KR20220076508A - 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 사용 방법 - Google Patents

올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 사용 방법 Download PDF

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KR20220076508A
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칙두 샥티 쉬바릴라
수브라마니안 마라판
찬드라 바기스
파차무투 칸다사미
젠리앙 루
휘 유
데이빗 찰스 도넬 버틀러
루치아노 헨리께 아포니
마모루 시미즈
스테퍼니 미셸 스탠들리
데이빗 존 불레이
앤드류 귀자이어 호쓰
지가르 데자이
잭 데이빗 갓프리
하이린 양
나오키 이와모토
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Abstract

본 발명은 특히 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 아데노신 변형에 유용하다. 일부 구현예에서, 본 발명은 아데노신 변형으로부터 이익을 얻을 수 있는 다양한 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 방법을 제공한다.

Description

올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 사용 방법
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 미국 가출원 62/911,334호(2019년 10월 6일 출원), 62/959,917호(2020년 1월 11일 출원), 63/022,559호(2020년 5월 10일 출원), 및 63/069,696호(2020년 8월 24일 출원)에 대한 우선권을 주장하며, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로 포함된다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 응용분야, 예를 들어 치료, 진단, 및/또는 연구 응용분야에서 유용하다. 예를 들어, 다양한 유전자를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 이러한 표적 유전자와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 치료에 유용할 수 있다.
특히, 본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 변형(예를 들어, 핵염기 당, 및/또는 뉴클레오티드간 연결, 및 이의 패턴에 대한 변형)을 포함하는 설계된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명(예: 올리고뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드 조성물, 방법 등)의 기술(화합물(예: 올리고뉴클레오티드), 조성물, 방법 등)은 핵산의 편집, 예를 들어 핵산의 부위-지정 편집(예: 표적 아데노신의 편집)에 특히 유용하다. 일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 핵산 편집, 예를 들어 A에서 I로의 변환과 같은 하나 이상의 A 잔기의 변형의 효율을 현저히 개선시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 RNA의 편집(예: A 잔기의 변형, 예를 들어 A에서 I로의 변환) 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 전사체(예: mRNA)의 편집(예: A 잔기의 변형, 예를 들어 A에서 I로의 변환) 기술을 제공한다. 특히, 제공된 기술은 핵산 편집, 예를 들어 A 변형(예: G에서 A로의 돌연변이)을 위한 ADAR(Adenosine Deaminases Acting on RNA) 단백질(예: ADAR1 및/또는 ADR2)과 같은 내인성 단백질 활용의 이점을 제공한다. 당업자는 내인성 단백질의 이러한 활용이 외인성 구성요소(예: 단백질(예를 들어, 올리고뉴클레오티드(및/또는 표적 핵산과의 듀플렉스)에 결합하여 원하는 활성을 제공하도록 조작된 것), 단백질을 암호화하는 핵산, 바이러스 등)의 전달을 필요로 하는 기술과 비교하여 많은 어려움을 회피하고/하거나 다양한 이점을 제공할 수 있음을 이해할 것이다.
특히, 일부 구현예에서, 제공된 기술의 올리고뉴클레오티드는 유용한 당 변형 및/또는 이의 패턴(예: 특정 변형의 존재 및/또는 부재), 핵염기 변형 및/또는 이의 패턴(예: 특정 변형의 존재 및/또는 부재), 뉴클레오티드간 연결 변형 및/또는 입체화학 및/또는 이의 패턴[예: 키랄 연결 인의 유형, 변형, 및/또는 배열(Rp 또는 Sp) 등] 등을 포함하고, 이들은 본원에 기재된 하나 이상의 다른 구조적 요소(예: 추가의 화학적 모이어티)와 조합되는 경우, 높은 활성 및/또는 다양한 원하는 특성, 예를 들어 높은 효율의 핵산 편집, 높은 선택성, 높은 안정성, 높은 세포 흡수, 낮은 면역 자극, 낮은 독성, 개선된 분포, 개선된 친화성 등을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 아데노신 편집에 사용되는 천연 RNA 당의 비율이 높은 올리고뉴클레오티드에 비해 높은 안정성을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 높은 활성, 예를 들어 아데노신 편집 활성을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 높은 선택성을 제공한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 동일한 표적 핵산 내의 다른 아데노신에 비해 표적 핵산 내의 표적 아데노신의 선택적인 변형(예를 들어, 표적 핵산 내의 다른 아데노신 또는 모든 다른 아데노신보다 표적 아데노신에서 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20배 이상의 변형)을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 제1 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고, 제2 도메인은 2'-F 변형이 없는 하나 이상의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은
(a) 제1 도메인; 및
(b) 제2 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며,
제1 도메인은 2'-F 변형을 포함하는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 이상의 당을 포함하거나, 제1 도메인의 모든 당의 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 2'-F 변형을 포함하고,
제2 도메인은 2'-F 변형을 포함하지 않는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 이상의 변형 당을 포함하거나, 제2 도메인의 모든 당의 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 2'-F 변형을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 본원에 기재된 바와 같은 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-OR 변형을 독립적으로 포함하는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 이상의 변형 당을 포함하거나, 제2 도메인의 모든 당의 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 2'-OR 변형을 포함하고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 CH2CH2OCH3이다. 본원에 기재된 바와 같이, 다른 당 변형도 본원에 기재된 염기 변형 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형과 임의로 함께 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산에 대해 정렬될 때 하나 이상의 불일치(비-Watson-Crick 염기쌍)를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산에 대해 정렬될 때 하나 이상의 워블(예 G-U, I-A, G-A, I-U, I-C 등)을 포함한다. 일부 구현예에서, 불일치 및/또는 워블은 제공된 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산에 의해 형성된 듀플렉스를 하나 이상의 단백질(예: ADAR1, ADAR2 등)이 인식하는 데 도움이 될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산과 듀플렉스를 형성한다. 일부 구현예에서, ADAR 단백질은 이러한 듀플렉스를 인식하고 이에 결합한다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드는 제공된 올리고뉴클레오티드의 중간에 위치한다(예를 들어, 5'측에 5~50개의 뉴클레오시드가 있고 3'측에 1~50개의 뉴클레오시드가 있음). 일부 구현예에서, 5'측에는 3'측보다 더 많은 뉴클레오시드가 있다. 일부 구현예에서, 5'측에는 3'측보다 더 적은 뉴클레오시드가 있다. 일부 구현예에서, 5'측에는 3'측과 동일한 수의 뉴클레오시드가 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표에 기재된 올리고뉴클레오티드의 15~40개(예를 들어, 15, 20, 25, 30개 등)의 연접 염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표에 기재된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 다양한 구조적 요소(예: 다양한 변형, 입체화학, 및 이의 패턴)를 활용하여, 본 발명은 짧은 올리고뉴클레오티드(약 20~40, 25~40, 25~35, 26~32, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32 33, 34, 또는 35개 핵염기 길이의 것)로 원하는 특성 및 높은 활성을 달성할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 변형 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 표적 아데노신의 변형을 촉진한다. 일부 구현예에서, 표적 아데닌의 반대편 핵염기는 U가 존재할 때와 비교하여 효소(예: ADAR)와의 상호작용을 유지하는 반면, U보다 덜 강하게 표적 아데닌과 상호작용한다(예를 들어, 더 적은 수소 결합을 형성). 일부 구현예에서, 반대편 핵염기 및/또는 이의 관련 당은 효소(예: ADAR1, ADAR2 등)에 의한 표적 아데노신의 기능 변형에 (예를 들어, U와 비교할 때) 특정의 유연성을 제공한다. 일부 구현예에서, (표적 아데닌의) 반대편 핵염기에 대한 5' 또는 3' 방향 인접 핵염기, 예를 들어 I 및 이의 유도체는 표적 아데닌의 변형을 향상시킨다. 특히, 본 발명은 제공된 올리고뉴클레오티드와 이의 표적 핵산의 듀플렉스가 변형 효소(예: ADAR1 또는 ADAR2)와 상호작용할 때 이러한 핵염기가 G보다 입체장애를 덜 야기할 수 있음을 인식한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이 (예를 들어, 여러 아데노신 잔기가 적합한 표적인 경우) 선택되고/되거나, (예를 들어, 본원에 기재된 다양한 핵염기를 활용하여) 설계되어 입체장애가 감소되거나 제거될 수 있다(예를 들어, 표적 A의 반대편 뉴클레오시드 옆에 G가 없음).
일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 변형 뉴클레오티드간 연결(즉, 천연 포스페이트 연결이 아닌 뉴클레오티드간 연결)을 제공한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예: 키랄 뉴클레오티드간 연결)의 연결 인은 키랄이고 상이한 배열(Rp 및 Sp)로 존재할 수 있다. 특히, 본 발명은 특히 연결 인 중심의 입체화학의 제어(이러한 제어된 중심에서 입체무작위 올리고뉴클레오티드 제조에 비해 하나의 배열이 풍부하도록 제어)와 함께 변형 뉴클레오티드간 연결을 혼입시키면 특성(예: 안정성) 및/또는 활성(예: 아데노신 변형 활성(예: 아데노신의 이노신으로의 변환))이 현저히 개선될 수 있음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 입체무작위 제제보다 훨씬 높은 입체화학적 순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어된다.
일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 연결 인이 키랄인 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(예: 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개, 또는 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 연결 인은 Rp 또는 Sp이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 연결 인은 Rp이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 연결 인은 Sp이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개, 또는 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 Sp이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개, 또는 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 Sp이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 키랄 연결 인의 입체화학은 조성물에서 제어된다. 일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상(예를 들어, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상, 또는 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 공통 염기 서열, 및 동일한 배열의 연결 인(예를 들어, 키랄 연결 인에 대해 모두 Rp이거나 모두 Sp임)을 공유한다. 일부 구현예에서, 이들은 각각의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결을 제외하고는 구조적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 복수의 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴을 공유한다. 일부 구현예에서, 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 복수의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 올리고뉴클레오티드의 동일한 염기 서열을 갖는 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 동일한 염기 서열과 당 및 염기 변형을 갖는 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 동일 구성의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 올리고뉴클레오티드와 하나 이상(예를 들어, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상, 또는 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 독립적으로 동일한 배열의 연결 인을 공유한다(예를 들어, 키랄 연결 인에 대해 모두 Rp이거나 모두 Sp임). 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 올리고뉴클레오티드의 동일한 염기 서열을 갖는 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 동일한 염기 서열과 당 및 염기 변형을 갖는 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 동일 구성의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 형태(예: 산 형태, 염 형태(예를 들어, 제약상 허용되는 염 형태; 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드가 염인 경우, 올리고뉴클레오티드의 상응하는 산 또는 염기 형태의 다른 염 형태) 등)이다.
일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 많은 이점, 예를 들어 더 높은 안정성, 활성 등을 제공한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 ADAR 단백질의 다양한 동형(예를 들어, ADAR1의 p150 및 p110 형태)으로 높은 수준의 아데노신 변형(예: A에서 I로의 변환) 활성을 제공하는 반면, 상응하는 입체무작위 조성물은 ADAR 단백질의 특정 동형(예를 들어, ADAR1의 p150 동형)만으로 높은 수준의 아데노신 변형(예: A에서 I로의 변환) 활성을 제공하는 것으로 관찰되었다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 추가의 모이어티, 예를 들어 표적화 모이어티, 탄수화물 모이어티 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 모이어티는 아시알로당단백질 수용체에 대한 리간드이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 모이어티는 GalNAc 또는 이의 유도체이거나 GalNAc 또는 이의 유도체를 포함한다. 특히, 추가의 모이어티는 특정 표적 위치, 예를 들어 세포, 조직, 기관 등(예를 들어, 추가의 모이어티와 상호작용하는 수용체를 포함하는 위치)로의 전달을 촉진할 수 있다. 일부 구현예에서, 추가의 모이어티는 간으로의 전달을 촉진한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물(특히, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물)의 제조 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 고순도이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 연결 인에서 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 입체화학적으로 순수하다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 입체선택적으로 제조되고 입체이성체가 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 동일한 키랄 연결 인 입체화학 패턴의 동일한 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 조성물(예를 들어, Rp 및/또는 Sp 중 하나 이상을 포함하고, 각각의 키랄 연결 인은 독립적으로 Rp 또는 Sp임)에서, 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 동일한 키랄 연결 인 입체화학 패턴을 공유하거나 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 동일한 키랄 연결 인 입체화학 패턴의 동일한 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 조성물에서, 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%는 동일한 키랄 연결 인 입체화학 패턴을 공유하거나 복수의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 평가하는 데 유용한 기술을 설명한다. 예를 들어, 본 발명의 다양한 기술은 아데노신 변형을 평가하는 데 유용하다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 구현예에서, (예를 들어, 표적 핵산의 아데노신이 이노신으로 변환되는 경우) 아데노신의 변형/편집은, 임의로 변형 시스템(예: 시험관내 시스템, 생체외 시스템, 세포, 조직, 기관, 유기체, 대상체 등)에서 다른 구성요소(예: ADAR 단백질)의 존재를 고려하여, 변형 핵산의 산물(예: RNA, 단백질 등)의 시퀀싱, 질량분석, 평가(예: 수준, 활성 등) 등을 통해 평가될 수 있다. 당업자는 표적 핵산의 아데노신 변형을 제공하는 올리고뉴클레오티드가 변형 핵산(예를 들어, 표적 아데노신이 I로 변환되는 경우) 및 이의 하나 이상의 산물(예: mRNA, 단백질 등)을 또한 제공할 수 있음을 이해할 것이다. 특정의 유용한 기술은 실시예에 설명되어 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 다양한 형태로 제공/활용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 형태, 예를 들어 산 형태(예를 들어, 천연 포스페이트 연결이 -O(P(O)(OH)-O-로 존재하는 경우, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 -O(P(O)(SH)-O-로 존재), 염기 형태, 염 형태(예를 들어, 천연 포스페이트 연결이 염 형태(예: 나트륨염(-O(P(O)(O-Na+)-O-)로 존재하는 경우, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 염 형태(예: 나트륨염(-O(P(O)(S-Na+)-O-)으로 존재) 등을 포함하는 조성물을 제공한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용되는 염을 비롯한 다양한 염 형태로 존재할 수 있으며, 용액(예를 들어, 다양한 수성 완충 시스템)에서, 양이온은 음이온과 분리될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 제공된 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 하나 이상의 제약상 허용되는 염, 및 제약상 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 제약 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
제공된 기술은 다양한 목적을 위해 활용될 수 있다. 예를 들어, 당업자는 제공된 기술이 아데노신의 변형, 예를 들어 G에서 A로의 돌연변이 교정, 특정 핵산 및/또는 이에 의해 암호화된 산물의 수준 조절(예: A에서 G/I로의 변형 도입에 의한 단백질 수준의 감소), 스플라이싱의 조절, 번역의 조절(예: A에서 G/I로의 변형 도입에 의한 번역 시작 및/또는 종결 부위의 조절) 등을 포함한 많은 목적에 유용하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 아데노신 변형(예: A에서 I 또는 G로의 변환)이 잘 일어나는 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하기 위한 기술을 제공한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, I는 예를 들어 염기쌍 형성, 번역 등에서 G의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있다. 일부 구현예에서, A에서 I로의 변환을 통해 G에서 A로의 돌연변이를 교정하여 G-버전 핵산의 하나 이상의 산물(예: 단백질)을 생성할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하기 위한 기술로서, 이러한 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 돌연변이를 편집할 수 있는 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하기 위한 기술로서, 이러한 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 A를 변형할 수 있는 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 전사체(예를 들어, RNA 전사체)에서 A을 변형한다. 일부 구현예에서, A는 I로 변환된다. 일부 구현예에서, 번역 중에 단백질 합성 기구는 I를 G로 판독한다. 일부 구현예에서, A 형태는 상응하는 G 형태에 의해 암호화된 것과 비교하여 하나 이상의 더 높은 원하는 활성 및/또는 하나 이상의 더 우수한 원하는 특성을 갖는 하나 이상의 단백질을 암호화한다. 일부 구현예에서, A 형태는 상응하는 G 형태에 비해, 하나 이상의 더 높은 원하는 활성 및/또는 하나 이상의 더 우수한 원하는 특성을 갖는 하나 이상의 단백질의 더 높은 수준을 제공한다. 일부 구현예에서, A 형태에 의해 암호화된 산물은 상응하는 G 형태에 의해 암호화된 것과 구조적으로 다르다(예를 들어, 더 길고, 일부 구현예에서는 전장 단백질임). 일부 구현예에서, A 형태는 상응하는 G 형태와 비교하여 구조적으로 동일한 산물(예: 단백질)을 제공한다.
당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 많은 병태, 장애 또는 질환은, 제공된 기술에 의해 변형될 수 있고 제공된 기술을 사용하여 예방 및/또는 치료될 수 있는 돌연변이와 관련이 있다. 예를 들어, 20,000개 이상의 병태, 장애 또는 질환이 G에서 A로의 돌연변이와 관련이 있고 A에서 I로의 편집의 이점을 얻을 수 있는 것으로 보고된다.
도 1. 다양한 당 변형 패턴을 갖는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. (a) ADAR1- 및 (b) ADAR2-매개 편집. 올리고뉴클레오티드는 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화하는 동일한 서열을 갖는다. 293T 세포를 ADAR1 및 ADAR2 각각, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 2. 다양한 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. (a) 및 (b): 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화하는 동일한 서열을 갖는다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 3. 다양한 당 변형을 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 4. 다양한 당 유형을 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화하는 동일한 서열을 갖는다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 5. 제공된 기술은 짧은 서열로 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1(도 5a 및 5b) 또는 ADAR2(도 5c 및 5d), 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 6. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 원하는 활성을 제공할 수 있다. 도 6은 다양한 세포 유형에서 외인성 ADAR 없이 내인성 표적(액틴의 3' UTR에 있는 TAG 부위)의 편집을 나타낸다. 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시키고 48시간 후에 편집을 측정하였다. (RPE 및 NHBE 세포의 경우 N=1, 간세포의 경우 N=2 생물학적 복제)
도 7. 다양한 수의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화하고 0~2개의 불일치를 갖는다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. 48시간 및 96시간에 cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 8. 다양한 패턴의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 9. 다양한 패턴의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 10. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 11. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 다양한 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 12. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 훨씬 더 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 세포를 10 μM 용량의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리하거나, 50 nM 용량으로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 13. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 짧은 서열로 원하는 활성을 제공할 수 있다. 도 13은 원발성 인간 망막 색소 상피(RPE 세포)에서의 편집을 나타낸다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 RPE 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 14. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 기관지 상피세포를 10 μM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리한 반면, 원발성 RPE 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 15. 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴을 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 동일한 서열을 가지며 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 16. 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴을 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 3.3 μM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 17. 다양한 변형 및 키랄 제어를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 18. 추가의 모이어티를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 높은 활성을 제공할 수 있다. (a) 및 (b): 조성물은 모두 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 형질감염 시약 없이 다양한 농도로 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 19. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 원하는 활성을 제공할 수 있다. 도 19는 원발성 마우스 간세포에서의 SERPINA1(PiZ 대립유전자)의 편집을 나타낸다. 조성물은 모두 돌연변이 인간 SERPINA1 전사체(PiZZ 대립유전자)의 아데노신을 표적화한다. 원발성 간세포(돌연변이 인간 전사체를 발현하는 마우스 모델에서 추출)를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 20. 변형 염기를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 높은 활성을 제공할 수 있다. 도 20은 원발성 마우스 간세포에서의 SERPINA1(PiZ 대립유전자)의 편집을 나타낸다. 조성물은 모두 돌연변이 인간 SERPINA1 전사체(PiZZ 대립유전자)의 아데노신을 표적화한다. 원발성 간세포(돌연변이 인간 전사체를 발현하는 마우스 모델에서 추출)를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 나타낸 바와 같이, 변형 핵염기를 포함하는 제공된 설계는 활성을 크게 향상시킬 수 있다.
도 21. 변형 염기를 포함하는 제공된 기술은 원하는 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 다양한 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 22. 도 22는 올리고뉴클레오티드 구성의 예를 나타낸다.
도 23. 변형 염기를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 24. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함하는 제공된 기술은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 내인성 ADAR을 사용하여 표시된 전사체 내의 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 50 nM 올리고뉴클레오티드 농도의 조성물로 형질감염시켰다. 48시간 처리 후 채취된 RNA의 Sanger 시퀀싱을 통해 표적 전사체의 편집 비율을 결정하였다(n=2 생물학적 복제). 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 표적 전사체에 대해 높은 편집 효율을 제공할 수 있다.
도 25. 변형 뉴클레오티드간 연결을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결 및 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 조성물은 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1-p150, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 3.3 nM 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 26. 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 내인성 ADAR를 사용하여 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 ADAR 표적화한다. 원발성 원숭이 간세포를 표시된 농도의 표시된 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 27. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 내인성 ADAR를 사용하여 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 ADAR 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 농도의 표시된 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. Sanger 시퀀싱을 통해 표적 전사체의 편집 비율을 결정하였다(n=2 생물학적 복제).
도 28. 다양한 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형 및/또는 추가의 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 조성물은 내인성 ADAR를 사용하여 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 ADAR 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 농도의 표시된 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. Sanger 시퀀싱을 통해 표적 전사체의 편집 비율을 결정하였다(n=2 생물학적 복제). 일부 구현예에서, 특정 위치의 특정 구조적 요소, 예를 들어 제2 서브도메인의 2'-F 변형 당, 제2 서브도메인 뉴클레오시드에 결합된 Rp 포스포로티오에이트 연결, 불일치의 포지셔닝 및/또는 존재 또는 부재, 및/또는 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다.
도 29. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 원발성 인간 간세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. ADAR은 내인성이었다. 조성물은 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 30. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다. 원발성 인간(a; &: 측정 안됨) 또는 원숭이(b) 간세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. ADAR은 내인성이었다. 조성물은 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 31. 키랄 제어는 편집 효율을 향상시킬 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p110 또는 -p150을 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 특히, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)의 수/수준 증가는 ADAR1-p110 및 ADAR1-p150 모두에 대해 편집 효율 향상시켰다.
도 32. 키랄 제어는 편집 효율을 향상시킬 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p110 또는 -p150을 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 특히, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)의 수/수준 증가는 ADAR1-p110 및 ADAR1-p150 모두에 대해 편집 효율 향상시켰다.
도 33. 키랄 제어 및 변형 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다. (a) 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p110을 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. (b) 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p150을 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 34. 천연 포스페이트 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 평가. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 특정 수준의 활성의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하기 위해 다른 구조적 특징(예를 들어, 변형, 패턴 등)과 조합하여 본 발명(예를 들어, 수, 수준, 위치 등)에 따라 이용될 수 있다. 도 34에서, 천연 포스페이트 결합이 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드에서 이용될 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p150 또는 ADAR2를 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 35. 다양한 당 변형을 사용하여 원하는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공할 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p150 또는 ADAR2를 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 36. 다양한 당 변형을 사용하여 원하는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공할 수 있다. (a) 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p150 또는 ADAR2를 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. (b) 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p150 또는 ADAR2를 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 37. 제공된 기술은 영장류에서 효과적인 편집을 제공할 수 있다. 비인간 영장류(NHP)에 여러 조성물(WV-37314, WV-37315, 및 WV-37330)을 투여하였다. 조성물은 모두 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 표시된 조성물을 연속 5일 동안 1일 1회(5 mg/kg) 동물에게 피하 투여하였다(n=조성물당 동물 2마리). 마지막 투여 2일 후에 간 생검 샘플을 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱으로 측정하였다. 투여된 3개의 조성물은 모두 외인성 ADAR의 투여 없이 ACTB mRNA의 유의미한 수준의 생체내 편집(25~50% 편집)을 제공하였다.
도 38. 제공된 기술은 생체 내에서 오래 지속되는 편집 활성을 제공할 수 있다. 제공된 조성물을 비인간 영장류(NHP)에서 평가하였다. 간(a) 및 신장(b)에 대한 특정 데이터가 나타나 있다. 조성물은 모두 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 표시된 조성물을 연속 5일 동안 1일 1회(5mg/kg) 동물에게 피하 투여하였다(n=올리고뉴클레오티드당 동물 2마리). 간 생검 샘플은 마지막 투여 2일 후 및 마지막 투여 45일 후에 채취되었고 신장 생검 샘플은 마지막 투여 45일 후에 채취되었다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱으로 측정하였다. 조직에서의 올리고뉴클레오티드는 혼성화 ELISA에 의해 측정되었다.
도 39. 제공된 기술은 신경세포를 비롯한 다양한 시스템에서 효과적인 편집을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물을 인간 iCell 신경세포 및 iCell 성상세포에서 평가하였다(각각 (a) 및 (b)). 조성물은 모두 ACTB의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화하고, 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 세포를 표시된 농도의 표시된 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하고 각각 6일 및 5일 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2~3 생물학적 복제)으로 측정하였다. 특정 추가의 표적에 대한 특정 초기 결과는 (c) 및 (d)에 제시되어 있다. 6개의 상이한 표적 부위의 편집을 위해 인간 iCell 신경세포 및 iCell 성상세포에서 조성물을 평가하였다. 각각의 조성물은 표시된 전사체의 UAG 모티프를 표적화한다. 세포를 표시된 농도의 표시된 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하고 6일 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 40. 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스는 조작되지 않은 마우스에 비해 인간 세포와 더 유사한 편집 활성 프로파일을 제공할 수 있다. 인간 ADAR1-유전자이식 마우스, 야생형 마우스, 및 인간 원발성 세포로부터 채취된 원발성 간세포에서 조성물을 평가하였다. 투여된 올리고뉴클레오티드는 GalNAc 모이어티를 포함한다. 2개의 다른 전사체, UGP2(a) 및 EEF1A1(b)의 편집에 대한 특정 데이터가 표시되어 있다. 각 표적에 대해, 염기 서열은 동일하지만 변형이 다른 3가지 올리고뉴클레오티드 조성물의 특정 데이터를 제시하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2~3 생물학적 복제)으로 측정하였다. 확인되는 바와 같이, 일부 구현예에서 키랄 제어 및/또는 다양한 변형은 본 발명에 따라 편집 수준을 효과적으로 개선하기 위해 이용될 수 있다. 각 유형의 세포에 대해, 왼쪽에서 오른쪽으로, (a): WV-38701, WV-38700, 및 WV-38702; (b): WV-38698, WV-38697, 및 WV-38699.
도 41. 제공된 기술은 생체내 편집을 제공할 수 있다. 인간 ADAR1 유전자이식 마우스의 간으로부터 얻은 특정 생체내 데이터를 제시하였다. GalNAc를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물로 동물을 처리하였다. 야생형(WT) 마우스는 대조군으로서 포함되었다. 2개의 다른 전사체, UGP2(a) 및 EEF1A1(b) 상의 UAG 모티프의 편집에 대한 특정 데이터가 표시되어 있다. 각 표적에 대해, 서열은 동일하지만 변형이 다른 2가지 올리고뉴클레오티드 조성물의 특정 데이터를 제시하였다. 각 처리 그룹의 3마리의 동물에게 1일, 3일, 및 5일에 PBS 또는 10 mg/kg의 표시된 조성물을 투여하고 8일차에 간 조직을 채취하였다. (n=그룹당 3마리 마우스). 확인되는 바와 같이, 일부 구현예에서 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결(예: n001)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 본 발명에 따라 생체내를 비롯한 편집 수준을 효과적으로 개선하기 위해 이용될 수 있다.
도 42. 제공된 기술은 중추신경계를 비롯한 다양한 조직에서 생체내 편집을 제공할 수 있다. 인간-ADAR1-유전자이식 마우스의 CNS 조직에서 조성물을 평가하였다. UGP2(a) 및 SRSF1(b) 전사체의 편집에 대한 특정 데이터를 제시하였다. ICV 주사에 의해 조성물로 동물을 처리하였다. 각 그룹의 5마리의 마우스에게 PBS, 0일차 및 2일차에 올리고뉴클레오티드 조성물의 2x50 ug 용량, 또는 0일차에 단일 100 ug 용량을 주사하였다. 동물을 7일차에 부검하였다. 표시된 조직으로부터 RNA를 채취하고 Sanger 시퀀싱으로 편집을 측정하였다(n=그룹당 5마리 마우스). 상이한 뇌 조직에서의 올리고뉴클레오티드 분포를 또한 혼성화 ELISA로 측정하였다. 특히, 제공된 올리고뉴클레오티드가 다양한 조직에 전달되어 그 안에서 편집 활성을 제공할 수 있음이 확인되었다.
도 43. siRNA를 사용한 특정 단백질의 감소. IFN-a의 존재 또는 부재하에 표시된 siRNA 시약으로 처리된 ARPE-19 세포에서의 ADAR1 p150(상단), ADAR1 p110(가운데) 및 빈쿨린 로딩 대조군(아래)이 표시되어 있다.
도 44. IFN-a 처리의 유무와, 표시된 ADAR의 siRNA-매개 결핍과 함께 WV-23928 또는 WV-27395로 관찰된 내인성 ACTB의 특정 편집 데이터. N≥3, 평균 ± SEM. **** P<0.0001 (Welch 이원 분산분석에 이은 양측 사후 검정에 의함) nd: 검출되지 않음; NTC: 비표적화 대조군.
도 45. 도 45. 제공된 기술은 고도로 특이적인 편집을 제공할 수 있다. (a) WV-30298 샘플에서 검출된 변이체의 산포도(상단). 온-타겟 ACTB 편집 및 오프-타겟 편집에 대한 LOD 점수는 >3이고 편집 비율은 >5%이다. Mutect2에 의해 계산된 LOD 점수는 모의 샘플과 비교하여 처리된 샘플에 변이체가 존재할 가능성 승산비를 나타낸다. 편집 비율이 가장 높고 LOD 점수가 가장 높은 유전자가 표지된다. 모든 변이체(잠재적 편집 부위)에 대한 복제 전반에 걸친 총 RNA 커버리지(하단). (b) WV-27458 샘플에서의 변이체의 산포도(상단) 및 총 RNA 커버리지(하단).
도 46. 제공된 기술은 다중 편집을 제공할 수 있다. 원발성 인간 간세포에서의 특정 데이터가 제시되어 있다. (a) 원발성 인간 간세포의 형질감염 후 단일(분리) 또는 복수(다중) 올리고뉴클레오티드 조성물 각각(20 nM)의 존재하에 표시된 전사체에서 관찰된 편집 비율. (b) 단일(분리) 또는 복수(다중) GalNAc-접합 올리고뉴클레오티드 조성물 각각(1.1 μM)의 존재하에 표시된 전사체에서 검출된 편집 비율. N=3, 평균 ± SEM. * P<0.05, *** P<0.001 (양측 Welch t-검정에 의함) 각 표적에 대해, 왼쪽에서 오른쪽으로 분리, 다중.
도 47. 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스는 조작되지 않은 마우스에 비해 인간 세포와 더 유사한 편집 활성 프로파일을 제공할 수 있다. 인간 ADAR1-유전자이식 마우스, 야생형 마우스, 및 인간 원발성 세포로부터 채취된 원발성 간세포에서 조성물을 평가하였다. 투여된 올리고뉴클레오티드는 GalNAc 모이어티를 포함한다. 2개의 다른 전사체, UGP2(a 내지 c) 및 EEF1A1(d 내지 f)의 편집에 대한 특정 데이터가 표시되어 있다. 각 표적에 대해, 염기 서열은 동일하지만 변형이 다른 3가지 올리고뉴클레오티드 조성물의 특정 데이터를 제시하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2~3 생물학적 복제)으로 측정하였다. 확인되는 바와 같이, 일부 구현예에서 키랄 제어 및/또는 다양한 변형은 본 발명에 따라 편집 수준을 효과적으로 개선하기 위해 이용될 수 있다.
도 48. 제공된 기술은 CD8+ T 세포를 비롯한 다양한 세포 유형에서 편집을 제공한다. 도 48은 짐노틱 흡수에 의한 원발성 인간 CD8+ T 세포에서의 편집을 나타낸다. 모든 올리고뉴클레오티드는 동일한 서열을 가지며, 모두 ACTB의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 T 세포를 표시된 바와 같이 24시간 동안 사전 자극한 다음, 표시된 농도의 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하고, 4일 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 49. 제공된 기술은 인간 세포를 비롯한 원발성 인간 섬유아세포를 비롯한 다양한 세포 유형에서 편집을 제공한다. 도 49는 짐노틱 흡수 및 형질감염에 의한 원발성 인간 섬유아세포에서의 특정 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-37318은 ACTB의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 3개의 상이한 원발성 인간 섬유아세포주를 표시된 바와 같이 형질감염(50 nM) 또는 짐노틱 흡수(10 μM)에 의해 처리하고, 60시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 50. 제공된 기술은 비인간 영장류의 눈에서 분리된 생체외 망막 조직을 비롯한 다양한 세포 유형에서 편집을 제공한다. 도 50는 비인간 영장류 눈에서 분리된 세포외 망막 조직에서의 특정 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 ACTB의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 2가지 독립된 실험에서, NHP로부터의 안구를 새로 절개하고 망막 조직을 짐노틱 흡수에 의해 올리고뉴클레오티드 조성물로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=실험 조건당 4~5 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 51. 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 51a 내지 도 51d는 원발성 인간 간세포에서의 특정 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1, 2, 3 또는 4)를 표적화한다. 확인되는 바와 같이, 다양한 변형, 서열 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 원하는 편집을 제공할 수 있다. 원발성 인간 간세포를 표시된 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 52. 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 52는 원발성 인간 간세포에서의 특정 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1, 2, 3 또는 4)를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 53. 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 53a는 원발성 인간 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1)를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 도 53b는 원발성 인간 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #2)를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 도 53c는 원발성 인간 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1 또는 #2)를 표적화한다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 54. 위블 및/또는 불일치를 제거하면 편집 수준이 향상될 수 있다. 도 54는 원발성 인간 및 NHP 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 WT SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1 또는 #2)를 표적화한다. 원발성 인간 및 NHP 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 55. 제공된 기술은 다양한 농도에서 NHP 및 인간 세포에서 편집을 제공할 수 있다. 도 55는 원발성 인간 및 NHP 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #1 또는 #2)를 표적화한다. 두 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 NHP mRNA 서열에 대한 G-U 워블을 갖는다. 원발성 인간 및 NHP 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 56. 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 56은 원발성 NHP 간세포에서의 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 야생형 SERPINA1(SA1) 전사체의 암호화 서열에서 특정 아데노신 잔기(대체 부위 #2)를 표적화한다. 원발성 NHP 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물 및 농도로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
도 57. 염기 변형을 포함한 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR-p110 또는 ADAR1-p150, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 58. 무염기 단위를 포함한 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR-p110 또는 ADAR1-p150, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
도 59. 염기 변형을 포함한 다양한 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 59는 표적 부위의 맞은편 위치에 변형 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물에 의한 편집을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 SERPINA1(SA1) 전사체의 PiZ 돌연변이를 표적화한다. 렌티바이러스 벡터로부터 SA1-PiZ 대립유전자를 안정적으로 발현하는 ARPE 세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염시켰다. 3일 후에 RNA를 채취하였다. RNA 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 60. 다양한 유형의 핵염기 및 당을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 SERPINA1(SA1) 전사체의 PiZ 돌연변이를 표적화한다. SA1-PiZ 대립유전자, ADAR1-p110 또는 ADAR1-p150을 발현하는 플라스미드, 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. RNA 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 61. 다양한 유형의 핵염기 및 당을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 SERPINA1(SA1) 전사체의 PiZ 돌연변이를 표적화한다. SA1-PiZ-마우스 모델에서 새로 수집된 원발성 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. RNA 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 62. 다양한 유형의 핵염기 및 당을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 SERPINA1(SA1) 전사체의 PiZ 돌연변이를 표적화한다. 렌티바이러스 벡터로부터 SA1-PiZ 대립유전자를 안정적으로 발현하는 ARPE 세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염시켰다. 3일 후에 RNA를 채취하였다. RNA 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 63. 이노신을 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 모두 SERPINA1(SA1) 전사체의 PiZ 돌연변이를 표적화한다. 렌티바이러스 벡터로부터 SA1-PiZ 대립유전자를 안정적으로 발현하는 ARPE 세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염시켰다. 3일 후에 RNA를 채취하였다. RNA 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
도 64. 표적 부위의 반대편 부위에 다양한 핵염기를 포함하는 제공된 기술은 편집을 제공할 수 있다. 도 64는 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈의 편집을 나타낸다.
본 발명의 기술은 특정 구현예에 대한 다음의 상세한 설명을 참조하여 보다 쉽게 이해될 수 있다.
정의
본원에서 사용되는 바와 같이, 달리 지시되지 않는 한 다음의 정의가 적용될 것이다. 본 발명의 목적상, 화학 원소는 문헌[Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 75th Ed.]에 따라 확인된다. 게다가, 유기 화학의 일반적인 원리가 문헌["Organic Chemistry", Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999], 및 문헌["March's Advanced Organic Chemistry", 5th Ed., Ed.: Smith, M.B. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001.
본 발명에서 본원에서 사용되는 바와 같이, 문맥상 달리 명백하지 않는 한, (i) 단수형 용어("a" 또는 "an")는 "적어도 하나"를 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (ii) "또는"이라는 용어는 "및/또는"을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (iii) "포함하는", "포함하다", "함유하는"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 그렇지 않든지 간에) 및 "함유하다"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 그렇지 않든지 간에)라는 용어는 단독으로 제공되든지 하나 이상의 추가의 구성 요소 또는 단계와 함께 제공되든지 간에 항목별 구성 요소 또는 단계를 포함하는 것으로 이해될 수 있고; (iv) "또 다른"이라는 용어는 적어도 추가의/두 번째의 하나 이상을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (v) "약" 및 "대략"이라는 용어는 당업자에 의해 이해되는 바와 같은 표준 변동을 허용하는 것으로 이해될 수 있고; (vi) 범위가 제공되는 경우 종점이 포함된다.
달리 명시되지 않는 한, 올리고뉴클레오티드 및 이의 요소(예를 들어, 염기 서열, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결, 연결 인 입체화학, 이의 패턴 등)에 대한 설명은 5'에서 3' 방향이다. 당업자가 이해하는 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 염 형태, 특히 제약상 허용가능한 염 형태, 예를 들어 나트륨 염으로서 제공 및/또는 이용될 수 있다. 당업자가 또한 인식할 수 있는 바와 같이, 일부 구현예에서, 조성물 내의 개별 올리고뉴클레오티드는, 비록 그러한 조성물(예를 들어, 액체 조성물) 내에서 특정한 이러한 올리고뉴클레오티드가 특정 순간에 상이한 염 형태(들)로 존재할 수 있다 해도(그리고 용해될 수 있고 올리고뉴클레오티드 사슬이 음이온 형태로 존재할 수 있다 해도(예를 들어 액체 조성물일 때)) 동일 구성 및/또는 구조인 것으로 간주될 수 있다. 예를 들어, 당업자는 주어진 pH에서 올리고뉴클레오티드 사슬을 따른 개별 뉴클레오티드간 연결이 산(H) 형태, 또는 복수의 가능한 염 형태(예를 들어, 나트륨 염, 또는 상이한 양이온의 염(어떤 이온이 제제 또는 조성물에 존재할 수 있는지에 따라 다름)))로 존재할 수 있음을 인식할 것이며, 그의 산 형태(예를 들어, 모든 양이온(만약에 있다면)이 H+로 대체됨)가 동일한 구성 및/또는 구조의 것이기만 하다면, 이러한 개별 올리고뉴클레오티드는 적절하게는 동일한 구성 및/또는 구조의 것으로 간주될 수 있다.
지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, "지방족"은 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 함유하는 직쇄(즉, 비분지형) 또는 분지형, 치환 또는 비치환 탄화수소 사슬, 또는 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화(그러나 방향족은 아님) 단위를 함유하는 치환 또는 비치환 단환, 이환 또는 다환 탄화수소 고리(그러나 방향족은 아님), 또는 이들의 조합을 의미한다. 일부 구현예에서, 지방족 기는 1~50개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 일부 구현예에서, 지방족 기는 1~20개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~10개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~9개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~8개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~7개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~6개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 또 다른 구현예에서, 지방족 기는 1~5개의 지방족 탄소 원자를 포함하고, 또 다른 구현예에서, 지방족 기는 1, 2, 3, 또는 4개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 적합한 지방족 기는 선형 또는 분지형, 치환 또는 비치환 알킬, 알케닐, 알키닐 기 및 이의 하이브리드, 예컨대 (시클로알킬)알킬, (시클로알케닐)알킬 또는 (시클로알킬)알케닐을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
알케닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알케닐"은 하나 이상의 이중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알킬"은 당업계에서의 통상적인 의미가 주어지며, 직쇄 알킬 기, 분지쇄 알킬 기, 시클로알킬(지환족) 기, 알킬 치환 시클로알킬 기 및 시클로알킬 치환 알킬 기를 포함하는 포화 지방족 기를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 알킬은 1~100개의 탄소 원자를 갖는다. 특정 구현예에서, 직쇄 또는 분지쇄 알킬은 그의 백본 내에 약 1~20개의 탄소 원자(예를 들어, 직쇄의 경우 C1-C20, 분지쇄의 경우 C2-C20), 대안적으로 약 1~10개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 시클로알킬 고리는 그의 고리 구조(여기서 이러한 고리는 단환, 이환 또는 다환임) 내에 약 3~10개의 탄소 원자, 대안적으로 약 5, 6 또는 7개의 탄소를 갖는다. 일부 구현예에서, 알킬 기는 저급 알킬 기일 수 있으며, 여기서, 저급 알킬 기는 1~4개의 탄소 원자를 포함한다(예를 들어, 직쇄 저급 알킬의 경우 C1-C4).
알키닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알키닐"은 하나 이상의 삼중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
유사체: 용어 "유사체"는 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스와 구조적으로 상이하지만 이러한 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스의 적어도 하나의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 비제한적인 예로서, 뉴클레오티드 유사체는 뉴클레오티드와 구조적으로 상이하지만 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능을 수행하고; 핵염기 유사체는 핵염기와 구조적으로 상이하지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행하고; 기타 등등이다.
동물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "동물"은 동물계의 임의의 구성원을 지칭한다. 일부 구현예에서, "동물"은 임의의 발달 단계의 인간을 지칭한다. 일부 구현예에서, "동물"은 임의의 발달 단계의 비인간 동물을 지칭한다. 특정 구현예에서, 비인간 동물은 포유동물(예를 들어, 설치류, 마우스, 래트, 토끼, 마우스, 개, 고양이, 양, 소, 영장류, 및/또는 돼지)이다. 일부 구현예에서, 동물은 포유동물, 조류, 파충류, 양서류, 어류, 및/또는 벌레를 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 동물은 트랜스제닉 동물, 유전자 조작 동물, 및/또는 클론일 수 있다.
아릴: 본원에서 사용되는 바와 같이, 단독으로, 또는 "아르알킬", "아르알콕시", 또는 "아릴옥시알킬"에서와 같이 더 큰 모이어티의 일부로서 사용되는 "아릴"이라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환, 이환 또는 다환 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이다. 일부 구현예에서, 아릴 기는 총 5~14개의 고리 구성원을 갖는 단환, 이환 또는 다환 고리 시스템이며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 상기 시스템에서의 각각의 고리는 3~7개의 고리 구성원을 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 단환 고리 단위는 방향족이다. 일부 구현예에서, 아릴 기는 바이아릴 기이다. 용어 "아릴"은 용어 "아릴 고리"와 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 본 발명의 특정 구현예에서, "아릴"은 하나 이상의 치환기를 가질 수 있는 페닐, 바이페닐, 나프틸, 바이나프틸, 안트라실 등을 포함하지만 이에 한정되지 않는 방향족 고리 시스템을 지칭한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "아릴"의 범주 내에는 방향족 고리가 하나 이상의 비방향족 고리에 융합된 기, 예컨대 인다닐, 프탈이미딜, 나프트이미딜, 페난트리디닐, 또는 테트라하이드로나프틸 등도 포함된다.
특징부: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "특징부"는 가장 넓은 의미에서 물질의 특정 특징, 속성 또는 활성의 존재(또는 부재)의 존재(또는 부재)와 상관관계가 있는 물질의 부분을 지칭한다. 일부 구현예에서, 물질의 특징 부분은 특정 특징, 속성 또는 활동을 공유하지만 특정 특징, 속성 또는 활동을 공유하지 않는 물질 및 관련 물질에서 발견되는 부분이다. 특정 구현예에서, 특징부는 온전한 물질과 적어도 하나의 기능적 특징을 공유한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 단백질 또는 폴리펩티드의 "특징부"는 함께 단백질 또는 폴리펩티드의 특징인 아미노산의 연속 스트레치 또는 아미노산의 연속 스트레치의 집합을 함유하는 것이다. 일부 구현예에서, 각각의 이러한 연속 스트레치는 일반적으로 적어도 2, 5, 10, 15, 20, 50개 이상의 아미노산을 함유한다. 일반적으로 물질(예: 단백질, 항체 등)의 특징부는 위에 명시된 서열 및/또는 구조적 동일성에 추가하여 관련 온전한 물질과 적어도 하나의 기능적 특징을 공유하는 부분이다. 일부 구현예에서, 특징부는 생물학적으로 활성일 수 있다.
키랄 제어: 본원에서 사용되는 바와 같이, "키랄 제어"는 올리고뉴클레오티드 내의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정의 제어를 지칭한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 연결 인이 키랄인 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제어는 올리고뉴클레오티드의 당 및 염기 모이어티가 부재하는 키랄 요소를 통해 달성되며, 예를 들어, 일부 구현예에서, 제어는 올리고뉴클레오티드 제조 동안의 하나 이상의 키랄 보조체의 사용을 통해 달성되는데, 상기 키랄 보조체는 종종 올리고뉴클레오티드 제조 동안 사용되는 키랄 포스포아미다이트의 일부이다. 키랄 제어와 대조적으로, 당업자는 키랄 보조체를 사용하지 않는 종래의 올리고뉴클레오티드 합성이 키랄 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 데 사용되는 경우 이러한 종래의 올리고뉴클레오티드 합성은 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 입체화학을 제어할 수 없음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 각각의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정이 제어된다.
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물", "키랄 제어 핵산 조성물" 등은 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)를 포함하는 조성물을 지칭하며, 여기서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학(키랄 제어 또는 입체정의 뉴클레오티드간 연결(이의 키랄 연결 인은 조성물에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결로서의 무작위 Rp 및 Sp 조합이 아닌, Rp 또는 Sp임("입체정의됨")))을 공유한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 1) 공통 염기 서열, 2) 공통 백본 연결 패턴, 및 3) 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)을 포함하고, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학(키랄 제어 또는 입체정의 뉴클레오티드간 연결(이의 키랄 연결 인은 조성물에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결로서의 무작위 Rp 및 Sp 조합이 아닌, Rp 또는 Sp임("입체정의됨")))을 공유한다. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 비-키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 무작위 수준과 비교하여, (예를 들어, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 입체선택적으로 형성하기 위해 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조를 통해) 미리 결정/제어되거나 풍부하다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)는 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)는 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 수준은 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 (예를 들어, 복수의 올리고뉴클레오티드의 또는 올리고뉴클레오티드 유형의) 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 염기 변형 패턴, 공통 당 변형 패턴, 공통 뉴클레오티드간 연결 유형 패턴, 및/또는 공통 뉴클레오티드간 연결 변형 패턴을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1~50개(예를 들어, 약 1~10, 1~20, 5~10, 5~20, 10~15, 10~20, 10~25, 10~30개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개)의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 입체화학을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 입체화학을 공유한다. 일부 구현예에서, 임의의 경우 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일한 패턴의 당 및/또는 핵염기 변형을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일한 올리고뉴클레오티드의 다양한 형태(예를 들어, 동일한 올리고뉴클레오티드의 산 및/또는 다양한 염)이다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일한 구성을 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)와 동일한 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이고, 조성물은 완전히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 구조적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%, 일반적으로는 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 95%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 96%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 97%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 98%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 99%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 수준의 백분율은 (DS)nc 이상이고, DS는 본 발명에 기재된 바와 같은 부분입체순도(예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고, nc는 본 발명에 기재된 바와 같은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 이상)이다. 일부 구현예에서, 수준의 백분율은 (DS)nc 이상이고, DS는 95%~100%이다. 예를 들어, DS가 99%이고 nc가 10인 경우, 백분율은 90% 이상이다((99%)10
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0.90 = 90%). 일부 구현예에서, 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준은 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도의 곱으로 표시된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)에 있는 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도는 상기 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 이량체의 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도로 표시되고, 이러한 이량체는 비견되는 조건들, 일부 경우에 동일한 합성 사이클 조건들을 사용하여 제조된다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 …NxNy…에서 Nx와 Ny 사이의 연결의 경우, 이량체는 NxNy임). 일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 아니며, 조성물은 부분적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에서 일반적으로 관찰되는 바와 같이(예를 들어, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 기존의 올리고뉴클레오티드 합성, 예를 들어 포스포아미다이트 방법으로부터), 약 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55% 미만의, 또는 약 50%의 부분입체순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일 유형의 것이다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 비무작위 또는 제어된 수준의 개별 올리고뉴클레오티드 또는 핵산 유형을 포함한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 이하의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 초과의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 다수의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드의 조성물이고, 이 조성물은 상기 올리고뉴클레오티드 유형의 비무작위 또는 제어된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
비견되는: 본원에서 용어 "비견되는"은 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 비교를 가능하게 하기 위하여 서로 충분히 유사한 두 세트(또는 그 이상의 세트)의 조건 또는 상황을 설명하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 비견되는 조건 또는 상황 세트는 복수의 실질적으로 동일한 특징 및 하나 이하의 다양한 특징을 특징으로 한다. 당업자는, 상이한 조건 또는 상황 세트 하에서 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 차이가 다양한 특징의 변동에 의해 야기되거나 상기 변동을 나타낸다는 합리적인 결론을 보증하기에 충분한 수 및 유형의 실질적으로 동일한 특징을 특징으로 하는 경우 조건들의 세트들이 서로에 비슷한 것임을 이해할 것이다.
지환족: 용어 "지환족", "탄소환", "카보시클릴", "탄소환 라디칼", 및 "탄소환 고리"는 상호교환가능하게 사용되며, 본원에서 사용되는 바와 같이 포화 또는 부분 불포화, 비방향족, 환형 지방족 단환, 이환, 또는 다환 고리 시스템(본원에 기재된 바와 같으며, 달리 특정되지 않는 한, 3~30개의 고리 구성원을 가짐)을 지칭한다. 지환족 기는 제한 없이, 시클로프로필, 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로펜테닐, 시클로헥실, 시클로헥세닐, 시클로헵틸, 시클로헵테닐, 시클로옥틸, 시클로옥테닐, 노르보르닐, 아다만틸, 및 시클로옥타디에닐을 포함한다. 일부 구현예에서, 지환족 기는 3~6개의 탄소를 갖는다. 일부 구현예에서, 지환족 기는 포화되며 시클로알킬이다. 또한 용어 "지환족"은 데카하이드로나프틸 또는 테트라하이드로나프틸과 같은 하나 이상의 방향족 또는 비방향족 고리에 융합된 지방족 고리를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 지환족 기는 이환이다. 일부 구현예에서, 지환족 기는 삼환이다. 일부 구현예에서, 지환족 기는 다환이다. 일부 구현예에서, "지환족"은 C3-C6 단환 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C8-C10 이환 또는 다환 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C9-C16 다환 탄화수소를 지칭한다.
헤테로지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로지방족"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기재된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다. 일부 구현예에서, C, CH, CH2, 및 CH3으로부터 선택되는 하나 이상의 단위는 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(이의 산화된 형태 및/또는 치환된 형태를 포함함)로 대체된다. 일부 구현예에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알킬이다. 일부 구현예에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알케닐이다.
헤테로알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로알킬"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기재된 바와 같은 알킬 기를 지칭한다. 헤테로알킬 기의 예는 알콕시, 폴리(에틸렌 글리콜)-, 알킬-치환 아미노, 테트라하이드로푸라닐, 피페리디닐, 모르폴리닐 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
헤테로아릴: 본원에서 사용되는 바와 같이, 단독으로 또는 더 큰 모이어티의 일부로서(예를 들어, "헤테로아르알킬" 또는 "헤테로아르알콕시") 사용되는 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환, 이환 또는 다환 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 적어도 하나의 방향족 고리 원자는 헤테로원자이다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴 기는 5~10개의 고리 원자(즉, 단환, 이환 또는 다환), 일부 구현예에서 5, 6, 9, 또는 10개의 고리 원자를 갖는 기이다. 일부 구현예에서, 각각의 단환 고리 단위는 방향족이다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴 기는 환형 어레이에서 공유되는 6, 10 또는 14개의 π 전자를 가지며; 탄소 원자 외에 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 헤테로아릴 기는 제한 없이 티에닐, 푸라닐, 피롤릴, 이미다졸릴, 피라졸릴, 트리아졸릴, 테트라졸릴, 옥사졸릴, 이속사졸릴, 옥사디아졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 티아디아졸릴, 피리딜, 피리다지닐, 피리미디닐, 피라지닐, 인돌리지닐, 퓨리닐, 나프티리디닐, 및 프테리디닐을 포함한다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴은 헤테로바이아릴 기, 예컨대 바이피리딜 등이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"는 또한 헤테로방향족 고리가 하나 이상의 아릴, 지환족, 또는 헤테로시클릴 고리에 융합된 기를 포함하며, 여기서, 라디칼 또는 부착점은 헤테로방향족 고리 상에 있다. 비제한적 예는 인돌릴, 이소인돌릴, 벤조티에닐, 벤조푸라닐, 디벤조푸라닐, 인다졸릴, 벤즈이미다졸릴, 벤즈티아졸릴, 퀴놀릴, 이소퀴놀릴, 신놀리닐, 프탈라지닐, 퀴나졸리닐, 퀴녹살리닐, 4H-퀴놀리지닐, 카바졸릴, 아크리디닐, 페나지닐, 페노티아지닐, 페녹사지닐, 테트라하이드로퀴놀리닐, 테트라하이드로이소퀴놀리닐, 및 피리도[2,3-b]-1,4-옥사진-3(4H)-온을 포함한다. 헤테로아릴 기는 단환, 이환 또는 다환일 수 있다. 용어 "헤테로아릴"은 용어 "헤테로아릴 고리", "헤테로아릴 기", 또는 "헤테로방향족"과 상호교환가능하게 사용될 수 있으며, 상기 용어 중 임의의 것은 임의로 치환된 고리를 포함한다. 용어 "헤테로아르알킬"은 헤테로아릴 기로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로아릴 부분은 독립적으로 임의로 치환된다.
헤테로원자: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로원자"는 탄소 또는 수소가 아닌 원자를 의미한다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 붕소, 산소, 황, 질소, 인 또는 규소(산화된 형태의 질소, 황, 인 또는 규소; 하전된 형태의 질소(예를 들어, 4차화된 형태, 이미늄 기에서와 같은 형태 등), 인, 황, 산소 등을 포함함)이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 규소, 인, 산소, 황 또는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 규소, 산소, 황 또는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소, 황 또는 질소이다.
복소환: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "복소환 라디칼" 및 "복소환 고리"(본원에서 사용되는 바와 같음)는 상호교환가능하게 사용되며, 포화 또는 부분 불포화되고 하나 이상의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 단환, 이환 또는 다환 고리 모이어티(예를 들어, 3~30원)를 지칭한다. 일부 구현예에서, 헤테로시클릴 기는, 상기에 정의된 바와 같이, 포화 또는 부분 불포화되고, 탄소 원자에 더하여 하나 이상의, 바람직하게는 1 내지 4개의 헤테로원자를 갖는 안정한 5 내지 7원 단환 또는 7 내지 10원 이환 복소환 모이어티이다. 복소환의 고리 원자와 관련하여 사용되는 경우, 용어 "질소"는 치환된 질소를 포함한다. 일례로서, 산소, 황 및 질소로부터 선택되는 0~-3개의 헤테로원자를 갖는 포화 또는 부분 불포화 고리에서, 질소는 N(3,4-디하이드로-2H-피롤릴에서와 같이), NH(피롤리디닐에서와 같이), 또는 +NR(N-치환 피롤리디닐에서와 같이)일 수 있다. 복소환 고리는 임의의 헤테로원자 또는 탄소 원자에서 그의 펜던트 기에 부착될 수 있으며(이는 안정한 구조를 초래함) 임의의 고리 원자는 임의로 치환될 수 있다. 이러한 포화 또는 부분 불포화 복소환 라디칼의 예는 제한 없이 테트라하이드로푸라닐, 테트라하이드로티에닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피롤리닐, 테트라하이드로퀴놀리닐, 테트라하이드로이소퀴놀리닐, 데카하이드로퀴놀리닐, 옥사졸리디닐, 피페라지닐, 디옥사닐, 디옥솔라닐, 디아제피닐, 옥사제피닐, 티아제피닐, 모르폴리닐, 및 퀴누클리디닐을 포함한다. 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "헤테로시클릴 고리", "복소환 기", "복소환 모이어티" 및 "복소환 라디칼"은 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 또한 헤테로시클릴 고리가 하나 이상의 아릴, 헤테로아릴, 또는 지환족 고리에 융합된 기, 예컨대 인돌리닐, 3H-인돌릴, 크로마닐, 페난트리디닐, 또는 테트라하이드로퀴놀리닐을 포함한다. 헤테로시클릴 기는 단환, 이환 또는 다환일 수 있다. 용어 "헤테로시클릴알킬"은 헤테로시클릴로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로시클릴 부분은 독립적으로 임의로 치환된다.
동일성: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "동일성"은 중합체 분자 사이, 예를 들어 핵산 분자(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 등) 사이 및/또는 폴리펩티드 분자 사이의 전반적인 관련성을 지칭한다. 일부 구현예에서, 중합체 분자는 이들의 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 동일한 경우 서로 "실질적으로 동일"한 것으로 간주된다. 예를 들어, 2개의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 동일성 퍼센트의 계산은 최적의 비교의 목적을 위해 상기 2개의 서열을 정렬함으로써 수행될 수 있다(예를 들어, 갭이 최적의 정렬을 위해 제1 및 제2 서열 중 하나 또는 이들 둘 다에 도입될 수 있으며, 동일하지 않은 서열들은 비교 목적에 대해 무시될 수 있다). 특정 구현예에서, 비교 목적으로 정렬되는 서열의 길이는 기준 서열의 길이의 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 실질적으로 100%이다. 그 후, 상응하는 위치들의 뉴클레오티드들이 비교된다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서의 상응하는 위치와 동일한 잔기(예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산)에 의해 점유된다면, 분자들은 그 위치에서 동일하다. 두 서열 사이의 퍼센트 동일성은 상기 서열들이 공유하는 동일한 위치의 수의 함수로서, 이는 두 서열의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있는 각각의 갭의 길이 및 갭의 수를 고려한다. 서열 비교 및 두 서열 사이의 동일성 퍼센트의 결정은 수학적 알고리즘을 사용하여 성취될 수 있다. 예를 들어, 두 뉴클레오티드 서열 사이의 동일성 퍼센트는 ALIGN 프로그램(버전 2.0)에 통합된 Meyers와 Miller의 알고리즘(문헌[CABIOS, 1989, 4: 11-17])을 사용하여 결정될 수 있다. 일부 예시적인 구현예에서, ALIGN 프로그램으로 이루어진 핵산 서열 비교는 PAM120 가중 잔기 표, 12의 갭 길이 페널티 및 4의 갭 페널티를 사용한다. 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 동일성 퍼센트는 대안적으로 NWSgapdna.CMP 매트릭스를 사용하는 GCG 소프트웨어 패키지의 GAP 프로그램을 사용하여 결정될 수 있다.
뉴클레오티드간 연결: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "뉴클레오티드간 연결"은 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산의 뉴클레오시드 단위들을 연결시키는 연결을 지칭한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결이며, 이는 천연 발생 DNA 및 RNA 분자에서 광범위하게 발견되는 바와 같다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있는 천연 포스페이트 연결 (-OP(=O)(OH)O-)). 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결이 아님)이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결의 적어도 하나의 산소 원자 또는 -OH가 상이한 유기 또는 무기 모이어티로 대체된 "변형 뉴클레오티드간 연결"이다. 일부 구현예에서, 이러한 유기 또는 무기 모이어티는 =S, =Se, =NR', -SR', -SeR', -N(R')2, B(R')3, -S-, -Se-, 및 -N(R')-로부터 선택되며, 여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 정의되고 기술된 바와 같다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포트리에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결(또는 포스포로티오에이트 디에스테르 연결, -OP(=O)(SH)O-(이는 당업자에 의해 인식되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있음), 또는 포스포로티오에이트 트리에스테르 결합이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 PNA(펩티드 핵산) 또는 PMO(포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머) 연결 중 하나이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 제공된 특정 올리고뉴클레오티드들에서의 n001)이다. 당업자는 뉴클레오티드간 연결이 연결에서의 산 또는 염기 모이어티의 존재로 인해 주어진 pH에서 음이온 또는 양이온으로 존재할 수 있음을 이해한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 WO 2017/210647에 기재된 바와 같이 s, s1, s2, s3, s4, s5, s6, s7, s8, s9, s10, s11, s12, s13, s14, s15, s16, s17 및 s18로 표기되는 변형 뉴클레오티드간 연결이다.
시험관 내에서: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "시험관 내에서"는 유기체(예를 들어, 동물, 식물 및/또는 미생물) 내에서라기보다는 인공 환경에서, 예를 들어, 시험관 또는 반응 용기, 세포 배양 등에서 일어나는 사건을,
생체 내에서: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "생체 내에서"는 유기체(예를 들어, 동물, 식물 및/또는 미생물) 내에서 일어나는 사건을 지칭한다.
연결 인: 본원에 정의된 바와 같이, 어구 "연결 인"은 언급된 특정 인 원자가 뉴클레오티드간 연결에 존재하는 인 원자임을 나타내는 데 사용되며, 상기 인 원자는 천연 발생 DNA 및 RNA에서 나타나는 포스포디에스테르 뉴클레오티드간 연결의 인 원자에 상응한다. 일부 구현예에서, 연결 인 원자는 변형 뉴클레오티드간 연결에 존재하며, 여기서, 포스포디에스테르 연결의 각각의 산소 원자는 임의로, 그리고 독립적으로 유기 또는 무기 모이어티로 대체된다. 일부 구현예에서, 연결 인 원자는 키랄이다(예: 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결에서와 같이). 일부 구현예에서, 연결 인 원자는 아키랄 원자이다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결에서와 같이).
변형 핵염기: 용어 "변형 핵염기", "변형 염기" 등은 핵염기와 화학적으로 구별되지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 변형을 포함하는 핵염기이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 핵염기의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 맥락에서 변형 핵염기는 A, T, C, G 또는 U가 아닌 핵염기를 지칭한다.
변형 뉴클레오시드: 용어 "변형 뉴클레오시드"는 천연 뉴클레오시드로부터 유도되거나 천연 뉴클레오시드와 화학적으로 유사하지만, 천연 뉴클레오시드와 구별되는 화학적 변형을 포함하는 모이어티를 지칭한다. 변형 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 염기 및/또는 당에서의 변형을 포함하는 것을 포함한다. 변형 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 당에서의 2' 변형을 갖는 것을 포함한다. 변형 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 또한 (핵염기가 결여된) 무염기 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오시드는 뉴클레오시드의 적어도 하나의 기능을 할 수 있으며, 예를 들어 적어도 상보적인 염기 서열을 포함하는 핵산에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서 모이어티를 형성할 수 있다.
변형 뉴클레오티드: 용어 "변형 뉴클레오티드"는 천연 뉴클레오티드와 구조적으로 다르지만 천연 뉴클레오티드의 적어도 하나의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드는 당, 염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결에서의 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드는 변형 당, 변형 핵염기, 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드는 뉴클레오티드의 적어도 하나의 기능을 할 수 있으며, 예를 들어 적어도 상보적인 염기 서열을 포함하는 핵산에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서 서브유닛을 형성할 수 있다.
변형 당: 용어 "변형 당"은 당을 대체할 수 있는 모이어티를 지칭한다. 변형 당은 당의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 몇몇의 다른 물리화학적 특성을 모방한다. 일부 구현예에서, 본 발명에 기재된 바와 같이, 변형 당은 치환된 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 유용한 2'-변형의 예는 당업계에서 널리 활용되고 본원에 설명되어 있다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-10 지방족이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당(예를 들어, LNA, BNA 등에 사용되는 당)이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드와 관련하여, 변형 당은 천연 RNA 또는 DNA에서 일반적으로 발견되는 리보스 또는 데옥시리보스가 아닌 당이다.
핵산: 본원에서 사용되는 용어 "핵산"은 임의의 뉴클레오티드 및 이의 중합체를 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "폴리뉴클레오티드"는 임의의 길이의 리보뉴클레오티드(RNA) 또는 데옥시리보뉴클레오티드(DNA) 또는 이들의 조합의 뉴클레오티드의 중합체 형태를 지칭한다. 이들 용어는 분자의 일차 구조를 지칭하며, 따라서 이중 가닥 및 단일 가닥 DNA, 및 이중 가닥 및 단일 가닥 RNA를 포함한다. 이들 용어는 등가물로서 메틸화, 보호 및/또는 캡핑된 뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드와 같은, 그러나 이에 한정되지 않는 변형된 뉴클레오티드 및/또는 변형된 폴리뉴클레오티드를 포함하는 RNA 또는 DNA의 유사체를 포함한다. 상기 용어는 폴리- 또는 올리고-리보뉴클레오티드(RNA) 및 폴리- 또는 올리고-데옥시리보뉴클레오티드(DNA); 핵염기 및/또는 변형 핵염기의 N-글리코시드 또는 C-글리코시드로부터 유도된 RNA 또는 DNA; 당 및/또는 변형 당으로부터 유도된 핵산; 및 포스페이트 가교 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결로부터 유도된 핵산을 포함한다. 상기 용어는 핵염기, 변형 핵염기, 당, 변형 당, 포스페이트 가교 또는 변형 뉴클레오티드간 연결의 임의의 조합을 함유하는 핵산을 포함한다. 예는 리보스 모이어티를 함유하는 핵산, 데옥시-리보스 모이어티를 함유하는 핵산, 리보스 및 데옥시리보스 모이어티 둘 다를 함유하는 핵산, 리보스 및 변형된 리보스 모이어티를 함유하는 핵산을 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 달리 명시되지 않는 한, 접두어 폴리-는 2 내지 약 10,000개의 뉴클레오티드 단량체 단위를 함유하는 핵산을 지칭하고, 접두어 올리고-는 2 내지 약 200개의 뉴클레오티드 단량체 단위를 함유하는 핵산을 지칭한다.
핵염기: 용어 "핵염기"는 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 상보성 가닥에 결합시키는 수소 결합에 관여하는 핵산 부분을 지칭한다. 가장 일반적인 천연 발생 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민(T)이다. 일부 구현예에서, 천연 발생 핵염기는 변형된 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 구현예에서, 천연 발생 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 헤테로아릴 고리를 포함하고, 뉴클레오시드에 있을 때 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 복소환 고리를 포함하고, 뉴클레오시드에 있을 때 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민 (T) 이외의 핵염기인 "변형 핵염기"이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신 또는 티민이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 핵염기의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 몇몇의 다른 물리화학적 특성을 모방하며, 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 것에 결합시키는 수소 결합의 특성을 보유한다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 용융 거동, 세포내 효소에 의한 인식 또는 올리고뉴클레오티드 듀플렉스의 활성에 실질적으로 영향을 미치지 않으면서 모든 5가지 천연 발생 염기(우라실, 티민, 아데닌, 시토신 또는 구아닌)와 쌍을 형성할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "핵염기"는 또한 변형 핵염기 및 핵염기 유사체와 같은, 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 임의로 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, "핵염기"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 핵염기 단위를 지칭한다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서와 같이 A, T, C, G 또는 U).
뉴클레오시드: 용어 "뉴클레오시드"는 핵염기 또는 변형 핵염기가 당 또는 변형 당에 공유 결합된 모이어티를 지칭한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 천연 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 또는 데옥시시티딘이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 치환된 천연 뉴클레오시드(아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 및 데옥시시티딘으로부터 선택됨)이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘, 및 데옥시시티딘으로부터 선택되는 천연 뉴클레오시드의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, "뉴클레오시드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 뉴클레오시드 단위를 지칭한다.
뉴클레오티드: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 핵염기, 당 및 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 DNA 및 RNA에서의 포스페이트 연결)로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 단량체 단위를 지칭한다. 천연 발생 염기[구아닌(G), 아데닌(A), 시토신(C), 티민(T), 및 우라실(U)]는 퓨린 또는 피리미딘의 유도체이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 염기 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 천연 발생 당은 펜토스(오탄당) 데옥시리보스(이는 DNA를 형성함) 또는 리보스(이는 RNA를 형성함)이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 당 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결을 통해 연결되어 핵산 또는 폴리뉴클레오티드를 형성한다. (포스페이트, 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 등과 같은, 그러나 이에 한정되지 않는) 많은 뉴클레오티드간 연결이 당업계에 공지되어 있다. 인공 핵산은 PNA(펩티드 핵산), 포스포트리에스테르, 포스포로티오네이트, H-포스포네이트, 포스포아미데이트, 보라노포스페이트, 메틸포스포네이트, 포스포노아세테이트, 티오포스포노아세테이트 및 천연 핵산의 포스페이트 백본의 다른 변이체, 예컨대 본원에 기재된 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 천연 뉴클레오티드는 천연 발생 염기, 당 및 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 또한 변형된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체와 같은, 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 구현예에서, "뉴클레오티드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 뉴클레오티드 단위를 지칭한다.
올리고뉴클레오티드: 용어 "올리고뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 중합체 또는 올리고머를 지칭하며, 천연 및 비-천연 핵염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 단일 가닥 올리고뉴클레오티드는 이중 가닥 영역(단일 가닥 올리고뉴클레오티드의 두 부분에 의해 형성됨)을 가질 수 있고, 2개의 올리고뉴클레오티드 사슬을 포함하는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 상기 두 올리고뉴클레오티드 사슬이 서로 상보성이 아닌 영역에서 단일 가닥 영역을 가질 수 있다. 예시적인 올리고뉴클레오티드는 구조 유전자, 제어 및 종결 영역을 포함하는 유전자, 바이러스 또는 플라스미드 DNA와 같은 자기 복제 시스템, 단일 가닥 및 이중 가닥 RNAi 에이전트 및 기타 RNA 간섭 시약(RNAi 에이전트 또는 iRNA 에이전트), shRNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드, 리보자임, 마이크로RNA, 마이크로RNA 모방체, 수퍼미르(supermir), 압타머(aptamer), 안티미르(antimir), 안타고미르(antagomir), Ul 어댑터(adaptor), 트리플렉스-형성 올리고뉴클레오티드, G-쿼드루플렉스 올리고뉴클레오티드, RNA 활성자, 면역자극 올리고뉴클레오티드 및 데코이(decoy) 올리고뉴클레오티드를 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다양한 길이를 가질 수 있다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 약 2 내지 약 200개 뉴클레오시드 범위의 길이일 수 있다. 다양한 관련 구현예에서, 단일가닥, 이중가닥, 또는 삼중가닥 올리고뉴클레오티드는 약 4 내지 약 10개 뉴클레오시드, 약 10 내지 약 50개 뉴클레오시드, 약 20 내지 약 50개 뉴클레오시드, 약 15 내지 약 30개 뉴클레오시드, 또는 약 20 내지 약 30개 뉴클레오시드 범위의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 약 9 내지 약 39개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 4개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 5개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 6개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 7개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 8개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 9개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 10개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 11개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 12개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 15개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 15개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 16개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 17개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 18개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 19개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 20개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 25개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 30개 뉴클레오시드의 길이이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 길이로 계수된 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로 적어도 하나의 질소 고리 원자를 갖는 고리를 포함하는 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 길이에서 카운팅되는 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로 A, T, C, G, 또는 U, 또는 임의로 치환된 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 임의로 치환된 호변이성체를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 유형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "올리고뉴클레오티드 유형"은 특정 염기 서열, 백본 연결 패턴(즉, 뉴클레오티드간 연결 유형, 예를 들어 포스페이트, 포스포로티오에이트, 포스포로티오에이트 트리에스테르 등의 패턴), 백본 키랄 중심의 패턴[즉, 연결 인 입체화학의 패턴(Rp/Sp)], 및 백본 인 변형의 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드를 정의하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 공통 표기 "유형"의 올리고뉴클레오티드는 서로 구조적으로 동일하다.
당업자는 본 발명의 합성 방법이 올리고뉴클레오티드 가닥의 합성 동안 어느 정도의 제어를 제공하여 올리고뉴클레오티드 가닥의 각각의 뉴클레오티드 단위가 연결 인에서의 특정 입체화학 및/또는 연결 인에서의 특정 변형 및/또는 특정 염기 및/또는 특정 당을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 입체중심들의 특정 조합을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 변형들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 결정된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 염기들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 상기 구조적 특징들 중 하나 이상의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드 분자를 포함하거나 이로 이루어진 조성물(예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제공한다. 일부 구현예에서, 이러한 모든 분자는 동일한 유형의 것이다(즉, 서로 구조적으로 동일하다). 그러나 일부 구현예에서, 제공된 조성물은 상이한 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 전형적으로 소정의 상대적인 양으로 포함한다.
임의로 치환된: 본원에 기재된 바와 같이, 본 발명의 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 임의로 치환된 모이어티 및/또는 치환된 모이어티를 포함할 수 있다. 일반적으로, "임의로"라는 용어가 선행하든지 아니든지 간에, "치환된"이라는 용어는 표기된 모이어티의 하나 이상의 수소가 적합한 치환기로 대체됨을 의미한다. 달리 지시되지 않는 한, "임의로 치환된" 기는 기의 각각의 치환가능한 위치에 적합한 치환기를 가질 수 있고, 임의의 주어진 구조에서 하나 초과의 위치가 특정 기로부터 선택된 하나 초과의 치환기로 치환될 수 있는 경우, 치환기는 모든 위치에서 동일하거나 상이할 수 있다. 일부 구현예에서, 임의로 치환된 기는 비치환이다. 본 발명에 의해 구상되는 치환기들의 조합은 바람직하게는 안정하거나 화학적으로 실현가능한(chemically feasible) 화합물을 생성하는 것이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "안정한"은 화합물의 생성, 검출, 및 특정 구현예에서, 화합물의 회수, 정제, 및 본원에 개시된 목적 중 하나 이상을 위한 용도를 가능하게 하기 위한 조건을 가할 경우 실질적으로 변경되지 않는 화합물을 지칭한다. 특정 치환기는 아래에 기재되어 있다.
치환가능한 원자, 예를 들어 적합한 탄소 원자 상의 적합한 1가 치환기는 독립적으로 할로겐; -(CH2)0-4R°; -(CH2)0-4OR°; -O(CH2)0-4R°, -O-(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4CH(OR°)2; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4Ph; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph; R°로 치환될 수 있는 -CH=CHPh; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1-피리딜; -NO2; -CN; -N3; -(CH2)0-4N(R°)2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)R°; -N(R°)C(S)R°; -(CH2)0-4N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)C(S)NR°2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)OR°; -N(R°)N(R°)C(O)R°; -N(R°)N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)N(R°)C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)R°; -C(S)R°; -(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)SR°; -(CH2)0-4C(O)OSiR°3; -(CH2)0-4OC(O)R°; -OC(O)(CH2)0-4SR°, -SC(S)SR°; -(CH2)0-4SC(O)R°; -(CH2)0-4C(O)NR°2; -C(S)NR°2; -C(S)SR°; -(CH2)0-4OC(O)NR°2; -C(O)N(OR°)R°; -C(O)C(O)R°; -C(O)CH2C(O)R°; -C(NOR°)R°; -(CH2)0-4SSR°; -(CH2)0-4S(O)2R°; -(CH2)0-4S(O)2OR°; -(CH2)0-4OS(O)2R°; -S(O)2NR°2; -(CH2)0-4S(O)R°; -N(R°)S(O)2NR°2; -N(R°)S(O)2R°; -N(OR°)R°; -C(NH)NR°2; -Si(R°)3; -OSi(R°)3; -B(R°)2; -OB(R°)2; -OB(OR°)2; -P(R°)2; -P(OR°)2; -P(R°)(OR°); -OP(R°)2; -OP(OR°)2; -OP(R°)(OR°); -P(O)(R°)2; -P(O)(OR°)2; -OP(O)(R°)2; -OP(O)(OR°)2; -OP(O)(OR°)(SR°); -SP(O)(R°)2; -SP(O)(OR°)2; -N(R°)P(O)(R°)2; -N(R°)P(O)(OR°)2; -P(R°)2[B(R°)3]; -P(OR°)2[B(R°)3]; -OP(R°)2[B(R°)3]; -OP(OR°)2[B(R°)3]; -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)O-N(R°)2; 또는 -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)O-N(R°)2이고, 각각의 R°는 본원에 정의된 바와 같이 치환될 수 있고, 독립적으로 수소, C1-20 지방족, 질소, 산소, 황, 규소, 및 인으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, -CH2-(C6-14 아릴), -O(CH2)0-1(C6-14 아릴), -CH2-(5~14원 헤테로아릴 고리), 5~20원, 단환, 이환, 또는 다환, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(질소, 산소, 황, 규소, 및 인으로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R°는 이들의 사이에 개재된 원자(들)와 함께 5~20원, 단환, 이환, 또는 다환, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(질소, 산소, 황, 규소, 및 인으로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)를 형성하고, 이는 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있다.
R°(또는 2개의 독립적으로 존재하는 R°이 이들의 사이에 개재된 원자와 함께 형성하는 고리) 상의 적합한 1가 치환기는 독립적으로 할로겐, -(CH2)0-2R●, -(할로R●), -(CH2)0-2OH, -(CH2)0-2OR●, -(CH2)0-2CH(OR●)2; -O(할로R●), -CN, -N3, -(CH2)0-2C(O)R●, -(CH2)0-2C(O)OH, -(CH2)0-2C(O)OR●, -(CH2)0-2SR●, -(CH2)0-2SH, -(CH2)0-2NH2, -(CH2)0-2NHR●, -(CH2)0-2NR● 2, -NO2, -SiR● 3, -OSiR● 3, -C(O)SR● , -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)OR●, 또는 -SSR●이고, 각각의 R●은 비치환이거나, 또는 앞에 "할로"가 있는 경우, 하나 이상의 할로겐으로만 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 및 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다. R°의 포화 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환기는 =O 및 =S를 포함한다.
예를 들어 적합한 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환기는 독립적으로 =O, =S, =NNR* 2, =NNHC(O)R*, =NNHC(O)OR*, =NNHS(O)2R*, =NR*, =NOR*, -O(C(R* 2))2-3O-, 또는 -S(C(R* 2))2-3S-이고, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다. "임의로 치환된" 기의 인접한 치환가능 탄소에 결합되는 적합한 2가 치환기는 -O(CR* 2)2-3O-이고, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 및 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다.
R*의 지방족 기 상의 적합한 치환기는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이고, 각각의 R●는 비치환이거나, 또는 앞에 "할로"가 있는 경우, 하나 이상의 할로겐으로만 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
일부 구현예에서, 치환가능 질소 상의 적합한 치환기는 독립적으로 -R†, -NR† 2, -C(O)R†, -C(O)OR†, -C(O)C(O)R†, -C(O)CH2C(O)R†, -S(O)2R†, -S(O)2NR† 2, -C(S)NR† 2, -C(NH)NR† 2, 또는 -N(R†)S(O)2R†이고, 각각의 R†는 독립적으로 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 비치환 -OPh, 또는 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R†는 이들의 사이에 개재된 원자(들)와 함께, 비치환 3~12원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 단환 또는 이환 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)를 형성한다.
R†의 지방족 기 상의 적합한 치환기는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이고, 각각의 R●는 비치환이거나, 또는 앞에 "할로"가 있는 경우, 하나 이상의 할로겐으로만 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
P-변형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "P-변형"은 입체화학적 변형 이외의 연결 인에서의 임의의 변형을 지칭한다. 일부 구현예에서, P-변형은 연결 인에 공유적으로 부착된 펜던트 모이어티의 부가, 치환 또는 제거를 포함한다.
부분 불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "부분 불포화된"은 적어도 하나의 이중 또는 삼중 결합을 포함하는 고리 모이어티를 지칭한다. 용어 "부분 불포화된"은 다수의 불포화 부위를 갖는 고리를 포함하고자 하지만, 본원에 정의된 바와 같은 아릴 또는 헤테로아릴 모이어티를 포함하고자 하는 것은 아니다.
제약 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약 조성물"은 하나 이상의 제약상 허용가능한 담체와 함께 제형화된 활성제를 지칭한다. 일부 구현예에서, 활성제는 관련 집단에 투여되는 경우 통계적으로 유의한, 소정 치료 효과의 달성 확률을 나타내는 치료 요법에서의 투여에 적절한 양의 단위 용량으로 존재한다. 일부 구현예에서, 제약 조성물은 다음을 위한 것으로 수정된 것을 비롯하여 고체 또는 액체 형태로 투여하기 위한 것으로 특별히 제형화 될 수 있다: 예를 들어, 드렌치(수성 또는 비수성 용액 또는 현탁액), 정제, 예를 들어 협측, 설하, 및 전신 흡수용으로 표적화된 것, 볼루스, 산제, 과립, 혀에의 적용을 위한 페이스트와 같은 경구 투여용; 예를 들어, 살균 용액 또는 현탁액, 또는 서방형 제형으로서, 예를 들어 피하, 근육내, 정맥내 또는 경막외 주사에 의한 비경구 투여용; 예를 들어, 피부, 폐 또는 구강에 적용되는 크림, 연고 또는 제어 방출 패치 또는 스프레이로서의 국소 적용용; 예를 들어 페서리, 크림 또는 폼으로서의 질내 또는 직장내 투여용; 설하 투여용; 눈 투여용; 경피 투여용; 또는 비강, 폐 및 다른 점막 표면 투여용.
제약상 허용가능한: 본원에서 사용되는 바와 같이, "제약상 허용가능한"이라는 어구는 건전한 의학적 판단의 범주 내에서, 합리적인 이익/위험 비에 상응하여, 과도한 독성, 자극, 알러지 반응, 또는 기타 문제 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투여 형태를 지칭한다.
제약상 허용가능한 담체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 담체"는 하나의 기관, 또는 신체 일부로부터 또 다른 기관 또는 신체 일부로 대상 화합물을 운반 또는 수송하는 데 관여하는 제약상 허용가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 상용성이고 환자에게 해롭지 않다는 의미에서 "허용가능"해야 한다. 제약상 허용가능한 담체로서의 역할을 할 수 있는 물질의 일부 예는 다음을 포함한다: 당, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로오스 및 그의 유도체, 예컨대 소듐 카복시메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트; 분말형 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 활석; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; 한천; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 무발열원 물; 등장 염수; 링거액(Ringer's solution); 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카보네이트 및/또는 폴리언하이드라이드; 및 제약 제형에 이용되는 다른 비독성 상용성 물질.
제약상 허용가능한 염: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 염"은 의약품 맥락에서 사용하기에 적절한 화합물의 염, 즉, 건전한 의학적 판단의 범주 내에서 과도한 독성, 자극, 알러지 반응 등이 없이 인간 및 더 하등한 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합하고, 합리적인 이익/위험 비에 상응하는 염을 지칭한다. 제약상 허용가능한 염은 본 기술 분야에 잘 알려져 있다. 예를 들어, S. M. Berge 등은 제약상 허용가능한 염을 문헌[J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)]에서 상세히 기술한다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 염산, 브롬화수소산, 인산, 황산 및 과염소산과 같은 무기 산 또는 아세트산, 말레산, 타르타르산, 시트르산, 숙신산 또는 말론산과 같은 유기 산에 의해 형성되거나 또는 이온 교환과 같은 본 기술 분야에서 사용되는 다른 방법을 사용하여 형성된 아미노기의 염인 비독성 산 부가염을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 아디페이트, 알기네이트, 아스코르베이트, 아스파르테이트, 벤젠설포네이트, 벤조에이트, 바이설페이트, 보레이트, 부티레이트, 캄포레이트, 캄포르설포네이트, 시트레이트, 시클로펜탄프로피오네이트, 디글루코네이트, 도데실설페이트, 에탄설포네이트, 포르메이트, 푸마레이트, 글루코헵토네이트, 글리세로포스페이트, 글루코네이트, 헤미설페이트, 헵타노에이트, 헥사노에이트, 하이드로요오다이드, 2-하이드록시-에탄설포네이트, 락토비오네이트, 락테이트, 라우레이트, 라우릴 설페이트, 말레이트, 말레에이트, 말로네이트, 메탄설포네이트, 2-나프탈렌설포네이트, 니코티네이트, 니트레이트, 올레에이트, 옥살레이트, 팔미테이트, 파모에이트, 펙티네이트, 퍼설페이트, 3-페닐프로피오네이트, 포스페이트, 피크레이트, 피발레이트, 프로피오네이트, 스테아레이트, 숙시네이트, 설페이트, 타르트레이트, 티오시아네이트, p-톨루엔설포네이트, 운데카노에이트, 발레레이트 염 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 산성 기, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 제약상 허용가능한 염은 알칼리, 알칼리 토금속, 또는 암모늄(예를 들어, N(R)3의 암모늄 염(여기서, 각각의 R은 독립적으로 정의되며, 본 발명에 기재되어 있음)) 염이다. 대표적인 알칼리 또는 알칼리 토금속 염은 소듐, 리튬, 포타슘, 칼슘, 마그네슘 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 소듐 염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 포타슘 염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 칼슘 염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은, 적절한 경우, 할라이드, 하이드록시드, 카복실레이트, 설페이트, 포스페이트, 니트레이트, 1 내지 6개의 탄소 원자를 갖는 알킬, 설포네이트 및 아릴 설포네이트와 같은 반대 이온을 사용하여 형성되는 비독성 암모늄, 4차 암모늄 및 아민 양이온을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 화합물은 하나 초과의 산 기를 포함하고, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 산성 기를 포함할 수 있다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 구현예에서, 이러한 화합물의 제약상 허용가능한 염, 또는 일반적으로 염은 동일하거나 상이할 수 있는 2개 이상의 양이온을 포함한다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염(또는 일반적으로 염)에서, 산성 기에서의 모든 이온화가능 수소(예를 들어, 약 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 또는 2 이하; 일부 구현예에서 약 7 이하; 일부 구현예에서 약 6 이하; 일부 구현예에서 약 5 이하; 일부 구현예에서 약 4 이하; 일부 구현예에서 약 3 이하의 pKa를 갖는 수용액에서)는 양이온으로 대체된다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 기는 독립적으로 그의 염 형태로 존재한다(예를 들어, 나트륨 염인 경우 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-). 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 그의 염 형태로 존재한다(예를 들어, 나트륨 염인 경우 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-). 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 올리고뉴클레오티드의 소듐 염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용가능한 염은 각각의 산성 포스페이트 및 변형된 포스페이트 기(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스페이트 등)가, 만약에 있다면, 염 형태(모두 나트륨 염)로 존재하는 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염이다.
미리 결정된: 미리 결정된(또는 미리-결정된)이라는 것은, 예를 들어 무작위로 일어나는, 무작위의, 또는 제어 없이 달성되는 것과는 대조적으로, 고의로 선택되거나 비-무작위이거나 제어됨을 의미한다. 당업자라면, 본 명세서를 읽고서 본 개시 내용이 특정 화학 및/또는 입체화학 특징을 선택하여 올리고뉴클레오티드 조성물 내에 포함시키는 것을 가능하게 하는 기술을 제공하며, 추가로 이러한 화학 및/또는 입체화학 특징을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물의 제어된 제조를 가능하게 함을 이해할 것이다. 이러한 제공된 조성물은 본원에 기재된 바와 같이 "미리 결정된" 것이다. 특정 올리고뉴클레오티드를 함유할 수 있는 조성물은 특정 화학 및/또는 입체화학 특징을 의도적으로 생성하도록 제어되는 것이 아닌 공정을 통해 우연히 생성되었기 때문에 "미리 결정된" 조성물이 아니다. 일부 구현예에서, 미리 결정된 조성물은 의도적으로 재현될 수 있는 조성물이다(예를 들어, 제어된 공정의 반복을 통해). 일부 구현예에서, 조성물 중 미리 결정된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드는 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드의 절대적인 양 및/또는 상대적인 양(비, 백분율 등)이 제어됨을 의미한다. 일부 구현예에서, 조성물 중 미리 결정된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조를 통하여 달성된다.
보호기: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "보호기"는 본 기술 분야에 잘 알려져 있으며, 문헌[Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999]에 상세하게 기술된 것을 포함하는데, 상기 문헌 전체는 본원에 참고로 포함된다. 문헌[Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, edited by Serge L. Beaucage et al. 06/2012](제2장 전체가 본원에 참고로 포함됨)에 기재된 것들과 같은 뉴클레오시드 및 뉴클레오티드 화학을 위하여 특별히 수정된 보호기가 또한 포함된다. 적합한 아미노 보호기는 메틸 카바메이트, 에틸 카바메이트, 9-플루오레닐메틸 카바메이트(Fmoc), 9-(2-설포)플루오레닐메틸 카바메이트, 9-(2,7-디브로모)플루오로에닐메틸 카바메이트, 2,7-디-t-부틸-[9-(10,10-디옥소-10,10,10,10-테트라하이드로티옥산틸)]메틸 카바메이트(DBD-Tmoc), 4-메톡시페나실 카바메이트(Phenoc), 2,2,2-트리클로로에틸 카바메이트(Troc), 2-트리메틸실릴에틸 카바메이트(Teoc), 2-페닐에틸 카바메이트(hZ), 1-(1-아다만틸)-1-메틸에틸 카바메이트(Adpoc), 1,1-디메틸-2-할로에틸 카바메이트, 1,1-디메틸-2,2-디브로모에틸 카바메이트(DB-t-BOC), 1,1-디메틸-2,2,2-트리클로로에틸 카바메이트(TCBOC), 1-메틸-1-(4-바이페닐릴)에틸 카바메이트(Bpoc), 1-(3,5-디-t-부틸페닐)-1-메틸에틸 카바메이트(t-Bumeoc), 2-(2'- 및 4'-피리딜)에틸 카바메이트(Pyoc), 2-(N,N-디시클로헥실카복사미도)에틸 카바메이트, t-부틸 카바메이트(BOC), 1-아다만틸 카바메이트(Adoc), 비닐 카바메이트(Voc), 알릴 카바메이트(Alloc), 1-이소프로필알릴 카바메이트(Ipaoc), 신나밀 카바메이트(Coc), 4-니트로신나밀 카바메이트(Noc), 8-퀴놀릴 카바메이트, N-하이드록시피페리디닐 카바메이트, 알킬디티오 카바메이트, 벤질 카바메이트(Cbz), p-메톡시벤질 카바메이트(Moz), p-니트로벤질 카바메이트, p-브로모벤질 카바메이트, p-클로로벤질 카바메이트, 2,4-디클로로벤질 카바메이트, 4-메틸설피닐벤질 카바메이트(Msz), 9-안트릴메틸 카바메이트, 디페닐메틸 카바메이트, 2-메틸티오에틸 카바메이트, 2-메틸설포닐에틸 카바메이트, 2-(p-톨루엔설포닐)에틸 카바메이트, [2-(1,3-디티아닐)]메틸 카바메이트(Dmoc), 4-메틸티오페닐 카바메이트(Mtpc), 2,4-디메틸티오페닐 카바메이트(Bmpc), 2-포스포니오에틸 카바메이트(Peoc), 2-트리페닐포스포니오이소프로필 카바메이트(Ppoc), 1,1-디메틸-2-시아노에틸 카바메이트, m-클로로-p-아실옥시벤질 카바메이트, p-(디하이드록시보릴)벤질 카바메이트, 5-벤즈이속사졸릴메틸 카바메이트, 2-(트리플루오로메틸)-6-크로모닐메틸 카바메이트(Tcroc), m-니트로페닐 카바메이트, 3,5-디메톡시벤질 카바메이트, o-니트로벤질 카바메이트, 3,4-디메톡시-6-니트로벤질 카바메이트, 페닐(o-니트로페닐)메틸 카바메이트, 페노티아지닐-(10)-카보닐 유도체, N'-p-톨루엔설포닐아미노카보닐 유도체, N'-페닐아미노티오카보닐 유도체, t-아밀 카바메이트, S-벤질 티오카바메이트, p-시아노벤질 카바메이트, 시클로부틸 카바메이트, 시클로헥실 카바메이트, 시클로펜틸 카바메이트, 시클로프로필메틸 카바메이트, p-데실옥시벤질 카바메이트, 2,2-디메톡시카보닐비닐 카바메이트, o-(N,N-디메틸카복사미도)벤질 카바메이트, 1,1-디메틸-3-(N,N-디메틸카복사미도)프로필 카바메이트, 1,1-디메틸프로피닐 카바메이트, 디(2-피리딜)메틸 카바메이트, 2-푸라닐메틸 카바메이트, 2-요오도에틸 카바메이트, 이소보르닐 카바메이트, 이소부틸 카바메이트, 이소니코티닐 카바메이트, p-(p'-메톡시페닐아조)벤질 카바메이트, 1-메틸시클로부틸 카바메이트, 1-메틸시클로헥실 카바메이트, 1-메틸-1-시클로프로필메틸 카바메이트, 1-메틸-1-(3,5-디메톡시페닐)에틸 카바메이트, 1-메틸-1-(p-페닐아조페닐)에틸 카바메이트, 1-메틸-1-페닐에틸 카바메이트, 1-메틸-1-(4-피리딜)에틸 카바메이트, 페닐 카바메이트, p-(페닐아조)벤질 카바메이트, 2,4,6-트리-t-부틸페닐 카바메이트, 4-(트리메틸암모늄)벤질 카바메이트, 2,4,6-트리메틸벤질 카바메이트, 포름아미드, 아세트아미드, 클로로아세트아미드, 트리클로로아세트아미드, 트리플루오로아세트아미드, 페닐아세트아미드, 3-페닐프로판아미드, 피콜린아미드, 3-피리딜카복사미드, N-벤조일페닐알라닐 유도체, 벤즈아미드, p-페닐벤즈아미드, o-니트로페닐아세트아미드, o-니트로페녹시아세트아미드, 아세토아세트아미드, (N'-디티오벤질옥시카보닐아미노)아세트아미드, 3-(p-하이드록시페닐)프로판아미드, 3-(o-니트로페닐)프로판아미드, 2-메틸-2-(o-니트로페녹시)프로판아미드, 2-메틸-2-(o-페닐아조페녹시)프로판아미드, 4-클로로부탄아미드, 3-메틸-3-니트로부탄아미드, o-니트로신나미드, N-아세틸메티오닌 유도체, o-니트로벤즈아미드, o-(벤조일옥시메틸)벤즈아미드, 4,5-디페닐-3-옥사졸린-2-온, N-프탈이미드, N-디티아숙신이미드(Dts), N-2,3-디페닐말레이미드, N-2,5-디메틸피롤, N-1,1,4,4-테트라메틸디실릴아자시클로펜탄 부가물(STABASE), 5-치환 1,3-디메틸-1,3,5-트리아자시클로헥산-2-온, 5-치환 1,3-디벤질-1,3,5-트리아자시클로헥산-2-온, 1-치환 3,5-디니트로-4-피리돈, N-메틸아민, N-알릴아민, N-[2-(트리메틸실릴)에톡시]메틸아민(SEM), N-3-아세톡시프로필아민, N-(1-이소프로필-4-니트로-2-옥소-3-피롤린-3-일)아민, 4차 암모늄염, N-벤질아민, N-디(4-메톡시페닐)메틸아민, N-5-디벤조수베릴아민, N-트리페닐메틸아민(Tr), N-[(4-메톡시페닐)디페닐메틸]아민(MMTr), N-9-페닐플루오레닐아민(PhF), N-2,7-디클로로-9-플루오레닐메틸렌아민, N-페로세닐메틸아미노(Fcm), N-2-피콜릴아미노 N'-옥사이드, N-1,1-디메틸티오메틸렌아민, N-벤질리덴아민, N-p-메톡시벤질리덴아민, N-디페닐메틸렌아민, N-[(2-피리딜)메시틸]메틸렌아민, N-(N',N'-디메틸아미노메틸렌)아민, N,N'-이소프로필리덴디아민, N-p-니트로벤질리덴아민, N-살리실리덴아민, N-5-클로로살리실리덴아민, N-(5-클로로-2-하이드록시페닐)페닐메틸렌아민, N-시클로헥실리덴아민, N-(5,5-디메틸-3-옥소-1-시클로헥세닐)아민, N-보란 유도체, N-디페닐보린산 유도체, N-[페닐(펜타카보닐크로뮴- 또는 텅스텐)카보닐]아민, N-구리 킬레이트, N-아연 킬레이트, N-니트로아민, N-니트로소아민, 아민 N-옥사이드, 디페닐포스핀아미드(Dpp), 디메틸티오포스핀아미드(Mpt), 디페닐티오포스핀아미드(Ppt), 디알킬 포스포아미데이트, 디벤질 포스포아미데이트, 디페닐 포스포아미데이트, 벤젠설펜아미드, o-니트로벤젠설펜아미드(Nps), 2,4-디니트로벤젠설펜아미드, 펜타클로로벤젠설펜아미드, 2-니트로-4-메톡시벤젠설펜아미드, 트리페닐메틸설펜아미드, 3-니트로피리딘설펜아미드(Npys), p-톨루엔설폰아미드(Ts), 벤젠설폰아미드, 2,3,6,-트리메틸-4-메톡시벤젠설폰아미드(Mtr), 2,4,6-트리메톡시벤젠설폰아미드(Mtb), 2,6-디메틸-4-메톡시벤젠설폰아미드(Pme), 2,3,5,6-테트라메틸-4-메톡시벤젠설폰아미드(Mte), 4-메톡시벤젠설폰아미드(Mbs), 2,4,6-트리메틸벤젠설폰아미드(Mts), 2,6-디메톡시-4-메틸벤젠설폰아미드(iMds), 2,2,5,7,8-펜타메틸크로만-6-설폰아미드(Pmc), 메탄설폰아미드(Ms), β-트리메틸실릴에탄설폰아미드(SES), 9-안트라센설폰아미드, 4-(4',8'-디메톡시나프틸메틸)벤젠설폰아미드(DNMBS), 벤질설폰아미드, 트리플루오로메틸설폰아미드, 및 페나실설폰아미드를 포함한다.
적절하게 보호된 카복실산은 추가로 실릴-, 알킬-, 알케닐-, 아릴-, 및 아릴알킬-보호된 카복실산을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 적합한 실릴기의 예는 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리이소프로필실릴 등을 포함한다. 적합한 알킬기의 예는 메틸, 벤질, p-메톡시벤질, 3,4-디메톡시벤질, 트리틸, t-부틸, 테트라하이드로피란-2-일을 포함한다. 적합한 알케닐기의 예는 알릴을 포함한다. 적합한 아릴기의 예는 임의로 치환된 페닐, 바이페닐, 또는 나프틸을 포함한다. 적합한 아릴알킬기의 예는 임의로 치환된 벤질(예를 들어, p-메톡시벤질(MPM), 3,4-디메톡시벤질, O-니트로벤질, p-니트로벤질, p-할로벤질, 2,6-디클로로벤질, p-시아노벤질), 및 2- 및 4-피콜릴을 포함한다.
적합한 하이드록실 보호기는 메틸, 메톡실메틸(MOM), 메틸티오메틸(MTM), t-부틸티오메틸, (페닐디메틸실릴)메톡시메틸(SMOM), 벤질옥시메틸(BOM), p-메톡시벤질옥시메틸(PMBM), (4-메톡시페녹시)메틸(p-AOM), 과이어콜메틸(GUM), t-부톡시메틸, 4-펜테닐옥시메틸(POM), 실록시메틸, 2-메톡시에톡시메틸(MEM), 2,2,2-트리클로로에톡시메틸, 비스(2-클로로에톡시)메틸, 2-(트리메틸실릴)에톡시메틸(SEMOR), 테트라하이드로피라닐(THP), 3-브로모테트라하이드로피라닐, 테트라하이드로티오피라닐, 1-메톡시시클로헥실, 4-메톡시테트라하이드로피라닐(MTHP), 4-메톡시테트라하이드로티오피라닐, 4-메톡시테트라하이드로티오피라닐 S,S-디옥사이드, 1-[(2-클로로-4-메틸)페닐]-4-메톡시피페리딘-4-일(CTMP), 1,4-디옥산-2-일, 테트라하이드로푸라닐, 테트라하이드로티오푸라닐, 2,3,3a,4,5,6,7,7a-옥타하이드로-7,8,8-트리메틸-4,7-메타노벤조푸란-2-일, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡시)에틸, 1-메틸-1-메톡시에틸, 1-메틸-1-벤질옥시에틸, 1-메틸-1-벤질옥시-2-플루오로에틸, 2,2,2-트리클로로에틸, 2-트리메틸실릴에틸, 2-(페닐셀레닐)에틸, t-부틸, 알릴, p-클로로페닐, p-메톡시페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, p-메톡시벤질, 3,4-디메톡시벤질, o-니트로벤질, p-니트로벤질, p-할로벤질, 2,6-디클로로벤질, p-시아노벤질, p-페닐벤질, 2-피콜릴, 4-피콜릴, 3-메틸-2-피콜릴 N-옥시도, 디페닐메틸, p,p'-디니트로벤즈하이드릴, 5-디벤조수베릴, 트리페닐메틸, α-나프틸디페닐메틸, p-메톡시페닐디페닐메틸, 디(p-메톡시페닐)페닐메틸, 트리(p-메톡시페닐)메틸, 4-(4'-브로모페나실옥시페닐)디페닐메틸, 4,4',4''-트리스(4,5-디클로로프탈이미도페닐)메틸, 4,4',4''-트리스(레불리노일옥시페닐)메틸, 4,4',4''-트리스(벤조일옥시페닐)메틸, 3-(이미다졸-1-일)비스(4',4''-디메톡시페닐)메틸, 1,1-비스(4-메톡시페닐)-1'-피레닐메틸, 9-안트릴, 9-(9-페닐)잔테닐, 9-(9-페닐-10-옥소)안트릴, 1,3-벤조디티올란-2-일, 벤즈이소티아졸릴 S,S-디옥시도, 트리메틸실릴(TMS), 트리에틸실릴(TES), 트리이소프로필실릴(TIPS), 디메틸이소프로필실릴(IPDMS), 디에틸이소프로필실릴(DEIPS), 디메틸텍실실릴, t-부틸디메틸실릴(TBDMS), t-부틸디페닐실릴(TBDPS), 트리벤질실릴, 트리-p-자일릴실릴, 트리페닐실릴, 디페닐메틸실릴(DPMS), t-부틸메톡시페닐실릴(TBMPS), 포르메이트, 벤조일포르메이트, 아세테이트, 클로로아세테이트, 디클로로아세테이트, 트리클로로아세테이트, 트리플루오로아세테이트, 메톡시아세테이트, 트리페닐메톡시아세테이트, 페녹시아세테이트, p-클로로페녹시아세테이트, 3-페닐프로피오네이트, 4-옥소펜타노에이트(레불리네이트), 4,4-(에틸렌디티오)펜타노에이트(레불리노일디티오아세탈), 피발로에이트, 아다만토에이트, 크로토네이트, 4-메톡시크로토네이트, 벤조에이트, p-페닐벤조에이트, 2,4,6-트리메틸벤조에이트(메시토에이트), 알킬 메틸 카보네이트, 9-플루오레닐메틸 카보네이트(Fmoc), 알킬 에틸 카보네이트, 알킬 2,2,2-트리클로로에틸 카보네이트(Troc), 2-(트리메틸실릴)에틸 카보네이트(TMSEC), 2-(페닐설포닐) 에틸 카보네이트(Psec), 2-(트리페닐포스포니오) 에틸 카보네이트(Peoc), 알킬 이소부틸 카보네이트, 알킬 비닐 카보네이트 알킬 알릴 카보네이트, 알킬 p-니트로페닐 카보네이트, 알킬 벤질 카보네이트, 알킬 p-메톡시벤질 카보네이트, 알킬 3,4-디메톡시벤질 카보네이트, 알킬 o-니트로벤질 카보네이트, 알킬 p-니트로벤질 카보네이트, 알킬 S-벤질 티오카보네이트, 4-에톡시-1-나프트틸 카보네이트, 메틸 디티오카보네이트, 2-요오도벤조에이트, 4-아지도부티레이트, 4-니트로-4-메틸펜타노에이트, o-(디브로모메틸)벤조에이트, 2-포르밀벤젠설포네이트, 2-(메틸티오메톡시)에틸, 4-(메틸티오메톡시)부티레이트, 2-(메틸티오메톡시메틸)벤조에이트, 2,6-디클로로-4-메틸페녹시아세테이트, 2,6-디클로로-4-(1,1,3,3-테트라메틸부틸)페녹시아세테이트, 2,4-비스(1,1-디메틸프로필)페녹시아세테이트, 클로로디페닐아세테이트, 이소부티레이트, 모노숙시노에이트, (E)-2-메틸-2-부테노에이트, o-(메톡시카보닐)벤조에이트, α-나프토에이트, 니트레이트, 알킬 N,N,N',N'-테트라메틸포스포로디아미데이트, 알킬 N-페닐카바메이트, 보레이트, 디메틸포스피노티오일, 알킬 2,4-디니트로페닐설페네이트, 설페이트, 메탄설포네이트(메실레이트), 벤질설포네이트, 및 토실레이트(Ts)를 포함한다. 1,2- 또는 1,3-디올 보호의 경우, 보호기는 메틸렌 아세탈, 에틸리덴 아세탈, 1-t-부틸에틸리덴 케탈, 1-페닐에틸리덴 케탈, (4-메톡시페닐)에틸리덴 아세탈, 2,2,2-트리클로로에틸리덴 아세탈, 아세토니드, 시클로펜틸리덴 케탈, 시클로헥실리덴 케탈, 시클로헵틸리덴 케탈, 벤질리덴 아세탈, p-메톡시벤질리덴 아세탈, 2,4-디메톡시벤질리덴 케탈, 3,4-디메톡시벤질리덴 아세탈, 2-니트로벤질리덴 아세탈, 메톡시메틸렌 아세탈, 에톡시메틸렌 아세탈, 디메톡시메틸렌 오르토 에스테르, 1-메톡시에틸리덴 오르토 에스테르, 1-에톡시에틸리딘 오르토 에스테르, 1,2-디메톡시에틸리덴 오르토 에스테르, α-메톡시벤질리덴 오르토 에스테르, 1-(N,N-디메틸아미노)에틸리덴 유도체, α-(N,N'-디메틸아미노)벤질리덴 유도체, 2-옥사시클로펜틸리덴 오르토 에스테르, 디-t-부틸실릴렌 기(DTBS), 1,3-(1,1,3,3-테트라이소프로필디실록사닐리덴) 유도체(TIPDS), 테트라-t-부톡시디실록산-1,3-디일리덴 유도체(TBDS), 환형 카보네이트, 환형 보로네이트, 에틸 보로네이트, 및 페닐 보로네이트를 포함한다.
일부 구현예에서, 하이드록실 보호기는 아세틸, t-부틸, t부톡시메틸, 메톡시메틸, 테트라하이드로피라닐, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡시)에틸, 2-트리메틸실릴에틸, p-클로로페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, 벤조일, p-페닐벤조일, 2,6-디클로로벤질, 디페닐메틸, p-니트로벤질, 트리페닐메틸(트리틸), 4,4'-디메톡시트리틸, 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리페닐실릴, 트리이소프로필실릴, 벤조일포르메이트, 클로로아세틸, 트리클로로아세틸, 트리플루오로아세틸, 피발로일, 9-플루오레닐메틸 카보네이트, 메실레이트, 토실레이트, 트리플레이트, 트리틸, 모노메톡시트리틸(MMTr), 4,4'-디메톡시트리틸(DMTr) 및 4,4',4''-트리메톡시트리틸(TMTr), 2-시아노에틸(CE 또는 Cne), 2-(트리메틸실릴)에틸(TSE), 2-(2-니트로페닐)에틸, 2-(4-시아노페닐)에틸 2-(4-니트로페닐)에틸(NPE), 2-(4-니트로페닐설포닐)에틸, 3,5-디클로로페닐, 2,4-디메틸페닐, 2-니트로페닐, 4-니트로페닐, 2,4,6-트리메틸페닐, 2-(2-니트로페닐)에틸, 부틸티오카보닐, 4,4',4''-트리스(벤조일옥시)트리틸, 디페닐카바모일, 레불리닐, 2-(디브로모메틸)벤조일(Dbmb), 2-(이소프로필티오메톡시메틸)벤조일(Ptmt), 9-페닐잔텐-9-일(픽실) 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일(MOX)이다. 일부 구현예에서, 각각의 하이드록실 보호기는 독립적으로 아세틸, 벤질, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 및 4,4'-디메톡시트리틸로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하이드록실 보호기는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 및 4,4'-디메톡시트리틸 기로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 인 연결 보호기는 올리고뉴클레오티드 합성 전체에 걸쳐 인 연결(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결)에 부착되어 있는 기이다. 일부 구현예에서, 보호기는 포스포로티오에이트 기의 황 원자에 부착된다. 일부 구현예에서, 보호기는 뉴클레오티드간 포스포로티오에이트 연결의 산소 원자에 부착된다. 일부 구현예에서, 보호기는 뉴클레오티드간 포스페이트 연결의 산소 원자에 부착된다. 일부 구현예에서, 보호기는 2-시아노에틸(CE 또는 Cne), 2-트리메틸실릴에틸, 2-니트로에틸, 2-설포닐에틸, 메틸, 벤질, o-니트로벤질, 2-(p-니트로페닐)에틸(NPE 또는 Npe), 2-페닐에틸, 3-(N-tert-부틸카복사미도)-1-프로필, 4-옥소펜틸, 4-메틸티오-1-부틸, 2-시아노-1,1-디메틸에틸, 4-N-메틸아미노부틸, 3-(2-피리딜)-1-프로필, 2-[N-메틸-N-(2-피리딜)]아미노에틸, 2-(N-포르밀,N-메틸)아미노에틸, 또는 4-[N-메틸-N-(2,2,2-트리플루오로아세틸)아미노]부틸이다.
대상체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "대상체" 또는 "테스트 대상체"는, 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드) 또는 조성물이 예를 들어, 실험, 진단, 예방 및/또는 치료 목적을 위하여 본 발명에 따라 투여되는 임의의 유기체를 지칭한다. 전형적인 대상체는 동물(예를 들어, 포유동물, 예컨대 마우스, 래트, 토끼, 비인간 영장류, 및 인간; 곤충류; 충류 등) 및 식물을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 일부 구현예에서, 대상체는 질환, 장애 및/또는 병태를 앓고 있고/있거나 이에 걸리기 쉬울 수 있다.
실질적으로: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "실질적으로"는 관심있는 특징 또는 특성의 전체 또는 거의 전체의 범위 또는 정도를 나타내는 정성적 상태를 지칭한다. 제2 서열에 실질적으로 동일하거나 상보성인 염기 서열은 제2 서열과 완전히 동일하거나 상보적이지 않지만, 제2 서열과 대부분 동일하거나 또는 거의 동일하거나 상보적이다. 일부 구현예에서, 다른 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에 대해 실질적으로 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드는 완전히 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드와 유사한 방식으로 올리고뉴클레오티드 또는 핵산과 듀플렉스를 형성한다. 게다가, 생물학 및/또는 화학 분야의 통상의 기술자는 생물학적 및 화학적 현상이 완료되는 경우가 거의 없고/없거나 완전성을 달성하거나 절대 결과를 달성 또는 회피하는 경우가 거의 없다는 것을 이해할 것이다. 따라서 용어 "실질적으로"는 많은 생물학적 및/또는 화학적 현상에 내재된 완전성의 잠재적 결핍을 포착하기 위해 본원에서 사용된다.
당: 용어 "당"은 폐쇄 및/또는 개방 형태의 단당류 또는 다당류를 지칭한다. 일부 구현예에서, 당은 단당류이다. 일부 구현예에서, 당은 다당류이다. 당은 리보스, 데옥시리보스, 펜토푸라노스, 펜토피라노스 및 헥소피라노스 모이어티를 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 통상적인 당 분자 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 글리콜(이의 중합체는 핵산 유사체의 백본을 형성함), 글리콜 핵산("GNA") 등을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 변형 당 및 뉴클레오티드 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 당은 RNA 또는 DNA 당(리보스 또는 데옥시리보스)이다. 일부 구현예에서, 당은 변형된 리보스 또는 데옥시리보스 당, 예를 들어 2'-변형된 것, 5'-변형된 것 등이다. 본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 핵산에서 사용되는 경우, 변형 당은 하나 이상의 원하는 특성, 활성 등을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 구현예에서, "당"은 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 당 단위를 지칭한다.
걸리기 쉬운: 질환, 장애 및/또는 병태에 "걸리기 쉬운" 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 발병 위험이 일반 대중 구성원보다 더 높은 개체이다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태를 갖는 성향이 있다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 진단된 적이 없을 수 있다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타낼 수 있다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타내지 않을 수 있다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병할 것이다. 일부 구현예에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병하지 않을 것이다.
치료제: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료제"는 일반적으로, 대상체에게 투여되는 경우 원하는 효과(예를 들어, 원하는 생물학적, 임상적 또는 약리학적 효과)를 유발하는 임의의 약제를 지칭한다. 일부 구현예에서, 약제는 적절한 집단 전체에 걸쳐 통계적으로 유의한 효과를 나타내는 경우 치료제로 간주된다. 일부 구현예에서, 적절한 집단은 질환, 장애 또는 병태를 앓고 있고/있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체의 집단이다. 일부 구현예에서, 적절한 집단은 모델 유기체의 집단이다. 일부 구현예에서, 적절한 집단은 연령 군, 성별, 유전적 배경, 기존 임상 상태, 요법에 대한 사전 노출과 같은 하나 이상의 기준에 의해 정의될 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 유효량으로 대상체에게 투여되는 경우 대상체에서 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감시키고/시키거나, 개선시키고/시키거나, 완화시키고/시키거나, 억제하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키고/시키거나 이의 발생을 감소시키는 물질이다. 일부 구현예에서, "치료제"는 인간 투여용으로 판매될 수 있기 전에 정부 기관에 의해 승인되었거나 승인을 받는 것이 요구되는 약제이다. 일부 구현예에서, "치료제"는 인간에게 투여하기 위해 의학적 처방이 요구되는 약제이다. 일부 구현예에서, 치료제는 제공된 화합물, 예를 들어 제공된 올리고뉴클레오티드이다.
치료적 유효량: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료적 유효량"은 치료 요법의 일부로서 투여되는 경우 원하는 생물학적 반응을 유발하는 물질(예를 들어, 치료제, 조성물 및/또는 제형)의 양을 의미한다. 일부 구현예에서, 물질의 치료적 유효량은 질환, 장애 및/또는 병태를 앓고 있거나 이것에 걸리기 쉬운 대상체에게 투여되는 경우 그 질환, 장애 및/또는 병태의 치료, 진단, 예방 및/또는 발병 지연에 충분한 양이다. 당업자에 의해 이해될 바와 같이, 물질의 유효량은 목적하는 생물학적 종점으로서 이러한 인자, 전달되는 물질, 표적 세포 또는 조직 등에 따라 다를 수 있다. 예를 들어 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위한 제형 중 화합물의 유효량은, 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감, 개선, 완화, 억제, 예방, 발병 지연, 중증도 감소 및/또는 발생 감소시키는 양이다. 일부 구현예에서, 치료적 유효량은 단회 용량으로 투여되며; 일부 구현예에서, 다회 단위 용량이 치료적 유효량 전달에 필요하다.
치료하다: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료하다", "치료", 또는 "치료하는"은 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징의 부분적이거나 완전한 경감, 개선, 완화, 억제, 예방, 발병 지연, 중증도 감소 및/또는 발생 감소에 사용되는 임의의 방법을 지칭한다. 치료제는 질환, 장애 및/또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 예를 들어 질환, 장애 및/또는 병태와 관련된 병상의 발생 위험을 감소시키기 위해 질환, 장애 및/또는 병태의 초기 징후만을 나타내는 대상체에게 투여될 수 있다.
불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "불포화된"은 모이어티가 하나 이상의 불포화 단위를 가짐을 의미한다.
야생형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "야생형"은 (돌연변이, 병에 걸린, 변경된 등과 대조되는) "정상" 상태 또는 맥락에서 자연에서 발견되는 구조 및/또는 활성을 갖는 엔티티(entity)를 지칭하는 당업계에서 이해되는 의미를 갖는다. 당업자는 야생형 유전자 및 폴리펩티드가 종종 다수의 상이한 형태(예를 들어, 대립유전자)로 존재한다는 것을 이해할 것이다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 제공된 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드)과 관련하여 본원에 기재된 방법 및 조성물은 또한 이러한 화합물의 제약상 허용가능한 염에 일반적으로 적용된다.
특정 구현예의 설명
올리고뉴클레오티드는 다양한 치료, 진단, 및 연구 응용분야에서 유용하다. 자연 발생적 핵산의 사용은 예를 들어, 엔도- 및 엑소-뉴클레아제에 대한 민감성으로 인해 제한된다. 따라서, 이러한 단점을 피하고/하거나 다양한 특성 및 활성을 더욱 개선시키기 위해 다양한 합성 대응물이 개발되었다. 이러한 대응물에는 화학적 변형, 예를 들어 염기 변형, 당 변형, 백본 변형 등을 포함하는 합성 올리고뉴클레오티드(특히, 이러한 분자를 분해에 덜 민감하게 만들고 다른 특성 및/또는 활성을 개선시키는 것)가 포함된다.
구조적 관점에서, 뉴클레오티드간 연결에 대한 변형은 키랄성을 도입할 수 있으며, 특정 특성 및 활성은 올리고뉴클레오티드의 연결 인 원자의 배열에 의해 영향을 받을 수 있다. 예를 들어, 결합 친화성, 상보적 RNA에 대한 서열 특이적 결합, 뉴클레아제에 대한 안정성, 활성제 핵산의 절단, 전달, 약동학적 특성 등은 특히 백본 연결 인 원자의 키랄성에 의해 영향을 받을 수 있다.
특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드에서 다양한 구조적 요소, 예를 들어 당 변형 및 이의 패턴, 핵염기 변형 및 이의 패턴, 변형 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 연결 인 입체화학 및 이의 패턴, 추가의 화학적 모이어티(일반적으로 올리고뉴클레오티드 사슬에 있지 않은 모이어티) 및 이의 패턴 등을 제어하는 기술을 사용한다. 올리고뉴클레오티드의 구조적 요소를 완전히 제어할 수 있는 능력을 이용하여, 본 발명은 예를 들어 치료제, 프로브 등으로서의 다양한 응용을 위한 개선되고/되거나 새로운 특성 및/또는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 예를 들어, 본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 일부 구현예에서 A를 I로 변환함으로써 G에서 A로의 돌연변이를 교정하기 위해 표적 핵산에서 표적 아데노신을 편집하는 데 특히 강력하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 핵산(예: DNA, pre-mRNA, mRNA 등)의 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60개, 일반적으로는 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60개 이상의 연접 염기와 동일하거나 이에 완전히 또는 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산은 하나 이상의 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산이다. 일부 구현예에서, 표적 핵산은 하나 이하의 표적 아데노신을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산과 혼성화할 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 혼성화는 핵산 또는 이의 산물에서 예를 들어 ADAR1, ADAR2 등에 의한 A의 변형(예: A에서 I로의 변환)을 촉진한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 올리고뉴클레오티드는 본원(예를 들어, 표)에 개시된 올리고뉴클레오티드 또는 핵산의 약 10~40, 약 15~40, 약 20~40개, 또는 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 적어도 30, 적어도 31, 적어도 32, 적어도 33, 적어도 34개의 연접 염기이거나 이를 포함하는 염기 서열, 또는 본원에 개시된 표적 RNA 서열 유전자, 전사체 등에 상보적인 서열을 가지며, 각각의 T는 임의로 그리고 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원(예를 들어, 표)에 개시된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산(예: RNA) 내의 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 부위-지정 편집을 위한 단일가닥 올리고뉴클레오티드이다.
본원에 기재된 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결(비천연 포스페이트 연결)을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 연결 인이 키랄인 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전된 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 천연 포스페이트 연결 등)을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 키랄적으로 순수하고(또는 "입체순수", "입체화학적으로 순수"), 올리고뉴클레오티드는 단일 입체이성체 형태(많은 경우, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 연결 인, 당 탄소 등에 다중 키랄 중심이 존재할 수 있기 때문에 단일 부분입체이성체(diastereoisomeric 또는 diastereomeric) 형태)로 존재한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드는 (화학적 및 생물학적 과정, 선택성 및/또는 정제 등이 절대적으로 완결되는 것이 드물기 때문에 일부 불순물이 존재할 수 있는 정도까지) 다른 입체이성체 형태로부터 분리된다. 키랄 순수 올리고뉴클레오티드에서, 각각의 키랄 중심은 독립적으로 배열에 대해 정의된다(키랄 순수 올리고뉴클레오티드에 대해, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 입체정의되거나 키랄 조절됨). 입체정의된 연결 인을 포함하는 키랄 제어 및 키랄 순수 올리고뉴클레오티드와 대조적으로, 키랄 연결 인을 포함하는 라세미(또는 "입체무작위", "비-키랄 제어") 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 기존의 황화와 조합된 커플링 단계 동안 입체화학적 제어가 없는 기존의 포스포아미다이트 올리고뉴클레오티드 합성(입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 생성)에서 유래된 것)는 다양한 입체이성체(올리고뉴클레오티드에는 다중 키랄 중심이 있기 때문에 일반적으로 부분입체이성체(diastereoisomer 또는 diastereomer); 예를 들어 뉴클레오시드 및 연결 인에 있는 것 외에 키랄 요소를 포함하지 않는 시약을 사용하는 기존의 올리고뉴클레오티드 제조에서 유래된 것)의 무작위 혼합물을 지칭한다. 예를 들어, A*A*A의 경우(*는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(키랄 연결 인을 포함함)임), 라세미 올리고뉴클레오티드 제제는 4가지 부분입체이성체[각각 두 배열(Sp 또는 Rp) 중 하나로 존재할 수 있는 2개의 키랄 연결 인을 고려하면, 22 = 4], A *S A *S A, A *S A *R A, A *R A *S A, 및 A *R A *R A를 포함하고, *S는 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 나타내고 *R는 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 나타낸다. 키랄 순수 올리고뉴클레오티드(예를 들어, A *S A *S A)의 경우, 이는 단일 입체이성체 형태로 존재하고 다른 입체이성체(예를 들어, 부분입체이성체 A *S A *R A, A *R A *S A, 및 A *R A *R A)로부터 분리된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 입체무작위 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 기존의 비-키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에서 유래된, 뉴클레오티드간 연결에서 Rp 및 Sp 연결 인의 혼합물)을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상(예를 들어, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60개 이상)의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에서 유래된, 뉴클레오티드간 연결에서 Rp 또는 Sp 연결 인)을 포함한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
특히, 본 발명은 키랄 제어(일부 구현예에서, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드의 제조 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 입체화학적으로 순수하다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 입체화학적으로 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 순수하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위이거나, 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 제공된 조성물의 올리고뉴클레오티드에는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 없다. 일부 구현예에서, 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다(예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물).
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고뉴클레오티드에 있는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위이다(키랄 제어되지 않음). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고뉴클레오티드에 있는 키랄 연결 인을 포함하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 염기 서열, 및 동일한 염기 및 당 변형을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 염기 서열, 및 동일한 염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결 변형을 공유한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일 구성의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위이다(키랄 제어되지 않음). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일 구성의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 키랄 연결 인을 포함하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 공통 염기 서열의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 복수의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 제조, 평가, 및/또는 활용 기술을 제공한다.
본 발명에서 사용되는 바와 같이, 일부 구현예에서, "하나 이상"은 1~200, 1~150, 1~100, 1~90, 1~80, 1~70, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 또는 60개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 1개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 2개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 3개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 4개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 5개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 6개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 7개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 8개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 9개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 10개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 1개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 2개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 3개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 4개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 5개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 6개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 7개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 8개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 9개이다. 일부 구현예에서, "하나 이상"은 적어도 10개이다.
본 발명에서 사용되는 바와 같이, 일부 구현예에서, "적어도 하나"는 하나 이상이다.
올리고뉴클레오티드
특히, 본 발명은 본 발명에 기재된 바와 같은 다양한 핵염기 및 이의 패턴, 당 및 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 및/또는 추가의 화학적 모이어티 및 이의 패턴을 포함할 수 있는 다양한 설계의 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산에서 A에서 I로의 편집을 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 표적 RNA 서열 내의 아데노신의 부위-지정 편집(A에서 I로의 변환)을 할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산과 특이적으로 혼성화하기에 적합한 길이 및 서열 상보성을 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산을 다른 핵산과 구별하여 오프-타겟 효과를 감소시키기에 충분히 길고 표적 핵산에 충분히 상보적이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 전달을 촉진하고, 제조 복잡성 및/또는 원하는 특성과 활성의 유지(예: 아데노신의 편집) 비용을 줄이기에 충분히 짧다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 약 10~200개(예를 들어, 약 10~20, 10~30, 10~40, 10~50, 10~60, 10~70, 10~80, 10~90, 10~100, 10~120, 10~150, 20~30, 20~40, 20~50, 20~60, 20~70, 20~80, 20~90, 20~100, 20~120, 20~150, 20~200, 25~30, 25~40, 25~50, 25~60, 25~70, 25~80, 25~90, 25~100, 25~120, 25~150, 25~200, 30~40, 30~50, 30~60, 30~70, 30~80, 30~90, 30~100, 30~120, 30~150, 30~200, 10, 20, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 60개 등) 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 약 10~60개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 15~50개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 15 내지 약 35개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 25 내지 약 34개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 26 내지 약 35개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 27 내지 약 32개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 29 내지 약 35개 핵염기의 길이이다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 또는 60개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 35개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 34개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 33개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 32개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 31개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 30개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 29개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 28개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 27개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 염기 서열은 26개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 듀플렉스에서 상보적 부분의 염기 서열은 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 16, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35개 이상 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 18개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 19개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 20개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 21개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 22개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 23개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 24개 핵염기의 길이이다. 일부 다른 구현예에서, 이는 적어도 25개 핵염기의 길이이다. 특히, 본 발명은 종래 보고된 아데노신 편집 올리고뉴클레오티드와 비교하여 비견되거나 더 우수한 특성 및/또는 비견되거나 더 높은 활성을 갖지만 더 짧은 길이의 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산의 염기 서열에 상보적(예를 들어, 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산의 일부에 상보적)이고, Watson-Crick 염기쌍(AT, AU, 및 CG)이 아닌 불일치는 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)이다. 일부 구현예에서는, 불일치가 없다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 상보성을 위해 설계되지 않은 부분을 포함할 수 있다(예를 들어, 단백질(예: ADAR)의 보충을 위한 루프, 단백질 결합 서열 등). 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 불일치 및/또는 상보성을 계산할 때 이러한 부분은 적절하게 배제될 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산 간의 상보성은 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 올리고뉴클레오티드의 길이에 걸쳐 100%이다. 일부 구현예에서, 상보성은 올리고뉴클레오티드의 길이에 걸쳐 표적 뉴클레오시드(예: 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드를 제외하고 100%이다. 일반적으로, 상보성은 Watson-Crick 염기쌍 AT, AU, 및 CG를 기반으로 한다. 당업자는 길이가 다른 두 서열(예를 들어, 제공된 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산)의 상보성을 평가할 때, 더 짧은 서열의 길이 및/또는 두 서열 간의 최대 상보성에 적절히 기초하여 상보성이 평가될 수 있음을 이해할 것이다. 많은 구현예에서, 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산은 변형이 표적 아데노신 부위에 선택적으로 지시되도록 충분한 상보성을 갖는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 불일치는 독립적으로 워블이다. 일부 구현예에서, 각각의 불일치는 워블이다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 워블은 G-U, I-A, G-A, I-U, I-C, I-T, A-A, 또는 역위 A-T이다. 일부 구현예에서, 워블은 G-U, I-A, G-A, I-U, 또는 I-C이다. 일부 구현예에서, I가 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드인 경우, I-C는 일치로 간주될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 두 불일치 사이, 올리고뉴클레오티드(또는 이의 일부, 예를 들어 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인)의 한쪽 또는 양쪽 말단과 불일치 사이, 및/또는 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 독립적으로 0~50, 0~40, 0~30, 0~25, 0~20, 0~15, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35개의 핵염기(불일치, 말단 뉴클레오시드, 및 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드 제외)일 수 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0~30개이다. 일부 구현예에서, 개수는 0~20개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개이다. 일부 구현예에서, 두 불일치 사이의 거리는 0~20이다. 일부 구현예에서, 두 불일치 사이의 거리는 0~10이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 0~20이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 5~20이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 0~40이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 5~20이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 0~20이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드와 불일치 사이의 거리는 1~10이다. 일부 구현예에서, 거리에 대한 핵염기의 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개이다. 일부 구현예에서, 개수는 16개이다. 일부 구현예에서, 개수는 17개이다. 일부 구현예에서, 개수는 18개이다. 일부 구현예에서, 개수는 19개이다. 일부 구현예에서, 개수는 20개이다. 일부 구현예에서, 불일치는 말단, 예를 들어 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 또는 제3 서브도메인의 5'-말단 또는 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 불일치는 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산 내의 아데노신 편집(예: A에서 I로의 변환)을 지시할 수 있고, 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열로 구성되거나, 이를 포함하거나, 이의 일부(예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개 이상의 연접 염기의 스팬)를 포함하는 염기 서열을 가지며, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하고, 올리고뉴클레오티드는 염기, 당, 및/또는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 자연 발생적이지 않은 변형을 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 탄수화물 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 GalNAc 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 표적화 모이어티를 포함한다. 올리고뉴클레오티드 사슬에 접합될 수 있는 이러한 추가의 화학적 모이어티의 비제한적인 예는 본원에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 서열 또는 이의 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이의 교정을 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, G에서 A로의 돌연변이의 교정은 A에서 I로의 변환이거나 이를 포함하고, I는 번역 또는 다른 생물학적 과정 중에 G로 판독될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 ADAR 매개 탈아미노화를 통해 표적 서열 또는 이의 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이의 교정을 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 (예를 들어, 표적 세포에서) 내인성 ADAR을 보충하고 ADAR 매개 탈아미노화를 촉진함으로써 ADAR 매개 탈아미노화를 통해 표적 서열 또는 이의 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이의 교정을 지시할 수 있다. 그러나, 그럼에도 불구하고, 본 발명은 임의의 특정 메커니즘에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 본 발명은 이중가닥 RNA 간섭, 단일가닥 RNA 간섭, RNase H 매개 넉다운, 번역의 입체장애, ADAR 매개 탈아미노화, 또는 2가지 이상의 이러한 메커니즘의 조합을 통해 작동할 수 있는 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등을 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원(예를 들어, 표)에 기재된 구조적 요소 또는 이의 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에, 예를 들어 표 또는 도면에, 또는 달리 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열(또는 이의 일부)을 포함하는 염기 서열(각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있음), 화학적 변형 패턴(또는 이의 일부), 및/또는 포맷을 갖는다. 일부 구현예에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 표적 서열 또는 이의 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이의 교정을 지시할 수 있다.
특히, 제공된 올리고뉴클레오티드는 이의 표적 핵산(예를 들어, pre-mRNA, 성숙 mRNA 등)에 혼성화될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 pre-mRNA 또는 성숙 mRNA를 포함하는(이에 한정되지 않음), RNA 프로세싱의 임의의 단계의 표적 RNA 서열 핵산에 혼성화될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 핵산 또는 이의 보체의 임의의 요소(프로모터 영역, 인핸서 영역, 전사 종결 영역, 번역 시작 신호, 번역 종결 신호, 암호화 영역, 비암호화 영역, 엑손, 인트론, 인트론/엑손 또는 엑손/인트론 접합부, 5' UTR, 또는 3' UTR을 포함하지만, 이에 한정되지 않음)에 혼성화될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 부위(예: 표적 서열)의 센스 가닥에서 유래된 전사체의 2가지 이상의 변이체에 혼성화된다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 증가된 수준의 하나 이상의 동위원소를 함유한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 하나 이상의 원소, 예를 들어 수소, 탄소, 질소 등의 하나 이상의 동위원소로 표지된다. 일부 구현예에서, 제공된 조성물 내의 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 복수의 조성물의 올리고뉴클레오티드는 염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 강화된 수준의 중수소를 함유한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 위치에서 중수소로 표지된다(-1H를 -2H로 대체). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 사슬 또는 올리고뉴클레오티드 사슬에 접합된 임의의 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티 등)의 하나 이상의 1H는 2H로 치환된다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 조성물 및 방법에 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상의 변형 핵염기, 하나 이상의 변형 당, 및/또는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 특정 수준의 변형 핵염기, 변형 당, 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 내의 모든 핵염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)을 포함한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다. 본 발명에 따라 당 및/또는 핵염기에 다양한 변형이 도입될 수 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 변형은 US 9006198에 기재된 변형이다. 일부 구현예에서, 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 변형이고, 각각의 당, 염기, 및 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 뉴클레오시드의 핵염기는 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함하고, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된다.
일부 구현예에서, 당은 2'-변형, 예를 들어 2'-F, 2'-OR을 포함하는 변형 당(R은 임의로 치환된 지방족임), 또는 이환 당(예: LNA 당), 또는 비환형 당(예: UNA 당)이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 도메인을 포함하고, 각각의 도메인은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 특정 길이, 변형, 연결 인 입체화학 등을 갖는다. 일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 변형 당 및/또는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서, 제1 도메인 및 제2 도메인(각각은 독립적으로 하나 이상의 핵염기를 포함함)을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은
제1 도메인; 및
제2 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서,
제1 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고,
제2 도메인은 2'-F 변형이 없는 하나 이상의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써). 일부 구현예에서, 변형 당은 5'-변형을 포함한다. 일반적으로, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 문맥상 달리 나타내지 않는 한, 5'-말단에 자유 5'-OH가 있고 3'-말단에 자유 3'-OH가 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 당은 변형된 5'-OH를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 당의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 많은 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 특정 부분에 있는 Sp 뉴클레오티드간 연결의 높은(예를 들어, Rp 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결에 비해 높은) 백분율은 개선된 특성 및/또는 활성, 예를 들어 높은 안정성 및/또는 높은 아데노신 편집 활성을 제공하는 것으로 관찰되었다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 특정 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 각각 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다.
이론에 구애되고자 함이 없이, 일부 경우에 뉴클레오티드간 연결의 Rp 및 Sp 배열이 올리고뉴클레오티드와 RNA와 같은 표적 핵산에 의해 형성된 이중가닥 복합체의 나선 형태의 구조적 변화에 영향을 미칠 수 있고 ADAR 단백질이 다중 도메인을 통해 다양한 표적(예를 들어, 올리고뉴클레오티드와 RNA와 같은 표적 핵산에 의해 형성된 이중가닥 복합체)을 인식하고 상호작용할 수 있음에 주목한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 다양한 변형의 혼입 및/또는 입체화학의 제어를 통해 올리고뉴클레오티드, 표적 핵산, 및/또는 ADAR 단백질의 상호작용 프로파일을 촉진 및/또는 향상시켜 ADAR 단백질에 의한 효율적인 아데노신 변형을 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 염기 서열; 뉴클레오티드간 연결, 염기 변형, 당 변형, 추가의 화학적 모이어티, 또는 이의 패턴; 및/또는 본원(예를 들어, 표)에 기재된 임의의 다른 구조적 요소를 갖거나 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 시스템(예를 들어, ADAR 매개 탈아미노화 시스템)에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 아데노신의 변형(예를 들어, 표적 A의 탈아미노화)은 기준 조건(예를 들어, 조성물의 부재, 기준 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택)에서 관찰되는 것에 비해 개선되는 것을 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 변형, 예를 들어 ADAR 매개 탈아미노화(예: 내인성 ADAR 매개 탈아미노화)은 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000배 이상 증가된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 염 형태로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 이의 염 형태로 존재하는 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 천연 포스페이트 연결 등)을 포함하는 염으로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용되는 염으로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 금속염으로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨염으로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 암모늄염으로 제공된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 금속염, 예를 들어 나트륨염으로 제공되며, 음으로 하전된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 염 형태(예를 들어, 나트륨염에 있어서, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 경우 -O-P(O)(SNa)-O-, 천연 포스페이트 연결의 경우 -O-P(O)(ONa)-O- 등)이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하며 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 입체화학적으로 순수하다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 다른 입체이성체가 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
본원에 기재된 바와 같이, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 고순도(예를 들어, 50%~100%)로 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 높은 입체화학적 순도(예를 들어, 50%~100%)를 갖는다. 일부 구현예에서, 제공된 조성물 내의 올리고뉴클레오티드는 높은 입체화학적 순도(예를 들어, 동일한 올리고뉴클레오티드의 다른 입체이성체에 비해 높은 비율(예를 들어, 50%~100%)의 입체이성체)를 갖는다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 또는 약 95%이다.
제1 도메인
본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 제1 도메인 및 제2 도메인으로 구성된다. 특정 구현예들이 예로서 아래에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 2~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 5~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 10~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 10~20개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 13~16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 11개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 13개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 14개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 17개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 18개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 19개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 20개 핵염기의 길이를 갖는다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 올리고뉴클레오티드의 약 또는 적어도 약 5~95%, 10%~90%, 20%~80%, 30%~70%, 40%~70%, 40%~60%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%~60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 90%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 워블이 있다.
일부 구현예에서, 제1 도메인 영역에 있는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당, 예를 들어 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써).
일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 2'-F 변형이 있는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 이환 당 또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-10 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)의 수준은 개별적으로 또는 조합적으로 2'-F 변형 당에 비해 상대적으로 낮다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-OMe를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-OMe를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 40%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 30%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 25%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 20%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 10%는 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 2'-OR은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 2'-OR은 2'-MOE 또는 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 이환 당(예: LNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 다수의 5'-말단 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 다수(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상)의 5'-말단 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 5'-말단으로부터 처음 약 1~10개, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 처음 1개는 2'-OR 변형된다. 일부 구현예에서, 처음 2개는 독립적으로 2'-OR 변형된다. 일부 구현예에서, 처음 3개는 독립적으로 2'-OR 변형된다. 일부 구현예에서, 처음 4개는 독립적으로 2'-OR 변형된다. 일부 구현예에서, 처음 5개는 독립적으로 2'-OR 변형된다. 일부 구현예에서, 도메인(예를 들어, 제1 도메인), 서브도메인(예를 들어, 제1 서브도메인), 또는 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 2'-OR 변형은 동일하다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-OMe이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당은 2'-OR을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당은 2'-OMe를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당은 2'-MOE 또는 2'-OMe를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 당은 2'-OR을 포함하지 않는다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 각각의 당은 2'-F를 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개 이상이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 2개의 제1 도메인 뉴클레오시드를 연결하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 뉴클레오티드간 연결은 제1 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 뉴클레오시드와 제2 도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 적절하게 제1 도메인의 뉴클레오티드간 연결로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 뉴클레오시드와 제2 도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고, 일부 구현예에서, 이는 Rp이고, 일부 구현예에서, 이는 Sp이다. 많은 구현예에서, Sp 뉴클레오티드간 연결의 높은(예를 들어, Rp 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결에 비해 높은) 백분율은 개선된 특성 및/또는 활성, 예를 들어 높은 안정성 및/또는 높은 아데노신 편집 활성을 제공하는 것으로 관찰되었다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 특정 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 도메인에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 도메인에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 1~5개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 제1 도메인은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 제1 도메인의 5'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 처음 2개의 뉴클레오시드이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 ADAR 단백질(예: ADAR1, ADAR2 등)과 같은 단백질의 보충을 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질과의 상호작용을 보충하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 ADAR의 제2 RBD 도메인과 실질적으로 접촉하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 디아미나제 활성을 갖는 ADAR의 촉매 도메인과 실질적으로 접촉하지 않는다. 일부 구현예에서, 다양한 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 단백질(예: ADAR 단백질)의 하나 이상의 잔기와 상호작용할 수 있다.
제2 도메인
본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 제1 도메인 및 제2 도메인으로 구성된다. 제2 도메인의 특정 구현예들이 예로서 아래에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 변형될(예를 들어, I로의 변환) 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 2~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 5~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 10~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 10~20개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 5~15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 13~16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 1~7개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 11개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 13개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 14개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 17개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 18개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 19개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 20개 핵염기의 길이를 갖는다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 올리고뉴클레오티드의 약 또는 적어도 약 5~95%, 10%~90%, 20%~80%, 30%~70%, 40%~70%, 40%~60%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%~60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 90%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 워블이 있다.
일부 구현예에서, 제2 도메인 영역에 있는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 예를 들어 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산과 듀플렉스를 형성하는 경우 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 U이거나, U의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 U이다.
일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 U에 비해 표적 아데노신의 표적 아데닌과 더 약한 수소 결합을 갖는다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 U에 비해 표적 아데노신의 표적 아데닌과 더 적은 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 단백질(예: ADAR)의 하나 이상의 아미노산 잔기와 하나 이상의 수소 결합을 형성하고 잔기는 표적 아데노신의 반대편 U와 하나 이상의 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 표적 아데노신의 반대편 U와 하나 이상의 수소 결합을 형성하는 ADAR의 각각의 아미노산 잔기와 하나 이상의 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, 표적 A와의 수소 결합을 약화시키고/시키거나 ADAR1, ADAR2 등과 같은 단백질과의 상호작용을 유지 또는 강화함으로써, 특정 반대편 핵염기는 예를 들어 ADAR1 및 ADAR2와 같은 ADAR 단백질에 의한 아데노신 변형을 용이하게 하고/하거나 촉진한다.
일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 C이거나, C의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 C이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 A이거나, A의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 A이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 슈도이소시토신의 핵염기이거나, 슈도이소시토신의 핵염기의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 슈도이소시토신의 핵염기이다.
일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 (예를 들어, L010, L012, L028 등의 구조를 갖는) 무염기의 반대편 뉴클레오시드이다.
예를 들어 반대편 핵염기에 대한 변형 핵염기의 많은 유용한 구현예가 또한 아래에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이(예를 들어, 다양한 올리고뉴클레오티드에서), 본 발명은 예를 들어 C, A, aC, b007U, b001U, b001A, b002U, b001C, b003U, b002C, b004U, b003C, b005U, b002I, b006U, b003I, b008U, b009U, b002A, b003A, b001G, 또는 zdnp이거나 이를 포함하는, A와 같은 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드의 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 핵염기는 C이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 A이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 aC이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b007U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b001U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b001A이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b002U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b001C이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b003U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b002C이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b004U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b003C이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b005U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b002I이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b006U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b003I이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b008U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b009U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b002A이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b003A이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 b001G이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 zdnp이다. 일부 구현예에서, 당업자가 이해하는 바와 같이, 핵염기는 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 보호된다. 예를 들어 일부 구현예에서, 핵염기는
Figure pct00002
의 구조(R'은 본원에 기재된 바와 같음)를 갖는 보호된 b001A이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)Ph이다.
특정 변형 핵염기
일부 구현예에서, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 1~10개의 헤테로원자(적어도 하나의 헤테로원자는 질소임)를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 하나 이상의 불포화를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 부분적으로 불포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 방향족이다.
일부 구현예에서, BA는 고리 BA이거나 이를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 1~10개의 헤테로원자(적어도 하나의 헤테로원자는 질소임)를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 하나 이상의 불포화를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 부분적으로 불포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 방향족이다.
일부 구현예에서, BA는 고리 BA이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, BA는 고리 BA이다. 일부 구현예에서, BA는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, BA는 고리 BA의 호변이성체이다.
일부 구현예에서, 본 발명의 구조는 하나 이상의 임의로 치환된 고리(예를 들어, R기와 함께 형성된 고리 BA, -Cy-, 고리 BAA, R 등)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리는 1~10개(예를 들어, 1~10, 1~5, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 등)의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 C3-30, C3-20, C3-15, C3-10, C3-9, C3-8, C3-7, C3-6, C5-50, C5-20, C5-15, C5-10, C5-9, C5-8, C5-7, C5-6, 또는 3~30원(예를 들어 3~30, 3~20, 3~15, 3~10, 3~9, 3~8, 3~7, 3~6, 5~50, 5~20, 5~15, 5~10, 5~9, 5~8, 5~7, 5~6, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30원 등)의 단환, 이환 또는 다환 고리이다. 일부 구현예에서, 고리는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~10원 단환 또는 이환, 포화, 부분 포화 또는 방향족 고리이다. 일부 구현예에서, 고리는 치환된다. 일부 구현예에서, 고리는 치환되지 않는다. 일부 구현예에서, 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 구현예에서, 고리는 5, 6, 또는 7원이다. 일부 구현예에서, 고리는 5원이다. 일부 구현예에서, 고리는 6원이다. 일부 구현예에서, 고리는 7원이다. 일부 구현예에서, 고리는 단환이다. 일부 구현예에서, 고리는 이환이다. 일부 구현예에서, 고리는 다환이다. 일부 구현예에서, 고리는 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리는 적어도 하나의 불포화를 포함한다. 일부 구현예에서, 고리는 부분적으로 불포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리는 방향족이다. 일부 구현예에서, 고리는 0~5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 1개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 3개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 4개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 구현예에서, 고리는 치환된다(예를 들어, 하나 이상의 알킬기 및 임의로 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상의 다른 치환기로 치환된다). 일부 구현예에서, 치환기는 메틸이다.
일부 구현예에서, 본 발명의 단환, 이환, 또는 다환 고리(예를 들어, R기와 함께 형성된 고리 BA, -Cy-, 고리 BAA, R 등)의 각각의 단환 고리 단위는 독립적으로 0~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~7원 포화, 부분 불포화 또는 방향족 고리이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 독립적으로 하나 이상의 불포화를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 부분적으로 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 방향족이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 독립적으로 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단환 단위는 독립적으로 적어도 하나의 질소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 각각의 단환 단위는 독립적으로 5 또는 6원이다. 일부 구현예에서, 단환 단위는 5원이다. 일부 구현예에서, 단환 단위는 5원이고 1~2개의 질소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 단환 단위는 6원이다. 일부 구현예에서, 단환 단위는 6원이고 1~2개의 질소 원자를 갖는다. 달리 명시되지 않는 한, 고리 및 이의 단환 단위는 임의로 치환된다.
임의의 특정 이론에 의해 제한되도록 할 의도 없이, 본 발명은 일부 구현예에서, 핵염기(예를 들어, BA)의 구조가 단백질(예를 들어, ADAR1, ADAR2 등과 같은 ADAR 단백질)과의 상호작용에 영향을 미칠 수 있음을 인식한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드와 효소(예: ADAR1)의 상호작용을 촉진할 수 있는 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 (예를 들어, A-T/U 또는 C-G에 비해) 염기쌍 형성의 강도를 감소시킬 수 있는 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 제1 핵염기와 단백질(예: ADAR1과 같은 효소)의 상호작용(예: 수소 결합)을 유지 및/또는 향상시키고/시키거나 제1 핵염기와 듀플렉스의 다른 가닥 상의 상응하는 핵염기(예: A)의 상호작용(예: 수소 결합)을 감소시킴으로써, 단백질(예: ADAR1과 같은 효소)에 의한 상응하는 핵염기의 변형이 현저히 개선될 수 있음을 인식한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 이러한 제1 핵염기(예를 들어, 본원에 기재된 BA의 다양한 구현예)를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 이러한 제1 핵염기의 예시적인 구현예는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 이러한 제1 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 최대 상보성을 위해 다른 핵산과 정렬될 때, 제1 핵염기는 A의 반대편이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 많은 구현예에 예시된 바와 같은, 제1 핵염기의 반대편의 이러한 A는 본 발명의 기술을 사용하여 효율적으로 변형될 수 있다.
일부 구현예에서, 고리 BA는 모이어티
Figure pct00003
X2
Figure pct00004
X3
Figure pct00005
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 모이어티
Figure pct00006
X2
Figure pct00007
X3
Figure pct00008
X4
Figure pct00009
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 모이어티 -X1(
Figure pct00010
)
Figure pct00011
X2
Figure pct00012
X3
Figure pct00013
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 모이어티 -X1(
Figure pct00014
)
Figure pct00015
X2
Figure pct00016
X3
Figure pct00017
X4
Figure pct00018
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, X1은 당에 결합된다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이다. 일부 구현예에서, X1은 -C(=)-이다. 일부 구현예에서, X2는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X3는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-가 아니다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이고, 예를 들어 동일한 BA 단위 내의 동일한 뉴클레오티드 단위의 모이어티와 함께(예를 들어, X5의 수소 결합 공여체(예: -OH, SH 등)와 함께) 분자내 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, X4는 -C(=NH)-이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 모이어티
Figure pct00019
X4'
Figure pct00020
X5'
Figure pct00021
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X5'는 -NH-이다.
일부 구현예에서, BA는 임의로 치환되거나 보호된 C 또는 이의 호변이성체이다. 일부 구현예에서, BA는 임의로 치환되거나 임의로 보호된 C이다. 일부 구현예에서, BA는 C의 임의로 치환되거나 임의로 보호된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, BA는 C이다. 일부 구현예에서, BA는 치환된 C이다. 일부 구현예에서, BA는 보호된 C이다. 일부 구현예에서, BA는 C의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, BA는 C의 보호된 호변이성체이다.
일부 구현예에서, 고리 BA는 화학식 BA-I의 구조를 가지며,
[화학식 BA-I]
Figure pct00022
상기 식에서,
고리 BA는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환, 포화, 부분 포화 또는 방향족 고리이고;
각각의
Figure pct00023
는 독립적으로 단일 또는 이중 결합이고;
X1은 -N(-)- 또는 -C(-)=이고;
X2는 -C(O)-, -C(RB2)=, 또는 -C(ORB2)=이고, RB2는 -LB2-R'이고;
X3는 -N(RB3)- 또는 -N=이고, RB3는 -LB3-R'이고;
X4는 -C(RB4)=, -C(-N(RB4)2)=, -C(RB4)2-, -C(O)-, 또는 -C(=NRB4)-이고, 각각의 RB4는 독립적으로 -LB4-RB41이거나, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =O, =C(-LB4-RB41)2, =N-LB4-RB41, 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성하고, 각각의 RB41은 독립적으로 R'이고;
LB2, LB3, 및 LB4 각각은 독립적으로 LB이고;
각각의 LB는 독립적으로 공유 결합이거나, 0~6개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 2가 C1-10 포화 또는 부분 불포화 사슬이고, 하나 이상의 메틸렌 단위는 임의로 그리고 독립적으로 -Cy-, -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로 대체되고;
각각의 -Cy-는 독립적으로 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 단환, 이환 또는 다환 고리이고;
각각의 R'은 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, -C(O)N(R)2, 또는 -SO2R이고;
각각의 R은 독립적으로 -H이거나, C1-20 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 임의로 치환된 기이거나;
2개의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 함께 공유 결합을 형성하거나;
동일한 원자 상의 2개 이상의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 해당 원자와 함께, 해당 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성하거나;
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 해당 개재된 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~30원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성한다.
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I의 것)는 화학식 BA-I-a의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-I-a]
Figure pct00024
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a 등의 것)는 화학식 BA-I-b의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-I-b]
Figure pct00025
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I의 것)는 화학식 BA-II의 구조를 가지며,
[화학식 BA-II]
Figure pct00026
상기 식에서,
X5는 -C(RB5)2-, -N(RB5)-, -C(RB5)=, -C(O)-, 또는 -N=이고, 각각의 RB5는 독립적으로 할로겐, 또는 -LB5-RB51이고, RB51은 -R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'이고;
LB5는 LB이고;
각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다.
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-II 등의 것)는 화학식 BA-II-a의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-II-a]
Figure pct00027
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a 등의 것)는 화학식 BA-II-b의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-II-b]
Figure pct00028
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-II 등의 것)는 화학식 BA-III의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-III]
Figure pct00029
상기 식에서,
X6는 -C(RB6)=, -C(ORB6)=, -C(RB6)2-, -C(O)- 또는 -N=이고, 각각의 RB6는 독립적으로 -LB6-RB61이거나, 동일한 원자 상의 2개의 RB6는 함께 =O, =C(-LB6-RB61)2, =N-LB6-RB61, 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성하고, 각각의 RB61은 독립적으로 R'이고;
LB6는 LB이고;
각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다.
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-II, BA-II-a, BA-III 등의 것)는 화학식 BA-III-a의 구조를 갖는다..
[화학식 BA-III-a]
Figure pct00030
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a 등의 것)는 화학식 BA-III-b의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-III-b]
Figure pct00031
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-II 등의 것)는 화학식 BA-IV의 구조를 가지며,
[화학식 BA-IV]
Figure pct00032
상기 식에서,
고리 BAA는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~14원 단환, 이환 또는 다환 고리이고,
각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다.
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-II, BA-II-a 등의 것)는 화학식 BA-IV-a의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-IV-a]
Figure pct00033
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-II, BA-II-a 등의 것)는 화학식 BA-IV-b의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-IV-b]
Figure pct00034
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-II, BA-III, BA-IV 등의 것)는 화학식 BA-V의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-V]
Figure pct00035
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-II, BA-II-a, BA-III, BA-III-a, BA-IV, BA-IV-a, BA-V 등의 것)는 화학식 BA-V-a의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-V-a]
Figure pct00036
일부 구현예에서, 고리 BA(예를 들어, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a 등의 것)는 화학식 BA-V-a의 구조를 갖는다.
[화학식 BA-V-b]
Figure pct00037
일부 구현예에서, 고리 BA는 화학식 BA-VI의 구조를 가지며,
[화학식 BA-VI]
Figure pct00038
상기 식에서,
X1'은 -N(-)- 또는 -C(-)=이고;
X2'는 -C(O)- 또는 -C(RB2')=이고, RB2'는 -LB2'-R'이고;
각각의
Figure pct00039
는 독립적으로 단일 또는 이중 결합이고;
X3'는 -N(RB3')- 또는 -N=이고, RB3'는 -LB3'-R'이고;
X4'는 -C(RB4')=, -C(ORB4')=, -C(-N(RB4')2)=, -C(RB4')2-, -C(O)-, 또는 -C(=NRB4')-이고, 각각의 RB4'는 독립적으로 -LB4'-RB41'이거나, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =O, =C(-LB4'-RB41')2, =N-LB4'-RB41', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성하고, 각각의 RB41'은 독립적으로 -R'이고;
X5'는 -N(RB5-)- 또는 -N=이고, RB5'는 -LB5'-R'이고;
X6'는 -C(RB6')=, -C(ORB6')=, -C(RB6')2-, -C(O)- 또는 -N=이고, 각각의 RB6'는 독립적으로 -LB6'-RB61'이거나, 동일한 원자 상의 2개의 RB6'는 함께 =O, =C(-LB6'-RB61')2, =N-LB6'-RB61', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성하고, 각각의 RB61'은 독립적으로 R'이고;
X7'은 -C(RB7')=, -C(ORB6')=, -C(RB7')2-, -C(O)-, -N(RB7')-, 또는 -N=, 각각의 RB7'은 독립적으로 -L7'-RB71'이거나, 동일한 원자 상의 2개의 RB7'은 함께 =O, =C(-L7'-RB71')2, =N-L7'-RB71', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성하고, 각각의 RB71'은 독립적으로 R'이고;
LB2', LB3', LB4', LB5', 및 LB6' 각각은 독립적으로 LB이고;
각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다.
일부 구현예에서,
Figure pct00040
는 단일 결합이다. 일부 구현예에서,
Figure pct00041
는 이중 결합이다.
일부 구현예에서, X1은 -(N-)-이다. 일부 구현예에서, X1은 -C(-)=이다.
일부 구현예에서, X2는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X2는 -C(RB2)=이다. 일부 구현예에서, X2는 -C(ORB2)=이다. 일부 구현예에서, X2는 -CH=이다.
일부 구현예에서, LB2는 공유 결합이다.
일부 구현예에서, RB2는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 하이드록실 보호기이다. 일부 구현예에서, RB2는 R'이다. 일부 구현예에서, RB2는 -H이다.
일부 구현예에서, X3는 -N(RB3)-이다. 일부 구현예에서, X3는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X3는 -N=이다.
일부 구현예에서, LB3는 공유 결합이다.
일부 구현예에서, RB3는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 보호기이다(예: Bz). 일부 구현예에서, RB3는 R'이다. 일부 구현예에서, RB3는 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, RB3는 R이다. 일부 구현예에서, RB3는 -H이다.
일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(R)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -CH=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(ORB4)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-N(RB4)2)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NHRB4)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NHR')=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NHR')=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NH2)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NHC(O)R)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)2-이다. 일부 구현예에서, X4는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이고, O는 분자내 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, O는 동일한 BA의 X5의 수소 결합 공여체와 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, X4는 -C(=NRB4)-이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(=NRB4)-이고, N은 분자내 수소 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, N은 동일한 BA의 X5의 수소 결합 공여체와 수소 결합을 형성한다.
일부 구현예에서, RB4는 -LB4-RB41이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =O, =C(-LB4-RB41)2, =N-LB4-RB41, 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다.
일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =O를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =C(-LB4-RB41)2를 형성한다. 일부 구현예에서, =C(-LB4-RB41)2는 =CH-LB4-RB41이다. 일부 구현예에서, =C(-LB4-RB41)2는 =CHR'이다. 일부 구현예에서, =C(-LB4-RB41)2는 =CHR이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =N-LB4-RB41을 형성한다. 일부 구현예에서, =N-LB4-RB41은 =N-R이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =CH2를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4는 함께 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 형성된 기는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 보호기이다.
일부 구현예에서, X4는 -C(-N=C(-LB4-RB41)2)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-N=CH-LB4-RB41)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-N=CH-N(CH3)2)=이다.
일부 구현예에서, X4(예를 들어, -C(=N-R)-, =C(R)- 등)의 R은 임의로 함께 다른 R, 예를 들어 X5의 R은 본원에 기재된 바와 같은 고리를 형성한다.
일부 구현예에서, RB4는 R'이다. 일부 구현예에서, RB4는 R이다. 일부 구현예에서, RB4는 -H이다.
일부 구현예에서, RB4는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 또는 하이드록실 보호기이다. 일부 구현예에서, RB4는 R'이다. 일부 구현예에서, RB4는 -CH2CH2-(4-니트로페닐)이다.
일부 구현예에서, LB4는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB4는 공유 결합이 아니다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -C(O)N(R')-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -NH-로 대체된다. 일부 구현예에서, LB4는 임의로 치환된 -N=CH-이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, RB41은 R'이다. 일부 구현예에서, RB41은 -H. 일부 구현예에서, RB41은 R이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다.
일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)2-이다. 일부 구현예에서, X5는 -ChRB5-이다. 일부 구현예에서, X5는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, X5는 -N(RB5)-이다. 일부 구현예에서, X5는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(R)=이다. 일부 구현예에서, X5는 -CH=이다. 일부 구현예에서, X5는 -N=이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(O)-이다.
일부 구현예에서, RB5는 할로겐이다. 일부 구현예에서, RB5는 -LB5-RB51이다. 일부 구현예에서, RB5는 -LB5-RB51이고, RB51은 R', -NHR', -OH, 또는 -SH이다. 일부 구현예에서, RB5는 -LB5-RB51이고, RB51은 -NHR, -OH, 또는 -SH이다. 일부 구현예에서, RB5는 -LB5-RB51이고, RB51은 -NH2, -OH, 또는 -SH이다. 일부 구현예에서, RB5는 -C(O)-RB51이다. 일부 구현예에서, RB5는 R'이다. 일부 구현예에서, RB5는 R이다. 일부 구현예에서, RB5는 -H이다. 일부 구현예에서, RB5는 -OH이다. 일부 구현예에서, RB5는 -CH2OH이다.
일부 구현예에서, X4가 -C(O)-인 경우, X5는 -C(RB5)2-, -C(RB5)=, 또는 -N(RB5)-이고, RB5는 -LB5-RB51이고, RB51은 -NHR', -OH, 또는 -SH이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이고, RB51은 X4의 O와 수소 결합을 형성하는 수소 결합 공여체이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, LB5는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB5는 -C(O)-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB5는 -O-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB5는 -OC(O)-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB5는 -CH2OC(O)-이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, R51은 -R'이다. 일부 구현예에서, R51은 -R이다. 일부 구현예에서, R51은 -H이다. 일부 구현예에서, R51은 -N(R')2이다. 일부 구현예에서, R51은 -NHR'이다. 일부 구현예에서, R51은 -NHR이다. 일부 구현예에서, R51은 -NH2이다. 일부 구현예에서, R51은 -OR'이다. 일부 구현예에서, R51은 -OR이다. 일부 구현예에서, R51은 -OH이다. 일부 구현예에서, R51은 -SR'이다. 일부 구현예에서, R51은 -SR이다. 일부 구현예에서, R51은 -SH이다. 일부 구현예에서, R은 벤질이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, RB5는 -C(O)-RB51이다. 일부 구현예에서, RB5는 -C(O)NHCH2Ph이다. 일부 구현예에서, RB5는 -C(O)NHPh이다. 일부 구현예에서, RB5는 -C(O)NHCH3이다. 일부 구현예에서, RB5는 -OC(O)-RB51이다. 일부 구현예에서, RB5는 -OC(O)-R이다. 일부 구현예에서, RB5는 -OC(O)CH3이다.
일부 구현예에서, X5는 X1에 직접 결합되고, 고리 BA는 5원이다.
일부 구현예에서, X6는 -C(RB6)=이다. 일부 구현예에서, X6는 -CH=이다. 일부 구현예에서, X6는 -C(ORB6)=이다. 일부 구현예에서, X6는 -C(RB6)2-이다. 일부 구현예에서, X6는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, X6는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X6는 -N=이다.
일부 구현예에서, RB6는 -LB6-RB61이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB6는 함께 =O, =C(-LB6-RB61)2, =N-LB6-RB61, 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB6는 함께 =O를 형성한다. 일부 구현예에서, LB6는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, RB6는 R이다. 일부 구현예에서, RB6는 -H이다.
일부 구현예에서, RB6는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 또는 하이드록실 보호기이다. 일부 구현예에서, RB6는 R이다.
일부 구현예에서, LB6는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB6는 임의로 치환된 C1-10 알킬렌이다. 일부 구현예에서, LB6는 -CH2CH2-이다. 일부 구현예에서, RB6는 -CH2CH2-(4-니트로페닐)이다.
일부 구현예에서, RB61은 R'이다. 일부 구현예에서, RB61은 R이다. 일부 구현예에서, RB61은 -H이다.
일부 구현예에서, 고리 BAA는 5원이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 5원이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 1개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소이다.
일부 구현예에서, X1'은 -(N-)-이다. 일부 구현예에서, X1'은 -C(-)=이다.
일부 구현예에서, X2'는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X2'는 -C(RB2')=이다. 일부 구현예에서, X2'는 -CH=이다.
일부 구현예에서, LB2'는 공유 결합이다.
일부 구현예에서, RB2'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB2'는 R이다. 일부 구현예에서, RB2'는 -H이다. 일부 구현예에서, X2'는 -CH=이다.
일부 구현예에서, X3'는 -N(RB3')-이다. 일부 구현예에서, X3'는 -N(R')-이다. 일부 구현예에서, X3'는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X3'는 -N=이다.
일부 구현예에서, LB3'는 공유 결합이다.
일부 구현예에서, RB3'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB3'는 R이다. 일부 구현예에서, RB3'는 -H이다.
일부 구현예에서, X4'는 -C(RB4')=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(ORB4')=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-N(RB4')2)=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-NHRB4')=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-NH2)=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-NHR')=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-NHC(O)R)=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(RB4')2-이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(=NRB4')-이다.
일부 구현예에서, RB4'는 -LB4'-RB41'이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =O, =C(-LB4'-RB41')2, =N-LB4'-RB41', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =O를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =C(-LB4'-RB41')2를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =N-LB4'-RB41'을 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =CH2를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB4'는 함께 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 형성된 기는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 보호기이다.
일부 구현예에서, X4'는 -C(-N=C(-LB4'-RB41')2)=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-N=CH-LB4'-RB41')=이다. 일부 구현예에서, X4'는 -C(-N=CH-N(CH3)2)=이다.
일부 구현예에서, RB4'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB4'는 R이다. 일부 구현예에서, RB4'는 -H이다.
일부 구현예에서, RB4'는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 또는 하이드록실 보호기이다. 일부 구현예에서, RB4'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB4'는 -CH2CH2-(4-니트로페닐)이다.
일부 구현예에서, LB4'는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB4'는 임의로 치환된 C1-10 알킬렌이다. 일부 구현예에서, LB4'는 -CH2CH2-이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 구현예에서, R'은 R이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 -H이다.
일부 구현예에서, RB41'은 R'이다. 일부 구현예에서, RB41'은 R이다. 일부 구현예에서, RB41'은 -H이다.
일부 구현예에서, X5'는 -N(RB5')-이다. 일부 구현예에서, X5'는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X5'는 -N=이다.
일부 구현예에서, LB5'는 공유 결합이다.
일부 구현예에서, RB5'은 R'이다. 일부 구현예에서, RB5'은 R이다. 일부 구현예에서, RB5'은 -H이다.
일부 구현예에서, X6'는 -C(RB6')=이다. 일부 구현예에서, X6'는 -CH=이다. 일부 구현예에서, X6'는 -C(ORB6')=이다. 일부 구현예에서, X6'는 -C(RB6')2-이다. 일부 구현예에서, X6'는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X6'는 -N=이다.
일부 구현예에서, RB6'는 -LB6'-RB61'이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB6'는 함께 =O, =C(-LB6'-RB61')2, =N-LB6'-RB61', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB6'는 함께 =O를 형성한다.
일부 구현예에서, LB6'는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB6'는 임의로 치환된 C1-10 알킬렌이다. 일부 구현예에서, LB6'는 -CH2CH2-이다.
일부 구현예에서, RB6'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB6'는 R이다. 일부 구현예에서, RB6'는 -H이다. 일부 구현예에서, RB6'는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기, 예를 들어 아미노 또는 하이드록실 보호기이다. 일부 구현예에서, RB6'는 R'이다. 일부 구현예에서, RB6'는 -CH2CH2-(4-니트로페닐)이다.
일부 구현예에서, RB61'은 R'이다. 일부 구현예에서, RB61'은 R이다. 일부 구현예에서, RB61'은 -H이다.
일부 구현예에서, X7'은 -C(RB7')=이다. 일부 구현예에서, X7'은 -CH=이다. 일부 구현예에서, X7'은 -C(ORB7')=이다. 일부 구현예에서, X7'은 -C(RB7')2-이다. 일부 구현예에서, X7'은 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, X7'은 -N(RB7')-이다. 일부 구현예에서, X7'은 -NH-이다. 일부 구현예에서, X7'은 -N=이다.
일부 구현예에서, RB7'은 -L7'-RB71'이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB7'은 함께 =O, =C(-L7'-RB71')2, =N-L7'-RB71', 또는 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 RB7'은 함께 =O를 형성한다. 일부 구현예에서, L7'은 공유 결합이다. 일부 구현예에서, RB7'은 R이다. 일부 구현예에서, RB7'은 -H이다.
일부 구현예에서, RB71'은 R'이다. 일부 구현예에서, RB71'은 R이다. 일부 구현예에서, RB71'은 -H이다.
일부 구현예에서, LB는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, LB는 임의로 치환된 2가 C1-10 포화 또는 부분 불포화 지방족 사슬이고, 하나 이상의 메틸렌 단위는 임의로 그리고 독립적으로 -Cy-, -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로 대체된다. 일부 구현예에서, LB는 1~6개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 2가 C1-10 포화 또는 부분 불포화 헤테로지방족 사슬이고, 하나 이상의 메틸렌 단위는 임의로 그리고 독립적으로 -Cy-, -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 메틸렌 단위는 대체된다. 일부 구현예에서, LB는 임의로 치환된 C1-10 알킬렌이다. 일부 구현예에서, LB는 -CH2CH2-이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -C(O)N(R')-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -NH-로 대체된다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -Cy-로 대체된다. 일부 구현예에서, LB는 임의로 치환된 -N=CH-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB는 -C(O)-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB는 -O-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB는 -OC(O)-이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, LB는 -CH2OC(O)-이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 각각의 -Cy-는 독립적으로 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 단환, 이환 또는 다환, 포화, 부분 포화 또는 방향족 고리이다. -Cy-의 적합한 단환 단위(들)는 본원에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, -Cy-는 단환이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 이환이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 다환이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 2가 3~10원 단환, 포화 또는 부분 불포화 고리이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 2가 5~10원 방향족 고리이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 임의로 치환된 페닐렌이다. 일부 구현예에서, -Cy-는 페닐렌이다.
일부 구현예에서, R'은 R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)OR이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)N(R)2이다. 일부 구현예에서, R'은 -SO2R이다.
일부 구현예에서, 다양한 구조의 R'은 보호기(예: 아미노, 하이드록실 등의 경우), 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 것이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 4-니트로페닐이다. 일부 구현예에서, R은 -CH2CH2-(4-니트로페닐)이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)NPh2이다.
일부 구현예에서, 각각의 R은 독립적으로 -H이거나, C1-20 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 임의로 치환된 기이다. 일부 구현예에서, 2개의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 함께 공유 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개 이상의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 해당 원자와 함께, 해당 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자 상의 2개의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 해당 원자와 함께, 해당 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 해당 개재된 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~30원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 2개 이상의 원자 상의 2개의 R기는 임의로 그리고 독립적으로 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 해당 개재된 원자 외에도 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~30원 단환, 이환 또는 다환 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 단환이다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 이환이다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 다환이다. 일부 구현예에서, 각각의 단환 고리 단위는 독립적으로 3~10원(예를 들어, 3~8, 3~7, 3~6, 5~10, 5~8, 5~7, 5~6, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원 등)이고, 독립적으로 포화, 부분 포화, 또는 방향족이고, 독립적으로 0~5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리는 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리는 부분적으로 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리는 방향족이다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 1개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소이다.
일부 구현예에서, R은 -H이다.
일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-20, C1-15, C1-10, C1-8, C1-6, C1-5, C1-4, C1-3, 또는 C1-2 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 시클로지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 시클로알킬이다.
일부 구현예에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 C1-20 헤테로지방족이다.
일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C6-20 아릴이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다.
일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C6-20 아릴지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C6-20 아릴알킬이다. 일부 구현예에서, R은 벤질이다. 일부 구현예에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 C6-20 아릴헤테로지방족이다.
일부 구현예에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 구현예에서, R은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5원 헤테로아릴이다. 일부 구현예에서, R은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 6원 헤테로아릴이다. 일부 구현예에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 헤테로시클릴이다. 일부 구현예에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~10원 헤테로시클릴이다. 일부 구현예에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~6원 헤테로시클릴이다. 일부 구현예에서, 헤테로시클릴은 포화되어 있다. 일부 구현예에서, 헤테로시클릴은 부분적으로 포화되어 있다.
일부 구현예에서, 헤테로원자는 붕소, 질소, 산소, 황, 규소, 및 인으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소, 산소, 황, 및 규소로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소, 산소, 및 규소로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 황이다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 변수에 대해 설명된 구현예는 다양한 구조를 제공하기 위해 쉽게 조합될 수 있다. 당업자는 또한 변수에 대해 설명된 구현예가 해당 변수가 될 수 있는 다른 변수에 쉽게 사용될 수 있음을 이해한다(예: R', RB2, RB3, RB4, RB5, RB6, RB2', RB3', RB4', RB5', RB6' 등에 대한 R의 구현예; LB2, LB3, LB4, LB5, LB6, LB2', LB3', LB4', LB5', LB6' 등에 대한 LB의 구현예). 예시적인 구현예 및 이들의 조합은 본원에 예시된 구조를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 특정 예들이 아래에 기재되어 있다.
예를 들어 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00042
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00043
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00044
이다.
일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이고, X4의 -C(O)-에서의 O는 R5의 -H, 예를 들어 R5'의 -NHR', -OH, 또는 -SH에서의 -H와 수소 결합을 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, X4는 -C(O)-이고, X5는 -C(R5)=이다. 일부 구현예에서, R5'는 -NHR'이다. 일부 구현예에서, R5'는 -LB5-NHR'이다. 일부 구현예에서, LB5는 임의로 치환된 -CH2-이다. 일부 구현예에서, 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 구현예에서, LB5는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 메틸이다. 일부 구현예에서, R'은 -CH2Ph이다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R'은 페닐이다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 메틸이다. 일부 구현예에서, R'은 메틸이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00045
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00046
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00047
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00048
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00049
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00050
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00051
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00052
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00053
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00054
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00055
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00056
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 보호된
Figure pct00057
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00058
이다.
일부 구현예에서, X1은 -C(-)=이고, X4는 =C(-N(RB4)2)-이다. 일부 구현예에서, 동일한 원자(예를 들어, 질소 원자) 상의 2개의 R기는 함께, 임의로 치환된 =CH2 또는 =NH를 형성한다. 일부 구현예에서, 동일한 원자(예를 들어, 질소 원자) 상의 2개의 R기는 함께, 임의로 치환된 =C(-LB4-R)2, =N-LB4-R을 형성한다. 일부 구현예에서, 형성된 기는 =CHN(R)2이다. 일부 구현예에서, 형성된 기는 =CHN(CH3)2이다. 일부 구현예에서, X4는 =C(-N=CHN(CH3)2)-이다. 일부 구현예에서, -N(RB4)2는 -NRB4이다. 일부 구현예에서, RB4는 -NHC(O)R이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00059
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00060
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00061
이다.
일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이고, X4는 -C(RB4)=이다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이고, X4는 -C(RB4)=이고, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00062
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00063
이다.
일부 구현예에서, X3는 -N(R')-이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)2-이다. 일부 구현예에서, RB4는 -R이다. 일부 구현예에서, RB4는 -H이다. 일부 구현예에서, X4는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)2-이다. 일부 구현예에서, RB5는 -R이다. 일부 구현예에서, RB5는 -H이다. 일부 구현예에서, X5는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00064
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00065
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00066
이다.
일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -CH=이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, X5는 -CH=이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00067
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00068
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00069
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00070
이다.
일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)2-이다. 일부 구현예에서, X4는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, X5는 -CH=이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00071
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00072
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00073
이다.
일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이고, X4는 -C(RB4)=이고, X5는 -C(RB5)=이고, X6는 -C(O)-이다. 일부 구현예에서, RB3, RB4, 및 RB5 각각은 독립적으로 R이다. 일부 구현예에서, RB3는 -H이다. 일부 구현예에서, RB4는 -H이다. 일부 구현예에서, RB5는 -H이다. 일부 구현예에서, BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00074
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, BA는
Figure pct00075
이다.
일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(RB4)2-이고, 2개의 RB4는 함께 =O, 또는 =C(-LB4-RB41)2, =N-LB4-RB41을 형성한다. 일부 구현예에서, X4는 -C(=NRB4)-이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, RB41 또는 RB4 및 RB5는 R이고, 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 본원에 기재된 바와 같은 임의로 치환된 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00076
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00077
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00078
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00079
이다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-N(RB4)2)=이다. 일부 구현예에서, X4는 -C(-NHRB4)=이다. 일부 구현예에서, X5는 -C(RB5)=이다. 일부 구현예에서, 하나의 RB4와 RB5는 함께, 본원에 기재된 바와 같은 임의로 치환된 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 형성된 고리는 질소 원자를 갖는 임의로 치환된 5원 고리이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00080
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00081
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00082
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00083
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00084
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00085
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00086
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00087
이다.
일부 구현예에서, 고리 BA는 화학식 BA-IV 또는 BA-V의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N=이다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N=이고, X6는 -C(RB6)=이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 5~6원이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 단환이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 부분적으로 불포화되어 있다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 방향족이다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 0~2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 1~2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 1개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 고리 BAA는 2개의 헤테로원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00088
,
Figure pct00089
, 또는
Figure pct00090
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00091
,
Figure pct00092
, 또는
Figure pct00093
이다.
일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환된 5원 고리이다. 일부 구현예에서, X1은 X5에 결합된다. 일부 구현예에서, X4 및 X5 각각은 독립적으로 -CH=이다. 일부 구현예에서, X1은 -N(-)-이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -NH-이고, X4는 -CH=이고, X5는 -CH=이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00094
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00095
이다.
일부 구현예에서, 고리 BA는 화학식 BA-VI의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, X1'은 -N(-)-이고, X2'는 -C(O)-이고, X3'는 -N(RB3)-이다. 일부 구현예에서, X1'은 -N(-)-이고, X2'는 -C(O)-이고, X3'는 -N(RB3)-이고, X4'는 -C(RB4')=이고, X5'는 -N=이고, X6'는 -C(RB6')=이고, X7'은 -N=이다. 일부 구현예에서, X1'은 -N(-)-이고, X2'는 -C(O)-이고, X3'는 -N(RB3)-이고, X4'는 -C(RB4')=이고, X5'는 -C(RB5')=이고, X6'는 -C(RB6')=이고, X7'은 -C(RB7')=이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00096
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00097
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00098
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00099
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00100
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00101
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00102
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00103
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00104
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00105
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00106
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00107
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00108
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00109
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00110
이다. 일부 구현예에서, X1'은 -N(-)-이고, X2'는 -C(RB2')=이고, X3'는 -N=이다. 일부 구현예에서, X1'은 -N(-)-이고, X2'는 -C(RB2')=이고, X3'는 -N=이고, X4'는 -C(-N(RB4')2)=이고, X5'는 -N=이고, X6'는 -C(O)-이고, X7'은 -N(RB7')-이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00111
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00112
이다.
일부 구현예에서, X1은 -C(-)=이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-이다. 일부 구현예에서, X1은 -C(-)=이고, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-, -C(-N(RB4)2)=이고, X4는 -C(RB4)=이다. 일부 구현예에서, X1은 -C(-)=, X2는 -C(O)-이고, X3는 -N(RB3)-, -C(-N(RB4)2)=이고, X4는 -C(RB4)=이고, X6는 -C(RB6)=이다. 일부 구현예에서, RB3, RB4, 및 RB6 각각은 독립적으로 -H이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00113
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00114
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는 임의로 치환되거나 보호된
Figure pct00115
이다. 일부 구현예에서, 고리 BA는
Figure pct00116
이다.
본원에 기재된 바와 같이, 고리 BA는 임의로 치환될 수 있다. 일부 구현예에서, X2, X3, X4, X5, X6, X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, X2, X3, X4, X5, X6, X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH=, -CH2-, 또는 -NH-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, X2, X3, X4, X5, X6, X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH=인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, X2, X3, X4, X5, X6, X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH2-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, X2, X3, X4, X5, X6, X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -NH-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, X2는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X3는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X4는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X5는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X6는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X2'는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X3'는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X4'는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X5'는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X6'는 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다. 일부 구현예에서, X7'은 임의로 치환된 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-이다.
본원에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 특정 핵염기(예: b001A, b002A, b008U, C, A 등)를 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드는 특히 (예를 들어, U와 같은 기준 핵염기에 비해) 개선된 편집 효율을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 3'측으로 I에 연결된다.
일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 예를 들어 L010(
Figure pct00117
), L012(
Figure pct00118
), 또는 L028(
Figure pct00119
)의 구조를 갖는 무염기이다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 그리고 다양한 올리고뉴클레오티드에서 나타나는 바와 같이, 무염기 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 다른 부분에도 사용될 수 있고, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개 이상)의, 임의로 연속적인, 무염기 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상의 임의로 연속적인 무염기 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이하의 무염기 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 무염기 뉴클레오시드는 독립적으로 제1 도메인 또는 제2 도메인의 제1 서브도메인에 있다. 일부 구현예에서, 각각의 무염기 뉴클레오시드는 독립적으로 제1 도메인에 있다. 일부 구현예에서, 각각의 무염기 뉴클레오시드는 독립적으로 제2 도메인의 제1 서브도메인에 있다. 일부 구현예에서, 무염기 뉴클레오시드는 표적 아데노신의 반대편이다. 본원에 나타낸 바와 같이, 단일 무염기 뉴클레오시드는 기준 올리고뉴클레오티드에서 하나 이상의 뉴클레오시드(각각은 독립적으로 핵염기를 포함함)를 대체할 수 있다. 예를 들어, L010을 사용하여 핵염기를 포함하는 1개의 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, L012를 사용하여 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오시드(각각은 독립적으로 핵염기를 포함함)를 대체할 수 있고, L028을 사용하여 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오시드(각각은 독립적으로 핵염기를 포함함)를 대체할 수 있다. 일부 구현예에서, 입체무작위 연결(예를 들어, 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 통해 염기성 뉴클레오시드가 3' 방향 인접 뉴클레오시드(임의로 무염기임)에 연결된다. 일부 구현예에서, 입체무작위 연결(예를 들어, 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 통해 각각의 염기성 뉴클레오시드가 독립적으로 3' 방향 인접 뉴클레오시드(임의로 무염기임)에 연결된다.
일부 구현예에서, 표적 아데닌의 반대편 변형 핵염기는 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 크게 개선시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 옆에(예를 들어, 3'측에) G가 있고/있거나 다른 핵염기(예: C)가 훨씬 더 낮은 활성을 제공하거나 활성을 거의 나타내지 않는 경우에도 반대편 위치의 변형 핵염기는 높은 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당, 예를 들어 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써).
일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개이다. 일부 구현예에서, 개수는 16개이다. 일부 구현예에서, 개수는 17개이다. 일부 구현예에서, 개수는 18개이다. 일부 구현예에서, 개수는 19개이다. 일부 구현예에서, 개수는 20개이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 변형 당은 각각 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-F 변형 당을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)의 수준은 개별적으로 또는 조합적으로 2'-F 변형 당에 비해 상대적으로 높다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 이환 당(예: LNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개 이상이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 2개의 제2 도메인 뉴클레오시드를 연결하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 뉴클레오티드간 연결은 제2 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 뉴클레오시드와 제2 도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 적절하게 제2 도메인의 뉴클레오티드간 연결로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, Sp 뉴클레오티드간 연결의 높은(예를 들어, Rp 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결에 비해 높은) 백분율은 개선된 특성 및/또는 활성, 예를 들어 높은 안정성 및/또는 높은 아데노신 편집 활성을 제공하는 것으로 관찰되었다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 특정 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 도메인에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 도메인에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 1~5개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 제2 도메인은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상(예를 들어, 약 2개, 약 3개, 약 4개 등)의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 제2 도메인의 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 n001이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 마지막 2개의 뉴클레오시드이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질의 보충을 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질과의 상호작용을 보충하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 디아미나제 활성을 갖는 ADAR의 촉매 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 다양한 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 단백질(예: ADAR 단백질)의 하나 이상의 잔기와 상호작용할 수 있다.
일부 구현예에서, 제2 도메인은 본원에 기재된 바와 같은 제1 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 본원에 기재된 바와 같은 제2 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 본원에 기재된 바와 같은 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 이러한 서브도메인의 특정 구현예들이 아래에 기재되어 있다.
제1 서브도메인
본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 제1 서브도메인의 특정 구현예들이 예로서 아래에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 변형될(예를 들어, I로의 변환) 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~20개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 5~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 10~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 10~20개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 5~15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 13~16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 6~12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 6~9개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~7개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 1개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 3개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 4개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 5개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 6개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 7개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 8개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 9개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 11개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 13개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 14개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 15개 핵염기의 길이를 갖는다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 제2 도메인의 약 또는 적어도 약 5~95%, 10%~90%, 20%~80%, 30%~70%, 40%~70%, 40%~60%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%~60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 90%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 워블이 있다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인 영역에 있는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 예를 들어 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산과 듀플렉스를 형성하는 경우 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다. 반대편 뉴클레오시드에 변형 핵염기를 포함하는 적합한 핵염기는 본원에 기재되어 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 C, C의 호변이성체, U, U의 호변이성체, A, A의 호변이성체, 및 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함하는 핵염기로부터 선택되는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당, 예를 들어 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써).
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개이다. 일부 구현예에서, 개수는 16개이다. 일부 구현예에서, 개수는 17개이다. 일부 구현예에서, 개수는 18개이다. 일부 구현예에서, 개수는 19개이다. 일부 구현예에서, 개수는 20개이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 변형 당은 각각 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 독립적으로 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 변형 당이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2'-F 변형 당을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)의 수준은 개별적으로 또는 조합적으로 2'-F 변형 당에 비해 상대적으로 높다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 이환 당(예: LNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개 이상이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 2개의 제1 서브도메인 뉴클레오시드를 연결하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결은 제1 서브도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합된다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 뉴클레오시드와 제2 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 적절하게 제1 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 뉴클레오시드와 제2 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고, 일부 구현예에서, 이는 Rp이고, 일부 구현예에서, 이는 Sp이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 특정 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 서브도메인에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 서브도메인에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제1 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 1~5개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 제1 서브도메인은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상(예를 들어, 약 2개, 약 3개, 약 4개 등)의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 제1 서브도메인의 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 n001이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 5'-말단부, 예를 들어 약 1~20, 1~15, 1~10, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 약 3~6개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 6개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 7개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 8개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 9개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 10개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 제1 서브도메인의 5'-말단 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1~15, 1~10, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OR을 포함한다(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 3'-말단부, 예를 들어 약 1~20, 1~15, 1~10, 1~5, 1~3, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 약 1~3개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 6개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 7개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 8개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 9개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 10개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 제1 서브도메인의 3'-말단 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 5'-말단부 및 3'-말단부를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1~15, 1~10, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OR을 포함한다(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부에 비해, 3'-말단부는 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 2'-F 변형 당 및/또는 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 및/또는 더 낮은 수준(개수 및/또는 백분율)의 다른 유형의 변형 당, 예를 들어 이환 당 및/또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 비해, 3'-말단부는 더 높은 수준의 2'-F 변형 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 비해, 3'-말단부는 더 높은 수준의 2'-F 변형 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 비해, 3'-말단부는 더 높은 수준의 천연 DNA 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 비해, 3'-말단부는 더 높은 수준의 천연 DNA 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 이환 당 또는 2'-OR을 포함하는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족(예: 메틸)임)인 낮은 수준(예를 들어, 최대 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 또는 10%, 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 이환 당 또는 2'-OR을 포함하는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족(예: 메틸)임)인 변형 당을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 변형 당은 독립적으로 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-OMe 또는 다른 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 각각의 당은 독립적으로 2개의 2'-H 또는 2'-F 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1~3개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1~3개의 천연 DNA 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 5'-말단부에 비해 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 Rp 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 ADAR 단백질, 예: ADAR1, ADAR2 등)과 같은 단백질의 보충을 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질과의 상호작용을 보충하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 디아미나제 활성을 갖는 ADAR의 촉매 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인의 다양한 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 단백질(예: ADAR 단백질)의 하나 이상의 잔기와 상호작용할 수 있다.
제2 서브도메인
본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 제2 서브도메인의 특정 구현예들이 예로서 아래에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 변형될(예를 들어, I로의 변환) 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 표적 아데노신의 반대편 하나 이하의 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 표적 아데노신의 반대편 각각의 뉴클레오시드는 제2 서브도메인에 있다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 약 1~10, 1~5, 1~3개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 약 1~10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 약 1~5개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 약 1~3개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 1개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 3개 핵염기의 길이를 갖는다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이하의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2개 이하의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하고, 하나의 불일치는 표적 아데노신과 그 반대편 뉴클레오시드 사이에 있고/있거나, 하나의 불일치는 표적 아데노신 옆의 뉴클레오시드와 올리고뉴클레오티드의 상응하는 뉴클레오시드 사이에 있다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신 옆의 뉴클레오시드와 올리고뉴클레오티드의 상응하는 뉴클레오시드 사이의 불일치는 워블이다. 일부 구현예에서, 워블은 I-C이다. 일부 구현예에서, C는 표적 아데노신의 옆, 예를 들어 3'측으로 바로 옆에 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 워블이 있다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인 영역에 있는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 예를 들어 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산과 듀플렉스를 형성하는 경우 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다. 반대편 뉴클레오시드에 변형 핵염기를 포함하는 적합한 핵염기는 본원에 기재되어 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 C, C의 호변이성체, U, U의 호변이성체, A, A의 호변이성체, 및 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함하는 핵염기로부터 선택되는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 예를 들어 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00120
,
Figure pct00121
,
Figure pct00122
,
Figure pct00123
,
Figure pct00124
,
Figure pct00125
,
Figure pct00126
,
Figure pct00127
,
Figure pct00128
,
Figure pct00129
,
Figure pct00130
, 또는
Figure pct00131
로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00132
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00133
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00134
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00135
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00136
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00137
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00138
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00139
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00140
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00141
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00142
이다. 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는
Figure pct00143
이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 반대편 핵염기 옆에 변형 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 이는 5'측에 있다. 일부 구현예에서, 이는 3'측에 있다. 일부 구현예에서, 각각의 측에는 독립적으로 변형 핵염기가 있다. 특히, 본 발명은 반대편 핵염기에 인접한(예를 들어, 옆에 있는) 핵염기가 표적 핵산, 올리고뉴클레오티드, 및/또는 이들의 듀플렉스의 인식, 결합, 상호작용, 및/또는 변형에 대한 방해(예: 입체장애)를 유발할 수 있음을 인식한다. 일부 구현예에서, 방해는 인접 G와 관련이 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 G를 대체하고 G에 비해 개선된 안정성 및/또는 활성을 제공할 수 있는 핵염기를 제공한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 인접 핵염기(예: 반대편 뉴클레오시드의 3' 방향 인접 뉴클레오시드)는 하이포잔틴(G를 대체하여 방해(예: 입체장애)를 감소시키고/시키거나 C와 워블 염기쌍을 형성함)이다. 일부 구현예에서, 인접 핵염기는 하이포잔틴의 유도체이다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 화학식 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA이거나 이를 포함하는 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 인접 핵염기는
Figure pct00144
이다. 일부 구현예에서, 인접 핵염기는
Figure pct00145
이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당, 예를 들어 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써). 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 UNA 당과 같은 비환형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 비환형 당은 단백질이 표적 아데노신에서 변형을 수행할 수 있도록 유연성을 제공한다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 독립적으로 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 약 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 변형 당이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 낮은 수준(예를 들어, 최대 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 또는 10%, 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 또는 2'-OH를 포함하는 당(예: 천연 RNA 당)이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 천연 DNA 당, 또는 천연 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당 및 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 수준은 100%이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 1, 2, 3, 4 또는 5개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 RNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 표적 아데노신에 대한 반대편 뉴클레오시드의 당("반대편 당"), 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당("5' 방향 인접 당"), 및/또는 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당("3' 방향 인접 당")은 독립적으로 그리고 임의로 2'-F 변형 당, 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 또는 2'-OH를 포함하는 당(예: 천연 RNA 당)이다. 일부 구현예에서, 반대편 당은 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 반대편 당은 2개의 2'-H를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 반대편 당은 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 반대편 당은 2'-OH를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 반대편 당은 천연 RNA 당이다. 예를 들어 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 방향 인접 당, 반대편 당, 및 3' 방향 인접 당 각각은 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 2'-F 변형 당이고, 반대편 당 및 3' 방향 인접 당 각각은 독립적으로 천연 DNA 당이다.
일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 2개의 2'-H를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 2'-OH를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 당은 천연 RNA 당이다.
일부 구현예에서, 3' 방향 인접 당은 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 당은 2개의 2'-H를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 당은 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 당은 2'-OH를 포함하는 당이다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 당은 천연 RNA 당이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 약 1~10개(예를 들어, 약 1~5, 1~4, 1~3개, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~10개(예를 들어, 약 1~5, 1~4, 1~3개, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~10개(예를 들어, 약 1~5, 1~4, 1~3개, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~10개(예를 들어, 약 1~5, 1~4, 1~3개, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개 이상이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 2개의 제2 서브도메인 뉴클레오시드를 연결하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결은 제2 서브도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합된다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 뉴클레오시드와 제1 또는 제3 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 적절하게 제2 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 뉴클레오시드와 제1 또는 제3 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고, 일부 구현예에서, 이는 Rp이고, 일부 구현예에서, 이는 Sp이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 특정 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 서브도메인에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 서브도메인에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제2 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 1~10개(예를 들어, 약 1~5, 1~4, 1~3개, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 다른 부분(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인 전체, 제1 서브도메인, 제3 서브도메인, 또는 이의 일부)에 비해 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 Sp 뉴클레오티드간 연결보다 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 제2 서브도메인은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~5개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상(예를 들어, 약 2개, 약 3개, 약 4개 등)의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 제2 서브도메인의 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 n001이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 적어도 1개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 적어도 2개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 적어도 3개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 적어도 4개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 적어도 5개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 5' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결된다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 5' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결된다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 5' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드(반대편 뉴클레오시드에 대해 -1번 위치)에 연결된다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되지 않는다.
일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드에 대해 -1번 위치의 뉴클레오시드와 반대편 뉴클레오시드에 대해 -2번 위치의 뉴클레오시드는(예를 들어, 5'-…N0N-1N-2…3'에서, N0가 반대편 뉴클레오시드인 경우, N-1이 -1번 위치이고 N-2가 -2번 위치임) 천연 포스페이트 연결을 통해 연결된다. 일부 구현예에서, 이들은 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 연결된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되지 않는다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 연결된다. 일부 구현예에서, 이들은 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 연결된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이고 키랄 제어되지 않는다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'-N1N0N-1-3'를 포함하고, N1, N0, 및 N-1 각각은 독립적으로 뉴클레오시드이고, N1과 N0는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결에 결합하고, N-1과 N0는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결에 결합하고, N0는 표적 아데노신의 반대편이다. 일부 구현예에서, N1, N0, 및 N-1 각각의 당은 독립적으로 천연 DNA 당 또는 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, N1, N0, 및 N-1 각각의 당은 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, N1의 당은 2'-변형 당이고, N0 및 N-1 각각의 당은 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 높은 편집 수준을 제공한다. 일부 구현예에서, N-1에 결합된 2개의 뉴클레오티드간 연결 각각은 독립적으로 Rp이다. 일부 구현예에서, N-1에 결합된 2개의 뉴클레오티드간 연결 각각은 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, N-1에 결합된 2개의 뉴클레오티드간 연결 각각은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 다른 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 존재하는 경우 독립적으로 Sp이다. 일부 구현예에서, N1에 결합된 5' 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, N1 및 N0에 결합된 뉴클레오티드간 연결(즉, N1에 결합된 3' 뉴클레오티드간 연결)은 Rp이다. 일부 구현예에서, N-1 및 N0에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, N-1에 결합된 3' 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, N0에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp이다. 일부 구현예에서, N0 및 N1에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp이다. 일부 구현예에서, N0 및 N-1에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp이다. 일부 구현예에서, N1에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp이다. 일부 구현예에서, 각각의 Rp 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 다른 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp이다.
일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N1)의 당은 독립적으로 천연 DNA 당, 천연 RNA 당, 및 2'-F 변형 당(예를 들어, R2s는 -F임)으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드(예: N0)의 당은 독립적으로 천연 DNA 당, 천연 RNA 당, 및 2'-F 변형 당으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-1)의 당은 독립적으로 천연 DNA 당, 천연 RNA 당, 및 2'-F 변형 당으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드, 반대편 뉴클레오시드, 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은 각각 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드, 반대편 뉴클레오시드, 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은 각각 천연 DNA 당, 천연 RNA 당, 및 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드, 반대편 뉴클레오시드, 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은 각각 2'-F 변형 당, 천연 RNA 당, 및 천연 DNA 당이다.
일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 천연 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 이러한 반대편 뉴클레오시드는 3' 방향 인접 I 뉴클레오시드(정렬될 때 임의로 표적 핵산의 C에 상보적임)와 함께 사용된다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-1)와 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-2) 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 이는 입체무작위이다. 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고 Sp이다.
일부 구현예에서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예를 들어, N-1) 및 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예를 들어, 5'-N1N0N-1N-2-3'에서 N-2)에 결합되는 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 입체무작위이다. 일부 구현예에서, 이는 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 음으로 하전되지 않은 입체무작위 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 입체무작위 n001이다. 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 이는 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 이는 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001이다.
일부 구현예에서, N-1은 I이다. 일부 구현예에서, 예를 들어 표적 핵산이 5'-CA-3'를 포함하는 경우(A는 표적 아데노신임), G를 대체하여 I가 사용된다. 일부 구현예에서, 5'-N1N0N-1-3'는 5'-N1N0I-3'이다. 일부 구현예에서, N0는 b001A, b002A, b003A, b008U, b001C, C, A, 또는 U이다. 일부 구현예에서, N0는 b001A, b002A, b008U, b001C, C, 또는 A이다. 일부 구현예에서, N0는 b001A, b002A, b008U, 또는 b001C이다. 일부 구현예에서, N0는 b001A이다. 일부 구현예에서, N0는 b002A이다. 일부 구현예에서, N0는 b003A이다. 일부 구현예에서, N0는 b008U이다. 일부 구현예에서, N0는 b001C이다. 일부 구현예에서, N0는 A이다. 일부 구현예에서, N0는 U이다.
본원에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 특정 핵염기(예: b001A, b002A, b008U, C, A 등)를 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드는 특히 (예를 들어, U와 같은 기준 핵염기에 비해) 개선된 편집 효율을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 3'측으로 I에 연결된다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 5'-말단부, 예를 들어 약 1~5, 1~3개, 또는 1, 2, 3, 4, 또는 5개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~5, 1~3개, 또는 1, 2, 3, 4, 또는 5개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 낮은 수준(예를 들어, 최대 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 또는 10%, 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 또는 2'-OH를 포함하는 당(예: 천연 RNA 당)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 천연 DNA 당, 또는 천연 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당 및 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 수준은 100%이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 당은 2개의 2'-H를 갖는 당(예: 천연 DNA 당) 및 2'-F 변형 당으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2개의 2'-H를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2'-OH를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 RNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드는 본원에 기재된 바와 같은 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 3'-말단부, 예를 들어 약 1~5, 1~3개, 또는 1, 2, 3, 4, 또는 5개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 5'-말단부 및 3'-말단부로 구성된다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~5, 1~3개, 또는 1, 2, 3, 4, 또는 5개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 낮은 수준(예를 들어, 최대 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 또는 10%, 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 또는 2'-OH를 포함하는 당(예: 천연 RNA 당)이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당, 천연 DNA 당, 또는 천연 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 높은 수준(예를 들어, 약 60~100%, 또는 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 100%)의 또는 모든 당은 독립적으로 2'-F 변형 당 및 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 수준은 100%이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 당은 2개의 2'-H를 갖는 당(예: 천연 DNA 당) 및 2'-F 변형 당으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 2개의 2'-H를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 2'-OH를 포함하는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 천연 RNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 본원에 기재된 바와 같은 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 표적 핵산의 상응하는 뉴클레오시드와 워블쌍을 형성한다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 핵염기는 하이포잔틴이고, 일부 구현예에서 이는 하이포잔틴의 유도체이다.
일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 ADAR 단백질, 예: ADAR1, ADAR2 등)과 같은 단백질의 보충을 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질과의 상호작용을 보충하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 디아미나제 활성을 갖는 ADAR의 촉매 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인의 다양한 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 단백질(예: ADAR 단백질)의 하나 이상의 잔기와 상호작용할 수 있다.
제3 서브도메인
본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 제1 도메인 및 제2 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성된다. 제3 서브도메인의 특정 구현예들이 예로서 아래에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~20개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 5~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 10~30개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 10~20개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 5~15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 13~16개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 6~12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 6~9개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~7개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 1개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 3개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 4개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 5개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 6개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 7개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 8개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 9개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 10개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 11개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 12개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 13개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 14개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 15개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 제1 서브도메인보다 짧다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 제1 도메인보다 짧다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 제2 도메인의 3'-말단 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 제2 도메인의 약 또는 적어도 약 5~95%, 10%~90%, 20%~80%, 30%~70%, 40%~70%, 40%~60%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%~70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%~60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 90%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 불일치가 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 불일치가 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인에는 하나 이상(예를 들어, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블이 존재한다. 일부 구현예에서는, 1개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 2개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 3개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 4개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 5개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 6개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 7개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 8개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 9개의 워블이 있다. 일부 구현예에서는, 10개의 워블이 있다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인 영역에 있는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산의 듀플렉스는 하나 이상의 벌지를 포함하고, 각각은 독립적으로 워블이 아닌 하나 이상의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지가 있다. 일부 구현예에서, 개수는 0개이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 제3 도메인은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드(반대편 뉴클레오시드)를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 도메인은 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 도메인은 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드를 포함한다. 당 및 이의 핵염기를 포함한 다양한 적합한 반대편 뉴클레오시드는 본원에 기재되었다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 예를 들어 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산과 듀플렉스를 형성하는 경우 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함한다. 반대편 뉴클레오시드에 변형 핵염기를 포함하는 적합한 핵염기는 본원에 기재되어 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 반대편 핵염기는 C, C의 호변이성체, U, U의 호변이성체, A, A의 호변이성체, 및 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함하는 핵염기로부터 선택되는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 이환 당, 예를 들어 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 비환형이다(예를 들어, 상응하는 환형 당의 C2-C3 결합을 끊음으로써).
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)인 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개이다. 일부 구현예에서, 개수는 16개이다. 일부 구현예에서, 개수는 17개이다. 일부 구현예에서, 개수는 18개이다. 일부 구현예에서, 개수는 19개이다. 일부 구현예에서, 개수는 20개이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 RNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 DNA 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 모든 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로, 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 변형 당은 각각 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 독립적으로 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 변형 당이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함한다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-F 변형 당을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이환 당 및/또는 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)의 수준은 개별적으로 또는 조합적으로 2'-F 변형 당에 비해 상대적으로 높다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 이환 당(예: LNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함한다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이다. 일부 구현예에서, 개수는 1개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 6개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 7개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 8개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 9개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 10개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 11개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 12개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 13개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 14개 이상이다. 일부 구현예에서, 개수는 15개 이상이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 2개의 제3 서브도메인 뉴클레오시드를 연결하는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결은 제3 서브도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 뉴클레오시드와 제2 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 적절하게 제3 서브도메인의 뉴클레오티드간 연결로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 뉴클레오시드와 제2 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 뉴클레오티드간 연결이고, 일부 구현예에서, 이는 키랄 제어되고, 일부 구현예에서, 이는 Rp이고, 일부 구현예에서, 이는 Sp이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 특정 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제3 서브도메인에 있는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제3 서브도메인에 있는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 수준은 예를 들어 제3 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 55%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 5%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 또는 최대 약 50%이다. 일부 구현예에서, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 1~5개, 예를 들어 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 또는 최대 약 10개이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 제3 서브도메인은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상(예를 들어, 약 2개, 약 3개, 약 4개 등)의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 제3 서브도메인의 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 n001이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드는 제2 도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 마지막 2개의 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 마지막 2개의 뉴클레오시드이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개)의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 도메인은 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 5'-말단부, 예를 들어 약 1~20, 1~15, 1~10, 1~8, 1~5, 1~3, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 약 1~3개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 6개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 7개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 8개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 9개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 10개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 제3 서브도메인의 5'-말단 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 3'-말단부 및 5'-말단부를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 제3 서브도메인의 5'-말단 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 5'-말단부는 제2 서브도메인에 결합된다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1~15, 1~10, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OR을 포함한다(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부에 비해, 5'-말단부는 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 2'-F 변형 당 및/또는 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당), 및/또는 더 낮은 수준(개수 및/또는 백분율)의 다른 유형의 변형 당, 예를 들어 이환 당 및/또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 비해, 5'-말단부는 더 높은 수준의 2'-F 변형 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 비해, 5'-말단부는 더 높은 수준의 2'-F 변형 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 비해, 5'-말단부는 더 높은 수준의 천연 DNA 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 비해, 5'-말단부는 더 높은 수준의 천연 DNA 당 및/또는 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 이환 당 또는 2'-OR을 포함하는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족(예: 메틸)임)인 낮은 수준(예를 들어, 최대 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 또는 10%, 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 이환 당 또는 2'-OR을 포함하는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족(예: 메틸)임)인 변형 당을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 변형 당은 독립적으로 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-OMe 또는 다른 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 각각의 당은 독립적으로 2개의 2'-H 또는 2'-F 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1~3개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 1~3개의 천연 DNA 당을 포함한다.
일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 3'-말단부에 비해 더 높은 수준(개수 및/또는 백분율)의 Rp 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 3'-말단부, 예를 들어 약 1~20, 1~15, 1~10, 1~8, 1~4, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 핵염기의 길이를 갖는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 약 3~6개 핵염기의 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 길이는 1개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 2개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 3개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 4개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 5개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 6개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 7개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 8개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 9개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 길이는 10개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 제3 서브도메인의 3'-말단 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 2개의 2'-H를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 2'-OH를 갖는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1~15, 1~10, 3~8개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택된다(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임).
일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OR을 포함한다(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당) 또는 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-OR 변형이 있는 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 하나 이상의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, LB는 임의로 치환된 -CH2-이다. 일부 구현예에서, LB는 -CH2-이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함한다.
일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Rp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 3'-말단부의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 불일치를 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 본원에 기재된 바와 같은 하나 이상(예를 들어, 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 워블을 포함한다. 일부 구현예에서, 3'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적이다. 일부 구현예에서, 상보성은 60% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 70% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 75% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 80% 이상이다. 일부 구현예에서, 상보성은 90% 이상이다.
일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 ADAR 단백질, 예: ADAR1, ADAR2 등)과 같은 단백질의 보충을 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 ADAR 단백질과 같은 단백질과의 상호작용을 보충하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 디아미나제 활성을 갖는 ADAR의 촉매 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인의 다양한 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 단백질(예: ADAR 단백질)의 하나 이상의 잔기와 상호작용할 수 있다.
본원에 나타낸 바와 같이, 다양한 특성 및/또는 활성을 제공하기 위해 올리고뉴클레오티드에서 키랄 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 키랄 제어가 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결), Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결), 또는 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다("+"는 뉴클레오시드에서 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 쪽으로 세며 +1번 위치의 뉴클레오티드간 연결이 뉴클레오시드의 5'-탄소에 결합된 뉴클레오티드간 연결이고, "-"는 뉴클레오시드에서 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 쪽으로 세며 -1번 위치의 뉴클레오티드간 연결이 뉴클레오시드의 3'-탄소에 결합된 뉴클레오티드간 연결임). 일부 구현예에서, Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -2, -1, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -2, -1, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -2, -1, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다.
일부 구현예에서, Rp는 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 -8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Rp는 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 배열이다. 일부 구현예에서, Sp는 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 -8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, Sp는 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 배열이다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 -8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 전부는 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 전부는 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 전부는 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 전부는 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Rp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 Sp 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 비-키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 제1 서브도메인의 3'-말단부에 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물에 하나 이상의 천연 포스페이트 연결이 사용된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 하나 이상(예를 들어, 약 또는 적어도 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 이상)의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 2개 이상(예를 들어, 약 또는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 이상)의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에 있는 약 또는 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%의, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에 있는 약 또는 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%의, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에 있는 약 또는 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%의, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적인 천연 포스페이트 연결이 아니다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의 키랄 제어 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 천연 포스페이트 연결을 포함하고, 각각의 연결은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 본원에 기재된 바와 같지만 -H는 아님)을 포함하지 않는 2개의 당에 결합한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함하고, 각각의 연결은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 본원에 기재된 바와 같지만 -H는 아님)을 포함하지 않는 2개의 당에 결합한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 천연 포스페이트 연결을 포함하고, 각각의 연결은 독립적으로 2개의 2'-F 변형 당에 결합한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)는 최대 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함하고, 각각의 연결은 독립적으로 2개의 2'-F 변형 당에 결합한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2'-OR 변형(R은 본원에 기재된 바와 같지만 -H는 아님)을 포함하지 않는 2개의 당에 결합하는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개, 예를 들어 최대 2개, 최대 3개, 최대 4개, 최대 5개 등의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2개의 2'-F 변형 당에 결합하는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개, 예를 들어 최대 2개, 최대 3개, 최대 4개, 최대 5개 등의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2'-OR 변형(R은 본원에 기재된 바와 같지만 -H는 아님)을 포함하지 않는 2개의 당에 결합하는 뉴클레오티드간 연결의 최대 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 예를 들어 최대 10%, 최대 15%, 최대 20%, 최대 25%, 최대 약 30%, 최대 약 40%, 최대 50% 등은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2개의 2'-F 변형 당에 결합하는 뉴클레오티드간 연결의 최대 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 예를 들어 최대 10%, 최대 15%, 최대 20%, 최대 25%, 최대 약 30%, 최대 약 40%, 최대 50% 등은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2'-OR 변형(R은 본원에 기재된 바와 같지만 -H는 아님)을 포함하지 않는 2개의 당에 결합하는 최대 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개, 예를 들어 최대 2개, 최대 3개, 최대 4개, 최대 5개 등의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)에서 2개의 2'-F 변형 당에 결합하는 최대 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개, 예를 들어 최대 2개, 최대 3개, 최대 4개, 최대 5개 등의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다.
일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -1번 및 +1번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -1번 및 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 -1번 위치에 있고, 변형 뉴클레오티드간 연결은 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결은 +1번 위치에 있고, 변형 뉴클레오티드간 연결은 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 최대 2개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 최대 1개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등)의 다양한 위치에 단일 천연 포스페이트 연결이 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 특정 위치에 특정 유형의 당이 사용된다. 예를 들어 일부 구현예에서, 제1 도메인은 다수의 2'-F 변형 당을 포함하고/하거나(임의로 일부 구현예에서 2'-F 변형 당보다 낮은 수준으로 다수의 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)을 포함함), 제1 서브도메인은 다수의 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)(예를 들어, 2'-OMe 변형당)을 포함하고/하거나(임의로 일부 구현예에서 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)보다 낮은 수준으로 다수의 2'-F 당을 포함함), 제2 도메인은 하나 이상의 천연 DNA 당(2' 위치에 치환 없음) 및/또는 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함하고/하거나, 제3 서브도메인은 다수의 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)(예를 들어, 2'-OMe 변형 당)을 포함한다(임의로 일부 구현예에서 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)보다 낮은 수준으로 다수의 2'-F 당을 포함함). 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, 0, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및 +8번 위치 중 하나 이상에 있다("+"는 뉴클레오시드에서 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 쪽으로 세고, "-"는 뉴클레오시드에서 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 쪽으로 세고, 0번 위치는 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 위치임, 예를 들어 5'-…N+2N+1N0N-1N-2…3'). 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 -5, -4, -3, -2, -1, 0, +1, +2, +3, +4, 및 +5번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 -3, -2, -1, 0, +1, +2, 및 +3번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 -2, -1, 0, +1, 및 +2번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 -1, 0, 및 +1번 위치 중 하나 이상에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 +1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 0번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 -1번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 천연 DNA 당(2'-탄소에 2개의 2'-H), 2'-OMe 변형 당, 및 2'-F 변형 당으로부터 선택되는 당이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당은 독립적으로 천연 DNA 당(2'-탄소에 2개의 2'-H) 및 2'-OMe 변형 당으로부터 선택되는 당이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, 0, -1, 및/또는 +1번 위치의 당)은 독립적으로 천연 DNA 당(2'-탄소에 2개의 2'-H) 및 2'-F 변형 당으로부터 선택되는 당이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, -1, 0 또는 +1번 위치의 당)은 천연 DNA 당(2'-탄소에 2개의 2'-H)이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, 0, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및/또는 +8번 위치의 당)은 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및/또는 +8번 위치의 당)은 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, -1, 0, +1, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및/또는 +8번 위치의 당)은 2'-OMe 변형 당이다. 일부 구현예에서, 특정 유형의 당(예를 들어, -8, -7, -6, -5, -4, -3, -2, +2, +3, +4, +5, +6, +7, 및/또는 +8번 위치의 당)은 2'-OMe 변형 당이다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 -2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 -4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +2번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +4번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +5번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +6번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +7번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은 +8번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 0번 위치의 당은 2'-MOE 변형 당이 아니다. 일부 구현예에서, 0번 위치의 당은 천연 DNA 당(2'-탄소에 2개의 2'-H)이다. 일부 구현예에서, 0번 위치의 당은 2'-MOE 변형 당이 아니다. 일부 구현예에서, -1번 위치의 당은 2'-MOE 변형 당이 아니다. 일부 구현예에서, -2번 위치의 당은 2'-MOE 변형 당이 아니다. 일부 구현예에서, -3번 위치의 당은 2'-MOE 변형 당이 아니다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형 당, 및 임의로 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서, 2'-F 변형 당보다 낮은 수준)을 포함한다(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님). 일부 구현예에서, 제1 도메인은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서, 2'-F 변형 당보다 낮은 수준)을 포함한다(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님). 일부 구현예에서, 제1 도메인은 1, 2, 3, 또는 4개, 또는 1개 이하, 2개 이하, 3개 이하, 또는 4개 이하의 2'-OR 변형 당(R은 C1-6 지방족임)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 첫 번째, 두 번째, 세 번째, 및/또는 네 번째 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)이다. 일부 구현예에서, 2'-OR을 포함하는 당은 연속적이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 5'-말단에 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 연속적인 당을 포함하고, 각각의 당은 독립적으로 2'-OR을 포함한다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 하나 이상의 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함하고(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님), 임의로 2'-F 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함하고(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님), 임의로 2'-F 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함하고(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님), 임의로 2'-F 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준; 일부 구현예에서 더 높은 수준)을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 또는 적어도 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 약 또는 적어도 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 2'-F 연속적 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 독립적으로 2'-F 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, (5'에서 3' 방향으로) 제3 서브도메인의 첫 번째 2'-F 변형 당은 제3 서브도메인의 첫 번째 당이 아니다. 일부 구현예에서, 제3 도메인의 첫 번째 2'-F 변형 당은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -3번 위치에 있다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 변형 당이고, 변형은 2'-F 및 2'-OR로부터 선택된다(R은 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, 변형은 2'-F 및 2'-OMe로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-OMe 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 하나 이상의 변형 당은 독립적으로 2'-OMe 변형 당이고, 제3 서브도메인에 있는 하나 이상의 변형 당은 독립적으로 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 변형 당은 독립적으로, 일부 구현예에서 2'-OMe 변형 당인 제3 서브도메인의 첫 번째 당을 제외하고, 2'-F 변형 당이다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 2'-OR 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함하고(R은 본원에 기재된 바와 같고 -H가 아님), 임의로 2'-F 변형 당(일부 구현예에서 더 낮은 수준)을 포함한다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-MOE이다.
염기 서열
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 본 발명의 구조적 특징, 예컨대 핵염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형, 연결 인 입체화학 등, 및 이들의 조합을 다양한 적합한 염기 서열과 함께 사용하여 원하는 특성 및/또는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제공할 수 있다. 예를 들어, 아데노신 변형(예: ADAR 단백질 존재하의 I로의 변환)을 위한 올리고뉴클레오티드는 일반적으로, 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산의 서열에 충분히 상보적인 서열을 갖는다. 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 다양한 위치에 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 제1 도메인에 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 제2 도메인에 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 제1 서브도메인에 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 제2 서브도메인에 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 제3 서브도메인에 있다. 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 표적 아데노신을 표적화할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 반대편 뉴클레오시드는 각각 독립적으로 제2 서브도메인의 구조 특징을 갖는 부분에 있고, 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 반대편 뉴클레오시드의 하나 이상의 또는 모든 구조적 특징을 갖는다. 많은 구현예에서, 예를 들어 G에서 A로의 돌연변이 표적화를 위해, 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 ADAR에 의해 I로 변환되는 변형을 위해 오직 하나의 표적 아데노신을 선택적으로 표적화할 수 있다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단보다 3'-말단에 더 가깝다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원(예를 들어, 표)에 기재된 염기 서열 또는 이의 일부(예를 들어, 10~50, 10~40, 10~30, 10~20개, 또는 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개의 연접 핵염기의 스팬)를 가지며(0~5개(예를 들어, 0, 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 불일치가 있음), 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 염기 서열 또는 이의 일부를 포함하며, 일부는 적어도 10개의 연접 핵염기의 스팬, 또는 0~5개의 불일치가 있는 적어도 15개의 연접 핵염기의 스팬이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 염기 서열, 또는 이의 일부를 가지며, 일부는 적어도 10개의 연접 핵염기의 스팬, 또는 1~5개의 불일치가 있는 적어도 10개의 연접 핵염기의 스팬이고, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 핵산, 예를 들어 유전자 또는 이의 전사체(예: mRNA)의 염기 서열과 동일하거나 이에 상보적인 염기 서열의, 임의로 연접한, 10~60개(예를 들어, 약 또는 적어도 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60개; 일부 구현예에서, 적어도 15개; 일부 구현예에서, 적어도 16개; 일부 구현예에서, 적어도 17개; 일부 구현예에서, 적어도 18개; 일부 구현예에서, 적어도 19개; 일부 구현예에서, 적어도 20개; 일부 구현예에서, 적어도 21개; 일부 구현예에서, 적어도 22개; 일부 구현예에서, 적어도 23개; 일부 구현예에서, 적어도 24개; 일부 구현예에서, 적어도 25개; 일부 구현예에서, 적어도 26개; 일부 구현예에서, 적어도 27개; 일부 구현예에서, 적어도 28개; 일부 구현예에서, 적어도 29개; 일부 구현예에서, 적어도 30개; 일부 구현예에서, 적어도 31개; 일부 구현예에서, 적어도 32개; 일부 구현예에서, 적어도 33개; 일부 구현예에서, 적어도 34개; 일부 구현예에서, 적어도 35개)의 염기를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 유전자 또는 이의 전사체의 표적 서열에 상보적인 서열이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 서열은 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60개 이상 핵염기의 길이이다.
일부 구현예에서, 표적 서열은 관련 유기체에서 다른 것과 비교하여 핵산 서열을 정의한다는 점에서 핵산 서열의 특징적 서열이거나 이를 포함한다(예를 들어, 특징적 서열은 관련 유기체에서 다른 게놈 핵산 서열(예를 들어, 유전자) 또는 이의 전사체에 없거나 이로부터 적어도 다양한 불일치를 가짐). 일부 구현예에서, 전사체의 특징적 서열은 관련 유기체에서 다른 전사체와 비교하여 해당 전사체를 정의한다(예를 들어 일부 구현예에서, 특징적 서열은 상이한 핵산 서열(예를 들어, 상이한 유전자)로부터 전사된 전사체에 없음). 일부 구현예에서, 핵산 서열의 전사 변이체(예: 유전자의 mRNA 변이체)는 예를 들어 다른 유전자의 전사체로부터 이들을 정의하는 공통 특징적 서열을 공유할 수 있다. 일부 구현예에서, 특징적 서열은 표적 아데노신을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 아데노신을 포함하는 핵산과 선택적으로 듀플렉스를 형성하고, 표적 아데노신은 듀플렉스 영역 내에 있고 ADAR1 또는 ADAR2와 같은 단백질에 의해 변형될 수 있다.
제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일반적으로 예를 들어 표적 아데노신의 부위-지정 편집에 있어서, 표적 핵산, 예를 들어 RNA 전사체(예: pre-mRNA, 성숙 mRNA 등)에 대해 충분한 길이 및 상보성을 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 아데노신을 포함하는 표적 RNA 서열의 부분에 상보적이다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 많은 경우 표적 핵산은 본 발명의 올리고뉴클레오티드보다 더 길고, 상보성은 둘 중 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 기초하여 적절하게 평가될 수 있다). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 90% 이상의 동일성을 가지며, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 95% 이상의 동일성을 가지며, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40개 이상의 염기의 연속 스팬을 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하지만, 스팬 내의 하나 이상의 염기가 무염기이다(예를 들어, 핵염기가 뉴클레오티드에 존재하지 않음).
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열을 포함하는 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열인 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열의 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 적어도 90% 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 적어도 95% 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 본원에 기재된 임의의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~40개, 예를 들어 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40개의 연접 염기를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에서 표에 제시된 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산, 예를 들어 표적 아데노신을 포함하는 부분의 염기 서열에 상보적이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표에 있는 올리고뉴클레오티드의 적어도 15개의 연접 염기(예를 들어, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개)를 포함하는 염기 서열을 가지며, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 임의의 표에 기재된 염기 서열 또는 이의 일부(예: 10~40개, 예를 들어 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40개의 핵염기를 포함하는 부분)(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함), 및/또는 임의의 표에 기재된 당, 핵염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형 및/또는 입체화학, 및/또는 이의 패턴, 및/또는 임의의 표에 기재된 추가의 화학적 모이어티(올리고뉴클레오티드 사슬 외에도, 예를 들어 표적 모이어티, 지질 모이어티, 탄수화물 모이어티 등)를 포함한다.
일부 구현예에서, "상보적", "완전히 상보적" 및 "실질적으로 상보적"이라는 용어는 이들이 사용된 문맥에서 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드와 표적 서열 사이의 염기 일치와 관련하여 사용될 수 있다. U를 T로 치환하거나 그 반대의 경우도 일반적으로 상보성의 양을 변경시키지 않는다는 점에 유의한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 표적 서열에 대하여 "실질적으로 상보적"인 올리고뉴클레오티드는 대체로 또는 대부분 상보적이지만 100% 상보적일 필요는 없다. 일부 구현예에서, 실질적으로 상보적인 서열(예: 올리고뉴클레오티드)은 표적 서열에 최대로 정렬될 때 하나 이상, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 불일치를 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산의 표적 서열에 실질적으로 상보적인 염기 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드 서열의 보체에 실질적으로 상보적인 염기 서열을 갖는다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 서열은 올리고뉴클레오티드가 기능(예를 들어, 핵산에서 A를 I로 변환)을 수행하기 위해 표적에 대해 100% 상보적일 필요는 없다. 일부 구현예에서, 불일치는 올리고뉴클레오티드의 5' 및/또는 3' 말단 또는 중간에서 잘 견딘다. 일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이 아데노신 변형에 있어서 하나 이상의 불일치가 바람직하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산에 대한 상보성을 위한 부분, 및 임의로 주로 표적 핵산에 대한 상보성을 위한 것이 아닌 부분을 포함한다(예를 들어 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 단백질 결합을 위한 부분을 포함할 수 있음). 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 서열에 완전히 상보적이다(A-T/U 및 C-G 염기쌍 형성). 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 뉴클레오시드(예: 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에서를 제외하고 표적 서열에 완전히 상보적이다(A-T/U 및 C-G 염기쌍 형성).
일부 구현예에서, 본 발명은 표에 기재된 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 하나 이상의 U는 독립적으로 그리고 임의로 T로 대체되고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 T 및/또는 적어도 하나의 U를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원의 표에 기재된 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 상기 서열은 표에 기재된 올리고뉴클레오티드의 서열과 50%보다 높은 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 본 발명은 염기 서열이 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 서열인 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표의 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 올리고뉴클레오티드는 동일 올리고뉴클레오티드 또는 본원 표의 다른 올리고뉴클레오티드의 백본 연결 패턴, 백본 키랄 중심 패턴, 및/또는 백본 인 변형 패턴을 갖는다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원(예를 들어, 표)에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 일부를 포함하는 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하고, 임의로 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 화학적 변형, 입체화학, 포맷, 추가의 화학적 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티, 지질 모이어티, 탄수화물 모이어티 등), 및/또는 다른 구조적 특징을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, "일부"(예를 들어, 염기 서열 또는 변형 패턴 또는 다른 구조적 요소의 일부)는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 단량체 단위의 길이이다.
본 개시내용을 읽은 당업자는 편집을 위해 표적 아데노신을 포함하는 다양한 표적 핵산을 표적화하는 데 본원의 기술이 사용될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 표적 핵산은 PiZZ 대립유전자의 전사체이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 …atcgacAagaaagggactgaagc...이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 편집을 위해 표적 아데노신을 포함하는 전사체의 일부와 듀플렉스를 선택적으로 형성하기에 충분한 상보성을 갖도록 적합한 염기 서열을 갖는다.
본원에 기재된 바와 같이, 표적 뉴클레오시드(예: A)의 반대편 뉴클레오시드는 다양한 위치에 위치할 수 있다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 3번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 4번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 5번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 6번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 7번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 8번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 9번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 10번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 반대편 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 3번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 4번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 5번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 6번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 7번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 8번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 9번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 3'-말단으로부터 10번 이상의 위치에 있다. 일부 구현예에서, 5'-말단 및/또는 3'-말단으로부터 1번 위치의 핵염기는 최대 상보성을 위해 정렬될 때 표적 서열의 상응하는 핵염기에 상보적이다. 일부 구현예에서, 특정 위치(예를 들어, 6, 7, 또는 8번 위치)는 더 높은 편집 효율을 제공할 수 있다.
예로서, 특정 예시적인 염기 서열, 핵염기 변형 및 이의 패턴, 당 변형 및 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 연결 인 입체화학 및 이의 패턴, 링커, 및/또는 추가의 화학적 모이어티 등을 포함하는 특정 올리고뉴클레오티드가 하기 표 1에 제시되어 있다. 특히, 이러한 올리고뉴클레오티드는 (예를 들어, A를 I로 변환함으로써) 유전자 또는 유전자 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이를 교정하는 데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이 표에 열거되어 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
표 1. 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
표 1A. ACTB를 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 염기 서열 설명 입체화학/연결
WV-23388 UACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCA mU * mA * mC * rA * rU * rA * rA * rU * rU * rU * rA * rG * rA * rC * rG * rU * rA * rA * rG * rC * rA * rA * rU * rG * rC * rC * rA * mU * mC * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-23928 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * fC * fA * fU * fA * fA * fU * fU * fU * fA * fG * fA * fC * fG * fU * mA * mA * mG * mC * mA * mA * mU * mG * C * C * A * mU * mC * mA * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-23930 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * fC * fA * fU * fA * fA * fU * fU * fU * fA * fG * fA * fC * fG * fU * mA * mA * mG * mC * mA * mA * mU * mG * fC * C * A * mU * mC * mA * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-27385 UACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCACC fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS S
WV-27386 UACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCACC fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS S
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WV-27389 AUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SS
WV-27390 AUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SS
WV-27391 AUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCA fA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS S
WV-27392 AUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCA fA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS S
WV-27394 UACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCACC fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * RA * RmU * SmC * SmA * SmC * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS RRSSSS
WV-27395 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * RA * RmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSR RSSS
WV-27402 UACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCACC fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS S
WV-27403 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-27410 UACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCACC fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfC * SfA * SfC * SfG * SfA * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * RA * RmU * SmC * SmA * SmC * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS RRSSSS
WV-27411 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * RA * RmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSR RSSS
WV-27457 UACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCACC Mod001L001fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC * SmC OSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SS
WV-27458 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC OSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS
WV-27459 UACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCACC Mod001L001fU * SfA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC * SmC OSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SS
WV-27460 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC OSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS
WV-28787 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCUAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * Sm5lC * SUsm04n001A * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSS
WV-28788 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCUAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SUsm04A * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSO SSSS
WV-28789 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCUAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SUsm04n001A * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSS
WV-28790 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCUAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SUsm04A * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSO SSSS
WV-28791 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCUAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SfC * SUsm04n001A * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSS
WV-31967 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmAn001mC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS nXSSnX
WV-31968 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmAn001mC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSSS nXSSnX
WV-31969 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfGn001fA * SfC * SfGn001fU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS nXSSnXS SSSSS SSSSS SSSS
WV-31970 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfGn001fA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS nXSSSS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-31971 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfAn001fC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SnXSSS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-31972 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfAn001fC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SnXSSS SSSSS SSSSS nXSSS
WV-31973 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfAn001fC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SnXSSS SSSSnX SSSSS nXSSS
WV-31974 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfAn001fC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SnXSSS SSSSnX SSSSS nXSSS
WV-31975 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS nXSSS
WV-31976 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-31977 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SSSSS S SSSSS SSSSS SSS
WV-31978 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfAn001fC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SnXSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-31979 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmAn001mC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSnX
WV-31980 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfGn001fU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSnXS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-31981 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSSS nXSSS
WV-31982 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SAn001mU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS nXSSS
WV-31983 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfGn001fA * SfC * SfGn001fU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS nXSSnXS SSSSS SSSSS SSSS
WV-31984 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfGn001fU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SSSnXS SSSSS SSSSS SSSS
WV-31985 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfGn001fA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmA * SmA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS nXSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-31986 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfA * SfU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfGn001fA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSSSS SSSSS nXSSSS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-31987 ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC fA * SfC * SfAn001fU * SfA * SfA * SfU * SfU * SfU * SfA * SfG * SfA * SfC * SfG * SfU * SmA * SmA * SmG * SmC * SmAn001mA * SmU * SmG * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmA * SmC SSnXSS SSSSS SSSSS SSSSnX SSSSS SSSS
WV-32101 ACAUAAUUUACACAAAGGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fA*SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfA*SfA*SmA*SmG*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSSnXSSnX
WV-35713 ACAUAAUUUACACAAAGGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfAn001fA*SmAn001mG*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX
WV-35736 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSSnXSSnX
WV-35737 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX
WV-37314 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fAn001RfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-37315 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001fAn001SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC OnSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS
WV-37326 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001mC*SmA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX
WV-37327 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001RmC*SmA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-37328 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001SmC*SmA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC OnSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS
WV-37329 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001Aeon001m5Ceo*SAeo*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX
WV-37330 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001Aeon001Rm5Ceo*SAeo*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-37331 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001Aeon001Sm5Ceo*SAeo*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC OnSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS
WV-37332 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001mC*SfA*SmU*SfA*SmA*SfU*SmU*SfU*SmA*SfC*SmA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX
WV-37333 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001RmC*SfA*SmU*SfA*SmA*SfU*SmU*SfU*SmA*SfC*SmA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-37334 ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC Mod001L001mAn001SmC*SfA*SmU*SfA*SmA*SfU*SmU*SfU*SmA*SfC*SmA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC OnSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS
표 1B. LUC를 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 염기 서열 설명 입체화학/연결
WV-20666 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20689 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XOOOO OOOOO OOOOOO OOOOOO OOOOOO OOO
WV-20690 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20691 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20692 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXO OOOOO OOOOOO OOOOOO OOOOOO OOO
WV-20693 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20694 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20695 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20696 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20697 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20698 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20699 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20700 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XXOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20701 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XXXOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20702 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XXXXO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20703 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XXXXX OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20704 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG XXXXX XXXXX XXXXX XOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20706 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOX X
WV-20707 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOXX X
WV-20708 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOXXX X
WV-20709 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOXOO OOXXX X
WV-20710 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OXXOO OOXXX X
WV-20711 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO XXXOO OOXXX X
WV-20712 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC * rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOX XXXOO OOXXX X
WV-20713 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU * rC * rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOXX XXXOO OOXXX X
WV-20714 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOXXX XXXOO OOXXX X
WV-20715 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OXXXX XXXOO OOXXX X
WV-20716 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA rC rC rA rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO XXXXX XXXOO OOXXX X
WV-20717 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OXXXX X
WV-20718 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOXO OXXXX X
WV-20719 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOXXO OXXXX X
WV-20720 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OXXXO OXXXX X
WV-20721 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO XXXXO OXXXX X
WV-20722 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC * rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOX XXXXO OXXXX X
WV-20723 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOOXX XXXXO OXXXXX
WV-20724 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OOXXX XXXXO OXXXXX
WV-20725 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO OXXXX XXXXO OXXXXX
WV-20726 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC rC rA * rU * rC * mC * mU * mG OOOOO OOOOO OOOOO XXXXX XXXXO OXXXX X
WV-20727 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA * rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOXO OOOOO O
WV-20728 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC * rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOX OOOOO O
WV-20729 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC * rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO XOOOO O
WV-20730 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA * rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OXOOOO
WV-20731 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA * rC * rC * rA * rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOXX XXOOOO
WV-20732 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC * rC * rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOX XOOOO O
WV-20733 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * rC * mC * mU * mG XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-20734 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20735 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU mUmU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20736 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU mUmUmCmC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20737 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU mUmUmCmCm AmU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20738 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU mUmUmCmCmA mUmGmG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20739 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmUmCmU mUmUmCmCmA mUmGmGmAmA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
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WV-20742 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rAmA rC rC rAmUmCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20743 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rUmAmAmA rC rC rAmUmCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20744 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rUmCmUmAmAmA rC rC rAmUmCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20745 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rGmUmUmCmUmAmAmA rC rC rAmUmCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20746 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mUmCmU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rAmGmGmUmUmCmUmAmAmA rC rC rAmUmCmCmUmG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20747 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20748 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20749 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20750 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfUfCfC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20751 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfUfCfCfAfU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20752 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfUfCfCfAfUfGfG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20753 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfUfCfCfAfUfGfGfAfA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20754 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfUfCfUfUfUfCfCfAfUfGfGfAfAfGfG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rA rU rCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20755 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rA rA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20756 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rU rA rAfA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20757 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rU rC rUfAfAfA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20758 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rG rU rUfCfUfAfAfA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20759 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rA rG rGfUfUfCfUfAfAfA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-20760 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG fUfCfU rC rU rU rU rC rC rA rU rG rG rA rAfGfGfUfUfCfUfAfAfA rC rC rAfUfCfCfUfG OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO O
WV-22259 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * mC * mC * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX
WV-22260 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCC mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-22261 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUC mU * mC * mU * rC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXX
WV-22262 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mC * mU * mC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * rC * mC * mU * mG XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX
WV-22263 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC * mU * mC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * mC * mC * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-22264 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCC mC * mU * mC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXX
WV-22265 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUC mC * mU * mC * rU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XX
WV-22266 UCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * rC * mC * mU * mG XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-22267 UCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mU * mC * mU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * mC * mC * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXX
WV-22268 UCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCC mU * mC * mU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XX
WV-22269 UCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUC mU * mC * mU * rU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-22270 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mC * mU * mU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * rC * mC * mU * mG XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXX
WV-22271 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC * mU * mU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * rU * mC * mC * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XX
WV-22272 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCC mC * mU * mU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-22273 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUC mC * mU * mU * rU * rC * rC * rA * rU * rG * rG * rA * rA * rG * rG * rU * rU * rC * rU * rA * rA * rA * rC * rC * rA * mU * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX
WV-22290 UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG mU * mC * mU * mC * mU * mU * mU * mC * mC * mA * mU * mG * mG * mA * mA * mG * mG * mU * mU * mC * mU * mA * mA * mA * rC * rC * rA * mU * mC * mC * mU * mG XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
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WV-23913 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * fU * fU * fU * fC * fC * fA * fU * fG * fG * fA * fA * fG * mG * mU * mU * mC * mU * mA * mA * mA * C * mC * A * mU * mC * mC * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XX
WV-23914 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCC fC * fU * fU * fU * fC * fC * fA * fU * fG * fG * fA * fA * fG * mG * mU * mU * mC * mU * mA * mA * mA * C * mC * A * mU * mC * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-23915 CUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUC fC * fU * fU * fU * fC * fC * fA * fU * fG * fG * fA * fA * fG * mG * mU * mU * mC * mU * mA * mA * mA * C * mC * A * mU * mC XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX
WV-24111 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24112 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * RfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU RSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24113 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * RfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SRSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24114 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * RfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSRSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24115 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * RfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSRS SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24116 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * RfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSR SSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24117 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * RfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS RSSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24118 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * RfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SRSSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24119 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * RfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSRSS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24120 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * RfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSRS SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24121 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * RfG * SfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSSR SSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24122 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * RfG * SfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSSS RSSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24123 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * RfA * SfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSSS SRSSS SSSSS SSSSS SSSS
WV-24124 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * RfA * SfG * SmG * SmU * SmU * SmC * SmU * SmA * SmA * SmA * SC * SC * SA * SmU * SmC * SmC * SmU SSSSS SSSSS SSRSS SSSSS SSSSS SSSS
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WV-24146 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU fC * SfU * SfC * SfU * SfU * SfU * SfC * SfC * SfA * SfU * SfG * SfG * SfA * SfA * SfG * RmG * RmU * RmU * RmC * RmU * RmA * RmA * RmA * RC * RC * RA * RmU * RmC * RmC * RmU SSSSS SSSSS SSSSR RRRRR RRRRR RRRR
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WV-36914 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36915 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36916 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36917 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36918 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36919 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36920 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36921 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36922 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36923 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36924 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36925 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36926 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36927 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36928 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSSS
WV-36929 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSSS
WV-36930 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSSS
WV-36931 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSSS
WV-36932 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSSS
WV-36933 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSSS
WV-36934 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSSS
WV-36935 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXSSSSSSS
WV-36936 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOSSS
WV-36937 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOSSS
WV-36938 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SCCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOSSS
WV-36939 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOSSS
WV-36940 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOSSS
WV-36941 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOSSS
WV-36942 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOSSS
WV-36943 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOSSS
WV-36944 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOSSS
WV-36945 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOSSS
WV-36946 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOSSS
WV-36947 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36948 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36949 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36950 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36951 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36952 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36953 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36954 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfCfAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36955 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfCfCfAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*SmC*SmC*SmU SSSSSSOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOSSS
WV-36958 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*C*AmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOXXX
WV-36959 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*CAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOXXX
WV-36960 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*CCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOXXX
WV-36961 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOXXX
WV-36962 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOXXX
WV-36963 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOXXX
WV-36964 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOXXX
WV-36965 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOXXX
WV-36966 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOXXX
WV-36967 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOXXX
WV-36968 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOXXX
WV-36969 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36970 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36971 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36972 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36973 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36974 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36975 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36976 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fCfAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOOOOOXXX
WV-36977 CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU mC*fU*fC*fU*fU*fU*fCfCfAfUfGfGfAfAfGmGmUmUmCmUmAmAmACCAmU*mC*mC*mU XXXXXXOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOXXX
표 1C. SERPINA1을 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 염기 서열 설명 입체화학/연결
WV-23395 GCCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCUCGUCGAU mG * mC * mC * rC * rC * rA * rG * rC * rA * rG * rC * rA * rU * rC * rA * rC * rU * rC * rC * rC * rU * rU * rU * rC * rU * rC * rG * rU * rC * mG * mA * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-23932 CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCGUCGA fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * C * G * mU * mC * mG * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-27817 GCCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCUCIUCGAU mG * mC * mC * rC * rC * rA * rG * rC * rA * rG * rC * rA * rU * rC * rA * rC * rU * rC * rC * rC * rU * rU * rU * rC * rU * rC * I * rU * rC * mG * mA * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-27818 CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGA fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * C * I * mU * mC * mG * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-27819 GCCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCGUCGAU fG * fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * C * G * mU * mC * mG * mA * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-27820 GCCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGAU fG * fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * C * I * mU * mC * mG * mA * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-27821 CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCUCGUCGA mC * mC * mC * rC * rA * rG * rC * rA * rG * rC * rA * rU * rC * rA * rC * rU * rC * rC * rC * rU * rU * rU * rC * rU * rC * rG * rU * mC * mG * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-27822 CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCUCIUCGA mC * mC * mC * rC * rA * rG * rC * rA * rG * rC * rA * rU * rC * rA * rC * rU * rC * rC * rC * rU * rU * rU * rC * rU * rC * I * rU * mC * mG * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
WV-28177 GCCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCGUCGAU fG * fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * b001C * G * mU * mC * mG * mA * mU XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX X
WV-28179 CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCGUCGA fC * fC * fC * fC * fA * fG * fC * fA * fG * fC * fA * fU * fC * fA * fC * mU * mC * mC * mC * mU * mU * mU * mC * T * b001C * G * mU * mC * mG * mA XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXXX XXXX
표 1D. 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/연결 표적
WV-23873 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*C*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX LUC
WV-24111 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS LUC
WV-31442 fC*SfC*SfA*SfA*SfC*SfC*SfA*SfG*SfA*SfA*SfA*SfU*SfU*SfG*SfG*SmC*SmA*SmC*SmA*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*RA*RmC*SmU*SmG*SmU CCAACCAGAAAUUGGCACAAAUGCCACUGU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSRRSSS EEF1A1
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WV-35726 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfCn001fA*SfC*SfAn001fA*SmA*SmG*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*RAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACAAAGGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSnXSSnXSSSSSSSSSSRnXSSnX ACTB
WV-35735 Mod001L001fA*SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSSnXSSnX ACTB
WV-35736 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSSnXSSnX ACTB
WV-35737 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSSnXSSnX ACTB
WV-35738 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfCn001fA*SfC*SfGn001fA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSnXSSnXSSSSSSSSSSSnXSSnX ACTB
WV-35739 Mod001L001fA*SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SfC*SC*RAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSRnXSSnX ACTB
WV-35740 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmAn001mA*SmU*SmG*SfC*SC*RAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSSSRnXSSnX ACTB
WV-35741 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001fA*SmAn001mA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*RAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSSSSnXSnXSSSSSSSSRnXSSnX ACTB
WV-35742 Mod001L001fAn001fC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfCn001fA*SfC*SfGn001fA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*RAn001mU*SmC*SmAn001mC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnXSSSSSSSSSnXSSnXSSSSSSSSSSRnXSSnX ACTB
표 1E. 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/연결 표적
WV-27404 fA*SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfG*SfA*SmA*SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SA*SmU*SmC*SmA*SmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS ACTB
WV-30298 Mod001L001fA*fC*fA*fU*fA*fA*fU*fU*fU*fA*fG*fA*fC*fG*fU*mA*mA*mG*mC*mA*mA*mU*mG*fC*C*A*mU*mC*mA*mC ACAUAAUUUAGACGUAAGCAAUGCCAUCAC OXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ACTB
WV-37314 Mod001L001fAn001RfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR ACTB
WV-37315 Mod001L001fAn001SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS ACTB
WV-37317 fAn001RfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR ACTB
WV-37318 fAn001SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC nSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS ACTB
WV-37324 Aeon001Rm5Ceo*SAeo*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR ACTB
WV-37330 Mod001L001Aeon001Rm5Ceo*SAeo*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR ACTB
WV-38697 Mod001L001fC*SfC*SfA*SfA*SfC*SfC*SfA*SfG*SfA*SfA*SfA*SfU*SfU*SfG*SfG*SmC*SmA*SmC*SmA*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*RA*RmC*SmU*SmG*SmU CCAACCAGAAAUUGGCACAAAUGCCACUGU OSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSRRSSS EEF1A1
WV-38698 Mod001L001fC*fC*fA*fA*fC*fC*fA*fG*fA*fA*fA*fU*fU*fG*fG*mC*mA*mC*mA*mA*mA*mU*mG*fC*C*A*mC*mU*mG*mU CCAACCAGAAAUUGGCACAAAUGCCACUGU OXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX EEF1A1
WV-38699 Mod001L001fCn001RfC*SfA*SfA*SfC*SfC*SfA*SfG*SfA*SfA*SfA*SfU*SfU*SfGn001RfG*SmCn001RmA*SmC*SmA*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmC*SmU*SmGn001RmU CCAACCAGAAAUUGGCACAAAUGCCACUGU OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR EEF1A1
WV-40591 fCn001RfC*SfA*SfA*SfC*SfC*SfA*SfG*SfA*SfA*SfA*SfU*SfU*SfGn001RfG*SmCn001RmA*SmC*SmA*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmC*SmU*SmGn001RmU CCAACCAGAAAUUGGCACAAAUGCCACUGU nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR EEF1A1
WV-40594 fCn001RfA*SfG*SfA*SfA*SfG*SfG*SfA*SfA*SfC*SfA*SfU*SfG*SfCn001RfU*SmGn001RmA*SmA*SmA*SmA*SmG*SmA*SmA*SfC*SC*SAn001RmA*SmU*SmCn001RmC CAGAAGGAACAUGCUGAAAAGAACCAAUCC nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR GHITM
WV-40595 fUn001RfG*SfC*SfC*SfC*SfU*SfG*SfA*SfA*SfU*SfU*SfC*SfC*SfAn001RfA*SmCn001RmU*SmG*SmA*SmC*SmC*SmU*SmU*SfC*SC*SAn001RmC*SmA*SmGn001RmA UGCCCUGAAUUCCAACUGACCUUCCACAGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR HSP90AB1
WV-40596 fUn001RfG*SfA*SfG*SfG*SfC*SfG*SfA*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfUn001RfC*SmUn001RmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmU*SmU*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmUn001RmC UGAGGCGAAGCAUUCUUUCUAUUCCAUCUC nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR HSP90B1
WV-20705 mUmCmUrCrUrUrUrCrCrArUrGrGrArArGrGrUrUrCrUrArArArCrCrArUrCmCmU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOX LUC
WV-40592 fUn001RfU*SfA*SfA*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfC*SfU*SfC*SfU*SfUn001RfC*SmAn001RmG*SmA*SmU*SmA*SmU*SmG*SmU*SfC*SC*SAn001RmC*SmA*SmGn001RmA UUAAUCCAUCUCUUCAGAUAUGUCCACAGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR SRSF1
WV-38700 Mod001L001fA*SfU*SfC*SfC*SfA*SfC*SfU*SfG*SfU*SfG*SfG*SfC*SfA*SfC*SfC*SmC*SmA*SmG*SmA*SmU*SmU*SmA*SmU*SfC*SC*RA*RmU*SmG*SmU*SmU AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU OSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSRRSSS UGP2
WV-38701 Mod001L001fA*fU*fC*fC*fA*fC*fU*fG*fU*fG*fG*fC*fA*fC*fC*mC*mA*mG*mA*mU*mU*mA*mU*fC*C*A*mU*mG*mU*mU AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU OXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX UGP2
WV-38702 Mod001L001fAn001RfU*SfC*SfC*SfA*SfC*SfU*SfG*SfU*SfG*SfG*SfC*SfA*SfCn001RfC*SmCn001RmA*SmG*SmA*SmU*SmU*SmA*SmU*SfC*SC*SAn001RmU*SmG*SmUn001RmU AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR UGP2
WV-40590 fAn001RfU*SfC*SfC*SfA*SfC*SfU*SfG*SfU*SfG*SfG*SfC*SfA*SfCn001RfC*SmCn001RmA*SmG*SmA*SmU*SmU*SmA*SmU*SfC*SC*SAn001RmU*SmG*SmUn001RmU AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR UGP2
표 1F. ACTB를 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/ 연결
WV-37317 fAn001RfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001RfA*SmAn001RmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001RmU*SmC*SmAn001RmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-37318 fAn001SfC*SfA*SfU*SfA*SfA*SfU*SfU*SfU*SfA*SfC*SfA*SfC*SfGn001SfA*SmAn001SmA*SmG*SmC*SmA*SmA*SmU*SmG*SfC*SC*SAn001SmU*SmC*SmAn001SmC ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC nSSSSSSSSSSSSSnSSnSSSSSSSSSSnSSSnS
표 1G. LUC를 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/ 연결
WV-23868 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*C*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-23872 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*C*A*mU*mC*mC*mU*mG CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-23873 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*C*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-24111 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-27520 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*rC*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-27521 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*rU*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-27522 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*T*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACTAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-27523 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*zdnp*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACZAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-27524 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*fC*zdnp*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACZAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-31138 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b001A*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-31144 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b001A*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34970 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b004U*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34971 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b008U*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34972 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b009U*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34973 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*A*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34974 fU*fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*L010*A*mU*mC*mC*mU*mG UCUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAUCCUG XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34975 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b004U*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34976 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b008U*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34977 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*b009U*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACUAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34978 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*A*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-34979 fC*fU*fC*fU*fU*fU*fC*fC*fA*fU*fG*fG*fA*fA*fG*mG*mU*mU*mC*mU*mA*mA*mA*C*L010*A*mU*mC*mC*mU CUCUUUCCAUGGAAGGUUCUAAACAUCCU XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-36476 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SL010*fA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCAUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36477 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SL010*fU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCUGGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36478 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL010*fG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAGGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36479 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SL010*fG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36480 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SL010*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36481 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SL010*fA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36482 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SL010*fG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36483 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SL010*mG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSS
WV-36484 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SL010*mU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSS
WV-36485 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SL010*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGGUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSS
WV-36486 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SL010*mC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGGUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSS
WV-36487 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SL010*mU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGGUUUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSS
WV-36488 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL010*L010*fG*SfA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAGAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36489 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SL010*L010*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36490 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL010*L010*L010*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXXXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36491 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SL010*L010*L010*fG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSXXXSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36492 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SL010*L010*mU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSSS
WV-36493 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfA*SfG*SL010*L010*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAAGUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSS
WV-36494 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SfG*L010*L010*L010*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAGUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSXXXXSSSSSSSSSSSS
WV-36495 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL012*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36496 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*L012*fG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36497 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SL012*mU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSS
WV-36498 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL012*fA*SfA*SL012*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAAAUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXSSXSSSSSSSSSSSS
WV-36499 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL028*fA*SfA*SfG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAAAGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36500 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*L028*fG*SmG*SmU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGGUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSXXSSSSSSSSSSSSSSS
WV-36501 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SfU*SfG*SfG*SfA*SL028*mU*SmU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAUGGAUUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSSSSSXSSSSSSSSSSSSS
WV-36502 fC*SfU*SfC*SfU*SfU*SfU*SfC*SfC*SfA*SL028*fA*SfA*SL028*mU*SmC*SmU*SmA*SmA*SmA*SC*SC*SA*SmU*SmC*SmC*SmU CUCUUUCCAAAUCUAAACCAUCCU SSSSSSSSSXSSXSSSSSSSSSSSS
표 1H. SERPINA1을 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/ 연결
WV-27822 mC*mC*mC*rC*rA*rG*rC*rA*rG*rC*rA*rU*rC*rA*rC*rU*rC*rC*rC*rU*rU*rU*rC*rU*rC*I*rU*mC*mG*mA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCUCIUCGA XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
WV-30296 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-30297 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-31764 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*Sb003I*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-31765 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*Sb003I*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-31768 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*Sb001G*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCGUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-31769 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*Sb001G*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37915 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37916 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37917 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb002A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37918 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb002A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37919 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb003A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37920 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb003A*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37921 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb009U*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTUIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37922 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb009U*SI*mU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSXSSS
WV-37923 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SI*SmU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-37924 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SI*SmU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
WV-37925 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfA*SfC*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SIn001RmU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnRSSS
WV-37926 fC*SfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SIn001RmU*SmC*SmG*SmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnRSSS
WV-38619 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfAn001RfC*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38620 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38621 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SrC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38622 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38623 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfU*SfC*SfAn001RfC*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCAUCACUCCCUUUCTCIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38624 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38625 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SrC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38626 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38628 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA nRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38629 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SrC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA nRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38630 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb001A*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTAIUCGA nRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38631 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38632 L025L025L025fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SmU*SmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*SrC*SIn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA OOOnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-38923 fCn001RfC*SfC*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfAn001RfG*SmUn001RmC*SmC*SmC*SmU*SmU*SmU*SmC*ST*Sb008U*Gn001mU*SmC*SmGn001RmA CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUGUCGA nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSXnXSSnR
WV-39097 L025L025L025fUn001RfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfC*SfA*SfG*SfC*SfC*SfU*SfU*SfA*SfU*SmG*SmC*SmA*SmC*SmG*SmG*SmC*SmC*SfU*SC*SIn001mG*SmA*SmGn001RmA UCAGCACAGCCUUAUGCACGGCCUCIGAGA OOOnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-39104 L025L025L025fUn001RfC*SfG*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SmA*SmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001mC*SmA*SmCn001RmG UCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG OOOnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-39105 L025L025L025fCn001RfA*SfG*SfC*SfU*SfU*SfC*SfA*SfG*SfU*SfC*SfC*SfC*SfU*SfU*SmU*SmC*SmU*SmC*SmG*SmU*SmC*SmG*SfA*SC*SIn001mG*SmU*SmCn001RmA CAGCUUCAGUCCCUUUCUCGUCGACIGUCA OOOnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnXSSnR
WV-39567 Mod001L001fUn001RfC*SfG*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SmA*SmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SmA*SmCn001RmG UCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG OnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnSSSnR
WV-39568 Mod001L001fCn001RfU*SfC*SfG*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SmC*SmA*SmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SmAn001RmC CUCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICAC OnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnSSnR
WV-39570 Mod001L001fGn001RfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SmA*SmC*SmG*SmGn001RmC GUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACGGC OnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnSSSSSnR
WV-39571 Mod001L001fUn001RfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SfA*SfC*SfA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SmA*SmC*SmG*SmG*SmCn001RmC UCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACGGCC OnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnSSSSSSnR
WV-39572 Mod001L001fUn001RfC*SfG*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SmA*SmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SfA*SmCn001RmG UCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG OnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSnSSSnR
WV-39573 Mod001L001fUn001RfC*SfG*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfG*SfC*SmA*SmC*SmA*RmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SmA*SmCn001RmG UCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG OnRSSSSSSSSSSSSSSSSRSSSSSSSnSSSnR
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WV-40798 Mod001L001fUn001RfC*SfA*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfC*SfA*SfGn001RfC*SmAn001RmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SfA*SmCn001RmG UCAUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnSSSnR
WV-40799 Mod001L001fUn001RfC*SfU*SfC*SfA*SfU*SfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfCn001RfA*SmGn001RmC*SmA*SmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SfU*SC*SAn001RmU*SfG*SmCn001RmA UCUCAUCGAUGGUCAGCACAGCCUCAUGCA OnRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
WV-40829 Mod001L001fUn001RfC*SfUn001RfC*SfA*SfUn001RfC*SfG*SfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfCn001RfA*SmGn001RfC*SmA*SmC*SfAn001RmG*SmC*SmC*SfU*SC*SAn001RmU*SfG*SmCn001RmA UCUCAUCGAUGGUCAGCACAGCCUCAUGCA OnRSnRSSnRSSSSSSSnRSnRSSSnRSSSSSnRSSnR
WV-41194 Mod001L001*fUn001RfC*SfG*SfU*SfC*SfGn001RfA*SfU*SfG*SfG*SfU*SfCn001RfA*SfGn001RfC*SmAn001RmC*SmA*SmG*SmC*SmC*SmU*SmU*SfA*SC*SIn001SmC*SfA*SmCn001RmG UCGUCGAUGGUCAGCACAGCCUUACICACG XnRSSSSnRSSSSSnRSnRSnRSSSSSSSSSnSSSnR
표 1I. UGP2를 표적화하는 예시적인 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물
ID 설명 염기 서열 입체화학/ 연결
WV-40590 fAn001RfU*SfC*SfC*SfA*SfC*SfU*SfG*SfU*SfG*SfG*SfC*SfA*SfCn001RfC*SmCn001RmA*SmG*SmA*SmU*SmU*SmA*SmU*SfC*SC*SAn001RmU*SmG*SmUn001RmU AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU nRSSSSSSSSSSSSnRSnRSSSSSSSSSnRSSnR
주:
설명, 염기 서열, 및 입체화학/연결은 이들의 길이로 인해 표 1(예를 들어, 표 1A, 표 1B, 표 1C 등)에서 여러 줄로 나뉠 수 있다. 달리 명시되지 않는 한, 표 1의 모든 올리고뉴클레오티드는 단일가닥이다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 뉴클레오시드 단위는 비변형이며, 달리(예를 들어, r, m, m5, eo 등으로) 표시되지 않는 한, 비변형 핵염기 및 2'-데옥시 당을 함유하고; 연결은 달리 표시되지 않는 한, 천연 포스페이트 연결이며; 산성/염기성 기는 독립적으로 이들의 염 형태로 존재할 수 있다. 당이 명시되지 않은 경우, 당은 천연 DNA 당이고; 뉴클레오티드간 연결이 명시되지 않은 경우, 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 모이어티 및 변형:
m: 2'-OMe;
m5: C의 5-위치의 메틸(핵염기는 5-메틸시토신임);
m5lC: C의 5-위치의 메틸이고(핵염기는 5-메틸시토신임) 당은 LNA 당임;l: LNA 당;
I: 핵염기는 하이포잔틴임;
f: 2'-F;
r: 2'-OH;
eo: 2'-MOE (2'-OCH2CH2OCH3);
m5Ceo: 5-메틸 2'-O-메톡시에틸 C;
O, PO: 포스포디에스테르(포스페이트). 이는 링커 또는 말단기(또는 이의 구성요소), 예를 들어 링커와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 연결, 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결) 등일 수 있다. 포스포디에스테르는 일반적으로 입체화학/연결 열에 "O"로 표시되고 일반적으로 설명 열에는 표시되지 않으며(말단기, 예를 들어 5'-말단기인 경우, 설명에 표시되며 일반적으로 입체화학/연결에는 표시되지 않음); 설명 열에 연결이 표시되지 않은 경우, 달리 표시되지 않는 한, 일반적으로 포스포디에스테르이다. 링커(예를 들어, L001)와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 포스페이트 연결은 설명 열에 표시되지 않을 수 있지만, 입체화학/연결 열에 "O"로 표시될 수 있음에 유의;
*, PS: 포스포로티오에이트. 이는 말단기(말단기, 예를 들어 5'-말단기인 경우, 설명에 표시되며 일반적으로 입체화학/연결에는 표시되지 않음), 또는 연결, 예를 들어 링커(예를 들어, L001)와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 연결, 뉴클레오티드간 연결(포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결) 등일 수 있음;
R, Rp: Rp 배열의 포스포로티오에이트. 설명의 * R은 Rp 배열의 단일 포스포로티오에이트 연결을 나타냄에 유의;
S, Sp: Sp 배열의 포스포로티오에이트. 설명의 * S는 Sp 배열의 단일 포스포로티오에이트 연결을 나타냄에 유의;
X: 입체무작위 포스포로티오에이트;
n001:
Figure pct00146
;
nX: 입체무작위 n001;
nR 또는 n001R: Rp 배열의 n001;
nS 또는 n001S: Sp 배열의 n001;
Mod001:
Figure pct00147
;
L001: -NH-를 통해 Mod(예: Mod001)에 연결되고, 예를 들어 WV-27457의 경우, 포스페이트 연결(O 또는 PO)을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결되는 -NH-(CH2)6- 링커(C6 링커, C6 아민 링커 또는 C6 아미노 링커). 예를 들어 WV-27457에서, L001은 -NH-를 통해 Mod001에 연결되고(아미드기 -C(O)-NH-를 형성), 포스페이트 연결(O)을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬에 연결됨;
L010:
Figure pct00148
. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 중간에 L010이 존재하는 경우, 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해, 독립적으로 다른 당(예를 들어, DNA 당)으로서 뉴클레오티드간 연결에 결합됨(예를 들어, 5'-탄소는 다른 단위(예를 들어, 당의 3')에 연결되고 3'-탄소는 다른 단위(예를 들어, 탄소의 5'-탄소)에 연결됨);
L012:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-. 올리고뉴클레오티드의 중간에 L012가 존재하는 경우, 두 말단 각각은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))에 결합됨;
L025:
Figure pct00149
, 여기서 -CH2- 연결 부위는 당(예를 들어, DNA 당)의 C5 연결 부위로서 사용되고 다른 단위(예를 들어, 당의 3')에 연결되고, 고리 상의 연결 부위는 C3 연결 부위로서 사용되고 다른 단위(예를 들어, 탄소의 5'-탄소)에 연결되고, 이들 각각은 독립적으로, 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 연결된다. L025가 어떠한 변형도 없이 5'-말단에 있는 경우, -CH2- 연결 부위는 -OH에 결합된다. 예를 들어, 다양한 올리고뉴클레오티드에서 L025L025L025-는
Figure pct00150
의 구조를 가지며(다양한 염 형태로 존재할 수 있음), 표시된 바와 같은 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-탄소에 연결됨;
L028:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-. 올리고뉴클레오티드의 중간에 L028이 존재하는 경우, 두 말단 각각은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))에 결합됨;
고리 상의 연결 부위는 당(예를 들어, DNA 당)의 C3 연결 부위로서 사용되고, 이들 각각은 독립적으로 다음에 결합된다.
sm04:
Figure pct00151
. sm04 앞에는 결합 핵염기가 표시된다; 예를 들어 WV-28787에서, 예를 들어 "Usm04"는 U가 sm04에 결합되어 있음을 나타냄(
Figure pct00152
);
a: 2'-NH2;
b001U: 염기가
Figure pct00153
인 뉴클레오시드;
b001rU: 염기가
Figure pct00154
이고, 당이 천연 RNA 당(r)인 뉴클레오시드;
b002U: 염기가
Figure pct00155
인 뉴클레오시드;
b003U: 염기가
Figure pct00156
인 뉴클레오시드;
b004U: 염기가
Figure pct00157
인 뉴클레오시드;
b005U: 염기가
Figure pct00158
인 뉴클레오시드;
b006U: 염기가
Figure pct00159
인 뉴클레오시드;
b007U: 염기가
Figure pct00160
인 뉴클레오시드;
b008U: 염기가
Figure pct00161
인 뉴클레오시드;
b009U: 염기가
Figure pct00162
인 뉴클레오시드;
b003I: 염기가
Figure pct00163
인 뉴클레오시드;
b001G: 염기가
Figure pct00164
인 뉴클레오시드;
b001A: 염기가
Figure pct00165
인 뉴클레오시드;
b002A: 염기가
Figure pct00166
인 뉴클레오시드;
b003A: 염기가
Figure pct00167
인 뉴클레오시드;
zdnp: 염기가
Figure pct00168
인 뉴클레오시드;
b001C: 염기가
Figure pct00169
인 뉴클레오시드;
b002C: 염기가
Figure pct00170
인 뉴클레오시드;
b003C: 염기가
Figure pct00171
인 뉴클레오시드.
올리고뉴클레오티드 조성물
특히, 본 발명은 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 본 발명에 기재된 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되지 않는다(입체무작위).
천연 포스페이트 연결의 연결 인은 아키랄이다. 많은 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 키랄이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조 중에(예를 들어, 기존의 포스포아미다이트 올리고뉴클레오티드 합성에서), 키랄 연결 인의 배열은 의도적으로 설계 또는 제어되지 않아, 다양한 입체이성체의 복잡한 무작위 혼합물(부분입체이성체)인 비-키랄 제어(입체무작위) 올리고뉴클레오티드 조성물(실질적 라세미 제제)을 생성한다(n개의 키랄 뉴클레오티드간 연결(연결 인은 키랄임)을 갖는 올리고뉴클레오티드의 경우, 일반적으로 2n개의 입체이성체(예를 들어, n이 10인 경우, 210 = 1,032; n이 20인 경우, 220 = 1,048,576)). 이러한 입체이성체는 동일한 구성을 갖지만 연결 인의 입체 화학 패턴과 관련하여 상이하다.
일부 구현예에서, 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정 목적 및/또는 응용에 충분한 특성 및/또는 활성을 갖는다. 일부 구현예에서, 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물보다 더 저렴하고/하거나, 더 쉽고/쉽거나, 더 간단할 수 있다. 그러나, 입체무작위 조성물 내의 입체이성체는 상이한 특성, 활성, 및/또는 독성을 가질 수 있어서, 특히 동일 구성의 올리고뉴클레오티드의 특정 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 비교하여 입체무작위 조성물에 의한 일관성 없는 치료 효과 및/또는 의도하지 않은 부작용을 초래할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 설계 및 제조 기술을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 예를 들어 입체화학/연결에 S 및/또는 R을 포함하는 표 1의 많은 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 제어된/미리 결정된(입체무작위 조성물에서와 같이 무작위가 아님) 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 동일한 백본 키랄 중심 패턴(연결 인의 입체화학)을 공유한다. 일부 구현예에서, 백본 키랄 중심 패턴은 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
적어도 하나의 Sp를 포함하는 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
적어도 하나의 Rp를 포함하는 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 구성 및
2) 하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
조성물은 공통 구성의 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 입체화학적 순도는 독립적으로 80%~100%(예를 들어, 85~100%, 90~100%, 약 또는 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%)이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 입체화학적 순도는 독립적으로 80%~100%(예를 들어, 85~100%, 90~100%, 약 또는 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%)이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 구성 및
2) 하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 입체화학적 순도는 독립적으로 80%~100%(예를 들어, 85~100%, 90~100%, 약 또는 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%)이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공하며, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
a) 공통 염기 서열,
b) 공통 백본 연결 패턴,
c) 공통 백본 키랄 중심 패턴,
d) 공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 일부는 약 또는 적어도 약 10~40, 15~40, 20~40개, 예를 들어 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 이상 핵염기의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 일부는 핵산의 약 또는 적어도 약 또는 최대 약 1%~50%이다. 일부 구현예에서, 일부는 핵산의 전체 길이이다. 일부 구현예에서, 공통 염기 서열은 본원에 기재된 바와 같은 핵산의 일부의 염기 서열에 상보적이다. 일부 구현예에서, 이는 표적 아데노신의 반대편 핵염기를 제외하고는 길이에 걸쳐 완전히 상보적이다. 일부 구현예에서, 이는 길이에 걸쳐 완전히 상보적이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 질환, 장애 또는 질환과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 G에서 A로의 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물에 의해 I로 편집된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이 편집은 전사체 또는 이의 산물(예: mRNA, 단백질 등)의 발현, 수준 및/또는 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이 편집은 전사체 또는 이의 산물(예: mRNA, 단백질 등)의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킨다.
일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 핵염기 변형 및/또는 당 변형을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 뉴클레오티드간 연결 변형을 공유한다(뉴클레오티드간 연결은 다양한 산, 염기, 및/또는 염 형태일 수 있음). 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 핵염기 변형, 당 변형, 및 뉴클레오티드간 연결 변형이 있는 경우 이를 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 형태, 예를 들어 산 형태, 염기 형태, 또는 특히 염 형태(예를 들어, 제약상 허용되는 염 형태, 예를 들어 염 형태)이다. 일부 구현예에서, 조성물 내의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 형태, 예를 들어 산 형태, 염기 형태, 및/또는 하나 이상의 염 형태로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 수용액에서(예를 들어, PBS와 같은 완충액에 용해된 경우), 음이온과 양이온이 분리될 수 있다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하고, 올리고뉴클레오티드는 공통 구성을 가지며, 하나 이상(예를 들어, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고, 조성물은 공통 구성의 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 적어도 하나의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 개수는 적어도 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 11개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 12개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 13개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 14개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 15개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 20개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 25개이다. 일부 구현예에서, 개수는 적어도 30개이다.
일부 구현예에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 모든 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다.
일부 구현예에서, 최대 1~10개, 예를 들어 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 최대 1개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 최대 2개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 최대 3개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 최대 4개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 최대 5개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 개수는 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 5개이다.
일부 구현예에서, 실질적 라세미 제제에 비해 풍부함은 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 복수의 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 복수의 공통 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 것이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 95%이다.
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준은 제어된다. 대조적으로, 비-키랄 제어(또는 입체무작위, 라세미) 올리고뉴클레오티드 조성물(또는 제제)에서, 올리고뉴클레오티드의 수준은 무작위이고 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 실질적 라세미 제제에 비해 풍부함은 본원에 기재된 수준이다.
일부 구현예에서, 백분율로서의 수준(예를 들어, 제어된 수준, 미리 결정된 수준, 풍부함)은 (DS)nc 이상이고, DS(개별 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도)는 90%~100%이고, nc는 본 발명에 기재된 바와 같은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 이상)이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, nc는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 수이다. 일부 구현예에서, DS는 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 90% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 91% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 92% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 93% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 94% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 95% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 96% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 97% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 98% 이상이다. 일부 구현예에서, DS는 99% 이상이다. 일부 구현예에서, 수준(예를 들어, 제어된 수준, 미리 결정된 수준, 풍부함)은 동일한 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 백분율이고, 백분율은 (DS)nc 이상이다. 예를 들어, DS가 99%이고 nc가 10인 경우, 백분율은 90% 이상이다((99%)10
Figure pct00172
0.90 = 90%). 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 입체무작위 제제에서 백분율은 일반적으로 약 1/2nc이다(nc가 10일 때, 백분율은 약 1/210
Figure pct00173
0.001 = 0.1%). 일부 구현예에서, 풍부함(예를 들어, 실질적 라세미 제제에 비해), 수준 등은 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 복수의 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드, 또는 복수의 공통 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 (DS)nc가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 것이다. 일부 구현예에서, 이는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드 중이다. 일부 구현예에서, 이는 복수의 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드 중이다. 일부 구현예에서, 이는 복수의 공통 구성을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드 중이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 다양한 형태(예: 다양한 염 형태)는 동일한 구성을 갖는 것으로 적절하게 간주될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물(올리고뉴클레오티드 조성물이라고도 함)은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 조성물의 모든 올리고뉴클레오티드 내의 복수의 올리고뉴클레오티드의 백분율은 (DS)nc 이상이고, DS는 90%~100%이고, nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물(올리고뉴클레오티드 조성물이라고도 함)은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
적어도 하나의 Sp를 포함하는 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하고,
공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 조성물의 모든 올리고뉴클레오티드 내의 복수의 올리고뉴클레오티드의 백분율은 (DS)nc 이상이고, DS는 90%~100%이고, nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 구현예에서, 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 부분입체순도 수준은 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도의 곱으로서 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)에 있는 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도는 상기 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 이량체의 뉴클레오티드간 연결의 부분입체순도로 표시되고, 이러한 이량체는 비견되는 조건들, 일부 경우에 동일한 합성 사이클 조건들을 사용하여 제조된다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 …NxNy…에서 Nx와 Ny 사이의 연결의 경우, 이량체는 NxNy임).
일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 2개 이상 포함하고, 각각의 복수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은(예를 들어, 다양한 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의) 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 예를 들어 일부 구현예에서, 각각의 복수는 독립적으로 공통 염기 서열, 및 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고, 각각의 복수는 독립적으로 복수의 입체무작위 제제에 비해 풍부하거나 각각의 복수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 수준을 갖는다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 복수 또는 각각의 복수는 독립적으로 상이한 아데노신을 표적화한다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 복수 또는 각각의 복수는 독립적으로 동일하거나 상이한 핵산의 상이한 전사체를 표적화한다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 복수 또는 각각의 복수는 독립적으로 상이한 유전자의 전사체를 표적화한다. 특히, 이러한 조성물은 2개 이상의 표적을 일부 구현예에서 동시에 그리고 동일한 시스템에서 표적화하는 데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, 조성물은 완전히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 아니며, 조성물은 부분적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 백본 키랄 중심 패턴(키랄 연결 인의 입체화학 패턴)을 포함하거나 이로 구성될 수 있다. 특정의 유용한 백본 키랄 중심 패턴은 본 발명에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하며, 이는 본 발명에 기재된(예를 들어, "연결 인 입체화학 및 이의 패턴", 표 1의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴 등에서와 같은) 패턴이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 순수(또는 입체순수, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고뉴클레오티드들은 동일하고[각각의 키랄 연결 인을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 요소가 독립적으로 정의(입체정의)됨을 포함], 조성물은 다른 입체이성체를 포함하지 않는다. 올리고뉴클레오티드 입체이성체의 키랄 순수(또는 입체순수, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드 조성물은 다른 입체이성체를 함유하지 않는다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 하나 이상의 의도하지 않은 입체이성체가 불순물로서 존재할 수 있음).
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 많은 이점을 나타낼 수 있다. 특히, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 구조와 관련하여 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물보다 더 균일하다. 입체화학을 제어함으로써, 개별 입체이성체의 조성물을 제조하여 평가할 수 있어서, 원하는 특성 및/또는 활성을 갖는 입체이성체의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이 개발될 수 있다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 예를 들어 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 더 우수한 전달, 안정성, 제거, 활성, 선택성, 및/또는 독성 프로파일을 제공한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 더 우수한 효능, 더 적은 부작용, 및/또는 더 편리하고 효과적인 투여 요법을 제공한다. 특히, 본원에 기재된 다른 구조적 특징, 예를 들어 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결의 변형 등과 임의로 조합된, 본원에 기재된 바와 같은 백본 키랄 중심 패턴은 고효율의 지시된 아데노신 편집을 제공하기 위해 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(키랄 제어된; 일부 구현예에서, 입체순수한) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 입체무작위인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(키랄 제어된; 일부 구현예에서, 입체순수한) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 입체무작위인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(예를 들어, 키랄 제어되거나 입체순수한) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 입체무작위인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 다양한 핵산을 표적화할 수 있고 다양한 염기 서열을 가질 수 있고, 효율적인 아데노신 편집(예를 들어, A에서 I로의 변환)을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일한 구성의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 구현예에서, 예를 들어 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드는 표 1로부터 선택되는 복수의 올리고뉴클레오티드(및/또는 이의 하나 이상의 다양한 염 형태)이고, 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 적어도 하나의 Rp 또는 Sp 연결 인을 포함한다. 일부 구현예에서, 예를 들어 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드는 표 1로부터 선택되는 복수의 올리고뉴클레오티드(및/또는 이의 하나 이상의 다양한 염 형태)이고, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다(각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 또는 Sp이다). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 조성물은, 단일 올리고뉴클레오티드가 아닌 조성물 내의 올리고뉴클레오티드가 단일 올리고뉴클레오티드의 제조 공정에서, 일부 경우에는 특정 정제 절차 후에, 발생하는 불순물이라는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 제제이다. 일부 구현예에서, 단일 올리고뉴클레오티드는 표 1의 올리고뉴클레오티드이고, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다(예를 들어, "입체화학/연결"에서 X가 아닌 S 또는 R로 표시됨).
일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 증가된 활성 및/또는 안정성, 증가된 전달, 및/또는 보체, TLR9 활성화 등과 같은 역효과를 유도하는 능력의 감소를 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 입체무작위(비-키랄 제어) 올리고뉴클레오티드 조성물은 상응하는 복수의 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 함유하지 않지만 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이 그 외에는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 동일하다는 점에서 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 상이하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 조절할 수 있는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물에 관한 것이다. 기준 조건(예를 들어, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물의 부재, 및/또는 기준 올리고뉴클레오티드 및/또는 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 염기 서열이 동일하지만 변형이 상이한 올리고뉴클레오티드, 비견되는 구조(예: 염기 서열, 변형 등)이지만 입체화학 제어가 결여된 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 조성물 등)의 존재)에 비해, 일부 구현예에서, 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현은 증가되고(예를 들어, A에서 I로의 변환을 통한 G에서 A로의 돌연변이 복원 교정, 단백질 번역 수준의 증가, 특정 단백질 동형의 생성 증가, 특정 스플라이싱 산물 및 이에 의해 암호화된 단백질의 수준을 증가시키기 위한 스플라이싱의 조절 등), 일부 구현예에서, 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현은 감소된다(예를 들어, A에서 I로의 변환을 통한 종결 코돈의 생성 및/또는 코돈 변경, 단백질 번역 수준의 감소, 특정 단백질 동형의 생성 감소, 특정 스플라이싱 산물 및 이에 의해 암호화된 단백질의 수준을 감소시키기 위한 스플라이싱의 조절 등).
일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 증가시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 스팬(예를 들어, 적어도 10 또는 15개의 연접 염기)을 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 증가시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열이거나 이를 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 증가시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 스팬(예를 들어, 적어도 10 또는 15개의 연접 염기)을 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열이거나 이를 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 유전자 또는 이의 유전자 산물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원(예를 들어, 표 1(각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함))에 개시된 염기 서열인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 순수(또는 "입체화학적 순수") 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표 1의 올리고뉴클레오티드의 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다(예를 들어, Rp 또는 Sp는 "입체화학/연결"에서 X가 아닌 R 또는 S로부터 결정될 수 있다). 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 화학적 선택성은 완결성(절대적 100%)을 달성하는 경우가 거의 없다. 일부 구현예에서, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 복수의 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하고 전부 동일한 구조(동일한 입체이성체 형태; 올리고뉴클레오티드와 관련하여, 올리고뉴클레오티드에는 일반적으로 다중 키랄 중심이 존재하기 때문에 일반적으로 동일한 부분입체이성체 형태)를 가지며, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물은 임의의 다른 입체이성체(올리고뉴클레오티드와 관련하여, 올리고뉴클레오티드에는 일반적으로 다중 키랄 중심이 존재하기 때문에 일반적으로 부분입체이성체; 예를 들어, 입체선택적 제조에 의해 달성가능한 정도까지)를 포함하지 않는다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 입체무작위(또는 "라세미", "비-키랄 제어") 올리고뉴클레오티드 조성물은 많은 입체이성체의 무작위 혼합물이다(예를 들어, 2n개의 부분입체이성체(n은 다른 키랄 중심들(예를 들어, 당에서의 탄소 키랄 중심들)이 키랄 제어되어 각각 독립적으로 하나의 배열로 존재하게 되고 키랄 연결 인 중심만이 키랄 제어되지 않는 올리고뉴클레오티드에 대한 키랄 연결 인의 수임)).
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 표적 유전자 및/또는 이의 산물의 수준, 활성 및/또는 발현을 조절하는 데 있어서의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 특성 및/또는 활성을 나타내는 특정 데이터는 예를 들어 본 발명의 실시예에 예시되어 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 연결 인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 연결 인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 연결 인은 Rp 배열을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 연결 인은 Sp 배열을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 연결 인은 Rp 배열을 갖고 연결 인은 Sp 배열을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 이러한 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되고, Rp 및/또는 Sp 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물)은 기준 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 놀랍게도 효과적이다. 일부 구현예에서, 원하는 생물학적 효과(예를 들어, 수준의 증가를 목표로 하는 경우, mRNA, 단백질 등의 수준의 증가(증가가 바람직한 경우) 및/또는 감소(감소가 바람직한 경우)에 의해 측정)는 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 또는 100배보다 많이 향상될 수 있다(예를 들어, 원하는 mRNA, 단백질 등의 수준에 의해 측정). 일부 구현예에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 원하는 mRNA 및/또는 단백질 수준의 증가, 또는 바람직하지 않은 mRNA 및/또는 단백질 수준의 감소에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 원하는 mRNA 수준의 증가에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 바람직하지 않은 mRNA 수준의 감소에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 각각의 기준 조건은 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 부재, 및/또는 기준 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 존재이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드는 동일한 염기 서열을 공유하지만, 상이한 핵염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형, 및/또는 인결 인 입체화학을 갖는다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 염기 서열이 동일하지만 핵염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형, 및/또는 연결 인 입체화학이 상이한 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물에 대한 기준 조성물은 동일한 염기 서열, 핵염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형(단, 연결 인 입체화학 제어의 결여 및/또는 낮은 수준)을 갖거나, 동일한 구성을 갖는 올리고뉴클레오티드의 상응하는 입체무작위 조성물이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인이 Sp인 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 대부분이 Sp인 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결)의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상이 Sp이다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상이 Sp이다. 일부 구현예에서, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개는 키랄 제어되지 않거나 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개는 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 개수는 최대 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 최대 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 최대 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 최대 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 최대 5개이다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 뉴클레오티드간 연결의 대부분이 키랄 제어되고 이들의 연결 인에서 Sp인 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어되고 각각의 키랄 연결 인이 Sp인 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 Rp 연결 인을 포함하고 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 Sp 연결 인을 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 2개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 연결 인 입체화학 및/또는 다른 P-변형을 갖고, P-변형은 연결 인에서의 변형인 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 2개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 입체화학을 갖고, 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴은 교번 입체화학의 반복 패턴을 특징으로 하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖는, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 천연 포스페이트 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 천연 포스페이트 연결 및 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 천연 포스페이트 연결 및 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 발명은 각각의 올리고뉴클레오티드 내에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결이 서로에 대해 다른 P-변형을 갖고 각각의 올리고뉴클레오티드가 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하되 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
연결 인 입체화학 및 백본 키랄 중심 패턴
특히, 본 발명은 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 본 발명에 기재된 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되지 않는다(입체무작위).
천연 포스페이트 연결과 대조적으로, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 키랄이다. 특히, 본 발명은 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 키랄 연결 인의 입체화학의 제어를 포함하는 기술(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등)을 제공한다. 일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이, 입체화학의 제어는 원하는 안정성, 감소된 독성, 표적 핵산의 개선된 변형, 전사체 및/또는 이의 암호화된 산물(예: mRNA, 단백질 등) 수준의 개선된 조절 등을 포함하는 개선된 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 영역에 대한 유용한 백본 키랄 중심 패턴을 제공하며, 이 패턴은 5'에서 3' 방향으로 키랄 연결 인의 각 키랄 연결 인(Rp 또는 Sp)의 입체화학의 조합, 각각의 아키랄 연결 인(Op, 존재하는 경우) 의 표시 등을 포함한다. 특정 패턴은 다양한 표에 제공되어 있다(예를 들어, 예로서 입체화학/연결; 이러한 패턴은 다양한 염기 서열 및 변형을 갖는 다양한 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 이의 패턴을 포함하여 본원에 기재된 것들)에 적용될 수 있음).
유용한 백본 키랄 중심 패턴, 예를 들어 올리고뉴클레오티드, 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 제3 서브도메인 등에 대한 것들이 본원에 광범위하게 기재되어 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 하나 이상의 부분(예를 들어, 그 내부의 제1 도메인, 제2 도메인, 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및/또는 제3 서브도메인, 및/또는 5'-말단부 및/또는 3'-말단부)의 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결은 높은 안정성 및/또는 활성을 제공한다. 일부 구현예에서, 제1 도메인은 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 도메인은 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다(천연 포스페이트 연결 및/또는 Rp 뉴클레오티드간 연결에 대한 개수 및/또는 백분율). 일부 구현예에서, 제1 서브도메인은 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제3 서브도메인은 높은 수준의 Sp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이, Rp 뉴클레오티드간 연결은 다양한 위치 및/또는 부분에서 사용될 수 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 제1 도메인은 하나 이상 또는 높은 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 일부 구현예에서, 제2 서브도메인은 하나 이상 또는 높은 수준의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 있는 다수의 연결 인은 Sp이다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 적어도 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 Sp 연결 인을 갖는다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 적어도 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%는 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 65%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 95%이다. 일부 구현예에서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 5개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 6개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 7개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 8개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 9개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 10개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 11개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 12개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 13개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 14개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 15개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 또는 60개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 하나 이하의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 2개 이하의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 3개 이하의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 4개 이하의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 5개 이하의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은, 하나 또는 소수의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 1, 2, 3, 4, 또는 5개, 및/또는 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 또는 5% 미만)이 Rp 배열인 것을 제외하고, Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 제1 도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은 Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 제2 도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은 Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 제2 도메인의 제1 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은 Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제1 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제1 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제2 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 제2 도메인의 제2 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은, 하나 또는 소수의 뉴클레오티드간 연결이 Rp 배열인 것을 제외하고, Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제2 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제2 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제3 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 전부, 본질적으로 전부 또는 대부분(예를 들어, 제2 도메인의 제3 서브도메인에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)은 Sp 배열이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제3 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 제3 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은, Rp 배열인 하나의 포스포로티오에이트를 제외하고, Sp 배열의 포스포로티오에이트이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이하의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5개 이상의 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~50%는 Rp이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~40%는 Rp이다. 일부 구현예에서, 특정 부분(예: 도메인, 서브도메인 등)은 (개수 및/또는 백분율에서) 상대적으로 더 많은 Rp 뉴클레오티드간 연결을 포함할 수 있다(예를 들어, 제2 서브도메인).
일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 조성물은 비무작위 또는 제어된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 복수의 올리고뉴클레오티드는 공통 염기 서열을 공유하고, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 독립적으로 동일한 배열의 연결 인을 공유한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 5~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 10~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~100%는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 1~100%는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 5%~100%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 965, 96%, 98%, 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 965, 96%, 98%, 또는 99%이다.
일부 구현예에서, Sp 배열의 뉴클레오티드간 연결(Sp 연결 인을 가짐)은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 아키랄 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, Rp 배열의 뉴클레오티드간 연결(Rp 연결 인을 가짐)은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, Sp 배열의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 아키랄 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, Rp 배열의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, Sp 배열의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고, 각각의 아키랄 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이고, Rp 배열의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 제공된 올리고뉴클레오티드 각각은 상이한 유형의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결이고 독립적으로 키랄 제어된다.
일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드 각각은 서로에 대해 상이한 입체화학 및/또는 상이한 P-변형을 갖는 적어도 2개의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 입체화학을 갖는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 각각은 교번 연결 인 입체화학을 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함한다.
일부 구현예에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 키랄 보조체를 포함하고, 이는 예를 들어, 반응, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서의 커플링 반응의 입체선택성을 제어하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 키랄 보조체를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 대상체에게 올리고뉴클레오티드 조성물을 투여할 때까지 및/또는 투여하는 동안 의도적으로 유지된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체에 연결된다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 지지체이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 유리를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 CPG(제어된 기공 유리)이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 중합체이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 폴리스티렌이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 고도로 가교결합된 폴리스티렌(HCP)이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 제어된 기공 유리(CPG)와 고도로 가교결합된 폴리스티렌(HCP)의 하이브리드 지지체이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 금속 발포체이다. 일부 구현예에서, 고체 지지체는 수지이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체로부터 절단된다.
일부 구현예에서, 키랄 연결 인 중심을 제외한 올리고뉴클레오티드의 모든 다른 키랄 중심이 입체정의된(예를 들어, 당의 탄소 키랄 중심, 이는 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포아미다이트에서 정의됨) 많은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 순도, 특히 입체화학적 순도, 특히 부분입체이성체 순도는, 키랄 뉴클레오티드간 연결을 형성할 때 커플링 단계에서 키랄 연결 인에서의 입체선택성(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드가 하나 초과의 키랄 중심을 포함하는 올리고뉴클레오티드 합성의 많은 경우 부분입체선택성)에 의해 제어될 수 있다. 일부 구현예에서, 커플링 단계는 연결 인에서 60%의 입체선택성(다른 키랄 중심이 있는 경우 부분입체선택성)을 갖는다. 이러한 커플링 단계 후, 형성된 새로운 뉴클레오티드간 연결은 60%의 입체화학적 순도(올리고뉴클레오티드의 경우, 다른 키랄 중심의 존재를 고려할 때 일반적으로 부분입체이성체 순도)를 갖는 것으로 언급될 수 있다. 일부 구현예에서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로 적어도 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 입체선택성을 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 일반적으로 적어도 85%, 87%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99.5% 또는 거의 100%(일부 구현예에서, 적어도 85%; 일부 구현예에서, 적어도 87%; 일부 구현예에서, 적어도 90%; 일부 구현예에서, 적어도 95%; 일부 구현예에서, 적어도 96%; 일부 구현예에서, 적어도 97%; 일부 구현예에서, 적어도 98%; 일부 구현예에서, 적어도 99%)의 입체선택성으로 형성된다. 일부 구현예에서, 입체선택성은 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 입체선택성은 적어도 87%이다. 일부 구현예에서, 입체선택성은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로 거의 100%의 입체선택성을 갖는다.
일부 구현예에서, 조성물 내의 키랄 중심, 예를 들어 키랄 연결 인의 입체순도는 적어도 60%, 70%, 80%, 85%, 87%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%이다. 일부 구현예에서, 입체순도는 적어도 80%이다. 일부 구현예에서, 입체순도는 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 입체순도는 적어도 87%이다. 일부 구현예에서, 입체순도는 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 입체순도는 거의 100%이다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 연결 인에서 적어도 85%, 87%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99.5% 또는 거의 100%(일부 구현예에서, 적어도 85%; 일부 구현예에서, 적어도 87%; 일부 구현예에서, 적어도 90%; 일부 구현예에서, 적어도 95%; 일부 구현예에서, 적어도 96%; 일부 구현예에서, 적어도 97%; 일부 구현예에서, 적어도 98%; 일부 구현예에서, 적어도 99%)의 입체화학적 순도(다중 키랄 중심을 갖는 올리고뉴클레오티드의 경우 일반적으로 부분입체이성체 순도)를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 적어도 90%의 입체화학적 순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 대부분은 독립적으로 적어도 90%의 입체화학적 순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 적어도 90%의 입체화학적 순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 모든 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 구현예에서, 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 모든 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다.
입체선택성 및 입체순도는 다양한 기술에 의해 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, 입체선택성 및/또는 입체순도는 조성물이 분석 방법(예: NMR, HPLC 등)에 의해 분석될 때 거의 모든 검출가능한 입체이성체가 의도된 입체화학을 갖는다는 점에서 거의 100%이다.
일부 구현예에서, 단량체(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 많은 구현예에서 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포아미다이트) 중 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 커플링은 독립적으로 약 60%, 70%, 80%, 85%, 또는 90% 미만의 입체선택성[올리고뉴클레오티드 합성의 경우, 일반적으로, 형성된 연결 인 키랄 중심(들)에 대한 부분입체선택성]을 갖는다.
일부 구현예에서, 입체무작위(또는 라세미) 제제(또는 입체무작위/비-키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물) 중 올리고뉴클레오티드의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결(들)의 키랄 연결 인에 대해 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 또는 85% 미만의 입체화학적 순도(다중 키랄 중심을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 경우 일반적으로 부분입체이성체 순도)를 갖는다. 일부 구현예에서, 입체화학적 순도(입체순도)는 약 60% 미만이다. 일부 구현예에서, 입체화학적 순도(입체순도)는 약 65% 미만이다. 일부 구현예에서, 입체화학적 순도(입체순도)는 약 70% 미만이다. 일부 구현예에서, 입체화학적 순도(입체순도)는 약 75% 미만이다. 일부 구현예에서, 입체화학적 순도(입체순도)는 약 80% 미만이다.
일부 구현예에서, 본 발명의 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 키랄 보조체 등)은 다중 키랄 요소(예를 들어, 다중 탄소 및/또는 인(예를 들어, 키랄 뉴클레오티드간 연결의 연결 인) 키랄 중심)를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드)의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9개 이상의 키랄 요소는 각각 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 부분입체이성체 순도를 갖는다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 86%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 87%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 88%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 89%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 91%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 92%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 93%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 94%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 95%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 96%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 97%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 98%이다. 일부 구현예에서, 부분입체이성체 순도는 적어도 99%이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 구현예에서, 커플링의 부분입체선택성 또는 키랄 연결 인 중심의 부분입체이성체 순도는 이량체 형성의 부분입체선택성 또는 동일하거나 비견되는 조건에서 제조된 이량체의 부분입체이성체 순도를 통해 평가될 수 있고, 이러한 이량체는 동일한 5'- 및 3'-뉴클레오시드 및 뉴클레오티드간 연결을 갖는다.
다양한 기술이 키랄 요소의 입체화학(예를 들어, 키랄 연결 인의 배열) 및/또는 백본 키랄 중심 패턴의 식별 또는 확인, 및/또는 입체선택성(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서 커플링 단계의 부분입체선택성) 및/또는 입체화학적 순도(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결, 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드) 등의 부분입체이성체 순도)의 평가에 활용될 수 있다. 예시적인 기술은 NMR[예를 들어, 1D(1차원) 및/또는 2D(2차원) 1H-31P HETCOR(이핵 상관 분광법(heteronuclear correlation spectroscopy))], HPLC, RP-HPLC, 질량 분석법, LC-MS, 및 입체특이성 뉴클레아제 등에 의한 뉴클레오티드간 연결의 절단(이는 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있음)을 포함한다. 유용한 뉴클레아제의 예는 벤조나제, 미세구균 뉴클레아제, 및 svPDE(뱀독 포스포디에스테라제)(이들은 Rp 연결 인을 갖는 특정 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 연결)에 특이적임); 및 뉴클레아제 P1, 녹두 뉴클레아제, 및 뉴클레아제 S1(이들은 Sp 연결 인을 갖는 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 연결)에 특이적임)을 포함한다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 적어도 일부 경우에 특정 뉴클레아제에 의한 올리고뉴클레오티드의 절단이 구조적 요소, 예를 들어 화학적 변형(예를 들어, 당의 2'-변형), 염기 서열, 또는 입체화학적 맥락에 의해 영향을 받을 수 있음에 주목한다. 예를 들어, 일부 경우에, Rp 연결 인을 갖는 뉴클레오티드간 연결에 특이적인 벤조나제 및 미세구균 뉴클레아제는 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결에 의해 플랭킹된 격리된 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 절단할 수 없었음이 관찰된다.
일부 구현예에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드는 공통 백본 인 변형 패턴 및 공통 염기 변형 패턴을 공유한다. 일부 구현예에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드 조성물은 공통 백본 인 변형 패턴 및 공통 뉴클레오시드 변형 패턴을 공유한다. 일부 구현예에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드는 동일한 구조를 갖는다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산에서 표적 아데노신의 탈아미노화를 지시할 수 있는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 것이고, 조성물은 동일 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서 키랄 제어된 것이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드 또는 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하고, 조성물은 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 적어도 약 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 93%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%가 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 갖는다는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 제제이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물 유형은 4) 추가의 화학적 모이어티(존재하는 경우)에 의해 추가로 정의된다.
일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 91%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 92%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 93%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 94%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 96%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 97%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 98%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 99%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 (DS)nc 이상이고, DS 및 nc는 각각 독립적으로 본 발명에 기재된 바와 같다.
일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 공유한다. 일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일하다(동일한 입체이성체). 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드가 동일하고(동일한 입체이성체), 조성물이 임의의 다른 입체이성체를 함유하지 않는 입체순수 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 당업자는 공정, 선택성, 정제 등이 완결성을 달성하지 못할 수 있으므로 하나 이상의 다른 입체이성체가 불순물로서 존재할 수 있음을 이해할 것이다.
일부 구현예에서, 제공된 조성물은 표적 핵산[예를 들어, 전사체(예를 들어, 조성물의 올리고뉴클레오티드와 혼성화되는 pre-mRNA, 성숙 mRNA, 다른 유형의 RNA 등)]과 접촉될 때, 표적 핵산 및/또는 이에 의해 암호화된 산물의 수준이 기준 조건에서 관찰되는 것에 비해 감소되는 것을 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 핵산 및/또는 이의 산물(핵산은 표적 핵산의 A에서 I로의 편집의 산물임)의 수준은 증가된다. 일부 구현예에서, 기준 조건은 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 기준 조건은 조성물의 부재이다. 일부 구현예에서, 기준 조건은 기준 조성물의 존재이다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산과 혼성화되지 않는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산에 충분히 상보적인 서열을 포함하지 않는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 올리고뉴클레오티드가 동일 염기 서열을 공유하지만 동일 핵염기, 당, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 공유하지 않는 조성물이다. 일부 구현예에서, 제공된 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 기준 조성물은 키랄 제어되지 않는다는 것을 제외하고는 동일한 비-키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물(예: 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드의 라세미 제제)이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산에서 표적 아데노신의 탈아미노화를 지시할 수 있는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 올리고뉴클레오티드는
공통 염기 서열,
공통 백본 연결 패턴, 및
하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
조성물은 공통 염기 서열 및 백본 연결 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부하고,
올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 서열과 접촉될 때, 표적 핵산에서 표적 아데노신의 탈아미노화가 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 기준 조건에서 관찰되는 것에 비해 개선되는 것을 특징으로 한다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 표적 아데노신의 탈아미노화는 다양한 기술을 사용하여 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, 기술은 탈아미노화된 아데노신이 G 또는 I로서 검출되는 시퀀싱이다. 일부 구현예에서, 탈아미노화는 산물(예: RNA, 단백질(예를 들어, 표적 A가 I로 대체되지만 그 외에는 표적 핵산과 동일한 서열에 의해 암호화된 것) 등)의 수준에 의해 평가된다.
본원에 나타낸 바와 같이, 올리고뉴클레오티드 구조적 요소(예를 들어, 당 변형, 백본 연결, 백본 키랄 중심, 백본 인 변형, 이의 패턴 등) 및 이들의 조합은 놀랍게도 개선된 특성 및/또는 생체활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은, 동일한 구성이지만 입체이성체가 아닌 조성물 내의 올리고뉴클레오티드가 상기 올리고뉴클레오티드의 제조 공정에서, 일부 경우에는 특정 정제 절차 후에, 발생하는 불순물이라는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드 입체이성체의 실질적으로 순수한 제제이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어되고 일부 구현예에서는 입체순수한 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 제공된 조성물은 비무작위 또는 제어된 수준의 하나 이상의 개별 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 구현예에서, 동일한 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 동일하다.
핵염기
제공된 올리고뉴클레오티드에서 다양한 핵염기가 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵염기는 천연 핵염기이며, 가장 일반적으로 발생하는 것은 A, T, C, G, 및 U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 A, T, C, G, 또는 U가 아니라는 점에서 변형 핵염기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 예를 들어 5mC, 5-하이드록시메틸 C 등이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 알킬-치환된 A, T, C, G, 또는 U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 A이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 T이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 C이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 G이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 5mC이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 치환된 A, T, C, G, 또는 U이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 치환은 핵염기 내의 특정 작용기를 보호하여 올리고뉴클레오티드 합성 중에 바람직하지 않은 반응을 최소화한다. 올리고뉴클레오티드 합성에서 핵염기 보호에 적합한 기술은 당업계에 널리 알려져 있으며 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 개선시킨다. 예를 들어 많은 경우에, C 대신 5mC를 사용하여 특정의 바람직하지 않은 생물학적 효과(예: 면역 반응)를 조절할 수 있다. 일부 구현예에서, 서열 동일성을 결정할 때, 동일한 수소 결합 패턴을 갖는 치환된 핵염기는 비치환 핵염기와 동일하게 처리되며, 예를 들어 5mC는 C와 동일하게 처리될 수 있다[예를 들어, C 대신 5mC를 갖는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, AT5mCG)는 상응하는 위치(들)에 C를 갖는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, ATCG)와 동일한 염기 서열을 갖는 것으로 간주된다]. 일부 구현예에서, 핵염기는 적어도 하나의 질소 원자를 갖는 임의로 치환된 고리이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵염기는 본원에 기재된 바와 같은 고리 BA를 포함하고, 고리 BA의 적어도 하나의 단환 고리는 질소 고리 원자를 포함한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 A, T, C, G, 또는 U를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘, 5-하이드록시메틸시티딘, 5-포르밀시토신, 또는 5-카복실시토신을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 핵염기는 임의로 치환된 A, T, C, G 및 U, 및 A, T, C, G 및 U의 임의로 치환된 호변이성체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 핵염기는 임의로 보호된 A, T, C, G 및 U이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 핵염기는 임의로 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 핵염기는 A, T, C, G, U 및 5mC로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에 나타낸 바와 같이, 특정 위치(예를 들어, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드 및/또는 이의 인접 뉴클레오시드(들))에 특정 핵염기를 사용하면 특성 및/또는 활성(예: I로의 아데노신 편집)이 개선된 올리고뉴클레오티드를 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 유용한 핵염기는 본원에 기재된 바와 같은 고리 BA이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오시드의 핵염기는 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 이를 포함하고, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 아래의 것, 또는 이의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이다.
Figure pct00174
Figure pct00175
일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 이러한 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 이러한 핵염기를 포함하는 포스포아미다이트를 제공한다. 일부 구현예에서는, 포스포아미다이트는 CED 포스포아미다이트이다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 본원에 기재된 바와 같은 키랄 보조 모이어티를 포함한다(예를 들어, O 및 N에 대한 결합을 형성하는 P 포함). 일부 구현예에서, RNS는 이러한 핵염기를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵염기는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 보호된다.
일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 2AP(2-아미노 퓨린,
Figure pct00176
) 또는 DAP(2,6-디아미노 퓨린,
Figure pct00177
)이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 2AP이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 DAP이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 2AP이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 DAP이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 핵염기가 당업계에 알려져 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있으며(예를 들어, US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 것), 각각의 당, 염기, 및 뉴클레오티드간 연결 변형은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호되고 올리고뉴클레오티드 합성에 유용하다.
일부 구현예에서, 핵염기는 천연 핵염기이거나 천연 핵염기에서 유래된 변형 핵염기이다. 예는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 및 구아닌(임의로 각각의 아미노기는 아실 보호기로 보호됨), 2-플루오로우라실, 2-플루오로시토신, 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 2,6-디아미노퓨린, 아자시토신, 피리미딘 유사체, 예컨대 슈도이소시토신 및 슈도우라실, 및 기타 변형 핵염기, 예컨대 8-치환 퓨린, 잔틴, 또는 하이포잔틴(후자의 두 가지는 자연 분해 산물임)을 포함한다. 변형 핵염기의 특정 예는 문헌[Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048, Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196 및 Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313]에 개시되어 있다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 치환 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는, 예를 들어 수소 결합 및/또는 염기쌍 형성 측면에서 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌의 작용성 대체물이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시토신을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 염기 서열이 본원(예를 들어, 표 1)에 개시된 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하고, 각각의 시토신은 임의로 그리고 독립적으로 5-메틸시토신으로 대체되거나 그 반대도 가능하다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 구현예에서, 5mC는 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 관련하여 C로 처리될 수 있다(이러한 올리고뉴클레오티드는 C 위치에 핵염기 변형을 포함한다)(예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드 참조). 올리고뉴클레오티드의 설명에서, 일반적으로 달리 언급되지 않는 한, 핵염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결은 변형되지 않은 것이다.
일부 구현예에서, 변형 염기는 임의로 치환된 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 또는 우라실, 또는 이의 호변이성체이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 다음과 같은 하나 이상의 변형에 의해 변형된 변형 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 또는 우라실이다:
핵염기는 아실, 할로겐, 아미노, 아지드, 알킬, 알케닐, 알키닐, 아릴, 헤테로알킬, 헤테로알케닐, 헤테로알키닐, 헤테로시클릴, 헤테로아릴, 카복실, 하이드록실, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 치환 실릴, 및 이들의 조합으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 임의로 치환된 기로 변형됨;
핵염기의 하나 이상의 원자는 탄소, 질소, 및 황으로부터 선택되는 상이한 원자로 독립적으로 대체됨;
핵염기에서의 하나 이상의 이중결합은 독립적으로 수소화됨; 또는
하나 이상의 아릴 또는 헤테로아릴 고리는 독립적으로 핵염기 내로 삽입됨.
일부 구현예에서, 염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U이고, 하나 이상의 -NH2는 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)3으로 대체되고, 하나 이상의 -NH-는 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)2-로 대체되고, 하나 이상의 =N-은 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)-로 대체되고, 하나 이상의 =CH-는 독립적으로 그리고 임의로 =N-으로 대체되고, 하나 이상의 =O는 독립적으로 그리고 임의로 =S, =N(-L-R1), 또는 =C(-L-R1)2로 대체되고, 2개 이상의 -L-R1은 임의로 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 0~10개의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 3~30원 이환 또는 다환 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 변형 염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U이고, 하나 이상의 -NH2는 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)3으로 대체되고, 하나 이상의 -NH-는 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)2-로 대체되고, 하나 이상의 =N-은 독립적으로 그리고 임의로 -C(-L-R1)-로 대체되고, 하나 이상의 =CH-는 독립적으로 그리고 임의로 =N-으로 대체되고, 하나 이상의 =O는 독립적으로 그리고 임의로 =S, =N(-L-R1), 또는 =C(-L-R1)2로 대체되고, 2개 이상의 -L-R1은 임의로 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 0~10개의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 3~30원 이환 또는 다환 고리를 형성하고, 변형 염기는 천연 A, T, C, G, 및 U와 상이하다. 일부 구현예에서, 염기는 임의로 치환된 A, T, C, G, 또는 U이다. 일부 구현예에서, 변형 염기는 치환 A, T, C, G, 또는 U이고, 변형 염기는 천연 A, T, C, G, 및 U와 상이하다.
일부 구현예에서, 변형 핵염기는 당업계(예를 들어, WO2017/210647)에 알려진 변형 핵염기이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 하나 이상의 아릴 및/또는 헤테로아릴 고리, 예컨대 페닐 고리가 부가된 확장된 크기의 핵염기이다. 핵염기 대체를 포함하는 변형 핵염기의 특정 예는 Glen Research 카탈로그(Glen Research, Sterling, Virginia); 문헌[Krueger AT et al., Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150; Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943; Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543; Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733; 또는 Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627]에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 확장된 크기의 핵염기는 예를 들어 WO2017/210647에 기재된 확장된 크기의 핵염기이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 코린- 또는 포르피린-유도 고리와 같은 모이어티이다. 특정 포르피린-유도 염기 대체는 예를 들어 문헌[Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380]에 기재되었다. 일부 구현예에서, 포르피린-유도 고리는 예를 들어 WO2017/219647에 기재된 포르피린-유도 고리이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 예를 들어 WO2017/219647에 기재된 변형 핵염기이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 형광성이다. 이러한 형광 변형 핵염기의 예는 페난트렌, 피렌, 스틸벤, 이소잔틴, 이소잔토프테린, 테르페닐, 테르티오펜, 벤조테르티오펜, 쿠마린, 루마진, 테더링(tethered) 스틸벤, 벤조-우라실, 나프토-우라실 등, 및 예를 들어 WO2017/210647에 기재된 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵염기 또는 변형 핵염기는 C5-프로핀 T, C5-프로핀 C, C5-티아졸, 페녹사진, 2-티오-티민, 5-트리아졸릴페닐-티민, 디아미노퓨린, 및 N2-아미노프로필구아닌으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 변형 핵염기는 5-치환 피리미딘, 6-아자피리미딘, 알킬 또는 알키닐 치환 피리미딘, 알킬 치환 퓨린, 및 N-2, N-6 및 O-6 치환 퓨린으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 변형 핵염기는 2-아미노프로필아데닌, 5-하이드록시메틸 시토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-N-메틸구아닌, 6-N-메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-프로피닐(-C≡C-CH3) 우라실, 5-프로피닐시토신, 6-아조우라실, 6-아조시토신, 6-아조티민, 5-리보실우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-하이드록실, 8-아자 및 기타 8-치환 퓨린, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸, 5-할로우라실, 및 5-할로시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌, 6-N- 벤조일아데닌, 2-N-이소부티릴구아닌, 4-N-벤조일시토신, 4-N-벤조일우라실, 5-메틸 4-N- 벤조일시토신, 5-메틸 4-N-벤조일우라실, 범용 염기, 소수성 염기, 무차별 염기, 크기-확장된 염기, 및 플루오르화 염기로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 삼환 피리미딘, 예컨대 1,3-디아자페녹사진-2-온, 1,3-디아자페노티아진-2-온, 또는 9-(2-아미노에톡시)-1,3-디아자페녹사진-2-온(G-clamp)이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 복소환으로 대체된 것, 예를 들어 7-데아자-아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘, 또는 2-피리돈이다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 문헌[US 3687808, The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288; 또는 Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 및 442-443]에 개시된 것이다.
일부 구현예에서, 변형 핵염기 및 이의 방법은 US 20030158403, US 3687808, US 4845205, US 5130302, US 5134066, US 5 175273, US 5367066, US 5432272, US 5434257, US 5457187, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594 121, US 5596091, US 5614617, US 5645985, US 5681941, US 5750692, US 5763588, US 5830653, 또는 US 6005096에 기재된 것이다.
일부 구현예에서, 변형 핵염기는 치환된다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 예를 들어, 헤테로원자, 알킬기, 또는 연결 모이어티(형광 모이어티, 비오틴 또는 아비딘 모이어티, 또는 다른 단백질 또는 펩티드에 연결됨)를 함유하도록 치환된다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기는 가장 고전적인 의미에서는 핵염기가 아니지만 핵염기와 유사하게 기능하는 "범용 염기"이다. 범용 염기의 하나의 예로는 3-니트로피롤이 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술에 사용될 수 있는 뉴클레오시드는 변형 핵염기 및/또는 변형 당을 포함한다(예를 들어, 4-아세틸시티딘; 5-(카복시하이드록실메틸)우리딘; 2'-O-메틸시티딘; 5-카복시메틸아미노메틸-2-티오우리딘; 5-카복시메틸아미노메틸우리딘; 디하이드로우리딘; 2'-O-메틸슈도우리딘; 베타,D-갈락토실큐에오신; 2'-O-메틸구아노신; N6-이소펜테닐아데노신; 1-메틸아데노신; 1-메틸슈도우리딘; 1-메틸구아노신; 1-메틸이노신; 2,2-디메틸구아노신; 2-메틸아데노신; 2-메틸구아노신; N7-메틸구아노신; 3-메틸-시티딘; 5-메틸시티딘; 5-하이드록시메틸시티딘; 5-포르밀시토신; 5-카복실시토신; N6-메틸아데노신; 7-메틸구아노신; 5-메틸아미노에틸우리딘; 5-메톡시아미노메틸-2-티오우리딘; 베타,D-만노실큐에오신; 5-메톡시카보닐메틸우리딘; 5-메톡시우리딘; 2-메틸티오-N6-이소펜테닐아데노신; N-((9-베타,D-리보푸라노실-2-메틸티오퓨린-6-일)카바모일)트레오닌; N-((9-베타,D-리보푸라노실퓨린-6-일)-N-메틸카바모일)트레오닌; 우리딘-5-옥시아세트산 메틸에스테르; 우리딘-5-옥시아세트산 (v); 슈도우리딘; 큐에오신; 2-티오시티딘; 5-메틸-2-티오우리딘; 2-티오우리딘; 4-티오우리딘; 5-메틸우리딘; 2'-O-메틸-5-메틸우리딘; 및 2'-O-메틸우리딘).
일부 구현예에서, 핵염기 예를 들어 변형 핵염기는 예를 들어, 항체, 항체 단편, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 수용체 리간드, 또는 킬레이팅 모이어티와 같은 하나 이상의 생체분자 결합 모이어티를 포함한다. 다른 구현예에서, 핵염기는 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 또는 2,6-디아미노퓨린이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 형광 또는 생체분자 결합 모이어티에 의한 치환을 포함한다. 일부 구현예에서, 치환기는 형광 모이어티이다. 일부 구현예에서, 치환기는 비오틴 또는 아비딘이다.
핵염기 및 관련 방법의 특정 예는 US 3687808, 4845205, US 513030, US 5134066, US 5175273, US 5367066, US 5432272, US 5457187, US 5457191, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594121, US 5596091, US 5614617, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 6147200, US 6166197, US 6222025, US 6235887, US 6380368, US 6528640, US 6639062, US 6617438, US 7045610, US 7427672, 또는 US 7495088에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 다음 중 어느 하나에 기재된 핵염기, 당, 뉴클레오시드, 및/또는 뉴클레오티드간 연결을 포함한다: 문헌[Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143; Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110; Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5; Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146; Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983; Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273; Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630; Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222; Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531; Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256; Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226; Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242; Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76; Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226; Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73; Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433; Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8; Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404; Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197; Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81; Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396; Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966; Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13; Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318; Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581; Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299; Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47; Seth, Punit P; Siwkowski, Andrew; Allerson, Charles R; Vasquez, Guillermo; Lee, Sam; Prakash, Thazha P; Kinberger, Garth; Migawa, Michael T; Gaus, Hans; Bhat, Balkrishen; et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554; Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248; Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39; Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079; Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131; Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220; Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338; Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006; WO 2007090071; 또는 WO 2016/079181].
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 다음 중 어느 하나에 기재된 변형 핵염기, 뉴클레오시드, 또는 뉴클레오티드를 포함한다: 문헌[Feldman et al. 2017 J. Am. Chem. Soc. 139: 11427-11433, Feldman et al. 2017 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114: E6478-E6479, Hwang et al. 2009 Nucl. Acids Res. 37: 4757-4763, Hwang et al. 2008 J. Am. Chem. Soc. 130: 14872-14882, Lavergne et al. 2012 Chem. Eur. J. 18: 1231-1239, Lavergne et al. 2013 J. Am. Chem. Soc. 135: 5408-5419, Ledbetter et al. 2018 J. Am. Chem. Soc. 140: 758-765, Malyshev et al. 2009 J. Am. Chem. Soc. 131: 14620-14621, Seo et al. 2009 Chem. Bio. Chem. 10: 2394-2400](예를 들어, d3FB, d2Py 유사체, d2Py, d3MPy, d4MPy, d5MPy, d34DMPy, d35DMPy, d45DMPy, d5FM, d5PrM, d5SICS, dFEMO, dMMO2, dNaM, dNM01, dTPT3, 2'-아지도, 2'-클로로, 2'-아미노 또는 아라비노스 당을 포함하는 뉴클레오티드, 이소카보스티릴-, 나프틸- 및 아자인돌-뉴클레오티드, 및 이들의 변형 및 유도체 및 작용화된 버전, 예를 들어 당이 2'-변형 및/또는 기타 변형을 포함하는 것, 및 메타-염소, -브롬, -요오드, -메틸 또는 -프로피닐 치환기를 갖는 dMMO2 유도체).
일부 구현예에서, 핵염기는 헤테로원자 고리 원자를 포함하는 적어도 하나의 임의로 치환된 고리를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵염기는 질소 고리 원자를 포함하는 적어도 하나의 임의로 치환된 고리를 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 고리는 방향족이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 헤테로원자를 통해 당에 결합된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 질소 원자를 통해 당에 결합된다. 일부 구현예에서, 핵염기는 고리 질소 원자를 통해 당에 결합된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 바와 같은 핵염기 또는 변형 핵염기를 포함하고, 각각의 염기 및 변형 핵염기는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 아데닌 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 아데닌 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 구아닌 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 구아닌 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 시토신 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 시토신 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 티민 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 티민 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 우라실 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 우라실 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 임의로 치환된 5-메틸시토신 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 보호된 5-메틸시토신 잔기이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 US 5552540, US 6222025, US 6528640, US 4845205, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 5614617, US 6147200, US 5457187, US 6639062, US 7427672, US 5459255, US 5484908, US 7045610, US 3687808, US 5502177, US 5525711 6235887, US 5175273, US 6617438, US 5594121, US 6380368, US 5367066, US 5587469, US 6166197, US 5432272, US 7495088, US 5134066, 또는 US 5596091에 기재된 변형 핵염기를 포함한다.
일부 구현예에서, 핵염기는 올리고뉴클레오티드 제조에서 사용되는 바와 같은 보호된 염기 잔기이다. 일부 구현예에서, 핵염기는 US 2011/0294124, US 2015/0211006, US 2015/0197540, WO 2015/107425, WO 2017/192679, WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 예시된 염기 잔기이고, 각각의 염기 잔기는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
당
변형 당을 비롯한 다양한 당이 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드에 혼입되는 경우 개선된 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있는 당 변형 및 이의 패턴(임의로 다른 구조적 요소(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결 변형 및 이의 패턴, 이의 백본 키랄 중심 패턴 등)와 조합됨)을 제공한다.
가장 흔한 자연 발생적 뉴클레오시드는 핵염기 아데노신(A), 시토신(C), 구아닌(G), 티민(T), 또는 우라실(U)에 연결된 리보스 당(예를 들어, RNA에서) 또는 데옥시리보스 당(예를 들어, DNA에서)을 포함한다. 일부 구현예에서, 당, 예를 들어 (달리 언급하지 않는 한) 표 1의 많은 올리고뉴클레오티드에 있는 다양한 당은
Figure pct00178
의 구조를 갖는 천연 DNA 당(DNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서)이고, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 있는 경우, 5' 위치는 5'-말단기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단에 있는 경우, 3' 위치는 3'-말단기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있음). 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00179
의 구조를 갖는 천연 RNA 당(RNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서)이고, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 있는 경우, 5' 위치는 5'-말단기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단에 있는 경우, 3' 위치는 3'-말단기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있음). 일부 구현예에서, 당은 천연 DNA 당 또는 천연 RNA 당이 아니라는 점에서 변형 당이다. 특히, 변형 당은 개선된 안정성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 당을 사용하여 하나 이상의 혼성화 특성을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 당을 사용하여 표적 핵산 인식을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 당을 사용하여 Tm을 최적화할 수 있다. 일부 구현예에서, 변형 당을 사용하여 올리고뉴클레오티드 활성을 개선시킬 수 있다.
당은 다양한 위치에서 뉴클레오티드간 연결에 결합될 수 있다. 비제한적인 예로서, 뉴클레오티드간 연결은 당의 2', 3', 4', 또는 5' 위치에 결합될 수 있다. 일부 구현예에서, 천연 핵산에서 가장 일반적인 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결은 5' 위치에서 하나의 당과 연결되고, 3' 위치에서 다른 당과 연결된다.
일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 천연 DNA 또는 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된
Figure pct00180
이다. 일부 구현예에서, 2' 위치는 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00181
이다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00182
또는
Figure pct00183
의 구조를 가지며, R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s 각각은 독립적으로 -H, 적합한 치환기 또는 적합한 당 변형이다(예를 들어, US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 것들, 이들 각각의 치환기, 당 변형, R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s의 설명, 및 변형 당은 독립적으로 본원에 참조로 포함됨). 일부 구현예에서, R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s 각각은 독립적으로 Rs이고, 각각의 Rs는 독립적으로 -F, -Cl, -Br, -I, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이고, 각각의 R'은 독립적으로 본원에 기재된 바와 갖고, 각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합 또는 임의로 치환된 2가 C1-6 지방족 또는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 헤테로지방족이거나; 2개의 Rs는 함께 가교체 -Ls-를 형성한다. 일부 구현예에서, R'은 임의로 치환된 C1-10 지방족이다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00184
의 구조를 갖는다. 다양한 이러한 당이 표 1에 사용된다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00185
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 2'-변형 당은
Figure pct00186
의 구조를 가지며, R2s는 2'-변형이다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00187
의 구조를 가지며, R2s는 -H, 할로겐, 또는 -OR이다(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임). 일부 구현예에서, R2s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, R2s는 -OMe이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오시드는 mA, mT, mC, m5mC, mG, mU 등이고, R2s는 -OMe이다. 일부 구현예에서, R2s는 -OCH2CH2OMe이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오시드는 Aeo, Teo, Ceo, m5Ceo, Geo, Ueo 등이고, R2s는 -OCH2CH2OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-F 변형 당은
Figure pct00188
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 2'-OMe 변형 당은
Figure pct00189
의 구조를 갖는다.
일부 구현예에서, 당은
Figure pct00190
의 구조를 가지며, R2s와 R4s는 함께 -Ls-를 형성하고, Ls는 공유 결합 또는 임의로 치환된 2가 C1-6 지방족 또는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 헤테로지방족이다. 일부 구현예에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 질소, 산소, 또는 황으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, Ls는 임의로 치환된 C2-O-CH2-C4이다. 일부 구현예에서, Ls는 C2-O-CH2-C4이다. 일부 구현예에서, Ls는 C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4이다. 일부 구현예에서, Ls는 C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4이다.
일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00191
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, BAs는 -H 또는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기(예: BA)이고, R2s는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R2s는 -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, BAs는 -H이다. 일부 구현예에서, BAs는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 일부 구현예에서, BAs는 BA이다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00192
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R2s는 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00193
의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00194
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R2s는 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00195
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R2s'는 Rs이고, Rs, R2s, 및 BAs 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R2s 및 R2s' 각각은 독립적으로 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s는 -OH이다. 일부 구현예에서, R2s는 할로겐이다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, R2s는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, R2s'는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s'는 -OH이다. 일부 구현예에서, R2s'는 할로겐이다. 일부 구현예에서, R2s'는 -F이다. 일부 구현예에서, R2s'는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, BAs는 -H이다. 일부 구현예에서, BAs는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 일부 구현예에서, BAs는 BA이다. 일부 구현예에서, BA와 같은 핵염기는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 임의로 치환되거나 보호된다. 당 및 핵염기를 포함하는 이러한 특정 뉴클레오시드 및 이의 용도는 WO 2020/154342에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다(일부 구현예에서, 하나의 연결 부위(예: -CH2- 연결 부위)는 임의로 치환된 -OH, 예를 들어 (-ODMTr)에 결합되고, 하나의 연결 부위(예: 고리 연결 부위)는 포스포아미다이트의 P에도 결합되는 O에 결합됨). 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N1), 반대편 뉴클레오시드(N0), 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-1) 중 하나 이상 또는 각각은 독립적으로 이러한 뉴클레오시드이다.
일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00196
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R6s 및 R7s 각각은 독립적으로 Rs이고, BAs는 -H 또는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기(예: BA)이고, Rs는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R6s는 -H, -OH, 또는 할로겐이고, R7s는 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, BAs는 -H이다. 일부 구현예에서, BAs는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 일부 구현예에서, BAs는 BA이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00197
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R8s 및 R9s 각각은 독립적으로 Rs이고, Rs 및 BAs 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R8s는 -H 또는 할로겐이고, R9s는 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00198
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R10s 및 R11s 각각은 독립적으로 Rs이고, Rs 및 BAs 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R10s는 -H 또는 할로겐이고, R11s는 -H, -OH, 할로겐, 또는 임의로 치환된 C1-C6 알콕시이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00199
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, BAs는 본원에 기재된 바와 같다. 당업자는 일부 구현예에서 질소가 연결 인에 직접 결합될 수 있음을 이해한다. 일부 구현예에서, 할로겐은 -F이다. 일부 구현예에서, BAs는 -H이다. 일부 구현예에서, BAs는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 일부 구현예에서, BAs는 BA이다. 일부 구현예에서, BA와 같은 핵염기는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 임의로 치환되거나 보호된다. 당 및 핵염기를 포함하는 이러한 특정 뉴클레오시드 및 이의 용도는 WO 2020/154343에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다(일부 구현예에서, 하나의 연결 부위(예: -CH2- 연결 부위)는 임의로 치환된 -OH, 예를 들어 -ODMTr에 결합되고, 하나의 연결 부위(예: 고리 연결 부위)는 (예를 들어, 연결 고리 원자가 N인 경우) 포스포아미다이트의 P에 결합되거나 (예를 들어, 연결 고리 원자가 C인 경우) 포스포아미다이트의 P에도 결합되는 O에 결합됨). 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N1), 반대편 뉴클레오시드(N0), 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-1) 중 하나 이상 또는 각각은 독립적으로 이러한 뉴클레오시드이다.
일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00200
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00201
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00202
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00203
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R12s는 Rs이고, Rs 및 BAs 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R12s는 -H, -OH, 할로겐, 임의로 치환된 C1-6 알킬, 임의로 치환된 C1-6 헤테로알킬, 또는 임의로 치환된 C1-6 알콕시이다. 일부 구현예에서, 할로겐은 -F이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00204
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오티드는
Figure pct00205
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, R13s는 Rs이고, Rs 및 BAs 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R13s는 -H 또는 임의로 치환된 C1-C6 알킬이다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드는
Figure pct00206
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형 당을 포함하는 뉴클레오티드는
Figure pct00207
또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 각각의 변수는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 연결은 아미드 연결이다. 일부 구현예에서, BAs는 -H이다. 일부 구현예에서, BAs는 임의로 치환되거나 보호된 핵염기이다. 일부 구현예에서, BAs는 BA이다. 일부 구현예에서, BA와 같은 핵염기는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 임의로 치환되거나 보호된다. 당 및 핵염기를 포함하는 이러한 특정 뉴클레오시드와 뉴클레오티드 및 이의 용도는 WO 2020/154344에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 이러한 뉴클레오시드를 포함한다(일부 구현예에서, 하나의 연결 부위(예: -CH2- 연결 부위)는 임의로 치환된 -OH, 예를 들어 (-ODMTr)에 결합되고, 하나의 연결 부위(예: 고리 연결 부위)는 포스포아미다이트의 P에도 결합되는 O에 결합됨). 일부 구현예에서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N1), 반대편 뉴클레오시드(N0), 및 3' 방향 인접 뉴클레오시드(예: N-1) 중 하나 이상 또는 각각은 독립적으로 이러한 뉴클레오시드이다.
일부 구현예에서, 당은 비환형 당, 예를 들어 UNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된
Figure pct00208
이다. 일부 구현예에서, 2' 위치는 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00209
이다. 일부 구현예에서, 당은
Figure pct00210
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, R2s는 -OH이다.
일부 구현예에서, R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s 각각은 독립적으로 Rs이고, Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R')3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이고, Ls는 본원에 기재된 바와 같은 LB이고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R1s 및 R2s 각각은 독립적으로 Rs이다. 일부 구현예에서, Rs는 -H이다. 일부 구현예에서, Rs는 -H가 아니다. 일부 구현예에서, Ls는 공유 결합이다. 일부 구현예에서, R2s 및 R4s 각각은 독립적으로 -H, -F, -OR, -N(R)2이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H, -F, -OR, -N(R)2이다. 일부 구현예에서, R4s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s와 R4s는 2'-O-Ls-를 형성하고, Ls는 임의로 치환된 C1-6 알킬렌이다. 일부 구현예에서, Ls는 임의로 치환된 -CH2-이다. 일부 구현예에서, Ls는 임의로 치환된 -CH2-이다.
일부 구현예에서, R은 수소이다. 일부 구현예에서, R은 수소가 아니다. 일부 구현예에서, R은 C1-10 지방족, 1~10개의 헤테로원자(산소, 질소, 황, 인, 및 규소부터 독립적으로 선택됨)를 갖는 C1-10 헤테로지방족, C6-20 아릴, 1~10개의 헤테로원자(산소, 질소, 황, 인, 및 규소부터 독립적으로 선택됨)를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 1~10개의 헤테로원자(산소, 질소, 황, 인, 및 규소부터 독립적으로 선택됨)를 갖는 3~20원 헤테로환 고리로부터 선택되는 임의로 치환된 기이다.
일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-30 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-20 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-15 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-10 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 헥실, 펜틸, 부틸, 프로필, 에틸, 또는 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 헥실이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 펜틸이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 부틸이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 프로필이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 에틸이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 헥실이다. 일부 구현예에서, R은 펜틸이다. 일부 구현예에서, R은 부틸이다. 일부 구현예에서, R은 프로필이다. 일부 구현예에서, R은 에틸이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 이소프로필이다. 일부 구현예에서, R은 n-프로필이다. 일부 구현예에서, R은 tert-부틸이다. 일부 구현예에서, R은 sec-부틸이다. 일부 구현예에서, R은 n-부틸이다. 일부 구현예에서, R은 -(CH2)2OCH3이다.
일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다.
일부 구현예에서, R2s는 본 발명에 기재된 바와 같은 2'-변형이고, R4s는 -H이다. 일부 구현예에서, R2s는 -OR이고, R은 수소가 아니다. 일부 구현예에서, R2s는 -F이다. 일부 구현예에서, R2s는 -OMe이다. 일부 구현예에서, 예를 들어 표 1에 사용된 다양한 Xeo에서(X는 m5C, T, G, A 등임) R2s는 -OCH2CH2CH3이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H, -F, 및 -OR로부터 선택되고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R2s는 -H, -F, 및 -OMe로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 당은 이환 당, 예를 들어 R2s와 R4s가 함께, 본 발명에 기재된 바와 같은 임의로 치환된 고리를 형성하는 당이다. 일부 구현예에서, 당은 LNA 당, BNA 당, cEt 당 등으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 가교체는 2'과 4'-탄소 원자(사이에 개재된 원자와 함께, 본원에 기재된 바와 같은 임의로 치환된 고리를 형성하는 R2s 및 R4s에 상응함) 사이에 있다. 일부 구현예에서, 가교체는 2'-La-Lb-4'이고, La는 -O-, -S-, 또는 N(R)이고, Lb는 임의로 치환된 C1-4 2가 지방족 사슬(예: 메틸렌)이다.
일부 구현예에서, 당은 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-F, LNA(잠금 핵산) 당, ENA(에틸렌 가교 핵산) 당, BNA(NMe)(메틸아미노 가교 핵산) 당, 2'-F ANA(2'-F 아라비노스), 알파-DNA(알파-D-리보스), 2'/5' ODN(예: 2'/5' 연결 올리고뉴클레오티드), Inv(전화당(inverted sugar), 예를 들어 전화 데옥시리보스), AmR(아미노-리보스), ThioR(티오-리보스), HNA(헥소스 핵산), CeNA(시클로헥센 핵산), 또는 MOR(모르폴리노) 당이다.
본 개시내용을 읽은 후 당업자는 다양한 유형의 당 변형이 알려져 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 당 변형은 2'-변형(예: R2s)이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OR이고, R은 수소가 아니다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 당 모이어티의 2'-탄소를 당 모이어티의 다른 탄소에 연결하는 -O-Lb- 또는 -Lb-Lb-이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 당 모이어티의 2'-탄소를 당 모이어티의 4'-탄소에 연결하는 2'-O-Lb-4' 또는 2'-Lb-Lb-4'이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 S-cEt이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 LNA 당이다. 일부 구현예에서, -Lb-는 -C(R)2-이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-C(R)2-C4)이고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 LNA 당 변형(C2-O-CH2-C4)이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이고, R은 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이고, R은 본 발명에 기재된 바와 같고 수소가 아니다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이고, R은 본 발명에 기재된 바와 같고 수소가 아니다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 비치환 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 에틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이고, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이고, R은 에틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이고, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이고, R은 에틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이고, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이고, R은 에틸이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4이다. 일부 구현예에서, 당은 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 천연 RNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 2'에서 임의로 치환된 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 2'에서 치환된(2'-변형) 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 당은 2'에서 변형된(2'-변형) 천연 DNA 당이다.
일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 변형된 리보스 또는 데옥시리보스이고, 리보스 또는 데옥시리보스 모이어티의 하나 이상의 하이드록실기는 임의로 그리고 독립적으로 할로겐, R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되고, 각각의 R'은 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 할로겐, R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 임의로 치환되고, 각각의 R'은 독립적으로 본 발명에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 할로겐으로 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 하나 이상의 -F로 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 -OR'로 임의로 치환되고, 각각의 R'은 독립적으로 본 발명에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 -OR'로 임의로 치환되고, 각각의 R'은 독립적으로 임의로 치환된 C1-C6 지방족이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 -OR'로 임의로 치환되고, 각각의 R'은 독립적으로 임의로 치환된 C1-C6 알킬이다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 -OMe로 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 당은 임의로 치환된 데옥시리보스이고, 데옥시리보스의 2' 위치가 -O-메톡시에틸로 임의로 치환된다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 당 및 하나 이상의 천연 당을 포함한다.
이환 당의 예는 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 에틸렌옥시(4'-(CH2)2-O-2') LNA, 아미노옥시(4'-CH2-O-N(R)-2') LNA, 및 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') LNA의 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 이환 당, 예를 들어 LNA 또는 BNA 당은 2개의 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 갖는 당이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오시드의 이환 당은 알파-L-리보푸라노스 또는 베타-D-리보푸라노스의 입체화학적 배열을 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 이환 당은 이성체 배열에 의해 추가로 정의될 수 있다. 예를 들어, 4'-(CH2)-O-2' 가교체를 포함하는 당은 알파-L 배열 또는 베타-D 배열로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 4'-2' 가교체는 -L-4'-(CH2)-O-2', b-D-4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2', 4'-CH2-O-N(R')-2', 4'-CH2-N(R')-O-2', 4'-CH(R')-O-2', 4'-CH(CH3)-O-2', 4'-CH2-S-2', 4'-CH2-N(R')-2', 4'-CH2-CH(R')-2', 4'-CH2-CH(CH3)-2', 및 4'-(CH2)3-2'이고, 각각의 R'은 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R'은 -H, 보호기, 또는 임의로 치환된 C1-C12 알킬이다. 일부 구현예에서, R'은 -H 또는 임의로 치환된 C1-C12 알킬이다.
일부 구현예에서, 이환 당은 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 에틸렌옥시(4'-(CH2)2-O-2') BNA, 아미노옥시(4'-CH2-O-N(R)-2') BNA, 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') BNA, 메틸(메틸렌옥시)(4'-CH(CH3)-O-2') BNA(구속형 에틸 또는 cEt라고도 함), 메틸렌-티오(4'-CH2-S-2') BNA, 메틸렌-아미노(4'-CH2-N(R)-2') BNA, 메틸 카보시클릭(4'-CH2-CH(CH3)-2') BNA, 프로필렌 카보시클릭(4'-(CH2)3-2') BNA, 또는 비닐 BNA의 당이다.
일부 구현예에서, 당 변형은 US 9006198에 기재된 변형이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 US 9006198에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 당 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 변형이고, 각각의 당 변형 및 변형 당은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 변형 당은 US 5658873, US 5118800, US 5393878, US 5514785, US 5627053, US 7034133;7084125, US 7399845, US 5319080, US 5591722, US 5597909, US 5466786, US 6268490, US 6525191, US 5519134, US 5576427, US 6794499, US 6998484, US 7053207, US 4981957, US 5359044, US 6770748, US 7427672, US 5446137, US 6670461, US 7569686, US 7741457, US 8022193, US 8030467, US 8278425, US 5610300, US 5646265, US 8278426, US 5567811, US 5700920, US 8278283, US 5639873, US 5670633, US 8314227, US 2008/0039618, 또는 US 2009/0012281에 기재된 것이다.
일부 구현예에서, 당 변형은 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-LNA, 2'-F, 5'-비닐, 또는 S-cEt이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 FRNA, FANA, 또는 모르폴리노의 당이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 핵산 유사체, 예를 들어 GNA, LNA, PNA, TNA, F-HNA(F-THP 또는 3'-플루오로 테트라하이드로피란), MNA(만니톨 핵산, 예: Leumann 2002 Bioorg. Med. Chem. 10: 841-854), ANA(아니톨 핵산), 또는 모르폴리노, 또는 이의 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 당 변형은 천연 당을 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 알려져 있으며(예: 모르폴리노, 글리콜 핵산 등에 사용되는 것), 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 변형 당과 함께 사용될 때, 일부 구현예에서 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 모르폴리노, PNA 등에서와 같이 변형될 수 있다.
일부 구현예에서, 당은 6번 위치에 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 6'-변형 이환 당(예를 들어, US 7399845에 기재된 것)이다. 일부 구현예에서, 당은 5번 위치에 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 5'-변형 이환 당(예를 들어, US 20070287831에 기재된 것)이다.
일부 구현예에서, 변형 당은 -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(각각의 R'은 독립적으로 본 발명에 기재되어 있음); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O--(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)로부터 독립적으로 선택되는 2' 위치의 하나 이상의 치환기(일반적으로 하나의 치환기이고 종축 위치에 있는 경우가 많음)를 포함하고, 알킬, 알킬렌, 알케닐, 및 알키닐 각각은 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 치환기는 -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, MOE, DMAOE, 또는 DMAEOE이고, n은 1 내지 약 10이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 문헌[WO 2001/088198; 및 Martin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504]에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 치환된 실릴기, RNA 절단기, 리포터기, 형광표지, 인터칼레이터(intercalator), 핵산의 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 핵산의 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기, 또는 유사한 특성을 갖는 기타 치환기로부터 선택되는 하나 이상의 기를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형은 3'-말단 뉴클레오시드 상의 당의 3' 위치 또는 5'-말단 뉴클레오시드의 5' 위치를 비롯하여, 2', 3', 4', 또는 5' 위치 중 하나 이상에서 이루어진다.
일부 구현예에서, 리보스의 2'-OH는 -H, -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(각각의 R'은 독립적으로 본 발명에 기재되어 있음); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)로부터 선택되는 기로 대체되고, 알킬, 알킬렌, 알케닐, 및 알키닐 각각은 독립적으로 그리고 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 2'-OH는 -H로 대체된다(데옥시리보스). 일부 구현예에서, 2'-OH는 -F로 대체된다. 일부 구현예에서, 2'-OH는 -OR'로 대체된다. 일부 구현예에서, 2'-OH는 -OMe로 대체된다. 일부 구현예에서, 2'-OH는 -OCH2CH2OMe로 대체된다.
일부 구현예에서, 당 변형은 2'-변형이다. 일반적으로 사용되는 2'-변형은 2'-OR을 포함하지만 이에 한정되지 않으며, R은 수소가 아니고 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 변형은 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 변형은 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 변형은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 변형은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 S-cEt이다. 일부 구현예에서, 변형 당은 LNA 당이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 -F이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 FANA이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 FRNA이다. 일부 구현예에서, 당 변형은 5'-변형, 예를 들어 5'-Me이다. 일부 구현예에서, 당 변형은 당 고리의 크기를 변화시킨다. 일부 구현예에서, 당 변형은 FHNA에서의 당 모이어티이다.
일부 구현예에서, 당 변형은 당 모이어티를 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 알려져 있으며, 모르폴리노(임의로 포스포로디아미데이트 연결을 가짐), 글리콜 핵산 등에 사용되는 것을 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 하나 이상이 변형된다. 일부 구현예에서, 변형 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 당은 독립적으로 2'-변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OR이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 LNA 당 변형이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-변형이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-F이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR이고, R은 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe 또는 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe, 2'-MOE, 또는 LNA 당이다.
변형 당은 펜토푸라노실 당 대신에 시클로부틸 또는 시클로펜틸 모이어티를 포함한다. 이러한 변형 당의 대표적인 예는 US 4,981,957, US 5,118,800, US 5,319,080, 또는 US 5,359,044에 기재된 것들을 포함한다. 일부 구현예에서, 리보스 고리 내의 산소 원자는 질소, 황, 셀레늄, 또는 탄소로 대체된다. 일부 구현예에서, -O-는 -N(R')-, -S-, -Se-, 또는 -C(R')2-로 대체된다. 일부 구현예에서, 변형 당은 리보스 고리 내의 산소 원자가 질소로 대체된 변형 리보스이고, 질소는 알킬기(예: 메틸, 에틸, 이소프로필 등)로 임의로 치환된다.
변형 당의 비제한적인 예는 예를 들어 문헌[Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847; Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175 및 Tsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603]에 기재된 바와 같은 글리세롤 핵산(GNA)의 일부인 글리세롤이다.
유연성 핵산(FNA)은 예를 들어 문헌[Joyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402 및 Heuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413]에 기재된 바와 같은 포르밀 글리세롤의 혼합 아세탈 아미날을 기반으로 한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 변형 뉴클레오시드는 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 당 또는 변형 당을 포함하고, 각각의 당 및 변형 당은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 당에 있는 하나 이상의 하이드록실기는 임의로 그리고 독립적으로 할로겐, R' -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되고, 각각의 R'은 독립적으로 본 발명에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 변형 뉴클레오시드는 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 임의의 변형 뉴클레오시드이고, 각각의 변형 뉴클레오시드는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 당 변형은 5'-비닐(R 또는 S), 5'-메틸(R 또는 S), 2'-SH, 2'-F, 2'-OCH3, 2'-OCH2CH3, 2'-OCH2CH2F, 또는 2'-O(CH2)20CH3이다. 일부 구현예에서, 2' 위치의 치환기, 예를 들어 2'-변형은 알릴, 아미노, 아지도, 티오, O-알릴, O-C1-C10 알킬, OCF3, OCH2F, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), 및 O-CH2-C(=O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)이고, 각각의 알릴, 아미노, 및 알킬은 임의로 치환되고, Rl, Rm, 및 Rn 각각은 독립적으로 본 발명에 기재된 바와 같은 R'이다. 일부 구현예에서, Rl, Rm, 및 Rn 각각은 독립적으로 -H 또는 임의로 치환된 C1-C10 알킬이다.
일부 구현예에서, 이환 당은 2개의 당 탄소 사이에, 예를 들어 4' 및 2' 리보실 고리 탄소 원자 사이에 가교체, 예를 들어 -Lb-Lb-, -L- 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 가교체는 4'-(CH2)-O-2'(예: LNA 당), 4'-(CH2)-S-2', 4'-(CH2)2-O-2'(예: ENA 당), 4'-CH(R')-O-2'(예: 4'-CH(CH3)-O-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2', 및 US 7399845 등의 예), 4'-CH(R')2-O-2'(예: 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' 및 WO 2009006478 등의 예), 4'-CH2-N(OR')-2'(예: 4'-CH2-N(OCH3)-2', WO 2008150729 등의 예), 4'-CH2-O-N(R')-2'(예: 4'-CH2-O-N(CH3)-2', US 20040171570 등의 예), 4'-CH2-N(R')-O-2'[예를 들어, R은 -H, C1-C12 알킬, 또는 보호기임(예를 들어 US 7427672 참조)], 4'-C(R')2-C(H)(R')-2'(예: 4'-CH2-C(H)(CH3)-2', 문헌[Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134] 등의 예), 또는 4'-C(R')2-C(=C(R')2)-2'(예: 4'-CH2-C(=CH2)-2', WO 2008154401 등의 예)이다.
일부 구현예에서, 당은 테트라하이드로피란 또는 THP 당이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오시드는 테트라하이드로피란 뉴클레오시드 또는 THP 뉴클레오시드이고, 이는 일반적인 천연 뉴클레오시드의 펜토푸라노실 잔기를 치환한 6원 테트라하이드로피란 당을 갖는 뉴클레오시드이다. THP 당 및/또는 뉴클레오시드는 헥시톨 핵산(HNA), 아니톨 핵산(ANA), 만니톨 핵산(MNA)(예: Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854), 또는 플루오로 HNA(F-HNA)에 사용되는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 당은 5개 초과의 원자 및/또는 1개 초과의 헤테로원자를 갖는 고리를 포함한다(예를 들어, 문헌[Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510; US 5698685; US 5166315; US 5185444; US 5034506 등]에 기재된 모르폴리노 당).
당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결 등의 변형은 올리고뉴클레오티드에서 조합되어 사용될 수 있고 종종 조합되어 사용된다(예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드 참조).
일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 자연 발생적 뉴클레오시드의 펜토푸라노실 잔기 대신 6원 시클로헥세닐을 갖는다. 시클로헥세닐 뉴클레오시드의 예 및 이의 제조와 용도는 예를 들어 문헌[WO 2010036696; Robeyns et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130(6), 1979-1984; Horvath et al., Tetrahedron Letters, 2007, 48, 3621-3623; Nauwelaerts et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(30), 9340-9348; Gu et al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2005, 24(5-7), 993-998; Nauwelaerts et al., Nucleic Acids Research, 2005, 33(8), 2452-2463; Robeyns et al., Acta Crystallographica, Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005, F61(6), 585-586; Gu et al., Tetrahedron, 2004, 60(9), 2111-2123; Gu et al., Oligonucleotides, 2003, 13(6), 479-489; Wang et al., J. Org. Chem., 2003, 68, 4499-4505; Verbeure et al., Nucleic Acids Research, 2001, 29(24), 4941-4947; Wang et al., J. Org. Chem., 2001, 66, 8478-82; Wang et al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2001, 20(4-7), 785-788; Wang et al., J. Am. Chem., 2000, 122, 8595-8602; WO 2006047842; WO 2001049687 등]에 기재되어 있다.
많은 단환, 이환, 및 삼환 고리 시스템이 당 대용물(변형 당)로서 적합하고 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Leumann, Christian J. Bioorg. & Med. Chem., 2002, 10, 841-854] 참조. 이러한 고리 시스템은 다양한 추가 치환을 통해 특성 및/또는 활성이 더 향상될 수 있다.
일부 구현예에서, 2'-변형 당은 2' 위치에서 변형된 푸라노실 당이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 할로겐, -R'(R'은 -H가 아님), -OR'(R'은 -H가 아님), -SR', -N(R')2, 임의로 치환된 -CH2-CH=CH2, 임의로 치환된 알케닐, 또는 임의로 치환된 알키닐이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)nF, -O(CH2)nONH2, -OCH2C(=O)N(H)CH3, 및 -O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2로부터 선택되고, 각각의 n 및 m은 독립적으로 1 내지 약 10이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 임의로 치환된 C1-C12 알킬, 임의로 치환된 알케닐, 임의로 치환된 알키닐, 임의로 치환된 알카릴, 임의로 치환된 아랄킬, 임의로 치환된 -O-알카릴, 임의로 치환된 -O-아랄킬, -SH, -SCH3, -OCN, -Cl, -Br, -CN, -F, -CF3, -OCF3, -SOCH3, -SO2CH3, -ONO2, -NO2, -N3, -NH2, 임의로 치환된 헤테로시클로알킬, 임의로 치환된 헤테로시클로알카릴, 임의로 치환된 아미노알킬아미노, 임의로 치환된 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, 리포터기, 인터칼레이터, 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기, 및 기타 치환기이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 2'-MOE 변형이다(예를 들어, 문헌[Baker et al., J. Biol. Chem., 1997, 272, 11944-12000] 참조). 일부 경우에, 2'-MOE 변형은 비변형 당 및 일부 다른 변형 뉴클레오시드, 예컨대 2'-O-메틸, 2'-O-프로필, 및 2'-O-아미노프로필에 비해 개선된 결합 친화성을 갖는 것으로 보고되었다. 2'-MOE 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드는 또한 생체내 사용을 위한 유망한 특징으로 유전자 발현을 억제할 수 있는 것으로 보고되었다(예를 들어, 문헌[Martin, Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504; Altmann et al., Chimia, 1996, 50, 168-176; Altmann et al., Biochem. Soc. Trans., 1996, 24, 630-637; 및 Altmann et al., Nucleosides Nucleotides, 1997, 16, 917-926 등] 참조).
일부 구현예에서, 2'-변형 또는 2'-치환 당 또는 뉴클레오시드는 당의 2' 위치에 -H(일반적으로 치환기로 간주되지 않음) 또는 -OH 이외의 치환기를 포함하는 당 또는 뉴클레오시드이다. 일부 구현예에서, 2'-변형 당은 당 고리의 2개의 탄소 원자(이 중 하나는 2' 탄소임)를 연결하는 가교체를 포함하는 이환 당이다. 일부 구현예에서, 2'-변형은 비가교, 예를 들어 알릴, 아미노, 아지도, 티오, 임의로 치환된 -O-알릴, 임의로 치환된 -O-C1-C10 알킬, -OCF3, -O(CH2)2OCH3, 2'-O(CH2)2SCH3, -O(CH2)2ON(Rm)(Rn), 또는 -OCH2C(=O)N(Rm)(Rn)이고, 각각의 Rm 및 Rn은 독립적으로 -H 또는 임의로 치환된 C1-C10 알킬이다.
특정 변형 당, 이의 제조 및 용도는 US 4981957, US 5118800, US 5319080, US 5359044, US 5393878, US 5446137, US 5466786, US 5514785, US 5519134, US 5567811, US 5576427, US 5591722, US 5597909, US 5610300, US 5627053, US 5639873, US 5646265, US 5670633, US 5700920, US 5792847, US 6600032, 및 WO 2005121371에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 당은 N-메타노카르바, LNA, cMOE BNA, cEt BNA, α-L-LNA 또는 관련 유사체, HNA, Me-ANA, MOE-ANA, Ara-FHNA, FHNA, R-6'-Me-FHNA, S-6'-Me-FHNA, ENA, 또는 c-ANA의 당이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 C3-아미드(예: C3'에 부착된 아미드 변형을 갖는 당, Mutisya et al. 2014 Nucleic Acids Res. 2014 Jun 1; 42(10): 6542-6551), 포름아세탈, 티오포름아세탈, MMI[예: 메틸렌(메틸이미노), Peoc'h et al. 2006 Nucleosides and Nucleotides 16 (7-9)], PMO(포스포로디아미데이트 연결 모르폴리노) 연결(2개의 당을 연결), 또는 PNA(펩티드 핵산) 연결이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결 및/또는 당의 예는 문헌[Allerson et al. 2005 J. Med. Chem. 48: 901-4; BMCL 2011 21: 1122; BMCL 2011 21: 588; BMCL 2012 22: 296; Chattopadhyaya et al. 2007 J. Am. Chem. Soc. 129: 8362; Chem. Bio. Chem. 2013 14: 58; Curr. Prot. Nucl. Acids Chem. 2011 1.24.1; Egli et al. 2011 J. Am. Chem. Soc. 133: 16642; Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110; Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5; Imanishi 1997 Tet. Lett. 38: 8735; J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143; J. Med. Chem. 2009 52: 10; J. Org. Chem. 2010 75: 1589; Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146; Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983; Jung et al. 2014 ACIEE 53: 9893; Kodama et al. 2014 AGDS; Koizumi 2003 BMC 11: 2211; Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273; Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630; Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222; Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531; Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256; Lima et al. 2012 Cell 150: 883-894; Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226; Migawa et al. 2013 Org. Lett. 15: 4316; Mol. Ther. Nucl. Acids 2012 1: e47; Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242; Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76; Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226; Murray et al. 2012 Nucl. Acids Res. 40: 6135; Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73; Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433; Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8; Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404; Obika et al. 2008 J. Am. Chem. Soc. 130: 4886; Obika et al. 2011 Org. Lett. 13: 6050; Oestergaard et al. 2014 JOC 79: 8877; Pallan et al. 2012 Biochem. 51: 7; Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197; Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81; Prakash et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 1636; Prakash et al. 2015 Nucl. Acids Res. 43: 2993-3011; Prakash et al. 2016 Bioorg. Med. Chem. Lett. 26: 2817-2820; Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396; Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966; Seth et al. 2008 Nucl. Acid Sym. Ser. 52: 553; Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13; Seth et al. 2010 J. Am. Chem. Soc. 132: 14942; Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318; Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581; Seth et al. 2011 BMCL 21: 4690; Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299; Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47; Seth et al., Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554; Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248; Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39; Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079; Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131; Starrup et al. 2010 Nucl. Acids Res. 38: 7100; Swayze et al. 2007 Nucl. Acids Res. 35: 687; Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220; Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338; Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006; WO 2007090071; WO 2016079181; US 6326199; US 6066500; 또는 US 6440739]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예: 도메인, 서브도메인 등)는 높은 수준의 2'-F 변형 당을 포함한다. 예를 들어 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예: 도메인, 서브도메인 등)에 있는 당의 약 10%~100%(예를 들어 약 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상, 또는 약 100%)는 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 약 50% 이상은 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 약 60% 이상은 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 약 70% 이상은 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 약 80% 이상은 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 약 90% 이상은 2'-F를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부는 또한 2'-F를 포함하지 않는 하나 이상의 당을 포함한다(예를 들어, 변형을 포함하지 않는 당 및/또는 다른 변형을 포함하는 당).
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예: 도메인, 서브도메인 등)에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-MOE를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 당은 2'-MOE를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 최대 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 당은 2'-MOE를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 또는 이의 유사체를 제조하는 데 유용한 다양한 추가의 당이 당업계에 알려져 있으며 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
뉴클레오티드간 연결
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함한다. 다양한 뉴클레오티드간 연결을 본 발명에 따라 사용하여 핵염기, 예를 들어 뉴클레오시드를 포함하는 단위들을 연결할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 둘 다를 포함한다. 당업자에게 널리 알려진 바와 같이, 천연 포스페이트 연결은 천연 DNA 및 RNA 분자에서 널리 발견되며; 이들은 -OP(O)(OH)O-의 구조를 가지며, DNA 및 RNA의 뉴클레오시드에 있는 당들을 연결하고, 다양한 염 형태로 존재할 수 있다(예를 들어, 생리학적 pH(약 7.4)에서, 천연 포스페이트 연결은 음이온이 -OP(O)(O-)O-인 염 형태로 주로 존재한다). 변형 뉴클레오티드간 연결 또는 비천연 포스페이트 연결은 천연 포스페이트 연결 또는 이의 염 형태가 아닌 뉴클레오티드간 연결이다. 변형 뉴클레오티드간 연결은 구조에 따라 염 형태로도 존재할 수 있다. 예를 들어, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, -OP(O)(SH)O-의 구조를 갖는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 다양한 염 형태로 존재할 수 있다(예를 들어 생리학적 pH(약 7.4)에서, 음이온은 -OP(O)(S-)O-임).
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 변형 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포로아미데이트, 티오포스페이트, 3'-티오포스페이트, 또는 5'-티오포스페이트를 포함한다.
일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 연결 인을 포함하는 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 연결 인과 관련하여 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 연결 인과 관련하여 입체화학적으로 순수하다. 일부 구현예에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 백본 키랄 중심 패턴은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(Rp 또는 Sp)의 위치와 연결 인 배열 및 아키랄 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결)의 위치를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 P-변형을 포함하고, P-변형은 연결 인에서의 변형이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 인을 포함하지 않지만 예를 들어 펩티드 핵산(PNA)에서와 같이 각각 독립적으로 핵염기를 포함하는 2개의 당 또는 2개의 모이어티를 연결하는 역할을 하는 모이어티이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 화학식 I, I-a, I-b, 또는 I-c 의 구조를 갖는 것과 본원 및/또는 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 것들을 포함하고, 각각의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 화학식 I, I-a, I-b, I-c 등의 것)은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 양으로 하전된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 본원 및/또는 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 바와 같은 화학식 I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2 등, 또는 이의 염 형태의 구조를 가지며, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 화학식 I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2 등, 또는 이의 적합한 염 형태의 것)은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 전달 및/또는 활성(예를 들어, 아데노신 편집 활성)을 개선시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 임의로 치환된 트리아졸릴을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 임의로 치환된 알키닐을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티(예를 들어, 트리아졸릴기)는 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티(예를 들어, 트리아졸릴기)는 치환된다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티는 치환되지 않는다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00211
의 구조를 가지며 임의로 키랄 제어되고, R1은 -L-R'이고, L은 본원에 기재된 바와 같은 LB이고, R'은 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 각각의 R1은 독립적으로 R'이다. 일부 구현예에서, 각각의 R'은 독립적으로 R이다. 일부 구현예에서, 2개의 R1은 R이고 함께 본원에 기재된 바와 같은 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 2개의 다른 질소 원자 상의 2개의 R1은 R이고 함께 본원에 기재된 바와 같은 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, R1은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R1은 메틸이다. 일부 구현예에서, 동일한 질소 원자 상의 2개의 R'은 R이고 함께 본원에 기재된 바와 같은 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00212
의 구조를 가지며 임의로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서,
Figure pct00213
는
Figure pct00214
이다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된 환형 구아니딘 모이어티를 포함하고,
Figure pct00215
,
Figure pct00216
, 또는
Figure pct00217
의 구조를 가지며, W는 O 또는 S이다. 일부 구현예에서, W는 O이다. 일부 구현예에서, W는 S이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체화학적으로 제어된다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된 트리아졸릴기를 포함한다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티(예를 들어, 임의로 치환된 트리아졸릴기)를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00218
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00219
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00220
의 화학식을 가지며, W는 O 또는 S이다. 일부 구현예에서, 알킨 모이어티(예를 들어, 임의로 치환된 알키닐기)를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00221
의 화학식을 가지며, W는 O 또는 S이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 중성 뉴클레오티드간 연결은 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 환형 구아니딘 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00222
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00223
,
Figure pct00224
,
Figure pct00225
, 또는
Figure pct00226
로부터 선택되는 구조이거나 이를 포함하고, W는 O 또는 S이다.
일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기(
Figure pct00227
)를 포함한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기를 포함하고
Figure pct00228
의 구조를 갖는다("Tmg 뉴클레오티드간 연결"). 일부 구현예에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 PNA 및 PMO의 뉴클레오티드간 연결, 및 Tmg 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2 등, 또는 이의 염 형태의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 5원 고리의 기이다. 일부 구현예에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 6원 고리의 기이다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 헤테로아릴기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 헤테로아릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~6원 헤테로아릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5원 헤테로아릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴기는 연결 인에 직접 결합된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된 트리아졸릴기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸릴기, 예를 들어
Figure pct00229
를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸릴기, 예를 들어
Figure pct00230
를 포함한다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 헤테로시클릴기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 헤테로시클릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~6원 헤테로시클릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5원 헤테로시클릴기를 포함하고, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 적어도 2개의 헤테로원자는 질소이다. 일부 구현예에서, 헤테로시클릴기는 연결 인에 직접 결합된다. 일부 구현예에서, 헤테로시클릴기는 링커, 예를 들어 헤테로시크릴기가 =N-을 통해 연결 인에 지시 결합된 구아니딘 모이어티의 일부인 경우, =N-을 통해 연결 인에 결합된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된
Figure pct00231
기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환된
Figure pct00232
기를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00233
기를 포함하고, 각각의 R1은 독립적으로 -L-R이다. 일부 구현예에서, 각각의 R1은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 각각의 R1은 독립적으로 메틸이다.
일부 구현예)에서, 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함하고, 이들 각각은 임의로 치환된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 알킬 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 임의로 치환된 알키닐기를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 알키닐기를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 알키닐기를 포함한다. 일부 구현예에서, 알키닐기는 연결 인에 직접 결합된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 상이한 유형의 뉴클레오티드간 인 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 변형(비천연) 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 포스포로티오에이트를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 음으로 하전되지 않은 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 음으로 하전되지 않은 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결, 및 음으로 하전되지 않은 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상, 예를 들어 1~50, 1~40, 1~30, 1~20, 1~15, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은, 수용액 중의 소정 pH에서 50%, 40%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 또는 1% 미만의 뉴클레오티드간 연결이 음으로 하전된 염 형태로 존재한다는 점에서, 음으로 하전되지 않은 것이다. 일부 구현예에서, pH는 약 pH 7.4이다. 일부 구현예에서, pH는 약 4~9이다. 일부 구현예에서, 백분율은 10% 미만이다. 일부 구현예에서, 백분율은 5% 미만이다. 일부 구현예에서, 백분율은 1% 미만이다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결은, 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결이 물에서 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 이하인 pKa를 갖지 않는다는 점에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, pKa는 7 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 6 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 5 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 4 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 3 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 2 이하가 아니다. 일부 구현예에서, pKa는 1 이하가 아니다. 일부 구현예에서, 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결의 pKa는 CH3-뉴클레오티드간 연결-CH3의 구조를 갖는 중성 형태의 화합물의 pKa로 표시될 수 있다. 예를 들어, 화학식 I의 구조를 갖는 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결의 pKa는
Figure pct00234
(X, Y, Z 각각은 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-이고; L은 LB이고, R1은 -L-R'임)의 구조를 갖는 중성 형태의 화합물의 pKa로 표시될 수 있고,
Figure pct00235
의 pKa는
Figure pct00236
의 pKa로 표시될 수 있다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 양으로 하전된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 헤테로아릴 염기 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 알키닐 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, 중성의 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, WO 2020/191252,2607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252 중 어느 하나에 기재된 임의의 중성의 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 구조를 가지며, 각각의 중성의 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 각각의 R'은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, 각각의 R'은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, 각각의 R'은 독립적으로 -CH3이다. 일부 구현예에서, 각각의 Rs는 -H이다.
일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00237
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00238
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00239
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00240
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00241
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00242
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00243
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00244
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00245
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00246
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00247
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00248
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, W는 O이다. 일부 구현예에서, W는 S이다. 일부 구현예에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 전술한 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각의 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2, 또는 이의 염 형태는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결, 및 중성 뉴클레오티드간 연결이 아닌 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 천연 포스페이트 연결(PO)보다 소수성일 수 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(PS)보다 중성 뉴클레오티드간 연결이 더 소수성일 수 있음에 주목한다. 일반적으로, PS 또는 PO와는 달리, 중성 뉴클레오티드간 연결은 더 적은 전하를 띤다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 올리고뉴클레오티드에 혼입시키면 올리고뉴클레오티드가 세포에 흡수되는 능력 및/또는 엔도솜에서 탈출하는 능력이 증가할 수 있음에 주목한다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결의 혼입을 사용하여 올리고뉴클레오티드와 이의 표적 핵산 사이에 형성된 듀플렉스의 용융 온도를 조절할 수 있음에 주목한다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결)을 올리고뉴클레오티드에 혼입시키면 표적 아데노신 편집과 같은 기능을 매개하는 올리고뉴클레오티드의 능력이 증가할 수 있음에 주목한다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 천연 포스페이트 연결 및 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2, 또는 이의 염 형태의 것과 같은 뉴클레오티드간 연결은 일반적으로, US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 바와 같은 2개의 뉴클레오시드(천연이거나 변형될 수 있음)를 연결하며, 각각의 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2, 또는 이의 염 형태는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 천연 DNA 및 RNA에서와 같은 일반적인 연결은 뉴클레오티드간 연결이 2개의 당(이는 본원에 기재된 바와 같이 변형되거나 변형되지 않을 수 있음)과 결합을 형성한다는 것이다. 많은 구현예에서, 본원에 예시된 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결은 산소 원자 또는 헤테로원자(예를 들어, 다양한 화학식에서 Y 및 Z)를 통해 5' 탄소에서 하나의 임의로 변형된 리보스 또는 데옥시리보스와 결합을 형성하고 3' 탄소에서 다른 임의로 변형된 리보스 또는 데옥시리보스와 결합을 형성한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결에 의해 연결된 각각의 뉴클레오시드 단위는, 독립적으로 임의로 치환된 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성체인 핵염기, 또는 적어도 하나의 질소 원자를 갖는 임의로 치환된 헤테로시클릴 및/또는 헤테로아릴 고리를 포함하는 핵염기를 독립적으로 포함한다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 많은 다른 유형의 뉴클레오티드간 연결이 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,177,195; 5,023,243; 5,034,506; 5,166,315; 5,185,444; 5,188,897; 5,214,134; 5,216,141; 5,235,033; 5,264,423; 5,264,564; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,938; 5,405,939; 5,434,257; 5,453,496; 5,455,233; 5,466,677; 5,466,677; 5,470,967; 5,476,925; 5,489,677; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,307; 5,541,316; 5,550,111; 5,561,225; 5,563,253; 5,571,799; 5,587,361; 5,596,086; 5,602,240; 5,608,046; 5,610,289; 5,618,704; 5,623,070; 5,625,050; 5,633,360; 5,64,562; 5,663,312; 5,677,437; 5,677,439; 6,160,109; 6,239,265; 6,028,188; 6,124,445; 6,169,170; 6,172,209; 6,277,603; 6,326,199; 6,346,614; 6,444,423; 6,531,590; 6,534,639; 6,608,035; 6,683,167; 6,858,715; 6,867,294; 6,878,805; 7,015,315; 7,041,816; 7,273,933; 7,321,029; 또는 RE39464에 기재된 것들). 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, WO 2017192664, WO 2017015575, WO2017062862, WO 2018067973, WO 2017160741, WO 2017192679, WO 2017210647, WO 2018098264, PCT/US18/35687, PCT/US18/38835, 또는 PCT/US18/51398에 기재된 것이고, 각각의 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결, 키랄 보조체/시약, 및 기술(시약, 조건, 사이클 등)은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 및 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 및 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 특정 조건에서 "자동방출"되기 쉬운 인 변형을 독립적으로 포함하는 하나 이상의 뉴클레오티드를 포함한다. 즉, 특정 조건에서, 특정 인 변형은 예를 들어 천연 포스페이트 연결을 제공하기 위해 올리고뉴클레오티드로부터 자가 절단되도록 설계된다. 일부 구현예에서, 이러한 인 변형은 -O-L-R1의 구조를 가지며, L은 본원에 기재된 바와 같은 LB이고, R1은 본원에 기재된 바와 같은 R'이다. 일부 구현예에서, 인 변형은 -S-L-R1의 구조를 가지며, 각각의 L 및 R1은 독립적으로 본 발명에 기재된 바와 같다. 이러한 인 변형 기의 특정 예는 US 9982257에서 찾을 수 있다. 일부 구현예에서, 자동방출 기는 모르폴리노 기를 포함한다. 일부 구현예에서, 자동방출 기는 뉴클레오티드간 인 링커에 제제를 전달하는 능력을 특징으로 하며, 이러한 제제는 예를 들어 탈황과 같은 인 원자의 추가 변형을 촉진한다. 일부 구현예에서, 이러한 제제는 물이고 추가 변형은 천연 포스페이트 연결을 형성하기 위한 가수분해이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 약학적 특성 및/또는 활성을 개선시키는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 특정 올리고뉴클레오티드는 뉴클레아제에 의해 빠르게 분해되고 세포질 세포막을 통한 약한 세포 흡수를 나타낸다는 것이 당업계에 잘 문서화되어 있다(Poijarvi-Virta et al., Curr. Med. Chem. (2006), 13(28);3441-65; Wagner et al., Med. Res. Rev. (2000), 20(6):417-51; Peyrottes et al., Mini Rev. Med. Chem. (2004), 4(4):395-408; Gosselin et al., (1996), 43(1):196-208; Bologna et al., (2002), Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41). Vives 등(Nucleic Acids Research (1999), 27(20):4071-76)은 tert-부틸 SATE 프로-올리고뉴클레오티드가 특정 조건에서 모체 올리고뉴클레오티드에 비해 현저하게 증가된 세포 침투를 나타냄을 보고하였다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 수의 천연 포스페이트 연결을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 5% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 10% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 15% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 20% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 25% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 30% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 35% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결의 40% 이상은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 2개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 3개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 4개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 5개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 6개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 7개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 개수는 8개이다. 일부 구현예에서, 천연 포스페이트 연결의 일부 또는 전부는 연속적이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 적어도 일부 경우에, 특히 5'-말단 및/또는 3'-말단의 Sp 뉴클레오티드간 연결이 올리고뉴클레오티드 안정성을 개선시킬 수 있음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본 발명은 특히, 천연 포스페이트 연결 및/또는 Rp 뉴클레오티드간 연결이 시스템으로부터의 올리고뉴클레오티드 제거를 개선시킬 수 있음을 나타낸다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 당업계에 알려진 다양한 분석법을 사용하여 본 발명에 따라 이러한 특성을 평가할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예: 도메인, 서브도메인 등)에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 각각은 독립적으로 Sp 또는 Rp이다. 일부 구현예에서, 높은 수준은 본원에 기재된 바와 같은 Sp이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 하나 이상, 예를 들어 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개)는 Rp이다.
일부 구현예에서, 특정 예에서 예시된 바와 같이, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부는 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 임의로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 개수는 약 1~10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 1개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 2개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 3개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 4개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 5개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 6개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 7개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 8개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 9개이다. 일부 구현예에서, 개수는 약 10개이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개 이상의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 2개의 뉴클레오티드간 연결은 연속적이지 않다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부에 있는 음으로 하전되지 않은 모든 뉴클레오티드간 연결은 연속적이다(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 3개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 음으로 하전되지 않은 2개 이상(예를 들어, 약 2개, 약 3개, 약 4개 등)의 연속적인 뉴클레오티드간 연결은 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 3'-말단에 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 마지막 2개 또는 3개 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결은 n001이 아닌 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 처음 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 Sp이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 마지막 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 Sp이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되고, 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되고, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 처음 2개의 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 마지막 2개의 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 둘 다 독립적으로 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 추가 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 예를 들어, 이 중 하나는 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -1번과 -2번 위치의 뉴클레오시드(표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 2개의 뉴클레오시드) 사이에 있다(예를 들어, …N0N-1N-2…에서, N0는 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드이고, N-1 및 N-2는 각각 -1번 및 -2번 위치임). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001이다.
본원에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예컨대 n001은 개선된 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에서의 5'-말단 뉴클레오티드간 연결 및/또는 3'-말단 뉴클레오티드간 연결(각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같은 핵염기를 포함하는 2개의 뉴클레오시드에 결합됨)은 본원에 기재된 바와 같은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 처음 하나 이상(예를 들어, 처음 1, 2, 및/또는 3개), 및/또는 마지막 하나 이상(예를 들어, 마지막 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개)의 뉴클레오티드간 연결(각각은 독립적으로 제1 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합됨)은 독립적으로, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 첫 번째 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합하는 마지막 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 마지막 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 중간에 있는 뉴클레오티드간 연결의 하나 이상, 예를 들어 4번째, 5번째, 및 6번째 뉴클레오티드간 연결(각각은 독립적으로 제2 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합함) 중 하나 이상은 독립적으로, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합하는 11번째 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합되지 않고 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 결합되는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 n001이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제1 도메인의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 4번째, 5번째, 6번째, 7번째, 및 8번째 뉴클레오티드간 연결(각각은 독립적으로 제1 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합됨) 중 하나 이상은 독립적으로, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 1번째, 2번째, 3번째, 7번째, 8번째, 9번째, 12번째, 및 13번째 뉴클레오티드간 연결(각각은 독립적으로 제1 도메인의 2개의 뉴클레오시드에 결합됨) 중 하나 이상은 독립적으로, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 제2 도메인의 2번째 및 3번째 뉴클레오티드간 연결 중 하나 또는 둘 다는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 아닌 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 Rp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 Sp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 구현예에서, 조성물 내의 제어된 수준의 올리고뉴클레오티드는 원하는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 공통 염기 서열(예: 목적을 위해 원하는 서열)을 공유하는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드 중, 또는 조성물 내의 모든 올리고뉴클레오티드 중, 원하는 올리고뉴클레오티드(다양한 형태(예: 염 형태)로 존재할 수 있고 일반적으로 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에서만 상이함(동일한 입체이성체의 다양한 형태는 이러한 목적상 동일한 것으로 간주될 수 있음))의 수준은 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 50%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 60%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 70%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 75%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 80%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 85%이다. 일부 구현예에서, 수준은 적어도 약 90%이다. 일부 구현예에서, 수준은 (DS)nc 이상이고, DS는 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%이고 nc는 본 발명에 기재된 바와 같은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 이상)이다. 일부 구현예에서, 수준은 (DS)nc 이상이고, DS는 95%~100%이다.
원하는 올리고뉴클레오티드 특성 및/또는 활성을 달성하기 위해 다양한 유형의 뉴클레오티드간 연결이 다른 구조적 요소, 예를 들어 당과 조합되어 사용될 수 있다. 예를 들어, 본 발명은 올리고뉴클레오티드를 설계함에 있어서 임의로 천연 포스페이트 연결 및 천연 당과 함께 변형 뉴클레오티드간 연결 및 변형 당을 통상적으로 사용한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 변형 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 하나 이상의 변형 당 및 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결(이 중 하나 이상은 천연 포스페이트 연결임)을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 다수(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 이상, 이 중 2개 이상 또는 전부는 임의로 연속적임)의 천연 RNA 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 한쪽 또는 양쪽 말단의 변형 당, 예를 들어 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)(예: 2-OME, 2-MOE 등), 및/또는 다양한 변형 뉴클레오티드간 연결(예: 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 등)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5'-말단에는 하나 이상, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 이상의 이러한 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)이 존재한다. 일부 구현예에서, 3'-말단에는 하나 이상, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 이상의 이러한 2'-OR 변형 당(R은 -H가 아님)이 존재한다. 일부 구현예에서, 각각의 2'-변형 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당이다(R은 -H가 아님). 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 2'-OR은 2'-OMe이다. 일부 구현예에서, 2'-OR은 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 각각의 2'-OR은 독립적으로 2'-OMe 또는 2'-MOE이다. 일부 구현예에서, 각각의 2'-OR은 2'-OMe이다.
추가의 화학적 모이어티
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 추가의 화학적 모이어티를 포함한다. 다양한 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 표적화 모이어티, 탄수화물 모이어티, 지질 모이어티 등이 당업계에 알려져 있으며, 제공된 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성, 예를 들어 안정성, 반감기, 활성, 전달, 약력학적 특성, 약동학적 특성 등을 조절하기 위해 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 추가의 화학적 모이어티는 중추 신경계의 세포를 포함하는(이에 한정되지 않음) 원하는 세포, 조직 및/또는 기관으로의 올리고뉴클레오티드의 전달을 촉진한다. 일부 구현예에서, 특정 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드의 내재화를 촉진한다. 일부 구현예에서, 특정 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드 안정성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 본 발명은 다양한 추가의 화학적 모이어티를 올리고뉴클레오티드에 혼입시키기 위한 기술을 제공한다.
일부 구현예에서 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 기준 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 추가의 화학적 모이어티를 갖지 않지만 그 외에는 동일한 기준 올리고뉴클레오티드에 비해 증가된 조직으로의 전달 및/또는 조직에서의 활성을 보여준다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티의 비제한적인 예는 올리고뉴클레오티드에 혼입될 때 하나 이상의 특성을 개선시킬 수 있는 탄수화물 모이어티, 표적화 모이어티 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 글루코스, GluNAc(N-아세틸 아민 글루코사민), 및 아니스아미드 모이어티로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 추가의 화학적 모이어티를 포함할 수 있고,추가의 화학적 모이어티는 동일 카테고리의 것(예를 들어, 탄수화물 모이어티, 당 모이어티, 표적화 모이어티 등)이거나 동일 카테고리의 것이 아니다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 표적화 모이어티이다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 탄수화물 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 지질 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 예를 들어 세포 수용체, 예컨대 시그마 수용체, 아시알로당단백질 수용체 등에 대한 리간드 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 리간드 모이어티는 시그마 수용체에 대한 리간드 모이어티일 수 있는 아니스아미드 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 리간드 모이어티는 아시알로당단백질 수용체에 대한 리간드 모이어티일 수 있는 GalNAc 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 간으로의 전달을 촉진한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 링커 및 추가의 화학적 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티)를 포함할 수 있고/있거나, 키랄 제어되거나 키랄 제어되지 않을 수 있고/있거나, 본원에 기재된 바와 같은 염기 서열 및/또는 하나 이상의 변형 및/또는 포맷을 가질 수 있다.
당업계에 알려진 많은 것을 비롯한, 다양한 링커, 탄수화물 모이어티 및 표적화 모이어티가 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 탄수화물 모이어티는 표적화 모이어티이다. 일부 구현예에서, 표적화 모이어티는 탄수화물 모이어티이다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 전달에 적합한 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 글루코스, GluNAc(N-아세틸 아민 글루코사민), 아니사미드, 또는 다음으로부터 선택되는 구조를 포함한다:
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Figure pct00250
. 일부 구현예에서, n은 1이다. 일부 구현예에서, n은 2이다. 일부 구현예에서, n은 3이다. 일부 구현예에서, n은 4이다. 일부 구현예에서, n은 5이다. 일부 구현예에서, n은 6이다. 일부 구현예에서, n은 7이다. 일부 구현예에서, n은 8이다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 다양한 올리고뉴클레오티드에 혼입된 다양한 추가의 화학적 모이어티의 예를 포함하여 실시예에 기재된 것 중 임의의 것이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 접합된 추가의 화학적 모이어티는 중추 신경계의 세포에 올리고뉴클레오티드를 표적화할 수 있다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 세포 수용체 리간드를 포함하거나 세포 수용체 리간드이다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 단백질 바인더를 포함하거나 단백질 바인더이고, 예를 들어 세포 표면 단백질에 결합한다. 특히, 이러한 모이어티는 상응하는 수용체 또는 단백질을 발현하는 세포로의 올리고뉴클레오티드의 표적화된 전달에 유용할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 추가의 화학적 모이어티는 아니스아미드 또는 이의 유도체 또는 유사체를 포함하고, 올리고뉴클레오티드를 시그마 1 수용체와 같은 특정 수용체를 발현하는 세포에 표적화할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적을 발현하는 신체 세포 및/또는 조직에 투여하기 위해 제형화된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 접합된 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드를 세포에 표적화할 수 있다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 임의로 치환된 페닐,
Figure pct00251
,
Figure pct00252
,
Figure pct00253
,
Figure pct00254
, 및
Figure pct00255
로부터 선택되고, n'은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고, 각각의 다른 변수는 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, Rs는 F이다. 일부 구현예에서, Rs는 OMe이다. 일부 구현예에서, Rs는 OH이다. 일부 구현예에서, Rs는 NHAc이다. 일부 구현예에서, Rs는 NHCOCF3이다. 일부 구현예에서, R'은 H이다. 일부 구현예에서, R은 H이다. 일부 구현예에서, R2s는 NHAc이고, R5s는 OH이다. 일부 구현예에서, R2s는 p-아니소일이고, R5s는 OH이다. 일부 구현예에서, R2s는 NHAc이고, R5s는 p-아니소일이다. 일부 구현예에서, R2s는 OH이고, R5s는 p-아니소일이다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00256
,
Figure pct00257
,
Figure pct00258
,
Figure pct00259
,
Figure pct00260
,
Figure pct00261
,
Figure pct00262
,
Figure pct00263
,
Figure pct00264
,
Figure pct00265
,
Figure pct00266
,
Figure pct00267
,
Figure pct00268
,
Figure pct00269
, 및
Figure pct00270
로부터 선택된다. 일부 구현예에서, n'은 1이다. 일부 구현예에서, n'은 0이다. 일부 구현예에서, n"은 1이다. 일부 구현예에서, n"은 2이다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 아시알로당단백질 수용체(ASGPR) 리간드이거나 이를 포함한다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 ASGPR1이 또한 마우스의 해마 영역 및/또는 소뇌 Purkinje 세포층에서 발현되는 것으로 보고되었음에 주목한다. http://mouse.brain-map.org/experiment/show/2048
다양한 다른 ASGPR 리간드가 당업계에 알려져 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 탄수화물이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 GalNac 또는 이의 유도체 또는 유사체이다. 일부 구현예에서 ASGPR 리간드는 문헌[Sanhueza et al. J. Am. Chem. Soc., 2017, 139 (9), pp 3528-3536]에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 문헌[Mamidyala et al. J. Am. Chem. Soc., 2012, 134, pp 1978-1981]에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 US 20160207953에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20160207953에 개시된 치환된-6,8-디옥사바이시클로[3.2.1]옥탄-2,3-디올 유도체이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20150329555에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20150329555에 개시된 치환된-6,8-디옥사바이시클로[3.2.1]옥탄-2,3-디올 유도체이다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드는 US 8877917, US 20160376585, US 10086081, 또는 US 8106022에 기재된 것이다. 이들 문헌에 기재된 ASGPR 리간드는 본원에 참조로 포함된다. 당업자는 ASGPR에 대한 화학적 모이어티의 결합을 평가하기 위해 이들 문헌에 기재된 것을 포함하여 다양한 기술이 당업계에 알려져 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 ASGPR 리간드에 접합된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 ASGPR 리간드를 포함한다. 일부 구현예에서, ASGPR 리간드를 포함하는 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00271
,
Figure pct00272
,
Figure pct00273
,
Figure pct00274
,
Figure pct00275
,
Figure pct00276
,
Figure pct00277
,
Figure pct00278
, 또는
Figure pct00279
이고, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R은 -H이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00280
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00281
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00282
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00283
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 임의로 치환된
Figure pct00284
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00285
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00286
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00287
이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00288
이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 예를 들어 올리고뉴클레오티드 표적 세포에 결합할 수 있는 하나 이상의 모이어티를 포함한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 하나 이상의 단백질 리간드 모이어티를 포함하고, 예를 들어 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 다중 모이어티(이들 각각은 독립적으로 ASGPR 리간드임)를 포함한다. 일부 구현예에서, Mod 001 및 Mod083에서와 같이, 추가의 화학적 모이어티는 3개의 이러한 리간드를 포함한다.
Mod001:
Figure pct00289
Mod083:
Figure pct00290
.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00291
를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 각각의 -OR'은 -OAc이고, -N(R')2는 -NHAc이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00292
를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 R'은 -H이다. 일부 구현예에서, 각각의 -OR'은 -OH이고, 각각의 -N(R')2는 -NHC(O)R이다. 일부 구현예에서, 각각의 -OR'은 -OH이고, 각각의 -N(R')2는 -NHAc이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00293
(L025)를 포함한다. 일부 구현예에서, -CH2- 연결 부위는 당에서 C5 연결 부위로서 사용된다. 일부 구현예에서, 고리 상의 연결 부위는 당에서 C3 연결 부위로서 사용된다. 이러한 모이어티는
Figure pct00294
와 같은 포스포아미다이트, 예를 들어
Figure pct00295
를 사용하여 도입될 수 있다(당업자는 하나 이상의 다른 기, 예컨대 -OH, -NH2-, -N(i-Pr)2, -OCH2CH2CN 등에 대한 보호기가 대안적으로 사용될 수 있고, 때로는 올리고뉴클레오티드 탈보호 및/또는 절단 단계 중에, 다양한 적합한 조건에서 제거될 수 있음을 이해한다). 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 2개, 3개 이상(예를 들어, 3개 이하)의
Figure pct00296
를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 2개, 3개 이상(예를 들어, 3개 이하)의
Figure pct00297
를 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 모이어티의 카피는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 천연 포스페이트 연결에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 5'-말단에 있을 때, -CH2- 연결 부위는 -OH에 결합된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00298
를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 -OR'은 -OAc이고, -N(R')2는 -NHAc이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00299
를 포함한다. 특히,
Figure pct00300
는 비견되고/되거나 더 우수한 활성 및/또는 특성을 갖는
Figure pct00301
를 도입하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이는 동일한 수의
Figure pct00302
에 대해(예를 들어, Mod001과 비교했을 때) 개선된 제조 효율 및/또는 더 낮은 비용을 제공한다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 본원(예를 들어, 표 1)에 기재된 Mod 기이다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 Mod001이다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 Mod083이다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod 기는 올리고뉴클레오티드의 나머지에 직접(예를 들어, 링커 없이) 접합된다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드의 나머지에 링커를 통해 접합된다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod 기는 올리고뉴클레오티드의 핵염기, 당, 및/또는 뉴클레오티드간 연결에 직접 및/또는 링커를 통해 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, Mod 기는 당에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, Mod 기는 5'-말단 당에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, Mod 기는 5' 탄소를 통해 5' 말단 당에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드를 참조한다. 일부 구현예에서, Mod 기는 3'-말단 당에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, Mod 기는 3' 탄소를 통해 3' 말단 당에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, Mod 기는 핵염기에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, Mod 기는 뉴클레오티드간 연결에 직접 또는 링커를 통해 연결된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 L001을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결된 Mod001을 포함한다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 추가의 화학적 모이어티는 (예를 들어, 당, 염기, 뉴클레오티드간 연결 등의) 다양한 위치, 예를 들어 5'-말단, 3'-말단, 또는 중간 위치에서 올리고뉴클레오티드 사슬에 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, 이는 5'-말단에 연결된다. 일부 구현예에서, 이는 3'-말단에 연결된다. 일부 구현예에서, 이는 중간에서 뉴클레오티드에 연결된다.
Mod012, Mod039, Mod062, Mod085, Mod086, 및 Mod094를 포함하는(이에 한정되지 않음) 특정 추가의 화학적 모이어터(예: 지질 모이어티, 표적화 모이어티, 탄수화물 모이어티), 및 추가의 화학적 모이어티를 올리고뉴클레오티드 사슬에 연결하기 위한 다양한 링커(L001, L003, L004, L008, L009, 및 L010을 포함하지만, 이에 한정되지 않음)는 WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재되어 있으며, 각각의 추가의 화학적 모이어티 및 링커는 독립적으로 본원에 참조로 포함되고, 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 디곡시제닌 또는 비오틴 또는 이의 유도체이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 링커, 예를 들어 L001 L004, L008, 및/또는 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod012, Mod039, Mod062, Mod085, Mod086, 또는 Mod094를 포함한다. 일부 구현예에서, 링커, 예를 들어 L001, L003, L004, L008, L009, L110 등은 Mod, 예를 들어 Mod012, Mod039, Mod062, Mod085, Mod086, Mod094 등에 연결된다.
L001: -CH2- 연결 부위에서 나타낸 바와 같이, 존재하는 경우 -NH-를 통해 Mod에 연결되고, 포스페이트 연결(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-) 또는 포스포로티오에이트 연결(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어되지 않는 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-)을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 또는 3'-말단에 연결되는 -NH-(CH2)6- 링커(C6 링커, C6 아민 링커 또는 C6 아미노 링커로도 알려짐). Mod가 존재하지 않는 경우, L001은 -NH-를 통해 -H에 연결됨;
L003:
Figure pct00303
링커. 일부 구현예에서, 이는 존재하는 경우 아미노기를 통해 Mod(Mod가 없는 경우, -H)에 연결되고, 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 또는 3'-말단에 연결됨;
L004: -NH(CH2)4CH(CH2OH)CH2-의 구조를 갖는 링커(여기서, -NH-는 Mod(-C(O)-를 통해) 또는 -H에 연결되고, -CH2- 연결 부위는 연결, 예를 들어 포스포디에스테르(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-), 포스포로티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어되지 않는 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-), 또는 포스포로디티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, PS2 또는 D로 표시될 수 있는 -O-P(S)(SH)-O-) 연결을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬(예를 들어, 3'-말단)에 연결됨). 예를 들어, L004 바로 앞의 별표(예를 들어, *L004)는 연결이 포스포로티오에이트 연결임을 나타내고, L004 바로 앞의 별표의 부재는 연결이 포스포디에스테르 연결임을 나타낸다. 예를 들어, ...mAL004로 끝나는 올리고뉴클레오티드에서, 링커 L004는 (-CH2- 부위를 통해) 3'-말단 당(2'-OMe 변형되고 핵염기 A에 연결됨)의 3' 위치에 포스포디에스테르 연결을 통해 연결되고, L004 링커는 -NH-를 통해 -H에 연결된다. 이와 유사하게, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드에서, L004 링커는 (-CH2- 부위를 통해) 3'-말단 당의 3' 위치에 포스포디에스테르 연결을 통해 연결되고, L004는 -NH-를 통해 예를 들어 Mod012, Mod085, Mod086 등에 연결됨;
L008: -C(O)-(CH2)9-의 구조를 갖는 링커(여기서, -C(O)-는 Mod(-NH-를 통해) 또는 -OH(Mod가 표시되지 않은 경우)에 연결되며, -CH2- 연결 부위는 연결, 예를 들어 포스포디에스테르(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-), 포스포로티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어되지 않는 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-), 또는 포스포로디티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, PS2 또는 D로 표시될 수 있는 -O-P(S)(SH)-O-) 연결을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬(예를 들어, 5'-말단)에 연결됨). 예를 들어, 5'-L008mN * mN * mN * mN * N * N * N * N * N * N * N * N * N * N * mN * mN * mN * mN-3'의 서열을 갖고, OXXXXXXXXX XXXXXXXX의 입체화학/연결을 갖는 예시적인 올리고뉴클레오티드(N은 염기이고, O는 천연 포스페이트 뉴클레오티드간 연결이고, X는 입체무작위 포스포로티오에이트임)에서, L008은 -C(O)-를 통해 -OH에 연결되고, 포스페이트 연결("입체화학/연결"에 "O"로 표시)을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결되고; 5'-Mod062L008mN * mN * mN * mN * N * N * N * N * N * N * N * N * N * N * mN * mN * mN * mN-3'의 서열을 갖고, OXXXXXXXXX XXXXXXXX의 입체화학/연결을 갖는 다른 예시적인 올리고뉴클레오티드(N은 염기임)에서, L008은 -C(O)-를 통해 Mod062에 연결되고, 포스페이트 연결("입체화학/연결"에 "O"로 표시)을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결됨;
L009: -CH2CH2CH2-. 일부 구현예에서, Mod가 없는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 L009가 존재하는 경우, L009의 한쪽 말단은 -OH에 연결되고 다른쪽 말단은 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-탄소에 연결됨;
L010:
Figure pct00304
. 일부 구현예에서, Mod가 없는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 L010이 존재하는 경우, L010의 5'-탄소는 -OH에 연결되고 3'-탄소는 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않거나 키랄제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-탄소에 연결됨;
Mod012(일부 구현예에서, -C(O)-는 L001, L004, L008 등과 같은 링커의 -NH-에 연결):
Figure pct00305
;
Mod039(일부 구현예에서, -C(O)-는 L001, L003, L004, L008, L009, L110 등과 같은 링커의 -NH-에 연결):
Figure pct00306
Mod062(일부 구현예에서, -C(O)-는 L001, L003, L004, L008, L009, L110 등과 같은 링커의 -NH-에 연결):
Figure pct00307
;
Mod085(일부 구현예에서, -C(O)-는 L001, L003, L004, L008, L009, L110 등과 같은 링커의 -NH-에 연결):
Figure pct00308
;
Mod086(일부 구현예에서, -C(O)-는 L001, L003, L004, L008, L009, L110 등과 같은 링커의 -NH-에 연결):
Figure pct00309
;
Mod094(일부 구현예에서, 뉴클레오티드간 연결에 연결되거나, 연결, 예를 들어 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결(임의로 키랄 제어됨) 등을 통해 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 또는 3'-말단에 연결된다. 예를 들어, 5'-mN * mN * mN * mN * N * N * N * N * N * N * N * N * N * N * mN * mN * mN * mNMod094-3'의 서열을 갖고, XXXXX XXXXX XXXXX XXO의 입체화학/연결을 갖는 예시적인 올리고뉴클레오티드(N은 염기임)에서, Mod094는 포스페이트기(아래 표시되어 있지 않으며, 염 형태로 존재할 수 있고; "입체화학/연결"에 "O"로 표시됨(...XXXX O ))를 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 3'-말단(3'-말단 당의 3'-탄소)에 연결됨):
Figure pct00310
.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 WO 2012/030683에 기재된 것이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 WO 2012/030683에 기재된 화학 구조(예를 들어, 링커, 지질, 가용화 기, 및/또는 표적 리간드)를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 미국 특허 번호 5,688,941; 6,294,664; 6,320,017; 6,576,752; 5,258,506; 5,591,584; 4,958,013; 5,082,830; 5,118,802; 5,138,045; 6,783,931; 5,254,469; 5,414,077; 5,486,603; 5,112,963; 5,599,928; 6,900,297; 5,214,136; 5,109,124; 5,512,439; 4,667,025; 5,525,465; 5,514,785; 5,565,552; 5,541,313; 5,545,730; 4,835,263; 4,876,335; 5,578,717; 5,580,731; 5,451,463; 5,510,475; 4,904,582; 5,082,830; 4,762,779; 4,789,737; 4,824,941; 4,828,979; 5,595,726; 5,214,136; 5,245,022; 5,317,098; 5,371,241; 5,391,723; 4,948,882; 5,218,105; 5,112,963; 5,567,810; 5,574,142; 5,578,718; 5,608,046; 4,587,044; 4,605,735; 5,585,481; 5,292,873; 5,552,538; 5,512,667; 5,597,696; 5,599,923; 7,037,646; 5,587,371; 5,416,203; 5,262,536; 5,272,250; 또는 8,106,022에 기재된 추가의 화학적 모이어티 및/또는 변형(예: 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결 등)을 포함한다.
일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod는 링커를 통해 연결된다. 다양한 링커가 당업계에서 이용가능하고 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어 다양한 모이어티와 단백질(예를 들어, 항체-약물 접합체를 형성하기 위한 항체), 핵산 등의 접합체에 사용되는 것). 특정의 유용한 링커는 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재되어 있으며, 각각의 링커 모이어티는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 링커는 비제한적인 예로서 L001, L004, L009 또는 L010이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 링커를 포함하지만, 링커 외에는 추가의 화학적 모이어티를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 링커를 포함하지만, 링커 외에는 추가의 화학적 모이어티를 포함하지 않으며, 링커는 L001, L004, L009, 또는 L010이다.
본원에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 제공된 기술은 요구되고/되거나 필요한 것으로 보고된 특정 구조적 요소(예를 들어, 변형, 연결 배열 및/또는 패턴 등, 예를 들어 WO 2019/219581에 보고된 것)를 사용하지 않고 높은 수준의 활성 및/또는 원하는 특성을 제공할 수 있다(단, 이러한 특정 구조적 요소가 본 발명에 따른 다양한 다른 구조적 요소와 조합하여 올리고뉴클레오티드에 혼입될 수 있음). 예를 들어 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 표적 뉴클레오시드(예를 들어, 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 더 적은 수의 뉴클레오시드를 갖고/갖거나, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 유리하지 않거나 허용되지 않는 것으로 보고된 하나 이상의 위치에 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고/하거나, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 유리하지 않거나 허용되지 않는 것으로 보고된 하나 이상의 위치에 하나 이상의 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고/하거나, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 유리하지 않거나 허용되지 않는 것으로 보고된 하나 이상의 위치에 하나 이상의 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하고/하거나, 특정 올리고뉴클레오티드 특성 및/또는 활성에 대해 유리하거나 요구되는 것으로 보고된 것과 비교하여 하나 이상의 위치에서 다른 변형(예: 뉴클레오티드간 연결 변형, 당 변형 등) 및/또는 입체화학을 포함한다(예를 들어, 2'-MOE의 존재, 특정 위치에서 포스포로티오에이트 연결의 부재, 특정 위치에서 Sp 포스포로티오에이트 연결의 부재, 및/또는 특정 위치에서 Rp 포스포로티오에이트 연결의 부재는 특정 올리고뉴클레오티드 특성 및/또는 활성에 유리하거나 필요한 것으로 보고되었고; 본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 2'-MOE의 사용, 하나 이상의 이러한 특정 위치에서의 포스포로티오에이트 연결의 회피, 하나 이상의 이러한 특정 위치에서의 Sp 포스포로티오에이트 연결의 회피, 및/또는 하나 이상의 이러한 특정 위치에서의 Rp 포스포로티오에이트 연결의 회피 없이 원하는 특성 및/또는 높은 활성을 제공할 수 있다). 추가적으로 또는 대안적으로, 제공된 올리고뉴클레오티드는 특정 변형(예를 들어, 염기 변형, 당 변형(예: 2'-F), 연결 변형(예: 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결), 추가의 모이어티 등) 및 수준, 패턴, 및 이들의 조합의 사용과 같이 이전에 인식되지 않은 구조적 요소를 포함한다.
예를 들어 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 최대 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 뉴클레오시드를 포함한다.
대안적으로 또는 추가적으로, 본원에 기재된(예를 들어, 특정 실시예에 예시된) 바와 같이, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 구조적 요소에 있어서, 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%)는 각각 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 임의로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 최대 1개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 최대 2개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 최대 3개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다(예: n001). 일부 구현예에서, 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 당의 3'-위치(-1번 위치로 간주)에서 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 유일한 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -3번 위치의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, N0가 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드인, …N0N-1N-2N-3…에 대해 N-2와 N-3를 연결하는 뉴클레오티드간 연결)은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -6번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -4번 및/또는 -5번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이거나, 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, -1, -3, -4, -5, 및 -6번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, -1, -3, -4, -5, 및 -6번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, -4번 및/또는 -5번 위치(들)의 뉴클레오티드간 연결(들)은 각각 독립적으로 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, -4번 및/또는 -5번 위치(들)의 뉴클레오티드간 연결(들)은 각각 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 많은 구현예에서, 최대 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
대안적으로 또는 추가적으로, 본원에 기재된(예를 들어, 특정 실시예에 예시된) 바와 같이, 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%)는 각각 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 임의로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 0개 또는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 0개 또는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 0개 또는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 최대 1개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 최대 2개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 최대 3개의 이러한 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 구현예에서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다(예: n001). 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에는 2, 3, 또는 4개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결이 없고, 각각은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에는 2, 3, 또는 4개의 연속적인 뉴클레오티드간 연결이 없고, 각각은 키랄 제어되고 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 0개 또는 최대 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 당의 5'-위치(+1번 위치로 간주)에서 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이는 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 유일한 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +5번 위치의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, N0가 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드인, …N+5N+4N+3N+2N+1N0…에 대해 N+4와 N+5를 연결하는 뉴클레오티드간 연결)은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, +11번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아니다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +6 내지 +8번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로, 임의로 키랄 제어되는 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이들 각각은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 이들 각각은 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +6 내지 +8번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로, 임의로 키랄 제어되는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +6, +7, +8, +9, 및 +11번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Rp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +6, +7, +8, +9, 및 +11번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +5, +6, +7, +8, 및 +9번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +5, +6, +7, +8, 및 +9번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +5번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +5번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +6번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +6번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +7번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +7번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +8번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +8번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +9번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, +9번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 또는 32개, 또는 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%)는 각각 독립적으로 키랄 제어되고 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 적어도 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 또는 32개, 또는 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%)는 각각 독립적으로 키랄 제어되고 Sp이다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다.
올리고뉴클레오티드 및 조성물의 생성
올리고뉴클레오티드 및 조성물의 생성을 위해 다양한 방법이 사용될 수 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 예를 들어, 기존의 포스포아미다이트 화학(예를 들어 -CH2CH2CN 및 -N(i-Pr)2를 포함하는 포스포아미다이트)을 사용하여 입체무작위 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제조할 수 있고, 특정 시약 및 키랄 제어 기술을 사용하여 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조할 수 있으며, 이는 예를 들어 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 바와 같고, 각각의 시약 및 방법은 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 키랄 제어/입체선택적 제조는, 예를 들어 단량체 포스포아미다이트의 일부로서 키랄 보조체의 사용을 포함한다. 이러한 키랄 보조 시약 및 포스포아미다이트의 예는 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재되어 있으며, 각각의 키랄 보조 시약 및 포스포아미다이트는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 키랄 보조체는 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252 중 어느 하나에 기재된 키랄 보조체이고, 각각의 키랄 보조체는 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 합성 사이클, 시약 및 조건을 포함한 키랄 제어 제조 기술은 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019032612, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재되어 있으며, 각각의 올리고뉴클레오티드 합성 방법, 사이클, 시약 및 조건은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일단 합성되면, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 일반적으로 추가로 정제된다. 적합한 정제 기술은 당업자에게 널리 알려져 있고 당업자에 의해 실시되며, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 것을 포함하지만 이에 한정되지 않고, 각각의 정제 기술은 독립적으로 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 사이클은 커플링, 캡핑, 변형 및 탈차단을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 사이클은 커플링, 캡핑, 변형, 캡핑 및 탈차단을 포함하거나 이로 이루어진다. 이러한 단계는 일반적으로, 나열된 순서대로 수행되지만, 일부 구현예에서는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 특정 단계, 예를 들어 캡핑 및 변형의 순서가 변경될 수 있다. 원하는 경우, 당업자가 합성에서 종종 수행하는 바와 같이 변환율, 수율 및/또는 순도를 개선하기 위해 하나 이상의 단계가 반복될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서 커플링이 반복될 수 있으며; 일부 구현예에서, 변형(예를 들어, =O를 인스톨(install)하기 위한 산화, =S를 인스톨하기 위한 황화 등)이 반복될 수 있으며; 일부 구현예에서, 커플링은 P(III) 연결을 특정 상황에서 더 안정할 수 있는 P(V) 연결로 변환할 수 있는 변형 후에 반복되며, 커플링은 통상적으로 새로 형성된 P(III) 연결을 P(V) 연결로 변환하기 위한 변형이 뒤따른다. 일부 구현예에서, 단계들이 반복되는 경우 상이한 조건들(예를 들어, 농도, 온도, 시약, 시간 등)이 사용될 수 있다.
예를 들어, 다양한 경로를 통해 대상체에 투여하기 위한, 제공된 올리고뉴클레오티드를 제형화하고/하거나 제약 조성물을 제조하기 위한 기술은 당업계에서 용이하게 이용가능하고 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194 및 이들 문헌에 인용된 참고 문헌에 기재된 것).
예를 들어, 다양한 경로를 통해 대상체에 투여하기 위한, 제공된 올리고뉴클레오티드를 제형화하고/하거나 제약 조성물을 제조하기 위한 기술은 당업계에서 용이하게 이용가능하고 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194 및 이들 문헌에 인용된 참고 문헌에 기재된 것).
일부 구현예에서, 유용한 키랄 보조체는
Figure pct00311
,
Figure pct00312
,
Figure pct00313
, 또는
Figure pct00314
, 또는 이의 염의 구조를 가지며, RC11은 -LC1-RC1이고, LC1은 임의로 치환된 --CH2-이다. RC1은 R, -Si(R)3, -SO2R, 또는 전자 구인성 기이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~10원 포화 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 유용한 키랄 보조체는
Figure pct00315
또는
Figure pct00316
의 구조를 가지며, RC1은 R, -Si(R)3, 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 고리를 형성한다. 형성된 고리는 임의로 치환된 5원 고리이다. 일부 구현예에서, 유용한 키랄 보조체는
Figure pct00317
,
Figure pct00318
,
Figure pct00319
, 또는
Figure pct00320
, 또는 이의 염의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 유용한 키랄 보조체는
Figure pct00321
또는
Figure pct00322
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 유용한 키랄 보조체는 DPSE 키랄 보조체이다. 일부 구현예에서, 키랄 보조체의 순도 또는 입체화학적 순도는 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 96%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 97%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 98%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 99%이다.
일부 구현예에서, LC1은 -CH2-이다. 일부 구현예에서, LC1은 치환된 -CH2-이다. 일부 구현예에서, LC1은 일치환된 -CH2-이다.
일부 구현예에서, RC1은 R이다. 일부 구현예에서, RC1은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, RC1은 -SiR3이다. 일부 구현예에서, RC1은 -SiPh2Me이다. 일부 구현예에서, RC1은 -SO2R이다. 일부 구현예에서, R은 수소가 아니다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 페닐이다. 일부 구현예에서, R은 임의로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 구현예에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 구현예에서, R은 메틸이다. 일부 구현예에서, R은 t-부틸이다.
일부 구현예에서, RC1은 -C(O)R, -OP(O)(OR)2, -OP(O)(R)2, -P(O)(R)2, -S(O)R, -S(O)2R 등과 같은 전자 구인성 기이다. 일부 구현예에서, 전자 구인성 기 RC1 기를 포함하는 키랄 보조체는 천연 RNA 당에 결합된 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결 및/또는 음으로 하전되지 않은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 제조하는 데 특히 유용하다.
일부 구현예에서, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에는 헤테로원자를 갖지 않는 임의로 치환된 3~10원(예를 들어, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원) 포화 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에는 헤테로원자를 갖지 않는 임의로 치환된 5원 포화 고리를 형성한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물 제조 방법은, 예를 들어 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 구성하기 위한 본원에 기재된 키랄 보조체를 사용하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 DPSE 키랄 보조체를 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 DPSE 키랄 보조체를 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로
Figure pct00323
또는
Figure pct00324
, 또는 이의 염을 사용하여 구성되고, RAU는 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: n001)은 독립적으로
Figure pct00325
또는
Figure pct00326
, 또는 이의 염을 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로
Figure pct00327
또는
Figure pct00328
, 또는 이의 염을 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, RAU는 임의로 치환된 C1-20, C1-10, C1-6, C1-5, 또는 C1-4 지방족이다. 일부 구현예에서, RAU는 임의로 치환된 C1-20, C1-10, C1-6, C1-5, 또는 C1-4 알킬이다. 일부 구현예에서, RAU는 임의로 치환된 아릴이다. 일부 구현예에서, RAU는 페닐이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 PSM 키랄 보조체를 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: n001)은 독립적으로 PSM 키랄 보조체를 사용하여 구성된다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 PSM 키랄 보조체를 사용하여 구성된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 키랄 보조체는 올리고뉴클레오티드 제조를 위해 포스포아미다이트(예를 들어,
Figure pct00329
또는
Figure pct00330
(DPSE 포스포아미다이트),
Figure pct00331
또는
Figure pct00332
(RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같고; RAU가 -Ph인 경우, PSM 포스포아미다이트), RNS는 임의로 치환/보호된 뉴클레오시드임(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 임의로 보호됨), 또는 이의 염 등)에서 종종 사용된다. 일부 구현예에서, 방법은 DPSE 및/또는 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염을 제공하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 DPSE 및/또는 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염을 -OH(예를 들어, 뉴클레오시드 또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-OH)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 접촉은 인 결합이 형성되도록 다양한 적합한 조건에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 제조는 DPSE 또는 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염을 -OH(예를 들어, 뉴클레오시드 또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-OH)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 제조는 독립적으로 DPSE 포스포아미다이트 또는 이의 염을 -OH(예를 들어, 뉴클레오시드 또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-OH)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)의 제조는 독립적으로 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염을 -OH(예를 들어, 뉴클레오시드 또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-OH)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 제조는 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염을 -OH(예를 들어, 뉴클레오시드 또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-OH)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 접촉은 2개의 당에 결합된 인 원자 및 키랄 보조 모이어티(예를 들어,
Figure pct00333
또는
Figure pct00334
, 또는 이의 염 형태(예를 들어, DPSE 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것),
Figure pct00335
또는
Figure pct00336
, 또는 이의 염 형태(RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것) 등)를 포함하는 P(III) 연결을 형성한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 DPSE 또는 PSM 포스포아미다이트에서 유래된, 키랄 보조 모이어티를 포함하는 P(III) 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 키랄 보조 모이어티를 포함하는 P(III) 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 키랄 보조 모이어티는 예를 들어 P(III) 연결을 P(V) 연결로 변환하기 전(예를 들어, 황화, 아지드와의 반응 등 전)에 보호될 수 있다. 일부 구현예에서, 보호된 키랄 보조체는
Figure pct00337
또는
Figure pct00338
, 또는 이의 염 형태(예를 들어, R'은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; 예를 들어, DPSE 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것), 또는
Figure pct00339
또는
Figure pct00340
, 또는 이의 염 형태(각각의 R' 및 RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것)의 구조를 가지며, 각각의 R'은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이고, R은 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, R은 -CH3이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 보호된 키랄 보조체를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로
Figure pct00341
또는
Figure pct00342
, 또는 이의 염 형태, 또는
Figure pct00343
또는
Figure pct00344
, 또는 이의 염 형태를 포함한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드에 있는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로
Figure pct00345
또는
Figure pct00346
, 또는 이의 염 형태를 포함한다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)CH3이다. 일부 구현예에서, RAU는 Ph이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00347
또는 이의 염 형태(PIII-1)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00348
또는 이의 염 형태(PIII-2)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00349
또는 이의 염 형태(PIII-5)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00350
또는 이의 염 형태(PIII-6)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 5'-말단 뉴클레오티드간 연결은 PIII-1, PIII-2, PIII-5, 또는 PIII-6이다. 일부 구현예에서, 5'-말단 뉴클레오티드간 연결은 PIII-1 또는 PIII-2이다. 일부 구현예에서, R'은 -H이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)CH3이다. 일부 구현예에서, RAU는 -Ph이다. 일부 구현예에서, P(III) 연결은 P(V) 연결로 변환된다. 일부 구현예에서, P(V) 연결은 2개의 당에 결합된 인 원자, 키랄 보조 모이어티(예를 들어,
Figure pct00351
또는
Figure pct00352
, 또는 이의 염 형태(R'은 본원에 기재된 바와 같음; 예를 들어 DPSE 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것),
Figure pct00353
또는
Figure pct00354
, 또는 이의 염 형태(R' 및 RAU 각각은 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것) 등), 및 S 또는
Figure pct00355
를 포함한다. 일부 구현예에서, P(V) 연결은 2개의 당에 결합된 인 원자,
Figure pct00356
또는
Figure pct00357
, 또는 이의 염 형태(각각의 R' 및 RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것) 등), 및 S 또는
Figure pct00358
를 포함한다. 일부 구현예에서, P(V) 연결은 2개의 당에 결합된 인 원자,
Figure pct00359
또는
Figure pct00360
, 또는 이의 염 형태(각각의 R' 및 RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것) 등), 및 S를 포함한다. 일부 구현예에서, P(V) 연결은 2개의 당에 결합된 인 원자,
Figure pct00361
또는
Figure pct00362
, 또는 이의 염 형태(각각의 R' 및 RAU는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같음; RAU가 -Ph인 경우, 예를 들어 PSM 포스포아미다이트 또는 이의 염에서 유래된 것) 등), 및
Figure pct00363
를 포함한다. 당업자는
Figure pct00364
이 반대이온(예를 들어 일부 구현예에서, PF6 -)과 함께 존재할 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00365
또는 이의 염 형태(PV-1)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00366
또는 이의 염 형태(PV-2)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00367
또는 이의 염 형태(PV-3)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00368
또는 이의 염 형태(PV-4)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00369
또는 이의 염 형태(PV-5)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의
Figure pct00370
또는 이의 염 형태(PV-6)를 포함하고, 각각의 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 PIII-1, PIII-2, PIII-5, PIII-6, PV-1, PV-2, PV-3, PV-4, PV-5, 및 PV-6로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 PIII-1, PIII-2, PV-1, PV-2, PV-3, 및 PV-4로부터 선택된다. 일부 구현예에서, PIII-1, PIII-2, PIII-5, 또는 PIII-6의 연결은 일반적으로 뉴클레오티드간 연결의 5'-말단이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 PV-1, PV-2, PV-3, PV-4, PV-5, 및 PV-6로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 PV-1, PV-2, PV-3, 또는 PV-4로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어 표 A1의 올리고뉴클레오티드이고, 각각의 *S는 독립적으로 PV-3 또는 PV-5로 대체되고, 각각의 *R은 독립적으로 PV-4 또는 PV-6로 대체되고, 각각의 n001R은 독립적으로 PV-1로 대체되고, 각각의 n001S는 독립적으로 PV-2로 대체된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어 표 A1의 올리고뉴클레오티드이고, 각각의 *S는 독립적으로 PV-3로 대체되고, 각각의 *R은 독립적으로 PV-4로 대체되고, 각각의 n001R은 독립적으로 PV-1로 대체되고, 각각의 n001S는 독립적으로 PV-2로 대체된다. 일부 구현예에서, 각각의 천연 포스페이트 연결은 독립적으로 전구체, 예를 들어
Figure pct00371
로 대체된다. 일부 구현예에서, R'은 -H이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)R이다. 일부 구현예에서, R'은 -C(O)CH3이다. 일부 구현예에서, RAU는 -Ph이다. 일부 구현예에서, 방법은 포스포로티오에이트 및/또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)이 형성되도록 하나 이상의 키랄 보조 모이어티를 제거하는 것을 포함한다(예를 들어, V-1, PV-2, PV-3, PV-4, PV-5, PV-6 등으로부터). 일부 구현예에서, 키랄 보조체(예를 들어, PSM)의 제거는 무수 조건에서 올리고뉴클레오티드를 염기(예를 들어, DEA와 같은 N(R)3)와 접촉시키는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 제조를 위해, 포스포아미다아트(예를 들어, DPSE 또는 PSM 포스포아미다아트)는 일반적으로 키랄적으로 풍부한 또는 순수한 형태(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 순도(예를 들어, 약 또는 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%, 또는 약 100%))로 사용된다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 제조를 위한 유용한 시약을 제공한다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오시드, 핵염기, 및 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이 핵염기 및 당은 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 적절히 보호된다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 RNS-P(OR)N(R)2의 구조를 가지며, RNS는 임의로 보호된 뉴클레오시드 모이어티이다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체를 포함하는 핵염기를 포함하고, 고리 BA는 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 가지며, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는 키랄 보조 모이어티를 포함하고, 인은 키랄 보조 모이어티의 산소 및 질소 원자에 결합된다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는
Figure pct00372
,
Figure pct00373
,
Figure pct00374
, 또는
Figure pct00375
, 또는 이의 염의 구조를 가지며, RNS는 보호된 뉴클레오시드 모이어티(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 적절하게 보호된 5'-OH 및/또는 핵염기)이고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는
Figure pct00376
또는
Figure pct00377
의 구조를 가지며, RNS는 보호된 뉴클레오시드 모이어티(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 적절하게 보호된 5'-OH 및/또는 핵염기)이고, RC1은 R, -Si(R)3, 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 고리를 형성하고, 커플링은 뉴클레오티드간 연결을 형성한다. 일부 구현예에서, RNS의 5'-OH는 보호된다. 일부 구현예에서, RNS의 5'-OH는 -ODMTr로서 보호된다. 일부 구현예에서, RNS는 3'-O-를 통해 인에 결합된다. 일부 구현예에서, RC2와 RC3에 의해 형성되는 고리는 임의로 치환된 5원 고리이다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는
Figure pct00378
,
Figure pct00379
,
Figure pct00380
, 또는
Figure pct00381
, 또는 이의 염의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 포스포아미다이트는
Figure pct00382
또는
Figure pct00383
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이 RNS는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 임의로 보호되는 변형 핵염기(예를 들어, b001A, b002A, b003A, b008U, b001C 등)를 포함한다.
일부 구현예에서, 포스포아미다이트의 순도 또는 입체화학적 순도는 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 95%이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제조 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 자유 -OH, 예를 들어 자유 5'-OH를 본원에 기재된 바와 같은 포스포아미다이트와 커플링시키는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드를 제공하고, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하고, 각각은 독립적으로 -O5-PL(W)(RCA)-O3-의 구조를 가지며,
PL은 P 또는 P(=W)이고,
W는 O, S, 또는 WN이고,
WN은 =N-C(-N(R1)2=N+(R1)2Q-이고,
Q-는 음이온이고,
RCA는 임의로 캡핑된 키랄 보조 모이어티이거나 이를 포함하고,
O5는 당의 5'-탄소에 결합된 산소이고,
O3는 당의 3'-탄소에 결합된 산소이다.
일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 임의로 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 임의로 키랄 제어된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 이러한 변형 뉴클레오티드간 연결로부터 RCA를 제거하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 제거 후, RCA에 대한 결합은 -OH로 대체된다. 일부 구현예에서, 제거 후, RCA에 대한 결합은 =O로 대체되고, WN에 대한 결합은 -N=C(N(R1)2)2로 대체된다.
일부 구현예에서, PL은 P=S이고, RCA가 제거될 때, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결로 변환된다.
일부 구현예에서, PL은 P=WN이고, RCA가 제거될 때, 이러한 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00384
의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결로 변환된다. 일부 구현예에서,
Figure pct00385
의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00386
의 구조를 갖는다. 일부 구현예에서,
Figure pct00387
의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00388
의 구조를 갖는다.
일부 구현예에서, PL은 P이다(예를 들어, 포스포아미다이트와 5'-OH의 커플링으로부터 새로 형성된 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 구현예에서, W는 O 또는 S이다. 일부 구현예에서, W는 S이다(예를 들어, 황화 후). 일부 구현예에서, W는 O이다(예를 들어, 산화 후). 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 특정 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은 적합한 조건에서 P(III) 포스파이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 아지도 이미다졸리늄 염(예를 들어,
Figure pct00389
를 포함하는 화합물)과 반응시킴으로써 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 PF6 -의 염이다. 일부 구현예에서, 아지도 이미다졸리늄 염은
Figure pct00390
의 염이다. 일부 구현예에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 2-아지도-1,3-디메틸이미다졸리늄 헥사플루오로포스페이트이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, Q-는 시스템에(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서) 존재하는 다양한 적합한 음이온일 수 있고, 사이클, 공정 단계, 시약, 용매 등에 따라 올리고뉴클레오티드 제조 공정 중에 달라질 수 있다. 일부 구현예에서, Q-는 PF6 -이다.
일부 구현예에서, RCA는
Figure pct00391
또는
Figure pct00392
이고, RC4는 -H 또는 -C(O)R'이고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, RCA는
Figure pct00393
또는
Figure pct00394
이고, RC1은 R, -Si(R)3, 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 고리를 형성하고, RC4는 -H 또는 -C(O)R'이다. 일부 구현예에서, RC4는 -H이다. 일부 구현예에서, RC4는 -C(O)CH3이다. 일부 구현예에서, RC2와 RC3는 함께, 임의로 치환된 5원 고리를 형성한다.
일부 구현예에서, RC4는 -H이다(예를 들어, 포스포아미다이트와 5'-OH의 커플링으로부터 새로 형성된 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 구현예에서, RC4는 -C(O)R이다(예를 들어, 아민의 캡핑 후). 일부 구현예에서, R은 메틸이다.
일부 구현예에서, 각각의 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 -O5-PL(W)(RCA)-O3-로부터 변환된다.
ADAR
특히, 제공된 기술은 A를 I로 변환함으로써 표적 아데노신의 변형/편집을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산에 의해 형성된 듀플렉스는 단백질, 예를 들어 ADAR 단백질과 상호작용한다. 일부 구현예에서, 이러한 단백질은 아데노신 변형 활성을 포함하고, 표적 핵산에서 표적 아데노신을 변형할 수 있다(예를 들어, 이들을 이노신으로 변환).
ADAR 단백질은 다양한 세포, 조직, 기관 및/또는 유기체에서 자연적으로 발현되는 단백질이다. 보고된 바에 따르면, ADAR1 및 ADAR2와 같은 일부 ADAR 단백질은 탈아미노화를 통해 아데노신을 편집할 수 있으며, 이는 아데노신을 이노신으로 변환하여, 번역 중에 G로 또는 G와 유사하게 판독되는 것을 비롯한 여러 기능을 제공할 수 있다. ADAR 매개 mRNA 편집(예: 탈아미노화)의 메커니즘은 보고되어 있다. 예를 들어, ADAR 단백질은 불일치가 있는 이중가닥 RNA 기질에서 아데노신의 이노신으로의 변환을 촉매하는 것으로 보고된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 이노신은 세포 번역 및/또는 스플라이싱 기구에 의해 구아노신으로 인식될 수 있다. 따라서 ADAR은 핵산, 예를 들어 pre-mRNA 및 mRNA 기질의 기능적 아데노신에서 구아노신으로의 편집에 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산(예: RNA) 내의 표적 아데노신의 ADAR 매개 편집을 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. ADAR 매개 RNA 편집은 DNA 편집에 비해 몇 가지 이점을 제공할 수 있다. 예를 들어, Cas9와 같은 재조합 단백질의 발현이 필요하지 않기 때문에 전달이 단순화된다. ADAR1과 ADAR2는 둘 다 내인성 효소이므로, 올리고뉴클레오티드의 세포 전달만으로도 편집에 충분할 수 있다. 오프-타겟 효과가 있더라도 일시적이며 게놈 DNA에 변화가 발생하지 않는다. 또한, ADAR 매개 편집은 유사분열 후 세포에서 사용될 수 있으며, 복원을 위해 HDR 주형이 필요하지 않다. 3개의 척추동물 ADAR 유전자가 공통 기능 도메인을 갖는 것으로 보고되었다(Nishikura Nat Rev Mol Cell Biol. 2016 Feb; 17(2): 83-96.; Nishikura Annu Rev Biochem. 2010; 79: 321-349.; Thomas and Beal Bioessays. 2017 Apr;39(4)). 3개의 ADAR은 모두 dsRNA 기질과 접촉할 수 있는 dsRNA-결합 도메인(dsRBD)을 포함한다. 일부 ADAR1은 Z-DNA-결합 도메인을 또한 포함한다. ADAR1은 뇌, 폐, 신장, 간, 및 심장 등에서 유의하게 발현되는 것으로 보고되었으며, 2가지 동형으로 나타날 수 있다. 일부 구현예에서, 동형 p150은 인터페론에 의해 유도될 수 있는 반면, 동형 p110은 항시적으로 발현될 수 있다. 일부 구현예에서, p110은 모든 조직에서 항시적으로 발현되는 것으로 보고되므로 이를 사용하는 것이 유리할 수 있다. ADAR2는 예를 들어 뇌와 폐에서 고도로 발현될 수 있으며, 핵에만 국한되어 있는 것으로 보고된다. ADAR3는 촉매적으로 비활성화되어 뇌에서만 발현되는 것으로 보고된다. 치료 표적을 선택할 때 조직 발현의 잠재적인 차이를 고려할 수 있다.
ADAR에 의한 RNA 편집을 위한 올리고뉴클레오티드의 사용은 보고되어 있다. 특히, 본 발명은 이전에 보고된 기술이 일반적으로 낮은 안정성(예를 들어, 천연 RNA 당을 갖는 올리고뉴클레오티드), 낮은 편집 효율, 낮은 편집 특이성(예를 들어, 올리고뉴클레오티드에 실질적으로 상보적인 표적 핵산의 일부에서 다수의 A가 편집됨), ADAR 인식/보충을 위한 올리고뉴클레오티드의 특정 구조, 외인성 단백질(예를 들어, 편집을 위한 특정 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 듀플렉스(예를 들어, 표적 핵산과의 듀플렉스)를 인식하도록 조작된 것) 등과 같은 하나 이상의 단점을 겪고 있음을 인식한다. 또한, 이전에 보고된 기술은 일반적으로 올리고뉴클레오티드가 변형 뉴클레오티드간 연결의 하나 이상의 키랄 연결 인을 포함할 때 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물을 사용한다.
예를 들어, 보고된 다양한 올리고뉴클레오티드는 ADAR-보충 도메인을 포함한다. 문헌[Merkle et al., Nat Biotechnol. 2019 Feb;37(2):133-138]은 내인성 전사체를 편집하기 위해 내인성 인간 ADAR2를 보충하는 분자내 줄기 루프인 불완전한 20bp 헤어핀 ADAR-보충 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 개시하였다. 문헌[Mali et al., Nat Methods. 2019 Mar;16(3):239-242]에 보고된 올리고뉴클레오티드는 표적 mRNA에 혼성화하는 특이성 도메인 외에도 ADAR 기질 GluR2 사전 메신저 RNA 서열 또는 MS2 헤어핀을 포함한다.
보고된 특정 편집 접근 방식은 외인성 또는 조작된 단백질(예: CRISPR/Cas9 시스템을 사용하는 단백질)을 활용한다. 예를 들어, 문헌[Nature 2016 volume 533, pages 420-424]은 프로그래밍 가능한 DNA 염기 편집기를 생성하기 위해 CRISPR-Cas9과 결합된 디아미나제를 개시하였다. 이는 외인성 편집 단백질에 관여하기 때문에 CRISPR/Cas9 시스템과 가이드 RNA 모두의 전달을 필요로 한다.
특히, 본 발명은 예를 들어 본원에 기재된 설계된 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공함으로써, 종래의 아데노신 편집 기술의 하나 이상의 또는 모든 단점을 해결하기 위해 당 변형, 염기 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형, 입체화학의 제어, 이의 다양한 패턴 등과 같은 하나 이상의 특징을 포함하는 기술을 제공한다. 예를 들어, 본원에 나타낸 바와 같이, ADAR-보충 루프는 제공된 기술에서 선택 사항이고 필수 사항이 아니다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 이러한 유용한 특징 중 하나 이상을 사용하여 종래 기술의 올리고뉴클레오티드(예를 들어, WO2016097212, WO2017220751, WO2018041973, WO2018134301A1에 기재된 것, 각각의 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물은 독립적으로 참조로 포함됨)를 개선할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 기재된 하나 이상의 유용한 특징을 종래 보고된 올리고뉴클레오티드 염기 서열에 적용함으로써 종래 기술의 개선을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 아데노신 편집에 유용할 수 있는 이전에 보고된 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 사용한 아데노신 편집을 수행함으로써 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물을 사용한 이전에 보고된 아데노신 편집의 개선을 제공한다.
보고된 바와 같이 ADAR 단백질은 다양한 동형을 가질 수 있다. 예를 들어, ADAR1은 특히 보고된 p110 동형 및 보고된 p150 동형을 갖는다. 일부 구현예에서, 특정 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 여러 동형(일부 구현예에서, p110 및 p150 동형 둘 다)을 사용하여 높은 수준의 아데노신 변형(예를 들어, A에서 I로의 변환)을 제공할 수 있는 반면, 입체무작위 조성물은 하나 이상의 동형(예를 들어, p110)에 대해 낮은 수준의 아데노신 변형을 제공하는 것을 관찰되었다. 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 ADAR1의 p110 동형을 발현하거나 포함하는 시스템(예: 세포, 조직, 기관, 유기체, 대상체 등), 특히 p150 동형에 비해 ADAR1의 p110 동형을 높은 수준으로 발현하거나 포함하는 것, 또는 ADAR1 p150을 발현하지 않거나 낮은 수준으로 발현하는 것에서의 아데노신 변형에 특히 유용하다.
일부 구현예에서, 본 발명은 구조에 줄기 루프를 필요로 하지 않는 Cis-작용(CisA) 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 염기쌍 형성을 통해 표적 mRNA와 dsRNA 구조를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, 형성된 dsRNA 구조(임의로 2차 불일치 포함)는 ADAR 결합을 촉진하는 벌지를 포함하므로, ADAR 매개 편집(예를 들어, 표적 아데노신의 탈아미노화)을 용이하게 할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 LSL 올리고뉴클레오티드 또는 CSL 올리고뉴클레오티드보다 짤고(예를 들어, 약 32 nt 이하, 약 31 nt 이하, 약 30 nt 이하, 약 29 nt 이하, 약 28 nt 이하, 약 27 nt 이하, 또는 약 26 nt 이하의 길이), 높은 편집 효율을 제공할 수 있다.
제공된 기술의 평가/특성화
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 기술이 본 발명에 따라 제공된 기술을 평가/특성화하기 위해 이용될 수 있다. 특정의 유용한 기술은 실시예에 설명되어 있으며; 나타낸 바와 같이, 특히 본 발명은 제공된 기술을 평가하고 특성화하는 데 적합한 다양한 생체내 및 시험관내 기술을 설명한다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 외인성 ADAR 폴리펩티드의 존재 또는 부재하에, 예를 들어 세포에서 평가/특성화된다. 추가적으로 또는 대안적으로 일부 구현예에서, 제공된 기술은 예를 들어 동물(예: 비인간 영장류 및 마우스)에서 평가/특성화된다.
특히, 본 발명은 다양한 인간 시스템, 예를 들어 세포에서 편집을 제공할 수 있는 다양한 제제(예: 올리고뉴클레오티드) 및 이의 조성물이 인간 ADAR(예: 인간 ADAR1)을 포함하지 않거나 발현하지 않는 특정 세포(예: 마우스 세포) 및 설치류(예: 마우스)와 같은 특정 동물에서 편집을 나타내지 않거나 훨씬 낮은 수준으로 나타낼 수 있다는 통찰을 포함한다. 특히, 동물 모델에서 일반적으로 사용되는 마우스는 인간 세포에서 활성인 다양한 제제가 적절한 ADAR1(예: 인간 ADAR1) 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 포함하거나 발현하도록 조작되지 않은 마우스 세포 및 동물에서 활성을 제공하지 않거나 매우 낮은 수준의 활성을 제공하기 때문에 인간에서 편집을 위한 다양한 제제(예: 올리고뉴클레오티드)를 평가하는 데 사용이 제한적일 수 있다(도 40 및 도 47, 야생형(WT) 마우스 및 세포, 인간 세포, 및 hADAR1 p110을 발현하도록 조작된 세포 및 마우스(huADAR mouse)에 대한 데이터 참조). 일부 구현예에서, 본 발명은 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 발현하는 조작된 세포 및 비인간 동물을 제공한다. 일부 구현예에서, 이러한 세포 및 인간은 제공된 기술을 평가하고 특성화하는 데 유용하다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p110 폴리펩티드 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p150 폴리펩티드 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p110 펩티드이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p150 펩티드이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1의 다음 도메인 중 하나 이상 또는 전부이거나 하나 이상 또는 전부를 포함한다: Z-DNA 결합 도메인, dsRNA 결합 도메인, 및 디아미나제 도메인. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 Z-DNA 결합 도메인 중 하나 또는 둘 다이거나 이를 포함하고; 대안적으로 또는 추가적으로 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 dsRNA 결합 도메인 중 1개, 2개, 또는 전부이거나 이를 포함하고; 대안적으로 또는 추가적으로 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 디아미나제 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 마우스 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부와 함께 발현될 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 인간 dsRNA 결합 도메인은 마우스 디아미나제 도메인과 함께 발현되어 인간-마우스 하이브리드 ADAR1 폴리펩티드를 형성하도록 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 및/또는 비인간 동물은 본원에 기재된 바와 같은 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함 및/또는 발현하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 세포 및/또는 비인간 동물의 게놈은 본원에 기재된 바와 같은 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 세포 및/또는 비인간 동물의 생식계 게놈은 본원에 기재된 바와 같은 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 세포 및 비인간 동물은 A에서 G로의 하나 이상의 돌연변이(각각은 독립적으로 병태, 장애 또는 질환과 관련됨)(예를 들어, AIAT 단백질의 아미노산 위치 342(E342K)에서 글루타메이트를 리신으로 치환하는 SERPINA1 유전자에서의 돌연변이(예: c. 1024G>A))를, 예를 들어 게놈(일부 구현예에서, 생식계 게놈)에, 포함하도록 조작된다. 본원에 나타낸 바와 같이, 특히 이러한 세포 및 동물은 제공된 기술, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을, 예를 들어 편집 특성 및/또는 활성(하나 이상의 병태, 장애 또는 질환에 대한 용도를 포함)에 대해 평가/특성화하는 데 유용하다. 일부 구현예에서, 세포는 설치류 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 마우스 세포이다. 일부 구현예에서, 동물은 설치류이다. 일부 구현예에서, 동물은 마우스이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 세포 및/또는 비인간 동물(ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리펩티드를 포함하거나 발현하도록 조작된 것을 포함함)을 평가하기 위한 평가/특성화 기술을 제공하며, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부 및/또는 폴리뉴클레오티드는 조작 전에 세포 및/또는 비인간 동물에서 존재하지 않고/않거나 발현되지 않는다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 세포 또는 이의 집단에 투여하는 단계를 포함하고, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 각각 독립적으로, 비견되는 인간 세포 또는 이의 집단에서 아데노신을 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 동물 또는 이의 집단에 투여하는 단계를 포함하고, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 각각 독립적으로 인간 세포 또는 이의 집단에서 아데노신을 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 평가/특성화될 세포, 또는 동물의 세포에서의 편집 수준은 비견되는 인간 세포에서 관찰되는 것과 비교된다. 일부 구현예에서, 비견되는 인간 세포는 평가/특성화될 세포 또는 동물의 세포와 동일한 유형이다. 일부 구현예에서, 세포는 설치류 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 마우스 세포이다. 일부 구현예에서, 동물은 설치류이다. 일부 구현예에서, 동물은 마우스이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 개별 세포 및/또는 동물에 개별적으로 투여된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 동일한 컬렉션의 세포 및/또는 동물에, 임의로 동시에 투여될 수 있다. 다양한 표적 아데노신을 편집할 수 있는 다양한 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 본원에 기재된 바와 같고 이에 따라 사용될 수 있다.
사용 및 용도
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 여러 목적에 유용하다. 일부 구현예에서, 제공된 기술(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등)은 다양한 핵산(예를 들어, RNA) 및/또는 이에 의해 암호화된 산물(예를 들어, 단백질)의 수준 및/또는 활성을 조절하는 데 유용할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 바람직하지 않은(예를 들어, 바람직하지 않은 아데노신을 포함하는) 표적 핵산 및/또는 이의 산물의 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 원하는(예를 들어, 하나 이상의 위치에서 바람직하지 않은 아데노신 대신 I를 포함하는) 표적 핵산 및/또는 이의 산물의 수준 및/또는 활성을 증가시킬 수 있다.
예를 들어 일부 구현예에서, 제공된 기술은 표적 RNA 서열 내의 표적 아데노신의 부위-지정 편집을 위한 단일가닥 올리고뉴클레오티드로서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 발현 및 활성의 수준을 조절할 수 있다. 특히, 본 발명은 다양한 병태, 장애 또는 질환(예를 들어, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 것)의 치료 및/또는 예방을 포함하는(이에 한정되지 않음) 다양한 원하는 생물학적 기능의 개선일 수 있는 제공된 기술에 의한 개선을 제공한다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 표적 유전자의 활성 및/또는 기능을 조절할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 유전자는 하나 이상의 유전자 산물(예를 들어, RNA 및/또는 단백질 산물)의 발현 및/또는 활성이 변경되도록 의도된 유전자이다. 많은 구현예에서, 표적 유전자는 변경될 표적 아데노신 잔기를 가지며 이러한 잔기의 이노신 잔기로의 변환으로부터 이익을 얻을 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오티드가 특정 표적 유전자에 작용하는 경우, 올리고뉴클레오티드가 없을 때와 비교하여 올리고뉴클레오티드가 존재할 때 해당 유전자의 하나 이상의 유전자 산물의 수준 및/또는 활성이 변경될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 표적 전사체 및/또는 이에 의해 암호화된 산물의 수준 및/또는 활성을 감소시킴으로써, 그리고 임의로 병태, 장애 또는 질환과 덜 관련되거나 관련되지 않은 전사체 및/또는 이에 의해 암호화된 산물을 제공함으로써(예를 들어, 표적 아데노신의 이노신으로의 변환에 의한 G에서 A로의 돌연변이 교정, 스플라이싱 변경 등) 다양한 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 데 유용하다. 일부 구현예에서, 본 발명은 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 이러한 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드(예: 표적 아데노신)의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드는 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체의 일부에 부분적으로 또는 완전히 상보적인 염기 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 염기 서열은 병태, 장애 또는 질환과 관련되지 않은 다른 전사체보다 이러한 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체에 우선적으로 결합하도록 하는 것이다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법의 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 방법은 표적 전사체의 표적 서열에 상보적인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 특히, 본 발명은 시스템에서 표적 전사체와 접촉될 때, 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 기준 조건에서 관찰되는 것에 비해 전사체의 아데노신 편집이 개선되는 특징으로 하는 본 발명에 기재된 바와 같은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 올리고뉴클레오티드 조성물로서 투여하는 것을 포함하는 개선을 제공한다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 동일 서열 또는 구성의 올리고뉴클레오티드의 라세미 제제이다. 일부 구현예에서, 표적 전사체는 올리고뉴클레오티드 전사체이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 특히, 제공된 기술은 아데노신의 이노신으로의 변환을 포함하고/하거나 이로부터 이익을 얻을 수 있는 다양한 용도에 사용할 수 있다. 특정 용도는 아래에 기재되어 있다.
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본 개시내용을 읽은 당업자는 다양한 G에서 A로의 돌연변이, 예를 들어 인간 유전자에서 발생되는 가장 흔한 돌연변이 유형인 C에서 T로의 전사체의 돌연변이가 교정될 수 있고 따라서 제공된 기술로부터 이익을 얻을 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 다양한 극성 또는 하전 아미노산(예: Ser, Tyr, Asp, Glu, His, Asn, Gln, Lys 등), 종결 코돈(오팔, 오커 및 앰버), 전사 시작 부위, 스플라이싱 신호, 마이크로RNA 인식 부위, 반복 요소, 마이크로RNA(miRNA), 단백질 암호화 전사체 등과 관련된 표적 돌연변이에 사용될 수 있다. 특히, 제공된 기술은 다양한 기능적 결과, 예를 들어 스플라이싱의 변경, 단백질 발현 및/또는 기능의 복원/개선 등을 유도할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 편집을 통해, 단백질 기능을 복원할 수 있고(예를 들어, 스플라이스 교정될 수 없는 넌센스 및 미스센스 돌연변이를 수정하고, 정지 돌연변이를 제거하고, 단백질 미스폴딩 및 응집을 방지하는 등, 열성 또는 우성 유전자 정의 질병과 같은 다양한 병태, 장애 또는 질환의 예방 및/또는 치료에 사용될 수 있음), 단백질 기능을 변형할 수 있고(예를 들어, 단백질 프로세싱(예: 프로테아제 절단 부위), 단백질-단백질 상호작용을 변경하고, 신호전달 경로를 조절하는 등, 이온 채널 투과성과 관련된 것과 같은 다양한 병태, 장애 또는 질환의 예방 및/또는 치료에 사용될 수 있음), 단백질 상향조절을 할 수 있다(예를 들어, miRNA 표적 부위 변형, 업스트림 ORF 변형, 유비퀴틴화 부위의 변형 등을 할 수 있고, 반수결실 돌연변이 질병과 같은 다양한 병태, 장애 또는 질환의 예방 및/또는 치료에 사용될 수 있음).
특정 용도는 예를 들어 WO2016097212, WO2017220751, WO2018041973, 및/또는 WO2018134301A1에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물이 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산 내의 표적 아데노신은 변형된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물이 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산의 수준은 산물의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 감소된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물이 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산 또는 이의 산물의 스플라이싱은 올리고뉴클레오티드의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 변경된다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물이 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산의 산물의 수준은 산물의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 변경된다. 일부 구현예에서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신이 변형되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신이 이노신으로 대체되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신의 아데닌이 구아닌으로 대체되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 산물은 단백질이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 구아닌으로부터의 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 동일한 위치의 구아닌보다 병태, 장애 또는 질환과 더 관련이 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산과 이중가닥 복합체를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 핵산 또는 이의 일부는 RNA이거나 RNA를 포함한다. 일부 구현예에서, 표적은 아데노신은 RNA의 것이다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신이 변형되고, 변형은 표적 아데노신의 탈아미노화이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신이 변형되고, 변형은 표적 아데노신의 이노신으로의 변환이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형은 ADAR 단백질에 의해 촉진된다. 일부 구현예에서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하는 시험관내 또는 생체외 시스템이다. 일부 구현예에서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하거나 발현하는 세포이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하거나 발현하는 세포를 포함하는 대상체이다. 일부 구현예에서, ADAR 단백질은 ADAR1이다. 일부 구현예에서, ADAR1 단백질은 p110 동형이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 단백질은 p150 동형이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 단백질은 p110 및 p150 동형이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR 단백질은 ADAR2이다. 본원에 나타낸 바와 같이, 본 발명은 특히, 표적 부위(예를 들어, 표적 A를 포함하는 부위)에 효소를 보충하기 위한 기술로서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 이러한 표적 부위와 접촉시키거나, 이러한 표적 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드(예: RNA)를 포함하거나 발현하는 시스템에 투여하는 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 효소는 본원에 기재된 바와 같은 RNA-편집 효소, 예컨대 ADAR1, ADAR2 등이다.
일부 구현예에서, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물은 비견되는 기준 올리고뉴클레오티드 조성물에서 관찰되는 것보다 더 큰 수준을 제공한다(예를 들어, 표적 아데노신이 더 큰 수준으로 변형됨). 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하지 않거나 더 낮은 수준으로 포함한다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성을 갖는 올리고뉴클레오티드를 함유하지 않는다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드를 함유하지 않는다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 2'-F 변형을 포함하는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형을 포함하는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드와 비교하여 상이한 당 변형 패턴을 갖는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 조성물이다. 일부 구현예에서, 조성물은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산에서 표적 아데노신을 변형시키는 기술로서, 표적 핵산을 본원에 기재된 바와 같은 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산에서 표적 아데노신을 탈아미노화하는 방법으로서, 표적 핵산을 본원에 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 특정 핵산의 산물을 생성하거나, 특정 핵산의 산물 수준을 회복 또는 증가시키는 방법으로서, 표적 핵산을 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고, 특정 핵산은 표적 아데노신 대신 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한, 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표적 핵산의 산물 수준을 감소시키는 방법으로서, 표적 핵산을 본 발명의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하는, 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 산물은 단백질이다. 일부 구현예에서, 산물은 mRNA이다.
일부 구현예에서, 본 발명은
올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법으로서,
올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적이고,
표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고,
표적 아데노신은 변형되는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않으며(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임),
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은
표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임), 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 본원에 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 디아미나제는 ADAR 효소이다. 일부 구현예에서, 디아미나제는 ADAR1이다. 일부 구현예에서, 디아미나제는 ADAR2이다. 일부 구현예에서, 샘플은 세포이거나 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 핵산은 표적 아데노신 대신 표적 아데노신의 위치에 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한 핵산과 비교하여, 병태, 장애 또는 질환과 더 관련이 있거나, 원하는 특성 또는 기능의 감소와 더 관련이 있거나, 바람직하지 않은 특성 또는 기능의 증가와 더 관련이 있다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신은 G에서 A로의 돌연변이이다.
특히, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 설계, 예를 들어 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결 변형, 연결 인 입체화학의 제어, 및/또는 이의 패턴은 종래 기술을 개선하는 데 적용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본 발명의 하나 이상의 구조적 특징, 예를 들어 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결 변형, 연결 인 입체화학의 제어, 및/또는 이의 패턴을 종래 기술의 올리고뉴클레오티드에 도입함으로써 종래 기술에 대한 개선을 제공한다. 일부 구현예에서, 개선은 연결 인 입체화학의 제어로부터의 개선이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 핵산의 현저한 분해를 일으키지 않는다(예를 들어, 최대 약 5%~100%(예를 들어, 최대 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)). 일부 구현예에서, 조성물은 표적 핵산에서 현저한 바람직하지 않은 엑손 스키핑 또는 변경된 엑손 포함을 일으키지 않는다(예를 들어, 최대 약 5%~100%(예를 들어, 최대 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)).
일부 구현예에서, 제공된 기술은 높은 수준의 아데노신 편집(예를 들어, 이노신으로의 변환)을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신 편집의 백분율은 약 10%~100%, 예를 들어 적어도 약 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 10%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 15%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 20%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 25%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 30%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 35%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 40%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 45%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 50%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 60%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 70%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 75%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 80%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 85%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 95%이다. 일부 구현예에서, 백분율은 적어도 약 100%이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 (예를 들어, 표적 아데노신을 이노신으로 변형하여) 표적 핵산 또는 이의 산물의 발현 또는 수준 감소를 매개할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 시험관내 세포에서 (예를 들어, 표적 아데노신을 이노신으로 변형하여) 표적 유전자 또는 이의 유전자 산물의 발현 또는 수준 감소를 매개할 수 있다. 일부 구현예에서, 발현 또는 수준은 적어도 약 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%만큼 감소될 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 유전자 또는 이의 유전자 산물의 발현 또는 수준은 예를 들어 시험관내 세포(들)에서 10 μM 이하 농도의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물에 의해 지시된 ADAR 매개 탈아미노화에 의해 적어도 약 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%만큼 감소될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 (예를 들어 시험관내 또는 생체내 세포에서 분석될 때) 1 nM, 5 nM, 10 nM 이하의 농도에서, 적합한 수준의 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물의 활성은, 적합한 조건, 예를 들어 세포 기반 시험관내 분석에서 표적 핵산 또는 이의 산물의 수준을 50% 감소시키는 억제 농도인 IC50에 의해 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 예를 들어 세포 기반 분석으로 평가할 때, 최대 0.001, 0.01, 0.1, 0.5, 1, 2, 5, 10, 50, 100, 200, 500, 또는 1000 nM의 IC50을 갖는다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 500 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 200 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 100 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 50 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 25 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 10 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 5 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 2 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 1 nM이다. 일부 구현예에서, IC50은 최대 약 0.5 nM이다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 표적 아데노신에서 다른 아데노신 잔기에 비해 선택적인 표적 아데노신 편집을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 비-표적 아데노신에 대한 표적 아데노신의 선택성은 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100배 이상이다(예를 들어, 적합한 조건에서 비-표적 아데노신에 대한 표적 아데노신의 편집 수준에 의해, 또는 특정 편집 수준(예를 들어, 0.5%, 1%, 2%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50% 등)에 대한 올리고뉴클레오티드 농도에 의해 측정). 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 2배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 3배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 4배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 5배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 10배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 25배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 50배이다. 일부 구현예에서, 선택성은 적어도 약 100배이다.
일부 구현예에서, 본 발명은 집단 내에 하나 이상의 유사한 핵산 서열이 존재하는 표적 핵산 서열로부터의 전사체를 억제하는 방법을 제공하며, 표적 및 유사 서열은 각각 유사 서열에 대해 표적 서열을 정의하는 특정의 특징적 서열 요소를 포함하고, 상기 방법은 표적 핵산 서열의 전사체를 올리고뉴클레오티드, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하고, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열, 또는 복수의 올리고뉴클레오티드의 공통 염기 서열은 표적 핵산 서열을 정의하는 특징적 서열 요소에 상보적인 서열이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 핵산 서열 및 유사한 핵산 서열 둘 다의 전사체를 포함하는 시스템과 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물이 접촉될 때, 표적 핵산 서열의 전사체는 유사한 핵산 서열에 대해 관찰되는 억제 수준보다 더 큰 수준으로 억제된다. 일부 구현예에서, 표적 핵산 서열의 전사체의 억제는 유사한 핵산 서열에서 관찰되는 억제보다 1.1~100, 2~100, 1.5, 2, 2.5, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10배 더 클 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 핵산 서열은 병태, 장애 또는 질환과 관련된다(또는 유사한 핵산 서열과 비교하여 더 많이 관련된다). 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 병태, 장애 또는 질환과 관련되지 않거나 덜 관련된 전사체를 유지하면서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체(및/또는 이의 산물)를 선택적으로 감소시키면, 하나 이상의 원하는 생물학적 기능(특히, 더 적거나 덜 심각한 부작용을 제공할 수 있음)을 유지하면서 질환 치료 및/또는 예방을 제공하는 것과 같은 많은 이점을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 나타낸 바와 같이, 선택성은 시스템, 예를 들어 본원에 기재된 리포터 분석에서 적어도 10배, 또는 20, 30, 40, 또는 50배 이상이다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 시스템에서 야생형 단백질의 수준을 유지하면서(예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상의 야생형 단백질이 남아 있음), 돌연변이 단백질의 수준을 효과적으로 감소시킬 수 있다(예를 들어, 돌연변이 단백질의 적어도 50%, 60%, 70% 이상 감소). 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 다양한 생물학적 시스템, 예를 들어 마우스 뇌 균질액에서 안정적이다(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8일 후 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상 남아 있음). 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 낮은 독성을 갖는다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물, 예를 들어 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 TLR9을 유의하게 활성화하지 않는다(예를 들어, 기준 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물(예를 들어, 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물)과 비교할 때). 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물, 예를 들어 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 보체 활성화를 유의하게 유도하지 않는다(예를 들어, 기준 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물(예를 들어, 상응하는 입체무작위 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물)과 비교할 때).
다양한 용도에 있어서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물은 제약 조성물로서 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염의 유효량을 포함하거나 전달하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 제약 조성물은 올리고뉴클레오티드의 다양한 형태, 예를 들어 산, 염기, 다양한 제약상 허용되는 염 형태를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 제약상 허용되는 염은 나트륨염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용되는 염은 칼륨염이다. 일부 구현예에서, 제약상 허용되는 염은 아민염(예를 들어, N(R)3의 구조를 갖는 아민의 염)이다. 일부 구현예에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 담체를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 제약 조성물은 액체 용액이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 액체 조성물은 예를 들어 생리학적 pH 또는 그 부근의 제어된 pH 범위를 갖는다.
특히, 본 발명은 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하기 위한 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환은 A에서 I로의 변환이 잘 일어난다(예를 들어, 그로부터 이익을 얻을 수 있다). 일부 구현예에서, 본 발명은 G에서 A로의 돌연변이가 잘 일어나는 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 본원에 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하기 위한 방법으로서, 이러한 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 본원에 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적이다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포, 조직 또는 기관은 ADAR 단백질을 포함하거나 발현한다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포, 조직 또는 기관은 ADAR1(예를 들어, p110 및/또는 p150 형태)을 포함하거나 발현한다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포, 조직 또는 기관은 ADAR2를 포함하거나 발현한다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환은 본원에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환은 알파-1 항트립신 결핍증이다. 일부 구현예에서, 방법은 표적 아데노신을 I로 변환하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 서열에 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 부위-특이적(부위-지정이라고도 함) 편집(예: 탈아미노화)을 지시하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 ADAR(예를 들어, 내인성 ADAR)에 의해 매개되는 부위-특이적 아데노신 편집을 지시하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 다양한 제공된 올리고뉴클레오티드가 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 단일가닥 올리고뉴클레오티드로서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 사용하여 표적 서열 내의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하기 위한 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 예를 들어 표적 서열 내의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 대한 의약으로서 사용하기 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표적 서열 내의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 치료에 사용하기 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 표적 서열 내의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 관련 병태, 장애 또는 질환의 치료용 의약의 제조를 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 표적 서열 내의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에서 이를 예방, 치료 또는 개선하기 위한 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물의 치료 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 세포의 표적 서열에서 표적 아데노신을 탈아미노화하는 방법으로서, 세포를 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 세포의 표적 서열(예를 들어, 전사체)에서 표적 아데노신을 탈아미노화하는 방법으로서, 세포를 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 세포에서의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 단백질의 수준을 감소시키는 방법으로서, 세포를 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체 및/또는 이에 의해 암호화된 산물의 수준을 선택적으로 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 표적 A의 위치에 G를 갖는 것 외에는 동일한 핵산에 비해 바람직하지 않은 A를 포함하는 표적 핵산, 예를 들어 전사체(예를 들어, G에서 A로의 돌연변이)를 선택적으로 편집할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 돌연변이 유전자(예를 들어, G에서 A로의 돌연변이) 발현의 감소를 필요로 하는 포유동물에서 이를 감소시키는 방법으로서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 포함하는 핵산-지질 입자를 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 생체내 전달 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 구현예에서, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 치료에 적합한 대상체 또는 환자는 건강 관리 전문가에 의해 확인되거나 진단될 수 있다.
일부 구현예에서, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 증상은 A에서 I로의 변환으로부터 이익을 얻을 수 있는 임의의 병태, 장애 또는 질환일 수 있다.
일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환, 또는 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 적어도 하나의 증상을 예방, 치료, 개선하거나 그 진행을 늦출 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 대상체에서의 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 치료를 위한 것일 수 있으며, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물의 치료 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 적어도 하나의 증상을 감소시킬 수 있으며, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물의 치료 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 환자 또는 대상체에게 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것은 다음 중 임의의 하나 이상을 매개할 수 있다: G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 진행을 늦추는 것; G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환 또는 이의 적어도 하나의 증상의 발병을 지연시키는 것; G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 하나 이상의 지표를 개선시키는 것; 및/또는 환자 또는 대상체의 생존기간 또는 수명을 증가시키는 것.
일부 구현예에서, 질환 진행을 늦추는 것은 본원에 기재된 것과 같은, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 개체에서의 하나 이상의 임상 파라미터의 임상적으로 바람직하지 않은 변화의 예방 또는 지연과 관련될 수 있다. 본원에 설명된 질환 평가 테스트 중 하나 이상을 사용하여, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 개체에서 질환 진행의 둔화를 확인하는 것은 의사의 능력 범위 내에 있다. 추가로, 의사는 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 개체의 질환 진행 속도를 평가하기 위해 본원에 기재된 것 이외의 진단 테스트를 개체에게 실시할 수 있음이 이해된다.
의사는 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 가족력, 또는 유사한 유전자 프로필을 가진 다른 환자와의 비교를 사용할 수 있다.
일부 구현예에서, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 지표는 병태, 장애 또는 질환의 진행을 진단하거나 측정하기 위해 의사와 같은 의료 전문가가 사용하는 파라미터를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물 및 추가 제제 및/또는 방법, 예를 들어 추가 치료제 및/또는 방법을 투여받는다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 단독으로 또는 하나 이상의 추가 치료제 및/또는 치료와 조합하여 투여될 수 있다. 조합하여 투여되는 경우, 각각의 성분은 동시에 투여되거나, 상이한 시점에 임의의 순서로 순차적으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 각각의 성분은 개별적으로 투여될 수 있지만 시간적으로 충분히 가깝게 투여되어 원하는 치료 효과를 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료 성분은 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료 성분은 하나의 조성물로서 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 투여되는 대상체는 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 성분 둘 다에 소정 시점에 동시에 노출될 수 있다.
일부 구현예에서, 추가 치료제는 올리고뉴클레오티드에 물리적으로 접합될 수 있다. 일부 구현예에서, 추가 제제는 GalNAc이다. 일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드는 추가 제제와 물리적으로 접합될 수 있다. 일부 구현예에서, 추가 제제인 올리고뉴클레오티드는 본 명세서에 기재된 바와 같은 염기 서열, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결, 당, 핵염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형 패턴, 백본 키랄 중심 패턴 등, 또는 이들의 임의의 조합을 가질 수 있고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 서열의 발현, 활성 및/또는 수준을 (직접 또는 간접적으로) 감소시킬 수 있거나, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 데 유용한 제2 올리고뉴클레오티드에 물리적으로 접합된다.
일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드는 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환에 대한 하나 이상의 추가(또는 제2의) 치료제와 함께 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체에는 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료제가 투여될 수 있고, 추가 치료제는 치료될 병태, 장애 또는 질환의 치료에 유용한 본원에 기재되거나 당업계에 알려진 제제이다.
일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 제공된 단일가닥 올리고뉴클레오티드는 병태, 장애 또는 질환, 또는 이의 증상에 대한 하나 이상의 치료(앱타머, lncRNA, lncRNA 억제제, 항체, 펩티드, 소분자, 다른 표적에 대한 다른 올리고뉴클레오티드를 포함하지만, 이에 한정되지 않음)와 함께 공동 투여되거나 치료 요법의 일부로 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 추가 치료적 치료는 비제한적인 예로서 유전자 편집 방법이다.
일부 구현예에서, 추가 치료제는 비제한적인 예로서 올리고뉴클레오티드이다.
일부 구현예에서, 제2 또는 추가 치료제는 올리고뉴클레오티드 이전에, 이와 동시에, 또는 이후에 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 제2 또는 추가 치료제는 대상체에게 다회 투여될 수 있고, 올리고뉴클레오티드도 대상체에게 다회 투여되고, 투여는 임의의 순서로 이루어진다.
일부 구현예에서, 개선은 질환 상태에서 너무 높은 유전자 또는 유전자 산물의 발현, 활성 및/또는 수준을 감소시키는 것; 질환 상태에서 너무 낮은 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 활성 및/또는 수준을 증가시키는 것; 및/또는 유전자 또는 유전자 산물의 돌연변이 및/또는 질환-관련 변이체의 발현, 활성 및/또는 수준을 감소시키는 것을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환의 치료, 개선 및/또는 예방에 유용한 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 다양한 적합한 이용가능한 기술을 통해 (예를 들어, 대상체에게) 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 단일가닥 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 병태, 장애 또는 질환의 치료, 개선 및/또는 예방을 위한, 제약 조성물로서 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다.
특히, 본 발명의 기술, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 기준 기술(예를 들어, 키랄 제어의 부재 또는 낮은 수준(예를 들어, (예를 들어, 동일 염기 서열 또는 동일 구성 등의 올리고뉴클레오티드의) 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물), 및/또는 특정 변형 및 이의 패턴(예를 들어, 2'-F, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 등)의 부재 또는 낮은 수준)과 비교하여 다양한 개선 및 이점, 예컨대 개선된 안정성, 전달, 편집 효율, 약동학, 및/또는 약력학을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일 구성을 갖는 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물이다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 구현예에서, 다양한 염 형태는 동일한 구성을 갖는 것으로 적절하게 간주될 수 있음). 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드는 n001을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 구현예에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 n001을 포함하지 않는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 기준 기술에 비해 (예를 들어, 비견되거나 더 우수한 효과를 달성하기 위해) 더 낮은 단위 또는 총 용량으로 사용될 수 있고/있거나 더 적은 용량 및/또는 더 긴 용량 간격으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 더 긴 편집 내구성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 일단 투여되면 일정 기간 동안, 예를 들어 마지막 투여 후 약 또는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60일 이상, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개월 동안 활성, 예를 들어 표적 편집을 특정 수준(예를 들어, 특정 생물학적 및/또는 치료 효과를 제공하기에 유용하고/하거나 충분한 수준) 이상으로 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 낮은 독성을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 기준 기술에 비해 (예를 들어, 더 우수한 효과를 달성하기 위해) 더 높은 단위 또는 총 용량으로 사용될 수 있고/있거나 더 많은 용량 및/또는 더 짧은 용량 간격으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 총 용량은 단일 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 총 용량은 2회 이상의 단일 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 단일 용량으로 투여되는 총 용량은 2회 이상의 단일 용량으로 투여할 때와 비교하여 더 높은 최대 편집 수준을 제공할 수 있다.
일부 경우에, 올리고뉴클레오티드를 의약으로 투여받은 환자는 혈소판 감소증, 신장 독성, 사구체신염 및/또는 응고 이상; 유전독성, 표적 기관의 반복투여독성 및 병리학적 영향; 용량 반응 및 노출 관계; 만성 독성; 발육기 독성; 생식 및 발달 독성; 심혈관 안전성; 주사 부위 반응; 사이토카인 반응 보체 효과; 면역원성; 및/또는 발암성을 포함한 특정 부작용 또는 역효과를 경험할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 투여의 부작용 또는 역효과를 해소하기 위해 추가 치료제가 투여된다. 일부 구현예에서, 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 특정 단일가닥 올리고뉴클레오티드는 표적 RNA 서열 내의 뉴클레오티드의 부위-지정 편집을 위한 상이한 단일가닥 올리고뉴클레오티드와 비교하여 감소된 부작용 또는 역효과 유도 능력을 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 역효과를 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 역효과를 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 역효과를 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 역효과를 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성의 감소, 표적 유전자 mRNA에서의 하나 이상의 엑손의 스키핑의 증가 또는 감소, ADAR 매개 탈아미노화, RNaseH 매개 메커니즘, 입체장애 매개 메커니즘, 및/또는 RNA 간섭 매개 메커니즘을 포함하는(이에 한정되지 않음) 임의의 생화학적 메커니즘을 통해 작동하고, 올리고뉴클레오티드는 단일 또는 이중 가닥이다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여될 수 있고, 올리고뉴클레오티드 조성물의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 역효과를 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어될 수 있거나, 또는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 포스포로티오에이트를 포함하지만 이에 한정되지 않음)을 포함한다.
G에서 A로의 돌연변이와 관련된 것, 예를 들어 낭포성 섬유증, 헐러 증후군, 알파-1 항트립신(A1AT) 결핍증, 파킨슨병, 알츠하이머병, 백색증, 근위축성 측삭 경화증, 천식, 베타 지중해빈혈, 카다실 증후군, 샤르코마리투스병, 만성폐쇄성폐질환(COPD), 원위 척수 근위축증(DSMA), 뒤센/베커 근이영양증, 이영양성 표피박리 수포, 수포성 표피, 파브리병, 인자 V 라이덴 관련 장애, 가족성 선종, 용종증, 갈락토스혈증, 고셔병, 포도당-6-인산 탈수소효소, 혈우병, 유전성 혈색소 침착증, 헌터 증후군, 헌팅턴병, 염증성 장 질환(IBD), 유전성 다응집 증후군, 레버 선천성 흑내장, 레쉬-니한 증후군, 린치 증후군, 마르판 증후군, 점액다당류증, 근이영양증, 근긴장성 이영양증 유형 I 및 II, 신경섬유종증, 니만피크병 유형 A, B 및 C, NY-eso1 관련 암, 포이츠-예거 증후군, 페닐케톤뇨증, 폼페병, 원발성 섬모 질환, 프로트롬빈 G20210A 돌연변이와 같은 프로트롬빈 돌연변이 관련 장애, 폐고혈압, 색소망막염, 샌드호프병, 중증 복합 면역 결핍 증후군(SCID), 겸상 적혈구 빈혈, 척추 근육 위축, 스타가르트병, 테이삭스병, 어셔 증후군, X-연관 면역결핍, 스터지-베버 증후군, 및 각종 암을 포함하여, 다양한 병태, 장애 또는 질환은 아데노신 편집으로부터 이익을 얻을 수 있다.
일부 구현예에서, 병태, 장애 또는 질환은 알파-1 항트립신(AIAT) 결핍증(AATD)이다.
알파-1 항트립신(AIAT) 결핍증(AATD)은 SERPINA1 유전자(PI; AIA; AAT; PIl; AIAT; PR02275; 및 알파1AT로도 알려짐)의 결함으로 인해 발생하는 것으로 보고된 유전 질환이다. 중증의 AIAT 결핍증은 폐 및 간 표현형을 포함한 다양한 표현형과 관련이 있다.
AIAT 결핍증은 북유럽 혈통의 대상체에서 가장 흔한 유전 질환 중 하나인 것으로 보고된다. 중증 AAT 결핍증의 유병률은 미국에서만 하더라도 80,000~100,000이다. 유사한 수치가 EU에서도 발견되는 것으로 추정된다. 중증 AAT 결핍증에 대한 전 세계 추정치는 300만 명으로 고정되어 있다. AIAT 결핍증은 폐기종을 유발하며 대상체는 30대 또는 40대에 폐기종을 발병한다. AIAT 결핍증은 또한 간부전 및 간세포 암종을 유발할 수 있으며, 중증 AIAT 결핍증 대상체의 최대 30%는 간경변, 전격성 간부전, 및 간세포 암종을 비롯한 심각한 간 질환을 발생시킨다.
SERPINA1 유전자의 돌연변이(즉, c. 1024G>A)는 성숙한 AIAT 단백질의 아미노산 위치 342(E342K, "Z 돌연변이")에서 글루타메이트에서 라이신으로의 치환을 유도한다. 이러한 미스센스 돌연변이는 단백질 형태와 분비에 영향을 주어 순환하는 AIAT 수준을 감소시킨다. Z 돌연변이를 지닌 대립유전자는 PiZ 대립유전자로 식별된다. PiZ 대립유전자에 대해 동형접합성인 대상체를 PiZZ 보균자라고 하며, 이들은 혈청 A1AT의 정상 수준의 10~15%를 나타낸다. A1AT 결핍증의 증상이 있는 대상체의 약 95%는 PiZZ 유전자형을 가지고 있다. Z 돌연변이에 대해 이형접합성인 대상체를 PiMZ 돌연변이체라고 하며, 이들은 혈청 A1AT의 정상 수준의 60%를 나타낸다. 진단된 환자 중 중증 AAT 결핍증 환자의 90%는 ZZ 돌연변이를 가지고 있다. 미국에서 약 30,000~50,000명의 개인이 PiZZ 유전자형을 가지고 있다.
A1AT 결핍증의 병태생리는 영향을 받는 기관에 따라 다를 수 있다. 간 질환은 기능 획득 기전으로 인해 발생하는 것으로 보고된다. 비정상적으로 접힌 A1AT, 특히 Z형 A1AT(Z-AT)는 간세포 내에서 응집되고 중합된다. A1AT 봉입체는 PiZZ 대상체에서 발견되며, 간경변 및 경우에 따라 간세포 암종을 유발하는 것으로 여겨진다. 간 질환에서 기능 획득 기전에 대한 증거는 null 동형접합체에 의해 뒷받침된다. 이러한 대상체는 A1AT를 생산하지 않으며 간세포 봉입체나 간 질환을 일으키지 않는다.
AIAT 결핍증은 AIAT 대상체의 최대 약 50%에서 간 질환을 유발하고 대상체의 최대 약 30%에서 중증 간 질환으로 이어지는 것으로 보고된다. 간 질환은 (a) 자가 제한적인 소아기 간경변, (b) 간 이식이 필요하거나 사망에 이르는 소아기 또는 성인기의 중증 간경변 및 (c) 종종 치명적인 간세포 암종으로 나타날 수 있다. 간 질환의 발병은 주로 소아 또는 성인에게 영향을 미치는 바이모달인 것으로 보고된다. 소아기 질환은 많은 경우에 자가 제한적이지만 말기의 치명적인 간경변으로 이어질 수 있다. PiZZ 유전자형을 가진 대상체의 최대 약 18%가 소아기에 임상적으로 유의미한 간 이상이 발생할 수 있다고 보고된다. PiZZ 대상체의 약 2%는 소아기 사망에 이르는 심각한 간경변이 발생하는 것으로 보고된다(Sveger 1988; Volpert 2000). 성인 발병 간 질환은 모든 유전자형을 가진 대상체에 영향을 미칠 수 있지만 PiZZ 유전자형을 가진 대상체에서는 더 일찍 나타난다. AIAT 결핍 대상체의 약 2~10%에서 성인 발병 간 질환이 발생하는 것으로 보고된다.
AIAT 결핍증과 관련된 폐 질환은 현재 인간 유래 대체 AIAT 단백질의 정맥내 투여로 치료되지만, 비용이 많이 들고 대상체의 평생 동안 빈번한 주사를 필요로 하는 것 외에도 이 접근법은 부분적으로만 효과적이다. 간세포 암종이 있는 AlAT 결핍 대상체는 현재 화학요법과 수술로 치료받고 있지만 AIAT 결핍증의 잠재적으로 치명적인 간 징후를 예방하기 위한 만족스러운 접근 방식은 없다.
특히, 본 발명은 AIAT 결핍증, 예를 들어 간 및 폐 징후를 비롯한 개선된 치료의 필요성을 인식한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 예를 들어 A 돌연변이를 단백질 번역 중 G로 판독될 수 있는 I로 변환할 수 있는 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물을 제공하여 단백질 번역에 대한 G에서 A로의 돌연변이를 교정함으로써 알파-1 항트립신(AIAT) 결핍증과 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 기술을 제공한다. 특히, 하나 이상의 간세포에서 SERPINA1의 변경은 독성 Z 단백질(Z-AAT)의 생성을 감소 또는 제거함으로써 AIAT 결핍증이 있는 대상체에서 간 질환의 진행을 예방할 수 있다. 특정 구현예에서, Z 단백질 생성은 제공된 기술을 이용함으로써 제거되거나 감소된다. 특정 구현예에서, 질환은 치료를 받지 않은 대상체와 비교하여 치유되거나, 진행되지 않거나, 진행이 지연된다.
특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 기술은 처리된 간세포 중 하나 이상의 생존에 대한 선택적 이점을 제공할 수 있다. 특정 구현예에서, 표적 세포는 변형된다. 일부 구현예에서, 본원의 기술로 처리된 세포는 독성 Z 단백질을 생성하지 않을 수 있다. 일부 구현예에서, 변형되지 않은 병든 세포는 독성 Z 단백질을 생성하고 Z 단백질 미스폴딩에 의해 유도된 소포체(ER) 스트레스에 이차적으로 아폽토시스를 겪을 수 있다. 특정 구현예에서, 제공된 기술을 이용한 처리 후, 처리된 세포는 생존하고, 처리되지 않은 세포는 사멸할 것이다. 이러한 선택적 이점은 대부분이 SERPINA1 교정 세포인 간세포의 궁극적인 콜로니화를 유도할 수 있다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 앓고 있거나 이에 걸리기 쉬운 환자에게 투여되었을 때, 병태, 장애 또는 질환의 적어도 하나의 증상을 감소시킬 수 있고/있거나, 발병, 악화를 지연 또는 예방할 수 있고/있거나, 유전자 또는 유전자 산물 내의 G에서 A로의 돌연변이로 인한 병태, 장애 또는 질환의 적어도 하나의 증상의 악화 속도 및/또는 정도를 감소시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 시스템(예: 세포, 조직, 기관, 동물 등)에서 2개 이상 부위의 편집을 제공할 수 있다("다중 편집"). 일부 구현예에서, 제공된 기술은 동일한 전사체의 2개 이상 부위를 표적화할 수 있고 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 동일한 핵산 또는 상이한 핵산의 2개 이상의 상이한 전사체를 표적화할 수 있고 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 2개 이상의 상이한 핵산의 전사체를 표적화할 수 있고 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 2개 이상의 상이한 유전자의 전사체를 표적화할 수 있고 편집할 수 있다. 일부 구현예에서, 동시에 편집되는 표적 중 각각은 독립적으로 생물학적 및/또는 치료적 관련 수준이다. 일부 구현예에서, 다중 편집에 있어서 하나 이상의 또는 모든 표적은 독립적으로, 유사한 조건에서 개별적으로 수행되는 편집과 유사한 수준으로 편집된다. 일부 구현예에서, 다중 편집은 둘 이상의 개별 조성물을 사용하여 수행되고, 각각은 독립적으로 하나 이상의 표적을 표적화한다. 일부 구현예에서, 조성물들은 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 조성물들은 적절한 간격으로 투여된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 조성물은 하나 이상의 다른 조성물 이전 또는 이후에 투여된다. 일부 구현예에서, 다중 편집은 단일 조성물, 예를 들어 둘 이상의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 사용하여 수행되고, 복수는 상이한 표적을 표적화한다. 일부 구현예에서, 각각의 복수는 독립적으로 상이한 아데노신을 표적화한다. 일부 구현예에서, 각각의 복수는 독립적으로 상이한 전사체를 표적화한다. 일부 구현예에서, 각각의 복수는 독립적으로 상이한 유전자를 표적화한다. 일부 구현예에서, 둘 이상의 복수는 동일한 표적을 표적화할 수 있지만, 복수는 함께 원하는 표적을 표적화한다.
본원에 기재된 바와 같이, 제공된 기술은 많은 이점을 제공할 수 있다. 예를 들어 일부 구현예에서, 제공된 기술은 (예를 들어, 용량 조정을 통해) 가역적이면서 조정가능한 RNA 편집을 제공할 수 있기 때문에, 제공된 기술은 DNA에 작용하는 기술보다 더 안전하다. 추가적으로 그리고 대안적으로, 본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 내인성 ADAR 단백질을 발현하는 시스템에서 높은 수준의 편집을 제공하여 다양한 경우에 외인성 단백질의 도입 요건을 피할 수 있다. 또한, 제공된 기술은 특히 세포 배양 이외의 적용을 위해 많은 다른 기술에서 사용되는 바와 같이 바이러스 벡터 또는 지질 나노입자와 같은 보조 전달 비히클에 의존하는 복잡한 올리고뉴클레오티드를 필요로 하지 않는다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 내인성 ADAR 효소를 사용하여 고효율로 서열 특이적 A-I RNA 편집을 제공할 수 있고, 인공 전달제의 부재하에 다양한 시스템, 예를 들어 세포에 전달될 수 있다.
본 개시내용을 읽은 당업자는 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물이 본 발명에 따른 여러 기술을 사용하여 전달될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 형질감염 또는 리포펙션을 통해 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 형질감염 또는 리포펙션에 사용되는 것과 같은 전달 보조제 없이 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 형질감염 또는 리포펙션을 통해 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 짐노틱 전달로 전달된다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 전달을 촉진할 수 있는 추가의 화학적 모이어티를 포함한다. 예를 들어 일부 구현예에서, 추가의 화학적 모이어티는 수용체(예: 아시알로당단백질 수용체)에 대한 리간드 모이어티(예: N-아세틸갈락토사민(GalNAc))이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 GalNAc 매개 전달을 통해 전달될 수 있다.
특히, 본 발명은 예로서 하기 구현예들을 제공한다.
1.
제1 도메인; 및
제2 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서,
제1 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고,
제2 도메인은 2'-F 변형이 없는 하나 이상의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
2. 하나 이상의 변형 당 및/또는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서, 제1 도메인 및 제2 도메인(각각은 독립적으로 하나 이상의 핵염기를 포함함)을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
3. 구현예 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산 내의 표적 아데노신이 변형되는, 올리고뉴클레오티드.
4. 구현예 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산의 수준이 산물의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 감소되는, 올리고뉴클레오티드.
5. 구현예 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산 또는 이의 산물의 스플라이싱이 올리고뉴클레오티드의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 변경되는, 올리고뉴클레오티드.
6. 구현예 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산의 산물 수준이 산물의 부재 또는 기준 올리고뉴클레오티드의 존재에 비해 변경되는, 올리고뉴클레오티드.
7. 구현예 4 내지 6 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산이 변형되는, 올리고뉴클레오티드.
8. 구현예 3 내지 7 중 어느 한 구현예에 있어서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신이 변형되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화되는, 올리고뉴클레오티드.
9. 구현예 3 내지 7 중 어느 한 구현예에 있어서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신이 이노신으로 대체되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화되는, 올리고뉴클레오티드.
10. 구현예 3 내지 7 중 어느 한 구현예에 있어서, 산물 수준이 증가되고, 산물은 표적 아데노신의 아데닌이 구아닌으로 대체되는 것을 제외하고는 표적 핵산과 동일한 핵산이거나 이에 의해 암호화되는, 올리고뉴클레오티드.
11. 구현예 8 내지 10 중 어느 한 구현예에 있어서, 산물은 단백질인, 올리고뉴클레오티드.
12. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 구아닌으로부터의 돌연변이인, 올리고뉴클레오티드.
13. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 동일한 위치의 구아닌보다 병태, 장애 또는 질환과 더 관련이 있는, 올리고뉴클레오티드.
14. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산과 이중가닥 복합체를 형성할 수 있는 올리고뉴클레오티드.
15. 구현예 3 내지 14 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산 또는 이의 일부는 RNA이거나 RNA를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
16. 구현예 3 내지 15 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 RNA의 것인, 올리고뉴클레오티드.
17. 구현예 3 내지 16 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신이 변형되고, 변형은 표적 아데노신의 탈아미노화이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
18. 구현예 3 내지 17 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신이 변형되고, 변형은 표적 아데노신의 이노신으로의 변환이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
19. 구현예 3 내지 18 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형은 ADAR 단백질에 의해 촉진되는, 올리고뉴클레오티드.
20. 구현예 3 내지 19 중 어느 한 구현예에 있어서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하는 시험관내 또는 생체외 시스템인, 올리고뉴클레오티드.
21. 구현예 3 내지 19 중 어느 한 구현예에 있어서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하거나 발현하는 세포이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
22. 구현예 3 내지 19 중 어느 한 구현예에 있어서, 시스템은 ADAR 단백질을 포함하거나 발현하는 세포를 포함하는 대상체인, 올리고뉴클레오티드.
23. 구현예 19 내지 22 중 어느 한 구현예에 있어서 ADAR 단백질은 ADAR1인, 올리고뉴클레오티드.
24. 구현예 19 내지 22 중 어느 한 구현예에 있어서 ADAR 단백질은 ADAR2인, 올리고뉴클레오티드.
25. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 약 10~200개(예를 들어, 약 10~20, 10~30, 10~40, 10~50, 10~60, 10~70, 10~80, 10~90, 10~100, 10~120, 10~150, 20~30, 20~40, 20~50, 20~60, 20~70, 20~80, 20~90, 20~100, 20~120, 20~150, 20~200, 25~30, 25~40, 25~50, 25~60, 25~70, 25~80, 25~90, 25~100, 25~120, 25~150, 25~200, 30~40, 30~50, 30~60, 30~70, 30~80, 30~90, 30~100, 30~120, 30~150, 30~200, 10, 20, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 60개 등) 핵염기의 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드.
26. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 약 26~35개 핵염기의 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드.
27. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 약 29~35개 핵염기의 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드.
28. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 있는 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
29. 구현예 28에 있어서, 하나 이상의 불일치는 독립적으로 워블 염기쌍인, 올리고뉴클레오티드.
30. 구현예 28 또는 29에 있어서, 상보성은 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)인, 올리고뉴클레오티드.
31. 구현예 28 또는 29에 있어서, 상보성은 약 90%~100% 또는 약 95%~100%인, 올리고뉴클레오티드.
32. 구현예 28 또는 29에 있어서, 상보성은 100%인, 올리고뉴클레오티드.
33. 구현예 28 또는 29에 있어서, 상보성은 표적 뉴클레오시드(예: 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드를 제외하고 100%인, 올리고뉴클레오티드.
34. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인과 제2 도메인으로 구성된 올리고뉴클레오티드.
35. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 약 2~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
36. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 약 10~25개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
37. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 약 15개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
38. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
39. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 2개 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
40. 구현예 1 내지 35 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 하나 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
41. 구현예 1 내지 35 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
42. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
43. 구현예 42에 있어서, 각각의 벌지는 독립적으로 Watson-Crick 또는 워블 쌍이 아닌 하나 이상의 염기쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
44. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
45. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 2개 이상의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
46. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 도메인은 2개 이하의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
47. 구현예 1 내지 35 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
48. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-F 변형이 있는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
49. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
50. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
51. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-OMe를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
52. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-OMe를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
53. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-OR을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
54. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-OR을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
55. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 1%~95%(예를 들어, 최대 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 등)는 2'-OR을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
56. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 최대 약 50%는 2'-OR을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
57. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-OR 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
58. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-MOE 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
59. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-OMe 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
60. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 5'-말단으로부터 처음 약 1~5개, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 당은 독립적으로 2'-OR 변형 당인(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
61. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 5'-말단으로부터 처음 약 1~5개, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 당은 독립적으로 2'-MOE 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
62. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
63. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
64. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 LNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
65. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
66. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-F 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
67. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
68. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
69. 구현예 1 내지 56 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 당은 2'-OR을 포함하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
70. 구현예 1 내지 56 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 당은 2'-OMe를 포함하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
71. 구현예 1 내지 56 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 당은 2'-OR을 포함하지 않는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
72. 구현예 1 내지 56 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 각각의 당은 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
73. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
74. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
75. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
76. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
77. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
78. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
79. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
80. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 음으로 하전되지 않은 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
81. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
82. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
83. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
84. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
85. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
86. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
87. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
88. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
89. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
90. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
91. 구현예 1 내지 89 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
92. 구현예 1 내지 89 및 91 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
93. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
94. 구현예 1 내지 92 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
95. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 표적 핵산에 대한 ADAR 단백질의 보충을 가능하게 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
96. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 표적 핵산과 ADAR의 상호작용을 가능하게 하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
97. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 ADAR의 RNA 결합 도메인(RBD)과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
98. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 ADAR의 제2 RBD 도메인과 실질적으로 접촉하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
99. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 도메인은 ADAR의, 디아미나제 활성을 갖는 촉매 도메인과 실질적으로 접촉하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
100. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 2~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
101. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 1~7개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
102. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 5~15개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
103. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 10~25개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
104. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 15개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
105. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
106. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 2개 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
107. 구현예 1 내지 100 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 하나 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
108. 구현예 1 내지 100 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
109. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
110. 구현예 109에 있어서, 각각의 벌지는 독립적으로 Watson-Crick 또는 워블 쌍이 아닌 하나 이상의 염기쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
111. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
112. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 2개 이상의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
113. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 2개 이하의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
114. 구현예 1 내지 100 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
115. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
116. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 U이거나, U의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
117. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 U인, 올리고뉴클레오티드.
118. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 C이거나, C의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
119. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 C인, 올리고뉴클레오티드.
120. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 A이거나, A의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
121. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 A인, 올리고뉴클레오티드.
122. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 슈도이소시토신의 핵염기이거나, 슈도이소시토신의 핵염기의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
123. 구현예 115에 있어서, 반대편 핵염기는 슈도이소시토신의 핵염기인, 올리고뉴클레오티드.
124. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 핵염기 BA를 포함하고, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리인, 올리고뉴클레오티드.
125. 핵염기 BA를 포함하는 올리고뉴클레오티드로서, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리인, 올리고뉴클레오티드.
126. 구현예 115에 있어서, 핵염기는 BA이고, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리인, 올리고뉴클레오티드.
127. 구현예 124 내지 126 중 어느 한 구현예에 있어서, BA는 U에 비해 아데노신의 표적 아데닌과 더 약한 수소 결합을 갖는, 올리고뉴클레오티드.
128. 구현예 124 내지 127 중 어느 한 구현예에 있어서, BA는 U에 비해 아데노신의 표적 아데닌과 더 적은 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
129. 구현예 124 내지 128 중 어느 한 구현예에 있어서, BA는 ADAR의 하나 이상의 아미노산 잔기와 하나 이상의 수소 결합을 형성하고 잔기는 표적 아데노신의 반대편 U와 하나 이상의 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
130. 구현예 124 내지 129 중 어느 한 구현예에 있어서, BA는 표적 아데노신의 반대편 U와 하나 이상의 수소 결합을 형성하는 ADAR의 각각의 아미노산 잔기와 하나 이상의 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
131. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00396
X2
Figure pct00397
X3
Figure pct00398
를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
132. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00399
X2
Figure pct00400
X3
Figure pct00401
X4
Figure pct00402
를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
133. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 -X1(
Figure pct00403
)
Figure pct00404
X2
Figure pct00405
X3
Figure pct00406
를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
134. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 -X1(
Figure pct00407
)
Figure pct00408
X2
Figure pct00409
X3
Figure pct00410
X4
Figure pct00411
를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
135. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-I의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
136. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-I-a의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
137. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-I-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
138. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-II의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
139. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-II-a의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
140. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-II-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
141. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-III의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
142. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-III-a의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
143. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-III-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
144. 구현예 124 내지 143 중 어느 한 구현예에 있어서, X1, X2, X3, X4, X5, X6, X1', X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환되는, 올리고뉴클레오티드.
145. 구현예 131 내지 144 중 어느 한 구현예에 있어서, X1은 -N(-)-인, 올리고뉴클레오티드.
146. 구현예 131 내지 144 중 어느 한 구현예에 있어서, X1은 -C(-)=인, 올리고뉴클레오티드.
147. 구현예 131 내지 146 중 어느 한 구현예에 있어서, X2는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
148. 구현예 131 내지 147 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 -NR'-인, 올리고뉴클레오티드.
149. 구현예 131 내지 148 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 임의로 치환된 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
150. 구현예 131 내지 148 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
151. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(RB4)=, -C(-N(RB4)2)=, -C(RB4)2-, 또는 -C(=NRB4)-인, 올리고뉴클레오티드.
152. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(RB4)=인, 올리고뉴클레오티드.
153. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
154. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
155. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(-N(RB4)2)=인, 올리고뉴클레오티드.
156. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 임의로 치환된 -C(-NH2)=인, 올리고뉴클레오티드.
157. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(-NH2)=인, 올리고뉴클레오티드.
158. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(-N=CHNR2)=인, 올리고뉴클레오티드.
159. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(-N=CHN(CH3)2)=인, 올리고뉴클레오티드.
160. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(-NHR')=인, 올리고뉴클레오티드.
161. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(RB4)2-인, 올리고뉴클레오티드.
162. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 임의로 치환된 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
163. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
164. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 임의로 치환된 -C(=NH)-인, 올리고뉴클레오티드.
165. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(=NRB4)-인, 올리고뉴클레오티드.
166. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(O)=이고, 산소 원자는 U에서의 상응하는 -C(O)-보다 더 약한 수소 결합 수용체를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
167. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(O)=이고, 산소 원자는 분자내 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
168. 구현예 131 내지 150 중 어느 한 구현예에 있어서, X4는 -C(O)=이고, 산소 원자는 동일한 핵염기 내의 수소와 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
169. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -C(RB5)2-인, 올리고뉴클레오티드.
170. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 임의로 치환된 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
171. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
172. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -C(RB5)=인, 올리고뉴클레오티드.
173. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 임의로 치환된 -C(-NO2)=인, 올리고뉴클레오티드.
174. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
175. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
176. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -C(-LB5-RB51)=이고, RB51은 -R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'인, 올리고뉴클레오티드.
177. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -C(-LB5-RB51)=이고, RB51은 -N(R')2, -OR', 또는 -SR'인, 올리고뉴클레오티드.
178. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 C(-LB5-RB51)=이고, RB51은 -NHR'인, 올리고뉴클레오티드.
179. 구현예 176 내지 178 중 어느 한 구현예에 있어서, LB5는 -C(O)이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
180. 구현예 138 내지 168 중 어느 한 구현예에 있어서, X5는 -N=인, 올리고뉴클레오티드.
181. 구현예 178 또는 179에 있어서, X4는 -C(O)=이고, 산소 원자는 RB51에서의 -NHR', -OH 또는 -SH의 수소와 수소 결합을 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
182. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-IV의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
183. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-IV-a의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
184. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-IV-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
185. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-V의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
186. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-V-a의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
187. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-V-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
188. 구현예 124 내지 134 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-VI의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
189. 구현예 182 내지 188 중 어느 한 구현예에 있어서, X1, X2, X3, X4, X5, X6, X1', X2', X3', X4', X5', X6', 및 X7' 각각은 -CH=, -C(OH)=, -C(-NH2)=, -CH2-, -C(=NH)-, 또는 -NH-인 경우 독립적으로 그리고 임의로 치환되는, 올리고뉴클레오티드.
190. 구현예 182 내지 189 중 어느 한 구현예에 있어서, X1은 -N(-)-인, 올리고뉴클레오티드.
191. 구현예 182 내지 189 중 어느 한 구현예에 있어서, X1은 -C(-)=인, 올리고뉴클레오티드.
192. 구현예 182 내지 191 중 어느 한 구현예에 있어서, X2는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
193. 구현예 182 내지 191 중 어느 한 구현예에 있어서, X2는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
194. 구현예 182 내지 191 중 어느 한 구현예에 있어서, X2는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
195. 구현예 182 내지 194 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 -NR'-인, 올리고뉴클레오티드.
196. 구현예 182 내지 194 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 임의로 치환된 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
197. 구현예 182 내지 194 중 어느 한 구현예에 있어서, X3는 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
198. 구현예 182 내지 197 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BAA는 5원인, 올리고뉴클레오티드.
199. 구현예 182 내지 197 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BAA는 6원인, 올리고뉴클레오티드.
200. 구현예 182 내지 199 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BAA는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 고리인, 올리고뉴클레오티드.
201. 구현예 200에 있어서, 헤테로원자는 질소인, 올리고뉴클레오티드.
202. 구현예 200 또는 201에 있어서, 고리 BAA는 2개의 질소를 함유하는, 올리고뉴클레오티드.
203. 구현예 200 또는 201에 있어서, 헤테로원자는 산소인, 올리고뉴클레오티드.
204. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 -C(RB6)=, -C(ORB6)=, -C(RB6)2-, 또는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
205. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 -C(R)=, -C(R)2-, 또는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
206. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
207. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
208. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 임의로 치환된 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
209. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
210. 구현예 141 내지 203 중 어느 한 구현예에 있어서, X6는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
211. 구현예 115 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00412
X4'
Figure pct00413
X5'
Figure pct00414
를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
212. 구현예 124 내지 130 또는 211 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 화학식 BA-VI의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
213. 구현예 211에 있어서, X1'은 -N(-)-인, 올리고뉴클레오티드.
214. 구현 211에 있어서, X1'은 -C(-)=인, 올리고뉴클레오티드.
215. 구현예 211 내지 214 중 어느 한 구현예에 있어서, X2'는 -C(O)-인, 올리고뉴클레오티드.
216. 구현예 211 내지 214 중 어느 한 구현예에 있어서, X2'는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
217. 구현예 211 내지 214 중 어느 한 구현예에 있어서, X2'는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
218. 구현예 211 내지 214 중 어느 한 구현예에 있어서, X2'는 -C(-)=인, 올리고뉴클레오티드.
219. 구현예 211 내지 217 중 어느 한 구현예에 있어서, X3'는 -NR'-인, 올리고뉴클레오티드.
220. 구현예 211 내지 217 중 어느 한 구현예에 있어서, X3'는 임의로 치환된 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
221. 구현예 211 내지 217 중 어느 한 구현예에 있어서, X3'는 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
222. 구현예 211 내지 217 중 어느 한 구현예에 있어서, X3'는 -N=인, 올리고뉴클레오티드.
223. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(O)=인, 올리고뉴클레오티드.
224. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(ORB4')=인, 올리고뉴클레오티드.
225. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(RB4')=인, 올리고뉴클레오티드.
226. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
227. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
228. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(-N(RB4')2)=인, 올리고뉴클레오티드.
229. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 임의로 치환된 -C(-NH2)=인, 올리고뉴클레오티드.
230. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(-NH2)=인, 올리고뉴클레오티드.
231. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(-N=CHN(CH3)2)=인, 올리고뉴클레오티드.
232. 구현예 211 내지 222 중 어느 한 구현예에 있어서, X4'는 -C(-NC(O)R')=인, 올리고뉴클레오티드.
233. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 임의로 치환된 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
234. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
235. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 -N=인, 올리고뉴클레오티드.
236. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 -C(RB5')=인, 올리고뉴클레오티드.
237. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
238. 구현예 211 내지 232 중 어느 한 구현예에 있어서, X5'는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
239. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 -C(RB6')=인, 올리고뉴클레오티드.
240. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
241. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
242. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 -C(O)=인, 올리고뉴클레오티드.
243. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 -C(ORB6')=인, 올리고뉴클레오티드.
244. 구현예 211 내지 238 중 어느 한 구현예에 있어서, X6'는 -C(OR')=인, 올리고뉴클레오티드.
245. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 -C(RB7')=인, 올리고뉴클레오티드.
246. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 임의로 치환된 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
247. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 -CH=인, 올리고뉴클레오티드.
248. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 임의로 치환된 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
249. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 -NH-인, 올리고뉴클레오티드.
250. 구현예 211 내지 244 중 어느 한 구현예에 있어서, X7'은 -N=인, 올리고뉴클레오티드.
251. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00415
인, 올리고뉴클레오티드.
252. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00416
인, 올리고뉴클레오티드.
253. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00417
인, 올리고뉴클레오티드.
254. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00418
이고, R'은 -C(O)R인, 올리고뉴클레오티드.
255. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00419
이고, R'은 -C(O)Ph인, 올리고뉴클레오티드.
256. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00420
인, 올리고뉴클레오티드.
257. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00421
인, 올리고뉴클레오티드.
258. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00422
인, 올리고뉴클레오티드.
259. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00423
인, 올리고뉴클레오티드.
260. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00424
인, 올리고뉴클레오티드.
261. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00425
인, 올리고뉴클레오티드.
262. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00426
인, 올리고뉴클레오티드.
263. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00427
인, 올리고뉴클레오티드.
264. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00428
인, 올리고뉴클레오티드.
265. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00429
인, 올리고뉴클레오티드.
266. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00430
인, 올리고뉴클레오티드.
267. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00431
인, 올리고뉴클레오티드.
268. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00432
인, 올리고뉴클레오티드.
269. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00433
인, 올리고뉴클레오티드.
270. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00434
인, 올리고뉴클레오티드.
271. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00435
인, 올리고뉴클레오티드.
272. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00436
인, 올리고뉴클레오티드.
273. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00437
인, 올리고뉴클레오티드.
274. 구현예 124 내지 130 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는
Figure pct00438
인, 올리고뉴클레오티드.
275. 구현예 124 내지 274 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 고리 BA 또는 이의 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
276. 구현예 124 내지 274 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 치환된 고리 BA 또는 이의 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
277. 구현예 124 내지 274 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 임의로 치환된 고리 BA 또는 이의 호변이성체이고, 각각의 고리 -CH=, -CH2-, 및 -NH-는 임의로 그리고 독립적으로 치환되는, 올리고뉴클레오티드.
278. 구현예 124 내지 274 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 임의로 치환된 고리 BA 또는 이의 호변이성체이고, 각각의 고리 -CH= 및 -CH2-는 임의로 그리고 독립적으로 치환되는, 올리고뉴클레오티드.
279. 구현예 124 내지 274 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 임의로 치환된 고리 BA 또는 이의 호변이성체이고, 각각의 고리 -CH=는 임의로 그리고 독립적으로 치환되는, 올리고뉴클레오티드.
280. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
281. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
282. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
283. 구현예 120 내지 282 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
284. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-F 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
285. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-OR 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
286. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-OMe 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
287. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
288. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
289. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 LNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
290. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
291. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-F 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
292. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
293. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
294. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
295. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
296. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
297. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
298. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
299. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
300. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
301. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 음으로 하전되지 않은 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
302. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
303. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
304. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
305. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
306. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
307. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
308. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
309. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
310. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp이거나, 제2 도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
311. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
312. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
313. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
314. 구현예 1 내지 312 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
315. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 표적 핵산에 대한 ADAR 단백질의 보충을 가능하게 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
316. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 표적 핵산과 ADAR의 상호작용을 가능하게 하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
317. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 효소 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
318. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
319. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
320. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성되는, 올리고뉴클레오티드.
321. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인으로 구성되는, 올리고뉴클레오티드.
322. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
323. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 약 10-20개(예를 들어, 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
324. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
325. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 2개 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
326. 구현예 1 내지 324 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 하나 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
327. 구현예 1 내지 324 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
328. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
329. 구현예 328에 있어서, 각각의 벌지는 독립적으로 Watson-Crick 또는 워블 쌍이 아닌 하나 이상의 염기쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
330. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
331. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 2개 이상의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
332. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제1 서브도메인은 2개 이하의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
333. 구현예 1 내지 322 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
334. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
335. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
336. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
337. 구현예 334 내지 336 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 독립적으로 선택되는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
338. 구현예 334 내지 336 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는 변형 당인(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
339. 구현예 334 내지 336 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는 변형 당인(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
340. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
341. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
342. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 LNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
343. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
344. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-F 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
345. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
346. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
347. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-OR 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
348. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 2'-OMe 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
349. 구현예 320 내지 339 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
350. 구현예 349에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
351. 구현예 349에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
352. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 약 3~8개 핵염기의 길이를 갖는 5'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
353. 구현예 352에 있어서, 5'-말단부는 약 3~6개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
354. 구현예 352 또는 353에 있어서, 5'-말단부는 제1 서브도메인의 5'-말단 핵염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
355. 구현예 352 내지 354 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 당 중 하나 이상은 독립적으로 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
356. 구현예 355에 있어서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
357. 구현예 355에 있어서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OR을 포함하는(R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
358. 구현예 355에 있어서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F 또는 2'-OMe인, 올리고뉴클레오티드.
359. 구현예 352 내지 358 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 하나 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
360. 구현예 352 내지 359 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 하나 이상의 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
361. 구현예 352 내지 360 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
362. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 약 3~8개 핵염기의 길이를 갖는 3'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
363. 구현예 362에 있어서, 3'-말단부는 약 1~3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
364. 구현예 362 또는 363에 있어서, 3'-말단부는 제1 서브도메인의 3'-말단 핵염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
365. 구현예 362 내지 364 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 당 중 하나 이상은 독립적으로 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
366. 구현예 365에 있어서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
367. 구현예 365에 있어서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
368. 구현예 365 내지 367 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 당은 2'-OMe를 포함하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
369. 구현예 362 내지 368 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 각각의 당은 독립적으로 2개의 2'-H 또는 2'-F 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
370. 구현예 352 내지 358 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 하나 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
371. 구현예 352 내지 359 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 하나 이상의 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
372. 구현예 352 내지 360 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
373. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
374. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
375. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
376. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
377. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
378. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
379. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
380. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
381. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
382. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
383. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
384. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
385. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
386. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
387. 구현예 1 내지 386 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
388. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
389. 구현예 1 내지 387 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
390. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 표적 핵산에 대한 ADAR 단백질의 보충을 가능하게 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
391. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 표적 핵산과 ADAR의 상호작용을 가능하게 하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
392. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 효소 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
393. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
394. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
395. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 약 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
396. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 약 1~5개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 또는 5개) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
397. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 약 1, 2, 또는 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
398. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
399. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
400. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 도메인은 표적 아데노신의 반대편 하나 이하의 뉴클레오시드를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
401. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
402. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 2개 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
403. 구현예 1 내지 401 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 하나 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
404. 구현예 1 내지 401 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
405. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
406. 구현예 405에 있어서, 각각의 벌지는 독립적으로 Watson-Crick 또는 워블 쌍이 아닌 하나 이상의 염기쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
407. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
408. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 2개 이상의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
409. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 서브도메인은 2개 이하의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
410. 구현예 1 내지 400 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
411. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 DNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
412. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상의 당(예: 천연 RNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
413. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 약 1~10개(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
414. 구현예 413에 있어서, 각각의 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
415. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 2'-OMe 변형을 포함하는 변형 당을 포함하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
416. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)을 포함하는 변형 당을 포함하지 않는, 올리고뉴클레오티드.
417. 구현예 413에 있어서, 각각의 2'-변형 당은 2'-F 변형을 포함하는 당인, 올리고뉴클레오티드.
418. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 비환형 당(예: UNA 당)인, 올리고뉴클레오티드.
419. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 2개의 2'-H를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
420. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 2'-OH를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
421. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
422. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
423. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
424. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2개의 2'-H를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
425. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2'-OH를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
426. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
427. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
428. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 2개의 2'-H를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
429. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 2'-OH를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
430. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
431. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
432. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 각각의 당, 즉 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당), 및 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 독립적으로 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
433. 구현예 1 내지 416 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 천연 DNA 당이고, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2'-F 변형 당이고, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
434. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 반대편 뉴클레오시드의 5'측에 연결된 5'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
435. 구현예 431에 있어서, 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 5'-말단부는 하나 이상의 불일치 또는 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
436. 구현예 431 또는 435에 있어서, 5'-말단부는 1, 2 또는 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
437. 구현예 431 내지 436 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 당은 2개의 2'-H를 갖는 당(예: 천연 DNA 당) 및 2'-F 변형 당으로부터 선택되는, 올리고뉴클레오티드.
438. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 반대편 뉴클레오시드의 3'측에 연결된 3'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
439. 구현예 438에 있어서, 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 3'-말단부는 하나 이상의 불일치 또는 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
440. 구현예 438에 있어서, 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 3'-말단부는 하나 이상의 불일치 및/또는 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
441. 구현예 438에 있어서, 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 3'-말단부는 하나 이상의 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
442. 구현예 438에 있어서, 3'-말단부는 I 또는 이의 유도체를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
443. 구현예 438에 있어서, 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 3'-말단부는 I 및 I-C 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
444. 구현예 438 내지 443 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 1, 2 또는 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
445. 구현예 438 내지 444 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 당은 2개의 2'-H를 갖는 당(예: 천연 DNA 당) 및 2'-F 변형 당으로부터 선택되는, 올리고뉴클레오티드.
446. 구현예 438 내지 444 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 당은 2개의 2'-H를 갖는 당(예: 천연 DNA 당)인, 올리고뉴클레오티드.
447. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 약 1~10개(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
448. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
449. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
450. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
451. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
452. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
453. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
454. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
455. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
456. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
457. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
458. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
459. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
460. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
461. 구현예 1 내지 459 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
462. 구현예 1 내지 459 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 5' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
463. 구현예 1 내지 461 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 5' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
464. 구현예 1 내지 463 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
465. 구현예 1 내지 464 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드(0번 위치)에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-1번 위치)는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-2번 위치)에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
466. 구현예 463 내지 465 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
467. 구현예 463 내지 466 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
468. 구현예 463 내지 466 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
469. 구현예 463 내지 466 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
470. 구현예 466 내지 469 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
471. 구현예 466 내지 470 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
472. 구현예 466 내지 470 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
473. 구현예 462 내지 472 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드는 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
474. 구현예 462 내지 472 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드는 2'-F 변형을 포함하는 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
475. 구현예 462 내지 472 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드는 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
476. 구현예 1 내지 459 및 461 내지 475 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드는 천연 포스페이트 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
477. 구현예 1 내지 459 및 461 내지 475 중 어느 한 구현예에 있어서, 반대편 뉴클레오시드는 변형 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
478. 구현예 477에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
479. 구현예 477 또는 478에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
480. 구현예 477 또는 478에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
481. 구현예 477 또는 478에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 하전 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
482. 구현예 478 내지 481 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
483. 구현예 478 내지 482 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
484. 구현예 478 내지 482 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
485. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
486. 구현예 484에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 2'-F 변형을 포함하는 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
487. 구현예 484에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 2개의 2'-H를 포함하는 당(예: 천연 DNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
488. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 G가 아닌 염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
489. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 G보다 덜 입체적인 염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
490. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 화학식 BA-VI의 구조를 갖는 고리 BA이거나 이를 포함하는 핵염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
491. 구현예 488 내지 490 중 어느 한 구현예에 있어서, 고리 BA는 구현예 213 내지 279 중 어느 한 구현예의 고리 BA인, 올리고뉴클레오티드.
492. 구현예 488 내지 491 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는
Figure pct00439
인, 올리고뉴클레오티드.
493. 구현예 488 내지 491 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는
Figure pct00440
인, 올리고뉴클레오티드.
494. 구현예 488 내지 491 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵염기는 하이포잔틴인, 올리고뉴클레오티드.
495. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산은 5'-CA-3'를 포함하고, A는 표적 아데노신인, 올리고뉴클레오티드.
496. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00441
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
497. 구현예 1 내지 495 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00442
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
498. 구현예 1 내지 495 중 어느 한 구현예에 있어서, 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00443
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
499. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00444
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
500. 구현예 1 내지 498 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00445
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
501. 구현예 1 내지 498 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00446
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
502. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00447
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
503. 구현예 1 내지 501 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00448
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
504. 구현예 1 내지 501 중 어느 한 구현예에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당은
Figure pct00449
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
505. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 표적 핵산에 대한 ADAR 단백질의 보충을 가능하게 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
506. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 표적 핵산과 ADAR의 상호작용을 가능하게 하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
507. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 효소 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
508. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
509. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
510. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
511. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~10개(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개) 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
512. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
513. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 2개 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
514. 구현예 1 내지 512 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 하나 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
515. 구현예 1 내지 512 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 2개 이하의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
516. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 벌지를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
517. 구현예 516에 있어서, 각각의 벌지는 독립적으로 Watson-Crick 또는 워블 쌍이 아닌 하나 이상의 염기쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
518. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
519. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 2개 이상의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
520. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제3 서브도메인은 2개 이하의 워블 쌍을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
521. 구현예 1 내지 511 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 표적 핵산에 완전히 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
522. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-F가 아닌 변형을 독립적으로 갖는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
523. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
524. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
525. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 독립적으로 선택되는 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
526. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는 변형 당인(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
527. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는 변형 당인(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
528. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-N(R)2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(각각의 R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
529. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-NH2 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
530. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 LNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
531. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 비환형 당(예: UNA 당)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
532. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-F 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
533. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-OH를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
534. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2개의 2'-H를 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
535. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-OR 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
536. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 2'-OMe 변형을 포함하는 하나 이상(예를 들어, 약 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 등)의 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
537. 구현예 1 내지 527 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
538. 구현예 537에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형(LB는 임의로 치환된 -CH2-임)을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
539. 구현예 537에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
540. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~8개 핵염기의 길이를 갖는 5'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
541. 구현예 540에 있어서, 5'-말단부는 약 1, 2, 또는 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
542. 구현예 540 또는 541에 있어서, 5'-말단부는 제2 서브도메인에 결합되는, 올리고뉴클레오티드.
543. 구현예 540 내지 542 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 당 중 하나 이상은 독립적으로 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
544. 구현예 543에 있어서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
545. 구현예 543에 있어서, 변형 당 중 하나 이상은 독립적으로 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
546. 구현예 540 내지 542 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 하나 이상의 당은 독립적으로 2개의 2'-H를 포함하는(예: 천연 DNA 당), 올리고뉴클레오티드.
547. 구현예 540 내지 546 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 하나 이상의 당은 독립적으로 2'-OH를 포함하는(예: 천연 RNA 당), 올리고뉴클레오티드.
548. 구현예 540 내지 542 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 당은 독립적으로 2개의 2'-H를 포함하거나(예: 천연 DNA 당) 2'-OH를 포함하는(예: 천연 RNA 당), 올리고뉴클레오티드.
549. 구현예 540 내지 542 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부의 당은 독립적으로 천연 DNA 또는 RNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
550. 구현예 540 내지 549 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 하나 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
551. 구현예 540 내지 550 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 하나 이상의 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
552. 구현예 540 내지 551 중 어느 한 구현예에 있어서, 5'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
553. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~8개 핵염기의 길이를 갖는 3'-말단부를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
554. 구현예 553에 있어서, 3'-말단부는 약 1, 2, 3, 또는 4개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
555. 구현예 553 또는 554에 있어서, 3'-말단부는 제3 서브도메인의 3'-말단 핵염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
556. 구현예 553 내지 555 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 당 중 하나 이상은 독립적으로 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
557. 구현예 556에 있어서, 변형 당은 독립적으로 이환 당(예: LNA 당), 비환형 당(예: UNA 당), 2'-OR 변형이 있는 당, 또는 2'-N(R)2 변형이 있는 당으로부터 선택되는(각각의 R은 독립적으로 임의로 치환된 C1-6 지방족임), 올리고뉴클레오티드.
558. 구현예 556 내지 557 중 어느 한 구현예에 있어서, 하나 이상의 변형 당은 독립적으로 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
559. 구현예 556 또는 557에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90%, 또는 95%의 당은 독립적으로 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
560. 구현예 556 내지 559 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부의 하나 이상의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
561. 구현예 560에 있어서, 3'-말단부의 각각의 당은 독립적으로 2'-OR 변형(R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임) 또는 2'-O-LB-4' 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
562. 구현예 560 또는 561에 있어서, LB는 임의로 치환된 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
563. 구현예 560 또는 561에 있어서, LB는 -CH2-인, 올리고뉴클레오티드.
564. 구현예 560에 있어서, 3'-말단부의 각각의 당은 독립적으로 2'-OMe를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
565. 구현예 553 내지 564 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 하나 이상의 불일치를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
566. 구현예 553 내지 565 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 하나 이상의 워블을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
567. 구현예 553 내지 566 중 어느 한 구현예에 있어서, 3'-말단부는 표적 핵산에 대해 약 60~100%(예를 들어, 66%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상) 상보적인, 올리고뉴클레오티드.
568. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
569. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
570. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
571. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
572. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
573. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
574. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
575. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
576. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
577. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
578. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
579. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 적어도 약 1~50개(예를 들어, 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 내지 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개, 또는 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 40 또는 50개 등, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
580. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 5%~100%(예를 들어, 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)는 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
581. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
582. 구현예 1 내지 580 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
583. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제2 서브도메인의 마지막 뉴클레오시드와 제3 서브도메인의 첫 번째 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
584. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, -2번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
585. 구현예 583 또는 584에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
586. 구현예 585에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
587. 구현예 585에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
588. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인에 있는 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
589. 구현예 1 내지 587 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
590. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 표적 핵산에 대한 ADAR 단백질의 보충을 가능하게 하거나, 보충을 촉진하거나, 보충에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
591. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 표적 핵산과 ADAR의 상호작용을 가능하게 하거나, 상호작용을 촉진하거나, 상호작용에 기여하는, 올리고뉴클레오티드.
592. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 효소 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
593. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 ADAR1의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
594. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제3 서브도메인은 ADAR2의 디아미나제 활성을 갖는 도메인과 접촉하는, 올리고뉴클레오티드.
595. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 워블 염기쌍은 독립적으로 G-U, I-A, G-A, I-U, I-C, I-T, A-A, 또는 역 A-T인, 올리고뉴클레오티드.
596. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 워블 염기쌍은 독립적으로 G-U, I-A, G-A, I-U, 또는 I-C인, 올리고뉴클레오티드.
597. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 환형 당 또는 각각의 당은 독립적으로 임의로 치환된
Figure pct00450
인, 올리고뉴클레오티드.
598. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 환형 당 또는 각각의 당은 독립적으로
Figure pct00451
의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
599. 구현예 598에 있어서, R2s 및 R4s가 H인 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
600. 구현예 598 또는 599에 있어서, R2s가 -OR이고 R4s가 H인 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
601. 구현예 598 내지 600 중 어느 한 구현예에 있어서, R2s가 -OR이고(R은 임의로 치환된 C1-4 알킬임) R4s가 H인 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
602. 구현예 598 내지 601 중 어느 한 구현예에 있어서, R2s가 -OMe이고 R4s가 H인 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
603. 구현예 598 내지 602 중 어느 한 구현예에 있어서, R2s가 -F이고 R4s가 H인 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
604. 구현예 598 내지 603 중 어느 한 구현예에 있어서, R4s와 R2s가 임의로 치환된 2'-O-CH2-4'의 구조를 갖는 가교체를 형성하는 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
605. 구현예 598 내지 603 중 어느 한 구현예에 있어서, R4s와 R2s가 2'-O-CH2-4'의 구조를 갖는 가교체를 형성하는 하나 이상의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
606. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
607. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
608. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 탄수화물 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
609. 구현예 604 내지 608 중 어느 한 구현예에 있어서, 모이어티는 아시알로당단백질 수용체에 대한 리간드이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
610. 구현예 604 내지 609 중 어느 한 구현예에 있어서, 모이어티는 GalNAc 또는 이의 유도체이거나 GalNAc 또는 이의 유도체를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
611. 구현예 604 내지 610 중 어느 한 구현예에 있어서, 모이어티는 임의로 치환된
Figure pct00452
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
612. 구현예 604 내지 610 중 어느 한 구현예에 있어서, 모이어티는 임의로 치환된
Figure pct00453
이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
613. 구현예 604 내지 612 중 어느 한 구현예에 있어서, 모이어티는 링커를 통해 올리고뉴클레오티드 사슬에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
614. 구현예 613에 있어서, 링커는 L001이거나 이를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
615. 구현예 499에 있어서, L001은 포스페이트기를 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 5'-탄소에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
616. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 염 형태인 올리고뉴클레오티드.
617. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 제약상 허용되는 염 형태인 올리고뉴클레오티드.
618. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 나트륨염 형태인 올리고뉴클레오티드.
619. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 암모늄염 형태인 올리고뉴클레오티드.
620. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 존재하는 경우 적어도 하나 또는 각각의 중성 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001인, 올리고뉴클레오티드.
621. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 존재하는 경우 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 n001인, 올리고뉴클레오티드.
622. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 최대 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 뉴클레오시드가 존재하는, 올리고뉴클레오티드.
623. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 최대 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 뉴클레오시드가 존재하고, 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로 임의로 치환된 A, T, C, G, U, 또는 이의 호변이성체인, 올리고뉴클레오티드.
624. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%)는 각각 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
625. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%)는 각각 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
626. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결인, 올리고뉴클레오티드.
627. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
628. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
629. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드와 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-1번 위치로 간주) 사이의 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
630. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드와 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-1번 위치로 간주) 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
631. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드와 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-1번 위치로 간주) 사이의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
632. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 당의 3'-위치(-1번 위치로 간주)에서 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고, 임의로 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 유일한 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
633. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 당의 3'-위치(-1번 위치로 간주)에서 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
634. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 당의 3'-위치(-1번 위치로 간주)에서 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
635. 구현예 1 내지 628 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드의 3' 방향 인접 뉴클레오시드와 그 다음 3' 방향 인접 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, N0가 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드를 나타내는, 5'-…N0N-1N-2…-3'의 N-1과 N-2 사이의 -2번 위치)은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
636. 구현예 635에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위인, 올리고뉴클레오티드.
637. 구현예 635에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
638. 구현예 635에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
639. 구현예 635에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp인, 올리고뉴클레오티드.
640. 구현예 635 내지 639 중 어느 한 구현예에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 올리고뉴클레오티드.
641. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 첫 번째 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
642. 구현예 641에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위인, 올리고뉴클레오티드.
643. 구현예 641에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
644. 구현예 641에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
645. 구현예 641에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp.인, 올리고뉴클레오티드.
646. 구현예 641 내지 645 중 어느 한 구현예에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 올리고뉴클레오티드.
647. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 마지막 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
648. 구현예 647에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위인, 올리고뉴클레오티드.
649. 구현예 647에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
650. 구현예 647에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
651. 구현예 647에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 Rp.인, 올리고뉴클레오티드.
652. 구현예 647 내지 651 중 어느 한 구현예에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 올리고뉴클레오티드.
653. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -3번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아닌, 올리고뉴클레오티드.
654. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -6번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아닌, 올리고뉴클레오티드.
655. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 -4 및/또는 -5번 위치의 뉴클레오티드간 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
656. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드는 5'-말단으로부터 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30번 이상의 위치에 있는, 올리고뉴클레오티드.
657. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드는 3'-말단으로부터 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30번 이상의 위치에 있는, 올리고뉴클레오티드.
658. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 4번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
659. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 5번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
660. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 6번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
661. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 7번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
662. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 8번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
663. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 9번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
664. 구현예 656 또는 657에 있어서, 위치는 10번 위치인, 올리고뉴클레오티드.
665. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%)는 각각 독립적으로 변형 뉴클레오티드간 연결이고, 임의로 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
666. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드(예: 표적 아데노신)의 반대편 뉴클레오시드에 대해 5' 방향에 있는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%(예를 들어, 약 또는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%)는 각각 키랄 제어되고 Sp인, 올리고뉴클레오티드.
667. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 3' 방향에 있는 0개 또는 최대 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결인, 올리고뉴클레오티드.
668. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +5번 위치의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, N0가 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드인, …N+5N+4N+3N+2N+1N0…에 대해 N+4와 N+5를 연결하는 뉴클레오티드간 연결)은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 아닌, 올리고뉴클레오티드.
669. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +6 내지 +8번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로, 임의로 키랄 제어되는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
670. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +6 내지 +8번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로, 임의로 키랄 제어되는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
671. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +6, +7, +8, +9, 및 +11번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
672. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 대해 +5, +6, +7, +8, 및 +9번 위치의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 각각 독립적으로 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
673. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, PiZZ 대립유전자(예: atcgacAagaaagggactgaagc)에 대해 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 또는 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)의 상보성을 갖는 올리고뉴클레오티드.
674. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 약 10%~100%(예를 들어, 약 10%~95%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 또는 약 또는 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)의 순도를 갖는 올리고뉴클레오티드.
675. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 약 50%~100%(예를 들어, 약 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 또는 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)의 순도를 갖는 올리고뉴클레오티드.
676. 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염의 유효량 및 제약상 허용되는 담체를 포함하거나 전달하는 제약 조성물.
677. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
678. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 구현예 780 내지 803 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
679. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
680. 구현예 679에 있어서, 공통 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
681. 구현예 679에 있어서, 공통 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~5개의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
682. 구현예 679에 있어서, 공통 염기 서열은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 제외하고 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
683. 구현예 679에 있어서, 공통 염기 서열은 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
684. 구현예 677 내지 683 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR을 발현하는 시스템에서 핵산과 접촉될 때 표적 A를 I로 편집할 수 있는 조성물.
685. 구현예 677 내지 684 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 G에서 A로의 돌연변이인, 조성물.
686. 구현예 677 내지 685 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 염기 및 당 변형을 공유하는, 조성물.
687. 구현예 677 내지 686 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 백본 키랄 중심 패턴을 공유하는, 조성물.
688. 구현예 677 또는 687 중 어느 한 구현예에 있어서, 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어되지 않는 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부한 조성물.
689. 구현예 677 내지 687 중 어느 한 구현예에 있어서, 공통 염기 서열 및 동일한 염기 및 당 변형을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
690. 구현예 677 내지 687 중 어느 한 구현예에 있어서, 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
691. 구현예 677 내지 690 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 올리고뉴클레오티드의 것 또는 이의 제약상 허용되는 하나 이상의 염인, 조성물.
692. 구현예 677 내지 690 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 산 형태 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 하나 이상의 염인, 조성물.
693. 구현예 677 내지 690 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 갖는, 조성물.
694. 구현예 693에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
695. 구현예 693에 있어서, 동일한 구성을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
696. 구현예 677 내지 690 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구조를 갖는, 조성물.
697. 구현예 677 내지 696 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 나트륨염인, 조성물.
698. 구현예 677 내지 697 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
699. 구현예 677 내지 698 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
700. 구현예 677 내지 699 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상 또는 임의의 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하지 않는, 조성물.
701. 복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
702. 복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 상기 구현예 및 구현예 780 내지 803 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
703. 복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 구현예 780 내지 803 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
704. 복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
1) 공통 염기 서열 및
2) 하나 이상(예를 들어, 약 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1~15, 1~10, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 5~15, 5~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
705. 구현예에 있어서, 공통 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
706. 구현예 705에 있어서, 각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~5개의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
707. 구현예 705에 있어서, 각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 제외하고 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
708. 구현예 705에 있어서, 각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
709. 구현예 701 내지 708 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 ADAR을 발현하는 시스템에서 핵산과 접촉될 때 표적 A를 I로 독립적으로 편집할 수 있는, 조성물.
710. 구현예 701 내지 709 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 G에서 A로의 돌연변이인, 조성물.
711. 구현예 701 내지 710 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드를 2개 이상(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상) 포함하는 조성물.
712. 구현예 701 내지 711 중 어느 한 구현예에 있어서, 적어도 2개의 복수의 공통 염기 서열은 서로 다른, 조성물.
713. 구현예 701 내지 712 중 어느 한 구현예에 있어서, 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 공통 염기 서열을 공유하지 않는, 조성물.
714. 구현예 701 내지 713 중 어느 한 구현예에 있어서, 적어도 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 상이한 아데노신을 표적화하는, 조성물.
715. 구현예 701 내지 714 중 어느 한 구현예에 있어서, 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 아데노신을 표적화하지 않는, 조성물.
716. 구현예 701 내지 715 중 어느 한 구현예에 있어서, 적어도 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 상이한 전사체를 표적화하는, 조성물.
717. 구현예 701 내지 716 중 어느 한 구현예에 있어서, 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 전사체를 표적화하지 않는, 조성물.
718. 구현예 701 내지 717 중 어느 한 구현예에 있어서, 적어도 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 상이한 폴리뉴클레오티드로부터의 전사체 내의 아데노신 잔기를 표적화하는, 조성물.
719. 구현예 701 내지 720 중 어느 한 구현예에 있어서, 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 폴리뉴클레오티드로부터의 전사체를 표적화하지 않는, 조성물.
720. 구현예 701 내지 719 중 어느 한 구현예에 있어서, 적어도 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 상이한 유전자로부터의 전사체 내의 아데노신 잔기를 표적화하는, 조성물.
721. 구현예 701 내지 720 중 어느 한 구현예에 있어서, 2개의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 유전자로부터의 전사체를 표적화하지 않는, 조성물.
722. 구현예 701 내지 721 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 복수 내의 동일한 염기 및 당 변형을 공유하는, 조성물.
723. 구현예 701 내지 722 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 복수 내의 동일한 백본 키랄 중심 패턴을 공유하는, 조성물.
724. 구현예 701 또는 723 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어되지 않는 복수의 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 제제에 비해 복수의 올리고뉴클레오티드가 풍부한 조성물.
725. 구현예 701 내지 724 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 공통 염기 서열 및 동일한 염기 및 당 변형을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
726. 구현예 701 내지 724 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
727. 구현예 701 내지 726 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 올리고뉴클레오티드의 것 또는 이의 제약상 허용되는 하나 이상의 염인, 조성물.
728. 구현예 701 내지 727 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 산 형태 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 하나 이상의 염인, 조성물.
729. 구현예 701 내지 726 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 갖는, 조성물.
730. 구현예 729에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
731. 구현예 729에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 동일한 구성을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
732. 구현예 701 내지 731 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 구조를 갖는, 조성물.
733. 구현예 701 내지 732 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 각각 독립적으로 제약상 허용되는 염 형태인, 조성물.
734. 구현예 701 내지 732 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 나트륨염인, 조성물.
735. 구현예 701 내지 734 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
736. 구현예 701 내지 735 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
737. 구현예 701 내지 736 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
738. 구현예 701 내지 737 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하는, 조성물.
739. 구현예 701 내지 738 중 어느 한 구현예에 있어서, 1개 또는 2개 또는 모든 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상 또는 임의의 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하지 않는, 조성물.
740. 구현예 701 내지 739 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수에 대해 독립적으로, 복수의 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 하나 이상 또는 임의의 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유하지 않는, 조성물.
741. 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
a) 공통 염기 서열,
b) 공통 백본 연결 패턴,
c) 공통 백본 키랄 중심 패턴,
d) 공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
742. 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
a) 공통 염기 서열,
b) 공통 백본 연결 패턴,
c) 공통 백본 키랄 중심 패턴,
d) 공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 구현예 780 내지 803 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
743. 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
a) 공통 염기 서열,
b) 공통 백본 연결 패턴,
c) 공통 백본 키랄 중심 패턴,
d) 공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
744. 구현예 743에 있어서, 공통 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~10개(예를 들어, 0~1, 0~2, 0~3, 0~4, 0~5, 0~6, 0~7, 0~8, 0~9, 0~10, 1~2, 1~3, 1~4, 1~5, 1~6, 1~7, 1~8, 1~9, 1~10, 2~3, 2~4, 2~5, 2~6, 2~7, 2~8, 2~9, 2~10, 3~4, 3~5, 3~6, 3~7, 3~8, 3~9, 3~10, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 등)의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
745. 구현예 743에 있어서, 공통 염기 서열은 Watson-Crick 염기쌍이 아닌 0~5개의 불일치가 있는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
746. 구현예 743에 있어서, 공통 염기 서열은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 제외하고 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
747. 구현예 743에 있어서, 공통 염기 서열은 공통 염기 서열의 길이에 걸쳐 핵산 부분의 염기 서열에 100% 상보적인, 조성물.
748. 구현예 741 내지 747 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR을 발현하는 시스템에서 핵산과 접촉될 때 표적 A를 I로 편집할 수 있는 조성물.
749. 구현예 741 내지 748 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 G에서 A로의 돌연변이인, 조성물.
750. 구현예 741 내지 749 중 어느 한 구현예에 있어서, 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부한 조성물.
751. 구현예 741 내지 750 중 어느 한 구현예에 있어서, 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드는 복수의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
752. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 복수의 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 수준은 약 또는 적어도 약 (DS)nc인(DS는 약 85%~100%(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고 nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수임), 조성물.
753. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드에 대해, 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 수준은 독립적으로 약 또는 적어도 약 (DS)nc인(DS는 약 85%~100%(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고 nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수임), 조성물.
754. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 공통 구성을 공유하는 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 수준은 약 또는 적어도 약 (DS)nc인(DS는 약 85%~100%(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고 nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수임), 조성물.
755. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드에 대해, 공통 구성을 공유하는 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 수준은 독립적으로 약 또는 적어도 약 (DS)nc인(DS는 약 85%~100%(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고 nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수임), 조성물.
756. 구현예 677 내지 755 중 어느 한 구현예에 있어서, DS는 약 90%~100%(예를 들어, 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)인, 조성물.
757. 구현예 752 내지 756 중 어느 한 구현예에 있어서, nc는 약 5~40(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40) 이상인, 조성물.
758. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 수준은 적어도 약 10%~100%, 또는 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%인, 조성물.
759. 구현예 677 내지 751 중 어느 한 구현예에 있어서, 수준은 적어도 약 50%~100%, 또는 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%인, 조성물.
760. 구현예 677 내지 759 중 어느 한 구현예에 있어서, 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때, 표적 아데노신 잔기가 변형되는, 조성물.
761. 구현예 760에 있어서, 변형은 ADAR1에 의해 수행된 변형이거나 이를 포함하는, 조성물.
762. 구현예 760 또는 761에 있어서, 변형은 ADAR2에 의해 수행된 변형이거나 이를 포함하는, 조성물.
763. 구현예 760 내지 762 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형은 시험관 내에서 수행되는, 조성물.
764. 구현예 760 내지 762 중 어느 한 구현예에 있어서, 샘플은 세포인, 조성물.
765. 구현예 760 내지 764 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 이노신으로 변환되는, 조성물.
766. 구현예 760 내지 765 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 비견되는 기준 올리고뉴클레오티드 조성물에서 관찰되는 것보다 더 큰 정도로 변형되는, 조성물.
767. 구현예 766에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하지 않거나 더 낮은 수준으로 포함하는, 조성물.
768. 구현예 766 또는 767에 있어서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성을 갖는 올리고뉴클레오티드를 함유하지 않는, 조성물.
769. 구현예 766 내지 768 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드를 함유하지 않는, 조성물.
770. 구현예 766에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 2'-F 변형을 포함하는 조성물인, 조성물.
771. 구현예 766 내지 770 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 2'-OMe 변형을 포함하는 조성물인, 조성물.
772. 구현예 766 내지 771 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드와 비교하여 상이한 당 변형 패턴을 갖는 조성물인, 조성물.
773. 구현예 766 내지 772 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 조성물인, 조성물.
774. 구현예 766 내지 773 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 낮은 수준의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 조성물인, 조성물.
775. 구현예 766 내지 774 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 조성물은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물인, 조성물.
776. 구현예 766에 있어서, 기준 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드와 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드의 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물인, 조성물.
777. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 핵산의 현저한 분해를 일으키지 않는(예를 들어, 최대 약 5%~100%(예를 들어, 최대 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)) 조성물.
778. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산에서 현저한 엑손 스키핑 또는 변경된 엑손 포함을 일으키지 않는(예를 들어, 최대 약 5%~100%(예를 들어, 최대 약 10%~100%, 20~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~80%, 50%~85%, 50%~90%, 50%~95%, 60%~80%, 60%~85%, 60%~90%, 60%~95%, 60%~100%, 65%~80%, 65%~85%, 65%~90%, 65%~95%, 65%~100%, 70%~80%, 70%~85%, 70%~90%, 70%~95%, 70%~100%, 75%~80%, 75%~85%, 75%~90%, 75%~95%, 75%~100%, 80%~85%, 80%~90%, 80%~95%, 80%~100%, 85%~90%, 85%~95%, 85%~100%, 90%~95%, 90%~100%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% 등)) 조성물.
779. 구현예 677 내지 778 중 어느 한 구현예에 있어서, 조성물은 제약 조성물이고 제약상 허용되는 담체를 추가로 포함하는, 조성물.
780. 변형 뉴클레오티드간 연결의 위치에 -O5-PL(RCA)-O3-의 구조를 갖는 연결이 있다는 것을 제외하고는 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드와 동일한 올리고뉴클레오티드.
(PL은 P 또는 P(=W)이고,
W는 O, S, 또는 WN이고,
RCA는 임의로 치환되거나 캡핑된 키랄 보조 모이어티이거나 이를 포함하고,
O5는 당의 5'-탄소에 결합된 산소이고,
O3는 당의 3'-탄소에 결합된 산소임)
781. 구현예 780에 있어서, 키랄 보조체가 제거되고 연결은 변형 뉴클레오티드간 연결로 변환되는, 올리고뉴클레오티드.
782. 구현예 780에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
783. 구현예 782에 있어서, W가 -SH로 대체되고 RCA가 O로 대체된 경우 PL은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인과 동일한 배열을 갖는, 올리고뉴클레오티드.
784. 구현예 780 내지 783 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
785. 구현예 780 내지 783 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 올리고뉴클레오티드.
786. 구현예 780 내지 785 중 어느 한 구현예에 있어서, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 각 위치에 독립적으로 -O5-PL(W)(RCA)-O3-의 구조를 갖는 연결이 있는, 올리고뉴클레오티드.
787. 구현예 780 내지 785 중 어느 한 구현예에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결의 각 위치에 독립적으로 -O5-PL(W)(RCA)-O3-의 구조를 갖는 연결이 있는, 올리고뉴클레오티드.
788. 구현예 780 내지 787 중 어느 한 구현예에 있어서, 하나 또는 각각의 W는 S인, 올리고뉴클레오티드.
789. 구현예 780 내지 788 중 어느 한 구현예에 있어서, 단 하나의 PL이 P인, 올리고뉴클레오티드.
790. 구현예 780 내지 789 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 RCA는 독립적으로
Figure pct00454
또는
Figure pct00455
인, 올리고뉴클레오티드.
791. 구현예 780 내지 789 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 RCA는 독립적으로
Figure pct00456
또는
Figure pct00457
이고, RC1은 R, -Si(R)3 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 또는 부분 불포화 고리를 형성하고, RC4는 -H 또는 -C(O)R'인, 올리고뉴클레오티드.
792. 구현예 790 또는 791에 있어서, 연결에서 RC4는 -C(O)R이고 PL은 P인, 올리고뉴클레오티드.
793. 구현예 791 또는 792에 있어서, 연결에서 RC4는 -C(O)R이고 W는 S인, 올리고뉴클레오티드.
794. 구현예 791 내지 793 중 어느 한 구현예에 있어서, W가 S인 각각의 연결에서 RC4는 -C(O)R'인, 올리고뉴클레오티드.
795. 구현예 791 내지 794 중 어느 한 구현예에 있어서, RC4는 -C(O)CH3인, 올리고뉴클레오티드.
796. 구현예 791에 있어서, 연결에서 RC4는 -H이고 PL은 P인, 올리고뉴클레오티드.
797. 구현예 791 내지 796 중 어느 한 구현예에 있어서, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에는 헤테로원자를 갖지 않는 임의로 치환된 5원 고리를 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
798. 구현예 791 내지 797 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 RCA는 독립적으로
Figure pct00458
또는
Figure pct00459
인, 올리고뉴클레오티드.
799. 구현예 791 내지 798 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SiPh2Me인, 올리고뉴클레오티드.
800. 구현예 791 내지 798 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R인, 올리고뉴클레오티드.
801. 구현예 791 내지 798 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 임의로 치환된 C1-10 지방족인, 올리고뉴클레오티드.
802. 구현예 791 내지 798 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 임의로 치환된 페닐인, 올리고뉴클레오티드.
803. 구현예 791 내지 798 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 페닐인, 올리고뉴클레오티드.
804. 포스포아미다이트로서, 핵염기가 구현예 1 내지 675 중 어느 한 구현예의 핵염기 또는 이의 호변이성체이고, 핵염기 또는 이의 호변이성체는 임의로 치환되거나 보호되는, 포스포아미다이트.
805. 포스포아미다이트로서, 핵염기가 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 가지며, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호되는, 포스포아미다이트.
806. 구현예 804 또는 805에 있어서, 포스포아미다이트의 당은 구현예 1 내지 675 중 어느 한 구현예의 당이고, 당은 임의로 보호되는, 포스포아미다이트.
807. 구현예 804 내지 806 중 어느 한 구현예에 있어서, RNS-P(OR)N(R)2의 구조를 가지며, RNS는 임의로 보호된 뉴클레오시드 모이어티이고, 각각의 R은 본원에 기재된 바와 같은, 포스포아미다이트.
808. 구현예 804 내지 806 중 어느 한 구현예에 있어서, RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
809. 구현예 804 내지 806 중 어느 한 구현예에 있어서, 키랄 보조 모이어티를 포함하고, 인은 키랄 보조 모이어티의 산소 및 질소 원자에 결합되는, 포스포아미다이트.
810. 구현예 804 내지 806 또는 809 중 어느 한 구현예에 있어서,
Figure pct00460
,
Figure pct00461
,
Figure pct00462
, 또는
Figure pct00463
, 또는 이의 염의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
811. 구현예 804 내지 806 또는 809 중 어느 한 구현예에 있어서, 포스포아미다이트는
Figure pct00464
또는
Figure pct00465
의 구조를 가지며, RNS는 임의로 보호된 뉴클레오시드 모이어티이고, RC1은 R, -Si(R)3 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 또는 부분 불포화 고리를 형성하는, 포스포아미다이트.
812. 구현예 807 내지 811 중 어느 한 구현예에 있어서, RNS의 5'-OH는 보호되는, 포스포아미다이트.
813. 구현예 812에 있어서, RNS의 5'-OH는 -ODMTr로서 보호되는, 포스포아미다이트.
814. 구현예 807 내지 813 중 어느 한 구현예에 있어서, RNS는 3'-O-를 통해 인에 결합되는, 포스포아미다이트.
815. 구현예 810 내지 814 중 어느 한 구현예에 있어서, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에는 헤테로원자를 갖지 않는 임의로 치환된 5원 포화 고리를 형성하는, 포스포아미다이트.
816. 구현예 810 내지 815 중 어느 한 구현예에 있어서,
Figure pct00466
,
Figure pct00467
,
Figure pct00468
, 또는
Figure pct00469
, 또는 이의 염의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
817. 구현예 810 내지 815 중 어느 한 구현예에 있어서,
Figure pct00470
또는
Figure pct00471
의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
818. 구현예 810 내지 817 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SiPh2Me인, 포스포아미다이트.
819. 구현예 810 내지 817 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R인, 포스포아미다이트.
820. 구현예 810 내지 817 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 임의로 치환된 C1-10 지방족인, 포스포아미다이트.
821. 구현예 810 내지 817 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 임의로 치환된 페닐인, 포스포아미다이트.
822. 구현예 810 내지 817 중 어느 한 구현예에 있어서, RC1은 -SO2R이고, R은 페닐인, 포스포아미다이트.
823. 구현예 810 내지 822 중 어느 한 구현예에 있어서, 순도가 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%인 포스포아미다이트.
824. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제조 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 5'-OH를 구현예 780 내지 823 중 어느 한 구현예의 포스포아미다이트와 커플링시키는 단계를 포함하는 방법.
825. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제조 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 5'-OH를 구현예 810 내지 823 중 어느 한 구현예의 포스포아미다이트와 커플링시키는 단계를 포함하는 방법.
826. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제조 방법으로서, 구현예 677 내지 803 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드로부터 키랄 보조 모이어티를 제거하는 단계를 포함하는 방법.
827. 구현예 824 내지 826 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드, 또는 조성물 내의 올리고뉴클레오티드는 2'-OH를 포함하는 당을 포함하는, 방법.
828. 구현예 824 내지 827 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드, 또는 조성물 내의 올리고뉴클레오티드는 2'-OH를 포함하는 당을 포함하고, 당은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 결합되는, 방법.
829. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 질소, 산소, 규소, 인, 및 황으로부터 선택되는, 올리고뉴클레오티드, 조성물 또는 방법.
830. 상기 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 핵염기는 적어도 하나의 질소를 갖는 임의로 치환된 고리를 독립적으로 포함하는, 올리고뉴클레오티드, 조성물 또는 방법.
831. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 특성화 방법으로서,
ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하거나 발현하는 세포 또는 이의 집단에 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
832. 구현예 831에 있어서, 세포는 마우스 세포인, 방법.
833. 구현예 831 또는 832에 있어서, 세포의 게놈은 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
834. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 특성화 방법으로서,
ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하거나 발현하는 비인간 동물 또는 이의 집단에 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
835. 구현예 834에 있어서, 동물은 마우스인, 방법.
836. 구현예 834 또는 835에 있어서, 동물의 게놈은 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
837. 구현예 834 또는 835에 있어서, 동물의 생식계 게놈은 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
838. 구현예 831 내지 837 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 Z-DNA 결합 도메인 중 하나 또는 둘 다이거나 인간 ADAR1 Z-DNA 결합 도메인 중 하나 또는 둘 다를 포함하는, 방법.
839. 구현예 831 내지 838 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 dsRNA 결합 도메인 중 하나 이상 또는 전부이거나 인간 ADAR1 dsRNA 결합 도메인 중 하나 이상 또는 전부를 포함하는, 방법.
840. 구현예 831 내지 839 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 디아미나제 도메인이거나 이를 포함하는, 방법.
841. 구현예 831 내지 840 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1이거나 이를 포함하는, 방법.
842. 구현예 831 내지 841 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p110이거나 이를 포함하는, 방법.
843. 구현예 831 내지 841 중 어느 한 구현예에 있어서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 ADAR1 p150이거나 이를 포함하는, 방법.
844. 구현예 831 내지 843 중 어느 한 구현예에 있어서, 세포 또는 동물의 세포, 또는 이의 집단에서 관찰되는 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 활성 수준은 조작 전 세포 또는 조작 전 동물의 세포, 또는 이의 집단에서 관찰되는 것과 비교하여 비견되는 인간 세포 또는 이의 집단에서 관찰되는 것과 더 유사한, 방법.
845. 구현예 844에 있어서, 비견되는 인간 세포는 세포 또는 동물의 세포와 동일한 유형인, 방법.
846. 표적 핵산에서 표적 아데노신을 변형시키는 방법으로서, 표적 핵산을 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
847. 표적 핵산에서 표적 아데노신을 탈아미노화하는 방법으로서, 표적 핵산을 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
848. 특정 핵산의 산물을 생성하거나, 특정 핵산의 산물 수준을 회복 또는 증가시키는 방법으로서, 표적 핵산을 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고, 특정 핵산은 표적 아데노신 대신 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한, 방법.
849. 표적 핵산의 산물 수준을 감소시키는 방법으로서, 표적 핵산을 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하는, 방법.
850. 구현예 848 또는 849에 있어서, 산물은 단백질인, 방법.
851. 구현예 848 또는 849에 있어서, 산물은 mRNA인, 방법.
852. 구현예 846 내지 851 중 어느 한 구현예에 있어서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인, 방법.
853. 구현예 846 내지 852 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산은 샘플 내에 있는, 방법.
854. 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법으로서,
올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적이고,
표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고,
표적 아데노신은 변형되는, 방법.
855.
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법.
856. 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법.
857.
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법.
858. 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법.
859.
1) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
2) 표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않으며(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임),
제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법.
860. 표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임), 방법.
861. 구현예 855 내지 860 중 어느 한 구현예에 있어서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
862. 구현예 855 내지 861 중 어느 한 구현예에 있어서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 구현예 767 내지 776 중 어느 한 구현예의 기준 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
863. 구현예 846 내지 862 중 어느 한 구현예에 있어서, 디아미나제는 ADAR 효소인, 방법.
864. 구현예 846 내지 862 중 어느 한 구현예에 있어서, 디아미나제는 ADAR1인, 방법.
865. 구현예 846 내지 862 중 어느 한 구현예에 있어서, 디아미나제는 ADAR2인, 방법.
866. 구현예 846 내지 865 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산은 RNA이거나 이를 포함하는, 방법.
867. 구현예 846 내지 866 중 어느 한 구현예에 있어서, 샘플은 세포인, 방법.
868. 구현예 846 내지 867 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 핵산은 표적 아데노신 대신 표적 아데노신의 위치에 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한 핵산과 비교하여, 병태, 장애 또는 질환과 더 관련이 있거나, 원하는 특성 또는 기능의 감소와 더 관련이 있거나, 바람직하지 않은 특성 또는 기능의 증가와 더 관련이 있는, 방법.
869. 구현예 846 내지 867 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신은 G에서 A로의 돌연변이인, 방법.
870. G에서 A로의 돌연변이가 잘 일어나는 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
871. G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 상기 구현예 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
872. 구현예 870 또는 871에 있어서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 돌연변이인 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인, 방법.
873. 구현예 871 또는 872에 있어서, 병태, 장애 또는 질환은 A에서 G로의 변형 또는 A에서 I로의 변형이 잘 일어나는, 방법.
874. 구현예 870 내지 873 중 어느 한 구현예에 있어서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포는 ADAR 단백질을 포함하거나 발현하는, 방법.
875. 구현예 870 내지 873 중 어느 한 구현예에 있어서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포는 ADAR1을 포함하거나 발현하는, 방법.
876. 구현예 870 내지 873 중 어느 한 구현예에 있어서, 병태, 장애 또는 질환과 관련된 세포는 ADAR2를 포함하거나 발현하는, 방법.
877. 구현예 870 내지 876 중 어느 한 구현예에 있어서, 병태, 장애 또는 질환은 알파-1 항트립신 결핍증이거나 알파-1 항트립신 결핍증과 관련된, 방법.
878. 구현예 846 내지 877 중 어느 한 구현예에 있어서, 표적 아데노신을 I로 변환하는 단계를 포함하는 방법.
879. 구현예 846 내지 878 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 서로 다른 아데노신이 표적화되고 편집되는, 방법.
880. 구현예 846 내지 878 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 서로 다른 전사체가 표적화되고 편집되는, 방법.
881. 구현예 846 내지 878 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 서로 다른 폴리뉴클레오티드로부터의 전사체가 표적화되고 편집되는, 방법.
882. 구현예 846 내지 878 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 유전자로부터의 전사체가 표적화되고 편집되는, 방법.
883. 구현예 879 내지 882 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 올리고뉴클레오티드를 투여하는 단계를 포함하되, 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 상이한 표적을 표적화하고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 구현예 1 내지 675 중 어느 한 구현예의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염인, 방법.
884. 구현예 879 내지 882 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 올리고뉴클레오티드 조성물을 투여하는 단계를 포함하되, 각각의 올리고뉴클레오티드 조성물은 독립적으로 적어도 하나의 상이한 표적을 표적화하고, 각각의 올리고뉴클레오티드 조성물은 독립적으로 구현예 676 내지 779 중 어느 한 구현예의 조성물인, 방법.
885. 구현예 879 내지 884 중 어느 한 구현예에 있어서, 구현예 701 내지 779 중 어느 한 구현예의 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
886. 구현예 879 내지 885 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물이 동시에 투여되는, 방법.
887. 구현예 879 내지 886 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물이 단일 조성물로 동시에 투여되는, 방법.
888. 구현예 879 내지 886 중 어느 한 구현예에 있어서, 둘 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물이 별개의 조성물로서 투여되는, 방법.
889. 구현예 879 내지 885 중 어느 한 구현예에 있어서, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물이 하나 이상의 다른 올리고뉴클레오티드 또는 조성물 이전 또는 이후에 투여되는, 방법.
실시예
제공된 기술(화합물(올리고뉴클레오티드, 시약 등), 조성물, 방법(제조 방법, 사용 방법, 평가 방법 등) 등)의 특정 실시예를 본원에 제시하였다.
당업자는 제공된 기술, 예를 들어 하기 실시예에 기재된 기술의 특성 및/또는 활성을 평가하기 위해 많은 기술이 이용될 수 있음을 이해한다.
실시예 1. 아데노신 편집을 평가하기 위한 유용한 기술.
올리고뉴클레오티드 설계는 다양한 시스템을 사용하여 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, cLuc 올리고뉴클레오티드를 제조하고 HEK293T 세포에서 평가하였다. 일부 구현예에서, cLuc(Cypridina)를 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 인간 ADAR1 또는 인간 ADAR2 및 cLuc 루시페라제 리포터 플라스미드에 대한 플라스미드로 형질감염된 293T 세포에서 평가하였다. cLuc 리포터 플라스미드는 루시페라제에 대하여 (Gaussia)gLuc-p2A-cLuc(W85X)로 구성되었다. cLuc 리포터는 ADAR 매개 A>I 편집에 의해 활성화되었다. 올리고뉴클레오티드의 편집 활성은 다음 방정식을 사용하여 계산되었다:
배수 변화 = 처리된 올리고뉴클레오티드(cLuc/gLuc) / 모의(cLuc/gLuc)
일부 구현예에서, 리포터 플라스미드 및 ADAR1 또는 ADAR2 플라스미드를 리포펙타민 2000 형질감염 프로토콜(Thermo 11668030)을 사용하여 HEK293T 세포 내로 함께 형질감염시켰다. 적절한 기간, 예를 들어 24시간 후, 리포터 및 ADAR 플라스미드를 발현하는 HEK293T 세포를 각 실험에 대해 적절한 양의 올리고뉴클레오티드로 역형질감염시켰다. cLuc 및 gLuc 활성은 각각 Pierce™ Gaussia Luciferase Glow Assay Kit(Pierce™ 16161) 또는 Pierce™ Cypridina Luciferase Glow Assay Kit(Pierce™ 16170)를 사용하여 48, 72, 및/또는 96시간 후에 측정하였다.
실시예 2. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 원하는 편집을 제공한다.
일부 구현예에서, 아데노신 편집을 평가하기 위해 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 원발성 인간 간세포에서 평가하였다. ACTB mRNA를 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 리포펙타민 RNAimax 형질감염 프로토콜(Thermo 11668030)을 사용하여 형질감염시키거나, 짐노틱 자유 흡수 조건하에서 원발성 인간 간세포(Gibco)에 전달하였다. 48시간 후, SV 96 Total RNA Isolation System Protocol(Promega: Z3505)을 사용하여 총 RNA를 채취하였다. Phusion High-Fidelity DNA Polymerase 프로토콜(Thermo: F-530XL)을 사용하는 PCR을 위해 내인성 발현된 표적 RNA의 편집 부위를 플랭킹하는 프라이머를 사용하였다. PCR 산물은 Sanger 시퀀싱으로 분석하였고 ADAR 매개 편집의 비율은 프로그램 EditR (https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/)을 사용하여 계산하였다. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 원하는 편집을 제공하였다.
실시예 3. 제공된 기술은 다양한 세포 유형에서 외인성 ADAR 없이 원하는 편집을 제공한다.
일부 구현예에서, 아데노신 편집을 평가하기 위해 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 원발성 기관지 상피세포에서 평가하였다. ACTB mRNA를 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 리포펙타민 RNAimax 형질감염 프로토콜(Thermo 11668030)을 사용하여 형질감염시키거나, 짐노틱 자유 흡수 조건하에서 원발성 기관지 상피세포(Lonza)에 전달하였다. 48시간 후, SV 96 Total RNA Isolation System Protocol(Promega: Z3505)을 사용하여 총 RNA를 채취하였다. Phusion High-Fidelity DNA Polymerase 프로토콜(Thermo: F-530XL)을 사용하는 PCR을 위해 내인성 발현된 표적 RNA의 편집 부위를 플랭킹하는 프라이머를 사용하였다. PCR 산물은 Sanger 시퀀싱으로 분석하였고 ADAR 매개 편집의 비율은 프로그램 EditR을 사용하여 계산하였다. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집을 제공하였다.
실시예 4. 제공된 기술은 다양한 세포 유형에서 외인성 ADAR 없이 원하는 편집을 제공한다.
일부 구현예에서, 아데노신 편집을 평가하기 위해 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 원발성 망막 색소 상피세포에서 평가하였다. ACTB mRNA를 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 리포펙타민 RNAimax 형질감염 프로토콜(Thermo 11668030)을 사용하여 형질감염시키거나, 짐노틱 자유 흡수 조건하에서 원발성 인간 망막 색소 상피세포(Lonza)에 전달하였다. 48시간 후, SV 96 Total RNA Isolation System Protocol(Promega: Z3505)을 사용하여 총 RNA를 채취하였다. Phusion High-Fidelity DNA Polymerase 프로토콜(Thermo: F-530XL)을 사용하는 PCR을 위해 내인성 발현된 표적 RNA의 편집 부위를 플랭킹하는 프라이머를 사용하였다. PCR 산물은 Sanger 시퀀싱으로 분석하였고 ADAR 매개 편집의 비율은 프로그램 EditR을 사용하여 계산하였다. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집을 제공하였다.
실시예 5. 제공된 기술은 다양한 표적 핵산의 원하는 편집을 제공한다.
일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 원발성 마우스 간세포에서 평가하였다. 원발성 간세포는 NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K) #Slcw/SzJ 마우스 모델(The Jackson Laboratory: 028842)에서 분리되었다. SerpinA1 mRNA를 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 리포펙타민 RNAimax 형질감염 프로토콜(Thermo 11668030)을 사용하여 형질감염시키거나, 짐노틱 자유 흡수 조건하에서 분리된 원발성 간세포에 전달하였다. 48시간 후, SV 96 Total RNA Isolation System Protocol(Promega: Z3505)을 사용하여 총 RNA를 채취하였다. Phusion High-Fidelity DNA Polymerase 프로토콜(Thermo: F-530XL)을 사용하는 PCR을 위해 내인성 발현된 표적 RNA의 편집 부위를 플랭킹하는 프라이머를 사용하였다. PCR 산물은 Sanger 시퀀싱으로 분석하였고 ADAR 매개 편집의 비율은 프로그램 EditR을 사용하여 계산하였다. 제공된 기술은 원하는 편집을 제공하였다.
실시예 6. 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특히, 다양한 활성, 예를 들어 아데노신 편집 활성을 전달할 수 있는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 예를 들어, 제공된 당 변형 설계를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 편집 활성을 제공할 수 있다. 특정 데이터를 예를 들어 도 1 및 여러 다른 도면에 제시하였다. 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 임의로 다른 변형(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결과 같은 변형 뉴클레오티드간 연결)과 함께 특정 위치의 하나 이상의 당 변형(예를 들어, 제1 도메인의 2'-F, 제2 도메인의 2'-OMe 등)은 본 발명에 따라 편집 수준을 개선할 수 있다.
실시예 7. 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특히, 다양한 활성, 예를 들어 아데노신 편집 활성을 전달할 수 있는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 예를 들어, 제공된 뉴클레오티드간 연결 변형 설계를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 편집 활성을 제공할 수 있다. 특정 데이터를 예를 들어 도 2 및 여러 다른 도면에 제시하였다. 도 2에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 통합은 본 발명에 따라 편집 수준을 개선할 수 있다.
실시예 8. 다양한 당 변형을 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 당 변형을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물이 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 3에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서, 편집 부위 및/또는 그 근처에서의 특정 당, 예를 들어 천연 DNA 당, 2'-F 변형 당 등의 이용은 편집 활성을 제공한다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 5'-N1N0N-1-3'를 포함하고, N1, N0, 및 N-1 각각은 독립적으로 뉴클레오시드이고, N1과 N0는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결에 결합하고, N-1과 N0는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결에 결합하고, N0는 표적 아데노신의 반대편이다. 일부 구현예에서, N1, N0, 및 N-1 각각의 당은 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, N1의 당은 2'-변형 당이고, N0 및 N-1 각각의 당은 독립적으로 천연 DNA 당이다. 일부 구현예에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 높은 편집 수준을 제공한다.
실시예 9. 다양한 당 유형을 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 당 유형을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물이 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 4에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 10. 제공된 기술은 짧은 서열로 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 예를 들어 종래 기술과 비교하여 짧은 서열의 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 이러한 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 예를 들어 제조, 전달 등에 대해 많은 이점을 제공할 수 있다. 예를 들어, 다양한 도면에 나타낸 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 긴 서열을 사용하지 않고 편집 활성을 제공할 수 있다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 5에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1(도 5a 및 5b) 또는 ADAR2(도 5c 및 5d), 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 나타낸 바와 같이, 다양한 길이(예를 들어, 27, 28, 29, 20, 31, 32개 이상)의 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 ADAR1 및/또는 ADAR2와 접촉될 때 편집을 제공할 수 있다.
실시예 11. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 원하는 결과를 제공하기 위해 외인성 ADAR을 필요로 하지 않는다. 다양한 세포 유형에서 외인성 ADAR 없이 내인성 표적(액틴의 3' UTR에 있는 TAG 부위)의 편집을 나타내는 특정 데이터는 도 6에 제시되어 있다. 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시키고 48시간 후에 편집을 측정하였다. (RPE 및 NHBE 세포의 경우 N=1, 간세포의 경우 N=2 생물학적 복제)
실시예 12. 다양한 수의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산에 완전히 상보적이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 불일치가 있다. 특히, 본 발명은 다양한 수의 불일치를 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물이 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 7에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. 48시간 및 96시간에 cLuc 활성을 측정하고, 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 13. 다양한 패턴의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 불일치는 그 사이에 다양한 거리를 갖고 다양한 위치(예를 들어, 말단에 대해 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드 등)에 존재한다. 특히, 본 발명은 다양한 패턴의 불일치를 사용하여 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 8에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 14. 다양한 패턴의 불일치를 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
도 9는 다양한 불일치 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드 및 및 이의 조성물이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여주는 추가 데이터를 제공한다. 도 9의 경우, 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 15. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 상응하는 입체무작위 조성물에 비해 다양한 이점을 제공할 수 있는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 편집 활성을 제공할 수 있다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 개선된 올리고뉴클레오티드 안정성을 제공할 수 있고/있거나 ADAR과의 특정의 입체화학적으로 특이적인 상호작용을 통해 ADAR 단백질에 의한 아데노신 편집을 촉진할 수 있다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 10에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 특히, Sp 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 (예를 들어, 기준 입체무작위 조성물 및/또는 더 적은 Sp 및/또는 더 많은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 특정 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 비교하여) 더 높은 수준의 편집을 제공할 수 있는 것으로 나타났다. 일부 구현예에서, Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드의 중간 위치, 예를 들어 제2 서브도메인의 뉴클레오시드에 결합된 위치 등에 이용될 수 있다.
실시예 16. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 높은 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특히, 높은 활성, 예를 들어 아데노신 편집 활성을 전달할 수 있는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 도 11에 나타낸 바와 같이, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 최대 8 내지 10배 더 높은 ADAR1 매개 편집 활성을 전달할 수 있다.
실시예 17. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 훨씬 더 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이 외인성 ADAR 없이 예기치 않은 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 12에 제시되어 있다. 세포를 10 μM 용량의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리하거나, 50 nM 용량으로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 18. 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 짧은 서열로 편집 활성을 제공할 수 있다.
본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 길이의 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 사용하여 편집 활성을 전달할 수 있다. 원발성 인간 망막 색소 상피(RPE 세포)에서의 편집을 나타내는 특정 데이터는 도 13에 제시되어 있다. 조성물은 모두 액틴의 3' UTR에 있는 UAG 모티프를 표적화한다. 원발성 인간 RPE 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 19. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 외인성 ADAR 없이 다양한 세포 유형에서 높은 활성을 제공할 수 있다.
제공된 기술의 특정 이점, 예를 들어 높은 활성은 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 14에 제시되어 있다. 원발성 인간 기관지 상피세포를 10 μM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리한 반면, 원발성 RPE 세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 20. 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴을 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 유형의 뉴클레오티드간 연결(및 이의 패턴)을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 특정 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 중성 뉴클레오티드간 연결은 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 특성 및/또는 활성을 개선할 수 있다. 특히, 본 발명은 다양한 유형의 뉴클레오티드간 연결을 사용하여 예를 들어 다양한 도면에 나타낸 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 15에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 21. 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴을 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴을 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 16에 예시된 바와 같이 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 인간 간세포를 3.3 μM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 22. 다양한 변형 및 키랄 제어를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 제공된 특징, 예를 들어 변형 및/또는 입체화학 제어를 활용하여 높은 활성의 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 제공된 변형은 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 17에 나타낸 바와 같이 외인성 ADAR 없이 높은 아데노신 편집 활성을 제공할 수 있다. 원발성 인간 간세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 23. 추가의 모이어티를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 GalNAc 및 이의 유도체를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 모이어티의 통합은 개선된 특성 및/또는 활성을 제공한다. GalNAc 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물을 평가한 특정 데이터 도 18에 제시하였다. 원발성 인간 간세포를 형질감염 시약 없이 다양한 농도로 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 원발성 인간 간세포의 일련의 데이터에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-27458 및 WV-27460에 의한 편집은 65%~75%의 ACTB에 도달했으며, WV-27458 및 WV-27460에 대한 절대 EC50이 각각 309.0 nM(95% CI: 259.0~359.1 nM) 및 166.2 nM(95% CI: 144.6~187.8 nM)인 반면, 입체무작위 조성물 WV-30298에 의한 편집은 50% 미만으로 정체되었으며, 이는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이 특히 개선된 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 준다. 본원에 설명되고 나타낸 바와 같이, 키랄 제어는 특히, 다양한 전달 기술이 이용될 때 증가된 활성을 제공할 수 있다. 예를 들어, 짐노틱 전달을 이용한 일련의 실험(기관지 상피세포, 10 μM 올리고뉴클레오티드 농도)에서, 입체무작위 조성물 WV-23928에 대해 ACTB 편집이 관찰되지 않은 반면, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-27387은 약 19%의 ACTB 편집을 제공했다.
실시예 24. 변형 핵염기를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 특정 위치에 변형 핵염기를 포함하고, 이러한 변형 핵염기는 다양한 이점, 예를 들어 높은 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원(예를 들어, 도 19)에 나타낸 바와 같이, 설계된 변형 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 훨씬 더 높은 활성을 제공할 수 있다(예를 들어, 표적 아데노신의 반대편 핵염기 옆의 하이포잔틴). 도 19는 원발성 마우스 간세포에서의 SERPINA1(PiZ 대립유전자)의 편집을 나타낸다. 조성물은 모두 돌연변이 인간 SERPINA1 전사체(PiZZ 대립유전자)의 아데노신을 표적화한다. 원발성 간세포(돌연변이 인간 전사체를 발현하는 마우스 모델에서 추출)를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다.
실시예 25. 변형 핵염기를 포함하는 제공된 기술은 외인성 ADAR 없이 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 기술은 특정 위치, 예를 들어 표적 아데노신의 반대편에 변형 핵염기를 포함하고, 이러한 변형 핵염기는 다양한 이점, 예를 들어 높은 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원(예를 들어, 도 20)에 나타낸 바와 같이, 설계된 변형 핵염기(도 20의 슈도-이소시토신)를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 훨씬 더 높은 활성을 제공할 수 있다. 도 20는 원발성 마우스 간세포에서의 SERPINA1(PiZ 대립유전자)의 편집을 나타낸다. 조성물은 모두 돌연변이 인간 SERPINA1 전사체(PiZZ 대립유전자)의 아데노신을 표적화한다. 원발성 간세포(돌연변이 인간 전사체를 발현하는 마우스 모델에서 추출)를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 나타낸 바와 같이, 변형 핵염기를 포함하는 제공된 설계는 활성을 크게 향상시킬 수 있다.
실시예 26. 다양한 핵염기를 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 핵염기를 비롯한 다양한 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 편집을 제공할 수 있음을 보여준다. 특정 데이터는 도 21에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 다양한 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다.
실시예 27. 다양한 핵염기를 포함하는 제공된 기술은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 핵염기를 비롯한 다양한 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 향상된 편집을 제공할 수 있음을 보여준다. 일부 구현예에서, 변형 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드는 표적 아데노신의 바로 맞은편에 있다(일부 구현예에서, 이러한 뉴클레오시드는 "표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드" 또는 "반대편 뉴클레오시드"로 지칭됨). 8-옥소아데노신을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물을 평가한 특정 데이터는 도 21에 제시되어 있다. 293T 세포를 ADAR1 또는 ADAR2, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 다양한 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 본원에 나타낸 바와 같이, 8-옥소아데노신은 더 높은 편집 효율을 제공할 수 있다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 8-옥소아데노신은 퓨린 고리의 7' 위치에 N-H 결합을 가지고 있기 때문에 Adar 효소와, 예를 들어 시토신보다, 더 많거나/많고 더 강한 수소 결합을 형성할 수 있다.
실시예 28. 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온의 합성.
Figure pct00472
단계 1. HMDS(800 mL) 중 피리미딘-2-올 HCl 염(40 g, 301.78 mmol, 1 당량)의 혼합물을 탈기하고 N2로 3회 퍼징한 다음, 혼합물을 N2 분위기하에 130℃에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물이 투명해진다. 반응 혼합물에 톨루엔(500 mL*2)을 첨가한 다음, 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 미정제 생성물 2-((트리메틸실릴)옥시)피리미딘(50 g, 미정제, 황색 오일)을 추가 정제 없이 다음 단계에 사용하였다.
단계 2. DCE(1200 mL) 중 (2S,3R,4R,5R)-2-아세톡시-5-((벤조일옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(60 g, 118.93 mmol, 1 당량)의 용액에 화합물 2-((트리메틸실릴)옥시)피리미딘(26.82 g, 159.37 mmol, 1.34 당량)을 첨가하였다. DCE(600 mL) 및 분자체 4A(10 g) 중 SnCl4(43.69 g, 167.70 mmol, 19.59 mL, 1.41 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/1 내지 0:1)로 정제하여 (2R,3R,4R,5R)-2-((벤조일옥시)메틸)-5-(2-옥소피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(128 g, 99.56% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. TLC: (석유 에테르:에틸 아세테이트 = 0:1): Rf = 0.32. MS: 445.2 (M-95)+.
단계 3. THF(2000 mL) 중 (2R,3R,4R,5R)-2-((벤조일옥시)메틸)-5-(2-옥소피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(40 g, 74.00 mmol, 1 당량)의 용액에 MeOH(100 mL) 중 NaBH4(3.08 g, 81.40 mmol, 1.1 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 0℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물에 H2O(1500 mL)를 첨가한 다음, EtOAc(2000 mL)로 희석하고, EtOAc(2000 mL *3)로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 2:3)로 정제하여 (2R,3R,4R,5R)-2-((벤조일옥시)메틸)-5-(2-옥소-3,6-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(13 g, 23.96 mmol, 10.79% 수율)를 황색 고체로서 수득하고, (2R,3R,4R,5R)-2-((벤조일옥시)메틸)-5-(2-옥소-3,4-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(19 g, 35.02 mmol, 15.77% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. MS: 543.0 (M+H)+.
단계 4. MeOH(40 mL) 및 DCM(20 mL) 중 (2R,3R,4R,5R)-2-((벤조일옥시)메틸)-5-(2-옥소-3,4-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3,4-디일 디벤조에이트(4 g, 7.37 mmol, 1 당량)의 용액에 NH3·H2O(25.84 g, 184.32 mmol, 28.40 mL, 25% 순도, 25 당량)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거한 다음, 미정제물을 톨루엔(30 mL*2)과 함께 회전 증발기에서 공비 증류에 의해 건조시켰다. 미정제물을 역상 HPLC(0.1% NH3·H2O 조건)로 정제하여 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온(1.7 g, 7.38 mmol, 100% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ = 7.97 - 7.76 (m, 1H), 7.51 - 7.28 (m, 2H), 6.78 (br s, 1H), 6.32 (br d, J = 8.1 Hz, 1H), 5.63 (br d, J = 5.6 Hz, 1H), 4.95 - 4.80 (m, 1H), 3.90 - 3.82 (m, 2H), 3.77 (br d, J = 12.7 Hz, 1H), 3.65 (br d, J = 2.7 Hz, 1H), 3.54 - 3.36 (m, 2H); MS: 230.8 (M+H)+.
단계 5. 피리딘(20 mL) 중 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온(1 g, 4.34 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTr-Cl(1.62 g, 4.77 mmol, 1.1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물을 prep-HPLC로 정제하였다(컬럼: Agela DuraShell C18 150*25mm*5㎛; 이동상: [물(0.04%NH3H2O)-ACN]; B%: 35%-55%,22분). 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온(0.3 g, 563.29 μmol, 12.98% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.42 (d, J = 7.7 Hz, 2H), 7.36 - 7.28 (m, 5H), 7.22 (d, J = 7.3 Hz, 1H), 6.83 (d, J = 8.8 Hz, 4H), 6.44 (d, J = 8.2 Hz, 1H), 5.84 - 5.70 (m, 1H), 5.03 (br s, 1H), 4.84 - 4.69 (m, 1H), 4.21 (d, J = 3.3 Hz, 2H), 4.10 (br s, 1H), 3.98 (br s, 2H), 3.80 (s, 6H), 3.50 (s, 1H), 3.38 (br d, J = 3.1 Hz, 1H), 3.26 (dd, J = 3.6, 10.5 Hz, 2H)
단계 5. THF(32 mL) 중 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온(0.7 g, 1.31 mmol, 1 당량)의 용액에 AgNO3(267.93 mg, 1.58 mmol, 1.2 당량) 및 피리딘(519.82 mg, 6.57 mmol, 530.43 uL, 5 당량)을 첨가한 다음, TBSCl(217.91 mg, 1.45 mmol, 177.16 uL, 1.1 당량)을 첨가하였다. 반응 혼합물에 포화 NaHCO3(수성, 5 mL)을 첨가하고 EtOAc(10 mL * 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 prep-TLC(SiO2, 석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1)로 정제하였다. 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-3,4-디하이드로피리미딘-2(1H)-온(WV-NU-072)(0.39 g, 602.93 μmol, 45.87% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.42 (d, J = 7.5 Hz, 2H), 7.36 - 7.27 (m, 6H), 7.25 - 7.19 (m, 1H), 6.84 (d, J = 8.6 Hz, 4H), 6.46 (br d, J = 8.1 Hz, 1H), 5.92 (d, J = 6.0 Hz, 1H), 4.83 (br s, 1H), 4.79 - 4.70 (m, 1H), 4.32 (t, J = 5.8 Hz, 1H), 4.13 (br d, J = 7.0 Hz, 1H), 4.06 - 4.00 (m, 1H), 3.99 - 3.90 (m, 2H), 3.80 (s, 6H), 3.44 (dd, J = 2.5, 10.5 Hz, 1H), 3.26 (dd, J = 3.1, 10.4 Hz, 1H), 1.00 - 0.89 (m, 9H), 0.18 (d, J = 2.6 Hz, 6H).
실시예 29. 벤질-1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드의 합성.
Figure pct00473
단계 1. 피리딘(900 mL) 중 화합물 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(90 g, 243.18 mmol, 1 당량) 및 DMAP(2.97 g, 24.32 mmol, 0.1 당량)의 용액에 DMTrCl(90.64 g, 267.50 mmol, 1.1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 EtOAc(2000 mL)로 희석하고 포화 NaHCO3(수성, 1000 mL)로 세척하였다. 수상을 EtOAc(1000 mL * 2)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=9/1 내지 0:1, 이어서 에틸아세테이트:MeOH = 50:1, 1% TEA)로 정제하였다. 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(132 g, 196.29 mmol, 80.72% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.03 (s, 1H), 7.34 (br d, J=7.6 Hz, 2H), 7.26 - 7.18 (m, 6H), 7.15 - 7.08 (m, 1H), 6.76 (d, J=8.7 Hz, 4H), 6.07 (br s, 2H), 5.85 (br d, J=4.3 Hz, 1H), 4.40 (br t, J=4.5 Hz, 1H), 4.32 (br d, J=3.9 Hz, 1H), 4.16 (br s, 1H), 3.67 (s, 6H), 3.40 - 3.24 (m, 2H).
단계 2. CO로 포화된 THF(630 mL) 중 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(63 g, 93.69 mmol, 1 당량), 페닐메탄아민;염산염(47.09 g, 327.90 mmol, 3.5 당량), Pd(PPh3)4(21.65 g, 18.74 mmol, 0.2 당량), TEA(189.60 g, 1.87 mol, 260.80 mL, 20 당량)의 용액을 오토클레이브에서 48시간 동안 70℃에서 150 Psi로 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 사라진 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 9/1 내지 0:1, 1% TEA)로 정제하였다. N-벤질-1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(25 g, 36.78 mmol, 39.26% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. MS: 671.0 (M-H)-.
단계 3. THF(500 mL) 중 N-벤질-1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(25 g, 36.78 mmol, 1 당량)의 용액에 질산은(7.50 g, 44.14 mmol, 1.2 당량), 피리딘(14.55 g, 183.90 mmol, 14.84 mL, 5 당량) 및 TBSCl(7.21 g, 47.81 mmol, 5.86 mL, 1.3 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃의 암실에서 48시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 소모된 것으로 나타났다. 반응 혼합물에 포화 NaHCO3(수성, 50 mL)을 첨가하고 EtOAc(500 mL * 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 9/1 내지 0/1)로 2회 정제하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 9/1 내지 0/1)로 6회 정제하였다. N-벤질-1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(WV-NU-074)(4.4 g)를 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.75 (t, J=5.8 Hz, 1H), 8.52 (s, 1H), 7.63 - 7.57 (m, 9H), 7.51 - 7.44 (m, 5H), 7.43 - 7.35 (m, 12H), 7.33 - 7.08 (m, 30H), 6.76 (dd, J=1.1, 8.9 Hz, 5H), 5.77 (d, J=4.4 Hz, 1H), 4.56 - 4.44 (m, 2H), 4.37 (d, J=5.8 Hz, 3H), 4.31 - 4.26 (m, 1H), 4.01 - 3.90 (m, 2H), 3.69 (s, 7H), 3.45 - 3.30 (m, 2H), 0.85 - 0.80 (m, 9H), 0.00 (d, J=3.3 Hz, 6H); MS: 792.3 (M-H+).
실시예 30. 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-N-메틸-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드의 합성.
Figure pct00474
단계 1 . CO로 포화된 THF(500 mL) 중 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(63 g, 93.69 mmol, 1 당량), 페닐메탄아민;염산염(63.26 g, 936.85 mmol, 10 당량), Pd(PPh3)4(21.65 g, 18.74 mmol, 0.2 당량), TEA(189.60 g, 1.87 mol, 260.80 mL, 20 당량)의 용액을 오토클레이브에서 48시간 동안 70℃에서 150 Psi로 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 소모되었고 목적하는 MS를 갖는 하나의 주 피크가 검출된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. TLC (석유 에테르;에틸 아세테이트 = 0:1, 5% TEA, 3회 실행, Rf = 0.30). 잔류물을 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 9/1 내지 0:1, 1% TEA)로 3회 정제하였다. 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-N-메틸-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(13.6 g, 22.53 mmol, 24.05% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. MS: 602.1 (M-H)-.
단계 2. THF(260 mL) 중 1-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(13.6 g, 22.53 mmol, 1 당량)의 용액에 질산은(4.59 g, 27.04 mmol, 1.2 당량), 피리딘(8.91 g, 112.65 mmol, 9.09 mL, 5 당량) 및 TBSCl(4.41 g, 29.29 mmol, 3.59 mL, 1.3 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 48시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1, Rf = 0.52 및 0.65)는 출발물질이 소모되었고 하나의 목적하는 스폿이 검출된 것으로 나타났다. 반응 혼합물에 포화 NaHCO3(수성, 100 mL)을 첨가하고 EtOAc(300 mL * 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:4, 5% TEA, Rf = 0.10 및 0.20). 잔류물을 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=9/1 내지 0/1, 1% TEA)로 정제하였다. 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-N-메틸-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(WV-NU-075)(10.5 g)를 백색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.52 (d, J=15.8 Hz, 2H), 8.43 - 8.26 (m, 2H), 7.61 (dd, J=7.9, 11.9 Hz, 1H), 7.50 - 7.34 (m, 5H), 7.33 - 7.08 (m, 15H), 6.76 (br d, J=8.3 Hz, 8H), 5.75 (dd, J=4.4, 15.6 Hz, 1H), 4.32 - 4.11 (m, 2H), 4.01 - 3.90 (m, 2H), 3.77 - 3.63 (m, 12H), 3.43 - 3.16 (m, 4H), 2.97 - 2.76 (m, 6H), 0.87 - 0.81 (m, 9H), 0.79 - 0.73 (m, 9H), 0.10 - -0.02 (m, 6H), -0.04 - -0.10 (m, 3H), -0.12 - -0.19 (m, 3H); MS: 716.3 (M-H)+.
실시예 31. 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온의 합성.
Figure pct00475
단계 1. 4-메틸벤조일 클로라이드(93.91 g, 607.46 mmol, 80.27 mL, 2 당량)을 1-O-메틸-2-데옥시-D-리보스(45 g, 303.73 mmol, 36.89 mL, 1 당량)과 함께 아세톤(500 mL)에 용해시킨 다음, Et3N(67.62 g, 668.21 mmol, 93.01 mL, 2.2 당량)을 온도가 20℃ 미만이 되도록 천천히 첨가하고, 혼합물을 15℃에서 16시간 동안 교반하였다. LCMS 및 TLC(석유 에테르/에틸 아세테이트=3:1)는 1-O-메틸-2-데옥시-D-리보스가 소모되었고 목적하는 물질이 발견된 것으로 나타났다. 혼합물을 여과하고 여과액을 증발시켜 미정제물을 얻었다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=30/1 내지 10/1)로 3회 정제하여 (2R,3S)-5-메톡시-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(70 g, 182.09 mmol, 59.95% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. 1HNMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.05 - 7.92 (m, 4H), 7.31 - 7.25 (m, 4H), 5.68 - 5.42 (m, 1H), 5.31 - 5.21 (m, 1H), 4.71 - 4.48 (m, 3H), 3.47 (s, 2H), 3.41 (s, 2H), 2.66 - 2.53 (m, 1H), 2.47 - 2.37 (m, 7H); MS: 407.2 (M+Na)+.
단계 2. 무수 Et2O(600 mL) 중 화합물 (2R,3S)-5-메톡시-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(33 g, 85.84 mmol, 1 당량)의 용액에 HCl(기체)을 0℃에서 1시간 동안 버블링시켰다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트=3:1, Rf=0.21)는 출발물질이 소모된 것으로 나타났다. 고체를 여과하고 건조 디에틸 에테르(2*150 mL)로 세척하고, 케이크를 고진공하에 건조시켜 (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(26 g, 66.87 mmol, 77.89% 수율)를 백색 고체로서 추가 정제 없이 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.02 (d, J=8.1 Hz, 2H), 7.92 (d, J=8.1 Hz, 2H), 7.36 - 7.20 (m, 4H), 6.50 (d, J=5.0 Hz, 1H), 5.58 (dd, J=2.4, 7.1 Hz, 1H), 4.88 (q, J=3.3 Hz, 1H), 4.75 - 4.55 (m, 2H), 2.89 (ddd, J=5.3, 7.4, 15.0 Hz, 1H), 2.77 (d, J=15.0 Hz, 1H), 2.44 (d, J=4.8 Hz, 5H); TLC (석유 에테르 : 에틸 아세테이트=3:1), Rf=0.21.
단계 3. DCE(900 mL) 중 (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(26 g, 66.87 mmol, 1 당량), 분자체 4A(10 g, 66.87 mmol, 1 당량) 및 화합물 2-((트리메틸실릴)옥시)피리미딘(38.08 g, 226.31 mmol, 4 당량)의 용액에 DCE(100 mL) 중 SnCl4(24.56 g, 94.28 mmol, 11.01 mL, 1.41 당량)를 -30℃에서 첨가하였다. 혼합물을 -30℃에서 5시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 소모된 것으로 나타났다. 혼합물을 농축시켜 미정제물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=10/1 내지 0/1)로 정제하여 50 g의 미정제물을 얻고, RP-HPLC로 재정제하여 ((2R,3S,5R)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(19 g, 42.37 mmol, 63.36% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.57 (dd, J=2.9, 4.0 Hz, 1H), 8.17 (dd, J=2.8, 6.8 Hz, 1H), 7.97 (d, J=8.3 Hz, 2H), 7.83 (d, J=8.3 Hz, 2H), 7.34 - 7.20 (m, 5H), 6.40 - 6.23 (m, 2H), 5.62 (br d, J=6.4 Hz, 1H), 4.86 - 4.75 (m, 1H), 4.74 - 4.64 (m, 2H), 3.22 (ddd, J=1.8, 5.6, 14.6 Hz, 1H), 2.44 (d, J=10.6 Hz, 7H), 2.35 - 2.23 (m, 1H); TLC (석유 에테르 : 에틸 아세테이트 = 1:1) Rf = 0.05.
단계 4. MeOH(400 mL) 중 ((2R,3S,5R)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(20 g, 44.60 mmol, 1 당량)의 용액에 Pd/C(5 g, 10% 순도)를 첨가하였다. 현탁액을 진공하에 탈기시키고, H2로 3회 퍼징하였다. 혼합물을 H2(20 psi) 하에 45℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 출발물질이 소모된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 여과하고 여과액을 농축시켜 ((2R,3S,5R)-3-(벤조일옥시)-5-(2-옥소테트라하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 벤조에이트(20 g, 미정제)를 황색 오일로서 수득하였다. 1HNMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 7.97 - 7.89 (m, 4H), 7.27 - 7.22 (m, 4H), 6.68 - 6.53 (m, 1H), 5.56 - 5.41 (m, 1H), 5.04 (br s, 1H), 4.71 - 4.28 (m, 4H), 3.46 - 3.07 (m, 5H), 2.47 - 2.39 (m, 7H), 2.38 - 1.80 (m, 5H); MS: (M+H+) 453.2
단계 5. NaOMe(9.55 g, 176.80 mmol, 4 당량) 중 ((2R,3S,5R)-3-(벤조일옥시)-5-(2-옥소테트라하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 벤조에이트의 용액을 MEOH(900 mL)에 용해시키고, 혼합물을 15℃에서 3.5시간 동안 교반하였다. 혼합물을 농축시켜 1-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온(9.5 g, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다. MS: 217.1 (M+H)+.
단계 6. 피리딘(80 mL) 중 화합물 7(9.5 g, 43.93 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTCl(16.37 g, 48.33 mmol, 1.1 당량)을 첨가하고, 혼합물을 15℃에서 4시간 동안 교반하였다. LCMS는 화합물 7이 소모되었고 목적하는 물질이 발견된 것으로 나타났다. 혼합물에 포화 NaHCO3(수성, 300 mL)을 첨가하고 에틸 아세테이트(200 mL*2)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고 농축시켜 미정제물을 수득하였다. 혼합물을 실리카겔 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트=20:1, 0:1, 5% TEA)로 3회 정제하여 8 g을 얻었다. 2 g의 미정제 혼합물을 pre-HPLC(컬럼: Agela DuraShell C18 250*50mm*10㎛; 이동상: [물(10 mM NH4HCO3)-ACN];B%: 25%-50%,25분)로 재정제하여 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온(WV-NU-092)(4.1 g, 42% 수율)을 백색 고체로서 수득하였다. 1HNMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 7.45 - 7.40 (m, 2H), 7.34 - 7.28 (m, 5H), 7.24 - 7.19 (m, 1H), 6.83 (d, J=8.8 Hz, 4H), 6.46 (t, J=7.1 Hz, 1H), 5.31 (s, 1H), 4.80 (br s, 1H), 4.37 - 4.29 (m, 1H), 3.85 - 3.78 (m, 7H), 3.45 - 3.23 (m, 5H), 3.16 - 3.05 (m, 1H), 2.27 (d, J=4.3 Hz, 1H), 2.21 - 2.10 (m, 1H), 2.04 - 1.96 (m, 2H), 1.90 - 1.82 (m, 2H); MS: 517.3 (M-H)-.
실시예 32. 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-N-페닐-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드의 합성.
Figure pct00476
THF(300 mL) 중 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(30 g, 45.70 mmol, 1 당량)의 용액에 Pd(PPh3)4(10.56 g, 9.14 mmol, 0.2 당량), PhNH2(42.56 g, 456.99 mmol, 41.72 mL, 10 당량) 및 TEA(92.49 g, 913.99 mmol, 127.22 mL, 20 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 오토클레이브에서 CO(50 Psi) 하에 70℃에서 120시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 에틸 아세테이트/메탄올 = 10/1, 5% TEA)로 정제하였다. (TLC: 에틸 아세테이트: 석유 에테르 = 2:1, Rf = 0.20). 화합물 WV-NU-108(11.5 g, 17.70 mmol, 38.73% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 10.46 (s, 1H), 8.66 (s, 1H), 7.59 (d, J = 7.8 Hz, 2H), 7.34 (d, J = 7.4 Hz, 2H), 7.29 (s, 1H), 7.26 - 7.18 (m, 7H), 7.16 - 7.09 (m, 1H), 7.08 - 7.01 (m, 1H), 6.82 - 6.71 (m, 4H), 6.13 (t, J = 6.4 Hz, 1H), 4.37 - 4.28 (m, 1H), 3.97 (d, J = 4.6 Hz, 1H), 3.68 (d, J = 3.1 Hz, 6H), 3.48 - 3.40 (m, 1H), 3.38 - 3.30 (m, 1H), 2.48 (ddd, J = 4.1, 6.3, 13.9 Hz, 1H), 2.23 (td, J = 6.6, 13.8 Hz, 1H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 162.94, 159.27, 158.59, 158.57, 149.34, 146.62, 144.53, 137.97, 135.64, 135.50, 130.11, 130.05, 128.95, 128.07, 127.96, 126.97, 124.34, 120.35, 113.31, 113.28, 106.32, 86.99, 86.71, 86.21, 77.36, 77.05, 76.73, 72.41, 63.60, 60.46, 55.18, 40.74, 21.08, 14.22; MS: 648.2 (M-H+) 648.2.
실시예 33. 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-N-메틸-2,4-디옥소-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드의 합성.
Figure pct00477
THF(300 mL) 중 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-5-요오도피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(30 g, 45.70 mmol, 1 당량)의 용액에 Pd(PPh3)4(10.56 g, 9.14 mmol, 0.2 당량), 메탄아민(30.86 g, 456.99 mmol, 2.78 mL, 10 당량, HCl) 및 TEA(92.49 g, 913.99 mmol, 127.22 mL, 20 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 오토클레이브에서 CO(50 Psi) 하에 70℃에서 72시간 동안 교반하였다. LCMS는 화합물 1이 소모되었고 목적하는 주 피크인 것으로 나타났다. TLC: (에틸 아세테이트: 석유 에테르 = 2:1, Rf = 0.23). 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 5% TEA, 이어서 에틸 아세테이트:메탄올 = 10/1, 5% TEA)로 정제하였다. 화합물 WV-NU-113(15 g, 25.53 mmol, 55.86% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 8.59 (s, 1H), 8.50 - 8.39 (m, 1H), 7.40 (d, J = 7.4 Hz, 2H), 7.34 - 7.27 (m, 5H), 7.26 (s, 1H), 7.23 - 7.16 (m, 1H), 6.84 (d, J = 8.9 Hz, 4H), 6.16 (s, 1H), 4.35 (br d, J = 6.6 Hz, 1H), 3.97 (s, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.47 (br d, J = 4.6 Hz, 1H), 3.42 - 3.33 (m, 1H), 2.93 (d, J = 4.9 Hz, 3H), 2.54 - 2.41 (m, 1H), 2.25 (s, 1H); MS: 610.2 (M+Na)+.
실시예 34. 3-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(WV-NU-096)의 합성.
Figure pct00478
단계 1. 2,4-디메톡시피리미딘(25 g, 178.39 mmol, 1 당량), 아세틸 클로라이드(38.50 g, 490.46 mmol, 35.00 mL, 2.75 당량)의 혼합물을 탈기하고 N2로 3분 동안 퍼징한 다음, 혼합물을 N2 분위기하에 25℃에서 24시간 동안 교반하였다. TLC는 2,4-디메톡시피리미딘이 완전히 소모된 것으로 나타났고, 이어서 혼합물에 톨루엔(200 mL)을 첨가한 다음, 진공에서 농축시키고, 3회 반복하였다. 이어서, 잔류물을 MeOH(2000 mL)에 용해시킨 다음, 혼합물에 나트륨 메톡사이드(10.60 g, 196.23 mmol, 1.1 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 50℃에서 1시간 동안 교반하였다. TLC는 하나의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 혼합물을 진공에서 농축시키고, 잔류물을 디옥산(1000 mL)에 용해시킨 다음, 진공에서 농축시켰다. 4-메톡시피리미딘-2(1H)-온(89 g, 미정제)을 백색 고체로서 수득하였다.
단계 2. 디옥산(500 mL) 및 아크릴로니트릴(84.15 g, 1.59 mol, 105.19 mL, 10 당량) 중 4-메톡시피리미딘-2(1H)-온(20 g, 158.59 mmol, 1 당량)의 용액에 NaOMe(1 M, 158.59 mL, 1 당량)의 용액을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC MS는 4-메톡시피리미딘-2(1H)-온이 완전히 소모되었고 목적하는 질량을 가진 하나의 주 피크가 검출된 것으로 나타났다. 반응물을 여과하고, 여과된 케이크를 H2O(300 mL)로 퀀칭한 다음, 여과하고, 여과액을 DCM/디옥산 = 50/1(100 mL * 3)로 추출한 다음, 유기상을 Na2SO4로 건조시킨 다음, 진공에서 농축시켰다. 3-(4-메톡시-2-옥소피리미딘-1(2H)-일)프로판니트릴(12 g, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다. MS: 180.3 (M+H+). TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 0:1) Rf1 = 0.43
단계 3. DCE(200 mL) 중 (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(14 g, 36.00 mmol, 1 당량) 및 3-(4-메톡시-2-옥소피리미딘-1(2H)-일)프로판니트릴(6.45 g, 36.00 mmol, 1 당량)의 용액에 4A MS(20 g)를 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 48시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 완전히 소모되었고, 새로운 반점들이 형성되었음을 나타내었다. 반응물을 여과하고, 여과액을 진공에서 농축시켰다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10/1 내지 5/1, 1/1, 0/1)로 정제하였다. (2R,3S)-5-(3-(2-시아노에틸)-2,6-디옥소-3,6-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(1 g, 미정제)를 백색 고체로서 수득하였다. MS: 540.3 (M+Na+); TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1) Rf = 0.08.
단계 4. MeOH(15 mL) 중 (2R,3S)-5-(3-(2-시아노에틸)-2,6-디옥소-3,6-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(1.5 g, 3.06 mmol, 1 당량)의 용액에 NaOMe(579.45 mg, 10.73 mmol, 3.5 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 질량을 갖는 하나의 주 피크가 검출된 것으로 나타났다. 용액에 NH4Cl(570 mg)을 첨가한 다음, 혼합물을 진공에서 농축시켰다. 잔류물을 피리딘(50 mL)에 용해시키고, 고진공에서 농축시키고, 3회 반복하였다. 3-((4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(699 mg, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다. MS: 251.2 (M + Na)+.
단계 5. 피리딘(30 mL) 중 3-((4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(699 mg, 3.06 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTrCl (1.25 g, 3.68 mmol, 1.2 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 질량을 갖는 2개의 피크가 검출된 것으로 나타났다. 혼합물을 진공에서 농축시켰다. 잔류물을 포화 수성 NaHCO3(50 mL)로 퀀칭한 다음, EtOAc(20 mL * 3)로 추출하였다. 합한 유기상을 염수(50 mL)로 세척하고, 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 진공에서 농축시켰다. 잔류물을 prep-HPLC(중성 조건)로 정제하였다. 컬럼: Agela DuraShell C18 250 * 50 mm * 10㎛; 이동상: [물(10 mM NH4HCO3)-ACN]; B%: 42%-62%, 22분. 3-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(WV-NU-096)(500 mg, 892.35 μmol, 29.13% 수율, 94.69% 순도)을 황색 고체로서 수득하였다. 3-((2S,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온(WV-NU-096A)(360 mg, 569.62 μmol, 18.60% 수율, 83.951% 순도)을 백색 고체로서 수득하였다.
WV-NU-096: 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 9.84 (br s, 1H), 7.44 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 7.33 (d, J=8.8 Hz, 4H), 7.26 - 7.22 (m, 2H), 7.22 - 7.15 (m, 1H), 6.80 (dd, J=1.8, 8.6 Hz, 4H), 6.72 - 6.58 (m, 2H), 5.54 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.64 (q, J=6.1 Hz, 1H), 3.96 - 3.86 (m, 1H), 3.84 - 3.67 (m, 6H), 3.52 - 3.41 (m, 1H), 3.35 (dd, J=5.9, 9.3 Hz, 1H), 2.90 - 2.74 (m, 1H), 2.24 - 2.10 (m, 1H); 13C NMR (101MHz, 클로로포름-d) δ = 162.84, 158.45, 152.27, 144.82, 138.95, 136.00, 135.99, 129.14, 128.79, 128.16, 127.82, 130.07, 126.82, 113.12, 102.22, 86.38, 84.94, 81.13, 73.40, 64.67, 55.21, 55.19, 37.19; MS: 529.2 (M-H+); TLC (석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 1:1) Rf = 0.14.
WV-NU-096A: 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 8.72 (br s, 1H), 7.44 (d, J=7.6 Hz, 2H), 7.37 - 7.27 (m, 7H), 7.24 - 7.16 (m, 2H), 7.12 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 5.76 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.14 (br d, J=11.5 Hz, 1H), 4.40 (br s, 1H), 4.37 - 4.29 (m, 1H), 3.80 (s, 6H), 3.25 (dd, J=3.9, 9.9 Hz, 1H), 3.11 (dd, J=3.9, 10.0 Hz, 1H), 2.93 (td, J=8.9, 14.8 Hz, 1H), 2.26 (br dd, J=2.9, 14.8 Hz, 1H); 13C NMR (101MHz, 클로로포름-d) δ = 163.22, 158.62, 158.45, 151.82, 144.72, 138.62, 135.96, 135.81, 130.03, 130.01, 129.11, 128.10, 127.86, 127.74, 127.06, 126.77, 113.16, 102.86, 88.75, 86.36, 83.63, 74.29, 64.76, 55.19, 39.69; LCMS: M-H+ = 529.2, 순도: 83.95%; TLC (석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 1:1) Rf = 0.23.
실시예 35. (2R,3S,5R)-5-(3-벤조일-2-옥소테트라하이드로피리미딘-1(2H)-일)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸) 디이소프로필포스포아미다이트의 합성.
Figure pct00479
단계 1: 피리딘(10.2 mL) 중 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온(1.17 g, 2.26 mmol)의 용액을 클로로트리메틸실란(1.43 mL, 11.31 mmol)으로 처리하였다. 실온에서 1.5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LC-MS는 예상되는 중간체가 형성된 것으로 나타났다. 0℃까지 냉각시켰다. 반응 용액에 벤조일 클로라이드(288.73 uL, 2.49 mmol)를 적가하였다. 먼저 0℃에서 15분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 밤새 교반하였다. LC-MS는 예상되는 중간체가 관찰된 것으로 나타났다. 얼음물(3.9 mL)을 첨가하였다. 2시간 동안 계속 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응 용액을 염수(20 mL)로 희석한 다음 EtOAc(3 x 60 mL)로 추출하였다. 합한 유기물을 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 25~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 목적 생성물 1-벤조일-3-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온(베이스 업)과 원치 않는 부분입체이성체(베이스 다운)의 3:2 비율의 혼합물을 백색 폼(1.04 g, 73.7% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, DMSO-d 6) δ 7.50 - 7.15 (m, 14H), 6.93 - 6.83 (m, 4H), 6.03 (q, J = 6.8, 5.9 Hz, 1H), 5.23 (d, J = 3.9 Hz, 0.41H, 원치 않는 부분입체이성체의 OH 양성자), 5.15 (d, J = 4.6 Hz, 0.66H, 목적 생성물의 OH 양성자), 4.15 - 4.07 (m, 1H), 3.79 - 3.59 (m, 8H), 3.57 - 3.48 (m, 1H), 3.44 - 3.37 (m, 1H), 3.31 - 3.26 (m, 1H), 3.14 - 3.06 (m, 1H), 3.01 - 2.87 (m, 1H), 2.12 - 2.06 (m, 1H), 2.05 - 1.99 (m, 1H), 1.95 - 1.86 (m, 1H), 1.86 - 1.79 (m, 1H); MS (ESI), 645.67 [M + Na]+.
단계 2: THF(11 mL) 중 1-벤조일-3-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)테트라하이드로피리미딘-2(1H)-온(베이스 업)과 원치 않는 부분입체이성체(베이스 다운)의 3:2 건조 혼합물(1.3 g, 2.09 mmol)의 용액에 트리에틸아민(1.05 mL, 7.52 mmol)을 첨가하였다. 0℃까지 냉각시켰다. 반응 용액에 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포아미다이트(0.56 mL, 2.51mmol)를 4분 동안 적가하였다. 반응 용액을 먼저 0℃에서 1시간 동안 계속 교반한 다음 실온에서 2시간 동안 교반하였다. LC-MS는 생성물이 형성된 것으로 나타났다. 트리에틸아민(1 mL)을 첨가한 다음, MgSO4(0.3 g) 및 EtOAc(20 mL)를 첨가하였다. 2분 동안 교반하였다. 혼합물을 프릿 깔때기를 통해 여과하였다. 깔때기에 남은 고체를 EtOAc(20 mL)로 헹구었다. 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 아미다이트를 헥산 중 20~60% EtOAc(각각의 이동상은 2.5% 트리에틸아민을 함유함)를 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 목적하는 (2R,3S,5R)-5-(3-벤조일-2-옥소테트라하이드로피리미딘-1(2H)-일)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸) 디이소프로필포스포아미다이트과 원치 않는 부분입체이성체(베이스 다운)의 3:2 비율의 혼합물을 백색 폼(0.90 g, 52.4% 수율)으로서 수득하였다. 31P NMR (162 MHz, 클로로포름-d) δ 148.86 (s, 원치 않는 2개의 입체이성체 중 하나, 베이스 다운), 148.72 (s, 원치 않는 2개의 입체이성체 중 다른 하나, 베이스 다운), 148.48 (s, 목적하는 2개의 입체이성체 중 하나, 베이스 업), 148.38 (s, 목적하는 2개의 입체이성체 중 다른 하나, 베이스 업); MS (ESI), 823.47 [M + H]+.
실시예 36. (2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(2,4-디옥소-5-(페닐카바모일)-3,4-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸) 디이소프로필포스포아미다이트의 합성.
Figure pct00480
THF(17.4 mL) 중 건조 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-2,4-디옥소-N-페닐-1,2,3,4-테트라하이드로피리미딘-5-카복사미드(2.0 g, 3.08 mmol)의 용액에 트리에틸아민(1.72 mL, 12.31 mmol)을 첨가하였다. 0℃까지 냉각시켰다. 용액에 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포아미다이트(0.89 mL, 4.0 mmol)를 5분 동안 적가하였다. 반응 용액을 먼저 0℃에서 30분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 3.5시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 트리에틸아민(1.72 mL)을 첨가한 다음, 무수 MgSO4(0.55g) 및 EtOAc(25 mL)를 첨가하였다. 2분 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하였다. 프릿 깔때기에 남은 고체를 EtOAc(25 mL)로 헹구었다. 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 (2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(2,4-디옥소-5-(페닐카바모일)-3,4-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸) 디이소프로필포스포아미다이트를 백색 폼(2.61 g, 99.8% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, 클로로포름-d) δ 10.64 (bs, 1H), 8.78 - 8.72 (m, 1H), 7.65 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 7.41 (t, J = 6.5 Hz, 2H), 7.33 (q, J = 8.0 Hz, 6H), 7.29 - 7.24 (m, 3H), 7.18 (q, J = 7.4 Hz, 1H), 7.10 (t, J = 7.4 Hz, 1H), 6.83 (q, J = 7.3, 6.7 Hz, 4H), 6.20 (q, J = 7.3 Hz, 1H), 4.50 - 4.42 (m, 1H), 4.26 - 4.19 (m, 1H), 3.88 - 3.77 (m, 1H), 3.70 - 3.61 (m, 1H), 3.61 - 3.50 (m, 2H), 3.42 - 3.32 (m, 2H), 2.78 - 2.65 (m, 1H), 2.45 (t, J = 6.7 Hz, 1H), 2.32 - 2.24 (m, 2H), 1.27 (t, J = 7.7 Hz, 3H), 1.20 - 1.13 (m, 9H); 31P NMR (243 MHz, 클로로포름-d) δ 149.19, 148.80; MS (ESI), 848.68 [M - H]-.
실시예 37. 9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,9-디하이드로-6H-퓨린-6-온의 합성.
Figure pct00481
건조 9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로-푸란-2-일)-1,9-디하이드로-6H-퓨린-6-온(7.5 g, 13.52 mmol)은 THF(500 mL)에 잘 용해되지 않았다. 트리에틸아민(9.42 mL, 67.62 mmol)을 첨가하였다. 반응 플라스크를 수조에 세팅하였다. (3S,3aS)-1-클로로-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(THF 중 0.9574 M, 19.78 mL, 18.93 mmol)을 8분 동안 첨가하였다. 수조를 제거하고, 반응 슬러리를 실온에서 5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LC-MS는 기질의 낮은 용해도로 인해 반응이 완료되지 않은 것으로 나타났다. 트리에틸아민(9.4 mL)을 첨가한 다음, MgSO4(6.0 g) 및 EtOAc(150 mL)를 첨가하였다. 혼합물을 얇은 셀라이트층으로 채워진 프릿 깔때기를 통해 여과하였다. 깔때기에 남은 고체를 EtOAc(100 mL)로 헹구었다. 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 EtOAc 중 0~100% ACN(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,9-디하이드로-6H-퓨린-6-온을 백색 발포성 고체(2.4 g, 19.9% 수율)로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ 7.96 (s, 1H), 7.90 (s, 1H), 7.52 - 7.17 (m, 19H), 6.84 - 6.74 (m, 4H), 6.31 - 6.24 (m, 1H), 4.89 - 4.81 (m, 1H), 4.77 (dt, J = 10.1, 5.6 Hz, 1H), 4.07 - 4.01 (m, 1H), 3.76 (s, 6H), 3.54 (ddd, J = 18.2, 14.9, 7.8 Hz, 1H), 3.36 (dq, J = 12.9, 5.9 Hz, 1H), 3.26 (d, J = 4.4 Hz, 2H), 3.09 (qd, J = 10.8, 4.1 Hz, 1H), 2.48 (dt, J = 13.7, 6.7 Hz, 1H), 2.37 - 2.27 (m, 1H), 1.90 - 1.83 (m, 1H), 1.75 - 1.65 (m, 1H), 1.56 (dd, J = 14.7, 9.0 Hz, 1H), 1.43 (dd, J = 14.2, 6.0 Hz, 2H), 1.31 - 1.21 (m, 1H), 0.63 (s, 3H); 31P NMR (162 MHz, 클로로포름-d) δ 151.40; MS (ESI), 894.91 [M + H]+.
실시예 38. (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((2,5-다이옥소피롤리딘-1-일)옥시)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트의 합성.
Figure pct00482
DCM(450 mL) 중 5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)펜탄산(36.0 g, 80.46 mmol)의 용액에 N-하이드록시숙신이미드(13.89 g, 120.69 mmol)를 첨가한 다음, 트리에틸아민(33.6 mL, 241 mmol)을 첨가하였다. 용액을 0℃까지 냉각시켰다. EDC·HCl(30.8 g, 160.9 mmol)을 조금씩 첨가하였다. 먼저 0℃에서 5분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 밤새 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 휘발성 물질을 증발시켜 탁한 오일을 얻고, 이를 EtOAc(450 mL)에 현탁시키고 물(150 mL)로 세척하였다. 수층을 EtOAc(3 x 225 mL)로 역추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 생성된 지성 폼을 DCM(3 x 100 mL)과 함께 동시 증발시킨 다음, 고진공에서 밤새 추가 건조시켜 생성물 (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((2,5-다이옥소피롤리딘-1-일)옥시)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트(40.9 g, 93.4% 수율)를 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ 5.82 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 5.35 (dd, J = 3.5, 1.2 Hz, 1H), 5.27 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 1H), 4.71 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 4.23 - 4.07 (m, 2H), 4.05 - 3.89 (m, 1H), 3.94 - 3.85 (m, 2H), 3.60 (ddd, J = 11.0, 6.4, 4.8 Hz, 1H), 2.87 (m, 4H), 2.79 - 2.56 (m, 2H), 2.15 (s, 3H), 2.05 (s, 3H), 2.00 (s, 3H), 1.95 (s, 3H), 1.91 - 1.65 (m, 4H); MS (ESI), 545.20 [M + H]+.
실시예 39. 1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)-16,16-비스((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)펜탄아미도)프로필)아미노)-3-옥소프로폭시)메틸)-5,11,18-트리옥소-14-옥사-6,10,17-트리아자노나코산-29-오익산의 합성.
Figure pct00483
단계 1: DCM(140 mL) 중 벤질 12-[[2-[3-[3-(tert-부톡시카보닐아미노)프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]-1,1-비스[[3-[3-(tert-부톡시카보닐아미노)프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]메틸]에틸]아미노]-12-옥소-도데카노에이트(20.8 g, 18.765 mmol)의 용액을 0℃까지 냉각시켰다. 트리플루오로아세트산(43.4 mL, 562.96 mmol)을 10분 동안 첨가하였다. 먼저 0℃에서 15분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 3시간 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 휘발성 물질을 증발시켰다. 생성된 잔류물을 DCM(150 mL) 및 ACN(150 mL)과 함께 연속적으로 동시 증발시켰다. 잔류물을 ACN(30 mL)에 재용해시키고, 디에틸 에티르(300 mL)로 분쇄하였다. 생성된 백색의 탁한 혼합물을 밤새 냉장고에 두었다. 에테르층을 따라내었다. 남은 오일을 ACN(30 mL)과 함께 다시 동시 증발시켜 오일을 얻었다. 오일을 고진공에서 3일 동안 추가로 건조시켜 벤질 12-((1,19-디아미노-10-((3-((3-아미노프로필)아미노)-3-옥소프로폭시)메틸)-5,15-디옥소-8,12-디옥사-4,16-디아자노나데칸-10-일)아미노)-12-옥소도데카노에이트 트리스(2,2,2-트리플루오로아세테이트)를 오일(25.37 g, 118% 수율)로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 8.03 (t, J = 5.8 Hz, 3H), 7.78 (bs, 9H), 7.40 - 7.30 (m, 5H), 6.98 (s, 1H), 5.08 (s, 2H), 3.60 - 3.50 (m, 12H), 3.11 (q, J = 6.6 Hz, 6H), 2.84 - 2.70 (m, 6H), 2.38 - 2.28 (m, 8H), 2.05 (t, J = 7.48 Hz, 2H), 1.67 (p, J = 7.0 Hz, 6H), 1.57 - 1.48 (m, 2H), 1.46 - 1.39 (m, 2H), 1.27 - 1.17 (m, 12H); MS (ESI), 808.57 [M + H]+.
단계 2: 벤질 12-((1,19-디아미노-10-((3-((3-아미노프로필)아미노)-3-옥소프로폭시)메틸)-5,15-디옥소-8,12-디옥사-4,16-디아자노나데칸-10-일)아미노)-12-옥소도데카노에이트 트리스(2,2,2-트리플루오로아세테이트)(21.5 g, 18.694 mmol)에 아세토니트릴(125 mL) 및 DIPEA(39.1 mL, 224.33 mmol)를 첨가하였다. 생성된 탁한 용액에 DCM(125 mL)을 첨가하였고 혼합물이 투명한 용액이 되었다. DCM(250 mL) 중 (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((2,5-다이옥소피롤리딘-1-일)옥시)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트(40.9 g, 75.113 mmol)의 용액을 0℃까지 냉각시켰다. 염기성 아민 용액을 차가운 친전자체 용액에 15분 동안 천천히 첨가하였다. 먼저 0℃에서 10분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 70분 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응 용액을 농축시켰다. 생성된 오일을 먼저 ACN(2 x 50 mL)과 함께 이어서 DCM(2 x 50 mL)과 함께 동시 증발시켰다. 미정제 생성물을 DCM 중 0~40% MeOH를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 벤질 12-[[2-[3-[3-[5-[3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]-1,1-비스[[3-[3-[5-[3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]메틸]에틸]아미노]-12-옥소-도데카노에이트를 백색 폼(33.7 g, 86.1% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 7.85 - 7.77 (m, 6H), 7.71 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.42 - 7.28 (m, 5H), 6.96 (s, 1H), 5.21 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 5.08 (s, 2H), 4.97 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.48 (d, J = 8.4 Hz, 3H), 4.07 - 3.96 (m, 9H), 3.87 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.71 (dd, J = 10.3, 5.6 Hz, 3H), 3.58 - 3.50 (m, 12H), 3.40 (dt, J = 9.7, 6.0 Hz, 3H), 3.03 (p, J = 6.3 Hz, 12H), 2.36 - 2.24 (m, 8H), 2.10 (s, 9H), 2.07 - 2.01 (m, 8H), 1.99 (s, 9H), 1.89 (s, 9H), 1.77 (s, 9H), 1.56 - 1.41 (m, 22H), 1.28 - 1.18 (m, 12H); MS (ESI), 1048.95 [M/2 + H]+.
단계 3: 벤질 12-[[2-[3-[3-[5-[3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]-1,1-비스[[3-[3-[5-[3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]메틸]에틸]아미노]-12-옥소-도데카노에이트(30.8 g, 14.692 mmol)를 EtOAc(450 mL) 및 MeOH(150 mL)에 용해시켰다. 탄소 상의 Pd(10 wt% 로딩, 2.48 g)를 첨가하였다. 교반하면서 플라스크를 배기시키고 수소 기체로 다시 채웠다(2회 반복). 반응물을 수소 벌룬하에서 3시간 동안 수소화시켰다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 얇은 셀라이트층으로 채워진 프릿 깔때기를 통해 여과하였다. 깔때기에 남은 고체를 EtOAc/MeOH(2:1; 총 900 mL)로 세척하였다. 여과액을 농축시켜 지성 백색 폼을 수득하고, DCM(3 x 100 mL)과 함께 동시 증발시켰다. 이어서, 생성물을 고진공에서 2일 동안 건조시켜 1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)-16,16-비스((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)펜탄아미도)프로필)아미노)-3-옥소프로폭시)메틸)-5,11,18-트리옥소-14-옥사-6,10,17-트리아자노나코산-29-오익산을 백색 폼(29.5 g, 100% 수율)로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 11.96 (s, 1H), 7.87 - 7.79 (m, 6H), 7.74 (t, J = 5.6 Hz, 3H), 6.99 (s, 1H), 5.21 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.96 (dd, J = 11.2, 3.4 Hz, 3H), 4.48 (d, J = 8.5 Hz, 3H), 4.06 - 3.98 (m, 9H), 3.87 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.70 (dt, J = 10.5, 5.6 Hz, 3H), 3.58 - 3.48 (m, 12H), 3.40 (dt, J = 9.6, 6.0 Hz, 3H), 3.03 (p, J = 6.3 Hz, 12H), 2.27 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.18 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.10 (s, 9H), 2.07 - 2.01 (m, 8H), 1.99 (s, 9H), 1.89 (s, 9H), 1.77 (s, 9H), 1.56 - 1.41 (m, 22H), 1.28 - 1.15 (m, 12H); MS (ESI), 1004.00 [M/2 + H]+.
실시예 40. C12 링커 트리-안테나 GalNAc 포스포아미다이트의 합성.
Figure pct00484
Figure pct00485
Figure pct00486
단계 1: 둥근 바닥 플라스크에 GalNAc 아세틸 유도체(20.0 g, 9.86 mmol), HATU(3.94 g, 10.35 mmol) 및 ACN(165 mL)을 채웠다. 교반하면서, DIPEA(2.58 mL, 14.79 mmol)을 첨가하였다. 10분 동안 교반하여 전구체 A를 얻었다. 6-아미노-1-헥산올(1.16 g, 9.86 mmol)을 또 다른 rbf의 ACN(65 mL)에 용해시켰다. 교반하면서 아미노알코올 용액에 전구체 A를 2분에 걸쳐 천천히 부었다. 추가의 DIPEA(0.5 mL)를 첨가하였다. 반응 용액을 45분 동안 교반하였다. LC-MS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 휘발성 물질을 증발시켰다. 생성된 미정제 생성물을 DCM(600 mL)에 용해시키고 물(2 x 50 mL)로 세척하였다. 유기층을 황산나트륨으로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 생성된 미정제 잔류물을 DCM 중 5~25% MeOH를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피(ISCO 220 g 금 카트리지)로 정제하여 [(3R,5S,6R)-5-아세트아미도-6-[5-[3-[3-[3-[3-[3-[5-[(2R,3S,5R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]-2-[[3-[3-[5-[(2R,3S,5R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]메틸]-2-[[12-(6-하이드록시헥실아미노)-12-옥소-도데카노일]아미노]프로폭시]프로파노일아미노]프로필아미노]-5-옥소-펜톡시]-3,4-디아세톡시-테트라하이드로피란-2-일]메틸 아세테이트를 고체(17.9 g, 86.2% 수율)로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 7.86 - 7.77 (m, 6H), 7.77 - 7.68 (m, 4H), 6.98 (s, 1H), 5.21 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.96 (dd, J = 11.3, 3.4 Hz, 3H), 4.48 (d, J = 8.5 Hz, 3H), 4.33 (t, J = 5.1 Hz, 1H), 4.08 - 3.95 (m, 9H), 3.87 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.70 (dt, J = 10.3, 5.6 Hz, 3H), 3.61 - 3.46 (m, 12H), 3.46 - 3.33 (m, 5H), 3.02 (h, J = 6.1 Hz, 14H), 2.27 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.10 (s, 9H), 2.08 - 2.00 (m, 10H), 1.99 (s, 9H), 1.89 (s, 9H), 1.77 (s, 9H), 1.56 - 1.31 (m, 26H), 1.31 - 1.14 (m, 16H); MS (ESI), 1054.0 [M/2 + H]+.
단계 2: DCM(90 mL) 중 건조 [(3R,5S,6R)-5-아세트아미도-6-[5-[3-[3-[3-[3-[3-[5-[(2R,3S,5R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]-2-[[3-[3-[5-[(2R,3S,5R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로피란-2-일]옥시펜타노일아미노]프로필아미노]-3-옥소-프로폭시]메틸]-2-[[12-(6-하이드록시헥실아미노)-12-옥소-도데카노일]아미노]프로폭시]프로파노일아미노]프로필아미노]-5-옥소-펜톡시]-3,4-디아세톡시-테트라하이드로피란-2-일]메틸 아세테이트(32.19 g, 15.29 mmol)의 용액을 0℃까지 냉각시켰다. 2-시아노에틸 N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포로디아미다이트(9.71 mL, 30.58 mmol)를 3분 동안 적가하였다. 용액을 5분 동안 교반하였다. 5-(에틸티오)-1H-테트라졸(2.29 g, 17.58 mmol)을 한 번에 첨가하였다. 먼저 0℃에서 5분 동안 계속 교반한 다음 실온에서 6시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 트리에틸아민(8.3 mL)을 첨가하였다. 5분 동안 교반하였다. 혼합물을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 EtOAc 중 0~80% ACN(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 목적하는 C12 링커 트리-안테나 GalNAc 포스포아미다이트를 미색 폼(27.2 g, 77.1% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, DMSO-d 6) δ 7.86 - 7.78 (m, 6H), 7.73 (t, J = 5.7 Hz, 3H), 7.69 (t, J = 5.6 Hz, 1H), 6.98 (s, 1H), 5.21 (d, J = 3.4 Hz, 3H), 4.96 (dd, J = 11.2, 3.5 Hz, 3H), 4.48 (d, J = 8.5 Hz, 3H), 4.06 - 3.98 (m, 9H), 3.87 (dt, J = 11.2, 8.8 Hz, 3H), 3.74 - 3.67 (m, 5H), 3.62 - 3.50 (m, 16H), 3.40 (dt, J = 9.7, 6.2 Hz, 3H), 3.02 (dq, J = 15.4, 8.7, 7.7 Hz, 14H), 2.75 (t, J = 5.9 Hz, 2H), 2.27 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.10 (s, 9H), 2.07 - 2.00 (m, 10H), 1.99 (s, 9H), 1.89 (s, 9H), 1.77 (s, 9H), 1.56 - 1.40 (m, 26H), 1.39 - 1.17 (m, 16H), 1.13 (t, J = 6.6 Hz, 12H); 31P NMR (243 MHz, DMSO-d 6) δ 146.32; MS (ESI), 1153.24 [M/2 + H]+.
실시예 41. 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조.
올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물(입체무작위 및 키랄 제어 둘다)을 제조하기 위한 다양한 기술은 예를 들어, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, WO 2019/032612, 및/또는 WO 2020/191252에 기재된 방법 및 시약을 포함하여, 알려져 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있고, 각각의 방법 및 시약은 본원에 참조로 포함된다.
많은 올리고뉴클레오티드 조성물이 합성되고 평가되었다. 최근에 제조된 일부 올리고뉴클레오티드 조성물에서 관찰된 올리고뉴클레오티드의 MS 데이터는 다음과 같다(동일한 올리고뉴클레오티드에 대해 여러 개의 숫자가 표시되는 경우 숫자는 다른 배치/실험에서 관찰된 MS 데이터일 수 있음): WV-20666: 10167.1; WV-20689: 10183; WV-20690: 10198.4; WV-20691: 10215.3; WV-20692: 10230.3; WV-20693: 10246.5; WV-20694: 10262.7; WV-20695: 10278.9; WV-20696: 10294.3; WV-20697: 10311.3; WV-20698: 10327; WV-20699: 10342.9; WV-20700: 10358.5; WV-20701: 10376; WV-20702: 10391.1; WV-20703: 10407.5; WV-20704: 10423.6; WV-20706: 10199; WV-20707: 10215.3; WV-20708: 10230.6; WV-20709: 10246.5; WV-20710: 10262.6; WV-20711: 10279.3; WV-20712: 10294.2; WV-20713: 10310.8; WV-20714: 10327; WV-20715: 10342.9; WV-20716: 10358.7; WV-20717: 10246.3; WV-20718: 10262.7; WV-20719: 10278.3; WV-20720: 10294.2; WV-20721: 10311.4; WV-20722: 10327.1; WV-20723: 10342.8; WV-20724: 10358.7; WV-20725: 10374.8; WV-20726: 10391; WV-20727: 10182.9; WV-20728: 10182.7; WV-20729: 10182.7; WV-20730: 10182.9; WV-20731: 10230.8; WV-20732: 10199.1; WV-20733: 10663.7; WV-20734: 10194.7; WV-20735: 10222.7; WV-20736: 10250.5; WV-20737: 10278.3; WV-20738: 10306.7; WV-20739: 10334.8; WV-20740: 10362.9; WV-20741: 10194.8; WV-20742: 10208.5; WV-20743: 10236.8; WV-20744: 10263.9; WV-20745: 10293.1; WV-20746: 10320.4; WV-20747: 10093.9; WV-20748: 10098.1; WV-20749: 10101.9; WV-20750: 10106.4; WV-20751: 10110.5; WV-20752: 10113.5; WV-20753: 10118.3; WV-20754: 10122.6; WV-20755: 10098; WV-20756: 10100; WV-20757: 10104.3; WV-20758: 10107.7; WV-20759: 10111.8; WV-20760: 10116.7; WV-23388: 10098; WV-23395: 10612.3; WV-24111: 10046.8; WV-24112: 10047; WV-24113: 10047; WV-24114: 10046.8; WV-24115: 10047; WV-24116: 10046.8; WV-24117: 10046.9; WV-24118: 10046.8; WV-24119: 10046.9; WV-24120: 10047.1; WV-24121: 10047; WV-24122: 10047.1; WV-24123: 10047; WV-24124: 10047; WV-24125: 10046.9; WV-24126: 10046.9; WV-24127: 10047; WV-24128: 10046.5; WV-24129: 10047; WV-24130: 10046.8; WV-24131: 10046.8; WV-24132: 10047; WV-24133: 10047.1; WV-24134: 10047; WV-24135: 10047; WV-24136: 10046.9; WV-24137: 10047.1; WV-24138: 10047; WV-24139: 10046.8; WV-24140: 10046.4; WV-24141: 10046.9; WV-24142: 10047; WV-24143: 10047.1; WV-24144: 10047; WV-24145: 10047.1; WV-24146: 10046.9; WV-24147: 10046.7; WV-24148: 10047; WV-24149: 10047; WV-24150: 10047.1; WV-24151: 10047.1; WV-24152: 10047.1; WV-24153: 10047.1; WV-24154: 10047.1; WV-24155: 10047.1; WV-24156: 10046.7; WV-24157: 10047; WV-24158: 10047.1; WV-27457: 12613.1; WV-27458: 11954.6; WV-27459: 12631; WV-27460: 11972.7; WV-27521: 10064.1; WV-31133: 10737.8; WV-31134: 10869.1; WV-31135: 10790.3; WV-31137: 10779.4; WV-31138: 10788.2; WV-31139: 10039.1; WV-31140: 10168.8; WV-31141: 10091.0; WV-31143: 10079.0; WV-31144: 10089.6; WV-31632: 10772.7; WV-31633: 10786.6; WV-31634: 10072.7; WV-31635: 10087.2; WV-31748: 10762.5; WV-31749: 10064.4; WV-28788: 10169.1; WV-27458: 11954.6; WV-31940: 10285.5; WV-35741: 12352.0.
본원에 기재되고 확인된 바와 같이, 본 발명의 기술은 다양한 구조적 특징을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 다양한 조성물을 제조하는 데 유용하다. 일부 구현예에서, 본원에서 확인된 바와 같이, 제공된 기술, 예를 들어 전자 구인성 기를 포함하는 키랄 보조체(예를 들어, 전자 구인성 기(예: -SO2RC1, -C(O)RC1 등)을 포함하는 RC11)를 사용하는 기술은 2'-OH 당(예를 들어, 천연 RNA에서 일반적으로 발견되는 당과 같이 R2s = OH인 당)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 조성물을 제조하는 데 특히 유용하다(특히 이러한 당이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 결합된 경우). WV-29874의 제조는 예로서 아래에 설명되어 있다.
25 μmol 규모의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-29874)의 자동화 고상 합성을 아래 사이클에 따라 수행하였다.
Figure pct00487
합성 사이클의 완료 후, PSM 키랄 보조 기를 무수 염기 처리(DEA 처리)에 의해 제거하였다. CPG를 35℃에서 30분 동안 40% MeNH2(5.0 mL)로 처리한 다음, 실온까지 냉각시키고, CPG를 막 여과에 의해 분리하고, 8.0 mL의 DMSO로 세척하였다. 여과액에 TEA(트리에틸아민)-3HF(5.0 mL)를 첨가하고 45℃에서 1시간 동안 교반하였으며, 이는 2'-OH로부터 TBS 보호기를 제거할 수 있다. 반응 혼합물을 실온까지 냉각시키고 10 mL의 50 mM NaOAc(pH 5.2)로 희석하였다. 미정제 물질을 LTQ 및 RP-UPLC로 분석하였다. 미정제 물질을 50 mM TEAA(트리에틸암모늄 아세테이트) 중 MeCN의 선형 구배를 사용하여 RP-HPLC로 정제하고, tC18 SepPak 카트리지로 탈염하여 표적 올리고뉴클레오티드를 얻었다.
탈염은 다음 절차를 사용하여 수행하였다.
존재하는 경우 MeCN을 샘플로부터 증발시킨다.
컬럼을 4 CV의 100% 아세토니트릴(HPLC 등급)로 컨디셔닝한다.
컬럼을 내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 40% MeCN 2 CV로 헹군다.
컬럼을 4 CV의 물로 헹군다(Millipore Bio-Pak, 내독소 무함유).
컬럼을 내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 50 mM TEAA 2 CV로 평형화한다.
순수 분획을 평형화 컬럼에 로딩한다. 일부 구현예에서, 중력에 의한 로딩은 가장 많은 양의 결합을 제공하고, 진공으로 천천히 로딩하는 것은 적절한 결합을 제공하고, 진공으로 빠르게 로딩하는 것은 약한 결합을 초래한다.
컬럼을 2 CV의 BioPak 물로 세척하여 TEAA를 세척해 낸다.
컬럼을 2 CV의 100 mM NaOAc로 세척하여 올리고뉴클레오티드의 백본 상의 암모늄을 대신 나트륨으로 교환한다.
용출액의 전도도가 <20 uS/cm가 될 때까지 BioPak 물로 컬럼을 세척한다.
내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 2 컬럼 부피의 40% MeCN으로 생성물을 용출시킨다.
30℃에서 밤새 Speed-vac에 두어 아세토니트릴을 제거하고 농축시킨다.
하나의 제조로부터의 결과: 합성 규모: 25 μmol; 미정제 ODs: 874 ODs; 미정제 UPLC 순도: 32.17%; 미정제 LTQ 순도: 62.45%; 최종 ODs: 59.8 OD; 최종 UPLC 순도:59.85%; 최종 MS 순도: 74.51%; 및 최종 실측치 MS: 10064.4(계산치 10,063.68).
실시예 42. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함하는 제공된 기술은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 제공된 조성물이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는 입체무작위 조성물과 비교하여 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 예를 들어, 도 24에 도시된 바와 같이, 다양한 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가되었고, 다양한 표적 전사체에 대한 입체무작위 조성물에 비해 더 높은 활성을 제공하였다. 원발성 인간 간세포를 50 nM의 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 48시간 후에 RNA를 채취하고, 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다.
실시예 43. 변형 뉴클레오티드간 연결을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 뉴클레오티드간 연결 유형 및 패턴을 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 25에 예시된 바와 같이 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 조성물은 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. 293T 세포를 ADAR1-p150, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 3.3 nM 올리고뉴클레오티드 농도의 표시된 조성물로 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 일부 구현예에서, 특정 위치에 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 통합하면 더 높은 편집 활성을 제공할 수 있다.
실시예 44. 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 뉴클레오티드간 연결 패턴, 당 변형 패턴, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 26에 예시된 바와 같이 외인성 ADAR의 존재 또는 부재하에 높은 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 원숭이 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 측정하였다. 일부 구현예에서, 특정 위치의 특정 구조적 요소, 예를 들어 제2 서브도메인의 2'-F 변형 당, 제2 서브도메인 뉴클레오시드에 결합된 Rp 포스포로티오에이트 연결(나타낸 바와 같이, 특정 제2 서브도메인 뉴클레오시드에 결합된 2개의 Rp 포스포로티오에이트 연결), 및/또는 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다.
실시예 45. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 27에 예시된 바와 같이 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다. 일부 구현예에서, 특정 위치의 특정 구조적 요소, 예를 들어 제2 서브도메인의 2'-F 변형 당, 제2 서브도메인 뉴클레오시드에 결합된 Rp 포스포로티오에이트 연결, 불일치의 포지셔닝, 및/또는 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다.
실시예 46. 다양한 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형 및/또는 추가의 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 뉴클레오티드간 연결 변형, 당 변형 및/또는 추가의 모이어티 및 이의 패턴을 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 28에 예시된 바와 같이 외인성 ADAR의 존재 또는 부재하에 높은 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 인간 간세포를 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다. 일부 구현예에서, 특정 위치의 특정 구조적 요소, 예를 들어 제2 서브도메인의 2'-F 변형 당, 제2 서브도메인 뉴클레오시드에 결합된 Rp 포스포로티오에이트 연결, 불일치의 포지셔닝 및/또는 존재 또는 부재, 및/또는 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 29에 예시된 바와 같이 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다(다양한 도면 및 다른 곳에서와 같이, 올리고뉴클레오티드/조성물의 상세한 설명은 예를 들어 표1(예: 1A, 1B, 1C 및/또는 1D)에서 찾을 수 있고; 일부 경우에, 올리고뉴클레오티드/조성물은 숫자만으로 표시될 수 있음(예를 들어, 도 29에서, WV-32101, WV-35713, WV-35737 및 WV-35736은 번호(각각 32101, 35713, 35737 및 35736)로만 참조됨))). 원발성 인간 간세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. ADAR은 내인성이었다. 조성물은 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 특정 패턴 및/또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 증가된 수는 편집 효율을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 불일치의 감소, 및/또는 제2 도메인(예를 들어, 제2 서브도메인(예를 들어, 편집될 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 옆(예를 들어, 5'측)))에 2'-F 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드의 사용은 증가된 편집 효율을 제공할 수 있다.
실시예 47. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 29에 예시된 바와 같이 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 인간 간세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. ADAR은 내인성이었다. 조성물은 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 특정 패턴 및/또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 증가된 수는 편집 효율을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 불일치의 감소, 및/또는 제2 도메인(예를 들어, 제2 서브도메인(예를 들어, 편집될 아데노신의 반대편 뉴클레오시드의 옆(예를 들어, 5'측)))에 2'-F 변형 당을 포함하는 뉴클레오시드의 사용은 증가된 편집 효율을 제공할 수 있다.
실시예 48. 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술은 높은 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 뉴클레오티드간 연결, 당 변형, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 기술이, 예를 들어 다양한 올리고뉴클레오티드 조성물이 평가된 도 30에 예시된 바와 같이 높은 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 원발성 인간 또는 원숭이 간세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 형질감염 시약 없이 처리하였다. ADAR은 내인성이었다. 조성물은 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 편집된 전사체의 비율을 Sanger 시퀀싱(n=2 생물학적 복제)으로 정량화하였다. 도 30에 나타낸 바와 같이, 2'-F 이외의 당 변형, 예를 들어 2'-OR(여기서 R은 임의로 치환된 C1-6 지방족임)(예컨대, 2'-OMe 및 2'-MOE)을 제1 도메인에 포함된 올리고뉴클레오티드에서 특정 수준(예를 들어, 개수 및/또는 백분율) 및/또는 패턴으로 사용할 수 있다. 또한, 음으로 하전되지 않은 다양한 뉴클레오티드간 연결의 입체화학을 포함하는 패턴을 포함하여, 다양한 백본 키랄 중심 패턴을 편집에 사용할 수 있다.
실시예 49. 키랄 제어는 편집 효율을 향상시킬 수 있다.
특히, 본 발명은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결과 같은 변형 뉴클레오티드간 연결의 키랄 제어가 활성을 개선할 수 있음을 보여준다. 일부 구현예에서, 도 31 및 도 32에 도시된 바와 같이, 제1 도메인 및/또는 제2 도메인(및 이의 서브도메인) 및/또는 올리고뉴클레오티드에 있는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: 키랄 제어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)의 증가된 수/수준은 개선된 편집 효율을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 수준의 활성의 조성물을 제공하기 위해 특정 위치에서 하나 이상의 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 사용될 수 있다. 조성물은 모두 cLuc 암호화 서열 내의 조기 UAG 종결 코돈을 표적화한다. ADAR1-p110 또는 -p150을 암호화하는 플라스미드, 루시퍼라제 리포터 구성체 및 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 293T 세포를 형질감염시켰다. cLuc 활성을 모의 처리 샘플(n=2 생물학적 복제)에서의 Gluc 발현에 대해 정규화하였다. 일부 구현예에서, Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 ADAR1-p110 및/또는 ADAR1-p150의 RBD 결합 및/또는 디아미나제 도메인 활성을 증가시킨다.
실시예 50. 키랄 제어 및 변형 뉴클레오티드간 연결은 편집 효율을 향상시킬 수 있다.
특히, 본 발명은 변형 뉴클레오티드간 연결(예: 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물이 개선된 편집 활성을 제공할 수 있음을 보여준다. 일부 구현예에서, 본 발명은 키랄 제어 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물을 제공하며, 키랄 제어가 원하는 활성을 개선할 수 있음을 보여준다. 일부 구현예에서, 도 33에 도시된 바와 같이, 제1 도메인 및/또는 제2 도메인(및 이의 서브도메인) 및/또는 올리고뉴클레오티드에 있는 변형 뉴클레오티드간 연결(예: 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결) 및/또는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(예: 키랄 제어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)의 증가된 수/수준은 개선된 편집 효율을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 수준의 활성의 조성물을 제공하기 위해 특정 위치에서 천연 포스페이트 연결이 사용될 수 있다(예를 들어, 도 33 및 도 34 참조).
실시예 51. 다양한 당 변형을 사용하여 원하는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공할 수 있다.
특히, 본 발명은 다양한 당 변형을 본 발명에 따라 사용하여 편집 활성을 제공할 수 있는 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공할 수 있음을 보여준다. 예를 들어, 본 발명에 따른 다양한 수준 및/또는 패턴으로 올리고뉴클레오티드에서 2'-변형(예를 들어, 2'-OR, 여기서 R은 수소가 아님)을 사용하여 예를 들어 아데노신 편집 활성을 제공할 수 있다. 도 35에 나타낸 바와 같이, 다양한 위치에서 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)을 사용할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 맥락에서 특정 위치에 2'-MOE 이외의 당 변형을 갖는 것(예를 들어, 2'-OMe를 갖는 것)이 바람직할 수 있음에 주목한다. 도 36에 나타낸 바와 같이, 다양한 위치에서 2'-F 변형을 사용할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 맥락에서 특정 위치에 2'-F 이외의 당 변형을 갖는 것(예를 들어, 2'-OMe를 갖는 것)이 바람직할 수 있음에 주목한다.
실시예 52. 제공된 기술은 높은 수준의 생체내 활성을 제공할 수 있다.
위에서 설명되고 본원에서 확인된 바와 같이, 제공된 기술은 특히 영장류를 포함하여 생체내에서 높은 수준의 편집 활성을 제공할 수 있다. 본원에 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 비인간 영장류 모델에서 높은 효율의 아데노신 편집을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 투여 시점에 나이브가 아닌 필리핀 원숭이(cynomolgus macaques)(5~8 kg)에게 연속 5일 동안 WV-37314, WV-37315, 또는 WV-37330을 5 mg/kg의 용량으로 피하(SC) 투여하였다. 마지막 투여 48시간 후, 생검 절차를 위한 마취제와 진통제를 동물에게 투여하였다 마취 상태에서, 간 생검 샘플을 사용가능한 모든 동물에서 채취하였다. 각 동물에 대해, 2개의 간 생검 샘플(80~120 mg)을 채취하고, 즉시 무게를 달아 적절한 수집 바이알에 넣고 액체 질소에서 급속 냉동하였다. 각 개별 샘플을 별개의 튜브에 넣었다. 이어서, 샘플을 -60 내지 -80℃로 유지하도록 설정된 냉동고로 옮기기 전까지 드라이아이스에 보관하였다.
RNA 분리를 위해, 냉동 조직을 1000 uL의 Trizol에 첨가하고 균질화했다. 각 시료에 200 uL의 클로로포름을 첨가하고 세게 흔들고, 5분 동안 인큐베이션한 후 10,000xg에서 5분 동안 원심분리하였다. 상청액(수상)을 SV96 총 RNA 추출 키트(Promega)에서 결합 플레이트로 옮기고 프로토콜에 따라 RNA를 추출하였다. 제조사(Applied Biosystems)에서 권장하는 고용량 cDNA 역전사 키트를 사용하여 20 uL RT 반응에 총 RNA 9 uL를 첨가하여 cDNA를 합성하였다. IDT의 맞춤형 프라이머를 사용하여 ACTB 전사체를 증폭하기 위해, Phusion High-fidelity DNA polymerase(ThermoFisher Scientific: 카탈로그 번호 F530)를 사용하는 PCR 반응에 2 uL의 cDNA를 사용하였다. 제조사 프로토콜에 따라 AMPure XP 마그네틱 비드를 사용하여 PCR 산물을 정제하고, Sanger 시퀀싱(Genewiz, USA)으로 분석하였다. 이어서, EditR 프로그램(https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/)을 사용하여 편집 비율 정량화하였다. 특정 결과를 도 37에 제시하였다. 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 이러한 영장류 동물에서 높은 수준의 편집 활성을 제공한다.
실시예 53. 제공된 기술은 생체 내에서 오래 지속되는 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특히 생체내 편집 활성을 제공할 수 있는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 기재된 바와 같이, 제공된 기술은 본 실시예 및 도 38에서 확인되는 바와 같이, 향상된 안전성, 높은 수준의 편집 등을 제공할 수 있다. 나타낸 바와 같이, 제공된 기술은 오랜 기간 동안, 예를 들어 마지막 투여 후 약 또는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45일 이상 동안 원하는 편집 활성을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 원하는 편집 활성/편집 수준은 오랜 기간 동안, 예를 들어 마지막 투여 후 약 또는 적어도 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45일 이상 동안 유지될 수 있다.
비인간 영장류(NHP) 간(a) 및 신장(b)에서의 편집을 나타내는 특정 데이터는 도 38에 제시되어 있다(투여 시점에 나이브가 아닌 필리핀 원숭이(5~8 kg)). 조성물은 모두 베타-액틴 mRNA의 3' UTR에 있는 아데노신을 표적화한다. 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-37314, WV-37315, 및 WV-37330)을 동물에게 투여하고, 마지막 투여 후 2일차 및 45일차에 간 조직을 채취하고, 마지막 투여 후 45일차에 신장 조직을 채취하였다. 도 38a에서 확인되는 바와 같이, 3가지 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-37314, WV-37315, 및 WV-37330)은 모두, 마지막 투여 후 2일차 및 최소 45일차의 간에서, 외인성 ADAR 없이 생체내 ACTB mRNA의 편집(25~50% 편집 범위)을 제공하였고, 편집 수준은 최종 투여 후 최소 45일 동안 높게 유지되었다. 또한 도 38b에서 볼 수 있는 바와 같이, 3가지 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-37314, WV-37315, 및 WV-37330)은 모두, 마지막 투여 후 최소 45일차의 신장에서, 외인성 ADAR 없이 생체내 ACTB mRNA의 편집(5~50% 편집 범위)을 제공하였다. 간과 신장 모두에서 분석을 수행하여 올리고뉴클레오티드 양을 평가하였다. 도 38은 조직 g당 150~1000 ug의 범위를 갖는 마지막 투여 후 2일 및 45일차 간, 및 조직 g당 5~35 ug의 범위를 갖는 마지막 투여 후 45일차 신장에 대한 특정 데이터를 예시한 것으로, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물의 다양한 조직으로의 전달 및/또는 다양한 조직에서의 안정성을 확인시켜 준다. 도 38에서 확인되는 바와 같이, 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 다른 조직(예: 신장)에 비해 하나 이상의 조직(예: 간)에서 더 높은 수준으로 선택적으로 전달되고/되거나 유지될 수 있다.
실시예 54. 제공된 기술은 다양한 시스템에서 편집 활성을 제공할 수 있다.
설명된 바와 같이, 본 발명은 특히, 다양한 시스템, 예를 들어 다양한 유형의 세포, 조직, 기관, 유기체 등에서 편집을 제공할 수 있는 기술을 제공한다. 인간 신경세포에서의 편집을 확인시켜 주는 특정 데이터는 도 39에 제시되어 있다. iCell 신경세포 및 iCell 성상세포(각각 도 39a 및 도 39b; 각각 iNeurons 및 iAstrocytes로 지칭될 수도 있음; 둘 다 Brainxell에서 입수가능)를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 짐노틱 전달에 의해 처리하였다. 도 39a에 나타낸 바와 같이, 4가지 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-27404, WV-37317, WV-37318, 및 WV-37324)은 모두 인간 신경세포에서의 편집을 제공하였다. 일부 구현예에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)을 본 발명에 따라 사용하여 편집 수준을 개선할 수 있음이 확인되었다(예를 들어, WV-37317, WV-37318, 및 WV-37324는 iCell 신경세포에서의 다양한 농도에서 WV-27404에 비해 더 높은 수준의 편집을 제공하였다, 도 39a). iCell 성상세포에서의 ACTB 편집에 대한 특정 데이터를 도 39b에 제시하였다. iCell 신경세포 및 iCell 성상세포에서의 추가적인 표적 아데노신 편집에 대한 특정 데이터를 도 39c 및 도 39d에 각각 제시하였다. 세포를 표시된 농도의 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물로 짐노틱 전달에 의해 처리하였다. 각각의 mRNA를 표적화하는 WV-40590(UGP2 표적화), WV-40591(EEF1A1 표적화), WV-40592(SRSF1 표적화), WV-40595(HSP90AB1 표적화), WV-40596(HSP90B1 표적화), 및 WV-40594(GHITM 표적화)를 각각 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 iCell 신경세포 및 성상세포에 투여하였다. 본 개시내용을 읽은 당업자는 특히 본 발명에 따른 제공된 기술을 사용하여 (예를 들어, 도면에 제시된 것보다) 더 높은 편집 수준이 달성될 수 있음을 이해할 것이다. 특히, 도 39는 제공된 기술이 짐노틱 전달에 의해 신경세포로 효과적으로 전달될 수 있고 적어도 며칠(예를 들어, 도 39에 도시된 바와 같이, 적어도 5일 또는 6일) 동안 이러한 세포에서 높은 수준의 편집을 제공할 수 있음을 보여주었다.
실시예 55. 올리고뉴클레오티드 기술을 평가하기 위한 유용한 기술.
특히, 본 발명은 편집, 예를 들어 A에서 I(G)로의 편집을 위한 제제, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 평가하는 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 ADAR 폴리펩티드, 예를 들어 ADAR1 폴리펩티드와 상호작용하고/하거나 이의 하나 이상의 기능을 조절하거나 이용하는 제제(예: 올리고뉴클레오티드) 및 이의 조성물을 평가하는 데 유용한 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고/하거나 발현하도록 조작된 비인간 동물 세포 및/또는 비인간 동물을 제공한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 영장류 ADAR1 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 영장류 ADAR1이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 영장류 ADAR1이다. 일부 구현예에서, 영장류는 비인간 영장류이다. 일부 구현예에서, 영장류는 인간이다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p110 ADAR1 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p110 ADAR1이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p110 ADAR1이다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p150 ADAR1 또는 이의 특징부이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p150 ADAR1이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부는 인간 p150 ADAR1이다. 일부 구현예에서, 비인간 동물은 설치류이다. 일부 구현예에서, 이는 래트이다. 일부 구현예에서, 이는 마우스이다. 일부 구현예에서, 본 발명은 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스를 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스 세포를 제공한다.
특히, 본 실시예는 제공된 기술이 편집, 예를 들어 실시예에 기재된 아데노신 편집에 유용한 제제, 예를 들어 올리고뉴클레오티드, 및 이의 조성물을 평가하는 데 특히 유용함을 보여준다. 특히, 다양한 인간 세포에서 편집을 제공할 수 있는 다양한 제제(예: 올리고뉴클레오티드) 및 이의 조성물이 인간 ADAR(예: 인간 ADAR1)을 포함하지 않거나 발현하지 않는 특정 세포(예: 마우스 세포) 및 설치류(예: 마우스)와 같은 특정 동물에서 편집을 나타내지 않거나 훨씬 낮은 수준으로 나타낼 수 있음이 본 발명에서 제공되고 본 실시예에서 확인된다. 특히, 일반적으로 사용되는 동물 모델인 마우스는 인간에서 활성인 제제가 활성을 나타내지 않거나 매우 낮은 수준의 활성을 나타낼 수 있기 때문에 인간에서의 편집을 위한 다양한 제제(예: 올리고뉴클레오티드)를 평가하는 데 사용이 제한적일 수 있다(도 40 및 도 47, 야생형(WT) 마우스 및 세포, 인간 세포, 및 hADAR1 p110을 발현하도록 조작된 세포 및 마우스(huADAR mouse)에 대한 데이터 참조) 일부 구현예에서, 본 발명은 인간 ADAR1(예를 들어, 인간 ADAR1 p110, p150 등)을 발현하도록 조작된 세포 및 비인간 동물(예를 들어, 마우스와 같은 설치류), 및 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물과 같은 편집 제제를 평가하기 위한 이들의 용도를 제공한다 특히, 이러한 조작된 세포 및/또는 동물은 그렇게 조작되지 않은 세포 및/또는 동물보다 인간 세포에서 더 상관관계가 있는 활성 및/또는 예측적인 활성을 나타낼 수 있다.
인간 ADAR1을 발현하는 비인간 마우스의 생성: 인간 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 발현하도록 조작된 마우스를 제공하기 위해 다양한 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 특정의 유용한 기술은 예를 들어 실시예 62에 예로서 설명되어 있다.
도 40, 도 41 및 도 47에 나타낸 바와 같이, 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스 세포(도 40 및 도 47) 및 동물(도 41)에서, 다양한 올리고뉴클레오티드는 인간 ADAR1을 발현하도록 조작되지 않은 기준 마우스 세포 및 동물과 비교하여 인간 세포에서의 활성 프로파일과 매우 유사한 활성 프로파일을 나타냈다. 예를 들어, 많은 올리고뉴클레오티드는 인간 ADAR1을 발현하는 인간 세포 및/또는 인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스 세포 및 동물과 비교하여, 인간 ADAR1을 발현하도록 조작되지 않은 기준 마우스 세포 및 동물에서 활성을 나타내지 않거나 훨씬 더 낮은 수준의 활성을 나타냈다.
실시예 56. 키랄 제어 및 다양한 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 제공된 기술은 시험관내 및 생체내 높은 편집 활성을 제공할 수 있다.
특히, 본 실시예는 키랄 제어 및 다양한 유형의 뉴클레오티드간 연결을 사용하여 편집 효율을 효과적으로 향상시킬 수 있음을 확인시켜 준다. 도 40, 도 41 및 도 47에 나타낸 바와 같이, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 도 40a의 WV-38700 및 WV-38702, 및 도 40b의 WV-38697 및 WV-38699)은 기준 비-키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 도 40a의 WV-38701 및 도 40b의 WV-38698; 도 47을 또한 참조)에 비해 더 높은 편집 효율을 제공할 수 있다. 특히, 본 실시예는 본 발명에 따른 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)의 통합이 또한 생체내 및 시험관내 편집 효율을 향상시킬 수 있음을 확인시켜 준다(도 40a 및 도 41a의 WV-38702, 및 도 40b 및 도 41b의 WV-38699; 도 47을 또한 참조). UGP(WV-38700, WV-38700 및 WV-38702) 또는 EEF1A1(WV-38697, WV-38697 및 WV-38699)을 표적화하는 GalNAc-접합 올리고뉴클레오티드의 조성물을 세포에 투여하였다. 도 41의 경우, 인간 ADAR-p110을 내인적으로 발현하도록 조작된 C57/Blk6 마우스(인간 ADAR-p110 마우스)에서 총 3회 용량(1일, 3일, 및 5일)에 대해, 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물을 10 mg/kg의 용량으로 피하(SC) 투여에 의해 격일로 동물에게 투여하였다. 야생형 C57/Blk6 마우스에서 동일한 투여 요법을 사용하여 WV-38702 및 WV-38699 조성물을 투여하였다. 마지막 투여 3일 후(8일차)에 모든 마우스의 간을 채취하였다. 특히, 본 실시예는 일부 구현예에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예: n001)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물이 본 발명에 따라 개선된 편집 효율을 제공할 수 있음을 확인시켜 준다.
실시예 58. 제공된 기술은 생체내 편집 활성을 제공할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명은 특히 다양한 시스템, 예를 들어 다양한 세포, 조직, 및/또는 기관에서 생체내 편집 활성을 제공할 수 있는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 제공된 기술이 CNS를 포함하여 생체내 다양한 조직에서 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 주는 특정 데이터는 도 42에 제시되어 있다. 인간 Adar-p110을 내인적으로 발현하도록 조작된 C57/Blk6 마우스(인간 ADAR-p110 마우스)에, 표시된 올리고뉴클레오티드 조성물을 단일 100 ug 용량 또는 2일 간격의 2 x 50 ug 용량으로 뇌실내(ICV) 투여에 의해 투여하였다. 단일 투여 8일 후 및 마지막 50 ug 투여 6일 후에 여러 CNS 조직을 채취하고 분석하였다. 도 42에서 볼 수 있는 바와 같이, UGP2 올리고뉴클레오티드(WV-40590)는 분석된 모든 뇌 영역에 존재했으며, 농도 범위는 조직 g당 5~60 ug이었다(도 42a). UGP2 mRNA는 분석된 모든 조직(피질, 소뇌, 선조체, 해마, 뇌간 및 척수)에서 10~60% 범위의 편집 비율로 편집되었다. 다른 표적 SRSF1의 경우, 올리고뉴클레오티드(WV-40592)는 분석된 모든 뇌 영역에서 조직 g당 5~45 ug 범위의 농도로 관찰되었고(도 42b), SRSF1 mRNA는 분석된 모든 조직(피질, 소뇌, 선조체, 해마, 뇌간 및 척수)에서 편집 비율이 10~40% 범위인 편집을 나타냈다. 특히, 본 실시예는 제공된 기술이 CNS를 포함한 생체내 다양한 조직에서 편집을 제공할 수 있으며 마지막 투여 후 최소 1주일 동안 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 준다.
실시예 59. 특정 조성물의 활성은 특정 ADAR 폴리펩티드의 수준과 상관관계가 있을 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 폴리펩티드를 이용해 편집을 제공할 수 있다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 일부 구현예에서, 제공된 기술은 ADAR1을 이용해 편집을 제공하고; 일부 구현예에서, 제공된 기술은 ADAR1 p110을 이용해 편집을 제공하고; 일부 구현예에서, 제공된 기술은 ADAR1 p150을 이용해 편집을 제공하고; 일부 구현예에서, 제공된 기술은 ADAR2를 이용해 편집을 제공하고; 일부 구현예에서, 하나 이상의 ADAR 폴리펩티드 및/또는 이의 동형의 수준은 하나 이상의 다른 것보다 편집 수준과 더 관련될 수 있고; 일부 구현예에서, 제공된 기술은 2개 이상의 ADAR 단백질(예를 들어, ADAR1, ADAR2 등) 및/또는 이의 동형(예를 들어, ADAR1의 p110 및/또는 p150)을 이용하고; 일부 구현예에서, 제공된 기술은 p110과 p150을 둘 다 이용하고, 임의로 ADAR1의 다른 동형을 이용한다. 일부 구현예에서, 편집 수준은 ADAR1의 수준과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 편집 수준은 ADAR1 p110의 수준과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 편집 수준은 ADAR1 p150의 수준과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 편집 수준은 ADAR1 p150의 수준보다 ADAR1 p110의 수준과 더 관련이 있다(예를 들어, 특정 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물에서 관찰시). 일부 구현예에서, 편집 수준은 ADAR1 p110의 수준보다 ADAR1 p150의 수준과 더 관련이 있다(예를 들어, 특정 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에서 관찰시). 특히, 본 실시예는 특정 상황에서 특정 올리고뉴클레오티드 조성물의 특정 편집 수준과 특정 단백질(및/또는 이의 동형) 수준 사이에서 관찰된 특정 연관성을 보여주는 데이터를 제공한다. 일부 구현예에서, ADAR1(두 동형 모두), ADAR1 p150, 또는 ADAR2를 표적화하는 소형 간섭 RNA(siRNA) 시약을 사용하여 특정 단백질의 수준이 감소한 경우 편집 활성을 평가하였다(도 43 및 도 44). 올리고뉴클레오티드 조성물을 세포에 형질감염시켰다. 나타낸 바와 같이, IFN-a 치료는 ARPE1919 세포에서 ADAR1 p150 발현 수준을 증가시킬 수 있다. 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-23928의 경우, 비-IFN-a 처리와 비교하여 IFN-a 자극 후 증가된 수준의 편집이 관찰되었다(도 44, 왼쪽 패널, NTC-siRNA). ADAR1(p110 및 p150) 또는 ADAR1 p150 단독의 넉다운은 IFN-a 자극을 포함한 편집을 감소시켰다. 이론에 구애되고자 함이 없이, WV-23928에 의한 편집은 ADAR1 p150의 수준과 관련될 수 있으며, 일부 구현예에서는 p110의 수준과 더 관련될 수 있고/있거나 WV-27395에 의한 것보다 더 관련될 수 있다. 이론에 구애되고자 함이 없이, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-27395에 의한 편집은 WV-23928과 비교하여 ADAR1 p150 또는 IFN-a 치료의 수준과 덜 관련될 수 있고/있거나(또는 일부 구현예에서는 크게 관련되지 않음), ADAR1 p110의 수준과 더 관련될 수 있다. 일부 구현예에서, IFN-a 치료는 WV-27395가 제공하는 편집 수준에 유의미한 영향을 미치지 않았다(도 44, 오른쪽 패널). ADAR2 단백질은 이러한 테스트 조건에서 유의미한 수준으로 검출되지 않았으며, siRNA 매개 ADAR2 고갈은 WV-23928 또는 WV-27395의 편집 효율에 큰 영향을 미치지 않는 것으로 보여다(도 44).
실시예 60. 제공된 기술은 높은 특이성을 제공할 수 있다.
특히, 제공된 기술은 높은 특이성을 제공할 수 있다. 본 실시예는 이러한 특이성을 확인시켜 주는 예로서 특정 데이터를 제공한다.
일부 구현예에서, 특이성을 평가하기 위해, 가닥-특이적 라이브러리를 사용한 딥 RNA 시퀀싱(RNA-seq)을 수행하여 온-타겟 및 오프-타겟 편집을 정량화하였다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-27458 및 입체무작위 조성물 WV-30298을 원발성 인간 간세포에서 평가하였다. 일부 구현예에서, RNA-seq로 검출된 온-타겟 표적 편집의 백분율은 Sanger 시퀀싱으로 검출된 백분율과 상관관계가 많은 것으로 관찰되었다((R2=0.996). 또한, WV-30298(31.9%, 도 4b)보다 WV-27458(53.8%)에서 더 높은 비율의 ACTB 편집이 검출되었다. ACTB 전사체의 다른 곳에서는 편집이 검출되지 않았다.
전체 전사체에 대한 오프-타겟 편집을 평가하기 위해, Mutect2를 사용하여 편집 부위를 호출하였다. 일부 구현예에서, Mutect 2는 특히 저주파 변이체를 검출하는 감도를 제공할 수 있고, 모의 샘플과 처리 샘플 모두에 있는 변이체를 사전 필터링하는 기능을 제공할 수 있다. 처리된 샘플에 특이적인 대부분의 검출 변이체는 반복 영역(예: Alu-반복 영역)에 있었고, 다른 리포터와 유사하게 이러한 변이체는 필터링되었다. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 (예를 들어, Alu-반복 영역에서 확인된 다양한 변이체에 의해 입증된 바와 같이) 자연적인 편집 항상성을 손상시키지 않고 표적 전사체에 대한 서열 특이적 편집을 지시할 수 있다. 필터를 적용했을 때 WV-30298 처리된 샘플에서 178개의 변이체가 확인되었고, WV-27458 처리된 샘플에서 모의 처리된 샘플에서 발견되지 않은 169개의 변이체가 확인되었다. 이러한 변이체는 오프-타겟 편집이 발생할 수 있는 잠재적인 부위이다.
이러한 변이체의 대부분은 3'-미번역 영역에 매핑되며, 모든 변이체는 표적화된 ACTB 부위보다 훨씬 낮은 LOD 점수를 갖는다(ACT-69의 경우 40배, WV-27458의 경우 80배 더 낮음). 또한, 대부분의 잠재적인 오프-타겟 편집은 판독 범위가 낮거나(WV-27458: 평균 편집 범위 >10% = 45, 평균 범위 <10% = 139; WV-30298: 평균 범위 >10% = 43, 평균 범위 <10% = 143), 낮은 비율(판독의 10% 미만)로 발생했으며, 이는 WV-30298과 WV-27458이 둘 다 매우 특이적인 편집 활성을 유도했음을 나타낸다(도 45). WV-30298(145)과 WV-27458(154)로 검출된 오프-타겟 부위 사이에는 거의 겹침이 없었고(24), 오프-타겟 부위 주변의 서열은 ACTB의 표적 서열과 관련이 없었으며, 이는 오프-타겟 편집이 있는 경우 서열에 무관할 수 있음을 나타낸다. 24개의 공유 오프-타겟 부위 중, 대부분은 낮은 편집 비율과 함께 높은 커버리지를 가졌고, 이는 비교적 드문 이벤트임을 나타낸다. 특히, 본원에 제시된 데이터는 제공된 기술이 표적 아데노신의 고도로 특이적인 A에서 I로의 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 준다.
실시예 61. 제공된 기술은 다중 편집을 제공할 수 있다.
특히, 제공된 기술은 시스템의 여러 표적을 동시에 편집할 수 있다. 일례를 이하 설명한다.
일 구현예에서, 원발성 인간 간세포의 3개의 유전자에 대한 전사체를 다중 조건에서 편집하였다. 나타낸 바와 같이, 형질감염 후에 3개의 유전자 모두에 대한 전사체의 효율적인 편집이 달성되었다. 일부 구현예에서, EEF1A 전사체의 편집은 단독에 비해 다중 조건에서 감소할 수 있지만(도 46a, Welch의 t-검정, P<0.05), 여전히 상당히 높은 편집 수준이 달성될 수 있다. 다중 편집은 또한 GalNAc를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 사용한 경우 달성되었다(도 46b). 특히, 이러한 데이터는 제공된 기술이 외인성 ADAR 없이 일부 경우 본 실시예에서와 같이 효과적인 다중 편집을 제공할 수 있음을 보여준다.
실시예 62. 제공된 동물 모델은 생체내 편집 활성을 확인시켜 준다.
본원에 기재된 바와 같이, 제공된 기술을 평가하기 위해 다양한 기술을 이용할 수 있다. 특히, 본 실시예는 이러한 유용한 기술을 예로서 설명한다. 당업자는 본 발명에 따라, 제공된 기술, 예를 들어 다양한 아데노신을 표적화하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 평가하기 위해 다양한 파라미터, 조건 등이 조정될 수 있음을 이해한다.
DNA 발현 구성체. 일부 구현예에서, 이중-루시퍼라제 리포터를 사용하여 RNA 편집을 평가하였다. 일부 구현예에서, 합성은 Genscript(USA)로 수행하였고 기존 보고서를 기반으로 하였다(예를 들어, 문헌[Cox, D. B. T. et al. RNA editing with CRISPR-Cas13. Science (New York, N.Y.) 358, 1019-1027, doi:10.1126/science.aaq0180 (2017)]). 일부 구현예에서, 인간 ADAR1 p110(NM_001025107), 인간 ADAR1p150 (NM_001111), 및 인간 ADAR2(NM_001112)를 암호화하는 플라스미드를 새로 합성하였다(GenScript, USA).
세포주. 제공된 기술을 평가하는 데 다양한 세포가 유용할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 상업적으로 입수할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 보고된 절차에 따라 제조될 수 있다. 예를 들어, ARPE-19 세포는 ATCC(CRL-2302, Manassas, Virginia)에서 입수할 수 있고, 원발성 인간 망막 색소 상피세포(RPE)는 Lonza(카탈로그 번호 00194987, Basel, Switzerland)에서 입수할 수 있고, 원발성 인간 간세포는 Thermo Fisher(카탈로그 번호 HMCPUS, USA)에서 입수할 수 있고, 원발성 인간 기관지 상피세포는 Lonza(카탈로그 번호 CC-2540)에서 입수할 수 있다.
루시퍼라제 리포터 분석. 일부 구현예에서, 본 발명은 제공된 편집 제제, 예를 들어 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 조성물을 평가하기 위해 루시페라제 리포터 분석을 제공하고 이를 이용한다. 유용한 절차를 예로서 이하 설명한다.
6웰 접시에 웰당 700,000개 세포로 시딩된 293T 세포를 제조사의 프로토콜에 따라 OptiMEM에서 5 uL의 리포펙타민 2000(Thermo Fisher, USA)을 사용하여 1.25 ug의 루시퍼라제 리포터 구성체 및 ADAR1- 또는 ADAR2- 발현 벡터로 시딩 후 16시간 동안 형질감염시켰다. 다음 날 아침, 세포에 새로운 완전 배지를 보충하였다. 8시간 후, 세포를 분리하고 96웰 플레이트에서 역형질감염시켰다. 올리고뉴클레오티드 및 리포펙타민 2000(Thermo Fisher, USA)(0.25 uL/웰)을 각각 별개의 튜브에서 10 uL의 최종 부피로 OptiMEM에 희석하였다. 5분 후, 두 희석액을 혼합하고 20분 동안 인큐베이션한 후, 항생제가 없는 배지에서 130 uL의 세포 현탁액(20,000개 세포/웰)에 첨가하였다. Pierce Gaussia 또는 Cypridina Luciferase Glow Assay Kit(Thermo Fisher, 각각 카탈로그 번호 16161 및 16171)를 사용하여 48~96시간 후에 루시퍼라제 활성을 측정하였다. 분비된 루시페라제를 함유하는 배지의 20 uL 분취량 2개를 사용하여 제조사의 프로토콜에 따라 루시퍼라제 활성(루시페라제 분석당 20 uL)을 측정하였다. cLuc 활성을 동일한 웰의 gLuc 활성으로 정규화하였고, 모든 데이터를 모의-형질감염 대조군(올리고뉴클레오티드 없음)으로 표준화하였다. 일부 구현예에서, 실험은 생물학적 복제(n=2)로서 수행되었다.
siRNA 및 IFN-알파(IFN-a) 연구. 일부 구현예에서, 제공된 기술을 평가하기 위해 이러한 기술을 이용하였다. 하나의 실험을 예로서 이하 설명한다. 6웰 접시에 웰당 250,000개 세포로 시딩된 ARPE-19 세포를 20 nM의 적절한 siRNA 및 7 uL의 리포펙타민 RNAiMAX(Life Technologies)로 형질감염시켰다. siRNA 및 RNAiMAX를 각각 별개의 튜브에서 250 uL의 최종 부피로 OptiMEM에 희석하였다. 5분 후, 두 희석액을 혼합하고 20분 동안 인큐베이션한 후, 1.5 mL의 완전 배지에서 ARPE-19 세포에 고르게 분포시켰다. 24시간 후, 세포를 분리하고 올리고뉴클레오티드 형질감염을 위한 96웰 플레이트(12,000개 세포/웰) 또는 단백질 넉다운을 확인하기 위한 6웰 플레이트에 플레이팅하였다. 16시간 후, 96웰 플레이트의 세포를 올리고뉴클레오티드로 형질감염시켰다. 올리고뉴클레오티드 및 리포펙타민 RNAiMAX(0.3 uL/웰)을 별개의 튜브에서 10 uL의 최종 부피로 OptiMEM에 희석하였다. 5분 후, 두 희석액을 혼합하고 20분 동안 인큐베이션한 후, 100 uL의 새로 보충된 배지의 세포에 첨가하였다. IFN-a(Millipore, 카탈로그 번호 IF007)를 올리고뉴클레오티드 형질감염시 6000 U/mL의 최종 농도로 배지에 첨가하였다. siRNA는 Thermo Fisher에서 입수하였고, ADAR1(두 동형 모두; ADAR1 Silencer Select siRNA, 카탈로그 번호 4390824 s1008), ADAR1 p150 (Custom Silencer Select siRNA, 센스 가닥: 5'-GCCUCGCGGGCGCAAUGAAtt; antisense strand: 5'-UUCAUUGCGCCCGCGAGGCat), ADAR2 (ADARB1 Silencer Select siRNA, 카탈로그 번호 4392420 s1012), 또는 비표적화 대조군(Silencer Select Negative Control No.1, 카탈로그 번호 4390843)를 표적으로 하였다.
웨스턴 블롯. 일부 구현예에서, 웨스턴 블롯이 이용된다. 당업자는 다양한 프로토콜이 본 발명에 따라 이용될 수 있음을 인식한다. 일례에서, 웨스턴 블롯의 경우 세포를 PBS로 1회 세척하고, 프로테아제 억제제를 함유하는 RIPA 완충액(Thermo, 카탈로그 번호 89900)에 용해시켰다. 제거된 용해물을 새로운 튜브로 옮기고 제조사의 프로토콜에 따라 BCA 단백질 분석 키트를 사용하여 총 단백질을 정량화하였다. 환원제가 포함된 XT 샘플 완충액에서 샘플을 90℃로 5분 동안 가열하여 변성시켰다. 샘플당 7 ug의 단백질을 Criterion XT 4~12% 단백질 겔에 로딩하고 XT MOPS 러닝 완충액으로 분해하였다. BioRad Trans-Blot Turbo 시스템을 사용하여 단백질을 니트로셀룰로스 멤브레인으로 옮겼다. 멤브레인을 5% 우유 용액에서 1시간 동안 차단하고, TBST(항-ADAR1: Cell Signaling 카탈로그 번호 1417; 항-빈쿨린: Invitrogen 카탈로그 번호 MA5-11690)에서 1:1,000으로 희석된 1차 항체로 4℃에서 밤새 염색하였다 멤브레인을 세척하고 PBS, 5% 무지방 우유에서 1:10,000로 희석된 2차 항체(각각 당나귀 항-토끼-IRDye 800CW 및 염소 항-마우스-IRDye680LT)와 함께 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 세척 후, ODYSSEY CLx 이미징 시스템에서 멤브레인을 시각화하였다. Image Studio Lite 버전 5.2 소프트웨어를 사용하여 단백질 밴드의 강도를 분석하였다.
내인성 RNA-편집 분석. 일부 구현예에서, 제공된 기술은 내인성 RNA-편집 분석을 이용해 평가된다. 유용한 프로토콜을 예로서 본원에 설명한다. 형질감염 조건에서 내인성 전사체의 편집을 평가하기 위해, 원발성 간세포(웰당 10,000~20,000개 세포)를 96웰 플레이트에 시딩하였다. 16시간 후, 리포펙타민 RNAiMax(0.3 uL/웰)을 사용하여 올리고뉴클레오티드(50 nM 최종 농도)를 형질감염시켰다. 올리고뉴클레오티드 및 리포펙타민을 별개의 튜브에서 10 uL의 최종 부피로 희석하였다. 5분 후, 두 희석액을 혼합하고 추가 20분 동안 인큐베이션한 후, 100 uL의 배지의 세포에 첨가하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. GalNAc 매개 흡수의 경우, 간세포를 시딩할 때 올리고뉴클레오티드를 원하는 농도로 배지에 첨가하였다(웰당 10,000개의 간세포; 96웰 플레이트). 짐노틱 흡수의 경우, NHBE 세포를 96웰 플레이트에 시딩하고(5,000개 세포/웰), 16시간 후 원하는 농도의 올리고뉴클레오티드를 함유하는 새로운 배지로 세포를 처리하였다. 48시간 후에, 예를 들어 이하 설명된 프로토콜을 사용하여 RNA를 채취하였다.
일부 구현예에서, 제조사의 프로토콜에 따라 Promega SV 96 Total RNA Isolation System을 사용하여 세포로부터 RNA를 채취하였다. RNA는 40~50 uL의 최종 부피로 용출되었다. 제조사의 프로토콜에 따라 20 uL 반응에서 고용량 cDNA 역전사 키트(Life Technologies, 카탈로그 번호 4374967)를 사용하여 cDNA를 생성하기 위해 9 uL의 RNA를 사용하였다. Phusion High-Fidelity DNA Polymerase(Thermo Fisher, 카탈로그 번호 F530) 및 전사체에 적절한 프라이머를 사용하여 관심 전사체를 증폭하기 위해 2 uL의 cDNA를 사용하였다. 특정의 유용한 프라이머를 아래에 예로서 나열하였다. 당업자는 동일한 유전자 및 다른 유전자에 다른 프라이머가 사용될 수 있음을 인식한다. AMPure XP 비드(Beckman Coulter)를 사용하여 PCR 산물을 정제하고, Sanger 시퀀싱(Genewiz, USA)으로 분석하였다. EditR 소프트웨어(https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/)을 사용하여 A-I 편집을 정량화하였다.
Figure pct00488
편집 특이성을 평가하기 위한 전사체 시퀀싱. 일부 구현예에서, 전사체 시퀀싱을 사용하여 특이성을 평가하였다. 유용한 프로토콜을 예로서 이하 설명한다.
올리고뉴클레오티드 처리 및 RNA 채취. 오프-타겟 편집 분석을 위해, 원발성 인간 간세포를 6웰 플레이트에 시딩하고 전술한 바와 같이 올리고뉴클레오티드 조성물(1 μM 최종 농도)로 처리하였다. 48시간 후, 세포를 PBS로 세척하고 1 mL의 Trizol/웰에 수집하였다. 각 샘플에 200 uL의 클로로포름을 첨가하고, 완전히 혼합하고 10분 동안 인큐베이션한 후 13,000g 에서 10분 동안 원심분리하였다. 수상을 Promega SV 96 Total RNA Isolation System 컬럼으로 옮기고 제조사의 프로토콜에 따라 RNA를 추출하였다. 충분한 RNA 품질과 양을 보장하기 위해 생물학적 복제당 2개의 웰을 사용하였다.
총 RNA는 리보솜이 고갈되었고 가닥-특이적 라이브러리가 생성되었다(Genewiz, USA). Illumina NovaSeq 플랫폼(Illumina, San Diego, CA, USA)을 사용하여 샘플당 50 M 판독(2 X 150 bp)을 시퀀싱하였다. Kmers(BBDuk) 트리밍을 사용하는 BBTools BB 오염 제거를 사용하여 어댑터 서열을 제거하였다(https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/). 변이체 호출 전, RNA 시퀀싱 데이터에서 변이체 호출에 대한 GATK 우수 사례를 사용하여 판독을 처리하였다(https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531192-RNAseq-short-variant-discovery-SNPs-Indels-). 요약하면, 트리밍된 판독을 STAR 정렬기 2-패스를 사용하여 게놈 어셈블리 GRCh38에 정렬하였다(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.26/). Picard의 AddOrReplaceReadGroups를 사용하여 모의 샘플 및 처리 샘플의 그룹 이름을 변경하였고, Picard의 MarkDuplicates를 사용하여 PCR 중복 판독을 제거하였다. 인트론에 대한 RNA 판독을 서식화하고, 라이브러리 제조 중에 발생할 수 있는 임의의 구조적 편향을 검출하기 위해 GATK의 SplitNCigar and BaseRecalbiatrion을 사용하였다. 변이체 호출의 경우, 처리 샘플에 고유한 변이체를 검출하기 위해 Mutect2를 사용하였다. 각 비교에 대해, 처리된 3개의 복제물은 모두 종양 샘플과 동일했고, 3개의 모의 복제물은 정상 샘플과 동일했다. FilterMutectCalls 이후에는, 통과된 변이체만 유지했다. 검출된 변이체의 유의성을 판단하기 위해 TLOD를 사용하였다. 알려진 ADAR 편집 부위를 필터링하기 위해, Mutect2 출력에서 Alu-반복 영역을 필터링하였다. Alu-반복 영역은 UCSC Table Browser(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables)에서 가져왔다. 5% 미만의 편집을 갖는 변이체는 제거하였다. 나머지 변이체에 주석을 추가하기 위해 Annovar를 사용하였다.
통계. 다양한 통계 방법이 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 다음과 같은 통계 방법을 사용하였다. 모든 통계 분석 및 플롯은 R 컴퓨팅 환경(v 3.6.0) 및 KNIME(Kontanz Information Miner) 플랫폼(v 4.1.3)에서 생성되었다. 모든 통계적 비교에 대해 불균등 분산을 가정하였다. 하나의 인자에 대한 두 평균과 다중 평균을 비교하기 위해 양측 Welch t-검정과 Welch 일원 분산분석을 각각 사용하였다. 2-인자 분석의 경우, car R 패키지(v 3.0-7)를 사용하여 불균등 분산을 교정하기 위해 백색조정 이원 분산분석을 수행하였다. 분산분석 후, 적용가능한 경우 multcomp R 패키지(v 1.4-13)를 사용하여 양측 대응표본 및 Dunnett 사후 검정 비교를 활용하였고, 다변수 t-분포(R 패키지 mvtnorm, v 1.1-0)를 통한 단일단계 방법을 통해 여러 가설에 대해 조정된 P 값을 사용하고, 이분산성을 조정하기 위해 강력한 HC3 공분산 추정을 사용하였다(R 패키지 sandwich, v 2.5-1). 용량 반응 곡선의 경우, 3-파라미터 로그-로지스틱 함수로 피팅하고, R 패키지 drc(v 3.0-1)를 사용하여 절대 EC50 값을 계산하였다. R 패키지 ggplot2 (v. 3.3.0)를 사용하여 나머지 플롯을 생성하였다.
인간 ADAR1을 발현하도록 조작된 마우스의 생성. 인간 ADAR1을 발현하는 조작된 마우스를 생성하기 위해 다양한 기술이 이용될 수 있다. 예를 들어, 특정의 유용한 기술은 US10314297B2에 기재되어 있다. 일례를 이하 설명하였다.
인간 ADAR-1 동형 p110(예: 전사 변이체 4) 폴리뉴클레오티드를 합성하고 Sanger 시퀀싱으로 확인하였다. 인간 ADAR-1 동형 p150(전사 변이체 1) 폴리뉴클레오티드를 또한 합성하고 Sanger 시퀀싱으로 확인하였다. 단편을 제한 효소로 분해하고 표적화 벡터에 결찰시켰다. 당업자는 다양한 벡터가 사용될 수 있음을 이해한다. 일부 구현예에서, 벡터는 선별마커, 예를 들어 암피실린 내성 양성 선별마커, 복제 시작 부위, 및 5'에서 3' 순으로 5'(일명 좌측) 상동성 아암, 아데노바이러스 유래 스플라이스 억셉터, KOZAK 서열, 관심 암호화 서열, 우드척 간염 바이러스 전사후 조절 요소(WPRE), 소 성장 호르몬(bGH) 폴리아데닐화 신호, 및 3'(일명 우측) 상동성 아암을 포함한다. 특정 서열이 예로서 아래에 제시되어 있다. 동일한 목적을 위한 다른 서열도 사용될 수 있다.
5' 상동성 아암:
GGAAGAGTCCTGACCCAGGGAAGACATTAAAAAGGTAGTGGGGTCGACTAGATGAAGGAGAGCCTTTCTCTCTGGGCAAGAGCGGTGCAATGGTGTGTAAAGGTAGCTGAGAAGACGAAAAGGGCAAGCATCTTCCTGCTACCAGGCTGGGGAGGCCCAGGCCCACGACCCCGAGGAGAGGGAACGCAGGGAGACTGAGGTGACCCTTCTTTCCCCCGGGGCCCGGTCGTGTGGTTCGGTGTCTCTTTTCTGTTGGACCCTTACCTTGACCCAGGCGCTGCCGGGGCCTGGGCCCGGGCTGCGGCGCACGGCACTCCCGGGAGGCAGCGAGACTCGAGTTAGGCCCAACGCGGCGCCACGGCGTTTCCTGGCCGGGAATGGCCCGTACCCGTGAGGTGGGGGTGGGGGGCAGAAAAGGCGGAGCGAGCCCGAGGCGGGGAGGGGGAGGGCCAGGGGCGGAGGGGGCCGGCACTACTGTGTTGGCGGACTGGCGGGACTAGGGCTGCGTGAGTCTCTGAGCGCAGGCGGGCGGCGGCCGCCCCTCCCCCGGCGGCGGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCAGCTCACTCAGCCCGCTGCCCGAGCGGAAACGCCACTGACCGCACGGGGATTCCCAGTGCCGGCGCCAGGGGCACGCGGGACACGCCCCCTCCCGCCGCGCCATTGGCCTCTCCGCCCACCGCCCCACACTTATTGGCCGGTGCGCCGCCAATCAGCGGAGGCTGCCGGGGCCGCCTAAAGAAGAGGCTGTGCTTTGGGGCTCCGGCTCCTCAGAGAGCCTCGGCTAGGTAGGGGATCGGGACTCTGGCGGGAGGGCGGCTTGGTGCGTTTGCGGGGATGGGCGGCCGCGGCAGGCCCTCCGAGCGTGGTGGAGCCGTTCTGTGAGACAGCCGGGTACGAGTCGTGACGCTGGAAGGGGCAAGCGGGTGGTGGGCAGGAATGCGGTCCGCCCTGCAGCAACCGGAGGGGGAGGGAGAAGGGAGCGGAAAAGTCTCCACCGGACGCGGCCATGGCTCGGGGGGGGGGGGGCAGCGGAGGAGCGCTTCCGGCCGACGTCTCGTCGCTGATTGGCTTCTTTTCCTCCCGCCGTGTGTGAAAACACAAATGGCGTGTTTTGGTTGGCGTAAGGCGCCTGTCAGTTAACGGCAGCCGGAGTGCGCAGCCGCCGGCAGCCTCGCTCTGCCCACTGGGTGGGGCGGGAGGTAGGTGGGGTGAGGCGAGCTGGACGTGCGGGCGCGGTCGGCCTCTGGCGGGGCGGGGGAGGGGAGGGAGGGTCAGCGAAAGTAGCTCGCGCGCGAGCGGCCGCCCACCCTCCCCTTCCTCTGGGGGAGTCGTTTTACCCGCCGCCGGCCGGGCCTCGTCGTCTGATTGGCTCTCGGGGCCCAGAAAACTGGCCCTTGCCATTGGCTCGTGTTCGTGCAAGTTGAGTCCATCCGCCGGCCAGCGGGGGCGGCGAGGAGGCGCTCCCAGGTTCCGGCCCTCCCCTCGGCCCCGCGCCGCAGAGTCTGGCCGCGCGCCCCTGCGCAACGTGGCAGGAAGCGCGCGCTGGGGGCGGGGACGGGCAGTAGGGCTGAGCGGCTGCGGGGCGGGTGCAAGCACGTTTCCGACTTGAGTTGCCTCAAGAGGGGCGTGCTGAGCCAGACCTCCATCGCGCACTCCGGGGAGTGGAGGGAAGGAGCGAGGGCTCAGTTGGGCTGTTTTGGAGGCAGGAAGCACTTGCTCTCCCAAAGTCGCTCTGAGTTGTTATCAGTAAGGGAGCTGCAGTGGAGTAGGCGGGGAGAAGGCCGCACCCTTCTC
스플라이스 억셉터:
gtgacctgcacgtctagggcgcagtagtccagggtttccttgatgatgtcatacttatcctgtcccttttttttccacagctcgcggttgaggacaaactcttcgcggtctttccagt
인간 ADAR1 p110:
ATGGCCGAGATCAAGGAGAAAATCTGCGACTATCTCTTCAATGTGTCTGACTCCTCTGCCCTGAATTTGGCTAAAAATATTGGCCTTACCAAGGCCCGAGATATAAATGCTGTGCTAATTGACATGGAAAGGCAGGGGGATGTCTATAGACAAGGGACAACCCCTCCCATATGGCATTTGACAGACAAGAAGCGAGAGAGGATGCAAATCAAGAGAAATACGAACAGTGTTCCTGAAACCGCTCCAGCTGCAATCCCTGAGACCAAAAGAAACGCAGAGTTCCTCACCTGTAATATACCCACATCAAATGCCTCAAATAACATGGTAACCACAGAAAAAGTGGAGAATGGGCAGGAACCTGTCATAAAGTTAGAAAACAGGCAAGAGGCCAGACCAGAACCAGCAAGACTGAAACCACCTGTTCATTACAATGGCCCCTCAAAAGCAGGGTATGTTGACTTTGAAAATGGCCAGTGGGCCACAGATGACATCCCAGATGACTTGAATAGTATCCGCGCAGCACCAGGTGAGTTTCGAGCCATCATGGAGATGCCCTCCTTCTACAGTCATGGCTTGCCACGGTGTTCACCCTACAAGAAACTGACAGAGTGCCAGCTGAAGAACCCCATCAGCGGGCTGTTAGAATATGCCCAGTTCGCTAGTCAAACCTGTGAGTTCAACATGATAGAGCAGAGTGGACCACCCCATGAACCTCGATTTAAATTCCAGGTTGTCATCAATGGCCGAGAGTTTCCCCCAGCTGAAGCTGGAAGCAAGAAAGTGGCCAAGCAGGATGCAGCTATGAAAGCCATGACAATTCTGCTAGAGGAAGCCAAAGCCAAGGACAGTGGAAAATCAGAAGAATCATCCCACTATTCCACAGAGAAAGAATCAGAGAAGACTGCAGAGTCCCAGACCCCCACCCCTTCAGCCACATCCTTCTTTTCTGGGAAGAGCCCCGTCACCACACTGCTTGAGTGTATGCACAAATTGGGGAACTCCTGCGAATTCCGTCTCCTGTCCAAAGAAGGCCCTGCCCATGAACCCAAGTTCCAATACTGTGTTGCAGTGGGAGCCCAAACTTTCCCCAGTGTGAGTGCTCCCAGCAAGAAAGTGGCAAAGCAGATGGCCGCAGAGGAAGCCATGAAGGCCCTGCATGGGGAGGCGACCAACTCCATGGCTTCTGATAACCAGCCTGAAGGTATGATCTCAGAGTCACTTGATAACTTGGAATCCATGATGCCCAACAAGGTCAGGAAGATTGGCGAGCTCGTGAGATACCTGAACACCAACCCTGTGGGTGGCCTTTTGGAGTACGCCCGCTCCCATGGCTTTGCTGCTGAATTCAAGTTGGTCGACCAGTCCGGACCTCCTCACGAGCCCAAGTTCGTTTACCAAGCAAAAGTTGGGGGTCGCTGGTTCCCAGCCGTCTGCGCACACAGCAAGAAGCAAGGCAAGCAGGAAGCAGCAGATGCGGCTCTCCGTGTCTTGATTGGGGAGAACGAGAAGGCAGAACGCATGGGTTTCACAGAGGTAACCCCAGTGACAGGGGCCAGTCTCAGAAGAACTATGCTCCTCCTCTCAAGGTCCCCAGAAGCACAGCCAAAGACACTCCCTCTCACTGGCAGCACCTTCCATGACCAGATAGCCATGCTGAGCCACCGGTGCTTCAACACTCTGACTAACAGCTTCCAGCCCTCCTTGCTCGGCCGCAAGATTCTGGCCGCCATCATTATGAAAAAAGACTCTGAGGACATGGGTGTCGTCGTCAGCTTGGGAACAGGGAATCGCTGTGTAAAAGGAGATTCTCTCAGCCTAAAAGGAGAAACTGTCAATGACTGCCATGCAGAAATAATCTCCCGGAGAGGCTTCATCAGGTTTCTCTACAGTGAGTTAATGAAATACAACTCCCAGACTGCGAAGGATAGTATATTTGAACCTGCTAAGGGAGGAGAAAAGCTCCAAATAAAAAAGACTGTGTCATTCCATCTGTATATCAGCACTGCTCCGTGTGGAGATGGCGCCCTCTTTGACAAGTCCTGCAGCGACCGTGCTATGGAAAGCACAGAATCCCGCCACTACCCTGTCTTCGAGAATCCCAAACAAGGAAAGCTCCGCACCAAGGTGGAGAACGGAGAAGGCACAATCCCTGTGGAATCCAGTGACATTGTGCCTACGTGGGATGGCATTCGGCTCGGGGAGAGACTCCGTACCATGTCCTGTAGTGACAAAATCCTACGCTGGAACGTGCTGGGCCTGCAAGGGGCACTGTTGACCCACTTCCTGCAGCCCATTTATCTCAAATCTGTCACATTGGGTTACCTTTTCAGCCAAGGGCATCTGACCCGTGCTATTTGCTGTCGTGTGACAAGAGATGGGAGTGCATTTGAGGATGGACTACGACATCCCTTTATTGTCAACCACCCCAAGGTTGGCAGAGTCAGCATATATGATTCCAAAAGGCAATCCGGGAAGACTAAGGAGACAAGCGTCAACTGGTGTCTGGCTGATGGCTATGACCTGGAGATCCTGGACGGTACCAGAGGCACTGTGGATGGGCCACGGAATGAATTGTCCCGGGTCTCCAAAAAGAACATTTTTCTTCTATTTAAGAAGCTCTGCTCCTTCCGTTACCGCAGGGATCTACTGAGACTCTCCTATGGTGAGGCCAAGAAAGCTGCCCGTGACTACGAGACGGCCAAGAACTACTTCAAAAAAGGCCTGAAGGATATGGGCTATGGGAACTGGATTAGCAAACCCCAGGAGGAAAAGAACTTTTATCTCTGCCCAGTATAG
인간 ADAR1 p150:
ATGAATCCGCGGCAGGGGTATTCCCTCAGCGGATACTACACCCATCCATTTCAAGGCTATGAGCACAGACAGCTCAGATACCAGCAGCCTGGGCCAGGATCTTCCCCCAGTAGTTTCCTGCTTAAGCAAATAGAATTTCTCAAGGGGCAGCTCCCAGAAGCACCGGTGATTGGAAAGCAGACACCGTCACTGCCACCTTCCCTCCCAGGACTCCGGCCAAGGTTTCCAGTACTACTTGCCTCCAGTACCAGAGGCAGGCAAGTGGACATCAGGGGTGTCCCCAGGGGCGTGCATCTCGGAAGTCAGGGGCTCCAGAGAGGGTTCCAGCATCCTTCACCACGTGGCAGGAGTCTGCCACAGAGAGGTGTTGATTGCCTTTCCTCACATTTCCAGGAACTGAGTATCTACCAAGATCAGGAACAAAGGATCTTAAAGTTCCTGGAAGAGCTTGGGGAAGGGAAGGCCACCACAGCACATGATCTGTCTGGGAAACTTGGGACTCCGAAGAAAGAAATCAATCGAGTTTTATACTCCCTGGCAAAGAAGGGCAAGCTACAGAAAGAGGCAGGAACACCCCCTTTGTGGAAAATCGCGGTCTCCACTCAGGCTTGGAACCAGCACAGCGGAGTGGTAAGACCAGACGGTCATAGCCAAGGAGCCCCAAACTCAGACCCGAGTTTGGAACCGGAAGACAGAAACTCCACATCTGTCTCAGAAGATCTTCTTGAGCCTTTTATTGCAGTCTCAGCTCAGGCTTGGAACCAGCACAGCGGAGTGGTAAGACCAGACAGTCATAGCCAAGGATCCCCAAACTCAGACCCAGGTTTGGAACCTGAAGACAGCAACTCCACATCTGCCTTGGAAGATCCTCTTGAGTTTTTAGACATGGCCGAGATCAAGGAGAAAATCTGCGACTATCTCTTCAATGTGTCTGACTCCTCTGCCCTGAATTTGGCTAAAAATATTGGCCTTACCAAGGCCCGAGATATAAATGCTGTGCTAATTGACATGGAAAGGCAGGGGGATGTCTATAGACAAGGGACAACCCCTCCCATATGGCATTTGACAGACAAGAAGCGAGAGAGGATGCAAATCAAGAGAAATACGAACAGTGTTCCTGAAACCGCTCCAGCTGCAATCCCTGAGACCAAAAGAAACGCAGAGTTCCTCACCTGTAATATACCCACATCAAATGCCTCAAATAACATGGTAACCACAGAAAAAGTGGAGAATGGGCAGGAACCTGTCATAAAGTTAGAAAACAGGCAAGAGGCCAGACCAGAACCAGCAAGACTGAAACCACCTGTTCATTACAATGGCCCCTCAAAAGCAGGGTATGTTGACTTTGAAAATGGCCAGTGGGCCACAGATGACATCCCAGATGACTTGAATAGTATCCGCGCAGCACCAGGTGAGTTTCGAGCCATCATGGAGATGCCCTCCTTCTACAGTCATGGCTTGCCACGGTGTTCACCCTACAAGAAACTGACAGAGTGCCAGCTGAAGAACCCCATCAGCGGGCTGTTAGAATATGCCCAGTTCGCTAGTCAAACCTGTGAGTTCAACATGATAGAGCAGAGTGGACCACCCCATGAACCTCGATTTAAATTCCAGGTTGTCATCAATGGCCGAGAGTTTCCCCCAGCTGAAGCTGGAAGCAAGAAAGTGGCCAAGCAGGATGCAGCTATGAAAGCCATGACAATTCTGCTAGAGGAAGCCAAAGCCAAGGACAGTGGAAAATCAGAAGAATCATCCCACTATTCCACAGAGAAAGAATCAGAGAAGACTGCAGAGTCCCAGACCCCCACCCCTTCAGCCACATCCTTCTTTTCTGGGAAGAGCCCCGTCACCACACTGCTTGAGTGTATGCACAAATTGGGGAACTCCTGCGAATTCCGTCTCCTGTCCAAAGAAGGCCCTGCCCATGAACCCAAGTTCCAATACTGTGTTGCAGTGGGAGCCCAAACTTTCCCCAGTGTGAGTGCTCCCAGCAAGAAAGTGGCAAAGCAGATGGCCGCAGAGGAAGCCATGAAGGCCCTGCATGGGGAGGCGACCAACTCCATGGCTTCTGATAACCAGCCTGAAGGTATGATCTCAGAGTCACTTGATAACTTGGAATCCATGATGCCCAACAAGGTCAGGAAGATTGGCGAGCTCGTGAGATACCTGAACACCAACCCTGTGGGTGGCCTTTTGGAGTACGCCCGCTCCCATGGCTTTGCTGCTGAATTCAAGTTGGTCGACCAGTCCGGACCTCCTCACGAGCCCAAGTTCGTTTACCAAGCAAAAGTTGGGGGTCGCTGGTTCCCAGCCGTCTGCGCACACAGCAAGAAGCAAGGCAAGCAGGAAGCAGCAGATGCGGCTCTCCGTGTCTTGATTGGGGAGAACGAGAAGGCAGAACGCATGGGTTTCACAGAGGTAACCCCAGTGACAGGGGCCAGTCTCAGAAGAACTATGCTCCTCCTCTCAAGGTCCCCAGAAGCACAGCCAAAGACACTCCCTCTCACTGGCAGCACCTTCCATGACCAGATAGCCATGCTGAGCCACCGGTGCTTCAACACTCTGACTAACAGCTTCCAGCCCTCCTTGCTCGGCCGCAAGATTCTGGCCGCCATCATTATGAAAAAAGACTCTGAGGACATGGGTGTCGTCGTCAGCTTGGGAACAGGGAATCGCTGTGTGAAAGGAGATTCTCTCAGCCTAAAAGGAGAAACTGTCAATGACTGCCATGCAGAAATAATCTCCCGGAGAGGCTTCATCAGGTTTCTCTACAGTGAGTTAATGAAATACAACTCCCAGACTGCGAAGGATAGTATATTTGAACCTGCTAAGGGAGGAGAAAAGCTCCAAATAAAAAAGACTGTGTCATTCCATCTGTATATCAGCACTGCTCCGTGTGGAGATGGCGCCCTCTTTGACAAGTCCTGCAGCGACCGTGCTATGGAAAGCACAGAATCCCGCCACTACCCTGTCTTCGAGAATCCCAAACAAGGAAAGCTCCGCACCAAGGTGGAGAACGGAGAAGGCACAATCCCTGTGGAATCCAGTGACATTGTGCCTACGTGGGATGGCATTCGGCTCGGGGAGAGACTCCGTACCATGTCCTGTAGTGACAAAATCCTACGCTGGAACGTGCTGGGCCTGCAAGGGGCACTGTTGACCCACTTCCTGCAGCCCATTTATCTCAAATCTGTCACATTGGGTTACCTTTTCAGCCAAGGGCATCTGACCCGTGCTATTTGCTGTCGTGTGACAAGAGATGGGAGTGCATTTGAGGATGGACTACGACATCCCTTTATTGTCAACCACCCCAAGGTTGGCAGAGTCAGCATATATGATTCCAAAAGGCAATCCGGGAAGACTAAGGAGACAAGCGTCAACTGGTGTCTGGCTGATGGCTATGACCTGGAGATCCTGGACGGTACCAGAGGCACTGTGGATGGGCCACGGAATGAATTGTCCCGGGTCTCCAAAAAGAACATTTTTCTTCTATTTAAGAAGCTCTGCTCCTTCCGTTACCGCAGGGATCTACTGAGACTCTCCTATGGTGAGGCCAAGAAAGCTGCCCGTGACTACGAGACGGCCAAGAACTACTTCAAAAAAGGCCTGAAGGATATGGGCTATGGGAACTGGATTAGCAAACCCCAGGAGGAAAAGAACTTTTATCTCTGCCCAGTATAG
우드척 간염 바이러스 전사후 조절 요소(WPRE):
AATCAACCTCTGGATTACAAAATTTGTGAAAGATTGACTGGTATTCTTAACTATGTTGCTCCTTTTACGCTATGTGGATACGCTGCTTTAATGCCTTTGTATCATGCTATTGCTTCCCGTATGGCTTTCATTTTCTCCTCCTTGTATAAATCCTGGTTGCTGTCTCTTTATGAGGAGTTGTGGCCCGTTGTCAGGCAACGTGGCGTGGTGTGCACTGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGTTGGGGCATTGCCACCACCTGTCAGCTCCTTTCCGGGACTTTCGCTTTCCCCCTCCCTATTGCCACGGCGGAACTCATCGCCGCCTGCCTTGCCCGCTGCTGGACAGGGGCTCGGCTGTTGGGCACTGACAATTCCGTGGTGTTGTCGGGGAAATCATCGTCCTTTCCTTGGCTGCTCGCCTGTGTTGCCACCTGGATTCTGCGCGGGACGTCCTTCTGCTACGTCCCTTCGGCCCTCAATCCAGCGGACCTTCCTTCCCGCGGCCTGCTGCCGGCTCTGCGGCCTCTTCCGCGTCTTCGCCTTCGCCCTCAGACGAGTCGGATCTCCCTTTGGGCCGCCTCCCCGC
폴리아데닐화 신호:
CTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATGGCAGGCATGCTGGGGA
3'(일명 우측) 상동성 아암:
CGGAGGGGGGAGGGGAGTGTTGCAATACCTTTCTGGGAGTTCTCTGCTGCCTCCTGGCTTCTGAGGACCGCCCTGGGCCTGGGAGAATCCCTTCCCCCTCTTCCCTCGTGATCTGCAACTCCAGTCTTTCTAGAAGATGGGCGGGAGTCTTCTGGGCAGGCTTAAAGGCTAACCTGGTGTGTGGGCGTTGTCCTGCAGGGGAATTGAACAGGTGTAAAATTGGAGGGACAAGACTTCCCACAGATTTTCGGTTTTGTCGGGAAGTTTTTTAATAGGGGCAAATAAGGAAAATGGGAGGATAGGTAGTCATCTGGGGTTTTATGCAGCAAAACTACAGGTTATTATTGCTTGTGATCCGCCTCGGAGTATTTTCCATCGAGGTAGATTAAAGACATGCTCACCCGAGTTTTATACTCTCCTGCTTGAGATCCTTACTACAGTATGAAATTACAGTGTCGCGAGTTAGACTATGTAAGCAGAATTTTAATCATTTTTAAAGAGCCCAGTACTTCATATCCATTTCTCCCGCTCCTTCTGCAGCCTTATCAAAAGGTATTTTAGAACACTCATTTTAGCCCCATTTTCATTTATTATACTGGCTTATCCAACCCCTAGACAGAGCATTGGCATTTTCCCTTTCCTGATCTTAGAAGTCTGATGACTCATGAAACCAGACAGATTAGTTACATACACCACAAATCGAGGCTGTAGCTGGGGCCTCAACACTGCAGTTCTTTTATAACTCCTTAGTACACTTTTTGTTGATCCTTTGCCTTGATCCTTAATTTTCAGTGTCTATCACCTCTCCCGTCAGGTGGTGTTCCACATTTGGGCCTATTCTCAGTCCAGGGAGTTTTACAACAATAGATGTATTGAGAATCCAACCTAAAGCTTAACTTTCCACTCCCATGAATGCCTCTCTCCTTTTTCTCCATTTATAAACTGAGCTATTAACCATTAATGGTTTCCAGGTGGATGTCTCCTCCCCCAATATTACCTGATGTATCTTACATATTGCCAGGCTGATATTTTAAGACATTAAAAGGTATATTTCATTATTGAGCCACATGGTATTGATTACTGCTTACTAAAATTTTGTCATTGTACACATCTGTAAAAGGTGGTTCCTTTTGGAATGCAAAGTTCAGGTGTTTGTTGTCTTTCCTGACCTAAGGTCTTGTGAGCTTGTATTTTTTCTATTTAAGCAGTGCTTTCTCTTGGACTGGCTTGACTCATGGCATTCTACACGTTATTGCTGGTCTAAATGTGATTTTGCCAAGCTTCTTCAGGACCTATAATTTTGCTTGACTTGTAGCCAAACACAAGTAAAATGATTAAGCAACAAATGTATTTGTGAAGCTTGGTTTTTAGGTTGTTGTGTTGTGTGTGCTTGTGCTCTATAATAATACTATCCAGGGGCTGGAGAGGTGGCTCGGAGTTCAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAAGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACCACAAGTGTATTCACATTAAATAAATAAATCCTCCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTAAAGAGAATACTGTCTCCAGTAGAATTTACTGAAGTAATGAAATACTTTGTGTTTGTTCCAATATGGTAGCCAATAATCAAATTACTCTTTAAGCACTGGAAATGTTACCAAGGAACTAATTTTTATTTGAAGTGTAACTGTGGACAGAGGAGCCATAACTGCAGACT
일부 구현예에서, 벡터는 증식되고 선형화되어 주사용 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 게놈에 도입하기 위해 다양한 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 구현예에서, 상업적으로 이용가능한 Extreme Genome Editing(EGE™) 시스템을 사용하였다. 폴리뉴클레오티드를 접합체에 주입한 후, 접합체를 대리모로 옮겼다. 일부 구현예에서, 관심 폴리뉴클레오티드의 삽입을 식별하고 확인하기 위해, PCR과 Sanger 시퀀싱으로 pup의 유전자형을 분석하였다.
식별된 파운더(founder) pup를 사용하여 본 발명에 따른 이용가능한 방법에 의한 관심 폴리펩티드의 안정적인 생식계 전달을 확립하였다. 예를 들어 일부 구현예에서, huADAR1 p110 또는 p150 삽입에 대한 이형접합성 파운더 pup를 C57BL/6J 마우스와 교배시켜 안정한 F1 자손을 생성하였다. 하나의 교배에서, WT 수컷 C57BL/6J 동물을 확인된 대립유전자 보유 암컷과 교배시키고, 생성된 pup의 유전자형을 PCR을 사용하여 분석하였다. 다른 교배에서, 다수의 WT 암컷 C57BL/6J를 확인된 대립유전자 보유 수컷과 교배시키고, 생성된 pup의 유전자형을 PCR을 사용하여 분석하여 삽입을 확인하였다. 관심 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 huADAR1 p110을 암호화하는 폴리뉴클레오티드의 존재를 확인하기 위해 서던 블롯 유전자형 분석으로 이들 F1 동물을 추가로 평가하였다. 동형접합 조작 동물은 본 발명에 따른 표준 육종 기술을 통해 생성될 수 있다. 예를 들어, 인간 ADAR1 p110을 암호화하는 서열을 갖는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 이형접합 동물을 교배하여 다중배(multiple litter) pup를 생성하였으며, 초기에 이용가능한 유전자형 분석 데이터는 다중 WT, 다중 이형접합체, 및 다중 동형접합체를 나타냈다. 도입된 폴리뉴클레오티드의 발현을 다양한 조직에서 웨스턴 블롯으로 확인하였다. 예를 들어, 인간 ADAR1 p110의 발현은 폐, 간세포, 소뇌, 뇌교/수질, 피질 및 중뇌에서 확인되었고, 다양한 경우에 원발성 인간 세포, 예를 들어 인간 간세포(간세포의 경우) 및 인간 iCell 신경세포(신경조직의 경우)와 유사한 수준으로 확인되었다.
실시예 63. 다양한 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 화합물을 제조하기 위한 특정 기술.
본원에 기재된 바와 같이, 본 발명은 다양한 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제공된 화합물 및 이의 조성물을 제조하기 위한 다양한 기술을 제공한다. 일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 또는 모든 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제공된 화합물은 키랄 제어된다. 일부 구현예에서, 제공된 화합물은 키랄적으로 순수하다. 특정의 유용한 화합물의 제조를 예로서 이하 설명한다.
(2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(2,6-디옥소-3,6-디하이드로피리미딘-1(2H)-일)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸)디이소프로필포스포아미디트의 합성
Figure pct00489
THF(6 mL) 중 건조 3-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-1H-피리미딘-2,4-디온(476.5 mg, 0.90 mmol)의 용액에 트리에틸아민(0.50 mL, 3.59 mmol)을 첨가하였다. 0℃까지 냉각시켰다. 투명한 용액에 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포아미다이트(0.24 mL, 1.08 mmol)를 적가하였다. 생성된 백색 슬러리를 0℃에서 1시간 동안 계속 교반한 다음 실온에서 1시간 15분 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 소량의 생성물만 형성되었고 출발물질이 주요 생성물인 것으로 나타났다. 추가의 트리에틸아민(0.45 mL)을 첨가한 다음 추가의 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포아미다이트(0.22 mL)를 적가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 2시간 동안 계속 교반하였다. TLC는 출발물질이 소모된 것으로 나타났다. 트리에틸아민(0.6 mL)을 첨가한 다음, 무수 MgSO4(380 mg) 및 EtOAc(10 mL)를 첨가하였다. 혼합물을 여과하고, 투명한 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 지성 물질로서 수득하였다. 미정제 생성물을 헥산 중 10~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 미색 폼(0.394 g, 60.0% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.13 (s, 1H), 7.50 - 7.43 (m, 2H), 7.35 (td, J = 7.3, 1.5 Hz, 4H), 7.27 - 7.19 (m, 2H), 7.20 - 7.12 (m, 1H), 6.82 - 6.71 (m, 5H), 6.66 (dd, J = 7.7, 5.4 Hz, 1H), 5.55 (dd, J = 7.7, 0.8 Hz, 1H), 4.73 - 4.59 (m 1H), 4.15 - 4.06 (m, 1H), 3.83 - 3.67 (m, 7H), 3.60 - 3.52 (m, 1H), 3.50 (ddt, J = 16.9, 13.6, 6.7 Hz, 1H), 3.36 - 3.30 (m, 1H), 2.85 (dddd, J = 18.1, 13.2, 8.0, 5.1 Hz, 1H), 2.59 (dt, J = 12.8, 6.3 Hz, 1H), 2.44 - 2.32 (m, 1H), 2.26 (dddd, J = 33.7, 13.6, 8.6, 5.4 Hz, 1H), 1.27 (dd, J = 8.5, 6.8 Hz, 2H), 1.15 (d, J = 6.8 Hz, 3H), 1.12 (d, J = 6.8 Hz, 6H), 1.01 (d, J = 6.8 Hz, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 148.45, 148.33; MS (ESI), 729.82 [M - H]-.
3-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)피리미딘-2,4(1H,3H)-디온의 합성
Figure pct00490
THF(9 mL) 중 건조 3-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-1H-피리미딘-2,4-디온(695 mg, 1.31 mmol)의 용액에 트리에틸아민(0.88 mL, 6.29 mmol)을 첨가하였다. 용액을 0℃까지 냉각시켰다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.9574 M, 2.19 mL, 2.1 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 0℃에서 2시간 동안 교반한 다음 실온에서 2시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료되지 않은 것으로 나타났다. 0℃까지 다시 냉각시켰다. 추가의 트리에틸아민(0.274 mL)을 첨가한 다음, 추가의 [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.9574 M, 0.684 mL)을 적가하였다. 백색 슬러리를 0℃에서 2.5시간 동안 계속 교반하였다. TLC 및 LCMS는 소량의 출발물질만이 여전히 남아있는 것으로 나타났다. 반응물을 물(23 uL)로 퀀칭하였다. 무수 MgSO4(313 mg)를 첨가하였다. 혼합물을 셀라이트를 통해 여과하고 셀라이트, 투명한 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 미색 폼으로서 수득하였다. 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 미색 폼(0.685 g, 60.1% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, DMSO) δ 11.04 (s, 1H), 7.54 - 7.49 (m, 3H), 7.49 - 7.45 (m, 2H), 7.40 - 7.33 (m, 3H), 7.33 - 7.28 (m, 3H), 7.28 - 7.19 (m, 8H), 7.19 - 7.16 (m, 1H), 6.85 - 6.77 (m, 4H), 6.44 (dd, J = 8.7, 4.2 Hz, 1H), 5.59 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 4.75 - 4.66 (m, 1H), 4.63 (dt, J = 10.2, 5.3 Hz, 1H), 3.77 - 3.66 (m, 7H), 3.31 - 3.25 (m, 1H), 3.25 - 3.19 (m, 1H), 3.13 (dd, J = 9.9, 7.7 Hz, 1H), 3.01 (ddd, J = 17.9, 8.6, 4.5 Hz, 1H), 2.58 - 2.51 (m, 1H), 1.88 - 1.78 (m, 2H), 1.77 - 1.71 (m, 1H), 1.58 - 1.52 (m, 1H), 1.48 - 1.41 (m, 2H), 1.41 - 1.36 (m, 1 H), 1.12 (dq, J = 13.5, 11.4, 10.6 Hz, 1H), 0.58 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, DMSO) δ 142.16; MS (ESI), 868.37 [M - H]-.
1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온의 합성
Figure pct00491
단계 1. 2개의 배치, HMDS(450 mL) 및 DCE(150 mL) 중 1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온(20 g, 237.88 mmol, 1 당량), (NH4)2SO4(2.40 g, 18.16 mmol, 1.36 mL, 7.64e-2 당량)의 혼합물을 90℃에서 2시간 동안 환류시켰다. 반응물이 투명해졌다. 2개의 배치를 후처리를 위해 합하였다. 과량의 HMDS 및 디클로로에탄을 증발에 의해 혼합물로부터 제거하였다. 2-((트리메틸실릴)옥시)-1H-이미다졸(74.34 g, 미정제)을 백색 고체로서 수득하였다.
단계 2. 2개의 배치: 2-((트리메틸실릴)옥시)-1H-이미다졸(37 g, 236.79 mmol, 3 당량 ) 및 (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트(30.69 g, 78.93 mmol, 1 당량)을 MeCN(390 mL)에 용해시켰다. 혼합물에 MeCN(10 mL) 중 SnCl4(4.11 g, 15.79 mmol, 1.84 mL, 0.2 당량)의 용액을 -15℃에서 적가하고, 용액을 25℃에서 1시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1, Rf = 0.2)는 (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트가 완전히 소모되었고 하나의 주요 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응물은 TLC에 따르면 투명하였다. 2개의 배치를 후처리를 위해 합하였다. 반응 혼합물을 디클로로메탄(600 mL) 및 포화 NaHCO3 용액(400 mL)에 부었다. 유기층을 포화 염화나트륨 용액(60 mL)으로 세척하고, MgSO4로 건조시키고, 진공에서 증발시켰다. 미정제물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/1 내지 0/1)로 정제하였다. 정제 후, TLC 플레이트에서 생성물을 볼 수 있었다. ((2R,3S)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(25 g, 57.28 mmol, 36.29% 수율)의 혼합물을 황색 오일로서 수득하였다. 1H NMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 9.68 - 9.40 (m, 1H), 8.02 - 7.68 (m, 4H), 7.33 - 6.98 (m, 5H), 6.56 - 5.41 (m, 4H), 4.73 - 4.35 (m, 3H), 2.99 - 2.39 (m, 2H), 2.38 - 2.25 (m, 6H).
단계 3. 2개의 배치: 암모니아(600 mL) 중 ((2R,3S)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(12.5 g, 28.64 mmol, 1 당량)의 혼합물의 용액, 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1/1, 생성물 Rf = 0.0)는 완전한 소모 및 하나의 새로운 스폿 형성을 나타냈다. 2개의 배치를 후처리를 위해 합하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 황색 오일을 수득하였다. 추가 정제는 없었다. 1-((4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온(11.47 g, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다. LCMS: (M+H+: 201.1).
단계 4. 2개의 배치: 피리딘(150 mL) 중 1-((4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온 혼합물(5.73 g, 28.62 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTCl(11.65 g, 34.35 mmol, 1.2 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 출발물질이 완전히 소모되었고 목적하는 질량을 갖는 하나의 주 피크가 검출된 것으로 나타났다. 2개의 배치를 후처리를 위해 합하였다. 생성된 탁한 용액을 H2O(400 mL)로 희석하고 EtOAc(800 mL)로 추출하였다. 합한 추출액을 H2O(100 mL) 및 염수(150 mL)로 세척하였다. 용액을 건조시키고(Na2SO4), 여과하고, 감압하에 농축시켰다. 미정제 화합물을 MPLC(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/1 내지 0/1)로 정제하였다. 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온(WV-NU-117)(9.5 g, 17.39 mmol, 30.38% 수율, 92.001% 순도) 및 WV-NU-117A(6.9 g, 12.62 mmol, 22.04% 수율, 91.885% 순도)를 황색 고체로서 수득하였다. WV-NU-117: 1H NMR (400MHz, DMSO-d6) δ = 10.01 (br s, 1H), 7.43 - 7.33 (m, 2H), 7.32 - 7.09 (m, 8H), 6.87 (br dd, J=1.8, 8.9 Hz, 4H), 6.41 - 6.29 (m, 2H), 5.84 (br t, J=6.9 Hz, 1H), 5.22 (d, J=4.5 Hz, 1H), 4.17 (br d, J=3.4 Hz, 1H), 3.85 - 3.76 (m, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.06 (br d, J=4.9 Hz, 2H), 2.25 - 2.11 (m, 1H), 2.06 - 1.99 (m, 1H); 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ = 158.53, 130.19, 128.27, 128.21, 113.64, 85.92, 55.50; LCMS (M-H+): 501.1, 순도 92.0%. WV-NU-117A: 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ = 10.00 (br s, 1H), 7.45 - 7.22 (m, 9H), 6.90 (br d, J = 8.6 Hz, 4H), 5.86 (br dd, J = 4.2, 7.8 Hz, 1H), 5.48 (d, J = 4.6 Hz, 1H), 4.13 (br dd, J = 3.1, 7.1 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.09 - 2.89 (m, 2H), 2.05 - 1.95 (m, 2H); 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ = 158.53, 153.67, 136.11, 130.17, 128.32, 128.16, 113.69, 109.84, 108.72, 85.92, 85.65, 82.20, 71.60, 55.50; LCMS (M-H+): 501.2, 순도 91.9%.
(2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸)디이소프로필포스포아미다이트의 합성
Figure pct00492
DMF(20 mL) 중 WV-NU-117(1.8 g, 3.58 mmol, 1 당량)의 용액에 5-에틸설파닐-2H-테트라졸(466.23 mg, 3.58 mmol, 1 당량) 및 1-메틸이미다졸(588.14 mg, 7.16 mmol, 571.01 uL, 2 당량)을 첨가한 다음, 3-비스(디이소프로필아미노)포스파닐옥시프로판니트릴(1.19 g, 3.94 mmol, 1.25 mL, 1.1 당량)를 0℃에서 첨가하였다. 혼합물을 0~25℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 0:1, Rf1 = 0.55, Rf2 = 0.50)는 WV-NU-117가 소모되었고 3개의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 포화 NaHCO3(수성, 50 mL)을 0℃에서 첨가하여 퀀칭하고, EtOAc(20 mL* 4)로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 에틸 아세테이트/아세토니트릴 = 10:1, 5% TEA)로 정제하였다. (2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-3-일(2-시아노에틸)디이소프로필포스포아미다이트(WV-NU-117-CEP)(0.8 g, 1.14 mmol, 31.78% 수율)를 황색 오일로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 10.03 - 9.82 (m, 1H), 7.76 (s, 1H), 7.50 - 7.39 (m, 2H), 7.36 - 7.28 (m, 5H), 7.26 - 7.13 (m, 2H), 6.93 - 6.71 (m, 4H), 6.41 - 6.31 (m, 1H), 6.26 - 6.20 (m, 1H), 6.14 - 6.06 (m, 1H), 4.69 - 4.50 (m, 1H), 4.27 - 4.14 (m, 2H), 3.83 - 3.72 (m, 6H), 3.69 - 3.41 (m, 5H), 3.39 - 3.27 (m, 1H), 3.25 - 3.17 (m, 1H), 2.76 (br d, J = 1.5 Hz, 2H), 2.66 - 2.56 (m, 1H), 2.47 - 2.29 (m, 3H), 1.28 (dd, J = 5.8, 6.5 Hz, 12H), 1.21 - 1.12 (m, 8H), 1.07 (d, J = 6.8 Hz, 2H); 31P NMR (162 MHZ, 클로로포름-d) δ 148.47, 148.26; LCMS: (M+H+) = 703.3.
1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온의 합성
Figure pct00493
rbf 중 건조 3-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-1H-이미다졸-2-온(2.0 g, 3.98 mmol)을 THF(26 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(3.74 mL, 26.86 mmol)을 첨가하였다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.96 M 용액, 7.48 mL, 7.16 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 실온에서 2.5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 무수 MgSO4(480 mg)를 첨가하였다. 1분 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-이미다졸-2-온을 백색 폼(1.59 g, 47.4% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.46 (s, 1H), 7.48 (tq, J = 6.6, 2.8, 2.3 Hz, 4H), 7.44 - 7.40 (m, 2H), 7.30 (dddd, J = 12.6, 7.6, 6.3, 4.6 Hz, 10H), 7.27 - 7.25 (m, 2H), 7.22 - 7.18 (m, 1H), 6.85 - 6.78 (m, 4H), 6.30 (t, J = 2.6 Hz, 1H), 6.19 (t, J = 2.6 Hz, 1H), 6.03 (dd, J = 8.2, 5.8 Hz, 1H), 4.73 (dq, J = 9.2, 6.0 Hz, 2H), 3.86 (q, J = 3.4 Hz, 1H), 3.76 (s, 6H), 3.49 (ddt, J = 14.8, 10.6, 7.6 Hz, 1H), 3.31 - 3.23 (m, 2H), 3.14 (dd, J = 10.3, 3.7 Hz, 1H), 3.04 (tdd, J = 10.8, 8.8, 4.3 Hz, 1H), 2.17 (ddd, J = 13.4, 5.8, 2.7 Hz, 1H), 2.10 (ddd, J = 13.8, 8.3, 6.3 Hz, 1H), 1.83 (ddt, J = 12.6, 7.7, 3.9 Hz, 1H), 1.68 - 1.62 (m, 1H), 1.53 (dd, J = 14.6, 8.8 Hz, 1H), 1.43 - 1.33 (m, 2H), 1.25 - 1.17 (m, 1H), 0.60 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 151.32; MS (ESI), 842.12 [M + H]+.
(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(6-(2-(트리메틸실릴)에톡시)-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-3-일)옥시)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴의 합성
Figure pct00494
rbf 중 건조 (2R,3R,5R)-2-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-5-[6-(2-트리메틸실릴에톡시)퓨린-9-일]테트라하이드로푸란-3-올(2.5 g, 3.82 mmol)을 THF(26 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(3.59 mL, 25.77 mmol)을 첨가하였다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.96 M 용액, 7.18 mL, 6.87 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 실온에서 4시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 10~85% EtOAc(각각의 이동상은 1.5% 트리에틸아민을 함유함)를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 (1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(6-(2-(트리메틸실릴)에톡시)-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-3-일)옥시)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴을 백색 폼(2.89 g, 76.1% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 8.42 (s, 1H), 7.99 (s, 1H), 7.50 - 7.45 (m, 4H), 7.41 - 7.37 (m, 2H), 7.27 (td, J = 5.7, 4.9, 1.7 Hz, 7H), 7.25 - 7.21 (m, 2H), 7.21 - 7.14 (m, 4H), 6.80 - 6.74 (m, 4H), 6.34 (dd, J = 7.8, 5.9 Hz, 1H), 4.88 (ddt, J = 8.8, 5.7, 2.7 Hz, 1H), 4.79 (dt, J = 9.1, 5.5 Hz, 1H), 4.73 - 4.67 (m, 2H), 4.04 (td, J = 4.2, 2.5 Hz, 1H), 3.76 (s, 6H), 3.53 (ddt, J = 14.8, 10.6, 7.7 Hz, 1H), 3.41 - 3.33 (m, 1H), 3.29 (dd, J = 10.3, 4.3 Hz, 1H), 3.25 (dd, J = 10.3, 4.4 Hz, 1H), 3.07 (tdd, J = 10.8, 8.9, 4.2 Hz, 1H), 2.54 (ddd, J = 13.8, 7.9, 6.1 Hz, 1H), 2.31 (ddd, J = 13.5, 6.0, 2.7 Hz, 1H), 1.86 (tt, J = 8.8, 4.5 Hz, 1H), 1.74 - 1.65 (m, 1H), 1.55 (dd, J = 14.7, 9.1 Hz, 1H), 1.48 - 1.39 (m, 2H), 1.33 - 1.21 (m, 3H), 0.63 (s, 3H), 0.11 (s, 9H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 150.68; MS (ESI), 994.13 [M + H]+.
(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(6-(2-(트리메틸실릴)에톡시)-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-3-일)옥시)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴의 합성
Figure pct00495
rbf 중 건조 (2R,3R,5R)-2-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-5-[6-(2-트리메틸실릴에톡시)퓨린-9-일]테트라하이드로푸란-3-올(2.5 g, 3.82 mmol)을 THF(26 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(3.59 mL, 25.77 mmol)을 첨가하였다. (3S,3aS)-3-(벤젠설포닐메틸)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(L-PSM Cl)(THF 중 0.9 M 용액, 7.64 mL, 6.87 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 실온에서 4시간 40분 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)를 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 (1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-5-(6-(2-(트리메틸실릴)에톡시)-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-3-일)옥시)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴을 백색 폼(1.51 g, 42.3% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 8.44 (s, 1H), 8.05 (s, 1H), 7.92 - 7.87 (m, 2H), 7.60 - 7.54 (m, 1H), 7.48 (t, J = 7.8 Hz, 2H), 7.43 - 7.37 (m, 2H), 7.31 - 7.28 (m, 3H), 7.26 - 7.23 (m, 3H), 7.22 - 7.16 (m, 1H), 6.79 (d, J = 8.7 Hz, 4H), 6.44 (dd, J = 7.8, 5.9 Hz, 1H), 5.04 (q, J = 6.0 Hz, 1H), 4.93 (ddt, J = 8.8, 5.8, 2.6 Hz, 1H), 4.72 - 4.66 (m, 2H), 4.17 (td, J = 4.4, 2.4 Hz, 1H), 3.77 (s, 6H), 3.66 (dq, J = 10.1, 6.0 Hz, 1H), 3.56 - 3.50 (m, 1H), 3.48 (dd, J = 14.8, 7.1 Hz, 1H), 3.37 (dt, J = 14.9, 5.1 Hz, 2H), 3.31 (dd, J = 10.3, 4.5 Hz, 1H), 3.18 - 3.09 (m, 1H), 2.89 (ddd, J = 13.7, 7.9, 6.0 Hz, 1H), 2.56 (ddd, J = 13.6, 6.0, 2.6 Hz, 1H), 1.93 - 1.86 (m, 1H), 1.79 (dt, J = 11.6, 8.6 Hz, 1H), 1.69 - 1.64 (m, 1H), 1.31 - 1.25 (m, 2H), 1.18 - 1.08 (m, 1H), 0.10 (s, 9H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 152.58; MS (ESI), 938.58 [M + H]+.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(WV-NU-137)의 합성.
Figure pct00496
단계 1. 3시간 후, BnOH(391.84 g, 3.62 mol) 중 Na(9.99 g, 434.67 mmol)의 용액에 (2R,3S,5R)-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(25 g, 75.73 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. HCl(1 M) 800 mL를 0℃에서 첨가하여 반응 혼합물을 퀀칭한 다음, pH가 약 9가 될 때까지 포화 NaHCO3 수용액을 첨가하고, EtOAc(1000 mL * 3)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 5/1에서 에틸 아세테이트:메탄올 = 10/1까지)로 정제하여 (2R,3S,5R)-5-(6-아미노-8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(35 g, 64.67% 수율)를 황색 오일로서 수득하였다. LCMS: (M+H+): 358.2.
단계 2. (2R,3S,5R)-5-(6-아미노-8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(50 g, 139.91 mmol)(피리딘과 함께 회전 증발기에서 공비 증류에 의해 건조(200 mL*3))에 HMDS(338.72 g, 2.10 mol)를 첨가하였다. 혼합물을 150℃에서 12시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 8-(벤질옥시)-9-((2R,4S,5R)-4-((트리메틸실릴)옥시)-5-(((트리메틸실릴)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-아민(70.2 g, 미정제)을 정제 없이 황색 오일로서 수득하였다.
단계 3. 피리딘(500 mL) 중 8-(벤질옥시)-9-((2R,4S,5R)-4-((트리메틸실릴)옥시)-5-(((트리메틸실릴)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-아민(70.2 g)의 용액에 BzCl(29.50 g)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. MeOH(500 mL) 및 물(500 mL)을 첨가하고, 10분 후에 NH3·H2O(250 mL)를 첨가하고, 30분 후에 H2O(500 mL)를 첨가하고 EtOAc(500 mL * 4)로 추출하고, Na2SO4로 건조하고, 여과하고 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 에틸 아세테이트/메탄올 = 10/1)로 정제하여 N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(36 g, 55.76% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+): 462.2.
단계 4. THF(500 mL) 및 MeOH(500 mL) 중 N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(36 g, 78 mmol)의 용액에 Pd/C(9 g, 39.01 mmol, 10% 순도)를 첨가하였다. 혼합물을 H2(15 psi), 15℃에서 3시간 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하고 여과액을 감압하에 농축시켜 N-(9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(28.9 g, 미정제)를 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+): 372.2.
단계 5. 피리딘(300 mL) 중 N-(9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(28.9 g, 77.82 mmol)의 용액에 DMTCl(26.37 g, 77.82 mmol)을 첨가하고, 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 0℃의 물(200 mL)을 첨가하여 퀀칭하고, EtOAc(300 mL* 3)로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 실리카겔 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 10/1, 1/4, 5%TEA)로 정제하여 N-(9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(WV-NU-137) (32 g, 57.75% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다. 1HNMR (400MHz, 400MHz, DMSO-d6) δ = 8.38 - 8.24 (m, 1H), 8.12 - 8.00 (m, 2H), 7.67 - 7.60 (m, 1H), 7.58 - 7.51 (m, 2H), 7.38 - 7.33 (m, 2H), 7.26 - 7.13 (m, 7H), 6.81 (dd, J = 9.0, 13.3 Hz, 4H), 6.25 (t, J = 6.8 Hz, 1H), 5.29 (d, J = 4.6 Hz, 1H), 4.56 - 4.49 (m, 1H), 3.95 (q, J = 4.9 Hz, 1H), 3.71 (d, J = 4.4 Hz, 6H), 3.20 - 3.15 (m, 2H), 3.08 (td, J = 6.5, 13.0 Hz, 1H), 2.21 - 2.10 (m, 1H); LCMS (M-H+): 672.2.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00497
rbf 중 건조 N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-8-옥소-7H-퓨린-6-일]벤즈아미드(4.0 g, 5.94 mmol)를 THF(50 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(5.59 mL, 40.08 mmol)을 첨가하였다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.96 M 용액, 11.16 mL, 10.69 mmol)을 적가하였다. 반응 용액을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 무수 MgSO4(708 mg)를 첨가하였다. 1분 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 0~100% EtOAc(각각의 이동상은 1.5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 N-(9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드를 백색 폼(4.45 g, 74.0% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.42 (s, 1H), 8.59 (s, 1H), 8.17 (s, 1H), 7.98 - 7.93 (m, 2H), 7.68 - 7.62 (m, 1H), 7.58 - 7.53 (m, 2H), 7.53 - 7.46 (m, 4H), 7.45 - 7.40 (m, 2H), 7.33 - 7.26 (m, 7H), 7.24 - 7.17 (m, 5H), 7.16 - 7.11 (m, 1H), 6.76 - 6.69 (m, 4H), 6.30 (dd, J = 7.3, 6.1 Hz, 1H), 5.05 (ddt, J = 8.9, 6.9, 4.5 Hz, 1H), 4.85 (dt, J = 8.9, 5.7 Hz, 1H), 4.03 (q, J = 5.0 Hz, 1H), 3.73 (d, J = 4.5 Hz, 6H), 3.49 (ddt, J = 14.6, 10.6, 7.6 Hz, 1H), 3.40 (ddt, J = 12.6, 7.0, 5.5 Hz, 1H), 3.34 (dd, J = 10.1, 4.9 Hz, 1H), 3.25 (dd, J = 10.1, 5.9 Hz, 1H), 2.97 (tdd, J = 10.8, 8.8, 4.3 Hz, 1H), 2.83 (dt, J = 13.3, 6.6 Hz, 1H), 2.08 (ddd, J = 13.5, 7.4, 4.6 Hz, 1H), 1.84 (ddt, J = 12.2, 8.5, 4.3 Hz, 1H), 1.70 - 1.63 (m, 1H), 1.55 (dd, J = 14.7, 8.9 Hz, 1H), 1.45 - 1.38 (m, 2H), 1.30 - 1.20 (m, 1H), 0.65 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 148.40; MS (ESI), 1013.18 [M + H]+.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00498
THF(30 mL) 중 건조 N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-8-옥소-7H-퓨린-6-일]벤즈아미드(3.0 g, 4.45 mmol)의 용액에 트리에틸아민(1.55 mL, 11.13 mmol)을 첨가하였다. (3S,3aS)-3-(벤젠설포닐메틸)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(THF 중 0.9 M, 8.91 mL, 8.02 mmol)을 적가하였다. 생성된 미색 슬러리를 실온에서 2시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응물을 물(80 uL)로 퀀칭하였다. 무수 MgSO4(1.07 g)를 첨가하였다. 혼합물을 셀라이트를 통해 여과하고 셀라이트, 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 미색 폼으로서 수득하였다. 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 2.5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 미색 폼(2.979 g, 69.9% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.45 (s, 1H), 8.60 (s, 1H), 8.24 (s, 1H), 7.97 - 7.92 (m, 2H), 7.92 - 7.88 (m, 2H), 7.67 - 7.62 (m, 1H), 7.62 - 7.57 (m, 1H), 7.57 - 7.48 (m, 4H), 7.45 - 7.40 (m, 2H), 7.34 - 7.28 (m, 4H), 7.21 (dd, J = 8.3, 6.7 Hz, 2H), 7.19 - 7.13 (m, 1H), 6.79 - 6.72 (m, 4H), 6.39 (t, J = 6.8 Hz, 1H), 5.09 (ddt, J = 14.7, 6.9, 4.9 Hz, 2H), 4.08 - 4.03 (m, 1H), 3.76 (s, 3H), 3.75 (s, 3H), 3.69 (dq, J = 9.8, 5.9 Hz, 1H), 3.52 - 3.42 (m, 2H), 3.37 (ddd, J = 12.2, 5.4, 2.4 Hz, 2H), 3.34 - 3.24 (m, 2H), 3.03 (tdd, J = 10.3, 8.8, 4.1 Hz, 1H), 2.30 (ddd, J = 13.5, 7.3, 4.5 Hz, 1H), 1.87 (dt, J = 11.4, 5.9 Hz, 1H), 1.80 - 1.72 (m, 1H), 1.70 - 1.63 (m, 1H), 1.12 (dtd, J = 11.7, 10.1, 8.5 Hz, 1H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 149.85; MS (ESI), 955.37 [M - H]-.
N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00499
단계 1. 3시간 후, BnOH(1000 mL) 중 Na (21 g, 913.45 mmol, 21.65 mL, 8.43 당량)의 용액에 (2R,3R,4S,5R)-2-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3,4-디올(37.5 g, 108.34 mmol, 1.0 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. 혼합물을 차가운 1N HCl(2500 mL)에 붓고 EtOAc(1500 mL)로 추출하였다. 수상을 pH > 8이 될 때까지 포화 NaHCO3(수성)를 첨가하고, 백색 케이크를 분리하고, 여과하고, 농축시켜 미정제물을 얻었다. (2R,3R,4S,5R)-2-(6-아미노-8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3,4-디올(80 g, 미정제)을 백색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+):374.4.
단계 2. HMDS(400 mL) 중 (2R,3R,4S,5R)-2-(6-아미노-8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3,4-디올(39.0 g, 104.46 mmol, 1.0 당량)의 용액, 혼합물을 130℃에서 12시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,3R,4R,5R)-4-하이드록시-3-((트리메틸실릴)옥시)-5-(((트리메틸실릴)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(61.62 g, 미정제)를 갈색 고체로서 수득하였다.
단계 3. 피리딘(460 mL) 중 N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,3R,4R,5R)-4-하이드록시-3-((트리메틸실릴)옥시)-5-(((트리메틸실릴)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(46.0 g, 77.98 mmol, 1 당량)의 용액에 벤조일 클로라이드(21.92 g, 155.96 mmol, 18.12 mL, 2.0 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물에 MeOH : H2O(1:1) 500 mL를 첨가하고 15℃에서 10분 동안 교반하였다. 그 다음 혼합물에 NH3·H2O(150 mL)를 첨가하고 15℃에서 10분 동안 교반하였다. 이어서, 혼합물을 H2O 200 mL로 희석하고 EtOAc 800 mL(200 mL*4)로 추출하였다. 혼합물에 염수 200 mL를 첨가하고, Na2SO4로 건조시켰다. 혼합물을 감압하에 농축시켜 잔류물를 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(33.99 g, 71.19mmol, 91.29% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+): 478.4.
단계 4. MeOH(1500 mL) 및 THF(500 mL) 중 N-(8-(벤질옥시)-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-9H-퓨린-6-일)벤즈아미드(35.1 g, 73.51 mmol, 1 당량)의 용액에 H2(15 psi) 하에 Pd/C(7.0 g, 10% 순도)를 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 정제하지 않고, N-(9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6- 일)벤즈아미드(19.6 g, 50.60 mmol, 68.83% 수율)를 갈색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+):388.2.
단계 5. 피리딘(150 mL) 중 N-(9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6- 일)벤즈아미드(14.8 g, 38.21 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTCl(15.54 g, 45.85 mmol, 1.2 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 H2O 10 mL로 희석하고 에틸 아세테이트로 추출하였다. 합한 유기층을 염수(100 mL)로 세척하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 100/1 내지 0/1)로 정제하였다. N-(9-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(13.2 g, 19.14 mmol, 50.09% 수율)을 갈색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+): 690.5.
단계 6. DMF(100 mL) 중 N-(9-((2R,3R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3,4-디하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(10.20 g, 14.79 mmol, 1 당량)의 용액에 이미다졸(3.02 g, 44.37 mmol, 3.00 당량) 및 TBSCl(2.01 g, 13.31 mmol, 1.63 mL, 0.9 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 10시간 동안 교반하였다. 혼합물을 에틸 아세테이트로 희석하고 NaHCO3 용액으로 세척하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(석유 에테르/에틸 아세테이트 = 100/1 내지 1/1)로 정제하였다. N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드(3.82 g, 4.75 mmol, 32.13% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. 1HNMR (400MHz, 클로로포름-d) δ = 9.51 (s, 1H), 8.57 (s, 1H), 8.26 (s, 1H), 8.03 (s, 1H), 7.96 (d, J = 7.5 Hz, 2H), 7.70 - 7.63 (m, 1H), 7.61 - 7.54 (m, 2H), 7.48 (d, J = 7.3 Hz, 2H), 7.36 (dd, J = 2.0, 8.9 Hz, 4H), 7.26 - 7.16 (m, 3H), 6.78 (d, J = 8.7 Hz, 4H), 5.99 (d, J = 4.6 Hz, 1H), 5.32 - 5.27 (m, 1H), 4.48 (q, J = 5.5 Hz, 1H), 4.13 - 4.08 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.46 (dd, J = 3.9, 10.3 Hz, 1H), 3.32 (dd, J = 5.3, 10.3 Hz, 1H), 2.70 (d, J = 5.9 Hz, 1H), 2.06 (s, 1H), 1.58 (s, 2H), 1.27 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 0.89 (s, 9H), 0.05 (s, 3H), -0.01 (s, 3H); LCMS: (M-H+):802.3.
N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-3-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-8-옥소-8,9-디하이드로-7H-퓨린-6-일)벤즈아미드의 합성
Figure pct00500
THF(35 mL) 중 건조 N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-3-[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-8-옥소-7H-퓨린-6-일]벤즈아미드(3.5 g, 4.35 mmol)의 용액에 트리에틸아민(1.52 mL, 10.88 mmol)을 첨가하였다. (3S,3aS)-3-(벤젠설포닐메틸)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(THF 중 0.9 M, 8.71 mL, 7.84 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 용액을 실온에서 3.5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응물을 물(78 uL)로 퀀칭하였다. 무수 MgSO4(1.05 g)를 첨가하였다. 혼합물을 셀라이트를 통해 여과하고 셀라이트, 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 미색 폼으로서 수득하였다. 미정제 생성물을 헥산 중 20~100% EtOAc(각각의 이동상은 2.5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 미색 폼(3.512 g, 74.2% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.48 (s, 1H), 8.62 (s, 1H), 8.24 (s, 1H), 7.96 - 7.92 (m, 2H), 7.90 - 7.85 (m, 2H), 7.67 - 7.61 (m, 1H), 7.57 (td, J = 7.2, 1.2 Hz, 1H), 7.54 (t, J = 7.8 Hz, 2H), 7.50 - 7.43 (m, 4H), 7.38 - 7.32 (m, 4H), 7.22 (dd, J = 8.4, 6.9 Hz, 2H), 7.19 - 7.13 (m, 1H), 6.79 - 6.72 (m, 4H), 6.01 (d, J = 5.4 Hz, 1H), 5.33 (t, J = 5.3 Hz, 1H), 5.00 (q, J = 6.2 Hz, 1H), 4.78 (dt, J = 10.8, 4.7 Hz, 1H), 4.06 (q, J = 4.4 Hz, 1H), 3.76 (s, 6H), 3.67 (dq, J = 11.4, 5.8 Hz, 1H), 3.49 - 3.34 (m, 4H), 3.19 (dd, J = 10.4, 4.9 Hz, 1H), 3.01 (qd, J = 9.5, 4.0 Hz, 1H), 1.85 (t, J = 5.8 Hz, 1H), 1.77 - 1.70 (m, 1H), 1.68 - 1.62 (m, 1H), 1.16 - 1.06 (m, 1H), 0.83 (s, 9H), 0.02 (s, 3H), -0.09 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 152.12; MS (ESI), 1086.13 [M - H]-.
1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d] 이미다졸-2-온의 합성
Figure pct00501
단계 1. THF(210 mL) 중 1,3-디하이드로벤즈이미다졸-2-온(30 g, 223.66 mmol, 1 당량)의 용액에 NaH(22.37 g, 559.14 mmol, 60% 순도, 2.5 당량)를 0℃에서 첨가하였다. 반응물을 15분 동안 교반한 다음, (2R,3S,5R)-5-클로로-2-(((4-메틸벤조일)옥시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일 4-메틸벤조에이트를 상기 반응 혼합물에 한 번에 첨가하였다. 생성된 현탁액을 5시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 2:1)는 생성물이 검출된 것으로 나타났다. H2O(2000 mL)를 첨가하여 반응물을 퀀칭하고 2000 mL 에틸 아세테이트로 2회 추출하였다. 유기층을 포화 수성 NaCl 및 H2O로 연속적으로 세척하고 무수 Na2SO4로 건조시켰다. 유기 용매를 감압하에 증발시켰다. 잔류물을 prep-MPLC(중성 조건)로 정제하여 ((2R,3S,5R)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-벤조[d]이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(25 g, 미정제)를 백색 발포성 고체로서 수득하였다.
단계 2. MeOH(250 mL) 중 ((2R,3S,5R)-3-((4-메틸벤조일)옥시)-5-(2-옥소-2,3-디하이드로-1H-벤조[d]이미다졸-1-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 4-메틸벤조에이트(25 g, 51.39 mmol, 1 당량)의 용액에 NaOMe(8.33 g, 154.16 mmol, 3 당량)를 첨가하였다. 반응물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 1:1)는 생성물이 검출된 것으로 나타났다. 상기 반응물에 NH4Cl(8.33 g)을 첨가하였다. 반을 혼합물을 감압하에 농축시켜 1-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d]이미다졸-2-온(12.86 g, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다.
단계 3. 피리딘(60 mL) 중 1-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d]이미다졸-2-온(12.86 g, 51.39 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTrCl(19.15 g, 56.53 mmol, 1.1 당량)을 첨가하였다. 반응물을 25℃에서 5시간 동안 교반하였다. LCMS(생성물: RT = 1.305분)는 생성물이 검출된 것으로 나타났다. 합한 추출액을 H2O(500 mL) 및 염수(450 mL)로 세척하였다. 용액을 건조시키고(Na2SO4), 여과하고, 감압하에 농축시켰다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=10/1 내지 0/1)로 정제하여 생성물 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d] 이미다졸-2-온(WV-NU-136)(10.20 g, 18.26 mmol, 35.54% 수율, 98.95% 순도)을 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ = 10.93 (s, 1H), 7.37 (d, J = 7.1 Hz, 2H), 7.26 - 7.21 (m, 7H), 6.97 (d, J = 4.0 Hz, 2H), 6.81 (t, J = 8.3 Hz, 4H), 6.72 - 6.65 (m, 1H), 6.72 - 6.65 (m, 1H), 6.14 (t, J = 7.1 Hz, 1H), 5.30 (d, J = 4.9 Hz, 1H), 4.43 (br dd, J = 4.0, 7.3 Hz, 1H), 3.87 (br d, J = 3.1 Hz, 1H), 3.70 (d, J = 1.3 Hz, 6H), 3.27 - 3.20 (m, 1H), 3.17 - 3.13 (m, 1H), 2.75 - 2.64 (m, 1H), 2.01 (ddd, J = 3.4, 6.7, 10.0 Hz, 1H); 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ = 177.55, 163.23, 158.43, 150.01, 140.76, 135.02, 134.93, 133.64, 133.26, 132.97, 131.85, 126.59, 125.56, 118.35, 115.20, 118.34, 115.20, 114.13, 90.71, 89.86, 86.72, 75.60, 68.98, 64.97, 60.23, 45.37, 45.16, 44.95, 44.54, 44.74 (br t, J = 41.8 Hz, 1C), 44.12, 25.98, 19.30; LCMS: M+H+ = 551.2; 순도: 98.95%.
1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d]이미다졸-2-온의 합성
Figure pct00502
rbf 중 건조 3-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-1H-벤즈이미다졸-2-온(4.0 g, 7.24 mmol)을 THF(50 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(5.67 mL, 40.72 mmol)을 첨가하였다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.96 M 용액, 11.34 mL, 10.86 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료되지 않은 것으로 나타났다. 추가의 트리에틸아민(1.13 mL, 8.143 mmol)을 첨가한 다음, 추가의 [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란 용액(2.27 mL, 2.1714 mmol)을 첨가하였다. 2시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 트리에틸아민(5.7 mL)을 첨가한 다음, Na2SO4(1.54 g)를 첨가하였다. 5분 동안 교반하였다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 헥산 중 10~75% EtOAc(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 1-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,3-디하이드로-2H-벤조[d]이미다졸-2-온을 백색 폼(4.89 g, 75.7% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 9.10 (s, 1H), 7.51 - 7.43 (m, 6H), 7.38 - 7.30 (m, 5H), 7.29 - 7.16 (m, 8H), 7.16 - 7.10 (m, 1H), 7.02 - 6.96 (m, 2H), 6.79 - 6.75 (m, 4H), 6.58 (td, J = 7.5, 1.6 Hz, 1H), 6.21 (dd, J = 8.7, 6.1 Hz, 1H), 4.99 (td, J = 7.6, 6.6, 3.3 Hz, 1H), 4.78 (dt, J = 8.8, 5.7 Hz, 1H), 3.85 (p, J = 3.7 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.51 (ddt, J = 14.8, 10.5, 7.7 Hz, 1H), 3.37 - 3.29 (m, 3H), 3.03 (qd, J = 10.6, 4.1 Hz, 1H), 2.56 (dt, J = 13.6, 8.0 Hz, 1H), 2.06 - 1.99 (m, 1H), 1.86 (dtt, J = 12.1, 8.0, 3.2 Hz, 1H), 1.66 (ddt, J = 16.0, 12.8, 8.0 Hz, 1H), 1.53 (dd, J = 14.7, 8.8 Hz, 1H), 1.41 (dt, J = 14.5, 7.1 Hz, 2H), 1.26 - 1.18 (m, 1H), 0.61 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 149.86; MS (ESI), 890.27 [M - H]-.
9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시테트라하이드로푸란-2-일)-7,9-디하이드로-8H-퓨린-8-온의 합성
Figure pct00503
단계 1. 피리딘(375 mL) 중 (2R,3S,5R)-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(50 g, 151.45 mmol, 1 당량)의 용액에 Ac2O(46.38 g, 454.36 mmol, 42.55 mL, 3 당량) 및 DMAP(1.85 g, 15.15 mmol, 0.1 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 0~15℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 0:1, Rf = 0.29)는 (2R,3S,5R)-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올이 소모되었고 하나의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응 혼합물에 H2O(200 mL)를 첨가하고, EtOAc(150 mL * 3)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 미정제 ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트(62.7 g, 미정제)를 황색 오일로서 수득하였다. LCMS: (M+H+）= 414.0, 416.0.
단계 2. THF(520 mL) 중 ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트(26 g, 62.77 mmol, 1 당량)의 용액에 t-BuONO(12.95 g, 125.54 mmol, 14.93 mL, 2 당량)을 25℃에서 첨가하고, 70℃에서 3시간 동안 교반한 다음, t-BuONO(12.95 g, 125.54 mmol, 14.93 mL, 2 당량)를 상기 반응 혼합물에 첨가하고, 3시간 동안 교반하였다.TLC(석유 에테르:에틸 아세테이트 = 0:1, Rf = 0.49)는 ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(6-아미노-8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트가 소모되었고 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 감압하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 미정제 생성물(59.76 g)을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1)로 정제하였다. TLC: (석유 에테르:에틸 아세테이트 = 0:1, R f = 0.53). ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트(28 g, 70.14 mmol, 46.85% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+）= 399.1, 401.
단계 3. THF(184 mL) 중 화합물 NaH(22.19 g, 554.85 mmol, 60% 순도, 1.5 당량)의 용액에 BnOH(40 g, 369.90 mmol, 38.46 mL, 1 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 0~15℃에서 2시간 동안 교반하였다. 회색 액체로서의 미정제 생성물 벤질옥시나트륨(48 g, 미정제)을 추가 정제 없이 다음 단계에 사용하였다. THF(180 mL) 중 ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트(17.9 g, 44.84 mmol, 1 당량)의 용액에 BnONa(35.01 g, 269.04 mmol, 32.41 mL, 6 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 0:1, Rf = 0.60)는 ((2R,3S,5R)-3-아세톡시-5-(8-브로모-9H-퓨린-9-일)테트라하이드로푸란-2-일)메틸 아세테이트가 소모되었고 2개의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응 혼합물을 0℃의 물(300 mL)을 첨가하여 퀀칭하고, EtOAc(150 mL * 3)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 에틸 아세테이트/메탄올 = 10/1)로 정제하였다. (2R,3S,5R)-5-(8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(6.4 g, 18.69 mmol, 26.89% 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M+H+）= 343.0.
단계 4. MeOH(150 mL) 중 (2R,3S,5R)-5-(8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올(5 g, 14.61 mmol, 1 당량)의 용액에 Pd/ C(2.5 g, 10% 순도)를 첨가하였다. 혼합물을 H2(15 PSI), 25℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC(에틸 아세테이트:메탄올 = 10:1， Rf = 0.24)는 (2R,3S,5R)-5-(8-(벤질옥시)-9H-퓨린-9-일)-2-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-3-올이 소모되었고 하나의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. Pd/C를 여과하고, 반응 혼합물을 감압하에 농축시켰다. 9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-7,9-디하이드로-8H-퓨린-8-온(3.68 g, 미정제)을 황색 오일로서 수득하였다. LCMS: (M+H+）= 253.2.
단계 5. 피리딘(72 mL) 중 9-((2R,4S,5R)-4-하이드록시-5-(하이드록시메틸)테트라하이드로푸란-2-일)-7,9-디하이드로-8H-퓨린-8-온(3.68 g, 14.59 mmol, 1 당량)의 용액에 DMTrCl(5.44 g, 16.05 mmol, 1.1 당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. TLC(에틸 아세테이트:메탄올 = 20: 1, Rf = 0.17)는 화합물 5가 소모되었고 2개의 새로운 스폿이 형성된 것으로 나타났다. 반응 혼합물에 H2O(70 mL)를 0℃에서 첨가하고, EtOAc(50 mL * 3)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/1 내지 0/1, 이어서 에틸 아세테이트/메탄올 = 10:1, 5% TEA)로 정제하였다. 화합물 WV-NU-135(3.2 g, 5.77 mmol, 39.55% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 메탄올-d4) δ = 8.38 (s, 1H), 8.21 (s, 1H), 7.44 - 7.36 (m, 2H), 7.27 (d, J = 8.3 Hz, 4H), 7.18 (s,3H), 6.81 - 6.69 (m, 4H), 6.37 (s, 1H), 4.74 - 4.66 (m, 1H), 3.76 (d, J = 3.5 Hz, 6H), 3.38 - 3.33 (m, 1H), 3.29 - 3.21 (m, 1H), 2.29 - 2.15 (m, 1H); 13C NMR (101 MHz, 메탄올-d4) δ = 159.99, 159.93, 154.55, 151.59, 150.98, 146.62, 137.45, 137.43, 134.14, 131.37,131.27, 129.35, 128.59, 127.66, 123.54, 113.93, 113.90, 87.54, 87.31, 83.08, 73.24, 65.66, 55.71, 49.70, 49.27, 48.85, 49.07 (t, J = 42.9 Hz, 1C), 48.43, 36.89, 14.51; LCMS: MS-H+=553.3.
9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-7,9-디하이드로-8H-퓨린-8-온의 합성
Figure pct00504
rbf 중 건조 9-[(2R,4R,5R)-5-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]-4-하이드록시-테트라하이드로푸란-2-일]-7H-퓨린-8-온(1.6 g, 2.89 mmol)을 THF(25 mL)에 용해시켰다. 투명한 용액에 트리에틸아민(2.71 mL, 19.47 mmol)을 첨가하였다. [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란(THF 중 0.96 M 용액, 5.42 mL, 5.19 mmol)을 적가하였다. 생성된 탁한 반응 용액을 실온에서 4.5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료되지 않은 것으로 나타났다. 추가의 트리에틸아민(0.9 mL, 6.47 mmol)을 첨가한 다음, 추가의 [(3S,3aS)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-3-일]메틸-메틸-디페닐-실란 용액(1.8 mL, 1.72 mmol)을 적가하였다. 1시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 혼합물을 여과하고, 여과액을 농축시켰다. 생성된 미정제 생성물을 EtOAc 중 0~50% ACN(각각의 이동상은 5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((메틸디페닐실릴)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-7,9-디하이드로-8H-퓨린-8-온을 백색 발포성 고체(1.21 g, 46.8% 수율)로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 8.44 (s, 1H), 7.94 (s, 1H), 7.50 - 7.41 (m, 6H), 7.33 - 7.27 (m, 7H), 7.19 (dt, J = 15.3, 7.0 Hz, 5H), 7.14 - 7.10 (m, 1H), 6.72 (dd, J = 9.0, 2.7 Hz, 4H), 6.29 (t, J = 6.9 Hz, 1H), 5.03 (ddt, J = 10.0, 7.2, 3.7 Hz, 1H), 4.82 (dt, J = 8.9, 5.6 Hz, 1H), 4.02 (q, J = 4.7 Hz, 1H), 3.72 (s, 6H), 3.51 (ddt, J = 14.6, 10.6, 7.6 Hz, 1H), 3.38 (td, J = 11.5, 10.2, 5.6 Hz, 2H), 3.19 (dd, J = 10.1, 5.4 Hz, 1H), 3.05 - 2.94 (m, 2H), 2.10 - 2.01 (m, 1H), 1.85 (dtd, J = 12.6, 8.8, 7.8, 3.5 Hz, 1H), 1.65 (ddd, J = 16.4, 12.4, 8.2 Hz, 1H), 1.54 (dd, J = 14.6, 9.0 Hz, 1H), 1.41 (dt, J = 14.5, 5.4 Hz, 2H), 1.30 - 1.22 (m, 1H), 0.63 (s, 3H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 149.16; MS (ESI), 892.26 [M - H]-.
9-((2R,4S,5R)-5-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-(((1R,3R,3aR)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴-1-일)옥시)테트라하이드로푸란-2-일)-1,9-디하이드로-6H-퓨린-6-온의 합성
Figure pct00505
건조 DMT-dI(46.0 g, 82.94 mmol)을 THF(460 mL)에 부분적으로 용해시켰다. 백색의 미세한 슬러리에 트리에틸아민(24.28 mL, 174.18 mmol)을 첨가하였다. (3R,3aR)-1-클로로-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(THF 중 0.85 M, 156.13 mL, 132.71 mmol)을 천천히 첨가하였다. 약간의 덩어리가 있는 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반하였다. 추가의 THF(230 mL)를 첨가하였다. 2시간 동안 계속 교반하였다. 혼합물이 백색 슬러리가 되었다. LCMS는 소량의 출발물질만 남고 목적 생성물이 주를 이루는 것으로 나타났다. TLC는 출발물질이 미량이고 덜 극성인 스폿이 주를 이루는 것으로 나타났다. 추가로 2.5시간 동안 교반하였다. 반응물을 물(1.5 mL)로 퀀칭하였다. 무수 MgSO4(20 g)를 첨가하였다. 혼합물을 셀라이트를 통해 여과하고 셀라이트, 투명한 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 백색 폼으로서 수득하였다. 미정제 생성물을 EtOAc 중 0~45% 무수 MeCN을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 미색 폼(44.12 g, 63.5% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 12.78 (s, 1H), 8.01 (s, 1H), 7.99 (s, 1H), 7.94 - 7.89 (m, 2H), 7.63 - 7.57 (m, 1H), 7.51 (t, J = 7.8 Hz, 2H), 7.42 - 7.36 (m, 2H), 7.35 - 7.27 (m, 4H), 7.27 - 7.23 (m, 2H), 7.23 - 7.17 (m, 1H), 6.83 - 6.77 (m, 4H), 6.37 (dd, J = 7.2, 6.1 Hz, 1H), 5.10 (ddd, J = 7.8, 5.8, 4.5 Hz, 1H), 4.84 (ddt, J = 9.1, 6.2, 3.2 Hz, 1H), 4.25 (q, J = 4.1 Hz, 1H), 3.77 (s, 6H), 3.68 (dt, J = 10.0, 6.1 Hz, 1H), 3.55 - 3.44 (m, 2H), 3.42 - 3.33 (m, 3H), 3.20 (tdd, J = 10.2, 8.7, 4.0 Hz, 1H), 2.81 (dt, J = 13.5, 6.3 Hz, 1H), 2.54 (ddd, J = 13.6, 6.1, 3.3 Hz, 1H), 1.92 - 1.83 (m, 1H), 1.80 (td, J = 12.0, 11.2, 6.2 Hz, 1H), 1.68 - 1.61 (m, 1H), 1.14 (dtd, J = 11.8, 10.2, 8.4 Hz, 1H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 156.35; MS (ESI), 836.34 [M - H]-.
(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)테트라하이드로푸란-3-일)옥시)-3-((페닐설포닐)메틸)테트라하이드로-1H,3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴의 합성
Figure pct00506
THF(150 mL) 중 건조 (2R,3R)-2-[[비스(4-메톡시페닐)-페닐-메톡시]메틸]테트라하이드로푸란-3-올(15.0 g, 35.67 mmol)의 백색 슬러리에 트리에틸아민(26.85 mL, 192.63 mmol)을 첨가하였다. (3S,3aS)-3-(벤젠설포닐메틸)-1-클로로-3a,4,5,6-테트라하이드로-3H-피롤로[1,2-c][1,3,2]옥사자포스폴(THF 중 0.9 M, 71.34 mL, 64.21 mmol)을 적가하였다. 미색 슬러리를 실온에서 5시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 반응이 완료된 것으로 나타났다. 반응물을 물(642 uL)로 퀀칭하였다. 무수 MgSO4(8.56 g)를 첨가하였다. 혼합물을 셀라이트를 통해 여과하고 셀라이트, 여과액을 농축시켜 미정제 생성물을 미색의 지성 폼으로서 수득하였다. 미정제 생성물을 헥산 중 30~100% DCM(각각의 이동상은 2.5% 트리에틸아민을 함유함)을 구배로서 적용하는 순상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 표제 화합물을 황백색 폼(14.53 g, 57.9% 수율)으로서 수득하였다. 1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 7.90 - 7.86 (m, 2H), 7.58 (tt, J = 7.6, 1.2 Hz, 1H), 7.48 (t, J = 7.8 Hz, 2H), 7.44 (d, J = 7.6 Hz, 2H), 7.35 - 7.31 (m, 4H), 7.28 (t, J = 7.7 Hz, 2H), 7.20 (tt, J = 7.3, 1.4 Hz, 1H), 6.85 - 6.81 (m, 4H), 4.96 (q, J = 6.0 Hz, 1H), 4.60 (ddt, J = 8.7, 6.1, 2.2 Hz, 1H), 4.03 (td, J = 8.2, 3.0 Hz, 1H), 3.94 (ddd, J = 9.8, 8.2, 6.2 Hz, 1H), 3.90 (td, J = 4.6, 2.2 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.60 (dq, J = 10.0, 5.9 Hz, 1H), 3.52 - 3.43 (m, 2H), 3.35 (dd, J = 14.6, 5.4 Hz, 1H), 3.11 (ddd, J = 9.1, 5.7, 3.9 Hz, 2H), 3.05 (dd, J = 9.8, 4.4 Hz, 1H), 2.16 - 2.07 (m, 1H), 2.00 - 1.95 (m, 1H), 1.86 (tt, J = 6.1, 2.6 Hz, 1H), 1.76 (ddd, J = 18.6, 13.7, 7.7 Hz, 1H), 1.63 (ddt, J = 13.4, 7.0, 3.5 Hz, 1H), 1.13 - 1.05 (m, 1H); 31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ 152.40; MS (ESI), 726.86 [M + Na]+.
(2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((6-((2S,4R)-2-((비스(4-메톡시페닐))(페닐)메톡시)메틸)-4-(((2-시아노에톡시)(디이소프로필아미노)포스판일)옥시)피롤리딘-1-일)-6-옥소헥실)아미노)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트의 합성
Figure pct00507
단계 1. 2개의 배치: CH3CN(350 mL) 중 5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-아세트아미도-4,5-디아세톡시-6-(아세톡시메틸)테트라하이드로-2H-피란-2-일)옥시)펜탄산(35 g, 78.22 mmol)의 용액에 HATU(44.61 g, 117.34 mmol) 및 DIEA(40.44 g, 312.90 mmol)를 첨가한 다음, 6-아미노-1-((2S,4R)-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시피롤리딘-1-일)헥산-1-온(41.67 g, 78.22 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. LCMS는 목적하는 주 피크인 것으로 나타났다. 반응 혼합물에 물(500 mL)을 0℃에서 첨가하고, DCM(100 mL * 2)으로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 메탄올/에틸 아세테이트 = 1:5, 5% TEA)로 정제하여 (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((6-((2S,4R))-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시피롤리딘-1-일)-6-옥소헥실)아미노)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트(122 g, 81.05% 수율)를 황색 고체로서 수득하였다. LCMS: (M-H+): 960.5; 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 7.81 (d, J = 9.2 Hz, 1H), 7.69 (t, J = 5.6 Hz, 1H), 7.35-7.15 (m, 9H), 6.92-6.83 (m, 4H), 5.75 (s, 4H), 5.21 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 5.00-4.94 (m, 2H), 4.48 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 4.43-4.35 (m, 1H), 4.17-3.98 (m, 5H), 3.94-3.77 (m, 1H), 3.73 (s, 7H), 3.64-3.53 (m 1H), 3.49-3.35 (m, 2H), 3.20-3.10 (m, 1H), 3.07-2.93 (m, 3H), 2.20 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 2.10 (s, 3H), 2.06-1.96 (m, 7H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.55-1.33 (m, 8H), 1.31-1.21 (m, 3H).
단계 2. DCM(600 mL) 중 톨루엔으로 건조된 (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((6-((2S,4R))-2-((비스(4-메톡시페닐)(페닐)메톡시)메틸)-4-하이드록시피롤리딘-1-일)-6-옥소헥실)아미노)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트(61 g, 63.40 mmol)의 용액에 DIEA(9.83 g, 76.08 mmol)을 첨가한 다음, 3-((클로로(디이소프로필아미노)포스판일)옥시)프로판니트릴(15.01 g, 63.40 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 2시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 0℃의 포화 NaHCO3(수성, 1000 mL)을 첨가하여 퀀칭하고, EtOAc(800 mL * 3)로 추출하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압하에 농축시켜 잔류물을 수득하였다. 잔류물을 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/0 내지 0/1, 이어서 EtOAc/ACN = 1/0 내지 1/1, 5% TEA)로 정제하여 (2R,3R,4R,5R,6R)-5-아세트아미도-2-(아세톡시메틸)-6-((5-((6-((2S,4R)-2-((비스(4-메톡시페닐))(페닐)메톡시)메틸)-4-(((2-시아노에톡시)(디이소프로필아미노)포스판일)옥시)피롤리딘-1-일)-6-옥소헥실)아미노)-5-옥소펜틸)옥시)테트라하이드로-2H-피란-3,4-디일 디아세테이트(54 g, 36.64% 수율)를 백색 고체로서 수득하였다. 1HNMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.36 - 7.27 (m, 2H), 7.25 - 7.08 (m, 7H), 6.83 - 6.79 (m, 4H), 6.31 - 5.98 (m, 2H), 5.29 (d, J = 2.9 Hz, 1H), 5.11 (dd, J = 3.2, 11.2 Hz, 1H), 4.69 - 4.58 (m, 1H), 4.53 (s, 1H), 4.34 - 4.24 (m, 1H), 4.08 (br d, J = 4.9 Hz, 1H), 3.82 (br t, J = 5.1 Hz, 2H), 3.76 - 3.65 (m, 7H), 3.57 - 3.30 (m, 5H), 3.25 - 2.99 (m, 5H), 2.62 - 2.48 (m, 2H), 2.33 - 2.00 (m, 9H), 1.94 - 1.90 (m, 3H), 1.90 - 1.82 (m, 3H), 1.76 - 1.42 (m, 8H), 1.42 - 1.31 (m, 2H), 1.14 - 1.02 (m, 12H); 31PNMR (162 MHz, 클로로포름-d) δ = 148.07 (s), 147.93 (s), 147.64 (s), 147.08 (s).
실시예 64. 제공된 기술은 다양한 유형의 세포에서 편집을 제공할 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 유형의 세포에서 편집을 제공할 수 있고, 다양한 전달 기술(예: 짐노틱 전달, 형질감염 등)을 사용하여 전달될 수 있다. 특히, 본 실시예는 제공된 기술이 제공하는 다양한 이점을 확인시켜 주는 결과를 제공한다.
예를 들어, 일부 경우에 올리고뉴클레오티드 조성물(WV-37317 및 WV-37318)은 24시간 또는 96시간 동안 사이토카인으로 사전 자극된 원발성 인간 CD8+ T 세포에 짐노틱 전달에 의해 전달되었다. ACTB mRNA 편집의 양은 투여 후 4일째에 분석되었다. 도 48에서 확인되는 바와 같이, 테스트된 모든 용량에서 강력한 편집이 달성되었다. 일부 구현예에서, 96시간 사전-자극은 48시간 사전-자극보다 더 높은 편집을 나타냈다.
올리고뉴클레오티드 조성물은 짐노틱 전달 또는 형질감염에 의해 다중 섬유아세포 세포주에서도 평가되었다. 예를 들어, 도 49에 나타낸 바와 같이, 3개의 상이한 원발성 인간 섬유아세포주를 표시된 바와 같이 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-37318을 사용한 형질감염(50 nM) 또는 짐노틱 흡수(10 μM)에 의해 처리하였다. 60시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱으로 측정하였다. 도 49에서 확인되는 바와 같이, ACTB mRNA 편집은 형질감염 및 짐노틱 전달 모두에 의해 달성되었다.
도 50에 의해 확인되는 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 생체외 NHP 눈(망막)에서의 편집도 제공하였다. NHP로부터의 안구를 새로 절개하고 망막 조직을 짐노틱 흡수에 의해 올리고뉴클레오티드 조성물 WV-37317로 처리하였다. 48시간 후에 RNA를 채취하였다. 표적의 편집을 Sanger 시퀀싱으로 측정하였다. 도 50에 의해 확인되는 바와 같이, 두 실험 세트 모두, 생체외 NHP 눈(망막)에서 편집이 달성되었다.
실시예 65. 다양한 구조적 요소를 본 발명에 따라 사용하여 편집을 제공할 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 다양한 요소, 예를 들어 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결, 입체화학, 추가의 화학적 모이어티 등이 본 발명에 따라 올리고뉴클레오티드에 혼입될 수 있다. 본 실시예는 특히, 본 발명에 기재된 바와 같은 다양한 변형을 포함하는 다양한 요소를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 다양한 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있음을 추가로 확인시켜 준다.
예를 들어, 본 실시예(예를 들어, 도 51에 제시된 특정 데이터)에 의해 확인되는 바와 같이, 다양한 특징, 예를 들어 변형, 입체화학 등을 포함하는 조성물은 표적으로 선택된 SerpinA1 mRNA 전사체 상의 다양한 아데노신의 편집을 제공할 수 있다. 이러한 표적 부위는 대체 1 내지 4로 표시된다. 각각의 표적 아데노신에 대해, 다중 올리고뉴클레오티드 조성물을 설계, 준비 및 평가하였다. 일부 구현예에서, 특정 올리고뉴클레오티드들은 하나의 뉴클레오티드가 서로 다르다. 다양한 변형, 예를 들어 2'-F 변형 당(제1 도메인 및/또는 제2 도메인(예: 제2 및/또는 제3 서브도메인)), 2'-OR(여기서, R은 -H가 아님; 예를 들어, 2'-OMe) 변형 당(예: 제2 도메인(예: 제2 및/또는 제3 서브도메인)), 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(예: Sp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(예: 제1 도메인 및 제2 도메인(예: 제1, 제2 및/또는 제3 서브도메인), Rp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(예: 제2 도메인(예: 제1 및/또는 제2 서브도메인(예: 반대편 뉴클레오시드와 3' 방향 인접 뉴클레오시드 연결)), 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 n001(예: 제1 도메인(예: 5'-말단의 처음 두 뉴클레오시드를 연결하는 첫 번째 뉴클레오티드간 연결) 및/또는 제2 도메인(예: 5'-말단의 마지막 두 뉴클레오시드를 연결하는 마지막 뉴클레오티드간 연결 및/또는 3' 방향 인접 뉴클레오티드와 이의 3' 방향 인접 뉴클레오시드 사이의 연결(예, N-1과 N-2 사이; 예를 들어, WV-39588, WV-39590 등 참조) 등)), 추가의 화학적 모이어티 등이 사용될 수 있다. 예를 들어 도 51에서 확인되는 바와 같이, 다양한 변형을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 표적 편집을 제공할 수 있다. 또한 확인되는 바와 같이, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 다양한 위치(예를 들어, 일부 경우에 3'-말단으로부터 5, 6, 7, 8, 9번 이상의 위치)에 배치될 수 있다. 다른 버전의 GalNAc(예: Mod001 또는 L025)가 전달 및/또는 활성을 제공하는 것으로 확인되었다. 당업자가 인식하고 본원에 설명되고 확인된 바와 같이, 편집된 핵염기는 편집 후 G의 다양한 기능을 수행할 수 있다(일부 경우에 편집은 A에서 G로 지칭될 수 있음).
도 52에서 확인되는 바와 같이, 다양한 구현예에서 천연 RNA 당은 제공된 올리고뉴클레오티드에서, 일부 경우에는 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, RNA 뉴클레오시드는 3' 방향 인접 I 뉴클레오시드와 함께 사용된다. 일부 구현예에서, 3' 방향 인접 I 뉴클레오시드는 n001과 같은, 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 결합된다.
특히, 도 53은 다양한 수의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 본 발명에 따라 다양한 부분에서 이용될 수 있음을 확인시켜 준다. 올리고뉴클레오티드 조성물은 원발성 인간 간세포(50 nM 및 250 nM)에 투여되었고, 더 낮은 농도(50 nM, 25 nM, 12.5 nM, 6.25 nM, 도 53c 참조)로 투여되었다. 일부 구현예에서, 특정 패턴의 변형(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 및/또는 이의 입체화학)은 다른 것보다 더 높은 효율을 제공할 수 있다. 도 53은 또한 본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서 다양한 길이(예를 들어, 30, 31, 32 등)의 올리고뉴클레오티드가 편집을 위해 사용될 수 있음을 확인시켜 준다.
일부 구현예에서, 도 54에서 확인되는 바와 같이, 비상보적 염기쌍(예를 들어, 워블 및/또는 불일치)을 제거하는 것은 편집 효율을 향상시킬 수 있다. 올리고뉴클레오티드를 표시된 용량 농도로 원발성 인간 및 NHP 간세포에 투여하였다. 도 54에 나타낸 바와 같이, 일부 구현예에서 (예를 들어, 제1 도메인에서) 워블을 제거하면 NHP 대체 부위 1 및 2의 편집 수준이 개선되었다. 일부 구현예에서, 불일치의 추가는 인간 serpinA1 대체 부위 1 및 2에서 편집 수준을 감소시켰다. 일부 구현예에서, 상이한 대체 부위, 예를 들어 1 및 2를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 인간 원발성 간세포에서 하나 이상의 농도에서 유사하거나 동일한 편집 수준을 제공할 수 있는 반면, 상응하는 표적 부위에 대해 NHP 원발성 간세포에서는 더 상이한 편집 수준을 제공하는 것으로 관찰되었다. 특히, 도 56은 일부 구현예에서, 비상보적 염기의 제거, 음으로 하전된 더 많은 뉴클레오티드간 연결(예: n001; 도메인 1 및/또는 도메인 2), 및/또는 더 많은 2'-F 변형 당(예: 제2 도메인)의 추가가 편집 수준을 증가시킬 수 있음을 확인시켜준다.
본원에 기재된 바와 같이, 변형 핵염기를 포함하는 다양한 핵염기가 본 발명에 따라, 예를 들어 표적 부위 반대편 위치에서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 핵염기는 개선된 특성 및/또는 활성을 제공한다. 예로서, 도 57의 데이터는 일부 구현예에서 다양한 변형 핵염기(또는 무염기 뉴클레오시드)를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 주었다. 일부 구현예에서, b001A 및 b008U와 같은 특정 염기 변형을 포함하는 올리고뉴클레오티드는 기준 조성물과 비교할 때 편집 활성을 증가시키는 것으로 관찰되었다.
일부 구현예에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드 사이에 무염기 모이어티를 포함한다. 도 58에서 확인되는 바와 같이, 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드 대신에 하나 이상의 무염기 단위를 포함하는 다양한 올리고뉴클레오티드는 편집 활성을 제공할 수 있다. cLUC mRNA 상의 UAG를 표적화하도록 일련의 올리고뉴클레오티드를 설계하였다. 일부 구현예에서, 특정 위치의 무염기 단위는 다른 위치보다 더 높은 활성을 제공하는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 특정 상황에서 ADAR1-p110, ADAR1-p150 및 ADAR2에 대해 상이한 절대적 및/또는 상대적 편집 수준을 제공할 수 있음이 관찰되었다.
도 59는 예를 들어 표적 부위의 반대편 위치와 같은 제2 도메인에서 본원 제공된 다양한 염기 변형을 이용하여 편집 활성을 제공할 수 있음을 확인시켜 주는 추가의 예시 데이터를 제공한다. 인간 SerpinA1 mRNA에서 PIZ 돌연변이를 표적화하는 올리고뉴클레오티드 조성물이 설계되었고 상이한 염기 변형을 포함하였다. 이어서, 이러한 올리고뉴클레오티드 조성물을 인간 SerpinA1-PIZ 대립유전자를 발현하는 ARPE 세포 내로 형질감염시켰다. 일부 구현예에서, 특정 변형 핵염기 b001A 및 b002A가 더 높은 편집 수준을 제공하는 것으로 관찰되었다. 일부 구현에서, 불일치를 제거하면 편집 수준이 향상되는 것으로 관찰되었다.
본원에 기재된 바와 같이, 표적 부위의 반대편 위치에 다양한 핵염기(예를 들어, 변형 핵염기) 및 당(예를 들어, 천연 DNA 또는 RNA 당)을 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드는 편집 활성을 제공할 수 있다. 편집을 확인시켜 주는 특정 데이터는 도 60에 제시되어 있다. 예로서, 인간 SerpinA1-PIZ 대립유전자 및 ADAR1-p110 또는 ADAR1-p150을 발현하는 293T 세포에 SerpinA1-PIZ 표적화 올리고뉴클레오티드 조성물을 형질감염시켰다. 도 60에서 확인되는 바와 같이, 모든 올리고뉴클레오티드 조성물은 ADAR1-p110 및/또는 ADAR1-p150으로 SerpinA1-PIZ 편집을 제공하였다. 일부 구현예에서, 특정 변형 염기, 예를 들어 b001A를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물은 인간 ADAR1-p110 및 ADAR1-p150 둘 다에 대해 높은 편집 수준을 제공하는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드에 천연 RNA 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물은 인간 ADAR1-p110 및 ADAR1-p150 둘 다에 대해 높은 편집 수준을 제공하는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 염기 서열이 완전히 상보적인 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 조성물은 개선된 편집 수준을 제공하는 것으로 관찰되었다.
제공된 올리고뉴클레오티드가 다양한 전달 기술을 통해 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 주는 추가 데이터를 도 61 및 도 62에 제시하였다. 특정 SerpinA1-PIZ 표적화 올리고뉴클레오티드 조성물을 인간 SerpinA1-PIZ 대립유전자를 발현하는 마우스 원발성 간세포에 짐노틱 또는 GalNAc 매개 흡수를 통해 표시된 용량 농도로 전달하였다. 도 61에서 확인되는 바와 같이, SerpinA1-PIZ 편집은 짐노틱 및 GalNAc 매개 흡수 모두에 의해 달성되었다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 부위에 특정 변형 핵염기, 예를 들어 b001A를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 개선된 편집을 제공할 수 있는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 예를 들어 표적 아데노신의 반대편 부위에 천연 RNA 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 개선된 편집을 제공할 수 있는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 표적 아데노신의 반대편 부위에 특정 변형 핵염기, 예를 들어 b008U를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 조성물은 개선된 편집을 제공할 수 있는 것으로 관찰되었다.
또 다른 예로서, 도 63은 예를 들어 제공된 올리고뉴클레오티드의 도메인 2(예를 들어, 표적 뉴클레오시드의 반대편에 있는 뉴클레오시드의 3' 방향 인접 뉴클레오시드)의 이노신이 편집을 제공할 수 있음을 확인시켜 준다. 일부 구현예에서, 불일치가 없는 제공된 올리고뉴클레오티드가 더 높은 편집 수준을 제공할 수 있음이 관찰되었다. 이론에 구애되고자 함이 없이, 불일치는 더 긴 올리고뉴클레오티드보다 상대적으로 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 의한 편집에 영향을 미칠 수 있다는 점에 주목한다. 도 63의 특정 상황에서, WV-30297을 제외한 다른 올리고뉴클레오티드 조성물에 대해서는 유의미한 편집이 관찰되지 않았다.
특히, 도 65는 편집과 같은 활성을 제공하기 위해 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드에서 다양한 핵염기 및 당이 사용될 수 있음을 확인시켜 주는 추가 데이터를 제공한다. 도 65에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 cLUC mRNA의 UAG를 표적화한다. 일부 구현예에서, 티민은 zdnp로 대체된다. 도 65에서 확인되는 바와 같이, 표적 부위의 반대편 부위의 다양한 핵염기(예를 들어, C, zdnp, T, U 등) 및 다양한 당(예를 들어, 천연 RNA 당, 천연 DNA 당), 및 다른 위치의 다양한 당(예를 들어, 제1 도메인 및/또는 제2 도메인(예를 들어, 5' 방향 인접 뉴클레오시드)의 2'-F 변형 당, 제2 도메인의 2'-OMe 변형 당, 제2 도메인의 천연 DNA 당 등)을 포함하는 올리고뉴클레오티드는 편집을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 부위의 반대편 부위의 천연 RNA 당은 개선된 편집을 제공할 수 있는 것으로 관찰되었다. 일부 구현예에서, 표적 부위의 반대편 부위에 zdnp를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 T보다 개선된 편집을 제공할 수 있는 것으로 관찰되었다.
다양한 구현예가 본원에서 설명되고 예시되었지만, 당업자는 기능을 수행하고/하거나 결과 및/또는 하나 이상의 장점(본 발명에 기재됨)을 얻기 위한 다양한 다른 수단 및/또는 구조를 쉽게 구상할 것이며, 이러한 각각의 변화 및/또는 변형은 포함되는 것으로 간주된다. 더 일반적으로, 당업자는 본원에 설명된 모든 파라미터, 치수, 재료, 구성 등이 예시적인 것이며 실제 파라미터, 치수, 재료 및/또는 구성 등이 특정 응용 또는 본 발명의 교시가 사용되는 응용에 의존할 것임을 쉽게 이해할 것이다. 당업자는 단지 통상적인 실험을 사용하여, 본 명세서에 설명된 특정 구현예에 대한 많은 균등물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 따라서, 전술한 구현예는 단지 예로서 제시되며, 첨부된 청구범위 및 이에 대한 균등의 범위 내에서, 청구된 기술이 구체적으로 설명되고 청구된 것과 다르게 실시될 수 있음을 이해해야 한다. 또한, 둘 이상의 특징, 시스템, 물품, 재료, 키트 및/또는 방법 등의 임의의 조합은, 그러한 특징, 시스템, 물품, 재료, 키트 및/또는 방법 등이 서로 모순되지 않는 경우, 본 발명의 범위 내에 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> WAVE LIFE SCIENCES LTD. <120> OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF <130> 2010581-0854 <140> PCT/US2020/054436 <141> 2020-10-06 <150> US 62/911,334 <151> 2019-10-06 <150> US 62/959,917 <151> 2020-01-11 <150> US 63/022,559 <151> 2020-05-10 <150> US 63/069,696 <151> 2020-08-24 <160> 896 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1 uacauaauuu agacguaagc aaugccauca 30 <210> 2 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2 acauaauuua gacguaagca augccaucac 30 <210> 3 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 3 acauaauuua gacguaagca augccaucac 30 <210> 4 <211> 32 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 4 uacauaauuu agacguaagc aaugccauca cc 32 <210> 5 <211> 32 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 5 uacauaauuu acacgaaagc aaugccauca cc 32 <210> 6 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial 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cccaccctcc ccttcctctg ggggagtcgt tttacccgcc gccggccggg cctcgtcgtc 1380 tgattggctc tcggggccca gaaaactggc ccttgccatt ggctcgtgtt cgtgcaagtt 1440 gagtccatcc gccggccagc gggggcggcg aggaggcgct cccaggttcc ggccctcccc 1500 tcggccccgc gccgcagagt ctggccgcgc gcccctgcgc aacgtggcag gaagcgcgcg 1560 ctgggggcgg ggacgggcag tagggctgag cggctgcggg gcgggtgcaa gcacgtttcc 1620 gacttgagtt gcctcaagag gggcgtgctg agccagacct ccatcgcgca ctccggggag 1680 tggagggaag gagcgagggc tcagttgggc tgttttggag gcaggaagca cttgctctcc 1740 caaagtcgct ctgagttgtt atcagtaagg gagctgcagt ggagtaggcg gggagaaggc 1800 cgcacccttc tc 1812 <210> 891 <211> 118 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 891 gtgacctgca cgtctagggc gcagtagtcc agggtttcct tgatgatgtc atacttatcc 60 tgtccctttt ttttccacag ctcgcggttg aggacaaact cttcgcggtc tttccagt 118 <210> 892 <211> 2796 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <223> human ADAR1 p110 <400> 892 atggccgaga tcaaggagaa aatctgcgac tatctcttca atgtgtctga ctcctctgcc 60 ctgaatttgg ctaaaaatat tggccttacc aaggcccgag atataaatgc tgtgctaatt 120 gacatggaaa ggcaggggga tgtctataga caagggacaa cccctcccat atggcatttg 180 acagacaaga agcgagagag gatgcaaatc aagagaaata cgaacagtgt tcctgaaacc 240 gctccagctg caatccctga gaccaaaaga aacgcagagt tcctcacctg taatataccc 300 acatcaaatg cctcaaataa catggtaacc acagaaaaag tggagaatgg gcaggaacct 360 gtcataaagt tagaaaacag gcaagaggcc agaccagaac cagcaagact gaaaccacct 420 gttcattaca atggcccctc aaaagcaggg tatgttgact ttgaaaatgg ccagtgggcc 480 acagatgaca tcccagatga cttgaatagt atccgcgcag caccaggtga gtttcgagcc 540 atcatggaga tgccctcctt ctacagtcat ggcttgccac ggtgttcacc ctacaagaaa 600 ctgacagagt gccagctgaa gaaccccatc agcgggctgt tagaatatgc ccagttcgct 660 agtcaaacct gtgagttcaa catgatagag cagagtggac caccccatga acctcgattt 720 aaattccagg ttgtcatcaa tggccgagag tttcccccag ctgaagctgg aagcaagaaa 780 gtggccaagc aggatgcagc tatgaaagcc atgacaattc tgctagagga agccaaagcc 840 aaggacagtg gaaaatcaga agaatcatcc cactattcca cagagaaaga atcagagaag 900 actgcagagt cccagacccc caccccttca gccacatcct tcttttctgg gaagagcccc 960 gtcaccacac tgcttgagtg tatgcacaaa ttggggaact cctgcgaatt ccgtctcctg 1020 tccaaagaag gccctgccca tgaacccaag ttccaatact gtgttgcagt gggagcccaa 1080 actttcccca gtgtgagtgc tcccagcaag aaagtggcaa agcagatggc cgcagaggaa 1140 gccatgaagg ccctgcatgg ggaggcgacc aactccatgg cttctgataa ccagcctgaa 1200 ggtatgatct cagagtcact tgataacttg gaatccatga tgcccaacaa ggtcaggaag 1260 attggcgagc tcgtgagata cctgaacacc aaccctgtgg gtggcctttt ggagtacgcc 1320 cgctcccatg gctttgctgc tgaattcaag ttggtcgacc agtccggacc tcctcacgag 1380 cccaagttcg tttaccaagc aaaagttggg ggtcgctggt tcccagccgt ctgcgcacac 1440 agcaagaagc aaggcaagca ggaagcagca gatgcggctc tccgtgtctt gattggggag 1500 aacgagaagg cagaacgcat gggtttcaca gaggtaaccc cagtgacagg ggccagtctc 1560 agaagaacta tgctcctcct ctcaaggtcc ccagaagcac agccaaagac actccctctc 1620 actggcagca ccttccatga ccagatagcc atgctgagcc accggtgctt caacactctg 1680 actaacagct tccagccctc cttgctcggc cgcaagattc tggccgccat cattatgaaa 1740 aaagactctg aggacatggg tgtcgtcgtc agcttgggaa cagggaatcg ctgtgtaaaa 1800 ggagattctc tcagcctaaa aggagaaact gtcaatgact gccatgcaga aataatctcc 1860 cggagaggct tcatcaggtt tctctacagt gagttaatga aatacaactc ccagactgcg 1920 aaggatagta tatttgaacc tgctaaggga ggagaaaagc tccaaataaa aaagactgtg 1980 tcattccatc tgtatatcag cactgctccg tgtggagatg gcgccctctt tgacaagtcc 2040 tgcagcgacc gtgctatgga aagcacagaa tcccgccact accctgtctt cgagaatccc 2100 aaacaaggaa agctccgcac caaggtggag aacggagaag gcacaatccc tgtggaatcc 2160 agtgacattg tgcctacgtg ggatggcatt cggctcgggg agagactccg taccatgtcc 2220 tgtagtgaca aaatcctacg ctggaacgtg ctgggcctgc aaggggcact gttgacccac 2280 ttcctgcagc ccatttatct caaatctgtc acattgggtt accttttcag ccaagggcat 2340 ctgacccgtg ctatttgctg tcgtgtgaca agagatggga gtgcatttga ggatggacta 2400 cgacatccct ttattgtcaa ccaccccaag gttggcagag tcagcatata tgattccaaa 2460 aggcaatccg ggaagactaa ggagacaagc gtcaactggt gtctggctga tggctatgac 2520 ctggagatcc tggacggtac cagaggcact gtggatgggc cacggaatga attgtcccgg 2580 gtctccaaaa agaacatttt tcttctattt aagaagctct gctccttccg ttaccgcagg 2640 gatctactga gactctccta tggtgaggcc aagaaagctg cccgtgacta cgagacggcc 2700 aagaactact tcaaaaaagg cctgaaggat atgggctatg ggaactggat tagcaaaccc 2760 caggaggaaa agaactttta tctctgccca gtatag 2796 <210> 893 <211> 3681 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <223> human ADAR1 p150 <400> 893 atgaatccgc ggcaggggta ttccctcagc ggatactaca cccatccatt tcaaggctat 60 gagcacagac agctcagata ccagcagcct gggccaggat cttcccccag tagtttcctg 120 cttaagcaaa tagaatttct caaggggcag ctcccagaag caccggtgat tggaaagcag 180 acaccgtcac tgccaccttc cctcccagga ctccggccaa ggtttccagt actacttgcc 240 tccagtacca gaggcaggca agtggacatc aggggtgtcc ccaggggcgt gcatctcgga 300 agtcaggggc tccagagagg gttccagcat ccttcaccac gtggcaggag tctgccacag 360 agaggtgttg attgcctttc ctcacatttc caggaactga gtatctacca agatcaggaa 420 caaaggatct taaagttcct ggaagagctt ggggaaggga aggccaccac agcacatgat 480 ctgtctggga aacttgggac tccgaagaaa gaaatcaatc gagttttata ctccctggca 540 aagaagggca agctacagaa agaggcagga acaccccctt tgtggaaaat cgcggtctcc 600 actcaggctt ggaaccagca cagcggagtg gtaagaccag acggtcatag ccaaggagcc 660 ccaaactcag acccgagttt ggaaccggaa gacagaaact ccacatctgt ctcagaagat 720 cttcttgagc cttttattgc agtctcagct caggcttgga accagcacag cggagtggta 780 agaccagaca gtcatagcca aggatcccca aactcagacc caggtttgga acctgaagac 840 agcaactcca catctgcctt ggaagatcct cttgagtttt tagacatggc cgagatcaag 900 gagaaaatct gcgactatct cttcaatgtg tctgactcct ctgccctgaa tttggctaaa 960 aatattggcc ttaccaaggc ccgagatata aatgctgtgc taattgacat ggaaaggcag 1020 ggggatgtct atagacaagg gacaacccct cccatatggc atttgacaga caagaagcga 1080 gagaggatgc aaatcaagag aaatacgaac agtgttcctg aaaccgctcc agctgcaatc 1140 cctgagacca aaagaaacgc agagttcctc acctgtaata tacccacatc aaatgcctca 1200 aataacatgg taaccacaga aaaagtggag aatgggcagg aacctgtcat aaagttagaa 1260 aacaggcaag aggccagacc agaaccagca agactgaaac cacctgttca ttacaatggc 1320 ccctcaaaag cagggtatgt tgactttgaa aatggccagt gggccacaga tgacatccca 1380 gatgacttga atagtatccg cgcagcacca ggtgagtttc gagccatcat ggagatgccc 1440 tccttctaca gtcatggctt gccacggtgt tcaccctaca agaaactgac agagtgccag 1500 ctgaagaacc ccatcagcgg gctgttagaa tatgcccagt tcgctagtca aacctgtgag 1560 ttcaacatga tagagcagag tggaccaccc catgaacctc gatttaaatt ccaggttgtc 1620 atcaatggcc gagagtttcc cccagctgaa gctggaagca agaaagtggc caagcaggat 1680 gcagctatga aagccatgac aattctgcta gaggaagcca aagccaagga cagtggaaaa 1740 tcagaagaat catcccacta ttccacagag aaagaatcag agaagactgc agagtcccag 1800 acccccaccc cttcagccac atccttcttt tctgggaaga gccccgtcac cacactgctt 1860 gagtgtatgc acaaattggg gaactcctgc gaattccgtc tcctgtccaa agaaggccct 1920 gcccatgaac ccaagttcca atactgtgtt gcagtgggag cccaaacttt ccccagtgtg 1980 agtgctccca gcaagaaagt ggcaaagcag atggccgcag aggaagccat gaaggccctg 2040 catggggagg cgaccaactc catggcttct gataaccagc ctgaaggtat gatctcagag 2100 tcacttgata acttggaatc catgatgccc aacaaggtca ggaagattgg cgagctcgtg 2160 agatacctga acaccaaccc tgtgggtggc cttttggagt acgcccgctc ccatggcttt 2220 gctgctgaat tcaagttggt cgaccagtcc ggacctcctc acgagcccaa gttcgtttac 2280 caagcaaaag ttgggggtcg ctggttccca gccgtctgcg cacacagcaa gaagcaaggc 2340 aagcaggaag cagcagatgc ggctctccgt gtcttgattg gggagaacga gaaggcagaa 2400 cgcatgggtt tcacagaggt aaccccagtg acaggggcca gtctcagaag aactatgctc 2460 ctcctctcaa ggtccccaga agcacagcca aagacactcc ctctcactgg cagcaccttc 2520 catgaccaga tagccatgct gagccaccgg tgcttcaaca ctctgactaa cagcttccag 2580 ccctccttgc tcggccgcaa gattctggcc gccatcatta tgaaaaaaga ctctgaggac 2640 atgggtgtcg tcgtcagctt gggaacaggg aatcgctgtg tgaaaggaga ttctctcagc 2700 ctaaaaggag aaactgtcaa tgactgccat gcagaaataa tctcccggag aggcttcatc 2760 aggtttctct acagtgagtt aatgaaatac aactcccaga ctgcgaagga tagtatattt 2820 gaacctgcta agggaggaga aaagctccaa ataaaaaaga ctgtgtcatt ccatctgtat 2880 atcagcactg ctccgtgtgg agatggcgcc ctctttgaca agtcctgcag cgaccgtgct 2940 atggaaagca cagaatcccg ccactaccct gtcttcgaga atcccaaaca aggaaagctc 3000 cgcaccaagg tggagaacgg agaaggcaca atccctgtgg aatccagtga cattgtgcct 3060 acgtgggatg gcattcggct cggggagaga ctccgtacca tgtcctgtag tgacaaaatc 3120 ctacgctgga acgtgctggg cctgcaaggg gcactgttga cccacttcct gcagcccatt 3180 tatctcaaat ctgtcacatt gggttacctt ttcagccaag ggcatctgac ccgtgctatt 3240 tgctgtcgtg tgacaagaga tgggagtgca tttgaggatg gactacgaca tccctttatt 3300 gtcaaccacc ccaaggttgg cagagtcagc atatatgatt ccaaaaggca atccgggaag 3360 actaaggaga caagcgtcaa ctggtgtctg gctgatggct atgacctgga gatcctggac 3420 ggtaccagag gcactgtgga tgggccacgg aatgaattgt cccgggtctc caaaaagaac 3480 atttttcttc tatttaagaa gctctgctcc ttccgttacc gcagggatct actgagactc 3540 tcctatggtg aggccaagaa agctgcccgt gactacgaga cggccaagaa ctacttcaaa 3600 aaaggcctga aggatatggg ctatgggaac tggattagca aaccccagga ggaaaagaac 3660 ttttatctct gcccagtata g 3681 <210> 894 <211> 589 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 894 aatcaacctc tggattacaa aatttgtgaa agattgactg gtattcttaa ctatgttgct 60 ccttttacgc tatgtggata cgctgcttta atgcctttgt atcatgctat tgcttcccgt 120 atggctttca ttttctcctc cttgtataaa tcctggttgc tgtctcttta tgaggagttg 180 tggcccgttg tcaggcaacg tggcgtggtg tgcactgtgt ttgctgacgc aacccccact 240 ggttggggca ttgccaccac ctgtcagctc ctttccggga ctttcgcttt ccccctccct 300 attgccacgg cggaactcat cgccgcctgc cttgcccgct gctggacagg ggctcggctg 360 ttgggcactg acaattccgt ggtgttgtcg gggaaatcat cgtcctttcc ttggctgctc 420 gcctgtgttg ccacctggat tctgcgcggg acgtccttct gctacgtccc ttcggccctc 480 aatccagcgg accttccttc ccgcggcctg ctgccggctc tgcggcctct tccgcgtctt 540 cgccttcgcc ctcagacgag tcggatctcc ctttgggccg cctccccgc 589 <210> 895 <211> 208 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 895 ctgtgccttc tagttgccag ccatctgttg tttgcccctc ccccgtgcct tccttgaccc 60 tggaaggtgc cactcccact gtcctttcct aataaaatga ggaaattgca tcgcattgtc 120 tgagtaggtg tcattctatt ctggggggtg gggtggggca ggacagcaag ggggaggatt 180 gggaagacaa tggcaggcat gctgggga 208 <210> 896 <211> 1779 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 896 cggagggggg aggggagtgt tgcaatacct ttctgggagt tctctgctgc ctcctggctt 60 ctgaggaccg ccctgggcct gggagaatcc cttccccctc ttccctcgtg atctgcaact 120 ccagtctttc tagaagatgg gcgggagtct tctgggcagg cttaaaggct aacctggtgt 180 gtgggcgttg tcctgcaggg gaattgaaca ggtgtaaaat tggagggaca agacttccca 240 cagattttcg gttttgtcgg gaagtttttt aataggggca aataaggaaa atgggaggat 300 aggtagtcat ctggggtttt atgcagcaaa actacaggtt attattgctt gtgatccgcc 360 tcggagtatt ttccatcgag gtagattaaa gacatgctca cccgagtttt atactctcct 420 gcttgagatc cttactacag tatgaaatta cagtgtcgcg agttagacta tgtaagcaga 480 attttaatca tttttaaaga gcccagtact tcatatccat ttctcccgct ccttctgcag 540 ccttatcaaa aggtatttta gaacactcat tttagcccca ttttcattta ttatactggc 600 ttatccaacc cctagacaga gcattggcat tttccctttc ctgatcttag aagtctgatg 660 actcatgaaa ccagacagat tagttacata caccacaaat cgaggctgta gctggggcct 720 caacactgca gttcttttat aactccttag tacacttttt gttgatcctt tgccttgatc 780 cttaattttc agtgtctatc acctctcccg tcaggtggtg ttccacattt gggcctattc 840 tcagtccagg gagttttaca acaatagatg tattgagaat ccaacctaaa gcttaacttt 900 ccactcccat gaatgcctct ctcctttttc tccatttata aactgagcta ttaaccatta 960 atggtttcca ggtggatgtc tcctccccca atattacctg atgtatctta catattgcca 1020 ggctgatatt ttaagacatt aaaaggtata tttcattatt gagccacatg gtattgatta 1080 ctgcttacta aaattttgtc attgtacaca tctgtaaaag gtggttcctt ttggaatgca 1140 aagttcaggt gtttgttgtc tttcctgacc taaggtcttg tgagcttgta ttttttctat 1200 ttaagcagtg ctttctcttg gactggcttg actcatggca ttctacacgt tattgctggt 1260 ctaaatgtga ttttgccaag cttcttcagg acctataatt ttgcttgact tgtagccaaa 1320 cacaagtaaa atgattaagc aacaaatgta tttgtgaagc ttggttttta ggttgttgtg 1380 ttgtgtgtgc ttgtgctcta taataatact atccaggggc tggagaggtg gctcggagtt 1440 caagagcaca gactgctctt ccagaagtcc tgagttcaat tcccagcaac cacatggtgg 1500 ctcacaacca tctgtaatgg gatctgatgc cctcttctgg tgtgtctgaa gaccacaagt 1560 gtattcacat taaataaata aatcctcctt cttcttcttt tttttttttt taaagagaat 1620 actgtctcca gtagaattta ctgaagtaat gaaatacttt gtgtttgttc caatatggta 1680 gccaataatc aaattactct ttaagcactg gaaatgttac caaggaacta atttttattt 1740 gaagtgtaac tgtggacaga ggagccataa ctgcagact 1779

Claims (81)

  1. 제1 도메인; 및
    제2 도메인을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서,
    제1 도메인은 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고,
    제2 도메인은 2'-F 변형이 없는 하나 이상의 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  2. 하나 이상의 변형 당 및/또는 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서, 제1 도메인 및 제2 도메인(각각은 독립적으로 하나 이상의 핵염기를 포함함)을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
  3. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 시스템에서 표적 아데노신을 포함하는 표적 핵산과 접촉될 때, 표적 핵산 내의 표적 아데노신이 변형되고, 변형은 표적 아데노신의 이노신으로의 변환이거나 그러한 변환을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  4. 제3항에 있어서, 변형은 ADAR 단백질에 의해 촉진되는, 올리고뉴클레오티드.
  5. 제4항에 있어서, 약 26~35개 핵염기의 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드.
  6. 제4항에 있어서, 제2 도메인은 약 10~50개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  7. 제3항에 있어서, 제1 도메인에 있는 당의 약 50%~100%는 독립적으로 2'-F 변형을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  8. 제6항에 있어서, 제1 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  9. 제7항에 있어서, 제1 도메인에 있는 적어도 약 1~50개의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
  10. 제8항에 있어서, 제1 도메인은 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  11. 제9항에 있어서, 제1 도메인은 음으로 하전되지 않은 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  12. 제10항에 있어서, 제1 도메인의 첫 번째 뉴클레오시드와 두 번째 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  13. 제9항에 있어서, 제2 도메인은 약 10~50개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  14. 제13항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 상보성을 위해 표적 핵산과 정렬될 때 제2 도메인은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  15. 제14항에 있어서, 반대편 핵염기는 임의로 치환되거나 보호된 U이거나, U의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이거나, 임의로 치환되거나 보호된 C이거나, C의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이거나, 임의로 치환되거나 보호된 A이거나, A의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이거나, 임의로 치환되거나 보호된 슈도이소시토신의 핵염기이거나, 슈도이소시토신의 핵염기의 임의로 치환되거나 보호된 호변이성체이거나, 핵염기 BA이고, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리인, 올리고뉴클레오티드.
  16. 제15항에 있어서, 핵염기는 BA이고, BA는 고리 BA 또는 이의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 이의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 5~20원 단환, 이환 또는 다환 고리인, 올리고뉴클레오티드.
  17. 제16항에 있어서, BA는 U에 비해 아데노신의 표적 아데닌과 더 약한 수소 결합을 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  18. 제16항에 있어서, 고리 BA는
    Figure pct00508
    X2
    Figure pct00509
    X3
    Figure pct00510
    ,
    Figure pct00511
    X2
    Figure pct00512
    X3
    Figure pct00513
    X4
    Figure pct00514
    , -X1(
    Figure pct00515
    )
    Figure pct00516
    X2
    Figure pct00517
    X3
    Figure pct00518
    , -X1(
    Figure pct00519
    )
    Figure pct00520
    X2
    Figure pct00521
    X3
    Figure pct00522
    X4
    Figure pct00523
    를 포함하거나, 화학식 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a 또는 BA-III-b의 구조를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  19. 제14항에 있어서, 반대편 핵염기는
    Figure pct00524
    인, 올리고뉴클레오티드.
  20. 제14항에 있어서, 반대편 핵염기는
    Figure pct00525
    인, 올리고뉴클레오티드.
  21. 제14항에 있어서, 반대편 핵염기는
    Figure pct00526

    Figure pct00527

    Figure pct00528

    Figure pct00529
    또는
    Figure pct00530
    인, 올리고뉴클레오티드.
  22. 제14항에 있어서, 제2 도메인에 있는 당의 약 50%~100%는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
  23. 제22항에 있어서, 제2 도메인에 있는 뉴클레오티드간 연결의 약 50%~100%는 변형 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  24. 제23항에 있어서, 각각의 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  25. 제24항에 있어서, 제2 도메인은 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  26. 제25항에 있어서, 제2 도메인은 음으로 하전되지 않은 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  27. 제26항에 있어서, 제2 도메인의 마지막 뉴클레오시드와 두 번째 마지막 뉴클레오시드 사이의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  28. 제25항에 있어서, 제2 도메인에 있는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 적어도 50%~100%는 키랄 제어되는, 올리고뉴클레오티드.
  29. 제28항에 있어서, 제2 도메인은 5'에서 3' 방향으로 제1 서브도메인, 제2 서브도메인, 및 제3 서브도메인을 포함하거나 이로 구성되는, 올리고뉴클레오티드.
  30. 제29항에 있어서, 제1 서브도메인은 약 5~50개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  31. 제30항에 있어서, 제1 서브도메인에 있는 당의 약 50%~100%는 독립적으로 2'-F가 아닌 변형이 있는 변형 당인, 올리고뉴클레오티드.
  32. 제31항에 있어서, 제2 서브도메인은 3개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  33. 제32항에 있어서, 제2 서브도메인은 표적 아데노신의 반대편 뉴클레오시드를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  34. 제33항에 있어서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 천연 DNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  35. 제34항에 있어서, 제2 서브도메인은 하나 이상의 천연 RNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  36. 제34항에 있어서, 제2 서브도메인은 약 2'-F 변형 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  37. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 2'-OH를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  38. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
  39. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
  40. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2'-F를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  41. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
  42. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 각각의 당, 즉 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당), 및 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 독립적으로 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
  43. 제34항에 있어서, 반대편 뉴클레오시드의 당은 천연 DNA 당이고, 반대편 뉴클레오시드에 대한 5' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N1N0…3'에서 N1의 당)은 2'-F 변형 당이고, 반대편 뉴클레오시드에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드의 당(표적과 정렬될 때 N0가 표적 아데노신의 반대편인, 5'-…N0N-1…3'에서 N-1의 당)은 천연 DNA 당인, 올리고뉴클레오티드.
  44. 제34항에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드는 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
  45. 제34항에 있어서, 표적 뉴클레오시드의 반대편 뉴클레오시드(0번 위치)에 대한 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-1번 위치)는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 통해 3' 방향 인접 뉴클레오시드(-2번 위치)에 연결되는, 올리고뉴클레오티드.
  46. 제34항에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 G가 아닌 염기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  47. 제34항에 있어서, 3' 방향 인접 뉴클레오시드는 하이포잔틴을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  48. 제34항에 있어서, 제3 서브도메인은 약 1~10개 핵염기의 길이를 갖는, 올리고뉴클레오티드.
  49. 제34항에 있어서, GalNAc 또는 이의 유도체이거나 GalNAc 또는 이의 유도체를 포함하는 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
  50. 본원에 기재된 바와 같은 변형 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
  51. 변형 뉴클레오티드간 연결의 위치에 -O5-PL(RCA)-O3-의 구조를 갖는 연결이 있다는 것을 제외하고는 제1항 내지 제50항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드와 동일한 올리고뉴클레오티드.
    (PL은 P 또는 P(=W)이고,
    W는 O, S, 또는 WN이고,
    RCA는 임의로 치환되거나 캡핑된 키랄 보조 모이어티이거나 이를 포함하고,
    O5는 당의 5'-탄소에 결합된 산소이고,
    O3는 당의 3'-탄소에 결합된 산소임)
  52. 제51항에 있어서, 변형 뉴클레오티드간 연결의 각 위치에 독립적으로 -O5-PL(W)(RCA)-O3-의 구조를 갖는 연결이 있는, 올리고뉴클레오티드.
  53. 제52항에 있어서, 각각의 RCA는 독립적으로
    Figure pct00531
    또는
    Figure pct00532
    이고, RC1은 R, -Si(R)3 또는 -SO2R이고, RC2와 RC3는 이들의 사이에 개재된 원자와 함께, 질소 원자 외에도 0~2개의 헤테로원자를 갖는 임의로 치환된 3~7원 포화 또는 부분 불포화 고리를 형성하고, RC4는 -H 또는 -C(O)R'인, 올리고뉴클레오티드.
  54. 제52항에 있어서, 각각의 RCA는 독립적으로
    Figure pct00533
    또는
    Figure pct00534
    인, 올리고뉴클레오티드.
  55. 제54항에 있어서, RC1은 -SiPh2Me인, 올리고뉴클레오티드.
  56. 제54항에 있어서, RC1은 -SO2R인(R은 임의로 치환된 페닐임), 올리고뉴클레오티드.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 약 10%~100%의 순도를 갖는 올리고뉴클레오티드.
  58. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염의 유효량 및 제약상 허용되는 담체를 포함하거나 전달하는 제약 조성물.
  59. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 복수의 올리고뉴클레오티드는
    공통 염기 서열 및
    하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
    복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물; 또는
    복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
    공통 염기 서열 및
    하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
    복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물; 또는
    특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
    공통 염기 서열,
    공통 백본 연결 패턴,
    공통 백본 키랄 중심 패턴,
    공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
    상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
    복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 산, 염기 또는 염 형태인, 조성물.
  60. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 복수의 올리고뉴클레오티드는
    공통 염기 서열 및
    하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
    공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물; 또는
    복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 각 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
    공통 염기 서열 및
    하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서 독립적으로 동일한 연결 인 입체화학을 공유하고,
    각 복수의 공통 염기 서열은 독립적으로 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물; 또는
    특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서, 특정 올리고뉴클레오티드 유형은
    공통 염기 서열,
    공통 백본 연결 패턴,
    공통 백본 키랄 중심 패턴,
    공통 백본 인 변형 패턴을 특징으로 하고,
    상기 조성물은 동일한 공통 염기 서열, 백본 연결 패턴, 및 백본 인 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드가 풍부하다는 점에서, 또는 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내의 비무작위 수준의 모든 올리고뉴클레오티드가 복수의 올리고뉴클레오티드라는 점에서 키랄 제어되고,
    공통 염기 서열은 표적 아데노신을 포함하는 핵산 부분의 염기 서열에 상보적인, 조성물.
  61. 제59항 또는 제60항에 있어서, 복수의 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 내 복수의 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 수준은 약 또는 적어도 약 (DS)nc인(DS는 약 85%~100%(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 이상)이고 nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수임), 조성물.
  62. 포스포아미다이트로서, 핵염기가 본원에 기재된 바와 같은 핵염기 또는 이의 호변이성체이고, 핵염기 또는 이의 호변이성체는 임의로 치환되거나 보호되는, 포스포아미다이트.
  63. 포스포아미다이트로서, 핵염기가 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체이거나 고리 BA 또는 고리 BA의 호변이성체를 포함하고, 고리 BA는 BA-I, BA-I-a, BA-I-b, BA-II, BA-II-a, BA-II-b, BA-III, BA-III-a, BA-III-b, BA-IV, BA-IV-a, BA-IV-b, BA-V, BA-V-a, BA-V-b, 또는 BA-VI의 구조를 가지며, 핵염기는 임의로 치환되거나 보호되는, 포스포아미다이트.
  64. 제62항 또는 제63항에 있어서, RNS-P(OR)N(R)2의 구조를 가지며, RNS는 임의로 보호된 뉴클레오시드 모이어티이고, 각각의 R은 본원에 기재된 바와 같은, 포스포아미다이트.
  65. 제64항에 있어서, RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
  66. 제62항 또는 제63항에 있어서, 키랄 보조 모이어티를 포함하고, 인은 키랄 보조 모이어티의 산소 및 질소 원자에 결합되는, 포스포아미다이트.
  67. 제62항 또는 제63항에 있어서,
    Figure pct00535
    또는
    Figure pct00536
    의 구조를 갖는 포스포아미다이트.
  68. 제67항에 있어서, RC1은 -SiPh2Me인, 포스포아미다이트.
  69. 제67항에 있어서, RC1은 -SO2R인(R은 임의로 치환된 C1-10 지방족이거나 임의로 치환된 페닐임), 포스포아미다이트.
  70. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제조 방법으로서, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 5'-OH를 제62항 내지 제69항 중 어느 한 항의 포스포아미다이트와 커플링시키는 단계를 포함하는 방법.
  71. 제70항에 있어서, 올리고뉴클레오티드, 또는 조성물 내의 올리고뉴클레오티드는 2'-OH를 포함하는 당을 포함하는, 방법.
  72. 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 특성화 방법으로서,
    ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하거나 발현하는 세포 또는 이의 집단에 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 투여하는 단계; 또는
    ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부, 또는 ADAR1 폴리펩티드 또는 이의 특징부를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하거나 발현하는 비인간 동물 또는 이의 집단에 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  73. 표적 핵산에서 표적 아데노신을 변형시키는 방법으로서, 표적 핵산을 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
  74. 표적 핵산에서 표적 아데노신을 탈아미노화하는 방법으로서, 표적 핵산을 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법; 또는
    특정 핵산의 산물을 생성하거나, 특정 핵산의 산물 수준을 회복 또는 증가시키는 방법으로서, 표적 핵산을 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고, 특정 핵산은 표적 아데노신 대신 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한, 방법; 또는
    표적 핵산의 산물 수준을 감소시키는 방법으로서, 표적 핵산을 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하되, 표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하는, 방법; 또는
    제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물을 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉시키는 단계를 포함하는 방법으로서,
    올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 내의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적이고,
    표적 핵산은 표적 아데노신을 포함하고,
    표적 아데노신은 변형되는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
    제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하고,
    제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드보다 2'-F 변형이 있는 당, 2'-OR 변형(R은 -H가 아님)이 있는 당, 및/또는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 더 많이 포함하는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계 및
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 기준 수준(기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계로서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 단계를 포함하되,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
    기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않으며(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임),
    제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드에 비해 더 높은 수준의 변형을 제공하는, 방법; 또는
    표적 핵산에서 표적 아데노신의 제1 수준(제1 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되는 수준)의 변형을 얻는 단계를 포함하는 방법으로서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 제1 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    표적 아데노신의 변형의 제1 수준은 표적 아데노신의 변형의 기준 수준보다 높고, 기준 수준은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물이 표적 핵산 및 아데노신 디아미나제를 포함하는 샘플과 접촉될 때 관찰되고, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 표적 핵산의 염기 서열에 실질적으로 상보적인 동일한 염기 서열을 공유하는 기준 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고,
    제1 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하고,
    기준 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하지 않는(기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체무작위 조성물임), 방법.
  75. 제74항에 있어서, 제1 올리고뉴클레오티드 조성물은 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
  76. 제70항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 디아미나제는 ADAR 효소인, 방법.
  77. 제76항에 있어서, 표적 핵산은 표적 아데노신 대신 표적 아데노신의 위치에 I 또는 G를 갖는다는 점에서 표적 핵산과 상이한 핵산과 비교하여, 병태, 장애 또는 질환과 더 관련이 있거나, 원하는 특성 또는 기능의 감소와 더 관련이 있거나, 바람직하지 않은 특성 또는 기능의 증가와 더 관련이 있는, 방법.
  78. 제74항에 있어서, 표적 아데노신은 G에서 A로의 돌연변이인, 방법.
  79. G에서 A로의 돌연변이가 잘 일어나는 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법; 또는
    G에서 A로의 돌연변이와 관련된 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법으로서, 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  80. 제79항에 있어서, 병태, 장애 또는 질환은 A에서 G로의 변형 또는 A에서 I로의 변형이 잘 일어나는, 방법.
  81. 명세서 또는 구현예 1 내지 889 중 어느 한 구현예의 화합물, 올리고뉴클레오티드, 조성물 또는 방법.
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