CN113474466A - 多倍体基因分型 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率的可靠方法，其中该方法使用UMI以校正任何的扩增偏差。本发明还涉及UMI在用于准确地测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途。

Description

多倍体基因分型
技术领域
本发明涉及分子生物学领域，更特别地涉及基因组学领域。本发明进一步涉及多倍体生物领域以及涉及它们的基因组分析。
背景技术
基因组变异分析被认为是植物遗传学和作物改良计划的重要部分。DNA多态性可以与表型差异直接相关，与其致病因素遗传性地联系，或者表明群体中个体之间的关系。在过去的30年中，基因分型的使用已经使得能够表征和绘制植物中的基因和代谢途径以及研究物种多样性和进化、标记物辅助选择(MAS)、种质表征和种子纯度。单核苷酸多态性(SNP)由于其在基因组中的丰富度(abundance)以及在给定的个体小组中以成本有效和平行的方式测定其频率的相对容易性，已成为最广泛使用的基因分型标记物(Deschamps S.等,Genotyping-by-Sequencing in Plants,Biology(Basel)(2012)；1(3):460-483)。
基于多种等位基因鉴别化学(allele-discrimination chemistries)(包括引物延伸测定和优选使用等位基因特异性探针的基于连接的方法)以及广泛的检测平台(包括用于片段检测的毛细管电泳系统、用于荧光信号检测的微量滴定板、用于探针杂交的微阵列/DNA芯片和下一代测序(NGS)仪器)，存在多种不同的方法以用于对DNA中的变异体进行基因分型。大多数基因分型方法被设计用于检测每个基因座的两个等位基因，其可以示例为A和B。在二倍体生物的情况，一对同源染色体上携带的等位基因限定了三种可能的基因型；AA、AB或BB。可以使用能够检测相应的A和B等位基因的存在或不存在的定性检测以直接的方式来测定这些基因型。
然而，在多倍体生物的情况，情况变得更加复杂。多倍性(polyploidy)的特征是具有超过两对(同源)染色体组的细胞或生物体的状态。例如，在四倍体生物中，每一个双等位基因多态性可能有五种不同的基因型；AAAA、AAAB、AABB、ABBB、BBBB，并且对于具有较高倍性水平(ploidy levels)的生物体(例如六倍体生物体或八倍体生物体)，基因型种类的数目甚至更大。从逻辑上讲，来自多倍体生物的样品的基因型的精确测定需要定量评估各个等位基因的存在。当基因分型检测涉及扩增步骤例如PCR时，这尤其麻烦，因为等位基因可能不均匀地扩增。这意味着扩增后等位基因之间的比率可能不能准确地代表扩增前的比率，这可导致不正确的基因型分配。此外，可能还有之所以检测方法可能不够灵敏以精确测定多倍体生物中等位基因之间的比率的其它原因。
多倍性在植物中尤其常见。由于这种多倍性，植物中基因分型变异体仍然具有挑战性。因此，本领域强烈需要精确地对多倍体样品，例如多倍体植物样品进行基因分型。
发明内容
本发明总结于以下编号的实施方案中：
实施方案1.用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中的目的序列变异体的相对频率的方法，其中所述方法包括以下步骤：
a)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中每个多核苷酸包含唯一分子标签(unique molecular index)(UMI)，
b)扩增步骤a)中提供的多核苷酸；
c)测定所述扩增的多核苷酸的序列以得到序列读长(sequence reads)；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的序列读长的共有序列；和
e)基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和参考序列的频率，测定所述目的序列变异体的相对频率。
实施方案2.根据实施方案1所述的方法，其中步骤a)的所述多核苷酸是以下至少一种：
i)来自所述样品的核酸的片段，其中每个片段与UMI连接(attached to a UMI)；和
ii)能够与来自所述样品的核酸中目的序列变异体杂交的探针的连接产物，其中每个连接产物包含UMI。
实施方案3.根据实施方案1所述的方法，其中步骤d)包含折叠(collapsing)步骤c)中获得的序列读长。
实施方案4.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中步骤e)中的所述参考序列源自包含目的序列变异体的相同核酸样品，其中优选地，所述参考序列是目的序列变异体的变异体，和/或其中优选地基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和包含参考序列的共有序列的频率来测定目的序列变异体的相对频率。
实施方案5.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述目的序列变异体是等位基因或是等位基因的部分，其中优选地所述等位基因存在于单个基因座上，并且其中所测定的相对频率被用于获得所述核酸样品的基因型。
实施方案6.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中在所述方法之前是测定至少一个多倍体细胞的倍性水平的步骤。
实施方案7.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中测定两个或更多个目的序列的相对频率。
实施方案8.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸是实施方案2中ii)的连接产物，并且其中所述UMI存在于等位基因特异性寡核苷酸连接探针中。
实施方案9.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中在步骤c)测序之前，优选使用基于杂交的捕获方法来富集提供的多核苷酸或扩增的多核苷酸。
实施方案10.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸和/或扩增的多核苷酸包含样品标记(sample identifier)。
实施方案11.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸是权利要求2中i)的片段，其中至少第一接头与所述片段连接，并且其中所述UMI位于所述第一接头中，其中任选地第二接头与所述片段连接，并且其中优选地，样品标记存在于所述第一接头中或任选的第二接头中。
实施方案12.根据实施方案2-11中任一项所述的方法，其中所述方法是多重的(multiplexed)。
实施方案13.UMI在用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途，其中优选所述UMI包含在以下的至少一种中：
-寡核苷酸连接探针，优选等位基因特异性寡核苷酸连接探针；和
-接头。
实施方案14.用于寡核苷酸连接测定的等位基因特异性寡核苷酸探针，其中所述寡核苷酸探针包含UMI。
实施方案15.用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸中目的序列变异体的相对频率的试剂盒(kit of parts)，其包含以下的至少一种：
-包含寡核苷酸连接探针混合物的小瓶(vial)，其中至少部分寡核苷酸连接探针包含UMI，并且其中优选所述寡核苷酸混合物对一个或多个等位基因和/或对一个或多个基因座是特异性的；
-包含接头分子混合物的小瓶，其中所述接头分子包含UMI和任选的样品标记；和
-包含一种或多种扩增引物的小瓶，其中优选至少一种引物包含样品标记。
定义
在整个说明书和权利要求书中使用了与本发明的方法、组合物、用途和其他方面相关的各种术语。除非另有说明，否则这些术语将被赋予本发明所属领域的通常含义。其他具体定义的术语将以与这里提供的定义一致的方式来解释。尽管在本发明的测试实践中可以使用与本文描述的方法相似或等效的任何方法和材料，但本文描述了优选的材料和方法。
实施本发明方法中使用的常规技术的方法对技术人员来说是明显的。常规技术在分子生物学、生物化学、计算化学、细胞培养、重组DNA、生物信息学、基因组学、测序和相关领域中的实践对于本领域技术人员来说是众所周知的，并在例如以下文献参考中进行了讨论：Green和Sambrook等.Molecular Cloning.ALaboratory Manual,4th Edition,ColdSpring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,2012；Ausubel等CurrentProtocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,New York,1987并定期更新；以及丛书Methods in Enzymology,Academic Press,San Diego。
“A(一个)”、“an(一种)”和“the(所述)”：除非内容另有明确规定，这些单数形式术语包括复数指示物(referents)。因此，不定冠词“a(一)”或“an(一个)”通常表示“至少一个”。因此，例如，提及“(一个)细胞”包括两个或更多细胞的组合等。
“约”和“大约”：当提及可测量值例如量、持续时间等时，这些术语意在涵盖相对于给定值的±20％或±10％，更优选±5％，甚至更优选±1％，并且还更优选±0.1％的变化，因为这样的变化适于进行所公开的方法。此外，量、比率和其它数值有时在本文中以范围形式呈现。应当理解，使用这种范围形式是为了方便和简洁，并且应当灵活地理解为包括明确指定为范围的界限的数值，而且还包括该范围内涵盖的所有单个数值或子范围，如同每个数值和子范围都被明确指定一样。例如，在约1至约200范围内的比率应当理解为包括明确列举的约1和约200的界限，但还包括单独的比率，例如约2、约3和约4，以及例如约10至约50、约20至约100等的子范围。
“和/或”：术语“和/或”是指一种情况，其中一个或多个所述情况可能单独发生，或与至少一个所述情况结合发生，直至与所有所述情况结合发生。
“包含”：该术语被解释为包括性的和开放性的，而不是排他性的。具体地，术语及其变化形式意味着包括指定的特征、步骤或组件。这些术语不应被解释为排除其它特征、步骤或组件的存在。
“示例性”：该术语意味着“用作示例、实例或说明”，并且不应被解释为排除本文公开的其他配置。
“植物”：指可从植物获得的整个植物或植物的部分，例如细胞、组织培养物或器官(例如花粉、种子、胚珠、配子、根、叶、花、花蕾、枝、花药、果实、核、穗、穗轴(cobs)、壳、茎、根尖、谷粒、胚等)，以及这些中的任何一个的衍生物和通过自交或杂交从这样的植物衍生的后代。“植物”还包括植物原生质体、可从中再生植物的植物细胞组织培养物、植物愈伤组织、植物团块和植物或植物部分中完整的植物细胞，所述植物部分例如胚、花粉、胚珠、配子、种子、叶、花、枝、果实、核、穗、穗轴、壳、茎、根、根尖、花药、谷粒等。“植物细胞”包括原生质体、配子、悬浮培养物、小孢子、花粉粒等，它们或者是分离的或者是在组织、器官或生物体内。
术语“构建体”、“核酸构建体”、“载体”和“表达载体”在本文中可互换使用，并且在本文中定义为由使用重组DNA技术产生的人造核酸分子。因此，这些构建体和载体不由天然存在的核酸分子组成，尽管载体可以包含天然存在的核酸分子(的部分)。载体可用于将外源DNA递送到宿主细胞中，通常目的是在宿主细胞中表达包含在构建体上的DNA区域。构建体的载体骨架可以是例如整合有(嵌合)基因的质粒，或者如果已经存在合适的转录调节序列(例如(诱导型)启动子)，则仅将所需的核苷酸序列(例如编码序列、反义(antisense)或反向重复序列)整合在转录调节序列的下游。载体可包含另外的遗传元件以促进其在分子克隆中的使用，诸如例如可选择标记物、多克隆位点等。载体骨架可以是例如本领域已知的二元或超二元载体(参见例如美国专利号第5,591,616号、US2002138879和WO 95/06722)、共整合载体或T-DNA载体。
表达载体特别适于在细胞中，优选植物细胞中引入基因表达。优选的表达载体是裸DNA、DNA复合物或病毒载体，其中DNA分子可以是质粒。优选的裸DNA是线性或环状核酸分子，例如质粒。质粒是指环状双链DNA环，其中可以例如通过标准分子克隆技术插入额外的DNA片段。DNA复合物可以是与适于将DNA递送至细胞中的任何运载体(carrier)偶联的DNA分子。优选的运载体选自脂质复合体(lipoplex)、脂质体、聚合物囊泡、聚合物复合物、树枝状聚合物、无机纳米颗粒、病毒体和细胞穿膜肽。在一个优选的实施方案中，表达载体是病毒载体，优选烟草脆裂病毒(TRV)、豆黄矮病毒(BeYDV)、甘蓝曲叶病毒(CaLCuV)、烟草花叶病毒(tobravirus)和小麦矮缩病毒(WDV)。优选地，病毒载体是如上文定义的烟草脆裂病毒(TRV)。
术语“基因”是指包含一个区域(转录区域)的DNA片段，其在细胞中转录成RNA分子(例如前-mRNA或ncRNA)。所述转录区域可操作地连接到合适的调控区域(例如启动子)，其形成本文定义的基因的一部分。基因可以包含数种可操作地连接的片段，例如5’前导序列、编码区和包含聚腺苷酸化位点的3’非翻译序列(3'端)。
“基因的表达”是指这样的过程，其中可操作地连接到适当的调控区域，特别是启动子的DNA区域被转录成RNA，并且如果该RNA编码生物活性蛋白或肽，则随后翻译成生物活性蛋白或肽。
术语“可操作地连接”是指多核苷酸元件在功能关系中的连接。当一个核酸与另一个核苷酸序列形成功能关系时，其为“可操作地连接”。例如，如果启动子或转录调节序列影响编码序列的转录，则将其可操作地连接到编码序列。可操作地连接可能意味着被连接的DNA序列是连续的。
“启动子”是指控制一种或多种核酸转录的核酸片段。启动子片段位于基因转录起始位点转录方向的上游(5’)，并且通过依赖DNA的RNA聚合酶的结合位点、转录起始位点的存在而在结构上被鉴定，并且还可以包含任何其他DNA序列，包括但不限于转录因子结合位点、阻遏物和激活蛋白结合位点，以及本领域技术人员已知的直接或间接作用于调节来自启动子的转录的量的任何其他核苷酸序列。
任选地，术语“启动子”还可以包括5’UTR区域(5’非翻译区域)(例如，本文的启动子可以包括转录区域的翻译起始密码子上游的一个或多个部分，因为该区域可能具有调节转录和/或翻译的作用)。“组成型”启动子是在大多数生理和发育条件在大多数组织中有活性的启动子。“诱导型”启动子是生理上(例如通过外部施用某些化合物)或发育上调节的启动子。“组织特异性”启动子仅在特定类型的组织或细胞中有活性。
术语“蛋白质”或“多肽”在本文中可互换使用，并且是指由氨基酸链组成的分子，而不涉及特定的作用模式、大小、三维结构或来源。因此，蛋白质的“片段”或“部分”仍然可以称为“蛋白质”。本文定义的和在本文定义的任何方法中使用的蛋白质可以是分离的蛋白质。“分离的蛋白质”用于指不再在其天然环境中的蛋白质，例如在体外或重组细菌或植物宿主细胞中。
“序列”或“核苷酸序列”：这是指核酸的核苷酸顺序，或核酸内的核苷酸顺序。换句话说，核酸中的核苷酸的任何顺序都可以称为序列或核苷酸序列。
“氨基酸序列”：这是指蛋白质的氨基酸残基的顺序，或蛋白质内的氨基酸残基的顺序。换句话说，蛋白质中是氨基酸谁任何顺序都可以称为氨基酸序列。
术语“同源性”、“序列一致性”等在本文中可互换使用。在本文中，序列一致性定义为两个或更多个氨基酸(多肽或蛋白质)序列或两个或更多个核酸(多核苷酸)序列之间的关系，如通过比较所述序列所确定。在本领域中，“一致性”还意味着氨基酸或核酸序列之间的序列相关程度，视情况而定，这是由这些序列的链之间的匹配所确定的。两个氨基酸序列之间的“相似性”是通过将一个多肽的氨基酸序列及其保守的氨基酸替代物(substitutes)与第二个多肽的序列进行比较来确定的。
术语“互补性”在本文中定义为序列与完全互补链(例如第二链或反向链)的序列一致性。例如，100％互补(或完全互补)的序列在本文中被理解为与互补链具有100％的序列一致性，以及例如，80％互补的序列在本文中被理解为与(完全)互补链具有80％的序列一致性。
“一致性”和“相似性”可以用已知的方法很容易地计算出来。“序列一致性”和“序列相似性”可以通过两个肽或两个核苷酸序列的全局(global)或局部比对算法来测定，这取决于两个序列的长度。优选使用全局比对算法(例如Needleman Wunsch)比对相似长度的序列，所述算法在整个长度上最佳地比对序列，而优选使用局部比对算法(例如SmithWaterman)比对基本上不同长度的序列。然后，当序列(当通过例如使用默认参数的GAP或BESTFIT程序进行最佳比对时)具有至少一定的最小序列一致性百分比(如下文定义)时，则可将其称为“基本上相同”或“基本上相似”。GAP使用Needleman和Wunsch全局比对算法在两个序列的整个长度(全长)上比对，最大化匹配数并最小化间隙(gaps)数。当两个序列具有相似的长度时，全局比对适于用于测定序列一致性。通常，使用GAP默认参数，间隙产生罚分＝50(核苷酸)/8(蛋白质)，间隙延伸罚分＝3(核苷酸)/2(蛋白质)。对于核苷酸，使用的默认的打分矩阵是nwsgapdna，对于蛋白质，使用的默认的打分矩阵是Blosum62(Henikoff&Henikoff,1992,PNAS 89,915-919)。可以使用计算机程序来测定序列对比和百分比序列一致性的分数，如GCG Wisconsin Package,Version 10.3,可从Accelrys Inc.,9685Scranton Road,San Diego,CA 92121-3752USA获得，或使用开放源码软件，如EmbossWIN 2.10.0版中的程序“needle”(使用全局Needleman Wunsch算法)或“Water”(使用局部Smith Waterman算法)，使用与上述GAP相同的参数，或使用默认设置(对于“needle”和“Water”以及对于蛋白质和DNA比对，默认的间隙开放罚分为10.0，默认的间隙延伸罚分为0.5；对于蛋白质，默认的打分矩阵是Blosum62，对于DNA，默认的打分矩阵是DNAFull)。当序列具有基本上不同的总长度时，优选局部比对，例如使用Smith Waterman算法的那些。
可选地，通过使用诸如FASTA、BLAST等算法对公共数据库进行搜索来测定百分比相似性或一致性。因此，本发明所述的核酸和蛋白质序列可进一步用作“查询序列”来进行对公共数据库的搜索，以例如识别其他家族成员或相关序列。这样的搜索可以使用BLASTn和BLASTx程序(版本2.0)进行(Altschul,等(1990)J.Mol.Biol.215:403-10)。可以用NBLAST程序进行BLAST核苷酸搜索，评分＝100，字长＝12，以获得与本发明核酸分子同源的核苷酸序列。BLAST蛋白质搜索可以用BLASTx程序进行，评分＝50，字长＝3，以获得与本发明蛋白质分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的间隙比对，可以使用如Altschul等人描述的Gapped BLAST(Altschul等,(1997)Nucleic Acids Res.25(17):3389-3402)。当使用BLAST和Gapped BLAST程序时，可以使用相应程序的默认参数(例如BLAST x和BLAST n)。参见国家生物技术信息中心的主页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/。
术语“核苷酸”包括但不限于天然存在的核苷酸，包括鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶(分别为G、C、A和T)。术语“核苷酸”还包括那些不仅含有已知嘌呤碱基和嘧啶碱基，而且还含有已修饰的其他杂环碱基的部分。这种修饰包括甲基化嘌呤或嘧啶、酰化嘌呤或嘧啶、烷基化核糖或其他杂环。此外，术语“核苷酸”包括那些含有半抗原或荧光标记的部分，且不仅可以含有常规的核糖和脱氧核糖，还可以含有其他糖。修饰的核苷或核苷酸还包括对糖部分的修饰，例如，其中一个或多个羟基被卤素原子或脂肪族基团取代，或官能化为醚、胺等。
术语“核酸”和“核酸分子”和“多核苷酸”描述了任何长度的聚合物，例如，大于约2个碱基、大于约10个碱基、大于约100个碱基、大于约500个碱基、大于1000个碱基、至多约10,000个或更多个碱基，这些碱基由核苷酸组成(例如，脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)，并且可以酶促或合成法产生(例如，如美国专利第5,948,902号和其中引用的参考文献中所述的PNA)。所述核酸可以以类似于两种天然存在的核酸的序列特异性方式与天然存在的核酸杂交，例如，可以参与Watson-Crick碱基配对相互作用。此外，核酸可以从细胞、组织和/或体液中分离(并任选随后片段化)。所述核酸可以是例如基因组DNA(gDNA)、线粒体、细胞游离DNA(cfDNA)和/或来自文库的DNA。
本文所用术语“核酸样品”或“包含核酸的样品”表示含有核酸的任何样品，其中样品涉及通常(尽管不一定)以液体形式的材料或材料混合物，所述材料或材料混合物含有一个或多个目的靶核苷酸序列。在本发明的方法中用作起始材料的核酸样品可以来自任何来源，例如，整个基因组、染色体集合、单个染色体或来自一个或多个染色体的一个或多个区域，并且可以直接从生物来源或实验室来源，例如，核酸文库中纯化。所述核酸样品可以从同一个体获得，其可以是植物或其他物种(例如，动物、人、细菌、真菌、藻类、古生菌等)，或来自相同物种的不同个体，或者不同物种的不同个体。例如，核酸样品可以来自细胞、组织、活检、体液、基因组DNA文库和/或cDNA文库。
术语“目的序列变异体”包括但不限于优选存在于细胞内的任何基因序列，例如基因、基因的部分或基因内或邻近基因的非编码序列。目的序列变异体可以存在于染色体、附加体、细胞器基因组(如线粒体或叶绿体基因组)或可独立于遗传物质主体如感染病毒基因组、质粒、附加体、转座子等的遗传物质中。目的序列变异体可以在基因的编码序列内，在转录的非编码序列内，例如，前导序列、尾随序列(trailer sequence)或内含子。所述目的核酸序列变异体可以存在于双链或单链核酸中。
目的序列变异体或目的遗传性变异体在本文中被理解为具有一个以上变异体的目的序列，优选至少两个变异体的目的序列，例如在群体中可能存在2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个目的序列的变异体。
目的序列变异体可以是但不限于具有或怀疑具有多态性的序列，例如SNP。
本文所用术语“寡核苷酸”表示核苷酸的单链多聚体，优选长度约为2-200个核苷酸，或至多500个核苷酸。寡核苷酸可以是合成的或者可以是酶促制备的，并且在一些实施方案中，其长度约为10-50个核苷酸。寡核苷酸可以含有核糖核苷酸单体(即，可以是寡核糖核苷酸)或脱氧核糖核苷酸单体。例如，寡核苷酸的长度可以是约10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-70、70-80、80-100、100-150、150-200或约200-250个核苷酸。
“降低复杂性”或“复杂性降低”在本文中应理解为复杂核酸样品(例如来自基因组DNA、来自液体活检的cfDNA等的样品)的降低。复杂性的降低导致复杂起始材料内包含的一种或多种目的多核苷酸(即包含目的序列变异体)的富集和/或样品子集的产生，其中所述子集包含所述复杂起始材料内包含的一种或多种包含目的序列变异体的多核苷酸或由其组成，而非靶序列或片段的量与所述起始材料中(即在复杂性降低之前)非靶序列或片段的量相比，减少至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。复杂性的降低通常在进一步的检测或方法步骤之前进行，例如扩增、条形码编码(barcoding)、测序、测定表观遗传变异等。优选地，复杂性降低是可重复的复杂性降低，这意味着当使用相同的方法降低相同样品的复杂性时，与随机复杂性降低相反，获得相同的或至少可比较的子集。优选地，可重复的复杂性降低意味着当在相同条件测试时，目的序列变异体和参考序列的比率保持相同或基本上相同。复杂性降低方法的实例包括例如
Figure BDA0003219397730000091
(
Figure BDA0003219397730000093
N.V.,the Netherlands；参见例如EP 0 534 858)、任意引物PCR扩增、捕获-探针杂交、Dong所描述的方法(参见例如WO 03/012118,WO 00/24939)和标签连接(Unrau P.and Deugau K.V.(1994)Gene 145:163-169)，该方法描述于WO2006/137733；WO2007/037678；WO2007/073165；WO2007/073171、US 2005/260628、WO 03/010328、US 2004/10153，基因组分类(参见例如WO 2004/022758)，基因表达的系列分析(SAGE；参见例如Velculescu等人，1995年，参见上文和Matsumura等,1999,The Plant Journal,vol.20(6):719-726)和SAGE的修饰(参见例如Powell,1998,Nucleic Acids Research,vol.26(14):3445-3446；和Kenzelmann and
Figure BDA0003219397730000092
1999,Nucleic Acids Research,vol.27(3):917-918)，MicroSAGE(参见例如Datson等,1999,Nucleic Acids Research,vol.27(5):1300-1307)，大规模并行签名测序(MPSS；参见例如Brenner等,2000,NatureBiotechnology,vol.18:630-634和Brenner等,2000,PNAS,vol.97(4):1665-1670)，自消减cDNA文库(Laveder等,2002,Nucleic Acids Research,vol.30(9):e38)，实时多重连接依赖的探针扩增(RT-MLPA；参见例如Eldering等,2003,vol.31(23):el53)，高覆盖率表达谱(HiCEP；参见例如Fukumura等,2003,Nucleic Acids Research,vol.31(16):e94)，如Roth等人所公开的通用微阵列系统(Roth等,2004,Nature Biotechnology,vol.22(4):418-426)，转录组学消减法(参见例如Li等,Nucleic Acids Research,vol.33(16):el36)，和片段展示(参见例如Metsis等,2004,Nucleic Acids Research,vol.32(16):el27)。
本文所用的术语“测序”是指获得多核苷酸的至少10个连续核苷酸的一致性(identity)(例如，至少20个、至少50个、至少100个或至少200个或更多个连续核苷酸的一致性)的方法。术语“下一代测序”是指所谓的并行的边合成边测序或边连接边测序平台，例如目前由Illumina、Life Technologies(ThermoFisher Scientific的一部分)、PacificBiosciences和Roche使用的平台。下一代测序方法还可以包括纳米孔测序方法，如通过Oxford Nanopore Technologies商业化的那些方法，或基于电子检测的方法，如LifeTechnologies(ThermoFisher Scientific的一部分)商业化的Ion Torrent technology。
用于核酸或核酸反应的“扩增”是指制备特定核酸如靶核酸或标记核酸的拷贝的体外方法。扩增核酸的许多方法是本领域已知的，并且扩增反应包括聚合酶链式反应、连接酶链式反应、链置换扩增反应、滚环扩增反应、转录介导的扩增方法如NASBA(例如，美国专利第5,409,818号)、环介导的扩增方法(例如，使用成环序列的“LAMP”扩增，如美国专利第6,410,278号中所述)和等温扩增反应。被扩增的核酸可以是包含DNA或RNA或DNA和RNA的混合物、由其组成或来源于其的DNA，其包括修饰的DNA和/或RNA。无论起始核酸是DNA、RNA还是两者，由一个或多个核酸分子的扩增产生的产物(即“扩增产物”)可以是DNA或RNA，或DNA和RNA核苷或核苷酸两者的混合物，或者它们可以包含修饰的DNA或RNA核苷或核苷酸。
本文所用术语“接头”是单链、双链、部分双链、Y形或发夹核酸分子，其可连接，优选连接至其它核酸的末端，例如，连接到双链DNA分子的一条或两条链上，并且优选具有有限的长度，例如，长度约10至约200，或约10至约100个碱基，或约10至约80，或约10至约50，或约10至约30个碱基对，并且优选是化学合成的。接头的双链结构可以由碱基彼此配对的两个不同的寡核苷酸分子形成，或者由单个寡核苷酸链的发夹结构形成。显然，接头的可连接端可设计成与通过内切核酸酶切割产生的突出端兼容，并任选地可与之连接，可设计成与加入非模板延伸反应(例如3’-A添加)后产生的突出端兼容，或可具有平末端。因此，任选地，所述完全或部分双链接头包含突出端，优选T-突出端，其中所述T-突出端优选为单个T(胸苷)核苷酸的3’突出端，优选3’突出端。优选地，在该末端T之前存在硫代磷酸键。任选地，与包含T-突出端的链相反的链是5’-磷酸化的。
“核酸内切酶”是在结合到其识别位点时水解双链DNA的至少一条链的酶。核酸内切酶在本文中应理解为位点特异性核酸内切酶，并且术语“核酸内切酶”和“核酸酶”在本文中可互换使用。“限制性核酸内切酶”或“限制性酶”在本文中应理解为同时水解双链两条链以在DNA中引入双链断裂的内切核酸酶。
“唯一分子标签”或“UMI”是基本上唯一的标志(tag)(例如条形码)，优选完全唯一的标志，其对核酸分子是特异性的，例如对每个单一多核苷酸是唯一的。本文所用的术语“UMI”是指多核苷酸的序列信息和多核苷酸本身的物理序列信息。UMI的长度范围可以是约2-100个核苷酸碱基或更多，优选长度为约4-16个核苷酸碱基。UMI可以是连续序列，或者可以分成几个子单元。这些子单元中的每一个可以存在于单独的接头和/或探针中。这些子单元优选地一起用于产生单个多核苷酸基本上唯一的标志，优选完全唯一的标志。例如，如果多核苷酸是两侧有两个接头(flanked by two adapters)的片段，这两个接头中的每一个都可以包含UMI的子单元。在多核苷酸是两个探针的连接产物的情况，这两个探针中的每一个都可以包含UMI的子单元。为了获得共有序列，可以基于两个UMI子单元中的每一个的信息对在本发明方法中获得的序列读长进行分组。优选地，UMI不含有两个或更多个连续的相同碱基。此外，优选至少两个碱基的UMI之间存在差异、优选至少三个碱基的UMI之间存在差异。UMI可以具有随机、伪随机或部分随机，或非随机的核苷酸序列。由于UMI用于唯一地鉴定从其衍生读长的起始分子，扩增的多核苷酸的读长可以折叠(collapsed)成来自每个起始多核苷酸的单个共有序列。UMI可以是完全或实质上唯一的。完全唯一的在本文中应理解为，在本发明方法中提供的每个多核苷酸都包含与在本发明方法中其他多核苷酸中包含的所有其他标志所不同的唯一的标志。基本上唯一的在本文中应理解为本发明的方法、产品、组合物或试剂盒中提供的每个多核苷酸包含随机的UMI，但是这些低比例的多核苷酸可以包含相同的UMI。优选地，在用相同的UMI标记包含目的序列变异体的完全相同的分子的机会可以忽略不计的情况，使用基本上唯一的分子标签。优选地，UMI相对于目的特定序列变异体是完全唯一的。UMI优选具有足够的长度以确保每个源DNA分子的这种唯一性。在一些实施方式中，较低唯一的分子标签(即，如上所述的基本上唯一的分子标签)可以与其他鉴定技术结合使用，以确保在测序过程中唯一地识别每个源DNA分子。例如，本发明的UMI可以是较低唯一的，使得不同的目的序列变异体可以与相同或相似的UMI偶联，例如，与第一基因的序列变异体偶联的UMI可以具有与第二基因的序列变异体偶联的UMI相同的序列。在后一种情况，UMI的序列信息与目的序列变异体的序列信息的组合允许识别起始多核苷酸，即源分子或模板。UMI优选用于测定来自单个簇的所有读长被识别为源自单个源分子或模板。换句话说，优选使用UMI来测定哪些读长来自单个源分子或模板。源DNA分子或DNA模板在本文中理解为通过扩增或以其他方式复制以产生多个DNA分子实例的DNA分子。
具体实施方式
目前本领域已知的用于测定二倍体基因组中某一序列的频率的方法不能用于测定多倍体基因组中的频率。例如，该方法的灵敏度可能不足以测定多倍体基因组中频率的细微差异，或者该方法可能受到扩增偏差的影响，给出不准确的结果。
本发明人现在发现，唯一地标记包含目的序列变异体的多核苷酸，可以导致准确地测定在多倍体核酸样品中该序列的相对频率。因此，这种方法导致对这种多倍体核酸样品进行更准确的基因分型。
因此，在第一方面，本发明涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率的方法。优选地，所述核酸样品是源自至少一个多倍体细胞的基因组DNA。优选地，该方法包括以下步骤：
a)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中每个多核苷酸包含唯一分子标签(UMI)，
b)扩增步骤a)中所提供的多核苷酸的至少部分；
c)测定扩增的多核苷酸的至少部分的序列以获得序列读长；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的序列读长的每个子集的共有序列；和
e)基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和参考序列的频率，测定所述目的序列变异体的相对频率。
优选地，在步骤e)中，基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和包含参考序列的共有序列的频率来测定目的序列变异体的相对频率。
优选地，步骤a)的多核苷酸是以下的至少一种：
i)来自样品的核酸的片段，其中每个片段与UMI连接；和
ii)至少一种探针的连接产物，所述探针包含能够与来自样品的核酸中目的序列变异体杂交的序列，其中每个连接产物包含UMI。
因此，本发明涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸中目的序列变异体的相对频率的方法，其中该方法包含以下步骤：
a)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中所述多核苷酸是来自所述样品的核酸的片段，并且其中每个片段与UMI连接，
b)扩增步骤a)中所提供的多核苷酸的至少部分；
c)测定扩增的多核苷酸的至少部分的序列以获得序列读长；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的序列读长的每个子集的共有序列；和
e)基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和参考序列的频率，测定所述目的序列变异体的相对频率。
此外，本发明涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸中目的序列变异体的相对频率的方法，其中该方法包括以下步骤：
a)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中所述多核苷酸是至少一种探针的连接产物，所述探针包含能够与来自所述样品的核酸中目的序列变异体杂交的序列，并且其中每个连接产物包含UMI，
b)扩增步骤a)中所提供的多核苷酸的至少部分；
c)测定扩增的多核苷酸的至少部分的序列以获得序列读长；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的序列读长的每个子集的共有序列；和
e)基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和参考序列的频率，测定目的序列变异体的相对频率。
优选地，目的序列变异体是等位基因变异体。因此，本文详述的方法也可以是用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸的基因型的方法。在所述方法中，等位基因变异体的相对频率提供关于本文进一步详述的样品的基因型的信息。
优选地，通过至少使用UMI来获得步骤d)中的共有序列，该UMI用于将序列读长分配给步骤a)的多核苷酸的单个多核苷酸，即源多核苷酸，其也可以被称为本发明方法的模板分子。任选地，将在步骤c)中获得的包含相同UMI的序列读长的子集进行分组。任选地，只使用UMI的信息进行分组。或者，UMI的序列和序列读长的内部序列的至少部分均用于分组。可选地或另外，在多核苷酸是探针的连接产物的情况，可以使用基因座标签和样品标记之间的距离(即核苷酸的数量)进行分组。在进一步的实施方案中，所有三个UMI、内部序列的至少部分序列和标签之间的距离均用于分组。
任选地，将一组中的一个序列读长作为共有序列。或者，通过折叠一组中的至少部分，优选全部序列读长来获得共有序列。
如上所述，除了使用UMI来测定共有序列之外，还可以考虑序列读长的长度。因此，可以通过折叠包含相同UMI并且具有相同或高度相似的读长长度的序列读长来获得共有序列。
任选地，所述方法还包含产生报告的步骤，所述报告指示所测定的目的序列变异体的相对频率或所测定的核酸样品的基因型或由此得到的任何进一步的结论。任何进一步的结论可以是例如所得的表型。
任选地，在步骤a)之前是提供核酸样品的步骤。本发明方法的核酸样品源自至少一个多倍体细胞，任选地来自两个或更多个细胞，优选源自相同个体，优选来自相同个体的相同组织。
本发明方法中的相对频率可以计算为目的序列变异体在核酸样品中出现的次数(number of times)(即频率)相对于或除以参考序列在所述样品或可比样品中出现的次数。在本发明方法的步骤e)中，根据目的序列的频率和参考序列的频率测定目的序列变异体的相对频率。所述目的序列变异体的频率，即所述目的序列变异体在所述方法的样品中存在的次数，是基于在步骤d)中所获得的包含所述目的序列变异体的共有序列的数目。在评估样品中目的序列变异体的频率时，优选将每个包含目的序列变异体的共有序列计为一个。包含所述目的序列变异体的共有序列的数目优选反映所述核酸样品中目的序列变异体的数目。
在目的序列变异体是等位基因的情况，相对频率可以表示为该等位基因在核酸样品中出现的次数除以该等位基因及其任何等位基因变异体在核酸样品中出现的次数的总和。
或者，相对频率可以表示为等位基因在核酸样品中出现的次数除以其等位基因变异体在核酸样品中出现的次数。任选地，可以基于包含所述等位基因变异体的基因座的频率来建立所有等位基因变异体的频率。所有等位基因变异体的频率也可以基于所有等位基因变异体频率的总和来建立。在后一种情况，参考序列可以涵盖多重序列，即所有等位基因变异体的序列。优选地，本发明方法中的相对频率可以表示为特定基因座上目的序列变异体在核酸样品中出现的次数除以该基因座在核酸样品中出现的总次数。测定等位基因变异体的相对频率的方法也可以被认为是核酸样品基因分型的方法。
参考序列可以是目的序列的另外的变异体，例如，目的序列的第一、第二、第三、第四或另外的变异体。或者，参考序列可以是不相关的序列。参考序列在样品中的频率可以是已知的。或者，需要测定样品中参考序列的频率。因此，本发明的方法可以进一步包含测定所述参考序列的频率，优选地通过执行与评估目的序列变异体的频率相同的本发明方法的步骤，优选使用相同的样品，但用于测定所述参考序列的频率。所述测定可以与测定样品中目的序列变异体的量并行地或顺序地进行，优选并行地进行，这意味着在相同时间对相同样品进行测定。
技术人员知道如何评估不同的变异体和/或参考序列以及目的序列变异体。例如，在对样品进行OLA检测的情况，可以同时使用多种不同的探针，其中每种探针选择性地与特定变异体或参考序列杂交，并且其中优选地，这种探针包含等位基因或基因座特异性标签，优选地紧邻UMI。在对样品的核酸的片段进行本发明方法的情况，本领域技术人员能够从由本发明方法的步骤c)获得的序列信息中收集样品中的变异体或不相关参考序列的量的信息。
在非限制性实施例中，如果第一目的序列变异体在四倍体细胞中存在一次，并且其变异体序列存在三次，则第一目的序列变异体的相对频率可以相对于该基因座出现的总次数(即0.25或25％)来表示，或者相对于变异体序列(即0.33或33％)来表示。因此，相对频率是序列发生的次数的分数或比例，可以表示为百分比(例如在0-100％之间)或者分数(例如在0-1之间)。
本文公开的方法可用于测定核酸样品中等位基因的相对频率，即，在目的序列变异体是特定等位基因的序列或其部分序列的情况。
在使用四倍体生物和双等位基因多态性的非限制性实施例中，第一序列(例如第一等位基因)表示为“A”，第二序列(例如第二等位基因)表示为“B”。当一条染色体包含一个“A”拷贝，并且其他3条染色体各包含一个“B”拷贝时，等位基因“A”的相对频率可表示为0.25，等位基因“B”的相对频率可表示为0.75。在本文中应当理解，通过比较一个等位基因变异体(例如“A”)的存在与另一个等位基因(例如在该非限制性实施例中的“B”)的存在，可以测定目的序列变异体(例如在该非限制性实施例中的“A”)的相对频率。因此，在该非限制性实施例中A的相对频率可以计算为(存在的A)/(存在的A+存在的B)。
类似地，在使用多倍体生物和多等位基因多态性的非限制性实施例中，第一序列(例如第一等位基因)可以表示为“A”，而所有其他变异体可以表示为“B”。相对频率可以如上所述计算，即(存在的A)/(存在的A+存在的B)。
可选地或另外，通过比较一个等位基因的存在(例如“A”)与不相关的参考序列(例如“X”)的存在，可以测定目的序列变异体(例如在该非限制性实施例中的“A”)的相对频率，所述不相关的参考序列优选为与目的序列变异体的基因座不相关的基因座的序列，其中不相关的参考序列在核酸样品中具有已知的拷贝数，并且具有的相对频率为1。在以上提供的非限制性实施例中，“A”存在一次，而不相关的参考序列(“X”)存在4次(例如，每个染色体一次)。因此，该非限制性实施例中“A”的相对频率可以计算为(存在的A)/(存在的X*拷贝数A)，例如为0.25。
在一个实施方案中，目的序列变异体可以在每个染色体上经常出现两次或更多次，即拷贝数是2或更多。在非限制性实施例中，四倍体生物每条染色体具有例如两个等位基因拷贝，并且例如一条染色体包含“AB”并且三条染色体包含“BB”，在上面的公式A/(A+B)中，当A＝1并且B为7时，表示为相对于基因座出现次数的相对频率为0.125。类似地，在上式A/(X*拷贝数A)中，A为1，X为4，并且A的拷贝数为2。
本领域技术人员直接地理解如何调整以上提供的公式以计算目的序列变异体的相对频率。此外，可以使用相似的公式来测定目的序列变异体与其变异体之间的比率，包括等位基因与等位基因变异体之间的比率。
该方法可能进一步需要获得样品中目的序列变异体的变异体(在以上非限制性实施例中表示为“A+B”)总数的量的信息的步骤，或者样品中不相关的参考序列(在以上非限制性实施例中表示为“X”)的绝对量的信息，这些信息可能是已知的或需要评估的。
优选地，通过测定共有序列与参考序列之间的比率来测定相对频率。优选地，参考序列来源于或获得于包含目的序列变异体的相同核酸样品。
核酸样品可以包含或不包含目的序列。核酸样品可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多的目的序列，例如取决于细胞的多倍性水平、其等位基因状态和样品中存在的基因组数目。核酸样品可以包含或不包含参考序列。所述核酸可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多的参考序列，例如取决于细胞的多倍性水平、其等位基因状态和样品中存在的基因组数目。
相对频率优选由核酸样品中存在的共有序列的数目和参考序列的数目测定。可以使用本发明的方法来测定共有序列的数目。优选地，参考序列的数目可以另外使用本发明的方法来测定。优选地，用于提供包含目的序列变异体的多核苷酸的方法步骤还提供包含参考序列的多核苷酸。
优选地，本发明所述的方法包含以下步骤：
a1)提供包含目的序列和参考序列的核酸样品；
a2)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中这些多核苷酸是：
(i)来自样品的核酸的片段，其中每个片段与UMI连接；或
(ii)至少一种探针的连接产物，所述探针包含能够与来自所述样品的核酸中的目的序列变异体或参考序列杂交的序列，其中每个连接产物包含UMI；
b)扩增步骤a)中所提供的多核苷酸的至少部分；
c)测定扩增的多核苷酸的至少部分的序列以获得序列读长；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的序列读长的每个子集的共有序列；和
e)基于包含目的序列变异体的共有序列的频率和包含参考序列的共有序列的频率，测定目的序列变异体的相对频率。
目的序列变异体
目的序列变异体可以是核酸样品中的任何序列，例如基因、基因复合体、基因座、假基因、调节区、高度重复区、多态性区或其部分。该目的序列变异体可以是天然存在的序列或人工引入的序列。人工引入的序列的非限制性实例是通过表达载体和/或通过CRISPR技术引入核酸样品中的序列。类似地，人工引入的序列可以通过例如随机诱变获得。该目的序列变异体也可以是包含指示表型或疾病的遗传或表观遗传变异的区域。优选地，在核酸样品中可以存在一个以上的目的序列变异体，其中至少一个变异体是目的序列变异体。
在一些实施方案中，核酸样品包含使用本发明的方法测定的一个以上的目的序列变异体。因此，核酸样品可以包含大约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000或更多的目的序列，其相对频率是使用本发明所述的方法来测定的。因此，在一个实施方案中，测定两个或更多个目的序列的相对频率。任选地，一个或多个目的序列在结构上或功能上相关。
本文应理解为，多个目的序列变异体可以是相同基因的两个或更多个变异体。可选地或另外，多个目的序列变异体可以是不同基因的序列变异体。
在一个实施方案中，包含目的序列变异体的多核苷酸可以包含天然和非天然、人工或非典型核苷酸，包括但不限于DNA、RNA、BNA(桥接核酸)、LNA(锁核酸)、PNA(肽核酸)、吗啉基核酸、乙二醇核酸、苏糖核酸、表观遗传修饰的核苷酸如甲基化DNA，以及其模拟物(mimetics)和其组合。
目的序列变异体可以是但不限于等位基因或其部分。等位基因在本文中定义为某一基因的变异体形式。术语“等位基因”和“等位基因变异体”在本文中可互换使用。作为非限制性实例，可以有两个等位基因变异体(双等位基因，A或B)。然而，本发明所述的方法不限于两个等位基因变异体。例如，可能有3、4、5、6、7、8、9或更多的等位基因变异体。本发明所述的方法可用于测定例如仅一个等位基因变异体(A)的相对频率，或例如两个或更多个等位基因变异体之间的比率(例如A或B之间的比率)。
目的序列变异体，例如目的等位基因变异体，可以是遗传标记物。
本文应理解为，这种等位基因变异可以发生在基因的编码区和/或基因的非编码区。另外或可选地，变异可以出现在剪接位点和/或基因的调节元件中，例如但不限于启动子区域。两个等位基因之间的差异可能是存在或不存在SNP。优选地，SNP导致翻译的蛋白质中的氨基酸改变。优选地，SNP导致单个氨基酸的改变。
可选地或另外，目的序列变异体是基因间序列，或是基因间序列的一部分，其中优选不同的变异体存在于群体中。优选地，目的序列变异体包含SNP。
在优选实施方案中，目的序列变异体是目的基因(g.o.i.)的等位基因变异体。优选地，所述等位基因变异体赋予生物体表型性状，优选赋予植物表型性状或特征。术语“植物特征”是指植物、植物细胞或植物组织的任何特征。
在一个实施方案中，该等位基因赋予植物选自以下的植物特征：发育、植物生长、产量、生物质生产、植物结构(plant architecture)、植物生物化学、植物生理学、新陈代谢、生存能力和应激耐受性。可选地或另外，植物特征选自DNA合成、DNA修饰、核内复制、细胞周期、细胞壁生物发生、转录调控、信号转导、贮藏脂质动员和光合作用。
本文所用术语“赋予植物特征”涵盖植物特征的任何变化，如时间或位置的增加、减少或变化。
本文应理解为，该等位基因可以通过引入、增加、减少或去除某个基因产物的表达来改变植物特征。植物特征是否由于基因产物的引入表达、基因产物的增加表达、基因产物的减少表达或基因产物的去除表达而改变取决于等位基因的类型和/或植物特征的类型。
以下详述了受等位基因变异体影响或由于等位基因变异体影响的植物特征的非限制性实例。
“生长”是指植物或植物部分扩大和增加生物质的能力。改变生长指的是改变植物的生长速率、植物的周期时间、植物的大小、植物的扩大(expansion)或植物的增加。另外和/或可选地，生长特征可指包含但不限于细胞周期(进入、进行、退出)、细胞分裂、细胞壁生物发生和/或DNA合成、DNA修饰和/或核内复制的细胞过程。
“产量(Yield)”是指植物的可收获部分。“生物质”是指植物的任何部分。这些术语还涵盖种子产量的增加，其包括均相对于相应野生型植物的种子生物质(种子重量)的增加和/或(饱满的)种子数量和/或种子大小的增加和/或种子体积的增加。种子大小和/或体积的增加也可能影响种子的组成。种子产量的增加可能是由于花的数量和/或大小的增加。产量的增加也可能增加收获指数，收获指数表示为总生物质与可收获部分(如种子)产量的比率。
“植物发育”是指植物的任何细胞过程，其涉及确定植物细胞，特别是祖细胞将发育成为的特定组织或器官类型的发育命运。因此，根据本发明的典型植物特征是与植物发育相关的细胞过程相关的特征，例如，形态发生、光形态建成、新梢(shoot)发育、根系发育、营养发育、繁殖发育、茎伸长、开花、涉及确定细胞命运、模式形成、分化、衰老、开花时间和/或成花时间的调节机制。
本文所用的“植物结构”是指植物的外观，其包括任何一个或多个结构特征或其结构特征的组合。这种结构特征包括植物的任何细胞、组织或器官或细胞、组织或器官的群(包括根、茎、叶、芽、叶柄、腺毛、花、花瓣、柱头、花柱、雄蕊、花粉、胚珠、种子、胚、胚乳、种皮、糊粉、纤维、果实、形成层、木材、心材、薄壁组织、通气组织、筛分子、韧皮部或维管组织等)的形状、大小、数量、位置、颜色、质地、排列和图式发育。
术语“应激耐受性”被理解为在诸如环境应激等应激条件更好地生存和/或更好地表现的能力，环境应激可以是生物的或非生物的。盐度、干旱、高温、低温和冷冻都描述为诱发渗透应激的条件。如本发明所用的术语“环境应激”是指对细胞、组织、种子、器官或整个植物的代谢、生长或生存力的任何不利影响，其由非生物或非生物环境应激源产生。
更具体地说，它可以涵盖环境因素，如水应激(淹水、水浸、干旱、脱水)、厌氧(低水平氧气、CO2等)、需氧应激、渗透应激、盐应激、温度应激(热/高温、冷、冻、霜)或营养物质缺乏、污染物应激(重金属、有毒化学物质)、臭氧、强光、病原体(包括病毒、细菌、真菌、昆虫和线虫)以及这些因素的组合。
生物应激是指生物体对植物的影响所产生的应激。实例是病原体(病毒、细菌、线虫、昆虫等)引起的应激。另一个实例是由生物体引起的应激，其不一定对植物有害，例如由共生体(a symbiotic)或附生体引起的应激。因此，通过对第二基因(即目的基因)的修饰获得的特定植物特征可以涵盖早期活力、存活率、应激耐受性。
与“植物生理学”有关的特征可涵盖植物的功能过程的特征，其包括诸如生长、扩大和分化、性发育、有性繁殖、种子结实(seed set)、种子发育、籽粒灌浆、无性繁殖、细胞分裂、休眠、萌发、光适应、光合作用、叶片扩大、纤维生产、次生生长或木材生产等发育过程；植物对外部施加的因素(例如金属、化学物质、激素、生长因子、环境和环境应激因素(例如缺氧、低氧、高温、低温、脱水、光照、昼长、淹水、盐、重金属等))的反应，包括植物对所述外部施加的因素的适应性反应。受特定等位基因影响或由其引起的特定植物生理学特征可进一步涵盖改变的贮藏脂质动员、光合作用、转录调节和信号转导。
本领域技术人员应理解，与“植物生物化学”相关的植物特征优选是指代谢特征。“代谢”可以与生物化学互换使用。代谢和/或生物化学涵盖植物的催化或同化作用或其他代谢过程，包括初级和次级代谢及其产物，包括任何元素、小分子、大分子或化合物，例如但不限于淀粉、糖、蛋白质、肽、酶、激素、生长因子、核酸分子、纤维素、半纤维素、胼胝质、凝集素、纤维、色素如花青素、维生素、矿物质、微量元素或大量营养素(macronutrients)，其由植物产生。
在优选的实施方案中，目的序列变异体可以在每个染色体上存在一次，或者2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次，例如拷贝数可以是1或2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次。在优选实施方案中，不存在目的序列变异体的拷贝数变化。因此，在优选实施方案中，在多倍体基因组中不存在等位基因或等位基因变异体的拷贝数变异。换句话说，在优选实施方案中，所述序列或目的(interest)，特别是等位基因，在多倍体基因组中具有单个基因座。
可以使用本领域中已知的任何常规方法来测定拷贝数。作为非限制性实例，可以测定本发明方法的(扩增)多核苷酸的长度，可变长度可以指示存在2或更多拷贝数。
核酸样品
包含目的序列变异体的核酸样品优选可从多倍体生物的至少一个多倍体细胞中获得。核酸样品可以是基因组DNA(gDNA)、线粒体、细胞游离DNA(cfDNA)、和来自文库的DNA中的至少一种。优选地，所述核酸样品是基因组DNA，即多倍体基因组DNA。
优选地，可以在单个核酸样品中测定目的序列变异体的相对频率，即，为了测定相对频率或比率，不需要在不同核酸样品之间进行比较。这是与例如测定拷贝数变异的本质差异，所述测定拷贝数变异确实需要在测试样品和参考样品之间进行比较。
优选地，所述核酸样品可从至少一个多倍体细胞或组织中获得。多倍体细胞在本文中定义为具有两个以上配对(同源)染色体组的细胞。多倍性在植物中尤其常见。此外，多倍性可能出现在二倍体动物的组织中，例如但不限于人的肌肉组织。多倍性可能是天然存在的现象，或可能是通过化学物质，或冷激处理或热激处理诱导的。诱导多倍体的化学物质的非限制性实例是秋水仙碱和氨磺乐灵。
在一个实施方案中，所述核酸样品可来自至少一个多倍体细胞或组织，其中所述至少一个多倍体细胞或组织选自三倍体、四倍体、五倍体、六倍体、七倍体、八倍体、十倍体和十二倍体细胞或组织。
所述至少一个多倍体细胞可以是真核或原核细胞，优选真核细胞。多倍性可能出现在高度分化的组织中，例如但不限于肝脏、心肌、骨髓和胎盘。因此，核酸样品可能源自分化的多倍体细胞，例如源自二倍体生物。
所述至少一个多倍体细胞可以是动物、细菌、真菌或植物细胞。核酸样品可以从任何多倍体细胞中获得。作为非限制性实例，核酸样品可以从至少一种多倍体动物细胞获得，例如但不限于来自扁虫、水蛭、海虾、鲑鱼、鲤科鱼类(cyprinid)、爪蟾、蜥蜴或模蝾螈的细胞。或者，用于本发明的核酸样品可以从至少一种多倍体植物细胞中获得。所述多倍体植物细胞可以源自多倍体植物或倍性嵌合体。
已经提出在现存的植物物种中，多达30％-80％是多倍体。多倍体植物在自然界中可以通过几种机制自然产生，包括减数分裂或有丝分裂失败以及未还原(2n)配子的融合。所述至少一种多倍体植物细胞可以是异源多倍体植物细胞或同源多倍体植物细胞。异源多倍体植物细胞在本文中定义为具有例如由于种间杂交而源自不同物种的染色体的多倍体植物细胞。同源多倍体植物细胞在本文中定义为具有源自相同物种的染色体的植物细胞，例如，具有多于两个完整拷贝的基因组，例如，由于基因组加倍。优选地，所述至少一种多倍体植物细胞是同源多倍体植物细胞。
在一个实施方案中，所述核酸样品可源自至少一个多倍体作物植物细胞。在实施方案中，所述核酸样品可源自至少一种多倍体植物细胞，所述多倍体植物细胞选自马铃薯、紫苜蓿、小麦、烟草、甘蔗、苹果和棉花。
在一个实施方案中，在该方法之前是测定细胞多倍性水平的步骤。在本发明的方法中可以使用任何测定多倍性水平的常规方法。测定多倍性水平的方法包括直接法和间接法。直接方法包括但不限于染色体计数。间接方法包括但不限于流式细胞术、气孔大小、气孔密度、细胞大小、保卫细胞叶绿体数和形态观察中的至少一种。
多核苷酸
本发明的方法优选包含获得包含目的序列和任选参考序列的多核苷酸的步骤。所述目的序列可以是所述目的序列变异体或怀疑是所述目的序列变异体的序列。另外或可选地，多核苷酸包含目的序列的反向互补序列(complement)，或任选地包含参考序列。因此，本文应理解，多核苷酸中的目的序列变异体与核酸样品中的目的序列变异体(即其相对频率将被测定的序列)是相同的(即具有100％的序列一致性)。可选地或另外，多核苷酸中的目的序列变异体与核酸样品中的目的序列变异体完全互补(即具有100％的序列互补性)。同样，多核苷酸中的任选参考序列与核酸样品中的任选参考序列相同(即具有100％的序列一致性)。可选地或另外，多核苷酸中的任选参考序列与核酸样品中的任选参考序列完全互补(即具有100％的序列互补性)。所述多核苷酸各自包含本文所定义的唯一分子标签(UMI)。
可以使用本领域已知的任何常规方法将UMI应用于DNA分子，例如寡核苷酸。作为非限制性实例，可以通过将UMI物理连接或结合至DNA分子上的方法，例如通过聚合酶、核酸内切酶、转座酶等连接或转座，从而将UMI应用到DNA分子上。另外或可选地，可在合成期间使用任何核苷酸混合物将UMI结合到DNA分子中。
所述多核苷酸可以是线性或环状核酸分子。此外，多核苷酸可以是单链或双链核酸分子。
在用于本发明中的UMI作为接头的一部分连接到核酸样品的片段上的情况，接头可以是单链、双链或Y形。使用包含UMI的单链或Y形接头，可以清楚地标记核酸片段的正义链和反义链(top and the bottom strand)，假设在Y形接头的情况，UMI是接头的非双链结构的一部分。例如，在剪切的基因组DNA的情况，其中片段大小与其序列的组合对于每个片段是唯一的或基本上唯一的，可以基于在本发明方法的步骤b中获得的序列信息对正义链和反义链的读长进行分组。或者，使用双链或Y形接头，可以用互补的UMI标记正义链和反义链，假设在Y形接头的情况，UMI是接头的双链结构的一部分。在这种情况，可以基于在本发明方法的步骤b中获得的UMI的序列信息对正义链及其反义链进行分组。
寡核苷酸连接测定法
在一个实施方案中，本发明所述方法的多核苷酸可以是单链核酸分子。在该实施方案中，多核苷酸可以通过寡核苷酸连接获得，优选在OLA测定中使用核酸样品中的目的序列变异体或其反向互补序列作为模板链(即靶序列链)。寡核苷酸连接包括连接单个寡核苷酸探针两端，从而生成单链环状多核苷酸。类似地，寡核苷酸连接包括连接两个或更多个寡核苷酸探针以获得包含目的序列变异体或其互补序列的单链线性多核苷酸。
当用于寡核苷酸连接测定的情况时，术语“寡核苷酸连接(检测)探针”、“OLA探针”、“寡核苷酸探针”和“探针”在本文中可互换使用。
本文应理解为，连接可以是在寡核苷酸连接探针与包含目的序列变异体的模板链杂交后直接连接寡核苷酸连接探针，或者在例如填充两个杂交的寡核苷酸连接探针之间存在的间隙(间隙填充)的步骤后进行连接。可以使用本领域中已知的任何常规间隙填充方法来进行间隙填充。
优选的是寡核苷酸连接测定(OLA)来检测核酸样品中目的序列变异体。OLA在本领域是众所周知的，并且本领域技术人员知道如何进行OLA检测。典型的OLA检测至少使用一个或两个寡核苷酸连接探针，这些探针只能在(i)相同寡核苷酸连接探针的5’端和3’端(当使用单个寡核苷酸连接探针时)或(ii)第一寡核苷酸连接探针的5’端和第二寡核苷酸连接探针的3’端(当至少使用两个寡核苷酸时)与核酸样品中目的序列变异体或其反向互补序列杂交时才能连接。
可以将第一探针和第二探针设计成与包含目的序列变异体的模板链的直接相邻序列杂交，或者与被模板链的序列分开的模板链的序列杂交，产生如上所述可以填充的间隙。可以设计探针，使得在其3’端与包含目的序列变异体的模板链杂交的探针或探针部分包含在其3’端与目的变异体杂交的核苷酸或与其变异体杂交的核苷酸。这种探针在本文中被称为“等位基因特异性”探针或寡核苷酸。在间隙填充(gap filling)寡核苷酸连接测定的情况，所使用的探针可能对目的变异体是不可知的，该目的变异体可以在探针杂交后填充的间隙内。
本文的环状或线性连接产物可以是本发明方法的多核苷酸。在OLA测定中使用两个或更多个寡核苷酸连接探针的情况，通常将寡核苷酸连接探针之一称为“等位基因特异性”寡核苷酸或探针，并将一个寡核苷酸称为“基因座特异性”寡核苷酸或探针。顾名思义，“等位基因特异性”探针只与特定的等位基因变异体(即目的序列变异体)杂交，而基因座特异性探针优选与所有等位基因变异体共有的序列杂交。在间隙填充寡核苷酸连接测定中使用两种寡核苷酸连接探针的情况，两种寡核苷酸可以是“基因座特异性”寡核苷酸或探针。
OLA原理描述于US 4,988,617(Landegren等人),Nilsson等Human mutation,2002,19,410-415；Science 1994,265:2085-2088；US 5,876,924；WO98/04745；WO98/04746；US6,221,603；US5,521,065；US5,962,223；EP185494B1；US6,027,889；US4,988,617；EP246864B1；US6,156,178；EP745140B1；EP964704B1；WO03/054511；US2003/0119004；US2003/190646；EP1313880；US2003/0032016；EP912761；EP956359；US2003/108913；EP1255871；EP1194770；EP1252334；W096/15271；W097/45559；US2003/0119004A1；US5,470,705；WO01/57269；WO03/006677；WO01/061033；WO2004/076692；WO2006/076017；WO2012/019187；WO2012/021749；WO2013/106807；WO2015/154028；WO2015/014962和WO2013/009175，其通过引用并入本文。在OLA技术方面的其他进展已经由荷兰的KeyGene,Wageningen报道，其通过引用并入本文。在通过引用并入本文的WO2004/111271、WO2005/021794、WO2005/118847和WO03/052142中，KeyGene描述了改善寡核苷酸连接测定的可靠性的几种方法和探针设计。这些申请还公开了可实现的多重水平的显著改进。还有“SNPWave:a flexible multiplexed SNP genotyping technology”，van Eijk MJ,等,NucleicAcids Res.2004；32(4):e47)和“SNPelect:A scalable and flexible targetedsequence-based genotyping solution”,Hogers等,PLoS ONE October 12,2018，描述了在该领域中进行的改进，其通过引用并入本文。在通过引用并入本文的WO2007100243中，描述了下一代测序技术对寡核苷酸连接测定结果的应用。
优选地，在本发明所述的方法中，至少一种用于连接的寡核苷酸连接探针，优选地用于OLA检测，其包含唯一分子标签(UMI)。在优选实施方案中，等位基因特异性和基因座特异性寡核苷酸连接探针中的至少一个包含UMI。优选地，至少所述等位基因特异性寡核苷酸连接探针包含UMI。可选地或另外，至少所述基因座特异性寡核苷酸连接探针包含UMI。任选地，等位基因特异性寡核苷酸连接探针和基因座特异性寡核苷酸连接探针两者在OLA检测中能够在与模板链的靶序列杂交时连接在一起，其包含共同构成UMI的UMI子单元。任选地，所述第一基因座特异性寡核苷酸连接探针和第二基因座特异性寡核苷酸连接探针能够在与模板链中的它们的靶序列杂交后形成连接产物，随后在间隙填充寡核苷酸连接测定中进行间隙填充和连接，它们都包含共同构成UMI的UMI子单元。因此，所述寡核苷酸连接探针的连接优选产生包含所述目的序列变异体或其互补和UMI的多核苷酸。
片段化核酸样品
在一个实施方案中，本发明所述方法中使用的多核苷酸是双链多核苷酸。本文所用的术语“双链”和“双螺旋”描述了碱基配对(即杂交在一起)的两个互补多核苷酸，。互补的核苷酸链在本领域中也称为反向互补序列(reverse-complement)。在该实施方案中，目的序列变异体是双链DNA的单链DNA链中较小或较长的核苷酸连续延伸，其中所述双链DNA还包含在所述双链DNA的互补链中与目的序列变异体互补的序列。
优选地，在该实施方案中，多核苷酸包含核酸样品的片段，并进一步包括UMI。优选地，所述片段化核酸样品是片段化基因组DNA(gDNA)，并且所述UMI可以与所述基因组片段连接，优选地，所述UMI至少与包含目的序列变异体的基因组片段连接。
所述片段化核酸样品优选为片段化基因组DNA，其中所述基因组DNA可从多倍体生物获得。可以使用本领域已知的任何合适的方法将DNA，特别是基因组DNA片段化。用于DNA片段化的方法包括但不限于酶消化和机械力。
使用机械力片段化核酸样品的非限制性实例包括使用声剪切、雾化(nebulization)、超声处理、point-sink剪切、needle剪切和French pressure cells破碎仪。
任选地，可以修饰核酸样品的片段以包含A-尾，优选便于连接到包含T-突出端的部分双链接头或完全双链接头。因此，在将接头退火至片段核酸之前，本发明的方法可任选地包含对片段核酸样品进行加A尾(A-tailing)的步骤。加A尾反应在本领域中是众所周知的，本领域技术人员直接理解如何进行加A尾反应，例如使用Klenow片段(exo-)。
用于片段化核酸样品的酶消化包括但不限于核酸内切酶。例如在
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技术中使用的酶消化可以进一步导致核酸样品的复杂性降低。本领域技术人员知道选择哪些酶用于DNA片段化。作为非限制性实例，至少一个常用切割酶(frequent cutter)和至少一个稀有切割酶(rare cutter)可用于核酸样品的片段化。常用切割酶优选地具有大约3-5bp的识别位点，例如但不限于MseI。稀有切割酶优选具有>5bp的识别位点，例如但不限于EcoRI。
在某些实施方案中，特别是当样品含有或源自相对大的基因组时，可优选使用第三种酶，稀有切割酶或常用切割酶，以获得更大一组的较短大小的限制性片段。
本发明所述的方法不限于任何特异性限制性核酸内切酶。核酸内切酶可能是II型核酸内切酶，如EcoRI、Msel、Pstl等。在某些实施方案中，可以使用IIS型或III型核酸内切酶，即识别序列位于远离限制性位点的核酸内切酶，例如但不限于，Acelll、AIwI、AIwXI、Alw26I、Bbvl、BbvII、Bbsl、Bed、Bce83I、Bcefl、Bcgl、Binl、Bsal、Bsgl、BsmAI、BsmFl、BspMI、EarI,EciI、Eco3ll、Eco57I、Esp3I、Faul、Fokl、Gsul、Hgal、HinGUII、Hphl、Ksp632I、MboII、Mmel、MnII、NgoVIII、PIeI、RIeAI、Sapl、SfaNI、TaqJI和Zthll III。根据所用的核酸内切酶，限制性片段可以是平末端的或具有突出的末端。
在优选的实施方案中，常用切割酶和稀有切割酶中的至少一个的识别位点位于目的序列变异体内或非常接近目的序列变异体，例如常用切割酶或稀有切割酶的识别位点位于距目的序列变异体约0-10000个碱基处、10-5000个碱基处、50-1000个碱基处或约100-500个碱基处。
本文公开的当前方法也可用于多倍体细胞的
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技术。例如，在WO2007/114693、WO2006/137733和WO2007/073165中更详细地描述了
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技术，其通过引用并入本文。本领域中所述的
Figure BDA0003219397730000262
技术可以通过将UMI连接到限制性核酸样品上进行修饰。
另外或可选地，可以使用可编程核酸酶，优选使用CRISPR-Cas技术、锌指核酸酶、TALENs和兆核酸酶中的至少一种来消化核酸样品。
另外或可选地，在对多核苷酸测序之前，可以富集片段化的DNA。在富集步骤之前，首先可以将UMI连接到片段DNA上。可选地或另外，在富集步骤之后和测序步骤之前，可以将UMI连接到片段化的DNA上。然而，本文应理解，如果富集步骤或复杂性降低步骤涉及扩增多核苷酸的步骤，则在扩增之前将UMI连接到片段化的DNA上。
以上定义了富集或复杂性降低，并且优选地，复杂性降低是可重复的复杂性降低。可以使用一个或多个复杂性降低步骤，例如但不限于选自任意引物PCR扩增、捕获-探针杂交、Dong所描述的方法(参见例如，WO 03/012118、WO 00/24939)和标签连接(Unrau P.andDeugau K.V.(1994)Gene 145:163-169)，该方法描述于WO2006/137733；WO2007/037678；WO2007/073165；WO2007/073171、US 2005/260628、WO 03/010328、US 2004/10153，基因组分类(参见例如WO 2004/022758)，基因表达的系列分析(SAGE；参见例如Velculescu等人，1995，参见上文和Matsumura等,1999,The Plant Journal,vol.20(6):719-726)和SAGE的修饰(参见例如Powell,1998,Nucleic Acids Research,vol.26(14):3445-3446；和Kenzelmann和
Figure BDA0003219397730000263
1999,Nucleic Acids Research,vol.27(3):917-918)，MicroSAGE(参见例如Datson等,1999,Nucleic Acids Research,vol.27(5):1300-1307)，大规模并行签名测序(MPSS；参见例如Brenner等,2000,Nature Biotechnology,vol.18:630-634和Brenner等,2000,PNAS,vol.97(4):1665-1670)，自消减cDNA文库(Laveder等,2002,Nucleic Acids Research,vol.30(9):e38)，实时多重连接依赖的探针扩增(RT-MLPA；参见Eldering等,2003,vol.31(23):el53)，高覆盖率表达谱(HiCEP；参见例如Fukumura等,2003,Nucleic Acids Research,vol.31(16):e94)，如Roth等人所公开的通用微阵列系统(Roth等,2004,Nature Biotechnology,vol.22(4):418-426)，转录组学消减法(参见例如Li等,Nucleic Acids Research,vol.33(16):el36)，和片段展示(参见例如Metsis等,2004,Nucleic Acids Research,vol.32(16):el27)。
优选地，所述富集步骤是基于杂交的捕获方法。核酸片段和探针之间的杂交可以在溶液中或固体载体上进行。
在固相杂交捕获(也称为基于阵列的杂交选择(AHS))中，探针(优选DNA探针)结合到固体载体上，例如但不限于玻璃微阵列载玻片。将片段化的DNA施加到载体表面，并且使包含目的序列变异体的DNA片段与所述固定化探针杂交。非特异性的未结合分子可以被洗掉，且所述富集的DNA被洗脱。
在溶液杂交捕获中，也称为溶液相杂交选择(SHS)，游离DNA或RNA探针可以被生物素化，从而能够使用磁性链霉亲和素磁珠选择靶片段-探针异源双链。非靶向核酸片段，即不包含目的序列变异体的片段，可以通过一次或多次洗涤从液相中移除，并且靶片段可以从磁珠中洗脱(Gasc C.等,Sequence capture by hybridization to explore modernand ancient genomic diversity in model and nonmodel organisms,Nucleic AcidsRes.(2016)；44(10):4504–4518)。
优选的降低复杂性的方法是溶液杂交捕获，优选捕获-探针杂交。
在一个实施方案中，UMI连接到片段化的和任选富集的核酸片段上。
可以使用本领域中已知的任何常规方法来连接UMI。作为非限制性实例，包含UMI的序列的短寡核苷酸或由UMI的序列组成的短寡核苷酸可以结合例如连接到包含目的序列变异体的核酸片段上。
可选地或另外，所述UMI可以是接头的一部分，或者包含在接头中。因此，在一个实施方案中，本发明所述的方法包含将一个或多个接头连接到片段化的核酸样品的步骤，其中UMI位于至少一个接头中。可以有一个UMI位于多个连接的接头中。例如，UMI可以位于第一接头中，例如连接到核酸片段一端的接头。在连接到核酸片段另一端的接头中可以有另外的UMI。
优选地，所述UMI包含在接头内，其中所述接头可以连接到由常用切割酶和稀有切割酶中的至少一种所产生的突出端(overhang)。优选地，所述UMI至少位于接头中，所述接头可以连接到由稀有切割酶产生的突出端。所述接头可任选地包含一个或多个序列，用于对本发明方法的多核苷酸进行测序，优选地进行深度测序。因此，优选地，在本发明的方法中使用的接头与本领域已知的一个或多个深度测序平台兼容。
优选地，包含在一个或多个接头中的UMI可直接位于与所述限制性酶产生的突出端兼容的突出端附近。换句话说，当包含UMI的接头连接到多核苷酸时，UMI直接位于多核苷酸的侧面，即直接位于多核苷酸的5’或3’。可选地或另外，在多核苷酸的相应5’端或3’端与UMI之间可以存在一个或多个核苷酸。例如，在UMI和多核苷酸之间可以有一个或多个引物结合位点。另外或可选地，在UMI和多核苷酸之间可以有另外的标签，例如关于样品特异性标签。
在一个实施方案中，所述接头可以包含以下顺序的元件：UMI、测序引物、样品特异性标签，然后是可以连接到多核苷酸的相应5’或3’的接头末端。在另一实施方案中，接头可以包含以下顺序的元件：样品特异性标签、测序引物、UMI，然后是可以连接到多核苷酸的相应5’或3’的接头末端。
在一个实施方案中，所述UMI至少位于P5接头和P7接头中。
在一个实施方案中，至少一个接头是保护性接头。所述保护性接头也可以用作测序接头。保护性接头是这样一种接头，其在本文中应理解为专门设计以保护由所述接头捕获的用于核酸外切酶消化的靶核酸片段。这种接头可以通过包含化学部分或封闭基团(如硫代磷酸酯)或缺乏末端核苷酸(发夹或茎环接头，或可环化接头)来防止核酸外切酶降解。
在保护性接头包含防止核酸外切酶消化的化学部分的情况，这种部分优选存在于接头的转移链的5’末端部分，和/或存在于接头的非转移链的3’末端部分。这样的保护部分可以是硫代磷酸酯，其在本领域中已知用于防止核酸酶。例如，5’-末端的硫代磷酸酯将阻止5’至3’外切酶如T7或λ外切酶的外切酶降解。接头的5’末端可包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个硫代磷酸酯(PS)键。PS键使得硫原子取代了在寡核苷酸的磷酸主链上的非桥接氧，这使得核苷酸间键合对核酸酶降解具有抗性。
茎环或发夹式接头是单链的，但它们的末端是互补的，使得接头在自身上折叠以产生双链部分和单链环。茎环接头可以连接到线性双链多核苷酸的末端，以通过去除先前末端核苷酸对核酸外切酶的可用性(availability)来保护末端免受核酸外切酶的降解。例如，当茎环接头连接到双链核酸片段的末端时，使得不存在末端核苷酸(例如，分别使用聚合酶和连接酶填充和连接任何空隙)，所得分子缺少末端核苷酸，相反在每个末端携带单链环。
可环化接头可以通过环化反应防止外切酶的处理，环化反应依赖于存在接头中的特定序列的存在，而不依赖于茎环或发夹接头。包含目的序列变异体的片段可以通过片段任一侧的兼容结构的自身环化(其可以是接头连接的结果或作为连接的接头的限制性酶消化的结果)而环化，或者通过与所需片段的末端互补的选择探针杂交而环化。延伸和连接的最后一步(Extension and a final step of ligation)产生共价闭合的环状，任选双链的多核苷酸。
样品特异性标签
在一个实施方案中，除了UMI之外，多核苷酸还可以包含样品特异性标签、等位基因特异性标签和基因座特异性标签中的至少一个。因此，在本发明方法的实施方案中，另外在多核苷酸上连接了样品标记。
样品特异性标签允许在测序之前混合(pooling)样品，并随后用于将序列读长分配到原始样品，并且可以应用于不同的检测类型，例如片段的测序或寡核苷酸连接测定中连接产物的测序。基因座特异性标签和等位基因特异性标签通常用于寡核苷酸连接测定，并分别将序列追溯到特异性基因座和等位基因。
在一个实施方案中，用于例如OLA检测的探针之一可以包含UMI，而另一探针可以包含等位基因特异性标签。可选地或另外，探针之一包含UMI以及等位基因特异性标签。
另外或可选地，用于例如OLA检测的探针之一可包含UMI，而另一探针可包含基因座特异性标签。可选地或另外，探针之一包含UMI以及基因座特异性标签。
另外或可选地，用于例如OLA检测的探针之一可以包含UMI，而另一探针可以包含样品特异性标签。可选地或另外，探针之一包含UMI以及样品特异性标签。
另外或可选地，探针包含基因座特异性标签，并且任选地包含UMI，还包含样品特异性标签。
另外或可选地，该探针包含等位基因特异性标签，并且可选地包含UMI，还包含样品特异性标签。
在一个实施方案中，如本文所定义的接头之一包含样品特异性标签。可选地或另外，此处定义的接头中的至少一个包含UMI和样品特异性标签。优选地，可以至少使用两个接头，其中第一接头包含UMI，第二接头包含样品特异性标签。或者，至少第一接头包含UMI和样品特异性标签。
任选地，如本文进一步详细说明的，样品特异性标签可以位于本发明方法的扩增步骤中使用的一个或多个引物中。这样的一个或多个引物可以另外或可选地包含基因或基因座标签或等位基因标签，其将序列追溯到特定的基因、基因座或等位基因。优选地，这样的引物还包含在待扩增的多核苷酸内分别与所述基因或基因座特异的序列或与所述等位基因特异的序列选择性杂交的序列。
扩增和测序
本发明所述的方法包含扩增至少部分源自需要测定目的序列变异体的相对频率的核酸样品的多核苷酸的步骤，其中每个多核苷酸包含唯一分子标签(UMI)。
扩增在本领域是众所周知的，并且本领域技术人员知道如何进行扩增的方法。优选的扩增方法包括但不限于聚合酶链反应，优选使用高保真聚合酶对聚合酶碱基替换错误的数量进行限制。
多核苷酸的扩增可能需要扩增源自核酸样品的所有多核苷酸。或者，只扩增一部分多核苷酸。优选地，在本发明的方法中至少扩增含有或怀疑含有目的序列变异体的那些多核苷酸。
任选地，只扩增每个多核苷酸的一部分。优选至少扩增包含UMI的多核苷酸的部分。更优选地，至少扩增包含UMI和目的序列变异体的部分。任选地，扩增整个或基本上整个多核苷酸。因此，在本发明的方法中要扩增的多核苷酸中，至少UMI位于第一和第二扩增引物结合位点之间，更优选的是，目的序列变异体和UMI位于第一和第二扩增引物结合位点之间。任选地，第一和第二扩增引物结合位点分别位于多核苷酸的一端。
在本发明方法的多核苷酸是用于例如OLA检测的至少一种寡核苷酸连接探针的连接产物的情况，所述探针可以包含扩增引物结合位点。在至少使用两个或更多个寡核苷酸连接探针的情况，优选至少一个寡核苷酸连接探针包含第一扩增引物结合位点和另一个寡核苷酸连接探针包含第二扩增引物结合位点的反向互补序列，使得在探针连接之后，在与目的序列变异体杂交之后，可以使用第一和第二扩增引物扩增连接产物。优选地，OLA检测使用等位基因特异性探针和基因座特异性探针进行，在与本发明方法的核酸样品中目的序列变异体杂交后，这些探针可以一起连接。优选地，等位基因特异性探针包含第一扩增引物结合位点，而基因座特异性探针包含第二扩增引物结合位点的反向互补序列，反之亦然。该引物结合位点和相应的反向引物结合位点优选位于探针的尾部，使得在连接后，可以使用第一和第二扩增引物扩增连接产物。
在本发明方法的多核苷酸包含样品的核酸片段的情况，至少一个接头可以连接到如本文所定义的核酸片段上，其中至少一个接头包含至少第一扩增引物结合位点。第一扩增引物结合位点优选不位于所述UMI和所述目的序列变异体之间，而是位于所述UMI的3’处，并且优选位于所述UMI和所述目的序列变异体的3’处。所述接头可以包含以下顺序的元件：至少一个扩增引物结合位点，UMI，然后是接头的末端，该末端可以分别连接到包含目的序列变异体的片段的5’或3’上。
任选地，在UMI和样品特异性标签之间存在另外的测序引物结合位点。
任选地，第二扩增引物结合位点可以位于第二接头中，优选具有与第一接头所示的相似顺序的元件，其中优选地，第一接头可以连接到片段的一端，并且第二接头可以连接到片段的另一端，从而产生可以用第一和第二扩增引物扩增的多核苷酸。可选地或另外，第二扩增引物结合位点可以是核酸片段内的序列。在该实施方案中，优选选择性扩增的多核苷酸或至少部分包含目的序列变异体的多核苷酸。因此，在其中扩增引物结合位点是核酸片段内的序列的实施方案中，扩增引物结合位点优选位于目的序列变异体之外。
本领域技术人员理解，在本发明所述的方法中可以使用单一类型的接头或不同类型的接头的组合。优选地，在本发明方法中使用的至少一个接头包含至少一个扩增引物结合位点，使得至少多核苷酸和UMI被扩增。
另外或可选地，接头可以包含两个扩增引物结合位点，例如，在接头是Y形接头的情况，其中第一引物结合位点可以位于Y形接头的单链结构的反义链中，并且第二引物结合位点的反向互补序列可以位于Y形接头的单链结构的正义链中。
扩增多核苷酸或其部分所需的第一和第二引物在其3’端包含可与扩增引物结合位点杂交的序列。第一引物和第二引物中的至少一个还可以包含样品特异性标签和/或促进深度测序过程的序列，优选在引物的5’末端尾或接近引物的5’末端尾。
本发明所述的方法包含测定扩增的多核苷酸的至少部分的序列以获得序列读长的步骤。因此，对本发明方法的扩增步骤产生的扩增子进行测序，优选进行下一代测序。
本领域技术人员知道如何进行下一代测序反应以获得目的UMI和序列变异体的测序读长。因此，扩增子可以包含测序所需或促进测序的序列，例如测序流动槽(flow cell)结合位点，例如但不限于P5和P7，其用于至少UMI和目的序列变异体的测序，即本文命名为序列引物结合位点。
测序可能需要对源自核酸样品的所有扩增的多核苷酸进行测序。或者，仅对扩增的多核苷酸的部分进行测序。优选地，在本发明的方法中对至少那些含有或怀疑含有目的序列变异体的扩增的多核苷酸进行测序。
任选地，仅对每个扩增的多核苷酸的部分进行测序。优选地，至少对包含UMI的扩增的多核苷酸的部分进行测序。更优选地，至少对包含UMI和目的序列变异体的部分进行测序。任选地，对整个或基本上整个扩增的多核苷酸进行测序。
任选地，在扩增步骤中用作扩增引物结合序列的引物结合位点可以在测序步骤中用作序列引物结合序列。或者，所述扩增子包含与扩增引物结合位点分离的序列引物结合位点。
优选地，序列引物结合位点在UMI和任选的样品特异性标签的上游和/或下游，优选地在UMI和目的序列变异体和任选的样品特异性标签的上游和/或下游。优选地，这样的序列可以是UMI、目的序列变异体和任选的样品特异性标签的上游和下游，即侧翼。因此，促进测序过程的序列可以存在于本发明方法中任选扩增步骤中使用的第一和第二引物中的至少一个中，存在于例如OLA反应中使用的至少一个或多个寡核苷酸连接探针中，和/或存在于一个或多个接头中。
在一个实施方案中，用于本发明方法的一个或多个接头可以包含以下顺序的元件：至少一个扩增引物结合位点、测序引物结合位点、UMI，然后是可分别连接到多核苷酸的5’或3’的接头末端。
在一个实施方案中，所述接头可以包含以下顺序的元件：测序引物结合位点、UMI、样品特异性标签，然后是可分别连接到多核苷酸的5’或3'的接头末端，其中任选地，所述测序引物结合位点之前是扩增引物结合位点。在另一个实施方案中，所述接头可以包含以下顺序的元件：测序引物结合位点、样品特异性标签、UMI，然后是可分别连接到多核苷酸的5’或3'的接头末端，其中任选地，所述测序引物结合位点之前是扩增引物结合位点。
样品特异性标签可以位于例如用于OLA反应的一个或多个寡核苷酸连接探针中，或者可以位于一个或多个接头中。可选地或另外，样品特异性标签可以位于用于扩增的多核苷酸的一个或多个引物中。因此，样品特异性标签可以位于用于扩增的多核苷酸的正向或反向引物中的至少一个中。
在一个实施方案中，一个或多个另外的接头可以连接到扩增的多核苷酸上。
可以进一步检测所获得的原始测序数据，例如使用本领域可用的软件。具有相同UMI的测序读长应该属于一个特定的模板分子(即源DNA分子)。因此，包含相同UMI的读长可以折叠成单个序列读长的“家族”，提供了校正任何扩增偏差的方法。此外，该方法允许对该“家族”的单个读长中的测序和PCR错误进行校正，以获得模板分子(包含(目的序列变异体))的高度准确的共有序列。
混合和多重化
本文应理解为，源自多倍体生物的核酸样品包含至少一个目的序列变异体。换句话说，核酸样品因此可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个目的序列变异体，例如至少约50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、750、1000个或更多个目的序列变异体，其中优选每个目的序列变异体是等位基因。本发明所述的方法可以同时测定核酸样品中这些目的序列的相对频率。所述多个目的序列变异体可以是相同基因的两个或更多个变异体。可选地或另外，所述多个目的序列变异体可以是相同核酸样品中不同基因的序列变异体。任选地，本发明的方法是多重的(multiplexed)，即同时和并行地应用于多个核酸样品，例如用于至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、500、1000或更多的核酸样品。该方法可以针对多个样品并行进行。
多个样品可以从不同个体或同一个体获得，其中样品例如在相同个体的不同时间点或不同位置(例如不同组织)获得。
另外或可选地，本发明方法的一个或多个步骤可以对样品进行混合。在混合样品之前可以对样品进行标记，即，在混合之前样品可以包含样品特异性标签。另外或可选地，可以使用巧妙的混合策略来混合样品，例如但不限于2D和3D混合策略。
任选地，该方法还包含产生报告的步骤，该报告指示所测定的目的序列变异体的相对频率或由此得到的任何进一步结论。另外或可选地，该方法可还包含向人类受试者报告所测定的目的序列变异体的相对频率的步骤。
用途
在第二方面，本发明涉及UMI在用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途。
优选地，所述UMI位于以下至少一种中：i)寡核苷酸，优选用于寡核苷酸连接测定的等位基因特异性寡核苷酸，和ii)接头。
因此，在第三方面，还提供了包含UMI的寡核苷酸连接探针在用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途。优选地，该寡核苷酸连接探针适于用于寡核苷酸连接测定。优选地，所述寡核苷酸连接探针是如第一方面所述的包含UMI的寡核苷酸探针。
在第四方面，提供了包含UMI的接头在用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途。优选地，所述接头可以连接到本文所述的片段化核酸样品。
优选地，所述接头是如第一方面所述的包含UMI的接头。
试剂盒(Kit of parts)
在第五方面，本发明涉及试剂盒，优选用于如本文所定义的方法。试剂盒可包含以下至少一个：
包含适于寡核苷酸连接测定的寡核苷酸连接探针的混合物的小瓶，其中至少部分、任选全部单个寡核苷酸连接探针包含UMI，并且其中优选寡核苷酸探针的混合物对一个或多个等位基因是特异性的。所述寡核苷酸连接探针可还包含引物结合位点、等位基因特异性标签和样品特异性标签中的至少一种；
包含适于寡核苷酸连接测定的寡核苷酸连接探针的混合物的小瓶，其中单个寡核苷酸连接探针包含UMI，并且其中优选寡核苷酸混合物对一个或多个基因座是特异性的。所述寡核苷酸可还包含引物结合位点、基因座特异性标签和样品特异性标签中的至少一种；
包含寡核苷酸混合物的小瓶，其中：
所述混合物的一部分包含针对一个或多个等位基因特异的寡核苷酸连接探针，并且任选地包含等位基因特异性标签，和
所述混合物的另一部分包含针对一个或多个基因座特异的寡核苷酸连接探针，并任选地包含基因座特异性标签，
并且其中所述单个等位基因特异性寡核苷酸连接探针和/或所述单个基因座特异性寡核苷酸连接探针包含UMI。任选地，所述等位基因特异性寡核苷酸连接探针和/或所述等位基因特异性寡核苷酸连接探针还包含引物结合位点和样品特异性标签中的至少一个；
包含接头混合物的小瓶，其中所述单个接头分子包含UMI。所述接头可还包含样品标记和基因标签中的至少一个；和
包含一种或多种扩增引物的小瓶，优选如本文所定义的扩增引物。优选地，所述引物之一可包含样品特异性标签和基因标签中的至少一个。
任选地，所述寡核苷酸和/或接头可还包含一个或多个引物结合位点。
优选试剂盒内任何小瓶的体积不超过100mL、50mL、20mL、10mL、5mL、4mL、3mL、2mL或1mL。
试剂可以以冻干形式存在，或者在适当的缓冲剂中存在。该试剂盒还可以含有实施本发明所需的任何其他组分，例如缓冲剂、移液器、微量滴定板和书面说明书。用于本发明试剂盒的这些其它组分是技术人员已知的。
其他方面
在一个方面，本发明涉及用于寡核苷酸连接测定的寡核苷酸连接探针，其中所述寡核苷酸连接探针包含UMI。优选地，所述寡核苷酸连接探针是如上文所述的等位基因特异性寡核苷酸连接探针。优选地，所述等位基因特异性寡核苷酸连接探针包含UMI和引物结合位点。可选地或另外，该寡核苷酸是如上文所述的基因座特异性寡核苷酸连接探针。优选地，所述等位基因特异性寡核苷酸连接探针包含UMI和引物结合位点。
在一个方面，本发明还涉及组合物，该组合物包含寡核苷酸连接探针的混合物，优选用于寡核苷酸连接测定，其中至少部分，任选全部寡核苷酸连接探针包含UMI。该寡核苷酸连接探针的混合物可以包含一个或多个探针子集，其中每个子集内的探针具有除UMI之外的相同序列。换句话说，子集的探针序列只在其UMI的序列上不同。任选地，不同子集之间的探针在退火的序列上不同。任选地，所述序列用于退火到不同的基因座。
任选地，所述一个或多个子集的寡核苷酸连接探针是等位基因特异性寡核苷酸连接探针。在一个子集中的等位基因特异性寡核苷酸连接探针退火到相同的等位基因变异体。任选地，组合物包含等位基因特异性寡核苷酸连接探针的多个子集，其中不同子集的探针退火到同一基因座的不同等位基因变异体。可选地或另外，不同子集的等位基因特异性寡核苷酸连接探针退火到在不同的基因座上的等位基因变异体。可选地或另外，所述组合物可还包含一个或多个基因座特异性寡核苷酸连接探针。优选地，组合物内的一个或多个基因座特异性寡核苷酸连接探针可以与组合物的一个或多个等位基因特异性寡核苷酸连接探针一起用于如本文所述的OLA检测。
优选地，所述寡核苷酸连接探针包含引物结合位点。对于组合物中存在的所有等位基因特异性寡核苷酸连接探针，引物结合位点可以是相同的。可选地或另外，对于组合物中存在的所有基因座特异性寡核苷酸连接探针，引物结合位点可以是相同的。或者，例如取决于等位基因变异体和/或基因座，可以使用引物结合位点的组合。
本发明还涉及用于对源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体进行基因分型的方法，其中所述方法包含本文定义的步骤a)-f)。
本发明还涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中的一种或多种等位基因比率的方法，其中该方法包含如本文所定义的步骤a)-f)。
本发明还涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中的一个或多个等位基因频率的方法，其中该方法包含如本文所定义的步骤a)-f)。
本发明还涉及报告，该报告涉及源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率，其中该相对频率是通过本文定义的方法测定的。
附图说明
图1：使用UMI的寡核苷酸连接测定(OLA)的示例性寡核苷酸探针设计
图2：使用UMI进行下一代测序的示例性接头设计。A)具有UMI的典型稀有切割酶接头设计，和B)具有UMI的典型常用切割酶接头设计。
图3：使用标准分析(左)和使用UMI信息(右)对单个基因座(可使用SEQ ID NO:149的基因座探针、SEQ ID NO:475的第一等位基因探针和SEQ ID NO:801的第二等位基因探针检测)的分析结果的概要图。使用标准分析的碱基识别(base calling)在两种情况是不正确的(请参见箭头)。当将UMI信息纳入分析时，预期等位基因和识别等位基因之间没有差异。
参照图1、2和3在实施例1、2和3中解释本发明。
实施例1
UMI可以在多倍体细胞的寡核苷酸连接(OLA)/基因分型检测中实施，例如，通过在等位基因特异性探针中存在的等位基因特异性标签之前和/或之后添加随机DNA序列。此外，在基因座特异性探针中或在两种探针中添加UMI是可能的。探针设计的一个实施例，包括等位基因特异性探针中的UMI，如图1所示。
实施例2
UMI在下一代测序和多倍体细胞的基因分型中的应用可以通过在例如用于基于序列的基因分型的稀有切割酶接头序列中添加UMI来实现。图2中示出了包括UMI的稀有切割酶接头的概要图。UMI也可以加入到P7接头中，例如，如果在接头连接后使用非选择性扩增。为此，P7接头可以设计成包含UMI和测序引物序列，然后是针对所用的限制性核酸内切酶特异的突出端。这种接头与扩增产物的双端测序(paired end sequencing)兼容。
实施例3
用UMI验证寡核苷酸探针
实验用含UMI的寡核苷酸连接探针进行。随后在使用和不使用UMI信息的情况进行分析。
设计寡核苷酸以在OLA分析中检测玉米基因组(Zea mays)中的326个不同的SNP，每个SNP具有2个等位基因(即326-plex)。制备探针并用于对不同基因组玉米DNA样品进行基因分型。将两组纯合二倍体种质系(germplasm lines)以不同量混合以模拟四倍体基因组样品。组1由种质系PH207(P1)和CO125(P2)组成，而组2由种质系B73(P3)和Mo17(P4)组成。这些种质系可在美国国家植物种质资源系统(https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/search.aspx？)获得。种质系的DNA混合的比率示于表1和2中。
表1:P1和P2混合比率
Figure BDA0003219397730000361
Figure BDA0003219397730000371
表2:P3和P4混合比率
Figure BDA0003219397730000372
通过比较每一个不同玉米基因组DNA样品混合物的副本(duplicates)之间的基因型识别，测试了利用所制备的探针进行OLA检测的重复性。此外，通过比较这些不同玉米基因组DNA样品混合物中的基因型识别，验证了使用探针从OLA检测中获得的基因型识别，其中使用标准数据分析进行数据的分析，或使用存在于探针中的UMI信息进行预处理，以对连接的探针分子的数量进行计数，并从而对模板分子的数量进行计数。
基于已知的基因座序列，采用常规方法设计寡核苷酸探针，并选择用于鉴别326个基因座中每个基因座的SNP等位基因。
所述基因座探针的序列如SEQ ID NO:1-326所示。等位基因1的含UMI的探针和等位基因2的含UMI的探针的序列分别示于SEQ ID NO:327-652和SEQ ID NO:653-978(5’至3’方向)。不含UMI的等位基因1探针和等位基因2探针与SEQ ID NO:327-978相同，除了在前29个核苷酸之后的6nt UMI(在序列中注释为nnnnnn，其中n是a、g、c或t中的任何一个)从序列中被排除之外。
包括PCR引物结合区、UMI、基因座和等位基因标签。在等位基因特异性探针序列的5’端附近是以下元件(以5’至3’方向)：29个核苷酸的通用序列、6nt UMI(NNNNNN)、4-nt等位基因标签和第一靶特异性序列。在基因座特异性探针序列的5’端附近是以下元件(以3’至5’方向)：31个核苷酸的通用序列、8-nt基因座标签和第二个靶特异性序列。
下面，使用如上所述的探针概述了OLA检测的方法。
每个OLA反应所用326个基因座的探针总量为1μl的1.304μM的混合物，该混合物含有4nM探针/基因座，即两个等位基因特异性探针中的每一个为1nM和基因座特异性探针为2nM。
OLA检测方法
连接反应如下制备：将5μL的100ng(混合)基因组DNA与1μl 10×Taq DNA连接酶缓冲剂(200mM Tris-HCI pH 7.6、250mM KAc、100mM MgAc、10mM NAD、100mM二硫苏糖醇、1％Triton-X100)，4单位的Taq DNA连接酶(New England BioLabs)，1μl326-plex-探针混合物(含有或不含UMI)(每个基因座4nM；总量1.304μM)结合。每个混合基因组DNA样品设置一式两份的连接反应。反应混合物在94℃温育1分30秒，然后每30秒降温1.0℃，直到60℃，然后在60℃温育约18小时。将反应保持在4℃直至进一步使用。连接反应用MilliQ水稀释4倍。
使用第一和第二扩增引物对连接产物进行扩增。第一扩增引物被设计成在其3’末端包含用于与第一引物结合序列退火的序列(16个核苷酸)，位于其5’末端的P7序列，以及在这些元件之间的5-nt样品标记。第二引物被设计为在其3’末端包含用于与第二引物结合序列退火的序列(18个核苷酸)，在其5’末端的P5序列，和在这些元件之间的6-nt平板标签。
在以下反应混合物中进行连接产物的扩增：10μl 4x稀释的连接反应，每个引物(第一和第二扩增引物)0.05μM(终浓度)，20μL Phusion Hot Start FLX 2X反应混合物(Bioké)和MilliQ水，共40μl。每个连接产物扩增两次；共进行40PCR。在PE9700(PerkinElmer Corp.)上用金或银组块(block)进行热循环曲线，使用以下条件：步骤1：预PCR温育：在98℃ 30秒；步骤2：变性：在98℃ 10秒；退火:65℃ 15秒；延伸：在72℃ 15秒。总循环次数为29次。步骤3：在72℃延伸5分钟。反应保持在4℃直至进一步使用。将总共40个PCR反应的扩增产物混合(40×40μl)并用四个PCR纯化柱(Qiagen)纯化，并且每柱用15μl MiIliQ水洗脱，共60μL。
扩增子的纯化用Sage Science的Pippin Prep进行。用3％的盒(cassette)和标记物C纯化了4次900ng，没有溢出。洗脱范围为170bp至230bp。洗脱产物用Minelute试剂盒(Qiagen)纯化，并在15μL洗脱缓冲剂(10mM Tris-Cl pH8.5)中洗脱。
扩增子测序在Illumina HiSeq2500上进行。拆分(de-multiplexed)测序数据，将读长分配给所使用的每个样品。进一步处理来自所用基因组DNA混合物的每个样品的数据。使用标准分析方法或使用考虑了存在于测序运行的每个读长中的UMI信息的预分析步骤进行处理。在分析过程中，进行了基因型识别，其考虑了四倍体基因组的等位基因剂量，即差异化的等位基因剂量类别(allele dosage classes)为4:0(A)、3:1(D)、2:2(H)、1:3(C)和0:4(B)。
扩增子的纯化用Sage Science的Pippin Prep进行。用3％的盒和标记物C纯化了4次900ng，没有溢出。洗脱范围为170bp至230bp。洗脱产物用Minelute试剂盒(Qiagen)纯化，并在15μL洗脱缓冲剂(10mM Tris-Cl pH8.5)中洗脱。
扩增子测序在Illumina HiSeq2500上进行。拆分测序数据，将读长分配给所使用的每个样品。进一步检测了所用基因组DNA混合物的每个样品的数据。使用标准分析方法进行处理或考虑测序运行的每个读长中存在的UMI信息的测定进行处理。在标准分析方法中，基因座和等位基因标签序列的组合和基因座和等位基因标签序列间的距离被使用以将来自每个样品中序列读长分配给某个基因座-等位基因组合。将UMI信息考虑在内的分析，只为每个基因座-等位基因特异性组合(其在相同UMI中发现不止一次)选择单一计数，以提供每个SNP等位基因样品分子数量的通用计数。基因型识别考虑了四倍体基因组的预期等位基因剂量，即所定义的等位基因剂量类别为4:0(A)、3:1(D)、2:2(H)、1:3(C)和0:4(B)。
结果
对于40个样品(包括40×326＝13040个基因型的理论总数)，当不考虑UMI信息来分析数据集时，识别了总计12716个基因型。当使用UMI信息时，总计识别了12585个基因型。
对识别的基因型的分析表明，当考虑UMI信息时，预期等位基因与识别等位基因之间的相关性分别为98.0％和97.6％(一式两份进行的实验)。意外的是，当不考虑UMI信息时，预期等位基因和识别等位基因之间的相关性显著降低，即为94.6％和94.5％。
图3显示了使用两种数据处理方法对单个基因座(可使用SEQ ID NO:149的基因座探针、SEQ ID NO:475的第一等位基因探针和SEQ ID NO:801的第二等位基因探针检测)的分析结果的概要图。当考虑UMI信息时，相同基因型类别的样品聚类更紧密。如图3所示，当考虑UMI信息时，等位基因被正确地识别，而当不考虑UMI信息时，预期的等位基因和识别的等位基因之间存在不一致。
序列表
<110> 主基因有限公司
<120> 多倍体基因分型
<130> P6080424pct
<150> EP 19158598.3
<151> 2019-02-21
<160> 978
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 60
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aactggggtc tcaagaaagt ccatcgcaca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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ggagtcatgg aagttggaga cattactcta cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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tcatctacga tgcacatcaa taccgtagag tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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atttgaactt ccctccaaaa gtcctagact acagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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taccttgcaa ccggtatatg atccgtcgac taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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caagttcaaa agcagcaaaa ggtggctagc agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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atgagctgca actggaagtt cagacagact gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gcactgtagc tgcagactta acacgtagcg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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agttcagctg ggtggcacag agtagtgata agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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ctcccgatcc cgaccaacta acgtacgatc agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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gttcttggca cctgcaagag accgacatca agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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gtcccatacc cgcccgttgc gctactatag atcggaagag cgtcgtgtag ggaaagagt 59
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ctctaaaaag tcgtacctga gcgagtcata tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gtaaacgcgc tatagggagg gtagtgtaga agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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agagagagag ttcatgccag tggcgacgca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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atgtccaagt gaagtgatct tggtagagtg cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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tctgaagata ttggagctca gcttactcag ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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tgacgcgctt ggtacaacat cctgctagtg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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<211> 62
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cggtccttgt tgtgaaggtt gtagtgcatc gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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attaaggtgt tgatccgttg tagcgtgtgt ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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gatcctaata attcccacgc atgtagctgt cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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<211> 61
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tatggatgct gcgttgccac cctgagcata agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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<211> 63
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gaggcaccac ttaaatggtt ttctactact gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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<211> 62
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gcacaatcag acacagcaat aggtagagta tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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tgcatttctt ggctgcaagt ctgagagcat gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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cacaagatgg aatggaagag ctagcagata gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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<211> 62
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ggagtggaca gaatgaaact gaccatgtga cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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<211> 61
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gcctctctgg atagcacaca agctcgctgt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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gaggcctcac gcacaacaac atctgactcg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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ctgactttct gccggggtaa aaacgatact gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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<211> 62
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caatacagat acggacgacc gatgcatctg aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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<211> 62
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tactactcaa caaagctcgc cgctgtgtca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gaggtaatgt atgtttccag tgacactata ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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aaccaataat tacgcgtgaa cgtcctgatc gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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ggaaccagcg gccaggatcg agcacatgag atcggaagag cgtcgtgtag ggaaagagt 59
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ggtcttcagt aaaatcactc atgtaacgta tagagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
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gaatggaatt agatcatccg gatgtacaga cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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cgtgactgga acatcggaca gcctgatgac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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ttttgaaatt tgctgctgat aagttgatgc tataagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
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caactactat cgtacacagc tgcactctca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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ggcacttact agttactacg tacctgtgat cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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cgagttgctg cagatattgg taagctcgtc gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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agatagatgg gcacaaaatg gattccgacg ctaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
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acctctgaaa gtttttgtgc tgctatcgta gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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gcaagcacct gacattgatg ctcatcagct gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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cagtcagcgt aacaatgctt tgatgtagac gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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ccgtacatct ttcagcatga cccgcagcga cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gtgcaaccga gcctatatat gcaagatact aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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aatccccaac cacatttatg tagcctgaca gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
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gctcacaagc tgaaacagga acagcgctga tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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aagctccatc caacctgatc tgctcgcact aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gctcgggagc ctgctaaaga taactcatac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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tcttgttcag tgccatagaa aaaagagcag ctcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
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tcgatgaaga tcctggaacc gacctgtcac tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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cttcaatttt tcacaaatag tgcatgcatc gtgtagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
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acctgcaaga caggcgcacc ctcgacgcga gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
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ggtagctcgt gaaagctaag cttatacgta cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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tgtgtattcg cactccacct gacgcatgca tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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aatccggtgg tactgtacac ggcacgagac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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cagcagagag gttgttggat ccgagtatct agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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tcacagaaag agagcattac ggtttgctga taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
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atccgccatt gtaggccatg acagtagcga agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
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gttcaattcg caagctggag tagctagatg aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
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gtccagggat cgtcttcccc agtagtgtga gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
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agagtttgcc atctgctgca tgcgagatga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
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tccatcgaca gagcttgcga gcctatagct agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
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agtcctagtg cttgtcctca atcatgctga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
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<400> 72
tctacaatga cccgtggcaa gttgtcacgc tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 73
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 73
tcgttccttt ctttccatcg tcggacatac aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 74
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 74
agcttcatgt gcactccaaa ctatgcacta gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 75
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 75
acacacattt gatgaagcaa cgaatcagtc tgaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 76
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 76
ccttcagtct ctgccagtct gcatacacgc agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 77
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 77
acatgaaggt caacaccaag atcaagctat gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 78
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 78
agaccaattc agatgccaca cttttgcacg tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 79
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 79
ctgtcgcgct ccaggtactc cgtctagtaa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 80
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 80
gaagacatgg taccggagct tcagcgagac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 81
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 81
agctagcatg gcatctcgac gaagctcagt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 82
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 82
tgttgccaaa attcgcacgt tagtcgatat agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 83
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 83
ttgcttgttt attggaacag ccattgatac gatagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 84
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 84
tttacttcac ctgctctctc tctgcgacat atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 85
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 85
tcgacggtga catgccactt ccatctagag agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 86
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 86
ttgcagcaaa ttgttcgttg catctgcgtg taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 87
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 87
gtaaaggagg atggattctg caatgagcag taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 88
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 88
gacttgctgt gaacgagccg ttgacacata agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 89
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 89
tgacccgttc cgctcttgcg cgtatagcga gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 90
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 90
catgacaggt attctgaaaa ccgttagatg acagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 91
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 91
aaaataaaac ctcgcagcaa cttgggtcac atcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 92
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 92
ttttgtcgtg ggcgagccaa atctcgatgc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 93
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 93
gtgtattggc taccagcctc agtcagctat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 94
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 94
gcttccatgg atctggaccg ggctactgaa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 95
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 95
cagtgaccct cgctttcgaa cctgcgcgac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 96
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 96
gaatggctgc gatcaagatt gggtcgctat cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 97
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 97
tgctgctggt gagctaataa tcttatagtc atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 98
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 98
acctctggag tattctgaag tggtgagtac gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 99
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 99
taccctttcc ttagggacga cagtgctcgc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 100
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 100
tccactaggg tagatcactc tgcactcact gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 101
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 101
gataaacaaa gagctgcaat ggccatgcat ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 102
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 102
acagatacct ctttagctgc acctactctg aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 103
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 103
gggagattca ggtaagtgtg tgcacgtagc gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 104
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 104
ttcctgaagt aaaagttcct cagcctctac gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 105
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 105
caggccagcg tccctgacca gctcgtagag atcggaagag cgtcgtgtag ggaaagagt 59
<210> 106
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 106
atttcctctg cactcagtcc agcatgactc tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 107
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 107
gtttggatcc tctgtaactg cgtgtgagag aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 108
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 108
cgcggcatcg atggctacga gagctcataa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 109
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 109
cgtcatataa aagggattaa gaggccgtag cagagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 110
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 110
aagcatattt ctttctccga gtgattacat gtcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 111
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 111
acacgatata ccggcgacga ataagctcac gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 112
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 112
ccatcaacat attgctgcag tgtcgagcag ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 113
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 113
tgcttgggtt taacgtcaga aacatcagag atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 114
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 114
aatactcctt gagatggaac agaagcgagc tagagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 115
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 115
tctcctcccc tagtggctga gtgcacacga gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 116
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 116
aacaaaaacg tctttattgc cggcatcgag tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 117
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 117
gagaatgatc agtaaatgca ataagcgtga cataagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 118
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 118
aacataccat gcaaatgtgt tgacgcacga gcgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 119
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 119
ggcagtcaga atctttgatg cgccatgtca tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 120
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 120
gttggacgtt ttgaagtccc ggtatctctg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 121
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 121
ggtgagcacg gttccgtgat cctgagtgta gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 122
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 122
cttttctgga tcacaccgac taggtagata tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 123
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 123
ggtggactct ctctcctttg gccactagtg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 124
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 124
gatagcgcaa taattaaacc ggcgcgacgt ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 125
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 125
gcaacaagcc acgacctctt gactagtagc agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 126
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 126
gacctgccaa cacaaaatag tgcgcgtctg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 127
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 127
ctctacttgc gaacacgttc tgttagtcac tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 128
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 128
tagacacatg taataaggcc accctacatc gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 129
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 129
aattagaacg aaccaagctg cgcctgatca tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 130
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 130
catttgagtg gtcgtttgtt tcgtgatcac taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 131
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 131
agctgagccg gtctagaaac cggcgactcg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 132
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 132
gcccctttat tttgatgttt gcgcctagat ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 133
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 133
catcatagca ctgtcagcat ggaatcgcgc tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 134
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 134
ctaatgactc ttgcaaggtg gaacactgat atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 135
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 135
ataaactaac gctcaattgc gtctcatctg tgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 136
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 136
agagaggggc tagaaaggta gaaagtgtgc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 137
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 137
cgtgatttcg cacaacgtta cagcactaca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 138
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 138
ccgtccaaat aacatcagag gcccacgata tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 139
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 139
gcttcggcat ataagaccaa actgcacgct agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 140
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 140
gcctctactt ttccttgctc gtaatcgcat aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 141
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 141
ttcttgtcct tgttttcgat tgccgcatcg ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 142
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 142
tgttctattc cagttggcat ggtatcatct acagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 143
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 143
tggaaactaa cattctatcg gtaggtgcac tcaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 144
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 144
cacccgattc agaggtgcat cagcgatgta agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 145
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 145
gtagagacag ttaagttcag ttcattatag cagagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 146
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 146
tggcgaagat ggcaagagca gctgcgagca agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 147
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 147
attgatggag agaagataca tgggagacta gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 148
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 148
aagatcgaaa ttagtcccgg tggtcactca cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 149
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 149
ggatcagcgc gtgaagcatt catcagatgt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 150
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 150
gtttagaatg gtcagcttcc ctgatctgtc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 151
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 151
tgtgctcact ggttcttggt tcgcagtact gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 152
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 152
ctacatcctt agatgtggcg acatcagtga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 153
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 153
tacgttcaag gctgactgga atttacgcat caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 154
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 154
tctcccatcg aaaaatcact atcccgtctc atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 155
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 155
tgctttattt tgatagctgc aacttggact cagaagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 156
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 156
ctgccttgtt cagtctgcta attatacaga gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 157
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 157
aacaatgaag ttgcagcaaa cacaaagtca cgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 158
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 158
cgtttctgct aggaggacca tactctgcta gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 159
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 159
gccacttaca taatcatagc taatcatctc tcgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 160
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 160
agaggcaata ttctacacgt gcaagagaca cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 161
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 161
gagcgccggt tttggaacca gtgtagctca gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 162
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 162
gtgctttcgg agttattgtt tggagctcac gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 163
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 163
ggcgaggacg acccgtagca gcgatatgag atcggaagag cgtcgtgtag ggaaagagt 59
<210> 164
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 164
agccgtgttg catcatgctt ctactcgaga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 165
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 165
tcttacgatc ttgtcaaaca gctcgagatg tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 166
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 166
agagaaacaa cagatcagac catgagcgtg agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 167
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 167
cttggcgctg ctcttgtatt ttttgacgct atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 168
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 168
ggcactcatg catgatcctc ctcgactgcg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 169
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 169
actagtgctt gccagtattc cagtactgat gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 170
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 170
ttgcacctgc agcctatcta ttcactgtac aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 171
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 171
tccgatgtgc taaattcatc acccgtagta caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 172
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 172
ctacctttta tgtccttact actgcgacac gacagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 173
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 173
tatttggatg attctgagtg gggcgcgcgt gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 174
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 174
aaggagttag agagacaagg actacacgtg caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 175
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 175
cagcctgggg aacctagttt tgctactata agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 176
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 176
cgcagcaata cgtctcaaaa tctactgcgt cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 177
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 177
tagttccatt agcagcctgt ggaagtatat aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 178
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 178
gtccatcttc catactccca ctttgacagt cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 179
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 179
gcgacagctt tgcgagtcct tcatcgcagc agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 180
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 180
ttcaccattc gccaaactat agcaacactc tgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 181
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 181
aataagcagc tgtcaaatca gcacctgctg taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 182
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 182
gtggacaagg gtacagggaa gagagcacac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 183
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 183
aagcagctca gagttggatt cctgagctct gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 184
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 184
gaccgtctaa acagctgctc tcgtatcacg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 185
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 185
gatgtgaggt aatctgaata cagcgctgac taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 186
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 186
tgttcctttc atatggaaaa acagctctgt actagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 187
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 187
caccgaaaga tttggacagg agtgagcgca gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 188
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 188
ggaatagaaa atcgcagcat cactacgact gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 189
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 189
gagattgcga gatgatgagc cctcgagtgt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 190
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 190
ctctggcacc tgcagcactt cgctctacaa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 191
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 191
tggaataact ggtctctgcc ggcatactat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 192
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 192
cggcagcacc tacatcatac taagcgatgc gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 193
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 193
agtttgacgc ttgcattgcc atgactacgt aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 194
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 194
tctctgtttg aatccagctg tgcacgtgtg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 195
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 195
gataatggtc cggtggctca ttgatatctc tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 196
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 196
ggggacatta tcaacatgat gtgggtgagt cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 197
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 197
gtgatgagtg tttcgcgaac caacgcagcg tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 198
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 198
catgtaccct gactaccctt gctctgtgat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 199
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 199
gctgttagct aggctgcttg tgatgtatat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 200
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 200
gcattttgtt gtgcttgaac atgaaatcac tcaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 201
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 201
ttggtgtcca gcttgggggc agacgatcta gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 202
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 202
tccatttact gatacttgtg agcttgtatg actagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 203
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 203
caaccgatgt gcattgaaca tgggctcgct aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 204
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 204
ggtgaaagat gcttacagct catcgcatac gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 205
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 205
ttgtcagatt gcctagatgt tagctgctgc atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 206
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 206
cagttgttga ttcaactctg cgtgcactca taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 207
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 207
gacaggccct gtacctattg atgcagtcta cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 208
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 208
aactaaattt cttgccaacc tgcaggagta gcgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 209
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 209
tttttcacag ttgcctgctt tttggcagac tgtagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 210
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 210
gtaggccagt ctgttacaga caaacgcgtc tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 211
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 211
tatccaagct tccaaggtga ggtagatcga tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 212
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 212
gttccacatg gagtgaacag aactgcagta cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 213
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 213
cagagcttga aggctacttg ggtcgagcac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 214
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 214
atcagcgaag gaaatatcag gtactactga caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 215
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 215
caggaatttg tccctgatga gcgtgatgct cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 216
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 216
tgccgcaaat gatgaggcct ggcgtctcga agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 217
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 217
cacgatgtag tttcagtgtg ctgtcgcatc gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 218
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 218
aatggacgcg agatcacgag tacctgatat aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 219
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 219
ataacagcgg acaacacgat gtacatatgc atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 220
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 220
gcatgtgact gctgcctgac taagacgaca agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 221
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 221
gatgtgttat tagccctggc tgcgtcagta cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 222
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 222
aatgttacag cagataaatc cgcggtgcta gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 223
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 223
aaaggctggt gtctgagaag gcctgacgta agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 224
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 224
tgcatacctt ccaatgaaag ctatagtctc gatagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 225
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 225
tacaataagc aaacacaaat cccgggacgt agaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 226
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 226
agtaatcctc ctcagctagt ctgcgacatg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 227
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 227
cacccttacc cgggaactaa gcacacgcta agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 228
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 228
tctaatcaat cctagttacc atggctagtg ctcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 229
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 229
ttgcgaataa cgcatctgct gggcgatcga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 230
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 230
tgataaactg taacgcatac cggtctcacg agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 231
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 231
ggaatagggg ctgcctgtga ttgtactctg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 232
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 232
attaagcatg gagtgtcatc catacctaca tcgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 233
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 233
caggatcatg ttccatgcca tgctgtgcat gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 234
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 234
ctcaaagtca tacaccgaag cgcgtgcacg tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 235
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 235
gctatctgca gtcctagtcg ttcgcacaga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 236
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 236
tagttgctgt acttgttgag ctgtcatgcg atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 237
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 237
tataccctca gcttatatgt gtagttctga tacagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 238
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 238
gtttgtgtgt ttatgtgatg cgaatgcgat cagagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 239
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 239
gctacaaatg gcttcagcag tgtgcgcaca tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 240
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 240
gctgcgatta ttttgtgtgg tcagagatct gtagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 241
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 241
gacttttgat ttgcttccag taaaggatcg tgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 242
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 242
tcatgtgatg tgcaggaacc tgaacgcgtg aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 243
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 243
atgacaccga ggagggcatc gcgcgcgcaa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 244
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 244
atttgatcgt aattagttag ctgaccgtga tcacagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 245
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 245
ttgttttgtt ggtgaagcaa cctggtgagc tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 246
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 246
gcgcaatcaa agtcaaaacc tagccgcgac tgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 247
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 247
gtggctctct tcgagctcaa taaatcatgc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 248
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 248
gatgccattg gtgtgaatca ggccgtgtct cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 249
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 249
gaatcccata tagaagaggg gaagagagag caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 250
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 250
cgacacatgc cttgctgcaa atgagtacgc aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 251
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 251
gacgacgagt caactctgga agagcgacgt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 252
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 252
aggctgacca ggtagtaggt ctagctctct agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 253
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 253
gggatttcct aacactatcg ctgagtgtga tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 254
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 254
agaaattaca gcaaggccct ccgactcaca tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 255
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 255
cttctctgga aatggttagc gaacgtgtca tgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 256
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 256
caacagccat ccggcaaagg tgtctcgtcg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 257
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 257
agccatatac agtctcttct ggctagagcg tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 258
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 258
caccacacgc tagctgcctc tctcacataa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 259
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 259
tctggaagat actcgagaca ttgatagcgt gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 260
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 260
gctatctcta atgggcagag tgcagtactc gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 261
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 261
cccaaacaaa aagtgaaaaa gactgcgtat gatagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 262
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 262
tgtcaaagca agcacagatt catgactcta taagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 263
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 263
acctcttcgg gtgctgcagc acacgctcta gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 264
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 264
gatgagggat aattatgaga aacggtcaga cgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 265
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 265
aaggagtttg attatcttga tgaaagtgag cgctagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 266
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 266
atgaccttgg aagttgtaac gctgatacga cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 267
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 267
catttatcgc agggaataat agttttcgta cgctagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 268
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 268
agttcagtga ttttgtattg atcccgacta gcaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 269
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 269
accatggcga ctgcggagaa ctatacgcaa gatcggaaga gcgtcgtgta gggaaagagt 60
<210> 270
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 270
ctattccggt gacgtagttc tgaactcaga gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 271
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 271
ggaaagaaat cacatgtatt gccagctgta tctagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 272
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 272
gattctactt cctttgacca tccaatgtgt cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 273
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 273
ccttttgcta attcagcagc aatacgtcgt catagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 274
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 274
tcaagctctg catatgtagg ctcgctgcga tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 275
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 275
gaggaggaaa tagaggaagg cgtcgacgta agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 276
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 276
ctgagaaatg cactacatca gcatcagctg ctagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 277
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 277
gttgttaggt tgaccaacca gaactgtagt atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 278
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 278
agtgagagat gcagagctta ataaggatat atgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 279
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 279
gagaagccca tgtcttgctt tatatagtca gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 280
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 280
tcacgcagca ggtcgtatga cttagacaca agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 281
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 281
gaagctacta agtcgtcagc caacactatg aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 282
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 282
caacctatca atgtttaaca agtaacgtcg agatagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 283
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 283
gatgcgattt gcaaaaaatt agattgcgtg acgtagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 284
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 284
aagtgcagct ctcaaagagt cagtgcgagt cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 285
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 285
tgatgtgtta ccagctggga agtctgtgag cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 286
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 286
aaattgtttc ctgtgaagca agtgccacat cgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 287
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 287
aaggagtaca ggtaacagcg aatctgcgcg cgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 288
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 288
aatatatacc ggaatgtcac ccttctacat agcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 289
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 289
tcaccttctc tgccatgctg cttgatcgac agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 290
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 290
gcttacgtat caatgtgcag atagtgagct caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 291
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 291
aaagagaaca atcatcgtca tgttcgatag tgaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 292
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 292
ctgttctgtc gtaacttccg gtgtagacga tagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 293
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 293
ggaaagtgcc ggccattgtt ggtatcgtga agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 294
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 294
tgcagaatga agtgctgttg caaactcacg tcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 295
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 295
gttacttact tccaggggtc gtctacgtat cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 296
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 296
gtaatgttat gctgcctgct ttaaagcgta gtaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 297
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 297
gaggaaatag attgtctgtc cagcgagcga gcagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 298
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 298
atggataaaa ctgcagcatc tgcatcatct caagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 299
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 299
ggttgaccaa gttgcaattc actcgcatca tgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 300
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 300
gagaatctga ctcaaccatg atacatcgtg atagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 301
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 301
atctttgtca aaatacgaaa atgctgatac gagcagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 302
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 302
gacaagctca gtatcgtcca cggctgcgta agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 303
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 303
taacctgcat ccttgctagt tttgagtgag agagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 304
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 304
agaaaaataa cccccgaaaa tctgtacact atcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 305
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 305
tatgctaacc cattctccgg tctcacgtac gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 306
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 306
tgcgagaggt gaatgtgagt gaggcacact aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 307
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 307
ggcacaaatg cagacactgt taggagatcg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 308
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 308
ctgaagctgc acgacatgtc gctactatat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 309
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 309
gagaaggtaa gaccacctta aaattgtcac acaagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 310
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 310
ttcgctaggt taagacatgg agacgctcgt gaagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 311
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 311
aggttgtggt cacttgctcg tctctagatg agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 312
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 312
atgttaattt ctagagtttt tcctgttaga tgacgagatc ggaagagcgt cgtgtaggga 60
aagagt 66
<210> 313
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 313
gagtttggta tgcagtggtt gttggtacag tgagatcgga agagcgtcgt gtagggaaag 60
agt 63
<210> 314
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 314
gcaatcgaag ctctgcagtg gctctatcag agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 315
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 315
cctgcatatg catatgccat gggtgtgacg cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 316
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 316
taaatgttct gcaaaaggtc cgtttactgt atcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 317
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 317
gagcttgaca tgctaacacc ttcatcatat aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 318
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 318
aagccaggga ctcggatgaa ctgctatgat agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 319
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 319
tttgtcaact tgtcaacatc agagctcgag tcgagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 320
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 320
gtatccgtgt cgcttgtaga gctatatcga agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 321
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 321
gatcacatca acgaacttgt aaaccgctcg cgcagatcgg aagagcgtcg tgtagggaaa 60
gagt 64
<210> 322
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 322
gaagcatggg cctctctcga tccgtgctgt agatcggaag agcgtcgtgt agggaaagag 60
t 61
<210> 323
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 323
taacatctcg tcggcataga ggcgcacgct gagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 324
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 324
taatatgcag ctaacatctc atatcctcag atagagatcg gaagagcgtc gtgtagggaa 60
agagt 65
<210> 325
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 325
ccggcaatta ggtggatgtc ataactcgct cagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 326
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> locus probe
<400> 326
acaacgttag tttctcgagc aggtgagtag aagatcggaa gagcgtcgtg tagggaaaga 60
gt 62
<210> 327
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 327
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa tttcagtcgt ttcttctttg 60
gagt 64
<210> 328
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 328
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatt caaccgggtc tgagacaagt 60
tt 62
<210> 329
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 329
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagcta cattcagcag cattcttttt 60
gtct 64
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 330
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg ctcaaaacca agagatcgac 60
ct 62
<210> 331
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 331
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgc acatggcaga ggcagaccac 60
a 61
<210> 332
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 332
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacact cctaaagacc gataccaact 60
tttt 64
<210> 333
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 333
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg aggtggaaga ggaagcccaa 60
a 61
<210> 334
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 334
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg cttgagtagg agcgtcacat 60
tt 62
<210> 335
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 335
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtga attcatgcaa tcaagcactt 60
tagat 65
<210> 336
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 336
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtt gaagaaaaat cctgagaacg 60
cct 63
<210> 337
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 337
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc acttattatc gttggaccac 60
gac 63
<210> 338
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 338
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgca cctggatcaa aaagggtctt 60
caa 63
<210> 339
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 339
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg tgaattgttg caggtaaaaa 60
attgt 65
<210> 340
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 340
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcga aactgcaatg aaaaatggat 60
tggtt 65
<210> 341
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 341
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg gcgaactagt ccacaaattc 60
att 63
<210> 342
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 342
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg acgtgacgtg aacaaaccaa 60
ga 62
<210> 343
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 343
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc gtgtggcgtc cccctgattt 60
<210> 344
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 344
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtt tccgggcagc taggagggtt 60
<210> 345
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 345
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct acttgattga tctaataaag 60
cagca 65
<210> 346
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 346
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg caccgtacca atatctctgg 60
at 62
<210> 347
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 347
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg tgtgtggtac aaacaaatga 60
acata 65
<210> 348
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 348
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgca ctgctgcggc tgagtgttga 60
a 61
<210> 349
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 349
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgc atagctatgc tatggttcgc 60
ata 63
<210> 350
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 350
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag ctatcatcat cagagaaacc 60
attt 64
<210> 351
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 351
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc tgcatggctg catcgctttc 60
aa 62
<210> 352
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 352
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcata ccttgcactt ttaatcttaa 60
ctaca 65
<210> 353
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 353
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactac tggtttggca gacgatcaca 60
ca 62
<210> 354
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 354
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctata ctgtactcac acacagggca 60
at 62
<210> 355
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 355
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg agatttctga aaacctaagc 60
ccat 64
<210> 356
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 356
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtga ccaaggataa tcttgttcca 60
tctt 64
<210> 357
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 357
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc agatgaaact tagtatggtg 60
tagt 64
<210> 358
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 358
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc ggcaagtaca gtcatctctc 60
tt 62
<210> 359
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 359
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgct gcaacttgga gcatctctac 60
att 63
<210> 360
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 360
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatg tagcagcaac cactttatct 60
gata 64
<210> 361
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 361
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactac acatccggcc caaacttctg 60
aa 62
<210> 362
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 362
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg aagtctagct aactgtggat 60
ttc 63
<210> 363
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 363
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgt acaagcgtca accaaagagc 60
ct 62
<210> 364
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 364
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc tacgcgtacc aggaaagata 60
gt 62
<210> 365
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 365
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactaa atctcagtcg ccagtttctc 60
ttt 63
<210> 366
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 366
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgct cagttggcat aataacattg 60
acct 64
<210> 367
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 367
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg gctaatatgt ctgctattga 60
ccta 64
<210> 368
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 368
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac cacgtcaacg gtgcgtagtg 60
t 61
<210> 369
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 369
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactat ctcagggatc atgtgtgctc 60
at 62
<210> 370
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 370
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgc tagcaaccac acagacacag 60
ga 62
<210> 371
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 371
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa tcagaaaaaa ctatgacagt 60
ctcta 65
<210> 372
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 372
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatt atctgttgtg aaaaagaaac 60
ccaat 65
<210> 373
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 373
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag tagcccattg tgcctcttgt 60
ta 62
<210> 374
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 374
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgca tcatccccac tccaactacc 60
aa 62
<210> 375
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 375
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc tagatcctat ggccaaagaa 60
gc 62
<210> 376
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 376
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg gttgttacaa cggagaagaa 60
cga 63
<210> 377
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 377
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag gccgggacag tagtatcagt 60
t 61
<210> 378
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 378
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc ggccatttct ttcacacaat 60
cgt 63
<210> 379
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 379
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcc agttcgcacc ctgtgtaata 60
ca 62
<210> 380
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 380
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg tctagctgca ctggctactg 60
t 61
<210> 381
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 381
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacag gacacgataa tcctctttgg 60
gta 63
<210> 382
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 382
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg ttacatgaaa aggaagcttg 60
tttca 65
<210> 383
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 383
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcga tggttgctgc tcaagtctac 60
gt 62
<210> 384
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 384
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc agtgagatga cagtgatatg 60
gttt 64
<210> 385
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 385
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctt gcttaacatg gtttctgctg 60
agt 63
<210> 386
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 386
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc tcaaactaac cgttggatga 60
ggt 63
<210> 387
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 387
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctata cgttatgaag ctgttgcaag 60
gaa 63
<210> 388
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 388
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac agcagccatt cgttccacag 60
t 61
<210> 389
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 389
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctt agatggagaa attgtaaccg 60
gca 63
<210> 390
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 390
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag cacacaattg atctgcagtg 60
act 63
<210> 391
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 391
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta agtcccacgt ggtacataat 60
tct 63
<210> 392
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 392
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat ggtcgttaat cacgagatca 60
aca 63
<210> 393
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 393
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc tgaaaaacct ttggaataag 60
tgctt 65
<210> 394
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 394
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatt ttctgacgtc tcaactgttc 60
ctt 63
<210> 395
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 395
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc gacttctcta gttcctcagt 60
ca 62
<210> 396
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 396
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactt ggaatttctt ggagaagttc 60
cct 63
<210> 397
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 397
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactat ggtatttata ctgtgagctg 60
agc 63
<210> 398
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 398
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcaa gctcaagagg aaaatcagca 60
tct 63
<210> 399
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 399
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgt agtatgtgtt tgatcgcgct 60
agt 63
<210> 400
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 400
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacact aggtaattta taggcggctg 60
atta 64
<210> 401
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 401
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg ccggctattg cagacaaaaa 60
gat 63
<210> 402
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 402
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct ttgtgggaga ggaattctgg 60
ca 62
<210> 403
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 403
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc ctcgtcttct ttcacctctc 60
ca 62
<210> 404
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 404
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcc agtacaacct tgcagatttt 60
ggta 64
<210> 405
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 405
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt agttgtagat ctgggggtta 60
ctt 63
<210> 406
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 406
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg ctctcactag agcccctaca 60
t 61
<210> 407
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 407
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg tacggtggtt ggaacagtaa 60
ct 62
<210> 408
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 408
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc gtatacacgc acatgtgtgt 60
gt 62
<210> 409
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 409
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta tgagctgcag tttgcttctt 60
act 63
<210> 410
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 410
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg gaccaacttg tcggcgccaa 60
<210> 411
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 411
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg catgcggaaa ataatggagt 60
act 63
<210> 412
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 412
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacaca aaaacacatt ctgcaagcaa 60
aacat 65
<210> 413
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 413
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat ttgaggaggg tgctgcaaga 60
tt 62
<210> 414
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 414
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag ggtgtacatt ggtttgcttg 60
ct 62
<210> 415
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 415
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgct atcgtgcttc tccaggtaac 60
ga 62
<210> 416
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 416
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcata tatggccgat ctgggtagtg 60
ta 62
<210> 417
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 417
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg ggtgtctggt tcttcaaaca 60
gt 62
<210> 418
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 418
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactat gatcgagctg attagtttct 60
agat 64
<210> 419
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 419
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc ggcttcatgt ttctcccaaa 60
aaat 64
<210> 420
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 420
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg aagccctcta agttcatcga 60
ctt 63
<210> 421
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 421
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg ttgaaatgct ttctaatggt 60
ggga 64
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<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 422
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta tacagcaaca tcataacaca 60
tatga 65
<210> 423
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 423
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc taatcctttg ccgtgctcag 60
ct 62
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 424
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg ttttggatcc tcaaagagaa 60
ggt 63
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 425
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacg accctgttgt tggctataca 60
gat 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 426
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa ttatcccggg caagtccatg 60
at 62
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 427
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatg gcaggtgcag acaacggcaa 60
a 61
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac cgatcgggcg gttgagatca 60
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 429
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg ttcggtcacg gcggttgaat 60
tt 62
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 430
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatt tgcagcagca acccacggtt 60
t 61
<210> 431
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 431
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag tctagaatga atttagcaga 60
cttga 65
<210> 432
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 432
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacact tcttttcttt tacaacagac 60
ttacat 66
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 433
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg tcctgctggt cagcgtttct 60
aa 62
<210> 434
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 434
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat taatagcgat gtgtttcagt 60
tgca 64
<210> 435
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 435
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgt tgcagcctcc ggtcacacaa 60
a 61
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 436
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac atcgtcacag tcagtagtag 60
ct 62
<210> 437
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 437
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcg acacgatgat gtggagaaag 60
gt 62
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 438
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacact gcattagatt cgccacttag 60
gat 63
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 439
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc aggagacaga gttctgcaca 60
at 62
<210> 440
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 440
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc attagctgag tcaattcagt 60
ccta 64
<210> 441
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 441
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacg acgactaacg tgtcttgctt 60
ca 62
<210> 442
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 442
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc aaaacaccag tagcatgcac 60
tat 63
<210> 443
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 443
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac caaccgatcg agcgagcatc 60
<210> 444
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 444
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat tcacaaaagc atttggcgct 60
aca 63
<210> 445
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 445
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc agagctgaga gcagtggacg 60
t 61
<210> 446
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 446
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc tctgaagtcc ttgtccagta 60
aaat 64
<210> 447
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 447
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg tgacagttgt caaacagacc 60
aat 63
<210> 448
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 448
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat atattaagat tgtgtgctgc 60
aagtt 65
<210> 449
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 449
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactaa agcggttgca ataaaccagc 60
ca 62
<210> 450
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 450
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc atcggatgtg cggtcaagaa 60
ct 62
<210> 451
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 451
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc catactaagc tgccactcac 60
tt 62
<210> 452
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 452
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag gtgtgtcctc atcctcatcg 60
a 61
<210> 453
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 453
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat ttcagacttt cagctgcgat 60
gaa 63
<210> 454
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 454
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcc tcatcttccc ggtccgaacg 60
a 61
<210> 455
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 455
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactac ctcagtacca agacgacgaa 60
ga 62
<210> 456
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 456
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc cgctgcaaaa ggatggggct 60
t 61
<210> 457
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 457
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgc aaggtggacc agaagagaaa 60
ct 62
<210> 458
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 458
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatg caaagccttc atttgtgcct 60
ct 62
<210> 459
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 459
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc aaaaccaacg cagggtgttt 60
ca 62
<210> 460
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 460
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc tggctgctct ctggcaaaaa 60
at 62
<210> 461
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 461
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac agagtactac cagttgctcg 60
taa 63
<210> 462
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 462
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc attgccatgt gatgctgagg 60
aaa 63
<210> 463
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 463
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacaca atgcatctgg gactgctctg 60
at 62
<210> 464
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 464
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgc gcagcgaaca gaattctcga 60
ta 62
<210> 465
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 465
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc tagccgagct agggatcctc 60
a 61
<210> 466
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 466
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc ctacatcggc atatctacca 60
tc 62
<210> 467
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 467
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc aacacagctg caaaacatgc 60
att 63
<210> 468
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 468
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactaa cgtttgctgc atgttttcag 60
act 63
<210> 469
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 469
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacag tcctctggga tttcggcgct 60
<210> 470
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 470
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc tgaccaatgg ttagctgaca 60
tga 63
<210> 471
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 471
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct gcccttcgtt gtcctgaaca 60
ta 62
<210> 472
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 472
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg aaagaagcta ctaatgacct 60
gca 63
<210> 473
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 473
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag aatcagagca tcctgaatac 60
aca 63
<210> 474
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 474
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg agtcattatt ctccatcgcc 60
ca 62
<210> 475
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 475
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgt gccctctgac ctagctagtt 60
at 62
<210> 476
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 476
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacaca ctattgagca gtcatccgtc 60
tat 63
<210> 477
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 477
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgt tagtgctaca gctacacaag 60
tgt 63
<210> 478
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 478
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatg gtatgctggc cgcaggtaca 60
a 61
<210> 479
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 479
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag tgtgcagaat cctaatatcg 60
gtta 64
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 480
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc aatgttccac ctttgctcca 60
ca 62
<210> 481
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 481
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag tctatccata tcttcacctg 60
gca 63
<210> 482
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 482
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg ccatcgcatt gcaagagcta 60
ga 62
<210> 483
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 483
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag gatccaactg tgcaatgtcc 60
aa 62
<210> 484
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 484
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacag catggaaacc tagaaaccaa 60
cat 63
<210> 485
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 485
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcg acacgagatg ccgagtctgc 60
a 61
<210> 486
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 486
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc ccggtctgcg ctaataaact 60
at 62
<210> 487
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 487
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag tgtaataaac ttgccttcat 60
ctgc 64
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 488
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcg ctgcgtccca catattagtg 60
ttt 63
<210> 489
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 489
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtca tccggcatat gttaagtatt 60
ggc 63
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 490
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg ggggcagaaa tctaacaatc 60
aga 63
<210> 491
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 491
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatt agtttacagt caaggggtag 60
agt 63
<210> 492
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 492
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcc cggataccgc gtatagagtg 60
a 61
<210> 493
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 493
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac ccttccccaa tattttttct 60
gct 63
<210> 494
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 494
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc agctagcttt tcagtccaca 60
gt 62
<210> 495
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 495
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc ccgaaacttg gtcgtcgtag 60
t 61
<210> 496
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 496
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc atcagcttca ctggtaccaa 60
cta 63
<210> 497
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 497
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag tctatggtgg ggagcgatcc 60
a 61
<210> 498
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 498
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag cgagcagcgg tagggtgca 59
<210> 499
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 499
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat gtgctttcta gagctggatg 60
ca 62
<210> 500
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 500
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag gatagctctg gagatgacat 60
ga 62
<210> 501
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 501
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat agcgaggtac ttaccacgta 60
att 63
<210> 502
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 502
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatt acgctgctgg atggaaagat 60
ga 62
<210> 503
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 503
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct tgggaacagt ggagtaacaa 60
aata 64
<210> 504
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 504
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt tgtcagaacc cagatttact 60
caaa 64
<210> 505
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 505
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc cagctgaagt ttgtttgagg 60
ataa 64
<210> 506
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 506
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatt agctgctctc ttcagtttca 60
gta 63
<210> 507
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 507
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatg aaaatcttgc aaaacgttgg 60
actt 64
<210> 508
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 508
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcaa cggtatcctt tctgtcactg 60
ct 62
<210> 509
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 509
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacac tcatcaagat ctttcacagc 60
caa 63
<210> 510
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 510
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta attggatggg taagctgctg 60
ga 62
<210> 511
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 511
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacag taactttgga cgataatcaa 60
gagat 65
<210> 512
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 512
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag ccaatcgagc atcccttgcg 60
t 61
<210> 513
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 513
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag gtagcagagg ttccacatga 60
at 62
<210> 514
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 514
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtca tctaccacat cacaggaccg 60
aa 62
<210> 515
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 515
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc gttcgtcatg gttgacctag 60
ata 63
<210> 516
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 516
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc gcaagagaca actccatgag 60
ct 62
<210> 517
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 517
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc aggccggatt tcaaaagttt 60
agtt 64
<210> 518
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 518
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacaca tctcagcacg gaaagttcta 60
caa 63
<210> 519
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 519
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc tctgatttct tccggtttca 60
atat 64
<210> 520
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 520
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt ctgatgtact gatacctttt 60
tcca 64
<210> 521
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 521
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcga ttgtgctgaa aacgtgaatt 60
ctgt 64
<210> 522
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 522
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg gcccaatccc ggcgtctata 60
<210> 523
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 523
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg gagtgttgtt tccattggta 60
cta 63
<210> 524
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 524
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa cctgctggat ctgctgaaga 60
c 61
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag ttgttacatc tcgtttctct 60
ttct 64
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<223> n is a, c, g, or t
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gta 63
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<223> n is a, c, g, or t
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tga 63
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<223> n is a, c, g, or t
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aat 63
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caa 63
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aat 63
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tga 63
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tct 63
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<223> n is a, c, g, or t
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gcct 64
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<222> (30)..(35)
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tct 63
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgt agcctgattg acaatgttgt 60
cct 63
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<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc cgctgctcgt gtctgaattc 60
tt 62
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgc acgatgaagg cagcttcttc 60
aa 62
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtcg tctcataatt tcaaaatcgg 60
atgca 65
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtga attaaggatg tctatcgacc 60
gga 63
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<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg agtacaacaa gagaaaaaga 60
gaaata 66
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 545
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat gtatacattg tcttggggct 60
tatt 64
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<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 546
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ata 63
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<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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gt 62
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<223> n is a, c, g, or t
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<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 549
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cataaa 66
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<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 550
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cat 63
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<211> 63
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag gcgagaaacc acaagttaaa 60
cga 63
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<211> 63
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<213> artificial sequence
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcga gtcagaacca atgccgtagt 60
aat 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat ctgctgctgt tgatagtgct 60
ac 62
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<212> DNA
<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 554
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aacta 65
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 555
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc gattaattaa tggcccctcc 60
tca 63
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<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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atc 63
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 557
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa cttaacaccg taaagtagag 60
ataaa 65
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<212> DNA
<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 558
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac atcaaatgtg aagtcgtcac 60
cat 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 559
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gtaa 64
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 560
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgc atattccttg atgggcttct 60
gga 63
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<212> DNA
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<220>
<223> allele 1 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 561
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt gcagccatct ctaccgacac 60
t 61
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 562
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcc tttgtttttg gccgtgaaat 60
aaaaa 65
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<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 563
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctatc cggttagtac gccatagcga 60
at 62
<210> 564
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 564
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag ctgtgctgcg catttctttg 60
ttt 63
<210> 565
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 565
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgc cttctgaaat cgaagtgcga 60
gaa 63
<210> 566
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 566
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatg ccgagccgat caagatagtg 60
t 61
<210> 567
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 567
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag tcggtagatc acaagcatga 60
taa 63
<210> 568
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 568
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta agaatgtctt ccaaactgcc 60
tga 63
<210> 569
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 569
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc aaggtttttt tgtgaaagga 60
gtga 64
<210> 570
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 570
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctt ttgagggaaa tgatctagaa 60
tggt 64
<210> 571
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 571
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtt ctaatttcag cagcaaactg 60
gct 63
<210> 572
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 572
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc cgtcgtcgtt ctgacatgct 60
tt 62
<210> 573
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 573
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa ctttagaaat ccgggtcatc 60
tttt 64
<210> 574
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 574
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc gattgcttac actgttgcag 60
ct 62
<210> 575
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 575
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc agcatataga agaggggaag 60
gat 63
<210> 576
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 576
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg gagatggttg gtgagagtca 60
taa 63
<210> 577
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 577
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgct gataagcatg tgcagcaact 60
tgt 63
<210> 578
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 578
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac ctggacgtag tcgttgtcaa 60
ca 62
<210> 579
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 579
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtca catagagcgg gaaaaaaagt 60
ggt 63
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<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 580
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactag ttgtaagtgc acaaaaataa 60
agcaa 65
<210> 581
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 581
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcaa ccaaattcaa gctgcaagtt 60
atct 64
<210> 582
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 582
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatc acatccgagt gaagagtaaa 60
caa 63
<210> 583
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 583
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacag gtaatccaca aagttaccag 60
cgt 63
<210> 584
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 584
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc tagcatgcct ctgttatctg 60
caa 63
<210> 585
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 585
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacaca aatgtccaaa tcccgccgga 60
at 62
<210> 586
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 586
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag ctggtagcag ccatgcatct 60
a 61
<210> 587
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 587
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacact ggtatgacca aactaagtcg 60
aca 63
<210> 588
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 588
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg aaagcaccac aatcaggtca 60
aat 63
<210> 589
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 589
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgaa tgtgaactga agtagtttct 60
ttgtt 65
<210> 590
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 590
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc tgaaaatgag gcagcacttt 60
catt 64
<210> 591
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 591
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa tcgtaaaagc tatggctgca 60
gaa 63
<210> 592
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 592
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct tatggacggt gctcacaaaa 60
tga 63
<210> 593
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 593
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctt gccggcaagc tgagtaattt 60
ga 62
<210> 594
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 594
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacac agtacagtct caagcaatcg 60
att 63
<210> 595
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 595
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc ttaaacatcc tagatcggct 60
ctt 63
<210> 596
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 596
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacg ttagttgtct tgcgctcatg 60
ca 62
<210> 597
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 597
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatt gtctaggcct cctaagctta 60
ct 62
<210> 598
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 598
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactac agcaagctct attacatcaa 60
agaat 65
<210> 599
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 599
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag acagcatgca gcatcgttgc 60
a 61
<210> 600
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 600
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgca caccccctta gatgctctat 60
ga 62
<210> 601
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 601
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc tgtagagggc agcaagtttc 60
aa 62
<210> 602
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 602
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcg gacaaaagaa aaaggacaca 60
tgaat 65
<210> 603
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 603
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc cgtattagta cagtatttca 60
gagta 65
<210> 604
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 604
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg cttgggctgc atcgcctgat 60
<210> 605
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 605
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtg attttcagct ttgcactaac 60
tgat 64
<210> 606
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 606
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatgcg caaagttgat atcttttcca 60
atcttt 66
<210> 607
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 607
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgc ctgatgaagg caaaagggaa 60
aaa 63
<210> 608
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 608
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcata gcaaacccgg atcagtaaca 60
att 63
<210> 609
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 609
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctata tgattgcagt tggtttcatt 60
ttgat 65
<210> 610
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 610
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtca cgcaatacag cggtcacaac 60
at 62
<210> 611
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 611
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgc aataagatta gcataaaata 60
gtcgtt 66
<210> 612
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 612
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntacta ttttcaccaa aattaagcag 60
gactt 65
<210> 613
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 613
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtt ggtggttatt cgggcttttg 60
ca 62
<210> 614
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 614
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcaa agtggcattc agatcaacag 60
tca 63
<210> 615
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 615
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg agagagagag agagagagat 60
ca 62
<210> 616
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 616
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg ccagtaactc tttcctccct 60
at 62
<210> 617
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 617
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtct caaaggagct agatcttctt 60
cga 63
<210> 618
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 618
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt gttgaactct ttgaacacat 60
catta 65
<210> 619
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 619
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctcgg aagaacacaa ggcagattga 60
tgt 63
<210> 620
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 620
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngacgg caagtttgta tacttcaggg 60
gta 63
<210> 621
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 621
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcatg gacgtccggc tgctactact 60
a 61
<210> 622
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 622
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg actgtagttt tgtgcatctt 60
gaat 64
<210> 623
<211> 67
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 623
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactac cagttgagtt cgtttattta 60
tttataa 67
<210> 624
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 624
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacac aattggtagg gaaggggttc 60
ca 62
<210> 625
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 625
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc ccagcaccat gaaggttcat 60
ca 62
<210> 626
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 626
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgaa gaagcatggc cggttatata 60
ctt 63
<210> 627
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 627
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacaa tccacagtaa tgtaaccact 60
gct 63
<210> 628
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 628
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc ttcttgtcaa aaatgaggcc 60
agt 63
<210> 629
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 629
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac gaaaataacc aaactgcact 60
tcta 64
<210> 630
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac agaaaaattt aggcagcaca 60
aaaata 66
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<211> 64
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<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 631
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncacat gttggaaaat cggtgtacca 60
tata 64
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<211> 66
<212> DNA
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<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 632
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcag gtttggttcg ttatattata 60
tatagt 66
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<212> DNA
<213> artificial sequence
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<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 633
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgat ggcagccatg tcagctacag 60
t 61
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 634
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac cagctctaca ccaaggaatc 60
c 61
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgc aacctttgaa gagaacgtgc 60
atat 64
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 636
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag gcaaggatta tctaagctgc 60
tat 63
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 637
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgg gaccagacta ccagagacag 60
at 62
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<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 638
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc tgagttctgt ttattttggc 60
tgct 64
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 639
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc gactacgatg cccccattga 60
t 61
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 640
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngagtc atgaaacgac aacacattca 60
catt 64
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 641
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgag caattgtgtt tggaggcata 60
caa 63
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 642
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagtca gaatgaagat gtgattatgc 60
tattaa 66
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 643
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactg ccatttttca catccagtga 60
tct 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 644
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctg cgtaatgagt ccttgcagta 60
ca 62
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 645
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcata acaaatgggt tatgcagaag 60
tagt 64
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<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 646
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnctgac tatatacgca tttgatgtgc 60
atgtt 65
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 647
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnactaa ccgggcttcc caccaaacga 60
<210> 648
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 648
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgtgt ttttaggaag gccagagtac 60
aca 63
<210> 649
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 649
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntactc attgtttcca catcctcctt 60
aga 63
<210> 650
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 650
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnatcac ccacacactc tcttgtcaat 60
att 63
<210> 651
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 651
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacacc caggttcttg gatgtttatg 60
gct 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 1 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 652
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagctc agcaccgtgt ccctgtatgt 60
at 62
<210> 653
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 653
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt ttcagtcgtt tcttctttgg 60
agc 63
<210> 654
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 654
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc aaccgggtct gagacaagtt 60
c 61
<210> 655
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 655
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctc attcagcagc attctttttg 60
tcc 63
<210> 656
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 656
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg ctcaaaacca agagatcgac 60
cc 62
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 657
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgca catggcagag gcagaccacc 60
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 658
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc ctaaagaccg ataccaactt 60
ttg 63
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 659
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg aggtggaaga ggaagcccaa 60
g 61
<210> 660
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 660
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag cttgagtagg agcgtcacat 60
tc 62
<210> 661
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 661
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgca ttcatgcaat caagcacttt 60
agag 64
<210> 662
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 662
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg aagaaaaatc ctgagaacgc 60
cg 62
<210> 663
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 663
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc acttattatc gttggaccac 60
gag 63
<210> 664
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 664
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc ctggatcaaa aagggtcttc 60
ag 62
<210> 665
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 665
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg tgaattgttg caggtaaaaa 60
attgc 65
<210> 666
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 666
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca actgcaatga aaaatggatt 60
ggtg 64
<210> 667
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 667
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag gcgaactagt ccacaaattc 60
atc 63
<210> 668
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 668
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg acgtgacgtg aacaaaccaa 60
gg 62
<210> 669
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 669
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctc gtgtggcgtc cccctgattg 60
<210> 670
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 670
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtact ccgggcagct aggagggtg 59
<210> 671
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 671
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctga cttgattgat ctaataaagc 60
agcg 64
<210> 672
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 672
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg caccgtacca atatctctgg 60
ac 62
<210> 673
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 673
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg tgtgtggtac aaacaaatga 60
acatt 65
<210> 674
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 674
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc tgctgcggct gagtgttgac 60
<210> 675
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 675
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcc atagctatgc tatggttcgc 60
atg 63
<210> 676
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 676
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg ctatcatcat cagagaaacc 60
attc 64
<210> 677
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 677
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagct gcatggctgc atcgctttca 60
g 61
<210> 678
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 678
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc cttgcacttt taatcttaac 60
tacc 64
<210> 679
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 679
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatt ggtttggcag acgatcacac 60
g 61
<210> 680
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 680
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc tgtactcaca cacagggcaa 60
c 61
<210> 681
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 681
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtcta gatttctgaa aacctaagcc 60
cag 63
<210> 682
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 682
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcc caaggataat cttgttccat 60
ctg 63
<210> 683
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 683
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc agatgaaact tagtatggtg 60
tagc 64
<210> 684
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 684
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtac ggcaagtaca gtcatctctc 60
tc 62
<210> 685
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 685
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcg caacttggag catctctaca 60
tg 62
<210> 686
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 686
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtt agcagcaacc actttatctg 60
atg 63
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 687
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgata catccggccc aaacttctga 60
g 61
<210> 688
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 688
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg aagtctagct aactgtggat 60
ttg 63
<210> 689
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 689
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcaga caagcgtcaa ccaaagagcc 60
c 61
<210> 690
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 690
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc tacgcgtacc aggaaagata 60
gc 62
<210> 691
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 691
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgata tctcagtcgc cagtttctct 60
tc 62
<210> 692
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 692
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc agttggcata ataacattga 60
ccc 63
<210> 693
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 693
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag ctaatatgtc tgctattgac 60
ctg 63
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<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 694
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagac acgtcaacgg tgcgtagtgc 60
<210> 695
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 695
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatc tcagggatca tgtgtgctca 60
c 61
<210> 696
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 696
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagt agcaaccaca cagacacagg 60
c 61
<210> 697
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 697
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt cagaaaaaac tatgacagtc 60
tctc 64
<210> 698
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 698
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgaca tctgttgtga aaaagaaacc 60
caac 64
<210> 699
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 699
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag tagcccattg tgcctcttgt 60
tg 62
<210> 700
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 700
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagct catccccact ccaactacca 60
c 61
<210> 701
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 701
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc tagatcctat ggccaaagaa 60
gg 62
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 702
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg ttgttacaac ggagaagaac 60
gg 62
<210> 703
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 703
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg gccgggacag tagtatcagt 60
c 61
<210> 704
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 704
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg gccatttctt tcacacaatc 60
gc 62
<210> 705
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 705
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc agttcgcacc ctgtgtaata 60
cg 62
<210> 706
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 706
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg tctagctgca ctggctactg 60
c 61
<210> 707
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 707
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgg acacgataat cctctttggg 60
tc 62
<210> 708
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 708
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgct tacatgaaaa ggaagcttgt 60
ttcg 64
<210> 709
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 709
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct ggttgctgct caagtctacg 60
c 61
<210> 710
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 710
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtaa gtgagatgac agtgatatgg 60
ttc 63
<210> 711
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 711
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg cttaacatgg tttctgctga 60
gg 62
<210> 712
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 712
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct caaactaacc gttggatgag 60
gc 62
<210> 713
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 713
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc gttatgaagc tgttgcaagg 60
ag 62
<210> 714
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 714
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc agcagccatt cgttccacag 60
c 61
<210> 715
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 715
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtcta gatggagaaa ttgtaaccgg 60
cg 62
<210> 716
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 716
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagac acacaattga tctgcagtga 60
cg 62
<210> 717
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 717
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtaa gtcccacgtg gtacataatt 60
cg 62
<210> 718
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 718
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgg gtcgttaatc acgagatcaa 60
cg 62
<210> 719
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 719
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgact gaaaaacctt tggaataagt 60
gctc 64
<210> 720
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 720
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgact tctgacgtct caactgttcc 60
tg 62
<210> 721
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 721
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc gacttctcta gttcctcagt 60
cc 62
<210> 722
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 722
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag gaatttcttg gagaagttcc 60
cc 62
<210> 723
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 723
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatt ggtatttata ctgtgagctg 60
agg 63
<210> 724
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 724
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg ctcaagagga aaatcagcat 60
cc 62
<210> 725
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 725
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca gtatgtgttt gatcgcgcta 60
gc 62
<210> 726
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 726
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagaga ggtaatttat aggcggctga 60
ttg 63
<210> 727
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 727
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctc cggctattgc agacaaaaag 60
ag 62
<210> 728
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 728
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt tgtgggagag gaattctggc 60
g 61
<210> 729
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 729
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc tcgtcttctt tcacctctcc 60
g 61
<210> 730
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 730
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctga gtacaacctt gcagattttg 60
gtg 63
<210> 731
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 731
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgca gttgtagatc tgggggttac 60
tc 62
<210> 732
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 732
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg ctctcactag agcccctaca 60
c 61
<210> 733
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 733
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg tacggtggtt ggaacagtaa 60
cc 62
<210> 734
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 734
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc gtatacacgc acatgtgtgt 60
gc 62
<210> 735
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 735
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtat gagctgcagt ttgcttctta 60
cg 62
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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acc 63
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<222> (30)..(35)
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acac 64
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c 61
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cc 62
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g 61
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gag 63
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tc 62
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ggg 63
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c 61
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<213> artificial sequence
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 750
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag ttttggatcc tcaaagagaa 60
ggc 63
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
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ac 62
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c 61
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 755
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtat tcggtcacgg cggttgaatt 60
g 61
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<222> (30)..(35)
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtt gcagcagcaa cccacggttc 60
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 757
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ttgg 64
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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c 61
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 760
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt aatagcgatg tgtttcagtt 60
gcg 63
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc atcgtcacag tcagtagtag 60
cc 62
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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gg 62
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<223> allele 2 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 764
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ac 62
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 765
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ac 62
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 766
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ctg 63
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<211> 62
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 767
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cc 62
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<211> 63
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 768
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tac 63
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<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 770
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt cacaaaagca tttggcgcta 60
cc 62
<210> 771
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 771
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagca gagctgagag cagtggacgc 60
<210> 772
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 772
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct ctgaagtcct tgtccagtaa 60
aac 63
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 773
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg tgacagttgt caaacagacc 60
aac 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 774
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagaa tattaagatt gtgtgctgca 60
agtc 64
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
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<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 775
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgata gcggttgcaa taaaccagcc 60
g 61
<210> 776
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 776
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca tcggatgtgc ggtcaagaac 60
c 61
<210> 777
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 777
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc catactaagc tgccactcac 60
tc 62
<210> 778
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 778
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag gtgtgtcctc atcctcatcg 60
g 61
<210> 779
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 779
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagat tcagactttc agctgcgatg 60
ag 62
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<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 780
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt catcttcccg gtccgaacgg 60
<210> 781
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 781
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatc ctcagtacca agacgacgaa 60
gt 62
<210> 782
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 782
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc gctgcaaaag gatggggctc 60
<210> 783
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 783
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagc aaggtggacc agaagagaaa 60
cc 62
<210> 784
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 784
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacg caaagccttc atttgtgcct 60
cc 62
<210> 785
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 785
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc aaaaccaacg cagggtgttt 60
cg 62
<210> 786
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 786
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc tggctgctct ctggcaaaaa 60
ac 62
<210> 787
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 787
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc agagtactac cagttgctcg 60
tat 63
<210> 788
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 788
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgaca ttgccatgtg atgctgagga 60
ag 62
<210> 789
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 789
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagaga tgcatctggg actgctctga 60
c 61
<210> 790
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 790
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagc gcagcgaaca gaattctcga 60
tc 62
<210> 791
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 791
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct agccgagcta gggatcctcg 60
<210> 792
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 792
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc ctacatcggc atatctacca 60
tg 62
<210> 793
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 793
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc aacacagctg caaaacatgc 60
atc 63
<210> 794
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 794
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatc gtttgctgca tgttttcaga 60
cg 62
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<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 795
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgg tcctctggga tttcggcgcc 60
<210> 796
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 796
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagct gaccaatggt tagctgacat 60
gg 62
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 797
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgg cccttcgttg tcctgaacat 60
g 61
<210> 798
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 798
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag aaagaagcta ctaatgacct 60
gcg 63
<210> 799
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 799
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatg aatcagagca tcctgaatac 60
acg 63
<210> 800
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 800
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg agtcattatt ctccatcgcc 60
cc 62
<210> 801
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 801
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg ccctctgacc tagctagtta 60
c 61
<210> 802
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 802
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc tattgagcag tcatccgtct 60
ac 62
<210> 803
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 803
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct agtgctacag ctacacaagt 60
gg 62
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<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 804
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg tatgctggcc gcaggtacag 60
<210> 805
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 805
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagat gtgcagaatc ctaatatcgg 60
ttg 63
<210> 806
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 806
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctc aatgttccac ctttgctcca 60
cc 62
<210> 807
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 807
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagat ctatccatat cttcacctgg 60
cg 62
<210> 808
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 808
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc catcgcattg caagagctag 60
g 61
<210> 809
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 809
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag gatccaactg tgcaatgtcc 60
ag 62
<210> 810
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 810
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgg catggaaacc tagaaaccaa 60
cac 63
<210> 811
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 811
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctga cacgagatgc cgagtctgcg 60
<210> 812
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 812
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc ccggtctgcg ctaataaact 60
ac 62
<210> 813
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 813
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg tgtaataaac ttgccttcat 60
ctgg 64
<210> 814
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 814
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc tgcgtcccac atattagtgt 60
tg 62
<210> 815
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 815
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctga tccggcatat gttaagtatt 60
ggg 63
<210> 816
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 816
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg gggcagaaat ctaacaatca 60
gc 62
<210> 817
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 817
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgaca gtttacagtc aaggggtaga 60
gc 62
<210> 818
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 818
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc cggataccgc gtatagagtg 60
g 61
<210> 819
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 819
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc ccttccccaa tattttttct 60
gcc 63
<210> 820
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 820
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc agctagcttt tcagtccaca 60
gc 62
<210> 821
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 821
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc ccgaaacttg gtcgtcgtag 60
g 61
<210> 822
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 822
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgta tcagcttcac tggtaccaac 60
tc 62
<210> 823
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 823
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatt ctatggtggg gagcgatccg 60
<210> 824
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 824
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg cgagcagcgg tagggtgcg 59
<210> 825
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 825
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag tgctttctag agctggatgc 60
g 61
<210> 826
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 826
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatg gatagctctg gagatgacat 60
gg 62
<210> 827
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 827
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatga gcgaggtact taccacgtaa 60
tc 62
<210> 828
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 828
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgta cgctgctgga tggaaagatg 60
g 61
<210> 829
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 829
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt gggaacagtg gagtaacaaa 60
atg 63
<210> 830
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 830
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgct gtcagaaccc agatttactc 60
aag 63
<210> 831
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 831
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc agctgaagtt tgtttgagga 60
tag 63
<210> 832
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 832
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgta gctgctctct tcagtttcag 60
tc 62
<210> 833
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 833
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg aaaatcttgc aaaacgttgg 60
actc 64
<210> 834
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 834
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc ggtatccttt ctgtcactgc 60
c 61
<210> 835
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 835
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgc tcatcaagat ctttcacagc 60
cag 63
<210> 836
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 836
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtaa ttggatgggt aagctgctgg 60
g 61
<210> 837
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 837
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt aactttggac gataatcaag 60
agac 64
<210> 838
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 838
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagac caatcgagca tcccttgcgc 60
<210> 839
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 839
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg gtagcagagg ttccacatga 60
ag 62
<210> 840
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 840
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt ctaccacatc acaggaccga 60
g 61
<210> 841
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 841
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg ttcgtcatgg ttgacctaga 60
tg 62
<210> 842
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 842
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg caagagacaa ctccatgagc 60
c 61
<210> 843
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 843
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagaga ggccggattt caaaagttta 60
gtc 63
<210> 844
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 844
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagt ctcagcacgg aaagttctac 60
ac 62
<210> 845
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 845
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc tctgatttct tccggtttca 60
atag 64
<210> 846
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 846
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcc tgatgtactg ataccttttt 60
ccg 63
<210> 847
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 847
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct tgtgctgaaa acgtgaattc 60
tgc 63
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 848
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg gcccaatccc ggcgtctatc 60
<210> 849
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 849
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg gagtgttgtt tccattggta 60
ctg 63
<210> 850
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 850
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatga cctgctggat ctgctgaaga 60
g 61
<210> 851
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 851
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatg ttgttacatc tcgtttctct 60
ttcc 64
<210> 852
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 852
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagt atccatgtct ccaggtgaag 60
tg 62
<210> 853
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 853
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcg ttcaatgctt tacctcctct 60
gg 62
<210> 854
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<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 854
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctct ccagggcatc agcgcctcc 59
<210> 855
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 855
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg caaggtgaag cttcactgaa 60
ac 62
<210> 856
<211> 59
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 856
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcga cgccagacga cgcgtctcc 59
<210> 857
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 857
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca aaacaccacc accatttcat 60
tttg 64
<210> 858
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 858
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgata tggggaatct ctgcatgtaa 60
cat 63
<210> 859
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 859
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg cagagccagc taaaagatca 60
ac 62
<210> 860
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 860
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc tttagctgca caactgctat 60
gg 62
<210> 861
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 861
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg gtaagctctt gttttgttgc 60
tcc 63
<210> 862
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 862
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg atgagatgca tacaaaattg 60
ccg 63
<210> 863
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 863
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc caggattgtt gttctgcttt 60
cg 62
<210> 864
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 864
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcaga gcctgattga caatgttgtc 60
cc 62
<210> 865
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 865
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacg ggcactgatc taacaacctg 60
ac 62
<210> 866
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 866
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc gctgctcgtg tctgaattct 60
c 61
<210> 867
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 867
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcc acgatgaagg cagcttcttc 60
ac 62
<210> 868
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 868
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt ctcataattt caaaatcgga 60
tgcg 64
<210> 869
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 869
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgca ttaaggatgt ctatcgaccg 60
gg 62
<210> 870
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 870
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca gtacaacaag agaaaaagag 60
aaatg 65
<210> 871
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 871
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag tatacattgt cttggggctt 60
atc 63
<210> 872
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 872
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc ctgcatcttt gtcctatcct 60
atg 63
<210> 873
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 873
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag ctgctggaat ataattgggg 60
gc 62
<210> 874
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 874
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgg aagacccgga ccggaaggag 60
<210> 875
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 875
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc tctgatactt tctttcaaaa 60
cataag 66
<210> 876
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 876
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc gccataaaag ttatgccacc 60
ac 62
<210> 877
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 877
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg cgagaaacca caagttaaac 60
gg 62
<210> 878
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 878
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg tcagaaccaa tgccgtagta 60
ac 62
<210> 879
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 879
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt ctgctgctgt tgatagtgct 60
ag 62
<210> 880
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 880
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca gatcagacca atgttatcaa 60
actg 64
<210> 881
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 881
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacg attaattaat ggcccctcct 60
cc 62
<210> 882
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 882
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagaa ctttgaacca ttggatggag 60
atg 63
<210> 883
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 883
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgc ttaacaccgt aaagtagaga 60
taac 64
<210> 884
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 884
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagac atcaaatgtg aagtcgtcac 60
cac 63
<210> 885
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 885
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc tacgagtaca tgcatataca 60
gtac 64
<210> 886
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 886
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcaga tattccttga tgggcttctg 60
gg 62
<210> 887
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 887
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg cagccatctc taccgacacc 60
<210> 888
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 888
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc tttgtttttg gccgtgaaat 60
aaaat 65
<210> 889
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 889
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgacc ggttagtacg ccatagcgaa 60
c 61
<210> 890
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 890
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc tgtgctgcgc atttctttgt 60
tc 62
<210> 891
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 891
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagc ttctgaaatc gaagtgcgag 60
ag 62
<210> 892
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 892
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg ccgagccgat caagatagtg 60
g 61
<210> 893
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 893
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag tcggtagatc acaagcatga 60
tag 63
<210> 894
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 894
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtaa gaatgtcttc caaactgcct 60
gg 62
<210> 895
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 895
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc aaggtttttt tgtgaaagga 60
gtgg 64
<210> 896
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 896
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctt tgagggaaat gatctagaat 60
ggc 63
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 897
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc taatttcagc agcaaactgg 60
cc 62
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 898
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc gtcgtcgttc tgacatgctt 60
c 61
<210> 899
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 899
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgc tttagaaatc cgggtcatct 60
ttc 63
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 900
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtac gattgcttac actgttgcag 60
cc 62
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 901
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctca gcatatagaa gaggggaagg 60
ag 62
<210> 902
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 902
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg agatggttgg tgagagtcat 60
ag 62
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<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 903
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcg ataagcatgt gcagcaactt 60
gc 62
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 904
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagac tggacgtagt cgttgtcaac 60
g 61
<210> 905
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 905
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc atagagcggg aaaaaaagtg 60
gg 62
<210> 906
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 906
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatg ttgtaagtgc acaaaaataa 60
agcag 65
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 907
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc caaattcaag ctgcaagtta 60
tcc 63
<210> 908
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 908
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtc acatccgagt gaagagtaaa 60
cag 63
<210> 909
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 909
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgg taatccacaa agttaccagc 60
gc 62
<210> 910
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 910
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtat agcatgcctc tgttatctgc 60
ag 62
<210> 911
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 911
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagaga atgtccaaat cccgccggaa 60
c 61
<210> 912
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 912
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag ctggtagcag ccatgcatct 60
g 61
<210> 913
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 913
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagg gtatgaccaa actaagtcga 60
cg 62
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<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 914
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag aaagcaccac aatcaggtca 60
aac 63
<210> 915
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 915
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagat gtgaactgaa gtagtttctt 60
tgtc 64
<210> 916
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 916
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctt gaaaatgagg cagcactttc 60
atc 63
<210> 917
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 917
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgt cgtaaaagct atggctgcag 60
ag 62
<210> 918
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 918
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgt atggacggtg ctcacaaaat 60
gg 62
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<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 919
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg ccggcaagct gagtaatttg 60
g 61
<210> 920
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 920
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntatgc agtacagtct caagcaatcg 60
atc 63
<210> 921
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 921
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtac ttaaacatcc tagatcggct 60
ctg 63
<210> 922
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 922
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagg ttagttgtct tgcgctcatg 60
cc 62
<210> 923
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 923
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg tctaggcctc ctaagcttac 60
c 61
<210> 924
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 924
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgata gcaagctcta ttacatcaaa 60
gaac 64
<210> 925
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 925
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgg acagcatgca gcatcgttgc 60
g 61
<210> 926
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 926
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc acccccttag atgctctatg 60
c 61
<210> 927
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 927
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtac tgtagagggc agcaagtttc 60
at 62
<210> 928
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 928
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcg acaaaagaaa aaggacacat 60
gaag 64
<210> 929
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 929
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc gtattagtac agtatttcag 60
agtg 64
<210> 930
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 930
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag cttgggctgc atcgcctgag 60
<210> 931
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 931
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg attttcagct ttgcactaac 60
tgac 64
<210> 932
<211> 65
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 932
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncagcc aaagttgata tcttttccaa 60
tcttc 65
<210> 933
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 933
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcc ctgatgaagg caaaagggaa 60
aag 63
<210> 934
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 934
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgtg caaacccgga tcagtaacaa 60
tc 62
<210> 935
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 935
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnncgact gattgcagtt ggtttcattt 60
tgac 64
<210> 936
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 936
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc gcaatacagc ggtcacaaca 60
c 61
<210> 937
<211> 66
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 937
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcc aataagatta gcataaaata 60
gtcgtg 66
<210> 938
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 938
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtat tttcaccaaa attaagcagg 60
actg 64
<210> 939
<211> 61
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 939
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacg gtggttattc gggcttttgc 60
g 61
<210> 940
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 940
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcga gtggcattca gatcaacagt 60
cc 62
<210> 941
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 941
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg agagagagag agagagagat 60
cg 62
<210> 942
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 942
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg ccagtaactc tttcctccct 60
ac 62
<210> 943
<211> 62
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 943
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgc aaaggagcta gatcttcttc 60
gg 62
<210> 944
<211> 64
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 944
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgcg ttgaactctt tgaacacatc 60
attg 64
<210> 945
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 945
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntctcg aagaacacaa ggcagattga 60
tgc 63
<210> 946
<211> 63
<212> DNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> allele 2 probe
<220>
<221> misc_feature
<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 946
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntcagg caagtttgta tacttcaggg 60
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tac 63
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag gcaaggatta tctaagctgc 60
tac 63
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c 61
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtat gagttctgtt tattttggct 60
gcg 63
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc gactacgatg cccccattga 60
c 61
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtacc atgaaacgac aacacattca 60
catc 64
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagag caattgtgtt tggaggcata 60
cag 63
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tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngctgg aatgaagatg tgattatgct 60
attac 65
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<400> 969
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtag ccatttttca catccagtga 60
tcg 63
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<400> 970
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtctg cgtaatgagt ccttgcagta 60
cc 62
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<213> artificial sequence
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 971
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnacgta caaatgggtt atgcagaagt 60
agc 63
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<212> DNA
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 972
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntagat atatacgcat ttgatgtgca 60
tgtc 64
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 973
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgatc cgggcttccc accaaacgc 59
<210> 974
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<213> artificial sequence
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<223> allele 2 probe
<220>
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 974
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngcgct tttaggaagg ccagagtaca 60
cg 62
<210> 975
<211> 63
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<213> artificial sequence
<220>
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 975
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgtac attgtttcca catcctcctt 60
agg 63
<210> 976
<211> 63
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<213> artificial sequence
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 976
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnntgcgc ccacacactc tcttgtcaat 60
atc 63
<210> 977
<211> 62
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 977
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnnagagc aggttcttgg atgtttatgg 60
cc 62
<210> 978
<211> 61
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<222> (30)..(35)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 978
tggagttcag acgtgtgctc ttccgatctn nnnnngtcta gcaccgtgtc cctgtatgta 60
g 61

Claims (15)

1.用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率的方法，其中所述方法包含以下步骤：
a)提供源自所述核酸样品的多核苷酸，其中每个多核苷酸包含唯一分子标签(UMI)，
b)扩增步骤a)中所提供的所述多核苷酸；
c)测定所述扩增的多核苷酸的序列以获得序列读长；
d)至少使用所述UMI，获得源自步骤a)的单个多核苷酸的所述序列读长的共有序列；和
e)基于包含所述目的序列变异体的共有序列的频率和参考序列的频率，测定所述目的序列变异体的相对频率。
2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤a)所述的多核苷酸是以下的至少一种：
i)来自所述样品的核酸的片段，其中每个片段与UMI连接；和
ii)能够与来自所述样品的核酸中目的序列变异体杂交的探针的连接产物，其中每个连接产物包含UMI。
3.根据权利要求1所述的方法，其中步骤d)包含折叠步骤c)中获得的序列读长。
4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤e)中所述的参考序列源自包含所述目的序列变异体的相同核酸样品，其中优选所述参考序列是所述目的序列变异体的变异体，和/或其中优选所述目的序列变异体的相对频率是基于包含所述目的序列变异体的共有序列的频率和包含所述参考序列的共有序列的频率来测定的。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目的序列变异体是等位基因，或者是等位基因的部分，其中优选所述等位基因存在于单个基因座上，并且其中所测定的相对频率被用于测定所述核酸样品的基因型。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述方法之前是测定所述至少一个多倍体细胞的倍性水平的步骤。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中测定两个或更多个目的序列的相对频率。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸是权利要求2中ii)的连接产物，并且其中所述UMI存在于等位基因特异性寡核苷酸连接探针中。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤c)测序之前，富集所述多核苷酸或扩增的多核苷酸，优选使用基于杂交的捕获方法。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中另外将样品标记连接至所述多核苷酸。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸是权利要求2中i)的片段，其中至少第一接头连接到所述片段，并且其中所述UMI位于第一接头中，其中任选地第二接头连接到所述片段，并且其中优选地样品标记存在于所述第一接头或任选地第二接头中。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法是多重的。
13.UMI在用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途，其中优选所述UMI包含在以下至少一个中：
寡核苷酸连接探针，优选等位基因特异性寡核苷酸连接探针；和
接头。
14.用于寡核苷酸连接测定的等位基因特异性寡核苷酸探针，其中所述寡核苷酸探针包含UMI。
15.用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率的试剂盒，其包含以下至少一种：
包含寡核苷酸连接探针混合物的小瓶，其中至少部分所述寡核苷酸连接探针包含UMI，并且其中优选所述寡核苷酸混合物对一个或多个等位基因和/或一个或多个基因座是特异性的；
包含接头分子混合物的小瓶，其中所述接头分子包含UMI和任选包含样品标记；和
包含一种或多种扩增引物的小瓶，其中优选至少一种引物包含样品标记。
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