6個のハロ原子で置換されてもよく、
各R65は、独立して、−H、(C−C20)シクロアルキル、または(C−C20)アルキルであり、ここで、少なくとも2つの炭素原子で分離された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH−基は、−O−、−S−、または−N(R64)−で置き換えられてもよく、該アルキルの−CHは、−N(R64、−OR64、及び−S(R64)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、ここで、該アルキル及びシクロアルキルは、1〜6個のハロ原子で置換されてもよい。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、さらなる成分を含み、それは、式(M)の化合物であるか、または式(M)の化合物を含む。
Figure 2020522510
式中、R71は、−CN、−CH−CN、−C≡CH、−CH−N、−CH−NH、−CH−N(R74)−S(O)−R75、−CH−COH、−COH、−CH−OH、−CH−SH、−CH=CH−R75、−CH−R75、−CH−S−R75、−CH−N(R74)−R75、−CH−N(R74)−C(O)−R75、−CH−N(R74)−C(O)−O−R75、−CH−N(R74)−C(O)−N(R74)−R75、−CH−O−R75、−CH−O−C(O)−R75、−CH−O−C(O)−N(R74)−R75、−CH−O−C(O)−O−R75、−CH−S(O)−R75、−CH−S(O)−R75、−CH−S(O)−N(R74)−R75、−C(O)−NH、−C(O)−O−R75 −C(O)−N(R74)−R75、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、ここで、該アリールもしくはヘテロアリールは、R75で任意に置換されるか、あるいは、R71は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−X、−Y、または−Z−Xであり、ここで、Xは、リンカーまたは薬物送達系であり、Yは、R76であるか、または、小分子、アミノ酸配列、核酸配列、抗体、オリゴマー、ポリマー、遺伝子的に誘導された物質、リポソーム、ナノ粒子、染料、蛍光プローブ、もしくはそれらの組み合わせからなる群から選択されるリガンドであり、Zは、−C≡C−、−CH=CH−、−CH−、−CH−O−、−C(O)−N(R74)−、−CH−S−、−CH−S(O)−、−CH−S(O)−、−CH−S(O)−N(R74)−、−C(O)−O−、−CH−N(R74)−、−CH2−N(R74)−C(O)−、−CH−N(R74)−S(O)−、−CH−N(R74)−C(O)−O−、−CH−N(R74)−C(O)−N(R74)−、−CH−O−C(O)−、−CH−O−C(O)−N(R74)−、−CH−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、ここで、該アリールまたはヘテロアリールは、R75で任意に置換され、
72は、−OH、−N、−N(R73、−N(R73)−C(O)−R73、−N(R73)−C(O)−N(R73、−N(R73)−C(O)−OR73、−N(R73)−S(O)−R73、テトラゾール、またはトリアゾールであり、ここで、該テトラゾール及びトリアゾールは、R73で任意に置換され、
ここで、R71が−CH−OHの場合、R72は、−N、−N(R73、−N(R73)−C(O)−R73、−N(R73)−C(O)−N(R73、−N(R73)−C(O)−OR73、N(R73)−S(O)−R73、テトラゾール、またはトリアゾールであり、ここで、該テトラゾール及びトリアゾールは、R73で任意に置換され、
各R73は、独立して、−H、−(C−C)アルキル、ハロ置換(C−C)アルキル、または(C−C)シクロアルキルであり、ここで、該アルキルまたはシクロアルキルの1つ以上の−CH−基は、−O−、−S−、及び−N(R74)−から独立して選択されるヘテロ原子基で各々置き換えられてもよく、該アルキルの−CHは、−N(R74、−OR74、及び−S(R74)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、
各R74は、独立して、−H、−(C−C20)アルキル、または(C−C)シクロアルキルであり、ここで、少なくとも2つの炭素原子で分離された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH−基は、−O−、−S−、または−N(R74)−から独立して選択されるヘテロ原子基で各々置き換えられてもよく、該アルキルの−CHは、−N(R74、−OR74、及び−S(R74)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、ここで、該アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各R75は、独立して、−H、(C−C20)シクロアルキル、または(C−C60)アルキルであり、ここで、該シクロアルキルの1〜6個の−CH−基または該アルキルの1〜20個の−CH−基は、−O−、−S−、及び−N(R74)−から独立して選択されるヘテロ原子で各々置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、該アルキルの−CHは、−N(R74、−OR74、及び−S(R74)から選択されるヘテロ原子基で置き換えられてもよく、ここで、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で分離されており、ここで、該アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各R76は、独立して、H、−C≡CH、−C=CH、−CH、−N、−N(R74、−OH、−S(O)−(R74)、−S(O)−(R74)、−C(O)−OH、−S−S−アリール、−S−S−ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アリール、またはヘテロアリールであり、ここで、各アリールまたはヘテロアリールは、R75で任意に置換される。
一部の実施形態では、R61もしくはR71は、−X−Yであり、及び/またはR62もしくはR72は、−NH−C(O)−CHである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下からなる群から選択されるさらなる成分を含む:
ベンジル(4−((2−((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)エチル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート、
ベンジル(4−((1,3−ビス((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)プロパン−2−イル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート、
ベンジル(4−((1,3−ビス((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)−2−(((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)メチル)プロパン−2−イル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート、
N−(2−((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)エチル)−4−アミノブタンアミド、
4−アミノ−N−{1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]プロパン−2−イル}ブタンアミド、
4−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ブタンアミド、
4−アミノ−N−[1,31−ビス(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−2,6,10,14,18,22,26,30−オクタオキサヘントリアコンタン−16−イル]ブタンアミド、
4−アミノ−N−{1,31−ビス(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−16−[15−(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−2,6,10,14−テトラオキサペンタデカ−1−イル]−2,6,10,14,18,22,26,30−オクタオキサヘントリアコンタン−16−イル}ブタンアミド、
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−1−[(ヘキシルオキシ)メチル]−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド、化合物、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−2,2,2−トリフルオロアセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]プロパンアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]メタンスルホンアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−3,3,3−トリフルオロプロパンアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−N−メチルアセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−N−メチルメタンスルホンアミド、
tert−ブチル[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]メチルカルバメート、
(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(ヒドロキシメチル)−4−(メチルアミノ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール塩酸塩、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−エン−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−イン−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−アミノ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド、
1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−酸、
S−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}エタンチオエート、
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−[13−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド、
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド塩酸塩、
6−アジド−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)へプタ−6−エンアミド、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)へプタ−6−インアミド、
7−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸(ナトリウム塩)、
ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}カルバメート、
6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド酢酸塩、
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}−6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサンアミド、
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}−6−[(ブロモアセチル)アミノ]ヘキサンアミド、
4−{[(2R)−5−(カルバモイルアミノ)−2−{[(2R)−2−シクロペンチル−2−{[6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサノイル]アミノ}アセチル]アミノ}ペンタノイル]アミノ}ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}カルバメート、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,19−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16−テトラオキサ−4,20−ジアザヘキサコサン−26−アミド、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,31−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16,19,22,25,28−オクタオキサ−4,32−ジアザオクタトリアコンタン−38−アミド、
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド、
2−(ピリジン−2−イルジスルファニル)エチル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}カルバメート、
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}−6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサンアミド、
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}−N’−(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)ヘプタンジアミド、
6−アジド−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}ヘキサンアミド、
6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}ヘキサンアミド、
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−({6[(6ヒドロキシヘキサノイル)アミノ]ヘキサノイル}アミノ)プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート、
ベンジル[6−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}アミノ)−6−オキソへキシル]カルバメート、
6−アミノ−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}ヘキサンアミドアセテート、
4−(ベンジルオキシ)−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ブタンアミド、
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−4−ヒドロキシブタンアミド、及び
N−(2−{[6−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソへキシル}アミノ)−6−オキソへキシル]オキシ}−1,3−ジオキサン−5−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式(N)のさらなる成分を含む。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下から選択されるさらなる成分を含む:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下の式のいずれかから選択されるさらなる成分を含む:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、本明細書で使用される用語であるGalNAcは、GalNAcと構造的に同様である、及び/またはGalNAcの少なくとも1つの機能(例えば、ASPGRへの結合)を行う化学物質を指す。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端は、GalNAcまたはそのバリアントもしくは誘導体を含む。
オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の5’末端におけるGalNAc部分(例えば、5’GalNAc部分)の非限定的な例が以下に示され、ここで、該5’末端構造、例えば、PX0−N1−PX1−は:
Figure 2020522510
で表される。
一部の実施形態では、GalNAc部分、例えば、GalNAcまたはそのバリアントもしくは誘導体は、以下のいずれかに記載されている:Migawa et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:2914−7、Ostergaard et al.2015 Bioconjug.Chem.26:1451−1455、Prakash et al.2014 Nucl.Acids Res.42:8796−8807、Prakash et al.2016 J.Med.Chem.59:2718−33、Shemesh et al.2016 Mol.Ther.Nucl.Acids 5:e319、St−Pierre et al.2016 Bioorg.Med.Chem.24:2397−409、及び/またはYu et al.2016 Mol.Ther.Nucl.Acids 5:e317。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドに複合体化された化学物質(例えば、さらなる成分)は、ASPGRに結合する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドに複合体化された化学物質(例えば、さらなる成分)は、ASPGRに結合し、Mod031、Mod034、Mod035、Mod036、Mod038、Mod039、Mod040、またはMod041のいずれかを含む。
一部の実施形態では、さらなる成分は、Mod079、Mod080、Mod081、Mod082、またはMod083のいずれかであってもよいし、そのいずれかを含んでもよい。一部の実施形態では、さらなる成分は、以下のいずれかであってもよいし、以下のいずれかを含んでもよい:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
5’末端にGalNAc部分を含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−3246及びWV−3249が挙げられる。
5’末端構造にGalNAc部分を含み、該GalNAc部分がMod001である一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−3246及びWV−3249が挙げられる。一部の実施形態では、Mod001は、トリアンテナ型GalNAcとして言及される。
末端から2番目にGalNAc部分を含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−3068、WV−3069、WV−3243、WV−3245、WV−3248、WV−3532、WV−6035、WV−6036、WV−6037、WV−6038、WV−6039、WV−6040、WV−6041、WV−6042、WV−6205、WV−6206、WV−6214、WV−6215、WV−7302、WV−7303、WV−7490、WV−7491、WV−7492、WV−7493、WV−7494、WV−7495、WV−7496、及びWV−7497が挙げられる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の5’末端及び/または任意の5’−ヌクレオシド及び/または任意の5’−ヌクレオチド部分を含有し得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の5’末端及び/または任意の5’−ヌクレオシド及び/または任意の5’−ヌクレオチド部分を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;標的化部分、脂質部分、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドの5’−ヌクレオシドまたは5’−ヌクレオチド
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉やRISC(RNase H介在性ノックダウンもしくは遺伝子発現の立体障害を含むがこれに限定されない)が関与しない生化学的機序を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、標的遺伝子のmRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/または、mRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の5’−ヌクレオシドまたは任意の5’−ヌクレオチドを含有し得る。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の該5’−ヌクレオシド、例えば、5’末端のヌクレオシド(例えば、N1の)は、任意のヌクレオシド、修飾されたヌクレオシド、または当技術分野で既知のユニバーサルヌクレオシドでよい。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の該5’−ヌクレオシド、例えば、5’末端のヌクレオシド(例えば、N1の)は、当該塩基における2’修飾を含み得る。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の該5’末端のヌクレオシド(例えば、N1の)は、2’−デオキシ(DNA)、2’−F、2’−OMe、もしくは2’−MOE、または逆位ヌクレオシドもしくはヌクレオチドを含み得る。
当該ssRNAi剤の5’末端におけるヌクレオシドが2’−デオキシ(DNA)であるssRNAi剤形式の非限定的な例としては、図1の形式1〜5、16〜18、22〜29、32〜78、84〜93、97、及び103〜107が挙げられる。
当該ssRNAi剤の5’末端におけるヌクレオシドが2’−FであるssRNAi剤形式の非限定的な例としては、図1の形式11〜15、19、79〜83、及び98〜100が挙げられる。
当該ssRNAi剤の5’末端におけるヌクレオシドが2’−OMeであるssRNAi剤形式の非限定的な例としては、図1の形式6〜10、20〜21、30〜31、94〜96、及び101〜102が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端における核酸塩基(例えば、N1の)はTである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端における核酸塩基(例えば、N1の)はUである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端における核酸塩基(例えば、N1の)はAである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端における核酸塩基(例えば、N1の)はGである。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の5’末端における核酸塩基(例えば、N1の)はCである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、5’ミスマッチを有し、当該一本鎖RNAi剤の5’末端(N1位)の核酸塩基は、標的転写産物の対応する位置からのミスマッチを有する。当技術分野で報告されているように、5’−ヌクレオシド部分と標的転写産物の対応する位置の相補性は、有効な二本鎖siRNAに必要ではない。本明細書に記載される一本鎖RNAi剤の様々な例もまた、5’ミスマッチを有し、なおRNA干渉を誘導する能力を有する。5’位(N1)で標的mRNAの配列とのミスマッチを有する有効なssRNAi剤が構築されている。5’位(N1)で標的mRNAの配列とのミスマッチを有する有効なssRNAi剤が構築されており、該ssRNAi剤のN1位はTである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤はN1で5’ミスマッチを有し、ここで、N1の核酸塩基はTである。
一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドはLNAである。
一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは5’−H(デオキシ)である。当該5’位(N1)のヌクレオシドが5’−H(デオキシ)である有効なssRNAi剤が構築されている。例えば、WV−4010、WV−4270、WV−4011、WV−4271、WV−4012、WV−4272、WV−4013、及びWV−4273を参照されたい。一部の実施形態では、5’位のヌクレオシドはデオキシT、A、G、またはCである。一部の実施形態では、5’位のヌクレオシドはデオキシTである。例えば、WV−3068、WV−2818、WV−2817、WV−3021等を参照されたい。一部の実施形態では、5’位のヌクレオシドはデオキシAである。例えば、表26及び34のWV−2721及びWV−2720を参照されたい。
一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−Fである。当該5’位(N1)のヌクレオシドが2’−Fである有効なssRNAi剤が構築されている。一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−F Aである。例えば、表12のWV−1275、WV−1277、WV1−1829、WV−1830を参照されたい。一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−F Gである。例えば、表37のWV−5300を参照されたい。
一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−OMeである。当該5’位(N1)のヌクレオシドが2’−OMeである有効なssRNAi剤が構築されている。例えば、WV−2112、WV−2113、WV−2146、WV−2147、WV−2148、及びWV−2149を参照されたい。一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−OMe Uである。例えば、とりわけ、表13、15及び20のWV−2110;表17及び18のWV−1308;表20のWV−2712、WV−2713、WV−2714、WV−2715;表21のWV−2111;表24のVW−2156及びWV−2157;表23のWV−2154及びWV−2155;ならびに表27のWV−2386を参照されたい。一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−OMe Aである。例えば、表12及び30のWV−1828及びWV−1831を参照されたい。一部の実施形態では、5’位(N1)のヌクレオシドは2’−OMe Cである。例えば、表39のWV−2477を参照されたい。
一本鎖RNAi剤を含めたオリゴヌクレオチドのシード領域
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のシード領域またはその一部もしくは構造的要素を含み得る。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤のシード領域は、転写産物標的への当該RNAi剤の結合に特に重要なRNAi剤の部分である。Lim et al.2005 Nature 433:769−773。多くの場合、RNAi剤アンチセンス鎖のシード領域とmRNA標的の完全な相補性は、高RNAi活性に必要であると報告されている。例えば、シード領域の6位での単一のミスマッチが、二本鎖RNAi活性を無効にすると報告されている。Lim et al.2005 Nature 433:769−773。対照的に、dsRNAiのアンチセンス鎖は、シード領域以外、例えば、5’位、ポストシード領域内、及び3’末端ジヌクレオチド内でのミスマッチにはより適すると報告されている。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の構造のシード領域は、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7で表される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の構造のシード領域は、N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7で表される構造を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の構造のシード領域は、N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−で表される構造を含む。
一部の二本鎖siRNAでは、アンチセンス鎖(及びそのセンス鎖の対応する部分)のシード領域をDNAで置き換えることができると同時に、該鎖の残りの部分がRNAであると報告されている。Yamato et al.2011 Cancer Gene Ther.18:587−597。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのNが2’修飾されている(例えば、この場合、NはN2〜N8のいずれかである)シード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも2つのNが2’修飾されているシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも3つのNが2’修飾されているシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも4つのNが2’修飾されているシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも5つのNが2’修飾されているシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも6つのNが2’修飾されているシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのNが2’−デオキシである(例えば、この場合、NはN2〜N8のいずれかである)シード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも2つのNが2’−デオキシであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも3つのNが2’−デオキシであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも4つのNが2’−デオキシであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも5つのNが2’−デオキシであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも6つのNが2’−デオキシであるシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのNが2’−Fである(例えば、この場合、NはN2〜N8のいずれかである)シード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも2つのNが2’−Fであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも3つのNが2’−Fであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも4つのNが2’−Fであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも5つのNが2’−Fであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも6つのNが2’−Fであるシード領域を含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのNが2’−OMeである(例えば、この場合、NはN2〜N8のいずれかである)シード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも2つのNが2’−OMeであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも3つのNが2’−OMeであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも4つのNが2’−OMeであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも5つのNが2’−OMeであるシード領域を含む。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、少なくとも6つのNが2’−OMeであるシード領域を含む。
一部の実施形態では、該シード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7541及びWV−7544である。
一部の実施形態では、該シード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeであり、該ポストシード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7541及びWV−7544である。
一部の実施形態では、該シード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、該シード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、該ポストシード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、2位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、該ポストシード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、2位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、14位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、任意の数のNが2’−デオキシ、2’−F、2’−OMe、及び/または2’−OHである場合があり、及び/または当該糖の2’位に任意の他の修飾を有するシード領域を含む場合があるシード領域を含む。
一本鎖RNAi剤のシード領域の様々な非限定的な例を表1A、図、及び本明細書の他の場所に示す。シード領域の非限定的な例としては、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7の中で、PX2〜PX7のうち最大で6つすべてがホスホジエステルであるもの、PX2〜PX7のうちの3つがホスホジエステルであるもの、PX2〜PX7のうちの3つがホスホロチオエートであるもの、PX2〜PX7のうちの0個がホスホロチオエートであるものが挙げられる。図は、シード領域のこれら様々な構造を含む、様々な標的に対する様々な配列の有効な一本鎖RNAi剤がRNAi干渉を媒介し得ることを示している。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−OMeであり、N3、N5、及びN7が2’−Fである。例えば、図1の形式1、2、及び7;表12のWV−1275及びWV−1277;ならびに表17のWV−1307を参照されたい。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−Fであり、N3、N5、及びN7が2’−OMeである。例えば、図1の形式3、6、及び8〜14、ならびに本明細書に開示される多くの一本鎖RNAi剤を参照されたい。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、P2、P4、及びP6がホスホロチオエートであり、P3、P5、及びP7がホスホジエステルである。例えば、図1の形式3〜14、ならびに本明細書に開示される多くの一本鎖RNAi剤を参照されたい。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、P2、P4、及びP6がホスホジエステルであり、P3、P5、及びP7がホスホロチオエートである。例えば、図1の形式1;表37及び36のWV−5300及びWV−5301;表12のWV−1275;ならびに表19のWV−2716、WV−2717、WV−2718、及びWV−2719を参照されたい。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−OMeであり、N3、N5、及びN7が2’−Fであり、P2、P4、及びP6がホスホロチオエートであり、P3、P5、及びP7がホスホジエステルである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、PX2〜PX7の各々がホスホロジエステルである。例えば、図1の形式1;及び表12のWV−1277を参照されたい。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、PX2〜PX7の各々がホスホジエステルである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−OMeであり、N3、N5、及びN7が2’−Fであり、P2、P4、及びP6がホスホジエステルであり、P3、P5、及びP7がホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−Fであり、N3、N5、及びN7が2’−OMeであり、P2、P4、及びP6がホスホロチオエートであり、P3、P5、及びP7がホスホジエステルである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−Fであり、N3、N5、及びN7が2’−OMeであり、P2、P4、及びP6がホスホジエステルであり、P3、P5、及びP7がホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−OMeであり、N3、N5、及びN7が2’−Fであり、P2〜P7の各々がホスホロジエステルである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2、N4、及びN6が2’−Fであり、N3、N5、及びN7が2’−OMeであり、P2〜P7の各々がホスホジチオエートである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7を含み、この場合、N2〜N7のうちの任意の1、2、3、4、5、6、または7個が独立して2’−デオキシである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチドは独立して2’−Fである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立して2’−OMeである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立して2’−MOEである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立して2’−デオキシである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−Fである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−Fである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−OMeである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−OMeである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−MOEである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−MOEである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つのヌクレオチドは独立して2’−デオキシである。一部の実施形態では、該シード領域は、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−であるか、これを含む。この構造の一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716、WV−2717、WV−2718、及びWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPO(ホスホジエステル)である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立してPOである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPS(ホスホロチオエート)である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立してPSである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSp(Sp立体配置のホスホロチオエート)である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立してSpである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRp(Rp立体配置のホスホロチオエート)である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の5つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の6つ以上のヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、N2〜N7のうちの7個は独立してRpである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPOである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPOである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してSpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してSpである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してRpである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してRpである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の1つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の2つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の3つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPSである。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、シード領域の任意の4つ以上の非連続ヌクレオチド間結合は独立してPSである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾のパターンは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチドの2’修飾のパターンを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fmfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fmfmfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fmfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275;表12のWV−1277;表17のWV−1307;表31のWV−2656;表31のWV−2657;及び表31のWV−2658が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275;表12のWV−1277;表17のWV−1307;表31のWV−2656;表31のWV−2657;及び表31のWV−2658が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275;表12のWV−1277;表17のWV−1307;表31のWV−2656;表31のWV−2657;及び表31のWV−2658が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fmfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275;表12のWV−1277;表17のWV−1307;表31のWV−2656;表31のWV−2657;及び表31のWV−2658が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1275;表12のWV−1277;表17のWV−1307;表31のWV−2656;表31のWV−2657;及び表31のWV−2658が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfmfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6427が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6427が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6427が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6427が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfMfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6428が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfMfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6428が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfMを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6428が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfMfを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6426が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfMfMを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6426が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfMfMを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeであり、Mは2’−MOEである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6426が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fdfdfdを含み、ここで、dは2’−デオキシであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716;表19のWV−2717;表19のWV−2718;及び表19のWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fdfdfdfを含み、ここで、dは2’−デオキシであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716;表19のWV−2717;表19のWV−2718;及び表19のWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、dfdfdfを含み、ここで、dは2’−デオキシであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716;表19のWV−2717;表19のWV−2718;及び表19のWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fdfdfを含み、ここで、dは2’−デオキシであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716;表19のWV−2717;表19のWV−2718;及び表19のWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、ffmmmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、fmmmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、ffmmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、ffmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、ffmmmmmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、ffmmmmmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mmmmを含み、ここで、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mmmmmを含み、ここで、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mmmmmmを含み、ここで、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、当該ヌクレオチドの2’修飾パターンは、mfmfmを含み、ここで、fは2’−Fであり、mは2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、図1に示される任意の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチド間結合のパターンを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XOXOXOを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XOXOXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OXOXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XOXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表2のWV−2112;表3のWV−2113;表3のWV−2146;表3のWV−2147;表3のWV−2148;表3のWV−2149;表4CのWV−4012;表4CのWV−4013;表5のWV−4010;表5のWV−4270;表6のWV−3755;及び本明細書に開示されるさらに多くのオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OXOXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表37のWV−5300;及び表36のWV−5301が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OXOXOXOを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表37のWV−5300;及び表36のWV−5301が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OXOXOを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表37のWV−5300;及び表36のWV−5301が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表37のWV−5300;及び表36のWV−5301が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XXOXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表31のWV−2655が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XXOXOXOを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表31のWV−2655が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XXOXOを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表31のWV−2655が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、XXOXを含み、ここで、Xはホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表31のWV−2655が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OOOOOOを含み、ここで、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OOOOOを含み、ここで、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OOOOを含み、ここで、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSOSOを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSOSOSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、OSOSOSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、該シード領域は、Sp立体配置のホスホロチオエートを含む。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6764が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、該シード領域は、Sp立体配置のホスホロチオエート及びホスホジエステルを含む。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6764が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSOSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表38のWV−6763;及び表39のWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSSSSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6764が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSSSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6764が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、SOSSを含み、ここで、SはSp立体配置のホスホロチオエートであり、Oはホスホジエステルである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表39のWV−6764が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、図1に示される第1の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチド間結合のパターンを含み、当該ヌクレオチドの2’修飾のパターンは、図1に示される第2の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチドの2’修飾のパターンを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域を含み、この場合、ヌクレオチド間結合のパターンは、図1に示される第1の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチド間結合のパターンを含み、当該ヌクレオチドの2’修飾のパターンは、図1に示される第1の一本鎖RNAi形式のシード領域におけるヌクレオチドの2’修飾のパターンを含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のシード領域またはその一部もしくは構造的要素を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のシード領域またはその一部もしくは構造的要素を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;標的化部分、脂質部分、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一本鎖RNAi剤を含めたオリゴヌクレオチドのポストシード領域
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のポストシード領域またはその一部もしくは構造的要素を含み得る。
提供される一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域(シード領域と3’末端ジヌクレオチドまたは3’末端キャップのいずれかの間の領域)は、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−で表される。
一部の実施形態では、mznz、及びpzの各々は、0〜10の整数である。
一部の実施形態では、mznz、及びpzの各々は、0〜10の整数であり、mznzpzの合計は、8〜20の整数である。
一部の実施形態では、N1〜N27の各々は、独立してヌクレオチドを表す。一部の実施形態では、PX1〜PX27の各々は、独立してヌクレオチド間結合を表す。一部の実施形態では、mz〜wzのいずれかが少なくとも2の場合、N18〜N25の各々及びPX18〜PX25の各々は、同じであっても異なってもよい。非限定的な例として、一部の実施形態では、mz>2の場合、各N18は同じヌクレオチドであっても異なるヌクレオチドであってもよい。非限定的な例として、一部の実施形態では、mz>2の場合、各PX18は同じヌクレオチド間結合であっても異なるヌクレオチド間結合であってもよい。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも1つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも2つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも3つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも4つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも5つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも6つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも7つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも8つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも9つの2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも10個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも11個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも12個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも13個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも14個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも15個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも16個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも17個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも18個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも19個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、20個の2’修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも1つの2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも2〜20個の2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個の2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも1つの2’−OMeの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも2〜20個の2’−OMeの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個の2’−OMeの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、合わせて少なくとも1つの2’−OMe及び/または2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、合わせて少なくとも2〜20個の2’−OMe及び/または2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、合わせて少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個の2’−OMe及び/または2’−Fの修飾を含むヌクレオチドの配列を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、2’−F及び2’−OMeの修飾または2’−OMe及び2’−Fの修飾を有する少なくとも2〜10個の連続ヌクレオチド対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、2’−F及び2’−OMeの修飾または2’−OMe及び2’−Fの修飾を有する少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の連続ヌクレオチド対を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMe、2’−F、2’−OMeを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、fmfmfmfmfmを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、交互2’修飾のパターンを含み、この場合、該パターンは、mfmf、mfmfmf、mfmfmfmf、mfmfmfmfmf、mfmfmfmfmf、mfmfmfmfmfmf、mfmfmfmfmfmfmf、mfmfmfmfmfmfmfmf、mfmfmfmfmfmfmfmfmfを含み、ここで、mは2’−OMeであり、fは2’−Fである。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも1つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも2つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも3つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも4つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも5つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも6つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも7つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも8つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも9つの2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも10個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも11個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも12個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも13個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも14個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも15個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも16個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも17個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz
−(N25−PX25)wz−は、少なくとも18個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも19個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、20個の2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも1つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも2つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも3つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも4つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも5つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも6つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも7つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも8つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも9つの連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも10個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも11個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも12個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも13個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも14個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも15個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも16個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも17個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz
(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも18個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも19個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、20個の連続2’−デオキシを含むヌクレオチドの配列を含む。
−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が少なくとも1つの2’−デオキシを含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−2417;表29のWV−2151;及び表23のWV−2155が挙げられる。
−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が少なくとも5つの2’−デオキシを含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2718が挙げられる。
−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が少なくとも6つの2’−デオキシを含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、WV−2719及び表19のWV−2716が挙げられる。
−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が少なくとも7つの2’−デオキシを含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2717が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側である。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側であり、該2’−デオキシは、リンカーを含めるためにさらに修飾され得る。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側であり、該2’−デオキシは、遊離アミノ基を含むリンカーを含めるためにさらに修飾され得る。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側であり、該2’−デオキシは、リンカー及び追加の化学的部分を含めるためにさらに修飾され得る。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側であり、該2’−デオキシは、リンカー及びGalNAc部分である追加の化学的部分を含めるためにさらに修飾され得る。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも1つの2’−デオキシを含み、この場合、少なくとも1つの2’−デオキシは、ポストシード領域の最も3’側であり、該2’−デオキシは、AMC6であるリンカー及びGalNAc部分である追加の化学的部分を含めるためにさらに修飾され得る。
−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が少なくとも1つの2’−デオキシを含むとともに、少なくとも1つの2’−デオキシがポストシード領域の最も3’側である一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2716、WV−2717、WV−2718、及びWV−2719;表21のWV−2111;表23のWV−2155;表24のWV−2111、WV−2156、及びWV−2157;表25のWV−3069;ならびに本明細書に開示される様々な他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも9つの連続2’−デオキシを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は少なくとも10個の連続2’−デオキシを含む。これら一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表24のWV−2111;表3のWV−2113;表29のWV−2114;表3のWV−2146、WV−2147、WV−2148、WV−2149;表29のWV−2152、及びWV−2153;表24のWV−2156及びWV−2157;WV−2819;表25のWV−3069が挙げられる。
一部の実施形態では、該シード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7541及びWV−7544である。
一部の実施形態では、該シード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeであり、該ポストシード領域の各ヌクレオチドは2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7541及びWV−7544である。
一部の実施形態では、該シード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、該シード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、該ポストシード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、2位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、該ポストシード領域の1つのヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
一部の実施形態では、2位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該シード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeであり、14位(5’末端から数えて)のヌクレオチドは2’−Fであり、該ポストシード領域の他のヌクレオチドの各々は2’−OMeである。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、表46M及びNのWV−7540及びWV−7543である。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくとも一部の例において、2’−Fヌクレオチドの数を減らすこと(例えば、それらを2’−OMe、2’−デオキシ、または2’−Fではない任意の他のヌクレオチドで置き換えること)が、2’−Fに関連する潜在毒性を低下させる一方で、in vitroでの有効性を認め、また、安定性を認め、または安定性を増加させ得ることを示唆する。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む、10個の連続したヌクレオチド間結合の対を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合の対を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各対がホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む、10個の連続したヌクレオチド間結合の対を含む。
一部の実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、もしくは9つのホスホロチオエート及び/または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、もしくは9つのホスホジエステルのヌクレオチド間結合を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、10個の連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホジチオエート及びホスホジエステルを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである10個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも11個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも12個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも13個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも14個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも15個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも16個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも17個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも18個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−P
X15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである少なくとも19個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホロチオエートである20個の連続したヌクレオチド間結合を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域、例えば、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも2つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表20のWV−2714及びWV−2715が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも3つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表19のWV−2717、WV−2718、及びWV−2719が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも4つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表20のWV−2712及びWV−2713が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも5つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式4、5、及び6;表13及び25のWV−3068;WV−3245、WV−3248、WV−3249、及びWV−3532;表12のWV−1828、WV−2819、WV−1830、及びWV−1831が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも6つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式2、3、7、8、9、12、及び13;表37及び36のWV−5288、WV−5289、WV−5292、WV−5293、WV−5296、WV−5297、WV−5300、WV−5301;表12のWV−1277及びWV−1828;WV−2110;表13および及び25WV−3068;表35のWV−2817、WV−2818、WV−2720、WV−2721及びWV−3021;表13、16のWV−2817及びWV−3021;表3のWV−2112;ならびに本明細書に開示される様々な他の一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも8つの連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表37及び38のWV−5290、WV−5291、WV−5294、WV−5295、WV−5298、及びWV−5299が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも10個の連続したホスホロチオエートを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表21のWV−2111;表24のWV−2111、WV−2156、及びWV−2157;表25のWV−3069;WV−2819;表29のWV−2114、WV−2152、及びWV−2153;ならびに本明細書に開示される様々な他の一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである10個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも11個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも12個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも13個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも14個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも15個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも16個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも17個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも18個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−
PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである少なくとも19個の連続したヌクレオチド間結合を含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、各々がホスホジエステルである20個の連続したヌクレオチド間結合を含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも2つの連続したホスホジエステルを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式4、5、及び6;ならびに表12のWV−1829、WV−1830、WV−1831が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも3つの連続したホスホジエステルを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式4、5、及び6;表12のWV−1829、WV−1830、WV−1831;ならびに表19のWV−2718及びWV−2719が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも4つの連続したホスホジエステルを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式10、11、及び14;ならびに表61及び66のWV−4054が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、少なくとも6つの連続したホスホジエステルを含む。かかる提供される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式2;表12のWV−1277;及び表61及び68のWV−4098が挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも7つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも8つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−は、5’から3’の順に、少なくとも9つの連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、5’から3’の順に、10個の連続したヌクレオチド間結合の対を含み、この場合、各対は、5’から3’の順に、ホスホロジエステル及びホスホロチオエートを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々がホスホロチオエートである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセット、及び、各々のセットが、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホジエステルである少なくとも2つのセットを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、連続したホスホロチオエートの1つ以上のセット及び/または連続したホスホジエステルの1つ以上のセットを含む。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも3つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも4つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも5つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、各々のセットが、少なくとも2つの連続したヌクレオチド間結合からなり、該ヌクレオチド間結合が各々ホスホロチオエートである少なくとも2つのセット、及び各々がホスホジエステルである少なくとも6つの連続したヌクレオチド間結合のセットを含む。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかの修飾のパターンを有する糖の範囲を含むポストシード領域を含む:mfmfmfmfmfmfm、mfmfmfmfmfm、mfmfmfmfm、mfmfmfm、mfmfm、mfm、fmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfm、fmfmfmfm、fmfmfm、及びfmfm、ここで、mは2’−OMeであり、fは2’−Fである。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表5AのWV−4270;表2のWV−2112;表3のWV−2146;及び本明細書に開示される多くの他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかの修飾のパターンを有する糖の範囲を含むポストシード領域を含む:dddfdfdfdfdfd、dddfdfdfdfd、dddfdfdfd、dddfdfd、及びdddfd、ここで、dは2’−デオキシであり、fは2’−Fである。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2717が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかの修飾のパターンを有する糖の範囲を含むポストシード領域を含む:dfdfdfdfdfdfd、fdfdfdfdfdfd、及びfdfdfdfdfd。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2716が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかの修飾のパターンを有する糖の範囲を含むポストシード領域を含む:fdfdfdfd、fdfdfd、及びfdfd。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2716、WV−2718、WV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XOXOXOXOOOO、OXOXOXOOOO、XOXOXOXOOO、XOXOXOXOO、XOXOXOOOO、OXOXOXOO、XOXOXOOO、OXOXOOOO、OXOXOOO、及びXOXOOO、ここで、Oはホスホジエステルであり、Xは立体不規則的ホスホロチオエートである。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表4のWV−4275;表4のWV−4271;及び本明細書に開示される多くの他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、OOOOOOOのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OOOOOO、OOOOO、OOOO、及びOOO。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表12のWV−1277;表38のWV−6434;表38のWV−6438が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OOOOOOOOXXXXXX、OOOOOOOOXXXXX、OOOOOOOOXXXX、OOOOOOOOXXX、OOOOOOOOXX、OOOOOOOOX、OOOOOOOXXXXXX、OOOOOOXXXXXX、OOOOOXXXXXX、OOOOXXXXXX、OOOXXXXXX、OOXXXXXX、OXXXXXX、OOOOOOX、OOOOOX、OOOOX、及びOOOX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OOOOOOOXXXXX、OOOOOOOXXXX、OOOOOOOXXX、OOOOOOXXXXX、OOOOOOXXXX、OOOOOXXXXX、OOOOOXXXX、OOOOOXXX、OOOOXXXX、OOOOXXX、OOOXXXXX、OOOXXXX、及びOOOXXX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表12のWV−1277が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含むポストシード領域を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含むポストシード領域を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、ホスホロチオエートである少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含むポストシード領域を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、Sp立体配置のホスホロチオエートである少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含むポストシード領域を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、Rp立体配置のホスホロチオエートである少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含むポストシード領域を含む。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OSSSOSSSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSS、OSSSOSSSSSS、OSSSOSSSSS、OSSSOSSSS、OSSSOSSS、OSSSOSS、OSSSOS、及びOSSSO、ここで、Oはホスホジエステルであり、Sは、Sp立体配置のホスホロチオエートである。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表44BのWV−6431が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OSOSOSOSSSSSSSS、OSOSOSOSSSSSSS、OSOSOSOSSSSSS、OSOSOSOSSSSS、OSOSOSOSSSS、OSOSOSOSSS、及びOSOSOSOSS。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表39のWV−6765;表44BのWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:SOSOSOSSSSSSSS、OSOSOSSSSSSSS、SOSOSSSSSSSS、OSOSSSSSSSS、SOSSSSSSSS、及びOSSSSSSSS。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表39のWV−6765;表44BのWV−6763が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:SOSOSOSSSSSSSS、SOSOSOSSSSSSS、SOSOSOSSSSSS、SOSOSOSSSSS、SOSOSOSSSS、SOSOSOSSS、SSSSSSSS、SSSSSSS、SSSSSS、SSSSS、SSSS、SSS、及びSS。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表39のWV−6765;表39のWV−6764;表69AのWV−7465が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OSSSSSO、OSSSSS、OSSSS、SSSSSO、SSSSO、及びSSSO。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表68のWV−7467;表39のWV−6764;表69AのWV−7466が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:SOSOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOSOOOOOO、SOSOSOSOSOOOOO、SOSOSOSOSOOOO、SOSOSOSOSOOO、及びSOSOSOSOSOO。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表68のWV−7464が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OSOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOOOOOOS、OSOSOSOOOOOOS、SOSOSOOOOOOS、OSOSOOOOOOS、SOSOOOOOOS、及びOSOOOOOOS。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表68のWV−7464が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XOOOXOOXXXXX、XOOOXOOXXXX、XOOOXOOXXX、XOOOXOOXX、XOOOXOOX、XOOOXOO、OOOXOOXXXXX、OOXOOXXXXX、OXOOXXXXX、XOOXXXXX、及びOOXXXXX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表12のWV−1831;表12のWV−1830;表12のWV−1829が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XOXOXOXXXXXX、XOXOXOXXXXX、XOXOXOXXXX、XOXOXOXXX、XOXOXOXX、XOXOXOX、OXOXOXXXXXX、XOXOXXXXXX、OXOXXXXXX、XOXXXXXX、及びOXXXXXX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表15のWV−2110;表16のWV−2818、WV−2817、WV−2821、WV−2720、WV−2110、WV−3021が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XXXOOOXOXOXXX、XXXOOOXOXOXX、XXXOOOXOXOX、XXXOOOXOXO、XXXOOOXOX、XXXOOOXO、XXOOOXOXOXXX、XOOOXOXOXXX、OOOXOXOXXX、OOXOXOXXX、OXOXOXXX、XOXOXXX、XXOOOXOXOXX、XXOOOXOXOX、XOOOXOXOXX、及びXOOOXOXOX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2719が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XOOOXOXO、XOOOXOX、XOOOXO、OOOXOXO、OOOXOX、及びOOOXO。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2719;表19のWV−2718が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:XOXOOOXOXOXXX、XOXOOOXOXOXX、XOXOOOXOXOX、XOXOOOXOXO、XOXOOOXOX、XOXOOOXO、XOXOOOX、OXOOOXOXOXXX、XOOOXOXOXXX、OOOXOXOXXX、OOXOXOXXX、OXOXOXXX、OXOOOXOXOXX、OXOOOXOXOX、XOOOXOXOXX、及びXOOOXOXOX。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、表19のWV−2718が挙げられる。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、以下のいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含むポストシード領域を含む:OOOOOOS、OOOOOSO、OOOOSOO、OOOSOOO、OOSOOOO、OSOOOOO、及びSOOOOOO。これらのタイプのオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、形式50〜64が挙げられる。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングする能力を有するシード領域、及び(b)2’−デオキシ領域を含むポストシード領域を含み、この場合、該ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する能力を有し、該2’−デオキシ領域は、少なくとも5つの連続した2’−デオキシを含む。一部の実施形態では、該2’−デオキシは、DNAでも修飾ヌクレチド、例えば、2’−デオキシを備えた修飾ヌクレオチドでもよく、この場合、該DNAまたは修飾ヌクレオチドは、天然の糖及び/または天然の塩基、及び/または修飾塩基、及び/または任意のヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、該2’−デオキシ領域は、一続きの連続したヌクレオチドを含み、この場合、各ヌクレオチドは2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートである。一部の実施形態では、該2’−デオキシ領域は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、または21ヌクレオチドの一続きの連続したヌクレオチドを含み、この場合、各ヌクレオチドは2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートである。
一本鎖RNAi剤のポストシード領域の非限定的な例として:形式2、7、8、9、12及び13(これらは、各々、6つの連続したホスホジエステルのセット、及び6つの連続したホスホジチオエートのセットを含む)、形式3(6つの連続したホスホロジチオエート)、形式4、5及び6ならびにWV−1829、WV−1830、及びWV−1831(3つの連続したホスホジエステル、2つの連続したホスホジエステル、及び5つの連続したホスホロジチオエート)、図1の形式10及び11(4つの連続したホスホジエステル);表25のWV−3069(11個の連続したホスホロチオエート);WV−3245、WV−3248、WV−3249、及びWV−3532(6つの連続したホスホロチオエート);表36及び37のWV−5290、WV−5291、WV−5294、及びWV−5295(8つの連続したホスホロチオエート);ならびに本明細書に開示される様々な他の一本鎖RNAi剤。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、ポストシード領域は、最も3’側(例えば、最も3’側のN25)にミスマッチを含む。
ポストシード領域が最も3’側(例えば、最も3’側のN25)にミスマッチを含む一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、表23のWV−2155;及び表24のWV−2157が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、以下の任意の1つ以上でミスマッチを含み得る:5’位(N1)、3’末端ジヌクレオチド(N12及びN13)の一方または両方、ならびにシード領域と3’末端領域の間の領域の最も3’側(例えば、最も3’側のN25)。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のポストシード領域またはその一部もしくは構造的要素を含み得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のポストシード領域またはその一部もしくは構造的要素を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のポストシード領域またはその一部もしくは構造的要素を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;標的化部分、脂質部分、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;シード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一本鎖RNAi剤を含めたオリゴヌクレオチドの3’末端領域
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉やRISC(RNase H介在性ノックダウンもしくは遺伝子発現の立体障害を含むがこれに限定されない)が関与しない生化学的機序を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、標的遺伝子のmRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/または、mRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の3’末端領域を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの3’末端領域は、当該オリゴヌクレオチドが、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有するようなものである。
一部の実施形態では、RNAi剤の3’末端領域は、当該RNAi剤が、特定の標的転写産物のRNA干渉を配列特異的に誘導する能力を有するようなものである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の3’末端領域及び/または3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップを含み得る。一部の実施形態では、3’末端領域は、GalNAc部分を含み得る。一部の実施形態では、GalNAc部分は、任意のGalNAc、または本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知のそのバリアント、誘導体、もしくは修飾体である。
一部の実施形態では、3’末端領域及び/または3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップは、以下の2つの機能を果たす:(a)当該オリゴヌクレオチドのエキソ及び/またはエンドヌクレアーゼに対する感受性の低減、ならびに(b)当該オリゴヌクレオチドの機能の許可、この場合、該機能は、RNA干渉の誘導、RNase H介在性ノックダウンの誘導、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方の誘導である。
一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、以下の構造を有する。
5'−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3'
またはその塩、この場合、(N26−PX26−N27−PX27)yzは、3’末端ジヌクレオチドであり、(CAP)zzは3’末端キャップであり、yz=1及びzz=0、またはyz=0及びzz=1、またはyz=1及びzz=1のいずれかである。
従って、一本鎖RNAi剤の3'末端領域は、3'末端ジヌクレオチド及び/または3'末端キャップを含み得る。
哺乳類細胞では、Dicerは、二本鎖RNA(dsRNA)を処理して、各鎖が一本鎖3’オーバーハングで終わる二本鎖領域を含む19〜23塩基対のsiRNAにすると報告されている。該3’オーバーハングは、1〜4nt長であり得るが、通常は、3’末端ジヌクレオチドである。Bernstein et al.2001 Nature 409:363、Elbashir et al.2001 Nature 411:494−498、Elbashir et al.2001 EMBO J.20:6877。これら2つのジヌクレオチドのオーバーハングは、標的特異性には寄与しないと報告されている。それらはしかしながら、当該siRNAの末端をヌクレアーゼ分解から保護し、時には活性を改善するのに役立つと報告されている。Elbashir et al.2001 Nature 411:494−498、Elbashir et al.2001 EMBO J.20:6877−6888、及びKraynack et al.2006 RNA 12:163−176。従って、機能的二本鎖RNAi剤にとって、3’末端ジヌクレオチドが標的遺伝子配列に相補的な配列を含む必要はないことが報告されている。
人工二本鎖RNAi剤では、3’の一本鎖ジヌクレオチドのオーバーハングが、他の一本鎖ジヌクレオチド、ヌクレオチド、及び3’末端キャップを含めた様々な部分で実験的に置き換えられたと報告されている。21量体の3’末端ジヌクレオチドは、多くの場合、UU、TT、dTdT、sdT、dTsdT、sdTsdT、またはsdTdT等の人工ジヌクレオチドで置き換えられると報告されている。siRNAの各末端の最大4つのヌクレオチドをデオキシリボヌクレオチドで置き換えることは耐容性良好であると報告されている一方、デオキシリボヌクレオチドでの完全な置換はRNAi活性をもたらさない。国際PCT公開第WO 00/44914号、及びBeach et al.国際PCT公開第WO 01/68836号は、siRNAが、少なくとも1つの窒素または硫黄のヘテロ原子を含むように、リン酸−糖骨格またはヌクレオシドのいずれかに対する修飾を含んでもよいことを予め報告した。Kreutzer et al.カナダ特許出願第2,359,180号もまた、二本鎖RNA依存性プロテインキナーゼPKR、具体的には2’−アミノまたは2−O−メチルヌクレオチド、及び2’−Oまたは4’−Cメチレン架橋を含むヌクレオチドの活性化に対抗するためにdsRNA構築物で使用するある特定の化学修飾を報告している。さらなる3’末端ヌクレオチドのオーバーハングとしては、dT(デオキシチミジン)、2’−O,4’−C−エチレンチミジン(eT)、及び2−ヒドロキシエチルホスフェート(hp)が挙げられる。他の人工3’オーバーハング(3’末端ジヌクレオチド)としては、配列AA、CC、GG、及びUGのジヌクレオチドが挙げられる。Elbashir et al.2001 EMBO J.20:6877−6888。一部の実施形態では、3’末端ジヌクレオチドはAAであると報告されている。
代替的に、二本鎖RNAi剤では、3’末端ジヌクレオチドの一方または両方は、19bpの平滑末端二本鎖を形成する2本の19nt鎖を含む機能的siRNAを残して削除する(かつ置き換えない)ことができると報告されている。二本鎖RNAi剤の3’末端ジヌクレオチドを削除しかつ置き換えないと、鎖の末端がヌクレアーゼに対して弱くなり、これを補うため、人工3’末端キャップを加えることができると報告されている。該3’末端キャップは、非ヌクレオチドであると報告されている。それらは、ヌクレオチドのすべての成分(リン酸、糖、及び塩基)を含まないためにヌクレオチドではない。二本鎖RNAi剤のジヌクレオチドのオーバーハングは、時には、3’末端キャップで機能的に置き換えることができ、1つまたは2つの3’末端キャップを備えた平滑末端の19bp二本鎖を残し、当該分子をヌクレアーゼから保護することができると報告されている。一般に、3’末端キャップは、該RNAi剤が媒介するRNA干渉を妨げてはならないと報告されており、多くの3’末端キャップはまた、追加の利点、例えば、RNAi活性の増加及び/またはヌクレアーゼに対する安定性を与える。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本出願は、少なくとも一部の例では、今までに記載された3’末端キャップが、PAZドメインと相互作用すると理論づけられると報告されていることを注記する。一部の実施形態では、3’末端キャップは、PAZリガンドであると報告されている。WO 2015/051366。報告によれば、Dicerは、RNaseIII酵素であり、6つの認識可能なドメインからなる。報告によれば、N末端またはその近傍は、約550aaのDExHボックスRNAヘリカーゼドメインであり、この直後は、DUF283と呼ばれる約100aaの保存ドメインであり、C末端からDUF283ドメインまでがPAZ(Piwi/Argonaute/Zwille)ドメインであり、これが一本鎖ジヌクレオチドのオーバーハングを認識する。Myers et al.2005.in RNA interference Technology,ed.Appasani,Cambridge University Press,Cambridge UK,p.29−54、Bernstein et al.2001 Nature 409:363−366、及びSchauer et al.2002 Trends Plant Sci.7:487−491、Lingel et al.2003 Nature 426:465−469、Song et al.2003 Nature Struct.Biol.10:1026−1032、Yan et al.2003 Nature 426:468−474、Lingel et al.2004 Nature Struct.Mol.Biol.1 1:576−577、Ma et al.2004 Nature 429:318−322。報告によれば、DicerのPAZドメインは、RNAに結合し、切断のための触媒ドメインを位置づけることもできる。Zhang et al.2004 Cell 1 18:57−68。一部の実施形態では、3’末端キャップは、PAZドメインと相互作用するPAZリガンドである。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、以下の2つの機能を可能にすることができる:(1)RNA干渉を可能にすること、及び(2)活性の持続時間及び/または生物学的半減期を増加させることであって、これは、例えば、DicerのPAZドメインへの結合の増加及び/またはRNAi剤の分解(例えば、血清もしくは腸液中のもの等のヌクレアーゼによる)の低減もしくは防止によって達成され得る。
本開示において:
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、−(N26−PX26−N27−PX27)yzで表される3’末端ジヌクレオチドを含み、この場合、該RNAi剤は、3’末端キャップを含まない。yz=1の場合、3’末端ジヌクレオチドが存在する。
様々な3’末端ジヌクレオチドは、表1Aに記載されるオリゴヌクレオチドに記載されている。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N26は2’−OMeである。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N27は、2’−OMeである。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N26及びN27の各々は、2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式1〜9、及び12、ならびに本明細書に開示される様々なオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N26は、2’−デオキシである。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N27は、2’−OMeである。一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、N26は、2’−デオキシであり、N27は、2’−OMeである。かかる一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式10、11、13、及び14、ならびに本明細書に開示される様々なオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一本鎖RNAi剤の一部の実施形態では、(N26−PX26−N27−PX27)yzは、式VI−aまたはVI−bの構造で表される。
Figure 2020522510
ここで、yz=1、Th及びUr=それぞれ、核酸塩基チミンまたはウラシル。ここで、yz=1及びPX27は−OHである。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含む。末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−OMeであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMeである。この構造の本明細書に開示される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式1〜9及び12;表12のWV−1275、WV−1277、WV−1828、WV−1829、WV−1830、及びWV−1831;表13のWV−2110、WV−2720、WV−2721;ならびに本明細書に開示される様々な他の一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMeである。この構造の本明細書に開示される一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、図1の形式10、11、13、及び14;WV−3249;ならびに本明細書に開示される様々な他の一本鎖RNAi剤が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMeであり、該末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、リンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)はリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMeであり、該末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシTであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMe Uであり、該末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、及びGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMeであり、該末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、及びGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、一対の3’末端ヌクレオチド、例えば、(N26−PX26−N27−PX27)yz、ただし、yz=1を含み、末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は2’−デオキシTであり、5’ヌクレオチド(例えば、N27)は2’−OMe Uであり、該末端から2番目のヌクレオチド(例えば、N26)は、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、及びGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、(CAP)zzで表される3’末端キャップを含み、この場合、該RNAi剤は、3’末端ジヌクレオチドを含まない。
一部の実施形態では、3’末端領域または3’末端キャップは、GN3、または、例えば、Allerson et al.2005 J.Med.Chem.48:901−04、Lima et al.2012 Cell 150:883−894、Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993−3011、及び/またはPrakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:26:2817−2820に記載の任意の他の適切なRNAi剤の3’末端領域化合物を含む。
様々な3’末端キャップが文献に記載されている。
一般に、3’末端キャップは、3’末端のヌクレオチド間結合(例えば、yz=1の場合3’PX27)に結合される。該3’末端のヌクレオチド間結合は、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホジチオエート、及び本明細書に記載される任意のヌクレオチド間結合から選択され得る。
提供される一本鎖RNAi剤用の3’末端キャップは、例えば、本明細書に記載される任意の3’末端キャップから選択され得る。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、2’,3’−環状リン酸、C3(またはC6、C17、C12)アミノリンカー、チオールリンカー、カルボキシルリンカー、非ヌクレオチドスペーサー(C3、C6、C9、C12、脱塩基、トリエチレングリコール、ヘキサエチレングリコール)、ビオチン、及びフルオレセインから選択される。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、例えば、WO 2015/051366に記載のとおり、トリエチレングリコール、シクロヘキシル、フェニル、BP(ビフェニル)、リトコール(リトコール酸)、アダマンタン、C3アミノ、C7アミノ、C3、C6、C8、C10、C12、C3pC6、X027、X038、X050、X051、X052、X058、X059、X060、X061、X062、X063、X064、X065、X066、X067、X068、X069、X097、X098、X109、X110、X111、X112、X113、X1009、X1010、X1011、X1012、X1013、X1015、X1016、X1017、X1018、X1019、X1020、X1021、X1022、X1024、X1025、X1026、X1027、X1028、X1047、X1048、X1049、X1062、X1063、X1064、ジリビトール、2’−メトキシエトキシリビトール、もしくはリビトール、または本明細書に開示される、もしくは当技術分野で既知の任意の3’末端キャップである。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、−R’、−L−R’、または−OR’の構造を有する。一部の実施形態では、3’末端キャップは、−R’の構造を有する。一部の実施形態では、3’末端キャップは、−L−R’の構造を有する。一部の実施形態では、3’末端キャップは、−OR’の構造を有する。一部の実施形態では、R’は、C1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基である。一部の実施形態では、R’は、C3−30脂環式、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される任意で置換される基である。一部の実施形態では、R’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される5〜30員のヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される9〜30員の二環式または多環式ヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は、任意で置換される10〜30員の二環式または多環式アリールである。一部の実施形態では、R’は酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される二環式の9員のヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される二環式の10員のヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は、任意で置換される10員の二環式アリールである。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、式1bの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、
Xは、一本鎖RNAi剤の3’末端であり(例えば、yz=1の場合はPX27、またはyz=0及びwz=少なくとも1の場合はPX25)、
qは、0、1、及び2から選択され、
は、非置換であるか、またはベンゾキシ及び3,4−ジヒドロキシブチルから選択される基で置換されたフェニルから選択され、
は、水素及びヒドロキシ−エチルから選択され、Rがヒドロキシ−エチルの場合、該ヒドロキシルは、任意に、スクシネートとして官能化されるか、または固形支持体に結合され、Rは、水素及びメトキシから選択され、
は、CH及びNから選択され、
は、N及びCRから選択され、ここで、Rは、水素及びメチルから選択される。例えば、WO 2015/051366を参照されたい。
一部の実施形態では、3’末端キャップは、C3、アミノC3、C6、C8、C10、及びC12が挙げられるがこれらに限定されないWO 2015/051366に記載される任意の3’末端キャップから選択される。一部の実施形態では、3’末端キャップは、米国特許第8,097,716号、第8,084,600号、第8,344,128号、第8,404,831号、及び第8,404,832号に記載される、トリエチレングリコール、シクロヘキシル(またはCyclohex)、フェニル、BP(ビフェニル)、アダマンタン、及びリトコール酸(またはリトコール)から選択される。
提供されるRNAi剤に適した様々な機能的3’末端キャップは、例えば、EP 1520022 B1、米国特許第8,097,716号、第8,084,600号、第8,404,831号、第8,404,832号、及び第8,344,128号、ならびにWO 2015/051366に記載されている。
さらに、本開示は、一本鎖RNAi剤で機能する様々な5’末端構造及び3’末端領域ならびにそれらの組み合わせが本明細書に開示されることを注記する。しかしながら、対照的に、多くの5’末端構造及び3’末端キャップ、ならびにそれらの組み合わせは、様々な二本鎖RNAi剤のRNA干渉能を低減または排除することが以前に報告されていることが知られている。例えば、Czauderna et al.2003 Nucl.Acids Res.31:2705−2716、Hadwiger et al.2005,pages 194−206,in RNA interference Technology,ed.K.Appasani,Cambridge University Press,Cambridge,UK、Deleavey et al.2009 Curr.Prot.Nucl.Acid Chem.16.3.1 −16.3.22、Terrazas et al.2009 Nucleic Acids Res.37:346−353、Harboth et al.2003 Antisense Nucl.Acid Drug Dev 13:83−105、Song et al.2003 Nature Med.9:347−351、米国特許第5,998,203号、Lipardi et al.2001 Cell 107:299−307、Schwarz et al.2002 Mol.Cell 10:537−548、及びWO 2015/051366を参照されたい。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の3’末端領域及び/または3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップを含み得る。一部の実施形態では、GalNAc部分は、任意のGalNAc、または本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知のそのバリアントもしくは修飾である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の3’末端領域及び/または3’末端ジヌクレオチド及び/または3’末端キャップを、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドのさらなる任意の構造的要素
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉やRISC(RNase H介在性ノックダウンもしくは遺伝子発現の立体障害を含むがこれに限定されない)が関与しない生化学的機序を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、標的遺伝子のmRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/または、mRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、または当技術分野で既知のさらなる任意の構造的要素を含有し得る。
一部の実施形態では、RNAi剤の任意のさらなる構造的要素は、当該RNAi剤が、特定の標的転写産物のRNA干渉を配列特異的に誘導する能力を有するようなものである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の構造的要素またはそのパターンを含み得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の構造的要素またはそのパターンを含み得る。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはブロックマー(blockmer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはステレオブロックマー(stereoblockmer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾ブロックマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合ブロックマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはアルトマー(altmer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはステレオアルトマー(stereoaltmer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾アルトマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合アルトマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはユニマー(unimer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはステレオユニマー(stereounimer)である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾ユニマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合ユニマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはギャップマー(gapmer)である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはスキップマー(skipmer)である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の構造的要素を含み得る。一部の実施形態では、GalNAc部分は、任意のGalNAc、または本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知のそのバリアントもしくは修飾である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の構造的要素を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドに複合体化される任意選択の追加の化学的部分
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉やRISC(RNase H介在性ノックダウンもしくは遺伝子発現の立体障害を含むがこれに限定されない)が関与しない生化学的機序を介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を、標的遺伝子のmRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/または、mRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意選択の追加の化学的部分を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意選択の追加の化学的部分を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない本明細書に記載される、または当技術分野で既知の任意選択の追加の化学的部分を含有し得る。
一部の実施形態では、追加の化学的部分は、一本鎖RNAi剤に複合体化される。
オリゴヌクレオチドに複合体化される任意選択の追加の化学的部分:標的化部分
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はさらに、標的化部分(例えば、標的化化合物、薬剤、リガンド、または成分)を含む。標的化部分は、脂質またはオリゴヌクレチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化されても複合体化されなくてもよい。一部の実施形態では、標的化部分は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、脂質及び標的化部分の両方に複合体化される。本明細書に記載される場合、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、提供されるオリゴヌクレオチドである。ゆえに一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、脂質とオリゴヌクレオチドに加えて、標的要素をさらに含有する。様々な標的化部分を本開示に従って使用することができる。例えば、脂質、抗体、ペプチド、炭水化物等である。
標的化部分は、本開示に従う多くの種類の方法によって提供される技術に組み込まれ得る。一部の実施形態では、標的化部分は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合されて提供される組成物を形成する。一部の実施形態では、標的化部分は、オリゴヌクレオチドに化学的に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2つ以上の標的化部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の複合体化標的化部分を含む。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は同じである。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以下の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化標的化部分を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的化部分を含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2つ以上の標的化部分を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の複合体化標的化部分を含む。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は同じである。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は異なる。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以下の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化標的化部分を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的化部分を含有する。
標的化部分は、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用され得る。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それを例えば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した標的化部分の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。標的化部分は、脂質と比較し、同じまたは異なるリンカーのいずれかを介して複合体化され得る。
標的化部分は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。一部の実施形態では、標的化部分は、5’−OH基を介して複合体化される(例えば、PX0=OH)。一部の実施形態では、標的化部分は、3’−OH基を介して複合体化される(例えば、yz=1及びzz=0であると、3’末端のヌクレオチド間結合、例えば、PX27は、ホスホロジエステル、ホスホロチオエート、H−ホスホネートもしくはホスホロジチオエートまたはOHを含むかまたはこれであり、あるいはzz=1であると、3’末端キャップは3’−OHを含む)。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、独立してその5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、及び/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される複数の複合体化標的化部分を含み得る。標的化部分及び脂質は、同じ位置、近傍の位置、及び/または離れた位置のいずれかで複合体化され得る。一部の実施形態では、標的構成要素は、オリゴヌクレオチドの一端で複合体化され、脂質は、他方の端で複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物はさらに、標的化構成要素または標的化部分を含む。標的化構成要素は、オリゴヌクレオチドに組み込まれても(標的化部分)組み込まれなくてもよい。一部の実施形態では、標的化構成要素は脂質である。一部の実施形態では、標的化構成要素は炭水化物または二環式ケタールである。一部の実施形態では、標的化構成要素は、本開示に記載される−RLDである。一部の実施形態では、標的化構成要素は、本開示に記載される−RCDである。
標的化構成要素は、本開示に従う多くの種類の方法、例えば、脂質及び炭水化物用に記載されるものによって、提供される技術に組み込まれ得る。一部の実施形態では、標的化構成要素は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合されて、提供される組成物を形成する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、オリゴヌクレオチド部分に化学的に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2つ以上の標的化構成要素を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の複合体化標的化構成要素を含む。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化構成要素は同じである。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化構成要素は異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以下の標的化構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化標的化構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的化構成要素を含有する。
標的化構成要素は、例えば、脂質及び炭水化物について記載されるように、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用され得る。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それを例えば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した標的化構成要素の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。標的化構成要素は、脂質と比較し、同じまたは異なるリンカーのいずれかを介して複合体化され得る。
標的化構成要素は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。一部の実施形態では、標的化構成要素は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、独立してその5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、及び/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される複数の複合体化標的化構成要素を含み得る。標的化構成要素及び脂質は、同じ位置、近傍の位置、及び/または離れた位置のいずれかで複合体化され得る。一部の実施形態では、標的化構成要素は、オリゴヌクレオチドの一端で複合体化され、脂質は、他方の端で複合体化される。
一部の実施形態では、標的化構成要素は、標的細胞の表面上のタンパク質と相互作用する。一部の実施形態では、かかる相互作用により、標的細胞内への内在化が促進される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、糖部分を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、ポリペプチド部分を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、抗体を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、抗体である。一部の実施形態では、標的化構成要素は、阻害剤を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、低分子阻害剤由来の部分である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上のタンパク質の阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上に発現される炭酸脱水酵素阻害剤である。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、XIV、XVまたはXVIである。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、膜結合型である。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、IV、IX、XIIまたはXIVである。一部の実施形態では、阻害剤は、IV、IX、XII及び/またはXIVに対する阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素III阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素IV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素IX阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素XII阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素XIV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミド(例えば、Supuran,CT.Nature Rev Drug Discover 2008,7,168−181に記載されるものであり、そのスルホンアミドは参照により本明細書に組み込まれる)を含有するかまたはこれである。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミドである。一部の実施形態では、標的細胞は、筋肉細胞である。
一部の実施形態では、標的化構成要素はRTDであり、RTDは、本開示に記載されるRLDまたはRCDである。
一部の実施形態では、標的化構成要素は、本開示に規定され、及び記載されるRLDである。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、標的化構成要素は、本開示に規定され、及び記載されるRCDである。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、標的化構成要素であり、脂質部分を含むか、または脂質部分である。一部の実施形態では、XはOである。一部の実施形態では、XはSである。
一部の実施形態では、本開示は、様々な部分をオリゴヌクレオチド部分に複合体化するための技術(例えば、試薬、方法等)を提供する。一部の実施形態では、本開示は、標的化構成要素をオリゴヌクレオチド部分に複合体化するための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、複合体化のための標的化構成要素を含有する酸、例えば、RLD−COOHを提供する。一部の実施形態では、本開示は、複合体化のためのリンカー、例えば、Lを提供する。当業者であれば、多くの公知で広く実施されている技術を、本開示に従いオリゴヌクレオチド部分との複合体化に利用可能であることを理解する。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、脂肪酸であり、これは、標的化構成要素として脂質部分を提供し得る。一部の実施形態では、本開示は、かかる酸を調製するための方法及び試薬を提供する。
一部の実施形態では、標的化部分は脂質部分であり、例えば、コレステロールまたはその誘導体の部分である(RTD−Hは、任意で置換されるコレステロールまたはその誘導体である)。
一部の実施形態では、標的化部分はペプチドである。一部の実施形態では、標的化部分はタンパク質またはそのドメインである。一部の実施形態では、標的化部分は抗体またはその一部である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の標的化部分を含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の標的化部分を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;脂質部分、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない追加の化学的部分;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドに複合体化される任意選択の追加の化学的部分:脂質部分
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物はさらに、1つ以上の脂質または脂質部分を含む。一部の実施形態では、脂質は脂質部分である。一部の実施形態では、脂質部分はオリゴヌクレオチドに直接または間接的に複合体化される脂質であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、脂質の複合体化は、1つ以上の予想外の大幅に改善された特性(例えば、活性、毒性、分布、薬物動態等)を達成し得る。当業者が理解するように、様々な炭水化物部分が文献に記載されており、本開示に従って利用され得る。
脂質部分は、様々な位置、例えば、糖単位、ヌクレオチド間結合単位、核酸塩基単位等で、任意に1つ以上の二価または多価のリンカー(これは、2つ以上の炭水化物部分をオリゴヌクレオチドに連結させるために使用され得る)を介してオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドへの脂質の組み込みのための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、脂質部分を、任意に1つ以上のリンカーを介して、核酸塩基単位において、ヌクレオチド間結合及び/または糖単位での組み込みの代替として、及び/またはその追加として、組み込むための技術を提供し、それにより、非常に大きな柔軟性及び/または改良された特性及び/または活性を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基単位において当該オリゴヌクレオチドに組み込まれた少なくとも1つの脂質部分を、任意にリンカーを介して含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、
−[−L−(R、または[(A−L−R
の構造を有し、
式中、
は、オリゴヌクレオチド鎖であり([H]−Acは、オリゴヌクレオチドである)、
aは、1〜1000であり、
bは、1〜1000であり、
各Lは、独立してリンカーであり、
各Rは、独立してRLDまたはRCDであり、
CDは、C1−100脂肪族基ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、ここで1つ以上のメチレン単位は、任意に及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で置き換えられ、1つ以上の炭素原子は任意に及び独立して、Cyで置き換えられ、
LDは、C1−100脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意に及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で置き換えられ、1つ以上の炭素原子は任意に及び独立して、Cyで置き換えられ、
は、共有結合であるか、または、C1−100脂肪族基ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価もしくは多価の直線状もしくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意に及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で置き換えられ、1つ以上の炭素原子は任意に及び独立して、Cyで置き換えられ、
Cyは、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基であり、
各R’は、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
各Rは、独立して、−Hであるか、またはC1−30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であるか、あるいは、
2つのR基は、任意に及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または、
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意に及び独立して、当該原子と一緒になって、当該原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または、
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意に及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、当該介在する原子の他に、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜30員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成する。
一部の実施形態では、RCDは、炭水化物部分または二環式ケタールである。一部の実施形態では、RCDは、少なくとも1つの単糖、二糖、または多糖単位を含む。一部の実施形態では、RCDは、少なくとも1つのGalNAc部分またはその誘導体を含む。
一部の実施形態では、RLDは脂質部分である。一部の実施形態では、RLDは、1つ以上の任意で置換されるC6−20脂肪族鎖を含む。一部の実施形態では、RLDは、1つ以上の非置換のC6−20脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態では、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドの糖単位に直接結合される。一部の実施形態では、Lは、糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を組み込む。一部の実施形態では、Lは、糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を組み込む。
一部の実施形態では、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合単位に直接結合される。一部の実施形態では、Lは、ヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、ヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、ヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を組み込む。一部の実施形態では、Lは、ヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を組み込む。
一部の実施形態では、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドの核酸塩基単位に直接結合される。一部の実施形態では、Lは、核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を組み込む。一部の実施形態では、Lは、核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を組み込む。一部の実施形態では、Lは、核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を組み込む。
一部の実施形態では、[H]−Aは、本開示に記載のオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドへの脂質の組み込みは、分布及び/または薬物動態を改善する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドへの脂質の組み込みは、Cmax(投与後の薬剤のピーク血漿濃度)、tmax(Cmaxに到達するまでの時間)、Cmin(次の投薬が行われる前に薬剤が到達する最低(トラフ)濃度)、排出半減期(薬剤濃度が、その元の値の半分に到達するために必要とされる時間)、消失速度定数(薬剤が身体から除去される速度)、曲線下面積((単回投与後または定常状態での)濃度−時間曲線の積分)、及びクリアランス(薬剤が除去された、単位時間当たりの血漿量)から選択される1つ以上の薬物動態の測定を改善する。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、例えば半減期等の薬物動態特性の最適化は、最大化とは識別され得ることを注記する。一部の実施形態では、概して、特定の薬物は、その所望の機能の実行を可能にするのに十分な半減期を有するが、一方でオフターゲット効果及び他の毒性を最小化するためには充分に短いことが望ましいだろう。一部の実施形態では、最適化された半減期は、毒性を最小にしながら、活性を可能にするために充分に長い。長期化された半減期または最大限の半減期は、望ましくない場合がある。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はさらに、1つ以上の脂質を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はさらに、1つ以上の脂肪酸を含む。一部の実施形態では、該脂質は、該組成物中で、提供されるオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。一部の実施形態では、2つ以上の同じまたは異なる脂質が1つのオリゴヌクレオチドに、同じもしくは異なる化学及び/または位置を介して組み込まれ得る。
一部の実施形態では、組成物は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド[非限定的な例として、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、ただし、該オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか、またはその配列である配列のものである組成物は、本明細書に記載される1つ以上の化学構造(例えば、5’末端構造、糖、塩基、ヌクレオチド間結合等に対する化学修飾)及び/またはパターンを含み、及び/または骨格キラル中心の立体化学及び/またはそのパターン等を含む]ならびに脂質を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基配列、骨格結合のパターン、パターンもしくは骨格のキラル中心、及び/または化学修飾のパターン(例えば、塩基修飾、糖修飾等)及び/または本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造、成分、及び/または形式、ならびに脂質及び/または炭水化物を含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド及び脂質部分を含み、ここで、該脂質は、該オリゴヌクレオチドに組み込まれる。一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド及び炭水化物部分を含み、ここで、該炭水化物は、該オリゴヌクレオチドに組み込まれる。一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドならびに脂質及び炭水化物部分を含み、ここで、該脂質及び該炭水化物は、該オリゴヌクレオチドに組み込まれる。
多くの脂質が本開示に従って提供される技術で使用され得る。一部の実施形態では、脂質はRLD基を含む。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。一部の実施形態では、−Cy−は、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される二価の基である。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、及び−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。
LDの脂肪族基は、様々な適切な長さであってもよい。一部の実施形態では、それはC10−C80である。一部の実施形態では、それはC10−C75である。一部の実施形態では、それはC10−C70である。一部の実施形態では、それはC10−C65である。一部の実施形態では、それはC10−C60である。一部の実施形態では、それはC10−C50である。一部の実施形態では、それはC10−C40である。一部の実施形態では、それはC10−C35である。一部の実施形態では、それはC10−C30である。一部の実施形態では、それはC10−C25である。一部の実施形態では、それはC10−C24である。一部の実施形態では、それはC10−C23である。一部の実施形態では、それはC10−C22である。一部の実施形態では、それはC10−C21である。一部の実施形態では、それはC12−C22である。一部の実施形態では、それはC13−C22である。一部の実施形態では、それはC14−C22である。一部の実施形態では、それはC15−C22である。一部の実施形態では、それはC16−C22である。一部の実施形態では、それはC17−C22である。一部の実施形態では、それはC18−C22である。一部の実施形態では、それはC10−C20である。一部の実施形態では、当該範囲の下限は、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、またはC18である。一部の実施形態では、当該範囲の上限は、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C55、またはC60である。一部の実施形態では、それはC10である。一部の実施形態では、それはC11である。一部の実施形態では、それはC12である。一部の実施形態では、それはC13である。一部の実施形態では、それはC14である。一部の実施形態では、それはC15である。一部の実施形態では、それはC16である。一部の実施形態では、それはC17である。一部の実施形態では、それはC18である。一部の実施形態では、それはC19である。一部の実施形態では、それはC20である。一部の実施形態では、それはC21である。一部の実施形態では、それはC22である。一部の実施形態では、それはC23である。一部の実施形態では、それはC24である。一部の実施形態では、それはC25である。一部の実施形態では、それはC30である。一部の実施形態では、それはC35である。一部の実施形態では、それはC40である。一部の実施形態では、それはC45である。一部の実施形態では、それはC50である。一部の実施形態では、それはC55である。一部の実施形態では、それはC60である。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下のRLD基を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上のRLD基を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、RLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下のRLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、RLD基として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上のRLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、C10の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C10の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C11の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C11の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C12の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C12の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C13の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C13の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C14の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C14の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C15の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C15の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C16の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C16の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C17の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C17の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C18の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C18の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C19の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C19の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C20の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C20の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C21の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C21の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C22の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C22の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C23の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C23の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C24の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C24の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C25の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C25の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C26の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C26の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C27の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C27の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C28の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C28の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C29の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C29の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C30の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C30の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、RLDは、コレステロールまたはその誘導体由来であり、例えば、RLD−Hは、任意で置換されるコレステロールまたはその誘導体である。
一部の実施形態では、脂質は、RLD−OHの構造を有する。一部の実施形態では、脂質は、RLD−C(O)OHの構造を有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス−DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)、アラキドン酸、及びジリノレイル(dilinoleyl)である。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス−DHA)、ツルビナル酸、及びジリノレイルである。一部の実施形態では、脂質は、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかであるか、いずれかを含有するか、またはいずれかからなる:少なくとも部分的に疎水性または両親媒性の分子、リン脂質、トリグリセリド、ジグリセリド、モノグリセリド、脂溶性ビタミン、ステロール、脂肪及びワックス。一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかである:脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質(saccharolipid)、ポリケチド、及びその他の分子。
脂質は、本開示に従う多くの形式の方法によって、提供される技術に取り込まれることができる。一部の実施形態では、脂質は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合され、提供される組成物を生成する。一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチド部分と化学的に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2種以上の脂質を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2種以上の複合体化脂質を含有する。一部の実施形態では、2種以上の複合体化脂質は、同一である。一部の実施形態では、2種以上の複合体化脂質は、異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1種を超えない脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の脂質を含有する。
脂質は、任意でリンカーを介して、オリゴヌクレオチドに複合体化され得る。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用され得る。一部の実施形態では、リンカーは、本開示に記載されるLである。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それを例えば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した脂質の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。
一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、LはLである。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
の構造を有するTであり、ここで、各可変要素は、独立して、規定され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、Tは、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド部分の5’−O−を備えたTは、ホスホロチオエート結合(−OP(O)(S)O−)を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド部分の5’−O−を備えたTは、Spのホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド部分の5’−O−を備えたTは、Rpのホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド部分の5’−O−を備えたTは、リン酸結合(−OP(O)(O)O−)を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド部分の5’−O−を備えたTは、ホスホロジチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、Lは−L−T−である。一部の実施形態では、Yは、−L−に結合し、−Z−は共有結合であるため、Pは、オリゴヌクレオチド部分のヒドロキシル基に直接結合する。一部の実施形態では、Pは5’末端ヒドロキシル(5’−O−)に結合し、リン酸基(天然のリン酸結合)またはホスホロチオエート基(ホスホロチオエート結合)を形成する。一部の実施形態では、ホスホロチオエート結合はキラル制御され、RpまたはSpのいずれかであってもよい。別段の特定が無い限り、リンカーのキラル中心(例えば、T中のP)は、立体不規則的であっても、キラル制御されてもよく、及びそれらは、例えば、組成物がキラル制御されているか否かの決定に際して、骨格のキラル中心の一部とはみなされない。一部の実施形態では、Lは−NH−(CH−T−である。一部の実施形態では、Lは−C(O)−NH−(CH−T−である。
一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドへの複合体化後、脂質は、−L−RLDの構造を有する部分を形成し、式中、L及びRLDの各々は独立して本明細書に規定され、記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−は、二価の脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、−L−は、リン酸基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、ホスホロチオエート基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(S)−の構造を有する。一部の実施形態では、−L−は、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(O)−の構造を有する。
脂質は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。一部の実施形態では、脂質は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の複合体化脂質を含有してもよく、当該複数の複合体化脂質は、独立して、その5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、及び/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される。
一部の実施形態では、リンカーは、組成物の2つの部分を結合させる部分である。非限定的な例として、リンカーは、オリゴヌクレオチド部分を脂質に物理的に結合させる。適切なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸化還元切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーが挙げられる。
一部の実施形態では、脂質は、任意でリンカー部分を介して活性化合物に複合体化される。当業者であれば、本開示に従い活性化合物に脂質を複合体化させるために様々な技術が利用され得ることを認識する。例えば、カルボキシル基を含有する脂質に関し、かかる脂質は、カルボキシル基を介して複合体化され得る。一部の実施形態では、脂質は、−L−の構造を有するリンカーを介して複合体化され、ここで、Lは、式Iにおいて規定され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、リン酸ジエステル部分または修飾リン酸ジエステル部分を含有する。一部の実施形態では、脂質複合体化により形成される化合物は、(RLD−L−)−(活性化合物)の構造を有し、ここで、aは1または1よりも大きい整数であり、各RLD及びLは、独立して本明細書に規定され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、aは、1である。一部の実施形態では、aは、1よりも大きい。一部の実施形態では、aは、1〜50である。一部の実施形態では、活性化合物は、オリゴヌクレオチドである。例えば、一部の実施形態では、複合体は、以下の構造のいずれかを有する:
Figure 2020522510
式中、オリゴは、オリゴヌクレオチドを示す。
一部の実施形態では、リンカーは、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸化還元切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、及び少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される。一部の実施形態では、リンカー、例えば、Lは、−LLD−の構造を有する。一部の実施形態では、リンカー、例えば、Lは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、式Iの結合を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−L−であり、式中、Lは、本明細書に記載される式Iの構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(SR)−O−である。一部の実施形態では、Rは、−Hであり、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(SH)−O−であり、一部の条件、例えば、あるpHでは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(S)−O−である。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SR)−O−である。一部の実施形態では、Rは、−Hであり、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SH)−O−であり、一部の条件、例えば、あるpHでは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(S)−O−である。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(OR)−O−であり、式中、Rは、−CHCHCNである。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SR)−O−であり、式中、Rは、−CHCHCNである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、リンカーと連結され、H−リンカー−オリゴヌクレオチドの構造を形成する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、脂質と複合体化され、脂質−リンカー−オリゴヌクレオチドの構造、例えば、RLD−LLD−オリゴヌクレオチドを形成する。一部の実施形態では、リンカーの−O−末端は、オリゴヌクレオチドに繋がれる。一部の実施形態では、リンカーの−O−末端は、5’末端オリゴヌクレオチドに繋がれる(−O−は、5’−OH中の酸素である)。
一部の実施形態では、リンカー、例えば、Lは、PO(ホスホジエステル結合)、PS(ホスホロチオエート結合)、またはPS2(ホスホロジチオエート結合)を含有する。PSリンカーを含む非限定的な例を以下に示す。一部の実施形態では、リンカーは、−O−P(O)(OH)−O−[ホスホジエステル]、−O−P(O)(SH)−O−[ホスホロチオエート]、または−O−P(S)(SH)−O−[ホスホロジチオエート]である。一部の実施形態では、リンカーは、以下に図示される、C6アミノ部分(−NH−(CH−)を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、PO、PS、またはPS2に結合されたC6アミノを含有する。一部の実施形態では、リンカーは、PO、PS、またはPS2に結合されたC6アミノである。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−である。一部の実施形態では、リンカー、例えばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド部分に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド部分の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド部分の3’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−である。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分の3’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−である。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に接続され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、例えば、LLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は、脂質部分に接続され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド部分の3’−O−に繋がれる。当業者に認識されるように、あるpHでは、−P(O)(OH)−、−P(O)(SH)−、−P(S)(SH)−はそれぞれ、−P(O)(O)−、−P(O)(S)−、−P(S)(S)−として存在し得る。一部の実施形態では、脂質部分は、RLDである。
Figure 2020522510
様々な化学及びリンカーを、本開示に従う複合体化に使用することができる。例えば、一部の実施形態では、脂質は、以下に記載の化学、または同様のプロセスを用いて組み込まれる:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、脂質は、核酸塩基を介して直接オリゴヌクレオチドに組み込まれる。例えば:
Figure 2020522510

一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基に直接結合した−L−RLDを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、
Figure 2020522510
を含む。一部の実施形態では、リンカー(L)は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、リンカー(L)は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、脂質部分、RLDは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、
Figure 2020522510
を含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド部分に、任意にリンカーを介して繋がれた炭水化物部分を、核酸塩基において含む。一部の実施形態では、該核酸塩基はTである。一部の実施形態では、対核酸塩基は、保護されたTである。一部の実施形態では、該核酸塩基は、任意で置換されるTである。一部の実施形態では、この結合は、Tまたは任意で置換されるTの5−炭素においてである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の−L−(RLD)aを含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基に結合された1つ以上の−L−(RLD)aを含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、XはOまたはSであり、RはHであり、他の可変要素の各々は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R2s及びR4sは水素である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、XはOまたはSであり、RはHであり、他の可変要素の各々は独立して、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、aは1である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基に結合された1つ以上の−L−RCDを含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、該核酸塩基はTである。一部の実施形態では、対核酸塩基は、保護されたTである。一部の実施形態では、該核酸塩基は、任意で置換されるTである。一部の実施形態では、この結合は、Tまたは任意で置換されるTの5−炭素においてである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、XはOまたはSであり、RはHであり、他の可変要素の各々は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R2s及びR4sは水素である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の
Figure 2020522510
を含み、ここで、XはOまたはSであり、RはHであり、他の可変要素の各々は独立して、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、本開示は、C10−C40の直線状、飽和もしくは部分不飽和脂肪族鎖を含む、またはC10−C40の直線状、飽和もしくは部分不飽和脂肪族鎖である脂質部分を含む、オリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意に置換されるC10−C40の直線状、飽和もしくは部分不飽和脂肪族鎖を含む、または1つ以上のC1−4脂肪族基で任意に置換されるC10−C40の直線状、飽和もしくは部分不飽和脂肪族鎖である脂質部分を含む、オリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。
一部の実施形態では、組成物は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸、アラキドン酸、及びジリノレイルアルコールから選択される化合物の複合体化を介して形成される脂質部分を含むオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、リンカーは、組成物の2つの部分を結合させる部分である。非限定的な例として、リンカーは、オリゴヌクレオチドを脂質に物理的に結合させる。適切なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸化還元切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーが挙げられる。一部の実施形態では、リンカーは、非荷電リンカーまたは荷電リンカーである。一部の実施形態では、リンカーはアルキルを含む。
一部の実施形態では、リンカーはリン酸を含む。様々な実施形態において、リン酸は、架橋酸素(すなわち、リン酸をヌクレオシドに結合する酸素)を、窒素(架橋ホスホロアミデート)、硫黄(架橋ホスホロチオエート)及び炭素(架橋メチレンホスホネート)で置き換えることによって修飾することもできる。この置換は、いずれかの結合酸素または両方の結合酸素で起こり得る。一部の実施形態では、架橋酸素は、ヌクレオシドの3’−酸素であり、炭素との置き換えが行われている。一部の実施形態では、架橋酸素は、ヌクレオシドの5’−酸素であり、窒素との置き換えが行われている。様々な実施形態において、リン酸を含むリンカーは、ホスホロジチオエート、ホスホロアミデート、ボラノホスホノエート、または以下の式(I)の化合物のうちのいずれか1つ以上を含有する:
Figure 2020522510
(I)、
式中、Rは、OH、SH、NH、BH、CH、C1−6アルキル、C6−10アリール、C1−6アルコキシ及びC6−10アリール−オキシから選択され、ここで、C1−6アルキル及びC6−10アリールは、非置換であるか、または任意で独立して、ハロ、ヒドロキシル、及びNHから独立して選択される1〜3個の基で置換され、及びRは、O、S、NH、またはCHから選択される。
一部の実施形態では、リンカーは、直接結合、または酸素もしくは硫黄等の原子、例えば、NR、C(O)、C(O)NH、SO、SO、SONH等の単位、または置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のアルケニル、置換もしくは非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘテロシクリルアルキニル、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、アルキニルヘテロアリール等の原子鎖を含み、ここで、1個以上のメチレンは、O、S、S(O)、SO、N(R、C(O)、切断可能な結合基、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換の複素環で中断または終了されてもよく、ここで、Rは、水素、アシル、脂肪族または置換脂肪族である。
一部の実施形態では、リンカーは分枝状リンカーである。一部の実施形態では、分枝状リンカーの分枝点は、少なくとも三価でもよいが、四価、五価もしくは六価の原子、またはこのような複数の原子価を示す基でもよい。一部の実施形態では、分枝点は、−N、−N(Q)−C、−O−C、−S−C、−SS−C、−C(O)N(Q)−C、−OC(O)N(Q)−C、−N(Q)C(O)−C、または−N(Q)C(O)O−Cであり、ここで、Qは独立して、出現ごとにHであるか、または任意で置換されるアルキルである。他の実施形態において、該分枝点は、グリセロールまたはグリセロール誘導体である。
1つの実施形態では、リンカーは、少なくとも1つの切断可能な結合基を含む。非限定的な例として、切断可能な結合基は、細胞外で十分安定であり得るが、標的細胞に入ると切断されて、リンカーがともに保持している2つの部分を放出する。非限定的な例として、切断可能な結合基、例えば、ジスルフィド結合は、pHの影響を受けやすい。非限定的な例として、リンカーは、酵素によって切断される能力を有する切断可能な結合基を含み得る。非限定的な例として、リンカーは、ペプチド結合を含んでもよく、これは、例えば肝細胞及び滑膜細胞等、ペプチダーゼが豊富な細胞型を標的にするときに利用することができる。非限定的な例として、切断可能な候補結合基の適合性は、分解剤(または条件)が、該候補結合基を切断する能力を試験することで評価され得る。一部の実施形態では、リンカーは、酸化還元切断可能な結合基、当該リン酸基を分解または加水分解する薬剤によって切断可能なリン酸系の切断可能な結合基を含み、リンカーは、酸で切断可能な結合基、エステル系の切断可能な結合基、及び/またはペプチド系の切断基を含む。
一部の実施形態では、リンカーは、少なくとも1つの切断可能な結合基を含む。
非限定的な例として、切断可能な結合基は、細胞外で十分安定であり得るが、標的細胞に入ると切断されて、リンカーがともに保持している2つの部分を放出する。非限定的な例として、切断可能な結合基は、標的細胞内または第1の参照条件下(これは、例えば、細胞内条件を模倣するか、または細胞内条件を表すように選択され得る)で、対象の血液中よりも、または第2の参照条件下(これは、例えば、血液または血清に見られる条件を模倣するか、その条件を表すように選択され得る)よりも、少なくとも10倍以上、少なくとも100倍速く切断される。切断可能な結合基は、切断剤、例えば、pH、酸化還元電位または分解分子の存在に影響されやすい。概して、切断剤は、血清中または血液中よりも細胞内でより普遍的にあるか、またはより高レベルもしくは高活性で存在する。このような分解剤の例としては、以下が挙げられる:酸化還元切断が可能な結合基を還元によって分解することができて、細胞内に存在する、例えば酸化酵素もしくは還元酵素、またはメルカプタン等の還元剤を含む、特定の基質に対し選択されるか、または基質特異性を持たない酸化還元剤;エステラーゼ;エンドソーム、または酸性環境を作り出すことができる剤、例えば、5以下のpHを生じさせる剤;一般的な酸として作用することによって酸切断可能な結合基を加水分解または分解することができる酵素、ペプチダーゼ(基質特異性であり得る)及びホスファターゼ。
非限定的な例として、ジスルフィド結合等の切断可能な結合基はpHに影響されやすい。ヒト血清のpHは7.4であるが、細胞内の平均pHはわずかに低く、約7.1〜7.3の範囲である。エンドソームはさらに酸性のpHを有し、5.5〜6.0の範囲であり、リソソームはさらにより酸性のpHで約5.0である。一部のリンカーは、所望のpHで切断され、それによってリガンドからカチオン性脂質を細胞内または細胞の所望の区画内に放出する切断可能な結合基を有することになるであろう。
非限定的な例として、リンカーは、酵素によって切断される能力を有する切断可能な結合基を含むことができる。リンカーに組み込まれる切断可能な結合基の型は、標的にされる細胞に依存し得る。例えば、肝臓標的化リガンドは、エステル基を含むリンカーにより、カチオン性脂質に結合することができる。肝細胞はエステラーゼが豊富であり、従って、リンカーは、エステラーゼが豊富でない細胞型よりも肝細胞において、より効率的に切断されることになるであろう。エステラーゼが豊富な他の細胞型としては、肺、腎皮質及び精巣の細胞が含まれる。
非限定的な例として、リンカーは、ペプチド結合を含んでもよく、これは、例えば肝細胞及び滑膜細胞等、ペプチダーゼが豊富な細胞型を標的にするときに利用することができる。
非限定的な例として、切断可能な候補結合基の適合性は、候補結合基を切断する分解剤(または条件)の能力を試験することによって評価することができる。血液中の切断、または他の非標的組織と接触したときの切断に耐える能力について、切断可能な候補結合基を試験することも同様に望ましいであろう。従って、第1の条件と第2の条件の間の切断に対する相対的感受性を決定することができて、ここで、第1の条件は、標的細胞内の切断の指標となるよう選択され、第2の条件は、他の組織または生体液、例えば、血液または血清における切断の指標となるよう選択される。評価は、無細胞系、細胞中、細胞培養中、臓器もしくは組織培養中、または動物全体で実施することができる。一部の実施形態では、初期評価を無細胞条件または培養条件で行い、動物全体でさらに評価することによって確認することができる。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液もしくは血清(または細胞外条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)と比べて、細胞内(または細胞内条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)で、少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く切断される。
一部の実施形態では、リンカーは、酸化還元切断可能な結合基を含む。非限定的な例として、切断可能な結合基の1つの種類は、還元時または酸化時に切断される、酸化還元切断が可能な結合基である。還元的に切断が可能な結合基の非限定的な例は、ジスルフィド結合基(−S−S−)である。切断可能な結合基の候補物質が適切な「還元的に切断可能な結合基」であるかどうかを決定するために、または例えば特定のオリゴヌクレオチド部分及び特定の標的化剤との使用に適切であるかどうかを決定するために、本明細書に記載の方法を調べることができる。非限定的な例として、候補物質は、細胞、例えば標的細胞において観察されるであろう切断速度を模倣する、ジチオスレイトール(DTT)、または当分野で公知の試薬を使用する他の還元剤とのインキュベーションによって評価することができる。候補物質は、血液条件または血清条件を模倣するよう選択された条件下で評価することもできる。非限定的な例として、候補化合物は、血液中で最大で10%まで切断される。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液(または細胞外条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)と比べて、細胞内(または細胞内条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)で、少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く分解される。候補化合物の切断速度は、細胞内媒体を模倣するよう選ばれた条件下で標準的な酵素反応速度論アッセイを使用して決定することができ、細胞外媒体を模倣するよう選ばれた条件と比べることができる。
一部の実施形態では、リンカーは、当該リン酸基を分解または加水分解する薬剤によって切断されるリン酸系の切断可能な結合基を含む。細胞内のリン酸基を切断する薬剤の一例は、細胞内のホスファターゼ等の酵素である。リン酸系の結合基の例は、−O−P(O)(ORk)−O−、−O−P(S)(ORk)−O−、−O−P(S)(SRk)−O−、−S−P(O)(ORk)−O−、−O−P(O)(ORk)−S−、−S−P(O)(ORk)−S−、−O−P(S)(ORk)−S−、−S−P(S)(ORk)−O−、−O−P(O)(Rk)−O−、−O−P(S)(Rk)−O−、−S−P(O)(Rk)−O−、−S−P(S)(Rk)−O−、−S−P(O)(Rk)−S−、−O−P(S)(Rk)−S−である。さらなる非限定的な例は、−O−P(O)(OH)−O−、−O−P(S)(OH)−O−、−O−P(S)(SH)−O−、−S−P(O)(OH)−O−、−O−P(O)(OH)−S−、−S−P(O)(OH)−S−、−O−P(S)(OH)−S−、−S−P(S)(OH)−O−、−O−P(O)(H)−O−、−O−P(S)(H)−O−、−S−P(O)(H)−O−、−S−P(S)(H)−O−、−S−P(O)(H)−S−、−O−P(S)(H)−S−である。さらなる非限定的な例は、−O−P(O)(OH)−O−である。様々な実施形態では、Rkは、以下のいずれかである:OH、SH、NH、BH、CH、C1−6アルキル、C6−10アリール、C1−6アルコキシ及びC6−10アリール−オキシ。ここで、C1−6アルキル及びC6−10アリールは非置換であるか、または任意で独立して、ハロ、ヒドロキシル、及びNHから独立して選択される1〜3個の基で置換され、及びRは、O、S、NH、またはCHから選択される。
一部の実施形態では、リンカーは、酸切断可能な結合基、例えば、酸性条件下で切断される能力を有する結合基を含む。非限定的な例として、酸切断可能な結合基は、約6.5以下のpHを有する酸性環境下(例えば、約6.0、5.5、5.0、またはそれ以下)で切断されるか、または一般的な酸として作用し得る酵素等の剤により切断される。細胞内において、例えばエンドソーム及びリソソーム等の特定の低pHオルガネラは、酸切断可能な結合基に切断環境を提供することができる。酸切断可能な結合基の例には、ヒドラゾン、エステル、及びアミノ酸のエステルが含まれるが、これらに限定されない。酸切断可能な基は、一般式の−C=NN−、C(O)O、または−OC(O)を有してもよい。別の非限定的な例において、エステルの酸素に結合している炭素(アルコキシ基)が、アリール基、置換アルキル基、または、例えば、ジメチルペンチルもしくはt−ブチル等の三級アルキル基である場合。
一部の実施形態では、リンカーは、エステル系の結合基を含む。非限定的な例として、エステル系の切断可能な結合基は、細胞内のエステラーゼ及びアミダーゼ等の酵素によって切断される。エステル系の切断可能な結合基の例には、アルキレン基、アルケニレン基及びアルキニレン基のエステルが含まれるが、これらに限定されない。エステル切断可能な結合基は、一般式の−C(O)O−または−OC(O)−を有する。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
一部の実施形態では、リンカーは、ペプチド系の切断基を含む。ペプチド系の切断可能な結合基は、細胞内のペプチダーゼ及びプロテアーゼ等の酵素によって切断される。ペプチド系の切断可能な結合基は、アミノ酸の間で形成されて、オリゴペプチド(例えば、ジペプチド、トリペプチド等)及びポリペプチドを与えるペプチド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミド基(−−C(O)NH−−)を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンの間で形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチド及びタンパク質を与える特別なタイプのアミド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチド及びタンパク質を与えるペプチド結合(すなわち、アミド結合)に限定することができ、全アミド官能基を含むわけではない。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な結合基は、一般式の−NHCHRC(O)NHCHRC(O)−を有してもよく、式中、R及びRは、2個の隣接するアミノ酸のR基である。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
非限定的な例として、米国特許出願第20150265708号に記載のリンカーをはじめとする、当分野において報告された任意のリンカーを使用することができる。
一部の実施形態では、脂質は、本開示に従って、当技術分野で既知の任意の方法を用いてオリゴヌクレオチドに複合体化される。
標的化部分
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物はさらに、標的化構成要素または部分を含む。標的化部分は、オリゴヌクレオチド部分に複合体化されても複合体化されなくてもよい。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質である。一部の実施形態では、標的化部分は、炭水化物または二環式ケタールである。一部の実施形態では、標的化部分は、本開示に記載される−RLDである。一部の実施形態では、標的化部分は、本開示に記載される−RCDである。
標的化部分は、本開示に従って、多くの種類の方法、例えば、脂質及び炭水化物用に記載されるものによって、提供される技術に組み込まれ得る。一部の実施形態では、標的化部分は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合されて、提供される組成物を形成する。一部の実施形態では、標的化部分は、オリゴヌクレオチドに複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、オリゴヌクレオチドに複合体化されない。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2つ以上の標的化部分を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の複合体化標的化部分を含む。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は同じである。一部の実施形態では、該2つ以上の複合体化標的化部分は異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以下の標的化部分を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化標的化部分を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的化部分を含有する。
標的化部分は、例えば、脂質及び炭水化物について記載されるように、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用され得る。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それを例えば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した標的化部分の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。標的化部分は、脂質と比較し、同じまたは異なるリンカーのいずれかを介して複合体化され得る。
標的化部分は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに複合体化され得る。一部の実施形態では、標的化部分は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的化部分は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、独立してその5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、及び/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される複数の複合体化標的化部分を含み得る。標的化部分及び脂質は、同じ位置、近傍の位置、及び/または離れた位置のいずれかで複合体化され得る。一部の実施形態では、標的化部分は、オリゴヌクレオチドの一端で複合体化され、脂質は、他方の端で複合体化される。
一部の実施形態では、標的化部分は、標的細胞の表面上のタンパク質と相互作用する。一部の実施形態では、かかる相互作用により、標的細胞内への内在化が促進される。一部の実施形態では、標的化部分は、糖部分を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、ポリペプチド部分を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、抗体を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、抗体である。一部の実施形態では、標的化部分は、阻害剤を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、低分子阻害剤由来の部分である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上のタンパク質の阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上に発現される炭酸脱水酵素阻害剤である。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、XIV、XVまたはXVIである。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、膜結合型である。一部の実施形態では、炭酸脱水酵素は、IV、IX、XIIまたはXIVである。一部の実施形態では、阻害剤は、IV、IX、XII及び/またはXIVに対する阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素III阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素IV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素IX阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素XII阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水酵素XIV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミド(例えば、Supuran,CT.Nature Rev Drug Discover 2008,7,168−181に記載されるものであり、そのスルホンアミドは参照することにより本明細書に組み込まれる)を含有するか、またはスルホンアミドである。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミドである。一部の実施形態では、標的細胞は、筋肉細胞である。
一部の実施形態では、標的化部分はRTDであり、RTDは、本開示に記載されるRLDまたはRCDである。
一部の実施形態では、標的化部分は、本開示に規定され、及び記載されるRLDである。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、標的化部分は、本開示に規定され、及び記載されるRCDである。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RCDを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、
Figure 2020522510
を含むか、またはこれである。一部の実施形態では、RTDは、標的化部分であり、これは、脂質部分を含むか、または脂質部分である。一部の実施形態では、XはOである。一部の実施形態では、XはSである。
一部の実施形態では、本開示は、様々な部分をオリゴヌクレオチド部分に複合体化するための技術(例えば、試薬、方法等)を提供する。一部の実施形態では、本開示は、標的化部分をオリゴヌクレオチド部分に複合体化するための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、複合体化のための標的化部分を含有する酸、例えば、RLD−COOHを提供する。一部の実施形態では、本開示は、複合体化のためのリンカー、例えば、Lを提供する。当業者であれば、多くの公知で広く実施されている技術を、本開示に従いオリゴヌクレオチド部分との複合体化に利用可能であることを理解する。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、提供される酸は、脂肪酸であり、これは、標的化部分として脂質部分を含み得る。一部の実施形態では、本開示は、かかる酸を調製するための方法及び試薬を提供する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意選択の追加の化学的部分を含むことができ、該化学部分に含まれるのは、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等であるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、脂質は、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意の脂質、またはそのバリアント、誘導体、もしくは修飾体である。一部の実施形態では、GalNAc部分は、本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意のGalNAc、またはそのバリアント、誘導体、もしくは修飾体である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、または、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、二環式ケタール、GalNAc部分等が挙げられるがこれらに限定されない本明細書に記載される、もしくは当技術分野で既知の任意選択の追加の化学的部分を、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾と組み合わせて含むことができ、該構造的要素または修飾に含まれるのは、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’−ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ長さ;GC含量;糖、塩基、もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾であるがこれらに限定されず、また、一部の実施形態では、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、標的遺伝子もしくはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、または当技術
分野で既知の任意の脂質を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の脂質を含有し得る。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含有する。一部の実施形態では、脂質部分は、脂質との複合体化によって組み込まれる。一部の実施形態では、脂質は、脂肪酸である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脂肪酸に複合体化される。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、シード領域内のヌクレオチドに複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、ポストシード領域内のヌクレオチドに複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、1番目、2番目、3番目、4番目、5番目、6番目、7番目、8番目、9番目、10番目、11番目、12番目、13番目、14番目、15番目、16番目、17番目、18番目、19番目、20番目、21番目、22番目、23番目、24番目、または25番目のヌクレオチド(5’末端から数えて)に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、9番目または11番目のヌクレオチド(5’末端から数えて)に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脂肪酸に塩基で複合体化される。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、9番目または11番目のヌクレオチド(5’末端から数えて)の塩基に複合体化された脂質を含有する。
一部の実施形態では、脂肪酸は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個またはそれ以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、10個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、11個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、12個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、13個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、14個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、15個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、16個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、17個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、18個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、19個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、20個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、21個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、22個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、23個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、24個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、25個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、26個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、27個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、28個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、29個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、30個以上の炭素原子を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、パルミチン酸である。一部の実施形態では、脂質は、ステアリン酸またはツルビナル酸である。一部の実施形態では、脂質は、ステアリン酸である。一部の実施形態では、脂質は、ツルビナル酸である。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C10−C30の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C10−C20の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C10−C16の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C12−C16の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、C14−C16の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。
一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドに複合体化されない。
一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドに複合体化される。
一部の実施形態では、脂質は、リンカーにより、オリゴヌクレオチドに複合体化される。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。
一部の実施形態では、標的化部分がオリゴヌクレオチドに複合体化される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の標的化部分を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、リンカーを介して複合体化される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の脂質部分と、1つ以上の標的化部分とを含有する。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質部分を含有し、ここで、脂質は、直線状のC16である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、パルミチン酸である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、塩基に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、塩基に複合体化された直線状のC16である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、塩基に複合体化されたパルミチン酸である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、組成物は、脂質を更に含有する。一部の実施形態では、脂質は、ステアリン酸またはツルビナル酸である。一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドに複合体化される。
一部の実施形態では、脂質をオリゴヌクレオチドに複合体化することにより、オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性が改善される。一部の実施形態では、その特性は、活性の増加(たとえば、一本鎖RNA干渉を介在する能力の増加)、または組織分布の改善である。一部の実施形態では、脂質の複合体化により、活性が改善される。一部の実施形態では、脂質の複合体化により、1つ以上の標的組織への送達が改善される。一部の実施形態では、組織は、筋肉組織である。一部の実施形態では、組織は、骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、40塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、45塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、50塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、55塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、60塩基以下の長さである。一部の実施形態では、UはTと置き換えられ、またはTはUと置き換えられる。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−C6アルキレン、C1−C6アルケニレン、C1−C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR)−、−C(O)N(R)−、−N(R)C(O)N(R)、−N(R)C(O)−、−N(R)C(O)O−、−OC(O)N(R)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R)−、−N(R)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−C6アルキレン、C1−C6アルケニレン、C1−C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR)−、−C(O)N(R)−、−N(R)C(O)N(R)、−N(R)C(O)−、−N(R)C(O)O−、−OC(O)N(R)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R)−、−N(R)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−C6アルキレン、C1−C6アルケニレン、C1−C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR)−、−C(O)N(R)−、−N(R)C(O)N(R)、−N(R)C(O)−、−N(R)C(O)O−、−OC(O)N(R)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)N(R)−、−N(R)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、及び−C(O)O−から選択される、任意で置換される基により置き換えられ、式中、各可変部分は独立して、本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、非置換のC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドに複合体化されない。一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドに複合体化される。
一部の実施形態では、脂質をオリゴヌクレオチドに複合体化することにより、オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性が驚くべくほど改善される。一部の実施形態では、その特性は、活性の増加(たとえば、一本鎖RNA干渉を介在する能力の増加)、または組織分布の改善である。一部の実施形態では、組織は、筋肉組織である。一部の実施形態では、組織は、骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜である。一部の実施形態では、脂質部分を含有するオリゴヌクレオチドは、たとえば、ミセルを形成する。一部の実施形態では、改善される特性の例は、たとえば、図のうちの1つ以上に示される。
一部の実施形態では、例示的なオリゴヌクレオチドをマウスでアッセイする場合、試験されるオリゴヌクレオチドは、試験量、たとえば、10mg/kg、30mg/kgなどで、オスのC57BL/10ScSnDMDmdxマウス(4〜5週齢)に尾静脈を介して静脈内注射される。一部の実施形態では、注射後に、試験時間、たとえば、何日か目、たとえば、2日目、7日目及び/または14日目などに、組織が採取され、一部の実施形態では、当該組織は、液体窒素中で新鮮凍結され、解析を行うまで−80℃で保存される。
本開示に従ってオリゴヌクレオチドレベルを評価するには、様々なアッセイを使用することができる。一部の実施形態では、ハイブリッド−ELISAを使用し、標準曲線として被験物質の連続希釈を使用して組織中のオリゴヌクレオチドレベルを定量する:たとえば、手順の一例では、無水マレイン酸活性化96ウェルプレート(Pierce社 15110)を、2.5%NaHCO中、500nMの捕捉プローブ(Gibco社 25080−094)50lで2時間、37℃でコーティングした。このプレートを次いでPBST(PBS+0.1%Tween−20)で3回洗浄し、5%無脂肪乳−PBSTで1時間、37℃でブロックした。被験物質のオリゴヌクレオチドをマトリクス内に連続希釈した。全ての試料中のオリゴヌクレオチド量が100ng/ml未満となるように、元の試料と共にこの標準物質を溶解バッファー(4Mグアニジン;0.33%N−ラウリルサルコシン;25mMクエン酸ナトリウム;10mM DTT)で希釈した。20lの希釈試料を、PBSTで希釈した333nMの検出プローブ180lと混合し、次いでPCR装置(65℃、10分、95℃、15分、4℃)で変性させた。50lの変性試料を、ブロッキングしたELISAプレートに3個ずつ分配し、4℃で一晩インキュベートした。PBSTで3回洗浄した後、PBST中の1:2000のストレプトアビジン−APをウェルあたり50l加え、室温で1時間インキュベートした。PBSTで十分に洗浄した後、100lのAttoPhos(Promega社、S1000)を添加し、暗所で10分間室温でインキュベートし、プレートリーダー(Molecular Device社、M5)蛍光チャネル:Ex435nm、Em555nmで読み取った。試料中のオリゴヌクレオチドを、4パラメータ回帰分析によって、標準曲線に従い計算した。
本開示に記載及び実証されるように、一部の実施形態では、脂質複合体化により、標的組織への送達が改善される。一部の実施形態では、脂質の複合体化により、筋肉への送達が改善される。一部の実施形態では、脂質の複合体化は、脂肪酸との複合体化を含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ツルビナル酸と複合体化される。一部の実施形態では、ツルビナル酸との複合体化は、オリゴヌクレオチドの筋肉への送達を改善するのに特に効果的である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、血漿及び組織ホモジネートの両方において安定である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、位置9または11(5’末端から数えて)に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)に複合体化された直線状のC16である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)に複合体化されたパルミチン酸である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、位置9または11(5’末端から数えて)の塩基に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)の塩基に複合体化された直線状のC16である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)の塩基に複合体化されたパルミチン酸である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、位置9または11(5’末端から数えて)のU塩基に複合体化された脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)のU塩基に複合体化された直線状のC16である。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、脂質を含有し、ここで、脂質は、位置9または11(5’末端から数えて)のU塩基に複合体化されたパルミチン酸である。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAiは、ImU、または5’−脂質−2’OMeUの構造を含有する。
Figure 2020522510
そのような一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、以下が挙げられる:WV−7302、WV−7303、WV−7304、及びWV−7305。表88。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、任意の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、米国特許第5,614,503号;同第5,780,009号;同第6,074,863号;同第6,258,581号;同第6,489,117号;同第6,677,445号;同第6,828,435号;同第6,846,921号;同第7,416,849号;同第7,494,982号;同第7,981,871号;同第8,106,022号;同第8,148,344号;同第8,318,508号;同第8,389,707号;同第8,450,467号;同第8,507,455号;同第8,703,731号;同第8,828,956号;同第8,901,046号;同第9,107,904号;同第9,352,048号;同第9,370,581号;同第9,370,582号;同第9,387,257号;同第9,388,415号;同第9,388,416号;同第9,393,316号;及び同第9,404,112号のいずれかに記載される脂質を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の脂質を含有し得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、GalNAc部分など;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;長さ;GC含量;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の脂質を含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドに複合体化される任意の追加の化学的部分:炭水化物部分または二環式ケタール、たとえば、限定されないが、GalNAc部分
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の炭水化物もしくは炭水化物部分または二環式ケタール部分を含有する。一部の実施形態では、炭水化物部分は、炭水化物である。一部の実施形態では、炭水化物部分は、オリゴヌクレオチドに直接的もしくは間接的に複合体化された炭水化物であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、炭水化物部分は、所望の位置、たとえば、細胞、組織、臓器などへのオリゴヌクレオチドの標的化送達を容易にする。一部の実施形態では、提供される炭水化物部分は、肝臓への送達を容易にする。当業者により認識されるように、様々な炭水化物部分が文献に記載されており、本開示に従って利用することができる。
炭水化物部分は、1つ以上の二価または多価(2つ以上の炭水化物部分をオリゴヌクレオチドに繋げるために使用され得る)のリンカーを任意に介して、たとえば、糖単位、ヌクレオチド間結合単位、核酸塩基単位などの様々な位置でオリゴヌクレオチドに組み込むことができる。一部の実施形態では、本開示は、炭水化物をオリゴヌクレオチドへ組み込むための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、1つ以上のリンカーを任意に介して、ヌクレオチド間結合及び/または糖単位での代替の組み込み及び/または追加の組み込みとして、核酸塩基単位に炭水化物部分を組み込むための技術を提供し、これにより、極めて大きな柔軟性及び/または改善された特性及び/または活性を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、リンカーを任意に介して、核酸塩基単位でオリゴヌクレオチドに組み込まれた少なくとも1つの炭水化物部分を含有する。
一部の実施形態では、リンカーは、Lであり、式中、Lは、共有結合であるか、またはC1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価もしくは多価の直線状もしくは分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、二価である。一部の実施形態では、Lは、多価である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
であり、式中、Lは、核酸塩基に直接結合され、たとえば、以下のとおりである:
Figure 2020522510
。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、炭水化物部分または二環式ケタールもしくは二環式ケタール部分は、RCDであり、式中、RCDは、C1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられる。一部の実施形態では、RCDは、C1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が独立して、四価の単糖、二糖または多糖部分と置き換えられる。一部の実施形態では、RCDは、C1−100脂肪族基、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が独立して、四価のGalNac部分、またはGalNac誘導体の四価部分と置き換えられる。
一部の実施形態では、RCDは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rである。一部の実施形態では、RCDは、単糖部分である。一部の実施形態では、RCDは、一価のGalNac部分である。一部の実施形態では、RCDは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、RCDは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、RCDは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rである。一部の実施形態では、RCDは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、RCDは、二糖部分である。一部の実施形態では、RCDは、多糖部分である。
一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、C−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、C−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり、少なくとも1つのヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、Rは置換され、各Rの少なくとも1つの置換基は、酸素原子を介してRに結合される。一部の実施形態では、Rは置換され、各Rの少なくとも1つの置換基は、窒素原子を介してRに結合される。一部の実施形態では、Rは独立して置換され、各Rの各炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子を介して置換基に結合される。一部の実施形態では、Rは独立して置換され、各Rの各炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子を介して置換基に結合される。一部の実施形態では、Rは、1〜10個の酸素原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、1個の酸素原子を有する、任意で置換される3〜6員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、各Rは独立して、1〜10個の酸素原子を有する、任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは独立して、1個の酸素原子を有する、任意で置換される3〜6員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の各炭素は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の3個以上の炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の4個以上の炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の5個以上の炭素原子は独立して、酸素原子または窒素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は独立して、酸素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の3個以上の炭素原子は独立して、酸素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の4個以上の炭素原子は独立して、酸素原子に結合される。一部の実施形態では、Rのヘテロシクリル環の5個以上の炭素原子は独立して、酸素原子に結合される。一部の実施形態では、R−Hは、−CHOまたは−C(O)−基を含有するC3−20ポリオールである。
一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、置換された基であり、ここで、置換基の1〜20個は、R基である。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、置換された基であり、ここで、置換基の1〜20個は、−OR基または−N(R)基である。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、置換された基であり、ここで、置換基の1〜20個は、−OH及び−N(R)である。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、置換された基であり、ここで、置換基の1〜20個は、−OH及び−NHRである。一部の実施形態では、RCDは、R−L−の構造を有し、式中、Rは、−Hであるか、またはC−C20環式脂肪族、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリルから選択される、置換された基であり、ここで、置換基の1〜20個は、−OH及び−NHC(O)Rである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、置換された3〜20員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、酸素及び窒素から独立して選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、置換された3〜20員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、1〜10個の酸素を有する、置換された3〜20員のヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、置換された
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、置換された
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、置換された
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10である。一部の実施形態では、tは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10である。一部の実施形態では、tは、少なくとも1である。一部の実施形態では、tは、少なくとも2である。一部の実施形態では、tは、少なくとも3である。一部の実施形態では、tは、少なくとも4である。一部の実施形態では、tは、少なくとも5である。一部の実施形態では、tは、少なくとも6である。一部の実施形態では、各R1sは独立して、−OR’または−N(R’)である。一部の実施形態では、各R’は独立して、−C(O)Rである。一部の実施形態では、各R1sは独立して、−OR’または−NHR’である。一部の実施形態では、各R1sは独立して、−OHまたは−NHR’である。一部の実施形態では、各R1sは独立して、−OHまたは−NHC(O)Rである。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、各可変部分は独立して、本開示に記載されるとおりである(すなわち、R−Hは、
Figure 2020522510
である)。一部の実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sのうちの少なくとも1、2、3、4、5、または6つは独立して、−OR’または−N(R’)である。一部の実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sのうちの少なくとも1、2、3、4、5、または6つは独立して、−OR’または−NHR’である。一部の実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sのうちの少なくとも1、2、3、4、5、または6つは独立して、−OHまたは−NHR’である。一部の実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sのうちの少なくとも1、2、3、4、5、または6つは独立して、−OHまたは−NHC(O)Rである。一部の実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sのうちの少なくとも1、2、3、4、5、または6つは、−OHである。
一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の各環炭素原子は独立して、置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個以下は、置換されない。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、1個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、2個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、3個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、4個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、5個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、6個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、7個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、8個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、9個以下である。一部の実施形態では、置換されていない環炭素原子は、10個以下である。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個以下は、−OHまたは−N(R’)で置換されない。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、1個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、2個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、3個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、4個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、5個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、6個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、7個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、8個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、9個以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、10個以下である。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個以下は、−OHで置換されない。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、1個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、2個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、3個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、4個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、5個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、6個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、7個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、8個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、9個以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、10個以下である。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95%パーセントは、−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、10%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、20%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、30%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、40%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、50%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、60%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、70%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、80%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、90%以下である。一部の実施形態では、−OHまたは−N(R’)で置換されていない環炭素原子は、95%以下である。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95%以下は、−OHで置換されない。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、10%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、20%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、30%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、40%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、50%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、60%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、70%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、80%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、90%以下である。一部の実施形態では、−OHで置換されていない環炭素原子は、95%以下である。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の各環炭素原子は独立して、置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも2個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも3個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも4個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも5個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも6個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも7個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも8個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも9個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、少なくとも10個の環炭素原子が置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも2個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも3個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも4個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも5個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも6個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも7個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも8個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも9個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも10個の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも2個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも3個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも4個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも5個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも6個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも7個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも8個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも9個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも10個の環炭素原子が−OHで置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95%パーセントは、−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも10%の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも20%の環炭素原子が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも30%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも40%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも50%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも60%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも70%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも80%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも90%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも95%が−OHまたは−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、Rの環式脂肪族または複素環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95%は、−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも10%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも20%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも30%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも40%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも50%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも60%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも70%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも80%が−OHで置換される。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも90%が−OHで置換され
る。一部の実施形態では、環炭素原子の少なくとも95%が−OHで置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−N(R’)で置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換される。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換され、式中、Rは、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、少なくとも1個の環炭素原子が−NHAcで置換される。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rである。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、RCD、またはRは、RCD−H、またはR−Hが、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
であるような構造のものである。一部の実施形態では、RCD、またはRは、RCD−H、またはR−Hがアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドであるような構造のものである。様々な他のASGPRリガンドが当分野で公知であり、本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、記載される炭水化物部分は、提供されるオリゴヌクレオチドの肝臓への標的化送達に有用である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される二価のC1−6脂肪族であり、式中、1つ以上のメチレン単位が独立して、及び任意で−O−と置き換えられる。一部の実施形態では、Lは、−O−CH−である。
一部の実施形態では、RCDは、R−Hのオリゴマー部分またはポリマー部分であり、式中、各Rは独立して、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の標的化部分を含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、標的化部分は、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。
一部の実施形態では、標的化部分は、Sanhueza et al.J.Am.Chem.Soc.,2017,139(9),pp 3528−3536に開示されているアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。
一部の実施形態では、標的化部分は、Liras et al.US 20160207953に開示されているアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。
一部の実施形態では、標的化部分は、Liras et al.US20160207953に開示されている、置換された−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール誘導体である。
一部の実施形態では、標的化部分は、Liras et al.US20150329555に開示されているアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。
一部の実施形態では、標的化部分は、Liras et al.US20150329555に開示されている、置換された−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール誘導体である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意選択の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、炭水化物部分、二環式ケタール、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分などを含有し得る。一部の実施形態では、炭水化物は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知であるような任意の炭水化物、またはそのバリアント、誘導体もしくは修飾体である。一部の実施形態では、脂質は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知であるような任意の脂質、またはそのバリアント、誘導体もしくは修飾体である。一部の実施形態では、GalNAc部分は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知であるような任意のGalNAc、またはそのバリアント、誘導体もしくは修飾体である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ 長さ;GC含量;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意選択の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、炭水化物部分、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分などを含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される追加の化学的部分は、GalNAc部分である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される追加の化学的部分は、位置N1〜N27のいずれかで複合体化されるGalNAc部分である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される追加の化学的部分は、リンカーを介して5’−H Tに複合体化される、GalNAc部分である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される追加の化学的部分は、リンカーを介して5’−H Tに複合体化され、位置N1〜N27のいずれかで複合体化されるGalNAc部分である。
一部の実施形態では、追加の化学的部分は、位置N1〜N27のいずれかでのGaNC6T(TGaNC6Tとしても知られ、アミノC6リンカーを介したGalNAc部分の5’H Tへの複合体化)である。
一部の実施形態では、追加の化学的部分は、GaNC6T、たとえば、アミノC6リンカーを介したGalNAc部分の5’H Tへの複合体化である(たとえば、最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチドにおけるもの[5’から3’へ数えて];たとえば、3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチド(たとえば、3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチドは、3’末端ジヌクレオチドの2つのヌクレオチドのうち、オリゴヌクレオチドの5’末端により近いヌクレオチド)または3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチドのすぐ5’側のヌクレオチド;式中、たとえば、最後から2番目の位置は、yz=1の場合、N26であり、最後から3番目は、wz=1及びyz=1の場合、N25である):
Figure 2020522510
非限定的な例としては、以下を参照のこと:表13及び表25のWV−3068;表25のWV−3069;WV−3245;WV−3248;WV−3532;WV−6035;WV−6036;WV−6037;WV−6038;ならびにWV−6039。
いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、GalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化するリンカーを含有する。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、GalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化するリンカーを含有し、ここで、リンカーは、糖の2’位に結合している。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、GalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化するリンカーを含有し、ここで、リンカーは、塩基に結合している。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、GalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化するリンカーを含有し、ここで、リンカーは、T塩基に結合している。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、GalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化するリンカーを含有する。
一部の実施形態では、GalNAc部分に結合しているリンカーは、生体切断可能リンカーである。そのようなリンカーは、GalNAc部分の細胞内での除去を可能にし、このため、GalNAc部分は、Ago−2活性またはRNA干渉を妨害しない。
一部の実施形態では、GalNAc部分は、最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチドでオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に複合体化される。
一部の実施形態では、GalNAc部分は、一本鎖RNAi剤の最後から2番目のヌクレオチド(3’末端ジヌクレオチドのより5’側の位置)、または一本鎖RNAi剤の最後から3番目のヌクレオチド(3’末端ジヌクレオチドのすぐ5’側のヌクレオチド)で複合体化され得る。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一本鎖RNAi剤の最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチド(たとえば、3’末端ジヌクレオチドのより5’側の位置)がAgo−2のポケットに隣接し得、GalNAc部分は、当該ポケットへの挿入が可能であり得ることから、GalNAc部分は、Ago−2活性を妨害しないことを示唆する。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、GalNAc部分が最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチドに結合している場合、RNAi活性を可能にするためにGalNAc部分を切断する必要はなく、そのため、より堅固な非生体切断可能リンカーを使用してGalNAc部分をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に結合させることが許容され得ることを示唆する。したがって、より堅固なリンカーは切断の影響を受けにくく、これにより、GalNAc部分によるオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の送達増加の可能性が高くなる。
一部の実施形態では、GalNAc部分は、AMC6リンカーを介して結合される。
一部の実施形態では、GalNAc部分は、T塩基に結合したAMC6リンカーを介して結合される(AMC6T)。
一部の実施形態では、AMC6Tは、以下の構造を有する:
Figure 2020522510
一部の非限定的な例では、AMC6Tは、最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチド[5’から3’へ数えて]のいずれかにあり;たとえば、3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチド、または3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチドのすぐ5’側のヌクレオチドにあり;式中、たとえば、最後から2番目の位置は、yz=1の場合、N26であり、最後から3番目は、wz=1及びyz=1の場合、N25である。たとえば、表23のWV−2154及びWV−2155;ならびに表24のWV−2156及びWV−2157を参照のこと。
AMC6Tを含有する一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、以下が挙げられる:表13のWV−2818;ならびにWV−2709、WV−2711、WV−2820、WV−3525、WV−3526、WV−3528、WV−6043〜WV−6050、WV−7498〜WV−7505、WV−6504、WV−6505、及びWV−7323〜WV−7326。
一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチドにAMC6Tを含有する。そのような一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、以下が挙げられる:表13のWV−2818;ならびにWV−2709、WV−2711、WV−2820、WV−3525、WV−3526、WV−3528、WV−6043〜WV−6050、WV−7498〜WV−7505、WV−6504、WV−6505、及びWV−7323〜WV−7326。
本明細書に開示されるように、GaNC6Tは、有効な一本鎖RNAi剤の構成要素である。一部の非限定的な例では、GaNC6Tは、最後から2番目または最後から3番目のヌクレオチド[5’から3’へ数えて]のいずれかにあり;たとえば、3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチド、または3’末端ジヌクレオチドの5’ヌクレオチドのすぐ5’側のヌクレオチドにあり;式中、たとえば、最後から2番目の位置は、yz=1の場合、N26であり、最後から3番目は、wz=1及びyz=1の場合、N25である。本明細書に開示される一部の非限定的な例では、GaNC6Tは、ヌクレオチド位置21のうち20(5’末端から数えて)、または25のうち24(5’末端から数えて)にある。たとえば、表13及び表25のWV−3068及びWV−3069;WV−3243、WV−3245、WV−3248、WV−3532を参照のこと。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される(たとえば、C10、C3またはトリアジンリンカーを介して):
Figure 2020522510
これらの構造は、−OAc(−O−アセテート基)を含有するので、保護されたバージョンを表す。一部の実施形態では、Ac基は、当該化合物のオリゴヌクレオチドへの複合体化後の脱保護中に除去される。一部の実施形態では、脱保護は、たとえば、実施例37Bに記載されるように、濃縮水酸化アンモニウムを用いて実施される。これらの構造の脱保護されたバージョンでは、−OAcは、−OHにより置き換えられる。
一部の実施形態では、GalNAc部分は、5’末端(N1位置)に複合体化される。たとえば、WV−3249を参照のこと。
これらの追加の化学的部分のそれぞれ(C12、C5またはトリアジンリンカーのそれぞれを伴う三アンテナ型GalNAc酸)を、RNase H機序を介して作動する、第XI因子(FXI)を標的とするオリゴヌクレオチドに複合体化した。
いくつかのオリゴヌクレオチドを構築した。各々は、RNase H機序を介して作動する、第XI因子(FXI)を標的とするオリゴヌクレオチドを含有し、C12、C5またはトリアジンリンカーのそれぞれにより、それぞれ異なる三アンテナ型GalNAc酸に複合体化されている。三アンテナ型GalNAc酸は、オリゴヌクレオチドの肝臓への送達を改善することが実験的に明らかにされた(データ図示せず)。
一部の実施形態では、本開示は、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、C10、C3またはトリアジンリンカーを介して、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、RNase HまたはRNA干渉機序によって介在される、標的転写産物のノックダウンを誘導する。一部の実施形態では、本開示は、C10、C3またはトリアジンリンカーを介して、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、RNase HまたはRNA干渉機序によって介在される、標的転写産物のノックダウンを誘導する。
一部の実施形態では、本開示は、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、RNase HまたはRNA干渉機序によって介在される、標的転写産物のノックダウンを誘導し、このRNA干渉機序は、1、2またはそれ以上の鎖を含有するRNAi剤によって誘導される。一部の実施形態では、本開示は、C10、C3またはトリアジンリンカーを介して、三アンテナ型GalNAc酸に複合体化される任意のオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、RNase HまたはRNA干渉機序によって介在される、標的転写産物のノックダウンを誘導し、このRNA干渉機序は、1、2またはそれ以上の鎖を含有するRNAi剤によって誘導される。
加えて、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、一本鎖RNAi剤の5’末端の最初のヌクレオチドが、標的転写産物の配列の対応する部分に一致する必要はないことを示す。
本開示による様々な方法を使用して、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドを調製し、特徴付けた。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、表1Aに列挙されるオリゴヌクレオチドタイプの一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、図1に例示される形式のいずれかとして列挙されるオリゴヌクレオチドタイプの一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンとRNA干渉の両方によって、標的転写産物のノックダウンを誘導する能力を有する。そのようなオリゴヌクレオチドは、本明細書中、二重機序またはハイブリッドオリゴヌクレオチドと記載される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、任意の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、以下のいずれかに記載または参照される任意のGalNAc部分を含有し得る:5,382,524;5,491,075;5,545,553;5,705,367;5,733,765;5,786,184;5,798,233;5,854,042;5,871,990;5,945,322;6,165,469;6,187,310;6,342,382;6,465,220;6,503,744;6,699,705;6,723,545;6,780,624;6,825,019;6,905,867;6,911,337;7,026,147;7,078,207;7,138,258;7,166,717;7,169,593;7,169,914;7,189,836;7,192,756;7,202,353;7,208,304;7,211,657;7,217,549;7,220,848;7,238,509;7,338,932;7,371,838;7,384,771;7,462,474;7,598,068;7,608,442;7,682,787;7,723,092;8,039,218;8,137,941;8,268,596;8,871,723;または9,222,080。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意選択の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、GalNAc部分などを含有し得る。一部の実施形態では、GalNAc部分は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知であるような任意のGalNAc部分、またはそのバリアント、誘導体もしくは修飾体である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ 長さ;GC含量;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意選択の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、GalNAc部分などを含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
二重機序またはハイブリッドオリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のオリゴヌクレオチドの構造的要素を含有し得る。
本明細書に開示されるように、いくつかのオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンとRNA干渉の両方によって、転写産物標的のノックダウンを誘導する能力を有する。
本明細書に開示されるように、いくつかのオリゴヌクレオチド(たとえば、限定されないが、二重機序またはハイブリッドオリゴヌクレオチドもしくはハイブリッドRNAi剤として本明細書に記載されるもの)は、RNase H介在性ノックダウンとRNA干渉の両方によって、転写産物標的のノックダウンを誘導する能力を有する。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、ハイブリッドオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンによってのみノックダウンを誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉によってのみノックダウンを誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドのいずれかに対して、特別な利点を有することができることを示唆する。たとえば、いくつかのハイブリッドオリゴヌクレオチドを同じ細胞内に導入した場合、全てではない一部のハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RISC経路に関与することができ、RISC経路に関与しないものは、RNase H介在性経路への関与に利用することができる。たとえば、いくつかのハイブリッドオリゴヌクレオチドを同じ細胞内に導入した場合、全てではない一部のハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性経路に関与することができ、RNase H介在性経路に関与しないものは、RISC経路への関与に利用することができる。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、ハイブリッドオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンによってのみノックダウンを誘導する能力を有するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉によってのみノックダウンを誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドよりも効果的なノックダウンを介在することができることを示唆する。これは、ハイブリッドオリゴヌクレオチドが両方の経路を介してノックダウンを誘導する能力を有するからである。少なくともいくつかの細胞では、RNase H活性及びRNA干渉のレベルは、細胞区画ごとに異なり得る。一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンまたはRNA干渉を介して、様々な細胞区画でノックダウンを誘導することができる。一部の実施形態では、RNase Hがオリゴヌクレオチドで飽和している場合、過剰なオリゴヌクレオチドは、RNA干渉介在性ノックダウンに利用可能であり得る。一部の実施形態では、Ago−2がオリゴヌクレオチドで飽和している場合、過剰なオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンに利用可能であり得る。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNase H介在性ノックダウンを介したノックダウンと、RNA干渉を介したノックダウンの両方が可能な構造を含有する。
報告によれば、RNase HとRNAiは両方とも標的mRNAのノックダウンに関与するが、両者は異なる機序を伴う。報告によれば、RNase Hは、天然に、一本鎖DNA分子に関与し、一本鎖DNA分子は、mRNA標的に結合して、翻訳を立体的に妨げること、またはRNA/DNA二重鎖がRNase Hの基質として作用してmRNA標的が切断されることのいずれかによって、発現を低下させる。
対照的に、報告によれば、RNAiは、天然に、二本鎖RNA分子に関与し、Dicerによって、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、2つの3’オーバーハングを有する、二本鎖RNA分子が天然に生成される。これらの鎖は、二重鎖がほどけて、アンチセンスがアルゴノート2を含むRISC(RNA干渉サイレンシング複合体)に組み込まれることで分離する。アンチセンス鎖は、RISCのガイドとして作用し、相補的なmRNA標的を識別し、それを切断する。本明細書に示されるように、一本鎖RNAi剤の特定の形式もまた有効であるが、一本鎖RNAi剤は、Dicerによって天然に生成されない。
報告によれば、RNase H及びRISCは、構造的に異なる2種類の分子を天然に好む。RNase Hは、一本鎖DNA分子を天然に使用してmRNA標的を標的とし、DNA/RNA二重鎖を形成する。報告によれば、RISCは、一本鎖RNAアンチセンス鎖を天然に使用してmRNA標的を標的とし、RNA/RNA二重鎖を形成することが報告されている。Crooke et al.1995 Biochem.J.312:599−608;及びElbashir et al.Nature 2001 411:494。
Crooke et al.1995 Biochem.J.312:599−608はまた、E.coli RNase H1を結晶化し、研究したことを報告しており、好ましい基質がRNA/DNA二重鎖であることを報告した。DNA鎖では、2’−OMe及び2’−Fなどの2’−修飾は、RNase H活性を低下または排除することが報告されている。加えて、RNA干渉の場合、RNAをDNAで完全に置換すると、二本鎖RNAi剤のRNA干渉活性が消失することが報告されている。Elbashir et al.2001 EMBO J.20:6877−6888。したがって、報告によれば、RNase H介在性ノックダウンには、DNA(2’−デオキシ)の区間が必要であることが報告されているのに対し、RNA干渉は、ヌクレオチドの区間をDNA(2’−デオキシ)に置き換えると消失し得る。
対照的に、本明細書に示されるように、2’−OMe及び2’−F修飾は、一本鎖RNAi剤に極めて好適である。たとえば、表2のWV−2112;表3のWV−2113、WV−2146、及びWV−2147;表5のWV−4010、WV−4270、WV−4011、及びWV−4271;ならびに本明細書に開示される多くの他の一本鎖RNAi剤を参照のこと。
したがって、出願人らは、(a)2’−修飾ヌクレオチドを含有するシード領域;及び(b)2’−デオキシ(2’−デオキシ)ヌクレオチドのストレッチを含有するポストシード領域を含有する、いくつかのオリゴヌクレオチドを設計し、構築した。これらは、RNAiとRNase H介在性ノックダウン機序の両方を介して機能することが本明細書に示される。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングし、RNA干渉を介在する能力を有するシード領域;及び(b)第2の相補的標的mRNA領域にアニーリングし、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する2’−デオキシ(2’−デオキシ)領域を含有するポストシード領域を含有する。シード領域は、RNAまたは修飾ヌクレオチド、たとえば、2’修飾(たとえば、限定されないが、2’−F、2’−OMe及び2’−MOE)を含むヌクレオチドを任意選択で含有することができ、ここで、RNAまたは修飾ヌクレオチドは、天然糖及び/または天然塩基、及び/または修飾塩基、及び/またはヌクレオチド間結合を含有する。
RNase H介在性ノックダウンに有効なDNA(2’−デオキシ)領域の最小長は、少なくとも一部の例では、約5つの連続的なDNA(2’−デオキシ)であると報告されており、この最小デオキシ長は、部分的に精製された哺乳類RNase H酵素を使用したin vitroでの効率的なRNase H活性化に必要な最小長と相関することが報告されている。Monia et al.1993 JBC 268:14514−14522。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングする能力を有するシード領域;及び(b)2’−デオキシ領域を含有するポストシード領域を含有し、ここで、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する能力を有し、2’−デオキシ領域は、少なくとも5つの連続的な2’−デオキシを含有する。一部の実施形態では、2’−デオキシは、DNA、または修飾ヌクレオチド、たとえば、2’−デオキシを含む修飾ヌクレオチドであり得、ここで、DNAまたは修飾ヌクレオチドは、天然糖及び/または天然塩基、及び/または修飾塩基、及び/または任意のヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、2’−デオキシ領域は、連続的なヌクレオチドのストレッチを含有し、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、2’−デオキシ領域は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21ヌクレオチドの連続的なヌクレオチドのストレッチを含有し、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングする能力を有するシード領域;及び(b)2’−デオキシ領域を含有するポストシード領域を含有し、ここで、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する能力を有し、2’−デオキシ領域は、少なくとも5つの連続的な2’−デオキシを含有する。一部の実施形態では、2’−デオキシは、DNA、または修飾ヌクレオチド、たとえば、2’−デオキシを含む修飾ヌクレオチドであり得、ここで、DNAまたは修飾ヌクレオチドは、天然糖及び/または天然塩基、及び/または修飾塩基、及び/または任意のヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、2’−デオキシ領域は、連続的なヌクレオチドの区間を含有するか、または当該区間であり、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、2’−デオキシ領域は、連続的なヌクレオチドのストレッチを含有するか、または当該ストレッチであり、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、2’−デオキシ領域は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21ヌクレオチドの連続的なヌクレオチドのストレッチを含有し、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、WO2015/107425が、RNase H切断を誘導するアンチセンスオリゴヌクレオチドのホスホロチオエートのキラル中心の配置によって、RNase Hによって介在される切断を調節することができることを報告したことを注記する。たとえば、1つのRpの両側に少なくとも2つまたは3つのSpが位置する配置は、切断パターンを変更することができ、これにより、切断部位の数が減少し、RNase H介在性切断の部位が制御される。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングする能力を有するシード領域;及び(b)2’−デオキシ領域を含有するポストシード領域を含有し、ここで、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する能力を有し、2’−デオキシ領域は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21ヌクレオチドの連続的なヌクレオチドのストレッチを含有し、ここで、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、(a)第1の相補的標的mRNA領域にアニーリングする能力を有するシード領域;及び(b)2’−デオキシ領域を含有するポストシード領域を含有し、ここで、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導する能力を有し、2’−デオキシ領域は、少なくとも9ヌクレオチドの連続的なヌクレオチドのストレッチを含有し、各ヌクレオチドは、2’−デオキシであり、各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、第1及び第2の相補的標的mRNA領域は、同じ標的mRNAの領域である。
一部の実施形態では、第1及び第2の相補的標的mRNA領域は、異なる標的mRNAの領域である。
ハイブリッドオリゴヌクレオチドのいくつかの実施形態では、シード領域は、以下である:−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−、または−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−(N9−PX9)mz−(式中、mz=1)。
ハイブリッドオリゴヌクレオチドのいくつかの実施形態では、シード領域、たとえば、−(N9−PX9)mz−(N10−PX10)nz−(N11−PX11)pz−は、相補的標的mRNA領域にアニーリングし、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有するDNA領域を含有する。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、多くの例において、一本鎖DNAに結合した一本鎖RNA標的を、RNase Hが切断することを注記する。一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、標的RNA転写産物に結合する能力を有する一本鎖2’−デオキシ部分を含有し、RNase Hの基質を形成する。一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、標的RNA転写産物に結合する能力を有する一本鎖2’−デオキシ部分(本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のヌクレオチド間結合であり得る、ヌクレオチド間結合を含有する)を含有し、RNase Hの基質を形成する。
一部の実施形態では、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、N8−PX8−(N9−PX9)mz−(N10−PX10)nz−(N11−PX11)pzで表されるポストシード領域(たとえば、シード領域と3’末端領域との間の領域)が複数の連続的な2’−デオキシを含有する、構造を含有する。
一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも4つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも5つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも6つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも7つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも8つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも9つの連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも10〜20の連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20の連続的な2’−デオキシを含有するヌクレオチドの配列を含有する。
ハイブリッドオリゴヌクレオチドのいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも9つの連続的な2’−デオキシを含有する。一本鎖RNAi剤のいくつかの実施形態では、ポストシード領域は、少なくとも10の連続的な2’−デオキシを含有する。ハイブリッドオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、以下が挙げられる:表21及び表24のWV−2111;表3のWV−2113;表29のWV−2114;表3のWV−2146、WV−2147、WV−2148、WV−2149;表29のWV−2152、及びWV−2153;表24のWV−2156及びWV−2157;WV−2819;ならびに表25のWV−3069。
RNA干渉またはRNase Hノックダウンを介在する様々な一本鎖RNAi剤及びアンチセンスオリゴヌクレオチドの能力は、本明細書に記載され、非限定的な例として、図及び表に示される。
実験データ(図示せず)及び本明細書に別途詳細に記載されるものは、推定二重機序オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNase Hノックダウンの両方を介在する能力を有することを実証した。RNA干渉は、2つの異なるin vitro Ago−2アッセイのいずれかで試験し、RNase Hノックダウンは、in vitro RNase Hアッセイで試験した。
実験には、RNase Hアッセイが使用され、陽性対照としてWV−1868(ASO、RNase Hノックダウン機序を介在)、陰性対照としてWV−2110(一本鎖RNAi剤)を用いた。RNA分子WV−2372は、被験基質として使用される。RNase Hアッセイでは、二重機序オリゴヌクレオチドWV−2111は、RNase Hノックダウンを介在した。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のオリゴヌクレオチドの構造的要素を含有し得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;シード領域;ポストシード領域;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ 長さ;GC含量;任意選択の追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、GalNAc部分など;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素を含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
アレル特異的抑制
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISC(限定されないが、遺伝子発現のRNaseH介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)が関与しない生化学的機序を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アレル特異的抑制(またはアレル特異的ノックダウン)を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、いくつかの疾患状態において、患者(たとえば、ヒト患者)は、同じ遺伝子のコピーを2つ含有し得、ここで、一方のコピーは野生型であり(疾患に関連しない)、別の染色体上の他方のコピーは突然変異を有する(疾患に関連する)。一部の実施形態では、野生型アレル及び変異型アレルは、突然変異の特定の配列によって区別することができ、または有害な突然変異以外の配列(たとえば、SNP)によって区別することもできる。野生型遺伝子の発現は必要または有益であり得るが、変異型遺伝子の発現は有害または疾患に関連し得るので、変異型と野生型の両方のアレルをノックダウンすることは、時折望ましくないこともある。
一部の実施形態では、標的配列は、野生型転写産物よりも変異型転写産物(たとえば、有害な突然変異または標的SNPを含有するもの)を優先的に認識するように設計される。
一部の実施形態では、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、アレル特異的抑制またはアレル特異的ノックダウンとして言及されるプロセスにおいて、野生型アレルのノックダウンを最小限に抑えながら、変異型アレルのノックダウンを最大化する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、遺伝子の変異型アレルを選択的に標的とする能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、野生型アレルと比較して、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45または50倍の特異性で変異型アレルをノックダウンする能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、遺伝子の変異型アレルを選択的に標的とする能力を有し、ここで、変異型アレルは、1つのアレルによって表され、野生型アレルは、異なるアレルによって表される。一部の実施形態では、突然変異は、二重突然変異であり得る(たとえば、同じゲノム内で一緒に起こることが多い近接した2つの突然変異)。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3にある。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3の二重突然変異である。一部の実施形態では、I148M突然変異がPNPLA3にある。一部の実施形態では、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の形式または構造を有するか、またはそれを含有する、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、アレル特異的RNAi剤は、アレル特異的抑制として言及されるプロセスにおいて、野生型アレルのノックダウンを最小限に抑えながら、変異型アレルのノックダウンを最大化する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、遺伝子の変異型アレルを選択的に標的とする能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、野生型アレルと比較して、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45または50倍の特異性で変異型アレルをノックダウンする能力を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、遺伝子の変異型アレルを選択的に標的とする能力を有し、ここで、変異型アレルは、1つのアレルによって表され、野生型アレルは、異なるアレルによって表される。一部の実施形態では、突然変異は、二重突然変異であり得る(たとえば、同じゲノム内で一緒に起こることが多い近接した2つの突然変異)。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3にある。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3の二重突然変異である。一部の実施形態では、I148M突然変異がPNPLA3にある。
一部の実施形態では、アレル特異的RNAi剤を設計する方法の非限定的な例は、塩基配列内にSNPまたは単一のヌクレオチド多型を組み込むことであり、ここで、変異型アレルは、SNPの1つのアレルによって表され、野生型アレルは、SNPの異なるアレルによって表される。一部の実施形態では、SNPは、疾患に関連する突然変異の部位ではない位置にある場合もあるが、それでもなお、2つのアレルを区別するのに役立つ。
一部の実施形態では、アレル特異的RNAi剤を設計する方法の非限定的な例は、塩基配列内に突然変異を組み込むことであり、ここで、変異型アレルは、1つのアレルによって表され、野生型アレルは、異なるアレルによって表される。一部の実施形態では、突然変異は、二重突然変異であり得る(たとえば、同じゲノム内で一緒に起こることが多い近接した2つの突然変異)。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3にある。一部の実施形態では、突然変異は、PNPLA3の二重突然変異である。一部の実施形態では、I148M突然変異がPNPLA3にある。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、遺伝子の変異型アレルと野生型アレルを区別するSNPまたは他の配列を含有し、野生型アレルと比較して変異型アレルを選択的にノックダウンする能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の標的配列は、標的転写産物の1つのアレルを表す。
本開示に示されるように、提供される一本鎖RNAi剤は、アレル特異的RNA干渉を誘導する能力を有し、ここで、ssRNAiは、ある配列(たとえば、変異型配列)を有する標的mRNAをノックダウンする能力を有するが、関連する異なる配列(たとえば、変異型配列の野生型バージョン)を有する標的mRNAをノックダウンすることがないか、または有意にノックダウンすることがない。一部の実施形態では、変異型と野生型の配列は、1つの塩基位置で異なる。一部の実施形態では、変異型と野生型の配列は、2つの塩基位置で異なる。一部の実施形態では、変異型と野生型の配列は、3つの塩基位置で異なる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、標的遺伝子のあるアレルに対してRNA干渉を誘導する能力を有するが、同じ濃度で、標的遺伝子の異なるアレルに対してはRNA干渉を介在しない。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を誘導する能力を有するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、その塩基配列中に1つ以上のSNPを特定の位置に含有する。これらの特定の位置は、ミスマッチに敏感であることが公知であるか、またはそう推測されている位置であり得、たとえば、これらの位置の1つ以上におけるミスマッチは、RNAi活性のレベルを変更することができる。たとえば、Miller et al.2003 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100:7195−7200;Brummelkamp et al.2002 Cancer Cell 2:243;及びNaito et al.2004 Nucl.Acids Res.32:W124−W129を参照のこと。多くの場合、mRNA標的に対するシード領域の完全な相補性は、高いRNAi活性には必要または有益であり、対照的に、5’ヌクレオチド部分または3’末端ジヌクレオチドにおける相補性は、多くの場合必要とされない。一部の実施形態では、アレル特異的一本鎖RNAi剤は、シード領域内にSNPを有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、アレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、アレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、PNPLA3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、PNPLA3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、APOC3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、APOC3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤は、APOC3のアレル特異的抑制を介在する能力を有する。
一部の実施形態では、一部の実施形態では、アレル特異的一本鎖RNAi剤は、シード領域内にSNPを有し、これは、シードと3’末端ジヌクレオチドとの間に位置する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、任意の位置に1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、または19から選択される任意の位置に1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、シード領域内部の任意の位置に1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、シード領域以外の任意の位置に1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、ポストシード領域内の任意の位置に1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、以下の位置:8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18のいずれかに1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、以下の位置:14または17のいずれかに1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、以下の位置:9または10のいずれかに1つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、2つ以上のSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、2つのSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、位置14及び17にそれぞれ1つずつの2つのSNPを含有する塩基配列を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、ある遺伝子の野生型アレルと比較して、同じ遺伝子の変異型アレルに対するアレル特異的抑制を誘導する能力を有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、PNPLA3の野生型アレルと比較して、PNPLA3の変異型アレルに対するアレル特異的抑制を誘導する能力を有する。
表70Aは、異なるPNPLA3一本鎖RNAi剤によって誘導されたin vitro効力及びアレル特異的抑制を示す。Huh7及びHep3B細胞において試験したオリゴヌクレオチドは、以下である:WV−3387。表70B及び表70Cは、PNPLA3を標的とする異なる一本鎖RNAi剤のin vitro効力及びIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、以下である:WV−4054及びWV−4098。WV−4054は、位置14及び17におけるrs738408T及びrs738409GのSNPのペアに相補的な配列を有し、これらの2つのSNPを含有する細胞(Huh7)に対して、アレル特異的RNA干渉を介在することができる。このオリゴヌクレオチドは、これらのSNPを含有しないが、rs738408C及びrs738409Cを含有する異なる細胞(Hep3B)では、試験濃度で有意なRNAi干渉を介在しない。加えて、一本鎖RNAi剤WV−4098もまた、相補的配列(Huh7細胞でrs738408T及びrs738409GのSNPを含む)をノックダウンすることができるが、非相補的配列(Hep3B細胞でrs738408C及びrs738409CのSNPを含む)は試験濃度でノックダウンしない。
表71は、PNPLA3に対する一本鎖RNAi剤によって誘導されたin vitro効力及びアレル特異的ノックダウンを示す。試験したオリゴヌクレオチドは、以下である:表71AのWV−2477、WV−3387、及びWV−4054;表71Bの非アレル特異的対照ASO WV−3387;ならびに表71Cのアレル特異的ssRNAi WV−4054。
表90A〜90Fは、PNPLA3を標的とする異なるオリゴヌクレオチドのin vitroアレル特異的抑制を示す。試験したオリゴヌクレオチドのI148Mの二重突然変異を、試験したオリゴヌクレオチド形式の絵図とともに、表90Aに示す。I148M二重突然変異を含むオリゴヌクレオチドを以下に対して試験した:Hep3B細胞(野生型)及びHuh7細胞(二重突然変異を含む)。オリゴヌクレオチドをリポフェクタミンにより送達し、細胞を48時間の時点で試験した。試験したオリゴヌクレオチドは、以下である:表90BのWV−7778〜WV−7793;ならびにWV−3858〜WV−3864;表90CのWV−7794〜WV−7816;表90DのWV−7817〜WV−7839;表90EのWV−7840〜WV−7862;ならびに表90FのWV−993、WV−3390、及びWV−4054(WV−4054は、一本鎖RNAi剤である)。これらのデータでは、使用されたオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィング形式を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、ここで、コアは、2’−デオキシホスホロチオエート(立体化学は不規則)であり、ウィングは、完全に2’−OMe、完全に2’−MOE、または5’及び3’末端LNAを除いて全て2’−OMe、または5’及び3’末端LNAを除いて全て2’−MOEであった。ウィングはまた、ホスホジエステルならびに5’及び3’末端の立体不規則的ホスホロチオエートである。
データは、多くのオリゴヌクレオチドがアレル特異的抑制(たとえば、アレル特異的ノックダウン)を誘導する能力を有していたことを示している。表90B〜90Eに示されるオリゴヌクレオチドは、Huh7細胞の変異型アレルの有意なノックダウンを示し、Hep3B細胞の野生型アレルのノックダウンは比較的少なかった。アレル特異的抑制を介在するには、ウィング内であっても、単一のミスマッチで十分であるが、少なくとも一部の例では、2つのミスマッチが両方ともDNAコア内に存在する場合、アレル特異的抑制が増大した。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、多くの例において、立体制御されたキラルヌクレオチド間結合の導入(立体不規則的キラルヌクレオチド間結合の代わり)が、オリゴヌクレオチドのアレル特異的抑制、安定性、有効性、特異性、送達、及び/またはアルブミン結合を増加させることができることを注記する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なSp立体配置のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なSp立体配置のキラルヌクレオチド間結合、及び1つ以上の立体的に純粋なRp立体配置のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なホスホロチオエートを含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なSp立体配置のホスホロチオエートを含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なRp立体配置のホスホロチオエートを含有する。
一部の実施形態では、アレル特異的抑制を介在する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の立体的に純粋なSp立体配置のホスホロチオエート、及び1つ以上の立体的に純粋なRp立体配置のホスホロチオエートを含有する。
一部の実施形態では、標的遺伝子またはその遺伝子産物のアレル特異的抑制の能力を有するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の構造または形式を含有し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、アレル特異的抑制を誘導することができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、アレル特異的抑制を誘導することができ、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、GalNAc部分など;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;糖、塩基もしくはヌクレオチド間結合の修飾パターン;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾を含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチドの多量体
一部の実施形態では、多量体は、以下のうちの2つ以上を含有する:オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、及び/またはまたはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドの1個以上の型の各々の選択及び量は、当該組成物の使用目的に依存することが、化学及び医薬分野の当業者により、認識されるであろう。すなわち関連技術分野の当業者は、組成物中に含有される提供されるオリゴヌクレオチドの量及び型によって、組成物が全体としてある望ましい特性(例えば、生物学的に好ましい特性、治療上好ましい特性等)を有するように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計するであろう。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、WO/2014/012081及びWO/2015/107425に記載されるものから選択される。これらの各々のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド型、オリゴヌクレオチド組成物、及びその方法は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、WO/2014/012081及びWO/2015/107425に記載されるものから選択されるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含有する組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に開示される任意のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の配列を含有するか、またはそれからなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含有する組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの配列は、表1Aに列挙されるまたは本明細書に別途記載される任意の一本鎖RNAi剤組成物の配列を含有するか、またはそれからなる。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド、たとえば、一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、その少なくとも1つは、本明細書に記載されるような構造、配列または他の特徴を有する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、ここで、多量体は、少なくとも約16kDのサイズである。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、炭水化物部分、脂質部分、標的化部分、または他の化合物を更に含有する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、炭水化物部分、脂質部分、標的化部分、または他の化合物を更に含有し、その総重量は、少なくとも約16kDのサイズである。
一部の実施形態では、多量体は、少なくとも2つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも3つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも4つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも5つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも6つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも7つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも8つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも9つの一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態では、多量体は、少なくとも10の一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び/または他のオリゴヌクレオチドを含有し得る。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドの多量体化により、リンパ系を介した輸送に十分な総分子量を有する多量体を提供することができることを示唆している。Supersaxoらは、薬物の分子量とリンパ系に吸収される用量の割合との間には線形関係があり、16kDより大きい分子量を持つ分子は、皮下注射部位を流れるリンパ系によって主に吸収されることを報告した。Supersaxo et al.1990 Pharm.Res.7:167−9。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約8kDの分子量を有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含有する多量体は、少なくとも約16kDの分子量を有する。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、報告によれば、薬物、たとえば、限定されないが、経口アベイラビリティが限られた薬物の送達、または放出プロファイルを調整または拡大する手段として、皮下注射が広く利用されていることを注記する。McLennan et al.2005 Drug Disc.Today:Technologies 2:89−96。皮下注射は、皮膚の真皮下にある間質領域への送達をもたらし、薬物はそこから循環系またはリンパ系に入ると報告されており、輸送は、分子量、粒径、電荷、親水性、及び間質内成分との相互作用による影響を受けると報告されている。また、薬物濃度、注射量、イオン強度、粘度、及びpHなどの薬物製剤の特徴も全て、皮下注射部位からの拡散に関与することが報告されている。McLennan et al.2005;Paniagua et al.2012 Lymphology 45:144−153;及びBagby et al.2012 Pharmaceutics 4:276−295。
一部の実施形態では、分子量、粒径、電荷、親水性、及び間質内成分との相互作用、薬物濃度、注射量、イオン強度、粘度、及び/またはpHのうちの1つ以上の特徴は、オリゴヌクレオチドを含有する組成物の有効性、生体利用効率または送達を改善または最大化するように調節される。
上述されるように、16kDより大きい分子量を持つ分子は、リンパ系によって主に吸収されることが報告されている。Supersaxo et al.1990 Pharm.Res.7:167−9。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、ここで、多量体は、少なくとも約16kDの総分子量を有する。一部の実施形態では、本開示は、2つ以上の異なるタイプまたはサイズのオリゴヌクレオチドの多量体を含有する組成物に関し、ここで、多量体の異なるタイプのうちの1つ以上は、少なくとも約16kDの総分子量を有する。
一部の実施形態では、多量体の各オリゴヌクレオチドは、同じ標的または異なる標的を標的とすることができる。多量体の各オリゴヌクレオチドが同じ標的または異なる標的を標的とすることができる、一部の実施形態では、多量体の投与を使用して、過剰発現または複数の標的遺伝子に関与する疾患を治療することができる。多量体の各オリゴヌクレオチドが同じ標的または異なる標的を標的とすることができる、一部の実施形態では、多量体の投与を使用して、異なる標的遺伝子の過剰発現に関与する異なる疾患を治療することができる。
一部の実施形態では、多量体の各オリゴヌクレオチドは、同じ標的の同じ配列を標的とすることができる。一部の実施形態では、多量体の各オリゴヌクレオチドは、同じ標的の異なる配列を標的とすることができる。
多量体の非限定的な例は、表89Aに示される。
一部の実施形態では、多量体は、互いに直接繋がれた(たとえば結合または直接結合、たとえば共有結合などを介して)、またはリンカーを介して繋がれた2つ以上のオリゴヌクレオチドを含有する。
本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のリンカーを使用して、多量体のオリゴヌクレオチドを結合することができる。多量体の構築及び様々なリンカーの使用についての様々なアプローチは、表89B及び89Cに例示される。
一部の実施形態では、2つ以上の一本鎖RNAi剤を含有する多量体は、以下の構造を有する:
5’−[PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−L]rn−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
[多量体タイプ1]
または
5’−[PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−N26−PX26−N27−PX27−L]rn−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
[多量体タイプ2]、
式中、多量体タイプ1及び2において:
rn=1以上であり;Lはリンカーであり;各PXは同じか、または異なり;各Nは同じか、または異なり;数に関する各下付き文字(たとえば、mz、nz、pzなど)は同じか、または異なる。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する短いリンカーオリゴヌクレオチドによって表される:
−(N40−PX40)lz−
式中、lzは0〜10であり;lz=1以上である場合、各N40は同じか、または異なり、各PX40は同じか、または異なる。
一部の実施形態では、PX40は、Rp立体配置のキラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、PX40は、Sp立体配置のキラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、PX40は、Rp立体配置のホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、PX40は、Sp立体配置のホスホロチオエートである。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくとも一部の例では、Rp立体配置のホスホロチオエートがヌクレアーゼ切断を特に受けやすいことを注記する。したがって:一部の実施形態では、リンカーは、−(N40−PX40)lz−の構造を含有し、ここで、PX40は、Rp立体配置のホスホロチオエートであり、lz=1以上である。一部の実施形態では、リンカーは、−(N40−PX40)lz−の構造を含有し、ここで、PX40は、Rp立体配置のホスホロチオエートであり、lz=1以上、またはlz=2以上、またはlz=3以上、またはlz=4以上である。
多量体タイプ2のいくつかの実施形態では、多量体は、本質的に単一の長いオリゴヌクレオチドであり、ここで、オリゴヌクレオチドは、短いリンカーオリゴヌクレオチドによって繋がれた複数のより短いオリゴヌクレオチドを含有する。多量体タイプ2のいくつかの実施形態では、多量体は、本質的に単一の長いオリゴヌクレオチドであり、ここで、オリゴヌクレオチドは、短いリンカーオリゴヌクレオチドによって繋がれた複数のより短いオリゴヌクレオチドを含有し、短いリンカーオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRp立体配置のヌクレオチド間結合を含有する。多量体タイプ2のいくつかの実施形態では、多量体は、本質的に単一の長いオリゴヌクレオチドであり、ここで、オリゴヌクレオチドは、短いリンカーオリゴヌクレオチドによって繋がれた複数のより短いオリゴヌクレオチドを含有し、短いリンカーオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRp立体配置のホスホロチオエートを含有する。
リンカーの非限定的な例としては、以下が挙げられる:切断可能なリンカーまたは生分解性リンカー;切断不可または非生分解性リンカー;Rp立体配置のキラル中心を含有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含有するリンカー;Rp立体配置のキラルリンを含有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含有するリンカー;1つ以上のRp立体配置のホスホロチオエートを含有するリンカー;2つ以上のRp立体配置のホスホロチオエートを含有するリンカー;3つ以上のRp立体配置のホスホロチオエートを含有するリンカー;光切断性リンカー;1−(5−(N−マレイミドメチル)−2−ニトロフェニル)エタノールN−ヒドロキシスクシンイミドエステル;マレイミド部分を含有するリンカー;N−ヒドロキシスクシンイミドエステル部分を含有するリンカー;塩基でオリゴヌクレオチドに複合体化されるリンカー;ヌクレオチド間結合でオリゴヌクレオチドに複合体化されるリンカー;糖で複合体化されるリンカー;ホスホジエステル;ホスホトリエステル;メチルホスホネート;P3’→N5’ホスホロアミダート;N3’→P5’ホスホロアミダート;N3’→P5’チオホスホロアミダート;ホスホロチオエート結合;チオ尿素リンカー;米国特許第9,572,891号に記載されるようなC5またはC6リンカー;アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールを含有するリンカー;置換されたアルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールを含有するリンカー;米国特許第9,512,163号の式(A)の構造のリンカー;C1−C12ヒドロカルビル鎖を含有するリンカー;ポリエチレングリコールリンカー;ヘキサエチレングリコールリンカー;ヒドロカルビル鎖;置換ヒドロカルビル鎖;以下のうちの1つ以上を含有するリンカー:アルキル、置換または非置換のアルケニル、置換または非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘテロシクリルアルキニル、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、またはアルキニルヘテロアリール;以下から選択されるアミノ酸配列を有するペプチドを含有するリンカー:ALAL、APISFFELG、FL、GFN、R/KXX、GRWHTVGLRWE、YL、GF、及びFF(Xは、任意のアミノ酸である);式−(CH2)wS−S(CH2)m−を含有するリンカー(式中、n及びmは独立して、0〜10の整数である);低pHで不安定な結合を含有するリンカー;アミン、イミン、エステル、安息香酸イミン、アミノエステル、ジオルトエステル、ポリホスホエステル、ポリホスファゼン、アセタール、ビニルエーテル、ヒドラゾン、アジドメチル−メチルマレイン酸無水物、チオプロピオネート、マスク化エンドソーム溶解剤またはシトラコニル基を含有する、低pHで不安定な結合を含有するリンカー;分枝鎖リンカー;切断剤、例えば、pH、酸化還元電位または分解分子の存在の影響を受けやすい切断可能リンカー;酸化還元切断可能なリンカー;リン酸塩系の切断可能なリンカー;−−O−−P(O)(OH)−−O−−、−−O−−P(S)(OH)−−O−−、−−O−−P(S)(SH)−−O−−、−−S−−P(O)(OH)−−O−−、−−O−−P(O)(OH)−−S−−、−−S−−P(O)(OH)−−S−−、−−O−−P(S)(OH)−−S−−、−−S−−P(S)(OH)−−O−−、−−O−−P(O)(H)−−O−−、−−O−−P(S)(H)−−O−−、−−S−−P(O)(H)−−O−−、−−S−−P(S)(H)−−O−−、−−S−−P(O)(H)−−S−−、または−−O−−P(S)(H)−−S−−を含有するリン酸塩系の切断可能なリンカー;酸切断可能なリンカー;エステル系リンカー;ペプチド系の切断可能なリンカー;ならびにこれらのリンカーのいずれかを含有する部分。
一部の実施形態では、リンカーは、標的オリゴヌクレオチドよりも、哺乳類抽出物中のエンドペプチダーゼによる切断を受けやすいポリペプチドを含有する。一部の実施形態では、エンドペプチダーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、テルモリシン、ペプシン、またはエンドペプチダーゼV8である。一部の実施形態では、エンドペプチダーゼは、カテプシンB、カテプシンD、カテプシンL、カテプシンC、パパイン、カテプシンSまたはエンドソーム酸性インスリナーゼである。
オリゴヌクレオチドの多量体化の様々なリンカー及び方法は、非限定的な例として、以下に記載されている:米国特許第9,370,582号;同第9,371,348号;同第9,512,163号;同第9,572,891号;及び同第6,031,091号;ならびに国際特許出願公開第WO1998000435号;同第WO2014043544号;及び同第WO2013040429号。
本開示はまた、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のリンカーを使用して、1つ以上のオリゴヌクレオチドを互いに結合すること、または1つ以上の部分(非限定的な例として、標的化部分、炭水化物部分、GalNAc部分、脂質部分など)を1つ以上のオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、エクソンスキッピングを誘導または阻害する能力を有する一本鎖RNAi剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、二本鎖RNAi剤、オリゴヌクレオチドなど)に結合することができることを注記する。
一部の実施形態では、多量体は、以下のうちの2つ以上を含有する:オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の形式またはその構造的要素を有し得る。一部の実施形態では、多量体は、以下のうちの2つ以上を含有する:オリゴヌクレオチド、RNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチド、RNase H介在性ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチド、またはRNA干渉とRNase H介在性ノックダウンの両方を誘導するオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の他の構造的要素または修飾、たとえば、限定されないが、塩基配列もしくはその一部、糖、塩基;ヌクレオチド間結合;立体化学もしくはそのパターン;追加の化学的部分、たとえば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分、GalNAcなど;5’末端構造;5’末端領域;5’ヌクレオチド部分;シード領域;ポストシード領域;3’末端領域;3’末端ジヌクレオチド;3’末端キャップ;GC含量;長いGCストレッチ;形式もしくはその任意の構造的要素、及び/または本明細書に記載される任意の他の構造的要素もしくは修飾と組み合わせて、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の長さを含有し得、一部の実施形態では、本開示は、任意のそのようなオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
オリゴヌクレオチド及び組成物の調製方法の例
提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法は、当分野に広く公知であり、たとえば、限定されないが、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、PCT/US2016/043542、及びPCT/US2016/043598に記載されているものがあり、これらの各々の方法及び試薬は、参照により本明細書に組み込まれる。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されている。
一部の実施形態では、本開示は、参照条件[たとえば、組成物の非存在、参照組成物(たとえば、同じ塩基配列、同じ化学修飾などを有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的組成物、別の立体異性体などのオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤)の存在、及びそれらの組み合わせ]と比較したとき、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、参照条件[たとえば、組成物の非存在、参照組成物(たとえば、同じ塩基配列、同じ化学修飾などを有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的組成物、別の立体異性体などのオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤)の存在、及びそれらの組み合わせ]と比較したとき、一本鎖RNA干渉またはRNase Hを介して転写産物のノックダウンの改善を介在する、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
とりわけ、本開示は、1つ以上の特定のヌクレオチド型を含有する、キラル制御されたssRNAi剤及びキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態では、「オリゴヌクレオチド型」という文言は、特定の塩基配列、骨格結合パターン、骨格キラル中心パターン、及び骨格リン修飾のパターン(たとえば、「−XLR」基)を有するオリゴヌクレオチドを定義する。共通に指定される「型」のオリゴヌクレオチドは、塩基配列、骨格結合パターン、骨格キラル中心パターン、及び骨格リン修飾のパターンに関して、互いに構造的に同一である。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、本開示で提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、対応する立体不規則的なオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の混合物の特性とは異なる特性を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、立体不規則的なオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の混合物の脂溶性とは異なる脂溶性を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、HPLCで異なる保持時間を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、対応する立体不規則的なオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の混合物のピーク保持時間とは有意に異なるピーク保持時間を有し得る。当分野で一般的に実施されるようなHPLCを使用したオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の精製中に、特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、完全にではないにしても、大部分が失われる。当分野で一般的に実施されるようなHPLCを使用したオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の精製中に、特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、完全にではないにしても、大部分が失われる。その結果の1つは、立体不規則的なオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の混合物(特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤)の特定のジアステレオマーがアッセイで試験されないことである。別の結果は、バッチごとに、避けられない機器の誤差及び人為的ミスに起因して、推定上「純粋な」立体不規則的なオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤が、組成物中のジアステレオマーならびにその相対量及び絶対量がバッチごとに異なるという点で、一貫性のない組成を有するということである。本開示に提供される、キラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤が単一のジアステレオマー(ジアステレオ異性体)としてキラル制御される様式で合成され、更にオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤が所定のレベルの1つ以上の個々のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の型を含有するので、そのような問題を克服する。
化学及び合成分野の当業者であれば、本開示の合成方法は、結合リンでの特定の立体化学及び/または結合リンでの特定の修飾、及び/または特定の塩基、及び/または特定の糖を有するように一本鎖RNAi剤の各ヌクレオチド単位を前もって設計及び/または選択することができるように、提供される一本鎖RNAi剤の各合成ステップ中において、ある程度の制御を提供することを認識するであろう。一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、ヌクレオチド間結合の結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように前もって設計及び/または選択される。
一部の実施形態では、本開示の方法を使用して作製される提供される一本鎖RNAi剤は、特定の組み合わせの結合リン修飾を有するように設計及び/または決定される。一部の実施形態では、本開示の方法を使用して作製される提供される一本鎖RNAi剤は、特定の組み合わせの塩基を有するように設計及び/または決定される。一部の実施形態では、本開示の方法を使用して作製される提供される一本鎖RNAi剤は、特定の組み合わせの糖を有するように設計及び/または決定される。一部の実施形態では、本開示の方法を使用して作製される提供される一本鎖RNAi剤は、上述の構造特性のうちの1つ以上の特定の組み合わせを有するように設計及び/または決定される。
本開示の方法は、高度なキラル制御を呈する。たとえば、本開示の方法は、提供される一本鎖RNAi剤内の一つ一つの結合リンの立体化学的配置の制御を容易にする。一部の実施形態では、本開示の方法は、式Iの構造を独立して有する1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する、一本鎖RNAi剤を提供する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、ユニマーである、一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示の方法は、立体配置Rpのユニマーである、一本鎖RNAi剤を提供する。一部の実施形態では、本開示の方法は、立体配置Spのユニマーである、一本鎖RNAi剤を提供する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、キラル制御された一本鎖RNAi剤組成物、すなわち、所定のレベルの個々の一本鎖RNAi剤の型を含有する一本鎖RNAi剤組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、1つの一本鎖RNAi剤の型を含有する。いくつかの実施形態では、一本鎖RNAi剤は、2つ以上の一本鎖RNAi剤の型を含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤組成物は、複数のオリゴヌクレオチド及び/または一本鎖RNAi剤の型を含有する。本開示に従って作製されたキラル制御されたオリゴヌクレオチド及び一本鎖RNAi剤組成物の例は、本明細書に記載される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合を含有する(たとえば、立体制御されている)。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、立体制御されたキラルヌクレオチド間結合と、立体制御されていないキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、立体制御されたキラルヌクレオチド間結合と、キラルではないヌクレオチド間結合を含有する。立体制御された(キラル制御された)オリゴヌクレオチドの形式の様々な非限定的な例は、表71A〜表71Cに示される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S1の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S2の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S3の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S4の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S5の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S6の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S7の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S8の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S9の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S10の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S11の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S12の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S13の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S14の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S15の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S16の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S17の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S18の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S19の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S20の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S21の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S22の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S23の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S24の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S25の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S26の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S27の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S28の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S29の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S30の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S31の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S32の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S33の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S34の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S35の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S36の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S37の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S38の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S39の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S40の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S41の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S42の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S43の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、形式S44の構造を有する。
形式S1の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−5288である。
形式S2の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−5290である。
形式S3の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−5291である。
形式S4の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7466である。
形式S5の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−5292である。
形式S6の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−5294である。
形式S7の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6411である。
形式S8の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6412である。
形式S9の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6413である。
形式S10の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6414である。
形式S11の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6415である。
形式S12の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6416である。
形式S13の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6417である。
形式S14の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6418である。
形式S15の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6419である。
形式S16の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6420である。
形式S17の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6421である。
形式S18の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6422である。
形式S19の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6423である。
形式S20の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6424である。
形式S21の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6425である。
形式S22の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6426である。
形式S23の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6427である。
形式S24の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6428である。
形式S25の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6429である。
形式S26の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6430である。
形式S27の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6431である。
形式S28の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6432である。
形式S29の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6433である。
形式S30の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6434である。
形式S31の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6435である。
形式S32の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6436である。
形式S33の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6437である。
形式S34の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6438である。
形式S35の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6763である。
形式S36の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6764である。
形式S37の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6765である。
形式S38の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7465である。
形式S39の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7521である。
形式S40の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7523である。
形式S41の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7525である。
形式S42の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−7527である。
形式S43の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6763である。
形式S44の構造を有するオリゴヌクレオチドの非限定的な例は、WV−6431である。
一部の実施形態では、本開示の方法は、結合リンの立体配置に関して、キラル的に純粋な組成物を提供する。すなわち、一部の実施形態では、本開示の方法は、オリゴヌクレオチドが、結合リンの立体配置に関して単一のジアステレオマーの形態で組成物中に存在する、組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、結合リンの立体配置に関して、キラル的に均一な組成物を提供する。すなわち、一部の実施形態では、本開示の方法は、組成物中の全てのヌクレオチド単位が、結合リンの立体配置に関して同じ立体化学を有する組成物、たとえば、全てのヌクレオチド単位が結合リンでRp立体配置であるか、または全てのヌクレオチド単位が結合リンでSp立体配置である、組成物を提供する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、50%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約55%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約60%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約65%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約70%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約75%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約80%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約85%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約90%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約91%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約92%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約93%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約94%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約95%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約96%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約97%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約98%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99.5%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99.6%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99.7%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99.8%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、約99.9%を超える純度である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された一本鎖RNAi剤は、少なくとも約99%を超える純度である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、単一のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の型を含有するように設計された組成物である。ある特定の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約50%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約50%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約50%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約55%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約60%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約65%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約70%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約75%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約80%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約85%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約90%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約91%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約92%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約93%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約94%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約95%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約96%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約97%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約98%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99.5%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99.6%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99.7%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99.8%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に約99.9%の純度である。一部の実施形態では、かかる組成物は、ジアステレオマー的に少なくとも約99%の純度である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、少なくとも1つのSpを含有する(たとえば、Sp立体配置のキラル中心を有するホスホロチオエートまたは他のヌクレオチド間結合)。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、少なくとも5つのSpを含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、少なくとも10のSpを含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、少なくとも15〜25のSpを含有する。
本明細書に示されるように、1つ以上のSpヌクレオチド間結合または1つ以上のSp PS(ホスホロチオエート)の組み込みは、一本鎖RNAi剤に対して以下の2つの機能を果たす:(a)ヌクレアーゼに対する安定性を高めること;及び(b)RNA干渉活性を妨害しないこと。一本鎖RNAi剤及び二本鎖RNAi剤は多くの面で異なるが、本開示は、報告によれば、多くの化学修飾が二本鎖RNAi剤に対して試みられているが、修飾は、(a)ヌクレアーゼに対して分子を安定化させること;及び(b)RNA干渉活性を可能にすることの両方をもたらさないことを注記する。多くの化学修飾は、一方の機能を果たすが、他方の機能は果たさない。二本鎖RNAi剤のいくつかの化学修飾は、報告によれば、ヌクレアーゼに対して当該分子を安定化させたが、RNAi活性を妨害または消失させた。二本鎖RNAi剤の他の化学修飾は、報告によれば、RNAi活性を妨害しなかったが、ヌクレアーゼに対する当該分子の安定化はなされなかった。たとえば、Czauderna et al.2003 Nucl.Acids Res.31:2705−2716;Hadwiger et al.2005,pages 194−206,in RNA interference Technology,ed.K.Appasani,Cambridge University Press,Cambridge,UK;Deleavey et al.2009 Curr.Prot.Nucl.Acid Chem.16.3.1−16.3.22;Terrazas et al.2009 Nucl.Acids Res.37:346−353;Schwarz et al.2002 Mol.Cell 10:537−548;及びLipardi et al.2001 Cell 107:299−307を参照のこと。二本鎖RNAi剤の化学修飾のごく少数が両方の機能を果たす能力を有していた。更に、Matranga et al.2005 Cell 123:607−620は、二本鎖RNAi剤のセンス鎖への単一のSpヌクレオチド間結合(たとえば、単一のSp PS)の導入により、RISCアセンブリ及びRNA干渉活性が大幅に減少することを示した。このように、単一のSpヌクレオチド間結合(たとえば、単一のSp PS)による二本鎖RNAi剤の化学修飾は、(b)RNA干渉活性を可能にしなかった。したがって、本開示は、一本鎖RNAi剤へのSpヌクレオチド間結合またはSp PSの組み込みの効果(複数可)を試験するように努めた。本明細書に示されるデータは、驚くべきことに、Spヌクレオチド間結合またはSp PSの組み込みが、一本鎖RNAi剤に対して以下の2つの機能を果たすことを示している:(a)ヌクレアーゼに対する安定性を高めること;及び(b)RNA干渉活性を妨害しないこと。少なくとも1つのSpを含有する一本鎖RNAi剤の非限定的な例は、以下が挙げられる:表37のWV−5288、WV−5290、WV−5292、WV−5294、WV−5296及びWV−5298;表38のWV−5290、WV−5291、WV−6431〜WV−6438及びWV−6763;表39のWV−5291、WV−6411〜WV−6430、WV−6764、及びWV−6765;表44AのWV−5291、WV−6764、及びWV−6765;表44BのWV−5290、WV−6431、及びWV−6763;表45のWV−5288、WV−5290、WV−6763、WV−6431、WV−5289、WV−5291、WV−6765、及びWV−6764。
表45に示されるデータに示されるように、ヌクレアーゼに対する一本鎖RNAi剤の安定性は、5’末端及び/または3’末端の立体不規則的ホスホロチオエートをSp立体配置のホスホロチオエートに変換することによって、増大した。安定性の更なる増大は、本明細書に特定されるヌクレアーゼ切断部位の立体不規則的ホスホロチオエートをSp立体配置のホスホロチオエートに変換することによって、得られた。1つ以上のSpヌクレオチド間結合または1つ以上のSp PSを含有する一本鎖RNAi剤の非限定的な例としては、以下が挙げられる:表68のWV−7464、WV−7467、及びWV−7469;表69AのWV−7465、WV−7466、及びWV−7468;ならびに表69BのWV−7469。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、Sp立体配置のホスホロチオエートまたは他のキラルヌクレオチド間結合の組み込みがヌクレアーゼから一本鎖RNAi剤を保護し得ることを示唆している。表45は、立体不規則的APOC3一本鎖RNAi剤WV−2817で特定された様々なヌクレアーゼ切断部位を示す。これらの主な切断部位は、2つのピリミジン間にある(5’−U’U−3’、5’−U’U−3’または5’−T’U−3’、式中「’」は切断部位を示す)。追加の主なヌクレアーゼ切断部位は、立体不規則的一本鎖RNAi剤WV−3242で特定した:5’−U’U−3’、5’−C’U−3’、及び5’−T’U−3’。6つの主なヌクレアーゼ切断部位のうち、5つは2つの隣接するピリミジンの間にあり、1つはピリミジンに隣接していた。表45に示される実験データは、ヌクレアーゼ切断部位のうちの1つ以上をSpヌクレオチド間結合(またはSp立体配置のキラルヌクレオチド間結合、たとえば、Sp PSまたはSp立体配置のホスホロチオエート)で置き換えると、一本鎖RNAi剤の安定性が大幅に増大したことを示している。
複数のSpヌクレオチド間結合(たとえば、Sp PS)を含有する一本鎖RNAi剤を試験して、SpによりRNAi活性が消失するかどうかについても決定した。本開示は、以前の研究では、多くの立体不規則的オリゴヌクレオチドが、立体制御されたバージョンに変換されると、その酵素活性または生物学的活性を低下または完全に失い得ることを示していることを注記する。多くの先に記載されるオリゴヌクレオチドの場合、Spヌクレオチド間結合の導入は、活性を低下または消失させ得る。
表44は、驚くべきことに、安定性の増大に加えて、複数のヌクレオチド間結合(立体不規則的またはホスホジエステル)をSpヌクレオチド間結合(たとえば、Sp PS)で置き換えても、一本鎖RNAi剤のRNA干渉活性は低下または排除されなかったことを示している。これらの結果もまた、報告によれば、立体不規則的オリゴヌクレオチドへのSp PSの導入は、多くの例において、生物学的活性を低下させることが知られていることから、驚くべきことである。したがって、1つ以上のSpヌクレオチド間結合またはSp PSの導入は、一本鎖RNAi剤の安定性を増大させることと、RNAi活性を低下または消失させないことの両方をもたらした。
表69A〜Cはまた、驚くべきことに、安定性の増大に加えて、複数のヌクレオチド間結合(立体不規則的またはホスホジエステル)をSpヌクレオチド間結合(たとえば、Sp PS)で置き換えると、安定性が増大し、同時に一本鎖RNAi剤のRNA干渉活性が低下または排除されなかったことを示している。一部の例では、活性が増大した。これらの結果もまた、報告によれば、立体不規則的オリゴヌクレオチドへのSp PSの導入は、多くの例において、生物学的活性を低下させることが知られていることから、驚くべきことである。したがって、1つ以上のSpヌクレオチド間結合またはSp PSの導入は、一本鎖RNAi剤の安定性を増大させることと、RNAi活性を低下または消失させないことの両方をもたらした。
いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、1つ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の5’及び/または3’末端に1つ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、ヌクレアーゼ切断を受けやすい部位に1つ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。
いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、1つ以上のSp PSを含有する。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の5’及び/または3’末端に1つ以上のSp PSを含有する。いくつかの実施形態または一本鎖RNAi剤では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAiは、ヌクレアーゼ切断を受けやすい部位に1つ以上のSp PSを含有する。
とりわけ、本開示は、一本鎖RNAi剤の立体選択的(立体不規則的またはラセミではない)調製の課題を認識するものである。とりわけ、本開示は、複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のヌクレオチド間結合を含有する一本鎖RNAi剤、特に複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のキラルヌクレオチド間結合を含有する一本鎖RNAi剤の立体選択的調製のための方法及び試薬を提供する。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体不規則的調製物またはラセミ調製物において、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、95:5超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、96:4超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、97:3超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤の立体選択的調製物またはキラル制御された調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、99:1超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、一本鎖RNAi剤中のキラルヌクレオチド間結合のジアステレオ選択性は、たとえば、本質的に同じ、または同等の条件下での二量体形成などのモデル反応を介して測定することができ、この場合において当該二量体は、キラルヌクレオチド間結合と同じヌクレオチド間結合を有し、当該二量体の5’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の5’−末端の方向のヌクレオシドと同じであり、及び当該二量体の3’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の3’−末端の方向のヌクレオシドと同じである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、複数のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の型を含有するように設計された組成物である。一部の実施形態では、本開示の方法は、キラル制御された一本鎖RNAi剤のライブラリの生成を可能にするものであり、これにより、予め選択された量の任意の1つ以上のキラル制御された一本鎖RNAi剤の型を、任意の1つ以上の他のキラル制御された一本鎖RNAi剤の型と混合して、キラル制御された一本鎖RNAi剤組成物を生成することができる。一部の実施形態では、予め選択された量の一本鎖RNAi剤の型は、上記のジアステレオマー純度のいずれか1つを有する組成物である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御された一本鎖RNAi剤を作製するための方法を提供し、当該方法は、以下のステップを含有する:
(1)カップリング;
(2)キャッピング;
(3)修飾化;
(4)脱ブロッキング;及び
(5)所望の長さが達成されるまでステップ(1)〜(4)の繰り返し。
提供される方法について記載される場合、「サイクル」という語は、当業者に理解される通常の意味を有する。一部の実施形態では、ステップ(1)〜(4)の一巡がサイクルと称される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御された一本鎖RNAi剤組成物を作製するための方法を提供し、当該方法は、以下のステップを含有する:
(a)ある量の第1のキラル制御された一本鎖RNAi剤を提供するステップ;及び
(b)ある量の1つ以上の追加のキラル制御された一本鎖RNAi剤を任意で提供するステップ。
一部の実施形態では、第1のキラル制御された一本鎖RNAi剤は、本明細書に記載されるような一本鎖RNAi剤の型である。一部の実施形態では、1つ以上の追加のキラル制御された一本鎖RNAi剤は、本明細書に記載されるような1つ以上の一本鎖RNAi剤の型である。
関連する化学及び合成技術分野の当業者は、本開示の方法を使用して合成した場合、提供される一本鎖RNAi剤の構造的変形及び立体化学的配置に対する多様性の度合い及び制御を認識するであろう。たとえば、最初のサイクルが完了した後、後続サイクルについて個々に選択されたヌクレオチド単位を使用して後続サイクルを実施することができ、一部の実施形態では、後続サイクルは、最初のサイクルの核酸塩基及び/または糖とは異なる核酸塩基及び/または糖を含有する。同様に、後続サイクルのカップリングステップで使用されるキラル補助基は、最初のサイクルで使用されるキラル補助基と異なってもよく、これにより、第2のサイクルは、異なる立体化学的配置のリン結合を生成する。一部の実施形態では、新たに形成されたヌクレオチド間結合中の結合リンの立体化学は、立体化学的に純粋なホスホラミダイトを使用して制御される。更に、後続サイクルの修飾化ステップで使用される修飾試薬は、最初のサイクルまたは前のサイクルで使用される修飾試薬と異なってもよい。この反復的な組み立てアプローチの累積的な効果により、提供される一本鎖RNAi剤の各構成要素を構造的及び立体配置的に高度に調整することができる。このアプローチの更なる利点は、キャッピングのステップが「n−1」不純物の形成を最小に抑えることであり、さもなければ、提供される一本鎖RNAi剤、特に長さのより長い一本鎖RNAi剤の単離が極めて困難になるであろう。
一部の実施形態では、キラル制御された一本鎖RNAi剤を作製するための方法のサイクルの例は、本開示に記載されるスキーム例に例示される。一部の実施形態では、キラル制御された一本鎖RNAi剤を作製するための方法のサイクルの例は、スキームIに例示される。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、固形支持体を表し、場合により、固形支持体に結合している成長するキラル制御された一本鎖RNAi剤の一部である。例示されるキラル補助基は、式3−Iの構造:
Figure 2020522510
を有し、詳細は、以下に記載される。「キャップ」は、キャッピングステップによって窒素原子に導入される任意の化学的部分であり、一部の実施形態では、アミノ保護基である。当業者は、最初のサイクルでは、開始時に固形支持体に結合しているヌクレオシドは1つのみであり得、サイクル終了は、任意で脱ブロッキングの前に実施することができることを理解する。当業者によって理解されるように、BPROは、一本鎖RNAi剤合成で使用される保護塩基である。スキームIの上記サイクルの各ステップは、以下に更に記載される。
スキームI.キラル制御された一本鎖RNAi剤の合成。
Figure 2020522510
固形支持体上での合成
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤の合成は、固相上で実施される。一部の実施形態では、固形支持体上に存在する反応性基は、保護される。一部の実施形態では、固形支持体上に存在する反応性基は、保護されていない。一本鎖RNAi剤の合成中、固形支持体は、数回の合成サイクルで様々な試薬により処理され、個々のヌクレオチド単位を用いて、成長する一本鎖RNAi剤鎖の段階的な伸長が達成される。固形支持体に直接結合している鎖の末端のヌクレオシド単位は、本明細書で使用される場合、「第1のヌクレオシド」と呼ばれる。第1のヌクレオシドは、CPG、ポリマーまたは他の固形支持体のいずれかとヌクレオシドとの間に共有結合を有するリンカー部分、すなわち、ジラジカルを介して、固形支持体に結合している。リンカーは、オリゴヌクレオチド鎖を組み立てるために実施される合成サイクル中、そのままの状態で保持され、鎖の組み立て後に切断されて支持体からオリゴヌクレオチドを遊離させる。
固相核酸合成のための固形支持体としては、たとえば、米国特許第4,659,774号、同第5,141,813号、同第4,458,066号;Caruthersの米国特許第4,415,732号、同第4,458,066号、同第4,500,707号、同第4,668,777号、同第4,973,679号、及び同第5,132,418号;Andrusらの米国特許第5,047,524号、同第5,262,530号;ならびにKosterの米国特許第4,725,677号(RE34,069として再発行)に記載されている支持体が挙げられる。一部の実施形態では、固相は、有機ポリマー支持体である。一部の実施形態では、固相は、無機ポリマー支持体である。一部の実施形態では、有機ポリマー支持体は、ポリスチレン、アミノメチルポリスチレン、ポリエチレングリコール−ポリスチレングラフト共重合体、ポリアクリルアミド、ポリメタクリレート、ポリビニルアルコール、高度に架橋したポリマー(HCP)、または他の合成ポリマー、セルロース及びデンプンなどの炭水化物もしくは他の高分子炭水化物、または他の有機ポリマー及び任意の共重合体、上記の無機材料もしくは有機材料の複合材料もしくは組み合わせである。一部の実施形態では、無機ポリマー支持体は、シリカ、アルミナ、シリカゲル支持体またはアミノプロピルCPGである制御ポリグラス(CPG)である。他の有用な固形支持体としては、フルオラス固形支持体(たとえば、WO/2005/070859を参照のこと)、長鎖アルキルアミン(LCAA)制御多孔質ガラス(CPG)固形支持体(たとえば、S.P.Adams,K.S.Kavka,E.J.Wykes,S.B.Holder and G.R.Galluppi,J.Am.Chem.Soc.,1983,105,661−663;G.R.Gough,M.J.Bruden and P.T.Gilham,Tetrahedron Lett.,1981,22,4177−4180を参照のこと)が挙げられる。膜支持体及び高分子膜(たとえば、Innovation and Perspectives in Solid Phase Synthesis,Peptides,Proteins and Nucleic Acids,ch 21 pp 157−162,1994,Ed.Roger Epton及び米国特許第4,923,901号を参照のこと)もまた、核酸の合成に有用である。膜は、一旦形成したら、核酸合成の使用のために、化学的に官能化することができる。膜への官能基の結合に加えて、いくつかの実施形態では、膜と合成鎖との間の立体障害を最小に抑えるために、膜に結合されるリンカーまたはスペーサー基の使用も用いられる。
他の好適な固形支持体としては、当分野において一般に公知であり、固相方法での使用に好適なものが挙げられ、たとえば、Primer(商標)200支持体として販売されているガラスである制御多孔質ガラス(CPG)、オキサリル制御多孔質ガラス(たとえば、Alul,et al.,Nucleic Acids Research,1991,19,1527を参照のこと)、TentaGel支持体−アミノポリエチレングリコール誘導支持体(たとえば、Wright,et al.,Tetrahedron Lett.,1993,34,3373を参照のこと)、及びPoros−ポリスチレン/ジビニルベンゼンの共重合体が挙げられる。
表面活性化されたポリマーは、いくつかの固形支持体媒体上における天然核酸及び修飾核酸ならびにタンパク質の合成での使用が実証されている。固体支持体の材料は、どのようなポリマーであってもよく、多孔度が均一で、十分なアミン含有量、及び十分な柔軟性を有して、統合性を失うことなく、付随するどのような操作にも耐えうるものが好ましい。選択される好適な材料の例としては、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエステル、ポリテトラフルオロエチレン、ポリスチレン、ポリカーボネート、及びニトロセルロースが挙げられる。研究者の設計に応じて、他の材料を固形支持体として使用することができる。いくつかの設計を考慮すると、たとえば、コーティング金属、特に金または白金が選択され得る(たとえば、米国特許出願公開第20010055761号を参照のこと)。一本鎖RNAi剤合成の一実施形態では、たとえば、ヌクレオシドは、ヒドロキシルまたはアミノ残基で官能化された固形支持体に固定化される。あるいは、固形支持体は、トリメトキシトリチル基(TMT)などの酸に不安定なトリアルコキシトリチル基を提供するように誘導体化される。理論によって拘束されることを望むものではないが、トリアルコキシトリチル保護基の存在は、DNA合成装置で一般的に使用される条件下で、初期の脱トリチル化を可能にすることが予想される。アンモニア水溶液中の一本鎖RNAi剤材料を早く切り離すには、ジグリコートリンカーが任意で支持体上に導入される。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、別の方法として、5’→3’方向に合成される。一部の実施形態では、核酸は、成長する核酸の5’末端を介して固形支持体に結合されることにより、反応にはその3’基を提示する(すなわち、5’−ヌクレオシドのホスホラミダイトの使用または酵素反応(たとえば、ヌクレオシドの5’−三リン酸を使用したライゲーション及び重合))。5’→3’合成を考慮する場合、本開示の反復ステップは、変わらない(すなわち、キャッピング及びキラルリン上の修飾)。
結合部分
結合部分またはリンカーは、遊離求核部分を含有する化合物に固形支持体を繋げるために任意で使用される。好適なリンカーは、例えば、固相合成技術において固体支持体を初期ヌクレオシド分子の官能基(例えば、ヒドロキシル基)に結合させるように機能する短分子が知られている。一部の実施形態では、結合部分は、スクシンアミド酸リンカー、またはコハク酸リンカー(−CO−CH−CH−CO−)、またはオキサリルリンカー(−CO−CO−)である。一部の実施形態では、結合部分及びヌクレオシドは、エステル結合を介して一緒に結合される。一部の実施形態では、結合部分及びヌクレオシドは、アミド結合を介して一緒に結合される。一部の実施形態では、結合部分は、ヌクレオシドを別のヌクレオチドまたは核酸に繋げる。好適なリンカーは、たとえば、Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach,Ekstein,F.Ed.,IRL Press,N.Y.,1991,Chapter 1及びSolid−Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis,Pon,R.T.,Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.,2000,3.1.1−3.1.28に記載されている。
リンカー部分は、遊離求核部分を含有する化合物を別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸に繋げるために使用される。一部の実施形態では、結合部分は、ホスホジエステル結合である。一部の実施形態では、結合部分は、H−ホスホネ−ト部分である。一部の実施形態では、結合部分は、本明細書に記載されるような修飾リン結合である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドを固形支持体に結合するために、ユニバーサルリンカー(UnyLinker)が使用される(Ravikumar et al.,Org.Process Res.Dev.,2008,12(3),399−410)。一部の実施形態では、他のユニバーサルリンカーが使用される(Pon,R.T.,Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.,2000,3.1.1−3.1.28)。一部の実施形態では、様々な直交するリンカー(ジスルフィドリンカーなど)が使用される(Pon,R.T.,Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.,2000,3.1.1−3.1.28)。
とりわけ、本開示は、一本鎖RNAi剤合成で採用される一連の反応条件に適合するようにリンカーを選択または設計することができることを認識する。一部の実施形態では、補助基は、一本鎖RNAi剤の分解を回避し、脱硫化を回避するために、脱保護の前に選択的に除去される。一部の実施形態では、DPSE基は、Fイオンによって選択的に除去され得る。一部の実施形態では、本開示は、DPSE脱保護条件下、たとえば、MeCN中0.1M TBAF、THFまたはMeCN中0.5M HF−EtNなどで安定なリンカーを提供する。一部の実施形態では、提供されるリンカーは、SPリンカーである。一部の実施形態では、本開示は、SPリンカーが、DPSE脱保護条件下、たとえば、MeCN中0.1M TBAF、THFまたはMeCN中0.5M HF−EtNなどで安定しており、更に、たとえば、無水塩基性条件下、たとえば、MeCN中om1M DBUで安定であることを示している。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、リンカーの例は、以下のものである:
Figure 2020522510

一部の実施形態では、スクシニルリンカー、Qリンカーまたはオキサリルリンカーは、Fを使用した1つ以上のDPSE脱保護条件に対して安定ではない。
一般的な条件−合成用溶媒
提供されるオリゴヌクレオチドの合成は、一般に、非プロトン性有機溶媒中で実施される。一部の実施形態では、溶媒は、たとえば、アセトニトリルなどのニトリル溶媒である。一部の実施形態では、溶媒は、たとえば、ピリジンなどの塩基性アミン溶媒である。一部の実施形態では、溶媒は、たとえば、テトラヒドロフランなどのエーテル溶媒である。一部の実施形態では、溶媒は、たとえば、ジクロロメタンなどのハロゲン化炭化水素である。一部の実施形態では、溶媒の混合物が使用される。ある特定の実施形態では、溶媒は、上記の種類の溶媒のいずれか1つ以上の混合物である。
一部の実施形態では、非プロトン性有機溶媒が塩基性でない場合、塩基は、反応ステップに存在する。塩基が存在するいくつかの実施形態では、塩基は、たとえば、ピリジン、キノリン、またはN,N−ジメチルアニリンなどのアミン塩基である。他のアミン塩基の例としては、ピロリジン、ピペリジン、N−メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、N,N−ジメチルアミノピリジン(DMAP)、またはN,N−ジメチルアニリンが挙げられる。
一部の実施形態では、塩基は、アミン塩基以外である。
一部の実施形態では、非プロトン性有機溶媒は、無水である。一部の実施形態では、無水の非プロトン性有機溶媒は、新たに蒸留される。一部の実施形態では、新たに蒸留される無水の非プロトン性有機溶媒は、たとえば、ピリジンなどの塩基性アミン溶媒である。一部の実施形態では、新たに蒸留される無水の非プロトン性有機溶媒は、たとえば、テトラヒドロフランなどのエーテル溶媒である。一部の実施形態では、新たに蒸留される無水の非プロトン性有機溶媒は、たとえば、アセトニトリルなどのニトリル溶媒である。
キラル試薬/キラル補助基
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの生成において立体選択性を与えるために、キラル試薬が使用される。当業者及び本明細書ではキラル補助基とも称される多くの異なるキラル試薬が本開示の方法に従って使用され得る。そのようなキラル試薬の例としては、本明細書ならびに上で引用されたWada I、II及びIIIに記載されている。ある特定の実施形態では、キラル試薬は、Wada Iによって記載されるようなものである。一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用されるキラル試薬は、以下の式3−Iのものである:
Figure 2020522510
式中、W及びWは、−O−、−S−、または−NG−のいずれかであり、U及びUは、単結合、二重結合または三重結合を介して、Uが存在する場合はUに結合する炭素原子、またはrが0である場合は互いに結合する炭素原子である。Uは、−C−、−CG−、−CG−、−NG−、−N−、−O−、または−S−であり、式中、rは0〜5の整数であり、2個を超えるヘテロ原子が隣接することはない。Uのいずれか1つがCである場合、Cである2つ目の例のUとの間、またはUもしくはUのうちの1つに対して、三重結合が形成されなければならない。同様に、Uのいずれか1つがCGである場合、−CG−もしくは−N−である2つ目の例のUとの間、またはUもしくはUのうちの1つに対して、二重結合が形成される。
一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG−CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG=CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−C≡C−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG=CG−CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG−O−CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG−NG−CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG−N−CG−である。一部の実施形態では、−U−(U−U−は、−CG−N=CG−CG−である。
本明細書に定義されるように、G、G、G、G、G、及びGは独立して、水素であるか、またはアルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、及びアリールから選択される、任意で置換される基であるか;またはG、G、G、G、及びGのうちの2つは、Gである(一緒になって、単環式または多環式であり、縮合環または非縮合環である、任意で置換される、最大約20個の環原子の飽和、部分不飽和または不飽和の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成する)。一部の実施形態では、そのように形成される環は、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分によって置換される。一部の実施形態では、2つのGが一緒になって形成される環が置換される場合、反応中に立体選択性を与えるのに十分な嵩のある部分によって置換される。
一部の実施形態では、Gのうちの2つが一緒になって形成される環は、任意で置換される、シクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、またはピペラジニルである。一部の実施形態では、Gのうちの2つが一緒になって形成される環は、任意で置換される、シクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、ピロリジニル、またはピペラジニルである。
一部の実施形態では、Gは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Gは、フェニルである。一部の実施形態では、Gは、メチルまたは水素である。一部の実施形態では、Gは任意で置換されるフェニルであり、Gはメチルである。一部の実施形態では、Gはフェニルであり、Gはメチルである。
一部の実施形態では、rは、0である。
一部の実施形態では、Wは、−NG−である。一部の実施形態では、G及びGの1つは、Gと一緒になって、任意で置換されるピロリジニル環を形成する。一部の実施形態では、G及びGの1つは、Gと一緒になって、ピロリジニル環を形成する。
一部の実施形態では、Wは、−O−である。
一部の実施形態では、キラル試薬は、式3−AAの化合物である:
Figure 2020522510
式3−AA
式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
式3AAのいくつかの実施形態では、W及びWは独立して、−NG−、−O−、または−S−であり;G、G、G、G、及びGは独立して、水素であるか、またはアルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、及びアリールから選択される、任意で置換される基であるか;またはG、G、G、G、及びGのうちの2つは、Gであり(一緒になって、単環式または多環式、縮合環または非縮合環である、任意で置換される、最大約20個の環原子の飽和、部分不飽和または不飽和の炭素環またはヘテロ原子含有環を形成する)、G、G、G、G、及びGの4つ以下がGである。式3−Iの化合物と同様に、G、G、G、G、またはGのいずれかは、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分によって任意で置換される。一部の実施形態では、そのような置換は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの生成に立体選択性をもたらす。
一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。
一部の実施形態では、Wは、−NGであり、Wは、Oであり、G及びGの各々は独立して、水素であるか、またはC1−10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意で置換される基であり、Gは、−C(R)Si(R)であり、G及びGは、一緒になって、単環式または多環式、縮合環または非縮合環である、任意で置換される、最大約20個の環原子の飽和、部分不飽和または不飽和のヘテロ原子含有環を形成する。一部の実施形態では、各Rは独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Gは、−C(R)Si(R)であり、式中、−C(R)−は、任意で置換される−CH−であり、−Si(R)の各Rは独立して、C1−10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、−Si(R)の少なくとも1つのRは独立して、任意で置換されるC1−10アルキルである。一部の実施形態では、−Si(R)の少なくとも1つのRは独立して、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、−Si(R)の1つのRは独立して、任意で置換されるフェニルであり、他の2つのRの各々は独立して、任意で置換されるC1−10アルキルである。一部の実施形態では、−Si(R)の1つのRは独立して、任意で置換されるC1−10アルキルであり、他の2つのRの各々は独立して、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Gは、任意で置換される−CHSi(Ph)(Me)である。一部の実施形態では、Gは、任意で置換される−CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態では、Gは、−CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態では、G及びGは、一緒になって、任意で置換される、1個の窒素原子(Gに結合しているもの)を含有する飽和5〜6員環を形成する。一部の実施形態では、G及びGは、一緒になって、任意で置換される、1個の窒素原子を含有する飽和5員環を形成する。一部の実施形態では、Gは、水素である。一部の実施形態では、Gは、水素である。一部の実施形態では、G及びGは両方とも水素である。
一部の実施形態では、キラル試薬は、以下の式のうちの1つを有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、キラル試薬は、アミノアルコールである。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミノチオールである。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミノフェノールである。一部の実施形態では、キラル試薬は、(S)−及び(R)−2−メチルアミノ−1−フェニルエタノール、(1R,2S)−エフェドリン、または(1R,2S)−2−メチルアミノ−1,2−ジフェニルエタノールである。
本開示のいくつかの実施形態では、キラル試薬は、以下の式のうちの1つの化合物である:
Figure 2020522510
本明細書で実証されるように、キラルヌクレオチド間結合を調製するために使用される場合、立体選択性を得るために、概ね立体化学的に純粋なキラル試薬が利用される。とりわけ、本開示は、記載される構造を有するものを含む、立体化学的に純粋なキラル試薬を提供する。
キラル試薬、たとえば、式Qによって表される異性体またはその立体異性体の式Rの選択により、結合リンでの特定のキラリティー制御が可能になる。したがって、各合成サイクルで、RpまたはSpの立体配置のいずれかを選択することができ、これにより、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの三次元構造全体の制御が可能となる。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全部がRp立体中心を有する。本開示の一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全部がSp立体中心を有する。本開示のいくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中の各結合リンは独立して、RpまたはSpである。本開示のいくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中の各結合リンは独立して、RpまたはSpであり、少なくとも1つはRpであり、少なくとも1つはSpである。一部の実施形態では、Rp及びSpの中心の選択は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドに対して特定の三次元超構造を与えるようになされる。そのような選択の例は、本明細書に更に詳細に記載される。
一部の実施形態では、本開示に従って使用されるキラル試薬は、上記サイクル中の特定のステップで除去される能力について選択される。たとえば、いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップ中にキラル試薬を除去することが望ましい。いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップの前にキラル試薬を除去することが望ましい。いくつかの実施形態では、結合リンを修飾するステップの後にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、キラル試薬が、第2のカップリング中に、成長するオリゴヌクレオチド上に存在しないように、第1のカップリングステップが行われた後だが、第2のカップリングステップが行われる前に、キラル試薬を除去することが望ましい(追加の後続カップリングステップについても同様)。一部の実施形態では、キラル試薬は、結合リンの修飾後であるが、後続サイクルが開始する前に生じる「脱ブロッキング」反応中に除去される。除去のための方法及び試薬の例は、本明細書に記載される。
一部の実施形態では、キラル補助基の除去は、スキームIに例示されるような修飾及び/または脱ブロッキングステップを実施するときに達成される。キラル補助基の除去を、修飾及び脱ブロッキングなどの他の変換と組み合わせることは、有益であり得る。当業者は、ステップ/変換の省略が、たとえば、特により長いオリゴヌクレオチドの場合、収率及び生成物の純度に関して、合成の全体的な効率を改善することができることを認識するであろう。修飾及び/または脱ブロッキング中にキラル補助基が除去される一例は、スキームIに例示されている。
一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用されるキラル試薬は、ある特定の条件下で除去可能であることを特徴とする。たとえば、一部の実施形態では、キラル試薬は、酸性条件下で除去される能力について選択される。ある特定の実施形態では、キラル試薬は、弱酸性条件下で除去される能力について選択される。ある特定の実施形態では、キラル試薬は、E1脱離反応によって除去される能力について選択される(たとえば、酸性条件下で、キラル試薬上にカチオン中間体が形成されることで除去が生じ、これにより、キラル試薬がオリゴヌクレオチドから切り離される)。一部の実施形態では、キラル試薬は、E1脱離反応を提供または促進することが可能であると認識される構造を有することを特徴とする。関連分野の当業者であれば、どの構造がそのような脱離反応を受ける傾向があることが予想されるかを認識するであろう。
一部の実施形態では、キラル試薬は、求核試薬により除去される能力について選択される。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミン求核試薬により除去される能力について選択される。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミン以外の求核試薬により除去される能力について選択される。
一部の実施形態では、キラル試薬は、塩基により除去される能力について選択される。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミンにより除去される能力について選択される。一部の実施形態では、キラル試薬は、アミン以外の塩基により除去される能力について選択される。
追加のキラル補助基及びその使用は、たとえば、Wada I(JP4348077;WO2005/014609;WO2005/092909)、Wada II(WO2010/064146)、Wada III(WO2012/039448)、キラル制御(WO2010/064146)などに見出すことができる。
活性化
アキラルなH−ホスホネ−ト部分は、第1の活性化試薬で処理されて、第1の中間体を形成する。一実施形態において、第1の活性化試薬は、縮合ステップ中に、反応混合物に添加される。第1の活性化試薬の使用は、反応に使用される溶媒などの反応条件による。第1の活性化試薬の例としては、ホスゲン、クロロギ酸トリクロロメチル、ビス(トリクロロメチル)カーボネート(BTC)、塩化オキサリル、PhPCl、(PhO)PCl、N,N’−ビス(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)ホスフィン酸クロリド(BopCl)、1,3−ジメチル−2−(3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル)−2−ピロリジン−1−イル−1,3,2−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート(MNTP)、または3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル−トリス(ピロリジン−1−イル)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(PyNTP)がある。
アキラルなH−ホスホネ−ト部分の例は、上のスキームに示される化合物である。DBUは、1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エンを表す。HDBUは、たとえば、第1級、第2級、第3級または第4級である、アンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、複素環式芳香族イミニウムイオン、または複素環式イミニウムイオンであってもよいし、一価の金属イオンであってもよい。
キラル試薬との反応
第1の活性化ステップの後、活性化されたアキラルなH−ホスホネ−ト部分は、式(Z−I)または(Z−I’)によって表されるキラル試薬と反応して、式(Z−Va)、(Z−Vb)、(Z−Va’)、または(Z−Vb’)のキラル中間体を形成する。
立体特異的な縮合ステップ
式Z−Va((Z−Vb)、(Z−Va’)、または(Z−Vb’))のキラル中間体は、第2の活性化試薬及びヌクレオシドで処理されて、縮合中間体を形成する。ヌクレオシドは、固形支持体上にあってもよい。第2の活性化試薬の例は、4,5−ジシアノイミダゾール(DCI)、4,5−ジクロロイミダゾール、1−フェニルイミダゾリウムトリフレート(PhIMT)、ベンジミダゾリウムトリフレート(BIT)、ベンゾトリアゾール、3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール(NT)、テトラゾール、5−エチルチオテトラゾール(ETT)、5−ベンジルチオテトラゾール(BTT)、5−(4−ニトロフェニル)テトラゾール、N−シアノメチルピロリジニウムトリフレート(CMPT)、N−シアノメチルピペリジニウムトリフレート、N−シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートである。式Z−Va((Z−Vb)、(Z−Va’)、または(Z−Vb’))のキラル中間体は、単量体として単離され得る。通常、Z−Va((Z−Vb)、(Z−Va’)、または(Z−Vb’))のキラル中間体は、単離せず、同じポット内で、ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドとの反応を受けて、縮合中間体であるキラル亜リン酸化合物をもたらす。他の実施形態において、方法が固相合成を介して実施される場合、化合物を含有する固形支持体は、濾過されて、副生成物、不純物、及び/または試薬を取り除く。
キャッピングステップ
最終的な核酸が二量体よりも大きい場合、未反応の−OH部分をブロッキング基でキャッピングし、また化合物中のキラル補助基もブロッキング基でキャッピングして、キャッピングされた縮合中間体を形成する。最終的な核酸が二量体である場合、キャッピングステップは、必要ない。
修飾化ステップ
化合物は、求電子試薬との反応によって修飾される。キャッピングされた縮合中間体は、修飾化ステップが実行され得る。一部の実施形態では、修飾化ステップは、硫黄求電子試薬、セレン求電子試薬またはホウ素化剤を使用して実施される。修飾化ステップの例は、酸化及び硫化のステップである。
方法のいくつかの実施形態では、硫黄求電子試薬は、以下の式のうちの1つを有する化合物である:
(式Z−B)、Zz1−S−S−Zz2、またはZz1−S−Vz−Zz2
式中、Zz1及びZz2は独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環式、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、またはチオカルボニルであるか、またはZz1及びZz2は、一緒になって、置換または非置換であり得る、3〜8員の脂環式環または複素環式環を形成し;Vzは、SO、O、またはNRであり;Rは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
方法のいくつかの実施形態では、硫黄求電子試薬は、以下の式Z−A、Z−B、Z−C、Z−D、Z−E、またはZ−Fの化合物である:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、硫化試薬は、3−フェニル−1,2,4−ジチアゾリン−5−オンである。
一部の実施形態では、セレン求電子試薬は、以下の式のうちの1つを有する化合物である:
Se(式Z−G)、Zz3−Se−Se−Zz4、またはZz3−Se−Vz−Zz4
式中、Zz3及びZz4は独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環式、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、またはチオカルボニルであるか、またはZz3及びZz4は、一緒になって、置換または非置換であり得る、3〜8員の脂環式環または複素環式環を形成し;Vzは、SO、S、O、またはNRであり;Rは、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
一部の実施形態では、セレン求電子試薬は、式Z−G、Z−H、Z−I、Z−J、Z−K、またはZ−Lの化合物である。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、ホウ素化剤は、ボラン−N,N−ジイソプロピルエチルアミン(BHDIPEA)、ボラン−ピリジン(BHPy)、ボラン−2−クロロピリジン(BHCPy)、ボラン−アニリン(BHAn)、ボラン−テトラヒドロフィイラン(BHTHF)、またはボラン−ジメチルスルフィド(BHMeS)である。
追加の硫黄求電子試薬は、当分野で公知であり、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、キラル補助基は、修飾化ステップの後、成長するオリゴヌクレオチド鎖から脱落する。一部の実施形態では、キラル補助基は、修飾化ステップの後、ヌクレオチド間リン原子に繋がれたままである。
方法のいくつかの実施形態では、修飾化ステップは、酸化ステップである。方法のいくつかの実施形態では、修飾化ステップは、本出願に上記される同様の条件を使用する酸化ステップである。一部の実施形態では、酸化ステップは、たとえば、JP2010−265304A及びWO2010/064146に開示されている。
一部の実施形態では、本開示は、中性ヌクレオチド間結合を含む、負に荷電していないヌクレオチド間結合を導入するための修飾試薬を提供する。
一部の実施形態では、好適な条件下で、P(III)結合をアジドまたはアジドイミダゾリニウム塩(たとえば、
Figure 2020522510
を含有する化合物))と反応させることによって、P(III)結合を負に荷電していないヌクレオチド間結合に変換することができる。一部の実施形態では、アジドイミダゾリニウム塩は、PF の塩である。一部の実施形態では、アジドイミダゾリニウム塩は、
Figure 2020522510
の塩である。一部の実施形態では、アジドイミダゾリニウム塩は、2−アジド−1,3−ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェートである。
一部の実施形態では、P(III)結合は、R−Gの構造を有する求電子試薬と反応し、式中、Rは、本開示に記載されるようなものであり、Gは、脱離基、たとえば、−Cl、−Br、−I、−OTf、−Oms、−Oトシルなどである。一部の実施形態では、Rは、−CHである。一部の実施形態では、Rは、−CHCHである。一部の実施形態では、Rは、−CHCHCHである。一部の実施形態では、Rは、−CHOCHである。一部の実施形態では、Rは、CHCHOCH−である。一部の実施形態では、Rは、PhCHOCH−である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、CH=CHCH−である。一部の実施形態では、Rは、CHSCH−である。一部の実施形態では、Rは、−CHCOOCHである。一部の実施形態では、Rは、−CHCOOCHCHである。一部の実施形態では、Rは、−CHCONHCHである。
鎖伸長サイクル及び脱保護ステップ
キャッピングされた縮合中間体は、成長する核酸鎖の5’末端にあるブロッキング基を除去するために脱ブロッキングされて、化合物をもたらす。化合物は、任意で、鎖伸長サイクルを再開して、縮合中間体、キャッピングされた縮合中間体、修飾されキャッピングされた縮合中間体、及び5’−脱保護され修飾されキャッピングされた中間体を形成することができる。鎖伸長サイクルを少なくとも1巡した後、5’−脱保護され修飾されキャッピングされた中間体は、キラル補助基リガンド及び他の保護基、たとえば、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖及び修飾糖の保護基の除去によって更に脱ブロッキングされて、核酸をもたらす。他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、本明細書に記載されるような前の鎖伸長サイクルからの中間体である。更に他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、別の公知の核酸合成方法から得られた中間体である。固形支持体が使用される実施形態では、次いで、リン原子修飾核酸が固形支持体から切断される。ある特定の実施形態では、核酸は、精製を目的として、固形支持体上に結合させたままとし、次いで、精製後に固形支持体から切断される。
更に他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、別の公知の核酸合成方法から得られる中間体である。更に他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、本出願に記載されているような別の公知の核酸合成方法から得られる中間体である。更に他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、スキームIに例示される1つ以上のサイクルを含有する別の公知の核酸合成方法から得られる中間体である。更に他の実施形態において、5’−OH部分を含有するヌクレオシドは、スキームI−b、I−cまたはI−dに例示される1つ以上のサイクルを含有する別の公知の核酸合成方法から得られる中間体である。
一部の実施形態では、本開示は、出発材料として、安定した市販の材料を使用するオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、アキラルな出発材料を使用して立体制御されたリン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を生成するオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、脱保護ステップ下で分解を起こさない。更に、方法は、リン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を生成するのに特殊なキャッピング剤を必要としない。
縮合試薬
本開示の方法に従って有用な縮合試薬(C)は、以下の一般式のうちのいずれか1つのものである:
Figure 2020522510
式中、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、及びZは独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環式、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシから選択される、任意で置換される基であるか、またはZ及びZ、Z及びZ、Z及びZ、Z及びZ、Z及びZ、またはZ及びZ及びZのいずれかは、一緒になって、3〜20員の脂環式環または複素環式環を形成し;Qは、対アニオンであり;LGは、脱離基である。
一部の実施形態では、縮合試薬Cの対イオンは、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 、またはSbF であり、式中、Tfは、CFSOである。一部の実施形態では、縮合試薬Cの脱離基は、F、Cl、Br、I、3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または1−ヒドロキシベンゾトリアゾールである。
本開示の方法に従って使用される縮合試薬の例としては、ペンタフルオロベンゾイルクロリド、カルボニルジイミダゾール(CDI)、1−メシチレンスルホニル−3−ニトロトリアゾール(MSNT)、1−エチル−3−(3’−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドヒドロクロリド(EDCI−HCl)、ベンゾトリアゾール−1−イルオキシトリス(ジメチルアミノ)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(PyBOP)、N,N’−ビス(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)ホスフィン酸クロリド(BopCl)、2−(1H−7−アザベンゾトリアゾール−1−イル)−1,1,3,3−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(HATU)、及びO−ベンゾトリアゾール−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(HBTU)、DIPCDI;N,N’−ビス(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)ホスフィン酸ブロミド(BopBr)、1,3−ジメチル−2−(3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル)−2−ピロリジン−1−イル−1,3,2−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート(MNTP)、3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル−トリス(ピロリジン−1−イル)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(PyNTP)、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(PyBrOP);O−(ベンゾトリアゾール−1−イル)−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート(TBTU);及びテトラメチルフルオロホルムアミジニウムヘキサフルオロホスフェート(TFFH)が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、縮合試薬Cの対イオンは、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 、またはSbF であり、式中、Tfは、CFSOである。
一部の実施形態では、縮合試薬は、1−(2,4,6−トリイソプロピルベンゼンスルホニル)−5−(ピリジン−2−イル)テトラゾリド、ピバロイルクロリド、ブロモトリスピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート、N,N’−ビス(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)ホスフィン酸クロリド(BopCl)、または2−クロロ−5,5−ジメチル−2−オキソ−1,3,2−ジオキサホスフィナンである。一部の実施形態では、縮合試薬は、N,N’−ビス(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)ホスフィン酸クロリド(BopCl)である。一部の実施形態では、縮合試薬は、WO/2006/066260に記載されるものから選択される。
一部の実施形態では、縮合試薬は、1,3−ジメチル−2−(3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル)−2−ピロリジン−1−イル−1,3,2−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート(MNTP)、または3−ニトロ−1,2,4−トリアゾール−1−イル−トリス(ピロリジン−1−イル)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(PyNTP)である:
Figure 2020522510
ヌクレオシドカップリングパートナーの塩基及び糖の選択
本明細書に記載される場合、本開示の方法に従って使用されるヌクレオシドカップリングパートナーは、互いに同じでもよいし、互いに異なっていてもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成に使用されるヌクレオシドカップリングパートナーは、互いに同じ構造及び/または立体化学的配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成に使用される各ヌクレオシドカップリングパートナーは、オリゴヌクレオチドの特定の他のヌクレオシドカップリングパートナーと同じ構造及び/または立体化学的配置のものではない。本開示の方法に従って使用される核酸塩基及び糖の例は、本明細書に記載される。関連する化学及び合成技術分野の当業者は、本明細書に記載される核酸塩基及び糖のいかなる組み合わせも本開示の方法による使用が企図されることを認識するであろう。
カップリングステップ
本開示に従って使用されるカップリング手順ならびにキラル試薬及び縮合試薬の例は、とりわけ、Wada I(JP4348077;WO2005/014609;WO2005/092909)、Wada II(WO2010/064146)、Wada III(WO2012/039448)、及びキラル制御(WO2010/064146)に概説されている。本開示に従って使用されるキラルヌクレオシドカップリングパートナーはまた、本明細書中、「Wadaアミダイト」と称される。一部の実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BPROは、保護された核酸塩基である。一部の実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BPROは、保護された核酸塩基である。一部の実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BPROは、保護された核酸塩基であり、Rは、本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BPROは、保護された核酸塩基であり、Rは、本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、Meである。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド合成においてホスホラミダイトとして使用することができる、以下から選択される式の構造を有する、化合物:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
またはその塩を提供し、式中:
は、5’末端基であり;
各BAは独立して、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意で置換される基であり;
各Rは独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり;
、R、R、R及びRの各々は独立して、Rであり;
sは、0〜20であり;
各Lは独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される、任意で置換される二価の直線状または分枝状の基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−と置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子が任意で、及び独立して、Cyと置き換えられ;
各Cyは独立して、C3−20環式脂肪族環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環から選択される、任意で置換される四価の基であり;
各環Aは独立して、任意で置換される、0〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員の単環式、二環式または多環式の環であり;
は、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり;
Wは、O、SまたはSeであり;
X及びYの各々は独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり;
各R’は独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり;
各Rは独立して、−Hであるか、またはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であるか、または
2つのR基は任意で、及び独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または:
同一原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、その原子と一緒になって、その原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成するか;または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は任意で、及び独立して、それらの介在する原子と一緒になって、それらの介在する原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式、二環式または多環式の環を形成する。
一部の実施形態では、各ヘテロ原子は独立して、酸素、硫黄、窒素、ケイ素、ホウ素及びリンから選択される。一部の実施形態では、各ヘテロ原子は独立して、酸素、硫黄、窒素、またはケイ素から選択される。
一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−Iの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−IIの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−IIIの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−IVの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−Vの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−VIの構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、式P−VIIの構造を有する。
一部の実施形態では、Pは、P=Oである。一部の実施形態では、Pは、P=Sである。一部の実施形態では、Pは、Pである。
一部の実施形態では、R及びRの各々は独立して、水素であるか、またはC1−6脂肪族及びC6−14アリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、R及びRの各々は独立して、C1−6脂肪族及びC6−14アリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、R及びRの一方は、任意で置換されるC1−6脂肪族であり、他方は、任意で置換されるC6−14アリールである。一部の実施形態では、R及びRの一方は、任意で置換されるメチルであり、他方は、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、C1−6脂肪族及びC6−14アリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、フェニルである。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、−CHSi(R)であり、式中、−CH−は、任意で置換される。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、−CHSiMe(Ph)である。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、Rに結合している窒素に加えて0〜5個のヘテロ原子を有する、任意で置換される、飽和または部分飽和の単環式、二環式または多環式の3〜10員環を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、Rに結合している窒素以外にヘテロ原子を有しない、任意で置換される、飽和単環式3〜7員環を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、Rに結合している窒素以外にヘテロ原子を有しない、任意で置換される、飽和単環式5〜6員環を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、Rに結合している窒素以外にヘテロ原子を有しない、任意で置換される、飽和単環式5員環を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、Rに結合している窒素以外にヘテロ原子を有しない、飽和単環式5員環を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、任意で置換される
Figure 2020522510
を形成する。一部の実施形態では、R及びRの一方は、水素であり、他方は、Rと一緒になって、
Figure 2020522510
を形成する。一部の実施形態では、水素であるR及びRの一方と、水素であるR及びRの一方は、synである。一部の実施形態では、R及びRは水素であり、これらは互いにsynである。
一部の実施形態では、可変部分は、
Figure 2020522510
が、本開示に記載されるキラル試薬またはキラル補助基であるような構造のものである。一部の実施形態では、キラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、キラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、−WH及び−WH、またはヒドロキシル及びアミノ基は、ホスホラミダイトのリン原子と結合を形成する。一部の実施形態では、提供される化合物、たとえば、ホスホラミダイトは、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供される化合物は、
Figure 2020522510
の構造を有する。
一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
であり、BAは、C1で繋がれており、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの各々は独立して、Rである。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
であり、式中、R2sは、−OHではない。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
であり、式中、R2s及びR4sはRであり、2つのR基は、それらの介在する原子と一緒になって、環を形成する。一部の実施形態では、環Aは、任意で置換される
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、環Aは、
Figure 2020522510
である。
一部の実施形態では、BAは、C1−30環式脂肪族、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、及び1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、及び1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、1〜10個のヘテロ原子を有するヘテロアリール、及び1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、BAは、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC5−30ヘテロアリール基である。一部の実施形態では、BAは、任意で置換または保護された、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである。一部の実施形態では、BAは、保護されたアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである。オリゴヌクレオチド合成に好適な保護された核酸塩基は、当分野に広く公知であり、たとえば、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO2017/015555、及びWO2017/062862に記載されているものがあり、これらの各々の保護された核酸塩基は、参照により本明細書に組み込まれ、本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、BAは、任意で置換されるアデニンである。一部の実施形態では、BAは、保護されたアデニンである。BAは、任意で置換されるチミンである。一部の実施形態では、BAは、保護されたチミンである。BAは、任意で置換されるシトシンである。一部の実施形態では、BAは、保護されたシトシンである。BAは、任意で置換されるウラシルである。一部の実施形態では、BAは、保護されたウラシルである。BAは、任意で置換されるグアノシンである。一部の実施形態では、BAは、保護されたグアノシンである。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、BAは、
Figure 2020522510
である。
基の例は、本開示に広く記載されている。たとえば、一部の実施形態では、Rは、−CHR−O−Rであり、式中、Rは、−Hまたは任意で置換されるC1−4脂肪族であり、Rは、ヒドロキシル保護基である。一部の実施形態では、Rはメチルであり、RはDMTrである。一部の実施形態では、Rは、−(R)−CH(Me)−ODMTrである。一部の実施形態では、Rは、−(S)−CH(Me)−ODMTrである。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(OR)である。一部の実施形態では、Rは、−L−P(O)(OR)であり、式中、各Rは独立して、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、−L−は、−(E)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(OR)である。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(OR)であり、式中、各Rは独立して、任意で置換されるC1−6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、−(E)−CH=CH−P(O)(OMe)である。
一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
であり、式中、Rは、ヒドロキシル保護基である。一部の実施形態では、Rは、DMTr−である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、
Figure 2020522510
であり、式中、Rは、ヒドロキシル保護基である。一部の実施形態では、Rは、DMTr−である。
一部の実施形態では、提供される化合物、たとえば、提供されるホスホラミダイトは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
である。
カップリングパートナーとしてのキラルホスホラミダイトの例は、以下に示される:
Figure 2020522510
Figure 2020522510

追加の例は、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2017/015555、及びWO/2017/062862に記載されており、これらの各々のホスホラミダイトは、参照により本明細書に組み込まれる。
カップリングパートナーを合成するために使用される方法の1つは、以下のスキームIIに示される。
スキームII.カップリングパートナーの合成例。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、カップリングのステップは、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の遊離ヒドロキシル基をヌクレオシドカップリングパートナーと好適な条件下で反応させてカップリングを起こすことを含有する。一部の実施形態では、カップリングのステップの前に、脱ブロッキングのステップを行う。たとえば、一部の実施形態では、成長するオリゴヌクレオチドの5’ヒドロキシル基をブロッキング(すなわち、保護)し、その後それをヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるために脱ブロッキングしなければならない。
成長するオリゴヌクレオチドの適切なヒドロキシル基を脱ブロッキングしたら、キラル試薬を含有する溶液及び活性化剤を含有する溶液の送り込みに備えて、支持体を洗浄し、乾燥する。一部の実施形態では、キラル試薬及び活性化剤は、同時に送り込まれる。一部の実施形態では、同時の送り込みは、ニトリル溶媒(たとえば、アセトニトリル)などの極性非プロトン溶媒中の、ある量のキラル試薬溶液(たとえば、ホスホラミダイト溶液)及びある量の活性化剤溶液(たとえば、CMPT溶液)を送り込むことを含有する。
一部の実施形態では、カップリングのステップは、キラル亜リン酸エステル生成物が95%を超えるジアステレオマー過剰率で存在する、粗生成物組成物を提供する。一部の実施形態では、キラル亜リン酸エステル生成物が96%を超えるジアステレオマー過剰率で存在する。一部の実施形態では、キラル亜リン酸エステル生成物が97%を超えるジアステレオマー過剰率で存在する。一部の実施形態では、キラル亜リン酸エステル生成物が98%を超えるジアステレオマー過剰率で存在する。一部の実施形態では、キラル亜リン酸エステル生成物が99%を超えるジアステレオマー過剰率で存在する。
キャッピングステップ:
キラル制御されたオリゴヌクレオチドを作製するために提供される方法は、キャッピングのステップを含有する。一部の実施形態では、キャッピングのステップは、単一のステップである。一部の実施形態では、キャッピングのステップは、2ステップである。一部の実施形態では、キャッピングのステップは、2ステップよりも多い。
一部の実施形態では、キャッピングのステップは、キラル補助基の遊離アミンをキャッピングするステップと、あらゆる残留未反応5’ヒドロキシル基をキャッピングするステップを含有する。一部の実施形態では、キラル補助基の遊離アミン及び未反応5’ヒドロキシル基は、同じキャッピング基でキャッピングされる。一部の実施形態では、キラル補助基の遊離アミン及び未反応5’ヒドロキシル基は、異なるキャッピング基でキャッピングされる。ある特定の実施形態では、異なるキャッピング基でのキャッピングは、オリゴヌクレオチドの合成中、1つのキャッピング基を他のキャッピング基より先に選択的に除去することを可能にする。一部の実施形態では、両方の基のキャッピングは、同時に生じる。一部の実施形態では、両方の基のキャッピングは、繰り返し生じる。
ある特定の実施形態では、キャッピングは繰り返し生じ、遊離アミンをキャッピングする第1のステップと、それに続く、遊離5’ヒドロキシル基をキャッピングする第2のステップとを含有し、遊離アミンと遊離5’ヒドロキシル基の両方は、同じキャッピング基でキャッピングされる。たとえば、一部の実施形態では、キラル補助基の遊離アミンは、無水物(たとえば、フェノキシ酢酸無水物、すなわち、PacO)を使用してキャッピングされ、その後、5’ヒドロキシル基が同じ無水物を使用してキャッピングされる。ある特定の実施形態では、同じ無水物による5’ヒドロキシル基のキャッピングは、異なる条件下(たとえば、1つ以上の追加の試薬の存在下)で生じる。一部の実施形態では、5’ヒドロキシル基のキャッピングは、エーテル溶媒中のアミン塩基(たとえば、THF中NMI(N−メチルイミダゾール))の存在下で生じる。「キャッピング基」という文言は、本明細書において、「保護基」及び「ブロッキング基」という文言と相互交換可能に使用される。
一部の実施形態では、アミンキャッピング基は、中間体亜リン酸エステル種の転位及び/または分解を防ぐようにアミンを効果的にキャッピングすることを特徴とする。一部の実施形態では、キャッピング基は、ヌクレオチド間結合リンの分子内切断を防ぐために、キラル補助基のアミンを保護する能力で選択される。
一部の実施形態では、5’ヒドロキシル基のキャッピング基は、「ショートマー」の発生を防ぐようにヒドロキシル基を効果的にキャッピングすることを特徴とする。「ショートマー」とは、たとえば、「n−m」(m及びnは整数であり、m<n;nは、標的オリゴヌクレオチドにおける塩基の数である)の不純物であって、オリゴヌクレオチド鎖が最初のサイクルで反応せず後続の1つ以上のサイクルで反応する反応から生じるものである。かかるショートマー、特に「n−1]の存在は、粗オリゴヌクレオチドの純度に有害な影響を及ぼし、オリゴヌクレオチドの最終的な精製を時間のかかるものにし、概して収率を低くする。
一部の実施形態では、特定のキャップは、特定の条件下で特定のタイプの反応を促進する傾向に基づいて選択される。たとえば、一部の実施形態では、キャッピング基は、E1脱離反応を促進する能力によって選択され、この反応により、成長するオリゴヌクレオチドからキャップ及び/または補助基が切断される。一部の実施形態では、キャッピング基は、E2脱離反応を促進する能力によって選択され、この反応により、成長するオリゴヌクレオチドからキャップ及び/または補助基が切断される。一部の実施形態では、キャッピング基は、β脱離反応を促進する能力によって選択され、この反応により、成長するオリゴヌクレオチドからキャップ及び/または補助基が切断される。
修飾化ステップ:
本明細書で使用される場合、「修飾化ステップ」、「修飾ステップ」及び「P−修飾ステップ」という文言は、相互交換可能に使用され、修飾ヌクレオチド間結合を導入するために使用されるいずれか1つ以上のステップを一般に指す。一部の実施形態では、式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合。本開示のP−修飾ステップは、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立てが完了した後ではなく、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立て中に生じる。したがって、提供されるオリゴヌクレオチドの各ヌクレオチド単位は、ヌクレオチド単位が導入されるサイクル中に、結合リンで個別に修飾され得る。
一部の実施形態では、好適なP−修飾試薬は、硫黄求電子試薬、セレン求電子試薬、酸素求電子試薬、ホウ素化試薬、またはアジド試薬である。
たとえば、一部の実施形態では、セレン試薬は、元素セレン、セレン塩、または置換ジセレニドである。一部の実施形態では、酸素求電子試薬は、元素酸素、ペルオキシド、または置換ペルオキシドである。一部の実施形態では、ホウ素化試薬は、ボラン−アミン(たとえば、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(BH・DIPEA)、ボラン−ピリジン(BH・Py)、ボラン−2−クロロピリジン(BH・CPy)、ボラン−アニリン(BH・An))、ボラン−エーテル試薬(たとえば、ボラン−テトラヒドロフラン(BH・THF))、ボラン−ジアルキルスルフィド試薬(たとえば、BH・MeS)、アニリン−シアノボラン、またはトリフェニルホスフィン−カルボアルコキシボランである。一部の実施形態では、アジド試薬は、後続の還元反応を経てアミン基を提供する能力を有するアジド基を含有する。
一部の実施形態では、P−修飾試薬は、本明細書に記載されるような硫化試薬である。一部の実施形態では、修飾化のステップは、リンを硫化してホスホロチオエート結合またはホスホロチオエートトリエステル結合を提供することを含有する。一部の実施形態では、修飾化のステップは、式Iのヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、硫化試薬、及び同試薬を作製する方法、及び同試薬の使用方法を提供する。
一部の実施形態では、かかる硫化試薬は、チオスルホン酸試薬である。一部の実施形態では、チオスルホン酸試薬は、式S−Iの構造を有する:
Figure 2020522510
式中:
s1は、Rであり;及び
R、L及びRの各々は独立して、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。
一部の実施形態では、硫化試薬は、ビス(チオスルホン酸)試薬である。一部の実施形態では、ビス(チオスルホン酸)試薬は、式S−IIの構造を有する:
Figure 2020522510
式中、Rs1及びLの各々は独立して、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。
上に概して定義されるとおり、Rs1は、Rであり、式中、Rは、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換される、脂肪族、アリール、ヘテロシクリルまたはヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるアルキルである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるアルキルである。一部の実施形態では、Rs1は、メチルである。一部の実施形態では、Rs1は、シアノメチルである。一部の実施形態では、Rs1は、ニトロメチルである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、フェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、p−ニトロフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、p−メチルフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、p−クロロフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、o−クロロフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、2,4,6−トリクロロフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、ペンタフルオロフェニルである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rs1は、任意で置換されるヘテロアリールである。
一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(MTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(TTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(NOPheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(p−ClPheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(o−ClPheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(2,4,6−TriClPheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(PheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(PFPheTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−CNMTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−NOMTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−CFMTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−CFTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−CHFTS)である。一部の実施形態では、Rs1−S(O)S−は、
Figure 2020522510
(a−CHFTS)である。
一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−である。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルケニレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、及び独立して、任意で置換されるC−Cアルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、一部の実施形態では、RL3は任意で置換される−S−(C−Cアルケニレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、−S−CO−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、または−S−CO−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−である。一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、硫黄原子は、Rに繋がれている。
一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Lは、アルキレン、アルケニレン、アリーレンまたはヘテロアリーレンである。
一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Lは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2020522510
であり、式中、硫黄原子は、Rに繋がれている。一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Rは、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2020522510
であり、式中、硫黄原子は、Lに繋がれている。一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Lは、
Figure 2020522510
であり、硫黄原子は、Rに繋がれており、Rは、
Figure 2020522510
であり、硫黄原子は、Lに繋がれている。
一部の実施形態では、硫化試薬は、S−IまたはS−IIの構造を有し、式中、Rは、−S−RL2であり、RL2は、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態では、RL2は、−S−(C−Cアルキレン)−ヘテロシクリル、−S−(C−Cアルケニレン)−ヘテロシクリル、−S−(C−Cアルキレン)−N(R’)、−S−(C−Cアルキレン)−N(R’)から選択される、任意で置換される基であり、式中、各R’は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−S−S−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−C(O)−S−S−RL2であり、式中、各可変部分は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
式S−IIのビス(チオスルホン酸)試薬の例は、以下に示されるものである:
Figure 2020522510

一部の実施形態では、硫化試薬は、以下の式のうちの1つを有する化合物である:
、Rs2−S−S−Rs3、またはRs2−S−X−Rs3
式中:
s2及びRs3の各々は独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、またはチオカルボニルから選択される、任意で置換される基であるか;または
s2及びRs3は、それらが結合する原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリールの環を形成し;
は、−S(O)−、−O−、または−N(R’)−であり;及び
R’は、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。
一部の実施形態では、硫化試薬は、S
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、硫化試薬は、S
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、硫化試薬は、
Figure 2020522510
である。
硫化試薬の例は、以下に示される:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実施形態では、提供される硫化試薬は、H−ホスホネ−トを修飾するために使用される。たとえば、一部の実施形態では、H−ホスホネ−トオリゴヌクレオチドは、たとえば、Wada IまたはWada IIの方法を使用して合成され、式S−IまたはS−IIの硫化試薬を使用して修飾される:
Figure 2020522510

式中、RS1、L、及びRの各々は、上記及び本明細書に記載及び定義されるとおりである。
一部の実施形態では、本開示は、ホスホロチオエートトリエステルを合成するためのプロセスを提供し、当該プロセスは、以下のステップを含有する:
i)以下の構造のH−ホスホネ−ト:
Figure 2020522510
(式中、W、Y、及びZの各々は、上記及び本明細書に記載及び定義されるとおりである)を、シリル化試薬と反応させてシリルオキシホスホネートを提供するステップ;及び
ii)シリルオキシホスホネートを、S−IまたはS−IIの構造の硫化試薬:
Figure 2020522510

と反応させてホスホロチオトリエステルを提供するステップ。
一部の実施形態では、硫化試薬の代わりにセレン求電子試薬を使用して、ヌクレオチド間結合に修飾を導入する。一部の実施形態では、セレン求電子試薬は、以下の式のうちの1つを有する化合物である:
Se、Rs2−Se−Se−Rs3、またはRs2−Se−X−Rs3
式中:
s2及びRs3の各々は独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、及びチオカルボニルから選択される、任意で置換される基であるか;または
s2及びRs3は、それらが結合する原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリールの環を形成し;
は、−S(O)−、−O−、または−N(R’)−であり;及び
R’は、上記及び本明細書に定義及び記載されるとおりである。
他の実施形態において、セレン求電子試薬は、Se、KSeCN、
Figure 2020522510
の化合物である。一部の実施形態では、セレン求電子試薬は、Seまたは
Figure 2020522510
である。
様々な硫化試薬及びチオスルホン酸試薬が当分野で公知であり、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、硫化中にリンに移動する部分が単一の硫黄原子(たとえば、−Sまたは=S)ではなく、置換硫黄(たとえば、−SR)であることを特徴とする。
一部の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、試薬の活性を、所定の電子吸引基または電子供与基で試薬を修飾することによって調節できることを特徴とする。
一部の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、結晶性であることを特徴とする。一部の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、高い結晶化度を有することを特徴とする。ある特定の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、たとえば、再結晶を介して、試薬の精製が容易であることを特徴とする。ある特定の実施形態では、本開示に従って使用される硫化試薬は、硫黄含有不純物が実質的にないことを特徴とする。一部の実施形態では、硫黄含有不純物が実質的にない硫化試薬は、効率の向上を示す。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1つ以上のリン酸ジエステル結合を含有する。そのようなキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成するために、1つ以上の修飾化ステップを酸化ステップに任意に置き換えて、対応するリン酸ジエステル結合を導入する。一部の実施形態では、酸化ステップは、通常のオリゴヌクレオチド合成と同様に実施される。一部の実施形態では、酸化ステップは、Iの使用を含有する。一部の実施形態では、酸化ステップは、I及びピリジンの使用を含有する。一部の実施形態では、酸化ステップは、0.02M IのTHF/ピリジン/水(70:20:10−v/v/v)共溶媒系の使用を含有する。サイクルの例をスキームI−cに示す。
一部の実施形態では、ホスホロチオエートは、硫化試薬、たとえば、3−フェニル−1,2,4−ジチアゾリン−5−オンによる硫化により、直接形成される。一部の実施形態では、ホスホロチオエートの直接導入後、キラル補助基は、ヌクレオチド間リン原子に結合したままとなる。一部の実施形態では、キラル補助基を除去するために、追加の脱保護ステップが必要となる(たとえば、TBAF、HF−EtNを使用したDPSE型キラル補助基など)。
一部の実施形態では、ホスホロチオエート前駆体を使用して、ホスホロチオエート結合を含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成する。一部の実施形態では、そのようなホスホロチオエート前駆体は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、サイクル終了後、標準的な脱保護/放出手順中に、ホスホロチオエートジエステル結合へ変換される。例を更に以下に示す。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1つ以上のリン酸ジエステル結合及び1つ以上のホスホロチオエートジエステル結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1つ以上のリン酸ジエステル結合及び1つ以上のホスホロチオエートジエステル結合を含有し、ここで、少なくとも1つのリン酸ジエステル結合は、3’から5’へ合成される場合、全てのホスホロチオエートジエステル結合の後で導入される。そのようなキラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成するために、一部の実施形態では、1つ以上の修飾化ステップを酸化ステップに任意に置き換えて、対応するリン酸ジエステル結合を導入し、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合の各々に対して導入する。一部の実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、所望のオリゴヌクレオチド長が達成された後、ホスホロチオエートジエステル結合に変換される。一部の実施形態では、サイクル終了中または終了後の脱保護/放出ステップにより、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合に変換する。一部の実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、ベータ脱離経路によって除去できることを特徴とする。一部の実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、
Figure 2020522510
である。当業者に理解されるように、合成中にホスホロチオエート前駆体、たとえば、
Figure 2020522510
を使用する利点の1つは、ある特定の条件下では、
Figure 2020522510
は、ホスホロチオエートよりも安定していることである。
一部の実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、本明細書に記載されるようなリン保護基、たとえば、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−トリメチルシリルエチル、2−ニトロエチル、2−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o−ニトロベンジル、2−(p−ニトロフェニル)エチル(NPEまたはNpe)、2−フェニルエチル、3−(N−tert−ブチルカルボキサミド)−1−プロピル、4−オキソペンチル、4−メチルチオ−1−ブチル、2−シアノ−1,1−ジメチルエチル、4−N−メチルアミノブチル、3−(2−ピリジル)−1−プロピル、2−[N−メチル−N−(2−ピリジル)]アミノエチル、2−(N−ホルミル,N−メチル)アミノエチル、4−[N−メチル−N−(2,2,2−トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。例を更に以下に示す。
上記したとおり、一部の実施形態では、硫化は、成長するオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断する条件下で生じる。一部の実施形態では、硫化は、成長するオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断しない条件下で生じる。
一部の実施形態では、硫化試薬は、好適な溶媒中に溶解し、カラムに送り込む。ある特定の実施形態では、溶媒は、ニトリル溶媒などの極性非プロトン性溶媒である。一部の実施形態では、溶媒は、アセトニトリルである。一部の実施形態では、硫化試薬の溶液は、ニトリル溶媒(たとえば、アセトニトリル)中で、硫化試薬(たとえば、本明細書に記載されるようなチオスルホン酸誘導体)をBSTFA(N,O−ビス−トリメチルシリル−トリフルオロアセトアミド)と混合することによって調製される。一部の実施形態では、BSTFAは、含まない。たとえば、本発明者らは、一般式Rs2−S−S(O)−Rs3の硫化試薬が比較的より反応性であり、BSTFAの非存在下でも硫化反応に問題なく関与できることを見出した。ほんの一例を挙げると、本発明者らは、Rs2がp−ニトロフェニルであり、Rs3がメチルである場合、BSTFAは必要でないことを実証した。本開示を考慮し、当業者は、BSTFAを必要としない他の状況及び/または硫化試薬を決定することが容易にできるであろう。
一部の実施形態では、硫化ステップは、室温で実施される。一部の実施形態では、硫化ステップは、より低温、たとえば、約0℃、約5℃、約10℃、または約15℃などで実施される。一部の実施形態では、硫化ステップは、約20℃を超える高温で実施される。
一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約120分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約90分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約60分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約30分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約25分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約20分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約15分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約1分〜約10分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約5分〜約60分間行われる。
一部の実施形態では、硫化反応は、約5分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約10分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約15分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約20分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約25分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約30分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約35分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約40分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約45分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約50分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約55分間行われる。一部の実施形態では、硫化反応は、約60分間行われる。
本開示の方法に従って作製される硫化修飾生成物のいくつかは、予想外に安定であることが期せずして見出された。一部の実施形態では、予想外に安定な生成物は、ホスホロチオエートトリエステルである。一部の実施形態では、予想外に安定な生成物は、式I−cの構造を有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドである。
関連分野の当業者は、本明細書に記載される硫化方法及び本明細書に記載される硫化試薬が、Wada II(WO2010/064146)に記載されるものなどのH−ホスホネ−トオリゴヌクレオチドの修飾に関しても有用であることを認識するであろう。
一部の実施形態では、硫化反応は、少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、または98%の段階的硫化効率を有する。一部の実施形態では、硫化反応は、少なくとも純度98%の粗ジヌクレオチド生成物組成物を提供する。一部の実施形態では、硫化反応は、少なくとも純度90%の粗テトラヌクレオチド生成物組成物を提供する。一部の実施形態では、硫化反応は、少なくとも純度70%の粗ドデカヌクレオチド生成物組成物を提供する。一部の実施形態では、硫化反応は、少なくとも純度50%の粗イコサヌクレオチド生成物組成物を提供する。
結合リンを修飾するステップが完了したら、オリゴヌクレオチドは、サイクルの再開に備えて、別の脱ブロッキングステップを経る。一部の実施形態では、キラル補助基は、硫化後、そのまま保持されるので、後続の脱ブロッキングステップ中に脱ブロッキングされる。この脱ブロッキングステップは、サイクル再開前に必ず生じる。脱ブロッキング、カップリング、キャッピング、及び修飾化のプロセスは、成長するオリゴヌクレオチドが所望の長さに達するまで繰り返し、所望の長さに達した時点で、オリゴヌクレオチドを固形支持体から直ぐに切断するか、または精製のためにオリゴヌクレオチドを支持体に結合させたままにして後で切断するかのどちらかが可能である。一部の実施形態では、1つ以上の保護基は、ヌクレオチド塩基の1つ以上に存在し、オリゴヌクレオチドの支持体からの切断及び塩基の脱保護は、単一のステップで生じる。一部の実施形態では、1つ以上の保護基は、ヌクレオチド塩基の1つ以上に存在し、オリゴヌクレオチドの支持体からの切断及び塩基の脱保護は、2つ以上のステップで生じる。一部の実施形態では、脱保護及び支持体からの切断は、たとえば、1つ以上のアミン塩基を使用して、塩基性条件下で生じる。ある特定の実施形態では、1つ以上のアミン塩基は、プロピルアミンを含有する。ある特定の実施形態では、1つ以上のアミン塩基は、ピリジンを含有する。
一部の実施形態では、支持体からの切断及び/または脱保護は、約30℃〜約90℃の高温で生じる。一部の実施形態では、支持体からの切断及び/または脱保護は、約40℃〜約80℃の高温で生じる。一部の実施形態では、支持体からの切断及び/または脱保護は、約50℃〜約70℃の高温で生じる。一部の実施形態では、支持体からの切断及び/または脱保護は、約60℃の高温で生じる。一部の実施形態では、支持体からの切断及び/または脱保護は、周囲温度で生じる。
精製手順の例は、本明細書に記載され、及び/または関連分野で一般に公知である。
注目すべきは、各サイクル中に、成長するオリゴヌクレオチドからキラル補助基を除去することは、少なくとも、(1)潜在的に敏感な官能基がリン上に導入される場合、オリゴヌクレオチド合成の最後に、補助基を別個のステップで除去する必要がないこと;ならびに(2)副反応を起こしやすく、及び/または後続の化学反応を妨害する傾向のある不安定なリン−補助基中間体が回避されるという理由から有利である。したがって、各サイクル中にキラル補助基を除去すると、合成全体がより効率的になる。
サイクルとの関係で脱ブロッキングのステップを上記したが、追加の一般的方法は、以下に記載される。
脱ブロッキングステップ
一部の実施形態では、カップリングのステップの前に、脱ブロッキングのステップを行う。たとえば、一部の実施形態では、成長するオリゴヌクレオチドの5’ヒドロキシル基をブロッキング(すなわち、保護)し、その後それをヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるために脱ブロッキングしなければならない。
一部の実施形態では、酸性化を使用してブロッキング基を除去する。一部の実施形態では、酸は、ブレンステッド酸またはルイス酸である。有用なブレンステッド酸は、有機溶媒または水(80%酢酸の場合)中で−0.6(トリフルオロ酢酸)〜4.76(酢酸)のpKa(水中25℃)値を有する、カルボン酸、アルキルスルホン酸、アリールスルホン酸、リン酸及びその誘導体、ホスホン酸及びその誘導体、アルキルホスホン酸及びその誘導体、アリールホスホン酸及びその誘導体、ホスフィン酸、ジアルキルホスフィン酸、ならびにジアリールホスフィン酸である。酸性化ステップに使用される酸の濃度(1〜80%)は、酸の酸性度に依存する。強酸条件では脱プリン/脱ピリミジンが生じ、プリニル塩基またはピリミジニル塩基がリボース環及びまたは他の糖環から切断されるので、酸の強さを考慮に入れなければならない。一部の実施形態では、酸は、Ra1COOH、Ra1SOH、Ra3SOH、
Figure 2020522510
から選択され、式中、Ra1及びRa2の各々は独立して、水素であるか、または任意で置換されるアルキルもしくはアリールであり、Ra3は、任意で置換されるアルキルまたはアリールである。
一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中のルイス酸によって達成される。そのような有用なルイス酸の例は、Zn(Xであり、式中、Xは、Cl、Br、I、またはCFSOである。
一部の実施形態では、酸性化のステップは、縮合中間体からプリン部分を除去することなくブロッキング基を除去するのに有効な量のブレンステッド酸またはルイス酸を添加することを含有する。
酸性化ステップに有用な酸にはまた、有機溶媒中の10%リン酸、有機溶媒中の10%塩酸、有機溶媒中の1%トリフルオロ酢酸、有機溶媒中の3%ジクロロ酢酸もしくはトリクロロ酢酸、または水中の80%酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。このステップに使用されるあらゆるブレンステッド酸またはルイス酸の濃度は、その酸の濃度が、核酸塩基の糖部分からの切断を起こす濃度を超えないように選択される。
一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の1%トリフルオロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約0.1%〜約8%トリフルオロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の3%ジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約0.1%〜約10%ジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の3%のトリクロロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、有機溶媒中の約0.1%〜約10%トリクロロ酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、水中の80%酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、水中の約50%〜約90%、または約50%〜約80%、約50%〜約70%、約50%〜約60%、約70%〜約90%酢酸を添加することを含有する。一部の実施形態では、酸性化は、酸性溶媒へのカチオンスカベンジャーの更なる添加を含有する。ある特定の実施形態では、カチオンスカベンジャーは、トリエチルシランまたはトリイソプロピルシランであり得る。一部の実施形態では、ブロッキング基は、有機溶媒中の1%トリフルオロ酢酸を添加することを含有する酸性化によって脱ブロッキングされる。一部の実施形態では、ブロッキング基は、有機溶媒中の3%ジクロロ酢酸を添加することを含有する酸性化によって脱ブロッキングされる。一部の実施形態では、ブロッキング基は、有機溶媒中の3%トリクロロ酢酸を添加することを含有する酸性化によって脱ブロッキングされる。一部の実施形態では、ブロッキング基は、ジクロロメタン中の3%トリクロロ酢酸を添加することを含有する酸性化によって脱ブロッキングされる。
ある特定の実施形態では、本開示の方法は、合成装置で完了し、成長するオリゴヌクレオチドのヒドロキシル基を脱ブロッキングするステップは、ある量の溶媒を合成装置カラムに送り込むことを含有し、カラムは、オリゴヌクレオチドが結合している固形支持体を含有する。一部の実施形態では、溶媒は、ハロゲン化溶媒(たとえば、ジクロロメタン)である。ある特定の実施形態では、溶媒は、ある量の酸を含有する。一部の実施形態では、溶媒は、ある量の有機酸、たとえば、トリクロロ酢酸などを含有する。ある特定の実施形態では、酸は、約1%〜約20%w/vの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は、約1%〜約10%w/vの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は、約1%〜約5%w/vの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は、約1%〜約3%w/vの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は、約3%w/vの量で存在する。ヒドロキシル基を脱ブロッキングするための方法は、本明細書に更に記載される。一部の実施形態では、酸は、3%w/vで存在し、ジクロロメタンである。
一部の実施形態では、キラル補助基は、脱ブロッキングステップの前に除去される。一部の実施形態では、キラル補助基は、脱ブロッキングステップ中に除去される。
一部の実施形態では、サイクル終了は、脱ブロッキングステップの前に実施される。一部の実施形態では、サイクル終了は、脱ブロッキングステップの後に実施される。
ブロッキング基/保護基の除去の一般条件
核酸塩基または糖部分上に位置するヒドロキシルまたはアミノ部分などの官能基は、合成中、ブロッキング(保護)基(部分)で通常ブロッキングされ、後に脱ブロッキングされる。一般に、ブロッキング基は、分子の化学官能基を特定の反応条件に対して不活性にし、後に、分子の残り部分を実質的に損傷することなく、分子のかかる官能基から除去することができる。(たとえば、Green and Wuts,Protective Groups in Organic Synthesis,2nd Ed.,John Wiley&Sons,New York,1991を参照のこと)。たとえば、アミノ基は、フタルイミド、9−フルドレニルメトキシカルボニル(FMOC)、トリフェニルメチルスルフェニル、t−BOC、4,4’−ジメトキシトリチル(DMTr)、4−メトキシトリチル(MMTr)、9−フェニルキサンチン−9−イル(Pixyl)、トリチル(Tr)、または9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)などの窒素ブロッキング基によりブロッキングすることができる。カルボキシル基は、アセチル基として保護することができる。ヒドロキシ基は、テトラヒドロピラニル(THP)、t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、1−[(2−クロロ−4−メチル)フェニル]−4−メトキシピペリジン−4−イル(Ctmp)、1−(2−フルオロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−イル(Fpmp)、1−(2−クロロエトキシ)エチル、3−メトキシ−1,5−ジカルボメトキシペンタン−3−イル(MDP)、ビス(2−アセトキシエトキシ)メチル(ACE)、トリイソプロピルシリルオキシメチル(TOM)、1−(2−シアノエトキシ)エチル(CEE)、2−シアノエトキシメチル(CEM)、[4−(N−ジクロロアセチル−N−メチルアミノ)ベンジルオキシ]メチル、2−シアノエチル(CN)、ピバロイルオキシメチル(PivOM)、レヴュニルオキシメチル(ALE)などとして保護することができる。他の代表的なヒドロキシルブロッキング基については、記載されている(たとえば、Beaucage et al.,Tetrahedron,1992,46,2223を参照のこと)。一部の実施形態では、ヒドロキシルブロッキング基は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、9−フェニルキサンチン−9−イル(ピキシル)及び9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)などの酸に不安定な基である。化学官能基はまた、それを前駆体形態で含むことによって、ブロッキングすることができる。したがって、アジド基はアミンに容易に変換されることから、アジド基をアミンのブロッキング形態とみなすことができる。核酸合成に利用される更なる代表的な保護基は、公知である(たとえば、Agrawal et al.,Protocols for Oligonucleotide Conjugates,Eds.,Humana Press,New Jersey,1994,Vol.26,pp.1−72を参照のこと)。
核酸からブロッキング基を除去する様々な方法が公知であり、使用される。一部の実施形態では、全てのブロッキング基が除去される。一部の実施形態では、ブロッキング基の一部が除去される。一部の実施形態では、反応条件は、特定のブロッキング基を選択的に除去するために調整することができる。
一部の実施形態では、核酸塩基のブロッキング基は、存在する場合、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立て後、酸性試薬で切断可能である。一部の実施形態では、核酸塩基のブロッキング基は、存在する場合、酸性条件下でも塩基性条件下でも切断されず、たとえば、フッ化物塩またはフッ化水素酸複合体で切断可能である。一部の実施形態では、核酸塩基のブロッキング基は、存在する場合、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立て後、塩基または塩基性溶媒の存在下で切断可能である。ある特定の実施形態では、核酸塩基のブロッキング基の1つ以上は、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立て後、塩基または塩基性溶媒の存在下で切断可能であるが、提供されるオリゴヌクレオチドの組み立て中に生じるそれより前の1つ以上の脱保護ステップの特定の条件に対して安定であることを特徴とする。
一部の実施形態では、核酸塩基にブロッキング基は必要でない。一部の実施形態では、核酸塩基にブロッキング基が必要である。一部の実施形態では、特定の核酸塩基は、1つ以上のブロッキング基を必要とするが、他の核酸塩基は、1つ以上のブロッキング基を必要としない。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、合成後、固形支持体から切断される。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、プロピルアミンの使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、ピリジン中のプロピルアミンの使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、ピリジン中の20%プロピルアミンの使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、無水ピリジン中のプロピルアミンの使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、無水ピリジン中の20%プロピルアミンの使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、アセトニトリル、NMP、DMSO、スルホン、及び/またはルチジンなどの極性非プロトン性溶媒の使用を含有する。一部の実施形態では、固形支持体からの切断は、溶媒、たとえば、極性非プロトン性溶媒、及び1つ以上の一級アミン(たとえば、C1−10アミン)、及び/またはメトキシルアミン、ヒドラジン、及び純無水アンモニアのうちの1つ以上の使用を含有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、プロピルアミンの使用を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、ピリジン中の20%プロピルアミンの使用を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、無水ピリジン中のプロピルアミンの使用を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は、無水ピリジン中の20%プロピルアミンの使用を含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、切断中に脱保護される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、ほぼ室温で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約30℃、40℃、50℃、60℃、70℃、80℃ 90℃または100℃より高い温度で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約30℃、40℃、50℃、60℃、70℃、80℃ 90℃または100℃で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約40〜80℃で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約50〜70℃で実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約60℃で実施される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、0.1時間、1時間、2時間、5時間、10時間、15時間、20時間、24時間、30時間、または40時間を超えて実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約0.1〜5時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約3〜10時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約5〜15時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約10〜20時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約15〜25時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約20〜40時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約2時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約5時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約10時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約15時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約18時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約24時間実施される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、0.1時間、1時間、2時間、5時間、10時間、15時間、20時間、24時間、30時間、または40時間を超えて実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約5〜48時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約10〜24時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約18時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で、0.1時間、1時間、2時間、5時間、10時間、15時間、20時間、24時間、30時間、または40時間を超えて実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で、約0.5〜5時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約60℃で、約0.5〜5時間実施される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、約60℃で、約2時間実施される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの固形支持体からの切断、またはオリゴヌクレオチドの脱保護は、プロピルアミンの使用を含み、室温または高温で、0.1時間、1時間、2時間、5時間、10時間、15時間、20時間、24時間、30時間、または40時間を超えて実施される。条件の例は、ピリジン中の20%プロピルアミンで、室温、約18時間、及びピリジン中の20%プロピルアミンで、60℃、約18時間である。
一部の実施形態では、固形支持体からの切断の前に、キラル補助基がヌクレオチド間リン原子にまだ結合している場合は、キラル補助基を除去するステップが実施される。一部の実施形態では、例えば、1つ以上のDPSE型キラル補助基が、オリゴヌクレオチド合成サイクル中に、ヌクレオチド間リン原子に結合したままである。残りのキラル補助基を除去するのに好適な条件は、当分野に広く公知であり、例えば、Wada I、Wada II、Wada III、キラル制御などに記載されているものである。一部の実施形態では、残りのDPSE型キラル補助基のための条件は、TBAFまたはHF−EtN、例えば、MeCN中0.1M TBAF、THFまたはMeCN中0.5M HF−EtNなどである。一部の実施形態では、本開示は、キラル補助基を除去するプロセス中に、リンカーが切断され得ることを認識する。一部の実施形態では、本開示は、キラル補助基の除去中に良好な安定性を提供する、SPリンカーなどのリンカーを提供する。とりわけ、本開示によって提供されるある特定のリンカーは、収率及び/または純度の改善をもたらした。
一部の実施形態では、活性化剤は「Wada」活性化剤であり、すなわち、活性化剤は、上に引用されるWada I、II、またはIII文書のいずれか1つに由来する。
活性化基の例が、以下に示される:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、活性化試薬は、以下から選択される。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、サイクルの例は、スキームI−bに示される。
スキームI−b.ホスホロチオエート結合の導入。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、サイクルの例は、スキームI−cに例示される。
スキームI−c.キラル制御されたオリゴヌクレオチドへのリン酸ジエステルと修飾ヌクレオチド間結合の両方の導入。
Figure 2020522510
スキームI−cでは、固形支持体上のオリゴヌクレオチド(またはヌクレオチド、または修飾ヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド)(C−1)がホスホラミダイトC−2とカップリングされる。カップリング及びキャッピングの後、酸化ステップが実施される。脱ブロッキング後、リン酸ジエステル結合が形成される。サイクル生成物C−3は、サイクルCを再開して更にリン酸ジエステル結合を導入するか、または他のサイクルを開始して他の型のヌクレオチド間結合を導入するか、またはサイクル終了に進むかのいずれかとなる。
一部の実施形態では、スキームI−cのC−2の代わりに、キラル的に純粋でないホスホラミダイトを使用することができる。一部の実施形態では、DMTrで保護されたβ−シアノエチルホスホラミダイトが使用される。一部の実施形態では、使用されるホスホラミダイトは、
Figure 2020522510
の構造を有する。
一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、合成中のオリゴヌクレオチドの安定性を増加させる。一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の効率を改善する。一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の収率を改善する。一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成の生成物純度を改善する。
一部の実施形態では、上記方法におけるホスホロチオエートジエステル前駆体は、
Figure 2020522510
である。一部の実施形態では、
Figure 2020522510
は、脱保護/放出中に、ホスホロチオエートジエステル結合に変換される。一部の実施形態では、サイクルの例は、スキームI−dに示される。更なる例を以下に示す。
スキームI−d.キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成におけるホスホロチオエートジエステル前駆体。
Figure 2020522510
スキームI−dに例示するように、ホスホロチオエートとリン酸ジエステル結合の両方を同じキラル制御されたオリゴヌクレオチドに組み込むことができる。当業者によって理解されるように、提供される方法は、ホスホロチオエートジエステルとリン酸ジエステルが連続していることを必要とせず、それらの間に、上記のサイクルを使用して他のヌクレオチド間結合を形成することができる。スキームI−dでは、ホスホロチオエートジエステル結合の代わりに、ホスホロチオエートジエステル前駆体である
Figure 2020522510
が導入される。一部の実施形態では、かかる置き換えにより、ある特定のステップ、例えば、酸化ステップ中の合成効率が増加した。一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、一般に、合成及び/または保管中におけるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの安定性を改善する。サイクル終了後、脱保護/放出中に、ホスホロチオエートジエステル前駆体は、ホスホロチオエートジエステル結合に変換される。一部の実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中にリン酸ジエステル結合が存在しない場合であっても、または酸化ステップが合成中に必要とされない場合でも、有益である。
スキームI−cのとおり、一部の実施形態では、酸化ステップを含むサイクルに、キラル的に純粋でないホスホラミダイトを使用することができる。一部の実施形態では、DMTrで保護されたβ−シアノエチルホスホラミダイトが使用される。一部の実施形態では、使用されるホスホラミダイトは、
Figure 2020522510
の構造を有する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、特定のオリゴヌクレオチド型に富化されているキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約10%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約20%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約30%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約40%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約50%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約60%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約70%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約80%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約90%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約95%が特定のオリゴヌクレオチド型である。
一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約1%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約2%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約3%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約4%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約5%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約10%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約20%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約30%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約40%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約50%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約60%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約70%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約80%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約90%が特定のオリゴヌクレオチド型である。一部の実施形態では、提供される組成物の少なくとも約95%が特定のオリゴヌクレオチド型である。
一部の実施形態では、サイクルの例は、以下のスキームI−eに示される。
スキームI−e.PhMeキラル補助基を使用するサイクルの例。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Xは、Hまたは2’−修飾である。一部の実施形態では、Xは、Hまたは−ORであり、式中、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Xは、Hまたは−ORであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Xは、Hである。一部の実施形態では、Xは、−OMeである。一部の実施形態では、Xは、−OCHCHOCHである。一部の実施形態では、Xは、−Fである。
一部の実施形態では、サイクルの例は、スキームI−fに示される。
スキームI−f.DPSEキラル補助基を使用するサイクルの例。
Figure 2020522510
一部の実施形態では、Xは、Hまたは2’−修飾である。一部の実施形態では、Xは、Hまたは−ORであり、式中、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Xは、Hまたは−ORであり、式中、Rは、任意で置換されるC1−6アルキルである。一部の実施形態では、Xは、Hである。一部の実施形態では、Xは、−OMeである。一部の実施形態では、Xは、−OCHCHOCHである。一部の実施形態では、Xは、−Fである。
異なるタイプのサイクルを組み合わせて、オリゴヌクレオチドの化学修飾及び立体化学の完全な制御を提供することができることは、当業者により理解される。一部の実施形態では、例えば、オリゴヌクレオチド合成プロセスは、1つ以上のサイクルA〜Fを含み得る。一部の実施形態では、提供される方法は、DPSE型キラル補助基を使用する、少なくとも1つのサイクルを含む。
一部の実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法を提供する。一部の実施形態では、提供される方法は、
Figure 2020522510
の構造を有する、提供されるキラル試薬を提供するステップを含み、式中、Wは、−NGであり、Wは、Oであり、G及びGの各々は独立して、水素であるか、またはC1−10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意で置換される基であり、Gは、−C(R)Si(R)であり、G及びGは、一緒になって、単環式または多環式、縮合環または非縮合環である、任意で置換される、最大約20個の環原子の飽和、部分不飽和または不飽和のヘテロ原子含有環を形成し、各Rは独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、及びヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、提供されるキラル試薬は、
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、提供される方法は、
Figure 2020522510
の構造を有するキラル試薬(式中、−WH及び−WH、またはヒドロキシル及びアミノ基は、ホスホラミダイトのリン原子と結合を形成する)の部分を含むホスホラミダイトを提供することを含む。一部の実施形態では、−WH及び−WH、またはヒドロキシル及びアミノ基は、ホスホラミダイト、例えば、
Figure 2020522510
のリン原子と結合を形成する。一部の実施形態では、ホスホラミダイトは、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
の構造を有する。一部の実施形態では、Rは、保護基である。一部の実施形態では、Rは、DMTrである。一部の実施形態では、Gは、−C(R)Si(R)であり、式中、−C(R)−は、任意で置換される−CH−であり、−Si(R)の各Rは独立して、C1−10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、−Si(R)の少なくとも1つのRは独立して、任意で置換されるC1−10アルキルである。一部の実施形態では、−Si(R)の少なくとも1つのRは独立して、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、−Si(R)の1つのRは独立して、任意で置換されるフェニルであり、他の2つのRの各々は独立して、任意で置換されるC1−10アルキルである。一部の実施形態では、−Si(R)の1つのRは独立して、任意で置換されるC1−10アルキルであり、他の2つのRの各々は独立して、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Gは、任意で置換される−CHSi(Ph)(Me)である。一部の実施形態では、Gは、任意で置換される−CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態では、Gは、−CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態では、G及びGは、一緒になって、任意で置換される、1個の窒素原子(Gが結合しているもの)を含む飽和5〜6員環を形成する。一部の実施形態では、G及びGは、一緒になって、任意で置換される、1個の窒素原子を含む飽和5員環を形成する。一部の実施形態では、Gは、水素である。一部の実施形態では、Gは、水素である。一部の実施形態では、G及びGは両方とも水素である。一部の実施形態では、G及びGは両方とも水素であり、Gは、−C(R)Si(R)であり、式中、−C(R)−は、任意で置換される−CH−であり、−Si(R)の各Rは独立して、C1−10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意で置換される基であり、G及びGは、一緒になって、任意で置換される、1個の窒素原子を含む飽和5員環を形成する。一部の実施形態では、提供される方法は、フルオロ含有試薬を提供することを更に含む。一部の実施形態では、提供されるフルオロ含有試薬は、合成後のオリゴヌクレオチドから、キラル試薬、またはキラル試薬から形成される生成物を除去する。−SiR基を除去するためのF源を含む、様々な公知のフルオロ含有試薬、例えば、TBAF、HF−EtNなどを本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、フルオロ含有試薬は、良好な結果、例えば、高濃度アンモニアなどの従来の方法と比較して、より短い処理時間、より低い温度、より少ない脱硫化などを提供する。一部の実施形態では、ある特定のフルオロ含有試薬について、本開示は、改善した結果、例えば、キラル試薬(またはオリゴヌクレオチド合成中にキラル試薬から形成された生成物)の除去中に、支持体からのオリゴヌクレオチドの切断が少ないリンカーを提供する。一部の実施形態では、提供されるリンカーは、SPリンカーである。一部の実施形態では、本開示は、HF−NRなどのHF系錯体を利用して、キラル試薬(またはオリゴヌクレオチド合成中にキラル試薬から形成された生成物)の除去中の切断を制御できることを実証した。一部の実施形態では、HF−NRは、HF−NEtである。一部の実施形態では、HF−NRは、従来のリンカー、例えば、スクシニルリンカーの使用を可能にする。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの生成方法は、以下の非限定的な例に示されるものなどのDPSE型キラル補助基を使用する、少なくとも1つのサイクルを含む:
Figure 2020522510
脱トリチル化:
オリゴヌクレオチドの合成は、2’−F−U−DMTrをロードしたCPG固形支持体から始め、(トルエン中3%ジクロロ酢酸(DCA)を使用して固形支持体上に結合している最初の核酸塩基からジメトキシトリチル基(DMTr)を除去し、436nmの波長でのUV観察コマンドモードを続けた。脱トリチル化には424cm/時の線形流量を使用した。
カップリング:
カップリングステップについて、全てのアミダイトを、0.2Mの濃度で、アセトニトリル(ACN)または20%イソブチロニトリル(IBN)/ACNのいずれかに溶解し、溶液を、使用する4時間前に、モレキュラーシーブ(3Å)NLTで乾燥させた(10%、v/v)。二重活性化剤(CMIMT及びETT)カップリング法をオリゴヌクレオチドの製造に利用した。両方の活性化剤を0.6Mの濃度でACN中に溶解させた。CMIMTは、立体定義されたヌクレオチドの効率的なカップリングに使用されており、ETTは、ランダム/標準アミダイト/ヌクレオチドのカップリングに使用されている活性化剤である。立体定義されたヌクレオチドのカップリングのために、10分間のリサイクル時間(線形リサイクルモード、212cm/時)で、2.5当量のアミダイトを使用した。カップリングステップにおいて、CMIMT活性化剤と立体定義されたアミダイトとのモル比は、6.1:1(CMIMT/アミダイト=6.1/1)に維持した。全てのランダムアミダイトをETT活性化剤とともに8分間カップリングした。ETTとランダム/標準アミダイトのモル比は、4.5:1であった。
キャップ1:
キャップ1は、チオール化前に実施されるステップである。DPSE上の補助基アミンのキャッピングのために、1〜1.5 CVキャップB溶液を4分の接触時間で使用する。キャップB溶液によるDPSEキラル補助基のキャッピングは、初段階での失敗及びFLP後不純物の含有量を減らすのに役立つ。
チオール化:
キャップ1のステップに続いて、リントリエステル結合P(III)を、チオール化試薬のピリジン中0.2Mキサンタンヒドリド(XH)(0.6CV)により6分の接触時間で安定化させ、安定したP(V)結合を形成した。
酸化:
ここで、キャップ1のステップは、標準的なヌクレオチドサイクルには必要ないことに留意されたい。そのため、固形支持体上での標準ヌクレオチドのカップリング後、リントリエステル結合P(III)を、0.05Mのヨウ素/水/ピリジン溶液(3.5当量)により2分の接触時間で酸化し、安定したP(V)結合を形成した。
キャップ2(チオ後/酸素キャッピング):
概して、DMTr放出カチオンに基づいたカップリングステップでは、97〜100%のカップリング効率が観察された。欠失配列の形成を防ぐために、固形支持体上のカップリングしていない残存ヒドロキシル基(デトリットモニターによると典型的に1〜3%)を、キャップA及びキャップB溶液を0.4CVで使用して0.8分かけてブロッキングした。場合により、前キャッピングステップでキャッピングされずに残った任意の補助基アミンもこのステップでキャッピングされる。
サイクルの繰り返し
所望の長さのオリゴヌクレオチドが固形支持体上に合成されるまで、合成サイクル(DPSEサイクル=脱トリチル化→カップリング→キャップ1→チオール化→キャップ2及び標準サイクル=脱トリチル化→カップリング→酸化→キャップ2)を繰り返した。
一部の実施形態では、本開示は、選択された標的配列を指向するオリゴヌクレオチド組成物を製造するための方法を含み、当該方法は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含み、その各々が標的配列に相補的な塩基配列を有する、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を製造することを含む。一部の実施形態では、提供される方法は、薬学的許容可能な担体を提供することを更に含む。
当業者により認識されるように、提供されるオリゴヌクレオチドはまた、本開示に従って提供される試薬及び方法を使用して、公知の液相合成により調製することもできる。
非限定的な例として、提供されるオリゴヌクレオチドはまた、当分野に公知の任意のプロセス、例えば、限定されないが、以下に記載のものにより調製することができる:JP4348044、WO2005092909、USPN9394333、WO2011005761、USPN8470987、USPN8859755、USPN8822671、WO2013012758、EP13817386、WO2014012081、WO2015107425、WO2017015555、及びWO2017062862。
本明細書に開示される一本鎖オリゴヌクレオチドを含む二本鎖オリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含む、二本鎖オリゴヌクレオチドまたは分子を包含する。一部の実施形態では、本開示は、そのような二本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含む、二本鎖分子を包含し、例えば、当該分子の一方または両方の末端は、3’または5’オーバーハングを有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して完全に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含む、二本鎖分子を包含する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉を誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉を誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含し、例えば、RNA干渉を誘導する能力を有する当該分子の一方または両方の末端は、3’または5’オーバーハングを有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して完全に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉を誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して少なくとも部分的に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含し、例えば、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する当該分子の一方または両方の末端は、3’または5’オーバーハングを有する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるような一本鎖オリゴヌクレオチドと、それに対して完全に相補的な別のオリゴヌクレオチドとを含み、RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、二本鎖分子を包含する。
提供される第1のオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの任意の形式、構造的要素または塩基配列を有し得、第1のオリゴヌクレオチドに少なくとも部分的に相補的な第2のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド鎖を更に含むことができる。一部の実施形態では、第1及び/または第2のオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの任意の形式、構造的要素または塩基配列(またはオリゴヌクレオチドの塩基配列に対して少なくとも相補的な塩基配列)を含むことができる。一部の実施形態では、構造的要素は、5’末端構造、5’末端領域、5’ヌクレオチド、シード領域、ポストシード領域、3’末端領域、3’末端ジヌクレオチド、3’末端キャップ、もしくはこれらの構造のいずれかの任意の部分、GC含量、長いGCストレッチ、及び/または任意の修飾、化学、立体化学、修飾、化学もしくは立体化学のパターン、または追加の化学的部分(例えば、限定されないが、標的化部分、脂質部分、GalNAc部分、炭水化物部分などを含む)、任意の構成要素、または上記のいずれかの任意の組み合わせである。
生物学的用途
本明細書に記載される場合、提供される組成物及び方法は、転写産物の一本鎖RNA干渉を含む、ノックダウンを改善する能力を有する。一部の実施形態では、提供される組成物及び方法は、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件からのパターンである参照パターンと比較し、転写産物の一本鎖RNA干渉を改善する。改善は、任意の所望される生物学的機能の改善であり得る。
一部の実施形態では、本開示は、標的転写産物の一本鎖RNA干渉を改善する方法を提供し、当該方法は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含み、この場合において標的転写産物の一本鎖RNA干渉は、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較し、改善する。
一部の実施形態では、本開示は、標的の一本鎖RNA干渉を介在する方法を提供するものであり、当該方法は、以下のステップを含む:
組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で生成されたセットとは異なる一本鎖RNA干渉産物のセットが生成されるために充分な条件下で、標的転写産物を含む一本鎖RNA干渉系と、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を、ある期間、ある量で接触させる。
一部の実施形態では、本開示は、限定されないが、本開示に引用される参照文献中に記載される疾患を含む、疾患を治療または予防するための組成物及び方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供するものであり、当該オリゴヌクレオチドは:
1)転写産物中の標的配列に対し相補的な共通塩基配列を有し、及び
2)1個以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含み、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のRNAi媒介性ノックダウンを改善させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供するものであり、当該オリゴヌクレオチドは、以下により定義される特定のオリゴヌクレオチド型のものであり:
1)塩基配列、
2)骨格結合のパターン、
3)骨格キラル中心のパターン、及び
4)骨格リン修飾のパターン、
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して富化されているという点でキラル制御されており、この場合において:
当該オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のRNAi媒介性ノックダウンを改善させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、疾患は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供される組成物を投与することにより、修復、回復、または新たな有益な機能が導入され得る疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後、遺伝子転写産物の一本鎖RNA干渉系が改善されることにより当該遺伝子が効果的にノックダウンされる疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、がんである。
一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を含む共通塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することによる、疾患の治療方法を提供するものであり、そのヌクレオチド配列は、標的転写産物中の標的配列に対し相補的であり、
立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含む改善を提供するものであり、当該立体制御オリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNA干渉系において転写産物と接触されたとき、転写産物のRNAi媒介性ノックダウンを、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、改善させる、という点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、疾患は、がんである。
一部の実施形態では、疾患治療は、一本鎖RNA干渉系を改善することにより遺伝子機能のノックダウンを含む。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、標的mRNA転写産物を標的とする。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、細胞内の転写産物とハイブリダイズする能力を有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意の遺伝子の転写産物とハイブリダイズする。
障害の治療
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNase H介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョン、によって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ACVR2BまたはMSTN−Rを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、APOBを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、APOC3を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、FXI(第XI因子)を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、KRT14を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、MSTNを標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、PCSK9を標的とする。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、PNPLA3を標的とする。
一部の実施形態では、ACVR2Bは、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、以下としても知られている:ACVR2B、ACTRIIB、ActR−IIB、HTX4、アクチビンA2B型受容体、MSTN−R、ミオスタチン受容体、及びMSTN受容体;外部ID:OMIM:602730 MGI:87912 HomoloGene:863 GeneCards:ACVR2B;種:ヒト;Entrez:93;Ensembl:ENSG00000114739;UniProt:Q13705;RefSeq(mRNA):NM_001106;RefSeq(タンパク質):NP_001097;位置(UCSC):Chr 3:38.45−38.49Mb;種:マウス;Entrez:11481;Ensembl:ENSMUSG00000061393;UniProt:P27040;RefSeq(mRNA):NM_007397 NM_001313757;RefSeq(タンパク質):NP_031423.1 NP_001300686.1 NP_001300686 NP_031423;位置(UCSC):Chr 9:119.4−119.43Mb。ACVR2Bは、報告によれば、ミオスタチンの受容体である。ミオスタチンとこの受容体との間の相互作用は、報告によれば、Smad依存性経路を介して、骨格筋分化の抑制を制御する。したがって、報告によれば、ActRIIBに対するミオスタチンの結合を抑制または妨害すると、骨格筋の形成を誘導することができる。Smadの活性化を抑制するために、ActRIIBの機能を抑制、低下またはそれに拮抗する組成物は、報告によれば、骨格筋分化を誘導することができるので、例えば、当該組成物は、ACVR2B関連障害などの病理学的障害の治療に潜在的に有用である。Hilden et al.1994 Blood.83(8):2163−70、Ishikawa et al.1998 J.Hum.Genet.43(2):132−4、Attisano et al.1996 Mol.Cell.Biol.16(3):1066−73、De Winter et al.1996 Exp.Cell Res.224(2):323−34、Matsuzaki et al.2002 J.Biol.Chem.277(21):19008−18。
一部の実施形態では、ACVR2B関連障害は、ACVR2B遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、有害な突然変異、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。ACVR2B関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:筋骨格疾患もしくは障害;筋萎縮もしくはジストロフィー;コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、もしくはプレドニゾロンなどのグルココルチコイドによる治療、神経外傷による除神経、もしくは変性、代謝性もしくは炎症性ニューロパチー(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬物への暴露)の結果、もしくはミオトニーなどのミオパチーのいずれかの結果もしくはそれに関連する筋萎縮;ネマリンミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー及び筋細管(中心核)ミオパチーを含む先天性ミオパチー;ミトコンドリアミオパチー;家族性周期性麻痺;炎症性ミオパチー;グリコーゲンもしくは脂質蓄積症によって引き起こされるもののような代謝性ミオパチー;皮膚筋炎;多発性筋炎;封入体筋炎;骨化性筋炎;横紋筋融解症及びミオグロビン尿症;デュシェンヌ型、ベッカー型、筋強直性、顔面肩甲上腕型、エメリー・ドライフス型、眼咽頭筋型、肢帯型、肢帯型、福山型、先天性筋ジストロフィー、もしくは遺伝性遠位型ミオパチーなどの筋ジストロフィー症候群;骨粗鬆症、骨折、低身長、もしくは小人症;成人運動ニューロン疾患、乳児期脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多巣性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動ニューロパチー、脳卒中もしくは脊髄損傷に起因する麻痺、外傷、長期ベッド療養、随意不活動、不随意不活動に起因する骨格固定、代謝ストレスもしくは栄養不足、がん、AIDS、断食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下症、中心コア病、火傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、肝硬変などの例)、敗血症、腎不全、うっ血性心不全、加齢、宇宙旅行もしくは無重力環境での時間消費の結果またはそれに関連する筋萎縮;サルコペニア、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、及び加齢に伴う聴力損失;II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖症、及び肥満症を含む代謝障害;または急性及び/または慢性の腎疾患もしくは腎不全、肝線維症もしくは肝硬変、乳癌などのがん、パーキンソン病;悪液質、リウマチ様関節炎に伴う悪液質及びがんに伴う悪液質;ALS、脳萎縮、もしくは認知症及び貧血などの神経細胞死に関連する状態;または筋萎縮を引き起こす障害もしくは筋萎縮に関連する障害。
一部の実施形態では、APOBは、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、APOB、ApoB、FLDB、LDLCQ4、apoB−100、apoB−48、またはアポリポタンパク質B;OMIM:107730;MGI:88052;HomoloGene:328;GeneCards:338;またはヒトAPOB:Entrez 338;Ensembl ENSG00000084674;UniProt P04114;RefSeq(mRNA):NM_000384;RefSeq(タンパク質):NP_000375.2;位置(UCSC):Chr 2:21−21.04Mb;マウス:Entrez 238055;Ensembl ENSMUSG00000020609;UniProt E9Q414;RefSeq(mRNA):NM_009693;RefSeq(タンパク質):NP_033823.2;位置(UCSC):Chr 12:7.98−8.02Mbとしても知られている。一部の実施形態では、アポリポタンパク質Bは、報告によれば、カイロミクロン、VLDL(超低密度リポタンパク質)、IDL(中間密度リポタンパク質)、及びLDL(低密度リポタンパク質)粒子の主要なアポリポタンパク質である。APOBは、報告によれば、コレステロールを含む脂質を全身から全組織内の全細胞へ運搬する役割を担う。APOBは、報告によれば、これらの粒子の主要な組織化タンパク質成分であり、粒子の形成に必要である。LDL粒子のAPOBは、報告によれば、様々な細胞のLDL受容体のリガンドとして機能する。Lim et al.2011 Journal of Clinical Lipidology.5(4):264−272、Jacobson 2011 Mayo Clinic Proceedings.86(8):762−780、Carmena et al.2004 Circulation.109(23):III−2、McCormick et al.1996 The Journal of Biological Chemistry.271(20):11963−70、Farese et al.1995 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.92(5):1774−8、Chen et al.1986 Journal of Biological Chemistry.261(28):12918−12921、Peterson et al.2008 Cell Host&Microbe.4(6):507−9、Su et al.2009 Hepatology.50(1):77−84、McQueen et al.2008 Lancet.372(9634):224−33、Benn et al.2007 Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.27(3):661−70、Valdivielso et al.2009 Cardiovasc Diabetol.8:1、Malaguarnera et al.2013 Biomed Research International.2013(650989):650989、Zhang et al.2003 J.Biol.Chem.278(9):7459−68、Linnik et al.1998 J.Biol.Chem.273(33):21368−73、Khalil et al.2004 Arteriosclerosis,Thrombosis,and Vascular Biology.24(12):2211−2218、Tabas et al.2007 Circulation.116(16):1832−1844、Pontrelli et al.2004 Biochemistry.43(21):6734−6744、Powell et al.1987 Cell.50(6):831−40、Fujino et al.1999 Nucleic Acids Res.27(13):2662−71、及びLau et al.1991 J.Biol.Chem.266(30):20550−4。
一部の実施形態では、APOB関連障害は、APOB遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、有害な突然変異、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。APOB関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:アテローム性動脈硬化症、心疾患、無ベータリポタンパク血症、家族性高コレステロール血症、代謝障害、心血管疾患、脳卒中、冠動脈疾患(CAD)、冠状動脈性心疾患(CHD)、脂質異常症、HDL/LDLコレステロールの不均衡、高脂血症、家族性高脂血症(FCHL)、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、低ベータリポタンパク質血症、高コレステロール血症、脂質誘導性小胞体ストレス、糖尿病及びインスリン抵抗性。高レベルのAPOBは、報告によれば、心疾患、脳卒中及び他の多くの機能障害の症状である血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症)を引き起こすプラークの主な原因である。高レベルのAPOBは、報告によれば、心疾患に関係する。低ベータリポタンパク質血症は、報告によれば、APOB遺伝子の突然変異によって引き起こされ得る遺伝子障害である。無ベータリポタンパク血症は、報告によれば、通常、MTP遺伝子MTPの突然変異によって生じる。この遺伝子の突然変異は、報告によれば、代謝障害の高コレステロール血症の遺伝(常染色体優性)形式である家族性高コレステロール血症も引き起こすことがある。APOBの過剰産生は、報告によれば、肝臓における脂質誘導性小胞体ストレス及びインスリン抵抗性を引き起こす可能性がある。
一部の実施形態では、APOC3は、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、APOCIII、ApocIII、HALP2、アポリポタンパク質C3;OMIM:107720;MGI:88055;HomoloGene:81615;またはGeneCards:345;またはヒトAPOC3:Entrez 345;Ensembl:ENSG00000110245;UniProt:P02656;RefSeq(mRNA):NM_000040;RefSeq(タンパク質):NP_000031.1;位置(UCSC):Chr 11:116.83−116.83Mb;マウスEntrez 11814;Ensembl:ENSMUSG00000032081;UniProt:P33622;RefSeq(mRNA):NM_023114 NM_001289755 NM_001289756 NM_001289833;RefSeq(タンパク質):NP_001276685.1 NP_075603.1;位置(UCSC):Chr 9:46.23−46.24Mbとしても知られている。APOC3は、報告によれば、リポタンパク質リパーゼ及び肝性リパーゼを抑制し、トリグリセリドに富む粒子の肝臓への取り込みを阻害することが報告されている。APOC3レベルの上昇は、報告によれば、高トリグリセリド血症の発症を誘導する。科学論文では、報告によれば、脂質が豊富な条件下における、トリグリセリドに富むVLDL粒子の肝細胞からの組み立て及び分泌の促進におけるAPOC3の細胞内での役割が示唆されている。一方、ヒトAPOC3コード配列に天然に生じる2つの点突然変異、すなわちAla23Thr及びLys58Gluは、報告によれば、トリグリセリドに富むVLDL粒子の肝細胞からの細胞内組み立て及び分泌を消失させる。報告によれば、2つの新規感受性ハプロタイプ(特に、P2−S2−X1及びP1−S2−X1)が染色体11q23のApoAI−CIII−AIV遺伝子クラスターで発見されており、これらは、報告によれば、正常及び非インスリン真性糖尿病における冠状動脈性心疾患のリスクを約3倍高める。APOC3は、トリグリセリドに富む粒子異化作用を遅らせる。遺伝子変化研究で確認されたAPOC3の上昇は、患者を非アルコール性脂肪性肝疾患に罹りやすくする可能性がある。APOC3発現は、報告によれば、限定されないが、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症、トリグリセリド値の上昇、コレステロール値の上昇、遊離脂肪酸の上昇、及び糖尿病を含む様々な障害に関連している。Vaith et al.1978 Biochimica et Biophysica Acta.541(2):234−40、Nicolardi et al.2013 Journal of Proteome Research.12(5):2260−8、Mendivil et al.2010 Arteriosclerosis,Thrombosis,and Vascular Biology.30(2):239−45、Sundaram et al.2010 Journal of Lipid Research.51(1):150−161、Sundaram et al.2010 Journal of Lipid Research.51(6):1524−1534、Qin et al.Aug 2011 The Journal of Biological Chemistry.286(31):27769−27780、Singh et al.Nov 2008 International Journal of Cardiology.130(3):e93−5、Singh et al.Jun 2007 Diabetes&Vascular Disease Research.4(2):124−29。
一部の実施形態では、APOC3関連障害は、APOC3遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、有害な突然変異、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。一部の実施形態では、APOC3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:心疾患、アテローム性動脈硬化症、脂質異常症、トリグリセリド値の上昇(高トリグリセリド血症)、コレステロール値の上昇(高コレステロール血症)、心血管疾患、メタボリックシンドローム、肥満症及び糖尿病、早期慢性心疾患(CHD)、発疹状黄色腫、肝脾腫、膵炎、動脈瘤、狭心症、不整脈、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患(脳卒中)、高血圧、ならびに高脂血症。一部の実施形態では、APOC3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:高脂血症、I型糖尿病、II型真性糖尿病、特発性I型糖尿病(Ib型)、成人潜在性自己免疫性糖尿病(LADA)、早期発症性2型糖尿病(EOD)、若年発症性非定型糖尿病(YOAD)、若年発症成人型糖尿病(MODY)、栄養不良に関連する糖尿病、妊娠糖尿病、冠状動脈性心疾患、虚血性脳卒中、血管形成術後の再狭窄、末梢血管疾患、間欠性跛行、心筋梗塞、脂質異常症、食後脂肪血症、耐糖能異常(IGT)の状態、空腹時血漿グルコース障害の状態、代謝性アシドーシス、ケトン症、関節炎、肥満症、骨粗鬆症、高血圧、うっ血性心不全、左心室肥大、末梢性動脈疾患、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、白内障、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、慢性腎不全、糖尿病性ニューロパシー、メタボリックシンドローム、X症候群、月経前症候群、狭心症、血栓症、アテローム性動脈硬化症、一過性脳虚血発作、脳卒中、血管再狭窄、高血糖症、高インスリン血症、高トリグリセリド血症、インスリン抵抗性、グルコース代謝障害、勃起不全、皮膚及び結合組織障害、足部潰瘍及び潰瘍性大腸炎、内皮機能不全及び血管コンプライアンス低下、高アポBリポタンパク血症、アルツハイマー、統合失調症、認知障害、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)。門脈圧亢進症、肝タンパク質合成能力、高ビリルビン血症、または脳障害。脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝疾患、非アルコール性脂肪性肝炎、肝線維症を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、肝硬変を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、または肝硬変及び肝細胞癌を伴う非アルコール性脂肪性肝炎。
一部の実施形態では、APOC3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:高脂血症、I型糖尿病、II型真性糖尿病、特発性I型糖尿病(Ib型)、成人潜在性自己免疫性糖尿病(LADA)、早期発症性2型糖尿病(EOD)、若年発症性非定型糖尿病(YOAD)、若年発症成人型糖尿病(MODY)、栄養不良に関連する糖尿病、妊娠糖尿病、冠状動脈性心疾患、虚血性脳卒中、血管形成術後の再狭窄、末梢血管疾患、間欠性跛行、心筋梗塞、脂質異常症、食後脂肪血症、耐糖能異常(IGT)の状態、空腹時血漿グルコース障害の状態、代謝性アシドーシス、ケトン症、関節炎、肥満症、骨粗鬆症、高血圧、うっ血性心不全、左心室肥大、末梢性動脈疾患、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、白内障、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、慢性腎不全、糖尿病性ニューロパシー、メタボリックシンドローム、X症候群、月経前症候群、狭心症、血栓症、アテローム性動脈硬化症、一過性脳虚血発作、脳卒中、血管再狭窄、高血糖症、高インスリン血症、高トリグリセリド血症、インスリン抵抗性、グルコース代謝障害、勃起不全、皮膚及び結合組織障害、足部潰瘍及び潰瘍性大腸炎、内皮機能不全及び血管コンプライアンス低下、高アポBリポタンパク血症、アルツハイマー、統合失調症、認知障害、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)。
一部の実施形態では、APOC3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝疾患、非アルコール性脂肪性肝炎、肝線維症を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、肝硬変を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、または肝硬変及び肝細胞癌を伴う非アルコール性脂肪性肝炎。
一部の実施形態では、第XI因子は、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、以下としても知られている:F11、FXI、凝固第XI因子;外部ID:OMIM:264900 MGI:99481;HomoloGene:86654;GeneCards:F11;種:ヒト;Entrez:2160;Ensembl:ENSG00000088926;UniProt:P03951;RefSeq(mRNA):NM_000128 NM_019559;RefSeq(タンパク質):NP_000119;位置(UCSC):Chr 4:186.27−186.29Mb;種:マウス;Entrez:109821;Ensembl:ENSMUSG00000031645;UniProt:Q91Y47;RefSeq(mRNA):NM_028066;RefSeq(タンパク質):NP_082342.1 NP_082342;位置(UCSC):Chr 8:45.24−45.26Mb。第XI因子または血漿トロンボプラスチン前駆物質は、報告によれば、第XIa因子の酵素原形態であり、凝固カスケードの酵素の1つである。多くの他の凝固因子と同様に、報告によれば、セリンプロテアーゼである。第XI因子の欠乏は、報告によれば、まれな血友病Cを引き起こし、これは、主にアシュケナージ系ユダヤ人に発症し、その集団の約8%が罹患すると考えられている。あまり一般的ではないが、血友病Cは、報告によれば、イラク系ユダヤ人及びイスラエル系アラブ人で確認された。この状態は、報告によれば、他集団が症例の約1%であると記載されている。血友病Cは、報告によれば、常染色体劣性障害である。報告によれば、特発性出血はほとんどないが、外科的処置は過剰な失血をもたらすことがあり、予防が必要である。低レベルの第XI因子はまた、報告によれば、ヌーナン症候群を含む、他の多くの疾患状態を引き起こす。高レベルの第XI因子は、報告によれば、血栓症に関連する。Asakai et al.1987 Biochemistry.26(23):7221−8、Kato et al.1989 Cytogenetics and Cell Genetics.52(1−2):77−8、Fujikawa et al.1986 Biochemistry.25(9):2417−24、Bolton−Maggs 1996 Bailliere's Clinical Haematology.9(2):355−68、Buetow et al.1991 American Journal of Human Genetics.48(5):911−25、Emsley et al.2010 Blood.115(13):2569−77、Walsh 2001 Thrombosis and Haemostasis.86(1):75−82、及びWu et al.2008 The Journal of Biological Chemistry.283(27):18655−64。
一部の実施形態では、第XI因子関連障害は、第XI因子遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、有害な突然変異、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。第XI因子の過剰な活性、レベル及び/または発現もしくは異常分布に関連する第XI因子関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:血栓症、心筋梗塞、虚血性脳卒中、心房細動に起因する心原性脳塞栓症、血管アクセス血栓症、深部静脈血栓症、動脈血栓症、冠動脈血栓症、アテローム性動脈硬化症、関節炎、脈管炎、呼吸窮迫症候群、虚血性心疾患、虚血性脳疾患、肺塞栓症、手術または固定化による静脈血栓塞栓症、合成移植片、ステントまたは動静脈瘻、人工心臓弁、広汎性血管内凝固、血液透析、心房細動の血栓症及び閉塞症、敗血症、敗血症性ショック、臓器不全、腎不全、治療用タンパク質のin vivo投与によって誘発された毒性、多発性外傷、望ましくない局所的フィブリン沈着または虚血再灌流、成人呼吸窮迫時における肺胞のフィブリン沈着;心房細動、不安定狭心症、静脈血栓塞栓症、人工心臓弁、虚血性心疾患、虚血性脳疾患、人工血管、広汎性血管内凝固、敗血症、前立腺または整形外科手術。
一部の実施形態では、ケラチン14は、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、以下としても知られている:KRT、KRT14、CK14、EBS3、EBS4、K14、NFJ、ケラチン14、サイトケラチン−14(CK−14)またはケラチン−14(KRT14);外部ID:OMIM:148066;MGI:96688;HomoloGene:110439;GeneCards:KRT14;種:ヒト;Entrez:3861;Ensembl:ENSG00000186847;UniProt:P02533;RefSeq(mRNA):NM_000526;RefSeq(タンパク質):NP_000517;位置(UCSC):Chr 17:41.58−41.59Mb;種:マウス;Entrez:16664;Ensembl:ENSMUSG00000045545;UniProt:Q61781;RefSeq(mRNA):NM_016958 NM_001313956 NM_001313957;RefSeq(タンパク質):NP_001300886.1 NP_058654.1 NP_001300885 NP_001300886 NP_058654;位置(UCSC):Chr 11:100.2−100.21Mb。ケラチン14は、報告によれば、中間体フィラメントタンパク質のI型ケラチンファミリーのメンバーである。ケラチン14は、初めて決定されたI型ケラチン配列であった。ケラチン14は、報告によれば、通常、II型ケラチン5とのヘテロ二量体として認められ、上皮細胞の細胞骨格を形成する。これらのケラチンの遺伝子における突然変異は、報告によれば、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症に関連し、これらは、いずれも常染色体優性突然変異である。Coulombe et al.1991 Cell.66(6):1301−11、Hanukoglu et al.1982 Cell.31(1):243−52、Lugassy et al.2006 American Journal of Human Genetics.79(4):724−30、Schweizer et al.2006 The Journal of Cell Biology.174(2):169−74。
一部の実施形態では、ケラチン14関連障害は、ケラチン14遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。ケラチン14関連障害の非限定的な例としては、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症が挙げられる。
一部の実施形態では、ミオスタチンまたはMSTNは、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、MSTN、増殖分化因子8、GDF8、MSLHP、ミオスタチン;外部ID OMIM:601788 MGI:95691 HomoloGene:3850 GeneCards:MSTN.種:ヒト;Entrez:2660;Ensembl:ENSG00000138379;UniProt:O14793;RefSeq(mRNA):NM_005259;RefSeq(タンパク質):NP_005250;位置(UCSC):Chr 2:190.06−190.06Mb;種:マウス;Entrez:17700;Ensembl:ENSMUSG00000026100;UniProt:O08689;RefSeq(mRNA):NM_010834;RefSeq(タンパク質):NP_034964.1 NP_034964;位置(UCSC):Chr 1:53.06−53.07Mbとしても知られている。ミオスタチンは、報告によれば、筋細胞によって産生及び放出されるミオカインであり、筋細胞のオートクライン機能に作用して筋発生または筋細胞の成長及び分化を阻害する。ミオスタチンは、報告によれば、TGFベータタンパク質ファミリーのメンバーの分泌型成長分化因子である。ミオスタチンを欠乏する動物またはミオスタチンの活性を遮断する物質で処置した動物はいずれも、報告によれば、筋肉量が有意に多い。更に、ミオスタチン遺伝子の両コピーに突然変異を有する個体は、報告によれば、筋肉量が有意に多く、正常よりも強い。ミオスタチンを減少または阻害するオリゴヌクレオチドなどの組成物は、報告によれば、限定されないが、筋ジストロフィーまたは筋萎縮などの筋消耗疾患を含む、ミオスタチン関連障害の治療に治療適用があり得る。Gonzalez−Cadavid et al.1998 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.95(25):14938−43、Carnac et al.2006 Mini Reviews in Medicinal Chemistry.6(7):765−70、Joulia−Ekaza et al.2007 Current Opinion in Pharmacology.7(3):310−5、Tsuchida 2008 Current Opinion in Drug Discovery&Development.11(4):487−94、McPherron et al.1997 Nature.387(6628):83−90、Kambadur et al.1997 Genome Research.7(9):910−16、Clop et al.2006 Nature Genetics.38(7):813−18、Mosher et al.2007 PLoS Genetics.3(5):e79。
一部の実施形態では、ミオスタチン関連障害またはミオスタチン(MSTN)関連障害は、ACVR2B遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、有害な突然変異、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。ACVR2B関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:筋骨格疾患もしくは障害;筋萎縮もしくはジストロフィー;コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、もしくはプレドニゾロンなどのグルココルチコイドによる治療、神経外傷による除神経、もしくは変性、代謝性もしくは炎症性ニューロパチー(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬物への暴露)の結果、もしくはミオトニーなどのミオパチーのいずれかの結果もしくはそれに関連する筋萎縮;ネマリンミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー及び筋細管(中心核)ミオパチーを含む先天性ミオパチー;ミトコンドリアミオパチー;家族性周期性麻痺;炎症性ミオパチー;グリコーゲンもしくは脂質蓄積症によって引き起こされるもののような代謝性ミオパチー;皮膚筋炎;多発性筋炎;封入体筋炎;骨化性筋炎;横紋筋融解症及びミオグロビン尿症;デュシェンヌ型、ベッカー型、筋強直性、顔面肩甲上腕型、エメリー・ドライフス型、眼咽頭筋型、肢帯型、肢帯型、福山型、先天性筋ジストロフィー、もしくは遺伝性遠位型ミオパチーなどの筋ジストロフィー症候群;骨粗鬆症、骨折、低身長、もしくは小人症;成人運動ニューロン疾患、乳児期脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多巣性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動ニューロパチー、脳卒中もしくは脊髄損傷に起因する麻痺、外傷、長期ベッド療養、随意不活動、不随意不活動に起因する骨格固定、代謝ストレスもしくは栄養不足、がん、AIDS、断食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下症、中心コア病、火傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、肝硬変などの例)、敗血症、腎不全、うっ血性心不全、加齢、宇宙旅行もしくは無重力環境での時間消費の結果またはそれに関連する筋萎縮;サルコペニア、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、及び加齢に伴う聴力損失;II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖症、及び肥満症を含む代謝障害;または急性及び/または慢性の腎疾患もしくは腎不全、肝線維症もしくは肝硬変、乳癌などのがん、パーキンソン病;悪液質、リウマチ様関節炎に伴う悪液質及びがんに伴う悪液質;ALS、脳萎縮、もしくは認知症及び貧血などの神経細胞死に関連する状態;または筋萎縮を引き起こす障害もしくは筋萎縮に関連する障害。
一部の実施形態では、PCSK9は、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、以下としても知られている:PCSK9、プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型FH3、HCHOLA3、LDLCQ1、NARC−1、NARC1、PC9;外部ID:MGI:2140260;HomoloGene:17790;GeneCards:PCSK9;種:ヒト;Entrez:255738;Ensembl:ENSG00000169174;UniProt:Q8NBP7;RefSeq(mRNA):NM_174936;RefSeq(タンパク質):NP_777596;位置(UCSC):Chr 1:55.04−55.06Mb;種:マウス;Entrez:100102;Ensembl:ENSMUSG00000044254;UniProt:Q80W65;RefSeq(mRNA):NM_153565;RefSeq(タンパク質):NP_705793.1 NP_705793;位置(UCSC):Chr 4:106.44−106.46Mb。プロタンパク転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9)は、報告によれば、ヒトでは、染色体1のPCSK9遺伝子によってコードされている酵素である。PCSK9は、多くの組織及び細胞種に遍在的に発現している。PCSK9は、報告によれば、典型的に1粒子当たり3,000〜6,000個の脂肪分子(コレステロールを含む)を細胞外液内で輸送する低密度リポタンパク質粒子(LDL)の受容体に結合する。肝臓及び他の細胞膜上のLDL受容体(LDLR)は、報告によれば、LDL粒子に結合して、細胞外液から細胞へのLDL粒子の摂取を開始し、これにより、LDL粒子濃度が低下する。一方、報告によれば、PCSK9がLDLRに結合している場合、LDLR及びLDL粒子の組み合わせの摂取後、受容体は、分解され、細胞膜表面にリサイクリングされず、LDL粒子に結合し、これを摂取することがなくなる。PCSK9が遮断されると、報告によれば、より多くのLDLRがリサイクリングされ、細胞表面上に存在することになり、LDL粒子を細胞外液から除去する。したがって、PCSK9の遮断は、血中LDL粒子濃度を低くすることができる。PCSK9は、報告によれば、ペプチド鎖の一部がその活性を遮断するため、最初に合成されたときには不活性であるとされ、プロタンパク転換酵素がその部分を除去して酵素を活性化させる。PCSK9は、報告によれば、リポタンパク質の恒常性に作用するため、医学的に重要である。PCSK9を遮断する薬剤は、報告によれば、LDL粒子濃度を下げる可能性を持つ。Kazi et al.2016 JAMA.316(7):743−753、Mega et al.2015 Lancet.385(9984):2264−71、Bottomley et al.2009 The Journal of Biological Chemistry.284(2):1313−23、Doggrell et al.2015 Expert Opinion on Biological Therapy.15(12):1671−5、Everett et al.2015 The New England Journal of Medicine.373(17):1588−91、Gustafsen et al.2014 Cell Metabolism.19(2):310−8、Joseph et al.2015 Progress in Cardiovascular Diseases.58(1):19−31、Kwon et al.2008 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.105(6):1820−5、Le May et al.2009 Arteriosclerosis,Thrombosis,and Vascular Biology.29(5):684−90、Lo Surdo et al.2011 EMBO Reports.12(12):1300−5、Piper et al.2007 Structure.15(5):545−52、Rashid et al.2014 Circulation.130(5):431−41、Weinreich et al.2014 Cardiology in Review.22(3):140−6、Seidah et al.2003 Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.100(3):928−33、Zhang et al.2007 J Biol.Chem.282:18602−18612、Du et al.2011 The Journal of Biological Chemistry.286(50):43054−61、Norata et al.2014 Annual Review of Pharmacology and Toxicology.54:273−93、Lagace 2014 Current Opinion in Lipidology.25(5):387−93、Bergeron et al.2015 Circulation.132(17):1648−66。
一部の実施形態では、PCSK9関連障害は、PCSK9遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。PCSK9関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、PNPLA3は、遺伝子、またはその遺伝子産物(限定されないが、転写産物またはタンパク質を含む)であり、以下としても知られている:PNPLA3、アディポヌトリン、ADPN、C22orf20、アシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼまたはカルシウム非依存性ホスホリパーゼA2−イプシロン、iPLA(2)イプシロン、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有3;外部ID:MGI:2151796;HomoloGene:11883;GeneCards:PNPLA3;種;ヒト:Entrez;80339;Ensembl;ENSG00000100344;UniProt;Q9NST1;RefSeq(mRNA);NM_025225;RefSeq(タンパク質);NP_079501;位置(UCSC);Chr 22:43.92−43.96Mb;種;マウス:Entrez;116939;Ensembl;ENSMUSG00000041653;UniProt;Q91WW7;RefSeq(mRNA);NM_054088;RefSeq(タンパク質);NP_473429.2 NP_473429;位置(UCSC);Chr 15:84.17−84.19Mb。アディポヌトリン(ADPN)、アシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼまたはカルシウム非依存性ホスホリパーゼA2−イプシロン(iPLA2−イプシロン)としても知られるパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質3(PNPLA3)は、報告によれば、ヒトでは、PNPLA3遺伝子によってコードされる酵素である。PNPLA3は、パタチン様ホスホリパーゼファミリーに属する481アミノ酸のタンパク質である。このファミリーの前駆物質であるパタチンは、報告によれば、バレイショ塊茎の主なタンパク質であり、非特異的な脂質アシル加水分解酵素活性を有する。PNPLA3(パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有3)のバリアント(I148M)は、報告によれば、肝臓の脂肪レベルの増加及び肝臓炎症に強い関連があった。PNPLA3−1148Mのマーカーは、報告によれば、SNPrs738409である。PNPLA3−I148Mと肝臓脂肪量との関連は、報告によれば、BMI、糖尿病状態、エタノールの使用、ならびに世界及び地域の系統について調整した後でも、有意に高いままであり、3つの全民族群における肝臓TG量の有意な上昇に関連した。PNPLA3−I148Mアレルの頻度は、報告によれば、3つの民族群におけるNAFLDの相対罹患率を反映しており、最も高い頻度はヒスパニック系(0.49)であり、欧米人(0.23)及びアフリカ系アメリカ人(0.17)で観察された頻度は低かった。Collins et al.2003 Genome Res.13(1):27−36、Collins et al.2005 Genome Biol.5(10):R84、Dunham et al.1999 Nature.402(6761):489−95、Gerhard et al.2004 Genome Res.14(10B):2121−7、Jenkins et al.2005 J.Biol.Chem.279(47):48968−75、Kienesberger et al.2009 J.Lipid Res.50 Suppl.:S63−8、Lake et al.2006 J.Lipid Res.46(11):2477−87、Liu et al.2004 J.Clin.Endocrinol.Metab.89(6):2684−9、Strausberg et al.2003 Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99(26):16899−903、Wilson et al.2006 J Lipid Res.47(9):1940−9。
一部の実施形態では、PNPLA3関連障害は、PNPLA3遺伝子またはその遺伝子産物の異常もしくは過剰な活性、レベル及び/または発現、または異常な組織もしくは細胞内もしくは細胞間分布に関連、起因及び/または附随する障害である。PNPLA3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:肝疾患、脂肪肝(例えば、肝臓における脂肪の蓄積、または肝臓脂肪の増加もしくは過剰)、肝臓脂肪症(例えば、単純脂肪肝)、脂肪性肝炎、肝炎、非アルコール性脂肪性肝疾患(例えば、NAFLD)、及び/または肝疾患に関連または続発する1つ以上の疾患及び/または1つ以上の症状もしくは状態、例えば、限定されないが、炎症、肝細胞の破壊(例えば、肝細胞の壊死)、肝臓の瘢痕化(例えば、線維症)、肝臓の不可逆的な進行性瘢痕化(例えば、肝硬変)、インスリン抵抗性、糖尿病、脂質異常症、ヘッジホッグ(Hh)シグナル伝達経路のタンパク質活性増大、疲労、虚弱、悪心、腹痛、クモ様血管、黄疸、掻痒、浮腫、腹水、精神錯乱、肥満症、肝細胞癌。
一部の実施形態では、PNPLA3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:高脂血症、I型糖尿病、II型真性糖尿病、特発性I型糖尿病(Ib型)、成人潜在性自己免疫性糖尿病(LADA)、早期発症性2型糖尿病(EOD)、若年発症性非定型糖尿病(YOAD)、若年発症成人型糖尿病(MODY)、栄養不良に関連する糖尿病、妊娠糖尿病、冠状動脈性心疾患、虚血性脳卒中、血管形成術後の再狭窄、末梢血管疾患、間欠性跛行、心筋梗塞、脂質異常症、食後脂肪血症、耐糖能異常(IGT)の状態、空腹時血漿グルコース障害の状態、代謝性アシドーシス、ケトン症、関節炎、肥満症、骨粗鬆症、高血圧、うっ血性心不全、左心室肥大、末梢性動脈疾患、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、白内障、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、慢性腎不全、糖尿病性ニューロパシー、メタボリックシンドローム、X症候群、月経前症候群、狭心症、血栓症、アテローム性動脈硬化症、一過性脳虚血発作、脳卒中、血管再狭窄、高血糖症、高インスリン血症、高トリグリセリド血症、インスリン抵抗性、グルコース代謝障害、勃起不全、皮膚及び結合組織障害、足部潰瘍及び潰瘍性大腸炎、内皮機能不全及び血管コンプライアンス低下、高アポBリポタンパク血症、アルツハイマー、統合失調症、認知障害、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)。
一部の実施形態では、PNPLA3関連障害の非限定的な例としては、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝疾患、非アルコール性脂肪性肝炎、肝線維症を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、肝硬変を伴う非アルコール性脂肪性肝炎、または肝硬変及び肝細胞癌を伴う非アルコール性脂肪性肝炎が挙げられる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、特定の遺伝子または遺伝子産物に関連する障害を治療するために使用することができ、またはその薬剤を製造するために使用することができる。本開示は、ACVR2Bを標的とする能力を有し、ACVR2B関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、APOBを標的とする能力を有し、APOB関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、APOC3を標的とする能力を有し、APOC3関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、FXI(第XI因子)を標的とする能力を有し、FXI(第XI因子)関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、KRTまたはKRT14を標的とする能力を有し、KRTまたはKRT14関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、ミオスタチン(MSTN)を標的とする能力を有し、ミオスタチン(MSTN)関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、PCSK9を標的とする能力を有し、PCSK9関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。本開示は、PNPLA3を標的とする能力を有し、PNPLA3関連障害の治療及び/またはその治療薬の製造に有用である、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の塩基配列は、特定の塩基配列を基準として特定の最大数のミスマッチを有する塩基配列を含み得るか、またはそれらからなり得る。
ACVR2B関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチド(例えば、ACVR2B標的配列またはACVR2B標的配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド)に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2Bの標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、RNase H及び/またはRNA干渉によって介在される、ACVR2Bの標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。ACVR2Bを標的とする能力を有するそのような様々なオリゴヌクレオチドが本明細書に開示される。
一部の実施形態では、ACVR2B関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:筋骨格疾患もしくは障害;筋萎縮もしくはジストロフィー;コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、もしくはプレドニゾロンなどのグルココルチコイドによる治療、神経外傷による除神経、もしくは変性、代謝性もしくは炎症性ニューロパチー(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬物への暴露)の結果、もしくはミオトニーなどのミオパチーのいずれかの結果もしくはそれに関連する筋萎縮;ネマリンミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー及び筋細管(中心核)ミオパチーを含む先天性ミオパチー;ミトコンドリアミオパチー;家族性周期性麻痺;炎症性ミオパチー;グリコーゲンもしくは脂質蓄積症によって引き起こされるもののような代謝性ミオパチー;皮膚筋炎;多発性筋炎;封入体筋炎;骨化性筋炎;横紋筋融解症及びミオグロビン尿症;デュシェンヌ型、ベッカー型、筋強直性、顔面肩甲上腕型、エメリー・ドライフス型、眼咽頭筋型、肢帯型、肢帯型、福山型、先天性筋ジストロフィー、もしくは遺伝性遠位型ミオパチーなどの筋ジストロフィー症候群;骨粗鬆症、骨折、低身長、もしくは小人症;成人運動ニューロン疾患、乳児期脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多巣性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動ニューロパチー、脳卒中もしくは脊髄損傷に起因する麻痺、外傷、長期ベッド療養、随意不活動、不随意不活動に起因する骨格固定、代謝ストレスもしくは栄養不足、がん、AIDS、断食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下症、中心コア病、火傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、肝硬変などの例)、敗血症、腎不全、うっ血性心不全、加齢、宇宙旅行もしくは無重力環境での時間消費の結果またはそれに関連する筋萎縮;サルコペニア、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、及び加齢に伴う聴力損失;II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖症、及び肥満症を含む代謝障害;または急性及び/または慢性の腎疾患もしくは腎不全、肝線維症もしくは肝硬変、乳癌などのがん、パーキンソン病;悪液質、リウマチ様関節炎に伴う悪液質及がんに伴う悪液質;ALS、脳萎縮、もしくは認知症及び貧血などの神経細胞死に関連する状態;または筋萎縮を引き起こす障害もしくは筋萎縮に関連する障害。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドを細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドに接触させることを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドのin vivo送達のための方法であって、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを哺乳類に投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、ACVR2B関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、ACVR2B関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるACVR2B発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドと接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、ACVR2B遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるACVR2B遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。一部の実施形態では、ACVR2B発現は、少なくとも30%阻害される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ACVR2B関連障害を治療するために対象において使用するための、ACVR2Bを標的とするオリゴヌクレオチドを含む化合物に関する。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤の投与を受ける。一部の実施形態では、第2の薬剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ACVR2Bを標的とする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
APOB関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に関する。APOBに対する様々な一本鎖RNAi剤が本明細書に開示される。
一部の実施形態では、本開示は、APOB関連障害の治療に関する。一部の実施形態では、APOB関連障害は、代謝障害、心血管疾患、アテローム性動脈硬化症、脳卒中、心疾患、冠動脈疾患(CAD)、冠状動脈性心疾患(CHD)、脂質異常症、HDL/LDLコレステロールの不均衡、高脂血症、家族性高脂血症(FCHL)、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、低ベータリポタンパク質血症、高コレステロール血症、脂質誘導性小胞体ストレス、糖尿病及びインスリン抵抗性から選択される。
一部の実施形態では、本開示は、APOB遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に接触させることを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOB遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOB遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤のin vivo送達のための方法であって、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を哺乳類に投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、トリグリセリドレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、トリグリセリドレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、コレステロールレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、コレステロールレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるAPOB発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、APOB遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるAPOB遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。
一部の実施形態では、APOB発現は、少なくとも30%阻害される。
一部の実施形態では、本開示は、APOB発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。
一部の実施形態では、障害は、トリグリセリドレベルの上昇である。
一部の実施形態では、障害は、トリグリセリドレベルが150mg/dL超または500mg/dL超である。
一部の実施形態では、投与は、リポタンパク質リパーゼ及び/または肝性リパーゼの活性の増大をもたらす。
一部の実施形態では、本開示は、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を糖尿病患者に投与することを含み、それにより、末梢インスリン感受性を改善する、末梢インスリン感受性を改善する方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理されたII型糖尿病の対象に投与すること、及びAPOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、末梢インスリン感受性を改善する、末梢インスリン感受性を改善する方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、糖尿病の対象に投与すること、及びAPOBオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、遊離脂肪酸を減少させる、遊離脂肪酸を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理された糖尿病の対象に投与すること、及びAPOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、遊離脂肪酸を減少させる、遊離脂肪酸を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、糖尿病の対象に投与すること、及びAPOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理された糖尿病の対象に投与すること、及びAPOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を対象に投与することを含み、それにより、対象の脂質プロファイルを改善する、対象の脂質プロファイルを改善する方法に関し、ここで、遊離脂肪酸、トリグリセリド、非HDL−C、VLDL−C、VLDL、LDL、IDL及びLDL−C及び/またはHDL−Cのレベルに乱れがある。
一部の実施形態では、対象は、一定用量のメトホルミンを服用している。
一部の実施形態では、本開示は、末梢インスリン感受性の改善、遊離脂肪酸の減少、筋細胞内のトリグリセリド蓄積の減少、脂質プロファイルの改善、及び/または糖尿病プロファイルの改善を行うために対象において使用される、APOBに対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む化合物に関する。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤の投与を受ける。
一部の実施形態では、第2の薬剤は、APOB低下剤、コレステロール低下剤、非HDL脂質低下剤、LDL低下剤、TG低下剤、コレステロール低下剤、HDL上昇剤、魚油、ナイアシン、フィブラート、スタチン、DCCR(ジアゾキシドの塩)、グルコース低下剤または抗糖尿病剤から選択される。
APOC3関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に関する。APOC3に対する様々な一本鎖RNAi剤が本明細書に開示される。
APOC3発現は、報告によれば、限定されないが、以下を含む様々な障害に関連している:アテローム性動脈硬化症または脂質異常症、トリグリセリド値の上昇、コレステロール値の上昇、遊離脂肪酸の上昇、及び糖尿病。一部の実施形態では、本開示は、APOC3関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤に接触させることを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤のin vivo送達のための方法であって、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を哺乳類に投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、トリグリセリドレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示の方法は、高脂血症、I型糖尿病、II型真性糖尿病、特発性I型糖尿病(Ib型)、成人潜在性自己免疫性糖尿病(LADA)、早期発症性2型糖尿病(EOD)、若年発症性非定型糖尿病(YOAD)、若年発症成人型糖尿病(MODY)、栄養不良に関連する糖尿病、妊娠糖尿病、冠状動脈性心疾患、虚血性脳卒中、血管形成術後の再狭窄、末梢血管疾患、間欠性跛行、心筋梗塞、脂質異常症、食後脂肪血症、耐糖能異常(IGT)の状態、空腹時血漿グルコース障害の状態、代謝性アシドーシス、ケトン症、関節炎、肥満症、骨粗鬆症、高血圧、うっ血性心不全、左心室肥大、末梢性動脈疾患、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、白内障、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、慢性腎不全、糖尿病性ニューロパシー、メタボリックシンドローム、X症候群、月経前症候群、狭心症、血栓症、アテローム性動脈硬化症、一過性脳虚血発作、脳卒中、血管再狭窄、高血糖症、高インスリン血症、高トリグリセリド血症、低密度リポタンパク質(LDL)コレステロールレベルの上昇(高コレステロール血症)、インスリン抵抗性、グルコース代謝障害、勃起不全、皮膚及び結合組織障害、足部潰瘍及び潰瘍性大腸炎、内皮機能不全及び血管コンプライアンス低下、高アポBリポタンパク血症、アルツハイマー、統合失調症、認知障害、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)のヒトにおける治療用であり、ここで、方法は、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与することを含む。
一部の実施形態では、方法は、門脈圧亢進症、肝タンパク質合成能力、高ビリルビン血症、または脳障害を低減し、ここで、方法は、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与することを含む。
本開示はまた、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与するヒトにおける、非アルコール性脂肪性肝疾患もしくは非アルコール性脂肪性肝炎の評価スコアリングシステムの重症度の少なくとも1点の減点、非アルコール性脂肪性肝炎活性の血清マーカーレベルの低下、非アルコール性脂肪性肝炎疾患活性の低下、または非アルコール性脂肪性肝炎の医学的結果の低減の治療のための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、アテローム性動脈硬化症または脂質異常症の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、トリグリセリドレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、コレステロールレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、コレステロールレベルを低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるAPOC3発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、APOC3遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるAPOC3遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。
一部の実施形態では、APOC3発現は、少なくとも30%阻害される。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。
一部の実施形態では、障害は、トリグリセリドレベルの上昇である。
一部の実施形態では、障害は、トリグリセリドレベルが150mg/dL超または500mg/dL超である。
一部の実施形態では、投与は、リポタンパク質リパーゼ及び/または肝性リパーゼの活性の増大をもたらす。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を糖尿病患者に投与することを含み、それにより、末梢インスリン感受性を改善する、末梢インスリン感受性を改善する方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理されたII型糖尿病の対象に投与すること、及びAPOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、末梢インスリン感受性を改善する、末梢インスリン感受性を改善する方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、糖尿病の対象に投与すること、及びAPOC3オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、遊離脂肪酸を減少させる、遊離脂肪酸を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理された糖尿病の対象に投与すること、及びAPOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、遊離脂肪酸を減少させる、遊離脂肪酸を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、糖尿病の対象に投与すること、及びAPOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、中等度に管理された糖尿病の対象に投与すること、及びAPOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を投与することを含み、それにより、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる、筋細胞内のトリグリセリド蓄積を減少させる方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を対象に投与することを含む、対象の糖尿病プロファイルを改善する方法に関し、ここで、インスリン感受性指数、グルコース処理速度、グルコースMCR、グルコース代謝:インスリン比が改善し、遊離脂肪酸、トリグリセリド、非HDL−C、VLDL−C、APOC3含有VLDL、APOB及びLDL−Cが減少し、HDL−Cが増加し、それにより、対象の糖尿病プロファイルを改善する。
一部の実施形態では、対象は、一定用量のメトホルミンを服用している。
一部の実施形態では、本開示は、末梢インスリン感受性の改善、遊離脂肪酸の減少、筋細胞内のトリグリセリド蓄積の減少、脂質プロファイルの改善、及び/または糖尿病プロファイルの改善を行うために対象において使用される、APOC3に対するオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む化合物に関する。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤(例えば、追加の治療薬)の投与を受ける。
一部の実施形態では、第2の薬剤は、APOC3低下剤、コレステロール低下剤、非HDL脂質低下剤、LDL低下剤、TG低下剤、コレステロール低下剤、HDL上昇剤、魚油、ナイアシン、フィブラート、スタチン、DCCR(ジアゾキシドの塩)、グルコース低下剤または抗糖尿病剤から選択される。
本開示のオリゴヌクレオチドは、単独で、または1つ以上の追加の治療薬と組み合わせて投与することができる。「組み合わせて投与される」または「併用療法」とは、本開示のオリゴヌクレオチド及び1つ以上の追加の治療薬が、治療される哺乳類に同時投与されることを意味する。組み合わせて投与される場合、各構成要素は、同時に投与されてもよいし、異なる時点で任意の順序で逐次投与されてもよい。したがって、各構成要素は、別々に投与されてもよいが、所望の治療効果が得られるように十分に近い時間内に投与され得る。そのため、本明細書に記載される組成物ならびに予防及び治療の方法は、組み合わせ剤の使用を含む。
組み合わせ剤は、治療上有効な量で哺乳類に投与される。「治療上有効な量」とは、単独または追加の治療薬と組み合わせて哺乳類に投与した場合、所望の疾患/状態(例えば、肥満症、糖尿病、及び心血管病態)を治療するのに十分な本開示のオリゴヌクレオチドの量を意味する。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、抗炎症性剤、抗糖尿病剤、及びコレステロール/脂質調整剤から選択される追加の医薬品と組み合わせて投与され得る。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、以下から選択される追加の医薬品と組み合わせて投与され得る:アセチル−CoAカルボキシラーゼ−(ACC)阻害剤、ジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ1(DGAT−1)阻害剤、ジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ2(DGAT−2)阻害剤、モノアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ(PDE)−10阻害剤、AMPK活性化剤、スルホニル尿素、メグリチニド、α−アミラーゼ阻害剤、α−グルコシドヒドロラーゼ阻害剤、α−グルコシダーゼ阻害剤、PPARγアゴニスト、PPARα/γアゴニスト、ビグアニド、グルカゴン様ペプチド1(GLP−1)調節剤、リラグルチド、アルビグルチド、エキセナチド、アルビグルチド、リキシセナチド、デュラグルチド、セマグルチド、タンパク質チロシンホスファターゼ−1B(PTP−1B)阻害剤、SIRT−1活性化剤、ジペプチジルペプチダーゼIV(DPP−IV)阻害剤、インスリン分泌促進剤、脂肪酸酸化阻害剤、A2アンタゴニスト、c−junアミノ末端キナーゼ(JNK)阻害剤、グルコキナーゼ活性化剤(GKa)、インスリン、インスリン模倣剤、グリコーゲンホスホリラーゼ阻害剤、VPAC2受容体アゴニスト、SGLT2阻害剤、グルカゴン受容体調節剤、GPR119調節剤,FGF21誘導体もしくはアナログ、TGR5受容体調節剤、GPBAR1受容体調節剤、GPR40アゴニスト、GPR120調節剤、高親和性ニコチン酸受容体(HM74A)活性化剤、SGLT1阻害剤、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ酵素の阻害剤もしくは調節剤、フルクトース1,6−ジホスファターゼの阻害剤、アルドースレダクターゼの阻害剤、ミネラルコルチコイド受容体阻害剤、TORC2の阻害剤、CCR2及び/またはCCR5の阻害剤、PKCアイソフォーム(例えば、PKCα、PKCβ、PKCγ)の阻害剤、脂肪酸シンテターゼの阻害剤、セリンパルミトイルトランスフェラーゼの阻害剤、GPR81、GPR39、GPR43、GPR41、GPR105、Kv1.3、レチノール結合タンパク質4、グルココルチコイド受容体、ソマトスタイン受容体の調節剤、PDHK2もしくはPDHK4の阻害剤もしくは調節剤、MAP4K4の阻害剤、IL1ベータを含むIL1ファミリーの調節剤、HMG−CoAレダクターゼ阻害剤、スクアレンシンテターゼ阻害剤、フィブラート、胆汁酸隔離剤、ACAT阻害剤、MTP阻害剤、リポオキシゲナーゼ阻害剤、コエステロール吸収阻害剤、PCSK9調節剤、コレステリルエステル転移タンパク質阻害剤ならびにRXRアルファの調節剤。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、以下から選択される追加の医薬品と組み合わせて投与され得る:システアミンもしくはその薬学的許容可能な塩、シスタミンもしくはその薬学的許容可能な塩、抗酸化化合物、レシチン、ビタミンB複合体、胆汁塩製剤、カンナビノイド−1(CB1)受容体のアンタゴニスト、カンナビノイド−1(CB1)受容体のインバースアゴニスト、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体)活性制御剤、ベンゾチアゼピンもしくはベンゾチエピン化合物、タンパク質チロシンホスファターゼPTPRUを阻害するRNAアンチセンス構築物、ヘテロ原子様置換ピペリジン及びその誘導体、ステアロイル補酵素アルファデルタ−9デサチュラーゼを阻害する能力を有するアザシクロペンタン誘導体、アディポネクチンの分泌促進活性もしくは誘導活性を有するアシルアミド化合物、第四級アンモニウム化合物、グラチラマー酢酸塩、ペントラキシンタンパク質、HMG−CoAレダクターゼ阻害剤、n−アセチルシステイン、イソフラボン化合物、マクロライド抗生物質、ガレクチン阻害剤、抗体、またはそれらの任意の組み合わせ。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)及び/または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)の治療薬(すなわち、抗NASH剤及び抗NAFLD剤)、例えば、オルリスタット、TZD及び他のインスリン抵抗性改善剤、FGF21アナログ、メトホルミン、オメガ3酸エチルエステル(例えば、Lovaza)、フィブラート、HMG CoA−レダクターゼ阻害剤、エジチムブ、プロブコール、ウルソデオキシコール酸、TGR5アゴニスト、FXRアゴニスト、ビタミンE、ベタイン、ペントキシフィリン、CB1アンタゴニスト、カルニチン、N−アセチルシステイン、還元型グルタチオン、ロルカセリン、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせ、SGLT2阻害剤、フェンテルミン、トピラマート、インクレチン(GLP及びGIP)アナログ及びアンギオテンシン受容体遮断剤などと組み合わせて投与され得る。非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)及び/または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)の治療に好ましい薬剤(すなわち、抗NASH剤及び抗NAFLD剤)は、アセチル−CoAカルボキシラーゼ(ACC)阻害剤、ケトヘキソキナーゼ(KHK)阻害剤、GLP−1受容体アゴニスト、FXRアゴニスト、CB1アンタゴニスト、ASK1阻害剤、CCR2及び/またはCCR5の阻害剤、PNPLA3阻害剤、DGAT1阻害剤、DGAT2阻害剤、FGF21アナログ、FGF19アナログ、SGLT2阻害剤、PPARアゴニスト、AMPK活性化剤、SCD1阻害剤またはMPO阻害剤である。同一の出願人による2017/12/01に出願の特許出願第PCT/IB2017/057577号は、GLP−1受容体アゴニストに関する。最も好ましいのは、FXRアゴニスト、アポトーシスシグナル調節キナーゼ1(ASK1)阻害剤、PPARアゴニスト、GLP−1受容体アゴニスト、SGLT阻害剤、ACC阻害剤及びKHK阻害剤である。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、以下のいずれかを含む抗糖尿病剤と組み合わせて投与され得る:インスリン、メトホミン、DPPIV阻害剤(例えば、シタグリプチン)、GLP−1受容体アゴニスト、アナログ及び模倣物、SGLT1及びSGLT2阻害剤(例えば、エルツグリホジン))。好ましい薬剤は、メタホルミン、シタグリプチンリン及びエルツグリホジンである。好適な抗糖尿病剤としては、WO2009144554、WO2003072197、WO2009144555、及びWO2008065508に記載のものなどのアセチル−CoAカルボキシラーゼ−(ACC)阻害剤、WO09016462またはWO2010086820に記載のものなどのジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ1(DGAT−1)阻害剤、AZD7687またはLCQ908、WO2015/140658に記載のものなどのジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ2(DGAT−2)阻害剤、モノアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ(PDE)−10阻害剤、AMPK活性化剤、スルホニル尿素(例えば、アセトヘキサミド、クロルプロパミド、ジアビネーゼ、グリベンクラミド、グリピジド、グリブリド、グリメピリド、グリクラジド、グリペンチド、グリキドン、グリソラミド、トラザミド、及びトルブタミド)、メグリチニド、α−アミラーゼ阻害剤(例えば、テンダミスタット、トレスタチン及びAL−3688)、α−グルコシドヒドロラーゼ阻害剤(例えば、アカルボース)、α−グルコシダーゼ阻害剤(例えば、アディポシン、カミグリボース、エミグリテート、ミグリトール、ボグリボース、プラディマイシン−Q、及びサルボスタチン)、PPARγアゴニスト(例えば、バラグリタゾン、シグリタゾン、ダルグリタゾン、エングリタゾン、イサグリタゾン、ピオグリタゾン及びロシグリタゾン)、PPARα/γアゴニスト(例えば、CLX−0940、GW−1536、GW−1929、GW−2433、KRP−297、L−796449、LR−90、MK−0767及びSB−219994)、ビグアニド(例えば、メトホルミン)、グルカゴン様ペプチド1(GLP−1)受容体アゴニスト(例えば、エキセンジン−3及びエキセンジン−4)、リラグルチド、アルビグルチド、エキセナチド(Byetta(登録商標))、アルビグルチド、リキシセナチド、デュラグルチド、セマグルチド、NN−9924、TTP−054.TTP−273、タンパク質チロシンホスファターゼ−1B(PTP−1B)阻害剤(例えば、トロズスクエミン、ヒルチオサール抽出物、及びZhang,S.,et al.,Drug Discovery Today,12(9/10),373−381(2007)に開示されている化合物)、SIRT−1活性化剤(例えば、レスベラトロール、GSK2245840またはGSK184072)、ジペプチジルペプチダーゼIV(DPP−IV)阻害剤(例えば、WO2005116014のもの、シタグリプチン、ビルダグリプチン、アログリプチン、デュトグリプチン、リナグリプチン及びサクサグリプチン)、インスリン分泌促進剤、脂肪酸酸化阻害剤、A2アンタゴニスト、c−junアミノ末端キナーゼ(JNK)阻害剤、WO2010103437、WO2010103438、WO2010013161、WO2007122482に記載のものなどのグルコキナーゼ活性化剤(GKa)、TTP−399、TTP−355、TTP−547、AZD1656、ARRY403、MK−0599、TAK−329、AZD5658またはGKM−001、インスリン、インスリン模倣物、グリコーゲンホスホリラーゼ阻害剤(例えば、GSK1362885)、VPAC2受容体アゴニスト、E.C.Chao et al.Nature Reviews Drug Discovery 9,551−559(July 2010)に記載のものなどのSGLT2阻害剤、例えば、ダパグリフロジン、カナグリフロジン、エンパグリフロジン、トホグリフロジン(CSG452)、エルツグリフロジン、ASP−1941、THR1474、TS−071、ISIS388626及びLX4211ならびにWO2010023594に記載のもの、Demong,D.E.et al.Annual Reports in Medicinal Chemistry 2008,43,119−137に記載のものなどのグルカゴン受容体調節剤、GPR119調節剤、特に、WO2010140092、WO2010128425、WO2010128414、WO2010106457、Jones,R.M.et al.in Medicinal Chemistry 2009,44,149−170に記載のものなどのアゴニスト(例えば、MBX−2982、GSK1292263、APD597及びPSN821)、Kharitonenkov,A.et al.et al.,Current Opinion in Investigational Drugs 2009,10(4)359−364に記載のものなどのFGF21誘導体またはアナログ、TGR5(GPBAR1とも称される)受容体調節剤、特に、Zhong,M.,Current Topics in Medicinal Chemistry,2010,10(4),386−396に記載のもの及びINT777などのアゴニスト、Medina,J.C.,Annual Reports in Medicinal Chemistry,2008,43,75−85に記載のものなどのGPR40アゴニスト、例えば、限定するものではないが、TAK−875、GPR120調節剤、特にアゴニスト、高親和性ニコチン酸受容体(HM74A)活性化剤、及びGSK1614235などのSGLT1阻害剤が含まれる。本開示のオリゴヌクレオチドと組み合わせることができる抗糖尿病剤の更なる代表的な一覧は、例えば、WO2011005611の28頁35行から30頁19行に見出すことができる。好ましい抗糖尿病剤は、メトホルミン及びDPP−IV阻害剤(例えば、シタグリプチンリン、ビルダグリプチン、アログリプチン、デュトグリプチン、リナグリプチン及びサクサグリプチン)である。他の抗糖尿病剤としては、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ酵素の阻害剤もしくは調節剤、フルクトース1,6−ジホスファターゼの阻害剤、アルドースレダクターゼの阻害剤、ミネラルコルチコイド受容体阻害剤、TORC2の阻害剤、CCR2及び/またはCCR5の阻害剤、PKCアイソフォーム(例えば、PKCα、PKCβ、PKCγ)の阻害剤、脂肪酸シンテターゼの阻害剤、セリンパルミトイルトランスフェラーゼの阻害剤、GPR81、GPR39、GPR43、GPR41、GPR105、Kv1.3、レチノール結合タンパク質4、グルココルチコイド受容体、ソマトスタイン受容体(例えば、SSTR1、SSTR2、SSTR3及びSSTR5)の調節剤、PDHK2もしくはPDHK4の阻害剤もしくは調節剤、MAP4K4の阻害剤、IL1ベータを含むIL1ファミリーの調節剤、RXRアルファの調節剤が含まれ得る。加えて、好適な抗糖尿病剤には、Carpino,P.A.,Goodwin,B.Expert Opin.Ther.Pat,2010,20(12),1627−51に列記される機序が含まれる。
好適な抗肥満剤としては、11β−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ−1(11β−HSD1型)阻害剤、ステアロイル−CoAデサチュラーゼ−1(SCD−1)阻害剤、MCR−4アゴニスト、コレシストキニン−A(CCK−A)アゴニスト、モノアミン再取り込み阻害剤(シブトラミンなど)、交感神経様作用剤、β3アドレナリン作動性アゴニスト、ドーパミンアゴニスト(ブロモクリプチンなど)、メラノサイト刺激ホルモンアナログ、5HT2cアゴニスト、メラニン凝集ホルモンアンタゴニスト、レプチン(OBタンパク質)、レプチンアナログ、レプチンアゴニスト、ガラニンアンタゴニスト、リパーゼ阻害剤(テトラヒドロリプスタチン、すなわち、オルリスタットなど)、食欲抑制剤(ボンベシンアゴニストなど)、神経ペプチド−Yアンタゴニスト(例えば、NPY Y5アンタゴニスト)、PYY3−36(そのアナログを含む)、甲状腺ホルモン剤、デヒドロエピアンドロステロンまたはそのアナログ、グルココルチコイドアゴニストまたはアンタゴニスト、オレキシンアンタゴニスト、グルカゴン様ペプチド−1アゴニスト、毛様体神経栄養因子(Regeneron Pharmaceuticals,Inc.(Tarrytown,NY)及びProcter&Gamble Company(Cincinnati,OH)から入手可能なAxokine(商標)など)、ヒトアグーチ関連タンパク質(AGRP)阻害剤、グレリンアンタゴニスト、ヒスタミン3アンタゴニストまたはインバースアゴニスト、ニューロメジンUアゴニスト、MTP/ApoB阻害剤(例えば、ジルロタピドなどの小腸選択的MTP阻害剤)、オピオイドアンタゴニスト、オレキシンアンタゴニスト、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせなどが含まれる。
本開示の組み合わせ態様における使用に好ましい抗肥満剤としては、小腸選択的MTP阻害剤(例えば、ジルロタピド、ミトラタピド及びインプリタピド、R56918(CAS番号403987)及びCAS番号913541−47−6)、CCKaアゴニスト(例えば、PCT国際公開第WO2005/116034号または米国特許出願公開第2005−0267100A1号に記載のN−ベンジル−2−[4−(1H−インドール−3−イルメチル)−5−オキソ−1−フェニル−4,5−ジヒドロ−2,3,6,10b−テトラアザ−ベンゾ[e]アズレン−6−イル]−N−イソプロピル−アセトアミド)、5HT2cアゴニスト(例えば、ロルカセリン)、MCR4アゴニスト(例えば、US6,818,658に記載の化合物)、リパーゼ阻害剤(例えば、Cetilistat)、PYY3−36(本明細書で使用されるとき、「PYY3−36」は、ペグ化PYY3−36、例えば、米国特許出願公開第2006/0178501号に記載のものなどのアナログを含む)、オピオイド拮抗薬(例えば、ナルトレキソン)、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせ、オレオイル−エストロン(CAS番号180003−17−2)、オビネピチド(TM30338)、プラムリンタイド(Symlin(登録商標))、テソフェンシン(NS2330)、レプチン、リラグルチド、ブロモクリプチン、オルリスタット、エキセナチド(Byetta(登録商標))、AOD−9604(CAS番号221231−10−3)、フェンテルミン及びトピラマート(商品名:Qsymia)、ならびにシブトラミンが含まれる。好ましくは、本開示のオリゴヌクレオチド及び併用療法は、運動及びしっかりとした食生活とともに行われる。
当分野の当業者であれば、本開示のオリゴヌクレオチドが以下の段落に記載されるような心血管または脳血管の治療とともに使用されてもよいことを認識するだろう。本開示のオリゴヌクレオチドはまた、PCI、ステント術、薬剤溶出性ステント、幹細胞療法を含む心血管療法、及び埋め込み型のペースメーカー、除細動器、または心臓再同期療法などの医療装置とともに使用されてもよい。
本開示のオリゴヌクレオチドは、以下のいずれかと組み合わせ使用され得る:コレステロール調節剤(コレステロール低下剤を含む)、例えば、リパーゼ阻害剤、HMG−CoAレダクターゼ阻害剤、HMG−CoAシンターゼ阻害剤、HMG−CoAレダクターゼ遺伝子発現阻害剤、HMG−CoAシンターゼ遺伝子発現阻害剤、MTP/Apo B分泌阻害剤、CETP阻害剤、胆汁酸吸収阻害剤、コレステロール吸収阻害剤、コレステロール合成阻害剤、スクアレンシンテターゼ阻害剤、スクアレンエポキシダーゼ阻害剤、スクアレンシクラーゼ阻害剤、スクアレンエポキシダーゼ/スクアレンシクラーゼ組み合わせ阻害剤、フィブラート、ナイアシン、イオン交換樹脂、抗酸化剤、ACAT阻害剤または胆汁酸隔離剤またはミポメルセンなどの薬剤。
好適なコレステロール/脂質低下剤及び脂質プロファイル治療法の例としては、以下が挙げられる:HMG−CoAレダクターゼ阻害剤(例えば、プラバスタチン、ロバスタチン、アトルバスタチン、シムバスタチン、フルバスタチン、NK−104(別名イタバスタチン、またはニスヴァスタチンまたはニスバスタチン)及びZD−4522(別名ロスバスタチン、またはアタバスタチンまたはビサスタチン);スクアレンシンテターゼ阻害剤;フィブラート;胆汁酸隔離剤(クエストランなど);ACAT阻害剤;MTP阻害剤;リポオキシゲナーゼ阻害剤;コエステロール吸収阻害剤;及びコレステリルエステル転移タンパク質阻害剤。他のアテローム性動脈硬化剤には、PCSK9調整剤が含まれる。
KRT14関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチド(例えば、KRT14標的配列またはKRT14標的配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド)に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、RNase H及び/またはRNA干渉によって介在される、KRT14の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。KRT14を標的とする能力を有するそのような様々なオリゴヌクレオチドが本明細書に開示される。
一部の実施形態では、KRT14関連障害の非限定的な例としては、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症が挙げられる。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含み、KRT14関連障害は、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症から選択される、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドを細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドに接触させることを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドのin vivo送達のための方法であって、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを哺乳類に投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、KRT14関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症から選択されるKRT14関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、KRT14関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症から選択されるKRT14関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるKRT14発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドと接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、KRT14遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるKRT14遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。一部の実施形態では、KRT14発現は、少なくとも30%阻害される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、KRT14関連障害を治療するために対象において使用するための、KRT14を標的とするオリゴヌクレオチドを含む化合物に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、KRT14関連障害は、単純型表皮水疱症及び網状色素性皮膚症から選択される。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤の投与を受ける。一部の実施形態では、第2の薬剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、KRT14を標的とする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
ミオスタチン関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチド(例えば、ミオスタチン標的配列またはミオスタチン標的配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド)に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチンの標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、RNase H及び/またはRNA干渉によって介在される、ミオスタチンの標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。ミオスタチンを標的とする能力を有するそのような様々なオリゴヌクレオチドが本明細書に開示される。
一部の実施形態では、ミオスタチン関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:筋骨格疾患もしくは障害;筋萎縮もしくはジストロフィー;コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、もしくはプレドニゾロンなどのグルココルチコイドによる治療、神経外傷による除神経、もしくは変性、代謝性もしくは炎症性ニューロパチー(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬物への暴露)の結果、もしくはミオトニーなどのミオパチーのいずれかの結果もしくはそれに関連する筋萎縮;ネマリンミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー及び筋細管(中心核)ミオパチーを含む先天性ミオパチー;ミトコンドリアミオパチー;家族性周期性麻痺;炎症性ミオパチー;グリコーゲンもしくは脂質蓄積症によって引き起こされるもののような代謝性ミオパチー;皮膚筋炎;多発性筋炎;封入体筋炎;骨化性筋炎;横紋筋融解症及びミオグロビン尿症;デュシェンヌ型、ベッカー型、筋強直性、顔面肩甲上腕型、エメリー・ドライフス型、眼咽頭筋型、肢帯型、肢帯型、福山型、先天性筋ジストロフィー、もしくは遺伝性遠位型ミオパチーなどの筋ジストロフィー症候群;骨粗鬆症、骨折、低身長、もしくは小人症;成人運動ニューロン疾患、乳児期脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多巣性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動ニューロパチー、脳卒中もしくは脊髄損傷に起因する麻痺、外傷、長期ベッド療養、随意不活動、不随意不活動に起因する骨格固定、代謝ストレスもしくは栄養不足、癌、AIDS、断食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下症、中心コア病、火傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、肝硬変などの例)、敗血症、腎不全、うっ血性心不全、加齢、宇宙旅行もしくは無重力環境での時間消費の結果またはそれに関連する筋萎縮;サルコペニア、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、及び加齢に伴う聴力損失;II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖症、及び肥満症を含む代謝障害;または急性及び/または慢性の腎疾患もしくは腎不全、肝線維症もしくは肝硬変、乳癌などのがん、パーキンソン病;悪液質、リウマチ様関節炎に伴う悪液質及びがんに伴う悪液質;ALS、脳萎縮、もしくは認知症及び貧血などの神経細胞死に関連する状態;または筋萎縮を引き起こす障害もしくは筋萎縮に関連する障害。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドを細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドに接触させることを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドのin vivo送達のための方法であって、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを哺乳類に投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、ミオスタチン関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、ミオスタチン関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるミオスタチン発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドと接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、ミオスタチン遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるミオスタチン遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。一部の実施形態では、ミオスタチン発現は、少なくとも30%阻害される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、ミオスタチン関連障害を治療するために対象において使用するための、ミオスタチンを標的とするオリゴヌクレオチドを含む化合物に関する。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤の投与を受ける。一部の実施形態では、第2の薬剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ミオスタチンを標的とする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
PCSK9関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチド(例えば、PCSK9標的配列またはPCSK9標的配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド)に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、RNase H及び/またはRNA干渉によって介在される、PCSK9の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。PCSK9を標的とする能力を有するそのような様々なオリゴヌクレオチドが本明細書に開示される。
一部の実施形態では、PCSK9関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関し、ここで、PCSK9関連障害は、以下から選択される:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドを細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドに接触させることを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドのin vivo送達のための方法であって、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを哺乳類に投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、PCSK9関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、以下から選択される、PCSK9関連障害を患っている、及び/または罹患している:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、PCSK9関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、以下から選択される、PCSK9関連障害を患っている、及び/または罹患している:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるPCSK9発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドと接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、PCSK9遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるPCSK9遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。一部の実施形態では、PCSK9発現は、少なくとも30%阻害される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PCSK9関連障害を治療するために対象において使用するための、PCSK9を標的とするオリゴヌクレオチドを含む化合物に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、PCSK9関連障害は、以下から選択される:アテローム性動脈硬化症、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満症、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、冠状動脈性心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、及びスタチンに抵抗性のある高コレステロール血症。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤の投与を受ける。一部の実施形態では、第2の薬剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、PCSK9を標的とする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
PNPLA3関連障害の治療
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチド(例えば、PNPLA3標的配列またはPNPLA3標的配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド)に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態では、本開示は、RNase H及び/またはRNA干渉によって介在される、PNPLA3の標的特異的ノックダウンを誘導するオリゴヌクレオチドに関する。PNPLA3を標的とする能力を有するそのような様々なオリゴヌクレオチドが本明細書に開示される。
一部の実施形態では、PNPLA3関連障害の非限定的な例としては、以下が挙げられる:肝疾患、脂肪肝(例えば、肝臓における脂肪の蓄積、または肝臓脂肪の増加もしくは過剰)、肝臓脂肪症(例えば、単純脂肪肝)、脂肪性肝炎、肝炎、非アルコール性脂肪性肝疾患(例えば、NAFLD)、及び/または肝疾患に関連または続発する1つ以上の疾患及び/または1つ以上の症状もしくは状態、例えば、限定されないが、炎症、肝細胞の破壊(例えば、肝細胞の壊死)、肝臓の瘢痕化(例えば、線維症)、肝臓の不可逆的な進行性瘢痕化(例えば、肝硬変)、インスリン抵抗性、糖尿病、脂質異常症、ヘッジホッグ(Hh)シグナル伝達経路のタンパク質活性増大、疲労、虚弱、悪心、腹痛、クモ様血管、黄疸、掻痒、浮腫、腹水、精神錯乱、肥満症、肝細胞癌。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害の患者の障害を治療または改善する方法であって、当該患者に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与するステップを含む、方法に関し、ここで、PNPLA3関連障害は、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、及び非アルコール性脂肪性肝疾患から選択される。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3遺伝子発現を低下させるオリゴヌクレオチドを細胞に導入するための方法であって、当該細胞をオリゴヌクレオチドに接触させることを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3遺伝子発現を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3遺伝子発現を標的とするオリゴヌクレオチドのin vivo送達のための方法であって、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを哺乳類に投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、PNPLA3関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、及び非アルコール性脂肪性肝疾患から選択されるPNPLA3関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示の方法は、高脂血症、I型糖尿病、II型真性糖尿病、特発性I型糖尿病(Ib型)、成人潜在性自己免疫性糖尿病(LADA)、早期発症性2型糖尿病(EOD)、若年発症性非定型糖尿病(YOAD)、若年発症成人型糖尿病(MODY)、栄養不良に関連する糖尿病、妊娠糖尿病、冠状動脈性心疾患、虚血性脳卒中、血管形成術後の再狭窄、末梢血管疾患、間欠性跛行、心筋梗塞、脂質異常症、食後脂肪血症、耐糖能異常(IGT)の状態、空腹時血漿グルコース障害の状態、代謝性アシドーシス、ケトン症、関節炎、肥満症、骨粗鬆症、高血圧、うっ血性心不全、左心室肥大、末梢性動脈疾患、糖尿病性網膜症、黄斑変性症、白内障、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、慢性腎不全、糖尿病性ニューロパシー、メタボリックシンドローム、X症候群、月経前症候群、狭心症、血栓症、アテローム性動脈硬化症、一過性脳虚血発作、脳卒中、血管再狭窄、高血糖症、高インスリン血症、高トリグリセリド血症、低密度リポタンパク質(LDL)コレステロールレベルの上昇(高コレステロール血症)、インスリン抵抗性、グルコース代謝障害、勃起不全、皮膚及び結合組織障害、足部潰瘍及び潰瘍性大腸炎、内皮機能不全及び血管コンプライアンス低下、高アポBリポタンパク血症、アルツハイマー、統合失調症、認知障害、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)のヒトにおける治療用であり、ここで、方法は、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与することを含む。
一部の実施形態では、方法は、門脈圧亢進症、肝タンパク質合成能力、高ビリルビン血症、または脳障害を低減し、ここで、方法は、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与することを含む。
本開示はまた、本開示のオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を対象に投与するヒトにおける、非アルコール性脂肪性肝疾患もしくは非アルコール性脂肪性肝炎の評価スコアリングシステムの重症度の少なくとも1点の減点、非アルコール性脂肪性肝炎活性の血清マーカーレベルの低下、非アルコール性脂肪性肝炎疾患活性の低下、または非アルコール性脂肪性肝炎の医学的結果の低減の治療のための方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害に伴う1つ以上の症状を治療及び/または改善することを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害に対する感受性を低下させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害の発生を予防または遅延させることを、それを必要とする哺乳類において行うための方法であって、当該哺乳類に、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む核酸脂質粒子の治療上有効な量を投与することを含む、方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、哺乳類は、PNPLA3関連障害を患っている、及び/または罹患している。一部の実施形態では、哺乳類は、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、及び非アルコール性脂肪性肝疾患から選択されるPNPLA3関連障害を患っている、及び/または罹患している。
一部の実施形態では、本開示は、細胞におけるPNPLA3発現を阻害する方法であって、(a)当該細胞を、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドと接触させること、及び(b)ステップ(a)で生成された細胞を、PNPLA3遺伝子のmRNA転写産物の分解を得るのに十分な時間維持することを含み、それにより、当該細胞におけるPNPLA3遺伝子の発現を阻害する、方法に関する。一部の実施形態では、PNPLA3発現は、少なくとも30%阻害される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3発現によって介在される障害の治療を必要とするヒトに、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドの治療上有効な量を投与することを含む、治療方法に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、本開示は、PNPLA3関連障害を治療するために対象において使用するための、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む化合物に関する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、PNPLA3関連障害は、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、または非アルコール性脂肪性肝疾患から選択される。
一部の実施形態では、対象は、第2の薬剤(例えば、追加の治療薬)の投与を受ける。一部の実施形態では、第2の薬剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド は、PNPLA3を標的とする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
本開示のオリゴヌクレオチドは、単独で、または1つ以上の追加の治療薬と組み合わせて投与することができる。「組み合わせて投与される」または「併用療法」とは、本開示のオリゴヌクレオチド及び1つ以上の追加の治療薬が、治療される哺乳類に同時投与されることを意味する。組み合わせて投与される場合、各構成要素は、同時に投与されてもよいし、異なる時点で任意の順序で逐次投与されてもよい。したがって、各構成要素は、別々に投与されてもよいが、所望の治療効果が得られるように十分に近い時間内に投与され得る。そのため、本明細書に記載される組成物ならびに予防及び治療の方法は、組み合わせ剤の使用を含む。
組み合わせ剤は、治療上有効な量で哺乳類に投与される。「治療上有効な量」とは、単独または追加の治療薬と組み合わせて哺乳類に投与した場合、所望の疾患/状態(例えば、肥満症、糖尿病、及び心血管病態)を治療するのに十分な本開示のオリゴヌクレオチドの量を意味する。
したがって、本開示のオリゴヌクレオチドが、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)及び/または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)の治療のための薬剤(すなわち、抗NASH剤及び抗NAFLD剤)、例えば、オルリスタット、TZD及び他のインスリン抵抗性改善剤、FGF21アナログ、メトホルミン、オメガ3酸エチルエステル(例えば、Lovaza)、フィブラート、HMG CoA−レダクターゼ阻害剤、エジチムブ、プロブコール、ウルソデオキシコール酸、TGR5アゴニスト、FXRアゴニスト、ビタミンE、ベタイン、ペントキシフィリン、CB1アンタゴニスト、カルニチン、N−アセチルシステイン、還元型グルタチオン、ロルカセリン、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせ、SGLT2阻害剤、フェンテルミン、トピラマート、インクレチン(GLP及びGIP)アナログ及びアンギオテンシン受容体遮断剤などと同時投与され得る。非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)及び/または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)の治療に好ましい薬剤(すなわち、抗NASH剤及び抗NAFLD剤)は、アセチル−CoAカルボキシラーゼ(ACC)阻害剤、ケトヘキソキナーゼ(KHK)阻害剤、GLP−1受容体アゴニスト、FXRアゴニスト、CB1アンタゴニスト、ASK1阻害剤、CCR2及び/またはCCR5の阻害剤、PNPLA3阻害剤、DGAT1阻害剤、DGAT2阻害剤、FGF21アナログ、FGF19アナログ、SGLT2阻害剤、PPARアゴニスト、AMPK活性化剤、SCD1阻害剤またはMPO阻害剤である。本発明の譲受人に譲渡された2017/12/01に出願の特許出願第PCT/IB2017/057577号は、GLP−1受容体アゴニストに関する。最も好ましいのは、FXRアゴニスト、アポトーシスシグナル調節キナーゼ1(ASK1)阻害剤、PPARアゴニスト、GLP−1受容体アゴニスト、SGLT阻害剤、ACC阻害剤及びKHK阻害剤である。
更に、本開示のオリゴヌクレオチドは、抗糖尿病剤(例えば、インスリン、メトホミン、DPPIV阻害剤(例えば、シタグリプチン)、GLP−1受容体アゴニスト、アナログ及び模倣物、SGLT1及びSGLT2阻害剤(例えば、エルツグリホジン))と同時投与され得る。好ましい薬剤は、メタホルミン、シタグリプチンリン及びエルツグリホジンである。好適な抗糖尿病剤としては、WO2009144554、WO2003072197、WO2009144555、及びWO2008065508に記載のものなどのアセチル−CoAカルボキシラーゼ−(ACC)阻害剤、WO09016462またはWO2010086820に記載のものなどのジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ1(DGAT−1)阻害剤、AZD7687またはLCQ908、WO2015/140658に記載のものなどのジアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ2(DGAT−2)阻害剤、モノアシルグリセロールO−アシルトランスフェラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ(PDE)−10阻害剤、AMPK活性化剤、スルホニル尿素(例えば、アセトヘキサミド、クロルプロパミド、ジアビネーゼ、グリベンクラミド、グリピジド、グリブリド、グリメピリド、グリクラジド、グリペンチド、グリキドン、グリソラミド、トラザミド、及びトルブタミド)、メグリチニド、α−アミラーゼ阻害剤(例えば、テンダミスタット、トレスタチン及びAL−3688)、α−グルコシドヒドロラーゼ阻害剤(例えば、アカルボース)、α−グルコシダーゼ阻害剤(例えば、アディポシン、カミグリボース、エミグリテート、ミグリトール、ボグリボース、プラディマイシン−Q、及びサルボスタチン)、PPARγアゴニスト(例えば、バラグリタゾン、シグリタゾン、ダルグリタゾン、エングリタゾン、イサグリタゾン、ピオグリタゾン及びロシグリタゾン)、PPARα/γアゴニスト(例えば、CLX−0940、GW−1536、GW−1929、GW−2433、KRP−297、L−796449、LR−90、MK−0767及びSB−219994)、ビグアニド(例えば、メトホルミン)、グルカゴン様ペプチド1(GLP−1)受容体アゴニスト(例えば、エキセンジン−3及びエキセンジン−4)、リラグルチド、アルビグルチド、エキセナチド(Byetta(登録商標))、アルビグルチド、リキシセナチド、デュラグルチド、セマグルチド、NN−9924、TTP−054.TTP−273、タンパク質チロシンホスファターゼ−1B(PTP−1B)阻害剤(例えば、トロズスクエミン,海綿(hyrtiosal)抽出物、及びZhang,S.,et al.,Drug Discovery Today,12(9/10),373−381(2007)に開示されている化合物)、SIRT−1活性化剤(例えば、レスベラトロール、GSK2245840またはGSK184072)、ジペプチジルペプチダーゼIV(DPP−IV)阻害剤(例えば、WO2005116014のもの、シタグリプチン、ビルダグリプチン、アログリプチン、デュトグリプチン、リナグリプチン及びサクサグリプチン)、インスリン分泌促進剤、脂肪酸酸化阻害剤、A2アンタゴニスト、c−junアミノ末端キナーゼ(JNK)阻害剤、WO2010103437、WO2010103438、WO2010013161、WO2007122482に記載のものなどのグルコキナーゼ活性化剤(GKa)、TTP−399、TTP−355、TTP−547、AZD1656、ARRY403、MK−0599、TAK−329、AZD5658またはGKM−001、インスリン、インスリン模倣物、グリコーゲンホスホリラーゼ阻害剤(例えば、GSK1362885)、VPAC2受容体アゴニスト、E.C.Chao et al.Nature Reviews Drug Discovery 9,551−559(July 2010)に記載のものなどのSGLT2阻害剤、例えば、ダパグリフロジン、カナグリフロジン、エンパグリフロジン、トホグリフロジン(CSG452)、エルツグリフロジン、ASP−1941、THR1474、TS−071、ISIS388626及びLX4211ならびにWO2010023594に記載のもの、Demong,D.E.et al.Annual Reports in Medicinal Chemistry 2008,43,119−137に記載のものなどのグルカゴン受容体調節剤、GPR119調節剤、特に、WO2010140092、WO2010128425、WO2010128414、WO2010106457、Jones,R.M.et al.in Medicinal Chemistry 2009,44,149−170に記載のものなどのアゴニスト(例えば、MBX−2982、GSK1292263、APD597及びPSN821)、Kharitonenkov,A.et al.et al.,Current Opinion in Investigational Drugs 2009,10(4)359−364に記載のものなどのFGF21誘導体またはアナログ、TGR5(GPBAR1とも称される)受容体調節剤、特に、Zhong,M.,Current Topics in Medicinal Chemistry,2010,10(4),386−396に記載のもの及びINT777などのアゴニスト、Medina,J.C.,Annual Reports in Medicinal Chemistry,2008,43,75−85に記載のものなどのGPR40アゴニスト、例えば、限定するものではないが、TAK−875、特にアゴニスト、高親和性ニコチン酸受容体(HM74A)活性化剤、及びGSK1614235などのSGLT1阻害剤が含まれる。本開示のオリゴヌクレオチドと組み合わせることができる抗糖尿病剤の更なる代表的な一覧は、例えば、WO2011005611の28頁35行から30頁19行に見出すことができる。好ましい抗糖尿病剤は、メトホルミン及びDPP−IV阻害剤(例えば、シタグリプチンリン、ビルダグリプチン、アログリプチン、デュトグリプチン、リナグリプチン及びサクサグリプチン)である。他の抗糖尿病剤としては、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ酵素の阻害剤もしくは調節剤、フルクトース1,6−ジホスファターゼの阻害剤、アルドースレダクターゼの阻害剤、ミネラルコルチコイド受容体阻害剤、TORC2の阻害剤、CCR2及び/またはCCR5の阻害剤、PKCアイソフォーム(例えば、PKCα、PKCβ、PKCγ)の阻害剤、脂肪酸シンテターゼの阻害剤、セリンパルミトイルトランスフェラーゼの阻害剤、GPR81、GPR39、GPR43、GPR41、GPR105、Kv1.3、レチノール結合タンパク質4、グルココルチコイド受容体、ソマトスタイン受容体(例えば、SSTR1、SSTR2、SSTR3及びSSTR5)の調節剤、PDHK2もしくはPDHK4の阻害剤もしくは調節剤、MAP4K4の阻害剤、IL1ベータを含むIL1ファミリーの調節剤、RXRアルファの調節剤が含まれ得る。加えて、好適な抗糖尿病剤には、Carpino,P.A.,Goodwin,B.Expert Opin.Ther.Pat,2010,20(12),1627−51に列記される機序が含まれる。
好適な抗肥満剤としては、11β−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ−1(11β−HSD1型)阻害剤、ステアロイル−CoAデサチュラーゼ−1(SCD−1)阻害剤、MCR−4アゴニスト、コレシストキニン−A(CCK−A)アゴニスト、モノアミン再取り込み阻害剤(シブトラミンなど)、交感神経様作用剤、β3アドレナリン作動性アゴニスト、ドーパミンアゴニスト(ブロモクリプチンなど)、メラノサイト刺激ホルモンアナログ、5HT2cアゴニスト、メラニン凝集ホルモンアンタゴニスト、レプチン(OBタンパク質)、レプチンアナログ、レプチンアゴニスト、ガラニンアンタゴニスト、リパーゼ阻害剤(テトラヒドロリプスタチン、すなわち、オルリスタットなど)、食欲抑制剤(ボンベシンアゴニストなど)、神経ペプチド−Yアンタゴニスト(例えば、NPY Y5アンタゴニスト)、PYY3−36(そのアナログを含む)、甲状腺ホルモン剤、デヒドロエピアンドロステロンまたはそのアナログ、グルココルチコイドアゴニストまたはアンタゴニスト、オレキシンアンタゴニスト、グルカゴン様ペプチド−1アゴニスト、毛様体神経栄養因子(Regeneron Pharmaceuticals,Inc.(Tarrytown,NY)及びProcter&Gamble Company(Cincinnati,OH)から入手可能なAxokine(商標)など)、ヒトアグーチ関連タンパク質(AGRP)阻害剤、グレリンアンタゴニスト、ヒスタミン3アンタゴニストまたはインバースアゴニスト、ニューロメジンUアゴニスト、MTP/ApoB阻害剤(例えば、ジルロタピドなどの小腸選択的MTP阻害剤)、オピオイドアンタゴニスト、オレキシンアンタゴニスト、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせなどが含まれる。
本開示の組み合わせ態様における使用に好ましい抗肥満剤としては、小腸選択的MTP阻害剤(例えば、ジルロタピド、ミトラタピド及びインプリタピド、R56918(CAS番号403987)及びCAS番号913541−47−6)、CCKaアゴニスト(例えば、PCT国際公開第WO2005/116034号または米国特許出願公開第2005−0267100A1号)に記載のN−ベンジル−2−[4−(1H−インドール−3−イルメチル)−5−オキソ−1−フェニル−4,5−ジヒドロ−2,3,6,10b−テトラアザ−ベンゾ[e]アズレン−6−イル]−N−イソプロピル−アセトアミド、5HT2cアゴニスト(例えば、ロルカセリン)、MCR4アゴニスト(例えば、US6,818,658に記載の化合物)、リパーゼ阻害剤(例えば、Cetilistat)、PYY3−36(本明細書で使用されるとき、「PYY3−36」は、ペグ化PYY3−36、例えば、米国特許出願公開第2006/0178501号に記載のものなどのアナログを含む)、オピオイド拮抗薬(例えば、ナルトレキソン)、ナルトレキソンとブプロプリオンの組み合わせ、オレオイル−エストロン(CAS番号180003−17−2)、オビネピチド(TM30338)、プラムリンタイド(Symlin(登録商標))、テソフェンシン(NS2330)、レプチン、リラグルチド、ブロモクリプチン、オルリスタット、エキセナチド(Byetta(登録商標))、AOD−9604(CAS番号221231−10−3)、フェンテルミン及びトピラマート(商品名:Qsymia)、ならびにシブトラミンが含まれる。好ましくは、本開示のオリゴヌクレオチド及び併用療法は、運動及びしっかりとした食生活とともに行われる。
当分野の当業者であれば、本開示のオリゴヌクレオチドが以下の段落に記載されるような心血管または脳血管の治療とともに使用されてもよいことを認識するだろう。本開示のオリゴヌクレオチドはまた、PCI、ステント術、薬剤溶出性ステント、幹細胞療法を含む心血管療法、及び埋め込み型のペースメーカー、除細動器、または心臓再同期療法などの医療装置とともに使用されてもよい。
本開示のオリゴヌクレオチドは、コレステロール調節剤(コレステロール低下剤を含む)、例えば、リパーゼ阻害剤、HMG−CoAレダクターゼ阻害剤、HMG−CoAシンターゼ阻害剤、HMG−CoAレダクターゼ遺伝子発現阻害剤、HMG−CoAシンターゼ遺伝子発現阻害剤、MTP/Apo B分泌阻害剤、CETP阻害剤、胆汁酸吸収阻害剤、コレステロール吸収阻害剤、コレステロール合成阻害剤、スクアレンシンテターゼ阻害剤、スクアレンエポキシダーゼ阻害剤、スクアレンシクラーゼ阻害剤、スクアレンエポキシダーゼ/スクアレンシクラーゼ組み合わせ阻害剤、フィブラート、ナイアシン、イオン交換樹脂、抗酸化剤、ACAT阻害剤または胆汁酸隔離剤またはミポメルセンなどの薬剤と組み合わせて使用され得る。
好適なコレステロール/脂質低下剤及び脂質プロファイル治療法の例としては、以下が挙げられる:HMG−CoAレダクターゼ阻害剤(例えば、プラバスタチン、ロバスタチン、アトルバスタチン、シムバスタチン、フルバスタチン、NK−104(別名イタバスタチン、またはニスヴァスタチンまたはニスバスタチン)及びZD−4522(別名ロスバスタチン、またはアタバスタチンまたはビサスタチン);スクアレンシンテターゼ阻害剤;フィブラート;胆汁酸隔離剤(クエストランなど);ACAT阻害剤;MTP阻害剤;リポオキシゲナーゼ阻害剤;コエステロール吸収阻害剤;及びコレステリルエステル転移タンパク質阻害剤。他のアテローム性動脈硬化剤には、PCSK9調整剤が含まれる。
オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の投与
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉またはRISCが関与しない生化学的機序(限定されないが、遺伝子発現のRNase H介在性ノックダウンまたは立体障害を含む)を介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA干渉及び/またはRNase H介在性ノックダウンを介して、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子mRNAへのアニーリング後の翻訳の立体的な遮断、及び/またはmRNAスプライシングの改変もしくは妨害、及び/またはエクソンインクルージョンもしくはエクソンエクスクルージョンによって、標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現及び/またはレベルの低下を誘導する能力を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるまたは当分野に公知の任意のビヒクルとともに、任意の投与レジメン及び任意の方法で、投与される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、標的転写産物のノックダウンの改善において同等に有効な別手段による同等参照オリゴヌクレオチド組成物よりも低い投与量及び/または頻度で投与される。一部の実施形態では、立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的転写産物のノックダウンの改善において同等に有効な別手段による立体不規則的同等参照オリゴヌクレオチド組成物よりも低い投与量及び/または頻度で投与される。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の特性、例えば、改善された一本鎖RNA干渉活性などが、化学修飾及び/または立体化学によって最適化され得ることを認識する。一部の実施形態において、本開示は、化学修飾及び立体化学によってオリゴヌクレオチドの特性を最適化するための方法を提供する。
化学修飾及び/または立体化学を制御することによって、本開示は、改善されたオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、化学修飾を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、またはそれらの任意の組み合わせを含む。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾を含む。一部の実施形態では、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有する提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖部分上に2’−修飾を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と1個以上の天然リン酸結合を含む。天然リン酸結合を、オリゴヌクレオチドのさまざまな位置に組み込む能力を有する。一部の実施形態では、天然リン酸結合は、5’−末端領域内に組み込まれる。一部の実施形態では、天然リン酸結合は、オリゴヌクレオチドの中央に組み込まれる。一部の実施形態では、本開示は、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供し、その組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物と比較して改善された送達を呈し、複数のオリゴヌクレオチドの各々は共通の塩基配列も有するが、以下の点で第1の複数のオリゴヌクレオチドと構造的に異なる:
参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なる、及び/または
参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、共通ヌクレオチド配列を有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法を提供し、以下の改善を含む:
同じ共通ヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比較して改善された送達を特徴とする、第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを投与すること。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物、及び方法は、全身送達の改善を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物、及び方法は、細胞質送達の改善を提供する。一部の実施形態では、送達の改善は、細胞集合への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、組織への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、臓器への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、生物体への送達である。送達の改善をもたらす、構造的要素(例えば、化学修飾、立体化学、その組み合わせなど)、オリゴヌクレオチド、組成物及び方法の例は、本開示に広く記載されている。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を特定及び/または特徴付けする方法を提供し、方法は、次のステップを含む:
第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む少なくとも1つの組成物を提供すること、及び
参照組成物を基準として送達を評価すること。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を特定及び/または特徴付けする方法を提供し、方法は、次のステップを含む:
第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む少なくとも1つの組成物を提供すること、及び
参照組成物を基準として細胞取り込みを評価すること。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の特性は、参照オリゴヌクレオチド組成物と比較される。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてリン酸結合のDNAオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない(または立体不規則的な)組成物である。
一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、化学修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾を有するが、糖修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない2’−修飾された糖修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、糖修飾を有するが、ヌクレオチド間結合修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より多くのヌクレオチド間結合修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない天然リン酸結合を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、天然リン酸結合を有さないオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なっている。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、参照組成物と比較して、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。
一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、参照組成物と比較してオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドにおいて1個以上の修飾糖部分のうちの少なくとも1個の糖修飾部分を欠く参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、修飾糖部分は有さない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、天然リン酸結合は含有しない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ化学修飾パターンを有する、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、参照組成物は、別の立体異性体のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の参照オリゴヌクレオチド組成物は、提供される組成物中に脂質が存在しない同等の組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてリン酸結合のDNAオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない(または立体不規則的な)組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、化学修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾を有するが、糖修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない2’−修飾された糖修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、糖修飾を有するが、ヌクレオチド間結合修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より多くのヌクレオチド間結合修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない天然リン酸結合を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、天然リン酸結合を有さないオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なっている。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、参照組成物と比較して、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、参照組成物と比較してオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドにおいて1個以上の修飾糖部分のうちの少なくとも1個の糖修飾部分を欠く参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、修飾糖部分は有さない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNA干渉を誘導する能力を有し、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、天然リン酸結合は含有しない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ化学修飾パターンを有する、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、参照組成物は、別の立体異性体のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1個以上の構造的要素(例えば修飾、立体化学、パターンなど)を含み、参照の複数のオリゴヌクレオチドはすべて、当該構造的要素を有さない。このような構造的要素は、本開示に記載される任意のものであってもよい。
一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpキラルヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くの修飾塩基を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、第1の複数のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なる。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。一部の実施形態では、参照組成物は実質的に、塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドのラセミ調製物である。一部の実施形態では、参照組成物は、別のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合のみを含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含み、この場合において当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含み、当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないメチル化塩基を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端及び/または3’末端領域で、より少ない天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なる。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。一部の実施形態では、参照組成物は実質的に、塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドのラセミ調製物である。一部の実施形態では、参照組成物は、別のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合のみを含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含み、この場合において当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含み、当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないメチル化塩基を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端及び/または3’末端領域で、より少ない天然リン酸結合を含む。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、より少ない、−Fを含むヌクレオチド単位を含む。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、より少ない2’−F修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、より少ないキラル制御された修飾ヌクレオチド間結合を含む。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2個以上のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、かかる組成物を使用して、提供される方法は、2個以上の標的を標的化することができる。一部の実施形態では、2個以上のオリゴヌクレオチド型を含むオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、2個以上の標的を標的化する。一部の実施形態では、2個以上のオリゴヌクレオチド型を含むオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、2個以上のミスマッチを標的化する。一部の実施形態では、単一のオリゴヌクレオチド型が2個以上の標的、例えば突然変異などを標的化する。一部の実施形態では、1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの標的領域は、例えば2個の突然変異またはSNPなど、2個以上の「標的部位」を含む。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、任意で修飾塩基または修飾糖を含む。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾塩基も修飾糖も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾塩基も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基と修飾糖を含む。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基を含む。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む。オリゴヌクレオチドに対する、修飾塩基及び修飾糖は当分野に広く公知であり、限定されないが、本開示に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態では、修飾塩基は、5−mCである。一部の実施形態では、修飾糖は、2’−修飾糖である。オリゴヌクレオチド糖の適した2’−修飾は、当業者に広く知られている。一部の実施形態では、2’−修飾としては、限定されないが、2’−ORが挙げられ、式中、Rは水素ではない。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORであり、式中、Rは任意で置換されるC1−6の脂肪族である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、修飾は、2’−ハロゲンである。一部の実施形態では、修飾は、2’−Fである。一部の実施形態では、修飾塩基または修飾糖は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の活性、安定性、及び/または選択性をさらに強化することができ、その骨格キラル中心の共通パターンは、予想外の活性、安定性、及び/または選択性を提供する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾糖も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの2’−修飾糖も有さない。一部の実施形態では、本開示は驚くべきことに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用することにより、安定性、活性、及び/または切断パターンの制御に修飾糖は必須ではないことを明らかとした。さらに一部の実施形態では、本開示は驚くべきことに、修飾糖を有さないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、安定性、活性、ターンオーバー、及び/または切断パターンの制御という観点で、より優れた特性をもたらすことを明らかとした。例えば一部の実施形態では驚くべきことに、修飾糖を有さないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、修飾糖を有するオリゴヌクレオチドの組成物よりも、より迅速に切断産物から解離し、大幅に高いターンオーバーをもたらすことが明らかとなった。
本明細書に詳細に考察されるように、本開示はとくに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、つまり少なくとも1つの型のオリゴヌクレオチドを複数含む組成物を提供する。特定の「型」の各オリゴヌクレオチド分子は、以下の点に関し、前もって選択された(例えば所定の)構造要素から構成される:(1)塩基配列、(2)骨格結合パターン、(3)骨格キラル中心のパターン、及び(4)骨格P−修飾部分のパターン。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、単一の合成プロセスで調製されるオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、単一のオリゴヌクレオチド分子内に2個以上のキラル立体配置を有するオリゴヌクレオチドを含む(例えば、オリゴヌクレオチドに沿って異なる残基が異なる立体化学を有する)。一部のかかる実施形態では、かかるオリゴヌクレオチドは、単一の合成プロセスで取得することができ、2個以上のキラル立体配置を有する個々のオリゴヌクレオチド分子を生成するための第2の複合体化ステップは必要ない。
本明細書に提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖RNAi剤として使用することができる。加えて、本明細書に提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、研究目的及び/または診断目的の試薬として使用することができる。当業者であれば、本明細書の本開示が、特定の用途に限定されず、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましい任意の状況に応用可能であることを容易に認識するであろう。とくに提供される組成物は、様々な治療応用、診断応用、農学的応用、及び/または研究応用に有用である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に詳述される1個以上の構造的修飾を含むオリゴヌクレオチド組成物及び/またはその残基を含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1個以上の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1個以上の人工の核酸または残基を含むオリゴヌクレオチドを含み、人工の核酸または残基としては、限定されないが、ペプチド核酸(PNA)、モルホリノ及びロックド核酸(LNA)、グリコン核酸(GNA)、トレオース核酸(TNA)、ゼノ核酸(XNA)、マニトール核酸(MNA)、アニトール核酸(ANA)、及びF−HNA、ならびにそれらの任意の組み合わせが挙げられる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Braasch et al.2002Biochem.41:4503−4510、または米国特許第5,698,685号、同第5,166,315号、同第5,185,444号、もしくは同第5,034,506号に記載されているもののようなモルホリノを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、米国特許第8,088,904号、同第8,440,803号、もしくは同第8,796,437号、またはWO2017/011276に記載されているもののようなF−HNAを含む。修飾糖を含む様々な修飾ヌクレオチドは、例えば、WO2016/154096及びWO2016/141236に記載されている。
いずれの実施形態においても、本開示は、遺伝子発現、免疫反応等のオリゴヌクレオチドに基づく調節に有用である。したがって、本開示の立体的に規定されるオリゴヌクレオチド組成物は、所定の型の(即ち、キラル制御されており、任意でキラル的に純粋である)オリゴヌクレオチドを含むものであり、従来の立体不規則的またはキラル的に不純な相当物の代わりに使用され得る。一部の実施形態では、提供される組成物は、目的の効果の強化及び/または望ましくない副作用の低減を示す。本開示の生物学的用途及び臨床的/治療的な応用のある特定の実施形態を、以下に明示的に検討する。
様々な投与計画を利用して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を投与してもよい。一部の実施形態では、複数単位用量が、時間の間隔をあけて投与される。一部の実施形態では、所与の組成物は推奨される投与計画を有しており、当該計画には1回以上の投与が含まれ得る。一部の実施形態では、投与計画は複数の投与を含み、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離される。一部の実施形態では、投与計画は、複数の投与と、個々の投与を分ける少なくとも2つの異なる期間を含む。一部の実施形態では、投与計画内のすべての投与量は、同じ単位用量である。一部の実施形態では、投与計画内の異なる投与量は、異なる量である。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量とは異なる2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量(または別の前投与量)と同じ、または異なる2番目の投与量(または継続投与量)で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも1日間、少なくとも1つの単位用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも1日、場合により2日以上の期間にわたり、2以上の投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも週の期間にわたり、複数用量を投与することを含む。一部の実施形態では、期間は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週である。一部の実施形態では、投与計画は、1週を越える期間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週の間、1週当たり、1つの投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2週間を越える間、2週ごとに1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週の期間にわたり、2週ごとに1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、1カ月間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、1カ月を越える間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12カ月以上の間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約10週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約20週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約30週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約26週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、投与計画に従って投与され、当該投与計画は、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物、及び/または同じ配列の異なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に対し利用されるものとは異なる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、投与計画に従って投与され、当該投与計画は、所与の単位時間にわたる総暴露レベルの低下を達成させた点、1つ以上のより少ない単位用量を含む点、及び/または所与の単位時間にわたる投与回数がより少ないという点で、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物と比較して減少している。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、投与計画に従って投与され、当該投与計画は、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物よりも長い期間に延長されている。学説に拘束されることは望まないが、出願人は、一部の実施形態において、短い投与計画、及び/または投与間隔がより長期間であることは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性、生体利用効率、及び/または有効性の改善に起因し得ると注記する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較し、長い投与計画を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較して、少なくとも2回の投与の間隔が短い。学説により限定されることは望まないが、一部の実施形態では、長い投与計画、及び/または投与間隔が短期間であることは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安全性の改善に起因し得ると出願人は注記する。
一部の実施形態では、送達(及びその他の特性)の改善に伴い、提供される組成物は、例えば臨床効果などの生物学的効果を達成するために低い用量で、及び/または低い頻度で投与され得る。
単回投与は、様々な量のオリゴヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、単回投与は、ある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を、用途に適し、望ましい場合には、様々な量で含み得る。一部の実施形態では、単回投与は、約1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300以上(例えば、約350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000以上)mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約1mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約5mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約10mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約15mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約20mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約50mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約100mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約150mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約200mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約250mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約300mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも少量の単回投与で、及び/または少量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも有効性が改善されたことによって少量の単回投与で、及び/または少量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも多い量の単回投与で、及び/または多い量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも安全性が改善されたことによって多い量の単回投与で、及び/または多い量の総投与で、投与される。
生物活性オリゴヌクレオチド
一部の実施形態では、本開示は、一本鎖RNAi剤として機能する能力を有するオリゴヌクレオチドを包含する。
一部の実施形態では、提供される組成物は、構造遺伝子、遺伝子制御領域及び/もしくは遺伝子末端領域、ならびに/または例えばウイルスもしくはプラスミドDNAなどの自己複製系の鎖に対して、完全または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドを1個以上含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、RNAi剤または他のRNA干渉試薬(RNAi剤またはiRNA剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、自己開裂RNA、リボザイム、その断片及び/またはそのバリアント(例えば、ペプチジルトランスフェラーゼ23S rRNA、RNase P、グループI及びグループIIイントロン、GIR1分岐リボザイム、レッドザイム、ヘアピンリボザイム、ハンマーヘッド型リボザイム、HDVリボザイム、哺乳類CPEB3リボザイム、VSリボザイム、glmSリボザイム、CoTCリボザイム等)、マイクロRNA、マイクロRNA模倣物、スーパーマイクロRNA、アプタマー、抗マイクロRNA、アンタゴマイクロRNA、Ulアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター、長鎖非コーディングRNA、短鎖非コーディング(例えば、piRNAs)、免疫調節性オリゴヌクレオチド(例えば免疫刺激性オリゴヌクレオチド、免疫阻害性オリゴヌクレオチド)、GNA、LNA、ENA、PNA、TNA、モルホルノ、G−四重鎖(RNA及びDNA)、抗ウイルスオリゴヌクレオチド、ならびにデコイオリゴヌクレオチドである、またはそのようなものとして作用する、1個以上のオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1個以上のハイブリッド(例えばキメラ)オリゴヌクレオチドを含む。本開示の文脈において、「ハイブリッド」という用語は広く、オリゴヌクレオチドの混合された構造構成要素を指す。ハイブリッドオリゴヌクレオチドとは、例えば(1)ヌクレオチドの混合クラスを有するオリゴヌクレオチド分子、例えば単一分子内の部分DNA及び部分RNA(例えばDNA−RNA)、(2)異なるクラスの核酸の相補的ペアであり、それにより例えば分子内または分子間またはその両方でDNA:RNA塩基対形成が発生する、(3)2種以上の骨格結合またはヌクレオチド間結合を伴うオリゴヌクレオチドを指す場合がある。
一部の実施形態では、提供される組成物は、単一分子内に2以上のクラスの核酸残基を含むオリゴヌクレオチドを1個以上含む。例えば本明細書に記載される実施形態のいずれかにおいて、オリゴヌクレオチドは、DNA部分とRNA部分を含有してもよい。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非修飾部分と修飾部分を含有してもよい。
提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、例えば本明細書に記載されるものなどの様々な修飾のうちのいずれかを含むオリゴヌクレオチドを含んでもよい。一部の実施形態では、例えば意図される用途の点から、特定の修飾が選択される。一部の実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチド(または一本鎖オリゴヌクレオチドの二本鎖部分)の1つの鎖または両方の鎖が修飾されることが望ましい。一部の実施形態では、当該2つの鎖(または部分)は、異なる修飾を含む。一部の実施形態では、当該2つの鎖は、同じ修飾を含む。当業者は、本発明の方法によって可能となる修飾の程度及び種類により、修飾の多数の再配置が実行可能であることを認識するであろう。かかる修飾の例を本明細書に記載するが、限定を意味しない。
本明細書において使用される場合、「アンチセンス鎖」という表現は、対象の標的配列に対し実質的に、または100%相補的なオリゴヌクレオチドを指す。「アンチセンス鎖」という表現は、2つの別々の鎖から形成されるオリゴヌクレオチドの両方のアンチセンス領域、及びヘアピンまたはダンベル型構造を形成する能力を有する単分子オリゴヌクレオチドを含む。siRNAなどの二本鎖RNAi剤に関して、アンチセンス鎖は、RISCに優先的に組み込まれる鎖であり、RNA標的のRISC介在性ノックダウンを標的とする。二本鎖RNAi剤に関して、「アンチセンス」及び「ガイド鎖」という用語は本明細書において相互交換可能に使用され、「センス鎖」または「パッセンジャー鎖」という用語は、アンチセンス鎖ではない鎖に関して、本明細書において相互交換可能に使用される。
「センス鎖」という用語は、例えばメッセンジャーRNAまたはDNA配列などの標的配列と、全体的または部分的に同じヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを指す。
「標的配列」とは、その発現または活性が調節される任意の核酸配列を意味する。標的核酸は、DNAまたはRNA、例えば、内因性DNAもしくはRNA、ウイルスDNAもしくはウイルスRNA、または遺伝子、ウイルス、細菌、真菌、哺乳類、もしくは植物によってコードされる他のRNAであり得る。一部の実施形態では、標的配列は、疾患または障害と関連する。RNA干渉及びRNase H介在性ノックダウンに関して、標的配列は、一般に、RNA標的配列である。
「特異的にバイブリダイズすることができる」及び「相補的」とは、核酸が、古典的なワトソンクリックまたは他の非古典的な型のいずれかによって、別の核酸配列と水素結合を形成することができることを意味する。本開示の核酸分子と関連して、核酸分子とその相補性配列の結合自由エネルギーは、核酸の関連機能、例えばRNAi活性などを進行させるために充分である。核酸分子の結合自由エネルギーの決定は当分野において公知である(例えば、Turner et al,1987,CSH Symp.Quant.Biol.LIT pp.123−133、Frier et al.,1986,Proc.Nat.Acad.Sci.USA83:9373−9377、Turner et al.,1987,J.Am.Chem.Soc.109:3783−3785を参照のこと)。
相補性のパーセントは、第2の核酸配列との水素結合(例えば、ワトソンクリック塩基対)を形成することができる核酸分子中の連続する残基のパーセンテージを示す(例えば、10個のうち5、6、7、8、9、10個であれば、50%、60%、70%、80%、90%、及び100%相補性である)。「完全に相補的」または100%相補的とは、核酸配列のすべての連続残基が、第2の核酸配列中の同数の連続残基と水素結合を形成するであろうことを意味する。完全相補的未満とは、2つの鎖のヌクレオシド単位の一部、但しすべてではない、が互いに水素結合を形成できる状態を意味する。「実質的に相補的」とは、非相補的であるように選択される、例えばオーバーハングのようなポリヌクレオチド鎖の領域を除いて、90%以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖を指す。特異的結合は、特異的結合が望ましい条件下、例えばin vivoアッセイまたは治療的処置の場合、またはin vitroアッセイの場合などの生理学的条件下、アッセイが行われる条件下で、オリゴマー化合物の非標的配列への非特異的結合を避けるために十分な程度の相補性を必要とする。一部の実施形態では、非標的配列は、対応する標的配列と少なくとも5個のヌクレオチドが異なる。
治療として使用されるとき、提供されるオリゴヌクレオチドは、医薬組成物として投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチドまたはその薬学的許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、及び薬学的に許容可能な担体から選択される薬学的に許容可能な不活性成分を少なくとも1つ含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与に対し、製剤化される。さらなる実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、溶液、乳剤、軟膏、ローション、点眼剤または点耳剤である。
医薬組成物
治療として使用されるとき、本明細書に記載の提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、医薬組成物として投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチドまたはその薬学的許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、及び薬学的に許容可能な担体から選択される薬学的に許容可能な不活性成分を少なくとも1つ含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与に対し、製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、溶液、乳剤、軟膏、ローション、点眼剤または点耳剤である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容可能な賦形剤と混合したその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者であれば、医薬組成物は、上記の該キラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩、またはその組成物を含むことを認識するだろう。
様々な超分子ナノ担体を使用して、核酸を送達することができる。ナノ担体の例としては、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体及び様々な高分子が挙げられるが、これらに限定されない。様々なポリカチオンと核酸の複合体形成は、細胞内送達のための別のアプローチ法である。これには、PEG化ポリカチオン、ポリエチレンアミン(PEI)複合体、カチオン性ブロックコポリマー、及びデンドリマーの使用が挙げられる。PEI及びポリアミドアミンデンドリマーを含むいくつかのカチオン性ナノ担体は、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他の手法には、ポリマーナノ粒子、ミクロスフェア、リポソーム、デンドリマー、生分解性ポリマー、複合体、プロドラッグ、硫黄または鉄などの無機コロイド、抗体、インプラント、生分解性インプラント、生分解性ミクロスフェア、浸透圧制御インプラント、脂質ナノ粒子、エマルジョン、油性溶液、水溶液、生分解性ポリマー、ポリ(ラクチド−コグリコール酸)、ポリ(乳酸)、液体デポー、ポリマーミセル、量子ドット及びリポプレックスの使用が含まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、別の分子と複合体化される。
本明細書に記載の例示的送達戦略に加え、さらなる核酸送達戦略が公知である。
治療及び/または診断応用において、本開示化合物は、全身投与及び局所投与または局在的投与を含む様々な投与方法用途で製剤化され得る。技術及び製剤は概して、Remington,The Science and Practice of Pharmacy,(20th ed.2000)に見出すことができる。
提供されるオリゴヌクレオチド、及びその組成物は、広い用量範囲に渡って有効である。例えば成人の治療においては、1日当たり約0.01〜約1000mg、約0.5〜約100mg、約1〜約50mg、及び1日当たり約5〜約100mgの用量が、使用され得る用量例である。正確な用量は、投与経路、化合物が投与される形態、被治療対象、被治療対象の体重、ならびに主治医の選好及び経験に依存するだろう。
薬学的に許容可能な塩は概して当業者に公知であり、例えば、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、重酒石酸塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カルンシレート(carnsylate)、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、エシレート、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコリルアルサニレート、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素酸塩、塩化水素酸塩、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、粘液酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、パントテン酸塩、リン酸塩/二リン酸塩、ポリガラクツロ酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、またはテオクル酸塩が挙げられるが、これに限定されない。他の薬学的に許容可能な塩は、例えば、Remington,The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.2000)に見出され得る。好ましい薬学的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩化水素酸塩、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、または酒石酸塩が挙げられる。
一部の実施形態では、提供される一本鎖RNAi剤は、米国特許出願第61/774759号、2013年12月19日に出願された同第61/918,175号、同第61/918,927号、同第61/918,182号、同第61/918941号、同第62/025224号、同第62/046487号、または国際出願第PCT/US04/042911号、同第PCT/EP2010/070412号、もしくは同第PCT/IB2014/059503号に記載されている医薬組成物に製剤化される。
治療される特定の状態に依存して、かかる剤は、液または固形の剤形で製剤化され、全身的にまたは局所的に投与され得る。剤は、例えば、当業者に公知の時限的または持続的な低放出形態で送達され得る。製剤及び投与の技術は、Remington,The Science and Practice of Pharmacy(20th ed.2000)に見出される。適切な経路としては、経口、口腔、吸入スプレー、舌下、直腸内、経皮、経膣、経粘膜、経鼻または経腸投与が挙げられ、筋肉内、皮下、髄内注射、ならびにくも膜下腔内、直接的脳(心)室内、静脈内、関節内、胸骨内、髄液包内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内、もしくは眼内注射を含む非経口送達、または他の送達方法が挙げられ得る。
注射用では、本発明の剤は、例えばハンクス液、リンゲル溶液、または生理食塩水などの生理的に適合した緩衝液中などの水溶液中に製剤化及び希釈され得る。かかる経粘膜投与用では、浸透される関門に適切な浸透剤が、製剤に使用される。かかる浸透剤は概して、当分野で公知である。
全身投与に適切な剤型内に、本発明の実施のために本明細書に開示された化合物を製剤化するための薬学的に許容可能な不活性担体の使用は、本発明の範囲内である。担体の適切な選択及び適切な製造を実施することで、本発明の組成物、特に溶液として製剤化された組成物は、例えば静脈内注射などの非経口投与が可能となる。
化合物は、当技術分野に公知の薬学的に許容可能な担体を使用して、経口投与用途に適した剤型内に容易に製剤化される能力を有する。かかる担体は、本開示化合物を、被治療対象(例えば、患者)の経口摂取用途の錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤などとしての処方を可能にする。
経鼻または吸入送達用途では、本開示の剤は、当業者に公知の方法により製剤化することもでき、例えば、生理食塩水などの可溶化、希釈、または分散物質、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤、及びフッ化炭素の例が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、CNSに送達される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、脳脊髄液に送達される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、脳実質に投与される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、髄腔内投与または脳室内投与によって動物/対象に送達される。中枢神経系内における、本明細書に記述されるオリゴヌクレオチド及び組成物の広汎な分布は、実質内投与、髄腔内投与または脳室内投与により実現されてもよい。
ある特定の実施形態では、非経口投与は、例えば、シリンジ、ポンプなどによる注入による。ある特定の実施形態では、注入はボーラス注入である。ある特定の実施形態では、注入剤は、例えば線条体、尾状核、皮質、海馬及び小脳などの組織に直接投与される。
ある特定の実施形態では、ボーラス注入によるなど、医薬品を特異的に局在させる方法は、半数効果濃度(EC50)を20分の1、25分の1、30分の1、35分の1、40分の1、45分の1または50分の1にまで低下させる。ある特定の実施形態では、本明細書にさらに記述されるアンチセンス化合物中の医薬品。ある特定の実施形態において、標的組織は脳組織である。ある特定の実施形態において、標的組織は線条体組織である。ある特定の実施形態では、EC50を低下させることが望ましいが、その理由は、それを必要とする患者において薬理学的な結果を得るのに必要な投与量を減少させるからである。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、1カ月毎、2カ月毎、90日毎、3カ月毎、6カ月毎に1回、1年に2回または1年に1回注入または点滴することにより送達される。
本発明の使用に適切な医薬組成物としては、活性成分がその意図される目的を達成するために有効な量で含有される組成物が挙げられる。有効な量の決定は、特に、本明細書で提供される詳細な開示に照らすことで、当分野の当業者の能力の範囲内にある。
活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、薬学的に使用され得る調製物中に、活性化合物のプロセッシングを促進する賦形剤及び助剤を含む適切な薬学的に許容可能な担体を含み得る。経口投与用途に製剤化された調製物は、錠剤、糖衣剤、カプセル剤、または溶液の形態であってもよい。
経口使用のための医薬調製物は、活性剤と固形賦形剤を混合し、任意で得られた混合物を粉砕し、及び当該顆粒混合物を処理して、適切な助剤を添加後、望ましい場合には、錠剤または糖衣剤コアを得ることで取得可能である。適切な賦形剤は、特に、ラクトース、ショ糖、マンニトール、またはソルビトールを含む糖類;セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンブン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース(CMC)ナトリウム、及び/またはポリビニルピロリドン(PVP:ポビドン)などの充填剤である。望ましい場合には、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくは例えばアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣剤コアは、適切なコーティングと一緒に提供される。この目的に対し、高濃度糖溶液が使用され得、これは、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール(PEG)、及び/または二酸化チタン、ラッカー液、ならびに適切な有機溶媒または溶媒混合物を任意で含有してもよい。色素または顔料が、異なる組み合わせの活性化合物投与を識別または特徴付けするために、錠剤または糖衣剤コーティングに添加され得る。
経口的に使用され得る医薬調製物としては、ゼラチン、及び例えばグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤で製造される密封軟カプセル剤、ならびにゼラチンで製造されたプッシュフィットカプセル剤が挙げられる。プッシュフィットカプセル剤は、例えばラクトースなどの充填剤、例えばデンプンなどの結合剤、及び/または例えばタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、及び任意で安定剤との混合物中で、活性成分を含み得る。軟カプセル剤中、活性化合物は、例えば脂肪油、流動パラフィンまたは液体ポリエチレングリコール(PEG)などの適切な液体中に溶解または懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
組成物は、活性化合物を脂質と組み合わせることによって得ることができる。一部の実施形態では、脂質は、活性化合物に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、活性化合物に複合体化されない。一部の実施形態では、脂質は、C10−C40の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C40の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかの構造を有する:
Figure 2020522510
一部の実施形態では、活性化合物は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドまたは他の核酸である。一部の実施形態では、活性化合物は、表1Aに列記される任意の核酸の任意の配列を含むか、またはそれからなる配列の核酸である。一部の実施形態では、組成物は、脂質及び活性化合物を含み、別の脂質、及び標的化化合物または部分から選択される別の構成成分を更に含む。一部の実施形態では、脂質には、限定するものではないが、以下が含まれる:アミノ脂質、両親媒性脂質、アニオン性脂質、アポリポタンパク質、カチオン性脂質、低分子量カチオン性脂質、CLinDMA及びDLinDMAなどのカチオン性脂質、イオン化可能なカチオン性脂質、クローキング構成成分、ヘルパー脂質、リポペプチド、中性脂質、中性双性イオン脂質、疎水性小分子、疎水性ビタミン、PEG脂質、1つ以上の親水性ポリマーで修飾された非電荷脂質、リン脂質、1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンなどのリン脂質、ステルス脂質、ステロール、コレステロール、及び標的化脂質、ならびに本明細書に記載されるまたは当分野で報告されている任意の他の脂質。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、別の脂質の少なくとも1つの機能を介在する能力を有する別の脂質の一部とを含む。一部の実施形態では、標的化化合物または部分は、化合物(例えば、脂質及び活性化合物を含む組成物)を特定の細胞もしくは組織または細胞もしくは組織のサブセットに標的化する能力を有する。一部の実施形態では、標的化部分は、特定の標的、受容体、タンパク質、または他の細胞内構成要素の細胞特異的発現または組織特異的発現の利点を利用するように設計される。一部の実施形態では、標的化部分は、組成物を細胞もしくは組織に標的化し、及び/または標的、受容体、タンパク質、もしくは他の細胞内構成要素に結合する、リガンド(例えば、小分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマーなど)である。
活性化合物の送達のための組成物の調製に使用されるある特定の例示的な脂質は、活性化合物の機能を可能にする(例えば、妨害したり干渉したりしない)。脂質の非限定的な例としては、以下が挙げられる:ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイル。
本開示に記載されるように、脂質複合体化、例えば脂肪酸との複合体化は、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を改善し得る。
一部の実施形態では、活性化合物の送達のための組成物は、所望に応じて、活性化合物を特定の細胞または組織に標的化する能力を有する。一部の実施形態では、活性化合物の送達のための組成物は、活性化合物を筋細胞または筋組織に標的化する能力を有する。一部の実施形態では、本開示は、活性化合物の送達に関連する組成物及び方法に関し、ここで、組成物は、活性化合物 脂質を含む。筋細胞または筋組織に対する様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。使用される脂質の例としては、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHA、ツルビナル酸及びジリノレイル酸が挙げられる。これらの表において、「TBD」は、特定の組成物が送達に効果的であるが、数値結果が標準範囲外であったため、最終結果は未定のままであることを示す。しかしながら、表で「TBD」と示される組成物は、活性化合物の送達に有効であった。
活性化合物と、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を腓腹筋組織に送達することができた。活性化合物と、ステアリン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を心筋組織に送達することができた。活性化合物と、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を大腿四頭筋組織に送達することができた。活性化合物と、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を腓腹筋組織に送達することができた。活性化合物と、ステアリン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を心筋組織に送達することができた。活性化合物と、ジリノレイル、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、シス−DHAまたはツルビナル酸のいずれかとを含む組成物は、活性化合物を隔壁膜筋組織に送達することができた。
したがって:ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルから選択される脂質と、活性化合物とを含む組成物は、活性化合物を肝臓以外の細胞及び組織、例えば、筋細胞及び組織に送達する能力を有する。
治療または予防される特定の状態または疾患状態に依存して、当該状態を治療または予防するために通常に投与される追加の治療剤を、本開示のオリゴヌクレオチドと一緒に投与してもよい。例えば、化学療法剤または他の抗増殖剤を本開示のオリゴヌクレオチドと組み合わせて、増殖性疾患及びがんを治療してもよい。公知の化学療法剤の例としては、アドリアマイシン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、フルオロウラシル、トポテカン、タキソール、インターフェロン類、及び白金誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
使用例
一部の実施形態では、本開示は、脂質とオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を含む組成物の使用を包含する。一部の実施形態では、本開示は、提供される組成物を投与することを含む、標的位置にオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を送達するための方法を提供する。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を筋細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を組織内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を臓器内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、対象内の細胞中にオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を送達し、当該対象に提供される組成物を投与することを含む。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を細胞質内に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を核内に送達する。
一部の実施形態では、本開示は、細胞もしくは組織、または哺乳類(例えば、ヒト対象)内の細胞もしくは組織へのオリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤の送達に関係する方法に関し、当該方法は、生物活性剤及び脂質、以下から選択される1つ以上の追加の構成要素を含む組成物の使用に関する:ポリヌクレオチド、染料、挿入剤(例えばアクリジン)、架橋剤(例えばソラレンまたはマイトマイシンC)、ポルフィリン(例えばTPPC4、テキサフィリンまたはサフィリン)、多環芳香族炭化水素(例えばフェナジンまたはジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、EDTA、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、PEG(例えばPEG−40K)、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン(例えばビオチン)、輸送/吸収促進剤(例えばアスピリン、ビタミンE、または葉酸)、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、例えば糖タンパク質、もしくはペプチド、例えば共リガンドに対する特異的アフィニティを有する分子、もしくは抗体、例えば抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子、または薬剤。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と、C10−C60直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質とを含む組成物に関連する、組成物または方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質とを含む組成物に関連する、組成物または方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される脂質とを提供し、ここで、組成物は、哺乳類(例えば、ヒト対象)の筋細胞もしくは筋組織、または筋細胞もしくは筋組織へのオリゴヌクレオチドの送達に好適である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであり、及び提供される組成物は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであり、提供される組成物は、オリゴヌクレオチドの非キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を細胞または組織に送達する方法に関し、ここで、方法は、以下のステップを含む:オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と脂質とを含む組成物を提供すること、及び細胞または組織を組成物と接触させること。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤を対象に投与する方法に関し、ここで、方法は、以下のステップを含む:オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤と脂質とを含む組成物を提供すること、及び組成物を対象に投与すること。一部の実施形態では、脂質は、C10−C60の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C60の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは一本鎖RNAi剤は、その配列が細胞核酸中の標的要素に対し実質的に相補的な要素であるか、またはそれを含む、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、標的要素は、筋肉の疾患、障害、または状態に関連する配列要素であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、筋肉の疾患、障害また状態は、DMDである。一部の実施形態では、細胞核酸は、転写産物であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、細胞核酸は、一次転写産物であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、細胞核酸は、ゲノム核酸あるか、またはそれを含む。本開示は、ある特定の脂質及び他の化合物が、例えば、哺乳類またはヒト対象内の細胞及び組織への一本鎖RNAi剤の送達に有用であるという認識を包含する。そのような剤を送達するための多くの技術には、望ましい細胞または組織に標的化することができないという難点があり得る。
肝臓外の組織に一本鎖RNAi剤を送達することは、未だ困難である。Julianoは、臨床レベルでの進化にもかかわらず、in vivoで、特に肝臓部位外でオリゴヌクレオチドを効率的に送達するのは未だ大きな課題であると報告している。Juliano 2016 Nucl.Acids Res.Doi:10.1093/nar/gkw236。Louも、肝臓外の臓器にRNAi剤を送達することは、疾患宿主に対する技術を使用することの未だ最も大きなハードルであると報告している。Lou 2014 SciBX 7(48)、doi:10.1038/scibx.2014.1394。
本開示は、ある特定の脂質及び他の化合物が、非限定的な例で筋細胞及び筋組織を含む、肝臓外の細胞及び組織を含む、特定の細胞及び組織への、オリゴヌクレオチドを含む一本鎖RNAi剤の送達に特に有効であるということを含む、いくつかの驚くべき発見を包含するものである。
一部の実施形態では、提供される組成物は、望ましくない標的及び/または生物学的機能が抑制されるように、一本鎖RNA干渉系を変更する。一部の実施形態では、そのような例では、提供される組成物は、ハイブリダイゼーション後の転写産物の切断を誘導することもできる。
一部の実施形態では、提供される組成物は、所望される標的及び/または生物学的機能が強化されるように、一本鎖RNA干渉系を変更する。一部の実施形態では、提供される組成物は、化学修飾、立体化学及び/またはその組み合わせを組み込むことにより、接触後の標的転写産物の切断を効果的に抑制または妨害する。
一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分及び修飾ヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、2個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、3個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、4個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、5個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、10個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、15個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、20個以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態では、複数の各オリゴヌクレオチドは、25個以上の修飾糖部分を含む。
立体的に純粋なAPOC3 ASOは、立体化学の正確な制御を可能にする独自技術を使用して生成された。立体不規則的APOC3 ASO及び立体的に純粋なAPOC3 ASOが、in vitro及びin vivoで試験された。APOC3 ASOのin vitro効力は、Hep3Bヒト肝細胞を使用して測定された。GalNAcに複合体化されたAPOC3 ASOのin vivo活性は、ヒトAPOC3導入遺伝子を有するマウスを使用して測定された。マウスにAPOC3 ASOを皮下投与し、肝臓APOC3のmRNAレベルをqPCRによって測定し、血清中hApoC−IIIタンパク質レベルをELISAによって測定した。ASOの肝臓暴露は、ハイブリダイゼーションELISAによって測定された。
結果:
立体的に純粋なASO及び立体不規則的なASOは、同様のin vitro効力を有した。立体不規則的及び立体的に純粋なGalNAcに複合体化されたAPOC3 ASOはいずれも、ヒトAPOC3トランスジェニックマウスでの処置後1週間で、in vivoで90%を超える血清中hApoC−IIIのノックダウンを示した。しかしながら、立体的に純粋なASOでの処置は、立体不規則的ASOでの処置と比較して、効果持続期間を4週間延長した。ヒトAPOC3トランスジェニックマウスにおけるこれらのASOの用量反応試験は、3つ全てのASOについて、用量反応関係を示した。立体的に純粋なASOは、用量1mg/kgで、立体不規則的ASOよりも有意に活性が高かった。この用量で、立体不規則的ASOは、約45%の肝臓mRNAの減少及び70%の血清中hApoC−IIIタンパク質の減少を示したのに対し、立体的に純粋なASOは、75%のmRNAの減少及び90%の血清中hApoC−IIIタンパク質の減少を示した。ASOの肝臓暴露は、立体不規則的なASO及び立体的に純粋なASOについて、PK/PD相関関係を示した。更に、立体的に純粋なASOの肝臓暴露は、立体不規則的ASOよりも最大4.5倍大きかった。
ホスホロチオエート骨格の立体化学が正確に制御された立体的に純粋なAPOC3 ASOを生成した。立体不規則的APOC3 ASO及び立体的に純粋なAPOC3 ASOを、in vitro及びin vivoで試験した。APOC3 ASOのin vitro効力は、Hep3Bヒト肝細胞を使用して測定した。結果により、立体的に純粋な設計原則によって最適化された立体的に純粋なASOは、化学的に一致する立体不規則的ASOと同様のin vitro効力を有することが示された。GalNAcに複合体化されたAPOC3 ASOのin vivo活性を、ヒトAPOC3(hAPOC3)導入遺伝子を有するマウスを使用して測定した。マウスにAPOC3 ASOを皮下投与し、肝臓APOC3のmRNAレベルをqPCRによって測定し、血清中hApoC−IIIタンパク質レベルをELISAによって測定した。ASOの肝臓暴露は、ハイブリダイゼーションELISAによって測定した。立体的に純粋な及び立体不規則的なGalNAcに複合体化されたAPOC3 ASOはいずれも、ヒトAPOC3トランスジェニックマウスでの処置後1週間で、in vivoで90%を超える血清中hApoC−IIIのノックダウンを示した。しかしながら、最適化された立体的に純粋なASOでの処置は、立体不規則的ASOと比較して、効果持続期間を4週間延長した。ヒトAPOC3トランスジェニックマウスにおけるこれらのASOの用量反応試験は、3つ全てのASOについて、用量反応関係を示した。立体的に純粋なASOは、用量1mg/kgで、立体不規則的ASOよりも有意に活性が高かった。この用量で、立体不規則的ASOは、約45%の肝臓mRNAの減少及び70%の血清中hApoC−IIIタンパク質の減少を示したのに対し、立体的に純粋なASOは、75%のmRNAの減少及び90%の血清中hApoC−IIIタンパク質の減少を示した。ASOの肝臓暴露は、立体不規則的なASO及び立体的に純粋なASOについて、PK/PD相関関係を示した。更に、立体的に純粋なASOの肝臓暴露は、立体不規則的ASOよりも最大4.5倍大きかった。
これらの研究結果は、立体化学の制御が、APOC3 ASOの持続期間及び効力の両方を増大させ、それにより、臨床でAPOC3を標的化するASOの薬理学的特性が潜在的に向上することを示唆している。
オリゴヌクレオチド治療薬は、特定の遺伝子標的を調節するのに十分な量で目的の組織に到達する必要がある。オリゴヌクレオチドの立体化学の正確な設計及び制御が可能であるWaveの独自化学プラットフォームを用いて、本発明者らは、RNase H活性、安定性、免疫活性化、及び組織分布に及ぶアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)特性の範囲にキラリティーがどのように影響するのかを評価した。ジムノシス(すなわち、トランスフェクション剤を用いない、細胞による自由な取り込み)によって介在される関連ヒト細胞モデルでの表現型アッセイを使用して、標的調節を有する立体的に純粋なASO化合物をスクリーニングした。最適化された化学及び立体化学制御により、in vitroでASOの効力及び有効性を改善することができた。次いで、これらのリード分子を、ヒト遺伝子標的を発現する適切な動物モデルで評価した。肝細胞中のAPOC3を標的とする発見プログラムからデータを得た。新たに明らかになった証拠は、ジムノシスアッセイ条件を基準にして選択された立体的に純粋なASOが、in vivoにおいても、より良好な標的有効性を有し、このアプローチが、臨床候補に対して、より厳しい発見基準フィルターを提供し得ることを示唆している。
実施形態の例
とりわけ、本開示は、下記の実施形態例を提供する。
実施形態1
一本鎖RNAi剤であるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記一本鎖RNAi剤が、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
標的特異的なRNA干渉を誘導する能力を有し、
前記一本鎖RNAi剤が、少なくとも1つの非天然の塩基、糖、および/またはヌクレオチド間結合を含む、前記組成物。
実施形態2
前記一本鎖RNAi剤が、15〜49ヌクレオチドの長さを有する、実施形態1に記載の組成物。
実施形態3
前記一本鎖RNAi剤が、17〜25ヌクレオチドの長さを有する、実施形態1に記載の組成物。
実施形態4
前記一本鎖RNAi剤が、19〜23ヌクレオチドの長さを有する、実施形態1に記載の組成物。
実施形態5
一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
a)連続ヌクレオチドの要素
を含み、前記連続ヌクレオチドのそれぞれが、2’置換基を独立して含む、前記組成物。
実施形態6
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、15〜49ヌクレオチドの長さを有する、実施形態5に記載の組成物。
実施形態7
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、17〜25ヌクレオチドの長さを有する、実施形態5に記載の組成物。
実施形態8
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、19〜23ヌクレオチドの長さを有する、実施形態5に記載の組成物。
実施形態9
特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記特定のオリゴヌクレオチド型が、
a)共通の塩基配列および長さ(前記塩基配列は、標的遺伝子に相補的である)
b)骨格結合の共通パターン
c)骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴付けられ、
前記組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して前記組成物が富化されるという点においてキラル制御され、
前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチドの要素を含み、前記連続ヌクレオチドのそれぞれが、2’置換基を独立して含む、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
実施形態10
特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記特定のオリゴヌクレオチド型が、
a)共通の塩基配列および長さ、
b)骨格結合の共通パターン、
c)骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴付けられ、
前記組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して前記組成物が富化されるという点においてキラル制御され、
前記オリゴヌクレオチドが、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
標的特異的なRNA干渉を誘導する能力を有する、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
実施形態11
前記オリゴヌクレオチドが、15〜49ヌクレオチドの長さを有する、実施形態10に記載の組成物。
実施形態12
前記オリゴヌクレオチドが、17〜25ヌクレオチドの長さを有する、実施形態10に記載の組成物。
実施形態13
前記オリゴヌクレオチドが、19〜23ヌクレオチドの長さを有する、実施形態10に記載の組成物。
実施形態14
一本鎖RNAi剤であるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
前記一本鎖RNAi剤が、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
前記長さが、abababababという2’−修飾パターンを有する少なくとも約10個の連続ヌクレオチドの区間を含み、式中、aが、第1の型の2’−修飾を示し、bが、第2の型の2’−修飾を示し、第1の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、第2の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、それぞれの第1の型が、それぞれの第2の型と異なり、
前記一本鎖RNAi剤が、標的特異的なRNA干渉を誘導する能力を有する、前記組成物。
実施形態15
前記一本鎖RNAi剤が、15〜49ヌクレオチドの長さを有する、実施形態14に記載の組成物。
実施形態16
前記一本鎖RNAi剤が、17〜25ヌクレオチドの長さを有する、実施形態14に記載の組成物。
実施形態17
前記一本鎖RNAi剤が、19〜23ヌクレオチドの長さを有する、実施形態14に記載の組成物。
実施形態18
前記長さが、ababababababという2’修飾パターンを有する少なくとも約12個の連続ヌクレオチドの区間を含み、式中、aが、第1の型の2’−修飾を示し、bが、第2の型の2’−修飾を示し、第1の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、第2の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、それぞれの第1の型が、それぞれの第2の型と異なる、実施形態14〜17のいずれかに記載の組成物。
実施形態19
前記長さが、abababababababという2’修飾パターンを有する少なくとも約14個の連続ヌクレオチドの区間を含み、式中、aが、第1の型の2’−修飾を示し、bが、第2の型の2’−修飾を示し、第1の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、第2の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、それぞれの第1の型が、それぞれの第2の型と異なる、実施形態14〜18のいずれかに記載の組成物。
実施形態20
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含み、結合リンがSp配置をとる、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態21
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含み、結合リンがRp配置をとる、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態22
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態23
前記オリゴヌクレオチドが、Sp配置のホスホロチオエートを少なくとも1つ含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態24
前記オリゴヌクレオチドが、Rp配置のホスホロチオエートを少なくとも1つ含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態25
任意で置換されるピリミジン核酸塩基を含む、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて第1のヌクレオチドが、前記第1のヌクレオチドを次のヌクレオチドと連結するキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態26
ピリミジン核酸塩基を含む、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて第1のヌクレオチドが、前記第1のヌクレオチドを次のヌクレオチドと連結するSpキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態27
ピリミジン核酸塩基を含む、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて第1のヌクレオチドが、前記第1のヌクレオチドを次のヌクレオチドと連結するRpキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態28
ピリミジン核酸塩基を含む、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて第1のヌクレオチドが、前記第1のヌクレオチドを次のヌクレオチドと連結するホスホロチオエートを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。前記次のヌクレオチドが、ピリミジン核酸塩基を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態29
前記オリゴヌクレオチドが、ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオチドの直ぐ5’側に位置する少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態30
前記オリゴヌクレオチドが、ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオチドの直ぐ5’側に位置する少なくとも1つのSpキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態31
前記オリゴヌクレオチドが、ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオチドの直ぐ5’側に位置する少なくとも1つのRpキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態32
前記オリゴヌクレオチドが、ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオチドの直ぐ5’側に位置する少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態33
ピリミジン核酸塩基が、任意で置換される
Figure 2020522510
である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態34
ピリミジン核酸塩基が、
Figure 2020522510
である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態35
前記オリゴヌクレオチドの5’ヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態36
前記オリゴヌクレオチドの5’ヌクレオチド間結合が、Sp結合リンを含むヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態37
前記オリゴヌクレオチドの5’ヌクレオチド間結合が、Rp結合リンを含むヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態38
前記5’ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態39
前記オリゴヌクレオチドの3’ヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。前記オリゴヌクレオチドの3’ヌクレオチド間結合が、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態40
前記オリゴヌクレオチドの3’ヌクレオチド間結合が、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態41
前記オリゴヌクレオチドの3’ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態42
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含み、式中、Sがそれぞれ、S配置のキラル中心を含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態43
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態44
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態45
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態46
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含み、式中、Aがそれぞれ、アキラルなヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態47
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態48
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態49
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態50
骨格キラル中心の前記パターンが、Aを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態51
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態52
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態53
骨格キラル中心の前記パターンが、Aを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態54
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態55
骨格キラル中心の前記パターンが、Aを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態56
骨格キラル中心の前記パターンが、Sを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態57
骨格キラル中心の前記パターンが、Rを含み、式中、Rがそれぞれ、R配置のキラル中心を含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態58
骨格キラル中心の前記パターンが、Rを含み、式中、Rがそれぞれ、R配置のキラル中心を含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態59
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態60
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態61
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態62
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態63
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態64
骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態65
骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpOSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態66
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpOSpOSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpOSpOSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態67
骨格キラル中心の前記パターンが、OSpOSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態68
骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpOSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態69
骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpOSpOSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態70
骨格キラル中心の前記パターンが、OSpSpSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態71
骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpSpSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態72
骨格キラル中心の前記パターンが、OSpSpSpOSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態73
骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpOSpSpSpOSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが、天然のホスホジエステル結合を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態74
骨格キラル中心の前記パターンが、Rpを含み、式中、Rpがそれぞれ、Rp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態75
骨格キラル中心の前記パターンが、RpRpRpを含み、式中、Rpがそれぞれ、Rp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態76
キラルヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートジエステル結合である、実施形態59〜75のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態77
オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチド単位の要素を含み、前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、前記組成物。
実施形態78
第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記第1の複数のオリゴヌクレオチドが、
1)共通の塩基配列、
2)骨格結合の共通パターン、
3)1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)に独立して共通する立体化学
を共有し、
前記組成物が、前記組成物における前記第1の複数のオリゴヌクレオチドのレベルが所定のものであるという点においてキラル制御される、前記組成物。
実施形態79
前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチド単位の要素を含み、前記要素の前記ヌクレオチド単位の10%〜100%が、2’−置換を独立して含む、実施形態78に記載の組成物。
実施形態80
所定レベルが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの1%〜100%の割合である、実施形態78に記載の組成物。
実施形態81
所定レベルが、前記共通の塩基配列を共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの1%〜100%という割合である、実施形態78〜79のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態82
所定レベルが、前記共通の塩基配列、塩基修飾の前記共通パターン、糖修飾の前記共通パターン、および修飾ヌクレオチド間結合の前記共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの1%〜100%という割合である、実施形態78〜80のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態83
前記割合が、少なくとも1%である、実施形態78〜82のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態84
前記割合が、少なくとも5%である、実施形態78〜82のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態85
前記割合が、少なくとも10%である、実施形態78〜82のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態86
前記割合が、(90%)〜100%であり、式中、nが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態78〜82のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態87
前記割合が、少なくとも(91%)、少なくとも(92%)、少なくとも(93%)、少なくとも(94%)、少なくとも(95%)、少なくとも(96%)、少なくとも(97%)、少なくとも(98%)、または少なくとも(99%)である、実施形態78〜86のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態88
前記割合が、少なくとも(92%)である、実施形態78〜86のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態89
前記割合が、少なくとも(95%)である、実施形態78〜86のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態90
前記割合が、少なくとも(97%)である、実施形態78〜86のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態91
前記割合が、少なくとも(98%)である、実施形態78〜86のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態92
nが、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または少なくとも20である、実施形態86〜91のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態93
nが、25以下、30以下、40以下、または50以下である、実施形態92に記載の組成物。
実施形態94
nが、少なくとも5である、実施形態92または実施形態93に記載の組成物。
実施形態95
nが、少なくとも10である、実施形態92または実施形態93に記載の組成物。
実施形態96
nが、少なくとも15である、実施形態92または実施形態93に記載の組成物。
実施形態97
nが、少なくとも18である、実施形態92または実施形態93に記載の組成物。
実施形態98
前記キラル制御されたヌクレオチド間結合のそれぞれのジアステレオ純度の積が、前記レベルとして利用され、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度が、同じヌクレオチド間結合と、前記ヌクレオチド間結合に隣接する5’ヌクレオシドおよび3’ヌクレオシドと、を含む二量体であって、前記オリゴヌクレオチドと同等の方法の下で調製された前記二量体のジアステレオ純度によって示され、前記同等の方法が、前記オリゴヌクレオチドにおける前記キラル制御されたヌクレオチド間結合のものと、前記二量体のための試薬および反応条件を同一にした同じオリゴヌクレオチド調製サイクルを含む、実施形態87〜97のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態99
共通の塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、および/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である、実施形態78〜98のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態100
共通の塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、および/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも90%である、実施形態78〜99のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態101
共通の塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、および/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%である、実施形態78〜99のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態102
共通の塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、および/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも90%である、実施形態78〜101のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態103
オリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
a)共通の塩基配列および長さ、
b)キラル結合リンを含む少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含む共通の骨格結合パターン
を有し、
a)前記共通の塩基配列および長さ、b)前記共通の骨格結合パターン、ならびにc)前記少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)のキラル結合リンにおける、RpおよびSpから選択される特定の立体化学的配置、を有するオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列および長さ、ならびに同じ共通の骨格結合パターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して前記組成物が富化されるという点において、前記組成物がキラル制御され、
前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチド単位の要素を含み、前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
実施形態104
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態105
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態106
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態107
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態108
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態109
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態110
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態111
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも90%、または少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態112
前記要素の前記ヌクレオチド単位の少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、実施形態77〜103に記載の組成物。
実施形態113
オリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
a)共通の塩基配列および長さ、
b)キラル結合リンを含む少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含む共通の骨格結合パターン
を有し、
a)前記共通の塩基配列および長さ、b)前記共通の骨格結合パターン、ならびにc)前記少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)のキラル結合リンにおける、RpおよびSpから選択される特定の立体化学的配置、を有するオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列および長さ、ならびに同じ共通の骨格結合パターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して前記組成物が富化されるという点において、前記組成物がキラル制御され、
前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチド単位の要素を含み、前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を独立して含む、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
実施形態114
オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、連続ヌクレオチド単位の要素を含み、前記要素のヌクレオチド単位がそれぞれ、2’−置換を独立して含む、前記組成物。
実施形態115
前記要素が、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態116
前記要素が、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態117
前記要素が、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態118
前記要素が、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態119
前記要素が、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態120
前記要素が、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態121
前記要素が、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態122
前記要素が、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態123
前記要素が、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態124
前記要素が、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態125
前記要素が、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態126
前記要素が、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態127
前記要素が、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態128
前記要素が、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態129
前記要素が、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態130
前記要素が、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態131
前記要素が、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態132
前記要素が、少なくとも20個または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態133
前記要素が、少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位を含む、実施形態77〜114のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態134
前記オリゴヌクレオチドが、炭水化物部分を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態135
オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された炭水化物部分を含む、前記組成物。
実施形態136
炭水化物部分が、RCDである、実施形態134〜135のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態137
CDが、任意で置換された
Figure 2020522510
である、実施形態136に記載の組成物。
実施形態138
CDが、
Figure 2020522510
である、実施形態136に記載の組成物。
実施形態139
CDが、任意で置換された
Figure 2020522510
である、実施形態136に記載の組成物。
実施形態140
CDが、
Figure 2020522510
である、実施形態136に記載の組成物。
実施形態141
CDが、RCD−Hが
Figure 2020522510
となる構造のものである、実施形態136に記載の組成物。
実施形態142
前記オリゴヌクレオチドが、脂質部分を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態143
オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された脂質部分を含む、前記組成物。
実施形態144
脂質部分が、RLDである、実施形態142または実施形態143に記載の組成物。
実施形態145
LDが、
Figure 2020522510
である、実施形態144に記載の組成物。
実施形態146
前記オリゴヌクレオチドが、標的部分を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態147
オリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された標的部分を含む、前記組成物。
実施形態148
前記標的部分が、RTDである、実施形態142または実施形態143に記載の組成物。
実施形態149
前記部分が、核酸塩基Tに連結される、実施形態134〜148のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態150
前記部分が、前記リンカーと任意で一緒になって、Tのメチル基を置き換える、実施形態149に記載の組成物。
実施形態151
前記部分が、リンカーを介して連結される、実施形態134〜149のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態152
前記リンカーが、Lである、実施形態151に記載の組成物。
実施形態153
前記リンカーが、
Figure 2020522510
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態152に記載の組成物。
実施形態154
5’末端基であるRを含むオリゴヌクレオチドである化合物を含む、組成物。
実施形態155
式O−I:
Figure 2020522510
の構造を有する化合物またはその塩であって、式中:
が、5’末端基であり、
BAがそれぞれ、独立して、C1−30脂環式、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分、から選択される任意で置換される基であり、
がそれぞれ、独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
sが、0〜20であり、
Lがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyがそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
A環がそれぞれ、独立して、0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
がそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合であり、
zが、1〜1000であり、
3Eが、−L−または−L−L−であり、
3Eが、−R’、−L−R’、−OR’、または固形支持体であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、前記化合物またはその塩。
実施形態156
式O−I:
Figure 2020522510
の構造を有する化合物またはその塩であって、式中:
が、5’末端基であり、
BAがそれぞれ、独立して、C1−30脂環式、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分、から選択される任意で置換される基であり、
がそれぞれ、独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
sが、0〜20であり、
Lがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyがそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
A環がそれぞれ、独立して、0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
がそれぞれ、式I:
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を独立して有し、式中:
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wが、O、S、またはSeであり、
が、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、およびZがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
zが、1〜1000であり、
3Eが、−L−または−L−L−であり、
3Eが、−R’、−L−R’、−OR’、3’末端キャップ、または固形支持体であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、前記化合物またはその塩。
実施形態157
zが、少なくとも10である、実施形態155〜156のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態158
zが、少なくとも15である、実施形態155〜156のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態159
A環がそれぞれ、独立して
Figure 2020522510
であり、式中:
BAが、C1で連結され、
1s、R2s、R3s、R4s、およびR5sがそれぞれ、独立してRである、実施形態155〜158のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態160
A環がそれぞれ、独立して
Figure 2020522510
である、実施形態159に記載の化合物。
実施形態161
A環がそれぞれ、独立して
Figure 2020522510
であり、式中、R2sが、−OHではない、実施形態159に記載の化合物。
実施形態162
A環がそれぞれ、独立して
Figure 2020522510
であり、式中、R2sおよびR4sが、Rであり、前記2つのR基が、それらの間の介在原子と一緒になって環を形成する、実施形態159に記載の化合物。
実施形態163
BAがそれぞれ、独立して、C1−30脂環式、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態155〜162のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態164
BAがそれぞれ、独立して、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態155〜162のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態165
BAがそれぞれ、独立して、1〜10個のヘテロ原子を有するヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態155〜162のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態166
BAがそれぞれ、独立して、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換されるC5−30ヘテロアリール基である、実施形態155〜162のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態167
BAがそれぞれ、独立して、任意で置換または保護されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態155〜166のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態168
BAがそれぞれ、独立して、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態155〜166のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態169
3Eが、−Hである、実施形態155〜168のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態170
3Eが、−OHである、実施形態155〜168のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態171
3Eが、オリゴヌクレオチド合成のための固形支持体である、実施形態155〜168のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態172
3Eが、−L−である、実施形態155〜171のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態173
3Eが、共有結合である、実施形態155〜171のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態174
3Eが、−O−である、実施形態155〜171のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態175
zが、200以下である、実施形態155〜174のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態176
zが、100以下である、実施形態155〜175のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態177
zが、50以下である、実施形態155〜176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態178
が、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態であり、式中、PDBが、リン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、実施形態154〜177のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態179
が、−(E)−CH=CH−PDBであり、式中、PDBが、リン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態180
DBが、−OP(O)(OR)、−OP(O)(OR)(H)、−OP(O)(OR)(SR)、−OP(O)(OH)(OR)、−OP(O)(SH)(OR)、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(XR)、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)(R)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(R)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(H)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)(R)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(SR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)、または−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)である、実施形態154〜179のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態181
DBにおけるXがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、または共有結合である、実施形態180に記載の化合物。
実施形態182
DBにおけるLがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価のC1−6脂肪族であり、前記C1−6脂肪族では、1つ以上のメチレン単位が、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意かつ独立して置き換えられる、実施形態180〜181のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態183
が、−L−P(O)(XR)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態184
が、−L−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、Xがそれぞれ、独立して−O−、−S−、または共有結合である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態185
が、−L−P(O)(OR)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態186
が、−L−P(O)(OR)(SR)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態187
が、−L−P(O)(OR)(R)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態188
におけるLが、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価のC1−6脂肪族であり、前記C1−6脂肪族では、1つ以上のメチレン単位が、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意かつ独立して置き換えられる、実施形態181〜187のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態189
におけるRが、Hである、実施形態181〜188のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態190
が、−(E)−CH=CH−P(O)(OH)またはその塩形態である、実施形態154〜188のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態191
が、−L−R5sである、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態192
が、−X−L−Rである、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態193
におけるLが、任意で置換される二価または多価の
Figure 2020522510
基を含む、実施形態191または実施形態192に記載の化合物。
実施形態194
におけるLが、任意で置換される
Figure 2020522510
基を含む、実施形態191または実施形態192に記載の化合物。
実施形態195
におけるLが、
Figure 2020522510
基を含む、実施形態191または実施形態192に記載の化合物。
実施形態196
が、
Figure 2020522510
である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態197
におけるXが、−C(R)−である、実施形態196に記載の化合物。
実施形態198
におけるXが、−O−である、実施形態196に記載の化合物。
実施形態199
におけるXが、−S−である、実施形態196に記載の化合物。
実施形態200
におけるXが、−N(R)−である、実施形態196に記載の化合物。
実施形態201
におけるRがそれぞれ、独立して、−Hであるか、またはC1−10アルキル、C1−10アリル、およびC6−14アリールから選択される任意で置換される基である、実施形態178〜200のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態202
が、−CHOHである、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態203
が、−CHOP(O)(OH)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態204
が、−CHOP(O)(OH)Hまたはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態205
が、−CHOP(O)(OH)(SH)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態206
が、−CHOP(O)(OH)(OCHCHCH)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態207
が、−CHOP(O)(SH)OCHC(CHCHOP(O)(OH)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態208
が、−CHOP(O)(SH)OCHC(CHCHOP(O)(OH)(SH)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態209
が、−CHOP(O)(SH)OCHC(CHCHOP(O)(OH)(H)またはその塩形態である、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態210
におけるLが、−C(R)−O−であり、式中、Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、または任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態178〜189のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態211
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、−Hであるか、または任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態178〜189のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態212
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態178〜189のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態213
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、C1−4脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態210〜212のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態214
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、C1−3脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態210〜212のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態215
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、C1−2脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態210〜212のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態216
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、メチルである、実施形態210〜215のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態217
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、Rが、1つ以上のハロゲンで置換されたメチルである、実施形態210〜215のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態218
Lについて、−O−がPに連結される、実施形態210〜217のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態219
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−が、R配置を有する、実施形態210〜218のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態220
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−が、S配置を有する、実施形態210〜218のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態221
が、−(R)−CH(Me)−OHである、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態222
が、−(S)−CH(Me)−OHである、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態223
が、−(R)−CH(Me)−O−P(O)(OH)またはその塩形態である、実施形態154〜178および実施形態210〜220のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態224
が、−(S)−CH(Me)−O−P(O)(OH)またはその塩形態である、実施形態154〜178および実施形態210〜220のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態225
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態154〜224のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態226
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BAが、Tである、実施形態154〜225のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態227
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態226に記載の化合物。
実施形態228
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態229
REを含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する、実施形態154〜178のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態230
Xが、Oである、実施形態228〜229のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態231
BAが、Tである、実施形態228〜233のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態232
ヘテロ原子が、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素、およびケイ素から独立して選択される、実施形態155〜231のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態233
ヘテロ原子が、酸素、窒素、硫黄、およびリンから独立して選択される、実施形態155〜231のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態234
ヘテロ原子が、酸素、窒素、および硫黄から独立して選択される、実施形態155〜231のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態235
オリゴヌクレオチドの多量体である化合物であって、オリゴヌクレオチドがそれぞれ、独立して、先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは化合物である、前記化合物。
実施形態236
前記多量体のオリゴヌクレオチドモノマーがそれぞれ、独立して、実施形態155〜234のいずれか1つに記載の化合物である、実施形態235に記載の化合物。
実施形態237
オリゴヌクレオチドモノマーがそれぞれ、同じである、実施形態235〜236のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態238
少なくとも1つのオリゴヌクレオチドモノマーが、その他のオリゴヌクレオチドモノマーの少なくとも1つと異なる、実施形態235〜236のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態239
−[−L−(Rの構造を有する、化合物またはその塩。
実施形態240
[(A−L−Rの構造を有する、化合物またはその塩。
実施形態241
(A−L−(Aの構造を有する、化合物またはその塩。
実施形態242
前記化合物が、実施形態241に記載の化合物である、実施形態235〜238のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態243
(A−L−(Rの構造を有する、化合物またはその塩。
実施形態244
がそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(例えば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aが、1〜1000であり、
bが、1〜1000であり、
が、多価リンカーであり、
がそれぞれ、独立して、脂質部分、炭水化物部分、または標的化部分である、実施形態239〜243のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態245
がそれぞれ、独立してオリゴヌクレオチド部分であり(例えば、[H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、
aが、1〜1000であり、
bが、1〜1000であり、
がそれぞれ、独立して、RLD、RCD、またはRTDであり、
CDが、C1−100脂肪族基、および1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状または分枝状の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
LDが、C1−100脂肪族基から選択される任意で置換される直線状または分枝状の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
TDが、標的化部分であり、
がそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−100脂肪族基、および1〜30個のヘテロ原子を有するC1−100ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価もしくは多価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyがそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、実施形態239〜243のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態246
が、独立して、RLDまたはRCDである、実施形態239〜245のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態247
少なくとも1つのLが、−S−S−を含む、実施形態239〜246のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態248
少なくとも1つのLが、Cyを含む、実施形態239〜247のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態249
Cyが、
Figure 2020522510
基であるか、または前記基を含み、前記基が、二価または多価である、実施形態248に記載の化合物。
実施形態250
少なくとも1つのLが、任意で置換される二価の
Figure 2020522510
基を含む、実施形態239〜246のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態251
aが、1〜100であり、bが、1〜100である、実施形態239〜250のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態252
aが、1である、実施形態239〜251のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態253
bが、1である、実施形態239〜252のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態254
が、実施形態154〜234のいずれか1つに記載の化合物の一部分である([H]−Aまたは[H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)、実施形態239〜253のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態255
実施形態155〜238のいずれか1つに記載の化合物であって、前記化合物が、リンカーを任意で介して1つ以上の炭水化物部分、脂質部分、および/または標的化部分に連結される、前記化合物。
実施形態256
前記リンカーが、Lの構造を有し、前記部分がそれぞれ、独立してRである、実施形態255に記載の化合物。
実施形態257
前記化合物が、実施形態239〜254のいずれか1つに記載の化合物である、実施形態255〜256に記載の化合物。
実施形態258
前記化合物が、RCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態259
前記化合物が、リンカーを任意で介して核酸塩基に連結されたRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態260
任意で置換された
Figure 2020522510
であるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態261
Figure 2020522510
であるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態262
任意で置換された
Figure 2020522510
であるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態263
Figure 2020522510
であるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態264
Figure 2020522510
Figure 2020522510
から選択されるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態265
CD−Hが、
Figure 2020522510
となる構造のものであるRCD基を含む、実施形態239〜257のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態266
前記化合物が、脂質部分を含む、実施形態239〜265のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態267
前記化合物が、リンカーを任意で介して前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された脂質部分を含む、実施形態239〜266のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態268
脂質部分が、RLDである、実施形態239〜266のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態269
LDが、
Figure 2020522510
である、実施形態268に記載の化合物。
実施形態270
LDが、
Figure 2020522510
である、実施形態268に記載の化合物。
実施形態271
前記化合物が、標的部分を含む、実施形態239〜270のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態272
前記化合物が、リンカーを任意で介して核酸塩基に連結された標的部分を含む、実施形態239〜270のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態273
前記標的部分が、RTDである、実施形態271または実施形態272に記載の化合物。
実施形態274
前記標的部分が、RTDであり、式中、RTDが、RCDまたはRLDである、実施形態271または実施形態272に記載の化合物。
実施形態275
前記部分が、リンカーを任意で介して核酸塩基Tに連結される、実施形態239〜273のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態276
前記部分が、前記リンカーと任意で一緒になって、Tのメチル基を置き換える、実施形態275に記載の化合物。
実施形態277
前記リンカーが、Lである、実施形態255〜276のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態278
前記リンカーが、共有結合であるか、または
Figure 2020522510
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態277に記載の化合物。
実施形態279
前記オリゴヌクレオチドが、実施形態155〜278のいずれか1つに記載の化合物である、実施形態1〜154のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態280
が、−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5sであるか、またはその塩形態である、実施形態279に記載の組成物。
実施形態281
5’末端ヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜254のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態282
3’末端ヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜281のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態283
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜282のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態284
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜283のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態285
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ5’側に位置するヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜284のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態286
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ5’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜285のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態287
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む2つのヌクレオチド単位を連結するヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜286のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態288
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む2つのヌクレオチド単位を連結するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜287のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態289
ピリミジン核酸塩基が、シトシン、チミン、およびウラシルから選択される任意で置換される核酸塩基である、実施形態283〜288のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態290
ピリミジン核酸塩基が、シトシン、チミン、およびウラシルから選択される、実施形態283〜289のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態291
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む前記2つのヌクレオチド単位が、5’−UU−3’、5’−TU−3’、5’−CU−3’、5’−UT−3’、5’−TT−3’、5’−CT−3’、5’−UC−3’、5’−TC−3’、および5’−CC−3’から選択される、実施形態287または実施形態288に記載の組成物。
実施形態292
5’末端から数えて第2、第3、第4、第5、第6、第7、または第8のヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜291のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態293
5’末端から数えて第2、第3、第4、第5、第6、第7、および第8のヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜292のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態294
5’末端から数えて第9のヌクレオシド単位〜最後から数えて第3のヌクレオシド単位のいずれか1つの直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜293のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態295
5’末端から数えて第9のヌクレオシド単位〜最後から数えて第3のヌクレオシド単位のいずれか1つの直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態77〜294のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態296
非天然のヌクレオチド間結合が、任意でキラル制御されるキラルヌクレオチド間結合である、実施形態281〜295のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態297
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態298
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態299
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態300
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態301
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態302
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態303
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態304
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態305
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態306
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態307
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態308
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態309
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態310
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態311
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態312
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態313
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態314
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態315
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも20個または少なくとも21個のキラルヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態316
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態317
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態318
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態319
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態320
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態321
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態322
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態323
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態324
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態325
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態326
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態327
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態328
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態329
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態330
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態331
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態332
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態333
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態334
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態335
少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態336
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態337
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも10%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態338
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも15%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態339
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも20%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態340
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも25%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態341
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも30%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態342
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも35%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態343
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも40%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態344
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも45%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態345
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも50%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態346
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも55%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態347
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態348
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも65%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態349
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態350
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも70%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態351
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも75%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態352
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも80%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態353
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも85%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態354
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも90%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態355
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも95%が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態356
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも5個が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態357
前記キラルヌクレオチド間結合の少なくとも10個が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態358
キラルヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜334のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態359
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または21個含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態360
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも2つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態361
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも3つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態362
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも4つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態363
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも5つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態364
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも6つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態365
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも7つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態366
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも8つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態367
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも9つ含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態368
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも10個含み、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態369
キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態370
キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態371
キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも90%、または少なくとも95%が、Sp結合リンキラル中心を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態372
キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、Sp結合リンキラル中心を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態373
前記オリゴヌクレオチドが、Rp結合リンキラル中心を含むキラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、実施形態1〜371のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態374
キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%が、独立してRp結合リンキラル中心を含む、実施形態1〜371のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態375
5’末端ヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜374のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態376
3’末端ヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜375のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態377
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜375のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態378
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜375のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態379
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ5’側に位置するヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜378のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態380
ピリミジン核酸塩基を含むヌクレオシド単位の直ぐ5’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜378のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態381
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む2つのヌクレオチド単位を連結するヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜380のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態382
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む2つのヌクレオチド単位を連結するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜380のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態383
ピリミジン核酸塩基が、シトシン、チミン、およびウラシルから選択される任意で置換される核酸塩基である、実施形態377〜382のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態384
ピリミジン核酸塩基が、シトシン、チミン、およびウラシルから選択される、実施形態377〜382のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態385
ピリミジン核酸塩基をそれぞれが独立して含む前記2つのヌクレオチド単位が、5’−UU−3’、5’−TU−3’、5’−CU−3’、5’−UT−3’、5’−TT−3’、5’−CT−3’、5’−UC−3’、5’−TC−3’、および5’−CC−3’から選択される、実施形態381または実施形態382に記載の組成物。
実施形態386
5’末端から数えて第2、第3、第4、第5、第6、第7、または第8のヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜385のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態387
5’末端から数えて第2、第3、第4、第5、第6、第7、および第8のヌクレオシド単位の直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜385のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態388
5’末端から数えて第9のヌクレオシド単位〜最後から数えて第3のヌクレオシド単位のいずれか1つの直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜387のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態389
5’末端から数えて第9のヌクレオシド単位〜最後から数えて第3のヌクレオシド単位のいずれか1つの直ぐ3’側に位置するヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態297〜388のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態390
前記キラル制御されたヌクレオチド間結合が、Sp結合リンキラル中心を含む、実施形態375〜389のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態391
前記結合リンキラル中心が、前記組成物内で、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または少なくとも99.5%のジアステレオ純度を有する、実施形態359〜391のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態392
前記結合リンキラル中心が、前記組成物内で、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または少なくとも99.5%のジアステレオ純度を有する、実施形態359〜391のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態393
前記結合リンキラル中心が、前記組成物内で、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または少なくとも99.5%のジアステレオ純度を有する、実施形態359〜391のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態394
前記結合リンキラル中心が、前記組成物内で、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または少なくとも99.5%のジアステレオ純度を有する、実施形態359〜391のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態395
ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を独立して有し、式中:
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wが、O、S、またはSeであり、
が、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、およびZがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lが、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、1〜5つのヘテロ原子を有する二価のC−Cヘテロ脂肪族基、−C(R’)−、−Si(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−から選択される任意で置換される基で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyが、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−20脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
異なる原子上の2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態396
前記オリゴヌクレオチドが、1つ以上の非天然のヌクレオチド間結合を含み、非天然のヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I:
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を独立して有し、式中:
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wが、O、S、またはSeであり、
が、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、およびZがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lが、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、1〜5つのヘテロ原子を有する二価のC−Cヘテロ脂肪族基、−C(R’)−、−Si(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−から選択される任意で置換される基で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyが、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−20脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、
Figure 2020522510
が、−O−P(O)(OH)−O−またはその塩形態ではない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態397
前記オリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含み、キラルヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I:
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を独立して有し、式中:
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、前記P原子が、キラルであり、
Wが、O、S、またはSeであり、
が、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、およびZがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lが、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、1〜5つのヘテロ原子を有する二価のC−Cヘテロ脂肪族基、−C(R’)−、−Si(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−から選択される任意で置換される基で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyが、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−20脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態398
前記オリゴヌクレオチドが、キラル制御されたヌクレオチド間結合を1つ以上含み、キラル制御されたヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I:
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を独立して有し、式中:
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、前記P原子が、キラルであり、
Wが、O、S、またはSeであり、
が、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO、−Si(R)、−OR、−SR、または−N(R)であり、
X、Y、およびZがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
Lが、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、1〜5つのヘテロ原子を有する二価のC−Cヘテロ脂肪族基、−C(R’)−、−Si(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−から選択される任意で置換される基で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyが、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−20脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−20ヘテロ脂肪族、C6−20アリール、C6−20アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−20アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態399
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Pが、P(=W)であり、式中、Wが、Oである、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態400
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Pが、P(=W)であり、式中、Wが、Sである、実施形態395〜399のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態401
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Pが、Pである、実施形態395〜400のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態402
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Pが、P→B(R’)である、実施形態395〜401のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態403
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Pが、P(=W)であり、式中、Wが、Oである、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態404
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Pが、P(=W)であり、式中、Wが、Sである、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態405
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Pが、Pである、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態406
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Pが、独立してP→B(R’)である、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態407
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Rが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態408
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Rが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態409
が、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルであり、少なくとも1つのヘテロ原子が、窒素である、実施形態407または実施形態408に記載の組成物。
実施形態410
が、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜6員のヘテロシクリルであり、少なくとも1つのヘテロ原子が、窒素である、実施形態407または実施形態408に記載の組成物。
実施形態411
が、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される3〜6員のヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態407または実施形態408に記載の組成物。
実施形態412
が、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員のヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態407または実施形態408に記載の組成物。
実施形態413
が、任意で置換される
Figure 2020522510
である、実施形態412に記載の組成物。
実施形態414
が、
Figure 2020522510
である、実施形態412に記載の組成物。
実施形態415
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Rが、−Si(R)である、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態416
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Rが、−Si(R)である、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態417
−Si(R)が、−SiMe(Ph)である、実施形態415または実施形態416に記載の組成物。
実施形態418
が、Rである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態419
が、Hである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態420
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Yが、Oである、実施形態395〜417のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態421
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Yが、Oである、実施形態395〜417のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態422
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Zが、Oである、実施形態395〜421のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態423
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Zが、Oであり、Yが、Oである、実施形態395〜421のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態424
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Zが、Oである、実施形態395〜422のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態425
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Xが、Oである、実施形態395〜424のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態426
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Xが、Sである、実施形態395〜425のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態427
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Xが、Oである、実施形態395〜424のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態428
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Xが、Sである、実施形態395〜424のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態429
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、Lのメチレン単位の少なくとも1つが、−N(R’)−で置き換えられる、実施形態395〜428のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態430
R’が、−C(O)Rである、実施形態429に記載の組成物。
実施形態431
R’が、−C(O)Meである、実施形態429に記載の組成物。
実施形態432
R’が、−Hである、実施形態429に記載の組成物。
実施形態433
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、Lの炭素原子の少なくとも1つが、Cyで置き換えられる、実施形態429〜432のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態434
Cyが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル環である、実施形態433に記載の組成物。
実施形態435
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される4〜6員のヘテロシクリル環であり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態433に記載の組成物。
実施形態436
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員のヘテロシクリル環であり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態433に記載の組成物。
実施形態437
前記ヘテロシクリル環が、飽和したものである、実施形態433〜436のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態438
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−C(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態395〜437のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態439
R’が、フェニルである、実施形態438に記載の組成物。
実施形態440
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態395〜439のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態441
R’が、フェニルである、実施形態440に記載の組成物。
実施形態442
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で置き換えられ、式中、R’がそれぞれ、独立して、任意で置換されるフェニルである、実施形態395〜440のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態443
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で置き換えられ、式中、R’がそれぞれ、フェニルである、実施形態395〜440のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態444
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、Lのメチレン単位の少なくとも1つが、−N(R’)−で置き換えられる、実施形態395〜443のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態445
R’が、−C(O)Rである、実施形態444に記載の組成物。
実施形態446
R’が、−C(O)Meである、実施形態444に記載の組成物。
実施形態447
R’が、−Hである、実施形態444に記載の組成物。
実施形態448
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、Lの炭素原子の少なくとも1つが、Cyで置き換えられる、実施形態395〜447のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態449
Cyが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリル環である、実施形態448に記載の組成物。
実施形態450
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される4〜6員のヘテロシクリル環であり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態448に記載の組成物。
実施形態451
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員のヘテロシクリル環であり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態448に記載の組成物。
実施形態452
前記ヘテロシクリル環が、飽和したものである、実施形態448〜451のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態453
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−C(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態395〜452のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態454
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−C(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、フェニルである、実施形態453に記載の組成物。
実施形態455
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態395〜454のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態456
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で置き換えられ、式中、1つのR’が、フェニルである、実施形態455に記載の組成物。
実施形態457
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で任意で置き換えられ、式中、R’がそれぞれ、独立して、任意で置換されるフェニルである、実施形態455に記載の組成物。
実施形態458
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基であり、前記C1−30脂肪族基では、少なくとも1つのメチレン単位が、−Si(R’)−で任意で置き換えられ、式中、R’がそれぞれ、独立してフェニルである、実施形態455に記載の組成物。
実施形態459
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、共有結合である、実施形態395〜443のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態460
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、共有結合である、実施形態395〜428のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態461
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基である、実施形態395〜443のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態462
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、Lが、任意で置換される直線状または分枝状の二価のC1−30脂肪族基である、実施形態395〜428のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態463
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−SHである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態464
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−SRであり、式中、Rが、水素ではない、実施形態395〜463のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態465
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−OHである、実施形態395〜406および実施形態463〜464のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態466
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−O−C(R’)−Cy−(H)である、実施形態395〜406および実施形態463〜465のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態467
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−O−C(R’)−Cy−(H)であり、式中、Cyが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態395〜406および実施形態463〜465のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態468
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される3〜6員の飽和ヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態467に記載の組成物。
実施形態469
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員の四価の飽和ヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態467に記載の組成物。
実施形態470
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、
Figure 2020522510
である、実施形態395〜406および実施形態463〜469のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態471
が、Rである、実施形態470に記載の組成物。
実施形態472
が、−CHである、実施形態470に記載の組成物。
実施形態473
1つのR’が、−Hである、実施形態470〜472のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態474
その他のR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態473に記載の組成物。
実施形態475
その他のR’が、フェニルである、実施形態473に記載の組成物。
実施形態476
その他のR’が、−CHSiPhMeである、実施形態473に記載の組成物。
実施形態477
1つのR’が、任意で置換されるC1−6アルキルである、実施形態470〜472のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態478
1つのR’が、メチルである、実施形態470〜472のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態479
その他のR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態477または実施形態478に記載の組成物。
実施形態480
その他のR’が、フェニルである、実施形態479に記載の組成物。
実施形態481
式Iの構造を有する少なくとも1つのヌクレオチド間結合について、−X−L−Rが、−O−C(R’)−C(R’)−Si(R)である、実施形態395〜406および実施形態463〜480のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態482
−X−L−Rが、−O−CHR’−C(R’)−Si(R)である、実施形態481に記載の組成物。
実施形態483
−X−L−Rが、−O−CHR’−CH−Si(R)である、実施形態481に記載の組成物。
実施形態484
−O−C(R’)−のR’の1つが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態481〜483のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態485
−O−C(R’)−のR’の1つが、1〜2つのヘテロ原子を有する任意で置換される4〜6員のヘテロシクリルである、実施形態484に記載の組成物。
実施形態486
−O−C(R’)−のR’の1つが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員のヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態484に記載の組成物。
実施形態487
−O−C(R’)−のR’の1つが、任意で置換される2’−ピロリジニルである、実施形態484に記載の組成物。
実施形態488
−Si(R)のRがそれぞれ、独立して、C1−6脂肪族およびフェニルから選択される任意で置換される基である、実施形態481〜487のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態489
−Si(R)が、−SiPhMeである、実施形態488に記載の組成物。
実施形態490
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−SHである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態491
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−SRであり、式中、R−1が、水素ではない、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態492
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−OHである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態493
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−O−C(R’)−Cy−(H)である、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態494
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−O−C(R’)−Cy−(H)であり、式中、Cyが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態495
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される3〜6員の飽和ヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態494に記載の組成物。
実施形態496
Cyが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員の飽和ヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態494に記載の組成物。
実施形態497
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、
Figure 2020522510
である、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態498
が、Rである、実施形態497に記載の組成物。
実施形態499
が、−CHである、実施形態497に記載の組成物。
実施形態500
1つのR’が、−Hである、実施形態497〜499のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態501
その他のR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態500に記載の組成物。
実施形態502
その他のR’が、フェニルである、実施形態500に記載の組成物。
実施形態503
その他のR’が、−CHSiPhMeである、実施形態500に記載の組成物。
実施形態504
1つのR’が、任意で置換されるC1−6アルキルである、実施形態470〜499のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態505
1つのR’が、メチルである、実施形態470〜499のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態506
その他のR’が、任意で置換されるフェニルである、実施形態504または実施形態505に記載の組成物。
実施形態507
その他のR’が、フェニルである、実施形態506に記載の組成物。
実施形態508
式Iの構造を有するヌクレオチド間結合のそれぞれについて、−X−L−Rが、−O−C(R’)−C(R’)−Si(R)である、実施形態395〜406のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態509
−X−L−Rが、−O−CHR’−C(R’)−Si(R)である、実施形態508に記載の組成物。
実施形態510
−X−L−Rが、−O−CHR’−CH−Si(R)である、実施形態508に記載の組成物。
実施形態511
−O−C(R’)−のR’の1つが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員のヘテロシクリルである、実施形態508〜510のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態512
−O−C(R’)−のR’の1つが、1〜2つのヘテロ原子を有する任意で置換される4〜6員のヘテロシクリルである、実施形態511に記載の組成物。
実施形態513
−O−C(R’)−のR’の1つが、ヘテロ原子の含有数が1以下である任意で置換される5員のヘテロシクリルであり、前記ヘテロ原子が、窒素である、実施形態511に記載の組成物。
実施形態514
−O−C(R’)−のR’の1つが、任意で置換される2’−ピロリジニルである、実施形態511に記載の組成物。
実施形態515
−Si(R)のRがそれぞれ、独立して、C1−6脂肪族およびフェニルから選択される任意で置換される基である、実施形態508〜514のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態516
−Si(R)が、−SiPhMeである、実施形態515に記載の組成物。
実施形態517
式Iの構造が、−O−P(O)(SH)−O−またはその塩形態である、実施形態395〜398のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態518
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、非天然のヌクレオチド間結合である、実施形態395〜517のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態519
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立してキラルヌクレオチド間結合である、実施形態397〜517のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態520
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態398〜517のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態521
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態77〜517のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態522
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態523
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態524
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態525
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態526
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態527
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態528
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態529
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態530
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態531
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態532
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態533
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態534
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも14個、または少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態535
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも15個の天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態536
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態537
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態538
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態539
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態540
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態541
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態542
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態543
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態544
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態545
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態546
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態547
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも13個、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態548
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも14個、または少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態549
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも15個の連続する天然リン酸結合をさらに含む、実施形態521に記載の組成物。
実施形態550
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、または少なくとも25個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態551
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも2つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態552
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも3つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態553
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも4つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態554
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも5つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態555
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも6つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態556
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも7つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態557
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも8つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態558
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも9つが、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態559
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも10個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態560
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも11個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態561
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも12個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態562
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも13個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態563
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも14個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態564
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも15個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態565
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも16個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態566
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも17個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態567
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも18個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態568
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも19個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態569
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも20個が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態570
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも3%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも97%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態571
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも10%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態572
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも15%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態573
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも20%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態574
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも25%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態575
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも30%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態576
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも35%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態577
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも40%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態578
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも45%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態579
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも50%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態580
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも55%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態581
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも60%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態582
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも65%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態583
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも70%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態584
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも75%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態585
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも80%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態586
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも85%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態587
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも90%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態588
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも95%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態589
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも97%が、2’−置換を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態590
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−Rである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態591
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−Fである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態592
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態593
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORであり、式中、Rが、任意で置換されるC1−6脂肪族である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態594
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORであり、Rが、任意で置換されるC1−6アルキルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態595
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORであり、式中、Rが、Meである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態596
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORであり、式中、Rが、−CHCHOMeである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態597
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、−L−であり、C2とその糖単位の別の炭素とがLによって連結される、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態598
前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、−L−であり、糖単位のC2とC4とがLによって連結される、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態599
−L−が、任意で置換されるC1−6アルキレンである、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態600
−L−が、任意で置換される−CHCH−である、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態601
−L−が、−CHCH−である、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態602
−L−が、−CH(Me)CH−である、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態603
−L−が、−(S)−CH(Me)CH−である、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態604
−L−が、−(R)−CH(Me)CH−である、実施形態597または実施形態598に記載の組成物。
実施形態605
前記オリゴヌクレオチドが、2つ以上の型の2’−置換を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態606
前記オリゴヌクレオチドが含む2’−置換の型の数が2であり、2を超えることはない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態607
前記オリゴヌクレオチドが含む2’−置換の型の数が2であり、2を超えることはなく、一方の型が2’−Fであり、もう一方の型が2’−ORであり、式中、Rが、任意で置換されるC1−6脂肪族である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態608
前記オリゴヌクレオチドが含む2’−置換の型の数が2であり、2を超えることはなく一方の型が2’−Fであり、もう一方の型が2’−ORであり、式中、Rが、任意で置換されるC1−6アルキルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態609
前記オリゴヌクレオチドが含む2’−置換の型の数が2であり、2を超えることはなく、一方の型が2’−Fであり、もう一方の型が2’−OMeである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態610
前記オリゴヌクレオチドが、2つ以上のヌクレオチド単位を含み、ヌクレオチド単位がそれぞれ、独立して、異なる型の2’−置換を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態611
2’−置換を含む前記ヌクレオチド単位が連続する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態612
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、または少なくとも25個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態613
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも2つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態614
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも3つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態615
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも4つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態616
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも5つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態617
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも6つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態618
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも7つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態619
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも8つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態620
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも9つが、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態621
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも10個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態622
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも11個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態623
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも12個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態624
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも13個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態625
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも14個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態626
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも15個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態627
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも16個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態628
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも17個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態629
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも18個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態630
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも19個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態631
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも20個が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態632
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも3%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも97%が、2’−置換を含まない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態633
2’−置換を含まない前記ヌクレオチド単位が連続する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態634
2’−置換を含まないヌクレオチド単位が、式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態635
2’−置換を含まないヌクレオチド単位がそれぞれ、式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を独立して含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態636
式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合が、−O−P(O)(SH)−O−またはその塩形態である、実施形態634または実施形態635に記載の組成物。
実施形態637
式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合がそれぞれ、−O−P(O)(SH)−O−またはその塩形態である、実施形態634または実施形態635に記載の組成物。
実施形態638
前記オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心の前記パターンが、(Sp)t(Rp)m(Sp)nを含み、t、m、およびnがそれぞれ、独立して1〜50である、実施形態633〜637のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態639
2’−置換を含まない前記連続ヌクレオチド単位の骨格キラル中心の前記パターンが、(Sp)t(Rp)m(Sp)nを含み、t、m、およびnがそれぞれ、独立して1〜50である、実施形態633〜637のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態640
mが、1である、実施形態638または実施形態639に記載の組成物。
実施形態641
tが、少なくとも2であり、mが、少なくとも2である、実施形態638、実施形態639、または実施形態640に記載の組成物。
実施形態642
tが、2、3、4、5、6、7、8、9、または10である、実施形態638〜641のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態643
tが、2である、実施形態638〜641のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態644
tが、3である、実施形態638〜641のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態645
tが、4である、実施形態638〜641のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態646
tが、5である、実施形態638〜641のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態647
nが、2、3、4、5、6、7、8、9、または10である、実施形態638〜646のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態648
nが、2である、実施形態638〜646のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態649
nが、3である、実施形態638〜646のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態650
nが、4である、実施形態638〜646のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態651
nが、5である、実施形態638〜646のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態652
t+m+nが、少なくとも8である、実施形態641に記載の組成物。
実施形態653
t+m+nが、少なくとも9である、実施形態641に記載の組成物。
実施形態654
t+m+nが、少なくとも10である、実施形態641に記載の組成物。
実施形態655
2’−置換を含まない前記連続ヌクレオチド単位が、2’−置換をそれぞれが独立して含む連続ヌクレオチド単位の5’末端ブロックに隣接する、実施形態633〜654のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態656
前記5’末端ブロックが、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態655に記載の組成物。
実施形態657
前記5’末端ブロックが、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態655に記載の組成物。
実施形態658
前記5’末端ブロックが、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態655に記載の組成物。
実施形態659
前記5’末端ブロックが、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態655に記載の組成物。
実施形態660
前記5’末端ブロックが含むヌクレオチド単位の数が5であり、5を超えることはない、実施形態655に記載の組成物。
実施形態661
前記5’末端のヌクレオチド単位がそれぞれ、2’−ORを独立して含む、実施形態 655〜660のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態662
が、任意で置換されるC1−6脂肪族である、実施形態660に記載の組成物。
実施形態663
が、任意で置換されるC1−6アルキルである、実施形態660に記載の組成物。
実施形態664
が、メチルである、実施形態660に記載の組成物。
実施形態665
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有する少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜664のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態666
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有する少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜664のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態667
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜666のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態668
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜666のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態669
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜668のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態670
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜668のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態671
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、実施形態655〜670のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態672
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜670のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態673
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜672のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態674
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜672のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態675
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜674のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態676
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜674のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態677
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、実施形態655〜676のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態678
前記5’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜676のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態679
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜678のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態680
前記5’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜678のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態681
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含む、実施形態655〜680のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態682
前記5’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態655〜680のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態683
式Iの構造を有する前記ヌクレオチド間結合が、−O−P(O)(SH)−O−またはその塩形態である、実施形態665〜682のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態684
前記5’末端ブロックが、1つ以上の天然リン酸結合を含む、実施形態655〜683のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態685
前記5’末端ブロックが、2つ以上の天然リン酸結合を含む、実施形態655〜683のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態686
前記5’ブロックの中で、5’ヌクレオチド単位ではないヌクレオチド単位または3’ヌクレオチド単位ではないヌクレオチド単位がそれぞれ、天然リン酸結合を含む、実施形態655〜685のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態687
2’−置換を含まない前記連続ヌクレオチド単位が、2’−置換をそれぞれが独立して含む連続ヌクレオチド単位の3’末端ブロックに隣接する、実施形態633〜686のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態688
前記3’末端ブロックが、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態687に記載の組成物。
実施形態689
前記3’末端ブロックが、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態687に記載の組成物。
実施形態690
前記3’末端ブロックが、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態687に記載の組成物。
実施形態691
前記3’末端ブロックが、少なくとも5つ、少なくとも6つ、または少なくとも7つのヌクレオチド単位を含む、実施形態687に記載の組成物。
実施形態692
前記3’末端ブロックが含むヌクレオチド単位の数が5であり、5を超えることはない、実施形態687に記載の組成物。
実施形態693
前記3’末端のヌクレオチド単位がそれぞれ、2’−ORを独立して含む、実施形態687〜692のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態694
が、任意で置換されるC1−6脂肪族である、実施形態692に記載の組成物。
実施形態695
が、任意で置換されるC1−6アルキルである、実施形態692に記載の組成物。
実施形態696
が、メチルである、実施形態692に記載の組成物。
実施形態697
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有する少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜696のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態698
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有する少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜696のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態699
前記3’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜698のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態700
前記3’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜698のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態701
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜700のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態702
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラルヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜700のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態703
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、実施形態687〜702のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態704
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜702のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態705
前記3’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜704のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態706
前記3’末端ブロックの3’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜704のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態707
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜706のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態708
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラル制御されたヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜706のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態709
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含む、実施形態687〜708のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態710
前記3’末端ブロックが、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を少なくとも1つ含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜708のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態711
前記3’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜710のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態712
前記3’末端ブロックの5’ヌクレオチド単位が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜710のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態713
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含む、実施形態687〜712のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態714
前記3’末端ブロックの最後のヌクレオチド間結合が、式Iの構造を有するキラル制御されたSpヌクレオチド間結合を含み、式中、Xが、Sである、実施形態687〜712のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態715
式Iの構造を有する前記ヌクレオチド間結合が、−O−P(O)(SH)−O−またはその塩形態である、実施形態687〜714のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態716
前記5’末端ブロックが、1つ以上の天然リン酸結合を含む、実施形態687〜715のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態717
前記5’末端ブロックが、2つ以上の天然リン酸結合を含む、実施形態687〜715のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態718
前記3’末端ブロックの中で、前記3’末端ブロックの第1のヌクレオチド間結合または最後のヌクレオチド間結合ではないヌクレオチド間結合がそれぞれ、天然リン酸結合である、実施形態687〜717のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態719
前記オリゴヌクレオチドが、固形支持体に連結される、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態720
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチド合成に適した固形支持体に連結される、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態721
前記オリゴヌクレオチドが、固形支持体に連結されない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態722
前記オリゴヌクレオチドが、一本鎖オリゴヌクレオチドである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態723
前記オリゴヌクレオチドが、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10個、またはそれ以上の連続ヌクレオチド単位の要素を含有せず、前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を含まない、実施形態77〜632のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態724
前記オリゴヌクレオチドが、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10個、またはそれ以上の連続ヌクレオチド単位の第1の要素(前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を独立して含む)と、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10個、またはそれ以上の連続ヌクレオチド単位の第2の要素(前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を含まない)と、を含有する、実施形態77〜632のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態725
前記オリゴヌクレオチドが、8つ、9つ、または10個、またはそれ以上の連続ヌクレオチド単位の第1の要素(前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を独立して含む)と、8つ、9つ、または10個、またはそれ以上の連続ヌクレオチド単位の第2の要素(前記連続ヌクレオチド単位のそれぞれが、2’置換基を含まない)と、含有する、実施形態77〜632のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態726
前記オリゴヌクレオチドが、標的RNAおよびAgo2酵素を含む系と接触すると、前記オリゴヌクレオチドが存在するときに、前記オリゴヌクレオチドが存在しないときと比較して標的RNAまたはそのコードタンパク質のレベルが顕著に低下する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態727
前記オリゴヌクレオチドが、標的RNAおよびRISCを含む系と接触すると、前記オリゴヌクレオチドが存在するときに、前記オリゴヌクレオチドが存在しないときと比較して標的RNAまたはそのコードタンパク質のレベルが顕著に低下する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態728
前記系が、in vitroのAgo2 RNAiアッセイである、実施形態726に記載の組成物。
実施形態729
前記系が、細胞である、実施形態726に記載の組成物。
実施形態730
前記系が、組織である、実施形態726に記載の組成物。
実施形態731
前記系が、臓器である、実施形態726に記載の組成物。
実施形態732
前記系が、対象である、実施形態726に記載の組成物。
実施形態733
標的RNAまたはそのコードタンパク質のレベルが、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%低下する、実施形態726〜732のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態734
前記オリゴヌクレオチドが、前記標的RNAとハイブリダイズする、実施形態726〜733のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態735
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、前記標的RNAにおける塩基配列に対して少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%相補的である、実施形態726〜733のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態736
前記オリゴヌクレオチドの5’核酸塩基が、ミスマッチである、実施形態735に記載の組成物。
実施形態737
前記オリゴヌクレオチドの3’末端に位置する最後の2つの核酸塩基のうちの1つまたは両方が、ミスマッチである、実施形態735または実施形態736に記載の組成物。
実施形態738
少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続ヌクレオチド単位の要素の塩基配列が、前記標的RNAにおける塩基配列に100%相補的である、実施形態733〜737のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態739
前記オリゴヌクレオチドが、標的RNAおよびRNase H酵素を含む系と接触すると、前記オリゴヌクレオチドが存在するときに、前記オリゴヌクレオチドが存在しないときと比較して標的RNAまたはそのコードタンパク質のレベルが顕著に低下するという点において前記オリゴヌクレオチドが特徴付けられる、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態740
前記系が、in vitroのRNase Hアッセイである、実施形態739に記載の組成物。
実施形態741
前記系が、細胞である、実施形態739に記載の組成物。
実施形態742
前記系が、組織である、実施形態739に記載の組成物。
実施形態743
前記系が、臓器である、実施形態739に記載の組成物。
実施形態744
前記系が、対象である、実施形態739に記載の組成物。
実施形態745
標的RNAまたはそのコードタンパク質のレベルが、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%低下する、実施形態739〜744のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態746
前記オリゴヌクレオチドが、前記標的RNAとハイブリダイズする、実施形態739〜745のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態747
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、前記標的RNAにおける塩基配列に対して少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%相補的である、実施形態726〜745のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態748
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、前記標的RNAにおける塩基配列に100%相補的である、実施形態726〜745のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態749
前記オリゴヌクレオチドのGC含量が、約50%超、約55%超、約60%超、約65%超、約70%超、約75%超、または約80%超である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態750
ヌクレオチド単位がそれぞれ、核酸塩基を独立して含み、前記核酸塩基が、任意で置換または保護されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態751
前記オリゴヌクレオチドが、標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態752
前記オリゴヌクレオチドが、標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的結合配列が、表1Aに示される配列もしくは配列の一部であるか、または前記配列もしくは配列の一部を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態753
前記オリゴヌクレオチドが、標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、ApoC3のmRNA前駆体(pre−mRNA)またはRNAにおける配列である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態754
前記オリゴヌクレオチドが、標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、PNPLA3のmRNA前駆体(pre−mRNA)またはRNAにおける配列である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態755
前記標的結合配列が、1〜20個の核酸塩基の長さを有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態756
前記標的結合配列が、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または20個の塩基の長さを有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態757
前記標的結合配列が、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または20個の塩基の長さを有し、塩基がそれぞれ、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態758
前記標的結合配列が、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、または20個の塩基の長さを有し、塩基がそれぞれ、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態759
前記標的配列が、1つ以上のアレル部位を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態760
アレル部位が、SNPである、実施形態759に記載の組成物。
実施形態761
アレル部位が、SNP rs738409である、実施形態759に記載の組成物。
実施形態762
アレル部位が、変異である、実施形態759に記載の組成物。
実施形態763
前記標的配列が、2つのSNPを含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態764
前記標的配列が、アレル部位を含み、前記標的結合配列が、疾患関連アレルの前記標的配列に完全に相補的であるが、前記疾患との関連性が低いアレルのものには完全に相補的ではない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態765
前記オリゴヌクレオチドが、複数のアレルが集団内に存在する標的核酸配列の転写産物と結合するオリゴヌクレオチドであり、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対して前記アレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、特定のアレルを定義する前記特徴的な配列要素に相補的な配列であるか、または前記配列を含み、
前記オリゴヌクレオチドが、標的核酸配列の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物、またはそれによりコードされるタンパク質を、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制するという点において、前記オリゴヌクレオチドが特徴付けられる、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態766
前記オリゴヌクレオチドが、標的核酸配列の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物を、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制するという点において、前記オリゴヌクレオチドが特徴付けられる、実施形態764に記載の組成物。
実施形態767
前記オリゴヌクレオチドが、複数のアレルが集団内に存在する標的核酸配列の転写産物と結合するオリゴヌクレオチドであり、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対してそのアレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、特定のアレルを定義する前記特徴的な配列要素を含む転写産物の標的配列に完全に相補的な標的結合配列であるか、または前記標的結合配列を含み、
前記オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸配列の転写産物を含む系と接触すると、前記オリゴヌクレオチドが、前記特定のアレルまたはそのコードタンパク質の転写産物を、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態768
系が、細胞である、実施形態764〜767のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態769
系が、組織である、実施形態764〜767のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態770
系が、臓器である、実施形態764〜767のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態771
系が、生物体である、実施形態764〜767のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態772
前記系が、Ago2を含む、実施形態764〜771のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態773
前記系が、RNase Hを含む、実施形態764〜772のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態774
前記特徴的な配列要素が、1つ以上のSNPおよび/または変異を含む、実施形態764〜773のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態775
前記特徴的な配列要素が、1つ以上のSNPを含む、実施形態764〜773のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態776
前記特徴的な配列要素が、2つのSNPを含む、実施形態764〜773のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態777
前記特徴的な配列要素が、SNP rs738409を含む、実施形態764〜773のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態778
前記オリゴヌクレオチドの塩基配列が、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチド(例えば、表1Aにおけるもの)の配列であるか、または前記配列を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態779
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチド(例えば、表1Aにおけるもの)の配列の標的配列と特異的にハイブリダイズする、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態780
ミスマッチの存在数が、1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、6以下、7以下、8以下、9以下、または10以下である、実施形態779に記載の組成物。
実施形態781
本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチド(例えば、表1Aにおけるもの)の配列内のミスマッチの存在数が、1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、6以下、7以下、8以下、9以下、または10以下である、実施形態779または実施形態780に記載の組成物。
実施形態782
本明細書に開示の任意のオリゴヌクレオチド(例えば、表1Aにおけるもの)の配列内のミスマッチの存在数が、1以下である、実施形態779または実施形態780に記載の組成物。
実施形態783
転写産物またはそれによってコードされるタンパク質のレベルおよび/または活性を低減するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物と前記転写産物を接触させることを含み、前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記転写産物の標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含む、前記方法。
実施形態784
核酸配列のレベルまたは活性を低減するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を、前記核酸配列を含む系に投与することを含み、前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記核酸配列における標的配列と同一の標的結合配列、または前記標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含む、前記方法。
実施形態785
転写産物またはそのコードタンパク質のレベルおよび/または活性を低減するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を、前記転写産物を発現する系に投与することを含み、前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記転写産物における標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含む、前記方法。
実施形態786
複数のアレルが集団内に存在する核酸配列に由来する転写産物をアレル特異的に抑制するための方法であって、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対してそのアレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、前記方法が、
前記標的核酸配列の転写産物を含む試料を、先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物と接触させるステップ
を含み、
前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記核酸配列における標的配列と同一の標的結合配列、または前記標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、特定のアレルを定義する特徴的な配列要素を含み、
前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別のアレルと、の両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物が、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制される、前記方法。
実施形態787
複数のアレルが集団内に存在する核酸配列に由来する転写産物をアレル特異的に抑制するための方法であって、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対してそのアレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、前記方法が、
先行実施形態のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を、前記標的核酸配列の転写産物を含む対象に投与するステップ
を含み、
前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記核酸配列における標的配列と同一の標的結合配列、または前記標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、特定のアレルを定義する特徴的な配列要素を含み、
前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別のアレルと、の両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物が、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制される、前記方法。
実施形態788
前記接触が、前記特定のアレルの転写産物を前記組成物が抑制可能であると決定された条件の下で実施される、実施形態786〜787のいずれか1つに記載の方法。
実施形態789
前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別のアレルと、の両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物を、あるレベルで抑制し、前記あるレベルが、
a)前記組成物が存在しないときと比較して高いレベル、
b)同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベル、または
c)前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても高いレベル
である、実施形態786〜788のいずれか1つに記載の方法。
実施形態790
前記特定のアレルの転写産物の抑制が、前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても高いレベルで生じる、実施形態786〜789のいずれか1つに記載の方法。
実施形態791
前記特定のアレルの転写産物の抑制が、前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍、または少なくとも10倍高いレベルで生じる、実施形態786〜790のいずれか1つに記載の方法。
実施形態792
前記特定のアレルの転写産物の抑制が、前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍、または少なくとも10倍高いレベルで生じる、実施形態786〜791のいずれか1つに記載の方法。
実施形態793
前記オリゴヌクレオチドが、
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
の構造を有するか、または前記構造を含み、
前記オリゴヌクレオチドが、複数のヌクレオシド(それぞれ、N1〜N27のいずれかによって独立して示される)および複数のヌクレオチド間結合(それぞれ、PX0〜PX12のいずれかによって独立して示される)を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態794
前記オリゴヌクレオチドが、
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
の構造もしくはその塩の構造を有するか、または前記構造もしくはその塩の構造を含み、
式中:
N1〜N27がそれぞれ、独立してヌクレオシド残基であり、
PX1〜PX26がそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合であり、
PX0が、−H、−OH、−LPX−H、または−L−Hであり、
PXが、ヌクレオチド間結合の構造を有し、
Lが、本開示に記載のものであり、
zzが0のとき、PX27が、−H、−OH、−LPX−H、または−L−Hであり、zzが0でないとき、PX27が、−O−、−LPX−、または−L−であり、
mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、およびwzが、独立して0〜10であり、
N26−PX26−N27−PX27が、3’末端ジヌクレオチドであり、
CAPが、3’末端キャップであり、
yzおよびzzが、独立して、0または1である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態795
一本鎖RNAi剤の構造のシード領域が、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−、またはN4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−によって示される、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態796
−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−、または−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が、ポストシード領域を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態797
前記ヌクレオチド間結合が、修飾ヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態798
前記提供される一本鎖RNAi剤が、3’末端ジヌクレオチド(N26−PX26−N27−PX27)yzを含み、3’末端キャップを含まず、式中、yz=1かつzz=0である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態799
前記提供される一本鎖RNAi剤が、3’末端キャップ(CAP)zzを含み、3’末端ジヌクレオチド(N26−PX26−N27−PX27)yzを含まず、yz=0かつzz=1である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態800
5’−PX0−N1−PX1−が、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−が、シード領域を示し、−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態801
5’−PX0−N1−PX1−が、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−が、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzが、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態802
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−が、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−が、シード領域を示し、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzが、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態803
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−が、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−が、シード領域を示し、−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzが、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態804
5’−PX0−N1−PX1−が、5’末端領域を示し、−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−が、シード領域を示し、−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzが、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態805
5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−が、5’末端領域を示し、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−が、シード領域を示し、−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wzが、ポストシード領域を示し、−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’が、3’末端(または3’末端領域)を示す、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態806
mz+nz+pzの合計が、8〜20の整数である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態807
ポストシード領域が、mfmfmfmfmfmfm、mfmfmfmfmfm、mfmfmfmfm、mfmfmfm、mfmfm、mfm、fmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfm、fmfmfmfm、fmfmfm、およびfmfmのいずれかの修飾パターンを有する糖の区間を含み、式中、mが、2’−OMeであり、fが、2’−Fである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態808
ポストシード領域が、dddfdfdfdfdfd、dddfdfdfdfd、dddfdfdfd、dddfdfd、dddfd、dfdfdfdfdfdfd、fdfdfdfdfdfd、fdfdfdfdfd、fdfdfdfd、fdfdfd、およびfdfdのいずれかの修飾パターンを有する糖の区間を含み、式中、dが、2’−デオキシであり、fが、2’−Fである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態809
前記ポストシード領域が、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOOX、OOOOOOOOXX、OOOOOOOOXXX、OOOOOOOOXXXX、OOOOOOOOXXXXX、OOOOOOOOXXXXXX、OOOOOOOXXX、OOOOOOOXXXX、OOOOOOOXXXXX、OOOOOOOXXXXXX、OOOOOOX、OOOOOOXXXX、OOOOOOXXXXX、OOOOOOXXXXXX、OOOOOX、OOOOOXXX、OOOOOXXXX、OOOOOXXXXX、OOOOOXXXXXX、OOOOX、OOOOXXX、OOOOXXXX、OOOOXXXXXX、OOOX、OOOXO、OOOXOOXXXXX、OOOXOX、OOOXOXO、OOOXOXOXXX、OOOXXX、OOOXXXX、OOOXXXXX、OOOXXXXXX、OOXOOXXXXX、OOXOXOXXX、OOXXXXX、OOXXXXXX、OXOOOXOXOX、OXOOOXOXOXX、OXOOOXOXOXXX、OXOOXXXXX、OXOXOOO、OXOXOOOO、OXOXOXOO、OXOXOXOOOO、OXOXOXXX、OXOXOXXX、OXOXOXXXXXX、OXOXXXXXX、OXXXXXX、OXXXXXX、XOOOXO、XOOOXOO、XOOOXOOX、XOOOXOOXX、XOOOXOOXXX、XOOOXOOXXXX、XOOOXOOXXXXX、XOOOXOX、XOOOXOXO、XOOOXOXOX、XOOOXOXOX、XOOOXOXOXX、XOOOXOXOXX、XOOOXOXOXXX、XOOOXOXOXXX、XOOXXXXX、XOXOOO、XOXOOOX、XOXOOOXO、XOXOOOXOX、XOXOOOXOXO、XOXOOOXOXOX、XOXOOOXOXOXX、XOXOOOXOXOXXX、XOXOXOOO、XOXOXOOOO、XOXOXOX、XOXOXOXOO、XOXOXOXOOO、XOXOXOXOOOO、XOXOXOXX、XOXOXOXXX、XOXOXOXXXX、XOXOXOXXXXX、XOXOXOXXXXXX、XOXOXXX、XOXOXXXXXX、XOXXXXXX、XXOOOXOXOX、XXOOOXOXOXX、XXOOOXOXOXXX、XXXOOOXO、XXXOOOXOX、XXXOOOXOXO、XXXOOOXOXOX、XXXOOOXOXOXX、およびXXXOOOXOXOXXXのいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含み、式中、Oが、ホスホジエステルであり、Xが、立体不規則的ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態810
前記ポストシード領域が、OOOOOOS、OOOOOSO、OOOOSOO、OOOSOOO、OOSOOOO、OSOOOOO、OSOOOOOOS、OSOSOOOOOOS、OSOSOSOOOOOOS、OSOSOSOSOOOOOOS、OSOSOSOSS、OSOSOSOSSS、OSOSOSOSSSS、OSOSOSOSSSSS、OSOSOSOSSSSSS、OSOSOSOSSSSSSS、OSOSOSOSSSSSSSS、OSOSOSSSSSSSS、OSOSSSSSSSS、OSSSO、OSSSOS、OSSSOSS、OSSSOSSS、OSSSOSSSS、OSSSOSSSSS、OSSSOSSSSSS、OSSSOSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSSSS、OSSSS、OSSSSS、OSSSSSO、OSSSSSSSS、SOOOOOO、SOSOOOOOOS、SOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOSOO、SOSOSOSOSOOO、SOSOSOSOSOOOO、SOSOSOSOSOOOOO、SOSOSOSOSOOOOOO、SOSOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSSS、SOSOSOSSSS、SOSOSOSSSSS、SOSOSOSSSSSS、SOSOSOSSSSSSS、SOSOSOSSSSSSSS、SOSOSSSSSSSS、SOSSSSSSSS、SS、SSS、SSSO、SSSS、SSSSO、SSSSS、SSSSSO、SSSSSS、SSSSSSS、およびSSSSSSSSのいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含み、式中、Oが、ホスホジエステルであり、Sが、Sp配置のホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態811
前記ポストシード領域が、少なくとも1つの2’−デオキシを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態812
前記ポストシード領域が、少なくとも1つの2’−デオキシを含み、少なくとも1つの2’−デオキシが、ポストシード領域の最も3’側に位置する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態813
前記ポストシード領域が、少なくとも1つの2’−デオキシを含み、少なくとも1つの2’−デオキシが、ポストシード領域の最も3’側の位置し、前記2’−デオキシが、GalNAc部分である追加の化学的部分を含むようにさらに修飾され得る、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態814
前記ポストシード領域が、少なくとも1つの2’−デオキシを含み、少なくとも1つの2’−デオキシが、ポストシード領域の最も3’側に位置し、前記2’−デオキシが、リンカーを含むようにさらに修飾され得る、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態815
前記ポストシード領域が、少なくとも1つの2’−デオキシを含み、少なくとも1つの2’−デオキシが、ポストシード領域の最も3’側に位置し、前記2’−デオキシが、リンカーと、GalNAc部分である追加の化学的部分と、を含むようにさらに修飾され得る、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態816
前記ポストシード領域が、GalNAc部分である追加の化学的部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態817
前記ポストシード領域が、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質から選択される、GalNAc部分である追加の化学的部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態818
前記ポストシード領域が、GalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態819
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まない、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態820
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態821
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N27が、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態822
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26およびN27がそれぞれ、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態823
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、2’−デオキシである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態824
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態825
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、リンカー、GalNAc部分、またはリンカーおよびGalNAc部分をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態826
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、切断不可能なリンカー、GalNAc部分、または切断不可能なリンカーおよびGalNAc部分をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態827
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、リンカー、GalNAc部分、またはリンカーおよびGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態828
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化されたリンカー、前記塩基に複合体化されたGalNAc部分、または前記塩基に複合体化されたリンカーおよびGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態829
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化されたリンカー、前記塩基に複合体化されたGalNAc部分、または前記塩基に複合体化されたリンカーおよびGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態830
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化された切断不可能なリンカー、前記塩基に複合体化されたGalNAc部分、または前記塩基に複合体化された切断不可能なリンカーおよびGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態831
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化された切断不可能なリンカー、前記塩基に複合体化されたGalNAc部分、または前記塩基に複合体化された切断不可能なリンカーおよびGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態832
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、リンカー、炭水化物、またはリンカーおよび炭水化物をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態833
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、切断不可能なリンカー、炭水化物、または切断不可能なリンカーおよび炭水化物をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態834
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、リンカー、炭水化物、またはリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態835
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化されたリンカー、前記塩基に複合体化された炭水化物、または前記塩基に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態836
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化されたリンカー、前記塩基に複合体化された炭水化物、または前記塩基に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態837
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化された切断不可能なリンカー、前記塩基に複合体化された炭水化物、または前記塩基に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態838
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドの塩基に複合体化された切断不可能なリンカー、前記塩基に複合体化された炭水化物、または前記塩基に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態839
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、リンカー、炭水化物、またはリンカーおよび炭水化物をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態840
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、式中、N26が、切断不可能なリンカー、炭水化物、または切断不可能なリンカーおよび炭水化物をさらに含む2’−デオキシTである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態841
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、リンカー、炭水化物、またはリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態842
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態843
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態844
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態845
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態846
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホジエステルである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態847
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホジエステルである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態848
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホジエステルである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態849
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホジエステルである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態850
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態851
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化されたリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態852
前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態853
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ヌクレオチドのヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカー、ヌクレオチド間結合に複合体化された炭水化物、またはヌクレオチド間結合に複合体化された切断不可能なリンカーおよび炭水化物を含み、前記ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態854
前記オリゴヌクレオチドが、GaNC6Tを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態855
5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、GaNC6Tを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態856
前記オリゴヌクレオチドが、脂質をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態857
前記オリゴヌクレオチドが、直接的に塩基に複合体化された脂質、またはリンカーを介して塩基に複合体化された脂質をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態858
前記オリゴヌクレオチドが、直接的に塩基に複合体化された脂質、またはリンカーを介して塩基に複合体化された脂質をさらに含み、前記塩基が、Tである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態859
前記オリゴヌクレオチドが、直接的に塩基に複合体化された脂質をさらに含み、前記塩基が、Tである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態860
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して塩基に複合体化された脂質をさらに含み、前記塩基が、Tである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態861
前記オリゴヌクレオチドが、lmUを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態862
前記オリゴヌクレオチドが、GalNAc部分および脂質をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態863
前記オリゴヌクレオチドが、GalNAc部分およびlmUをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態864
前記オリゴヌクレオチドが、GaNC6TおよびlmUをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態865
前記オリゴヌクレオチドが、−(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ジヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、前記RNAi剤が、3’末端キャップを含まず、(N26−PX26−N27−PX27)yzが、式VI−aまたは式VI−bの構造によって示され、式中、yz=1であり、ThおよびUr=チミン核酸塩基またはウラシル核酸塩基である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態866
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−OMeであり、N27が、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態867
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシであり、N27が、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態868
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシであり、N27が、2’−OMeであり、N26が、リンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態869
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、リンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態870
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシであり、N27が、2’−OMeであり、N26が、追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態871
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシTであり、N27が、2’−OMe Uであり、N26が、追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態872
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、標的化部分、脂質、炭水化物、およびGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態873
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシであり、N27が、2’−OMeであり、N26が、標的化部分、脂質、炭水化物、およびGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態874
前記オリゴヌクレオチドが、(N26−PX26−N27−PX27)yzによって示される3’末端ヌクレオチドを含み、式中、yz=1であり、N26が、2’−デオキシTであり、N27が、2’−OMe Uであり、N26が、標的化部分、脂質、炭水化物、およびGalNAc部分から選択される追加の化学的部分に複合体化されたリンカーを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態875
少なくとも1つの薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態876
前記組成物が、非経口投与のために製剤化される、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態877
前記組成物が、液体である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態878
前記組成物が、約5〜8のpHを有する液体である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態879
前記組成物が、対象への送達に適した液体である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態880
前記組成物が、固体である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態881
前記組成物が、粉末である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態882
前記組成物が、ケーキである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態883
前記組成物が、凍結乾燥保護剤をさらに含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態884
前記組成物が、容器内に入れられる、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態885
前記オリゴヌクレオチドが、塩基に連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態886
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して塩基に連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態887
前記オリゴヌクレオチドが、切断不可能なリンカーを介して塩基に連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態888
前記オリゴヌクレオチドが、アミノ修飾リンカーを介して塩基に連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態889
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から2番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基にリンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態890
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から2番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基に切断不可能なリンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態891
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から2番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基にアミノ修飾リンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態892
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から3番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基にリンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態893
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から3番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基に切断不可能なリンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態894
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの最後から3番目のヌクレオチド(5から3’の方向に数えたときのもの)の塩基にアミノ修飾リンカーを介して連結されたGalNAc部分を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態895
前記オリゴヌクレオチドが、第2のオリゴヌクレオチドに複合体化される、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態896
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有し、第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドもまた、RNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態897
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有し、第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態898
前記オリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有し、第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態899
前記オリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンおよび/またはRNA干渉を誘導する能力を有し、第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンおよび/またはRNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態900
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドに複合体化される、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態901
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有し、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドもまた、RNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態902
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有し、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態903
前記オリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンを誘導する能力を有し、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態904
前記オリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンおよび/またはRNA干渉を誘導する能力を有し、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドに複合体化され、前記第2のオリゴヌクレオチドが、RNase H介在性ノックダウンおよび/またはRNA干渉を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態905
前記オリゴヌクレオチドが、5’−Me OH、5’−Me PO、5’−Me PS、または5’−Me PHを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態906
前記オリゴヌクレオチドが、5’−Me OH、5’−Me PO、5’−Me PS、または5’−Me PHを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態907
前記オリゴヌクレオチドが、5’−Me OH DNA T、5’−Me PO DNA T、5’−Me PS DNA T、または5’−Me PH DNA Tを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態908
前記オリゴヌクレオチドが、5’−Me OH DNA T、5’−Me PO DNA T、5’−Me PS DNA T、または5’−Me PH DNA Tを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態909
PX0−N1−が、5’−Me OH DNA T、5’−Me PO DNA T、5’−Me PS DNA T、または5’−Me PH DNA Tのいずれかである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態910
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(R)−Me OH、5’−(R)−Me PO、5’−(R)−Me PS、または5’−(R)−Me PHを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態911
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(R)−Me OH、5’−(R)−Me PO、5’−(R)−Me PS、または5’−(R)−Me PHを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態912
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(R)−Me OH DNA T、5’−(R)−Me PO DNA T、5’−(R)−Me PS DNA T、または5’−(R)−Me PH DNA Tを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態913
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(R)−Me OH DNA T、5’−(R)−Me PO DNA T、5’−(R)−Me PS DNA T、または5’−(R)−Me PH DNA Tを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態914
PX0−N1−が、5’−(R)−Me OH DNA T、5’−(R)−Me PO DNA T、5’−(R)−Me PS DNA T、または5’−(R)−Me PH DNA Tのいずれかである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態915
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(S)−Me OH、5’−(S)−Me PO、5’−(S)−Me PS、または5’−(S)−Me PHを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態916
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(S)−Me OH、5’−(S)−Me PO、5’−(S)−Me PS、または5’−(S)−Me PHを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態917
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(S)−Me OH DNA T、5’−(S)−Me PO DNA T、5’−(S)−Me PS DNA T、または5’−(S)−Me PH DNA Tを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態918
前記オリゴヌクレオチドが、5’−(S)−Me OH DNA T、5’−(S)−Me PO DNA T、5’−(S)−Me PS DNA T、または5’−(S)−Me PH DNA Tを含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態919
PX0−N1−が、5’−(S)−Me OH DNA T、5’−(S)−Me PO DNA T、5’−(S)−Me PS DNA T、または5’−(S)−Me PH DNA Tのいずれかである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態920
前記オリゴヌクレオチドが、C3PO、Mod022、POMod023、PXMod023、PHMod023、V−a〜V−eのいずれか、II−a〜II−lのいずれか、またはIII−a〜III−lのいずれか、のうちのいずれかである構造を含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態921
前記オリゴヌクレオチドが、C3PO、Mod022、POMod023、PXMod023、PHMod023、V−a〜V−eのいずれか、II−a〜II−lのいずれか、またはIII−a〜III−lのいずれか、のうちのいずれかである構造を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態922
前記オリゴヌクレオチドが、C3PO、Mod022、POMod023、PXMod023、PHMod023、V−a〜V−eのいずれか、II−a〜II−lのいずれか、またはIII−a〜III−lのいずれか、のうちのいずれかである構造を含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態923
PX0−N1−が、C3PO、Mod022、POMod023、PXMod023、PHMod023、V−a〜V−eのいずれか、II−a〜II−lのいずれか、またはIII−a〜III−lのいずれか、のうちのいずれかである構造のいずれかである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態924
前記オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオチド(5’末端に位置するヌクレオチド)が、DNAである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態925
前記オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオチド(5’末端に位置するヌクレオチド)が、DNA Tである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態926
前記オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオチド(5’末端に位置するヌクレオチド)が、2’−OMeである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態927
前記オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオチド(5’末端に位置するヌクレオチド)が、2’−Fである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態928
前記オリゴヌクレオチドが、5’−OH DNA、5’−OH DNA T、5’−PO DNA、5’−PO DNA T、5’−PO 2’OMe、5’OH 2’−OMe、5’−OH 2’−F、5’−PO 2’−Fのいずれかである構造を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態929
前記オリゴヌクレオチドが、5’−OH DNA、5’−OH DNA T、5’−PO DNA、5’−PO DNA T、5’−PO 2’OMe、5’OH 2’−OMe、5’−OH 2’−F、5’−PO 2’−Fのいずれかである構造を含む5’末端領域を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態930
PX0−N1−が、5’−OH DNA、5’−OH DNA T、5’−PO DNA、5’−PO DNA T、5’−PO 2’OMe、5’OH 2’−OMe、5’−OH 2’−F、5’−PO 2’−Fのいずれかである構造のいずれかである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態931
前記オリゴヌクレオチドが、2つの2’−Fを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態932
前記オリゴヌクレオチドが、5’末端から数えて2番目の位置に2’−Fを含み、5’末端から数えて14番目の位置に2’−Fを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態933
前記オリゴヌクレオチドが、脂質を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態934
前記オリゴヌクレオチドが、塩基に複合体化された脂質を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態935
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して塩基に複合体化された脂質を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態936
前記オリゴヌクレオチドが、5’末端から数えて9番目の位置および/または11番目の位置でリンカーを介して塩基に複合体化された脂質を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態937
前記オリゴヌクレオチドが、アレル特異的な抑制を媒介する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態938
前記オリゴヌクレオチドが、アレル特異的な抑制を媒介する能力を有し、障害と関係または関連する変異配列とマッチする位置を含む塩基配列を有し、前記位置が、前記障害と関係または関連しない野生型配列とはマッチしない、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態939
前記オリゴヌクレオチドが、アレル特異的な抑制を媒介する能力を有し、障害と関係または関連する変異配列とマッチする位置を含む塩基配列を有し、前記位置が、前記障害と関係または関連しない野生型配列とはマッチせず、前記位置が、5’末端から数えて14番目または17番目の位置である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態940
前記オリゴヌクレオチドが、アレル特異的な抑制を媒介する能力を有し、障害と関係または関連する変異配列とマッチする2つの位置を含む塩基配列を有し、前記2つの位置が、前記障害と関係または関連しない野生型配列とはマッチせず、前記位置が、5’末端から数えて14番目または17番目の位置である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態941
前記オリゴヌクレオチドが、PNPLA3のアレル特異的な抑制を媒介する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態942
前記オリゴヌクレオチドのGC含量が、約74%以下である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態943
前記オリゴヌクレオチドのGC含量が、約52%〜約74%である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態944
前記オリゴヌクレオチドのGC含量が、約55%〜約74%である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態945
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも10ヌクレオチドの連続GC区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態946
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも11ヌクレオチドの連続GC区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態947
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態948
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態949
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも5つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態950
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも6つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態951
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも7つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態952
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも8つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態953
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも9つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態954
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記オリゴヌクレオチドが、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも10個連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態955
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態956
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも5つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態957
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも6つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態958
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも7つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態959
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも8つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態960
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも9つ連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態961
前記オリゴヌクレオチドが、RNA干渉とRNaseH介在性ノックダウンとの両方を誘導する能力を有し、前記ポストシード領域が、2’−デオキシヌクレオチドが少なくとも10個連続する区間を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態962
前記オリゴヌクレオチドが、LNAを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態963
前記オリゴヌクレオチドが、LNAと、キラル制御されたヌクレオチド間結合と、を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態964
前記オリゴヌクレオチドが、LNAと、Sp配置のホスホロチオエートと、を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態965
前記オリゴヌクレオチドが、LNAと、Rp配置のホスホロチオエートと、を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態966
前記オリゴヌクレオチドが、LNAと、Rp配置のホスホロチオエートと、Sp配置のホスホロチオエートと、を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態967
前記組成物のオリゴヌクレオチドまたは前記化合物が、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態968
中性のヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態969
中性のヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、前記キラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの配置がRpであるか、またはSpであるかは問われない、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態970
非負荷電ヌクレオチド間結合が、ホスホロアミダート結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態971
非負荷電ヌクレオチド間結合が、グアニジン部分を含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態972
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式Iの構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態973
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式Iの構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態974
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式I−n−1の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態975
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I−n−1の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態976
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式I−n−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態977
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I−n−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態978
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式I−n−3の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態979
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I−n−3の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態980
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式I−n−3の構造またはその塩形態を有し、式中、一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、もう一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、がそれらの間の介在原子と一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、または多環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態981
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I−n−3の構造またはその塩形態を独立して有し、式中、一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、もう一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、がそれらの間の介在原子と一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、または多環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態982
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式I−n−3の構造またはその塩形態を有し、式中、一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、もう一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、がそれらの間の介在原子と一緒になることで、窒素原子の含有数が2以下である任意で置換される5員の単環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態983
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式I−n−3の構造またはその塩形態を独立して有し、式中、一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、もう一方の−N(R’)に由来する1つのR’と、がそれらの間の介在原子と一緒になることで、窒素原子の含有数が2以下である任意で置換される5員の単環式環を形成する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態984
形成される前記環が、飽和環である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態985
形成される前記環が、部分不飽和の環である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態986
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式IIの構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態987
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式IIの構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態988
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−a−1の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態989
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−a−1の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態990
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−a−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態991
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−a−2の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態992
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−b−1の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態993
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−b−1の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態994
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−b−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態995
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−b−2の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態996
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−c−1の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態997
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−c−1の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態998
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−c−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態999
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−c−2の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1000
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−d−1の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1001
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−d−1の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1002
非負荷電ヌクレオチド間結合が、式II−d−2の構造またはその塩形態を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1003
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、式II−d−2の構造またはその塩形態を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1004
非負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、同じ構造を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1005
適用可能な場合、前記複数のオリゴヌクレオチドにおける、非負荷電ヌクレオチド間結合ではないヌクレオチド間結合がそれぞれ、式Iの構造を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1006
前記複数のオリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチド間結合がそれぞれ、式Iの構造を独立して有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1007
非負荷電ヌクレオチド間結合が、
Figure 2020522510
の構造を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1008
非負荷電ヌクレオチド間結合が、
Figure 2020522510
の構造を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1009
非負荷電ヌクレオチド間結合が、
Figure 2020522510
の構造を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1010
非負荷電ヌクレオチド間結合ではない式Iのヌクレオチド間結合またはその塩形態のそれぞれについて、Xが、独立して、OまたはSであり、−L−Rが、−Hである(それぞれ、天然リン酸結合またはホスホロチオエート結合)、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1011
前記複数のオリゴヌクレオチドにホスホロチオエート結合が存在するのであれば、そのそれぞれが、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1012
少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1013
少なくとも1つの非負荷電ヌクレオチド間結合が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1014
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、前記組成物の状態において1つ以上の非中性ヌクレオチド間結合が、塩形態として独立して存在する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1015
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、前記組成物の状態において1つ以上の負荷電ヌクレオチド間結合が、塩形態として独立して存在する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1016
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、前記組成物の状態において1つ以上の負荷電ヌクレオチド間結合が、金属塩として独立して存在する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1017
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、前記組成物の状態において負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、金属塩として独立して存在する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1018
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、前記組成物の状態において負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、ナトリウム塩として独立して存在する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1019
前記複数のオリゴヌクレオチドが、塩として存在し、負荷電ヌクレオチド間結合がそれぞれ、独立して、天然リン酸結合(その中性形態は、−O−P(O)(OH)−Oである)またはホスホロチオエートヌクレオチド間結合(その中性形態は、−O−P(O)(SH)−Oである)である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1020
Zが、−L−G−である、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1021
Gが、Pに連結される、実施形態1020に記載の組成物または化合物。
実施形態1022
Gが、−O−である、実施形態1020〜1021のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1023
Gが、−S−である、実施形態1020〜1021のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1024
Gが、−N(R’)−である、実施形態1020〜1021のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1025
Gが、−NH−である、実施形態1020〜1021のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1026
が、任意で置換されるメチレンである、実施形態1020〜1025のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1027
が、−C(R’)−である、実施形態1020〜1025のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1028
が、−CH−である、実施形態1020〜1025のいずれか1つに記載の組成物または化合物。
実施形態1029
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書の開示の任意の配列、構造、もしくは形式(またはその一部)を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1030
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書の開示の任意の配列、構造、もしくは形式(またはその一部)を含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1031
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の構造を2つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1032
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の構造を3つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1033
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の構造を4つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1034
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の構造を5つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1035
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の配列、および本明細書に開示の任意の構造を含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1036
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の配列を含み、本明細書に開示の任意の構造を2つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1037
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の配列を含み、本明細書に開示の任意の構造を3つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1038
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の配列を含み、本明細書に開示の任意の構造を4つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1039
前記オリゴヌクレオチドが、本明細書に開示の任意の配列を含み、本明細書に開示の任意の構造を5つ以上含み、構造が、本明細書に開示の任意の5’末端構造、5’末端領域、第1の領域、第2の領域、ならびに3’末端領域(3’末端ジヌクレオチドおよび/または3’末端キャップであり得る)、任意選択の追加の化学的部分(限定されないが、標的化部分、炭水化物、GalNAc部分、および脂質が挙げられる)、立体化学または立体化学パターン、修飾または修飾パターン、ヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合のパターン、糖(複数可)の修飾または糖の修飾パターン、塩基(複数可)の修飾または塩基の修飾パターンである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1040
前記オリゴヌクレオチドが、前記組成物に追加で含まれる第2のオリゴヌクレオチドに少なくとも部分的に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドと前記第2のオリゴヌクレオチドとが、少なくとも部分的に二重鎖を形成する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1041
前記オリゴヌクレオチドが、前記組成物に追加で含まれる第2のオリゴヌクレオチドに少なくとも部分的に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドと前記第2のオリゴヌクレオチドが、少なくとも部分的に二本鎖オリゴヌクレオチドを形成する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1042
前記オリゴヌクレオチドが、前記組成物に追加で含まれる第2のオリゴヌクレオチドに相補的であり、前記オリゴヌクレオチドと前記第2のオリゴヌクレオチドとが、二重鎖を形成する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1043
前記オリゴヌクレオチドが、前記組成物に追加で含まれる第2のオリゴヌクレオチドに相補的であり、前記オリゴヌクレオチドと前記第2のオリゴヌクレオチドとが、二本鎖オリゴヌクレオチドを形成する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1044
前記組成物が、容器内に入れられ、前記容器が、バイアルである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態1045
前記組成物が、容器内に入れられ、前記容器が、シリンジである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態1046
先行実施形態のいずれか1つに記載の、オリゴヌクレオチド。
実施形態1047
対象におけるACVR2B関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、ACVR2Bを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1048
前記ACVR2B関連障害が、筋骨格疾患または筋骨格障害と、筋萎縮または筋ジストロフィーと、糖質コルチコイド(コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、またはプレドニゾロンなど)での治療、神経の外傷に起因する脱神経、あるいは変性性神経障害、代謝性神経障害、または炎症性神経障害(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬剤に対する曝露)の結果、あるいはミオパチー(ミオトニーなど)、のいれずれかの結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、先天性ミオパチー(ネマレン(nemalene)ミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー、および筋細管(中心核)ミオパチーが挙げられる)と、ミトコンドリアミオパチーと、家族性周期性四肢麻痺と、炎症性ミオパチーと、代謝性ミオパチー(糖原病または脂質蓄積症によって引き起こされるものなど)と、皮膚筋炎と、多発性筋炎と、封入体筋炎と、骨化性筋炎と、横紋筋融解症およびミオグロビン尿症と、筋ジストロフィー症候群(デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス型筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、肩甲上腕型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、福山型筋ジストロフィー、先天性筋ジストロフィー、または遺伝性遠位型ミオパチーなど)と、骨粗鬆症、骨折、低身長、または小人症と、成人運動ニューロン疾患、乳児脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多源性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動神経障害、脳卒中または脊髄損傷に起因する四肢麻痺、外傷に起因する骨格不動化、臥床の長期化、随意的不活動、不随意的不活動、代謝ストレスまたは栄養不足、がん、AIDS、絶食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下、セントラルコア病、熱傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、硬変などが例として挙げられる)、敗血症、腎不全、鬱血性心不全、加齢、宇宙旅行または無重力環境で過ごした時間、の結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、筋肉減弱症、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化、動脈硬化、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢性黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、および加齢性難聴と、代謝障害(II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖、および肥満が挙げられる)、あるいは急性および/または慢性の腎疾患または腎不全、肝線維症または肝硬変、がん(乳癌など)、パーキンソン病と、悪液質、リウマチ性関節炎と関連する悪液質、およびがんと関連する悪液質と、神経細胞死と関連する状態(ALS、脳萎縮、または認知症など)、および貧血と、筋萎縮を引き起こす障害、または筋萎縮と関連する障害と、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1049
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1050
前記方法が、前記ACVR2B関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1051
前記第2の剤が、ACVR2Bを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1052
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1053
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、ACVR2Bを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1054
前記ACVR2B関連障害が、筋骨格疾患または筋骨格障害と、筋萎縮または筋ジストロフィーと、糖質コルチコイド(コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、またはプレドニゾロンなど)での治療、神経の外傷に起因する脱神経、あるいは変性性神経障害、代謝性神経障害、または炎症性神経障害(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬剤に対する曝露)の結果、あるいはミオパチー(ミオトニーなど)、のいれずれかの結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、先天性ミオパチー(ネマレン(nemalene)ミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー、および筋細管(中心核)ミオパチーが挙げられる)と、ミトコンドリアミオパチーと、家族性周期性四肢麻痺と、炎症性ミオパチーと、代謝性ミオパチー(糖原病または脂質蓄積症によって引き起こされるものなど)と、皮膚筋炎と、多発性筋炎と、封入体筋炎と、骨化性筋炎と、横紋筋融解症およびミオグロビン尿症と、筋ジストロフィー症候群(デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス型筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、肩甲上腕型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、福山型筋ジストロフィー、先天性筋ジストロフィー、または遺伝性遠位型ミオパチーなど)と、骨粗鬆症、骨折、低身長、または小人症と、成人運動ニューロン疾患、乳児脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多源性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動神経障害、脳卒中または脊髄損傷に起因する四肢麻痺、外傷に起因する骨格不動化、臥床の長期化、随意的不活動、不随意的不活動、代謝ストレスまたは栄養不足、がん、AIDS、絶食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下、セントラルコア病、熱傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、硬変などが例として挙げられる)、敗血症、腎不全、鬱血性心不全、加齢、宇宙旅行または無重力環境で過ごした時間、の結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、筋肉減弱症、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化、動脈硬化、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢性黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、平均余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、および加齢性難聴と、代謝障害(II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖、および肥満が挙げられる)、あるいは急性および/または慢性の腎疾患または腎不全、肝線維症または肝硬変、がん(乳癌など)、パーキンソン病と、悪液質、リウマチ性関節炎と関連する悪液質、およびがんと関連する悪液質と、神経細胞死と関連する状態(ALS、脳萎縮、または認知症など)、および貧血と、筋萎縮を引き起こす障害、または筋萎縮と関連する障害と、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1055
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1056
前記方法が、前記ACVR2B関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1057
前記第2の剤が、ACVR2Bを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1058
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1059
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、ACVR2Bであり、前記オリゴヌクレオチドが、ACVR2Bを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1060
ACVR2B関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1061
ACVR2B関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1062
対象におけるAPOB関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、APOBを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1063
前記APOB関連障害が、代謝障害、心血管疾患、アテローム性動脈硬化、脳卒中、心疾患、冠動脈疾患(CAD)、冠動脈心疾患(CHD)、脂質異常症、HDL/LDLコレステロールの不均衡、高脂血症、家族性高脂血症(FCHL)、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、低βリポタンパク質血症、高コレステロール血症、脂質誘導性の小胞体ストレス、糖尿病、およびインスリン抵抗性から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1064
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1065
前記方法が、前記APOB関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1066
前記第2の剤が、APOBを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1067
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1068
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、APOBを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1069
前記APOB関連障害が、代謝障害、心血管疾患、アテローム性動脈硬化、脳卒中、心疾患、冠動脈疾患(CAD)、冠動脈心疾患(CHD)、脂質異常症、HDL/LDLコレステロールの不均衡、高脂血症、家族性高脂血症(FCHL)、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、低βリポタンパク質血症、高コレステロール血症、脂質誘導性の小胞体ストレス、糖尿病、およびインスリン抵抗性から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1070
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1071
前記方法が、前記APOB関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1072
前記第2の剤が、APOBを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1073
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1074
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、APOBであり、前記オリゴヌクレオチドが、APOBを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1075
APOB関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1076
APOB関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1077
対象におけるAPOC3関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、APOC3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1078
前記APOC3関連障害が、アテローム性動脈硬化または脂質異常症、トリグリセリドレベルの上昇、コレステロールレベルの上昇、遊離脂肪酸の上昇、および糖尿病、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1079
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1080
前記方法が、前記APOC3関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1081
前記第2の剤が、APOC3を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1082
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1083
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、APOC3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1084
前記APOC3関連障害が、アテローム性動脈硬化または脂質異常症、トリグリセリドレベルの上昇、コレステロールレベルの上昇、遊離脂肪酸の上昇、および糖尿病、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1085
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1086
前記方法が、前記APOC3関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1087
前記第2の剤が、APOC3を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1088
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1089
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、APOC3であり、前記オリゴヌクレオチドが、APOC3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1090
APOC3関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1091
APOC3関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1092
対象におけるKRT14関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、KRTを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1093
前記KRT14関連障害が、単純型表皮水疱症および網状色素性皮膚症から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1094
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1095
前記方法が、前記KRT14関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1096
前記第2の剤が、KRTを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1097
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1098
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、KRTを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1099
前記KRT14関連障害が、単純型表皮水疱症および網状色素性皮膚症から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1100
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1101
前記方法が、前記KRT14関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1102
前記第2の剤が、KRTを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1103
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1104
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、KRT14であり、前記オリゴヌクレオチドが、KRTを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1105
KRT14関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1106
KRT14関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1107
対象におけるミオスタチン関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、ミオスタチンを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1108
前記ミオスタチン関連障害が、筋骨格疾患または筋骨格障害と、筋萎縮または筋ジストロフィーと、糖質コルチコイド(コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、またはプレドニゾロンなど)での治療、神経の外傷に起因する脱神経、あるいは変性性神経障害、代謝性神経障害、または炎症性神経障害(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬剤に対する曝露)の結果、あるいはミオパチー(ミオトニーなど)、のいれずれかの結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、先天性ミオパチー(ネマレン(nemalene)ミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー、および筋細管(中心核)ミオパチーが挙げられる)と、ミトコンドリアミオパチーと、家族性周期性四肢麻痺と、炎症性ミオパチーと、代謝性ミオパチー(糖原病または脂質蓄積症によって引き起こされるものなど)と、皮膚筋炎と、多発性筋炎と、封入体筋炎と、骨化性筋炎と、横紋筋融解症およびミオグロビン尿症と、筋ジストロフィー症候群(デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス型筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、肩甲上腕型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、福山型筋ジストロフィー、先天性筋ジストロフィー、または遺伝性遠位型ミオパチーなど)と、骨粗鬆症、骨折、低身長、または小人症と、成人運動ニューロン疾患、乳児脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多源性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動神経障害、脳卒中または脊髄損傷に起因する四肢麻痺、外傷に起因する骨格不動化、臥床の長期化、随意的不活動、不随意的不活動、代謝ストレスまたは栄養不足、がん、AIDS、絶食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下、セントラルコア病、熱傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、硬変などが例として挙げられる)、敗血症、腎不全、鬱血性心不全、加齢、宇宙旅行または無重力環境で過ごした時間、の結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、筋肉減弱症、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化、動脈硬化、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢性黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、平均余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、および加齢性難聴と、代謝障害(II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖、および肥満が挙げられる)、あるいは急性および/または慢性の腎疾患または腎不全、肝線維症または肝硬変、がん(乳癌など)、パーキンソン病と、悪液質、リウマチ性関節炎と関連する悪液質、およびがんと関連する悪液質と、神経細胞死と関連する状態(ALS、脳萎縮、または認知症など)、および貧血と、筋萎縮を引き起こす障害、または筋萎縮と関連する障害と、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1109
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1110
前記方法が、前記ミオスタチン関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1111
前記第2の剤が、ミオスタチンを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1112
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1113
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、ミオスタチンを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1114
前記ミオスタチン関連障害が、筋骨格疾患または筋骨格障害と、筋萎縮または筋ジストロフィーと、糖質コルチコイド(コルチゾール、デキサメタゾン、ベタメタゾン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、またはプレドニゾロンなど)での治療、神経の外傷に起因する脱神経、あるいは変性性神経障害、代謝性神経障害、または炎症性神経障害(例えば、ギラン・バレー症候群、末梢神経障害、または環境毒素もしくは薬剤に対する曝露)の結果、あるいはミオパチー(ミオトニーなど)、のいれずれかの結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、先天性ミオパチー(ネマレン(nemalene)ミオパチー、マルチ/ミニコアミオパチー、および筋細管(中心核)ミオパチーが挙げられる)と、ミトコンドリアミオパチーと、家族性周期性四肢麻痺と、炎症性ミオパチーと、代謝性ミオパチー(糖原病または脂質蓄積症によって引き起こされるものなど)と、皮膚筋炎と、多発性筋炎と、封入体筋炎と、骨化性筋炎と、横紋筋融解症およびミオグロビン尿症と、筋ジストロフィー症候群(デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス型筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、肩甲上腕型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、福山型筋ジストロフィー、先天性筋ジストロフィー、または遺伝性遠位型ミオパチーなど)と、骨粗鬆症、骨折、低身長、または小人症と、成人運動ニューロン疾患、乳児脊髄性筋萎縮症、筋萎縮性側索硬化症、若年性脊髄性筋萎縮症、多源性伝導ブロックを伴う自己免疫性運動神経障害、脳卒中または脊髄損傷に起因する四肢麻痺、外傷に起因する骨格不動化、臥床の長期化、随意的不活動、不随意的不活動、代謝ストレスまたは栄養不足、がん、AIDS、絶食、甲状腺障害、糖尿病、良性先天性筋緊張低下、セントラルコア病、熱傷、慢性閉塞性肺疾患、肝疾患(線維症、硬変などが例として挙げられる)、敗血症、腎不全、鬱血性心不全、加齢、宇宙旅行または無重力環境で過ごした時間、の結果としての筋萎縮、またはそれと関連する筋萎縮と、筋肉減弱症、皮膚萎縮、筋肉消耗、脳萎縮、アテローム性動脈硬化、動脈硬化、肺気腫、骨粗鬆症、変形性関節症、免疫不全、高血圧、認知症、ハンチントン病、アルツハイマー病、白内障、加齢性黄斑変性、前立腺癌、脳卒中、平均余命の減少、フレイル、記憶喪失、しわ、腎機能障害、および加齢性難聴と、代謝障害(II型糖尿病、メタボリックシンドローム、高血糖、および肥満が挙げられる)、あるいは急性および/または慢性の腎疾患または腎不全、肝線維症または肝硬変、がん(乳癌など)、パーキンソン病と、悪液質、リウマチ性関節炎と関連する悪液質、およびがんと関連する悪液質と、神経細胞死と関連する状態(ALS、脳萎縮、または認知症など)、および貧血と、筋萎縮を引き起こす障害、または筋萎縮と関連する障害と、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1115
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1116
前記方法が、前記ミオスタチン関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1117
前記第2の剤が、ミオスタチンを特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1118
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1119
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、ミオスタチンであり、前記オリゴヌクレオチドが、ミオスタチンを特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1120
ミオスタチン関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1121
ミオスタチン関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1122
対象におけるPCSK9関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、PCSK9を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1123
前記PCSK9関連障害が、アテローム性動脈硬化、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化、心血管疾患、冠動脈心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性の非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、およびスタチンに抵抗性の高コレステロール血症、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1124
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1125
前記方法が、前記PCSK9関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1126
前記第2の剤が、PCSK9を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1127
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1128
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、PCSK9を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1129
前記PCSK9関連障害が、アテローム性動脈硬化、高リポタンパク血症、高コレステロール血症、心血管疾患、肥満、高血圧、総コレステロールレベルの上昇、非高密度リポタンパク質(HDL)コレステロールレベルの上昇、低密度リポタンパク質(LDL−C)レベルの上昇、アポリポタンパク質B100(APOB100)レベルの上昇、高脂血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化、心血管疾患、冠動脈心疾患(CHD)、原発性高コレステロール血症、家族性の非家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症(heFH)、スタチンによって制御されない高コレステロール血症、およびスタチンに抵抗性の高コレステロール血症、から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1130
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1131
前記方法が、前記PCSK9関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1132
前記第2の剤が、PCSK9を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1133
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1134
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、PCSK9であり、前記オリゴヌクレオチドが、PCSK9を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1135
PCSK9関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1136
PCSK9関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1137
対象におけるPNPLA3関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、PNPLA3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1138
前記PNPLA3関連障害が、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、および非アルコール性脂肪肝疾患から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1139
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1140
前記方法が、前記PNPLA3関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1141
前記第2の剤が、PNPLA3を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1142
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1143
対象における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を治療有効量で前記対象に投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、PNPLA3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1144
前記PNPLA3関連障害が、肝疾患、脂肪肝、脂肪症、脂肪性肝炎、肝炎、および非アルコール性脂肪肝疾患から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1145
前記組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1146
前記方法が、前記PNPLA3関連障害を治療するために第2の剤を投与するステップをさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1147
前記第2の剤が、PNPLA3を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドを含む、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1148
前記組成物を投与するステップと、前記第2の剤を投与するステップとが、同時に、同時発生的に、別々に、または逐次行われるものである、先行実施形態のいずれかに記載の方法。
実施形態1149
細胞における標的遺伝子またはその遺伝子産物の発現および/またはレベルを低減する方法であって、前記方法が、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を前記細胞に投与するステップを含み、前記標的遺伝子が、PNPLA3であり、前記オリゴヌクレオチドが、PNPLA3を特異的に標的とする、前記方法。
実施形態1150
PNPLA3関連障害を治療するための医薬組成物を調製するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1151
PNPLA3関連障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1152
障害を治療するための医薬組成物または薬剤を調製または製造するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物またはその薬学的に許容可能な塩の使用。
実施形態1153
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1154
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基が、前記シード領域または前記ポストシード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1155
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基が、前記シード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1156
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基が、前記ポストシード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1157
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基が、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて9番目、10番目、11番目、12番目、13番目、14番目、15番目、16番目、17番目、18番目、19番目、または20番目のいずれかに位置する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1158
前記標的遺伝子の野生型配列とはマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはマッチする塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基が、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて14番目に位置する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1159
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1160
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基の少なくとも1つが、前記シード領域または前記ポストシード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1161
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基の少なくとも1つが、前記シード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1162
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基の少なくとも1つが、前記ポストシード領域に存在する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1163
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基の少なくとも1つが、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて9番目、10番目、11番目、12番目、13番目、14番目、15番目、16番目、17番目、18番目、19番目、または20番目のいずれかに位置する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1164
前記標的遺伝子の野生型配列とはそれぞれがマッチしないが、疾患または障害と関連する、前記標的遺伝子の変異配列とはそれぞれがマッチする2つ以上の塩基を、前記オリゴヌクレオチドの配列が含み、前記塩基のうちの1つが、前記オリゴヌクレオチドの5’末端から数えて14番目に位置する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態1165
Figure 2020522510
から選択される式の構造を有する化合物またはその塩であって、式中:
が、5’末端基であり、
BAがそれぞれ、独立して、C1−30脂環式、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分、から選択される任意で置換される基であり、
がそれぞれ、独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
、R、R、R、およびRがそれぞれ、独立してRであり、
sが、0〜20であり、
Lがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1−30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1−6アルキレン、C1−6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
Cyがそれぞれ、独立して、C3−20脂環式環、C6−20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員のヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員のヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
A環がそれぞれ、独立して、0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員の単環式環、二環式環、または多環式環であり、
が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
Wが、O、S、またはSeであり、
XおよびYがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1−30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1−30ヘテロ脂肪族、C6−30アリール、C6−30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6−30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員のヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員のヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
2つのR基が、任意かつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員の単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、前記化合物またはその塩。
実施形態1166
前記化合物が、式P−Iの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1167
前記化合物が、式P−IIの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1168
前記化合物が、式P−IIIの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1169
前記化合物が、式P−IVの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1170
前記化合物が、式P−Vの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1171
前記化合物が、式P−VIの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1172
前記化合物が、式P−VIIの構造を有する、実施形態1165に記載の化合物。
実施形態1173
が、P=Oである、実施形態1165〜1172のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1174
が、P=Sである、実施形態1165〜1172のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1175
が、Pである、実施形態1165〜1172のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1176
ヘテロ原子がそれぞれ、酸素、硫黄、窒素、ケイ素、ホウ素、およびリンから独立して選択される、実施形態1165〜1175のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1177
およびRがそれぞれ、独立して、水素であるか、またはC1−6脂肪族およびC14アリールから選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1178
およびRがそれぞれ、独立して、C1−6脂肪族およびC14アリールから選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1179
およびRの一方が、任意で置換されるC1−6脂肪族であり、もう一方が、任意で置換されるC6−14アリールである、実施形態1165〜1176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1180
およびRの一方が、任意で置換されるメチルであり、もう一方が、任意で置換されるフェニルである、実施形態1165〜1176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1181
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、C1−6脂肪族およびC14アリールから選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1176のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1182
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、任意で置換されるフェニルである、実施形態1181に記載の化合物。
実施形態1183
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、フェニルである、実施形態1181に記載の化合物。
実施形態1184
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、任意で置換されるC1−6脂肪族である、実施形態1181に記載の化合物。
実施形態1185
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、−CHSi(R)であり、式中、−CH−が、任意で置換される、実施形態1181に記載の化合物。
実施形態1186
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、−CHSiMe(Ph)である、実施形態1181に記載の化合物。
実施形態1187
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、Rと一緒になることで、Rが結合している窒素に加えて0〜5つのヘテロ原子を有する任意で置換される飽和または部分飽和の3〜10員の単環式環、二環式環、または多環式環を形成する、実施形態1165〜1180のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1188
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、Rと一緒になることで、Rが結合している窒素以外にヘテロ原子を有さない任意で置換される3〜7員の飽和単環式環を形成する、実施形態1165〜1180のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1189
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、Rと一緒になることで、Rが結合している窒素以外にヘテロ原子を有さない任意で置換される5〜6員の飽和単環式環を形成する、実施形態1165〜1180のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1190
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、Rと一緒になることで、Rが結合している窒素以外にヘテロ原子を有さない任意で置換される5員の飽和単環式環を形成する、実施形態1165〜1180のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1191
およびRの一方が、水素であり、もう一方が、Rと一緒になることで、Rが結合している窒素以外にヘテロ原子を有さない5員の飽和単環式環を形成する、実施形態1165〜1180のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1192
およびRのうち1つが水素であり、RおよびRのうちの1つが水素であり、これらの水素がシン配置をとる、実施形態1181〜1191のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1193
前記化合物が、
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態1165〜1177のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1194
A環が、
Figure 2020522510
であり、式中:
BAが、C1で連結され、
1s、R2s、R3s、R4s、およびR5sがそれぞれ、独立してRである、実施形態1165〜1193のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1195
A環が、
Figure 2020522510
である、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1196
A環が、
Figure 2020522510
であり、式中、R2sが、−OHではない、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1197
A環が、任意で置換される
Figure 2020522510
である、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1198
A環が、
Figure 2020522510
である、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1199
A環が、
Figure 2020522510
である、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1200
A環が、
Figure 2020522510
であり、式中、R2sおよびR4sが、Rであり、前記2つのR基が、それらの間の介在原子と一緒になって環を形成する、実施形態1194に記載の化合物。
実施形態1201
BAが、C1−30脂環式、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1200のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1202
BAが、C6−30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5−30ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1200のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1203
BAが、1〜10個のヘテロ原子を有するヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有するC3−30ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基である、実施形態1165〜1200のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1204
BAが、1〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換されるC5−30ヘテロアリール基である、実施形態1165〜1200のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1205
BAが、任意で置換または保護されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態1165〜1204のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1206
BAが、保護されたアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態1165〜1204のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1207
BAが、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態1165〜1204のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1208
BAが、
Figure 2020522510
である、実施形態1165〜1204のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1209
BAが、
Figure 2020522510
である、実施形態1165〜1204のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1210
が、−L−PDBであり、式中、PDBが、リン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1211
が、−(E)−CH=CH−PDBであり、式中、PDBが、リン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、実施形態1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1212
DBが、−OP(O)(OR)、−OP(O)(OR)(H)、−OP(O)(OR)(SR)、−OP(O)(OH)(OR)、−OP(O)(SH)(OR)、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(XR)、−OP(O)(XR)−X−L−X−P(O)(XR)(R)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(R)、−OP(O)(XH)−X−L−X−P(O)(XH)(H)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)(R)、−OP(O)(XR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(SR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OR)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)、−OP(O)(OH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OR)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(XR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(OR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(SR)、−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(R)、または−OP(O)(SH)−O−L−O−P(O)(OH)(H)である、実施形態1210〜1211のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1213
DBにおけるXがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、または共有結合である、実施形態1212に記載の化合物。
実施形態1214
DBにおけるLがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価のC1−6脂肪族であり、前記C1−6脂肪族では、1つ以上のメチレン単位が、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意かつ独立して置き換えられる、実施形態1212〜1213のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1215
が、−L−P(O)(XR)またはその塩形態である、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1216
が、−L−P(O)(XR)またはその塩形態であり、式中、Xがそれぞれ、独立して−O−、−S−、または共有結合である、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1217
が、−L−P(O)(OR)またはその塩形態である、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1218
が、−L−P(O)(OR)(SR)またはその塩形態である、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1219
が、−L−P(O)(OR)(R)またはその塩形態である、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1220
におけるLが、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価のC1−6脂肪族であり、前記C1−6脂肪族では、1つ以上のメチレン単位が、−O−、−S−、または−N(R’)−で任意かつ独立して置き換えられる、実施形態1215〜1219のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1221
におけるRが、Hである、実施形態1215〜1220のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1222
におけるRが、任意で置換されるC1−6脂肪族である、実施形態1215〜1220のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1223
が、−X−L−Rである、実施形態1165〜1210のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1224
におけるLが、任意で置換される二価または多価の
Figure 2020522510
基を含む、実施形態1223または実施形態1224に記載の化合物。
実施形態1225
におけるLが、任意で置換される
Figure 2020522510
基を含む、実施形態1223または実施形態1224に記載の化合物。
実施形態1226
におけるLが、
Figure 2020522510
基を含む、実施形態1223または実施形態1224に記載の化合物。
実施形態1227
が、
Figure 2020522510
である、実施形態1165〜1142のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1228
におけるXが、−C(R)−である、実施形態1155〜1159に記載の化合物。
実施形態1229
におけるXが、−O−である、実施形態1155〜1159に記載の化合物。
実施形態1230
におけるXが、−S−である、実施形態1155〜1159に記載の化合物。
実施形態1231
におけるXが、−N(R)−である、実施形態1155〜1159に記載の化合物。
実施形態1232
におけるRがそれぞれ、独立して、−Hであるか、またはC1−10アルキル、C1−10アリル、およびC6−14アリールから選択される任意で置換される基である、実施形態1155〜1163に記載の化合物。
実施形態1233
が、−CHOP(O)(OR)であり、式中、Rが、水素ではない、実施形態1165〜1142のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1234
が、−CHOP(O)(OR)Hまたはその塩形態である、実施形態1165〜1142のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1235
が、−CHOP(O)(OR)(SR)またはその塩形態である、実施形態1165〜1142のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1236
が、−L−ORである、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1237
が、−L−ORであり、式中、Rが、水素ではない、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1238
が、−L−ORであり、式中、Rが、ヒドロキシル保護基である、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1239
が、−L−ORであり、式中、Rが、DMTrである、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1240
におけるLが、−C(R)−O−であり、式中、−C(R)−のRがそれぞれ、独立して、−Hであるか、または任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1241
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、−Hであるか、または任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1242
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、任意で置換されるC1−4脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1243
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、C1−4脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1244
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、C1−3脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1245
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、C1−2脂肪族またはハロ脂肪族である、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1246
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、メチルである、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1247
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−のRが、1つ以上のハロゲンで置換されたメチルである、実施形態1236〜1239のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1248
Lについて、−O−が、Rに連結される、実施形態1236〜1247のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1249
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−が、R配置を有する、実施形態1236〜1248のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1250
におけるLが、−CHR−O−であり、式中、−CHR−が、S配置を有する、実施形態1236〜1248のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1251
が、−(R)−CH(Me)−ODMTrである、実施形態1236〜1248のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1252
が、−(S)−CH(Me)−ODMTrである、実施形態1236〜1248のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1253
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造を有し、式中、BAが、Tである、実施形態1165〜1252のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1254
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造を有する、実施形態1253に記載の化合物。
実施形態1255
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1256
を含む5’ヌクレオシドが、
Figure 2020522510
の構造またはその塩形態を有する、実施形態1165〜1209のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1257
−ORが、−OHではない、実施形態1255〜1256のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1258
−ORが、保護されたヒドロキシル基である、実施形態1255〜1256のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1259
−ORが、−ODMTrであり、実施形態1255〜1256のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1260
BAが、任意で保護されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態1255〜1259のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1261
BAが、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルである、実施形態1255〜1259のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1262
BAが、チミンである、実施形態1255〜1259のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1263
前記化合物が、80%〜100%の純度を有する、実施形態1165〜1262のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1264
前記化合物が、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の純度を有する、実施形態1165〜1263のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1265
前記化合物が、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の純度を有する、実施形態1165〜1263のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1266
前記化合物が、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の純度を有する、実施形態1165〜1263のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1267
前記化合物が、80%〜100%のジアステレオ純度を有する、実施形態1165〜1266のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1268
前記化合物が、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%のジアステレオ純度を有する、実施形態1165〜1266のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1269
前記化合物が、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%のジアステレオ純度を有する、実施形態1165〜1266のいずれか1つに記載の化合物。
実施形態1270
前記化合物が、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%のジアステレオ純度を有する、実施形態1165〜1266のいずれか1つに記載の化合物。
前述したものは、本開示のある特定の非限定的な実施形態に関する記載である。したがって、本明細書に記載される本開示の実施形態は、本開示の原理の適用を単に例示するものであると理解されるべきである。例示した実施形態の詳細に関する本明細書での言及は、特許請求の範囲の限定を意図するものではない。
オリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物を調製するある特定の方法は、当該技術分野において広く知られていて、本開示において利用され得、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2017/015555、およびWO/2017/062862に記載されるものを含むが、これらに限定されず、その方法および試薬の各々が、参照により本明細書に組み込まれる。
出願人は、提供されるオリゴヌクレオチドおよびその組成物、ならびにある特定の提供されるオリゴヌクレオチドおよびその組成物を調製する方法、評価する方法、アッセイする方法、および使用する方法などの、ある特定の実施例について本明細書で記載する。
実施例1.オリゴヌクレオチドを評価するためのプロトコール例。
当業者が十分に理解するように、多くの技術(例えば、試薬、方法など)を利用して、提供するオリゴヌクレオチドの活性および特性を評価し得る。以下は、細胞中のオリゴヌクレオチド活性を評価するための、Lipofectamine(登録商標)2000(Invitrogen)を使用する96ウェルプレート形式でのオリゴヌクレオチド(例として、ssRNAiとして機能し得るある特定のオリゴヌクレオチドを使用する)のリバーストランスフェクションについて記載している1つのプロトコール例である:
1.各ssRNAiを、好ましくは複数回(例えば、8回)の用量で、例えば、25uLの最終体積で調製する。初期濃度の例は150nMであり得、例えば、無血清Opti−MEM(登録商標)培地中で通常は4倍の段階希釈。
2.Lipofectamine(登録商標)2000を望ましくは使用前に穏やかに混合し、次いで別個の容器中で25μlの無血清Opti−MEM(登録商標)培地中に0.25μlのLipofectamine(登録商標)2000を希釈する。さらに穏やかに混合し、続いてインキュベーションを、例えば、室温で5分間行うことができる。
3.インキュベーション後、希釈したLipofectamine(登録商標)2000(例えば、25uL)を、(希釈した)ssRNAi分子(通常は同等の体積、例えば、25uL)に添加し得る。組み合わせたものを望ましくは穏やかに混合し、例えば、室温で15分間インキュベートして、複合体を形成させてよい。
4.次いで、例えば、15,000個のHep3B細胞を含有する抗生物質を含まない100μlの完全増殖培地を、各ssRNAi分子−Lipofectamine(登録商標)2000複合体に添加することによって複合体を細胞と接触させる。これによって150μlの最終体積となり、最終オリゴ濃度は、25、6.25、1.56、0.39、0.097、0.024、0.0061、および0.0015nMである。プレートを前後に揺動させることによって、穏やかに混合する。
5.細胞を、例えば、37℃でCOインキュベーター中において48時間インキュベートする。
6.細胞を採取して、例えば、TurboCapture mRNA kit(Qiagen)を使用し、ベンダーが提供するプロトコールに従ってmRNAを単離する。
7.例えば、Roche cDNA synthesis Kit(Roche)を使用し、ベンダーが提供するプロトコールに従ってcDNAを調製する。
8.例えば、LightCycler(登録商標)480 Probes Master mix(Roche)中において、HPRT1プローブと多重化した遺伝子特異的Taqmanプローブを使用するTaqmanアッセイにより、ベンダーが提供するプロトコールに従って標的ノックダウンを定量する。通常は、例えば、HPRT1(ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ1)などのハウスキーピング遺伝子に対してデータを正規化する。
9.複数回用量の強度/濃度を利用した場合、用量反応曲線を、例えば、Prismソフトウェアを使用して各ssRNAi剤について作成し得る。所望により、IC50を決定し得る。
類似したプロトコールを、他の遺伝子を標的とする異なるオリゴヌクレオチドに使用することができ、このプロトコールは異なる細胞を使用し得る。
あるいはまたはさらに、オリゴヌクレオチドの1つ以上の活性および特性を、本開示においては他の技術(例えば、試薬、キット、方法など)を使用して評価し得る。様々な種類のアッセイから生成した、ある特定のデータを表に提供し、例えば、本明細書で提供する技術の予想外に高い活性、安定性、選択性などを示す。
様々なモデルが、対象中において提供する技術を評価するために利用可能である。一部の実施形態では、提供する技術は、動物に投与する場合に高い活性、安定性、および/または選択性を示す。当業者は、本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチド療法から恩恵を受ける可能性があるある特定の関連ヒト疾患、障害および/または状態に適切な、および/またはそれについて予測すると見なされる動物系を認識している。
実施例2.ある特定の提供するオリゴヌクレオチドのIC50例。
実施例1に提示したものなどのプロトコールを使用して測定した、ある特定のオリゴヌクレオチド(APOC3に対して一本鎖RNAi剤として機能し得る)のIC50を以下の表に提供する。
Figure 2020522510
実施例1に提示したものなどのプロトコールを使用して測定した、ある特定のオリゴヌクレオチド(PNPLA3に対してアンチセンスオリゴヌクレオチドとして機能し得る)のIC50を以下の表に提供する。
Figure 2020522510
実施例3.部分を組み込むための化合物例−トリアンテナ型GalNAc(C12、C5、またはトリアジンリンカーを有する)の合成。
一部の実施形態では、本開示は、提供するオリゴヌクレオチド中に様々な部分(例えば、炭水化物部分、脂質部分、標的化部分など)を組み込むための技術(例えば、試薬、方法、複合体など)を提供する。本明細書に記載されるのは、炭水化物部分を組み込むための、ある特定の実施例である。一部の実施形態では、炭水化物部分は、標的化部分として機能してよい。
実施例3−1.1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸の合成。
Figure 2020522510
ステップ1:3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.0g、9.89mmol)および12−メトキシ−12−オキソドデカン酸(2.416g、9.89mmol)のDMF(45mL)溶液に、HATU(3.76g、9.89mmol)およびDIPEA(2.58ml、14.83mmol)を添加した。反応混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で濃縮し、ブラインで希釈してEtOAcで抽出し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させて、濃縮して残渣を得て、これを10%EtOAcのヘキサン溶液〜40%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(120g金シリカゲルカートリッジ)によって精製し、3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.13g、7.01mmol、収率70.9%)を無色の油として得た。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 6.03 (s, 1H), 3.74 − 3.61 (m, 15H), 2.45 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.31 (td, J = 7.5, 3.9 Hz, 2H), 2.19 − 2.10 (m, 2H), 1.64 − 1.59 (m, 4H), 1.46 (s, 27H), 1.32 − 1.24 (m, 12H);MS (ESI), 732.6 (M+H)+。
ステップ2:3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.0g、6.83mmol)のギ酸(50mL)溶液を、室温で48時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させて白色固体を得て、これを高真空下で2日間乾燥させた。LC−MSおよびH NMRは、反応が完了していないことを示した。粗生成物をギ酸(50mL)中に再溶解させた。反応混合物を室温で24時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させて高真空中で乾燥し、3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.00g)を白色固体として得た。MS (ESI): 562.4 (M−H)
ステップ3:0℃の3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(3.85g、6.83mmol)およびHOBt(3.88g、28.7mmol)のDCM(60mL)およびDMF(15mL)溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(4.76g、27.3mmol)、EDAC HCl塩(5.24g、27.3mmol)およびDIPEA(8.33ml、47.8mmol)を添加した。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、室温で20時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。(3−アミノプロピル)カルバミン酸t−ブチル(1.59g、9.12mmol)およびEDC HCl塩(1.75g、9.13mol)を、反応混合物中に添加した。反応混合物を室温で4時間、絶えず攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc(300mL)中に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸メチル(6.61g、6.40mmol、2ステップで収率94%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1033.5 (M+H)+。
ステップ4:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸メチル(6.56g、6.35mmol)のTHF(75mL)溶液に、LiOH(0.457g、19.06mmol)の水(25mL)溶液を添加した。混合物を室温で一晩攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を蒸発させ、1NのHCl(45mL)を使用して酸性化し、DCM(3×)で抽出して無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸(6.31g、6.20mmol、収率98%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1019.6 (M+H)
ステップ5:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸(6.31g、6.20mmol)および(ブロモメチル)ベンゼン(1.272g、7.44mmol)のDMF(40mL)溶液に、KCO(2.57g、18.59mmol)を添加した。混合物を40℃で4時間攪拌し、室温で一晩攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80gカートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸ベンジル(6.41g、5.78mmol、収率93%)を無色の油として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.80 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.39 − 7.30 (m, 5H), 6.95 (s, 1H), 6.74 (t, J = 5.8 Hz, 3H), 5.07 (s, 2H), 3.53 (J, J = 7.3 Hz, 6H), 3.51 (s, 6H), 3.02 (q, J = 6.7 Hz, 6H), 2.94 − 2.85 (m, 6H), 2.29 (dt, J = 26.1, 6.9 Hz, 8H), 2.02 (q, J = 9.7, 8.6 Hz, 2H), 1.56 − 1.39 (m, 10H), 1.35 (s, 27H), 1.20 (brs, 14H);MS (ESI): 1019.6 (M+H)
ステップ6:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸ベンジル(2.42g、2.183mmol)のDCM(40mL)溶液に、2,2,2−トリフルオロ酢酸(8ml、105mmol)を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(2×)と共蒸発させてエーテルで粉砕し、高真空下で一晩乾燥させた。次のステップにTFA塩を直接使用する。
ステップ7:5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(3.91g、8.73mmol)、HBTU(3.48g、9.17mmol)およびHOBT(1.239g、9.17mmol)のDCM(25mL)溶液に、DIPEA(6.08ml、34.9mmol)、続いて12−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−12−オキソドデカン酸ベンジル(1.764g、2.183mmol)のDMF(4.0mL)溶液を添加した。混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これを5カラム量の5%MeOHのDCM溶液で溶出してHOBtを除去し、続いて5%〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(40g金カラム)によって精製し、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−ベンジルエステル(3.98g、収率87%)を白色固体として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.82 − 7.74 (m, 6H), 7.69 (t, J = 5.6 Hz, 3H), 7.33−7.27 (m, 5H), 6.94 (s, 1H), 5.16 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 5.03 (s, 2H), 4.92 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.43 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.02 − 3.95 (m, 9H), 3.82 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.65 (dt, J = 10.5, 5.6 Hz, 3H), 3.51 − 3.44 (m, 12 H), 3.36 (dt, J = 9.6, 6.0 Hz, 3H), 3.01 − 2.95 (m, 12H), 2.29 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.23 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.05 (s, 9H), 1.99 (t, J = 7.0 Hz, 8H), 1.94 (s, 9H), 1.84 (s, 9H), 1.72 (s, 9H), 1.50 − 1.14 (m, 34H);MS (ESI): 1049.0 (M/2+H)
ステップ8:Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(165mg、0.835mmol)およびEtOAc(15mL)を添加した。ベンジル保護トリスGalNAc(1.75g、0.835mmol)のメタノール(15mL)溶液を添加し、続いてトリエチルシラン(2.67ml、16.70mmol)を滴下して添加した。混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは反応が完了したことを示し、反応物をEtOAcで希釈してセライトに通して濾過し、20%MeOHのEtOAc溶液で洗浄して、減圧下で濃縮し、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸(1.67g、0.832mmol、収率100%)を白色固体として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 11.95 (s, 1H), 7.83 − 7.74 (m, 6H), 7.69 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 6.93 (s, 1H), 5.16 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.92 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.43 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.01 − 3.94 (m, 9H), 3.82 (dt, J = 11.3, 8.8 Hz, 3H), 3.66 (dt, J = 10.7, 5.6 Hz, 3H), 3.54 − 3.43 (m, 12H), 3.41 − 3.33 (m, 3H), 3.03 − 2.94 (m, 12H), 2.24 (t, J = 7.4 Hz, 10H), 2.14 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.06 (s, 9H), 2.00 (t, J = 7.2 Hz, 8H), 1.95 (s, 9H), 1.84 (s, 9H), 1.73 (s, 9H), 1.51 − 1.14 (m, 34H)。MS (ESI): 1003.8 (M/2+H)
実施例3−2.22−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−7,7−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,12,18−トリオキソ−9−オキサ−6,13,17−トリアザドコサン酸の合成。
Figure 2020522510
ステップ1:3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(4.0g、7.91mmol)およびジヒドロ−2H−ピラン−2,6(3H)−ジオン(0.903g、7.91mmol)のTHF(40mL)溶液を50℃で3時間攪拌し、室温で3時間攪拌した。LC−MSは、所望の生成物を示した。溶媒を蒸発させて酸を得て、それを精製することなく次のステップに直接使用した。
ステップ2:5−((9−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2,2,16,16−テトラメチル−4,14−ジオキソ−3,7,11,15−テトラオキサヘプタデカン−9−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸(4.90g、7.91mmol)および(ブロモメチル)ベンゼン(1.623g、9.49mmol)のDMF溶液に、無水KCO(3.27g、23.73mmol)を添加した。混合物を40℃で4時間攪拌し、室温で一晩攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これを10%EtOAcのヘキサン溶液〜50%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCOによって精製し、3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.43g、7.65mmol、収率97%)を無色の油として得た。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.36 − 7.28 (m, 5H), 6.10 (s, 1H), 5.12 (s, 2H), 3.70 (s, 6 H), 3.64 (t, J = 8.0 Hz, 6H), 2.50 − 2.38 (m, 8H), 2.22 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.95 (p, J = 7.4 Hz, 2H), 1.45 (s, 27H);MS, 710.5 (M+H)
ステップ3:3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.43g、7.65mmol)のギ酸(50mL)溶液を、室温で48時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させた。粗生成物をギ酸(50mL)中に再溶解させ、室温で6時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、減圧下でトルエン(3×)と共蒸発させ、真空下で乾燥し、3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.22g、7.79mmol、収率102%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 12.11 (s, 3H), 7.41 − 7.27 (m, 5H), 6.97 (s, 1H), 5.07 (s, 2H), 3.55 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 3.53 (s, 6 H), 2.40 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.37 − 2.26 (m, 2H), 2.08 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.70 (p, J = 7.4 Hz, 2H);MS, 542.3 (M+H)
ステップ4:0℃の3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.10g、7.57mmol)およびHOBt(4.60g、34.1mmol)のDCM(60mL)およびDMF(15mL)溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(5.94g、34.1mmol)、EDAC HCl塩(6.53g、34.1mmol)およびDIPEA(10.55ml、60.6mmol)を添加した。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、室温で20時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。EDAC HCl塩(2.0g)および(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(1.0g)を、反応混合物中に添加した。反応混合物を室温で4時間攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc(300mL)中に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル(6.99g、6.92mmol、収率91%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 7.38 − 7.33 (m, 5H), 6.89 (brs, 3H), 6.44 (s, 1 H), 5.23 (brs, 3H), 5.12 (s, 2H), 3.71 − 3.62 (m, 12H), 3.29 (q, J = 6.2 Hz, 6H), 3.14 (q, J = 6.5 Hz, 6H), 2.43 (dt, J = 27.0, 6.7 Hz, 8H), 2.24 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 1.96 (p, J = 7.5 Hz, 2H), 1.64 − 1.59 (m, 6H), 1.43 (d, J = 5.8 Hz, 27H);MS (ESI): 1011.5 (M+H)
ステップ5:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル(0.95g、0.940mmol)のDCM(5mL)溶液に、TFA(5mL)を添加した。反応混合物を室温で4時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させて、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸ベンジルを無色の油として得た。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ6:5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(1.684g、3.76mmol)、HBTU(1.246g、3.29mmol)およびHOBT(0.052g、0.376mmol)のDCM(40mL)溶液に、続いて10−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−N1,N19−ジクロロ−10−((3−((3−(クロロアンモニオ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−1,19−ジアミニウム(0.767g、0.940mmol)のDMF(2.0mL)溶液。混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(40g金カラム)によって精製し、22−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−7,7−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,12,18−トリオキソ−9−オキサ−6,13,17−トリアザドコサンベンジルエステル(1.11g、0.556mmol、収率59%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1000.0 (M/2+H)
ステップ7:Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(100mg、0.500mmol)およびEtOAc(10mL)を添加した。22−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−7,7−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,12,18−トリオキソ−9−オキサ−6,13,17−トリアザドコサンベンジルエステル(1.00g、0.500mmol)のメタノール(10mL)溶液を添加し、続いてトリエチルシラン(1.599ml、10.01mmol)を滴下して添加した。混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは反応が完了したことを示し、反応物をEtOAcで希釈してセライトに通して濾過し、20%MeOHのEtOAc溶液で洗浄して、減圧下で濃縮し、22−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−7,7−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,12,18−トリオキソ−9−オキサ−6,13,17−トリアザドコサン−1−酸(0.9433g、0.494mmol、収率99%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 7.85 − 7.78 (m, 6H), 7.72 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.03 (s, 1H), 5.20 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.95 (dd, J = 11.2, 3.5 Hz, 3H), 4.47 (d, J = 8.3 Hz, 3H), 4.05−3.99 (m, 9H), 3.85 (dt, J = 11.0, 8.8 Hz, 3H), 3.69 (dt, J = 10.6, 5.8 Hz, 3H), 3.52 (dd, J = 12.3, 5.6 Hz, 12H), 3.39 (dt, J = 11.2, 6.3 Hz, 3H), 3.02 (p, J = 6.3 Hz, 12H), 2.26 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.17 (t, J = 7.5 Hz, 2H), 2.11 − 2.07 (m, 11H), 2.03 (t, J = 7.1 Hz, 6H), 1.98 (s, 9H), 1.87 (s, 9H), 1.76 (s, 9H), 1.53 − 1.18 (m, 20H);MS (ESI): 1909.4 (M+H)
実施例3−3.5−(4−(4−((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−(ビス(3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸の合成。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
ステップ1〜3:0℃の固体試薬2,4,6−トリクロロ−1,3,5−トリアジン(0.700g、3.80mmol)のDCM(25mL)溶液に、3−アミノプロパン酸tert−ブチルHCl塩(0.690g、3.80mmol)およびTEA(0.635ml、4.56mmol)を添加した。反応混合物を0℃で1時間攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これを次のステップに直接使用した。3−((4,6−ジクロロ−1,3,5−トリアジン−2−イル)アミノ)プロパン酸tert−ブチル(1.114g、3.80mmol)のDMF(15mL)溶液に、3,3’−アザンジイルジプロパン酸ジ−tert−ブチル(1.039g、3.80mmol)およびDIPEA(1.324ml、7.60mmol)を添加した。反応混合物を室温で2時間攪拌した。LC−MSは、所望の生成物を示した。上記反応混合物に、5−オキソ−5−(ピペラジン−1−イル)ペンタン酸ベンジル(1.103g、3.80mmol)およびKCO(1.576g、11.40mmol)を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌した。EtOAcで希釈し、濾過して減圧下で濃縮して残渣を得て、これを10%EtOAcのヘキサン溶液〜50%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(40g金)によって精製し、3,3’−((4−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−6−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)アザンジイル)ジプロピオン酸ジ−tert−ブチル(0.90g、30%)を無色の油として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 7.43 − 7.31 (m, 5H), 5.12 (s, 2H), 3.81 − 3.66 (m, 8H), 3.60 (dd, J = 7.6, 4.8 Hz, 4H), 3.40 (t, J = 5.1 Hz, 2H), 2.57 − 2.44 (m, 8H), 2.39 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.06 − 1.95 (m, 2H), 1.45 (s, 9H), 1.43 (s, 18H);MS (ESI): 784.7 (M+H)
ステップ4:3,3’−((4−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−6−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)アザンジイル)ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(0.90g、1.148mmol)のギ酸(20mL)溶液を、室温で一晩攪拌した。LC−MSは反応が完了しなかったことを示し、溶媒を蒸発させた。ギ酸(20mL)を反応混合物に添加し、反応混合物を室温で一晩攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を濃縮し、トルエン(2×)と共蒸発させて真空下で一晩乾燥し、3,3’−((4−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−6−((2−カルボキシエチル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)アザンジイル)ジプロパン酸(0.75g、1.218mmol、収率106%)を白色固体として得た。MS (ESI), 616.5 (M+H)
ステップ5:0℃の3,3’−((4−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−6−((2−カルボキシエチル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)アザンジイル)ジプロパン酸(0.707g、1.148mmol)およびHOBt(0.651g、4.82mmol)のDCM(60mL)およびDMF(15mL)溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(0.840g、4.82mmol)、EDAC HCl塩(0.924g、4.82mmol)およびDIPEA(1.400ml、8.04mmol)を添加した。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、室温で20時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。(3−アミノプロピル)カルバミン酸t−ブチル(0.28g)およびEDC HCl塩(0.46g)を、反応混合物中に添加した。反応混合物を室温で4時間、絶えず攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc(300mL)中に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、5−(4−(4−(ビス(3−((3−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−((3−((3−((tertブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(1.24g、1.144mmol、収率100%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1084.8 (M+H)
ステップ6:5−(4−(4−(ビス(3−((3−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−((3−((3−((tertブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(328.3mg、0.303mmol)のDCM(5.0mL)溶液に、TFA(3.0mL)を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、精製することなく次のステップに直接使用する。MS (ESI): 784.6 (M+H)
ステップ7:5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(0.570g、1.273mmol)のDCM(6mL)溶液に、DIPEA(0.40mL、2.296mmol)および2,2,2−トリフルオロ酢酸パーフルオロフェニル(0.535g、1.910mmol)を添加した。反応混合物を室温で2時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、次のステップに直接使用する。MS (ESI): 614.3 (M+H)。5−(4−(4−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−(ビス(3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(0.238g、0.303mmol)のDCM(15mL)およびDMF(3mL)溶液に、DIPEA(0.633ml、3.64mmol)、および(2R,3R,4R,5R,6R)−5−アセトアミド−2−(アセトキシメチル)−6−((5−オキソ−5−(パーフルオロフェノキシ)ペンチル)オキシ)テトラヒドロ−2H−ピラン−3,4−ジイルジアセテート(0.781g、1.273mmol)のDCM(6mL)溶液を添加した。反応混合物を室温で4時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜40%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(40g金)によって精製し、5−(4−(4−((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−(ビス(3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタンベンジルエステル(0.47g、0.227mmol、収率74.9%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 7.82−7.78 (m, 6H), 7.70 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.35 − 7.28 (m, 5H), 6.63 (brs, 1H), 5.20 (d, J = 3.3 Hz, 3H), 5.08 (s, 2H), 4.95 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.47 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.05 − 3.96 (m, 9H), 3.85 (dt, J = 11.1, 8.8 Hz, 3H), 3.72 − 3.53 (m, 12H), 3.43 − 3.36 (m, 6H), 3.05 − 2.97 (m, 12H), 2.41 − 2.27 (m, 10H), 2.08 (s, 9H), 2.03 (d, J = 7.0 Hz, 6H), 1.98 (s, 9H), 1.87 (s, 9H), 1.75 (s, 9H), 1.47 (s, 9H), 1.53 − 1.19 (m, 13H);MS (ESI): 1037.0 (M+H)/2
ステップ8:5−(4−(4−((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−(ビス(3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタンベンジルエステル(0.39g、0.188mmol)のEtOAc(10mL)溶液に、10%Pd−C(50mg)、続いてAr下で10mLのMeOHを添加した。トリエチルシラン(0.601ml、3.76mmol)を、反応混合物にゆっくりと添加した。反応混合物を室温で2時間攪拌した。セライトに通して濾過し、50%MeOHのEtOAc溶液で洗浄して溶媒を減圧下で蒸発させ、5−(4−(4−((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−6−(ビス(3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸(0.373g、収率100%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 7.82 − 7.78 (m, 6H), 7.71 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 6.64 (s, 1H), 5.20 (d, J = 3.3 Hz, 3H), 4.95 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.47 (d, J = 8.5 Hz, 3H), 4.06 − 3.96 (m, 9H), 3.85 (dt, J = 11.1, 8.8 Hz, 3H), 3.73 − 3.56 (m, 11H), 3.45 − 3.35 (m, 5H), 3.09 − 2.98 (m, 13H), 2.37 − 2.28 (m, 10H), 2.25 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 2.09 (s, 9H), 2.03 (t, J = 7.0 Hz, 6H), 1.98 (s, 9H), 1.88 (s, 9H), 1.76 (s, 9H), 1.74 − 1.67 (m, 2H), 1.55 − 1.40 (m, 15H);MS (ESI): 1983.4 (M+H)
実施例4A.部分を組み込むための化合物例。
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸の合成。
Figure 2020522510
ステップ1:5−ブロモペンタン酸tert−ブチル(4.0g、16.87mmol)のアセトン(80mL)溶液に、NaI(7.59g、50.6mmol)を添加した。反応混合物を57℃で2時間攪拌し、濾過してEtOAcで洗浄した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc中に溶解し、水、ブラインで洗浄してNaSO上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これを20%EtOAcのヘキサン溶液〜50%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(40gカラム)によって精製し、5−ヨードペンタン酸tert−ブチル(4.54g、15.98mmol、収率95%)を黄色油として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 3.19 (t, J = 6.9 Hz, 2H), 2.24 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.86 (p, J = 7.1 Hz, 2H), 1.70 (p, J = 7.4 Hz, 2H), 1.45 (s, 9H)。
ステップ2:N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)アセトアミド(600mg、2.57mmol)のDMF(15mL)溶液に、2,2−ジメトキシプロパン(2087μl、17.03mmol)、続いて(+/−)−カンファー−10−スルホン酸(264mg、1.135mmol)を添加した。反応混合物を70℃で24時間攪拌した。反応混合物を室温まで冷却し、次いでメタノール(2.5mL)を添加した。反応混合物を室温で30分間攪拌し、TEA(0.10mL)で中和した。溶媒を蒸発させ、残渣をトルエンと共蒸発させた。残渣をEtOAc〜10%MeOHのEtOAc溶液で溶出するISCO(24g金)によって精製し、N−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−4−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド(666mg、2.437mmol、収率95%)を得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 8.09 (d, J = 8.1 Hz, 1H), 5.15 − 5.05 (m, 2H), 4.26 (d, J = 5.8 Hz, 1H), 4.09 (dd, J = 7.3, 5.8 Hz, 1H), 3.80 − 3.60 (m, 5H), 1.83 (s, 3H), 1.37 (s, 3H), 1.26 (s, 3H);MS, 274.3 (M+H)
ステップ3:5−ヨードペンタン酸tert−ブチル(1310mg、4.61mmol)およびN−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−4−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド7(420mg、1.537mmol)のDCM(10.5mL)溶液に、硫酸水素テトラブチルアンモニウム(783mg、2.305mmol)、続いて12.5Mの水酸化ナトリウム溶液(7mL)を添加した。反応混合物を室温で24時間攪拌した。反応混合物をDCMおよび水で希釈し、DCM(2×)で抽出した。有機層を1NのHCl溶液で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させた。溶媒を減圧下で濃縮して、残渣を得た。得られた粗物質を酢酸エチル(30mL)に添加し、5分間超音波処理した。得られた沈殿物を濾過し、酢酸エチル(10mL×2)で洗浄した。LC−MSは、フィルターが所望の生成物を含有しないことを示し、これはテトラブチルアンモニウム塩であった。濾液を減圧下で濃縮して残渣を得て、これを50%EtOAcのヘキサン溶液〜EtOAcで溶出するISCO(40gシリカゲル金カートリッジ)によって精製し、5−(((3aR,4S,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4−イル)メトキシ)ペンタン酸tert−ブチル(0.470g、1.094mmol、収率71.2%)を帯黄色油として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 5.56 (d, J = 9.1 Hz, 1H), 4.21 (d, J = 5.9 Hz, 1H), 4.12 (dtd, J = 7.7, 3.8, 1.7 Hz, 1H), 3.99 (t, J = 6.3 Hz, 1H), 3.90 (d, J = 9.5 Hz, 1H), 3.77 (d, J = 2.0 Hz, 2H), 3.67 (d, J = 9.5 Hz, 1H), 3.52 (ddt, J = 30.5, 9.2, 5.8 Hz, 2H), 2.23 (t, J = 7.1 Hz, 2H), 2.03 (d, J = 14.5 Hz, 3H), 1.65 − 1.55 (m, 7H), 1.44 (s, 9H), 1.35 (s, 3H);MS, 452.4 (M+Na)
ステップ4:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル(0.168g、0.166mmol)のDCM(3mL)溶液に、TFA(3mL)を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させて、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸ベンジルを無色の油として得た。MS, 710.5 (M+H)+。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ5:5−(((3aR,4S,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4−イル)メトキシ)ペンタン酸tert−ブチル(285mg、0.664mmol)のDCM(5mL)溶液に、TFA(5mL)を添加して室温で4時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を蒸発させて、5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸を得た。MS (ESI): 334.3 (M+H)+。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ6:5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸(221mg、0.664mmol)のDCM(10mL)溶液に、DIPEA(2313μl、13.28mmol)、HBTU(208mg、0.548mmol)、HOBT(67.3mg、0.498mmol)、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸ベンジル(118mg、0.166mmol)(GL08−02)のDMF(3.0mL)およびDCM(5.0mL)溶液を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜80%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(24g金カートリッジ)によって精製し、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸ベンジル(272mg、0.164mmol、収率99%)を得た(管30〜42の生成物(40%MeOHのDCM溶液〜60%MeOHのDCM溶液))。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 7.89 (d, J = 7.8 Hz, 3H), 7.81 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.75 (s, 3H), 7.34 (q, J = 7.5, 6.9 Hz, 5H), 7.05 (s, 1 H), 5.07 (s, 5H), 4.83 (d, J = 5.3 Hz, 3H), 4.56 (d, J = 7.1 Hz, 3H), 3.73 (dd, J = 23.3, 9.2 Hz, 6H), 3.64 (d, J = 7.0 Hz, 6H), 3.58 − 3.35 (m, 27H), 3.02 (p, J = 6.2 Hz, 12H), 2.33 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 2.26 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.10 (t, J = 7.6 Hz, 2 H), 2.04 (t, J = 7.4 Hz, 6 H), 1.82 (s, 9H), 1.72 (q, J = 7.6 Hz, 2H), 1.52 − 1.39 (m, 18 H);MS (ESI), 1656.3 (M+H)
ステップ7:18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸ベンジル(270mg、0.163mmol)のEtOAc(10mL)溶液に、10%Pd−C(50mg)、およびMeOH(5.0mL)、およびトリエチルシラン(1042μl、6.52mmol)を添加した。反応混合物を室温で1時間攪拌し、濾過して濃縮し、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸(246mg、0.157mmol、収率96%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 11.99 (brs, 1 H), 7.89 (d, J = 7.9 Hz, 3H), 7.82 (t, J = 5.4 Hz, 3H), 7.75 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.03 (s, 1 H), 5.07 (d, J = 1.6 Hz, 3H), 4.83 (brs, 3H), 4.56 (brs, 3H), 3.79 − 3.68 (m, 6H), 3.64 (d, J = 7.2 Hz, 6H), 3.58 − 3.34 (m, 27 H), 3.02 (p, J = 6.3 Hz, 12 H), 2.27 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.17 (t, J = 7.5 Hz, 2H), 2.08 (t, J = 7.5 Hz, 2 H), 2.04 (t, J = 7.3 Hz, 6H), 1.82 (s, 9H), 1.65 (p, J = 7.5 Hz, 2 H), 1.54 − 1.40 (m, 18 H);MS(ESI), 1566.3 (M+H)+。
実施例4B.
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸の合成
Figure 2020522510
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸を、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸と同じ手順を使用して合成した。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.90 (d, J = 7.8 Hz, 3H), 7.83 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.76 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 6.98 (d, J = 6.2 Hz, 1H), 5.09 (s, 3H), 3.81 − 3.69 (m, 6H), 3.69 − 3.62 (m, 6H), 3.62 − 3.40 (m, 24H), 3.04 (p, J = 6.1 Hz, 9H), 2.28 (t, J = 6.4 Hz, 4H), 2.18 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 2.06 (t, J = 7.7 Hz, 6H), 1.84 (s, 6H), 1.48 (tq, J = 14.9, 7.4 Hz, 16H), 1.23 (s, 8H)。MS(ESI), 1664.0 (M+H)
実施例5.部分を組み込むための化合物例。
5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸の合成。
Figure 2020522510
ステップ1〜2:固体試薬2,4,6−トリクロロ−1,3,5−トリアジン(0.500g、2.71mmol)のTHF(30mL)溶液に、3−アミノプロパン酸tert−ブチルHCl塩(0.985g、5.42mmol)およびDIPEA(2.36ml、13.56mmol)を添加した。反応混合物を室温で5時間攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した、MS(ESI): 402.4 (M+H)。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これを次のステップに直接使用した。3,3’−((6−クロロ−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸ジ−tert−ブチル(1.052g、2.71mmol)のアセトニトリル(50mL)溶液に、5−オキソ−5−(ピペラジン−1−イル)ペンタン酸ベンジル(1.103g、3.80mmol)およびKCO(2.248g、16.27mmol)を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌し、50℃で攪拌した。EtOAcで希釈し、濾過して減圧下で濃縮して残渣を得て、これを20%EtOAcのヘキサン溶液〜50%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(40g金)によって精製し、3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸ジ−tert−ブチル(1.13g、64%)を白色固体として得た。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.43 − 7.30 (m, 5 H), 5.15 (s, 2H), 3.75 (brs, 4H), 3.63 (brs, 6H), 3.43 (brs, 2H), 2.51 (q, J = 7.0, 6.5 Hz, 6H), 2.42 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.09 − 1.96 (m, 2H), 1.48 (s, 18H);MS (ESI): 656.6 (M+H)
ステップ3:3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸ジ−tert−ブチル(1.10g、1.68mmol)のギ酸(20mL)溶液を室温で一晩攪拌した。LC−MSは反応が完了しなかったことを示し、溶媒を蒸発させた。ギ酸(20mL)を反応混合物に添加し、反応混合物を室温で5時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を濃縮し、トルエン(2×)と共蒸発させて真空下で一晩乾燥し、3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸(0.91g、収率100%)を白色固体として得た。MS (ESI), 544.2 (M+H)
ステップ4:0℃の3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸(0.91g、1.68mmol)およびHOBt(0.76g、4.36mmol)のDCM(30mL)およびDMF(3mL)溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(0.840g、4.36mmol)、EDC HCl塩(0.836g、4.36mmol)およびDIPEA(1.460ml、8.39mmol)を添加した。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、室温で20時間攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc(300mL)中に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(1.11g、収率77%)を白色固体として得た。MS (ESI): 857.5 (M+H)
ステップ5:5−(4−(4,6−ビス((3−((3−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(212.3mg、0.250mmol)のDCM(5.0mL)溶液に、TFA(3.0mL)を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、精製することなく次のステップに直接使用する。MS (ESI): 656.3 (M+H)
ステップ6:5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(333mg、0.740mmol)のDCM(5mL)溶液に、DIPEA(2.16ml、12.4mmol)、HBTU(235mg、0.620mmol)、HOBT(67mg、0.50mmol)、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(163mg、0.250mmol)のDCM(3.0mL)溶液を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜50%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(24g金カートリッジ)によって精製し、若干HOBtを含有する(2R,2’R,3R,3’R,4R,4’R,5R,5’R,6R,6’R)−((((((3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ビス(プロパノイル))ビス(アザンジイル))ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(アザンジイル))ビス(5−オキソペンタン−5,1−ジイル))ビス(オキシ))ビス(5−アセトアミド−2−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−6,3,4−トリイル)テトラアセテート(460mg)を得た。MS (ESI), 1515.7 (M+H)
ステップ7:(2R,2’R,3R,3’R,4R,4’R,5R,5’R,6R,6’R)−((((((3,3’−((6−(4−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタノイル)ピペラジン−1−イル)−1,3,5−トリアジン−2,4−ジイル)ビス(アザンジイル))ビス(プロパノイル))ビス(アザンジイル))ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(アザンジイル))ビス(5−オキソペンタン−5,1−ジイル))ビス(オキシ))ビス(5−アセトアミド−2−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−6,3,4−トリイル)テトラアセテート(0.44g、0.290mmol)のEtOAc(20mL)溶液に、10%Pd−C(40mg)、続いてAr下で2.0mLのMeOHを添加した。トリエチルシラン(2.784ml、17.43mmol)を、反応混合物にゆっくりと添加した。反応混合物を室温で2時間攪拌し、セライトに通して濾過して、50%MeOHのEtOAc溶液で洗浄した。溶媒を減圧下で蒸発させて、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸(0.43g、収率100%)を白色固体で得た。MS (ESI): 1425.0 (M+H)
実施例6.部分を組み込むための化合物例。
5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸の合成。
Figure 2020522510
ステップ1:5−(4−(4,6−ビス((3−((3−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(212.3mg、0.250mmol)のDCM(5.0mL)溶液に、TFA(3.0mL)を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、精製することなく次のステップに直接使用する。MS (ESI): 656.3 (M+H)
ステップ2:5−(((3aR,4S,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4−イル)メトキシ)ペンタン酸tert−ブチル(373mg、0.870mmol)のDCM(5mL)溶液に、TFA(5mL)を添加して室温で4時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を蒸発させて、5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸を得た。MS (ESI): 334.3 (M+H)+。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ3:55−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸(289mg、0.870mmol)のDCM(5mL)溶液に、DIPEA(2.16ml、12.4mmol)、HBTU(330mg、0.870mmol)、HOBT(67mg、0.50mmol)、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(163mg、0.250mmol)のDCM(3.0mL)溶液を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜50%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(24g金カートリッジ)によって精製し、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(227mg、71%)を得た。MS (ESI), 1287.0 (M+H)
ステップ4:5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸ベンジル(0.167g、0.130mmol)のEtOAc(10mL)溶液に、10%Pd−C(50mg)、続いてAr下で2.0mLのMeOHを添加した。トリエチルシラン(1.66ml、10.39mmol)を、反応混合物にゆっくりと添加した。反応混合物を室温で2時間攪拌し、セライトに通して濾過して、50%MeOHのEtOAc溶液で洗浄した。溶媒を減圧下で蒸発させて、5−(4−(4,6−ビス((3−((3−(5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロピル)アミノ)−1,3,5−トリアジン−2−イル)ピペラジン−1−イル)−5−オキソペンタン酸(32mg、収率21%)を白色固体で得た。MS (ESI): 1196.7 (M+H)
実施例7.ある特定のホスホラミダイトの調製例。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド調製のためのモノマー(ホスホラミダイト)およびその方法を提供する。一部の実施形態では、提供するホスホラミダイトは、特有のおよび/または大幅に改善された活性および/または特性を提供する5’末端構造を含む。一部の実施形態では、提供するホスホラミダイトは、オリゴヌクレオチド中への組込みのために所望の化学的部分、例えば、炭水化物部分、脂質部分などを含む。一部の実施形態では、提供するホスホラミダイトは、所望の化学的部分、例えば、炭水化物部分、脂質部分などの組込みのためにリンカー/ハンドルを含む。本開示においては多くの技術を利用してホスホラミダイトを調製することができ、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2017/015555、およびWO/2017/062862に記載されるものを含むが、これらに限定されず、その方法および試薬の各々が、参照によって本明細書に組み込まれる。例として以下に提供するのは、ある特定のホスホラミダイトの調製である。
実施例7−1.チミジン−5’−ジメチルビニルホスホネート−2’−デオキシ−3’−CNEホスホラミダイト。
Figure 2020522510
化合物7−1−2の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−1(20.00g、36.72mmol、1.00当量)のDMF(100.00mL)溶液に、イミダゾール(25.00g、367.20mmol、10.00当量)、続いてTBDPSCl(50.47g、183.60mmol、47.17mL、5.00当量)を添加した。反応混合物を25℃で16時間攪拌した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=1:1)は、化合物7−1−1が完全に消費されたことを示した。EtOAc(300mL)を添加し、混合物を水(60mL*3)で洗浄した。有機相をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮した。残渣を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(石油エーテル:酢酸エチル=20:1、1:1、1:4)によって精製した。化合物7−1−2(30.00g)を白色泡状固体として得た。H NMR: (CDCl, 400MHz) δ= 8.165 (s, 1H), 7.575−7.080 (m, 21H), 6.718−6.741 (m, 4H), 6.473(d, J=2.8Hz, 1H), 4.520−4.534(m, 1H), 4.037−4.043 (d, J=2.4Hz, 1H), 3.758(s, 6H), 3.184−3.217 (m, 1H), 2.841−2.874 (m, 1H), 2.319−2.338 (m, 1H), 2.025−2.078 (m, 1H), 1.321(s, 3H), 1.021(s, 9H)。
化合物7−1−3の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−2(25.00g、31.93mmol、1.00当量)のDCM(250mL)溶液に、TFA(8.37g、73.44mmol、5.44mL、2.30当量)を添加した。溶液の色が赤色に変化した。EtSiH(8.17g、70.24mmol、11.19mL、2.20当量)を25℃で添加した。反応混合物を25℃で2時間攪拌すると、赤色の溶液は無色になった。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)は、化合物7−1−2が完全に消費されたことを示した。溶媒を減圧下で除去し、残渣をEtOAc(100mL)中に溶解させた。有機相をNaHCO(40mL)、ブラインで洗浄し、NaSO上で乾燥させて、濾過して濃縮した。残渣を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(石油エーテル:酢酸エチル=20:1、1:1)によって精製した。化合物7−1−3(9.80g、収率56.20%、純度88%)を白色固体として得た。H NMR: (CDCl, 400MHz) δ= 8.108 (s, 1H), 7.643 (s, 1H), 7.403−7.412 (m, 6H), 7.269(d, J=4.8Hz, 2H), 6.217(d, J=5.6 Hz, 1H), 4.451(s, 1H), 3.975(s, 1H), 3.631(d, J=12 Hz, 1H), 3.255(s, 1H), 2.264−2.296 (m, 1H), 2.136−2.184 (m, 1H), 1.957(s, 1H), 1.859(s, 3H), 1.090(s, 9H)。
化合物7−1−4の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−3(18.00g、37.45mmol、1.00当量)のDCM(500mL)溶液に、DMP(17.47g、41.20mmol、12.75mL、1.10当量)を0℃で添加した。反応混合物を25℃で3時間攪拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)は、反応が完了したことを示した。NaSO(飽和、100mL)およびNaHCO(飽和100mL)を順次添加した。混合物をDCM(100mL*3)で抽出した。有機相をNaSO上で乾燥させて濃縮した。化合物7−1−4(17.92g、粗)を黄色油として得た。
化合物7−1−5の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−4A(16.08g、69.26mmol、1.85当量)のTHF(29mL)溶液に、t−BuOK(1M、69.26mL、1.85当量)を0℃で添加した。混合物を0℃で10分間攪拌し、次いで最高25℃まで30分間加温した。上記の混合物を、化合物7−1−4(17.92g、37.44mmol、1.00当量)のTHF(36mL)溶液に0℃で添加した。反応混合物を0℃で1時間攪拌し、次いで最高25℃まで80分加温した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=20:1)は、反応が完了したことを示した。反応混合物に水(200mL)を添加し、EtOAc(300mL*4)で抽出した。有機相を乾燥させ(NaSO)、濾過して濃縮した。残渣を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE(10%DCM):EA=10:1、1:8)によって精製した。化合物7−1−5(15.00g)を黄色固体として得た。
化合物7−1−6の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−5(21.00g、35.92mmol、1.00当量)のTHF(60mL)溶液に、N,N−ジエチルエタンアミン、三フッ化水素酸塩(28.95g、179.59mmol、29.24mL、5.00当量)を25℃で添加した。反応混合物を25℃で20時間攪拌した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=10:1)は、反応が完了したことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮し、混合物をpH=7までNaCO(水溶液、飽和)で中和した。水相を凍結乾燥した。凍結乾燥固体を、DCM:MeOH=10:1(300mL*2)で洗浄した。有機相を濃縮した。得られた残渣を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン:メタノール=100:1、100:8)によって精製した。化合物7−1−6(5.20g、15.02mmol、収率41.81%)を白色固体として得た。H NMR: (CDCl, 400MHz) δ= 9.521 (s, 1H), 7.120 (s, 1H), 6.974−7.074 (m, 1H), 6.372−6.405 (m, 1H), 5.961−6.050 (m, 1H), 4.684(s, 1H), 4.504−4.518 (m, 1H), 4.393−4.409 (m, 1H), 3.726−3.775 (m, 6H), 3.151−3.180 (m, 2H), 2.411−2.427 (m, 1H), 1.930−2.218(m, 1H), 1.927(s, 3H)。
化合物7−1−7の調製。
Figure 2020522510
化合物7−1−6(3.80g、10.97mmol、1.00当量)のDMF(23mL)溶液に、5−エチルスルファニル−2H−テトラゾール(1.43g、10.97mmol、1.00当量)、1−メチルイミダゾール(1.80g、21.94mmol、1.75mL、2.00当量)および3−ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスファニルオキシプロパンニトリル(4.96g、16.46mmol、5.22mL、1.50当量)を添加した。反応混合物を25℃でN下において3時間攪拌した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=10:1)は、反応が完了したことを示した。反応混合物をEtOAc(200mL)で希釈した。反応混合物を飽和NaHCO水溶液(20mL*4)で洗浄し、NaSO上で乾燥させ、濾過して減圧下で濃縮した。カラムを、MeOH(20分)、EA(20分)、石油エーテル(20分)、および石油エーテル/酢酸エチル(20分)で溶出した。このように得られた残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル:EtOAc=10:1、1:1、次いでEtOAc/アセトニトリル=1000:1、100:2、100:4で溶出)によって精製した。化合物7−1−7(4.80g、8.78mmol、収率80.04%)を黄色固体として得た。MS: LCMS, 計算値 C2236, 546.2008;+Veモードでの実測値 568.95;569.43[M+Na]。H NMR: (CDCl, 400MHz) δ= 9.489(s, 1H), 7.233 (s, 1H), 6.835−7.035 (m, 1H), 6.303−6.337 (m, 1H), 5.931−5.983 (m, 1H), 4.388−4.504 (m, 1H), 3.703−3.846 (m, 1H), 3.666−3.694 (m, 6H), 3.533−3.559 (m, 2H), 2.594−2.702(m, 2H), 2.162−2.578(m, 2H), 1.863(s, 3H), 1.111−1.189(m, 12H)。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 163.66, 162.54, 150.47, 150.40, 148.68, 148.61, 148.41, 148.35, 135.10, 135.01, 118.73, 118.25, 117.76, 117.61, 116.91, 116.85, 116.38, 111.74, 84.83, 84.79, 84.75, 84.72, 84.62, 84.56, 84.53, 84.50, 84.40, 84.33, 77.40, 77.29, 77.09, 76.77, 76.03, 75.87, 75.49, 75.48, 75.34, 75.32, 58.21, 58.19, 58.16, 58.12, 58.00, 57.92, 52.59, 52.55, 52.54, 52.52, 52.49, 52.46, 45.33, 45.27, 43.43, 43.40, 43.30, 43.27, 38.45, 38.40, 38.37, 36.45, 24.62, 24.57, 24.54, 24.49, 24.46, 22.96, 22.94, 22.88, 22.85, 20.47, 20.39, 20.37, 20.30, 20.11, 20.04, 12.50, 12.48。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 149.40, 149.38, 19.99, 19.64, 14.10。
実施例7−2.立体的に純粋なL−DPSE−5’−DMT−5’VP−dTアミダイト、7−2−8。
L−DPSE−NOPClの調製。
Figure 2020522510
L−DPSE(8.82g、28.5mmol)を、ロータリーエバポレーター中において35℃で無水トルエン(60ml)との共沸蒸発によって乾燥させ、さらに高真空中で一晩乾燥させた。この乾燥させたL−DPSEおよび4−メチルモルホリン(5.82g、6.33mL、57.5mmol)を無水トルエン(50ml)中に溶解させた溶液を、250mLの三口丸底フラスコ内に置いたPCl(4.0g、2.5mL、29.0mmol)の無水トルエン(25ml)溶液に添加し、これをアルゴン下で−5℃に冷却し(開始温度:−2℃、最高温度:5℃、10分追加)、反応混合物を0℃でさらに40分間攪拌した。その後、沈殿した白色固体を、特別なフィルター管(Chemglass:Medium Frit、Airfree、Schlenk)を使用してアルゴン下において真空で濾過した。溶媒を、浴温(25℃)でアルゴン下においてロータリーエバポレーターによって除去して油性の粗混合物を得て、真空下で一晩(約15時間)乾燥させ、次のステップに使用した。
L−DPSE−5’−DMT−5’VP−dTアミダイトの調製。
Figure 2020522510
化合物7−2−6(7.0g、20.2mmol)を、45℃で75mLの無水トルエンとの共蒸発によって2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次いで、乾燥した化合物7−2−6を、アルゴン下で250mLの三口フラスコ中において脱水THF(70mL)中に溶解し、続いてトリエチルアミン(14mL、101mmol)を添加して、混合物を−45℃まで冷却した。この冷却した反応混合物に、前ステップからの粗L−DPSE−NOPCl(THF50mL中、28.5mmol、1.4当量)の溶液をシリンジによって滴下して添加した(約10分、内部温度を−40〜−35℃に維持する)。次いで、反応混合物を徐々に5℃まで加温した。5℃になってから30分後、TLCおよびLC−MS分析は、SMから生成物への完全転化(全反応時間2時間)を示した。反応混合物を氷浴中で冷却し、水(0.36mL、20.2mmol)の添加によってクエンチして10分間攪拌し、続いて無水MgSO(3.0g、20.2mmol)を添加した。反応物をAirfree、Schlenkフィルター管に通して濾過し、脱水THF(50mL)で洗浄して28℃の回転蒸発下で蒸発させ、粗生成物の淡黄色固体を得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した粗生成物を、溶媒として5%TEAを含む酢酸エチル/ヘキサン混合物を使用して、120シリカカラム(これを、5%TEAを含む3カラム体積の酢酸エチルで予め不活性化した)によって精製した。カラム精製後、画分をTLCおよびLC−MSによって分析し、一緒にプールした。溶媒をロータリーエバポレーター中において28℃で蒸発させ、残渣を高真空下で乾燥させて生成物を白色固体として得た。収量:11.8g(87%)。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.46 (ddt, J = 16.5, 7.6, 2.7 Hz, 4H), 7.33 − 7.17 (m, 6H), 6.93 − 6.88 (m, 1H), 6.75 (ddd, J = 22.6, 17.2, 4.4 Hz, 1H), 6.16 (dd, J = 7.5, 6.3 Hz, 1H), 5.85 (ddd, J = 19.2, 17.1, 1.8 Hz, 1H), 4.71 (dt, J = 8.7, 5.7 Hz, 1H), 4.38 (dp, J = 10.7, 3.6 Hz, 1H), 4.15 (tt, J = 5.6, 2.7 Hz, 1H), 3.68 (dd, J = 11.1, 3.7 Hz, 6H), 3.55 − 3.29 (m, 2H), 3.09 (tdd, J = 10.8, 8.8, 4.3 Hz, 1H), 2.11 (ddd, J = 13.9, 6.3, 3.3 Hz, 1H), 1.96 (s, 1H), 1.87 (d, J = 1.2 Hz, 3H), 1.85 − 1.73 (m, 2H), 1.70 − 1.49 (m, 2H), 1.38 (ddd, J = 15.9, 10.4, 6.3 Hz, 2H), 1.26 − 1.11 (m, 2H), 0.60 (s, 3H)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 152.41, 19.95。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 171.07, 163.62, 163.59, 150.21, 150.19, 148.49, 148.43, 136.61, 135.84, 135.15, 134.57, 134.33, 129.48, 129.42, 127.97, 127.93, 127.81, 118.38, 116.50, 111.52, 85.02, 84.72, 84.70, 84.51, 84.48, 79.25, 79.16, 77.40, 77.28, 77.08, 76.76, 74.93, 74.91, 74.83, 74.81, 68.01, 67.98, 60.35, 52.60, 52.55, 52.47, 52.42, 47.03, 46.67, 38.12, 38.08, 27.18, 25.85, 25.82, 21.01, 17.58, 17.54, 14.19, 12.58, −3.00, −3.27。MS: LCMS, 計算値 C32H41N3O8P2Si, 685.7255: +Veモードでの実測値: 686.21 [M+H], 708.14 [M+Na]。
実施例7−3.5’−DMT−2’OMe−5−脂質−3’−CNEホスホラミダイトの合成−核酸塩基による所望の部分の組込み。
Figure 2020522510
化合物7−3−2の調製。
Figure 2020522510
化合物7−3−1(13.00g、18.94mmol)、プロパ−2−イン−1−アミン(2.09g、37.87mmol、2.43mL)、CuI(901.63mg、4.73mmol)、Pd(PPh(2.19g、1.89mmol)およびTEA(3.83g、37.87mmol、5.25mL)のDMF(130mL)溶液混合物を脱気してNで3回パージし、次いで混合物を25℃で12時間、N雰囲気下かつ暗所において攪拌した。LC−MSは、化合物7−3−1が完全に消費され、所望のMSを有する1つのメインピークを検出したことを示した。混合物を真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ジクロロメタン/メタノール=100/1〜0:1)によって精製した。化合物7−3−2(11.00g、粗)を黄色固体として得た。H NMR (400MHz, CDCl): δ = 8.23 (s, 1H), 7.48 − 7.14 (m, 13H), 6.83 (br d, J=7.3 Hz, 5H), 5.94 (br s, 1H), 4.48 (br t, J=5.8 Hz, 2H), 4.05 (br d, J=6.4 Hz, 2H), 3.93 (br d, J=2.9 Hz, 1H), 3.81 − 3.70 (m, 8H), 3.62 (s, 4H), 3.52 (br d, J=11.0 Hz, 2H), 3.35 (br d, J=9.0 Hz, 1H)。LCMS: (M+H): 614.2。TLC (ジクロロメタン/メタノール = 10:1) Rf = 0.19。
化合物7−3−3の調製。
Figure 2020522510
パルミチン酸(5.06g、19.72mmol)のDCM(130mL)溶液に、TEA(3.63g、35.85mmol、4.97mL)、EDCI(5.15g、26.89mmol)、HOBt(3.63g、26.89mmol)、および化合物7−3−3(11.00g、17.93mmol)を添加した。混合物を25℃で1時間攪拌した。LC−MSは、化合物7−3−3が完全に消費され、所望のMSを有する1つのメインピークを検出したことを示した。混合物を真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ジクロロメタン:酢酸エチル=10/1〜0:1、ジクロロメタン:酢酸エチル=100/1〜0:1)によって精製した。化合物7−3−3(6.20g、収率40.58%)を黄色固体として得た。H NMR (400MHz, CDCl): δ = 8.25 (s, 1H), 7.50 − 7.14 (m, 10H), 6.90 − 6.77 (m, 4H), 5.93 (d, J=2.0 Hz, 1H), 5.01 (br s, 1H), 4.53 − 4.44 (m, 1H), 4.06 (br d, J=6.8 Hz, 1H), 3.94 (dd, J=2.0, 5.1 Hz, 1H), 3.83 − 3.73 (m, 9H), 3.63 (s, 3H), 3.55 − 3.48 (m, 1H), 3.39 (dd, J=2.5, 11.1 Hz, 1H), 2.79 (q, J=7.1 Hz, 1H), 1.85 − 1.76 (m, 2H), 1.50 − 1.41 (m, 2H), 1.24 (br s, 22H), 0.87 (t, J=6.7 Hz, 3H)。13CNMR (100MHz, CDCl): δ = 172.37, 162.32, 158.66, 158.58, 158.55, 149.58, 144.63, 142.49, 135.55, 135.44, 130.14, 130.00, 129.94, 128.08, 127.86, 126.91, 113.51, 113.35, 99.62, 89.56, 87.56, 86.85, 83.77, 83.68, 74.14, 68.49, 61.77, 58.82, 55.24, 45.30, 36.10, 31.89, 29.84, 29.67, 29.63, 29.49, 29.37, 29.33, 25.42, 22.66, 14.79, 14.11, 9.74。LCMS: (M+H): 850.4。
5’−DMT−2’OMe−5−脂質−3’−CNEホスホラミダイトの調製。
Figure 2020522510
化合物7−3−3(2.8g、3.29mmol)を無水トルエンと2回(25mL×2)共蒸発させて、高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した泡状固体を無水DMF(5ml)中に溶解し、5−エチルチオ−1H−テトラゾール(0.43g、3.29mmol)、N−メチルイミダゾール(0.052mL、0.66mmol)、続いて2−シアノエチル−N,N,N’,N’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト(1.49g、4.93mmol)を添加した。反応混合物を、室温でアルゴン雰囲気下において一晩攪拌した。TLCが完了を示した後、反応物をEtOAc(70mL)で希釈して飽和NaHCO水溶液(10mL)で洗浄し、MgSO上で乾燥させた。溶媒を減圧下で蒸発させ、高真空中で夜間に乾燥させた。乾燥した粗生成物を、溶出液として5%TEAを含有するヘキサン/酢酸エチル/アセトニトリルを含む80gシリカカラム(これを、5%TEAを含む3カラム体積の酢酸エチルで予め不活性化した)を使用して、Combi−Flash Rf(Teledyne ISCO)によって精製し、5’−DMT−2’OMe−5−脂質−3’CNEホスホラミダイトを泡状固体として得た。収量3.1g(90%)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 150.58(s) 150.26(s)。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 172.20, 172.18, 161.78, 161.66, 158.70, 158.68, 149.45, 149.35, 144.71, 144.57, 142.69, 142.62, 137.91, 135.63, 135.53, 135.49, 135.40, 130.16, 130.11, 128.08, 128.06, 128.01, 127.00, 126.97, 117.71, 117.51, 113.39, 113.36, 113.32, 99.75, 99.46, 89.30, 89.26, 88.49, 88.00, 87.05, 86.84, 83.86, 83.04, 82.98, 82.93, 82.66, 77.39, 77.27, 77.07, 76.75, 74.45, 74.30, 69.88, 69.77, 69.64, 62.10, 61.24, 58.94, 58.92, 58.65, 58.47, 58.44, 57.97, 57.76, 55.30, 55.27, 43.35, 43.32, 43.23, 43.19, 36.11, 36.09, 33.26, 31.90, 29.88, 29.67, 29.65, 29.63, 29.58, 29.50, 29.37, 29.33, 25.41, 24.70, 24.64, 24.61, 24.57, 24.54, 24.50, 22.66, 20.47, 20.40, 20.34, 20.27, 14.82, 14.09。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.40 (dd, J = 10.5, 7.6 Hz, 2H), 7.35 − 7.12 (m, 7H), 6.78 (ddd, J = 9.0, 4.2, 2.7 Hz, 4H), 4.82 (dt, J = 22.1, 4.9 Hz, 1H), 4.57 − 4.38 (m, 1H), 4.24 − 4.10 (m, 1H), 4.06 − 3.96 (m, 1H), 3.86 − 3.67 (m, 7H), 3.67 − 3.58 (m, 2H), 3.57 − 3.39 (m, 6H), 3.25 (ddd, J = 13.5, 11.3, 2.8 Hz, 1H), 2.55 (t, J = 6.1 Hz, 1H), 2.30 (t, J = 6.2 Hz, 1H), 1.71 (qd, J = 7.4, 7.0, 1.4 Hz, 2H), 1.38 (dtt, J = 10.5, 7.7, 2.8 Hz, 2H), 1.09 (dd, J = 6.7, 5.1 Hz, 17H), 0.97 (d, J = 6.8 Hz, 3H), 0.80 (t, J = 6.6 Hz, 3H)。MS: LCMS: 計算値, C59H82N5O10P;1051.5730;実測値 +Veモード: m/z: 1153.69 [M+EtN]。
実施例7−4.5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dT−CNEアミダイトの合成。
Figure 2020522510
化合物7−4−6Bの調製。
Figure 2020522510
化合物7−4−5(46.00g、124.83mmol)の、水(1.84L)中に溶解させたEtOAc(460.00mL)およびギ酸ナトリウム(353.17g、5.19mol)の混合物溶液に、次いで[[(1R,2R)−2−アミノ−1,2−ジフェニル−エチル]−(p−トリルスルホニル)アミノ]−クロロ−ルテニウム、1−イソプロピル−4−メチル−ベンゼン(1.59g、2.50mmol)を添加した。得られた2相混合物を、12時間25℃でN下において攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物をEtOAc(50mL*3)で抽出した。組み合わせた有機物をブライン(30mL)で洗浄し、NaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮して粗物質を得た。残渣を石油エーテル/酢酸エチル=5:1からの再結晶によって精製し、化合物7−4−6B(36.00g、収率77.83%)を白色固体として得た。H NMR (400MHz, DMSO−d6): δ = 11.31 (s, 1H), 7.67 (s, 1H), 6.16 (dd, J=5.5, 8.8 Hz, 1H), 5.05 (d, J=5.1 Hz, 1H), 4.49 (br d, J=5.1 Hz, 1H), 3.78 − 3.70 (m, 1H), 3.55 (d, J=3.7 Hz, 1H), 2.20 − 2.09 (m, 1H), 1.96 (br dd, J=5.7, 13.0 Hz, 1H), 1.77 (s, 3H), 1.11 (d, J=6.4 Hz, 3H), 0.87 (s, 9H), 0.09 (s, 6H)。HPLC: HPLC 純度: 97.7%。SFC: SFC 純度: 99.1%。TLC (石油エーテル / 酢酸エチル=1:1) Rf = 0.37。
化合物7−4−7Bの調製。
Figure 2020522510
化合物7−4−6B(18.00g、48.58mmol)を、ピリジン(100mL)およびトルエン(100mL*2)と共にロータリーエバポレータ上での共沸蒸留によって乾燥させた。化合物7−4−6B(18.00g、48.58mmol)およびDMTCl(1.89g、5.59mmol)のピリジン(180.00mL)およびTHF(720.00mL)混合物溶液を脱気してNで3回パージし、次いでAgNO(14.19g、83.56mmol)を添加した。混合物を25℃で15時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。MeOH(5mL)を添加して15分間攪拌し、次いで混合物を濾過してケーキをトルエン(300mL*3)で洗浄した。濾液を濃縮し、化合物7−4−7Bを黄色油として得た(65.38g、粗)。混合物を一切精製することなく次のステップに直接使用した。TLC (石油エーテル / 酢酸エチル) Rf = 0.63。
5’−(R)−C−Me−5’−DMTr−dTの調製。
Figure 2020522510
化合物7−4−7B(65.38g、97.16mmol)のTHF(650.00mL)溶液に、TBAF(1M、184.60mL)を添加した。混合物を25℃で12時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物を濃縮して粗物質を得て、次いで飽和NaCl(5%水溶液、200mL*2)を添加して、混合物をEtOAc(200mL*3)で抽出した。組み合わせた有機相をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮し、粗生成物を得て、これをMPLC(石油エーテル:酢酸エチル5:1、1:1、1:4、5%TEA)によって精製し、5’−(R)−C−Me−5’−DMTr−dTを白色固体として得た(47.50g、85.03mmol、収率87.52%)。H NMR (400MHz, DMSO−d6): δ = 11.32 (s, 1H), 7.46 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 7.37 − 7.25 (m, 6H), 7.23 − 7.16 (m, 1H), 7.07 (s, 1H), 6.89 (dd, J=4.6, 8.5 Hz, 4H), 6.12 (t, J=7.2 Hz, 1H), 5.27 (d, J=4.6 Hz, 1H), 4.54 − 4.46 (m, 1H), 3.73 (d, J=1.8 Hz, 6H), 3.62 (t, J=2.9 Hz, 1H), 3.40 − 3.34 (m, 1H), 2.09 − 2.02 (m, 2H), 1.40 (s, 3H), 0.77 (d, J=6.2 Hz, 3H)。13C NMR (101MHz, DMSO−d6): δ = 163.98, 158.58, 150.81, 146.95, 137.11, 136.79, 135.76, 130.49, 130.41, 128.20, 128.15, 127.04, 113.54, 113.52, 110.16, 89.87, 86.24, 83.35, 70.28, 70.05, 60.20, 55.47, 55.35, 21.20, 17.82, 14.52, 12.08。HPLC: HPLC 純度: 98.7%。LC−MS: (M−H) = 557.2;.LCMS 純度: 98.9%。SFC: SFC 純度: 100.0%。TLC (石油エーテル / 酢酸エチル=1:1, 5% TEA) Rf =0.02。
5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dT−CNE−アミダイトの調製。
Figure 2020522510
5’−(R)−C−Me−5’−OMT−dT(5g、8.95mmol)をトルエン(50mL)と共に乾燥させた。DIEA(1.39g、10.74mmol、1.87mL)および5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dT(5g、8.95mmol)の無水DCM(50mL)溶液に、化合物7−4−1(2.76g、9.40mmol)をN下において0℃で添加した。混合物を15℃で2時間攪拌した。TLCは出発物質が消費されたことを示し、2つの新しいスポットを見出した。混合物を飽和NaHCO水溶液(20mL)の添加によってクエンチし、DCM(30mL*3)で抽出した。組み合わせた有機相をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮し、粗生成物を得て、これをTeledyne製のCombiflash機器上で精製した。40gシリカゲルカートリッジカラムを、5%EtN(300mL)を含有する10%EtOAc/石油エーテルで溶出することによって最初に前処理した。粗生成物を、5%EtNを含有する2:1体積:体積の塩化メチレン:石油エーテルの混合物中に溶解し、カラム上に負荷した。負荷後、精製プロセスを次の勾配:5%EtNを含有する10〜50%のEtOAc/石油エーテルを使用して実行した。画分を収集した。溶媒の蒸発後、5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dT−CNE−アミダイトを白色固体として得た(3.6g、収率53%)。H NMR (400MHz, クロロホルム−d) δ = 8.11 (br s, 1H), 7.53 (br d, J=7.7 Hz, 3H), 7.42 (br t, J=8.2 Hz, 4H), 7.32 − 7.17 (m, 4H), 7.07 − 6.99 (m, 1H), 6.84 (br d, J=8.2 Hz, 4H), 6.31 (br dd, J=5.5, 8.7 Hz, 1H), 4.94 (br s, 1H), 3.96 − 3.73 (m, 10H), 3.72 − 3.41 (m, 4H), 2.65 (td, J=6.1, 18.0 Hz, 2H), 2.53 − 2.37 (m, 1H), 2.10 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 1.47 (br s, 4H), 1.33 − 1.16 (m, 15H), 1.00 − 0.90 (m, 3H)。31P NMR (162MHz, クロロホルム−d) δ = 148.81 (s, 1P), 148.35 (s, 1P)。
実施例7−5.5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dT−CNEアミダイトの合成。
Figure 2020522510
化合物7−5−2の調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−1(63.00g、176.72mmol)のHO(250.00mL)およびMeCN(250.00mL)混合物溶液に、PhI(OAc)(125.23g、388.79mmol)およびTEMPO(5.56g、35.34mmol)を10℃で添加した。混合物を25℃で2時間攪拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1、Rf=0)は、出発材料が消費されたことを示した。混合物を濃縮し、MTBE(1L)を添加した。混合物を0.5時間攪拌し、次いで濾過した。ケーキをMTBE(1L*2)で洗浄して乾燥させ、化合物7−5−2を白色固体として得た(126g、収率96.23%)。H NMR (400MHz, DMSO): δ = 11.21 (s, 1H), 7.89 (d, J=1.0 Hz, 1H), 6.18 (dd, J=5.9, 8.6 Hz, 1H), 4.61 − 4.41 (m, 1H), 4.17 (d, J=0.9 Hz, 1H), 2.51 − 2.26 (m, 3H), 2.09 − 1.85 (m, 2H), 1.74 − 1.58 (m, 3H), 0.90 − 0.58 (m, 10H), 0.00 (d, J=2.0 Hz, 6H)。LC−MS: (M+H): 371.1。TLC (石油エーテル /酢酸エチル=1:1) Rf = 0。
化合物7−5−3の調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−2(50.00g、134.96mmol)のDCM(500.00mL)溶液に、DIEA(34.89g、269.92mmol、47.15mL)および2,2−ジメチルプロパノイルクロリド(21.16g、175.45mmol)を添加した。混合物を−10〜0℃で1.5時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。DCM中の混合物を次のステップに直接使用した。TLC (石油エーテル/ 酢酸エチル=1:1) Rf =0.15。
化合物7−5−4の調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−3のDCM溶液に、TEA(40.94g、404.55mmol、56.08mL)およびN−メトキシメタンアミン塩酸塩(19.73g、202.27mmol)を添加した。混合物を0℃で1時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物をHCl(1N、100mL)で、次いでNaHCO水溶液(100mL)で洗浄した。有機層をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮し、粗生成物を得て、これをシリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=30/1、0/1)によって精製し、化合物7−5−4を白色固体として得た(95.5g、収率85.63%)。H NMR (400MHz, CDCl): δ = 8.29 (s, 1H), 8.19 (br s, 1H), 6.46 (dd, J=5.1, 9.3 Hz, 1H), 4.71 (s, 1H), 4.38 (d, J=4.2 Hz, 1H), 3.65 (s, 3H), 3.15 (s, 3H), 2.18 − 2.08 (m, 1H), 2.00 − 1.90 (m, 1H), 1.87 (d, J=1.1 Hz, 3H), 0.88 − 0.74 (m, 10H), 0.00 (d, J=3.7 Hz, 6H)。TLC (石油エーテル /酢酸エチル=1:1) Rf = 0.43。
化合物7−5−5の調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−4(115.00g、278.09mmol)のTHF(1.20L)溶液に、MeMgBr(3M、185.39mL)を0℃で添加した。混合物を0℃で2時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物に水(1L)を0℃で添加し、混合物をEtOAc(300mL*2)で抽出した。組み合わせた有機相をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮し、化合物7−5−5を白色固体として得た(100.00g、収率97.58%)。混合物をさらに精製することなく直接使用した。H NMR (400MHz, CDCl): δ = 8.81 (br s, 1H), 7.95 (s, 1H), 6.41 (dd, J=5.6, 8.1 Hz, 1H), 4.60 − 4.40 (m, 2H), 2.40 − 2.16 (m, 4H), 1.98 (s, 3H), 1.02 − 0.83 (m, 10H), 0.14 (d, J=3.3 Hz, 6H), 0.20 − 0.00 (m, 1H)。TLC (石油エーテル /酢酸エチル=1:1) Rf= 0.68。
化合物7−5−6Aの調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−5(46.00g、124.83mmol)の、水(1.84L)中に溶解させたEtOAc(460.00mL)およびギ酸ナトリウム(353.17g、5.19mol)の混合物溶液に、N−[(1S,2S)−2−アミノ−1,2−ジフェニル−エチル]−4−メチル−ベンゼンスルホンアミドクロロルテニウム、1−イソプロピル−4−メチル−ベンゼン(1.59g、2.50mmol)を添加した。得られた2相混合物を、12時間25℃でN下において攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物をEtOAc(500mL*3)で抽出した。組み合わせた有機物をブライン(300mL)で洗浄し、NaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮して粗生成物を得た。混合物をMPLC(石油エーテル:MTBE=10:1〜1:1)によって7回精製し、化合物7−5−6Aを黄色油として得た(25.6g、収率57.53%)。H NMR (400MHz, DMSO−d6): δ = 11.28 (s, 1H), 7.85 (s, 1H), 6.16 (t, J=6.8 Hz, 1H), 5.04 (d, J=4.6 Hz, 1H), 4.46 − 4.29 (m, 1H), 3.79 (br t, J=6.8 Hz, 1H), 3.59 (br s, 1H), 3.32 (s, 1H), 2.21 − 2.09 (m, 1H), 2.06 − 1.97 (m, 1H), 1.76 (s, 3H), 1.17 − 1.08 (m, 4H), 0.91 − 0.81 (m, 10H), 0.08 (s, 6H)。SFC: SFC 純度: 98.6%。TLC (石油エーテル / 酢酸エチル=1:1) Rf = 0.38。
化合物7−5−7Aの調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−6A(12.80g、34.55mmol)を、ピリジン(100mL)およびトルエン(100mL*2)と共にロータリーエバポレータ上での共沸蒸留によって乾燥させた。化合物7−5−6A(12.80g、34.55mmol)およびDMTCl(1.89g、5.59mmol)のピリジン(120.00mL)およびTHF(400.00mL)混合物溶液を脱気してNで3回パージし、次いでAgNO(10.09g、59.43mmol)を添加した。混合物を25℃で15時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。MeOH(5mL)を添加して15分間攪拌し、次いで混合物を濾過してケーキをトルエン(300mL*3)で洗浄した。濾液を濃縮し、化合物7−7−7Aを黄色油として得た(46.50g、粗)。混合物を一切精製することなく次のステップに直接使用した。TLC (石油エーテル /酢酸エチル) Rf = 0.63。
5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dTの調製。
Figure 2020522510
化合物7−5−7A(46.50g、69.11mmol)のTHF(460.00mL)溶液に、TBAF(1M、131.31mL)を添加した。混合物を25℃で5時間攪拌した。TLCは、出発物質が消費されたことを示した。混合物を濃縮し、次いで飽和NaCl(5%水溶液、200mL)を添加して、水相をEtOAc(200mL*3)で抽出した。組み合わせた有機層をNaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮し、粗生成物を得て、これをMPLC(石油エーテル/酢酸エチル5:1、1:1、1:4、5%TEA)によって精製し、5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dTを白色固体として得た(29.0g、収率75.12%)。H NMR (400MHz, DMSO−d6): δ = 11.35 (s, 1H), 7.56 (s, 1H), 7.58 − 7.53 (m, 1H), 7.44 (d, J=7.8 Hz, 2H), 7.37 − 7.24 (m, 6H), 7.23 − 7.17 (m, 1H), 6.87 (t, J=8.3 Hz, 4H), 6.13 (t, J=6.9 Hz, 1H), 5.21 (d, J=4.9 Hz, 1H), 4.23 (br s, 1H), 3.73 (d, J=2.9 Hz, 6H), 3.67 (t, J=3.7 Hz, 1H), 3.57 − 3.46 (m, 1H), 2.23 − 2.04 (m, 2H), 1.67 (s, 3H), 1.70 − 1.65 (m, 1H), 0.71 (d, J=6.2 Hz, 3H)。13CNMR (101MHz, DMSO−d6): δ = 170.78, 164.16, 158.64, 158.59, 150.86, 146.71, 137.00, 136.75, 135.97, 130.65, 130.52, 128.38, 128.07, 127.11, 113.48, 110.11, 89.78, 86.41, 83.87, 70.58, 70.22, 60.21, 55.48, 21.20, 18.08, 14.53, 12.54。HPLC: HPLC 純度: 98.4%。LCMS: (M−H+) = 557.2;LCMS 純度: 99.0%。SFC: SFC 純度: 99.4%。TLC (石油エーテル /酢酸エチル=1:1, 5% TEA) Rf =0.01。
5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dT−CNE−アミダイトの調製。
Figure 2020522510
5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dT(5.00g、8.95mmol)のMeCN(50.00mL)溶液に、5−エチルスルファニル−2H−テトラゾール(1.17g、8.95mmol)、1−メチルイミダゾール(1.47g、17.90mmol、1.43mL)および化合物7−5−1(4.05g、13.43mmol、4.26mL)を添加した。反応混合物を20℃でN下において2時間攪拌した。TLCおよびLC−MSは、一部の出発物質が消費されて、所望の物質を形成したことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮し、残渣をEtOAc(20mL)で希釈した。反応混合物を飽和NaHCO水溶液(20mL)で洗浄し、NaSO上で乾燥させ、濾過して濃縮して粗生成物を得て、これをMPLC(石油エーテル5%TEA:酢酸エチル10:1〜1:1)によって精製し、5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dT−CNE−アミダイトを白色固体として得た(4.3g、収率63.31%)。H NMR (400MHz, クロロホルム−d) δ = 8.19 (br s, 1H), 7.69 − 7.60 (m, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.43 − 7.33 (m, 2H), 7.32 − 7.07 (m, 8H), 6.73 (ddd, J=3.7, 5.8, 9.0 Hz, 4H), 6.27 − 6.15 (m, 1H), 4.49 − 4.37 (m, 1H), 3.82 − 3.65 (m, 8H), 3.63 − 3.55 (m, 2H), 3.53 − 3.39 (m, 3H), 2.50 (t, J=6.3 Hz, 1H), 2.46 − 2.31 (m, 1H), 2.29 − 2.19 (m, 1H), 2.16 − 2.04 (m, 1H), 1.68 (s, 3H), 1.20 − 1.00 (m, 13H), 0.95 (d, J=6.8 Hz, 3H), 0.92 − 0.74 (m, 4H)。31P NMR (162MHz, クロロホルム−d) δ = 149.11 (s, 1P), 148.99 (s, 1P)。
実施例7−6.L−DPSE−5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dTアミダイトの合成。
Figure 2020522510
5’−(R)−C−Me−5’−OMT−dT(11.17g、20mmol)を、45℃で80mLの無水トルエンとの共蒸発によって2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次いで、乾燥した5’−(R)−C−Me−5’−OMT−dTを、アルゴン下で500mLの三口フラスコ中において脱水THF(80mL)中に溶解し、続いてトリエチルアミン(13.93mL、100mmol)を添加して、混合物を−40℃まで冷却した。この冷却した反応混合物に、ストックからの粗L−DPSE−NOPCl(THF40mL中、30mmol、1.4当量)の溶液をシリンジによって滴下して添加した(約15分、内部温度を−40〜−35℃に維持する)。次いで、混合物を徐々に5℃まで加温した。5℃になってから30分後、TLCおよびLC−MS分析は、SMから生成物への完全転化(全反応時間2時間)を示した。反応混合物を氷浴中で冷却し、反応物を水(0.36mL、20mmol)の添加によってクエンチした。混合物を10分間攪拌し、続いて無水MgSO(3.0g、20mmol)を添加した。反応物をAirfree、Schlenkフィルター管に通して濾過し、脱水THF(60mL)で洗浄して溶媒を28℃の回転蒸発下で蒸発させ、粗生成物をオフホワイト固体として得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した粗生成物を、溶媒として5%TEAを含有する酢酸エチル/ヘキサン混合物を含む220シリカカラム(これを、5%TEAを含む3カラム体積の酢酸エチルで予め不活性化した)を使用して、Combi−Flash Rf(Teledyne ISCO)によって精製した。画分をTLCおよびLC−MSによって分析し、一緒にプールした。溶媒をロータリーエバポレーター中において28℃で蒸発させ、残渣を高真空下で乾燥させて生成物を白色固体として得た。収量:16.3g(91%)。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.50 − 7.36 (m, 6H), 7.35 − 7.06 (m, 13H), 6.85 (d, J = 1.4 Hz, 1H), 6.73 (dq, J = 8.7, 3.2 Hz, 4H), 6.13 (dd, J = 9.3, 5.3 Hz, 1H), 5.10 (td, J = 7.8, 7.1, 3.4 Hz, 1H), 4.80 (dt, J = 8.6, 5.8 Hz, 1H), 4.04 (q, J = 7.1 Hz, 1H), 3.69 (d, J = 2.3 Hz, 6H), 3.57 − 3.36 (m, 3H), 3.29 − 3.05 (m, 2H), 2.05 (dd, J = 13.6, 5.5 Hz, 1H), 1.96 (s, 2H), 1.73 − 1.50 (m, 3H), 1.47 − 1.32 (m, 2H), 1.30 (d, J = 1.2 Hz, 3H), 1.17 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 0.75 (d, J = 6.5 Hz, 3H), 0.60 (s, 3H)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 151.34 (s)。MS: LCMS: 計算値, C51H56N3O8PSi, 897.3574;実測値 +Veモード: m/z: 898.52 [M+H];999.95 [M+Et3N]。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 171.12, 163.83, 158.65, 158.61, 150.21, 146.50, 136.96, 136.71, 136.59, 135.94, 135.54, 134.60, 134.34, 130.24, 130.15, 129.45, 129.39, 128.02, 127.96, 127.94, 127.88, 127.79, 126.86, 113.17, 113.11, 110.93, 89.27, 89.25, 86.48, 83.68, 79.09, 78.99, 77.42, 77.30, 77.10, 76.78, 71.78, 71.70, 70.26, 68.39, 68.36, 60.39, 55.24, 47.19, 46.83, 46.09, 39.48, 39.44, 27.35, 25.97, 25.93, 21.05, 18.33, 17.85, 17.81, 14.23, 11.73, 11.45。
実施例7−7.L−DPSE−5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dTアミダイトの合成。
Figure 2020522510
5’−(S)−C−Me−5’−OMT−dT(1.20g、2mmol)を、45℃で20mLの無水トルエンとの共蒸発によって2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次いで、乾燥した5’−(S)−C−Me−5’−OMT−dTを、アルゴン下で100mLの三口フラスコ中において脱水THF(20mL)中に溶解し、続いてトリエチルアミン(1.4mL、10mmol)を添加して、混合物を−40℃まで冷却した。この冷却した反応混合物に、ストックからの粗L−DPSE−NOPCl(THF3.0mL中、3mmol、1.5当量)の溶液をシリンジによって約5分滴下して添加した(内部温度を−40℃に維持し、次いで徐々に5℃まで加温した)。5℃になってから30分後、TLCおよびLC−MS分析は、SMから生成物への完全転化(全反応時間1.5時間)を示した。反応混合物を氷浴中で冷却し、反応物を水(0.036mL、2mmol)の添加によってクエンチした。混合物を10分間攪拌し、続いて無水MgSO(0.3g、2mmol)を添加した。反応物をAirfree、Schlenkフィルター管に通して濾過し、脱水THF(20mL)で洗浄した。溶媒を28℃の回転蒸発下で蒸発させ、オフホワイト固体を得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した粗生成物を、溶媒として5%TEAを含有する酢酸エチル/ヘキサン混合物を含む40gシリカカラム(これを、5%TEAを含む3カラム体積の酢酸エチルで予め不活性化した)を使用して、Combi−Flash Rf(Teledyne ISCO)によって精製した。カラム精製後、画分をTLCおよびLC−MSによって分析して一緒にプールし、ロータリーエバポレーター中において28℃で蒸発させた。残渣を高真空下で乾燥させ、L−DPSE−5’−(S)−C−Me−5’−DMT−dTアミダイトを白色固体として得た。収量:1.27g(70%)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 149.73 (s)。MS: LC−MS;計算値: C5156PSi, 897.3574;実測値 +Veモード: m/z: 898.56[M+H]。
実施例7−8.L−DPSE−5’−DMT−5−C6−アミノリンカーアミダイトの合成−核酸塩基による所望の部分の組込み。
Figure 2020522510
5’−DMT−5−C6アミノTFA−dT(25g、31.5mmol、Berry&Associates Inc製)を、45℃で100mLの無水トルエンとの共蒸発によって2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次いで、乾燥した物質を、アルゴン下で500mLの三口フラスコ中において脱水THF(100mL)中に溶解し、続いてトリエチルアミン(21.92mL、157mmol)を添加して、次いで−70℃まで冷却した。この冷却した反応混合物に、ストックからの粗L−DPSE−NOPCl(THF44mL中、44mmol、1.4当量)の溶液をシリンジによって滴下して添加した(約15分、内部温度を−60〜−50℃に維持する)。混合物を徐々に5℃まで加温した。5℃になってから30分後、TLCおよびLC−MS分析は、SMから生成物への完全転化(全反応時間2時間)を示した。反応混合物を氷浴中で冷却し、水(0.56mL、31.5mmol)の添加によってクエンチして10分間攪拌し、続いて無水MgSO(3.8g、31.5mmol)を添加した。反応物をAirfree、Schlenkフィルター管に通して濾過し、脱水THF(80mL)で洗浄して28℃の回転蒸発下で蒸発させ、粗生成物をオフホワイト固体として得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した粗生成物を、溶媒として5%TEAを含有する酢酸エチル/ヘキサン混合物を含む220シリカカラム(これを、5%TEAを含む3カラム体積の酢酸エチルで予め不活性化した)を使用して、Combi−Flash Rf(Teledyne ISCO)によって精製した。カラム精製後、画分をTLCおよびLC−MSによって分析し、一緒にプールした。溶媒をロータリーエバポレーター中において28℃で蒸発させ、残渣を高真空下で乾燥させて生成物を白色固体として得た。収量:30g(88%)。MS: LC−MS;計算値: C606710PSi, 1133.4347;+Veモードでの実測値: 1235.55(M+Et3N)。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 7.78 (s, 1H), 7.40 (ddd, J = 9.8, 6.5, 2.2 Hz, 5H), 7.32 (d, J = 7.3 Hz, 2H), 7.30 − 7.09 (m, 15H), 6.99 (d, J = 15.5 Hz, 1H), 6.76 (dd, J = 8.9, 2.7 Hz, 4H), 6.54 (d, J = 15.5 Hz, 1H), 5.12 (t, J = 6.1 Hz, 1H), 4.66 − 4.49 (m, 2H), 4.04 (q, J = 7.1 Hz, 1H), 3.81 (q, J = 3.0 Hz, 1H), 3.67 (s, 6H), 3.41 (ddt, J = 14.8, 10.2, 7.7 Hz, 1H), 3.30 − 3.13 (m, 4H), 3.12 − 2.91 (m, 4H), 1.96 (s, 2H), 1.92 − 1.69 (m, 2H), 1.58 (ddt, J = 15.1, 11.6, 8.0 Hz, 1H), 1.50 − 1.29 (m, 5H), 1.18 (tq, J = 15.8, 8.8, 8.0 Hz, 9H), 0.52 (s, 3H)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 150.88 (s)。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 171.18, 165.77, 161.89, 158.76, 158.74, 157.85, 157.49, 157.12, 156.76, 149.17, 144.52, 139.69, 136.68, 135.86, 135.53, 135.44, 134.54, 134.30, 131.15, 129.97, 129.89, 129.44, 129.38, 128.09, 127.93, 127.91, 127.18, 122.36, 120.31, 117.44, 114.58, 113.42, 113.39, 111.72, 110.53, 86.65, 86.04, 86.02, 85.67, 79.28, 79.19, 77.42, 77.31, 77.11, 76.79, 73.20, 73.12, 68.05, 68.02, 63.09, 60.41, 55.27, 46.96, 46.60, 45.81, 40.48, 39.56, 38.88, 29.33, 28.52, 27.23, 25.83, 21.04, 17.55, 17.52, 14.20。
実施例7−9.5−アルキニルチオアセテート−5’−DMT−3’CNE−2’OMe−Uアミダイトの合成。
Figure 2020522510
化合物7−9−1(5.0g、6.72mmol)を無水トルエンと2回(40mL×2)共蒸発させて、高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した黄色固体を無水THF(14ml、約0.5mmol/mL)中にアルゴン下で溶解し、溶液に5−エチルチオ−1H−テトラゾール(1.05g、8.07mmol)、N−メチルイミダゾール(0.045g、0.044mL、0.67mmol)、続いて2−シアノエチル−N,N,N’,N’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト(2.23g、2.34mL、7.39mmol)を添加した。反応混合物を、室温でアルゴン下において5時間攪拌した。TLC(溶媒系:40%CHCN/EtOAC/5%TEA)を上記溶媒系で予め平衡化し、これが5時間で反応の完了を示して、これをLC−MSでも確認した。反応混合物をEtOAc(100mL)で希釈し、溶液を分液ロートに移して飽和NaHCO水溶液(40mL)で洗浄し、無水MgSO上で乾燥させた。乾燥した溶液を浴温28℃の回転蒸発下で蒸発させ、粗生成物をオフイエロー固体として得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。乾燥した粗生成物を、80gフラッシュシリカカラムを使用してCombi−Flash Rf(Teledyne ISCO)中で精製し、このカラムは5%TEAを含む2カラム体積(CV125mL、60mL/分)の酢酸エチルで予め不活性化し、続いて2カラム体積の20%EtOAc/ヘキサンで平衡化しておいた。化合物を、溶媒系として5%TEAを含有するヘキサン/EtOAc/CHCN混合物を使用して精製した。精製カラム後、画分をTLCおよびLC−MSによって分析した。所望の画分を一緒にプールし、ロータリーエバポレーター中において28℃で蒸発させて高真空下で乾燥させ、7−9−2−CNEアミダイトを白色固体として得た。収量:4.8g(76%)。MS: LC−MS;計算値: C485811PS, 943.35;+Veモードでの実測値: m/z 1045.92(M+Et3N)。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 8.36 − 8.07 (m, 1H), 7.47 − 7.09 (m, 10H), 6.78 (dt, J = 9.1, 3.8 Hz, 4H), 5.87 (dd, J = 26.6, 3.1 Hz, 1H), 4.73 (d, J = 14.9 Hz, 1H), 4.57 − 4.30 (m, 1H), 4.21 − 4.00 (m, 2H), 3.86 − 3.32 (m, 17H), 3.23 (ddd, J = 13.0, 11.2, 2.5 Hz, 1H), 2.91 (td, J = 7.0, 2.4 Hz, 2H), 2.54 (q, J = 6.1 Hz, 1H), 2.27 (d, J = 24.2 Hz, 4H), 1.96 (d, J = 7.1 Hz, 3H), 1.21 − 0.82 (m, 14H)。31P NMR (162 MHz, CDCl) δ 150.60 (s), 150.24(s)。13C NMR (101 MHz, CDCl) δ 195.80, 169.61, 161.45, 158.70, 158.68, 149.06, 144.75, 144.61, 142.82, 135.67, 135.58, 135.48, 135.38, 130.18, 130.16, 130.12, 128.14, 128.11, 128.09, 128.02, 127.01, 117.69, 117.53, 113.42, 113.38, 113.34, 99.60, 99.33, 88.98, 88.95, 88.50, 88.06, 87.06, 86.85, 83.89, 82.99, 82.62, 77.34, 77.22, 77.02, 76.70, 74.55, 74.40, 69.74, 69.62, 62.04, 61.26, 60.38, 58.97, 58.59, 58.47, 58.45, 57.89, 57.68, 55.34, 55.31, 43.33, 43.21, 35.44, 35.41, 30.54, 29.95, 24.71, 24.65, 24.63, 24.58, 24.56, 24.49, 21.04, 20.50, 20.43, 20.38, 20.31, 14.20。
当業者には容易に十分理解される通り、化合物7−9−2を、本開示においてはホスホラミダイトとしてオリゴヌクレオチド合成に利用し、それによってオリゴヌクレオチド中に保護チオール基を組み込むことができる。脱保護後、遊離チオール基を利用して、本開示においては1つ以上のジスルフィド結合を形成することによって、オリゴヌクレオチドモノマーを連結して多量体を形成し得る。
当業者には十分に理解される通り、本開示においては多くの技術(例えば、化学、試薬、リンカー、方法など)を利用して、オリゴヌクレオチド(様々な5’末端構造を有するものを含む)を調製し、かつ様々な化学的部分、例えば、炭水化物部分、脂質部分、標的化部分などをオリゴヌクレオチド中に組み込むことができ、例えば、WO/2010/064146、WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/010250、US2013/0178612、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2017/015555、およびWO/2017/062862に記載されるものであるが、これらに限定されない。本明細書に記載されるのは、様々な部分を含むものを含む、オリゴヌクレオチドを調製するための技術例である。
実施例8.WV−2652の調製。
CPG(120mg、71umol/g負荷)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−T*fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)に、1M亜リン酸ジフェニルの脱水ピリジン(5mL)溶液を添加し、次いで室温で30分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄し、続いて真空下で乾燥させた。次いで、乾燥した支持体をピリジン−HO(1:1、v/v)(5mL)でシリンジを用いて処理し、室温で2時間混合して、続いて脱水ACN(5mL×5)で洗浄し、真空下で乾燥させた。CPGのアリコート(1umol、14.1mg)を、AMA(400uL)を用いて35℃で2時間処理した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2652を得た(分子量:6968.9;MS 実測値 6966.7)。
実施例9.WV−2653の調製。
CPG(120mg、71umol/g負荷)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−T*fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)に、1M亜リン酸ジフェニルの脱水ピリジン(5mL)溶液を添加し、次いで室温で30分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄し、続いて真空下で乾燥させた。次いで、乾燥した支持体をピリジン−HO(1:1、v/v)(5mL)でシリンジを用いて処理し、室温で2時間混合して、続いて脱水ACN(5mL×5)で洗浄し、真空下で乾燥させた。CPGのアリコート(1umol、14.1mg)を、0.15Mの3−フェニル−1,2,4−ジチアゾリン−5−オンのBSA−ACN(1:9、v/v)溶液で1時間処理した。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2653を得た(分子量:7000.9;MS 実測値 6997.3)。
実施例10.WV−2654の調製。
CPG(1umol、14.1mg)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−T*fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)を、0.1Mのn−Prホスホラミダイト(ホスホラミダス酸、N,N−ビス(1−メチルエチル)−、プロピル2−シアノエチルエステル)および0.5MのETTのACN溶液で15分間処理し、続いて1.1MのTBHPのデカン−DCM(1:4、v/v)溶液で15分間処理した。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2654を得た(分子量:7026.9;MS 実測値 7022.0)。
実施例11.WV−2655の調製。
CPG(1umol、14.1mg)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−T*fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)を、0.1Mのn−Prホスホラミダイト(ホスホラミダス酸、N,N−ビス(1−メチルエチル)−、プロピル2−シアノエチルエステル)および0.5MのETTのACN溶液で15分間処理し、続いて0.15Mの3−フェニル−1,2,4−ジチアゾリン−5−オンのACN溶液で15分間処理した。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2655を得た(分子量:7043.0;実測値 7040.9)。
実施例12.WV−2656の調製。
CPG(120mg、71umol/g負荷)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)に、0.1MのジメチルC3ホスホロアミダイト(ホスホラミダス酸、N,N−ビス(1−メチルエチル)−、3−[ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメトキシ]−2,2−ジメチルプロピル2−シアノエチルエステル)および0.5MのETTの脱水ACN(5mL)溶液を添加し、室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、0.1Mの1,2,4−ジチアゾール−5−チオンの脱水ピリジン(5mL)溶液を添加し、次いで室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、3%TCAのDCM(5mL)溶液を連続した流れの中で室温で2分間添加した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。CPGのアリコート(2umol、28.1mg)に、1M亜リン酸ジフェニルの脱水ピリジン(1mL)溶液を添加し、次いで室温で30分間混合した。支持体を脱水ACN(2mL×3)で洗浄し、続いて真空下で乾燥させた。次いで、乾燥した支持体をピリジン−HO(1:1、v/v)(1mL)でシリンジを用いて処理し、室温で2時間混合して、続いて脱水ACN(5mL×5)で洗浄し、真空下で乾燥させた。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2656を得た(分子量:6830.8;MS 実測値 6831.1)。
実施例13.WV−2657の調製。
CPG(120mg、71umol/g負荷)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)に、0.1MのジメチルC3ホスホロアミダイト(ホスホラミダス酸、N,N−ビス(1−メチルエチル)−、3−[ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメトキシ]−2,2−ジメチルプロピル2−シアノエチルエステル)および0.5MのETTの脱水ACN(5mL)溶液を添加し、室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、0.1Mの1,2,4−ジチアゾール−5−チオンの脱水ピリジン(5mL)溶液を添加し、次いで室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、3%TCAのDCM(5mL)溶液を連続した流れの中で室温で2分間添加した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。CPGのアリコート(2umol、28.1mg)に、1M亜リン酸ジフェニルの脱水ピリジン(1mL)溶液を添加し、次いで室温で30分間混合した。支持体を脱水ACN(2mL×3)で洗浄し、続いて真空下で乾燥させた。次いで、乾燥した支持体をピリジン−HO(1:1、v/v)(1mL)でシリンジを用いて処理し、室温で2時間混合して、続いて脱水ACN(5mL×5)で洗浄し、真空下で乾燥させた。支持体を、0.15Mの(1S)−(+)−(10−カンファースルホニル)−オキサジリジンのBSA−ACN(1:9、v/v)溶液で1時間処理した。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2657を得た(分子量:6846.8;MS 実測値 6844.7)。
実施例14.WV−2658の調製。
CPG(120mg、71umol/g負荷)に付加した対応するオリゴヌクレオチド(5’−fA*mGfC*mUfU*mCfU*mUfG*mUfC*mCfA*mG*fC*mU*fU*mU*mUmU−3’)に、0.1MのジメチルC3ホスホロアミダイト(ホスホラミダス酸、N,N−ビス(1−メチルエチル)−、3−[ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメトキシ]−2,2−ジメチルプロピル2−シアノエチルエステル)および0.5MのETTの脱水ACN(5mL)溶液を添加し、室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、0.1Mの1,2,4−ジチアゾール−5−チオンの脱水ピリジン(5mL)溶液を添加し、次いで室温で15分間混合した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。支持体に、3%TCAのDCM(5mL)溶液を連続した流れの中で室温で2分間添加した。支持体を脱水ACN(5mL×3)で洗浄した。CPGのアリコート(2umol、28.1mg)に、1M亜リン酸ジフェニルの脱水ピリジン(1mL)溶液を添加し、次いで室温で30分間混合した。支持体を脱水ACN(2mL×3)で洗浄し、続いて真空下で乾燥させた。次いで、乾燥した支持体をピリジン−HO(1:1、v/v)(1mL)でシリンジを用いて処理し、室温で2時間混合して、続いて脱水ACN(5mL×5)で洗浄し、真空下で乾燥させた。支持体を、0.15Mの3−フェニル−1,2,4−ジチアゾリン−5−オンのBSA−ACN(1:9、v/v)溶液で15分間処理した。支持体をAMA(400uL)と35℃で2時間混合した。混合物をIEX精製によって単離し、WV−2658を得た(MW 6862.9;MS 実測値 6860.7)。
実施例15.WV−3122の調製。
オリゴヌクレオチドWV−3122を、50umolの規模で標準的なシアノエチルホスホラミダイト化学を使用し、最後のT塩基に至るまで合成すると、(5’−T*fG*mUfC*mCfA*mGfC*mUfU*mUfA*mUfU*mGfGmGfAmG*T*mU−3’)上にDMT保護基を有する状態でCPG支持体上に残った。次いで、最後のリン酸(PO)を合成装置上でオリゴヌクレオチドの5’末端に付加した。簡潔に述べると、DMT保護基を、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。カップリングステップの間に、等体積のビス−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルCEDホスホラミダイト(アセトニトリル中で0.1M、ChemGenes Corporationカタログ番号CLP−1454)および5−エチルチオテトラゾール(アセトニトリル中で0.5M)を、5分の接触時間で添加した。カップリングステップを繰り返した。酸化を、テトラヒドロフラン/ピリジン/水中において0.02Mのヨウ素を使用して実施した。オリゴヌクレオチドを、最初に支持体上で20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液を用いて15分間洗浄することによって脱保護した。支持体をアセトニトリルで洗浄し、乾燥させた。次いで、オリゴヌクレオチドを切断し、水酸化アンモニウム/エタノール(3:1v/v)を使用して50℃で一晩さらに脱保護した。目標質量 7062.0;実測値 7062.4。
実施例16.WV−7645の調製。
オリゴヌクレオチドWV−7645を、50umolの規模で標準的なシアノエチルホスホラミダイト化学を使用し、最後から2番目の塩基(fG)に至るまで合成すると、(5’−fG*mUfC*mCfA*mGfC*mUfU*mUfA*mUfU*mG*fG*mG*fA*mG*fG*mC*T*mU−3’)上にDMT保護基を有する状態でCPG支持体上に残った。次いで、最後の塩基(5MRdT)を、標準的なカップリング条件を使用して合成装置上でオリゴヌクレオチドの5’末端に付加した。簡潔に述べると、DMT保護基を、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。カップリングステップの間に、等体積の5’−(R)−C−Me−5’−DMT−dT−CNEホスホラミダイト(アセトニトリル中で0.1M)および5−エチルチオテトラゾール(アセトニトリル中で0.5M)を、5分の接触時間で添加した。カップリングステップを繰り返した。硫化を、0.1M DDTTのピリジン溶液を使用して実施した。次いで、最後のリン酸(PO)を合成装置上でオリゴの5’末端に付加した。DMT保護基を、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。カップリングステップの間に、等体積のビス−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルCEDホスホラミダイト(アセトニトリル中で0.1M、ChemGenes Corporationカタログ番号CLP−1454)および5−エチルチオテトラゾール(アセトニトリル中で0.5M)を、5分の接触時間で添加した。カップリングステップを繰り返した。酸化を、テトラヒドロフラン/ピリジン/水中において0.02Mのヨウ素を使用して実施した。オリゴヌクレオチドを、最初に支持体上で20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液を用いて10分間洗浄することによって脱保護した。支持体をアセトニトリルで洗浄し、乾燥させた。次いで、オリゴヌクレオチドを切断し、水酸化アンモニウムを使用して40℃で一晩さらに脱保護し、およそ31mgの粗物質を68%純度で得た。粗生成物をさらに精製し、最終生成物を得た。分子量:7839.6。MS 実測値: 7838.6。
実施例17.アミノリンカーを組み込むための手順例。
オリゴヌクレオチドWV−3973を、50umolの規模で標準的なシアノエチルホスホラミダイト化学を使用して最後のAeo塩基に至るまで合成すると、(5’−Aeo*Geo*m5Ceo*Teo*Teo*C*T*T*G*T*C*C*A*G*C*Teo*Teo*Teo*Aeo*Teo−3’)上にDMT保護基を残した。次いで、アミンリンカーを合成装置上でオリゴの5’末端に付加した。簡潔に述べると、DMT保護基を、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。カップリングステップの間に、等体積のTFA−アミノC6 CEDホスホラミダイト(0.15M、ChemGenes Corporationカタログ番号CLP−1553またはGlen Researchカタログ番号10−1916)および5−エチルチオテトラゾール(アセトニトリル中で0.5M)を、5分の接触時間で添加した。カップリングステップを繰り返した。酸化を、テトラヒドロフラン/ピリジン/水中において0.02Mのヨウ素を使用して実施した。オリゴヌクレオチドを、最初に支持体上で20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液を用いて15分間洗浄することによって脱保護した。支持体をアセトニトリルで洗浄し、乾燥させた。次いでオリゴを切断し、水酸化アンモニウムを使用して50℃で一晩さらに脱保護した。目標質量: 7288.0。実測値: 7286.3。
実施例18.溶液相中に炭水化物部分を組み込むための手順例−WV−5287の調製。
炭水化物含有カルボン酸化合物(2当量)、HATU(1.8当量)およびジイソプロピルエチルアミン(8当量)の脱水アセトニトリル(または脱水DMF)溶液を2分間ボルテックスした。この溶液に、オリゴヌクレオチド(1当量)の水溶液を添加した。反応混合物を2分間ボルテックスし、60分間維持した。この時間までに、反応は通常完了に至った。溶媒を真空下で除去し、水で適切に希釈して、RPカラムクロマトグラフィーまたはIEXクロマトグラフィーによって精製した。炭水化物(例えば、GalNAc)部分がアセテートとして保護されていた場合、精製前にNH処理を実施した。一例を以下に記載する。
WV−5287の調製−WV−2422との複合化による炭水化物部分の組込み例。
3つの炭水化物部分を含有するカルボン酸(以下のスキームを参照のこと、17mg、10.8umol)、HATU(3.7mg、9.72umol)、およびDIPEA(8ul、43.2umol)の溶液を、3mLの脱水DMF中において2分間完全にボルテックスした。この溶液に、WV−2422(40.6mg、5.4umol)の1.5mL水溶液を添加し、混合物を60分間振盪した。反応の完了をLC−MSによってモニターした(約1時間)。反応が完了した後、溶媒を減圧下で除去し、粗生成物をIEXによって精製した。算出した分子量: 8961。デコンボリューション質量: 8962。
Figure 2020522510
実施例19.溶液相中に炭水化物部分を組み込むための手順例−WV−3969の調製。
GalNac部分を含有するカルボン酸(38mg、20umol)、HATU(7mg、17.9umol)、およびDIPEA(15ul、80umol)の溶液を、4mlの脱水AcCN中において2分間完全にボルテックスした。この溶液に、WV−2422(50mg、6.7umol)の2ml水溶液を添加し、混合物を60分間振盪した。反応の完了をLC−MSによってモニターした(約1時間)。反応が完了した後、溶媒を減圧下で除去した。粗生成物を30%アンモニア溶液中に溶解し、50℃で3時間加熱して、溶媒を真空下で除去した。得られた粗生成物をIEXによって精製した。算出した分子量: 9025。デコンボリューション質量: 9024。
Figure 2020522510
実施例20.WV−8095の調製。
WV−8095の合成を、250umol規模で12−mLステンレス鋼カラムリアクターを使用し、NittoPhase HL(負荷190umol/g、Kinovate Life Sciences)を使用してAKTA OP100合成装置(GE healthcare)上で反復して実施した。合成の間、鎖伸長は4つのステップ、すなわち、脱トリチル、カップリング、酸化/チオール化およびキャッピングからなった。脱トリチルを、3%DCAのトルエン溶液を使用して、436nmに設定したUVウォッチコマンドを用いて実施した。脱トリチル後、4CVのACNを使用して脱トリチル試薬を洗浄した。カップリングを、0.175Mアミダイト溶液のACN溶液および立体規定モノマー用に0.6M CMIMTのACN溶液および標準的なアミダイト用に0.6M ETTを使用して実施した。全てのホスホラミダイトおよびETT溶液を調製し、3Åモレキュラーシーブ上で合成前に少なくとも3時間乾燥させた。CMIMT溶液を、Trap Pakシーブ(Bioautomation)上で使用前に90分間乾燥させた。カップリングを、40%(体積)のアミダイト溶液と60%の活性化剤とをカラムに添加する前にインラインで混合することによって実施した。次いで、カップリング混合物を最低でも8分間再循環し、カップリング効率を向上させた。カップリング後、カラムを2CV以上のACNで洗浄した。次いで、カラムを2CVのキャッピングB溶液(無水酢酸、ルチジン、ACN)混合物で処理し、立体規定カップリングのためにキラル補助アミンをアセチル化した。このステップ後、カラムを少なくとも2CVのACNで洗浄した。次いで、チオール化を2CVの0.1M POSのACN溶液を用いて6分の接触時間で実施した。ACNを使用した2CVのチオ洗浄ステップ後、キャッピングを、0.5CVのキャッピングA(20%N−メチルイミダゾールのアセトニトリル(ACN)溶液)およびキャッピングB試薬のインライン混合物(1:1)を使用して実施し、続いて2CVのACNで洗浄した。天然リン酸結合を形成するサイクル間に、酸化を、1.1M TBHP溶液(DCMおよびデカン中)を使用して2分間77当量で実施した。
WV−8095の切断および脱保護:WV−8095上のDPSE補助基を、TEA.3HF、TEA、DMF、および水を10:9:61:20のv/v比で混合することによって作製した1MのTEA.HF溶液でオリゴヌクレオチド結合固体支持体を処理することによって除去した。次いで、混合物を50℃で90分間加熱した。混合物を冷却(氷浴)し、次いで濾過した(10ミクロン)。ケーキをACNおよび水で洗浄し、真空下で乾燥させた。次いで、乾燥ケーキをアンモニア:メチルアミン混合物(1:1、20mL)に取り込み、混合物を室温で3.0時間振盪させた。次いで、混合物を濾過し(10ミクロン)、ケーキを水(3×20mL)で洗浄した。濾液を得て、UPLCによって分析し、23.69%FLPの純度を見出した。次いで、混合物を酢酸でpH値6.1まで中和した。定量を、Nano Drop one分光光度計(Thermo Scientific)を使用して実施し、約21,000ODの収量を得た。
WV−8095の精製:粗WV−8095を、伝導度が3mScm−1以下になるまで2K生成セルロース膜上で脱塩した。次いで、脱塩物質(142mL)を20mM NaOHで250mLまで希釈し、TSKgel SuperQ 5PW(Tosoh Biosciences)を充填したWaters AP2カラム(2cm×20cm)上に負荷した。精製を、20mM NaOHおよび2.5M NaClを溶出液として使用し、AKTA 100 Explorer(GE Healthcare)上で実施した。画分の純度について分析した。一部の実施形態では、この初回精製後の精製は、高度でなくともよい(例えば、約65%の純度を有するプールした画分)。所望により、さらに精製を実施して純度を高めることができる。例えば、プールした画分(162mL、7785OD)を1500mLに希釈し、上に記載した条件を使用してSource 15Q上で再精製し、2385ODの収量で約65%〜≧83%の純度に高めた。
WV−8095の脱塩:次いで、精製したWV−8095試料(2385OD)を、材料損失が全くない状態で2K生成セルロース膜上で脱塩した。次いで、脱塩物質を凍結乾燥し、75mgのWV−8095を白色粉末として得た。分子量(計算値): 7953.95;MS (実測値): 7953.2。
実施例21.WV−8061の調製。
トリアンテナ型GalNAc(30.4mg、1.6当量)、およびHATU(5.44mg、1.5当量)を50mLプラスチック管中に移した。次いで、無水アセトニトリル(1.5mL)を管中に添加し、混合物を溶解させた。これに続いて、DIPEA(d=0.742、16.86uL、10当量)を管中に添加した。次いで、混合物を10分間室温で振盪した。次いで本混合物を、水(3.0mL)中に溶解させたWV−8095(75mg)に添加し、混合物を60分間37℃で振盪した。反応の進行をUPLCによってモニターした。1時間後に反応が完了したことを見出した。反応混合物を真空下で(speed vacによって)濃縮し、アセトニトリルを除去した。次いで、得られたGalNAc複合化オリゴWV−8061を、濃縮水酸化アンモニウム(2mL)を用いて1時間37℃で処理した。最終生成物の形成をUPLCによってモニターした。試料中の水酸化アンモニアを真空下で(speed vacによって)一晩蒸発させた。複合化試料を水中に溶解し、逆相HPLCによって精製した。精製後、物質を脱塩して凍結乾燥し、1400ODの収量でWV−8061を得た。分子量(計算値): 9562.8;MS (実測値): 9561.7。
実施例22.WV−8094の調製−ビニルホスホネートの脱保護例。
DMT−5’−VP−dTアミダイトを利用して、5’−VP−dTを組み込んだ。5’−VP基を脱保護するために、オリゴヌクレオチド鎖の調製後、オリゴヌクレオチド結合支持体(250umol)を含むプラスチック容器中に、TMSI、DCMおよびピリジンの鮮黄色混合物(125mL)を3:96:2のv/v比で添加し、混合物を室温で30分間振盪した。次いでTMSI溶液をデカントし、固体支持体を、2−ドデカンチオール、TEAおよびACNの混合物(125mL×3)を24:38:38のv/v比で用いて処理した。2−ドデカン混合物の最後の分量を添加し、45分間静置させた。次いで混合物を濾過し、支持体をACN(50mL×3)で洗浄し、次いで標準的な切断および塩基脱保護を、WV−8095について記載したように実施した。 分子量(計算値): 8028.9;MS (実測値): 8030.2。
実施例23.5’−トリアゾールの調製。
Figure 2020522510
対応するアジド(1.5μmol)、5’−アルキニルオリゴヌクレオチド(1μmol)、CuSO(10μmol)アスコルビン酸ナトリウム(100μmol)およびトリスヒドロキシプロピルトリアゾール(70μmol)混合物の0.2M NaCl溶液を、1時間攪拌する。反応の完了後、粗生成物の精製をRP−HPLCまたはIEX−HPLCによって行う。HPLC精製後、純粋な画分を組み合わせ、溶媒を真空下で除去する。残渣を水中に溶解し、脱塩して凍結乾燥し、生成物を得る。
一部の実施形態では、nは0〜10である。一部の実施形態では、nは1〜10である。一部の実施形態では、Xは−C(R)(R)−であり、ここでRおよびRの各々は独立してRである。一部の実施形態では、Xは−O−である。一部の実施形態では、Xは−S−である。一部の実施形態では、Xは−NR−である。一部の実施形態では、R、RおよびRの各々は、独立して−H、またはアルキル、アリルおよびアリールから選択される任意で置換される基である。一部の実施形態では、R、RおよびRの各々は、独立して−H、またはC1〜10アルキル、C3〜10アリルおよびC6〜10アリールから選択される任意で置換される基である。一部の実施形態では、Rは−Hである。一部の実施形態では、Rは−Hである。一部の実施形態では、Rは−Hである。
実施例24.提供される技術は、高活性を提供する。
ssRNAiについて、5’−リン酸化が活性に必要であることが本開示に先立って広く受け入れられてきた。一部の実施形態では、本開示は、驚くべきことに、本開示で提供した特徴と共に、5’−リン酸化を伴わないオリゴヌクレオチドが、5’−リン酸化を行った従来のssRNAi設計によるオリゴヌクレオチドと同等の、またはそれよりも高い活性を送達し得ることを示した。例えば、表に提供したデータを参照のこと。
実施例25.提供される5’末端構造は、高活性を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、様々な5’末端構造を提供する。とりわけ、本開示は、提供する5’末端修飾を含むオリゴヌクレオチドが、例えば、ssRNAi試薬として使用した場合に、高い活性および/または安定性があり得ることを示した。例えば、表46に示す通り、提供するオリゴヌクレオチドWV−7645は、IC50が7pMほどの低さの、驚くほど高い活性を示した。
実施例26.提供する技術は、高い活性および/または選択性/特異性を提供する。
とりわけ、本開示は、高い活性および/または選択性/特異性を達成し得る技術を提供し、標的遺伝子発現(例えば、mRNAレベル)および/または標的タンパク質レベルのノックダウンを含む。限定されないが、以下の表中におけるデータを含み、本明細書で示した通り、提供される技術は、あるmRNAのレベルを選択的に減少させることができるが、それとは1つの塩基のみが異なる相同mRNAを減少させることはない。したがって、一部の実施形態では、本開示は、正常なアレルの転写物/産物レベルを維持しながら、疾患関連アレルの転写物/産物レベルのアレル特異的減少を達成し得る技術を提供し、例えば、表61を参照のこと。オリゴヌクレオチドを、表1Aに詳細に記載している。
表2および表3は、APOBに対するオリゴヌクレオチドの活性を示す。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一部のオリゴヌクレオチドが、RNase H媒介機序(例えば、ONT−41)またはRISC媒介ssRNAi(一本鎖RNA干渉)機序(例えば、WV−2112、WV−2146、およびWV−2147)を介するノックダウンを媒介する能力を有し得、一部のオリゴヌクレオチドは、ハイブリッド型を有し(例えば、WV−2113、WV−2148およびWV−2149)、ハイブリッド型が、RNase H媒介ノックダウンおよびRISC媒介一本鎖RNA干渉の両方と関連する構造を含むことを示唆している。
表2.表2は、APOBを標的とする、一本鎖RNAi剤のWV−2112に関するIC50および95%CI(信頼区間)(nM)を示す。参照オリゴヌクレオチドはONT−41であって、これはミポメルセンと同等であり、一本鎖RNA干渉ではなくRNase H機序を介して作用する。使用した細胞はHep3Bであって、APOBアッセイ用のオリゴヌクレオチドを、Lipofectamine(登録商標)2000トランスフェクション試薬(ThermoFisher,Grand Island,NY)を使用して送達した。
表2.APOBオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表3.表3は、Hep3B(または3bもしくは3B)細胞中における(48時間で試験した)APOBを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力(表3A、3Bおよび3C)ならびにIC50(表3D)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、ONT−41、WV−2112、WV−2113、WV−2146、WV−2147、WV−2113、WV−2148、およびWV−2149である。ONT−41は、RNase Hノックダウンを介して標的転写物をノックダウンするアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、他の試験したオリゴヌクレオチドは一本鎖RNAi剤である。使用した細胞はHep3Bであって、オリゴヌクレオチドを、Lipofectamine(登録商標)2000トランスフェクション試薬(ThermoFisher,Grand Island,NY)を使用して送達した。表3Dは、様々なオリゴヌクレオチドのIC50を提示する。本明細書に記載した一部の実験では、オリゴヌクレオチドの名称の後に3b、−3b、−Huh、_Huhなどの接頭辞が続き、これはオリゴヌクレオチドを、それぞれHep3B、またはHuh7細胞中で試験したことを示している。
表3A.APOBオリゴヌクレオチドの活性。
濃度を(exp 10)として示している表3A、表3Bおよび表3Cならびに他の表においては、濃度を10の指数(exp)として提示し、例えば、1.398は101.398nMを示している。個々の列には、反復実験のデータを示す。活性レベルがおよそ1の高い数値を有する表3A、表3Bおよび表3Cならびに他の表において、数値は残存mRNAレベルを示していて、1は100%mRNAレベルまたはノックダウン無しを表し、0は0%mRNAレベルまたは100%ノックダウンを表す(例えば、2列目2行目の0.020は、対照と比較して2.0%残存mRNAレベル、または98.0%ノックダウンを表している)。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表3B.APOBオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表3C.APOBオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表3D.APOBオリゴヌクレオチドの活性。
IC50をnMで表す。
Figure 2020522510
表4〜表11に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドを構築し、インビトロでACVR2bのノックダウンを媒介するそれらの能力について試験した。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、表4〜表11中におけるオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RISC媒介ssRNAi活性を媒介する能力を有し得ることを示唆している。
表4.表4A〜表4Dは、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表4AがWV−3755〜WV−3764、表4BがWV−3981〜WV−3985およびWV−4007〜WV−4011、表4CがWV−4012〜WV−4017およびWV−4264〜WV−4267、ならびに表4DがWV−4268〜WV−4277である。使用した細胞は横紋筋肉腫RD細胞であって、ACVR2Bアッセイ用のオリゴヌクレオチドを、Lipofectamine(登録商標)2000トランスフェクション試薬(ThermoFisher,Grand Island,NY)を使用して送達した。
表4A.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
表4〜表11の様々な部分(例えば、A、B、C、Dなど)を含む、それらの表において、オリゴヌクレオチドを1、5nMおよび25nMで試験した。反復実験のデータを示す。数値は、残存mRNAレベルを示している(例えば、2列目2行目の1.135は、対照と比較して113.5%残存mRNAレベル、またはノックダウン無しを表している)。
Figure 2020522510
表4B.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表4C.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表4D.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表5.表5Aおよび表5Bは、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表5AがWV−4010、WV−4270、WV−4011、およびWV−4271、ならびに表5BがWV−4012、WV−4272、WV−4013、およびWV−4273である。
表5A.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表5B.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表6.表6A〜表6Cは、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表6AがWV−3755、WV−3756、WV−3981、およびWV−4264、表6BがWV−3757、WV−3758、WV−3982、およびWV−4265、ならびに表6CがWV−3759、WV−3760、WV−3983、およびWV−4266である。
表6A.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表6B.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表6C.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表7.表7Aおよび表7Bは、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表7AがWV−4014、WV−4274、WV−4015、およびWV−4275、ならびに表7BがWV−4016、WV−4276、WV−4017、およびWV−4277である。
表7A.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表7B.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表8.表8は、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3761、WV−3762、WV−3984、およびWV−4267である。
表8.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表9.表9は、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−4007、WV−4009、WV−4008、およびWV−4269である。
表9.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表10.表10は、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3763、WV−3764、WV−3985、およびWV−4268である。
表10.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表11.表11は、ACVR2Bを標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−4010、WV−4012、WV−4014、WV−4016、WV−3755、WV−3757、WV−3759、WV−3761、WV−4007、およびWV−3763である。オリゴヌクレオチドWV−3755、WV−3757、WV−3759、WV−3761、WV−4007、およびWV−3763は、交差反応性である。
表11.ACVR2Bオリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表12〜表47に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドを構築し、インビトロを含む、APOC3のノックダウンを媒介するそれらの能力について試験した。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、表12〜表47中におけるオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RISC媒介ssRNAi活性を媒介する能力を有し得ることを示唆している。加えて、これらの表におけるオリゴヌクレオチドのいくつかは、ハイブリッド型を有する。
表12.表12は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1275、WV−1277、WV−1828、WV−1829、WV−1830およびWV−1831である。CIは信頼区間。使用した細胞はHep3Bであって、APOC3に対するオリゴヌクレオチドを、Lipofectamine(登録商標)2000トランスフェクション試薬(ThermoFisher,Grand Island,NY)を使用して送達した。
表12.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表13.表13は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110、WV−3068、WV−2817、WV−2818、WV−2720、WV−2721、およびWV−3021である。
表13.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
表13、表14、表20および他の表において、最初の列の濃度を10の指数(exp)として提示し、例えば、1.398は、101.398nMを示している。個々の列には、反復実験のデータを示す。数値は、残存mRNAレベルを示している(例えば、2列目2行目の0.254は、対照と比較して25.4%残存mRNAレベル、または74.6%ノックダウンを表している)。
Figure 2020522510
表14.表14は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2817およびWV−3021である。
表14.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表15.表15は、2つの一本鎖RNAi剤:WV−1868およびWV−2110について、APOC3のmRNA(表15A)およびタンパク質レベル(表15B)のノックダウンを含む、インビトロ効力を示す。
表15A.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
表15および他の表において、最初の列の濃度をnMで提示する。個々の列には、反復実験のデータを示す。最高活性数値がおよそ100である表15および他の表において、数値は残存mRNAレベルを示し、例えば、2列目2行目の100.000は、対照と比較して100.000%残存mRNAレベル、または0%ノックダウンを表し、0.000は、0%残存mRNAレベルまたは100%ノックダウンを示すことになる。
Figure 2020522510
表15A.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表16.表16は、Hep3B細胞中における、全てがAPOC3中の同じ配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3068、WV−2818、WV−2817、WV−2721、WV−2720、WV−2110、およびWV−3021である。2つの実験の結果を示す。
表16.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表17.表17は、両方ともAPOC3中の同じ配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CI(信頼区間)(pM)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1307およびWV−1308である。
表17.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表18.表18は、APOC3中の同じ配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CI(pM)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2134、WV−1308、およびWV−2420である。WV−2134は、RNase H媒介ノックダウンを介して標的をノックダウンするアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、WV−1308およびWV−2420は一本鎖RNAi剤である。
表18.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表19.表19は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3中の同じ配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110、WV−2716、WV−2717、WV−2718、およびWV−2719である。
表19.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表20.表20は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3中の同じ配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110、WV−2712、WV−2713、WV−2714、およびWV−2715である。様々なオリゴヌクレオチドのIC50:WV−2110、160pM、WV−2712、1743pM、およびWV−2713、950pM。
表20.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表21.表21は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CIを示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、WV−2110、およびWV−2111である。WV−1868は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(RNase H媒介ノックダウンを介して作用する)であるが、他の試験したオリゴヌクレオチドはRNAi剤である。
表21.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表22.表22は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3中の重複配列を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CI(pM)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110、WV−2693、WV−2696、WV−2697、WV−2698、およびWV−2699である。
表22.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表23.表23は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CI(pM)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110、WV−2154、およびWV−2155である。後者の2つのオリゴヌクレオチドは、最後から2番目(後ろから2番目)または最後から3番目(後ろから3番目)のヌクレオチド(wz=1の場合、N26またはN25)に2’−デオキシTを含む。
表23.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表24.表24は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50および95%CIを示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2111、WV−2156、およびWV−2157である。
表24.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表25.表25は、PCH(初代カニクイザル肝細胞)中において、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、WV−2110、WV−3068およびWV−3069である。WV−1868は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(RNase H媒介ノックダウンを介して作用する)であるが、他の試験したオリゴヌクレオチドはRNAi剤である。WV−3068(ヌクレオチド20)またはWV−3069(ヌクレオチド24)の最後から2番目のヌクレオチド(例えば、N26位の)は、AMC6T(GalNAc)を含む。Gymは、オリゴヌクレオチドがジムノティック送達によって送達されたことを示す。様々なオリゴヌクレオチドのIC50:WV−1868、4.06nM、WV−2110、1.58nM、およびWV−3068、0.24nM。
表25.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表26.表26は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、WV−2110、WV−3068、WV−2818、WV−2817、WV−2721、WV−2720、WV−2110、WV−3021である。
表26.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表27.表27は、PCH(初代カニクイザル肝細胞)中において、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2110およびWV−3068、ならびにWV−2420およびWV−2386である。
表27.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表28.表28は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2420、WV−2652、WV−2653、およびWV−2654である。個々のオリゴヌクレオチドは、5’末端にPO(WV−2420)、PHもしくはH−ホスホネート(WV−2652)、PSもしくはホスホロチオエート(WV−2653)、または表1Aの説明で定義されるようなC3 PO(Mod022)(WV−2654)を含む。
表28.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表29.表29Aおよび表29Bは、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1308、WV−2114、WV−2150、WV−2151、WV−2114、WV−2152、およびWV−2153である。
表29A.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表29B.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
加えて、1つの実験において、WV−2150およびWV−2151は、WV−1308に類似したインビトロ活性を示し(データは示さず)、別の実験において、WV−2152およびWV−2153は、WV−2114の活性よりもわずかに良好なインビトロ活性を示した(データは示さず)。
表30.表30は、APOC3に対する一本鎖RNAi剤:WV−1275、WV−1828、およびWV−1308のインビトロ効力を示す。
表30.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表31.表31は、Hep3B細胞中における(48時間で試験した)、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2420、WV−2655、WV−2656、WV−2657、およびWV−2658である。個々のオリゴヌクレオチドは、5’末端にPO(WV−2420)、C3 PS(Mod022*)(WV−2655)、C3ジメチルPH(WV−2656)、C3ジメチルPO(WV−2657)、またはC3ジメチルPS(WV−2658)を含む。
表31.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表32.表32は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−2110、WV−3122、WV−3124〜WV−3127、およびWV−3133〜WV−3137のIC50を示す。
表32.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表33.表33は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−1868、WV−2110、およびWV−3068のインビトロ効力およびIC50を示す。反復実験のデータを示す。WV−3068の最後から2番目のヌクレオチドは、TGaNC6Tを含む。
表33.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表34.表34は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−1868、WV−2110、WV−3068、WV−2817、WV−2818、WV−2720、WV−2721、およびWV−3021のインビトロ効力およびIC50を示す。個々のオリゴヌクレオチドにおける最後から2番目のヌクレオチドは、2’−デオキシT(WV−3021およびWV−2817)、アミノ修飾因子(WV−2818)、またはTGaNC6T(WV−3068)である、またはそれを含む。
表34.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表35.表35は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−2110、WV−3068、WV−2420、およびWV−2386のインビトロ効力およびIC50を示す。
表35.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
追加の試験を、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−3242、WV−5289、WV−5291、WV−5293、WV−5295、WV−5297、WV−5299、およびWV−5301のインビトロ効力について実施した。
1つの実験において、WV−2110、WV−2154およびWV−2155は全て、実質的かつ実質的に同様のインビトロ活性を有した(データは示さず)。WV−2155は、最後から3番目のヌクレオチドに2’−デオキシTを含み、WV−2154は、最後から2番目のヌクレオチドに2’−デオキシTを含み、WV−2110は、最後から2番目および最後から3番目のヌクレオチドの両方に2’−OMeを含む。
1つの実験において、WV−3242、WV−5289、WV−5291、WV−5293、WV−5295、WV−5297、およびWV−5299は全て、実質的かつ実質的に同一のインビトロ活性を示し、これらの個々のオリゴヌクレオチドは全て、2’−デオキシTを含む最後から2番目のヌクレオチド含み、様々な異なる長さを有する(データは示さず)。WV−5301は、ある程度のインビトロ活性を示したが、その実験で試験した他方のオリゴヌクレオチドよりも低かった。
表37.表37は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−2817、WV−5288、WV−5290、WV−5292、WV−5294、およびWV−5296のインビトロ効力およびIC50を示す。これらの個々のオリゴヌクレオチドは、最後から2番目のヌクレオチドに2’−デオキシTを含み、様々な長さを有する。
表37.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表38.表38は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−5290、WV−5291、WV−6431〜WV−6438、WV−6763、およびWV−2477のインビトロ効力およびIC50を示す。個々のオリゴヌクレオチドにおいて、シード後領域は、mfmf、mfmfmfm、mmmmmmm、またはMMMMMMMの修飾パターンを有するヌクレオチドのストレッチを含み、ここでmは2’−OMe、fは2’−F、Mは2’−MOEである。一部のオリゴヌクレオチドにおいて、最後から2番目のヌクレオチドは2’−デオキシTである。
表38.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表39.表39は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−5291、WV−6411〜6430、WV−6764、WV−6765、およびWV−2477のインビトロ効力を示す。個々のオリゴヌクレオチドは、異なる塩基配列ならびに2’−F、2’−OMeおよび2’−MOEの異なるパターンを有する。一部のオリゴヌクレオチドは、最後から2番目のヌクレオチドに2’−デオキシTを含む。
表39.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表40.表40は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−4161、WV−3122、WV−6766、およびWV−3247のインビボ効力を示す。オリゴヌクレオチドを、LNP(脂質ナノ粒子)中で調製した。
表40.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、残存するAPOC3 mRNA(hAPOC3/mHPRT)%を示し、1列目2行目の59.44は、59.44%の残存するmRNAを示す。動物を2×10mpkで処理した。オリゴヌクレオチドは、5’末端にOH(WV−4161)、5’−リン酸(PO)(WV−3122)、または5’−ビニルホスホネート(WV−6766およびWV−3247)を含む。個々のオリゴヌクレオチドは、シード後領域にPOまたはPSの異なるパターン、および最後から2番目のヌクレオチドに2’−デオキシTを含む。
Figure 2020522510
表41.表41は、APOC3を標的とする、異なるLNP製剤化一本鎖RNAi剤:WV−4161、WV−3122、WV−6766、およびWV−3247のインビボ効力を示す。
用量:1日目および4日目にIV 2×10mpk。
表41.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
血清hApoC3タンパク質。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表42.表42は、APOC3を標的とする、異なるLNP製剤化一本鎖RNAi剤:WV−4161、WV−3122、WV−6766、およびWV−3247の、トリグリセリドレベルの変化によって測定したインビボ効力を示す。
表42.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
血清トリグリセリド。
Figure 2020522510
追加の実験は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ活性を示した。1つの実験において、オリゴヌクレオチドWV−5291、WV−6764、およびWV−6765は全て、実質的かつ実質的に同一のインビトロ活性を示した(データは示さず)。別の実験において、オリゴヌクレオチドWV−5290、WV−6431、およびWV−6763は全て、実質的かつ実質的に同一のインビトロ活性を示した(データは示さず)。
表45.表45は、APOC3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤:WV−2817、WV−5288、WV−5290、WV−6763、WV−6431、WV−3242、WV−5289、WV−5291、WV−6765、およびWV−6764、ならびに表45BのWV−1307、WV−1308のラット肝臓ホモジネート中におけるインキュベーション(24時間)後の安定性を示す。個々のオリゴヌクレオチドは、長さおよび立体化学が異なり、一部のオリゴヌクレオチドでは、いくつかのヌクレオチド間結合が立体不規則的なホスホロチオエートであり、個々のオリゴヌクレオチドでは、立体不規則的なホスホロチオエートおよび/またはホスホジエステルが、Sp立体配置でホスホロチオエートによって置き換えられている。
表45.APOC3オリゴヌクレオチドの安定性。
数値は概算である(+2%)。
Figure 2020522510
1つの実験において、オリゴヌクレオチドWV−1307および1308の両方を、インビトロでAPOC3 mRNAレベルをノックダウンするそれらの能力について試験し、両方ともインビトロでAPOC3 mRNAレベルのノックダウンを媒介する能力を有した。WV−1307およびWV−1308は、2’−Fおよび2’−OMe修飾のそれらのパターンが異なる。
表46.表46A〜表46Nは、様々なオリゴヌクレオチドのインビトロ効力を示す。
表46Aは、一本鎖RNAi剤アッセイにおける様々なオリゴヌクレオチドのインビトロ効力を示し、オリゴヌクレオチドを、強ASO、中等度ASO、弱ASO、dsRNAi剤、またはssRNAから得た。
表46A.オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、強、中等度および弱ASO(一般にRNase H機序から作用する)から得た、またはdsRNAもしくはssRNA(一般にRISC媒介機序から作用する)から得た様々なAPOC3 ssRNAi剤のIC50(nM)を表す。
Figure 2020522510
化学#2は、5’POおよびfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmm(ここでfは2’−Fであり、mは2’−OMeである)の2’修飾パターン、ならびに全てO(ここでOはPOである)である骨格パターンを有する。
化学#4は、5’POおよびfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmm(ここでfは2’−Fであり、mは2’−OMeである)の2’修飾パターン、ならびにXOXOXOXOXOXOXOXOXOXO(ここでXは立体不規則的なPSであり、OはPOである)である骨格パターンを有する。
化学#6は、5’POおよびfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmm(ここでfは2’−Fであり、mは2’−OMeである)の2’修飾パターン、ならびにOOOOOOOOOOOOOXXXXXXX(ここでXは立体不規則的なPSであり、OはPOである)である骨格パターンを有する。
データは、二本鎖RNAi剤から得た一本鎖RNAi剤が一般に有効ではなく、RNase H媒介機序を介してノックダウンを媒介する強ASOから得たssRNAi剤(例えば、WV−1275およびWV−1277)よりも一般に低い活性を有したをことを示している。
APOC3に対する様々なssRNAi剤を、様々な5’末端を有して構築した。これらの5’末端は、以下を含む:
Figure 2020522510
5’−Meという用語は、5’−(S)−Me[または5MSもしくはS(c)]および5’−(R)−Me[または5MRもしくはR(c)]を含む総称である。5MSdTは、5’−(S)−Me OH Tと同じである。PO5MSdTは、5’−(S)−Me PO Tと同じである。PH5MSdTは、5’−(S)−Me PH Tと同じである。PS5MSdTは、5’−(S)−Me PS Tと同じである。5MRdTは、5’−(R)−Me OH Tと同じである。PO5MRdTは、5’−(R)−Me PO Tと同じである。PH5MRdTは、5’−(R)−Me PH Tと同じである。PS5MRdTは、5’−(R)−Me PS Tと同じである。5−Meは、5’−(R)−Me、5’−(S)−Meまたは立体不規則的な5’−Meである部分を示す。
これらの様々な5’末端のいずれかを有する試験したオリゴヌクレオチドとしては、WV−7635、WV−7637、WV−7639、WV−7641、WV−7643、WV−7645、WV−7647、WV−7649、WV−6439、WV−7636、WV−7638、WV−7640、WV−7642、WV−7542、WV−7644、WV−7646、WV−7648、WV−7650、およびWV−7542が挙げられ、これらのオリゴヌクレオチドの詳細な説明は、表1Aに見出され得る。
これらの様々なssRNAi剤の活性を、表2A、表2B、表2Cおよび表2Dに示す。
様々なハイブリッドオリゴヌクレオチドを構築した。いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくともいくつかの場合において、ハイブリッドオリゴヌクレオチドが、RNase H媒介機序を介して作用するオリゴヌクレオチドに好適な構造、例えば、2’−デオキシであるヌクレオチドの連続ストレッチ、およびシード領域などの、RISC媒介機序を介して作用するオリゴヌクレオチドに好適な構造も含むことを示唆し、本開示は、少なくともいくつかの場合において、ハイブリッドオリゴヌクレオチドが、RNase H媒介および/またはRISC媒介機序を介して遺伝子発現をノックダウンする能力を有することを示唆している。構築したハイブリッドオリゴヌクレオチドとしては、WV−7523、WV−7525、WV−7527、WV−7524、WV−7526、およびWV−7528が挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドを、WV−7672、WV−7521、WV−6763、WV−6431、WV−6439、WV−7673、WV−7522、WV−6765、WV−6764、およびWV−6439を含むオリゴヌクレオチドと比較して、遺伝子発現をノックダウンする能力についてインビトロで試験した。結果を以下の表46Hおよび表46Iに示す。
表46H.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表46I.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表46Jおよび表46Kは、Hep3B細胞中の様々なオリゴヌクレオチドのインビトロ有効性を示す。個々のオリゴヌクレオチドは、立体不規則的なホスホロチオエートまたは立体制御されたホスホロチオエートを含む。
表46J.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表46K.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表46Mおよび表46Nは、Hep3B細胞中の様々なオリゴヌクレオチドのインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−6439、WV−7540、WV−7541、WV−7542、WV−7543、およびWV−7544である。個々のオリゴヌクレオチドは、2’−Fおよび2’−OMeが交互に並ぶ2’−修飾パターン、最初の2’−Fに続いて2’−OMEを有するパターン、または全て2’−OMeのパターンを有するシード領域を含む。
表46M.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表46N.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47に示す通り、APOC3に対する追加の一本鎖RNAi剤を試験した。
表47A.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、オリゴヌクレオチド処理(400pM)後の相対的な残存APOC3 mRNAレベルを表す。数値1は、100%APOC3 mRNAレベル(対照と比較して)を表すことになり、0は、0%APOC3 mRNAレベルまたは100%ノックダウンを表すことになる。WV−2111およびWV−2389は、ハイブリッド型を有する。
Figure 2020522510
表47B.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表47C.様々なAPOC3オリゴヌクレオチドのIC50。
WV−2114、WV−2152、およびWV−2153は、ハイブリッド型を有する。異なる数値で反復しているオリゴヌクレオチドは、異なる複製物または実験を示している。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47D.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
オリゴヌクレオチドの濃度が負の数であるこの表および様々な他の表において、負の数(例えば、−3.77)は、10の指数(exp10)または対数を示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47E.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47F.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
オリゴヌクレオチドを、0.41nMおよび1nMならびに25pMおよび6.2pMでも試験し、この濃度で、オリゴヌクレオチドは、より高い濃度と比較してAPOC3をノックダウンする能力の低減を示した(データは示さず)。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47G.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表47H.APOC3オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表48〜表60に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドを構築し、インビトロを含む、APOC3のノックダウンを媒介するそれらの能力について試験した。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、表48〜表60中におけるオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RNase H媒介機序を介してノックダウンを媒介する能力を有し得ることを示唆している。図2は、オリゴヌクレオチドの型例を示す。一部の実施形態では、これらの型例のオリゴヌクレオチドは、RNase−H依存的アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)であり得る。加えて、これらの表におけるオリゴヌクレオチドのいくつかは、ハイブリッド型を有する。
表48.APOC3を標的とする異なるASOのインビトロ有効性。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3位置が示される。例えば、WV−753 332は、APOC3遺伝子の332位のオリゴヌクレオチドWV−753を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−692〜WV−777である。この表および様々な他の表において、数値は、未処理対照と比較したAPOC3/GAPDHのmRNAレベルを示し、1はAPOC3 mRNAのノックダウン無しを表すことになり、0は100%ノックダウンを表すことになる。一部のオリゴヌクレオチドは、APOC3のイントロンを標的とするものではない。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表49.APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3位置が示される。例えば、WV−840 499は、APOC3遺伝子の499位のオリゴヌクレオチドWV−840を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−788〜WV−873である。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表50.APOC3を標的とする異なるASOのインビトロ有効性。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3の位置を提供する。例えば、WV−1434 172は、APOC3遺伝子の172位のオリゴヌクレオチドWV−1434を示す(表中、オリゴヌクレオチドの名称および位置を、“によって区切る)。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表51.APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3の位置を提供する。FOXO1 ASOも試験した(データは示さず)。
Figure 2020522510
表52.APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3の位置を提供する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表53.APOC3を標的とする異なるASOのインビトロ有効性スクリーニング。
オリゴヌクレオチドID(識別)およびAPOC3の位置を提供する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表54は、APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、WV−1878、WV−1887、WV−1886、WV−1885、WV−1884、WV−1883、WV−1863、WV−1876、WV−1871、WV−1870およびWV−1864である。
表54.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表55.表55は、APOC3を標的とする、異なるASOのIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−723、WV−819、WV−1422、およびWV−1868である。
表55.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表56.表56は、APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2115〜WV−2124、WV−2126、およびWV−1422である。オリゴヌクレオチドは、異なる塩基配列を有するが、重複する塩基配列は有しない。
表56.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表57.表57は、APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2128〜WV−2139、およびWV−1868である。オリゴヌクレオチドは、異なる塩基配列を有するが、重複する塩基配列は有しない。
表57.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表58.表58は、APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2549〜WV−2554、WV−1422、およびWV−1868である。オリゴヌクレオチドは全長が、ならびにウィングおよびコアの長さが、ならびに立体化学が異なる。
表58.オリゴヌクレオチドの活性。
個々のオリゴヌクレオチドのIC50を、オリゴヌクレオチドの名称後の丸括弧中に提示する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表59.表59は、APOC3を標的とする、異なるASOのインビトロ有効性を示す。オリゴヌクレオチドは全長が、ならびにウィングおよびコアの長さが、ならびに立体化学が異なる。
表59.オリゴヌクレオチドの活性。
IC50を、オリゴヌクレオチドの名称後に提示する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60.表60A〜表60Hは、APOC3を標的とする、異なるASOの有効性および安定性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表60AがWV−2551、WV−2553、WV−2554、WV−2678、WV−2677、およびWV−1868である。オリゴヌクレオチドは、ウィングおよびコアの長さが、ならびに立体化学が異なる。
表60A.オリゴヌクレオチドの活性。
IC50を、オリゴヌクレオチドの名称後に提示する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60Bに示す通り、WV−1878、WV−1868、およびWV−1871をインビトロで試験した。オリゴヌクレオチドは、ウィングおよびコアの長さが、ならびに塩基配列が異なる。
表60B.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60Cに示す通り、WV−2141およびWV−3968をインビトロで試験した。
表60C.オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、残存する%APOC3 mRNA(AOC3/HPRT1)を示す。WV−3968の5’末端は、Mod001部分(表1Aの説明で定義した通り)およびリンカーL001:
Figure 2020522510
を含む。
Figure 2020522510
表60Dに示す通り、WV−2647、WV−2647、WV−2552、WV−2551、WV−2549、WV−2550、WV−2554、WV−2553、WV−2646、WV−2645、WV−1422、WV−2677、WV−723、WV−2678、WV−1868、WV−819、およびWV−2644をインビトロで安定性について試験した。
表60D.オリゴヌクレオチドの安定性。
オリゴヌクレオチドを、ラット肝臓ホモジネート中において20uMで、0d(0日間)、8h(8時間)、16h、1d、2d、3d、4d、または5dの間インキュベートし、残存していた全長オリゴヌクレオチドをパーセンテージでプロットした。数値は、残存する全長オリゴヌクレオチドのパーセンテージを示す。例えば、2列目2行目の100は、100%の残存する全長オリゴヌクレオチドを示す。反復実験(例えば、−1、−2など)のデータを示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60Eに示す通り、WV−2725、WV−2726、WV−2727、WV−2722、WV−2723、およびWV−2724をインビボで安定性について試験した。
表60E.肝臓中でのオリゴヌクレオチドの安定性。
数値は、試験動物への注入後の日数における肝臓でのASOのug/gを示す。数値は概算であり、エラーバーは示していない。およそ75ug/gは、注入用量の約90%を表し、約13ug/gは注入用量の約16%を表す。オリゴヌクレオチドは、立体化学パターンおよび2’−修飾が異なる。
Figure 2020522510
表60Fおよび表60Gに示す通り、WV−3968およびWV−6003を試験した。WV−3968の5’末端およびWV−6003の5’末端は、Mod001部分(表1Aの説明で定義した通り)およびリンカーL001:
Figure 2020522510
を含む。
表60F.パートI.オリゴヌクレオチドの活性。
データは、hAPOC3タンパク質の相対レベル(PBSと比較)を表す。
Figure 2020522510
表60F.パートII.オリゴヌクレオチドの活性。
データは、hAPOC3タンパク質の相対レベル(PBSと比較して)を表す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
一部の実験では、モノ、ビスまたはトリアンテナ型GalNAc(Ref.GalNAcもしくは参照GalNAcとも称する)またはPFEリガンド(PFE ASPGRリガンド、PFE GalNAc、架橋二環式ケタールもしくは二環式リガンドとも記載する)と複合化したAPOC3オリゴヌクレオチド(WV−7107)を含む化合物を構築した。
試験したオリゴヌクレオチドを、表60G、パートIに列挙する。
表60G.パートI.オリゴヌクレオチドの一覧
Figure 2020522510
Ref.GalNAcトリアンテナ型はトリGalNAcとも称され、PFEリガンドトリアンテナ型はトリPFEリガンドとも称され、Ref.GalNAcビスアンテナ型はビスGalNAcとも称され、PFEリガンドビスアンテナ型はビスPFEリガンドとも称され、Ref.GalNAcモノアンテナ型はモノGalNAcとも称され、PFEリガンドモノアンテナ型はモノPFEリガンドとも称される。Mod001、Mod079、Mod080、Mod081、Mod082、Mod083およびL001の構造を表1Aの説明に、および本明細書の他の本文中に提供する。リガンドを、実施例27にも記載する。Mod083を、実施例4Aおよび4Bにも記載する。
実施例29、35、および36のGalNAc構造は、それらが−OAc(−O−アセテート基)を含む場合、保護型を表す。列挙したオリゴヌクレオチドを構築する際に、Ac基を、化合物とオリゴヌクレオチドとの複合化後の脱保護中に除去する。脱保護を、例えば、濃縮水酸化アンモニウムを用いて、例えば、実施例37Bに記載した通りに実施する。これらの構造の脱保護型において、−OAcは−OHによって置き換えられる。
WV−8877(陰性対照)は、異なる遺伝子を標的とし、遺伝子はAPOC3またはPNPLA3ではない。
GalNAcまたはPFEリガンドと、異なる結合価(モノ、ビスまたはトリアンテナ型)で複合化したAPOC3オリゴヌクレオチドのWV−7107および陰性対照を別々に、ヒトAPOC3導入遺伝子を持つTg(トランスジェニック)マウス(B6.Cg−Tg(APOC3)2Bres/J)に1日目に投与し、APOC3ノックダウンを血清hAPOC3タンパク質の減少によってモニターした。
表60G.パートII.オリゴヌクレオチドの活性
この実験においては、全てのオリゴヌクレオチドを、動物に3mg/kg単回用量(皮下)で1日目に投与した。加えて、WV−6558およびWV−9542も、動物に1mg/kg単回用量(皮下)で1日目に投与した。血清を、0日目、8日目、15日目、22日目、29日目、36日目、43日目、および50日目に収集した。各群は5匹の動物を含有していた。PBSおよびWV−8877(APOC3ではない遺伝子を標的とする)は、陰性対照であった。
数値はAPOC3タンパク質の相対レベルを示し、1.00はPBSと比較して100%を表す。
この試験を含む、様々なインビボ試験において、試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60H.パートI.肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積
肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積も、単回3mg/kg用量の30分後に分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
同じ実験において:肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回1mg/kg用量の30分後にもWV−6558およびWV−9542について分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。
Figure 2020522510
表60H.パートII.肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積
肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回3mg/kg用量の8日後にも分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
同じ実験において:肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回1mg/kg(1mpk)用量の8日後にもWV−6558およびWV−9542について分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。
Figure 2020522510
表60Iに示す通り、1日目および5日目に10mpk(mg/kg動物体重)のオリゴヌクレオチドを動物の皮下に投薬し、試料を−2日目、5日目、8日目および28日目に試験のために得た。血清APOC3のレベルを示す。
表60I.オリゴヌクレオチドの活性
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60Jに示す通り、1日目および5日目に10mpk(mg/kg動物体重)のオリゴヌクレオチドを動物の皮下に投薬し、試料を−2日目、1日目、5日目、8日目、14日目、21日目、および28日目に試験のために得た。APOC3タンパク質およびTG(トリグリセリド)のレベルを示す。
表60J.オリゴヌクレオチドの活性
PBSと比較して。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60K.オリゴヌクレオチドの活性
1日目および4日目に10mpkで動物の皮下に2回投薬した。試験した試料を2日目、4日目、7日目、14日目、21日目、28日目および39日目に採取した。
Figure 2020522510
表60L.
濃度をnM、exp10で提供する。
Figure 2020522510
表60M.オリゴヌクレオチドの活性
単回IV投与。数値は、15日目のAPOC3 mRNAレベルである。APOC3レベルも、8日間で減少した(データは示さず)。
Figure 2020522510
表60N.
hAPOC3 Tg(トランスジェニック)マウスに、1日目および3日目に5mpkのオリゴヌクレオチドを投薬し、試料を1日目、8日目、15日目、22日目、29日目、43日目、50日目、57日目および63日目に収集した。PBSと比較したhAPOC3タンパク質レベルのレベルを示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60O.
hAPOC3 Tg(トランスジェニック)マウスに、1日目および3日目に5mpkのオリゴヌクレオチドを投薬し、試料を1日目、8日目、15日目、22日目、29日目、43日目、50日目、57日目および63日目に収集した。PBSと比較したhAPOC3タンパク質レベルのレベルを示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表60P、パートI.オリゴヌクレオチド
いくつかのオリゴヌクレオチドも調製し、これらは異なる遺伝子、第XI因子(FXI)のマウスホモログを標的とし、GalNAcまたはPFEリガンドのいずれかのトリ、バイまたはモノアンテナ型リガンドであった追加成分を含んでいた。
Figure 2020522510
本表の様々な成分(例えば、*、Mod038など)は、表1Aのものと同じである。これらのオリゴヌクレオチドの全ては一本鎖であるが、配列は書式設定のために複数行に分割している。
表60P、パートII.オリゴヌクレオチドの活性。
表60P、パートIに列挙したオリゴヌクレオチドを、0.3、1または3mpK QD×3でマウスに投与した。以下の数値は、対照と比較した3mpkでのmFXI/mHPRT1 mRNAレベルを表す。マウスにはまた、0.3および1mpkでオリゴヌクレオチドを投与した(データは示さず)。
Figure 2020522510
表61〜表73に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドを構築し、インビトロを含む、PNPLA3のノックダウンを媒介するそれらの能力について試験した。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、表61〜表73中におけるオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RISC媒介ssRNAi機序を介してノックダウンを媒介する能力を有し得ることを示唆している。加えて、これらの表におけるオリゴヌクレオチドのいくつかは、ハイブリッド型を有する。加えて、本明細書に記載したオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかは、アレル特異的手法でPNPLA3のノックダウンを媒介できる。
表61.表61は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−4054およびWV−4098である。オリゴヌクレオチドを、ホモ接合野生型(PNPLA3のI/I aa)であるHep3B(I/I)細胞中で、およびホモ接合変異体(PNPLA3のM/M aa)であるHuh7細胞中で試験した。Huh7細胞中のWV−4054のIC50は、0.239nMであって、Huh7細胞中のWV−4098のIC50は、0.158nMであった。オリゴヌクレオチドWV−4054およびWV−4098は長さが異なるが、両方ともPNPLA3のアレル特異的ノックダウンを媒介する能力を有する。RNA干渉機序を介してノックダウンを媒介するWV−4098の能力は、AGO−2(RNA干渉に必要である)のCRISPRノックアウトが、遺伝子発現をノックダウンするWV−4098の能力を妨げたが、AGO−1、AGO−3およびAGO−4(RNA干渉に必要ではない)のノックアウトは妨げなかった(データは示さず)という知見によって支持される。
表61A.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表62.表62は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(陽性対照)、WV−3380(陽性対照)、WV−4018、WV−4019、WV−4020、WV−4021、WV−4022、WV−4023、WV−4024、およびWV−4025であり、各々をHep3B(Hep)およびHuh7(Huh)細胞中で試験した。PNPLA3アッセイ用のオリゴヌクレオチドを、Lipofectamine(登録商標)2000トランスフェクション試薬(ThermoFisher,Grand Island,NY)を使用して送達した。この表および他の表において、オリゴヌクレオチドを、2、8.25および33nMの濃度で試験した。
表62.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表63.表63は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(陽性対照)、WV−3380(陽性対照)、WV−4026、WV−4027、WV−4028、WV−4029、WV−4030、WV−4031、WV−4032、およびWV−4033であり、各々をHep3B(Hep)およびHuh7(Huh)細胞中で試験した。
表63.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表64.表64は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(陽性対照)、WV−3380(陽性対照)、WV−4034、WV−4035、WV−4036、WV−4037、WV−4038、WV−4039、WV−4040、WV−4041であり、各々をHep3B(Hep)およびHuh7(Huh)細胞中で試験した。
表64.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表65.表65は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3380(陽性対照)、WV−2477(陽性対照)、WV−4042、WV−4043、WV−4044、WV−4045、WV−4046、WV−4047、WV−4048、およびWV−4049であり、各々をHep3B(Hep)およびHuh7(Huh)細胞中で試験した。
表65.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表66.表66は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(陽性対照)、WV−3380(陽性対照)、WV−4050、WV−4051、WV−4052、WV−4053、WV−4054、WV−4055、WV−4056、WV−4057であり、各々をHep3B(Hep)およびHuh7(Huh)細胞中で試験した。
表66.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表67.表67は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(陽性対照)、WV−3380(陽性対照)、WV−4058、WV−4059、WV−4060、WV−4061、WV−4062、WV−4063、WV−4064、およびWV−4065である。オリゴヌクレオチドを、Hep3B(Hep)およびHuh7(Huh−7またはHuhまたはP−Huh7またはP−Huh−7)細胞中で試験した。
表67.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表68.表68は、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−4098、WV−7462、WV−7464、WV−7467、およびWV−7469である。
表68.オリゴヌクレオチドの活性。
オリゴヌクレオチドの濃度を提供する。使用した細胞および使用したオリゴヌクレオチドも提供する。数値はPNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、100は100%mRNAレベル(ノックダウン無し)を表すことになり、0は0%mRNAレベル(または100%ノックダウン)を表すことになる。反復のデータを示す。
パート1.Hep3B細胞中での活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
パート2.Huh7(P−Huh7)細胞中での活性。
Figure 2020522510
表69.表69Aおよび表69Bは、PNPLA3を標的とする、異なる一本鎖RNAi剤のインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表69AがWV−4098、WV−4075、WV−7465、WV−7466、およびWV−7468、ならびに表69BがWV−3380、WV−4098、およびWV−7469である。
表69A.オリゴヌクレオチドの活性。
オリゴヌクレオチドの濃度を提供する。使用した細胞および使用したオリゴヌクレオチドも提供する。数値はPNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、100は100%mRNAレベル(ノックダウン無し)を表すことになり、0は0%mRNAレベル(または100%ノックダウン)を表すことになる。反復のデータを示す。
パート1.Hep3B細胞中での活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表69B.オリゴヌクレオチドの活性。
オリゴヌクレオチドの濃度を提供する。使用した細胞および使用したオリゴヌクレオチドも提供する。数値はPNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、100は100%mRNAレベル(ノックダウン無し)を表すことになり、0は0%mRNAレベル(または100%ノックダウン)を表すことになる。反復のデータを示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表69Cは、ラット肝臓ホモジネート安定性アッセイ(24時間)を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−4098、WV−7463、WV−7462、WV−7316、WV−4075、WV−7469、WV−7464、WV−7468、WV−7467、WV−7466、WV−7465であった。
表69C.オリゴヌクレオチドの安定性。
数値は、ラット肝臓ホモジネートで24時間処理した後の、残存する全長オリゴヌクレオチドのパーセンテージを示す。100は、残存する全長オリゴヌクレオチドが100%であることを表すことになり、0は、残存する全長オリゴヌクレオチドが0%であることを表すことになる。オリゴヌクレオチドは、異なる数の立体制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する。反復のデータを示す。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表70.表70は、異なる一本鎖RNAi剤のIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、Huh7およびHep3B細胞中のWV−2477、WV−4054、およびWV−3387である。WV−2477は、どちらの細胞中でもPNPLA3を有意にノックダウンしなかった。WV−4054は、SNPの対、rs738408Tおよびrs738409Gに相補的な配列を有し、これらの2つのSNPを含む細胞(Huh7)に対してアレル特異的RNA干渉を媒介することができる。このオリゴヌクレオチドは、これらのSNPを含まず、代わりにrs738408Cおよびrs738409Cを有する異なる細胞(Hep3B)中において試験濃度で有意なRNAi干渉を媒介しない。加えて、一本鎖RNAi剤のWV−4098はまた、試験濃度で相補的配列(Huh7細胞中においてSNPのrs738408Tおよびrs738409Gを有する)をノックダウンすることができるが、非相補的配列(Hep3B細胞中においてSNPのrs738408Cおよびrs738409Cを有する)をノックダウンすることができない。
表70.オリゴヌクレオチドのIC50。
Figure 2020522510
表71.表71A〜表71Dは、立体制御された(例えば、キラル制御された)オリゴヌクレオチド(例えば、一本鎖RNAi剤)の型の非限定的な例を示す。
表72.表72は、ssRNAi WV−4054の初代カニクイザル肝細胞中におけるインビトロ効力を示す。
表74.表74は、Hep3Bの24時間アッセイでの、RNase Hによって媒介されるPNPLA3のノックダウンにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868(陰性対照)、WV−3367、WV−3368、WV−3369、WV−3370、WV−3371、WV−3372、WV−3373、WV−3374、WV−3375、WV−3376、WV−3377、WV−3378、WV−3379、およびWV−3380である。WV−1868は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(RNase H媒介ノックダウンを介して作用する)であるが、他の試験したオリゴヌクレオチドはRNAi剤である。使用した細胞は、PCH細胞であった。
表73.表73は、PNPLA3 ssRNAi剤のWV−7467、WV−7469、WV−7466、およびWV−7468、ならびにASO WV−6825の構造を示す。
表74〜表90に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドを構築し、インビトロを含む、PNPLA3のノックダウンを媒介するそれらの能力について試験した。いずれの理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、表74〜表90中におけるオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RNase H媒介機序を介してノックダウンを媒介する能力を有し得ることを示唆している。加えて、これらの表におけるオリゴヌクレオチドのいくつかは、ハイブリッド型を有する。
表74.表74は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、およびWV−3367〜WV−3380である。使用した細胞は、Hep3B細胞であった。
表74.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表75.表75は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、およびWV−3381〜WV−3394である。
表75.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表76.表76Aおよび表76Bは、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、表76AがWV−1868、およびWV−3395〜WV−3408、表76BがWV−1868、およびWV−3409〜WV−3422である。
表76A.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表76B.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表77.表77は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、およびWV−3423〜WV−3436である。
表77.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表78.表78は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868、およびWV−3437〜WV−3450である。
表78.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表79.表79は、Hep3Bの24時間アッセイでの、RNase Hによって媒介されるPNPLA3のノックダウンにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−1868(対照)、WV−3451、WV−3452、WV−3453、WV−3454、WV−3455、WV−3456、WV−3457、WV−3458、WV−3459、WV−3460、WV−3461、およびWV−3462である。WV−1868は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(RNase H媒介ノックダウンを介して作用する)であるが、他の試験したオリゴヌクレオチドはRNAi剤である。
表79.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表81.表81は、PNPLA3を標的とする、異なるオリゴヌクレオチドのインビトロ効力およびIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−2477(RNA干渉媒介機序を介して標的をノックダウンする)およびWV−3387(RNase H媒介ノックダウンを介して標的をノックダウンする)である。
表81.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表82.表82は、Hep3Bアッセイでの、RNase Hによって媒介されるPNPLA3のノックダウンにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3380(陽性対照)WV−3387、WV−3391、WV−3393、WV−3402、WV−3411、WV−3416、WV−3443、およびWV−3454である。
表82.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表83.表83は、Huh7細胞中のPNPLA3に対するASOのIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3380、WV−3387、WV−3391、WV−3393、WV−3402、WV−3411、WV−3416、WV−3443、およびWV−3454である。
表83.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表84.表84は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3380、WV−3393、WV−3402、WV−3421、WV−3390、WV−3399、WV−3404、WV−3443、WV−3391、WV−3394、WV−3408、WV−3387、およびWV−3381である。
表84.オリゴヌクレオチドのIC50。
Figure 2020522510
表85.表85は、PNPLA3に対するASOのIC50を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3380、WV−3381、WV−3387、WV−3391、WV−3393、WV−3394、WV−3399、WV−3402、WV−3404、WV−3408、WV−3421、およびWV−3443である。
表85.オリゴヌクレオチドのIC50。
オリゴヌクレオチドは様々な配列を有していて、PNPLA3のコードセグメント(CDS)または3’非翻訳領域(3’UTR)中に存在した。
Figure 2020522510
表86.表86は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3421、WV−3393、WV−3380、およびWV−3402である。表86および表87に示すデータでは、ヒト配列を有するオリゴヌクレオチドをカニクイザル細胞中で試験した。楕円はミスマッチを示し、オリゴ配列はヒト配列と一致するが、カニクイザル配列を含むミスマッチを有する。
表86.オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、PNPLA3 mRNAの相対レベル(PNPLA3/GAPDH)を表す。1.0は、100%mRNAレベルまたは0%ノックダウンを表すことになり、0.0は、0.0%mRNAレベルまたは100%ノックダウンを表すことになる。数値は概算であり、エラーバーは含まれていない。カニクイザル細胞をインビトロで処理した。
Figure 2020522510
表87.表87は、PNPLA3に対するASOのインビトロ効力を示す。試験したオリゴヌクレオチドは、WV−3404、WV−3399、WV−3443、およびWV−3421である。
表87.オリゴヌクレオチドの活性。
数値は、PNPLA3 mRNAの相対レベル(PNPLA3/GAPDH)を表す。1.0は、100%mRNAレベルまたは0%ノックダウンを表すことになり、0.0は、0.0%mRNAレベルまたは100%ノックダウンを表すことになる。数値は概算であり、エラーバーは含まれていない。カニクイザル細胞をインビトロで処理した。
Figure 2020522510
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、さらなる実験から、様々な推定一本鎖RNAi剤が実際にRNA干渉を媒介する能力を有したという結論、およびRNase H媒介機序を介してノックダウンを媒介する能力を有するように設計した様々なオリゴヌクレオチドが、実際にRNase H媒介機序を介してノックダウンを媒介したという結論を支持する追加のデータも提供したことについて注記する。異なる標的に対するオリゴヌクレオチドが、RNase H媒介機序を介してノックダウンを行ったという知見は、同じまたは類似した型であるが、PNPLA3を有し、PNPLA3をノックダウンする能力を有する別のオリゴヌクレオチドが、同様にRNase H媒介機序を介してもノックダウンを行う可能性が高くあり得るという考えを支持している。
1つの実験において、インビトロRNase Hアッセイを、陽性対照としてAPOC3オリゴヌクレオチドWV−1868(ASO、APOC3のRNase Hノックダウン機序を媒介する)、および陰性対照としてAPOC3オリゴヌクレオチドWV−2110(一本鎖RNAi剤)を用いて実施した。RNA分子WV−2372を、試験基質として使用する。RNase Hアッセイにおいて、二重機序のAPOC3オリゴヌクレオチドWV−2111は、RNase Hノックダウンを媒介した(データは示さず)。
別の実験において、インビトロAgo−2アッセイ(一本鎖RNA干渉について)を実施した。このアッセイを、別の遺伝子APOC3に対するものであるが、PNPLA3オリゴヌクレオチドについて記載した様々な型に類似した、またはそれらと同一の型を有する一本鎖RNAi剤を用いて実施した。異なる標的に対するオリゴヌクレオチドがRNA干渉を行ったという知見は、同じまたは類似した型であるが、PNPLA3を有し、PNPLA3をノックダウンする能力を有する別のオリゴヌクレオチドが、同様にRNA干渉の実施を介しても行う可能性があるという考えを支持している。
RNA試験基質は、WV−2372(APOC3)であった。結果において、RNA試験基質を表わすバンドは、APOC3オリゴヌクレオチドWV−1308およびWV−2420の存在下では存在せず、このことは、これらのオリゴヌクレオチドがRNA干渉を媒介する能力を有する一本鎖RNAi剤であることを示している。様々な対照を使用した:陰性対照ASO WV−2134の不存在下での基質、RNA干渉を媒介しない陰性対照ASO WV−2134の存在下での基質、試験オリゴヌクレオチドWV−1308の不存在下での基質、試験オリゴヌクレオチドWV−2420の不存在下での基質、基質のみ、WV−2134を添加して基質は無し、およびWV−1308を添加して基質は無し(データは示さず)。
別の実験において、インビトロAgo−2アッセイ(一本鎖RNA干渉について)を、Hep3B細胞中において3’RACEアッセイでの試験基質としてAPOC3 mRNAを使用して実施した。試験オリゴヌクレオチドWV−3021の存在下でAPOC3 mRNAの切断産物を検出し、これはWV−3021の10位と11位との間の切断に対応する部位でのmRNA切断に対応し(データは示さず)、その結果、RNA干渉と一致する。人工切断産物も検出した。
他の実験において、二重機序(ハイブリッド型)のAPOC3オリゴヌクレオチドWV−2111は、RNase HおよびRNA干渉の両方によってノックダウンを媒介する能力を有することが分かった。WV−2111に対するRNA基質は、GCUGGCCUCCCAAUAAAGCUGGACAの配列を含み、APOC3オリゴヌクレオチドWV−2111の配列に相補的であり、これはWV−2111の存在下において以下の位置で切断されることを見出した:GC/UGGC/C/U/CC/CAAUA//AAGCUGGACA(ここで、/は、RNase H活性に特有の位置での切断部位を示し、//は、Ago−2(RNA干渉)活性に特有の位置での切断部位を示す)。これらのデータは、WV−2111がRNase HおよびRNA干渉機序の両方を介してノックダウンを媒介するという考えを支持している。
いくつかのオリゴヌクレオチドも、Ago−2インビトロアッセイにおいてRNA干渉を媒介できることを見出した。RNA試験基質がAPOC3オリゴヌクレオチドWV−2372であって、この基質は、APOC3オリゴヌクレオチドWV−1308、WV−2114、WV−2386、またはWV−2387(各々別個に試験した)の存在下で消失し、このことは、これらのオリゴヌクレオチドの各々がRNA干渉を媒介する一本鎖RNAi剤として作用する能力を有することを示している。
いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、本明細書では一本鎖RNAi剤と称するオリゴヌクレオチドの少なくともいくつかが、RISC(RNA干渉サイレンシング複合体)を介してノックダウンを媒介するが、少なくとも一部の実験では、本明細書で一本鎖RNAi剤と称するオリゴヌクレオチドが、標的タンパク質レベルの観察したノックダウンを、対応するmRNAレベルの観察したノックダウンを超えて媒介できたことを示唆し、いずれの特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、この観察結果が、標的遺伝子またはタンパク質をノックダウンする能力を有する、本明細書で一本鎖RNAi剤と称する一部のオリゴヌクレオチドが、RISC媒介機序および/または立体障害を介してノックダウンでき得るという推測と一致することを示唆している。
本開示は、様々な配列、型、修飾、5’末端領域、シード領域、シード後領域、および3’末端領域のいずれかを有するオリゴヌクレオチドの多くの非限定的な例を提示し、これらは一本鎖RNA干渉を媒介する能力を有する(例えば、一本鎖RNAi剤)。
図3.図3Aおよび図3Bは、多量体型の例を示す。オリゴヌクレオチドは、直接および/またはリンカーを介して結合され得る。図示される通り、多量体は、同じまたは異なる構造/種類のオリゴヌクレオチドモノマーを含み得る。一部の実施形態では、多量体のモノマーはssRNAi剤である。一部の実施形態では、多量体のモノマーは、RNase H依存的アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)である。モノマーは、様々な位置、例えば、5’末端、3’末端、またはその間の位置を介して結合され得る。
すぐ以下に示すのは、ジスルフィドリンカーの形成によってオリゴヌクレオチドモノマーを連結するのに有用なホスホラミダイトである。オリゴヌクレオチドモノマー中への組込み後、チオエステルを加水分解して遊離チオールを放出し得、それが別のオリゴヌクレオチドモノマーのチオールと反応してジスルフィド結合を形成し、それによってオリゴヌクレオチドモノマーを互いに連結し得る。複数のチオール基を、様々な数のモノマーの多量体を形成できるようにオリゴヌクレオチド中に組み込んでよい。
Figure 2020522510
表90は、PNPLA3を標的とする、異なるオリゴヌクレオチドのインビトロアレル特異的抑制を示す。オリゴヌクレオチドの例は、1つのアレルの標的配列に完全に相補的であり、その標的配列は、1つまたは2つのSNP部位を含む。1つのSNP部位は、タンパク質配列のI148Mの変化と関連する。両方のSNPを含む標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含むオリゴヌクレオチドを、Hep3B細胞(野生型、CおよびC、I148)ならびにHuh7細胞(二重変異を有する、TおよびG、M148)中で評価した。二重変異を、様々な位置(8位および11位、9位および12位、10位および13位など)で、ならびに様々な修飾を用いて試験し、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンの能力を有するオリゴヌクレオチドを特定した。
表90Bに示す通り、WV−7778〜WV−7793およびWV−3858〜WV−3864を試験した。これらのオリゴヌクレオチドでは、ウィングの先頭および最後のヌクレオチド間結合は、立体不規則的なPSであり、その他はPOであり、5’ウィングおよび3’ウィングは2’−OMeを含む。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを示した。
表90B.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表90Cに示す通り、WV−7794〜WV−7816を試験した。これらのオリゴヌクレオチドでは、ウィングの先頭および最後のヌクレオチド間結合は、立体不規則的なPSであり、その他はPOであり、5’ウィングおよび3’ウィングは2’−MOEを含む。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを示した。
表90C.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Dに示す通り、WV−7817〜WV−7839を試験した。これらのオリゴヌクレオチドでは、先頭および最後のヌクレオチドはLNAであり、5’ウィングは、オリゴヌクレオチドの5’末端にLNA、続いていくつかの2’−OMeを有し、3’ウィングは、いくつかの2’−OMeに続いてオリゴヌクレオチドの3’末端にLNAを有する。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを示した。
表90D.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表90Eに示す通り、WV−7840〜WV−7862を試験した。これらのオリゴヌクレオチドでは、先頭および最後のヌクレオチドはLNAであり、5’ウィングは、オリゴヌクレオチドの5’末端にLNA、続いていくつかの2’−MOEを有し、3’ウィングは、いくつかの2’−MOE(または5−メチル2’−MOE)に続いてオリゴヌクレオチドの3’末端にLNAを有する。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを示した。
表90E.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Fに示す通り、WV−993、WV−3390、およびWV−4054を試験した。
表90F.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表90Gに示す通り、WV−3860〜WV−3864を試験した。オリゴヌクレオチドは、8位および11位(WV−3860)、9位および12位(WV−3861)、10位および13位(WV−3862)、11位および14位(WV−3863)、ならびに12位および15位(WV−3864)にミスマッチ(野生型と変異体アレルとの間の)を有した。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを、特に8nMの濃度で示した。
表90G.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Hに示す通り、WV−7804〜WV−7808を試験した。オリゴヌクレオチドは、8位および11位(WV−7804)、9位および12位(WV−7805)、10位および13位(WV−7806)、11位および14位(WV−7807)、ならびに12位および15位(WV−7808)にミスマッチを有した。一部のオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを、特に3.2nMおよび8nMの濃度で示した。
表90H.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Iに示す通り、WV−7827〜WV−7831を試験した。オリゴヌクレオチドは、8位および11位(WV−7827)、9位および12位(WV−7828)、10位および13位(WV−7829)、11位および14位(WV−7830)、ならびに12位および15位(WV−7831)にミスマッチを有した。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3のアレル特異的ノックダウンを、特に3.2nMおよび8nMの濃度で示した。
表90I.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Jに示す通り、WV−993(陰性対照)、WV−3390(陽性対照)、WV−4054、WV−7850〜WV−7854を試験した。オリゴヌクレオチドは、8位および11位(WV−7850)、9位および12位(WV−7851)、10位および13位(WV−7852)、11位および14位(WV−7853)、ならびに12位および15位(WV−7854)にミスマッチを有した。いくつかのオリゴヌクレオチドは、PNPLA3の強いアレル特異的ノックダウンを、特に3.2nMおよび8nMの濃度で示した。
表90J.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90Kおよび表90Lに示す通り、WV−3860〜WV−3864、WV−7804〜WV−7808、WV−7827〜WV−7831、およびWV−7850〜WV−7854を試験した。WV−4054は、高いアレル特異的活性を示した。
表90K.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表90L.Huh7細胞中の様々なオリゴヌクレオチドのIC50(変異体アレル)。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表91.オリゴヌクレオチドの活性。
PNPLA3 mRNAレベル
(PNPLA3/HPRT1)
Figure 2020522510
表92.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表93.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表94.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表95.
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表98.オリゴヌクレオチドの活性。
10nM。
Figure 2020522510
表99.オリゴヌクレオチドの活性。
10nM。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表100.オリゴヌクレオチドの活性。
残存するmRNA%
(RhPNPLA3/hSFRS9)
48時間でのサル肝細胞。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表101.オリゴヌクレオチドの活性。
PNPLA3 mRNAレベル
(PNPLA3/GAPDH)
Figure 2020522510
表102A.オリゴヌクレオチドの活性。
初代カニクイザル肝細胞。
Figure 2020522510
表102B.オリゴヌクレオチドのTm。
様々なオリゴヌクレオチドのTmを、完全に相補的であった、または2つのミスマッチ(変異体アレルを表す)を除いて完全に相補的であったRNAとの二本鎖状態で測定した。使用した条件は、1×PBS(pH7.2)中で1μMの二本鎖、温度範囲:15℃〜90℃、温度率:0.5℃/分、測定間隔:0.5℃であった。
Figure 2020522510
表103.オリゴヌクレオチドの活性。
Huh7細胞。
Figure 2020522510
表104.オリゴヌクレオチドの活性。
nM
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表105.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表106.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
表107.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表108.オリゴヌクレオチドの活性。
PNPLA3オリゴヌクレオチドの一部の試験において、APOC3オリゴヌクレオチドWV−1868(APOC3を標的とし、PNPLA2と異なる遺伝子)を陰性対照として使用する。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表109A.オリゴヌクレオチドの活性。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表109B.オリゴヌクレオチドの活性。
Huh7細胞中でのIC50(変異体アレル):
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表110.オリゴヌクレオチドの活性。
Huh7細胞:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表112.オリゴヌクレオチドの活性。
C3修飾を有する、いくつかのAPOC3 ssRNAi剤も調製して試験した。2nMでのオリゴヌクレオチド投与の結果を示し、オリゴヌクレオチドを、0、0nM.05nM、0.128nM、0.32nM、および0.8nMでも試験した(データは示さず)。数値は概算であり、残存PNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、100は、100%残存mRNAレベル(0%ノックダウン)を表すことになり、0は、0%残存mRNAレベル(100%ノックダウン)を表すことになる。本明細書における様々な表において、別段の注記がない限り、mRNAのレベルを測定する。
Figure 2020522510
表113.オリゴヌクレオチドの活性。
25nMでのデータを示し、オリゴヌクレオチドを、0nM、1.6nM、および6.2nMでも試験した(データは示さず)。オリゴヌクレオチドを、初代カニクイザル肝細胞中においてインビトロで試験した。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表114.オリゴヌクレオチドの活性。
初代カニクイザル肝細胞。4nMでのデータを示す。オリゴヌクレオチドを、0nM、0.1nM、0.25nM、0.66nM、1.6nM、および10nMでも試験した(データは示さず)。数値は、残存PNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、数値は概算である。
Figure 2020522510
WV−9893およびWV−12101は、非対称型を有する。
非対称型を有するが、立体不規則的である追加のオリゴヌクレオチドを試験して、これはP9/P12(9位および12位)に二重変異を有する。WV−8609、WV−8847、WV−8848、WV−8849は全て、およそ4〜5nMのIC50を有した。
表115A.オリゴヌクレオチドの活性。
いくつかのPNPLA3オリゴヌクレオチドは、その一部が非対称構造を有し、それらをラット肝臓ホモジネート中において安定性について2日目に試験した。数値は、残存する全長オリゴヌクレオチドの%を表し、数値は概算である。
Figure 2020522510
表115B.オリゴヌクレオチドの活性。
いくつかのオリゴヌクレオチドも調製し、これらは異なる遺伝子、第XI因子(FXIまたはF11)のマウスホモログを標的とし、GalNAcまたはPFEリガンドのいずれかのトリ、バイまたはモノアンテナ型リガンドであった追加成分を含んでいた。これらを、0.3、1または3mpK QD×3でマウスに投与した。以下の数値は、対照と比較した3mpkでのmFXI/mHPRT1 mRNAレベルを表す。マウスにはまた、0.3mpkおよび1mpkでオリゴヌクレオチドを投与した(データは示さず)。
Figure 2020522510
表115C.オリゴヌクレオチド。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
本表の様々な成分(例えば、*、Mod038など)は、表1Aのものと同じである。これらのオリゴヌクレオチドの全ては一本鎖であるが、配列は書式設定のために複数行に分割している。
PFEリガンドまたはGalNAcのいずれかのトリ、ビスまたはモノアンテナ型リガンドを含む、様々なAPOC3オリゴヌクレオチドを構築した。そのようなオリゴヌクレオチドは、以下を含む:
表115D.オリゴヌクレオチド。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
本表の様々な成分(例えば、*、Mod083など)は、表1Aのものと同じである。これらのオリゴヌクレオチドの全ては一本鎖であるが、配列は書式設定のために複数行に分割している。
表115E.オリゴヌクレオチドの活性
全てのオリゴヌクレオチドを、動物に3mg/kg単回用量(皮下)で1日目に投与した。加えて、WV−6558およびWV−9542も、動物に1mg/kg単回用量(皮下)で1日目に投与した。血清を、0日目、8日目、15日目、22日目、29日目、36日目、43日目、および50日目に収集した。各群は5匹の動物を含有していた。PBSおよびWV−8877(APOC3ではない遺伝子を標的とする)は、陰性対照であった。
数値はAPOC3タンパク質の相対レベルを示し、1.00はPBSと比較して100%を表す。
この試験を含む、様々なインビボ試験において、試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表115F.パートI.肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積
肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積も、単回3mg/kg用量の30分後に分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
同じ実験において:肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回1mg/kg用量の30分後にWV−6558およびWV−9542についても分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。
Figure 2020522510
表115F.パートII.肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積
肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回3mg/kg用量の8日後にも分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。試験した動物は、ヒトAPOC3遺伝子を発現するトランスジェニックマウスであった。
Figure 2020522510
同じ実験において:肝臓中におけるオリゴヌクレオチドの蓄積を、単回1mg/kg(1mpk)用量の8日後にWV−6558およびWV−9542についても分析した。数値は、μgオリゴヌクレオチド/g組織を示す。
Figure 2020522510
データは、APOC3オリゴヌクレオチドと複合化した様々なリガンドの有効性を示し、これらの同じリガンドを、PNPLA3オリゴヌクレオチド上にも複合化し得る。
表116.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3 RNAi剤を、ラット肝臓ホモジネート中で安定性について試験した。数値は、5日目の残存する全長オリゴヌクレオチドのパーセントを表し、オリゴヌクレオチドを2日目でも試験して(データは示さず)、数値は概算である。一部のオリゴヌクレオチドは5’−DNA−Tを含み、一部のオリゴヌクレオチドは5’−Rc−Me−Tを含む。
Figure 2020522510
表117.オリゴヌクレオチドの活性。
トリアンテナ型GalNAc複合体である追加成分を有する、様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドも有効性について試験した。オリゴヌクレオチドを、インビトロでHuh7−148OE細胞(PNPLA3の変異体アレルを含む)上において10nMで試験した。数値は、PNPLA3 mRNAレベル(PNPLA3/HPRT1)を表し、数値は概算である。多くの場合、オリゴヌクレオチドは、カニクイザル(非ヒト霊長類またはNHP)肝細胞中における野生型PNPLA3の有意なノックダウンを示さなかった。例えば、WV−8132、WV−8600、WV−9868およびWV−9860は、最高10nMで試験した場合に、カニクイザル(非ヒト霊長類またはNHP)肝細胞中における野生型PNPLA3の有意なノックダウンを示さなかった(データは示さず)。
表118.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表119.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、RNase Hアッセイにおいてインビトロで試験した。
PNPLA3オリゴヌクレオチドを、野生型アレル(WV−8808)または148アレル(WV−8807)であった標的RNAの存在下でインキュベートした。数値は、残存する標的RNA(WV−8808またはWV−8807)のパーセンテージを表す。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
PNPLA3オリゴヌクレオチドWV−980、WV−9893、WV−8606およびWV−7805はまた、PNLA3 148変異を有するHuh7細胞中でPNPLA3 148変異体mRNAレベルを有意に減少させた(HPRT1と比較して、12.5nMで約25〜55%残存変異体PNPLA3まで)が、これらのオリゴヌクレオチドは、野生型PNPLA3を有するHuh7細胞中では野生型PNPLA3レベルを有意に減少させなかった(12.5nMで約90%またはそれを超える残存野生型PNPLA3レベル)。
表120.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理から48時間後のHep3B細胞中においてインビトロで試験した。本表において、1.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表121.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理から48時間後のHep3B細胞中においてインビトロで試験した。本表において、1.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表122.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理から48時間後のHep3B細胞中においてインビトロで試験した。本表において、1.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表123.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理から48時間後のHep3B細胞中においてインビトロで試験した。本表において、1.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表124.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表125.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表126.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表127.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表129.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の細胞中においてインビトロで試験した。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表130.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、Huh7細胞中においてインビトロで試験した。PNPLA3 mRNAの残存レベルを示し、PNPLA3はHPRT1に対する相対値である。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表131.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、Huh7細胞中においてインビトロで試験した。PNPLA3 mRNAの残存レベルを示し、PNPLA3はHPRT1に対する相対値である。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表132.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、Huh7細胞中においてインビトロで試験した。PNPLA3 mRNAの残存レベルを示し、PNPLA3はHPRT1に対する相対値である。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
表133.オリゴヌクレオチドの活性。
様々なPNPLA3オリゴヌクレオチドを、Huh7細胞中で試験した。PNPLA3 mRNAの残存レベルを示し、PNPLA3はHPRT1に対する相対値である。本表において、100.00は、オリゴヌクレオチドを用いた処理後の100%PNPLA3 mRNAレベルを表すことになり、0.00は、0%PNPLA3 mRNAを表すことになる。
Figure 2020522510
Figure 2020522510
WV−8061、WV−8291、WV−8698、およびWV−8700を含む、いくつかのPNPLA3オリゴヌクレオチドをまた、サイトカイン放出についてインビトロで試験した。4つのPNPLA3 ssRNAi剤のうち、ドナー試料のいずれにおいてもサイトカイン放出(IL−1β、IL−6、MCP−1、IL−12p40、IL−12p70、IL−1α、MIP−1α、MIP−1β、TNFα)を誘導したものは一切なかった。対照的に、陽性対照は、低濃度(0.78ug/ml)でさえもサイトカイン活性化を誘導した。
実施例27.オリゴヌクレオチドの追加成分の例。
様々な追加成分を含む、様々なオリゴヌクレオチドを設計して構築した。本明細書に記載した様々な追加のPNPLA3オリゴヌクレオチドを、これらの追加成分と複合化することもできる。
これらの追加成分としては、本明細書に列挙したものが挙げられる:
トリアンテナ型リガンドは、トリPFE ASPGRリガンドまたはトリPFEリガンドまたはトリPFEとしても知られる:
Figure 2020522510
ビスアンテナ型(またはバイアンテナ型)リガンドは、ビス(もしくはバイ)アンテナ型PFEリガンドまたはビス(もしくはバイ)アンテナ型PFE ASPGRリガンドまたはビスPFEとしても知られる:
Figure 2020522510
モノアンテナ型リガンドは、モノアンテナ型PFEリガンドまたはモノアンテナ型PFE ASPGRリガンドまたはモノPFEとしても知られる:
Figure 2020522510
トリアンテナ型GalNAcまたはトリGalNAc:
Figure 2020522510
以下の保護型:
ビスアンテナ型(バイアンテナ型)GalNAcまたはビスGalNAc:
Figure 2020522510
モノアンテナ型GalNAcまたはモノGalNAc:
Figure 2020522510
これらの構造は、それらが−OAc(−O−アセテート基)を含む場合、保護型を表す。一部の実施形態では、Ac基を、化合物とオリゴヌクレオチドとの複合化後の脱保護中に除去する。一部の実施形態では、脱保護を、濃縮水酸化アンモニウムを用いて、例えば、実施例37Bに記載した通りに実施する。これらの構造の脱保護型において、−OAcは−OHによって置き換えられる。
様々な追加成分を生成するためのプロセスに関する、非限定的な例のいくつかを以下に記載する:
Figure 2020522510
Figure 2020522510
Figure 2020522510
本明細書に記載した様々な追加成分を、記載した様々なオリゴヌクレオチドと複合化し得る。
実施例37.オリゴヌクレオチドの合成
様々なオリゴヌクレオチドの合成を本明細書に記載する。WVオリゴヌクレオチドの名称後の、10進数に続く2桁の数字は、バッチ番号を示す。例えば、WV−7107.03は、WV−7107のバッチ03を示す。
実施例37A.WV−7107およびWV−6558の合成。
配列5’−Mod001L001Aeo*SGeom5CeoTeoTeo*RC*ST*ST*SG*RT*SC*SC*RA*SG*SC*RTeoTeoTeoAeo*STeo−3’を有するWV−6558は、配列5’−L001Aeo*SGeom5CeoTeoTeo*RC*ST*ST*SG*RT*SC*SC*RA*SG*SC*RTeoTeoTeoAeo*STeo−3’を有するWV−7107のGalNAc複合体である。GalNAc複合化ステップをWV−7107上で実施し、WV−6558を作製する。
WV−7107の固相合成:
WV−7107の合成を、3300μmol規模で6.0cm径ステンレス鋼カラムリアクターを使用し、CPG支持体(負荷72umol/g)を使用してAKTA OP100合成装置(GE healthcare)上で実施した。プロセスは5つのステップ、すなわち、脱トリチル、カップリング、キャッピング1、酸化/チオール化およびキャッピング2からなる。
脱トリチルを、3%DCAのトルエン溶液を使用して、436nmに設定したUVウォッチコマンドを用いて実施した。脱トリチル後、少なくとも4カラム体積(CV)のACNを使用して脱トリチル試薬を洗浄した。
全てのホスホラミダイトならびに活性化剤溶液(CMIMTおよびETT)を調製し、3Åモレキュラーシーブ上で合成前に少なくとも4時間乾燥させた。
立体規定的アミダイトカップリングを、0.2Mアミダイト溶液および0.6M CMIMTを使用して実施した。イソブチロニトリル(IBN)中に溶解させたdC−LおよびdC−Dアミダイトを除いて、全てのアミダイトをACN中に溶解させた。立体規定MOEアミダイトを、20%IBN/ACNv/v中に溶解させた。CMIMTをACN中に溶解させた。4当量を使用して、カップリングを、40%(体積)の各々のアミダイト溶液と67%のCMIMT活性化剤とをカラムに添加する前にインラインで混合することによって実施した。次いで、カップリング混合物を最低でも10分間再循環し、カップリング効率を最大化した。
標準的な立体不規則的アミダイトカップリングを、0.2Mアミダイト溶液および0.6M ETTのACN溶液を使用して実施した。MOE−Tアミダイトを、20%IBN/ACNv/vで溶解させた。4当量を使用して、カップリングを、40%(体積)の各々のアミダイト溶液と60%のETT活性化剤とをカラムに添加する前にインラインで混合することによって実施した。次いで、カップリング混合物を最低でも6分間再循環し、カップリング効率を最大化した。
両方の場合のカップリング後、カラムを2CVのACNで洗浄した。
立体規定カップリングのために、次いでカラムを1CVのキャッピング1溶液(無水酢酸、ルチジン、ACN)混合物で処理し、キラル補助アミンを4分でアセチル化した。このステップ後、カラムを少なくとも2CVのACNで洗浄した。次いでチオール化を、2CVの0.2Mキサンタンヒドリドのピリジン溶液を用いて6分の接触時間で実施した。ACNを使用した2CVのチオール化洗浄ステップ後、キャッピング2を、0.5CVのキャッピングAおよびキャッピングB試薬のインライン混合物(1:1)を使用して実施し、続いて2CVのACNで洗浄した。
立体不規則的カップリングサイクルについては、キャッピング1ステップはない。酸化を、50mMヨウ素の/ピリジン/H2O(9:1)溶液を使用し、2.5分間および3.5当量で実施した。2CVのACN洗浄後、キャッピング2を、0.5CVのキャッピングAおよびキャッピングB試薬のインライン混合物(1:1)を使用して実施し、続いて2CVのACNで洗浄した。
WV−7107の切断および脱保護:
上で合成した物質の67%(または2200μmol)をこのステップで使用した。WV−7107上のDPSE補助基を、DMSO、水、TEAおよびTEA.3HFを39:8:1:2.5のv/v比で混合することにより、オリゴ1mmol当たり100mL溶液となるように作製した1MのTEA.HF溶液でオリゴ結合固体支持体を処理することによって除去した。次いで、混合物を25℃で6時間、インキュベーターシェーカー中で振盪した。混合物を冷却(氷浴)し、次いでオリゴ1mmol当たり200mLのアンモニア水を添加した。次いで、混合物を45℃で16時間振盪した。次いで、混合物を濾過し(0.2〜1.2μmフィルター)、ケーキを水ですすいだ。濾液を得て、UPLCによって分析し、30.8%FLPの純度を得た。定量を、Nano Drop one分光光度計(Thermo Scientific)を使用して実施し、約101,200OD/mmolの収量を得た。
WV−7107の精製および脱塩:
粗WV−7107を、Source 15Q(GE healthcare)を充填したAgilent Load&Lockカラム(5cm×32cm)上に負荷した。精製を、20mM NaOHおよび2.5M NaClを溶出液として使用し、AKTA 150 Pure(GE Healthcare)上で実施した。画分を分析してプールし、純度70%以上の物質を得た。次いで、精製した物質を2K再生セルロース膜上で脱塩し、続いて凍結乾燥してWV−7107を白色粉末として得た。次いで、本物質を複合化実験に使用した。
実施例37B.WV−6558の合成
GalNAc複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.03
最終複合化生成物:WV−6558.03
複合化の試薬
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
複合化の手順
1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸(1.6当量)、およびHATU(1.4当量)を計量し、50mlのプラスチック管に移した。無水アセトニトリル中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。透明な混合物を、20分間37℃で攪拌した。凍結乾燥したWV−7107試料を8mLの水で再構成し、50mg/mLの濃度にした。次いで、GalNac混合物を試料WV−7107に添加し、60分間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了する。溶液を真空下で(speed vacによって)濃縮してアセトニトリルを除去し、得られたGalNAc複合化オリゴを、濃縮水酸化アンモニウム(5mL)を用いて脱保護のために1時間37℃でインキュベートすることによって処理した。最終生成物WV−6558の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 8802.4 (デコンボリューションした), 目標質量: 8801.6。
実施例37C.WV−9542の合成
PFE複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.02
最終複合化生成物:WV−9542.01
複合化の試薬
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
複合化の手順
トリアンテナ型PFE ASGPRリガンド(18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸)(1.6当量)、およびHATU(1.2当量)を計量し、50mLの管に移した。無水ジメチルホルムアミド中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。溶液が透明になるまで超音波処理し、それを20分間37℃で攪拌した。WV−7107試料を13mLの水で再構成した。次いで、トリアンテナ型PFEリガンド混合物を試料WV−7107に添加し、1時間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了しなかった。トリアンテナ型PFEリガンド(1.2当量)およびHATU(1当量)の2回目の添加分を量り分けて、DIEA(15当量)を含む5mLのDMF中に溶解させた。リガンドを、活性化のために20分間37℃でインキュベートした。次いで、活性化したリガンドを反応混合物に添加し、1時間37℃でインキュベートした。反応が完了し、最終生成物WV−9542の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 8837.6 (デコンボリューションした), 目標質量: 8837.6。
実施例37D.WV−9543の合成
PFE複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.02
最終複合化生成物:WV−9543.01
複合化の試薬
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
複合化の手順
ビスアンテナ型GalNAc(1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16−((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸)(2.0当量)、およびHATU(1.8当量)を計量し、50mLの管に移した。無水ジメチルホルムアミド(1.5mL)中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。溶液が透明になるまで超音波処理し、それを20分間37℃で攪拌した。WV−7107試料を1.5mLの水で再構成した。次いで、ビスアンテナ型GalNAc混合物を試料WV−7107に添加し、1時間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了した。混合物を、濃縮水酸化アンモニウム(2mL)を用いて、脱保護のために1時間37℃でインキュベートすることによって処理した。最終生成物WV−9543の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 8342.6 (デコンボリューションした), 目標質量: 8340.1。
実施例37E.WV−9544の合成
PFE複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.02
最終複合化生成物:WV−9544.01
複合化の試薬
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
Figure 2020522510
複合化の手順
ビスアンテナ型PFE ASGPRリガンド(18−(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸)(2.0当量)、およびHATU(1.8当量)を計量し、50mLの管に移した。無水ジメチルホルムアミド(1.5mL)中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。溶液が透明になるまで超音波処理し、それを20分間37℃で攪拌した。WV−7107試料を1.5mLの水で再構成した。次いで、ビスアンテナ型PFE ASGPRリガンド混合物を試料WV−7107に添加し、1時間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了した。最終生成物WV−9544の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 8367.2 (デコンボリューションした), 目標質量: 8364.1。
実施例37F.WV−9545の合成
PFE複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.02
最終複合化生成物:WV−9545.01
複合化の試薬
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
複合化の手順
モノGalNAc(1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸)(2.0当量)、およびHATU(1.8当量)を計量し、50mLの管に移した。無水ジメチルホルムアミド(1.5mL)中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。溶液が透明になるまで超音波処理し、それを20分間37℃で攪拌した。WV−7107試料を1.5mLの水で再構成した。次いで、モノGalNAcリガンド混合物を試料WV−7107に添加し、1時間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了した。混合物を、濃縮水酸化アンモニウム(2mL)を用いて、脱保護のために1時間37℃でインキュベートすることによって処理した。最終生成物WV−9545の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 7881.3 (デコンボリューションした), 目標質量: 7878.6。
実施例37G.WV−9546の合成
PFE複合化のプロトコール
前駆体物質:WV−7107.02
最終複合化生成物:WV−9546.01
複合化の試薬
Figure 2020522510
Figure 2020522510
表2:オリゴヌクレオチド水溶液
Figure 2020522510
複合化の手順
モノPFE ASGPRリガンド(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸)(2.0当量)、およびHATU(1.8当量)を計量し、50mLの管に移した。無水ジメチルホルムアミド(1.5mL)中に物質を溶解させて、次いでDIEA(d=0.742)(10当量)を管中に添加する。溶液が透明になるまで超音波処理し、それを20分間37℃で攪拌した。WV−7107試料を1.5mLの水で再構成した。次いで、モノGalNAcリガンド混合物を試料WV−7107に添加し、1時間37℃で攪拌した。反応の進行をUPLCによってモニターした。反応は、1時間のインキュベーション後に完了した。最終生成物WV−9546の形成を、UPLCおよび質量分析法によって確認した。複合化試料を陰イオン交換クロマトグラフィーによって精製した。実測質量: 7893.1 (デコンボリューションした), 目標質量: 7890.6。
実施例37H.IEX精製条件
試料WV−9542について
Figure 2020522510
Figure 2020522510
試料WV−6558、WV−9542〜WV−9546について
Figure 2020522510
実施例38.リガンドの合成。
1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸の合成
Figure 2020522510
ステップ1:3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.0g、9.89mmol)および12−メトキシ−12−オキソドデカン酸(2.416g、9.89mmol)のDMF(45mL)溶液に、HATU(3.76g、9.89mmol)およびDIPEA(2.58ml、14.83mmol)を添加した。反応混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で濃縮し、ブラインで希釈してEtOAcで抽出し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させて、濃縮して残渣を得て、これを10%EtOAcのヘキサン溶液〜40%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(120g金シリカゲルカートリッジ)によって精製し、3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.13g、7.01mmol、収率70.9%)を無色の油として得た。H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) δ 6.03 (s, 1H), 3.74 − 3.61 (m, 15H), 2.45 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.31 (td, J = 7.5, 3.9 Hz, 2H), 2.19 − 2.10 (m, 2H), 1.64 − 1.59 (m, 4H), 1.46 (s, 27H), 1.32 − 1.24 (m, 12H);MS (ESI), 732.6 (M+H)
ステップ2:3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.0g、6.83mmol)のギ酸(50mL)溶液を、室温で48時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させて白色固体を得て、これを高真空下で2日間乾燥させた。LC−MSおよびH NMRは、反応が完了していないことを示した。粗生成物をギ酸(50mL)中に再溶解させた。反応混合物を室温で24時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させて高真空中で乾燥し、3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.00g)を白色固体として得た。MS (ESI): 562.4 (M−H)
ステップ3:0℃の3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(3.85g、6.83mmol)およびHOBt(3.88g、28.7mmol)のDCM(60mL)およびDMF(15mL)溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(4.76g、27.3mmol)、EDAC HCl塩(5.24g、27.3mmol)およびDIPEA(8.33ml、47.8mmol)を添加した。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、室温で20時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。(3−アミノプロピル)カルバミン酸t−ブチル(1.59g、9.12mmol)およびEDC HCl塩(1.75g、9.13mol)を、反応混合物中に添加した。反応混合物を室温で4時間、絶えず攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc(300mL)中に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸メチル(6.61g、6.40mmol、2つのステップから収率94%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1033.5 (M+H)+。
ステップ4:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸メチル(6.56g、6.35mmol)のTHF(75mL)溶液に、LiOH(0.457g、19.06mmol)の水(25mL)溶液を添加した。混合物を室温で一晩攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を蒸発させ、1NのHCl(45mL)を使用して酸性化し、DCM(3×)で抽出して無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸(6.31g、6.20mmol、収率98%)を白色固体として得た。MS (ESI): 1019.6 (M+H)
ステップ5:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸(6.31g、6.20mmol)および(ブロモメチル)ベンゼン(1.272g、7.44mmol)のDMF(40mL)溶液に、KCO(2.57g、18.59mmol)を添加した。混合物を40℃で4時間攪拌し、室温で一晩攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをDCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80gカートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸ベンジル(6.41g、5.78mmol、収率93%)を無色の油として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.80 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.39 − 7.30 (m, 5H), 6.95 (s, 1H), 6.74 (t, J = 5.8 Hz, 3H), 5.07 (s, 2H), 3.53 (J, J = 7.3 Hz, 6H), 3.51 (s, 6H), 3.02 (q, J = 6.7 Hz, 6H), 2.94 − 2.85 (m, 6H), 2.29 (dt, J = 26.1, 6.9 Hz, 8H), 2.02 (q, J = 9.7, 8.6 Hz, 2H), 1.56 − 1.39 (m, 10H), 1.35 (s, 27H), 1.20 (brs, 14H);MS (ESI): 1019.6 (M+H)
ステップ6:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−酸ベンジル(2.42g、2.183mmol)のDCM(40mL)溶液に、2,2,2−トリフルオロ酢酸(8ml、105mmol)を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(2×)と共蒸発させてエーテルで粉砕し、高真空下で一晩乾燥させた。次のステップにTFA塩を直接使用する。
ステップ7:5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(3.91g、8.73mmol)、HBTU(3.48g、9.17mmol)およびHOBT(1.239g、9.17mmol)のDCM(25mL)溶液に、DIPEA(6.08ml、34.9mmol)、続いて12−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−12−オキソドデカン酸ベンジル(1.764g、2.183mmol)のDMF(4.0mL)溶液を添加した。混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これを5カラム量の5%MeOHのDCM溶液で溶出してHOBtを除去し、続いて5%〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(40g金カラム)によって精製し、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−ベンジルエステル(3.98g、収率87%)を白色固体として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.82 − 7.74 (m, 6H), 7.69 (t, J = 5.6 Hz, 3H), 7.33−7.27 (m, 5H), 6.94 (s, 1H), 5.16 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 5.03 (s, 2H), 4.92 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.43 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.02 − 3.95 (m, 9H), 3.82 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.65 (dt, J = 10.5, 5.6 Hz, 3H), 3.51 − 3.44 (m, 12 H), 3.36 (dt, J = 9.6, 6.0 Hz, 3H), 3.01 − 2.95 (m, 12H), 2.29 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.23 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.05 (s, 9H), 1.99 (t, J = 7.0 Hz, 8H), 1.94 (s, 9H), 1.84 (s, 9H), 1.72 (s, 9H), 1.50 − 1.14 (m, 34H);MS (ESI): 1049.0 (M/2+H)+。
ステップ8:Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(165mg、0.835mmol)およびEtOAc(15mL)を添加した。ベンジル保護トリスGalNAc(1.75g、0.835mmol)のメタノール(15mL)溶液を添加し、続いてトリエチルシラン(2.67ml、16.70mmol)を滴下して添加した。混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは反応が完了したことを示し、これをEtOAcで希釈してセライトに通して濾過し、20%MeOHのEtOAc溶液で洗浄して、減圧下で濃縮し、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−酸(1.67g、0.832mmol、収率100%)を白色固体として得た。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 11.95 (s, 1H), 7.83 − 7.74 (m, 6H), 7.69 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 6.93 (s, 1H), 5.16 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.92 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.43 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.01 − 3.94 (m, 9H), 3.82 (dt, J = 11.3, 8.8 Hz, 3H), 3.66 (dt, J = 10.7, 5.6 Hz, 3H), 3.54 − 3.43 (m, 12H), 3.41 − 3.33 (m, 3H), 3.03 − 2.94 (m, 12H), 2.24 (t, J = 7.4 Hz, 10H), 2.14 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.06 (s, 9H), 2.00 (t, J = 7.2 Hz, 8H), 1.95 (s, 9H), 1.84 (s, 9H), 1.73 (s, 9H), 1.51 − 1.14 (m, 34H)。MS (ESI): 1003.8 (M/2+H)+。
実施例39.リガンドの合成。
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸の合成
Figure 2020522510
ステップ1:5−ブロモペンタン酸tert−ブチル(4.0g、16.87mmol)のアセトン(80mL)溶液に、NaI(7.59g、50.6mmol)を添加した。反応混合物を57℃で2時間攪拌し、濾過してEtOAcで洗浄した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc中に溶解し、水、ブラインで洗浄してNaSO上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これを20%EtOAcのヘキサン溶液〜50%EtOAcのヘキサン溶液で溶出するISCO(40gカラム)によって精製し、5−ヨードペンタン酸tert−ブチル6(4.54g、15.98mmol、収率95%)を黄色油として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 3.19 (t, J = 6.9 Hz, 2H), 2.24 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.86 (p, J = 7.1 Hz, 2H), 1.70 (p, J = 7.4 Hz, 2H), 1.45 (s, 9H)。
ステップ2:N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)アセトアミド(600mg、2.57mmol)のDMF(15mL)溶液に、2,2−ジメトキシプロパン(2087μl、17.03mmol)、続いて(+/−)−カンファー−10−スルホン酸(264mg、1.135mmol)を添加した。反応混合物を70℃で24時間攪拌した。反応混合物を室温まで冷却し、次いでメタノール(2.5mL)を添加した。反応混合物を室温で30分間攪拌し、TEA(0.10mL)で中和した。溶媒を蒸発させ、残渣をトルエンと共蒸発させた。残渣をEtOAc〜10%MeOHのEtOAc溶液で溶出するISCO(24g金)によって精製し、N−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−4−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド7(666mg、2.437mmol、収率95%)を得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 8.09 (d, J = 8.1 Hz, 1H), 5.15 − 5.05 (m, 2H), 4.26 (d, J = 5.8 Hz, 1H), 4.09 (dd, J = 7.3, 5.8 Hz, 1H), 3.80 − 3.60 (m, 5H), 1.83 (s, 3H), 1.37 (s, 3H), 1.26 (s, 3H);MS, 274.3 (M+H)
ステップ3:5−ヨードペンタン酸tert−ブチル(1310mg、4.61mmol)およびN−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−4−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド7(420mg、1.537mmol)のDCM(10.5mL)溶液に、硫酸水素テトラブチルアンモニウム(783mg、2.305mmol)、続いて12.5Mの水酸化ナトリウム溶液(7mL)を添加した。反応混合物を室温で24時間攪拌した。反応混合物をDCMおよび水で希釈し、DCM(2×)で抽出した。有機層を1NのHCl溶液で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させた。溶媒を減圧下で濃縮して、残渣を得た。得られた粗物質を酢酸エチル(30mL)に添加し、5分間超音波処理した。得られた沈殿物を濾過し、酢酸エチル(10mL×2)で洗浄した。LC_MSは、フィルターが所望の生成物を含有しないことを示し、これはテトラブチルアンモニウム塩であった。濾液を減圧下で濃縮して残渣を得て、これを50%EtOAcのヘキサン溶液〜EtOAcで溶出するISCO(40gシリカゲル金カートリッジ)によって精製し、5−(((3aR,4S,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4−イル)メトキシ)ペンタン酸tert−ブチル(0.470g、1.094mmol、収率71.2%)を帯黄色油として得た。H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) δ 5.56 (d, J = 9.1 Hz, 1H), 4.21 (d, J = 5.9 Hz, 1H), 4.12 (dtd, J = 7.7, 3.8, 1.7 Hz, 1H), 3.99 (t, J = 6.3 Hz, 1H), 3.90 (d, J = 9.5 Hz, 1H), 3.77 (d, J = 2.0 Hz, 2H), 3.67 (d, J = 9.5 Hz, 1H), 3.52 (ddt, J = 30.5, 9.2, 5.8 Hz, 2H), 2.23 (t, J = 7.1 Hz, 2H), 2.03 (d, J = 14.5 Hz, 3H), 1.65 − 1.55 (m, 7H), 1.44 (s, 9H), 1.35 (s, 3H);MS, 452.4 (M+Na)
ステップ4:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル(0.168g、0.166mmol)のDCM(3mL)溶液に、TFA(3mL)を添加した。反応混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させて、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸ベンジルを無色の油として得た。MS, 710.5 (M+H)。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ5:5−(((3aR,4S,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4−イル)メトキシ)ペンタン酸tert−ブチル(285mg、0.664mmol)のDCM(5mL)溶液に、TFA(5mL)を添加して室温で4時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を蒸発させて、5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸を得た。MS (ESI): 334.3 (M+H)+。精製することなく次のステップに直接使用する。
ステップ6:5−(((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)メトキシ)ペンタン酸(221mg、0.664mmol)のDCM(10mL)溶液に、DIPEA(2313μl、13.28mmol)、HBTU(208mg、0.548mmol)、HOBT(67.3mg、0.498mmol)、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸ベンジル(118mg、0.166mmol)(GL08−02)のDMF(3.0mL)およびDCM(5.0mL)溶液を添加した。反応混合物を室温で一晩攪拌した。LC−MSは所望の生成物を示した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜80%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(24g金カートリッジ)によって精製し、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸ベンジル(272mg、0.164mmol、収率99%)を得た(管30〜42の生成物(40%MeOHのDCM溶液〜60%MeOHのDCM溶液))。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 7.89 (d, J = 7.8 Hz, 3H), 7.81 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.75 (s, 3H), 7.34 (q, J = 7.5, 6.9 Hz, 5H), 7.05 (s, 1 H), 5.07 (s, 5H), 4.83 (d, J = 5.3 Hz, 3H), 4.56 (d, J = 7.1 Hz, 3H), 3.73 (dd, J = 23.3, 9.2 Hz, 6H), 3.64 (d, J = 7.0 Hz, 6H), 3.58 − 3.35 (m, 27H), 3.02 (p, J = 6.2 Hz, 12H), 2.33 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 2.26 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.10 (t, J = 7.6 Hz, 2 H), 2.04 (t, J = 7.4 Hz, 6 H), 1.82 (s, 9H), 1.72 (q, J = 7.6 Hz, 2H), 1.52 − 1.39 (m, 18 H);MS (ESI), 1656.3 (M+H)
ステップ7:18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸ベンジル(270mg、0.163mmol)のEtOAc(10mL)溶液に、10%Pd−C(50mg)、およびMeOH(5.0mL)、およびトリエチルシラン(1042μl、6.52mmol)を添加した。反応混合物を室温で1時間攪拌し、濾過して濃縮し、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸(246mg、0.157mmol、収率96%)を白色固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ 11.99 (brs, 1 H), 7.89 (d, J = 7.9 Hz, 3H), 7.82 (t, J = 5.4 Hz, 3H), 7.75 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.03 (s, 1 H), 5.07 (d, J = 1.6 Hz, 3H), 4.83 (brs, 3H), 4.56 (brs, 3H), 3.79 − 3.68 (m, 6H), 3.64 (d, J = 7.2 Hz, 6H), 3.58 − 3.34 (m, 27 H), 3.02 (p, J = 6.3 Hz, 12 H), 2.27 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.17 (t, J = 7.5 Hz, 2H), 2.08 (t, J = 7.5 Hz, 2 H), 2.04 (t, J = 7.3 Hz, 6H), 1.82 (s, 9H), 1.65 (p, J = 7.5 Hz, 2 H), 1.54 − 1.40 (m, 18 H);MS(ESI), 1566.3 (M+H)+。
実施例40.リガンドの合成。
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸の合成
Figure 2020522510
18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザヘントリアコンタン−31−酸を、18,18−ビス(17−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−5,11−ジオキソ−2,16−ジオキサ−6,10−ジアザヘプタデシル)−1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−7,13,20−トリオキソ−2,16−ジオキサ−8,12,19−トリアザテトラコサン−24−酸と同じ手順を使用して合成した。H NMR (400 MHz, DMSO−d) δ 7.90 (d, J = 7.8 Hz, 3H), 7.83 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.76 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 6.98 (d, J = 6.2 Hz, 1H), 5.09 (s, 3H), 3.81 − 3.69 (m, 6H), 3.69 − 3.62 (m, 6H), 3.62 − 3.40 (m, 24H), 3.04 (p, J = 6.1 Hz, 9H), 2.28 (t, J = 6.4 Hz, 4H), 2.18 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 2.06 (t, J = 7.7 Hz, 6H), 1.84 (s, 6H), 1.48 (tq, J = 14.9, 7.4 Hz, 16H), 1.23 (s, 8H)。MS(ESI), 1664.0 (M+H)
均等論
本開示のいくつかの例示的実施形態が記載されているが、上述は、単なる例示であって限定ではなく、例としてのみ提示されたものであることは、当分野の当業者には明白のはずである。多くの修正および他の例示的実施形態は、当分野の通常の技能のうちの1つの範囲内であり、本開示の範囲内であることが予期される。特に、本明細書中に提示される実施例の多くは、方法行為またはシステム要素の特定の組み合わせを含むが、これらの行為およびこれらの要素が、同じ目的を達成するための他の方法において、併用され得ることを理解すべきである。1つの実施形態に関してのみ検討される行為、要素、および特徴は、他の実施形態における類似の役割から除外されることを意図されない。さらに、もしあれば、例えば、請求される発明中に列挙される1つ以上のミーンズプラスファンクションの限定(means−plus−function limitations)に関し、当該手段は、列挙される機能を実施するために、本明細書に開示される手段を限定することを意図せず、当該列挙機能の実施のための現在公知または将来的に開発されるいずれの手段も範囲に含むことが意図される。
本請求範囲の要素を修飾するための、請求の範囲中の例えば「第1」、「第2」、「第3」などの順序を示す語の使用は、それ自体が、1つの請求の範囲の要素の任意の優先度、先行、または順序が、別の請求の範囲の要素を越えることを暗示するものではなく、または方法のその行為が行われる時間的順序を暗示するものでもないが、特定の名称を有する1つの請求の範囲の要素を、同じ名称を有する(しかし順序を示す語の使用に関し)別の請求の範囲の要素と識別し、当該請求の範囲の要素を識別するための単なる標識として使用される。同様に、a)、b)など、またはi)、ii)などの使用は、それ自体は、当該請求の範囲内の任意のステップの優先度、先行、または順序を暗示するものではない。同様に、本明細書におけるこれらの用語の使用は、それ自体は、任意の必要とされる優先度、先行、または順序も暗示するものではない。いかなるそのような用語の使用も、記載される(請求されるものを含む)発明における要素の数を示すものでもない。
上記明細書は、当業者が本開示に記載されるいかなる発明の実施も可能にするのに十分である。本開示は、提供される実施例によって範囲が限定されるものではなく、これらは、記載される発明の1つ以上の態様を例証するものとして意図され、他の機能的に均等な実施形態も、記載される発明の範囲内にある。本明細書に示される、かつ記載されるものに加えて、記載される発明の様々な修正が前述の記載から当業者には明らかとなり、それらは記載される発明の範囲内であろう。記載される発明の利益および目的は、記載される発明の各実施形態に必ずしも包含されるものではない。
上記明細書は、当分野の当業者が、本発明の実施を可能にするのに十分であるとみなされる。本開示は、提供される実施例によって範囲が限定されるものではなく、実施例は本発明の一態様の一つの解説と意図されるものであり、他の機能的均等な実施形態も、本発明の範囲内にある。本明細書中で示され、記載されたものに加えて、本発明の様々な修正は、先の明細書から当分野の当業者に明白となり、添付の請求の範囲の範囲内であろう。本発明の利益および目的は、本発明の各実施形態に必ずしも包含されない。

Claims (61)

  1. 一本鎖RNAi剤であるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記一本鎖RNAi剤が、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
    約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
    標的特異的RNA干渉を誘導する能力を有し、
    前記一本鎖RNAi剤が、少なくとも1つの非天然の塩基、糖、および/またはヌクレオチド間結合を含む、前記組成物。
  2. 前記組成物が、
    a)共通の塩基配列および長さ、
    b)骨格結合の共通パターン、
    c)骨格キラル中心の共通パターン
    を特徴とする特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、
    その組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して、富化されているという点でキラル制御され、
    前記オリゴヌクレオチドが、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
    約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
    標的特異的RNA干渉を誘導する能力を有する、請求項1に記載の組成物。
  3. 前記組成物が、一本鎖RNAi剤であるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
    前記一本鎖RNAi剤が、標的RNA配列に相補的または実質的に相補的であり、
    約15〜約49ヌクレオチドの長さを有し、
    前記長さが、abababababという2’−修飾パターンを有する少なくとも約10個の連続ヌクレオチドの区間を含み、aが、第1の型の2’−修飾を示し、bが、第2の型の2’−修飾を示し、第1の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、第2の型がそれぞれ、同じか、または異なり得、それぞれの第1の型が、それぞれの第2の型とは異なり、
    前記一本鎖RNAi剤が、標的特異的RNA干渉を誘導する能力を有する、請求項1に記載の組成物。
  4. 前記オリゴヌクレオチドが、Sp配置のホスホロチオエートを少なくとも1つ含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  5. 前記オリゴヌクレオチドが、Rp配置のホスホロチオエート少なくとも1つ含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  6. 前記オリゴヌクレオチドの5’末端の、任意で置換されるピリミジン核酸塩基を含む第1ヌクレオチドが、それと次のヌクレオチドを連結するキラルヌクレオチド間結合を含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  7. 骨格キラル中心の前記パターンが、SpSpSpSpSpを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示す、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  8. 骨格キラル中心の前記パターンが、SpOSpOを含み、式中、Spがそれぞれ、Sp結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合を独立して示し、Oが天然ホスホジエステル結合を示す、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  9. 第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物である組成物であって、前記第1の複数のオリゴヌクレオチドが、
    1)共通の塩基配列、
    2)骨格結合の共通パターン、
    3)1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)に独立して共通する立体化学
    を共有し、
    前記組成物が、前記組成物における前記第1の複数のオリゴヌクレオチドレベルが所定のものであるという点においてキラル制御される、前記組成物。
  10. 前記組成物が、請求項9に記載の組成物である、請求項1に記載の組成物。
  11. 所定レベルが、前記組成物中における全てのオリゴヌクレオチドの(90%)〜100%のパーセンテージであり、式中、nがキラル制御されたヌクレオチド間結合の数であり、nが5〜25である、請求項9または10に記載の組成物。
  12. 共通の塩基配列、塩基修飾の共通パターン、糖修飾の共通パターン、および/または修飾ヌクレオチド間結合の共通パターンを共有する、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドが、前記組成物における全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも90%である、請求項9〜11のいずれか1項に記載の組成物。
  13. 前記組成物がオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して、前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された炭水化物部分を含む、請求項1に記載の組成物。
  14. 前記組成物がオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して、前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された脂質部分を含む、請求項1に記載の組成物。
  15. 前記組成物がオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを任意で介して、前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に連結された標的部分を含む、請求項1に記載の組成物。
  16. 前記組成物のオリゴヌクレオチドが、式O−I:
    Figure 2020522510
    O−I
    またはその塩の構造を有し、式中、
    は、5’末端基であり、
    BAがそれぞれ、独立してC1〜30脂環式、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分、から選択される任意で置換される基であり、
    がそれぞれ、独立して−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
    sが0〜20であり、
    Lがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1〜30脂肪族基、および1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意かつ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意かつ独立して置き換えられ、
    Cyがそれぞれ、独立して、C3〜20脂環式環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員ヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員ヘテロシクリル環から選択される任意で置換される四価の基であり、
    A環がそれぞれ、独立して、0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員単環式、二環式または多環式環であり、
    がそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合であり、
    zが1〜1000であり;
    3Eが、−L−または−L−L−であり、
    3Eが、−R’、−L−R’、−OR’、または固体支持体であり、
    R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
    Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
    2つのR基が、任意でかつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
    同じ原子上の2つ以上のR基が、前記原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員単環式環、二環式環もしくは多環式環を形成する、または
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、それらの間の介在原子と任意かつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて、0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員単環式環、二環式環もしくは多環式環を形成する、
    請求項1に記載の組成物。
  17. 前記組成物のオリゴヌクレオチドが、5’末端基Rを含み、Rが−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5s、またはその塩形態であり、式中、PDBがリン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、請求項1、2、3、9、10、および13〜16のいずれか1項に記載の組成物。
  18. が、−CHOP(O)(OH)またはその塩形態である、請求項17に記載の組成物。
  19. が−(E)−CH=CH−PDBであり、式中、PDBがリン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、請求項17に記載の組成物。
  20. が−(R)−CH(Me)−OHである、請求項17に記載の組成物。
  21. が−(S)−CH(Me)−OHである、請求項17に記載の組成物。
  22. を含む5’−ヌクレオシドが、
    Figure 2020522510
    の構造またはその塩形態を有し、式中、Xが−O−または−S−であり、式中、BAが、C1〜30脂環式、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分から選択される任意で置換される基である、請求項17に記載の組成物。
  23. を含む5’−ヌクレオシドが、
    Figure 2020522510
    の構造またはその塩形態を有し、式中、Xが−O−または−S−であり、式中、BAが、C1〜30脂環式、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分から選択される任意で置換される基である、請求項17に記載の組成物。
  24. XがOである、請求項22〜23のいずれか1項に記載の組成物。
  25. BAがTである、請求項22〜24のいずれか1項に記載の組成物。
  26. へテロ原子が、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素およびケイ素から独立して選択される、請求項16〜25のいずれか1項に記載の組成物。
  27. オリゴヌクレオチドの多量体である化合物であって、オリゴヌクレオチドがそれぞれ、独立して、先行請求項のいずれか1項に記載されるオリゴヌクレオチドまたは化合物である、前記化合物。
  28. 前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%が、独立してキラルヌクレオチド間結合である、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  29. 前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも3%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または97%が、独立して2’−置換を含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  30. 前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−Fである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  31. 前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が、2’−ORである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  32. 前記オリゴヌクレオチドの2’−置換が−L−であり、糖単位のC2とC4とがLによって連結される、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  33. 前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも3%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または97%が、2’−置換を含まない、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  34. 前記オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心の前記パターンが、(Sp)t(Rp)m(Sp)nを含み、tおよびnがそれぞれ、独立して2〜50であり、mが1である、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  35. 前記オリゴヌクレオチドが、標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的結合配列が、少なくとも10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個または20個の塩基の長さを有し、塩基がそれぞれ、任意で置換されるアデニン、シトシン、グアノシン、チミン、またはウラシルであり、前記標的配列が1つ以上のアレル部位を含み、アレル部位がSNPまたは変異である、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  36. 前記標的配列が2つのSNPを含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  37. 前記標的配列がアレル部位を含み、前記標的結合配列が、疾患関連アレルの標的配列に完全に相補的であるが、前記疾患と関連性の低いアレルのものには完全に相補的ではない、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  38. 前記オリゴヌクレオチドが、複数のアレルが集団内に存在する標的核酸配列の転写産物と結合するオリゴヌクレオチドであり、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対して、前記アレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、
    前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列が、特定のアレルを定義する前記特徴的な配列要素に相補的な配列であるか、または前記配列を含み、
    前記オリゴヌクレオチドが、標的核酸配列の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物、またはそれによりコードされるタンパク質を、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制するという点において、前記オリゴヌクレオチドが特徴付けられる、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  39. 転写産物またはそれによってコードされるタンパク質のレベルおよび/または活性を低減するための方法であって、前記転写産物を発現する系に、先行請求項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を投与することを含み、前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記転写産物の標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含む、前記方法。
  40. 複数のアレルが集団内に存在する核酸配列に由来する転写産物をアレル特異的に抑制するための方法であって、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対して前記アレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、
    前記標的核酸配列の転写産物を含む試料を、先行請求項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物と接触させるステップを含み、
    前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記核酸配列における標的配列と同一の標的結合配列、または前記標的配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、特定のアレルを定義する特徴的な配列要素を含み、
    前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別のアレルと、の両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物が、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制される、前記方法。
  41. 複数のアレルが集団内に存在する核酸配列に由来する転写産物をアレル特異的に抑制するための方法であって、前記複数のアレルのそれぞれが、同じ標的核酸配列の他のアレルに対して前記アレルを定義する特定の特徴的なヌクレオチド配列要素を含有し、
    前記標的核酸配列の転写産物を含む対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチドまたは組成物を投与するステップを含み、
    前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記核酸配列における標的配列と同一の標的結合配列、または前記標的結合配列に完全に相補的な標的結合配列を含み、前記標的配列が、特定のアレルを定義する特徴的な配列要素を含み、
    前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別アレルと、の両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物が、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベルで抑制される、前記方法。
  42. 前記オリゴヌクレオチドまたは前記組成物のオリゴヌクレオチドが、前記標的アレルと、同じ核酸配列の別アレル、との両方の転写産物を含む系と接触すると、前記特定のアレルの転写産物を、あるレベルで抑制し、前記あるレベルが、、
    a)前記組成物が存在しないときと比較して高いレベル、
    b)同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較して高いレベル、または
    c)前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても高いレベル
    である、請求項40〜41のいずれか1項に記載の方法。
  43. 前記特定のアレル転写産物の抑制が、前記組成物が存在しないときと比較しても高く、同じ核酸配列の別のアレルで観察される抑制のレベルと比較しても高いレベルで生じる、請求項40〜42のいずれか1項に記載の方法。
  44. 前記オリゴヌクレオチドが、
    5’−PX0−N1−PX1−N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−(N26−PX26−N27−PX27)yz−(CAP)zz−3’
    の構造もしくはその塩の構造を有するか、または前記構造もしくはその塩の構造を含み、
    式中:
    N1〜N27がそれぞれ、独立してヌクレオシド残基であり、
    PX1〜PX26がそれぞれ、独立してヌクレオチド間結合であり、
    PX0が、−H、−OH、−LPX−H、または−L−Hであり、
    PXが、ヌクレオチド間結合の構造を有し、
    Lが、本開示に記載のものであり、
    zzが0のとき、PX27が、−H、−OH、−LPX−H、または−L−Hであり、zzが0ではないとき、PX27が、−O−、−LPX−、または−L−であり、
    mz、nz、pz、rz、sz、tz、vz、およびwzが、独立して0〜10であり、
    N26−PX26−N27−PX27が、3’−末端ジヌクレオチドであり、
    CAPが、3’−末端キャップであり、
    yzおよびzzが、独立して、0または1である、
    先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  45. 一本鎖RNAi剤の前記構造のシード領域が、N2−PX2−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−、−N3−PX3−N4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−、またはN4−PX4−N5−PX5−N6−PX6−N7−PX7−N8−PX8−によって示される、いずれかの先行請求項に記載の組成物。
  46. −N7−PX7−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−、−N8−PX8−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−、または−N9−PX9−N10−PX10−N11−PX11−N12−PX12−N13−PX13−N14−PX14−N15−PX15−N16−PX16−N17−PX17−(N18−PX18)mz−(N19−PX19)nz−(N20−PX20)pz−(N21−PX21)rz−(N22−PX22)sz−(N23−PX23)tz−(N24−PX24)vz−(N25−PX25)wz−が、ポストシード領域を示す、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  47. mz+nz+pzの合計が、8〜20の整数である、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  48. ポストシード領域が、mfmfmfmfmfmfm、mfmfmfmfmfm、mfmfmfmfm、mfmfmfm、mfmfm、mfm、fmfmfmfmfmfm、fmfmfmfmfm、fmfmfmfm、fmfmfm、およびfmfmのいずれかの修飾パターンを有する糖の区間を含み、式中、mが、2’−OMeであり、fが、2’−Fである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  49. ポストシード領域が、dddfdfdfdfdfd、dddfdfdfdfd、dddfdfdfd、dddfdfd、dddfd、dfdfdfdfdfdfd、fdfdfdfdfdfd、fdfdfdfdfd、fdfdfdfd、fdfdfd、およびfdfdのいずれかの修飾パターンを有する糖の区間を含み、式中、dが、2’−デオキシであり、fが、2’−Fである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  50. 前記ポストシード領域が、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOOX、OOOOOOOOXX、OOOOOOOOXXX、OOOOOOOOXXXX、OOOOOOOOXXXXX、OOOOOOOOXXXXXX、OOOOOOOXXX、OOOOOOOXXXX、OOOOOOOXXXXX、OOOOOOOXXXXXX、OOOOOOX、OOOOOOXXXX、OOOOOOXXXXX、OOOOOOXXXXXX、OOOOOX、OOOOOXXX、OOOOOXXXX、OOOOOXXXXX、OOOOOXXXXXX、OOOOX、OOOOXXX、OOOOXXXX、OOOOXXXXXX、OOOX、OOOXO、OOOXOOXXXXX、OOOXOX、OOOXOXO、OOOXOXOXXX、OOOXXX、OOOXXXX、OOOXXXXX、OOOXXXXXX、OOXOOXXXXX、OOXOXOXXX、OOXXXXX、OOXXXXXX、OXOOOXOXOX、OXOOOXOXOXX、OXOOOXOXOXXX、OXOOXXXXX、OXOXOOO、OXOXOOOO、OXOXOXOO、OXOXOXOOOO、OXOXOXXX、OXOXOXXX、OXOXOXXXXXX、OXOXXXXXX、OXXXXXX、OXXXXXX、XOOOXO、XOOOXOO、XOOOXOOX、XOOOXOOXX、XOOOXOOXXX、XOOOXOOXXXX、XOOOXOOXXXXX、XOOOXOX、XOOOXOXO、XOOOXOXOX、XOOOXOXOX、XOOOXOXOXX、XOOOXOXOXX、XOOOXOXOXXX、XOOOXOXOXXX、XOOXXXXX、XOXOOO、XOXOOOX、XOXOOOXO、XOXOOOXOX、XOXOOOXOXO、XOXOOOXOXOX、XOXOOOXOXOXX、XOXOOOXOXOXXX、XOXOXOOO、XOXOXOOOO、XOXOXOX、XOXOXOXOO、XOXOXOXOOO、XOXOXOXOOOO、XOXOXOXX、XOXOXOXXX、XOXOXOXXXX、XOXOXOXXXXX、XOXOXOXXXXXX、XOXOXXX、XOXOXXXXXX、XOXXXXXX、XXOOOXOXOX、XXOOOXOXOXX、XXOOOXOXOXXX、XXXOOOXO、XXXOOOXOX、XXXOOOXOXO、XXXOOOXOXOX、XXXOOOXOXOXX、およびXXXOOOXOXOXXXのいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含み、式中、Oが、ホスホジエステルであり、Xが、立体不規則的ホスホロチオエートである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  51. 前記ポストシード領域が、OOOOOOS、OOOOOSO、OOOOSOO、OOOSOOO、OOSOOOO、OSOOOOO、OSOOOOOOS、OSOSOOOOOOS、OSOSOSOOOOOOS、OSOSOSOSOOOOOOS、OSOSOSOSS、OSOSOSOSSS、OSOSOSOSSSS、OSOSOSOSSSSS、OSOSOSOSSSSSS、OSOSOSOSSSSSSS、OSOSOSOSSSSSSSS、OSOSOSSSSSSSS、OSOSSSSSSSS、OSSSO、OSSSOS、OSSSOSS、OSSSOSSS、OSSSOSSSS、OSSSOSSSSS、OSSSOSSSSSS、OSSSOSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSSS、OSSSOSSSSSSSSSS、OSSSS、OSSSSS、OSSSSSO、OSSSSSSSS、SOOOOOO、SOSOOOOOOS、SOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSOSOO、SOSOSOSOSOOO、SOSOSOSOSOOOO、SOSOSOSOSOOOOO、SOSOSOSOSOOOOOO、SOSOSOSOSOOOOOOS、SOSOSOSSS、SOSOSOSSSS、SOSOSOSSSSS、SOSOSOSSSSSS、SOSOSOSSSSSSS、SOSOSOSSSSSSSS、SOSOSSSSSSSS、SOSSSSSSSS、SS、SSS、SSSO、SSSS、SSSSO、SSSSS、SSSSSO、SSSSSS、SSSSSSS、およびSSSSSSSSのいずれかのパターンを有するヌクレオチド間結合の区間を含み、式中、Oが、ホスホジエステルであり、Sが、Sp配置のホスホロチオエートである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  52. 前記オリゴヌクレオチドの中で5’末端から3’末端の方向に数えて最後から2番目のヌクレオチドが、リンカー、炭水化物、またはリンカーおよび炭水化物を含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  53. 前記組成物または前記化合物のオリゴヌクレオチドが、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10個、またはそれ以上の非負荷電ヌクレオチド間結合を含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物または化合物。
  54. 非負荷電ヌクレオチド間結合が、ホスホラミデート結合である、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物または化合物。
  55. 非負荷電ヌクレオチド間結合が、
    Figure 2020522510
    の構造を有する、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物または化合物。
  56. 対象におけるACVR2B、APOB、APOC3、KRT14、ミオスタチン、PCSK9、またはPNPLA3関連障害を治療するための方法であって、前記方法が、前記対象に治療有効量の先行請求項のいずれか1項に記載の組成物を投与するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドが、ACVR2B、APOB、APOC3、KRT14、ミオスタチン、PCSK9、またはPNPLA3を特異的に標的とする、前記方法。
  57. Figure 2020522510
    から選択される式の構造を有する化合物またはその塩であって、式中:
    が、5’末端基であり、
    BAがそれぞれ、独立して、C1〜30脂環式、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分、および修飾核酸塩基部分から選択される任意で置換される基であり、
    がそれぞれ、独立して、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N、−NO、−NO、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)、−O−L−OR’、−O−L−SR’、または−O−L−N(R’)であり、
    、R、R、RおよびRがそれぞれ、独立してRであり、
    sが0〜20であり、
    Lがそれぞれ、独立して、共有結合であるか、またはC1〜30脂肪族基および1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基、から選択される任意で置換される直線状もしくは分枝状の二価の基であり、前記基では、1つ以上のメチレン単位が、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、または−OP(OR’)[B(R’)]O−で任意且つ独立して置き換えられ、1つ以上の炭素原子が、Cyで任意でかつ独立して置き換えられ、
    Cyがそれぞれ、独立して、C3〜20脂環式環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員ヘテロアリール環、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員ヘテロシクリル環、から選択される任意で置換される四価の基であり、
    A環がそれぞれ、独立して、0〜10個のヘテロ原子を有する任意で置換される3〜20員単環式環、二環式環または多環式環であり、
    が、P(=W)、P、またはP→B(R’)であり、
    Wが、O、SまたはSeであり、
    XおよびYがそれぞれ、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
    R’がそれぞれ、独立して、−R、−C(O)R、−C(O)OR、または−S(O)Rであり、
    Rがそれぞれ、独立して、−Hであるか、もしくはC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員ヘテロアリール、および1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員ヘテロシクリル、から選択される任意で置換される基であり、または
    2つのR基が、任意でかつ独立して一緒になって共有結合を形成し、または
    同じ原子上の2つ以上のR基が前記原子と任意でかつ独立して一緒になることで、前記原子に加えて、0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成し、または
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基がそれらの間の介在原子と任意でかつ独立して一緒になることで、前記介在原子に加えて0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜30員単環式環、二環式環、もしくは多環式環を形成する、
    前記化合物またはその塩。
  58. 前記化合物が、
    Figure 2020522510
    の構造を有し、
    式中:
    A環が、
    Figure 2020522510
    であり、
    BAが、C1で連結され、
    Pが、C3に連結され、
    が、C5に連結され、
    1s、R2s、R3s、R4sおよびR5sがそれぞれ、独立してRである、
    請求項57に記載の化合物。
  59. 前記化合物が、90%〜100%のジアステレオ純度を有する、請求項57〜58のいずれか1項に記載の化合物。
  60. 前記組成物のオリゴヌクレオチドが、5’末端基Rを含み、Rが−C(R5s、−L−PDB、−C(R5sOH、−L−R5s、もしくは−L−P5s−L−R5s、またはその塩の形態であり、式中、PDBがリン酸基であるか、またはその誘導体もしくは生物学的等価体である、請求項59に記載の組成物。
  61. 例示的実施形態1〜1270のいずれか1つに記載される化合物、オリゴヌクレオチド、組成物または方法。
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