JP2018535655A - Asgr阻害剤 - Google Patents

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Abstract

ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2と相互作用する抗原結合性タンパク質ならびにこのような抗原結合性タンパク質を作製および使用する方法が記載されている。医薬として有効な量のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2抗原結合性タンパク質を投与することにより、心血管疾患を処置および予防する方法。ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現を低下させる、医薬として有効な量の干渉RNA組成物を投与することにより、心血管疾患を処置および予防する方法が記載されている。

Description

本願は、それらの全体を参照により本明細書に組み込む、2016年4月7日に出願された米国特許仮出願第62/319,740号、2015年11月24日に出願された米国特許仮出願第62/259,553号および2015年9月29日に出願された米国特許仮出願第62/234,546号に対する優先権を主張するものである。
電子フォーマットの配列リストおよび表の参照
本願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出された、その全体を参照により本明細書に組み込む、配列リストを含有する。2016年9月28日に作成された前記ASCIIコピーは、APMOL017WOSEQUENCE.txtと命名され、14,772,812バイトのサイズである。
分野
本発明の分野は、抗ASGR、抗ASGR−1および/または抗ASGR−2抗原結合性タンパク質が挙げられるがこれらに限定されない、ASGR阻害剤に関係する組成物および方法に関する。
心臓または血管が関与する心血管疾患は、依然として、世界的規模の死亡率の主因である。心血管疾患は、狭心症および心筋梗塞(MI)を引き起こし得る冠動脈疾患(CAD)、脳卒中、高血圧性心疾患、リウマチ性心疾患ならびに心血管系の他の障害を含む。心血管疾患、特に、冠動脈疾患を処置するための薬は、ここ数年間にわたって導入されている(例えば、スタチンと呼ばれる小分子クラスの薬物、および近年承認された、PCSK9を標的とする抗体であるRepatha(登録商標))。
(発明の要旨)
一部の態様では、本発明は、ヒトASGRに結合し、ASGR機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一実施形態では、本発明は、ヒトASGRに結合し、リガンドへのASGR結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−1に結合し、リガンドへのASGR−1結合および/またはASGR−2とのASGR−1相互作用を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−2に結合し、リガンドへのASGR−2結合および/またはASGR−1とのASGR−2相互作用を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。さらに別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−1およびヒトASGR−2に結合し、リガンドへのASGR−1および/またはASGR−2結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、単離された結合タンパク質は、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する。
一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、表(Table)3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Bに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。さらに一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Cに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。さらなる実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表6に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。
一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖(heavy chain)可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖(light chain)可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入(inserion)もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入または欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大18個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大14個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大18個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大14個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図56に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されている、VLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図57に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図57に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されている、VLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む。
一部の態様では、本発明は、本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質のいずれかによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表2−7に記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Aに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Bに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Cに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表6に記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の態様では、本発明は、ヒトASGR−1への結合に関して、本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表2−7に記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Aに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Bに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。さらに一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Cに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。さらに別の実施形態では、本発明は、結合に関して、表6に記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の態様では、本発明は、炭水化物認識ドメイン(「CRD」)(炭水化物結合ドメインまたは「CBD」としても知られている)内でヒトASGR−1に結合し、リガンドへのヒトASGR−1結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5の残基148−291または149−291または150−291または151−291または152−291または153−291または154−291または155−291内でヒトASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明は、ヘリックス(helix)α−1内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基174−186内でヒトASGR−1に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、ヘリックスα−2内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基194−206内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基237−273または残基240−267内でヒトASGR−1に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5に対し少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を有するASGR−1に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、抗体である。
一部の態様では、本発明は、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR−1がリガンドに結合することを阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SE
Q ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F
258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、W264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR1に結合する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277またはT279(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232
、F233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239またはG252(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268またはC269(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254またはQ270(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264またはD266(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の態様では、本発明は、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープを提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1がリガンドに結合することを阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、SEQ ID NO:5の残基148−291内でヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266またはD267(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266またはD267(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268またはR271(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268またはC269(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体が、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254またはQ270(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264またはD266(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タ
ンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)の次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201
、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)の次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277またはT279(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239またはG252(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に
結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の態様では、本発明は、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体を含む。一部の実施形態では、ヒトASGR−1に特異的に結合する単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドへのヒトASGR−1の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドがヒトASGR−1に結合する場所と重複する場所において、ヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、リガンドがASGR−1に結合する場所は、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268またはR271(SEQ ID NO:5)からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドがASGR−1に結合する場所と重複する場所において、ヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、リガンドがヒトASGR−1に結合する場所は、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267およびY273(SEQ ID NO:5)からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸残基を含む。
一部の態様では、本発明は、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質であって、バリアント(variant)ASGR−1タンパク質に結合しない抗原結合性タンパク質であり、前記バリアントASGR−1タンパク質が、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、R183、L184、W195、E196、K199、H203、H204、P207、V208、N209、H215、D216、P220、D225、D228、R237、P238、E239、P241、D242、D243、Y245、G246、H247、G248、L249、G251、E253、T259、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274、およびE280からなる群から選択される残基の単一突然変異を含む、抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体が考慮される。バリアントASGR−1タンパク質への測定された抗体結合シグナル低下(野生型ASGR−1への結合に関して決定されたシグナルと比較して)が、後述する実施例7Eに記載の方法のような、当業者に知られたあらゆる方法によって測定された場合に統計的に有意である場合、抗原結合性タンパク質は、バリアントASGR−1タンパク質に「結合しない」。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、W195、E196、K199、H203、H204、P207、P220、G251およびR263からなる群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、H203、H204、P220およびG251からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、E196およびK199からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、E196およびH204からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、K199およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびE196からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびK199からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195またはP207からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、H203およびH204からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、K199およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基W195の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、R183、L184、H215、P220、P238、G246、H247、G248、G251およびN265からなる群から選択される残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、R183、L184、H215、P220、G246、G248、G251およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、L184、P220、P238、H247およびG251からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、S171およびL184からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基R183の突然変異である。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基L184の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P241、D242、D243、Y245、G251、E253およびD260からなる群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、P241、D243、Y245、G251、E253およびD260からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、P241、D243およびE253からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基D260の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、R237、E239、P241、T259、D260、R263およびN265からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、D260およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、T259、D260およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、R237、P241、T259、D260、R263およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、E239、P241、T259、D260、R263およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、E196、H204、P207、V208、N209、H215、D216、D225、D228、P238、P241、D242、D243、H247、G248、L249、G251、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274およびE280からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、E196、H204、P207、V208、N209、H215、D216、D225、D228、P238、P241、D242、D243、H247、G248、L249、G251、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274およびE280からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、S171、G172、E196、H204、P207、H215、D216、D225、D228、D243、G248、L249、G251、D260、Q270、R271、P272、R274およびE280からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、V208、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、R271およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、N209およびR271からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、G172、V208、R271およびP272からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、V208、P238、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、P238、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、G172、P238、R271およびR274からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、G172、V208およびR274からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、R183、H215およびQ270からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P241、T259およびN265からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P207およびR263からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、G172、P241、D242、H247、L249、N265、R271およびP272からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、2つ以上のバリアントASGR−1タンパク質に結合せず、このバリアントASGR−1タンパク質は、この群の単一突然変異を個々に含む。
一部の態様では、本発明は、本明細書に記載されている核酸分子を含むベクターを含む。一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されている核酸分子を含む宿主細胞を含む。
一部の態様では、本発明は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質をコードする核酸分子を含む。
一部の態様では、本発明は、本明細書に記載されている少なくとも1つの抗原結合性タンパク質を含む医薬組成物を含む。
一部の態様では、本発明は、心血管疾患を処置または予防する方法であって、心血管疾患の処置または予防を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、心血管事象の相対リスク低下は、患者において、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%である。
一部の態様では、本発明は、冠動脈疾患になるまたは心筋梗塞(MI)を有するリスクを減少させる方法であって、冠動脈疾患になるまたは心筋梗塞(MI)を有するリスクの減少を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、冠動脈疾患またはMIの相対リスク低下は、患者において、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%である。
他の態様では、本発明は、患者における血中LDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、血中LDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、血中LDLコレステロールは、患者における血中LDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%低下される。
さらに他の態様では、本発明は、患者における非HDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、非HDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、非HDLコレステロールは、患者における非HDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%低下される。
一部の態様では、本発明は、患者におけるアルカリホスファターゼ(「ALP」)レベルを増加させる方法であって、ALPレベルの増加を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、ALPレベルは、患者における投薬前ALPレベルと比較して、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%増加される。一部の実施形態では、ALPレベルは、処置前よりも少なくとも約1.25×、1.5×、2×、2.5×、3×、3.5×、4×、4.5×および5×増加される。
一部の態様では、本発明は、患者におけるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2をアンタゴナイズする方法であって、ASGR−1および/またはASGR−2のアンタゴナイズを必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1つ以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。
ヒト(human)(SEQ ID NO:32699)、カニクイザル(cyno)(SEQ ID NO:32700)、イヌ(dog)(SEQ ID NO:32701)、ブタ(pig)(SEQ ID NO:32702)、ラット(rat)(SEQ ID NO:32703)およびマウス(mouse)ASGR−1(SEQ ID NO:32704)のASGR−1配列アラインメントの図である。ASGR−1の異なる領域を示す四角で囲った領域(すなわち、細胞質(cytoplasmic)、膜貫通(transmembrane)および炭水化物結合ドメイン(CBD;炭水化物認識ドメイン(carbohydrate binding domain)、すなわちCDRとも呼ばれる)は、これらの領域のおおよそのアミノ酸位置の代表である;ヒトY273アミノ酸は四角で囲まれている。 ヒトASGR−1配列アラインメント(出現の順序でそれぞれ、SEQ ID NOS 32705−32710)の図である。 ヒト(SEQ ID NO:32713)、カニクイザル(SEQ ID NO:32714)、イヌ(SEQ ID NO:32716)、ブタ(SEQ ID NO:32715)、ラット(SEQ ID NO:32712)およびマウスASGR−2(SEQ ID NO:32711)のASGR−2配列アラインメントの図である。ASGR−2の異なる領域を示す四角で囲った領域(すなわち、細胞質、膜貫通および炭水化物結合ドメイン(CBD;炭水化物認識ドメイン、すなわちCDRとも呼ばれる)は、これらの領域のおおよそのアミノ酸位置の代表である。 ヒトASGR−1(SEQ ID NO:32717)対ヒトASGR−2v2(SEQ ID NO:32718)アラインメントが提供されている図である。 del12バリアントがASGR−1におけるスプライシングエラーおよびフレームシフトと関連する図である。(A)ASGR−1 mRNAの構造の概観。エクソン(EXON))4および5が、cDNAを増幅させるために使用されるPCRプライマー(primer)(赤色矢印)の位置と共に強調される(del12バリアントはスプライシングされていないRNAにおけるエクソン4と5との間のイントロン4内にある)。(B)del12保因者(carrier)および非保因者(non−carrier)の血液から単離されたRNAから生成されたcDNAを増幅させることによって生成されたPCR産物を示すアガロースゲル。矢印は、del12ヘテロ接合体保因者においてのみ観測された切断されたバンド(217bp)のサイズと共に予測されたPCR産物(239bp)のサイズの両方を示す。(C)サンガー配列決定に基づいて全長(239bp)とバリアント(217bp)cDNA断片との間の配列の相違が示されている。del12保因者におけるバリアント配列は、終止コドンのフレームシフトおよび導入を生じる野性型配列と比較してエクソン4の末端において22bpを欠失している。(D)del12保因者において観察されたスプライシング欠損の図表示。エクソン4−イントロン4境界周囲の配列(大文字のエクソン4配列および小文字のイントロン4配列)が、非保因者における5’スプライス部位(splice site)およびdel12保因者において活性化された潜在性の5’スプライス部位と共に示されている。(E)Illumina TruSeq法を使用した、del12の保因者および非保因者由来の増幅したcDNA産物の配列決定後に生成した配列決定読み取りの直接デジタル計数によるヘテロ接合体del12保因者および非保因者由来の全長(239bp)およびバリアント(217bp)cDNA断片の定量化。不正確にスプライシングしたASGR−1転写産物のパーセンテージ(% of total ASGR1 transcript incorrectly spliced)を示す。不正確にスプライシングした形態は非保因者において完全に検出できなかったことに留意されたい。 (A)del12バリアントを、合計で41,648人のCAD症例および247,374人の対照の示した集団において型に分けた図である。各コホートに関して、四角(組み合わせた推定値の場合、ダイヤモンド)は推定されるオッズ比を示し、線は95%の信頼区間を示す。8つの研究集団にわたって異質性の証拠はなかった(Phet=0.96)。(B)性別によって階層化されたASGR−1におけるdel12の保因者および非保因者における最初の心筋梗塞に対する生存率についてのカプラン−マイヤー曲線である。心筋梗塞を有さなかった個体の割合をy軸に示し、x軸に年齢に対してプロットした。男性(Male)および女性(Female)は別々に表し、区別を各場合においてdel12保因者と非保因者との間で行う。 ASGR−1における以前に同定した配列バリアントとdel12との間のCADと非HDLコレステロールレベルとの間の関係の比較の図である。アイスランド人の集団に基づいて、非HDLコレステロールレベル(N=119,146)に対するマイナーアレル(miner allele)の推定効果の関数として冠動脈疾患(CAD、41,648人の症例および247,374人の対照)についてのマイナーアレルの推定オッズ比(Odds Ratio:OR)。含まれる配列バリアントの完全なリストは表1.7に提供されている。エラーバーは95%信頼区間を表す。ASGR−1におけるdel12バリアントが示されている。線は原点を通る最適な線形回帰適合を示す。 ASGR−1ノックアウトマウス由来の血清ALP、ALTおよびASTの解析が提供されている図である。パネルAは研究したオスのマウス(male mice)からのデータであり、パネルBはメスのマウス(female mice)からのデータである。 構築物S1662を使用してhASGR−1をトランスフェクトしたCHO細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはヒトASGR−1の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBはヒトASGR−1の発現の相対的低減のグラフ表示である。パネルCは、構築物S1662を受容しているCHO細胞がリガンド(β−GalNAc)の内部移行の劇的な低減を示すことを実証している。 様々な構築物を使用してmASGR−1をトランスフェクトしたCHO細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはマウスASGR−1の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBはマウスASGR−1の発現の相対的低減のグラフ表示である。パネルCは、様々な構築物を受容しているCHO細胞がリガンド(β−GalNac)の内部移行の劇的な低減を示すことを実証している。 構築物S1662を使用したHepG2細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはヒトASGR−1の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBはヒトASGR−1の発現の相対的低減のグラフ表示である。 様々な構築物を使用したhASGR−2をトランスフェクトしたCHO細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはヒトASGR−2の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBは様々な構築物によるヒトASGR−2の発現の相対的低減のグラフ表示である。 様々な他の構築物を使用してmASGR−1およびmASGR−2をトランスフェクトしたCHO細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはマウスASGR−1(抗マウスASGR−1または抗flag)またはマウスASGR−2(抗his)の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBは様々な構築物によるマウスASGR−1の発現の相対的低減のグラフ表示である。パネルCは様々な構築物によるマウスASGR−2の発現の相対的低減のグラフ表示である。 様々な構築物を使用したHepG2細胞におけるRNAiインビトロデータの図である。パネルAはヒトASGR−2の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBは様々な構築物によるヒトASGR−2の発現の相対的低減のグラフ表示である。 0日目に1回の注射、2日目に1回の注射および4日目に1回の注射の、合計で3回の注射をした、7日にわたって様々な構築物を使用したC57BL/6JマウスにおけるRNAiインビボデータの図である。パネルAは、肝臓におけるmASGR−1 RNAの発現の相対的低減を示す定量的pcrデータのグラフ表示である。パネルBは肝臓におけるmASGR−2 RNAの発現の相対的低減のグラフ表示である。 0日目に1回の注射、2日目に1回の注射および4日目に1回の注射の、合計で3回の注射をした、7日にわたって様々な構築物を使用したC57BL/6JマウスにおけるRNAiインビボデータの図である。パネルAは、マウスASGR−1タンパク質の発現の低減を実証するウェスタンブロットである。パネルBは、血清ALP活性の相対的増加のグラフ表示である。 0日目に1回の注射をした、7日にわたって様々な構築物を使用したC57BL/6JマウスにおけるRNAiインビボデータの図である。パネルAは、肝臓におけるmASGR−2の発現の相対的低減のグラフ表示である。パネルBは、肝臓におけるmASGR−1の発現の相対的低減のグラフ表示である。 0日目に1回の注射をした、7日にわたって様々なASGR−2構築物を使用したC57BL/6JマウスにおけるRNAiインビボデータの図である。この図は血清ALP活性の相対的増加のグラフ表示である。 パネルAは、ASGR−1/ラクトース(lactose)複合体の結晶構造のコンピュータ表現を示す図である。パネルBは、観察された電子密度のコンピュータ表現の図である。パネルCは、炭水化物結合ドメインの拡大図である。 パネルAは、ASGR−1/ガラクトース(galactose)複合体の結晶構造のコンピュータ表現を示す図である。パネルBは、観察された電子密度のコンピュータ表現の図である。パネルCは、炭水化物結合ドメインの拡大図である。 ASGR−1/ラクトース(白色)複合体とASGR−1/ガラクトース(黒色)複合体との間のR237の立体構造の相違の拡大図の結晶構造のコンピュータ表現の図である。 パネルAは、ASGR−1/GalNAc複合体の結晶構造のコンピュータ表現を示す図である。パネルBは、観察された電子密度のコンピュータ表現の図である。パネルCは、炭水化物結合ドメインの拡大図である。 パネルAは、ASGR−1 CBDおよび5E5 Fabの構造の描写を示す図である。パネルBは、破線により不規則な炭水化物結合ループを表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調するASGR−1 CBDおよび5E5 Fabの拡大図である。パネルBはまた、先端から先端まで5オングストローム距離(distance)を表す両矢印も組み込んでいる。 パネルAは、ASGR−1 CBおよび22G5 Fabの構造の描写を示す図である。パネルBは、破線により不規則な炭水化物結合ループを表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調するASGR−1 CBDおよび22G5 Fabの拡大図である。パネルBはまた、先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印も組み込んでいる。 ASGR−1 CBDおよび4A2 Fabの構造の描写の図である。 ASGR−1 CBDヘリックスアルファ−2と相互作用する4A2 FabのCDRを示し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調するASGR−1 CBDおよび4A2 Fabの構造の拡大図である。この図は先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印を組み込んでいる。 先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印を含む4A2 Fabを有するおよび有さないASGR−1 CBDおよび炭水化物結合ループ(carbohydrate binding loop)の構造の拡大図である。 ASGR−1 CBDおよび7E11 Fabの構造の描写の図である。 ASGR−1 CBDおよび7E11 Fabの構造の拡大図である。この図は、破線により不規則な炭水化物結合ループを表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調する。この図は、先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印を組み込んでいる。 ASGR−1 CBDおよび4H6 Fabの構造の描写の図である。 ASGR−1 CBDおよび4H6 Fabの構造の拡大図である。この図は、破線により不規則な炭水化物結合ループを表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調する。この図は、先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印を組み込んでいる。 ASGR−1 CBDおよび72G9 Fabの構造の描写の図である。 パネルAは、ASGR−1 CBDおよび72G9 Fabの構造の拡大図であり、パネルBは、ASGR−1 CBDならびにASGR−1 CBDおよびリガンドの構造とも重なる72G9 Fabの構造の描写の図であり、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の直接的な阻害を強調する。 ASGR−1 CBDおよび194A4 Fabの構造の描写の図である。 ASGR−1 CBDおよび194A4 Fabの構造の拡大図である。この図は、破線により不規則な炭水化物結合ループを表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の間接的な阻害を強調する。この図は、先端から先端まで5オングストローム距離を表す両矢印を組み込んでいる。 ASGR−1 CBDおよび54E9 Fabの構造の描写の図である。 パネルAは、ASGR−1 CBDおよび54E9 Fabの構造の拡大図であり、パネルBは、ASGR−1 CBDならびにASGR−1 CBDおよびリガンドの構造とも重なる54E9 Fanの構造の描写の図であり、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の直接的な阻害を強調する。 パネルAは、ASGR−1 CBDおよび218G4 Fabの構造の描写の図であり、パネルBは、ASGR−1 CBDおよび218G4 Fabの構造の拡大図である。 パネルAおよびBは、ASGR−1 CBDならびにASGR−1 CBDおよびリガンドの構造とも重なる218G4 Fabの構造の拡大図である。これらの図は、218G4 Fabが存在する場合、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の直接的な阻害を強調する。 ASGR−1 CBDおよび176H4 Fabの構造の描写の図である。 ASGR−1 CBDならびにASGR−1およびリガンドの構造とも重なる176H4 Fabの構造の拡大図である。この図は、176H4 Fabが存在する場合、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の直接的な阻害を強調する。 ASGR−1 CBDおよび194C10 Fabの構造の描写の図である。この図は、破線により不規則な炭水化物結合ループを示し、表し、ASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の起こり得る間接的な阻害を強調する。 ASGR−1 CBDおよび194C10 Fabの構造の拡大図である。この図は、ASGR−1 CBDと相互作用する194C10のCDRを示し、これらはASGR−1 CBDおよびリガンド(GalNAc)結合の直接的な阻害であり得ることを強調する。 パネルA−Cは、ヒトASGR−1およびヒトASGR−2を発現する細胞からの抗体結合(binding of antibody)結果を示すグラフ表示の図である。 パネルAは、肥満カニクイザルにおける血清(serum)LDLコレステロール(cholesterol)レベルに対するASGR−1抗体、4A2の効果のグラフ表示の図である。パネルBは、肥満カニクイザルにおける血清アルカリホスファターゼレベルに対するASGR−1抗体、4A2の効果のグラフ表示の図である。データはベースラインからの変化%において表す(Data expressed as % change from baseline)。 パネルAは、正常なカニクイザルにおける血清LDLコレステロールレベルに対するASGR−1抗体、4A2の効果のグラフ表示の図である。パネルBは、正常なカニクイザルにおける血清アルカリホスファターゼ(alkaline phosphatase)レベルに対するASGR−1抗体、4A2の効果のグラフ表示の図である。データはベースラインからの変化パーセントにおいて表す。 アルギニン/グルタミン酸スキャニング突然変異導入法からの試験ASGR−1リガンド遮断抗体−参照抗体の組合せの決定係数プロファイルを表す決定係数ヒートマップ(coefficient of determination heat map)の図である(実施例7E)。暗陰影は高度に類似したデータを表すのに対して、明陰影は高度に類似していないデータを表す。相対的エピトーププロファイリング(relative epitope profiling)(抗体競合/結合)ビン(bin)割当も示す。 ASGR−1 CBDタンパク質およびアルギニン/グルタミン酸スキャニング突然変異導入法により抗体結合にとって重要であると同定したアミノ酸残基の表面位置の代替の図を示すコンピュータ表現の図である(実施例7E)。相対的エピトーププロファイリング(抗体競合/結合)ビン割当も示す。リガンド(GalNAc)を棒状表現(黒色)として示す。ASGR−1 CBDを表面表現(薄灰色)として示す。Arg/Glu突然変異走査によって同定したアミノ酸の位置を示す(濃灰色表面)。各々のビンにおける重要なアミノ酸の相対位置を参照のみのために示す。 ヒト、マウス、ラット、ブタ、イヌおよびカニクイザルASGR、ASGR−1およびASGR−2についての様々なタンパク質配列を提示する表である(表1)。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての可変軽および重鎖CDR1、CDR2およびCDR3アミノ酸配列を提示する2つの表である(表2Aおよび表2B)。表2Aは可変軽鎖CDR1、CDR2およびCDR3を提示するのに対して、表2Bは可変重鎖CDR1、CDR2およびCDR3を提示する。表2Aおよび2BにおけるCDR配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を提示する表を表(表3)に示す。表3における軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての軽および重可変領域のタンパク質アラインメントを提示する表である(表4)。アスタリスク「」は終止コドンを示す。終止コドンを含有する配列は配列表において異なる配列として表すが、これらの配列は関連する。しかしながら、一般的に言えば、表4に提示されるタンパク質アラインメントにおける軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、1つ以上の終止コドンを有する配列の場合と同じように、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての軽および重可変領域のコンセンサスタンパク質アラインメント(consensus protein alignment)を提示する表である(表5)。アスタリスク「」は終止コドンを示す。終止コドンを含有する配列は配列表に異なる配列として表すが、これらの配列は関連する。しかしながら、一般的に言えば、表5に提示されるコンセンサスタンパク質アラインメントにおける軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、1つ以上の終止コドンを有する配列の場合と同じように、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 本発明の特定の最適化抗原結合性タンパク質についての軽および重可変領域のタンパク質アラインメントを提示する表である(表6)。表6に提示されるタンパク質アラインメントにおける軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 本発明の特定の最適化抗原結合性タンパク質についての軽および重可変領域のコンセンサスタンパク質アラインメントを提示する表である(表7)。表7に提示されるコンセンサスタンパク質アラインメントにおける軽および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列は空間の問題に起因して折り返して表記され、他に述べられない限り、単一アミノ酸配列であると理解されるべきである。 様々な重および軽鎖可変領域(それぞれ表19Aおよび20A)のコンセンサス配列ならびに本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての様々な重および軽鎖可変領域(それぞれ表19BおよびCならびに表20Bおよび20C)のCDRのコンセンサス配列を提示する表の群である。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての様々な軽および重鎖可変領域の詳細なコンセンサスタンパク質アラインメントを提示する表の群である(表21−48)。表21−48に提示されるコンセンサスタンパク質アラインメントにおけるアミノ酸残基の陰影は、当業者が遺伝子操作のために標的とすることを望み得る特定の残基を示す。 本発明の特定の抗原結合性タンパク質についての様々な軽および重鎖可変領域のコンセンサスタンパク質アラインメントを提示する表の群である(表49−134)。 カニクイザルにおけるタンパク質測定の信頼性を示すグラフである。2つの種における平均タンパク質レベルのLog10 RFUをプロットし、低い信頼性(明るいドット)および高い信頼性(より暗いドット)を有するものに印をつけている。 抗ASGR−1抗体により処置したカニクイザルの血清タンパク質解析の図である。パネルAは、時点にわたる異なる処置群の個々の動物におけるTNFSF8タンパク質レベルを示すグラフである。パネルBは、時点にわたる異なる処置群の個々の動物における正規化したTNFSF8タンパク質レベル(時点0のパーセント)を示すグラフである。パネルCは、各処置群におけるTNFSF8タンパク質レベルを示すグラフであり(n=3、エラーバーはSEMを表す)、パネルDは、ヒトASGR1 del12保因者および非保因者におけるTNFSF8タンパク質レベルの分布を示すグラフである。
後述する実施例1に示す通り、ASGR−1における配列バリアント(これは、より速く分解するASGR1または機能喪失型のASGR1突然変異のいずれかをもたらした)は、ヒトにおける非HDLコレステロールのレベルの低減をもたらした。これは次いで、そのようなヒトによって経験される冠動脈疾患のリスクの減少をもたらした。ASGR−1における機能喪失型突然変異は、非HDLコレステロールの低減および冠動脈疾患の低減の両方をもたらしたため、ASGRを有効に遮断する抗体および阻害性RNAを使用して、冠動脈疾患のリスクを低減することができる。
本発明は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤を対象とする。本発明は、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合し、リガンドへのヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2結合を阻害する、抗原結合性タンパク質を提供する。本発明は、他の種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する、抗原結合性タンパク質も提供する。本発明はさらに、ヒト対象における心血管疾患を処置または予防する方法であって、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤を投与するステップを含み、ASGR阻害剤が、抗原結合性タンパク質および/または干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である、方法を対象とする。
本発明は、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に特異的に結合する抗原結合性タンパク質に関する組成物、キットおよび方法をさらに提供する。ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に特異的に結合するポリペプチドの全体または部分をコードするポリヌクレオチドの配列を含む核酸分子も提供される。本発明は、このような核酸を含むベクターおよびプラスミド、ならびにこのような核酸および/またはベクターおよびプラスミドを含む細胞または細胞株をさらに提供する。提供されている方法は、例えば、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に結合する抗原結合性タンパク質を作製、同定または単離する方法、抗原結合性タンパク質が、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に結合するか決定する方法、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に結合する抗原結合性タンパク質を含む医薬組成物のような組成物を作製する方法、ならびにヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に結合する抗原結合性タンパク質をヒト対象に投与するための方法をさらに含む。
前述の概要および後述する詳細な説明が、請求されている本発明に関して単に例示的および説明的であり、限定的ではないことを理解するべきである。本願において、単数形の使用は、特に他の記述がない限り、複数形を含む。本願において、「または」の使用は、他の記述がない限り、「および/または」を意味する。さらに、用語「含むこと(including)」ならびに「含む(includes)」および「含まれる(included)」のような他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「エレメント」または「構成要素」のような用語は、特に他の記述がない限り、1ユニットを含むエレメントおよび構成要素ならびに2以上のサブユニットを含むエレメントおよび構成要素の両方を包含する。また、用語「部分(portion)」の使用は、部分(moiety)の一部または部分(moiety)全体を含むことができる。
本明細書において他に定めがなければ、本発明に関連して使用される科学および技術用語は、当業者によって一般的に理解される意義を有するものとする。さらに、文脈がそれ以外を要求しない限り、単数形の用語は複数を含み、複数形の用語は、単数を含むものとする。一般に、本明細書に記載されている細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学ならびにタンパク質および核酸化学ならびにハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法およびそれらの技法は、本技術分野で周知であり一般的に使用されているものである。本発明の方法および技法は、一般に、他に断りがなければ、本技術分野で周知の従来方法に従って、また、本明細書を通して引用および記述されている様々な一般的およびより詳細な参考文献に記載されている通りに実行される。例えば、参照により本明細書に組み込む、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y.(1989)ならびにAusubelら、Current Protocols in Molecular Biology、Greene Publishing Associates(1992)ならびにHarlowおよびLane、Antibodies: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y.(1990)を参照されたい。酵素反応および精製技法は、本技術分野で一般的に達成される通りに、または本明細書に記載されている通りに、製造業者の明細に従って実行される。本明細書に記載されている分析化学、合成有機化学ならびに薬および医薬品化学に関連して使用される用語法ならびにそれらの研究室手順および技法は、本技術分野で周知であり一般的に使用されているものである。化学合成、化学的解析、医薬品調製、製剤化および送達ならびに患者処置のために、標準技法を使用することができる。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、標準1文字または3文字略語を使用して示されている。他に断りがなければ、ポリペプチド配列は、そのアミノ末端を左に、そのカルボキシ末端を右に置き、一本鎖核酸配列、および二本鎖核酸配列の上の鎖は、その5’末端を左に、その3’末端を右に置く。ポリペプチドの特定のセクションは、アミノ酸1から50のようなアミノ酸残基番号によって、またはアスパラギンからプロリンのような当該部位における実際の残基によって指定することができる。特定のポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、これが参照配列とどのように異なるかを説明することにより記載することもできる。
次の用語は、他に断りがなければ、次の意義を有すると理解されるものとする。
用語「阻害剤」は、本明細書で使用される場合、阻害剤の非存在下で観察される活性または機能の大きさと比較して、分子の少なくとも1つの活性または機能の大きさを減少させる化合物である。一部の事例では、阻害剤は、阻害剤の非存在下で観察される活性または機能の大きさと比較して、分子の少なくとも1つの活性または機能の大きさを実質的に減少させる。一部の事例では、阻害剤は、阻害剤の非存在下で観察される活性または機能の大きさと比較して、分子の少なくとも1つの活性または機能の大きさを完全に縮小させる。ある特定の例示的な阻害剤として、タンパク質、ペプチド、抗体、ペプチボディ、アプタマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、干渉RNA、炭水化物または有機小分子が挙げられるがこれらに限定されない。
用語「単離された分子」(この場合、分子は、例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、抗原結合性タンパク質または抗体である)は、その起源または派生元に基づいて、(1)そのネイティブ状態でこれを伴う天然に会合した構成要素と会合していない、(2)同じ種由来の他の分子を実質的に含まない、(3)異なる種由来の細胞によって発現される、または(4)天然で発生しない、分子である。よって、化学的に合成される、またはこれが天然に起源をもつ細胞とは異なる細胞系において発現される分子は、その天然に会合した構成要素から「単離」されることになる。分子は、本技術分野で周知の精製技法を使用した単離によって、天然に会合した構成要素を実質的に含まなくされてもよい。分子純度または均一性は、本技術分野で周知の多数の手段によってアッセイすることができる。例えば、ポリペプチド試料の純度は、本技術分野で周知の技法を使用して、ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびポリペプチドを可視化するためのゲルの染色を使用してアッセイすることができる。ある目的のため、精製のための本技術分野で周知のHPLCまたは他の手段を使用することにより、より高い分解能が得られる場合もある。
用語「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」および「核酸」は、全文にわたり互換的に使用されており、DNA分子(例えば、cDNAまたはゲノムDNA)、RNA分子(例えば、mRNA)、ヌクレオチドアナログ(例えば、ペプチド核酸および非天然起源のヌクレオチドアナログ)を使用して生成されたDNAまたはRNAのアナログ、およびそれらのハイブリッドを含む。核酸分子は、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。一実施形態では、本発明の核酸分子は、本発明の抗体またはその断片、誘導体、ムテインもしくはバリアントをコードする近接オープンリーディングフレームを含む。
「ベクター」は、これに連結された別の核酸の細胞への導入に使用することができる核酸である。ベクターの一型は、「プラスミド」であり、これは、その中に追加的な核酸セグメントをライゲーションすることができる直鎖状または環状二本鎖DNA分子を指す。別の型のベクターは、ウイルスベクター(例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス)であり、この場合、追加的なDNAセグメントは、ウイルスゲノム中に導入することができる。ある特定のベクターは、これが導入された宿主細胞において自律的に複製することができる(例えば、細菌複製起点を含む細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター)。他のベクター(例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター)は、宿主細胞への導入後に、宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、これにより、宿主ゲノムと共に複製される。「発現ベクター」は、選ばれたポリヌクレオチドの発現を指示できるベクターの一型である。
調節配列が、ヌクレオチド配列の発現(例えば、発現のレベル、タイミングまたは場所)に影響を与える場合、ヌクレオチド配列は、調節配列に「作動可能に連結」されている。「調節配列」は、これが作動可能に連結された核酸の発現(例えば、発現のレベル、タイミングまたは場所)に影響を与える核酸である。調節配列は、例えば、調節される核酸に直接的に、または1つ以上の他の分子(例えば、調節配列に結合するポリペプチドおよび/または核酸)の作用を介して、その効果を発揮することができる。調節配列の例として、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント(例えば、ポリアデニル化シグナル)が挙げられる。調節配列のさらに別の例は、例えば、Goeddel、1990、Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185、Academic Press、San Diego、CAおよびBaronら、1995、Nucleic Acids Res.23:3605−06頁に記載されている。
「宿主細胞」は、核酸、例えば、本発明の核酸の発現に使用することができる細胞である。宿主細胞は、原核生物、例えば、E.コリ(E.coli)であってもよく、または真核生物、例えば、単細胞真核生物(例えば、酵母または他の真菌)、植物細胞(例えば、タバコまたはトマト植物細胞)、動物細胞(例えば、ヒト細胞、サル細胞、ハムスター細胞、ラット細胞、マウス細胞または昆虫細胞)もしくはハイブリドーマであってもよい。典型的に、宿主細胞は、ポリペプチドコード核酸により形質転換またはトランスフェクトすることができる培養細胞であり、続いてこの核酸は、宿主細胞において発現させることができる。語句「組換え宿主細胞」は、発現されるべき核酸により形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞の表示に使用することができる。宿主細胞は、核酸を含むが、調節配列が、核酸と作動可能に連結される状態になるように、宿主細胞に導入されない限り、核酸を所望のレベルで発現しない細胞となることもできる。宿主細胞という用語が、特定の対象細胞のみならず、このような細胞の後代または潜在的な後代も指すことが理解される。若干の修飾が、例えば、突然変異または環境の影響により、後継世代において発生し得るため、このような後代は、実際には、親細胞と同一でない場合があるが、本明細書で使用される場合、この用語の範囲内に依然として含まれる。
ASGR
ゲノムデータベース解析は、疾患状態ならびに特定の標的および/または経路の間の関連性の発見を可能にする一様式である。例えば、家族性高コレステロール血症患者の遺伝的解析は、血清LDLコレステロールレベルの調節および冠動脈疾患の発症リスクと関与するプロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9)の発見をもたらし、最終的に、抗hPCSK9抗体である近年承認されたRepatha(登録商標)の開発をもたらした(例えば、Jacksonら、米国特許第8,030,457号を参照)。DNA配列決定技術における進歩は、多数の個体のゲノムを配列決定する手段を提供し、希少なバリアントの発見を可能にする。deCODE Genetics(Amgen社)は、遺伝的バリアントおよび目的の形質の間の関連を探索するために、多数のアイスランド人の全ゲノムを解析する方法を以前に報告した(Gudbjartssonら、Nature Genetics;47巻;5号;2015年5月;435−444頁)。
この方法論は、現在、コレステロールレベルならびに冠動脈疾患および心筋梗塞(MI)の発症リスクを含む心血管疾患に影響を与える新規遺伝的バリアントの探索において適用されている。実行された画期的な解析は、心血管疾患に関係づけられるAshwell−Morell受容体の新規配列バリアントを同定した。
本発明において、アイスランド人の全ゲノム配列決定は、他のヨーロッパ系の人々にも存在する、ASGR−1遺伝子のイントロン4における希少な12塩基対欠失(「del12」)を発見した。この欠失は、オリゴマー形成および細胞外炭水化物認識ドメイン(「CRD」、「炭水化物結合ドメイン」または「CBD」としても知られている)の両方を欠いている、トランケートされたASGR−1受容体サブユニットを生成すると予測されるフレームシフトをもたらす、またはナンセンス変異依存分解機構により、不安定で急速に分解される転写物を生成し得る(したがって、タンパク質が生じない)。本発明において、アイスランド人の全ゲノム配列決定は、ASGR−1遺伝子における2番目に希少な機能喪失型バリアント、すなわち、エクソン7における4塩基対挿入(c.469−472dupAACTまたは「W158X」)も発見した。エクソン7におけるこの4塩基対挿入は、フレームシフトを引き起こし、291アミノ酸全長タンパク質のうちのアミノ酸158に中途の終止コドンを導入する(NP_001662.1:p.W158X)。このバリアントは、受容体の炭水化物認識ドメインを欠くタンパク質をコードすることが予測され、またはナンセンス変異依存分解機構により、不安定で急速に分解される転写物を生成し得る(したがって、タンパク質が生じない)。さらに、W158Xバリアントは、発現の組織または細胞型に関係なく、ASGR−1のあらゆる報告されたrefseq転写物をもたらす。いずれか特定の仮説によって制約されることは望まないが、解析は、del12およびW158Xが、より低い非HDLコレステロールレベル、CADおよびMIからの保護をもたらし、延命を達成することを示す。その上、解析は、del12およびW158Xが、循環ALPおよびビタミンB12のレベル増加とも関連することを示す。このようなdel12およびW158XとALPレベル増加との関連を支持するものに、ASGR−1にY272Cバリアントを有するマウスのデータがあり、このデータは、そのようなマウスが、増加した血漿ALPの表現型を示すことを示す(Sabrautzkiら、Mamm.Genome、23、416−430頁、2012)。マウスASGR−1におけるY272位置は、ヒトASGR−1におけるY273位置に対応する(図1Aを参照)。
本来、肝アシアロ糖タンパク質受容体と命名されたAshwell−Morell受容体(AMR)は、単離および同定された最初の細胞受容体の1つであった(Grewal、Methods in Enzymology、479巻、13章、2010、223−241頁)。この受容体は、Ashwell受容体、肝ガラクトース/N−アセチルガラクトサミン(GalNAc)受容体または肝レクチン受容体としても知られている。しかし、この受容体は現在、より一般的に、「ASGPR」または単純に「ASGR」として知られている。
ASGRは、肝細胞の表面において発現されるC型レクチンであり、48kDaメジャーサブユニット(複数可)(ASGR−1)および40kDaマイナーサブユニット(複数可)(ASGR−2)で構成されている(Roggenbuckら、Autoimmune Highlights、2012、3:119−125頁)。ASGRの機能的バリアントは、ASGR−1およびASGR−2サブユニットのオリゴマー形成によって形成される(Grewal)。受容体複合体は、ASGR−1およびASGR−2サブユニットのホモオリゴマーおよびヘテロオリゴマーを含むことができ、(ASGR−1)−(ASGR−2)三量体が、最も一般的な形態であり、基質に対し最高の親和性を有する(Grewal)。ASGRの他の同定された形態は、(ASGR−1)、(ASGR−1)、(ASGR−1)−(ASGR−2)、(ASGR−1)−(ASGR−2)を含む(Grewal)。
いくつかの種のASGR−1およびASGR−2のポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が知られている。表1は、ヒト、マウス、ラット、ブタ、イヌおよびカニクイザルの配列を示す。図1A、図1Bおよび図2は、様々な種のASGR−1およびASGR−2の配列アラインメントを示し、図3は、ヒトASGR−1およびヒトASGR−2の間の配列アラインメントを示す。
ASGR−1は、1回膜貫通タンパク質であり、ASGRのメジャーサブユニットである。糖タンパク質のガラクトース(Gal)またはN−アセチルガラクトサミン(GalNAc)残基は、シアリダーゼによるシアル酸の除去によって露出され、したがって、ASGRのリガンドに対するアシアロ糖タンパク質と呼ばれる。ASGR発現は、他の組織においても検出されるが、肝臓は、優勢な発現部位である。エクソン2を欠くASGR−1転写物から生成された受容体の循環形態も報告されている(Liu J、Hu B、Yang Yら、A new splice variant of the major subunit of human asialoglycoprotein receptor encodes a secreted form in hepatocytes.PloS one 2010;5:e12934)。del12およびW158Xバリアントは、受容体の膜結合および循環形態の両方をトランケートすることが予測され、上述の通り、W158Xバリアントは、ナンセンス変異依存分解機構により、不安定で急速に分解される転写物を生成し得る(したがって、タンパク質が生じない)。
ASGRの主要な報告された機能は、末端ガラクトースまたはN−アセチルガラクトサミン残基を含有する循環中の糖タンパク質(アシアロ糖タンパク質)を結合および内部移行し、循環からのこれらのタンパク質のクリアランスをもたらすことである(Roggenbuck)。報告された内因性リガンドは、血小板およびフォン・ヴィルブランド因子のような血液凝固系の構成要素を含む(Grewal)。
本明細書で使用される場合、用語「ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2機能」または「ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2活性」は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の任意の生物学的効果を含む。ある特定の実施形態では、ASGR機能または活性は、リガンドと相互作用または結合するASGRの能力を含む。一部の実施形態では、ASGR機能または活性は、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質と相互作用または結合するASGRの能力によって表される。一部の実施形態では、ASGR機能または活性は、ASGR応答に起因する任意の生物活性を含む。例示的な活性として、循環からのアシアロ糖タンパク質のクリアランス、循環からのIgAのクリアランス、アポトーシス細胞の除去、低密度リポタンパク質(LDL)のクリアランスおよび/または細胞フィブロネクチンの処分が挙げられるがこれらに限定されない(Roggenbuck)。
肝臓の肝細胞の表面におけるASGRの場所およびある特定のウイルスによる肝細胞進入におけるその意義を考慮すると(Roggenbuck)、受容体は、肝臓への送達および細胞内への内部移行を必要とする治療薬のための便利な標的となった。このような使用の例として、肝細胞癌へのドキソルビシンの標的化された送達(Weiら、Int J Nanomedicine、2015、10:5123−37頁)、肝細胞への遺伝子送達(D’Souzaら、J Control Release、2015、203:126−39頁)および肝細胞へのsiRNAの標的化された送達(Rajeevら、Chembiochem、2015、16(6):903−8頁)が挙げられる。
ASGRならびに脱シアル化糖タンパク質のエンドサイトーシスおよび分解を媒介するその能力は、ほぼ40年間知られていたが、この受容体の内因性リガンドおよび生理的機能は、確立が困難であった(Weigel PH、Yik JH.、Glycans as endocytosis signals: the cases of the asialoglycoprotein and hyaluronan/chondroitin sulfate receptors.、Biochimica et biophysica acta 2002;1572:341−63頁)。ASGR−1−/−マウス(いかなるASGR活性も欠く)が、正常に健康に育ち、その循環中に脱シアル化糖タンパク質を蓄積しないが、外因的に加えられたアシアロ糖タンパク質を排除することができないことが報告された。このことは、正常な生理的条件下では、ASGRが、循環するアシアロ糖タンパク質の恒常性に必須ではないことを示唆する(Tozawa R、Ishibashi S、Osuga Jら、Asialoglycoprotein recaptor deficiency in mice lacking the major receptor subunit. Its obligate requirement for the stable expression of oligomeric receptor.、The Journal of Biological Chemistry 2001;276:12624−8頁)。
明らかな表現型を欠くASGR−1ノックアウトマウスとは対照的に、本発明は、例えば、非HDLレベルの調節ならびにCADおよびMIリスクのモジュレーションが挙げられるがこれらに限定されない、心血管疾患におけるヒトASGR−1の明瞭な生理的役割を確立した。本発明は、循環ALPおよびビタミンB12のレベル増加とdel12およびW158Xとの関連も実証した。さらに、del12のヘテロ接合体保因者は、非保因者よりも平均1.5年間長く生きることから、本発明は、ASGR−1の一方のアレルの妨害が、全体的な有益な効果を有すると思われることを示す。
驚いたことに、本明細書に提供されている様々な実施形態は、del12バリアントおよびW158バリアントの両方が、ALPおよびビタミンB12レベルにおけるこれらの効果と反対の、非HDLレベルに効果を有することを実証する;減少する非HDLならびに増加するALPおよびビタミンB12。いずれか特定の仮説によって制約されることは望まないが、ALPおよびLDLコレステロールと関連する以前に記載された共通バリアントも、これらの血清構成要素に反対の効果を有することに留意することが重要である;したがって、ASGR−1は、異なる機構によりこれらの分子のレベルに影響を与え得る。肝臓機能の他の尺度は影響を受けないため、del12またはW158Xによって媒介されるALP増加が、根底にある肝臓疾患を反映する可能性は低い。循環中のALPおよびビタミンB12トランスポーター、ハプトコリンの両方は、ASGR−1に結合し、この受容体によって循環から排除されることが知られた、無シアリル化糖タンパク質である(Tuin A, Huizinga−Van der Vlag A、van Loenen−Weemaes AM、Meijer DK、Poelstra K.、On the role and fate of LPS−dephosphorylating activity in the rat liver.、American Journal of Physiology Gastrointestinal and Liver Physiology 2006;290:G377−85頁;Furger E、Fedosov SN、Lildballe DLら、Comparison of recombinant human haptocorrin expressed in human embryonic kidney cells and native haptocorrin.、PloS one 2012;7:e37421頁;Burger RL、Schneider RJ、Mehlman CS, Allen RH.、Human plasma R−type vitamin B12−binding proteins. II. The role of transcobalamin I, transcobalamin III, and the normal granulocyte vitamin B12−binding protein in the plasma transport of vitamin B12.、The Journal of Biological Chemistry 1975;250:7707−13頁;Steirer LM、Park EI、Townsend RR、Baenziger JU.、The asialoglycoprotein receptor regulates levels of plasma glycoproteins terminating with sialic acid alpha2,6−galactose.、The Journal of Biological Chemistry 2009;284:3777−83頁)。いずれか特定の仮説によって制約されることは望まないが、del12保因者およびW158X保因者におけるALPおよびビタミンB12のレベル増加に関する、より可能性の高い根拠は、del12保因者およびW158X保因者における低下した数の機能的ASGR受容体による、循環からのこれらの分子の脱シアル化形態のクリアランス減少であり、これは、循環ALPおよびビタミンB12の恒常性の維持におけるASGR−1の役割を示唆する。
いずれか特定の仮説によって制約されることは望まないが、ASGR−1機能低下にもかかわらず、del12保因者およびW158X保因者における非HDLのレベル減少は、ASGR−1が、コレステロール粒子の直接結合およびエンドサイトーシス以外の機構によって非HDLレベルに影響を与えることを示唆する。シアル酸残基を切断し、これによりASGR−1の基質を生成するシアリダーゼであるノイラミニダーゼ1(Neu1)の低形質形態を発現するマウスにおいて、LDL受容体(LDLR)は、シアリル化され、受容体のこの形態は、野生型LDLRの無シアリル化形態よりも安定しており、よりも活発にLDLコレステロールを取り入れた(LDLレベルは、これらのマウスにおいて減少した)(Yang A、Gyulay G、Mitchell M、White E、Trigatti BL Igdoura SA.、Hypomorphic sialidase expression decreases serum cholesterol by downregulation of VLDL production in mice、Journal of Lipid Research 2012;53:2573−2585頁)。ASGRおよびLDLRの両方は、肝細胞におけるクラスリン被覆ピットに位置づけられ、ASGRは、LDLRの無シアリル化形態と相互作用し、その活性を遮断することができる場合がある。
非HDLレベルの低減ならびにCADおよびMIからの保護が挙げられるがこれらに限定されない、心血管疾患において役割を果たす、ASGR−1における2つの新規の希少なバリアントが、本明細書において同定された。これらのバリアントは、ASGR−1タンパク質機能を撹乱する。したがって、本発明はさらに、ASGR機能を阻害する方法、ASGR−1機能を阻害する方法および/またはASGR−2機能を阻害する方法を対象とする。本発明はさらに、ASGR機能、ASGR−1機能および/またはASGR−2機能を阻害する分子(例えば、抗原結合性タンパク質または干渉RNAが挙げられるがこれらに限定されない)を対象とする。
抗原結合性タンパク質
一部の実施形態では、本発明は、ヒト、カニクイザル、ブタ、イヌ、マウスおよびラットが挙げられるがこれらに限定されない、異なる種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合する抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、ヒト、カニクイザル、ブタ、イヌおよびマウスおよびラットが挙げられるがこれらに限定されない、異なる種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する。ヒト、カニクイザル、イヌ、ブタ、ラットおよびマウスASGR−1およびASGR−2の例示的なアミノ酸配列は、図1−図3に提示されている。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2がリガンドに結合することをさらに阻害する。
「抗原結合性タンパク質」は、抗原に結合する抗原結合性断片および任意選択的に、抗原結合性断片に、抗原への抗原結合性タンパク質の結合を促進する立体構造をとらせる足場またはフレームワーク部分を含むタンパク質である。本願において、抗原は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2タンパク質、またはそれらの断片である。一部の実施形態では、抗原結合性断片は、抗原に結合する抗体由来の少なくとも1個のCDRを含み、一部の実施形態では、抗原に結合する抗体由来の重鎖CDR3を含む。一部の実施形態では、抗原結合性断片は、抗原に結合する抗体の重鎖由来の、または抗原に結合する抗体の軽鎖由来の全3個のCDRを含む。さらに一部の実施形態では、抗原結合性断片は、抗原に結合する抗体由来の全6個のCDR(3個は重鎖由来であり、3個は軽鎖由来)を含む。抗原結合性断片は、ある特定の実施形態では、抗体断片である。
抗原結合性タンパク質の非限定例として、抗体、抗体断片(例えば、抗体の抗原結合性断片)、抗体誘導体および抗体アナログが挙げられる。さらなる具体例として、単鎖可変断片(scFv)、ナノボディ(例えば、ラクダ科動物重鎖抗体のVHドメイン;VHH断片、Cortez−Retamozoら、Cancer Research、64巻:2853−57頁、2004を参照)、Fab断片、Fab’断片、F(ab’)2断片、Fv断片、Fd断片および相補性決定領域(CDR)断片が挙げられるがこれらに限定されない。これらの分子は、ヒト、マウス、ラット、ウサギまたはブタ、イヌまたはラクダ科動物のような、任意の哺乳動物供給源に由来することができる。抗体断片は、標的抗原の結合に関して、インタクト抗体と競合することができ、断片は、インタクト抗体の修飾(例えば、酵素または化学的切断)によって産生することができるか、または組換えDNA技術もしくはペプチド合成を使用してデノボ合成することができる。抗原結合性タンパク質は、例えば、グラフトされたCDRまたはCDR誘導体による代替タンパク質足場または人工足場を含むことができる。このような足場として、例えば、抗原結合性タンパク質の三次元構造を安定化するために導入された突然変異を含む抗体由来の足場、および例えば、生体適合性ポリマーを含む全面的に合成された足場が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Korndorferら、2003、Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics、53巻、1号:121−129頁(2003);Roqueら、Biotechnol. Prog.、20:639−654頁(2004)を参照されたい。加えて、ペプチド抗体ミメティック(「PAM」)と共に、足場としてフィブロネクチン構成要素を利用した抗体ミメティックに基づく足場が使用され得る。
抗原結合性タンパク質は、単一のポリペプチド鎖または複数のポリペプチド鎖に取り込まれた1個以上の抗体断片を含むタンパク質を含むこともできる。例えば、抗原結合性タンパク質として、ダイアボディ(例えば、EP404,097;WO93/11161;およびHollingerら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、90巻:6444−6448頁、1993を参照)、イントラボディ、ドメイン抗体(単一のVLもしくはVHドメインまたはペプチドリンカーによって接続された2個以上のVHドメイン;Wardら、Nature、341巻:544−546頁、1989年を参照)、マキシボディ(Fc領域に融合された2個のscFv、Fredericksら、Protein Engineering, Design & Selection、17巻:95−106頁、2004およびPowersら、Journal of Immunological Methods、251巻:123−135頁、2001を参照)、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ(CH3ドメインに融合されたscFv;Olafsenら、Protein Eng Des Sel.、17巻:315−23頁、2004を参照)、ペプチボディ(Fc領域に取り付けられた1個以上のペプチド、WO00/24782を参照)、直鎖状抗体(相補的軽鎖ポリペプチドと一緒になって、一対の抗原結合領域を形成する、一対のタンデムFdセグメント(VH−CH1−VH−CH1)、Zapataら、Protein Eng.、8巻:1057−1062頁、1995を参照)、小モジュラー免疫医薬品(米国特許出願公開第20030133939号を参照)、および免疫グロブリン融合タンパク質(例えば、IgG−scFv、IgG−Fab、2scFv−IgG、4scFv−IgG、VH−IgG、IgG−VHおよびFab−scFv−Fc)を挙げることができるがこれらに限定されない。
ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、例えば、免疫グロブリンの構造を有することができる。「免疫グロブリン」は、四量体分子であり、各四量体は、ポリペプチド鎖の2個の同一ペアを含み、各ペアは、1個の「軽」(約25kDa)および1個の「重」鎖(約50−70kDa)を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主に抗原認識の原因となる、約100から110個以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能の原因となる定常領域を定義する。
軽鎖および重鎖内で、可変(V)および定常領域(C)は、約12個以上のアミノ酸の「J」領域によって接続され、重鎖は、約10個以上のアミノ酸の「D」領域も含む。全般的には、Fundamental Immunology、7章(Paul,W.編、第2版、Raven Press、N.Y.(1989))(あらゆる目的のため、その全体を参照により本明細書に組み込む)を参照されたい。インタクト免疫グロブリンが、2個の結合部位を有するように、各軽鎖/重鎖ペアの可変領域は、抗体結合部位を形成する。
免疫グロブリン鎖は、相補性決定領域またはCDRとも呼ばれる3個の高頻度可変領域によって接続された、相対的に保存されたフレームワーク領域(FR)の同じ一般構造を示す。N末端からC末端へと、軽鎖および重鎖は両者共に、ドメインFR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3およびFR4を含む。
ヒト軽鎖は、カッパーおよびラムダ軽鎖として分類される。用語「軽鎖」は、アミノ末端からカルボキシル末端へと、単一の免疫グロブリン軽鎖可変領域(VL)および単一の免疫グロブリン軽鎖定常ドメイン(CL)を含むポリペプチドを指す。重鎖は、ミュー(μ)、デルタ(Δ)、ガンマ(γ)、アルファ(α)およびイプシロン(ε)として分類され、抗体のアイソタイプを、それぞれIgM、IgD、IgG、IgAおよびIgEとして定義する。用語「重鎖」は、アミノ末端からカルボキシル末端へと、単一の免疫グロブリン重鎖可変領域(VH)、免疫グロブリン重鎖定常ドメイン1(CH1)、免疫グロブリンヒンジ領域、免疫グロブリン重鎖定常ドメイン2(CH2)、免疫グロブリン重鎖定常ドメイン3(CH3)および任意選択的に、免疫グロブリン重鎖定常ドメイン4(CH4)を含むポリペプチドを指す。IgGクラスは、サブクラス、すなわち、IgG1、IgG2、IgG3およびIgG4へとさらに分けられる。IgAクラスは、サブクラス、すなわち、IgA1およびIgA2へとさらに分けられる。IgMは、IgM1およびIgM2が挙げられるがこれらに限定されない、サブクラスを有する。IgG、IgAおよびIgD抗体における重鎖は、3個のドメイン(CH1、CH2およびCH3)を有する一方、IgMおよびIgE抗体における重鎖は、4個のドメイン(CH1、CH2、CH3およびCH4)を有する。免疫グロブリン重鎖定常ドメインは、サブタイプを含む任意の免疫グロブリンアイソタイプに由来することができる。抗体鎖は、CLドメインおよびCH1ドメインの間(すなわち、軽鎖および重鎖の間)ならびに抗体重鎖のヒンジ領域の間のポリペプチド間ジスルフィド結合を介して一体に連結される。
用語「抗体」は、任意のアイソタイプのインタクト免疫グロブリンを指し、例えば、キメラ、ヒト化、ヒトおよび二特異性抗体を含む。「抗体」は、抗原結合性タンパク質の一種である。インタクト抗体は、一般に、少なくとも2個の全長重鎖および2個の全長軽鎖を含む。抗体配列は、もっぱら単一種に由来してもよく、または「キメラ」となることができる、すなわち、さらに後述する通り、抗体の異なる部分が、2つの異なる種に由来することができる。他に断りがなければ、用語「抗体」は、2個の実質的に全長の重鎖および2個の実質的に全長の軽鎖を含む抗体も含むが、ただしこの場合、抗体は、2個の全長軽鎖および重鎖で構成された抗体と同じまたは同様の結合および/または機能を保持しているべきである。例えば、重鎖および/または軽鎖のN末端および/またはC末端に1、2、3、4または5個のアミノ酸残基置換、挿入または欠失を有する抗体は、この定義に含まれるが、ただしこの場合、抗体は、2個の全長重鎖および2個の全長軽鎖を含む抗体と同じまたは同様の結合および/または機能を保持しているべきである。さらに、明確に除外されない限り、抗体は、例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、二特異性抗体および合成抗体を含む。本開示のいくつかのセクションにおいて、抗原結合性タンパク質の例は、ハイブリドーマ系統番号の観点から、「数字/文字/数字」(例えば、25A4)として本明細書に記載されている。このような事例において、正確な名称は、特異的軽鎖可変領域および重鎖可変領域を有する特異的ハイブリドーマに由来する特異的モノクローナル抗体を表示する。本開示のいくつかのセクションにおいて、抗原結合性タンパク質の例は、「数字/文字/数字/「ドット」/数字」(例えば、25A4.001)または「数字/文字/数字/「ドット」/数字/「ドット」/数字」(例えば、25A4.001.001)の観点から、本明細書に記載されている。このような事例において、名称は、ハイブリドーマに由来する抗体に関係するがそれとは別個の、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を有する特異的抗体のバリアントを表示する。すなわち、例えば、25A4と命名された抗原結合性タンパク質は、25A4.001と命名された抗体または25A4.001.001と命名された抗体と同じではない。
「ポリクローナル抗体」は、組成および結合特異性が典型的に広く変動した抗体の集団を指す。「モノクローナル抗体」(「mAb」)は、本明細書で使用される場合、同一の配列を有する抗体の集団の1つ以上を指す。モノクローナル抗体は、抗原上の特定のエピトープにおいて、抗原に結合する。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、抗体の「断片」または「抗原結合性断片」である。本明細書で使用される場合、また、他に明記されていなければ、「抗体断片」は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への特異的抗原結合の付与に十分な、免疫グロブリンの少なくとも1個のCDRを含有するFab、Fab’、F(ab’)2およびFv断片を指す。抗体断片は、組換えDNA技法によってまたはインタクト抗体の酵素もしくは化学的切断によって産生することができる。
Fab断片は、VL、VH、CLおよびCH1ドメインを有する一価断片であり;F(ab’)2断片は、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結された2個のFab断片を有する二価断片であり;Fd断片は、VHおよびCH1ドメインを有し;Fv断片は、抗体の単一腕のVLおよびVHドメインを有し;dAb断片は、VHドメイン、VLドメインまたはVHもしくはVLドメインの抗原結合性断片を有する(米国特許第6,846,634号、同第6,696,245号、米国特許出願公開第05/0202512号、同第04/0202995号、同第04/0038291号、同第04/0009507号、同第03/0039958号、Wardら、Nature 341:544−546頁(1989))。ある特定の実施形態では、これらの抗体断片は、単一ドメイン抗体、単鎖抗体、マキシボディ、ミニボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、v−NARおよびbis−scFvに取り込まれてもよい(例えば、HollingerおよびHudson、2005、Nature Biotechnology、23、9、1126−1136頁を参照)。想定される他の抗原結合性タンパク質は、フィブロネクチンポリペプチドモノボディを含む、米国特許第6,703,199号に開示されるもののような抗体ポリペプチド、米国特許出願公開第2005/0238646号に開示されているポリペプチドである。一部の実施形態では、抗体は、本明細書の表2または6に記されている少なくとも1個のCDRを含む。
「単鎖可変断片」(「scFv」)は、VLおよびVH領域がリンカー(例えば、アミノ酸残基の合成配列)を介して接続されて連続的なタンパク質鎖を形成した、融合タンパク質であり、このリンカーは、タンパク質鎖が自分自身で折り畳み、一価抗原結合部位を形成するのに十分なほど長い(例えば、Birdら、Science 242:423−26頁(1988)およびHustonら、1988、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879−83頁(1988)を参照)。明確にするために、「単鎖可変断片」は、本明細書に定義されている抗体または抗体断片ではない。ダイアボディは、2個のポリペプチド鎖を含む二価抗体であり、各ポリペプチド鎖は、同じ鎖上の2個のドメインの間でペア形成させるには短すぎるリンカーによって接続されたVHおよびVLドメインを含むため、各ドメインは、別のポリペプチド鎖上の相補的ドメインとペア形成させられる(例えば、Holligerら、1993、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−48頁(1993)およびPoljakら、Structure 2:1121−23頁(1994)を参照)。ダイアボディの2個のポリペプチド鎖が同一である場合、それらのペア形成から得られるダイアボディは、2個の同一抗原結合部位を有することになる。異なる配列を有するポリペプチド鎖を使用して、2個の異なる抗原結合部位を有するダイアボディを作製することができる。同様に、トリボディおよびテトラボディは、それぞれ3および4個のポリペプチド鎖を含み、同一でありまたは異なることができる、それぞれ3および4個の抗原結合部位を形成する抗体である。
用語「CDR」は、抗体可変配列内の相補性決定領域(「最小認識ユニット」または「高頻度可変領域」とも言われる)を指す。CDRは、抗原結合性タンパク質が、目的の特定の抗原に特異的に結合することを可能にする。3個の重鎖可変領域CDR(CDRH1、CDRH2およびCDRH3)および3個の軽鎖可変領域CDR(CDRL1、CDRL2およびCDRL3)が存在する。2本の鎖のそれぞれにおけるCDRは典型的に、フレームワーク領域によって整列されて、標的タンパク質における特異的エピトープまたはドメインに特異的に結合する構造を形成する。N末端からC末端へと、天然起源の軽鎖および重鎖可変領域は両者共に典型的に、これらのエレメントの次の順序に従う:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3およびFR4。これらのドメインのそれぞれにおける位置を占有するアミノ酸に番号を割り当てるために、ナンバリング方式が考案された。このナンバリング方式は、Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest(1987および1991、NIH、Bethesda、MD)またはChothia&Lesk、1987、J.Mol.Biol.196:901−917頁;Chothiaら、1989、Nature 342:878−883頁に定義されている。所定の抗体の相補性決定領域(CDR)およびフレームワーク領域(FR)は、この方式を使用して同定することができる。免疫グロブリン鎖におけるアミノ酸のための他のナンバリング方式は、IMGT(登録商標)(the international ImMunoGeneTics information system;Lefrancら、Dev. Comp.Immunol.29:185−203頁;2005)およびAHo(HoneggerおよびPluckthun、J.Mol.Biol.309(3):657−670頁;2001)を含む。1個以上のCDRが、共有結合または非共有結合のいずれかにより分子に取り込まれて、この分子を抗原結合性タンパク質にすることができる。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、より大型のポリペプチド鎖の一部としてCDR(複数可)を取り込んでも、CDR(複数可)を別のポリペプチド鎖に共有結合により連結しても、またはCDR(複数可)を非共有結合により取り込んでもよい。抗原結合性分子は、生体適合性フレームワーク構造に取り込まれた、本明細書に記載されているCDRのうち少なくとも1個を含むことができる。一例では、生体適合性フレームワーク構造は、抗原に結合するアミノ酸(例えば、CDR、可変領域等)の1つ以上の配列を局在化された表面領域に表示することができる、立体構造的に安定した構造的支持またはフレームワークまたは足場を形成するのに十分なポリペプチドまたはその部分を含む。このような構造は、天然起源のポリペプチドもしくはポリペプチド「フォールド」(構造モチーフ)となることができ、または天然起源のポリペプチドもしくはフォールドと比べて、アミノ酸の付加、欠失もしくは置換のような1個以上の修飾を有することができる。このような足場は、ヒト、他の哺乳動物、他の脊椎動物、無脊椎動物、植物、細菌またはウイルスのような任意の種(または2つ以上の種)のポリペプチドに由来することができる。
典型的に、生体適合性フレームワーク構造は、免疫グロブリンドメイン以外のタンパク質足場または骨格に基づく。例えば、フィブロネクチン、アンキリン、リポカリン、ネオカルチノスタチン(neocarzinostain)、チトクロムb、CP1ジンクフィンガー、PST1、コイルドコイル、LACI−D1、Zドメインおよびテンダミスタットドメインに基づく構造が使用されてもよい(例えば、NygrenおよびUhlen、1997、Current Opinion in Structural Biology、7、463−469頁を参照)。
抗原結合性タンパク質は、1個以上の結合部位を有することができる。2個以上の結合部位が存在する場合、結合部位は、互いに同一であっても、異なっていてもよい。例えば、抗体は典型的に、2個の同一の結合部位を有するが、「二特異性」または「二機能性」抗体は、2個の異なる結合部位を有する。二特異性抗原結合性タンパク質または抗体の2個の結合部位は、同一であるかまたは異なるタンパク質標的に存在し得る、2つの異なるエピトープに結合する。
一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、二特異性抗体である。ある特定の実施形態では、二特異性抗体は、ASGR、ASGR−1またはASGR−2およびPCSK9に結合する。一部の実施形態では、二特異性抗体は、PCSK9への結合およびLDLRへのPCSK9の結合の阻害に加えて、ASGR−1 CBDに結合し、ASGR−1機能を阻害する。二特異性抗体を作製する方法は、本技術分野で公知である。「二特異性」または「二機能性」抗原結合性タンパク質または抗体を作製するこのような方法の1つは、ハイブリドーマの融合またはFab’断片の連結が関与する。例えば、SongsivilaiおよびLachmann、1990、Clin.Exp.Immunol.79:315−321頁;Kostelnyら、1992、J.Immunol.148:1547−1553頁を参照されたい。別の方法は、細胞内で同時発現されたときに重鎖のヘテロ二量体形成を容易にする「ノブ」および「ホール」の作製のような、重鎖のFc部分の遺伝子操作が関与する。U.S.7,695,963。さらに別の方法も、重鎖のFc部分の遺伝子操作が関与するが、細胞内で同時発現されたときに重鎖のホモ二量体形成を妨げつつヘテロ二量体形成を促すために静電ステアリングを使用する。その全体を参照により本明細書に組み込む、WO09/089,004。
用語「ヒト抗体」は、例えば、Kabatら(1991)(上記引用文献中)によって記載されたものを含む、本技術分野で公知のヒト生殖系列免疫グロブリン配列に実質的に対応する可変および定常領域またはドメインのような抗体領域を有する抗体を含む。本発明のヒト抗体は、例えば、CDR、特に、CDR3に、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的突然変異誘発またはインビボでの体細胞突然変異によって導入された突然変異)を含むことができる。ヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基により置き換えられた、少なくとも1、2、3、4、5個以上の位置を有することができる。ヒト抗体の定義は、本明細書で使用される場合、Xenomouseが挙げられるがこれらに限定されない、例えば、ファージディスプレイ技術またはトランスジェニックマウス技術のような本技術分野で公知の技術または系を使用することによって得ることができるため、抗体の非人工的におよび/または遺伝的に変更されたヒト配列のみを含む、完全なヒト抗体も考慮する。
ヒト化抗体が、ヒト対象に投与された場合に、非ヒト種抗体と比較して、免疫応答を誘導する可能性が低くなるように、および/またはより重篤でない免疫応答を誘導するように、ヒト化抗体は、1個以上のアミノ酸置換、欠失および/または付加によって、非ヒト種に由来する抗体の配列とは異なる配列を有する。一実施形態では、非ヒト種抗体の重鎖および/または軽鎖のフレームワークおよび定常ドメインにおけるある特定のアミノ酸が突然変異されて、ヒト化抗体を産生する。別の実施形態では、ヒト抗体由来の定常ドメイン(複数可)は、非ヒト種の可変ドメイン(複数可)に融合される。別の実施形態では、非ヒト抗体の1個以上のCDR配列における1個以上のアミノ酸残基が、ヒト対象に投与された場合の、非ヒト抗体の免疫原性の可能性を低下させるように変化させられる。ここでは、抗原へのヒト化抗体の結合がこの抗原への非ヒト抗体の結合よりも有意に悪くないように、変化したアミノ酸残基がその抗原への抗体の免疫特異的結合に重大な意味を持たないか、または為されたアミノ酸配列への変化が保存的変化であるのいずれかである。ヒト化抗体を作製する方法の例は、米国特許第6,054,297号、同第5,886,152号および同第5,877,293号に見出すことができる。
用語「キメラ抗体」は、1つの抗体由来の1個以上の領域、および1つ以上の他の抗体由来の1個以上の領域を含有する抗体を指す。一実施形態では、CDRの1個以上は、ヒト抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体に由来する。別の実施形態では、CDRの全ては、ヒト抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体に由来する。別の実施形態では、2つ以上のヒト抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体由来のCDRが、混合され、そしてマッチングされて、キメラ抗体になる。例えば、キメラ抗体は、第1のヒト抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体の軽鎖由来のCDR1、第2のヒト抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体の軽鎖由来のCDR2およびCDR3、ならびに第3の抗ASGR、ASGR−1またはASGR−2抗体由来の重鎖由来のCDRを含むことができる。さらに、フレームワーク領域は、同じ抗ASGR、ASGR−1もしくはASGR−2抗体の1つに由来しても、ヒト抗体のような1つ以上の異なる抗体に由来しても、またはヒト化抗体に由来してもよい。キメラ抗体の一例では、重鎖および/または軽鎖の部分は、特定の種由来のまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体と同一であるか、これと相同であるか、またはこれに由来する一方、鎖(複数可)の残りは、別の種由来の抗体または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体(単数または複数)と同一であるか、これと相同であるか、またはこれに由来する。所望の生物活性を示すこのような抗体の断片も含まれる。
「中和抗原結合性タンパク質」または「阻害性抗原結合性タンパク質」または「アンタゴナイズ抗原結合性タンパク質」(例えば、「中和抗体」または「阻害性抗体」または「アンタゴナイズ抗体」)は、標的分子に結合し、該標的分子の生物学的効果を低下させそして/または防止する、それぞれ抗原結合性タンパク質または抗体を指す。これは、例えば、標的分子が他の分子と相互作用する標的分子における部位を直接的に遮断(例えば、受容体のリガンド結合部位を遮断)することにより、または標的分子が他の分子と相互作用する標的分子における部位を間接的に遮断する(標的分子における構造またはエネルギー的変更のような)ことにより、行うことができる。一部の実施形態では、これらの用語は、これが結合する標的分子が生物機能を果たすことを防止する、抗原結合性タンパク質または抗体を表示することもできる。抗原結合性タンパク質、例えば、抗体またはその免疫学的機能断片の結合および/または特異性の評価において、過剰な抗体が、標的分子に結合した結合パートナーの含量を少なくとも約1−20、20−30%、30−40%、40−50%、50−60%、60−70%、70−80%、80−85%、85−90%、90−95%、95−97%、97−98%、98−99%、99.5%、99.9%および100%低下させる場合、抗体または断片は、その結合パートナーへの標的分子の結合を実質的に阻害することができる。一部の実施形態では、阻害は完全である。結合の低下の測定は、当業者に知られた様々なアッセイ(例えば、インビトロ競合的結合アッセイ)を使用して為され、実際の阻害が測定されるように、関連した対照分子を使用して行われる。例えば、多数の競合アッセイが、本技術分野で周知であり、非限定例は、競合ELISA、BiaCore(登録商標)プラットフォーム、Kinexa(登録商標)プラットフォームその他の使用である。さらに別の例として、固相直接または間接ラジオイムノアッセイ(MA)、固相直接または間接エンザイムイムノアッセイ(EIA)、サンドイッチ競合アッセイ(例えば、Stahliら、1983、Methods in Enzymology 9:242−253頁を参照);固相直接ビオチン−アビジンEIA(例えば、Kirklandら、1986、J.Immunol.137:3614−3619頁を参照)固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ(例えば、HarlowおよびLane、1988、Antibodies, A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Pressを参照);1−125標識を使用した固相直接標識RIA(例えば、Morelら、1988、Molec.Immunol.25:7−15頁を参照);固相直接ビオチン−アビジンEIA(例えば、Cheungら、1990、Virology 176:546−552頁を参照);および直接標識RIA(Moldenhauerら、1990、Scand.J.Immunol.32:7−82頁)が挙げられる。典型的に、このようなアッセイは、固体表面に結合した精製抗原またはこれらのいずれかを有する細胞、標識されていない被験抗原結合性タンパク質および標識された参照抗原結合性タンパク質の使用が関与する。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の場合、このような中和抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドに結合するASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の能力を縮小することができる。一部の実施形態では、中和能力は、競合アッセイにより特徴付けられ、そして/または記載される。一部の実施形態では、中和能力は、IC50またはEC50値の観点から記載される。少なくとも表Cにおける抗原結合性タンパク質は、強い中和剤である。一部の実施形態では、抗体または抗原結合性タンパク質は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2へと結合し、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcのような糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼのようなそのような糖を提示する糖タンパク質を含むリガンドにASGR、ASGR−1および/またはASGR−2が結合することを防止することにより(またはリガンドに結合するASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の能力を低下させることにより)中和する。
競合的阻害は、被験抗原結合性タンパク質の存在下で、固体表面または細胞に結合した標識されたリガンドの量を決定することにより測定することができる。通常、被験抗原結合性タンパク質は、過剰に存在する。競合アッセイによって同定された抗原結合性タンパク質または抗体(競合抗原結合性タンパク質または抗体)は、参照抗原結合性タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合性タンパク質、および参照抗原結合性タンパク質によって結合されるエピトープの(立体障害が発生するほど十分に)近位にある隣接エピトープに結合する抗原結合性タンパク質を、含む。通常、競合抗原結合性タンパク質が、過剰に存在する場合、標的抗原への参照抗原結合性タンパク質の特異的結合を少なくとも40−45%、45−50%、50−55%、55−60%、60−65%、65−70%、70−75%または75%以上阻害する(例えば、低下させる)。一部の実施形態では、結合は、少なくとも40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%阻害される。一部の実施形態では、結合は、少なくとも80−85%、85−90%、90−95%、95−97%または97%以上阻害され、これは、最大100%阻害を含む。
一部の実施形態では、リガンド結合アッセイが使用され、このアッセイでは、標的タンパク質(例えば、ASGR−1)を発現する細胞が、抗原結合性タンパク質と混合され、一定時間インキュベートされ、続いて洗浄される。次に、このような細胞は、標識されたリガンド(例えば、β−GalNAc)と共に一定時間インキュベートされ、続いて洗浄され、リガンド結合に関して解析される。この解析において、関連した対照抗原結合性タンパク質と比較して低下したリガンド結合は、この結合を遮断または阻害する抗原結合性タンパク質による、結合の阻害を示す。
結合の低下を測定することができる別の様式は、最大半量阻害濃度(IC50)である。IC50は、所定の性質(例えば、リガンド結合)を半分阻害するために必要とされる、抗原結合性タンパク質の量または濃度を測定する。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、ヒト抗体)は、90nM以下のIC50値を有し、別の実施形態では、80nM以下のIC50値、別の実施形態では、70nM以下、別の実施形態では、60nM以下、別の実施形態では、50nM以下、別の実施形態では、40nM以下、別の実施形態では、30nM以下、別の実施形態では、25nM以下のIC50値を有する。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1単量体に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1オリゴマーに結合する。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−2単量体に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−2オリゴマーに結合する。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1単量体およびASGR−2単量体の両方に結合する。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、(ASGR−1)−(ASGR−2)三量体を含むASGRオリゴマーに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、(ASGR−1)二量体を含むASGRオリゴマーに結合する。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、(ASGR−1)三量体を含むASGRオリゴマーに結合する。またさらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、(ASGR−1)−(ASGR−2)四量体を含むASGRオリゴマーに結合する。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、(ASGR−1)−(ASGR−2)五量体を含むASGRオリゴマーに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1および/またはASGR−2の少なくとも2個のサブユニットを含む多量体複合体に結合する。
ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体、抗体断片等)は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合し、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2がリガンドに結合することを阻害し、抗原結合性タンパク質は、分子(例えば、VH、VLまたはCDR)における特定の位置(positon)に特異的アミノ酸残基を含む。このような残基は、所望の分子の結合特性に関与し得る(例えば、パラトープの一部)。「パラトープ」は、本明細書で使用されている場合、抗原に結合する抗体における場所である。パラトープは、VHおよび/またはVL CDR由来のいくつかのアミノ酸残基を含むことができ、フレームワーク領域由来の残基を含むこともできる。パラトープは、抗原のエピトープに結合する。パラトープは、エピトープ決定について記載したものと同様の方法論を使用して決定することができる。所望の分子の結合特性に関与するアミノ酸残基がひとたび同定されれば、この情報を使用して、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合し、ASGR機能を阻害(例えば、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2がリガンドに結合することを阻害)することができる抗原結合性タンパク質(例えば、抗体、抗体断片等)を設計することができる。
代表的な抗体およびヒトASGR−1の間の結合部位(または界面)は、多数の方法で決定/定義され得る。例えば、ヒトASGR−1への代表的な抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)の結合は、実施例10において、X線結晶学を使用して解析され、結合部位または界面は、距離を使用して決定された。抗体/huASGR1複合体の結晶構造は、代表的な抗体のいずれの残基が、ヒトASGR−1との界面を形成するかに関する情報を提供する。上述の通り、当業者は、この情報を使用して、90%同一性以上、95%同一性以上、97%同一性以上、99%同一性以上を有する可変ドメインを含有するもの、または本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質の軽鎖および/または重鎖可変ドメイン内に20個以下、15個以下または10個以下または5個以下の挿入、欠失および/または置換を有する可変ドメインを含有する抗原結合性タンパク質バリアントを含む、抗原結合性タンパク質および抗原結合性タンパク質バリアントを設計することができる。非界面残基を変更しつつ、界面内のアミノ酸を維持することを望む場合がある。よって、一部の実施形態では、ヒトASGR−1への結合を維持し、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2機能を阻害(例えば、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2がリガンドに結合することを阻害)する1個以上のCDR内に1個以上のアミノ酸付加、置換および/または欠失を有する、本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質の抗原結合性タンパク質および抗原結合性タンパク質バリアントを、設計および作製することができる。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:25010のQ27、R30、D32、H91、Y92、S93、Y94、I2、G28、I29、L33、Q90、P95およびR96からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:29016のS30、N31、W52、Y53、D54、S56、N57、Y59、Y101、S102、S103、G104、W105、Y106、D107、Y32、V33、V50、G55、K58、N74、E99、V100およびY108からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:25010のQ27、R30、D32、H91、Y92、S93およびY94からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:29016のS30、N31、W52、Y53、D54、S56、N57、Y59、Y101、S102、S103、G104、W105、Y106およびD107からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:25164のH31、S33、N34、N36、Y38、W56、Y97、Y98、I29、S32、N35、N37、Y55、T59、Q96、N99、T100からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:29170のT28、F29、T30、N31、Y32、D33、W50、H52、S55、N57、S99、S100、G101、W102、Y103、Y27、I34、N35、W47、M51、P53、N54、G56、T58、G59、Y104、D106からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:25164のH31、S33、N34、N36、Y38、W56、Y97、Y98からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:29170のT28、F29、T30、N31、Y32、D33、W50、H52、S55、N57、S99、S100、G101、W102、Y103からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24908のI30、Y32、T91、Y92、S93、T94、I96、I2、Q27、N28、I29、S31、L33、N34、T50、S67、Q89、Q90、P95からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28914のS30、S31、I50、W52、H53、S56、N57、Y59、S01、M102、G103、T28、F29、F32、G33、H35、W47、I51、D54、K58、D99、L100、G104からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24908のI30、Y32、T91、Y92、S93、T94、I96からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28914のS30、S31、I50、W52、H53、S56、N57、Y59、S01、M102、G103からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24362のY32、S91、Y92、R93、Thr94、Pro95、F97、Ile2、Q27、N28、NAG100、Ile29、S30、S31、Q90およびL96からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28368のA33、Val50、Ile51、S52、R53、S54、G55、G56、Y57、Y59、R99、A101、A103、G104、E106、S30、S31、Y32、Met34、N35、W47、S49、Thr58、R72、N74、L100、Val102およびS105からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24362のY32、S91、Y92、R93、Thr94、Pro95およびF97からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28368のA33、Val50、Ile51、S52、R53、S54、G55、G56、Y57、Y59、R99、A101、A103、G104およびE106からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24930のQ27、W32、A91、N92、S93、F94、F96、D1、I2、G28、I29、S30、R31、Y49、G50、Q89、Q90およびP95からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28936のY33、H35、W50、H52、S55、G57、T58、N59、D99、G100、T101、S102、D31、Y32、L34、W47、I51、N54、G56、Y60、Q65、S103およびF104からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:24930のQ27、W32、A91、N92、S93、F94およびF96からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28936のY33、H35、W50、H52、S55、G57、T58、N59、D99、G100、T101およびS102からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:28074のY32、Y49、T50、Q55、S91、H92、S93、F94、F96、S28、I29、T30、N33、L46、S53、L54、S56、Q89、Q90およびP95からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:32080のG26、F27、T28、S30、S31、Y32、S33、S52、G53、S54、S56、Y57、Y59、R98、G100、S101、R102、V2、F29、N35、S50、T51、S55、I58、R72、G99、G103、F104およびD105からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:28074のY32、Y49、T50、Q55、S91、H92、S93、F94およびF96からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:32080のG26、F27、T28、S30、S31、Y32、S33、S52、G53、S54、S56、Y57、Y59、R98、G100、S101およびR102からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26814のV29、S30、I32、Y33、L47、Y50、R55、A56、T57、Y94、G28、N31、L48、I49、G51、N54、G58、I59、S68、G69、D93およびS95からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30820のV31、Y32、Y33、W50、N52、S55、G57、R98、G99、Y100、D101、I102、T204、V2、Y27、T30、L34、N35、P53、N54、G56、T58、N59、A97、L103およびG105からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26814のV29、S30、I32、Y33、L47、Y50、R55、A56、T57およびY94からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30820のV31、Y32、Y33、W50、N52、S55、G57、R98、G99、Y100、D101、I102およびT204からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:
27482のN31、Y50、V51、Q54からなる群から選択される少なくとも1、2、3もしくは全アミノ酸残基を含む;および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:31488のN30、S31、Y32、S52、Y54、N55、K59、R98、D100、F101、W102、S103、G104、Y105、K107、D110、V2、Y27、T28、F29、G33、W50、A53、G56、N57、H99、Y106もしくはG108からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、重鎖可変領域は、SEQ ID NO:31488のN30、S31、Y32、S52、Y54、N55、K59、R98、D100、F101、W102、S103、G104、Y105、K107およびD110からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15または全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:27780のY33、Y50、D51、N53、K54、S57、V34、S52、R55、P56、G58およびG65からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:31786のQ1、V2、F27、S30、S31、Y32、Y53、D54、W99、Y100、Y101、Y102、G26、T28、F29、G33、W52、G55、R72、N74、N98、Y103、Y104、D107およびV108からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:27780のY33、Y50、D51、N53、K54およびS57からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:31786のQ1、V2、F27、S30、S31、Y32、Y53、D54、W99、Y100、Y101およびY102からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26536のH31、G32、D33、G34、K35、Y37、I97、Q98、I99、I2、Q27、S28、L29、L30、T36、E55、Q95、S96、P100およびW101からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30542のS31、W52、Y53、D54、Y57、Y59、D102、F103、W104、T28、S30、Y32、G33、W47、I50、I51、S56、K58、Y60、K65、D99、H101、S105およびG106からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26536のH31、G32、D33、G34、K35、Y37、I97、Q98およびI99からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30542のS31、W52、Y53、D54、Y57、Y59、D102、F103およびW104からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、軽鎖可変領域および/または重鎖可変領域を含み、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26826のN30、S31、Y33、F50、S54、S68、Y92、E93、W97、S28、V29、G32、L47、G51、A52、S53、R55、A56、G69、Q90、Q91、S94およびS95からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30832のR30、Y31、Y33、E50、S54、S56、N58、D98、Y99、G100、S28、Y32、W34、S35、W47、G49、I51、S52、H53、G55、T57、R97、A101、F102およびD103からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24もしくは全アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:26826のN30、S31、Y33、F50、S54、S68、Y92、E93およびW97からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8もしくは全アミノ酸残基を含み、および/または重鎖可変領域は、SEQ ID NO:30832のR30、Y31、Y33、E50、S54、S56、N58、D98、Y99およびG100からなる群から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9もしくは全アミノ酸残基を含む。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質の間のコンセンサス配列が想定される。例えば、本発明の可変重鎖および可変軽鎖領域(VHおよびVL)ならびにCDR(HCDR1/2/3およびLCDR1/2/3)は、関連するモノクローナル抗体の群に由来するコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、配列相同性および機能の両方によって関連付けられてもよい。本明細書に記載されている通り、「コンセンサス配列」は、多数の配列の間で共通した保存されたアミノ酸、およびある特定の位置において所定のアミノ酸配列内で変動するアミノ酸を有するアミノ酸配列を指す。一部の実施形態では、ある特定の位置におけるアミノ酸改変は、置換である。一部の実施形態では、ある特定の位置におけるアミノ酸改変は、欠失である。一部の実施形態では、ある特定の位置におけるアミノ酸改変は、付加または挿入である。これらのアミノ酸改変は、特定の抗体VH、VLおよび/またはCDR配列を解析する際に、当業者にとって明らかである。
例えば、抗体配列は、次の方法論を使用して解析された。Smith−Watermanアルゴリズムは、翻訳されたIMGT生殖系列V、DおよびJ遺伝子に対するアミノ酸配列の整列に使用された。先ずV遺伝子が、位置づけられ、続いてJ遺伝子が、位置づけられたV遺伝子の下流の領域に位置づけられ、最後にD遺伝子が、VおよびJ領域の間の領域に位置づけられた。D遺伝子は、高頻度可変CDR3領域に位置づけられる相対的に短い配列であるため、疑似的なマッチングが可能であり、そのようなものが考慮に入れられたことに留意されたい。
次に、各群由来の配列が、標準ClustalWアルゴリズム(Thompsonら、1994、Nucleic Acids Res.22:4673−4680頁を参照)を用いるプログラムを使用した配列類似性アラインメント照合に付された。一部の事例では、Biosumコストマトリクスが使用され、ギャップ作製ペナルティ50が、ギャップ伸長ペナルティ0.1と共に用いられた。アラインメントが作成され、次いでPDF画像としてエクスポートされた後、配列ロゴスが、Geneious(v8.1.7、Biomatters)によって作成された。コンセンサス配列が、0%閾値によりGeneious(v8.1.7、Biomatters)において作成され、FASTAファイルとしてエクスポートされた。各群内で変動したアミノ酸は、各コンセンサス配列内において記号Xで記載した。この解析から得られるコンセンサス配列については、図55における表19A VHコンセンサス1−14および表20A VLコンセンサス1−14ならびに図56における表21−48を参照されたい。他の事例では、コンセンサス配列は、Abinitioにおいて作成された。この解析から得られるコンセンサス配列については、図55における表19A VHコンセンサス−15−60および表20A VLコンセンサス15−54ならびに図57における表49−134を参照されたい。
代わりに、当業者が直ちに利用できる異なる解析方法が使用されてもよい。例えば、コンセンサス配列は、抗体のVH(すなわち、可変重等)&VL(すなわち、可変軽等)に対応するCDRの標準系統学的解析を使用して決定することができる。例えば、VHまたはVLの任意の可変ドメイン全体に対応するアミノ酸配列は、比較アラインメントの処理および系統発生の推論を容易にするために、FASTAフォーマットに変換することができる。次に、VHまたはVLに対応する同じ配列内で近接にCDRを維持し続けながら、同時発生的事象(例えば、共通生殖系列フレームワーク遺伝形質を思いがけなく共有する無関係の抗体のような)によるいかなるアミノ酸位置重み付けバイアスも導入することなく、CDR単独の試験を行うことができるように、これらの配列のフレームワーク領域は、人工リンカー配列により置き換えることができる。次に、このフォーマットのVHまたはVL配列は、標準ClustalW様アルゴリズム(Thompsonら、1994、Nucleic Acids Res.22:4673−4680頁を参照)を用いるプログラムを使用した配列類似性アラインメント照合に付すことができる。ギャップ作製ペナルティ8.0は、ギャップ伸長ペナルティ2.0と共に用いることができる。このプログラムは同様に、UPGMA(無荷重平均距離法)または近隣結合法(SaitouおよびNei、1987、Molecular Biology and Evolution 4:406−425頁を参照)のいずれかを使用した配列類似性アラインメントに基づき系統樹(系統学的樹形図)を作成して、分枝長比較および群分けにより配列群の類似性および差異を構築&例証した。作成された本来の配列アラインメントは、コンセンサス群により各位置において許容されるアミノ酸の発生の経験的な試験および実証に用いることができる。次に、各CDR内の同様の配列の群のコンセンサス配列が調製されてもよい。
別の種類のアプローチでは、CDRコンセンサス配列は、同一の配列内のVHまたはVLに対応する連続したつながり方とは関係なく、別々のCDR毎に決定することができる。このアプローチでは、コンセンサス配列は、群における各H−CDR1、H−CDR2、H−CDR3、L−CDR1、L−CDR2およびL−CDR3を整列することにより決定することができる、すなわち、抗原結合性タンパク質の個々のH−CDR1配列を整列することにより、H−CDR1コンセンサス配列を決定することができ、抗原結合性タンパク質の個々のH−CDR2配列を整列することにより、H−CDR2コンセンサス配列を決定することができ、抗原結合性タンパク質の個々のH−CDR3配列を整列することにより、H−CDR3コンセンサス配列を決定することができ、抗原結合性タンパク質の個々のL−CDR1配列を整列することにより、L−CDR1コンセンサス配列を決定することができ、抗原結合性タンパク質の個々のL−CDR2配列を整列することにより、L−CDR2コンセンサス配列を決定することができ、抗原結合性タンパク質の個々のL−CDR3配列を整列することにより、L−CDR3コンセンサス配列を決定することができる。それぞれ個々のCDR配列内の配列間の類似性が同定されてもよい。それにより、各CDR内の同様の配列の群のコンセンサス配列が提示されてもよい。
本発明の可変重鎖(VH)コンセンサスアミノ酸配列の様々な実施形態(emobodiment)は、図55の表19Aに記されている(CDRに下線が引かれ、最初に登場するのがCDR1である)。本発明のVH CDRコンセンサスアミノ酸配列の様々な実施形態が、図55の表19Bおよび19Cに記されている。一部の事例では、「X」が、表19Aおよび19Bに記されているアミノ酸配列に存在し、これは、2個以上のアミノ酸(または0個のアミノ酸)が、この場所に存在し得ることを示す(コンセンサスタンパク質アラインメントの詳細については、図56および図57を参照)。一部の事例では、「−」が、表19A(これは、コンセンサスアラインメントの結果である)に存在し、アミノ酸がこの場所に存在しないことを示す(コンセンサスタンパク質アラインメントの詳細については、図56および図57を参照)。VHコンセンサス配列およびVH CDRコンセンサス配列は、上述の通り、8つ以上の整列されたVH/VH CDR抗体配列の解析に基づく。一部の事例では、VH/VH CDRコンセンサス配列は、25以上の、50以上の、75以上のまたは100以上の整列されたVH抗体配列の解析に基づく。一事例では、VH/VH CDRコンセンサス配列は、149の整列されたVH抗体配列の解析に基づく。
本発明の可変軽鎖(VL)コンセンサスアミノ酸配列の様々な実施形態(emobodiment)は、図55の表20Aに記されている(CDRに下線が引かれ、最初に登場するのがCDR1である)。本発明のVL CDRコンセンサスアミノ酸配列の様々な実施形態は、図55の表20Bおよび20Cに記されている。上述の通り、一部の事例では、「X」が、表20Aおよび20Bに記されているアミノ酸配列に存在し、これは、2個以上のアミノ酸(または0個のアミノ酸)が、この場所に存在し得ることを示す(コンセンサスタンパク質アラインメントの詳細については、図56および図57を参照)。一部の事例では、「−」が、表20A(これは、コンセンサスアラインメントの結果である)に存在し、アミノ酸が、この場所に存在しないことを示す(コンセンサスタンパク質アラインメントの詳細については、図56および図57を参照)。VLコンセンサス配列およびVL CDRコンセンサス配列は、上述の通り、8つ以上の整列されたVL/VL CDR抗体配列の解析に基づく。一部の事例では、VL/VL CDRコンセンサス配列は、25以上の、50以上の、75以上のまたは100以上の、125以上のまたは150以上の整列されたVL抗体配列の解析に基づく。一事例では、VL/VL CDRコンセンサス配列は、209の整列されたVL抗体配列の解析に基づく。
上に記述されている通り、コンセンサス配列は、ある特定の実施形態では、配列における異なる位置に置換、欠失または付加/挿入を含むことができる。このような置換、欠失または付加/挿入の具体例は、図55の表19Cおよび20C、ならびに図56の表21−48および図57の表49−134に見出すことができ、これらの全ては、本明細書に含まれている。しかし、決して、図55の表19A−Cおよび20A−Cまたは図56の表21−48または図57の表49−134に例証されているアミノ酸置換、欠失または付加/挿入は、本明細書で考慮されている任意のアミノ酸による、同定されたコンセンサス配列(VH、VLおよび/またはCDR)の任意の位置におけるアミノ酸置換、欠失または付加のみに、本発明を限定するものと解釈されるべきではない。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVH CDRは、図55に描写されている通り、表19Bまたは表19Cから選択されるVH1 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVH CDRは、図55に描写されている通り、表19Bまたは表19Cから選択されるVH2 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVH CDRは、図55に描写されている通り、表19Bまたは表19Cから選択されるVH3 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、VH1 CDR、VH2 CDRおよびVH3 CDRは、図55に描写されている通り、表19Bまたは表19Cから選択される。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVL CDRは、図55に描写されている通り、表20Bまたは表20Cから選択されるVL1 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVL CDRは、図55に描写されている通り、表20Bまたは表20Cから選択されるVL2 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、少なくとも1個のVL CDRは、図55に描写されている通り、表20Bまたは表20Cから選択されるVL3 CDRである。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、3個のVH CDRおよび3個のVL CDRを含み、VL1 CDR、VL2 CDRおよびVL3 CDRは、図55に描写されている通り、表20Bまたは表20Cから選択される。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VHの1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VLの1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH1 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH2 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH3 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL1 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL2 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL3 CDR内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VHコンセンサス配列の1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VLコンセンサス配列の1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH1 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH2 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VH3 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL1 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL2 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、VL3 CDRコンセンサス配列内に1、2、3、4、5または6個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。
一部の実施形態では、フレームワークコンセンサス配列が、本発明によって包含される。このようなフレームワークコンセンサス配列および付加、欠失または置換の例は、本明細書における図56の表21−48および図57の表49−134に示されている。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒト、カニクイザル、ブタ、イヌ、マウスおよびラットが挙げられるがこれらに限定されない、異なる種のASGRに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、カニクイザルASGRに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ブタASGRに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、イヌASGRに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、マウスASGRに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ラットASGRに結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、異なる種のASGRに特異的に結合する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒト、カニクイザル、ブタ、イヌ、マウスおよびラットが挙げられるがこれらに限定されない、異なる種のASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、カニクイザルASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ブタASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、イヌASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、マウスASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ラットASGR−1に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、異なる種のASGR−1に特異的に結合する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒト、カニクイザル、ブタ、イヌ、マウスおよびラットが挙げられるがこれらに限定されない、異なる種のASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、カニクイザルASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ブタASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、イヌASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、マウスASGR−2に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ラットASGR−2に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、異なる種のASGR−2に特異的に結合する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、2以上の異なる種由来のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合し、かつ/または同じ種由来のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合する。例えば、ヒトおよびカニクイザルASGR−1に結合する抗体;ヒト、カニクイザルおよびブタASGR−1に結合する抗体;ヒト、カニクイザル、ラットおよびマウスASGR−2に結合する抗体;ヒトASGR−1およびヒトASGR−2に結合する抗体;ヒトおよびカニクイザルASGR−1およびASGR−2に結合する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、2以上の異なる種由来のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合し、かつ/または同じ種由来のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する。
本明細書に記述されている通り、ASGR受容体ならびにASGR−1および/またはASGR−2は別々に、リガンド結合後に細胞へと内部移行する。したがって、ある特定の実施形態では、本発明は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の内部移行を阻害または低下させる抗原結合性タンパク質を提供する。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、リガンド結合を低下させ、また、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の内部移行を阻害する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、必ずしもリガンド結合を阻害せずに、内部移行を阻害する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、pHおよび/またはカルシウム非感受性分子であると共に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合し、リガンドへの結合を阻害する。これらの特性が、分子の半減期を延長させるために、エンドサイトーシス過程において分子が受容体から解離することの低下または防止に望まれることが想定される。一部の実施形態では、生理的pH(すなわち、pH7.4)における抗原結合に対する親和性が、エンドソームpH(すなわち、pH5.5−6.0)におけるそれと同様であるような、その抗原へのpH非依存性結合を行う抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)。一部の実施形態では、アッセイ条件(すなわち、1mMカルシウム)における抗原結合に対する親和性が、外因的に加えられたカルシウムの非存在下でのそれと同様であるような、その抗原へのカルシウム非依存性結合を行う抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)。一部の実施形態では、生理的pHにおけるカルシウムの存在下での抗原結合に対する親和性が、エンドソームpH(すなわち、pH5.5−6.0)におけるカルシウムの非存在下でのそれと同様であるような、その抗原へのpHおよびカルシウム非依存性結合の両方を行う抗原結合性タンパク質。後述する実施例7Cに記載されている方法のような、当業者に知られたあらゆる方法が、pHおよび/またはカルシウム非感受性の測定に使用されてもよい。
アシアロ糖タンパク質受容体であるASGR−1は、N末端サイトゾルドメイン、膜貫通ドメイン、ストーク領域および炭水化物認識ドメイン(CRD)(代わりに、炭水化物結合ドメインまたは「CBD」としても公知)を含有する。ASGR−1の炭水化物認識ドメイン(「CRD」)構造は、文献に報告されている(M.Meierら、JMB(2000)300、857−865頁)。報告されているよりも高い分解能における、また、様々なリガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)に結合されたときのASGR−1の構造が、本明細書に提供されている(本明細書における実施例10および図18−21を参照)。ASGR−1の機能に対するこのドメインの重要性を考慮すると、一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質によりこのドメインを標的とすることが望ましい。
したがって、一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1のCBDに結合する。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1のCBDに結合する。ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5のCBDに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5の148−291、149−291、150−291、151−291、152−291、153−291および154−291からなる群から選択されるアミノ酸残基に結合する。一部の実施形態では、本発明は、ヘリックスα−1またはヘリックスα−2内でヒトASGR−1 CBDに結合する単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基174−186内でヒトASGR−1 CBDに結合する単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基194−206内でヒトASGR−1 CBDに結合する単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質、またはASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合することができる他の糖および糖タンパク質)が結合する場所と同じまたは重複する結合部位においてヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基237−273または残基240−267内でヒトASGR−1 CBDに結合する単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、カニクイザルASGR−1のCBDに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ブタASGR−1のCBDに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、イヌASGR−1のCBDに結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、マウスASGR−1のCBDに結合する。さらに一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ラットASGR−1のCBDに結合する。さらに一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、例えば、ヒトASGR−1およびカニクイザルASGR−1、またはヒトASGR−1、カニクイザルASGR−1およびイヌASGR−1、またはヒトASGR−1およびマウスASGR−1が挙げられるがこれらに限定されない、2以上の異なるASGR−1種のCBDに結合する。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ASGR−1に結合し、ASGR−1へのリガンドの結合を阻害する。特異的な実施形態では、阻害されるリガンドとして、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質、またはASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合することができる他の糖および糖タンパク質が挙げられるがこれらに限定されない。
マウスASGR−1の位置272(ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)の位置273)におけるチロシンは、マウスASGR−1のD266への水素結合およびマウスASGR−1の他の残基(N208、W210、H256およびR270)へのいくつかのファンデルワールス接触を表示するため、タンパク質安定性にとって重要であると思われる。その上、他のレクチンとの類推により、マウスASGR−1のY272は、炭水化物結合における役割およびASGR−1の機能を果たし得る。したがって、一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1のY273に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1のY273を含むエピトープにおいてASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、リガンド結合に参加できないヒトASGR−1のY273をもたらすエピトープにおいてASGR−1に結合する。
hASGR−1の結晶構造の解析は、hASGR−1およびリガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)の間の相互作用に関与する特異的アミノ酸を明らかにした。したがって、さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも1つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて結合する。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも1つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも1つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて結合する。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも1つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも2つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも3つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも4つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも5つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも6つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも7つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも8つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも9つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも10に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも11に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも12に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも13に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも14に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも15に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも16に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも17に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも18に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも19に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも20に結合するかまたはこれと相互作用する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも2つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも3つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも4つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも5つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも6つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも7つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも8つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも9つに結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも10に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも11に結合するかまたはこれと相互作用する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも全てに結合するかまたはこれと相互作用する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも2つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも3つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも4つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも5つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも6つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも7つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも8つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも9つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも10を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも11を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも12を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも13を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも14を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも15を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも16を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも17を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも18を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも19を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも20を含むエピトープにおいて結合する。
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも2つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも3つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも4つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも5つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも6つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも7つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも8つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも9つを含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも10を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも11を含むエピトープにおいて結合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち全てを含むエピトープにおいて結合する。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも2つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも3つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも4つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも5つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも6つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも7つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAcが挙げられるがこれらに限定されない糖、またはフェチュイン、オロソムコイドおよび/またはアルカリホスファターゼが挙げられるがこれらに限定されないそのような糖を提示する糖タンパク質)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも8つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも9つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも10との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも11との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも12との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも13との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも14との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも15との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも16との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも17との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも18との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも19との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E25
3、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、F258、R263またはW264のうち少なくとも20との結合または相互作用を遮断または低下させる。
さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも2つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも3つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも4つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも5つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも6つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも7つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも8つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも9つとの結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも10との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち少なくとも11との結合または相互作用を遮断または低下させる。さらなる実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、hASGR−1に結合し、リガンド(例えば、ラクトース、ガラクトースおよび/またはGalNAc)と、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、P238、H257、T259またはY273のうち全てとの結合または相互作用を遮断または低下させる。
特有の抗原結合性タンパク質配列特色を特異的機能または結合特徴に関係づけるため、様々な特徴付けビン(bin)由来の本発明の抗原結合性タンパク質由来の配列が解析されてもよい。例えば、本発明の抗原結合性タンパク質は、種々のビニング(binning)プローブ(例えば、異なる種由来のASGR−1を発現する細胞由来の膜調製物または可溶性huASGR−1)に結合するその能力に関して検査することができる。特有の結合ビン毎に、抗原結合性タンパク質のそれぞれに由来する重鎖および軽鎖配列は、例えば:1.特有のVDJおよびVJ再編成;2.生殖系列からの分岐(すなわち、特有の体細胞高頻度突然変異);ならびに3.同じビンの他の抗原結合性タンパク質に対する関連性に基づき、比較およびクレイド分類されてもよい。したがって、ある特定の実施形態では、同じまたは同様の配列特色およびパターンを含む抗原結合性タンパク質は、実質的に同じまたは同様の結合特徴を有することになる。特異的な実施形態では、これらの抗原結合性タンパク質は、変動する親和性で同じまたは同様のエピトープに結合することができる。
本明細書に記載されている例示的な抗原結合性タンパク質は、抗原結合性タンパク質によって結合されるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2におけるエピトープに基づく特性を有する。用語「エピトープ」は、抗体のような抗原結合性タンパク質によって結合され得る任意の決定基を含む。エピトープは、抗原を標的とする抗原結合性タンパク質によって結合されるかまたはこれと相互作用する、当該抗原の領域であり、抗原がタンパク質である場合、エピトープは、抗原結合性タンパク質と直接的に接触または相互作用する特異的アミノ酸を含む。エピトープは、近接アミノ酸またはタンパク質の三次フォールディングによって並置された非近接アミノ酸の両方によって形成され得る。「直鎖状エピトープ」は、アミノ酸一次配列が、認識されるエピトープを含むエピトープである。直鎖状エピトープは典型的に、少なくとも3または少なくとも4、より通常は、少なくとも5または少なくとも6または少なくとも7、例えば、約8から約10個のアミノ酸を特有の配列で含む。
「立体構造エピトープ」は、直鎖状エピトープとは対照的に、不連続アミノ酸の群である(例えば、ポリペプチドにおいて、ポリペプチドの一次配列において隣り合っていないが、ポリペプチドの三次および四次構造の文脈では、抗原結合性タンパク質によって結合されるほど互いに十分に近い、アミノ酸残基)。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリルまたはスルホニル基のような分子の化学的に活性な表面グループ分けを含むことができ、特異的な三次元構造特徴および/または特異的な電荷特徴を有することができる。一般に、特定の標的分子に特異的な抗原結合性タンパク質は、タンパク質および/または巨大分子の複合混合物中の標的分子におけるエピトープを優先的に認識する。
抗原結合性タンパク質によって結合されたエピトープを特徴付ける方法は、本技術分野で周知であり、そのようなものとして、ビニング(競合および/または交差競合)(Millerら「Epitope binning of murine monoclonal antibodies by a multiplexed pairing assay」J Immunol Methods(2011)365、118−25頁)、ペプチドマッピング(例えば、PEPSPOT(商標))(Albertら「The B−cell Epitope of the Monoclonal Anti−Factor VIII Antibody ESH8 Characterized by Peptide Array Analysis」2008 Thromb Haemost 99、634−7頁)、キメラのような突然変異誘発方法(Songら「Epitope Mapping of Ibalizumab, a Humanized Anti−CD4 Monoclonal Antibody with Anti−HIV−1 Activity in Infected Patients」J.Virol.(2010)84、6935−6942頁)、アラニンスキャニング(CunninghamおよびWells「High−resolution epitope mapping of HGH−receptor interactions by alanine−scanning mutagenesis」Science(1989)244、1081−1085頁)、アルギニンスキャニング(Limら「A diversity of antibody epitopes can induce signaling through the erythropoietin receptor」Biochemistry(2010)49、3797−3804頁)、HD交換方法(Coatesら「Epitope mapping by amide hydrogen/deuterium exchange coupled with immobilization of antibody, on−line proteolysis, liquid chromatography and mass spectrometry」Rapid Commun.Mass Spectrom.(2009)23 639−647頁)、NMR交差飽和方法(Morganら「Precise epitope mapping of malaria parasite inhibitory antibodies by TROSY NMR cross−saturation」Biochemistry(2005)44、518−23頁)および結晶学(Gerhardtら「Structure of IL−17A in complex with a potent, fully human neutralizing antibody」J.Mol.Biol(2009)394、905−21頁)が挙げられるがこれらに限定されない。これらの方法は、エピトープを含むアミノ酸に関する、もたらされる詳細のレベルの点で変動する。
本発明の抗原結合性タンパク質は、表2−7に記載されている例示的な抗原結合性タンパク質と同一または重複するエピトープを有するものを含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、例示的な抗原結合性タンパク質と同一のエピトープを有する。他の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、例示的な抗原結合性タンパク質と同じアミノ酸のサブセットのみに結合する。一部の実施形態では、表A、B、Cまたは6に列挙されている抗体によって結合されるエピトープのいずれかに結合し得る抗原結合性タンパク質が、特に有用である。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、表2−7における抗原結合性タンパク質と同一または重複するエピトープを有し、a)表2−7に記載されている抗原結合性タンパク質のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するもしくはこれと同一である軽鎖可変ドメイン;b)表2−7に記されている抗原結合性タンパク質のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するもしくはこれと同一である重鎖可変ドメイン;またはc)a)の軽鎖可変ドメインおよびb)の重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、25A4、4H6、4A2、5E5、7E11、54E9、22G5、194A4、218G4、176H4および194C10からなる群から選択される抗原結合性タンパク質と同一または重複するエピトープを有し、抗原結合性タンパク質は、25A4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および25A4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;4H6のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および4H6のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;4A2のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および4A2のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;5E5のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および5E5のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;7E11のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および7E11のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;54E9のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および54E9のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;22G5のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および22G5のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;194A4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および194A4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;218G4G4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および218G4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;176H4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および176H4のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む;194C10のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である軽鎖可変ドメイン、および194C10のアミノ酸配列に対し少なくとも90%同一性、少なくとも95%同一性を有するかまたはこれと同一である重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、表2−7における抗体と同一または重複するエピトープを有し、表2に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;表2に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;および表2に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにa)表2に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;表2に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;および表2に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、表A、B、Cまたは6における抗体と同一または重複するエピトープを有し、表A、B、Cまたは6に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;表A、B、Cまたは6に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;および表A、B、Cまたは6に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにa)表A、B、Cまたは6に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;表A、B、Cまたは6に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;および表A、B、Cまたは6に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体25A4と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:480に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:8492に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:16504に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:4488に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:12500に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:20512に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体4H6と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:894に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:8906に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:16918に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:4902に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:12914に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:20926に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体4A2と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:1130に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:9142に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:17154に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:5136に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:13148に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:21160に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体5E5と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:974に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:8986に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:16998に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:4982に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:12994に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:21006に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体7E11と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:872に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:8884に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:16896に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:4880に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:12892に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:20904に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体54E9と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:3448に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:11460に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:19472に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:7452に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:15464に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:23476に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体22G5と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:326に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:8338に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:16350に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:4334に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:12346に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:20358に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体194A4と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:2780に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:10792に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:18804に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:6786に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:14798に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:22810に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体218G4と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:3746に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:11758に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:19770に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:7750に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:15762に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:23774に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体176H4と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:2502に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:10514に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:18526に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:6508に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:14520に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:22532に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態では、本発明のASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体194C10と同一または重複するエピトープを有し、SEQ ID NO:2792に記されているLCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR1;SEQ ID NO:10804に記されているLCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR2;およびSEQ ID NO:18816に記されているLCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するLCDR3を含む軽鎖可変ドメイン;ならびにSEQ ID NO:6798に記されているHCDR1配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR1;SEQ ID NO:14810に記されているHCDR2配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR2;およびSEQ ID NO:22822に記されているHCDR3配列から3個以下のアミノ酸付加、欠失または置換を有するHCDR3を含む重鎖可変ドメインを含む。
同一または重複するエピトープを有する抗原結合性タンパク質同士は、抗原であるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への結合に関して競合することが多い。よって、ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその抗体断片)は、表2−7に記載されている抗原結合性タンパク質と競合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその抗体断片)は、表A、BおよびCに記載されている抗原結合性タンパク質と競合する。一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその抗体断片)は、表6に記載されている抗原結合性タンパク質と競合する。「競合する」または「競合」は、抗原結合性タンパク質が、標的における同じエピトープまたは結合部位に関して競合することを意味する。このような競合は、参照抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその抗体断片)が、被験抗原結合性タンパク質の特異的結合を防止または阻害するアッセイによって決定することができる。多数の種類の競合的結合アッセイが、被験分子が、結合に関して参照分子と競合するか決定するために使用されてもよい。用いることができるアッセイの例として、固相直接または間接ラジオイムノアッセイ(RIA)、固相直接または間接エンザイムイムノアッセイ(EIA)、サンドイッチ競合アッセイ(例えば、Stahliら(1983)Methods in Enzymology 9:242−253頁を参照)、固相直接ビオチン−アビジンEIA(例えば、Kirklandら(1986)J.Immunol.137:3614−3619頁を参照)、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ、ルミネックス(Jiaら「A novel method of Multiplexed Competitive Antibody Binning for the characterization of monoclonal antibodies」J.Immunological Methods(2004)288、91−98頁)および表面プラズモン共鳴((Songら「Epitope Mapping of Ibalizumab, a Humanized Anti−CD4 Monoclonal antibody with Anti−HIV−1 Activity in Infected Patients」J.Virol.(2010)84、6935−6942頁)が挙げられる。競合を決定する例示的な方法は、実施例7Dに記載されている。通常、競合する抗原結合性タンパク質が過剰に存在する場合、これは、共通抗原への参照抗原結合性タンパク質の結合を少なくとも50%、55%、60%、65%、70%または75%阻害する。一部の事例では、ASGR−1への結合は、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%以上阻害される。
競合に加えて、同一の、重複するかまたは同様のエピトープを有する抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその抗体断片)は、同様にASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の突然変異誘発によって影響される場合がある。手短にいうと、抗体と接触したまたはこれに埋められた残基を含有するドメイン(複数可)/領域(複数可)は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2(例えば、野生型抗原)における特異的残基を突然変異させ、抗原結合性タンパク質が、突然変異したまたはバリアントのASGR、ASGR−1および/またはASGR−2タンパク質に結合することができるか決定することにより同定することができる。多数の個々の突然変異を作製することにより、結合において直接的な役割を果たす残基、または突然変異が抗原結合性タンパク質および抗原の間の結合に影響を与え得るように、抗体に十分にごく接近した残基が同定され得る。これらのアミノ酸に関する知見から、抗原結合性タンパク質と接触しているかまたは抗体に当てはまる残基を含有する抗原のドメイン(複数可)または領域(複数可)が、解明され得る。このようなドメインは、抗原結合性タンパク質の結合エピトープを含むことができる。上述の通り、この一般アプローチの具体例の1つは、アルギニン/グルタミン酸スキャニングプロトコールを利用する(例えば、Nanevicz, T.ら、1995、J.Biol.Chem.、270:37、21619−21625頁およびZupnick, A.ら、2006、J.Biol.Chem.、281:29、20464−20473頁を参照)。一般に、アルギニンおよびグルタミン酸は、野生型ポリペプチドにおけるアミノ酸の代わりに置換される(典型的に個々に)が、その理由として、これらのアミノ酸は荷電しており、かさ高いため、突然変異が導入された抗原の領域において、抗原結合性タンパク質および抗原の間の結合を撹乱する潜在力があることが挙げられる。野生型抗原に存在するアルギニン残基は、グルタミン酸に置き換えられる。種々のこのような個々の突然変異体が得られ、収集された結合結果が解析されて、いずれの残基が結合に影響するか決定する。実施例7Eにおいて、アルギニン/グルタミン酸突然変異誘発のスキャニングが、ヒトASGR−1 CBDドメインを使用して行われ、例示的な抗体における効果が決定された。突然変異誘発する例示的な抗体と同様の方法で影響されるような、特徴を有するASGR、ASGR−1および/またはASGR−2抗原結合性タンパク質が、本発明の範囲内に含まれる。
実施例7Eは、本明細書に提供されているASGR−1抗原結合性タンパク質に対する、ASGR−1のこのようなアルギニン/グルタミン酸スキャニングの一例について記載する。一連の突然変異体ASGR−1抗原が作製され、各突然変異体抗原は、単一突然変異を有する。様々なASGR−1抗原結合性タンパク質による各突然変異体ASGR−1抗原の結合が測定され、ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)に結合する選択された抗原結合性タンパク質の能力と比較された。ある特定の実施形態では、ASGR−1への本発明の抗原結合性タンパク質の結合は、ASGR−1における単一突然変異によって阻害され、単一突然変異は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、R183、L184、W195、E196、K199、H203、H204、P207、V208、N209、H215、D216、P220、D225、D228、R237、P238、E239、P241、D242、D243、Y245、G246、H247、G248、L249、G251、E253、T259、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274、およびE280からなる群から選択される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体4A2の特質を共有し、ASGR−1へのその結合は、W195、E196、K199、H204、P207およびR263の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体4B3の特質を共有し、ASGR−1へのその結合は、H203、H204、P220およびG251の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体5E5の特質を共有し、ASGR−1へのその結合は、W195、K199およびR263の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体6G7の特質を共有し、ASGR−1へのその結合は、R183、L184、H215、P220、P238、G246、H247、G248、G251およびN265の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体149D11の特質を共有し、その結合は、R170、S171およびL184の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体175F4の特質を共有し、その結合は、R183の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体17H6の特質を共有し、その結合は、P241、D242、D243、Y245、G251およびE253の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体194A4の特質を共有し、その結合は、D260の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体60C12の特質を共有し、その結合は、R170、R237、E239、P241、T259、D260、R263およびN265の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体65D5の特質を共有し、その結合は、R237、T259、D260およびR263の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体190F8または191G1の特質を共有し、その結合は、R170、S171、G172、E196、H204、P207、V208、N209、H215、D216、D225、D228、P238、D243、G248、L249、G251、D260、Q270、R271、P272、R274およびE280の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体199A7の特質を共有し、その結合は、R170、R183、H215およびQ270の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体146B6の特質を共有し、その結合は、P241、T259およびN265の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、抗体193E7の特質を共有し、その結合は、P207およびR263の任意の突然変異によって阻害される。一部の実施形態では、上述の群の単一突然変異のうち2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、10以上または全てのいずれかは、ASGR−1へのASGR−1抗原結合性タンパク質の結合を個々に阻害する。
様々な抗ASGR−1抗原結合性タンパク質(例えば、抗体5E5、22G5、7E11、4A2、4H6、72G9、194A4、54E9、218G4、176H4および194C10)の結合は、X線結晶学を使用してさらに解析された。X線結晶学の結果は、上述および実施例7Eに記載されているアルギニン/グルタミン酸突然変異誘発プロファイリングの結果と高度に相関していた。抗原結合性タンパク質および抗原の間の界面は、多数の方法で決定/定義され得る。実施例10B−Lにおいて、界面は、そのパートナータンパク質との既定の距離内に少なくとも1原子を有する界面残基を選択することにより決定された。一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体5E5との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、またはW264(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体5E5との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262またはR263(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体5E5の界面と重複し、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、またはW264(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体5E5の界面と重複し、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237またはP238(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では8Å以下の距離によって決定される、抗体22G5との界面内に存在するASGR−1残基は、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、またはT279(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体22G5との界面内に存在するASGR−1残基は、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体5E5の界面と重複し、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、またはT279(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体5E5の界面と重複し、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体4A2との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、またはT279(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体4A2との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263またはR274(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体4A2の界面と重複し、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、またはT279(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体4A2の界面と重複し、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体7E11との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、またはW264(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体7E11との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体7E11の界面と重複し、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、またはW264(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体7E11の界面と重複し、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体4H6との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体4H6との界面内に存在するASGR−1残基は、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体4H6の界面と重複し、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体4H6の界面と重複し、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体72G9との界面内に存在するASGR−1残基は、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、またはC269(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体72G9との界面内に存在するASGR−1残基は、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、またはQ270(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9の界面と重複し、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9の界面と重複し、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、またはQ270(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体194A4との界面内に存在するASGR−1残基は、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、またはW264(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体194A4との界面内に存在するASGR−1残基は、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、またはG252(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体194A4の界面と重複し、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、またはW264(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体194A4の界面と重複し、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、またはG252(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体194C10との界面内に存在するASGR−1残基は、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270またはW275(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体194C10との界面内に存在するASGR−1残基は、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体194C10の界面と重複し、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体194C10の界面と重複し、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体54E9との界面内に存在するASGR−1残基は、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、またはD266(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体54E9との界面内に存在するASGR−1残基は、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9の界面と重複し、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、またはD266(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9の界面と重複し、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体218G4との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体218G4との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4の界面と重複し、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4の界面と重複し、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、8Å以下の距離によって決定される、抗体176H4との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)である。一部の実施形態では、5Å以下の距離によって決定される、抗体176H4との界面内に存在するASGR−1残基は、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)である。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4の界面と重複し、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。ある特定の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4の界面と重複し、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
一部の実施形態では、リガンド結合に関与するASGR−1残基はまた、抗体72G9、54E9、218G4または176H4が結合する区域にごく接近しており、リガンドへのASGR−1結合の遺伝子操作に有用となり得る。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、Q240、D242、W244、E239、P241、D243、Y245、G246、G252、R237、E253、P238、H247、C255またはV268(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、Q240、D242またはW244(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、Q240、D242、W244、E239、P241、D243、Y245、G246またはG252(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体72G9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、Q240、D242、W244、R237またはE253(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。後述する実施例において記載される通り、72G9に起因する阻害の程度は、本明細書に提供されている他の直接遮断抗体よりも低い。限定を意図しないが、これは、互いに結合される場合のASGR−1タンパク質および抗体の相対的な配向性の性質により発生すると理解される。例えば、72G9抗体が、ASGR−1に結合される場合、依然として、ある(より少なくはあるが)程度、リガンドが結合部位に達するのに十分な空間が存在する。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、D242、H257、T259、N265、D267、Y273、P238、E239、D260、R263、R271、E253、D266、D243、F258またはW264(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、D242、H257、T259、N265、D267またはY273(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、D242、H257、T259、N265、D267、Y273、P238、E239、D260、R263またはR271(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体54E9およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、D242、H257、T259、N265、D267、Y273、E253またはD266(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、H257、N265、D267、Y273、D260、R271、R237、T259、D266、F258またはV268(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、H257、N265、D267またはY273(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、H257、N265、D267、Y273、D260またはR271(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体218G4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、H257、N265、D267、Y273、R237、T259またはD266(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、W244、E253、H257、T259、N265、D267、Y273、G246、H247、D260、R271、D266、P238、E239、Y245、F258、R263、W264またはV268(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、W244、E253、H257、T259、N265、D267またはY273(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、W244、E253、H257、T259、N265、D267、Y273、G246、H247、D260またはR271(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。一部の実施形態では、ASGR−1抗原結合性タンパク質は、ASGR−1と界面を形成し、これは、抗体176H4およびリガンド(例えば、GalNAc)の界面と重複し、N209、R237、Q240、W244、E253、H257、T259、N265、D267、Y273またはD266(SEQ ID NO:5)のいずれかが界面内に存在するものを含む。
上に記述されている通り、huASGR−1およびリガンド(例えば、ラクトース、ガラクトース、GalNAc)の間の結合相互作用、ならびにhuASGR−1および本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)の様々な実施形態の間の結合相互作用は、実施例10に記載されているX線結晶学を使用して評価された。huASGR−1および本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)の様々な実施形態の間の結合相互作用は、また、実施例7Dに記載されているエピトープビニングおよび実施例7Eに記載されているアルギニン/グルタミン酸突然変異プロファイリングを含む方法論を使用して評価された。これらの方法論により得られたデータの概要は、下表Dに記されている。この概要は、本発明の代表的な抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)の様々な結合特徴、ならびにhuASGR−1へのリガンド結合を直接的におよび/または間接的に阻害するその能力を例証する。一部の実施形態では、異なるリガンドにわたって共通した残基と相互作用する抗体は、様々なリガンドにわたって同様の形態の阻害(直接)をもたらすことができる。表Dにおいて、このような残基の例に下線を引き、太字で示す。
Figure 2018535655
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一部の実施形態では、抗体は、ASGR−1 CBD/リガンド結合を直接的に阻害することができる。さらに詳細に本明細書に記載されているが、また、理論による限定を意図しないが、このような相互作用は、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)のパラトープまたは他のセクションが、ASGR1 CBDにおける結合部位へのリガンドのアクセスを直接的に妨害するように、抗体が、そのリガンドに直接的に結合するASGR−1 CBDのセクションと相互作用することを表示することができる。抗原結合性タンパク質または抗体は、後述する実施例(実施例10またはその中で参照されている結晶構造のような)を含む本明細書に提供されている、直接阻害剤の特徴のうち1つ以上を有する場合、直接阻害剤として指定され得る。直接阻害のいくつかの実施例は、72G9、54E9、218G4および176H4によって示されており、表Dに示されている。一部の実施形態では、直接阻害剤は、ASGR−1のSEQ ID NO:5の残基237−273または残基240−267のうち1つ以上に結合することができる。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、ASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することができる。さらに詳細に本明細書に記載されているが、また、理論による限定を意図しないが、これは、抗原結合性タンパク質または抗体が、ASGR−1 CBDに結合するが、ASGR−1 CBDにおける結合部位へのリガンドのアクセスを直接的に妨害する必要がないことを示す。抗原結合性タンパク質または抗体は、後述する実施例(実施例10またはその中に提供されている結晶構造のような)を含む、本明細書に提供されている間接阻害剤の特徴のうち1つ以上を有する場合、間接阻害剤として指定され得る。間接阻害のいくつかの実施例は、5E5、4A2、7E11、4H6、22G5、194A4によって示されており、表Dに示されている。限定するものではないが、間接阻害が、種々の相互作用または再編成から発生し得ることに留意されたい。例えば、間接阻害は、炭水化物結合ループ発生の立体構造再編成から発生する場合があり、これにより、炭水化物結合ループとリガンド(すなわち、炭水化物)との結合/相互作用が損なわれる場合がある。一部の実施形態では、間接阻害剤は、ASGR−1 CBDヘリックスアルファ1および/またはヘリックスアルファ2における残基のうち1つ以上に結合することができる。一部の実施形態では、抗体は、ASGR−1に結合し、CBDの障害をもたらす。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、直接および間接阻害の両方の特徴を有することができ、かつ/または両方の種類の阻害に共通したASGR−1 CBDにおける区域に結合することができる。当然ながら、このような実施形態は、その直接、間接または直接および間接両方の相互作用により、十分な阻害能力を有することができる。
一部の実施形態では、直接および間接阻害の間の区別は、為される必要がない。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体が、直接または間接阻害をもたらすことの表示は、少なくともその形態の阻害(例えば、ASGR−1 CBD/リガンド遮断)をもたらすことを意味する。一部の実施形態では、直接阻害をもたらす抗原結合性タンパク質または抗体は、同様に間接態様(他の立体構造変化のような)をもたらすこともできる。加えて、表Dに示す通り、ASGR−1 CBDおよびそのリガンドの間の相互作用(interation)は、記載の3つのリガンドのそれぞれについて異なってもよく、あるリガンドに対して直接または間接相互作用であってもよく、別のリガンドに対して必ずしも直接または間接でなくてもよい。直接および/または間接阻害の特性を有する本明細書に提供されている抗体は、その特性にしたがって機能し、本明細書に提供されているガイダンスは、追加的なこのような抗体をスクリーニングしそして産生することを可能にするが、単に抗体がASGR−1 CBDに結合するという事実は、ASGR−1における関連した場所において、結合しそして直接または間接阻害を可能にすることを必ずしも意味しない。
一部の実施形態では、ヒトASGRに結合し、ASGR機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質が提供される。一実施形態では、本発明は、ヒトASGRに結合し、リガンドへのASGR結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−1に結合し、リガンドへのASGR−1結合および/またはASGR−2とのASGR−1相互作用を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−2に結合し、リガンドへのASGR−2結合および/またはASGR−1とのASGR−2相互作用を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。さらに別の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−1およびヒトASGR−2に結合し、リガンドへのASGR−1および/またはASGR−2結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、単離された結合タンパク質は、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する。
一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質が提供され、単離された抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1に結合し、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表3−7に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表3−7に記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Aに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Bに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Bに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。さらに一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表Cに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表Cに記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。さらなる実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに表6に記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換、欠失もしくは挿入を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、表6に記されている配列のいずれかと同一のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。
一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質が提供され、抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Aに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Aに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Bに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Bに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表Cに記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表Cに記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、表6に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および表6に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質が提供され、抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入(inserion)もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個以上のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに18個以下のアミノ酸残基置換、挿入または欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに14個以下のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、1個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大18個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大14個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、2個のVL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り、表19Aに記されている配列の任意のVHと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大18個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3、ならびに図55に描写されている通り、表20Aに記されている配列の任意のVLと同一であるかまたはこれと比べて各CDRに最大14個のアミノ酸残基置換、挿入もしくは欠失を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3を含む。一部の実施形態では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に結合し、図55に描写されている通り、表19Bもしくは19Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2またはVH CDR3、および図55に描写されている通り、表20Bもしくは20Cに記されているアミノ酸配列のいずれかと同一であるかまたはその保存的置換(subsitutuion)を含む、アミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2またはVL CDR3を含む、抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質が提供され、抗原結合性タンパク質は、ヒトASGR−1に特異的に結合し、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図56に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む。一部の態様では、本発明は、単離された抗原結合性タンパク質であって、ヒトASGR−1に特異的に結合し、図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されている、VLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図57に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメイン、および図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図55に描写されている通り表19Aに、または図56に描写されている通り表21−34に、または図57に描写されている通り表49−95に記されている、VHドメインアミノ酸配列のいずれかを有する重鎖可変ドメイン、および図55に描写されている通り表20Aに、または図56に描写されている通り表35−48に、または図57に描写されている通り表96−134に記されている、VLドメインアミノ酸配列のいずれかを有する軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質のいずれかによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する抗原結合性タンパク質が提供される。一部の実施形態では、本発明は、表2−7に記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Aに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Bに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表Cに記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、表6に記されている抗原結合性タンパク質の少なくとも1つによって結合されるエピトープにおいてヒトASGR−1に特異的に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、ヒトASGR−1への結合に関して、本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表2−7に記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Aに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Bに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。さらに一部の実施形態では、本発明は、結合に関して、表Cに記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。さらに別の実施形態では、本発明は、結合に関して、表6に記されている抗原結合性タンパク質のいずれかと競合する、単離された抗原結合性タンパク質を提供する。
一部の実施形態では、炭水化物認識ドメイン(carbohydrate recognition domain:「CRD」)(炭水化物結合ドメインまたは「CBD」としても知られている)内でヒトASGR−1に結合し、リガンドへのヒトASGR−1結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質が提供される。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5の残基148−291または149−291または150−291または151−291または152−291または153−291または154−291または155−291内でヒトASGR−1に結合する。一部の実施形態では、本発明は、ヘリックスα−1内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基174−186内でヒトASGR−1に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、ヘリックスα−2内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基194−206内でヒトASGR−1 CBDに結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、本発明は、SEQ ID NO:5の残基237−273または残基240−267内でヒトASGR−1に結合する、単離された抗原結合性タンパク質を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5に対し少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を有するASGR−1に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、抗体である。
一部の実施形態では、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体が提供される。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR−1がリガンドに結合することを阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ
ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F25
8、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、W264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR1に結合する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277またはT279(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F
233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239またはG252(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268またはC269(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254またはQ270(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264またはD266(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含むエピトープにおいて、ヒトASGR−1に結合する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の実施形態では、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが提供される。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1がリガンドに結合することを阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、SEQ ID NO:5の残基148−291内でヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:Q240、D242、W244、E253、N265、D266またはD267(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266またはD267(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268またはR271(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268またはC269(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体が、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254またはQ270(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264またはD266(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271またはY273(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タ
ンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)の次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201
、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、またはW264、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263、V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、ヒトASGR−1(SEQ ID NO:5)の次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275、P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277またはT279(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274、N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263またはR274(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263、E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263、R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261またはR263(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252、:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263またはW264(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239またはG252(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから8オングストローム以内に位置する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274、V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270またはW275(SEQ ID NO:5)。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープが、ヒトASGR−1に
結合されるときに、抗原結合性タンパク質または抗体または抗体中のパラトープは、次の残基のうち少なくとも1つから5オングストローム以内に位置する:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273またはR274(SEQ ID NO:5)。
一部の実施形態では、ヒトASGR−1に特異的に結合し、ヒトASGR−1機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質または抗体が提供される。一部の実施形態では、ヒトASGR−1に特異的に結合する単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドへのヒトASGR−1の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドがヒトASGR−1に結合する場所と重複する場所において、ヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、リガンドがASGR−1に結合する場所は、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268またはR271(SEQ ID NO:5)からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体は、リガンドがASGR−1に結合する場所と重複する場所において、ヒトASGR−1に特異的に結合する。一部の実施形態では、リガンドがヒトASGR−1に結合する場所は、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267およびY273(SEQ ID NO:5)からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸残基を含む。
一部の実施形態では、ヒトASGR−1に結合し、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2機能を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質が提供され、この抗原結合性タンパク質は、バリアントASGR−1タンパク質に結合せず、前記バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、R183、L184、W195、E196、K199、H203、H204、P207、V208、N209、H215、D216、P220、D225、D228、R237、P238、E239、P241、D242、D243、Y245、G246、H247、G248、L249、G251、E253、T259、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274、およびE280からなる群から選択される残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単離された抗原結合性タンパク質または抗体が考慮される。バリアントASGR−1タンパク質への測定された抗体結合シグナル低下(野生型ASGR−1への結合に関して決定されたシグナルと比較して)が、後述する実施例7Eに記載の方法のような、当業者に知られたあらゆる方法によって測定された場合に統計的に有意である場合、抗原結合性タンパク質は、バリアントASGR−1タンパク質に「結合しない」。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、W195、E196、K199、H203、H204、P207、P220、G251およびR263からなる群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、H203、H204、P220およびG251からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、E196およびK199からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、E196およびH204からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195、K199およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびE196からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびK199からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195またはP207からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、W195およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、H203およびH204からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、K199およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基W195の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、R183、L184、H215、P220、P238、G246、H247、G248、G251およびN265からなる群から選択される残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、R183、L184、H215、P220、G246、G248、G251およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、L184、P220、P238、H247およびG251からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、S171およびL184からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基R183の突然変異である。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基L184の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P241、D242、D243、Y245、G251、E253およびD260からなる群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、P241、D243、Y245、G251、E253およびD260からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、P241、D243およびE253からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、残基D260の突然変異である。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、R237、E239、P241、T259、D260、R263およびN265からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、D260およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、T259、D260およびR263からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、R237、P241、T259、D260、R263およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R237、E239、P241、T259、D260、R263およびN265からなる群から選択される。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、E196、H204、P207、V208、N209、H215、D216、D225、D228、P238、P241、D242、D243、H247、G248、L249、G251、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274およびE280からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、単一突然変異は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、S171、G172、E196、H204、P207、V208、N209、H215、D216、D225、D228、P238、P241、D242、D243、H247、G248、L249、G251、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274およびE280からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、S171、G172、E196、H204、P207、H215、D216、D225、D228、D243、G248、L249、G251、D260、Q270、R271、P272、R274およびE280からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、V208、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、R271およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、N209およびR271からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、R170、G172、V208、R271およびP272からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、V208、P238、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、単一突然変異は、G172、P238、R271、P272およびR274からなる群から選択される。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、G172、P238、R271およびR274からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、G172、V208およびR274からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、R170、R183、H215およびQ270からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P241、T259およびN265からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、P207およびR263からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、バリアントASGR−1タンパク質は、SEQ ID NO:5に示す通り、G172、P241、D242、H247、L249、N265、R271およびP272からなるまたはこれを含む群から選択される位置における残基の単一突然変異を含む。一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、2つ以上のバリアントASGR−1タンパク質に結合せず、このバリアントASGR−1タンパク質は、この群の単一突然変異を個々に含む。
「CDRグラフト抗体」は、特定の種またはアイソタイプの抗体に由来する1個以上のCDR、および同一であるかまたは異なる種もしくはアイソタイプの別の抗体のフレームワークを含む抗体である。
「多特異性抗体」は、1つ以上の抗原における2つ以上のエピトープを認識する抗体である。この種の抗体のサブクラスは、同一であるかまたは異なる抗原における2つの別個のエピトープを認識する「二特異性抗体」である。
抗体を含む抗原結合性タンパク質は、10−7M以下の平衡解離定数(下に定義されるKまたは対応するK)値によって決定される、緊密な結合親和性で抗原に結合する場合、ASGR、ASGR−1またはASGR−2のような抗原に「特異的に結合」する。ヒトASGR、ASGR−1またはASGR−2に特異的に結合する抗原結合性タンパク質は、他の種由来のASGR、ASGR−1またはASGR−2にも同様に、同一であるかまたは異なる親和性で結合することができる場合もある。
親和性は、例えば、平衡方法(例えば、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA);KinExA、Rathanaswamiら、Analytical Biochemistry、373巻:52−60頁、2008;またはラジオイムノアッセイ(RIA))または表面プラズモン共鳴アッセイもしくは動態に基づくアッセイの他の機構(例えば、BIACORE(登録商標)解析またはOctet(登録商標)解析(forteBIO))、ならびに間接結合アッセイ、競合的結合アッセイ蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)、ゲル電気泳動およびクロマトグラフィー(例えば、ゲル濾過)のような他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、本技術分野で公知の種々の技法を使用して決定することができる。上述および他の方法は、試験されている構成要素の1つ以上における標識を利用することができ、かつ/または発色、蛍光、発光もしくは同位体標識が挙げられるがこれらに限定されない、種々の検出方法を用いることができる。結合親和性および動態の詳細な説明は、抗体−免疫原相互作用に着目した、Paul、W.E.編、Fundamental Immunology、第4版、Lippincott−Raven、Philadelphia(1999)に見出すことができる。競合的結合アッセイの一例はラジオイムノアッセイであり、これは、漸増量の未標識抗原の存在下での、標識された抗原と目的の抗体とのインキュベーション、および標識された抗原に結合された抗体の検出を含む。特定の抗原に対する目的の抗体の親和性および結合オフレートは、スキャッチャードプロット解析によるデータから決定することができる。第2の抗体との競合は、ラジオイムノアッセイを使用して決定することもできる。この場合、抗原は、漸増量の未標識の第2の抗体の存在下で、標識された化合物にコンジュゲートされた目的の抗体と共にインキュベートされる。
本発明のさらなる実施形態は、10−7M未満のまたは10−8M未満のまたは10−9M未満のまたは10−10M未満のまたは10−11M未満のまたは10−12M未満のまたは10−13M未満のまたは5×10−13M未満の(より低い値は、より緊密な結合親和性を示す)平衡解離定数またはK(koff/kon)で、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する抗原結合性分子(例えば、抗体)を提供する。本発明のなおさらなる実施形態は、約10−7M未満のまたは約10−8M未満のまたは約10−9M未満のまたは約10−10M未満のまたは約10−11M未満のまたは約10−12M未満のまたは約10−13M未満のまたは約5×10−13M未満の平衡解離定数またはK(koff/kon)で、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する抗原結合性分子である。
さらに別の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、約10−7Mから約10−8Mの間の、約10−8Mから約10−9Mの間の、約10−9Mから約10−10Mの間の、約10−10Mから約10−11Mの間の、約10−11Mから約10−12Mの間の、約10−12Mから約10−13Mの間の平衡解離定数またはK(koff/kon)を有する。さらに別の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に特異的に結合する本発明の抗体は、10−7Mから10−8Mの間の、10−8Mから10−9Mの間の、10−9Mから10−10Mの間の、10−10Mから10−11Mの間の、10−11Mから10−12Mの間の、10−12Mから10−13Mの間の平衡解離定数またはK(koff/kon)を有する。
本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体またはその断片)は、抗原結合性タンパク質が同じまたはより優れた所望の結合特異性(例えば、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2への結合)を保持するという条件で、少なくとも1個のアミノ酸置換を有し得ることが認められよう(実施例14を参照)。したがって、抗原結合性タンパク質構造に対する修飾が、本発明の範囲内に包含される。一実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体が挙げられるがこれらに限定されない)は、本明細書における表2に記されている配列のCDR配列から5、4、3、2、1または0個の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失によってそれぞれ独立して異なる配列を含む。本明細書で使用される場合、下表2に示すCDR配列から総計例えば4個以下のアミノ酸付加、置換および/または欠失によって異なるCDR配列は、表2に示す配列と比較して4、3、2、1または0個の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失を有する配列を指す。これらは、抗体の所望の結合能力を破壊しない、保存的または非保存的となり得るアミノ酸置換を含むことができる。保存的アミノ酸置換は、生物システムにおける合成よりも化学的ペプチド合成によって典型的に取り込まれる、非天然起源のアミノ酸残基を包含することができる。これらは、ペプチドミメティックおよび他の逆転または反転された形態のアミノ酸部分を含む。保存的アミノ酸置換は、当該位置におけるアミノ酸残基の極性または電荷に効果がほとんどないまたは全くないような、規範的残基によるネイティブアミノ酸残基の置換が関与することもできる。一部の実施形態では、抗体配列の1つ以上に対する1個以上の置換は、記載されている抗体における記載されているセクション毎に、次の通りであってもよい:1)VH1|1−08/D6|6−19|RF1/JH4、25A4 H CDR2配列 − WMYPN−−−SGNTGYAQKFQG(式中、11番目のNは、SまたはQとなることができ、12番目のTは、AまたはVであってもよい)、これにより、この配列は、Trp Met Tyr Pro Asn Ser Gly X1 X2 Gly Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly(SEQ ID NO:50259)であってもよい(式中、X1=NもしくはSもしくはQまたはそれらの保存的置換、X2=TもしくはAもしくはVまたはそれらの保存的置換)。2)VH1|1−08/D6|6−19|RF1/JH4、4A2 H CDR2配列 − WMHPN−−−SGNTGYAQKFQG(式中、11番目のNは、SまたはQとなることができ、12番目のTは、AまたはEであってもよい)、これにより、この配列は、Trp Met His Pro Asn Ser Gly X1 X2 Gly Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly(SEQ ID NO:50260)となることができる(式中、X1=NもしくはSもしくはQまたはそれらの保存的置換、X2=TもしくはAもしくはEまたはそれらの保存的置換)。3)VK4|B3/JK3、4A2 L CDR3配列 − QQYYN−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−TPVT(式中、5番目のNは、Qとなることができ、29番目のTは、Aとなることができる)、これにより、この配列は、Gln Gln Tyr Tyr X1 X2 Pro Val Thr (SEQ ID NO:50261)となることができる(式中、X1=NもしくはQまたはそれらの保存的置換、X2=TもしくはAまたはそれらの保存的置換)。4)VH1|1−02/D1|1−1|RF1/JH4、4H6 H CDR3配列 − DGTS−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−SFDY(式中、1番目のDは、Sとなることができ、2番目のGは、Aであってもよい)、これにより、この配列は、X1 X2 Thr Ser Ser Phe Asp Tyr(SEQ ID NO:50262)であってもよい(式中、X1=DもしくはSまたはそれらの保存的置換、X2=Aまたはその保存的置換)。5)VH3|3−33/D4|4−11|RF2/JH6およびVH3|3−07/D4|4−11|RF2/JH6、7E11 H CDR2配列 − IIWHD−−−GSNKYYADSVKG(式中、5番目のDは、SまたはEとなることができ、9番目のGは、Aとなることができ、16番目のDは、Eとなることができ、17番目のSは、Aであってもよい)、これにより、この配列は、Ile Ile Trp His X1 X2 Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala X3 X4 Val Lys Gly(SEQ ID NO:50263)であってもよい(式中、X1=DもしくはSもしくはEまたはそれらの保存的置換、X2=GもしくはAまたはそれらの保存的置換、X3=DもしくはEまたはそれらの保存的置換、X4=SもしくはAまたはそれらの保存的置換)。6)VH3|3−33/D6|6−6|RF1/JH6およびVH3|3−07/D6|6−6|RF1/JH6、5E5 H CDR2配列、VIWYD−−−GSNKYYADSVKG(式中、9番目のGは、Aとなることができ、16番目のDは、EまたはGとなることができ、17番目のSは、Aであってもよい)、これにより、この配列は、Val Ile Trp Tyr Asp X1 Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala X2 X3 Val Lys Gly(SEQ ID NO:50264)であってもよい(式中、X1=GもしくはAまたはそれらの保存的置換、X2=DもしくはEもしくはGまたはそれらの保存的置換、X3=SもしくはAまたはそれらの保存的置換)。7)VH3|3−33/D6|6−6|RF1/JH6およびVH3|3−07/D6|6−6|RF1/JH6、5E5 H CDR3配列、EVYSSGW−−−−−−−−−−−−−−−−YDYGMDV(式中、7番目のWは、Fであってもよい)、これにより、この配列は、Glu Val Tyr Ser Ser Gly X1 Tyr Asp Tyr Gly Met Asp Val(SEQ ID NO:50265)であってもよい(式中、X1=WもしくはFまたはそれらの保存的置換)。
一部の実施形態では、上述のCDR配列のうちいずれか1つ以上は、本明細書に提供されている(例えば、図49の表2ならびに図55の表19A−Cおよび表20A−C)CDR配列のうちいずれか1つ以上と組み合わせることができる。一部の実施形態では、上述のCDR配列のうちいずれか1つ以上は、指定されている抗体のために、本明細書に提供されているいずれか1つ以上のCDR配列と組み合わせて、6個のCDR(LCDR1、LCDR2、LCDR3、HCDR1、HCDR2およびHCDR3)の抗体をもたらすことができる。例えば、上述のCDRのうちいずれか1つ以上は、図49の表2、および/または図55の表19A、19B、19C、20A、20Bおよび/または20Cに提供されている抗体のためのCDRの1個として使用することができる。一部の実施形態では、上述のコンセンサス配列に提示されているバリアント位置は、ある1つのコンセンサス配列(例えば、上述の4A2 H CDR2のような抗体のための)におけるいずれか実証されている配列組合せを、図49の表2ならびに図55の表19A−Cおよび表20A−Cにおける関連した抗体(例えば、対応する4A2 H CDR2)について概説されるあらゆる許容できる選択肢と組み合わせることができるように、図49の表2ならびに図55の表19A−Cおよび表20A−Cに提供されている配列の変種と、任意選択的な変種としてさらに組み合わせることができ、これは、図49の表2ならびに図55の表19A−Cおよび表20A−Cにおける他の4A2配列のいずれかとさらに組み合わせることができる(例えば、HCDR1、HCDR3、LCDR1、LCDR2およびLCDR3)。当然ながら、上に記載されている4A2 L CDR3は、同様に組み合わせることができ、そして/または当該組合せと組み合わせることもできる。よって、このような配列は、代替配列の必要として、本明細書に開示されていないが、記載されている配列の追加的な選択肢として考慮されている。一部の実施形態では、このような配列のバリアントも考慮される。このようなバリアントは、より優れた所望の活性を保持または有することができる。このような態様の例は、実施例14ならびに表6および7に提供されている。一部の実施形態では、表6および7におけるFR領域のうちいずれか1つ以上は、本明細書に提供されているCDR配列のうちいずれか1つ以上と組み合わせることができる。一部の実施形態では、表6または7に提供されているFR領域のうちいずれか1つ以上は、対応する抗体のための対応するCDRセット(6個のCDRのセットとして)と組み合わせることができる。よって、そのうちいずれか特定の配列が、本明細書に提供されている(本段落、表2、6および/または7、表19A、19Bおよび19C、20A、20Bおよび20C等)抗体4A2に指定されている配列(sequecne)のいずれかに由来し得る、6個のCDR(HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2およびLCDR3)および8個のFR(HFR1、HFR2、HFR3、HFR4、LFR1、LFR2、LFR3およびLFR4)を含む、抗体4A2のバリアントが提供されている。
非保存的置換は、アミノ酸またはアミノ酸ミメティックのある一クラスのメンバーの、異なる物理的特性(例えば、サイズ、極性、疎水性、電荷)を有する別のクラス由来のメンバーへの交換を含み得る。ある特定の実施形態では、このような置換された残基は、非ヒト抗体と相同なヒト抗体の領域に、または分子の非相同領域に導入され得る。
さらに、当業者は、所望のアミノ酸残基のそれぞれに単一アミノ酸置換を含有する被験バリアントを生成することができる。次に、バリアントは、当業者に知られた活性アッセイを使用してスクリーニングされ得る。このようなバリアントは、好適なバリアントに関する情報を集めるために使用され得る。例えば、特定のアミノ酸残基への変化が、活性の破壊、活性の望ましくなく低下または好適でない活性をもたらすことを発見した場合、このような変化を有するバリアントが回避され得る。言い換えると、このようなルーチン実験から集められた情報に基づき、当業者は、単独でまたは他の突然変異と組み合わせて、さらなる置換が回避されるべきアミノ酸を直ちに決定することができる。
当業者であれば、周知技法を使用して、本明細書に記されている抗原結合性タンパク質の好適なバリアントを決定することができる。ある特定の実施形態では、当業者は、活性に重要であると考えられない領域を標的とすることにより、活性を破壊することなく変化させることができる分子の好適な区域を同定することができる。ある特定の実施形態では、上で記載された通り、同様のポリペプチドの間で保存された分子の残基および部分を同定することができる。ある特定の実施形態では、生物活性または構造に重要となり得る区域であっても、生物活性を破壊することなく、またはポリペプチド構造に有害な影響を与えることなく、保存的アミノ酸置換に付すことができる。
その上、当業者は、活性または構造に重要な、同様のポリペプチドにおける残基を同定する構造−機能研究を見直すことができる。このような比較を考慮して、同様のタンパク質における活性または構造に重要なアミノ酸残基に対応する、タンパク質におけるアミノ酸残基の重要性を予測することができる。当業者は、このような予測される重要アミノ酸残基のために、化学的に同様のアミノ酸置換を選ぶことができる。
一部の実施形態では、当業者は、所望の通りに増強された特性をもたらす、変化させることができる残基を同定することができる。例えば、アミノ酸置換(保存的または非保存的)は、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2に対し増強された結合親和性、または他の種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に対し増強された結合親和性をもたらすことができる。
当業者は、三次元構造およびアミノ酸配列を、同様のポリペプチドにおける当該構造との関係で解析することもできる。このような情報を考慮して、当業者は、その三次元構造に関して抗体のアミノ酸残基のアラインメントを予測することができる。ある特定の実施形態では、当業者は、タンパク質の表面に存在することが予測されるアミノ酸残基に根本的な変化を生じないように選ぶことができるが、その理由として、このような残基が、他の分子との重要な相互作用に関与し得ることが挙げられる。多数の科学的刊行物が、二次構造の予測に向けられてきた。Moult J.、Curr.Op.in Biotech.、7(4):422−427頁(1996)、Chouら、Biochemistry、13(2):222−245頁(1974);Chouら、Biochemistry、113(2):211−222頁(1974);Chouら、Adv.Enzymol.Relat.Areas Mol.Biol.、47:45−148頁(1978);Chouら、Ann.Rev.Biochem.、47:251−276頁およびChouら、Biophys.J.、26:367−384頁(1979)を参照されたい。さらに、二次構造の予測を支援するために、コンピュータプログラムが現在利用できる。二次構造を予測する一方法は、相同性モデリングに基づく。例えば、30%を超える配列同一性または40%を超える類似性を有する2つのポリペプチドまたはタンパク質は、同様の構造的トポロジーを有することが多い。タンパク質構造データベース(PDB)の成長は、ポリペプチドまたはタンパク質の構造内のフォールドの潜在的な数を含む、二次構造の増強された予測可能性をもたらした。Holmら、Nucl.Acid.Res.、27(1):244−247頁(1999)を参照されたい。二次構造を予測する追加的な方法は、「スレッディング」(Jones、D.、Curr.Opin.Struct.Biol.、7(3):377−87頁(1997);Sipplら、Structure、4(1):15−19頁(1996))、「プロファイル解析」(Bowieら、Science、253:164−170頁(1991);Gribskovら、Meth.Enzym.、183:146−159頁(1990);Gribskovら、Proc.Nat.Acad.Sci.、84(13):4355−4358頁(1987))および「進化的連鎖」(Holm、上記参照(1999)およびBrenner、上記参照(1997)を参照)を含む。
ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質のバリアントは、グリコシル化部位の数および/または型が親ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して変更されている、グリコシル化バリアントを含む。ある特定の実施形態では、バリアントは、ネイティブタンパク質よりも多いかまたはより少ない数のN結合型グリコシル化部位を含む。代わりに、この配列を排除する置換は、現存するN結合型炭水化物鎖を除去する。1個以上のN結合型グリコシル化部位(典型的に、天然起源の)が排除され、1個以上の新たなN結合型部位が作製された、N結合型炭水化物鎖の再編成も提供される。追加的な抗体バリアントは、親アミノ酸配列と比較して、1個以上のシステイン残基が欠失されたかまたは別のアミノ酸(例えば、セリン)に代えて置換された、システインバリアントを含む。抗体が、不溶性封入体の単離後のような、生物学的に活性な立体構造へとリフォールディングされなければならない場合、システインバリアントが有用となり得る。システインバリアントは一般に、ネイティブタンパク質よりも少ないシステイン残基を有し、典型的に、不対システインに起因する相互作用を最小化するために、偶数を有する。
所望のアミノ酸置換(保存的であれ非保存的であれ)は、そのような置換が望まれるときに、当業者によって決定することができる。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換は、本明細書に記載されている、目的の標的に対する抗体の重要な残基の同定に、または目的の標的に対する抗体の親和性の増加もしくは減少に使用することができる。
ある特定の実施形態において、所望のアミノ酸置換は、(1)タンパク質分解に対する感受性を低下させ、(2)酸化に対する感受性を低下させ、(3)タンパク質複合体形成に対する結合親和性を変更させ、(4)結合親和性を変更させ、かつ/または(4)このようなポリペプチドに他の生理化学的もしくは機能的特性を付与もしくは修飾する、置換である。ある特定の実施形態において、単一または複数のアミノ酸置換(ある特定の実施形態では、保存的アミノ酸置換)は、天然起源の配列(ある特定の実施形態では、分子間接触を形成するドメイン(複数可)の外側のポリペプチドの部分)において行われてもよい。ある特定の実施形態では、保存的アミノ酸置換は典型的に、親配列の構造的特徴を実質的に変化させなくてもよい(例えば、アミノ酸の置き換えは、親配列において発生するヘリックスを壊すか、または親配列を特徴付ける他の種類の二次構造を撹乱する傾向があってはならない)。本技術分野で認識されるポリペプチド二次および三次構造の例は、それぞれ参照により本明細書に組み込む、Proteins, Structures and Molecular Principles(Creighton編、W.H.Freeman and Company、New York(1984));Introduction to Protein Structure(C.Branden and J. Tooze編、Garland Publishing、New York、N.Y.(1991));およびThorntonら、Nature 354:105頁(1991)に記載されている。
抗原結合性タンパク質配列
例示的な抗原結合性タンパク質(抗体)の軽鎖CDRおよび例示的な抗原結合性タンパク質(抗体)の重鎖CDRのアミノ酸配列は、コンセンサス軽鎖CDRおよび/またはコンセンサス重鎖CDR(図55の表19BおよびCならびに表20BおよびCを参照)として上に記載されている例示的な抗原結合性タンパク質に加えて、表2−7に示されている。CDRのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列も示されている(表2)。表3−7ならびに表A、BおよびCは、コンセンサス可変軽鎖配列および/またはコンセンサス可変重鎖配列(図55の表19Aおよび表20Aならびに図56および図57の表を参照)として上に記載されている例示的 抗原結合性タンパク質に加えて、例示的な抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)のVHおよびVLのアミノ酸配列をさらに提供する。表3は、例示的な抗体の可変軽および可変重ドメインのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド(DNA)配列をさらに提供する。
本発明の抗原結合性タンパク質の特定の実施形態は、本明細書において表2−7および下表A−Cに例証されているCDRおよび/またはFR(フレームワーク領域)の1つ以上のアミノ酸配列と同一である1つ以上のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている軽鎖CDR1配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている軽鎖CDR2配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている軽鎖CDR3配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている重鎖CDR1配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている重鎖CDR2配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書において図49の表2および下表Cに例証されている重鎖CDR3配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている軽鎖FR1配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている軽鎖FR2配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている軽鎖FR3配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている軽鎖FR4配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている重鎖FR1配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている重鎖FR2配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている重鎖FR3配列を含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、本明細書においてそれぞれ図50−図54の表3−7に例証されている重鎖FR4配列を含む。
別の実施形態では、抗原結合性タンパク質のCDR3配列の少なくとも1つは、図49の表2または下表Cに示す配列由来のCDR3配列から6、5、4、3、2、1または0個以下の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失によって異なる。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質の軽鎖CDR3配列は、図49の表2または下表Cに示す配列由来の軽鎖CDR3配列から6、5、4、3、2、1または0個以下の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失によって異なり、抗原結合性タンパク質の重鎖CDR3配列は、図49の表2または下表Cに示す配列由来の重鎖CDR3配列から6、5、4、3、2、1または0個以下の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失によって異なる。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図49の表2または下表Cに示す配列のCDR配列から6、5、4、3、2、1または0個の単一アミノ酸付加、置換および/または欠失によってそれぞれ独立して異なる、1、2、3、4または5個のCDR配列をさらに含む。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図49の表2または下表Cに記されている軽鎖可変領域のCDRおよび重鎖可変領域のCDRを含む。さらなる実施形態では、抗原結合性タンパク質は、図49の表2または下表Cにおける抗体のいずれか1つのCDRを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、ヒト抗体である。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、ヒト化抗体である。ある特定の実施形態では、VH CDRおよびVL CDRは、それぞれ図49−54の表2−7に示されている様式で対となる。
一実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1または0個の残基においてそれぞれ図50−図54の表3−7に列挙されている軽鎖可変ドメインの配列とは異なるアミノ酸の配列を含む軽鎖可変ドメインを含み、このような配列の差はそれぞれ独立して、1個のアミノ酸残基の欠失、挿入または置換のいずれかである。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1または0個の残基においてそれぞれ図50−図54の表3−7に列挙されている重鎖可変ドメインの配列とは異なるアミノ酸の配列を含む重鎖可変ドメインを含み、このような配列の差はそれぞれ独立して、1個のアミノ酸残基の欠失、挿入または置換のいずれかである。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、それぞれ図50−図54の表3−7に示されている様式で対にされている軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、下表A−Cに示されている様式で対にされている軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む。
特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、ヒトASGR−1に結合し、1個以上のVH CDR1(HCDR1)、VH CDR2(HCDR2)および/またはVH CDR3(HCDR3)を含有する重鎖可変ドメインを含み、VH CDR1(HCDR1)は、SEQ ID NO:5136、SEQ ID NO:50001、SEQ ID NO:50012およびSEQ ID NO:50468からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR2(HCDR2)は、SEQ ID NO:13148、SEQ ID NO:50002、SEQ ID NO:50014およびSEQ ID NO:50260からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR3(HCDR3)は、SEQ ID NO:21160、SEQ ID NO:50003およびSEQ ID NO:50470からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、ヒトASGR−1に結合し、1個以上のVL CDR1(LCDR1)、VL CDR2(LCDR2)および/またはVL CDR3(LCDR3)を含有する軽鎖可変ドメインを含み、VL CDR1(LCDR1)は、SEQ ID NO:1130、SEQ ID NO:50133、SEQ ID NO:50156およびSEQ ID NO:50162からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR2(LCDR2)は、SEQ ID NO:9142、SEQ ID NO:50157、SEQ ID NO:50163、SEQ ID NO:50229、SEQ ID NO:50619、SEQ ID NO:50643およびSEQ ID NO:50649からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR3 (LCDR3)は、SEQ ID NO:17154、SEQ ID NO:50134、SEQ ID NO:50164およびSEQ ID NO:50261からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、ヒトASGR−1に結合し、A)1個以上のVH CDR1(HCDR1)、VH CDR2(HCDR2)および/またはVH CDR3(HCDR3)を含有する重鎖可変ドメインであって、VH CDR1(HCDR1)が、SEQ ID NO:5136、SEQ ID NO:50001、SEQ ID NO:50012およびSEQ ID NO:50468からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR2(HCDR2)が、SEQ ID NO:13148、SEQ ID NO:50002、SEQ ID NO:50014およびSEQ ID NO:50260からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR3(HCDR3)が、SEQ ID NO:21160、SEQ ID NO:50003およびSEQ ID NO:50470からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する、重鎖可変ドメイン;ならびにB)1個以上のVL CDR1(LCDR1)、VL CDR2(LCDR2)および/またはVL CDR3(LCDR3)を含有する軽鎖可変ドメインであって、VL CDR1(LCDR1)が、SEQ ID NO:1130、SEQ ID NO:50133、SEQ ID NO:50156およびSEQ ID NO:50162からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR2(LCDR2)が、SEQ ID NO:9142、SEQ ID NO:50157、SEQ ID NO:50163、SEQ ID NO:50229、SEQ ID NO:50619、SEQ ID NO:50643およびSEQ ID NO:50649からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR3(LCDR3)が、SEQ ID NO:17154、SEQ ID NO:50134、SEQ ID NO:50164およびSEQ ID NO:50261からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する、軽鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、A)VH CDR1(HCDR1)、VH CDR2(HCDR2)およびVH CDR3(HCDR3)を含有する重鎖可変ドメインであって、VH CDR1(HCDR1)が、SEQ ID NO:5136、SEQ ID NO:50001、SEQ ID NO:50012およびSEQ ID NO:50468からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR2(HCDR2)が、SEQ ID NO:13148、SEQ ID NO:50002、SEQ ID NO:50014およびSEQ ID NO:50260からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VH CDR3(HCDR3)が、SEQ ID NO:21160、SEQ ID NO:50003およびSEQ ID NO:50470からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する、重鎖可変ドメイン;ならびにB)VL CDR1(LCDR1)、VL CDR2(LCDR2)およびVL CDR3(LCDR3)を含有する軽鎖可変ドメインであって、VL CDR1(LCDR1)が、SEQ ID NO:1130、SEQ ID NO:50133、SEQ ID NO:50156およびSEQ ID NO:50162からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR2(LCDR2)が、SEQ ID NO:9142、SEQ ID NO:50157、SEQ ID NO:50163、SEQ ID NO:50229、SEQ ID NO:50619、SEQ ID NO:50643およびSEQ ID NO:50649からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有し;VL CDR3(LCDR3)が、SEQ ID NO:17154、SEQ ID NO:50134、SEQ ID NO:50164およびSEQ ID NO:50261からなる群から選択されるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列、またはこれと比較して3個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を含むアミノ酸配列を有する、軽鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、A)VH CDR1(HCDR1)、VH CDR2(HCDR2)およびVH CDR3(HCDR3)を含有する重鎖可変ドメインであって、VH CDR1(HCDR1)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:5136、SEQ ID NO:50001、SEQ ID NO:50012およびSEQ ID NO:50468からなる群から選択され;VH CDR2(HCDR2)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:13148、SEQ ID NO:50002、SEQ ID NO:50014およびSEQ ID NO:50260からなる群から選択され;VH CDR3(HCDR3)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:21160、SEQ ID NO:50003およびSEQ ID NO:50470からなる群から選択される、重鎖可変ドメイン;ならびにB)VL CDR1(LCDR1)、VL CDR2(LCDR2)およびVL CDR3(LCDR3)を含有する軽鎖可変ドメインであって、VL CDR1(LCDR1)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:1130、SEQ ID NO:50133、SEQ ID NO:50156およびSEQ ID NO:50162からなる群から選択され;VL CDR2(LCDR2)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:9142、SEQ ID NO:50157、SEQ ID NO:50163、SEQ ID NO:50229、SEQ ID NO:50619、SEQ ID NO:50643およびSEQ ID NO:50649からなる群から選択され;VL CDR3(LCDR3)アミノ酸配列が、SEQ ID NO:17154、SEQ ID NO:50134、SEQ ID NO:50164およびSEQ ID NO:50261からなる群から選択される、軽鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:5136に記されているアミノ酸配列を有するVH CDR1;SEQ ID NO:13148に記されているアミノ酸配列を有するVH CDR2;SEQ ID NO:21160に記されているアミノ酸配列を有するVH CDR3;SEQ ID NO:1130に記されているアミノ酸配列を有するVL CDR1;SEQ ID NO:9142に記されているアミノ酸配列を有するVL CDR2;およびSEQ ID NO:17154に記されているアミノ酸配列を有するVL CDR3を含有する、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含む。
特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、a)SEQ ID NO:25164もしくはSEQ ID NO:50326に記されているアミノ酸配列から10個以下もしくは5個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン;b)SEQ ID NO:29170もしくはSEQ ID NO:50266に記されているアミノ酸配列から10個以下もしくは5個以下のアミノ酸付加/挿入、欠失もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン;またはc)a)の軽鎖可変ドメインおよびb)の重鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:25164またはSEQ ID NO:50326に記されているアミノ酸配列を有する軽鎖可変(varable)ドメイン;およびSEQ ID NO:29170またはSEQ ID NO:50266に記されているアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:50326に記されているアミノ酸配列を有する軽鎖可変(varable)ドメイン;およびSEQ ID NO:50266に記されているアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、SEQ ID NO:25164に記されているアミノ酸配列を有する軽鎖可変(varable)ドメイン;およびSEQ ID NO:29170に記されているアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含む。
4A2として同定された抗原結合性タンパク質に関する特異的な実施形態は、上に詳細に記されているが、本発明の実施形態は、この個々の実施形態の範囲内に限定されると意図されない。4A2を対象とする実施形態は、個々の実施形態の単一の例証として単に意図される。本発明の実施形態が、それぞれ図49−図57の表2−7、ならびに図55の表19A−Cおよび表20A−C、図56および図57の表21−134ならびに表A、BおよびCに記されている、1個以上のVH CDR1(HCDR1)、VH CDR2(HCDR2)および/またはVH CDR3(HCDR3)を含有する重鎖可変ドメイン、および/または1個以上のVL CDR1(LCDR1)、VL CDR2(LCDR2)および/またはVL CDR3(LCDR3)を含有する軽鎖可変ドメインを含む抗原結合性タンパク質を含むことが十分に予想される。
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上述の例示的な実施形態では、抗原結合性タンパク質は、様々な所望の種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への所望の結合を維持する。
別の実施形態では、軽鎖可変ドメインは、上に列挙されている軽鎖可変ドメインの配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一であるアミノ酸の配列を含む。
別の実施形態では、軽鎖可変ドメインは、上に列挙されているポリヌクレオチド配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一であるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列を含む。別の実施形態では、軽鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列から選択される軽鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチドの相補体に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ポリヌクレオチドによってコードされる、アミノ酸の配列を含む。別の実施形態では、軽鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列からなる群から選択される軽鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチドの相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ポリヌクレオチドによってコードされる、アミノ酸の配列を含む。
別の実施形態では、重鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列から選択される重鎖可変ドメインの配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一であるアミノ酸の配列を含む。別の実施形態では、重鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列から選択される重鎖可変ドメインをコードするヌクレオチド配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一であるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列を含む。別の実施形態では、重鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列から選択される重鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチドの相補体に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸の配列を含む。別の実施形態では、重鎖可変ドメインは、上に列挙されている配列から選択される重鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチドの相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ポリヌクレオチドによってコードされる、アミノ酸の配列を含む。
上述の例示的な実施形態では、抗原結合性タンパク質は、様々な所望の種のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への所望の結合を維持する。
本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、本技術分野で公知の任意の定常領域を含むことができる。軽鎖定常領域は、例えば、カッパーまたはラムダ型の軽鎖定常領域、例えば、ヒトカッパーまたはラムダ型の軽鎖定常領域であってもよい。重鎖定常領域は、例えば、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマまたはミュー型の重鎖定常領域、例えば、ヒトアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマまたはミュー型の重鎖定常領域であってもよい。
目的の抗体から異なるサブクラスまたはアイソタイプの抗体を得るための技法、すなわち、サブクラススイッチングが知られている。よって、IgG抗体が、例えば、IgM抗体に由来することができ、逆もまた同じである。このような技法は、所定の抗体(親抗体)の抗原結合特性を保有するが、親抗体のものとは異なる抗体アイソタイプまたはサブクラスに関連する生物学的特性も示す、新たな抗体の調製を可能にする。組換えDNA技法を用いることができる。特定の抗体ポリペプチドをコードするクローニングされたDNA、例えば、所望のアイソタイプの抗体の定常ドメインをコードするDNAは、このような手順において用いることができる。Lanittoら、Methods Mol.Biol.178:303−16頁(2002)も参照されたい。
一実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、定常軽鎖カッパーもしくはラムダドメインまたはこれらの断片をさらに含む。軽鎖定常領域およびこれをコードするポリヌクレオチドの例示的な配列は、下表15に提供されており、一般に本技術分野で周知である。別の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、表15に提供されているIgG1またはIgG2重鎖定常領域のような、重鎖定常ドメインまたはその断片をさらに含む。
本発明の抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、所望のアイソタイプ(例えば、IgA、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgEおよびIgD)を有するものと共に、それらのFabまたはF(ab’)2断片を含む。さらに、IgG4が望まれる場合、Bloomら、1997、Protein Science 6:407頁(参照により本明細書に組み込む)に記載されている通りにヒンジ領域に点突然変異を導入して、IgG4抗体に不均一性をもたらし得るH鎖内ジスルフィド結合を形成する傾向を軽減することが望まれる場合もある。
抗体の生成
本発明の抗体は、当業者に周知の技法によって調製することができる。例えば、これは、動物(例えば、マウスまたはラットまたはウサギ)を免疫化し、次いで免疫化スケジュールの完了後にこの動物から収集された脾臓細胞を不死化することにより為される。脾臓細胞は、本技術分野で公知の任意の技法を使用して、例えば、これを骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマを産生することにより、不死化することができる。例えば、Antibodies;HarlowおよびLane、Cold Spring Harbor Laboratory Press、第1版、例えば1988年からまたは第2版、例えば、2014年から)を参照されたい。
一実施形態では、ヒト化モノクローナル抗体は、マウス抗体の可変ドメイン(またはその抗原結合部位の全体もしくは一部)およびヒト抗体に由来する定常ドメインを含む。代わりに、ヒト化抗体断片は、マウスモノクローナル抗体の抗原結合部位およびヒト抗体に由来する可変ドメイン断片(抗原結合部位を欠く)を含むことができる。遺伝子操作されたモノクローナル抗体の産生のための手順は、Riechmannら、1988、Nature 332:323頁、Liuら、1987、Proc.Nat.Acad.Sci.USA 84:3439頁、Larrickら、1989、Bio/Technology 7:934頁およびWinterら、1993、TIPS 14:139頁に記載されている手順を含む。一実施形態では、キメラ抗体は、CDRグラフト抗体である。抗体をヒト化するための技法は、例えば、米国特許第5,869,619号;同第5,225,539号;同第5,821,337号;同第5,859,205号;同第6,881,557号、Padlanら、1995、FASEB J.9:133−39頁、Tamuraら、2000、J.Immunol.164:1432−41頁、Zhang,W.ら、Molecular Immunology.42(12):1445−1451頁、2005;Hwang W.ら、Methods.36(1):35−42頁、2005;Dall’Acqua WFら、Methods 36(1):43−60頁、2005;およびClark,M.、Immunology Today.21(8):397−402頁、2000に記述されている。
本発明の抗体は、完全にヒトモノクローナル抗体となることもできる。完全にヒトモノクローナル抗体は、当業者が熟知するあらゆる技法によって生成することができる。そのような方法として、ヒト末梢血細胞(例えば、Bリンパ球を含有)のエプスタイン・バーウイルス(EBV)形質転換、ヒトB細胞のインビトロ免疫化、挿入されたヒト免疫グロブリン遺伝子を保有する免疫化トランスジェニックマウス由来の脾臓細胞の融合、ヒト免疫グロブリンV領域ファージライブラリーからの単離、または本技術分野で公知の、本明細書における開示に基づく他の手順が挙げられるがこれらに限定されない。
非ヒト動物においてヒトモノクローナル抗体を生成するための手順が開発された。例えば、様々な手段によって1つ以上の内因性免疫グロブリン遺伝子が不活性化されたマウスが調製された。ヒト免疫グロブリン遺伝子がマウスに導入されて、不活性化されたマウス遺伝子が置き換えられた。この技法において、ヒト重鎖および軽鎖遺伝子座のエレメントが、内因性重鎖および軽鎖遺伝子座の標的化された撹乱を含有する胚性幹細胞株に由来するマウスの系統に導入される(Bruggemannら、Curr.Opin.Biotechnol.8:455−58頁(1997)も参照)。例えば、ヒト免疫グロブリン導入遺伝子は、ミニ遺伝子構築物または酵母人工染色体における転座となることができ、これは、マウスリンパ系組織においてB細胞特異的DNA再編成および高頻度突然変異を起こす。
動物において産生された抗体は、動物に導入されたヒト遺伝材料によってコードされるヒト免疫グロブリンポリペプチド鎖を取り込む。一実施形態では、トランスジェニックマウスのような非ヒト動物は、好適な免疫原により免疫化される。
ヒトまたは部分的にヒト抗体の産生のためのトランスジェニック動物の産生および使用のための技法の例は、米国特許第5,814,318号、同第5,569,825号および同第5,545,806号、Davisら、Production of human antibodies from transgenic mice、Lo編、Antibody Engineering: Methods and Protocols、Humana Press、NJ:191−200頁(2003)、Kellermannら、2002、Curr Opin Biotechnol.13:593−97頁、Russelら、2000、Infect Immun.68:1820−26頁、Galloら、2000、Eur J Immun.30:534−40頁、Davisら、1999、Cancer Metastasis Rev.18:421−25頁、Green、1999、J Immunol Methods.231:11−23頁、Jakobovits、1998、Advanced Drug Delivery Reviews 31:33−42頁、Greenら、1998、J Exp Med.188:483−95頁、Jakobovits A、1998、Exp.Opin.Invest.Drugs.7:607−14頁、Tsudaら、1997、Genomics.42:413−21頁、Mendezら、1997、Nat Genet.15:146−56頁、Jakobovits、1994、Curr Biol.4:761−63頁、Arbonesら、1994、Immunity.1:247−60頁、Greenら、1994、Nat Genet.7:13−21頁、Jakobovitsら、1993、Nature.362:255−58頁、Jakobovitsら、1993、Proc Natl Acad Sci U S A.90:2551−55頁、Chen,J.、M.Trounstine、F.W.Alt、F.Young、C.Kurahara、J.Loring、D.Huszar.「Immunoglobulin gene rearrangement in B−cell deficient mice generated by targeted deletion of the JH locus.」International Immunology 5(1993):647−656頁、Choiら、1993、Nature Genetics 4:117−23頁、Fishwildら、1996、Nature Biotechnology 14:845−51頁、Hardingら、1995、Annals of the New York Academy of Sciences、Lonbergら、1994、Nature 368:856−59頁、Lonberg、1994、Transgenic Approaches to Human Monoclonal Antibodies in Handbook of Experimental Pharmacology 113:49−101頁、Lonbergら、1995、Internal Review of Immunology 13:65−93頁、Neuberger、1996、Nature Biotechnology 14:826頁、Taylorら、1992、Nucleic Acids Research 20:6287−95頁、Taylorら、1994、International Immunology 6:579−91頁、Tomizukaら、1997、Nature Genetics 16:133−43頁、Tomizukaら、2000、Proceedings of the National Academy of Sciences USA 97:722−27頁、Tuaillonら、1993、Proceedings of the National Academy of Sciences USA 90:3720−24頁およびTuaillonら、1994、Journal of Immunology 152:2912−20頁;Lonbergら、Nature 368:856頁、1994;Taylorら、Int.Immun.6:579頁、1994;米国特許第5,877,397号;Bruggemannら、1997 Curr.Opin.Biotechnol.8:455−58頁;Jakobovitsら、1995 Ann.N.Y.Acad.Sci.764:525−35頁に記載されている。加えて、Xenomouse(登録商標)(Abgenix、現在はAmgen、Inc.)が関与するプロトコールは、例えば、U.S.05/0118643およびWO05/694879、WO98/24838、WO00/76310および米国特許第7,064,244号に記載されている。
免疫化トランスジェニックマウス由来のリンパ系細胞は、例えば、骨髄腫細胞と融合されて、ハイブリドーマを産生する。ハイブリドーマ産生融合手順における使用のための骨髄腫細胞は、好ましくは、非抗体産生性であり、高い融合効率を有し、酵素欠乏性であり、これにより、ある特定の選択的培地において成長することができなくなり、所望の融合細胞(ハイブリドーマ)のみの成長を支持する。このような融合における使用に適した細胞株の例として、Sp−20、P3−X63/Ag8、P3−X63−Ag8.653、NS1/1.Ag 4 1、Sp210−Ag14、FO、NSO/U、MPC−11、MPC11−X45−GTG 1.7およびS194/5XX0 Bulが挙げられる;ラット融合において使用される細胞株の例として、R210.RCY3、Y3−Ag 1.2.3、IR983Fおよび4B210が挙げられる。細胞融合に有用な他の細胞株は、U−266、GM1500−GRG2、LICR−LON−HMy2およびUC729−6である。
リンパ系(例えば、脾臓)細胞および骨髄腫細胞は、ポリエチレングリコールまたは非イオン性界面活性剤のような膜融合促進剤と数分間一緒にし、次いでハイブリドーマ細胞の成長を支持するが、融合されていない骨髄腫細胞の成長を支持しない選択的培地上に低密度で蒔くことができる。選択培地の1種は、HAT(ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン)である。十分な時間、通常、約1から2週間の後に、細胞のコロニーが観察される。単一コロニーが単離され、細胞によって産生された抗体が、本技術分野で公知であり本明細書に記載されている種々のイムノアッセイのいずれか1種を使用して、例えば、ヒトASGR−1への結合活性に関して、検査され得る。ハイブリドーマがクローニングされ(例えば、限界希釈クローニングまたは軟寒天プラーク単離により)、例えば、ヒトASGR−1に特異的な抗体を産生する陽性クローンが選択され、培養される。ハイブリドーマ培養物由来のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ培養物の上清から単離することができる。よって、本発明は、細胞の染色体中に、本発明の抗原結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むハイブリドーマを提供する。このようなハイブリドーマは、本明細書に記載されている本技術分野で公知の方法に従って培養され得る。
本発明のヒト抗体を生成するための別の方法は、EBV形質転換によってヒト末梢血細胞を不死化するステップを含む。例えば、米国特許第4,464,456号を参照されたい。例えば、ヒトASGR−1に特異的に結合するモノクローナル抗体を産生するこのような不死化B細胞株(またはリンパ芽球様細胞株)は、本明細書に提供されている免疫検出方法、例えば、ELISAによって同定し、次いで標準クローニング技法によって単離することができる。抗体を産生するリンパ芽球様細胞株の安定性は、本技術分野で公知の方法に従って、形質転換された細胞株をマウス骨髄腫と融合して、マウス−ヒトハイブリッド細胞株を産生することにより改善することができる(例えば、Glaskyら、Hybridoma 8:377−89頁(1989)を参照)。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのさらに別の方法は、ヒト脾臓B細胞を抗原で刺激し、続いて抗原刺激されたB細胞をヘテロハイブリッド融合パートナーと融合するステップを含む、インビトロ免疫化である。例えば、Boernerら、1991 J.Immunol.147:86−95頁を参照されたい。
ある特定の実施形態では、本技術分野で公知の(WO92/02551;米国特許第5,627,052号;Babcookら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:7843−48頁(1996))および本明細書に記載されている分子生物学技法に従って、所望の抗体を産生しているB細胞が選択され、このB細胞から軽鎖および重鎖可変領域がクローニングされる。免疫化された動物由来のB細胞は、所望の抗体を産生している細胞を選択することにより、脾臓、リンパ節または末梢血試料から単離することができる。B細胞は、ヒトから、例えば、末梢血試料から単離することもできる。所望の特異性を有する抗体を産生している単一のB細胞を検出するための方法は、本技術分野で周知であり、例えば、プラーク形成、蛍光標識細胞分取、インビトロ刺激に続く特異的抗体の検出その他によって為される。特異的抗体産生B細胞の選択のための方法は、例えば、抗原を含有する軟寒天におけるB細胞の単細胞懸濁液を調製するステップを含む。B細胞によって産生された特異的抗体の、抗原への結合は、免疫沈降物として目に見えることがある複合体の形成をもたらす。所望の抗体を産生しているB細胞が選択された後に、特異的抗体遺伝子は、本技術分野で公知であり本明細書に記載されている方法に従ってDNAまたはmRNAを単離および増幅することにより、クローニングすることができる。
本発明の抗体を得るためのさらなる方法は、ファージディスプレイによって為される。例えば、Winterら、1994 Annu.Rev.Immunol.12:433−55頁;Burtonら、1994 Adv.Immunol.57:191−280頁を参照されたい。ヒトまたはマウス免疫グロブリン可変領域遺伝子コンビナトリアルライブラリーは、ファージベクターにおいて作製することができ、これをスクリーニングして、TGF−ベータ結合タンパク質またはそのバリアントもしくは断片に特異的に結合するIg断片(Fab、Fv、sFvまたはこれらの多量体)を選択することができる。例えば、米国特許第5,223,409号;Huseら、1989 Science 246:1275−81頁;Sastryら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:5728−32頁(1989);Alting−Meesら、Strategies in Molecular Biology 3:1−9頁(1990);Kangら、1991 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:4363−66頁;Hoogenboomら、1992 J.Molec.Biol.227:381−388頁;Schlebuschら、1997 Hybridoma 16:47−52頁およびこれらの中で引用されている参考文献を参照されたい。例えば、Ig可変領域断片をコードする複数のポリヌクレオチド配列を含有するライブラリーは、M13またはそのバリアントのような糸状バクテリオファージのゲノム内に、ファージコートタンパク質をコードする配列とインフレームで挿入され得る。融合タンパク質は、コートタンパク質と軽鎖可変領域ドメインおよび/または重鎖可変領域ドメインとの融合体となり得る。ある特定の実施形態において、免疫グロブリンFab断片が、ファージ粒子上にディスプレイされてもよい(例えば、米国特許第5,698,426号を参照)。
重鎖および軽鎖免疫グロブリンcDNA発現ライブラリーは、例えば、λlmmunoZap(商標)(H)およびλImmunoZap(商標)(L)ベクター(Stratagene、La Jolla、California)を使用して、ラムダファージにおいて調製することもできる。手短にいうと、mRNAがB細胞集団から単離され、λImmunoZap(H)およびλImmunoZap(L)ベクターにおける重鎖および軽鎖免疫グロブリンcDNA発現ライブラリーの作製に使用される。これらのベクターは、個々にスクリーニングされても、同時発現されて、Fab断片または抗体を形成してもよい(Huseら、上記参照;また、Sastryら、上記参照)。陽性プラークはその後、E.コリからのモノクローナル抗体断片の高レベル発現を可能にする非溶解性プラスミドへと変換されてもよい。
一実施形態では、ハイブリドーマにおいて、目的のモノクローナル抗体を発現する遺伝子の可変領域が、ヌクレオチドプライマーを使用して増幅される。このようなプライマーは、当業者によって合成されても、市販の供給源から購入されてもよい(例えば、とりわけVHa、VHb、VHc、VHd、CH1、VおよびC領域のプライマーを含む、マウスおよびヒト可変領域のプライマーを販売する、Stratagene(La Jolla、California)を参照)。これらのプライマーを使用して、重鎖または軽鎖可変領域を増幅し、次いでこれらをそれぞれImmunoZAP(商標)HまたはImmunoZAP(商標)L(Stratagene)のようなベクターに挿入することができる。次に、これらのベクターは、E.コリ、酵母または哺乳動物に基づく発現系に導入されてもよい。VおよびVドメインの融合体を含有する大量の単鎖タンパク質は、これらの方法を使用して産生され得る(Birdら、Science 242:423−426頁、1988を参照)。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、「重鎖のみ」抗体または「HCAb」を産生するトランスジェニック動物(例えば、マウス)から得られる。HCAbは、天然起源のラクダおよびラマ単鎖VHH抗体に類似している。
例えば、米国特許第8,507,748号および同第8,502,014号ならびに米国特許出願公開番号US2009/0285805A1、US2009/0169548A1、US2009/0307787A1、US2011/0314563A1、US2012/0151610A1、WO2008/122886A2およびWO2009/013620A2を参照されたい。
上述の免疫化および他の技法のいずれかを使用して、本発明に係る抗体を産生する細胞が得られたら、特異的抗体遺伝子は、本明細書に記載されている標準手順に従って、細胞からDNAまたはmRNAを単離および増幅することによりクローニングすることができる。それから産生された抗体を配列決定することができ、同定されたCDRおよびCDRをコードするDNAを以前に記載された通りに遺伝子操作して、本発明に係る他の抗体を生成することができる。
ある特定の実施形態では、抗体は、先ず、例えば、ヒトASGR、ヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2を発現している細胞に結合し、かつ/または本願に記載されている抗体と結合に関して競合する抗体を、同定することにより生成される。
抗体のような一部のタンパク質が、種々の翻訳後修飾を受ける場合があることが、当業者によって理解される。このような修飾の種類および程度は、多くの場合、タンパク質の発現に使用された宿主細胞株および培養条件に依存する。そのような修飾は、グリコシル化、メチオニン酸化、ジケトピペラジン(diketopiperizine)形成、アスパラギン酸異性化およびアスパラギン脱アミドにおける変種を含むことができる。高頻度の修飾は、カルボキシペプチダーゼの作用によるカルボキシ末端塩基性残基(リシンまたはアルギニンのような)の損失である(Harris, R.J.、Journal of Chromatography 705:129−134頁、1995に記載)。
マウスモノクローナル抗体の産生のための代替方法は、同一遺伝子マウス、例えば、モノクローナル抗体を含有する腹水の形成を促進するように処置された(例えば、プリスタンで抗原刺激された)マウスの腹腔内にハイブリドーマ細胞を注射することである。モノクローナル抗体は、種々の十分に確立された技法によって単離および精製され得る。このような単離技法は、プロテインAセファロースによる親和性クロマトグラフィー、分子ふるいクロマトグラフィーおよびイオン交換クロマトグラフィーを含む(例えば、Coligan、2.7.1−2.7.12頁および2.9.1−2.9.3頁;Bainesら「Purification of Immunoglobulin G (IgG)」、Methods in Molecular Biology、10巻、79−104頁(The Humana Press、Inc.1992)を参照)。モノクローナル抗体は、抗体の特定の特性(例えば、重鎖または軽鎖アイソタイプ、結合特異性等)に基づき選択された適切なリガンドを使用した親和性クロマトグラフィーによって精製され得る。固体支持体に固定化された好適なリガンドの例として、プロテインA、プロテインG、抗定常領域(軽鎖または重鎖)抗体、抗イディオタイプ抗体およびTGF−ベータ結合タンパク質、またはこれらの断片もしくはバリアントが挙げられる。
抗体結合部位の中央における相補性決定領域(CDR)の分子進化も、増加した親和性を有する抗体の単離に使用されており、例えば、Schierら、1996、J.Mol.Biol.263:551頁によって記載されているものが挙げられる。したがって、このような技法は、本発明の抗体の調製において有用である。
ヒト抗体、部分的ヒト抗体またはヒト化抗体は、多くの適用、特に、ヒト対象への抗体の投与が関与する適用に適しているが、他の種類の抗原結合性タンパク質は、ある特定の適用に適する。本発明の非ヒト抗体は、例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヤギ、ロバまたは非ヒト霊長類(例えば、カニクイザルまたはアカゲザルのようなサル)または類人猿(例えば、チンパンジー))のような抗体産生動物に由来することができる。本発明の非ヒト抗体は、例えば、インビトロおよび細胞培養に基づく適用において、または本発明の抗体に対する免疫応答が、発生しないか、有意でないか、予防され得るか、懸念とならないか、もしくは望ましい、他の任意の適用において使用することができる。特定の種由来の抗体は、例えば、当該種の動物を所望の免疫原で免疫化することにより、または当該種の抗体を生成するための人工の系(例えば、特定の種の抗体を生成するための細菌またはファージディスプレイに基づく系)を使用することにより、または例えば、抗体の定常領域を他の種由来の定常領域に置き換えることにより、もしくは他の種由来の抗体の配列により著しく類似するように抗体の1個以上のアミノ酸残基を置き換えることによってある1種由来の抗体を別の種由来の抗体に変換することにより、作製することができる。一実施形態では、抗体は、2以上の異なる種由来の抗体に由来するアミノ酸配列を含むキメラ抗体である。
抗体は、多数の他の従来技法のいずれかによって調製することもできる。例えば、抗体は、これを天然に発現する細胞から精製されてもよく(例えば、抗体は、これを産生するハイブリドーマから精製されてもよく)、または本技術分野で公知の任意の技法を使用して組換え発現系において産生されてもよい。例えば、Monoclonal Antibodies, Hybridomas: A New Dimension in Biological Analyses、Kennethら(編)、Plenum Press、New York(1980); and Antibodies: A Laboratory Manual、HarlowおよびLand(編)、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、NY(1988)を参照されたい。
上述のCDRのうち1種以上を含有する本発明に係る抗体の親和性を改善することが望まれる場合、これは、CDRの維持(Yangら、J.Mol.Biol.、254、392−403頁、1995)、鎖シャッフリング(Marksら、Bio/Technology、10、779−783頁、1992)、E.コリの突然変異系統の使用(Lowら、J.Mol.Biol.、250、350−368頁、1996)、DNAシャッフリング(Pattenら、Curr.Opin.Biotechnol.、8、724−733頁、1997)、ファージディスプレイ(Thompsonら、J.Mol.Biol.、256、7−88頁、1996)および追加的なPCR技法(Crameriら、Nature、391、288−291頁、1998)を含む、多数の親和性成熟プロトコールによって得ることができる。これらの親和性成熟方法は全て、Vaughanら(Nature Biotechnology、16、535−539頁、1998)によって記述されている。
単鎖抗体は、アミノ酸架橋(短いペプチドリンカー)を介して重鎖および軽鎖可変ドメイン(Fv領域)断片を連結し、単一ポリペプチド鎖をもたらすことによって形成され得る。このような単鎖Fv(scFv)は、2つの可変ドメインポリペプチド(VおよびV)をコードするDNAの間にペプチドリンカーをコードするDNAを融合することによって調製された。その結果得られるポリペプチドは、2つの可変ドメインの間の可動性リンカーの長さに応じて、自分自身で折り畳み、抗原結合性単量体を形成してもよく、または多量体(例えば、二量体、三量体または四量体)を形成してもよい(Korttら、1997、Prot.Eng.10:423頁;Korttら、2001、Biomol.Eng.18:95−108頁)。異なるVおよびVを含むポリペプチドを組み合わせることにより、異なるエピトープに結合する多量体scFvを形成することができる(Kriangkumら、2001、Biomol.Eng.18:31−40頁)。単鎖抗体の産生のために開発された技法は、米国特許第4,946,778号;Bird、1988、Science 242:423頁;Hustonら、1988、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879頁;Wardら、1989、Nature 334:544頁、de Graafら、2002、Methods Mol Biol.178:379−87頁に記載されている技法を含む。
抗体に由来する抗原結合性断片は、例えば、抗体のタンパク質分解性加水分解、例えば、従来方法に従った抗体全体のペプシンまたはパパイン消化によって得ることもできる。例として、抗体断片は、ペプシンによる抗体の酵素切断によって産生されて、F(ab’)と命名される5S断片をもたらすことができる。この断片は、チオール還元剤を使用してさらに切断されて、3.5S Fab’一価断片を産生することができる。任意選択的に、切断反応は、ジスルフィド連結の切断に起因するスルフヒドリル基のためのブロッキング基を使用して行うことができる。代案として、パパインを使用した酵素切断は、2個の一価Fab断片およびFc断片を直接的に産生する。これらの方法は、例えば、Goldenberg、米国特許第4,331,647号、Nisonoffら、Arch.Biochem.Biophys.89:230頁、1960;Porter、Biochem.J.73:119頁、1959;Edelmanら、Methods in Enzymology 1:422頁(Academic Press 1967);ならびにAndrews、S.M.およびTitus、J.A.、Current Protocols in Immunology(Coligan J.E.ら編)、John Wiley&Sons、New York(2003)、2.8.1−2.8.10および2.10A.1−2.10A.5頁によって記載されている。断片が、インタクト抗体によって認識される抗原に結合する限りにおいて、重鎖の分離による一価軽−重鎖断片(Fd)の形成、断片のさらなる切断、または他の酵素的、化学的もしくは遺伝的技法のような抗体を切断するための他の方法を、使用することもできる。
抗原結合性タンパク質の別の例示的な形態は、抗体の1個以上の相補性決定領域(CDR)を含むペプチドである。CDRは、目的のCDRをコードするポリヌクレオチドを構築することにより得ることができる。このようなポリヌクレオチドは、例えば、鋳型として抗体産生細胞のmRNAを使用して、可変領域を合成するためのポリメラーゼ連鎖反応を使用することにより調製される(例えば、Larrickら、Methods: A Companion to Methods in Enzymology 2:106頁、1991;Courtenay−Luck「Genetic Manipulation of Monoclonal Antibodies」、Monoclonal Antibodies: Production, Engineering and Clinical Application、Ritterら(編)、166頁(Cambridge University Press 1995);およびWardら「Genetic Manipulation and Expression of Antibodies」、Monoclonal Antibodies: Principles and Applications、Birchら(編)、137頁(Wiley−Liss、Inc.1995)を参照)。抗体断片は、本明細書に記載されている抗体の少なくとも1個の可変領域ドメインをさらに含むことができる。よって、例えば、V領域ドメインは、単量体となることができ、本明細書に記載されている通り、少なくとも10−7M、またはそれを下回る親和性で、所望の標的(例えば、ヒトASGR−1)に独立して結合することができる、VまたはVドメインであってもよい。
可変領域は、任意の天然起源の可変ドメインまたはその遺伝子操作されたバージョンであってもよい。遺伝子操作されたバージョンとは、組換えDNA遺伝子操作技法を使用して作製された可変領域を意味する。このような遺伝子操作されたバージョンは、例えば、特異的抗体のアミノ酸配列におけるまたはそれに対する挿入、欠失または変化によって特異的抗体可変領域から作製されたものを含む。当業者は、図56の表21−48において陰影で描写されているアミノ酸残基のような、遺伝子操作に適切なアミノ酸残基を同定するためのいずれか公知の方法を使用することができる。追加的な例として、第1の抗体由来の少なくとも1個のCDRおよび任意選択的に1個以上のフレームワークアミノ酸、ならびに第2の抗体由来の可変領域ドメインの残りを含有する遺伝子操作された可変領域が挙げられる。抗体可変ドメインの遺伝子操作されたバージョンは、後述する実施例14に概要を述べる方法が挙げられるがこれらに限定されない、当業者が熟知するあらゆる技法によって生成され得る。
可変領域は、C末端アミノ酸において、少なくとも1個の他の抗体ドメインまたはその断片に共有結合により取り付けることができる。よって、例えば、可変領域に存在するVHは、免疫グロブリンCH1ドメインに連結することができる。同様に、Vドメインは、Cドメインに連結することができる。このようにして、例えば、抗体は、Fab断片となることができ、このFab断片において、抗原結合ドメインは、それらのC末端においてそれぞれCH1およびCドメインに共有結合により連結された、会合したVおよびVドメインを含有する。CH1ドメインは、さらに別のアミノ酸により延長されて、例えば、Fab’断片に存在するようなヒンジ領域もしくはヒンジ領域ドメインの部分をもたらすこと、または抗体CH2およびCH3ドメインのようなさらに別のドメインをもたらすことができる。
誘導体およびバリアント
本発明の抗体の対応するアミノ酸配列をコードする本発明の抗原結合性タンパク質のヌクレオチド配列は、例えば、ランダム突然変異誘発または部位指定突然変異誘発(例えば、オリゴヌクレオチド指定部位特異的突然変異誘発)によって変更されて、非突然変異ポリヌクレオチドと比較して1個以上の特定のヌクレオチド置換、欠失または挿入を含む、変更されたポリヌクレオチドを作製することができる。このような変更を作製するための技法の例は、Walderら、1986、Gene 42:133頁;Bauerら、1985、Gene 37:73頁;Craik, BioTechniques、1985年1月、12−19頁;Smithら、1981、Genetic Engineering: Principles and Methods、Plenum Press;ならびに米国特許第4,518,584号および同第4,737,462号に記載されている。上述および他の方法は、例えば、所望の特性、例えば、誘導体化されていない抗体と比較して、所望の標的に対する増加された親和性、アビディティーまたは特異性、インビボもしくはインビトロでの増加された活性もしくは安定性、または低下されたインビボ副作用を有する、抗原結合性タンパク質の誘導体の作製に使用され得る。
本発明の範囲内における抗原結合性タンパク質の他の誘導体は、ポリペプチドのN末端またはC末端に融合された異種ポリペプチドを含む組換え融合タンパク質の発現によるような、他のタンパク質またはポリペプチドとの抗原結合性タンパク質の共有結合または凝集性コンジュゲートを含む。例えば、コンジュゲートされたペプチドは、異種シグナル(またはリーダー)ポリペプチド、例えば、酵母アルファ−因子リーダー、またはエピトープタグのようなペプチドであってもよい。抗原結合性タンパク質含有融合タンパク質は、抗原結合性タンパク質の精製または同定を容易にするために付加されたペプチド(例えば、ポリ−His)を含むことができる。抗原結合性タンパク質は、Hoppら、Bio/Technology 6:1204頁、1988および米国特許第5,011,912号に記載されているFLAGペプチドに連結されてもよい。FLAGペプチドは、高度に抗原性であり、特異的モノクローナル抗体(mAb)によって可逆的に結合されるエピトープをもたらし、発現された組換えタンパク質の迅速なアッセイおよび手軽な精製を可能にする。FLAGペプチドが所定のポリペプチドに融合された融合タンパク質の調製に有用な試薬は、市販されている(Sigma、St.Louis、MO)。
別の実施形態では、本発明の範囲内の抗原結合性タンパク質は、抗体が非タンパク質性化学物質(薬物)にコンジュゲートされて、抗体薬物コンジュゲート(ADC)を形成した、抗体コンジュゲートを含む。一般に、ADCは、化学療法剤、例えば、細胞傷害性薬剤、細胞分裂阻害剤、毒素または放射性薬剤にコンジュゲートされた抗体を含む。リンカー分子は、抗体への薬物のコンジュゲートに使用され得る。ADC技術において有用な多種多様なリンカーおよび薬物は、本技術分野で公知であり、本発明の実施形態において使用され得る(全て参照により本明細書に組み込む、US20090028856、US2009/0274713、US2007/0031402、WO2005/084390、WO2009/099728、US5208020、US5416064、US5475092、5585499、6436931、6372738、および6340701を参照)。
別の実施形態では、1個以上の抗原結合性タンパク質を含有するオリゴマーが、本発明のある特定の実施形態で用いられてもよい。オリゴマーは、共有結合により連結されたかまたは非共有結合により連結された、二量体、三量体またはより高次のオリゴマーの形態であってもよい。2個以上の抗原結合性タンパク質を含むオリゴマーが、使用に考慮され、その一例は、ホモ二量体である。他のオリゴマーは、ヘテロ二量体、ホモ三量体、ヘテロ三量体、ホモ四量体、ヘテロ四量体等を含む。
一実施形態は、抗原結合性タンパク質に融合されたペプチド部分の間の共有結合または非共有結合相互作用により接続された複数の抗原結合性タンパク質を含むオリゴマーを対象とする。このようなペプチドは、ペプチドリンカー(スペーサー)、またはオリゴマー形成を促進する特性を有するペプチドとなり得る。ロイシンジッパーおよび抗体に由来するある特定のポリペプチドは、より詳細に後述する通り、それに取り付けられた抗原結合性タンパク質のオリゴマー形成を促進することができるペプチドの一種である。
特定の実施形態では、オリゴマーは、2から4個の抗原結合性タンパク質を含む。オリゴマーの抗原結合性タンパク質は、上述の形態のいずれか、例えば、バリアントのような、いかなる形態であってもよい。
一実施形態では、オリゴマーは、免疫グロブリンに由来するポリペプチドを使用して調製される。抗体由来ポリペプチド(Fcドメインを含む)の様々な部分に融合されたある特定の異種ポリペプチドを含む融合タンパク質の調製は、例えば、Ashkenaziら、1991、PNAS USA 88:10535頁;Byrnら、1990、Nature 344:677頁;およびHollenbaughら、1992「Construction of Immunoglobulin Fusion Proteins」、Current Protocols in Immunology、追補4号、10.19.1−10.19.11頁によって記載されている。
本発明の一実施形態は、抗ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2抗体の抗原結合性断片を抗体のFc領域に融合することにより作製された、2個の融合タンパク質を含む二量体を対象とする。例えば、融合タンパク質をコードする遺伝子融合体を適切な発現ベクターに挿入し、組換え発現ベクターで形質転換された宿主細胞において遺伝子融合体を発現させ、発現された融合タンパク質を抗体分子のようにアセンブルさせると、Fc部分間に鎖間ジスルフィド結合が形成されて、二量体を生じることにより、二量体を作製することができる。
用語「Fcポリペプチド」は、本明細書で使用される場合、抗体のFc領域に由来するネイティブおよびムテイン形態のポリペプチドを含む。二量体化を促進するヒンジ領域を含有するトランケートされた形態のこのようなポリペプチドも含まれる。Fc部分を含む融合タンパク質(およびこれらから形成されたオリゴマー)は、プロテインAまたはプロテインGカラム上の親和性クロマトグラフィーによる手軽な精製の利点を提供する。
PCT出願WO93/10151(参照により本明細書に組み込む)に記載されている好適なFcポリペプチドの1種は、ヒトIgG1抗体のFc領域のN末端ヒンジ領域からネイティブC末端へと延長する単鎖ポリペプチドである。別の有用なFcポリペプチドは、米国特許第5,457,035号およびBaumら、1994、EMBO J.13:3992−4001頁に記載されているFcムテインである。このムテインのアミノ酸配列は、アミノ酸19がLeuからAlaに変化し、アミノ酸20がLeuからGluに変化し、アミノ酸22がGlyからAlaに変化したことを除いて、WO93/10151に示されているネイティブFc配列のものと同一である。このムテインは、Fc受容体に対する親和性低下を示す。
一部の実施形態では、所望の抗体の重鎖および/または軽鎖の可変部分が、抗体重鎖および/または軽鎖の可変部分に代えて置換されていてもよい。
代わりに、オリゴマーは、ペプチドリンカー(スペーサーペプチド)ありまたはなしで、複数の抗原結合性タンパク質を含む融合タンパク質である。好適なペプチドリンカーのいくつかは、米国特許第4,751,180号および同第4,935,233号に記載されている。
オリゴマー抗原結合性タンパク質を調製するための別の方法は、ロイシンジッパーの使用を含む。ロイシンジッパードメインは、これが存在するタンパク質のオリゴマー形成を促進するペプチドである。ロイシンジッパーは本来、いくつかのDNA結合タンパク質において同定されており(Landschulzら、1988、Science 240:1759頁)、それ以来、種々の異なるタンパク質において見出されている。公知のロイシンジッパーの1種は、二量体化または三量体化した、天然起源のペプチドおよびその誘導体である。可溶性オリゴマータンパク質の産生に適したロイシンジッパードメインの例は、PCT出願WO94/10308に記載されており、肺サーファクタントタンパク質D(SPD)に由来するロイシンジッパーは、Hoppeら、1994、FEBS Letters 344:191頁に記載されており、これらの文献は、参照により本明細書に組み込む。融合した異種タンパク質の安定な三量体化を可能にする修飾されたロイシンジッパーの使用は、Fanslowら、1994、Semin.Immunol.6:267−78頁に記載されている。1つのアプローチにおいて、ロイシンジッパーペプチドに融合された所望の抗体断片または誘導体を含む組換え融合タンパク質が、好適な宿主細胞において発現され、形成された可溶性オリゴマー抗体断片または誘導体が、培養上清から回収される。
別の実施形態では、抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)は、その半減期を増強するための好適な媒体にコンジュゲートされていてもよい。好適な媒体として、Fc、アルブミン、トランスフェリンその他が挙げられるがこれらに限定されない。上述および他の好適な媒体は、本技術分野で公知である。このようなコンジュゲートされたCDRペプチドは、単量体、二量体、四量体または他の形態となり得る。一実施形態では、1個以上の水溶性ポリマーは、結合剤の1個以上の特異的な位置、例えば、アミノ末端において結合される。一例では、抗体誘導体は、ポリエチレングリコール、ポリオキシエチレングリコールまたはポリプロピレングリコールが挙げられるがこれらに限定されない、取り付けられた1個以上の水溶性ポリマーを含む。例えば、米国特許第4,640,835号、同第4,496,689号、同第4,301,144号、同第4,670,417号、同第4,791,192号および同第4,179,337号を参照されたい。ある特定の実施形態では、誘導体は、モノメトキシ−ポリエチレングリコール、デキストラン、セルロースまたは他の炭水化物に基づくポリマー、ポリ−(N−ビニルピロリドン)−ポリエチレングリコール、プロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド/エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール(例えば、グリセロール)およびポリビニルアルコールならびにこのようなポリマーの混合物のうち1種以上を含む。ある特定の実施形態では、1個以上の水溶性ポリマーは、1個以上の側鎖にランダムに取り付けられる。ある特定の実施形態では、PEGは、抗体のような結合剤の治療能力を改善するように作用することができる。ある特定のこのような方法は、例えば、任意の目的のため参照により本明細書に組み込む米国特許第6,133,426号に記述されている。ある特定の実施形態では、本発明の抗体は、ポリマー、脂質または他の部分と化学的に結合されていてもよい。
抗原結合性タンパク質をコードする核酸
別の実施形態では、本発明は、本発明の抗原結合性タンパク質をコードする単離された核酸分子を提供する。加えて、核酸を含むベクター、核酸を含む細胞、および本発明の抗原結合性タンパク質を作製する方法が提供される。核酸は、例えば、抗原結合性タンパク質の全体または一部、例えば、本発明の抗体の一方または両方の鎖、またはその断片、誘導体、ムテインもしくはバリアントをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを同定、解析、突然変異または増幅するための、ハイブリダイゼーションプローブ、PCRプライマーまたは配列決定プライマーとしての使用に十分なポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドの発現を阻害するためのアンチセンス核酸、および前述の相補的配列を含む。核酸は、所望の使用または機能の必要に応じていかなる長さであってもよく、1つ以上の追加的な配列、例えば、調節配列を含むことができる、および/またはより大型の核酸、例えば、ベクターの一部であってもよい。核酸は、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、RNAおよび/またはDNAヌクレオチドならびにこれらの人工バリアント(例えば、ペプチド核酸)を含むことができる。
抗体ポリペプチド(例えば、重鎖または軽鎖の可変ドメインのみまたは全長)をコードする核酸は、抗原により免疫化されたマウスのB細胞から単離することができる。核酸は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)のような従来手順によって単離することができる。
重鎖および軽鎖可変領域の可変領域をコードする核酸配列は、本明細書に含まれる。当業者であれば、遺伝暗号の縮重により、本明細書に開示されているポリペプチド配列のそれぞれが、多数の他の核酸配列によってコードされることを理解するであろう。本発明は、本発明の各抗原結合性タンパク質をコードする各縮重ヌクレオチド配列を提供する。
本発明は、特定のハイブリダイゼーション条件下で他の核酸にハイブリダイズする核酸をさらに提供する。核酸をハイブリダイズさせるための方法は、本技術分野で周知である。例えば、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley&Sons、N.Y.(1989)、6.3.1−6.3.6頁を参照されたい。本明細書で定義されている通り、例えば、中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、5×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)、0.5%SDS、1.0mM EDTA(pH8.0)を含有する予洗溶液、約50%ホルムアミド、6×SSCのハイブリダイゼーションバッファー、および55℃のハイブリダイゼーション温度(または約50%ホルムアミドを含有する溶液のような他の同様のハイブリダイゼーション溶液と、42℃のハイブリダイゼーション温度)、および60℃、0.5×SSC、0.1%SDSにおける洗浄条件を使用する。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、45℃で6×SSCにおいてハイブリダイズし、続いて68℃で0.1×SSC、0.2%SDSにおける1回以上の洗浄を行う。さらに、当業者は、典型的には、互いに少なくとも65、70、75、80、85、90、95、98または99%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸が互いにハイブリダイズを保ち続けるように、ハイブリダイゼーションおよび/または洗浄条件を操作して、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを増加または減少させることができる。ハイブリダイゼーション条件の選択に影響を与える基本的パラメータ、および好適な条件を考案するためのガイダンスは、例えば、Sambrook、FritschおよびManiatis(1989、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y.、第9および11章;およびCurrent Protocols in Molecular Biology、1995、Ausubelら編、John Wiley&Sons、Inc.、セクション2.10および6.3−6.4)によって記されており、例えば、DNAの長さおよび/または塩基組成に基づき、当業者によって容易に決定され得る。変化は、突然変異によって核酸に導入することができ、これにより、これがコードするポリペプチド(例えば、抗原結合性タンパク質)のアミノ酸配列に変化をもたらす。突然変異は、本技術分野で公知の任意の技法を使用して導入され得る。一実施形態では、1個以上の特定のアミノ酸残基は、例えば、部位指定突然変異誘発プロトコールを使用して変化させられる。別の実施形態では、1個以上のランダムに選択された残基は、例えば、ランダム突然変異誘発プロトコールを使用して変化させられる。これがどのような方法で作製されるにしても、突然変異体ポリペプチドは、発現されて、所望の特性に関してスクリーニングされ得る。
核酸がコードするポリペプチドの生物活性を有意に変更することなく、突然変異が核酸に導入されてもよい。例えば、必須でないアミノ酸残基にアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換を作製することができる。一実施形態では、本発明の抗体またはその所望の断片、バリアントもしくは誘導体の本明細書に提供されているヌクレオチド配列は、本発明の抗体の軽鎖または本発明の抗体の重鎖に関して本明細書に示されている、2つ以上の配列が異なっている場所であるアミノ酸残基の1個以上の欠失または置換を含む、アミノ酸配列をコードするように突然変異されている。別の実施形態では、突然変異誘発は、本発明の抗体の軽鎖または本発明の抗体の重鎖に関して本明細書に示されている、2つ以上の配列が異なっている場所である1個以上のアミノ酸残基に隣接して、アミノ酸を挿入する。あるいは、コードするポリペプチドの生物活性を選択的に変化させる、1個以上の突然変異が核酸に導入されてもよい。
別の実施形態では、本発明は、本発明のポリペプチドまたはその部分をコードする核酸を含むベクターを提供する。ベクターの例として、プラスミド、ウイルスベクター、非エピソーム哺乳動物ベクターおよび発現ベクター、例えば、組換え発現ベクターが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に好適な形態の本発明の核酸を含むことができる。組換え発現ベクターは、発現させようとする核酸配列に作動可能に連結した、発現に使用される宿主細胞に基づいて選択された1個以上の調節配列を含む。調節配列は、多くの種類の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を方向づける配列(例えば、SV40初期遺伝子エンハンサー、ラウス肉腫ウイルスプロモーターおよびサイトメガロウイルスプロモーター)、ある特定の宿主細胞においてのみヌクレオチド配列の発現を方向づける配列(例えば、組織特異的調節配列、参照によりそれらの全体を本明細書に組み込むVossら、1986、Trends Biochem.Sci.11:287頁、Maniatisら、1987、Science 236:1237頁を参照)、および特定の処理または条件に応答したヌクレオチド配列の誘導性発現を方向づける配列(例えば、哺乳動物細胞におけるメタロチオネイン(metallothionin)プロモーターならびに原核生物および真核生物系の両方におけるtet応答性および/またはストレプトマイシン応答性プロモーター(id.参照))を含む。当業者であれば、発現ベクターの設計が、形質転換しようとする宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベル等のような因子に依存し得ることが理解できよう。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入されることにより、本明細書に記載されている核酸によってコードされる融合タンパク質またはペプチドを含むタンパク質またはペプチドを、産生することができる。
別の実施形態では、本発明は、本発明の組換え発現ベクターが導入された宿主細胞を提供する。宿主細胞は、任意の原核細胞または真核細胞となり得る。原核宿主細胞は、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば、E.コリまたは桿菌を含む。高等真核細胞は、昆虫細胞、酵母細胞、および哺乳動物起源の樹立細胞株を含む。好適な哺乳動物宿主細胞株の例として、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、または無血清培地において成長するVeggie CHOおよび関連細胞株(Rasmussenら、1998、Cytotechnology 28:31頁を参照)もしくはDHFRが欠損したCHO系統DXB−11(Urlaubら、1980、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216−20頁を参照)のようなその誘導体が挙げられる。さらなるCHO細胞株は、CHO−K1(ATCC#CCL−61)、EM9(ATCC#CRL−1861)およびUV20(ATCC#CRL−1862)を含む。さらなる宿主細胞は、サル腎臓細胞のCOS−7系列(ATCC CRL 1651)(Gluzmanら、1981、Cell 23:175頁を参照)、L細胞、C127細胞、3T3細胞(ATCC CCL 163)、AM−1/D細胞(米国特許第6,210,924号に記載)、HeLa細胞、BHK(ATCC CRL 10)細胞株、アフリカミドリザル腎臓細胞株CV1に由来するCV1/EBNA細胞株(ATCC CCL 70)(McMahanら、1991、EMBO J.10:2821頁を参照)、293、293 EBNAまたはMSR 293のようなヒト胎児由来腎臓細胞、ヒト上皮A431細胞、ヒトColo205細胞、他の形質転換霊長類細胞株、正常二倍体細胞、一次組織、一次外植片のインビトロ培養に由来する細胞系統、HL−60、U937、HaKまたはJurkat細胞を含む。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主による使用に適切なクローニングおよび発現ベクターは、Pouwelsら(Cloning Vectors: A Laboratory Manual、Elsevier、New York、1985)によって記載されている。
ベクターDNAは、従来の形質転換またはトランスフェクション技法により原核または真核細胞に導入することができる。使用されている発現ベクターおよびトランスフェクション技法に応じて、ごく一部分の細胞が、哺乳動物細胞の安定的なトランスフェクションのために、そのゲノム内に外来性DNAを組み込むことができることが知られている。このような組み込み体を同定および選択するために、選択可能マーカーをコードする遺伝子(例えば、抗生物質に対する抵抗性の遺伝子)が、一般的に、目的の遺伝子と共に宿主細胞に導入される。さらなる選択可能マーカーは、G418、ハイグロマイシンおよびメトトレキセートのような薬物に対する抵抗性を付与するマーカーを含む。導入核酸を安定的にトランスフェクトされた細胞は、いくつかある方法の中でもとりわけ、薬物選択によって同定することができる(例えば、選択可能マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死ぬ)。
形質転換細胞は、ポリペプチドの発現を促進する条件下で培養され得、ポリペプチドは、従来のタンパク質精製手順によって回収される。本明細書における使用が考慮されるポリペプチドは、混入内因性材料を実質的に含まない、実質的に均一な組換え哺乳動物抗体ポリペプチドを含む。
本発明の抗原結合性タンパク質をコードする核酸を含有する細胞は、ハイブリドーマも含む。ハイブリドーマの産生および培養は、上の抗体セクションに記述されている。
一部の実施形態(emobodiment)では、本明細書に記載されている核酸分子を含むベクターが提供される。一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されている核酸分子を含む宿主細胞を含む。
一部の実施形態(emobodiment)では、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質をコードする核酸分子が提供される。
一部の実施形態(emobodiment)では、本明細書に記載されている少なくとも1種の抗原結合性タンパク質を含む医薬組成物が提供される。
抗原結合性タンパク質産生
本発明の抗原結合性タンパク質は、タンパク質(例えば、抗体)の合成のための本技術分野で公知の任意の方法によって、特に、化学合成によって、または好ましくは組換え発現技法によって、産生することができる。
抗原結合性タンパク質の組換え発現は、抗原結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有する発現ベクターの構築を必要とする。一旦、抗原結合性タンパク質分子をコードするポリヌクレオチドが得られたら、抗原結合性タンパク質の産生のためのベクターを、組換えDNA技術によって生成することができる。抗原結合性タンパク質コード配列ならびに適切な転写および翻訳制御シグナルを含有する、発現ベクターが、構築される。そのような方法は、例えば、インビトロ組換えDNA技法、合成技法およびインビボ遺伝的組換えを含む。
発現ベクターは、従来技法によって宿主細胞に移入され、続いて、トランスフェクトされた細胞は、従来技法によって培養されて、本発明の抗原結合性タンパク質を産生する。本発明の一実施形態では、抗体の重鎖および軽鎖の両方をコードするベクターは、下に詳述する通り、免疫グロブリン分子全体の発現のため、宿主細胞において同時発現させることができる。
種々の宿主−発現ベクター系は、本発明の抗原結合性タンパク質の発現に利用することができる。このような宿主−発現系は、目的のコード配列が産生され、その後に精製され得る媒体を表すが、適切なヌクレオチドコード配列により形質転換またはトランスフェクトされたときに、in situで本発明の抗体分子を発現し得る細胞も表す。一般的に、E.コリのような細菌細胞および真核細胞が、組換え抗体分子の発現、特に、組換え抗体分子全体の発現に使用される。例えば、ヒトサイトメガロウイルス由来の主要中間初期遺伝子プロモーター(major intermediate early gene promoter)エレメントのようなベクターと併せた、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)のような哺乳動物細胞が、抗体に有効な発現系である(Foeckingら、Gene 45:101頁(1986);Cockettら、Bio/Technology 8:2頁(1990))。
加えて、挿入された配列の発現をモジュレートする、または所望の特異的な様式で遺伝子産物を修飾およびプロセシングする宿主細胞系統を選ぶことができる。タンパク質産物のそのような修飾(例えば、グリコシル化)およびプロセシング(例えば、切断)は、タンパク質の機能に重要となり得る。様々な宿主細胞が、タンパク質および遺伝子産物の翻訳後プロセシングおよび修飾のための、特徴および特異的な機構を有している。適切な細胞株または宿主系は、発現された外来性タンパク質の正確な修飾およびプロセシングを確実にするために、選ぶことができる。この目的のため、一次転写物の適切なプロセシング、遺伝子産物のグリコシル化およびリン酸化のための細胞機構を保有する、真核宿主細胞を、使用することができる。そのような哺乳動物宿主細胞として、CHO、COS、293、3T3または骨髄腫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
組換えタンパク質の長期にわたる高収率の産生のため、安定した発現が好ましい。例えば、抗体分子を安定的に発現する細胞株を、遺伝子操作することができる。ウイルス複製起点を含有する発現ベクターを使用するよりもむしろ、適切な発現制御エレメント(例えば、プロモーター、エンハンサー配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位等)および選択可能マーカーによって制御されたDNAにより、宿主細胞を形質転換することができる。外来性DNAの導入後に、遺伝子操作された細胞を濃縮培地において1−2日間成長させ、続いて、選択的培地に切り換えることができる。組換えプラスミドにおける選択可能マーカーは、選択に対する抵抗性を付与し、細胞がその染色体にプラスミドを安定的に組み込むことを可能にし、増殖巣(foci)を形成するように増殖させ、次いでこれをクローニングし、細胞株へと増やすことができる。この方法は、抗体分子を発現する細胞株を遺伝子操作するように有利に使用することができる。このような遺伝子操作された細胞株は、抗体分子と直接的にまたは間接的に相互作用する化合物のスクリーニングおよび評価において、特に有用となり得る。
単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(Wiglerら、Cell 11:223頁(1977))、ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Szybalska&Szybalski、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 48:202頁(1992))およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Lowyら、Cell 22:817頁(1980))遺伝子が挙げられるがこれらに限定されない、多数の選択系を使用することができ、これらはそれぞれtk、hgprtまたはaprt−細胞において用いることができる。また、代謝拮抗薬抵抗性は、次の遺伝子の選択の基礎として使用することができる:メトトレキセートに対する抵抗性を付与するdhfr(Wiglerら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:357頁(1980);O’Hareら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:1527頁(1981));ミコフェノール酸に対する抵抗性を付与するgpt(Mulligan&Berg、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:2072頁(1981));アミノグリコシドG−418に対する抵抗性を付与するneo(WuおよびWu、Biotherapy 3:87−95頁(1991));およびハイグロマイシンに対する抵抗性を付与するhygro(Santerreら、Gene 30:147頁(1984))。組換えDNA技術に関する一般的に本技術分野で公知の方法は、所望の組換えクローンの選択にルーチンに適用することができ、このような方法は、例えば、これらの全体を参照により本明細書に組み込む、Ausubelら(編)、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley&Sons、NY(1993);Kriegler、Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual、Stockton Press、NY(1990);および第12および13章、Dracopoliら(編)Current Protocols in Human Genetics、John Wiley&Sons、NY(1994);Colberre−Garapinら、J.Mol.Biol.150:1頁(1981)に記載されている。
抗体分子の発現レベルは、ベクター増幅によって上昇し得る(総説について、BebbingtonおよびHentschel「The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells」(DNA Cloning、3巻.Academic Press、New York、1987)を参照)。抗体を発現するベクター系におけるマーカーが、増幅可能である場合、宿主細胞の培養物に存在する阻害剤のレベルの増加は、マーカー遺伝子のコピー数を増加させる。増幅された領域が、抗体遺伝子に関連するため、抗体の産生も増加する(Crouseら、Mol.Cell.Biol.3:257頁(1983))。
宿主細胞は、2つの本発明の発現ベクターによりコトランスフェクトすることができ、この場合、例えば、第1のベクターは、抗体重鎖由来のポリペプチドをコードし、第2のベクターは、抗体軽鎖由来のポリペプチドをコードする。2つのベクターは、重鎖および軽鎖ポリペプチドの等しい発現を可能にする同一の選択可能マーカーを含有することができる。あるいは、例えば、抗体重鎖および軽鎖ポリペプチドの両方をコードし、これを発現することができる、単一のベクターを使用することができる。このような状況において、軽鎖を重鎖の前に置くことにより、毒性の遊離重鎖が過剰にならないようにするべきである(Proudfoot、Nature 322:52頁(1986);Kohler、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:2197頁(1980))。重鎖および軽鎖のコード配列は、cDNAまたはゲノムDNAを含むことができる。
本発明の抗体分子は、動物によって産生、化学合成または組換えにより発現されたら、免疫グロブリン分子の精製のための本技術分野で公知の任意の方法によって、例えば、クロマトグラフィー(例えば、イオン交換、親和性、特に、プロテインA後の特異的抗原に対する親和性による、および分子ふるいクロマトグラフィー)、遠心分離、差次的溶解度またはタンパク質の精製のための他の任意の標準技法によって精製され得る。加えて、本発明の抗体またはその断片は、本明細書に記載されている異種ポリペプチド配列に融合されて、または本技術分野で公知の他の方法を行って、精製を容易にすることができる。
一部の実施形態では、本発明は、ポリペプチドに組換えにより融合されたかまたは化学的にコンジュゲートされた(共有結合によるコンジュゲーションおよび非共有結合によるコンジュゲーションの両方を含む)抗体を包含する。融合またはコンジュゲートされた本発明の抗体は、精製を容易にするために使用することができる。例えば、Harborら、上記参照およびPCT公開WO93/21232;EP439,095;Naramuraら、Immunol.Lett.39:91−99頁(1994);米国特許第5,474,981号;Gilliesら、Proc.Natl.Acad.Sci.89:1428−1432頁(1992);Fellら、J.Immunol.146:2446−2452頁(1991)を参照されたい。
さらに、本発明の抗体またはその断片は、精製を容易にするペプチドのようなマーカー配列に融合されてもよい。好ましい実施形態では、マーカーアミノ酸配列は、とりわけ、pQEベクター(QIAGEN、Inc.、9259 Eton Avenue、Chatsworth、Calif.、91311)に提供されているタグのようなヘキサ−ヒスチジンペプチドであり、その多くは市販されている。Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:821−824頁(1989)に記載されている通り、例えば、ヘキサ−ヒスチジンは、融合タンパク質の簡便な精製を提供する。精製に有用な他のペプチドタグとして、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質に由来するエピトープに対応する「HA」タグ(Wilsonら、Cell 37:767頁(1984))および「flag」タグが挙げられるがこれらに限定されない。
抗体エフェクター機能
一部の実施形態では、本発明は、変更されたエフェクター機能(例えば、減少または増加するエフェクター機能)を有する抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)を提供する。エフェクター機能を増加させるための方法の非限定例は、米国特許第5,624,821号、同第6,602,684号、同第7,029,872号、米国特許出願公開第2006/0067930A1号、同第2005/0272128A1号、同第2005/0079605A1号、同第2005/0123546A1号、同第2004/0072290A1号、同第2006/0257399A1号、同第2004/0261148A1号、同第2007/0092521号、同第2006/0040325A1号および同第2006/0039904A1号ならびに国際特許出願公開番号WO04/029207、WO03011878、WO05044859、WO06071856およびWO06071280に見出すことができる。
エフェクター機能を変更できるように抗体のFc領域を遺伝子操作する方法は、本技術分野で公知である(例えば、米国特許出願公開第20040185045号およびPCT公開番号WO2004/016750、両者共にKoenigら、これらは、FCガンマRIIAに対する結合親和性と比較して、FcガンマRIIBに対する結合親和性を増強するためのFc領域の変更について記載する;PCT公開番号WO99/58572、Armourら、WO99/51642、Idusogieら、ならびに米国特許第6,395,272号、Deoらも参照)。FcガンマRIIBに対する結合親和性を減少するためのFc領域を修飾する方法も本技術分野で公知である(例えば、米国特許出願公開第20010036459号およびPCT公開番号WO01/79299、両者共にRavetchら)。野生型Fc領域と比較して、FcガンマRIIIAおよび/またはFcガンマRIIAに対する増強された結合親和性を有するバリアントFc領域を有する修飾された抗体も記載されている(例えば、その開示全体を参照により本明細書に組み込むPCT公開番号WO2004/063351、Stavenhagenら)。
変更されたグリコシル化パターンを有する抗体の生成により、抗体エフェクター機能を修飾することもできる。このような変更されたグリコシル化パターンは、望む通りに抗体のADCC能力を増加または減少することが実証されている。このような炭水化物修飾は、例えば、変更されたグリコシル化機構を有する宿主細胞において抗体を発現させることにより達成することができる。変更されたグリコシル化機構を有する細胞は、本技術分野で記載されており、本発明の組換え抗体を発現する宿主細胞として使用し、これにより、変更されたグリコシル化を有する抗体を産生することができる。
半減期変更
一部の実施形態では、本発明は、インビボで延長された半減期を有する抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)を提供する。特に、本発明は、3日間超、7日間超、10日間超、15日間超、25日間超、30日間超、35日間超、40日間超、45日間超、2ヶ月間超、3ヶ月間超、4ヶ月間超または5ヶ月間超の、哺乳動物(例えば、ヒトが挙げられるがこれらに限定されない)における半減期を有する抗原結合性タンパク質を提供する。
インビボで抗原結合性タンパク質(例えば、モノクローナル抗体)または抗体断片(例えば、Fab断片)の血清循環を延長するために、例えば、高分子量ポリエチレングリコール(PEG)のような不活性ポリマー分子を、抗体のNもしくはC末端へのPEGの部位特異的コンジュゲーションにより、またはリシン残基に存在するイプシロン−アミノ基を介して、多機能性リンカーによりもしくはこれを用いずに、抗体(その抗体断片を含む)に取り付けることができる。生物活性損失を最小にする、直鎖状または分枝状のポリマー誘導体化が、使用される。SDS−PAGEおよび質量分析によってコンジュゲーションの程度を密接にモニタリングし、抗原結合性タンパク質へのPEG分子の適切なコンジュゲーションを確実にすることができる。未反応のPEGを、分子ふるいまたはイオン交換クロマトグラフィーによって抗原結合性タンパク質−PEGコンジュゲートから分離することができる。PEG誘導体化された抗原結合性タンパク質を、当業者に知られた方法を使用して、例えば、本明細書に記載されているイムノアッセイによって、結合活性およびインビボ有効性に関して検査することができる。
ある特定の実施形態では、インビボで延長した半減期を有する抗体は、IgG定常ドメインまたはそのFcRn結合断片(例えば、FcまたはヒンジFcドメイン断片)に1個以上のアミノ酸修飾(すなわち、置換、挿入または欠失)を導入することにより生成することもできる。例えば、これらそれぞれの全体を参照により本明細書に組み込む、国際公開番号WO98/23289;国際公開番号WO97/34631;および米国特許第6,277,375号を参照されたい。
コンジュゲート
一部の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質の共有結合修飾は、本発明の範囲内に含まれる。適用可能であれば、抗原結合性タンパク質の化学合成または酵素もしくは化学的切断によって、これを作製することができる。抗原結合性タンパク質の他の種類の共有結合修飾は、抗体の標的とするアミノ酸残基を、選択された側鎖またはNもしくはC末端残基と反応可能な有機誘導体化剤と反応させることにより、分子に導入される。
システイニル残基は、最も一般的には、クロロ酢酸またはクロロアセトアミドのようなアルファ−ハロアセテート(および対応するアミン)と反応して、カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体を生じる。同様に、ヨード試薬を使用することもできる。システイニル残基も、ブロモトリフルオロアセトン、アルファ−ブロモ−ベータ−(5−イミドゾイル(imidozoyl))プロピオン酸、クロロアセチルホスフェート、N−アルキルマレイミド、3−ニトロ−2−ピリジルジスルフィド、メチル2−ピリジルジスルフィド、p−クロロ水銀安息香酸(chloromercuribenzoate)、2−クロロ水銀−4−ニトロフェノールまたはクロロ−7−ニトロベンゾ−2−オキサ−1,3−ジアゾールとの反応によって誘導体化される。
ヒスチジル残基は、pH5.5−7.0におけるジエチルピロカルボネートとの反応によって誘導体化されるが、その理由は、この薬剤が、ヒスチジル側鎖に相対的に特異的であるがゆえである。パラ−ブロモフェナシルブロミドも有用である;この反応は、好ましくは、pH6.0の0.1Mカコジル酸ナトリウムにおいて行われる。
リシルおよびアミノ末端残基は、コハク酸または他のカルボン酸無水物と反応する。これらの薬剤による誘導体化は、リシニル残基の電荷を逆転する効果を有する。.アルファ.−アミノ含有残基および/またはe−アミノ含有残基の誘導体化に好適な他の試薬は、メチルピコリンイミデートのようなイミドエステル、ピリドキサールホスフェート、ピリドキサール、クロロ水素化ホウ素、トリニトロベンゼンスルホン酸、0−メチルイソウレア、2,4−ペンタンジオン、およびグリオキシル酸塩とのトランスアミナーゼ触媒反応を含む。
アルギニル残基は、1種または数種の従来の試薬、中でも、フェニルグリオキサール、2,3−ブタンジオン、1,2−シクロヘキサンジオンおよびニンヒドリンとの反応によって修飾される。アルギニル残基の誘導体化は一般に、グアニジン官能基の高pKaのため、反応がアルカリ性条件において行われることを必要とする。さらに、これらの試薬は、リシンのイプシロン−アミノ基およびアルギニンイプシロン−アミノ基と反応することができる。
チロシル残基の特異的修飾は、芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンとの反応によるチロシル残基へのスペクトル標識の導入に特に関心を持って、行われ得る。最も一般的に、N−アセチルイミダゾール(imidizole)およびテトラニトロメタンが使用されて、それぞれO−アセチルチロシル種および3−ニトロ誘導体を形成する。チロシル残基は、I125またはI131を使用してヨウ素化されて、ラジオイムノアッセイにおける使用のための標識されたタンパク質を調製する。
カルボキシル側基(アスパルチルまたはグルタミル)は、カルボジイミド(R−N==C==N−R’)との反応によって選択的に修飾され、式中、RおよびR’は、1−シクロヘキシル−3−(2−モルフォリニル−4−エチル)カルボジイミドまたは1−エチル−3−(4−アゾニア−4,4−ジメチルペンチル)カルボジイミドのような異なるアルキル基である。さらに、アスパルチルおよびグルタミル残基は、アンモニウムイオンとの反応によってアスパラギニルおよびグルタミニル残基に変換される。
グルタミニルおよびアスパラギニル残基は、高頻度で脱アミドされて、それぞれ対応するグルタミルおよびアスパルチル残基となる。これらの残基は、中性または塩基性条件下で脱アミドされる。これらの残基の脱アミド形態は、本発明の範囲内に収まる。
他の修飾は、プロリンおよびリシンのヒドロキシル化、セリルまたはスレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖の.アルファ.−アミノ基のメチル化(T.E.Creighton、Proteins: Structure and Molecular Properties、W.H.Freeman&Co.、San Francisco、79−86頁(1983))、N末端アミンのアセチル化、ならびに任意のC末端カルボキシル基のアミド化を含む。
別の種類の共有結合修飾は、抗体へのグリコシドの化学的または酵素によるカップリングを含む。このような手順は、NまたはO結合型グリコシル化のために、グリコシル化能力を有する宿主細胞における抗体の産生を必要としないという点において、有利である。使用されるカップリング機序に応じて、糖(複数可)は、(a)アルギニンおよびヒスチジン、(b)遊離カルボキシル基、(c)システインの遊離スルフヒドリル基のような遊離スルフヒドリル基、(d)セリン、スレオニンもしくはヒドロキシプロリンの遊離ヒドロキシル基のような遊離ヒドロキシル基、(e)フェニルアラニン、チロシンもしくはトリプトファンの芳香族残基のような芳香族残基、または(f)グルタミンのアミド基に取り付けることができる。このような方法は、1987年9月11日に公開されたWO87/05330、ならびにAplinおよびWriston、CRC Crit.Rev.Biochem.、259−306頁(1981)に記載されている。
干渉RNA
一部の実施形態では、本発明は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2発現に関連する疾患における処置、治療法および予防法のための方法に有用である、ASGR−1および/またはASGR−2を標的とするポリヌクレオチド組成物を提供し、これらの方法においては、選択された標的ポリヌクレオチド配列の発現または機能の低下または阻害が望まれる。ASGR−1および/またはASGR−2配列の標的化、ならびにASGR−1および/またはASGR−2発現の低下に使用することができるポリヌクレオチドの例として、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびに低分子または小分子干渉RNA(siRNA)、低分子ヘアピン型RNA(shRNA)およびマイクロRNA(miRNA)を含むRNA干渉(RNAi)剤が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、米国特許第6,506,559号;同第8,394,628号;同第7,056,704号;同第7,078,196号;同第6,107,094号;同第5,898,031号;同第6,573,099号;および欧州特許第1,144,623号を参照されたい。例えば、米国特許出願公開第2015/0259689号;同第2015/0197746号;同第2011/0092565号;米国特許第8,877,917号;同第8,507,455号;および同第7,579,451号も参照されたい。
ある特定の実施形態では、本発明において、哺乳動物細胞における標的ポリヌクレオチド配列(例えば、ASGR−1 mRNA配列、ASGR−2 mRNA配列)の機能または発現を阻害するための組成物は、少なくとも部分的に二本鎖のRNA分子(例えば、干渉RNA分子)を哺乳動物細胞にもたらす薬剤を含む。二本鎖RNA分子は、本明細書に記載されているものまたは本技術分野で公知のもののような、リボヌクレオチドのリボース糖、塩基または骨格構成要素に対する修飾を含む、リボヌクレオチドに対する化学修飾を含むことができる。二本鎖RNA分子(例えば、siRNA、shRNAその他)において使用される、このような修飾のいずれも、本開示の目的のため、用語「二本鎖RNA」によって包含される。よって、一般に、用語「RNA」は、他に指定される場合、例えば、リボースの2’−OH基が特定の連結に必要とされる場合を除いて、1個以上の修飾ヌクレオチド(例えば、リボース環の2’位置に修飾を有するヌクレオチド)を含む、RNA−DNAハイブリッドおよびポリヌクレオチドを含むこともできる。
一部の実施形態では、部分的に二本鎖のRNA分子の少なくとも10%が二本鎖である。代わりに、このようなRNA分子の二本鎖部分は、分子の長さの少なくとも30%であってもよい。別の実施形態では、このような分子の二本鎖部分は、分子の長さの少なくとも50%となることができる。さらに別の実施形態では、このような分子の二本鎖部分は、分子の長さの少なくとも70%であってもよい。別の実施形態では、このような分子の二本鎖部分は、分子の長さの少なくとも90%であってもよい。別の実施形態では、分子は、その長さ全体にわたって二本鎖となることができる。代わりに、このような分子の二本鎖部分は、分子が直鎖状である場合、この分子のいずれか一方もしくは両方の末端、またはおよそ中央部分において生じ得る。同様に、分子が環状である場合、二本鎖部分は、いかなる場所に存在してもよい。本発明のある特定の実施形態では、RNA分子の二本鎖部分は、分子が哺乳動物細胞内に存在するときのみ二本鎖になる。本発明のさらに他の実施形態では、部分的に二本鎖の分子は、RNA/DNAハイブリッド、例えば、インビトロで調製されたRNAおよびDNAを含む一本鎖;または2本のこのような一本鎖もしくはその部分の二重鎖である。さらに別の実施形態では、インビボまたはインビトロで作製されたRNA分子は、RNA一本鎖およびDNA一本鎖で構成された二重鎖である。一部の実施形態では、部分的に二本鎖のRNA分子は、その機能または発現を有効に低下または阻害するために、標的ポリヌクレオチド配列と実質的に相同なポリヌクレオチド配列を含む。必要な相同性は、コンピュータアルゴリズムの使用によって適宜定義することができる。本技術分野で公知の通り、また、本明細書に記述されている通り、「相同性」または「同一性」は、このような配列の2つの長さの間のマッチの同一性によって決定される、2つのポリペプチドまたは2つのポリヌクレオチド配列の間の配列関連性の程度を意味する。同一性および相同性の両方は、先行技術における方法によって直ちに計算することができる[例えば、COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY、Lesk,A.M.編、Oxford University Press、New York(1988);BIOCOMPUTING: INFORMATICS AND GENOME PROJECTS、Smith, D.W.編、Academic Press、New York(1993);COMPUTER ANALYSIS OF SEQUENCE DATA, PART I、Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、Humana Press、New Jersey(1994);SEQUENCE ANALYSIS IN MOLECULAR BIOLOGY、von Heinje,G.、Academic Press(1987);ならびにSEQUENCE ANALYSIS PRIMER、Gribskov,M.およびDevereux,J.編、M Stockton Press、New York(1991)も参照]。2つのポリヌクレオチド配列の間の同一性および相同性を測定するための多数の方法が存在するが、用語「同一性」、「類似性」および相同性は、当業者に周知である[H.CarilloおよびD.Lipton、SIAM J.Applied Math.、48:1073頁(1988)]。2つの配列間の同一性または相同性の決定に一般的に用いられる方法として、Guide to Huge Computers、Martin J.Bishop編、Academic Press、San Diego、1994ならびにH.CarilloおよびD.Lipton、SIAM J.Applied Math.、48:1073頁(1988)に開示されている方法が挙げられるがこれらに限定されない。同一性または相同性を決定するための好ましい方法は、検査した2つの配列の間の最大マッチを得るように設計される。同一性および類似性を決定するための方法は、コンピュータプログラムにおいて体系化される。2つの配列間の同一性および相同性を決定するための好ましいコンピュータプログラムとして、GCGプログラムパッケージ製のアルゴリズムBESTFIT[J.Devereuxら、Nucl.Acids Res.、12(1):387頁(1984)]、関連するMACVECTORプログラム(Oxford)およびFASTA(Pearson)プログラムが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、有意な天然起源の哺乳動物ポリヌクレオチド配列および標的ポリヌクレオチド配列の間のデータベースにおける配列類似性の検索は、本発明における使用に所望の好適なRNA分子の設計を可能にする。任意の特定のRNA分子に必要なアルゴリズムおよび/または相同性の程度は、本発明の方法の使用後に正常に機能し続けるようにするために望ましい、任意の天然起源の哺乳動物配列に対する標的の同一性および/または標的配列の相同性の近似性に応じて、当業者によって選択することができる。
一部の実施形態では、ASGR−1および/またはASGR−2配列の発現または機能を低下させるためのポリヌクレオチド組成物は、ハイブリダイズして二重鎖領域を形成するのに十分に互いに相補的な、隣り合うヌクレオチドの2本の逆平行鎖を含む二本鎖RNA分子を含むRNAi剤である。「ハイブリダイズする」または「ハイブリダイゼーション」は、典型的に、2つのポリヌクレオチドにおける相補的塩基の間の水素結合(例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン水素結合)による相補的ポリヌクレオチドの対形成を指す。標的配列(例えば、標的mRNA)と実質的に相補的な配列を有する領域を含む鎖は、「アンチセンス鎖」と称される。「センス鎖」は、アンチセンス鎖の領域と実質的に相補的な領域を含む鎖を指す。一部の実施形態では、センス鎖は、標的配列と実質的に同一な配列を有する領域を含むことができる。
本明細書で使用される場合、第1の配列を含むポリヌクレオチドが、生理的条件のようなある特定の条件下で、第2の配列を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズして二重鎖領域を形成することができる場合、第1の配列は、第2の配列と「相補的」である。他のこのような条件は、当業者に知られた、中程度またはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を含むことができる。第1の配列を含むポリヌクレオチドが、いかなるミスマッチもなく、一方または両方のヌクレオチド配列の長さ全体にわたって第2の配列を含むポリヌクレオチドと塩基対形成する場合、第1の配列は、第2の配列と完全に相補的(100%相補的)であるとみなされる。配列が、標的配列と少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%相補的である場合、配列は、標的配列と「実質的に相補的」である。パーセント相補性は、第2のまたは標的配列における対応する位置における塩基と相補的な第1の配列における塩基の数を、第1の配列の全体長で割ることによって計算することができる。ある配列と別の配列がハイブリダイズするとき、30塩基対二重鎖領域にわたって5、4、3または2個以下のミスマッチが存在する場合、これら2つの配列は実質的に相補的であると考えることもできる。一般に、本明細書に定義されている任意のヌクレオチドオーバーハングが存在する場合、このようなオーバーハングの配列は、2つの配列間の相補性の程度の決定において考慮されない。例として、ハイブリダイズして、各鎖の3’端に2ヌクレオチドオーバーハングを有する19塩基対二重鎖領域を形成する、21ヌクレオチドの長さのセンス鎖および21ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖は、この用語が本明細書に使用される場合、完全に相補的であるとみなされる。
一部の実施形態では、アンチセンス鎖の領域は、標的RNA配列(例えば、ASGR−1および/またはASGR−2 mRNA)の領域と完全に相補的な配列を含む。このような実施形態では、センス鎖は、アンチセンス鎖の配列と完全に相補的な配列を含むことができる。他のこのような実施形態では、センス鎖は、アンチセンス鎖の配列と実質的に相補的な配列、例えば、センスおよびアンチセンス鎖によって形成される二重鎖領域に1、2、3、4または5個のミスマッチを有する配列を含むことができる。ある特定の実施形態では、任意のミスマッチが、末端領域内(例えば、鎖の5’および/または3’端の6、5、4、3または2ヌクレオチド以内)に生じることが好ましい。一実施形態では、センスおよびアンチセンス鎖から形成された二重鎖領域における任意のミスマッチは、アンチセンス鎖の5’端の6、5、4、3または2ヌクレオチド以内に生じる。
ある特定の実施形態では、二本鎖RNAのセンス鎖およびアンチセンス鎖は、ハイブリダイズして二重鎖領域を形成するが、この領域を除いては繋がっていない、2つの別々の分子となることができる。2つの別々の鎖から形成されたこのような二本鎖RNA分子は、「小分子干渉RNA」または「低分子干渉RNA」(siRNA)と称される。
他の実施形態では、ハイブリダイズして二重鎖領域を形成するセンス鎖およびアンチセンス鎖は、単一RNA分子の一部となることができる。すなわち、センスおよびアンチセンス鎖は、単一RNA分子の自己相補的領域の一部である。そのような場合、単一RNA分子は、二重鎖領域(ステム領域とも称される)およびループ領域を含む。センス鎖の3’端は、ループ領域を形成する不対ヌクレオチドの隣り合う配列によってアンチセンス鎖の5’端に接続する。アンチセンス鎖がセンス鎖と塩基対形成して、二重鎖またはステム領域を形成することができるように、ループ領域は典型的に、RNA分子が自分自身で折り畳むのに十分な長さのものである。ループ領域は、約3から約25、約5から約15または約8から約12個の不対ヌクレオチドを含むことができる。少なくとも部分的に自己相補的な領域を有するこのようなRNA分子は、「低分子ヘアピン型RNA」(shRNA)と称される。単一の、少なくとも部分的に自己相補的なRNA分子の長さは、約35ヌクレオチドから約100ヌクレオチド、約45ヌクレオチドから約85ヌクレオチドまたは約50から約60ヌクレオチドであってよく、本明細書に列挙されている長さをそれぞれ有する二重鎖領域およびループ領域を含むことができる。
一部の実施形態では、二本鎖RNA分子は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、ASGR−1メッセンジャーRNA(mRNA)配列および/またはASGR−2 mRNA配列と実質的にまたは完全に相補的な配列を有する領域を含む。本明細書で使用される場合、「ASGR−1 mRNA配列」または「ASGR−2 mRNA配列」は、任意の種(例えば、マウス、ラット、非ヒト霊長類、ヒト)に由来するASGR−1またはASGR−2タンパク質バリアントまたはアイソフォームを含む、ASGR−1タンパク質またはASGR−2タンパク質をコードするスプライスバリアントを含む、任意のメッセンジャーRNA配列を指す。
センス鎖およびアンチセンス鎖が、生理的条件下でハイブリダイズして、二重鎖領域を形成するように、二本鎖RNA分子のセンス鎖は典型的に、アンチセンス鎖の配列と十分に相補的な配列を含む。「二重鎖領域」は、ワトソン・クリック塩基対形成または他の水素結合相互作用のいずれかにより、互いと塩基対を形成して、2つのポリヌクレオチドの間で二重鎖を作製する、2つの相補的または実質的に相補的なポリヌクレオチドにおける領域を指す。RNA分子の二重鎖領域は、例えば、ダイサー酵素および/またはRISC複合体を係合することにより、RNA分子をRNA干渉経路に入れるのに十分な長さのものとなるべきである。例えば、一部の実施形態では、二重鎖領域は、約15から約30塩基対の長さである。約15から約28塩基対、約15から約26塩基対、約15から約24塩基対、約15から約22塩基対、約17から約28塩基対、約17から約26塩基対、約17から約24塩基対、約17から約23塩基対、約17から約21塩基対、約19から約25塩基対、約19から約23塩基対または約19から約21塩基対のような、この範囲内の二重鎖領域の他の長さも適している。一実施形態では、二重鎖領域は、約17から約24塩基対の長さである。別の実施形態では、二重鎖領域は、約19から約21塩基対の長さである。
センス鎖およびアンチセンス鎖が2種の別々の分子である実施形態(例えば、RNAi剤がsiRNAである実施形態)について、センス鎖およびアンチセンス鎖は、二重鎖領域の長さと同じ長さである必要はない。例えば、一方または両方の鎖は、二重鎖領域よりも長くなることができ、二重鎖領域に隣接する1個以上の不対ヌクレオチドまたはミスマッチを有することができる。よって、一部の実施形態では、二本鎖RNA分子は、少なくとも1個のヌクレオチドオーバーハングを含む。本明細書で使用される場合、「ヌクレオチドオーバーハング」は、鎖の末端における、不対ヌクレオチドまたは二重鎖領域を越えて延長するヌクレオチドを指す。ヌクレオチドオーバーハングは典型的に、一方の鎖の3’端が、他方の鎖の5’端を越えて延長する場合に、または一方の鎖の5’端が、他方の鎖の3’端を越えて延長する場合に作製される。ヌクレオチドオーバーハングの長さは一般に、1から6ヌクレオチド、1から5ヌクレオチド、1から4ヌクレオチド、1から3ヌクレオチド、2から6ヌクレオチド、2から5ヌクレオチドまたは2から4ヌクレオチドの間である。一部の実施形態では、ヌクレオチドオーバーハングは、1、2、3、4、5または6ヌクレオチドを含む。特定の一実施形態では、ヌクレオチドオーバーハングは、1から4ヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、ヌクレオチドオーバーハングは、2ヌクレオチドを含む。オーバーハングにおけるヌクレオチドは、本明細書に記載されているリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドであってもよい。
ヌクレオチドオーバーハングは、一方または両方の鎖の5’端または3’端に存在することができる。例えば、一実施形態では、二本鎖RNA分子は、アンチセンス鎖の5’端および3’端にヌクレオチドオーバーハングを含む。別の実施形態では、二本鎖RNA分子は、センス鎖の5’端および3’端にヌクレオチドオーバーハングを含む。一部の実施形態では、二本鎖RNA分子は、センス鎖の5’端およびアンチセンス鎖の5’端にヌクレオチドオーバーハングを含む。他の実施形態では、二本鎖RNA分子は、センス鎖の3’端およびアンチセンス鎖の3’端にヌクレオチドオーバーハングを含む。
二本鎖RNA分子は、分子の一末端に単一ヌクレオチドオーバーハングおよび他の末端に平滑断端を含むことができる。「平滑断端」は、分子の末端においてセンス鎖およびアンチセンス鎖が完全に塩基対形成しており、二重鎖領域を越えて延長する不対ヌクレオチドが存在しないことを意味する。一部の実施形態では、二本鎖RNA分子は、センス鎖の3’端にヌクレオチドオーバーハングならびにセンス鎖の5’端
およびアンチセンス鎖の3’端に平滑断端を含む。他の実施形態では、二本鎖RNA分子は、アンチセンス鎖の3’端にヌクレオチドオーバーハングならびにアンチセンス鎖の5’端およびセンス鎖の3’端に平滑断端を含む。ある特定の実施形態では、二本鎖RNA分子は、二本鎖RNA分子の両端に平滑断端を含む。このような実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖は、同じ長さを有し、二重鎖領域は、センスおよびアンチセンス鎖と同じ長さである(すなわち、分子は、その長さ全体にわたって二本鎖である)。
センス鎖およびアンチセンス鎖はそれぞれ独立して、約15から約30ヌクレオチドの長さ、約18から約28ヌクレオチドの長さ、約19から約27ヌクレオチドの長さ、約19から約25ヌクレオチドの長さ、約19から約23ヌクレオチドの長さ、約21から約25ヌクレオチドの長さまたは約21から約23ヌクレオチドの長さであってもよい。ある特定の実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖はそれぞれ、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24または約25ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、二本鎖RNA分子が、2個のヌクレオチドオーバーハングを有するように、センス鎖およびアンチセンス鎖は、同じ長さを有するが、鎖よりも短い二重鎖領域を形成する。例えば、一実施形態では、二本鎖RNA分子は、(i)それぞれ21ヌクレオチドの長さであるセンス鎖およびアンチセンス鎖、(ii)19塩基対の長さである二重鎖領域、ならびに(iii)センス鎖の3’端およびアンチセンス鎖の3’端の両方における2個の不対ヌクレオチドのヌクレオチドオーバーハングを含む。別の実施形態では、二本鎖RNA分子は、(i)それぞれ23ヌクレオチドの長さであるセンス鎖およびアンチセンス鎖、(ii)21塩基対の長さである二重鎖領域、ならびに(iii)センス鎖の3’端およびアンチセンス鎖の3’端の両方における2個の不対ヌクレオチドのヌクレオチドオーバーハングを含む。他の実施形態では、二本鎖分子のどちらの末端にもヌクレオチドオーバーハングが存在しないように、センス鎖およびアンチセンス鎖は、同じ長さを有し、その長さ全体にわたって二重鎖領域を形成する。このような一実施形態では、二本鎖RNA分子は、平滑断端であり、(i)それぞれ21ヌクレオチドの長さであるセンス鎖およびアンチセンス鎖、ならびに(ii)21塩基対の長さである二重鎖領域を含む。別のこのような実施形態では、二本鎖RNA分子は、平滑断端であり、(i)それぞれ23ヌクレオチドの長さであるセンス鎖およびアンチセンス鎖、ならびに(ii)23塩基対の長さである二重鎖領域を含む。
他の実施形態では、センス鎖またはアンチセンス鎖が他方の鎖よりも長く、短い方の鎖の長さに等しい長さを有する二重鎖領域をこの2つの鎖が形成することにより、二本鎖RNA分子が少なくとも1ヌクレオチドオーバーハングを含むようにする。例えば、一実施形態では、二本鎖RNA分子は、(i)19ヌクレオチドの長さであるセンス鎖、(ii)21ヌクレオチドの長さであるアンチセンス鎖、(iii)19塩基対の長さの二重鎖領域、および(iv)アンチセンス鎖の3’端における2個の不対ヌクレオチドの単一ヌクレオチドオーバーハングを含む。別の実施形態では、二本鎖RNA分子は、(i)21ヌクレオチドの長さであるセンス鎖、(ii)23ヌクレオチドの長さであるアンチセンス鎖、(iii)21塩基対の長さの二重鎖領域、および(iv)アンチセンス鎖の3’端における2個の不対ヌクレオチドの単一ヌクレオチドオーバーハングを含む。
オフターゲット毒性は、医薬製品の開発における絶え間ない懸念である。干渉RNA剤には、なんらかの特定の内因性ポリヌクレオチド配列との相同性が存在する可能性があり、それにより、この干渉RNAを与えた患者に意図されない毒性効果をもたらし得る。したがって、一部の実施形態では、本発明の方法において使用される際に、いかなる必須の天然起源の哺乳動物ポリヌクレオチド配列の機能にも有害に影響しないように、このRNA分子は、正常に機能しかつ必須である、正常に機能するいかなる哺乳動物ポリヌクレオチド配列とも、実質的に非相同であるポリヌクレオチド配列を、含む。このような天然起源の機能的な哺乳動物ポリヌクレオチド配列は、所望のタンパク質をコードする哺乳動物配列と共に、非コード配列であるが健康な哺乳動物における必須な調節配列をもたらす哺乳動物配列を、含む。好ましくは、本発明の方法において有用なRNA分子は、標的細胞(例えば、肝臓細胞)において発現されるいかなる哺乳動物ポリヌクレオチド配列とも配列が十分に異なっている必要があり、本発明の方法のいずれかが実施された後にその機能が妨害されないことが意図される。上述の標的配列に対する相同性を決定するために記載されている通り、当業者は、上で同定されたコンピュータアルゴリズムを用いて、RNA分子ポリヌクレオチド配列と標的細胞において発現される正常哺乳動物配列との間に相同性が本質的にないことを定義することができる。例えば、特異的な実施形態では、RNAi剤の配列および標的細胞において発現される選択された正常配列の間の相同性は、上述の式の相同性に満たない。一部の実施形態では、RNAi剤の配列と任意の正常哺乳動物配列との間には、相同性がほぼ全くない。
本発明の方法において使用される二本鎖RNA分子は、1個以上の修飾されたヌクレオチドを含むことができる。「修飾されたヌクレオチド」は、ヌクレオシド、核酸塩基、ペントース環またはリン酸基に対する1個以上の化学修飾を有するヌクレオチドを指す。二本鎖RNA分子は、修飾されたヌクレオチド、リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドの組合せを含むことができる。二本鎖RNA分子の一方または両方の鎖への修飾されたヌクレオチドの取り込みは、例えば、ヌクレアーゼおよび他の分解プロセスに対する分子の感受性を低下させることにより、RNA分子のインビボ安定性を改善することができる。標的遺伝子の発現を低下させるための二本鎖RNA分子の効力を、修飾されたヌクレオチドの取り込みによって増強させることもできる。
ある特定の実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、リボース糖の修飾を有する。このような糖修飾は、ペントース環の2’および/または5’位置における修飾を含むことができる。2’−修飾されたヌクレオチドは、HまたはOH以外の置換基を2’位置に有するペントース環を有するヌクレオチドを指す。このような2’−修飾として、2’−O−アルキル(例えば、O−C−C10またはO−C−C10置換アルキル)、2’−O−アリル(O−CHCH=CH)、2’−C−アリル、2’−フルオロ、2’−O−メチル(OCH)、2’−O−メトキシエチル(O−(CHOCH)、2’−OCF、2’−O(CHSCH、2’−O−アミノアルキル、2’−アミノ(例えば、NH)、2’−O−エチルアミンおよび2’−アジドが挙げられるがこれらに限定されない。ペントース環の5’位置における修飾として、5’−メチル(RまたはS);5’−ビニルおよび5’−メトキシが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明の方法において用いられる二本鎖RNA分子は、1個以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むこともできる。本明細書で使用される場合、用語「修飾されたヌクレオチド間結合」は、天然の3’から5’のホスホジエステル結合以外のヌクレオチド間結合を指す。一部の実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、アルキルホスホネート(例えば、メチルホスホネート、3’−アルキレンホスホネート)、ホスフィン酸塩、ホスホロアミド酸塩(phosphoramidate)(例えば、3’−アミノホスホロアミド酸塩およびアミノアルキルホスホロアミド酸塩)、ホスホロチオエート(P=S)、キラルホスホロチオエート、ジチオリン酸塩、チオノホスホロアミド酸塩、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステルおよびボラノホスフェートのような、亜リン酸含有ヌクレオチド間結合である。一実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、2’から5’へのホスホジエステル結合である。他の実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、非亜リン酸含有ヌクレオチド間結合であるため、修飾されたヌクレオシド間結合と称される場合がある。このような非亜リン酸含有結合として、モルホリノ結合(一部はヌクレオシドの糖部分から形成される);シロキサン結合(−O−Si(H)−O−);スルフィド、スルホキシドおよびスルホン結合;ホルムアセチル(formacetyl)およびチオホルムアセチル結合;アルケン含有骨格;スルファミン酸塩骨格;メチレンメチルイミノ(−CH−N(CH)−O−CH−)およびメチレンヒドラジノ結合;スルホン酸塩およびスルホンアミド結合;アミド結合;ならびに混合されたN、O、SおよびCH構成要素部分を有するその他が挙げられるがこれらに限定されない。一実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、米国特許第5,539,082号;同第5,714,331号;および同第5,719,262号に記載されているもののような、ペプチド核酸またはPNAを作製するためのペプチドに基づく結合(例えば、アミノエチルグリシン)である。二本鎖RNA分子において用いることができる他の好適な修飾されたヌクレオチド間およびヌクレオシド間結合は、これらの全ての全体を参照により本明細書に組み込む、米国特許第6,693,187号、米国特許第9,181,551号、米国特許出願公開第2016/0122761号ならびにDeleaveyおよびDamha、Chemistry and Biology、19巻:937−954頁、2012に記載されている。
干渉RNA送達
干渉RNA化合物は、DNAワクチンまたは遺伝子療法ベクターのような核酸剤の投与に適した任意の方法によって投与することができる。これらの方法は、遺伝子銃、バイオインジェクターおよび皮膚パッチ、ならびに米国特許第6,194,389号に開示されている微粒子DNAワクチン技術のような無針方法、および米国特許第6,168,587号に開示されている粉末形態のワクチンによる哺乳動物経皮無針ワクチン接種を含む。その上、とりわけ、Hamajimaら(1998)Clin.Immunol.Immunopathol.、88(2)、205−10頁に記載されている通り、鼻腔内送達が可能である。リポソーム(例えば、米国特許第6,472,375号に記載)およびマイクロカプセル化が使用されてもよい。生分解性標的化可能微粒子送達系が使用されてもよい(例えば、米国特許第6,471,996号に記載)。
一実施形態では、インプラントおよびマイクロカプセル化送達系を含む放出制御製剤のような、身体からの迅速な排除から化合物を保護する担体と共に活性化合物が調製される。エチレンビニルアセテート、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ乳酸のような、生分解性の生体適合性ポリマーが使用されてもよい。このような製剤は、標準技法を使用して調製することができる。材料は、例えば、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals、Inc.から商業的に得ることもできる。リポソーム懸濁液は、医薬として許容される担体として使用することもできる。これらは、当業者に知られた方法に従って、例えば、米国特許第4,522,811号に記載されている通りに調製することができる。
干渉RNA分子は、1個以上の炭水化物部分にコンジュゲートして、干渉RNA分子の1種以上の特性を最適化することができる。多くの場合、炭水化物部分は、干渉RNA分子の修飾されたサブユニットに、または干渉RNA分子の鎖の一方の5’もしくは3’端に取り付けられてもよい。例えば、干渉RNA分子の1個以上のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、炭水化物部分を取り付けた別の部分、例えば、非炭水化物(好ましくは環状)担体により置き換えることができる。環状担体は、炭素環系であってもよい、すなわち、全環原子が炭素原子であるか、または複素環系であってもよい、すなわち、1個以上の環原子がヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であってもよい。環状担体は、単環式環系であってもよく、または2個以上の環、例えば、融合環を含有してもよい。環状担体は、完全に飽和した環系であってもよく、または1個以上の二重結合を含有してもよい。
炭水化物部分は、担体を介してポリヌクレオチドに取り付けられてもよい。担体は、(i)少なくとも1個の「骨格取り付けポイント」、好ましくは2個の「骨格取り付けポイント」、および(ii)少なくとも1個の「繋留取り付けポイント」を含む。「骨格取り付けポイント」は、本明細書で使用される場合、リボ核酸の骨格(例えば、リン酸骨格または修飾リン酸骨格、例えば硫黄含有骨格)への担体の取り込みに利用可能であり且つ好適である、官能基(例えばヒドロキシル基)または一般的には結合をいう。「繋留取り付けポイント」(TAP)は、一部の実施形態では、選択された部分を接続する、環状担体の構成物環原子、例えば、炭素原子またはヘテロ原子(骨格取り付けポイントを提供する原子とは異なる)を指す。この部分は、例えば、炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖および多糖であってもよい。任意選択的に、選択された部分は、介在する繋留によって、環状担体に接続される。よって、環状担体は、官能基、例えば、アミノ基を含むことが多く、または一般に、構成物環への別の化学的実体、例えば、リガンドの取り込みまたは繋留に適した結合を提供する。
一部の実施形態では、本発明の干渉RNA分子は、担体を介して炭水化物部分にコンジュゲートされ、担体は、環状基または非環状基となることができる;特異的な実施形態では、環状基は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、[1,3]ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルフォリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルおよびデカリンから選択され;好ましくは、非環状基は、セリノール骨格またはジエタノールアミン骨格から選択される。
干渉RNAの標的化
ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2が、肝臓細胞(例えば、肝細胞)の表面において発現されるということを考慮すると、ある特定の実施形態では、干渉効果が肝臓細胞内で特異的に発揮できるように、このような肝臓細胞に干渉RNA分子を送達することが望ましい。したがって、ある特定の実施形態では、干渉RNA分子は、本技術分野で公知であり本明細書に記載されている様々な方法論を使用して、肝臓細胞に特異的に標的化される。例えば、ある特定の実施形態では、肝細胞の表面に発現される様々な異なる受容体を使用して、後述する本明細書に開示されている抗原結合性タンパク質(例えば、抗体)または他の標的化部分を使用して、干渉RNA分子を肝細胞へと特異的に標的とすることができる。ある特定の実施形態では、干渉RNA分子は、表面発現されるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2を使用して、肝臓細胞に標的化される。これらの実施形態では、標的化された干渉RNAの効果により、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現が低下するにつれて、これが、肝臓細胞に送達されるRNAi剤の量を低下させる自己調節系をもたらし得ることが想定される。
多種多様な標的化部分は、本発明のオリゴヌクレオチドにカップリングされてもよい。一部の実施形態では、標的化部分は、例えば、直接的にまたは間接的に、介在する繋留を介して、共有結合によりカップリングされる。
一部の実施形態では、標的化部分は、これが取り込まれた分子の分布、標的化または寿命を変更する。好ましい実施形態では、標的化部分は、例えば、このような標的化部分を欠く種と比較して、選択された標的、例えば、分子、細胞もしくは細胞型、区画、受容体、例えば、細胞もしくは臓器区画、組織、臓器または身体領域に対する増強された親和性をもたらす。選択された標的に対し増強された親和性をもたらす標的化部分もまた、標的化部分と呼ばれる。
いくつかの標的化部分は、エンドソーム溶解特性を有することができる。エンドソーム溶解標的化部分は、エンドソームの溶解および/または細胞のエンドソームから細胞質への本発明の組成物もしくはその構成要素の輸送を促進する。エンドソーム溶解標的化部分は、pH依存性膜活性および融合性を示すポリアニオン性ペプチドまたはペプチドミメティックとなることができる。一実施形態では、エンドソーム溶解標的化部分は、エンドソームpHにおけるその活性立体構造を仮定する。「活性」立体構造は、エンドソーム溶解標的化部分が、エンドソームの溶解および/または細胞のエンドソームから細胞質への本発明の組成物またはその構成要素の輸送を促進する立体構造である。例示的なエンドソーム溶解標的化部分は、GALAペプチド(Subbaraoら、Biochemistry、1987、26:2964−2972頁)、EALAペプチド(Vogelら、J.Am.Chem.Soc.、1996、118:1581−1586頁)およびこれらの誘導体(Turkら、Biochem.Biophys.Acta、2002、1559:56−68頁)を含む。一実施形態では、エンドソーム溶解構成要素は、pHの変化に応答して電荷またはプロトン化に変化を起こす化学基(例えば、アミノ酸)を含有することができる。エンドソーム溶解構成要素は、直鎖状または分枝状となり得る。
ある特定の実施形態では、標的化部分は、輸送、ハイブリダイゼーションおよび特異性特性を改善することができ、得られた天然もしくは修飾されたオリゴリボヌクレオチド、または本明細書に記載されている単量体および/もしくは天然もしくは修飾されたリボヌクレオチドの任意の組合せを含むポリマー分子の、ヌクレアーゼ抵抗性を改善することもできる。
一部の実施形態では、標的化部分は一般に、例えば、取り込みを増強するための治療修飾因子;例えば、分布をモニタリングするための診断化合物またはレポーター基;架橋剤;およびヌクレアーゼ抵抗性付与部分を含むことができる。一般例として、脂質、ステロイド、ビタミン、糖、タンパク質、ペプチド、ポリアミンおよびペプチドミミックが挙げられる。
標的化部分は、タンパク質(例えば、ヒト血清アルブミン(I)、低密度リポタンパク質(LDL)、高密度リポタンパク質(HDL)またはグロブリン);炭水化物(例えば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、イヌリン、シクロデキストリンまたはヒアルロン酸);または脂質のような天然起源の物質を含むことができる。標的化部分は、合成ポリマー、例えば、合成ポリアミノ酸、オリゴヌクレオチド(例えば、アプタマー)のような組換えまたは合成分子となることもできる。ポリアミノ酸の例として、ポリリシン(PLL)、ポリL−アスパラギン酸、ポリL−グルタミン酸、スチレン−無水マレイン酸コポリマー、ポリ(L−ラクチド−co−グリコリド(glycolied))コポリマー、ジビニルエーテル−無水マレイン酸コポリマー、N−(2−ヒドロキシプロピル)メタクリルアミドコポリマー(HMPA)、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリビニルアルコール(PVA)、ポリウレタン、ポリ(2−エチルアクリル酸(acryllic acid))、N−イソプロピルアクリルアミドポリマーまたはポリホスファジン(polyphosphazine)であるポリアミノ酸が挙げられる。ポリアミンの例として、ポリエチレンイミン、ポリリシン(PLL)、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、シュードペプチド−ポリアミン、ペプチドミメティックポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの四級塩またはアルファヘリックスペプチドが挙げられる。
標的化部分は、腎臓細胞のような指定の細胞型に結合する、他の標的化基、例えば、細胞または組織標的化剤、例えば、レクチン、糖タンパク質、脂質またはタンパク質、例えば、抗体を含むこともできる。標的化基は、サイロトロピン、メラニン細胞刺激ホルモン、レクチン、糖タンパク質、肺サーファクタントタンパク質A、ムチン炭水化物、多価ラクトース、多価ガラクトース、N−アセチルガラクトサミン、N−アセチル−グルコサミン(gulucosamine)多価マンノース、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸、多価ガラクトース、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸塩、ポリアスパラギン酸塩、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、葉酸塩、ビタミンB12、ビオチン、RGDペプチド、RGDペプチドミメティックまたはアプタマーであってもよい。
標的化部分の他の例として、色素、挿入剤(例えば、アクリジン)、クロスリンカー(例えば、ソラレン(psoralene)、マイトマイシンC)、ポルフィリン(TPPC4、テキサフィリン、サフィリン)、多環式芳香族炭化水素(例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼまたはキレート剤(例えば、EDTA)、親油性分子、例えば、コレステロール、コール酸、206リゴヌクル(ligonucle)酢酸、1−ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、1,3−ビス−O(ヘキサデシル)グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、1,3−プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、O3−(オレオイル)リトコール酸、O3−(オレオイル)コレン酸(cholenic acid)、ジメトキシトリチルまたはフェノキサジン)およびペプチドコンジュゲート(例えば、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド)、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、PEG(例えば、PEG−40K)、MPEG、[MPEG]2、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識マーカー、酵素、ハプテン(例えば、ビオチン)、輸送/吸収促進物質(例えば、アスピリン、ビタミンE、葉酸)、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン−イミダゾールコンジュゲート、テトラアザ大環状分子のEu3+複合体)、ジニトロフェニル、HRPまたはAPが挙げられる。
標的化部分は、タンパク質、例えば、糖タンパク質またはペプチド、例えば、共同部分に対し特異的な親和性を有する分子、または抗体、例えば、肝臓の肝細胞のような指定の細胞型に結合する抗体のような抗原結合性タンパク質であってもよい。標的化部分は、ホルモンおよびホルモン受容体を含むこともできる。これは、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補助因子、多価ラクトース、多価ガラクトース、N−アセチルガラクトサミン、N−アセチル−グルコサミン(gulucosamine)多価マンノース、多価フコースまたはアプタマーのような非ペプチド性種を含むこともできる。標的化部分は、例えば、リポ多糖であってもよい。
標的化部分は、例えば、細胞の細胞骨格を撹乱することにより、例えば、細胞の微小管、マイクロフィラメントおよび/または中間径フィラメントを撹乱することにより、細胞への干渉RNA分子の取り込みを増加させることができる物質、例えば、薬物であってもよい。薬物は、例えば、タキサン(taxon)、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャスプラキノリド(japlakinolide)、ラトランクリンA、ファロイジン、スウィンホリドA、インダノシン(indanocine)またはミオセルビン(myoservin)であってもよい。
標的化部分は、例えば、炎症応答を活性化させることにより、細胞への干渉RNA分子の取り込みを増加させることができる。このような効果を有すると思われる例示的な標的化部分は、腫瘍壊死因子(tumor necrosis factor)アルファ(TNFアルファ)、インターロイキン−1ベータまたはガンマインターフェロンを含む。
一実施形態では、標的化部分は、脂質または脂質に基づく分子である。このような脂質または脂質に基づく分子は、好ましくは、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン(I)に結合する。血清タンパク質に結合する標的化部分は、ある特定の実施形態では、身体の標的組織、例えば、非腎臓標的組織へのコンジュゲートの分布を可能にする。例えば、標的組織は、肝臓の肝細胞または実質細胞を含む肝臓となることができる。血清タンパク質に結合することができる他の分子が、標的化部分として使用されてもよい。例えば、ナプロキセンまたはアスピリンが使用されてもよい。脂質または脂質に基づく標的化部分は、(a)コンジュゲートの分解に対する抵抗性を増加させることができ、(b)標的細胞もしくは細胞膜への標的化もしくは輸送を増加させることができ、および/または(c)血清タンパク質への結合の調整に使用されてもよい。
脂質に基づく標的化部分は、標的組織へのコンジュゲートの結合のモジュレート、例えば、制御に使用されてもよい。例えば、より強く血清タンパク質に結合する脂質または脂質に基づく標的化部分は、腎臓に標的化される可能性が低く、したがって、身体から排除される可能性が低い。より弱く血清タンパク質に結合する脂質または脂質に基づく標的化部分は、それが望まれるのであれば、腎臓へのコンジュゲートの標的化に使用されてもよい。
一実施形態では、脂質に基づく標的化部分は、ヒト血清アルブミンに結合する。特異的な実施形態では、これが十分な親和性でヒト血清アルブミンに結合することにより、コンジュゲートが好ましくは非腎臓組織に分布する。ある特定の実施形態では、ヒト血清アルブミン標的化部分結合は、不可逆となるほど親和性が強くないことが、好ましい。
別の好ましい実施形態では、脂質に基づく標的化部分は、ヒト血清アルブミンに弱く結合するかまたは全く結合しないことにより、コンジュゲートが好ましくは腎臓に分布する。腎臓細胞を標的とする他の部分が、脂質に基づく標的化部分の代わりにまたはこれに加えて、使用されてもよい。
別の実施形態では、標的化部分は、例えば、ビタミン、例えば、標的細胞、例えば、増殖細胞によって取り入れられるビタミンである。例示的なビタミンは、ビタミンA、EおよびKを含む。他の例示的なビタミンは、Bビタミン、例えば、葉酸、B12、リボフラビン、ビオチン、ピリドキサールまたは細胞によって取り入れられる他のビタミンもしくは栄養素を含む。低密度リポタンパク質(LDL)および高密度リポタンパク質(HDL)も含まれる。
別の実施形態では、標的化部分は、細胞透過剤、好ましくは、ヘリックス細胞透過剤である。一部の実施形態では、薬剤は、両親媒性である。例示的な薬剤は、tatまたはアンテナペディア(antennopedia)のようなペプチドである。薬剤は、ペプチドである場合、修飾されていてもよく、これは、ペプチジルミメティック、逆転異性体(invertomer)、非ペプチドまたはシュードペプチド結合およびD−アミノ酸の使用を含む。ヘリックス剤は、好ましくは、親油性および疎油性の相を好ましくは有する、アルファ−ヘリックス剤である。
標的化部分は、ペプチドまたはペプチドミメティックであってもよい。ペプチドミメティック(本明細書において、オリゴペプチドミメティックとも称される)は、天然ペプチドと同様の定義された三次元構造へとフォールディングすることができる分子である。ペプチドまたはペプチドミメティック部分は、約5−50アミノ酸長、例えば、約5、10、15、20、25、30、35、40、45または50アミノ酸長となることができる。ペプチドまたはペプチドミメティックは、例えば、細胞透過ペプチド、カチオン性ペプチド、両親媒性ペプチドまたは疎水性ペプチド(例えば、主にTyr、TrpまたはPheからなる)であってもよい。ペプチド部分は、デンドリマーペプチド、制約されたペプチドまたは架橋されたペプチドとなることができる。別の代替では、ペプチド部分は、疎水性膜転位置配列(MTS)を含むことができる。例示的な疎水性MTS含有ペプチドは、アミノ酸配列AAVALLPAVLLALLAPを有するRFGFである。疎水性MTSを含有するRFGFアナログ(例えば、アミノ酸配列AALLPVLLAAP)が標的化部分となることもできる。ペプチド部分は、ペプチド、オリゴヌクレオチドおよびタンパク質を含む大型の極性分子を、細胞膜を越えて運搬することができる「送達」ペプチドとなることができる。例えば、HIV Tatタンパク質(GRKKRRQRRRPPQ)およびドロソフィラ属(Drosophila)アンテナペディアタンパク質(RQIKIWFQNRRMKWKK)由来の配列は、送達ペプチドとして機能できることが判明した。ペプチドまたはペプチドミメティックは、ファージディスプレイライブラリーまたは1ビーズ1化合物(one−bead−one−compound)(OBOC)コンビナトリアルライブラリーから同定されたペプチドのような、DNAのランダム配列によってコードされ得る(Lamら、Nature、354:82−84頁、1991)。一部の実施形態では、取り込まれた単量体ユニットを介して干渉RNA分子に繋留されたペプチドまたはペプチドミメティックは、アルギニン−グリシン−アスパラギン酸(RGD)ペプチドまたはRGDミミックのような、細胞標的化ペプチドである。ペプチド部分は、約5アミノ酸から約40アミノ酸の長さに及び得る。ペプチド部分は、安定性または直接立体構造的特性を増加させるもののような構造的修飾を有することができる。後述する構造的修飾のいずれかを利用することができる。RGDペプチドは、肺、腎臓、脾臓または肝臓を含む種々の他の組織の細胞への干渉RNA分子の標的化を容易にすることができる(Aokiら、Cancer Gene Therapy 8:783−787頁、2001)。RGDペプチドは、直鎖状または環状であってもよく、修飾、例えば、グリコシル化またはメチル化されて、特異的な組織への標的化を容易にすることができる。例えば、グリコシル化RGDペプチドは、αVβ3を発現する細胞への干渉RNA分子を送達することができる(Haubnerら、Jour.Nucl.Med.、42:326−336頁、2001)。増殖細胞において濃縮されたマーカーを標的とするペプチドが使用されてもよい。例えば、RGD含有ペプチドおよびペプチドミメティックは、細胞、特に、インテグリンを提示する細胞を標的とすることができる。よって、RGDペプチド、RGDを含有する環状ペプチド、D−アミノ酸を含むRGDペプチドと共に、合成RGDミミックを使用することができる。RGDに加えて、インテグリンリガンドを標的とする他の部分を使用することができる。
「細胞透過ペプチド」は、細胞、例えば、細菌もしくは真菌細胞のような微生物細胞、またはヒト細胞のような哺乳動物細胞を透過することができる。微生物細胞透過ペプチドは、例えば、α−ヘリックス直鎖状ペプチド(例えば、LL−37またはCeropin P1)、ジスルフィド結合含有ペプチド(例えば、α−デフェンシン、β−デフェンシンまたはバクテネシン)または1種もしくは2種の優勢なアミノ酸のみを含有するペプチド(例えば、PR−39またはインドリシジン)であってもよい。細胞透過ペプチドは、核局在化シグナル(NLS)を含むこともできる。例えば、細胞透過ペプチドは、HIV−1 gp41の融合ペプチドドメインおよびSV40ラージT抗原のNLSに由来する、MPGのような二分両親媒性ペプチドとなることができる(Simeoniら、Nucl.Acids Res.31:2717−2724頁、2003)。
一実施形態では、標的化ペプチドは、両親媒性α−ヘリックスペプチドであってもよい。例示的な両親媒性α−ヘリックスペプチドとして、セクロピン、リコトキシン、パラダキシン、ブフォリン、CPF、ボンビニン様ペプチド(BLP)、カテリシジン、セラトトキシン、S.クラバ(S.clava)ペプチド、メクラウナギ腸管抗菌ペプチド(HFIAP)、マガイニン、ブレビニン−2、ダーマセプチン、メリチン、プリューロシジン、H.sub.2Aペプチド、ゼノパス属(Xenopus)ペプチド、エスクレンチニス−1およびカエリンが挙げられるがこれらに限定されない。
ペプチドおよびペプチドミメティック標的化部分は、天然起源または修飾されたペプチド、例えば、DもしくはLペプチド;α、βもしくはγペプチド;N−メチルペプチド;アザペプチド;1個以上のアミドを有するペプチド、すなわち、ペプチド、1個以上の尿素、チオ尿素、カルバメートもしくはスルホニル尿素結合により置き換えられた結合;または環状ペプチドを有するものを含む。
標的化部分は、特異的な受容体を標的化することができる任意の部分であってもよい。例:葉酸塩、GalNAc、ガラクトース、マンノース、マンノース−6P、GalNAcクラスター、マンノースクラスター、ガラクトースクラスターのような糖のクラスターまたはアプタマー(apatamer)。クラスターは、2個以上の糖ユニットの組合せである。標的化部分は、インテグリン受容体部分、ケモカイン受容体部分、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体部分、PSMA、エンドセリン、GCPII、ソマトスタチン、LDLおよびHDL部分も含む。標的化部分は、核酸、例えば、アプタマーに基づくこともできる。アプタマーは、修飾されていなくてもよい、または本明細書に開示されている修飾の任意の組合せを有することができる。
他の例示的エンドソーム放出剤は、イミダゾール、ポリまたはオリゴイミダゾール、PEI、ペプチド、融合性ペプチド、ポリカルボキシレート(polycaboxylate)、ポリカチオン(polyacation)、マスクされたオリゴまたはポリカチオンまたはアニオン、アセタール、ポリアセタール、ケタール/ポリケタール(polyketyal)、オルトエステル、マスクされたまたはマスクされていないカチオン性またはアニオン性電荷を有するポリマー、マスクされたまたはマスクされていないカチオン性またはアニオン性電荷を有するデンドリマーを含む。
薬物動態(「PK」)モジュレーターは、親油性、胆汁酸、ステロイド、リン脂質アナログ、ペプチド、タンパク質結合剤、PEG、ビタミン等を含む。例示的な(Examplary)PKモジュレーターとして、コレステロール、脂肪酸、コール酸、リトコール酸、ジアルキルグリセリド、ジアシルグリセリド、リン脂質、スフィンゴ脂質、ナプロキセン、イブプロフェン、ビタミンE、ビオチン等が挙げられるがこれらに限定されない。多数のホスホロチオエート結合を含むオリゴヌクレオチドも、血清タンパク質に結合することが知られているため、骨格(backbaone)に複数のホスホロチオエート結合を含む短いオリゴヌクレオチド、例えば、約5塩基、10塩基、15塩基または20塩基のオリゴヌクレオチドも、標的化部分(例えば、PKモジュレート部分)として本発明に受け入れられる。加えて、血清構成要素(例えば、血清タンパク質)に結合するアプタマーも、PKモジュレート部分として本発明に受け入れられる。
2個以上の標的化部分が存在する場合、標的化部分は、全て同じ特性を有することができる、全て異なる特性を有することができる、または一部の標的化部分が同じ特性を有する一方、他は異なる特性を有する。例えば、標的化部分は、標的化特性を有することができる、エンドソーム溶解活性を有することができる、および/またはPKモジュレート特性を有することができる。ある特定の実施形態では、全て異なる特性を有する。
一部の実施形態では、標的化部分は、核酸分子の核酸塩基、糖部分またはヌクレオシド間結合にコンジュゲートされてもよい。プリン核酸塩基またはその誘導体へのコンジュゲーションは、環内および環外原子を含む任意の位置に生じ得る。一部の実施形態では、プリン核酸塩基の2−、6−、7−または8−位置は、コンジュゲート部分に取り付けられる。ピリミジン核酸塩基またはその誘導体へのコンジュゲーションも、任意の位置に生じ得る。一部の実施形態では、ピリミジン核酸塩基の2−、5−および6−位置は、コンジュゲート部分により置換されてもよい。ヌクレオシドの糖部分へのコンジュゲーションは、任意の炭素原子に生じ得る。コンジュゲート部分に取り付けることができる糖部分の炭素原子の例として、2’、3’および5’炭素原子が挙げられる。脱塩基残基におけるような、1’位置も、コンジュゲート部分に取り付けられてもよい。ヌクレオシド間結合は、コンジュゲート部分を有することもできる。リン含有結合(例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート(phosphorodithiotate)、ホスホロアミド酸その他)のため、コンジュゲート部分は、リン原子に直接的に、またはリン原子に結合されたO、NもしくはS原子に取り付けられてもよい。アミンまたはアミド含有ヌクレオシド間結合(例えば、PNA)のため、コンジュゲート部分は、アミンもしくはアミドの窒素原子にまたは隣接炭素原子に取り付けられてもよい。
RNA干渉の分野におけるいずれか好適な標的化部分が使用されてもよいが、標的化部分は典型的に、炭水化物、例えば、単糖(GalNAcのような)、二糖、三糖、四糖、多糖であることが想定される。核酸へと標的化部分をコンジュゲートするリンカーは、本明細書に記述されているものを含む。例えば、標的化部分は、二価または三価分枝状リンカーを介して取り付けられた1個以上のGalNAc誘導体となることができる。
ある特定の実施形態では、切断可能な連結基が利用される。切断可能な連結基は、細胞の外側で十分に安定であるが、標的細胞内への進入後に切断されて、リンカーが一体に保持している2部分を放出する基である。一実施形態では、切断可能な連結基は、標的細胞においてまたは第1の参照条件(例えば、細胞内条件を模倣するかまたは表すように選択され得る)下で、対象の血液におけるまたは第2の参照条件(例えば、血液または血清に見出される条件を模倣するかまたは表すように選択され得る)下よりも、少なくとも10倍以上、一部の実施形態では、少なくとも100倍速く切断される。
切断可能な連結基は、切断剤、例えば、pH、酸化還元電位または分解性分子の存在に対し感受性である。一般に、切断剤は、血清または血液中よりも細胞の内側において、より優勢であるかまたはより高いレベルもしくは活性で見出される。このような分解性薬剤の例として次のものが挙げられる:例えば、細胞内に存在して還元によって酸化還元切断可能な連結基を分解することができる酸化酵素もしくは還元酵素または還元性薬剤(例えばメルカプタン)を含む、特定の基質のために選択されるかまたは基質特異性がない酸化還元剤;エステラーゼ;エンドソームまたは酸性環境を作ることができる薬剤(例えば5以下のpHをもたらす薬剤);一般的な酸、ペプチダーゼ(基質特異的であってもよい)およびホスファターゼとして作用することにより、酸切断可能な連結基を加水分解または分解することができる酵素。
ジスルフィド結合のような切断可能結合基は、pHに感受性である場合がある。ヒト血清のpHは7.4であるが、平均細胞内pHは、僅かにより低く、約7.1−7.3に及ぶ。エンドソームは、5.5−6.0の範囲内のより酸性のpHを有し、リソソームは、およそ5.0のさらにより酸性であるpHを有する。一部のリンカーは、好ましいpHで切断される切断可能な連結基を有し、これにより、細胞の内側でまたは細胞の所望の区画内で、部分からカチオン性脂質を放出する。
リンカーは、特定の酵素によって切断可能である切断可能な連結基を含むことができる。リンカーに取り込まれる切断可能な連結基の種類は、標的化される細胞に依存することができる。例えば、肝臓標的化の標的化部分は、エステル基を含むリンカーを介してカチオン性脂質に連結されてもよい。肝臓細胞は、エステラーゼが豊富であり、したがって、リンカーは、エステラーゼ豊富でない細胞型よりも肝臓細胞において効率的に切断される。エステラーゼが豊富な他の細胞型は、肺、腎皮質および精巣の細胞を含む。肝臓細胞および滑膜細胞のような、ペプチダーゼが豊富な細胞型を標的化する場合、ペプチド結合を含有するリンカーが使用されてもよい。
一般に、切断可能な候補連結基の適合性は、候補連結基を切断する分解性薬剤(または条件)の能力を検査することにより評価することができる。切断可能な候補連結基は、血液中または他の非標的組織と接触した際の切断に抵抗する能力に関しても、検査することが望ましい。よって、標的細胞における切断を示すように選択される第1の条件と、他の組織または生体液(例えば、血液または血清)における切断を示すように選択される第2の条件との間で、切断に対する相対感受性を決定することができる。評価は、無細胞系において、細胞において、細胞培養において、臓器もしくは組織培養において、または動物全体において行うことができる。無細胞または培養条件において初期評価を為し、動物全体におけるさらなる評価によって確認することが有用となり得る。一部の実施形態では、有用な候補化合物は、血液または血清(または細胞外条件を模倣するように選択されるインビトロ条件下)と比較して、細胞(または細胞内条件を模倣するように選択されるインビトロ条件下)において少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く切断される。
一部の実施形態では、酸化還元切断可能な連結基が利用される。酸化還元切断可能な連結基は、還元または酸化後に切断される。還元的に切断可能な連結基の例は、ジスルフィド連結基(−−S−S−−)である。候補切断可能な連結基が、好適な「還元的に切断可能な連結基」であるか、または例えば、特定の干渉RNA分子および特定の標的化剤による使用に適しているか決定するために、本明細書に記載されている方法を頼ることができる。例えば、候補は、ジチオスレイトール(DTT)とのインキュベーション、または細胞(例えば、標的細胞)において観察される切断の速度を模倣する本技術分野で公知の試薬を使用した他の還元剤とのインキュベーションによって評価することができる。候補は、血液または血清条件を模倣するように選択される条件下で評価することもできる。特異的な実施形態では、候補化合物は、血液において10%以下が切断される。一部の実施形態では、有用な候補化合物は、血液(または細胞外条件を模倣するように選択されるインビトロ条件下)と比較して、細胞(または細胞内条件を模倣するように選択されるインビトロ条件下)において少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く分解される。候補化合物の切断の速度は、細胞内培地を模倣するように選ばれた条件下で、細胞外培地を模倣するように選ばれた条件と比較して、標準酵素動態アッセイを使用して決定することができる。
さらに一部の実施形態では、リン酸に基づく切断可能な連結基は、リン酸基を分解または加水分解する薬剤によって切断される。細胞におけるリン酸基を切断する薬剤の例は、細胞におけるホスファターゼのような酵素である。リン酸に基づく連結基の例は、−O−P(O)(Ork)−O−−、−−O−P(S)(Ork)−O−−、−−O−P(S)(SRk)−O−−、−−S−P(O)(Ork)−O−−、−−O−P(O)(Ork)−S−−、−−S−P(O)(Ork)−S−−、−−O−P(S)(Ork)−S−−、−−S−P(S)(Ork)−O−−、−−O−P(O)(Rk)−O−−、−−O−P(S)(Rk)−O−−、−−S−P(O)(Rk)−O−−、−−S−P(S)(Rk)−O−−、−−S−P(O)(Rk)−S−−、−−O−P(S)(Rk)−S−−である。特異的な実施形態は、−O−P(O)(OH)−O−−、−−O−P(S)(OH)−O−−、−−O−P(S)(SH)−O−−、−−S−P(O)(OH)−O−−、−−O−P(O)(OH)−S−−、−−S−P(O)(OH)−S−−、−−O−P(S)(OH)−S−−、−−S−P(S)(OH)−O−−、−−O−P(O)(H)−O−−、−−O−P(S)(H)−O−−、−−S−P(O)(H)−O−−、−−S−P(S)(H)−O−−、−−S−P(O)(H)−S−−、−−O−P(S)(H)−S−−を含む。別の特異的な実施形態は、−O−P(O)(OH)−O−−である。これらの候補は、上に記載されているものに類似した方法を使用して評価することができる。
一部の実施形態では、酸性条件下で切断される連結基である、酸切断可能な連結基が想定される。一部の実施形態では、酸切断可能な連結基は、約6.5以下(例えば、約6.0、5.5、5.0以下)のpHによる酸性環境において、または一般的な酸として作用し得る酵素のような薬剤により、切断される。細胞において、エンドソームおよびリソソームのような特異的な低pHオルガネラは、酸切断可能な連結基のために切断環境を提供することができる。酸切断可能な連結基の例として、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸のエステルが挙げられるがこれらに限定されない。酸切断可能基は、一般式−C==NN−−、C(O)Oまたは−OC(O)を有することができる。特異的な実施形態は、エステル(アルコキシ基)の酸素に取り付けられた炭素が、アリール基、置換アルキル基またはジメチルペンチルもしくはt−ブチルのような三級アルキル基である場合である。これらの候補は、上に記載されているものに類似した方法を使用して評価することができる。
一部の実施形態では、細胞におけるエステラーゼおよびアミダーゼのような酵素によって切断される、エステルに基づく切断可能な連結基が想定される。エステルに基づく切断可能な連結基の例として、アルキレン、アルケニレンおよびアルキニレン基のエステルが挙げられるがこれらに限定されない。エステル切断可能な連結基は、一般式−C(O)O−−または−OC(O)−−を有する。これらの候補は、上に記載されているものに類似した方法を使用して評価することができる。
またさらなる実施形態では、細胞におけるペプチダーゼおよびプロテアーゼのような酵素によって切断される、ペプチドに基づく切断可能な連結基が想定される。ペプチドに基づく切断可能な連結基は、オリゴペプチド(例えば、ジペプチド、トリペプチド等)およびポリペプチドを生じる、アミノ酸の間に形成されたペプチド結合である。ペプチドに基づく切断可能基は、アミド基(−−C(O)NH−−)を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレンまたはアルキネレン(alkynelene)の間に形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間に形成されて、ペプチドおよびタンパク質を生じる、特殊な種類のアミド結合である。ペプチドに基づく切断基は一般に、ペプチドおよびタンパク質を生じるアミノ酸の間に形成されたペプチド結合(すなわち、アミド結合)に限定され、アミド官能基全体を含まない。ペプチドに基づく切断可能な連結基は、一般式−NHCHRC(O)NHCHRC(O)−−(式中、RおよびRは、2個の隣接するアミノ酸のR基である)を有する。これらの候補は、上に記載されているものに類似した方法を使用して評価することができる。本明細書で使用される場合、「炭水化物」は、酸素、窒素もしくは硫黄原子が各炭素原子に結合された、少なくとも6個の炭素原子を有する1個以上の単糖ユニットで構成されているそれ自体が炭水化物(直鎖状、分枝状または環状となり得る)である化合物;または酸素、窒素もしくは硫黄原子が各炭素原子に結合された、少なくとも6個の炭素原子をそれぞれ有する1個以上の単糖ユニットで構成されている炭水化物部分をその一部として有する化合物(直鎖状、分枝状または環状となり得る)を指す。代表的な炭水化物は、糖(約4−9個の単糖ユニットを含有する単糖、二糖、三糖およびオリゴ糖)、ならびにデンプン、グリコーゲン、セルロースおよび多糖ガムのような多糖を含む。
干渉RNAの合成
本発明の方法において用いることができる干渉RNA分子は、本技術分野で公知の技法を使用して、例えば、従来のRNA固相合成を使用して直ちに作製することができる。例えば、米国特許第8,877,917号を参照されたい。二本鎖RNA分子のポリヌクレオチドは、標準ヌクレオチドまたはヌクレオシド前駆体(例えば、ホスホラミダイト)を利用した好適な核酸合成機においてアセンブルさせることができる。自動核酸合成機は、いくつかのベンダーによって商業販売されており、Applied Biosystems(Foster City、CA)製のDNA/RNA合成機、BioAutomation(Irving、TX)製のMerMade合成機およびGE Healthcare Life Sciences(Pittsburgh、PA)製のOligoPilot合成機を含む。
2’シリル保護基は、リボヌクレオシドの5’位置における酸に不安定なジメトキシトリチル(DMT)と併せて使用されて、ホスホラミダイト化学によりオリゴヌクレオチドを合成することができる。最終脱保護条件は、RNA産物を有意に分解しないことが知られている。全合成は、大規模、中規模または小規模で、任意の自動または手動合成機において行うことができる。合成は、複数のウェルプレートまたはスライドグラスにおいて実行することもできる。
2’−O−シリル基は、フッ化物イオンの任意の供給源、例えば、無機対イオンと対になるフッ化物イオンを含有する塩、例えば、フッ化セシウムおよびフッ化カリウム、または有機対イオンと対になるフッ化物イオンを含有する塩、例えば、フッ化テトラアルキルアンモニウムを含むことができる、フッ化物イオンへの曝露により除去することができる。クラウンエーテル触媒は、脱保護反応において無機フッ化物と組み合わせて利用することができる。好ましいフッ化物イオン供給源は、フッ化テトラブチルアンモニウムまたはアミンヒドロフルオライド(例えば、双極性非プロトン溶媒、例えば、ジメチルホルムアミドにおいて、トリエチルアミンと水性HFとを組み合わせる)である。
亜リン酸トリエステルおよびホスホトリエステルにおける使用のための保護基の選択は、フッ化物に向かうトリエステルの安定性を変更することができる。ホスホトリエステルまたは亜リン酸トリエステルのメチル保護は、フッ化物イオンに対する結合を安定化し、プロセス収率を改善することができる。
リボヌクレオシドは、反応性2’ヒドロキシル置換基を有するため、RNAにおける反応性2’位置を、5’−O−ジメトキシトリチル保護基に対し直交性である保護基、例えば、酸処理に安定したものにより保護することが望ましくなり得る。シリル保護基は、この判断基準を満たし、最小のRNA分解をもたらし得る最終フッ化物(fluroide)脱保護ステップにおいて直ちに除去され得る。
テトラゾール触媒は、標準ホスホラミダイトカップリング反応において使用され得る。好ましい触媒は、例えば、テトラゾール、S−エチル−テトラゾール、p−ニトロフェニルテトラゾールを含む。
例えば、Trufertら、Tetrahedron、52:3005頁、1996;およびManoharan「Oligonucleotide Conjugates in Antisense Technology」、in Antisense Drug Technology、S.T.Crooke編、Marcel Dekker、Inc.、2001も参照されたい。保護された単量体化合物は、カラムクロマトグラフィー、高圧液体クロマトグラフィーまたは再結晶のような方法によって、反応混合物から分離し、さらに精製することができる。当業者によって理解される通り、本明細書における式の化合物を合成するさらなる方法は、当業者に明らかである。その上、様々な合成ステップを代替の順番または順序で実行することにより、所望の化合物を得ることができる。本明細書に記載されている化合物の合成において有用な、他の合成化学転換、保護基(例えば、塩基に存在するヒドロキシル、アミノ等のため)および保護基方法論(保護および脱保護)は、本技術分野で公知であり、例えば、R.Larock、Comprehensive Organic Transformations、VCH Publishers(1989);T.W.GreeneおよびP.G.M.Wuts、Protective Groups in Organic Synthesis、第2版、John Wiley and Sons(1991);L.FieserおよびM.Fieser、Fieser and Fieser’s Reagents for Organic Synthesis、John Wiley and Sons(1994);ならびにL.Paquette編、Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis、John Wiley and Sons(1995)、ならびにそれらの後続版に記載されているようなものを含む。
処置の方法
本発明のさらなる実施形態では、ヒト対象を処置する方法であって、本発明の抗原結合性タンパク質または抗体または干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)の治療投薬量を投与するステップを含む方法が提供される。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、モノクローナル抗体である。一実施形態では、抗原結合性タンパク質は、ヒト抗体である。別の実施形態では、抗原結合性タンパク質または抗体は、ヒト化抗体である。別の実施形態では、干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)が投与される。本明細書で使用される場合、用語「対象」は、ヒトを含む哺乳動物を指し、用語「患者」と互換的に使用することができる。
後述する実施例で発表されたアイスランド人研究の結果を考慮すれば、宿主へのASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)の投与を含む治療法を受けている宿主における下流において、なんら特定のさらなる遺伝子操作の必要もない。すなわち、一部の実施形態では、抗体(またはRNAi)は、本明細書に記載されている抗体(またはRNAi)の1種以上でありさえすればよく、これは、ASGR(ASGR1のような)に結合し(および阻害し)、本明細書に提供されている心血管疾患、心筋梗塞または他の障害のリスクの低下に十分な量および頻度で投与される。一部の実施形態では、抗体(またはRNAi)は、非HDLコレステロールの低減をもたらすのに十分な量で投与される。一部の実施形態では、抗体(またはRNAi)は、LDLコレステロールの低減をもたらすのに十分な量で投与される。そうでないと記載しない限り限定を意図しないが、以下は、ASGRが様々な障害に影響を有し得る様々な実施形態についての記載であり、したがって、本明細書に提供されている様々な抗体(またはRNAi)(ASGR機能を阻害(例えば、低下)し得る)が、本明細書に提示されている様々な障害に影響をいかにして与えるかについての記載である。
一部の実施形態では、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)は、血小板クリアランスにおけるASGRの役割により効果を及ぼす。受容体の阻害(例えば、低下)は、古い血小板のクリアランスの低下をもたらす。このようなより古い血小板は、新たな血小板ほど凝固せず、結果として、血液はより希薄になる。結果として、プラークが軽減することができ、対象にとって肯定的な影響(例えば、脳卒中が軽減される)が起こり得る。
一部の実施形態では、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)は、ASGRに結合して、炎症を変更する。例えば、ASGR−1受容体の低下は、免疫応答の修飾をもたらす。通常、炎症誘発性サイトカインの増加が存在し得る。このような炎症誘発性サイトカインは、ネイティブ状態(ASGR1受容体が低下されない状態)では循環している。しかし、ALP(アルカリホスファターゼ)は、抗炎症性の役割を有する場合があり、これにより、全身性に炎症および凝血異常を低下させる。一部の実施形態では、作用機構は、ALPを増加させ、したがって炎症を低下させる、ASGR1の低下が関与する。
一部の実施形態では、また、理論によって限定されることを(そうでないと記載されない限り)意図するものではないが、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)は、直接的にまたは間接的に、1種以上の他の分子と相互作用するASGRにより活性を低下させることができる。例えば、様々なタンパク質に関する様々な実施形態は、本明細書の実施例18および19に提供されている。上に記載されている通り、このタンパク質選択は、心血管疾患マーカーとしてこれらのタンパク質の1種以上をモニタリングすることにより、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)の有効性(および/または抗体の量および/または治療法(またはRNAi)に応答し得る対象の同定)の決定に有用となることもできる。よって、このようなマーカーは、マーカーとして有用であり、理論によって限定されることを意図するものではないが、一部の実施形態では、下に開示されるタンパク質の1種以上は、当該タンパク質を(直接的にまたは間接的に)通じて、ASGR1モジュレーションが心血管疾患を含む本明細書に提示されている障害の1種以上に関するその利点を達成する、タンパク質である。
本明細書の実施例18および19に記載されているマーカータンパク質に加えて(これは、様々な作用機構および様々なASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)および投薬量管理体制の有効性のモニタリングも可能にする)、以下の目的のタンパク質はASGRおよびASGR−1と相互作用するタンパク質であり、特に、これらへの結合によって直接的に相互作用する。よって、これらは、様々なASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)によって、本明細書に提供されている様々な実施形態のために阻害(例えば、低減)され得るさらなる相互作用である。理論によって限定されることを(そうでないと明確に記載されない限り)意図するものではないが)、以下のタンパク質の1種以上へのASGR−1の結合は、記載されている結合を阻害(例えば、低減)する本明細書に提供されているASGR−1阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)を使用することにより阻害(例えば、低減)され得る。一部の実施形態では、タンパク質相互作用は、ASGR阻害剤によって(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体結合またはRNAiにより)ASGRレベルが有効に低減されたときよりも下流で発生する、もたらされる作用機構として企図されるが、以下のリストは、ASGR1に直接的に結合するので、したがって本明細書に提供されている抗原結合性タンパク質または抗体(またはRNAi)の1種以上によってASGR−1への直接結合が阻害(例えば、低減)され得る、タンパク質のリストである。一部の実施形態では、ASGR−1阻害剤(inhbiitor)(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)は、次のうち1種以上へのASGR−1の結合を阻害(例えば、低減)する:アルファ−2−HS−糖タンパク質(別名、フェチュインA)(Tozawaら、J Biol Chem(2001)276:12624−12628頁を参照);アシアロ糖タンパク質受容体1(Stockertら(1977)Science 197:667−668頁を参照)、オロソムコイド(別名、アルファ−1−酸糖タンパク質)(Tozawaら、J Biol Chem(2001)276:12624−12628頁を参照)、アルカリホスファターゼ(Hardonk MJ、Scholtens HB.Histochemistry.1980;69(3):289−97頁およびScholtens HB、Meijer DK、Hardonk MJ. Liver.1982年3月;2(1):14−21頁を参照)、LDLおよびカイロミクロン(Windlerら、Biochem J(1991)276:79−87頁)、フィブロネクチン(Rotundoら、Hepatology(1998)28:475−485頁を参照)ならびにIgA(Stockertら、PNAS(1982)79:6229−6231頁を参照)。一部の実施形態では、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)抗体は、ASGRに結合し、タンパク質リガンド、合成多糖、固体基質等が挙げられるがこれらに限定されない、末端galまたはgalNAcを有する分子とASGRの相互作用を阻害(例えば、低減)する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質または抗体またはRNAi)は、無シアリル化分子に結合するASGR1の能力を阻害(例えば、低減)する。一部の実施形態では、本発明は、心血管疾患を処置または予防する方法であって、それを必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、心血管疾患は、冠動脈疾患または心筋梗塞である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、心血管事象の相対リスク低減は、患者において、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%である。心血管疾患の一部の非限定例として、例えば、冠血管心疾患、冠動脈疾患、末梢動脈疾患、脳卒中(虚血性および出血性)、狭心症、脳血管疾患、急性冠血管症候群および心筋梗塞のような、アテローム硬化性疾患が挙げられる。一部の実施形態では、本発明のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、次のリスクの低減において有用である:非致死性心臓発作、致死性および非致死性脳卒中、ある特定の種類の心臓手術、心不全のための入院、心疾患患者における胸痛、および/または以前の心臓発作、以前の心臓手術のような確立された心疾患による心血管事象、および/または詰まった動脈のエビデンスを有する胸痛。一部の実施形態では、本発明のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤ならびに方法は、反復性心血管事象のリスクの低減に使用することができる。
一部の実施形態では、本発明は、冠動脈疾患になるまたはMIを有するリスクを減少させる方法であって、リスクの減少を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、冠動脈疾患またはMIの相対リスク低下は、患者において、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%である。
一部の実施形態では、本発明は、患者における血中LDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、血中LDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、患者における血中LDLコレステロールレベルは、患者における血中LDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約15%低下される。本発明の本態様の一部の実施形態では、前記患者の血中LDLコレステロールレベルは、患者における血中LDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%低減される。
一部の実施形態では、本発明は、患者における非HDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、非HDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、患者における非HDLコレステロールレベルは、患者における非HDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約5%低下される。本発明の本態様の一部の実施形態では、前記患者の非HDLコレステロールレベルは、患者における非HDLコレステロールの投薬前レベルと比較して、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%低減される。
一部の実施形態では、本発明は、患者におけるALPレベルを増加させる方法であって、ALPレベルの増加を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、患者におけるALPレベルは、患者におけるALPの投薬前レベルと比較して、少なくとも約30%増加される。本発明の本態様の一部の実施形態では、前記患者のALPレベルは、患者における投薬前ALPレベルと比較して、少なくとも約少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%または少なくとも約90%増加される。一部の実施形態では、ALPレベルは、処置前よりも少なくとも約1.25×、1.5×、2×、2.5×、3×、3.5×、4×、4.5×および5×増加される。
一部の実施形態では、本発明は、患者におけるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2をアンタゴナイズする方法であって、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2のアンタゴナイズを必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。
一部の実施形態では、心血管疾患を処置または予防する方法が提供され、本方法は、心血管疾患の処置または予防を必要とする患者に、本明細書に記載されているASGR阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR阻害剤は、ASGR−1およびASGR−2の阻害剤である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている抗原結合性タンパク質のうち1種以上である。一部の実施形態では、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2阻害剤は、本明細書に記載されている干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である。一部の実施形態では、心血管事象の相対リスク低下は、患者において、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%である。
用語「処置」は、少なくとも1種の症状もしくは障害の他の実施形態の軽減、または疾患重症度の低下その他を包含する。本発明に係る抗原結合性タンパク質、特に、ヒト抗体は、実行可能な治療剤を構成するために、完全治癒をもたらしたり、または疾患の全ての症状もしくは徴候を根絶したりする必要はない。関連分野で認識される通り、治療剤として用いられる薬物は、所定の疾患状態の重症度を低下させることができるが、有用な治療剤としてみなされるために、疾患の全ての徴候を消失させる必要はない。疾患の影響を単純に低下させること(例えば、その症状の数または重症度を低下させることにより、または別の処置の有効性を増加させることにより、または別の有益な効果を生じることにより)、または対象における疾患が発症または悪化する見込みを低下させることで十分である。本発明の一実施形態は、特定の障害の重症度を反映する指標のベースラインを上回る持続的な改善の誘導に十分な量および時間で、抗原結合性タンパク質または干渉RNAを患者に投与するステップを含む方法を対象とする。
用語「予防」は、少なくとも1種の症状または障害の他の実施形態その他の予防を包含する。本発明に係る抗原結合性タンパク質、特に、ヒト抗体を組み込んだ、予防的に投与される処置は、実行可能な予防剤を構成するために、状態の発病の予防において完全に有効である必要はない。対象において疾患が発生または悪化する見込みを単に低下させることだけで十分である。
用語「非HDLコレステロール」は、LDLコレステロール、超低密度リポタンパク質、中間密度リポタンパク質、リポタンパク質(a)およびカイロミクロンを含む、あらゆるコレステロール含有アテローム生成促進的リポタンパク質を包含する。非HDLコレステロールレベルは、総コレステロールレベルからHDLコレステロールレベルを減算することにより計算される。
関連分野で理解される通り、抗原結合性タンパク質および/または干渉RNAを含む医薬組成物は、適応症および組成物に適切な様式で対象に投与される。一実施形態では、医薬組成物は、本発明のヒト抗体を含む。別の実施形態では、医薬組成物は、干渉RNAを含む。医薬組成物は、非経口的、局所的または吸入によるものが挙げられるがこれらに限定されない、いずれか好適な技法によって投与することができる。注射される場合、医薬組成物は、例えば、関節内、静脈内、筋肉内、病巣内、腹腔内もしくは皮下経路、ボーラス注射または連続的注入により投与することができる。吸入による送達は、例えば、経鼻または経口吸入、ネブライザーの使用、エアロゾル形態での抗原結合性タンパク質の吸入その他を含む。他の代替法は、丸薬、シロップまたは薬用キャンディーを含む経口調製物を含む。
有利には、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、生理的に許容される担体、賦形剤または希釈剤のような、1種以上の追加的な構成要素を含む組成物の形態で投与される。任意選択的に、組成物は、1種以上の生理的に活性な薬剤をその上含む。様々な特定の実施形態では、組成物は、1種以上の抗原結合性タンパク質(例えば、ヒト抗体)または干渉RNAに加えて、1、2、3、4、5または6種の生理的に活性な薬剤を含む。
1種以上の抗原結合性タンパク質または干渉RNA、および本明細書に記述されている状態のいずれかを処置する際における使用のためのラベルまたは他の説明書を含む、医師による使用のためのキットが提供される。一実施形態では、キットは、本明細書に開示されている組成物の形態であってもよく、1個以上のバイアル内に存在し得る、1種以上のヒト抗体または1種以上の干渉RNAの無菌調製物を含む。
投与の投薬量および頻度は、投与経路、用いられる特定の抗原結合性タンパク質または干渉RNA、処置されるべき疾患の性質および重症度、状態が急性であるか慢性であるか、ならびに対象のサイズおよび全身状態のような因子に従って変動し得る。適切な投薬量は、関連技術分野、例えば、用量漸増試験が関与し得る臨床治験で、公知の手順によって決定することができる。
抗原結合性タンパク質、例えば、モノクローナル抗体または干渉RNAは、例えば、1回または2回以上、例えば、ある期間にわたって規則的な間隔で、投与され得る。特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、1ヶ月以上に少なくとも1回の期間にわたって、例えば、1、2もしくは3ヶ月間またはさらには無期限に投与される。慢性状態を処置するために、長期処置が一般に最も有効である。しかし、急性状態を処置するため、より短い期間、例えば、1から6週間の投与で十分な場合もある。一般に、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、患者が、選ばれた指標(単数または複数)に関するベースラインを上回る、医学的に関連した程度の改善をあらわすまで投与される。
本明細書に提供されている治療レジメンの一例は、1週間に1回または2週間に1回または1ヶ月間に1回、1ヶ月間おきに1回、3ヶ月間に1回、6ヶ月間以上に1回の、適切な投薬量における、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2を発現する細胞を標的とすることが望まれる状態を処置するための、抗原結合性タンパク質または干渉RNAの皮下注射を含む。抗原結合性タンパク質の毎週または毎月投与は、所望の結果が達成されるまで、例えば、対象の症状が鎮静するまで続けることができる。処置は、必要に応じて再開してもよく、または代わりに、維持用量が投与されてもよい。
一部の実施形態では、表18.1、18.2、19.3および19.4におけるマーカーの1種以上を使用して、投与されたASGR阻害剤(例えば、抗原結合性タンパク質および/または抗体および/またはRNAi)の量が、その意図される治療適用に十分であるか否か決定することができる。一部の実施形態では、表18.1、18.2、19.3および19.4の1種以上に概要を述べるタンパク質に関するタンパク質レベルにおける変更の1種以上が、抗原結合性タンパク質、抗体および/またはRNAiの投与に応答して変化する場合、抗原結合性タンパク質、抗体および/またはRNAiは、宿主において効果を有する。一部の実施形態では、所望の量へと非HDLコレステロールのレベルを変更する、またはこれを所望の量だけ低下させる場合、量は十分である。一部の実施形態では、使用されるマーカーは、表19.4の段1、2、3、4および5の1種以上におけるものの1種以上であってもよい。一部の実施形態では、使用されるマーカーは、表19.4の段1および5の1種以上におけるものの1種以上であってもよい。
併用療法
本発明の方法および組成物の特定の実施形態は、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質および/または干渉RNA、ならびに例えば心血管疾患の処置または予防に有用な1種以上の他の治療薬の使用が関与する。一実施形態では、抗原結合性タンパク質および/または干渉RNAは、単独で、または患者が患う状態の処置に有用な他の薬剤と組み合わせて投与される。このような薬剤の例として、タンパク質性および非タンパク質性薬物の両方が挙げられる。複数の治療薬が同時投与される場合、関連技術分野で認識される通りに、適宜投薬量が調整されてもよい。「同時投与」および併用療法は、同時投与に限定されないが、抗原結合性タンパク質が、患者への少なくとも1種の他の治療剤の投与が関与する処置の経過において少なくとも1回投与される処置レジメンも含む。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、少なくとも1種の他の治療剤の投与に先立ち投与される。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、少なくとも1種の他の治療剤の投与と同時に投与される。ある特定の実施形態では、抗原結合性タンパク質または干渉RNAは、少なくとも1種の他の治療剤の投与の後に投与される。
一実施形態では、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質または抗体および/または干渉RNAは、抗PCSK9抗体(例えば、Repatha(登録商標)、Praluent(登録商標)、ボコシズマブ)と組み合わせて対象に投与される。別の実施形態では、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質もしくは抗体および/または干渉RNAは、少なくとも1種の他のコレステロール低減(血清および/または全身コレステロール)剤と組み合わせて対象に投与される。一部の実施形態では、LDLRの発現を増加させる薬剤は、血清HDLレベルを増加させる、LDLレベルを低減する、またはトリグリセリドレベルを低減することが観察された。例示的な薬剤として、スタチン(例えば、アトルバスタチン、セリバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、メバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、シンバスタチン)、ニコチン酸(ナイアシン)(NIACOR、NIASPAN(徐放ナイアシン)、SLO−NIACIN(徐放ナイアシン))、フィブリン酸(LOPID(ゲムフィブロジル)、TRICOR(フェノフィブレート)、胆汁酸捕捉剤(QUESTRAN(コレスチラミン)、コレセベラム(WELCHOL)、COLESTID(コレスチポール))、コレステロール吸収阻害剤(ZETIA(エゼチミブ))、ニコチン酸とスタチンとの組み合わせ(ADVICOR(ロバスタチンおよびNIASPAN)、スタチンと吸収阻害剤との組み合わせ(VYTORIN(ZOCORおよびZETIA)および/または脂質修飾剤が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質および/または干渉RNAは、PPARガンマアゴニスト(agonsit)、PPARアルファ/ガンマアゴニスト、スクアレンシンターゼ阻害剤、CETP阻害剤、降圧薬、抗糖尿病剤(スルホニル尿素、インスリン、GLP−1アナログ、DDPIV阻害剤等)、ApoBモジュレーター、MTP阻害剤(inhibitoris)および/または閉塞性動脈硬化症処置と組み合わされる。一部の実施形態では、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質および/または干渉RNAは、スタチン、オンコスタチンM等のある特定のサイトカイン、エストロゲンおよび/またはベルベリンのようなある特定の薬草部分等の、対象におけるLDLRタンパク質のレベルを増加させる薬剤と組み合わされる。一部の実施形態では、少なくとも1種の抗原結合性タンパク質および/または干渉RNAは、対象における血清コレステロールレベルを増加させる薬剤(ある特定の抗精神病剤(anti−psycotic agent)、ある特定のHIVプロテアーゼ阻害剤、高フルクトース、スクロース、コレステロールまたはある特定の脂肪酸のような食事性因子、ならびにRXR、RAR、LXR、FXRのためのある特定の核受容体アゴニストおよびアンタゴニストのような)と組み合わされる。2種の組合せは、他の薬剤の望ましくない副作用が、抗原結合性タンパク質または干渉RNAによって緩和されることを可能にする場合がある。
診断使用
一実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、生体試料におけるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の存在の検出に有用である。用語「検出」は、本明細書で使用される場合、定量的または定性的検出を包含する。ある特定の実施形態では、生体試料は、細胞または組織を含む。ある特定の実施形態では、このような組織は、他の組織と比べてより高いレベルでASGR、ASGR−1および/またはASGR−2を発現する組織を含む。
一実施形態では、本発明は、生体試料におけるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の存在を検出する方法を提供する。ある特定の実施形態では、本方法は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への抗原結合性タンパク質の結合に許容的な条件下で、本発明の抗原結合性タンパク質と生体試料を接触させるステップ、ならびに抗原結合性タンパク質ならびにASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の間で複合体が形成されるか検出するステップを含む。
一実施形態では、本発明は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現増加または減少に関連する障害を診断する方法を提供する。ある特定の実施形態では、本方法は、抗原結合性タンパク質と被験細胞を接触させるステップ;ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への抗原結合性タンパク質の結合を検出することにより、被験細胞によるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベル(定量的にまたは定性的に)を決定するステップ;ならびに被験細胞によるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを、対照細胞(例えば、被験細胞と同じ組織起源の正常細胞、またはこのような正常細胞に匹敵するレベルでASGR、ASGR−1および/またはASGR−2を発現する細胞)によるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルと比較するステップであって、対照細胞と比較して被験細胞によるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のより高いまたは低いレベルが、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現増加または減少に関連する障害の存在を示す、ステップを含む。ある特定の実施形態では、被験細胞は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現増加または減少に関連する障害を有すると疑われる個体から得られる。
ある特定の実施形態では、上に記載されているもののような診断または検出の方法は、細胞表面において、またはその表面にASGR、ASGR−1および/またはASGR−2を発現する細胞から得られる膜調製物において発現されたASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への本発明の抗原結合性タンパク質の結合を検出するステップを含む。ある特定の実施形態では、本方法は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への本発明の抗原結合性タンパク質の結合に許容的な条件下で、抗原結合性タンパク質と細胞を接触させるステップ、ならびに本発明の抗原結合性タンパク質ならびに細胞表面におけるASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の間に複合体が形成されるか否かを検出するステップを含む。細胞表面に発現されたASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への本発明の抗原結合性タンパク質の結合を検出するための例示的なアッセイは、「FACS」アッセイである。
ある特定の他の方法を使用して、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2への本発明の抗原結合性タンパク質の結合を検出することができる。このような方法として、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ELISA(酵素結合免疫吸着測定法)、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、蛍光イムノアッセイ、プロテインAイムノアッセイおよび免疫組織化学的検査(IHC)のような、本技術分野で周知の抗原結合アッセイが挙げられるがこれらに限定されない。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は標識されている。標識として、直接的に検出される標識または部分(蛍光、発色団、高電子密度、化学発光および放射性標識のような)と共に、例えば、酵素反応または分子相互作用により間接的に検出される酵素またはリガンドのような部分が挙げられるが、これらに限定されない。例示的な標識として、放射性同位元素32P、14C、125I、Hおよび131I、希土類キレートのようなフルオロフォア、またはフルオレセインおよびその誘導体、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ(luceriferase)、例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ(米国特許第4,737,456号)、ルシフェリン、2,3−ジヒドロフタラジンジオン、西洋わさびペルオキシダーゼ(HRP)、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ、例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼおよびグルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、ウリカーゼのような複素環オキシダーゼ、ならびにHRPのような色素前駆体の酸化に過酸化水素を用いる酵素とカップリングされたキサンチンオキシダーゼ、ラクトペルオキシダーゼまたはミクロペルオキシダーゼ、ビオチン/アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定フリーラジカルその他が挙げられるがこれらに限定されない。
ある特定の実施形態では、本発明の抗原結合性タンパク質は、不溶性マトリクスに固定化される。固定化は、溶液中に遊離したままの任意のASGR、ASGR−1および/またはASGR−2から、本発明の抗原結合性タンパク質が分離することを必要とする。これは従来、水不溶性マトリクスもしくは表面への吸着によるような、アッセイ手順前の本発明の抗原結合性タンパク質の不溶化(例えば、Bennichら、米国特許第3,720,760号を参照)、または共有結合カップリング(例えば、グルタルアルデヒド架橋を使用)、または例えば、免疫沈降による、本発明の抗原結合性タンパク質ならびにASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の間の複合体の形成後の本発明の抗原結合性タンパク質の不溶化によって、達成される。
本発明について記載してきたが、次の実施例は、限定ではなく例証として提供されている。
多数の配列が本明細書に提供されている。配列に矛盾がある場合、他に指示されない限り、図中に提示されている表における配列が優先する。同じコンセンサス配列の間に任意の意図されない差がある場合、(そうでないことが記載されない限り)図(図中の表から)に提供されているコンセンサス配列が優先する。任意のさらなる不一致(descrepancies)(単なる代替配列ではない)に関して、他に指定がない限り、表1−7内の配列が優先する。図は、様々な核酸およびアミノ酸配列の複数の配列、配列アラインメントおよび配列構成要素を含む。本明細書は、指定の表および/または指定の図の観点からこの情報を参照する。必要に応じて、どちらの参照(図または表による)が使用されてもよく、どちらの指定(図または表)も代替の指定をも示す。よって、図48は表1を指定し、図49は表2を指定し、図50は表3を指定し、図51は表4を指定し、図52は表5を指定し、図53は表6を指定し、図54は表7を指定し、図55は表19A、19B、19C、20A、20Bおよび20Cを指定し、図56は表21−48を指定し、図57は表49−134を指定し、逆もまた同じである。そのようなものとして、上述の図または表に関する本明細書における任意の記述は、「表」または「図」の命名法に関して互換的である。
[実施例1]
ASGR−1機能を破壊し、非HDLコレステロールを低下させ、冠動脈疾患を防ぐ希少配列バリアントの同定
循環非高密度リポタンパク質(非HDL)コレステロールのレベルは遺伝性であり、冠動脈疾患(CAD)および心筋梗塞(MI)のリスクと強く相関する。全ゲノム配列決定は、血清脂質レベルに対して大きな影響を及ぼし、したがって、CADおよびMIのような心血管疾患のリスクを有する希少配列バリアントを探し出す可能性を与える。
方法
研究参加者:
様々な脂質特性(非HDLコレステロール、HDLコレステロール、LDLコレステロールおよびトリグリセリド)、アルカリホスファターゼ(ALP)、フェリチンおよびビタミンB12を測定するために使用される、アイスランド、デンマークおよびオランダからの集団試料セットの詳細を表1.2にまとめる。フェリチンについてのデータセットは示していない。研究の一部であった冠動脈疾患症例対照試料セットを表1.1にまとめる。
アイスランド人研究集団
研究参加者をdeCODEにおいて様々な遺伝的プログラムの一部として登録した。血中脂質レベル(総コレステロール、非高密度リポタンパク質コレステロール(非HDL−C)、低密度リポタンパク質コレステロール(LDL−C)、高密度リポタンパク質コレステロール(HDL−C)およびトリグリセリド)、アルカリホスファターゼおよびビタミンB12レベルをアイスランドにおける最大の研究所のうちの3つから得た:1)Landspitali−The National University Hospital of Iceland(LUH)、Reykjavik(1993年から2012年の間に実施した測定、入院および外来患者)、2)Mjoddにおける研究所(RAM)、Reykjavik(2004年から2012年の間に実施した測定、外来患者)および3)Akureyri Hospital、The Regional Hospital in North Iceland、Akureyri(2004年から2010年の間に実施した、入院および外来患者)。参加者に関する情報を表1.2にまとめる。脂質レベルを、性別、生年および測定時の年齢、脂質低下薬および測定部位について、個体の複数回測定の平均を使用して調整し、次いで分位数正規化を使用して標準正規分布に正規化した。効果推定値をmmol/Lにおいて得るために、回帰解析からの推定値に集団における脂質レベルの推定標準偏差を掛けた。それらのおおよその対数正規分布を考慮して、トリグリセリドレベルを調整前に対数変換し、対応する効果推定値をmmol/Lの単位の代わりに変化パーセンテージとして提示する。アイスランドにおける非HDLコレステロール、LDLコレステロール、HDLコレステロールおよびトリグリセリドを有する個体の総数を以下の表1.3に示す。各脂質について、チップ分類し(chip−typed)かつ直接インピュートした個体ならびに家族性インピュテーションを有する個体の数も示す。
Figure 2018535655
非HDLコレステロールを、総コレステロールからHDLコレステロールを差し引くことによって得、全てのアテローム生成リポタンパク質粒子(VLDL、IDL、LDL、カイロミクロンおよびLp(a))内に運搬されたコレステロールの量を測定する。Friedewald式(トリグリセリドレベル<4.00mmol/Lについて)(Friedewald,W.T.、Levy,R.I.およびFredrickson,D.S. Estimation of the concentration of low−density lipoprotein cholesterol in plasma,without use of the preparative ultracentrifuge.Clin.Chem.18、499−502頁(1972年))を使用してLDLコレステロールを算出した。総コレステロールおよびHDL−コレステロール値は空腹および非空腹値の混合であるのに対して、トリグリセリドは空腹値のみである。
冠動脈疾患(CAD)は、a)1981年から2002年の間にアイスランドにおいて75歳前に心筋梗塞(MI)を患っており、MONICA基準を満たしていたMONICA登録における個体(Gudbjartssonら、Large−scale whole−genome sequencing of the Icelandic population.Nature genetics 2015年)、b)LUHからCAD退院時診断を受けた対象(ICD9コード410.、411.、412.、414.またはICD10コードI20.0、I21.、I22..I23.、I24.、I25.)、c)1987年から2012年の間にLUHにて冠動脈造影および経皮冠動脈インターベンションの全国的な臨床登録から同定された顕著な血管造影CAD(以下に定義されているものを参照)と診断された対象、d)2002年から2011年の間にLUHにて冠動脈バイパス移植(CABG)処置を受けている対象またはe)1996年から2009年の間に死亡登録においてMIもしくはCAD(ICD9もしくは10コード)として挙げられた死因もしくは死因の一因、と定義した。全国的な登録における冠動脈造影図をインターベンショナル心臓専門医によって評価した。3つの主要な心外膜冠状血管または左主冠動脈のうちの1つ以上が目測によって少なくとも50%の狭窄を有することが見出された場合、患者は顕著な血管造影CADを有するとみなした。
アイスランド人でない研究集団
アイスランド人でない試料セットの特徴を表1.1および表1.2にまとめる。表1.1および1.2にまとめた研究の全ては、適切な生命倫理および/またはデータ保護機関によって承認された。Nijmegen Biomedical Study、オランダからの試料に関して、脂質値(すなわち、総コレステロール、HDL−コレステロールおよびトリグリセリド)は全て非空腹値であった。デンマーク人Inter99およびAddition研究からの試料に関して、脂質値は全て空腹値であった。生体試料を提供した全ての参加対象は、インフォームドコンセントに署名している。表現型および生体試料の個人識別は、Icelandic Data Protection Authorityによって提供された第三者システムによって暗号化した。
データ生成および解析
全ゲノム配列決定、SNP呼び出しおよびインピュテーション
アイスランド人の試料を、Illuminaマイクロアレイを使用して遺伝子型を決定した(Samani NJら、Genomewide association analysis of coronary artery disease.The New England journal of medicine 2007年;357:443−53頁)。2,636人のアイスランド人の全ゲノムを、標準的なTruSeq法(Illumina)を使用して少なくとも10倍(中央値20倍)の平均深度まで配列決定した(Samani NJら、Genomewide association analysis of coronary artery disease.The New England journal of medicine 2007年;357:443−53頁)。ASGR−1遺伝子におけるGCリッチイントロン4の改善された配列決定カバレッジに関して、738人のアイスランド人について作成した全ゲノム配列データを、Illumina製のTruSeq PCRフリー法(30倍の平均深度)を使用して解析した。ASGR−1のイントロン4におけるdel12バリアントをこのデータセットにおいて検出した。
単一トラックアッセイ(Single−Track assay)SNPおよびマイクロサテライト遺伝子型決定:
本発明者らは、Centaurus(Nanogen)プラットフォーム(Gretarsdottir Sら、Genome−wide association study identifies a sequence variant within the DAB2IP gene conferring susceptibility to abdominal aortic aneurysm.Nature genetics 2010年;42:692頁)を使用してrs186021206の単一SNP遺伝子型決定を実施した。del12バリアントを、以下のプライマー:フォワード(forwrd)プライマー(NED標識化)5’−TTCATCTTTCTTCCCACATTGC−3’(SEQ ID NO:32600)、リバース(reverse)プライマー5’−GGGCCTGAGAGAGACGTTCA−3’(SEQ ID NO:32601)を用いてPCRベースの方法を使用して遺伝子決定した。内部サイズ標準を得られたPCR産物に加え、断片を分離し、社内のAllele Callerソフトウェアを使用してApplied Biosystemsモデル3730シーケンサーにおいて検出した。
統計的解析:
アイスランド人のデータセットにおけるインピュートした遺伝子型と、血清脂質(非HDLコレステロール、HDLコレステロール、LDLコレステロールおよびトリグリセリド)、ALP、フェリチンおよびビタミンB12レベルとの間の関連性を、追加の遺伝モデルを仮定して、一般化線形回帰を使用して試験した(Samani NJら、Genomewide association analysis of coronary artery disease.The New England journal of medicine 2007年;357:443−53頁;およびOlsen MHら、N−terminal pro−brain natriuretic peptide,but not high sensitivity C−reactive protein,improves cardiovascular risk prediction in the general population.European heart journal 2007年;28:1374−81頁)。アイスランド人のデータセットに関して、ロジスティック回帰を使用して、疾患状態を応答として、個体が保有するdel12のコピー数を説明変数として取り扱って、del12バリアントと冠動脈疾患および心筋梗塞との間の関連性を試験した。アイスランド人でない試料セットについての冠動脈疾患症例対照関連性解析を、乗法リスクモデルを仮定するNEMOソフトウェア(Jorgensen ABら、Loss−of−function mutations in APOC3 and risk of ischemic vascular disease.The New England journal of medicine 2014年;371:32−41頁)を使用して行った。アイスランド人およびアイスランド人でない試料セットについての結果を、Mantel−Haenszel固定効果モデルを使用して組み合わせた。心筋梗塞のない生存に対するdel12バリアントの効果を推定するために、対応するカイ二乗検定を、非HDLコレステロールについて1.36、HDLコレステロールについて1.57、トリグリセリドについて1.40、ALPについて1.53、ビタミンB12について1.30、冠動脈疾患について1.71および心筋梗塞について1.48で割ることによって、カプランマイヤー曲線によりヘテロ接合体保因者および非保因者における最初の心筋梗塞に対する生存を推定した(Hoogendoorn EHら、Thyroid function and prevalence of anti−thyroperoxidase antibodies in a population with borderline sufficient iodine intake:influences of age and sex.Clinical chemistry 2006年;52:104−11頁)。
del12バリアントの信頼できるインピュテーションを得るために、3,799人のアイスランド人の個体をdel12バリアントについて遺伝子型を決定し、それらの遺伝子型を、アイスランド人の集団の残りへのdel12バリアントのインピュテーションのためのトレーニングセットとして使用した。del12についてのインピュテーション情報は0.99であった。
アイスランド人の試料を、上記のようにIlluminaマイクロアレイを使用して遺伝子型決定した(Gudbartssoon,DFら、Large Scale whole−genome sequencing of the Icelandic population.Nature Genetics 2015年)。2,636人のアイスランド人の全ゲノムを、Illuminaの標準的なTruSeq法を使用して少なくとも10倍(中央値20倍)の平均深度まで配列決定した(Di Angelantonio Eら、Major lipids,apolipoproteins,and risk of vascular disease.Jama 2009年;302:1993−2000頁)。合計3550万人の常染色体SNPおよびINDELを、Genome Analysis Toolkitバージョン2.3.9を使用して同定した。全ての配列決定した個体をまた、チップ分類し、広域相解析した(long−range−phased)という事実を利用して、ハプロタイプ共有についての情報を使用してバリアント遺伝子型決定を改善した。Ensemble release 72およびVariant Effect Predictor(VEP)バージョン2.8を使用してバリアントをアノテーションした。見出した3550万の配列バリアントのうち、2530万のバリアントは品質閾値を超え、Illuminaチップを使用して遺伝子型を決定した104,220人のアイスランド人にインピュートした。さらに、アイスランド人の系図を使用して、遺伝子型の確率を、1880年以降に誕生したチップ分類した個体の一親等および二親等血縁者である294,212人の型を決定していない個体について算出した(Gudbartssoon,DFら、Large Scale whole−genome sequencing of the Icelandic population.Nature Genetics 2015年)。遺伝子型インピュテーションの情報性(インピュテーション情報)を、インピュートした予測されるアレル数の分散と実際のアレル数の分散の比によって推定した:
Figure 2018535655
式中、θはアレル数である。Var(E(θ|チップデータ))はインピュートした予測される数の観測された分散によって推定され、Var(θ)はp(1−p)によって推定され、式中、pはアレル頻度である。
ASGR−1遺伝子におけるGCリッチイントロン4の改善された配列決定カバレッジに関して、738人のアイスランド人について生成した全ゲノム配列(「WGS」)データを、Illumina製のTruSeq PCRフリー法(30倍の平均深度)を使用して解析した。このPCRフリー法は、ASGR−1イントロン4を含むGCリッチ領域のはるかに良いカバレッジを与えた。ASGR−1のイントロン4におけるdel2バリアントをこのデータセットにおける5人の個体において検出した。
関連領域(ASGR−1を中心とした1Mb)の改善されたカバレッジを提供するために、追加の5,817人のWGS個体(2,636人のWGSアイスランド人の上位にある)を含む新たなデータセットを解析した。これらの追加の個体を、Illumina TruSeq PCRフリーまたはTrueSeq Nano法のいずれかを用いて配列決定した。これらのIllumina TrueSeq法は、標準的なIllumina TrueSeq法(中央配列決定深度32倍)と比較して向上した配列カバレッジを与える。同定した配列バリアントを150,656人のアイスランド人のチップによりチップ分類した個体にインピュートし、また、チップ分類した個体の一親等および二親等の血縁者(primary and secondary relatives)であってチップ分類されていない者に、系図情報を使用してインピュートした。この拡張したデータセットにおいて、本発明者らは、別の希少な(0.027%)新規バリアント、W158Xを同定した。W158Xバリアントは、291アミノ酸全長タンパク質(NP_001662.1:p.Trp158X)からアミノ酸158における中途終止コドンのフレームシフトおよび導入を引き起こすASGR−1(NM_001671.4:c.469_472dupAACT)のエクソン7における4つのbp INDELである。合計で345人の個体を、c.469_472dupAACTのインピュテーション予測保因者および非保因者に基づいてサンガー配列決定した。このデータセットにおいて、79人のc.469_472dupAACT保因者および270人の非保因者を同定した。次いでこの遺伝子型データを使用して、バリアントをアイスランド人のデータセットに再インピュートした。非HDLコレステロールに関して、より多くの試料セット(n=136,261)を表1.4Aおよび1.4Bに概説した関連性解析において使用した。
アイスランド人のデータセットにおけるインピュートした遺伝子型と、血清脂質(非HDLコレステロール、HDLコレステロール、LDLコレステロールおよびトリグリセリド)、ALPおよびビタミンB12レベルとの間の関連性を、追加の遺伝モデルを仮定して、一般化線形回帰を使用して試験した(Gudbjartsson DFら、Large−scale whole−genome sequencing of the Icelandic population.Nature genetics 2015年;およびSteinthorsdottir Vら、Identification of low−frequency and rare sequence variants associated with elevated or reduced risk of type 2 diabetes.Nature genetics 2014年;46:294−8頁)。全ての測定値を、年齢、性別および測定部位について調整し、調整および逆正規変換後に利用可能な測定値について平均値を出した。脂質測定値をスタチン使用についてさらに調整した。アイスランド人のデータセットにおいて脂質低下薬を摂取することが知られている個体の除去により、非HDLコレステロールとの関連性は変化しなかった。効果は、標準化単位において、−0.29(95%CI −0.38、−0.20;P=4.0×10−11)から−0.30(−0.39、−0.21;P=6.7×10−11)に変化した。これにより、非HDLコレステロール情報を有する合計で119,146人のうち、16,295人の個体を除くことになった。
デンマーク人Inter99研究、ADDITIONデンマークスクリーニングコホートおよびNijmegen biomedical studyからの脂質、ALPおよびビタミンB12測定値を同様に調整し、変換し、Rソフトウェアパッケージに実装された線形回帰を使用してdel12およびrs186021206のアレル数との関連性を試験した。異なる集団からの結果を、METALによる逆分散固定効果法を使用して組み合わせた(Willer CJら、METAL:fast and efficient meta−analysis of genomewide association scans.Bioinformatics 2010年;26:2190−1頁)。回帰解析からの効果推定値を標準偏差(SD)の単位において表す。非HDLコレステロール、LDLコレステロールおよびHDLコレステロールについてmg/dLにおいて効果推定値を得るために、回帰解析からの推定値に母集団分布の推定SDを掛けた。トリグリセリド、ALPおよびビタミンB12レベルを、これらの分布がおおよそ対数正規であり、対応する効果推定値が変化パーセンテージとして提示されるので、調整前に対数変換した。
アイスランド人のデータセットに関して、ロジスティック回帰を使用して、疾患状態を応答として、個体が保有する欠失のコピー数を説明変数として取り扱って、del12バリアントと冠動脈疾患および心筋梗塞との間の関連性を試験した。疾患状態と相関する他の利用可能な個体の特徴もまた、確率変数としてモデルに含めた(Gudbjartsson DFら、Large−scale whole−genome sequencing of the Icelandic population.Nature genetics 2015年)。アイスランド人でない試料セットについての冠動脈疾患症例対照関連性解析を、乗法リスクモデルを仮定するNEMOソフトウェア(Gretarsdottir Sら、The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke.Nature genetics 2003年;35:131−8頁)を使用して行った。アイスランド人およびアイスランド人でない試料セットについての結果を、Mantel−Haenszel固定効果モデルを使用して組み合わせた。効果推定値の不均一を、異なる群についての推定オッズ比が、自由度が比較した群の数から1を引いた数に等しい尤度比検定を使用して対数正規分布に従うと仮定して試験した。
心筋梗塞のない生存に対するdel12バリアントの効果を推定するために、本発明者らは、性別によって階層化し、Cox比例モデルを使用して保因者と非保因者との間の生存の差を試験したヘテロ接合体保因者および非保因者における最初の心筋梗塞に対する生存をカプランマイヤー曲線により推定した。解析は、Rソフトウェアパッケージにおける生存ライブラリーを使用して実施した。生存解析は、本発明者らの解析を少なくとも40歳である生存者に限定した後、87,718人のチップにより遺伝子型を決定したアイスランド人およびチップ分類した個体の44,655人のアイスランド人の一親等および二親等血縁者に基づいた。死は打ち切り事象として処理した。
ASGR−1におけるdel12バリアントの機能的特徴付け
cDNA調製、増幅、サンガー配列決定および次世代配列決定:
RNAをdel12の保因者および非保因者由来の血液試料から単離した。cDNA生成後、ASGR−1におけるエクソン3と5の間の領域をPCR増幅し、同定したPCR産物(del12保因者について2つおよび非保因者について1つ)を、標準的な方法を使用してサンガー配列決定して、同定したcDNA産物間の配列の相違を決定した。2つの増幅したcDNA PCR産物間の比を定量するために、これらを、MiSeq v2試薬キットと連結したIllumina MiSeq機器を使用して配列決定した。
ウェスタンブロット解析:
野性型ASGR−1 cDNAおよび22bpを欠失しているASGR−1 cDNAを、22bpを欠失しているASGR−1転写産物が、ウェスタンブロット解析によって評価されるように安定な切断型ASGR−1タンパク質を生成するか否かを決定するためにHeLa細胞内で一時的に過剰発現させた。
Qiagen RNA maxiキットを使用してRNAを血液試料から単離した。RNAの濃度および質を、Agilent 2100 Bioanalyzer(Agilent Technologies)を使用して決定し、全ての試料は7を超えるRIN値を有した。cDNA生成後、ASGR−1におけるエクソン3と5の間の領域を、フォワードプライマー、CACTCAGGTCCTTCTGCTGTTTC(SEQ ID NO:32602)およびリバースプライマー、5’−ACCTCGCCTCCTCCTGCT−3’(SEQ ID NO:32603)を用いてAdvantage(登録商標)2ポリメラーゼキット(Clontech)を使用してPCR増幅した。得られた産物をアガロースゲル上で分離し、同定したPCR産物(del12保因者について2つおよび非保因者について1つ)を、同定したcDNA産物間の配列の相違を決定するために標準的な方法を使用してサンガー配列決定した。2つの増幅したcDNA PCR産物間の比を定量するために、これらを、MiSeq v2試薬キットと連結したIllumina MiSeq機器を使用して配列決定した。
HeLa細胞内での野性型およびエクソン4の末端に22bp欠失を保有する突然変異ASGR−1の一時的過剰発現
野性型および突然変異ASGR−1 cDNAの生成およびクローニング:
ASGR−1のcDNAを、ヒト肝臓marathon ready(BD biosciences Clontech)cDNAでのPCRによって得た。使用したプライマーは、フォワード5’GCCAGCCCTATCATGACCAA’3(SEQ ID NO:32604)およびリバース5’GCAGGTCGAGGCATTGAAGA’3(SEQ ID NO:32605)であった。得られたcDNAは、ASGR−1の開始および終止コドンを含む全てのエクソンを含有した。PCR産物を1.6%アガロースゲル上に流し、正確なサイズのバンドを切り出し、製造業者のプロトコールに従ってQIAquickゲル抽出キット(QIAGEN 28704)を使用して精製した。pcDNA3.1/V5−His TOPOベクター(Invitrogen K4800−01)内へのASGR−1 cDNAのクローニングのために、2μlのゲル抽出産物を使用し、製造業者のプロトコールに従って、pcDNA3.1_ASGR−1_WTを得た。形質転換したTOP10化学的コンピテント細胞(Invitrogen C4040−10)を、50μg/mlのアンピシリンを含有するLBプレート上にプレーティングした。コロニーを、50μg/mlのアンピシリンを含有する3mLのLB培地中で増殖させた。プラスミドを、製造業者のプロトコールに従ってQIAGENプラスミドミニキット(QIAGEN 12125)を使用して精製した。プラスミド配列を、以下の配列決定プライマー:T7:5‘TAATACGACTCACTATAGGG’3(SEQ ID NO:32606)、BGH:5’TAGAAGGCACAGTCGAGG’3(SEQ ID NO:32607)およびASGR−1:5’GAGGCAATGTGGGAAGAAAGATG’3(SEQ ID NO:32608)を使用してサンガー配列決定によって確認した。
ASGR−1における22bp欠失の導入:
del12保有mRNAを代表するcDNAを生成するために、標的化突然変異誘発を実施した。Q5部位特異的突然変異誘発キット(New England BioLabs E0554S)およびpcDNA3.1_ASGR−1_WTプラスミドを鋳型として使用した。手短に述べると、PCR反応を、以下のプライマー5’GAGGCAATGTGGGAAGAAAGATGAAGTCG‘3(SEQ ID NO:32609)および5’CTGGGCCTCCGTGCTCGC’3(SEQ ID NO:32610)を使用して実施し、エクソン4の末端において22bpを欠失している全pcDNA3.1_ASGR−1_WTプラスミドを表す二本鎖DNA断片を得た。製造業者の推奨に従って、1uLのPCR反応を、PCR断片をリン酸化し、再環状化し、非突然変異鋳型プラスミドを除去する、KLD反応(New England BioLabs E0554S)において使用した。突然変異プラスミドをNEB5−アルファコンピテント細胞(New England BioLabs C2987H)内に形質転換し、50μg/mlのアンピシリンを含有するLBプレート上にプレーティングした。コロニーを、50μg/mlのアンピシリンを含有する3mlのLB培地中で増殖させた。プラスミドを、製造業者のプロトコールに従ってQIAGENプラスミドミニキット(QIAGEN 12125)を使用して精製した。ASGR−1_22bp_del配列をサンガー配列決定によって確認した。
培養細胞におけるASGR−1の発現:
トランスフェクションの2日前に、100,000個のHeLa細胞(Public Health England 93021013)を、10%のウシ胎仔血清(ThermoFisher 10500−064)および50単位/mLのペニシリンおよび50ug/mLのストレプトマイシン(ThermoFisher 15070−063)を補足した3mLのDMEM培地(11995−065、ThermoFisher)入りの6ウェルプレートの各ウェルに播種した。細胞を加湿インキュベーター内で37℃および5%COにてインキュベートした。
トランスフェクションの前日に、培地を、抗生物質を含まないものと置き換えた。トランスフェクションの日に、各々のトランスフェクトしたウェルについて、ASGR−1_WTまたはASGR−1_del22 cDNAを含有する2.5ugのプラスミドを、125uLのOpti−Mem培地(ThermoFisher 31985−047)および5uLのP3000試薬(ThermoFisher L3000−008)中で希釈した。次に、3.75uLのLipofectamine 3000(ThermoFisher L3000−008)を125uLのOpti−Memと混合した。続いて、希釈したプラスミド溶液をLipofectamine 3000溶液と1:1の比にて混合し、室温にて5分間インキュベートし、その後、各々のトランスフェクトしたウェルに250uLの混合溶液を添加した。
トランスフェクションの24時間後、使用済み培地を、抗生物質を含まない新たなものと置き換えた。細胞を採取する4.5時間前に、選択したウェルに10uMのMG132(TOCRIS 1748)を補足した。トランスフェクションの48時間後に、細胞を、PBS(ThermoFisher 14190−250)によりウェルを2回洗浄することによって解析のために採取し、続いてPBS(ThermoFisher 15575−020)中の0.5mMのEDTA1mLと共に8分インキュベートした。次に、EDTA溶液を吸引し、2mLの新たな培地をピペット操作することによって細胞を除去した。3×6ウェルを各実験条件についてプールし、細胞を300×gにて5分間遠心沈殿させた。当量の2×6ウェルをウェスタンブロット解析のために200uLのRIPA緩衝液中に溶解させた。残りの細胞を2つに分け、300uLのRLT緩衝液(Qiagen 74106)または900uLの組織および細胞溶解溶液(Epicentre MTC096H)中に溶解させ、それぞれRNAおよびDNA抽出のためにドライアイス上で急速凍結した。3つの異なる一時的発現実験を行い、全て同じ結果を得た。
定量的PCR解析:
RNAを、製造業者の推奨に従ってRNeasy Mini Kit(Qiagen 74106)を使用して細胞から単離し、濃度および質をNanodrop 1000分光光度計(Thermo Scientific)により決定した。cDNAを、高容量cDNA逆転写酵素キット(ThermoFisher)を使用して合成した。DNAを、製造業者の推奨に従ってMasterPure DNA Purification Kit(Epicentre MCD85201)を使用して細胞から単離した。
遺伝子発現およびトランスフェクション効率の解析を、フォワード(AGACCTTCAGCATCTGGACAATG(SEQ ID NO:32611))およびリバース(CGAGGTCCGGAGCAGAGA(SEQ ID NO:32612))プライマーならびにASGR−1遺伝子の蛍光標識化プローブスパニングエクソンジャンクション2−3(6FAM−CAGAAAAGGGCCACCTC−MGB(SEQ ID NO:32613)(ThermoFisher)を使用してABI Prism 7900HT Sequence Detection System(ThermoFisher)でのリアルタイムPCRにより全cDNAおよびDNAのそれぞれにおいて実施した。ヒトベータアクチンアッセイ(ThermoFisher 4326315E)を、インプットcDNAおよびDNAの正規化を検証するために並行して実施した。
ウェスタンブロット解析:
6ウェルプレートの2つのウェルに対応する細胞を、1:100のHaltプロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤カクテルを含む200μlのRIPA緩衝液(Thermo Scientific 78442)を使用して溶解させた。溶解物を氷上に10分間撹拌しながら維持し、続いて20秒間超音波処理し(Branson 2510)、氷上で10分間さらに撹拌した。溶解物を4℃にて15分間、14,000×gにて遠心沈殿した。溶解物の総タンパク質量を、Pierce BCAタンパク質アッセイキット(Thermo Scientific 23227)を使用して推定した。試料を、Novex Bolt LDS試料緩衝液(4×)(Life technologies B0007)およびNovex Bolt試料還元剤(10×)(Life technologies B0009)を使用して調製し、Novex Nupage 4−12%Bis−Trisゲル(Life technologies NP0335BOX)上に流した。1つのレーン当たりの総タンパク質量は24μgであり、PageRuler(Thermo scientific 26616)を使用してタンパク質サイズを推定した。ゲルを50分間200Vに一定して流した。タンパク質を、iBlot2(Life technologies)を使用してニトロセルロース膜(Life technologies IB23002)に移した。膜を乾燥させ、次いでMQ水により水和し、その後、ブロットした。膜を、Odyssey遮断(blocking)緩衝液PBS(Li−Cor 927−40000)を使用して室温にて1時間遮断した。使用した一次抗体は、室温にて3時間、0.1%Tweenを添加した遮断緩衝液中でインキュベートしたα−ASGR−1(Sigma−Aldrich HPA011954)1:500(アミノ酸1−41を認識する)およびα−ベータ−アクチン(Abcam ab6276)1:5000であった。使用した二次抗体は、室温にて1時間、PBST+0.01%SDS中の両方1:20,000であるα−ウサギ680RD(Li−Cor 926−68073)およびα−マウス800CW(Li−Cor 926−32212)であった。膜を洗浄した後、これを乾燥させ、次いでOdyssey赤外線イメージングシステム(Li−Cor Biosciences)を使用して走査した。
deCODEデータベースにおける他の疾患および特性:
deCODE Genetics表現型データベースは、各分野における専門家との協力よって得られた疾患および特性に関する医療情報を含有する。これは、心血管疾患(例えば、心筋梗塞、冠動脈疾患、末梢動脈疾患、心房細動、洞不全症候群および脳卒中)、代謝障害(例えば、肥満、糖尿病およびメタボリックシンドローム)、精神障害(例えば、統合失調症、双極性障害、不安症および鬱病)、依存症(例えば、ニコチン、アルコール)、炎症性疾患(例えば、関節リウマチ、狼瘡および喘息)、筋骨格障害(例えば、変形性関節症、骨粗鬆症)、眼疾患(例えば、緑内障)、腎疾患(例えば、腎臓結石、腎不全)および29種類のがんに関する情報を含む。身体測定もまた、これらのプロジェクトのいくつかを通じて収集されている。患者の精密検査から定期的に測定された特性(例えば、ナトリウム、カリウム、重炭酸塩、カルシウム、リン酸塩、クレアチニン、血球数、ヘモグロビン、ヘマトクリット、免疫グロブリン、鉄、ビタミン、脂質、肝機能検査など)は、Landspitali University Hospital、ReykjavikおよびMjoddにおけるIcelandic Medical Center Laboratory(Laeknasetrid)、Reykjavikから得た。del12との関連性について試験した、独立し、相関のない二次特性の数は合計で400に達する。
結果
非HDLコレステロールレベルとの配列バリアントの関連性
配列バリアントを、20倍の中央深度までの2,636人のアイスランド人の全ゲノム配列決定(「WSG」)によって最初に同定した。これらのバリアントは、Illumina一塩基多型(SNP)アレイを使用して遺伝子型を決定した104,220人のアイスランド人のゲノムに(広域相解析したハプロタイプによる補助によって)インピュートした。さらに、アイスランド人の遺伝学的情報を使用して、遺伝子型を決定された人に対する294,212人の近親者についての遺伝子型確率を算出した。これらのデータを使用して、本発明者らは、非HDLコレステロールレベル(n=119,146)と関連する新規の希少バリアントをスクリーニングした。染色体17p13.1上の7つの相関した(ペアワイズr2>0.7)希少非コードSNPのセットは非HDLコレステロールレベルと関連していた。7つのバリアントは、アシアロ糖タンパク質受容体1および2(ASGR−1およびASGR−2)遺伝子を含む、80kbに及ぶ。最も強い関連性は、非HDLコレステロールの8.9±1.5mg/dlの低下と関連するASGR−1の下流に位置するrs186021206(マイナーアレル頻度(MAF)=0.43%)によって表された(P=1.4×10−9)(表1.4B)。
関連領域は、ASGR−1のイントロン4を除いて全ゲノム配列決定によって十分にカバーされていた。このイントロンは79塩基対(bp)の長さで、非常にGCリッチである。この領域を調査するために、さらに738人の個体を、イントロンのカバレッジを向上させ、イントロン内の12bp欠失の同定を導く、PCRフリー配列決定(Illumina)を用いて全ゲノム配列決定した;NM_001671.4:c.284−36_283+33delCTGGGGCTGGGGを、本明細書以下でdel12と称する。del12の直接的な遺伝子型決定およびアイスランド人のデータセットへのインピュテーション後、本発明者らは、del12(MAF=0.41%)がrs186021206(r2=0.86)および6つの他の相関したSNPと高度に相関し、非HDLコレステロールレベルの低下(10.2±1.5mg/dl、P=2.5×10−10の減少)とさらにより強く関連することを観察した(表1.9A)。del12はまた、非HDLコレステロールについてよりはるかに低い程度であるが、HDLコレステロールを増加させ、トリグリセリド(TG)レベルを減少させる(表1.4Aおよび1.9B)。7つのSNPのうちのどれも、del12についての調整後、非HDLコレステロールとの有意な関連性を維持せず、del12が非HDL関連性を説明するのに十分であることを示す。
非HDLコレステロールレベルとのdel12関連性を検証するために、オランダ(Nijmegen Biomedical Study 18)およびデンマーク(デンマーク人Inter9919およびデンマーク人Addition研究20)からの試料におけるdel12を遺伝子型決定した。del12は、アイスランドのものと同様の効果量を有する各試料セットにおける非HDLコレステロールと関連した(表1.2、表1.4Aおよび1.4Bならびに表1.9B)。3つ全てのデータセットをアイスランド人の発見データと組み合わせると、del12は非HDLコレステロールを11.6±1.5mg/dl低下させることが立証された(P=1.0×10−16)(表1.9B)。
ASGR−1における機能バリアントのさらなる喪失を同定するために、拡張データセットを、上記の2,636人の上位の5,817人のWSGアイスランド人のさらなる群の全ゲノム配列決定(「WSG」)によって同定した配列バリアントに基づいてスクリーニングした。このデータセットにおいて、希少な4つのbp挿入突然変異を同定した;すなわち、MAF=0.027%;NM_001671.4:c.469_472dupAACT。至る所で言及されているように、このフレームシフト突然変異は、291アミノ酸全長タンパク質(NP_001662.1:p.W158X)からアミノ酸158において中途終止コドンを導入する。潜在的保因者および非保因者を、サンガー配列決定を使用して直接遺伝子型を決定した。次いでこれらの遺伝子型を使用して、p.W158Xを150,656人のアイスランド人のチップによりチップ分類した(chipped typed)個体ならびにこれらの一親等および二親等血縁者に再インピュートした。このデータセットにおいて、c.469_472dupAACTは、非HDLコレステロールの減少(−21.6mg/dL、95%CI−34.2から−9.6)およびALPの増加(45.3%の増加、95%CI 20.4から68.2、P=7.9×10−6)と有意に関連している(表1.8)。c.469_472dupAACTの効果の方向および効果量はdel12のものと同様である(表1.8)。単回試験を実施したことを考慮すると、これらの結果は、非HDLおよびALPに対するASGR−1の機能効果の喪失の反復を有意に提供している。さらに、W158Xはdel12と相関しないので(すなわち、W158Xおよびdel12を保有する個体間で重複は存在しなかった)、W158Xバリアントは、ASGR−1遺伝子における機能の喪失が、非HDL、トリグリセリド、アルカリホスファターゼ、フェリチンおよびビタミンB12レベルの観察された変化に関与しているという、なおさらなる証明を提供する。冠動脈疾患に関して、W158X(c.469_472dupAACT)についてのオッズ比は0.65(95%CI 0.26から1.40;P=0.24)であった。上述のように、W158X(c.469_472dupAACT)バリアントはdel12から独立しており、アイスランドにおいて見出された79人の保因者のいずれもdel12を保有していなかった。バリアントはまた、(Exome Aggregation Consortium(ExAC)、Exome Variant Server(EVS)、Genomes of the Netherlands(GoNL)およびdbSNPのような大集団のデータベースにおいて検出されないので、アイスランド人の集団に特異的であるように見える。
ASGR−1のイントロン4内のdel12はフレームシフトを生じるスプライシングエラーを引き起こす
del12はASGR−1のイントロン4に位置するので、本発明者らは、エクソン4と5の間のスプライシングに対するその効果を調べた。del12の12人の非保因者および12人のヘテロ接合体保因者からの血液試料から生成したcDNAにおけるエクソン3と5の間の領域をPCR増幅した(図4)。PCR産物をゲル電気泳動によって分離し、非保因者において239bpのバンドを実証した。しかしながら、del12保因者において、予測された239bpのPCR産物に加えて、より小さな217bpバンドが示された(図4B)。cDNA産物のサンガー配列決定時に、本発明者らは、217bpのcDNA断片においてエクソン4の末端に22bpの欠失を同定した(図4C)。ASGR−1転写産物からのこれらの22bpの欠失は、エクソン4における疑似5‘−スプライス部位によって駆動されるように見える(図4D)。これは、翻訳された場合、得られたタンパク質がオリゴマー化ドメインおよび炭水化物認識ドメインの両方を欠くように、保因者においてフレームシフトを引き起こす。このスプライシング欠損を定量するために、本発明者らは、del12保因者に見出された2つのcDNA産物の配列決定によって作成した、配列決定読み取りの直接デジタル計数のためのIllumina TruSeq法を、使用した。平均すると、全ASGR−1転写産物の32±13%が、不正確にスプライシングされたアイソフォームによって占められていた(図4E)。この形態は非保因者において検出できなかった(図4E)。まとめると、これらのデータは、ASGR−1を、この遺伝子座における非HDL関連性についての標的遺伝子と同定し、ASGR−1タンパク質の機能を破壊する、関連した突然変異であるdel12と整合性がとれている。ASGR−1は、これらのN結合型炭水化物鎖上の末端ガラクトース(Gal)またはN−アセチルガラクトサミン(Gal−NAc)残基を含有する多種多様の脱シアル化糖タンパク質のエンドサイトーシスおよび分解を認識し、媒介することが知られている肝臓アシアロ糖タンパク質(asioaloglycoprotein)受容体(ASGR)の主要なサブユニットである(Morell AG、Gregoriadis G、Scheinberg IH、Hickman J、Ashwell G. The role of sialic acid in determining the survival of glycoproteins in the circulation. The Journal of biological chemistry 1971年;246:1461−7頁;Van Den Hamer CJ、Morell AG、Scheinberg IH、Hickman J、Ashwell G. Physical and chemical studies on ceruloplasmin.IX. The role of galactosyl residues in the clearance of ceruloplasmin from the circulation. The Journal of biological chemistry 1970年;245:4397−402頁;Ashwell G、Harford J. Carbohydrate−specific receptors of the liver. Annual review of biochemistry 1982年;51:531−54頁;Weigel PH. Galactosyl and N−acetylgalactosaminyl homeostasis:a function for mammalian asialoglycoprotein receptors. BioEssays:news and reviews in molecular,cellular and developmental biology 1994年;16:519−24頁)。
ASGR−1におけるdel12バリアントおよび冠動脈疾患のリスク
非HDLコレステロールレベルに対するdel12の効果を考慮して、アイスランドからの33,090人の症例および236,254人の対照ならびにUSA、UK、ニュージーランドおよびデンマークからの8,558人の症例および11,120人の対照のCADのリスクに対するこの影響を評価した。del12の保因者は、非保因者よりCADの低いリスクを有することが見出された(オッズ比0.66;95%信頼区間[CI]0.55から0.79;P=6.3×10−6)(図5A)。8つの研究集団にわたって異質性の証拠はなかった(Phet=0.96)。del12はまた、アイスランドにおいてMIのリスクを減少させる(ハザード比0.64;95%CI、0.64から0.80;P=8.5×10−5)(図5B)。さらに、del12保因者は非保因者より1.5年長い寿命を有する(95%CI、0.2から2.8年;P=0.020)。
非HDLコレステロールレベルに対する配列バリアントの効果とCADのリスクとの間に強い正の相関が存在する(Haddad L、Day IN、Hunt S、Williams RR、Humphries SE、Hopkins PN. Evidence for a third genetic locus causing familial hypercholesterolemia. A non−LDLR, non−APOB kindred. Journal of lipid research 1999年;40:1113−22頁;Timms KM、Wagner S、Samuels MEら A mutation in PCSK9 causing autosomal−dominant hypercholesterolemia in a Utah pedigree. Human genetics 2004年;114:349−53頁;Varret M、Rabes JP、Saint−Jore Bら、A third major locus for autosomal dominant hypercholesterolemia maps to 1p34.1−p32. American journal of human genetics 1999年;64:1378−87頁;Hunt SC、Hopkins PN、Bulka Kら、Genetic localization to chromosome 1p32 of the third locus for familial hypercholesterolemia in a Utah kindred. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2000年;20:1089−93頁;Do R、Willer CJ、Schmidt EMら、Common variants associated with plasma triglycerides and risk for coronary artery disease. Nature genetics 2013年;45:1345−52頁)(図6、表1.5)。しかしながら、いくつかの公開されたバリアントは全体の傾向からそれている。例えば、LPAおよびANGPTL4バリアントは、予測するこれらの非HDL効果よりCADに対して十分に大きな効果を有するのに対して、APOEバリアントの効果は非HDL効果によって予測されるよりも弱い。ASGR−1におけるdel12は、CADに対する効果が、非HDLコレステロール効果の効果によって予測されるよりも強い、バリアントの別の例である(図6、表1.5)。
ALPおよびビタミン12の血清レベルとのdel12の関連性
ASGR−1におけるdel12の全体的な効果を決定するために、アイスランド人のデータセットにおける様々なヒト疾患および他の特性に対するこの効果をスクリーニングした。より高いレベルの循環アルカリホスファターゼ(ALP)(33.6±2.8U/L増加、P=3.6×10−63)およびビタミンB12(58.4±8.3pmol/L増加、P=3.1×10−12)との、del12の極めて有意な関連性を観察した(表8Aおよび8Bならびに表18)。ALPレベルの増加は肝疾患を反映し得るが、del12保因者において、血清ガンマグルタミルトランスフェラーゼ(GGT)、ビリルビン、アラニンアミノトランスフェラーゼまたは一般に肝疾患においてALPの変化と並行する肝機能の他の尺度の増加はなかった(表1.6)。
同等の効果量(ALPについてP=9.9×10−69およびビタミンB12についてP=9.9×10−14)を有するデンマーク人Inter99研究からの個体におけるより高いレベルのALPおよびビタミンB12とのdel12関連性が、反復された(表1.10)。
ASGR−1の上流の共通のバリアント(rs314253;MAF=35.1%)は、LDLコレステロールおよびALPレベルの両方と中程度に関連することが報告されている(Chambers JC、Zhang W、Sehmi Jら、Genome−wide association study identifies loci influencing concentrations of liver enzymes in plasma. Nature genetics 2011年;43:1131−8頁;Willer CJ、Schmidt EM、Sengupta Sら、Discovery and refinement of loci associated with lipid levels. Nature genetics 2013年;45:1274−83頁)。この共通のバリアントの関連性は、本発明のデータ(相関したrs56093546とのALPおよび非HDLの両方についての最大の関連性;MAF=21.6%)において反復され、ALPおよび非HDLとのこの関連性は、実証されるようにdel12(r2<0.001、表1.5)によって表される希少シグナルから独立している。del12に関して、この共通のバリアントはALPおよび非HDLに対して反対の効果を有し;ALPを増加させるアレルは非HDLを減少させる(Chambers;Willerを参照)(表1.7)。
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実施例2
ASGR−1ノックアウトマウスからのALPデータ
ASGR−1 KOマウス(系統B6.129S4−ASGR−1tm1Sau/SaubJxmJ)をJackson Labsから得、食餌により維持した。血清を4時間の絶食後にオスおよびメスの動物から採取し、Olympus AU640 Clinical Chemistry Analyzerにおいて試験した。野性型マウスと比較して、血清ALPはASGR−1ノックアウトマウスにおいて上昇する(、p<0.05;****、p<0.0001、ダネット検定による一元配置分散解析)。アラニントランスアミナーゼ(ALT)およびアスパラギン酸トランスアミナーゼ(AST)のレベルは群間で有意に異ならなかった。これらのデータを本明細書において図7にまとめる。WT=野性型;HE=ヘテロ接合体;HO=ホモ接合体。
実施例3
RNAi
材料および方法
siRNA構築物(Constuct)
Figure 2018535655
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発現解析
RNAを、Qiacubeおよび標準的なQiagen RNA単離プロトコールを使用して、スクランブルsiRNA、マッチした対照siRNAまたはhASGR−1、hASGR−2、mASGR−1もしくはASGR−2に対するsiRNAにより処理したHepG2、CHO安定細胞株または肝組織から単離した。RNAを、RQ1 DNaseキット(Promega)を使用してDNase処理した。定量的PCRを、Applied Biosystems製の示したプライマープローブセット(hASGR−1:Hs01005019_m1;hASGR−2:Hs00910102_m1;mASGR−1:Mm01245581_m1、mASGR−2:Mm00431863_m1)を使用してQuantstudio 7において製造業者のプロトコールに従って実施した。50ngのRNA/ウェルを使用し、18S内部対照により正規化した。
siRNAトランスフェクション
製造業者のRNAiリバーストランスフェクションプロトコールに従ってLipofectamine RNAMAX(Thermo Scientific)を使用して、3−4日間、細胞に、10nMの示したスクランブルsiRNA、マッチした対照siRNA、またはhASGR−1、hASGR−2、mASGR−1もしくはmASGR−2 siRNAに対するsiRNAを、トランスフェクトした。トランスフェクションは、内部移行アッセイのために96ウェルScreenstarマイクロプレート(Greiner bio−one)ならびにQPCRおよびウェスタンブロッティングのための96ウェル透明組織培養プレート(Corning)において行った。
ウェスタンブロッティング
細胞を、siRNAトランスフェクションの3−4日後、阻害剤を含有するRIPA緩衝液中に溶解した。細胞溶解物を21ゲージシリンジに5回通し、次いで4Cにて15分間13000rpmにて遠心分離した。上清を回収し、タンパク質濃度を決定した。必要に応じて、30ugのタンパク質を、脱グリコシル化キット(Genzyme)を使用して脱グリコシル化した。10ug−30ugの総タンパク質を各ウェルに充填した。ゲルをニトロセルロース膜上に移し、膜を、室温にて1時間、5%の遮断緩衝液により遮断した。次いで膜を、4Cにてo/n、抗mASGR−1(1:1000、R&D)、hASGR−1(1:1000、ProteinTech)、hASGR−2(1:1000、Abcam)、抗flag(1:5000、Sigma)、抗his(1:1000、Cell signaling)およびマウス抗β−アクチン(1:5000、Thermo FisherまたはCell signaling)によりプローブした。膜を、示したバンドを検出するために抗マウスおよび抗ラット二次抗体によりさらにプローブした。
リガンド内部移行アッセイ
CHO安定細胞株を、3−4日間、スクランブルsiRNA、マッチした対照siRNAまたはhASGR−1、hASGR−2、mASGR−1もしくはmASGR−2 siRNAに対するsiRNAにより処理し、96ウェルプレートにプレーティングした。ビオチン−GalNAc−PAAをインキュベートし、ストレプトアビジン−Alexa 488を細胞にさらに加えた。Draq5を使用して、細胞を、(細胞質および核の両方について)対比染色した。細胞をOperetta Image Systemにより走査し、データをColumbusによって解析した。
動物研究
全ての動物収容条件および研究プロトコールは、Amgen Institutional Animal Care and Use Committee(IACUC)によって承認された。マウスを、換気したマイクロアイソレーターにおける、特定病原体を含まない、AAALAC、Intlにより認可されている施設に収容した。処置および収容室を正に加圧し、12:12の暗:明サイクルに調節した。自動散水システムにより全ての動物に逆浸透精製水を自由に取らせた。10−12週齢のC57BL/6J動物(The Jackson Laboratory)を単独で収容し、標準的な食餌(2020×Teklad global soy protein−free extruded rodent diet;Harlan)を供給した。
インビボ研究のために修飾したsiRNAを、製造業者のプロトコールに従ってInvivofectamine 3.0(Thermo Scientific)により製剤化した。簡潔に述べると、siRNAを複合緩衝液(製造業者によって提供された)およびInvivofectamine 3.0と予混合し、次いで30分間50℃にてインキュベートし、注射前にPBSによってさらに希釈した。
マウスに、緩衝液、0.25mlの緩衝液中の1−2mg/kg体重の示したsiRNAおよびマッチした対照siRNAを示した時間においてi.v.注射した。採取動物からの肝臓総RNAをqPCR解析のために処理した。
これらの研究からのデータを本明細書の図8−17に提供する。
実施例4
Y272C突然変異データ
C末端FLAGエピトープタグ化ネズミ野性型またはY272C ASGR−1を発現するチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞の安定なプールを、ピューロマイシン選択を使用した確立された方法によって生成した。ASGR−1の細胞表面発現を、選択プロセスの間および実験の時の両方で抗FLAG抗体を使用してFACSによって確認した。リガンド結合を、β−GalNAc−PAA−ビオチン(Glycotech Corporation)およびストレプトアビジン−フィコエリスリン(PE)を使用してFACSによって評価した。簡潔に述べると、リガンドを、フェノールレッドと2%のウシ血清アルブミン(BSA)を有さないダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中の100ulの細胞(1×10個の細胞)に加え、60分間氷上でインキュベートした。次いで細胞を、フェノールレッドと2%BSAを有さないDMEMにより3回洗浄した。次いでストレプトアビジン−PEを氷上で1μg/mlにて20分間加え、続いてフェノールレッドと2%BSAを有さないDMEM中でさらに3回洗浄し、この時点で細胞を、フェノールレッドと2%BSAを有さない0.5mlのDMEMおよび5ulの0.1mM SyTOx Blue生存染色剤中に再懸濁し、BD LSR II(BD Biosciences)において解析した。データは、以下の表4.1に示すように中央蛍光強度として提示する。
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実施例5
抗体の生成
ASGR−1およびASGR−2配列の分子クローニング
組換えASGR−1およびASGR−2ベクターの産生のために、cDNA配列を、合成するか、商業的供給源から得るか、またはRNA配列決定データ(Amgen)からコンパイルすることによって得た。ヒト、マウスおよびラットASGR cDNAクローンを、商業的に得た(OriGene Technologies,Inc.)。他の全てのASGR cDNAを、合成した(Integrated DNA Technologies,Inc.)。GenBank受託番号は以下の通りである:ヒトASGR−1(NM_001671.4)、ヒトASGR−2(NM_080913.3)、マウスASGR−1(BC022106.1)、マウスASGR−2(BC011197.1)、ラットASGR−1(NM_012503)、ラットASGR−2(NM_017189)、ブタASGR−1(NM_001244458)、ブタASGR−2(XM_005669199)、イヌASGR−1(XM_546579)、イヌASGR−2(XM_003434599)、カニクイザル(cynomologus monkey)ASGR−1(XP_005582755)。カニクイザルASGR−2についてのNCBI登録は部分的なアミノ酸配列(NCBIタンパク質受託番号EHH57653)であるので、完全なヌクレオチド配列を、カニクイザルゲノム(ゲノムはMacaca_fascicularis_5.0を構築した;GenBank受託番号GCA_000364345.1;Washington University)ならびにカニクイザルの肝臓、心臓および皮膚組織からのRNA配列決定データ(Amgen)の解析によってコンパイルした。一時的または安定な哺乳動物発現のために、cDNAを、pTT5(National Research Council of Canada)、pSLX235a(SureTech)またはpJiF1(Boyce Lab、Massachusetts General Hospital、米国特許第7,192,933号)内にクローニングした。哺乳動物細胞における個々の組換えタンパク質産生のために、ほぼ全ての配列を、6×His精製タグによりこれらのC末端においてタグ化した。huASGR−1およびhuASGR−2の複合化のために、huASGR−2を、6×Hisタグを用いずに発現させた。E.コリ(E.coli)における組換え発現のために、配列をpET21a(Novagen、EMD Millipore)内にクローニングした。得られたASGRタンパク質のアミノ酸配列を表1に示す。
組換えタンパク質の発現および精製
組換えタンパク質発現のための安定なCHO−S細胞プールの生成
CHO−S(Invitrogen、Carlsbad、California)細胞に、製造業者の推奨(ThermoFisher Scientific)に従ってLipfectamine LTXを使用してASGR−1またはASGR−2をコードするpSLX235aベクターをトランスフェクトした。安定なプールを、10ug/mlピューロマイシン(単一選択)または10ug/mlピューロマイシンおよび400ug/mlハイグロマイシン(二重選択)を使用して、2日毎に新鮮な培地中で細胞を培養することによって選択した。次いで安定なプールを組換えタンパク質産生のために使用した。
組換えタンパク質産生およびCHO−S細胞の安定なプールからの精製
選択した安定なプールからの細胞を成長培地中で増殖させた。十分な細胞数が得られたら、培養物を、8×10個の細胞/mlの生存細胞密度にて1Lの体積の成長培地入りの2Lの三角フラスコに播種した。次いで細胞を、37℃、5%COにおいて3日間、懸濁液中で培養し、その後、温度を産生の最後の7日間で31℃に低下させた。遠心分離を使用して細胞をペレット化し、得られた上清を濾過して馴化培地を生成した。
個々の組換えタンパク質を、Ni−Excel樹脂(GE Healthcare)を使用して6×Hisタグにより精製した。簡潔に述べると、1.4Lの馴化培地を3×5mlのNi−Excel Hi−trapカラム上に充填し、次いで10カラム体積の洗浄緩衝液(25mM HEPES、pH7.6、250mM NaCl、1mM CaCl、50mMイミダゾール)により洗浄した。タンパク質を、7カラム体積の溶出緩衝液(25mM HEPES、pH7.6、250mM NaCl、1mM CaCl、400mMイミダゾール)によりカラムから溶出した。溶出フラクションを、2×10mlの注入液によりHiLoad Superdex 200カラム上に充填し、25mM HEPES、pH7.6;150mM NaCl、1mM CaClにより溶出した。最終フラクションをこれらの予測される分子量に基づいて回収した。各溶出ピークにおけるタンパク質の同定を、脱グリコシル化(N−グリカナーゼ、O−グリカナーゼおよびシアリダーゼ)および還元後にLC−TOF−MSによって確認した。ASGR−1/ASGR−2複合体を、ASGR−1−6×Hisタグ馴化培地をASGR−2−no 6×Hisタグ馴化培地とプレインキュベートすることによって精製した。これらの条件は、標準的な2ステップNi−Excel/SEC法によって精製することができる複合体を生じる両方のタンパク質の会合を可能にした。
組換えタンパク質産生およびE.コリからの精製
E.コリのコドン最適化配列を、pET21a発現プラスミド内にクローニングした。プラスミドをE.コリ株BL21(DE3)Star(ThermoFisher Scientific Inc.)内に形質転換し、個々のクローンを、カルビニシリン(carbinicillin)を使用して選択した。発現のために、細胞を、37℃にて撹拌しながら4Lのフラスコ内の1LのTB成長培地(カルビニシリンを補足した)中で成長させた。2の光学密度に達したら、タンパク質発現を1mM IPTG(最終濃度)の添加によって誘導した。37℃での誘導の4時間後、細胞ペーストを遠心分離によって採取した(7から14gの間の細胞ペースト/L培養物を回収した)。不溶性フラクション内へのタンパク質局在化をSDS−PAGEによって確認した。
封入体を細胞ペーストから回収し、10mMのDTTを含有する6Mのグアニジンに可溶化した。首尾良いタンパク質リフォールディングを、様々な緩衝剤、pH、変性剤、安定化剤および還元剤を含めた32の条件のマトリクスをスクリーニングすることによって確立した。リフォールディング手順は、適切なリフォールド緩衝液中で1:15の比にて溶解した封入体を迅速に希釈し、1つの条件につき約1mgのタンパク質を維持することによって開始した。次いで試料を4℃にて60時間インキュベートした。得られたバッチをSDS−PAGEおよびイオン交換クロマトグラフィーによって解析して、最適なリフォールディング条件を特定した。ASGR−1 CBD(148−291)に関して、最後のリフォールド条件は、pH9.5、2.5Mの尿素、20%のグリセロール、4mMのシステインおよび4mMのシスタミンであった。
抗ASGR免疫反応の誘発
マウス株
ヒトASGRに対する完全なヒト抗体を、XENOMOUSE(登録商標)トランスジェニックマウスを免疫化することによって生成した(米国特許第6,114,598号;同第6,162,963号;同第6,833,268号;同第7,049,426号;同第7,064,244号、これらの全体を参照により本明細書に組み込む;Greenら、1994年、Nature Genetics 7:13−21頁;Mendezら、1997年、Nature Genetics 15:146−156頁;GreenおよびJakobovitis、1998年、J.Ex.Med、188:483−495頁;KellermanおよびGreen、Current Opinion in Biotechnology 13、593−597頁、2002年)。全ての免疫化のために、XMG2−K、XMG2−KL、XMG4−KおよびXMG4−KL XENOMOUSE(登録商標)系統由来の動物を使用した。
マウス抗ヒトASGR抗体を、BALB/c、C57BL/6およびCD−1マウス(Charles River Laboratories、San Diego、California)ならびにB6.129S4−ASGR−1tm1Sau/SaubJxmJ(ASGR−1 KOマウス)およびC57BL6 x129 F1マウス(Jackson Laboratory、Sacramento、CA)を免疫化することによって生成した。
完全なヒト重鎖のみの抗体(HCAb)を、トランスジェニックHarbourマウス(Janssensら 2006、PNAS 103:15130−15135頁;Harbour Biologics、Rotterdam、Netherlands)のVH4および8V3株を免疫化することによって生成した。ラット抗マウスASGR抗体を、Brown Norwayラット(Charles River Laboratories、San Diego、California)を使用して生成した。
免疫化(immunization)
複数の免疫原および免疫化の経路を使用して、抗ヒトASGR免疫反応を生成した。遺伝子免疫化のために、マウスを、製造業者の指示書(BioRad、Hercules、California)に従ってHelios Gene Gunシステムを使用して6から8週にわたって12から14回免疫化した。簡潔に述べると、野性型ヒトまたはマウスASGR−1(またはhuASGR−1+huASGR−2、muASGR−1+muASGR−2の両方)をコードする発現ベクターを金のビーズ(BioRad、Hercules、California)上にコーティングし、剃毛したマウスの表皮またはラット腹部に送達した。細胞ベースの免疫化のために、マウスおよびラットを、ヒトまたはマウスASGR−1(またはhuASGR−1+huASGR−2、muASGR−1+muASGR−2の両方)をコードする発現ベクターにより一時的にトランスフェクトしたCHO細胞(Invitrogen、Carlsbad、California)または293−6E細胞(National Resource Council of Canada)により免疫化した。動物を、皮下と腹腔内注射との間で交互に行ったプロトコールを使用して6週にわたって10回、硫酸アルミニウムカリウム(EMD Chemicals Inc.、Gibbstown、NJ)から調製したミョウバンおよびCpG−ODN(Eurofins MWG Operon LLC、Huntsville、AL)と混合した細胞により免疫化した。最初の追加免疫は4×10個の細胞からなっていたのに対して、後の追加免疫は2×10個の細胞を含んでいた。可溶性タンパク質免疫化のために、マウスを、完全な細胞外ドメイン(ECD)、炭水化物結合ドメイン(CBD)またはASGR−1およびASGR−2 ECDの複合体を表す様々なヒトASGR組換えタンパク質により免疫化した(表5.1)。動物を、皮下注射を使用して4−6週にわたって10回、ミョウバンおよびCpG−ODNと混合した組換えタンパク質(または標準的な方法を使用してKLHにコンジュゲートした組換えタンパク質)、完全フロイントアジュバント(Sigma)またはMPL+アジュバント(Sigma)により免疫化した。最初の追加免疫は10μgからなっていたのに対して、後の追加免疫は5−10μgを含んでいた。ヒトASGR−1特異的血清力価を、Accuriフローサイトメーター(BD Biosciences)において生細胞FACS解析によってモニタリングした。最も高い抗原特異的血清力価を有する動物を屠殺し、ハイブリドーマ生成(KohlerおよびMilstein、1975年)のために使用した。
Figure 2018535655
モノクローナル抗体の調製
ハイブリドーマ生成
好適な血清力価を示す動物を同定し、リンパ球を脾臓および/または排出リンパ節から得た。プールしたリンパ球(各々の免疫化コホート由来)を、適切な培地(例えば、ダルベッコ改変イーグル培地(DMEM);Invitrogen、Carlsbad、CA)中で粉砕することによってリンパ系組織から解離させた。B細胞を、標準的な方法を使用して選択しおよび/または増殖させ、当該技術分野において公知の技術を使用して適切な融合パートナーと融合させた。
ハイブリドーマプールの抗原濃縮
各々の免疫組織採取物からの融合したハイブリドーマプールを、様々なプローブを使用してFACSベースの濃縮のための材料源として使用した。ネイティブ(全長、細胞上)ヒト、カニクイザル、マウス、ラット、イヌまたはブタASGR−1(およびネイティブヒトASGR−2)に特異的な抗体を発現するハイブリドーマを濃縮するために、膜を、関連ASGR cDNA構築物を一時的に発現する293T細胞から調製した。293−Fectin(ThermoFisher Scientific Inc.)を使用したトランスフェクションの24時間後、細胞を、製造業者の推奨(ThermoFisher Scientific Inc.)に従ってE−Z link NHS−LC−LC−ビオチンによりビオチン化した。ビオチン化後、細胞をニードルおよびシリンジにより均質化して膜断片を形成し、「膜調製物(membrane prep)」と名付けた。次いでビオチン化膜調製物を使用して、標準的なビオチン−ストレプトアビジン化学により目的の標的に特異的な表面抗体を発現するハイブリドーマを検出した。組換えASGR−1 ECDまたはCBDに結合できるハイブリドーマを濃縮するために、可溶性、6xHisタグ化ASGR−1タンパク質を使用した(Amgen)。
目的の抗原についてのハイブリドーマプールを濃縮するために、これらを最初に適切な膜調製物または可溶性プローブとインキュベートした。可溶型のASGR−1に対して、組換えタンパク質プローブをハイブリドーマに加え、結合させた。次いで過剰なプローブを洗い流し、抗原特異的ハイブリドーマを、表面IgG(Alexa 488がコンジュゲートした二次抗体(Jackson ImmunoResearch)(野性型マウスハイブリドーマに対してGt抗マウスFc、およびトランスジェニックマウスハイブリドーマに対してGt抗ヒトFc)を用いた)およびこの6xHisタグ(Alexa 647標識化キット(ThermoFisher Scientific Inc)によりAlexa 647にコンジュゲートした、Amgenにより誘導された抗6xHisモノクローナル抗体を使用した)による可溶性ASGR−1プローブの同時検出によって同定した。表面IgGおよび結合抗原を発現するハイブリドーマを、AccuriフローサイトメーターにおけるFACS解析によって検出した。二重陽性事象を、FACS Ariaセルソーター(BD Biosciences)において384ウェルプレート内に単一細胞として分類した。ASGR−1のネイティブ型に関して、ビオチン化膜調製物を、適切な抗原を一時的に発現する293T細胞から記載されているように調製した。未結合プローブを洗い流した後、細胞表面IgGおよび結合抗原を発現する二重陽性ハイブリドーマを、Alexa 488がコンジュゲートした二次抗体(IgGを検出するため)および抗原を検出するためにAlexa 647(Jackson ImmunoResearch)にコンジュゲートしたストレプトアビジンを使用して検出した。これらの事象を、FACS Ariaセルソーターにおいて384ウェルプレート内に単一細胞として分類した。培養の数日後、モノクローナル抗体を含有するハイブリドーマ上清を回収し、以下の実施例に記載されているスクリーニングアッセイに使用した。
実施例6
ASGR−1特異的抗原の同定
以下の表6.1は、アッセイされる抗体のおおよその数をまとめる:
Figure 2018535655
[実施例6−A]
ASGR−1特異的結合抗体の最初の選択
ハイブリドーマ上清(モノクローナル抗体)を、Cell Insight(商標)High Content Imaging Platform(ThermoFisher Scientific)を使用してヒト胚腎臓(HEK)293細胞上で一時的に発現したヒトASGR−1との結合についてスクリーニングした。ヒトASGR−1は、製造業者によって設定されたプロトコールに従ってヒトASGR−1 DNA、Gibco(商標)Opti−MEM(登録商標)培地および293Fectin(商標)試薬を使用したトランスフェクションによって宿主HEK293細胞上で一時的に発現した。ヒトASGR−1を発現するトランスフェクトしたHEK293細胞、ハイブリドーマ上清または対照試料、Alexa Fluor(登録商標)488 IgG断片特異的検出抗体およびHoechst 33342株を混合し、室温にて3時間インキュベートした。次いで試料を洗浄し、CellInsight(商標)システムにより解析した。上清を、空親ベクター(偽(mock)と称される)をトランスフェクトしたHEK293細胞に対してカウンタースクリーニングした。解析を、無関係のIgG抗体上清試料シグナルを使用して行い;無関係のIgG抗体試料より2倍またはそれより多いシグナルを示すハイブリドーマ上清試料を、ASGR−1特異的結合プロファイルを示すとみなし、さらなる特徴付けのために選択した。表6.1を参照。
実施例6−B
ASGR−1受容体−リガンド遮断抗体の同定
ASGR−1結合ハイブリドーマ上清を、ASGR−1がリガンドに結合することを阻止するこれらの能力について試験した。競合的結合アッセイを、以下のようにヒトASGR−1を一時的に発現するHEK293細胞またはヒトASGR−1を安定に発現するCHO−S細胞のいずれかでFACSを使用して抗原特異的ハイブリドーマ上清試料において実施した。ヒトASGR−1を発現するHEK293細胞またはCHO−S細胞を抗体試料(ASGR−1に特異的なハイブリドーマ上清)と混合し、4℃にて1時間インキュベートし、次いで2回洗浄した。次いで結合試料を有する細胞を、予め複合体化したβ−GalNAc−PAA−ビオチン(GlycoTech、Gaithersburg、Maryland)/Alexa Fluor(登録商標)647−ストレプトアビジンと4℃にて45分間インキュベートした。β−GalNAc−PAA−ビオチンの濃度は特異的細胞株において結合EC50濃度にて使用した。Alexa Fluor(登録商標)647ストレプトアビジンの濃度はβ−GalNAc−PAA−ビオチンに対して2:1のモル比にて使用した。次いで7−AAD細胞生存株を加え、細胞を4℃にてさらに15分間インキュベートし、2回洗浄し、FACS緩衝液中に再懸濁した。細胞の生存が耐えられる場合、1mMの塩化カルシウムを補足したFACS緩衝液を全てのステップにおいて使用した。試料は、BD Accuri(商標)フローサイトメーターおよびIntellicyt HyperCytオートサンプラーを使用して解析した。解析は、偽トランスフェクトHEK293細胞およびヒトASGR−1トランスフェクトHEK 293細胞の両方において無関係(非ASGR−1特異的)のIgG抗体上清対照シグナルを使用して行って、最大および最小β−GalNAc−PAA−ビオチン結合シグナルを決定した。これらの最大および最小結合シグナルを使用して、β−GalNAc−PAA−ビオチン結合阻害%を決定した。リガンド結合を60%以上低減させる能力を有するASGR−1抗体を同定し(表6.1)、当業者に利用可能な方法を使用して配列決定した。特有のASGR−1特異的、リガンド遮断抗体の配列を本明細書の表2−7に示す。
次いで、特有のASGR−1特異的、リガンド遮断抗体を、単一の既知の抗体濃度(5ug/ml)を使用してよりストリンジェントな条件下で、GalNAcリガンドを遮断するこれらの能力について試験した。受容体−リガンド遮断アッセイを、ASGR−1またはASGR−1を安定にトランスフェクトしたCHO細胞を一時的に発現する293T細胞を使用して実施した。リガンド結合を50%以上低減させる能力を有するASGR−1抗体を、同定した。表6.1を参照。
実施例7
抗体特徴付け(antibody characterization)アッセイ
A.ASGR−1種交差反応、ASGR−2選択アッセイおよび肝がん(HEPG2)結合アッセイ
ヒトASGR−1特異的なリガンド競合抗体試料を、正規化した抗体濃度でのFACS結合アッセイにおいて他の種(カニクイザルASGR−1、マウスASGR−1、ラットASGR−1、イヌASGR−1およびブタASGR−1)由来のASGR−1およびヒトASGR−2との結合について試験した。細胞ベースのアッセイに関して、目的の適切な抗原を発現するHEK293細胞を抗体試料または対照と混合し、4℃にて1時間インキュベートし、次いで2回洗浄した。次いで結合した抗体を有する細胞を、4℃にて15分間、Alexa Fluor(登録商標)647 IgG Fc断片特異的検出抗体および7−AAD生存染色剤とインキュベートし、1回洗浄し、FACS緩衝液中に再懸濁した。試料は、BD Accuri(商標)フローサイトメーターおよびIntellicyt HyperCytオートサンプラーを使用して解析した。陰性対照として、上清および対照もまた、空親ベクターをトランスフェクトしたHEK 293細胞に対してスクリーニングした。解析は、無関係(非ASGR−1特異的)のIgG抗体上清試料シグナルを使用して行い;無関係のIgG抗体試料に対して少なくとも2倍のシグナルを示すハイブリドーマ上清試料を、ASGR−1種特異的結合プロファイルを示すとみなした。膜調製物結合アッセイに関して、ASGR−1種特異的膜調製物を使用してLumAvidin(登録商標)ミクロスフェア(ビーズ)をコーティングし、選択したハイブリドーマ上清または対照との結合について試験した。簡潔に述べると、ASGR−1種特異的膜調製物を、室温にて暗所で45分間、ストレプトアビジンをコーティングしたLumAvidin(登録商標)ビーズと共にインキュベートし、2回洗浄した。ビーズを、Stabilguard(登録商標)を含有するFACS緩衝液中に再懸濁した。次いで抗原結合ビーズを、室温にて暗所で1時間、正規化した抗体試料と共にインキュベートし、2回洗浄し、室温にて暗所で15分間、Alexa Fluor(登録商標)488 IgG Fc断片特異的検出抗体と共にインキュベートし、1回洗浄し、最後にFACS緩衝液中に再懸濁した。試料を、Intellicyt iQue(商標)Screener Platformを使用して解析した。1mMの塩化カルシウムを補足したFACS緩衝液を全てのステップにおいて使用した。陰性対照として、上清および対照もまた、LumAvidin(登録商標)ビーズ上にコーティングした非ASGR−1抗原膜調製物に対してスクリーニングした。解析を、無関係(非ASGR−1特異的)のIgG抗体上清試料シグナルを使用して行い;無関係のIgG抗体試料に対して少なくとも2倍のシグナルを示すハイブリドーマ上清試料を、特異的結合プロファイルを示すとみなした。表7.1を参照。
ヒトASGR−1特異的、リガンド競合ハイブリドーマ上清試料を、正規化した抗体濃度にてヒト肝細胞癌細胞株HepG2(ATCC HB−8065)との結合についてスクリーニングした。FACS結合アッセイに関して、HepG2細胞を、正規化した抗体試料または対照と混合し、4℃にて1時間インキュベートし、2回洗浄した。次いで結合抗体を有する細胞を、4℃にて15分間、Alexa Fluor(登録商標)647 IgG Fc断片特異的検出抗体および7−AAD生存染色剤と共にインキュベートし、1回洗浄し、FACS緩衝液中に再懸濁した。試料を、BD Accuri(商標)フローサイトメーターおよびIntellicyt HyperCytオートサンプラーを使用して解析した。ハイコンテントイメージング結合アッセイに関して、HepG2細胞を、正規化した抗体試料または対照と混合し、室温にて1時間インキュベートし、2回洗浄した。次いで結合抗体を有する細胞を、室温にて30分間、Alexa Fluor(登録商標)488 IgG Fc断片特異的検出抗体およびHoechst 33342染色剤と共にインキュベートし、2回洗浄し、CellInsight(商標)システムにおいて解析した。細胞の生存による耐用性がある場合、1mMの塩化カルシウムを補足したFACS緩衝液を全てのステップにおいて使用した。解析を、無関係(非ASGR−1特異的)のIgG抗体上清試料シグナルを使用して行い;無関係のIgG抗体試料に対して2倍またはそれより大きいシグナルを示すハイブリドーマ上清試料を、HepG2 ASGR−1特異的結合プロファイルを示すとみなした。表7.1を参照。
Figure 2018535655
B.ASGR特異的mAbに対する相対的結合親和性
抗体および抗原相互作用強度(相対的結合親和性)を評価するために、ASGR−1特異的、リガンド競合抗体ハイブリドーマ上清を、制限的な抗原結合アッセイにおいて試験した。組換え、可溶性ASGR−1ビオチン化タンパク質の滴定量を、室温にて暗所で45分間、ストレプトアビジンでコーティングしたLumAvidin Beads(登録商標)と共にインキュベートし、2回洗浄した。ビーズを、Stabilguard(登録商標)および0.05%のアジ化ナトリウムを含有するFACS緩衝液中に再懸濁した。次いで抗原結合ビーズを、室温にて暗所で18時間、正規化したハイブリドーマ上清試料または対照と共にインキュベートし、2回洗浄し、室温にて暗所で15分間、Alexa Fluor(登録商標)488 IgG断片特異的検出抗体と共にインキュベートし、1回洗浄し、最後にFACS緩衝液中に再懸濁した。試料を、Intellicyt iQue(商標)Screener Platformを使用して解析した。1mMの塩化カルシウムを補足したFACS緩衝液を全てのステップにおいて使用した。解析は、無関係(非ASGR−1特異的)のIgG抗体上清試料シグナルを使用して行い;無関係のIgG抗体試料に対して少なくとも2倍またはそれより多いシグナルを示すハイブリドーマ上清試料を、ASGR−1特異的結合プロファイルを示すとみなした。このアッセイ法において、抗体結合シグナルは抗体親和性と相関する。機器シグナル検出の線形範囲内に入る代表的な抗原コーティング濃度についての抗体結合データを表7.2に示す。標的(ASGR−1)との抗体結合の程度は測定した蛍光強度と相関し、それによりパネルにわたる親和性の相対比較が可能となる。
Figure 2018535655
C.pHおよびカルシウム感受性
この実施例は、標的に結合するこれらの能力に対するpHおよび/またはカルシウムの効果に基づいてASGR−1抗体を特徴付ける。この実施例に関して、無標識の動的な抗体−ASGR−1結合アッセイを利用して、pHおよびカルシウムの変化に対する抗体の感受性を評価した。簡潔に述べると、ASGR−1特異的、リガンド競合抗体を最初に固定し、次いで生理的条件下(すなわちpH7.4、1mMのCaCl2)で組換え、可溶性huASGR−1に結合させた。結合の量を決定し、100%に設定した。抗体−ASGR−1相互作用がpHまたはCaの変化に対して感受性であるか否かを決定するために、次いでアッセイ緩衝液を、カルシウム欠失、低減させたpH(pH5.6)またはカルシウム欠失および低減させたpH(pH5.6)の両方の条件に変化させ、mAbからのASGR−1の解離をモニタリングした。各条件下で結合したままのASGR−1の量を評価し、開始シグナルのパーセントとして表した。ASGR−1結合シグナルの10%超の差を(生理的条件下で測定したものと比較して)算出した場合、特定の抗体を、この条件に対して感受性があると分類した。この方法を使用して、選択した抗体を5つのカテゴリーに分類した:
1.カルシウムの除去によって影響を受ける
2.カルシウムの除去またはpHの低下によって影響を受けない
3.カルシウムが除去され、pHが低下する両方の場合、影響を受ける
4.カルシウム除去、pH低下および両方の組合せによって影響を受ける
5.pHの低下によって影響を受ける
抗体からのASGR−1の相対的解離を、OctetHTX機器(Fortebio)において無標識アッセイを使用して測定した。抗体試料を、3分間、アッセイ緩衝液(10mM Tris、0.1% Triton、150mM NaCl、1mg/mL BSA、1mM CaCl2、pH7.4)中で5ug/mLにて抗HuFc動的バイオセンサー(ForteBioカタログ番号18−5064)において捕捉した。1分のベースライン安定化ステップをアッセイ緩衝液中で実施した。アッセイ緩衝液中の6ug/mlの可溶性ASGR−1(Amgen)を加え、抗体との会合を2分間モニタリングした。その後の抗体からのASGR−1の解離を、以下の条件の各々の下で10分間、ASGR−1−mAb複合体をインキュベートすることによって実施した:
Figure 2018535655
各解離実験について2分の会合段階の終わりに結合シグナルを100%に設定し、ASGR−1結合の最大レベルを表すために使用した。解離の1分後、結合したままのASGR−1のパーセンテージを算出した。所与の時点で残っているパーセントの低下は、試験条件に応答して上昇したレベルの解離を示す(すなわち異なるpHおよび/またはカルシウム濃度)。対照条件(すなわちpH7.4+カルシウム)に残っているパーセントと比較した各試験条件に応答して結合したままのASGR−1のパーセンテージの変化を決定した。特定の条件に対して感受性があると分類される抗体についてのカットオフを10%超に設定した(すなわちASGR−1の10%超が対照条件と比較して特定の試験条件下で抗体から解離する場合、これはこの条件に感受性があるとみなした)。解析は、1分の解離時点(4分の解離時点に基づいてビニングしたmAb 149A1を除いて)を使用して行った。この解析を使用して、ASGR−1結合、受容体−リガンド遮断抗体を、pHおよびカルシウムに応答するこれらの解離プロファイルに従って群に分離した(表7.3)。各カテゴリーに属する抗体を観察した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
Figure 2018535655
Figure 2018535655
D.相対的エピトープビニング/プロファイリング
エピトープを特徴付ける一般的な手段は競合実験による。互いに競合する抗体は標的上の同じまたは重複する部位との結合と考えられ得る。この実施例は、hASGR−1との結合に対する競合を決定する方法および本明細書に記載されている複数の抗体に適用した場合のこの方法の結果を記載する。
ビニング実験は複数の手段において行うことができ、利用される方法はアッセイ結果に影響を及ぼし得る。これらの方法に共通しているものは、ASGR−1が典型的に1つの参照抗体により結合され、別のものによりプローブされることである。参照抗体がプローブ抗体の結合を阻止する場合、抗体は同じビンにあると言われる。抗体が利用される順序は重要である。抗体Aが参照抗体として利用され、抗体Bの結合を遮断する場合、反対のことが当てはまるとは限らない:抗体Bが参照抗体として使用される場合、必ずしも抗体Aを遮断するとは限らない。ここで作用する複数の要因が存在する:抗体の結合が、二次抗体の結合を阻止する標的における立体構造変化を引き起こす場合があり、または、重複するが互いに完全に塞ぎ合うことはないエピトープが、依然として標的との十分な高親和性相互作用を有する二次抗体を結合することを可能にし得る。一般に、競合が、抗体が一緒にビニングすると言われる任意の順序で観察される場合、および両方の抗体が互いに遮断できる場合、エピトープはより完全に重複するようである。
この実施例に関して、修飾された抗体−抗体競合アッセイを使用して、ハイスループット様式においてASGR−1特異的、リガンド遮断抗体の相対的エピトープビニングプロファイルを決定した。簡潔に述べると、個々の抗体を、これらの異なる結合特性(例えば、種交差反応、HEPG2結合など)および一次配列に基づいて選択した参照抗体のパネルとの結合を競合するこれらの能力について試験した。次いで参照抗体パネルとの各試験抗体の競合/結合のパターンを決定し、他の試験抗体から産生したものと比較した。次いで個々の試験抗体競合/結合プロファイル間の相関度を比較した。類似の競合/結合プロファイルを示した抗体は一緒にビニングした(グループ分けした)(例えばビニングプロファイルA、Bなど)。
ビオチン化組換え可溶性ヒトASGR−1タンパク質を、ストレプトアビジンでコーティングした、一意的にバーコード化したLumAvidin Beads(登録商標)(LumAvidin Microspheres、カタログ番号:L101−LXXX−01;Luminex Corp.、Austin、Texas、U.S.A.)と共に室温にて暗所で45分間カップリングし、2回洗浄した。参照抗体ハイブリドーマ上清試料を、抗原でコーティングしたビーズと共に室温にて暗所で1時間インキュベートし、3回洗浄した。ビーズを、Stabilguard(登録商標)を含有するFACS緩衝液中に再懸濁した。抗原でコーティングした、参照抗体結合ビーズをプールし、次いで正規化した(2.5ug/ml)試験抗体(ハイブリドーマ上清)試料(または陰性対照)を含有する個々の試料ウェルに分け、室温にて暗所で1時間インキュベートし、2回洗浄した。次いで試料を、室温にて暗所で15分間、Alexa Fluor(登録商標)488 IgG断片特異的検出抗体と共にインキュベートし、1回洗浄し、FACS緩衝液中に再懸濁した。1mMの塩化カルシウムを補足したFACS緩衝液を全てのステップにおいて使用した。試料は、Intellicyt iQue(商標)Screener Platformを使用して解析した。
個々の試験抗体の抗体競合/結合プロファイルを決定するために、参照のみの抗体結合シグナルを、各競合/結合反応について(すなわち全参照抗体セットにわたって)参照+試験抗体シグナルから差し引いた。個々の抗体結合プロファイルを、各競合/結合反応についての正味の結合値の収集と定義した。次いで個々のプロファイル間の類似度を、試験抗体プロファイルの各々の間の決定係数を算出することによって評価した。次いで互いに対して高い類似度(R≧0.8)を示す試験抗体を共通のビニングプロファイルにグループ分けした。別のビニングプロファイルは、高い相関度を有する2つ以上の試料が存在した場合にのみ定義した。個々の特有の抗体ビニングプロファイルが観察された(すなわちこれらが他の試験抗体ビニングプロファイルに対して低い類似度を示した)場合、ビンを未知と分類した。この方法を使用して、ASGR−1結合、受容体−リガンド遮断抗体を14の特有のビニングプロファイル(A、B、C、D、E、L、M、N、O、P、Q、R、Tおよび未知)に細分した(表7.4)。特有の(上記に定義した)ビニングプロファイルを示したが別のプロファイルと比較的高い類似度(R=0.6−0.8)を共有した抗体は、このプロファイルのサブビンすなわちA.1、A.2など)と分類した。
Figure 2018535655
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E.エピトープマッピング−アルギニン/グルタミン酸突然変異プロファイリング
この実施例は、標的に結合するこれらの能力に対するASGR−1の突然変異誘発の効果に基づいてASGR−1抗体を特徴付ける。以前のデータにより、ASGR−1 CBDが抗体のパネルに対する抗体結合に主に関与していることが示された。このように、ASGR−1 CBDのみが突然変異部位の設計における全長ASGR−1の前後関係において構造的に考慮された。
アルギニン/グルタミン酸突然変異マッピングを使用して、ヒトASGR−1特異的、リガンド遮断抗体が結合したエピトープを特徴付けた。簡潔に述べると、144の個々の点突然変異は、148位にて開始するヒトASGR−1タンパク質(SEQ ID NO:5)のCBDドメインにわたってなされた。表面残基(PyMOL Molecular Graphics System(Version 1.8;Schrodinger、LLC.)におけるASGR−1結晶構造を使用してモデル化した)を表し、したがって潜在的に抗体結合に利用可能である91個の構築物をこれらのアッセイのために選択した。突然変異hASGR−1バリアントを、非アルギニン残基がアルギニンに変化し、そこで野性型アルギニン残基がグルタミン酸に突然変異するように構築した。次いで各々の突然変異hASGR−1配列を哺乳動物発現ベクター内にクローニングし、CHO細胞を一時的にトランスフェクトするために使用した。突然変異hASGR−1タンパク質に結合するヒトASGR−1特異的、リガンド競合抗体の能力を、上記のようにFACSによって評価した。
抗体を、正規化した抗体濃度(5ug/ml)を使用して個々の突然変異体および野生型ASGR−1構築物との結合について試験した。目的の適切な突然変異または非突然変異抗原を一時的に発現するCHO−S細胞を抗体試料または対照と混合し、4℃にて1時間インキュベートし、次いで2回洗浄した。次いで、結合した抗体を有する細胞を、4℃にて15分間、Alexa Fluor(登録商標)647 IgG Fc断片特異的検出抗体および7−AAD生存染色剤と共にインキュベートし、1回洗浄し、FACS緩衝液中に再懸濁した。試料を、BD Accuri(商標)フローサイトメーターおよびIntellicyt HyperCytオートサンプラーを使用して解析した。陰性対照として、上清および対照もまた、空親ベクター(偽と称される)をトランスフェクトしたCHO−S細胞に対してスクリーニングした。不十分に発現したかまたは産生したミスフォールド抗原である突然変異体を排除するために、野性型hASGR−1において観察された平均結合と比較して少なくとも25%またはそれ以上の結合データ平均を生じた構築物のみをさらなる解析のために使用した。突然変異体hASGR−1発現レベルが互いに対して変化したので、突然変異(例えば65C12)による影響を受けない抗体からの結合データを所与の突然変異体構築物における各試験抗体の結合値で割ることによって、各構築物についての試料結合データを、発現について正規化した。また、抗体結合親和性が試料の間で変化したので、各突然変異体構築物における試験抗体結合を野性型hASGR−1と比較することによって、発現補正データ(上記)をさらに正規化した。試験抗体結合に影響を及ぼす特定の突然変異体の同定を、四分位範囲(IQR)解析によって実施して、統計的異常値を決定した。算出した値が所与の突然変異体構築物について3倍以上のIQR(第三四分位数/上位フェンスを超える)であった場合、突然変異を「ヒット」と同定した。IQR解析をここで使用して、有意性(signifance)を決定し、ヒットを同定したが、当業者は、(例えば、エピトープタグ化構築物または非CBDエピトープに対する他のASGR−1結合抗体を使用して)データを正規化するために多くの方法を利用することができることを理解するであろう。これらの方法によって決定した突然変異体構築物に対する抗体結合シグナルの(野性型ASGR−1との結合について決定したものと比較して)統計的に有意ななんらかの低減を、ヒット同定のために使用することができた。
例示目的のために、表7.5は、単一の突然変異構築物(すなわちH203)によるIQR解析を示す。
Figure 2018535655
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抗体4B3、50G9、60D2、59F2、60E8および65E9についての灰色にした値は、結合が突然変異H203による影響を受けた統計的に有意なヒット(すなわち、3×IQR以上)を表す。
代表的な抗体の結合に重要なhASGR−1残基の概要を表7.6に示す。さらに、この解析により、いくつかのASGR−1残基の突然変異が、所与の抗体結合に対して、他のものより劇的に影響を与えることが、明らかになった。これは、これらの残基が特定の試験抗体との相互作用を媒介する際に有する相対的な寄与または重要性を反映している可能性がある。各突然変異が結合する試験抗体の能力に影響を与える程度を、各IQR解析によって決定した上部ゲートを超える個々の結合データ点の大きさを算出することによって決定した。次いで所与の試験抗体の結合に対する各突然変異の相対的影響を、この方法を使用してランク付けし、表7.6においてヒートマップとして表示した。濃い灰色の着色は、データ点が上部ゲートから劇的に逸脱している(すなわち抗体結合に大きな影響を与える)ことを示すのに対して、薄い灰色/白色は、データ点がカットオフと非常に近接していることを示す(すなわち3×IQR)(表7.6)。相対的エピトーププロファイリングビン割り当てと整列させた場合(上記の実施例7D)、この解析により、突然変異した場合、試験抗体結合を破壊するコアASGR−1アミノ酸位置のセットが明らかになる。このように、これらの位置は、選択された抗体が結合したASGR−1エピトープの一部となる可能性がある。これらのアミノ酸残基は、抗体と直接接触するもしくは抗体との相互作用に関与するかまたは突然変異した場合、抗体結合を妨げるのに十分に近接する。統計的に有意なヒットと同定したが、カットオフをほとんど生じず、主なエピトープビンと異なる表面ASGR−1位置にマッピングするアミノ酸位置(図47)は、突然変異した場合、異なるエピトープに結合する抗体が影響を受ける(すなわち間接的な効果)ようにASGR−1の立体構造を破壊する残基を表し得る。mAb 197G3は、このアッセイにおける様々な結合感受性の範囲を示す抗体の例であるが、最も重要な残基(R274およびR271)は、記載されているようにこれらを順位付けすることによって同定することができる。
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個々の試験抗体の突然変異ヒットパターンを互いに比較するために、試験抗体間の決定係数を決定した。発現および抗体結合正規化データセットを使用して、突然変異体パネルにわたって各試験抗体についての結合プロファイルを作成した。次いで各個々の試験抗体について得られたプロファイルを、他の試験抗体の全てとこれらの類似度について比較した。各組合せについての決定係数(R)を決定し、得られたパターンを可視化するためにヒートマップに変換した(図46)。簡略化のために、各特有の突然変異プロファイル(参照抗体)からの代表的な抗体を図46に示す。この解析により、7つの主要なヒットパターンまたは突然変異クラスターが明らかになった。この7つの主要な突然変異クラスターによって影響を受ける試験抗体は、競合/結合ビニングプロファイルA、B、C、EおよびL(ビンA抗体の3つの異なるヒット/突然変異クラスターならびにビンB、ビンC、ビンEおよびビンL抗体の1つの異なるヒット/突然変異クラスター)由来のものに対応している。別のビニングプロファイルを示すものであるとして分類された残りの抗体(ビンA、B、C、EおよびLと比較して)は、ASGR−1における異なる突然変異による影響を受けるが、主要なビンに属する試験抗体と部分的に重複する残基も含む。
このデータは、選択された抗体が、7つの主要なエピトープ領域と部分的に重複するエピトープに結合することを示す。次いで7つの主要なエピトープ領域に属する抗体の結合に重要な残基を、PyMOL Molecular Graphics System(Version 1.8;Schrodinger、LLC.)を使用してASGR−1構造の表面のコンピュータ表現上にマッピングした(図47)。異なるビニングプロファイル(すなわちA、B、C、EおよびL)由来の少なくとも1つの抗体を、突然変異に対して感受性があると同定した場合、ASGR−1の表面上の残基を、同じエピトープ領域の部分とみなした。例えば、ビニングプロファイルCに属する抗体についての主要なエピトープ領域には、hASGR−1残基P241、D242、D243、Y245、G251およびE253(SEQ ID NO:5)が含まれる。抗体147E9の結合はこれらの残基の全ての突然変異による影響を受けるが、抗体184E7はP241、D243およびE253の突然変異によってのみ破壊される。したがって、ビニングプロファイルCに属する抗体が結合したASGR−1の主要なエピトープ領域は、(限定されないが)P241、D242、D243、Y245、G251およびE253(SEQ ID NO:5)のうちの1つ以上を含むと定義される。また、抗体194A4は、実施例7Dにおいて決定したようにビンCに属すると分類したが、このアルギニン/グルタミン酸突然変異プロファイリングの結果(および実施例10Hに記載されているASGR−1 CBD/194A4複合体の結晶構造解析からの結果)により、相対的エピトーププロファイリングが不正確であり得ることを示唆していることに留意されたい。
ビニングプロファイルAに属する抗体を、さらに3つの異なる突然変異クラスターに細分した。これらのクラスターを、共通のビニングプロファイルと重複しているまたは共通のビニングプロファイルと一致している互いに非常に物理的に近接しているASGR−1表面位置にマッピングした。5つの主要なビン(すなわち、A、B、C、EおよびL)と異なるビニングプロファイルを示した抗体もまた、これらの結合に影響を与える突然変異の異なるパターンを示した(図46)。いくつかのビニングプロファイル(R、O、M、M.1およびT)はビニングプロファイルL由来の抗体との有意な重複を共有し、このプロファイルのサブビンとみなすことができる。まとめると、このデータにより、ASGR−1−リガンド相互作用を遮断することができる抗体は5つの主要なエピトープ領域に結合することが示される。さらに、これらの主要な領域の部分的に重複するエピトープに結合する遮断抗体を同定した。
[実施例8]
ASGR内部移行アッセイ
抗体が結合し、ASGR−1を発現する細胞内へのASGR−1の内部移行も阻止するか否かを決定するために、インビトロ内部移行アッセイを様々な抗体試料について実施する。
ヒトASGR−1内部移行細胞イメージングアッセイプロトコール
試薬:
U2OS(ヒト骨肉腫)細胞株
McCoy’s 5A培地:Gibco、#16600−082
MEM NEAA(100X):Gibco、#11140−050
ペニシリン−ストレプトマイシン(10,000U/ml、100X)Gibco、#15140−122
L−グルタミン(100X):Gibco、#25030−081
ウシ胎仔血清:Gibco、#16000−044
DPBS(CaおよびMgを有さない):Gibco、#14190−136
DPBS(CaおよびMgを有する):Gibco、#14040−133
細胞解離緩衝液:Gibco、#13151−014
1リットルフィルター:Corning、#430517
Hepes緩衝液(1M):Gibco、#15630−080
BacMamウイルス−huASGR−1:GS:SNAP26f
β−GalNAc−PAA−ビオチン:GlycoTech、#01−011
SNAP−Surface Alexa Fluor 546:New England Biolabs、#S9132S
ストレプトアビジン−Alexa Fluor 633:Life Technologies、#S21375
Hoechst 33342:Invitrogen、#H3570
Pitstop2:abcam Biochemical、#ab120687
Pitstop2−陰性対照:abcam Biochemical、#ab120688
パラホルムアルデヒド(8%水溶液):Electron Microscopy Sciences、#157−8−100
イメージングプレート−96ウェルOptical Bottom:Thermo Scientific Nunc、#165305
Operetta High Content Imager:Perkin Elmer
U2OS完全成長培地:
10%FBS、1XMEM NEAA、1XL−グルタミンおよび1Xペニシリン−ストレプトマイシンを有するMcCoy’s 5A
培地は細胞に使用する前に濾過した。
U2OS細胞プレーティングおよび培養:
U2OS細胞を、96ウェルプレートにプレーティングする前にT175において75−85%コンフルエンスまで成長させた。
1. T175フラスコにおいてU2OS培養培地を吸引して、細胞から除去した
2. 細胞を10mlのDPBSにより洗浄し、洗浄液を吸引して除去した
3. 3mlの細胞解離緩衝液を細胞に加え、細胞インキュベーター(37℃、5%CO2)内で5分間インキュベートして、T175フラスコから細胞を分離した。
4. 分離した細胞を7mlの成長培地により希釈した
5. 1mlの細胞を使用してプレートに利用可能な細胞の数を数えた
6. 細胞を成長培地中で希釈して28,000個の細胞/ウェルの最終濃度を得、BacMamウイルス(huASGR−1:GS:SNAP26f)もこの時に所望の濃度(MOI)にて細胞に加えた。
7. 細胞をBacMamウイルスと一緒に1−2分間混合し、次いで100ul/ウェルの体積にて96ウェルイメージングプレートにプレーティングした。
8. プレートを処理前に16−20時間インキュベーター(37℃、5%CO2)内に置いた。
細胞の処理(16−20時間インキュベーション)
1. 翌日、96ウェルプレート上の培地を捨て去り、DPBSにより1回洗浄した。
2. McCoy’s 5A培地+10mMのHepes緩衝液(アッセイ緩衝液)をインキュベーター内で1時間細胞(100ul)に加えた。
3. 1時間のインキュベーション後、培地を捨て去り、CaおよびMgを含有するDPBSにより1回洗浄した。
4. Pitstop2およびPitstop2陰性対照を20uMにてアッセイ緩衝液中で調製した。
5. 100ul/ウェルの体積の阻害剤をインキュベーター内で15分間U2OS細胞に加えた。
6. GalNAc−ビオチン(100nM)およびストレプトアビジン−Alexa 633(100nM)をアッセイ緩衝液中に予混合し、室温にて10分間インキュベートした。
7. SNAP−Surface Alexa Fluor 546(2.5uM)をアッセイ緩衝液中で調製した。
8. 15分のインキュベーション後、GalNAc−ビオチン−ストレプトアビジン−Alexa 633およびSNAP−Surface Alexa Fluor 546の両方を、インキュベーター内で30分間、Pitstop2阻害剤を含有する培地に直接加えた(10ul)。
9. 30分のインキュベーション後、培地を捨て去り、細胞をDPBSにより1回洗浄した。
10. 細胞を、室温にて10分間、Hoechst染料(1:5000希釈)を含有する50ulの4%パラホルムアルデヒド(8%パラホルムアルデヒドをDPBSにより希釈した)を細胞に加えることによって固定した。
11. 10分のインキュベーション後、細胞をDPBSにより2回洗浄し、100ulのDPBSを各細胞に加えた。
12. プレートを、異なる蛍光染料を測定する3つのチャネルを備えるOperetta機器により撮像した。
1) Hoechstを、励起:360−400nmおよび発光:410−480nmの範囲においてフィルターを使用して測定した
2) GalNAc−ビオチン−ストレプトアビジン−Alexa 633を、励起:600−630nmおよび発光:640−680nmの範囲においてフィルターを使用して測定した
3) SNAP−Surface Alexa Fluor 546を、励起:520−550nmおよび発光:560−630の範囲においてフィルターを使用して測定した
13. Harmony 3.5ソフトウェア(Perkin Elmer)を使用して、アッセイにおいて加えた蛍光染料について内部移行したスポットを同定し、定量した。
この内部移行アッセイは、本発明の抗原結合性タンパク質をアッセイすることにより、それがASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の内部移行をどのくらい低減させるかまたは阻害するかを決定するために、実施することができる。
[実施例9]
さらなるリガンド遮断アッセイ
脱シアル化タンパク質リガンド(アシアロフェツインおよびオロソムコイド)の調製
A.アシアロフェツイン
ウシフェツイン(AHSG)を商業的(Sigma)に得、CaptoQ Impres(GE Healthcare Life Sciences)マトリクスを使用して精製した。簡潔に述べると、材料を、最大で17mg/mlの樹脂にて25mM TRIS pH7.9に充填し、塩化ナトリウムの勾配により20mM BisTRIS(pH6.5)に溶解した。主なピークはプールした勾配であり(約0.15M NaCl最終)、Hepes緩衝生理食塩水(pH7.9)中のSuperDex200 SEC(GE Healthcare Life Sciences)上で溶解した。次いで精製したAHSGを濃縮し、製造業者の指示書に従ってInnolinkビオチン 354S(EMD Millipore)とインキュベートした。次いでビオチン化タンパク質をゲル濾過によって脱塩し、再度濃縮した。
その後、精製したビオチン化タンパク質を、C.パーフリンゲンス(C.perfringens)ノイラミニダーゼ(Sigma;50mMリン酸ナトリウム、9mM HEPES、0.12M NaCl、pH6中で37℃にて12時間1単位/10mgタンパク質)とのインキュベーションによって脱シアル化した。得られた物質を採取し、A.ウレアファシエンス(A.ureafaciens)ノイラミニダーゼ(QAbio;37℃にて0.5単位/10mgタンパク質)によりさらに3時間消化した。消化した試料を、中性pHまで0.15M NaCl(pH7.5)(HBS)を含有する20mM HEPESにより3倍希釈し、単量体アビジンアガロース(Pierce)HR16/10カラムに適用し、60cm/時にて流した。充填したカラムを15分間保持し、次いで4カラム体積のHBSにより洗浄した。ビオチン化、脱シアル化タンパク質を最後に、2mMビオチン+さらなる2カラム体積の0.1Mグリシン−HCl(pH2.8)を含有する3カラム体積のHBSにより溶出し、これを50mM TRIS Baseによる回収の間に即座に中和した。両方の種類の溶出からのタンパク質含有画分を同定し、プールし、濃縮し、10mM HEPES、0.14M NaCl(pH7.5)に対して広範囲に透析し、再濃縮し、最後に濾過滅菌した。次いで精製したロットを、記載されたアッセイに使用する前にSDS−PAGEおよび質量解析により解析した。
B.オロソムコイド
ウシオロソムコイド(AGP)を商業的(Sigma)に得、サイズ排除クロマトグラフィーによってHBS(pH7.9)中で平衡化したSuperDex200樹脂上で精製した。個別の3回の試行からの主なAGPピークの前部を合わせて高グリコシル化AGPを生成し、主なピークの残り(3回の合わせた試行から)により低グリコシル化(hypoglycosylated)AGPを生成した。ビオチン化のために、精製したAGPを5mg/mlに濃縮し、記載されているようにInnolinkビオチン 354Sとインキュベートした。次いでビオチン化タンパク質をゲル濾過によって脱塩し、濃縮した。
ビオチン化後、37℃にて18時間、50mMリン酸ナトリウム、9mM HEPES、0.12M NaCl(pH6)中の10mgのタンパク質当たり1単位のC.パーフリンゲンスノイラミニダーゼ(Sigma)と共に、タンパク質をインキュベートすることによって、これを脱シアル化した。得られた物質を採取し、10mgのタンパク質当たり0.5単位のA.ウレアファシエンスノイラミニダーゼ(QAbio)により37℃にてさらに6時間消化した。試料をHBSにより3倍希釈して中性pHを達成し、単量体アビジンアガロース(Pierce)HR16/10カラムに適用し、60cm/時にて流した。充填したカラムを15分間保持し、次いで4カラム体積のHBSにより洗浄した。その後、ビオチン化、脱シアル化タンパク質を、2mMビオチン+2カラム体積の0.1Mグリシン−HCl(pH2.8)を含有する3カラム体積のHBSにより溶出し、これを50mM TRIS Baseによる回収の間に即座に中和した。両方の種類の溶出からのタンパク質含有画分を同定し、プールし、濃縮し、10mM HEPES、0.14M NaCl(pH7.5)に対して広範囲に透析し、再濃縮し、最後に濾過滅菌した。次いで精製したロットを、記載されたアッセイに使用する前にSDS−PAGEおよび質量解析により解析した。
これらのリガンドは、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2とのリガンド結合の抗原結合性タンパク質阻害を決定するためにさらなるリガンド結合アッセイにおいて使用することができる。
実施例10
リガンドとASGR−1との間および抗体とASGR−1との間の相互作用の結晶構造解析
A.リガンドが結合したASGR−1炭水化物結合ドメインの結晶構造
導入
リガンドを含まないASGR−1 CBD(炭水化物結合ドメイン)の結晶構造は、既に公表されている(1)。ASGR−1 CBD(SEQ ID NO:5)のタンパク質発現、精製および結晶化を、公表された方法と同様に実施したが、本明細書に記載されている構造は公表された結晶構造とは異なる。これらの構造の解析は、公表された構造と比較して余分なN末端およびC末端のアミノ酸、様々なリガンドがASGR−1炭水化物結合ドメインと相互作用する様式、ならびに様々な糖についてのASGR−1/ASGR−2間の可能な選択性決定因子を、示す。
結果
ラクトースはASGR−1の炭水化物結合ポケットにおいて結合する
ASGR−1/ラクトース複合体のタンパク質結晶を成長させ、結晶構造を2.05Åにおいて決定した。公開された構造の方法と同様の方法に従ったが、炭水化物結合ポケットにおけるラクトース二糖について、明確な電子密度が存在する。図18Aおよび18Bを参照。この構造において、ラクトース二糖のガラクトース環は炭水化物結合ドメインにおけるカルシウムイオンの上部に位置し、ASGR−1タンパク質との多数の接点を形成する。水素結合が、ラクトースと、ASGR−1アミノ酸Q240、D242、E253およびN265との間に形成される。さらに、フェンデルワールス相互作用が少なくともW244(SEQ ID NO:5)により形成される。図18Cを参照。
結晶構造の解析により、ASGR−1とラクトースとの間の相互作用に関与する特定のアミノ酸が同定される。代替の分子による少なくともこれらのアミノ酸との相互作用は、ASGR−1とラクトースとの間の相互作用に完全または部分的に影響を与え得る。
ASGR−1/ラクトース解析(以下の距離はPyMOLを用いて算出した):
結合したラクトース分子まで4.5Å以下の少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267(SEQ ID NO:5)が含まれる。
結合したラクトース分子まで5Å以下の少なくとも1つの非水素結合を有するアミノ酸を同定した。これらには、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267(SEQ ID NO:5)が含まれる。
結合したラクトース分子から5−8Åの少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、N209、R237、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、D260、V268、R271、Y273(SEQ ID NO:5)が含まれる。
ガラクトースはラクトースと類似したASGR−1の炭水化物結合ポケットにおいて結合する
ASGR−1/ガラクトース複合体のタンパク質結晶を成長させ、結晶構造を2.4Åにおいて決定した。公開された構造の方法と同様の方法に従ったが、炭水化物結合ドメインにおけるガラクトース単糖について、明確な電子密度が存在する。図19Aおよび19Bを参照。
この構造において、ガラクトースは炭水化物結合部位におけるカルシウムイオンの上部に位置し、ASGR−1タンパク質との接点を形成する。水素結合が、ガラクトースと、ASGR−1アミノ酸Q240、D242、E253およびN265(SEQ ID NO:5)との間に形成される。さらに、ファン・デル・ワールス相互作用が少なくともW244により形成される。図19Cを参照。
結晶構造の解析により、ASGR−1とガラクトースとの間の相互作用に関与する特定のアミノ酸が同定される。代替の分子による少なくともこれらのアミノ酸との相互作用はASGR−1とガラクトースとの間の相互作用に完全または部分的に影響を与え得る。以下の距離はPyMOLを用いて算出した。
ASGR−1/ガラクトース解析(以下の距離はPyMOLを用いて算出した):
結合したガラクトース分子まで4.5Å以下の少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267(SEQ ID NO:5)が含まれる。結合したラクトース分子まで5Å以下の少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、R237、Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267(SEQ ID NO:5)が含まれる。
結合したラクトース分子から5−8Åの少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、N209、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、H257、T259、V268、R271、Y273(SEQ ID NO:5)が含まれる。
ASGR−1/ラクトースおよびASGR−1/ガラクトース構造を比較すると、各糖のガラクトース環は非常に良く重畳(superimpose)する。2つの構造におけるタンパク質の1つの相違は、R237の立体構造、炭水化物結合部位に近接するアミノ酸である。図20に示した重畳において、ASGR−1/ラクトース構造が白色で示され、ASGR−1/ガラクトース構造が黒色で示される。
N−アセチル−D−ガラクトサミン(GalNAc)はガラクトースと類似したASGR−1の炭水化物結合ポケットにおいて結合するが、さらなる相互作用を形成する
ASGR−1/GalNAc複合体のタンパク質結晶を成長させ、結晶構造を2.2Åにおいて決定した。公開された構造の方法と類似した方法に従ったが、明確な電子密度が炭水化物結合ポケットにおいてGalNAc糖について存在する。図21Aおよび図21Bを参照。
この構造において、GalNAcは炭水化物結合部位におけるカルシウムイオンの上部に位置し、ASGR−1タンパク質との接点を形成する。水素結合が、GalNAcと、ASGR−1アミノ酸Q240、D242、E253およびN265との間に形成される。さらに、ファン・デル・ワールス相互作用が、少なくともW244により形成される。この構造において、R237はガラクトース複合体において観察されたものと類似の立体構造である。しかしながら、この場合、水素結合はR237とGalNAcのアセチルとの間に形成される。R237とのこれらのさらなる相互作用は、観察されたGalNAcのASGR−1との(ガラクトースより)強い結合およびGalNAcのASGR−1との(ASGR−2(ここでこのアミノ酸はArgよりむしろAlaである)より)強い結合の両方を説明するのに役立つ。図21Cを参照。
ASGR−1/GalNAc解析(距離はPyMOLを用いて算出した):
結晶構造の解析により、ASGR−1とGalNAcとの間の相互作用に関与する特定のアミノ酸を同定する。代替の分子によるこれらのアミノ酸の少なくとも1つとの相互作用は、ASGR−1とGalNAcとの間の相互作用を、完全または部分的に阻害し得る。
結合したGalNAc分子まで4.5Å以下の少なくとも1つの原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、N209、R237、Q240、D242、W244W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273(SEQ ID NO:5)が含まれる。結合したラクトース分子まで5Å以下の少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、N209、R237、Q240、D242、W244、E253、H257、T259、N265、D266、D267、Y273(SEQ ID NO:5)が含まれる。
結合したラクトース分子から5−8Åの少なくとも1つの非水素原子を有するアミノ酸を同定した。これらには、P238、E239、P241、D243、Y245、G246、H247、G252、C255、F258、D260、R263、W264、V268、R271(SEQ ID NO:5)が含まれる。
ASGR−1 CBD/GalNAc結晶構造複合体についての座標を表10.1に提示する。
方法
ASGR−1発現および精製
実施例12における全ての結晶学(chrystallography)実験に関して、ヒトASGR−1 CBDタンパク質(SEQ ID NO:5)を、E.コリにおいて発現させ、リフォールディングし、精製した。
ASGR−1結晶化
精製したヒトASGR−1 CBD(148−291)タンパク質を、8−12mg/mlに濃縮した。ASGR−1/炭水化物複合体結晶を、20mMリガンド(ラクトース、ガラクトースまたはGalNAc)の存在下で0.1Mカコジル酸ナトリウム pH6.8、0.08M硫酸アンモニウム、21−23%PEG 8000中で成長させる。
データ収集および構造決定
ASGR−1 CBD複合体についてのデータセットを、Rigaku FR−E X線源(ASGR−1/ラクトースおよびASGR−1/ガラクトース)またはBerkeley Advanced Light Sourceビームライン5.0.2(ASGR−1/GalNAc)において収集した。全てのデータセットをiMosflm(2)により処理し、CCP4プログラムスイート(4)からAIMLESS(3)によりスケーリングした。
ASGR−1/ラクトース結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数(unit cell dimension)a=113.5、b=32.3、c=40.4Å、β=92.3°を有するC2空間群において成長させ、2.05Å分解能に回折する。ASGR−1構造を、開始探索モデルとして公開されたASGR−1構造(1)を使用してプログラムPHASER(5)による分子置換によって解明した。構造を、Coot(6)を用いたモデル構築およびPHENIX(7)を用いた改良の複数ラウンドにより改善した。改良された構造はR=18.9およびRfree=24.4を有する。
ASGR−1/ガラクトース結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=113.1、b=32.7、c=40:7Å、β=91.6°を有するC2空間群において成長させ、2.4Å分解能に回折する。ASGR−1/ラクトース構造を分子置換についての開始分子として使用し、モデル構築および改良をR=15.8およびRfree=22.9までASGR−1/ラクトース複合体について記載されているように実施した。
ASGR−1/GalNAc結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=112.7、b=32.3、c=40.5Å、β=91.7°を有するC2空間群において成長させ、2.2Å分解能に回折する。ASGR1/ラクトース構造を分子置換についての開始分子として使用し、モデル構築および改良を、R=16.5およびRfree=23.0までASGR−1/ラクトース複合体について記載されているように実施した。
構造解析および距離計算をプログラムPyMOL(8)により実施した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
B.5E5を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、5E5のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、1.95Å分解能まで決定した(これらについての条件は以下に記載している)。図22AおよびBに示したこの構造は、5E5がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、5E5 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との5E5の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを5E5タンパク質から5Å内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:H161、E162、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、D261、G262、R263(SEQ ID NO:5)。
この構造をまた、5E5との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は5E5タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:V159、E160、R163、T193、S194、E197、V201、I205、G206、P207、Y229、E230、T231、E239、F258、T259、D260、W264(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア5E5アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å内である5E5残基として定義した。コア5E5重鎖残基には、S30、N31、W52、Y53、D54、S56、N57、Y59、Y101、S102、S103、G104、W105、Y106、D107が含まれ、コア5E5軽鎖残基には、5E5軽鎖:Q27、R30、D32、H91、Y92、S93、Y94が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界5E5アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである5E5残基として定義した。境界5E5重鎖残基には、Y32、V33、V50、G55、K58、N74、E99、V100、Y108が含まれ、境界5E5軽鎖残基には、I2、G28、I29、L33、Q90、P95、R96が含まれる。
方法
タンパク質試料の発現および精製
5E5 Fab断片を、カスパーゼ3により5E5 mAbを切断することによって生成した。カスパーゼ切断後、FabをMonoSイオン交換カラム上での精製によって単離した。次いでNi Sepharose Excel減算を実施して、Fcドメインが試料から除去されることを確実にした。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
Figure 2018535655
Figure 2018535655
複合体形成および結晶化
ASGR−1 CBD/5E5 Fab複合体を、モル過剰のASGR−1 CBDを5E5 Fabと混合することによって作製した。複合体を、サイズ排除クロマトグラフィーカラム上での精製によって過剰のASGR−1から分離した。ASGR−1 CBD/5E5 Fab複合体を10mg/mlに濃縮し、0.1M Tris pH8.5、12%PEG 4000中で結晶化する。
データ収集および構造決定
ASGR−1 CBD/5E5 Fab複合体結晶についてのデータセットを、Berkeleyシンクロトロンのビームライン5.0.2において収集し、Mosflm/Aimlessにより処理した。
ASGR−1 CBD/5E5 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=62.93、b=41.75、c=118.89Åおよびβ=97.16を有するP2空間群において成長させ、1.95Å分解能に回折する。ASGR−1 CBD/5E5 Fab複合体構造を、プログラムMolrepを用いて分子置換によって解明した。構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=25.9/Rfree=30.5に改善した。ASGR−1 CBDおよび5E5 Fab可変ドメイン(対応する界面と共に)についての電子密度はかなり良好であるが、5E5定常ドメインについての電子密度は不十分である(結晶格子内の不十分な充填に起因する可能性が高い)。このことはおそらく、この構造改良から観察されたより高いR/Rfreeを説明する。
コア相互作用界面アミノ酸は、パートナータンパク質から5Å以下である少なくとも1つの非水素原子を有する全てのアミノ酸残基であると決定した。5Åは、ファン・デル・ワールス半径と可能な水媒介水素結合内の原子を可能にするコア領域カットオフ距離として選択した。境界相互作用界面アミノ酸を、パートナータンパク質から8Å以下の少なくとも1つの非水素原子を有する全てのアミノ酸残基と決定したが、コア相互作用リストには含まれなかった。8Å以下は、伸長したアルギニンアミノ酸の長さを可能にする境界領域カットオフ距離として選択した。これらの距離基準を満たしたアミノ酸をプログラムPyMOLにより算出した。
Figure 2018535655
C.22G5を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、22G5のFab断片に結合し、2.1Å分解能(これらの条件は上記のBに記載している)まで決定した、ASGR−1 CBDの結晶構造を提示する。図23AおよびBに示したこの構造は、22G5がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、22G5 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との22G5の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを22G5タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、Q270、P272、W275(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、22G5との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は22G5タンパク質から5−8ÅのASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:P155、N157、W158、F168、S169、R170、W175、A178、D179、C182、A187、W211、C269、R271、Y273、R274、C277、T279(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア22G5アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である22G5残基と定義した。コア22G5重鎖残基には、A33、V50、I51、S52、R53、S54、G55、G56、Y57、Y59、R99、A101、A103、G104、E106が含まれ、コア22G5軽鎖残基には、22G5軽鎖:Y32、S91、Y92、R93、Thr94、Pro95、F97が含まれる。
ASGR−1との相互作用インターフェースの境界22G5アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである22G5残基と定義した。境界22G5重鎖残基には、S30、S31、Y32、M34、N35、W47、S49、T58、R72、N74、L100、V102、S105が含まれ、境界22G5軽鎖残基には、I2、Q27、N28、NAG100、I29、S30、S31、Q90、L96が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、上記の実施例10Bに記載されているものと同じ方法に従った:
22G5 Fab断片を、パパインにより22G5−IgG4 mAbを切断することによって生成した;
ASGR−1 CBD/22G5 Fab複合体を8mg/mlに濃縮し、0.1 Bis−Tris pH6.5、0.2マロン酸ナトリウム、20%PEG 3350中で結晶化した;
データセットをXDS/Aimlessにより処理した;
ASGR−1 CBD/22G5 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=46.04、b=80.34、c=169.14Åを有するP212121空間群において成長させ、2.1Å分解能に回折する;および
構造を、Coot3によるモデル構築およびPhenix4による改良の複数ラウンドにより、最終R=17.8/Rfree=22.5に改善した。
D.4A2を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、4A2のFab断片に結合し、2.15Å分解能(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載している)まで決定したASGR−1 CBDの結晶構造を提示する。図24、25および26に示したこの構造は、4A2がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、4A2 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との4A2の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを4A2タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:R170、W195、E196、K199、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、F233、K234、N235、W236、P238、D260、D261、G262、R263、R274(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、4A2との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は4A2タンパク質から5−8ÅのASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:N157、V159、F168、S169、S171、S194、Q198、F200、V201、T210、R237、E239、Q240、F258、T259、W264(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア4A2アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である4A2残基と定義した。コア4A2重鎖残基には、T28、F29、T30、N31、Y32、D33、W50、H52、S55、N57、S99、S100、G101、W102、Y103が含まれ、コア4A2軽鎖残基には、4A2軽鎖:H31、S33、N34、N36、Y38、W56、Y97、Y98が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界4A2アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである4A2残基と定義した。境界4A2重鎖残基には、Y27、I34、N35、W47、M51、P53、N54、G56、T58、G59、Y104、D106が含まれ、境界4A2軽鎖残基には、I29、S32、N35、N37、Y55、T59、Q96、N99、T100が含まれる。
ASGR−1 CBD/4A2結晶構造複合体についての座標を表10.2に提示する。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. この抗体のみに関して、二重終止コドンを、4A2 Fabの発現を可能にするCH1ドメインの末端に挿入した。Fab精製を親和性および陽イオン交換カラムにより実施した。4A2 Fabの最終配列は
Figure 2018535655
である。
1. ASGR−1 CBD/4A2 Fab複合体を20mg/mlに濃縮し、0.2Mクエン酸三リチウムおよび20%PEG3350中で結晶化した;
2. ASGR−1 CBD/4A2 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=63.42、b=76.37、c=156.67Åを有するP2空間群中で成長させ、2.15Å分解能に回折する;および
3. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=17.9/Rfree=21.8に改善した。
7E11とのASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、7E11のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.0Å分解能まで決定した(これらについての条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図27および28に示したこの構造は、7E11がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、7E11 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との7E11の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを7E11タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:H161、S194、W195、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、F233、K234、N235、W236、R237、P238、R263(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、7E11との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は7E11タンパク質から5−8ÅのASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:E160、E162、V192、T193、E197、V201、H204、Y229、E230、T231、G232、E239、Q240、P241、D261、G262、W264(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア7E11アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である7E11残基と定義した。コア7E11重鎖残基には、S30、S31、I50、W52、H53、S56、N57、Y59、S01、M102、G103が含まれ、コア7E11軽鎖残基には、I30、Y32、T91、Y92、S93、T94、I96が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界7E11アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである7E11残基と定義した。境界7E11重鎖残基には、T28、F29、F32、G33、H35、W47、I51、D54、K58、D99、L100、G104が含まれ、境界7E11軽鎖残基には、I2、Q27、N28、I29、S31、L33、N34、T50、S67、Q89、Q90、P95が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
7E11 Fab断片を、カスパーゼ3により7E11 mAbを切断することによって生成した:
Figure 2018535655
Figure 2018535655
1. ASGR−1 CBD/7E11 Fab複合体を20mg/mlに濃縮し、0.2Mリン酸二水素カリウムおよび20%PEG3350中で結晶化した;
2. ASGR−1 CBD/7E11 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=105.75、b=105.75、c=193.75Åおよびγ=120.0°を有するP6222空間群中で成長させ、2.0Å分解能に回折する;
3. データセットをXDS/CCP4により処理した;
4. ASGR−1 CBD/7E11 Fab複合体構造を、プログラムPhaserにより分子置換によって解明した;および
5. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=21.4/Rfree=26.9に改善した。
E.4H6を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、4H6のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.6Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図29および30に示したこの構造は、4H6がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、4H6 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との4H6の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを4H6タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:H161、E162、T193、S194、W195、E196、K199、Q202、T231、G232、F233、K234、N235、P238、D261、R263(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、4H6との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は4H6タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:R163、V192、E197、Q198、H203、P207、D228、E230、W236、R237、D260、G262、W264(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア4H6アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である4H6残基と定義した。コア4H6重鎖残基には、Y33、H35、W50、H52、S55、G57、T58、N59、D99、G100、T101、S102が含まれ、コア4H6軽鎖残基には、Q27、W32、A91、N92、S93、F94、F96が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界4H6アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである4H6残基と定義した。境界4H6重鎖残基には、D31、Y32、L34、W47、I51、N54、G56、Y60、Q65、S103、F104が含まれ、境界4H6軽鎖残基には、D1、I2、G28、I29、S30、R31、Y49、G50、Q89、Q90、P95が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 4H6 Fab断片を、カスパーゼ3により4H6 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
2. ASGR−1 CBD/4H6 Fab複合体を20mg/mlに濃縮し、0.2Mフッ化ナトリウム、0.1M Bis TrisプロパンpH8.5、20%PEG3350中で結晶化した;
3. データセットをAPSシンクトロンのビームラインID22において収集し、HKL2000/CCP4により処理した;
4. ASGR−1 CBD/4H6 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=57.20、b=43.58、c=131.65Åおよびβ=90.7°を有するP121空間群中で成長させ、2.6Å分解能に回折する;
5. ASGR−1 CBD/4H6 Fab複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
6. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=17.9/Rfree=22.5に改善した。
F.72G9を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、72G9のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.55Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図31ならびに32Aおよび32Bに示したこの構造は、72G9がASGR−1と結合/相互作用する場合、Fab断片のCDR H2ループが、ASGR−1 CBDとのリガンド(すなわち炭水化物)結合/相互作用を直接遮断するように見える。これは、72G9 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を直接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との72G9の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを72G9タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270((SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、72G9との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は72G9タンパク質から5−8ÅのASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:H215、K222、T231、G232、R237、P238、H247、G248、E253、C255、D266、V268、C269(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア72G9アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である72G9残基と定義した。コア72G9重鎖残基には、G26、F27、T28、S30、S31、Y32、S33、S52、G53、S54、S56、Y57、Y59、R98、G100、S101、R102が含まれ、コア72G9軽鎖残基には、Y32、Y49、T50、Q55、S91、H92、S93、F94、F96が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界72G9アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである72G9残基と定義した。境界72G9重鎖残基には、V2、F29、N35、S50、T51、S55、I58、R72、G99、G103、F104、D105が含まれ、境界72G9軽鎖残基には、S28、I29、T30、N33、L46、S53、L54、S56、Q89、Q90、P95が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 72G9 Fab断片を、カスパーゼ3により72G9 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
2. 72G9 Fab/ASGR−1 CBD複合体を0.2M硫酸マグネシウム七水和物、20%PEG3350に濃縮した;
3. ASGR−1 CBD/72G9 Fab複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=100.98、b=64.95、c=100.68Åおよびβ=96.43°を有するP2空間群中で成長させ、2.55Å分解能に回折する;
4. データセットをXDS/CCP4により処理した;
5. ASGR−1 CBD/72G9 Fab複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
6.構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=20.4/Rfree=23.4に改善した。
G.194A4を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、194A4のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.6Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図33および34に示したこの構造は、194A4がASGR−1と結合/相互作用する場合、炭水化物結合ループの立体構造再編成が起こり、炭水化物結合ループのリガンド(すなわち炭水化物)との結合/相互作用を損なうことを示す。これは、194A4 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を間接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との194A4の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを194A4タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:T193、S194、W195、E196、P220、W221、G226、T227、D228、Y229、E230、T231、G232、F233、K234、N235、W236、R237、P238、E239、G252(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、194A4との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は194A4タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:H161、E162、V191、V192、E197、Q198、D216、G219、K222、W223、D225、R263、W264(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア194A4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である194A4残基と定義した。コア194A4重鎖残基には、V31、Y32、Y33、W50、N52、S55、G57、R98、G99、Y100、D101、I102、T204が含まれ、コア194A4軽鎖残基には、V29、S30、I32、Y33、L47、Y50、R55、A56、T57、Y94が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界194A4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである194A4残基と定義した。境界194A4重鎖残基には、V2、Y27、T30、L34、N35、P53、N54、G56、T58、N59、A97、L103、G105が含まれ、境界194A4軽鎖残基には、G28、N31、L48、I49、G51、N54、G58、I59、S68、G69、D93、S95が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 194A4 Fab断片を、カスパーゼ3により194A4 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
2. 194A4 Fab/ASGR−1 CBD複合体を13.1mg/mLに濃縮し、0.2M塩化ナトリウム、0.1M MES pH6.0、20%PEG2000 MMEにより結晶化した;
3. データセットをXDS/CCP4により処理した;
4. 194A4 Fab/ASGR−1 CBD複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=52.23、b=66.40、c=177.75Åを有するP2空間群において成長させ、2.6Å分解能に回折する;
5. ASGR−1 CBD/194A4 Fab複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
6.構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=20.1/Rfree=24.6に改善した。
H.54E9を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、54E9のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.6Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図35ならびに図36Aおよび図36Bに示したこの構造は、54E9がASGR−1と結合/相互作用する場合、Fab断片のCDR H3ループが、ASGR−1 CBDとの結合/相互作用からリガンド(すなわち炭水化物)を直接的に遮断するように見える。これは、54E9 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を直接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との54E9の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを54E9タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:W195、N209、N235、R237、P238、E239、Q240、D242、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、54E9との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は54E9タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:Q198、Q202、P207、V208、F233、W236、D243、E253、F258、G262、W264、D266(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア54E9アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である54E9残基と定義した。コア54E9重鎖残基には、N30、S31、Y32、S52、Y54、N55、K59、R98、D100、F101、W102、S103、G104、Y105、K107、D110が含まれ、コア54E9軽鎖残基には含まれるものがない。
ASGR−1との相互作用界面の境界54E9アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである54E9残基と定義した。境界54E9重鎖残基には、V2、Y27、T28、F29、G33、W50、A53、G56、N57、H99、Y106、G108が含まれ、境界54E9軽鎖残基には、N31、Y50、V51、Q54が含まれる。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 54E9 Fab断片を、カスパーゼ3により54E9 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
1. 54E9 Fab/ASGR−1 CBD複合体を14.8mg/mLに濃縮し、0.2M塩化マグネシウム六水和物、20%PEG3350により結晶化した;
2. データセットをXDS/CCP4により処理した;
3. 54E9 Fab/ASGR−1 CBD複合体結晶を、非対称単位当たり1つの複合体分子を用いて格子乗数a=64.66、b=41.65、c=224.59Åおよびβ=97.60°を有するI2空間群において成長させ、2.6Å分解能に回折する;
4. 54E9 Fab/ASGR−1 CBD複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
5.構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終R=19.1/Rfree=25.9に改善した。
I.218G4を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、218G4のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.4Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図37および38に示したこの構造は、218G4がASGR−1と結合/相互作用する場合、これがリガンド(例えば炭水化物)と結合するその能力を損なうことを示す。これは、218G4 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を直接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との218G4の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを218G4タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:R170、S171、G172、A174、H204、I205、G206、P207、V208、N209、H257、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、218G4との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は218G4タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:W167、F168、S169、K173、W175、D177、Y181、Q202、H203、T210、W211、R237、F258、T259、D261、D266、V268、C269、W275(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア218G4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である218G4残基と定義した。コア218G4重鎖残基には、Q1、V2、F27、S30、S31、Y32、Y53、D54、W99、Y100、Y101、Y102が含まれ、コア218G4軽鎖残基には、Y33、Y50、D51、N53、K54、S57が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界218G4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである218G4残基と定義した。境界218G4重鎖残基には、G26、T28、F29、G33、W52、G55、R72、N74、N98、Y103、Y104、D107、V108が含まれ、境界218G4軽鎖残基には、V34、S52、R55、P56、G58、G65が含まれる。
ASGR−1 CBD/GalNAc結晶構造複合体についての座標を表10.3に提示する。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 218G4 Fab断片を、カスパーゼ3により218G4 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
218G4 mAb軽鎖と同じ配列
1. 218G4 Fab/ASGR−1 CBD複合体を16.4mg/mLに濃縮し、0.1M Tris pH8および1.6M硫酸リチウムにより結晶化した;
2. データセットを、Argonne National LaboratoryにてビームラインID22における単結晶から収集し、XDS/CCP4により処理した;
3. 218G4 Fab/ASGR−1 CBD複合体結晶を、非対称単位当たり2つの複合体分子を用いて格子乗数a=137.24、b=245.26、c=118.91Åを有するC222空間群において成長させ、2.6Å分解能に回折する;
4. 218G4 Fab/ASGR−1 CBD複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
5. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終Rfactor=18.4/Rfree=21.6に改善した。
J.176H4を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、176H5のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.3Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図39および図40に示したこの構造は、176H4がASGR−1と結合/相互作用する場合、これがASGR−1 CBDによってリガンド(例えば炭水化物)結合を遮断するように見え、176H4抗体のパラトープは炭水化物結合ポケットの上部に直接位置する。これは、174H4 FabがASGR−1 CBD/リガンド結合を直接的に阻害することを実証する。
また、示した構造により、ASGR−1との176H4の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを176H4タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:R170、S171、G172、K173、A174、D177、P207、V208、N209、R237、Q240、W244、G246、H247、G248、L249、E253、H257、T259、D260、N265、D267、Q270、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、176H4との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は176H4タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:S169、W175、A176、A178、T210、W211、W236、P238、E239、D242、Y245、G250、G251、F258、D261、G262、R263、W264、D266、V268、C269、W275(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア176H4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である176H4残基と定義した。コア176H4重鎖残基には、S31、W52、Y53、D54、Y57、Y59、D102、F103、W104が含まれ、コア176H4軽鎖残基には、H31、G32、D33、G34、K35、Y37、I97、Q98、I99が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界176H4アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである176H4残基と定義した。境界176H4重鎖残基には、T28、S30、Y32、G33、W47、I50、I51、S56、K58、Y60、K65、D99、H101、S105、G106が含まれ、境界176H4軽鎖残基には、I2、Q27、S28、L29、L30、T36、E55、Q95、S96、P100、W101が含まれる。
方法:
以下の変更を除いてこの実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 176H4 Fab断片を、カスパーゼ3により176H4 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
176H4 mAb軽鎖と同じ配列
1. 176H4 Fab/ASGR−1 CBD複合体を14.9mg/mLに濃縮し、0.2M硝酸ナトリウム、20%PEG3350により結晶化した;
2. データセットを、Argonne National LaboratoryにてビームラインID22における単結晶から収集し、XDS/CCP4により処理した;
3. 176H4 Fab/ASGR−1 CBD複合体結晶を、非対称単位当たり2つの複合体分子を用いて格子乗数a=68.31、b=126.31、c=134.13Åおよびβ=101.6°を有するI121空間群において成長させ、2.3Å分解能に回折する;
4. 176H4 Fab/ASGR−1 CBD複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
5. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終Rfactor=17.9/Rfree=23.3に改善した。
K.194C10を有するASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD)の結晶構造
本実施例は、194C10のFab断片に結合したASGR−1 CBDの結晶構造を提示し、2.6Å分解能まで決定した(これらの条件はこの実施例の上記の段落Bに記載されている)。図41および図42に示したこの構造は、194C10がASGR−1と結合/相互作用する場合、これが炭水化物結合ループの立体構造再編成を誘導する可能性があり、それによりASGR−1 CBDのリガンド(例えば炭水化物)との結合を損ない、そして、194C10 Fabのパラトープを有するASGR−1 CBDによるリガンド(例えば炭水化物)結合を遮断する可能性が高い。これらのデータは、174H4 Fabが直接的および/または間接的にASGR−1 CBD/リガンド結合を阻害し得ることを示す。
また、示した構造により、ASGR−1との194C10の相互作用界面についての特定のコアASGRアミノ酸残基を同定することができる。これを194C10タンパク質から5Å以内である残基と定義した。コア残基は以下の通りである:N157、R170、S171、G172、Q202、H203、H204、I205、G206、P207、V208、N209、T210、D260、R271、P272、Y273、R274(SEQ ID NO:5)。
また、この構造を、194C10との相互作用界面についての境界ASGR−1アミノ酸残基を同定するために使用した。これらの残基は194C10タンパク質から5−8ÅであるASGR−1残基であった。境界残基は以下の通りである:V156、W158、V159、H161、W167、F168、S169、K173、K199、F200、V201、W211、R237、H257、F258、T259、D261、D267、V268、Q270、W275(SEQ ID NO:5)。
ASGR−1との相互作用界面の特定のコア194C10アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5Å以内である194C10残基と定義した。コア194C10重鎖残基には、R30、Y31、Y33、E50、S54、S56、N58、D98、Y99、G100が含まれ、コア194C10軽鎖残基には、N30、S31、Y33、F50、S54、S68、Y92、E93、W97が含まれる。
ASGR−1との相互作用界面の境界194C10アミノ酸残基を、ASGR−1タンパク質から5−8Åである194C10残基と定義した。境界194C10重鎖残基には、S28、Y32、W34、S35、W47、G49、I51、S52、H53、G55、T57、R97、A101、F102、D103が含まれ、境界194C10軽鎖残基には、S28、V29、G32、L47、G51、A52、S53、R55、A56、G69、Q90、Q91、S94、S95が含まれる。
ASGR−1 CBD/GalNAc結晶構造複合体についての座標を表10.4に提示する。
方法:
以下の変更を除いて、この実施例の上記の部分Bに記載されているものと同じ方法に従った:
1. 194C10 Fab断片を、カスパーゼ3により194C10 mAbを切断することによって生成した。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
194C10 mAb軽鎖と同じ配列
1. 194C10 Fab/ASGR−1 CBD複合体を13.6mg/mLに濃縮し、0.2M硫酸アンモニウム、0.1M Tris pH7.5、20%PEG5000MMEにより結晶化した;
2. データセットを、Argonne National LaboratoryにてビームラインID22における単結晶から収集し、XDS/CCP4により処理した;
3. 194C10 Fab/ASGR−1 CBD複合体結晶を、非対称単位当たり2つの複合体分子を用いて格子乗数a=65.62、b=130.44、c=85.93Åおよびβ=111.6°を有するP121空間群において成長させ、2.6Å分解能に回折する;
4. 194C10 Fab/ASGR−1 CBD複合体構造を、プログラムPhaserを用いた分子置換によって解明した;および
5. 構造を、Cootによるモデル構築およびPhenixによる改良の複数ラウンドにより、最終Rfactor=17.1/Rfree=22.8に改善した。
L.GalNAc、ASGR−1および特定の抗体の間の相互作用
72G9/ASGR−1複合体の構造(上記の項目G)を、ASGR−1/リガンド(GalNac)構造(上記の項目A)上に重ねた。この組合せの結果を図31Bに示す。また、54E9/ASGR−1複合体の構造(上記の項目I)をも、ASGR−1/リガンド(GalNac)構造(上記の項目A)上に重ねた。この組合せの結果を図35Bに示す。218G4/ASGR−1複合体の構造(上記の項目J)を、ASGR−1/リガンド(GalNac)構造(上記の項目A)上に重ねた。この組合せの結果を図38に示す。176H4/ASGR−1複合体の構造(上記の項目K)を、ASGR−1/リガンド(GalNac)構造(上記の項目A)上に重ねた。この組合せの結果を図40に示す。これらの図は、リガンド、例えばGalNacとのASGR−1相互作用を阻害するように有益に標的化され得るASGR−1上の領域を実証する。これらの図は、72G9、54E9、218G4および176H4が、リガンド(例えばGalNAc)との結合に特異的に関与するアミノ酸残基のサブセットと直接相互作用することを示す。
上記に示したように、結晶構造の解析により、ASGR−1とパートナータンパク質(ASGR−1表面上のコアおよび界面の境界領域)との間の相互作用に関与する特定のアミノ酸およびASGR−1と相互作用するこれらのパートナータンパク質の空間要件を同定した。この構造により、ASGR−1とリガンド、GalNAcとの間の相互作用を阻害する手段が示唆される。第1に、上記に示したように、薬剤がGalNAcのようなリガンドの結合部位と共通する残基を共有する場合、この薬剤をASGR−1と結合することにより、ASGR−1とリガンドとの間の相互作用を阻害する。第2に、共通する残基の外側で結合する薬剤は、ASGR−1とリガンドとの間の相互作用を阻止するためにリガンドに対してN末端またはC末端のいずれかであるリガンドを立体的に妨げることができる。
一部の実施形態では、両方のリガンド結合に関与し、上記に示した抗原結合性タンパク質が結合する領域に近接している残基は、リガンドとのASGR−1結合を遺伝子操作するのに特に有用である。例えば、異なる結合パートナーについてのコア領域および境界領域の両方に共通する界面からのアミノ酸残基を以下の表10.5に列挙する。
Figure 2018535655
当業者によって理解されるように、一部の実施形態では、抗原結合性タンパク質は、上記に示した残基の少なくとも1つと結合し、そして/またはこれを遮断する。
図(例えば図19−42)および/または座標から構造上のこれらの対応する位置に示したASGR−1の構造の関連領域または残基(GalNAcのようなリガンドまたは抗体がASGR−1と相互作用する場所から15、15−8、8、8−5、5またはこれ未満のオングストローム内のこれらの領域または残基を含む)と相互作用する抗原結合性タンパク質および分子もまた、意図される。
実施例11
ASGR−1特異的抗体の結合親和性の決定
ASGR−1に対する特異的抗体(ハイブリドーマ上清から精製したまたは組換えにより作製した)の結合親和性を定量するために、会合および解離速度を、ForteBio Octet機器を使用して測定することができる。抗体は、2nmに近接するレベルを負荷するためにAR2Gチップに共有結合しており、次いで典型的には、3点または6点希釈系列のいずれかにより30nMにて開始する3倍段階希釈系列において、可溶性ヒトASGR−1炭水化物結合ドメイン(CBD;アミノ酸残基154−281;N末端6xHisタグ)に結合した。実験的速度論の結果を、会合および解離速度定数ならびに平衡解離定数を決定するために、1:1結合モデルに全体的に適合した。会合および解離時間を、曲率が会合曲線の間に存在することを確実にするように選択し、開始レベルから少なくとも5%低下した解離レベルを測定した。全てのOctet緩衝液は、10mM Tris(pH7.5)、150mM NaCl、1mM CaCl、0.10mg/ml BSAおよび0.13%Triton X−100を含有した。Octetアッセイを、27℃にて実施した。このアッセイは、ASGR−1 CBDとの結合を測定するだけであるので、CBDの外側で部分的もしくは完全にエピトープを認識するおよび/またはネイティブASGR複合体の構造においてASGR−1を認識する抗体は、例えば細胞膜上に生じ得るので、このアッセイにおいて陽性と記録することはできない。表11.1において、代表的な抗体について提供されたデータ。
Figure 2018535655
実施例12
CHO−S:huASGR−1細胞結合アッセイ
CHO−S安定高発現細胞株を、ヒトASGR−1およびマウスASGR−1の両方について開発した。典型的な384ウェルプレートマルチプレックスフローサイトメトリーベースの細胞結合法を、以下のように記載する:親CHO−S細胞およびCHO−S:huASGR−1細胞のそれぞれを、CellTrace CFSE Cell Proliferation Kit(ThermoFisherカタログ番号C34554)およびCellTrace Violet Cell Proliferation Kit(ThermoFisherカタログ番号C34557)を使用して標識化した。CHO−S:muASGR−1については、標識化しなかった。4Cにて20ulの細胞を384ウェルプレートの2連のウェルに加えた。3つ全ての細胞株(30K細胞/ウェル)由来の細胞を、等しく混合した。次いで20ulのASGR−1抗体(ハイブリドーマ上清から精製したまたは組換えにより作製した)を、100nMにて開始する1:2倍段階希釈を使用して11点用量反応において加えた。細胞および抗体を4Cにて30分間インキュベートし、次いで沈降させ、1mM CaCl2を含有するFACS緩衝液により2回洗浄した。次いで30ulの抗huIgG−APC二次抗体を、4Cにて30分間、1:1000希釈)にて加え、次いで同じ緩衝液により1回洗浄した。60ulのPI(1:1000)を加え、次いで細胞をコアフローサイトメトリー機器により読み取った。細胞をまず生細胞についてゲートし、次いで単一細胞についてゲートし、最後に細胞染料についてゲートして、混合細胞を3つの異なる細胞集団に分けた。各抗体濃度にて各抗体の結合プロファイルを表すシグナル対計数のヒストグラムを、結合シグナルの中央値について自動的に解析し、次いで結合グラフを、Y軸上の2連のウェルからの中央値シグナルの標準偏差と共にX軸上のnMにおけるlog10抗体濃度により作製した。結合曲線を、標準的な4パラメーターS字状結合曲線に適合し、EC50を全てのグラフについて全曲線により報告した。表12.1において代表的な抗体について提供されたデータ。
Figure 2018535655
ヒトASGR−2について、C末端Hisタグ化ヒトASGR−2を発現するCHO−S安定細胞を、コールドフロー緩衝液(cold flow buffer)(10mM Tris、pH7.5、137mM NaCl、1mM CaCl2および2%ウシ胎仔血清)中に再懸濁し、1つのウェル当たり1.5×10e6個の細胞を、80ulの体積において96ウェル、v底プレートに加えた。次いで400nMにて80ulの抗体を、各ウェルに加えた。30分間氷上でのインキュベーション後、細胞を1400rpmにて3分間遠心分離し、次いでコールドフロー緩衝液中で2回洗浄した。次いで細胞を120ulの抗ヒトIgG−APC(フロー緩衝液中で1:1000に希釈した)中に再懸濁し、氷上で30分間インキュベートし、遠心分離し、以前のように2回洗浄し、200ulのコールドフロー緩衝液中に再懸濁し、次いでBD−LSR IIフローサイトメトリーにおいて解析した。図43において抗体7F4について提供されたデータ。
実施例13
CHO−S:huASGR−1リガンド遮断アッセイ
次いでヒトまたはマウスASGR−1安定CHO−S細胞のいずれかに結合した全てのASGR−1抗体を、タンパク質リガンドおよび合成糖リガンドの両方を使用してリガンド遮断について試験した。簡潔に述べるとこの方法は以下の通りである:第1に、20ulのCHO−ShumanまたはマウスASGR−1細胞のいずれかを384ウェルプレートのウェル(30k細胞/ウェル)に加え、続いて回転させ、上清を捨てた。第2に、10ulの抗体(ハイブリドーマ上清から精製したまたは組換えにより作製した)を希釈系列(200nMの最大濃度、1:2段階希釈、11点曲線)において細胞に2連で加え、4Cにて30分間インキュベートした。第3に、10ulの最小限のビオチン化リガンドを2倍のこれらの結合EC05にて加え、それによりウェルは、100nmにて開始したAbおよびこれらのEC50におけるリガンドと共に最終20ul体積を含有した。4Cにて30分のインキュベーション後、プレートを回転させ、FACS緩衝液+1mM CaCl2により2回洗浄し、続いて1:1000希釈にてストレプトアビジン−AF647を検出した。4Cにて30分後、細胞を回転させ、1回洗浄し、次いで60ulのPIを1:1000希釈にて加え、プレートをコアフローサイトメトリー機器に送達した。プレートを読み取り、シグナルがここで阻害曲線を表しかつ典型的に増加した抗体濃度の機能を減少させることを除いて、細胞結合法と同様にプレートを処理した。IC50nM効力および阻害%を報告した。脱シアル化、ビオチン化アシアロフェツイン(実施例9Aを参照)およびビオチン化GALNAc−PAA(Fisher#NC9024754)を、10.7および5.4nMの測定した結合EC50を有するリガンドとして使用した。これらの2つのリガンドを遮断する抗体の能力の差は、例えば、各リガンドのASGR結合末端糖残基の数および/もしくは配向の差から生じる親和性、抗体と各リガンドとの間の立体障害の差ならびに/または各リガンドの結合を選択的に変化させる抗体結合によって誘導されるASGRの立体構造の変化の結果として、起こり得る。表13.1において代表的な抗体について提供されたデータ。
Figure 2018535655
実施例14
ASGR−1特異的抗体最適化(化学的分解部位遺伝子操作):
側鎖分解の高いリスクを有する可変ドメイン配列モチーフをASGR−1特異的抗体から遺伝子操作した。例えば、表6および7におけるASGR−1特異的抗体配列を参照。
特定の高リスクモチーフには、(1)アスパラギン脱アミドの傾向があるCDR「NG」および「NT」配列、(2)アスパラギン酸異性化の傾向があるCDR「DG」、「DH」、「DS」および「DT」配列、(3)酸化の傾向があるCDR3トリプトファン(tryptohphan)が含まれた。バイオインフォマティクスおよび構造解析を使用して、ASGR−1 CBDに対する結合親和性を保持する可能性のある置換を同定した。典型的に、置換同定は生殖細胞配列から導き出したまたは配列関連ASGR−1 CBD結合mAbから導き出した。次いでこれらの置換を、構造適合性を予測するためにソフトウェアMOE(CCG)を使用して未結合mAbのホモロジーモデルにモデル化した。バイオインフォマティクスまたは構造解析が明確な置換同定を提供しなかった場合に関して、親残基と化学的に類似した残基の種類を同定した。
また、複数の配列アラインメントベースのペアワイズ残基共分散傾向を乱す可変ドメイン配列モチーフをも、ASGR−1特異的抗体から遺伝子操作した。共分散バイオレーター(covariance violator)についての置換同定を、分解部位を修正するために使用されるものと類似したハイブリッドバイオインフォマティクス/構造アプローチを使用して同定した。
1.Molecular Operating Environment(MOE)、2013年.08;Chemical Computing Group,Inc.、1010 Sherbooke St.West、Suit #910、Montreal、QC、Canada、H3A 2R7、2016年。
2.Kannan,G. Method of Correlated Mutational Analysis to Improve Therapeutic Antibodies。2012年3月9日に出願された米国特許出願PCT/US2012/028596。
実施例15
ペプチドアレイを使用したエピトープマッピング
カスタムペプチドマイクロアレイを、商業的に得た(PEPperPRINT GmbH)。線形アレイを使用したエピトープマッピングのために、抗原(ASGR−1)を二重に印刷した291個の異なる重複する15アミノ酸(aa)ペプチドに変換した(1つのアレイコピー当たり582個のペプチドスポット)。環化アレイを使用したエピトープマッピングのために、抗原(ASGR−1)を二重に印刷した888個の異なる重複する7aa、10aaおよび13aaペプチドに変換した(1つのアレイコピー当たり1,776個のペプチドスポット)。ペプチド環化を、立体構造制限を変化させるためにさらなる足場を有するおよび有さないN末端からC末端チオエーテル形成を使用して達成した。各々のPEPperCHIP(登録商標)ペプチドアレイをFlag(DYKDDDDKAS)およびHA(YPYDVPDYAG)対照ペプチドによって構成する。アッセイ緩衝液はPBS−T(PBS、pH7.4、0.05% Tween 20)であり、遮断緩衝液はRockland Blocking Buffer(Rockland Immunochemicals)であり、染色緩衝液はアッセイ緩衝液+10% Rockland Blocking bufferであった。二次抗体はヤギ抗ヒトIRDye680LT(Li−Cor)であった。対照抗体は、抗FLAG M2 DyLight800、抗HA DyLight680であった。アレイを、0.65mm、21um分解能のオフセットを用いてLi−Cor Odyssey上で走査した。
アレイ染色および検出は、製造業者の指示書に従った。簡潔に述べると、アレイを二次抗体により30分間プレ染色し、洗浄し、走査して、バックグラウンド結合を検出した。次いでアレイを市販されている一次抗体により一晩染色し、続いて洗浄し、標識化した二次抗体と30分インキュベートした。アレイを走査して抗ASGR−1抗体の結合を検出した。最後に、アレイを対照抗体により45分間染色し、その後、洗浄し、走査して対照ペプチドを検出した。
所望の結合特性を有する抗原結合性タンパク質は、このアッセイを使用して同定することができる。
実施例16
インビボ研究
ASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物ならびに/またはインビトロでASGR、ASGR−1および/もしくはASGR−2とのリガンド結合を阻害するモノクローナル抗体のような抗原結合性タンパク質を、関連動物モデルにインビボで投与することができ、アルカリホスファターゼのような内因性血中タンパク質のレベルおよび/または活性を測定した。さらに、体外から投与したASGRリガンド(例えばアシアロ糖タンパク質、特定の非シアル化されていない(non−asialylated)タンパク質、合成リガンドなど)のクリアランスは、RNAiによる前処理または同時もしくは前投与した抗体よって阻害され得る。
さらに、抗原結合性タンパク質またはRNAiの生理的効果は、血圧、一次および二次止血、心機能および形態、内皮機能、LDLコレステロールレベル、非HDLコレステロールレベル、炎症およびアテローム性動脈硬化症を含む読み出しを使用して、心疾患の関連動物モデルにおいて評価することができる。
実施例17
正常および肥満カニクイザルにおける血清LDLコレステロールおよびアルカリホスファターゼに対するASGR−1抗体4A2の効果
この研究の目的は、抗ASGR阻害剤のLDLコレステロール(LDL−C)低下活性を評価することであった。一般に、カニクイザルは、高レベルの総コレステロール、HDL−CまたはLDL−Cを有さない。したがって、正常および脂質異常症モデルの両方をこの実施例に利用した。脂質異常症モデルにおいて、サルを、これらのLDLレベルが少なくとも100mg/dL(正常は40−60mg/dLである)である場合およびボディマス指数が41kg/m超(正常は35kg/m未満である)である場合、選択した。標準的な食餌によりこれらの基準(criterea)を満たした動物を自然発生的な肥満脂質異常症(dylipidemic)と分類した。他の動物には、この研究に含める前に高脂肪食(HFD;4.15kcal/gm、32%脂肪)を供給し、HFD肥満脂質異常症と分類した。
ナイーブなオスの自然発生的な肥満脂質異常症およびHFD肥満脂質異常症カニクイザルに、抗ASGR−1抗体4A2.001(IgG1z−SEFL2)(10mM酢酸ナトリウム、9%スクロース、0.01%ポリソルベート−80、pH5.2中に10mg/kg)の単回皮下注射を与えた。ナイーブなオスおよびメスの正常カニクイザルに、抗ASGR−1抗体4A2.001(IgG1z−SEFL2)(10mM酢酸ナトリウム、9%スクロース、0.01%ポリソルベート−80、pH5.2中に100mg/kg)の単回静脈注射を与えた。一晩絶食した動物から血液を採取して、抗体注射後、LDL−Cおよびアルカリホスファターゼ(ALP)レベルをモニターリングした。血液を、注射後70、118、190および268時間に採取し(脂質異常症モデル)および注射後0.05、0.25、0.5、1、4、8、24、48、72、168、240、336、504、672、840、1008および1176時間に採取した(正常)。LDL−C減少(%)およびALP増加(%)がこの研究の主要エンドポイントであり、Roche C311およびC501化学アナライザーにおいて測定した。LDL−CおよびALPのベースラインレベルを、抗体投与の7日前に採取した血液から確立した。
脂質異常症モデル:
種:カニクイザル(Macaca fascicularis)
体重範囲:>7.0kg
BMI範囲:>41kg/m
年齢範囲:12−17歳
HFDの期間:6カ月
供給源:KBI monkey colony
数および性別:3匹のオスの自然発生的な肥満サルおよび3匹のオスのHFD誘導肥満サル(BMI>41、LDL>80mg/dL))。動物は類似したベースラインLDLおよびALPレベルに基づいてより大きなプールから選択した
正常モデル:
種:カニクイザル
体重範囲:2.6−4.2kg
年齢範囲:2.5−4歳
数および性別:通常の実験食を供給した2匹のオスおよび1匹のメス
この研究についてのデータを図44(脂質異常症モデル)および図45(正常モデル)に提供する。
実施例18
ヒトASGR1保因者および対照由来の血清試料のプロテオームプロファイリング
導入
上記の実施例1に記載されているように、ASGR1機能喪失(LOF)が、ヒトにおいて有益な表現型(冠動脈疾患からの保護、より低いLDLコレステロールおよびより長い生存期間)と関連することが見出された。この関連性の基本的な作用機構を理解し、潜在的なバイオマーカーを見出すために、ヒト血清試料のプロテオソーム測定を実施し、ASGR1 LOFバリアント保因者と対照との間の循環タンパク質レベルの変化と比較した。
材料および方法
試料採取およびプロテオソームプロファイリング
合計で333個のヒト血清試料を、100人のASGR1 del12ヘテロ接合体保因者(症例群)および233人の非保因者(対照群)を含む、deCODEアイスランド人集団研究から取得した。症例/対照群は、性別、年齢および採取時間/フリーザー保存時間により十分にマッチングした。150ulの血清試料を、SomaLogic Incに輸送し、そこで1310個のタンパク質をSOMAscan Assay 1.3kによって測定した。1310個のタンパク質は、ヒトタンパク質に対して生成されたSOMAmer(登録商標)試薬であり、試験タンパク質の完全なリストはSOMAscan Assay 1.3K Content、Rev1(発効:9/21/2015)にまとめられている。これはその全体を参照により本明細書に組み込む。
SOMAscanアッセイにより、Slow Off−rate Modified DNA Aptamer(SOMAmer)ベースの捕捉アレイを使用して血清タンパク質濃度を測定した。1310個のタンパク質の各々をこのアッセイにおいてそのそれぞれの蛍光標識化SOMAmerにより結合した。これらの濃度はそれぞれのSOMAmerの相対蛍光単位(RFU)により反映される。
データ解析
2個の試料を少量によりSomascan要件を満たさなかったため除去し、13個の試料をEDTAにより処理されたために除去した。各々の測定タンパク質のRFUデータを対数変換し、次いでセンタリングし、スケーリングして、このタンパク質についての標準化したRFU値を算出した。主要構成要素(PC)は、主要構成要素解析による1310の標準化したRFU値から導出した。PC1およびPC2のHotellings T2分布に基づいた異常値除去を適用し、別の8個の試料をさらなる解析から除外した。
QC後、残りの93人のASGR1 Del12ヘテロ接合体保因者(症例群)およびDel12アレルを有さない217個の試料(対照群)ならびに各タンパク質のこれらの標準化したRFU値を、年齢、性別、フリーザー時間および最初の10個のPCを調整している線形モデルよって解析した。
Yi=β0+β1Gi+β2AGEi+β3SEXi+β4FTi+β5PC1i+・・・+β15PC10i+εi
式中、Yiは特定のタンパク質についてのi番目の試料の標準化したRFU値であり、Giはi番目の試料のDel12遺伝子型であり、β1はDel12を有するおよびDel12を有さないヒト試料間の平均差の推定値を捕捉する。1310の試験をSomascanプラットフォーム上のタンパク質について実施したので、本発明者らは、独立した試験が存在すると仮定して、Bonferroni法(0.05/1310=3.82×10−5)によって有意な閾値を算出した。しかしながら、Bonferroni補正は非常にストリンジェントである可能性がある。なぜならタンパク質は多くの場合互いに相関するので、これらの試験は独立していないからである。したがって有意性の現実的な閾値(5.19×10−5)を、ShamおよびPurcell 2014による方法を使用して、100,000回の並べ替えを実施することによって得た。
結果および考察
並べ替え閾値を使用して、41個のタンパク質を、ヒトASGR1 del12保因者と非保因者との間で有意な血清レベルを有すると同定した(P<5.19×10−5)。これらのうちで、26個は保因者において有意な増加を示し(表18.1)、15個は保因者において有意に減少する(表18.2)。これらの変化はdel12保因者に見られるASGR1機能喪失を生じる有益な効果を伝えている可能性がある。血液中のこれらのタンパク質のレベルはASGR1機能喪失についてのバイオマーカーとして役立つことができ、薬物開発の間のASGR1標的化療法を評価するために使用することができる。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
Figure 2018535655
実施例19
ASGR1カニクイザルPK−PD研究からの血清試料のプロテオソームプロファイリング
導入
上記の実施例1に記載されているように、ASGR1機能喪失(LOF)が、ヒトにおいて有益な表現型(冠動脈疾患からの保護、より低いLDLコレステロールおよびより長い生存期間)と関連することが見出された。本明細書に開示される特定のASGR−1抗原結合性タンパク質は、LOF効果を模倣することが見出されており、かつ冠動脈疾患の治療に有用であり得る。簡潔に述べると、カニクイザルを、これらの抗体のPK−PDプロファイルを研究するために、特定のASGR−1特異的、リガンド遮断抗体により処理した。さらに、アルカリホスファターゼ(ALP)レベルの用量依存的上昇を、Ab処理したカニクイザルにおいて観察した。これはヒトASGR1 LOF保因者に見られるALP上昇と似ている。ALPに加えて、ヒト血清中のプロテオソームプロファイリングにより、上記の実施例18に記載されているようにASGR1 LOFによって引き起こされる有益な効果の基礎となる可能性がある41個のタンパク質を同定した。ヒトASGR1 LOFによる抗ASGR1抗体処理の効果を比較し、カニクイザルにおける同等な特徴を同定するために、この研究からの血清試料のプロテオソーム測定を行った。抗体処理した動物における変化したレベルを有するタンパク質のリストを、ヒトLOF保因者において同定したものと比較する。
材料および方法
試料選択およびプロテオソームプロファイリング
各群において3匹の動物を含む6つの動物群をプロテオソームプロファイリングのために選択した。6つの群は5つの抗体処理した群(mAb1/25A4、mAb2/4A2、mAb3/7E11、mAb4/5E5およびmAb8/4H6)およびビヒクル対照群(mAb6)を含む。100mg/kgにて、動物に1回投与した。0、168、336、504、672および1176時間の時点での血清試料を、各動物について採取した(表19.1および19.2)。唯一の例外は群mAb8/4H6であり、これについては1008時間の時点を1176時間の代わりに使用した。120ulの血清試料をSomaLogic Incに輸送し、そこで1310個のタンパク質(表18.0を参照)を、SOMAscan Assay 1.3kによって測定した。
SOMAscanアッセイにより、Slow Off−rate Modified DNA Aptamer(SOMAmer)ベースの捕捉アレイを使用して血清タンパク質濃度を測定する。1310個のタンパク質の各々をこのアッセイにおいてそのそれぞれの蛍光標識化SOMAmerにより結合し、これらの濃度はそれぞれのSOMAmerの相対蛍光単位(RFU)により反映される。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
データ解析
SOMAscanアッセイはヒトのために開発されたので、カニクイザルにおけるいくつかのタンパク質は、SOMAmer試薬によって認識することはできない。結果として、これらのタンパク質のSOMAscan測定は低い信頼性を有し、真のタンパク質レベルを反映することはできない。所与のタンパク質の血清レベルがヒトおよびカニクイザルにおいて比較的近い範囲にあると仮定して、簡単な基準を測定の信頼性を決定するために定義した。ヒトにおける各タンパク質レベルの平均および範囲を、実施例18に記載されているヒトプロテオソーム研究からの217個のヒト対照試料に基づいて算出する。カニクイザルにおける各タンパク質レベルの平均および範囲は、SEFL−2対照群についての全ての時点の測定ならびに全ての他の群の処理前(D0)および洗浄期間(D50)測定を含む、合計で48個の試料に基づいて算出する。タンパク質測定は、(1)カニクイザルにおけるその範囲がヒトと重複しない場合ならびに(2)ヒトおよびカニクイザルにおけるこのタンパク質の平均レベルの間で5倍の差がある場合、低い信頼性を割り当てられる。合計で162個のタンパク質をこれらの基準によって低い信頼性と決定し、排除した(カニクイザルにおけるタンパク質測定の信頼性の概要を示す図58)。図58において、2つの種における平均タンパク質レベルのlog10 RFUをプロットし、低い信頼性(明るい陰影)および高い信頼性(黒)を有するものに印をつけている。
4H6群における1つの試料を、少量によりSOMAscanアッセイの要件を満たさなかったため除去した。異常値は、主要構成要素解析において見出されなかった。潜在的交絡因子を調整している線形混合モデルを使用して、ASGR1抗体処置が、各時点にわたって対照群と異なって各タンパク質レベルを変化させるか否かを試験した。
Figure 2018535655
この式はβ(すなわち、時間相互作用による処置;処置条件間の勾配の平均差)について、p値(p value)によって決定される。ランダム効果b0iは個々の動物異質性を捕捉する。処置群(treat group)を(25A4=4A2=7E11=5E5=4H6=1;SELF−2=0)とコードし、時間を(D8=D15=D22=D29=1;D0=D50=0)とコードして、処理前および洗浄期間と比較して、処置後、ASGR1抗体効果を試験する。複数の試験をSOMAscanプラットフォームにおいてタンパク質について実施したので、Bonferroni補正した有意な閾値(5×10−5)を使用した。
結果および考察
33個のタンパク質が、ASGR1抗体処置後、有意な血清レベル変化を有すると同定された(表19.3;P<5×10−5)。興味深いことに33個のタンパク質全てが、ASGR1抗体処置後、増加したレベルを示す(1.36−10.18倍)。
Figure 2018535655
Figure 2018535655
この研究からの結果をヒトプロテオーム研究と比較するために、タンパク質のリストを表19.3における33個のタンパク質によって作成し、ヒトにおいて同定した上位41個のタンパク質をコンパイルした。これにより合計で64個のタンパク質のリストが得られる。この研究においてタンパク質レベル変化およびp値の変化の推定値を比較した(表19.4)。カニクイザル(ASGR1抗体処置に応答する)およびヒト(ASGR1 LOFに応答する)研究の変化の一致に基づいて、タンパク質を5段階に分類する。段階1は、同じ変化方向による両方の研究においてストリンジェントなBonferroni補正した有意なレベル(P<5×10−5)を通過する、10個のタンパク質を含む。両方の研究において強力な証拠によって支持されるタンパク質の数は、偶然と予測される数よりもはるかに多い(p=1.58×10−8;Fisherの正確確率検定)。ASGR1 Ab処置は、ヒトにおけるdel12 LOFバリアントの効果と類似する、カニクイザルにおける血清タンパク質レベルの変化を誘導できることを示す。したがって、これらのタンパク質はコアバイオマーカーである。例えば、最も強力なバイオマーカーTNFSF8は、ASGR1抗体処置後、10倍より多く増加した(カニクイザルおよびヒト研究におけるTNFSF8の血清タンパク質レベルの結果を示す図59A−59D)。
段階2は、カニクイザル研究における強力な証拠(p<5×10−5)および同じ変化方向を有するヒトにおける示唆的証拠(p<0.05)を有する、12個のタンパク質を含む。段階1および2のタンパク質の両方は、両方の研究において増加したレベルを有する。段階3は、カニクイザル研究においてのみ有意であるが、ヒトにおいて有意ではないことが見出された11個のタンパク質を含む。これらのタンパク質は、薬物療法またはカニクイザルに特異的なバイオマーカーである可能性がある。例えば、ASGR1の可溶性分泌形態は、抗体処置後、10倍より多く増加したが、ASGR1 del12保因者と非保因者との間でヒトにおいて有意な差は観察されなかった。段階4は、ヒト研究において有意な証拠(p<5×10−5)を有するがカニクイザル研究によって支持されない、17個のタンパク質を含む。段階4における多数のタンパク質は、ヒトdel12保因者においてレベルを減少させる。この観察は抗体処置と構成的遺伝子LOFとの間の差を示し得る。これはまた、種差に起因する可能性があり得るまたはカニクイザル研究におけるより低い統計的検出力によって簡単に引き起こされる可能性があり得る。
最後に、段階5と分類された、ヒトにおいて有意な変化を有する14個のタンパク質がある。なぜならこれらは、これらのSOMAmer試薬の低い信頼性に起因してカニクイザル研究において排除されたからであった。
まとめると、この2つの研究はカニクイザルにおける抗体処置とヒトにおけるASGR1 LOFとの間で高度な一致を示し、10個のタンパク質(段階1)は両方の研究の同じ方向において非常に有意な変化を示す。ASGR−1抗体処置は、ヒトにおけるASGR1 LOFの効果を模倣する手段として十分に作用し、冠動脈疾患の治療において有用であり得る。
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実施例20
心疾患のリスクを低減させる方法
心疾患のリスクのある対象を同定する。本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、心疾患のリスクのある対象に投与する。抗体および/またはRNAi構築物はASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを低減させる。後のラウンドの抗体および/またはRNAiを、対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上(例えば、段階1)をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物を投与し、所望のように機能することを確かめる。対象が心血管疾患を経験するリスクは、減少する。
さらに、さらなる選択肢として、抗体および/またはRNAiの生理的効果は、血圧、一次および二次止血、心機能および形態、内皮機能、LDLコレステロールレベル、非HDLコレステロールレベル、炎症および/またはアテローム性動脈硬化症を含む読み出しを使用して、心疾患の関連動物モデルにおいて、評価することができる。
[実施例21]
心筋梗塞または冠動脈疾患のリスクを低減させる方法
心筋梗塞または冠動脈疾患のリスクのある対象を同定する。本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、心筋梗塞または冠動脈疾患のリスクのある対象に投与する。抗体および/またはRNAi構築物は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを低減させる。後のラウンドの抗体および/またはRNAiを対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上(例えば、段階1)をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物が投与され、所望のように機能することを確かめる。対象が心筋梗塞または冠動脈疾患を経験するリスクは減少する。
さらに、さらなる選択肢として、抗体および/またはRNAiの生理的効果は、血圧、一次および二次止血、心機能および形態、内皮機能、LDLコレステロールレベル、非HDLコレステロールレベル、炎症および/またはアテローム性動脈硬化症を含む読み出しを使用して、心筋梗塞または冠動脈疾患の関連動物モデルにおいて評価することができる。
実施例22
LDLコレステロールを低減させる方法
LDLコレステロールレベルが低下する対象を同定する。本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、対象に投与する。抗体および/またはRNAi構築物は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを低減させる。抗体および/またはRNAiの後のラウンドを、対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上(例えば、段階1)をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物が投与され、所望のように機能することを確かめる。これにより対象におけるLDLコレステロールのレベルは低減する。
実施例23
非HDLコレステロールを低減させる方法
非HDLコレステロールレベルが低下する対象を同定する。本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、対象に投与する。抗体および/またはRNAi構築物はASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを低減させる。後のラウンドの抗体および/またはRNAiを対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上(例えば、段階1)をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物を投与し、所望のように機能することを確かめる。これにより対象における非HDLコレステロールのレベルは低減する。
実施例24
ALPレベルを増加させる方法
本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、対象に投与する。抗体および/またはRNAi構築物は、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現のレベルを低減させる。後のラウンドの抗体および/またはRNAiを、対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上(例えば、段階1)をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物を投与し、所望のように機能することを確かめる。これにより対象におけるALPのレベルは、増加する。
実施例25
ASGR−1療法の有効性をモニタリングする方法
本明細書に提供される1つ以上の抗体(実施例7ならびに表A、BおよびCを参照)ならびに/またはASGR−1および/もしくはASGR−2の発現を低減させるRNAi構築物(実施例3において概説されている)を、対象に投与する。実施例19におけるマーカーの1つ以上をモニタリングして、適切な量の抗体および/またはRNAi構築物を投与し、所望のように機能することを確かめる。マーカーレベルが実施例19に示されたこれらの変化(例えば段階1)と同様に変化する場合、1つ以上の抗体および/またはRNAiの量が、有効であると証明される。さらに、さらなる選択肢として、この生化学的変化の有効性を、抗体および/またはRNAiからのその生理的効果によって観察でき、この生理的効果は、血圧、一次および二次止血、心機能および形態、内皮機能、LDLコレステロールレベル、非HDLコレステロールレベル、炎症および/またはアテローム性動脈硬化症を含む、読み出しを使用して評価することができる。
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本明細書に引用される各々の参考文献は、これらが教示する全てについて、全ての目的のためにその全体を参照により本明細書に組み込む。
本発明は本明細書に記載されている特定の実施形態による範囲に限定されず、これらは本発明の個々の実施形態の単一の例示と意図され、機能的に等価の方法および構成要素は、本発明である。実際に、本明細書に示され、記載されているものに加えて、本発明の様々な修飾は前述の記載および添付の図面から当業者に明らかになる。このような修飾は添付の特許請求の範囲内に含まれると意図される。

Claims (43)

  1. SEQ ID NO:5のアミノ酸配列を含むヒトASGR−1に結合する、単離された抗原結合性タンパク質であって、リガンドへのASGR−1結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質。
  2. ヒトASGR−1の炭水化物認識ドメインに結合する、請求項1に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  3. ASGRの内部移行を阻害する、請求項1または2に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  4. ASGR−2にさらに結合する、請求項1から3のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  5. モノクローナル抗体である、請求項1から4のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  6. ヒトASGR−2に結合する、単離された抗原結合性タンパク質であって、リガンドへのASGR−2結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質。
  7. ASGRの内部移行を阻害する、請求項6に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  8. モノクローナル抗体である、請求項6または7のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  9. ヒトASGRに結合し、リガンドへのヒトASGR結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質。
  10. ASGRの内部移行を阻害する、請求項9に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  11. モノクローナル抗体である、請求項9または10のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  12. ヒトASGR−1およびヒトASGR−2に結合し、リガンドへのヒトASGR−1および/またはヒトASGR−2結合を阻害する、単離された抗原結合性タンパク質。
  13. ヒトASGR−1またはヒトASGR−2の内部移行を阻害する、請求項12に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  14. モノクローナル抗体である、請求項13または12のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質。
  15. ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されている配列の任意の抗体VHと同一のアミノ酸配列またはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換を含むアミノ酸配列を有する、VH CDR1、VH CDR2およびVH CDR3を含む、単離されたモノクローナル抗体。
  16. 表3−7に記されている配列の任意の抗体VLと同一のアミノ酸配列またはこれと比べて各CDRに1、2もしくは3個のアミノ酸残基置換を含むアミノ酸配列を有する、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3をさらに含む、請求項15に記載の単離されたモノクローナル抗体。
  17. VH CDRおよびVL CDRが、表2に記されている対応するVH CDRとVL CDRとの対である、請求項16に記載の単離されたモノクローナル抗体。
  18. ヒトASGR−1に特異的に結合し、表3−7に記されているVHドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、単離されたモノクローナル抗体。
  19. 表3−7に記されているVLドメインアミノ酸配列のいずれかに対し少なくとも90%同一性を有する軽鎖可変ドメインをさらに含む、請求項18に記載の単離されたモノクローナル抗体。
  20. 軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインが、表3−7に記されている対応するVLとVHとの対である、請求項19に記載の単離されたモノクローナル抗体。
  21. 結合に関して、請求項1から20のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。
  22. SEQ ID NO:5のアミノ酸配列を含むヒトASGR−1に結合する、単離された中和モノクローナル抗体であって、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1個を含むエピトープにおいてヒトASGR−1に結合する、単離された中和モノクローナル抗体:D216、Q217、N218、G219、P220、W221、Y229、E230、K234、W236、E239、Q240、P241、D242、D243、W244、Y245、G246、L249、G250、G251、G252、D254、Q270、W195、N209、R237、P238、H257、T259、D260、D261、R263、N265、D267、R271、Y273、H161、E162、E196、Q198、K199、F200、Q202、H203、H204、G232、F233、N235、G262、W167、S171、G172、K173、A174、A176、D177、N180、Y181、R183、L184、E185、D186、P272、W275、R170、I205、G206、P207、V208、R274、S194、T193、T231、G226、T227またはD228(SEQ ID NO:5)。
  23. SEQ ID NO:5のアミノ酸配列を含むヒトASGR−1に結合する、単離された中和モノクローナル抗体であって、次のアミノ酸残基のうち少なくとも1個を含むエピトープにおいてヒトASGR−1に結合する、単離された中和モノクローナル抗体:Q240、D242、W244、E253、N265、D266、D267、R237、N209、H257、T259またはY273(SEQ ID NO:5)。
  24. SEQ ID NO:5のアミノ酸配列を含むヒトASGR−1に結合するが、バリアントヒトASGR−1に結合しない、単離された中和モノクローナル抗体であって、バリアントヒトASGR−1が、SEQ ID NO:5に示すR170、S171、G172、R183、L184、W195、E196、K199、H203、H204、P207、V208、N209、H215、D216、P220、D225、D228、R237、P238、E239、P241、D242、D243、Y245、G246、H247、G248、L249、G251、E253、T259、D260、R263、N265、Q270、R271、P272、R274およびE280からなる群から選択される残基の単一突然変異を含む、単離された中和モノクローナル抗体。
  25. 単一突然変異が、SEQ ID NO:5に示すW195、E196、K199、H203、H204、P207、P220、G251およびR263からなる群から選択される、請求項24に記載の単離された中和モノクローナル抗体。
  26. キメラ抗体、ヒト化抗体またはヒト抗体である、請求項1から25のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質または抗体。
  27. 請求項1から26のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質または抗体、および医薬として許容される賦形剤を含む医薬組成物。
  28. 請求項1から26のいずれか一項に記載の単離された抗原結合性タンパク質または抗体をコードする、単離された核酸。
  29. 請求項28に記載の核酸を含むベクター。
  30. 請求項29に記載のベクターまたは請求項28に記載の核酸を含む宿主細胞。
  31. 抗原結合性タンパク質または抗体を産生するための方法であって、好適な条件下で請求項30に記載の宿主細胞を培養するステップおよび抗原結合性タンパク質または抗体を回収するステップを含む方法。
  32. 心血管疾患を処置または予防する方法であって、心血管疾患の処置または予防を必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  33. 心血管疾患が、冠動脈疾患または心筋梗塞である、請求項32に記載の方法。
  34. 患者におけるLDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、LDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  35. 患者における非HDLコレステロールレベルを低下させる方法であって、非HDLコレステロールレベルの低下を必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  36. 患者におけるALPレベルを増加させる方法であって、ALPレベルの増加を必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  37. 患者におけるASGR−1をアンタゴナイズする方法であって、ASGR−1のアンタゴナイズを必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  38. 患者におけるASGR−2をアンタゴナイズする方法であって、ASGR−2のアンタゴナイズを必要とする患者に、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の阻害剤の治療有効用量を投与するステップを含む方法。
  39. 阻害剤が、ASGR、ASGR−1および/またはASGR−2の発現を低下させる干渉RNA(例えば、siRNAまたはshRNA)である、請求項32から38のいずれか一項に記載の方法。
  40. 阻害剤が、ヒトASGR、ASGR−1および/またはASGR−2に結合する単離された中和抗原結合性タンパク質である、請求項32から38のいずれか一項に記載の方法。
  41. 阻害剤が、コレステロールを低減させる少なくとも1種の薬剤と同時にまたは逐次に投与される、請求項40に記載の方法。
  42. 少なくとも1種の薬剤が、スタチン、抗PCSK9阻害剤またはそれらの組合せである、請求項41に記載の方法。
  43. 少なくとも1種の薬剤が、エボロクマブ、アリロクマブ、ボコシズマブ、ALN−PCS、アトルバスタチン、セリバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、メバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、シンバスタチンおよびそれらの何らかの組合せからなる群から選択される、請求項42に記載の方法。
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