JP6356866B2 - 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム - Google Patents
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Description
)を決定するための非多型および多型検出の両方を用いる単一アッセイシステムを用いる。試料内の多いおよび/または少ない発生源の寄与の決定により、混合試料中のCNVの決定のためのゲノム領域の十分な同定を可能にする両発生源に由来する十分な遺伝物質の存在に関する情報を得ることができる。
試料中の遺伝子座頻度に基づく潜在的なCNVを検出することができる。
一プローブ(例えば、パドロックプローブ)からなってもよい。固定配列オリゴのセットを、アッセイにおいて連続的に、またはアッセイにおいて同時に提供することができる。
、好ましくは48以上、好ましくは50以上、好ましくは60以上、好ましくは70以上、好ましくは80以上、好ましくは90以上、およびより好ましくは96以上の選択遺伝子座を同時に分析することができることが重要な特徴である。これらの選択遺伝子座は、単一の試料に由来する異なる遺伝子座であってもよく、またはそれらは2つ以上の混合試料に由来する遺伝子座であってもよい。後者の場合、選択遺伝子座の分析に用いられる2つの固定配列オリゴヌクレオチドの少なくとも1つは、該遺伝子座を特定の試料と関連付けることができる試料識別子(例えば、「試料指標」)を含む。あるいは、試料指標は、試料指標を含むプライマーを用いることにより連結産物の増幅中に添加することができる。
は欠失である。
可能にする技術を用いる。これは特に、臨床結果が感染性因子の存在によって悪化し得る患者をモニターするのに役立ち得る。例えば、移植を受けた患者は、免疫抑制剤を服用する可能性が高く、したがって一般により感染しやすい。同様に、妊娠女性はその免疫系において変化を有し、かくして、母親および/または胎児に対して有害な効果を有し得る病原体による感染により罹りやすい。また、特定の型の癌は感染性因子と関連し(例えば、肝臓癌はB型肝炎およびC型肝炎感染と関連し、子宮頚癌はヒトパピローマウイルス感染と関連する)、感染性因子の同定は臨床結果を予測するか、または患者のための医学的処置の好ましい経過を決定するのに有益であってよい。
数を、選択遺伝子座の量の検出ならびに別のゲノム領域に由来する選択遺伝子座の量および/または参照ゲノム領域に由来する選択遺伝子座の量との比較に基づいて決定することができる。特定の態様においては、核酸の頻度の比率を、遺伝的に「正常な」被験体、すなわち、アッセイシステムにおいて調査される特定の遺伝子座と関連するCNVを有さない被験体の統計的に有意な集団について決定される参照平均比率と比較する。
選択遺伝子座のコピー数を、非多型検出方法、すなわち、選択核酸領域を同定するための特定の多型の存在または非存在に依存しない検出方法を用いて検出することができることが本発明の特徴である。好ましい態様においては、アッセイ検出システムは、混合試料中に存在する選択遺伝子座の相対数を「計測する」ための非多型検出方法を用いる。これらの数を用いて、統計的に、混合試料が混合試料内の多いおよび/または少ない発生源中のゲノム領域中にCNVを有する可能性があるかどうかを決定することができる。同様に、これらの数を用いて、統計的に、多い発生源および/または少ない発生源に由来する核酸が1つ以上の多型を有するかどうかを決定することができる。そのような情報を用いて、特定の病状または遺伝的障害を同定する、疾患または障害の診断または再発を確認する、疾患または障害の予後を決定する、潜在的な治療選択肢を決定するのを補助することなどができる。
する個々の試料を続いて分析することができる。
1つの具体的な態様においては、本発明は、母体および胎児のcfDNAを含む混合試料を提供する工程、混合試料中の第1および第2の目的の染色体に由来する2つ以上の選択遺伝子座を増幅する工程、混合試料中の第1および第2の目的の染色体に由来する2つ以上の選択遺伝子座を増幅する工程、目的の染色体に由来する選択領域の相対頻度を決定する工程、第1および第2の目的の染色体に由来する選択遺伝子座の相対頻度を比較する工程、ならびに選択遺伝子座の比較された相対頻度に基づいて胎児異数性の存在または非存在を同定する工程を含む、胎児異数性の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムを提供する。
別の態様においては、所与の選択核酸のオリゴヌクレオチドを、環状または単分子プローブがそれに結合することができるように、非配列特異的末端で接続することができる。この態様においては、環状プローブの3’末端および5’末端は、選択遺伝子座に結合し、少なくとも1つのユニバーサル増幅領域が環状プローブの選択されていない特異的配列中に存在する。
本明細書で用いられる用語は、当業者によって理解されるような平易で通常の意味を有することが意図される。以下の定義は、読者が本発明を理解するのを助けることを意図されるものであって、具体的に指摘しない限りそのような用語の意味を変化させるか、またはさもなければ制限することを意図されるものではない。
本明細書で用いられる用語「ゲノム領域」とは、ゲノム中に連続的様式で通常認められる1つ以上の遺伝子座の任意の領域を指す。ゲノム領域は、最大で染色体全体を含むものまでサイズが変化してもよい。
用語「多い発生源」とは、ある個体由来の試料中の核酸(当該個体において支配的なゲノム材料を表す)の発生源を指す。
al.),Molecular Cloning,A Laboratory Manual,3rd Ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)を参照されたい)。他の参考文献は、Tmの算出のために構造ならびに配列の特徴を考慮に入れる、より洗練された計算を含む。
した宿主における感染性生物に由来する核酸などが挙げられる。
s:A Practical Approach,IRL Press,Oxford(1991);ウェットムール(Wetmur),Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology,26:227−259(1991)などの多くの概説に記載されている。本発明に適用可能な他の方法は、以下の参考文献:ファングら(Fung et al.),米国特許第4,757,141号;ホブス ジュニアら(Hobbs,Jr.,et al.),米国特許第5,151,507号;クルイクシャンク(Cruickshank),米国特許第5,091,519号;メンチェンら(Menchen et al.),米国特許第5,188,934号;ベゴットら(Begot et al.),米国特許第5,366,860号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,847,162号;カナら(Khanna et al.),米国特許第4,318,846号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,800,996号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,066,580号;マチエスら(Mathies et al.),米国特許第5,688,648号などに開示されている。以下の特許および特許公開:米国特許第6,322,901号;第6,576,291号;第6,423,551号;第6,251,303号;第6,319,426号;第6,426,513号;第6,444,143号;第5,990,479号;第6,207,392号;米国特許出願公開第2002/0045045号および第2003/0017264号に開示されたような、量子ドットを用いて標識を実行することもできる。検出可能な標識としては、例えば、放射性アイソトープ、蛍光標識、化学発光標識、生物発光標識および酵素標識が挙げられる。ヌクレオチドの蛍光標識は、限定されるものではないが、フルオレセイン、5−カルボキシフルオレセイン(FAM)、2’7’−ジメトキシ−4’5−ジクロロ−6−カルボキシフルオレセイン(JOE)、ローダミン、6−カルボキシローダミン(R6G)、N,N,N’,N’−テトラメチル−6−カルボキシローダミン(TAMRA)、6−カルボキシ−X−ローダミン(ROX)、4−(4’ジメチルアミノフェニルアゾ)安息香酸(DABCYL)、カスケードブルー、オレゴングリーン、テキサスレッド、シアニンおよび5−(2’−アミノエチル)アミノナフタレン−1−スルホン酸(EDANS)を含んでもよい。蛍光標識されたヌクレオチドの具体例としては、パーキンエルマー社(Perkin Elmer)[米国カリフォルニア州フォスターシティ(Foster City)所在]から入手可能な[R6G]dUTP、[TAMRA]dUTP、[R110]dCTP、[R6G]dCTP、[TAMRA]dCTP、[JOE]ddATP、[R6G]ddATP、[FAM]ddCTP、[R110]ddCTP、[TAMRA]ddGTP、[ROX]ddTTP、[dR6G]ddATP、[dR110]ddCTP、[dTAMRA]ddGTP、および[dROX]ddTTP;アマシャム社(Amersham)[米国イリノイ州アーリントンハイツ(Arlington Heights)所在]から入手可能なFluoroLink Deoxy Nucleotides、FluoroLink Cy3−dCTP、FluoroLink Cy5−dCTP、FluoroLink FluorX−dCTP、FluoroLink Cy3−dUTP、およびFluoroLink Cy5−dUTP;ベーリンガーマンハイム社(Boehringer Mannheim)[米国インディアナ州インディアナポリス(Indianapolis)所在]から入手可能なフルオレセイン−15−dATP、フルオレセイン−12−dUTP、テトラメチル−ローダミン−6−dUTP、IR770−9−dATP、フルオレセイン−12−ddUTP、フルオレセイン−12−UTP、およびフルオレセイン−15−2’−dATP;ならびにモレキュラープローブ社(Molecular Probes)[米国オレゴン州ユージーン(Eugene)所在]から入手可能なChromosomee Labeled Nucleotides、BODIPY−FL−14−UTP、BODIPY−FL−4−UTP、BODIPY−TMR−14−UTP、BODIPY−TMR−14−dUTP、BODIPY−TR−14−UTP、BODIPY−TR−14−dUTP、カスケードブルー−7−UTP、カスケードブルー−7−dUTP、フルオレセイン−12−UTP、フルオレセイン−12−d
UTP、オレゴングリーン488−5−dUTP、ローダミングリーン−5−UTP、ローダミングリーン−5−dUTP、テトラメチルローダミン−6−UTP、テトラメチルローダミン−6−dUTP、テキサスレッド−5−UTP、テキサスレッド−5−dUTP、およびテキサスレッド−12−dUTPが挙げられる。
応において用いられるプライマー伸長技術などにおいて主DNAの伸長、連結および/または合成を準備するのに用いられるオリゴヌクレオチドである。プライマーはまた、特定の遺伝子座の検出のための捕捉オリゴヌクレオチドに遺伝子座の相補性を提供するための手段としてハイブリダイゼーション技術において用いることもできる。
、罹患、すなわち、ある対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因である突然変異を有する、または非罹患、すなわち、両方の対立遺伝子がそのような突然変異を欠く、と分類することができる。常染色体劣性疾患と関連する遺伝子またはX連鎖劣性障害と関連する母体遺伝子の状態を、罹患、すなわち、両方の対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因となる突然変異を有する;キャリア、すなわち、ある対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因となる突然変異を有する;または非罹患、すなわち、両方の対立遺伝子がそのような突然変異を欠く、と分類することができる。遺伝子の状態は、多遺伝子病を発症する危険性と関連する特定の対立遺伝子、例えば、特定の疾患もしくは障害に対して保護的である多型または特定の疾患もしくは障害の危険性の増強と関連する多型の存在または非存在を示唆することもできる。
本明細書に記載のアッセイシステムおよび方法は、別途指摘しない限り、当業者の技術の範囲内にある、分子生物学(組換え技術を含む)、細胞生物学、生化学、マイクロアレイおよび配列決定技術の従来の技術および説明を用いてもよい。そのような従来の技術としては、ポリマーアレイ合成、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび連結、オリゴヌクレオチドの配列決定、ならびに標識を用いるハイブリダイゼーションの検出が挙げられる。好適な技術の具体的な例示は、本明細書に記載の実施例を参照することにより有することができる。しかしながら、等価な従来の手順も、勿論、用いることができる。そのような従来の技術および説明は、グリーンら(Green et al.),Eds.,Genome Analysis:A Laboratory Manual Series(Vols.I−IV)(1999);ワイナーら(Weiner et al.),Eds.,Genetic Variation:A Laboratory
Manual(2007);ディーフェンバッハ(Dieffenbach),ドベクスラー(Dveksler),Eds.,PCR Primer:A Laboratory Manual(2003);ボウテル(Bowtell)およびサムブルック(Sambrook),DNA Microarrays:A Molecular Cloning Manual(2003);マウント(Mount),Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis(2004);サムブルック(Sambrook)およびラッセル(Russell),Condensed Protocols from Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2006);ならびにサムブルック(Sambrook)およびラッセル(Russel),Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2002)(全てCold Spring Harbor Laboratory Pressから);ストライヤー エル(Stryer,L.),Biochemistry(4th Ed.)ダブルユー エイチ フリーマン(W.H.Freeman),New York(1995);ゲイト(Gait),“Oligonucleotide Synthesis:A Practical Approach”IRL Press,London(1984);ネルソン(Nelson)およびコックス(Cox),Lehninger,Principles of Biochemistry,3rd Ed.,W.H.Freeman Pub.,New
York(2000);ならびにバーグら(Berg et al.),Biochemistry,5th Ed.,W.H.Freeman Pub.,New York(2002)(全てあらゆる目的でその全体を本明細書に援用する)などの標準的な実験室マニュアルに見出すことができる。本発明の組成物、研究ツールおよび方法を説明する前に、本発明が記載される特定の方法、組成物、標的および使用に限定されず、そのようなものとして、勿論、変化してもよいことが理解されるべきである。また、本明細書で用いられる用語は、特定の態様のみを説明するためのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
本発明は、単一の個体からの混合試料中の疾患状態と関連するコピー数変動、多型および核酸(例えば、病原体に由来する核酸、または癌、糖尿病、アルツハイマー病などと関連する核酸)を検出する能力を有する単一のアッセイシステムを提供する。前記アッセイは、試料中の選択遺伝子座のコピー数に関する情報ならびに試料中の多い発生源および1つ以上の少ない発生源に由来する核酸の寄与の割合に関する情報を用いる、混合試料中の1つ以上の少ない発生源における遺伝子変動の同定を可能にする。これらの方法は、単一の個体中に存在する多いおよび少ない発生源に由来するゲノム材料(例えば、DNA)を含有する任意の混合試料にとって有用である。
ー(Bruns,D.)eds.(2006);Chemical Weapons Convention Chemicals Analysis:Sample Collection,Preparation and Analytical Method,メシラクソ エム(Mesilaakso,M.),ed.,(2005);パウリスジン ジェイ(Pawliszyn,J.),Sampling and Sample
Preparation for Field and Laboratory,(2002);ベンカテシュ イエンガー ジーら(Venkatesh Iyengar,G.,et al.),Element Analysis of Biological Samples:Principles and Practices (1998);ドリエラック エス(Drielak,S.),Hot Zone Forensics:Chemical,Biological,and Radiological Evidence Collection(2004);ウェルズ ディー(Wells,D.),High Throughput Bioanalytical Sample Preparation(Progress in Pharmaceutical
and Biomedical Analysis)(2002)(それぞれ本明細書に援用する)を参照されたい)。選択された混合試料の種類に応じて、さらなるプロセッシングおよび/または精製工程を実施して、所望の純度またはサイズの核酸断片を取得することができる。超音波処理、噴霧化、ゲル精製、PCR精製系、ヌクレアーゼ切断、またはこれらの方法の組合せを含むプロセッシング方法を用いることができるが、これらに限定されるものではない。好ましい態様においては、無細胞DNA(cfDNA)を含む試料を用いる。
本発明のアッセイシステムは、上記の一般的なスキームを用いるが、多くの異なる配置および変更を用いてもよく、そのいくつかは以下に記載され、その多くは2010年8月6日に出願された米国特許出願第61/371605号(その全体を本明細書に援用する)に例示されている。
ション技術により直接検出する。図2の例では、試料指標を第1の固定配列オリゴヌクレオチド201と結合させる。指標の検出は、高度に多重化されたアッセイシステムにおいて特定の試料に由来する配列を同定することができる。
オチドは、実質的に同じユニバーサルプライマー309、311および配列特異的領域305、307を含むが、異なる試料指標321、323を含み、その異なる指標は、特定の試料中に存在する単一ヌクレオチド多型の異なる塩基配列に対応するセットの固定配列オリゴヌクレオチド上にある。同じ混合試料300に由来するが、異なる対立遺伝子特異的オリゴセットを含む個別のチューブ中の材料を用いて連結反応を実行する。選択遺伝子座313、333におけるこのSNPの2つの可能なヌクレオチドに対応する架橋オリゴヌクレオチドを用いて、それぞれの連結反応において選択遺伝子座を検出する。連結された第1、第2の、および架橋オリゴヌクレオチドの実際の配列の配列決定は必ずしも必要ないが、連結産物全体の配列の多型を同定し、および/または確認を提供するために依然として決定することができるように、特定の多型対立遺伝子を示唆する2つの対立遺伝子指標321、323を増幅産物中に組込む。
リダイゼーション後、ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドを、残りの遺伝子試料から分離するのが好ましい(図示なし)。
本発明は、1つ以上の遺伝子座のコピー数変動および1つ以上の多型の存在または非存在を同定するための方法を提供する。これを、単一の遺伝子配列に対応する目的の遺伝子座の特定の染色体に対応する遺伝子座の同定のための増幅方法を用いて実施することができる。
症候群などが挙げられる。一般に、同じか、または別々の染色体上に存在する少なくとも2つの選択遺伝子座を分析し、選択遺伝子座の少なくとも1つは胎児対立遺伝子異常と関連する。次いで、2つの選択遺伝子座の配列および2つの選択遺伝子座のコピー数を比較して、染色体異常が存在するかどうかを決定し、そうである場合、異常の性質を決定する。
本発明のアッセイシステムを用いて、常染色体優性または劣性疾患または突然変異に関連する多型などの多型を検出することもできる。本発明のアッセイシステムの多重化された性質を考慮すると、検出は染色体異常の検出と同じアッセイで行う。かくして、単一のアッセイシステムは、異なるクラスの遺伝子突然変異に関する診断情報を提供することができる。従って、本発明の好ましいアッセイシステムは高度に多重化され、混合試料内の数百から数千もの選択遺伝子座を調査することができるため、特定の態様においては、混合試料内のマーカー遺伝子座、例えば、遺伝的危険性と関連する遺伝子座または感染性生
物の存在または非存在を同定する遺伝子座について試料を調査するのが望ましい。かくして、前記アッセイシステムは、混合試料中のコピー数決定のための選択遺伝子座の検出と共にそのようなマーカー遺伝子座の検出を提供する。
いくつかの選択的増幅方法を用いて、本発明のアッセイシステムにおいて分析される増幅された核酸を提供することができ、そのような方法を用いて、混合試料中の選択遺伝子座の初期含量に関する情報の保存を可能にする様式で混合試料中の選択遺伝子座のコピー数を増加させるのが好ましい。増幅および分析の全ての組合せが本明細書で詳細に説明されるわけではないが、本明細書と一致する領域の核酸を単離および/または分析するために様々な増幅方法および/または分析ツールを用いることは当業者の技術の範囲内にあり、そのような変更は本開示を読めば当業者には明らかである。
al.),Nucleic Acids Res.20(7):1691−6(1992)に記載のSDAなどの等温増幅法、および米国特許第5,648,245号に記載のローリングサークル増幅が挙げられる。用いることができる他の増幅方法は、米国特許第5,242,794号、第5,494,810号、第4,988,617号および米国特許出願第09/854,317号および米国特許出願公開第20030143599号(それぞれ本明細書に援用する)に記載されている。いくつかの態様においては、DNAを多重遺伝子座特異的PCRにより増幅する。好ましい態様においては、DNAをアダプター連結および単一プライマーPCRを用いて増幅する。他の利用可能な増幅方法は、平衡化PCR(マクリジオルゴスら(Makrigiorgos et al.),Nature Biotechnol,20:936−9(2002))ならびに核酸配列に基づく増幅(NASBA)および自己持続型配列複製(グアテリら(Guatelli et al.),PNAS USA 87:1874(1990))などの等温増幅方法などである。そのような方法に基づいて、当業者であれば、目的の遺伝子座の5’および3’側の任意の好適な領域中でプライマーを設計することができる。そのようなプライマーを用いて、DNAが目的の選択遺伝子座を含む限り、任意の長さのDNAを増幅することができる。
好ましくは96以上である。それぞれのプライマーは、単一の選択遺伝子座に対応し、必要に応じて、同定および/または単離のためにタグ付けされる。限られたサイクル数、好ましくは10以下のサイクル数を線形増幅と共に実施する。続いて、増幅産物を単離する、例えば、プライマーをビオチン分子に連結する場合、増幅産物を固体基質上のアビジンまたはストレプトアビジンへの結合により単離することができる。次いで、増幅産物を、他のプライマーを用いるさらなる増幅などのさらなる生化学的方法ならびに/または配列決定およびハイブリダイゼーションなどの検出技術にかける。
本発明の好ましい態様においては、選択的に増幅された遺伝子座を、本発明のアッセイシステムを用いる様々な選択遺伝子座の全部または実質的に全部のユニバーサル増幅によりさらに増幅させるのが好ましい。選択的に増幅された遺伝子座を単一のユニバーサル増幅反応においてさらに増幅させることができるように、ユニバーサルプライマー領域を固定配列オリゴヌクレオチドに付加する。これらのユニバーサルプライマー配列を、選択的増幅方法の間に核酸領域に付加することができる、すなわち、選択的増幅のためのプライマーはユニバーサルプライマー配列を含む。あるいは、ユニバーサル増幅配列を含むアダプターを、初期増幅後および混合試料に由来する選択的に増幅された選択遺伝子座の単離後にアダプターとして選択的に増幅された選択遺伝子座の末端に付加することができる。
選択的増幅に由来する全産物または産物のアリコートを、ユニバーサル増幅反応に用いることができる。同じか、または異なる条件(例えば、ポリメラーゼ、バッファーなど)を増幅工程において用いて、例えば、偏りおよび変動性が実験条件に起因して不注意に導入されないことを確保することができる。さらに、プライマー濃度における変動を用いて、他の選択遺伝子座と比較して、いくつかの選択遺伝子座について、配列特異的増幅サイクルの数を示差的に制限することができる。
号、第6,534,293号、第6,506,594号、第6,312,892号および第6,268,148号は、核酸検出のためのLDR共役PCRを記載している。
国特許第6,864,052号;第6,309,824号;および第6,401,267号;ならびにドルマナクら(Drmanac et al.),米国特許出願公開第2005/0191656号(本明細書に援用する)に開示されたものなどのハイブリダイゼーションに基づく方法、合成方法による配列決定、例えば、ナイレンら(Nyren et al.),米国特許第7,648,824号、第7,459,311号および第6,210,891号;バラスブラマニアン(Balasubramanian),米国特許第7,232,656号および第6,833,246号;クエイク(Quake),米国特許第6,911,345号;リら(Li et al.),Proc.Natl.Acad.Sci.,100:414−419(2003);ロナギら(Ronaghi et al.),米国特許第7,648,824号、第7,459,311号、第6,828,100号および第6,210,891号に記載のピロリン酸配列決定;ならびに連結に基づく配列決定法、例えば、ドルマナクら(Drmanac et al.),米国特許出願第20100105052号およびチャーチら(Church et al.),米国特許出願第20070207482号および第20090018024号などが挙げられる。
s in Enzymology,Vol.152,Guide to Molecular Cloning Techniques(Academic Press,Inc.,San Diego,Calif.,1987);ヤング(Young)およびデイビス(Davis),P.N.A.S,80:1194(1983)に記載のものを含む公知の一般的結合方法に従って選択される。反復的および制御的ハイブリダイゼーション反応を実行するための方法および装置は、米国特許第5,871,928号、第5,874,219号、第6,045,996号および第6,386,749号、第6,391,623号(それぞれ本明細書に援用する)に記載されている。
混合試料中での検出による染色体異常の検出に関する1つの課題は、少ない発生源に由来する核酸が、通常の多い発生源に由来する核酸よりも非常に少ない量で存在し得るということである。胎児および母体cfDNAを含有する母体試料の場合、全cfDNAの割合としての無細胞胎児DNAは1〜40%未満で変化することがあり、最も一般的には、20%以下で存在し、10%以下で存在することが多い。そのような母体試料の胎児DNAにおけるトリソミー21(ダウン症候群)などの異数性の検出においては、第21染色体の相対的増加は胎児DNAにおいては50%であり、かくして、母体試料中の全DNAの割合として、一例としては、胎児DNAは全部の5%であり、全部の割合としての第21染色体の増加は2.5%である。本明細書に記載の方法によってこの差異を確実に検出しようとする場合、第21染色体の測定値の変動は、胎児DNAに由来する第3の第21染色体により寄与される第21染色体の増加率よりも非常に小さいものでなければならない。
選択遺伝子座の数は少なくとも200である。それぞれの遺伝子座の測定に対する増分費用が存在し、かくして、選択遺伝子座の数を最小化することが重要である。本発明の好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は2000未満である。本発明の好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は1000未満である。本発明の最も好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は少なくとも48および1000未満である。1態様においては、それぞれの選択遺伝子座の量を測定した後、選択遺伝子座のサブセットを用いて、異数性の存在または非存在を決定することができる。選択遺伝子座のサブセットを選択するための多くの標準的な方法が存在する。これらの方法は、特定のパーセンタイル値より下および/または上のレベルが検出された選択遺伝子座が分析から廃棄される、外れ値排除を含む。1態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高5%であってよい。別の態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高10%であってよい。別の態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高25%であってよい。
前記アッセイシステムは、癌患者における診断、予後、およびモニタリングマーカーと
しての、DNA鎖完全性、突然変異の頻度、マイクロサテライトの異常、および遺伝子のメチル化などのcfDNAの定量的および定性的腫瘍特異的変化の検出を可能にする。単一の遺伝子変化(点突然変異、インデルおよびコピー数変動など)のそのような検出と、CNV検出とを組み合わせる能力は、悪性腫瘍を有するか、または有すると疑われる患者における臨床診断、治療、結果予測および進行モニタリングを補助するための強力な方法を提供する。
ジェイら(Paananen J et al.),Database(Oxford).2010 Jul 29;2010;baq016。
本発明のアッセイシステムを用いて、cfDNAの検出とSNPまたは1つ以上の単一遺伝子における突然変異の検出との組合せを用いて移植患者における器官の健康をモニターすることができる。移植された器官は、レシピエント患者のゲノムとは異なるゲノムを有し、器官の健康はアッセイシステムを用いて検出することができる。例えば、急性細胞拒絶は、心臓移植レシピエントにおけるドナーゲノムに由来する無細胞DNAの有意に増加したレベルと関連することが示されている。スナイダー ティーエムら(Snyder
TM et al.),Proc Natl Acad Sci USA.2011 Apr 12;108(15):6229−34.Epub 2011 Mar.28。
さらに、ケモカインおよび接着分子は、白血球を同種移植片に補充することにより同種移植片拒絶を媒介し、インターロイキン(IL)−8、CXCR1、CXCR2に位置するSNPは同種移植の結果と相関することが示されている。ロー エイチら(Ro H.et al.),Transplantation.2011 Jan 15;91(1):57−64。かくして、本発明のアッセイシステムは、固形器官移植レシピエントをモニターするための非侵襲的試験を提供し、器官生検または他のより面倒な診断もしくは予後技術を要することなく拒絶の初期兆候を同定するのを助けることができる。
特定の具体的態様においては、試料中の胎児DNAの割合は染色体の予想される統計的存在、および予想が胎児異数性を示唆し得る変動に関する重要な情報を提供するため、母体試料中の胎児DNAの相対割合の決定が増幅産物の分析において有益であり得る。胎児寄与率は母体試料中の同定された選択遺伝子座のレベルの変動における定量的統計的有意性を決定するのに用いることができるため、これは母体試料中の胎児DNAのレベルが低い環境において特に役立ち得る。他の態様においては、母体試料中の胎児cfDNAの相対パーセントの決定は、胎児異数性の検出における確実性のレベルまたは力を見積もるのに有益であり得る。
)(式中、それぞれの遺伝子のコピー数はその遺伝子が検出された最も高い連続希釈率を観察することにより決定される)を用いて男性胎児について算出される。この式は、ゲノム、胎児または母体のぞれぞれの中の2コピーの常染色体遺伝子と比較して1コピーのみのY連鎖遺伝子が存在するという事実について正規化するために用いられる、2の増倍率を含む。
本発明の特定の態様においては、少ない発生源からのDNAの寄与の決定は、これらの試料中の遺伝子座のコピー数変動の決定において有用であり得る。例えば、それぞれの母体由来試料中で、胎児に由来するDNAは、母親から継承した遺伝子座の約50%を継承し、父親に由来する遺伝子座の50%を継承する。非母体発生源から胎児への遺伝子座寄与の決定は、母体試料中の胎児DNAの見積もりを可能にし、かくして、目的の染色体に関する染色体頻度の統計的に有意な差異を算出するのに用いられる情報を提供する。
以下の実施例は、本発明をどのように行い、使用するかの完全な開示および説明を当業
者に提供するために提示されるものであり、発明者がその発明と見なすものの範囲を制限することを意図するものでもなく、また、発明者が、以下の実験が実施される実験の全部であるか、または唯一の実験であることを表すか、または含蓄することを意図するものでもない。当業者であれば、広く記載された本発明の精神または範囲から逸脱することなく、具体的な態様に示されたように本発明に対して多くの変更および/または改変を行うことができることを理解する。従って、本発明の態様は、あらゆる点で、例示的であり、限定的ではないと考えられるべきである。
本発明のアッセイシステムの一般的態様
いくつかのアッセイ形式を試験して、多数(例えば、96以上)の目的の遺伝子座の多重化された、連結に基づく検出を証明するための独立遺伝子座の選択的増幅および検出を実施する能力を証明した。これらの遺伝子座は、特定の染色体の存在または特定の対立遺伝子中の突然変異もしくは多型の存在もしくは非存在を示唆する遺伝子座を含んでいた。
タンデム連結手順における使用のためのDNAの調製
白人男性(NA12801)または白人女性(NA11995)に由来するゲノムDNAを、コリエルセルレポジトリーズ(Coriell Cell Repositories)[米国ニュージャージー州カムデン(Camden)所在]から取得し、音響剪断(コバリス社(Covaris)[米国マサチューセッツ州ウォバーン(Woburn)所在])により、約200bpの平均断片サイズまで断片化した。
Tris 1mM EDTA pH 8.5を用いてDNAを希釈した。
反転させ、10xgで1分間、吸収ワイプ上で遠心分離した。プレートを5分間空気乾燥し、ペレットを30μlの10mM Tris pH8.0、1mM EDTA中に再懸濁した。
タンデム連結を用いる例示的アッセイ形式
ビオチン化DNAを用いるいくつかのタンデム連結アッセイ形式を試験して、本発明のアッセイシステムに関する概念の証拠を示し、一連の異なるアッセイ形式を用いる多数の独立遺伝子座の高度に多重化された標的化された検出を実施する能力を証明した。本発明の例示的アッセイ形式を、遺伝子試料中の遺伝子座あたり96以上の調査を含むように設計し、SNPが検出された場合、アッセイ形式は、それぞれ遺伝子試料中の96の遺伝子座あたり異なる対立遺伝子の検出を用いる、192以上の別々の調査を用いた。それぞれのアッセイ形式について記載された例は、SNPが同定されたか否かに応じて、選択遺伝子座について合計96または192の調査反応を含む、2つの異なるセットの固定配列オリゴヌクレオチドおよび/または架橋オリゴ(実施例1に記載)を用いた。
隣接する領域に相補的であり、かくして、連結の前のポリメラーゼは必要なかった。リガーゼを用いて、固定配列オリゴと架橋オリゴとの間のニックを塞いだ。このアッセイ形式におけるSNP塩基識別は、ハイブリダイゼーションの特異性および不一致の塩基に隣接するニックを塞がないリガーゼの傾向に由来するものであった。この例示的形式を、連続的鋳型の作製のためにT4リガーゼまたはTaqリガーゼを用いて試験し、両方とも以下に記載のような反応において有効であることが証明された。
EDTA、500mM NaCl2、58%ホルムアミド、0.17%Tween−80)、10μLの40nMの固定配列オリゴプールおよび実施例2で調製された30μLのビオチン化鋳型DNAを、ビーズに添加した。プレートを粘着プレートシーラを用いて密封し、ビーズが再懸濁されるまで3000 rpmでボルテックスした。70℃で5分間インキュベートした後、室温までゆっくりと冷却することにより、オリゴを鋳型DNAにアニーリングさせた。
置き、上清を除去した。このビーズ洗浄手順を、50μlの60%BB2を用いて1回繰り返し、50μlの洗浄バッファー(10mM Tris pH8.0、1mM EDTA、50mM NaCl2)を用いてさらに2回繰り返した。
タンデム連結産物のユニバーサル増幅
目的の遺伝子座にハイブリダイズした第1および第2の固定配列オリゴ中に存在するユニバーサル配列に相補的なユニバーサルPCRプライマーを用いて、重合した、および/または連結された核酸を増幅させた。25μlの実施例3のそれぞれの反応混合物を、それぞれの増幅反応において用いた。50μlのユニバーサルPCR反応は、25μlの溶出した連結産物+1X Pfusionバッファー(フィンザイムス(Finnzymes)、フィンランド)、1Mのベタイン、400nMの各dNTP、1UのPfusion誤差補正熱安定性DNAポリメラーゼ、および以下のプライマー対:TAATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACCGGCGTTATGCGTCGAGA(配列番号3)およびTCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATXAAACGACGCGATCATCGGTCC CCGCAA(配列番号4)(配列中、Xはプール化および配列決定の前に個々の試料を独自に同定するのに用いられた96の異なる試料指標の1つである)からなる。PCRを、BioRad Tetrad(商標)サーモサイクラーを用いてストリンジェントな条件下で行った。
選択遺伝子座の検出および分析
各アッセイ形式の精製されたPCR産物を、Illumina HiSeq(商標)2000(イルミナ社(Illumina)[米国カリフォルニア州サンディエゴ(San
Diego)所在])上でスライドの単一レーン上で配列決定した。配列決定の実行は、典型的には、約100Mの生の読み取り値を生じさせ、そのうちの約85M(85%)
は予想されたアッセイ構造にマッピングされた。これは、実験にわたって平均で約885Kの読み取り値/試料、および(96の遺伝子座を用いる実験の場合)96の遺伝子座にわたって9.2Kの読み取り値/複製/遺伝子座に換算された。このマッピングされた読み取り値を複製/遺伝子座/対立遺伝子計数中で解析し、様々な測定基準を、以下のように、それぞれの条件について計算した。
これらの結果を、テーブル1にまとめる。
結アッセイは、収率および実質的な遺伝子座の偏りの低下をもたらしたが、依然として高い正確度のSNP遺伝子型決定データをもたらした。架橋オリゴを用いる対立遺伝子特異的タンデム連結アッセイはT4およびTaqリガーゼの両方を用いる遺伝子座特異的アッセイと比較して中間の収率をもたらしたが、遺伝子座の限定された偏りおよび高い正確度のSNP遺伝子型決定データを依然としてもたらした。架橋を用いない対立遺伝子特異的タンデム連結アッセイは収率および実質的な遺伝子座の偏りの低下をもたらしたが、高い正確度のSNP遺伝子型決定データを依然としてもたらした。
タンデム連結を用いる胎児DNAパーセントの決定
1つの例示的な本発明のアッセイシステムを設計して、遺伝子試料中の胎児DNA濃度パーセントを決定し、ならびに試料内の選択遺伝子座に関する計数を提供した。この例示的アッセイは、それぞれ母体試料中での異なる遺伝子座の検出を用いる、480の個別の調査を含んだ。最初の例は、男性胎児を担持する被験者における胎児DNAパーセントの決定を使用し、従って、Y染色体上の遺伝子座ならびに母体配列とは異なる父方から継承された胎児SNPを含有する遺伝子座を使用した。
ーション破壊ヌクレオチド;およびアッセイセットにおいて全ての第3のオリゴに共通であるユニバーサルPCRプライミング配列:ATTGCGGGGACCGATGATCGCGTC(配列番号2)を含んだ。この第3のオリゴは、それぞれの選択核酸について、480のアッセイセットにおいて全ての調査にわたって2℃の変動を含む予測された均一なTmを提供するように設計され、そのTm範囲は、第1のオリゴセットと実質的に同じTm範囲であった。
準を以下のように計算した。
母体試料中の異数性の検出
本発明のアッセイシステムを、妊娠女性の2つの別々のコホートにおける多型および染色体異常の検出において用いた。190の正常、36のT21、および8のT18妊娠の第1のコホートならびに126の正常、36のT21および8のT18妊娠の第2のコホートを、胎児異数性について試験した。染色体異数性を、576の第21染色体および576の第18染色体アッセイを用いて検出し、一緒にプールして、以下に記載のように単一の反応においてアッセイした。
07を含む連結産物を作製し、これを増幅プライマー(719、721)のための鋳型として用いた。
所在])、1Mのベタイン、1X Pfusionバッファー、ならびに400nMの左側および右側の増幅プライマー(それぞれ、719、721)を含有する50μLの反応液中での26サイクルのPCRによって増幅した。右側プライマーは、HiSeq2000(イルミナ社(Illumina)[米国カリフォルニア州サンディエゴ(San Diego)所在])上での96の試料の多重化配列決定を可能にする7塩基の試料指標(717)を含んでいた。左側の固定配列オリゴの配列は、TAATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACCGGCGTTATGCGTCGAGAC(配列番号5)であった。
afael.A.)(2003)Nucleic Acids Research 31(4):e15;イリザリー アールエーら(Irizarry,RA et al.)(2003)Biostatistics 4(2):249−64)、染色体効果、遺伝子座効果、試料効果、および残差を見積もった。見積もられた染色体効果を一般値、例えば、0に設定し、2^(染色体効果+試料効果+残差)を各遺伝子座について算出して正規化された計数を作製した。zスコアが0の平均を有し、1の標準偏差を有するように反復打ち切りを用いてzスコアをスケーリングした。
テーブル2:母体試料1に関するSNP検出および算出された胎児率(%)
ータセットにおいて得られたものである。かくして、単一のアッセイが、胎児異数性を同定する能力を証明し、胎児遺伝子座と母体遺伝子座との多型の差異は、情報遺伝子座の同定および情報遺伝子座に基づく試料中の胎児cfDNAパーセントの見積もり値の算出を可能にした。
好ましい実施形態として、上記実施形態から把握できる技術的思想について、以下記載する。
[項目1]
混合試料中における発生源寄与の算出および1つ以上のゲノム領域中のコピー数変動(CNV)の存在または非存在の検出のための単一のアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドがゲノム領域中の、または該ゲノム領域に関連した1つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
第1および第2のユニバーサルプライマー領域を用いて前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物の配列を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目2]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目3]
前記ユニバーサルプライマー領域が、増幅産物の配列決定において用いられる、
項目2に記載のアッセイシステム。
[項目4]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目5]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方がプレサークルプローブを含む、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目6]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目7]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目5に記載のアッセイシステム。
[項目8]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目7に記載のアッセイシステム。
[項目9]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目7に記載のアッセイシステム。
[項目10]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目11]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目10に記載のアッセイシステム。
[項目12]
前記混合試料が、母体および胎児のcfDNAを含む母体試料である、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目13]
単一アッセイを用いた、混合試料中における発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目14]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目15]
前記ユニバーサルプライマー領域が、増幅産物の配列決定において用いられる、
項目14に記載のアッセイシステム。
[項目16]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目15に記載のアッセイシステム。
[項目17]
前記固定オリゴヌクレオチドのセットが同時に導入される、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目18]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目19]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目18に記載のアッセイシステム。
[項目20]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目19に記載のアッセイシステム。
[項目21]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目19に記載のアッセイシステム。
[項目22]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目23]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目22に記載のアッセイシステム。
[項目24]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目25]
胎児異数性の存在または非存在を検出するために前記アッセイシステムが用いられる、
項目24に記載のアッセイシステム。
[項目26]
単一アッセイを用いた、母体試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目27]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目28]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目27に記載のアッセイシステム。
[項目29]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目27に記載のアッセイシステム。
[項目30]
前記固定オリゴヌクレオチドのセットが同時に導入される、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目31]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目32]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目31に記載のアッセイシステム。
[項目33]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目32に記載のアッセイシステム。
[項目34]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目32に記載のアッセイシステム。
[項目35]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目36]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目37]
前記母体試料が、母体および胎児cfDNAを含む、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目38]
混合試料内の1つ以上のゲノム領域中の発生源寄与の算出およびCNVの存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドがゲノム領域中の、または該ゲノム領域に関連した1つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが少なくとも1つの情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該架橋オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目39]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目40]
第1および第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に導入される、
項目39に記載のアッセイシステム。
[項目41]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に除去される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目42]
前記架橋オリゴヌクレオチドが連結混合物と同時に導入される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目43]
前記固定配列オリゴヌクレオチドと前記核酸領域とのハイブリダイゼーション産物が、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に単離される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目44]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目45]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目44に記載のアッセイシステム。
[項目46]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目45に記載のアッセイシステム。
[項目47]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目45に記載のアッセイシステム。
[項目48]
前記第1または第2のオリゴヌクレオチドが試料指標を含む、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目49]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目50]
個体由来混合試料中のDNAの少ない発生源における1つ以上の染色体異常および1つ以上の多型を決定する能力を有する単一のアッセイシステム。
[項目51]
単一のアッセイを用いた、混合試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座に対応する2つ以上の核酸上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該固定配列オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を
作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目52]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目53]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目52に記載のアッセイシステム。
[項目54]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目55]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方のセットがプレサークルプローブを含む、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目56]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目57]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目55に記載のアッセイシステム。
[項目58]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目57に記載のアッセイシステム。
[項目59]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、項目57に記載のアッセイシステム。
[項目60]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目61]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目60に記載のアッセイシステム。
[項目62]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目63]
単一のアッセイを用いた、母体試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座に対応する2つ以上の核酸上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染
色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該固定配列オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目64]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目65]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目64に記載のアッセイシステム。
[項目66]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目67]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方のセットがプレサークルプローブを含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目68]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目69]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目68に記載のアッセイシステム。
[項目70]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目69に記載のアッセイシステム。
[項目71]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目69に記載のアッセイシステム。
[項目72]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目73]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目72に記載のアッセイシステム。
[項目74]
前記母体試料が、母体および胎児cfDNAを含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目75]
胎児染色体異常の存在または非存在を検出するために前記アッセイシステムが用いられる、
項目63に記載のアッセイシステム。
Claims (24)
- 母体および胎児の無細胞DNAを含む母体試料中の第1の目的の核酸領域の胎児コピー数変動の存在または非存在を検出する方法であって、
第1のセットの第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドを、該第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、第1の目的の核酸領域における12以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第2のセットの第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドを、該第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、第2の目的の核酸領域における12以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
前記ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドを連結して、前記遺伝子座に相補的な連結産物を作製する工程;
前記連結産物を増幅して増幅産物を作製する工程;
前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチド由来の前記増幅産物を検出および定量する工程;
前記第1の目的の核酸領域内の前記遺伝子座の頻度と、前記第2の目的の核酸領域内の前記遺伝子座の頻度とを比較する工程;および
前記母体試料中の前記第1の目的の核酸領域の胎児のコピー数変動の存在または非存在を、前記第2の目的の核酸領域内の前記遺伝子座に対する前記第1の目的の核酸領域内の前記遺伝子座の相対頻度に基づいて決定する工程;
を含む、方法。 - 1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該架橋オリゴヌクレオチドが、遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程であって、前記1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、前記第1および第2の各セットの前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な前記遺伝子座の前記領域の間の領域に相補的である、該工程をさらに含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドにおいて、前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方がユニバーサルプライマー領域を含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチド、並びに前記架橋オリゴヌクレオチドにおいて、ハイブリダイズしなかったオリゴヌクレオチドは、前記連結産物の増幅の前に除去される、
請求項2に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドは、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に導入される、
請求項2に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドとこれらがハイブリダイズした前記遺伝子座とのハイブリダイゼーション産物は、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に単離される、
請求項5に記載の方法。 - 前記1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドと同時に導入される、
請求項2に記載の方法。 - 前記増幅産物は、次世代シークエンシングにより定量される、
請求項1に記載の方法。 - それぞれの前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドは、1つ以上の指標を含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記1つ以上の指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
請求項9に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドは、遺伝子座指標を含み、該遺伝子座指標は、母体および胎児核酸中の遺伝子座を同定する一連の独自のヌクレオチドを含んでいる、
請求項9に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記遺伝子座指標をアレイにハイブリダイズさせることにより検出および定量される、
請求項11に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記遺伝子座指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
請求項11に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記検出および定量の工程の前に単離される、
請求項1に記載の方法。 - 前記第1の目的の核酸領域は染色体全体であり、前記コピー数変動は、染色体異数性である、
請求項1に記載の方法。 - 前記染色体異数性は、トリソミー13、トリソミー18、またはトリソミー21である、
請求項15に記載の方法。 - 前記第1の目的の核酸領域は、一つの染色体上に位置するとともに、前記第2の目的の核酸領域は、異なる染色体上に位置する、
請求項1に記載の方法。 - 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ3〜9ヌクレオチドである、
請求項2に記載の方法。 - 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ10〜30ヌクレオチドである、
請求項2に記載の方法。 - 前記第1のセットおよび第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドは、それぞれ、前
記第1および第2の目的の核酸領域における少なくとも96の遺伝子座にハイブリダイズする固定配列オリゴヌクレオチドを含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記第1および第2セットの前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドは、前記第1の目的の核酸領域における前記12以上の遺伝子座上、および前記第2の目的の核酸領域における前記12以上の遺伝子座上の直接隣接する相補性領域にハイブリダイズする、
請求項1に記載の方法。 - 前記第1および第2セットの前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチド並びに前記架橋オリゴヌクレオチドは、前記第1の目的の核酸領域における前記12以上の遺伝子座上、および前記第2の目的の核酸領域における前記12以上の遺伝子座上の直接隣接する相補性領域にハイブリダイズする、
請求項2に記載の方法。 - 前記ハイブリダイズした固定配列オリゴヌクレオチドは、1以上のヌクレオチドのギャップにより離間しているとともに、ポリメラーゼおよびdNTPを用いて前記オリゴヌクレオチドを伸長する工程をさらに含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記ハイブリダイズした固定配列オリゴヌクレオチドおよび前記架橋オリゴヌクレオチドは、1以上のヌクレオチドの少なくとも1つのギャップにより離間しているとともに、ポリメラーゼおよびdNTPを用いて前記オリゴヌクレオチドを伸長する工程をさらに含む、
請求項2に記載の方法。
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US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
AU2011255641A1 (en) | 2010-05-18 | 2012-12-06 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US8700338B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-04-15 | Ariosa Diagnosis, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US20130261003A1 (en) * | 2010-08-06 | 2013-10-03 | Ariosa Diagnostics, In. | Ligation-based detection of genetic variants |
US11203786B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-12-21 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US10167508B2 (en) | 2010-08-06 | 2019-01-01 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20140342940A1 (en) | 2011-01-25 | 2014-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization |
US10533223B2 (en) | 2010-08-06 | 2020-01-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US20130040375A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | Tandem Diagnotics, Inc. | Assay systems for genetic analysis |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
TWI719339B (zh) * | 2010-11-30 | 2021-02-21 | 香港中文大學 | 與癌症有關之基因或分子變異之檢測 |
EP2656263B1 (en) | 2010-12-22 | 2019-11-06 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
US10131947B2 (en) | 2011-01-25 | 2018-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies |
US11270781B2 (en) | 2011-01-25 | 2022-03-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination |
US9994897B2 (en) | 2013-03-08 | 2018-06-12 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Non-invasive fetal sex determination |
WO2012108920A1 (en) * | 2011-02-09 | 2012-08-16 | Natera, Inc | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
CN106319047B (zh) | 2011-04-12 | 2020-02-18 | 维里纳塔健康公司 | 使用多态计数来解析基因组分数 |
GB2484764B (en) | 2011-04-14 | 2012-09-05 | Verinata Health Inc | Normalizing chromosomes for the determination and verification of common and rare chromosomal aneuploidies |
US9411937B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-08-09 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
CA2840929C (en) | 2011-07-08 | 2020-03-24 | Keygene N.V. | Sequence based genotyping based on oligonucleotide ligation assays |
US8712697B2 (en) | 2011-09-07 | 2014-04-29 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Determination of copy number variations using binomial probability calculations |
EP3741871A3 (en) * | 2012-04-19 | 2021-02-17 | The Medical College of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free dna |
EP2847352A4 (en) * | 2012-05-09 | 2015-11-25 | Longhorn Vaccines & Diagnostics Llc | GENOMIC SEQUENCING ION TORRENT |
US10289800B2 (en) | 2012-05-21 | 2019-05-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Processes for calculating phased fetal genomic sequences |
CN104583421A (zh) | 2012-07-19 | 2015-04-29 | 阿瑞奥萨诊断公司 | 遗传变体的基于多重的顺序连接的检测 |
EP2885418A4 (en) | 2012-08-14 | 2016-03-02 | 10X Genomics Inc | MICROCAPSE COMPOSITIONS AND METHOD THEREFOR |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10584381B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-03-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10876152B2 (en) | 2012-09-04 | 2020-12-29 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
KR102393608B1 (ko) | 2012-09-04 | 2022-05-03 | 가던트 헬쓰, 인크. | 희귀 돌연변이 및 카피수 변이를 검출하기 위한 시스템 및 방법 |
US11913065B2 (en) | 2012-09-04 | 2024-02-27 | Guardent Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
WO2014124336A2 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | 10X Technologies, Inc. | Partitioning and processing of analytes and other species |
US20140242582A1 (en) * | 2013-02-28 | 2014-08-28 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities using ligation-based detection and digital pcr |
AU2014248511B2 (en) * | 2013-03-12 | 2018-05-10 | Myriad Women’s Health, Inc. | Systems and methods for prenatal genetic analysis |
US9797001B2 (en) | 2013-04-17 | 2017-10-24 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Methods for characterizing a target DNA sequence composition in a plant genome |
PL3004388T5 (pl) * | 2013-05-29 | 2023-10-09 | Chronix Biomedical | Wykrywanie i oznaczanie ilościowe pozakomórkowego dna dawcy w układzie krążenia biorców przeszczepów organów |
AU2014281635B2 (en) * | 2013-06-17 | 2020-05-28 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations in sex chromosomes |
AU2014308980C1 (en) | 2013-08-19 | 2021-09-30 | Invitae Corporation | Assays for single molecule detection and use thereof |
US10262755B2 (en) | 2014-04-21 | 2019-04-16 | Natera, Inc. | Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments |
US10577655B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-03-03 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
WO2015048535A1 (en) | 2013-09-27 | 2015-04-02 | Natera, Inc. | Prenatal diagnostic resting standards |
GB2520765A (en) * | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Multiplex detection of nucleic acids |
GB2520763A (en) | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Nucleic acid probe and method of detecting genomic fragments |
ES2784450T3 (es) | 2013-12-28 | 2020-09-25 | Guardant Health Inc | Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas |
DK3117012T3 (da) | 2014-03-14 | 2019-05-13 | Caredx Inc | Fremgangsmåder til overvågning af immunosuppressive terapier hos en transplantmodtager |
AU2015249846B2 (en) | 2014-04-21 | 2021-07-22 | Natera, Inc. | Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments |
EP2942400A1 (en) | 2014-05-09 | 2015-11-11 | Lifecodexx AG | Multiplex detection of DNA that originates from a specific cell-type |
AU2015257654A1 (en) | 2014-05-09 | 2016-11-10 | Lifecodexx Ag | Detection of DNA that originates from a specific cell-type and related methods |
US9909167B2 (en) | 2014-06-23 | 2018-03-06 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | On-slide staining by primer extension |
CA2953374A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
SG11201700765WA (en) * | 2014-08-01 | 2017-02-27 | Ariosa Diagnostics Inc | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US10590472B2 (en) * | 2014-09-05 | 2020-03-17 | Zhi Zheng | Methods of detecting nucleic acids and applications thereof |
US11739371B2 (en) | 2015-02-18 | 2023-08-29 | Invitae Corporation | Arrays for single molecule detection and use thereof |
GB201507376D0 (en) | 2015-04-30 | 2015-06-17 | Vanadis Diagnostics Ab | Use of a porous transparent capillary membrane for counting rolling circle amplification products |
US11479812B2 (en) | 2015-05-11 | 2022-10-25 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
ES2790533T3 (es) | 2015-05-22 | 2020-10-28 | Nipd Genetics Public Company Ltd | Análisis paralelo múltiplex de regiones genómicas blanco para análisis prenatales no invasivos |
ES2788737T3 (es) * | 2015-09-18 | 2020-10-22 | Vanadis Diagnostics | Conjunto de sondas para analizar una muestra de ADN y método para usar el mismo |
HUE050491T2 (hu) * | 2015-11-10 | 2020-12-28 | Eurofins Lifecodexx Gmbh | Magzati kromoszomális aneuploidiák kimutatása olyan DNS régiókat alkalmazva, amelyek különbözõképpen vannak metilezve a magzat és a terhes nõstény között |
WO2017106777A1 (en) | 2015-12-16 | 2017-06-22 | Fluidigm Corporation | High-level multiplex amplification |
CA3008651A1 (en) | 2015-12-17 | 2017-06-22 | Guardant Health, Inc. | Methods to determine tumor gene copy number by analysis of cell-free dna |
MX2018012156A (es) * | 2016-04-07 | 2019-02-07 | Univ Leland Stanford Junior | Diagnostico no invasivo por medio de la secuenciacion del adn libre de celulas 5-hidroxi-metilado. |
EP3490616B1 (en) | 2016-07-27 | 2022-09-28 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Highly-multiplexed fluorescent imaging |
CN109844132B (zh) | 2016-08-10 | 2023-11-03 | 格瑞尔有限责任公司 | 分析核酸片段的方法 |
US10503929B2 (en) | 2016-08-22 | 2019-12-10 | International Business Machines Corporation | Visually configurable privacy enforcement |
WO2018067517A1 (en) | 2016-10-04 | 2018-04-12 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
EP3526349B1 (en) | 2016-10-13 | 2021-03-17 | F. Hoffmann-La Roche AG | Molecular detection and counting using nanopores |
BR112019007865A2 (pt) | 2016-10-27 | 2019-07-02 | Vanadis Diagnostics | método para processamento de produtos de amplificação do círculo rolante |
US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
CA3049139A1 (en) | 2017-02-21 | 2018-08-30 | Natera, Inc. | Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids |
CN110945136A (zh) | 2017-06-20 | 2020-03-31 | 威斯康星州立大学医学院 | 使用总无细胞dna评估移植并发症风险 |
US11117128B2 (en) | 2017-08-25 | 2021-09-14 | Vanadis Diagnostics Ab | Filtration device |
ES2702432B2 (es) | 2017-08-31 | 2019-08-05 | Venegas Pedro Manuel Medina | Método y dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos |
EP4324962A3 (en) * | 2018-01-31 | 2024-05-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for deconvoluting partition barcodes |
EP3755812A1 (en) * | 2018-02-22 | 2020-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Ligation mediated analysis of nucleic acids |
US11639928B2 (en) | 2018-02-22 | 2023-05-02 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations |
AU2019251504A1 (en) | 2018-04-14 | 2020-08-13 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring by means of personalized detection of circulating tumor DNA |
CN112218956A (zh) * | 2018-05-16 | 2021-01-12 | 特温斯特兰德生物科学有限公司 | 用于解析核酸混合物和混合细胞群体的方法和试剂及相关应用 |
EP3807420A1 (en) | 2018-06-12 | 2021-04-21 | Keygene N.V. | Nucleic acid amplification method |
US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
JP2022519159A (ja) | 2018-12-17 | 2022-03-22 | ナテラ, インコーポレイテッド | 循環細胞の分析方法 |
CN113474466A (zh) | 2019-02-21 | 2021-10-01 | 主基因有限公司 | 多倍体基因分型 |
US11931674B2 (en) | 2019-04-04 | 2024-03-19 | Natera, Inc. | Materials and methods for processing blood samples |
JP7441243B2 (ja) * | 2019-05-14 | 2024-02-29 | エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | 試料分析のための装置および方法 |
EP4136225A1 (en) | 2020-04-17 | 2023-02-22 | F. Hoffmann-La Roche AG | Devices and methods for urine sample analysis |
EP4298244A1 (en) | 2021-02-23 | 2024-01-03 | 10X Genomics, Inc. | Probe-based analysis of nucleic acids and proteins |
AU2022261868A1 (en) | 2021-04-22 | 2023-10-26 | Natera, Inc. | Methods for determining velocity of tumor growth |
CA3225014A1 (en) | 2021-08-02 | 2023-02-09 | Georgina GOLDRING | Methods for detecting neoplasm in pregnant women |
WO2023049941A1 (en) * | 2021-09-27 | 2023-03-30 | Myome, Inc. | Methods to simulate prospective embryo genotypes and approximate disease occurence risk |
WO2023133131A1 (en) | 2022-01-04 | 2023-07-13 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring |
Family Cites Families (217)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US586245A (en) | 1897-07-13 | Lantern-slide carrier | ||
NL285822A (ja) | 1961-11-23 | |||
US4437975A (en) | 1977-07-20 | 1984-03-20 | Mobil Oil Corporation | Manufacture of lube base stock oil |
US4318846A (en) | 1979-09-07 | 1982-03-09 | Syva Company | Novel ether substituted fluorescein polyamino acid compounds as fluorescers and quenchers |
US4957858A (en) | 1986-04-16 | 1990-09-18 | The Salk Instute For Biological Studies | Replicative RNA reporter systems |
US5242794A (en) | 1984-12-13 | 1993-09-07 | Applied Biosystems, Inc. | Detection of specific sequences in nucleic acids |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
US5091519A (en) | 1986-05-01 | 1992-02-25 | Amoco Corporation | Nucleotide compositions with linking groups |
US5151507A (en) | 1986-07-02 | 1992-09-29 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Alkynylamino-nucleotides |
CA1340843C (en) | 1987-07-31 | 1999-12-07 | J. Lawrence Burg | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
JP2650159B2 (ja) | 1988-02-24 | 1997-09-03 | アクゾ・ノベル・エヌ・ベー | 核酸増幅方法 |
US4988617A (en) | 1988-03-25 | 1991-01-29 | California Institute Of Technology | Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids |
US5066580A (en) | 1988-08-31 | 1991-11-19 | Becton Dickinson And Company | Xanthene dyes that emit to the red of fluorescein |
BR8907830A (pt) | 1988-12-16 | 1991-10-22 | Siska Diagnostics Inc | Processo para preparar uma dna de filamento duplo que codifica uma sequencia que corresponde a uma sequencia objetivada de acido nucleico e processo util para deteccao de pelo menos uma sequencia de acido nucleico objetivada especifica |
US5856092A (en) | 1989-02-13 | 1999-01-05 | Geneco Pty Ltd | Detection of a nucleic acid sequence or a change therein |
US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
US5871928A (en) | 1989-06-07 | 1999-02-16 | Fodor; Stephen P. A. | Methods for nucleic acid analysis |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
US5366860A (en) | 1989-09-29 | 1994-11-22 | Applied Biosystems, Inc. | Spectrally resolvable rhodamine dyes for nucleic acid sequence determination |
US5188934A (en) | 1989-11-14 | 1993-02-23 | Applied Biosystems, Inc. | 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes |
US5494810A (en) | 1990-05-03 | 1996-02-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease |
JPH06500471A (ja) | 1990-08-24 | 1994-01-20 | ザ・ユニバーシティ・オブ・テネシー・リサーチ・コーポレーション | Dna増幅フィンガープリント法 |
WO1992007095A1 (en) | 1990-10-15 | 1992-04-30 | Stratagene | Arbitrarily primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes |
US5437975A (en) | 1991-02-25 | 1995-08-01 | California Institute Of Biological Research | Consensus sequence primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes |
US5270184A (en) | 1991-11-19 | 1993-12-14 | Becton, Dickinson And Company | Nucleic acid target generation |
US5422252A (en) | 1993-06-04 | 1995-06-06 | Becton, Dickinson And Company | Simultaneous amplification of multiple targets |
US6027923A (en) | 1993-07-23 | 2000-02-22 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Linked linear amplification of nucleic acids |
WO1995006652A1 (en) | 1993-08-30 | 1995-03-09 | Promega Corporation | Nucleic acid purification compositions and methods |
US6401267B1 (en) | 1993-09-27 | 2002-06-11 | Radoje Drmanac | Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing |
US6045996A (en) | 1993-10-26 | 2000-04-04 | Affymetrix, Inc. | Hybridization assays on oligonucleotide arrays |
CH686982A5 (fr) | 1993-12-16 | 1996-08-15 | Maurice Stroun | Méthode pour le diagnostic de cancers. |
US5654419A (en) | 1994-02-01 | 1997-08-05 | The Regents Of The University Of California | Fluorescent labels and their use in separations |
US5631734A (en) | 1994-02-10 | 1997-05-20 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials |
US5578832A (en) | 1994-09-02 | 1996-11-26 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
US5876924A (en) * | 1994-06-22 | 1999-03-02 | Mount Sinai School Of Medicine | Nucleic acid amplification method hybridization signal amplification method (HSAM) |
US5705628A (en) | 1994-09-20 | 1998-01-06 | Whitehead Institute For Biomedical Research | DNA purification and isolation using magnetic particles |
GB9425138D0 (en) | 1994-12-12 | 1995-02-08 | Dynal As | Isolation of nucleic acid |
US7803529B1 (en) | 1995-04-11 | 2010-09-28 | Sequenom, Inc. | Solid phase sequencing of biopolymers |
US5648245A (en) | 1995-05-09 | 1997-07-15 | Carnegie Institution Of Washington | Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication |
US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
DK0862656T3 (da) | 1995-11-21 | 2001-04-09 | Univ Yale | Unimolekylær segmentamplifikation og -detektering |
US6852487B1 (en) | 1996-02-09 | 2005-02-08 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
GB2307276A (en) | 1996-03-06 | 1997-05-21 | Shell Int Research | Multi-phase fluid compressor |
US6156504A (en) | 1996-03-15 | 2000-12-05 | The Penn State Research Foundation | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum using nucleic acid amplification assays |
US6114122A (en) | 1996-03-26 | 2000-09-05 | Affymetrix, Inc. | Fluidics station with a mounting system and method of using |
CA2250118C (en) | 1996-03-26 | 2009-09-29 | Michael S. Kopreski | Method enabling use of extracellular rna extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer |
US5800996A (en) | 1996-05-03 | 1998-09-01 | The Perkin Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enchanced fluorescence |
US5847162A (en) | 1996-06-27 | 1998-12-08 | The Perkin Elmer Corporation | 4, 7-Dichlororhodamine dyes |
US5981956A (en) | 1996-05-16 | 1999-11-09 | Affymetrix, Inc. | Systems and methods for detection of labeled materials |
JP4468488B2 (ja) | 1996-05-29 | 2010-05-26 | コーネル・リサーチ・ファンデーション・インコーポレイテッド | 組み合せたリガーゼ検出およびポリメラーゼ連鎖反応を用いる核酸配列相違の検出 |
US6312892B1 (en) | 1996-07-19 | 2001-11-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | High fidelity detection of nucleic acid differences by ligase detection reaction |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
US6309824B1 (en) | 1997-01-16 | 2001-10-30 | Hyseq, Inc. | Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes |
US20010051341A1 (en) * | 1997-03-04 | 2001-12-13 | Isis Innovation Limited | Non-invasive prenatal diagnosis |
GB9704444D0 (en) | 1997-03-04 | 1997-04-23 | Isis Innovation | Non-invasive prenatal diagnosis |
US5888740A (en) | 1997-09-19 | 1999-03-30 | Genaco Biomedical Products, Inc. | Detection of aneuploidy and gene deletion by PCR-based gene- dose co-amplification of chromosome specific sequences with synthetic sequences with synthetic internal controls |
JP4304348B2 (ja) | 1997-09-22 | 2009-07-29 | 独立行政法人理化学研究所 | Dnaの単離方法 |
US6322901B1 (en) | 1997-11-13 | 2001-11-27 | Massachusetts Institute Of Technology | Highly luminescent color-selective nano-crystalline materials |
US6207392B1 (en) | 1997-11-25 | 2001-03-27 | The Regents Of The University Of California | Semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US5990479A (en) | 1997-11-25 | 1999-11-23 | Regents Of The University Of California | Organo Luminescent semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US6914137B2 (en) | 1997-12-06 | 2005-07-05 | Dna Research Innovations Limited | Isolation of nucleic acids |
US6201639B1 (en) | 1998-03-20 | 2001-03-13 | James W. Overbeck | Wide field of view and high speed scanning microscopy |
US6185030B1 (en) | 1998-03-20 | 2001-02-06 | James W. Overbeck | Wide field of view and high speed scanning microscopy |
DK1997909T3 (da) | 1998-03-25 | 2012-04-23 | Olink Ab | Rullende cirkel-replikation af cirkulariserede målnukleinsyrefragmenter |
US5936324A (en) | 1998-03-30 | 1999-08-10 | Genetic Microsystems Inc. | Moving magnet scanner |
ES2262319T3 (es) | 1998-04-29 | 2006-11-16 | Nicholas John Wald | Cribado prenatal para sindrome de down. |
US6534262B1 (en) | 1998-05-14 | 2003-03-18 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Solid phase technique for selectively isolating nucleic acids |
US6316229B1 (en) | 1998-07-20 | 2001-11-13 | Yale University | Single molecule analysis target-mediated ligation of bipartite primers |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
US6251303B1 (en) | 1998-09-18 | 2001-06-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble fluorescent nanocrystals |
US6426513B1 (en) | 1998-09-18 | 2002-07-30 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble thiol-capped nanocrystals |
US6136229A (en) | 1998-10-15 | 2000-10-24 | Alliedsignal Inc. | Method for the mechanochemical preparation of high performance ceramics |
US6949370B1 (en) | 1998-10-30 | 2005-09-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | High fidelity thermostable ligase and uses thereof |
AU2496900A (en) | 1999-01-06 | 2000-07-24 | Hyseq, Inc. | Enhanced sequencing by hybridization using pools of probes |
AU780119B2 (en) | 1999-01-06 | 2005-03-03 | Cornell Research Foundation Inc. | Accelerating identification of single nucleotide polymorphisms and alignment of clones in genomic sequencing |
GB9901475D0 (en) | 1999-01-22 | 1999-03-17 | Pyrosequencing Ab | A method of DNA sequencing |
EP1147226B1 (en) | 1999-01-27 | 2013-01-23 | Folim G. Halaka | Materials and methods for the purification of polyelectrolytes |
US6506594B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-01-14 | Cornell Res Foundation Inc | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
US7014994B1 (en) | 1999-03-19 | 2006-03-21 | Cornell Research Foundation,Inc. | Coupled polymerase chain reaction-restriction-endonuclease digestion-ligase detection reaction process |
US6310199B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-10-30 | Promega Corporation | pH dependent ion exchange matrix and method of use in the isolation of nucleic acids |
US6218803B1 (en) | 1999-06-04 | 2001-04-17 | Genetic Microsystems, Inc. | Position sensing with variable capacitance transducers |
US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
WO2001023610A2 (en) | 1999-09-29 | 2001-04-05 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
CA2398107C (en) * | 2000-01-28 | 2013-11-19 | Althea Technologies, Inc. | Methods for analysis of gene expression |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
DE60136166D1 (de) * | 2000-02-07 | 2008-11-27 | Illumina Inc | Nukleinsäure-nachweisverfahren mit universellem priming |
EP1130113A1 (en) * | 2000-02-15 | 2001-09-05 | Johannes Petrus Schouten | Multiplex ligation dependent amplification assay |
US20050202461A1 (en) * | 2000-03-08 | 2005-09-15 | Getts Robert C. | Method for converting generic nucleic acid priming sequences |
AU2001293366A1 (en) | 2000-04-14 | 2001-10-30 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method of designing addressable array for detection of nucleic acid sequence differences using ligase detection reaction |
US6386749B1 (en) | 2000-06-26 | 2002-05-14 | Affymetrix, Inc. | Systems and methods for heating and mixing fluids |
ATE377093T1 (de) | 2000-07-07 | 2007-11-15 | Visigen Biotechnologies Inc | Sequenzbestimmung in echtzeit |
GB0021977D0 (en) | 2000-09-07 | 2000-10-25 | Pyrosequencing Ab | Method of sequencing DNA |
US6649138B2 (en) | 2000-10-13 | 2003-11-18 | Quantum Dot Corporation | Surface-modified semiconductive and metallic nanoparticles having enhanced dispersibility in aqueous media |
US6664056B2 (en) | 2000-10-17 | 2003-12-16 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive prenatal monitoring |
US6858412B2 (en) | 2000-10-24 | 2005-02-22 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct multiplex characterization of genomic DNA |
ATE421989T1 (de) | 2000-12-01 | 2009-02-15 | Cornell Res Foundation Inc | Nachweis von nukleinsäureunterschieden mit einer kombination aus endonukleasespaltungs- und ligationsreaktionen |
US6576291B2 (en) | 2000-12-08 | 2003-06-10 | Massachusetts Institute Of Technology | Preparation of nanocrystallites |
US20020197618A1 (en) * | 2001-01-20 | 2002-12-26 | Sampson Jeffrey R. | Synthesis and amplification of unstructured nucleic acids for rapid sequencing |
US6787063B2 (en) | 2001-03-12 | 2004-09-07 | Seiko Epson Corporation | Compositions, methods for producing films, functional elements, methods for producing functional elements, methods for producing electro-optical devices and methods for producing electronic apparatus |
IL159482A0 (en) | 2001-06-22 | 2004-06-01 | Univ Geneve | Method for detecting diseases caused by chromosomal imbalances |
US6950755B2 (en) | 2001-07-02 | 2005-09-27 | City Of Hope | Genotype pattern recognition and classification |
ATE556845T1 (de) | 2001-07-20 | 2012-05-15 | Life Technologies Corp | Lumineszierende nanopartikel und ihre herstellung |
US6927028B2 (en) | 2001-08-31 | 2005-08-09 | Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive methods for detecting non-host DNA in a host using epigenetic differences between the host and non-host DNA |
DE10154318A1 (de) | 2001-10-26 | 2003-05-15 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Analyse genomischer Methylierungsmuster |
WO2003050242A2 (en) | 2001-11-13 | 2003-06-19 | Rubicon Genomics Inc. | Dna amplification and sequencing using dna molecules generated by random fragmentation |
US6977162B2 (en) | 2002-03-01 | 2005-12-20 | Ravgen, Inc. | Rapid analysis of variations in a genome |
NZ535044A (en) * | 2002-03-01 | 2008-12-24 | Ravgen Inc | Non-invasive method to determine the genetic sequence of foetal DNA from a sample from a pregnant female thereby detecting any alternation in gene sequence as compared with the wild type sequence |
US7442506B2 (en) | 2002-05-08 | 2008-10-28 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US7727720B2 (en) | 2002-05-08 | 2010-06-01 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US20070178478A1 (en) * | 2002-05-08 | 2007-08-02 | Dhallan Ravinder S | Methods for detection of genetic disorders |
US20040009518A1 (en) | 2002-05-14 | 2004-01-15 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods for evaluating a disease condition by nucleic acid detection and fractionation |
US20040086864A1 (en) | 2002-10-22 | 2004-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Novel classification methods for pleural effusions |
EP1583823A4 (en) | 2002-12-31 | 2006-02-22 | Baylor College Medicine | ISOLATION AND IDENTIFICATION OF CROSS-REACTIVE T CELLS |
CA2513292C (en) | 2003-01-17 | 2016-04-05 | The Chinese University Of Hong Kong | Circulating mrna as diagnostic markers for pregnancy-related disorders |
AU2004209001B2 (en) | 2003-01-29 | 2007-10-11 | 454 Life Sciences Corporation | Bead emulsion nucleic acid amplification |
US7601491B2 (en) | 2003-02-06 | 2009-10-13 | Becton, Dickinson And Company | Pretreatment method for extraction of nucleic acid from biological samples and kits therefor |
US20070087345A1 (en) | 2003-07-10 | 2007-04-19 | Third Wave Technologies, Inc. | Assays for the direct measurement of gene dosage |
US7244233B2 (en) | 2003-07-29 | 2007-07-17 | Ntd Laboratories, Inc. | System and method for utilizing shape analysis to assess fetal abnormality |
US7371525B2 (en) | 2003-07-29 | 2008-05-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Compositions and methods for diagnosing and treating severe acute respiratory syndrome (SARS) |
EP1663007A4 (en) | 2003-07-29 | 2009-05-13 | Ntd Lab Inc | SYSTEM AND METHOD FOR EVALUATING FETAL ANOMALIES BASED ON MARKET POINTS |
WO2005021794A2 (en) * | 2003-09-02 | 2005-03-10 | Keygene N.V. | Ola-based methods for the detection of target nucleic acid sequences |
EP1664077B1 (en) | 2003-09-05 | 2016-04-13 | Trustees of Boston University | Method for non-invasive prenatal diagnosis |
EP1685380A2 (en) | 2003-09-18 | 2006-08-02 | Parallele Bioscience, Inc. | System and methods for enhancing signal-to-noise ratios of microarray-based measurements |
US7315787B2 (en) | 2003-10-07 | 2008-01-01 | Ntd Laboratories, Inc. | Multi-marker screening protocol for fetal abnormalities |
DE60328193D1 (de) * | 2003-10-16 | 2009-08-13 | Sequenom Inc | Nicht invasiver Nachweis fötaler genetischer Merkmale |
CA2555704A1 (en) | 2004-02-10 | 2005-08-25 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for detection of promoter methylation status |
US7622281B2 (en) | 2004-05-20 | 2009-11-24 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid |
US7709194B2 (en) | 2004-06-04 | 2010-05-04 | The Chinese University Of Hong Kong | Marker for prenatal diagnosis and monitoring |
WO2006015326A2 (en) | 2004-07-30 | 2006-02-09 | Agencourt Bioscience Corporation | Methods of isolating nucleic acids using multifunctional group-coated solid phase carriers |
WO2006073504A2 (en) | 2004-08-04 | 2006-07-13 | President And Fellows Of Harvard College | Wobble sequencing |
EP1789589B1 (en) | 2004-08-24 | 2010-11-24 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid differences using endonuclease cleavage/ligase releasing reactions and capillary electrophoresis or microarrays |
ES2398233T3 (es) * | 2005-03-18 | 2013-03-14 | The Chinese University Of Hong Kong | Un método para la detección de aneuploidías cromosómicas |
WO2006097051A1 (en) | 2005-03-18 | 2006-09-21 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring |
US8515679B2 (en) | 2005-12-06 | 2013-08-20 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
WO2007120208A2 (en) | 2005-11-14 | 2007-10-25 | President And Fellows Of Harvard College | Nanogrid rolling circle dna sequencing |
EP2437191B1 (en) * | 2005-11-26 | 2017-04-26 | Natera, Inc. | Method and system for detecting chromosomal abnormalities |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
PT3002338T (pt) | 2006-02-02 | 2019-08-02 | Univ Leland Stanford Junior | Triagem genética não invasiva de fetos por análise digital |
WO2007092538A2 (en) | 2006-02-07 | 2007-08-16 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for making nucleotide probes for sequencing and synthesis |
ATE508209T1 (de) | 2006-02-28 | 2011-05-15 | Univ Louisville Res Found | Erkennung von chromosomabnormalitäten im fötus mit hilfe der tandem-einzelnukleotid- polymorphismen |
US20100184044A1 (en) | 2006-02-28 | 2010-07-22 | University Of Louisville Research Foundation | Detecting Genetic Abnormalities |
US8609338B2 (en) | 2006-02-28 | 2013-12-17 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Detecting fetal chromosomal abnormalities using tandem single nucleotide polymorphisms |
US20100184043A1 (en) | 2006-02-28 | 2010-07-22 | University Of Louisville Research Foundation | Detecting Genetic Abnormalities |
US8460866B2 (en) * | 2006-03-01 | 2013-06-11 | Keygene N.V. | High throughput sequence-based detection of SNPs using ligation assays |
DE602007027948T8 (de) | 2006-04-27 | 2013-04-25 | Vytal Diagnostics Ab | Verfahren und kit zur molekularen chromosomenquantifizierung |
US7754428B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-07-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Fetal methylation markers |
US7901884B2 (en) | 2006-05-03 | 2011-03-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring |
US20080050739A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-02-28 | Roland Stoughton | Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats |
US20080090239A1 (en) * | 2006-06-14 | 2008-04-17 | Daniel Shoemaker | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
US20080070792A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-03-20 | Roland Stoughton | Use of highly parallel snp genotyping for fetal diagnosis |
EP2589668A1 (en) | 2006-06-14 | 2013-05-08 | Verinata Health, Inc | Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags |
US8137912B2 (en) | 2006-06-14 | 2012-03-20 | The General Hospital Corporation | Methods for the diagnosis of fetal abnormalities |
JP2009540802A (ja) * | 2006-06-16 | 2009-11-26 | セクエノム, インコーポレイテッド | サンプルからの核酸を増幅、検出および定量するための方法および組成物 |
ATE517192T1 (de) | 2006-08-10 | 2011-08-15 | Merck Patent Gmbh | Verfahren zur isolierung von zellen |
TWI335354B (en) | 2006-09-27 | 2011-01-01 | Univ Hong Kong Chinese | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits |
IL180095A0 (en) | 2006-12-14 | 2007-05-15 | Ohad Birk | Method for antenatal estimation of down syndrome risk |
US7842482B2 (en) | 2007-02-26 | 2010-11-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods and kits for diagnosis, prognosis or monitoring of Epstein-Barr virus (EBV)-associated cancer |
WO2008118998A2 (en) * | 2007-03-27 | 2008-10-02 | Primera Biosystems Inc. | Method for multiplex detection and quantitation of nucleic acids |
SI2183693T2 (sl) * | 2007-07-23 | 2019-02-28 | The Chinese University Of Hong Kong Technology Licenising Office | Diagnosticiranje fetalne kromosomske anevploidije z uporabo genomskega sekvenciranja |
US20100112590A1 (en) | 2007-07-23 | 2010-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment |
US20090053719A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of nucleic acids by digital pcr |
US8748100B2 (en) | 2007-08-30 | 2014-06-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods and kits for selectively amplifying, detecting or quantifying target DNA with specific end sequences |
JP4714196B2 (ja) | 2007-09-05 | 2011-06-29 | 信越化学工業株式会社 | トリクロロシランの製造方法および多結晶シリコンの製造方法 |
CA2697640C (en) | 2007-09-21 | 2016-06-21 | Katholieke Universiteit Leuven | Tools and methods for genetic tests using next generation sequencing |
US8518640B2 (en) | 2007-10-29 | 2013-08-27 | Complete Genomics, Inc. | Nucleic acid sequencing and process |
WO2009092035A2 (en) | 2008-01-17 | 2009-07-23 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the analysis of biological molecules |
CA2714212A1 (en) * | 2008-02-12 | 2009-08-20 | Novartis Ag | Method for isolating cell free apoptotic or fetal nucleic acids |
ES2620431T3 (es) | 2008-08-04 | 2017-06-28 | Natera, Inc. | Métodos para la determinación de alelos y de ploidía |
US8476013B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-07-02 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
EP3378951B1 (en) | 2008-09-20 | 2020-05-13 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Noninvasive diagnosis of aneuploidy by sequencing |
US8312249B1 (en) | 2008-10-10 | 2012-11-13 | Apple Inc. | Dynamic trampoline and structured code generation in a signed code environment |
CN102469993B (zh) | 2009-07-21 | 2014-07-16 | 株式会社岛津制作所 | 生物体光测量装置 |
US20110027771A1 (en) | 2009-07-31 | 2011-02-03 | Artemis Health, Inc. | Methods and compositions for cell stabilization |
JP5396238B2 (ja) | 2009-11-02 | 2014-01-22 | 株式会社Nttドコモ | 無線通信制御方法、基地局装置及び移動端末装置 |
CN105779280B (zh) | 2009-11-05 | 2018-09-25 | 香港中文大学 | 由母本生物样品进行胎儿基因组的分析 |
EA034241B1 (ru) | 2009-11-06 | 2020-01-21 | Те Чайниз Юниверсити Ов Гонконг | Способ пренатальной диагностики дисбаланса последовательности |
JP2013511991A (ja) * | 2009-11-25 | 2013-04-11 | クアンタライフ, インコーポレイテッド | 遺伝子材料を検出する方法および組成物 |
US8574842B2 (en) | 2009-12-22 | 2013-11-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct molecular diagnosis of fetal aneuploidy |
US20120237928A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-09-20 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
EP2526415B1 (en) | 2010-01-19 | 2017-05-03 | Verinata Health, Inc | Partition defined detection methods |
EP2848704B1 (en) | 2010-01-19 | 2018-08-29 | Verinata Health, Inc | Sequencing methods for prenatal diagnoses |
US9260745B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
US20120270739A1 (en) | 2010-01-19 | 2012-10-25 | Verinata Health, Inc. | Method for sample analysis of aneuploidies in maternal samples |
US20120100548A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
WO2011090556A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples |
US20110312503A1 (en) | 2010-01-23 | 2011-12-22 | Artemis Health, Inc. | Methods of fetal abnormality detection |
AU2011255641A1 (en) | 2010-05-18 | 2012-12-06 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US20130261003A1 (en) * | 2010-08-06 | 2013-10-03 | Ariosa Diagnostics, In. | Ligation-based detection of genetic variants |
US8700338B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-04-15 | Ariosa Diagnosis, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US20140342940A1 (en) | 2011-01-25 | 2014-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
US20120190557A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20130040375A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | Tandem Diagnotics, Inc. | Assay systems for genetic analysis |
US10533223B2 (en) | 2010-08-06 | 2020-01-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
IT1401427B1 (it) | 2010-08-11 | 2013-07-26 | Nuova Pignone S R L | Metodi e dispositivi usati per controllare automaticamente la velocita di un espansore |
CN103534591B (zh) | 2010-10-26 | 2016-04-06 | 利兰·斯坦福青年大学托管委员会 | 通过测序分析进行的非侵入性胎儿遗传筛选 |
EP2656263B1 (en) | 2010-12-22 | 2019-11-06 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
CN103384725A (zh) | 2010-12-23 | 2013-11-06 | 塞昆纳姆股份有限公司 | 胎儿遗传变异的检测 |
ES2728131T3 (es) | 2011-01-25 | 2019-10-22 | Ariosa Diagnostics Inc | Cálculo del riesgo para la evaluación de la aneuploidia fetal |
US20120190021A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
US8756020B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-06-17 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations |
WO2012118745A1 (en) | 2011-02-28 | 2012-09-07 | Arnold Oliphant | Assay systems for detection of aneuploidy and sex determination |
CN106319047B (zh) | 2011-04-12 | 2020-02-18 | 维里纳塔健康公司 | 使用多态计数来解析基因组分数 |
GB2484764B (en) | 2011-04-14 | 2012-09-05 | Verinata Health Inc | Normalizing chromosomes for the determination and verification of common and rare chromosomal aneuploidies |
CA2840929C (en) | 2011-07-08 | 2020-03-24 | Keygene N.V. | Sequence based genotyping based on oligonucleotide ligation assays |
US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
WO2013192292A1 (en) | 2012-06-21 | 2013-12-27 | Justin Lamb | Massively-parallel multiplex locus-specific nucleic acid sequence analysis |
CN104583421A (zh) | 2012-07-19 | 2015-04-29 | 阿瑞奥萨诊断公司 | 遗传变体的基于多重的顺序连接的检测 |
SG11201700765WA (en) | 2014-08-01 | 2017-02-27 | Ariosa Diagnostics Inc | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US9854317B1 (en) | 2014-11-24 | 2017-12-26 | Wew Entertainment Corporation | Enabling video viewer interaction |
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