JP2014516512A - リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング - Google Patents
リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング Download PDFInfo
- Publication number
- JP2014516512A JP2014516512A JP2014504020A JP2014504020A JP2014516512A JP 2014516512 A JP2014516512 A JP 2014516512A JP 2014504020 A JP2014504020 A JP 2014504020A JP 2014504020 A JP2014504020 A JP 2014504020A JP 2014516512 A JP2014516512 A JP 2014516512A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- particles
- mixture
- subset
- nucleic acid
- fluorescence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N21/6456—Spatial resolved fluorescence measurements; Imaging
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
- G01N2021/6432—Quenching
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pathology (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Compositions Of Macromolecular Compounds (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Description
特定の等温増幅方法は、僅か数分間以内で微量レベルから非常に高い検出可能レベルへと、特異的な仕方で鋳型(標的)核酸を増幅することができる。このような等温方法、例えば、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅(Recombinase Polymerase Amplification)(RPA)は、核酸ベースの診断の適用を、ポイントオブケア検査ならびに実地および消費者試験等、新興分野へと広げることができる。この技術の等温的性質および広範な温度範囲により、使用者は、複雑な、電力を必要とする(power-demanding)器具の使用を回避することができる。
本開示は、少なくとも一部には、RPA混合物内における粒子の観察に基づく。一部の実施形態において、これらの粒子は、RPA反応の核酸(例えば、オリゴヌクレオチド)および/またはタンパク質成分を包含し得る。この発見は、RPAに関する新たなモニタリングおよび検出方法を提供する。
顕微鏡観察において、RPA混合物内に粒子の外観を呈する構造体が観察された。RPA核酸増幅反応の進行において、粒子は、活性増幅の座位と関連する。
RPAは、核酸を増幅(例えば、等温増幅)するための方法である。一般に、RPAの第一のステップにおいて、リコンビナーゼが、第一および第二の核酸プライマーと接触されて、第一および第二のヌクレオプロテインプライマーを形成する。一般に、第二のステップにおいて、第一および第二のヌクレオプロテインプライマーが、二本鎖鋳型核酸と接触されて、第一の核酸プライマーおよび第二の核酸プライマーの3’端が所定のDNA分子において互いに向かい合うよう方向づけられるように、鋳型核酸の第一の鎖の第一の部分に第一の二本鎖構造と、鋳型核酸の第二の鎖の第二の部分に第二の二本鎖構造とを形成する。一般に、第三のステップにおいて、第一および第二のヌクレオプロテインプライマーの3’端が、DNAポリメラーゼにより伸長されて、第一および第二の二本鎖核酸ならびに第一および第二の置き換えられた核酸鎖を生成する。一般に、第二および第三のステップは、所望の程度の増幅が達成されるまで反復することができる。
粒子の検出およびモニタリングは、いずれかの適切な方法を用いて行うことができる。例示的な方法として、顕微鏡、光散乱、フローサイトメトリーおよびマイクロ流体方法が挙げられる。
本明細書に開示されているオリゴヌクレオチドは、増幅プライマーおよび/または検出プローブとして作用することができる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば、増幅方法(例えば、本明細書に記載されている)において用いるための2種以上(例えば、2、3、4種以上)のオリゴヌクレオチドのセットとして提供される。
本明細書に開示されている方法および組成物は、例えば、標的核酸のコピー数の検出および標的核酸内に存在する配列の増幅のモニターに用いることができる。本方法の一部の実施形態において、標的核酸は、低コピー数の、相対的に粗製試料において検出することができる。一部の実施形態において、検出される核酸は、細菌核酸、例えば、Chlamydia trachomatis、Neisseria gonorrhea、A群Streptococcus、B群Streptococcus、Clostridium difficile、Escherichia coli、Mycobacterium tuberculosis、Helicobacter pylori、Gardnerella vaginalis、Mycoplasma hominis、Mobiluncus spp.、Prevotella spp.およびPorphyromonas sppまたは本明細書に記載されているまたは本技術分野で公知の別の細菌から選択される細菌由来の核酸である。一部の実施形態において、検出される核酸は、哺乳動物核酸であり、例えば、核酸は、腫瘍細胞に関連する。一部の実施形態において、検出される核酸は、ウイルス核酸、例えば、HIV、インフルエンザウイルスもしくはデングウイルスまたは別のウイルス由来の核酸である。一部の実施形態において、検出される核酸は、真菌核酸、例えば、Candida albicansまたは別の真菌由来の核酸である。一部の実施形態において、検出される核酸は、原生動物核酸、例えば、Trichomonasまたは別の原生動物由来の核酸である。本明細書に開示されている方法および組成物は、検出される核酸、例えば、細菌核酸、哺乳動物核酸、ウイルス核酸、真菌核酸または原生動物核酸(例えば、本明細書に開示されている)に関連する障害または状態の診断において用いることができる。例えば、本明細書に提示されている方法および組成物は、細菌感染症、ウイルス感染症、真菌感染症または寄生虫感染症の診断に用いることができる。一部の実施形態において、検出される核酸は、インフルエンザAもしくはその変種、インフルエンザBもしくはその変種、メチシリン抵抗性Staphlococcus aureus(MRSA)、C.difficile、M.tuberculosis、Chlamydia種(例えば、Chlamydia trachomatis)、N.gonorrhoeae、Treponema pallidum、ヒトパピローマウイルス(HPV)(例えば、HPV変種16型および18型)、肝炎ウイルス(例えば、A、BおよびC型肝炎)または循環癌細胞由来の核酸である。一部の実施形態において、本明細書に提示されている方法および組成物は、MRSA感染症、C.difficile感染症、結核、クラミジア感染症、淋病、梅毒、HPV感染症、肝炎ウイルス感染症またはHPV感染症の診断に用いることができる。本明細書に開示されている方法および組成物は、核酸の定量化において用いることができる。核酸増幅/検出反応の「デジタル化」は、鋳型分子の正確な計数を可能にする近年のアプローチである(例えば、Vogelstein、1999年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、96巻:9236頁を参照)。通常、これらの方法において、要求される微小区画(micro-compartment)(通常、ナノリットル範囲の)への反応混合物の空間的隔離は、例えば、これを圧力下で適切なマイクロ流体カセットへと圧迫することにより、あるいは適切なエマルジョンにおいてこれを分散させることにより、増幅反応物を物理的に分割することにより達成される。理論に縛られることは望まないが、本明細書に開示されている粒子が増幅の活性中心である場合、粒子の存在は、定量化に用いることのできる反応混合物の固有の区画化を構成する。例えば、「活性」RPA粒子(例えば、蛍光シグナルの生成に関連する粒子)の数を計数することにより、反応混合物中に存在する鋳型核酸分子の数を測定または推定することができる。
リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物における粒子
本実施例は、RPA混合物内におけるオリゴヌクレオチドを含有する粒子の観察について記載する。80μlの9.38mM Tris酢酸、pH8.3、3.13mM DTT、2.5%PEG、3.75%トレハロース、31.3mMクレアチンリン酸、1.56mM ATP、750μM dNTPミックス(それぞれ188μMのdATP、dTTP、dCTPおよびdGTP)、388nM Spy1258F2(CACAGACACTCGACAAG TCCTCAATCAAACCTTG;配列番号1)、363nM Spy1258R2(CAGAAATCCT TGATGAGTTGCGGAAATTTGAGGT;配列番号2)および75nM Spy1258exoP1(CCTTGTCCTACCTTATAGAACATAGAGAATQTHFAACCGCACTCGCTAC;F=FAM−dT、H=THF(脱塩基部位模倣体)、Q=BHQ−1−dT、3’=ブロックc3spacer;配列番号3)において、2.96μgクレアチンキナーゼ、13.1μg Rb69 gp32、18.1μg T6 H66S UvsX、5.15μg Rb69 UvsY、5.38μgエキソヌクレアーゼIIIおよび5.0μg DNAポリメラーゼ(S.aureusポリメラーゼIの大型断片)を含有する混合物を調製して、0.2mLチューブ内で混合物をフリーズドライすることにより、FAM標識したオリゴヌクレオチドを包含するRPA反応成分のフリーズドライ混合物を得た。乾燥させた試薬を、46.5μLの再水和バッファー(48mM Tris酢酸、133.8mM KOAc、2%PEG)+3.5μLの水に再懸濁し、ボルテックスした。このような混合物は、核酸鋳型またはマグネシウムを含有しなかった。混合物から10マイクロリットルを顕微鏡スライドに移し、40×拡大率の微分干渉コントラスト法(DIC)および蛍光顕微鏡を用いて画像化した(図1A〜1C)。DIC(図1A)または蛍光(図1B)を用い、この2画像を重ね合わせて(図1C)、サイズ約1〜10ミクロンの粒子を観察した。およそ100〜500粒子/nLを観察した(40×拡大率の視野は、1.55nLの混合物に相当)。
クラウディング剤は粒子形成を刺激する
粒子形成におけるクラウディング剤の効果を決定するため、50mM Tris酢酸、pH8.3、100mM KOAc、5mM DTT、1.2mM dNTPミックス(それぞれ300μMのdATP、dTTP、dCTPおよびdGTP)、50mMクレアチンリン酸、2.5mM ATP、6%トレハロース、14mM MgAc、30nM HIV p2LFtexas(Texas red標識オリゴAGAATTACAAAAACAAATTACAAAAATTCA5AATTTTCGGGTTT;3’dAブロック、5’Texas Red、5=dSpacer;配列番号4)、420nM Spy1258F2(CACAGACACTCGACAAGTCCTCAATCAAACCTTG;配列番号5)および390nM Spy1258R2(CAGAAATCCTTGATGAGTTGCGGAAATTTGAGGT;配列番号6)において、2.96μgクレアチンキナーゼ、13.1μg Rb69 gp32、18.8μg T6 H66S UvsX、2.5μg Rb69 UvsY、5.38μgエキソヌクレアーゼIIIおよび5.0μg DNAポリメラーゼを含有する新鮮なRPA混合物を調製した。各混合物に、0%、2%、2.5%、3%、3.5%、4%、5.5%または8%のPEGが包含された。混合物をピペットにより混合し、それぞれから10μLを顕微鏡スライドに移した。40×拡大率の微分干渉コントラスト法(DIC)および蛍光顕微鏡を用いて画像化を行った。観察された粒子の数は、最大5.5%までのPEG濃度増加と共に増加した(図3A〜3G)。8%PEGにおいて、より少ない粒子が観察された(図3H)。
粒子形成に対する混合物成分の寄与
粒子形成に対するRPA混合物成分の寄与を決定するため、各反応液において個々の成分を除外した以外は、5.5%PEGを用いた実施例2と同様に混合物を調製した。DICおよび蛍光顕微鏡を用いて、上述の通りに混合物を画像化した。全成分が存在する場合、上述の通りに混合物において粒子が形成された(図4A〜4B)。UvsXの非存在下で形成された粒子は、UvsXの存在下で形成された粒子とはサイズが異なるように見え、DICにより容易には観察できなかった(図4C〜4D)。gp32の非存在下で形成された粒子は、gp32の存在下で形成された粒子とは形状およびサイズが異なるように見えた(図4E〜4F)。他のRPA成分(UvsY、DNAポリメラーゼ、クレアチンキナーゼまたはエキソヌクレアーゼIII)の非存在下で形成された構造は、完全RPA反応液において形成された粒子と同様のものに見えた(図5A〜5H)。UvsYの非存在は、粒子数の僅かな減少および粒子サイズの増加をもたらすように見えた(図5A〜5B)。
粒子の別個の集団は、混合しても別々のままとなる
各混合物が異なるオリゴヌクレオチドおよび18.8μgのUvsXを包含した以外は、実施例1に記載されている通りに2種のフリーズドライ混合物を調製した。試薬ミックス1は、296nM SpaF3(配列番号7)、298nM SpaR10+1(配列番号8)および149nM SpaProbe1(CATCAGCTTTTGGAGCTTGAGAGTCAT9 A8G6TTTTGAGCTTCAC;3’ビオチン、6=BHQ−2dT、8=dSpacer、9=TMRdT;配列番号9)を含有した。試薬ミックス2は、299nM MecF9−8+2(CCCTCAAACAGGTGAA TTATTAGCACTTGT;配列番号10)、300nM MecR1a(CTTGTTGAGCAGAGG TTCTTTTTTATCTTC;配列番号11)および150nM MecProbe1(ATGACGTCTAT CCATTTATGTATGGCAFGHGQAACGAAGAATATA;3’ビオチンTEG、Q=BHQ−1dT、H=THF(脱塩基部位模倣体)、F=FAM−dT;配列番号12)を含有した。等容量の2種の試薬混合物を組み合わせ、80μLを0.2mLチューブに分注し、フリーズドライした。乾燥した混合物を、46.5μlの再水和バッファー(実施例1を参照)、1μLの水および2.5μLの280mM MgAcに再懸濁した。混合物をボルテックスし、DICおよび蛍光を用いた画像化のために10μLを顕微鏡スライドに移した。観察された粒子は、赤色(TMR)および緑色(FAM)蛍光の両方を含有し、両方の標識オリゴヌクレオチドが粒子に存在することを表示した(図7A〜7F)。
RPA反応は、粒子への局在化が観察される
実施例1と同様にFAM標識オリゴヌクレオチドプローブを包含するRPA反応成分のフリーズドライ混合物を46.5μlの再水和バッファーにより再構成し、1μLの50,000コピー/μL S.pyogenesゲノムDNAおよび2.5μLの280mM MgAcの添加により増幅反応を始めた。ピペッティングにより反応液を混合し、開始後約2分、40秒目、続いて8、12、14、15、16、18、20および22分目に始めるDICおよび蛍光による画像化のために顕微鏡スライドに移した(図10)。少なくとも最初は個々の粒子に局在化した、蛍光の増加(増幅を表示)が観察された。
UvsX変種の効果
異なるUvsX変種の効果を調査するため、50mM Tris酢酸、pH8.3、100mM KOAc、5mM DTT、1.2mM dNTPミックス(それぞれ300μMのdATP、dTTP、dCTPおよびdGTP)、50mMクレアチンリン酸、2.5mM ATP、6%トレハロース、14mM MgAc、5.5%PEG、120nM M2intFAM(配列番号19)、それぞれ420nMのSpaF3およびSpaR10+1(50μl最終容量)において2.96μgクレアチンキナーゼ、13.1μg Rb69 gp32、8.26μgエキソヌクレアーゼIII、5.0μgポリメラーゼを含有する混合物を室温にてセットアップした。18.8μg T6H66S UvsXまたは17.6μg T6 UvsXのいずれかを含有する、5.15μg Rb69 UvsYありまたはなしの4種の異なる混合物を調製した。10マイクロリットルの各混合物を顕微鏡スライドに移し、セットアップ約5〜20分後に20×拡大率で画像化し(図12A〜12D)、セットアップ約50〜60分後に40×拡大率でも画像化した(図13A〜13D)。一般に、T6H66S UvsX混合物において、T6 UvsXよりも多い粒子が観察された。その上、T6H66S UvsX粒子は多くの場合、彗星様形状等、T6 UvsXによる粒子とは形状が異なり、一方のT6 UvsX粒子はより球状であった。UvsYを欠くT6H66S UvsX混合物は、より拡散した粒子および拡散した「ハロー」または中央にシグナルを欠く「ドーナツ型」形状を有していた。T6 UvsXにより、逆の効果がしばしば観察された。UvsYなしでは、粒子は明るい小球であったが、UvsYありでは、粒子はより暗く、よりスメア(smeary)で小さかった。
核酸の定量化
本明細書に開示されている方法は、核酸の定量化に用いることができる。一実験において、鋳型核酸の希釈は、実施例5に開示されているRPA反応混合物と組み合わせる。核酸増幅の部位に関連する、指定の容量の反応液における粒子の数は、各希釈において決定される。範囲内において、核酸増幅の部位に関連する粒子の数は、反応液における鋳型核酸の濃度と共に変動する。例えば、核酸増幅に関連する粒子の数は、鋳型核酸の濃度に比例し得る、あるいは核酸増幅に関連する粒子の数は、同一容量における鋳型核酸分子の数と等しくなり得る。活性粒子数と鋳型核酸濃度との間の相関に関するこの情報を用いて、実験試料における鋳型核酸の濃度を決定することができる。
本発明の多くの実施形態を説明してきた。しかし一方で、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく様々な修正を為し得ることが理解されよう。したがって、他の実施形態も次の特許請求の範囲内に収まる。
Claims (35)
- (a)リコンビナーゼ、一本鎖DNA結合タンパク質および1または複数種のオリゴヌクレオチドを含む混合物を提供するステップと、
(b)該混合物における粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。 - 前記混合物が、クラウディング剤を含む、請求項1に記載のプロセス。
- 前記クラウディング剤が、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、デキストランおよび/またはフィコールを含む、請求項2に記載のプロセス。
- 前記クラウディング剤が、ポリエチレングリコールを含む、請求項2に記載のプロセス。
- 前記ポリエチレングリコールが、PEG1450、PEG3000、PEG8000、PEG10000、PEG14000、PEG15000、PEG20000、PEG250000、PEG30000、PEG35000、PEG40000、15,000〜20,000ダルトンの間の分子量のPEG化合物およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項3または4に記載のプロセス。
- 前記クラウディング剤が、前記混合物の重量または容量で1〜12%の間の濃度で前記混合物中に存在する、請求項2〜5のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記リコンビナーゼが、RecAまたはUvsXタンパク質を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記一本鎖DNA結合タンパク質が、原核生物SSBタンパク質またはgp32タンパク質を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記1または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも1種が、検出可能な標識を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、前記リコンビナーゼ、前記一本鎖結合タンパク質および前記1または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも1種のうちの1または複数種を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記混合物が、DNAポリメラーゼ、リコンビナーゼローディングタンパク質、dNTPまたはdNTPとddNTPとの混合物、還元剤、クレアチンキナーゼ、ヌクレアーゼ、核酸プローブ、逆転写酵素および鋳型核酸のうちの1または複数種をさらに含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、約1〜10μmのサイズである、請求項1〜11のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記混合物における粒子を検出するステップが、顕微鏡の使用を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記混合物における粒子を検出するステップが、マイクロ流体デバイスの使用を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記混合物における粒子を検出するステップが、フローサイトメトリーの使用を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、約0.5〜20μmのサイズである、請求項1〜10または12〜15のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出される、請求項1〜16のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出される、請求項1〜16のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出される、請求項1〜16のいずれか一項に記載のプロセス。
- (a)リコンビナーゼポリメラーゼ増幅反応混合物を提供するステップと、
(b)該反応混合物を、該反応混合物における核酸増幅産物の産生を可能にする条件下で維持するステップと、
(c)該反応混合物における該核酸増幅産物に関連する粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。 - 前記検出するステップが、前記維持するステップを始めてから10分間以内に行われる、請求項20に記載のプロセス。
- 前記反応混合物がクラウディング剤を含む、請求項20または21に記載のプロセス。
- 前記検出するステップが、核酸増幅産物に関連する粒子の数または比率を決定するステップを含む、請求項20〜22のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記検出するステップが、2種以上の別個の核酸増幅産物に関連する単一粒子を検出するステップを含む、請求項20〜23のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、約0.5〜20μmのサイズである、請求項20〜24のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出される、請求項20〜25のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出される、請求項20〜25のいずれか一項に記載のプロセス。
- 前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出される、請求項20〜25のいずれか一項に記載のプロセス。
- (a)第一のリコンビナーゼ、第一の一本鎖結合タンパク質および第一のオリゴヌクレオチドを含む第一の集団の粒子と、
(b)第二のリコンビナーゼ、第二の一本鎖結合タンパク質および第二のオリゴヌクレオチドを含む第二の集団の粒子と、
を含む組成物であって、該第一のオリゴヌクレオチドと該第二のオリゴヌクレオチドとが異なる組成物。 - 前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも一方が、検出可能な標識を含む、請求項29に記載の組成物。
- 前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドが、異なる検出可能な標識を含む、請求項29に記載の組成物。
- 前記粒子が、約0.5〜20μmのサイズである、請求項29〜31のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出され得る、請求項29〜32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出され得る、請求項29〜32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され得、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出され得る、請求項29〜32のいずれか一項に記載の組成物。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201161472919P | 2011-04-07 | 2011-04-07 | |
US61/472,919 | 2011-04-07 | ||
PCT/US2012/032508 WO2012138989A1 (en) | 2011-04-07 | 2012-04-06 | Monitoring recombinase polymerase amplification mixtures |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016067727A Division JP6209638B2 (ja) | 2011-04-07 | 2016-03-30 | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2014516512A true JP2014516512A (ja) | 2014-07-17 |
JP2014516512A5 JP2014516512A5 (ja) | 2015-05-28 |
JP5961247B2 JP5961247B2 (ja) | 2016-08-02 |
Family
ID=46966393
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014504020A Active JP5961247B2 (ja) | 2011-04-07 | 2012-04-06 | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング |
JP2016067727A Active JP6209638B2 (ja) | 2011-04-07 | 2016-03-30 | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016067727A Active JP6209638B2 (ja) | 2011-04-07 | 2016-03-30 | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US8809021B2 (ja) |
EP (3) | EP2694666B1 (ja) |
JP (2) | JP5961247B2 (ja) |
CN (2) | CN105907846A (ja) |
AU (1) | AU2012239989B2 (ja) |
BR (1) | BR112013025758B1 (ja) |
CA (1) | CA2831140C (ja) |
ES (1) | ES2905686T3 (ja) |
WO (1) | WO2012138989A1 (ja) |
ZA (1) | ZA201307184B (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017529093A (ja) * | 2014-09-29 | 2017-10-05 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | リコンビナーゼ変異体 |
KR20180133406A (ko) * | 2016-03-04 | 2018-12-14 | 알레레 샌디에고, 인크 | 자동화된 네스티드 재조합효소 중합효소 증폭 |
Families Citing this family (39)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8030000B2 (en) | 2002-02-21 | 2011-10-04 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US7399590B2 (en) | 2002-02-21 | 2008-07-15 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
EP2029782B1 (en) | 2006-05-04 | 2014-11-26 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US9309566B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-04-12 | Life Technologies Corporation | Methods, compositions, systems, apparatuses and kits for nucleic acid amplification |
US20120156728A1 (en) | 2010-12-17 | 2012-06-21 | Life Technologies Corporation | Clonal amplification of nucleic acid on solid surface with template walking |
US9334531B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-05-10 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
US9309557B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-04-12 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
AU2011312218B2 (en) | 2010-10-04 | 2015-11-05 | Sequencing Health, Inc. | Systems and methods for automated reusable parallel biological reactions |
US9399217B2 (en) | 2010-10-04 | 2016-07-26 | Genapsys, Inc. | Chamber free nanoreactor system |
US9184099B2 (en) | 2010-10-04 | 2015-11-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biosensor devices, systems and methods therefor |
US8585973B2 (en) | 2011-05-27 | 2013-11-19 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Nano-sensor array |
US9926596B2 (en) | 2011-05-27 | 2018-03-27 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for genetic and biological analysis |
JP6193252B2 (ja) | 2011-12-01 | 2017-09-06 | ジナプシス インコーポレイテッド | 高効率電子配列決定及び検出のためのシステム並びに方法 |
CA2896879C (en) | 2013-03-15 | 2020-09-22 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis |
JP6050555B2 (ja) * | 2013-07-15 | 2016-12-21 | シージーン アイエヌシー | Ptoの切断及び延長−依存的固定化オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションを用いたターゲット核酸配列の検出 |
JP6499656B2 (ja) * | 2013-11-22 | 2019-04-10 | オリオン ディアグノスティカ オサケ ユキチュア | 鎖侵入に基づく増幅による核酸の検出 |
EP3792921A1 (en) | 2013-12-11 | 2021-03-17 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis and computation |
EP3556864B1 (en) | 2014-04-18 | 2020-12-09 | Genapsys, Inc. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
EP3183368B1 (en) | 2014-08-22 | 2020-08-05 | Cepheid | Methods of detecting influenza |
CN104830820A (zh) * | 2015-05-07 | 2015-08-12 | 浙江泰晶生物科技有限公司 | 用于常温等温快速检测核糖核酸的蛋白酶及检测方法 |
CN107849600A (zh) | 2015-06-09 | 2018-03-27 | 生命技术公司 | 用于分子标记的方法、系统、组合物、试剂盒、装置和计算机可读媒体 |
EP3359669B1 (en) | 2015-10-06 | 2020-05-13 | Pierce Biotechnology, Inc. | Devices and methods for producing proteins |
GB201519565D0 (en) | 2015-11-05 | 2015-12-23 | Alere San Diego Inc | Sample preparation device |
US11118206B2 (en) | 2016-01-13 | 2021-09-14 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Multiple stage isothermal enzymatic amplification |
EP3419989A4 (en) * | 2016-02-26 | 2019-11-06 | Alere San Diego, Inc. | OXIDIZED REDUCED OLIGONUCLEOTIDE PROBES AND USE THEREOF |
SG11201807056YA (en) | 2016-03-28 | 2018-10-30 | Illumina Inc | Recombinase mutants |
US11299777B2 (en) | 2016-04-04 | 2022-04-12 | Nat Diagnostics, Inc. | Isothermal amplification components and processes |
US9617587B1 (en) | 2016-04-04 | 2017-04-11 | Nat Diagnostics, Inc. | Isothermal amplification components and processes |
CN109790575A (zh) | 2016-07-20 | 2019-05-21 | 吉纳普赛斯股份有限公司 | 用于核酸测序的系统和方法 |
US20200224207A1 (en) * | 2017-07-05 | 2020-07-16 | OriCiro Genomics, Inc. | Dna production method and dna fragment-joining kit |
SG11202002516WA (en) | 2017-09-21 | 2020-04-29 | Genapsys Inc | Systems and methods for nucleic acid sequencing |
CN108195801B (zh) * | 2017-11-17 | 2020-11-24 | 北京林业大学 | 单分子水平观测气孔保卫细胞膜蛋白分布和动态的方法 |
CN107893103A (zh) * | 2017-11-29 | 2018-04-10 | 默禾医疗科技(上海)有限公司 | 重组酶聚合酶扩增中重组酶和蛋白浓度比及活性定量法 |
CN112292460A (zh) | 2018-06-12 | 2021-01-29 | 主基因有限公司 | 核酸扩增方法 |
GB201905303D0 (en) | 2019-04-15 | 2019-05-29 | Thermo Fisher Scient Geneart Gmbh | Multiplex assembly of nucleic acid molecules |
CN111154739B (zh) * | 2020-02-06 | 2021-03-02 | 广州普世利华科技有限公司 | 一种新型重组酶依赖型扩增方法及试剂盒 |
US20210381067A1 (en) * | 2020-06-08 | 2021-12-09 | Ampliwise Inc. | Nucleic acid amplification and detection with attenuaiting probe |
KR20240004692A (ko) | 2021-04-29 | 2024-01-11 | 애벗트 라보라토리이즈 | 고-처리량 분석을 위한 샘플 풀링 시스템 및 방법 |
CN114085891A (zh) * | 2021-11-23 | 2022-02-25 | 广州达安基因股份有限公司 | 基于重组酶聚合酶扩增技术的逆转录扩增系统和方法 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008500831A (ja) * | 2004-06-01 | 2008-01-17 | エーエスエム サイエンティフィック, インコーポレイテッド | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅 |
Family Cites Families (54)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US5858652A (en) | 1988-08-30 | 1999-01-12 | Abbott Laboratories | Detection and amplification of target nucleic acid sequences |
GB8903627D0 (en) | 1989-02-17 | 1989-04-05 | Unilever Plc | Assays |
AU635105B2 (en) | 1990-01-26 | 1993-03-11 | Abbott Laboratories | Improved method of amplifying target nucleic acids applicable to both polymerase and ligase chain reactions |
US5326692B1 (en) | 1992-05-13 | 1996-04-30 | Molecular Probes Inc | Fluorescent microparticles with controllable enhanced stokes shift |
ATE153707T1 (de) | 1990-05-07 | 1997-06-15 | Daikin Ind Ltd | Diagnostische anwendungen der bildung von doppelten d-loops. |
US5273881A (en) | 1990-05-07 | 1993-12-28 | Daikin Industries, Ltd. | Diagnostic applications of double D-loop formation |
US5223414A (en) | 1990-05-07 | 1993-06-29 | Sri International | Process for nucleic acid hybridization and amplification |
DE69130800T2 (de) | 1990-07-24 | 1999-09-16 | Hoffmann La Roche | Verringerung von nicht spezifischer amplifikation während einer (in vitro) nukleinsäure amplifikation unter verwendung von modifizierten nukleinsäure basen |
EP0543484B1 (en) | 1991-08-30 | 2001-01-31 | Research Development Corporation of Japan | A method of DNA amplification |
CA2122203C (en) | 1993-05-11 | 2001-12-18 | Melinda S. Fraiser | Decontamination of nucleic acid amplification reactions |
FR2708288B1 (fr) | 1993-07-26 | 1995-09-01 | Bio Merieux | Procédé d'amplification d'acides nucléiques par transcription utilisant le déplacement, réactifs et nécessaire pour la mise en Óoeuvre de ce procédé. |
US6117679A (en) | 1994-02-17 | 2000-09-12 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
US5705366A (en) | 1994-09-15 | 1998-01-06 | Johnson & Johnson Clinical Diagnostics, Inc. | Coamplification of target nucleic acids using volume exclusion agent in reaction composition, test kit and test device useful therefor |
US5656430A (en) | 1995-06-07 | 1997-08-12 | Trevigen, Inc. | Oscillating signal amplifier for nucleic acid detection |
US5853990A (en) | 1996-07-26 | 1998-12-29 | Edward E. Winger | Real time homogeneous nucleotide assay |
CA2263815A1 (en) | 1996-08-29 | 1998-03-05 | Koji Kigawa | Methods for targeting, enriching, detecting and/or isolating target nucleic acid sequence using reca-like recombinase |
JP3065035B2 (ja) * | 1998-10-01 | 2000-07-12 | ダイキン工業株式会社 | 高性能なRecA様組換え酵素/1本鎖核酸プローブ複合体の調製方法及びその利用 |
US6087112A (en) | 1998-12-30 | 2000-07-11 | Oligos Etc. Inc. | Arrays with modified oligonucleotide and polynucleotide compositions |
CA2375769A1 (en) | 1999-01-11 | 2000-07-20 | President And Fellows Of Harvard College | Isothermal amplification of dna |
US6699693B1 (en) | 1999-02-04 | 2004-03-02 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Process for DNA replication |
US6387621B1 (en) | 1999-04-27 | 2002-05-14 | University Of Utah Research Foundation | Automated analysis of real-time nucleic acid amplification |
NO314091B1 (no) | 2000-01-12 | 2003-01-27 | Biotec Pharmacon Asa | Varmelabil uracil-DNA-glykosylase, DNA-sekvens som koder for enzymet, mikroorganisme som inneholder DNA-sekvensen, samt anvendelse av enzymet |
AU2001243670A1 (en) | 2000-03-20 | 2001-10-03 | Maxygen, Inc. | Method for generating recombinant dna molecules in complex mixtures |
US20020061530A1 (en) | 2000-07-31 | 2002-05-23 | Belotserkovskii Boris P. | Enhanced targeting of DNA sequences by recombinase protein and single-stranded homologous DNA probes using DNA analog activation |
US6379899B1 (en) | 2001-03-13 | 2002-04-30 | Discoverx | Isothermal exponential RNA amplification in complex mixtures |
ES2305289T3 (es) | 2001-04-20 | 2008-11-01 | The Penn State Research Foundation | Metodo de manipulacion de acidos nucleicos. |
KR20040028991A (ko) | 2001-08-20 | 2004-04-03 | 다카라 바이오 가부시키가이샤 | 핵산 증폭 방법 |
AU2002341898A2 (en) | 2001-09-28 | 2003-04-07 | University Of Delaware | Polymorphism detection and separation |
US7244562B2 (en) | 2001-11-01 | 2007-07-17 | Gene Check, Inc. | RecA assisted detection of mutations, single nucleotide polymorphisms and specific sequences |
DE60322044D1 (de) | 2002-02-21 | 2008-08-21 | Asm Scient Inc | Rekombinase-polymerase-amplifikation |
US7399590B2 (en) | 2002-02-21 | 2008-07-15 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US8030000B2 (en) * | 2002-02-21 | 2011-10-04 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US20040137456A1 (en) | 2002-04-04 | 2004-07-15 | Hiroki Yokota | Method for identifying and characterizing individual dna molecules |
US20030228611A1 (en) | 2002-05-01 | 2003-12-11 | President And Fellows Of Harvard College | Nucleic acid memory device |
JP2005532827A (ja) | 2002-07-12 | 2005-11-04 | ブリティッシュ・バイオセル・インターナショナル・リミテッド | 側方フローアッセイ用のデバイスおよびその方法 |
AU2003274914A1 (en) | 2002-08-21 | 2004-03-11 | Epoch Biosciences, Inc. | Abasic site endonuclease assay |
CA2498764C (en) | 2002-09-20 | 2015-11-10 | New England Biolabs, Inc. | Helicase dependent amplification of nucleic acids |
WO2004081224A2 (en) | 2003-03-11 | 2004-09-23 | Gene Check, Inc. | Reca-assisted allele specific oligonucleotide extension method |
WO2004104213A2 (en) | 2003-05-15 | 2004-12-02 | The Rockefeller University | Nucleic acids and polypeptides of c1 bacteriophage and uses thereof |
JP2005110621A (ja) | 2003-10-10 | 2005-04-28 | Aisin Seiki Co Ltd | 核酸増幅方法及び核酸増幅用試薬キット |
CA2497324A1 (en) | 2004-02-17 | 2005-08-17 | Affymetrix, Inc. | Methods for fragmenting and labelling dna |
WO2005103670A1 (ja) | 2004-04-21 | 2005-11-03 | Toray Industries, Inc. | ラボオンチップ用基板 |
DE102005052752A1 (de) | 2005-11-04 | 2007-05-10 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Vorrichtung und Verfahren zum Nachweis von molekularen Wechselwirkungen |
US7745125B2 (en) | 2004-06-28 | 2010-06-29 | Roche Molecular Systems, Inc. | 2′-terminator related pyrophosphorolysis activated polymerization |
WO2006057918A2 (en) | 2004-11-23 | 2006-06-01 | Morisawa, Shinkatsu | Detection of nucleic acid variation by cleavage-amplification method |
US7435561B2 (en) * | 2005-07-25 | 2008-10-14 | Asm Scientific, Inc. | Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification |
EP2029782B1 (en) * | 2006-05-04 | 2014-11-26 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
JP5265665B2 (ja) | 2007-05-03 | 2013-08-14 | クロンデイアグ・ゲーエムベーハー | 分析 |
US8560130B2 (en) | 2007-12-04 | 2013-10-15 | Lester F. Ludwig | Software controlled lab-on-a-chip emulation |
US20090215050A1 (en) * | 2008-02-22 | 2009-08-27 | Robert Delmar Jenison | Systems and methods for point-of-care amplification and detection of polynucleotides |
CN104459148B (zh) | 2008-03-14 | 2017-06-16 | 科隆迪亚戈有限公司 | 分析 |
WO2010141940A1 (en) | 2009-06-05 | 2010-12-09 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification reagents and kits |
-
2012
- 2012-04-06 CA CA2831140A patent/CA2831140C/en active Active
- 2012-04-06 US US13/441,411 patent/US8809021B2/en active Active
- 2012-04-06 JP JP2014504020A patent/JP5961247B2/ja active Active
- 2012-04-06 CN CN201610240348.7A patent/CN105907846A/zh active Pending
- 2012-04-06 BR BR112013025758-0A patent/BR112013025758B1/pt active IP Right Grant
- 2012-04-06 EP EP12767452.1A patent/EP2694666B1/en active Active
- 2012-04-06 ES ES17153784T patent/ES2905686T3/es active Active
- 2012-04-06 CN CN201280018775.0A patent/CN103476940B/zh active Active
- 2012-04-06 EP EP21193632.3A patent/EP3978620A1/en active Pending
- 2012-04-06 AU AU2012239989A patent/AU2012239989B2/en active Active
- 2012-04-06 WO PCT/US2012/032508 patent/WO2012138989A1/en active Application Filing
- 2012-04-06 EP EP17153784.8A patent/EP3202918B1/en active Active
-
2013
- 2013-09-25 ZA ZA2013/07184A patent/ZA201307184B/en unknown
-
2014
- 2014-02-18 US US14/183,113 patent/US9157127B2/en active Active
-
2015
- 2015-08-31 US US14/841,203 patent/US9719132B2/en active Active
-
2016
- 2016-03-30 JP JP2016067727A patent/JP6209638B2/ja active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008500831A (ja) * | 2004-06-01 | 2008-01-17 | エーエスエム サイエンティフィック, インコーポレイテッド | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅 |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017529093A (ja) * | 2014-09-29 | 2017-10-05 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | リコンビナーゼ変異体 |
JP2019213545A (ja) * | 2014-09-29 | 2019-12-19 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | リコンビナーゼ変異体 |
KR20180133406A (ko) * | 2016-03-04 | 2018-12-14 | 알레레 샌디에고, 인크 | 자동화된 네스티드 재조합효소 중합효소 증폭 |
JP2019508043A (ja) * | 2016-03-04 | 2019-03-28 | アリーア サン ディエゴ, インコーポレイテッド | 自動化ネステッドリコンビナーゼポリメラーゼ増幅 |
JP2021118695A (ja) * | 2016-03-04 | 2021-08-12 | アボット・ダイアグノスティックス・スカボロー・インコーポレイテッド | 自動化ネステッドリコンビナーゼポリメラーゼ増幅 |
KR102473905B1 (ko) * | 2016-03-04 | 2022-12-06 | 애보트 다이어그노스틱스 스카보로, 인크. | 자동화된 네스티드 재조합효소 중합효소 증폭 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20120258456A1 (en) | 2012-10-11 |
EP3202918A1 (en) | 2017-08-09 |
US8809021B2 (en) | 2014-08-19 |
US9719132B2 (en) | 2017-08-01 |
EP2694666B1 (en) | 2018-05-23 |
CN103476940B (zh) | 2016-07-13 |
EP3978620A1 (en) | 2022-04-06 |
WO2012138989A1 (en) | 2012-10-11 |
US20150024397A1 (en) | 2015-01-22 |
AU2012239989B2 (en) | 2016-03-10 |
ES2905686T3 (es) | 2022-04-11 |
CA2831140C (en) | 2017-11-07 |
ZA201307184B (en) | 2014-12-23 |
JP2016119912A (ja) | 2016-07-07 |
NZ615861A (en) | 2015-12-24 |
BR112013025758B1 (pt) | 2021-04-06 |
CA2831140A1 (en) | 2012-10-11 |
EP2694666A1 (en) | 2014-02-12 |
CN105907846A (zh) | 2016-08-31 |
CN103476940A (zh) | 2013-12-25 |
US9157127B2 (en) | 2015-10-13 |
JP5961247B2 (ja) | 2016-08-02 |
EP3202918B1 (en) | 2021-10-20 |
JP6209638B2 (ja) | 2017-10-04 |
EP2694666A4 (en) | 2014-12-24 |
BR112013025758A2 (pt) | 2016-08-16 |
US20160068898A1 (en) | 2016-03-10 |
AU2012239989A1 (en) | 2013-10-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6209638B2 (ja) | リコンビナーゼポリメラーゼ増幅混合物のモニタリング | |
US9657340B2 (en) | Isothermal nucleic acid amplification | |
CN105764490B (zh) | 用于生物测定和诊断的胶囊封装的传感器和感测系统及其制造和使用方法 | |
US11807899B2 (en) | Biochemical reaction methods and reagents comprising intrinsically disordered regions | |
EP3368654A1 (en) | Determination of polymorphisms using isothermal nucleic acid amplification | |
Zhang et al. | CASMART, a one-step CRISPR Cas12a-mediated isothermal amplification for rapid and high-resolution digital detection of rare mutant alleles | |
JP2017532030A (ja) | 診断方法及び組成物 | |
WO2022051296A1 (en) | Methods and systems for reducing particle aggregation | |
Deng et al. | HIV infection detection using CRISPR/Cas systems: Present and future prospects | |
NZ615861B2 (en) | Monitoring recombinase polymerase amplification mixtures | |
WO2020150528A1 (en) | Method for digital quantification of a nucleic acid without physically partitioning the reaction mixture | |
JP2017176165A (ja) | 水溶液が2以上のガン細胞を含有しているかどうかを判定する方法 | |
AU2014326783A1 (en) | Encapsulated sensors and sensing systems for bioassays and diagnostics and methods for making and using them |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150406 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20150406 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20160204 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160330 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20160616 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20160624 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5961247 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R3D02 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |