JP2013532494A5 - - Google Patents

Claims (20)

1. 単一のアッセイにおいて、母体試料中の胎児寄与率を決定するとともに、前記母体試料中の目的の核酸領域のコピー数変動の存在または非存在を検出する方法であって、
   母体試料を提供する工程；
   第１のセットの第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドを、該第１のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、第１の染色体中の目的の核酸領域における相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程；
   第２のセットの第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドを、該第２のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、第２の染色体中の目的の核酸領域における相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程；
   第３のセットの第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドを、該第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、目的の核酸領域における相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程であって、該第３のセットの該第１の固定配列オリゴヌクレオチドは、情報遺伝子座に対して特異的である該工程；
   １つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該架橋オリゴヌクレオチドが、目的の核酸領域における相補領域に特異的にハイブリダイズし、隣接してハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドを作製することができる条件下で前記母体試料に導入する工程であって、前記１つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、セットの前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な前記目的の核酸領域の間且つ隣接した領域に相補的である、該工程；
   前記隣接してハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドを連結して、前記目的の核酸領域に相補的な連結産物を作製する工程；
   前記連結産物を増幅して、前記母体試料中の前記目的の核酸領域の本来の含量を表す増幅産物を作製する工程；および
   前記第１のセットおよび第２のセットの固定配列オリゴヌクレオチド由来の前記増幅産物を検出および定量して、前記目的の核酸領域におけるコピー数変動の存在または不存在を検出し、前記第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチド由来の前記増幅産物を検出および定量して、前記母体試料中の前記胎児寄与率を決定する工程
   を含む、方法。
2. 前記第１のセット、第２のセット、および第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチド
   において、前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方がユニバーサルプライマー領域を含む、
   請求項１に記載の方法。
3. 前記第１のセット、第２のセット、および第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチド、並びに前記架橋オリゴヌクレオチドにおいて、ハイブリダイズしなかったオリゴヌクレオチドは、前記連結産物の増幅の前に除去される、
   請求項１に記載の方法。
4. 前記第１のセット、第２のセット、および第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチドは、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に導入される、
   請求項１に記載の方法。
5. 前記第１のセット、第２のセット、および第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチドとこれらがハイブリダイズした前記目的の核酸領域とのハイブリダイゼーション産物は、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に単離される、
   請求項４に記載の方法。
6. 前記１つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、前記第１のセット、第２のセット、および第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチドと同時に導入される、
   請求項１に記載の方法。
7. 前記増幅産物は、次世代シークエンシングにより定量される、
   請求項１に記載の方法。
8. それぞれの前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドは、１つ以上の指標を含む、
   請求項１に記載の方法。
9. 前記増幅産物は、前記１つ以上の指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
   請求項８に記載の方法。
10. 前記第１のセットおよび第２のセットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドは、遺伝子座指標を含み、
    前記第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドは、対立遺伝子指標を含む、
    請求項８に記載の方法。
11. 前記増幅産物は、前記遺伝子座指標または前記対立遺伝子指標をアレイにハイブリダイズさせることにより検出および定量される、
    請求項１０に記載の方法。
12. 前記増幅産物は、前記遺伝子座指標または前記対立遺伝子指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
    請求項１０に記載の方法。
13. 前記増幅産物は、前記検出および定量の工程の前に単離される、
    請求項１に記載の方法。
14. 前記第３のセットの固定配列オリゴヌクレオチド由来の前記増幅産物は、前記第１のセットおよび第２のセットの固定配列オリゴヌクレオチドとともに、ゲノム領域におけるコピー数変動の存在または不存在を検出するために用いられる、
    請求項１に記載の方法。
15. 前記コピー数変動は、染色体異数性である、
    請求項１に記載の方法。
16. 前記染色体異数性は、トリソミー１３、トリソミー１８、またはトリソミー２１である、
    請求項１５に記載の方法。
17. 前記第１のセットの前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドは、前記第２のセットの前記第１および第２の固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な染色体とは異なる染色体における遺伝子座に相補的である、
    請求項１に記載の方法。
18. 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ３〜９ヌクレオチドである、
    請求項１に記載の方法。
19. 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ１０〜３０ヌクレオチドである、
    請求項１に記載の方法。
20. 前記第１のセットおよび第２のセットは、少なくとも９６の核酸領域にハイブリダイズする固定配列オリゴヌクレオチドを含む、
    請求項１に記載の方法。