JP6637920B2 - 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム - Google Patents
試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム Download PDFInfo
- Publication number
- JP6637920B2 JP6637920B2 JP2017091888A JP2017091888A JP6637920B2 JP 6637920 B2 JP6637920 B2 JP 6637920B2 JP 2017091888 A JP2017091888 A JP 2017091888A JP 2017091888 A JP2017091888 A JP 2017091888A JP 6637920 B2 JP6637920 B2 JP 6637920B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- locus
- loci
- sample
- fixed sequence
- oligonucleotides
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000003556 assay Methods 0.000 title description 283
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 315
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 266
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 266
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 173
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 169
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 158
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 158
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 144
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 133
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 129
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 claims description 105
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 claims description 91
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 73
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 51
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 48
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 45
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 claims 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 366
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 224
- 239000000047 product Substances 0.000 description 192
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 135
- 208000036878 aneuploidy Diseases 0.000 description 55
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 55
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 description 49
- 231100001075 aneuploidy Toxicity 0.000 description 48
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 46
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 46
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 45
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 42
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 36
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 33
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 32
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 29
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 29
- 206010008805 Chromosomal abnormalities Diseases 0.000 description 27
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 27
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 24
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 23
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 23
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 21
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 19
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 18
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 17
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 17
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 16
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 16
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 16
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 13
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 13
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 12
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 12
- 210000002593 Y chromosome Anatomy 0.000 description 11
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 10
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 9
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 9
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 9
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 9
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 9
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 8
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 8
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 8
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 8
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 8
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 8
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 8
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 8
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 8
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 7
- 230000003322 aneuploid effect Effects 0.000 description 7
- 231100000005 chromosome aberration Toxicity 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 7
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 7
- 238000011160 research Methods 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 6
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 6
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 6
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 6
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 6
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 6
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 5
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 5
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 5
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- VYXSBFYARXAAKO-UHFFFAOYSA-N ethyl 2-[3-(ethylamino)-6-ethylimino-2,7-dimethylxanthen-9-yl]benzoate;hydron;chloride Chemical compound [Cl-].C1=2C=C(C)C(NCC)=CC=2OC2=CC(=[NH+]CC)C(C)=CC2=C1C1=CC=CC=C1C(=O)OCC VYXSBFYARXAAKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 5
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 5
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 5
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 5
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 5
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 5
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 5
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 5
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 5
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 2',3'-Dideoxyadenosine-5-triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1CC[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 0.000 description 4
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 4
- 201000010374 Down Syndrome Diseases 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 206010068052 Mosaicism Diseases 0.000 description 4
- ARLKCWCREKRROD-POYBYMJQSA-N [[(2s,5r)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)CC1 ARLKCWCREKRROD-POYBYMJQSA-N 0.000 description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 4
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 4
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N glycine betaine Chemical compound C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 4
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 4
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 4
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 4
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 4
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 4
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 4
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 108091061744 Cell-free fetal DNA Proteins 0.000 description 3
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 3
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 3
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 3
- 101100310856 Drosophila melanogaster spri gene Proteins 0.000 description 3
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 208000037280 Trisomy Diseases 0.000 description 3
- 108700029634 Y-Linked Genes Proteins 0.000 description 3
- HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N [[(2s,5r)-5-(2-amino-6-oxo-3h-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1CC[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N 0.000 description 3
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 3
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 3
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- URGJWIFLBWJRMF-JGVFFNPUSA-N ddTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)CC1 URGJWIFLBWJRMF-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 3
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 description 3
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 3
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 3
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 description 3
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 3
- 230000003234 polygenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 3
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 238000001847 surface plasmon resonance imaging Methods 0.000 description 3
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 3
- 206010053884 trisomy 18 Diseases 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 2',7'-difluorofluorescein Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(F)C(=O)C=C2OC2=CC(O)=C(F)C=C21 VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000004675 22q11 Deletion Syndrome Diseases 0.000 description 2
- WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 4-[[4-(dimethylamino)phenyl]diazenyl]benzoic acid Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1N=NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 201000006360 Edwards syndrome Diseases 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 2
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 description 2
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- 201000009928 Patau syndrome Diseases 0.000 description 2
- 206010044686 Trisomy 13 Diseases 0.000 description 2
- 208000006284 Trisomy 13 Syndrome Diseases 0.000 description 2
- 208000007159 Trisomy 18 Syndrome Diseases 0.000 description 2
- 206010044688 Trisomy 21 Diseases 0.000 description 2
- 208000026928 Turner syndrome Diseases 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 description 2
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 2
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 2
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 2
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 238000007837 multiplex assay Methods 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 description 2
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 208000030683 polygenic disease Diseases 0.000 description 2
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 2
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000011127 radiochemotherapy Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 108700010045 sry Genes Proteins 0.000 description 2
- 208000026485 trisomy X Diseases 0.000 description 2
- 201000000866 velocardiofacial syndrome Diseases 0.000 description 2
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 2
- LAXVMANLDGWYJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-5-(2-aminoethyl)naphthalene-1-sulfonic acid Chemical compound NC1=CC=C2C(CCN)=CC=CC2=C1S(O)(=O)=O LAXVMANLDGWYJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000010543 22q11.2 deletion syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000026817 47,XYY syndrome Diseases 0.000 description 1
- SJQRQOKXQKVJGJ-UHFFFAOYSA-N 5-(2-aminoethylamino)naphthalene-1-sulfonic acid Chemical compound C1=CC=C2C(NCCN)=CC=CC2=C1S(O)(=O)=O SJQRQOKXQKVJGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NJYVEMPWNAYQQN-UHFFFAOYSA-N 5-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C21OC(=O)C1=CC(C(=O)O)=CC=C21 NJYVEMPWNAYQQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZIDRAQTRIQDX-UHFFFAOYSA-N 6-carboxy-x-rhodamine Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(C([O-])=O)C=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 WQZIDRAQTRIQDX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102100036166 C-X-C chemokine receptor type 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100028989 C-X-C chemokine receptor type 2 Human genes 0.000 description 1
- 206010007559 Cardiac failure congestive Diseases 0.000 description 1
- -1 Cascade Blue Chemical compound 0.000 description 1
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 1
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- 208000000398 DiGeorge Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108091008794 FGF receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000044168 Fibroblast Growth Factor Receptor Human genes 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- XKMLYUALXHKNFT-UUOKFMHZSA-N Guanosine-5'-triphosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O XKMLYUALXHKNFT-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 101000947174 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 1
- 208000023105 Huntington disease Diseases 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 108010018951 Interleukin-8B Receptors Proteins 0.000 description 1
- 101100193693 Kirsten murine sarcoma virus K-RAS gene Proteins 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 208000024556 Mendelian disease Diseases 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 1
- 208000016679 Monosomy X Diseases 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000009608 Papillomavirus Infections Diseases 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- ZYFVNVRFVHJEIU-UHFFFAOYSA-N PicoGreen Chemical compound CN(C)CCCN(CCCN(C)C)C1=CC(=CC2=[N+](C3=CC=CC=C3S2)C)C2=CC=CC=C2N1C1=CC=CC=C1 ZYFVNVRFVHJEIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 102100022978 Sex-determining region Y protein Human genes 0.000 description 1
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010053871 Trisomy 8 Diseases 0.000 description 1
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000006254 Wolf-Hirschhorn Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000019291 X-linked disease Diseases 0.000 description 1
- 206010056894 XYY syndrome Diseases 0.000 description 1
- AZJLCKAEZFNJDI-DJLDLDEBSA-N [[(2r,3s,5r)-5-(4-aminopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 AZJLCKAEZFNJDI-DJLDLDEBSA-N 0.000 description 1
- ZXZIQGYRHQJWSY-NKWVEPMBSA-N [hydroxy-[[(2s,5r)-5-(6-oxo-3h-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O)CC[C@@H]1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 ZXZIQGYRHQJWSY-NKWVEPMBSA-N 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 208000025261 autosomal dominant disease Diseases 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 1
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 108091092259 cell-free RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 208000017568 chondrodysplasia Diseases 0.000 description 1
- 210000001136 chorion Anatomy 0.000 description 1
- 210000003040 circulating cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- UFJPAQSLHAGEBL-RRKCRQDMSA-N dITP Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 UFJPAQSLHAGEBL-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 239000005549 deoxyribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 208000037765 diseases and disorders Diseases 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 230000002357 endometrial effect Effects 0.000 description 1
- 206010015037 epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000012953 feeding on blood of other organism Effects 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 230000005021 gait Effects 0.000 description 1
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 208000021145 human papilloma virus infection Diseases 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 description 1
- 229940124589 immunosuppressive drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 125000001921 locked nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 239000011807 nanoball Substances 0.000 description 1
- 238000002663 nebulization Methods 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 210000004789 organ system Anatomy 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 1
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 238000003672 processing method Methods 0.000 description 1
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000007841 sequencing by ligation Methods 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000010583 slow cooling Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IBVCSSOEYUMRLC-GABYNLOESA-N texas red-5-dutp Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C#CCNS(=O)(=O)C=2C=C(C(C=3C4=CC=5CCCN6CCCC(C=56)=C4OC4=C5C6=[N+](CCC5)CCCC6=CC4=3)=CC=2)S([O-])(=O)=O)=C1 IBVCSSOEYUMRLC-GABYNLOESA-N 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 1
- ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M thionine Chemical compound [Cl-].C1=CC(N)=CC2=[S+]C3=CC(N)=CC=C3N=C21 ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 150000005691 triesters Chemical class 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000034298 trisomy chromosome 8 Diseases 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 244000052613 viral pathogen Species 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6862—Ligase chain reaction [LCR]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
)を決定するための非多型および多型検出の両方を用いる単一アッセイシステムを用いる。試料内の多いおよび/または少ない発生源の寄与の決定により、混合試料中のCNVの決定のためのゲノム領域の十分な同定を可能にする両発生源に由来する十分な遺伝物質の存在に関する情報を得ることができる。
試料中の遺伝子座頻度に基づく潜在的なCNVを検出することができる。
一プローブ(例えば、パドロックプローブ)からなってもよい。固定配列オリゴのセットを、アッセイにおいて連続的に、またはアッセイにおいて同時に提供することができる。
、好ましくは48以上、好ましくは50以上、好ましくは60以上、好ましくは70以上、好ましくは80以上、好ましくは90以上、およびより好ましくは96以上の選択遺伝子座を同時に分析することができることが重要な特徴である。これらの選択遺伝子座は、単一の試料に由来する異なる遺伝子座であってもよく、またはそれらは2つ以上の混合試料に由来する遺伝子座であってもよい。後者の場合、選択遺伝子座の分析に用いられる2つの固定配列オリゴヌクレオチドの少なくとも1つは、該遺伝子座を特定の試料と関連付けることができる試料識別子(例えば、「試料指標」)を含む。あるいは、試料指標は、試料指標を含むプライマーを用いることにより連結産物の増幅中に添加することができる。
は欠失である。
可能にする技術を用いる。これは特に、臨床結果が感染性因子の存在によって悪化し得る患者をモニターするのに役立ち得る。例えば、移植を受けた患者は、免疫抑制剤を服用する可能性が高く、したがって一般により感染しやすい。同様に、妊娠女性はその免疫系において変化を有し、かくして、母親および/または胎児に対して有害な効果を有し得る病原体による感染により罹りやすい。また、特定の型の癌は感染性因子と関連し(例えば、肝臓癌はB型肝炎およびC型肝炎感染と関連し、子宮頚癌はヒトパピローマウイルス感染と関連する)、感染性因子の同定は臨床結果を予測するか、または患者のための医学的処置の好ましい経過を決定するのに有益であってよい。
数を、選択遺伝子座の量の検出ならびに別のゲノム領域に由来する選択遺伝子座の量および/または参照ゲノム領域に由来する選択遺伝子座の量との比較に基づいて決定することができる。特定の態様においては、核酸の頻度の比率を、遺伝的に「正常な」被験体、すなわち、アッセイシステムにおいて調査される特定の遺伝子座と関連するCNVを有さない被験体の統計的に有意な集団について決定される参照平均比率と比較する。
選択遺伝子座のコピー数を、非多型検出方法、すなわち、選択核酸領域を同定するための特定の多型の存在または非存在に依存しない検出方法を用いて検出することができることが本発明の特徴である。好ましい態様においては、アッセイ検出システムは、混合試料中に存在する選択遺伝子座の相対数を「計測する」ための非多型検出方法を用いる。これらの数を用いて、統計的に、混合試料が混合試料内の多いおよび/または少ない発生源中のゲノム領域中にCNVを有する可能性があるかどうかを決定することができる。同様に、これらの数を用いて、統計的に、多い発生源および/または少ない発生源に由来する核酸が1つ以上の多型を有するかどうかを決定することができる。そのような情報を用いて、特定の病状または遺伝的障害を同定する、疾患または障害の診断または再発を確認する、疾患または障害の予後を決定する、潜在的な治療選択肢を決定するのを補助することなどができる。
する個々の試料を続いて分析することができる。
1つの具体的な態様においては、本発明は、母体および胎児のcfDNAを含む混合試料を提供する工程、混合試料中の第1および第2の目的の染色体に由来する2つ以上の選択遺伝子座を増幅する工程、混合試料中の第1および第2の目的の染色体に由来する2つ以上の選択遺伝子座を増幅する工程、目的の染色体に由来する選択領域の相対頻度を決定する工程、第1および第2の目的の染色体に由来する選択遺伝子座の相対頻度を比較する工程、ならびに選択遺伝子座の比較された相対頻度に基づいて胎児異数性の存在または非存在を同定する工程を含む、胎児異数性の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムを提供する。
別の態様においては、所与の選択核酸のオリゴヌクレオチドを、環状または単分子プローブがそれに結合することができるように、非配列特異的末端で接続することができる。この態様においては、環状プローブの3’末端および5’末端は、選択遺伝子座に結合し、少なくとも1つのユニバーサル増幅領域が環状プローブの選択されていない特異的配列中に存在する。
本明細書で用いられる用語は、当業者によって理解されるような平易で通常の意味を有することが意図される。以下の定義は、読者が本発明を理解するのを助けることを意図されるものであって、具体的に指摘しない限りそのような用語の意味を変化させるか、またはさもなければ制限することを意図されるものではない。
本明細書で用いられる用語「ゲノム領域」とは、ゲノム中に連続的様式で通常認められる1つ以上の遺伝子座の任意の領域を指す。ゲノム領域は、最大で染色体全体を含むものまでサイズが変化してもよい。
用語「多い発生源」とは、ある個体由来の試料中の核酸(当該個体において支配的なゲノム材料を表す)の発生源を指す。
al.),Molecular Cloning,A Laboratory Manual,3rd Ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)を参照されたい)。他の参考文献は、Tmの算出のために構造ならびに配列の特徴を考慮に入れる、より洗練された計算を含む。
した宿主における感染性生物に由来する核酸などが挙げられる。
s:A Practical Approach,IRL Press,Oxford(1991);ウェットムール(Wetmur),Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology,26:227−259(1991)などの多くの概説に記載されている。本発明に適用可能な他の方法は、以下の参考文献:ファングら(Fung et al.),米国特許第4,757,141号;ホブス ジュニアら(Hobbs,Jr.,et al.),米国特許第5,151,507号;クルイクシャンク(Cruickshank),米国特許第5,091,519号;メンチェンら(Menchen et al.),米国特許第5,188,934号;ベゴットら(Begot et al.),米国特許第5,366,860号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,847,162号;カナら(Khanna et al.),米国特許第4,318,846号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,800,996号;リーら(Lee et al.),米国特許第5,066,580号;マチエスら(Mathies et al.),米国特許第5,688,648号などに開示されている。以下の特許および特許公開:米国特許第6,322,901号;第6,576,291号;第6,423,551号;第6,251,303号;第6,319,426号;第6,426,513号;第6,444,143号;第5,990,479号;第6,207,392号;米国特許出願公開第2002/0045045号および第2003/0017264号に開示されたような、量子ドットを用いて標識を実行することもできる。検出可能な標識としては、例えば、放射性アイソトープ、蛍光標識、化学発光標識、生物発光標識および酵素標識が挙げられる。ヌクレオチドの蛍光標識は、限定されるものではないが、フルオレセイン、5−カルボキシフルオレセイン(FAM)、2’7’−ジメトキシ−4’5−ジクロロ−6−カルボキシフルオレセイン(JOE)、ローダミン、6−カルボキシローダミン(R6G)、N,N,N’,N’−テトラメチル−6−カルボキシローダミン(TAMRA)、6−カルボキシ−X−ローダミン(ROX)、4−(4’ジメチルアミノフェニルアゾ)安息香酸(DABCYL)、カスケードブルー、オレゴングリーン、テキサスレッド、シアニンおよび5−(2’−アミノエチル)アミノナフタレン−1−スルホン酸(EDANS)を含んでもよい。蛍光標識されたヌクレオチドの具体例としては、パーキンエルマー社(Perkin Elmer)[米国カリフォルニア州フォスターシティ(Foster City)所在]から入手可能な[R6G]dUTP、[TAMRA]dUTP、[R110]dCTP、[R6G]dCTP、[TAMRA]dCTP、[JOE]ddATP、[R6G]ddATP、[FAM]ddCTP、[R110]ddCTP、[TAMRA]ddGTP、[ROX]ddTTP、[dR6G]ddATP、[dR110]ddCTP、[dTAMRA]ddGTP、および[dROX]ddTTP;アマシャム社(Amersham)[米国イリノイ州アーリントンハイツ(Arlington Heights)所在]から入手可能なFluoroLink Deoxy Nucleotides、FluoroLink Cy3−dCTP、FluoroLink Cy5−dCTP、FluoroLink FluorX−dCTP、FluoroLink Cy3−dUTP、およびFluoroLink Cy5−dUTP;ベーリンガーマンハイム社(Boehringer Mannheim)[米国インディアナ州インディアナポリス(Indianapolis)所在]から入手可能なフルオレセイン−15−dATP、フルオレセイン−12−dUTP、テトラメチル−ローダミン−6−dUTP、IR770−9−dATP、フルオレセイン−12−ddUTP、フルオレセイン−12−UTP、およびフルオレセイン−15−2’−dATP;ならびにモレキュラープローブ社(Molecular Probes)[米国オレゴン州ユージーン(Eugene)所在]から入手可能なChromosomee Labeled Nucleotides、BODIPY−FL−14−UTP、BODIPY−FL−4−UTP、BODIPY−TMR−14−UTP、BODIPY−TMR−14−dUTP、BODIPY−TR−14−UTP、BODIPY−TR−14−dUTP、カスケードブルー−7−UTP、カスケードブルー−7−dUTP、フルオレセイン−12−UTP、フルオレセイン−12−d
UTP、オレゴングリーン488−5−dUTP、ローダミングリーン−5−UTP、ローダミングリーン−5−dUTP、テトラメチルローダミン−6−UTP、テトラメチルローダミン−6−dUTP、テキサスレッド−5−UTP、テキサスレッド−5−dUTP、およびテキサスレッド−12−dUTPが挙げられる。
応において用いられるプライマー伸長技術などにおいて主DNAの伸長、連結および/または合成を準備するのに用いられるオリゴヌクレオチドである。プライマーはまた、特定の遺伝子座の検出のための捕捉オリゴヌクレオチドに遺伝子座の相補性を提供するための手段としてハイブリダイゼーション技術において用いることもできる。
、罹患、すなわち、ある対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因である突然変異を有する、または非罹患、すなわち、両方の対立遺伝子がそのような突然変異を欠く、と分類することができる。常染色体劣性疾患と関連する遺伝子またはX連鎖劣性障害と関連する母体遺伝子の状態を、罹患、すなわち、両方の対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因となる突然変異を有する;キャリア、すなわち、ある対立遺伝子が疾患もしくは障害の原因となる突然変異を有する;または非罹患、すなわち、両方の対立遺伝子がそのような突然変異を欠く、と分類することができる。遺伝子の状態は、多遺伝子病を発症する危険性と関連する特定の対立遺伝子、例えば、特定の疾患もしくは障害に対して保護的である多型または特定の疾患もしくは障害の危険性の増強と関連する多型の存在または非存在を示唆することもできる。
本明細書に記載のアッセイシステムおよび方法は、別途指摘しない限り、当業者の技術の範囲内にある、分子生物学(組換え技術を含む)、細胞生物学、生化学、マイクロアレイおよび配列決定技術の従来の技術および説明を用いてもよい。そのような従来の技術としては、ポリマーアレイ合成、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび連結、オリゴヌクレオチドの配列決定、ならびに標識を用いるハイブリダイゼーションの検出が挙げられる。好適な技術の具体的な例示は、本明細書に記載の実施例を参照することにより有することができる。しかしながら、等価な従来の手順も、勿論、用いることができる。そのような従来の技術および説明は、グリーンら(Green et al.),Eds.,Genome Analysis:A Laboratory Manual Series(Vols.I−IV)(1999);ワイナーら(Weiner et al.),Eds.,Genetic Variation:A Laboratory
Manual(2007);ディーフェンバッハ(Dieffenbach),ドベクスラー(Dveksler),Eds.,PCR Primer:A Laboratory Manual(2003);ボウテル(Bowtell)およびサムブルック(Sambrook),DNA Microarrays:A Molecular Cloning Manual(2003);マウント(Mount),Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis(2004);サムブルック(Sambrook)およびラッセル(Russell),Condensed Protocols from Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2006);ならびにサムブルック(Sambrook)およびラッセル(Russel),Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2002)(全てCold Spring Harbor Laboratory Pressから);ストライヤー エル(Stryer,L.),Biochemistry(4th Ed.)ダブルユー エイチ フリーマン(W.H.Freeman),New York(1995);ゲイト(Gait),“Oligonucleotide Synthesis:A Practical Approach”IRL Press,London(1984);ネルソン(Nelson)およびコックス(Cox),Lehninger,Principles of Biochemistry,3rd Ed.,W.H.Freeman Pub.,New
York(2000);ならびにバーグら(Berg et al.),Biochemistry,5th Ed.,W.H.Freeman Pub.,New York(2002)(全てあらゆる目的でその全体を本明細書に援用する)などの標準的な実験室マニュアルに見出すことができる。本発明の組成物、研究ツールおよび方法を説明する前に、本発明が記載される特定の方法、組成物、標的および使用に限定されず、そのようなものとして、勿論、変化してもよいことが理解されるべきである。また、本明細書で用いられる用語は、特定の態様のみを説明するためのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
本発明は、単一の個体からの混合試料中の疾患状態と関連するコピー数変動、多型および核酸(例えば、病原体に由来する核酸、または癌、糖尿病、アルツハイマー病などと関連する核酸)を検出する能力を有する単一のアッセイシステムを提供する。前記アッセイは、試料中の選択遺伝子座のコピー数に関する情報ならびに試料中の多い発生源および1つ以上の少ない発生源に由来する核酸の寄与の割合に関する情報を用いる、混合試料中の1つ以上の少ない発生源における遺伝子変動の同定を可能にする。これらの方法は、単一の個体中に存在する多いおよび少ない発生源に由来するゲノム材料(例えば、DNA)を含有する任意の混合試料にとって有用である。
ー(Bruns,D.)eds.(2006);Chemical Weapons Convention Chemicals Analysis:Sample Collection,Preparation and Analytical Method,メシラクソ エム(Mesilaakso,M.),ed.,(2005);パウリスジン ジェイ(Pawliszyn,J.),Sampling and Sample
Preparation for Field and Laboratory,(2002);ベンカテシュ イエンガー ジーら(Venkatesh Iyengar,G.,et al.),Element Analysis of Biological Samples:Principles and Practices (1998);ドリエラック エス(Drielak,S.),Hot Zone Forensics:Chemical,Biological,and Radiological Evidence Collection(2004);ウェルズ ディー(Wells,D.),High Throughput Bioanalytical Sample Preparation(Progress in Pharmaceutical
and Biomedical Analysis)(2002)(それぞれ本明細書に援用する)を参照されたい)。選択された混合試料の種類に応じて、さらなるプロセッシングおよび/または精製工程を実施して、所望の純度またはサイズの核酸断片を取得することができる。超音波処理、噴霧化、ゲル精製、PCR精製系、ヌクレアーゼ切断、またはこれらの方法の組合せを含むプロセッシング方法を用いることができるが、これらに限定されるものではない。好ましい態様においては、無細胞DNA(cfDNA)を含む試料を用いる。
本発明のアッセイシステムは、上記の一般的なスキームを用いるが、多くの異なる配置および変更を用いてもよく、そのいくつかは以下に記載され、その多くは2010年8月6日に出願された米国特許出願第61/371605号(その全体を本明細書に援用する)に例示されている。
ション技術により直接検出する。図2の例では、試料指標を第1の固定配列オリゴヌクレオチド201と結合させる。指標の検出は、高度に多重化されたアッセイシステムにおいて特定の試料に由来する配列を同定することができる。
オチドは、実質的に同じユニバーサルプライマー309、311および配列特異的領域305、307を含むが、異なる試料指標321、323を含み、その異なる指標は、特定の試料中に存在する単一ヌクレオチド多型の異なる塩基配列に対応するセットの固定配列オリゴヌクレオチド上にある。同じ混合試料300に由来するが、異なる対立遺伝子特異的オリゴセットを含む個別のチューブ中の材料を用いて連結反応を実行する。選択遺伝子座313、333におけるこのSNPの2つの可能なヌクレオチドに対応する架橋オリゴヌクレオチドを用いて、それぞれの連結反応において選択遺伝子座を検出する。連結された第1、第2の、および架橋オリゴヌクレオチドの実際の配列の配列決定は必ずしも必要ないが、連結産物全体の配列の多型を同定し、および/または確認を提供するために依然として決定することができるように、特定の多型対立遺伝子を示唆する2つの対立遺伝子指標321、323を増幅産物中に組込む。
リダイゼーション後、ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドを、残りの遺伝子試料から分離するのが好ましい(図示なし)。
本発明は、1つ以上の遺伝子座のコピー数変動および1つ以上の多型の存在または非存在を同定するための方法を提供する。これを、単一の遺伝子配列に対応する目的の遺伝子座の特定の染色体に対応する遺伝子座の同定のための増幅方法を用いて実施することができる。
症候群などが挙げられる。一般に、同じか、または別々の染色体上に存在する少なくとも2つの選択遺伝子座を分析し、選択遺伝子座の少なくとも1つは胎児対立遺伝子異常と関連する。次いで、2つの選択遺伝子座の配列および2つの選択遺伝子座のコピー数を比較して、染色体異常が存在するかどうかを決定し、そうである場合、異常の性質を決定する。
本発明のアッセイシステムを用いて、常染色体優性または劣性疾患または突然変異に関連する多型などの多型を検出することもできる。本発明のアッセイシステムの多重化された性質を考慮すると、検出は染色体異常の検出と同じアッセイで行う。かくして、単一のアッセイシステムは、異なるクラスの遺伝子突然変異に関する診断情報を提供することができる。従って、本発明の好ましいアッセイシステムは高度に多重化され、混合試料内の数百から数千もの選択遺伝子座を調査することができるため、特定の態様においては、混合試料内のマーカー遺伝子座、例えば、遺伝的危険性と関連する遺伝子座または感染性生
物の存在または非存在を同定する遺伝子座について試料を調査するのが望ましい。かくして、前記アッセイシステムは、混合試料中のコピー数決定のための選択遺伝子座の検出と共にそのようなマーカー遺伝子座の検出を提供する。
いくつかの選択的増幅方法を用いて、本発明のアッセイシステムにおいて分析される増幅された核酸を提供することができ、そのような方法を用いて、混合試料中の選択遺伝子座の初期含量に関する情報の保存を可能にする様式で混合試料中の選択遺伝子座のコピー数を増加させるのが好ましい。増幅および分析の全ての組合せが本明細書で詳細に説明されるわけではないが、本明細書と一致する領域の核酸を単離および/または分析するために様々な増幅方法および/または分析ツールを用いることは当業者の技術の範囲内にあり、そのような変更は本開示を読めば当業者には明らかである。
al.),Nucleic Acids Res.20(7):1691−6(1992)に記載のSDAなどの等温増幅法、および米国特許第5,648,245号に記載のローリングサークル増幅が挙げられる。用いることができる他の増幅方法は、米国特許第5,242,794号、第5,494,810号、第4,988,617号および米国特許出願第09/854,317号および米国特許出願公開第20030143599号(それぞれ本明細書に援用する)に記載されている。いくつかの態様においては、DNAを多重遺伝子座特異的PCRにより増幅する。好ましい態様においては、DNAをアダプター連結および単一プライマーPCRを用いて増幅する。他の利用可能な増幅方法は、平衡化PCR(マクリジオルゴスら(Makrigiorgos et al.),Nature Biotechnol,20:936−9(2002))ならびに核酸配列に基づく増幅(NASBA)および自己持続型配列複製(グアテリら(Guatelli et al.),PNAS USA 87:1874(1990))などの等温増幅方法などである。そのような方法に基づいて、当業者であれば、目的の遺伝子座の5’および3’側の任意の好適な領域中でプライマーを設計することができる。そのようなプライマーを用いて、DNAが目的の選択遺伝子座を含む限り、任意の長さのDNAを増幅することができる。
好ましくは96以上である。それぞれのプライマーは、単一の選択遺伝子座に対応し、必要に応じて、同定および/または単離のためにタグ付けされる。限られたサイクル数、好ましくは10以下のサイクル数を線形増幅と共に実施する。続いて、増幅産物を単離する、例えば、プライマーをビオチン分子に連結する場合、増幅産物を固体基質上のアビジンまたはストレプトアビジンへの結合により単離することができる。次いで、増幅産物を、他のプライマーを用いるさらなる増幅などのさらなる生化学的方法ならびに/または配列決定およびハイブリダイゼーションなどの検出技術にかける。
本発明の好ましい態様においては、選択的に増幅された遺伝子座を、本発明のアッセイシステムを用いる様々な選択遺伝子座の全部または実質的に全部のユニバーサル増幅によりさらに増幅させるのが好ましい。選択的に増幅された遺伝子座を単一のユニバーサル増幅反応においてさらに増幅させることができるように、ユニバーサルプライマー領域を固定配列オリゴヌクレオチドに付加する。これらのユニバーサルプライマー配列を、選択的増幅方法の間に核酸領域に付加することができる、すなわち、選択的増幅のためのプライマーはユニバーサルプライマー配列を含む。あるいは、ユニバーサル増幅配列を含むアダプターを、初期増幅後および混合試料に由来する選択的に増幅された選択遺伝子座の単離後にアダプターとして選択的に増幅された選択遺伝子座の末端に付加することができる。
選択的増幅に由来する全産物または産物のアリコートを、ユニバーサル増幅反応に用いることができる。同じか、または異なる条件(例えば、ポリメラーゼ、バッファーなど)を増幅工程において用いて、例えば、偏りおよび変動性が実験条件に起因して不注意に導入されないことを確保することができる。さらに、プライマー濃度における変動を用いて、他の選択遺伝子座と比較して、いくつかの選択遺伝子座について、配列特異的増幅サイクルの数を示差的に制限することができる。
号、第6,534,293号、第6,506,594号、第6,312,892号および第6,268,148号は、核酸検出のためのLDR共役PCRを記載している。
国特許第6,864,052号;第6,309,824号;および第6,401,267号;ならびにドルマナクら(Drmanac et al.),米国特許出願公開第2005/0191656号(本明細書に援用する)に開示されたものなどのハイブリダイゼーションに基づく方法、合成方法による配列決定、例えば、ナイレンら(Nyren et al.),米国特許第7,648,824号、第7,459,311号および第6,210,891号;バラスブラマニアン(Balasubramanian),米国特許第7,232,656号および第6,833,246号;クエイク(Quake),米国特許第6,911,345号;リら(Li et al.),Proc.Natl.Acad.Sci.,100:414−419(2003);ロナギら(Ronaghi et al.),米国特許第7,648,824号、第7,459,311号、第6,828,100号および第6,210,891号に記載のピロリン酸配列決定;ならびに連結に基づく配列決定法、例えば、ドルマナクら(Drmanac et al.),米国特許出願第20100105052号およびチャーチら(Church et al.),米国特許出願第20070207482号および第20090018024号などが挙げられる。
s in Enzymology,Vol.152,Guide to Molecular Cloning Techniques(Academic Press,Inc.,San Diego,Calif.,1987);ヤング(Young)およびデイビス(Davis),P.N.A.S,80:1194(1983)に記載のものを含む公知の一般的結合方法に従って選択される。反復的および制御的ハイブリダイゼーション反応を実行するための方法および装置は、米国特許第5,871,928号、第5,874,219号、第6,045,996号および第6,386,749号、第6,391,623号(それぞれ本明細書に援用する)に記載されている。
混合試料中での検出による染色体異常の検出に関する1つの課題は、少ない発生源に由来する核酸が、通常の多い発生源に由来する核酸よりも非常に少ない量で存在し得るということである。胎児および母体cfDNAを含有する母体試料の場合、全cfDNAの割合としての無細胞胎児DNAは1〜40%未満で変化することがあり、最も一般的には、20%以下で存在し、10%以下で存在することが多い。そのような母体試料の胎児DNAにおけるトリソミー21(ダウン症候群)などの異数性の検出においては、第21染色体の相対的増加は胎児DNAにおいては50%であり、かくして、母体試料中の全DNAの割合として、一例としては、胎児DNAは全部の5%であり、全部の割合としての第21染色体の増加は2.5%である。本明細書に記載の方法によってこの差異を確実に検出しようとする場合、第21染色体の測定値の変動は、胎児DNAに由来する第3の第21染色体により寄与される第21染色体の増加率よりも非常に小さいものでなければならない。
選択遺伝子座の数は少なくとも200である。それぞれの遺伝子座の測定に対する増分費用が存在し、かくして、選択遺伝子座の数を最小化することが重要である。本発明の好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は2000未満である。本発明の好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は1000未満である。本発明の最も好ましい態様においては、それぞれの染色体に関して測定される選択遺伝子座の数は少なくとも48および1000未満である。1態様においては、それぞれの選択遺伝子座の量を測定した後、選択遺伝子座のサブセットを用いて、異数性の存在または非存在を決定することができる。選択遺伝子座のサブセットを選択するための多くの標準的な方法が存在する。これらの方法は、特定のパーセンタイル値より下および/または上のレベルが検出された選択遺伝子座が分析から廃棄される、外れ値排除を含む。1態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高5%であってよい。別の態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高10%であってよい。別の態様においては、前記パーセンタイル値は、量により測定される最小および最高25%であってよい。
前記アッセイシステムは、癌患者における診断、予後、およびモニタリングマーカーと
しての、DNA鎖完全性、突然変異の頻度、マイクロサテライトの異常、および遺伝子のメチル化などのcfDNAの定量的および定性的腫瘍特異的変化の検出を可能にする。単一の遺伝子変化(点突然変異、インデルおよびコピー数変動など)のそのような検出と、CNV検出とを組み合わせる能力は、悪性腫瘍を有するか、または有すると疑われる患者における臨床診断、治療、結果予測および進行モニタリングを補助するための強力な方法を提供する。
ジェイら(Paananen J et al.),Database(Oxford).2010 Jul 29;2010;baq016。
本発明のアッセイシステムを用いて、cfDNAの検出とSNPまたは1つ以上の単一遺伝子における突然変異の検出との組合せを用いて移植患者における器官の健康をモニターすることができる。移植された器官は、レシピエント患者のゲノムとは異なるゲノムを有し、器官の健康はアッセイシステムを用いて検出することができる。例えば、急性細胞拒絶は、心臓移植レシピエントにおけるドナーゲノムに由来する無細胞DNAの有意に増加したレベルと関連することが示されている。スナイダー ティーエムら(Snyder
TM et al.),Proc Natl Acad Sci USA.2011 Apr 12;108(15):6229−34.Epub 2011 Mar.28。
さらに、ケモカインおよび接着分子は、白血球を同種移植片に補充することにより同種移植片拒絶を媒介し、インターロイキン(IL)−8、CXCR1、CXCR2に位置するSNPは同種移植の結果と相関することが示されている。ロー エイチら(Ro H.et al.),Transplantation.2011 Jan 15;91(1):57−64。かくして、本発明のアッセイシステムは、固形器官移植レシピエントをモニターするための非侵襲的試験を提供し、器官生検または他のより面倒な診断もしくは予後技術を要することなく拒絶の初期兆候を同定するのを助けることができる。
特定の具体的態様においては、試料中の胎児DNAの割合は染色体の予想される統計的存在、および予想が胎児異数性を示唆し得る変動に関する重要な情報を提供するため、母体試料中の胎児DNAの相対割合の決定が増幅産物の分析において有益であり得る。胎児寄与率は母体試料中の同定された選択遺伝子座のレベルの変動における定量的統計的有意性を決定するのに用いることができるため、これは母体試料中の胎児DNAのレベルが低い環境において特に役立ち得る。他の態様においては、母体試料中の胎児cfDNAの相対パーセントの決定は、胎児異数性の検出における確実性のレベルまたは力を見積もるのに有益であり得る。
)(式中、それぞれの遺伝子のコピー数はその遺伝子が検出された最も高い連続希釈率を観察することにより決定される)を用いて男性胎児について算出される。この式は、ゲノム、胎児または母体のぞれぞれの中の2コピーの常染色体遺伝子と比較して1コピーのみのY連鎖遺伝子が存在するという事実について正規化するために用いられる、2の増倍率を含む。
本発明の特定の態様においては、少ない発生源からのDNAの寄与の決定は、これらの試料中の遺伝子座のコピー数変動の決定において有用であり得る。例えば、それぞれの母体由来試料中で、胎児に由来するDNAは、母親から継承した遺伝子座の約50%を継承し、父親に由来する遺伝子座の50%を継承する。非母体発生源から胎児への遺伝子座寄与の決定は、母体試料中の胎児DNAの見積もりを可能にし、かくして、目的の染色体に関する染色体頻度の統計的に有意な差異を算出するのに用いられる情報を提供する。
以下の実施例は、本発明をどのように行い、使用するかの完全な開示および説明を当業
者に提供するために提示されるものであり、発明者がその発明と見なすものの範囲を制限することを意図するものでもなく、また、発明者が、以下の実験が実施される実験の全部であるか、または唯一の実験であることを表すか、または含蓄することを意図するものでもない。当業者であれば、広く記載された本発明の精神または範囲から逸脱することなく、具体的な態様に示されたように本発明に対して多くの変更および/または改変を行うことができることを理解する。従って、本発明の態様は、あらゆる点で、例示的であり、限定的ではないと考えられるべきである。
本発明のアッセイシステムの一般的態様
いくつかのアッセイ形式を試験して、多数(例えば、96以上)の目的の遺伝子座の多重化された、連結に基づく検出を証明するための独立遺伝子座の選択的増幅および検出を実施する能力を証明した。これらの遺伝子座は、特定の染色体の存在または特定の対立遺伝子中の突然変異もしくは多型の存在もしくは非存在を示唆する遺伝子座を含んでいた。
タンデム連結手順における使用のためのDNAの調製
白人男性(NA12801)または白人女性(NA11995)に由来するゲノムDNAを、コリエルセルレポジトリーズ(Coriell Cell Repositories)[米国ニュージャージー州カムデン(Camden)所在]から取得し、音響剪断(コバリス社(Covaris)[米国マサチューセッツ州ウォバーン(Woburn)所在])により、約200bpの平均断片サイズまで断片化した。
Tris 1mM EDTA pH 8.5を用いてDNAを希釈した。
反転させ、10xgで1分間、吸収ワイプ上で遠心分離した。プレートを5分間空気乾燥し、ペレットを30μlの10mM Tris pH8.0、1mM EDTA中に再懸濁した。
タンデム連結を用いる例示的アッセイ形式
ビオチン化DNAを用いるいくつかのタンデム連結アッセイ形式を試験して、本発明のアッセイシステムに関する概念の証拠を示し、一連の異なるアッセイ形式を用いる多数の独立遺伝子座の高度に多重化された標的化された検出を実施する能力を証明した。本発明の例示的アッセイ形式を、遺伝子試料中の遺伝子座あたり96以上の調査を含むように設計し、SNPが検出された場合、アッセイ形式は、それぞれ遺伝子試料中の96の遺伝子座あたり異なる対立遺伝子の検出を用いる、192以上の別々の調査を用いた。それぞれのアッセイ形式について記載された例は、SNPが同定されたか否かに応じて、選択遺伝子座について合計96または192の調査反応を含む、2つの異なるセットの固定配列オリゴヌクレオチドおよび/または架橋オリゴ(実施例1に記載)を用いた。
隣接する領域に相補的であり、かくして、連結の前のポリメラーゼは必要なかった。リガーゼを用いて、固定配列オリゴと架橋オリゴとの間のニックを塞いだ。このアッセイ形式におけるSNP塩基識別は、ハイブリダイゼーションの特異性および不一致の塩基に隣接するニックを塞がないリガーゼの傾向に由来するものであった。この例示的形式を、連続的鋳型の作製のためにT4リガーゼまたはTaqリガーゼを用いて試験し、両方とも以下に記載のような反応において有効であることが証明された。
EDTA、500mM NaCl2、58%ホルムアミド、0.17%Tween−80)、10μLの40nMの固定配列オリゴプールおよび実施例2で調製された30μLのビオチン化鋳型DNAを、ビーズに添加した。プレートを粘着プレートシーラを用いて密封し、ビーズが再懸濁されるまで3000 rpmでボルテックスした。70℃で5分間インキュベートした後、室温までゆっくりと冷却することにより、オリゴを鋳型DNAにアニーリングさせた。
置き、上清を除去した。このビーズ洗浄手順を、50μlの60%BB2を用いて1回繰り返し、50μlの洗浄バッファー(10mM Tris pH8.0、1mM EDTA、50mM NaCl2)を用いてさらに2回繰り返した。
タンデム連結産物のユニバーサル増幅
目的の遺伝子座にハイブリダイズした第1および第2の固定配列オリゴ中に存在するユニバーサル配列に相補的なユニバーサルPCRプライマーを用いて、重合した、および/または連結された核酸を増幅させた。25μlの実施例3のそれぞれの反応混合物を、それぞれの増幅反応において用いた。50μlのユニバーサルPCR反応は、25μlの溶出した連結産物+1X Pfusionバッファー(フィンザイムス(Finnzymes)、フィンランド)、1Mのベタイン、400nMの各dNTP、1UのPfusion誤差補正熱安定性DNAポリメラーゼ、および以下のプライマー対:TAATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACCGGCGTTATGCGTCGAGA(配列番号3)およびTCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATXAAACGACGCGATCATCGGTCC CCGCAA(配列番号4)(配列中、Xはプール化および配列決定の前に個々の試料を独自に同定するのに用いられた96の異なる試料指標の1つである)からなる。PCRを、BioRad Tetrad(商標)サーモサイクラーを用いてストリンジェントな条件下で行った。
選択遺伝子座の検出および分析
各アッセイ形式の精製されたPCR産物を、Illumina HiSeq(商標)2000(イルミナ社(Illumina)[米国カリフォルニア州サンディエゴ(San
Diego)所在])上でスライドの単一レーン上で配列決定した。配列決定の実行は、典型的には、約100Mの生の読み取り値を生じさせ、そのうちの約85M(85%)
は予想されたアッセイ構造にマッピングされた。これは、実験にわたって平均で約885Kの読み取り値/試料、および(96の遺伝子座を用いる実験の場合)96の遺伝子座にわたって9.2Kの読み取り値/複製/遺伝子座に換算された。このマッピングされた読み取り値を複製/遺伝子座/対立遺伝子計数中で解析し、様々な測定基準を、以下のように、それぞれの条件について計算した。
これらの結果を、テーブル1にまとめる。
結アッセイは、収率および実質的な遺伝子座の偏りの低下をもたらしたが、依然として高い正確度のSNP遺伝子型決定データをもたらした。架橋オリゴを用いる対立遺伝子特異的タンデム連結アッセイはT4およびTaqリガーゼの両方を用いる遺伝子座特異的アッセイと比較して中間の収率をもたらしたが、遺伝子座の限定された偏りおよび高い正確度のSNP遺伝子型決定データを依然としてもたらした。架橋を用いない対立遺伝子特異的タンデム連結アッセイは収率および実質的な遺伝子座の偏りの低下をもたらしたが、高い正確度のSNP遺伝子型決定データを依然としてもたらした。
タンデム連結を用いる胎児DNAパーセントの決定
1つの例示的な本発明のアッセイシステムを設計して、遺伝子試料中の胎児DNA濃度パーセントを決定し、ならびに試料内の選択遺伝子座に関する計数を提供した。この例示的アッセイは、それぞれ母体試料中での異なる遺伝子座の検出を用いる、480の個別の調査を含んだ。最初の例は、男性胎児を担持する被験者における胎児DNAパーセントの決定を使用し、従って、Y染色体上の遺伝子座ならびに母体配列とは異なる父方から継承された胎児SNPを含有する遺伝子座を使用した。
ーション破壊ヌクレオチド;およびアッセイセットにおいて全ての第3のオリゴに共通であるユニバーサルPCRプライミング配列:ATTGCGGGGACCGATGATCGCGTC(配列番号2)を含んだ。この第3のオリゴは、それぞれの選択核酸について、480のアッセイセットにおいて全ての調査にわたって2℃の変動を含む予測された均一なTmを提供するように設計され、そのTm範囲は、第1のオリゴセットと実質的に同じTm範囲であった。
準を以下のように計算した。
母体試料中の異数性の検出
本発明のアッセイシステムを、妊娠女性の2つの別々のコホートにおける多型および染色体異常の検出において用いた。190の正常、36のT21、および8のT18妊娠の第1のコホートならびに126の正常、36のT21および8のT18妊娠の第2のコホートを、胎児異数性について試験した。染色体異数性を、576の第21染色体および576の第18染色体アッセイを用いて検出し、一緒にプールして、以下に記載のように単一の反応においてアッセイした。
07を含む連結産物を作製し、これを増幅プライマー(719、721)のための鋳型として用いた。
所在])、1Mのベタイン、1X Pfusionバッファー、ならびに400nMの左側および右側の増幅プライマー(それぞれ、719、721)を含有する50μLの反応液中での26サイクルのPCRによって増幅した。右側プライマーは、HiSeq2000(イルミナ社(Illumina)[米国カリフォルニア州サンディエゴ(San Diego)所在])上での96の試料の多重化配列決定を可能にする7塩基の試料指標(717)を含んでいた。左側の固定配列オリゴの配列は、TAATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACCGGCGTTATGCGTCGAGAC(配列番号5)であった。
afael.A.)(2003)Nucleic Acids Research 31(4):e15;イリザリー アールエーら(Irizarry,RA et al.)(2003)Biostatistics 4(2):249−64)、染色体効果、遺伝子座効果、試料効果、および残差を見積もった。見積もられた染色体効果を一般値、例えば、0に設定し、2^(染色体効果+試料効果+残差)を各遺伝子座について算出して正規化された計数を作製した。zスコアが0の平均を有し、1の標準偏差を有するように反復打ち切りを用いてzスコアをスケーリングした。
テーブル2:母体試料1に関するSNP検出および算出された胎児率(%)
ータセットにおいて得られたものである。かくして、単一のアッセイが、胎児異数性を同定する能力を証明し、胎児遺伝子座と母体遺伝子座との多型の差異は、情報遺伝子座の同定および情報遺伝子座に基づく試料中の胎児cfDNAパーセントの見積もり値の算出を可能にした。
好ましい実施形態として、上記実施形態から把握できる技術的思想について、以下記載する。
[項目1]
混合試料中における発生源寄与の算出および1つ以上のゲノム領域中のコピー数変動(CNV)の存在または非存在の検出のための単一のアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドがゲノム領域中の、または該ゲノム領域に関連した1つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
第1および第2のユニバーサルプライマー領域を用いて前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物の配列を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目2]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目3]
前記ユニバーサルプライマー領域が、増幅産物の配列決定において用いられる、
項目2に記載のアッセイシステム。
[項目4]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目5]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方がプレサークルプローブを含む、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目6]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目7]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目5に記載のアッセイシステム。
[項目8]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目7に記載のアッセイシステム。
[項目9]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目7に記載のアッセイシステム。
[項目10]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目11]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目10に記載のアッセイシステム。
[項目12]
前記混合試料が、母体および胎児のcfDNAを含む母体試料である、
項目1に記載のアッセイシステム。
[項目13]
単一アッセイを用いた、混合試料中における発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目14]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目15]
前記ユニバーサルプライマー領域が、増幅産物の配列決定において用いられる、
項目14に記載のアッセイシステム。
[項目16]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目15に記載のアッセイシステム。
[項目17]
前記固定オリゴヌクレオチドのセットが同時に導入される、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目18]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目19]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目18に記載のアッセイシステム。
[項目20]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目19に記載のアッセイシステム。
[項目21]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目19に記載のアッセイシステム。
[項目22]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目23]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目22に記載のアッセイシステム。
[項目24]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目13に記載のアッセイシステム。
[項目25]
胎児異数性の存在または非存在を検出するために前記アッセイシステムが用いられる、
項目24に記載のアッセイシステム。
[項目26]
単一アッセイを用いた、母体試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目27]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目28]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目27に記載のアッセイシステム。
[項目29]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目27に記載のアッセイシステム。
[項目30]
前記固定オリゴヌクレオチドのセットが同時に導入される、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目31]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目32]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目31に記載のアッセイシステム。
[項目33]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目32に記載のアッセイシステム。
[項目34]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目32に記載のアッセイシステム。
[項目35]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目36]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目37]
前記母体試料が、母体および胎児cfDNAを含む、
項目26に記載のアッセイシステム。
[項目38]
混合試料内の1つ以上のゲノム領域中の発生源寄与の算出およびCNVの存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドがゲノム領域中の、または該ゲノム領域に関連した1つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが少なくとも1つの情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該架橋オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目39]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目40]
第1および第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドが、架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に導入される、
項目39に記載のアッセイシステム。
[項目41]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に除去される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目42]
前記架橋オリゴヌクレオチドが連結混合物と同時に導入される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目43]
前記固定配列オリゴヌクレオチドと前記核酸領域とのハイブリダイゼーション産物が、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に単離される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目44]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目45]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目44に記載のアッセイシステム。
[項目46]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の前記増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目45に記載のアッセイシステム。
[項目47]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目45に記載のアッセイシステム。
[項目48]
前記第1または第2のオリゴヌクレオチドが試料指標を含む、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目49]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目38に記載のアッセイシステム。
[項目50]
個体由来混合試料中のDNAの少ない発生源における1つ以上の染色体異常および1つ以上の多型を決定する能力を有する単一のアッセイシステム。
[項目51]
単一のアッセイを用いた、混合試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座に対応する2つ以上の核酸上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記混合試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該固定配列オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を
作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目52]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目53]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目52に記載のアッセイシステム。
[項目54]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目55]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方のセットがプレサークルプローブを含む、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目56]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目57]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目55に記載のアッセイシステム。
[項目58]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目57に記載のアッセイシステム。
[項目59]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、項目57に記載のアッセイシステム。
[項目60]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目61]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目60に記載のアッセイシステム。
[項目62]
前記混合試料が、母体および胎児cfDNAを含む母体試料である、
項目51に記載のアッセイシステム。
[項目63]
単一のアッセイを用いた、母体試料中の発生源寄与の算出および染色体異常の存在または非存在の検出のためのアッセイシステムであって、
第1のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第1の染色体に対応する2つ以上の遺伝子座に対応する2つ以上の核酸上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第2のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが第2の染
色体に対応する2つ以上の遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
第3のセットの固定配列オリゴヌクレオチドを、該固定オリゴヌクレオチドが2つ以上の情報遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料に導入する工程;
それぞれのセットの前記固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な領域の間の遺伝子座の領域に相補的な1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該固定配列オリゴヌクレオチドが前記遺伝子座中の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で導入する工程;
ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを連結して、核酸に相補的な連続的連結産物を作製する工程;
前記連続的連結産物を増幅して、増幅産物を作製する工程;および
前記増幅産物を検出する工程
を含む、アッセイシステム。
[項目64]
前記固定配列オリゴヌクレオチドがユニバーサルプライマー領域を含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目65]
前記ユニバーサルプライマー領域が、前記増幅産物の配列決定において用いられる、
項目64に記載のアッセイシステム。
[項目66]
ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドが、前記連続的連結産物の増幅の前に除去される、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目67]
固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方のセットがプレサークルプローブを含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目68]
前記増幅産物が、検出の前に単離される、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目69]
前記増幅産物が、検出の前に個々の分子として単離される、
項目68に記載のアッセイシステム。
[項目70]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部の同一のコピーが作製される、
項目69に記載のアッセイシステム。
[項目71]
検出の前に、個々の単離された前記増幅産物がさらに増幅されて、個々の増幅産物の全部または一部に相補的な分子の同一のコピーが作製される、
項目69に記載のアッセイシステム。
[項目72]
コピー数に関して調査される少なくとも1つの遺伝子座が、多型に関して調査される全ての遺伝子座と異なる、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目73]
コピー数に関して調査されるいくつかの遺伝子座が、多型に関して調査される遺伝子座と異なる、
項目72に記載のアッセイシステム。
[項目74]
前記母体試料が、母体および胎児cfDNAを含む、
項目63に記載のアッセイシステム。
[項目75]
胎児染色体異常の存在または非存在を検出するために前記アッセイシステムが用いられる、
項目63に記載のアッセイシステム。
Claims (21)
- 少なくとも母体の遺伝子型についての事前知識なく、母体および胎児の無細胞DNAを含む母体試料中の胎児寄与率を決定する方法であって、
第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドのセットを、該セットの固定配列オリゴヌクレオチドが、多型遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料または前記母体試料由来の無細胞DNAに導入する工程であって、前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドの各々が、第1タイプおよび第2タイプの固定配列オリゴヌクレオチドを含み、前記第1タイプの固定配列オリゴヌクレオチドが第1の対立遺伝子にハイブリダイズし、前記第2タイプの固定配列オリゴヌクレオチドが第2の対立遺伝子にハイブリダイズする、工程;
前記ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドを連結して、前記多型遺伝子座上の前記領域に相補的な連結産物を作製する工程;
前記連結産物を増幅して増幅産物を作製する工程;
前記セットの固定配列オリゴヌクレオチド由来の前記増幅産物を検出する工程;
前記第1の対立遺伝子と第2の対立遺伝子とのうち低い方の前記増幅産物の読み取り値について少ない対立遺伝子頻度(MAF)を決定する工程;および
0.075%〜15%の前記少ない対立遺伝子頻度(MAF)を有する前記多型遺伝子座を情報遺伝子座として選択して、前記試料中の胎児の無細胞DNAの寄与率を算出する工程であって、前記情報遺伝子座が、胎児の核酸内でヘテロ接合性且つ母体核酸内でホモ接合性であり、または、胎児の核酸内でホモ接合性且つ母体核酸内でヘテロ接合性である、工程;
を含む、方法。 - 1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを、該架橋オリゴヌクレオチドが、前記多型遺伝子座上の相補領域に特異的にハイブリダイズすることができる条件下で前記母体試料または前記母体試料由来の無細胞DNAに導入する工程であって、前記1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、前記セットの前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドに相補的な前記遺伝子座の前記領域の間の領域に相補的である、該工程をさらに含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドにおいて、前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドの一方または両方がユニバーサルプライマー領域を含む、
請求項1に記載の方法。 - ハイブリダイズしなかった固定配列オリゴヌクレオチドは、前記連結産物の増幅の前に除去される、
請求項1に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドは、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に導入される、
請求項2に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドとこれらがハイブリダイズした前記多型遺伝子座とのハイブリダイゼーション産物は、前記架橋オリゴヌクレオチドの導入の前に単離される、
請求項5に記載の方法。 - 前記1つ以上の架橋オリゴヌクレオチドは、前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドと同時に導入される、
請求項2に記載の方法。 - 前記増幅産物は、次世代シークエンシングにより検出および定量される、
請求項1に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドは、1つ以上の指標を含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記1つ以上の指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
請求項9に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドにおける前記第1および第2の固定配列オリゴヌクレオチドは、対立遺伝子指標を含み、該対立遺伝子指標は、母体および胎児核酸中の遺伝子座における対立遺伝子を同定する一連の独自のヌクレオチドを含んでいる、
請求項9に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記対立遺伝子指標をアレイにハイブリダイズさせることにより検出および定量される、
請求項11に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記対立遺伝子指標の次世代シークエンシングによって検出および定量される、
請求項11に記載の方法。 - 前記増幅産物は、前記検出工程の前に単離される、
請求項1に記載の方法。 - 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ3〜9ヌクレオチドである、
請求項2に記載の方法。 - 前記架橋オリゴヌクレオチドは、長さ10〜30ヌクレオチドである、
請求項2に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドは、少なくとも2以上の多型遺伝子座にハイブリダイズする固定配列オリゴヌクレオチドを含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドは、前記多型遺伝子座上の直接隣接する相補性領域にハイブリダイズする、
請求項1に記載の方法。 - 前記セットの固定配列オリゴヌクレオチドおよび前記架橋オリゴヌクレオチドは、前記多型遺伝子座上の直接隣接する相補性領域にハイブリダイズする、
請求項2に記載の方法。 - 前記ハイブリダイズした固定配列オリゴヌクレオチドは、1以上のヌクレオチドのギャップにより離間しているとともに、ポリメラーゼおよびdNTPを用いて前記オリゴヌクレオチドを伸長する工程をさらに含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記ハイブリダイズした固定配列オリゴヌクレオチドおよび前記架橋オリゴヌクレオチドは、1以上のヌクレオチドの少なくとも1つのギャップにより離間しているとともに、ポリメラーゼおよびdNTPを用いて前記オリゴヌクレオチドを伸長する工程をさらに含む、
請求項2に記載の方法。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US37160510P | 2010-08-06 | 2010-08-06 | |
US61/371,605 | 2010-08-06 | ||
US13/013,732 | 2011-01-25 | ||
US13/013,732 US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2011-01-25 | Ligation-based detection of genetic variants |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013523386A Division JP6141185B2 (ja) | 2010-08-06 | 2011-08-08 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017127335A JP2017127335A (ja) | 2017-07-27 |
JP6637920B2 true JP6637920B2 (ja) | 2020-01-29 |
Family
ID=44630473
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013523386A Active JP6141185B2 (ja) | 2010-08-06 | 2011-08-08 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
JP2017091887A Active JP6356866B2 (ja) | 2010-08-06 | 2017-05-02 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
JP2017091888A Active JP6637920B2 (ja) | 2010-08-06 | 2017-05-02 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013523386A Active JP6141185B2 (ja) | 2010-08-06 | 2011-08-08 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
JP2017091887A Active JP6356866B2 (ja) | 2010-08-06 | 2017-05-02 | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (12) | US20120034603A1 (ja) |
EP (5) | EP2601310B1 (ja) |
JP (3) | JP6141185B2 (ja) |
AU (3) | AU2011285512B2 (ja) |
CA (3) | CA2807569A1 (ja) |
ES (4) | ES2685465T3 (ja) |
IL (3) | IL224554A (ja) |
WO (4) | WO2012019187A2 (ja) |
Families Citing this family (129)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20060275782A1 (en) | 1999-04-20 | 2006-12-07 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
US10081839B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US9424392B2 (en) | 2005-11-26 | 2016-08-23 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals |
US8532930B2 (en) | 2005-11-26 | 2013-09-10 | Natera, Inc. | Method for determining the number of copies of a chromosome in the genome of a target individual using genetic data from genetically related individuals |
US11111543B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US10083273B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US11111544B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US9365904B2 (en) | 2012-05-09 | 2016-06-14 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Ion torrent genomic sequencing |
US9598737B2 (en) | 2012-05-09 | 2017-03-21 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Next generation genomic sequencing methods |
US8852864B2 (en) | 2008-01-17 | 2014-10-07 | Sequenom Inc. | Methods and compositions for the analysis of nucleic acids |
WO2009105531A1 (en) * | 2008-02-19 | 2009-08-27 | Gene Security Network, Inc. | Methods for cell genotyping |
WO2009146335A1 (en) * | 2008-05-27 | 2009-12-03 | Gene Security Network, Inc. | Methods for embryo characterization and comparison |
ES2620431T3 (es) | 2008-08-04 | 2017-06-28 | Natera, Inc. | Métodos para la determinación de alelos y de ploidía |
US20120185176A1 (en) | 2009-09-30 | 2012-07-19 | Natera, Inc. | Methods for Non-Invasive Prenatal Ploidy Calling |
EP2848703A1 (en) | 2010-01-19 | 2015-03-18 | Verinata Health, Inc | Simultaneous determination of aneuploidy and fetal fraction |
AU2011207544A1 (en) * | 2010-01-19 | 2012-09-06 | Verinata Health, Inc. | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic DNA by whole genome sequencing |
US20120100548A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
WO2011090556A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples |
US9260745B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
US9323888B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-04-26 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
WO2011091063A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Partition defined detection methods |
US10388403B2 (en) | 2010-01-19 | 2019-08-20 | Verinata Health, Inc. | Analyzing copy number variation in the detection of cancer |
US20110312503A1 (en) | 2010-01-23 | 2011-12-22 | Artemis Health, Inc. | Methods of fetal abnormality detection |
US11322224B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-03 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11339429B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11332793B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11408031B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-08-09 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11939634B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-03-26 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US9677118B2 (en) | 2014-04-21 | 2017-06-13 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11326208B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-10 | Natera, Inc. | Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA |
US20190309358A1 (en) * | 2010-05-18 | 2019-10-10 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
CA3037126C (en) | 2010-05-18 | 2023-09-12 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US8700338B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-04-15 | Ariosa Diagnosis, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US10533223B2 (en) | 2010-08-06 | 2020-01-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20140342940A1 (en) | 2011-01-25 | 2014-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization |
US20130261003A1 (en) | 2010-08-06 | 2013-10-03 | Ariosa Diagnostics, In. | Ligation-based detection of genetic variants |
US11203786B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-12-21 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US20130040375A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | Tandem Diagnotics, Inc. | Assay systems for genetic analysis |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
US10167508B2 (en) | 2010-08-06 | 2019-01-01 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
EP4269623A3 (en) | 2010-11-30 | 2024-03-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of a biological sample of an organism for chromosomal deletions or amplifications associated with cancer |
JP6328934B2 (ja) | 2010-12-22 | 2018-05-23 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲性出生前親子鑑定法 |
US9994897B2 (en) | 2013-03-08 | 2018-06-12 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Non-invasive fetal sex determination |
US10131947B2 (en) | 2011-01-25 | 2018-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies |
US11270781B2 (en) | 2011-01-25 | 2022-03-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination |
JP6153874B2 (ja) | 2011-02-09 | 2017-06-28 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法 |
RS57837B1 (sr) | 2011-04-12 | 2018-12-31 | Verinata Health Inc | Razrešavanje genomskih frakcija upotrebom broja kopija polimorfizama |
GB2484764B (en) | 2011-04-14 | 2012-09-05 | Verinata Health Inc | Normalizing chromosomes for the determination and verification of common and rare chromosomal aneuploidies |
US9411937B2 (en) | 2011-04-15 | 2016-08-09 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
SG194745A1 (en) * | 2011-05-20 | 2013-12-30 | Fluidigm Corp | Nucleic acid encoding reactions |
DK2729580T3 (en) | 2011-07-08 | 2015-12-14 | Keygene Nv | SEQUENCE BASED genotyping BASED ON OLIGONUKLEOTIDLIGERINGSASSAYS |
US8712697B2 (en) | 2011-09-07 | 2014-04-29 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Determination of copy number variations using binomial probability calculations |
AU2013249012B2 (en) * | 2012-04-19 | 2019-03-28 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free DNA |
US10289800B2 (en) | 2012-05-21 | 2019-05-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Processes for calculating phased fetal genomic sequences |
WO2014015269A1 (en) * | 2012-07-19 | 2014-01-23 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
EP4397767A3 (en) | 2012-08-14 | 2024-07-31 | 10X Genomics, Inc. | Microcapsule compositions and methods |
US11913065B2 (en) | 2012-09-04 | 2024-02-27 | Guardent Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
KR102393608B1 (ko) | 2012-09-04 | 2022-05-03 | 가던트 헬쓰, 인크. | 희귀 돌연변이 및 카피수 변이를 검출하기 위한 시스템 및 방법 |
US10876152B2 (en) | 2012-09-04 | 2020-12-29 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
EP3998342A1 (en) | 2013-02-08 | 2022-05-18 | 10X Genomics, Inc. | Partitioning and processing of analytes and other species |
US20140242582A1 (en) * | 2013-02-28 | 2014-08-28 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities using ligation-based detection and digital pcr |
WO2014165267A2 (en) * | 2013-03-12 | 2014-10-09 | Counsyl, Inc. | Systems and methods for prenatal genetic analysis |
MX364309B (es) | 2013-04-17 | 2019-04-22 | Pioneer Hi Bred Int | Métodos para caracterizar la composición de secuencias de adn en un genoma. |
US20160115541A1 (en) * | 2013-05-29 | 2016-04-28 | Chronix Biomedical | Detection and quantification of donor cell-free dna in the circulation of organ transplant recipients |
WO2014204991A1 (en) * | 2013-06-17 | 2014-12-24 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations in sex chromosomes |
CA2921628A1 (en) | 2013-08-19 | 2015-02-26 | Singular Bio, Inc. | Assays for single molecule detection and use thereof |
US10262755B2 (en) | 2014-04-21 | 2019-04-16 | Natera, Inc. | Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments |
US9499870B2 (en) | 2013-09-27 | 2016-11-22 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
US10577655B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-03-03 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
GB2520765A (en) * | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Multiplex detection of nucleic acids |
GB2520763A (en) | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Nucleic acid probe and method of detecting genomic fragments |
ES2784450T3 (es) | 2013-12-28 | 2020-09-25 | Guardant Health Inc | Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas |
EP3117012B1 (en) * | 2014-03-14 | 2019-02-20 | CareDx, Inc. | Methods of monitoring immunosuppressive therapies in a transplant recipient |
EP3134541B1 (en) | 2014-04-21 | 2020-08-19 | Natera, Inc. | Detecting copy number variations (cnv) of chromosomal segments in cancer |
MA39951A (fr) | 2014-05-09 | 2017-03-15 | Lifecodexx Ag | Détection de l'adn provenant d'un type spécifique de cellule et méthodes associées |
EP2942400A1 (en) | 2014-05-09 | 2015-11-11 | Lifecodexx AG | Multiplex detection of DNA that originates from a specific cell-type |
US9909167B2 (en) | 2014-06-23 | 2018-03-06 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | On-slide staining by primer extension |
WO2015200893A2 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
EP3175236B1 (en) * | 2014-08-01 | 2019-08-21 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
CN106661637B (zh) * | 2014-09-05 | 2021-04-27 | 郑直 | 检测核酸的方法和其应用 |
CN107735497B (zh) | 2015-02-18 | 2021-08-20 | 卓异生物公司 | 用于单分子检测的测定及其应用 |
GB201507376D0 (en) | 2015-04-30 | 2015-06-17 | Vanadis Diagnostics Ab | Use of a porous transparent capillary membrane for counting rolling circle amplification products |
WO2016183106A1 (en) | 2015-05-11 | 2016-11-17 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
EP3666902B1 (en) | 2015-05-22 | 2024-07-03 | Medicover Public Co Ltd | Multiplexed parallel analysis of targeted genomic regions for non-invasive prenatal testing |
PL3350342T3 (pl) * | 2015-09-18 | 2020-08-24 | Vanadis Diagnostics | Zestaw sond do analizowania próbki DNA i sposób jego zastosowania |
HUE050491T2 (hu) * | 2015-11-10 | 2020-12-28 | Eurofins Lifecodexx Gmbh | Magzati kromoszomális aneuploidiák kimutatása olyan DNS régiókat alkalmazva, amelyek különbözõképpen vannak metilezve a magzat és a terhes nõstény között |
CA3006994A1 (en) | 2015-12-16 | 2017-06-22 | Fluidigm Corporation | High-level multiplex amplification |
JP2019507585A (ja) | 2015-12-17 | 2019-03-22 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 無細胞dnaの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法 |
CA3019836A1 (en) * | 2016-04-07 | 2017-10-12 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Noninvasive diagnostics by sequencing 5-hydroxymethylated cell-free dna |
US10370698B2 (en) | 2016-07-27 | 2019-08-06 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Highly-multiplexed fluorescent imaging |
WO2018031808A1 (en) * | 2016-08-10 | 2018-02-15 | Cirina, Inc. | Methods of analyzing nucleic acid fragments |
US10503929B2 (en) | 2016-08-22 | 2019-12-10 | International Business Machines Corporation | Visually configurable privacy enforcement |
WO2018067517A1 (en) | 2016-10-04 | 2018-04-12 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
WO2018069484A2 (en) | 2016-10-13 | 2018-04-19 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Molecular detection and counting using nanopores |
EP3532636B1 (en) | 2016-10-27 | 2021-03-24 | Vanadis Diagnostics | Method for processing rolling circle amplification products |
US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
WO2018156418A1 (en) | 2017-02-21 | 2018-08-30 | Natera, Inc. | Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids |
EP3642353A4 (en) | 2017-06-20 | 2021-02-24 | The Medical College of Wisconsin, Inc. | ASSESSMENT OF THE RISK OF COMPLICATION OF A TRANSPLANT WITH TOTAL ACELLULAR DNA |
US11117128B2 (en) | 2017-08-25 | 2021-09-14 | Vanadis Diagnostics Ab | Filtration device |
ES2702432B2 (es) | 2017-08-31 | 2019-08-05 | Venegas Pedro Manuel Medina | Método y dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos |
US20190241944A1 (en) * | 2018-01-31 | 2019-08-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for deconvoluting partition barcodes |
CN112074610A (zh) * | 2018-02-22 | 2020-12-11 | 10X基因组学有限公司 | 接合介导的核酸分析 |
US11639928B2 (en) | 2018-02-22 | 2023-05-02 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations |
US12024738B2 (en) | 2018-04-14 | 2024-07-02 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring |
AU2019269635A1 (en) * | 2018-05-16 | 2020-11-26 | Twinstrand Biosciences, Inc. | Methods and reagents for resolving nucleic acid mixtures and mixed cell populations and associated applications |
CN112292460A (zh) | 2018-06-12 | 2021-01-29 | 主基因有限公司 | 核酸扩增方法 |
US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
US20220056534A1 (en) | 2018-12-17 | 2022-02-24 | Natera, Inc. | Methods for analysis of circulating cells |
CN113474466A (zh) | 2019-02-21 | 2021-10-01 | 主基因有限公司 | 多倍体基因分型 |
US11931674B2 (en) | 2019-04-04 | 2024-03-19 | Natera, Inc. | Materials and methods for processing blood samples |
JP7441243B2 (ja) * | 2019-05-14 | 2024-02-29 | エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | 試料分析のための装置および方法 |
JP7464750B2 (ja) | 2020-04-17 | 2024-04-09 | エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | 尿試料分析のためのデバイスおよび方法 |
AU2022227563A1 (en) | 2021-02-23 | 2023-08-24 | 10X Genomics, Inc. | Probe-based analysis of nucleic acids and proteins |
AU2022261868A1 (en) | 2021-04-22 | 2023-10-26 | Natera, Inc. | Methods for determining velocity of tumor growth |
WO2023014597A1 (en) | 2021-08-02 | 2023-02-09 | Natera, Inc. | Methods for detecting neoplasm in pregnant women |
WO2023049941A1 (en) * | 2021-09-27 | 2023-03-30 | Myome, Inc. | Methods to simulate prospective embryo genotypes and approximate disease occurence risk |
WO2023133131A1 (en) | 2022-01-04 | 2023-07-13 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring |
WO2024138002A1 (en) * | 2022-12-23 | 2024-06-27 | Caredx, Inc. | Determining amounts of contributor-derived nucleic acids of a mixed sample (3+ genetically distinct genomic contributors) of a transplant recipient |
Family Cites Families (217)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US586245A (en) | 1897-07-13 | Lantern-slide carrier | ||
NL285822A (ja) | 1961-11-23 | |||
US4437975A (en) | 1977-07-20 | 1984-03-20 | Mobil Oil Corporation | Manufacture of lube base stock oil |
US4318846A (en) | 1979-09-07 | 1982-03-09 | Syva Company | Novel ether substituted fluorescein polyamino acid compounds as fluorescers and quenchers |
US4957858A (en) | 1986-04-16 | 1990-09-18 | The Salk Instute For Biological Studies | Replicative RNA reporter systems |
US5242794A (en) | 1984-12-13 | 1993-09-07 | Applied Biosystems, Inc. | Detection of specific sequences in nucleic acids |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
US5091519A (en) | 1986-05-01 | 1992-02-25 | Amoco Corporation | Nucleotide compositions with linking groups |
US5151507A (en) | 1986-07-02 | 1992-09-29 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Alkynylamino-nucleotides |
IE72468B1 (en) | 1987-07-31 | 1997-04-09 | Univ Leland Stanford Junior | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
JP2650159B2 (ja) | 1988-02-24 | 1997-09-03 | アクゾ・ノベル・エヌ・ベー | 核酸増幅方法 |
CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
US4988617A (en) | 1988-03-25 | 1991-01-29 | California Institute Of Technology | Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids |
US5066580A (en) | 1988-08-31 | 1991-11-19 | Becton Dickinson And Company | Xanthene dyes that emit to the red of fluorescein |
ZA899593B (en) | 1988-12-16 | 1990-09-26 | Siska Diagnostics Inc | Self-sustained,sequence replication system |
US5856092A (en) | 1989-02-13 | 1999-01-05 | Geneco Pty Ltd | Detection of a nucleic acid sequence or a change therein |
US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
US5871928A (en) | 1989-06-07 | 1999-02-16 | Fodor; Stephen P. A. | Methods for nucleic acid analysis |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
US5366860A (en) | 1989-09-29 | 1994-11-22 | Applied Biosystems, Inc. | Spectrally resolvable rhodamine dyes for nucleic acid sequence determination |
US5188934A (en) | 1989-11-14 | 1993-02-23 | Applied Biosystems, Inc. | 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes |
US5494810A (en) | 1990-05-03 | 1996-02-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease |
JPH06500471A (ja) | 1990-08-24 | 1994-01-20 | ザ・ユニバーシティ・オブ・テネシー・リサーチ・コーポレーション | Dna増幅フィンガープリント法 |
WO1992007095A1 (en) | 1990-10-15 | 1992-04-30 | Stratagene | Arbitrarily primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes |
US5437975A (en) | 1991-02-25 | 1995-08-01 | California Institute Of Biological Research | Consensus sequence primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes |
US5270184A (en) | 1991-11-19 | 1993-12-14 | Becton, Dickinson And Company | Nucleic acid target generation |
US5422252A (en) | 1993-06-04 | 1995-06-06 | Becton, Dickinson And Company | Simultaneous amplification of multiple targets |
US6027923A (en) | 1993-07-23 | 2000-02-22 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Linked linear amplification of nucleic acids |
WO1995006652A1 (en) | 1993-08-30 | 1995-03-09 | Promega Corporation | Nucleic acid purification compositions and methods |
US6401267B1 (en) | 1993-09-27 | 2002-06-11 | Radoje Drmanac | Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing |
US6045996A (en) | 1993-10-26 | 2000-04-04 | Affymetrix, Inc. | Hybridization assays on oligonucleotide arrays |
CH686982A5 (fr) | 1993-12-16 | 1996-08-15 | Maurice Stroun | Méthode pour le diagnostic de cancers. |
US5654419A (en) | 1994-02-01 | 1997-08-05 | The Regents Of The University Of California | Fluorescent labels and their use in separations |
US5578832A (en) | 1994-09-02 | 1996-11-26 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
US5631734A (en) | 1994-02-10 | 1997-05-20 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials |
US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
US5876924A (en) * | 1994-06-22 | 1999-03-02 | Mount Sinai School Of Medicine | Nucleic acid amplification method hybridization signal amplification method (HSAM) |
US5705628A (en) | 1994-09-20 | 1998-01-06 | Whitehead Institute For Biomedical Research | DNA purification and isolation using magnetic particles |
GB9425138D0 (en) | 1994-12-12 | 1995-02-08 | Dynal As | Isolation of nucleic acid |
US7803529B1 (en) | 1995-04-11 | 2010-09-28 | Sequenom, Inc. | Solid phase sequencing of biopolymers |
US5648245A (en) | 1995-05-09 | 1997-07-15 | Carnegie Institution Of Washington | Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication |
US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
EP0862656B1 (en) | 1995-11-21 | 2001-03-07 | Yale University | Unimolecular segment amplification and detection |
US6852487B1 (en) | 1996-02-09 | 2005-02-08 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
GB2307276A (en) | 1996-03-06 | 1997-05-21 | Shell Int Research | Multi-phase fluid compressor |
US6156504A (en) | 1996-03-15 | 2000-12-05 | The Penn State Research Foundation | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum using nucleic acid amplification assays |
US6114122A (en) | 1996-03-26 | 2000-09-05 | Affymetrix, Inc. | Fluidics station with a mounting system and method of using |
WO1997035589A1 (en) | 1996-03-26 | 1997-10-02 | Kopreski Michael S | Method enabling use of extracellular rna extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer |
US5847162A (en) | 1996-06-27 | 1998-12-08 | The Perkin Elmer Corporation | 4, 7-Dichlororhodamine dyes |
US5800996A (en) | 1996-05-03 | 1998-09-01 | The Perkin Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enchanced fluorescence |
EP0902885A4 (en) | 1996-05-16 | 2006-09-27 | Affymetrix Inc | SYSTEMS AND METHODS FOR DETECTION OF BRANDED PRODUCTS |
EP0912761A4 (en) | 1996-05-29 | 2004-06-09 | Cornell Res Foundation Inc | DETERMINATION OF DIFFERENCES IN THE NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF A COMBINATION OF LIGASE DETERMINATION AND POLYMERASE CHAIN REACTION |
US6312892B1 (en) | 1996-07-19 | 2001-11-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | High fidelity detection of nucleic acid differences by ligase detection reaction |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
US6309824B1 (en) | 1997-01-16 | 2001-10-30 | Hyseq, Inc. | Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes |
US20010051341A1 (en) * | 1997-03-04 | 2001-12-13 | Isis Innovation Limited | Non-invasive prenatal diagnosis |
GB9704444D0 (en) | 1997-03-04 | 1997-04-23 | Isis Innovation | Non-invasive prenatal diagnosis |
US5888740A (en) | 1997-09-19 | 1999-03-30 | Genaco Biomedical Products, Inc. | Detection of aneuploidy and gene deletion by PCR-based gene- dose co-amplification of chromosome specific sequences with synthetic sequences with synthetic internal controls |
JP4304348B2 (ja) | 1997-09-22 | 2009-07-29 | 独立行政法人理化学研究所 | Dnaの単離方法 |
US6322901B1 (en) | 1997-11-13 | 2001-11-27 | Massachusetts Institute Of Technology | Highly luminescent color-selective nano-crystalline materials |
US5990479A (en) | 1997-11-25 | 1999-11-23 | Regents Of The University Of California | Organo Luminescent semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US6207392B1 (en) | 1997-11-25 | 2001-03-27 | The Regents Of The University Of California | Semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US6914137B2 (en) | 1997-12-06 | 2005-07-05 | Dna Research Innovations Limited | Isolation of nucleic acids |
US6201639B1 (en) | 1998-03-20 | 2001-03-13 | James W. Overbeck | Wide field of view and high speed scanning microscopy |
US6185030B1 (en) | 1998-03-20 | 2001-02-06 | James W. Overbeck | Wide field of view and high speed scanning microscopy |
DE69940970D1 (de) | 1998-03-25 | 2009-07-23 | Olink Ab | Rolling circle replikation von padlock-sonden |
US5936324A (en) | 1998-03-30 | 1999-08-10 | Genetic Microsystems Inc. | Moving magnet scanner |
DE69931910T2 (de) | 1998-04-29 | 2007-06-06 | Wald, Nicholas John | Pränatales screening für downs-syndrom |
US6534262B1 (en) | 1998-05-14 | 2003-03-18 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Solid phase technique for selectively isolating nucleic acids |
EP1098996A1 (en) | 1998-07-20 | 2001-05-16 | Yale University | Method for detecting nucleic acids using target-mediated ligation of bipartite primers |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
US6426513B1 (en) | 1998-09-18 | 2002-07-30 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble thiol-capped nanocrystals |
US6251303B1 (en) | 1998-09-18 | 2001-06-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble fluorescent nanocrystals |
US6136229A (en) | 1998-10-15 | 2000-10-24 | Alliedsignal Inc. | Method for the mechanochemical preparation of high performance ceramics |
US6949370B1 (en) | 1998-10-30 | 2005-09-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | High fidelity thermostable ligase and uses thereof |
EP1141384A2 (en) | 1999-01-06 | 2001-10-10 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for accelerating identification of single nucleotide polymorphisms and alignment of clones in genomic sequencing |
EP1144684B1 (en) | 1999-01-06 | 2009-08-19 | Callida Genomics, Inc. | Enhanced sequencing by hybridization using pools of probes |
GB9901475D0 (en) | 1999-01-22 | 1999-03-17 | Pyrosequencing Ab | A method of DNA sequencing |
AU2862100A (en) | 1999-01-27 | 2000-08-18 | Folim G. Halaka | Materials and methods for the purification of polyelectrolytes |
US7014994B1 (en) | 1999-03-19 | 2006-03-21 | Cornell Research Foundation,Inc. | Coupled polymerase chain reaction-restriction-endonuclease digestion-ligase detection reaction process |
US6506594B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-01-14 | Cornell Res Foundation Inc | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
US6310199B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-10-30 | Promega Corporation | pH dependent ion exchange matrix and method of use in the isolation of nucleic acids |
US6218803B1 (en) | 1999-06-04 | 2001-04-17 | Genetic Microsystems, Inc. | Position sensing with variable capacitance transducers |
US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
EP1218543A2 (en) | 1999-09-29 | 2002-07-03 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
US6618679B2 (en) * | 2000-01-28 | 2003-09-09 | Althea Technologies, Inc. | Methods for analysis of gene expression |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
ATE492652T1 (de) * | 2000-02-07 | 2011-01-15 | Illumina Inc | Nukleinsäuredetektionsverfahren mit universellem priming |
EP1130113A1 (en) * | 2000-02-15 | 2001-09-05 | Johannes Petrus Schouten | Multiplex ligation dependent amplification assay |
US20050202461A1 (en) * | 2000-03-08 | 2005-09-15 | Getts Robert C. | Method for converting generic nucleic acid priming sequences |
CA2405412A1 (en) | 2000-04-14 | 2001-10-25 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method of designing addressable array for detection of nucleic acid sequence differences using ligase detection reaction |
US6386749B1 (en) | 2000-06-26 | 2002-05-14 | Affymetrix, Inc. | Systems and methods for heating and mixing fluids |
WO2002004680A2 (en) | 2000-07-07 | 2002-01-17 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
GB0021977D0 (en) | 2000-09-07 | 2000-10-25 | Pyrosequencing Ab | Method of sequencing DNA |
US6649138B2 (en) | 2000-10-13 | 2003-11-18 | Quantum Dot Corporation | Surface-modified semiconductive and metallic nanoparticles having enhanced dispersibility in aqueous media |
US6664056B2 (en) | 2000-10-17 | 2003-12-16 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive prenatal monitoring |
DE60131903T2 (de) * | 2000-10-24 | 2008-11-27 | The Board of Trustees of the Leland S. Stanford Junior University, Palo Alto | Direkte multiplex charakterisierung von genomischer dna |
EP1343869B1 (en) | 2000-12-01 | 2009-01-28 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid differences using combined endonuclease cleavage and ligation reactions |
US6576291B2 (en) | 2000-12-08 | 2003-06-10 | Massachusetts Institute Of Technology | Preparation of nanocrystallites |
US20020197618A1 (en) * | 2001-01-20 | 2002-12-26 | Sampson Jeffrey R. | Synthesis and amplification of unstructured nucleic acids for rapid sequencing |
US6787063B2 (en) | 2001-03-12 | 2004-09-07 | Seiko Epson Corporation | Compositions, methods for producing films, functional elements, methods for producing functional elements, methods for producing electro-optical devices and methods for producing electronic apparatus |
US20030054386A1 (en) | 2001-06-22 | 2003-03-20 | Stylianos Antonarakis | Method for detecting diseases caused by chromosomal imbalances |
US6950755B2 (en) | 2001-07-02 | 2005-09-27 | City Of Hope | Genotype pattern recognition and classification |
EP1409240B1 (en) | 2001-07-20 | 2012-05-09 | Life Technologies Corporation | Luminescent nanoparticles and methods for their preparation |
US6927028B2 (en) | 2001-08-31 | 2005-08-09 | Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive methods for detecting non-host DNA in a host using epigenetic differences between the host and non-host DNA |
DE10154318A1 (de) * | 2001-10-26 | 2003-05-15 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Analyse genomischer Methylierungsmuster |
US7655791B2 (en) | 2001-11-13 | 2010-02-02 | Rubicon Genomics, Inc. | DNA amplification and sequencing using DNA molecules generated by random fragmentation |
CA2477761A1 (en) | 2002-03-01 | 2003-09-12 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US6977162B2 (en) | 2002-03-01 | 2005-12-20 | Ravgen, Inc. | Rapid analysis of variations in a genome |
US7442506B2 (en) | 2002-05-08 | 2008-10-28 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US7727720B2 (en) | 2002-05-08 | 2010-06-01 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US20070178478A1 (en) * | 2002-05-08 | 2007-08-02 | Dhallan Ravinder S | Methods for detection of genetic disorders |
US20040009518A1 (en) | 2002-05-14 | 2004-01-15 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods for evaluating a disease condition by nucleic acid detection and fractionation |
US20040086864A1 (en) | 2002-10-22 | 2004-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Novel classification methods for pleural effusions |
AU2003299914A1 (en) | 2002-12-31 | 2004-07-29 | Baylor College Of Medicine | Isolation and identification of cross-reactive t cells |
AU2004205774B2 (en) | 2003-01-17 | 2006-12-14 | The Chinese University Of Hong Kong | Circulating mRNA as diagnostic markers for pregnancy-related disorders |
JP4473878B2 (ja) * | 2003-01-29 | 2010-06-02 | 454 コーポレーション | 核酸を増幅および配列決定する方法 |
US7601491B2 (en) | 2003-02-06 | 2009-10-13 | Becton, Dickinson And Company | Pretreatment method for extraction of nucleic acid from biological samples and kits therefor |
EP1649040A4 (en) | 2003-07-10 | 2007-07-18 | Third Wave Tech Inc | ANALYSIS FOR DIRECT MEASUREMENT OF A GENE ASSAY |
US7371525B2 (en) | 2003-07-29 | 2008-05-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Compositions and methods for diagnosing and treating severe acute respiratory syndrome (SARS) |
US7343190B2 (en) | 2003-07-29 | 2008-03-11 | Ntd Laboratories, Inc. | System and method for assessing fetal abnormality based on landmarks |
US7244233B2 (en) | 2003-07-29 | 2007-07-17 | Ntd Laboratories, Inc. | System and method for utilizing shape analysis to assess fetal abnormality |
WO2005021794A2 (en) * | 2003-09-02 | 2005-03-10 | Keygene N.V. | Ola-based methods for the detection of target nucleic acid sequences |
WO2005023091A2 (en) | 2003-09-05 | 2005-03-17 | The Trustees Of Boston University | Method for non-invasive prenatal diagnosis |
US20050100939A1 (en) | 2003-09-18 | 2005-05-12 | Eugeni Namsaraev | System and methods for enhancing signal-to-noise ratios of microarray-based measurements |
US7315787B2 (en) | 2003-10-07 | 2008-01-01 | Ntd Laboratories, Inc. | Multi-marker screening protocol for fetal abnormalities |
DE60328193D1 (de) * | 2003-10-16 | 2009-08-13 | Sequenom Inc | Nicht invasiver Nachweis fötaler genetischer Merkmale |
US7358048B2 (en) | 2004-02-10 | 2008-04-15 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for detection of promoter methylation status |
US7622281B2 (en) | 2004-05-20 | 2009-11-24 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid |
US7709194B2 (en) | 2004-06-04 | 2010-05-04 | The Chinese University Of Hong Kong | Marker for prenatal diagnosis and monitoring |
EP1776458A2 (en) | 2004-07-30 | 2007-04-25 | Agencourt Bioscience Corporation | Methods of isolating nucleic acids using multifunctional group-coated solid phase carriers |
WO2006073504A2 (en) | 2004-08-04 | 2006-07-13 | President And Fellows Of Harvard College | Wobble sequencing |
ATE489396T1 (de) | 2004-08-24 | 2010-12-15 | Cornell Res Foundation Inc | Detektion von nucleinsäureunterschieden mit hilfe von endonucleasespaltungs-/ligaseabgabereaktionen und kapillarelektrophoresen oder mikroarrays |
CA2601735C (en) | 2005-03-18 | 2015-10-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring of trisomy 21 |
CA2601221C (en) * | 2005-03-18 | 2013-08-06 | The Chinese University Of Hong Kong | A method for the detection of chromosomal aneuploidies |
US8515679B2 (en) | 2005-12-06 | 2013-08-20 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
WO2007120208A2 (en) | 2005-11-14 | 2007-10-25 | President And Fellows Of Harvard College | Nanogrid rolling circle dna sequencing |
EP3599609A1 (en) * | 2005-11-26 | 2020-01-29 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and using data to make predictions |
WO2007087312A2 (en) | 2006-01-23 | 2007-08-02 | Population Genetics Technologies Ltd. | Molecular counting |
ES2739484T3 (es) | 2006-02-02 | 2020-01-31 | Univ Leland Stanford Junior | Prueba genética fetal no invasiva mediante análisis digital |
WO2007092538A2 (en) | 2006-02-07 | 2007-08-16 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for making nucleotide probes for sequencing and synthesis |
US20100184043A1 (en) | 2006-02-28 | 2010-07-22 | University Of Louisville Research Foundation | Detecting Genetic Abnormalities |
US8609338B2 (en) | 2006-02-28 | 2013-12-17 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Detecting fetal chromosomal abnormalities using tandem single nucleotide polymorphisms |
US20100184044A1 (en) | 2006-02-28 | 2010-07-22 | University Of Louisville Research Foundation | Detecting Genetic Abnormalities |
CA2647793C (en) | 2006-02-28 | 2016-07-05 | University Of Louisville Research Foundation | Detecting fetal chromosomal abnormalities using tandem single nucleotide polymorphisms |
ES2446927T3 (es) * | 2006-03-01 | 2014-03-10 | Keygene N.V. | Detección rápida de SNP basada en secuencias utilizando ensayos de ligación |
PL2010676T3 (pl) | 2006-04-27 | 2013-08-30 | Devyser Holding Ab | Sposób i zestaw do molekularnego ilościowego oznaczania chromosomów |
US7901884B2 (en) | 2006-05-03 | 2011-03-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring |
US7754428B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-07-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Fetal methylation markers |
US20080070792A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-03-20 | Roland Stoughton | Use of highly parallel snp genotyping for fetal diagnosis |
US20080050739A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-02-28 | Roland Stoughton | Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats |
US8137912B2 (en) | 2006-06-14 | 2012-03-20 | The General Hospital Corporation | Methods for the diagnosis of fetal abnormalities |
EP2589668A1 (en) | 2006-06-14 | 2013-05-08 | Verinata Health, Inc | Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags |
US20080090239A1 (en) * | 2006-06-14 | 2008-04-17 | Daniel Shoemaker | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
CA2655269A1 (en) * | 2006-06-16 | 2007-12-21 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the amplification, detection and quantification of nucleic acid from a sample |
WO2008017097A1 (en) | 2006-08-10 | 2008-02-14 | Merck Patent Gmbh | Method for isolating cells |
TWI335354B (en) | 2006-09-27 | 2011-01-01 | Univ Hong Kong Chinese | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits |
IL180095A0 (en) | 2006-12-14 | 2007-05-15 | Ohad Birk | Method for antenatal estimation of down syndrome risk |
US7842482B2 (en) | 2007-02-26 | 2010-11-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods and kits for diagnosis, prognosis or monitoring of Epstein-Barr virus (EBV)-associated cancer |
WO2008118998A2 (en) | 2007-03-27 | 2008-10-02 | Primera Biosystems Inc. | Method for multiplex detection and quantitation of nucleic acids |
CA2900927C (en) | 2007-07-23 | 2018-08-14 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing |
US20100112590A1 (en) | 2007-07-23 | 2010-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment |
US20090053719A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of nucleic acids by digital pcr |
US8748100B2 (en) | 2007-08-30 | 2014-06-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods and kits for selectively amplifying, detecting or quantifying target DNA with specific end sequences |
JP4714196B2 (ja) | 2007-09-05 | 2011-06-29 | 信越化学工業株式会社 | トリクロロシランの製造方法および多結晶シリコンの製造方法 |
EP2201143B2 (en) | 2007-09-21 | 2016-08-24 | Katholieke Universiteit Leuven | Tools and methods for genetic tests using next generation sequencing |
US8518640B2 (en) | 2007-10-29 | 2013-08-27 | Complete Genomics, Inc. | Nucleic acid sequencing and process |
US8852864B2 (en) | 2008-01-17 | 2014-10-07 | Sequenom Inc. | Methods and compositions for the analysis of nucleic acids |
BRPI0908128A2 (pt) | 2008-02-12 | 2015-08-04 | Novartis Ag | Método para isolamento de ácido nucleicos apoptóticos ou fetais livres de células |
ES2620431T3 (es) | 2008-08-04 | 2017-06-28 | Natera, Inc. | Métodos para la determinación de alelos y de ploidía |
US8476013B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-07-02 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
CA3069082C (en) | 2008-09-20 | 2022-03-22 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing |
US8312249B1 (en) | 2008-10-10 | 2012-11-13 | Apple Inc. | Dynamic trampoline and structured code generation in a signed code environment |
US10299710B2 (en) | 2009-07-21 | 2019-05-28 | Shimadzu Corporation | Organism optical measurement device |
US20110027771A1 (en) | 2009-07-31 | 2011-02-03 | Artemis Health, Inc. | Methods and compositions for cell stabilization |
JP5396238B2 (ja) | 2009-11-02 | 2014-01-22 | 株式会社Nttドコモ | 無線通信制御方法、基地局装置及び移動端末装置 |
ES2720282T3 (es) | 2009-11-05 | 2019-07-19 | Univ Hong Kong Chinese | Análisis genómico fetal a partir de una muestra biológica materna |
MX357692B (es) | 2009-11-06 | 2018-07-19 | Univ Hong Kong Chinese | Analisis genomico a base de tamaño. |
JP2013511991A (ja) | 2009-11-25 | 2013-04-11 | クアンタライフ, インコーポレイテッド | 遺伝子材料を検出する方法および組成物 |
US8574842B2 (en) | 2009-12-22 | 2013-11-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct molecular diagnosis of fetal aneuploidy |
EP2848703A1 (en) | 2010-01-19 | 2015-03-18 | Verinata Health, Inc | Simultaneous determination of aneuploidy and fetal fraction |
US20120270739A1 (en) | 2010-01-19 | 2012-10-25 | Verinata Health, Inc. | Method for sample analysis of aneuploidies in maternal samples |
WO2011091063A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Partition defined detection methods |
US20120100548A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-04-26 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
US9260745B2 (en) | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
US20120237928A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-09-20 | Verinata Health, Inc. | Method for determining copy number variations |
WO2011090556A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples |
US20110312503A1 (en) | 2010-01-23 | 2011-12-22 | Artemis Health, Inc. | Methods of fetal abnormality detection |
CA3037126C (en) | 2010-05-18 | 2023-09-12 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20140342940A1 (en) | 2011-01-25 | 2014-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization |
US10533223B2 (en) | 2010-08-06 | 2020-01-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US8700338B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-04-15 | Ariosa Diagnosis, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US20130040375A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | Tandem Diagnotics, Inc. | Assay systems for genetic analysis |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
US20120190557A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US20130261003A1 (en) * | 2010-08-06 | 2013-10-03 | Ariosa Diagnostics, In. | Ligation-based detection of genetic variants |
IT1401427B1 (it) | 2010-08-11 | 2013-07-26 | Nuova Pignone S R L | Metodi e dispositivi usati per controllare automaticamente la velocita di un espansore |
US9267174B2 (en) | 2010-10-26 | 2016-02-23 | Stanford University | Method of simultaneously screening for multiple genotypes and/or mutations |
JP6328934B2 (ja) * | 2010-12-22 | 2018-05-23 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲性出生前親子鑑定法 |
WO2012088348A2 (en) | 2010-12-23 | 2012-06-28 | Sequenom, Inc. | Fetal genetic variation detection |
EP2668605B1 (en) | 2011-01-25 | 2019-03-06 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US20120190021A1 (en) | 2011-01-25 | 2012-07-26 | Aria Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
US8756020B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-06-17 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations |
US20120219950A1 (en) | 2011-02-28 | 2012-08-30 | Arnold Oliphant | Assay systems for detection of aneuploidy and sex determination |
RS57837B1 (sr) | 2011-04-12 | 2018-12-31 | Verinata Health Inc | Razrešavanje genomskih frakcija upotrebom broja kopija polimorfizama |
GB2484764B (en) | 2011-04-14 | 2012-09-05 | Verinata Health Inc | Normalizing chromosomes for the determination and verification of common and rare chromosomal aneuploidies |
DK2729580T3 (en) | 2011-07-08 | 2015-12-14 | Keygene Nv | SEQUENCE BASED genotyping BASED ON OLIGONUKLEOTIDLIGERINGSASSAYS |
US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
WO2013192292A1 (en) | 2012-06-21 | 2013-12-27 | Justin Lamb | Massively-parallel multiplex locus-specific nucleic acid sequence analysis |
WO2014015269A1 (en) | 2012-07-19 | 2014-01-23 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants |
EP3175236B1 (en) | 2014-08-01 | 2019-08-21 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US9854317B1 (en) | 2014-11-24 | 2017-12-26 | Wew Entertainment Corporation | Enabling video viewer interaction |
-
2011
- 2011-01-25 US US13/013,732 patent/US20120034603A1/en not_active Abandoned
- 2011-08-08 EP EP11745881.0A patent/EP2601310B1/en active Active
- 2011-08-08 AU AU2011285512A patent/AU2011285512B2/en not_active Ceased
- 2011-08-08 AU AU2011285518A patent/AU2011285518B2/en active Active
- 2011-08-08 JP JP2013523386A patent/JP6141185B2/ja active Active
- 2011-08-08 EP EP18167314.6A patent/EP3418394B1/en active Active
- 2011-08-08 EP EP11745883.6A patent/EP2601311B1/en active Active
- 2011-08-08 WO PCT/US2011/046935 patent/WO2012019187A2/en active Application Filing
- 2011-08-08 EP EP11745880.2A patent/EP2601309A2/en not_active Withdrawn
- 2011-08-08 US US13/205,570 patent/US9890421B2/en active Active
- 2011-08-08 ES ES11745883.6T patent/ES2685465T3/es active Active
- 2011-08-08 CA CA2807569A patent/CA2807569A1/en not_active Abandoned
- 2011-08-08 WO PCT/US2011/046976 patent/WO2012019198A2/en active Application Filing
- 2011-08-08 CA CA2807572A patent/CA2807572C/en active Active
- 2011-08-08 WO PCT/US2011/046963 patent/WO2012019193A2/en active Application Filing
- 2011-08-08 CA CA2807594A patent/CA2807594C/en active Active
- 2011-08-08 ES ES11745881T patent/ES2718111T3/es active Active
- 2011-08-08 ES ES18163473T patent/ES2863778T3/es active Active
- 2011-08-08 US US13/205,603 patent/US10308981B2/en active Active
- 2011-08-08 AU AU2011285477A patent/AU2011285477C1/en active Active
- 2011-08-08 EP EP18163473.4A patent/EP3395955B1/en active Active
- 2011-08-08 ES ES18167314T patent/ES2913402T3/es active Active
- 2011-08-08 WO PCT/US2011/046981 patent/WO2012019200A2/en active Application Filing
- 2011-11-10 US US13/293,419 patent/US10131937B2/en active Active
-
2012
- 2012-11-28 US US13/687,025 patent/US20130090250A1/en not_active Abandoned
-
2013
- 2013-02-03 IL IL224554A patent/IL224554A/en active IP Right Grant
- 2013-02-03 IL IL224556A patent/IL224556A/en active IP Right Grant
- 2013-02-03 IL IL224557A patent/IL224557A/en active IP Right Grant
- 2013-03-08 US US13/789,817 patent/US20130172212A1/en not_active Abandoned
- 2013-03-08 US US13/789,789 patent/US20130172211A1/en not_active Abandoned
- 2013-03-08 US US13/789,846 patent/US20130172213A1/en not_active Abandoned
-
2017
- 2017-05-02 JP JP2017091887A patent/JP6356866B2/ja active Active
- 2017-05-02 JP JP2017091888A patent/JP6637920B2/ja active Active
- 2017-12-21 US US15/851,363 patent/US11319578B2/en active Active
-
2018
- 2018-10-12 US US16/159,588 patent/US10907198B2/en active Active
-
2019
- 2019-05-23 US US16/421,398 patent/US11299772B2/en active Active
-
2022
- 2022-04-01 US US17/711,769 patent/US20220372562A1/en active Pending
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6637920B2 (ja) | 試料中の発生源寄与の決定のためのアッセイシステム | |
US11091807B2 (en) | Assay systems for genetic analysis | |
AU2017272273B2 (en) | Assay systems for determination of source contribution in a sample | |
AU2015201392B2 (en) | Assay systems for genetic analysis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170502 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180522 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180821 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190108 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190405 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20190422 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190416 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190612 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20191126 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20191223 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6637920 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |