JP7464750B2 - 尿試料分析のためのデバイスおよび方法 - Google Patents
尿試料分析のためのデバイスおよび方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7464750B2 JP7464750B2 JP2022562428A JP2022562428A JP7464750B2 JP 7464750 B2 JP7464750 B2 JP 7464750B2 JP 2022562428 A JP2022562428 A JP 2022562428A JP 2022562428 A JP2022562428 A JP 2022562428A JP 7464750 B2 JP7464750 B2 JP 7464750B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sample
- etp
- urine sample
- target analytes
- electrolyte
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 title claims description 195
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 181
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title description 60
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 186
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 183
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 183
- 239000003792 electrolyte Substances 0.000 claims description 157
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 62
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 60
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 49
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 39
- 239000012491 analyte Substances 0.000 claims description 37
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 claims description 32
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 claims description 31
- 238000011033 desalting Methods 0.000 claims description 19
- 238000001914 filtration Methods 0.000 claims description 19
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 17
- 238000003828 vacuum filtration Methods 0.000 claims description 10
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 claims description 9
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 claims description 8
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 370
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 111
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 106
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 104
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 62
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 49
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 39
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 37
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 37
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 36
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 34
- AEHGQXKBQBMQEK-UHFFFAOYSA-K trisodium 4,5-dihydroxy-3-[(4-sulfonatophenyl)diazenyl]naphthalene-2,7-disulfonate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].Oc1cc(cc2cc(c(N=Nc3ccc(cc3)S([O-])(=O)=O)c(O)c12)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O AEHGQXKBQBMQEK-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 34
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 30
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 28
- 239000000463 material Substances 0.000 description 28
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 24
- 230000037230 mobility Effects 0.000 description 22
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 20
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 19
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 19
- 230000008569 process Effects 0.000 description 18
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 16
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 230000013777 protein digestion Effects 0.000 description 15
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 14
- -1 molecule Chemical class 0.000 description 14
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 14
- 239000012488 sample solution Substances 0.000 description 14
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 13
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 13
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 13
- 239000001045 blue dye Substances 0.000 description 12
- 229960002885 histidine Drugs 0.000 description 12
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 12
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 12
- SJEYSFABYSGQBG-UHFFFAOYSA-M Patent blue Chemical compound [Na+].C1=CC(N(CC)CC)=CC=C1C(C=1C(=CC(=CC=1)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1 SJEYSFABYSGQBG-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 11
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 11
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 11
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 11
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 11
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 11
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 10
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 10
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 10
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 10
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 10
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 10
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 9
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 9
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 9
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 9
- 230000005684 electric field Effects 0.000 description 9
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 9
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 9
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 9
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 8
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 8
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 8
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 8
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 8
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 8
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 7
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 7
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 7
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 7
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 7
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 7
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 7
- HVBSAKJJOYLTQU-UHFFFAOYSA-N 4-aminobenzenesulfonic acid Chemical compound NC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 HVBSAKJJOYLTQU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- SGHZXLIDFTYFHQ-UHFFFAOYSA-L Brilliant Blue Chemical compound [Na+].[Na+].C=1C=C(C(=C2C=CC(C=C2)=[N+](CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=2C(=CC=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=CC=1N(CC)CC1=CC=CC(S([O-])(=O)=O)=C1 SGHZXLIDFTYFHQ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 6
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 6
- 125000000129 anionic group Chemical group 0.000 description 6
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 6
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 6
- 108091092259 cell-free RNA Proteins 0.000 description 6
- 230000008859 change Effects 0.000 description 6
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 6
- 238000002218 isotachophoresis Methods 0.000 description 6
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 6
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 6
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 6
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 6
- 210000001635 urinary tract Anatomy 0.000 description 6
- GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N (8S)-8-amino-7-oxononanoic acid zwitterion Chemical compound C[C@H](N)C(=O)CCCCCC(O)=O GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 5
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 5
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 5
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 5
- 238000011528 liquid biopsy Methods 0.000 description 5
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 5
- 201000005962 mycosis fungoides Diseases 0.000 description 5
- 239000012521 purified sample Substances 0.000 description 5
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 5
- 229910001220 stainless steel Inorganic materials 0.000 description 5
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 5
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 4
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-M Formate Chemical compound [O-]C=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 4
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 4
- 208000034953 Twin anemia-polycythemia sequence Diseases 0.000 description 4
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 208000036878 aneuploidy Diseases 0.000 description 4
- 231100001075 aneuploidy Toxicity 0.000 description 4
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 4
- 238000003491 array Methods 0.000 description 4
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000011223 gene expression profiling Methods 0.000 description 4
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 4
- 201000009410 rhabdomyosarcoma Diseases 0.000 description 4
- 238000001931 thermography Methods 0.000 description 4
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 4
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 3
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 3
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 102000006947 Histones Human genes 0.000 description 3
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 3
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 3
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 3
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 3
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 3
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 3
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 3
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 3
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000006870 function Effects 0.000 description 3
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 3
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 3
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 3
- 159000000001 potassium salts Chemical class 0.000 description 3
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 3
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 3
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 3
- 229950000244 sulfanilic acid Drugs 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 3
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 3
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 2
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- 206010003571 Astrocytoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 206010006143 Brain stem glioma Diseases 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000009798 Craniopharyngioma Diseases 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 101100310856 Drosophila melanogaster spri gene Proteins 0.000 description 2
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 description 2
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 206010014967 Ependymoma Diseases 0.000 description 2
- 239000004593 Epoxy Substances 0.000 description 2
- 206010051066 Gastrointestinal stromal tumour Diseases 0.000 description 2
- 206010061252 Intraocular melanoma Diseases 0.000 description 2
- 208000009164 Islet Cell Adenoma Diseases 0.000 description 2
- 208000007766 Kaposi sarcoma Diseases 0.000 description 2
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 2
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 2
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000034176 Neoplasms, Germ Cell and Embryonal Diseases 0.000 description 2
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 2
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 2
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 2
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 2
- 208000009359 Sezary Syndrome Diseases 0.000 description 2
- 208000021388 Sezary disease Diseases 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 2
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 2
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 206010057644 Testis cancer Diseases 0.000 description 2
- 201000005969 Uveal melanoma Diseases 0.000 description 2
- 208000033559 Waldenström macroglobulinemia Diseases 0.000 description 2
- 208000008383 Wilms tumor Diseases 0.000 description 2
- 239000000980 acid dye Substances 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 239000012468 concentrated sample Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 201000011243 gastrointestinal stromal tumor Diseases 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 208000024348 heart neoplasm Diseases 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 201000002575 ocular melanoma Diseases 0.000 description 2
- 201000005443 oral cavity cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000021010 pancreatic neuroendocrine tumor Diseases 0.000 description 2
- 208000010626 plasma cell neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 239000002861 polymer material Substances 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 2
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M potassium benzoate Chemical compound [K+].[O-]C(=O)C1=CC=CC=C1 XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 2
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 2
- 239000010935 stainless steel Substances 0.000 description 2
- 238000001847 surface plasmon resonance imaging Methods 0.000 description 2
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 description 2
- 210000000626 ureter Anatomy 0.000 description 2
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 2
- CMXXUDSWGMGYLZ-XRIGFGBMSA-N (2s)-2-amino-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoic acid;hydron;chloride;hydrate Chemical compound O.Cl.OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 CMXXUDSWGMGYLZ-XRIGFGBMSA-N 0.000 description 1
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCCN1CCOCC1 DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010061424 Anal cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000007860 Anus Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010073360 Appendix cancer Diseases 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 206010004146 Basal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010005949 Bone cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000018084 Bone neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- RTMBGDBBDQKNNZ-UHFFFAOYSA-L C.I. Acid Blue 3 Chemical compound [Ca+2].C1=CC(N(CC)CC)=CC=C1C(C=1C(=CC(=C(O)C=1)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1.C1=CC(N(CC)CC)=CC=C1C(C=1C(=CC(=C(O)C=1)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1 RTMBGDBBDQKNNZ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010007279 Carcinoid tumour of the gastrointestinal tract Diseases 0.000 description 1
- 208000017897 Carcinoma of esophagus Diseases 0.000 description 1
- YSVBPNGJESBVRM-ZPZFBZIMSA-L Carmoisine Chemical compound [Na+].[Na+].C1=CC=C2C(/N=N/C3=C(C4=CC=CC=C4C(=C3)S([O-])(=O)=O)O)=CC=C(S([O-])(=O)=O)C2=C1 YSVBPNGJESBVRM-ZPZFBZIMSA-L 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001353 Chip-sequencing Methods 0.000 description 1
- 201000009047 Chordoma Diseases 0.000 description 1
- 206010008805 Chromosomal abnormalities Diseases 0.000 description 1
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 description 1
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100032218 Cytokine-inducible SH2-containing protein Human genes 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 208000006402 Ductal Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 208000006168 Ewing Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000017259 Extragonadal germ cell tumor Diseases 0.000 description 1
- 239000004214 Fast Green FCF Substances 0.000 description 1
- RZSYLLSAWYUBPE-UHFFFAOYSA-L Fast green FCF Chemical compound [Na+].[Na+].C=1C=C(C(=C2C=CC(C=C2)=[N+](CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=2C(=CC(O)=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=CC=1N(CC)CC1=CC=CC(S([O-])(=O)=O)=C1 RZSYLLSAWYUBPE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 206010053717 Fibrous histiocytoma Diseases 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 208000022072 Gallbladder Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 1
- 241000224421 Heterolobosea Species 0.000 description 1
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 101000943420 Homo sapiens Cytokine-inducible SH2-containing protein Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010021042 Hypopharyngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010056305 Hypopharyngeal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 201000005099 Langerhans cell histiocytosis Diseases 0.000 description 1
- 206010023825 Laryngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010062038 Lip neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010073099 Lobular breast carcinoma in situ Diseases 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 239000007987 MES buffer Substances 0.000 description 1
- 208000004059 Male Breast Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000006644 Malignant Fibrous Histiocytoma Diseases 0.000 description 1
- 206010025557 Malignant fibrous histiocytoma of bone Diseases 0.000 description 1
- 208000032271 Malignant tumor of penis Diseases 0.000 description 1
- 206010027406 Mesothelioma Diseases 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 240000008790 Musa x paradisiaca Species 0.000 description 1
- 235000018290 Musa x paradisiaca Nutrition 0.000 description 1
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 201000007224 Myeloproliferative neoplasm Diseases 0.000 description 1
- YNLCVAQJIKOXER-UHFFFAOYSA-N N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-3-aminopropanesulfonic acid Chemical compound OCC(CO)(CO)NCCCS(O)(=O)=O YNLCVAQJIKOXER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010028767 Nasal sinus cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000001894 Nasopharyngeal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010061306 Nasopharyngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 1
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 208000010505 Nose Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000000160 Olfactory Esthesioneuroblastoma Diseases 0.000 description 1
- 206010031096 Oropharyngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010057444 Oropharyngeal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010061332 Paraganglion neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000003937 Paranasal Sinus Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000000821 Parathyroid Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 208000002471 Penile Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010034299 Penile cancer Diseases 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 241000009328 Perro Species 0.000 description 1
- 208000009565 Pharyngeal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010034811 Pharyngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000007913 Pituitary Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 201000008199 Pleuropulmonary blastoma Diseases 0.000 description 1
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 229920001218 Pullulan Polymers 0.000 description 1
- 239000004373 Pullulan Substances 0.000 description 1
- 208000015634 Rectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000000582 Retinoblastoma Diseases 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 208000004337 Salivary Gland Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010061934 Salivary gland cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 208000034254 Squamous cell carcinoma of the cervix uteri Diseases 0.000 description 1
- OIQPTROHQCGFEF-QIKYXUGXSA-L Sunset Yellow FCF Chemical compound [Na+].[Na+].OC1=CC=C2C=C(S([O-])(=O)=O)C=CC2=C1\N=N\C1=CC=C(S([O-])(=O)=O)C=C1 OIQPTROHQCGFEF-QIKYXUGXSA-L 0.000 description 1
- 208000031673 T-Cell Cutaneous Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 206010043515 Throat cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000728 Thymus Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000015778 Undifferentiated pleomorphic sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000023915 Ureteral Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010046392 Ureteric cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046431 Urethral cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046458 Urethral neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 206010047741 Vulval cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000004354 Vulvar Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 238000011481 absorbance measurement Methods 0.000 description 1
- 238000000862 absorption spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 208000020990 adrenal cortex carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000007128 adrenocortical carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 235000012741 allura red AC Nutrition 0.000 description 1
- 239000004191 allura red AC Substances 0.000 description 1
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000003001 amoeba Anatomy 0.000 description 1
- 201000011165 anus cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 208000021780 appendiceal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 239000004176 azorubin Substances 0.000 description 1
- 235000012733 azorubine Nutrition 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 208000001119 benign fibrous histiocytoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000941 bile Anatomy 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 201000008873 bone osteosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 201000000220 brain stem cancer Diseases 0.000 description 1
- 159000000007 calcium salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000005515 capillary zone electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000002458 carcinoid tumor Diseases 0.000 description 1
- 230000007211 cardiovascular event Effects 0.000 description 1
- 229940031019 carmoisine Drugs 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 201000010353 central nervous system germ cell tumor Diseases 0.000 description 1
- 239000000919 ceramic Substances 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000006612 cervical squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- CEZCCHQBSQPRMU-UHFFFAOYSA-L chembl174821 Chemical compound [Na+].[Na+].COC1=CC(S([O-])(=O)=O)=C(C)C=C1N=NC1=C(O)C=CC2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C12 CEZCCHQBSQPRMU-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004252 chorionic villi Anatomy 0.000 description 1
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- 201000007241 cutaneous T cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 1
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 238000009795 derivation Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011143 downstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 238000005553 drilling Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 208000028715 ductal breast carcinoma in situ Diseases 0.000 description 1
- 230000005611 electricity Effects 0.000 description 1
- 238000005868 electrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000008151 electrolyte solution Substances 0.000 description 1
- 208000014616 embryonal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000002308 embryonic cell Anatomy 0.000 description 1
- 201000003914 endometrial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001952 enzyme assay Methods 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 239000003822 epoxy resin Substances 0.000 description 1
- 201000005619 esophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000032099 esthesioneuroblastoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 201000008819 extrahepatic bile duct carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000024519 eye neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 235000019240 fast green FCF Nutrition 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000002875 fluorescence polarization Methods 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 238000002421 fluorescence-activated droplet sorting Methods 0.000 description 1
- 238000012632 fluorescent imaging Methods 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 201000010175 gallbladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 229910002804 graphite Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010439 graphite Substances 0.000 description 1
- 201000009277 hairy cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 201000010235 heart cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 201000008298 histiocytosis Diseases 0.000 description 1
- 210000004251 human milk Anatomy 0.000 description 1
- 235000020256 human milk Nutrition 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 201000006866 hypopharynx cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000010191 image analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 238000003365 immunocytochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- KHLVKKOJDHCJMG-QDBORUFSSA-L indigo carmine Chemical compound [Na+].[Na+].N/1C2=CC=C(S([O-])(=O)=O)C=C2C(=O)C\1=C1/NC2=CC=C(S(=O)(=O)[O-])C=C2C1=O KHLVKKOJDHCJMG-QDBORUFSSA-L 0.000 description 1
- 229960003988 indigo carmine Drugs 0.000 description 1
- 235000012738 indigotine Nutrition 0.000 description 1
- 239000004179 indigotine Substances 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 230000004968 inflammatory condition Effects 0.000 description 1
- 239000011810 insulating material Substances 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 238000001155 isoelectric focusing Methods 0.000 description 1
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000000244 kidney pelvis Anatomy 0.000 description 1
- 210000001821 langerhans cell Anatomy 0.000 description 1
- 206010023841 laryngeal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 208000012987 lip and oral cavity carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000006721 lip cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 230000000527 lymphocytic effect Effects 0.000 description 1
- 201000000564 macroglobulinemia Diseases 0.000 description 1
- 201000003175 male breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000010907 male breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000020984 malignant renal pelvis neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000026045 malignant tumor of parathyroid gland Diseases 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 208000037970 metastatic squamous neck cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000009629 microbiological culture Methods 0.000 description 1
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 1
- 206010051747 multiple endocrine neoplasia Diseases 0.000 description 1
- 210000002487 multivesicular body Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 208000025113 myeloid leukemia Diseases 0.000 description 1
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000037830 nasal cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000018795 nasal cavity and paranasal sinus carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 201000008106 ocular cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000006958 oropharynx cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000013021 overheating Methods 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000022102 pancreatic neuroendocrine neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000003154 papilloma Diseases 0.000 description 1
- 208000007312 paraganglioma Diseases 0.000 description 1
- 210000003695 paranasal sinus Anatomy 0.000 description 1
- 201000007052 paranasal sinus cancer Diseases 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 235000012736 patent blue V Nutrition 0.000 description 1
- 239000004177 patent blue V Substances 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 208000028591 pheochromocytoma Diseases 0.000 description 1
- 208000010916 pituitary tumor Diseases 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 229920000647 polyepoxide Polymers 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 208000025638 primary cutaneous T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004908 prostatic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 235000019423 pullulan Nutrition 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 206010038038 rectal cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000001275 rectum cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 201000007444 renal pelvis carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 238000003196 serial analysis of gene expression Methods 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000002314 small intestine cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- PMLFOMWMYRKZRF-UHFFFAOYSA-M sodium;4-[[4-(diethylamino)phenyl]-(4-diethylazaniumylidenecyclohexa-2,5-dien-1-ylidene)methyl]-6-hydroxybenzene-1,3-disulfonate Chemical compound [Na+].C1=CC(N(CC)CC)=CC=C1C(C=1C(=CC(=C(O)C=1)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1 PMLFOMWMYRKZRF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 210000004872 soft tissue Anatomy 0.000 description 1
- 206010062261 spinal cord neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 230000001954 sterilising effect Effects 0.000 description 1
- 238000004659 sterilization and disinfection Methods 0.000 description 1
- 235000012751 sunset yellow FCF Nutrition 0.000 description 1
- 239000004173 sunset yellow FCF Substances 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- 238000010257 thawing Methods 0.000 description 1
- 208000008732 thymoma Diseases 0.000 description 1
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000036962 time dependent Effects 0.000 description 1
- 208000029387 trophoblastic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 208000018417 undifferentiated high grade pleomorphic sarcoma of bone Diseases 0.000 description 1
- 201000011294 ureter cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000037965 uterine sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 206010046885 vaginal cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000013139 vaginal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 201000005102 vulva cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/416—Systems
- G01N27/447—Systems using electrophoresis
- G01N27/44704—Details; Accessories
- G01N27/44717—Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
- G01N27/4473—Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones by electric means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
- C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
- C12N15/101—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers by chromatography, e.g. electrophoresis, ion-exchange, reverse phase
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5023—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures with a sample being transported to, and subsequently stored in an absorbent for analysis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/28—Electrolytic cell components
- G01N27/30—Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
- G01N27/327—Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
- G01N27/3271—Amperometric enzyme electrodes for analytes in body fluids, e.g. glucose in blood
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/416—Systems
- G01N27/447—Systems using electrophoresis
- G01N27/44704—Details; Accessories
- G01N27/44717—Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0803—Disc shape
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/04—Moving fluids with specific forces or mechanical means
- B01L2400/0403—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces
- B01L2400/0415—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic
- B01L2400/0421—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic electrophoretic flow
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/416—Systems
- G01N27/447—Systems using electrophoresis
- G01N27/44704—Details; Accessories
- G01N27/44743—Introducing samples
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Electrochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
本開示は、概して、試料分析のための電気泳動の分野に関し、より詳細には、例えば、エピタコフォレシスのためのデバイスおよび方法による、核酸を含む尿試料等の試料の選択的分離、検出、抽出、単離、精製および/または(予備)濃縮による尿試料分析または生物学的試料を含む他の高塩の分析に関する。
「液体生検」の概念は、近年注目を集めている。固体組織から試料を採取する代わりに、液体生検は、細胞、エキソソーム等の細胞外小胞、および/またはDNA、RNA、もしくはタンパク質等の無細胞分子等のバイオマーカーを捕捉する。これらのバイオマーカーは、血液(または血漿もしくは血清)、尿、痰等の体液中に収集することができる。これらのバイオマーカーの存在は、例えば、癌、腫瘍、自己免疫疾患、心血管イベント、ウイルス、細菌もしくは病原性感染に関連し得るか、または薬物応答に関連し得る。これらの分子は、多くの場合、エキソソーム等の細胞外体と会合しているか、または流体中に「無細胞」であり得る。
システムは、尿試料を濃縮して濃縮尿試料を形成することができる。濃縮尿試はが、尿試料中の1つ以上の標的分析物の初期濃度よりも少なくとも10倍高い、1つ以上の標的分析物の濃度を有し得る。システムは、濃縮尿試料を第1の電解質に添加して、第1の混合物を形成し得る。システムは、第1の電極と第2の電極との間に電圧差を印加し得る。第1の電極は、第1の混合物中に配置されている。第2の電極は、第2の電解質中に配置されている。第1の電極は、第2の電極と異なっていてもよい。システムは、電圧差を使用して、1つ以上の集束領域内の1つ以上の標的分析物を第2の電極に流し得る。システムは、1つ以上の集束領域を含む第2の混合物を収集することによって、1つ以上の標的分析物を収集することができる。第2の混合物中の1つ以上の標的分析物のいずれかの濃度は、濃縮尿試料中のそれぞれの標的分析物の濃度よりも高い。さらなる分析の前に標的分析物をさらに抽出する必要はない。
本明細書で使用される場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」は、文脈が別途明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、特に明記しない限り、本発明が属する技術分野の当業者に一般的に理解されているのと同じ意味を有する。
上記のように、尿試料から核酸を抽出、単離、および/または精製するための現在のアプローチには多くの欠点がある。例えば、そのような1つの欠点は、バイオマーカー、例えば核酸の濃度が比較的低くなり得るため、下流の分析のために十分な物質を得るために大きな体積が必要となることである。核酸の場合、核酸捕捉キットおよびデバイスを使用する従来の技術は、一般的に、典型的には0.2~1mLの範囲内である小さな試料体積のために設計される。したがって、バイオマーカーリッチな資源であるにもかかわらず、尿からのバイオマーカーの効率的な単離および精製は、これまで困難であることが証明されている。さらに、尿からのバイオマーカーの抽出、単離および/または精製のための従来の技術に関連する他の欠点には、低品質の生成物をもたらす時間のかかる手順、および自動化への適合性の欠如が挙げられることがしばしばである。従来の技術は、尿試料から特定の画分を抽出するための一連のアフィニティーカラムを含み得る。次いで、さらなる分析のために送られる前に画分を組み合わせることができる。そのような列ベースの技術は、ハイスループットではない。一例として、10mLの尿は、複数回(例えば、10)のカラム洗浄を経る必要があり得る。
電気泳動用デバイス
図1~図4に示されている設計のもの等のエピタコフォレシスデバイスは、図5に示されているように、2つの電解質リザーバ配置、先行電解質とそれに続く終端電解質と混合された試料、または先行電解質とそれに続く終端電解質と混合された試料、または3つの電解質リザーバ配置のいずれかで動作される。そのような構成では、試料は、任意の導電性溶液と混合されることができる。あるいは、試料が適切な終端イオンを含む場合、終端電解質領域は排除されることができる。図2A~図2Bを参照すると、終端電解質リザーバ(2)に試料と適切な終端電解質との混合物を充填し、電源(6)をオンにすると、イオンは中心電極(5)に向かって移動し始め、先行電解質と終端電解質(7)との間の境界に領域を形成する。泳動中の試料領域の濃度は、一般的な等張性の原理[Foret,F.,Krivankova,L.,Bocek,P.,Capillary Zone Electrophoresis.Electrophoresis Library,(Editor Radola,B.J.)VCH,Verlagsgessellschaft,Weinheim,1993.]に従って調整される。これにより、低濃度の試料イオンは濃縮され、高濃度の試料イオンは希釈される。試料領域が電解質リザーバ(4)に入ると、分離プロセスが停止され、集束物質がデバイスの中心に収集される。実際には、泳動領域の最終濃度は、先行イオンの濃度に匹敵する濃度を有する。典型的には、2から1000またはそれ以上の任意の濃度因子が、エピタコフォレシスを使用して達成される。
一般式:
例示的なデバイスを使用したエピタコフォレシス
デバイスの構築
本実施例では、ETPデバイスを使用して1mLの血漿からcfDNAを集束および収集するために3回の独立したETP実行を行い、3回の独立したETP実行のそれぞれの時間経過中に電圧を測定した。3回のETP実行の各々は、75分の長さであった。各ETP実行の開始時の電力レベルは6Wであった。その後、電力レベルを30分で3Wに下げ、次いで60分で2Wに下げた。3つの独立したETP実行の各々の間に得られた結果を図18に示す。
本実施例では、ETP実行中に核酸の位置をモニタリングするために、着色色素を用いた光学検出を使用してETP実行を行った。核酸よりも低い電気泳動移動度を有する色素を使用して、核酸の位置の光学的追跡を可能にすることができる。例えば、そのような色素としては、ブリリアントブルーFCF、インジゴカルミン、サンセットイエローFCF、アルラレッド、ファーストグリーンFCF、パテントブルーVおよびカルモイシンが挙げられる。本実施例では、2回の独立したETP実行を行って、光学マーカーとしてブリリアントブルー色素を使用して核酸分子を集束および収集した(ETP実行1:図19A~図19B;およびETP実行2:図19C~図19Dを参照されたい)。
本実施例では、DNAラダーの集束および収集中に熱画像化を使用するETPの実行を行った。本実施例の熱画像化には、赤外線ベースの熱画像カメラ(SEEK thermal ShotPro)を使用した。さらに、蛍光イメージングを使用した。20分、40分、42分、および44分の4つの連続した時点で、熱画像および蛍光画像を撮影した。(図20A~図20Bを参照されたい)。さらに、電源からの電圧フィードバックをETP実行中に測定した。
無細胞DNAを含む無細胞核酸の単離(精製)を行うために、エピタコフォレシスデバイスおよび実験装置(図21~図23を参照)を使用してETPを行った。デバイスは、円形構造および円形電極(図21および図23を参照)を有していた。
本実施例では、以下の修正を加えて実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によってcfDNAを単離/精製した。血漿試料にDNAラダーを添加し、SYBRゴールドを用いてDNA領域を可視化した。試料は、cfDNAを含む1mLの血漿および200ngのDNAラダーを含んでいた。
本実施例では、以下の修正を加えて、実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によって1mLの血漿試料からcfDNAを単離し、収集した。SYBRゴールドは使用しなかった。ETPベース/精製およびその後のcfDNAの収集の後、単一のKAPA純粋ビーズベースの洗浄工程(1×SPRIビーズ)または2つのKAPA純粋ベースの洗浄工程(2×SPRIビーズ)のいずれかを行った。また、血漿試料(1mL)から、AVENIOキットを使用するスピンカラム法を用いてcfDNAを単離/精製した後、単一のKAPA純ビーズベースの洗浄ステップを行った。それぞれが同じ種類のビーズを使用する2つのビーズベースの洗浄、すなわち2つの洗浄ステップを使用したゲノムDNA汚染の除去を含む「UNA法」を使用し、続いて、AVENIOキットを使用したスピンカラム法を使用した。上記の方法を用いたcfDNAの単離/精製および洗浄後、QUBITベースの分析を用いてcfDNAの濃度を測定し、ng単位のcfDNAの濃度を記録した。
本実施例では、cfDNAおよびDNAラダーを含むDNAを、以下の修飾を用いて、実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によって1mLの血漿から単離/精製した。1mLの血漿に60ngのDNAラダーを添加した。cfDNAおよびDNAラダーの単離/精製およびその後の収集の後、実施例1に一般的に記載されるようなBioanalzyer実行を使用して、単離/精製および収集されたDNA試料のサイズベースの分析を行った。
本実施例では、以下の修飾を用いて、実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によって1mLの血漿試料からcfDNAを単離/精製した。本実施例では、SYBRゴールドまたはDNAラダーを使用しなかった。cfDNAの単離/精製およびその後の収集の後、実施例1に一般的に記載されるようなBioanalzyer実行を使用して、単離/精製および収集されたDNA試料のサイズベースの分析を行った。
本実施例では、以下の修飾を用いて、実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によって1mLの血漿試料からcfDNAを単離/精製した。本実施例では、様々な異なるサイズ範囲のDNAが単離/精製され、続いて収集され、断片化ゲノムDNAからのcfDNAの単離/精製の向上を可能にするように、緩衝液濃度、ゲルの割合、およびETP実行の停止時間を変えることによって、1mLの血漿試料からcfDNAを単離/精製し、続いて収集した。
本実施例では、循環腫瘍DNAを単離/精製し、続いて、以下の修正を加えて、実施例1に一般的に記載されているように、ETPベースの単離/精製によって1mLの血漿試料から収集した。ETPベースの単離/精製に加えて、AVENIOキットを使用するスピンカラムに基づく方法を使用して、別のアッセイで4mLの血漿試料からctDNAを単離した。また、ETPベースの単離/精製およびその後のctDNAの収集の後、KAPA純ビーズに基づく洗浄ステップを行った。さらに、単離/精製され、続いて回収されたctDNAのQUBITに基づく分析を、実施例1に一般的に記載されているように行った。
本実施例では、ETPベースの単離/精製中に使用されるETP上部マーカーを生成した。
本実施例では、ETPベースの単離および/または精製を使用して、尿試料から1つ以上の標的分析物を単離/精製する。
尿試料を得ることができる。尿試料は、排出尿であってもよい。細菌および任意の固体残屑は、0.25μm~45μmのフィルタによるフィルタ滅菌によって除去することができる。尿試料は、分子量カットオフ3k~10kのAMICON(登録商標)Ultra Centrifugalフィルタを使用して、3000×gで20分間、遠心分離機で回転させることができる。緩衝液交換は、10mM Tris HCl pH8または10mM終端電解質緩衝液を用いて実施し得る。10ml体積の緩衝液をAMICON(登録商標)管に添加してもよく、管をさらに20分間または濃縮物の体積が1mlになるまで回転させてもよい。
以下に出願時の特許請求の範囲を記載する。
[請求項1]
尿試料から1つ以上の標的分析物を単離および/または精製する方法であって、
前記尿試料を濃縮して濃縮尿試料を形成すること、ここで、前記濃縮尿試料が、前記尿試料中の前記1つ以上の標的分析物の初期濃度よりも少なくとも10倍高い前記1つ以上の標的分析物の濃度を有する;
前記濃縮尿試料を第1の電解質に添加して、第1の混合物を形成すること;
第1の電極と第2の電極との間に電圧差を印加すること、ここで、
前記第1の電極が、前記第1の混合物中に配置され、
前記第2の電極が、第2の電解質中に配置され、
前記第1の電解質が、前記第2の電解質とは異なるものである;
前記電圧差を使用して、前記第2の電解質内の1つ以上の集束領域内の前記1つ以上の標的分析物を前記第2の電極に流すこと;および
前記1つ以上の集束領域を含む第2の混合物を収集することによって前記1つ以上の標的分析物を収集すること、ここで、前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物のいずれかの濃度が、前記濃縮尿試料中のそれぞれの標的分析物の濃度よりも高い;
を含む、前記方法。
[請求項2]
前記尿試料を濃縮することが、真空濾過、脱塩、緩衝液交換、細胞外小胞濃縮、エキソソーム濃縮、細胞溶解、タンパク質分解、または遠心分離ベースの細胞除去のうちの1つ以上を含む、請求項1に記載の方法。
[請求項3]
前記尿試料を濃縮することが、緩衝液交換を含み、
前記濃縮尿試料のpHが、6.0~8.5の範囲内である、
請求項2に記載の方法。
[請求項4]
前記尿試料を濃縮することが、前記尿試料を遠心分離することを含む、請求項1に記載の方法。
[請求項5]
前記尿試料を遠心分離することが、1,000~3,600×gの範囲の力で遠心分離することを含む、請求項4に記載の方法。
[請求項6]
前記1つ以上の標的分析物が、DNA、RNA、またはそれらの組合せを含む、請求項1に記載の方法。
[請求項7]
前記1つ以上の標的分析物が、無細胞核酸、循環腫瘍核酸、バイオマーカー、タンパク質、細胞外小胞、またはそれらの組合せを含む、請求項1に記載の方法。
[請求項8]
前記尿試料を濃縮することが、前記尿試料を分子量によってフィルタにかけることを含む、請求項1に記載の方法。
[請求項9]
前記尿試料を分子量によってフィルタにかけることが、3,000~10,000の範囲のカットオフを上回るまたは下回る分子量を有する前記尿試料の成分を除去することを含む、請求項1に記載の方法。
[請求項10]
前記濃縮尿試料中の前記1つ以上の標的分析物の前記濃度が、前記初期濃度よりも少なくとも40倍高い、請求項1に記載の方法。
[請求項11]
前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物のいずれかの濃度が、前記濃縮尿試料中の前記それぞれの標的分析物の濃度よりも少なくとも2倍高い、請求項1に記載の方法。
[請求項12]
前記尿試料の体積が10ml~50mlである、請求項1に記載の方法。
[請求項13]
前記濃縮尿試料の体積が0.5ml~2.5mlである、請求項1~12のいずれか一項に記載の方法。
[請求項14]
前記第2の混合物が2つ以上の集束領域を含む、請求項1~13のいずれか一項に記載の方法。
[請求項15]
前記尿試料を脱塩することをさらに含み、前記濃縮尿試料が脱塩される、請求項1~14のいずれか一項に記載の方法。
[請求項16]
前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物の標的分析物を配列決定することをさらに含む、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
[請求項17]
以下を含むエピタコフォレシスデバイス;
円形チャネルの外縁部に配置された円形の第1の電極、
前記円形チャネルの中心にある試料収集リザーバ、
第2の電極であって、前記円形の第1の電極が前記試料収集リザーバと電気的に連通するよりも前記試料収集リザーバとより密接に電気的に連通するように構成された、前記第2の電極、および、
前記円形の第1の電極と前記第2の電極との間に電圧差を送達するように構成された電源、
ならびに、
試料内の1つ以上の標的分析物の濃度を少なくとも10倍高く増加させるように構成された試料濃縮デバイス;
を含む、システム。
[請求項18]
前記試料濃縮デバイスが遠心分離機を含む、請求項17に記載のシステム。
[請求項19]
前記試料濃縮デバイスが真空フィルタを含む、請求項17に記載のシステム。
[請求項20]
前記試料濃縮デバイスからの出力を前記エピタコフォレシスデバイスに移送するように構成された自動ロボットハンドリングデバイスをさらに含む、請求項17に記載のシステム。
[請求項21]
尿またはナトリウム塩もしくはカリウム塩等の生物学的試料を含む他の高塩から1つ以上の標的分析物を単離および/または精製する方法であって、前記試料が1つ以上の標的分析物を潜在的に含み、
a.エピタコフォレシス(「ETP」)を実行するためのデバイスを提供すること;
b.前記1つ以上の標的分析物を含む前記試料を提供すること;
c.前記1つ以上の標的分析物を1つ以上の集束領域に集束させるために前記デバイスを使用してETPを実行することによって、1つ以上のエピタコフォレシス実行を行うこと;
d.前記1つ以上の標的分析物を含む前記1つ以上の集束領域を収集することによって、前記1つ以上の標的分析物を収集すること;および
それによって、1つ以上の単離および/または精製された標的分析物を得ることを含み、任意で前記標的分析物が1つ以上の核酸を含む、前記方法。
[請求項22]
工程cの前に、試料溶液が、前記尿または生物学的試料を含む他の高塩に対して1つ以上の試料前処理工程を実施することによって調製される、請求項21に記載の方法。
[請求項23]
前記試料が尿試料を含む、請求項21または22に記載の方法。
[請求項24]
前記試料前処理工程が、真空濾過、脱塩、緩衝液交換、細胞外小胞濃縮、エキソソーム濃縮、細胞溶解、タンパク質分解、遠心分離ベースの細胞除去および/または濃縮工程のうちの1つ以上を含む、請求項22に記載の方法。
[請求項25]
前記脱塩、緩衝液交換、細胞外小胞濃縮、エキソソーム濃縮工程および/または濃縮工程が遠心分離ベースである、請求項24に記載の方法。
[請求項26]
前記1つ以上の標的分析物が、1つ以上の核酸;1つ以上のタンパク質;1つ以上の細胞;1つ以上の細胞外小胞;1つ以上の1つ以上のエキソソーム、微小胞、および/またはアポトーシス小体、任意に1つ以上の尿エキソソーム;および/または1つ以上のバイオマーカーのうちのいずれか1つ以上を含む、請求項21~25のいずれか一項に記載の方法。
[請求項27]
前記1つ以上の標的分析物がDNAおよび/またはRNAを含む、請求項21~26のいずれか一項に記載の方法。
[請求項28]
前記1つ以上の標的分析物が、1つ以上の循環核酸を含む、請求項21~27のいずれか一項に記載の方法。
[請求項29]
前記単離および/または精製された標的分析物がDNAおよび/またはRNAを含む、請求項21~28のいずれか一項に記載の方法。
[請求項30]
単離および/または精製された核酸の量が、蛍光光度計ベースの方法によって測定される、カラムベースまたはビーズベースのプロトコルを使用して得られた核酸の量と比較して多い、請求項21~29のいずれか一項に記載の方法。
Claims (14)
- 尿試料から1つ以上の標的分析物を単離および/または精製する方法であって、
前記尿試料を濃縮して濃縮尿試料を形成すること、ここで、前記濃縮尿試料が、前記尿試料中の前記1つ以上の標的分析物の初期濃度よりも少なくとも10倍高い前記1つ以上の標的分析物の濃度を有する;
前記濃縮尿試料を第1の電解質に添加して、第1の混合物を形成すること;
第1の電極と第2の電極との間に電圧差を印加すること、ここで、
前記第1の電極が、前記第1の混合物中に配置され、
前記第2の電極が、第2の電解質中に配置され、
前記第1の電解質が、前記第2の電解質とは異なるものである;
前記電圧差を使用して、前記第2の電解質内の1つ以上の集束領域内において前記1つ以上の標的分析物を前記第2の電極に流すこと;および
1つ以上の集束領域を含む第2の混合物を収集することによって前記1つ以上の標的分析物を収集すること、ここで、前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物のいずれかの濃度が、前記濃縮尿試料中のそれぞれの標的分析物の濃度よりも高い;
を含み、
尿試料を濃縮することが、真空濾過、脱塩、緩衝液交換、細胞外小胞濃縮、エキソソーム濃縮、細胞溶解、タンパク質分解、または遠心分離ベースの細胞除去のうちの1つ以上を含み、
尿試料を濃縮することが、緩衝液交換を含み、前記濃縮尿試料のpHが、6.0~8.5の範囲内であり、
前記集束領域は、標的分析物が第2の電解質内に濃縮されるセクションであり、
前記1つ以上の標的分析物が核酸である、
前記方法。 - 尿試料を濃縮することが、前記尿試料を遠心分離することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記尿試料を遠心分離することが、1,000~3,600×gの範囲の力で遠心分離することを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記1つ以上の標的分析物が、DNA、RNA、またはそれらの組合せを含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の標的分析物が、無細胞核酸、循環腫瘍核酸、またはそれらの組合せを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 尿試料を濃縮することが、前記尿試料を分子量によってフィルタにかけることを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記尿試料を分子量によってフィルタにかけることが、3,000~10,000の範囲のカットオフを上回るまたは下回る分子量を有する前記尿試料の成分を除去することを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記濃縮尿試料中の前記1つ以上の標的分析物の前記濃度が、前記初期濃度よりも少なくとも40倍高い、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物のいずれかの濃度が、前記濃縮尿試料中の前記それぞれの標的分析物の濃度よりも少なくとも2倍高い、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記尿試料の体積が10ml~50mlである、請求項1~9のいずれか一項に記載の方法。
- 前記濃縮尿試料の体積が0.5ml~2.5mlである、請求項1~10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2の混合物が2つ以上の集束領域を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の方法。
- 前記尿試料を脱塩することをさらに含み、前記濃縮尿試料が脱塩される、請求項1~12のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2の混合物中の前記1つ以上の標的分析物の標的分析物を配列決定することをさらに含む、請求項1~13のいずれか一項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202063011355P | 2020-04-17 | 2020-04-17 | |
US63/011,355 | 2020-04-17 | ||
PCT/EP2021/059784 WO2021209549A1 (en) | 2020-04-17 | 2021-04-15 | Devices and methods for urine sample analysis |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2023522619A JP2023522619A (ja) | 2023-05-31 |
JP7464750B2 true JP7464750B2 (ja) | 2024-04-09 |
Family
ID=75581512
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022562428A Active JP7464750B2 (ja) | 2020-04-17 | 2021-04-15 | 尿試料分析のためのデバイスおよび方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20230358706A1 (ja) |
EP (1) | EP4136225A1 (ja) |
JP (1) | JP7464750B2 (ja) |
CN (1) | CN115461455A (ja) |
WO (1) | WO2021209549A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN116482394A (zh) * | 2023-06-16 | 2023-07-25 | 北京助研医学技术有限公司 | 一种内分泌科用带有沉淀回收池的尿糖检测装置 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020074742A1 (en) | 2018-10-12 | 2020-04-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Detection methods for epitachophoresis workflow automation |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH0341097A (ja) * | 1989-07-07 | 1991-02-21 | Medekusu:Kk | 補体系のd因子の調製方法 |
US7914982B2 (en) * | 2005-02-17 | 2011-03-29 | Trovagene, Inc. | Methods for detecting pathogen specific nucleic acids in urine |
US9315802B2 (en) * | 2009-12-30 | 2016-04-19 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | RNA isolation from soluble urine fractions |
CN102116714B (zh) * | 2010-01-06 | 2012-07-25 | 李顺民 | 一种尿液样品的浓缩除盐方法 |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
US20130024127A1 (en) | 2011-07-19 | 2013-01-24 | John Stuelpnagel | Determination of source contributions using binomial probability calculations |
EP3795696B1 (en) | 2013-03-15 | 2023-04-26 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Identification and use of circulating nucleic acid tumor markers |
CN106232815A (zh) * | 2014-04-22 | 2016-12-14 | 特罗瓦基因公司 | 浓缩尿中的核酸 |
CN108315324A (zh) * | 2017-03-31 | 2018-07-24 | 索真(北京)医学科技有限公司 | 尿液ctDNA中BRAF基因突变位点的检测 |
JP7038209B2 (ja) | 2017-11-13 | 2022-03-17 | エフ.ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | エピタコ電気泳動を使用する試料分析のための装置 |
US20210239685A1 (en) * | 2018-06-27 | 2021-08-05 | The Trustees Of Indiana University | Methods of analyzing dna in urine |
-
2021
- 2021-04-15 WO PCT/EP2021/059784 patent/WO2021209549A1/en unknown
- 2021-04-15 JP JP2022562428A patent/JP7464750B2/ja active Active
- 2021-04-15 US US18/246,009 patent/US20230358706A1/en active Pending
- 2021-04-15 CN CN202180028717.5A patent/CN115461455A/zh active Pending
- 2021-04-15 EP EP21719888.6A patent/EP4136225A1/en active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020074742A1 (en) | 2018-10-12 | 2020-04-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Detection methods for epitachophoresis workflow automation |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Anal Bioanal Chem,2005年,382,pp.535-558 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN115461455A (zh) | 2022-12-09 |
EP4136225A1 (en) | 2023-02-22 |
JP2023522619A (ja) | 2023-05-31 |
US20230358706A1 (en) | 2023-11-09 |
WO2021209549A1 (en) | 2021-10-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Sun et al. | Microfluidics technologies for blood-based cancer liquid biopsies | |
Wu et al. | Tumor circulome in the liquid biopsies for cancer diagnosis and prognosis | |
CN111656179B (zh) | 用于使用表位电泳进行样品分析的装置 | |
Dharmasiri et al. | High-throughput selection, enumeration, electrokinetic manipulation, and molecular profiling of low-abundance circulating tumor cells using a microfluidic system | |
Hyun et al. | Isolation and enrichment of circulating biomarkers for cancer screening, detection, and diagnostics | |
JP6612340B2 (ja) | 核酸の自動化された加工処理および電気泳動による試料調製のための装置、方法およびシステム | |
Tadimety et al. | Advances in liquid biopsy on-chip for cancer management: Technologies, biomarkers, and clinical analysis | |
JP7270992B2 (ja) | 分析物の濃縮 | |
US20210382002A1 (en) | Detection methods for epitachophoresis workflow automation | |
JP7441243B2 (ja) | 試料分析のための装置および方法 | |
Wang et al. | Analysis of circulating non-coding RNAs in a non-invasive and cost-effective manner | |
JP7464750B2 (ja) | 尿試料分析のためのデバイスおよび方法 | |
Malbec et al. | Microfluidics for minute DNA sample analysis: open challenges for genetic testing of cell-free circulating DNA in blood plasma | |
JP7443554B2 (ja) | 試料分析のための装置及び方法 | |
VanDijken et al. | Microfluidic chips for detecting the t (4; 14) translocation and monitoring disease during treatment using reverse transcriptase-polymerase chain reaction analysis of IgH-MMSET hybrid transcripts | |
JP2001509258A (ja) | 界面動電的サンプル調製法 | |
Gongye et al. | Multi-omics analysis revealed the role of extracellular vesicles in hepatobiliary & pancreatic tumor | |
Teixeira et al. | Advances in Microfluidics for the Implementation of Liquid Biopsy in Clinical Routine | |
WO2023004066A1 (en) | Methods and devices for nucleic acid extraction using epitachophoresis | |
JP2024515677A (ja) | エピタコフォレシスにおける体積結合のための装置 | |
CN109554478B (zh) | 检测慢性淋巴细胞白血病基因突变的组合物 | |
WO2023004071A1 (en) | Methods and devices for isolating rna using epitachophoresis | |
US20240058753A1 (en) | Electrophoretic devices and methods for next-generation sequencing library preparation | |
Draškovič | Isolation of cell-free DNA from seminal fluid | |
JP6201587B2 (ja) | 包埋組織からの核酸抽出方法、包埋剤除去用具、及び核酸抽出用キット |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20221118 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20231025 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20231107 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240201 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240305 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240328 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7464750 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |